(57)【要約】抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体を含むインテグリンベータ７アンタゴニストに対する応答性を予測するバイオマーカー、及びかかるバイオマーカーの使用方法が提供される。加えて、潰瘍性大腸炎及びクローン病を含む炎症性腸疾患などの胃腸炎症障害の治療方法が提供される。潰瘍性大腸炎及びクローン病を含む炎症性腸疾患の治療のためのかかる予測バイオマーカーの使用方法も提供される。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
胃腸炎症障害に罹患している患者の、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に対する応答を予測する方法であって、
前記患者から生物学的試料を得ることと、
生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを判定することと、
生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを参照Ｔｒｅｇ細胞レベルと比較することと、
前記生物学的試料中の前記Ｔｒｅｇ細胞レベルが前記参照Ｔｒｅｇ細胞レベルよりも高い場合、前記患者が前記療法に応答することを予測することと、を含む、前記方法。
【請求項２】
インテグリンベータ７アンタゴニスト治療に対する胃腸炎症障害患者の応答性を予測する方法であって、前記患者からの生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを判定することを含み、参照Ｔｒｅｇ細胞レベルと比較して上昇したＴｒｅｇ細胞レベルが、インテグリンベータ７アンタゴニスト治療に対して応答する可能性が高い患者として前記患者を特定する、前記方法。
【請求項３】
インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に応答する可能性が高いとして、胃腸炎症障害に罹患している患者を特定する方法であって、
（ａ）前記患者からの生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを測定することと、
（ｂ）（ａ）で測定したＴｒｅｇ細胞レベルを参照Ｔｒｅｇ細胞レベルと比較することと、
（ｃ）（ａ）における前記Ｔｒｅｇ細胞レベルが前記それぞれの参照Ｔｒｅｇ細胞レベルを超える場合、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に応答する可能性がより高いとして前記患者を特定することと、を含む、前記方法。
【請求項４】
胃腸炎症障害を有する患者を治療する方法であって、
（ａ）前記患者からの生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを測定することと、
（ｂ）（ａ）で測定したＴｒｅｇ細胞レベルを参照Ｔｒｅｇ細胞レベルと比較することと、
（ｃ）（ａ）で測定したＴｒｅｇ細胞レベルが前記参照Ｔｒｅｇ細胞レベルを超える場合、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に応答する可能性が高いとして前記患者を特定することと、
（ｄ）（ａ）で測定した前記Ｔｒｅｇ細胞レベルが前記参照Ｔｒｅｇ細胞レベルを超える場合、前記療法を施し、それにより、胃腸炎症障害を治療することと、を含む、前記方法。
【請求項５】
前記患者がＴＮＦナイーブである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記参照レベルが、胃腸炎症障害に罹患している患者集団における前記Ｔｒｅｇ細胞レベルである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記参照レベルが、胃腸炎症障害に罹患している患者のＴＮＦナイーブ集団における前記Ｔｒｅｇ細胞レベルである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記Ｔｒｅｇ細胞レベルが、前記生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞の割合として判定される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｔｒｅｇ細胞の割合が、前記生物学的試料中の脱メチル化ＦＯＸＰ３遺伝子のコピー数を前記生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数で除算することにより判定される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記方法が、脱メチル化ＦＯＸＰ３  Ｔｒｅｇ特異的脱メチル化領域（ＴＳＤＲ）のコピー数を判定することを含む、請求項８または請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記対照遺伝子が、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、及びＣＯＱ３から選択される、請求項９または請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
胃腸炎症障害に罹患している患者のインテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に対する応答を監視する方法であって、
第１の時点で前記患者から第１の生物学的試料を得ることと、
第２の時点で患者から第２の生物学的試料を得ることと、
第１の生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７細胞から選択される第１の細胞レベルを判定し、第２の生物学的試料中の第２のそれぞれの細胞レベルを判定することと、
第１の細胞レベルを第２の細胞レベルと比較することと、
前記第２の細胞レベルが前記第１の細胞レベルよりも高い場合、前記患者が臨床的寛解を経験する可能性が高いことを予測することと、を含む、前記方法。
【請求項１３】
胃腸炎症障害患者のインテグリンベータ７アンタゴニスト治療に対する応答性を監視する方法であって、第１の時点で採取された前記患者からの第１の生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７から選択される第１の細胞レベルを判定することと、第２の時点で採取された前記患者からの第２の生物学的試料中の前記第２のそれぞれの細胞レベルを判定することと、を含み、前記第１の生物学的試料と比較して、前記第２の生物学的試料中の高い前記細胞レベルが、臨床的寛解を経験する可能性が高い患者として前記患者を特定する、前記方法。
【請求項１４】
臨床的寛解を経験する可能性が高いとして、胃腸炎症障害に罹患しており、かつインテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法を行う患者を特定する方法であって、
ｅ）第１の時点で採取した前記患者からの第１の生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７から選択される第１の細胞レベルを測定することと、
ｆ）第２の時点で採取した前記患者からの第２の生物学的試料中の前記第２のそれぞれの細胞レベルを測定することと、
ｇ）前記第１の細胞レベルを前記第２の細胞レベルと比較することと、
ｈ）前記第２の細胞レベルが前記第１の細胞レベルよりも高い場合、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に対して臨床的寛解を経験する可能性が高いとして前記患者を特定することと、を含む、前記方法。
【請求項１５】
胃腸炎症障害を有する患者を治療する方法であって、
ｆ）第１の時点で前記患者からの第１の生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７から選択される第１の細胞レベルを測定することと、
ｇ）前記第１の時点の前または後に、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法を施すことと、
ｈ）第２の時点で前記患者からの第２の生物学的試料中の前記第２のそれぞれの細胞レベルを測定することであって、前記第２の時点が、前記第１の時点の後であり、前記療法の少なくとも２週間後である、前記測定することと、
ｉ）前記第１の細胞レベルを前記第２の細胞レベルと比較することと、
ｊ）前記第２の細胞レベルが前記第１の細胞レベルよりも高い場合、臨床的寛解を経験する可能性が高いとして前記患者を特定することと、
それにより、前記胃腸炎症障害を治療することと、を含む、前記方法。
【請求項１６】
前記細胞が、ＣＤ３＋Ｔ細胞である、請求項１２〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記細胞が、Ｔｒｅｇ細胞である、請求項１２〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記細胞が、Ｔｈ１７細胞である、請求項１２〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記第２の時点が、前記第１の時点の後である、請求項１２〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者が、前記第１の時点の後であるが、前記第２の時点の前にインテグリンベータ７アンタゴニストで治療を開始した、請求項１２〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記患者が、前記第１の時点の前にインテグリンベータ７アンタゴニストで治療を開始しており、少なくとも前記第２の時点まで治療を継続する、請求項１２〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記患者がＴＮＦナイーブである、請求項１２〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記患者がＴＮＦ不十分応答者である、請求項１２〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記細胞レベルが、前記生物学的試料中の細胞の割合として判定される、請求項１２〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記Ｔｒｅｇ細胞の割合が、前記生物学的試料中の脱メチル化ＦＯＸＰ３遺伝子のコピー数を前記生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数で除算することにより判定される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記方法が、脱メチル化ＦＯＸＰ３  Ｔｒｅｇ特異的脱メチル化領域（ＴＳＤＲ）のコピー数を判定することを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記Ｔ細胞の割合が、前記生物学的試料中の脱メチル化ＣＤ３Ｄ／Ｇ遺伝子のコピー数を前記生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数で除算することにより判定される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記Ｔｈ１７細胞の割合が、前記生物学的試料中の脱メチル化ＩＬ１７Ａ遺伝子のコピー数を前記生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数で除算することにより判定される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
前記対照遺伝子が、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、及びＣＯＱ３から選択される、請求項２５〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
前記脱メチル化遺伝子のコピー数を判定することが、ゲノムＤＮＡの亜硫酸水素塩の変換を含む、請求項９〜１１及び２５〜２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記脱メチル化遺伝子のコピー数を判定することが、定量ＰＣＲを含む、請求項９〜１１及び２５〜３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
１０５ｍｇの前記インテグリンベータ７アンタゴニストが４週間に１回皮下投与される、請求項４〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
初期用量である２１０ｍｇの前記インテグリンベータ７アンタゴニストが、皮下投与され、続いて第１の後続用量である２１０ｍｇの前記インテグリンベータ７アンタゴニストが、前記初期用量の２週間後に皮下投与され、第２の後続用量である２１０ｍｇの前記インテグリンベータ７アンタゴニストが、前記初期用量の４週間後に皮下投与され、第３の後続用量である２１０ｍｇの前記インテグリンベータ７アンタゴニストが、前記初期用量の８週間後に皮下投与され、第４の後続用量である２１０ｍｇの前記インテグリンベータ７アンタゴニストが、前記初期用量の１２週間後に皮下投与される、請求項４〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
前記胃腸炎症障害が、炎症性腸疾患である、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記炎症性腸疾患が、潰瘍性大腸炎またはクローン病である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎であり、前記応答が、臨床的応答、粘膜治癒、及び寛解から選択される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記生物学的試料が、末梢全血及び末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から選択される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記インテグリンベータ７アンタゴニストの投与が、（１）ＭＣＳのベースラインから３点の減少かつ３０％の低減、ならびに直腸出血サブスコアにおいて１点以上減少または０もしくは１の絶対直腸出血スコア、（２）０または１の内視鏡サブスコア、（３）個々のサブスコアが１を超えずにＭＣＳが２を超えない、のうちの１つ以上をもたらす、請求項３２〜３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
前記生物学的試料が、末梢全血、末梢血単核細胞、及び腸組織から選択される、請求項１〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療上の処置のために患者を可能性のある応答者及び非応答者に階層化するための、胃腸炎症障害に罹患している患者から得た生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを判定するためのキットの使用。
【請求項４１】
前記キットが、前記生物学的試料中の脱メチル化ＦＯＸＰ３遺伝子のコピー数を判定するための試薬を含む、請求項４０に記載の使用。
【請求項４２】
前記キットが、前記生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数を判定するための試薬をさらに含む、請求項４１に記載の使用。
【請求項４３】
前記対照遺伝子が、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、及びＣＯＱ３から選択される、請求項４２に記載の使用。
【請求項４４】
前記キットが、（ｉ）前記生物学的試料中の前記Ｔｒｅｇ細胞レベルを判定する、（ｉｉ）前記レベルを参照レベルと比較する、及び（ｉｉｉ）前記比較に基づき、前記患者をインテグリンベータ７アンタゴニスト応答者またはインテグリンベータ７アンタゴニスト非応答者のカテゴリに階層化するための指示を含む、請求項４０〜４３のいずれか１項に記載の使用。
【請求項４５】
インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療上の処置に対する前記患者の応答を監視するために、胃腸炎症障害に罹患している患者から得た生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７細胞から選択される細胞レベルを判定するためのキットの使用。
【請求項４６】
前記細胞が、ＣＤ３＋Ｔ細胞である、請求項４５に記載の使用。
【請求項４７】
前記細胞が、Ｔｒｅｇ細胞である、請求項４５に記載の使用。
【請求項４８】
前記細胞が、Ｔｈ１７細胞である、請求項４５に記載の使用。
【請求項４９】
前記キットが、前記生物学的試料中の脱メチル化遺伝子のコピー数を判定するための試薬を含む、請求項４５〜４８のいずれか１項に記載の使用。
【請求項５０】
前記脱メチル化遺伝子が、ＣＤ３Ｄ／Ｇ、ＦＯＸＰ３、及びＩＬ１７Ａから選択される、請求項４９に記載の使用。
【請求項５１】
前記キットが、前記生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数を判定するための試薬をさらに含む、請求項４９または請求項５０に記載の使用。
【請求項５２】
前記対照遺伝子が、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、及びＣＯＱ３から選択される、請求項５１に記載の使用。
【請求項５３】
前記キットが、（ｉ）第１の時点で採取された生物学的試料中の前記第１の細胞レベルを判定する、（ｉｉ）第２の時点で採取された生物学的試料中の前記第２の細胞レベルを判定する、（ｉｉｉ）前記第１のレベルを前記第２のレベルと比較する、及び（ｉｖ）前記比較に基づき、前記患者をインテグリンベータ７アンタゴニスト寛解者またはインテグリンベータ７アンタゴニスト非寛解者のカテゴリに階層化する、ための指示を含む、請求項４５〜５２のいずれか１項に記載の使用。
【請求項５４】
前記生物学的試料が、末梢全血、末梢血単核細胞、及び腸組織から選択される、請求項４０〜５３のいずれか１項に記載の使用。
【請求項５５】
前記インテグリンベータ７アンタゴニストが、モノクローナル抗ベータ７抗体である、請求項１〜３９のいずれか１項に記載の方法、または請求項４０〜５４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項５６】
前記抗ベータ７抗体が、キメラ抗体、ヒト抗体、及びヒト化抗体から選択される、請求項５５に記載の方法または使用。
【請求項５７】
前記抗ベータ７抗体が、抗体断片である、請求項５６に記載の方法または使用。
【請求項５８】
前記抗ベータ７抗体が、６つの超可変領域（ＨＶＲ）を含み、
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１が、アミノ酸配列Ａ１〜Ａ１１を含み、Ａ１〜Ａ１１が、ＲＡＳＥＳＶＤＴＹＬＨ（配列番号１）、ＲＡＳＥＳＶＤＳＬＬＨ（配列番号７）、ＲＡＳＥＳＶＤＴＬＬＨ（配列番号８）、もしくはＲＡＳＥＳＶＤＤＬＬＨ（配列番号９）、または配列番号１、７、８、もしくは９の変異形（配列番号２６）であり、アミノ酸Ａ２は、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ３は、Ｓ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択され、かつ／または、Ａ４は、Ｅ、Ｖ、Ｑ、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、及びＲからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ５は、Ｓ、Ｙ、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｔ、及びＶからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ６は、Ｖ、Ｒ、Ｉ、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、及びＱからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ７は、Ｄ、Ｖ、Ｓ、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、及びＴからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ８は、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｅ、Ｔ、Ｐ、及びＳからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ９は、Ｌ、Ｙ、Ｉ、及びＭからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ１０は、Ｌ、Ａ、Ｉ、Ｍ、及びＶからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ１１は、Ｈ、Ｙ、Ｆ、及びＳからなる群から選択され、
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２が、アミノ酸配列Ｂ１〜Ｂ８を含み、Ｂ１〜Ｂ８が、ＫＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２）、ＲＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２０）、もしくは
2018521661.tif 000011
（配列番号２１、
2018521661.tif 000012
は任意のアミノ酸を表す）、または配列番号２、２０、もしくは２１の変異形（配列番号２７）であり、アミノ酸Ｂ１は、Ｋ、Ｒ、Ｎ、Ｖ、Ａ、Ｆ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｉ、Ｌ、Ｙ、及び
2018521661.tif 000013
（
2018521661.tif 000014
は任意のアミノ酸を表す）からなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｂ４は、Ｓ及びＤからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｂ５は、Ｑ及びＳからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｂ６は、Ｓ、Ｄ、Ｌ、及びＲからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｂ７は、Ｉ、Ｖ、Ｅ、及びＫからなる群から選択され、
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３が、アミノ酸配列Ｃ１〜Ｃ９を含み、Ｃ１〜Ｃ９が、ＱＱＧＮＳＬＰＮＴ（配列番号３）または配列番号３の変異形（配列番号２８）であり、アミノ酸Ｃ８は、Ｎ、Ｖ、Ｗ、Ｙ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｆ、Ｈ、Ｉ  Ｌ、及びＭからなる群から選択され、
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１が、アミノ酸配列Ｄ１〜Ｄ１０を含み、Ｄ１〜Ｄ１０は、ＧＦＦＩＴＮＮＹＷＧ（配列番号４）であり、
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２が、アミノ酸配列Ｅ１〜Ｅ１７を含み、Ｅ１〜Ｅ１７が、ＧＹＩＳＹＳＧＳＴＳＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号５）、または配列番号５の変異形（配列番号２９）であり、アミノ酸Ｅ２は、Ｙ、Ｆ、Ｖ、及びＤからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ６は、Ｓ及びＧからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ１０は、Ｓ及びＹからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ１２は、Ｎ、Ｔ、Ａ、及びＤからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ１３は、Ｐ、Ｈ、Ｄ、及びＡからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ１５は、Ｌ及びＶからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ１７は、Ｓ及びＧからなる群から選択され、
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３が、アミノ酸配列Ｆ２〜Ｆ１１を含み、Ｆ２〜Ｆ１１が、ＭＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号６）もしくはＲＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１９）であるか、あるいは、アミノ酸配列Ｆ１〜Ｆ１１を含み、Ｆ１〜Ｆ１１が、ＡＭＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１６）、ＡＲＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１７）、もしくはＡＱＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１８）、または配列番号６、１６、１７、１８、もしくは１９の変異形（配列番号３０）であり、アミノ酸Ｆ２は、Ｒ、Ｍ、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓであり、かつ／または、アミノ酸Ｆ１１は、Ｆ及びＹからなる群から選択される、請求項５６に記載の方法または使用。
【請求項５９】
前記抗ベータ７抗体が、３つの重鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｈ１〜Ｈ３）配列、及び３つの軽鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｌ１〜Ｌ３）配列を含み、
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号７、配列番号８、または配列番号９を含み、
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２は、配列番号２を含み、
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号３を含み、
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号４を含み、
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５を含み、
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号６、配列番号１６、配列番号１７、または配列番号１９を含む、請求項５８に記載の方法または使用。
【請求項６０】
前記抗ベータ７抗体が、配列番号３１のアミノ酸配列を含む可変軽鎖、及び配列番号３２のアミノ酸配列を含む可変重鎖を含む、請求項５９に記載の方法または使用。
【請求項６１】
前記抗ベータ７抗体が、エトロリズマブである、請求項６０に記載の方法または使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１５年７月２７日に出願された米国仮出願第６２／１９７，２９３号、及び２０１５年１０月１４日に出願された米国仮出願第６２／２４１，３３１号の優先権の利益を主張するものであり、それらの各々があらゆる目的のために参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体を含むインテグリンベータ７アンタゴニストに対する応答性を予測するバイオマーカー、及びかかるバイオマーカーの使用方法が提供される。加えて、潰瘍性大腸炎及びクローン病を含む炎症性腸疾患などの胃腸炎症障害の治療方法が提供される。潰瘍性大腸炎及びクローン病を含む炎症性腸疾患の治療のためのかかる予測バイオマーカーの使用方法も提供される。
【背景技術】
【０００３】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、胃腸（ＧＩ）管の慢性炎症自己免疫状態であり、これは、臨床的に潰瘍性大腸炎（ＵＣ）またはクローン病（ＣＤ）のいずれかとして現れる。ＣＤは、全ＧＩ管のあらゆる部分に影響を及ぼす潜在性がある慢性貫壁性炎症疾患であり、ＵＣは、結腸の粘膜炎である。両方の状態は、日常生活の活動が妨害される、頻繁な腸運動、栄養失調、及び脱水を臨床的に特徴とする。ＣＤは、吸収不良、狭窄、及び瘻孔の発達を頻繁に伴い、手術が繰り返し必要な場合がある。ＵＣは、あまり頻繁ではないが、重度の血性下痢及び中毒性巨大結腸症を伴う場合があり、同様に手術が必要な場合がある。両方のＩＢＤ状態は、ＧＩ管の悪性病変のリスク増加に関連する。ＩＢＤの病因は複雑であり、病態形成の多くの態様が依然として不明確である。
【０００４】
副腎皮質ステロイド及び免疫調節薬療法（例えば、アザチオプリン、６  メルカプトプリン、及びメトトレキサート）による従来の療法は、副作用及び不耐性に関連し、維持療法（ステロイド）において利益性が証明されていないため、中程度から重度のＩＢＤの治療は、治療医師に重大な課題をもたらす。腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）を標的とするモノクローナル抗体、例えばインフリキシマブ（キメラ抗体）及びアダリムマブ（完全ヒト抗体）は、現在、ＣＤの管理に使用されている。インフリキシマブは有効性も示し、ＵＣにおける使用が承認されている。しかしながら、およそ１０％〜２０％のＣＤ患者は抗ＴＮＦ療法に対して一次非応答者であり、さらに約２０％〜３０％のＣＤ患者は経時的に応答を失う（Ｓｃｈｎｉｔｚｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｕｔ  ５８：４９２−５００（２００９））。抗ＴＮＦに関連する他の有害事象（ＡＥ）は、結核を含む細菌感染率の上昇、そしてさらに稀であるが、リンパ腫及び脱髄を含む（Ｃｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ  Ｃｌｉｎ  Ｐｒａｃｔ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ３：２２０（２００６）、Ｈｏｅｎｔｊｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｗｏｒｌｄ  Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．１５（１７）：２０６７（２００９））。現在利用可能な療法では、２０％〜３０％を超える慢性疾患を有するＩＢＤ患者において持続的寛解は達成されない（Ｈａｎａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ  ３５９：１５４１-４９（２００２）、Ｓａｎｄｂｏｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３５３：１９１２-２５（２００５））。加えて、大半の患者は、真の疾患修飾に相関する臨床転帰である持続的ステロイドフリー寛解及び粘膜治癒を達成しない。したがって、慢性使用、持続的寛解、特にステロイドフリー寛解を伴う改善された安全プロファイル、及び抗ＴＮＦ治療薬に対して全く応答しないか、または経時的に応答を失うかのいずれかのこれらの患者（ＴＮＦ不十分応答者またはＴＮＦ−ＩＲ患者）を含む、より多くの割合の患者における長期合併症の予防に最適化されるＩＢＤにおける追加の標的療法を開発することが必要である。
【０００５】
インテグリンは、白血球接着、シグナル伝達、増殖、及び遊走を含む多数の細胞プロセスにおいて、かつ遺伝子制御において役割を果たす、アルファ／ベータヘテロ二量体細胞表面糖タンパク質受容体である（Ｈｙｎｅｓ，Ｒ．Ｏ．，Ｃｅｌｌ，１９９２，６９：１１−２５及びＨｅｍｌｅｒ，Ｍ．Ｅ．，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９９０，８：３６５−３６８）。これは、内皮、上皮、及び細胞外基質タンパク質上の明確に異なる細胞接着分子（ＣＡＭ）に特異的に結合する、２つのヘテロ二量体の非共有結合的に相互作用するα及びβ膜貫通サブユニットから構成される。このようにして、インテグリンは、高度に制御された様式で血液からほぼ全ての組織部位への白血球の動員を補助する組織特異的な細胞接着受容体として機能し、正常な組織及び炎症部位への白血球のホーミングにおいて役割を果たすことができる（ｖｏｎ  Ａｎｄｒｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３４３：１０２０−３４（２０００））。免疫系において、インテグリンは、炎症プロセス中の白血球の輸送、接着、及び浸潤に関与する（Ｎａｋａｊｉｍａ，Ｈ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１９９４，１７９：１１４５−１１５４）。インテグリンの差次的発現は細胞の接着特性を制御し、異なるインテグリンは異なる炎症応答に関与する。（Ｂｕｔｃｈｅｒ，Ｅ．Ｃ．ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９６，２７２：６０−６６）。ベータ７含有インテグリン（すなわち、アルファ４ベータ７及びアルファＥベータ７）は、主に単球、リンパ球、好酸球、好塩基球、及びマクロファージ上で発現されるが、好中球上では発現されない（Ｅｌｉｃｅｓ，Ｍ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１９９０，６０：５７７−５８４）。
【０００６】
α４β７インテグリンは、小腸内のパイエル板、大腸内のリンパ濾胞、及び腸間膜リンパ節などの胃腸粘膜及び会合リンパ組織への細胞の遊走において重要である、白血球ホーミング受容体である。腸において、白血球のローリング及び粘膜内皮への強力な接着が、ケモカインからのシグナルによって開始され、粘膜アドレシン細胞接着分子（ＭＡｄＣＡＭ）−１-会合シアリルルイスＸを介して媒介される。ケモカインシグナル伝達は、低から高ＭＡｄＣＡＭ−１結合親和性への変更を経るようにα４β７インテグリンを誘導する。次いで白血球は、血管内皮を通って下層組織に至る溢出のプロセスを停止させ、開始する。この溢出プロセスは、正常な免疫細胞の再循環状態と炎症条件との両方において起こると考えられている（ｖｏｎ  Ａｎｄｒｉａｎら、上記）。浸潤物中のα４β７＋細胞の数及びリガンドＭＡｄＣＡＭ−１の発現は、ＵＣまたはＣＤを有する患者の胃腸管など、慢性炎症部位で高い（Ｂｒｉｓｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ  １５１：９７−１１０（１９９７）、Ｓｏｕｚａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｕｔ  ４５：８５６-６３（１９９９））。α４β７は、ＭＡｄＣＡＭ−１及び血管細胞接着分子（ＶＣＡＭ）−１を発現する内皮静脈、ならびに細胞外基質分子フィブロネクチン断片ＣＳ−１に優先的に結合する（Ｃｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６７：８３６６−７０（１９９２）、Ｒｕｅｇｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  １７：１７９−８９（１９９２）、Ｂｅｒｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  ７４：１８５−９５（１９９３））。腸粘膜血管内で構成的に発現されるＭＡｄＣＡＭ−１と一緒になって、α４β７インテグリンは、白血球の腸指向性において選択的な役割を果たすが、末梢組織またはＣＮＳへの白血球のホーミングには寄与しないようである。代わりに、末梢リンパ輸送が、ＶＣＡＭ−１とのα４β１の相互作用と関連付けられている（Ｙｅｄｎｏｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３５６：６３−６（１９９２）、Ｒｉｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ６４：１３３６−４２（２００５））。
【０００７】
もっぱらＴリンパ球上で発現され、粘膜組織と会合するβ７インテグリンファミリーの別のメンバーは、別名ＣＤ１０３として知られるαＥβ７インテグリンである。αＥβ７インテグリンは、上皮細胞上のＥ−カドヘリンに選択的に結合し、上皮内リンパ球区画内の粘膜組織内でのＴ細胞の保持において役割を果たすと提唱されている（Ｃｅｐｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５０：３４５９-７０（１９９３）、Ｋａｒｅｃｌａ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２５：８５２−６（１９９５））。粘膜固有層内のαＥβ７＋細胞は、ストレスを受けたか、または感染した上皮細胞に対して、細胞傷害性を示すと報告されている（Ｈａｄｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５９：３７４８−５６（１９９７）、Ｂｕｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ  ２０６：１７８−８５（２００５））。αＥβ７の発現は、ＣＤにおいて増加し（Ｅｌｅｗａｕｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｃｔａ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ  Ｂｅｌｇ  ６１：２８８−９４（１９９８）、Ｏｓｈｉｔａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｍｅｄ  １２：７１５−９（２００３））、抗αＥβ７抗体治療は、マウスにおける実験的大腸炎を減弱させることが報告されており、ＩＢＤの実験モデルにおけるαＥβ７＋リンパ球の役割が暗示されている（Ｌｕｄｖｉｋｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６２：４９７５−８２（１９９９））。
【０００８】
