(57)【要約】  一部において、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、真性赤血球増加症、本態性血小板血症および骨髄線維症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその重症度を低減させるための方法に関する。本開示はさらに、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその重症度を低減させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、真性赤血球増加症、本態性血小板血症および骨髄線維症）もしくはヤヌスキナーゼ関連障害、または骨髄増殖性障害もしくはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその重症度を低減させるためのＴβＲＩＩアンタゴニストを提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヤヌスキナーゼ関連障害を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、ヤヌスキナーゼ関連障害の処置、予防、またはその進行速度および／もしくは重症度の低減を必要とする患者に投与するステップを含む方法。
【請求項２】
ヤヌスキナーゼ障害またはヤヌスキナーゼ障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、ｉ）ＴβＲＩＩアンタゴニストおよびｉｉ）ヤヌスキナーゼインヒビターを、ヤヌスキナーゼ障害またはヤヌスキナーゼ障害の１もしくは複数の合併症の処置、予防、またはその進行速度および／もしくは重症度の低減を必要とする患者に投与するステップを含み、前記ＴβＲＩＩアンタゴニストおよびヤヌスキナーゼインヒビターが有効量で投与される、方法。
【請求項３】
ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症の処置、予防、またはその進行速度および／もしくは重症度の低減を必要とする患者に投与するステップを含む方法。
【請求項４】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３を阻害する、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストがＴβＲＩＩポリペプチドである、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドがＦｃ融合タンパク質である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
ＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質が、配列番号１０３のアミノ酸配列を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記患者が、機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する障害を有する、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記患者が、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼにおける機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する障害を有する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記患者が、ＪＡＫ２における機能獲得型変異と関連する障害を有する、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記患者が、１または複数のヤヌスキナーゼの構成的キナーゼ活性と関連する障害を有する、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記患者が、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼの構成的キナーゼ活性と関連する障害を有する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記患者が、ＪＡＫ２の構成的キナーゼ活性と関連する障害を有する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記患者が、ＪＡＫ２関連障害を有する、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記患者が、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ関連障害を有する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ヤヌスキナーゼ関連障害の前記１または複数の合併症が、無効造血、髄外造血（例えば、脾臓髄外造血、肝髄外造血、肺髄外造血およびリンパ髄外造血）、炎症性合併症、汎血球減少症、線維症（例えば、骨髄線維症、脾臓線維症および肝線維症）、脾腫、肝腫、血小板減少症、貧血、変形赤血球症、進行性肝脾腫、疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、骨痛、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、感覚異常、悪液質、脾梗塞、失血、炎症、好中球減少症、上昇したサイトカインレベル、凝固障害、ＩＬ−６媒介性の炎症または炎症性合併症、骨硬化症、および骨骨髄線維症からなる群から選択される、請求項２から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記患者が、骨髄線維症を有する、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記患者が、原発性骨髄線維症を有する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記患者が、真性赤血球増加症後骨髄線維症を有する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者が、本態性血小板血症後骨髄線維症を有する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記患者が、無効造血、髄外造血（例えば、脾臓髄外造血、肝髄外造血、肺髄外造血およびリンパ髄外造血）、炎症性合併症、汎血球減少症、線維症（例えば、骨髄線維症、脾臓線維症および肝線維症）、脾腫、肝腫、血小板減少症、貧血、変形赤血球症、進行性肝脾腫、疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、骨痛、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、感覚異常、悪液質、脾梗塞、失血、炎症、好中球減少症、上昇したサイトカインレベル、凝固障害、ＩＬ−６媒介性の炎症または炎症性合併症、骨硬化症、骨骨髄線維症、および失血からなる群から選択される、骨髄線維症の１または複数の合併症を有する、請求項１７から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記患者が、国際予後スコアリングシステム（ＩＰＳＳ）に従って、低リスク、中間−１リスク、中間−２リスクまたは高リスクの骨髄線維症を有する、請求項１７から２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記患者が、ダイナミックＩＰＳＳ（ＤＩＰＳＳ）に従って、低リスク、中間−１リスク、中間−２リスクまたは高リスクの骨髄線維症を有する、請求項１７から２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記患者が、ＤＩＰＳＳ−プラスに従って、低リスク、中間−１リスク、中間−２リスクまたは高リスクの骨髄線維症を有する、請求項１７から２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
低リスクから中間−１リスクの骨髄線維症への、中間−１リスクから中間−２リスクの骨髄線維症への、または中間−２リスクから高リスクの骨髄線維症への骨髄線維症のリスクの進行を予防する、または遅延させる、請求項２２から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
高リスクから中間−２リスクの骨髄線維症への、中間−２リスクから中間−１リスクの骨髄線維症への、または中間−１リスクから低リスクの骨髄線維症への骨髄線維症のリスクの後退を促進する、または増加させる、請求項２２から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記患者が、真性赤血球増加症を有する、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記患者が、疲労、掻痒症、寝汗、骨痛、発熱、および体重減少、脾腫、肝腫、腹痛、早期満腹、悪心、腹部臓器圧迫、門脈圧亢進症、血管性事象、血栓塞栓性事象、出血、血栓症、大血管性合併症、頭痛、眩暈、視力障害、遠位感覚異常、肢端チアノーゼ、肢端紅痛症、赤血球細胞の過剰な増殖、骨髄系細胞の過剰な増殖、巨核球細胞の過剰な増殖、高い赤血球レベル、高い白血球レベル、高い血小板レベル、上昇した炎症性サイトカイン、炎症性合併症、およびＩＬ−６媒介性炎症性合併症からなる群から選択される、真性赤血球増加症の１または複数の合併症を有する、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記患者が、低リスクの真性赤血球増加症を有する、請求項２７または２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記患者が、血栓症の病歴を有さない、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記患者が、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
前記患者が、高リスクの真性赤血球増加症を有する、請求項２７または２８に記載の方法。
【請求項３３】
前記患者が、血栓症の病歴を有さない、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記患者が、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
前記患者が、ヒドロキシウレアによる処置に対して抵抗性または不耐性である、請求項３２から３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記患者が、本態性血小板血症を有する、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記患者が、血小板増加症、低い白血球数、低いヘモグロビンレベル、低い乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）レベル、疲労、寝汗、悪心、しびれ、視覚障害、体重減少、微小血管性合併症、頭痛、胸痛、眩暈、肢端紅痛症、脾腫、肝腫、炎症性合併症、ＩＬ−６炎症性合併症、上昇した炎症性サイトカインレベル、上昇したＩＬ−６レベル、および出血からなる群から選択される、本態性血小板血症の１または複数の合併症を有する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記患者が、低リスクの本態性血小板血症を有する、請求項３６または３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記患者が、血栓症の病歴を有さない、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記患者が、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
前記患者が、高リスクの本態性血小板血症を有する、請求項３６または３７に記載の方法。
【請求項４２】
前記患者が、血栓症の病歴を有さない、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記患者が、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記患者が、ヒドロキシウレアによる処置に対して抵抗性または不耐性である、請求項４１から４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記患者が、線維症を有する、請求項１から４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
脾臓、肝臓、肺、リンパ節および骨髄からなる群から選択される１または複数の臓器／組織における線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
骨髄線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記患者が、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード０、１、２、３または４の骨髄線維症を有する、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
骨髄線維症における少なくとも１グレードの低減（例えば、４から３、４から２、４から１、４から０、３から２、３から１、３から０、２から１、２から０、または１から０の骨髄線維症へのグレードの低減）を生じる、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる（例えば、０から１、０から２、０から３、０から４、１から２、１から３、１から４、２から３、２から４、または３から４への骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる）、請求項４９に記載の方法。
【請求項５２】
前記患者が、欧州コンセンサススコアリングシステムに従って、グレード０、１、２または３の骨髄線維症を有する、請求項４８に記載の方法。
【請求項５３】
骨髄線維症における少なくとも１グレードの低減（例えば、３から２、３から１、３から０、２から１、２から０、または１から０の骨髄線維症へのグレードの低減）を生じる、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる（例えば、０から１、０から２、０から３、１から２、１から３、２から３への骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる）、請求項５２に記載の方法。
【請求項５５】
脾臓線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項４７に記載の方法。
【請求項５６】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、線維症の発症前に投与される、請求項１から５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、線維症の発症後に投与される、請求項１から５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
前記線維症が骨髄線維症である、請求項５６または５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記線維症が脾臓線維症である、請求項５６または５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記患者が、臓器／組織腫大（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、増加した臓器／組織のサイズおよび／または重量）を有する、請求項１から５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記患者が、臓器／組織炎症（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、増加した臓器／組織炎症）を有する、請求項１から６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
臓器／組織の腫大および／または炎症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項６０または６１に記載の方法。
【請求項６３】
前記患者が、脾臓、肝臓、肺（複数可）およびリンパ節からなる群から選択される１または複数の臓器／組織の、臓器／組織の腫大および／または炎症を有する、請求項６０から６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
前記患者が、脾腫を有する、請求項１から６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
脾腫を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記患者が、肝腫を有する、請求項１から６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
肝腫を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記患者が、髄外造血を有する、請求項１から６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
髄外造血を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
脾臓、肝臓、リンパ節および肺（複数可）からなる群から選択される１または複数の臓器／組織における髄外造血を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
１または複数の臓器／組織における炎症性サイトカインレベル（例えば、血清サイトカインレベル）を低減させる、請求項１から７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
１または複数の臓器／組織におけるＩＬ−６レベルを低減させる、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記患者において赤血球レベルを増加させる、請求項１から１５、１７から２８および４５から７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記患者においてヘモグロビンレベルを増加させる、請求項１から１５、１７から２８および４５から７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
前記患者が、貧血を有する、請求項１から１５、１７から２８および４５から７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
貧血を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前に、前記患者に１または複数回の血球輸血が投与されている、請求項１から１５、１７から２８および４５から７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
前記患者が、血球輸血依存的である、請求項１から１５、１７から２８および４５から７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
血球輸血の負担を減少させる、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前の等しい時間と比較して、４〜８週間にわたって、血球輸血を約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％超または１００％減少させる、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前の等しい時間と比較して、４〜８週間にわたって、血球輸血を約５０％超減少させる、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
鉄過剰症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１から１５、１７から２８および４５から８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８３】
肝臓、脾臓および心臓からなる群から選択される１または複数の臓器／組織における鉄過剰症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記患者において対立遺伝子負荷を低減させる、請求項１から８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
１または複数のヤヌスキナーゼ対立遺伝子の対立遺伝子負荷を低減させる、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼ対立遺伝子の対立遺伝子負荷を低減させる、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
１または複数のＪＡＫ２対立遺伝子の対立遺伝子負荷を低減させる、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記１または複数のヤヌスキナーゼ対立遺伝子が、１または複数のヤヌスキナーゼの上昇したまたは構成的な活性化を生じる１または複数の変異と関連する、請求項８５から８７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８９】
ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆの対立遺伝子負荷を低減させる、請求項８５から８８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９０】
前記患者が、ヤヌスキナーゼインヒビターで現在処置されている、またはヤヌスキナーゼインヒビターで処置されたことがある、請求項１および３から８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
前記患者が、ヤヌスキナーゼインヒビターによる処置に対して不耐性または抵抗性である、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターが、少なくともＪＡＫ２を阻害する、請求項９０または９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターが、ルキソリチニブ、フェドラチニブ（ＳＡＲ３０２５０３）、モメロチニブ（ＣＹＴ３８７）、パクリチニブ、レスタウルチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、ＳＥＰ−７０１、ＸＬ０１９およびＡＴ−９２８３からなる群から選択される、請求項９０から９２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターがルキソリチニブである、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記患者が、ヒドロキシウレアで現在処置されている、またはヒドロキシウレアで処置されたことがある、請求項１から９４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９６】
前記患者が、ヒドロキシウレアによる処置に対して不耐性または抵抗性である、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
骨髄増殖性障害の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、ｉ）ＴβＲＩＩアンタゴニストおよびｉｉ）ヤヌスキナーゼインヒビターを、骨髄増殖性障害の１または複数の合併症の処置、予防、またはその進行速度および／もしくは重症度の低減を必要とする患者に投与するステップを含み、前記ＴβＲＩＩアンタゴニストおよびヤヌスキナーゼインヒビターが有効量で投与される、方法。
【請求項９８】
骨髄増殖性障害を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、骨髄増殖性障害の処置、予防、またはその進行速度および／もしくは重症度の低減を必要とする患者に投与するステップを含む方法。
【請求項９９】
骨髄増殖性障害の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、骨髄増殖性障害の１または複数の合併症の処置、予防、またはその進行速度および／もしくは重症度の低減を必要とする患者に投与するステップを含む方法。
【請求項１００】
前記骨髄増殖性障害が骨髄線維症である、請求項９７から９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
前記骨髄線維症が原発性骨髄線維症である、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
前記骨髄線維症が真性赤血球増加症後骨髄線維症である、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
前記骨髄線維症が本態性血小板減少症後骨髄線維症である、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０４】
骨髄線維症の前記１または複数の合併症が、無効造血、髄外造血（例えば、脾臓髄外造血、肝髄外造血、肺髄外造血およびリンパ髄外造血）、炎症性合併症、汎血球減少症、線維症（例えば、骨髄線維症、脾臓線維症および肝線維症）、脾腫、肝腫、血小板減少症、貧血、変形赤血球症、進行性肝脾腫、疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、骨痛、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、感覚異常、悪液質、脾梗塞、失血、炎症、好中球減少症、上昇したサイトカインレベル、凝固障害、ＩＬ−６媒介性の炎症または炎症性合併症、骨硬化症、骨骨髄線維症、および失血からなる群から選択される、請求項１００から１０３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０５】
前記患者が、国際予後スコアリングシステム（ＩＰＳＳ）に従って、低リスク、中間−１リスク、中間−２リスクまたは高リスクの骨髄線維症を有する、請求項１００から１０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０６】
前記患者が、ダイナミックＩＰＳＳ（ＤＩＰＳＳ）に従って、低リスク、中間−１リスク、中間−２リスクまたは高リスクの骨髄線維症を有する、請求項１００から１０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０７】
前記患者が、ＤＩＰＳＳ−プラスに従って、低リスク、中間−１リスク、中間−２リスクまたは高リスクの骨髄線維症を有する、請求項１００から１０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０８】
低リスクから中間−１リスクの骨髄線維症への、中間−１リスクから中間−２リスクの骨髄線維症への、または中間−２リスクから高リスクの骨髄線維症への骨髄線維症のリスクの進行を予防する、または遅延させる、請求項１０５から１０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０９】
高リスクから中間−２リスクの骨髄線維症への、中間−２リスクから中間−１リスクの骨髄線維症への、または中間−１リスクから低リスクの骨髄線維症への骨髄線維症のリスクの後退を促進する、または増加させる、請求項１０５から１０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１０】
前記骨髄増殖性障害が真性赤血球増加症である、請求項９７から９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１１】
真性赤血球増加症の前記１または複数の合併症が、疲労、掻痒症、寝汗、骨痛、発熱、体重減少、脾腫、肝腫、腹痛、早期満腹、悪心、腹部臓器圧迫、門脈圧亢進症、血管性および／または血栓塞栓性事象、出血、血栓症、大血管性合併症、頭痛、眩暈、視力障害、遠位感覚異常、肢端チアノーゼ、肢端紅痛症、赤血球細胞の過剰な増殖、骨髄系細胞の過剰な増殖、巨核球細胞の過剰な増殖、高い赤血球レベル、高い白血球レベル、高い血小板レベル、上昇した炎症性サイトカイン、炎症性合併症、ならびにＩＬ−６媒介性炎症性合併症からなる群から選択される、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
前記患者が、低リスクの真性赤血球増加症を有する、請求項１１０または１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記患者が、血栓症の病歴を有さない、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記患者が、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１５】
前記患者が、高リスクの真性赤血球増加症を有する、請求項１１０または１１１に記載の方法。
【請求項１１６】
前記患者が、血栓症の病歴を有さない、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
前記患者が、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１８】
前記患者が、ヒドロキシウレアによる処置に対して抵抗性または不耐性である、請求項１１５から１１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１９】
前記骨髄増殖性障害が本態性血小板減少症である、請求項９７から９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２０】
本態性血小板減少症の前記１または複数の合併症が、血小板増加症、低い白血球数、低いヘモグロビンレベル、低い乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）レベル、疲労、寝汗、悪心、しびれ、視覚障害、および体重減少、微小血管性合併症、頭痛、胸痛、眩暈、肢端紅痛症、脾腫、肝腫、炎症性合併症、ＩＬ−６炎症性合併症、上昇した炎症性サイトカインレベル、上昇したＩＬ−６レベル、および出血からなる群から選択される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
前記患者が、低リスクの本態性血小板減少症を有する、請求項１１９または１２０に記載の方法。
【請求項１２２】
前記患者が、血栓症の病歴を有さない、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記患者が、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２４】
前記患者が、高リスクの本態性血小板減少症を有する、請求項１１９または１２０に記載の方法。
【請求項１２５】
前記患者が、血栓症の病歴を有さない、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
前記患者が、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２７】
前記患者が、ヒドロキシウレアによる処置に対して抵抗性または不耐性である、請求項１２４から１２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２８】
前記患者が、機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する骨髄増殖性障害を有する、請求項９７から１２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２９】
前記患者が、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼにおける機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する骨髄増殖性障害を有する、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
前記患者が、ＪＡＫ２における機能獲得型変異と関連する骨髄増殖性障害を有する、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
前記患者が、１または複数のヤヌスキナーゼの構成的キナーゼ活性と関連する骨髄増殖性障害を有する、請求項９７から１３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３２】
前記患者が、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼの構成的キナーゼ活性と関連する骨髄増殖性障害を有する、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
前記患者が、ＪＡＫ２の構成的キナーゼ活性と関連する骨髄増殖性障害を有する、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記患者が、ＪＡＫ２関連骨髄増殖性障害を有する、請求項９７から１３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３５】
前記患者が、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ関連骨髄増殖性障害を有する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
ＪＡＫ２関連障害を処置する、予防する、またはその重症度もしくは進行速度を低減させる方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、ＪＡＫ２関連障害の処置、予防、またはその重症度もしくは進行速度の低減を必要とする患者に投与するステップを含む方法。
【請求項１３７】
ＪＡＫ２関連障害の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、ＪＡＫ２関連障害の１または複数の合併症の処置、予防、またはその進行速度および／もしくは重症度の低減を必要とする患者に投与するステップを含む方法。
【請求項１３８】
ＪＡＫ２関連障害の前記１または複数の合併症が、無効造血、髄外造血（例えば、脾臓髄外造血、肝髄外造血、肺髄外造血およびリンパ髄外造血）、炎症性合併症、汎血球減少症、線維症（例えば、骨髄線維症、脾臓線維症および肝線維症）、脾腫、肝腫、血小板減少症、貧血、変形赤血球症、進行性肝脾腫、疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、骨痛、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、感覚異常、悪液質、脾梗塞、失血、炎症、好中球減少症、上昇したサイトカインレベル、凝固障害、ＩＬ−６媒介性の炎症または炎症性合併症、骨硬化症、および骨骨髄線維症からなる群から選択される、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
前記ＪＡＫ２関連障害が、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異関連障害である、請求項１３６から１３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４０】
前記骨髄増殖性障害が、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＥＺＨ２、ＳＲＳＦ２、ＡＳＸＬ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＴＹＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＴＥＴ２、ＴＨＰＯおよびＬＮＫからなる群から選択される１または複数の遺伝子における１または複数の変異と関連する、請求項９７から１３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４１】
前記骨髄増殖性障害が、ＪＡＫ２  ４６／１ハプロタイプについてのヌル欠損、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ、ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１−、ＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１＋、ＣＡＬＲ＋ＡＳＫＬ１＋、およびＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１−からなる群から選択される１または複数の遺伝子マーカーと関連する、請求項９７から１４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４２】
前記患者が、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＥＺＨ２、ＳＲＳＦ２、ＡＳＸＬ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ３、ＴＹＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＴＥＴ２、ＴＨＰＯおよびＬＮＫからなる群から選択される１または複数の遺伝子における１または複数の変異をさらに有する、請求項１３６から１４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４３】
前記患者が、ＪＡＫ２  ４６／１ハプロタイプについてのヌル欠損、ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１−、ＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１＋、ＣＡＬＲ＋ＡＳＫＬ１＋、およびＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１−からなる群から選択される１または複数の遺伝子マーカーを有する、請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４４】
前記患者において対立遺伝子負荷を低減させる、請求項９７から１４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４５】
１または複数のＪＡＫ２変異の対立遺伝子負荷を低減させる、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆの対立遺伝子負荷を低減させる、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＥＺＨ２、ＳＲＳＦ２、ＡＳＸＬ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ３、ＴＹＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＴＥＴ２、ＴＨＰＯおよびＬＮＫからなる群から選択される１または複数の遺伝子における１または複数の変異の対立遺伝子負荷を低減させる、請求項１４４から１４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４８】
ＪＡＫ２  ４６／１ハプロタイプについてのヌル欠損、ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１−、ＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１＋、ＣＡＬＲ＋ＡＳＫＬ１＋、およびＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１−からなる群から選択される１または複数の遺伝子マーカーの対立遺伝子負荷を低減させる、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１４９】
前記患者が、線維症を有する、請求項９７から１４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５０】
線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５１】
脾臓、肝臓、肺、リンパ節および骨髄からなる群から選択される１または複数の臓器／組織における線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１５０に記載の方法。
【請求項１５２】
骨髄線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
前記患者が、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード０、１、２、３または４の骨髄線維症を有する、請求項１５２に記載の方法。
【請求項１５４】
骨髄線維症における少なくとも１グレードの低減（例えば、４から３、４から２、４から１、４から０、３から２、３から１、３から０、２から１、２から０、または１から０の骨髄線維症へのグレードの低減）を生じる、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５５】
骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる（例えば、０から１、０から２、０から３、０から４、１から２、１から３、１から４、２から３、２から４、または３から４への骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる）、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５６】
前記患者が、欧州コンセンサススコアリングシステムに従って、グレード０、１、２または３の骨髄線維症を有する、請求項１５２に記載の方法。
【請求項１５７】
骨髄線維症における少なくとも１グレードの低減（例えば、３から２、３から１、３から０、２から１、２から０、または１から０の骨髄線維症へのグレードの低減）を生じる、請求項１５６に記載の方法。
【請求項１５８】
骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる（例えば、０から１、０から２、０から３、１から２、１から３、２から３への骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる）、請求項１５６に記載の方法。
【請求項１５９】
脾臓線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１６０】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、線維症の発症前に投与される、請求項９７から１５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６１】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、線維症の発症後に投与される、請求項９７から１５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６２】
前記線維症が骨髄線維症である、請求項１６０または１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
前記線維症が脾臓線維症である、請求項１６０または１６１に記載の方法。
【請求項１６４】
前記患者が、臓器／組織腫大（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、増加した臓器／組織のサイズおよび／または重量）を有する、請求項７９から１６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６５】
前記患者が、臓器／組織炎症（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、増加した臓器／組織炎症）を有する、請求項７９から１６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６６】
臓器／組織の腫大および／または炎症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１６４または１６５に記載の方法。
【請求項１６７】
前記患者が、脾臓、肝臓、肺（複数可）およびリンパ節からなる群から選択される１または複数の臓器／組織の、臓器／組織の腫大および／または炎症を有する、請求項１６４から１６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６８】
前記患者が、脾腫を有する、請求項９７から１６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６９】
脾腫を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７０】
前記患者が、肝腫を有する、請求項９７から１６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７１】
肝腫を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１７０に記載の方法。
【請求項１７２】
前記患者が、髄外造血を有する、請求項９７から１７１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７３】
髄外造血を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７４】
脾臓、肝臓、リンパ節および肺（複数可）からなる群から選択される１または複数の臓器／組織における髄外造血を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７５】
１または複数の臓器／組織における炎症性サイトカインレベル（例えば、血清サイトカインレベル）を低減させる、請求項７９から１７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７６】
１または複数の臓器／組織におけるＩＬ−６レベルを低減させる、請求項１７５に記載の方法。
【請求項１７７】
前記患者において赤血球レベルおよび／またはヘモグロビンレベルを増加させる、請求項９７から１０９および１２８から１７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７８】
前記患者が、貧血を有する、請求項９７から１０９および１２８から１７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７９】
貧血を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８０】
ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前に、前記患者に１または複数回の血球輸血が投与されている、請求項９７から１０９および１２８から１７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８１】
前記患者が、血球輸血依存的である、請求項９７から１０９および１２８から１８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８２】
血球輸血の負担を減少させる、請求項１８１に記載の方法。
【請求項１８３】
ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前の等しい時間と比較して、４〜８週間にわたって、血球輸血を約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％超または１００％減少させる、請求項１８２に記載の方法。
【請求項１８４】
ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前の等しい時間と比較して、４〜８週間にわたって、血球輸血を約５０％超減少させる、請求項１８３に記載の方法。
【請求項１８５】
鉄過剰症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項９７から１０９および１２８から１８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８６】
肝臓、脾臓および心臓からなる群から選択される１または複数の臓器／組織における鉄過剰症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる、請求項１８５に記載の方法。
【請求項１８７】
前記患者が、ヤヌスキナーゼインヒビターで現在処置されている、またはヤヌスキナーゼインヒビターで処置されたことがある、請求項９８から１８６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８８】
前記患者が、ヤヌスキナーゼインヒビターによる処置に対して不耐性または抵抗性である、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１８９】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターが、少なくともＪＡＫ２を阻害する、請求項１８７または１８８に記載の方法。
【請求項１９０】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターが、ルキソリチニブ、フェドラチニブ（ＳＡＲ３０２５０３）、モメロチニブ（ＣＹＴ３８７）、パクリチニブ、レスタウルチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、ＳＥＰ−７０１、ＸＬ０１９およびＡＴ−９２８３からなる群から選択される、請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９１】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターがルキソリチニブである、請求項１９０に記載の方法。
【請求項１９２】
前記患者が、ヒドロキシウレアで現在処置されている、またはヒドロキシウレアで処置されたことがある、請求項９７から１９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９３】
前記患者が、ヒドロキシウレアによる処置に対して不耐性または抵抗性である、請求項１９２に記載の方法。
【請求項１９４】
骨髄増殖性障害、ヤヌスキナーゼ関連障害および／またはＪＡＫ２関連障害を処置するための１または複数のさらなる活性薬剤または支持療法を投与するステップをさらに含む、請求項１から１９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９５】
前記１または複数のさらなる活性薬剤または支持療法が、輸血（全血または赤血球輸血）、赤血球生成刺激剤［例えば、ＥＳＡ、例えば、エリスロポエチン（ＥＰＯ）およびその誘導体］、アンドロゲン（例えば、エナント酸テストステロンおよびフルオキシメステロン）、プレドニゾン、ダナゾール、サリドマイド、プレドニゾン、レナリドミド、鉄キレート剤、デフェロキサミン、デフェリプロン、デフェラシロクス、ヒドロキシウレア、クラドリビン、ルキソリチニブ、ＳＡＲ３０２５０３、ＣＹＴ３８７、パクリチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、レスタウルチニブ、ＳＥＰ−７０１、ＡＴ−９２８３、ヤヌスキナーゼインヒビター（例えば、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３のうち１または複数のインヒビター）、脾臓摘出術、放射線療法、アスピリン、免疫調節薬、ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲインヒビター、エピジェネティック因子モジュレーター、ポマリドミド、ラパマイシン、シロリムス、デフォロリムス、エベロリムス、テムシロリムス、ＮＶＰ−ＢＥＺ２３５、ＢＧＴ２２６、ＳＦ１１２６、ＰＫ１−５８７、ＩＮＫ１２８、ＡＺＤ８０５５、ＡＺＤ２０１４、ヒストンデアセチラーゼインヒビター、ギビノスタット、パノビノスタット、プラシノスタット、コルチコステロイド、ガンマ−インターフェロン、シクロホスファミド、アザチオプリン、メトトレキセート、ペニシラミン、シクロスポリン、コルヒチン、抗胸腺細胞グロブリン、ミコフェノール酸モフェチル、ヒドロキシクロロキン、カルシウムチャネルブロッカー、ニフェジピン、アンジオテンシン変換酵素インヒビターインヒビター、パラ−アミノ安息香酸、ジメチルスルホキシド、トランスフォーミング増殖因子ベータ（ＴＧＦβ）インヒビター、インターロイキン−５（ＩＬ−５）インヒビター、凡カスパーゼインヒビター、レクチン、コルヒチン、アザチオプリン、シクロホスファミド、プレドニゾン、サリドマイド、ペントキシフィリン、およびテオフィリンからなる群から選択される、請求項１９４に記載の方法。
【請求項１９６】
前記さらなる活性薬剤がヤヌスキナーゼインヒビターである、請求項１９５に記載の方法。
【請求項１９７】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターが、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択されるヤヌスキナーゼのうち１または複数を阻害する、請求項１９６に記載の方法。
【請求項１９８】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターが、細胞ベースのアッセイにおいて、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３のうち１または複数のシグナル伝達を阻害する、請求項１９７に記載の方法。
【請求項１９９】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターが、ルキソリチニブ、フェドラチニブ（ＳＡＲ３０２５０３）、モメロチニブ（ＣＹＴ３８７）、パクリチニブ、レスタウルチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、ＳＥＰ−７０１、ＸＬ０１９およびＡＴ−９２８３からなる群から選択される、請求項１９６から１９８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２００】
