(57)【要約】プロテインＡ（ＳｐＡ）ドメインおよび免疫グロブリン結合タンパク質（Ｓｂｉ）ドメインであるＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、ＳｐＡ−Ｄ、ＳｐＡ−Ｅ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩからなる群から選択されるＩＧＢＰドメインの少なくとも３つを認識する交差特異性ＣＤＲ結合部位を含む、Ｓ．アウレウスの野生型免疫グロブリン結合タンパク質（ＩＧＢＰ）に特異的に結合することによりスタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体、ここで、該抗体は、Ｆ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定されるような５×１０−９Ｍ未満のＫＤでＳｐＡ−Ｅに結合する親和性を有し、好ましくは、ｗｔ  ＳｐＡに、ＩｇＧ  ＦｃまたはＶＨ３に対する結合を欠く変異体ＳｐＡ−ＫＫＡＡと比較して同等に、またはよりよく結合する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｆ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定される５×１０−９Ｍ未満のＫＤで野生型ＳｐＡ−Ｅに特異的に結合するＣＤＲ結合部位を含み、該ＣＤＲ結合部位が、交差特異性であり、さらに少なくともＳｐＡ−ＡおよびＳｐＡ−Ｄを認識する、スタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体。
【請求項２】
ＣＤＲ結合部位が、さらにＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩの少なくとも１つを認識する、請求項１に記載の抗体。
【請求項３】
免疫グロブリン結合タンパク質（ＩＧＢＰ）ドメインの少なくとも３つ、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも４つ、５つ、または６つを認識し、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも３つをそれぞれＦ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定される５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識し、好ましくはＩＧＢＰの少なくとも４つまたは５つをそれぞれ５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する、請求項１または２に記載の抗体。
【請求項４】
少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−ＡおよびＳｐＡ−Ｄを、それぞれＦ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定されるような５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する、請求項１〜３のいずれかに記載の抗体。
【請求項５】
野生型ＳｐＡを、変異体ＳｐＡＫＫＡＡと比較して、少なくとも実質的に同じ親和性で、または実質的により高い親和性で認識する、請求項１〜４のいずれかに記載の抗体。
【請求項６】
ＳｐＡおよび場合によりＳｂｉのＩｇＧ−Ｆｃへの結合に競合する、請求項１〜５のいずれかに記載の抗体。
【請求項７】
完全長モノクローナル抗体、結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含むその抗体フラグメント、または結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含む融合タンパク質であり、特にここで、抗体が、ランダム化された、または人工のアミノ酸配列を含む非天然存在抗体である、請求項１〜６のいずれかに記載の抗体。
【請求項８】
少なくとも抗体重鎖可変領域（ＶＨ）および抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含み、抗体が、表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられ、かつ場合によりさらに表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられ、そのＣＤＲ配列が、Ｋａｂａｔの番号付けシステムに従って示されている、請求項１〜７のいずれかに記載の抗体。
【請求項９】
ａ）表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＨドメインおよび表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＬドメインを含み；
ｂ）表１において列挙されている抗体のいずれかのＣＤＲ配列（ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６）のセットを含み；
ｃ）表１において列挙されている抗体のいずれかであり；または
ｄ）ａ）〜ｃ）の配列により特性付けられる親抗体の機能的に活性なバリアントであり、
好ましくはここで、
ｉ．該機能的に活性なバリアントが、親抗体のＣＤＲ１〜ＣＤＲ６のいずれかの少なくとも１つの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み；かつ／または
ｉｉ．該機能的に活性なバリアントが、ＶＨおよびＶＬ配列のいずれかのフレームワーク領域中に少なくとも１つの点変異を含み；
そしてさらにここで、
ｉｉｉ．該機能的に活性なバリアントが、親抗体と同じエピトープに結合する特異性を有し；かつ／または
ｉｖ．該機能的に活性なバリアントが、親抗体のヒト、ヒト化、キメラもしくはマウスおよび／もしくは親和性成熟バリアントである、
請求項８に記載の抗体。
【請求項１０】
表１において列挙されているＣＤＲ配列のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み、ここで該機能的に活性なＣＤＲバリアントが、以下：
ａ）親ＣＤＲ配列中の１、２もしくは３個の点変異；および／または
ｂ）親ＣＤＲ配列の４つのＣ末端もしくは４つのＮ末端、もしくは４つの中央アミノ酸位置のいずれかにおける１もしくは２個の点変異；および／または
ｃ）親ＣＤＲ配列との少なくとも６０％の配列同一性；
の少なくとも１つを含み、好ましくはここで、該機能的に活性なＣＤＲバリアントが、あらゆるＣＤＲ配列中に１または２個の点変異を含む、請求項８または９に記載の抗体。
【請求項１１】
群のメンバーｉ）〜ｖｉ）からなる群から選択され、ここで、
ｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  １３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  １４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７５からなり；
ｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３１からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３２からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３３からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９１からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９２からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９３からなり；
ｉｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １００のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４０からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４１からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４２からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １００からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０１からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０２からなり；
ｉｖ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０５からなり；
ｖ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４６からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４７からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４８からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０６からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０７からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０８からなり；
そして
ｖｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ６０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １２０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５８からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５９からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ６０からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１８からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１９からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １２０からなる、
請求項８〜１０のいずれかに記載の抗体。
【請求項１２】
ＨＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５２〜１６２のいずれか、および場合によりＬＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １６３を含む、請求項１〜７のいずれかに記載の抗体。
【請求項１３】
対象における感染を制限するため、または前記の感染の結果もたらされる疾患状態を改善するため、またはＳ．アウレウス疾患の病態形成、例えば肺炎、敗血症、菌血症、創傷感染、膿瘍、手術部位感染、眼内炎、フルンケル症、カルブンケル症、心内膜炎、腹膜炎、骨髄炎もしくは関節感染を阻害するために対象に有効量の抗体を投与することを含む、Ｓ．アウレウス感染またはコロニー形成のリスクがある、またはそれを患っている対象の処置における使用のための、請求項１〜１２のいずれかに記載の抗体。
【請求項１４】
請求項１〜１２のいずれかに記載の抗体を含み、好ましくは非経口または粘膜配合物を含み、場合により薬学的に許容可能なキャリヤーまたは賦形剤を含有する、医薬製剤。
【請求項１５】
高毒素産生ＭＲＳＡ感染症、例えば壊死性肺炎、ならびにフルンケル症およびカルブンケル症における毒素産生を含め、あらゆるＳ．アウレウス感染症を検出するための診断的使用のための、請求項１〜１２のいずれかに記載の抗体。
【請求項１６】
請求項１〜１２のいずれかに記載の抗体の診断製剤であって、場合により該抗体を標識および／または標識を有するさらなる診断試薬と共に含有する、上記診断製剤。
【請求項１７】
請求項１〜１２のいずれかに記載の抗体をコードする、単離された核酸。
【請求項１８】
請求項１〜１２のいずれかに記載の抗体の軽鎖および／または重鎖を発現するためのコード配列を含む宿主細胞が、該抗体を生成する条件下で培養または維持される、請求項１〜１２のいずれかに記載の抗体を生成する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）にＳ．アウレウスの免疫グロブリン結合タンパク質（ＩＧＢＰ）に特異的に結合することにより対抗するモノクローナル抗体に関する。
【背景技術】
【０００２】
ブドウ球菌性表面タンパク質Ａ（ＳｐＡまたはプロテインＡ）およびブドウ球菌性ＩｇＧ結合因子（Ｓｂｉ）は、いくつかのヒトタンパク質と相互作用して主に免疫回避分子として作用する多機能病毒性因子である（Ｆａｌｕｇｉ，２０１３；Ｓｍｉｔｈ，２０１１）。免疫グロブリンのＦｃ部分に結合することにより、ＳｐＡおよびＳｂｉは、スタフィロコッカス・アウレウスを食作用から保護することが、提唱されている。ＳｐＡは、抗体のＶＨ３型Ｆａｂ領域にも結合し、それは、Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）の架橋、従って非抗原特異的Ｂ細胞活性化および消耗をもたらす。その結果は、マウスモデルにおいて説得力を伴って示されたブドウ球菌感染に対する適応免疫応答の抑制である（Ｓａｓｓｏ，１９９１；Ｇｏｏｄｙｅａｒ  ａｎｄ  Ｓｉｌｖｅｒｍａｎ，２００４＆２００５）。
【０００３】
細胞壁に係留されたタンパク質であるＳｐＡは、Ｓ．アウレウスの最も豊富な表面タンパク質の１つである。それは、約６０〜９０％のアミノ酸配列同一性を共有する５個のＩｇＧ結合ドメイン（ＩＧＢＰ  Ａ〜Ｅ）（図３および４）を有する。これらのドメインは、ＦｃおよびＶＨ３  Ｆａｂ結合の両方の原因であるが、異なるアミノ酸が相互作用部位に含まれている。Ｓｂｉは、ＳｐＡの様式に類似した様式でＩｇＧのＦｃ領域（ＩｇＧ−Ｆｃ）に結合する２個のドメイン（ＩＧＢＰ  Ｓｂｉ−ＩおよびＳｂｉ−ＩＩ）および補体タンパク質Ｃ３に結合して流体相におけるその無駄な消費を促進することができる２個のドメインを有する（Ｓｍｉｔｈ，２０１１）。Ｓｂｉの２個のＩＧＢＰドメインは、それら自体の間で、そして５個のＳｐＡドメインと比較して約３０％のアミノ酸同一性を示す（図３および４）。
【０００４】
ＳｐＡは、多数のヒト分子、例えば炎症促進性シグナル伝達の調節をもたらすＴＮＦ−アルファ受容体１または早期肺炎発病に関して重要であるＴＮＦ−１シグナル伝達への干渉をもたらす一連の事象を誘発する上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）への結合を介したいくつかの病毒性機能を有する（Ｇｏｍｅｚ，２００４，２００６，２００７）。この後者の相互作用は、ＩｇＧ結合ドメインにおいて起こる（Ｇｏｍｅｚ，２００６）。ＳｐＡのフォン・ヴィルブランド因子との相互作用は、おそらく接着および微小塞栓現象と関係しており、血流中での細菌の生存および血流による細菌の拡散を増進している（Ｈａｒｔｌｅｉｂ，２０００）。本発明に関して重要なことだが、ｖＷＦ結合は、Ｉｇ結合ドメインによっても媒介されている（Ｏ’Ｓｅａｇｈｄｈａ，２００６）。
【０００５】
ＳｐＡ欠失変異体であるＳ．アウレウス株は、ブドウ球菌性疾患に関する多数の動物モデルにおいて低減した病毒性を示し、これは、ＳｐＡが疾患の発病への重要な寄与を有することを示唆している（Ｊｏｎｓｓｏｎ  １９８５，Ｐａｔｅｌ  １９８７，Ｃｈｅｎｇ  ２００９）。マウスモデルにおけるＳｐＡの主な機能は、Ｂ細胞に対するその免疫抑制作用であるように思われる。ＶＨ３−ＦａｂおよびＦｃ部分と会合することができないＳｐＡバリアントを発現している変異体Ｓ．アウレウス株がマウスの曝露のために用いられる場合、マウスは異なるＳ．アウレウス構成要素（細胞毒素、表面抗原）に対する有意により高いレベルの抗体を産生することが、優雅に示されている（Ｋｉｍ，２０１０）。これらのマウスは、その後の野生型Ｓ．アウレウス株による感染に対して保護された状態になるが、野生型Ｓ．アウレウスによる亜致死性感染に曝露されたマウスは、保護された状態にならない（Ｋｉｍ，２０１０）。
【０００６】
ＳｐＡのＢ細胞スーパー抗原機能が、ＶＨ３を発現しているＢ細胞プールにおける有意な増大（通常の約５０％から８０％に至るまで）を示したＳ．アウレウスに感染した対象におけるＢ細胞の抗体配列レパートリーの分析により、ヒトにおいて最近実証されており、これは、ＶＨ３  Ｆａｂ結合を介したＢＣＲ会合による非抗原特異的なＢ細胞の増殖および拡張を示唆している（Ｐａｕｌｉ，２０１４）。
【０００７】
これらのデータに基づいて、Ｓ．アウレウス感染の間にＳｐＡの作用を中和する抗体は、宿主に有益であることが、予想される。実際、ＦｃおよびＶＨ３  Ｆａｂの結合活性を緩めるように変異した組み換えＳｐＡタンパク質（ＳｐＡＫＫＡＡ）による免疫処置は、Ｓ．アウレウス感染のマウスモデルにおいて保護を誘導するが、野生型ＳｐＡタンパク質による免疫処置は保護を誘導しないことが、実証された（Ｋｉｍ，２０１０；Ｋｉｍ，２０１５）。ＳｐＡＫＫＡＡで免疫されたマウスを用いてハイブリドーマ技術により生成されたモノクローナル抗体は、野生型Ｓ．アウレウス株による感染に対する防御免疫をもたらすが、野生型ＳｐＡで免疫されたマウスを用いてハイブリドーマ技術により生成されたモノクローナル抗体は、防御免疫をもたらさないことが、示された（Ｋｉｍ，２０１２；Ｋｉｍ，２０１４，Ｔｈａｍｍａｖｏｎｇｓａ，２０１５）。そのような結果は、野生型ＳｐＡタンパク質を免疫原として用いたＳｐＡ特異的ｍＡｂでは達成されなかった（Ｋｉｍ，２０１２；Ｋｉｍ，２０１４）。
【０００８】
米国特許出願公開第２０１４／０１７０１３４Ａ１号は、５つのＩＧＢＰドメインに結合するＳｐＡＫＫＡＡ変異体に対する抗体を記載している。３Ｆ６と名付けられたｍＡｂは、ＳｐＡＫＫＡＡ変異体に対する最高の親和性を有していた。ＳｐＡ−Ｅドメインは、関連性がより低いことが分かった。Ｅドメインは、最も似ていないドメインであると記載され、ＳｐＡ−Ｅドメイン抗体は、保護的ではないことが分かった。
【０００９】
Ｋｉｍら(Infection and Immunity 2012, 80(10)3460-3470)は、ＳｐＡＫＫＡＡ変異体に対して産生されたプロテインＡ特異的マウスモノクローナル抗体を記載しており、それは、免疫グロブリン結合ドメインの３重ヘリックスバンドルフォールドに結合する。
【００１０】
国際公開第２０１３／０９６９４８Ａ１号は、例えばＳ．アウレウスの免疫グロブリン結合ドメインから選択される微生物性病毒性因子への非免疫性結合を弱めるような重鎖定常領域における置換を有する抗微生物性ｍＡｂを開示している。
【００１１】
国際公開第０１／４０３０６  Ａ１号の実施例２２は、ＩＬ−８抗体およびそれぞれの配列を開示しており、Ｓ．アウレウスの免疫グロブリン結合タンパク質には一切関連しない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１２】
【特許文献１】米国特許出願公開第２０１４／０１７０１３４Ａ１号
【特許文献２】国際公開第２０１３／０９６９４８Ａ１号
【特許文献３】国際公開第０１／４０３０６  Ａ１号
【非特許文献】
【００１３】
【非特許文献１】Infection and Immunity 2012, 80(10)3460-3470
【発明の概要】
【００１４】
Ｓ．アウレウスのＩＧＢＰを標的とする防御抗体を提供することが、本発明の目的である。その目的は、本発明の対象により解決される。
本発明によれば、プロテインＡ（ＳｐＡ）ドメインおよび免疫グロブリン結合タンパク質（Ｓｂｉ）ドメインであるＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、ＳｐＡ−Ｄ、ＳｐＡ−Ｅ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩからなる群から選択されるＩＧＢＰドメインの少なくとも３つを認識する交差特異性ＣＤＲ結合部位を含む、Ｓ．アウレウスの少なくとも１個の野生型免疫グロブリン結合タンパク質（ＩＧＢＰ）に特異的に結合することによりスタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体が、提供され、ここで、その抗体は、Ｆ（ａｂ）２またはＦ（ａｂ’）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定されるような５×１０−９Ｍ未満のＫＤでＳｐＡ−Ｅに結合する親和性を有する。
【００１５】
本発明は、具体的には、スタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体を提供し、それは、Ｆ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定により決定されるような５×１０−９Ｍ未満のＫＤで野生型ＳｐＡ−Ｅに特異的に結合するＣＤＲ結合部位を含み、そのＣＤＲ結合部位は、交差特異性であり、さらに少なくともＳｐＡ−ＡおよびＳｐＡ−Ｄを認識する。
【００１６】
具体的には、ＣＤＲ結合部位は、さらにＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩの少なくとも１つを認識する。
特定の態様によれば、抗体は、少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−ＡおよびＳｐＡ−Ｄを認識する。
【００１７】
特定の側面によれば、抗体は、ＩＧＢＰドメインの少なくとも３つ、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも４、５、または６つを認識する特異性を有し、好ましくはそれは、ＩＧＢＰドメインの少なくとも３つをそれぞれＦ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定により決定されるような５×１０−９Ｍ未満のＫＤで、好ましくはＩＧＢＰの少なくとも４または５つをそれぞれ５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する。
【００１８】
具体的には、抗体は、少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−ＡおよびＳｐＡ−Ｄを、それぞれＦ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定により決定されるような５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する。
【００１９】
別の特定の態様によれば、抗体は、少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、およびＳｐＡ−Ｄ、ＳｐＡ−Ｃ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩを認識する。
別の特定の態様によれば、抗体は、少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｄ、およびＳｂｉ−Ｉを認識する。
【００２０】
別の特定の態様によれば、抗体は、少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、ＳｐＡ−Ｄ、およびＳｂｉ−Ｉを認識する。
別の特定の態様によれば、抗体は、少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、ＳｐＡ−Ｄ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩを認識する。
【００２１】
具体的には、抗体は、ＩＧＢＰドメインの少なくとも３つをそれぞれ５×１０−９Ｍ未満のＫＤで、好ましくはＩＧＢＰの少なくとも４または５つをそれぞれ５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する。
【００２２】
具体的には、抗体は、ＳｐＡおよびＳｂｉの両方を、好ましくはそれぞれ５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する。
具体的には、抗体は、野生型ＳｐＡ（それは、本明細書で同定されるようなアミノ酸配列により特性付けられ、具体的には、それは、ＳＥＱ  ＩＤ  １４５および１４６により同定されるコンセンサスアミノ酸配列を含む）を、ＩｇＧ  Ｆｃおよび／またはＶＨ３に対するＳｐＡの結合を低減するような変異を含む変異体ＳｐＡＫＫＡＡと比較して実質的に同じ親和性で、またはより高い親和性で認識する。具体的には、変異体ＳｐＡは、ＳＥＱ  ＩＤ  １４７により同定される配列を含み場合によりさらにＳＥＱ  ＩＤ  １４８により同定される配列を含む少なくとも１個のドメインを含む。具体的には、変異体ＳｐＡは、ＳＥＱ  ＩＤ  １４７により同定される配列を含みさらにＳＥＱ  ＩＤ  １４８により同定される配列を含むＳｐＡドメインであるＳｐＡＫＫＡＡである。具体的には、結合親和性は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １３８を含む野生型ＳｐＡ−Ｄおよびアミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １４３を含む変異体ＳｐＡＫＫＡＡに結合する親和性を比較することにより決定される。
【００２３】
一態様によれば、抗体は、野生型および変異体ＳｐＡＫＫＡＡまたはＳｐＡＫＫに、少なくとも実質的に同じ親和性で結合することができ、例えばここで、例えばＳｐＡ−Ｄ（野生型）と比較したＳｐＡ−ＤＫＫＡＡまたはＳｐＡ−ＤＫＫに対する結合により決定されるような解離定数比ＫＤ（ＳｐＡＫＫＡＡ）／ＫＤ（ＳｐＡ）または比ＫＤ（ＳｐＡＫＫ）／ＫＤ（ＳｐＡ）は、少なくとも０．５、または少なくとも０．７５、または約１または少なくとも１である。
【００２４】
別の態様によれば、抗体は、野生型に、そして実質的により高い親和性で変異体ＳｐＡＫＫＡＡまたはＳｐＡＫＫに結合することができ、例えばここで、例えばＳｐＡ−Ｄ（野生型）と比較したＳｐＡ−ＤＫＫＡＡまたはＳｐＡ−ＤＫＫに対する結合により決定されるような解離定数比ＫＤ（ＳｐＡＫＫＡＡ）／ＫＤ（ＳｐＡ）または比ＫＤ（ＳｐＡＫＫ）／ＫＤ（ＳｐＡ）は、少なくとも２、または少なくとも３、または少なくとも４、または少なくとも５である。
【００２５】
抗ＩＧＢＰ抗体の標的抗原は、Ｓ．アウレウスのＳｐＡもしくはＳｂｉのＩｇＧ結合ドメインのいずれか、または本明細書でさらに記載されるようなそのドメインの特定の選択として理解されている。具体的には、少なくともＳｐＡ−ＥならびにＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、ＳｐＡ−Ｄ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩからなる群から選択されるＩＧＢＰドメインのさらに少なくとも１つまたは２つが、ナノモル濃度またはナノモル濃度以下の親和性で認識される。
【００２６】
ＳｐＡおよびＳｂｉのＦｃ結合活性を阻害するそのようなモノクローナル抗体は、血清ＩｇＧのＳ．アウレウスの表面抗原への（それらのＦｃ領域を通した非免疫性結合により不活性化されるのではなく）それらの相補性決定領域（ＣＤＲ）を介した結合を増進することが予想されている。
【００２７】
具体的には、抗体は、ＳｐＡおよび場合によりＳｂｉのＩｇＧ−Ｆｃへの結合に競合する。従って、抗体は、特異的にＩｇＧのＩｇＧ−Ｆｃに対するＩＧＢＰの結合に干渉し、すなわち、ＩＧＢＰの天然のリガンドであるＩｇＧ−Ｆｃに対する結合を阻害し、または結合を低減し、それによりＩＧＢＰの血清免疫グロブリンとの非免疫性相互作用を低減する。具体的には、抗体は、例えば個々のＩＧＢＰドメインの親和性を比較することにより決定されるように、ＳｐＡまたはＳｂｉによるＩｇＧ−Ｆｃの非免疫性結合よりも高い標的抗原（すなわち、ＳｐＡもしくはＳｂｉのいずれかまたはそれぞれのドメイン）に結合する親和性を有する。ＳｐＡまたはＳｂｉによる非免疫性ＩｇＧ−Ｆｃ結合は、以下のコンセンサス配列を含むＩｇＧ−Ｆｃ結合領域により特異的に決定される：
ＳＥＱ  ＩＤ  １４５：
ＱＱＸＡＦＹＸＸＬ
式中、
３位のＸは、Ｎ、Ｓ、またはＫのいずれかであり、
７位のＸは、Ｅ、Ｑ、またはＮのいずれかであり、かつ
８位のＸは、ＩまたはＶのいずれかである。
【００２８】
具体的には、抗体は、食細胞による増進されたオプソニン化貪食作用および殺傷によりスタフィロコッカス・アウレウスに対抗する、またはそれを中和する。抗体のこの活性を決定するための特定の試験は、抗体と共にインキュベーションし、続いて専門の食細胞、例えばヒト好中性穎粒球と共インキュベーションした後、生きた細菌を数え上げることである。次いで、食細胞は、オプソニン化された病原体をＦｃ受容体を介して取り込み、それは、典型的には結果として細菌の内部移行および細胞内での殺傷をもたらす（実施例６参照）。
【００２９】
具体的には、抗体は、異なるＳｐＡおよびＳｂｉバリアント間で交差反応性である。特異的抗体は、株ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６、ＭＳＳＡ４７６、ＪＨ１、Ｎｅｗｍａｎ株、ＪＨ９、ＭＷ２、Ｍｕ３、ＭＲＳＡ２５２、Ｎ３１５、Ｍｕ５０、ＮＣＴＣ８３２５、ＣＯＬ、およびＵＳＡ３００＿ＦＰＲ３７５７からなる群から選択される少なくとも２つの株のＩＧＢＰバリアントに結合することができる。特異的抗体は、少なくとも１つのＭＳＳＡ株および少なくとも１つのＭＲＳＡ株のＩＧＢＰバリアントに結合することができる。特異的抗体は、ＭＲＳＡ株である少なくとも２つの株のＩＧＢＰバリアントに結合することができる。
【００３０】
特定の側面によれば、抗体は、インビトロアッセイにおいて１００：１未満、好ましくは５０：１未満、好ましくは２５：１未満、好ましくは１０：１未満、より好ましくは１：１未満のｍＡｂ：タンパク質比（ｍｏｌ／ｍｏｌ）でＳｐＡおよびＳｂｉの病毒性機能、例えばＦｃおよびＶＨ３結合、フォン・ヴィルブランド因子への結合に対する中和効力を示す。
【００３１】
さらなる特定の側面によれば、抗体は、ヒトおよび非ヒト動物の両方を含む動物においてＳ．アウレウスに結合し、インビボでＳ．アウレウスの病態形成、好ましくは肺炎、菌血症、敗血症、膿瘍、皮膚感染、腹膜炎、カテーテルおよび人工器官（ｐｒｏｔｈｅｔｉｃ）デバイス関連感染ならびに骨髄炎のあらゆるモデルを阻害する。
【００３２】
具体的には、抗体は、完全長モノクローナル抗体、結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含むその抗体フラグメント、または結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含む融合タンパク質であり、特に、ここで抗体は、ランダム化された、または人工のアミノ酸配列を含む非天然存在抗体である。好ましくは、抗体は、ＩＧＢＰまたはＳｐＡのＦｃ、例えばヒトＩｇＧ３への結合を低減するためのマウス、キメラ、ヒト化もしくはヒト抗体、重鎖抗体、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、ｓｃＦｖおよび単一ドメイン抗体、例えばＶＨ、ＶＨＨもしくはＶＬ、好ましくはヒトＩｇＧ１抗体、またはＩｇＧ−Ｆｃ変異を含むヒト抗体からなる群から選択される。