アルファＥベータ７に対するモノクローナル抗体の投与は、報告によれば、ＩＬ−２  −／−マウスにおいて免疫化誘導大腸炎を予防し、回復させ、炎症性腸疾患の発症及び維持がアルファＥベータ７を発現する粘膜固有層ＣＤ４＋リンパ球の結腸局在化に依存することを示唆する（Ｌｕｄｖｉｋｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９９，１６２（８）：４９７５−８２）。抗α４抗体（ナタリズマブ）は、報告によれば、ＣＤを有する患者の治療に有効性を有し（Ｓａｎｄｂｏｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２００５；３５３：１９１２−２５）、抗α４β７抗体（ＭＬＮ−０２、ＭＬＮ０００２、ベドリズマブ）は、報告によれば、ＵＣを有する患者に有効である（Ｆｅａｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２００５；３５２：２４９９−５０７）。第２の抗アルファ４／ベータ７抗体（ＡＭＧ  １８１）も開発中であり、臨床試験が最近始まった（ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ（ｄｏｔ）ｇｏｖ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ，ＮＣＴ０１１６４９０４，Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ  ２０１２）。これらの研究及び所見は、治療標的としてα４β７を認証し、α４β７及びＭＡｄＣＡＭ−１間の相互作用がＩＢＤの病態形成を媒介するという考えを支持する。したがって、ベータ７インテグリンのアンタゴニストは、ＩＢＤの治療における治療薬としての大きな潜在性がある。
【０００９】
β７インテグリンサブユニットを標的とするヒト化モノクローナル抗体が、以前に説明されている。例えば、米国特許公開第ＷＯ２００６／０２６７５９号を参照されたい。かかる抗体の１つであるｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）は、ラット抗マウス／ヒトモノクローナル抗体ＦＩＢ５０４に由来する（Ａｎｄｒｅｗ  ｅｔ  ａｌ．１９９４）。これは、ヒトＩｇＧ１重鎖及びκ１軽鎖フレームワークを含むように操作された。国際特許公開第ＷＯ２００６／０２６７５９号。ある特定の投薬レジメンに従うエトロリズマブのヒト患者への投与も以前に説明されている。例えば、国際特許公開第ＷＯ／２０１２／１３５５８９号を参照されたい。
【００１０】
ＲｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）は、α４β７（Ｈｏｌｚｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  ５６：３７-４６（１９８９）、Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８９：８２５４-８（１９９２））及びαＥβ７（Ｃｅｐｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５０：３４５９-７０（１９９３））と結合し、これらは、胃腸粘膜において、それぞれ、リンパ球サブセットの輸送及び保持を制御する。臨床研究は、ＣＤの治療のための抗α４抗体（ナタリズマブ）の有効性を示し（Ｓａｎｄｂｏｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３５３：１９１２-２５（２００５））、有望な結果が、抗α４β７抗体（ＬＤＰ０２／ＭＬＮ０２／ＭＬＮ０００２／ベドリズマブ）に関して、ＵＣの治療（Ｆｅａｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３５２：２４９９-５０７（２００５）、Ｆｅａｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６９（８）：６９９−７１０（２０１３））及びＣＤの治療（Ｓａｎｄｂｏｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６９（８）：７１１−７２１（２０１３））においても報告されている  これらの所見は、潜在的な治療標的としてα４β７を認証するのに役立ち、α４β７及び粘膜アドレシン細胞接着分子１（ＭＡｄＣＡＭ  １）間の相互作用が炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の病態形成に寄与することを支持する。
【００１１】
α４と結合し、したがって、α４β１及びα４β７の両方と結合するナタリズマブとは異なり、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、α４β７及びαＥβ７のβ７サブユニットに特異的に結合し、α４またはβ１インテグリンの個々のサブユニットに結合しない。これは、１００ｎＭまでの高い濃度で、抗体がα４β１＋α４β７−Ｒａｍｏｓ細胞の血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）への接着を阻害することができないことにより示された。重要なことには、ｒｈｕＭＡｂベータ７のこの特徴は選択性を示す。α４β１は発現するがβ７は発現しないＴ細胞サブセットは、ｒｈｕＭＡｂベータ７によって直接影響を受けるべきではない。
【００１２】
白血球ホーミングに対するｒｈｕＭＡｂベータ７の腸特異的作用の支持は、いくつかのインビトロ非臨床研究からくるものである。ＣＤ４５ＲＢｈｉｇｈＣＤ４＋Ｔ細胞で再構築された重度複合免疫不全（ＳＣＩＤ）マウスにおいて（大腸炎の動物モデル）、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、炎症性結腸に対する放射標識リンパ球のホーミングを遮断したが、脾臓、末梢リンパ器官に対するホーミングを遮断しなかった。例えば、米国特許公開第ＷＯ２００６／０２６７５９号を参照されたい。加えて、ラット−マウスキメラ抗マウスβ７（抗β７、ｍｕＦＩＢ５０４）は、多発性硬化症の動物モデルである実験的自己免疫性脳炎（ＥＡＥ）を有するミエリン塩基性タンパク質Ｔ細胞受容体（ＭＢＰ−ＴＣＲ）トランスジェニックマウスにおいて、中枢神経系（ＣＮＳ）炎症の組織学的程度を低減するか、または疾患生存を改善することができなかった。同上。さらに、カニクイザルにおける２つの安全性研究において、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、ヒトの腸ホーミングメモリー／エフェクターＴ細胞に表現型的に類似するサブセットである、主としてＣＤ４５ＲＡ−β７ｈｉｇｈ末梢血Ｔ細胞における顕著な（およそ３〜６倍）増加に起因した末梢血リンパ球数において適度の増加を誘導した。例えば、国際特許公開第ＷＯ２００９／１４０６８４号、Ｓｔｅｆａｎｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．１６２：１８５５−１８７０（２０１１）を参照されたい。対照的に、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、ヒトのナイーブＴ細胞に表現型的に類似するサブセットであるＣＤ４５ＲＡ＋β７中間体末梢血Ｔ細胞の数に対して最小限から全くの作用を有せず、ヒトの末梢ホーミングメモリー／エフェクターＴ細胞に表現型的に類似するサブセットであるＣＤ４５ＲＡ−β７ｌｏｗ末梢血Ｔ細胞の数に対して作用を有せず、腸ホーミングリンパ球亜集団に関してｒｈｕＭＡｂベータ７の特異性を確認する。国際特許公開第ＷＯ２００９／１４０６８４号、Ｓｔｅｆａｎｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．１６２：１８５５−１８７０（２０１１）を参照されたい。
【００１３】
臨床研究は、ＣＤ（Ｓａｎｄｂｏｒｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３５３：１９１２-２５（２００５））の治療に関して抗α４抗体（ナタリズマブ）の有効性を示し、有望な結果がＵＣの治療における抗α４β７抗体（ＬＤＰ０２／ＭＬＮ０２／ＭＬＮ０００２／ベドリズマブ）に関して報告されたが、これらの障害の治療においてさらなる改善が依然として必要である。例えば、ナタリズマブ治療は、ナタリズマブ及び免疫抑制剤での同時治療を受けたクローン病（及び個別に多発性硬化症）を有する患者における進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）の確定症例に関連している。ＰＭＬは、潜在的に、ポリオーマウイルス（ＪＣウイルス）の再活性化及び脳における活発なウイルス複製に関連する致死的な神経学的状態である。既知の介入は、ＰＭＬを確実に予防する、またはこれが生じた場合、ＰＭＬを適切に治療することができない。ベドリズマブ治療の１つの制限は、これが患者に不便であり得る静脈内投与され、望ましくないまたは有害な事象、例えば注入部位反応にも関連する可能性があることである。したがって、ＩＢＤ、例えば、潰瘍性大腸炎及びクローン病などの胃腸炎症障害の治療に対する改善された治療アプローチ、ならびにより望ましい投薬レジメンが必要である。
【００１４】
治療前に、患者が特定の治療薬または特定のクラスの治療薬に応答するかどうかはわからないことが多い。したがって、一般にＩＢＤ患者、そして特にＵＣ及びＣＤ患者が治療を求める場合、特定の患者に有効な治療薬（複数可）の探索にかかわる相当な試行錯誤がある。かかる試行錯誤は、最も有効な療法を見出すために、患者に相当なリスク及び不快感を伴うことが多い。したがって、どの患者がどの治療に応答するかを判定し、かかる判定をより有効なＩＢＤ患者のための治療レジメンに組み込むためのより有効な手段が必要である。
【００１５】
したがって、抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体を含む、様々なＩＢＤ治療薬による治療に応答する可能性が高い患者を客観的に特定するために使用することができる、予測診断方法を含む、追加の診断方法を有することが非常に有利であろう。したがって、潰瘍性大腸炎、クローン病、ならびに他の炎症性腸疾患に関連し、抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体での治療に対する応答を予測する新しいバイオマーカーを特定することが引き続き必要である。加えて、かかる関連について統計的及び生物学的に有意であり再現可能な情報は、抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体での治療から大きな利益を受けると予想されるであろう、例えば、治療薬がかかる特定のＵＣまたはＣＤ患者亜集団において治療上の利益のものである、またはそうであると臨床研究において示された、ＵＣまたはＣＤ患者、例えばＴＮＦ−ＩＲ患者の特定のサブセットを特定する目的で不可欠な構成成分として利用され得る。
【００１６】
本明細書に記載の発明は、上述の必要性をいくらか満たし、他の利点を提供する。
【００１７】
特許出願及び刊行物を含め、本明細書に引用される参考文献は全て、あらゆる目的のために、参照によりそれらの全体が組み込まれる。
【発明の概要】
【００１８】
本発明の方法は、少なくとも一部、患者から得た生物学的試料、例えば血液中のある特定の細胞、例えば、Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及び／またはＴｈ１７細胞レベルが胃腸炎症障害に罹患している患者の、インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療に対する応答性を予測するという発見に基づく。
【００１９】
いくつかの実施形態では、胃腸炎症障害に罹患している患者のインテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に対する応答を予測する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、
患者から生物学的試料を得ることと、
生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを判定することと、
生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを参照Ｔｒｅｇ細胞レベルと比較することと、
生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルが参照Ｔｒｅｇ細胞レベルよりも高い場合、患者が療法に応答することを予測することと、を含む。
【００２０】
いくつかの実施形態では、インテグリンベータ７アンタゴニスト治療に対する胃腸炎症障害患者の応答性を予測する方法は、患者からの生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを判定することを含み、参照Ｔｒｅｇ細胞レベルと比較して上昇したＴｒｅｇ細胞レベルは、インテグリンベータ７アンタゴニスト治療に対して応答する可能性が高い患者として患者を特定する。いくつかの実施形態では、上昇したＴｒｅｇ細胞レベルは、試料中のＴｒｅｇ細胞の特定の比率または割合よりも大きいレベルである。いくつかの実施形態では、上昇したＴｒｅｇ細胞レベルは、試料中の細胞の約１．２％、または約１．２５％、または約１．２８％、または約１．３％、または約１．３２％以上であるレベルである。いくつかの実施形態では、試料は末梢血試料である。
【００２１】
いくつかの実施形態では、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に応答する可能性が高いとして、胃腸炎症障害に罹患している患者を特定する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、
（ａ）患者からの生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを測定することと、
（ｂ）（ａ）で測定したＴｒｅｇ細胞レベルを参照Ｔｒｅｇ細胞レベルと比較することと、
（ｃ）（ａ）におけるＴｒｅｇ細胞レベルがそれぞれの参照Ｔｒｅｇ細胞レベルを超える場合、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に応答する可能性が高いとして前記患者を特定することと、を含む。
【００２２】
いくつかの実施形態では、胃腸炎症障害を有する患者の治療方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、
（ａ）患者からの生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを測定することと、
（ｂ）（ａ）で測定したＴｒｅｇ細胞レベルを参照Ｔｒｅｇ細胞レベルと比較することと、
（ｃ）（ａ）で測定したＴｒｅｇ細胞レベルが参照Ｔｒｅｇ細胞レベルを超える場合、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に応答する可能性が高いとして前記患者を特定することと、
（ｄ）（ａ）で測定したＴｒｅｇ細胞レベルが参照Ｔｒｅｇ細胞レベルを超える場合、療法を施し、それにより、胃腸炎症障害を治療することと、を含む。
【００２３】
いくつかの実施形態では、患者はＴＮＦナイーブである。
【００２４】
いくつかの実施形態では、参照レベルは、胃腸炎症障害に罹患している患者集団におけるＴｒｅｇ細胞レベルである。いくつかの実施形態では、参照レベルは、胃腸炎症障害に罹患している患者のＴＮＦナイーブ集団におけるＴｒｅｇ細胞レベルである。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇ細胞レベルは、生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞の割合として判定される。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇ細胞の割合は、生物学的試料中の脱メチル化ＦＯＸＰ３遺伝子のコピー数を生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数で除算することにより判定される。いくつかの実施形態では、本方法は、脱メチル化ＦＯＸＰ３  Ｔｒｅｇ特異的脱メチル化領域（ＴＳＤＲ）のコピー数を判定することを含む。いくつかの実施形態では、対照遺伝子は、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、及びＣＯＱ３から選択される。
【００２５】
いくつかの実施形態では、胃腸炎症障害に罹患している患者のインテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に対する応答を監視する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、
第１の時点で患者から第１の生物学的試料を得ることと、
第２の時点で患者から第２の生物学的試料を得ることと、
第１の生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７細胞から選択される第１の細胞レベルを判定し、第２の生物学的試料中の第２のそれぞれの細胞レベルを判定することと、
第１の細胞レベルを第２の細胞レベルと比較することと、
第２の細胞レベルが第１の細胞レベルよりも高い場合、患者が臨床的寛解を経験する可能性が高いことを予測することと、を含む。
【００２６】
いくつかの実施形態では、胃腸炎症障害患者のインテグリンベータ７アンタゴニスト治療に対する応答性を監視する方法は、第１の時点で採取された患者からの第１の生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７から選択される第１の細胞レベルを判定することと、第２の時点で採取された患者からの第２の生物学的試料中の第２のそれぞれの細胞レベルを判定することと、を含み、第１の生物学的試料と比較して、第２の生物学的試料中の高い細胞レベルは、臨床的寛解を経験する可能性が高い患者として患者を特定する。
【００２７】
いくつかの実施形態では、臨床的寛解を経験する可能性が高いとして、胃腸炎症障害に罹患しており、かつインテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法を行う患者を特定する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本方法は、
ａ）第１の時点で採取した患者からの第１の生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７から選択される第１の細胞レベルを測定することと、
ｂ）第２の時点で採取した患者からの第２の生物学的試料中の第２のそれぞれの細胞レベルを測定することと、
ｃ）第１の細胞レベルを第２の細胞レベルと比較することと、
ｄ）第２の細胞レベルが第１の細胞レベルよりも高い場合、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に対して臨床的寛解を経験する可能性が高いとして患者を特定することと、を含む。
【００２８】
いくつかの実施形態では、胃腸炎症障害を有する患者の治療方法は、
ａ）第１の時点で患者からの第１の生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７から選択される第１の細胞レベルを測定することと、
ｂ）第１の時点の前または後に、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法を施すことと、
ｃ）第２の時点で患者からの第２の生物学的試料中の第２のそれぞれの細胞レベルを測定することであって、第２の時点が、第１の時点の後であり、療法の少なくとも２週間後である、該測定することと、
ｄ）第１の細胞レベルを第２の細胞レベルと比較することと、
ｅ）第２の細胞レベルが第１の細胞レベルよりも高い場合、臨床的寛解を経験する可能性が高いとして患者を特定し、
それにより、胃腸炎症障害を治療することと、を含む。
【００２９】
いくつかの実施形態では、細胞はＣＤ３＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞はＴｒｅｇ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞はＴｈ１７細胞である。
【００３０】
いくつかの実施形態では、第２の時点は、第１の時点の後である。いくつかの実施形態では、患者は、第１の時点の後であるが、第２の時点の前にインテグリンベータ７アンタゴニストで治療を開始した。いくつかの実施形態では、患者は、第１の時点の前にインテグリンベータ７アンタゴニストで治療を開始し、少なくとも第２の時点まで治療を継続する。いくつかの実施形態では、第２の時点は、治療開始２〜１０週間後、または治療開始２〜９週間後、または２〜８週間後、または２〜７週間後、または２〜６週間後、または２〜５週間後、または２〜４週間後である。いくつかの実施形態では、第２の時点は、治療開始１０〜３０週間後、または治療開始１０〜２６週間後、または治療開始１０〜２２週間後、または治療開始１０〜１８週間後、または治療開始１０〜１４週間後である。いくつかの実施形態では、第１の時点は、治療が開始される前である。いくつかの実施形態では、第１の時点は、治療が開始される４週間前以内、または治療が開始される３週間前以内、または２週間前以内、または１週間前以内、または５日前以内、または４日前以内、または３日前以内、または２日前以内、または１日前以内である。
【００３１】
いくつかの実施形態では、患者はＴＮＦナイーブである。いくつかの実施形態では、患者はＴＮＦ不十分応答者である。
【００３２】
いくつかの実施形態では、細胞レベルは、生物学的試料中の細胞の割合として判定される。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇ細胞の割合は、生物学的試料中の脱メチル化ＦＯＸＰ３遺伝子のコピー数を生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数で除算することにより判定される。いくつかの実施形態では、本方法は、脱メチル化ＦＯＸＰ３  Ｔｒｅｇ特異的脱メチル化領域（ＴＳＤＲ）のコピー数を判定することを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞の割合は、生物学的試料中の脱メチル化ＣＤ３Ｄ／Ｇ遺伝子のコピー数を生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数で除算することにより判定される。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７細胞の割合は、生物学的試料中の脱メチル化ＩＬ１７Ａ遺伝子のコピー数を生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数で除算することにより判定される。いくつかの実施形態では、対照遺伝子は、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、及びＣＯＱ３から選択される。
【００３３】
いくつかの実施形態では、脱メチル化遺伝子のコピー数を判定することは、ゲノムＤＮＡの亜硫酸水素塩の変換を含む。いくつかの実施形態では、脱メチル化遺伝子のコピー数を判定することは、定量ＰＣＲを含む。
【００３４】
いくつかの実施形態では、応答は、臨床的寛解である。いくつかの実施形態では、応答は、粘膜治癒である。いくつかの実施形態では、応答は、臨床的応答である。ある特定の実施形態では、患者における寛解は、絶対Ｍａｙｏ臨床スコアが２未満であり、かつ個々のサブスコアが１を超えないとき、誘導されると判定され、これは臨床的寛解とも称される。ある特定の実施形態では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査により評価されたときに０または１の内視鏡サブスコアを有すると判定されるとき、粘膜治癒が生じたと判定される。ある特定のかかる実施形態では、粘膜治癒を経験する患者は、０の内視鏡サブスコアを有すると判定される。ある特定の実施形態では、患者がＭＣＳのベースラインから３点の減少かつ３０％の低減、ならびに直腸出血サブスコアにおいて１点以上減少または０もしくは１の絶対直腸出血スコアを経験するとき、臨床的応答が生じたと判定される。
【００３５】
いくつかの実施形態では、患者はヒトである。いくつかの実施形態では、患者は、以前に抗ＴＮＦ治療薬で治療されていない。いくつかの実施形態では、胃腸炎症障害は、炎症性腸疾患である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患は、潰瘍性大腸炎またはクローン病である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患は、潰瘍性大腸炎であり、応答は、臨床的応答、粘膜治癒、及び寛解から選択される。いくつかの実施形態では、患者における寛解は、絶対Ｍａｙｏ臨床スコアが２未満であり、かつ個々のサブスコアが１を超えないとき、誘導されると判定され、これは臨床的寛解とも称される。ある特定の実施形態では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査により評価されたときに０または１の内視鏡サブスコアを有すると判定されるとき、粘膜治癒が生じたと判定される。ある特定のかかる実施形態では、粘膜治癒を経験する患者は、０の内視鏡サブスコアを有すると判定される。ある特定の実施形態では、患者がＭＣＳのベースラインから３点の減少かつ３０％の低減、ならびに直腸出血サブスコアにおいて１点以上減少または０もしくは１の絶対直腸出血スコアを経験するとき、臨床的応答が生じたと判定される。
【００３６】
いくつかの実施形態では、１０５ｍｇのインテグリンベータ７アンタゴニストが４週間に１回皮下投与される。いくつかの実施形態では、初期用量が２１０ｍｇのインテグリンベータ７アンタゴニストが皮下投与され、続いて各後続の用量が２１０ｍｇの後続用量のインテグリンベータ７アンタゴニストが皮下投与され、初期用量の２、４、８、及び１２週間後のそれぞれに投与される。いくつかの実施形態では、患者はヒトである。いくつかの実施形態では、患者は、以前に抗ＴＮＦ治療薬で治療されていない。いくつかの実施形態では、胃腸炎症障害は、炎症性腸疾患である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患は、潰瘍性大腸炎またはクローン病である。いくつかの実施形態では、炎症性腸疾患は、潰瘍性大腸炎であり、応答は、臨床的応答、粘膜治癒、及び寛解から選択される。ある特定の実施形態では、患者における寛解は、絶対Ｍａｙｏ臨床スコアが２未満であり、かつ個々のサブスコアが１を超えないとき、誘導されると判定され、これは臨床的寛解とも称される。ある特定の実施形態では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査により評価されたときに０または１の内視鏡サブスコアを有すると判定されるとき、粘膜治癒が生じたと判定される。ある特定のかかる実施形態では、粘膜治癒を経験する患者は、０の内視鏡サブスコアを有すると判定される。ある特定の実施形態では、患者がＭＣＳのベースラインから３点の減少かつ３０％の低減、ならびに直腸出血サブスコアにおいて１点以上減少または０もしくは１の絶対直腸出血スコアを経験するとき、臨床的応答が生じたと判定される。
【００３７】
いくつかの実施形態では、生物学的試料は、末梢全血である。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、末梢血単核細胞である。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、腸組織である。いくつかの実施形態では、腸組織は、例えば、疾患の徴候を示す腸領域または疾患を有することが疑われる腸領域から得た、腸生検組織である。いくつかの実施形態では、応答は、臨床的寛解である。いくつかの実施形態では、応答は、粘膜治癒である。一実施形態では、応答は、臨床的応答である。ある特定の実施形態では、患者における寛解は、絶対Ｍａｙｏ臨床スコアが２未満であり、かつ個々のサブスコアが１を超えないとき、誘導されると判定され、これは臨床的寛解とも称される。ある特定の実施形態では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査により評価されたときに０または１の内視鏡サブスコアを有すると判定されるとき、粘膜治癒が生じたと判定される。ある特定のかかる実施形態では、粘膜治癒を経験する患者は、０の内視鏡サブスコアを有すると判定される。ある特定の実施形態では、患者がＭＣＳのベースラインから３点の減少かつ３０％の低減、ならびに直腸出血サブスコアにおいて１点以上減少または０もしくは１の絶対直腸出血スコアを経験するとき、臨床的応答が生じたと判定される。
【００３８】
いくつかの実施形態では、腸炎症障害に罹患している患者から得た生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを判定するためのキットの使用が提供される。いくつかの実施形態では、その使用は、インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療上の処置のために患者を可能性のある応答者及び非応答者に階層化するためである。いくつかの実施形態では、キットは、生物学的試料中の脱メチル化ＦＯＸＰ３遺伝子のコピー数を判定するための試薬を含む。いくつかの実施形態では、キットは、生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数を判定するための試薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、対照遺伝子は、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、及びＣＯＱ３から選択される。いくつかの実施形態では、キットは、（ｉ）生物学的試料中のＴｒｅｇ細胞レベルを判定する、（ｉｉ）そのレベルを参照レベルと比較する、及び（ｉｉｉ）比較に基づき、患者をインテグリンベータ７アンタゴニスト応答者またはインテグリンベータ７アンタゴニスト非応答者のカテゴリに階層化するための指示を含む。
【００３９】
いくつかの実施形態では、インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療上の処置に対する患者の応答を監視するために、胃腸炎症障害に罹患している患者から得た生物学的試料中のＣＤ３＋Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７細胞から選択される細胞レベルを判定するためのキットの使用が提供される。いくつかの実施形態では、細胞はＣＤ３＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞はＴｒｅｇ細胞である。いくつかの実施形態では、細胞はＴｈ１７細胞である。いくつかの実施形態では、キットは、生物学的試料中の脱メチル化遺伝子のコピー数を判定するための試薬を含む。いくつかの実施形態では、脱メチル化遺伝子は、ＣＤ３Ｄ／Ｇ、ＦＯＸＰ３、及びＩＬ１７Ａから選択される。いくつかの実施形態では、キットは、生物学的試料中の対照遺伝子のコピー数を判定するための試薬をさらに含む。いくつかの実施形態では、対照遺伝子は、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、及びＣＯＱ３から選択される。いくつかの実施形態では、キットは、（ｉ）第１の時点で採取された生物学的試料中の第１の細胞レベルを判定する、（ｉｉ）第２の時点で採取された生物学的試料中の第２の細胞レベルを判定する、（ｉｉｉ）第１のレベルを第２のレベルと比較する、及び（ｉｖ）比較に基づき、患者をインテグリンベータ７アンタゴニスト寛解者またはインテグリンベータ７アンタゴニスト非寛解者のカテゴリに階層化するための指示を含む。
【００４０】
いくつかの実施形態では、インテグリンベータ７アンタゴニストは、１０５ｍｇが４週間に１回皮下投与される患者の治療に使用するためである。いくつかの実施形態では、初期用量が２１０ｍｇのインテグリンベータ７アンタゴニストが皮下投与され、続いてそれぞれが２１０ｍｇの後続用量のインテグリンベータ７アンタゴニストが皮下投与され、初期用量の２、４、８、及び１２週間後のそれぞれに投与される。
【００４１】
ある特定の実施形態では、インテグリンベータ７アンタゴニストの投与は、（１）ＭＣＳのベースラインから３点の減少かつ３０％の低減、ならびに直腸出血サブスコアにおいて１点以上減少または０もしくは１の絶対直腸出血スコア、（２）０または１の内視鏡サブスコア、（３）個々のサブスコアが１を超えずにＭＣＳが２を超えない、のうちの１つ以上をもたらす。一実施形態では、１０５ｍｇのインテグリンベータ７アンタゴニストは４週間に１回皮下投与される。一実施形態では、初期用量が２１０ｍｇのインテグリンベータ７アンタゴニストが皮下投与され、続いてそれぞれが２１０ｍｇの後続用量のインテグリンベータ７アンタゴニストが皮下投与され、初期用量の２、４、８、及び１２週間後のそれぞれに投与される。
【００４２】
また別の態様では、患者の胃腸炎症障害の治療方法が提供される。ある特定の実施形態では、インテグリンベータ７アンタゴニストの投与は、（１）ＭＣＳのベースラインから３点の減少かつ３０％の低減、ならびに直腸出血サブスコアにおいて１点以上減少または０もしくは１の絶対直腸出血スコア、（２）０または１の内視鏡サブスコア、（３）個々のサブスコアが１を超えずにＭＣＳが２を超えない、のうちの１つ以上をもたらす。一実施形態では、１０５ｍｇのインテグリンベータ７アンタゴニストは４週間に１回皮下投与される。一実施形態では、初期用量が２１０ｍｇのインテグリンベータ７アンタゴニストが皮下投与され、続いてそれぞれが２１０ｍｇの後続用量のインテグリンベータ７アンタゴニストが皮下投与され、初期用量の２、４、８、及び１２週間後のそれぞれに投与される。
【００４３】
上記実施形態のうちのいくつかでは、胃腸炎症障害は炎症性腸疾患であり、ある特定のかかる実施形態では、炎症性腸疾患は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）またはクローン病（ＣＤ）であり、ある特定のかかる実施形態では、インテグリンベータ７アンタゴニストはモノクローナル抗ベータ７抗体である。ある特定のかかる実施形態では、抗ベータ７抗体は、キメラ抗体、ヒト抗体、及びヒト化抗体から選択される。ある特定の実施形態では、抗ベータ７抗体は、抗体断片である。ある特定の実施形態では、抗ベータ７抗体は、６つの超可変領域（ＨＶＲ）を含み、
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列Ａ１〜Ａ１１を含み、Ａ１〜Ａ１１は、ＲＡＳＥＳＶＤＴＹＬＨ（配列番号１）、ＲＡＳＥＳＶＤＳＬＬＨ（配列番号７）、ＲＡＳＥＳＶＤＴＬＬＨ（配列番号８）、もしくはＲＡＳＥＳＶＤＤＬＬＨ（配列番号９）、または配列番号１、７、８、もしくは９の変異形（配列番号２６）であり、アミノ酸Ａ２は、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ３は、Ｓ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択され、かつ／または、Ａ４は、Ｅ、Ｖ、Ｑ、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、及びＲからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ５は、Ｓ、Ｙ、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｔ、及びＶからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ６は、Ｖ、Ｒ、Ｉ、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、及びＱからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ７は、Ｄ、Ｖ、Ｓ、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、及びＴからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ８は、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｅ、Ｔ、Ｐ、及びＳからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ９は、Ｌ、Ｙ、Ｉ、及びＭからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ１０は、Ｌ、Ａ、Ｉ、Ｍ、及びＶからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ａ１１は、Ｈ、Ｙ、Ｆ、及びＳからなる群から選択され、
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２は、アミノ酸配列Ｂ１〜Ｂ８を含み、Ｂ１〜Ｂ８は、ＫＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２）、ＲＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２０）、もしくは
2018521661.tif 000002
（配列番号２１、
2018521661.tif 000003
は任意のアミノ酸を表す）、または配列番号２、２０、もしくは２１の変異形（配列番号２７）であり、アミノ酸Ｂ１は、Ｋ、Ｒ、Ｎ、Ｖ、Ａ、Ｆ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｉ、Ｌ、Ｙ、及び
2018521661.tif 000004
（
2018521661.tif 000005
は任意のアミノ酸を表す）からなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｂ４は、Ｓ及びＤからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｂ５は、Ｑ及びＳからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｂ６は、Ｓ、Ｄ、Ｌ、及びＲからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｂ７は、Ｉ、Ｖ、Ｅ、及びＫからなる群から選択され、
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３は、アミノ酸配列Ｃ１〜Ｃ９を含み、Ｃ１〜Ｃ９は、ＱＱＧＮＳＬＰＮＴ（配列番号３）または配列番号３の変異形（配列番号２８）であり、アミノ酸Ｃ８は、Ｎ、Ｖ、Ｗ、Ｙ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｆ、Ｈ、Ｉ  Ｌ、及びＭからなる群から選択され、
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１は、アミノ酸配列Ｄ１〜Ｄ１０を含み、Ｄ１〜Ｄ１０は、ＧＦＦＩＴＮＮＹＷＧ（配列番号４）であり、
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２は、アミノ酸配列Ｅ１〜Ｅ１７を含み、Ｅ１〜Ｅ１７は、ＧＹＩＳＹＳＧＳＴＳＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号５）、または配列番号５の変異形（配列番号２９）であり、アミノ酸Ｅ２は、Ｙ、Ｆ、Ｖ、及びＤからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ６は、Ｓ及びＧからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ１０は、Ｓ及びＹからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ１２は、Ｎ、Ｔ、Ａ、及びＤからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸１３は、Ｐ、Ｈ、Ｄ、及びＡからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ１５は、Ｌ及びＶからなる群から選択され、かつ／または、アミノ酸Ｅ１７は、Ｓ及びＧからなる群から選択され、