前記ヤヌスキナーゼインヒビターがルキソリチニブである、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０１】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストがＴＧＦβ１アンタゴニストである、請求項１から２００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０２】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストがＴＧＦβ２アンタゴニストである、請求項１から２００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０３】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストがＴＧＦβ３アンタゴニストである、請求項１から２００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０４】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストがＴβＲＩＩ受容体アンタゴニストである、請求項１から２００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０５】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストがＡＬＫ５アンタゴニストである、請求項１から２００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０６】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストがベータグリカンアンタゴニストである、請求項１から２００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０７】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３アンタゴニストである、請求項１から２００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０８】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、ＴＧＦβ２をアンタゴナイズしない、またはＴＧＦβ２を実質的にアンタゴナイズしない、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２０９】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストがＴβＲＩＩポリペプチドである、請求項１から２０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１０】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドがＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質である、請求項２０９に記載の方法。
【請求項２１１】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドまたはＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質が、
ａ）配列番号５の２３位〜３５位のいずれかにおいて始まり配列番号５の１５３位〜１５９位のいずれかにおいて終わる配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列；
ｂ）配列番号６の２３位〜６０位のいずれかにおいて始まり配列番号６の１７８位〜１８４位のいずれかにおいて終わる配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列；
ｃ）配列番号５の２３位において始まり配列番号５の１５９位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｄ）配列番号５の２９位において始まり配列番号５の１５９位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｅ）配列番号５の３５位において始まり配列番号５の１５９位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｆ）配列番号５の２３位において始まり配列番号５の１５３位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｇ）配列番号５の２９位において始まり配列番号５の１５３位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｈ）配列番号５の３５位において始まり配列番号５の１５３位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｉ）配列番号６の２３位において始まり配列番号６の１８４位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｊ）配列番号６の２９位において始まり配列番号６の１８４位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｋ）配列番号６の２３位において始まり配列番号６の１７８位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｌ）配列番号６の２９位において始まり配列番号６の１７８位において終わる配列からなるアミノ酸配列；
ｍ）配列番号７の配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列、および免疫グロブリンＦｃドメイン由来の第２のアミノ酸であって、第１のアミノ酸配列が、配列番号４７の３６位に対応する位置におけるＤおよび／または配列番号４７の７６位に対応する位置におけるＫを有する、アミノ酸配列；
ｎ）配列番号１３の配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列、および免疫グロブリンＦｃドメイン由来の第２のアミノ酸であって、第１のアミノ酸配列が、配列番号４７の３６位に対応する位置におけるＤおよび／または配列番号４７の７６位に対応する位置におけるＫを有する、アミノ酸配列；
ｏ）配列番号７〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜６２、１０４および１０５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列；
ｐ）配列番号１０１のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列；
ｑ）配列番号１０３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列；
ｒ）配列番号１０４のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列；ならびに
ｓ）配列番号１０５のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列
からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２０９または２１０に記載の方法。
【請求項２１２】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドまたはＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質が、配列番号１０３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項２０９または２１０に記載の方法。
【請求項２１３】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドまたはＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質が、配列番号１０１のアミノ酸２５〜４６（例えば、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５または４６）のいずれか１つにおいて始まり配列番号１０１のアミノ酸１７０〜１８６（例えば、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１７８、１７９、１８０、１８１、１８２、１８３、１８４、１８５または１８６）のいずれか１つにおいて終わるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項２０９または２１０に記載の方法。
【請求項２１４】
リンカードメインが、ＴβＲＩＩドメインと免疫グロブリンＦｃドメインとの間に位置付けられる、請求項２１０または２１１に記載の方法。
【請求項２１５】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドが、グリコシル化アミノ酸、ＰＥＧ化アミノ酸、ファルネシル化アミノ酸、アセチル化アミノ酸、ビオチン化アミノ酸、および脂質部分にコンジュゲートしたアミノ酸から選択される１または複数の修飾されたアミノ酸残基を含む、請求項２０９から２１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１６】
前記ポリペプチドがグリコシル化されている、請求項２１５に記載の方法。
【請求項２１７】
前記ポリペプチドが、ＣＨＯ細胞における前記ポリペプチドの発現に特徴的なグリコシル化パターンを有する、請求項２１５に記載の方法。
【請求項２１８】
請求項２０９から２１７のいずれか一項で規定される２つのポリペプチドを含むホモダイマー。
【請求項２１９】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドが、ＴＧＦβに結合する、請求項２０９から２１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２０】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドが、ＴＧＦβ１に結合する、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２１】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドが、ＴＧＦβ３に結合する、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２２】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドが、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３に結合する、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２３】
前記ＴβＲＩＩポリペプチドが、ＴＧＦβ２に結合しない、請求項２２２に記載の方法。
【請求項２２４】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、抗体または抗体の組合せである、請求項１から２０８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２５】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数に結合する抗体または抗体の組合せである、請求項２２４に記載の方法。
【請求項２２６】
前記抗体が、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数のシグナル伝達を阻害する、請求項２２４または２２５に記載の方法。
【請求項２２７】
前記抗体または抗体の組合せが、細胞ベースのアッセイにおいて、前記１または複数のシグナル伝達を阻害する、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２２８】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数に結合する多特異性抗体または多特異性抗体の組合せである、請求項２２４に記載の方法。
【請求項２２９】
前記多特異性抗体または多特異性抗体の組合せが、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数のシグナル伝達を阻害する、請求項２２４または２２８に記載の方法。
【請求項２３０】
多特異性抗体または多特異性抗体の組合せが、細胞ベースのアッセイにおいて、前記１または複数のシグナル伝達を阻害する、請求項２２９に記載の方法。
【請求項２３１】
前記抗体が、組換え抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体またはヒト抗体である、請求項２２４から２３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３２】
前記抗体が、単鎖抗体、Ｆ（ａｂ’）２断片、単鎖ディアボディ、タンデム単鎖Ｆｖ断片、タンデム単鎖ディアボディ、または単鎖ディアボディと免疫グロブリン重鎖定常領域の少なくとも一部分とを含む融合タンパク質である、請求項２２４から２３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３３】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数の小分子インヒビターである、請求項１から２０８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３４】
前記小分子インヒビターが、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数のシグナル伝達を阻害する、請求項２３３に記載の方法。
【請求項２３５】
前記ＴβＲＩＩアンタゴニストが、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数の核酸インヒビターである、請求項１から２０９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３６】
前記核酸インヒビターが、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数のシグナル伝達を阻害する、請求項２３５に記載の方法。
【請求項２３７】
配列番号１０１のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項２３８】
配列番号１０３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項２３９】
配列番号１０１のアミノ酸２５〜４６（例えば、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５または４６）のいずれか１つにおいて始まり配列番号１０１のアミノ酸１７０〜１８６（例えば、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１７８、１７９、１８０、１８１、１８２、１８３、１８４、１８５または１８６）のいずれか１つにおいて終わるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項２４０】
グリコシル化アミノ酸、ＰＥＧ化アミノ酸、ファルネシル化アミノ酸、アセチル化アミノ酸、ビオチン化アミノ酸、脂質部分にコンジュゲートしたアミノ酸、および有機誘導体化剤にコンジュゲートしたアミノ酸から選択される１または複数の修飾されたアミノ酸残基を含む、請求項２３７から２３９のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２４１】
グリコシル化されている、請求項２４０に記載のポリペプチド。
【請求項２４２】
グリコシル化されており、ＣＨＯ細胞における発現から取得可能なグリコシル化パターンを有する、請求項２４１に記載のポリペプチド。
【請求項２４３】
ＴＧＦβ１に結合する、請求項２３７から２４２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２４４】
ＴＧＦβ３に結合する、請求項２３７から２４２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２４５】
ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３に結合する、請求項２３７から２４２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２４６】
ＴＧＦβ２に結合しない、またはＴＧＦβ２に実質的に結合しない、請求項２４５に記載のポリペプチド。
【請求項２４７】
単離された、請求項２３７から２４６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２４８】
組換えである、請求項２３７から２４７のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項２４９】
請求項２３７から２４７のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む医薬調製物。
【請求項２５０】
さらなる活性薬剤を含む、請求項２４９に記載の医薬調製物。
【請求項２５１】
さらなる活性薬剤および／または支持療法と組み合わせて投与される、請求項２４９に記載の医薬調製物。
【請求項２５２】
前記さらなる活性薬剤がルキソリチニブである、請求項２５０または２５１に記載の医薬調製物。
【請求項２５３】
請求項２３７から２４８のいずれか一項に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項２５４】
配列番号１０２の相補体にハイブリダイズする、請求項２５３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５５】
配列番号１０２の核酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である核酸配列を含む、請求項２５３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５６】
単離されたポリヌクレオチドである、請求項２５３から２５５のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５７】
組換えである、請求項２５３から２５６のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５８】
請求項２５３から２５７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む細胞。
【請求項２５９】
哺乳動物細胞である、請求項２５８に記載の細胞。
【請求項２６０】
ＣＨＯ細胞である、請求項２５９に記載の細胞。
【請求項２６１】
ＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質を作製するための方法であって、前記ＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質の発現に適切な条件下で細胞を培養するステップを含み、前記細胞が、請求項２５３から２５７のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む、方法。
【請求項２６２】
前記ＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質を回収するさらなるステップを含む、請求項２６１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、２０１５年８月４日に出願された米国仮出願第６２／２０１，０５８号おとび２０１５年１２月４日に出願された米国仮出願第６２／２６１，６０３号に由来する優先権の利益を主張する、前記出願のぞれぞれの明細書は、その全体が本明細書に参照により組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
骨髄増殖性障害（ＭＰＤ）または新生物（ＭＰＮ）は、血球（血小板、白血球および赤血球）の一部または全てにおける慢性的な増加を一般に特徴とする一群の状態である［Ｔａｌａｒｉｃｏら（１９９８年）Ｐａｔｉｅｎｔ  Ｃａｒｅ  ３０巻：３７〜５７頁；Ｙａｖｏｒｋｏｖｓｋｙら（２００１年）Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  １９巻：３７９０〜３７９２頁；およびＣａｍｐｂｅｌｌら（２００６年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３５５巻：２４５２〜２４６６頁］。この群の血液障害には、真性赤血球増加症（ＰＶ）、本態性血小板血症（ＥＴ）、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）が含まれる。ＰＶは、３つ全ての型の血球の増加した産生を特徴とするが、ＥＴは、血小板の上昇として現れる。骨髄線維症（ＭＦ）は、赤血球、白血球および／または血小板の異常な産生の結果として、骨髄において線維性（瘢痕様）組織が発達する疾患である。ＣＭＬは、骨髄における優勢に骨髄系の細胞の増加した調節されない成長、および末梢血におけるこれらの細胞の蓄積を特徴とする。
【０００３】
ＭＰＤは、造血幹細胞における形質転換から生じると一般に考えられている。実際、ＣＭＬは、フィラデルフィア転座（Ｐｈ）から最も一般的に生じる、その原因分子病変であるＢＣＲ−ＡＢＬ融合遺伝子によって現在規定されている。したがって、ＣＭＬは、ＢＣＲ−ＡＢＬ陽性（＋）骨髄増殖性障害として特徴付けられる。この規定された分子的欠陥の発見は、ＣＭＬを処置するための薬物メシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ；Ｎｏｖａｒｔｉｓ、Ｂａｓｅｌ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）の開発をもたらしている［Ｄｒｕｋｅｒら（２００１年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３４４巻：１０３１〜１０３７頁］。
【０００４】
他の３種の骨髄増殖性新生物（ＰＶ、ＥＴおよびＭＦ）は、ＢＣＲ−ＡＢＬ陰性骨髄増殖性障害として特徴付けられる。最近、いくつかのグループが、ＰＶを有する患者のおよそ９０％、ＥＴを有する患者のおよそ５０％、およびＭＦを有する患者のおよそ５０〜６０％において、チロシンキナーゼＪＡＫ２の機能獲得型変異（ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ）を、主要な分子的欠陥として同定した［Ｂａｘｔｅｒら（２００５年）Ｌａｎｃｅｔ  ３６５巻：１０５４〜１０６１頁；Ｊａｍｅｓら（２００５年）Ｎａｔｕｒｅ  ４３４巻：１１４４〜１１４８頁；Ｋｒａｌｏｖｉｃｓ（２００５年）Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．３５２巻：１７７０〜１７９０頁］。興味深いことに、最近の研究により、入院患者から収集された血液試料のほぼ１％が、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異について試験陽性であることが実証された［Ｘｕら（２００７年）Ｂｌｏｏｄ  １０９巻：３３９〜３４２頁］。これらのＪＡＫＶ６１７Ｆ陽性患者のほとんどは、ＭＰＤの診断基準を満たしていないが、ＪＡＫＶ６１７Ｆ陰性患者よりも高い比率で、血栓症、冠動脈性心疾患、動脈硬化症、脳虚血および脳梗塞を含む血管性疾患を発病した。これらのデータは、ＭＰＤおよびＭＰＤ前状態が、元々見込まれたものよりも著明な公衆衛生上の問題を提示し得ることを示唆し、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆならびに他のヤヌスキナーゼ変異の病理的重要性をさらに強調している。
同種間造血幹細胞移植は、ＢＣＲ−ＡＢＬ陰性ＭＰＤのための唯一の公知の治療方法である［Ｇｕｐｔａら（２０１２年）Ｂｌｏｏｄ  １２０巻：１３６７〜１３７９頁］。しかし、幹細胞処置関連の死亡率は高く、ごく一部の患者だけが移植に適格である。ＪＡＫインヒビターの開発および使用は、顕著な治療上の進歩を示すが、ＢＣＲ−ＡＢＬ陰性ＭＰＤの処置におけるそれらの使用には、明らかな制約が存在する。特に、ＪＡＫインヒビターは、骨髄線維症患者において脾腫を低減させるのに有用なようである；しかし、この疾患に対するそれらの効果は、他の点では概して対症的である［Ｇｕｐｔａら（２０１２年）Ｂｌｏｏｄ  １２０巻：１３６７〜１３７９頁］。特に、ＪＡＫインヒビターは、例えば、血球減少症、輸血依存、加速したまたは急性転化期の疾患、および線維症を含む疾患の多くの顕在化（合併症）に対して、ほとんど〜全く効果を有さない。さらに、ＪＡＫインヒビターは、一部の患者において、血小板減少症、貧血および好中球減少症を促進する、または悪化させることが示されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ｔａｌａｒｉｃｏら（１９９８年）Ｐａｔｉｅｎｔ  Ｃａｒｅ  ３０巻：３７〜５７頁
【非特許文献２】Ｙａｖｏｒｋｏｖｓｋｙら（２００１年）Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  １９巻：３７９０〜３７９２頁；およびＣａｍｐｂｅｌｌら（２００６年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３５５巻：２４５２〜２４６６頁
【非特許文献３】Ｄｒｕｋｅｒら（２００１年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３４４巻：１０３１〜１０３７頁
【非特許文献４】Ｂａｘｔｅｒら（２００５年）Ｌａｎｃｅｔ  ３６５巻：１０５４〜１０６１頁
【非特許文献５】Ｊａｍｅｓら（２００５年）Ｎａｔｕｒｅ  ４３４巻：１１４４〜１１４８頁；Ｋｒａｌｏｖｉｃｓ（２００５年）Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．３５２巻：１７７０〜１７９０頁
【非特許文献６】Ｘｕら（２００７年）Ｂｌｏｏｄ  １０９巻：３３９〜３４２頁
【非特許文献７】Ｇｕｐｔａら（２０１２年）Ｂｌｏｏｄ  １２０巻：１３６７〜１３７９頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
したがって、ＭＰＤおよびヤヌスキナーゼ関連障害を処置する有効な治療の高い必要性が満たされていない。したがって、ＭＰＤもしくはヤヌスキナーゼ関連障害またはＭＰＤもしくはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法を提供することが、本開示の目的である。
【０００７】
一部において、本開示は、ＴＧＦβ  ＩＩ型受容体（ＴβＲＩＩ）アンタゴニスト（インヒビター）が、骨髄線維症を処置するために、特に、例えば、線維症、脾腫および炎症性合併症を含む疾患の種々の合併症を寛解するために使用され得るという発見に関する。特に、本明細書で提示されるデータは、ＴβＲＩＩポリペプチドが、骨髄線維症のＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆモデルにおいて線維症、脾腫および炎症を減少させることを示している。これらのデータは、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板減少症後骨髄線維症）ならびに、例えば、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症を含む他の骨髄増殖性障害を処置するために使用され得ることを示唆している。さらに、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆモデルからのデータは、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、ヤヌスキナーゼ関連障害、特に、上昇したまたは構成的なヤヌスキナーゼ活性（例えば、上昇したまたは構成的なＪＡＫ２活性）と関連する障害を処置するために使用され得ることを示唆している。したがって、ある特定の態様では、本開示は、有効量の１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストを、骨髄増殖性障害またはヤヌスキナーゼ関連障害を処置するための１または複数の他の支持療法または活性薬剤と任意選択で組み合わせて、それを必要とする患者に投与することによって、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）またはヤヌスキナーゼ関連障害あるいは骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症（例えば、線維症、脾腫および炎症）またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための、組成物および方法に関する。ＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴβＲＩＩアンタゴニズム以外の機構を介して、骨髄増殖性障害およびヤヌスキナーゼ関連障害に影響を与え得るが［例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３のうち１または複数の阻害は、おそらくはＴＧＦ−ベータスーパーファミリーの他のメンバーを含め、さらなる薬剤のスペクトルの活性をある薬剤が阻害する傾向の指標であり得、かかる集合的阻害は、例えば、骨髄増殖性障害およびヤヌスキナーゼ関連障害に対する所望の効果をもたらし得る］、本開示は、それでもなお、望ましい治療剤が、ＴβＲＩＩアンタゴニズムに基づいて選択され得ることを実証している。したがって、特定の作用機構に束縛されることは望まないが、他のＴβＲＩＩアンタゴニスト［例えば、ＴβＲＩＩ受容体のアンタゴニスト、１もしくは複数のＴβＲＩＩ結合性リガンド（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）のアンタゴニスト、１もしくは複数のＴβＲＩＩ関連Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）のアンタゴニスト、１もしくは複数のＴβＲＩＩ関連共受容体（ベータグリカン）のアンタゴニスト、１もしくは複数のＴβＲＩＩ下流シグナル伝達成分（例えば、Ｓｍａｄ）のアンタゴニスト、またはかかるアンタゴニストの組合せ］が、骨髄増殖性障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の処置において、特に、１または複数の骨髄増殖性障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の合併症を処置する、予���する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる際に、有用であると予測される。かかる薬剤は、本明細書で「ＴβＲＩＩアンタゴニスト」または「ＴβＲＩＩインヒビター」と集合的に称される。
【０００８】
したがって、ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、無効造血、髄外造血（例えば、脾臓髄外造血、肝髄外造血、肺髄外造血およびリンパ髄外造血）、炎症性合併症、汎血球減少症、線維症（例えば、骨髄線維症、脾臓線維症および肝線維症）、脾腫、肝腫、血小板減少症、貧血、変形赤血球症、進行性肝脾腫、疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、骨痛、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、感覚異常（ｐａｒａｓｔｈｅｓｉａｓ）、悪液質、脾梗塞、失血、炎症、好中球減少症、上昇したサイトカインレベル、凝固障害、ＩＬ−６媒介性の炎症または炎症性合併症、骨硬化症、および骨骨髄線維症からなる群から選択される、ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害は、１または複数の機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害は、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼにおける１または複数の機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害は、ＪＡＫ２における１または複数の機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害は、１または複数のヤヌスキナー��の上昇したキナーゼ活性（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、上昇したキナーゼ活性）と関連する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害は、１または複数のヤヌスキナーゼの構成的キナーゼ活性と関連する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害は、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２またはＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼの上昇したまたは構成的なキナーゼ活性と関連する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害は、ＪＡＫ２の上昇したまたは構成的なキナーゼ活性と関連する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害は、ＪＡＫ２関連障害である。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ関連障害である。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が骨髄線維症を有する方法に関する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、原発性骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、真性赤血球増加症後骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、本態性血小板血症後骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、本開示は、骨髄線維症を有する患者において、無効造血、髄外造血（例えば、脾臓髄外造血、肝髄外造血、肺髄外造血およびリンパ髄外造血）、炎症性合併症、汎血球減少症、線維症（例えば、骨髄線維症、脾臓線維症および肝線維症）、脾腫、肝腫、血小板減少症、貧血、変形赤血球症、進行性肝脾腫、疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、骨痛、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、感覚異常、悪液質、脾梗塞、失血、炎症、好中球減少症、上昇したサイトカインレベル、凝固障害、ＩＬ−６媒介性の炎症または炎症性合併症、骨硬化症、骨骨髄線維症、および失血からなる群から選択される、ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、国際予後スコアリングシステム（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  Ｓｃｏｒｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ）（ＩＰＳＳ）に従って、低リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＩＰＳＳに従って、中間−１リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＩＰＳＳに従って、中間−２リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＩＰＳＳに従って、高リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ダイナミックＩＰＳＳ（ｄｙｎａｍｉｃ  ＩＰＳＳ）（ＤＩＰＳＳ）に従って、低リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＤＩＰＳＳに従って、中間−１リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＤＩＰＳＳに従って、中間−２リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＤＩＰＳＳに従って、高リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＤＩＰＳＳ−プラス（ＤＩＰＳＳ−ｐｌｕｓ）に従って、低リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＤＩＰＳＳ−プラスに従って、中間−１リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＤＩＰＳＳ−プラスに従って、中間−２リスクの骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ＤＩＰＳＳ−プラスに従って、高リスクの骨髄線維症を有する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が真性赤血球増加症を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、真性赤血球増加症を有する患者において、疲労、掻痒症、寝汗、骨痛、発熱、および体重減少、脾腫、肝腫、腹痛、早期満腹、悪心、腹部臓器圧迫、門脈圧亢進症、血管性事象、血栓塞栓性事象、出血、血栓症、大血管性合併症、頭痛、眩暈、視力障害、遠位感覚異常、肢端チアノーゼ、肢端紅痛症、赤血球細胞の過剰な増殖、骨髄系細胞の過剰な増殖、巨核球細胞の過剰な増殖、高い赤血球レベル、高い白血球レベル、高い血小板レベル、上昇した炎症性サイトカイン、炎症性合併症、およびＩＬ−６媒介性炎症性合併症からなる群から選択される、ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、低リスクの真性赤血球増加症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、低リスクの真性赤血球増加症を有し、血栓症の病歴を有さない。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、低リスクの真性赤血球増加症を有し、血栓症の病歴を有する、または血栓症の病歴を以前に有した。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの真性赤血球増加症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの真性赤血球増加症を有し、血栓症の病歴を有さない。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの真性赤血球増加症を有し、血栓症の病歴を有する、または血栓症の病歴を以前に有した。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの真性赤血球増加症を有し、ヒドロキシウレアによる処置に対して抵抗性である。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの真性赤血球増加症を有し、ヒドロキシウレアによる処置に対して不耐性である。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が本態性血小板血症を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、本態性血小板血症を有する患者において、血小板増加症、低い白血球数、低いヘモグロビンレベル、低い乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）レベル、疲労、寝汗、悪心、しびれ、視覚障害、体重減少、微小血管性合併症、頭痛、胸痛、眩暈、肢端紅痛症、脾腫、肝腫、炎症性合併症、ＩＬ−６炎症性合併症、上昇した炎症性サイトカインレベル、上昇したＩＬ−６レベル、および出血からなる群から選択される、ヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、低リスクの本態性血小板血症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、低リスクの本態性血小板血症を有し、血栓症の病歴を有さない。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、低リスクの本態性血小板血症を有し、血栓症の病歴を有する、または血栓症の病歴を以前に有した。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの本態性血小板血症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの本態性血小板血症を有し、血栓症の病歴を有さない。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの本態性血小板血症を有し、血栓症の病歴を有する、または血栓症の病歴を以前に有した。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの本態性血小板血症を有し、ヒドロキシウレアによる処置に対して抵抗性である。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、高リスクの本態性血小板血症を有し、ヒドロキシウレアによる処置に対して不耐性である。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が線維症を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤ
ヌスキナーゼ関連障害患者において、線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、線維症が、脾臓、肝臓、肺、リンパ節および骨髄からなる群から選択される１または複数の臓器／組織にある方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、脾臓線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード０の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード１の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード２の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード３の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード４の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、本開示の方法は、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者において、骨髄線維症を、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って少なくとも１グレード低減させること（例えば、４から３、４から２、４から１、４から０、３から２、３から１、３から０、２から１、２から０、または１から０の骨髄線維症へのグレードの低減）に関する。一部の実施形態では、本開示の方法は、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者において、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従う骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる（例えば、０から１、０から２、０から３、０から４、１から２、１から３、１から４、２から３、２から４、または３から４への骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる）ことに関する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、欧州コンセンサススコアリングシステム（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ  ｓｃｏｒｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ）に従って、グレード１の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、欧州コンセンサススコアリングシステムに従って、グレード２の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、欧州コンセンサススコアリングシステムに従って、グレード３の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、本開示の方法は、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者において、骨髄線維症を、欧州コンセンサススコアリングシステムに従って少なくとも１グレード低減させること（例えば、３から２、３から１、３から０、２から１、２から０、または１から０の骨髄線維症へのグレードの低減）に関する。一部の実施形態では、本開示の方法は、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者において、欧州コンセンサススコアリングシステムに従う骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる（例えば、０から１、０から２、０から３、１から２、１から３、２から３への骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる）ことに関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、線維症を予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、線維症の発症前に投与される方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、線維症の発症後に投与される方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、臓器／組織腫大（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、増加した臓器／組織のサイズおよび／または重量）を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、臓器／組織腫大を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、臓器／組織腫大を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、１または複数の臓器／組織が、脾臓、肝臓、肺（複数可）およびリンパ節からなる群から選択される方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、脾臓腫大を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、肝臓腫大を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、臓器／組織炎症（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、増加した臓器／組織炎症）を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、臓器／組織炎症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、臓器／組織炎症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、１または複数の臓器／組織が、脾臓、肝臓、肺（複数可）およびリンパ節からなる群から選択される方法に関する。一部の実施形態��は、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、脾臓炎症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、肝臓炎症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が脾腫を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、脾腫を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が肝腫を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、肝腫を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が髄外造血を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、髄外造血を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、髄外造血を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、１または複数の臓器／組織が、脾臓、肝臓、リンパ節および肺（複数可）からなる群から選択される方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、上昇した炎症性サイトカインレベル（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、上昇した炎症性サイトカインレベル）を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、１または複数の臓器／組織における炎症性サイトカインレベル（例えば、血清サイトカインレベル）を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、１または複数の臓器／組織におけるＩＬ−６レベルを低減させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、低い赤血球レベル（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、低い赤血��レベル）を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において赤血球レベルを増加させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、低いヘモグロビンレベル（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、低いヘモグロビンレベル）を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者においてヘモグロビンレベルを増加させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が貧血を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、貧血を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前に、患者に１または複数回の血球輸血が投与されている方法に関する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、血球輸血依存的である。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者において、血球輸血の負担を減少させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者において、血球輸血の負担を減少させるための方法であって、ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前の等しい時間と比較して、４〜８週間にわたって、血球輸血を約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％超または１００％減少させる方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者において、血球輸血の負担を減少させるための方法であって、ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前の等しい時間と比較して、４〜８週間にわたって、血球輸血を約５０％超減少させる方法に関する。ある特定の態様では、ヤヌスキナーゼ
関連障害を有する患者は、鉄過剰症を有する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、鉄過剰症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、脾臓（脾）鉄過剰症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害において、肝臓（肝）鉄過剰症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害において、心臓（心）鉄過剰症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において対立遺伝子負荷を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、１または複数のヤヌスキナーゼ対立遺伝子の対立遺伝子負荷を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼ対立遺伝子の対立遺伝子負荷を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、１または複数のＪＡＫ２対立遺伝子の対立遺伝子負荷を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、１または複数のヤヌスキナーゼの上昇した（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、上昇したヤヌスキナーゼ活性）または構成的な活性化を生じる１または複数の変異と関連する１または複数のヤヌスキナーゼ対立遺伝子の対立遺伝子負荷を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害患者において、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆの対立遺伝子負荷を低減させるための方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ヤヌスキナーゼインヒビターで処置されたことがある方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ヤヌスキナーゼインヒビター（例えば、ルキソリチニブ）による処置に対して不耐性である方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ヤヌスキナーゼインヒビター（例えば、ルキソリチニブ）による処置に対して抵抗性である方法に関する。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、少なくともＪＡＫ２を阻害するヤヌスキナーゼインヒビターで処置されたことがある。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ルキソリチニブ、フェドラチニブ（ｆｅｄｒａｔｉｎｉｂ）（ＳＡＲ３０２５０３）、モメロチニブ（ｍｏｎｏｅｌｏｔｉｎｉｂ）（ＣＹＴ３８７）、パクリチニブ、レスタウルチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、ＳＥＰ−７０１、ＸＬ０１９およびＡＴ−９２８３からなる群から選択されるヤヌスキナーゼインヒビターで処置されたことがある。一部の実施形態では、ヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者は、ルキソリチニブで処置されたことがある。ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ヒドロキシウレアで処置されたことがある方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ヒドロキシウレアによる処置に対して不耐性である方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ヒドロキシウレアによる処置に対して抵抗性である方法に関する。