【００３３】
具体的には、抗体は、例えば完全長抗体、重鎖抗体、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、ｓｃＦｖおよび単一ドメイン抗体、例えばＶＨ、ＶＨＨまたはＶＬのいずれかの、可変領域および／または可変ドメインを含み、それは、ＣＤＲおよびＣＤＲ抗原結合部位を通して標的抗原に結合するための構造を含み、さらに例えば（ヒト）フレームワークを含む定常領域および／または定常ドメインを含む。
【００３４】
具体的には、抗体は、少なくとも表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられる抗体重鎖可変領域（ＶＨ）および場合により表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられる抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含み、そのＣＤＲ配列は、Ｋａｂａｔの番号付けシステムに従って示されている。
【００３５】
具体的には、抗体は、少なくとも抗体重鎖可変領域（ＶＨ）および抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含み、その抗体は、表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられ、場合によりさらに表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられ、そのＣＤＲ配列は、Ｋａｂａｔの番号付けシステムに従って示されている。
【００３６】
抗体は、ＶＨ配列のＣＤＲ配列のみにより決定される結合部位を含む抗体、例えばＶＨ抗体または重鎖抗体として提供されることができるが、特定の側面によれば、結合部位は、さらに抗体軽鎖可変領域（ＶＬ）のＣＤＲ配列により決定されることができ、好ましくはそれは、表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列のいずれかまたはその機能的に活性なＣＤＲバリアントを含む。
【００３７】
具体的には、抗体は、ＶＨおよびＶＬ領域を含み、ＣＤＲ結合部位は、ＶＨのＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３ならびにＶＬのＣＤＲ４、ＣＤＲ５、およびＣＤＲ６により特性付けられる。
【００３８】
具体的には、抗体は、表１において列挙されている抗体のいずれかのＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられるＶＨおよび表１において列挙されている抗体のいずれかのＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられるＶＬを含み、そのＣＤＲ配列は、Ｋａｂａｔの番号付けシステムに従って示されている。
【００３９】
具体的には、抗体は、表１において列挙されている抗体のいずれかの６つのＣＤＲ配列または表１において列挙されている抗体のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアントにより特性付けられる。
【００４０】
具体的には、抗体は、図１ｂにおいて列挙されている重鎖配列により特性付けられ、場合によりさらに軽鎖配列により特性付けられる典型的な抗体のいずれかである。具体的には、抗体は、ＳＥＱ  ＩＤ  １５２−１６２のいずれかおよび場合によりＬＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １６３を含む。
【００４１】
具体的には、抗体は、以下のように特性付けられる６つのＣＤＲ配列を含む：
ＶＨ  ＣＤＲ１：ＹＴＦＸＸＸＹＸＨ（ＳＥＱ  ＩＤ  １６４）、式中、
４位のＸ＝Ｔ、Ｒ、Ｑ、Ｐ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｓ、Ａ、Ｍのいずれか；
５位のＸ＝Ｓ、Ｒ、Ａ、Ｅ、Ｈ、Ｌ、Ｇのいずれか；
６位のＸ＝Ｙ、Ｌ、Ｒ、Ｈのいずれか；
８位のＸ＝Ｉ、Ｍのいずれか；
ＶＨ  ＣＤＲ２：ＸＩＮＰＸＸＸＸＴＸＹＡＱＫＦＱＧ（ＳＥＱ  ＩＤ  １６５）、式中、
１位のＸ＝Ｉ、Ｗのいずれか；
５位のＸ＝Ｓ、Ｈ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｍ、Ｇのいずれか；
６位のＸ＝Ｇ、Ｖ、Ｎ、Ｓ、Ｌ、Ｙ、Ｉ、Ｖ、Ｆのいずれか；
７位のＸ＝Ｇ、Ｄのいずれか；
８位のＸ＝Ｓ、Ｈ、Ｎ、Ｒ、Ｇのいずれか；
１０位のＸ＝Ｓ、Ｈ、Ｎのいずれか；
ＶＨ  ＣＤＲ３は、ＳＥＱ  ＩＤ  ３、ＳＥＱ  ＩＤ  ６、ＳＥＱ  ＩＤ  ９、ＳＥＱ  ＩＤ  ２４、ＳＥＱ  ＩＤ  ３６、ＳＥＱ  ＩＤ  ５１、およびＳＥＱ  ＩＤ  １５１からなる群から選択される；
ＶＬ  ＣＤＲ１（ＣＤＲ４）：ＸＡＳＱＸＸＳＸＸＬＸ（ＳＥＱ  ＩＤ  １６６）、式中、
１位のＸ＝Ｒ、Ｑのいずれか；
５位のＸ＝Ｓ、Ｄのいずれか；
６位のＸ＝Ｖ、Ｉのいずれか；
８位のＸ＝Ｓ、Ｎのいずれか；
９位のＸ＝Ｓ、Ｙ、Ｎのいずれか；
１１位のＸ＝Ａ、Ｎのいずれか；
ＶＬ  ＣＤＲ２（ＣＤＲ５）：ＸＡＳＸＸＸＸ（ＳＥＱ  ＩＤ  １６７）、式中、
１位のＸ＝Ｇ、Ａ、Ｄのいずれか；
４位のＸ＝Ｔ、Ｓ、Ｎのいずれか；
５位のＸ＝Ｒ、Ｌのいずれか；
６位のＸ＝Ａ、Ｑ、Ｅのいずれか；
７位のＸ＝Ｔ、Ｓのいずれか；
そして
ＶＬ  ＣＤＲ３（ＣＤＲ６）は、ＳＥＱ  ＩＤ  ６３、ＳＥＱ  ＩＤ  ６６、ＳＥＱ  ＩＤ  ６９、ＳＥＱ  ＩＤ  ８４、ＳＥＱ  ＩＤ  ８７、ＳＥＱ  ＩＤ  ９６、およびＳＥＱ  ＩＤ  １１１からなる群から選択される。
【００４２】
具体的には、抗体は、
ａ）表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＨドメインおよび表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＬドメインを含み；
ｂ）表１において列挙されている抗体のいずれかのＣＤＲ配列（ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６）のセットを含み；
ｃ）表１において列挙されている抗体のいずれかであり；または
ｄ）ａ）〜ｃ）の配列により特性付けられる親抗体の機能的に活性なバリアントであり、
好ましくはここで、
ｉ．機能的に活性なバリアントは、親抗体のＣＤＲ１〜ＣＤＲ６のいずれかの少なくとも１つの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み；かつ／または
ｉｉ．機能的に活性なバリアントは、ＶＨおよびＶＬ配列のいずれかのフレームワーク領域中に少なくとも１つの点変異を含み；
そしてさらにここで、
ｉｉｉ．機能的に活性なバリアントは、親抗体と同じエピトープに結合する特異性を有し；かつ／または
ｉｖ．機能的に活性なバリアントは、親抗体のヒト、ヒト化、キメラもしくはマウスおよび／もしくは親和性成熟バリアントである。
【００４３】
具体的には、抗体は、表１において列挙されているＣＤＲ配列のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み、ここでその機能的に活性なＣＤＲバリアントは、以下：
ａ）親ＣＤＲ配列中の１、２もしくは３個の点変異；および／または
ｂ）親ＣＤＲ配列の４つのＣ末端もしくは４つのＮ末端もしくは４つの中央アミノ酸位置のいずれかにおける１もしくは２個の点変異；および／または
ｃ）親ＣＤＲ配列との少なくとも６０％の配列同一性；
の少なくとも１つを含み、好ましくはここで、機能的に活性なＣＤＲバリアントは、あらゆるＣＤＲ配列中に１または２個の点変異を含む。
【００４４】
具体的には、抗体は、群のメンバーｉ）〜ｖｉ）からなる群から選択され、ここで、
ｉ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  １３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  １４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７５からなり；
ｉｉ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３１からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３２からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３３からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９１からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９２からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９３からなり；
ｉｉｉ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １００のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４０からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４１からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４２からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １００からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０１からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０２からなり；
ｉｖ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０５からなり；
ｖ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４６からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４７からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４８からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０６からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０７からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０８からなり；
そして
ｖｉ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ６０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １２０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５８からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５９からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ６０からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１８からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１９からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １２０からなる。
【００４５】
本発明は、さらに本明細書で記載された抗体の医学的使用およびそれぞれの処置法または医学的使用のための製剤を製造する方法を提供する。
本発明によれば、Ｓ．アウレウス感染またはコロニー形成のリスクがある、またはそれを患っている対象の処置における使用のための抗体であって、対象における感染を制限するためまたは前記の感染の結果もたらされる疾患状態を改善するためまたはＳ．アウレウス疾患の病態形成、例えば肺炎、敗血症、菌血症、創傷感染、膿瘍、手術部位感染、眼内炎、フルンケル症、カルブンケル症、心内膜炎、腹膜炎、骨髄炎もしくは関節感染を阻害するために対象に有効量の抗体を投与することを含む処置における使用のための抗体が、さらに提供される。
【００４６】
本発明によれば、本明細書で記載された抗体を含み、好ましくは非経口または粘膜配合物を含み、場合により薬学的に許容可能なキャリヤーまたは賦形剤を含有する医薬製剤が、さらに提供される。本明細書で記載された抗体の製剤は、特に単離された形態の抗体を、場合により薬学的に許容可能な配合物中に含む。
【００４７】
具体的には、病原性Ｓ．アウレウスに対して、またはＳ．アウレウス感染症に対して保護するための医薬製剤が、提供される。
具体的には、医薬製剤は、抗体を唯一の有効物質として、または他の有効物質（単数または複数）との組み合わせもしくは有効物質（単数または複数）のカクテル、例えば、例えばさらにＳ．アウレウスを標的とする１種類以上のさらなる抗体、例えばＯＰＫ抗体もしくは少なくとも１種類の毒素を標的とする抗体を投与するための組み合わせもしくはカクテルで含むことができる。具体的には、抗体のカクテルは、混合物中の本明細書で記載された１種類以上の抗体および場合によりさらなる有効物質を含む。
【００４８】
本発明によれば、高毒素産生ＭＲＳＡ感染症、例えば壊死性肺炎、ならびにフルンケル症およびカルブンケル症における毒素産生を含め、あらゆるＳ．アウレウス感染症を検出するための診断的使用のための抗体が、さらに提供される。
【００４９】
具体的には、診断的使用のための抗体が、提供され、ここで、対象におけるＳ．アウレウスによる全身感染症が、前記の対象の体液の試料を抗体と接触させることにより生体外で決定され、ここで、抗体の特異的免疫反応が、感染症を決定する。
【００５０】
従って、本発明は、さらに対象におけるＳ．アウレウス感染症を診断するそれぞれの方法に関し、特にここで、対象におけるＳ．アウレウスによる全身感染が、決定される。
本発明によれば、場合により標識を有する抗体および／または標識を有するさらなる診断試薬を含有する本明細書で記載された抗体の診断製剤が、さらに提供される。
【００５１】
本発明によれば、本明細書で記載された抗体をコードする単離された核酸が、さらに提供される。
本発明によれば、本明細書で記載された抗体の軽鎖および／または重鎖を発現するためのコード配列を含む組み換え発現カセットまたはプラスミドが、さらに提供される。
【００５２】
本発明によれば、本明細書で記載された発現カセットまたはプラスミドを含む宿主細胞が、さらに提供される。
特に好ましいのは、宿主細胞およびそのような宿主細胞を利用する生成法であり、その宿主細胞は、以下のものを含む：
−抗体軽鎖を発現するためのコード配列を組み込む本発明のプラスミドまたは発現カセット；および
−抗体重鎖を発現するためのコード配列を組み込む本発明のプラスミドまたは発現カセット。
【００５３】
本発明によれば、さらに本明細書で記載されたような抗体を生成する方法が提供され、ここで、宿主細胞は、前記の抗体を産生する条件下で培養または維持される。
本発明によれば、さらに親抗体の機能的に活性なバリアント抗体を生成する方法が提供され、その親抗体は、表１において列挙されているＣＤＲ配列により特性付けられる抗体のいずれかであり、その方法は、親抗体のフレームワーク領域（ＦＲ）もしくは定常ドメインのいずれかまたはＣＤＲ配列のいずれかにおいて少なくとも１個の点変異を設計してバリアント抗体を得ること、ならびに１０−８Ｍ未満、好ましくは５×１０−９Ｍ未満のＫＤでＳｐＡおよび／またはＳｂｉに結合するその親和性によりバリアント抗体の機能活性を決定することを含み、ここで、機能活性を決定したら、機能的に活性なバリアント抗体が、組み換え生成法による生成のために選択される。
【００５４】
本発明は、さらに以下の工程を含む本明細書で記載されたような抗体を生成する方法を提供する：
（ａ）非ヒト動物を、スタフィロコッカス・アウレウスの野生型ＩＧＢＰの３次元構造で免疫し；
（ｂ）単離されたＢ細胞から不死化された細胞株を形成し；
（ｃ）その細胞株をスクリーニングして、そのＩＧＢＰおよび場合により異なるＳｐＡもしくはＳｂｉドメインまたはバリアントであるさらなるＩＧＢＰに結合するモノクローナル抗体を産生する細胞株を同定し；そして
（ｄ）モノクローナル抗体、またはその抗体のヒト化もしくはヒト形態、またはそのモノクローナル抗体と同じエピトープ結合特異性を有するその誘導体を生成する。
【００５５】
さらなる側面によれば、本発明は、以下の工程を含む、本明細書で記載されたような抗体を生成する方法を提供する：
（ａ）非ヒト動物を、スタフィロコッカス・アウレウスの野生型ＩＧＢＰで免疫し、抗体を産生しているＢ細胞を単離し；
（ｂ）単離されたＢ細胞から不死化された細胞株を形成し；
（ｃ）その細胞株をスクリーニングして、そのＩＧＢＰおよび場合により異なるＳｐＡもしくはＳｂｉドメインまたはバリアントであるさらなるＩＧＢＰに結合するモノクローナル抗体を産生する細胞株を同定し；そして
（ｄ）モノクローナル抗体、またはその抗体のヒト化もしくはヒト形態、またはそのモノクローナル抗体と同じエピトープ結合特異性を有するその誘導体を生成する。
【００５６】
一連の抗体は、本明細書において、実施例の抗体を含め、図１、表１において列挙されている典型的な抗体として記載されている。これらの典型的な抗体および機能的に活性なバリアントは、ＣＤＲバリアント、ＦＲバリアント、マウス、キメラ、ヒト化もしくはヒトバリアント、または本明細書で記載されたようなＶＨおよびＶＬもしくはＨＣ（ＶＨを含む）およびＬＣ（ＶＬを含む）で構成される組み合わせ以外のあらゆる抗体ドメインの組み合わせ、例えば同じＣＤＲ１〜６もしくはＶＨ／ＶＬの組み合わせを含むが様々な源のＦＲ配列を有する抗体を含め（それらに限定されないが）、本特許請求の範囲の対象に含まれることは、理解されている。
【００５７】
本明細書で記載されているのは、ＶＨまたはＶＬ配列の特定の機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで、ＣＤＲ１〜６配列のいずれも、親ＣＤＲにおける少なくとも１個の点変異および少なくとも６０％の配列同一性、または少なくとも７０％、少なくとも８０％、もしくは少なくとも９０％の配列同一性を含む、親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントである。
【００５８】
特定の側面において、本発明は、親抗体として用いられる典型的な抗体のいずれかに由来するような、それぞれの結合配列、例えば可変配列および／またはＣＤＲ配列を含むそのようなバリアント抗体も提供し、ここで、結合配列またはＣＤＲは、親抗体に由来するようなアミノ酸配列に対して少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、または少なくとも８０％、または少なくとも９０％、または少なくとも９５％、または少なくとも９９％の同一性を有する配列を含み、ここで、そのバリアントは、機能的に活性な変異体である。
【００５９】
典型的な抗体のいずれも、親抗体として、そのような親抗体の機能的に活性な抗体バリアントを生成するために用いられることができ、ここで、機能活性は、標的抗原が高い親和性で、例えば１０−８Ｍ未満（例えばＳｐＡ−Ｅ以外のあらゆるＩＧＢＰドメインの場合）、好ましくは５×１０−９Ｍ未満、４×１０−９Ｍ未満、３×１０−９Ｍ未満、２×１０−９Ｍ未満、１０−９Ｍ未満、５×１０−１０Ｍ未満、４×１０−１０Ｍ未満、３×１０−１０Ｍ未満、２×１０−１０Ｍ未満もしくは１０−１０Ｍ未満（例えばＳｐＡ−Ｅの場合）、もしくは好ましくは１０−９Ｍ未満、もしくは好ましくは５×１０−１０Ｍ未満のＫＤで結合される場合、および／またはバリアント抗体の標的抗原への結合が親抗体による結合と競合する、もしくはバリアント抗体が親抗体と同じエピトープに結合する場合に決定される。
【００６０】
機能的に活性なバリアント抗体は、ＶＨもしくはＶＬ配列のいずれかにおいて異なっていることができ、または共通のＶＨおよびＶＬ配列を共有し、かつそれぞれのＦＲにおいて改変を含むことができる。変異誘発により親抗体から得られるバリアント抗体は、当該技術で周知の方法により生成されることができる。
【００６１】
典型的な親抗体は、下記の実施例の節において、そして図１において記載されている。具体的には、本明細書で記載された製剤は、図１において列挙されている親抗体の機能的に活性なバリアントを含むことができる。１以上の改変されたＣＤＲ配列を有するバリアントが、設計されることができる。
【００６２】
図１において列挙されているＣＤＲの組み合わせまたは異なるＣＤＲの組み合わせが、その抗体がなお機能的に活性である限り、用いられることができる。
具体的には、本明細書で記載されたような抗体は、図１において列挙されている抗体のいずれかのＣＤＲ１〜６を含む。しかし、代替の態様によれば、抗体は、異なるＣＤＲの組み合わせを含むことができ、例えばここで、図１において列挙されている抗体は、図１において列挙されている抗体のいずれかの、ある抗体の少なくとも１個のＣＤＲ配列、例えば１、２、３、４、５、または６個のＣＤＲ配列および異なる抗体の少なくとも１個のさらなるＣＤＲ配列を含む。特定の例によれば、抗体は、１、２、３、４、５、または６個のＣＤＲ配列を含み、ここでそのＣＤＲ配列は、１より多くの抗体、例えば２、３、４、５、または６個の異なる抗体のＣＤＲの組み合わせである。例えば、ＣＤＲ配列は、好ましくは図１において列挙されている抗体のいずれかのＣＤＲ１〜３の１、２、または３個全ておよび図１において列挙されている同じまたはいずれかの他の抗体のＣＤＲ４〜６の１、２、または３個全てを含むように組み合わせられることができる。
【００６３】
ＣＤＲ１、２、および３と番号付けされたＣＤＲは、ＶＨドメインの結合領域を表し、そしてＣＤＲ４、５、よび６は、ＶＬドメインの結合領域を表すことは、本明細書において特に理解されている。
【００６４】
具体的には、機能的に活性なバリアントは、親抗体、例えば図１において列挙されている抗体のいずれかと、アミノ酸配列中の少なくとも１個の点変異において異なっている。具体的には、その少なくとも１個の点変異は、１個以上のアミノ酸のアミノ酸置換、欠失および／または挿入のいずれかである。
【００６５】
具体的には、ＣＤＲ配列は、例えば機能的に活性なＣＤＲバリアントを得るための少なくとも１個の点変異を含むことができ、例えばここで、ＣＤＲアミノ酸配列のそれぞれにおける点変異の数は、０、１、２または３のいずれかである。
【００６６】
具体的には、抗体は、それぞれのＣＤＲ配列、または例えば１個のＣＤＲループ内に、例えば５〜１８アミノ酸のＣＤＲの長さの範囲内に、例えば５〜１５アミノ酸もしくは５〜１０アミノ酸のＣＤＲ領域内に１、２もしくは３個の点変異を有する機能的に活性なＣＤＲバリアントを含むＣＤＲ変異体を用いて、そのような抗体から得られる。あるいは、機能的に活性なＣＤＲバリアントを含む抗体を提供するために、１個のＣＤＲループ内に、例えば５アミノ酸未満のＣＤＲの長さの範囲内に１〜２個の点変異が存在することができる。特定のＣＤＲ配列、例えばＣＤＲ２またはＣＤＲ５配列は、短い可能性がある。特定の態様によれば、機能的に活性なＣＤＲバリアントは、４または５アミノ酸未満からなるあらゆるＣＤＲ配列中に１または２個の点変異を含む。
【００６７】
特異的抗体は、例えば抗体の親和性を例えば親和性成熟により向上させるように、および／または親抗体により標的とされているエピトープと同じエピトープもしくはその付近のエピトープを標的とするように（エピトープシフト）、ＣＤＲが変異した抗体として提供される。
【００６８】
特定の側面によれば、本明細書で記載された抗体は、ＣＤＲおよびフレームワーク配列を含み、ここで、ＣＤＲおよびフレームワーク配列の少なくとも１つは、ヒト、ヒト化、キメラ、マウスまたは親和性成熟配列を含み、好ましくはここで、フレームワーク配列は、ＩｇＧ抗体の、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、もしくはＩｇＧ４亜型の、またはＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、ＩｇＥ、もしくはＩｇＭ抗体のものである。
【００６９】
特異的抗体は、例えば親抗体の製造可能性または耐容性を向上させるために、例えば低い免疫原可能性を有する向上した（変異した）抗体、例えば親抗体と比較してＣＤＲ配列および／またはフレームワーク配列のいずれかにおいて変異を有するヒト化抗体を提供するために、フレームワークが変異した抗体として提供される。
【図面の簡単な説明】
【００７０】
【図１−１】図１ａ  表１  表１ａ：ＶＨ  ＣＤＲ配列；  表１ｂ：ＶＬ  ＣＤＲ配列。  本明細書で用いられている命名法は、以下の意味を有するものとする：  ＶＨ  ＣＤＲ１＝ＣＤＲ１  ＶＨ  ＣＤＲ２＝ＣＤＲ２  ＶＨ  ＣＤＲ３＝ＣＤＲ３  ＶＬ  ＣＤＲ４＝ＣＤＲ４＝ＶＬ  ＣＤＲ１  ＶＬ  ＣＤＲ５＝ＣＤＲ５＝ＶＬ  ＣＤＲ２  ＶＬ  ＣＤＲ６＝ＣＤＲ６＝ＶＬ  ＣＤＲ３  表１ｃ：選択されたｍＡｂのＳｐＡ−ＥおよびＳｐＡ野生型対ＳｐＡ変異体に結合する親和性：  親和性は、以下のように測定された。ビオチン化ＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−ＤおよびＳｐＡ−ＤＫＫＡＡが、実施例１において記載されているように生成され、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントが、実施例２において記載されているように酵母またはＣＨＯ由来のＩｇＧからペプシン消化により生成された。ｍＡｂのＳｐＡドメインへの結合は、ＦｏｒｔｅＢｉｏ  Ｏｃｔｅｔ  Ｒｅｄ機器［Ｐａｌｌ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ］を用いて干渉測定により測定され；ビオチン化抗原（５μｇ／ｍｌ）が、ストレプトアビジンセンサー上に約２ｎｍのセンサー装填（ｌｏａｄｉｎｇ）を与えるように固定された。抗体Ｆ（ａｂ’）２フラグメント（５０ｎｍ；ＳｐＡ−Ｅによる酵母由来材料に関して１００ｎＭ）の溶液（ＰＢＳ、ｐＨ７．２＋１％ＢＳＡ）中における会合および解離が、３０℃において会合相に関して１０分間（ＳｐＡ−Ｅによる酵母由来材料に関して５分間）および解離相に関して５分間（ＳｐＡ−Ｅによる酵母由来材料に関して３分間）測定された。解離定数（ＫＤ値）が、会合および解離相をＯｃｔｅｔデータ分析ソフトウェアバージョン７を用いて１：１結合モデルに同時に当てはめることにより決定された速度論パラメーター（ｋｏｎおよびｋｏｆｆ）に基づいて計算された。ＷＴ対ＫＫＡＡ変異体ＳｐＡ−Ｄへの向上した結合が、ＫＤ比として表されている。ＮＢは、ＳｐＡ−Ｄ変異体への結合がないことを示している。
【図１−２】同上。
【図１−３】同上。
【図１−４】同上。
【図１−５】図１ｂ  選択されたｍＡｂの完全長配列  選択された抗体の重鎖が、列挙されている（ＳＥＱ  ＩＤ  １５２〜１６２）。全ての抗体は、軽鎖１０９０１（ＳＥＱ  ＩＤ  １６３）を共有している。  １０８９５  ＨＣ：ＳＥＱ  ＩＤ  １５２  １０８９５  ＨＣ  ＣＨＯ（Ｑ１Ｅ  ΔＫ）：ＳＥＱ  ＩＤ  １５３  １０８９８  ＨＣ：ＳＥＱ  ＩＤ  １５４  １０８９８  ＨＣ  ＣＨＯ（Ｑ１Ｅ  ΔＫ）：ＳＥＱ  ＩＤ  １５５  １０８９９  ＨＣ：ＳＥＱ  ＩＤ  １５６  １０８９９  ＨＣ  ＣＨＯ（Ｑ１Ｅ  ΔＫ）：ＳＥＱ  ＩＤ  １５７  １０９０１  ＨＣ：ＳＥＱ  ＩＤ  １５８  １０９０１  ＨＣ  ＣＨＯ（Ｑ１Ｅ  ΔＫ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５９  １０９０１  ＨＣ  ＣＨＯ  ＱＲＦ  ＳＥＱ  ＩＤ  １６０  １０９０１  ＨＣ  ＣＨＯ  ＲＦ  ＳＥＱ  ＩＤ  １６１  １０９０１  ＨＣ  ＣＨＯ  Ｒ  ＳＥＱ  ＩＤ  １６２  １０９０１  ＬＣ  ＳＥＱ  ＩＤ  １６３
【図１−６】同上。
【図１−７】同上。
【図２−１】ＩＧＢＰ配列。以下のＩＧＢＰドメインの配列は、抗原の部位特異的標識を容易にするためにＣ末端ＧＧＣタグを含有する。本明細書で提供された配列は、ＧＧＣタグを有する、または有しないＩＧＢＰドメインのアミノ酸配列を表していることは、理解されている。  ＳＥＱ  ＩＤ  １２１．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １２２．ＭＳＳＡ４７６株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １２３．ＪＨ１株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １２４．Ｎｅｗｍａｎ株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １２５．ＪＨ９株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １２６．ＭＷ２株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １２７．ＭＲＳＡ２５２株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １２８．Ｍｕ３株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １２９．Ｎ３１５株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３０．Ｍｕ５０株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３１．ＮＣＴＣ８３２５株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３２．ＣＯＬ株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３３．ＵＳＡ３００＿ＦＰＲ３７５７株のＳｐＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３４．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｂｉアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３５．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｐＡドメインＡアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３６．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｐＡドメインＢアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３７．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｐＡドメインＣアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３８．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｐＡドメインＤアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １３９．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｐＡドメインＥアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １４０．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｂｉドメインＩアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １４１．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｂｉドメインＩＩアミノ酸配列  ＳＥＱ  ＩＤ  １４２．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｐＡドメインＥアミノ酸配列のＳｐＡ−ＥＫＫＡＡ変異体  ＳＥＱ  ＩＤ  １４３．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｐＡドメインＤアミノ酸配列のＳｐＡ−ＤＫＫＡＡ変異体  ＳＥＱ  ＩＤ  １４４．ＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株のＳｐＡドメインＤアミノ酸配列のＳｐＡ−ＤＫＫ変異体。