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３は、アミノ酸配列Ｆ２〜Ｆ１１を含み、Ｆ２〜Ｆ１１は、ＭＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号６）もしくはＲＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１９）であるか、あるいは、アミノ酸配列Ｆ１〜Ｆ１１を含み、Ｆ１〜Ｆ１１は、ＡＭＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１６）、ＡＲＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１７）、もしくはＡＱＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１８）、または配列番号６、１６、１７、１８、もしくは１９の変異形（配列番号３０）であり、アミノ酸Ｆ２は、Ｒ、Ｍ、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓであり、かつ／または、アミノ酸Ｆ１１は、Ｆ及びＹからなる群から選択される。
【００４４】
ある特定の実施形態では、抗ベータ７抗体は、３つの重鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｈ１−Ｈ３）配列、及び３つの軽鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｌ１−Ｌ３）配列を含み、
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号７、配列番号８、または配列番号９を含み、
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２は、配列番号２を含み、
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号３を含み、
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号４を含み、
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５を含み、
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号６、または配列番号１６、または配列番号１７、または配列番号１９を含む。
【００４５】
ある特定の実施形態では、抗ベータ７抗体は、３つの重鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｈ１−Ｈ３）配列、及び３つの軽鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｌ１−Ｌ３）配列を含み、
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号９を含み、
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２は、配列番号２を含み、
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号３を含み、
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号４を含み、
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５を含み、
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号１９を含む。ある特定の実施形態では、抗ベータ７抗体は、配列番号３１のアミノ酸配列を含む可変軽鎖、及び配列番号３２のアミノ酸配列を含む可変重鎖を含む。
【００４６】
ある特定の実施形態では、抗ベータ７抗体は、ｒｈｕＭＡｂベータ７とも称されるエトロリズマブである。
【図面の簡単な説明】
【００４７】
【図１Ａ】以下のコンセンサス配列及び抗ベータ７サブユニット抗体配列の可変軽鎖及び重鎖の配列のアライメントを示す：軽鎖ヒト亜群カッパＩコンセンサス配列（図１Ａ、配列番号１２）、重鎖ヒト亜群ＩＩＩコンセンサス配列（図１Ｂ、配列番号１３）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１０）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１１）、ならびにヒト化抗体変異形：ヒト化ｈｕ５０４Ｋグラフト可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１４）、ヒト化ｈｕ５０４Ｋグラフト可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１５）、変異形ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及びｈｕ５０４−３２（ヒト化ｈｕ５０４Ｋグラフト由来のアミノ酸変形が図１Ａに示される）（軽鎖）（出現順に、それぞれ、配列番号２２〜２４）、ならびに変異形ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及びｈｕ５０４−３２（配列番号２５）（図１Ｂ（重鎖））。
【図１Ｂ】以下のコンセンサス配列及び抗ベータ７サブユニット抗体配列の可変軽鎖及び重鎖の配列のアライメントを示す：軽鎖ヒト亜群カッパＩコンセンサス配列（図１Ａ、配列番号１２）、重鎖ヒト亜群ＩＩＩコンセンサス配列（図１Ｂ、配列番号１３）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１０）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１１）、ならびにヒト化抗体変異形：ヒト化ｈｕ５０４Ｋグラフト可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１４）、ヒト化ｈｕ５０４Ｋグラフト可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１５）、変異形ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及びｈｕ５０４−３２（ヒト化ｈｕ５０４Ｋグラフト由来のアミノ酸変形が図１Ａに示される）（軽鎖）（出現順に、それぞれ、配列番号２２〜２４）、ならびに変異形ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及びｈｕ５０４−３２（配列番号２５）（図１Ｂ（重鎖））。
【図２Ａ】エトロリズマブの可変軽鎖領域（図２Ａ）（配列番号３１）及び可変重鎖領域（図２Ｂ）（配列番号３２）を示す。
【図２Ｂ】エトロリズマブの可変軽鎖領域（図２Ａ）（配列番号３１）及び可変重鎖領域（図２Ｂ）（配列番号３２）を示す。
【図３】実施例１に記載の第２相臨床研究の研究概要を示す。
【図４】実施例１に記載の第２相非盲検延長臨床研究の研究概要を示す。
【図５Ａ】１００ｍｇのｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ、「ａｂ７」）、３００ｍｇのｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ、「ａｂ７」）、またはプラセボを投与したＵＣ患者におけるＴ細胞（図５Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図５Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図５Ｃ）のベースラインレベルからの経時的な変化を示す。
【図５Ｂ】１００ｍｇのｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ、「ａｂ７」）、３００ｍｇのｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ、「ａｂ７」）、またはプラセボを投与したＵＣ患者におけるＴ細胞（図５Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図５Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図５Ｃ）のベースラインレベルからの経時的な変化を示す。
【図５Ｃ】１００ｍｇのｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ、「ａｂ７」）、３００ｍｇのｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ、「ａｂ７」）、またはプラセボを投与したＵＣ患者におけるＴ細胞（図５Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図５Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図５Ｃ）のベースラインレベルからの経時的な変化を示す。
【図６Ａ】図６Ａ〜Ｃは、臨床的寛解を経験したｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＵＣ患者、寛解を経験しなかったｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＵＣ患者、及びプラセボを受けたＵＣ患者におけるＴ細胞（図６Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図６Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図６Ｃ）のベースラインレベルからの経時的な変化を示す。
【図６Ｂ】図６Ａ〜Ｃは、臨床的寛解を経験したｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＵＣ患者、寛解を経験しなかったｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＵＣ患者、及びプラセボを受けたＵＣ患者におけるＴ細胞（図６Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図６Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図６Ｃ）のベースラインレベルからの経時的な変化を示す。
【図６Ｃ】図６Ａ〜Ｃは、臨床的寛解を経験したｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＵＣ患者、寛解を経験しなかったｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＵＣ患者、及びプラセボを受けたＵＣ患者におけるＴ細胞（図６Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図６Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図６Ｃ）のベースラインレベルからの経時的な変化を示す。
【図７Ａ】図７Ａ〜Ｃは、臨床的寛解を経験したｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブ及びＴＮＦ不十分応答者ＵＣ患者、寛解を経験しなかったｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブ及びＴＮＦ不十分応答者ＵＣ患者、ならびにプラセボを受けたＵＣ患者におけるＴ細胞（図７Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図７Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図７Ｃ）のベースラインレベルからの経時的な変化を示す。
【図７Ｂ】図７Ａ〜Ｃは、臨床的寛解を経験したｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブ及びＴＮＦ不十分応答者ＵＣ患者、寛解を経験しなかったｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブ及びＴＮＦ不十分応答者ＵＣ患者、ならびにプラセボを受けたＵＣ患者におけるＴ細胞（図７Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図７Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図７Ｃ）のベースラインレベルからの経時的な変化を示す。
【図７Ｃ】図７Ａ〜Ｃは、臨床的寛解を経験したｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブ及びＴＮＦ不十分応答者ＵＣ患者、寛解を経験しなかったｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブ及びＴＮＦ不十分応答者ＵＣ患者、ならびにプラセボを受けたＵＣ患者におけるＴ細胞（図７Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図７Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図７Ｃ）のベースラインレベルからの経時的な変化を示す。
【図８Ａ】臨床的寛解を経験したｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブＵＣ患者及び臨床的寛解を経験しなかったｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブＵＣ患者（プラセボで処置した患者は除外した）の血液中のベースラインでのＴｒｅｇ細胞の割合を示す。
【図８Ｂ】Ｔｒｅｇ高群における臨床的寛解を経験したｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブＵＣ患者の割合、及びＴｒｅｇ低群における臨床的寛解を経験したｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）を投与したＴＮＦナイーブＵＣ患者の割合を示す。
【図９Ａ】バイオマーカー高患者対バイオマーカー低患者の寛解における全ての患者の割合を示す。
【図９Ｂ】バイオマーカー高患者対バイオマーカー低患者の寛解における全ての患者の割合を示す。
【図９Ｃ】バイオマーカー高患者対バイオマーカー低患者の寛解における全ての患者の割合を示す。
【図１０Ａ】バイオマーカー高患者対バイオマーカー低患者の寛解におけるＴＮＦナイーブ患者の割合を示す。
【図１０Ｂ】バイオマーカー高患者対バイオマーカー低患者の寛解におけるＴＮＦナイーブ患者の割合を示す。
【発明を実施するための形態】
【００４８】
別途定義されない限り、本明細書で使用される技術用語及び科学用語は、本発明が属する当業者によって一般に理解されている意味と同じ意味を有する。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２ｎｄ  ｅｄ．，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．１９９４）、及びＭａｒｃｈ，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ４ｔｈ  ｅｄ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．１９９２）は、本出願で使用される用語の多くの一般的指針を当業者に提供する。
【００４９】
ある特定の定義
本明細書を解釈する目的のために、以下の定義が適用され、適切な場合はいつでも、単数形で使用される用語は複数形も含み、その逆も同様である。以下に記載のいずれかの定義が参照により本明細書に組み込まれるいずれかの文献と矛盾する場合、以下に記載の定義が優先するものとする。
【００５０】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用されるとき、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、別途文脈が明確に指示しない限り、複数の参照対象を含む。したがって、例えば、「ａ  ｐｒｏｔｅｉｎ（タンパク質）」への言及は、複数のタンパク質を含み、「ａ  ｃｅｌｌ（細胞）」への言及は、細胞の混合物を含み、その他も同様である。
【００５１】
本明細書及び添付の特許請求の範囲に提供される範囲は、両方の終点及びそれらの終点の間の全ての点を含む。したがって、例えば、２．０〜３．０の範囲は、２．０、３．０、及び２．０〜３．０の全ての点を含む。
【００５２】
「治療」、「治療すること」、及びそれらの文法的変形は、治療される個体または細胞の自然経過を変化させようとする臨床的介入を指し、予防のために行われるか、または臨床病理学の過程中に行われるかのいずれかであり得る。望ましい治療効果としては、疾患の発生または再発の予防、症状の緩和、疾患の任意の直接または間接的病理学的帰結の減少、疾患進行速度の低下、病状の回復または緩和、及び寛解または予後改善が挙げられる。
【００５３】
「治療レジメン」とは、第２の薬剤の追加の有無にかかわらず、投薬量、投与頻度、または治療期間の組み合わせを指す。
【００５４】
「有効な治療レジメン」とは、治療を受けている患者に有益な応答を提供する治療レジメンを指す。
【００５５】
「治療を修正する」とは、投薬量、投与頻度、もしくは治療期間の変化、及び／または第２の薬剤の追加を含む、治療レジメンの変化を指す。
【００５６】
「患者応答」または「患者応答性」は、（１）遅延及び完全停止を含む、疾患進行のある程度の阻止、（２）疾患エピソード数及び／もしくは症状数の減少、（３）病変サイズの縮小、（４）隣接する末梢器官及び／もしくは組織への疾患細胞浸潤の阻止（すなわち、軽減、遅延、もしくは完全停止）、（５）疾患蔓延の阻止（すなわち、軽減、遅延、もしくは完全停止）、（６）必ずしもではないが、疾患病変の退縮もしくは消失をもたらす場合がある自己免疫、免疫、もしくは炎症応答の減少、（７）障害に関連する１つ以上の症状のある程度の軽減、（８）治療後の無病提示期間の延長、ならびに／または（９）治療後の所与の時点での死亡率の低下を含むが、これらに限定されない、患者に利点を示す任意の終点を使用して評定され得る。「応答性」という用語は、完全応答（ＣＲ）及び部分応答（ＰＲ）を含む、測定可能な応答を指す。
【００５７】
「完全応答」または「ＣＲ」とは、治療に応答した炎症の全ての兆候の消失または寛解を意味する。これは、疾患が治癒されたことを必ずしも意味しない。
【００５８】
「部分応答」または「ＰＲ」とは、治療に応答した炎症の重症度の少なくとも５０％の減少を指す。
【００５９】
インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療に対する患者の「有益な応答」及び同様の言い回しは、抗ベータ７インテグリン抗体等のアンタゴニストでの治療から、またはアンタゴニストでの治療の結果として、胃腸炎症障害の危険性があるか、またはそれに罹患している患者に与えられる臨床的または治療的利点を指す。かかる利点としては、細胞応答もしくは生物学的応答、完全応答、部分応答、安定した疾患（進行もしくは再発を伴わない）、またはアンタゴニストでの治療から、またはアンタゴニストでの治療の結果として患者の再発が遅延する応答が挙げられる。
【００６０】
患者の応答性が治療過程中に時間とともに減少しない場合、「患者は、治療に対する応答性を維持する」。
【００６１】
本明細書で使用されるとき、「非応答」または「応答の欠如」または同様の言い回しは、インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療に対する完全応答、部分応答、または有益な応答の不在を意味する。
【００６２】
「試料」または「試験試料」という用語は、本明細書で使用されるとき、例えば、物理的、生化学的、化学的、及び／または生理学的特徴に基づいて特徴付け及び／または特定されるべき細胞及び／または他の分子的実体を含有する、目的とする対象から得られるか、または目的とする対象に由来する組成物を指す。例えば、「疾患試料」という語句及びその変形は、特徴付けられるべき細胞及び／または分子的実体を含有することが予想されるか、または含有することで知られている、目的とする対象から得られる任意の試料を指す。試料は、目的とする対象の組織から、または対象の末梢血から得られ得る。例えば、試料は、生物学的起源の血液及び他の液体試料、ならびに組織試料、例えば、生検標本またはそれに由来する組織培養物もしくは細胞から得られ得る。組織試料源は、新鮮、凍結、及び／もしくは保存臓器または組織試料または生検または吸引物由来の固形組織；血液または任意の血液構成成分；体液；ならびに対象の妊娠もしくは発育における任意の時点の細胞または血漿であり得る。「試料」、または「試験試料」という用語は、それらを入手した後に、試薬での処置、タンパク質もしくはポリヌクレオチド等のある特定の成分の可溶化もしくは富化、または切片化目的のための半固体または固体マトリックスへの包理等の任意の方法で操作された生物学的試料を含む。本明細書での目的のために、組織試料の「切片」とは、組織試料の単一部分または一片、例えば、組織試料から切り取られた組織または細胞の薄切片を意味する。試料としては、全血、血液由来細胞、血清、血漿、リンパ液、滑液、細胞抽出物、及びそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
【００６３】
「参照試料」、本明細書で使用されるとき、比較目的のために使用される任意の試料、標準、またはレベルを指す。一実施形態では、参照試料は、同じ対象または患者の身体の健常及び／または非疾患部分（例えば、組織または細胞）から得られる。別の実施形態では、参照試料は、同じ対象または患者の身体の未処置組織及び／または細胞から得られる。さらに別の実施形態では、参照試料は、対象または患者ではない個体の身体の健常及び／または非疾患部分（例えば、組織または細胞）から得られる。なお別の実施形態では、参照試料は、対象または患者ではない個体の身体の未処置組織及び／または細胞部分から得られる。
【００６４】
「ベータ７インテグリンアンタゴニスト」または「ベータ７アンタゴニスト」とは、１つ以上の生物学的活性を阻害するか、またはベータ７インテグリンとその関連分子のうちの１つ以上との結合を遮断する任意の分子を指す。本発明のアンタゴニストを使用して、アルファ４インテグリンサブユニットとの会合、アルファＥインテグリンサブユニットとの会合、アルファ４ベータ７インテグリンのＭＡｄＣＡＭ、ＶＣＡＭ−１、またはフィブロネクチンへの結合、及びアルファＥベータ７インテグリンのＥ−カドヘリンへの結合を含むが、これらに限定されない、ベータ７会合効果の１つ以上の態様を調節することができる。これらの効果は、ベータ７サブユニットまたはアルファ４ベータ７もしくはアルファＥベータ７二量体インテグリンへのリガンド結合の崩壊を含む任意の生物学的に関連した機構によって、かつ／または二量体インテグリンの形成が阻害されるようにアルファインテグリンサブユニットとベータインテグリンサブユニットとの間の会合を崩壊することによって調節され得る。本発明の一実施形態では、ベータ７アンタゴニストは、抗ベータ７インテグリン抗体（または抗ベータ７抗体）である。一実施形態では、抗ベータ７インテグリン抗体は、ヒト化抗ベータ７インテグリン抗体、より具体的には、エトロリズマブとも称される組換えヒト化モノクローナル抗ベータ７抗体、例えば、ｒｈｕＭＡｂベータ７である。いくつかの実施形態では、本発明の抗ベータ７抗体は、ベータ７サブユニットのアルファ４インテグリンサブユニットとの結合、アルファＥインテグリンサブユニットとの会合、アルファ４ベータ７インテグリンのＭＡｄＣＡＭ、ＶＣＡＭ−１、またはフィブロネクチンへの結合、及びアルファＥベータ７インテグリンのＥ−カドヘリンへの結合を阻害または遮断する抗インテグリンベータ７アンタゴニスト抗体である。
【００６５】
「ベータ７サブユニット」または「β７サブユニット」とは、ヒトβ７インテグリンサブユニットを意味する（Ｅｒｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６６：１１００９−１１０１６）。ベータ７サブユニットは、ヒト．アルファ．４サブユニット等のアルファ４インテグリンサブユニットと会合する（Ｋｉｌｇｅｒ  ａｎｄ  Ｈｏｌｚｍａｎｎ（１９９５）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．７３：３４７−３５４）。アルファ４ベータ７インテグリンは、報告によれば、成熟リンパ球の大部分、ならびに胸腺細胞、骨髄細胞、及びマスト細胞のごく一部で発現する（Ｋｉｌｓｈａｗ  ａｎｄ  Ｍｕｒａｎｔ（１９９１）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２１：２５９１−２５９７、Ｇｕｒｉｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９２）１４９：１９６４−１９７２、及びＳｈａｗ，Ｓ．Ｋ．ａｎｄ  Ｂｒｅｎｎｅｒ，Ｍ．Ｂ．（１９９５）Ｓｅｍｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３５）。ベータ７サブユニットは、ヒトアルファＥインテグリンサブユニット等のアルファＥサブユニットとも会合する（Ｃｅｐｅｋ，Ｋ．Ｌ，ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０：３４５９）。アルファＥベータ７インテグリンは、腸上皮内リンパ球（ｉＩＥＬ）で発現する（Ｃｅｐｅｋ，Ｋ．Ｌ．（１９９３）（上記参照））。
【００６６】
「アルファＥサブユニット」または「アルファＥインテグリンサブユニット」または「αＥサブユニット」または「αＥインテグリンサブユニット」または「ＣＤ１０３」とは、上皮内リンパ球上のベータ７インテグリンと会合することが見出されているインテグリンサブユニットを意味し、アルファＥベータ７インテグリンは、ｉＥＬの、Ｅ−カドヘリンを発現する腸上皮への結合を媒介する（Ｃｅｐｅｋ，Ｋ．Ｌ．ｅｔ  ａｌ．（１９９３）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０：３４５９、Ｓｈａｗ，Ｓ．Ｋ．ａｎｄ  Ｂｒｅｎｎｅｒ，Ｍ．Ｂ．（１９９５）Ｓｅｍｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３５）。
【００６７】
「ＭＡｄＣＡＭ」または「ＭＡｄＣＡＭ−１」は、本発明との関連で同義に使用され、タンパク質粘膜アドレシン細胞接着分子−１を指し、これは、短い細胞質尾部、膜貫通領域、及び３つの免疫グロブリン様ドメインから構成される細胞外配列を含む一本鎖ポリペプチドである。マウス、ヒト、及びマカクＭＡｄＣＡＭ−１のｃＤＮＡがクローニングされている（Ｂｒｉｓｋｉｎ，ｅｔ  ａｌ．，（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ，３６３：４６１−４６４、Ｓｈｙｊａｎ  ｅｔ  ａｌ．，（１９９６）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５６：２８５１−２８５７）。
【００６８】
「ＶＣＡＭ−１」または「血管細胞接着分子−１」「ＣＤ１０６」とは、活性化内皮で発現し、かつ炎症中の白血球の結合及び遊出等の内皮−白血球相互作用において重要なアルファ４ベータ７及びアルファ４ベータ１のリガンドを指す。
【００６９】
「ＣＤ４５」とは、タンパク質チロシンホスファターゼ（ＰＴＰ）ファミリーのタンパク質を指す。ＰＴＰは、細胞成長、分化、有糸分裂周期、及び発癌性形質転換を含む様々な細胞過程を制御するシグナル伝達分子であることが知られている。このＰＴＰは、細胞外ドメイン、単一の膜貫通セグメント、及び２つのタンデム細胞質内触媒ドメインを含み、それ故に受容体型ＰＴＰに属する。この遺伝子は、造血細胞で特異的に発現する。このＰＴＰは、Ｔ細胞及びＢ細胞抗原受容体シグナル伝達の必須の制御因子であることが示されている。これは、抗原受容体複合体の成分との直接相互作用、または抗原受容体シグナル伝達に必要な様々なＳｒｃファミリーキナーゼの活性化のいずれかによって機能する。このＰＴＰは、ＪＡＫキナーゼも抑制し、それ故にサイトカイン受容体シグナル伝達の制御因子として機能する。はっきりと異なるアイソフォームをコードするこの遺伝子の４つの選択的にスプライスされた転写物変異形が報告されている。（Ｔｃｈｉｌｉａｎ  ＥＺ，Ｂｅｖｅｒｌｅｙ  ＰＣ（２００２）。“ＣＤ４５  ｉｎ  ｍｅｍｏｒｙ  ａｎｄ  疾患．”  Ａｒｃｈ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｈｅｒ．Ｅｘｐ．（Ｗａｒｓｚ．）５０（２）：８５−９３．Ｉｓｈｉｋａｗａ  Ｈ，Ｔｓｕｙａｍａ  Ｎ，Ａｂｒｏｕｎ  Ｓ，ｅｔ  ａｌ．（２００４）．“Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ−６，ＣＤ４５  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｓｒｃ−ｋｉｎａｓｅｓ  ｉｎ  ｍｙｅｌｏｍａ  ｃｅｌｌ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ．”  Ｌｅｕｋ．Ｌｙｍｐｈｏｍａ  ４４（９）：１４７７−８１。
【００７０】
ＣＤ４５の様々なアイソフォーム：ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＢ、ＣＤ４５ＲＣ、ＣＤ４５ＲＡＢ、ＣＤ４５ＲＡＣ、ＣＤ４５ＲＢＣ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ４５Ｒ（ＡＢＣ）が存在する。ＣＤ４５はまた、高度にグリコシル化されている。ＣＤ４５Ｒは、最も長いタンパク質であり、Ｔ細胞から単離されると２００ｋＤａで遊走する。Ｂ細胞は、より高度のグリコシル化を伴うＣＤ４５Ｒも発現し、分子量を２２０ｋＤａにし、それ故に、Ｂ２２０（２２０ｋＤａのＢ細胞アイソフォーム）という名称である。Ｂ２２０発現は、Ｂ細胞に制限されず、活性化Ｔ細胞、樹状細胞のサブセット、及び他の抗原提示細胞でも発現し得る。Ｓｔａｎｔｏｎ  Ｔ，Ｂｏｘａｌｌ  Ｓ，Ｂｅｎｎｅｔｔ  Ａ，ｅｔ  ａｌ．（２００４）．“ＣＤ４５  ｖａｒｉａｎｔ  ａｌｌｅｌｅｓ：ｐｏｓｓｉｂｌｙ  ｉｎｃｒｅａｓｅｄ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ  ｏｆ  ａ  ｎｏｖｅｌ  ｅｘｏｎ  ４  ＣＤ４５  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ｉｎ  ＨＩＶ  ｓｅｒｏｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｕｇａｎｄａｎｓ．”  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ５６（２）：１０７−１０。
【００７１】
「腸ホーミングリンパ球」とは、腸リンパ節及び組織に選択的にホーミングするが、末梢リンパ節及び組織にはホーミングしない特徴を有するリンパ球の亜群を指す。リンパ球のこの亜群は、ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＡ、及びベータ７の組み合わせを含むが、これに限定されない複数の細胞表面分子の組み合わせの特有の発現パターンを特徴とする。典型的には、末梢血ＣＤ４＋リンパ球の少なくとも２つのサブセットは、ＣＤ４５ＲＡ及びベータ７、ＣＤ４５ＲＡ−β７高、及びＣＤ４５ＲＡ−β７低ＣＤ４＋細胞のマーカーに基づいて細分され得る。ＣＤ４５ＲＡ−β７高ＣＤ４＋細胞が腸リンパ節及び組織に優先的にホーミングする一方で、ＣＤ４５ＲＡ−β７低ＣＤ４＋細胞は、末梢リンパ節及び組織に優先的にホーミングする（Ｒｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．１９９６、Ｒｏｔｔ  ｅｔ  ａｌ．１９９７、Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ｅｔ  ａｌ．１９９８、Ｒｏｓｅ  ｅｔ  ａｌ．１９９８、Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ａｎｄ  Ｂｕｔｃｈｅｒ  １９９７、Ｂｕｔｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．１９９９）。したがって、腸ホーミングリンパ球は、フローサイトメトリーアッセイにおいてＣＤ４５ＲＡ−β７高ＣＤ４＋と特定されるリンパ球の特有の亜群である。リンパ球のこの群を特定する方法は、当該技術分野で周知である。
【００７２】
細胞表面マーカーに関して本明細書で使用されるとき、「＋」の記号は、細胞表面マーカーの陽性発現を示す。例えば、ＣＤ４＋リンパ球は、ＣＤ４をそれらの細胞表面で発現させるリンパ球の群である。
【００７３】
細胞表面マーカーに関して本明細書で使用されるとき、「−」の記号は、細胞表面マーカーの陰性発現を示す。例えば、ＣＤ４５ＲＡ−リンパ球は、ＣＤ４５ＲＡをそれらの細胞表面で発現させないリンパ球の群である。
【００７４】
バイオマーカーの「量」または「レベル」は、フローサイトメトリー分析またはｑＰＣＲ等の当該技術分野で既知であり、かつ本明細書に開示される方法を使用して判定され得る。
【００７５】
「バイオマーカーの量またはレベルの変化」は、バイオマーカーの参照／コンパレータ量と比較したものである。ある特定の実施形態では、変化は、参照またはコンパレータ量の値の関数として、約１０％超、または約３０％超、または約５０％超、または約１００％超、または約３００％超である。例えば、参照またはコンパレータ量は、治療前のバイオマーカーの量であり得、より具体的には、ベースラインまたは投薬前量であり得る。
【００７６】
本明細書で使用される「実質的に同じ」という語句は、当業者が、変化が統計的に有意であると見なさないか、または前記値（例えば、薬物標的受容体を飽和させるのに必要な薬物血清レベル）によって測定される生物学的特徴の文脈で生物学的に重要な変化であると見なさないようなわずかな程度の変化を意味する。例えば、互いに約２倍未満異なるか、または約３倍未満異なるか、または約４倍未満異なる、受容体を飽和させるのに必要な血清薬物濃度が、実質的に同じであると見なされる。
【００７７】
「胃腸炎症障害」は、粘膜に炎症及び／または潰瘍を引き起こす慢性障害の群である。これらの障害としては、例えば、炎症性腸疾患（例えば、クローン病、潰瘍性大腸炎、不確定大腸炎、及び感染性大腸炎）、粘膜炎（例えば、口腔粘膜炎、胃腸粘膜炎、鼻粘膜炎、及び直腸炎）、壊死性腸炎、ならびに食道炎が挙げられる。
【００７８】
「炎症性腸疾患」または「ＩＢＤ」は、炎症及び／または潰瘍を引き起こす腸疾患を指すために本明細書で同義に使用され、クローン病及び潰瘍性大腸炎を含むが、これらに限定されない。
【００７９】
「クローン病（ＣＤ）」及び「潰瘍性大腸炎（ＵＣ）」は、病因不明の慢性炎症性腸疾患である。クローン病は、潰瘍性大腸炎とは異なり、腸の任意の部分に影響を及ぼし得る。クローン病の最も顕著な特徴は、腸壁の粒状の赤みを帯びた紫色の浮腫性肥厚である。炎症の発症に伴い、これらの肉芽腫は、多くの場合、それらの外接境界を失い、周辺組織と統合される。下痢及び腸閉塞が、顕著な臨床的特徴である。潰瘍性大腸炎と同様に、クローン病の経過は、連続的である場合も再発する場合もあり、軽度である場合も重度である場合もあるが、潰瘍性大腸炎とは異なり、クローン病は、関与した腸の一部の切除によって治癒可能ではない。クローン病を有する多くの患者がある時点で手術を必要とするが、その後の再発が一般的であり、継続的な医療処置が通常である。
【００８０】
クローン病は、口から肛門までの消化管の任意の部分を対象とするが、典型的には、回結腸、小腸、または結腸−肛門直腸領域に現れる。病理組織学的に、この疾患は、不連続肉芽腫（ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｏｍａｓ）、腺窩膿瘍、裂傷、及びアフタ性潰瘍によって現れる。リンパ球（Ｔ細胞及びＢ細胞の両方）、形質細胞、マクロファージ、及び好中球からなる炎症性浸潤が混合される。ＩｇＭ及びＩｇＧ分泌形質細胞、マクロファージ、ならびに好中球が、不均衡に増加する。
【００８１】
抗炎症薬であるスルファサラジン及び５−アミノサリチル酸（５−ＡＳＡ）が軽度に活発な結腸クローン病を治療するために使用されており、疾患の寛解を維持するために一般に処方されている。メトロイダゾール及びシプロフロキサシンは、有効性の点でスルファサラジンと同様であり、特に肛門周囲疾患の治療のために処方される。より重度の症例では、副腎皮質ステロイドが活発な増悪を治療するために処方され、寛解を維持することができる場合もある。アザチオプリン及び６−メルカプトプリンは、副腎皮質ステロイドの長期投与を必要とする患者にも使用されている。これらの薬物が長期予防に関与し得ることが示唆されている。残念ながら、一部の患者では、作用の発現まで非常に長い遅延（最大６ヶ月）があり得る。止痢薬は、一部の患者に症状軽減をもたらすこともできる。栄養療法または成分栄養素は、患者の栄養状態を改善し、急性疾患の症状改善を誘導することができるが、持続した臨床的寛解を誘導しない。抗生物質は、二次的小腸細菌過増殖の治療及び化膿性合併症の治療に使用される。
【００８２】
「潰瘍性大腸炎（ＵＣ）」は、大腸を罹患する。この疾患の経過は、連続的である場合も再発する場合もあり、軽度である場合も重度である場合もある。最初期病変は、リーベルキューン腺窩の底部での膿瘍形成を伴う炎症性浸潤である。これらの膨張した破裂性の腺窩の癒着は、覆っている粘膜をその血液供給から切り離し、潰瘍をもたらす傾向がある。この疾患の症状としては、筋けいれん、下腹部痛、直腸出血、ならびに糞便粒子の乏しい血液、膿、及び粘液から主になる頻繁な軟らかい排泄物が挙げられる。全結腸切除が、急性、重度、または慢性の間断のない潰瘍性大腸炎に必要であり得る。
【００８３】
ＵＣの臨床的特徴は、極めて変わりやすく、発症は、潜在性または突発性であり得、下痢、テネスムス、及び再発性直腸出血を含み得る。全結腸の激症に伴い、生命にかかわる緊急事態である毒性巨大結腸が起こり得る。腸外顕在化としては、関節炎、壊疽性膿皮症、ブドウ膜炎、及び結節性紅斑が挙げられる。
【００８４】
ＵＣの治療は、軽度の症例ではスルファサラジン及び関連サリチル酸塩含有薬、ならびに重度の症例では副腎皮質ステロイド薬を含む。サリチル酸塩または副腎皮質ステロイドのいずれかの局所投与は、特にその疾患が遠位腸に限定される場合に有効である場合もあり、全身使用と比較して副作用の軽減に関連する。鉄及び止痢薬の投与等の支援策が必要とされる場合もある。アザチオプリン、６−メルカプトプリン、及びメトトレキサートは、難治性副腎皮質ステロイド依存症例での使用のためにも処方される場合もある。
【００８５】
「有効な投薬量」とは、所望の治療結果または予防結果を達成するのに必要な投薬量でその期間にわたって有効な量を指す。
【００８６】
本明細書で使用されるとき、「患者」という用語は、治療が所望される任意の単一の対象を指す。ある特定の実施形態では、本明細書における患者は、ヒトである。
【００８７】
本明細書における「対象」は、典型的には、ヒトである。ある特定の実施形態では、対象は、非ヒト哺乳動物である。例示的な非ヒト哺乳動物としては、実験動物、飼育動物、愛玩動物、競技用動物、及び家畜動物、例えば、マウス、ネコ、イヌ、ウマ、及びウシが揚げられる。典型的には、対象は、治療、例えば、胃腸炎症障害の治療に適格である。