【０００９】
したがって、ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害の１または複数の合併症を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害の１または複数の合併症を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害の１または複数の合併症の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害の１または複数の合併症の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症または本態性血小板減少症後骨髄線維症）を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症または本態性血小板減少症後骨髄線維症）を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症または本態性血小板減少症後骨髄線維症）の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症または本態性血小板減少症後骨髄線維症）の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症または本態性血小板減少症後骨髄線維症）の１または複数の合併症を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症または本態性血小板減少症後骨髄線維症）の１または複数の合併症を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症または本態性血小板減少症後骨髄線維症）の１または複数の合併症の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症または本態性血小板減少症後骨髄線維症）の１または複数の合併症の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症の１または複数の合併症を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症の１または複数の合併症を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症の１または複数の合併症の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症の１または複数の合併症の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板血症を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板血症を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患��に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板血症の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板血症の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板血症の１または複数の合併症を処置するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板血症の１または複数の合併症を予防するための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板血症の１または複数の合併症の進行速度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板血症の１または複数の合併症の重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、国際予後スコアリングシステム（ＩＰＳＳ）に従って、低リスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＩＰＳＳに従って、中間−１リスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＩＰＳＳに従って、中間−２リスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＩＰＳＳに従って、高リスクの骨髄線維症のリスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ダイナミックＩＰＳＳ（ＤＩＰＳＳ）に従って、低リスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＤＩＰＳＳに従って、中間−１リスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は��骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＤＩＰＳＳに従って、中間−２リスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＤＩＰＳＳに従って、高リスクの骨髄線維症のリスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＤＩＰＳＳ−プラスに従って、低リスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＤＩＰＳＳ−プラスに従って、中間−１リスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＤＩＰＳＳ−プラスに従って、中間−２リスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、ＤＩＰＳＳ−プラスに従って、高リスクの骨髄線維症のリスクの骨髄線維症を有する方法に関する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄線維症についての認識されたリスク層別化モデル（例えば、ＩＰＳＳ、ＤＩＰＰＳおよびＤＩＰＰＳ−プラス）のいずれかに従って、骨髄線維症のリスクの進行を予防する、または遅延させるために使用され得る。例えば、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＩＰＳＳ、ＤＩＰＰＳまたはＤＩＰＰＳ−プラスに従って、低リスクから中間−１リスクへの骨髄線維症のリスクの進行を予防する、または遅延させるために使用され得る。他の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＩＰＳＳ、ＤＩＰＰＳまたはＤＩＰＰＳ−
プラスに従って、中間−１リスクから中間−２リスクへの骨髄線維症のリスクの進行を予防する、または遅延させるために使用され得る。なお他の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＩＰＳＳ、ＤＩＰＰＳまたはＤＩＰＰＳ−プラスに従って、中間−２リスクから高リスクへの骨髄線維症のリスクの進行を予防する、または遅延させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄線維症についての認識されたリスク層別化モデル（例えば、ＩＰＳＳ、ＤＩＰＰＳおよびＤＩＰＰＳ−プラス）のいずれかに従って、骨髄線維症のリスクの後退を促進する、または増加させるために使用され得る。例えば、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＩＰＳＳ、ＤＩＰＰＳまたはＤＩＰＰＳ−プラスに従って、高リスクから中間−２リスクへの骨髄線維症のリスクの後退を促進する、または増加させるために使用され得る。他の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＩＰＳＳ、ＤＩＰＰＳまたはＤＩＰＰＳ−プラスに従って、中間−２リスクから中間−１リスクへの骨髄線維症のリスクの後退を促進する、または増加させるために使用され得る。なお他の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＩＰＳＳ、ＤＩＰＰＳまたはＤＩＰＰＳ−プラスに従って、中間−１リスクから低リスクへの骨髄線維症のリスクの後退を促進する、または増加させるために使用され得る。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症または真性赤血球増加症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、低リスクの真性赤血球増加症を有する方法に関する。一部の実施形態では、患者は、低リスクの真性赤血球増加症を有し、血栓症の病歴を有さない。一部の実施形態では、患者は、低リスクの真性赤血球増加症を有し、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症または真性赤血球増加症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、高リスクの真性赤血球増加症を有する方法に関する。一部の実施形態では、患者は、高リスクの真性赤血球増加症を有し、血栓症の病歴を有さない。一部の実施形態では、患者は、高リスクの真性赤血球増加症を有し、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した。一部の実施形態では、患者は、高リスクの真性赤血球増加症を有し、ヒドロキシウレアによる処置に対して抵抗性または不耐性である。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板減少症または本態性血小板減少症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、低リスクの本態性血小板減少症を有する方法に関する。一部の実施形態では、患者は、低リスクの本態性血小板減少症を有し、血栓症の病歴を有さない。一部の実施形態では、患者は、低リスクの本態性血小板減少症を有し、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した。ある特定の態様では、本開示は、本態性血小板減少症または本態性血小板減少症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する��またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が、高リスクの本態性血小板減少症を有する方法に関する。一部の実施形態では、患者は、高リスクの本態性血小板減少症を有し、血栓症の病歴を有さない。一部の実施形態では、患者は、高リスクの本態性血小板減少症を有し、血栓症を有する、または血栓症を以前に有した。一部の実施形態では、患者は、高リスクの本態性血小板減少症を有し、ヒドロキシウレアによる処置に対して抵抗性または不耐性である。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板血症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＴβＲＩＩアンタゴニストを使用する方法であって、患者が、骨髄増殖性障害と関連する１または複数の遺伝子変異または他の分子マーカーを含む方法に関する。例えば、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、骨髄増殖性障害は、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＥＺＨ２、ＳＲＳＦ２、ＡＳＸＬ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＴＹＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＴＥＴ２、ＴＨＰＯおよびＬＮＫからなる群から選択される１または複数の遺伝子における１または複数の変異と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、ヤヌスキナーゼ（ＪＡＫ）（例えば、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２および／またはＪＡＫ３）における１または複数の遺伝子変異と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、１または複数のＪＡＫ２変異と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、１または複数の機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼにおける１または複数の機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、ＪＡＫ２における１または複数の機能獲得型ヤヌスキナーゼ変異と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、１または複数のヤヌスキナーゼの上昇したキナーゼ活性（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、上昇したキナーゼ活性）と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、１または複数のヤヌスキナーゼの構成的キナーゼ活性と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２またはＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼの上昇したまたは構成的なキナーゼ活性と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、ＪＡＫ２の上昇したまたは構成的なキナーゼ活性と関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、ＪＡＫ２関連障害である。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、ＪＡＫ２  ４６／１ハプロタイプについてのヌル欠損、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ、ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１−、ＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１＋、ＣＡＬＲ＋ＡＳＫＬ１＋、およびＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１−からなる群から選択される１また��複数の遺伝子マーカーと関連する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異と関連する。一部の実施形態では、方法は、患者において、骨髄増殖性疾患関連の対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、方法は、１または複数のＪＡＫ２変異の対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、方法は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆの対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、方法は、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＥＺＨ２、ＳＲＳＦ２、ＡＳＸＬ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＴＹＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＴＥＴ２、ＴＨＰＯおよびＬＮＫからなる群から選択される１または複数の遺伝子における１または複数の変異の対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、方法は、ＪＡＫ２  ４６／１ハプロタイプについてのヌル欠損、ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１−、ＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１＋、ＣＡＬＲ＋ＡＳＫＬ１＋、およびＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１−からなる群から選択される１または複数の遺伝子マーカーの対立遺伝子負荷を低減させる。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板血症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＴβＲＩＩアンタゴニストを使用する方法であって、骨髄線維症が、増加した血清ＩＬ−８レベル、増加した血清ＩＬ−２Ｒレベルおよび増加した血清遊離軽鎖レベルからなる群から選択される１または複数の上昇した血清マーカーと関連する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板血症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＴβＲＩＩアンタゴニストを使用する方法であって、患者が、ヤヌスキナーゼインヒビターで処置されたことがある方法に関する。一部の実施形態では、患者は、ＪＡＫ２インヒビターで処置されたことがある。一部の実施形態では、患者は、ルキソリチニブ、フェドラチニブ（ＳＡＲ３０２５０３）、モメロチニブ（ＣＹＴ３８７）、パクリチニブ、レスタウルチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、ＳＥＰ−７０１、ＸＬ０１９およびＡＴ−９２８３からなる群から選択されるヤヌスキナーゼインヒビターで処置されたことがある。一部の実施形態では、患者は、ルキソリチニブで処置されたことがある。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、患者は、ヤヌスキナーゼインヒビターに対して不耐性である。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、患者は、ヤヌスキナーゼインヒビターに対する不適当な応答を有する。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（���えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板血症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＴβＲＩＩアンタゴニストを使用する方法であって、患者が、ヒドロキシウレアで処置されたことがある方法に関する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、患者は、ヒドロキシウレアに対して不耐性である。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、患者は、ヒドロキシウレアに対する不適当な応答を有する。
【００１０】
本明細書で記載する場合、骨髄増殖性障害は、患者における疾患進行の間に現れ得る種々の臨床的合併症と関連する造血のクローン性新生物性疾患である。本開示の例は、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、いくつかのこれらの臨床的合併症を軽減するために使用され得ることを実証しており、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、疾患の合併症のうち１つまたは限定数の合併症を処置するだけの現行の骨髄増殖性障害治療の多くとは対照的に、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）の種々の合併症をより広く処置するために使用され得ることを示している。したがって、ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、１または複数の体質的症状（例えば、疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、感覚異常、悪心、腹部臓器圧迫、頭痛および悪液質）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、骨痛を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、視覚障害を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる方法であって、患者が線維症を有する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、骨髄増殖性障害患者において、線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、骨髄増殖性障害患者において、線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、線維症が、脾臓、肝臓、肺、リンパ節および骨髄からなる群から選択される１または複数の臓器／組織にある方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、骨髄増殖性障害患者において、脾臓線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、骨髄増殖性障害患者において、骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード０の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード１の骨��線維症を有する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード２の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード３の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害を有する患者は、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って、グレード４の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、本開示の方法は、骨髄増殖性障害を有する患者において、骨髄線維症を、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従って少なくとも１グレード低減させること（例えば、４から３、４から２、４から１、４から０、３から２、３から１、３から０、２から１、２から０、または１から０の骨髄線維症へのグレードの低減）に関する。一部の実施形態では、本開示の方法は、骨髄増殖性障害を有する患者において、Ｂａｕｅｒｍｅｉｓｔｅｒスコアリングシステムに従う骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる（例えば、０から１、０から２、０から３、０から４、１から２、１から３、１から４、２から３、２から４、または３から４への骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる）ことに関する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害を有する患者は、欧州コンセンサススコアリングシステムに従って、グレード１の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害を有する患者は、欧州コンセンサススコアリングシステムに従って、グレード２の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、骨髄増殖性障害を有する患者は、欧州コンセンサススコアリングシステムに従って、グレード３の骨髄線維症を有する。一部の実施形態では、本開示の方法は、骨髄増殖性障害を有する患者において、骨髄線維症を、欧州コンセンサススコアリングシステムに従って少なくとも１グレード低減させること（例えば、３から２、３から１、３から０、２から１、２から０、または１から０の骨髄線維症へのグレードの低減）に関する。一部の実施形態では、本開示の方法は、骨髄増殖性障害を有する患者において、欧州コンセンサススコアリングシステムに従う骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる（例えば、０から１、０から２、０から３、１から２、１から３、２から３への骨髄線維症のグレードの進行を予防する、または遅延させる）ことに関する。一部の実施形態では、本開示は、骨髄増殖性において、線維症を予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、線維症の発症前に投与される方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、骨髄増殖性障害患者において、線維症を処置する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、線維症の発症後に投与される方法に関する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、臓器／組織（例えば、脾臓、肝臓、リンパ節および肺）の炎症（例えば、例��ば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、増加した炎症）および／または腫大（例えば、例えば同じ年齢および性別の健常な被験体と比較して、増加した臓器／組織のサイズおよび／または重量）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、脾腫を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、肝腫を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、脾梗塞を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、１または複数の炎症性合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、炎症性サイトカインレベルを低減させるために使用され得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、ＩＬ６レベルを低減させるために使用され得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、１または複数のＩＬ６関連合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、髄外造血（例えば、脾臓髄外造血、肝髄外造血、肺髄外造血およびリンパ髄外造血）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、血管性合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、血栓症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者において、出血を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、無効赤血球生成を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、無効赤血球生成を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、汎血球減少症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、汎血球減少症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、血小板減少症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、貧血を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、変形赤血球症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、好中球減少症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害
（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、骨硬化症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、骨骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、真性赤血球増加症）を有する患者において、１または複数種の血球（例えば、赤血球細胞、骨髄系細胞および巨核球細胞）の過剰な増殖を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、真性赤血球増加症）を有する患者において、赤血球のレベルを低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、真性赤血球増加症）を有する患者において、白血球のレベルを低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、真性赤血球増加症および本態性血小板血症）を有する患者において、血小板のレベルを低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、本開示は、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを投与することによって、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において赤血球レベルを増加させることに関する。ある特定の態様では、開示は、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを投与することによって、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者においてヘモグロビンレベルを増加させることに関する。ある特定の態様では、本明細書に記載される方法に従って処置される骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者は、貧血を有する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、貧血を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得る。ある特定の態様では、本開示は、１または複数回の血球輸血（全血または赤血球輸血）が投与された患者において、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）または骨髄増殖性障害の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＴβＲＩＩアンタゴニストを使用する方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、血球輸血依存的である患者において、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）または骨髄増殖性障害の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＴβＲＩＩアンタゴニストを使用する方法に関する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、血球輸血の負担を減少させる（低減させる）ために使用され得る。例えば、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前の等しい時間と比較して、４〜８週間にわたって、血球輸���を約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％超または１００％減少させるために使用され得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置の開始前の等しい時間と比較して、４〜８週間にわたって、血球輸血を約５０％超減少させるために使用され得る。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、鉄過剰症を減少させるために使用され得る。例えば、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者において、臓器および／または組織における鉄過剰症を減少させるために使用され得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者の脾臓における鉄過剰症を減少させるために使用され得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者の肝臓における鉄過剰症を減少させるために使用され得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症）を有する患者の心臓における鉄過剰症を減少させるために使用され得る。
【００１１】
一部において、本開示は、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害を処置する、予防する、またはその重症度もしくは進行速度を低減させる方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。一部の実施形態では、患者は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異関連障害を有する。ある特定の態様では、本開示は、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法に関する。例えば、一部の実施形態では、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１または複数の合併症は、無効造血、髄外造血（例えば、脾臓髄外造血、肝髄外造血、肺髄外造血およびリンパ髄外造血）、炎症性合併症、汎血球減少症、線維症（例えば、骨髄線維症、脾臓線維症および肝線維症）、脾腫、肝腫、血小板減少症、貧血、変形赤血球症、進行性肝脾腫、疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、骨痛、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、感覚異常、悪液質、脾梗塞、失血、炎症、好中球減少症、上昇したサイトカインレベル、凝固障害、ＩＬ−６媒介性の炎症または炎症性合併症、骨硬化症、および骨骨髄線維症からなる群から選択される。ある特定の態様では、本開示は、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害またはＪＡＫ２キナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２機能獲得型関連障害）の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＴβＲＩＩアンタゴニストを使用する方法であって、患者が、骨髄増殖性障害と関連する１または複数のさらなる遺伝子変異または他の分子マーカーをさらに含む方法に関する。例えば、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害またはＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、骨髄増殖性障害は、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＥＺＨ２、ＳＲＳＦ２、ＡＳＸＬ１、ＴＹＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＴＥＴ２、ＴＨＰＯおよびＬＮＫからなる群から選択される１または複数の遺伝子における１または複数の変異とさらに関連する。一部の実施形態では、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害は、ＪＡＫ２  ４６／１ハプロタイプについてのヌル欠損、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ、ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１−、ＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１＋、ＣＡＬＲ＋ＡＳＫＬ１＋、およびＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１−からなる群から選択される１または複数の遺伝子マーカーとさらに関連する。一部の実施形態では、方法は、患者において、ＪＡＫ２関連障害の対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、方法は、１または複数のＪＡＫ２変異の対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、方法は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆの対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、方法は、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＥＺＨ２、ＳＲＳＦ２、ＡＳＸＬ１、ＪＡＫ１、ＪＡＫ３、ＴＹＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＴＥＴ２、ＴＨＰＯおよびＬＮＫからなる群から選択される１または複数の遺伝子における１または複数の変��の対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、方法は、ＪＡＫ２  ４６／１ハプロタイプについてのヌル欠損、ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１−、ＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１＋、ＣＡＬＲ＋ＡＳＫＬ１＋、およびＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１−からなる群から選択される１または複数の遺伝子マーカーの対立遺伝子負荷を低減させる。ある特定の態様では、本開示は、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害またはＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＴβＲＩＩアンタゴニストを使用する方法であって、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害が、増加した血清ＩＬ−８レベル、増加した血清ＩＬ−２Ｒレベルおよび増加した血清遊離軽鎖レベルからなる群から選択される１または複数の上昇した血清マーカーとさらに関連する方法に関する。ある特定の態様では、本開示は、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害またはＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＴβＲＩＩアンタゴニストを使用する方法であって、患者が、ヤヌスキナーゼインヒビターで処置されたことがある方法に関する。一部の実施形態では、患者は、ＪＡＫ２インヒビターで処置されたことがある。一部の実施形態では、患者は、ルキソリチニブ、フェドラチニブ（ＳＡＲ３０２５０３）、モメロチニブ（ＣＹＴ３８７）、パクリチニブ、レスタウルチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、ＳＥＰ−７０１、ＸＬ０１９およびＡＴ−９２８３からなる群から選択されるヤヌスキナーゼインヒビターで処置されたことがある。一部の実施形態では、患者は、ルキソリチニブで処置されたことがある。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害またはＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、患者は、ヤヌスキナーゼインヒビターに対して不耐性である。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害またはＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、患者は、ヤヌスキナーゼインヒビターに対する不適当な応答を有する。ある特定の態様では、本開示は、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害またはＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるためにＪＡＫ２キナーゼ関連障害を使用する方法であって、患者が、ヒドロキシウレアで処置されたことがある方法に関する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害またはＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、患者は、ヒドロキシウレアに対して不耐性である。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害またはＪＡＫ２キナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために使用され得、患者は、ヒドロキシウレアに対する不適当な応答を有する。
【００１２】
本明細書に記載される方法および使用のいずれかでは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者および／またはヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）を有する患者には、骨髄増殖性障害および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害または骨髄増殖性障害および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために、（１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストの投与に加えて）１または複数のさらなる活性薬剤および／または支持療法がさらに投与され得る。例えば、一部の実施形態では、患者には、輸血（全血または赤血球輸血）、赤血球生成刺激剤［例えば、ＥＳＡ、例えば、エリスロポエチン（ＥＰＯ）およびその誘導体］、アンドロゲン（例えば、エナント酸テストステロンおよびフルオキシメステロン）、プレドニゾン、ダナゾール、サリドマイド、プレドニゾン、レナリドミド、鉄キレート剤、デフェロキサミン、デフェリプロン、デフェラシロクス、ヒドロキシウレア、クラドリビン、ルキソリチニブ、ＳＡＲ３０２５０３、ＣＹＴ３８７、パクリチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、レスタウルチニブ、ＳＥＰ−７０１、ＡＴ−９２８３、ヤヌスキナーゼインヒビター（例えば、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３のうち１または複数のインヒビター）、脾臓摘出術、放射線療法、アスピリン、免疫調節薬、ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲインヒビター、エピジェネティック因子モジュレーター、ポマリドミド（ｐｏｍａｌｉｄｏｎｍｉｄｅ）、ラパマイシン、シロリムス、デフォロリムス、エベロリムス、テムシロリムス、ＮＶＰ−ＢＥＺ２３５、ＢＧＴ２２６、ＳＦ１１２６、ＰＫ１−５８７、ＩＮＫ１２８、ＡＺＤ８０５５、ＡＺＤ２０１４、ヒストンデアセチラーゼインヒビター、ギビノスタット（ｇｉｖｉｎｏｓｔａｔ）、パノビノスタット、プラシノスタット（ｐｒａｃｉｎｏｓｔａｔ）、コルチコステロイド、ガンマ−インターフェロン、シクロホスファミド、アザチオプリン、メトトレキセート、ペニシラミン、シクロスポリン、コルヒチン、抗胸腺細胞グロブリン、ミコフェノール酸モフェチル、ヒドロキシクロロキン、カルシウムチャネルブロッカー、ニフェジピン、アンジオテンシン変換酵素インヒビター、パラ−アミノ安息香酸、ジメチルスルホキシド、インターロイキン−５（ＩＬ−５）インヒビター、凡カスパーゼインヒビター、レクチン、コルヒチン、アザチオプリン、シクロホスファミド、プレドニゾン、サリドマイド、ペントキシフィリン、およびテオフィリンからなる群から選択される１または複数の支持療法または活性薬剤がさらに投与され得る。
【００１３】
ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）、ならびに／あるいはヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）または骨髄増殖性障害および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を有する患者を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、ａ）ヤヌスキナーゼインヒビター；およびｂ）ＴβＲＩＩアンタゴニストを、それを必要とする患者に投与するステップを含み、ヤヌスキナーゼインヒビターおよびＴβＲＩＩアンタゴニストが有効量で投与される方法に関する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ヤヌスキナーゼインヒビターによる処置前に投与される。他の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ヤヌスキナーゼインヒビターによる処置後に投与される。さらに他の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、ヤヌスキナーゼインヒビターと同時発生的に投与される。本明細書に記載される方法に従って使用されるヤヌスキナーゼインヒビターは、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３からなる群から選択される１または複数のヤヌスキナーゼを阻害する薬剤であり得る。例えば、ヤヌスキナーゼインヒビターは、細胞ベースのアッセイにおいて、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２およびＪＡＫ３のうち１または複数のシグナル伝達を阻害する薬剤であり得る。一部の実施形態では、本明細書に記載される方法に従って使用されるヤヌスキナーゼインヒビターは、ルキソリチニブ、フェドラチニブ（ＳＡＲ３０２５０３）、モメロチニブ（ＣＹＴ３８７）、パクリチニブ、レスタウルチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、ＳＥＰ−７０１、ＸＬ０１９およびＡＴ−９２８３からなる群から選択される。一部の好ましい実施形態では、本明細書に記載される方法に従って使用されるヤヌスキナーゼインヒビターは、ルキソリチニブである。
【００１４】
ある特定の態様では、本明細書に記載される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＴＧＦβ１を阻害する薬剤（例えば、ＴＧＦβ１アンタゴニスト）である。ＴＧＦβ１阻害に対する効果は、例えば、本明細書に記載されるものを含む細胞ベースのアッセイ（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達アッセイ）を使用して決定され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＴＧＦβ１に結合し得る。リガンド結合活性は、例えば、本明細書に記載されるものを含む結合親和性アッセイを使用して決定され得る。一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくとも１×１０−７Ｍ（例えば、少なくとも１×１０−８Ｍ、少なくとも１×１０−９Ｍ、少なくとも１×１０−１０Ｍ、少なくとも１×１０−１１Ｍまたは少なくとも１×１０−１２Ｍ）のＫＤで、少なくともＴＧＦβ１に結合する。本明細書で記載する場合、例えば、リガンドトラップ（例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドおよびそのバリアント）、抗体、小分子、ヌクレオチド配列、およびそれらの組合せを含む、ＴＧＦβ１を阻害する種々のＴβＲＩＩアンタゴニストは、本明細書に記載される方法および使用に従って使用され得る。ある特定の実施形態では、ＴＧＦβ１を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害し得る。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ３をさらに阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ３をさらに阻害するが、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。
【００１５】
ある特定の態様では、本明細書に記載される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＴＧＦβ２を阻害する薬剤（例えば、ＴＧＦβ２アンタゴニスト）である。ＴＧＦβ２阻害に対する効果は、例えば、本明細書に記載されるものを含む細胞ベースのアッセイ（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達アッセイ）を使用して決定され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＴＧＦβ２に結合し得る。リガンド結合活性は、例えば、本明細書に記載されるものを含む結合親和性アッセイを使用して決定され得る。一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくとも１×１０−７Ｍ（例えば、少なくとも１×１０−８Ｍ、少なくとも１×１０−９Ｍ、少なくとも１×１０−１０Ｍ、少なくとも１×１０−１１Ｍまたは少なくとも１×１０−１２Ｍ）のＫＤで、少なくともＴＧＦβ２に結合する。本明細書で記載する場合、例えば、リガンドトラップ（例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドおよびそのバリアント）、抗体、小分子、ヌクレオチド配列、およびそれらの組合せを含む、ＴＧＦβ２を阻害する種々のＴβＲＩＩアンタゴニストは、本明細書に記載される方法および使用に従って使用され得る。ある特定の実施形態では、ＴＧＦβ２を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害し得る。
【００１６】
ある特定の態様では、本明細書に記載される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＴＧＦβ３を阻害する薬剤（例えば、ＴＧＦβ３アンタゴニスト）である。ＴＧＦβ３阻害に対する効果は、例えば、本明細書に記載されるものを含む細胞ベースのアッセイ（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達アッセイ）を使用して決定され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＴＧＦβ３に結合し得る。リガンド結合活性は、例えば、本明細書に記載されるものを含む結合親和性アッセイを使用して決定され得る。一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくとも１×１０−７Ｍ（例えば、少なくとも１×１０−８Ｍ、少なくとも１×１０−９Ｍ、少なくとも１×１０−１０Ｍ、少なくとも１×１０−１１Ｍまたは少なくとも１×１０−１２Ｍ）のＫＤで、少なくともＴＧＦβ３に結合する。本明細書で記載する場合、例えば、リガンドトラップ（例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドおよびそのバリアント）、抗体、小分子、ヌクレオチド配列、およびそれらの組合せを含む、ＴＧＦβ３を阻害する種々のＴβＲＩＩアンタゴニストは、本明細書に記載される方法および使用に従って使用され得る。ある特定の実施形態では、ＴＧＦβ３を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害し得る。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ１をさらに阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ１をさらに阻害するが、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。
【００１７】
ある特定の態様では、本明細書に記載される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＴβＲＩＩを阻害する薬剤（例えば、ＴβＲＩＩ受容体アンタゴニスト）である。ＴβＲＩＩ阻害に対する効果は、例えば、本明細書に記載されるものを含む細胞ベースのアッセイ（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達アッセイ）を使用して決定され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＴβＲＩＩに結合し得る。リガンド結合活性は、例えば、本明細書に記載されるものを含む結合親和性アッセイを使用して決定され得る。一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくとも１×１０−７Ｍ（例えば、少なくとも１×１０−８Ｍ、少なくとも１×１０−９Ｍ、少なくとも１×１０−１０Ｍ、少なくとも１×１０−１１Ｍまたは少なくとも１×１０−１２Ｍ）のＫＤで、少なくともＴβＲＩＩに結合する。本明細書で記載する場合、例えば、リガンドトラップ（例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドおよびそのバリアント）、抗体、小分子、ヌクレオチド配列、およびそれらの組合せを含む、ＴβＲＩＩを阻害する種々のＴβＲＩＩアンタゴニストは、本明細書に記載される方法および使用に従って使用され得る。ある特定の実施形態では、ＴβＲＩＩを阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害し得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩを阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。