【図２−２】同上。
【図２−３】同上。
【図２−４】同上。
【図２−５】同上。
【図３】ＳｐＡおよびＳｂｉのドメイン構造。実施例１において記載されるＳｐＡおよびＳｂｉのドメイン組織化の概略図。
【図４】ＳｐＡおよびＳｂｉのＩｇＧ結合ドメイン間の配列相同性：実施例１において記載されるＵＳＡ３００  ＴＣＨ１５１６株からの５つのＳｐＡおよび２つのＳｂｉドメインのパーセント配列同一性。
【図５−１】実施例２において記載される抗ＳｐＡ（Ａ）ナイーブおよび（Ｂ）親和性成熟ｍＡｂ  Ｆ（ａｂ’）２フラグメント（（Ａ）および（Ｂ）においてそれぞれ１００および５０ｎＭ）のＩｇＧ結合ドメインＳｐＡ−Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、ＥおよびＳｂｉ−Ｉへの結合反応。
【図５−２】同上。
【図６】実施例２において記載される親和性成熟抗ＳｐＡ  ｍＡｂ  Ｆ（ａｂ’）２およびＦａｂフラグメント（１００ｎＭ）の向上した結合反応（Ａ）および親和性（Ｂ）。
【図７】実施例３において記載される抗ＳｐＡ  ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントの生きたＳ．アウレウスへの結合。
【図８】実施例３において記載されるように、抗ＳｐＡ  Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは生きたＳ．アウレウス野生型には特異的に結合するが、ΔｓｐＡΔｓｂｉには特異的に結合しない。
【図９】実施例３において記載される、親和性成熟子孫抗ＳｐＡ  Ｆ（ａｂ’）２フラグメントの生きたＳ．アウレウス細胞の表面への親系列と比較して向上した結合。
【図１０】実施例４において記載される、ｆｏｒｔeＢｉｏ分析による抗ＳｐＡ  Ｆ（ａｂ’）２フラグメント（１００ｎＭ）による非ＶＨ３ヒトＩｇＧ（６６．７μＭ）のＳｐＡへの結合の阻害。
【図１１】実施例４において記載される、フローサイトメトリーベースのアッセイにおける抗ＳｐＡ  Ｆ（ａｂ’）２によるヒトＩｇＧのＳ．アウレウスへの結合の阻害。
【図１２】実施例５において記載される、ヒト血清ＩｇＧの存在下での直接標識された抗ＳｐＡ完全ＩｇＧのＳ．アウレウスへの結合。
【図１３】実施例５において記載される、ヒト血清ＩｇＧの存在下での親和性向上抗ＳｐＡ完全ＩｇＧのＳ．アウレウスへの増大した結合。
【図１４】実施例６において記載される、ＰＭＮオプソニン化貪食作用アッセイにおけるＳ．アウレウスの特異的ＳｐＡ依存性の殺傷。
【図１５】実施例７において記載される、Ｓ．アウレウスに誘導されるマウス菌血症／敗血症モデルにおける抗ＳｐＡ  ｍＡｂによる保護。
【発明を実施するための形態】
【００７１】
用語“抗体”は、本明細書で用いられる際、抗体ドメインからなる、またはそれを含むポリペプチドまたはタンパク質を指すものとし、それは、リンカー配列を含む、または含まない免疫グロブリンの重鎖および／または軽鎖の定常および／または可変ドメインとして理解されている。ポリペプチドは、ループ配列により連結された抗体ドメイン構造の少なくとも２個のベータストランドからなるベータバレル構造を含む場合、抗体ドメインとみなされる。抗体ドメインは、天然の構造のものであることができ、または例えば抗原結合特性もしくはあらゆる他の特性、例えば安定性もしくは機能的特性、例えばＦｃ受容体ＦｃＲｎおよび／もしくはＦｃガンマ受容体への結合を改変するために変異誘発もしくは誘導体化により改変されていることもできる。
【００７２】
本明細書で用いられる抗体は、１以上の抗原またはそのような抗原の１以上のエピトープに結合するための特異的結合部位、特に単一の可変抗体ドメイン、例えばＶＨ、ＶＬもしくはＶＨＨのＣＤＲ結合部位、または可変抗体ドメインの対、例えばＶＬ／ＶＨ対、ＶＬ／ＶＨドメイン対および定常抗体ドメインを含む抗体、例えばＦａｂ、Ｆ（ａｂ’）、（Ｆａｂ）２、ｓｃＦｖ、Ｆｖ、もしくは完全長抗体の結合部位を含む特異的結合部位を有する。
【００７３】
用語“抗体”は、本明細書で用いられる際、特に例えばＩｇＧ型（例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４亜型）、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭ抗体の単一の可変抗体ドメイン、例えばＶＨ、ＶＬもしくはＶＨＨ、または連結配列もしくはヒンジ領域を含むかもしくは含まない可変および／もしくは定常抗体ドメインの組み合わせ（可変抗体ドメインの対、例えばＶＬ／ＶＨ対、ＶＬ／ＶＨドメイン対および定常抗体ドメインを含むかもしくはそれからなる抗体、例えば重鎖抗体、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）、（Ｆａｂ）２、ｓｃＦｖ、Ｆｄ、Ｆｖ、もしくは完全長抗体を含む）を含むかまたはそれからなる抗体形式を指す。用語“完全長抗体”は、天然存在抗体単量体中に一般的に見られるＦｃドメインおよび他のドメインの少なくともほとんどを含むあらゆる抗体分子を指して用いられることができる。この句は、本明細書において、個々の抗体分子が抗体フラグメントではないことを強調するために用いられている。
【００７４】
用語“抗体”は、特に単離された形態の抗体を含むものとし、それは、異なる標的抗原に対して向けられた、または抗体ドメインの異なる構造配置を含む他の抗体を実質的に含まない。なお、単離された抗体は、単離された抗体の例えば少なくとも１種類の他の抗体、例えば異なる特異性を有するモノクローナル抗体または抗体フラグメントとの組み合わせを含有する組み合わせ製剤中に含まれることができる。
【００７５】
用語“抗体”は、ヒト種を含む動物、例えばヒト、マウス、ウサギ、ヤギ、ラマ、ウシおよびウマを含む哺乳類、または鳥類、例えば雌鳥由来の抗体に適用されるものとし、その用語は、特に動物由来の配列、例えばヒト配列に基づく組み換え抗体を含むものとする。
【００７６】
用語“抗体”は、さらに異なる種由来の配列、例えばマウスおよびヒト由来の配列を有するキメラ抗体に適用される。
用語“キメラ”は、抗体に関して用いられる際、重鎖および軽鎖のアミノ酸配列のそれぞれの一部分が特定の種由来の抗体または特定のクラスに属する抗体における対応する配列に相同性であり、一方でその鎖の残りの区分が別の種またはクラスにおける対応する配列に相同性である抗体を指す。典型的には、軽鎖および重鎖両方の可変領域は、ある哺乳類種由来の抗体の可変領域を模しており、一方で定常部分は、別の種由来の抗体の配列に相同性である。例えば、可変領域は、例えばヒト細胞調製物由来の定常領域との組み合わせで、非ヒト宿主生物からの容易に利用可能なＢ細胞またはハイブリドーマを用いる現在既知の源に由来することができる。
【００７７】
用語“抗体”は、さらにヒト化抗体に適用されることができる。
用語“ヒト化”は、抗体に関して用いられる際、実質的に非ヒト種からの免疫グロブリンに由来する抗原結合部位を有する分子を指し、ここで、その分子の残りの免疫グロブリン構造は、ヒト免疫グロブリンの構造および／または配列に基づいている。抗原結合部位は、定常ドメイン上に融合した完全な可変ドメインを含むか、または可変ドメイン中の適切なフレームワーク領域上に移植された相補性決定領域（ＣＤＲ）のみを含むかのどちらであることもできる。抗原結合部位は、野生型であるか、または例えば１以上のアミノ酸置換により改変されていることができ、好ましくはヒトの免疫グロブリンにより近く似るように改変されていることができる。ヒト化抗体のある形態は、全てのＣＤＲ配列を保持している（例えば、マウス抗体からの６個のＣＤＲ全部を含有するヒト化マウス抗体）。他の形態は、元の抗体に関して変更されている１個以上のＣＤＲを有する。
【００７８】
用語“抗体”は、さらにヒト抗体に適用される。
用語“ヒト”は、抗体に関して用いられる際、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列由来の可変および定常領域を有する抗体を含むように理解されている。本明細書で記載されるようなヒト抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列によりコードされていないアミノ酸残基（例えば、インビトロでランダムもしくは部位特異的変異誘発により、またはインビボで体細胞突然変異により導入された変異）を、例えばＣＤＲ中に含むことができる。ヒト抗体は、ヒト免疫グロブリンライブラリーから、または１以上のヒト免疫グロブリンに関してトランスジェニックである動物から単離された抗体を含む。
【００７９】
用語“抗体”は、特にあらゆるクラスまたは下位クラスの抗体に適用される。それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体は、抗体ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭの主なクラスに割り当てられることができ、これらのいくつかは、さらに下位クラス（イソ型）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、およびＩｇＡ２に分けられることができる。
【００８０】
その用語は、さらに、モノクローナルまたはポリクローナル抗体、特に組み換え抗体に適用され、その用語は、組み換え手段により調製、発現、作製または単離される全ての抗体および抗体構造、例えば動物、例えばヒトを含む哺乳類由来の抗体を含み、それは、異なる由来からの遺伝子または配列、例えばマウス、キメラ、ヒト化抗体、またはハイブリドーマ由来の抗体を含む。さらなる例は、抗体を発現するように形質転換された宿主細胞から単離された抗体、または抗体もしくは抗体ドメインの組み換えコンビナトリアルライブラリーから単離された抗体、または抗体遺伝子配列の他のＤＮＡ配列へのスプライシングを含むあらゆる他の手段により調製、発現、作製もしくは単離された抗体を指す。
【００８１】
用語“抗体”は、抗体の誘導体、特に機能的に活性な誘導体も指すことは、理解されている。抗体誘導体は、１以上の抗体ドメインもしくは抗体のあらゆる組み合わせおよび／または融合タンパク質として理解されており、ここで、抗体のあらゆるドメインは、１以上の他のタンパク質、例えば他の抗体、例えばＣＤＲループ、受容体ポリペプチドだけなくリガンド、骨格タンパク質、酵素、毒素等も含む結合構造のあらゆる位置において融合していることができる。抗体の誘導体は、様々な化学的技法、例えば共有結合カップリング、静電相互作用、ジスルフィド結合等による他の物質への会合または結合により得られることができる。抗体に結合する他の物質は、脂質、炭水化物、核酸、有機および無機分子またはそのあらゆる組み合わせ（例えばＰＥＧ、プロドラッグまたは薬物）であることができる。特定の態様において、抗体は、生物学的に許容可能な化合物との特異的相互作用を可能にする追加のタグを含む誘導体である。本発明において使用可能なタグに関して、それが抗体のその標的に対する結合への負の影響を有しない、または許容可能な負の影響を有する限り、特定の制限は存在しない。適切なタグの例は、Ｈｉｓタグ、Ｍｙｃタグ、ＦＬＡＧタグ、Ｓｔｒｅｐ−ｔａｇ、カルモジュリンタグ、ＧＳＴタグ、ＭＢＰタグ、およびＳタグを含む。別の特定の態様において、抗体は、標識を含む誘導体である。用語“標識”は、本明細書において用いられる際、“標識された”抗体を生成するために抗体に直接または間接的にコンジュゲートしている検出可能な化合物または組成物を指す。標識は、それ自体が検出可能であることができ（例えば放射性同位体標識または蛍光標識）、または酵素標識の場合には、検出可能である基質化合物もしくは組成物の化学的変化を触媒することもできる。
【００８２】
本明細書で記載される好ましい誘導体は、抗原結合に関して機能的に活性であり、誘導体化されていない抗体と同様に、好ましくはＳ．アウレウスを中和する効力を有し、かつ／またはそれは防御抗体である。
【００８３】
親抗体または抗体配列、例えば親ＣＤＲまたはＦＲ配列由来の抗体は、本明細書において特に、例えばインシリコもしくは組み換え工学により、またはそうでなければ化学的誘導体化もしくは合成により得られた変異体またはバリアントとして理解されている。
【００８４】
具体的には、本明細書で記載された抗体由来の抗体は、そのＣＤＲ領域またはＣＤＲバリアントの少なくとも１個以上、例えば重鎖可変領域の少なくとも３個のＣＤＲおよび／または軽鎖可変領域の少なくとも３個のＣＤＲを、そのＣＤＲもしくはＦＲ領域の少なくとも一方における、またはＨＣもしくはＬＣの定常領域における少なくとも１個の点変異を伴って含むことができ、機能的に活性であり、それは例えば標的抗原に対する本質的に同じまたは向上した結合特徴により決定される。
【００８５】
用語“抗体”は、親ＣＤＲ配列の機能的に活性なＣＤＲバリアントを含む抗体および親抗体の機能的に活性なバリアント抗体を含む抗体のバリアントも指すことは、理解されている。
【００８６】
用語“バリアント”は、例えば、特に例えば抗体の安定性、エフェクター機能もしくは半減期を操作するために定常ドメインにおいて、または例えば当該技術で利用可能な親和性成熟技法により抗原結合特性を向上させるために可変ドメインにおいて特定の抗体アミノ酸配列もしくは領域を削除する、交換する、その中に挿入断片を導入する、またはアミノ酸配列を化学的に誘導体化するための変異誘発法により得られた抗体、例えば変異体抗体または抗体のフラグメントを特に指すものとする。例えばランダム化技法により得られる所望の位置における点変異を含め、既知の変異誘発法のいずれが用いられることもできる。ある場合には、位置は、例えば抗体配列をランダム化するために可能なアミノ酸の全てまたは好ましいアミノ酸の選択のどちらかにより、ランダムに選ばれる。用語“変異誘発”は、ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を変更するためのあらゆる当該技術で認識されている技法を指す。好ましいタイプの変異誘発は、エラープローンＰＣＲ変異誘発、飽和変異誘発、または他の部位特異的変異誘発を含む。
【００８７】
用語“バリアント”は、特に機能的に活性なバリアントを包含するものとする。
ＣＤＲ配列の“機能的に活性なバリアント”という用語は、本明細書で用いられる際、“機能的に活性なＣＤＲバリアント”として理解され、抗体の“機能的に活性なバリアント”は、本明細書で用いられる際、“機能的に活性な抗体バリアント”として理解される。機能的に活性なバリアントは、１個以上のアミノ酸の挿入、削除もしくは置換によるこの配列（親抗体または親配列）の改変、またはアミノ酸配列中の１個以上のアミノ酸残基、もしくはヌクレオチド配列内の１個以上のヌクレオチドの化学的誘導体化、または当該配列の遠位端のいずれかもしくは両方での化学的誘導体化、例えばＣＤＲ配列において、Ｎ末端および／またはＣ末端の１、２、３、もしくは４個のアミノ酸、および／または中央の（すなわちＣＤＲ配列の中央における）１、２、３、もしくは４個のアミノ酸の化学的誘導体化の結果としてもたらされる配列で、その改変は、この配列の活性に影響を及ぼさず、特にそれを損なわないことを意味する。選択された標的抗原に対する特異性を有する結合部位の場合、抗体の機能的に活性なバリアントは、なお予め決定された結合特異性を有するであろうが、これは、例えば特定のエピトープに対する細かい特異性、親和性、結合力、ＫｏｎまたはＫｏｆｆ比等を変更するように、変更されていることができるであろう。例えば、親和性成熟抗体は、特に機能的に活性なバリアント抗体として理解されている。従って、親和性成熟抗体中の改変されたＣＤＲ配列は、機能的に活性なＣＤＲバリアントとして理解されている。例えば親抗体よりも多くのＩＧＢＰドメイン（例えば異なる株由来の異なるタイプのドメインまたはドメインバリアント）を標的とするように交差特異性を広げるような、または標的の１以上とのその反応性を増大させるようなさらなる改変が、変異誘発によりなされることができる。機能活性の特定の指標は、ＩＧＢＰのいずれかの天然のリガンド、すなわちＩｇＧ−Ｆｃまたは血清免疫グロブリンへの結合を阻害するような競合的結合と考えられる。
【００８８】
本明細書で記載された好ましい抗体は、個々の標的抗原（個々のＩＧＢＰドメイン）に高い親和性で、特に結合の高いオン速度および／もしくは低いオフ速度または高い結合力で結合している。抗体の結合親和性は、通常は解離定数（ＫｄまたはＫＤ）として知られる抗原結合部位の半分が占められる抗体の濃度に関して特性付けられる。通常、ＫＤ＜１０−８Ｍ、好ましくはＫＤ＜５×１０−９Ｍ、さらにもっと好ましくはＫＤ＜１０−９Ｍ、またはＫＤ＜５×１０−１０Ｍ、またはＫＤ＜１０−１０Ｍを有する結合剤は、高親和性結合剤とみなされる。
【００８９】
なお、特に好ましい態様において、個々の抗原結合親和性は、例えば少なくとも２つの抗原への結合の際に、中程度の親和性であり、例えば１０−６Ｍ未満であり１０−８ＭまでのＫＤを有する。
【００９０】
中程度の親和性の結合剤は、本発明に従って、好ましくは必要に応じて親和性成熟プロセスと合わせて提供されることができる。
親和性成熟は、それにより標的抗原に関する増大した親和性を有する抗体が生成されるプロセスである。当該技術で利用可能な親和性成熟ライブラリーを調製および／または使用するあらゆる１以上の方法が、本明細書で開示される本発明の様々な態様に従って親和性成熟抗体を生成するために用いられることができる。典型的なそのような親和性成熟法および使用、例えばランダム変異誘発、細菌変異誘発株継代、部位特異的変異誘発、変異ホットスポットターゲッティング（ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｈｏｔｓｐｏｔｓ  ｔａｒｇｅｔｉｎｇ）、倹約変異誘発（ｐａｒｓｉｍｏｎｉｏｕｓ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）、抗体シャフリング（ｓｈｕｆｆｌｉｎｇ）、軽鎖シャフリング、重鎖シャフリング、ＣＤＲ１および／またはＣＤＲ１変異誘発、ならびに本明細書で開示されている本発明の様々な態様に従う方法および使用の実施を受け入れられる親和性成熟ライブラリーを生成および使用する方法は、例えば、以下：Prassler et al. (2009); Immunotherapy, Vol. 1(4), pp. 571-583; Sheedy et al. (2007), Biotechnol. Adv., Vol. 25(4), pp. 333-352；国際公開第２０１２／００９５６８号；国際公開第２００９／０３６３７９号；国際公開第２０１０／１０５２５６号；米国特許出願公開第２００２／０１７７１７０号；国際公開第２００３／０７４６７９号において開示されている方法を含む。
【００９１】
アミノ酸変異誘発を含むか、或いは免疫グロブリン遺伝子分節中の体細胞突然変異の結果として、抗体の構造変化により、抗原への結合部位のバリアントが生成され、より大きい親和性に関して選択される。親和性成熟抗体は、親抗体よりも数対数倍（ｌｏｇｆｏｌｄ）大きい親和性を示し得る。単一の親抗体が、親和性成熟を受けることができる。あるいは、標的抗原に対する類似の結合親和性を有する抗体のプールが、親和性成熟した単一の抗体またはそのような抗体の親和性成熟したプールを得るために変更される親構造として考えられることができる。
【００９２】
本明細書で記載される抗体の好ましい親和性成熟バリアントは、結合の親和性において少なくとも２倍の増大、好ましくは少なくとも５倍、好ましくは少なくとも１０倍、好ましくは少なくとも５０倍、または好ましくは少なくとも１００倍の増大を示す。親和性成熟は、結合親和性ＫＤ＜１０−８Ｍの特異的標的結合特性を有する本発明の抗体を得るための親分子のそれぞれのライブラリー（いずれも中程度の結合親和性を有する抗体を用いる）を用いる選択キャンペーン（ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ｃａｍｐａｉｇｎｓ）の過程で用いられることができる。あるいは、親和性は、本発明に従う抗体の親和性成熟により、１０−９Ｍ未満、好ましくは１０−１０Ｍ未満、またはさらには１０−１１Ｍ未満、最も好ましくはピコモル濃度範囲のＫＤに対応する高い値を得るように、さらにもっと増大させられることができる。
【００９３】
特定の態様において、結合親和性は、親和性ＥＬＩＳＡアッセイにより決定される。特定の態様において、結合親和性は、ＢＩＡｃｏｒｅ、ＦｏｒｔｅＢｉｏまたはＭＳＤアッセイにより決定される。特定の態様において、結合親和性は、速度論的方法により決定される。特定の態様において、結合親和性は、平衡／溶液法により決定される。
【００９４】
機能活性は、好ましくは抗体のオプソニン化貪食殺傷活性を決定するためのアッセイにおいて決定され、例えば生存度または細菌細胞の減少を測定することによる標準的なＯＰＫアッセイにおいて決定される。保護を決定するための特定の試験は、例えば実施例の節において記載されているような、マウス菌血症または敗血症モデルにおけるインビトロＯＰＫアッセイまたはインビボ有効性試験である。
【００９５】
典型的には、バリアントの機能活性は、それらが比較可能な（親または非改変）抗体と実質的に同じ機能活性または実質的に同じ生物学的活性を示す場合に証明される。
用語“実質的に同じ機能活性”または“実質的に同じ生物学的活性”は、本明細書で用いられる際、実質的に同じ活性が、比較可能な抗体または親抗体に関して決定された活性の少なくとも２０％、少なくとも５０％、少なくとも７５％、少なくとも９０％、例えば少なくとも１００％、または少なくとも１２５％、または少なくとも１５０％、または少なくとも１７５％、または例えば２００％までであることにより示されるような活性を指す。
【００９６】
野生型または変異体ＩＧＢＰドメイン、例えばＩＧＢＰＫＫもしくはＩＧＢＰＫＫＡＡドメインへの結合に関する用語“実質的に同じ結合親和性”は、例えば同じタイプの抗体および同じタイプの抗原を用いる同じアッセイにおいてｋｏｆｆおよびｋｏｎおよびＫＤの比較可能な結果をそれぞれもたらすことが決定されるようなＫＤにより表される親和性として理解され、ここで、ＫＤの差は、２倍未満または４倍未満である。
【００９７】
本明細書で提供される実施例によれば、親和性測定は、以下のように実施される：親和性測定は、組み換えＩＧＢＰドメインを抗原として用いる干渉測定により実施され、抗体は、ＣＤＲ結合部位による抗原の結合の親和性を決定するためにＦ（ａｂ’）２またはＦ（ａｂ）フラグメントとして生成される。Ｆ（ａｂ’）２またはＦ（ａｂ）フラグメントは、組み換え宿主により発現され、場合により親和性測定に干渉し得る混入物質を避けるためにさらに精製される。抗体がＩｇＧとして生成されてＦ（ａｂ’）２調製物を得るためにペプシンによりさらに消化される場合、Ｆ（ａｂ’）２調製物は、場合により親和性測定に干渉し得る混入しているＦｃフラグメントを避けるために精製される。
【００９８】
本明細書で提供される特定の実施例によれば、親和性測定は、ＦｏｒｔｅＢｉｏ  Ｏｃｔｅｔ  Ｒｅｄ機器［Ｐａｌｌ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ］を用いる干渉測定により実施され；ビオチン化された抗原が、ストレプトアビジンセンサー上に、約２ｎｍのセンサー装填（ｌｏａｄｉｎｇ）を与えるように固定された。抗体Ｆ（ａｂ’）２またはＦ（ａｂ）フラグメント（それぞれ５０〜１００および１００〜２００ｎＭ）の溶液（ＰＢＳ、ｐＨ７．２＋１％ＢＳＡ）中における会合および解離が、３０℃において会合相に関して３〜１０分間および解離相に関して３〜３０分間測定された。解離定数（ＫＤ値）が、会合および解離相をＯｃｔｅｔデータ分析ソフトウェアバージョン７を用いて１：１結合モデルに同時に当てはめることにより決定された速度論パラメーター（ｋｏｎおよびｋｏｆｆ）に基づいて計算された。ビオチン化ＳｐＡおよびＳｂｉドメイン（ＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、ＳｐＡ−Ｄ、ＳｐＡ−Ｅ、Ｓｂｉ−ＩおよびＳｂｉ−ＩＩ）は、実施例１において記載されるように生成され、Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは、実施例２において記載されるように酵母および／またはＣＨＯ由来のＩｇＧからペプシン消化により生成された。
【００９９】
本明細書で記載された好ましいバリアントまたは誘導体は、抗原結合に関して機能的に活性であり、好ましくはそれは、個々の標的に特異的に結合し、かつ標的抗原ではない他の抗原には有意に結合しない（例えば少なくとも２対数、好ましくは少なくとも３対数のＫＤ値の差を有する）効力を有する。機能的に活性なバリアントによる抗原結合は、典型的には損なわれず、親抗体もしくは配列または配列バリアントを含む抗体とおよそ実質的に同じ結合親和性（例えば２対数未満、好まくは３対数未満のＫＤ値の差を有する）に相当するが、さらに親和性が向上している（例えば少なくとも１対数、好ましくは少なくとも２対数のＫＤ値の差を有する）可能性がある。
【０１００】
好ましい態様において、親抗体の機能的に活性なバリアントは、
ａ）抗体の生物学的に活性なフラグメントであり、そのフラグメントは、その分子の配列の少なくとも５０％、好ましくは少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％、最も好ましくは少なくとも９７％、９８％もしくは９９％を含み；
ｂ）少なくとも１アミノ酸の置換、付加および／もしくは欠失によりその抗体から得られ、ここで、機能的に活性なバリアントは、その分子もしくはその一部、例えば抗体に対して少なくとも５０％の配列同一性、好ましくは少なくとも６０％、より好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、さらにもっと好ましくは少なくとも９０％、さらにもっと好ましくは少なくとも９５％、最も好ましくは少なくとも９７％、９８％もしくは９９％の配列同一性を有し；かつ／または
ｃ）抗体もしくはその機能的に活性なバリアントおよびさらにそのポリペプチドもしくはヌクレオチド配列に対して異種である少なくとも１個のアミノ酸もしくはヌクレオチドからなる。
【０１０１】
本発明のある好ましい態様において、本発明に従う抗体の機能的に活性なバリアントは、上記のバリアントと本質的に同一であるが、それが異なる種の相同性配列に由来する点で、そのポリペプチドまたはヌクレオチド配列とはそれぞれ異なっている。これらは、天然存在バリアントまたは類似体と呼ばれる。
【０１０２】
用語“機能的に活性なバリアント”は、天然存在対立遺伝子バリアント、ならびに変異体またはあらゆる他の非天然存在（例えば合成または人工）抗体、もしくはバリアント、例えば人工抗体ライブラリー由来の抗原結合配列を含むバリアントも含む。当該技術で既知であるように、対立遺伝子バリアントは、そのポリペプチドの生物学的機能を本質的に変化させない１個以上のアミノ酸の置換、欠失、または付加を有することを特徴とする（ポリ）ペプチドの代わりの形態である。
【０１０３】
機能的に活性なバリアントは、例えば１個以上の点変異によるポリペプチドまたはヌクレオチド配列における配列の変更により得られることができ、ここで、その配列の変更は、本発明の組み合わせにおいて用いられる場合、変更されていないポリペプチドまたはヌクレオチド配列の機能を保持しているかまたは向上させている。そのような配列の変更は、（保存的）置換、付加、欠失、変異および挿入を含み得るが、それらに限定されない。
【０１０４】
特定の機能的に活性なバリアントは、ＣＤＲバリアントである。ＣＤＲバリアントは、ＣＤＲ領域における少なくとも１個のアミノ酸により改変されたアミノ酸配列を含み、ここで、前記の改変は、アミノ酸配列の化学的または部分的変更であることができ、その改変は、そのバリアントが未改変配列の生物学的特徴を保持することを可能にする。ＣＤＲアミノ酸配列の部分的変更は、１個〜いくつかのアミノ酸、例えば１、２、３、４もしくは５個のアミノ酸の欠失もしくは置換によることができ、または１個〜いくつかのアミノ酸、例えば１、２、３、４もしくは５個のアミノ酸の付加または挿入によることもでき、または１個〜いくつかのアミノ酸、例えば１、２、３、４もしくは５個のアミノ酸の化学的誘導体化によることもでき、またはそれらの組み合わせによることもできる。アミノ酸残基における置換は、例えばある疎水性アミノ酸で代わりの疎水性アミノ酸を置換する保存的置換であることができる。
【０１０５】
保存的置換は、それらの側鎖および化学的特性において関連しているアミノ酸のファミリー内で起こる置換である。そのようなファミリーの例は、塩基性側鎖を有する、酸性側鎖を有する、非極性脂肪族側鎖を有する、非極性芳香族側鎖を有する、非荷電極性側鎖を有する、小さい側鎖を有する、大きい側鎖を有するアミノ酸等である。
【０１０６】
点変異は、特に、結果として異なるアミノ酸に関する１以上の単一の（非保存的）アミノ酸またはアミノ酸のダブレットの置換もしくは交換、欠失または挿入において操作されていないアミノ酸配列と異なっているアミノ酸配列の発現をもたらすポリヌクレオチドの操作として理解されている。
【０１０７】
好ましい点変異は、同じ極性および／または電荷のアミノ酸の交換を指す。この点において、アミノ酸は、６４種類の３つ組コドンによりコードされる２０種類の天然存在アミノ酸を指す。これらの２０種類のアミノ酸は、中性電荷、陽性電荷、および陰性電荷を有するアミノ酸に分けられることができる：
“中性”アミノ酸が、下記でそれらのそれぞれの３文字および１文字コードならびに極性と共に示されている：
アラニン：（Ａｌａ、Ａ）  非極性、中性；
アスパラギン：（Ａｓｎ、Ｎ）  極性、中性；
システイン：（Ｃｙｓ、Ｃ）  非極性、中性；
グルタミン：（Ｇｌｎ、Ｑ）  極性、中性；
グリシン：（Ｇｌｙ、Ｇ）  非極性、中性；
イソロイシン：（Ｉｌｅ、Ｉ）  非極性、中性；
ロイシン：（Ｌｅｕ、Ｌ）  非極性、中性；
メチオニン：（Ｍｅｔ、Ｍ）  非極性、中性；
フェニルアラニン：（Ｐｈｅ、Ｆ）  非極性、中性；
プロリン：（Ｐｒｏ、Ｐ）  非極性、中性；
セリン：（Ｓｅｒ、Ｓ）  極性、中性；
スレオニン：（Ｔｈｒ、Ｔ）  極性、中性；
トリプトファン：（Ｔｒｐ、Ｗ）  非極性、中性；
チロシン：（Ｔｙｒ、Ｙ）  極性、中性；
バリン：（Ｖａｌ、Ｖ）  非極性、中性；および
ヒスチジン：（Ｈｉｓ、Ｈ）  極性、陽性（１０％）  中性（９０％）。
【０１０８】
“正に”荷電したアミノ酸：
アルギニン：（Ａｒｇ、Ｒ）  極性、陽性；および
リジン：（Ｌｙｓ、Ｋ）  極性、陽性。
【０１０９】
“負に”荷電したアミノ酸：
アスパラギン酸：（Ａｓｐ、Ｄ）  極性、陰性；および
グルタミン酸：（Ｇｌｕ、Ｅ）  極性、陰性。
【０１１０】