【００８８】
「抗体」及び「免疫グロブリン」という用語は、最も広い意味で同義に使用され、モノクローナル抗体（例えば、全長またはインタクトなモノクローナル抗体）、ポリクローナル抗体、多価抗体、多重特異性抗体（例えば、それらが所望の生物学的活性を呈する限り、二重特異性抗体）を含み、ある特定の抗体断片（本明細書により詳細に記載されるもの）も含み得る。抗体は、ヒト、ヒト化、及び／または親和性成熟であり得る。
【００８９】
「抗体断片」は、インタクトな抗体の一部分のみを含み、この一部分は、好ましくは、インタクトな抗体に存在する場合にその一部分に通常関連する機能のうちの少なくとも１つ、典型的にはほとんどまたは全てを保持する。一実施形態では、抗体断片は、インタクトな抗体の抗原結合部位を含み、それ故に抗原に結合する能力を保持する。別の実施形態では、抗体断片、例えば、Ｆｃ領域を含む抗体断片は、インタクトな抗体に存在する場合にそのＦｃ領域に通常関連する生物学的機能、例えば、ＦｃＲｎ結合、抗体半減期調節、ＡＤＣＣ機能、及び補体結合のうちの少なくとも１つを保持する。一実施形態では、抗体断片は、インタクトな抗体と実質的に同様のインビボ半減期を有する一価抗体である。例えば、かかる抗体断片は、その断片にインビボ安定性を付与することができるＦｃ配列に結合した抗原結合アームを含み得る。
【００９０】
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体集団から得られた抗体を指し、すなわち、その集団を含む個々の抗体は、少量で存在し得る可能な天然に生じる変異を除いて同一である。モノクローナル抗体は、高度に特異的であり、単一の抗原に対して指向される。さらに、異なる決定基（エピトープ）に対して指向される異なる抗体を典型的に含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対して指向される。
【００９１】
本明細書におけるモノクローナル抗体としては、特に、重鎖及び／または軽鎖の一部が、特定の種に由来するか、または特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一または同種である一方で、鎖（複数可）の残りが、別の種に由来するか、または別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一または同種である、「キメラ」抗体、ならびにかかる抗体の断片が挙げられるが、これは、それらが所望の生物学的活性を呈する限りにおいてである（米国特許第４，８１６，５６７号、及びＭｏｒｒｉｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：６８５１−６８５５（１９８４））。
【００９２】
非ヒト（例えば、マウス）抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むキメラ抗体である。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、レシピエントの超可変領域由来の残基が、所望の特異性、親和性、及び能力を有するマウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長類等の非ヒト種（ドナー抗体）の超可変領域由来の残基で置き換えられるヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。いくつかの事例では、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域（ＦＲ）残基は、対応する非ヒト残基で置き換えられる。さらに、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見られない残基を含み得る。これらの修飾は、抗体性能をさらに改良するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、ここで、超可変ループの全てまたは実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト免疫グロブリンｌｏ配列のものである。ヒト化抗体は、任意に、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的には、ヒト免疫グロブリンの定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部を含む。さらなる詳細については、Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２−５２５（１９８６）、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９（１９８８）、及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：５９３−５９６（１９９２）を参照されたい。以下の総説論文及びそれらに引用される参考文献、Ｖａｓｗａｎｉ  ａｎｄ  Ｈａｍｉｌｔｏｎ、Ａｎｎ．Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ  ＆  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１：１０５−１１５（１９９８）、Ｈａｒｒｉｓ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ  ２３：１０３５−１０３８（１９９５）、Ｈｕｒｌｅ  ａｎｄ  Ｇｒｏｓｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．５：４２８−４３３（１９９４）も参照されたい。
【００９３】
「ヒト抗体」は、ヒトによって産生される抗体及び／または本明細書に開示されるヒト抗体を作製するための技法のうちのいずれかを使用して作製された抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を含むものである。かかる技法としては、ファージディスプレイライブラリ等のヒト由来のコンビナトリアルライブラリのスクリーニング（例えば、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１−５９７（１９９１）及びＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９：４１３３−４１３７（１９９１）を参照のこと）、ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒト異種骨髄腫細胞株の使用（例えば、Ｋｏｚｂｏｒ  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）、Ｂｒｏｄｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＰＰ．５５−９３（Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８７）、及びＢｏｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１４７：８６（１９９１）を参照のこと）、及び内因性免疫グロブリン産生の不在下でヒト抗体の全レパートリーを産生することができるトランスジェニック動物（例えば、マウス）におけるモノクローナル抗体の生成（例えば、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ＵＳＡ，９０：２５５１（１９９３）、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３６２：２５５（１９９３）、Ｂｒｕｇｇｅｒｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｙｅａｒ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．，７：３３（１９９３）を参照のこと）が挙げられる。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト動物由来の抗原結合残基を含むヒト化抗体を明確に除外する。
【００９４】
「単離された」抗体とは、その天然環境の成分から特定及び分離及び／または回収されたものである。その天然環境の混入成分は、抗体の診断的または治療的使用を妨害する物質であり、これらとしては、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性または非タンパク質性溶質が挙げられる。ある特定の実施形態では、抗体は、（１）ローリー法によって判定される、抗体の９５重量％超、多くの場合、９９重量％超まで、（２）回転カップ配列決定装置の使用によりＮ末端もしくは内部アミノ酸配列の少なくとも１５個の残基を得るのに十分な程度まで、または（３）クマシーブルーまたはシルバー染色を使用した還元もしくは非還元条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥによって同種になるまで精製される。単離された抗体は、抗体の天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイツの抗体を含む。しかしながら、通常、単離された抗体は、少なくとも１つの精製ステップによって調製される。
【００９５】
「超可変領域」、「ＨＶＲ」、または「ＨＶ」という用語は、本明細書で使用されるとき、配列が超可変であり、かつ／または構造的に定義されたループを形成する抗体可変ドメインの領域を指す。一般に、抗体は、６つの超可変領域を含み、３つがＶＨにあり（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、３つがＶＬにある（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）。いくつかの超可変領域描写が使用されており、本明細書に包含される。Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）は、配列可変性に基づき、最も一般に使用されている（Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１）を参照のこと）。Ｃｈｏｔｈｉａは、代わりに、構造的ループの位置に言及する（Ｃｈｏｔｈｉａ  ａｎｄ  Ｌｅｓｋ  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１−９１７（１９８７））。ＡｂＭ超可変領域は、ＫａｂａｔのＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａの構造的ループとの間の妥協案を提示し、Ｏｘｆｏｒｄ  ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用されている。「接触」超可変領域は、利用可能な複合体結晶構造分析に基づく。これらのＨＶＲの各々由来の残基が以下に記載される。
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【００９６】
超可変領域は、以下の「伸長超可変領域」を含み得る：ＶＬにおいて、２４〜３６または２４〜３４（Ｌ１）、４６〜５６または４９〜５６または５０〜５６または５２〜５６（Ｌ２）、及び８９〜９７（Ｌ３）、ならびにＶＨにおいて、２６〜３５（Ｈ１）、５０〜６５または４９〜６５（Ｈ２）、及び９３〜１０２、９４〜１０２、または９５〜１０２（Ｈ３）。可変ドメイン残基は、これらの定義の各々について、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．（上記参照）に従って番号付けされる。
【００９７】
「フレームワーク」または「ＦＲ」残基は、本明細書に定義される超可変領域残基以外の可変ドメイン残基である。
【００９８】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」とは、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨフレームワーク配列の選択において最も一般に生じるアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般に、ヒト免疫グロブリンＶＬまたはＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列の亜群からである。一般に、配列の亜群は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌにあるような亜群である。一実施形態では、ＶＬの場合、亜群は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌにあるような亜群カッパＩである。一実施形態では、ＶＨの場合、亜群は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌにあるような亜群ＩＩＩである。
【００９９】
「親和性成熟」抗体とは、その１つ以上のＣＤＲに１つ以上の改変を有するものであり、これらの改変により、それらの改変（複数可）を有しない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性の改善がもたらされる。ある特定の実施形態では、親和性成熟抗体は、標的抗原に対してナノモルまたはさらにはピコモルの親和性を有する。親和性成熟抗体は、当該技術分野で既知の手技によって産生される。Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３（１９９２）は、ＶＨ及びＶＬドメインシャッフリングによる親和性成熟について説明している。ＣＤＲ及び／またはフレームワーク残基のランダム変異誘発は、Ｂａｒｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ，ＵＳＡ  ９１：３８０９−３８１３（１９９４）、Ｓｃｈｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｅ  １６９：１４７−１５５（１９９６）、Ｙｅｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５：１９９４−２００４（１９９５）、Ｊａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０−９（１９９５）、及びＨａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６（１９９２）によって説明されている。
【０１００】
本明細書で使用される「実質的に同様」または「実質的に同じ」という語句は、当業者が、２つの値間の差異が前記値によって測定される生物学的特徴の文脈でわずかであるか、または生物学的及び／もしくは統計的に有意ではないと見なすような２つの数値（一般に、一方は本発明の抗体に関連し、他方は参照／コンパレータ抗体に関連する）間の十分に高い程度の類似性を意味する。
【０１０１】
「結合親和性」とは、一般に、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有相互作用の合計の強度を指す。別途示されない限り、本明細書で使用されるとき、「結合親和性」とは、結合対のメンバー（例えば、抗体及び抗原）間の１：１の相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般に、解離定数（Ｋｄ）によって表され得る。親和性は、本明細書に記載の方法を含む当該技術分野で既知の一般的な方法によって測定され得る。低親和性抗体は、一般に、抗原に緩徐に結合し、容易に解離する傾向がある一方で、高親和性抗体は、一般に、抗原により迅速に結合し、より長く結合した状態を保つ傾向がある。結合親和性を測定する様々な方法が当該技術分野で既知であり、それらのいずれも本発明の目的のために使用され得る。
【０１０２】
抗体または免疫グロブリンに関連した「可変」という用語は、可変ドメインのある特定の部分の配列が抗体間で大きく異なり、各特定の抗体のその特定の抗体に対する結合及び特異性に使用されるという事実を指す。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメイン全体にわたって均等に分布していない。これは、軽鎖可変ドメイン及び重鎖可変ドメインの両方における超可変領域と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然重鎖及び軽鎖の可変ドメインは各々、主にβシート配置を採用し、３つの超可変領域によって連結している４つのＦＲを含み、βシート構造を連結し、ある場合にはその一部を形成するループを形成する。各鎖内の超可変領域は、ＦＲによって近接近して一緒に保持され、他方の鎖由来の超可変領域とともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ．（１９９１）を参照のこと）。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接関与しないが、抗体の抗体依存性細胞毒性（ＡＤＣＣ）への関与等の様々なエフェクター機能を呈する。
【０１０３】
抗体のパパイン消化により、各々が単一抗原結合部位を有する「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗原結合断片と、その名称が容易に結晶化するその能力を反映する残りの「Ｆｃ」断片とが産生される。ペプシン処理により、２つの抗原結合部位を有しながら依然として抗原に架橋することができるＦ（ａｂ’）２断片が産出される。
【０１０４】
「Ｆｖ」は、完全抗原認識部位及び抗原結合部位を含む最小抗体断片である。この領域は、密接に非共有会合した１つの重鎖可変ドメイン及び１つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。この配置において、各可変ドメインの３つの超可変領域が相互作用して、ＶＨ−ＶＬ二量体の表面上に抗原結合部位を規定する。集合的に、６つの超可変領域が抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一の可変ドメイン（または抗原に特異的な超可変領域を３つのみ含むＦｖの半分）さえも、抗原を認識してそれに結合する能力を有するが、全結合部位よりも低い親和性である。
【０１０５】
Ｆａｂ断片は、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）も含む。Ｆａｂ=断片は、抗体ヒンジ領域由来の１つ以上のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に数個の残基が付加されているという点でＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基（複数可）が少なくとも１つの遊離チオール基を有するＦａｂ’に対する本明細書における表記である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、元来、間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として産生された。抗体断片の他の化学的カップリングも既知である。
【０１０６】
任意の脊椎動物種由来の抗体の「軽鎖」は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２つの明確に異なるタイプのうちの一方に割り当てられ得る。
【０１０７】
それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）が異なるクラスに割り当てられ得る。免疫グロブリンには５つの主なクラス、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらのうちのいくつかは、サブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２にさらに分類され得る。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造及び三次元配置が周知であり、概して、例えば、Ａｂｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ  ｅｄ．（Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ，Ｃｏ．，２０００）に記載されている。抗体は、抗体と１つ以上の他のタンパク質またはペプチドとの共有または非共有会合によって形成されたより大きい融合分子の一部であり得る。
【０１０８】
「全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、以下に定義される抗体断片ではなく、その実質的にインタクトな形態の抗体を指すために本明細書で同義に使用される。これらの用語は、具体的には、Ｆｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
【０１０９】
本明細書での目的のための「ネイキッド抗体」とは、細胞毒性部分または放射性標識にコンジュゲートしていない抗体である。
【０１１０】
本明細書における「Ｆｃ領域」という用語は、天然配列Ｆｃ領域及び変異形Ｆｃ領域を含む免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は様々であり得るが、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、通常、Ｃｙｓ２２６またはＰｒｏ２３０位のアミノ酸残基からそのカルボキシル末端まで伸長すると定義される。Ｆｃ領域のＣ末端リジン（ＥＵ番号付けシステムに従って残基４４７）は、例えば、抗体の産生または精製中に、または抗体の重鎖をコードする核酸を組換え操作することによって除去され得る。したがって、インタクトな抗体の組成物は、全てのＫ４４７残基が除去された抗体集団、Ｋ４４７残基が除去されていない抗体集団、及びＫ４４７残基を有する抗体とＫ４４７残基を有しない抗体との混合物を有する抗体集団を含み得る。
【０１１１】
別途示されない限り、本明細書において、免疫グロブリン重鎖内の残基の番号付けは、参照により本明細書に明確に組み込まれる、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ（１９９１）にあるようなＥＵインデックスの番号付けである。「ＫａｂａｔにあるようなＥＵインデックス」とは、ヒトＩｇＧ１  ＥＵ抗体の残基番号付けを指す。
【０１１２】
「機能的Ｆｃ領域」は、天然配列Ｆｃ領域の「エフェクター機能」を有する。例示的な「エフェクター機能」としては、Ｃ１ｑ結合、補体依存性細胞毒性、Ｆｃ受容体結合、抗体依存性細胞媒介細胞毒性（ＡＤＣＣ）、食作用、細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体、ＢＣＲ）の下方制御等が挙げられる。かかるエフェクター機能は、一般に、Ｆｃ領域と結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）との結合を必要とし、例えば、本明細書に開示される様々なアッセイを使用して評定され得る。
【０１１３】
「天然配列Ｆｃ領域」は、天然に見られるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。天然配列ヒトＦｃ領域としては、天然配列ヒトＩｇＧ１  Ｆｃ領域（非Ａ及びＡアロタイプ）、天然配列ヒトＩｇＧ２  Ｆｃ領域、天然配列ヒトＩｇＧ３  Ｆｃ領域、及び天然配列ヒトＩｇＧ４  Ｆｃ領域、ならびにそれらの天然に存在する変異形が挙げられる。
【０１１４】
「変異形Ｆｃ領域」は、少なくとも１つのアミノ酸修飾により天然配列Ｆｃ領域のアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、変異形Ｆｃ領域は、天然配列Ｆｃ領域または親ポリペプチドのＦｃ領域と比較して、少なくとも１つのアミノ酸置換、例えば、約１個〜約１０個のアミノ酸置換を有し、ある特定の実施形態では、天然配列Ｆｃ領域または親ポリペプチドのＦｃ領域に約１個〜約５個のアミノ酸置換を有する。ある特定の実施形態では、本明細書における変異形Ｆｃ領域は、天然配列Ｆｃ領域及び／もしくは親ポリペプチドのＦｃ領域と少なくとも約８０％の相同性、またはそれと少なくとも約９０％の相同性、またはそれと少なくとも約９５％の相同性を有する。
【０１１５】
それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、インタクトな抗体が異なる「クラス」に割り当てられ得る。インタクトな抗体には５つの主なクラス、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらのうちのいくつかは、「サブクラス」（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、及びＩｇＡ２にさらに分類され得る。抗体の異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造及び三次元配置が周知である。
【０１１６】
「抗体依存性細胞媒介細胞毒性」及び「ＡＤＣＣ」は、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）を発現する非特異的細胞毒性細胞（例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球、及びマクロファージ）が標的細胞上の結合していない抗体を認識し、その後、標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介反応を指す。ＡＤＣＣを媒介するための初代細胞であるＮＫ細胞がＦｃγＲＩＩＩのみを発現する一方で、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞でのＦｃＲ発現は、Ｒａｖｅｔｃｈ  ａｎｄ  Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  ９：４５７−９２（１９９１）の４６４貢の表３に要約されている。目的とする分子のＡＤＣＣ活性を評定するために、米国特許第５，５００，３６２号または同第５，８２１，３３７号に記載のアッセイ等のインビトロＡＤＣＣアッセイが行われ得る。かかるアッセイに有用なエフェクター細胞としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が挙げられる。代替的に、または加えて、目的とする分子のＡＤＣＣ活性は、インビボで、例えば、Ｃｌｙｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）９５：６５２−６５６（１９９８）に開示されるモデル等の動物モデルで評定され得る。
【０１１７】
「ヒトエフェクター細胞」は、１つ以上のＦｃＲを発現し、かつエフェクター機能を実行する白血球である。ある特定の実施形態では、この細胞は、少なくともＦｃγＲＩＩＩを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能を実行する。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例としては、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞毒性Ｔ細胞、及び好中球が挙げられる。エフェクター細胞は、本明細書に記載されるように、その天然源から、例えば、血液またはＰＢＭＣから単離され得る。
【０１１８】
「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」という用語は、抗体のＦｃ領域に結合する受容体を説明するために使用される。ある特定の実施形態では、ＦｃＲは、天然配列ヒトＦｃＲである。さらに、ＦｃＲは、ＩｇＧ抗体に結合するもの（ガンマ受容体）であり、これらの受容体の対立遺伝子変異形及び選択的にスプライスされた形態を含む、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスの受容体を含む。ＦｃγＲＩＩ受容体は、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性化受容体」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害受容体」）を含み、これらは、その細胞質ドメインの点で主に異なる同様のアミノ酸配列を有する。活性化受容体ＦｃγＲＩＩＡは、その細胞質ドメインに免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含む。阻害受容体ＦｃγＲＩＩＢは、その細胞質ドメインに免疫受容体チロシンベースの阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）を含む（概説、Ｍ．ｉｎ  Ｄａｅｒｏｎ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５：２０３−２３４（１９９７）を参照のこと）。ＦｃＲが、Ｒａｖｅｔｃｈ  ａｎｄ  Ｋｉｎｅｔ，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  ９：４５７−９２（１９９１）、Ｃａｐｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ  ４：２５−３４（１９９４）、及びｄｅ  Ｈａａｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｌａｂ．Ｃｌｉｎ．Ｍｅｄ．１２６：３３０−４１（１９９５）に概説されている。今後特定されるものを含む他のＦｃＲは、本明細書における「ＦｃＲ」という用語に包含される。この用語は、母体ＩｇＧの胎児への移行に関与し（Ｇｕｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１７：５８７（１９７６）及びＫｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２４：２４９（１９９４））、かつ免疫グロブリンのホメオスタシスを制御する新生児受容体ＦｃＲｎも含む。新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善され、かつ半減期が増加した抗体が、ＷＯ００／４２０７２（Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．）及びＵＳ２００５／００１４９３４Ａ１（Ｈｉｎｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．）に記載されている。これらの抗体は、Ｆｃ領域のＦｃＲｎへの結合を改善する、１つ以上の置換を中に有するＦｃ領域を含む。例えば、Ｆｃ領域は、２３８位、２５０位、２５６位、２６５位、２７２位、２８６位、３０３位、３０５位、３０７位、３１１位、３１２位、３１４位、３１７位、３４０位、３５６位、３６０位、３６２位、３７６位、３７８位、３８０位、３８２位、４１３位、４２４位、４２８位、または４３４位（残基のＥｕ番号付け）のうちの１つ以上に置換を有し得る。ある特定の実施形態では、ＦｃＲｎ結合が改善されたＦｃ領域を含む抗体変異形は、そのＦｃ領域の３０７位、３８０位、及び４３４位（残基のＥｕ番号付け）のうちの１つ、２つ、または３つにアミノ酸置換を含む。
【０１１９】
「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨ及びＶＬドメインを含み、これらのドメインは、単一のポリペプチド鎖に存在する。ある特定の実施形態では、Ｆｖポリペプチドは、ＶＨドメインとＶＬドメインとの間にポリペプチドリンカーをさらに含み、これにより、ｓｃＦｖが抗原結合に所望の構造を形成することが可能になる。ｓｃＦｖの概説については、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ  ｉｎ  Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ  ａｎｄ  Ｍｏｏｒｅ  ｅｄｓ．，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＰＰ．２６９−３１５（１９９４）を参照されたい。ＨＥＲ２抗体ｓｃＦｖ断片は、ＷＯ９３／１６１８５、米国特許第５，５７１，８９４号、及び米国特許第５，５８７，４５８号に記載されている。
【０１２０】
「ダイアボディ」という用語は、２つの抗原結合部位を有する小さい抗体断片を指し、これらの断片は、同じポリペプチド鎖内の可変軽ドメイン（ＶＬ）に連結した可変重ドメイン（ＶＨ）（ＶＨ−ＶＬ）を含む。同じ鎖内のこれらの２つのドメイン間の対合を可能にするには短すぎるリンカーを使用することによって、これらのドメインは、別の鎖の相補的ドメインと対合させられ、２つの抗原結合部位を作製する。ダイアボディは、例えば、ＥＰ４０４，０９７、ＷＯ９３／１１１６１、及びＨｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：６４４４−６４４８（１９９３）により完全に説明されている。
【０１２１】
「親和性成熟」抗体とは、その１つ以上の超可変領域に１つ以上の改変を有するものであり、これらの改変により、それらの改変（複数可）を有しない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性の改善がもたらされる。ある特定の実施形態では、親和性成熟抗体は、標的抗原に対してナノモルまたはさらにはピコモルの親和性を有する。親和性成熟抗体は、当該技術分野で既知の手技によって産生される。Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３（１９９２）は、ＶＨ及びＶＬドメインシャッフリングによる親和性成熟について説明している。ＣＤＲ及び／またはフレームワーク残基のランダム変異誘発は、Ｂａｒｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ，ＵＳＡ  ９１：３８０９−３８１３（１９９４）、Ｓｃｈｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｅ  １６９：１４７−１５５（１９９５）；Ｙｅｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５５：１９９４−２００４（１９９５）、Ｊａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４（７）：３３１０−９（１９９５）；及びＨａｗｋｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２６：８８９−８９６（１９９２）によって説明されている。
【０１２２】
本明細書における「アミノ酸配列変異形」抗体とは、主要種抗体とは異なるアミノ酸配列を有する抗体である。ある特定の実施形態では、アミノ酸配列変異形は、主要種抗体と少なくとも約７０％の相同性を有するか、またはそれらは、主要種抗体と少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％相同である。アミノ酸配列変異形は、主要種抗体のアミノ酸配列内またはそれに隣接するある特定の位置に、置換、欠失、及び／または付加を有する。本明細書におけるアミノ酸配列変異形の例としては、酸性変異形（例えば、脱アミド化抗体変異形）、塩基性変異形、１つまたは２つの軽鎖にアミノ末端リーダー伸長（例えば、ＶＨＳ−）を有する抗体、１つまたは２つの重鎖にＣ末端リジン残基を有する抗体等が挙げられ、重鎖及び／または軽鎖のアミノ酸配列に対する変形の組み合わせも含まれる。本明細書における特に目的とする抗体変異形は、１つまたは２つの軽鎖にアミノ末端リーダー伸長を含み、任意に、主要種抗体と比較して他のアミノ酸配列及び／またはグリコシル化差異をさらに含む抗体である。
【０１２３】
本明細書における「グリコシル化変異形」抗体とは、主要種抗体に結合した１つ以上の炭水化物部分とは異なる１つ以上の炭水化物部分に結合した抗体である。本明細書におけるグリコシル化変異形の例としては、Ｇ０オリゴ糖構造の代わりにＧ１またはＧ２オリゴ糖構造がＦｃ領域に結合した抗体、１つまたは２つの炭水化物部分が１つまたは２つの軽鎖に結合した抗体、炭水化物が抗体の１つまたは２つの重鎖に結合していない抗体等、及びグリコシル化変形の組み合わせが挙げられる。抗体がＦｃ領域を有する場合、オリゴ糖構造は、例えば、抗体の１つまたは２つの重鎖、残基２９９（２９８、残基のＥｕ番号付け）に結合し得る。
【０１２４】
本明細書で使用される「細胞毒性薬」という用語は、細胞の機能を阻害もしくは阻止し、かつ／または細胞の破壊を引き起こす物質を指す。この用語は、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、及びＬｕの放射性同位体）、化学療法剤、及び毒素、例えば、細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の小分子毒素または酵素的に活性な毒素（それらの断片及び／または変異形を含む）を含むよう意図されている。
【０１２５】
「サイトカイン」という用語は、細胞間メディエーターとして別の細胞で作用する１つの細胞集団によって放出されるタンパク質の総称である。かかるサイトカインの例は、リンフォカイン、モノカイン、及び従来のポリペプチドホルモンである。サイトカインには、成長ホルモン、例えば、ヒト成長ホルモン、Ｎ−メチオニルヒト成長ホルモン、及びウシ成長ホルモン；副甲状腺ホルモン；チロキシン；インスリン；プロインスリン；リラキシン；プロリラキシン；糖タンパク質ホルモン、例えば、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、及び黄体形成ホルモン（ＬＨ）；肝臓成長因子；線維芽細胞成長因子；プロラクチン；胎盤性ラクトゲン；腫瘍壊死因子−α及び−β；ミュラー管阻害物質；マウスゴナドトロピン関連ペプチド；インヒビン；アクチビン；血管内皮成長因子；インテグリン；トロンボポエチン（ＴＰＯ）；神経成長因子、例えば、ＮＧＦ−β；血小板成長因子；形質転換成長因子（ＴＧＦ）、例えば、ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−β；インスリン様成長因子−Ｉ及び−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；インターフェロン、例えば、インターフェロン−α、インターフェロン−β、及びインターフェロン−γ；コロニー刺激因子（ＣＳＦ）、例えば、マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）；顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）；及び顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）；インターロイキン（ＩＬ）、例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−１α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２；腫瘍壊死因子、例えば、ＴＮＦ−αまたはＴＮＦ−β；ならびにＬＩＦ及びｋｉｔリガンド（ＫＬ）を含む他のポリペプチド因子が含まれる。本明細書で使用されるとき、サイトカインという用語は、天然源または組換え細胞培養物由来のタンパク質、及び天然配列  サイトカインの生物学的に活性な等価物を含む。