【００１８】
ある特定の態様では、本明細書に記載される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＡＬＫ５を阻害する薬剤（例えば、ＡＬＫ５アンタゴニスト）である。ＡＬＫ５阻害に対する効果は、例えば、本明細書に記載されるものを含む細胞ベースのアッセイ（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達アッセイ）を使用して決定され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともＡＬＫ５に結合し得る。リガンド結合活性は、例えば、本明細書に記載されるものを含む結合親和性アッセイを使用して決定され得る。一部の実施形態では、本開示のＡＬＫ５アンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくとも１×１０−７Ｍ（例えば、少なくとも１×１０−８Ｍ、少なくとも１×１０−９Ｍ、少なくとも１×１０−１０Ｍ、少なくとも１×１０−１１Ｍまたは少なくとも１×１０−１２Ｍ）のＫＤで、少なくともＡＬＫ５に結合する。本明細書で記載する場合、例えば、リガンドトラップ（例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドおよびそのバリアント）、抗体、小分子、ヌクレオチド配列、およびそれらの組合せを含む、ＡＬＫ５を阻害する種々のＴβＲＩＩアンタゴニストは、本明細書に記載される方法および使用に従って使用され得る。ある特定の実施形態では、ＡＬＫ５を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩおよびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害し得る。一部の実施形態では、ＡＬＫ５を阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。
【００１９】
ある特定の態様では、本明細書に記載される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともベータグリカンを阻害する薬剤（例えば、ベータグリカンアンタゴニスト）である。ベータグリカン阻害に対する効果は、例えば、本明細書に記載されるものを含む細胞ベースのアッセイ（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達アッセイ）を使用して決定され得る。したがって、一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくともベータグリカンに結合し得る。リガンド結合活性は、例えば、本明細書に記載されるものを含む結合親和性アッセイを使用して決定され得る。一部の実施形態では、本開示のベータグリカンアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、少なくとも１×１０−７Ｍ（例えば、少なくとも１×１０−８Ｍ、少なくとも１×１０−９Ｍ、少なくとも１×１０−１０Ｍ、少なくとも１×１０−１１Ｍまたは少なくとも１×１０−１２Ｍ）のＫＤで、少なくともベータグリカンに結合する。本明細書で記載する場合、例えば、リガンドトラップ（例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドおよびそのバリアント）、抗体、小分子、ヌクレオチド配列、およびそれらの組合せを含む、ベータグリカンを阻害する種々のＴβＲＩＩアンタゴニストは、本明細書に記載される方法および使用に従って使用され得る。ある特定の実施形態では、ベータグリカンを阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩおよびＡＬＫ５のうち１または複数をさらに阻害し得る。一部の実施形態では、ベータグリカンを阻害するＴβＲＩＩアンタゴニストまたはアンタゴニストの組合せは、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。
【００２０】
ある特定の態様では、本開示は、ＴβＲＩＩポリペプチド、およびＴＧＦβ１および／またはＴＧＦβ３に対する選択的アンタゴニストとしての、かかるＴβＲＩＩポリペプチドの使用を提供する。本明細書に記載するように、さらなる変異ありまたはなしのＴβＲＩＩ細胞外ドメイン（ＥＣＤ）の一部または全てを含むポリペプチドは、変動する親和性で、ＴＧＦβ１および／もしくはＴＧＦβ３と結合するおよび／またはＧＤＦ１５、ＴＧＦβ１もしくはＴＧＦβ３を阻害する。したがって、ある特定の態様では、本開示は、ＴＧＦβスーパーファミリー関連障害を選択的に阻害する際の使用のためのＴβＲＩＩポリペプチドを提供する。
【００２１】
ある特定の態様では、本開示は、ＴβＲＩＩの細胞外ドメイン中に変異および／またはトランケーションを含むポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、ＴβＲＩＩの細胞外ドメイン由来の第１のアミノ酸配列と異種アミノ酸配列とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドであって、この第１のアミノ酸配列が、ａ）配列番号５の２３位〜３５位のいずれかにおいて始まり配列番号５の１５３位〜１５９位のいずれかにおいて終わる配列、もしくはｂ）配列番号６の２３位〜６０位のいずれかにおいて始まり配列番号６の１７８位〜１８４位のいずれかにおいて終わる配列に対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％同一なもしくは同一なアミノ酸配列を含む、またはかかるアミノ酸配列からなるＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。
【００２２】
ある特定の態様では、本開示は、ヒトＩｇＧ２のＦｃドメインの少なくとも一部分に融合した、ＴβＲＩＩの野生型または変更されたおよび／もしくはトランケートされた細胞外ドメインを含むポリペプチドを提供する。したがって、ある特定の態様では、本開示は、ＴβＲＩＩの細胞外ドメイン由来の第１のアミノ酸配列と異種アミノ酸配列とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドであって、この第１のアミノ酸配列が、ａ）配列番号５の２３位〜３５位のいずれかにおいて始まり配列番号５の１５３位〜１５９位のいずれかにおいて終わる配列、もしくはｂ）配列番号６の２３位〜６０位のいずれかにおいて始まり配列番号６の１７８位〜１８４位のいずれかにおいて終わる配列に対して、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％同一なもしくは同一なアミノ酸配列を含む、またはかかるアミノ酸配列からなり、このポリペプチドが、ヒトＩｇＧ２の少なくとも定常ドメインを含み、任意選択で、配列番号１９に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含み得るまたはかかるアミノ酸配列からなり得る第２のポリペプチド配列を含み、リンカーが、任意選択で、第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの間に位置付けられるＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。この一例は、配列番号５０として提供され、配列番号５１の核酸配列によってコードされる。ある特定の実施形態では、本開示は、配列番号５０のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むまたはかかるアミノ酸配列からなるアミノ酸配列を有するポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、本開示は、配列番号５１の核酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一である核酸配列を含むまたはかかる核酸配列からなる核酸配列によってコードされるポリペプチドを提供する。
【００２３】
ある特定の態様では、本開示は、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のＦｃドメインの少なくとも一部分に融合した、ＴβＲＩＩの野生型または変更されたおよび／もしくはトランケートされた細胞外ドメインを含むポリペプチドを提供する。
【００２４】
ある特定の態様では、本開示は、ヒトＩｇＧ１のＦｃドメインの少なくとも一部分に融合した、ＴβＲＩＩの野生型または変更されたおよび／もしくはトランケートされた細胞外ドメインを含むポリペプチドを提供する。したがって、ある特定の態様では、本開示は、ＴβＲＩＩの細胞外ドメイン由来の第１のアミノ酸配列と異種アミノ酸配列とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドであって、第１のアミノ酸配列が、配列番号１３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％同一な、または同一なアミノ酸配列を含む、かかるアミノ酸配列から本質的になる、またはかかるアミノ酸配列からなり、リンカーが、任意選択で、第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの間に位置付けられる、ＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。別のＴβＲＩＩ融合ポリペプチドの一例は、配列番号１０１として提供され、配列番号１０２の核酸配列によってコードされる。ある特定の実施形態では、本開示は、配列番号１０１のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、かかるアミノ酸配列から本質的になる、またはかかるアミノ酸配列からなるアミノ酸配列を有するポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、本開示は、配列番号１０３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む、かかるアミノ酸配列から本質的になる、またはかかるアミノ酸配列からなるアミノ酸配列を有するポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、本開示は、配列番号１０１のアミノ酸２５〜４６（例えば、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５または４６）のいずれか１つにおいて始まり配列番号１０１のアミノ酸１７０〜１８６（例えば、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１７８、１７９、１８０、１８１、１８２、１８３、１８４、１８５または１８６）のいずれか１つにおいて終わるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を提供する。ある特定の実施形態では、本開示は、配列番号１０２の核酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である核酸配列を含むまたはかかる核酸配列からなる核酸配列によってコードされるポリペプチドを提供する。ある特定の実施形態では、本開示は、配列番号１０２の核酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である核酸配列を含むまたはかかる核酸配列からなる核酸配列を提供する。
【００２５】
一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号５の２３位において始まり配列番号５の１５９位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号５の２９位において始まり配列番号５の１５９位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号５の３５位において始まり配列番号５の１５９位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号５の２３位において始まり配列番号５の１５３位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号５の２９位において始まり配列番号５の１５３位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号５の３５位において始まり配列番号５の１５３位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。
【００２６】
一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号６の２３位において始まり配列番号６の１８４位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号６の２９位において始まり配列番号６の１８４位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号６の２３位において始まり配列番号６の１７８位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号６の２９位において始まり配列番号６の１７８位において終わる配列を含むまたはかかる配列からなる。
【００２７】
一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号４７の３６位に対応する位置におけるＤおよび／もしくは配列番号４７の７６位に対応する位置におけるＫを有する配列を含むまたはかかる配列からなる。
【００２８】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号７もしくは配列番号１３の配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％同一なまたは同一な第１のアミノ酸配列またはその活性断片と第２の異種部分とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドであって、この第１のアミノ酸配列が、配列番号４７の３６位に対応する位置におけるＤおよび／または配列番号４７の７６位に対応する位置におけるＫを有するＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。
【００２９】
一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号７のアミノ酸１〜１２に対応する１〜１２アミノ酸または配列番号１３のアミノ酸１〜３７に対応する１〜３７アミノ酸のＮ末端トランケーションを含む。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号７または配列番号１３のアミノ酸１〜６に対応する６アミノ酸のＮ末端トランケーションを含む。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号７のアミノ酸１〜１２に対応する１２アミノ酸または配列番号１３のアミノ酸１〜３７に対応する３７アミノ酸のＮ末端トランケーションを含む。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号７のアミノ酸１３７〜１３２または配列番号１３のアミノ酸１６２〜１５７に対応する１〜６アミノ酸のＣ末端トランケーションを含む。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号７のアミノ酸１３２〜１３７または配列番号１３のアミノ酸１５７〜１６２に対応する６アミノ酸のＣ末端トランケーションを含む。一部の実施形態では、この第１のアミノ酸配列は、配列番号４７の１１７位と１１８位に対応する残基の間に、配列番号１８に対応する挿入を含む。
【００３０】
一部の実施形態では、この異種部分は、ｉｎ  ｖｉｖｏ安定性、ｉｎ  ｖｉｖｏ半減期、取り込み／投与、組織局在もしくは分布、タンパク質複合体の形成、および／または精製のうちの１または複数を増強する１または複数のポリペプチド部分を含む。一部の実施形態では、この異種部分は、免疫グロブリンＦｃドメインおよび血清アルブミンから選択されるポリペプチド部分を含む。さらなる実施形態では、この免疫グロブリンＦｃドメインは、リンカーによってこのＴβＲＩＩポリペプチドに接続されている。
【００３１】
一部の実施形態では、このポリペプチドは、グリコシル化アミノ酸、ＰＥＧ化アミノ酸、ファルネシル化アミノ酸、アセチル化アミノ酸、ビオチン化アミノ酸、脂質部分にコンジュゲートしたアミノ酸、および有機誘導体化剤にコンジュゲートしたアミノ酸から選択される１または複数の修飾されたアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、このポリペプチドはグリコシル化されている。
【００３２】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号７〜１７および４７〜４９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％または少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩの細胞外ドメインの一部分からなる第１のアミノ酸配列と第２の異種部分とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、配列番号７〜１７および４７〜４９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９６％同一であるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩの細胞外ドメインの一部分からなる第１のアミノ酸配列と第２の異種部分とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、配列番号７〜１７および４７〜４９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９７％同一であるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩの細胞外ドメインの一部分からなる第１のアミノ酸配列と第２の異種部分とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、配列番号７〜１７および４７〜４９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９８％同一であるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩの細胞外ドメインの一部分からなる第１のアミノ酸配列と第２の異種部分とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、配列番号７〜１７および４７〜４９から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩの細胞外ドメインの一部分からなる第１のアミノ酸配列と第２の異種部分とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、配列番号７〜１７および４７〜４９から選択されるアミノ酸配列であるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩの細胞外ドメインの一部分からなる第１のアミノ酸配列と第２の異種部分とを含むＴβＲＩＩ融合ポリペプチドを提供する。
【００３３】
ある特定の態様では、本開示は、リーダー配列が除去された、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１および４３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列もしくはその部分を含むまたはかかるアミノ酸配列もしくはその部分からなるポリペプチド、例えば、配列番号５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１および６２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を含むまたはかかるアミノ酸配列からなるポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、リーダー配列が除去された、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１および４３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９６％同一であるアミノ酸配列もしくはその部分を含むまたはかかるアミノ酸配列もしくはその部分からなるポリペプチド、例えば、配列番号５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１および６２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９６％同一であるアミノ酸配列を含むまたはかかるアミノ酸配列からなるポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、リーダー配列が除去された、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１および４３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９７％同一であるアミノ酸配列もしくはその部分を含むまたはかかるアミノ酸配列もしくはその部分からなるポリペプチド、例えば、配列番号５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１および６２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９７％同一であるアミノ酸配列を含むまたはかかるアミノ酸配列からなるポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、リーダー配列が除去された、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１および４３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９８％同一であるアミノ酸配列もしくはその部分を含むまたはかかるアミノ酸配列もしくはその部分からなるポリペプチド、例えば、配列番号５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１および６２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９８％同一であるアミノ酸配列を含むまたはかかるアミノ酸配列からなるポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、リーダー配列が除去された、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１および４３から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列もしくはその部分を含むまたはかかるアミノ酸配列もしくはその部分からなるポリペプチド、例えば、配列番号５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１および６２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含むまたはかかるアミノ酸配列からなるポリペプチドを提供する。ある特定の態様では、本開示は、リーダー配列が除去された、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１および４３から選択されるアミノ酸配列もしくはその部分を含むまたはかかるアミノ酸配列もしくはその部分からなるポリペプチド、例えば、配列番号５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１および６２から選択されるアミノ酸配列を含むまたはかかるアミノ酸配列からなるポリペプチドを提供する。
【００３４】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２および４４から選択されるヌクレオチド配列の相補体に対してストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸によってコードされるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩポリペプチドを提供する。
【００３５】
上述の各々において、全長ＴβＲＩＩ  ＥＣＤを含まないＴβＲＩＩポリペプチドが、選択され得る。ＴβＲＩＩポリペプチドは、モノマータンパク質として、またはダイマー化形態で、使用され得る。ＴβＲＩＩポリペプチドはまた、改善された特性、例えば、増加した半減期、または産生もしくは精製のより高い容易さを提供するために、第２のポリペプチド部分に融合され得る。融合は、直接的であり得るか、またはリンカーが、ＴβＲＩＩポリペプチドと任意の他の部分との間に挿入され得る。リンカーは、構造化されていても構造化されていなくてもよく、１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、５０またはそれ超のアミノ酸からなり得、任意選択で二次構造を比較的含まなくてもよい。
【００３６】
一部の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩポリペプチドは、ＣＨＯ細胞におけるこのポリペプチドの発現に特徴的なグリコシル化パターンを有する。
【００３７】
一部の実施形態では、本開示は、本開示の２つのＴβＲＩＩポリペプチドを含むホモダイマーを提供する。
【００３８】
一部の実施形態では、本開示は、本開示のＴβＲＩＩポリペプチドのコード配列を含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、この単離されたポリヌクレオチドに作動可能に連結したプロモーター配列を含む組換えポリヌクレオチドを提供する。一部の実施形態では、本開示は、本開示の単離されたポリヌクレオチドまたは組換えポリヌクレオチドで形質転換された細胞を提供する。一部の実施形態では、この細胞は、哺乳動物細胞である。一部の実施形態では、この細胞は、ＣＨＯ細胞またはヒト細胞である。一部の実施形態では、この細胞は、ＨＥＫ−２９３細胞である。
【００３９】
ある特定の態様では、本開示は、本開示のＴβＲＩＩポリペプチドまたはホモダイマーと薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬調製物を提供する。
【００４０】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、抗体または抗体の組合せである。ある特定の態様では、抗体は、少なくともＴβＲＩＩに結合する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩに結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、本明細書に記載されるものなどの細胞ベースのアッセイで任意選択で測定されるように、ＴβＲＩＩシグナル伝達を阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩに結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、１または複数のＴＧＦ−ベータスーパーファミリーリガンド、ＴＧＦβスーパーファミリーＩ型受容体またはＴＧＦβスーパーファミリー共受容体が、ＴβＲＩＩに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩに結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３からなる群から選択される１または複数のＴＧＦ−ベータスーパーファミリーリガンドが、ＴβＲＩＩに結合することを阻害する。ある特定の態様では、抗体は、少なくともＡＬＫ５に結合する。一部の実施形態では、ＡＬＫ５に結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、本明細書に記載されるものなどの細胞ベースのアッセイで任意選択で測定されるように、ＡＬＫ５シグナル伝達を阻害する。一部の実施形態では、ＡＬＫ５に結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、１または複数のＴＧＦ−ベータスーパーファミリーリガンド、ＴＧＦβスーパーファミリーＩＩ型受容体またはＴＧＦβスーパーファミリー共受容体が、ＡＬＫ５に結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＡＬＫ５に結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３からなる群から選択される１または複数のＴＧＦ−ベータスーパーファミリーリガンドが、ＡＬＫ５に結合することを阻害する。ある特定の態様では、抗体は、少なくともベータグリカンに結合する。一部の実施形態では、ベータグリカンに結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、本明細書に記載されるものなどの細胞ベースのアッセイで任意選択で測定されるように、ベータグリカンシグナル伝達を阻害する。一部の実施形態では、ベータグリカンに結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、１または複数のＴＧＦ−ベータスーパーファミリーリガンド、ＴＧＦβスーパーファミリーＩ型受容体またはＴＧＦβスーパーファミリーＩＩ型受容体が、ベータグリカンに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ベータグリカンに結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３からなる群から選択される１または複数のＴＧＦ−ベータスーパーファミリーリガンドが、ベータグリカンに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、少なくともＴＧＦβ１に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１に結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、本明細書に記載されるものなどの細胞ベースのアッセイで任意選択で測定されるように、ＴβＲＩＩシグナル伝達を阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１に結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、ＴＧＦβ１−ＴβＲＩＩ、ＴＧＦβ１−ＡＬＫ５および／またはＴＧＦβ１−ベータグリカン（ｂｅｔａｇｌｃｙａｎ）の結合を阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴ��スト抗体は、少なくともＴＧＦβ２に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ２に結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、本明細書に記載されるものなどの細胞ベースのアッセイで任意選択で測定されるように、ＴβＲＩＩシグナル伝達を阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ２に結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、ＴＧＦβ２−ＴβＲＩＩ、ＴＧＦβ１−ＡＬＫ５および／またはＴＧＦβ１−ベータグリカンの結合を阻害する。ある特定の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、少なくともＴＧＦβ３に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３に結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、本明細書に記載されるものなどの細胞ベースのアッセイで任意選択で測定されるように、ＴβＲＩＩシグナル伝達を阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３に結合するＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、ＴＧＦβ３−ＴβＲＩＩ、ＴＧＦβ１−ＡＬＫ５および／またはＴＧＦβ１−ベータグリカンの結合を阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、多特異性抗体または多特異性抗体の組合せであり、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数の細胞ベースのアッセイにおいて、シグナル伝達を阻害する。一部の実施形態では、抗体は、キメラ抗体、ヒト化抗体またはヒト抗体である。一部の実施形態では、抗体は、単鎖抗体、Ｆ（ａｂ’）２断片、単鎖ディアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）、タンデム単鎖Ｆｖ断片、タンデム単鎖ディアボディ、または単鎖ディアボディと免疫グロブリン重鎖定常領域の少なくとも一部分とを含む融合タンパク質である。
【００４１】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、小分子インヒビターまたは小分子インヒビターの組合せである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子インヒビターは、少なくともＴβＲＩＩのインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子インヒビターは、少なくともＡＬＫ５のインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子インヒビターは、少なくともベータグリカンのインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子インヒビターは、少なくともＴＧＦβ１のインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子インヒビターは、少なくともＴＧＦβ２のインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子インヒビターは、少なくともＴＧＦβ３のインヒビターである。
【００４２】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、核酸インヒビターまたは核酸インヒビターの組合せである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト核酸インヒビターは、少なくともＴβＲＩＩのインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト核酸インヒビターは、少なくともＡＬＫ５のインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト核酸インヒビターは、少なくともベータグリカンのインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト核酸インヒビターは、少なくともＴＧＦβ１のインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト核酸インヒビターは、少なくともＴＧＦβ２のインヒビターである。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト核酸インヒビターは、少なくともＴＧＦβ３のインヒビターである。
【００４３】
ある特定の態様では、本開示は、ＴＧＦβスーパーファミリーメンバーに対する細胞の応答をモジュレートする方法であって、細胞を本開示のＴβＲＩＩポリペプチドまたはホモダイマーに曝露するステップを含む方法を提供する。
【００４４】
ある特定の態様では、本開示は、ＴＧＦβスーパーファミリーメンバーに対する細胞の応答をモジュレートする方法であって、細胞を本開示のＴβＲＩＩポリペプチドまたはホモダイマーに曝露するステップを含む方法を提供する。
【００４５】
ある特定の態様では、本開示は、本明細書に記載される骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症（例えば、線維症、脾腫および炎症）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための医薬の製造における、骨髄増殖性障害を処置するための１または複数の他の支持療法または活性薬剤と任意選択で組み合わせた、１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。ある特定の態様では、本開示は、本明細書に記載されるヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症（例えば、線維症、脾腫および炎症）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための医薬の製造における、ヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）を処置するための１または複数の他の支持療法または活性薬剤と任意選択で組み合わせた、１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。ある特定の態様では、本開示は、本明細書に記載される骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症（例えば、線維症、脾腫および炎症）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる際の使用のための、骨髄増殖性障害を処置するための１または複数の他の支持療法または活性薬剤と任意選択で組み合わせた、１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストに関する。ある特定の態様では、本開示は、本明細書に記載されるヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症（例えば、線維症、脾腫および炎症）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる際の使用のための、ヤヌスキナーゼ関連障害を処置するための１または複数の他の支持療法または活性薬剤と任意選択で組み合わせた、１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストに関する。
【図面の簡単な説明】
【００４６】
本特許または出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも１つの図面が含まれる。有色の図面（複数可）を伴う本特許または特許出願公開の複製が、申請および必要な料金の納付時に特許庁によって提供される。
【００４７】
【図１】図１は、ヒトＴＧＦβ受容体ＩＩ型（ｈＴβＲＩＩ）のＢ（短）アイソフォームのネイティブ前駆体のアミノ酸配列（ＮＰ＿００３２３３．４）を示す図である。実線の下線は、成熟細胞外ドメイン（ＥＣＤ）（残基２３〜１５９）を示し、二重下線は、Ａ（長）アイソフォームにおいて置き換えられるバリンを示す。点線の下線は、リーダー（残基１〜２２）を示す。
【００４８】
【図２】図２は、ヒトＴβＲＩＩのＡ（長）アイソフォームのネイティブ前駆体のアミノ酸配列（ＮＰ＿００１０２００１８．１）を示す図である。実線の下線は、成熟ＥＣＤ（残基２３〜１８４）を示し、二重下線は、スプライス生成されたイソロイシン置換を示す。点線の下線は、リーダー（残基１〜２２）を示す。
【００４９】
【図３】図３は、ｈＴβＲＩＩ短トランケーションおよびそれらのｈＴβＲＩＩ長対応物のＮ末端アラインメントを示す図である。ｈＴβＲＩＩ長トランケーション中に存在する２５アミノ酸の挿入に下線を付す。スプライシングプロセスによって、短アイソフォーム中の挿入部位に隣接するバリンが、長アイソフォームではイソロイシンによって置き換えられることに留意のこと。四角で囲んだ配列はリーダーを示す。
【００５０】
【図４】図４Ａ、図４Ｂおよび図４Ｃは、ビヒクル処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス（図４Ｂ）、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス（図４Ｃ）、および同齢の野生型マウス（図４Ａ）由来の骨生検を示す。線維症は、対照ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスと比較して、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス由来の骨髄試料において低減された。
【００５１】
【図５】図５Ａおよび図５Ｂは、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスにおける赤血球レベル（図５Ａ）および脾臓重量（図５Ｂ）に対するｍＴβＲＩＩ−Ｆｃの影響を示す。ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置は、ビヒクル処置マウスと比較して、ＲＢＣレベルに対して中程度の影響を有し、脾臓重量を著しく減少させた（−２９％、ｐ＜０．０１）。
【００５２】
【図６】図６Ａおよび図６Ｂは、ビヒクル処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス（図６Ａ）およびｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス（図６Ｂ）由来の脾臓生検を示す。線維症は、対照ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスと比較して、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス由来の脾臓試料において低減された。
【００５３】
【図７】図７Ａおよび図７Ｂは、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスにおける赤血球レベル（図７Ａ）および脾臓重量（図７Ｂ）に対するｍＴβＲＩＩ−Ｆｃおよびルキソリチニブの影響を示す。単独の、またはｍＴβＲＩＩ−Ｆｃと組み合わせたＲｕｘ処置は、ビヒクル処置マウスと比較して、ＲＢＣレベルを著しく低下させ、脾臓重量を低減させた（ビヒクルに対して、＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１）。ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ単独処置は、ＲＢＣレベルおよび脾臓重量に対して、より中程度の影響を有した（ビヒクルに対して、＊Ｐ＜０．０５および＊＊Ｐ＜０．０１）。
【００５４】
【図８】図８Ａ、図８Ｂ、図８Ｃおよび図８Ｄは、ビヒクル処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス（図８Ａ）、ルキソリチニブ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス（図８Ｂ）、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス（図８Ｃ）、ならびにｍＴβＲＩＩ−Ｆｃおよびルキソリチニブの両方で処置したＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス（図８Ｄ）由来の骨生検を示す。線維症は、対照ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスと比較して、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７ＦマウスならびにｍＴβＲＩＩ−Ｆｃおよびルキソリチニブの両方で処置したＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス由来の骨髄試料において低減された。
【発明を実施するための形態】
【００５５】
１．概説
本明細書に記載されるタンパク質は、特記しない限り、ヒト形態である。これらのタンパク質に対するＮＣＢＩ参照は、以下の通りである：ヒトＴβＲＩＩアイソフォームＡ（ｈＴβＲＩＩ長）、ＮＰ＿００１０２００１８．１およびヒトＴβＲＩＩアイソフォームＢ（ｈＴβＲＩＩ短）、ＮＰ＿００３２３３．４。ネイティブヒトＴβＲＩＩタンパク質の配列は、図１〜２に示される。
【００５６】
ＴＧＦβスーパーファミリーは、共通の配列エレメントおよび構造モチーフを共有する種々の増殖因子を含む。これらのタンパク質は、脊椎動物および非脊椎動物の両方において多種多様な細胞型に対して生物学的効果を発揮することが公知である。このスーパーファミリーのメンバーは、パターン形成および組織特異化において胚発生の間に重要な機能を果たし、脂肪生成、筋形成、軟骨形成、心発生、造血発生、神経発生および上皮細胞分化を含む種々の分化プロセスに影響を与え得る。ＴＧＦβファミリーのメンバーの活性を操作することによって、生物において顕著な生理学的変化を引き起こすことが可能な場合が多い。例えば、ピエモンテ（Ｐｉｅｄｍｏｎｔｅｓｅ）およびベルギアンブルー（Ｂｅｌｇｉａｎ  Ｂｌｕｅ）のウシ品種は、筋肉量における顕著な増加を引き起こす、ＧＤＦ８（ミオスタチンとも呼ばれる）遺伝子における機能喪失型変異を保有する。［Ｇｒｏｂｅｔら、（１９９７）Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ．１７巻（１号）：７１〜４頁］同様に、ヒトでは、ＧＤＦ８の不活性対立遺伝子は、増加した筋肉量、および報告によれば、例外的な強さと関連する。［Ｓｃｈｕｅｌｋｅら、（２００４）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ、３５０巻：２６８２〜８頁］
【００５７】
ＴＧＦβシグナルは、リガンド刺激の際に下流のＳＭＡＤタンパク質をリン酸化および活性化する、Ｉ型（例えば、ＴβＲＩ）およびＩＩ型（例えば、ＴβＲＩＩ）セリン／スレオニンキナーゼ受容体のヘテロマー複合体によって媒介される［Ｍａｓｓａｇｕｅ、（２０００）、Ｎａｔ．  Ｒｅｖ．  Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．  １巻：１６９〜１７８頁］。これらのＩ型およびＩＩ型の受容体は、システインリッチ領域を有するリガンド結合性細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および予測されたセリン／スレオニン特異性を有する細胞質ドメインから構成される膜貫通タンパク質である。Ｉ型受容体は、シグナル伝達に重要である；ＩＩ型受容体は、リガンドに結合するためおよびＩ型受容体の発現のために必要とされる。Ｉ型およびＩＩ型の受容体は、リガンド結合後に安定な複合体を形成し、ＩＩ型受容体によるＩ型受容体のリン酸化を生じる。ＴＧＦβは、各々ｉｎ  ｖｉｖｏで個別の機能を有する３つの哺乳動物アイソフォーム、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３を有する。ＴβＲＩＩへのＴＧＦβの結合は、ＴＧＦβシグナル伝達経路の活性化を開始する際の重要なステップであり、ＳＭＡＤ２のリン酸化、および活性化されたＳＭＡＤ２／ＳＭＡＤ４複合体の核への転位置をもたらして、遺伝子発現をモジュレートする。
【００５８】
驚くべきことに、可溶性ＴβＲＩＩポリペプチドは、ＧＤＦ１５に対する高度に特異的な高親和性の結合を有することが、本明細書で示される。ＴβＲＩＩは、ＴＧＦβに対する公知のＩＩ型受容体であり、高い親和性でＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３と結合する。ヒトＴβＲＩＩは、細胞外ドメイン（ＥＣＤ）における選択的スプライシングによって生成される、少なくとも２つのアイソフォーム−Ａ（長）およびＢ（短）−として天然に生じる（図２および１ならびに配列番号６および５）。この長アイソフォームは、２５アミノ酸の挿入を有し、スプライシングプロセスによって、短アイソフォーム中の挿入部位に隣接するバリンが、長アイソフォームではイソロイシンによって置き換えられる。可溶性受容体外部ドメインは、リガンド−受容体相互作用を阻害するために、スカベンジャーまたはリガンドトラップとして機能し得る。ネイティブＴβＲＩＩ細胞外ドメイン（外部ドメイン）を取り込んでいる可溶性ＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質などのリガンドトラップは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３を含むＴβＲＩＩリガンドに対する凡インヒビターとして機能する。一部の治療設定では、このより広いスペクトルのリガンド結合およびシグナル阻害が有利であり得るが、他の設定では、より選択的な分子が優れている可能性がある。ＴβＲＩＩ外部ドメインポリペプチドなどのリガンドトラップが選択的なリガンド結合プロファイルを示すことは、高度に望ましい。したがって、ある特定の態様では、本開示は、種々のＴＧＦβ１またはＴＧＦβ３関連障害を処置する際の使用のための、ＴＧＦβ１またはＴＧＦβ３のアンタゴニストとしての、ＴβＲＩＩポリペプチドを提供する。任意の特定の作用機構に束縛されることは望まないが、かかるポリペプチドは、ＴＧＦβ１またはＴＧＦβ３と結合し、これらのリガンドが三元シグナル伝達複合体を形成する能力を阻害することによって作用すると予測される。
【００５９】
骨髄増殖性障害は、血球（血小板、白血球および赤血球）の一部または全てにおける慢性的な増加を一部特徴とする一群の状態である。この群の血液障害には、真性赤血球増加症（ＰＶ）、本態性血小板血症（ＥＴ）、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）および慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）が含まれる。骨髄増殖性障害は、造血幹細胞における形質転換から生じると一般に考えられている。実際、ＣＭＬは、フィラデルフィア転座から最も一般的に生じる、その原因分子病変であるＢＣＲ−ＡＢＬ融合物によって規定される。最近、いくつかのグループが、ＢＣＲ−ＡＢＬ陰性骨髄増殖性障害ＰＶ、ＥＴおよび骨髄線維症（ＭＦ）を有する患者において、チロシンキナーゼＪＡＫ２の機能獲得型（ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ）を、主要な分子的欠陥として同定した。ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスは、ヒト本態性血小板血症および真性赤血球増加症と密接に似た病理を発病する［Ｘｉｎｇら（２００８年）Ｂｌｏｏｄ  １１１巻：５１０９〜５１１７頁］。加齢と共に、これらのＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスは、原発性骨髄線維症様の病理もまた発病する。本明細書で開示するように、ＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置が、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ疾患モデルにおいて、脾腫、線維症および他の病的状態を低減できることが発見された。
【００６０】
本明細書で提示されるデータは、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異からの合併症結果を処置または予防するために使用され得ることを実証しており、かかる治療薬が、骨髄増殖性障害（例えば、真性赤血球増加症、本態性血小板血症および骨髄線維症）ならびにヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）を処置するために使用され得ることを示している。初期（例えば、脾腫）、および後期疾患病理（例えば、線維症および炎症促進性サイトカイン）の発症の低減／遅延に対する効果を考慮すると、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、線維症および他の後期疾患合併症の発症を予防する／遅延させるためまたはその重症度を低減させるため、ならびにしたがって、続発性骨髄線維症疾患（それぞれ、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）への移行を予防する／遅延させるための、真性赤血球増加症および本態性血小板血症の処置に特に十分に適し得る。また、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄線維症患者において、処置された末期線維症および炎症における陽性の効果を明確に実証している。
【００６１】
本明細書で使用される用語は、一般に、本発明の文脈内で、かつ各用語が使用される特定の文脈において、当該分野におけるそれらの通常の意味を有する。特定の用語は、本発明の組成物および方法ならびにそれらを如何にして作製および使用するかを記載することにおいて、実務者にさらなるガイダンスを提供するために、本明細書の以下または他の箇所において議論される。用語の任意の使用の範囲または意味は、その用語が使用される特定の文脈から明らかである。
【００６２】
「相同」とは、その全ての文法的形態およびつづりのバリエーションで、同じ種の生物におけるスーパーファミリー由来のタンパク質、ならびに異なる種の生物由来の相同タンパク質を含む、「共通の進化的起源」を有する２つのタンパク質間の関係性に関する。かかるタンパク質（およびそれらのコード核酸）は、パーセント同一性に関するものであれ、特定の残基もしくはモチーフおよび保存された位置の存在によるものであれ、それらの配列類似性によって反映される、配列相同性を有する。用語「配列類似性」とは、その全ての文法的形態で、共通の進化的起源を共有してもしなくてもよい核酸またはアミノ酸配列間での同一性または対応の程度を指す。しかし、共通の用法において、および本出願において、用語「相同」とは、「高度に」などの副詞で修飾される場合、配列類似性を指し得、共通の進化的起源に関係してもしなくてもよい。
【００６３】