本明細書で記載される抗体配列および相同体に関する“パーセント（％）アミノ酸配列同一性”は、配列をアラインメントして必要に応じてギャップを導入して最大パーセント配列同一性を達成した後の、特定のポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の百分率として定義されており、保存的置換は配列同一性の一部としては一切考えない。当業者は、比較されている配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するために必要なあらゆるアルゴリズムを含め、アラインメントを測定するための適切なパラメーターを決定することができる。
【０１１１】
抗体バリアントは、特に、例えば糖鎖工学により生成される特定の糖鎖付加パターンを有する相同体、類似体、フラグメント、改変またはバリアントを含むように理解されており、それは、機能的であり、機能的均等物の役目を果たすことができる（例えば特異的標的に結合し、機能的特性を有する）。本明細書で記載される好ましいバリアントは、抗原結合に関して機能的に活性であり、好ましくは、それはＳ．アウレウスを中和する効力を有し、かつ／またはそれは防御抗体である。
【０１１２】
本明細書で記載される抗体は、Ｆｃエフェクター機能を示す可能性があり、示さない可能性もある。作用方式は、主にＦｃエフェクター機能を有しない中和抗体により媒介されるが、Ｆｃは、補体を集め、免疫複合体の形成により、循環からの標的抗原、例えば毒素の排除を助けることができる。
【０１１３】
特定の抗体は、活性なＦｃ部分を欠いていることができ、従って、抗体のＦｃ部分を含有しない、もしくはＦｃガンマ受容体結合部位を含有しない抗体ドメインで構成されているか、または例えばＦｃエフェクター機能を低減するような、特にＡＤＣＣおよび／もしくはＣＤＣ活性を無効にするかもしくは低減するような改変によりＦｃエフェクター機能を欠いている抗体ドメインを含むかのどちらであることもできる。代わりの抗体が、Ｆｃエフェクター機能を増大させるような、特にＡＤＣＣおよび／またはＣＤＣ活性を高めるような改変を組み込むように設計されることができる。
【０１１４】
そのような改変は、Ｆｃエフェクター機能の低減または増大を達成するような変異誘発、例えばＦｃガンマ受容体結合部位における変異により、または抗体形式のＡＤＣＣおよび／もしくはＣＤＣ活性に干渉するような誘導体もしくは薬剤により達成されることができる。
【０１１５】
Ｆｃエフェクター機能の有意な低減は、典型的にはＡＤＣＣおよび／またはＣＤＣ活性により測定された際の未改変の（野生型）形式の１０％未満、好ましくは５％未満のＦｃエフェクター機能を指すように理解される。
【０１１６】
Ｆｃエフェクター機能の有意な増大は、典型的にはＡＤＣＣおよび／またはＣＤＣ活性により測定された際の未改変の（野生型）形式の少なくとも１０％、好ましくは少なくとも２０％、３０％、４０％または５０％のＦｃエフェクター機能における増大を指すように理解される。
【０１１７】
抗体配列に関する“糖鎖を操作された”バリアントという用語は、糖鎖工学の結果として改変された免疫原性または免疫調節（例えば抗炎症）特性、ＡＤＣＣおよび／またはＣＤＣを有する糖鎖付加バリアントを指すものとする。全ての抗体は、重鎖定常領域中の保存された位置において炭水化物構造を含有し、それぞれのイソ型は、Ｎ−連結型炭水化物構造の異なるアレイを有し、それは、タンパク質の組み立て、分泌または機能活性に可変的に影響を及ぼす。ＩｇＧ１型抗体は、それぞれのＣＨ２ドメイン中のＡｓｎ２９７における保存されたＮ結合型糖鎖付加部位を有する糖タンパク質である。Ａｓｎ２９７に結合した２つの複雑な２分岐オリゴ糖は、ＣＨ２ドメインの間に埋もれてポリペプチド主鎖との広範囲にわたる接触を形成しており、それらの存在は、抗体にとって抗体依存性細胞性細胞傷害作用（ＡＤＣＣ）のようなエフェクター機能を媒介するために必須である。例えばＮ２９７を例えばＡに変異させることによるＮ２９７またはＴ２９９におけるＮ−グリカンの除去は、典型的には結果として低減したＡＤＣＣを有する脱糖鎖された（ａｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅｄ）抗体形式をもたらす。具体的には、本明細書で記載される抗体は、糖鎖付加されたかもしくは糖鎖を操作された、または脱糖鎖された抗体であることができる。
【０１１８】
抗体の糖鎖付加における主な違いは、細胞株の間で存在し、さらに軽微な違いが、異なる培養条件下で増殖した所与の細胞株に関して見られる。細菌細胞における発現は、典型的には脱糖鎖された抗体を提供する。２つに分かれた（ｂｉｓｅｃｔｉｎｇ）ＧｌｃＮＡｃの形成を触媒するグリコシルトランスフェラーゼであるβ（１，４）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ（ＧｎＴＩＩＩ）のテトラサイクリンに制御される発現を有するＣＨＯ細胞は、向上したＡＤＣＣ活性を有することが報告された(Umana et al., 1999, Nature Biotech. 17:176-180)。宿主細胞の選択に加えて、抗体の組み換え生成の間の糖鎖付加に影響を及ぼす因子は、増殖方式、培地の配合、培養密度、酸素添加（ｏｘｙｇｅｎａｔｉｏｎ）、ｐＨ、精製スキーム等を含む。
【０１１９】
用語“抗原結合部位”または“結合部位”は、抗原結合に参加する抗体の部分を指す。抗原結合部位は、重（“Ｈ”）および／もしくは軽（“Ｌ”）鎖のＮ末端可変（“Ｖ”）領域またはその可変ドメインのアミノ酸残基により形成される。重および軽鎖のＶ領域内の３つの高度に多様な区間（ｓｔｒｅｔｃｈｅｓ）は、“超可変領域”と呼ばれ、フレームワーク領域として知られるより保存された隣接する区間の間に挟まれている。抗原結合部位は、結合するエピトープまたは抗原の三次元構造に相補的である表面を提供し、超可変領域は、“相補性決定領域”または“ＣＤＲ”と呼ばれる。ＣＤＲ中に組み込まれている結合部位は、本明細書において“ＣＤＲ結合部位”とも呼ばれる。
【０１２０】
具体的には、本明細書で言及されるＣＤＲ配列は、Ｋａｂａｔ命名法に従って決定されるような抗体のアミノ酸配列として理解されている（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 第５版 Public Health Service, U.S. Department of Health and Human Services. (1991)を参照）。
【０１２１】
本明細書で用語“標的”または“標的抗原”と互換的に用いられている用語“抗原”は、抗体結合部位により認識される標的分子全体またはそのような分子のフラグメントを指すものとする。具体的には、免疫学的に関連する、一般に“エピトープ”、例えばＢ細胞エピトープまたはＴ細胞エピトープと呼ばれる抗原の部分構造、例えばポリペプチドまたは炭水化物構造は、そのような結合部位により認識され得る。
【０１２２】
用語“エピトープ”は、本明細書で用いられる際、特に、抗体の結合部位に対する特異的結合パートナーを完全に構成することができる、または特異的結合パートナーの一部であることができる分子構造を指す。エピトープは、炭水化物、ペプチド構造、脂肪酸、有機物、生化学的物質、もしくは無機物、またはそれらの誘導体およびそれらのあらゆる組み合わせのいずれで構成されていることもできる。エピトープがペプチド構造、例えばペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質中に含まれている場合、それは、通常は少なくとも３アミノ酸、好ましくは５〜４０アミノ酸、より好ましくは約１０〜２０アミノ酸を含むであろう。エピトープは、線状エピトープであることも立体構造エピトープであることもできる。線状エピトープは、ポリペプチドまたは炭水化物鎖の一次配列の単一の区分で構成されている。線状エピトープは、隣接している、または重複していることができる。
【０１２３】
立体構造エピトープは、ポリペプチドが折り畳まれて三次構造を形成することにより寄せ集められたアミノ酸または炭水化物で構成され、そのアミノ酸は、線状配列中で必ずしも互いに隣接していない。具体的には、そしてポリペプチド抗原に関して、立体構造または不連続エピトープは、一次配列中で隔てられているがポリペプチドが折り畳まれて未変性のタンパク質／抗原になる際に組み立てられて分子の表面上の一貫した構造になる２個以上の別々のアミノ酸残基の存在を特徴とする。具体的には、立体構造エピトープは、アラインメントにおいて非線状である一連のアミノ酸残基で構成されているエピトープであり、すなわち、その残基は、ポリペプチド配列の長さに沿って不連続な様式で間隔が空けられているか、またはグループ分けされている。そのような立体構造エピトープは、アミノ酸残基を接触させること（ｃｏｎｔａｃｔｉｎｇ）、および／または結晶学的分析、例えば特定の抗体またはＦａｂフラグメントにより結合されたエピトープの免疫複合体により形成された結晶の分析により決定されるような特定の構造座標を有する三次元構造により特性付けられる。
【０１２４】
本明細書において、用語“エピトープ”は、特に抗体により認識される単一のエピトープ、またはそれぞれが交差反応性抗体により認識される一連のエピトープバリアントを指すものとする。
【０１２５】
本発明の抗体により標的とされる特定の交差反応性エピトープは、ＳＥＱ  ＩＤ  １４５のコンセンサス配列中に組み込まれていることができ、または天然リガンドのそのようなコンセンサス配列への結合に干渉することもできる。
【０１２６】
従って、本明細書で記載される抗ＩＧＢＰ抗体は、野生型ＩＧＢＰに、ＩＧＢＰＫＫまたはＩＧＢＰＫＫＡＡに対する結合と少なくとも実質的に同程度まで結合することができる。具体的には、本明細書で記載される抗ＩＧＢＰ抗体は、野生型ＩＧＢＰに優先的に結合し、例えば（ＳｐＡおよびＳｂｉドメインのそれぞれに含まれる野生型ＩＧＢＰの）ＳＥＱ  ＩＤ  １４５のそのようなコンセンサス配列に優先的に結合し、変異体ＩＧＢＰドメインの配列にはより低い程度までしか結合しないことができる。
【０１２７】
ＩＧＢＰＫＫと名付けられたＩＧＢＰ変異体（例えばＳｐＡ−ＡＫＫ、ＳｐＡ−ＢＫＫ、ＳｐＡ−ＣＫＫ、ＳｐＡ−ＤＫＫ、ＳｐＡ−ＥＫＫ、Ｓｂｉ−ＩＫＫ、ＳＢｉ−ＩＩＫＫ）は、以下の配列を含む：
ＳＥＱ  ＩＤ  １４７
ＫＫＸＡＦＹＸＸＬ
ここで
第３位のＸは、Ｎ、Ｓ、またはＫのいずれかであり
第７位のＸは、Ｅ、Ｑ、またはＮのいずれかであり、そして
第８位のＸは、ＩまたはＶのいずれかである。
【０１２８】
ＩＧＢＰＫＫＡＡと名付けられたＩＧＢＰ変異体（例えばＳｐＡ−ＡＫＫＡＡ、ＳｐＡ−ＢＫＫＡＡ、ＳｐＡ−ＣＫＫＡＡ、ＳｐＡ−ＤＫＫＡＡ、ＳｐＡ−ＥＫＫＡＡ）は、配列ＳＥＱ  ＩＤ  １４７を含み、さらにＳＥＱ  ＩＤ  １４８を含む：
ＳＥＱ  ＩＤ  １４８
ＱＲＮＧＦＩＱＳＬＫＡＡＰＳＸＳ
ここで
第１５位のＸは、ＱまたはＶのいずれかである。
【０１２９】
ＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、ＳｐＡ−Ｄ、およびＳｐＡ−Ｅのそれぞれに含まれるそれぞれの野生型コンセンサス配列は、以下の通りである（ＳＥＱ  ＩＤ  １４６）：
ＳＥＱ  ＩＤ  １４６
ＱＲＮＧＦＩＱＳＬＫＤＤＰＳＸＳ
ここで
第１５位のＸは、ＱまたはＶのいずれかである。
【０１３０】
本発明は、特に交差反応性抗体を利用し、それは、多重特異性を有する中和抗体を同定するためのプロセスにより、例えば交差反応性発見選択スキームにより得られる。従って、２つの標的である標的ＡおよびＢとの反応性を示す抗体を含む抗体ライブラリーが、まず標的の一方、例えば標的Ａとの反応性に関して選択され、続いて他方の標的、例えば標的Ｂとの反応性に関して選択されることができる。それぞれの連続する選択ラウンドは、結果として得られる両方の標的に対するプールの反応強度を増強する。従って、この方法は、２つの異なる標的に向けられた交差反応性および病原体を交差中和する可能性を有する抗体を同定するために特に有用である。その方法は、追加の標的（単数または複数）に対する富化の追加のラウンドを含めることにより、さらなる標的に対する反応性を示す抗体を同定するために拡張されることができる。
【０１３１】
交差反応性抗体は、ある場合において、単一の抗原に対するスクリーニングを通して現れる。交差反応性クローンを単離する可能性を増大させるために、多数の抗原に対して進行的にスクリーニングすることにより、多数の選択圧を適用するであろう。特別なｍＡｂ選択戦略は、異なる毒素構成要素もしくは異なる毒素バリアント、または異なるＩＧＢＰドメインを、交互の様式で用いる。
【０１３２】
例えば、独特のアプローチに従って、高親和性完全ヒトモノクローナル抗体が、それぞれの抗体ライブラリーから、野生型（未変異）ＩｇＧ結合ドメイン配列およびＶＨ３サブファミリーを欠いているヒトＩｇＧのインビトロ発現ライブラリーを用いて選択される。
【０１３３】
図２において提供されるそれぞれの配列を用いる組み換え技法により生成される組み換えＩＧＢＰドメインは、抗体ライブラリー、例えば酵母プラットフォーム由来抗体ライブラリーから抗体を選択するために用いられることができ、例えば以下を参照：Blaise L, Wehnert A, Steukers MP, van den Beucken T, Hoogenboom HR, Hufton SE. Construction and diversification of yeast cell surface displayed libraries by yeast mating: application to the affinity maturation of Fab antibody fragments. Gene. 2004 Nov 24;342(2):211-8; Boder ET, Wittrup KD. Yeast surface display for screening combinatorial polypeptide libraries. Nat Biotechnol. 1997 Jun;15(6):553-7; Kuroda K, Ueda M. Cell surface engineering of yeast for applications in white biotechnology. Biotechnol Lett. 2011 Jan;33(1):1-9. doi: 10.1007/s10529-010-0403-9. Review; Lauer TM, Agrawal NJ, Chennamsetty N, Egodage K, Helk B, Trout BL. Developability index: a rapid in silico tool for the screening of antibody aggregation propensity. J Pharm Sci. 2012 Jan;101(1):102-15; Orcutt K.D. and Wittrup K.D. (2010), 207-233 doi: 10.1007/978-3-642-01144-3_15; Rakestraw JA, Aird D, Aha PM, Baynes BM, Lipovsek D. Secretion-and-capture cell-surface display for selection of target-binding proteins. Protein Eng Des Sel. 2011 Jun;24(6):525-30;米国特許第６，４２３，５３８号；米国特許第６，６９６，２５１号；米国特許第６，６９９，６５８号；公開されたＰＣＴ出願公開番号：国際公開第２００８１１８４７６号。
【０１３４】
いずれの事象においても、反応性または交差反応性は、当該技術で既知の抗体最適化法によりさらに向上させられることができる。例えば、本明細書で記載される免疫グロブリン鎖の可変領域の特定の領域は、選択されたＣＤＲおよび／またはフレームワーク領域の軽鎖シャフリング、デスティネイショナル変異誘発（ｄｅｓｔｉｎａｔｉｏｎａｌ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）、ＣＤＲアマルガム化（ＣＤＲ  ａｍａｌｇａｍａｔｉｏｎ）、および定方向変異誘発を含む１種類以上の最適化戦略を施されることができる。
【０１３５】
所望の中和特性を有する抗体を同定するためのスクリーニング法は、オプソニン化貪食作用活性、標的免疫グロブリンへのＩＧＢＰの結合の阻害、または動物に対するインビボ作用（死亡、溶血、行過ぎた炎症（ｏｖｅｒｓｈｏｏｔｉｎｇ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ）、臓器不全）の阻害であることができる。
【０１３６】
一度反応性または所望の特性を有する交差中和抗体が同定されたら、その抗体により認識される優性エピトープ（単数または複数）が、決定されることができる。エピトープマッピングのための方法は、当該技術で周知であり、例えばEpitope Mapping: A Practical Approach, Westwood and Hay, eds., Oxford University Press, 2001において開示されている。
【０１３７】
用語“発現”は、以下のように理解されている。発現産物、例えば本明細書で記載される抗体の所望のコード配列を含有する核酸分子および作動可能に連結された制御配列、例えばプロモーターが、発現目的のために用いられることができる。これらの配列により形質転換された、またはこれらの配列をトランスフェクションされた宿主は、コードされたタンパク質を生成することができる。形質転換を達成するために、その発現系は、ベクター中に含まれることができる；しかし、関連するＤＮＡは、宿主の染色体中に組み込まれることもできる。具体的には、その用語は、ベクターにより担持されて宿主細胞に導入される外来ＤＮＡによりコードされるタンパク質の発現に関する適切な条件下の宿主細胞および適合性ベクターを指す。
【０１３８】
コードＤＮＡは、例えば抗体のような特定のポリペプチドまたはタンパク質に関する特定のアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列である。プロモーターＤＮＡは、コードＤＮＡの発現を開始、制御、または他の方法で媒介もしくは調節するＤＮＡ配列である。プロモーターＤＮＡおよびコードＤＮＡは、同じ遺伝子由来であることも異なる遺伝子由来であることもでき、同じ生物由来であることも異なる生物由来であることもできる。組み換えクローニングベクターは、しばしばクローニングまたは発現のための１以上の複製系、宿主中での選択のための１以上のマーカー、例えば抗生物質耐性、および１以上の発現カセットを含むであろう。
【０１３９】
本明細書で用いられる“ベクター”は、クローニングされた組み換えヌクレオチド配列の、すなわち組み換え遺伝子の転写および適切な宿主生物中でのそれらのｍＲＮＡの翻訳に必要とされるＤＮＡ配列として定義されている。
【０１４０】
“発現カセット”は、発現産物をコードしておりベクター中に定められた制限部位において挿入されることができるＤＮＡコード配列またはＤＮＡの区分を指す。カセットの制限部位は、カセットの正しい読み枠での挿入を確実にするように設計されている。一般に、外来ＤＮＡは、ベクターＤＮＡの１以上の制限部位において挿入され、次いでベクターにより宿主細胞中に送達可能なベクターＤＮＡと一緒に運び込まれる。挿入された、または付加されたＤＮＡを有するＤＮＡの区分または配列、例えば発現ベクターは、“ＤＮＡコンストラクト”と呼ばれることもできる。
【０１４１】
発現ベクターは、発現カセットを含み、さらに通常は宿主細胞中での自律複製のための起点またはゲノム組み込み部位、１以上の選択マーカー（例えばアミノ酸合成遺伝子または抗生物質、例えばｚｅｏｃｉｎ、カナマイシン、Ｇ４１８もしくはハイグロマイシンに対する耐性を与える遺伝子）、いくつかの制限酵素切断部位、適切なプロモーター配列および転写ターミネーターを含み、その構成要素は作動可能であるように一緒に連結されている。用語“ベクター”は、本明細書で用いられる際、自律複製するヌクレオチド配列ならびにゲノム組み込み型ヌクレオチド配列を含む。一般的なタイプのベクターは、“プラスミド”であり、それは、一般に追加の（外来）ＤＮＡを容易に受け入れることができる二本鎖ＤＮＡの自己完結的分子であり、それは、適切な宿主細胞中に容易に導入されることができる。プラスミドベクターは、しばしばコードＤＮＡおよびプロモーターＤＮＡを含有し、外来ＤＮＡを挿入するために適した１以上の制限部位を有する。具体的には、用語“ベクター”または“プラスミド”は、それによりＤＮＡまたはＲＮＡ配列（例えば外来遺伝子）が、宿主細胞中に、その宿主を形質転換して導入された配列の発現（例えば転写および翻訳）を促進するために導入されることができる媒介物を指す。
【０１４２】
用語“宿主細胞”は、本明細書で用いられる際、特定の組み換えタンパク質、例えば本明細書で記載される抗体を産生するように形質転換された一次対象細胞およびそのあらゆる子孫を指すものとする。（意図的な、もしくは偶発性の変異または環境における違いのため）全ての子孫が親細胞と正確に同一であるわけではないが、そのような変化した子孫は、その子孫が元の形質転換された細胞の機能性と同じ機能性を保持している限り、これらの用語に含まれることは、理解されるべきである。用語“宿主細胞株”は、組み換え遺伝子を発現して組み換えポリペプチド、例えば組み換え抗体を生成するために用いられるような宿主細胞の細胞株を指す。用語“細胞株”は、本明細書で用いられる際、長期間にわたって増殖する能力を獲得している特定の細胞株の確立されたクローンを指す。そのような宿主細胞または宿主細胞株は、細胞培養状態で維持される、および／または組み換えポリペプチドを生成するように培養されることができる。
【０１４３】
抗体または抗体フラグメントは、例えばハイブリドーマ技法または組み換えＤＮＡ技術を含む当該技術で周知の方法により生成されることができる。
ハイブリドーマ法において、マウスまたは他の適切な宿主細胞、例えばハムスターが、免疫処置のために用いられたタンパク質に特異的に結合するであろう抗体を産生する、または産生することができるリンパ球を引き出すために免疫される。あるいは、リンパ球は、インビトロで免疫されることができる。次いで、リンパ球は、適切な融合剤、例えばポリエチレングリコールを用いてメラノーマ細胞と融合させられてハイブリドーマ細胞を形成する。
【０１４４】
ハイブリドーマ細胞が増殖する培地は、抗原に対して向けられたモノクローナル抗体の産生に関してアッセイされる。好ましくは、ハイブリドーマ細胞により産生されたモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降法により、またはインビトロ結合アッセイ、例えば放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）もしくは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）により決定される。
【０１４５】
組み換えモノクローナル抗体は、例えば、必要とされる抗体鎖をコードするＤＮＡを単離し、組み換え宿主細胞にそのコード配列を発現のために、周知の組み換え発現ベクター、例えば本発明のプラスミドまたは抗体配列をコードするヌクレオチド配列を含む発現カセット（単数または複数）を用いてトランスフェクションすることにより、産生されることができる。組み換え宿主細胞は、例えば細胞培養状態の動物またはヒト細胞株を含む原核および真核細胞であることができる。
【０１４６】
特定の側面によれば、コードヌクレオチド配列は、抗体をヒト化するための、または親和性もしくは抗体の他の特性を向上させるための遺伝子操作のために用いられることができる。例えば、定常領域は、抗体がヒトにおける臨床試験および処置において用いられる場合、免疫反応を避けるためにヒトの定常領域により近く似るように操作されることができる。標的毒素に対するより大きな親和性およびＳ．アウレウスに対するより大きな有効性を得るために、抗体配列を遺伝子操作することが、望ましい可能性がある。当業者には、１以上のポリヌクレオチドの変更が、抗体に対してなされ、なおその標的抗原に対する結合能力を維持することができることは、明らかであろう。
【０１４７】
様々な手段による抗体分子の生成は、一般に十分に理解されている。例えば、米国特許第６３３１４１５号(Cabilly et al.)は、抗体の組み換え生成のための方法を記載しており、ここで、重鎖および軽鎖は、単一の細胞中で単一のベクターから、または２つの別々のベクターから同時に発現される。Wibbenmeyerら(1999, Biochim Biophys Acta 1430(2):191-202)ならびにLeeおよびKwak(2003, J. Biotechnology 101 :189-198)は、大腸菌の別々の培養物中で発現されたプラスミドを用いる、別々に生成された重鎖および軽鎖からのモノクローナル抗体の生成を記載している。抗体の生成に関連する様々な他の技法が、例えばHarlow, et al., ANTIBODIES: A LABORATORY MANUAL, Cold Spring Harbor Laboratory Press, ニューヨーク州コールドスプリングハーバー(1988)において提供されている。
【０１４８】
特定の側面において、本発明は、本発明の組み換え抗体の生成をコードしている配列を含む単離された核酸を提供する。
抗体をコードしている核酸は、あらゆる適切な特徴（ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ）を有し、あらゆる適切な特色（ｆｅａｔｕｒｅｓ）またはその組み合わせを含むことができる。従って、例えば、抗体をコードしている核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはそのハイブリッドの形態であることができ、非天然存在塩基、改変された主鎖、例えば核酸の安定性を促進するホスホロチオエート主鎖、または両方を含むことができる。核酸は、好都合には、標的宿主細胞（単数または複数）中での所望の発現、複製、および／または選択を促進する特色を含む本発明の発現カセット、ベクターまたはプラスミド中に組み込まれることができる。そのような特色の例は、複製起点構成要素、選択遺伝子構成要素、プロモーター構成要素、エンハンサーエレメント構成要素、ポリアデニル化配列構成要素、終結構成要素等を含み、その数多くの適切な例が知られている。
【０１４９】
本開示は、さらに、本明細書で記載されるヌクレオチド配列の１以上を含む組み換えＤＮＡコンストラクトを提供する。これらの組み換えコンストラクトは、ベクター、例えばプラスミド、ファージミド、ファージまたはウイルスベクターと連結して用いられ、その中にあらゆる開示された抗体をコードするＤＮＡ分子が挿入される。
【０１５０】
所望であれば、例示された抗体のいずれかをコードするポリヌクレオチド配列が、発現または増殖のためにベクター中にクローニングされることができる。抗体をコードする配列は、宿主細胞においてベクター中で維持されることができ、次いで宿主細胞は、将来の使用のために拡張され、凍結されることができる。細胞培養における組み換えモノクローナル抗体の生成は、Ｂ細胞からの抗体遺伝子の当該技術で既知の手段によるクローニングにより実施されることができる。
【０１５１】
モノクローナル抗体は、典型的には培養状態の継続的な細胞株により抗体分子を生成するあらゆる方法を用いて生成されることができる。モノクローナル抗体を調製するための適切な方法の例は、Kohlerらのハイブリドーマ法(1975, Nature 256:495-497)およびヒトＢ細胞ハイブリドーマ法(Kozbor, 1984, J. Immunol. 133:3001;およびBrodeur et al., 1987, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, (Marcel Dekker, Inc., ニューヨーク), pp. 51-63)を含む。
【０１５２】
用語“単離された”または“単離”は、本明細書で抗体に関して用いられる際、それが“実質的に純粋な”形態で存在するために天然に関係しているであろう環境からうまく分離されているそのような化合物を指すものとする。“単離された”は、他の化合物もしくは物質を含む人工もしくは合成混合物、または根本的な活性に干渉せず、例えば不完全な精製のために存在し得る不純物の存在の除外を必ずしも意味しない。特に、本発明の単離された核酸分子は、天然に存在しない、例えばコドンが最適化された核酸もしくはｃＤＮＡである、または化学合成された核酸分子を含むことも意味されている。
【０１５３】
同様に、ある態様において、本発明の単離された抗体は、例えばその組み合わせが天然に存在しない別の抗体との組み合わせ製剤において提供されている場合（例えば１種類以上の単一特異性抗体との、および／または少なくとも２種類の異なる標的を認識する交差特異性抗体との組み合わせ）、特に非天然存在であり、または天然存在抗体の最適化されたバリアントもしくは親和性成熟バリアントであり、または抗体の製造可能性を向上させるように操作されているフレームワーク領域を有する抗体である。
【０１５４】
本発明の核酸に関して、用語“単離された核酸”が、時々用いられる。この用語は、ＤＮＡに適用される場合、それが由来する生物の天然存在ゲノム中でそのすぐ隣にある配列から分離されているＤＮＡ分子を指す。例えば、“単離された核酸”は、ベクター、例えばプラスミドもしくはウイルスベクター中に挿入された、または原核もしくは真核細胞もしくは宿主生物のゲノムＤＮＡ中に組み込まれたＤＮＡ分子を含むことができる。ＲＮＡに適用される場合、用語“単離された核酸”は、主に上記で定義されたような単離されたＤＮＡ分子によりコードされているＲＮＡ分子を指す。あるいは、その用語は、それがその天然の状態で（例えば細胞または組織中で）会合しているであろう他の核酸からうまく分離されているＲＮＡ分子を指すことができる。“単離された核酸”（ＤＮＡまたはＲＮＡのどちらでも）は、さらに、生物学的または合成的手段により直接生成され、その生成の間に存在する他の構成要素から分離された分子を表すことができる。
【０１５５】
ポリペプチドまたはタンパク質、例えば単離された抗体に関して、用語“単離された”は、特にそれらが天然に関係している物質、例えばそれらがそれらの天然の環境、またはそのような調製がインビトロもしくはインビボで実施される組み換えＤＮＡ技術による場合にそれらが調製された環境（例えば細胞培養）において一緒に存在する他の化合物を含まない、または実質的に含まない化合物を指すものとする。単離された化合物は、希釈剤またはアジュバントと共に配合され、なお実際上単離されていることができる−例えば、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、診断または療法において用いられる場合、薬学的に許容可能なキャリヤーまたは賦形剤と混合されることができる。用語“単離された抗体”は、本明細書で用いられる際、特に、細胞培養から得られた、例えば抗体をコードする人工核酸コンストラクトを用いて形質転換されている組み換え宿主細胞を培養することにより生成された組み換え抗体もしくはモノクローナル抗体または化学的に合成された組み換え抗体もしくはモノクローナル抗体を含むことが意味されている。
【０１５６】