【０１２６】
補助療法のために本明細書で使用される「免疫抑制剤」という用語は、本明細書における治療される対象の免疫系を抑制またはマスクするように作用する物質を指す。これは、サイトカイン産生を抑制するか、自己抗原発現を下方制御もしくは抑制するか、またはＭＨＣ抗原をマスクする物質を含む。かかる薬剤の例としては、２−アミノ−６−アリール−５−置換ピリミジン（米国特許第４，６６５，０７７号を参照のこと）；非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）；ガンシクロビル；タクロリムス；グルココルチコイド、例えば、コルチゾールまたはアルドステロン；抗炎症薬、例えば、シクロオキシゲナーゼ阻害剤；５−リポキシゲナーゼ阻害剤；またはロイコトリエン受容体アンタゴニスト；プリンアンタゴニスト、例えば、アザチオプリンまたはミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）；アルキル化剤、例えば、シクロホスファミド；ブロモクリプチン；ダナゾール；ダプソーン；グルタルアルデヒド（米国特許第４，１２０，６４９号に記載されるように、ＭＨＣ抗原を作製するもの）；ＭＨＣ抗原及びＭＨＣ断片の抗イディオタイプ抗体；シクロスポリン；６メルカプトプリン；ステロイド、例えば、副腎皮質ステロイドまたは糖質副腎皮質ステロイドまたは糖質コルチコイド類似体、例えば、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン、例えば、ＳＯＬＵ−ＭＥＤＲＯＬ（登録商標）コハク酸メチルプレドニゾロンナトリウム、及びデキサメタゾン；ジヒドロ葉酸レダクターゼ阻害剤、例えば、メトトレキサート（経口または皮下）；抗マラリア剤、例えば、クロロキン及びヒドロキシクロロキン；スルファサラジン；レフルノミド；サイトカインまたはサイトカイン受容体抗体またはアンタゴニスト、例えば、抗インターフェロン−アルファ、−ベータ、または−ガンマ抗体、抗腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）−アルファ抗体（インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））またはアダリムマブ）、抗ＴＮＦ−アルファイムノアドヘシン（エタネルセプト）、抗ＴＮＦ−ベータ抗体、抗インターロイキン−２（ＩＬ−２）抗体及び抗ＩＬ−２受容体抗体、ならびに抗インターロイキン−６（ＩＬ−６）受容体抗体及びアンタゴニスト；抗ＬＦＡ−１抗体、例えば、抗ＣＤ１１ａ及び抗ＣＤ１８抗体；抗Ｌ３Ｔ４抗体；異種抗リンパ球グロブリン；ｐａｎ−Ｔ抗体、抗ＣＤ３、または抗ＣＤ４／ＣＤ４ａ抗体；ＬＦＡ−３結合ドメインを含む可溶性ペプチド（ＷＯ９０／０８１８７（１９９０年７月２６日公開）；ストレプトキナーゼ；形質転換成長因子−ベータ（ＴＧＦ−ベータ）；ストレプトドナーゼ（ｓｔｒｅｐｔｏｄｏｍａｓｅ）；宿主由来のＲＮＡまたはＤＮＡ；ＦＫ５０６；ＲＳ−６１４４３；クロラムブシル；デオキシスペルグアリン；ラパマイシン；Ｔ細胞受容体（Ｃｏｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．、米国特許第５，１１４，７２１号）；Ｔ細胞受容体断片（Ｏｆｆｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５１：４３０−４３２（１９９１）、ＷＯ９０／１１２９４、Ｉａｎｅｗａｙ，Ｎａｔｕｒｅ，３４１：４８２（１９８９）、及びＷＯ９１／０１１３３）；ＢＡＦＦアンタゴニスト、例えば、ＢＡＦＦまたはＢＲ３抗体またはイムノアドヘシン及びｚＴＮＦ４アンタゴニスト（概説については、Ｍａ���ｋａｙ  ａｎｄ  Ｍａｃｋａｙ，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２３：１１３−５（２００２）を参照されたく、以下の定義も参照されたい）；Ｔ細胞ヘルパーシグナルを妨害する生物学的薬剤、例えば、抗ＣＤ４０受容体または抗ＣＤ４０リガンド（ＣＤ１５４）、例えば、ＣＤ４０−ＣＤ４０リガンドに対する遮断抗体（例えば、Ｄｕｒｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２６１：１３２８−３０（１９９３）、Ｍｏｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５４：１４７０−８０（１９９５））及びＣＴＬＡ４−Ｉｇ（Ｆｉｎｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２６５：１２２５−７（１９９４））；ならびにＴ細胞受容体抗体（ＥＰ３４０，１０９）、例えば、Ｔ１０Ｂ９が挙げられる。
【０１２７】
本明細書で使用される「改善する」または「改善」という用語は、異常または症状を含む、状態、疾患、障害、または表現型の低減、軽減、または排除を指す。
【０１２８】
疾患または障害（例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎またはクローン病）の「症状」は、対象により経験され、疾患を示す、任意の病的現象、または構造、機能、もしくは感覚の正常からの逸脱である。
【０１２９】
「治療有効量」という表現は、疾患または障害（例えば、炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎またはクローン病）の予防、改善、または治療に有効な量を指す。例えば、抗体の「治療有効量」とは、特定の疾患または障害の予防、改善、または治療に有効な抗体の量を指す。同様に、抗体及び第２の化合物の組み合わせの「治療有効量」とは、組み合わせで、特定の疾患または障害の予防、改善、または治療に有効な抗体の量及び第２の化合物の量を指す。
【０１３０】
２つの化合物の「組み合わせ」という専門用語が、化合物が互いに混合されて投与されなければならないことを意味しないことを理解されたい。したがって、かかる組み合わせでの治療またはその使用は、化合物の混合物または化合物の別個の投与を包含し、同じ日または異なる日の投与を含む。したがって、「組み合わせ」という専門用語は、２つ以上の化合物が、別々にまたは互いに混合されてのいずれかで治療のために使用されることを意味する。例えば、抗体及び第２の化合物が組み合わせで対象に投与される場合、この抗体は、抗体及び第２の化合物が対象に別々に投与されるか、または混合されて投与されるかにかかわらず、第２の化合物が対象に存在するときに対象に存在する。ある特定の実施形態では、抗体以外の化合物は、抗体の前に投与される。ある特定の実施形態では、抗体以外の化合物は、抗体の後に投与される。
【０１３１】
本明細書での目的のために、「腫瘍壊死因子−アルファ（ＴＮＦ−アルファ）」とは、Ｐｅｎｎｉｃａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３１２：７２１（１９８４）またはＡｇｇａｒｗａｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＪＢＣ，２６０：２３４５（１９８５）に記載のアミノ酸配列を含むヒトＴＮＦ−アルファ分子を指す。
【０１３２】
「ＴＮＦ−アルファ阻害剤」という用語は、本明細書で「抗ＴＮＦ治療薬」と同義に使用され、ＴＮＦ−アルファへの結合及びその活性の中和によってＴＮＦ−アルファの生物学的機能をある程度阻害する薬剤を指す。本明細書で明確に企図されるＴＮＦ阻害剤の例は、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬ（登録商標））、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、ゴリムマブ（ＳＩＭＰＯＮＩＴＭ）、及びセルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標））である。
【０１３３】
「ＴＮＦナイーブ」または「以前に抗ＴＮＦ治療薬で治療されていない患者」という用語は、以前に抗ＴＮＦ治療薬が投与されていない患者を指す。
【０１３４】
「副腎皮質ステロイド」とは、天然に存在する副腎皮質ステロイドの作用を模倣または増補するステロイドの一般化学構造を有するいくつかの合成または天然に存在する物質のうちのいずれか１つを指す。合成副腎皮質ステロイドの例としては、プレドニゾン、プレドニゾロン（メチルプレドニゾロンを含む）、デキサメタゾントリアムシノロン、及びベタメタゾンが挙げられる。
【０１３５】
「アンタゴニスト」とは、リガンドの場合、１つ以上の受容体へのその結合、または受容体の場合、１つ以上のリガンドへの結合を含む特有のまたは特定のタンパク質の活性を中和、遮断、阻害、抑止、低減、または妨害することができる分子を指す。アンタゴニストとしては、抗体及びその抗原結合断片、タンパク質、ペプチド、糖タンパク質、糖ペプチド、糖脂質、多糖、オリゴ糖、核酸、生物有機分子、ペプチド模倣薬、薬理学的薬剤、ならびにそれらの代謝物、転写制御配列、及び翻訳制御配列等が挙げられる。アンタゴニストとしては、タンパク質の小分子阻害剤、ならびにタンパク質に特異的に結合し、それによりその標的へのその結合を隔絶する融合タンパク質、受容体分子、及び誘導体、タンパク質のアンタゴニスト変異形、タンパク質に指向されたアンチセンス分子、ＲＮＡアプタマー、ならびにタンパク質に対するリボザイムも挙げられる。
【０１３６】
「自己注射デバイス」とは、例えば、患者または在宅介護人による、治療薬の自己投与用の医療デバイを指す。自己注射デバイスとしては、自動注射デバイス及び自己投与用に設計された他のデバイスが挙げられる。
【０１３７】
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも約７ヌクレオチド長であり、約２５０ヌクレオチド長未満の短い一本鎖ポリヌクレオチドを指す。オリゴヌクレオチドは、合成であり得る。「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、相互排他的ではない。ポリヌクレオチドについての上の記述は、オリゴヌクレオチドに同様にかつ完全に適用可能である。
【０１３８】
「プライマー」という用語は、核酸にハイブリダイズすることができ、かつ一般に遊離３’−ＯＨ基を提供することによって相補的核酸の重合を可能にする一本鎖ポリヌクレオチドを指す。
【０１３９】
「増幅」という用語は、参照核酸配列またはその補体の１つ以上のコピーを産生する過程を指す。増幅は、線形または指数関数的（例えば、ＰＣＲ）であり得る。「コピー」は、鋳型配列に対する完全な配列相補性または同一性を必ずしも意味しない。例えば、コピーは、デオキシイノシン等のヌクレオチド類似体、意図的な配列改変（ハイブリダイズ可能であるが、完全に相補的ではない配列を含むプライマーを介して鋳型に導入される配列改変等）、及び／または増幅中に生じる配列エラーを含み得る。
【０１４０】
「検出」という用語は、直接及び間接的検出を含む任意の検出手段を含む。
【０１４１】
「上昇したレベル」または「より高いレベル」とは、自己免疫疾患、例えば、ＩＢＤに罹患していない個体（複数可）等の対照または参照レベルと比較した、または事前に確立された閾値もしくはカットオフ値と比較した、または患者及び／もしくは対象集団の中央値と比較した、患者における細胞型の量または割合の増加を指す。
【０１４２】
「低減したレベル」または「より低いレベル」とは、自己免疫疾患、例えば、ＩＢＤに罹患していない個体（複数可）等の対照または参照レベルと比較した、または事前に確立された閾値もしくはカットオフ値と比較した、または患者及び／もしくは対象集団の中央値と比較した、患者における細胞型の量または割合の減少を指す。
【０１４３】
「多重ＰＣＲ」という用語は、単一の反応において２つ以上のＤＮＡ配列を増幅する目的のために２つ以上のプライマーセットを使用して単一の源（例えば、患者）から得られた核酸で行われる単一のＰＣＲ反応を指す。
【０１４４】
本明細書で使用される「バイオマーカー」という用語は、患者の表現型の指標、例えば、患者の生物学的試料で検出され得る病理学的状態または治療薬への可能性のある応答性を指す。バイオマーカーとしては、特定の細胞型、例えば、免疫細胞、Ｔ細胞、及びＴ細胞サブセットが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１４５】
「診断」という用語は、分子または病理学的状態、疾患、または状態の特定または分類を指すために本明細書で使用される。例えば、「診断」は、組織／臓器関与（例えば、炎症性腸疾患）によるか、または他の特徴（例えば、インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療等の治療への応答性を特徴とする患者  下位集団）によるか、または分子特徴（例えば、特定の遺伝子または前記遺伝子によってコードされたタンパク質のうちの１つまたはそれらの組み合わせの発現を特徴とするサブタイプ）による、特定のタイプの胃腸炎症障害の特定、または特定のサブタイプの胃腸炎症障害の分類を指し得る。
【０１４６】
「診断を援助する」という用語は、特定のタイプの症状または状態の存在または性質に関する臨床的判定を支援する方法を指すために本明細書で使用される。例えば、ＩＢＤの診断を援助する方法は、個体由来の生物学的試料における１つ以上のバイオマーカーのレベルを測定することを含み得る。
【０１４７】
「予後」という用語は、例えば、再発、紅斑、及び薬物耐性を含む胃腸炎症障害の疾患症状の可能性の予測を指すために本明細書で使用される。
【０１４８】
「予測」という用語は、患者が薬物（治療薬）もしくは一組の薬物または治療レジメンに有利にまたは不利にのいずれかで応答する可能性を指すために本明細書で使用される。一実施形態では、予測は、それらの応答の程度に関連する。一実施形態では、予測は、患者が治療、例えば、特定の治療薬での治療後に、または疾患を再発することなくある特定の期間にわたって生存または改善するか、かつ／またはその可能性に関連する。本発明の予測方法を臨床的に使用して、任意の特定の患者に最も適切な治療法を選択することによって治療決定を行うことができる。本発明の予測方法は、患者が所与の治療レジメン等の治療レジメン（例えば、所与の治療薬または組み合わせの投与、外科的介入、ステロイド治療等を含む）に有利に応答する可能性が高いか、または治療レジメン後の患者の長期生存または寛解もしくは持続的寛解が起こり得るかを予測する際に有益なツールである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の予測方法を使用して、例えば、転帰が別様に知られ得る前に特定の治療レジメンで治療されている患者が特定の転帰を有するかを判定する。
【０１４９】
「対照対象」とは、特定の疾患、例えば、ＩＢＤを有すると診断されておらず、かつその疾患に関連する任意の兆候または症状を罹患していない健常な対象を指す。
【０１５０】
「相関する」または「相関すること」とは、任意の方法で、第１の分析またはプロトコルの性能及び／または結果を第２の分析またはプロトコルの性能及び／または結果と比較することを意味する。例えば、第２のプロトコルを行う際に第１の分析もしくはプロトコルの結果を使用することができ、かつ／または第１の分析もしくはプロトコルの結果を使用して、第２の分析もしくはプロトコルが行われるべきかを判定することができる。バイオマーカーレベル分析またはプロトコルの実施形態に関して、バイオマーカーレベル分析またはプロトコルの結果を使用して、特定の治療レジメンが行われるべきかを判定することができる。
【０１５１】
本明細書で使用される「比較すること」という用語は、個体または患者由来の試料中のバイオマーカーのレベルを、本記述の他の箇所で特定されたバイオマーカーの参照レベルと比較することを指す。本明細書で使用される「比較すること」とは、通常、対応するパラメータまたは値の比較を指し、例えば、絶対量は、絶対参照量と比較され、濃度は、参照濃度と比較され、または試料中のバイオマーカーから得られた強度シグナルは、参照試料から得られた同じタイプの強度シグナルと比較されることを理解されたい。比較は、手動で行われ得るか、またはコンピュータ支援であり得る。したがって、比較は、（例えば、本明細書に開示されるシステムの）コンピューティングデバイスによって行われ得る。個体または患者由来の試料中のバイオマーカーの測定または検出されたレベルの値と参照レベルは、例えば、互いに比較され得、前記比較は、比較のためのアルゴリズムを実行するコンピュータプログラムによって自動的に行われ得る。前記評価を行うコンピュータプログラムは、好適な出力形式で所望の評定を提供する。コンピュータ支援の比較の場合、判定された量の値は、コンピュータプログラムによってデータベースに記憶された好適な参照に対応する値と比較され得る。コンピュータプログラムは、比較の結果をさらに評価し得、すなわち、所望の評定を好適な出力形式で自動的に提供し得る。コンピュータ支援の比較の場合、判定された量の値は、コンピュータプログラムによってデータベースに記憶された好適な参照に対応する値と比較され得る。コンピュータプログラムは、比較の結果をさらに評価し得、すなわち、所望の評定を好適な出力形式で自動的に提供する。
【０１５２】
本明細書で使用される「治療を推奨すること」という語句は、患者由来の生物学的試料中のバイオマーカーのレベル（Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及び／またはＴｈ１７細胞のレベル等）に関連して生成された情報またはデータを使用して、患者がある療法で好適に治療されているか、または好適に治療されていないと特定することを指す。いくつかの実施形態では、療法は、エトロリズマブ等の抗インテグリンベータ７抗体を含むインテグリンベータ７アンタゴニストを含む。いくつかの実施形態では、「治療／療法を推奨すること」という語句は、投与される有効な量のインテグリンベータ７アンタゴニストの適合を必要とする患者の特定を含む。いくつかの実施形態では、「治療を推奨すること」は、投与されるインテグリンベータ７アンタゴニストの量が適合されるよう推奨することを含む。本明細書で使用される「治療を推奨すること」という語句は、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に応答する可能性が高いまたは低いと特定または選択された患者のためにインテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法を提案または選択するために生成された情報またはデータを使用することも指し得る。使用または生成された情報またはデータは、任意の形態、書面、口頭、または電子形態であり得る。いくつかの実施形態では、生成された情報またはデータを使用することは、通信、提示、報告、記憶、送信、転送、供給、伝送、分配、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、通信、提示、報告、記憶、送信、転送、供給、伝送、分配、またはそれらの組み合わせは、コンピューティングデバイス、分析ユニット、またはそれらの組み合わせによって行われる。いくつかのさらなる実施形態では、通信、提示、報告、記憶、送信、転送、供給、伝送、分配、またはそれらの組み合わせは、研究員または医療専門家によって行われる。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、バイオマーカー（複数可）のレベルと参照レベルとの比較を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、特定されたバイオマーカーのうちの１つ以上が上昇したレベルまたは低下したレベルで試料中に存在するという表示を含む。いくつかの実施形態では、情報またはデータは、患者がエトロリズマブ等の抗インテグリンベータ７抗体を含むインテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法で好適に治療されている、または好適に治療されていないという表示を含む。
【０１５３】
「添付文書」は、適応症、用法、投薬量、投与、禁忌、パッケージ製品と組み合わせられる他の治療薬、及び／またはかかる治療薬または薬剤の使用に関する警告等に関する情報を含む、治療薬または薬剤の商用パッケージに通例含まれる指示を指すために使用される。
【０１５４】
「キット」は、少なくとも１つの試薬、例えば、ＩＢＤ、例えば、ＵＣまたはクローン病の治療のための薬剤、または本発明のバイオマーカー遺伝子もしくはタンパク質を特異的に検出するためのプローブを含む任意の製品（例えば、パッケージまたは容器）である。ある特定の実施形態では、この製品は、本発明の方法を行うためのユニットとして販売促進、流通、または販売される。
【０１５５】
「ターゲットオーディエンス」とは、特に特定の使用、治療、または適応のためにマーケティングまたは宣伝によって特定の薬剤が販売促進されるか、または販売促進されるよう意図された人々の群または施設、例えば、個々の患者、患者集団、新聞の読者、医学文献、及び雑誌、テレビまたはインターネット視聴者、ラジオまたはインターネット聴取者、医師、製薬会社等である。
【０１５６】
「全血」という用語は、個体から得られた任意の全血試料を指す。典型的には、全血は、全ての血液成分、例えば、細胞成分及び血漿を含む。哺乳動物から全血を得るための方法は、当該技術分野で周知である。
【０１５７】
以前に対象または患者に投与された薬剤（治療薬）のうちの１つ以上のそれらの対象または患者の反応に関連して、「に応答しない」、「非応答」という表現、及びそれらの文法的変形は、かかる薬剤（複数可）の投与時に、治療された障害の治療のいかなる兆候もまたは十分な兆候を呈しなかったか、または薬剤（複数可）に対して臨床的に許容されない程度に高い毒性を呈したか、またはかかる薬剤（複数可）が最初に投与された後に治療の兆候を維持しなかった対象または患者を説明し、治療という単語は、本明細書に定義される文脈で使用される。「応答しない」という語句は、以前に投与された薬物（複数可）に耐性を示し、かつ／またはそれに不応性の対象の説明を含み、対象または患者に投与されている薬剤（複数可）を受けている間に対象または患者が増悪した状況、及び対象または患者がもはや応答しない薬剤（複数可）を伴うレジメンの完了後１２ヶ月以内（例えば、６ヶ月以内）に増悪した状況を含む。したがって、１つ以上の薬剤への非応答性は、その薬剤での以前のまたは現在の治療後に引き続き活動性疾患を有する対象を含む。例えば、患者は、患者が応答しない薬剤（複数可）での療法の約１〜３ヶ月後、または３〜６ヶ月後、または６〜１２ヶ月後に活動性疾患活動性を有し得る。かかる応答性は、問題の障害の治療に熟練した臨床医によって評定され得る。
【０１５８】
薬剤（複数可）への非応答の目的のために、１つ以上の薬剤での以前のまたは現在の治療から「臨床的に許容されない程度に高いレベルの毒性」を経験する対象は、経験豊富な臨床医によって顕著であると見なされるそれに関連した１つ以上の負の副作用または有害事象、例えば、重篤感染症、うっ血性心不全、（多発性硬化症につながる）脱髄、重篤な過敏症、神経病理学事象、高度の自己免疫、癌、例えば、子宮内膜癌、非ホジキンリンパ腫、乳癌、前立腺癌、肺癌、卵巣癌、または黒色腫、結核（ＴＢ）等を経験する。
【０１５９】
ある特定の疾患もしくは障害に罹患している患者に対する増大した臨床的有益性に関連するバイオマーカー、または特定の治療薬もしくは治療レジメンへの応答を予測するバイオマーカーの「量」または「レベル」は、生物学的試料中で検出可能なレベルである。これらは、当業者に既知であり、かつ本明細書にも開示されている方法によって測定され得る。バイオマーカーのレベルを使用して、治療または治療薬への応答または予測応答を判定することができる。
【０１６０】
様々なさらなる用語が、本明細書において定義されるか、または別様に特徴付けられる。
【０１６１】
組成物及び方法
Ａ．ベータ７インテグリンアンタゴニスト
ベータ７インテグリンアンタゴニストを投与することによる、対象、例えば、ヒトにおける胃腸炎症障害の治療方法が提供される。潜在的なアンタゴニストの例としては、免疫グロブリンとベータ７インテグリンとの融合体に結合するオリゴヌクレオチド、具体的には、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体ならびに抗体断片、一本鎖抗体、抗イディオタイプ抗体、及びかかる抗体または断片のキメラまたはヒト化バージョン、ならびにヒト抗体及び抗体断片を含むが、これらに限定されない抗体が挙げられる。代替的に、潜在的なアンタゴニストは、密接に関連したタンパク質、例えば、リガンドを認識するが作用を与えず、それによりベータ７インテグリンの作用を競合的に阻害するベータ７インテグリンの変異形態であり得る。
【０１６２】
別の潜在的なベータ７インテグリンアンタゴニストは、例えば、アンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡ分子が標的ｍＲＮＡにハイブリダイズし、タンパク質翻訳を阻止することによってｍＲＮＡの翻訳を直接遮断するように作用するアンチセンス技術を使用して調製されたアンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡ構築物である。アンチセンス技術を使用して、三重らせん形成またはアンチセンスＤＮＡもしくはＲＮＡにより遺伝子発現を制御することができ、これらの方法はいずれも、ポリヌクレオチドのＤＮＡまたはＲＮＡへの結合に基づく。例えば、本明細書におけるベータ７インテグリンをコードするポリヌクレオチド配列の５’コード部分は、約１０〜４０塩基対長のアンチセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドを設計するために使用される。ＤＮＡオリゴヌクレオチドは、転写に関与する遺伝子の領域に相補的であるように設計され（三重らせんについては、Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，６：３０７３（１９７９）、Ｃｏｏｎｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４１：４５６（１９８８）、Ｄｅｒｖａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５１：１３６０（１９９１）を参照のこと）、それによりベータ７インテグリンの転写及び産生を阻止する。アンチセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドは、インビボでｍＲＮＡにハイブリダイズし、ｍＲＮＡ分子のベータ７インテグリンタンパク質への翻訳を遮断する（アンチセンスについては、Ｏｋａｎｏ，Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ．，５６：５６０（１９９１）；Ｏｌｉｇｏｄｅｏｘｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｓ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ：Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ．，１９８８）を参照のこと）。上述のオリゴヌクレオチドはまた、アンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡがインビボで発現してＰＲＯポリペプチドの産生を阻害することができるように、細胞に送達され得る。アンチセンスＤＮＡが使用される場合、例えば、標的遺伝子ヌクレオチド配列の約−１０位と＋１０位との間の翻訳開始部位に由来するオリゴデオキシリボヌクレオチドが典型的である。
【０１６３】
他の潜在的なアンタゴニストとしては、活性部位であるリガンドに結合する小分子、または分子結合部位に結合し、それによりベータ７インテグリンの正常な生物学的活性を遮断する小分子が挙げられる。小分子の例としては、小ペプチドまたはペプチド様分子、典型的には、可溶性ペプチド、及び合成非ペプチジル有機または無機化合物が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１６４】
リボザイムは、ＲＮＡの特異的切断を触媒することができる酵素ＲＮＡ分子である。リボザイムは、相補的標的ＲＮＡへの配列特異的ハイブリダイゼーション、その後、エンドヌクレアーゼ切断によって作用する。潜在的なＲＮＡ標的内の特異的リボザイム切断部位は、既知の技法によって特定され得る。さらなる詳細については、例えば、Ｒｏｓｓｉ，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，４：４６９−４７１（１９９４）、及びＰＣＴ公開第ＷＯ９７／３３５５１号（１９９７年９月１８日公開  ）を参照されたい。
【０１６５】
転写を阻害するために使用される三重らせん形成における核酸分子は、一本鎖であり、デオキシヌクレオチドから構成されるべきである。これらのオリゴヌクレオチドの塩基組成は、それがフーグスティーン塩基対合法則により三重らせん形成を促進するように設計され、これは、一般に、二本鎖の一方の鎖上にかなりの長さのプリンまたはピリミジンを必要とする。さらなる詳細については、例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ９７／３３５５１号を参照されたい。これらの小分子は、本明細書の上で論じられるスクリーニングアッセイのうちのいずれか１つ以上、及び／または当業者に周知の任意の他のスクリーニング技法によって特定され得る。
【０１６６】
アンタゴニストのスクリーニングアッセイは、本明細書で特定される遺伝子によってコードされたベータ７インテグリンに結合するか、またはそれと複合体形成する化合物、または別様にコードされたポリペプチドと他の細胞タンパク質との相互作用を妨害する化合物を特定するように設計される。かかるスクリーニングアッセイは、化学ライブラリのハイスループットスクリーニングに従順なアッセイを含み、小分子薬物候補の特定に特に好適なものにする。
【０１６７】
これらのアッセイは、タンパク質−タンパク質結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、免疫アッセイ、及び細胞に基づくアッセイを含む様々な形式で行われ得、これらは、当該技術分野で十分に特徴付けされている。
【０１６８】
Ｂ．抗ベータ７インテグリン抗体
一実施形態では、ベータ７インテグリンアンタゴニストは、抗ベータ７抗体である。例示的な抗体としては、以下に記載のポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、二重特異性抗体、及びヘテロコンジュゲート抗体等が挙げられる。
【０１６９】
１．ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体は、関連抗原及びアジュバントの複数回の皮下（ＳＣ）注入または腹腔内（ＩＰ）注入によって動物において産生され得る。二官能性または誘導体化剤、例えば、マレイミドベンゾイルスルホスクシンイミドエステル（システイン残基を介したコンジュゲーション）、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（リジン残基を介する）、グルタルアルデヒド、無水コハク酸、ＳＯＣｌ２、またはＲ１Ｎ＝Ｃ＝ＮＲ（式中、Ｒ及びＲ１は、異なるアルキル基である）を使用して、関連抗原を、免疫化される種において免疫原性であるタンパク質、例えば、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、またはダイズトリプシン阻害剤にコンジュゲートすることが有用であり得る。
【０１７０】
動物は、例えば、１００μｇまたは５μｇのタンパク質またはコンジュゲート（それぞれ、ウサギまたはマウスの場合）を３体積のフロイント完全アジュバントと組み合わせ、その溶液を複数の部位に経皮注入することによって、抗原、免疫原性コンジュゲート、または誘導体に対して免疫化される。１ヶ月後、動物は、複数の部位での皮下注入によって、フロイント完全アジュバント中のペプチドまたはコンジュゲートの元の量の１／５〜１／１０で追加免疫される。７〜１４日後、動物を採血し、血清が抗体力価についてアッセイされる。動物は、力価が水平状態に達するまで追加免疫される。ある特定の実施形態では、動物は、同じ抗原のコンジュゲートであるが、異なるタンパク質にコンジュゲートしたもの、及び／または異なる架橋試薬によりコンジュゲートしたもので追加免疫される。コンジュゲートは、タンパク質  融合体として組換え細胞培養でも作製され得る。また、ミョウバン等の凝集剤が、免疫応答を増強するために好適に使用される。
【０１７１】
２．モノクローナル抗体
モノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５（１９７５）によって最初に説明されたハイブリドーマ法を使用して作製され得るか、または組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照のこと）によって作製され得る。
【０１７２】
ハイブリドーマ法では、マウスまたはハムスター等の他の適切な宿主動物が上述のように免疫化されて、免疫化のために使用されるタンパク質に特異的に結合する抗体を産生するか、または産生することができるリンパ球が誘発される。代替的に、リンパ球は、インビトロで免疫化され得る。免疫化後、リンパ球が単離され、その後、ポリエチレングリコール等の好適な融合剤を使用して骨髄腫細胞株と融合されて、ハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，ＰＰ．５９−１０３（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９８６））。
【０１７３】
そのように調製されたハイブリドーマ細胞は、好適な培養培地に播種されて成長し、この培地は、融合していない親骨髄腫細胞（別名、融合パートナー）の成長または生存を阻害する１つ以上の物質を含有し得る。例えば、親骨髄腫細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠く場合、ハイブリドーマの選択培養培地は、典型的には、ヒポキサンチン、アミノプテリン、及びチミジン（ＨＡＴ培地）を含み、これらの物質は、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の成長を阻止する。
【０１７４】
ある特定の実施形態では、融合パートナー骨髄腫細胞は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による安定した高レベルの抗体産生を支援し、かつ融合していない親細胞に対して選択する選択培地に感受性を示すものである。ある特定の実施形態では、骨髄腫細胞株は、マウス骨髄腫株、例えば、Ｓａｌｋ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．ＵＳＡから入手可能なＭＯＰＣ−２１及びＭＰＣ−１１マウス腫瘍由来のもの、ならびにＳＰ−２及び誘導体、例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖａ．，ＵＳＡから入手可能なＸ６３−Ａｇ８−６５３細胞である。ヒト骨髄腫及びマウス−ヒト異種骨髄腫細胞株も、ヒトモノクローナル抗体の産生について説明されている（Ｋｏｚｂｏｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）、及びＢｒｏｄｅｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ＰＰ．５１−６３（Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８７））。
【０１７５】
ハイブリドーマ細胞が成長する培養培地は、抗原に対して指向されたモノクローナル抗体の産生についてアッセイされる。ある特定の実施形態では、ハイブリドーマ細胞によって産生されたモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降またはインビトロ結合アッセイ、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）または酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）によって判定される。
【０１７６】
モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、Ｍｕｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１０７：２２０（１９８０）に記載のスキャッチャード分析によって判定され得る。所望の特異性を、親和性、及び／または活性を有する抗体を産生するハイブリドーマ細胞が特定されると、クローンは、限界希釈手技によってサブクローニングされ、標準の方法によって成長し得る（Ｇｏｄｉｎｇ，Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，ＰＰ．５９−１０３（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９８６））。この目的に好適な培養培地としては、例えば、Ｄ−ＭＥＭ培地またはＲＰＭＩ−１６４０培地が挙げられる。加えて、ハイブリドーマ細胞は、例えば、この細胞をマウスに腹腔内注入することによって、動物における腹水腫瘍としてインビボで成長させ得る。サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、例えば、親和性クロマトグラフィ（例えば、タンパク質Ａまたはタンパク質Ｇ−セファロースを使用）またはイオン交換クロマトグラフィ、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィ、ゲル電気泳動、透析等の従来の抗体精製手技によって、培養培地、腹水、または血清から好適に分離される。
【０１７７】
モノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手技を使用して（例えば、マウス抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）、容易に単離され、配列決定される。ハイブリドーマ細胞は、かかるＤＮＡの源としての機能を果たす。単離されると、ＤＮＡは、発現ベクターに入れられ、その後、別様に抗体タンパク質を産生しないＥ．ｃｏｌｉ細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または骨髄腫細胞等の宿主細胞にトランスフェクトされて、組換え宿主細胞におけるモノクローナル抗体の合成が得られる。抗体をコードするＤＮＡの細菌における組換え発現に関する総説論文としては、Ｓｋｅｒｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．，５：２５６−２６２（１９９３）及びＰｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖｓ．１３０：１５１−１８８（１９９２）が挙げられる。
【０１７８】