参照ポリペプチド（またはヌクレオチド）配列に関して「パーセント（％）配列同一性」は、配列をアラインし、必要に応じて、最大のパーセント配列同一性を達成するためにギャップを導入した後、配列同一性の一部としていずれの保存的置換も考慮せずに、参照ポリペプチド（ヌクレオチド）配列中のアミノ酸残基（または核酸）に対して同一である、候補配列中のアミノ酸残基（または核酸）の百分率として定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定することを目的としたアラインメントは、当業者の技術範囲内にある種々の方法で、例えば、公に入手可能なコンピューターソフトウェア、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮまたはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを使用して達成され得る。当業者は、比較されている配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインするための適切なパラメーターを決定することができる。しかし、本明細書の目的のために、％アミノ酸（核酸）配列同一性値は、配列比較コンピュータープログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータープログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって作成され、ソースコードは、アメリカ著作権局、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  Ｄ．Ｃ．、２０５５９においてユーザー文書と共にファイルされており、これは、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．、Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆ．から公に入手可能であり、またはソースコードからコンパイルされ得る。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ（登録商標）  Ｖ４．０Ｄを含むＵＮＩＸ（登録商標）オペレーティングシステムでの使用のためにコンパイルすべきである。全ての配列比較パラメーターは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変動はさせない。
【００６４】
「アゴナイズする」とは、その全ての文法的形態で、タンパク質および／もしくは遺伝子を（例えば、そのタンパク質の遺伝子発現を活性化もしくは増幅することによって、または不活性タンパク質を活性状態に入るように誘導することによって）活性化するプロセス、またはタンパク質の活性および／もしくは遺伝子の活性を増加させるプロセスを指す。
【００６５】
「アンタゴナイズする」とは、その全ての文法的形態で、タンパク質および／もしくは遺伝子を（例えば、そのタンパク質の遺伝子発現を阻害もしくは減少させることによって、または活性タンパク質を不活性状態に入るように誘導することによって）阻害するプロセス、またはタンパク質の活性および／もしくは遺伝子の活性を減少させるプロセスを指す。
【００６６】
用語「約」および「およそ」は、本明細書および特許請求の範囲を通じて数値と併せて使用する場合、当業者によく知られた、当業者にとって許容可能な正確さの区間を示す。一般に、正確さのかかる区間は、±１０％である。あるいは、特に生物学的系において、用語「約」および「およそ」は、あるオーダーの大きさ以内、好ましくは、所与の値の≦５倍、より好ましくは≦２倍にある値を意味し得る。
【００６７】
本明細書に開示される数値範囲は、その範囲を規定する数を含む。
【００６８】
用語「１つの（ａ）」および「１つの（ａｎ）」は、この用語が使用される文脈が明確に他を示さない限り、複数形の指示被験体を含む。用語「１つの（ａ）」（または１つの（ａｎ））、ならびに用語「１または複数の」および「少なくとも１つの」は、本明細書で相互交換可能に使用され得る。さらに、「および／または」は、本明細書で使用する場合、他方を伴うまたは伴わない、２つまたはそれよりも多くの特定された特色または構成要素の各々の具体的な開示として解釈すべきである。したがって、本明細書で「Ａおよび／またはＢ」などの語句において使用する場合、用語「および／または」は、「ＡおよびＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単独）ならびに「Ｂ」（単独）を含む意図である。同様に、「Ａ、Ｂおよび／またはＣ」などの語句において使用する場合、用語「および／または」は、以下の態様の各々を包含する意図である：Ａ、ＢおよびＣ；Ａ、ＢまたはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；ＡおよびＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；ならびにＣ（単独）。
【００６９】
本明細書を通じて、単語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」またはバリエーション、例えば、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」もしくは「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、述べられた１つの整数または整数の群を含むが、任意の他の整数または整数の群を排除しないことを示すと理解される。
２．ＴβＲＩＩアンタゴニスト
【００７０】
一部において、本明細書で提示されるデータは、ＴβＲＩＩアンタゴニスト（インヒビター）が、骨髄増殖性障害（例えば、真性赤血球増加症、本態性血小板血症および骨髄線維症）および／またはヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）を有する患者を処置するために使用され得ることを実証している。特に、ＴβＲＩＩポリペプチドは、例えば、脾腫、高い炎症性サイトカインレベルおよび線維症を含む種々の骨髄増殖性疾患合併症を改善する際に有効であることが示された。したがって、本開示は、一部において、骨髄増殖性障害、ならびに／あるいはヤヌスキナーゼ関連障害または骨髄増殖性障害および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を有する患者を処置する、予防する、その進行速度および／または重症度を低減させるために、単独で、または１もしくは複数のさらなる活性薬剤および／もしくは支持療法と組み合わせて使用され得る種々のＴβＲＩＩアンタゴニストを提供する。ＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴβＲＩＩリガンドの阻害以外の機構を介して、骨髄増殖性疾患、およびヤヌスキナーゼ関連障害を有する患者に影響を与え得るが［例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３のうち１または複数の阻害は、おそらくはＴＧＦ−ベータスーパーファミリーの他のメンバーを含め、さらなる薬剤のスペクトルの活性をある薬剤が阻害する傾向の指標であり得るが、かかる集合的阻害は、例えば、骨髄増殖性疾患および／またはヤヌスキナーゼ関連障害に対する所望の効果をもたらし得る］、他の型のＴＧＦβアンタゴニスト［例えば、ＴβＲＩＩ受容体のアンタゴニスト、１もしくは複数のＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）のアンタゴニスト、１もしくは複数のＴβＲＩＩ関連Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）のアンタゴニスト、１もしくは複数のＴβＲＩＩ関連共受容体（例えば、ベータグリカン）のアンタゴニスト、１もしくは複数のＴβＲＩＩ下流シグナル伝達成分（Ｓｍａｄ）のアンタゴニスト、またはかかるアンタゴニストの組合せ］が、骨髄増殖性障害および／またはヤヌスキナーゼ関連障害の処置において、特に、骨髄増殖性障害および／またはヤヌスキナーゼ関連障害の１または複数の合併症の処置、予防、またはその進行速度および／もしくは重症度における低減において有用である。かかるアンタゴニストには、例えば、例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドおよびそのバリアント、抗ＴＧＦβ抗体、抗ＡＬＫ５抗体、抗ベータグリカン抗体ならびに抗ＴβＲＩＩ抗体；ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＡＬＫ５、ベータグリカンおよびＴβＲＩＩのうち１または複数の活性または発現（例えば、転写、翻訳、細胞からの分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する核酸；ならびにＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＡＬＫ５、ベータグリカンおよびＴβＲＩＩのうち１または複数の活性または発現（例えば、転写、翻訳、細胞からの分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する小分子が含まれる。
Ａ．ＴβＲＩＩポリペプチド
【００７１】
ある特定の態様では、本明細書に開示される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＴβＲＩＩポリペプチドまたはそのバリアント（ＴβＲＩＩアンタゴニストポリペプチド）である。ＴβＲＩＩポリペプチドまたはポリペプチドの組合せは、例えば、１または複数のＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）、ＴβＲＩＩ受容体、ＴβＲＩＩ関連Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）および／またはＴβＲＩＩ関連共受容体（例えば、ベータグリカン）を阻害し得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩポリペプチドまたはポリペプチドの組合せがシグナル伝達（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達）を阻害する能力は、本明細書に記載されるものなどを含む細胞ベースのアッセイで決定される。ＴβＲＩＩポリペプチドまたはポリペプチドの組合せは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板血症）および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害、または骨髄増殖性障害および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために、単独で、または１もしくは複数のさらなる支持療法もしくは活性薬剤と組み合わせて使用され得る。
【００７２】
天然に存在するＴβＲＩＩタンパク質は、細胞の外側に位置付けられるタンパク質の一部分（細胞外部分）および細胞の内側に位置付けられるタンパク質の一部分（細胞内部分）を有する膜貫通タンパク質である。本開示の態様は、ＴβＲＩＩの細胞外ドメイン内の変異および／または細胞外ドメインのトランケートされた部分を含むバリアントＴβＲＩＩポリペプチドを包含する。上記のように、ヒトＴβＲＩＩは、細胞外ドメイン（ＥＣＤ）における選択的スプライシングによって生成される、少なくとも２つのアイソフォーム−Ａ（長）およびＢ（短）−として天然に生じる（図２および１ならびに配列番号６および５）。配列番号５の残基２３〜１５９に対応する配列番号７は、ＴβＲＩＩの短アイソフォームのネイティブ全長細胞外ドメインを示す。配列番号６の残基２３〜１８４に対応する配列番号１３は、ＴβＲＩＩの長アイソフォームのネイティブ全長細胞外ドメインを示す。特記しない限り、ＴβＲＩＩの短および長アイソフォームに基づくバリアントに関するアミノ酸位置の番号付けは、それぞれ、ネイティブ前駆体配列番号５および配列番号６中の対応する位置を指す。
【００７３】
ある特定の実施形態では、本開示は、バリアントＴβＲＩＩポリペプチドを提供する。本開示のＴβＲＩＩポリペプチドは、例えばＴＧＦβ１またはＴＧＦβ３であるがこれらに限定されないＴＧＦβスーパーファミリーメンバーと結合し得、その機能を阻害し得る。ＴβＲＩＩポリペプチドには、そのＣ末端が配列番号５のアミノ酸１５３〜１５９（例えば、１５３、１５４、１５５、１５６、１５７、１５８または１５９）のいずれかにおいて存在する、天然に存在するＴβＲＩＩポリペプチドのトランケートされたＥＣＤドメインに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列、および任意選択で、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一なアミノ酸配列からなるまたはかかるアミノ酸配列を含むポリペプチドが含まれ得る。ＴβＲＩＩポリペプチドには、そのＣ末端が配列番号６のアミノ酸１７８〜１８４（例えば、１７８、１７９、１８０、１８１、１８２、１８３または１８４）のいずれかにおいて存在する、天然に存在するＴβＲＩＩポリペプチドのトランケートされたＥＣＤドメインに対して少なくとも８０％同一なアミノ酸配列、および任意選択で、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一なアミノ酸配列からなるまたはかかるアミノ酸配列を含むポリペプチドが含まれ得る。任意選択で、ＴβＲＩＩポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸１６０〜５６７からなる配列由来または配列番号６のアミノ酸１８５〜５９２からなる配列由来の、５つよりも多く連続するアミノ酸、あるいは１０、２０、３０、４０、５０、５２、６０、７０、８０、９０、１００、１５０もしくは２００よりも多く、またはそれ超連続するアミノ酸を含まない。プロセシングされていないＴβＲＩＩポリペプチドは、任意のシグナル配列、ならびにシグナル配列に対してＮ末端の任意の配列を含むかまたは排除するかのいずれかであり得る。本明細書で詳述するように、成熟（プロセシングされた）ＴβＲＩＩポリペプチドのＮ末端は、配列番号５のアミノ酸２３〜３５または配列番号６のアミノ酸２３〜６０のいずれかにおいて存在し得る。成熟ＴβＲＩＩポリペプチドの例には、配列番号５のアミノ酸２３〜１５９（配列番号７に示される）、配列番号５のアミノ酸２９〜１５９（配列番号１０５に示される）、配列番号５のアミノ酸３５〜１５９（配列番号１０に示される）、配列番号５のアミノ酸２３〜１５３（配列番号１１に示される）、配列番号５のアミノ酸２９〜１５３（配列番号４８に示される）、配列番号５のアミノ酸３５〜１５３（配列番号４７に示される）、配列番号６のアミノ酸２３〜１８４（配列番号１３に示される）、配列番号６のアミノ酸２９〜１８４（配列番号１５に示される）、配列番号６のアミノ酸３５〜１８４（配列番号１０に示される）、配列番号６のアミノ酸２３〜１７８（配列番号１６に示される）、配列番号６のアミノ酸２９〜１７８（配列番号４９に示される）および配列番号６のアミノ酸３５〜１７８（配列番号４７に示される）が含まれるがこれらに限定されない。同様に、ＴβＲＩＩポリペプチドは、配列��号３０のヌクレオチド７３〜４６５、配列番号３４のヌクレオチド７３〜４４７、配列番号３８のヌクレオチド７３〜４６５、配列番号３８のヌクレオチド９１〜４６５もしくは配列番号３８のヌクレオチド１０９〜４６５またはそれらのサイレントバリアント、あるいはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件（一般に、かかる条件は、当該分野で公知であるが、例えば、６５℃で一晩の、５０％ｖ／ｖホルムアミド、５×ＳＳＣ、２％ｗ／ｖブロッキング剤、０．１％Ｎ−ラウロイルサルコシンおよび０．３％ＳＤＳ中でのハイブリダイゼーション、ならびに例えば、約６５℃で５×ＳＳＣ中での洗浄を含み得る）下でそれらの相補体にハイブリダイズする核酸によってコードされるポリペプチドを含み得る。ＴβＲＩＩの長アイソフォームに基づく対応するバリアントが、２５アミノ酸の挿入に対してＣ末端の隣接する位置における保存的Ｖａｌ−Ｉｌｅ置換と共に、この挿入をコードするヌクレオチド配列を含むことが、当業者によって理解される。これらのＴβＲＩＩポリペプチドは、しかるべく、短および長アイソフォームの両方、それらのバリアント（例えば、配列番号５のアミノ酸２３〜１５９または配列番号６のアミノ酸２３〜１８４に対応する配列中に、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０または３５以下のアミノ酸置換を含むバリアントを含む）、それらの断片、ならびに上述のいずれかを含む融合タンパク質を含む、ＴβＲＩＩポリペプチドの単離された細胞外部分を含み得るが、各場合において、好ましくは、上述のＴβＲＩＩポリペプチドのいずれかは、ＴＧＦβ１またはＴＧＦβ３のうちの少なくとも１つに対する実質的な親和性を保持する。一般に、ＴβＲＩＩポリペプチドは、生物学的に適切な温度、ｐＨレベルおよびモル浸透圧濃度において、水性溶液中で可溶性であるように設計される。
【００７４】
一部の実施形態では、本開示のバリアントＴβＲＩＩポリペプチドは、変更されたリガンド結合プロファイルを付与する、細胞外ドメイン中の１または複数の変異を含む。ＴβＲＩＩポリペプチドは、天然に存在するＴβＲＩＩポリペプチドの対応する部分と比較して、アミノ酸配列中に、１、２、５またはそれ超の変更を含み得る。一部の実施形態では、この変異は、配列番号５の７０位に対応する位置において、置換、挿入または欠失を生じる。一部の実施形態では、この変異は、配列番号５の１１０位に対応する位置において、置換、挿入または欠失を生じる。例には、配列番号５のそれぞれ７０位および１１０位に対応する位置におけるＮからＤへの置換またはＤからＫへの置換が含まれるがこれらに限定されない。かかるバリアントＴβＲＩＩポリペプチドの例には、配列番号８、配列番号１４、配列番号１２および配列番号１７に示される配列が含まれるがこれらに限定されない。ＴβＲＩＩポリペプチドは、配列番号２６のヌクレオチド７３〜４８３、配列番号４２のヌクレオチド７３〜４６５もしくはそれらのサイレントバリアントまたはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でそれらの相補体にハイブリダイズする核酸によってコードされるポリペプチドまたはその部分を含み得る。
【００７５】
一部の実施形態では、本開示のバリアントＴβＲＩＩポリペプチドは、ヒトＴβＲＩＩアイソフォームＣ（Ｋｏｎｒａｄら、ＢＭＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８巻：３１８頁、２００７年）に天然に生じるような、ヒトＴβＲＩＩ  ＥＣＤのＣ末端の近傍に位置するグルタミン酸残基の対（配列番号５の１５１位および１５２位、または配列番号６の１７６位および１７７位）の間に、３６アミノ酸の挿入（配列番号１８）をさらに含む。
【００７６】
本開示は、ＴβＲＩＩポリペプチドが、ＴβＲＩＩリガンドを選択的にアンタゴナイズするように修飾され得ることをさらに実証している。本明細書に提示されるデータは、ＴβＲＩＩポリペプチドのより短いＮ末端およびＣ末端がトランケートされたバリアントを含むＦｃ融合タンパク質が、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３によって媒介される細胞シグナル伝達に対して示差的な阻害効果を示すことを示している。具体的には、配列番号５のアミノ酸２９または３５において始まり、それぞれ細胞外ドメインの６アミノ酸または１２アミノ酸のＮ末端トランケーションを保有する、Ｎ末端がトランケートされたバリアントは、ＴβＲＩＩの短アイソフォームの全長細胞外ドメインと比較して、中間の程度のＴＧＦβ１阻害を維持しつつ、ＴＧＦβ３を阻害する潜在力を有意に低減させたことが見出された。配列番号５のアミノ酸１５３において終わり、細胞外ドメインの６アミノ酸のＣ末端トランケーションを保有する、Ｃ末端がトランケートされたバリアントは、リガンド結合に対して実質的な影響を有さず、したがって、全長バージョンと相互交換可能に使用され得る。配列番号５の７０位に対応する位置におけるＮからＤへの置換は、ＴＧＦβ３を強力に阻害し、ＴＧＦβ１に対する無視できる影響を有することが見出された。Ｎ７０残基は、潜在的なグリコシル化部位を示す。さらに、配列番号５の１１０位に対応する位置におけるＤからＫへの置換を含むＦｃ融合タンパク質は、ＴβＲＩＩの短アイソフォームの全長細胞外ドメインと比較して、中間の程度のＴＧＦβ３阻害を維持しつつ、ＴＧＦβ１を阻害する潜在力を有意に低減させたことが見出された。１１０位周囲の領域は、公知のＴβＲＩＩリガンドＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３に対する選択性とは関連付けられてこなかった。したがって、予想外に、例えばＮ７０ＤおよびＤ１１０Ｋ（残基の番号付けは、配列番号５の番号付けと対応する）であるがこれらに限定されないＥＣＤ中の変異を含み、ならびに／またはアミノ酸２９と３５との間で始まりおよび／もしくはアミノ酸１５３とアミノ酸１５９との間で終結するＴβＲＩＩポリペプチドは、全て、活性であり、異なるリガンドに対して広く異なる阻害潜在力を示すと予測される。臨床または実験設定に依存して、これらのトランケートされたバリアント形態のいずれかを使用することが望まれ得る。
【００７７】
ある特定の実施形態では、ＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴＧＦβ１と結合し、このＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴＧＦβ３に対する実質的な結合を示さない。ある特定の実施形態では、ＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴＧＦβ３と結合し、このＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴＧＦβ１に対する実質的な結合を示さない。結合は、例えば、溶液中で、またはＢｉａｃｏｒｅ（商標）システムなどの表面プラズモン共鳴システム中で、精製されたタンパク質を使用して評価され得る。
【００７８】
ある特定の実施形態では、ＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴＧＦβ１細胞シグナル伝達を阻害し、このＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴＧＦβ３に対して、中間のまたは限定的な阻害効果を有する。ある特定の実施形態では、ＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴＧＦβ３細胞シグナル伝達を阻害し、このＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴＧＦβ１に対して、中間のまたは限定的な阻害効果を有する。細胞シグナル伝達に対する阻害効果は、当該分野で公知の方法によってアッセイされ得る。
【００７９】
総合すると、ＴβＲＩＩポリペプチドの活性部分は、配列番号５のアミノ酸配列２３〜１５３、２３〜１５４、２３〜１５５、２３〜１５６、２３〜１５７または２３〜１５８、ならびに配列番号５のアミノ酸２４〜３５のいずれかにおいて始まるこれらの配列のバリアントを含み得る。同様に、ＴβＲＩＩポリペプチドの活性部分は、配列番号６のアミノ酸配列２３〜１７８、２３〜１７９、２３〜１８０、２３〜１８１、２３〜１８２または２３〜１８３、ならびに配列番号６のアミノ酸２４〜６０のいずれかにおいて始まるこれらの配列のバリアントを含み得る。例示的なＴβＲＩＩポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸配列２９〜１５９、３５〜１５９、２３〜１５３、２９〜１５３および３５〜１５３、または配列番号６のアミノ酸配列２９〜１８４、６０〜１８４、２３〜１７８、２９〜１７８および６０〜１７８を含む。これらの範囲内のバリアント、特に、配列番号５または配列番号６の対応する部分に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の同一性を有するバリアントもまた、企図される。配列番号５のアミノ酸１６０〜５６７または配列番号６のアミノ酸１８５〜５９２からなる配列を含まないＴβＲＩＩポリペプチドが、選択され得る。
【００８０】
上記のように、本開示は、天然に存在するＴβＲＩＩポリペプチドに対して、特定した程度の配列同一性または類似性を共有するＴβＲＩＩポリペプチドを提供する。２つのアミノ酸配列のパーセント同一性を決定するために、これらの配列は、最適な比較を目的として、アラインされる（例えば、ギャップが、最適なアラインメントのために第１および第２のアミノ酸または核酸配列の一方または両方において導入され得、非相同配列が、比較を目的として無視され得る）。次いで、対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸残基が比較される。第１の配列中のある位置が、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基によって占められる場合、これらの分子は、その位置において同一である（本明細書で使用する場合、アミノ酸「同一性」は、アミノ酸「相同性」と等価である）。２つの配列間のパーセント同一性は、２つの配列の最適なアラインメントのために導入する必要があるギャップの数および各ギャップの長さを考慮した、これらの配列によって共有される同一な位置の数の関数である。
【００８１】
２つの配列間の配列の比較ならびにパーセント同一性および類似性の決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成され得る（Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｌｅｓｋ，  Ａ．  Ｍ．編、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９８８年；Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ、Ｓｍｉｔｈ，  Ｄ．  Ｗ．編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９９３年；Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａ、Ｐａｒｔ  １、Ｇｒｉｆｆｉｎ，  Ａ．  Ｍ．およびＧｒｉｆｆｉｎ，  Ｈ．  Ｇ．編、Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｊｅｒｓｅｙ、１９９４年；Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、ｖｏｎ  Ｈｅｉｎｊｅ，  Ｇ．、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、１９８７年；ならびにＳｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐｒｉｍｅｒ、Ｇｒｉｂｓｋｏｖ，  Ｍ．およびＤｅｖｅｒｅｕｘ，  Ｊ．編、Ｍ  Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１９９１年）。
【００８２】
一実施形態では、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラム中に組み込まれたＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ（Ｊ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．（４８巻）：４４４〜４５３頁（１９７０年））のアルゴリズムを使用して決定される（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍにおいて利用可能）。具体的な実施形態では、以下のパラメーターが、ＧＡＰプログラムにおいて使用される：Ｂｌｏｓｕｍ  ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれか、ならびに１６、１４、１２、１０、８、６または４のギャップ重み（ｇａｐ  ｗｅｉｇｈｔ）および１、２、３、４、５または６の長さ重み（ｌｅｎｇｔｈ  ｗｅｉｇｈｔ）。さらに別の実施形態では、２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラムを使用して決定される（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，  Ｊ．ら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１２巻（１号）：３８７頁（１９８４年））（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍにおいて利用可能）。例示的なパラメーターには、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスならびに４０、５０、６０、７０または８０のギャップ重みおよび１、２、３、４、５または６の長さ重みを使用することが含まれる。特記しない限り、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、Ｂｌｏｓｕｍ  ６２マトリックス、１０のギャップ重みおよび３の長さ重みを使用するＧＡＰプログラムを使用して決定され、かかるアルゴリズムが所望のパーセント同一性を計算できない場合、本明細書に開示される適切な代替法を選択すべきである。
【００８３】
別の実施形態では、２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、ＰＡＭ１２０重み残基テーブル、１２のギャップ長ペナルティおよび４のギャップペナルティを使用して、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）中に組み込まれたＥ．  ＭｙｅｒｓおよびＷ．  Ｍｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ、４巻：１１〜１７頁（１９８９年））のアルゴリズムを使用して決定される。
【００８４】
２つのアミノ酸配列間の最良の全体的アラインメントを決定するための別の実施形態は、Ｂｒｕｔｌａｇら（Ｃｏｍｐ．  Ａｐｐ．  Ｂｉｏｓｃｉ．、６巻：２３７〜２４５頁（１９９０年））のアルゴリズムに基づくＦＡＳＴＤＢコンピュータープログラムを使用して決定され得る。配列アラインメントでは、クエリー配列および対象配列は、共にアミノ酸配列である。前記網羅的配列アラインメントの結果は、パーセント同一性を単位として示される。一実施形態では、アミノ酸配列同一性は、Ｂｒｕｔｌａｇら（Ｃｏｍｐ．  Ａｐｐ．  Ｂｉｏｓｃｉ．、６巻：２３７〜２４５頁（１９９０年））のアルゴリズムに基づくＦＡＳＴＤＢコンピュータープログラムを使用して実施される。具体的な実施形態では、アミノ酸アラインメントのパーセント同一性および類似性を計算するために使用されるパラメーターは、マトリックス＝ＰＡＭ  １５０、ｋ−タプル＝２、ミスマッチペナルティ＝１、ジョイニングペナルティ＝２０、ランダム化グループ長＝０、カットオフスコア＝１、ギャップペナルティ＝５およびギャップサイズペナルティ＝０．０５を含む。
【００８５】
ＴβＲＩＩポリペプチドは、Ｎ末端において種々のリーダー配列のうちのいずれかをさらに含み得る。かかる配列は、ペプチドが、真核生物の系において発現され、分泌経路へと標的化されることを可能にする。例えば、Ｅｒｎｓｔら、米国特許第５，０８２，７８３号（１９９２年）を参照のこと。あるいは、ネイティブＴβＲＩＩシグナル配列は、細胞からの突出（ｅｘｔｒｕｓｉｏｎ）をもたらすために使用され得る。可能なリーダー配列には、ネイティブリーダー、組織プラスミノーゲンアクチベーター（ＴＰＡ）およびミツバチメリチン（それぞれ、配列番号２２〜２４）が含まれる。ＴＰＡリーダー配列を取り込んでいるＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質の例には、配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、１０１および１０３が含まれる。シグナルペプチドのプロセシングは、変数のなかでも、選択されたリーダー配列、使用される細胞型および培養条件に依存して変動し得、したがって、成熟ＴβＲＩＩポリペプチドについての実際のＮ末端開始部位は、Ｎ末端またはＣ末端方向のいずれかで、１、２、３、４または５アミノ酸シフトし得る。ＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質の例には、ＴβＲＩＩポリペプチド部分に下線を付した、本明細書に示される配列番号２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、５０、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、１０１および１０３が含まれる（実施例を参照のこと）。ＴβＲＩＩの長アイソフォームに基づく対応するバリアントが、２５アミノ酸の挿入に対してＣ末端の隣接する位置における保存的Ｖａｌ−Ｉｌｅ置換と共に、この挿入を含むことが、当業者によって理解される。ある特定の態様では、本開示は、配列番号１０１のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩポリペプチド、ならびに本明細書に記載される方法に従うその使用に関する。ある特定の態様では、本開示は、配列番号１０３のアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩポリペプチド、ならびに本明細書に記載される方法に従うその使用に関する。ある特定の態様では、本開示は、配列番号１０１のアミノ酸２５〜４６（例えば、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５または４６）のいずれか１つにおいて始まり配列番号１０１のアミノ酸１７０〜１８６（例えば、１７０、１７１、１７２、１７３、１７４、１７５、１７６、１７７、１７８、１７９、１８０、１８１、１８２、１８３、１８４、１８５または１８６）のいずれか１つにおいて終わるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むＴβＲＩＩポリペプチド、ならびに本明細書に記載される方法に従うその使用���関する。
【００８６】
ある特定の実施形態では、本開示は、そのポリペプチドのグリコシル化を変更するような、ＴβＲＩＩポリペプチドの特異的変異を企図する。かかる変異は、Ｏ結合型またはＮ結合型グリコシル化部位などの１または複数のグリコシル化部位を導入または排除するように、選択され得る。アスパラギン結合型グリコシル化認識部位は、一般に、適切な細胞グリコシル化酵素によって特異的に認識されるトリペプチド配列、アスパラギン−Ｘ−スレオニン（またはアスパラギン−Ｘ−セリン）（式中、「Ｘ」は任意のアミノ酸である）を含む。この変更は、野生型ＴβＲＩＩポリペプチドの配列に対する、１もしくは複数のセリンもしくはスレオニン残基の付加または１もしくは複数のセリンもしくはスレオニン残基による置換によっても、行われ得る（Ｏ結合型グリコシル化部位について）。グリコシル化認識部位の第１もしくは第３のアミノ酸位置の一方もしくは両方における種々のアミノ酸の置換もしくは欠失（および／または第２の位置におけるアミノ酸欠失）は、修飾されたトリペプチド配列において非グリコシル化を生じる。ＴβＲＩＩポリペプチド上の炭水化物部分の数を増加させる別の手段は、ＴβＲＩＩポリペプチドへのグリコシドの化学的または酵素的カップリングによるものである。使用されるカップリング様式に依存して、糖（複数可）は、（ａ）アルギニンおよびヒスチジン；（ｂ）遊離カルボキシル基；（ｃ）システインのものなどの遊離スルフヒドリル基；（ｄ）セリン、スレオニンもしくはヒドロキシプロリンのものなどの遊離ヒドロキシル基；（ｅ）フェニルアラニン、チロシンもしくはトリプトファンのものなどの芳香族残基；または（ｆ）グルタミンのアミド基と結合し得る。これらの方法は、参照により本明細書に組み込まれる、１９８７年９月１１日に公開されたＷＯ８７／０５３３０、ならびにＡｐｌｉｎおよびＷｒｉｓｔｏｎ（１９８１年）ＣＲＣ  Ｃｒｉｔ．  Ｒｅｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．、２５９〜３０６頁中に記載されている。ＴβＲＩＩポリペプチド上に存在する１または複数の炭水化物部分の除去は、化学的におよび／または酵素的に達成され得る。化学的脱グリコシル化には、例えば、化合物トリフルオロメタンスルホン酸または等価な化合物へのＴβＲＩＩポリペプチドの曝露が関与し得る。この処理は、アミノ酸配列をインタクトなままにしつつ、連結糖（Ｎ−アセチルグルコサミンまたはＮ−アセチルガラクトサミン）を除いた、ほとんどまたは全ての糖の切断を生じる。化学的脱グリコシル化は、Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎら（１９８７年）Ａｒｃｈ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｐｈｙｓ．２５９巻：５２頁およびＥｄｇｅら（１９８１年）Ａｎａｌ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  １１８巻：１３１頁によってさらに記載されている。ＴβＲＩＩポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、Ｔｈｏｔａｋｕｒａら（１９８７年）Ｍｅｔｈ．  Ｅｎｚｙｍｏｌ．  １３８巻：３５０頁に記載されるように、種々のエンドグリコシダーゼおよびエキソグリコシダーゼの使用によって達成され得る。哺乳動物、酵母、昆虫および植物の細胞は全て、ペプチドのアミノ酸配列によって影響され得る異なるグリコシル化パターンを導入し得るので、ＴβＲＩＩポリペプチドの配列は、必要に��じて、使用される発現系の型に依存して調整され得る。一般に、ヒトでの使用のためのＴβＲＩＩポリペプチドは、ＨＥＫ２９３またはＣＨＯ細胞株などの、適切なグリコシル化を提供する哺乳動物細胞株において発現されるが、他の哺乳動物発現細胞株、操作されたグリコシル化酵素を有する酵母細胞株、および昆虫細胞も、同様に有用であると予測される。
【００８７】
本開示は、変異体、特に、ＴβＲＩＩポリペプチドのコンビナトリアル変異体のセット、ならびにトランケーション変異体を生成する方法をさらに企図する；コンビナトリアル変異体のプールは、機能的バリアント配列を同定するために特に有用である。かかるコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングする目的は、例えば、アゴニストもしくはアンタゴニストのいずれかとして作用し得る、またはあるいは、新規活性を全て一緒に有するＴβＲＩＩポリペプチドバリアントを生成することであり得る。種々のスクリーニングアッセイは、以下に提供され、かかるアッセイは、バリアントを評価するために使用され得る。例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドバリアントは、ＴβＲＩＩリガンドと結合する能力、ＴβＲＩＩポリペプチドへのＴβＲＩＩリガンドの結合を防止する能力、またはＴβＲＩＩリガンドによって引き起こされるシグナル伝達を妨害する能力について、スクリーニングされ得る。ＴβＲＩＩポリペプチドまたはそのバリアントの活性は、細胞ベースのアッセイまたはｉｎ  ｖｉｖｏアッセイ、特に、実施例に開示されるアッセイのいずれかにおいても、試験され得る。
【００８８】
天然に存在するＴβＲＩＩポリペプチドの細胞外ドメインを含むＴβＲＩＩポリペプチドと比較して、選択的なまたは一般に増加した潜在力を有する、コンビナトリアルに誘導されたバリアントが、生成され得る。同様に、変異誘発は、対応する野生型ＴβＲＩＩポリペプチドとは劇的に異なる血清半減期を有するバリアントを生じ得る。例えば、変更されたタンパク質は、ネイティブＴβＲＩＩポリペプチドの破壊、またはネイティブＴβＲＩＩポリペプチドの他の方法による排除もしくは不活化を生じる、タンパク質分解性の分解または他のプロセスに対して、より安定にされ得るかまたはより不安定にされ得るかのいずれかである。かかるバリアント、およびそれらをコードする遺伝子は、ＴβＲＩＩポリペプチドの半減期をモジュレートすることによって、ＴβＲＩＩポリペプチドレベルを変更するために利用され得る。例えば、短い半減期は、より一過的な生物学的効果を生じ得、患者内の組換えＴβＲＩＩポリペプチドレベルのより厳密な制御を可能にし得る。Ｆｃ融合タンパク質では、変異が、タンパク質の半減期を変更するために、リンカー（存在する場合）および／またはＦｃ部分中に作成され得る。
【００８９】
コンビナトリアルライブラリーは、潜在的ＴβＲＩＩポリペプチド配列の少なくとも一部分を各々が含むポリペプチドのライブラリーをコードする遺伝子の縮重ライブラリーによって産生され得る。例えば、合成オリゴヌクレオチドの混合物は、潜在的ＴβＲＩＩポリペプチドのヌクレオチド配列の縮重セットが、個々のポリペプチドとして、またはあるいは、（例えば、ファージディスプレイのために）より大きい融合タンパク質のセットとして発現可能であるように、遺伝子配列へと酵素的にライゲーションされ得る。
【００９０】
潜在的ＴβＲＩＩポリペプチドバリアントのライブラリーが縮重オリゴヌクレオチド配列から生成され得る多くの方法が存在する。縮重遺伝子配列の化学的合成は、自動ＤＮＡ合成機において実施され得、次いで、合成遺伝子が、発現のために適切なベクター中にライゲーションされ得る。縮重オリゴヌクレオチドの合成は、当該分野で周知である（例えば、Ｎａｒａｎｇ，  ＳＡ（１９８３年）Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３９巻：３頁；Ｉｔａｋｕｒａら、（１９８１年）Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＤＮＡ，  Ｐｒｏｃ．  ３ｒｄ  
Ｃｌｅｖｅｌａｎｄ  Ｓｙｍｐｏｓ．  Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ、ＡＧ  Ｗａｌｔｏｎ編、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ：  Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  ２７３〜２８９頁；Ｉｔａｋｕｒａら、（１９８４年）Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  ５３巻：３２３頁；Ｉｔａｋｕｒａら、（１９８４年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９８巻：１０５６頁；Ｉｋｅら、（１９８３年）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．  １１巻：４７７頁を参照のこと）。かかる技術は、他のタンパク質の指向性の進化において使用されてきた（例えば、Ｓｃｏｔｔら、（１９９０年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９巻：３８６〜３９０頁；Ｒｏｂｅｒｔｓら、（１９９２年）ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  ８９巻：２４２９〜２４３３頁；Ｄｅｖｌｉｎら、（１９９０年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９巻：４０４〜４０６頁；Ｃｗｉｒｌａら、（１９９０年）ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  ８７巻：６３７８〜６３８２頁；ならびに米国特許第５，２２３，４０９号、同第５，１９８，３４６号および同第５，０９６，８１５号を参照のこと）。
【００９１】
あるいは、他の形態の変異誘発が、コンビナトリアルライブラリーを生成するために利用され得る。例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドバリアントは、例えば、アラニンスキャニング変異誘発などを使用するスクリーニングによって（Ｒｕｆら、（１９９４年）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３３巻：１５６５〜１５７２頁；Ｗａｎｇら、（１９９４年）Ｊ．
Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６９巻：３０９５〜３０９９頁；Ｂａｌｉｎｔら、（１９９３年）Ｇｅｎｅ  １３７巻：１０９〜１１８頁；Ｇｒｏｄｂｅｒｇら、（１９９３年）Ｅｕｒ．  Ｊ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  ２１８巻：５９７〜６０１頁；Ｎａｇａｓｈｉｍａら、（１９９３年）Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．  ２６８巻：２８８８〜２８９２頁；Ｌｏｗｍａｎら、（１９９１年）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３０巻：１０８３２〜１０８３８頁；およびＣｕｎｎｉｎｇｈａｍら、（１９８９年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４巻：１０８１〜１０８５頁）、リンカースキャニング変異誘発によって（Ｇｕｓｔｉｎら、（１９９３年）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １９３巻：６５３〜６６０頁；Ｂｒｏｗｎら、（１９９２年）Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．  １２巻：２６４４〜２６５２頁；ＭｃＫｎｉｇｈｔら、（１９８２年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３２巻：３１６頁）；飽和変異誘発によって（Ｍｅｙｅｒｓら、（１９８６年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３２巻：６１３頁）；ＰＣＲ変異誘発によって（Ｌｅｕｎｇら、（１９８９年）Ｍｅｔｈｏｄ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  １巻：１１〜１９頁）；または化学的変異誘発などを含むランダム変異誘発によって（Ｍｉｌｌｅｒら、（１９９２年）Ａ  Ｓｈｏｒｔ  Ｃｏｕｒｓｅ  ｉｎ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、ＣＳＨＬ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ；およびＧｒｅｅｎｅｒら、（１９９４年）Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ  ｉｎ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ７巻：３２〜３４頁）、ライブラリーから生成および単離され得る。特にコンビナトリアル設定におけるリンカースキャニング変異誘発は、ＴβＲＩＩポリペプチドのトランケートされた（生物活性）形態を同定するための代替的な方法である。
【００９２】
広い範囲の技術が、点変異およびトランケーションによって作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするため、およびそれについて言えば、特定の特性を有する遺伝子産物についてｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするために、当該分野で公知である。かかる技術は、ＴβＲＩＩポリペプチドのコンビナトリアル変異誘発によって生成された遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに、一般に順応性がある。大きい遺伝子ライブラリーをスクリーニングするために最も広く使用される技術は、典型的には、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクター中にクローニングするステップ、ベクターの得られたライブラリーで適切な細胞を形質転換するステップ、および所望の活性の検出が、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの比較的容易な単離を促進する条件下で、コンビナトリアル遺伝子を発現させるステップを含む。好ましいアッセイには、ＴβＲＩＩリガンド結合アッセイおよびリガンド媒介性細胞シグナル伝達アッセイが含まれる。
【００９３】
ある特定の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴβＲＩＩポリペプチド中に天然に存在する任意の修飾に加えて、翻訳後修飾をさらに含み得る。かかる修飾には、アセチル化、カルボキシル化、グリコシル化、リン酸化、脂質化、ペグ化（ポリエチレングリコール）およびアシル化が含まれるがこれらに限定されない。結果として、修飾されたＴβＲＩＩポリペプチドは、非アミノ酸要素、例えば、ポリエチレングリコール、脂質、モノサッカライドまたはポリサッカライドおよびホスフェートを含み得る。ＴβＲＩＩポリペプチドの機能性に対するかかる非アミノ酸要素の影響は、他のＴβＲＩＩポリペプチドバリアントについて本明細書に記載したように試験され得る。ＴβＲＩＩポリペプチドが、ＴβＲＩＩポリペプチドの新生形態を切断することによって細胞中で産生される場合、翻訳後プロセシングは、タンパク質の正確な折り畳みおよび／または機能にとっても重要であり得る。異なる細胞（例えば、ＣＨＯ、ＨｅＬａ、ＭＤＣＫ、２９３、ＷＩ３８、ＮＩＨ−３Ｔ３またはＨＥＫ−２９３）は、かかる翻訳後活性のための特異的な細胞マシナリーおよび特徴的機構を有し、ＴβＲＩＩポリペプチドの正確な修飾およびプロセシングを確実にするために選択され得る。
【００９４】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩポリペプチドの機能的バリアントまたは修飾された形態には、ＴβＲＩＩポリペプチドの少なくとも一部分と１または複数の融合ドメインとを有する融合タンパク質が含まれる。かかる融合ドメインの周知の例には、ポリヒスチジン、Ｇｌｕ−Ｇｌｕ、グルタチオンＳトランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、チオレドキシン、プロテインＡ、プロテインＧ、免疫グロブリン重鎖定常領域（Ｆｃ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）またはヒト血清アルブミンが含まれるがこれらに限定されない。融合ドメインは、所望の特性を付与するように選択され得る。例えば、一部の融合ドメインは、アフィニティークロマトグラフィーによる融合タンパク質の単離に特に有用である。アフィニティー精製を目的として、アフィニティークロマトグラフィーのための適切なマトリックス、例えば、グルタチオン、アミラーゼ、およびニッケルまたはコバルトコンジュゲート樹脂が使用される。かかるマトリックスの多くは、（ＨＩＳ６）融合パートナーと共に有用な、Ｐｈａｒｍａｃｉａ  ＧＳＴ精製システムおよびＱＩＡｅｘｐｒｅｓｓ（商標）システム（Ｑｉａｇｅｎ）などの「キット」形態で入手可能である。別の例として、融合ドメインは、ＴβＲＩＩポリペプチドの検出を促進するように選択され得る。かかる検出ドメインの例には、種々の蛍光タンパク質（例えば、ＧＦＰ）、ならびにそれに対する特異的抗体が入手可能である通常は短いペプチド配列である「エピトープタグ」が含まれる。それに対する特異的モノクローナル抗体が容易に入手可能である周知のエピトープタグには、ＦＬＡＧ、インフルエンザウイルス赤血球凝集素（ＨＡ）およびｃ−ｍｙｃタグが含まれる。一部の場合では、これらの融合ドメインは、適切なプロテアーゼが融合タンパク質を部分的に消化するのを可能にし、それによって、そこから組換えタンパク質を遊離させる、第Ｘａ因子またはトロンビンなどについてのプロテアーゼ切断部位を有する。次いで、遊離されたタンパク質は、引き続くクロマトグラフィー分離によって、融合ドメインから単離され得る。ある特定の好ましい実施形態では、ＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴβＲＩＩポリペプチドをｉｎ  ｖｉｖｏで安定化するドメイン（「安定剤」ドメイン）と融合される。「安定化する」とは、減少した破壊、腎臓による減少したクリアランス、または他の薬物動態学的効果に起因するか否かには関わらず、血清半減期を増加させるものを意味する。免疫グロブリンのＦｃ部分との融合は、広い範囲のタンパク質に対して所望の薬物動態学的特性を付与することが公知である。同様に、ヒト血清アルブミンへの融合は、所望の特性を付与できる。選択され得る他の型の融合ドメインには、マルチマー化（例えば、ダイマー化、テトラマー化）ドメインおよび機能的ドメインが含まれる。
【００９５】
具体的な例として、本開示は、３つのＦｃドメイン配列（例えば、配列番号１９、２０および２１ならびに配列番号１９、２０および２１に対して８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一の配列）のうちの１つに融合されたＴβＲＩＩポリペプチドのバリアントを含む融合タンパク質を提供する。任意選択で、このＦｃドメインは、Ａｓｐ−２６５、Ｌｙｓ−３２２およびＡｓｎ−４３４（対応する全長ＩｇＧに従って番号付けした）などの残基にお  
いて、１または複数の変異を有する。特定の場合には、これらの変異のうち１または複数（例えば、Ａｓｐ−２６５変異）を有する変異体Ｆｃドメインは、野生型Ｆｃドメインと比較して、Ｆｃγ受容体と結合する能力を低減させた。他の場合には、これらの変異のうち１または複数（例えば、Ａｓｎ−４３４変異）を有する変異体Ｆｃドメインは、野生型Ｆｃドメインと比較して、ＭＨＣクラスＩ関連Ｆｃ受容体（ＦｃＲＮ）と結合する能力を増加させた。
【００９６】
融合タンパク質の異なるエレメントは、所望の機能性と一致する任意の様式でアレンジされ得ることが理解される。例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドは、異種ドメインに対してＣ末端に配置され得、またはあるいは、異種ドメインが、ＴβＲＩＩポリペプチドに対してＣ末端に配置され得る。ＴβＲＩＩポリペプチドドメインおよび異種ドメインは、融合タンパク質中で隣接している必要はなく、さらなるドメインまたはアミノ酸配列が、いずれかのドメインに対してＣ末端もしくはＮ末端に、またはドメイン間に、含まれ得る。
【００９７】
本明細書で使用する場合、用語「免疫グロブリンＦｃドメイン」または単に「Ｆｃ」は、免疫グロブリン鎖の定常領域、好ましくは免疫グロブリン重鎖定常領域、またはその一部分の、カルボキシル末端部分を意味すると理解される。例えば、免疫グロブリンＦｃ領域は、１）ＣＨ１ドメイン、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメイン、２）ＣＨ１ドメインおよびＣＨ２ドメイン、３）ＣＨ１ドメインおよびＣＨ３ドメイン、４）ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメイン、または５）２もしくはそれ超のドメインおよび免疫グロブリンヒンジ領域の組合せを含み得る。好ましい実施形態では、この免疫グロブリンＦｃ領域は、少なくとも免疫グロブリンヒンジ領域ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメインを含み、好ましくは、ＣＨ１ドメインを欠く。
【００９８】
一実施形態では、重鎖定常領域が由来する免疫グロブリンのクラスは、ＩｇＧ（Ｉｇγ）（γサブクラス１、２、３または４）である。他のクラスの免疫グロブリン、ＩｇＡ（Ｉｇα）、ＩｇＤ（Ｉｇδ）、ＩｇＥ（Ｉｇε）およびＩｇＭ（Ｉｇμ）が、使用され得る。適切な免疫グロブリン重鎖定常領域の選択は、米国特許第５，５４１，０８７号および同第５，７２６，０４４号において、詳細に議論されている。特定の結果を達成するための、特定の免疫グロブリンクラスおよびサブクラスからの特定の免疫グロブリン重鎖定常領域配列の選択は、当該分野の技術水準の範囲内とみなされる。免疫グロブリンＦｃ領域をコードするＤＮＡ構築物の部分は、好ましくは、ヒンジドメインの少なくとも一部分、および好ましくは、ＦｃガンマのＣＨ３ドメインまたはＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥもしくはＩｇＭのいずれかにおける相同ドメインの少なくとも一部分を含む。