用語“ＩＧＢＰ”および“ＩＧＢＰドメイン”は、本明細書で用いられる際、特にヘリックス１および２上に位置する保存された残基を介してＩｇＧの定常領域（Ｆｃ）に結合することができる３重ヘリックス構造を有する５個のＳｐＡおよび２個のＳｂｉドメイン（ＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、ＳｐＡ−Ｄ、ＳｐＡ−Ｅ、Ｓｂｉ−Ｉ、Ｓｂｉ−ＩＩ）のいずれかとして理解されており(Deisenhofer, J. Crystallographic refinement and atomic models of a human Fc fragment and its complex with fragment B of Protein A from S. aureus at 2.9- and 2.8-A resolution, Biochemistry 20, 1981, 2361)、ＳｐＡドメインは、ヘリックス２および３上に追加の結合部位を有し、それは、ＶＨ３生殖細胞系列を有する免疫グロブリンの可変領域と相互作用する(Graille, M. et al. Crystal structure of a Staphylococcus aureus protein A complexed with the Fab fragment of a human IgM antibody: Structural basis for recognition of B-cell receptors and superantigen activity, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 2000, 5399)。ＩＧＢＰドメインの非病毒性ＫＫＡＡバリアントは、ＦｃおよびＶＨ３への低減した結合を示す（国際公開第２０１４／１７９７４４Ａ１号、米国特許出願公開第２０１４／０１７０１３４号）。
【０１５７】
用語“中和すること”または“中和”は、本明細書において最も広い意味で用いられており、中和が達成される機序に関わらず、病原体に対抗する、もしくは病原体、例えばＳ．アウレウスが対象に感染するのを阻害する、または病原体が強力な病毒性因子を産生することにより感染を促進するのを阻害する、または病毒性因子が対象においてその作用を及ぼすのを阻害するあらゆる分子を指す。中和は、例えば標的細胞上または溶液中の分子へのその結合によりＳ．アウレウスの病毒性因子（単数または複数）の結合および／または相互作用を阻害する抗体により、達成されることができる。特定の態様において、本明細書で記載される抗体は、病毒性因子の活性を阻害することができ、ここで、病毒性因子および宿主の間の相互作用のインビボまたはインビトロ作用が低減または排除される。ＩＧＢＰドメインの場合、中和は、Ｓ．アウレウスのＩＧＢＰによる干渉なしでの血清ＩｇＧのＳ．アウレウスの表面抗原への結合による攻撃を可能にすることにより起こり得る。さらに、本明細書で記載される抗体は、ＯＰＫを促進することによりＳ．アウレウスに対抗する。
【０１５８】
用語“スタフィロコッカス・アウレウス”または“Ｓ．アウレウス”または“病原性Ｓ．アウレウス”は、以下のように理解されている。スタフィロコッカス・アウレウス細菌は、人々および動物の皮膚上または鼻の中で普通に見付かる。その細菌は、それらが切り傷または他の創傷を通して体に入らない限り、一般に無害である。典型的には、感染は、健康な人々においては軽微な皮膚の問題である。歴史的に、感染は、広いスペクトルの抗生物質、例えばメチシリンにより処置された。しかし、今日では、メチシリンおよび他のベータラクタム系抗生物質、例えばペニシリンおよびセファロスポリン系に耐性である特定の株が、出現している。それらは、メチシリン耐性スタフィロコッカス・アウレウス（多剤耐性スタフィロコッカス・アウレウス、または“ＭＲＳＡ”としても知られている）と呼ばれている。
【０１５９】
重要なヒトの病原体であるスタフィロコッカス・アウレウスは、多数の分泌型毒素（外毒素）を発現する。これらは、赤血球、好中性顆粒球および他の免疫細胞、ならびに肺または皮膚の上皮細胞を含む様々な宿主細胞型を攻撃し得る。Ｓ．アウレウス毒素の有名なメンバーは、アルファ溶血素（Ｈｌａ）であり、それは、リンパ球、マクロファージ、肺上皮細胞および肺内皮細胞に対して細胞溶解機能を及ぼす。
【０１６０】
ＭＲＳＡを含むＳ．アウレウス感染症は、一般ににきび、おできまたはクモ咬傷に似た小さい赤い隆起として始まる。これらの隆起または斑点（ｂｌｅｍｉｓｈｅｓ）は、急速に深い痛い膿瘍になり、それは外科的排出を必要とする。時々、細菌が皮膚に限局されたままになる。時折、それらは、体内に深く潜り込み、皮膚、軟組織、骨、関節、外科的創傷、血流、心臓弁、肺、または他の器官を含む広い範囲のヒト組織において生命を危うくする可能性のある感染症を引き起こし得る。従って、Ｓ．アウレウス感染症は、結果としてそれと関係する疾患状態をもたらす可能性があり、それは、致命的である可能性のある疾患、例えば壊死性筋膜炎、心内膜炎、敗血症、菌血症、腹膜炎、毒素性ショック症候群、および壊死性肺炎を含む様々な形態の肺炎、ならびにフルンケル症およびカルブンケル症における毒素産生である。ＭＲＳＡ感染は、患者が開放創、侵襲的デバイス、および弱められた免疫系のリスクがあり、またはその傾向があり、従って一般大衆よりも感染に関するより大きいリスクがある病院または養護ホーム設定において特に厄介である。
【０１６１】
Ｓ．アウレウス毒素を中和する抗体は、病原体および病原性反応に干渉し、そうして感染を制限もしくは予防する、および／もしくはそのような感染の結果もたらされる疾患状態を改善する、またはＳ．アウレウスの病態形成、特に肺炎、腹膜炎、骨髄炎、菌血症および敗血症の病態形成を阻害することができる。この点で、“防御抗体”は、本明細書において、能動または受動免疫において観察される感染性因子に対する免疫の原因である中和抗体として理解されている。特に、本明細書で記載される防御抗体は、分泌型病毒性因子（外毒素）の毒性作用（例えば細胞溶解、標的細胞による炎症促進性サイトカイン発現の誘導）を中和し、従ってＳ．アウレウスの病原性の可能性に干渉することができる。
【０１６２】
用語“組み換え”は、本明細書で用いられる際、“遺伝子工学により調製されたこと、またはその結果であること”を意味するものとする。組み換え宿主は、特に発現ベクターもしくはクローニングベクターを含み、またはそれは、特に宿主に対して外来の核酸配列を用いて、組み換え核酸配列を含有するように遺伝子操作されている。組み換えタンパク質は、それぞれの組み換え核酸を宿主中で発現させることにより生成される。用語“組み換え抗体”は、本明細書で用いられる際、組み換え的手段により調製、発現、作製または単離される抗体、例えば（ａ）ヒト免疫グロブリン遺伝子に関してトランスジェニックである、もしくは染色体導入されている動物（例えばマウス）またはそれから調製されたハイブリドーマから単離された抗体、（ｂ）その抗体を発現するように形質転換された宿主細胞から、例えばトランスフェクトーマ（ｔｒａｎｓｆｅｃｔｏｍａ）から単離された抗体、（ｃ）組み換え、コンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離された抗体、および（ｄ）ヒト免疫グロブリン遺伝子配列の他のＤＮＡ配列へのスプライシングを含むあらゆる他の手段により調製、発現、作製または単離された抗体を含む。そのような組み換え抗体は、例えば抗体成熟の間に起こる再編成および変異を含むように操作された抗体を含む。
【０１６３】
本明細書で用いられる際、用語“特異性”または“特異的結合”は、分子の不均一な集団において対象の同族リガンドを決定する結合反応を指す。従って、指定された条件（例えば免疫アッセイ条件）下で、抗体は、その特定の標的に特異的に結合し、試料中に存在する他の分子には有意な量では結合しない。特異的結合は、結合が、選択されたように標的の同一性、高い、中程度の、または低い結合親和性または結合力の点で選択的であることを意味する。選択的結合は、通常は、結合定数または結合力学が別の抗原と比較した場合に少なくとも１０倍異なる（少なくとも１対数の差として理解される）場合に達成され、好ましくは、その違いは、少なくとも１００倍であり（少なくとも２対数の差として理解される）、より好ましくは少なくとも１０００倍である（少なくとも３対数の差として理解される）。
【０１６４】
用語“特異性”または“特異的結合”は、１種類以上の分子に結合する結合剤、例えば交差特異性結合剤に適用されることも、理解されている。少なくとも２種類の異なる抗原（例えばＩＧＢＰの異なるドメイン）を標的とする、少なくとも２種類の異なる抗原上の交差反応性エピトープを標的とする好ましい交差特異性（多特異性または交差反応性とも呼ばれる）結合剤は、その抗原に、実質的に類似の結合親和性で、例えば１００倍未満の差またはさらには１０倍未満の差で特異的に結合する。
【０１６５】
例えば、交差特異性抗体は、交差反応性エピトープを担持する様々な抗原に結合することができるであろう。少なくとも２種類の異なる抗原または少なくとも２種類の異なる抗原の交差反応性エピトープに結合する特異性を有する抗体のそのような結合部位または／および抗体は、それぞれ多特異性または交差特異性結合部位および抗体とも呼ばれる。例えば、抗体は、あるエピトープに特異的に結合し、エピトープ内での配列相同性および／または本質的に同じ構造の立体構造エピトープを提供するような構造的類似性を有するいくつかの異なる抗原に交差反応性であり、例えば少なくともＳｐＡ−Ｅドメインおよび異なるタイプの２つのさらなるＩＧＢＰドメインに交差反応性であり、または少なくとも２種類の異なる株の同じタイプのＩＧＢＰドメインに交差反応性である多特異性結合部位を有することができる。
【０１６６】
抗体の免疫特異性、その抗体が交差反応性結合配列に関して示すその結合能力および付随する親和性は、その抗体が免疫反応する（結合する）交差反応性結合配列により決定される。交差反応性結合配列特異性は、少なくとも部分的に、免疫グロブリン（抗体）の重鎖の可変領域のアミノ酸残基により、および／または軽鎖可変領域のアミノ酸残基配列により定められ得る。
【０１６７】
用語“同じ特異性を有する”、“同じ結合部位を有する”または“同じエピトープに結合する”の使用は、均等な抗体が、同じまたは本質的に同じ、すなわち類似の免疫反応（結合）特徴を示し、予め選択された標的結合配列への結合に関して競合することを示す。抗体分子の特定の標的に関する相対的特異性は、例えばHarlow, et al., ANTIBODIES: A LABORATORY MANUAL, Cold Spring Harbor Laboratory Press, ニューヨーク州コールドスプリングハーバー, 1988において記載されているような競合アッセイにより相対的に決定されることができる。
【０１６８】
特に、バリアントの機能活性は、標的抗原（単数または複数）に対する特異性により、例えばそれぞれの親抗体と同じエピトープまたは実質的に同じエピトープへの結合により決定される。
【０１６９】
抗体は、その抗体が、一方の抗体のみが所与の時点においてエピトープに結合することができる、すなわち一方の抗体が他方の結合または調節作用を妨げるように交差競合する場合、“同じエピトープに結合する”または“同じ結合部位を含む”または“本質的に同じ結合”特徴を有すると言われる。
【０１７０】
用語“競合する”または“交差競合する”は、本明細書で抗体に関して用いられる際、第１抗体またはその抗原結合部分が、あるエピトープに、第１抗体のその同族エピトープとの結合の結果が第２抗体の非存在下での第１抗体の結合と比較して第２抗体の存在下で検出可能なほどに低下するように、第２抗体またはその抗原結合部分の結合と十分に類似した様式で結合することを意味する。第２抗体のそのエピトープへの結合も第１抗体の存在下で検出可能なほどに低下するという代替案は、事実で有り得るが、事実である必要はない。すなわち、第２抗体が第１抗体のそのそれぞれのエピトープへの結合を阻害することなく、第１抗体は第２抗体のそのエピトープへの結合を阻害し得る。しかし、それぞれの抗体が他方の抗体のその同族のエピトープとの結合を（同程度まで、より大きい程度まで、またはより低い程度までのいずれであれ）検出可能なほどに阻害する場合、その抗体は、それらのそれぞれのエピトープ（単数または複数）の結合に関して互いと“交差競合性である”と言われる。競合する、および交差競合する抗体は、両方とも本発明に包含される。
【０１７１】
本明細書における競合は、競合ＥＬＩＳＡ分析により、またはＦｏｒｔｅＢｉｏ分析により決定された際に約３０％より大きい相対的阻害を意味する。特定の状況において、例えば、競合分析が、Ｓ．アウレウスの追加の、または他のＩＧＢＰドメインの結合の意図される機能を有するように設計された新規の抗体を選択する、またはスクリーニングするために用いられる場合、何が競合の適切なレベルであるかの基準として、相対的阻害のより高い閾値を設定することが、望ましい可能性がある。従って、例えば、抗体が十分に競合的であると考えられる前に、少なくとも４０％、または少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％またはさらには少なくとも１００％の相対的阻害が検出される競合的結合に関する基準を設定することが、可能である。
【０１７２】
用語“対象”は、本明細書で用いられる際、温血哺乳類、特にヒトまたは非ヒト動物を指すものとする。ＭＲＳＡは、臨床的に重要なヒトの病原体であり、それは、獣医学において現れつつある懸念でもある。それは、広い範囲の非ヒト動物種に存在する。従って、用語“対象”は、特にイヌ、ネコ、ウサギ、ウマ、ウシ、ブタおよび家禽を含む動物を指す。特に、本発明の医学的使用またはそれぞれの処置の方法は、Ｓ．アウレウスと関係する疾患状態の予防または処置を必要とする対象に適用される。その対象は、Ｓ．アウレウス感染のリスクがある、または早期もしくは後期疾患を含め疾患を患っている患者であることができる。用語“患者”は、予防的または療法的処置のどちらかを受けているヒトおよび他の哺乳類の対象を含む。従って、用語“処置”は、予防的および療法的処置の両方を含むことが意味されている。
【０１７３】
対象は、例えばＳ．アウレウス疾患状態の予防または療法のために処置される。特に、感染のリスクがあるかもしくはそのような疾患もしくは疾患の再発を発現しているかのどちらかである対象、またはそのような感染および／もしくはそのような感染と関係する疾患を患っている対象が、処置される。
【０１７４】
具体的には、用語“予防”は、病態形成の開始の防止または病態形成のリスクを低減するための予防的手段を包含することが意図されている防止手段を指す。
具体的には、本明細書で記載されるような対象における疾患状態を処置する、防止する、または遅延させるための方法は、病気の起因物としてのＳ．アウレウスの病態形成に干渉することにより、ここで、その病態形成は、例えば特定の病毒性因子または毒素により対象の細胞膜上に孔を形成する段階を含む。
【０１７５】
用語“実質的に純粋な”または“精製された”は、本明細書で用いられる際、少なくとも５０％（ｗ／ｗ）、好ましくは少なくとも６０％、７０％、８０％、９０％または９５％の化合物、例えば核酸分子または抗体を含む調製物を指すものとする。純度は、その化合物に適した方法（例えばクロマトグラフィー法、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、ＨＰＬＣ分析等）により測定される。本明細書で記載される単離された抗体は、特に細胞培養から精製され、または実質的に純粋なタンパク質として提供される。
【０１７６】
本明細書において化合物、例えば本明細書で記載される抗体の“有効量”または“十分量”という用語のいずれとも互換的に用いられている“療法上有効量”という用語は、対象に投与された際に臨床的結果を含む有益な、または所望の結果を達成するために十分な量または活性であり、従って、有効量またはその同意語は、それが適用されている文脈に依存する。
【０１７７】
有効量は、そのような疾患または障害を処置、予防または抑制するために十分である化合物の量を意味することが意図されている。疾患の文脈において、本明細書で記載される抗体の療法上有効量は、特に疾患または病気を処置する、調節する、弱める、逆行させる、またはそれに影響を及ぼすために用いられ、それは、Ｓ．アウレウスまたはＳ．アウレウスの病態形成の阻害から利益を得る。
【０１７８】
そのような有効量に対応するであろう化合物の量は、様々な要因、例えば所与の薬物または化合物、医薬配合、投与経路、疾患または障害のタイプ、処置されている対象または宿主の同一性等に依存して変動するであろうが、それでもなお当業者によりルーチン的に決定されることができる。
【０１７９】
本明細書で記載される抗体または組み合わせ製剤は、Ｓ．アウレウス感染、特にＳ．アウレウス感染症、例えば、治療抵抗性であることが知られている、または特定の対象の場合には他の従来の抗生物質療法による処置に対して治療抵抗性であることが証明されているＭＲＳＡの開始を阻害するために予防的に、またはＳ．アウレウス感染を処置するために療法的に用いられることができる。
【０１８０】
例えばそれを必要とするヒト患者に提供される本明細書で記載される抗体の療法上有効量は、特に０．５〜５０ｍｇ／ｋｇ、好ましくは５〜４０ｍｇ／ｋｇの範囲、さらにもっと好ましくは２０ｍｇ／ｋｇまで、１０ｍｇ／ｋｇまで、５ｍｇ／ｋｇまでであることができるが、例えば急性疾患状態を処置するために、より高い用量の必要が示される可能性がある。組み合わせ製剤は、各抗生物質のそれぞれの療法上有効量を含有することができる。
【０１８１】
さらに、療法上有効量の本明細書で記載される抗体を用いた対象の処置または予防計画は、１回の投与で構成されることができ、あるいは一連の適用を含むことができる。例えば、抗体は、少なくとも１年に１回、少なくとも半年に１回または少なくとも１ヵ月に１回投与されることができる。しかし、別の態様において、抗体は、対象に、所与の処置に関しておよそ週あたり１回からおよそ毎日の投与まで投与されることができる。処置期間の長さは、様々な要因、例えば疾患の重症度、急性または慢性疾患のどちらか、患者の年齢、抗体形式の濃度および活性に依存する。処置または予防のために用いられる有効投与量は、特定の処置または予防計画の過程にわたって増大または減少し得ることも、理解されるであろう。投与量における変化は、当該技術で既知の標準的な診断アッセイの結果もたらされ、それにより明らかになる可能性がある。ある場合には、慢性投与が必要とされる可能性がある。
【０１８２】
本発明は、特に、本明細書で記載される抗体または抗体の組み合わせおよび薬学的に許容可能なキャリヤーまたは賦形剤を含む医薬組成物を提供する。これらの医薬組成物は、本発明に従って、大量瞬時注射もしくは注入として、または継続的な注入により投与されることができる。そのような投与手段を容易にするために適した医薬用キャリヤーは、当該技術で周知である。
【０１８３】
薬学的に許容可能なキャリヤーは、一般に、本発明により提供される抗体または関連する組成物もしくは組み合わせと生理学的に適合性であるあらゆるおよび全ての適切な溶媒、分散媒、コーティング、抗細菌および抗真菌剤、等張および吸収遅延剤等を含む。薬学的に許容可能なキャリヤーのさらなる例は、滅菌水、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノール等、ならびにあらゆるそれらの組み合わせを含む。
【０１８４】
あるそのような側面において、抗体は、所望の投与経路に適した１種類以上のキャリヤーと組み合わせられることができ、抗体は、例えばラクトース、スクロース、デンプン、アルカン酸のセルロースエステル類、ステアリン酸、タルク、ステアリン酸マグネシウム、酸化マグネシウム、リン酸および硫酸のナトリウムおよびカルシウム塩類、アカシア、ゼラチン、アルギン酸ナトリウム、ポリビニルピロリドン、ポリビニルアルコールのいずれかと混合され、場合によりさらに従来の投与のために打錠される、またはカプセル封入されることができる。あるいは、抗体は、生理食塩水、水、ポリエチレングリコール、プロピレングリコール、カルボキシメチルセルロースコロイド溶液、エタノール、トウモロコシ油、ラッカセイ油、綿実油、ゴマ油、トラガカントガム、および／または様々な緩衝液中で溶解されることができる。他のキャリヤー、アジュバント、および投与方式は、医薬の技術分野において周知である。キャリヤーは、制御放出材料または時間遅延材料、例えば単独もしくはろう剤を伴うモノステアリン酸グリセリンもしくはジステアリン酸グリセリン、または当該技術で周知の他の材料を含むことができる。
【０１８５】
追加の薬学的に許容可能なキャリヤーは、当該技術で既知であり、例えばＲＥＭＩＮＧＴＯＮ’Ｓ  ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ  ＳＣＩＥＮＣＥＳにおいて記載されている。液体配合物は、溶液、エマルジョンまたは懸濁液であることができ、賦形剤、例えば懸濁化剤、可溶化剤、界面活性剤、保存剤、およびキレート剤を含むことができる。
【０１８６】
本明細書で記載される抗体および１種類以上の療法的に有効な薬剤が配合されている医薬組成物が、意図されている。抗体の安定な配合物は、所望の程度の純度を有する前記の抗体を、任意の薬学的に許容可能なキャリヤー、賦形剤または安定化剤と、凍結乾燥された配合物または水溶液の形態で混合することにより、貯蔵のために調製される。インビボ投与のために用いられるべき配合物は、特に無菌であり、好ましくは無菌水溶液の形態である。これは、滅菌濾過膜を通す濾過または他の方法により容易に成し遂げられる。本明細書で開示される抗体および他の療法的に有効な薬剤は、イムノリポソームとして配合されることもでき、マイクロカプセル中に封入されていることもできる。
【０１８７】
本明細書で記載される抗体を含む医薬組成物の投与は、経口、皮下、静脈内、鼻内、耳内（ｉｎｔｒａｏｔｉｃａｌｌｙ）、経皮、粘膜、局所、例えばゲル、軟膏、ローション、クリーム等、腹腔内、筋内、肺内（例えば吸入可能な技術または肺送達システムを用いる）、経膣、非経口、直腸、または眼内を含む様々な方法でなされることができる。
【０１８８】
非経口投与のために用いられる典型的な配合物は、例えば無菌溶液、エマルジョンまたは懸濁液としての皮下、筋内または静脈内注射に適した配合物を含む。
一態様において、本明細書で記載される抗体は、例えば疾患を修正または防止する単独療法としての、対象に投与される唯一の療法的に有効な薬剤である。
【０１８９】
別の態様において、本明細書で記載される抗体は、Ｓ．アウレウスを標的とするためにカクテル中で、そのカクテルが例えば疾患を修正または防止する併用療法として対象に投与されるより多くの療法的に有効な薬剤を含有するように、さらなる抗体と組み合わせられ、例えば混合物または部分のキット中で組み合わせられる。
【０１９０】
あるいは、本明細書で記載される抗体は、標準的な処置、例えば抗生物質、ステロイド系および非ステロイド系の炎症阻害剤、ならびに／または他の抗体ベースの療法を含むがそれらに限定されない１種類以上の他の療法または予防剤との組み合わせで、例えば抗細菌または抗炎症剤を利用して投与される。
【０１９１】
併用療法は、特に、例えばＭＲＳＡ感染を処置するために用いられるような標準的な計画を利用している。これは、抗生物質、例えばチゲサイクリン、リネゾリド、メチシリンおよび／またはバンコマイシンを含むことができる。
【０１９２】
併用療法において、本明細書で記載される抗体は、混合物として、または１以上の他の療法計画と同時に（ｃｏｎｃｏｍｉｔａｎｔｌｙ）、例えば同時（ｃｏｎｃｏｍｉｔａｎｔ）療法の前、同時（ｓｉｍｕｌｔａｎｅｏｕｓｌｙ）もしくは後のいずれで投与されることもできる。
【０１９３】
本発明の別の側面は、本明細書で記載される抗体およびさらなる有効物質を異なる容器中に含む、療法的使用のためのキットを提供する。キットは、１種類以上の抗体に加えて、様々な他の療法剤および補助剤ならびに使用の準備ができた医薬配合物を調製するためのデバイスを含むことができる。キットは、療法的方法における使用のための説明書も含むことができる。そのような説明書は、例えば、キット中に含まれるデバイス上で提供されることができる。別の特定の態様において、キットは、目先の投与のために凍結乾燥物を再構成して注射溶液を生成するために使用前に混合されることができる薬学的に許容可能なキャリヤー（単数または複数）との組み合わせでの凍結乾燥形態の抗体を含む。
【０１９４】
本明細書で記載される抗体もしくは組み合わせ製剤またはそれぞれの医薬製剤の生物学的特性は、生体外で細胞、組織、および生物全体での実験において特性付けられることができる。当該技術で既知であるように、薬物は、疾患もしくは疾患モデルに対する処置に関する薬物の有効性を測定するために、または薬物の薬物動態、薬力学、毒性および他の特性を測定するために、しばしばマウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、およびサルを含むがそれらに限定されない動物においてインビボで試験される。動物は、疾患モデルと呼ばれ得る。療法は、しばしばヌードマウス、ＳＣＩＤマウス、異種移植マウス、およびトランスジェニックマウス（ノックインおよびノックアウトを含む）を含むがそれらに限定されないマウスにおいて試験される。そのような実験法は、適切な半減期、エフェクター機能、（交差）中和活性および／または能動もしくは受動免疫療法の際の免疫反応を有する療法薬として、または予防薬として用いられる抗体の可能性の決定のために意味のあるデータを提供することができる。あらゆる生物、好ましくは哺乳類が、試験のために用いられることができる。例えば、それらのヒトに対する遺伝的類似性のため、霊長類、サルが、適切な療法モデルである可能性があり、従って対象の薬剤または組成物の有効性、毒性、薬物動態、薬力学、半減期、または他の特性を試験するために用いられることができる。ヒトにおける試験が、最終的に薬物としての認可のために必要であり、従って、これらの実験は当然意図されている。従って、本明細書で記載される抗体または組み合わせ製剤および本発明のそれぞれの医薬組成物は、ヒトにおいてそれらの療法的もしくは予防的有効性、毒性、免疫原性、薬物動態、および／または他の臨床的特性を決定するために試験されることができる。
【０１９５】
本発明は、診断目的のための、例えば生物学的流体試料中の免疫試薬または標的としてのＩＧＢＰを検出する、およびその濃度を定量的に決定する方法における使用のための本発明の対象抗体も提供する。
【０１９６】
本発明は、試料を本発明の抗体と接触させる工程を含む、生物学的試料、例えば体液中のＩＧＢＰまたはＳ．アウレウス感染のレベルを検出するための方法も提供する。本発明の抗体は、あらゆる既知のアッセイ法、例えば（ＩｇＧ−Ｆｃ結合との競合における）競合結合アッセイ、直接および間接サンドイッチアッセイ、免疫沈降アッセイならびに酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）において用いられることができる。
【０１９７】
本発明に従って用いられる体液は、対象の生物学的試料、例えば組織抽出物、尿、血液、血清、便および痰を含む。
一態様において、方法は、固体支持体を、抗体が固体支持体の表面に結合することを可能にする条件において、標的、例えば本発明の抗体により標的とされるＩＧＢＰドメインの少なくとも１つと特異的に複合体を形成する過剰量の特定のタイプの抗体フラグメントと接触させることを含む。次いで、結果として得られる、抗体が結合している固体支持体は、体液試料と、生物学的流体中の標的が抗体に結合して標的−抗体複合体を形成するように、接触させられる。複合体は、検出可能なマーカーで標識されることができる。あるいは、標的または抗体のどちらかが、複合体の形成前に標識されることができる。例えば、検出可能なマーカー（標識）は、抗体にコンジュゲートしていることができる。次いで、複合体は、検出および定量的に決定され、それにより、生物学的流体試料中の標的を検出し、その濃度を定量的に決定することができる。
【０１９８】
特定の適用に関して、本発明の抗体は、有機分子、酵素標識、放射性標識、着色された標識、蛍光標識、発色性標識、発光性標識、ハプテン類、ジゴキシゲニン、ビオチン、金属錯体、金属、コロイド金およびそれらの混合物からなる群から選択される標的またはレポーター分子にコンジュゲートしている。標的またはレポーター分子にコンジュゲートした抗体は、例えば、例えばＳ．アウレウス感染またはそれと関係する疾患状態を診断するためのアッセイ系または診断法において用いられることができる。
【０１９９】
本発明の抗体は、例えば結合アッセイ（例えばＥＬＩＳＡ）および結合研究における前記のコンジュゲートの単純な検出を可能にする他の分子にコンジュゲートしていることができる。
【０２００】
以下の定義の主題は、本発明の態様であると考えられる：
１．プロテインＡ（ＳｐＡ）ドメインおよび免疫グロブリン結合タンパク質（Ｓｂｉ）ドメインであるＳｐＡ−Ａ、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、ＳｐＡ−Ｄ、ＳｐＡ−Ｅ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩからなる群から選択されるＩＧＢＰドメインの少なくとも３つを認識する交差特異性ＣＤＲ結合部位を含む、Ｓ．アウレウスの野生型免疫グロブリン結合タンパク質（ＩＧＢＰ）に特異的に結合することによりスタフィロコッカス・アウレウスに対抗する、またはそれを中和するモノクローナル抗体；ここで、その抗体は、Ｆ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定により決定されるような５×１０−９Ｍ未満のＫＤでＳｐＡ−Ｅに結合する親和性を有する。
【０２０１】
２．定義１の抗体であって、ＩＧＢＰドメインの少なくとも３つ、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも４、５、または６つを認識する抗体。
３．定義１または２の抗体であって、ＩＧＢＰドメインの少なくとも３つをそれぞれ５×１０−９Ｍ未満のＫＤで、好ましくはＩＧＢＰの少なくとも４または５つをそれぞれ５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する抗体。
【０２０２】
４．定義１〜３のいずれかの抗体であって、野生型ＳｐＡを、ＩｇＧ  ＦｃもしくはＶＨ３に対する結合を欠く変異体ＳｐＡと比較して、または変異体ＳｐＡＫＫもしくはＳｐＡＫＫＡＡと比較して少なくとも実質的に同じ親和性で、または実質的により高い親和性で認識する抗体；好ましくはここで、野生型ＳｐＡは、ＳＥＱ  ＩＤ  １４５により同定される配列を含み、場合によりさらにＳＥＱ  ＩＤ  １４６により同定される配列を含むＳｐＡドメインのいずれかであり、好ましくはそれは、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １３８を含む野生型ＳｐＡ−Ｄに結合する親和性およびアミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １４３を含む変異体ＳｐＡＫＫＡＡに結合する親和性を比較することにより決定される。
【０２０３】
５．定義１〜４のいずれかの抗体であって、ＳｐＡおよびＳｂｉの両方を認識する抗体。
６．定義１〜５のいずれかの抗体であって、ＳｐＡおよび場合によりＳｂｉのＩｇＧ−Ｆｃへの結合に競合する抗体。
【０２０４】
７．定義１〜６のいずれかの抗体であって、スタフィロコッカス・アウレウスを食細胞による増進されたオプソニン化貪食作用および殺傷により中和する抗体。
８．定義１〜６のいずれかの抗体であって、完全長モノクローナル抗体、結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含むその抗体フラグメント、または結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含む融合タンパク質である抗体；特にここで、その抗体は、ランダム化された、または人工アミノ酸配列を含む非天然存在抗体である。
【０２０５】
９．定義１〜８のいずれかの抗体であって、少なくとも表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられる抗体重鎖可変領域（ＶＨ）および場合により表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられる抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含む抗体（そのＣＤＲ配列は、Ｋａｂａｔの番号付けシステムに従って示されている）。
【０２０６】
１０．定義９の抗体であって、それが