さらなる一実施形態では、モノクローナル抗体または抗体断片は、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３４８：５５２−５５４（１９９０）に記載の技法を使用して生成された抗体ファージライブラリから単離され得る。Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８（１９９１）及びＭａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１−５９７（１９９１）は、それぞれ、ファージライブラリを使用したマウス抗体及びヒト抗体の単離について説明している。続報は、鎖シャッフリングによる高親和性（ｎＭ範囲）ヒト抗体の産生（Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１０：７７９−７８３（１９９２））、ならびに非常に大きいファージライブラリを構築するための戦略としてのコンビナトリアル感染及びインビボ組換え（Ｗａｔｅｒｈｏｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．２１：２２６５−２２６６（１９９３））について説明している。したがって、これらの技法は、モノクローナル抗体を単離するための従来のモノクローナル抗体ハイブリドーマ技法の実行可能な代替案である。
【０１７９】
抗体をコードするＤＮＡは、例えば、ヒト重鎖及び軽鎖定常ドメイン（ＣＨ及びＣＬ）配列を同種マウス配列の代わりに用いることによって（米国特許第４，８１６，５６７号、及びＭｏｒｒｉｓｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８１：６８５１（１９８４））、または免疫グロブリンコード配列を非免疫グロブリンポリペプチド（異種ポリペプチド）のコード配列の全てまたは一部と融合することによって、キメラまたは融合抗体ポリペプチドを産生するよう修飾され得る。非免疫グロブリンポリペプチド配列は、抗体の定常ドメインの代わりに用いられ得るか、またはそれらは、抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインの代わりに用いられて、ある抗原に対して特異性を有する１つの抗原結合部位及び異なる抗原に対して特異性を有する別の抗原結合部位を含むキメラ二価抗体が作製される。
【０１８０】
例示的な抗ベータ７抗体は、Ｆｉｂ５０４、Ｆｉｂ  ２１、２２、２７、３０（Ｔｉｄｓｗｅｌｌ，Ｍ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９７  Ａｕｇ  １；１５９（３）：１４９７−５０５）、またはそれらのヒト化誘導体である。Ｆｉｂ５０４のヒト化抗体は、米国特許公開第２００６００９３６０１号（米国特許第７，５２８，２３６号として発行）に詳細に開示されており、その内容は、参照によりその全体が組み込まれる（以下の考察も参照のこと）。
【０１８１】
３．ヒト抗体及びヒト化抗体
本発明の抗ベータ７インテグリン抗体は、ヒト化抗体またはヒト抗体をさらに含み得る。非ヒト（例えば、マウス）抗体のヒト化形態は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小配列を含む、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、またはそれらの断片（抗体のＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、または他の抗原結合部分配列等）である。ヒト化抗体としては、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）由来の残基が所望の特異性、親和性、及び能力を有するマウス、ラット、またはウサギ等の非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲ由来の残基で置き換えられるヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）が挙げられる。いくつかの事例では、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基で置き換えられる。ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも移入されたＣＤＲまたはフレームワーク配列にも見られない残基も含み得る。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、ここで、ＣＤＲ領域の全てまたは実質的に全てが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ  領域の全てまたは実質的に全てがヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである。ヒト化抗体は、最適には、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的には、ヒト免疫グロブリンの定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部も含む［Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３−３２９（１９８８）、及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３−５９６（１９９２）］。
【０１８２】
非ヒト抗体のヒト化方法は、当該技術分野で周知である。一般に、ヒト化抗体は、非ヒトである源からそれに導入された１つ以上のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、多くの場合、典型的には「移入」可変ドメインから得られる「移入」残基と称される。ヒト化は、Ｗｉｎｔｅｒ及び同僚の方法［Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７（１９８８）、Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４−１５３６（１９８８）］に従って、齧歯類ＣＤＲまたはＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列の代わりに用いることによって実質的に行われ得る。したがって、かかる「ヒト化」抗体は、キメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号）であり、実質的にインタクトなヒト可変ドメイン未満が、非ヒト種由来の対応する配列で置換されている。実際には、ヒト化抗体は、典型的には、いくつかのＣＤＲ残基及び恐らくいくつかのＦＲ残基が齧歯類抗体における類似部位由来の残基で置換されているヒト抗体である。抗体がヒト治療的使用を目的とする場合、ヒト化抗体を作製する際に使用されるヒト可変ドメインの選択（軽鎖及び重鎖の両方）は、抗原性及びＨＡＭＡ応答（ヒト抗マウス抗体）を低減するために非常に重要である。いわゆる「最良適合」方法に従って、齧歯類抗体の可変ドメインの配列は、既知のヒト可変ドメイン配列の全ライブラリに対してスクリーニングされる。齧歯類のＶドメイン配列に最も近いヒトＶドメイン配列が特定され、その配列内のヒトフレームワーク領域（ＦＲ）がヒト化抗体のために受け入れられる（Ｓｉｍｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２２９６（１９９３）、Ｃｈｏｔｈｉａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９６：９０１（１９８７））。別の方法は、軽鎖または重鎖の特定の亜群の全てのヒト抗体のコンセンサス配列に由来する特定のフレームワーク領域を使用する。同じフレームワークがいくつかの異なるヒト化抗体に使用され得る（Ｃａｒｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８９：４２８５（１９９２）、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１：２６２３（１９９３））。抗体が抗原に対する高い結合親和性及び他の好ましい生物学的特性を保持してヒト化されることがさらに重要である。この目標を達成するために、ある特定の実施形態によれば、ヒト化抗体は、親配列及びヒト化配列の三次元モデルを使用した親配列及び様々な概念ヒト化産物の分析プロセスによって調製される。三次元免疫グロブリンモデルは、一般に入手可能であり、当業者によく知られている。選択された候補免疫グロブリン配列の推定三次元立体配座構造を図解及び表示するコンピュータプログラムが利用可能である。これらの表示の検査により、候補免疫グロブリン配列の機能における残基の可能な役割の分析、すなわち、候補免疫グロブリンがその抗原に結合する能力に影響を及ぼす残基の分析が可能になる。このようにして、ＦＲ残基は、標的抗原（複数可）に対する親和性の増大等の所望の抗体特徴が達成されるように、レシピエント及��移入配列から選択され、組み合わせられ得る。一般に、超可変領域残基は、抗原結合への影響に直接かつ最も実質的に関与する。
【０１８３】
ヒト化抗ベータ７インテグリン抗体の様々な形態が企図される。例えば、ヒト化抗体は、Ｆａｂ等の抗体断片であり得、これは、イムノコンジュゲートを生成するために１つ以上の細胞毒性薬（複数可）に任意にコンジュゲートされる。あるいは、ヒト化抗体は、インタクトなＩｇＧ１抗体等のインタクトな抗体であり得る。
【０１８４】
例示的なヒト化抗ベータ７抗体としては、インテグリンサブユニットβ７に対するヒト化モノクローナル抗体であり、かつラット抗マウス／ヒトモノクローナル抗体ＦＩＢ５０４由来であったｒｈｕＭＡｂベータ７が挙げられるが、これに限定されない（Ａｎｄｒｅｗ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９９４；１５３：３８４７−６１）。これは、ヒト免疫グロブリンＩｇＧ１重鎖及びκ１軽鎖フレームワークを含むように操作されており、チャイニーズハムスター卵巣細胞によって産生される。この抗体は、２つのインテグリン、α４β７（Ｈｏｌｚｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．１９８９  Ｃｅｌｌ，１９８９；５６：３７−４６、Ｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １９９２；８９：８２５４−８）及びαＥβ７（Ｃｅｐｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １９９３；１５０：３４５９−７０）に結合し、これらは、胃腸管内のリンパ球サブセットの輸送及び保持を制御し、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）及びクローン病（ＣＤ）等の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に関与する。ｒｈｕＭＡｂベータ７は、α４β７とそのリガンド（粘膜アドレシン細胞接着分子−１［ＭＡｄＣＡＭ］−１、血管細胞接着分子［ＶＣＡＭ］−１、及びフィブロネクチン）との間の細胞相互作用、ならびにαＥβ７とそのリガンド（Ｅ−カドヘリン）との間の相互作用の強力なインビトロ遮断薬である。ｒｈｕＭＡｂベータ７は、同様の高親和性で、ウサギ、カニクイザル、及びヒト由来のリンパ球上のβ７に可逆的に結合する。これは、高親和性でマウスβ７にも結合する。アミノ酸配列、ならびにｒｈｕＭＡｂベータ７及びその変異形の作製及び使用は、例えば、米国特許出願公開第２００６００９３６０１号（米国特許第７，５２８，２３６号として発行）に詳細に開示されており、この内容は、その全体が組み込まれる。
【０１８５】
図１Ａ及び１Ｂは、以下の可変軽鎖及び重鎖の配列のアライメントを示す：軽鎖ヒト亜群カッパＩコンセンサス配列（図１Ａ、配列番号１２）、重鎖ヒト亜群ＩＩＩコンセンサス配列（図１Ｂ、配列番号１３）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１０）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１１）、及びヒト化抗体変異形：ヒト化ｈｕ５０４Ｋグラフト可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１４）、ヒト化ｈｕ５０４Ｋグラフト可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１５）、変異形ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及びｈｕ５０４−３２（ヒト化ｈｕ５０４Ｋグラフト由来のアミノ酸変形が図１Ａに示される）（軽鎖）（出現順に、それぞれ、配列番号２２〜２４）、ならびに変異形ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及び５０４〜３２（配列番号２５）（図１Ｂ（重鎖））。
【０１８６】
４．ヒト抗体
ヒト化の代替物として、ヒト抗体が生成され得る。例えば、免疫化時に、内因性免疫グロブリン産生の不在下でヒト抗体の全レパートリーを産生することができるトランスジェニック動物（例えば、マウス）の産生が現在可能である。例えば、キメラ及び生殖系列変異マウスにおける抗体重鎖連結領域（ＪＨ）遺伝子のホモ接合型欠失により、内因性抗体産生の完全阻害がもたらされることが説明されている。ヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子アレイのかかる生殖系列変異マウスへの移入により、抗原チャレンジ時にヒト抗体が産生される。例えば、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９０：２５５１（１９９３）、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３６２：２５５−２５８（１９９３）、Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｙｅａｒ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏ．７：３３（１９９３）、米国特許第５，５４５，８０６号、同第５，５６９，８２５号、同第５，５９１，６６９号（全てＧｅｎＰｈａｒｍ）、米国特許第５，５４５，８０７号、及びＷＯ  ９７／１７８５２を参照されたい。
【０１８７】
代替的に、ファージディスプレイ技法（ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３４８：５５２−５５３［１９９０］）を使用して、免疫化されていないドナー由来の免疫グロブリン可変（Ｖ）ドメイン遺伝子レパートリーからヒト抗体及び抗体断片をインビトロで産生することができる。この技法によれば、抗体Ｖドメイン遺伝子は、Ｍ１３またはｆｄ等の線維状バクテリオファージの主要または非主要コートタンパク質遺伝子のいずれかにインフレームでクローニングされ、ファージ粒子の表面上に機能的抗体断片としてディスプレイされる。線維状粒子がファージゲノムの一本鎖ＤＮＡコピーを含むため、抗体の機能的特性に基づく選択は、それらの特性を呈する抗体をコードする遺伝子の選択ももたらす。したがって、ファージは、Ｂ細胞の特性のうちのいくつかを模倣する。ファージディスプレイは、例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎ，Ｋｅｖｉｎ  Ｓ．ａｎｄ  Ｃｈｉｓｗｅｌｌ，Ｄａｖｉｄ  Ｊ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ３：５６４−５７１（１９９３）に概説される様々な形式で行われ得る。Ｖ遺伝子セグメントのいくつかの源がファージディスプレイのために使用され得る。Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８（１９９１）は、免疫化マウスの脾臓由来のＶ遺伝子の小さいランダムコンビナトリアルライブラリから抗オキサゾロン抗体の多様なアレイを単離した。免疫化されていないヒトドナー由来のＶ遺伝子のレパートリーが構築され得、抗原（自己抗原を含む）の多様なアレイに対する抗体が、Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９１）、またはＧｒｉｆｆｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．１２：７２５−７３４（１９９３）によって説明される技法に実質的に従って単離され得る。米国特許第５，５６５，３３２号及び同第５，５７３，９０５号も参照されたい。
【０１８８】
上述のように、ヒト抗体は、インビトロ活性化Ｂ細胞によっても生成され得る（米国特許第５，５６７，６１０号及び同第５，２２９，２７５号を参照のこと）。
【０１８９】
５．抗体断片
ある特定の状況では、全抗体ではく抗体断片を使用する利点が存在する。より小さいサイズの断片は、迅速なクリアランスを可能にし、固形腫瘍へのアクセスの改善をもたらし得る。
【０１９０】
抗体断片の産生のための様々な技法が開発されている。従来、これらの断片は、インタクトな抗体のタンパク質分解消化により得られていた（例えば、Ｍｏｒｉｍｏｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２４：１０７−１１７（１９９２）及びＢｒｅｎｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２２９：８１（１９８５））。しかしながら、これらの断片は、現在、組換え宿主細胞によって直接産生され得る。例えば、抗体断片は、上述の抗体ファージライブラリから単離され得る。代替的に、Ｆａｂ’−ＳＨ断片は、Ｅ．ｃｏｌｉから直接回収され、化学的にカップリングして、Ｆ（ａｂ’）２断片を形成する（Ｃａｒｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：１６３−１６７（１９９２））。別のアプローチによれば、Ｆ（ａｂ’）２断片は、組換え宿主細胞培養物から直接単離され得る。抗体断片を産生するための他の技法が、当業者に明らかであろう。他の実施形態では、最適な抗体は、一本鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦｖ）である。ＷＯ９３／１６１８５、米国特許第５，５７１，８９４号、及び米国特許第５，５８７，４５８号を参照されたい。例えば、抗体断片は、例えば、米国特許第５，６４１，８７０号に記載されるような「線状抗体」でもあり得る。かかる線状抗体断片は、単一特異性または二重特異性であり得る。
【０１９１】
６．二重特異性抗体
二重特異性抗体は、少なくとも２つの異なるエピトープに対する結合特異性を有する抗体である。例示的な二重特異性抗体は、本明細書に記載のベータ７インテグリンの２つの異なるエピトープに結合し得る。他のかかる抗体は、ＴＡＴ結合部位を別のタンパク質の結合部位と組み合わせ得る。代替的に、抗ベータ７インテグリンアームは、細胞防御機構をＴＡＴ発現細胞に集中及び局在化させるように、Ｔ細胞受容体分子（例えば、ＣＤ３）等の白血球上の誘発分子、またはＦｃ．γＲＩ（ＣＤ６４）、Ｆｃ．γＲＩＩ（ＣＤ３２）、及びＦｃ．γ．ＲＩＩＩ（ＣＤ１６）等のＩｇＧのＦｃ受容体（Ｆｃ．γ．Ｒ）に結合するアームと組み合わせられ得る。二重特異性抗体を使用して、細胞毒性薬をＴＡＴ発現細胞に局在化させることもできる。これらの抗体は、ＴＡＴ結合アームと、細胞毒性薬（例えば、サポリン、抗インターフェロン−アルファ、ビンカアルカロイド、リシンＡ鎖、メトトレキサート、または放射性同位体ハプテン）に結合するアームとを有する。二重特異性抗体は、全長抗体または抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製され得る。
【０１９２】
二重特異性抗体の作製方法は、当該技術分野で既知である。全長二重特異性抗体の従来の産生は、２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の共発現に基づき、これらの２つの鎖は、異なる特異性を有する（Ｍｉｌｌｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３０５：５３７−５３９（１９８３））。免疫グロブリン重鎖及び軽鎖のランダム類別のため、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、１０個の異なる抗体分子の潜在的な混合物を産生し、これらのうちの１つのみが正しい二重特異性構造を有する。親和性クロマトグラフィステップによって通常行われる正しい分子の精製は、やや厄介であり、生成物収率は低い。同様の手技が、ＷＯ９３／０８８２９、及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．１０：３６５５−３６５９（１９９１）に開示されている。
【０１９３】
異なるアプローチによれば、所望の結合特異性を有する抗体可変ドメイン（抗体−抗原結合部位）が免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合される。ある特定の実施形態では、この融合は、ヒンジ、ＣＨ２、及びＣＨ３領域の少なくとも一部を含むＩｇ重鎖定常ドメインとのものである。ある特定の実施形態では、軽鎖結合に必要な部位を含む第１の重鎖定常領域（ＣＨ１）は、融合物のうちの少なくとも１つに存在する。免疫グロブリン重鎖融合物、所望の場合、免疫グロブリン軽鎖をコードするＤＮＡは、別個の発現ベクターに挿入され、好適な宿主細胞に共トランスフェクトされる。これにより、構築に使用される３つのポリペプチド鎖の不等比が所望の二重特異性抗体の最適な収率をもたらす実施形態において、３つのポリペプチド断片の相互割合を調整する際の柔軟性がさらに高まる。しかしながら、等比の少なくとも２つのポリペプチド鎖の発現が高い収率をもたらす場合、または比率が所望の鎖組み合わせの収率に大きな影響を及ぼさない場合、２つまたは３つ全てのポリペプチド鎖のコード配列を単一の発現ベクターに挿入することが可能である。
【０１９４】
ある特定の実施形態では、二重特異性抗体は、一方のアームにある第１の結合特異性を有するハイブリッド免疫グロブリン重鎖、及び他方のアームにあるハイブリッド免疫グロブリン重鎖−軽鎖対（第２の結合特異性を提供する）から構成される。二重特異性分子の半分のみでの免疫グロブリン軽鎖の存在により容易な分離方法が提供されるため、この非対称構造が所望の二重特異性化合物の望ましくない免疫グロブリン鎖組み合わせからの分離を容易にすることが見出された。このアプローチは、ＷＯ９４／０４６９０に開示されている。二重特異性抗体の生成のさらなる詳細については、例えば、Ｓｕｒｅｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  １２１：２１０（１９８６）を参照されたい。
【０１９５】
米国特許第５，７３１，１６８号に記載の別のアプローチによれば、一対の抗体分子間の界面は、組換え細胞培養物から回収されるヘテロ二量体の割合を最大にするように操作され得る。ある特定の実施形態では、界面は、ＣＨ３ドメインの少なくとも一部を含む。この方法では、第１の抗体分子の界面由来の１つ以上の小さいアミノ酸側鎖が、より大きい側鎖（例えば、チロシンまたはトリプトファン）で置き換えられる。大きい側鎖（複数可）と同一または同様のサイズの補償「キャビティ」は、大きいアミノ酸側鎖をより小さい側鎖（例えば、アラニンまたはトレオニン）で置き換えることによって、第２の抗体分子の界面上に作製される。これにより、ホモ二量体等の他の望ましくない最終生成物よりもヘテロ二量体の収率を増加させるための機構がもたらされる。
【０１９６】
二重特異性抗体は、架橋または「ヘテロコンジュゲート」抗体を含む。例えば、ヘテロコンジュゲート中の抗体の一方がアビジンにカップリングし、他方がビオチンにカップリングする。かかる抗体は、例えば、免疫系細胞の望ましくない細胞への標的（米国特許第４，６７６，９８０号）、及びＨＩＶ感染の治療（ＷＯ９１／００３６０、ＷＯ９２／２００３７３、及びＥＰ０３０８９）に提案されている。ヘテロコンジュゲート抗体は、任意の好都合な架橋方法を使用して作製され得る。好適な架橋剤が当該技術分野で既知であり、いくつかの架橋技法とともに米国特許第４，６７６，９８０号に開示されている。
【０１９７】
抗体断片から二重特異性抗体を生成するための技法も文献に記載されている。例えば、二重特異性抗体は、化学結合を使用して調製され得る。Ｂｒｅｎｎａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：８１（１９８５）は、インタクトな抗体がタンパク質分解的に切断されてＦ（ａｂ’）２断片を生成する手技について説明している。これらの断片は、ジチオール錯化剤である亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元されて、隣接ジチオールを安定させ、分子間ジスルフィド形成を阻止する。その後、生成されたＦａｂ’断片は、チオニトロ安息香酸（ＴＮＢ）誘導体に変換され、その後、Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の一方がメルカプトエチルアミンでの還元によってＦａｂ’−チオールに再変換され、等モル量の他方のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体と混合されて、二重特異性抗体を形成する。産生された二重特異性抗体は、酵素の選択的固定化のための薬剤として使用され得る。
【０１９８】
近年の進歩により、化学的にカップリングして二重特異性抗体を形成することができるＥ．ｃｏｌｉからのＦａｂ’−ＳＨ断片の直接回収が容易になっている。Ｓｈａｌａｂｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７５：２１７−２２５（１９９２）は、完全ヒト化二重特異性抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の産生について説明している。各Ｆａｂ’断片は、Ｅ．ｃｏｌｉから別個に分泌され、インビトロで指向性化学的カップリングに供されて、二重特異性抗体を形成した。そのように形成された二重特異性抗体は、ＥｒｂＢ２受容体を過剰発現する細胞及び正常ヒトＴ細胞に結合することができ、ヒト乳房腫瘍標的に対するヒト細胞毒性リンパ球の溶解活性を誘発することもできた。組換え細胞培養物から直接二重特異性抗体断片を作製及び単離するための様々な技法も記載されている。例えば、二重特異性抗体は、ロイシンジッパーを使用して産生されている。Ｋｏｓｔｅｌｎｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７−１５５３（１９９２）。Ｆｏｓ及びＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーペプチドは、遺伝子融合により２つの異なる抗体のＦａｂ’部分に連結した。抗体ホモ二量体がヒンジ領域で還元されて単量体を形成し、その後、再酸化されて抗体ヘテロ二量体を形成した。この方法は、抗体ホモ二量体の産生のためにも利用され得る。Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８（１９９３）によって説明される「ダイアボディ」技術により、二重特異性抗体断片を作製するための代替機構が提供されている。これらの断片は、同じ鎖上の２つのドメイン間の対合を可能にするには短すぎるリンカーによってＶＬに連結したＶＨを含む。したがって、１つの断片のＶＨ及びＶＬドメインは、別の断片の相補的ＶＬ及びＶＨドメインと対合させられ、それにより２つの抗原結合部位を形成する。一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体を使用して二重特異性抗体断片を作製するための別の戦略も報告されている。Ｇｒｕｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１５２：５３６８（１９９４）を参照されたい。
【０１９９】
二価を超える抗体が企図される。例えば、三重特異性抗体が調製され得る。Ｔｕｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）。
【０２００】
７．ヘテロコンジュゲート抗体
ヘテロコンジュゲート抗体も、本発明の範囲内である。ヘテロコンジュゲート抗体は、２つの共有結合抗体から構成される。かかる抗体は、例えば、免疫系細胞の望ましくない細胞への標的［米国特許第４，６７６，９８０号］、及びＨＩＶ感染の治療［ＷＯ９１／００３６０、ＷＯ９２／２００３７３、ＥＰ０３０８９］に提案されている。架橋剤を伴うものを含む合成タンパク質化学において既知の方法を使用して抗体がインビトロで調製され得ることが企図される。例えば、免疫毒素は、ジスルフィド交換反応を使用して、またはチオエーテル結合を形成することによって構築され得る。この目的に好適な試薬の例としては、イミノチオレート及びメチル−４−メルカプトブチルイミデート、ならびに例えば、米国特許第４，６７６，９８０号に記載のものが挙げられる。
【０２０１】
８．多価抗体
多価抗体は、抗体が結合する抗原を発現する細胞により、二価抗体よりも迅速に内部移行（及び／または異化）され得る。本発明の抗体は、３つ以上の抗原結合部位を有する多価抗体（ＩｇＭクラスのもの以外）（例えば、四価抗体）であり得、これは、抗体のポリペプチド鎖をコードする核酸の組換え発現によって容易に産生され得る。多価抗体は、二量体化ドメイン及び３つ以上の抗原結合部位を含み得る。ある特定の実施形態では、二量体化ドメインは、Ｆｃ領域またはヒンジ領域を含む（またはそれからなる）。このシナリオでは、抗体は、Ｆｃ領域及びＦｃ領域のアミノ末端に３つ以上の抗原結合部位を含む。ある特定の実施形態では、本明細書における多価抗体は、３〜約８つであるが、典型的には４つの抗原結合部位を含む（またはそれからなる）。多価抗体は、少なくとも１つのポリペプチド鎖（典型的には２つのポリペプチド鎖）を含み、ポリペプチド鎖（複数可）は、２つ以上の可変ドメインを含む。例えば、ポリペプチド鎖（複数可）は、ＶＤ１−（Ｘ１）ｎ−ＶＤ２−（Ｘ２）ｎ−Ｆｃを含み得、式中、ＶＤ１は、第１の可変ドメインであり、ＶＤ２は、第２の可変ドメインであり、Ｆｃは、Ｆｃ領域の１つのポリペプチド鎖であり、Ｘ１及びＸ２は、アミノ酸またはポリペプチドを表し、ｎは、０または１である。例えば、ポリペプチド鎖（鎖）は、ＶＨ−ＣＨ１−可動性リンカー−ＶＨ−ＣＨ１−Ｆｃ領域鎖、またはＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１−Ｆｃ領域鎖を含み得る。本明細書における多価抗体は、少なくとも２つ（典型的には４つ）の軽鎖可変ドメインポリペプチドをさらに含み得る。本明細書における多価抗体は、例えば、約２〜約８つの軽鎖可変ドメインポリペプチドを含み得る。本明細書で企図される軽鎖可変ドメインポリペプチドは、軽鎖可変ドメインを含み、任意に、ＣＬドメインをさらに含む。
【０２０２】
９．エフェクター機能操作
例えば、抗体の抗原依存性細胞媒介細胞毒性（ＡＤＣＣ）及び／または補体依存性細胞毒性（ＣＤＣ）を増強するために、エフェクター機能に関して本発明の抗体を修飾することが望ましい場合がある。これは、１つ以上のアミノ酸置換を抗体のＦｃ領域に導入することによって達成され得る。代替的に、または加えて、システイン残基（複数可）がＦｃ領域に導入され、それによりこの領域における鎖間ジスルフィド結合形成を可能にし得る。そのように生成されたホモ二量体抗体は、改善された内部移行能力ならびに／または増加した補体媒介細胞死滅及び抗体依存性細胞毒性（ＡＤＣＣ）を有し得る。Ｃａｒｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ  Ｍｅｄ．１７６：１１９１−１１９５（１９９２）及びＳｈｏｐｅｓ，Ｂ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８−２９２２（１９９２）を参照されたい。増強された抗腫瘍活性を有するホモ二量体抗体も、Ｗｏｌｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５３：２５６０−２５６５（１９９３）に記載のヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製され得る。代替的に、二重Ｆｃ領域を有する抗体が操作され得、それにより増強された補体溶解及びＡＤＣＣ能力を有する。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  ３：２１９−２３０（１９８９）を参照されたい。抗体の血清半減期を増加させるために、例えば、米国特許第５，７３９，２７７号に記載されるように、サルベージ受容体結合エピトープを抗体（具体的には、抗体断片）に組み込むことができる。本明細書で使用されるとき、「サルベージ受容体結合エピトープ」という用語は、ＩｇＧ分子のインビボ血清半減期の増加に関与するＩｇＧ分子（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４）のＦｃ領域のエピトープを指す。
【０２０３】
１０．イムノコンジュゲート
本明細書における方法で使用されるアンタゴニストまたは抗体は、任意に、別の薬剤、例えば、細胞毒性薬、またはサイトカインにコンジュゲートする。
【０２０４】
コンジュゲーションは、通常、共有結合により達成され、その正確な性質は、インテグリンベータ７アンタゴニストまたは抗体ポリペプチド上の標的分子及び結合部位によって判定される。典型的には、非ペプチド剤は、抗ベータ７インテグリン抗体への化学修飾によって抗体上に導入されたそのアミノ酸側鎖、炭水化物鎖、または反応性基を介したコンジュゲーションを可能にするリンカーの付加によって修飾される。例えば、薬物は、リジン残基のエプシロンアミノ基を介して、遊離アルファアミノ基を介して、システイン残基へのジスルフィド交換によって、または過ヨウ素酸での炭水化物鎖内の１，２−ジオールの酸化によって結合し、シッフ塩基結合を介した様々な求核試薬を含む薬物の結合が可能になり得る。例えば、米国特許第４，２５６，８３３号を参照されたい。タンパク質変性剤としては、アミン反応性試薬（例えば、反応性エステル、イソチオシアネート、アルデヒド、及びハロゲン化スルホニル）、チオール反応性試薬（例えば、ハロアセチル誘導体及びマレイミド）、ならびにカルボン酸及びアルデヒド反応性試薬が挙げられる。インテグリンベータ７アンタゴニストまたは抗体ポリペプチドは、二官能性架橋試薬の使用によりペプチド剤に共有結合し得る。ヘテロ二官能性試薬がより一般的に使用されており、２つの異なる反応性部分（例えば、アミン反応性＋チオール、ヨードアセトアミド、またはマレイミド）の使用により２つの異なるタンパク質の制御されたカップリングを可能にする。かかる結合剤の使用は、当該技術分野で周知である。例えば、Ｂｒｉｎｋｌｅｙ（上記参照）及び米国特許第４，６７１，９５８号を参照されたい。ペプチドリンカーも用いられ得る。代替形態では、抗ベータ７インテグリン抗体ポリペプチドは、融合ポリペプチドの調製によりペプチド部分に結合し得る。
【０２０５】
さらなる二官能性タンパク質カップリング剤の例としては、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（アジプイミド酸ジメチルＨＣＬ等）、活性エステル（スベリン酸ジスクシンイミジル等）、アルデヒド（グルタレルデヒド等）、ビス−アジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン等）、ビス−ジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン等）、ジイソシアネート（トリエン（ｔｏｌｙｅｎｅ）２，６−ジイソシアネート等）、及びビス−活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン等）が挙げられる。
【０２０６】
１１．免疫リポソーム
本明細書に開示される抗ベータ７インテグリン抗体は、免疫リポソームとして製剤化されてもよい。「リポソーム」は、哺乳動物に薬物を送達するのに有用である、様々な種類の脂質、リン脂質、及び／または界面活性剤から構成された小胞である。リポソームの成分は一般的に、生体膜の脂質配置と同様の二重層構造で配置されている。抗体を含有するリポソームは、Ｅｐｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２：３６８８（１９８５）、Ｈｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７７：４０３０（１９８０）、米国特許第４，４８５，０４５号及び第４，５４４，５４５号、ならびに１９９７年１０月２３日に公開されたＷＯ９７／３８７３１に記載されるもの等の当該技術分野で既知の方法によって調製される。  循環時間が向上したリポソームが、米国特許第５，０１３，５５６号に開示されている。
【０２０７】
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物を用いた逆相蒸発法により生成され得る。リポソームは、所定の細孔サイズのフィルターを通して押し出されて、所望の直径を有するリポソームが得られる。
【０２０８】
本発明の抗体のＦａｂ’断片は、Ｍａｒｔｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５７：２８６−２８８（１９８２）に記載のように、ジスルフィド相互交換反応を介してリポソームにコンジュゲートされ得る。化学療法剤は任意に、リポソーム内に含有される。Ｇａｂｉｚｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．８１（１９）：１４８４（１９８９）を参照されたい。
【０２０９】
１２．抗体産生のためのベクター、宿主細胞、及び組換え法
本明細書に記載の抗ベータ７抗体またはポリペプチド剤をコードする単離核酸、該核酸を含むベクター及び宿主細胞、ならびに抗体産生のための組換え技術も提供される。
【０２１０】
抗体の組換え産生では、それをコードする核酸が単離され、さらなるクローニング（ＤＮＡの増幅）のため、または発現のために、複製可能ベクターに挿入され得る。別の実施形態では、抗体は、例えば、参照により本明細書に明確に組み込まれる米国特許第５，２０４，２４４号に記載されるような相同組換えによって産生され得る。モノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手技を使用して（例えば、抗体の重鎖軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することのできるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）、容易に単離及び配列決定される。多くのベクターが利用可能である。ベクター成分には、一般に、以下：シグナル配列、複製起点、１つ以上のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモーター、及び転写終結配列、例えば、１９９６年７月９日に発行され、参照により本明細書に明確に組み込まれる、米国特許第５，５３４，６１５号に記載されるようなうちの１つ以上が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２１１】