【００９９】
さらに、免疫グロブリン重鎖定常領域内のアミノ酸の置換または欠失は、本明細書に開示される方法および組成物の実施において有用であり得ることが企図される。一例は、Ｆｃ受容体に対する低減された親和性を有するＦｃバリアントを創出するために、上のＣＨ２領域中にアミノ酸置換を導入することである（Ｃｏｌｅら（１９９７年）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １５９巻：３６１３頁）。
【０１００】
本出願は、操作されたまたはバリアントＦｃ領域を有するＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質をさらに提供する。かかる抗体およびＦｃ融合タンパク質は、例えば、抗原依存的細胞傷害（ＡＤＣＣ）および補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）などのエフェクター機能をモジュレートする際に、有用であり得る。さらに、これらの修飾は、抗体およびＦｃ融合タンパク質の安定性を改善し得る。これらの抗体およびＦｃ融合タンパク質のアミノ酸配列バリアントは、ＤＮＡ中に適切なヌクレオチド変化を導入することによって、またはペプチド合成によって、調製される。かかるバリアントは、例えば、本明細書に開示される抗体およびＦｃ融合タンパク質のアミノ酸配列からの欠失、ならびに／またはかかるアミノ酸配列中への挿入、ならびに／またはかかるアミノ酸配列内の残基の置換を含む。欠失、挿入および置換の任意の組合せが、最終構築物が所望の特徴を有することを条件として、最終構築物に到達するために作成される。アミノ酸変化は、グリコシル化部位の数または位置を変化させるなど、抗体およびＦｃ融合タンパク質の翻訳後プロセスもまた変更し得る。
【０１０１】
低減されたエフェクター機能を有する抗体およびＦｃ融合タンパク質は、Ｂｌｕｅｓｔｏｎｅら（ＷＯ９４／２８０２７およびＷＯ９８／４７５３１を参照のこと；Ｘｕら、２０００年、Ｃｅｌｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２００巻；１６〜２６頁もまた参照のこと）によって記載されたＡｌａ−Ａｌａ変異が含まれるがこれに限定されない変化をアミノ酸配列中に導入することによって産生され得る。したがって、ある特定の実施形態では、定常領域内にＡｌａ−Ａｌａ変異を含む変異を有する本開示の抗体およびＦｃ融合タンパク質が、エフェクター機能を低減または無効にするために、使用され得る。これらの実施形態によれば、抗体およびＦｃ融合タンパク質は、２３４位におけるアラニンへの変異もしくは２３５位におけるアラニンへの変異、またはそれらの組合せを含み得る。一実施形態では、この抗体またはＦｃ融合タンパク質は、ＩｇＧ４フレームワークを含み、ここで、Ａｌａ−Ａｌａ変異は、２３４位におけるフェニルアラニンからアラニンへの変異（複数可）および／または２３５位におけるロイシンからアラニンへの変異を記述する。別の実施形態では、この抗体またはＦｃ融合タンパク質は、ＩｇＧ１フレームワークを含み、ここで、Ａｌａ−Ａｌａ変異は、２３４位におけるロイシンからアラニンへの変異（複数可）および／または２３５位におけるロイシンからアラニンへの変異を記述する。この抗体またはＦｃ融合タンパク質は、ＣＨ２ドメインにおける点変異Ｋ３２２Ａを含む他の変異を、代替的にまたはさらに保有し得る（Ｈｅｚａｒｅｈら、２００１年、Ｊ  Ｖｉｒｏｌ．７５巻：１２１６１〜８頁）。
【０１０２】
特定の実施形態では、この抗体またはＦｃ融合タンパク質は、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を増強するかまたは阻害するために修飾され得る。モジュレートされたＣＤＣ活性は、Ｆｃ領域中に１または複数のアミノ酸置換、挿入または欠失を導入することによって達成され得る（例えば、米国特許第６，１９４，５５１号を参照のこと）。あるいは、またはさらに、システイン残基（複数可）がＦｃ領域中に導入され得、それによって、この領域における鎖間ジスルフィド結合の形成を可能にする。こうして生成されたホモダイマー抗体は、改善もしくは低減された内在化能および／または増加もしくは減少された補体媒介性細胞死滅を有し得る。Ｃａｒｏｎら、Ｊ．  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ．１７６巻：１１９１〜１１９５頁（１９９２年）ならびにＳｈｏｐｅｓ，  Ｂ．  Ｊ．、Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８巻：２９１８〜２９２２頁（１９９２年）、ＷＯ９９／５１６４２、ＤｕｎｃａｎおよびＷｉｎｔｅｒ、Ｎａｔｕｒｅ  ３２２巻：７３８〜４０頁（１９８８年）；米国特許第５，６４８，２６０号；米国特許第５，６２４，８２１号；ならびにＷＯ９４／２９３５１を参照のこと。
【０１０３】
ある特定の実施形態では、本開示は、他のタンパク質および／もしくは他のＴβＲＩＩポリペプチド種から単離された、または他のタンパク質および／もしくは他のＴβＲＩＩポリペプチド種を他の方法で実質的に含まない（例えば、少なくとも８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％含まない）、ＴβＲＩＩポリペプチドの単離および／または精製された形態を利用可能にする。ＴβＲＩＩポリペプチドは、一般に、組換え核酸からの発現によって産生される。
【０１０４】
ある特定の実施形態では、本開示は、ＴβＲＩＩタンパク質の細胞外部分のコード配列を含む、可溶性ＴβＲＩＩポリペプチドをコードする核酸を含む。さらなる実施形態では、本開示は、かかる核酸を含む宿主細胞にも関する。この宿主細胞は、任意の原核または真核細胞であり得る。例えば、本開示のポリペプチドは、Ｅ．ｃｏｌｉなどの細菌細胞、昆虫細胞（例えば、バキュロウイルス発現系を使用する）、酵母または哺乳動物細胞において、発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。したがって、本開示の一部の実施形態は、ＴβＲＩＩポリペプチドを産生する方法にさらに関する。
Ｂ．ＴβＲＩＩポリペプチドをコードする核酸
【０１０５】
ある特定の態様では、本開示は、本明細書に開示される断片、機能的バリアントおよび融合タンパク質を含むＴβＲＩＩポリペプチドのいずれかをコードする単離されたおよび／または組換え核酸を提供する。配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４および１０２は、ＩｇＧ２  ＦｃドメインまたはＮ末端がトランケートされたＩｇＧ１  Ｆｃドメインに融合されたＴβＲＩＩ細胞外ドメインのバリアントをコードする。対象核酸は、一本鎖または二本鎖であり得る。かかる核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子であり得る。これらの核酸は、例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドを作製するための方法において、または直接的治療剤として（例えば、アンチセンス、ＲＮＡｉまたは遺伝子治療アプローチにおいて）、使用され得る。
【０１０６】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩポリペプチドをコードする対象核酸は、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４および１０２のバリアントである核酸を含むことが、さらに理解される。バリアントヌクレオチド配列には、１または複数のヌクレオチド置換、付加または欠失によって異なる配列、例えば、対立遺伝子バリアントが含まれる。
【０１０７】
ある特定の実施形態では、本開示は、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２および４４に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％。、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である、単離されたまたは組換え核酸配列を提供する。当業者は、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４および１０２に対して相補的な核酸配列、ならびに配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４および１０２ならびにそのバリアントもまた、本開示の範囲内であることを理解する。さらなる実施形態では、本開示の核酸配列は、単離され得る、組換えであり得るおよび／もしくは異種ヌクレオチド配列と融合され得る、またはＤＮＡライブラリー中にあり得る。
【０１０８】
他の実施形態では、本開示の核酸は、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４および１０２に示されるヌクレオチド配列、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４および１０２の相補体配列、またはそれらの断片に対して、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列もまた含む。上で議論したように、当業者は、ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する適切なストリンジェンシーの条件が変動され得ることを、容易に理解する。例えば、約４５℃での６．０×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）におけるハイブリダイゼーションと、その後の、５０℃での２．０×ＳＳＣの洗浄とを、実施することができる。例えば、洗浄ステップにおける塩濃度は、５０℃における約２．０×ＳＳＣの低いストリンジェンシーから、５０℃における約０．２×ＳＳＣの高いストリンジェンシーまでで、選択され得る。さらに、洗浄ステップにおける温度は、室温、約２２℃での低いストリンジェンシーの条件から、約６５℃での高いストリンジェンシーの条件まで増加され得る。温度および塩の両方が変動され得、または温度もしくは塩濃度は、他の変数が変化しても一定で維持され得る。一部の実施形態では、本開示は、室温での６×ＳＳＣとその後の室温での２×ＳＳＣにおける洗浄の低いストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズする核酸を提供する。
【０１０９】
遺伝子コードにおける縮重に起因して配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４および１０２に示される核酸とは異なる単離された核酸もまた、本開示の範囲内である。例えば、いくつかのアミノ酸は、１よりも多いトリプレットによって指定される。同じアミノ酸または同義語（例えば、ＣＡＵおよびＣＡＣは、ヒスチジンについて同義語である）を特定するコドンは、タンパク質のアミノ酸配列に影響を与えない「サイレント」変異を生じ得る。しかし、対象タンパク質のアミノ酸配列における変化をもたらすＤＮＡ配列多型が、哺乳動物細胞の間に存在すると予測される。当業者は、特定のタンパク質をコードする核酸の１または複数のヌクレオチドにおけるこれらのバリエーション（ヌクレオチドの最大約３〜５％）が、天然の対立遺伝子バリエーションに起因して、所与の種の個体の間に存在し得ることを理解する。あらゆるかかるヌクレオチドバリエーションおよび得られたアミノ酸多型は、本開示の範囲内である。
【０１１０】
ＴβＲＩＩの長アイソフォームに基づく対応するバリアントが、２５アミノ酸の挿入に対してＣ末端の隣接する位置における保存的Ｖａｌ−Ｉｌｅ置換と共に、この挿入をコードするヌクレオチド配列を含むことが、当業者によって理解される。ＴβＲＩＩの長（Ａ）または短（Ｂ）アイソフォームのいずれかに基づく対応するバリアントが、天然に存在するＴβＲＩＩアイソフォームＣについて記載されたのと同じ位置で、３６アミノ酸の挿入（配列番号１８）をコードする１０８ヌクレオチドの挿入を含むバリアントヌクレオチド配列を含むこともまた、理解される（例証を参照のこと）。
【０１１１】
ある特定の実施形態では、本開示の組換え核酸は、発現構築物において、１または複数の調節ヌクレオチド配列に作動可能に連結され得る。調節ヌクレオチド配列は、一般に、発現のために使用される宿主細胞に適切である。多数の型の適切な発現ベクターおよび適切な調節配列が、種々の宿主細胞について、当該分野で公知である。典型的には、前記１または複数の調節ヌクレオチド配列には、プロモーター配列、リーダーまたはシグナル配列、リボソーム結合部位、転写開始および終結配列、翻訳開始および終結配列、ならびにエンハンサーまたはアクチベーター配列が含まれ得るがこれらに限定されない。当該分野で公知の構成的または誘導性プロモーターが、本開示によって企図される。これらのプロモーターは、天然に存在するプロモーター、または１よりも多いプロモーターのエレメントを組み合わせるハイブリッドプロモーターのいずれかであり得る。発現構築物は、プラスミドのように、エピソーム上で細胞中に存在し得、または発現構築物は、染色体中に挿入され得る。好ましい一実施形態では、この発現ベクターは、形質転換された宿主細胞の選択を可能にする選択可能なマーカー遺伝子を含む。選択可能なマーカー遺伝子は、当該分野で周知であり、使用される宿主細胞によって変動する。
【０１１２】
本明細書に開示されるある特定の態様では、この対象核酸は、ＴβＲＩＩポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、少なくとも１つの調節配列に作動可能に連結した発現ベクター中で提供される。調節配列は、当該分野で認識されており、ＴβＲＩＩポリペプチドの発現を指向するために選択される。したがって、用語調節配列には、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御エレメントが含まれる。例示的な調節配列は、Ｇｏｅｄｄｅｌ；  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ（１９９０年）に記載されている。例えば、それに作動可能に連結した場合にＤＮＡ配列の発現を制御する広範な種々の発現制御配列のいずれかが、ＴβＲＩＩポリペプチドをコードするＤＮＡ配列を発現させるために、これらのベクターにおいて使用され得る。かかる有用な発現制御配列には、例えば、ＳＶ４０の初期および後期プロモーター、ｔｅｔプロモーター、アデノウイルスまたはサイトメガロウイルス最初期プロモーター、ＲＳＶプロモーター、ｌａｃ系、ｔｒｐ系、ＴＡＣまたはＴＲＣ系、その発現がＴ７  ＲＮＡポリメラーゼによって指向されるＴ７プロモーター、ファージラムダの主要オペレーターおよびプロモーター領域、ｆｄコートタンパク質の制御領域、３−ホスホグリセリン酸キナーゼまたは他の解糖酵素のプロモーター、酸ホスファターゼのプロモーター、例えば、Ｐｈｏ５、酵母α接合因子のプロモーター、バキュロウイルス系の多角体プロモーター、および原核もしくは真核細胞またはそれらのウイルスの遺伝子の発現を制御することが公知の他の配列、ならびにそれらの種々の組合せが含まれる。発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択、および／または発現されることが望まれるタンパク質の型などの因子に依存し得ることを、理解すべきである。さらに、ベクターのコピー数、そのコピー数を制御する能力、およびこのベクターによってコードされる任意の他のタンパク質、例えば抗生物質マーカーの発現もまた、考慮すべきである。
【０１１３】
本開示に含まれる組換え核酸は、クローニングされた遺伝子またはその一部分を、原核細胞、真核細胞（酵母、トリ、昆虫または哺乳動物）のいずれか、またはそれら両方における発現に適切なベクター中にライゲーションさせることによって、産生され得る。組換えＴβＲＩＩポリペプチドの産生のための発現ビヒクルには、プラスミドおよび他のベクターが含まれる。例えば、適切なベクターには、以下の型のプラスミドが含まれる：Ｅ．ｃｏｌｉなどの原核細胞における発現のための、ｐＢＲ３２２由来プラスミド、ｐＥＭＢＬ由来プラスミド、ｐＥＸ由来プラスミド、ｐＢＴａｃ由来プラスミドおよびｐＵＣ由来プラスミド。
【０１１４】
一部の哺乳動物発現ベクターは、細菌におけるベクターの繁殖を促進するための原核生物配列、および真核細胞において発現される１または複数の真核生物転写単位の両方を含む。ｐｃＤＮＡＩ／ａｍｐ、ｐｃＤＮＡＩ／ｎｅｏ、ｐＲｃ／ＣＭＶ、ｐＳＶ２ｇｐｔ、ｐＳＶ２ｎｅｏ、ｐＳＶ２−ｄｈｆｒ、ｐＴｋ２、ｐＲＳＶｎｅｏ、ｐＭＳＧ、ｐＳＶＴ７、ｐｋｏ−ｎｅｏおよびｐＨｙｇ由来ベクターは、真核細胞のトランスフェクションに適切な哺乳動物発現ベクターの例である。これらのベクターのうちの一部は、原核細胞および真核細胞の両方における複製および薬物耐性選択を促進するために、ｐＢＲ３２２などの細菌プラスミド由来の配列で修飾される。あるいは、ウシパピローマウイルス（ＢＰＶ−１）またはエプスタイン・バーウイルス（ｐＨＥＢｏ、ｐＲＥＰ由来およびｐ２０５）などのウイルスの誘導体が、真核細胞中でのタンパク質の一過的な発現のために使用され得る。他のウイルス（レトロウイルスを含む）発現系の例は、遺伝子治療送達系の説明において以下に見出され得る。プラスミドの調製および宿主生物の形質転換において使用される種々の方法は、当該分野で周知である。原核細胞および真核細胞の両方のための他の適切な発現系、ならびに一般的な組換え手順については、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第３版、Ｓａｍｂｒｏｏｋ、ＦｒｉｔｓｃｈおよびＭａｎｉａｔｉｓ編（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、２００１年）を参照のこと。一部の例では、バキュロウイルス発現系の使用によって組換えポリペプチドを発現させることが望ましい場合がある。かかるバキュロウイルス発現系の例には、ｐＶＬ由来ベクター（例えば、ｐＶＬ１３９２、ｐＶＬ１３９３およびｐＶＬ９４１）、ｐＡｃＵＷ由来ベクター（例えば、ｐＡｃＵＷ１）およびｐＢｌｕｅＢａｃ由来ベクター（例えば、β−ｇａｌ含有ｐＢｌｕｅＢａｃ  ＩＩＩ）が含まれる。
【０１１５】
ある特定の実施形態では、Ｐｃｍｖ−Ｓｃｒｉｐｔベクター（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、Ｌａ  Ｊｏｌｌａ、Ｃａｌｉｆ．）、ｐｃＤＮＡ４ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、Ｃａｌｉｆ．）およびｐＣＩ−ｎｅｏベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃ．）などのベクターが、ＣＨＯ細胞における対象ＴβＲＩＩポリペプチドの産生のために設計される。好ましい実施形態では、ベクターは、ＨＥＫ−２９３細胞における対象ＴβＲＩＩポリペプチドの産生のために設計される。明らかなように、これらの対象遺伝子構築物は、例えば、融合タンパク質またはバリアントタンパク質を含むタンパク質を、精製のために産生するために、培養物中で繁殖された細胞において、対象ＴβＲＩＩポリペプチドの発現を引き起こすために使用され得る。
【０１１６】
本開示は、対象ＴβＲＩＩポリペプチドのうちの１または複数のコード配列（例えば、配列番号２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４または１０２）を含む組換え遺伝子でトランスフェクトされた宿主細胞にも関する。この宿主細胞は、任意の原核または真核細胞であり得る。例えば、本明細書に開示されるＴβＲＩＩポリペプチドは、Ｅ．ｃｏｌｉなどの細菌細胞、昆虫細胞（例えば、バキュロウイルス発現系を使用する）、酵母または哺乳動物細胞において、発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０１１７】
したがって、本開示は、対象ＴβＲＩＩポリペプチドを産生する方法にさらに関する。例えば、ＴβＲＩＩポリペプチドをコードする発現ベクターでトランスフェクトされた宿主細胞は、ＴβＲＩＩポリペプチドの発現を生じさせるための適切な条件下で培養され得る。このＴβＲＩＩポリペプチドは、ＴβＲＩＩポリペプチドを含む細胞および培地の混合物から分泌および単離され得る。あるいは、このＴβＲＩＩポリペプチドは、細胞質にまたは膜画分中に保持され得、細胞が回収され得、溶解され得、タンパク質が単離され得る。細胞培養物は、宿主細胞および培地を含む。細胞培養に適切な培地は、当該分野で周知である。これらの対象ＴβＲＩＩポリペプチドは、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラフィー、限外濾過、電気泳動、ＴβＲＩＩポリペプチドの特定のエピトープに対して特異的な抗体を用いたイムノアフィニティー精製、およびＴβＲＩＩポリペプチドに融合されたドメインと結合する薬剤を用いたアフィニティー精製（例えば、プロテインＡカラムが、ＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合物を精製するために使用され得る）を含む、タンパク質を精製するための当該分野で公知の技術を使用して、細胞培養培地、宿主細胞またはそれら両方から単離され得る。好ましい実施形態では、このＴβＲＩＩポリペプチドは、その精製を促進するドメインを含む融合タンパク質である。一例として、精製は、例えば、任意の順序で、以下のうちの３つまたはそれ超を含む、一連のカラムクロマトグラフィーステップによって達成され得る：プロテインＡクロマトグラフィー、Ｑセファロースクロマトグラフィー、フェニルセファロースクロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィーおよびカチオン交換クロマトグラフィー。精製は、ウイルス濾過および緩衝液交換を用いて完了され得る。
【０１１８】
別の実施形態では、組換えＴβＲＩＩポリペプチドの所望の部分のＮ末端においてポリ（Ｈｉｓ）／エンテロキナーゼ切断部位配列などの精製リーダー配列をコードする融合遺伝子は、Ｎｉ２＋金属樹脂を使用するアフィニティークロマトグラフィーによる発現された融合タンパク質の精製を可能にし得る。次いで、この精製リーダー配列は、精製されたＴβＲＩＩポリペプチドを提供するために、エンテロキナーゼによる処理によって引き続いて除去され得る（例えば、Ｈｏｃｈｕｌｉら、（１９８７年）Ｊ．  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ  ４１１巻：１７７頁；およびＪａｎｋｎｅｃｈｔら、ＰＮＡＳ  ＵＳＡ  ８８巻：８９７２頁を参照のこと）。
【０１１９】
融合遺伝子を作製するための技術は、周知である。本質的に、異なるポリペプチド配列をコードする種々のＤＮＡ断片の接続は、ライゲーションのための平滑末端または粘着末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じた付着末端の充填、望ましくない接続を回避するためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的ライゲーションを使用する従来の技術に従って実施される。別の実施形態では、この融合遺伝子は、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来の技術によって合成され得る。あるいは、遺伝子断片のＰＣＲ増幅が、キメラ遺伝子配列を生成するために引き続いてアニーリングされ得る２つの連続する遺伝子断片間の相補的オーバーハングを生じるアンカープライマーを使用して実施され得る（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ａｕｓｕｂｅｌら編、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ：１９９２年を参照のこと）。
【０１２０】
ＴβＲＩＩ、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３のアンタゴニストである核酸化合物のカテゴリーの例には、アンチセンス核酸、ＲＮＡｉ構築物および触媒的核酸構築物が含まれる。核酸化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。二本鎖化合物は、オーバーハングまたは非相補性の領域もまた含み得、ここで、これらの鎖の一方または他方は、一本鎖である。一本鎖化合物は、自己相補性の領域を含み得、これは、この化合物が、二重らせん構造の領域を有する、いわゆる「ヘアピン」または「ステムループ」構造を形成することを意味する。核酸化合物は、全長ＴβＲＩＩ核酸配列またはリガンド核酸配列の１０００以下、５００以下、２５０以下、１００以下または５０、３５、３０、２５、２２、２０もしくは１８以下のヌクレオチドからなる領域に対して相補的なヌクレオチド配列を含み得る。相補性の領域は、好ましくは、少なくとも８ヌクレオチド、および任意選択で少なくとも１０または少なくとも１５ヌクレオチド、例えば、１５〜２５ヌクレオチドの間である。相補性の領域は、標的転写物のイントロン、コード配列または非コード配列、例えば、コード配列部分内に含まれ得る。一般に、核酸化合物は、約８〜約５００ヌクレオチドまたは塩基対長の長さ、例えば、約１４〜約５０ヌクレオチドの長さを有する。核酸は、ＤＮＡ（特に、アンチセンスとしての使用のため）、ＲＮＡまたはＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッドであり得る。任意の１つの鎖は、ＤＮＡおよびＲＮＡの混合物、ならびにＤＮＡまたはＲＮＡのいずれとしても容易に分類できない修飾された形態を含み得る。同様に、二本鎖化合物は、ＤＮＡ：ＤＮＡ、ＤＮＡ：ＲＮＡまたはＲＮＡ：ＲＮＡであり得、任意の１つの鎖はまた、ＤＮＡおよびＲＮＡの混合物、ならびにＤＮＡまたはＲＮＡのいずれとしても容易に分類できない修飾された形態を含み得る。核酸化合物は、骨格（ヌクレオチド間連結を含む、天然核酸中の糖−リン酸部分）または塩基部分（天然核酸のプリンまたはピリミジン部分）への１または複数の修飾を含む、種々の修飾のいずれかを含み得る。アンチセンス核酸化合物は、好ましくは、約１５〜約３０ヌクレオチドの長さを有し、血清において、細胞において、または化合物が送達される可能性が高い場所、例えば経口送達された化合物の場合には胃において、吸入された化合物については肺において、安定性などの特徴を改善するための、１または複数の修飾を含むことが多い。ＲＮＡｉ構築物の場合、標的転写物に対して相補的な鎖は、一般に、ＲＮＡまたはその修飾物である。他方の鎖は、ＲＮＡ、ＤＮＡまたは任意の他のバリエーションであり得る。二本鎖または一本鎖「ヘアピン」ＲＮＡｉ構築物の二重鎖部分は、好ましくは、Ｄｉｃｅｒ基質として機能する限り、１８〜４０ヌクレオチド長の長さ、および任意選択で約２１〜２３ヌクレオチド長の長さを有する。触媒的または酵素的核酸は、リボザイムまたはＤＮＡ酵素であり得、修飾された形態もまた含み得る。核酸化合物は、生理学的条件下およびナンセンスまたはセンス制御がほとんどまたは全く影響を有さない濃度において細胞と接触させた場合、約５０％、７５％、９０％またはそれ超、標的の発現を阻害し得る。核酸化合物の影響を試験するための好ま���い濃度は、１、５および１０マイクロモルである。核酸化合物は、例えば、血管新生に対する影響についても試験され得る。
Ｃ．抗体アンタゴニスト
【０１２１】
ある特定の態様では、本明細書に開示される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストは、抗体（ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体）または抗体の組合せである。ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、例えば、１または複数のＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）、ＴβＲＩＩ受容体、ＴβＲＩＩ関連Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）、および／またはＴβＲＩＩ共受容体（例えば、ベータグリカン）を阻害および／またはそれに結合し得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せがシグナル伝達（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達）を阻害する能力および／または標的に結合する能力は、本明細書に記載されるものなどを含むｉｎ  ｖｉｔｒｏのまたは細胞ベースのアッセイで決定される。本明細書に記載するように、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体またはアンタゴニスト抗体の組合せは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板血症）および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）、または骨髄増殖性障害および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために、単独で、または１もしくは複数のさらなる支持療法もしくは活性薬剤と組み合わせて使用され得る。
【０１２２】
ある特定の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＴＧＦβ１を阻害する抗体である。したがって、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＴＧＦβ１に結合する。本明細書で使用する場合、ＴＧＦβ１抗体（抗ＴＧＦβ１抗体）は一般に、その抗体が、ＴＧＦβ１を標的化する際に診断および／または治療剤として有用なように、十分な親和性でＴＧＦβ１に結合することが可能である抗体を指す。ある特定の実施形態では、無関係な非ＴＧＦβ１タンパク質に対する抗ＴＧＦβ１抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される通り、ＴＧＦβ１に対するその抗体の結合の約１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満、または１％未満である。ある特定の実施形態では、抗ＴＧＦβ１抗体は、異なる種由来のＴＧＦβ１間で保存された、ＴＧＦβ１のエピトープに結合する。ある特定の好ましい実施形態では、抗ＴＧＦβ１抗体は、ヒトＴＧＦβ１に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１抗体は、ＴＧＦβ１がＩ型、ＩＩ型および／または共受容体（例えば、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５および／またはベータグリカン）に結合することを阻害し得、したがって、ＴＧＦβ１シグナル伝達（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達）を阻害し得る。ＴＧＦβ１は、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３に対して、いくらかの配列相同性を共有することに留意すべきである。したがって、ＴＧＦβ１に結合する抗体は、一部の実施形態では、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３にも結合し得る。一部の実施形態では、本開示は、ＴＧＦβ１に結合し、例えば、１もしくは複数のさらなるＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、またはＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）、１もしくは複数のＩ型および／もしくはＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩおよびＡＬＫ５）ならびに／または１もしくは複数の共受容体（例えば、ベータグリカン）にさらに結合する多特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）およびその使用に関する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１に結合する多特異性抗体は、ＴＧＦβ２に結合しない、またはＴＧＦβ２に実質的に結合しない（例えば、１×１０−７Ｍ超のＫＤでＴＧＦβ２に結合する、または比較的控えめな結合、例えば、約１×１０−８Ｍもしくは約１×１０−９Ｍを有する）。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１に結合する多特異性抗体は、ＴＧＦβ３にさらに結合するが、ＴＧＦβ２に結合しない、またはＴＧＦβ２に実質的に結合しない（例えば、１×１０−７Ｍ超のＫＤでＴＧＦβ２に結合する、または比較的控えめな結合、例えば、約１×１０−８Ｍもしくは約１×１０−９Ｍを有する）。一部の実施形態では、本開示は、ＴＧＦβ１抗体と、例えば、１もしくは複数のさらなるＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、またはＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）、１もしくは複数のＩ型および／もしくはＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩおよびＡＬＫ５）ならびに／または１もしくは複数の共受容体（例えば、ベータグリカン）に結合する１または複数のさらなる抗体とを含む抗体の組合せおよびその使用に関する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１抗体を含む抗体の組��せは、ＴＧＦβ２抗体を含まない。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１抗体を含む抗体の組合せは、ＴＧＦβ３抗体をさらに含むが、ＴＧＦβ２抗体は含まない。
【０１２３】
ある特定の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＴＧＦβ２を阻害する抗体である。したがって、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＴＧＦβ２に結合する。本明細書で使用する場合、ＴＧＦβ２抗体（抗ＴＧＦβ２抗体）は一般に、その抗体が、ＴＧＦβ２を標的化する際に診断および／または治療剤として有用なように、十分な親和性でＴＧＦβ２に結合することが可能である抗体を指す。ある特定の実施形態では、無関係な非ＴＧＦβ２タンパク質に対する抗ＴＧＦβ２抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される通り、ＴＧＦβ２に対するその抗体の結合の約１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満、または１％未満である。ある特定の実施形態では、抗ＴＧＦβ２抗体は、異なる種由来のＴＧＦβ２間で保存された、ＴＧＦβ２のエピトープに結合する。ある特定の好ましい実施形態では、抗ＴＧＦβ２抗体は、ヒトＴＧＦβ２に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ２抗体は、ＴＧＦβ２がＩ型、ＩＩ型および／または共受容体（例えば、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５および／またはベータグリカン）に結合することを阻害し得、したがって、ＴＧＦβ２シグナル伝達（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達）を阻害し得る。ＴＧＦβ２は、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３に対して、いくらかの配列相同性を共有することに留意すべきである。したがって、ＴＧＦβ２に結合する抗体は、一部の実施形態では、ＴＧＦβ１および／またはＴＧＦβ３にも結合し得る。一部の実施形態では、本開示は、ＴＧＦβ２に結合し、例えば、１もしくは複数のさらなるＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ３、またはＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３）、１もしくは複数のＩ型および／もしくはＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩおよびＡＬＫ５）ならびに／または１もしくは複数の共受容体（例えば、ベータグリカン）にさらに結合する多特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）およびその使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、ＴＧＦβ２抗体と、例えば、１もしくは複数のさらなるＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ３、またはＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３）、１もしくは複数のＩ型および／もしくはＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩおよびＡＬＫ５）ならびに／または１もしくは複数の共受容体（例えば、ベータグリカン）に結合する１または複数のさらなる抗体とを含む抗体の組合せおよびその使用に関する。
【０１２４】
ある特定の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＴＧＦβ３を阻害する抗体である。したがって、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＴＧＦβ３に結合する。本明細書で使用する場合、ＴＧＦβ３抗体（抗ＴＧＦβ３抗体）は一般に、その抗体が、ＴＧＦβ３を標的化する際に診断および／または治療剤として有用なように、十分な親和性でＴＧＦβ３に結合することが可能である抗体を指す。ある特定の実施形態では、無関係な非ＴＧＦβ３タンパク質に対する抗ＴＧＦβ３抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される通り、ＴＧＦβ３に対するその抗体の結合の約１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満、または１％未満である。ある特定の実施形態では、抗ＴＧＦβ３抗体は、異なる種由来のＴＧＦβ３間で保存された、ＴＧＦβ３のエピトープに結合する。ある特定の好ましい実施形態では、抗ＴＧＦβ３抗体は、ヒトＴＧＦβ３に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３抗体は、ＴＧＦβ３がＩ型、ＩＩ型および／または共受容体（例えば、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５および／またはベータグリカン）に結合することを阻害し得、したがって、ＴＧＦβ３シグナル伝達（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達）を阻害し得る。ＴＧＦβ３は、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ１に対して、いくらかの配列相同性を共有することに留意すべきである。したがって、ＴＧＦβ３に結合する抗体は、一部の実施形態では、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ１にも結合し得る。一部の実施形態では、本開示は、ＴＧＦβ３に結合し、例えば、１もしくは複数のさらなるＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ１、またはＴＧＦβ２およびＴＧＦβ１）、１もしくは複数のＩ型および／もしくはＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩおよびＡＬＫ５）ならびに／または１もしくは複数の共受容体（例えば、ベータグリカン）にさらに結合する多特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）およびその使用に関する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３に結合する多特異性抗体は、ＴＧＦβ２に結合しない、またはＴＧＦβ２に実質的に結合しない（例えば、１×１０−７Ｍ超のＫＤでＴＧＦβ２に結合する、または比較的控えめな結合、例えば、約１×１０−８Ｍもしくは約１×１０−９Ｍを有する）。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３に結合する多特異性抗体は、ＴＧＦβ１にさらに結合するが、ＴＧＦβ２に結合しない、またはＴＧＦβ２に実質的に結合しない（例えば、１×１０−７Ｍ超のＫＤでＴＧＦβ２に結合する、または比較的控えめな結合、例えば、約１×１０−８Ｍもしくは約１×１０−９Ｍを有する）。一部の実施形態では、本開示は、ＴＧＦβ３抗体と、例えば、１もしくは複数のさらなるＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ１、またはＴＧＦβ２およびＴＧＦβ１）、１もしくは複数のＩ型および／もしくはＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩおよびＡＬＫ５）ならびに／または１もしくは複数の共受容体（例えば、ベータグリカン）に結合する１または複数のさらなる抗体とを含む抗体の組合せおよびその使用に関する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３抗体を含む抗体の組��せは、ＴＧＦβ２抗体を含まない。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３抗体を含む抗体の組合せは、ＴＧＦβ１抗体をさらに含むが、ＴＧＦβ２抗体は含まない。
【０１２５】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＴβＲＩＩを阻害する抗体である。したがって、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＴβＲＩＩに結合する。本明細書で使用する場合、ＴβＲＩＩ抗体（抗ＴβＲＩＩ抗体）は一般に、その抗体が、ＴβＲＩＩを標的化する際に診断および／または治療剤として有用なように、十分な親和性でＴβＲＩＩに結合する抗体を指す。ある特定の実施形態では、無関係な非ＴβＲＩＩタンパク質に対する抗ＴβＲＩＩ抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、Ｂｉａｃｏｒｅまたは他のタンパク質−タンパク質相互作用もしくは結合親和性アッセイによって測定される通り、ＴβＲＩＩに対するその抗体の結合の約１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満、または約１％未満である。ある特定の実施形態では、抗ＴβＲＩＩ抗体は、異なる種由来のＴβＲＩＩ間で保存された、ＴβＲＩＩのエピトープに結合する。ある特定の好ましい実施形態では、抗ＴβＲＩＩ抗体は、ヒトＴβＲＩＩに結合する。一部の実施形態では、抗ＴβＲＩＩ抗体は、１または複数のＴβＲＩＩリガンド［例えば、ＴＧＦβ１；ＴＧＦβ２；ＴＧＦβ３；ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３；ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ２；ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３；またはＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３］がＴβＲＩＩに結合することを阻害し得る。一部の実施形態では、抗ＴβＲＩＩ抗体は、ＴβＲＩＩと１または複数のＴβＲＩＩリガンド［例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３］、Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）および／または共受容体（例えば、ベータグリカン）とに結合する多特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）である。一部の実施形態では、本開示は、抗ＴβＲＩＩ抗体と、例えば、１または複数のＴβＲＩＩリガンド［例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３］、Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）および／または共受容体（例えば、ベータグリカン）に結合する１または複数のさらなる抗体とを含む抗体の組合せおよびその使用に関する。
【０１２６】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＡＬＫ５を阻害する抗体である。したがって、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともＡＬＫ５に結合する。本明細書で使用する場合、ＡＬＫ５抗体（抗ＡＬＫ５抗体）は一般に、その抗体が、ＡＬＫ５を標的化する際に診断および／または治療剤として有用なように、十分な親和性でＡＬＫ５に結合する抗体を指す。ある特定の実施形態では、無関係な非ＡＬＫ５タンパク質に対する抗ＡＬＫ５抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、Ｂｉａｃｏｒｅまたは他のタンパク質−タンパク質相互作用もしくは結合親和性アッセイによって測定される通り、ＡＬＫ５に対するその抗体の結合の約１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満、または約１％未満である。ある特定の実施形態では、抗ＡＬＫ５抗体は、異なる種由来のＡＬＫ５間で保存された、ＡＬＫ５のエピトープに結合する。ある特定の好ましい実施形態では、抗ＡＬＫ５抗体は、ヒトＡＬＫ５に結合する。一部の実施形態では、抗ＡＬＫ５抗体は、１または複数のＴβＲＩＩリガンド［例えば、ＴＧＦβ１；ＴＧＦβ２；ＴＧＦβ３；ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３；ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ２；ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３；またはＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３］がＡＬＫ５に結合することを阻害し得る。一部の実施形態では、抗ＡＬＫ５抗体は、ＡＬＫ５と１または複数のＴβＲＩＩリガンド［例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３］、ＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩ）および／または共受容体（例えば、ベータグリカン）とに結合する多特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）である。一部の実施形態では、本開示は、抗ＡＬＫ５抗体と、例えば、１または複数のＴβＲＩＩリガンド［例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３］、ＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩ）および／または共受容体（例えば、ベータグリカン）に結合する１または複数のさらなる抗体とを含む抗体の組合せおよびその使用に関する。
【０１２７】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともベータグリカンを阻害する抗体である。したがって、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体または抗体の組合せは、少なくともベータグリカンに結合する。本明細書で使用する場合、ベータグリカン抗体（抗ベータグリカン抗体）は一般に、その抗体が、ベータグリカンを標的化する際に診断および／または治療剤として有用なように、十分な親和性でベータグリカンに結合する抗体を指す。ある特定の実施形態では、無関係な非ベータグリカンタンパク質に対する抗ベータグリカン抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、Ｂｉａｃｏｒｅまたは他のタンパク質−タンパク質相互作用もしくは結合親和性アッセイによって測定される通り、ベータグリカンに対するその抗体の結合の約１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満、または約１％未満である。ある特定の実施形態では、抗ベータグリカン抗体は、異なる種由来のベータグリカン間で保存された、ベータグリカンのエピトープに結合する。ある特定の好ましい実施形態では、抗ベータグリカン抗体は、ヒトベータグリカンに結合する。一部の実施形態では、抗ベータグリカン抗体は、１または複数のＴβＲＩＩリガンド［例えば、ＴＧＦβ１；ＴＧＦβ２；ＴＧＦβ３；ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３；ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ２；ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３；またはＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３］がベータグリカンに結合することを阻害し得る。一部の実施形態では、抗ベータグリカン抗体は、ベータグリカンと１または複数のＴβＲＩＩリガンド［例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３］、Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）および／またはＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩ）とに結合する多特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）である。一部の実施形態では、本開示は、抗ベータグリカン抗体と、例えば、１または複数のＴβＲＩＩリガンド［例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３］、Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）および／またはＩＩ型受容体（例えば、ＴβＲＩＩ）に結合する１または複数のさらなる抗体とを含む抗体の組合せおよびその使用に関する。
【０１２８】
用語抗体は、最も広い意味で本明細書で使用され、それらが所望の抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）および抗体断片が含まれるがこれらに限定されない種々の抗体構造を包含する。抗体断片とは、インタクトな抗体が結合する抗原に結合する、インタクトな抗体の一部分を含むインタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例には、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ディアボディ；直鎖抗体；単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）；および抗体断片から形成された多特異性抗体が含まれるがこれらに限定されない。例えば、Ｈｕｄｓｏｎら（２００３年）Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．９巻：１２９〜１３４頁；Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ、Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、１１３巻、ＲｏｓｅｎｂｕｒｇおよびＭｏｏｒｅ編、（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、２６９〜３１５頁（１９９４年）；ＷＯ９３／１６１８５；ならびに米国特許第５，５７１，８９４号、同第５，５８７，４５８号および同第５，８６９，０４６号を参照のこと。本明細書に開示される抗体は、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体であり得る。ある特定の実施形態では、本開示の抗体は、それと結合し、検出されることができる標識を含む（例えば、標識は、放射性同位体、蛍光化合物、酵素または酵素補因子であり得る）。好ましい実施形態では、本開示の抗体は、単離された抗体である。ディアボディは、二価または二重特異性であり得る、２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、ＥＰ４０４，０９７；ＷＯ１９９３／０１１６１；Ｈｕｄｓｏｎら（２００３年）Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．９巻：１２９〜１３４頁（２００３年）；およびＨｏｌｌｉｎｇｅｒら（１９９３年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９０巻：６４４４〜６４４８頁を参照のこと。トリアボディ（ｔｒｉａｂｏｄｙ）およびテトラボディ（ｔｅｔｒａｂｏｄｙ）もまた、Ｈｕｄｓｏｎら（２００３年）Ｎａｔ．  Ｍｅｄ．９巻：１２９〜１３４頁に記載されている。単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全てもしくは一部分または抗体の軽鎖可変ドメインの全てもしくは一部分を含む抗体断片である。ある特定の実施形態では、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である。例えば、米国特許第６，２４８，５１６号を参照のこと。抗体断片は、本明細書に記載されるように、インタクトな抗体のタンパク質分解性の消化、ならびに組換え宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはファージ）による産生が含まれるがこれらに限定されない、種々の技術によって作製され得る。
【０１２９】
本明細書の抗体は、任意のクラスのものであり得る。抗体のクラスとは、その重鎖が有する定常ドメインまたは定常領域の型を指す。５つの主要なクラスの抗体：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧおよびＩｇＭが存在し、これらのうちいくつかは、サブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２へとさらに分割され得る。異なるクラスの免疫グロブリンに対応する重鎖定常ドメインは、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマおよびミューと呼ばれる。
【０１３０】