ａ）表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＨドメインおよび表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＬドメインを含み；
ｂ）表１において列挙されている抗体のいずれかのＣＤＲ配列（ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６）のセットを含み；
ｃ）表１において列挙されている抗体のいずれかであり；または
ｄ）ａ）〜ｃ）の配列により特性付けられる親抗体の機能的に活性なバリアントであり、
好ましくはここで、
ｉ．機能的に活性なバリアントは、親抗体のＣＤＲ１〜ＣＤＲ６のいずれかの少なくとも１つの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み；かつ／または
ｉｉ．機能的に活性なバリアントは、ＶＨおよびＶＬ配列のいずれかのフレームワーク領域中に少なくとも１つの点変異を含み；
そしてさらにここで、
ｉｉｉ．機能的に活性なバリアントは、親抗体と同じエピトープに結合する特異性を有し；かつ／または
ｉｖ．機能的に活性なバリアントは、親抗体のヒト、ヒト化、キメラもしくはマウスおよび／もしくは親和性成熟バリアントである抗体。
【０２０７】
１１．定義９または１０の抗体であって、表１において列挙されているＣＤＲ配列のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み、その機能的に活性なＣＤＲバリアントが、以下：
ａ）親ＣＤＲ配列中の１、２もしくは３個の点変異；および／または
ｂ）親ＣＤＲ配列の４つのＣ末端もしくは４つのＮ末端または４つの中央アミノ酸位置のいずれかにおける１もしくは２個の点変異；および／または
ｃ）親ＣＤＲ配列との少なくとも６０％の配列同一性；
の少なくとも１つを含み、好ましくは、機能的に活性なＣＤＲバリアントが、あらゆるＣＤＲ配列中に１または２個の点変異を含む抗体。
【０２０８】
１２．定義９〜１１のいずれかの抗体であって、それが、群のメンバーｉ）〜ｖｉ）からなる群から選択され、ここで、
ｉ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  １３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  １４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７５からなり；
ｉｉ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３１からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３２からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３３からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９１からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９２からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９３からなり；
ｉｉｉ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １００のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４０からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４１からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４２からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １００からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０１からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０２からなり；
ｉｖ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０５からなり；
ｖ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４６からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４７からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４８からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０６からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０７からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０８からなり；
そして
ｖｉ）
Ａ）抗体は、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ６０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １２０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体は、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５８からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５９からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ６０からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１８からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１９からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６は、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １２０からなる抗体。
【０２０９】
１３．定義１〜１２のいずれかの抗体であって、Ｓ．アウレウス感染またはコロニー形成のリスクがある、またはそれを患っている対象の、対象における感染を制限するためまたは前記の感染の結果もたらされる疾患状態を改善するためまたはＳ．アウレウス疾患の病態形成、例えば肺炎、敗血症、菌血症、創傷感染、膿瘍、手術部位感染、眼内炎、フルンケル症、カルブンケル症、心内膜炎、腹膜炎、骨髄炎もしくは関節感染を阻害するために対象に有効量の抗体を投与することを含む処置における使用のための抗体。
【０２１０】
１４．定義１〜１２のいずれかの抗体を含む医薬製剤であって、好ましくは非経口または粘膜配合物を含み、場合により薬学的に許容可能なキャリヤーまたは賦形剤を含有する医薬製剤。
【０２１１】
１５．定義１〜１２のいずれかに従う抗体であって、高毒素産生ＭＲＳＡ感染症、例えば壊死性肺炎、ならびにフルンケル症およびカルブンケル症における毒素産生を含め、あらゆるＳ．アウレウス感染症を検出するための診断的使用のための抗体。
【０２１２】
１６．定義１〜１２のいずれかに従う抗体の診断製剤であって、場合により標識を有する抗体および／または標識を有するさらなる診断試薬を含有する診断製剤。
１７．定義１〜１２のいずれかに従う抗体をコードする単離された核酸。
【０２１３】
１８．定義１〜１２のいずれかに従う抗体の軽鎖および／または重鎖を発現するためのコード配列を含む組み換え発現カセットまたはプラスミド。
１９．定義１８の発現カセットまたはプラスミドを含む宿主細胞。
【０２１４】
２０．定義１〜１２のいずれかに従う抗体を生成する方法であって、定義１９に従う宿主細胞が、前記の抗体を産生する条件下で培養または維持される方法。
２１．親抗体の機能的に活性なバリアント抗体を生成する方法であって、その親抗体が、表１において列挙されているＣＤＲ配列により特性付けられる抗体のいずれかであり、その方法が、親抗体のフレームワーク領域（ＦＲ）もしくは定常ドメインのいずれかまたはＣＤＲ配列のいずれかにおいて少なくとも１個の点変異を設計してバリアント抗体を得ること、ならびにバリアント抗体の機能活性を１０−８Ｍ未満、好ましくは９×１０−９Ｍ未満のＫＤでＳｐＡおよび／またはＳｂｉに結合するその親和性により決定することを含み、ここで、機能活性を決定したら、機能的に活性なバリアント抗体が、組み換え生成法による生成のために選択される方法。
【０２１５】
前記の記載は、以下の実施例への参照により、より完全に理解されるであろう。しかしそのような実施例は、単に本発明の１以上の態様を実施する方法の代表的なものであり、本発明の範囲を限定するものとして読み取られるべきではない。
【実施例】
【０２１６】
実施例１：ＳｐＡおよびＳｂｉのＩｇＧ結合ドメインに相当するタンパク質ベイトの生成。
Ｓ．アウレウスの２種類のＩｇＧ結合タンパク質であるＳｐＡおよびＳｂｉは、多ドメインタンパク質であり、それぞれ５つおよび２つのＩｇＧ結合ドメインを含有する（図３）。ＳｐＡドメインＡ〜Ｅは、６３〜９１％のアミノ酸配列同一性を共有しており、２つのＳｂｉドメインは、互いに対してもＳｐＡドメインに対してもはるかに相同性が低い（２７〜３２％）（図４Ａ、Ｂ）。これらのドメインは、異なるＳ．アウレウス株において高度に保存されており、ＳｐＡは、Ｃ末端において５つのＩｇＧ結合ドメインの外側で配列のバリエーションを示す（ＳＥＱ  ＩＤ：１２１〜１３４）。Ｓ．アウレウスＩｇＧ結合タンパク質に結合するモノクローナル抗体の選択および特性付けを支援するため、プロテインＡ（ＳｐＡ）の５つのＩｇＧ結合ドメインおよびＳｂｉの２つのドメインを、大腸菌Ｔｕｎｅｒ  ＤＥ３細胞において組み換えにより生成させた。７つのドメインのＤＮＡ配列を、スタフィロコッカス・アウレウスＵＳＡ３００＿ＴＣＨ１５１６株の公開されたゲノム配列から得て（ＳＥＱ  ＩＤ  １３５〜１４１）、大腸菌での発現のために最適化した。Ｃ末端のＧｌｙ−Ｇｌｙ−Ｃｙｓアミノ酸を、それぞれの遺伝子に、ビオチンによる部位特異的標識を可能にするために付加した。ｐＥＴ１６ｂにおいてクローニングされた発現プラスミドを、大腸菌Ｔｕｎｅｒ  ＤＥ３において形質転換し、細胞を、３７℃において、０．６〜１．０のＯＤ６００に達するまで増殖させ、０．５ｍＭ  ＩＰＴＧにより３７℃で４時間誘導した。細胞のペレットを、ｂｅｎｚｏｎａｓｅ、ｒＬｙｓｏｓｙｍｅ（Ｎｏｖａｇｅｎ）およびプロテアーゼ阻害剤（Ｒｏｃｈｅ）を含有する５０ｍＭトリス、ｐＨ７．５＋１５０ｍＭ  ＮａＣｌおよび０．０５％  Ｔｗｅｅｎ  ２０（緩衝液Ａ）中で再懸濁し、細胞を、超音波処理により破壊した。透明になった溶解物を、緩衝液Ａで平衡化したＩｇＧ−セファロースＦＦ親和性マトリックス（Ｔｒｉｃｏｒｎ  １０／５０カラム中に５ｍｌが充填されたもの、ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）上に装填した。そのカラムを、緩衝液Ａで、続いて５ｍＭ酢酸ナトリウムｐＨ５．０で洗浄し、タンパク質を、０．５Ｍ酢酸ナトリウムｐＨ３．４で溶離した。標的タンパク質を含有する画分を中和し、還元し［１０ｍＭジチオスレイトール（ＤＴＴ）で４℃において約２時間］、さらに５０ｍＭリン酸ナトリウムｐＨ７．２＋１５０ｍＭ  ＮａＣｌ中で平衡化したＳｕｐｅｒｄｅｘ  ７５（１６／６０、ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）ゲル濾過カラムを用いて精製した。タンパク質を、純度（ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより）および単量体状態（サイズ排除により）に関して、ならびに機能性、すなわち（ＦｃおよびＶＨ３ドメインによる）ＩｇＧ１への結合に関して、実施例２において記載されているようにアッセイした。全てのタンパク質は、Ｃ末端システインにおいて、スルフヒドリル反応試薬ＥＺ−Ｌｉｎｋ  ビオチン−ＢＭＣＣ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いて標識された。未標識タンパク質に関して、遊離のＣｙｓを、ヨードアセトアミドでブロッキングした。
【０２１７】
実施例２：酵母発現ヒトＩｇＧライブラリーおよび野生型配列を有するＳｐＡ  ＩｇＧ結合ドメインを用いるヒトモノクローナル抗体の発見。
ＳｐＡおよびＳｂｉ結合モノクローナル抗体を、国際公開第２００９／０３６３７９Ａ２号、国際公開第２０１０１０５２５６号および国際公開第２０１２００９５６８号に従って開発した酵母ベースの抗体提示ライブラリーから選択した。
【０２１８】
おおよそ１０９の多様性を有する完全長ヒトＩｇＧ１抗体を発現するように操作された酵母細胞のライブラリーを、異なる濃度の天然完全長ＳｐＡ（Ｓ．アウレウスＮＣＴＣ  ８３２５から精製されたもの、Ｓｉｇｍａから購入、カタログ番号Ｐ６０３１）または組み換えＳｐａ−Ｄドメインと共にインキュベートし、前者はアミノ反応性試薬Ｓｕｌｆｏ−ＮＨＳ−ＬＣ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いてビオチン化されており、後者は上記の通りである。Ｆａｂドメインによる非特異的結合を避けるため、全てのＶＨ３生殖細胞系列配列は、選択のために用いられるライブラリーから排除された。これらのベイトに結合する能力を有する抗体を発現している酵母細胞を、磁気ビーズ選択および蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）により、数回の（５回までの）連続する選択ラウンドにおいてストレプトアビジン二次試薬を用いて分離した。次いで、抗体を、選択された酵母クローンに産生させ、プロテインＡ親和性クロマトグラフィーにより精製した。個々の可溶性ｍＡｂの標的タンパク質に対する結合を、ＦｏｒｔｅＢｉｏ  Ｏｃｔｅｔ  Ｒｅｄ機器［Ｐａｌｌ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ］を用いる干渉測定により確かめた；ビオチン化抗原を、ストレプトアビジンセンサー上に約２ｎｍのセンサー装填を与えるように固定した。抗体Ｆ（ａｂ’）２またはＦ（ａｂ）フラグメント（それぞれ５０〜１００および１００〜２００ｎＭ）の溶液（ＰＢＳ、ｐＨ７．２＋１％ＢＳＡ）中における会合および解離を、３０℃において会合相に関して３〜１０分間および解離相に関して３〜３０分間測定した。解離定数（ＫＤ値）を、会合および解離相をＯｃｔｅｔデータ分析ソフトウェアバージョン７を用いて１：１結合モデルに同時に当てはめることにより決定された速度論パラメーター（ｋｏｎおよびｋｏｆｆ）に基づいて計算した。
【０２１９】
選択の第１ラウンドにおいて、独特の配列を有する４６種類のｍＡｂが、２種類のベイトを用いて発見された。これらの抗体の非Ｆｃフラグメント依存性結合は、Ｆａｂフラグメントが用いられたため、親和性測定において既に証明された。ライブラリーは、ＶＨ３生殖細胞系列を含有しないように予め選択されたため、Ｆａｂの非特異的相互作用も、排除された。
【０２２０】
典型的には、ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントは、それぞれ酵母において生成された完全長ＩｇＧのパパインおよびペプシン消化により調製され、プロテインＡクロマトグラフィーにより精製された。Ｆａｂフラグメントは、Ｃａｐｔｕｒｅ  Ｓｅｌｅｃｔ  ＬＣ−カッパ親和性クロマトグラフィー（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）により精製され、一方でＦ（ａｂ’）２フラグメントは、ＣａｐｔｕｒｅＳｅｌｅｃｔ  ＩｇＧ−ＣＨ１親和性クロマトグラフィー（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）により精製された。選択された場合において、ｍＡｂは、ＣＨＯ細胞において完全ＩｇＧとして生成され、ｍＡｂＳｅｌｅｃｔ  ＳｕＲｅ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）親和性クロマトグラフィーにより精製され、Ｆ（ａｂ）２フラグメントは、酵母抗体に関して記載されたように生成および精製された。
【０２２１】
４６種類の抗体は、ＳｐＡの５つの異なるＩｇＧ結合ドメインに対する広い範囲の結合活性を有し、ＦｏｒｔeＢｉｏ  Ｏｃｔｅｔにより、ストレプトアビジンコートされたセンサーチップ上に固定されたビオチン化組み換えドメイン（５μｇ／ｍｌ）および１００ｎＭの濃度で添加されたＩｇＧのＦ（ａｂ’）２ドメイン（１％ＢＳＡを含むＰＢＳ（ｐＨ７．２）中）を用いて測定された異なるパターンを示した。この測定（図５）において、（３０℃において）１０分後の結合強度が、反応単位（ＲＵ）として表された。３種類のｍＡｂ−１００９２、１０３２２および１０３２３は、５つのドメイン全てに結合し、一方で他のｍＡｂは、１つのドメインのみまたは２〜４個のドメインに結合した。例えば、１２種類のｍＡｂが、ＳｐＡドメインＥに特異的であり（例えば１０２８９、１０３１４および１０３１９）、１種類のｍＡｂが、ドメインＡ（１０２７９）またはドメインＢ（１０２９６）またはドメインＣ（１０３１０）に特異的であった。１８種類の抗体が、３つのＮ末端ドメインＥ、ＤおよびＡに結合した。興味深いことに、多ドメイン結合性抗ＳｐＡ抗体は、ＳｂｉドメインＩも認識した。
【０２２２】
４６種類の抗体のうちの１２種類（図５において太字で示されている）が、連続する選択ラウンドにおける親和性成熟のために選択され、結果として合計７７種類の子孫をもたらした。向上した親和性でのＳｐＡに対する増大した抗体結合が、ほとんどの系列における子孫により観察された（例が図６Ａ、Ｂにおいて示されている；ここで、３０℃におけるＰＢＳ、ｐＨ７．２＋１％ＢＳＡ中における、１００ｎＭのＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２フラグメントの、ストレプトアビジンセンサー上に固定されたビオチン化天然ＳｐＡもしくは組み換えＳｐＡまたはＳｂｉドメインに対する会合が、（結合反応を与えるために）３分間測定され、一方で同じ緩衝液中での解離が３分間モニターされた）。
【０２２３】
親和性測定が、ＦｏｒｔｅＢｉｏ  Ｏｃｔｅｔ  Ｒｅｄ機器［Ｐａｌｌ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ］を用いる光学干渉により上記のように実施された。一般に、ＣＨＯに発現されたＩｇＧ由来のＦ（ａｂ’）２は、非還元ＳＤＳ−ＰＡＧＥから判断した際に、より純粋であり、すなわちより少ないＦａｂの混入を示し、酵母ＩｇＧ由来のＦ（ａｂ’）２よりも高い親和性（より低い解離定数）を示した。比較目的のために、その２つの源からのＦ（ａｂ’）２による親和性の値が、表１ｃにおいて示されている。
【０２２４】
ＳｐＡ  ＫＫＡＡと比較した野生型（ＷＴ）ＳｐＡに対する抗ＳｐＡ  ｍＡｂの選択性の測定のために、ｍＡｂのＳｐＡ−Ｄ（ＳＥＱ  ＩＤ  １３８）およびＳｐＡ−Ｄ  ＫＫＡＡ（ＳＥＱ  ＩＤ  １４３）に対する結合が、上記のようにビオチン化された抗原を用いて決定された。ＳｐＡ−Ｄ  ＫＫＡＡは、Ｑ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ＦＦカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）上での陰イオン交換クロマトグラフィーがＩｇＧ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ親和性クロマトグラフィーの代わりに用いられたこと；カラムが２０ｍＭトリス、ｐＨ８．０中で平衡化されたこと、そしてタンパク質が同じ緩衝液中での０〜１Ｍ  ＮａＣｌの直線勾配で溶離されたことを除いて、野生型ドメインに関して記載されたように、組み換えにより発現され、精製され、ビオチン化された。抗ＳｐＡ  ｍＡｂは、ＳｐＡ−Ｄ  ＫＫＡＡに関する優先性（ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅ）を有する３Ｆ６とは対照的に、ＫＫＡＡバリアントに対する低下した結合を示した（表１ｃ）。
【０２２５】
組み換えにより発現された抗体は、一連の翻訳後修飾を生じやすく、とりわけ、特にグルタミンが重鎖のＮ末端に存在する場合のピログルタミン酸形成、およびＣ末端リジン残基の切断（重鎖からも）が生じやすいことが知られている(Liu H, Ponniah G, Zhang HM, Nowak C, Neill A, Gonzalez-Lopez N, Patel R, Cheng G, Kita AZ, Andrien B. In vitro and in vivo modifications of recombinant and human IgG antibodies. MAbs. 2014;6(5):1145-54)。従って、ＣＨＯ細胞中で発現された選択された抗体に関して、試料の不均一性を避けるために、Ｎ末端のグルタミンは、グルタミン酸に変異させられ、Ｃ末端のリジンは、除去されて、Ｑ１ＥΔＫバリアントを与えた（例えばＳＥＱ  ＩＤ  １５３、１５５、１５７、１５９）。これらの変異は、ｍＡｂ特性、すなわち抗原結合およびＦｃ機能に影響を与えるとは予想されない(Liu H, Ponniah G, Zhang HM, Nowak C, Neill A, Gonzalez-Lopez N, Patel R, Cheng G, Kita AZ, Andrien B. In vitro and in vivo modifications of recombinant and human IgG antibodies. MAbs. 2014;6(5):1145-54)。
【０２２６】
抗ＳｐＡ  ｍＡｂのＦｃ領域における非免疫性ＳｐＡ結合部位の存在は、原理上、２つの機序によりＦｃ受容体結合に干渉し得る。可変および定常領域両方を介したｍＡｂの可能性のある貪欲な（ａｖｉｄ）結合は、Ｆｃガンマ受容体の会合を妨げ得る方向で細菌表面上にｍＡｂを与えるであろう。第２に、たとえＦｃが表面に結合したプロテインＡとの相互作用において会合しないであろう場合でさえも、（細菌表面から脱落した可能性がある）可溶性プロテインＡは、細菌上に与えられた抗体に結合し／それを架橋して、Ｆｃガンマ受容体の結合を立体的に妨げ得る。両方の機序が、結果として欠陥のあるＦｃガンマ受容体に媒介される食作用をもたらし得る。従って、抗ＳｐＡ  ｍＡｂのＦｃ領域において、当該技術においてＳｐＡ結合を低減する／消失させることが既知である変異、すなわちＨｉｓ４３５ＡｒｇおよびＴｙｒ４３６Ｐｈｅが導入された(Stapleton NM, Andersen JT, Stemerding AM, Bjarnarson SP, Verheul RC, Gerritsen J, Zhao Y, Kleijer M, Sandlie I, de Haas M, Jonsdottir I, van der Schoot CE, Vidarsson G. Competition for FcRn-mediated transport gives rise to short half-life of human IgG3 and offers therapeutic potential. Nat Commun. 2011 Dec 20;2:599；国際公開第２００３０６３７７２  Ａ２号)。これらの変異は、プロテインＡ結合を欠いていることが知られている天然存在ＩｇＧ３イソ型においても存在する。さらに、これらの残基は、Ｆｃガンマ受容体結合部位から離れているＣＨ２−ＣＨ３接触面に存在し、その変異は、抗体の免疫機能に干渉するとは予想されない(Deisenhofer, J. Crystallographic refinement and atomic models of a human Fc fragment and its complex with fragment B of Protein A from S. aureus at 2.9- and 2.8-A resolution, Biochemistry 20, 1981, 2361; Shields RL, Namenuk AK, Hong K, Meng YG, Rae J, Briggs J, Xie D, Lai J, Stadlen A, Li B, Fox JA, Presta LG. High resolution mapping of the binding site on human IgG1 for Fc gamma RI, Fc gamma RII, Fc gamma RIII, and FcRn and design of IgG1 variants with improved binding to the Fc gamma R. J Biol Chem. 2001 Mar 2;276(9):6591-604; Wines BD, Powell MS, Parren PW, Barnes N, Hogarth PM. The IgG Fc contains distinct Fc receptor (FcR) binding sites: the leukocyte receptors Fc gamma RI and Fc gamma RIIa bind to a region in the Fc distinct from that recognized by neonatal FcR and protein A. J Immunol. 2000 May 15;164(10):5313-8; Bruhns P, Iannascoli B, England P, Mancardi DA, Fernandez N, Jorieux S, Daeron M. Specificity and affinity of human Fcgamma receptors and their polymorphic variants for human IgG subclasses. Blood. 2009 Apr 16;113(16):3716-25)。１０９０１  ｍＡｂに関して、Ｈｉｓ４３５Ａｒｇ単一変異体（Ｒ、重鎖ＳＥＱ  ＩＤ  １６２、軽鎖ＳＥＱ  ＩＤ  １６３）およびＨｉｓ４３５Ａｒｇ、Ｔｙｒ４３６Ｐｈｅ二重変異体（ＲＦ、重鎖ＳＥＱ  ＩＤ  １６１、軽鎖ＳＥＱ  ＩＤ  １６３）が、ＣＨＯ細胞において生成され、ＭａｂＳｅｌｅｃｔ  ＳｕＲｅ親和性クロマトグラフィー（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）により精製され、それらの活性が、実施例５において記載されているようにＯＰＫアッセイにおいて試験された。加えて、三重‘ＱＲＦ’Ｆｃ変異体（Ｌｙｓ２７４Ｇｌｎ、Ｈｉｓ４３５Ａｒｇ、Ｔｙｒ４３６Ｐｈｅ）が、１０９０１に関して、それを単一‘Ｒ’および二重‘ＲＦ’変異体と比較する（実施例５）ために生成され（重鎖ＳＥＱ  ＩＤ  １６０、軽鎖ＳＥＱ  ＩＤ  １６３）、Ｌｙｓ２７４Ｇｌｎ変異は、ＦｃのＳ．アウレウス表面抗原ＳＳＬ１０への結合を妨げ(Patel D, Wines BD, Langley RJ, Fraser JD. Specificity of staphylococcal superantigen-like protein 10 toward the human IgG1 Fc domain. J Immunol. 2010 Jun 1;184(11):6283-92)、その三重変異体は、抗ＳｐＡ抗体のＯＰＫを増進することが報告された（国際公開第２０１３／０９６９４８号）。
【０２２７】
実施例３：抗ＳｐＡ  ｍＡｂの生きたＳ．アウレウス細胞に対する特異的結合
抗ＳｐＡ抗体の生きたＳ．アウレウス細菌に対する結合が、ＴＣＨ１５１６（ＵＳＡ３００  ＭＲＳＡ株）を用いて、フローサイトメトリーにより試験された。Ｆｃ結合へのあらゆる可能性のある干渉を排除するため、そしてその結合がＣＤＲ領域により媒介されていることを証明するため、抗体は、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２フラグメントのどちらかとして試験された。特に、（陰性対照抗体を含め）試験された抗体はいずれも、Ｆａｂ領域を介してＳｐＡに結合することが知られているＶＨ３ファミリーに属していなかった(Sasso et. al., 1991)。
【０２２８】
細菌を、１％カサミノ酸（Ａｍｒｅｓｃｏ）を補ったＲＰＭＩ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）中で対数増殖期の中間まで増殖させた。その培養物を、０．５％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ、ＰＡＡ）および０．０１％アジ化ナトリウムを補ったハンクス平衡塩溶液（ＨＢＳＳ、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で洗浄した。１×１０６個の細菌を、１０、２または０．４ｎＭの抗ＳｐＡ  Ｆ（ａｂ’）２フラグメントと共に氷上で４５分間インキュベートした。未結合の抗体を除去するための０．０１％アジ化ナトリウムを補ったＨＢＳＳでの洗浄後、細菌を、二次試薬としてのＡｌｅｘａ  ４８８標識ヤギ抗ヒトＩｇＧ  Ｆ（ａｂ’）２フラグメントを５００×で用いて染色した。フローベースのアッセイにおける細菌の同定のため、細菌を、さらに５μＭ  ＳＹＴＯ  ６２（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で室温（ＲＴ）において１０分間染色した後、ｉＣｙｔ  ｅｃｌｉｐｓｅフローサイトメーターを用いて測定した。データを、ＦＣＳ  Ｅｘｐｒｅｓｓソフトウェア（バージョン４、フロー研究版）を用いて分析した。
【０２２９】
Ｓ．アウレウス表面結合が、この発見研究の間に生成された１２３種類の抗ＳｐＡ  Ｆ（ａｂ’）２フラグメント全てに関して検出された。結合強度は、個々の抗体に関して低い〜非常に高いの範囲に及んでおり、０．４〜１００ｎＭの範囲で用量依存性であった（１０ｎＭの濃度を用いた例が、図７において示されている）。
【０２３０】
重要なことだが、無関係な抗原に特異的な陰性対照Ｆ（ａｂ’）２では、またはｓｐａおよびｓｂｉに関する遺伝子を欠いている同質遺伝子的変異体に対する抗ＳｐＡ  Ｆ（ａｂ’）２では、結合は検出されなかった（例が、図８において示されている）。
【０２３１】
ｆｏｒｔeＢｉｏにより測定された親と比較した結合および親和性における増大が、子孫の間で観察され、それは、典型的にはＳ．アウレウスに対する表面結合の向上と解釈された（例が、図９において示されている）。
【０２３２】
実施例４．抗ＳｐＡ抗体によるヒトＩｇＧのＳｐＡに対するＦｃに媒介される結合の阻害
ＩｇＧのＳｐＡに対する結合の阻害は、おそらくＳ．アウレウスのＩｇＧ結合タンパク質による免疫回避機序に対抗するための抗ＳｐＡ  ｍＡｂの重要な作用方式である。これが、２つの異なるアッセイ系において試験された。
【０２３３】
ｆｏｒｔeＢｉｏベースの結合アッセイにおいて、ビオチン化された天然完全長ＳｐＡが、ストレプトアビジンコートされたセンサー上に固定され（約２ｎｍの最終装填）、続いてセンサー上への抗ＳｐＡ  （ａｂ’）２（１０μｇ／ｍｌ）の会合（会合１）およびその後のヒト非ＶＨ３  ＩｇＧ（１０μｇ／ｍｌ）の会合（会合２）が行われた。全ての実験は、３０℃においてＰＢＳ、ｐＨ７．２＋１％  ＢＳＡ中で実施された。それぞれの会合の後、同じ緩衝液中での５分間の解離工程が行われた。次いで、第２会合の間に観察された％結合反応が、（抗ＳｐＡ  （ａｂ’）２フラグメントの非存在下での１００％結合に基づいて）計算された（例が、図１０において示されている）。１０２７２および１０８９３は、低い競合を示し、一方で１０８８６、１０９０１および１０９１９は、Ｆｃに媒介されるＩｇＧ結合の強力な阻害を示した。