本明細書におけるベクター内のＤＮＡのクローニングまたは発現に好適な宿主細胞は、上述の原核生物、酵母、または高等真核生物の細胞である。この目的に好適な原核生物には、グラム陰性またはグラム陽性の生物などの真正細菌、例えば、ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａなどのＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、例えば、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、例えば、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ、及びＳｈｉｇｅｌｌａ、ならびにＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ及びＢ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓなどのＢａｃｉｌｌｉ（例えば、１９８９年４月１２日に発行されたＤＤ  ２６６，７１０に開示されるＢ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ  ４１Ｐ）Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａなどのＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、ならびにＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓが含まれる。Ｅ．ｃｏｌｉクローニング宿主の１つは、Ｅ．ｃｏｌｉ  ２９４（ＡＴＣＣ  ３１，４４６）であるが、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｂ、Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｘ１７７６（ＡＴＣＣ  ３１，５３７）、及びＥ．ｃｏｌｉ  Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ  ２７，３２５）などの他の株も好適である。これらの例は、限定するものではなく、例証するものである。
【０２１２】
原核生物に加えて、糸状菌または酵母などの真核微生物が、抗ベータ７インテグリン抗体コードベクターに好適なクローニング宿主または発現宿主である。Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、または一般的なパン酵母が、下等真核生物宿主微生物の中で最も一般的に使用されているものである。しかしながら、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ宿主、例えば、Ｋ．ｌａｃｔｉｓ、Ｋ．ｆｒａｇｉｌｉｓ（ＡＴＣＣ  １２，４２４）、Ｋ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ（ＡＴＣＣ  １６，０４５）、Ｋ．ｗｉｃｋｅｒａｍｉｉ（ＡＴＣＣ  ２４，１７８）、Ｋ．ｗａｌｔｉｉ（ＡＴＣＣ  ５６，５００）、Ｋ．ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｒｕｍ（ＡＴＣＣ  ３６，９０６）、Ｋ．ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ、及びＫ．ｍａｒｘｉａｎｕｓなど、ｙａｒｒｏｗｉａ（ＥＰ  ４０２，２２６）、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ（ＥＰ  １８３，０７０）、Ｃａｎｄｉｄａ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｉａ（ＥＰ  ２４４，２３４）、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ  ｃｒａｓｓａ、Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ  ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓなどのＳｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ、ならびに糸状真菌、例えば、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、及びＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ宿主、例えば、Ａ．ｎｉｄｕｌａｎｓ及びＡ．ｎｉｇｅｒなどのいくつかの他の属、種、及び菌株が本明細書において一般的に利用可能であり、有用である。
【０２１３】
グリコシル化抗ベータ７抗体の発現に好適な宿主細胞は、多細胞生物から得られる。無脊椎動物細胞の例としては、植物及び昆虫細胞が挙げられる。多数のバキュロウイルス菌株及び変異型、ならびにＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ（イモムシ）、Ａｅｄｅｓ  ａｅｇｙｐｔｉ（蚊）、Ａｅｄｅｓ  ａｌｂｏｐｉｃｔｕｓ（蚊）、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ（ショウジョウバエ）、及びＢｏｍｂｙｘ  ｍｏｒｉなどの宿主由来の対応する許容昆虫宿主細胞が識別されている。トランスフェクションのための様々なウイルス株、例えば、Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ  ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ  ＮＰＶのＬ−１変異形、及びＢｏｍｂｙｘ  ｍｏｒｉ  ＮＰＶのＢｍ−５株が公的に入手可能であり、かかるウイルスは、本発明における本明細書におけるウイルスとして、特にＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞のトランスフェクションのために使用され得る。ワタ、トウモロコシ、ジャガイモ、ダイズ、ペチュニア、トマト、及びタバコの植物細胞培養物を、宿主として利用することもできる。
【０２１４】
しかしながら、脊椎動物細胞が最も注目されており、培養下での脊椎動物細胞の増殖（組織培養）が日常的な手段となっている。有用な哺乳類宿主細胞株の例は、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７、ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  １６５１）、ヒト胚腎臓株（２９３、または懸濁培養における増殖のためにサブクローニングされた２９３細胞、Ｇｒａｈａｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ  Ｖｉｒｏｌ．３６：５９（１９７７））、ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  １０）、チャイニーズハムスター卵巣細胞／−ＤＨＦＲ（ＣＨＯ、Ｕｒｌａｕｂ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７７：４２１６（１９８０））、マウスセルトリ細胞（ＴＭ４、Ｍａｔｈｅｒ，Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．２３：２４３−２５１（１９８０））、サル腎細胞（ＣＶ１  ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  ７０）、アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６、ＡＴＣＣ  ＣＲＬ−１５８７）、ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  ２）、イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  ３４）、バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ  ３Ａ、ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  １４４２）、ヒト肺細胞（Ｗ１３８、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  ７５）、ヒト肝細胞（Ｈｅｐ  Ｇ２、ＨＢ  ８０６５）、マウス乳房腫瘍（ＭＭＴ  ０６０５６２、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ５１）、ＴＲＩ細胞（Ｍａｔｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ  Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．３８３：４４−６８（１９８２））、ＭＲＣ５細胞、ＦＳ４細胞、及びヒト肝癌株（Ｈｅｐ  Ｇ２）である。
【０２１５】
宿主細胞は、抗ベータ７インテグリン抗体産生のための上述の発現ベクターまたはクローニングベクターで形質転換され、プロモーターの誘導、形質転換体の選択、または所望の配列をコードする遺伝子の増幅のために必要に応じて改変される従来の栄養培地において培養される。
【０２１６】
本発明の抗ベータ７インテグリン抗体を産生するために使用される宿主細胞は、種々の培地で培養され得る。Ｈａｍ’ｓ  Ｆ１０（Ｓｉｇｍａ）、最小必須培地（（ＭＥＭ）、（Ｓｉｇｍａ）、ＲＰＭＩ−１６４０（Ｓｉｇｍａ）、及びダルベッコ改変イーグル培地（（ＤＭＥＭ）、Ｓｉｇｍａ）等の市販の培地が、宿主細胞の培養に好適である。加えて、Ｈａｍ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｅｎｚ．５８：４４（１９７９）、Ｂａｒｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１  ０２：２５５（１９８０）、米国特許第４，７６７，７０４号、同第４，６５７，８６６号、同第４，９２７，７６２号、同第４，５６０，６５５号、もしくは同第５，１２２，４６９号、ＷＯ  ９０／０３４３０、ＷＯ  ８７／００１９５、または米国特許  ３０，９８５号に記載の培地のうちのいずれも、宿主細胞のための培地として使用され得る。これらの培地のいずれにも、必要に応じて、ホルモン及び／または他の増殖因子（インスリン、トランスフェリン、または上皮増殖因子など）、塩（塩化ナトリウム、カルシウム、マグネシウム、及びリン酸塩など）、緩衝液（ＨＥＰＥＳなど）、ヌクレオチド（アデノシン及びチミジンなど）、抗生物質（ＧＥＮＴＡＭＹＣＩＮ（商標）薬など）、微量要素（マイクロモルの範囲の最小濃度で通常存在する無機化合物と定義される）、及びグルコースまたは同等のエネルギー源が補充され得る。任意の他の必要な補充物もまた、当業者には既知であろう適切な濃度で含まれ得る。温度、ｐＨ等の培養条件は、発現のために選択された宿主細胞にこれまでに使用されているものであり、当業者には明らかであろう。
【０２１７】
組換え技法を使用するとき、抗体は、細胞内、細胞膜周辺腔内で産生され得るか、または培地に直接分泌され得る。抗体が細胞内で産生される場合、第１のステップとして、微粒子状の残骸である宿主細胞または溶解断片のいずれかが、例えば、遠心分離または限外濾過によって除去される。Ｃａｒｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：１６３−１６７（１９９２）は、Ｅ．ｃｏｌｉの細胞膜周辺腔に分泌される抗体を単離するための手順を記載する。簡潔には、細胞ペーストが、酢酸ナトリウム（ｐＨ３．５）、ＥＤＴＡ、及びフッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ）の存在下で、約３０分にわたって溶解される。細胞残屑は、遠心分離により除去され得る。抗体が培地に分泌される場合、かかる発現系の上清は一般に、市販のタンパク質濃縮フィルター、例えば、ＡｍｉｃｏｎまたはＭｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｐｅｌｌｉｃｏｎ限外濾過ユニットを使用して、まず濃縮される。タンパク質分解を阻害するためのＰＭＳＦ等のプロテアーゼ阻害剤が前述のステップのうちのいずれかに含まれてもよく、外来性夾雑物の成長を阻止するための抗生物質が含まれてもよい。
【０２１８】
細胞から調製された抗体組成物は、例えば、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ、ゲル電気泳動、透析、及び親和性クロマトグラフィを使用して精製することができ、親和性クロマトグラフィが典型的な精製技術である。親和性リガンドとしてのプロテインＡの好適性は、抗体内に存在する任意の免疫グロブリンＦｃドメインの種及びアイソタイプに左右される。タンパク質Ａは、ヒト．ガンマ．１、．ガンマ．２、または．ガンマ．４重鎖に基づく抗体を精製するのに使用することができる（Ｌｉｎｄｍａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．６２：１−１３（１９８３））。タンパク質Ｇは、全てのマウスアイソタイプ及びヒト．ガンマ．３に推奨される（Ｇｕｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．５：１５６７１５７５（１９８６））。親和性リガンドが結合するマトリックスは、ほとんどの場合アガロースであるが、他のマトリックスも利用可能である。孔制御ガラスまたはポリ（スチレンジビニル）ベンゼン等の機械的に安定なマトリックスは、アガロースで達成可能なものよりも速い流速、及び短い処理時間を可能にする。抗体がＣＨ３ドメインを含む場合、Ｂａｋｅｒｂｏｎｄ  ＡＢＸ（商標）樹脂（Ｊ．Ｔ．Ｂａｋｅｒ，Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ，Ｎ．Ｊ．）が精製に有用である。イオン交換カラム上での分画、エタノール沈降、逆相ＨＰＬＣ、シリカ上でのクロマトグラフィ、アニオンまたはカチオン交換樹脂（ポリアスパラギン酸カラムなど）上でのヘパリンＳＥＰＨＡＲＯＳＥ（商標）クロマトグラフィ上でのクロマトグラフィ、クロマトフォーカシング、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、及び硫酸アンモニウム沈降などのタンパク質精製のための他の技法も、回収される抗体に応じて利用可能である。任意の予備的な精製ステップ（複数可）の後、目的の抗体及び混入物を含む混合物は、典型的には低い塩濃度（例えば、約０〜０．２５Ｍの塩）で行われる、約２．５〜４．５のｐＨの溶出緩衝液を使用した、低ｐＨ疎水性相互作用クロマトグラフィに供され得る。
【０２１９】
Ｃ．薬学的製剤
本発明の治療剤、アンタゴニスト、または抗体を含む治療製剤は、水溶液、凍結乾燥製剤、または他の乾燥製剤の形態で、所望の純度を有する抗体を、任意選択の生理的に許容可能な担体、賦形剤、または安定化剤と混合することによって、保管のために調製される（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０））。許容される担体、賦形剤、または安定剤は、受容者に対し、利用される用量及び濃度で非毒性であり、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸などの緩衝剤；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤（オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル、またはベンジルアルコール；メチルまたはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾールなど）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリンなどのタンパク質；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジンなどのアミノ酸；単糖類、二糖類、及びグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート剤；ショ糖、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトールなどの糖；ナトリウムなどの塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；ならびに／またはＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン性界面活性剤を含む。
【０２２０】
本明細書における製剤はまた、治療される特定の適応症に必要な、１つより多くの活性化合物、典型的には互いに有害な作用を及ぼさない相補的な活性を有するものを含有してもよい。かかる分子は、意図される目的に有効である量で組み合わされて存在することが好適である。
【０２２１】
活性成分はまた、例えば、コアセルベーション技術によって、または界面重合によって調製されたマイクロカプセル、例えば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン−マイクロカプセル及びポリ−（メチルメタクリレート）マイクロカプセル中に、コロイド薬物送達系（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子、及びナノカプセル）中に、あるいはマクロエマルジョン中に、封入されてもよい。かかる技法は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  １６ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０）に開示されている。
【０２２２】
インビボ投与に使用される製剤は、滅菌されてなければならない。これは、滅菌濾過膜を通す濾過によって容易に達成される。
【０２２３】
徐放性調製物が調製され得る。徐放性調製物の好適な例としては、本発明の免疫グロブリンを含有する固体の疎水性ポリマーの半透性基質が挙げられ、この基質は、成形品、例えばフィルムまたはマイクロカプセルの形態である。徐放性マトリックスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）、またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸と．ガンマ．エチル−Ｌ−グルタメートとのコポリマー、非分解性エチレン酢酸ビニル、ＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドから構成される注射可能なマイクロスフェア）等の分解性乳酸−グリコール酸コポリマー、ならびにポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。エチレン−酢酸ビニル及び乳酸−グリコール酸等のポリマーが１００日間にわたる分子の放出を可能にする一方で、ある特定のヒドロゲルは、より短い期間にわたってタンパク質を放出する。カプセル化された免疫グロブリンは、長期間にわたって体内に残存する場合、それらは、３７℃の水分への曝露の結果として変性または凝集し、生物活性の損失、及び免疫原性の変化の可能性をもたらし得る。関与する機構に応じて、安定化のための合理的な方策が講じられ得る。例えば、凝集機構がチオ−ジスルフィド相互交換による分子間Ｓ−Ｓ結合形成であると発見されれば、スルフヒドリル残基を修飾すること、酸性溶液から凍結乾燥すること、水分含有量を制御すること、適切な添加剤を使用すること、及び特定のポリマーマトリクス組成物を開発することによって、安定化が達成され得る。
【０２２４】
Ｄ．投与
治療を施す医師は、体重に基づいた投薬に関して、個々の対象に対する適切な用量を判定することができるか、または均一の投薬に関しては、ラベル上の指示に従うであろう。インテグリンベータ７アンタゴニストと組み合わせて投与される市販の第２の治療薬及び他の化合物の調製ならびに投薬スケジュールは、製造元の指示に従って使用されてもよく、または熟練した施術者によって経験的に判定されてもよい。
【０２２５】
疾患の予防または治療に関して、非枯渇性抗体と組み合わせて投与される、インテグリンベータ７アンタゴニスト及び任意の第２の治療薬または他の化合物の適切な投薬量は、治療すべき胃腸炎症障害の種類、例えば、ＩＢＤ、ＵＣ、ＣＤ、疾患の重症度及び経過、インテグリンベータ７アンタゴニストまたは組み合わせが予防目的で投与されるか治療目的で投与されるか、以前の療法、患者の病歴及びインテグリンベータ７アンタゴニストまたは組み合わせへの反応、ならびに主治医の裁量に依存するであろう。インテグリンベータ７アンタゴニストまたは組み合わせは、１回で、またはより典型的には一連の治療にわたって患者に好適に投与される。ある特定の実施形態では、インテグリンベータ７アンタゴニストは、１週間に１回、または２週間に１回、または４週間に１回、または６週間に１回、または８週間に１回、１か月（４週間）、または２か月、３か月、または６か月、または１２か月、または１８か月、または２４か月の期間にわたって、あるいは患者の生涯にわたって慢性的に投与される。ある特定の実施形態では、治療薬は、患者によって自己投与される。
【０２２６】
疾患の種類及び重症度に応じて、例えば、１回以上の別個の投与によるものであれ、連続注入によるものであれ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜４．０ｍｇ／ｋｇの抗ベータ７抗体が、患者への投与のための初期候補投薬量であり得る。数日間またはそれ以上にわたる反復投与については、病態に応じて、疾患症状の所望の抑制が生じるまで治療が継続される。しかしながら、他の投与量レジメンも有用であり得る。
【０２２７】
例えば、ある特定の実施形態では、均一用量の抗ベータ７抗体が患者に投与される。均一用量とは、体重にかかわらずあらゆる患者に投与される抗ベータ７抗体の特定の量である。疾患の種類及び重症度に応じて、約５０ｍｇ〜４５０ｍｇの均一用量の抗ベータ７抗体が患者に投与され、これは、１回以上の別々の注射もしくは輸注または投与であってもよい。かかる均一用量は、静脈内もしくは皮下、または本明細書に記載の他の経路によって投与され得る。ある特定の実施形態では、均一用量は、５０ｍｇ、または１００ｍｇ、または１０５ｍｇ、または１５０ｍｇ、または２００ｍｇ、または２１０ｍｇ、または３００ｍｇ、または３１５ｍｇ、または４００ｍｇ、または４２０ｍｇ、または４５０ｍｇである。
【０２２８】
ある特定の実施形態では、初回均一負荷用量の抗ベータ７抗体に、１回以上の均一維持用量の抗ベータ７抗体が続く。負荷用量は、維持用量よりも多い量の抗ベータ７抗体である。ある特定の実施形態では、負荷用量は、約４００ｍｇ〜４５０ｍｇであり、維持用量は、約５０ｍｇ〜３５０ｍｇである。ある特定の実施形態では、負荷用量は、４００ｍｇ、または４２０ｍｇ、または４３０ｍｇ、または４５０ｍｇである。ある特定の実施形態では、維持用量は、５０ｍｇ、または１００ｍｇ、または１０５ｍｇ、または１５０ｍｇ、または２００ｍｇ、または２１０ｍｇ、または３００ｍｇ、または３１５ｍｇ、または３５０ｍｇである。
【０２２９】
典型的には、臨床医は、本発明の抗体を（単独で、または第２の化合物と組み合わせて）、必要な生物学的作用をもたらす投与量（複数可）に達するまで投与する。本発明の療法の進行は、従来の技法及びアッセイによって容易に監視される。
【０２３０】
インテグリンベータ７アンタゴニストは、非経口、局所、静脈内、皮下、腹腔内、肺内、経鼻、及び／または病変内投与を含む任意の好適な手段によって投与され得る。非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与を含む。髄腔内投与もまた、企図される（例えば、Ｇｒｉｌｌｏ−Ｌｏｐｅｚによる米国特許公開第２００２／０００９４４４号を参照されたい）。加えて、インテグリンベータ７アンタゴニストは、例えば、漸減用量の抗体を用いて、脈注入によって好適に投与されてもよい。ある特定の実施形態では、投薬は、静脈内または皮下に行われる。各曝露は、同じまたは異なる投与手段を使用して提供され得る。一実施形態では、抗ベータ７抗体への各曝露は、皮下投与による。一実施形態では、抗ベータ７抗体、例えば、負荷用量への最初の曝露は、静脈内投与によるものであり、各後続曝露は、皮下投与によるものである。
【０２３１】
ある特定の実施形態では、抗ベータ７抗体は、例えば、自己注射デバイス、自動注射デバイス、または自己投与のために設計された他のデバイスを使用して投与される。自動注射デバイスを含む様々な自己注射デバイスが当該技術分野において既知であり、市販されている。例示的なデバイスとしては、プレフィルドシリンジ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ社のＢＤ  ＨＹＰＡＫ  ＳＣＦ（登録商標）、ＲＥＡＤＹＦＩＬＬＴＭ、及びＳＴＥＲＩＦＩＬＬ  ＳＣＦＴＭ；Ｂａｘｔｅｒ社のＣＬＥＡＲＳＨＯＴＴＭコポリマープレフィルドシリンジ；ならびにＷｅｓｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ社から入手可能なＤａｉｋｙｏ  Ｓｅｉｋｏ  ＣＲＹＳＴＡＬ  ＺＥＮＩＴＨ（登録商標）プレフィルドシリンジなど）；Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ社のＢＤ  Ｐｅｎなどの使い捨てペン型注射デバイス；超鋭利デバイス及びマイクロニードルデバイス（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ社のＩＮＪＥＣＴ−ＥＡＳＥＴＭ及びマイクロインフューザーデバイス；ならびにＶａｌｅｒｉｔａｓ社のＨ−ＰＡＴＣＨＴＭなど）、ならびに無針注射デバイス（Ｂｉｏｊｅｃｔ社から入手可能なＢＩＯＪＥＣＴＯＲ（登録商標）及びＩＪＥＣＴ（登録商標）；ならびにＭｅｄｔｒｏｎｉｃ社から入手可能なＳＯＦ−ＳＥＲＴＥＲ（登録商標）及びパッチデバイス）が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、２ＭＬ（１５０ｍｇ）ｒｈｕＭＡｂベータ７を含む事前充填された注射器を含む、製造物品である。ある特定の実施形態では、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、１ＭＬ（１８０ｍｇ）ｒｈｕＭＡｂベータ７を含む事前充填された注射器を含む、製造物品である。
【０２３２】
記載されるように、インテグリンベータ７アンタゴニストは、単独で投与することも、少なくとも第２の治療化合物と組み合わせて投与することもできる。こうした第２の治療化合物は概して、それまでに使用されたものと同じ投与量及び投与経路で、またはそれまでに用いられた投与量の約１〜９９％で使用される。かかる第２の化合物が使用される場合、それらは、ある特定の実施形態では、それにより引き起こされる副作用を排除または低減するように、インテグリンベータ７アンタゴニストが存在しない場合よりも低い量で使用される。
【０２３３】
また記載されるように（例えば以下参照）、ＩＢＤ、例えば、潰瘍性大腸炎、及びクローン病の治療のための、種々の好適な第２の治療化合物が当該技術分野において既知であり、かかる第２の治療化合物の投与量及び投与方法も同様に説明されている。
【０２３４】
インテグリンベータ７アンタゴニスト及び任意の第２の治療化合物の投与は、同時に、例えば単一の組成物として、または、２つ以上の明確に異なる組成物として、同じかまたは異なる投与経路を使用して行うことができる。代替的に、または追加的に、投与は、順次、任意の順序で行うことができる。ある特定の実施形態では、分単位から日単位、週単位、月単位に及ぶ間隔が、２つ以上の組成物の投与間に存在し得る。例えば、インテグリンベータ７アンタゴニストがまず投与され、続いて第２の治療化合物が投与されてもよい。しかしながら、同時投与、またはインテグリンベータ７アンタゴニストの前の第２の治療化合物の投与もまた想定される。
【０２３５】
活性の中等度から重度の活性ＵＣを有する対象のための標準治療は、標準用量のアミノサリチル酸塩、経口副腎皮質ステロイド、６−メルカプトプリン（６−ＭＰ）、及び／またはアザチオプリンを用いた療法を含む。本明細書に開示される抗ベータ７インテグリン抗体等のインテグリンベータ７アンタゴニストを用いた療法は、疾患寛解の改善（疾患の迅速な制御及び／または長期寛解）、及び／またはかかる対象に対して標準治療により達成されたものを上回る臨床応答をもたらすであろう。
【０２３６】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有するヒト対象におけるＩＢＤのための本発明の治療は、は、有効な量の抗ベータ７インテグリン抗体等の治療薬を対象に投与することを含み、有効な量の、免疫抑制剤、疼痛制御剤、下痢止め剤、抗生物質、またはそれらの組み合わせである第２の薬剤を対象に投与することをさらに含む。
【０２３７】
例示的な実施形態では、該二次医薬は、アミノサリチル酸塩、経口副腎皮質ステロイド、６−メルカプトプリン（６−ＭＰ）、及びアザチオプリンから成る群から選択される。別の例示的な実施形態では、該二次医薬は、別の抗ベータ７インテグリン抗体またはサイトカインに対する抗体等の別のインテグリンベータ７アンタゴニストである。
【０２３８】
全てのこれらの第２の薬剤は、互いと組み合わせて使用されても、またはそれ自体で第１の薬剤とともに使用されてもよく、したがって、本明細書で使用される「第２の薬剤」という表現は、それがそれぞれ第１の薬剤以外の唯一の薬剤であることを意味するものではない。したがって、第２の薬品は１つの薬剤である必要はないが、１つより多くのかかる薬物を構成する場合も、それを含む場合もある。
【０２３９】
本明細書における併用投与には、別個の製剤または単一の薬学的製剤を使用する共投与と、いずれかの順序における連続投与とが含まれ、概して、両方（または全て）の活性剤がそれらの生物活性を同時に発揮する期間が存在する。
【０２４０】
第２の薬剤の併用投与には、別個の製剤または単一の薬学的製剤を使用する共投与（同時投与）と、いずれかの順序における連続投与とが含まれ、概して、両方（または全て）の活性剤（薬剤）がそれらの生物活性を同時に発揮する期間が存在する。
【０２４１】
Ｅ．治療レジメン設計
創薬は複雑かつ高価なプロセスである。新薬を市場にもたらすコストは、８億ドル〜１０億ドルと推定されている。第Ｉ相臨床治験における薬物の１０％未満が、承認段階に至る。薬物が後期に失敗する主な理由の２つは、用量−濃度応答の関係の理解不足、及び予期せぬ安全上の事象である。このシナリオを踏まえると、薬物がどのようにインビボで機能し、臨床治療候補の成功を助けるかを予測するのに役立つ、実用化ツールを有することが重要である（Ｌａｋｓｈｍｉ  Ｋａｍａｔｈ，Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ；Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  Ｓｕｃｃｅｓｓ  ｉｎ  ＰＫ／ＰＤ  Ｔｅｓｔｉｎｇ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ＆  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（２００６））。
【０２４２】
薬物動態（ＰＫ）は、薬物の吸収、分配、代謝、及び排除特性を決定する。薬力学（ＰＤ）は、投与される薬物に対する生理学的及び生物学的応答を定義する。ＰＫ／ＰＤモデリングは、これら２つのプロセス間の数学的及び理論的関連を確立し、薬物作用のより良好な予測に役立つ。統合されたＰＫ／ＰＤモデリング、及びシミュレーションによるコンピュータ支援治験設計が、多くの創薬プログラムに組み込まれており、影響力を高めている（Ｌａｋｓｈｍｉ  Ｋａｍａｔｈ，Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ；Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  Ｓｕｃｃｅｓｓ  ｉｎ  ＰＫ／ＰＤ  Ｔｅｓｔｉｎｇ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ＆  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（２００６））。
【０２４３】
ＰＫ／ＰＤ試験は、典型的に、創薬プロセスのあらゆる段階で行われる。開発がますます複雑になり、時間がかかり、かつ高コストとなっているため、企業は、ＰＫ／ＰＤデータをより有効に使用して、欠陥のある候補を初期に排除し、臨床成功の見込みが最も大きい候補を特定することを目指している。（Ｌａｋｓｈｍｉ  Ｋａｍａｔｈ、上記）。
【０２４４】
ＰＫ／ＰＤモデリング手法は、バイオマーカー応答、薬物レベル、及び投薬レジメンの間の関係を判定するのに有用であることを示している。薬物候補のＰＫ／ＰＤプロファイル、及びそれに対する患者の応答を予測する能力は、臨床治験の成功に重要である。分子生物学技術における近年の進歩、及び様々な疾患に対する標的の理解の深まりにより、薬物の治療有効性の良好な臨床的指標としてのバイオマーカーの妥当性が認められている。バイオマーカーアッセイ（本明細書に記載のものを含む）及びかかるバイオマーカーアッセイの使用は、薬物候補に対する生物学的応答の特定に役立つ。バイオマーカーの妥当性が臨床的に認められると、治験シミュレーションを効果的にモデリングすることができる。バイオマーカーは、いつか創薬における臨床成績に代わり得る代理の地位を得る潜在性を有する（Ｌａｋｓｈｍｉ  Ｋａｍａｔｈ、上記）。
【０２４５】
本明細書に記載のもの等の血液中のバイオマーカーの量または割合は、インテグリンベータ７アンタゴニストを用いる治療に対する生物学的応答を特定する際に使用され得、したがって、候補治療薬の治療有効性に関する良好な臨床的指標として機能することができる。
【０２４６】
創薬における従来のＰＫ／ＰＤモデリングは、薬物用量濃度、薬物曝露作用、薬物半減期、時間に対する薬物濃度、及び時間に対する薬物作用などのパラメータを定義する。より広く使用される場合、薬物モデリング、疾患モデリング、治験モデリング、及び市場モデリングなどの定量的技術は、開発プロセス全体を支持することができ、これにより、リスクの明確に検討すること、及び知識をより有効に利用することによって、より良好な判定がもたらされる。例えば、Ｐｈａｒｓｉｇｈｔ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａにより開発されたＷｉｎＮｏｎｌｉｎ及びＫｎｏｗｌｅｄｇｅｂａｓｅ  Ｓｅｒｖｅｒ（ＰＫＳ）といった種々のＰＫ／ＰＤモデリングツールが、創薬研究者に利用可能である。
【０２４７】
一般的なバイオマーカー技法
本発明の実施は、別段に示されない限り、当該技術分野の技能の範囲内である、分子生物学（組換え技法を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、及び免疫学の従来の技法を用いるであろう。かかる技法は、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）；“Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；“Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８７）；“Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７及び定期的更新）；“ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ”（Ｍｕｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）等の文献において十分に説明されている。
【０２４８】
本発明に用いられるプライマー、オリゴヌクレオチド、及びポリヌクレオチドは、当該技術分野において既知の標準的な技法を使用して生成され得る。
【０２４９】
ある特定の治療薬に対する、ＵＣまたはクローン病に罹患している患者を含むＩＢＤ患者の応答性を予測することに関連するバイオマーカーが、本明細書に提供される。したがって、本明細書に開示される本発明は、様々な状況、例えば、炎症性腸疾患の診断及び療法に関連する方法及び組成物において有用である。
【０２５０】
バイオマーカーレベルの検出
Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７細胞（ＣＤ３＋  Ｔ細胞、ＦＯＸＰ３＋  Ｔｒｅｇ細胞、及びＩＬ１７＋  Ｔｈ１７細胞等）を含む、本明細書に提供されるバイオマーカーは、当該技術分野における方法を使用して検出され得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及び／またはＴｈ１７細胞は、ゲノムＤＮＡのメチル化状態を検出するエピジェネティック分析を使用して検出される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ３Ｄ／Ｇ遺伝子における脱メチル化領域を有する、血液中の細胞として特定される。いくつかの実施形態では、Ｔｒｅｇ細胞は、ＦＯＸＰ３遺伝子における脱メチル化領域を有する、血液中の細胞として特定される。いくつかの実施形態では、ＦＯＸＰ３遺伝子における脱メチル化領域は、Ｔｒｅｇ特異的脱メチル化領域（ＴＳＤＲ）である。いくつかの実施形態では、Ｔｈ１７細胞は、ＩＬ１７Ａ遺伝子における脱メチル化領域を有する、血液中の細胞として特定される。エピジェネティック分析を使用してＴ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及び／またはＴｈ１７細胞を特定及び定量化する非限定的な例示的な方法は、例えば、Ｗｉｅｃｚｏｒｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６９：５９９−６０８；Ｓｅｈｏｕｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１，Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ  ６：２３６−２４６；Ｔｕｒｂａｃｈｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３，Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ，８：１１，１２２６−１２３５；ＰＣＴ公開第ＷＯ  ２０１３／０５７２０２号；及び欧州公開第ＥＰ  １  ８２６  ２７９号に記載されている。
【０２５１】
遺伝子の領域の脱メチル化は、市販のキット及び試薬を含む、当該技術分野における方法を使用して判定され得る。非限定的な例示的な方法は、以下のとおりである。簡潔に述べると、ゲノムＤＮＡは、試料、例えば、全血または末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から単離され得る。ゲノムＤＮＡは、亜硫酸水素塩の変換に供され、これは、メチル化されていないＣをＵに変換する（典型的には、増幅中にＴによって置き換えられる）が、メチル化されたＣをＣとして残す。ゲノムＤＮＡの亜硫酸水素塩の変換のためのキットは、様々な供給元から市販されており、亜硫酸水素塩の変換は、例えば、Ｏｌｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｎｕｌｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，５４：５０６４−５０６６に記載されている。亜硫酸水素塩の変換後、メチル化されていないゲノムＤＮＡの配列は、メチル化されたＤＮＡの配列に対して改変される。配列特異的定量ＰＣＲを使用して、メチル化されていないゲノムＤＮＡのコピーの数を定量化してもよい。ほとんどの遺伝子は、１つの細胞あたり２つのコピーで存在する（例えば、常染色体に位置する場合）ため、脱メチル化遺伝子を有する細胞の数は、検出された遺伝子のコピーの数の１／２であろう。いくつかの実施形態では、遺伝子がＸ染色体に位置する場合、それは、女性においては１つの細胞あたり２つのコピー、男性においては１つの細胞当たり１つのコピーにおいて存在するであろう。したがって、Ｘ連結遺伝子に関して、脱メチル化遺伝子を有する細胞の数と、検出された脱メチル化された遺伝子のコピーの数との間の相関は、男性に関しては１：１、及び女性に関しては１：２であろう。いくつかの実施形態では、コピーの数は、標準曲線との比較によって判定される。定量ＰＣＲは、例えば、“ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，”（Ｍ．Ａ．Ｉｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，１９９０）；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７及び定期的更新）；ならびに“ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ”（Ｍｕｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）に記載されている。いくつかの実施形態では、定量ＰＣＲはまた、例えば、メチル化状態とは無関係に、対照遺伝子のコピーの数を定量化することによって、試料における細胞の総数を定量化するために使用される。いくつかの実施形態では、細胞の総数は、ハウスキーピング遺伝子のコピーの数を定量化することによって判定される。試料における細胞の総数を定量化するために使用され得る非限定的な例示的なハウスキーピング遺伝子としては、ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ、及びＵＢＣが挙げられるが、これらに限定されない。