一般に、本明細書に開示される方法における使用のための抗体は、好ましくは高い結合親和性で、その標的抗原に特異的に結合する。親和性は、ＫＤ値として表され得、固有の結合親和性を反映する（例えば、最小化された結合活性効果（ａｖｉｄｉｔｙ  ｅｆｆｅｃｔ）を有する）。典型的には、結合親和性は、無細胞設定または細胞関連設定のいずれであれ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで測定される。例えば、表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ（商標）アッセイ）、放射能標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）およびＥＬＩＳＡを含む、本明細書に開示されるものを含む当該分野で公知のいくつかのアッセイのうちいずれかが、結合親和性の測定値を取得するために使用され得る。一部の実施形態では、本開示の抗体は、少なくとも、１×１０−７もしくはそれより強い、１×１０−８もしくはそれより強い、１×１０−９もしくはそれより強い、１×１０−１０もしくはそれより強い、１×１０−１１もしくはそれより強い、１×１０−１２もしくはそれより強い、１×１０−１３もしくはそれより強い、または１×１０−１４もしくはそれより強いＫＤで、それらの標的抗原（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ２、ＡＬＫ５、ベータグリカンおよびＴβＲＩＩ）に結合する。
【０１３１】
ある特定の実施形態では、ＫＤは、以下のアッセイによって記載されるような、目的の抗体のＦａｂバージョンおよびその標的抗原を用いて実施されるＲＩＡによって測定される。抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性は、滴定シリーズの未標識の抗原の存在下で、最小濃度の放射能標識された抗原（例えば、１２５Ｉ標識された）でＦａｂを平衡化し、次いで、結合した抗原を、抗Ｆａｂ抗体コーティングされたプレートを用いて捕捉することによって、測定される［例えば、Ｃｈｅｎら（１９９９年）Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．２９３巻：８６５〜８８１頁を参照のこと］。アッセイのための条件を確立するために、マルチウェルプレート（例えば、Ｔｈｅｒｍｏ  ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃのＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標））が、捕捉抗Ｆａｂ抗体（例えば、Ｃａｐｐｅｌ  Ｌａｂｓのもの）で（例えば、一晩）コーティングされ、好ましくは室温（例えば、およそ２３℃）で、ウシ血清アルブミンで引き続いてブロッキングされる。非吸着性プレートでは、放射能標識された抗原は、目的のＦａｂの連続希釈と混合される［例えば、Ｐｒｅｓｔａら、（１９９７年）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７巻：４５９３〜４５９９頁における抗ＶＥＧＦ抗体Ｆａｂ−１２の評価と一致する］。次いで、目的のＦａｂは、好ましくは一晩インキュベートされるが、このインキュベーションは、平衡に達することを確実にするために、より長い期間（例えば、約６５時間）にわたって持続し得る。その後、混合物は、好ましくは室温での約１時間にわたるインキュベーションのために捕捉プレートに移される。次いで、溶液が除去され、プレートは、好ましくは、ポリソルベート２０およびＰＢＳの混合物で、数回洗浄される。プレートが乾燥したところで、シンチラント（例えば、ＰａｃｋａｒｄのＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ（登録商標））が添加され、プレートがガンマカウンター（例えば、ＰａｃｋａｒｄのＴＯＰＣＯＵＮＴ（登録商標））でカウントされる。
【０１３２】
別の実施形態によれば、ＫＤは、例えば、約１０応答単位（ＲＵ）で固定化抗原ＣＭ５チップと共にＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）３０００（Ｂｉａｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、Ｎ．Ｊ．）を使用する表面プラズモン共鳴アッセイを使用して測定される。簡潔に述べると、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、Ｂｉａｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．）は、供給業者の指示に従って、Ｎ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）およびＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化される。例えば、抗原は、およそ１０応答単位（ＲＵ）のカップリングされたタンパク質を達成するために、５μｌ／分の流速での注入前に、１０ｍＭ酢酸ナトリウム、ｐＨ４．８で５μｇ／ｍｌ（約０．２μＭ）になるように希釈され得る。抗原の注入後に、未反応の基を遮断するために、１Ｍエタノールアミンが注入される。速度論測定のために、２倍連続希釈のＦａｂ（０．７８ｎＭ〜５００ｎＭ）が、およそ２５μｌ／分の流速で、０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（登録商標））界面活性剤を含むＰＢＳ（ＰＢＳＴ）中で注入される。会合速度（ｋｏｎ）および解離速度（ｋｏｆｆ）は、会合および解離のセンサーグラムを同時にフィットさせることによって、例えば、単純な１対１  Ｌａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン３．２）を使用して計算される。平衡解離定数（ＫＤ）は、比ｋｏｆｆ／ｋｏｎとして計算される［例えば、Ｃｈｅｎら、（１９９９年）Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．２９３巻：８６５〜８８１頁を参照のこと］。オンレート（ｏｎ−ｒａｔｅ）が、例えば上記表面プラズモン共鳴アッセイによって１０６Ｍ−１ｓ−１を超える場合、このオンレートは、撹拌キュベットと共にストップフロー装備分光光度計（Ａｖｉｖ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）または８０００シリーズＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ（登録商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）などの分光計で測定される、漸増する濃度の抗原の存在下での、ＰＢＳ中２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ形態）の蛍光発光強度（例えば、励起＝２９５ｎｍ；発光＝３４０ｎｍ、１６ｎｍバンドパス）における増加または減少を測定する蛍光クエンチ技術を使用することによって決定され得る。
【０１３３】
ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５、ベータグリカン、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３の核酸およびアミノ酸配列、特にヒト配列は、当該分野で周知であり、したがって、本開示に従う使用のための抗体アンタゴニストは、当該分野の知識および本明細書に提供される教示に基づいて、当業者によって慣用的に作製され得る。
【０１３４】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、キメラ抗体である。キメラ抗体とは、重鎖および／または軽鎖の一部分が特定の供給源または種に由来し、重鎖および／または軽鎖の残部が異なる供給源または種に由来する抗体を指す。ある特定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号；およびＭｏｒｒｉｓｏｎら、（１９８４年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、８１巻：６８５１〜６８５５頁に記載されている。一部の実施形態では、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギまたは非ヒト霊長類、例えばサル由来の可変領域）およびヒト定常領域を含む。一部の実施形態では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変化されている「クラススイッチされた」抗体である。一般に、キメラ抗体には、その抗原結合性断片が含まれる。
【０１３５】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供されるキメラ抗体は、ヒト化抗体である。ヒト化抗体とは、非ヒト超可変領域（ＨＶＲ）由来のアミノ酸残基と、ヒトフレームワーク領域（ＦＲ）由来のアミノ酸残基とを含むキメラ抗体を指す。ある特定の実施形態では、ヒト化抗体は、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全てまたは実質的に全てが非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全てまたは実質的に全てがヒト抗体のものに対応する、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。ヒト化抗体は、任意選択で、ヒト抗体由来の抗体定常領域の少なくとも一部分を含み得る。「ヒト化形態」の抗体、例えば、非ヒト抗体とは、ヒト化を受けた抗体を指す。
【０１３６】
ヒト化抗体およびそれらを作製する方法は、例えば、ＡｌｍａｇｒｏおよびＦｒａｎｓｓｏｎ（２００８年）Ｆｒｏｎｔ．  Ｂｉｏｓｃｉ．１３巻：１６１９〜１６３３頁で概説されており、例えば、Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、（１９８８年）Ｎａｔｕｒｅ  ３３２巻：３２３〜３２９頁；Ｑｕｅｅｎら（１９８９年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８６巻：１００２９〜１００３３頁；米国特許第５，８２１，３３７号、同第７，５２７，７９１号、同第６，９８２，３２１号および同第７，０８７，４０９号；Ｋａｓｈｍｉｒｉら、（２００５年）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６巻：２５〜３４頁［ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）移植を記載している］；Ｐａｄｌａｎ、Ｍｏｌ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．（１９９１年）２８巻：４８９〜４９８頁（「表面再構成（ｒｅｓｕｒｆａｃｉｎｇ）」を記載している）；Ｄａｌｌ’Ａｃｑｕａら（２００５年）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６巻：４３〜６０頁（「ＦＲシャッフリング」を記載している）；Ｏｓｂｏｕｒｎら（２００５年）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３６巻：６１〜６８頁；ならびにＫｌｉｍｋａら、Ｂｒ．  Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ（２０００年）８３巻：２５２〜２６０頁（ＦＲシャッフリングへの「誘導選択（ｇｕｉｄｅｄ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ）」アプローチを記載している）にさらに記載されている。
【０１３７】
ヒト化に使用され得るヒトフレームワーク領域には、「ベストフィット」方法を使用して選択されたフレームワーク領域［例えば、Ｓｉｍｓら（１９９３年）Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５１巻：２２９６頁を参照のこと］；特定の下位群の軽鎖または重鎖可変領域のヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域［例えば、Ｃａｒｔｅｒら（１９９２年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、８９巻：４２８５頁；およびＰｒｅｓｔａら（１９９３年）Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１５１巻：２６２３頁を参照のこと］；ヒト成熟（体細胞性に変異した）フレームワーク領域またはヒト生殖系列フレームワーク領域［例えば、ＡｌｍａｇｒｏおよびＦｒａｎｓｓｏｎ（２００８年）Ｆｒｏｎｔ．  Ｂｉｏｓｃｉ．１３巻：１６１９〜１６３３頁を参照のこと］；およびＦＲライブラリーのスクリーニングに由来するフレームワーク領域［例えば、Ｂａｃａら、（１９９７年）Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．２７２巻：１０６７８〜１０６８４頁；およびＲｏｓｏｋら、（１９９６年）Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．２７１巻：２２６１１〜２２６１８頁を参照のこと］が含まれるがこれらに限定されない。
【０１３８】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当該分野で公知の種々の技術を使用して産生され得る。ヒト抗体は、ｖａｎ  Ｄｉｊｋおよびｖａｎ  ｄｅ  Ｗｉｎｋｅｌ（２００１年）Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．５巻：３６８〜７４頁およびＬｏｎｂｅｒｇ（２００８年）Ｃｕｒｒ．  Ｏｐｉｎ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０巻：４５０〜４５９頁に一般に記載されている。
【０１３９】
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体、またはヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原（例えば、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５、ベータグリカン、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３ポリペプチド）を投与することによって調製され得る。かかる動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置き換える、または染色体外に存在する、もしくは動物の染色体中にランダムに組み込まれる、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部分を含む。かかるトランスジェニック動物では、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般に不活化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を取得するための方法の概説については、例えば、Ｌｏｎｂｅｒｇ（２００５年）Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３巻：１１１７〜１１２５頁；米国特許第６，０７５，１８１号および同第６，１５０，５８４号（ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（商標）テクノロジーを記載している）；米国特許第５，７７０，４２９号（ＨｕＭａｂ（登録商標）テクノロジーを記載している）；米国特許第７，０４１，８７０号（Ｋ−Ｍ  ＭＯＵＳＥ（登録商標）テクノロジーを記載している）；および米国特許出願公開第２００７／００６１９００号（ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）テクノロジーを記載している）を参照のこと。かかる動物によって生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによって、さらに修飾され得る。
【０１４０】
本明細書に提供されるヒト抗体は、ハイブリドーマベースの方法によっても作製され得る。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫およびマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株は、記載されている［例えば、Ｋｏｚｂｏｒ、Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．、（１９８４年）１３３巻：３００１頁；Ｂｒｏｄｅｕｒら（１９８７年）Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、５１〜６３頁、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，  Ｉｎｃ．、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；およびＢｏｅｒｎｅｒら（１９９１年）Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１４７巻：８６頁を参照のこと］。ヒトＢ細胞ハイブリドーマテクノロジーを介して生成されたヒト抗体がまた、Ｌｉら、（２００６年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ、１０３巻：３５５７〜３５６２頁に記載されている。さらなる方法には、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載している）およびＮｉ、Ｘｉａｎｄａｉ  Ｍｉａｎｙｉｘｕｅ（２００６年）２６巻（４号）：２６５〜２６８頁（２００６年）（ヒト−ヒトハイブリドーマを記載している）に記載されたものが含まれる。ヒトハイブリドーマテクノロジー（トリオーマ（Ｔｒｉｏｍａ）テクノロジー）がまた、ＶｏｌｌｍｅｒｓおよびＢｒａｎｄｌｅｉｎ（２００５年）Ｈｉｓｔｏｌ．  Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌ．、２０巻（３号）：９２７〜９３７頁（２００５年）ならびにＶｏｌｌｍｅｒｓおよびＢｒａｎｄｌｅｉｎ（２００５年）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｆｉｎｄ  Ｅｘｐ．  Ｃｌｉｎ．  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．、２７巻（３号）：１８５〜９１頁に記載されている。
【０１４１】
本明細書に提供されるヒト抗体は、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによっても生成され得る。次いで、かかる可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと組み合わされ得る。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術は、本明細書に記載されている。
【０１４２】
例えば、本開示の抗体は、所望の活性（単数または複数）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離され得る。ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特徴を有する抗体についてかかるライブラリーをスクリーニングするための種々の方法は、当該分野で公知である。かかる方法は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら（２００１年）、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １７８巻：１〜３７頁、Ｏ’Ｂｒｉｅｎら編、Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ、Ｔｏｔｏｗａ、Ｎ．Ｊ．に概説され、例えば、ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら（１９９１年）Ｎａｔｕｒｅ  ３４８巻：５５２〜５５４頁；Ｃｌａｃｋｓｏｎら、（１９９１年）Ｎａｔｕｒｅ  ３５２巻：６２４〜６２８頁；Ｍａｒｋｓら（１９９２年）Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．２２２巻：５８１〜５９７頁；ＭａｒｋｓおよびＢｒａｄｂｕｒｙ（２００３年）、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２４８巻：１６１〜１７５頁、Ｌｏ編、Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ、Ｔｏｔｏｗａ、Ｎ．Ｊ．；Ｓｉｄｈｕら（２００４年）Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．３３８巻（２号）：２９９〜３１０頁；Ｌｅｅら（２００４年）Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．３４０巻（５号）：１０７３〜１０９３頁；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ（２００４年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  １０１巻（３４号）：１２４６７〜１２４７２頁；ならびにＬｅｅら（２００４年）Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２８４巻（１〜２号）：１１９〜１３２頁にさらに記載されている。
【０１４３】
ある特定のファージディスプレイ方法では、ＶＨ遺伝子およびＶＬ遺伝子のレパートリーは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって別々にクローニングされ、ファージライブラリー中にランダムに組換えられ、これは次いで、Ｗｉｎｔｅｒら（１９９４年）Ａｎｎ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１２巻：４３３〜４５５頁に記載されるように、抗原結合性ファージについてスクリーニングされ得る。ファージは、典型的には、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片またはＦａｂ断片のいずれかとして、抗体断片をディスプレイする。免疫化された供給源由来のライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原（例えば、ＴβＲＩＩ、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２またはＴＧＦβ３ポリペプチド）に対する高親和性抗体を提供する。あるいは、ナイーブレパートリーが、Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓら（１９９３年）ＥＭＢＯ  Ｊ、１２巻：７２５〜７３４頁によって記載されるように、いずれの免疫化もなしに、広範な非自己抗原およびまた自己抗原に対する抗体の単一の供給源を提供するために、（例えば、ヒトから）クローニングされ得る。最後に、ナイーブライブラリーは、ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＷｉｎｔｅｒ（１９９２年）Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．、２２７巻：３８１〜３８８頁によって記載されるように、高度に可変性のＣＤＲ３領域をコードし、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの再編成を達成するために、幹細胞由来の再編成されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用することによって、合成によっても作製され得る。ヒト抗体ファージライブラリーを記載している特許公報には、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号ならびに米国特許公開第２００５／００７９５７４号、同第２００５／０１１９４５５号、同第２００５／０２６６０００号、同第２００７／０１１７１２６号、同第２００７／０１６０５９８号、同第２００７／０２３７７６４号、同第２００７／０２９２９３６号および同第２００９／０００２３６０号が含まれる。
【０１４４】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体は、多特異性抗体、例えば、二重特異性抗体である。多特異性抗体（典型的にはモノクローナル抗体）は、１または複数（例えば、２、３、４、５、６またはそれよりも多く）の抗原上の少なくとも２つ（例えば、２、３、４、５、または６もしくはそれよりも多く）の異なるエピトープに対する結合特異性を有する。
【０１４５】
「オクトパス抗体」を含む、３またはそれよりも多くの機能的抗原結合部位を有する操作された抗体もまた、本明細書に含まれる（例えば、ＵＳ２００６／００２５５７６Ａ１を参照のこと）。
【０１４６】
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される抗体は、モノクローナル抗体である。モノクローナル抗体とは、実質的に均一な抗体の集団から取得された抗体を指す、即ち、この集団を構成する個々の抗体は、例えば、天然に存在する変異を含む、またはモノクローナル抗体調製物の産生の間に生じる可能なバリアント抗体を除いて、同一である、および／または同じエピトープに結合し、かかるバリアントは一般に、微量で存在する。異なるエピトープに対する異なる抗体を典型的には含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一のエピトープに対するものである。したがって、修飾語「モノクローナル」は、抗体の特徴を、抗体の実質的に均一な集団から取得されたと示すのであって、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とすると解釈すべきではない。例えば、本発明の方法に従って使用されるモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ方法、組換えＤＮＡ方法、ファージディスプレイ方法、およびヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法が含まれるがこれらに限定されない種々の技術によって作製され得、かかる方法、およびモノクローナル抗体を作製するための他の例示的な方法は、本明細書に記載されている。
【０１４７】
例えば、ＴβＲＩＩ由来の免疫原を使用することによって、抗タンパク質／抗ペプチド抗血清またはモノクローナル抗体は、標準的なプロトコールによって作製され得る［例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（１９８８年）、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ編、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓを参照のこと］。哺乳動物、例えば、マウス、ハムスターまたはウサギは、免疫原性形態のＴβＲＩＩポリペプチド、抗体応答を惹起することが可能な抗原性断片、または融合タンパク質によって、免疫化され得る。タンパク質またはペプチドに免疫原性を付与するための技術には、担体へのコンジュゲート化または当該分野で周知の他の技術が含まれる。ＴβＲＩＩポリペプチドの免疫原性部分は、アジュバントの存在下で投与され得る。免疫化の進行は、血漿または血清における抗体力価の検出によって、モニタリングされ得る。標準的なＥＬＩＳＡまたは他のイムノアッセイが、抗体産生のレベルおよび／または結合親和性のレベルを評価するために、抗原としての免疫原と共に使用され得る。
【０１４８】
ＴβＲＩＩの抗原性調製物による動物の免疫化後、抗血清が取得され得、所望の場合、ポリクローナル抗体が、血清から単離され得る。モノクローナル抗体を産生するために、抗体産生細胞（リンパ球）が、免疫化した動物から回収され得、ハイブリドーマ細胞を得るために、標準的な体細胞融合手順によって、骨髄腫細胞などの不死細胞と融合され得る。かかる技術は、当該分野で周知であり、これには、例えば、ハイブリドーマ技術［例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、（１９７５年）Ｎａｔｕｒｅ、２５６巻：４９５〜４９７頁を参照］、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術［例えば、Ｋｏｚｂａｒら、（１９８３年）Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｔｏｄａｙ、４巻：７２頁を参照］およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのＥＢＶ−ハイブリドーマ技術［Ｃｏｌｅら、（１９８５年）Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ、Ａｌａｎ  Ｒ．  Ｌｉｓｓ，  Ｉｎｃ．  ７７〜９６頁］が含まれる。ハイブリドーマ細胞は、かかるハイブリドーマ細胞を含む培養物から単離された、ＴβＲＩＩポリペプチドと特異的に反応性の抗体およびモノクローナル抗体の産生について、免疫化学的にスクリーニングされ得る。
【０１４９】
ある特定の実施形態では、１または複数のアミノ酸修飾が、本明細書に提供される抗体のＦｃ領域中に導入され得、それによって、Ｆｃ領域バリアントを生成する。Ｆｃ領域バリアントは、１または複数のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾（例えば、置換、欠失および／または付加）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４  Ｆｃ領域）を含み得る。
【０１５０】
例えば、本開示は、全てではないが一部のエフェクター機能を有する抗体バリアントを企図し、それにより、このバリアントは、ある特定のエフェクター機能［例えば、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）および抗体依存的細胞傷害（ＡＤＣＣ）］が不要または有害である、抗体のｉｎ  ｖｉｖｏ半減期がなおも重要である適用のための望ましい候補になる。ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよび／またはｉｎ  ｖｉｖｏ細胞傷害性アッセイは、ＣＤＣおよび／またはＡＤＣＣ活性の低減／枯渇を確認するために実施され得る。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイは、抗体がＦｃγＲ結合を欠く（したがって、ＡＤＣＣ活性を欠いている可能性が高い）が、ＦｃＲｎ結合能を保持していることを確実にするために実施され得る。ＡＤＣＣを媒介するための初代細胞ＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球は、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩおよびＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞上でのＦｃＲ発現は、例えば、ＲａｖｅｔｃｈおよびＫｉｎｅｔ（１９９１年）Ａｎｎｕ．  Ｒｅｖ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．９巻：４５７〜４９２頁にまとめられている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ，  Ｉ．ら（１９８６年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８３巻：７０５９〜７０６３頁；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ，  Ｉら（１９８５年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８２巻：１４９９〜１５０２頁；米国特許第５，８２１，３３７号；およびＢｒｕｇｇｅｍａｎｎ，  Ｍ．ら（１９８７年）Ｊ．  Ｅｘｐ．  Ｍｅｄ．１６６巻：１３５１〜１３６１頁に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ方法が使用され得る（例えば、ＡＣＴＩ（商標）、フローサイトメトリーのための非放射性細胞傷害性アッセイ；ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．、Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ、Ｃａｌｉｆ．；およびＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ、Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．）。かかるアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、またはさらに、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、ｉｎ  ｖｉｖｏで、例えば、Ｃｌｙｎｅｓら（１９９８年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ９５巻：６５２〜６５６頁に開示されるものなどの動物モデルにおいて評価され得る。Ｃ１ｑ結合アッセイもまた、抗体がＣ１ｑに結合できず、したがってＣＤＣ活性を欠くことを確認するために実施され得る［例えば、ＷＯ２００６／０２９８７９およびＷＯ２００５／１００４０２におけるＣ１ｑおよびＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照のこと］。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイが実施され得る［例えば、Ｇａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏら（１９９６年）Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０２巻：１６３頁；Ｃｒａｇｇ，  Ｍ．  Ｓ．ら（２００３年）Ｂｌｏｏｄ  １０１巻：１０４５〜１０５２頁；ならびにＣｒａｇｇ，  Ｍ．  ＳおよびＭ．  Ｊ．  Ｇｌｅｎｎｉｅ（２００４年）Ｂｌｏｏｄ  １０３巻：２７３８〜２７４３頁を参照のこと］。��ｃＲｎ結合およびｉｎ  ｖｉｖｏクリアランス／半減期の決定もまた、当該分野で公知の方法を使用して実施され得る［例えば、Ｐｅｔｋｏｖａ，  Ｓ．  Ｂ．ら（２００６年）Ｉｎｔ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８巻（１２号）：１７５９〜１７６９頁を参照のこと］。
【０１５１】
低減されたエフェクター機能を有する本開示の抗体には、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７および３２９のうち１または複数の置換を有するものが含まれる（米国特許第６，７３７，０５６号）。かかるＦｃ変異体には、残基２６５および２９７のアラニンへの置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７および３２７のうち２またはそれよりも多くにおいて置換を有するＦｃ変異体が含まれる（米国特許第７，３３２，５８１号）。
【０１５２】
ある特定の実施形態では、システイン操作された抗体、例えば、抗体の１または複数の残基がシステイン残基で置換された「チオＭＡｂ（ｔｈｉｏＭＡｂ）」を創出することが望まれ得る。特定の実施形態では、置換された残基は、抗体のアクセス可能な部位に存在する。それによって、本明細書にさらに記載されるように、これらの残基をシステインで置換することによって、反応性チオール基が、抗体のアクセス可能な部位に位置付けられ、抗体を他の部分、例えば、薬物部分またはリンカー−薬物部分にコンジュゲートしてイムノコンジュゲートを創出するために使用され得る。ある特定の実施形態では、以下の残基のうちいずれか１または複数が、システインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；および重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン操作された抗体は、例えば、米国特許第７，５２１，５４１号に記載されるように生成され得る。
【０１５３】
さらに、所望の抗体を同定するために抗体をスクリーニングするために使用される技術は、取得された抗体の特性に影響し得る。例えば、抗体が、溶液中で抗原に結合するために使用されるものである場合、溶液結合を試験することが望ましい場合がある。種々の異なる技術が、特に望ましい抗体を同定するために、抗体と抗原との相互作用を試験するために利用可能である。かかる技術には、ＥＬＩＳＡ、表面プラズモン共鳴結合アッセイ（例えば、Ｂｉａｃｏｒｅ（商標）結合アッセイ、Ｂｉａｃｏｒｅ  ＡＢ、Ｕｐｐｓａｌａ、Ｓｗｅｄｅｎ）、サンドイッチアッセイ（例えば、ＩＧＥＮ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、Ｍａｒｙｌａｎｄの常磁性ビーズシステム）、ウエスタンブロット、免疫沈降アッセイおよび免疫組織化学が含まれる。
【０１５４】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体および／または結合性ポリペプチドのアミノ酸配列バリアントが企図される。例えば、抗体および／または結合性ポリペプチドの結合親和性および／または他の生物学的特性を改善することが望まれ得る。抗体および／または結合性ポリペプチドのアミノ酸配列バリアントは、その抗体および／もしくは結合性ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列中に適切な修飾を導入することによって、またはペプチド合成によって調製され得る。かかる修飾には、例えば、抗体および／もしくは結合性ポリペプチドのアミノ酸配列からの欠失、ならびに／またはかかるアミノ酸配列中への挿入、ならびに／またはかかるアミノ酸配列内の残基の置換が含まれる。欠失、挿入および置換の任意の組合せが、最終構築物が所望の特徴、例えば、標的結合（ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５、ベータグリカン、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２および／またはＴＧＦβ３）を有することを条件として、最終構築物に到達するために作成され得る。
【０１５５】
変更（例えば、置換）が、例えば、抗体親和性を改善するために、ＨＶＲ中に作成され得る。かかる変更は、ＨＶＲ「ホットスポット」、即ち、体細胞成熟プロセスの間に高頻度で変異を受けるコドンによってコードされる残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ（２００８年）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．２０７巻：１７９〜１９６頁（２００８年）を参照のこと）および／またはＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）において作成され得、得られたバリアントＶＨまたはＶＬは、結合親和性について試験される。二次ライブラリーを構築し、そこから再選択することによる親和性成熟は、当該分野で記載されている［例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １７８巻：１〜３７頁、Ｏ’Ｂｒｉｅｎら編、Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ、Ｔｏｔｏｗａ、Ｎ．Ｊ．、（２００１年）を参照のこと］。親和性成熟の一部の実施形態では、多様性が、種々の方法のいずれか（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリングまたはオリゴヌクレオチド特異的変異誘発）によって、成熟のために選択された可変遺伝子中に導入される。次いで、二次ライブラリーが創出される。次いで、このライブラリーは、所望の親和性を有する任意の抗体バリアントを同定するためにスクリーニングされる。多様性を導入するための別の方法には、数個のＨＶＲ残基（例えば、１回に４〜６残基）がランダム化されるＨＶＲ特異的アプローチが関与する。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発またはモデル化を使用して、具体的に同定され得る。ＣＤＲ−Ｈ３およびＣＤＲ−Ｌ３が特に標的化される場合が多い。
【０１５６】
ある特定の実施形態では、置換、挿入または欠失は、抗原に結合する抗体の能力をかかる変更が実質的に低減させない限り、１または複数のＨＶＲ内に存在し得る。例えば、結合親和性を実質的に低減させない保存的変更（例えば、本明細書に提供される保存的置換）が、ＨＶＲ中に作成され得る。かかる変更は、ＨＶＲ「ホットスポット」またはＳＤＲの外側にあり得る。本明細書に提供されるバリアントＶＨおよびＶＬ配列のある特定の実施形態では、各ＨＶＲのいずれかは、未変更である、または１、２もしくは３以下のアミノ酸置換を含む。
【０１５７】
変異誘発のために標的化され得る抗体および／または結合性ポリペプチドの残基または領域の同定に有用な方法は、ＣｕｎｎｉｎｇｈａｍおよびＷｅｌｌｓ（１９８９年）Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４４巻：１０８１〜１０８５頁によって記載されるように、「アラニンスキャニング変異誘発」と呼ばれる。この方法では、抗体または結合性ポリペプチドと抗原との相互作用が影響されるかどうかを決定するために、標的残基（例えば、荷電残基、例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓおよびｇｌｕ）の１つの残基または群が同定され、中性または負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニンまたはポリアラニン）によって置き換えられる。さらなる置換がそのアミノ酸位置において導入され得、初回の置換に対する機能的感受性を実証する。あるいは、またはさらに、抗原−抗体複合体の結晶構造が、抗体と抗原との間の接触点を同定するために使用され得る。かかる接触残基および隣接残基は、置換のための候補として、標的化または排除され得る。バリアントは、それらが所望の特性を含むかどうかを決定するためにスクリーニングされ得る。
【０１５８】
アミノ酸配列の挿入には、１残基から１００またはそれよりも多くの残基を含むポリペプチドまでの範囲の長さのアミノ末端および／またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入が含まれる。末端挿入の例には、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入バリアントには、抗体のＮ末端またはＣ末端の、酵素（例えば、ＡＤＥＰＴのため）、または抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合物が含まれる。
【０１５９】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される抗体および／または結合性ポリペプチドは、当該分野で公知であり容易に入手可能なさらなる非タンパク質性部分を含むようにさらに修飾され得る。抗体および／または結合性ポリペプチドの誘導体化に適切な部分には、水溶性ポリマーが含まれるがこれらに限定されない。水溶性ポリマーの非限定的な例には、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸コポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマーまたはランダムコポリマーのいずれか）、およびデキストランまたはポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール（ｐｒｏｐｒｏｐｙｌｅｎｅ  ｇｌｙｃｏｌ）ホモポリマー、ポリプロピレンオキシド（ｐｒｏｌｙｐｒｏｐｙｌｅｎｅ  ｏｘｉｄｅ）／エチレンオキシドコポリマー、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコール、ならびにそれらの混合物が含まれるがこれらに限定されない。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性に起因して、製造における利点を有し得る。このポリマーは、任意の分子量のものであり得、分岐または非分岐であり得る。抗体および／または結合性ポリペプチドに結合したポリマーの数は、変動し得、１つよりも多いポリマーが結合する場合、それらは、同じまたは異なる分子であり得る。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数および／または型は、改善される抗体および／または結合性ポリペプチドの特定の特性または機能、規定された条件下での治療において抗体誘導体および／または結合性ポリペプチド誘導体が使用されるかどうかが含まれるがこれらに限定されない考慮事項に基づいて決定され得る。
【０１６０】
本明細書に開示されるＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体のいずれかが、所望の効果を達成する［骨髄異形成障害または骨髄異形成障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる］ために、１または複数のさらなるＴβＲＩＩアンタゴニストと組み合わされ得る。例えば、ＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体は、ｉ）１または複数のさらなるＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体、ｉｉ）そのバリアントを含む、１または複数のＴβＲＩＩポリペプチド；ｉｉｉ）１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子；およびｉｖ）１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドと組み合わせて使用され得る。
Ｄ．小分子アンタゴニスト
【０１６１】
ある特定の態様では、本明細書に開示される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストは、小分子（ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子）または小分子の組合せである。ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、例えば、１もしくは複数のＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）、ＴβＲＩＩ受容体、ＴβＲＩＩ関連Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）、ＴβＲＩＩ関連共受容体（例えば、ベータグリカン）、および／または下流シグナル伝達成分（例えば、Ｓｍａｄ）を阻害し得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せがシグナル伝達（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達）を阻害する能力は、本明細書に記載されるものなどを含む細胞ベースのアッセイで決定される。ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板血症）および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）または骨髄増殖性障害および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために、単独で、または１もしくは複数のさらなる支持療法もしくは活性薬剤と組み合わせて使用され得る。
【０１６２】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、少なくともＴＧＦβ１を阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＴＧＦβ１の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ１に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ１の発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ３をさらに阻害するが、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、少なくともＴＧＦβ２を阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＴＧＦβ２の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ２に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ２の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ２の発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ２の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ３、ＴＧＦβ１、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、少なくともＴＧＦβ３を阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＴＧＦβ３の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ３に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ３の発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ１、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ１をさらに阻害するが、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、少なくともＴβＲＩＩを阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩの小分子インヒビターは、ＴβＲＩＩに結合する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩの小分子インヒビターは、ＴβＲＩＩの発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩの小分子インヒビターは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子���たは小分子の組合せは、ＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１がＴβＲＩＩに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、少なくともＡＬＫ５を阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＡＬＫ５の小分子インヒビターは、ＡＬＫ５に結合する。一部の実施形態では、ＡＬＫ５の小分子インヒビターは、ＡＬＫ５の発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＡＬＫ５の小分子インヒビターは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩおよびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１がＡＬＫ５に結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１がＡＬＫ５に結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを阻害しない、また��ＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、少なくともベータグリカンを阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ベータグリカンの小分子インヒビターは、ベータグリカンに結合する。一部の実施形態では、ベータグリカンの小分子インヒビターは、ベータグリカンの発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ベータグリカンの小分子インヒビターは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩおよびＡＬＫ５のうち１または複数をさらに阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１がベータグリカンに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１がベータグリカンに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを実質的に阻害しない。
【０１６３】
ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子は、直接的または間接的インヒビターであり得る。例えば、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５、ベータグリカン、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３のうち少なくとも１もしくは複数、および／または１もしくは複数の下流ＴβＲＩＩシグナル伝達因子（Ｓｍａｄ）の発現（例えば、転写、翻訳、細胞分泌、またはそれらの組合せ）を阻害し得る。あるいは、直接的ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子または小分子の組合せは、例えば、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５、ベータグリカン、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３のうち１もしくは複数、または１もしくは複数の下流ＴβＲＩＩシグナル伝達因子に直接結合し得る。１または複数の間接的ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子および１または複数の直接的ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子の組合せが、本明細書に開示される方法に従って使用され得る。
【０１６４】
本開示の結合性有機小分子アンタゴニストは、公知の方法論を使用して、同定および化学合成され得る（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ００／００８２３およびＷＯ００／３９５８５を参照のこと）。一般に、本開示の小分子アンタゴニストは通常、サイズが約２０００ダルトン未満であり、あるいは、サイズが約１５００、７５０、５００、２５０または２００ダルトン未満であり、かかる有機小分子は、好ましくは、具体的には本明細書に記載されるポリペプチド（例えば、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５、ベータグリカン、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）に結合することが可能である。かかる小分子アンタゴニストは、周知の技術を使用して過度の実験なしに同定され得る。これに関して、ポリペプチド標的に結合することが可能な分子について有機小分子ライブラリーをスクリーニングするための技術は、当該分野で周知であることに留意されたい（例えば、国際特許公開番号ＷＯ００／００８２３およびＷＯ００／３９５８５を参照のこと）。