【０２３４】
抗ＳｐＡ抗体のヒトＩｇＧのＳ．アウレウス細胞に対する結合への干渉が、フローサイトメトリーベースの表面染色アッセイにおいて試験された。Ｓ．アウレウス（ＴＣＨ１５１６  ｗｔ株）が、一定濃度（１００ｎＭ）の抗ＳｐＡ  Ｆ（ａｂ’）２フラグメントと共に事前にインキュベートされ、未結合のＦ（ａｂ’）２フラグメントを除去するための洗浄工程の後、細菌は、そのＣＤＲを介してＳ．アウレウスに結合しないＡｌｅｘａ  ４８８蛍光色素標識ヒトＩｇＧ  ｍＡｂと共にインキュベートされた。作用なしから有意な阻害までに及ぶ抗ＳｐＡ  Ｆ（ａｂ’）２フラグメントの広い範囲のＩｇＧ結合阻害活性が、検出された（例が、図１１において示されている）。例えば、１６０および３２ｎｇ／ｍｌの濃度の標識ヒトＩｇＧ（それぞれ１．０７および０．２１ｎＭ）を用いた実験設定において、１０２７９および１０３１３  Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは、効果がなく、一方で１００９２および１０２９８は、Ｓ．アウレウスに対するＩｇＧ結合を有意に（７０％に至るまで）低減した。
【０２３５】
実施例５．ヒト血清ＩｇＧの存在下での抗ＳｐＡ完全ＩｇＧのＳ．アウレウスへの結合。
ヒト血清は、ＳｐＡにそれらのＦｃ領域を介して結合することができる１０〜１４ｍｇ／ｍｌのＩｇＧを含有する。細菌が血清に囲まれておりＳｐＡがそれらのＦｃを介して結合した血清ＩｇＧに占められている場合に、抗ＳｐＡ  ｍＡｂが、細菌表面上のＳｐＡに結合して可能性のあるオプソニン化貪食作用を媒介することができるかどうか、という疑問に取り組んだ。これは、ヒト血清の存在下でＳ．アウレウスに結合する蛍光色素標識された抗ＳｐＡ  ｍＡｂを用いるフローサイトメトリーベースのアッセイにおいて試験された。このアッセイに関して、Ｓ．アウレウスＴＣＨ１５１６を、１％カサミノ酸を補ったＲＰＭＩ中で対数増殖期の中間まで増殖させた。その培養物を、０．５％ＢＳＡおよび０．０１％アジ化ナトリウムを補ったＨＢＳＳで洗浄した。１×１０６個の細菌を、３４６倍希釈したヒト血清（ＰＡＡ）（結果としておおよそ３５μｇ／ｍｌの総ＩｇＧを与える）と共に氷上で３０分間インキュベートし、血清ＩｇＧの細菌表面へのＦｃに媒介される結合を可能にした。このプレインキュベーションの後、細菌を、１〜１０ｎＭの濃度範囲（０．１５〜１．５μｇ／ｍｌ）の蛍光色素標識された抗ＳｐＡ完全ＩｇＧで暗所において氷上で４５分間染色した。試料を０．０１％アジ化ナトリウムを補ったＨＢＳＳで洗浄し、５μＭ  ＳＹＴＯ  ６２（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で室温において１０分間染色し、次いでｉＣｙｔ  ｅｃｌｉｐｓｅフローサイトメーターを用いて測定した。データを、ＦＣＳ  Ｅｘｐｒｅｓｓソフトウェア（バージョン４、フロー研究版）を用いて分析した。これらの実験において用いられた濃度は、１：２００、１：８０および１：２０の特定の抗体対総血清ＩｇＧの比率に対応する。ヒトにおけるこれらの比率は、ｍＡｂを２．５〜２５ｍｇ／ｋｇ体重の用量で投与することにより達成されることができる。
【０２３６】
競合する血清抗体の非存在下では、全ての抗ＳｐＡ  ｍＡｂだけでなく陰性対照抗体も、生きたＳ．アウレウスに対する結合を示した（特定の抗体およびＦｃ結合を識別することができない）。しかし、標識された陰性対照抗体の結合は、ＳｐＡ特異的ＩｇＧと比較して、総ＩｇＧ／標識された試験ＩｇＧの比率の増大に伴いはるかに速く低下することが観察された（例が、図１２において示されている）。これらのデータは、ＳｐＡ特異的ｍＡｂのＣＤＲに媒介される抗原結合が、たとえＦｃ結合部位が非特異的免疫グロブリンにより占められていても起こることを、確証している。これは、おそらく、おおよそ１０−７ＭのＫＤで個々のドメインに、そしておおよそ１０−８ＭのＫＤで全ての５つのドメインを有する完全長ＳｐＡに結合する、Ｆｃに媒介される結合を介してのみ会合する非ＳｐＡ特異的ＩｇＧと比較してより高い抗ＳｐＡ  ＣＤＲのＳｐＡに対する親和性および結合力（より速い会合およびより遅い解離）の結果である。最高の親和性のＳｐＡ特異的ｍＡｂは、少なくとも１対数高い親和性で結合する。
【０２３７】
この結論を支持するため、親和性成熟の前後の抗ＳｐＡ抗体の表面結合強度が比較された。全ての系列において、親和性成熟は、結果としてＳｐＡ特異的子孫ＩｇＧのそれらの親と比較して向上した結合をもたらした（例が、図１３において示されている）。
【０２３８】
実施例６：抗ＳｐＡモノクローナル抗体のオプソニン化貪食殺傷（ＯＰＫ）活性の測定。
病原体のオプソニン化貪食作用性の取り込みおよび食作用性の殺傷の増進は、細菌性病原体に対して産生された抗体の一般的な作用方式である。グラム陽性生物に対して、それは、グラム陽性細胞壁のために補体に媒介される殺傷が不可能であるため、主な抗細菌機序である。従って、酵母プラットフォーム由来の哺乳類細胞に発現された抗ＳｐＡ抗体が専門の食細胞の存在下でＳ．アウレウスの取り込みおよび殺傷に寄与することができるかどうかを評価することは、重要である。Ｓ．アウレウスの生存が、新しく単離されたヒト多形核細胞（ＰＭＮ）を用いるインビトロＯＰＫアッセイにおいて決定された。Ｓ．アウレウス  ＴＣＨ１５１６および同質遺伝子的ΔｓｐＡΔｓｂｉ変異体（特異性対照として用いられた）を、１％カサミノ酸を補ったＲＰＭＩ中で対数増殖期の中間まで増殖させた。次いで、その培養物を、アッセイ緩衝液（２ｍＭ  Ｌ−グルタミンおよび２ｍｇ／ｍｌ重炭酸ナトリウムを補ったＲＰＭＩ中５０ｇ／Ｌヒトアルブミン（Ａｌｂｉｏｍｉｎ、Ｂｉｏｔｅｓｔ））で洗浄し、８．６×１０４ＣＦＵ／ｍｌに希釈した。細菌（２０μｌ）を、１００μｇ／ｍｌの濃度の試験および対照ＩｇＧで３７℃において攪拌しながら１５分間事前にオプソニン化した。ヒト全血から２段階Ｐｅｒｃｏｌｌ勾配遠心分離により精製されたヒトＰＭＮ(Rouha et al., 2015)を、１．７×１０７細胞／ｍｌに希釈し、ハーフエリア平底９６ウェルプレート中に２５μｌの体積中で蒔いた。細胞を、（３７℃、５％ＣＯ２で）１５分間沈降させた後、事前にオプソニン化された細菌を細胞層に７５μｌの体積中で添加した。細菌およびＰＭＮを、５２５×ｇにおいて８分間の遠心分離により密集させた（同調させた）。３７℃および５％ＣＯ２において１時間のインキュベーション後、プレートを氷上に置くことにより反応を停止させた。ウェルの内容物を、１％サポニンの存在下で強く再懸濁し、食細胞を溶解させた。完全な細胞溶解を確実にするための氷上での追加の１０分間のインキュベーション工程の後、試料を水中で系列希釈し、１００μｌをトリプチックソイ寒天（ＴＳＡ）プレート上に２通りでまき、次の日のＣＦＵの計数のために３７℃で一夜インキュベートした。
【０２３９】
これらのアッセイにおいて、ＣＨＯがＩｇＧ１  ｍＡｂ（野生型プロテインＡに対して選択された）を発現することが観察され、Ｓ．アウレウスの生存における有意な低減が観察された（ｍＡｂ  １０９０１−図１４におけるＳＥＱ  ＩＤ  １５９、１６３に関する例を参照）。この作用は、ΔｓｐＡΔｓｂｉ変異体同質遺伝子的Ｓ．アウレウス株の殺傷が対照（非特異的ＩｇＧ１によりオプソニン化された）と異なっていなかったため、ＳｐＡに特異的であった。特に、Ｆｃに媒介されるＳｐＡ結合を低減する／消失させるために１０９０１に導入された全てのＦｃ変異（１０９０１＿ＱＲＦ  −  ＳＥＱ  ＩＤ  １６０、１６３；１０９０１＿ＲＦ  −  ＳＥＱ  ＩＤ  １６１、１６３；および１０９０１＿Ｒ  −  ＳＥＱ  ＩＤ  １６２、１６３）は、抗体のオプソニン化貪食作用効力をさらに増大させ、殺傷を約４０％から約８０％まで増大させた。
【０２４０】
実施例７．静脈内Ｓ．アウレウス負荷によるマウス菌血症／敗血症モデルにおける抗ＳｐＡＩｇＧの有効性試験
病原体特異的抗体を、それらが感染症からの保護に寄与するかどうかを決定するため、インビボモデルにおいて試験した。ＳｐＡ特異的抗体は、いくつかの作用方式、例えばＳｐＡの病毒性因子機能（例えばＩｇＧ−Ｆｃ結合）の阻害ならびに表面に発現されたＳｐＡを標的とすることによるＳ．アウレウスの食作用性の取り込みおよび殺傷の増進を有し得る。
【０２４１】
ＣＨＯ細胞で発現されたいくつかのＳｐＡ特異的ヒトＩｇＧ１抗体を、細菌の静脈内注射により誘導される致命的Ｓ．アウレウス負荷モデルにおいて試験した。Ｓ．アウレウス株ＴＣＨ１５１６（ＵＳＡ３００  ＣＡ−ＭＲＳＡ；ＢＡＡ−１７１７（商標）、ＡＴＣＣ）を、トリプチックソイブロス中で対数期の中間（０．５のＯＤ６００）まで増殖させ、静脈内注射のために希釈した（動物ごとに２×１０７ｃｆｕの負荷用量を含む１００μｌ）。全ての実験において、メスの６〜８週齢のＢＡＬＢ／ｃＪＲｊマウスを用いた。動物ごとに２×１０７ｃｆｕの負荷用量を、静脈内に適用した。細菌による致命的な静脈内負荷の２４時間前に、抗体による受動免疫を、５００μｌのＰＢＳ中で希釈されたｍＡｂの腹腔内注射により実施した。典型的には、１００μｇ  ｍＡｂ／動物（約５ｍｇ／ｋｇ）の用量を、５匹のマウス／群での３つの独立した実験（合計１５匹のマウス／ｍＡｂ処置）において用いた。対照群には、イソ型が一致する（ＩｇＧ１）無関係なｍＡｂを与えた。統計分析を、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ  ５．０４ソフトウェアを用いるログランク（マンテル−コックス）検定による生存曲線の分析により実施した。
【０２４２】
試験された全ての抗ＳｐＡ  ｍＡｂは、このモデルにおいて有意な保護を提供した（＜ｐ＝０．０１）（図１５）。
参考文献
【０２４３】
【化１】
2018512866.tif 000002
【０２４４】
【化２】
2018512866.tif 000003
【０２４５】
【化３】
2018512866.tif 000004
【図１−１】
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【図１−２】
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【図１−３】
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【図１−４】
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【図１−５】
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【図１−６】
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【図１−７】
2018512866.tif 000011
【図２−１】
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【図２−２】
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【図２−３】
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【図２−４】
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【図２−５】
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【図３】
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【図４】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【配列表】
2018512866000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成29年12月18日(2017.12.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
スタフィロコッカス・アウレウスの野生型ＳｐＡ−Ｅを特異的に認識し、且つ交差特異性で、スタフィロコッカス・アウレウスの少なくともＳｐＡ−Ａ及びＳｐＡ−Ｄをさらに認識するＣＤＲ結合部位を含み、
ａ）６個の相補性決定領域（ＣＤＲ）、ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６により特性付けられる、抗体重鎖可変領域（ＶＨ）及び抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含む抗体であって、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３がＶＨに含まれ、ＣＤＲ４、ＣＤＲ５及びＣＤＲ６がＶＬに含まれ、ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６の配列が表１において列挙されている抗体のいずれかである、上記抗体、又は
ｂ）ａ）の抗体（親抗体）の機能的に活性なバリアントであって、該機能的に活性なバリアントは、該親抗体のＣＤＲ１〜ＣＤＲ６配列のいずれかにおける１個以上の点変異により特性付けられ、それによりＣＤＲ変異体が得られ、該ＣＤＲ変異体が、それぞれの親ＣＤＲ配列と少なくとも６０％の配列同一性を有する、上記バリアント、
のいずれかである、スタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体であって、
該抗体は、野生型ＳｐＡ及び変異体ＳｐＡに、野生型ＳｐＡ−Ｄ及び変異体ＳｐＡ−Ｄへの結合により決定される少なくとも０．５の解離定数比ＫＤ（変異体ＳｐＡ）／ＫＤ（野生型ＳｐＡ）で結合し、該野生型ＳｐＡは、ＳＥＱ  ＩＤ  １３８で同定されるアミノ酸配列からなり、該変異体ＳｐＡは、ＳＥＱ  ＩＤ  １４３で同定されるアミノ酸配列からなる、
上記抗体。
【請求項２】
ＣＤＲ結合部位が、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、Ｓｂｉ−Ｉ、及びＳｂｉ−ＩＩの少なくとも１つをさらに認識する、請求項１に記載の抗体。
【請求項３】
免疫グロブリン結合タンパク質（ＩＧＢＰ）ドメインの少なくとも３つ、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも４つ、５つ、又は６つを認識し、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも３つを認識する、請求項１又は２に記載の抗体。
【請求項４】
少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−Ａ及びＳｐＡ−Ｄを認識する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項５】
ＳｐＡ及び場合によりＳｂｉのＩｇＧ−Ｆｃへの結合に競合する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項６】
完全長モノクローナル抗体、少なくともＣＤＲ結合部位を含むその抗体フラグメント、又は少なくともＣＤＲ結合部位を含む融合タンパク質であり、特にここで、抗体が、ランダム化された、又は人工のアミノ酸配列を含む非天然存在抗体である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項７】
機能的に活性なバリアントが、親抗体のヒト、ヒト化、キメラ、マウス及び／又は親和性成熟バリアントである、請求項１〜６のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項８】
機能的に活性なバリアントが親ＣＤＲ配列のいずれかにおいて１個以上の点変異を含み、親ＣＤＲ配列のそれぞれにおける点変異の数が０、１、２、又は３のいずれかである、請求項１〜７のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項９】
群のメンバーｉ）又はｉｉ）からなる群から選択され、ここで、
ｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；及び
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；及び
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；及び
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；及び
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；及び
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、又は
Ｂ）抗体が、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて少なくとも６０％の配列同一性を有し、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて０、１、２、又は３個のいずれかである点変異の数により特性づけられる、Ａの抗体の機能的に活性なバリアントである、
又は
ｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  １３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；及び
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  １４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；及び
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；及び
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；及び
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；及び
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、又は
Ｂ）抗体が、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて少なくとも６０％の配列同一性を有し、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて０、１、２、又は３個のいずれかである点変異の数により特性づけられる、Ａの抗体の機能的に活性なバリアントである、
請求項１〜８のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１０】
スタフィロコッカス・アウレウスの野生型ＳｐＡ−Ｅを特異的に認識し、且つ交差特異性で、スタフィロコッカス・アウレウスの少なくともＳｐＡ−Ａ及びＳｐＡ−Ｄをさらに認識するＣＤＲ結合部位を含み、６個の相補性決定領域（ＣＤＲ）、ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６により特性付けられる、抗体重鎖可変領域（ＶＨ）及び抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含む、スタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体であって、
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３がＶＨに含まれ、ＣＤＲ４、ＣＤＲ５及びＣＤＲ６がＶＬに含まれ、群のメンバーｉ）又はｉｉ）からなる群から選択され、ここで、
ｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；及び
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；及び
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；及び
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；及び
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；及び
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、又は
Ｂ）抗体が、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて少なくとも６０％の配列同一性を有する、Ａの抗体の機能的に活性なバリアントである、
又は
ｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  １３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；及び
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  １４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；及び
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；及び
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；及び
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；及び
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、又は
Ｂ）抗体が、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて少なくとも６０％の配列同一性を有する、Ａの抗体の機能的に活性なバリアントである、
上記抗体。
【請求項１１】
ＨＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５２〜１６２のいずれか、及びＬＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １６３を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１２】
対象における感染を制限するため、又は前記の感染の結果もたらされる疾患状態を改善するため、又はＳ．アウレウス疾患の病態形成、例えば肺炎、敗血症、菌血症、創傷感染、膿瘍、手術部位感染、眼内炎、フルンケル症、カルブンケル症、心内膜炎、腹膜炎、骨髄炎もしくは関節感染を阻害するために対象に有効量の抗体を投与することを含む、Ｓ．アウレウス感染又はコロニー形成のリスクがある、又はそれを患っている対象の処置における使用のための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１３】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体を含み、好ましくは非経口又は粘膜配合物を含み、場合により薬学的に許容可能なキャリヤー又は賦形剤を含有する、医薬製剤。
【請求項１４】
高毒素産生ＭＲＳＡ感染症、例えば壊死性肺炎、ならびにフルンケル症及びカルブンケル症における毒素産生を含め、あらゆるＳ．アウレウス感染症を検出するための診断的使用のための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１５】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体の診断製剤であって、場合により該抗体を標識及び／又は標識を有するさらなる診断試薬と共に含有する、上記診断製剤。
【請求項１６】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体をコードする、単離された核酸分子。
【請求項１７】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体の軽鎖及び重鎖を発現するためのコード配列を含む宿主細胞が、該抗体を生成する条件下で培養又は維持される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体を生成する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１５】
前記の記載は、以下の実施例への参照により、より完全に理解されるであろう。しかしそのような実施例は、単に本発明の１以上の態様を実施する方法の代表的なものであり、本発明の範囲を限定するものとして読み取られるべきではない。
ある態様において、本発明は以下であってもよい。
［態様１］Ｆ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定される５×１０−９Ｍ未満のＫＤで野生型ＳｐＡ−Ｅに特異的に結合するＣＤＲ結合部位を含み、該ＣＤＲ結合部位が、交差特異性であり、さらに少なくともＳｐＡ−ＡおよびＳｐＡ−Ｄを認識する、スタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体。
［態様２］ＣＤＲ結合部位が、さらにＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩの少なくとも１つを認識する、態様１に記載の抗体。
［態様３］免疫グロブリン結合タンパク質（ＩＧＢＰ）ドメインの少なくとも３つ、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも４つ、５つ、または６つを認識し、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも３つをそれぞれＦ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定される５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識し、好ましくはＩＧＢＰの少なくとも４つまたは５つをそれぞれ５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する、態様１または２に記載の抗体。
［態様４］少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−ＡおよびＳｐＡ−Ｄを、それぞれＦ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定されるような５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する、態様１〜３のいずれかに記載の抗体。
［態様５］野生型ＳｐＡを、変異体ＳｐＡＫＫＡＡと比較して、少なくとも実質的に同じ親和性で、または実質的により高い親和性で認識する、態様１〜４のいずれかに記載の抗体。
［態様６］ＳｐＡおよび場合によりＳｂｉのＩｇＧ−Ｆｃへの結合に競合する、態様１〜５のいずれかに記載の抗体。
［態様７］完全長モノクローナル抗体、結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含むその抗体フラグメント、または結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含む融合タンパク質であり、特にここで、抗体が、ランダム化された、または人工のアミノ酸配列を含む非天然存在抗体である、態様１〜６のいずれかに記載の抗体。
［態様８］少なくとも抗体重鎖可変領域（ＶＨ）および抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含み、抗体が、表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられ、かつ場合によりさらに表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられ、そのＣＤＲ配列が、Ｋａｂａｔの番号付けシステムに従って示されている、態様１〜７のいずれかに記載の抗体。
［態様９］ａ）表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＨドメインおよび表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＬドメインを含み；
ｂ）表１において列挙されている抗体のいずれかのＣＤＲ配列（ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６）のセットを含み；
ｃ）表１において列挙されている抗体のいずれかであり；または
ｄ）ａ）〜ｃ）の配列により特性付けられる親抗体の機能的に活性なバリアントであり、
好ましくはここで、
ｉ．該機能的に活性なバリアントが、親抗体のＣＤＲ１〜ＣＤＲ６のいずれかの少なくとも１つの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み；かつ／または
ｉｉ．該機能的に活性なバリアントが、ＶＨおよびＶＬ配列のいずれかのフレームワーク領域中に少なくとも１つの点変異を含み；
そしてさらにここで、
ｉｉｉ．該機能的に活性なバリアントが、親抗体と同じエピトープに結合する特異性を有し；かつ／または
ｉｖ．該機能的に活性なバリアントが、親抗体のヒト、ヒト化、キメラもしくはマウスおよび／もしくは親和性成熟バリアントである、
態様８に記載の抗体。
［態様１０］表１において列挙されているＣＤＲ配列のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み、ここで該機能的に活性なＣＤＲバリアントが、以下：
ａ）親ＣＤＲ配列中の１、２もしくは３個の点変異；および／または
ｂ）親ＣＤＲ配列の４つのＣ末端もしくは４つのＮ末端、もしくは４つの中央アミノ酸位置のいずれかにおける１もしくは２個の点変異；および／または
ｃ）親ＣＤＲ配列との少なくとも６０％の配列同一性；
の少なくとも１つを含み、好ましくはここで、該機能的に活性なＣＤＲバリアントが、あらゆるＣＤＲ配列中に１または２個の点変異を含む、態様８または９に記載の抗体。
［態様１１］群のメンバーｉ）〜ｖｉ）からなる群から選択され、ここで、
ｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  １３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  １４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７５からなり；
ｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３１からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３２からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３３からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９１からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９２からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９３からなり；
ｉｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １００のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４０からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４１からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４２からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １００からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０１からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０２からなり；
ｉｖ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０５からなり；
ｖ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４６からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４７からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４８からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０６からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０７からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０８からなり；
そして
ｖｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ６０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １２０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５８からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５９からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ６０からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１８からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１９からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １２０からなる、
態様８〜１０のいずれかに記載の抗体。
［態様１２］ＨＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５２〜１６２のいずれか、および場合によりＬＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １６３を含む、態様１〜７のいずれかに記載の抗体。
［態様１３］対象における感染を制限するため、または前記の感染の結果もたらされる疾患状態を改善するため、またはＳ．アウレウス疾患の病態形成、例えば肺炎、敗血症、菌血症、創傷感染、膿瘍、手術部位感染、眼内炎、フルンケル症、カルブンケル症、心内膜炎、腹膜炎、骨髄炎もしくは関節感染を阻害するために対象に有効量の抗体を投与することを含む、Ｓ．アウレウス感染またはコロニー形成のリスクがある、またはそれを患っている対象の処置における使用のための、態様１〜１２のいずれかに記載の抗体。
［態様１４］態様１〜１２のいずれかに記載の抗体を含み、好ましくは非経口または粘膜配合物を含み、場合により薬学的に許容可能なキャリヤーまたは賦形剤を含有する、医薬製剤。
［態様１５］高毒素産生ＭＲＳＡ感染症、例えば壊死性肺炎、ならびにフルンケル症およびカルブンケル症における毒素産生を含め、あらゆるＳ．アウレウス感染症を検出するための診断的使用のための、態様１〜１２のいずれかに記載の抗体。
［態様１６］態様１〜１２のいずれかに記載の抗体の診断製剤であって、場合により該抗体を標識および／または標識を有するさらなる診断試薬と共に含有する、上記診断製剤。
［態様１７］態様１〜１２のいずれかに記載の抗体をコードする、単離された核酸。
［態様１８］態様１〜１２のいずれかに記載の抗体の軽鎖および／または重鎖を発現するためのコード配列を含む宿主細胞が、該抗体を生成する条件下で培養または維持される、態様１〜１２のいずれかに記載の抗体を生成する方法。
【手続補正書】
【提出日】平成29年12月19日(2017.12.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
スタフィロコッカス・アウレウスの野生型ＳｐＡ−Ｅを特異的に認識し、且つ交差特異性で、スタフィロコッカス・アウレウスの少なくともＳｐＡ−Ａ及びＳｐＡ−Ｄをさらに認識するＣＤＲ結合部位を含み、
ａ）６個の相補性決定領域（ＣＤＲ）、ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６により特性付けられる、抗体重鎖可変領域（ＶＨ）及び抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含む抗体であって、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３がＶＨに含まれ、ＣＤＲ４、ＣＤＲ５及びＣＤＲ６がＶＬに含まれ、ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６の配列が表１において列挙されている抗体のいずれかである、上記抗体、又は
ｂ）ａ）の抗体（親抗体）の機能的に活性なバリアントであって、該機能的に活性なバリアントは、該親抗体のＣＤＲ１〜ＣＤＲ６配列のいずれかにおける１個以上の点変異により特性付けられ、それによりＣＤＲ変異体が得られ、該ＣＤＲ変異体が、それぞれの親ＣＤＲ配列と少なくとも６０％の配列同一性を有する、上記バリアント、
のいずれかである、スタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体であって、
該抗体は、野生型ＳｐＡ及び変異体ＳｐＡに、野生型ＳｐＡ−Ｄ及び変異体ＳｐＡ−Ｄへの結合により決定される少なくとも０．５の解離定数比ＫＤ（変異体ＳｐＡ）／ＫＤ（野生型ＳｐＡ）で結合し、該野生型ＳｐＡは、ＳＥＱ  ＩＤ  １３８で同定されるアミノ酸配列からなり、該変異体ＳｐＡは、ＳＥＱ  ＩＤ  １４３で同定されるアミノ酸配列からなる、
上記抗体。
【請求項２】
ＣＤＲ結合部位が、ＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、Ｓｂｉ−Ｉ、及びＳｂｉ−ＩＩの少なくとも１つをさらに認識する、請求項１に記載の抗体。
【請求項３】
免疫グロブリン結合タンパク質（ＩＧＢＰ）ドメインの少なくとも３つ、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも４つ、５つ、又は６つを認識し、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも３つを認識する、請求項１又は２に記載の抗体。
【請求項４】
少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−Ａ及びＳｐＡ−Ｄを認識する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項５】
ＳｐＡ及び場合によりＳｂｉのＩｇＧ−Ｆｃへの結合に競合する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項６】
完全長モノクローナル抗体、少なくともＣＤＲ結合部位を含むその抗体フラグメント、又は少なくともＣＤＲ結合部位を含む融合タンパク質であり、特にここで、抗体が、ランダム化された、又は人工のアミノ酸配列を含む非天然存在抗体である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項７】
機能的に活性なバリアントが、親抗体のヒト、ヒト化、キメラ、マウス及び／又は親和性成熟バリアントである、請求項１〜６のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項８】
機能的に活性なバリアントが親ＣＤＲ配列のいずれかにおいて１個以上の点変異を含み、親ＣＤＲ配列のそれぞれにおける点変異の数が０、１、２、又は３のいずれかである、請求項１〜７のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項９】
群のメンバーｉ）又はｉｉ）からなる群から選択され、ここで、
ｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；及び
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；及び
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；及び
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；及び
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；及び
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、又は
Ｂ）抗体が、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて少なくとも６０％の配列同一性を有し、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて０、１、２、又は３個のいずれかである点変異の数により特性づけられる、Ａの抗体の機能的に活性なバリアントである、
又は
ｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  １３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；及び
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  １４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；及び
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；及び
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；及び
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；及び
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、又は
Ｂ）抗体が、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて少なくとも６０％の配列同一性を有し、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて０、１、２、又は３個のいずれかである点変異の数により特性づけられる、Ａの抗体の機能的に活性なバリアントである、
請求項１〜８のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１０】
スタフィロコッカス・アウレウスの野生型ＳｐＡ−Ｅを特異的に認識し、且つ交差特異性で、スタフィロコッカス・アウレウスの少なくともＳｐＡ−Ａ及びＳｐＡ−Ｄをさらに認識するＣＤＲ結合部位を含み、６個の相補性決定領域（ＣＤＲ）、ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６により特性付けられる、抗体重鎖可変領域（ＶＨ）及び抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含む、スタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体であって、
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３がＶＨに含まれ、ＣＤＲ４、ＣＤＲ５及びＣＤＲ６がＶＬに含まれ、群のメンバーｉ）又はｉｉ）からなる群から選択され、ここで、
ｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；及び
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；及び
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；及び
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；及び
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；及び
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、又は
Ｂ）抗体が、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて少なくとも６０％の配列同一性を有する、Ａの抗体の機能的に活性なバリアントである、
又は
ｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  １３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；及び
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  １４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；及び
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；及び
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；及び
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；及び
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、又は
Ｂ）抗体が、ＣＤＲ配列のそれぞれにおいて少なくとも６０％の配列同一性を有する、Ａの抗体の機能的に活性なバリアントである、
上記抗体。
【請求項１１】
ＨＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５２〜１６２のいずれか、及びＬＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １６３を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１２】
対象における感染を制限するため、又は前記の感染の結果もたらされる疾患状態を改善するため、又はＳ．アウレウス疾患の病態形成、例えば肺炎、敗血症、菌血症、創傷感染、膿瘍、手術部位感染、眼内炎、フルンケル症、カルブンケル症、心内膜炎、腹膜炎、骨髄炎もしくは関節感染を阻害するために対象に有効量の抗体を投与することを含む、Ｓ．アウレウス感染又はコロニー形成のリスクがある、又はそれを患っている対象の処置における使用のための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１３】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体を含み、好ましくは非経口又は粘膜配合物を含み、場合により薬学的に許容可能なキャリヤー又は賦形剤を含有する、医薬製剤。
【請求項１４】
高毒素産生ＭＲＳＡ感染症、例えば壊死性肺炎、ならびにフルンケル症及びカルブンケル症における毒素産生を含め、あらゆるＳ．アウレウス感染症を検出するための診断的使用のための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１５】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体の診断製剤であって、場合により該抗体を標識及び／又は標識を有するさらなる診断試薬と共に含有する、上記診断製剤。
【請求項１６】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体をコードする、単離された核酸分子。
【請求項１７】
請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体の軽鎖及び重鎖を発現するためのコード配列を含む宿主細胞が、該抗体を生成する条件下で培養又は維持される、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の抗体を生成する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２１５】
前記の記載は、以下の実施例への参照により、より完全に理解されるであろう。しかしそのような実施例は、単に本発明の１以上の態様を実施する方法の代表的なものであり、本発明の範囲を限定するものとして読み取られるべきではない。
ある態様において、本発明は以下であってもよい。
［態様１］Ｆ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定される５×１０−９Ｍ未満のＫＤで野生型ＳｐＡ−Ｅに特異的に結合するＣＤＲ結合部位を含み、該ＣＤＲ結合部位が、交差特異性であり、さらに少なくともＳｐＡ−ＡおよびＳｐＡ−Ｄを認識する、スタフィロコッカス・アウレウスに対抗するモノクローナル抗体。
［態様２］ＣＤＲ結合部位が、さらにＳｐＡ−Ｂ、ＳｐＡ−Ｃ、Ｓｂｉ−Ｉ、およびＳｂｉ−ＩＩの少なくとも１つを認識する、態様１に記載の抗体。
［態様３］免疫グロブリン結合タンパク質（ＩＧＢＰ）ドメインの少なくとも３つ、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも４つ、５つ、または６つを認識し、好ましくはＩＧＢＰドメインの少なくとも３つをそれぞれＦ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定される５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識し、好ましくはＩＧＢＰの少なくとも４つまたは５つをそれぞれ５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する、態様１または２に記載の抗体。
［態様４］少なくともＳｐＡ−Ｅ、ＳｐＡ−ＡおよびＳｐＡ−Ｄを、それぞれＦ（ａｂ）２フラグメントに関する標準的な光学干渉測定法により決定されるような５×１０−９Ｍ未満のＫＤで認識する、態様１〜３のいずれかに記載の抗体。
［態様５］野生型ＳｐＡを、変異体ＳｐＡＫＫＡＡと比較して、少なくとも実質的に同じ親和性で、または実質的により高い親和性で認識する、態様１〜４のいずれかに記載の抗体。
［態様６］ＳｐＡおよび場合によりＳｂｉのＩｇＧ−Ｆｃへの結合に競合する、態様１〜５のいずれかに記載の抗体。
［態様７］完全長モノクローナル抗体、結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含むその抗体フラグメント、または結合部位を組み込む少なくとも１個の抗体ドメインを含む融合タンパク質であり、特にここで、抗体が、ランダム化された、または人工のアミノ酸配列を含む非天然存在抗体である、態様１〜６のいずれかに記載の抗体。
［態様８］少なくとも抗体重鎖可変領域（ＶＨ）および抗体軽鎖領域（ＶＬ）を含み、抗体が、表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられ、かつ場合によりさらに表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列のいずれか（または前記のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアント）により特性付けられ、そのＣＤＲ配列が、Ｋａｂａｔの番号付けシステムに従って示されている、態様１〜７のいずれかに記載の抗体。
［態様９］ａ）表１において列挙されているＣＤＲ１〜ＣＤＲ３配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＨドメインおよび表１において列挙されているＣＤＲ４〜ＣＤＲ６配列の組み合わせのいずれかにより特性付けられるＶＬドメインを含み；
ｂ）表１において列挙されている抗体のいずれかのＣＤＲ配列（ＣＤＲ１〜ＣＤＲ６）のセットを含み；
ｃ）表１において列挙されている抗体のいずれかであり；または
ｄ）ａ）〜ｃ）の配列により特性付けられる親抗体の機能的に活性なバリアントであり、
好ましくはここで、
ｉ．該機能的に活性なバリアントが、親抗体のＣＤＲ１〜ＣＤＲ６のいずれかの少なくとも１つの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み；かつ／または
ｉｉ．該機能的に活性なバリアントが、ＶＨおよびＶＬ配列のいずれかのフレームワーク領域中に少なくとも１つの点変異を含み；
そしてさらにここで、
ｉｉｉ．該機能的に活性なバリアントが、親抗体と同じエピトープに結合する特異性を有し；かつ／または
ｉｖ．該機能的に活性なバリアントが、親抗体のヒト、ヒト化、キメラもしくはマウスおよび／もしくは親和性成熟バリアントである、
態様８に記載の抗体。
［態様１０］表１において列挙されているＣＤＲ配列のいずれかの機能的に活性なＣＤＲバリアントを含み、ここで該機能的に活性なＣＤＲバリアントが、以下：
ａ）親ＣＤＲ配列中の１、２もしくは３個の点変異；および／または
ｂ）親ＣＤＲ配列の４つのＣ末端もしくは４つのＮ末端、もしくは４つの中央アミノ酸位置のいずれかにおける１もしくは２個の点変異；および／または
ｃ）親ＣＤＲ配列との少なくとも６０％の配列同一性；
の少なくとも１つを含み、好ましくはここで、該機能的に活性なＣＤＲバリアントが、あらゆるＣＤＲ配列中に１または２個の点変異を含む、態様８または９に記載の抗体。
［態様１１］群のメンバーｉ）〜ｖｉ）からなる群から選択され、ここで、
ｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  １３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  １４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  １５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ７５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ７５からなり；
ｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ３３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  ９３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３１からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３２からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ３３からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９１からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９２からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ９３からなり；
ｉｉｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １００のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０１のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０２のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４０からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４１からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４２からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １００からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０１からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０２からなり；
ｉｖ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０３のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０４のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０５のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個が、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４３からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４４からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４５からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０３からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０４からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０５からなり；
ｖ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ４８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０６のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０７のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １０８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４６からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４７からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ４８からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０６からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０７からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １０８からなり；
そして
ｖｉ）
Ａ）抗体が、以下：
ａ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ１；および
ｂ）ＳＥＱ  ＩＤ  ５９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ２；および
ｃ）ＳＥＱ  ＩＤ  ６０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ３；
を含み、かつ場合によりさらに以下：
ｄ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１８のアミノ酸配列からなるＣＤＲ４；および
ｅ）ＳＥＱ  ＩＤ  １１９のアミノ酸配列からなるＣＤＲ５；および
ｆ）ＳＥＱ  ＩＤ  １２０のアミノ酸配列からなるＣＤＲ６；
を含み、または
Ｂ）抗体が、Ａの抗体であり、ここでＣＤＲの少なくとも１個は、親ＣＤＲ中の少なくとも１個の点変異および親ＣＤＲとの少なくとも６０％の配列同一性を含む親ＣＤＲの機能的に活性なＣＤＲバリアントであり、ここで
ａ）親ＣＤＲ１が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５８からなり；
ｂ）親ＣＤＲ２が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ５９からなり；
ｃ）親ＣＤＲ３が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  ６０からなり；
ｄ）親ＣＤＲ４が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１８からなり；
ｅ）親ＣＤＲ５が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １１９からなり；
ｆ）親ＣＤＲ６が、アミノ酸配列ＳＥＱ  ＩＤ  １２０からなる、
態様８〜１０のいずれかに記載の抗体。
［態様１２］ＨＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １５２〜１６２のいずれか、および場合によりＬＣ配列ＳＥＱ  ＩＤ  １６３を含む、態様１〜７のいずれかに記載の抗体。
［態様１３］対象における感染を制限するため、または前記の感染の結果もたらされる疾患状態を改善するため、またはＳ．アウレウス疾患の病態形成、例えば肺炎、敗血症、菌血症、創傷感染、膿瘍、手術部位感染、眼内炎、フルンケル症、カルブンケル症、心内膜炎、腹膜炎、骨髄炎もしくは関節感染を阻害するために対象に有効量の抗体を投与することを含む、Ｓ．アウレウス感染またはコロニー形成のリスクがある、またはそれを患っている対象の処置における使用のための、態様１〜１２のいずれかに記載の抗体。
［態様１４］態様１〜１２のいずれかに記載の抗体を含み、好ましくは非経口または粘膜配合物を含み、場合により薬学的に許容可能なキャリヤーまたは賦形剤を含有する、医薬製剤。
［態様１５］高毒素産生ＭＲＳＡ感染症、例えば壊死性肺炎、ならびにフルンケル症およびカルブンケル症における毒素産生を含め、あらゆるＳ．アウレウス感染症を検出するための診断的使用のための、態様１〜１２のいずれかに記載の抗体。
［態様１６］態様１〜１２のいずれかに記載の抗体の診断製剤であって、場合により該抗体を標識および／または標識を有するさらなる診断試薬と共に含有する、上記診断製剤。
［態様１７］態様１〜１２のいずれかに記載の抗体をコードする、単離された核酸。
［態様１８］態様１〜１２のいずれかに記載の抗体の軽鎖および／または重鎖を発現するためのコード配列を含む宿主細胞が、該抗体を生成する条件下で培養または維持される、態様１〜１２のいずれかに記載の抗体を生成する方法。
【国際調査報告】
2018512866.tif 000031
2018512866.tif 000032
2018512866.tif 000033
2018512866.tif 000034
2018512866.tif 000035