【０２５２】
亜硫酸水素塩変換脱メチル化遺伝子を検出するための例示的なプライマー及びプローブが以下で論じられる。プライマー及び／またはプローブの配列が、それらが亜硫酸水素塩変換配列に特異的であるように、ゲノムとは異なり得ることが理解される。
【０２５３】
亜硫酸水素塩変換脱メチル化ＦＯＸＰ３遺伝子を検出するための非限定的な例示的なプライマー及びプローブとしては、染色体領域Ｘ：４９００４１６３〜４９００４１９１：１内の領域に対応する順方向プライマー、及び染色体領域ＮＣＢＩ３６：Ｘ：４９００４２２７〜４９００４２５１：１内の領域に対応する逆方向プライマーが挙げられる。非限定的な例示的なプローブは、染色体領域Ｘ：４９００４２００〜４９００４２２２：１内の領域に対応する。例えば、Ｗｉｅｃｚｏｒｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６９：５９９−６０８を参照されたい。亜硫酸水素塩変換脱メチル化ＦＯＸＰ３遺伝子を検出するためのさらなる非限定的な例示的なプライマー及びプローブとしては、染色体領域Ｘ：４９１１７２１９〜４９１１７２４６：１内の領域に対応する順方向プライマー、及び染色体領域Ｘ：４９１１７２８３〜４９１１７３０７：１内の領域に対応する逆方向プライマーが挙げられる。非限定的な例示的なプローブは、染色体領域Ｘ：４９１１７２５６〜４９１１７２７８：１内の領域に対応する。例えば、Ｓｅｈｏｕｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１，Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ，６：２３６−２４６を参照されたい。
【０２５４】
亜硫酸水素塩変換脱メチル化ＩＬ１７Ａ遺伝子を検出するための非限定的な例示的なプライマー及びプローブとしては、以下のものが挙げられる：
ＩＬ１７Ａ順方向プライマーＡ：５’−ＡＴＴＣＴＴＣＴＡＴＡＡＣＣＴＣＡＴＴＡＡＡＡＧＣＡ−３’（配列番号３３）、
ＩＬ１７Ａ順方向プライマーＩＬ１７Ａ−Ｂ：５’−ＴＴＣＴＴＣＴＡＴＡＡＣＣＴＣＡＴＴＡＡＡＡＧＣＡＡ−３’（配列番号３４）、
ＩＬ１７Ａ逆方向プライマーＡ：５’−ＧＡＧＡＴＧＧＡＴＡＡＡＡＴＧＴＡＧＴＧＴＴＡＴＴ−３’（配列番号３５）、
ＩＬ１７Ａ逆方向プライマーＢ：５’−ＧＡＴＧＧＡＴＡＡＡＡＴＧＴＡＧＴＧＴＴＡＴＴＧ−３’（配列番号３６）、及び
ＩＬ１７Ａプローブ：５’−ＣＣＡＣＴＡＣＡＡＣＡＣＡＣＣＡＣＡＴＡＡＡＴ−３’（配列番号３７）。
いくつかの実施形態では、亜硫酸水素塩変換脱メチル化ＩＬ１７Ａ遺伝子の検出は、ＩＬ１７Ａ順方向プライマーＡ、ＩＬ１７Ａ逆方向プライマーＢ、及びＩＬ１７Ａプローブを含む。例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１３／０５７２０２号を参照されたい。
【０２５５】
亜硫酸水素塩変換脱メチル化ＣＤ３Ｄ／Ｇ遺伝子を検出するための非限定的な例示的なプライマー及びプローブとしては、染色体領域１１：１１８２１３６３２〜１１８２１３６５３：１内の領域に対応する順方向プライマー、及び染色体領域１１：１１８２１３６８６〜１１８２１３７０９：１内の領域に対応する逆方向プライマーが挙げられる。非限定的な例示的なプローブは、染色体領域１１：１１８２１３６６４〜１１８２１３６９０：１内の領域に対応する。例えば、Ｓｅｈｏｕｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１，Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ，６：２３６−２４６を参照されたい。
【０２５６】
ＧＡＰＤＨを検出するための非限定的な例示的なプライマー及びプローブとしては、染色体領域１２：６６４４３７８〜６６４４３９９：１内の領域に対応する順方向プライマー、及び染色体領域１２：６６４４４５６〜６６４４４７６：１内の領域に対応する逆方向プライマーが挙げられる。非限定的な例示的なプローブは、染色体領域１２：６６４４４２９〜６６４４４５７：１内の領域に対応する。例えば、Ｓｅｈｏｕｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１，Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ，６：２３６−２４６を参照されたい。
【０２５７】
生物学的試料は、当業者に既知のある特定の方法を使用して得られ得る。生物学的試料は、脊椎動物、具体的には、哺乳動物から得られ得る。ある特定の事例では、生物学的試料は、全血または末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）である。いくつかの実施形態では、血液試料は、ＥＤＴＡ、クエン酸塩、及び／またはヘパリンを含むが、これらに限定されない防腐剤及び／または抗凝固剤を含み得る。血液試料は、新鮮な試料または以前に凍結された試料であってもよい。かかる試料をスクリーニングすることによって、潰瘍性大腸炎及びクローン病等の疾患の簡便な早期診断または予後が達成され得る。加えて、療法の経過は、かかる試料を本明細書に記載のバイオマーカーのレベルの変化について試験することによってより容易に監視され得る。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、約１ｍＬの全血が分析に使用される。いくつかの実施形態では、約５００μＬ、または約４００μＬ、または約３００μＬ、または約２００μＬ、または約１００μＬ、または約５０μＬの全血が分析に使用される。いくつかの事例では、全血１μＬ当たり約５，０００〜７，０００個の白血球が存在する。Ｔ細胞がＴｒｅｇ細胞及びＴｈ１７細胞よりも普及しているため、ＦＯＸＰ３遺伝子（Ｔｒｅｇ細胞）の脱メチル化またはＩＬ１７Ａ遺伝子（Ｔｈ１７細胞）の脱メチル化を定量化するために使用される体積よりも小さい体積の全血を使用して、ＣＤ３Ｄ／Ｇ遺伝子の脱メチル化を定量化し、Ｔ細胞を特定することができる。
【０２５９】
対象または組織もしくは細胞試料が本明細書に開示されるある特定のバイオマーカーのエベル（ｅｖｅｌ）を含むという判定後に、有効な量の適切な治療薬が対象に投与されて、対象における特定の疾患、例えば、ＵＣまたはクローン病が治療され得ることが企図される。本明細書に記載の様々な病理学的状態を有する哺乳動物における臨床診断は、当業者によって行われ得る。臨床診断技法は、当該技術分野で利用可能であり、これらは、例えば、哺乳動物における炎症性腸疾患、例えば、潰瘍性大腸炎及びクローン病の診断または検出を可能にする。
【０２６０】
キット
本明細書に記載されるか、または本明細書で提案される用途での使用のために、キットまたは製品も提供される。かかるキットは、バイアル、管等の１つ以上の容器手段を厳重な管理下受容するように区画化された担体手段を含み得、容器手段は各々、本方法で使用される別個の要素のうちの１つを備える。例えば、容器手段のうちの１つは、検出可能に標識されるか、検出可能に標識され得るプローブを備え得る。かかるプローブは、細胞型を示す１つ以上の遺伝子の脱メチル化領域に特異的なポリヌクレオチドであり得る。かかるプローブは、細胞型を示す１つ以上の遺伝子の亜硫酸水素塩変換脱メチル化領域に特異的なポリヌクレオチドであり得る。キットが核酸ハイブリダイゼーションを利用して標的核酸を検出する場合、キットは、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチド（複数可）を収容する容器、及び／または酵素標識、蛍光標識、もしくは放射性同位体標識等のレポーター分子に結合したアビジンもしくはストレプトアビジン等のビオチン−結合タンパク質等のレポーター手段を含む容器も有し得る。
【０２６１】
キットは、典型的には、上述の容器、ならびに商業的観点及びユーザの観点から望ましい材料、例えば、緩衝液、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用に関する指示を有する添付文書を含む１つ以上の他の容器を含む。ラベルは、組成物が特定の療法または非治療的用途に使用されることを示すために容器上に存在し得、上述のもの等のインビボ使用またはインビトロ使用のいずれかに関する指示も示し得る。キットの他の任意の成分としては、１つ以上の緩衝液（例えば、ブロック緩衝液、洗浄緩衝液、基質緩衝液等）、他の試薬、例えば、酵素ラベルによって化学的に改変される基質（例えば、色原体）、エピトープ回収溶液、対照試料（陽性及び／または陰性対照）、対照スライド（複数可）等が挙げられる。
【０２６２】
マーケティング方法
本明細書における本発明は、本明細書に開示されるバイオマーカーのレベルを示す試料が得られた特定の疾患、例えば、ＵＣまたはクローン病を有する患者または患者集団を治療するための薬剤またはその薬学的組成物の使用をターゲットオーディエンスに販売促進、指示、及び／または指定することを含む、治療薬またはその薬学的に許容される組成物のマーケティング方法も包含する。
【０２６３】
マーケティングは、一般に、スポンサーが特定され、メッセージが規制される非個人的媒体を介する有料通信である。本明細書における目的のためのマーケティングとしては、広告、広報、プロダクトプレイスメント、スポンサーシップ、引受業務、及び販促が挙げられる。この用語は、多くの消費者の興味を引いて、本明細書における本発明の購入、支援、または承認を説得するか、それに関する情報を提供するか、それを販売促進するか、動機づけるか、または別様にその好ましいパターンに対する挙動を修正するように設計された印刷通信媒体のうちのいずれかに出現するスポンサーによる情報公示も含む。
【０２６４】
本明細書における診断法のマーケティングは、任意の手段によって達成され得る。これらのメッセージを送達するために使用されるマーケティング媒体の例としては、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び広告板、例えば、放送媒体に出現するメッセージであるコマーシャルが挙げられる。
【０２６５】
使用されるマーケティングの種類は、多くの要因、例えば、届けられるターゲットオーディエンスの性質、例えば、病院、保険会社、クリニック、医師、看護師、及び患者、ならびに費用懸念ならびに薬剤及び診断のマーケティングを統制する関連管轄法及び規制に依存する。マーケティングは、サービス相互作用によって定義されるユーザの特徴ならびに／またはユーザ層及び地理的位置等の他のデータに基づいて個別化またはカスタマイズされ得る。
【０２６６】
前述の明細書及び以下の実施例は、当業者が本発明を実施するのに十分であると見なされる。本明細書に示され、かつ記載されている修正に加えて、本発明の様々な修正が、前述の記述及び以下の実施例から当業者に明らかになり、添付の特許請求の範囲内に含まれる。
【０２６７】
本明細書に含まれる教示に照らして、本発明の教示を特定の問題または状況に適用することが、当業者の能力の範囲内であることが理解される。
【０２６８】
本発明のさらなる詳細は、以下の非限定的な実施例によって例証される。本明細書における全ての引用の開示は、参照により本明細書に明確に組み込まれる。
【実施例】
【０２６９】
実施例１：中程度から重度の潰瘍性大腸炎を有する患者におけるｒｈｕＭａｂベータ７（エトロリズマブ）の有効性及び安全性を評価するための第２相無作為化二重盲検プラセボ対照研究、ならびに非盲検延長研究
臨床研究の説明
ｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）の説明
ＲｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）は、ヒトＩｇＧ１亜群ＩＩＩ  ＶＨ、κ亜群−Ｉ  ＶＬコンセンサス配列に基づくヒト化モノクローナル抗体であり、インテグリンヘテロ二量体のβ７サブユニットに対して特異的に指向される。図１Ａ及びＢを参照されたい。高親和性でα４β７（約１１６ｐＭのＫｄ）及びαＥβ７（約１８００ｐＭのＫｄ）に結合することが示されている。
【０２７０】
この組換え抗体は、ＩｇＧ１抗体の典型である鎖間及び鎖内ジスルフィド結合によって共有結合している２つの重鎖（４４６個の残基）及び２つの軽鎖（２１４個の残基）を有する。本明細書に記載の作業のために、これをチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞で産生した。インタクトな非グリコシル化ｒｈｕＭＡｂベータ７分子の分子量は、およそ１４４ｋＤａであった。ｒｈｕＭＡｂベータ７の各重鎖は、Ａｓｎ２９７に１つの保存Ｎ結合グリコシル化部位を有する。この部位に存在するオリゴ糖は、ＣＨＯ細胞で発現した組換え抗体で観察されたものの典型であり、主な糖型は、アシアロ、二分岐Ｇ０、及びＧ１グリカンであった。２つのＧ０グリカンを含み、Ｃ末端リジン残基を含まない最も普及しているｒｈｕＭＡｂベータ７形態の分子量は、およそ１４７ｋＤａであった。
【０２７１】
ＲｈｕＭＡｂベータ７製剤及びプラセボは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈによって調製されたものであった。それらは、透明〜わずかに乳白色、無色〜わずかに黄色の水溶液であった。これらの両方の水溶液は、静脈内及び皮下投与を目的とした滅菌の防腐剤を含まない液体であった。
【０２７２】
研究設計
研究の説明
この第２相研究は、中程度から重度のＵＣを有する患者におけるプラセボと比較した２つのｒｈｕＭＡｂベータ７用量レベルにわたって有効性及び安全性を評価するための無作為化二重盲検プラセボ対照多施設研究であった。一次有効性終点を１０週目（治験薬の最終用量を投与した２週間後）に評価し、二次有効性終点を６週目に評価した。
【０２７３】
患者を、０週目、４週目、及び８週目にｒｈｕＭＡｂベータ７１００ｍｇ（皮下）（均一用量）、ならびに０週目に４２０ｍｇ（皮下）（均一充填用量）、その後、２週目、４週目、及び８週目に３００ｍｇ（皮下）、またはマッチングプラセボ（皮下）の用量範囲にわたって１：１：１比で無作為化した。研究概要を図２に示す。この研究を、０〜３５日間のスクリーニング期間、１０週間の二重盲検処置期間、１８週間の安全性フォローアップ期間、及び１７ヶ月の進行性多病巣性白質脳症（ＰＭＬ）フォローアップ期間（無作為化の２年後）に分類した。
【０２７４】
前節に提供された用量値は、公称用量である。第２相用量投与にバイアル及びシリンジを使用し、バイアル濃度は１５０ｍｇ／ｍＬであった。一貫性のある正確な用量投与を可能にするために、１回の皮下（ＳＣ）注入当たり０．７ｍＬの体積を選択した。したがって、公称１００ｍｇ用量アームの実際の薬物量は、１０５ｍｇ（１×０．７ｍＬ皮下注入）であり、公称３００ｍｇの実際の薬物量は、３１５ｍｇ（３×０．７ｍＬ皮下注入）であった。４２０ｍｇの実際の充填用量は、４２０ｍｇ（４×０．７ｍＬ皮下注入）であった。全ての皮下注入を腹部に投与した。したがって、「１００ｍｇ」の用量及び「１０５ｍｇ」の用量を、本明細書で同義に使用する。加えて、「３００ｍｇ」の用量及び「３１５ｍｇ」の用量を、本明細書で同義に使用する。最後に、本明細書におけるある特定の事例では、患者が「３００ｍｇ＋充填用量（ＬＤ）」を受けた治験のアームを、省略して便宜上、「３００ｍｇ用量」と称する。したがって、別途文脈から明らかでない限り、「３００ｍｇ＋充填用量」は、「３００ｍｇ用量」と同等である。
【０２７５】
適格であるために、患者は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  ｏｆ  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ（ＡＣＧ）実践指針、すなわち、２以上の内視鏡検査サブスコア；１以上の直腸出血サブスコア（表１を参照のこと）；及び肛門縁から最低２５ｃｍの疾患活動の内視鏡的証拠を含む、ある特定の事例では、５以上のＭＣＳ、またはある特定の事例では、６超のＭＣＳによって証明される中程度から重度の疾患の証拠とともに、組織病理学的報告により裏付けられた臨床的及び内視鏡的証拠に従って診断されたＵＣを最低１２週間有していなければならなかった。本研究のさらなる包含基準及び除外基準は、国際特許公開第ＷＯ／２０１２／１３５５８９号に提供されている。
表１．潰瘍性大腸炎活動の評定のためのＭａｙｏ臨床スコア化システム
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ａ  各患者は、排便頻度の異常程度を確立するために患者自身の対照となる。
ｂ  １日出血スコアは、その日の最も重度の出血を表す。
ｃ  医師の全体的評定は、３つの他の基準、腹部不快感及び全般的な幸福感の患者の日々の想起、ならびに他の観察、例えば、身体所見及び患者のパフォーマンスステータスを承認する。
【０２７６】
無作為化前に、患者は、安定した用量のＵＣの併用薬を受けていなければならなかった。経口５−アミノサリチル酸（５−ＡＳＡ）及び免疫抑制剤（アザチオプリン［ＡＺＡ］、６−メルカプトプリン［６−ＭＰ］、またはメトトレキサート）用量は、１日目の無作為化前に少なくとも４週間にわたって安定したままでなければならなかった。局所５−ＡＳＡまたは副腎皮質ステロイドを受けた患者は、１日目の無作為化の２週間前に中止しなければならなかった。経口副腎皮質ステロイド用量は、１日の無作為化前に２週間にわたって安定したままでなければならなかった。高用量ステロイドを受けた患者は、１日目の無作為化前に２週間にわたってその用量を２０ｍｇ／日未満に減らさなければならなかった。研究処置期間中に経口副腎皮質ステロイドを受けた患者の場合、ステロイドの漸減を、１０週目に５ｍｇプレドニゾンまたはプレドニゾン等価物／週の速度で２週間にわたって開始し、その後、２．５ｍｇプレドニゾンまたはプレドニゾン等価物／週の速度で中止しなければならなかった。経口免疫抑制剤（経口副腎皮質ステロイド以外）を受けた患者の場合、免疫抑制剤の漸減を、８週目に開始しなければならず、患者は、１０週目までに免疫抑制剤を完全に中止しなければならなかった。以前に抗ＴＮＦ療法を受けた患者は、１日目の治験薬を受けるための無作為化前に最低８週間にわたって療法を中止しなければならなかった。患者が本研究中の任意の時点で持続的または逓増的な疾患活動を経験した場合、ステロイド増加の形式での救援療法及び／または免疫抑制剤用量を治験責任医師の臨床的判断に従って増加させるか、または開始してもよい。救援療法を必要とした患者を、本研究に留まらせたが、研究処置を中止し、データ分析中、処置失敗した者として分類した。
【０２７７】
患者を評定して、患者が少なくとも１つの抗ＴＮＦ薬を含む従来の療法への応答に失敗したかを判定した。本明細書で使用されるとき、応答の損失及び／または不耐性及び／または抗ＴＮＦ薬（「ＴＮＦ−ＩＲ」）及び免疫抑制剤への不十分な応答は、以下を意味する。抗ＴＮＦ薬に関して、応答の損失及び／または不耐性及び／または不十分な応答とは、活動性疾患の症状が、（ａ）インフリキシマブ：５ｍｇ／ｋｇ静脈内、６週間にわたって３回投与、８週目に評定、（ｂ）アダリムマブ：０週目に１回の１６０ｍｇ皮下投与、その後、２週目に１回の８０ｍｇ投薬、その後、４週目及び６週目に４０ｍｇ、８週目に評定のうちの１つ以上での以前の処置；または以前の応答後の定期維持投与中の再発性活動性症状（選択的処置中止、応答し、応答を失わなかった患者を適格としない）；または少なくとも１つの抗ＴＮＦ抗体への不耐性の前歴（注入関連反応または注入部位反応、感染、うっ血性心不全、脱髄を含むが、これらに限定されない）にもかかわらず持続することを意味する。免疫抑制剤に関して、応答の損失及び／または不耐性とは、活動性疾患の症状が、少なくとも８週間にわたってアザチオプリン（１．５ｍｇ／ｋｇ超）または等価用量の６−メルカプトプリンｍｇ／ｋｇ（０．７５ｍｇ／ｋｇ超）またはメトトレキサート、２５ｍｇ皮下／筋肉内（または示される通り）／週のうちの１つ以上での以前の処置；または少なくとも１つの免疫抑制薬への不耐性の前歴（膵臓炎、薬剤熱、発疹、嘔気／嘔吐、肝機能検査評価、チオプリンＳ−メチルトランスフェラーゼ遺伝的変異、感染を含むが、これらに限定されない）にもかかわらず持続することを意味する。
【０２７８】
治療を研究するための無作為化は、副腎皮質ステロイド（有／無）での同時治療、免疫抑制剤（有／無）での同時治療、以前の抗ＴＮＦ曝露（有／無）（米国において無作為化された患者を除く）、及び研究場所によって、階層化された。以前の抗ＴＮＦ曝露を有した患者は、彼らがＴＮＦ−ＩＲであったかどうかにかかわらず「ＴＮＦ経験あり」と見なされた。
【０２７９】
ＵＣ疾患活性は、ＭＣＳを使用して、スクリーニング（及びこれは、ベースラインＭＣＳと見なされた）、６週目（４週目の投薬の２週間後）、及び１０週目（治験薬の最終投薬の２週間後）に評定された。結腸の生検は、これらの同じ時点で行われた軟性Ｓ状結腸鏡検査の間に得た。部分的ＭＣＳもまた、研究全体を通じて収集した。患者の報告された転帰（ＰＲＯ）もまた、短い炎症性腸疾患質問票（ＳＩＢＤＱ）及びＭＣＳ（１日目ならびに６週目及び１０週目に患者によって記入されるべきものであった）を使用して評定された。加えて、疾患活性、日々の症状、及びＵＣの影響を、患者によって、スクリーニングから（１日目までのおよそ７日間）、ならびに６週目及び１０週目の研究訪問までの少なくとも７日間に記入されるべき患者日記において収集した。血清及び糞便試料もまた、バイオマーカー分析のために得た。バイオマーカーの測定のために、スクリーニング、ならびに６週目、１０週目、及び２８週目に便を得た。測定のために考慮された例示的なバイオマーカーとしては、リポカリン、カルプロテクチン、及びラクトフェリンが挙げられるが、これらに限定されない。探索的バイオマーカーの測定のために、スクリーニング、１日目、ならびに４週目、６週目、１０週目、１６週目、及び２８週目に血清及び血漿を得た。
【０２８０】
この研究に対する一次有効性終点は、臨床的寛解を達成した患者の割合であり、１０週目までのＭＣＳの絶対的低減が≦２（個々のサブスコアが１点を超えない）までとして定義された。追加の二次終点は、以下に記載されるように、研究評価基準に列記される。
【０２８１】
評価基準
一次有効性評価基準
一次有効性評価基準は、１０週目の臨床的寛解であった。臨床的寛解は、個々のサブスコアが１点を越えないＭＣＳ≦２によって定義される（表１を参照されたい）。
【０２８２】
二次有効性評価基準
この研究に対する二次有効性評価基準は、（１）６週目及び１０週目の臨床的応答（ここでは、臨床的応答は、ＭＣＳのベースラインからの少なくとも３点の減少及び３０％の低減、ならびに直腸出血サブスコアの≧１点の減少、または０もしくは１の絶対直腸出血スコアとして定義された）；（２）６週目の臨床的寛解（上で定義される）；ならびに（３）６週目及び１０週目の０の内視鏡スコア及び直腸出血スコアに対する指標であった。
【０２８３】
探索的評価基準
この研究に対する探索的評価基準は、応答または寛解を達成した患者におけるＵＣの炎症までの時間であった。この評価基準に関して、炎症は、３日の連続した直腸出血に伴う部分的ＭＣＳの２点の減少、及び軟性Ｓ状結腸鏡検査における２の内視鏡スコアとして定義される。
【０２８４】
安全性評価基準
ｒｈｕＭＡｂベータ７の安全性及び耐性は、以下の基準を使用して評定された：（１）Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｃｏｍｍｏｎ  Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｆｏｒ  Ａｄｖｅｒｓｅ  Ｅｖｅｎｔｓ（ＮＣＩ  ＣＴＣＡＥ）Ｖｅｒｓｉｏｎ  ４．０に従って等級化される有害事象及び重篤な有害事象の発生；（２）生命徴候及び安全性実験基準における臨床的に有意な変化；（３）有害事象（複数可）による中止；（４）注入部位反応及び過敏症の発生及び性質；（５）感染合併症の発生；ならびに（６）ＡＴＡの発生によって測定される免疫原性。
【０２８５】
薬物動態評価基準
薬物動態評価基準には、以下が含まれた：（１）最初及び最終投薬後のＣｍａｘ；（２）最初及び最終投薬後の最大濃度までの時間（Ｔｍａｘ）；（３）最終投薬後の投薬間隔内の血清濃度−時間曲線下面積（ＡＵＣ）；（４）０時間から最後の検出可能な観察の時間（ＡＵＣｌａｓｔ）までの、または無限（ＡＵＣｉｎｆ）までのＡＵＣ；（５）見かけのクリアランス（ＣＬ／Ｆ）；（６）見かけの分布容積（Ｖ／Ｆ）；及び（７）排出半減期（ｔ１／２）。
【０２８６】
実施例２−予測バイオマーカー研究及び分析
潰瘍性大腸炎（ＵＣ）患者における末梢血リンパ球へのｒｈｕＭＡｂベータ７の効果を評定した。ＣＤ３＋リンパ球、及びＴｒｅｇまたはＴｈ１７系統に関与するものの数を、ＣＤ３、ＦｏｘＰ３、及びＩＬ−１７部位のエピジェネティック活性化を測定することによって定量化した。全ての３つの部位におけるエピジェネティック活性化は、それぞれの免疫細胞含有量に相関することがこれまでに示されている。特に、異なるエピジェネティック活性化パターンは、ＦｏｘＰ３陽性エフェクターＴ細胞ではなく、Ｔｒｅｇ細胞のみにおいて、ＦｏｘＰ３遺伝子内で示されている。
【０２８７】
バイオマーカーデータは、中程度から重度のＵＣを有する患者におけるｒｈｕＭＡｂベータ７のプラセボ対照第２相試験からの、４２人の抗ＴＮＦ治療ナイーブ（ＴＮＦナイーブ）、及び６２人の抗ＴＮＦ経験あり（ＴＮＦ経験あり）患者において分析された。健康な対照及びＵＣ患者からの末梢血試料中の免疫細胞含有量は、総細胞数を判定する、ＧＡＰＤＨ部位のエピジェネティック活性化に対する、それぞれの部位でのエピジェネティック活性化の存在を測定することによって判定される。特定のＤＮＡ  ＣｐＧモチーフの脱メチル化は、エピジェネティック的に活性な部位の存在を定量化する、脱メチル化特異的ｑＰＣＲ分析を通じて検出することができる。
【０２８８】
Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７細胞の定量化は、実質的に以下のとおりに行う。Ｔ細胞は、脱メチル化ＣＤ３Ｄ／Ｇを有し、Ｔｒｅｇ細胞は、脱メチル化ＦＯＸＰ３  ＴＳＤＲ（Ｔｒｅｇ特異的脱メチル化領域）を有し、Ｔｈ１７細胞は、脱メチル化ＩＬ１７Ａを有する。例えば、Ｓｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４，Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ  ＆  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  １０：３２；Ｗｉｅｃｚｏｒｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６９：５９９−６０８；及びＳｅｈｏｕｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１，Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ  ６：２３６−２４６を参照されたい。脱メチル化の検出を通じた各細胞型の定量化は、実質的に以下のとおりに行う。ゲノムＤＮＡを、ＤＮｅａｓｙ血液及び組織キット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、製造元のプロトコルに従って、全血から単離する。ＣｐＧ変異形（ＤＮＡがメチル化されている場合）またはＴｐＧ変異形（ＤＮＡがメチル化されていない場合）のいずれかに起因する、ゲノムＤＮＡの亜硫酸水素塩の変換は、例えば、Ｏｌｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１５２４：  ５０６４−５０６６に記載されているように、またはＥｐｉＴｅｃｔ  ＢｉｓｕｌｆｉｔｅＫｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して行われる。簡潔に述べると、ゲノムＤＮＡの亜硫酸水素ナトリウム処理は、メチル化されていないシトシンのウラシルへの変換をもたらし、これは、その後のＰＣＴ増幅においてチミンで置き換えられる。メチル化されたシトシンは、未変化のままであり、したがって、ＰＣＲ増幅後に依然としてシトシンである。
【０２８９】
脱メチル化ＦＯＸＰ３  ＴＳＤＲ（Ｔｒｅｇ細胞）、脱メチル化ＣＤ３Ｄ／Ｇ（Ｔ細胞）、脱メチル化ＩＬ１７Ａ（Ｔｈ１７細胞）、及びＧＡＰＤＨ対照に特異的な定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）アッセイは、実質的に以前に記載されているように行われる。例えば、Ｗｉｅｃｚｏｒｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６９：５９９−６０８；Ｓｅｈｏｕｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１，Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ  ６：２３６−２４６；Ｔｕｒｂａｃｈｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３，Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ，８：１１，１２２６−１２３５；ＰＣＴ公開第ＷＯ  ２０１３／０５７２０２号；及び欧州公開第ＥＰ  １  ８２６  ２７９号を参照されたく、それらの各々があらゆる目的のために参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。アッセイは、脱メチル化部位に特異的であるため（例えば、天然ゲノム配列におけるメチル化されたＣの代わりにＴを含む亜硫酸水素塩変換配列に特異的なプライマーを使用して）、メチル化部位（例えば、他の細胞型における）は、ｑＰＣＲアッセイにおいて増幅されない。ＧＡＰＤＨアッセイは、血液試料中の細胞の総数を判定するための対照としての機能を果たす。次いで、全血中の各細胞型のパーセンテージが判定され得る。
【０２９０】
図５は、プラセボ、１００ｍｇ用量のｒｈｕＭＡｂベータ７（「ａｂ７」）、及び３００ｍｇ用量のｒｈｕＭＡｂベータ７を投与された患者の血液中のＴ細胞（図５Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図５Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図５Ｃ）のパーセンテージにおける、ベースライン（研究０日目）からの変化を示す。Ｔ細胞（ＣＤ３＋）、Ｔｒｅｇ（ＦｏｘＰ３）、及びＴｈ１７（ＩＬ−１７）含有量に関するベースラインでの相違は、３つの治療アーム（プラセボ、１００ｍｇ、及び３００ｍｇ）に関して観察されなかった。しかしながら、健康なドナー対照（ｎ＝６０）と比較して、ＵＣを有する患者は、概して、低減されたＴ細胞及びＴｒｅｇ値を示した。さらに、ＴＮＦ経験あり患者は、ＴＮＦナイーブ患者と比較して、ベースラインにおいて、より低いＴ細胞及びＴｒｅｇ値を実証した（それぞれ、中央値ＣＤ３＋  Ｔ細胞２１．３％対２５．５％  Ｐ＝０．００８、及び中央値Ｔｒｅｇ１．０１％対１．３５％対Ｐ＝０．０１）。研究の過程中、全ての３つの細胞型の末梢レベルは、プラセボ群において経時的に比較的安定していたが、エトロリズマブで治療された患者は、全ての３つの細胞型に対する増加の傾向を示した。プラセボと比較した３００ｍｇ用量群に関するＴ細胞、Ｔｒｅｇ、及びＴｈ１７細胞の中央値増加は、２９日目で有意であった（Ｐ≦０．０５）。
【０２９１】
図６は、臨床的寛解を経験した患者及び経験していない患者、ならびにプラセボを投与された患者の血液中のＴ細胞（図６Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図６Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図６Ｃ）のパーセンテージにおける、ベースライン（研究０日目）からの変化を示す。ｒｈｕＭＡｂベータ７での誘導治療後、Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、及びＴｈ１７細胞の増加に対する傾向は、臨床的寛解に関連したが  、しかしながら、統計的有意性は、３００ｍｇ用量群に関して２９日目にのみ観察された（ＣＤ３＋及びＦｏｘＰ３に関してはＰ≦０．０５）。
【０２９２】
図７は、ＴＮＦナイーブ及びＴＮＦ不十分応答者に分けられた、臨床的寛解を経験した患者及び経験していない患者、ならびにプラセボを投与された患者の血液中のＴ細胞（図７Ａ）、Ｔｒｅｇ細胞（図７Ｂ）、及びＴｈ１７細胞（図７Ｃ）のパーセンテージにおける、ベースライン（研究０日目）からの変化を示す。ＣＤ３＋  Ｔ細胞の中央値増加は、ＴＮＦナイーブであった者よりもＴＮＦ経験ありであった寛解者においてより重大であると見られた（７１日目のＣＤ３＋  Ｔ細胞は、それぞれ２．９倍及び１．２７倍増加した）。
【０２９３】
図８Ａは、臨床的寛解を経験したＴＮＦナイーブ患者（左のバー）及び経験していない患者（右のバー）の血液中のベースラインにおけるＴｒｅｇ細胞）のパーセンテージを示す。ベースラインにおけるＴｒｅｇの増加したレベルは、非寛解者と比較した、ＴＮＦナイーブ患者における寛解の増加した可能性に関連した。カットオフとして１．２８のベースラインＴｒｅｇパーセンテージの中央値を使用すると、ベースラインにおいてＴｒｅｇ低（＜１．２８）であった１３％の患者と比較して、ベースラインにおいてＴｒｅｇ高（≧１．２８）であった２８％の患者が、臨床的寛解を経験した。図８Ｂを参照されたい。
【０２９４】
ＵＣ患者は、特にＴＮＦ経験あり患者の亜群に関して、健康なドナーと比較して、より低い末梢血Ｔ細胞及びＴｒｅｇレベルを有することが見出された。ｒｈｕＭＡｂベータ７で治療すると、末梢血中の全ての試験されたＴ細胞型は増加し、臨床的寛解を達成した患者においてはより重大な増加が見られた。最後に、ベースラインにおけるより高いレベルのＴｒｅｇは、ｒｈｕＭＡｂベータ７治療時の臨床的寛解に関連し得る。
【０２９５】
要約すると、Ｔｒｅｇ細胞のレベルは、エトロリズマブを含む、ベータ７インテグリンサブユニットを標的化する治療薬での治療からの利益を得る可能性が最も高い、ＵＣ及びクローン病患者等のＩＢＤ患者を特定するための予測バイオマーカーとしての使用に対する潜在性を示す。例えば、ＴＮＦナイーブＩＢＤ患者における上昇したレベルのＴｒｅｇ細胞は、エトロリズマブを含む、ベータ７インテグリンサブユニットを標的化する治療薬での治療時に、どの患者が寛解者となる可能性がより高いかを選択または予測するために使用され得る。加えて、エトロリズマブを含む、ベータ７インテグリンサブユニットを標的化する治療薬での治療を開始した後のＩＢＤ患者におけるＴｒｅｇ細胞のより大きな増加は、患者が寛解する可能性がより高いことを示す。
【０２９６】
実施例３−胃腸生検組織における予測バイオマーカー分析
胃腸生検は、スクリーニング訪問での軟性Ｓ状結腸鏡検査／完全な結腸内視鏡検査中に研究参加者から収集した（治療前の最長４週間）。生検は、結腸の最も炎症した領域から１０〜４０ｃｍ以内の肛門縁を採った。潰瘍のある粘膜の壊死領域内、または以前に結腸切除を行ったことがある患者の縫合部位の生検は、避けた。生検を、組織ＲＮＡ安定化緩衝液（ＲＮＡｌａｔｅｒ，Ｑｉａｇｅｎ，Ｃａｔ．Ｎｏ．７６１０４）に入れ、発送するために凍結した。受領後、ゲノムＤＮＡは、ＤＮｅａｓｙ血液及び組織キット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、製造元のプロトコルに従って、胃腸生検組織から単離される。
【０２９７】
第２相臨床試験からの潰瘍性大腸炎患者の生検組織の免疫細胞含有量は、総細胞数を判定する、ＧＡＰＤＨ部位のエピジェネティック活性化に対する、それぞれの部位でのエピジェネティック活性化の存在を測定することによって判定される。特定のＤＮＡ  ＣｐＧモチーフの脱メチル化またはエピジェネティック活性化は、本明細書に記載されるように、エピジェネティック的に活性なＣＤ３、ＦｏｘＰ３、またはＩＬ−１７の存在を定量化する、脱メチル化特異的ｑＰＣＲ分析を通じて検出することができる。相違は、スクリーニングにおける全ての利用可能な患者試料の中央値に基づいて、高バイオマーカー群−低バイオマーカー群によって計算された。高バイオマーカー群は、中央値以上の値を有する患者からなる。低バイオマーカー群は、中央値未満の値を有する患者からなる。
【０２９８】
その分析の結果を、図９及び１０に示す。図９Ａに示されるように、生検組織中の増加したレベルのＴｒｅｇ及びＣＤ３  Ｔ細胞は、全ての患者（Ｎ＝４０）における寛解の増加した可能性に関連する。水平方向の線は、割合における相違の９０％信頼限界を表す。図９Ｂに示されるように、９５％信頼区間において、データは、生検組織中の増加したレベルのＣＤ３  Ｔ細胞が、生検組織中の増加したレベルのＴｒｅｇに対する増加した可能性及び同様の傾向に関連することを示す。図９Ｃは、寛解の増加したパーセンテージの患者が、Ｔｒｅｇ及びＣＤ３  Ｔ細胞高群の患者において観察されることを示す。エラーバーは、割合における相違の９０％信頼上限を表す。
【０２９９】
図１０Ａに示されるように、生検組織中の増加したレベルの同様のＴｒｅｇ及び傾向Ｔｈ１７細胞は、ＴＮＦナイーブ患者（Ｎ＝１６）における寛解の増加した可能性に関連する。水平方向の線は、割合における相違の９５％信頼限界を表す。図１０Ｂに示されるように、寛解の増加したパーセンテージの患者が、Ｔｒｅｇ及びＴｈ１７高群の患者において観察されることを示す。エラーバーは、割合における相違の９０％信頼上限を表す。
【０３００】
要約すると、それらの生検組織中の増加したレベルのＴｒｅｇ及びＣＤ３  Ｔ細胞を有した、エトロリズマブで治療された中程度から重度の炎症性腸疾患を有する患者は、寛解率等の臨床的利益の増加を実証した。抗ＴＮＦアルファ治療を受けたことがない患者（ＴＮＦナイーブ）、ならびにそれらの組織生検中の増加したレベルのＴｒｅｇ及びＴｈ１７細胞マーカーを有した患者の亜群分析では、増加した臨床的利益が実証された。
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３】
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【図４】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図６Ｃ】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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