【０１６５】
本開示の結合性有機小分子は、例えば、アルデヒド、ケトン、オキシム、ヒドラゾン、セミカルバゾン、カルバジド、第一級アミン、第二級アミン、第三級アミン、Ｎ−置換ヒドラジン、ヒドラジド、アルコール、エーテル、チオール、チオエーテル、ジスルフィド、カルボン酸、エステル、アミド、尿素、カルバメート、カルボネート、ケタール、チオケタール、アセタール、チオアセタール、アリールハライド、アリールスルホン酸、アルキルハライド、スルホン酸アルキル、芳香族化合物、複素環式化合物、アニリン、アルケン、アルキン、ジオール、アミノアルコール、オキサゾリジン、オキサゾリン、チアゾリジン、チアゾリン、エナミン、スルホンアミド、エポキシド、アジリジン、イソシアネート、スルホニルクロリド、ジアゾ化合物および酸塩化物であり得る。
【０１６６】
本明細書に開示されるＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子のいずれかは、所望のものを達成するために、１または複数のさらなるＴβＲＩＩアンタゴニストと組み合わされ得る。例えば、ＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子は、ｉ）１もしくは複数のさらなるＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子、ｉｉ）本明細書に開示される１もしくは複数のＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体；ｉｉｉ）そのバリアントを含む、１もしくは複数のＴβＲＩＩポリペプチド；および／またはｉｖ）１もしくは複数のＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドと組み合わせて使用され得る。
Ｅ．アンタゴニストポリヌクレオチド
【０１６７】
ある特定の態様では、本明細書に開示される方法および使用に従って使用されるＴβＲＩＩアンタゴニストは、ポリヌクレオチド（ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチド）またはポリヌクレオチドの組合せである。ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、例えば、１または複数のＴβＲＩＩリガンド（例えば、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３）、ＴβＲＩＩ受容体、ＴβＲＩＩ関連Ｉ型受容体（例えば、ＡＬＫ５）、ＴβＲＩＩ関連共受容体（例えば、ベータグリカン）、および／または下流シグナル伝達成分（例えば、Ｓｍａｄ）を阻害し得る。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せがシグナル伝達（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達）を阻害する能力は、本明細書に記載されるものなどを含む細胞ベースのアッセイで決定される。ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板血症）および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）または骨髄増殖性障害および／もしくはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるために、単独で、または１もしくは複数のさらなる支持療法もしくは活性薬剤と組み合わせて使用され得る。
【０１６８】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、少なくともＴＧＦβ１を阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＴＧＦβ１のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ１に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ１の発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴＧＦβ１のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ３をさらに阻害するが、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、少なくともＴＧＦβ２を阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＴＧＦβ２のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ２に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ２のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ２の発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ２のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ３、ＴＧＦβ１、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、少なくともＴＧＦβ３を阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＴＧＦβ３のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ３に結合する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ３の発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ１、ＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴＧＦβ３のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ１をさらに阻害するが、ＴＧＦβ２を阻害しない、またはＴＧＦβ２を実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、少なくともＴβＲＩＩを阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＴβＲＩＩのポリヌクレオチドインヒビターは、ＴβＲＩＩに結合する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩのポリヌクレオチドインヒビターは、ＴβＲＩＩの発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩのポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧ��β３、ＡＬＫ５およびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１がＴβＲＩＩに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がＴβＲＩＩに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＴβＲＩＩに結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、少なくともＡＬＫ５を阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ＡＬＫ５のポリヌクレオチドインヒビターは、ＡＬＫ５に結合する。一部の実施形態では、ＡＬＫ５のポリヌクレオチドインヒビターは、ＡＬＫ５の発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ＡＬＫ５のポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩおよびベータグリカンのうち１または複数をさらに阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１がＡＬＫ５に結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１がＡＬＫ５に結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がＡＬＫ５に結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がＡＬＫ５に結合することを実質的に阻害しない。ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、少なくともベータグリカンを阻害する（例えば、Ｓｍａｄシグナル伝達の阻害）。したがって、一部の実施形態では、ベータグリカンのポリヌクレオチドインヒビターは、ベータグリカンに結合する。一部の実施形態では、ベータグリカンのポリヌクレオチドインヒビターは、ベータグリカンの発現（例えば、転写、翻訳、分泌、またはそれらの組合せ）を阻害する。一部の実施形態では、ベータグリカンのポリヌクレオチドインヒビターは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、ＴβＲＩＩおよびＡＬＫ５のうち１または複数をさらに阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１がベータグリカンに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害する。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１がベータグリカンに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを実質的に阻害しない。一部の実施形態では、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの組合せは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３がベータグリカンに結合することを阻害するが、ＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを阻害しない、またはＴＧＦβ２がベータグリカンに結合することを実質的に阻害しない。
【０１６９】
本開示のポリヌクレオチドアンタゴニストは、アンチセンス核酸、ＲＮＡｉ分子［例えば、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、ｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）］、アプタマーおよび／またはリボザイムであり得る。ヒトＴβＲＩＩ、ＡＬＫ５、ベータグリカン、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３の核酸およびアミノ酸配列は、当該分野で公知であり、したがって、本開示の方法に従う使用のためのポリヌクレオチドアンタゴニストは、当該分野の知識および本明細書に提供される教示に基づいて、当業者によって慣用的に作製され得る。
【０１７０】
例えば、アンチセンステクノロジーは、アンチセンスＤＮＡもしくはＲＮＡを介して、または三重らせん形成を介して、遺伝子発現を制御するために使用され得る。アンチセンス技術は、例えば、Ｏｋａｎｏ（１９９１年）Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ．５６巻：５６０頁；Ｏｌｉｇｏｄｅｏｘｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｓ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ、ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ、Ｆｌａ．（１９８８年）で議論されている。三重らせん形成は、例えば、Ｃｏｏｎｅｙら（１９８８年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１巻：４５６頁；およびＤｅｒｖａｎら、（１９９１年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５１巻：１３００頁で議論されている。これらの方法は、相補的ＤＮＡまたはＲＮＡへのポリヌクレオチドの結合に基づく。一部の実施形態では、アンチセンス核酸は、所望の遺伝子のＲＮＡ転写物の少なくとも一部分に対して相補的である一本鎖ＲＮＡまたはＤＮＡ配列を含む。しかし、完全な相補性は、好ましくはあるが、必要ではない。
【０１７１】
本明細書でいう「ＲＮＡの少なくとも一部分に対して相補的」な配列とは、ＲＮＡとハイブリダイズして安定な二重鎖を形成することができるのに十分な相補性を有する配列を意味する；したがって、本明細書に開示される遺伝子の二本鎖アンチセンス核酸の場合、二重鎖ＤＮＡの単一の鎖が試験され得る、または三重鎖形成がアッセイされ得る。ハイブリダイズする能力は、相補性の程度およびアンチセンス核酸の長さの両方に依存する。一般に、ハイブリダイズする核酸が大きいほど、その核酸が含み得る、安定な二重鎖（または、場合によっては三重鎖）をなおも形成し得る、ＲＮＡとの塩基ミスマッチは多くなる。当業者は、ハイブリダイズした複合体の融点を決定するための標準的な手順の使用によって、ミスマッチの容認できる程度を確認できる。
【０１７２】
メッセージの５’末端、例えば、ＡＵＧ開始コドンまでかつそれを含む５’非翻訳配列に対して相補的であるポリヌクレオチドは、翻訳を阻害する際に最も効率的に機能するはずである。しかし、ｍＲＮＡの３’非翻訳配列に対して相補的な配列が、ｍＲＮＡの翻訳を阻害する際に同様に有効であることが示されている［例えば、Ｗａｇｎｅｒ，  Ｒ．、（１９９４年）Ｎａｔｕｒｅ  ３７２巻：３３３〜３３５頁を参照のこと］。したがって、本開示の遺伝子の５’非翻訳または３’非翻訳のいずれかの非コード領域に対して相補的なオリゴヌクレオチドは、内因性ｍＲＮＡの翻訳を阻害するために、アンチセンスアプローチにおいて使用され得る。ｍＲＮＡの５’非翻訳領域に対して相補的なポリヌクレオチドは、ＡＵＧ開始コドンの相補体を含むべきである。ｍＲＮＡコード領域に対して相補的なアンチセンスポリヌクレオチドは、翻訳のあまり効率的でないインヒビターであるが、本開示の方法に従って使用され得る。本開示のｍＲＮＡの５’非翻訳領域、３’非翻訳領域またはコード領域のいずれにハイブリダイズするように設計されても、アンチセンス核酸は、少なくとも６ヌクレオチド長でなければならず、好ましくは、６〜約５０ヌクレオチド長の範囲のオリゴヌクレオチドである。具体的な態様では、このオリゴヌクレオチドは、少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１７ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチド、または少なくとも５０ヌクレオチドである。
【０１７３】
一実施形態では、本開示のアンチセンス核酸は、外因性配列からの転写によって細胞内で産生される。例えば、ベクターまたはその一部分が転写されて、本開示の遺伝子のアンチセンス核酸（ＲＮＡ）を産生する。かかるベクターは、所望のアンチセンス核酸をコードする配列を含む。かかるベクターは、所望のアンチセンスＲＮＡを産生するためにそれが転写され得る限り、エピソーム性のままであり得る、または染色体に組み込まれ得る。かかるベクターは、当該分野において標準的な組換えＤＮＡテクノロジー方法によって構築され得る。ベクターは、脊椎動物細胞における複製および発現に使用される、プラスミド、ウイルス、または当該分野で公知の他のものであり得る。本開示の所望の遺伝子をコードする配列またはその断片の発現は、脊椎動物、好ましくはヒト細胞において作用することが当該分野において公知の任意のプロモーターによるものであり得る。かかるプロモーターは、誘導性または構成的であり得る。かかるプロモーターには、ＳＶ４０初期プロモーター領域［例えば、ＢｅｎｏｉｓｔおよびＣｈａｍｂｏｎ（１９８１年）Ｎａｔｕｒｅ  ２９巻：３０４〜３１０頁を参照のこと］、ラウス肉腫ウイルスの長い３’末端反復配列中に含まれるプロモーター［例えば、Ｙａｍａｍｏｔｏら（１９８０年）Ｃｅｌｌ  ２２巻：７８７〜７９７頁を参照のこと］、ヘルペスチミジンプロモーター［例えば、Ｗａｇｎｅｒら（１９８１年）Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．７８巻：１４４１〜１４４５頁を参照のこと］、およびメタロチオネイン遺伝子の調節配列［例えば、Ｂｒｉｎｓｔｅｒら（１９８２年）Ｎａｔｕｒｅ  ２９６巻：３９〜４２頁を参照のこと］が含まれるがこれらに限定されない。
【０１７４】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドアンタゴニストは、１または複数の遺伝子の発現を標的化する干渉ＲＮＡまたはＲＮＡｉ分子である。ＲＮＡｉとは、標的化されたｍＲＮＡの発現を干渉するＲＮＡの表現を指す。具体的には、ＲＮＡｉは、ｓｉＲＮＡ（低分子干渉ＲＮＡ）を介して特異的ｍＲＮＡと相互作用することを介して、標的化された遺伝子をサイレンシングする。次いで、ｄｓＲＮＡ複合体は、細胞による分解のために標的化される。ｓｉＲＮＡ分子は、十分に相補的（例えば、遺伝子に対して少なくとも８０％の同一性）である標的遺伝子の発現を干渉する、１０〜５０ヌクレオチド長の二本鎖ＲＮＡ二重鎖である。一部の実施形態では、このｓｉＲＮＡ分子は、標的遺伝子のヌクレオチド配列に対して少なくとも８５、９０、９５、９６、９７、９８、９９または１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。
【０１７５】
さらなるＲＮＡｉ分子には、低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）；また、低分子干渉ヘアピンおよびｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）が含まれる。ｓｈＲＮＡ分子は、ループによって接続された、標的遺伝子由来のセンス配列およびアンチセンス配列を含む。このｓｈＲＮＡは、核から細胞質中に輸送され、ｍＲＮＡに沿って分解される。Ｐｏｌ  ＩＩＩまたはＵ６プロモーターは、ＲＮＡｉのためのＲＮＡを発現させるために使用され得る。Ｐａｄｄｉｓｏｎら［Ｇｅｎｅｓ  ＆  Ｄｅｖ．（２００２年）１６巻：９４８〜９５８頁、２００２年］は、ＲＮＡｉをもたらすための手段として、ヘアピンへと折り畳まれた小さいＲＮＡ分子を使用している。したがって、かかる低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子もまた、本明細書に記載される方法において有利に使用される。機能的ｓｈＲＮＡのステムおよびループの長さは変動する；ステムの長さは、約２５〜約３０ｎｔの範囲のどこかであり得、ループサイズは、サイレンシング活性に影響を与えることなしに、４〜約２５ｎｔの間の範囲であり得る。任意の特定の理論によって束縛されることは望まないが、これらのｓｈＲＮＡは、ＤＩＣＥＲ  ＲＮａｓｅの二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）産物と似ており、いずれにしても、特異的遺伝子の発現を阻害する同じ能力を有すると考えられる。このｓｈＲＮＡは、レンチウイルスベクターから発現され得る。ｍｉＲＮＡは、「ステム−ループ」構造を特徴とするプレｍｉＲＮＡとして最初に転写され、引き続いて、ＲＩＳＣを介したさらなるプロセシングの後に成熟ｍｉＲＮＡへとプロセシングされる、約１０〜７０ヌクレオチド長の一本鎖ＲＮＡである。
【０１７６】
ｓｉＲＮＡが含まれるがこれに限定されない、ＲＮＡｉを媒介する分子は、化学合成によって（Ｈｏｈｊｏｈ、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ  ５２１巻：１９５〜１９９頁、２００２年）、ｄｓＲＮＡの加水分解によって（Ｙａｎｇら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９９巻：９９４２〜９９４７頁、２００２年）、Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼを用いたｉｎ  ｖｉｔｒｏ転写によって（Ｄｏｎｚｅｅｔら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３０巻：ｅ４６頁、２００２年；Ｙｕら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９９巻：６０４７〜６０５２頁、２００２年）、およびＥ．ｃｏｌｉ  ＲＮａｓｅ  ＩＩＩなどのヌクレアーゼを使用する二本鎖ＲＮＡの加水分解によって（Ｙａｎｇら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９９巻：９９４２〜９９４７頁、２００２年）、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで産生され得る。
【０１７７】
別の態様によれば、本開示は、デコイＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、複合体化ＤＮＡ、カプセル化ＤＮＡ、ウイルスＤＮＡ、プラスミドＤＮＡ、ネイキッドＲＮＡ、カプセル化ＲＮＡ、ウイルスＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、ＲＮＡ干渉を生じさせることが可能な分子、またはそれらの組合せが含まれるがこれらに限定されないポリヌクレオチドアンタゴニストを提供する。
【０１７８】
一部の実施形態では、本開示のポリヌクレオチドアンタゴニストは、アプタマーである。アプタマーは、標的分子、例えば、ＴβＲＩＩ、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３ポリペプチドに結合し、標的分子に特異的に結合する三次構造を形成する、二本鎖ＤＮＡおよび一本鎖ＲＮＡ分子を含む核酸分子である。アプタマーの生成および治療的使用は、当該分野で十分確立されている。例えば、米国特許第５，４７５，０９６号を参照のこと。アプタマーについてのさらなる情報は、米国特許出願公開第２００６０１４８７４８号に見出され得る。核酸アプタマーは、例えば、試験管内進化法（ＳＥＬＥＸ）プロセスを介して、当該分野で公知の方法を使用して選択される。ＳＥＬＥＸは、例えば、米国特許第５，４７５，０９６号、同第５，５８０，７３７号、同第５，５６７，５８８号、同第５，７０７，７９６号、同第５，７６３，１７７号、同第６，０１１，５７７号および同第６，６９９，８４３号に記載されるような、標的分子に対する高度に特異的な結合を有する核酸分子のｉｎ  ｖｉｔｒｏ進化のための方法である。アプタマーを同定するための別のスクリーニング方法は、米国特許第５，２７０，１６３号に記載されている。このＳＥＬＥＸプロセスは、種々の２次元および３次元構造を形成する核酸の能力、ならびに他の核酸分子およびポリペプチドを含む、モノマーであれポリマーであれ実質的に任意の化学化合物とのリガンドとして作用する（特異的結合対を形成する）ためにヌクレオチドモノマー内で利用可能な化学的多用途性に基づく。任意のサイズまたは組成の分子が、標的として機能し得る。このＳＥＬＥＸ方法には、所望の結合親和性および選択性を達成するために同じ一般的選択スキームを使用する、候補オリゴヌクレオチドの混合物からの選択、ならびに結合、分離および増幅の段階的反復が関与する。ランダム化された配列のセグメントを含み得る核酸の混合物から開始して、このＳＥＬＥＸ方法は、結合に好都合な条件下で、混合物を標的と接触させるステップ；標的分子に特異的に結合した核酸から、未結合の核酸を分離するステップ；核酸−標的複合体を解離させるステップ；核酸−標的複合体から解離された核酸を増幅して、核酸のリガンド富化された混合物を得るステップを含む。結合、分離、解離および増幅のステップは、標的分子に対する高度に特異的な高親和性の核酸リガンドを得るために、必要に応じて最初から最後まで何度でも反復される。
【０１７９】
典型的には、かかる結合性分子は、動物に別々に投与されるが［例えば、Ｏ’Ｃｏｎｎｏｒ（１９９１年）Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ．５６巻：５６０頁を参照のこと］、かかる結合性分子はまた、宿主細胞によって取り込まれたポリヌクレオチドからｉｎ  ｖｉｖｏで発現され得、ｉｎ  ｖｉｖｏで発現され得る［例えば、Ｏｌｉｇｏｄｅｏｘｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｓ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ、ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ、Ｆｌａ．（１９８８年）を参照のこと］。
【０１８０】
ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドのいずれかは、所望の効果を達成するために、１または複数のさらなるＴβＲＩＩアンタゴニストと組み合わされ得る。例えば、ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドは、ｉ）１もしくは複数のさらなるＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチド、ｉｉ）そのバリアントを含む、１もしくは複数のＴβＲＩＩポリペプチド；ｉｉｉ）１もしくは複数のＴβＲＩＩアンタゴニスト抗体；および／またはｉｖ）１もしくは複数のＴβＲＩＩアンタゴニスト小分子と組み合わせて使用され得る。
５．スクリーニングアッセイ
【０１８１】
ある特定の態様では、本発明は、ＴＧＦβ−ＴβＲＩＩシグナル伝達経路のアゴニストまたはアンタゴニストである化合物（薬剤）を同定するための、ＴβＲＩＩポリペプチド（例えば、可溶性ＴβＲＩＩポリペプチド）の使用に関する。このスクリーニングによって同定された化合物は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでＴＧＦβシグナル伝達活性をモジュレートするそれらの能力を評価するために、試験され得る。任意選択で、これらの化合物は、ｉｎ  ｖｉｖｏで組織成長をモジュレートするそれらの能力を評価するために、動物モデルにおいてさらに試験され得る。
【０１８２】
ＴＧＦβおよびＴβＲＩＩポリペプチドを標的化することによって組織成長をモジュレートするための治療剤についてスクリーニングするための多数のアプローチが存在する。ある特定の実施形態では、化合物のハイスループットスクリーニングが、ＴＧＦβまたはＴβＲＩＩ媒介性の細胞シグナル伝達を乱す薬剤を同定するために、実施され得る。ある特定の実施形態では、このアッセイは、ＴＧＦβへのＴβＲＩＩポリペプチドの結合を特異的に阻害または低減させる化合物をスクリーニングおよび同定するために実施される。あるいは、このアッセイは、ＴＧＦβへのＴβＲＩＩポリペプチドの結合を増強する化合物を同定するために使用され得る。さらなる実施形態では、これらの化合物は、ＴＧＦβまたはＴβＲＩＩポリペプチドと相互作用するそれらの能力によって同定され得る。
【０１８３】
種々のアッセイ形式が、本開示に照らして十分であるが、それにもかかわらず、本明細書に明示的に記載されていないアッセイ形式が、当業者によって理解される。本明細書に記載されるように、本発明の試験化合物（薬剤）は、任意のコンビナトリアルケミカル方法によって創出され得る。あるいは、これらの対象化合物は、ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ
ｖｉｔｒｏで合成された天然に存在する生体分子であり得る。組織成長のモジュレーターとして作用するそれらの能力について試験される化合物（薬剤）は、例えば、細菌、酵母、植物もしくは他の生物によって産生され得（例えば、天然産物）、化学的に産生され得（例えば、ペプチド模倣物を含む小分子）、または組換え産生され得る。本発明によって企図される試験化合物には、非ペプチジル有機分子、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、糖、ホルモンおよび核酸分子が含まれる。具体的な実施形態では、この試験薬剤は、約２，０００ダルトン未満の分子量を有する小さい有機分子である。
【０１８４】
本発明の試験化合物は、単一の個別の実体として提供され得るか、またはコンビナトリアルケミストリーなどによって作製された、より高い複雑度のライブラリーにおいて提供され得る。これらのライブラリーは、例えば、アルコール、アルキルハライド、アミン、アミド、エステル、アルデヒド、エーテルおよび他のクラスの有機化合物を含み得る。試験系への試験化合物の提示は、特に初期スクリーニングステップでは、単離された形態の化合物でまたは化合物の混合物としてのいずれかであり得る。任意選択で、これらの化合物は、他の化合物で任意選択で誘導体化され得、化合物の単離を促進する誘導体化基を有し得る。誘導体化基の非限定的な例には、ビオチン、フルオレセイン、ジゴキシゲニン（ｄｉｇｏｘｙｇｅｎｉｎ）、緑色蛍光タンパク質、同位体、ポリヒスチジン、磁性ビーズ、グルタチオンＳトランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、光活性化可能なクロスリンカーまたはそれらの任意の組合せが含まれる。
【０１８５】
化合物および天然抽出物のライブラリーを試験する多くの薬物スクリーニングプログラムでは、ハイスループットアッセイが、所与の期間に調査される化合物の数を最大化するために、望ましい。精製または半精製のタンパク質を用いて誘導され得るものなどの無細胞系で実施されるアッセイは、迅速な開発と試験化合物によって媒介される分子標的における変更の比較的容易な検出とを可能にするように生み出され得るという点で、「一次」スクリーニングとして好ましいことが多い。さらに、試験化合物の細胞毒性またはバイオアベイラビリティの影響は、一般に、ｉｎ  ｖｉｔｒｏの系では無視され得、その代わりに、このアッセイは、ＴβＲＩＩポリペプチドとＴＧＦβとの結合親和性の変更として現れ得るような、分子標的に対する薬物の影響に主に焦点を当てる。
【０１８６】
単に例示するために、本発明の例示的なスクリーニングアッセイでは、目的の化合物は、通常はＴＧＦβと結合することが可能な単離および精製されたＴβＲＩＩポリペプチドと接触させられる。次いで、化合物およびＴβＲＩＩポリペプチドの混合物に、ＴβＲＩＩリガンドを含む組成物が添加される。ＴβＲＩＩ／ＴＧＦβ複合体の検出および定量化は、ＴβＲＩＩポリペプチドとＴＧＦβとの複合体形成を阻害（または強化）する際の化合物の効力を決定するための手段を提供する。この化合物の効力は、種々の濃度の試験化合物を使用して取得されたデータから、用量反応曲線を生成することによって評価され得る。さらに、対照アッセイもまた、比較のためのベースラインを提供するために実施され得る。例えば、対照アッセイでは、単離および精製されたＴＧＦβが、ＴβＲＩＩポリペプチドを含む組成物に添加され、ＴβＲＩＩ／ＴＧＦβ複合体の形成が、試験化合物の非存在下で定量化される。一般に、反応物が混合され得る順序は、変動され得、同時に混合され得ることが理解される。さらに、精製されたタンパク質の代わりに、細胞抽出物および溶解物が、適切な無細胞アッセイ系を提供するために使用され得る。
【０１８７】
ＴβＲＩＩポリペプチドとＴＧＦβとの複合体形成は、種々の技術によって検出され得る。例えば、複合体の形成のモジュレーションは、イムノアッセイまたはクロマトグラフィー検出により、例えば、検出可能に標識されたタンパク質、例えば、放射能標識された（例えば、３２Ｐ、３５Ｓ、１４Ｃもしくは３Ｈ）、蛍光標識された（例えば、ＦＩＴＣ）、または酵素的に標識されたＴβＲＩＩポリペプチドまたはＴＧＦβを使用して、定量化され得る。
【０１８８】
ある特定の実施形態では、本発明は、ＴβＲＩＩポリペプチドとその結合タンパク質との相互作用の程度を、直接的または間接的にのいずれかで測定する際の、蛍光偏光アッセイおよび蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）アッセイの使用を企図する。さらに、他の様式の検出、例えば、光導波路（ＰＣＴ公開ＷＯ９６／２６４３２および米国特許第５，６７７，１９６号）、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、表面電荷センサーおよび表面力センサーに基づくものが、本発明の多くの実施形態と適合性である。
【０１８９】
さらに、本発明は、ＴβＲＩＩポリペプチドとその結合タンパク質との相互作用を破壊または強化する薬剤を同定するための、「ツーハイブリッドアッセイ」としても公知の相互作用トラップアッセイの使用を企図する。例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら（１９９３年）Ｃｅｌｌ  ７２巻：２２３〜２３２頁；Ｍａｄｕｒａら（１９９３年）Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６８巻：１２０４６〜１２０５４頁；Ｂａｒｔｅｌら（１９９３年）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４巻：９２０〜９２４頁；およびＩｗａｂｕｃｈｉら（１９９３年）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ８巻：１６９３〜１６９６頁）を参照のこと。具体的な実施形態では、本発明は、ＴβＲＩＩポリペプチドとその結合タンパク質との相互作用を解離させる化合物（例えば、小分子またはペプチド）を同定するための逆ツーハイブリッドシステムの使用を企図する。例えば、ＶｉｄａｌおよびＬｅｇｒａｉｎ、（１９９９年）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２７巻：９１９〜２９頁；ＶｉｄａｌおよびＬｅｇｒａｉｎ、（１９９９年）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  １７巻：３７４〜８１頁；ならびに米国特許第５，５２５，４９０号；同第５，９５５，２８０号；および同第５，９６５，３６８号を参照のこと。
【０１９０】
ある特定の実施形態では、これらの対象化合物は、本発明のＴβＲＩＩまたはＴＧＦβポリペプチドと相互作用するそれらの能力によって同定される。化合物とＴβＲＩＩまたはＴＧＦβポリペプチドとの相互作用は、共有結合または非共有結合であり得る。例えば、かかる相互作用は、光架橋、放射能標識されたリガンド結合およびアフィニティークロマトグラフィーを含むｉｎ  ｖｉｔｒｏの生化学的方法を使用して、タンパク質レベルで同定され得る（Ｊａｋｏｂｙ  ＷＢら、１９７４年、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  ４６巻：１頁）。特定の場合には、これらの化合物は、機構ベースのアッセイ、例えば、ＴＧＦβまたはＴβＲＩＩポリペプチドと結合する化合物を検出するためのアッセイにおいてスクリーニングされ得る。これは、固相または液相結合事象を含み得る。あるいは、ＴＧＦβまたはＴβＲＩＩポリペプチドをコードする遺伝子は、細胞中にレポーター系（例えば、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼまたは緑色蛍光タンパク質）と共にトランスフェクトされ得、好ましくはハイスループットスクリーニングによってライブラリーに対してスクリーニングされ得、またはライブラリーの個々のメンバーを用いてスクリーニングされ得る。他の機構ベースの結合アッセイ、例えば、自由エネルギーにおける変化を検出する結合アッセイが、使用され得る。結合アッセイは、ウェル、ビーズもしくはチップに固定された、または固定化された抗体によって捕捉された、またはキャピラリー電気泳動によって分離された標的を用いて、実施され得る。結合した  
化合物は、通常は比色または蛍光または表面プラズモン共鳴を使用して、検出され得る。
【０１９１】
ある特定の態様では、本発明は、ＴＧＦβ媒介性の細胞シグナル伝達をモジュレート（刺激または阻害）するための方法および薬剤を提供する。したがって、同定された任意の化合物は、ＴＧＦβシグナル伝達をモジュレートするそれらの能力を確認するために、細胞または組織全体中で、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏで試験され得る。当該分野で公知の種々の方法が、この目的のために利用され得る。
【０１９２】
６．例示的な治療的使用
骨髄増殖性新生物（ＭＰＮ）は、異常な造血幹細胞増殖から生じ、骨髄線維症（ＰＭＦ）、真性赤血球増加症（ＰＶ）および本態性血小板血症（ＥＴ）を含む［Ｍｅｓａ，  Ｒ．Ａ．（２０１３年）Ｌｅｕｋ  Ｌｙｍｐｈｏｍａ  ５４巻（２号）：２４２〜２５１頁］。ＥＴおよびＰＶは、骨髄線維症（それぞれ、ＥＴ後関連骨髄線維症およびＰＶ後関連骨髄線維症）へと進化することが可能である［Ｔｈｉｅｌｅら（２００８年）ＷＨＯ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔｕｍｏｕｒｓ  ｏｆ  Ｈａｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ  ａｎｄ  Ｌｙｍｐｈｏｉｄ  Ｔｉｓｓｕｅｓ．  ＩＡＲＣ  Ｌｙｏｎ：  Ｗｏｒｌｄ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ、４４〜７頁；およびＣｅｒｖａｎｔｅｓら（２００９年）Ｂｌｏｏｄ  １１３巻（１３号）：２８９５〜９０１頁］。ある特定の特有の特徴にもかかわらず、これらの骨髄線維症疾患は、血栓性および溶血性合併症を発症し、急性脊髄性白血病へと進行するそれらの傾向などの顕著な表現型的および臨床的共通性を有する［Ｓｐｉｖａｋ，  Ｊ．Ｌ．（２００２年）Ｂｌｏｏｄ  １００巻：４２７２〜４２９０頁；Ｆｉｎａｚｚｉら（２００７年）Ｂｌｏｏｄ  １９０巻：５１０４〜５１１１頁；およびＰａｓｓａｍｎｏｔｉら（２０１０年）Ｂｌｏｏｄ  １１５巻：１７０３〜１７０８頁］。ルキソリチニブ（例えば、ジャカビ（Ｊａｋａｆｉ））の食品医薬品局（ＦＤＡ）承認の前には、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）以外にＭＦの処置に関して承認された処置はなかった。疾患生物学の理解の改善が、潜在的な新しいクラスの治療学を評価する臨床試験の増加につながっている。しかしながら、脊髄増殖性障害の処置に関して、かなりの満たされていない要求が依然として残っている。
【０１９３】
ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症を含むＢＣＲ−ＡＢＬ陰性骨髄増殖性新生物）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症（例えば、線維症、脾腫、炎症、貧血および髄外造血）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、任意選択で骨髄増殖性障害を処置するための１または複数のさらなる支持療法および／または活性薬剤（例えば、ルキソリチニブなどのヤヌスキナーゼインヒビター）と組み合わせて、有効量の１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法を提供する。
【０１９４】
ある特定の態様では、本開示は、ヤヌスキナーゼ関連障害（例えば、ＪＡＫ２キナーゼ関連障害）またはヤヌスキナーゼ関連障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、任意選択でヤヌスキナーゼ関連障害を処置するための１または複数のさらなる支持療法および／または活性薬剤（例えば、ルキソリチニブなどのヤヌスキナーゼインヒビター）と組み合わせて、有効量の１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれから本質的になるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法を提供する。本開示の方法によって処置または予防され得るヤヌスキナーゼ関連障害として、例えば、骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症、本態性血小板血症後骨髄線維症およびＣＭＬ）、ヤヌスキナーゼ関連障害と関連付けられる他の血管障害、およびヤヌスキナーゼ関連障害と関連付けられる他のクローン障害ならびにそれらか生じる合併症が挙げられる。
【０１９５】
本明細書で使用する場合、障害または状態を「予防する」治療薬とは、統計学的試料において、未処置の対照試料と比較して、処置した試料において障害もしくは状態の発生を低減させ、あるいは未処置の対照試料と比較して、障害もしくは状態の１もしくは複数の症状の発症を遅延またはその重症度を低減させる化合物を指す。
【０１９６】
用語「処置する」は、本明細書で使用する場合、状態が一旦確立された後の、その状態の寛解または排除を含む。いずれの場合にも、予防または処置は、医師または他の健康ケア提供者によって提供される診断および治療剤の投与の意図した結果において、識別され得る。
【０１９７】
概して、本開示において記載するような疾患もしくは状態の処置または予防は、ＴβＲＩＩアンタゴニストを有効量で投与するステップによって達成される。作用物質の有効量は、必要な投与量および期間での所望の治療上または予防上の結果を達成するのに有効な量を指す。本開示の作用物質の治療有効量は、個体の疾患状態、年齢、性別および体重、ならびに作用物質の、個体において所望の応答を誘発する能力などの要因に応じて様々であり得る。予防有効量は、必要な投与量および期間での所望の予防上の結果を達成するのに有効な量を指す。
【０１９８】
骨髄線維症は、一般的にますますの無効造血、髄外造血、様々な炎症性合併症、およびに寿命の短縮をもたらす進行性骨髄線維症を特徴とするクローン腫瘍性障害である［Ｍａｓｃａｒｅｎｈａｓら（２０１２年）Ｃｕｒｒ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  １９巻：４３９９〜４４１３頁；およびＶａｎｎｕｃｃｈｉら（２０１１年）Ｈｅｍａｔｏｌ  Ａｍ  Ｓｏｃ  Ｈｅｍａｔｏｌ  Ｅｄｕｃ  Ｐｒｏｇ  ２０１１年：２２２〜２３０頁］。それは、過剰な細胞が産生される骨髄の脊髄増殖性障害の１つである。異常造血細胞クローンによる線維芽細胞増殖因子などのサイトカインの産生が、コラーゲン線維症を介した結合組織による骨髄の造血組織の置換をもたらす。造血組織の減少は、新しい血液細胞を生成する患者の能力を損ない、進行性汎血球減少症、全ての血液型の不足をもたらす。しかしながら、コラーゲンの増殖、線維芽細胞および堆積は、二次的な現象であり、線維芽細胞自体は、異常細胞クローンの一部ではない。骨髄の進行性瘢痕、または線維症の結果として、造血細胞が、他の領域、特に肝臓および脾臓へ強制的に移動されるため、患者は、髄外造血を発症する。これは、これらの臓器の腫大を引き起こす。肝臓では、その状態は、肝腫と呼ばれる。脾臓の腫大は、脾腫と呼ばれ、それはまた、汎血球減少症、特に血小板減少および貧血の一因となる。また、肺およびリンパ節で発生する髄外造血の報告も見られる。髄外造血の別の合併症は、異常な形をした赤血球の存在の変形赤血球症である。骨髄線維症の一般的な臨床所見として、進行性肝脾腫、異常血球数ならびに疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、骨痛、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、錯感覚（ｐａｒａｓｔｈｅｓｉａｓ）、悪液質、脾梗塞および失血などの衰弱性の症状が挙げられる。最近まで、疾患の進行に対する明らかに実証された影響による唯一の処置は、同種造血幹細胞移植ａｌｌｏＨＳＣＴであったが、処置関連の死亡率が高く、ほんの少数の患者だけが、この集中療法に適格である［Ｇｕｐｔａら（２０１２年）Ｂｌｏｏｄ  １２０巻：１３６７〜１３７９頁］。
【０１９９】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるのに、単独で、または１もしくは複数の支持療法もしくは活性薬剤と組み合わせて使用され得る。特に、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、例えば無効造血、貧血、炎症、線維症（例えば、骨髄線維症、脾臓線維症髄および肝線維症）、汎血球減少症、好中球減少症、上昇したサイトカイン、凝固障害、炎症性合併症、ＩＬ−６媒介性の炎症または炎症性合併症、血小板減少症、髄外造血（例えば、脾臓髄外造血、肝髄外造血、肺髄外造血およびリンパ髄外造血）、肝腫、脾腫、骨硬化症、骨骨髄線維症、変形赤血球症、疲労、体重減少、寝汗、発熱、掻痒症、骨痛、早期満腹、腹痛または腹部不快感、関節痛、筋肉痛、錯感覚、悪液質、脾梗塞および失血を含む骨髄線維症の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるのに、単独で、または１もしくは複数の支持療法もしくは活性薬剤と組み合わせて使用され得る。
【０２００】
原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）の現在の診断は、Ｗｏｒｌｄ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ（ＷＨＯ）基準に基づいており、臨床的および研究室的特徴の複合評価を含む［Ｔｅｆｆｅｒｉ  Ａら（２００７年）Ｂｌｏｏｄ．１１０巻：１０９２〜１０９７頁］。３つのＷＨＯ診断一次基準がある：１）レチクチンおよび／またはコラーゲン線維症のいずれかを伴うか、あるいはレチクリンの非存在下での巨核球増殖および異型（異常な核／細胞質比、ならびに多染色体性および不規則に折り畳まれた核、ならびに高密度クラスター形成を伴う小〜大の巨核球）（巨大核細胞の変化は、骨髄細胞性の増加、顆粒球増殖および多くの場合、赤血球生成増殖（即ち、前線維性原発性骨髄線維症の減少を伴わなくてはならない））、２）慢性骨髄性白血病、真性赤血球増加症、脊髄異形成症候群または他の骨髄新生物に関するＷＨＯ基準を満たさないこと、ならびに３）ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆもしくは他のクローンマーカーの実証、または反応性骨髄線維症の根拠がないこと。さらに、４つのＷＨＯ診断小規模基準がある：１）血球赤芽球症、２）血清ＬＤＨレベルの増加、３）貧血、および４）触知可能な脾腫。末梢血白赤芽球症（即ち、有核赤血球、未熟顆粒球および涙滴赤血球の存在）は、ＰＭＦの典型であるが、不変的な特徴ではなく、前線維性ＰＭＦは、顕性白赤芽球症を示さない場合もある［Ｋｖａｓｎｉｃｋａら（２０１０年）Ａｍ  Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｌ．８５巻：６２〜６９頁］。ＰＭＦにおける骨髄線維症は、通常ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆまたは変異ＣＡＬＲ、またはＭＰＬ、トリソミー９またはｄｅｌ（１３ｑ）と関連付けられる［Ｈｕｓｓｅｉｎら（２００９年）Ｅｕｒ  Ｊ  Ｈａｅｍａｔｏｌ．８２巻：３２９〜３３８頁］。したがって、これらの遺伝子マーカーの存在は、骨髄線維症と関連付けられる骨髄新生物の存在下で、ＰＭＦの診断を強力に支持する。ある特定の態様では、本開示は、原発性骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関し、特に原発性骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる。
【０２０１】
真性赤血球増加症後骨髄線維症（ＰＶ後ＭＦ）および本態性血小板血症後骨髄線維症（ＥＴ後ＭＦ）の現在の診断は、Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｗｏｒｋｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ  ｆｏｒ  ＭＰＮ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ（ＩＷＧ−ＭＲＴ）によって発表された基準に基づく［Ｂａｒｏｓｉ  Ｇら（２００８年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ．２２巻：４３７〜４３８頁］。ＰＶ後ＭＦに関しては、２つのＩＷＧ−ＭＲＴ一次基準がある：１）ＷＨＯ基準によって規定されるような真性赤血球増加症の以前の診断の証拠書類、および２）欧州分類に従う骨髄線維症グレード２〜３（０〜３のスケールで）またはグレード３〜４（０〜４のスケールで）。欧州分類に従うグレード２〜３：膠原化の根拠を有さないびまん性、多くの場合粗線維ネットワーク（陰性トリクローム染色）または膠原化の領域を有するびまん性の粗線維ネットワーク（陽性トリクローム染色）［Ｔｈｉｅｌｅら（２００５年）Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａ．９０巻：１１２８〜１１３２頁］。標準分類に従うグレード３〜４：時々コラーゲンの限局性線維束のみおよび／または限局性骨硬化症を有する広範な交差を伴うレチクリンのびまん性かつ高密度の増加、あるいは多くの場合、かなりの骨硬化症と関連付けられるコラーゲンの粗線維束を有する広範な交差を伴うレチクリンのびまん性かつ高密度の増加［Ｍａｎｏｈａｒａｎら（１９７９年）Ｂｒ  Ｊ  Ｈａｅｍａｔｏｌ  ４３巻：１８５〜１９０頁］。さらに、４つのＩＷＧ−ＭＲＴ診断二次基準があり、そのうちの２つは、ＰＶ後ＭＦ診断に関するＩＷＧ−ＭＲＴ一次基準とともに患者において検出されなければならない：１）貧血または細胞減少療法の非存在下での静脈切開の要件の持続的な損失、２）白赤芽球性末梢血液像、３）５ｃｍ以上の触知可能な脾腫の増加、または新たな触知可能な脾腫の出現のいずれかとして規定される脾腫の増加、４）３つの全身症状：６ヵ月以内での１０％を超える体重減少、寝汗、原因不明の発熱のうちの１つ以上の発症。ＥＴ後ＭＦに関して２つのＩＷＧ−ＭＲＴ一次基準がある：１）ＷＨＯ基準によって規定されるような真性赤血球増加症の以前の診断の証拠書類、２）骨髄線維症グレード２〜３（０〜３のスケールで）またはグレード３〜４（０〜４のスケールで）。さらに、５つのＩＷＧ−ＭＲＴ診断二次基準があり、そのうちの２つは、ＥＴ後ＭＦ診断に関するＩＷＧ−ＭＲＴ一次基準とともに患者において検出されなければならない：１）貧血およびベースラインヘモグロビンレベルから２ｇ／ｄＬ以上の減少、２）白赤芽球性末梢血液像、３）５ｃｍ以上の触知可能な脾腫の増加、または新たな触知可能な脾腫の出現のいずれかとして規定される脾腫の増加、４）乳酸脱水素酵素の増加、ならびに５）３つの全身症状：６ヵ月以内での１０％を超える体重減少、寝汗、原因不明の発熱のうちの１つ以上の発症。ある特定の態様では、本開示は、真性赤血球増加症後骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関し、特に真性赤血球増加症後骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる。ある特定の態様では、本開示は、真本態性血小板血症後骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関し、特に本態性血小板血症後骨髄線維症の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる。
【０２０２】
骨髄線維症における頑強な予後モデリングは、２００９年に国際予後スコアリングシステム（ＩＰＳＳ）の開発から始まった［Ｃｅｒｖａｎｔｅｓ  Ｆら（２００９年）Ｂｌｏｏｄ  １１３巻：２８９５〜２９０１頁］。骨髄線維症に関するＩＰＳＳは、初期診断時に評価されている患者に適用可能であり、下生存の５つの独立予測因子を使用する：年齢＞６５歳、ヘモグロビン＜１０ｇ／ｄＬ、白血球数＞２５×１０９個／Ｌ、循環芽細胞≧１％および全身症状の存在。０個、１個、２個および３個以上の有害因子の存在は、それぞれ、低、中間−１、中間−２、および高リスクの疾患を規定する。相当する生存期間中央値は、それぞれ、１１．３年、７．９年、４年および２．３年であった。ある特定の態様では、本開示は、ＩＰＳＳに従う低、中間−１、中間−２、および／または高リスクの骨髄線維症を有する患者における骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、ＩＰＳＳに従う骨髄線維症のリスクの進行を予防する、または遅延させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する（例えば、ＩＰＳＳに従う低から中間−１のリスクへの、中間−１から中間−２のリスクへの、および／もしくは中間−２から高リスクへのリスクの進行を予防する、または遅延させる）。一部の実施形態では、本開示は、ＩＰＳＳに従う骨髄線維症の危険性の後退を促進する、または増加させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する（例えば、ＩＰＳＳに従う高から中間−２のリスクへの、中間−２から中間−１のリスクへの、および／もしくは中間−１から低リスクへの後退を促進する、または増加させる）。
【０２０３】
続いて、ＩＷＧ−ＭＲＴは、ＩＰＳＳにおいて使用される同じ予後変数を使用するが、疾患経過間にいつでも適用され得るダイナミック予後モデル（ダイナミック国際予後スコアリングシステム［ＤＩＰＳＳ］）を開発した［Ｐａｓｓａｍｏｎｔｉ  Ｆら（２０１０年）Ｂｌｏｏｄ．１１５巻：１７０３〜１７０８頁］。ＤＩＰＳＳは、ヘモグロビン＜１０ｇ／ｄＬに関しては、１つではなく、２つの有害ポイントを割り当て、リスク分類はそれに応じて修正される：低（０有害ポイント）、中間−１（１または２ポイント）、中間−２（３または４ポイント）および高（５または６ポイント）。相当する生存期間中央値は、到達せず、１４．２年、４年および１．５年であった。ある特定の態様では、本開示は、ＤＩＰＳＳに従う低、中間−１、中間−２、および／または高リスクの骨髄線維症を有する患者における骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、ＤＩＰＳＳに従う骨髄線維症のリスクの進行を予防する、または遅延させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する（例えば、ＤＩＰＳＳに従う低から中間−１のリスクへの、中間−１から中間−２のリスクへの、および／もしくは中間−２から高リスクへのリスクの進行を予防する、または遅延させる）。一部の実施形態では、本開示は、ＤＩＰＳＳに従う骨髄線維症の危険性の後退を促進する、または増加させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する（例えば、ＤＩＰＳＳに従う高から中間−２のリスクへの、中間−２から中間−１のリスクへの、および／もしくは中間−１から低リスクへの後退を促進する、または増加させる）。
【０２０４】
次に、骨髄線維症における生存に関するＩＰＳＳおよびＤＩＰＳＳ独立リスク因子が同定され、好適でない核型（即ち、＋８、−７／７ｑ−、ｉ（１７ｑ）、ｉｎｖ（３）、−５／５ｑ−、１２ｐ−または１１ｑ２３再編成）［Ｈｕｓｓｅｉｎら（２０１０年）Ｂｌｏｏｄ．１１５巻：４９６〜４９９頁］、赤血球輸血の必要性［Ｔｅｆｆｅｒｉら（２００９年）Ａｍ  Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｌ．８５巻：１４〜１７頁］および血小板数＜１００×１０９個／Ｌ［Ｐａｔｎａｉｋら（２０１０年）Ｅｕｒ  Ｊ  Ｈａｅｍａｔｏｌ．８４巻：１０５〜１０８頁］を含む複雑な核型または唯一もしくは２つの異常を含んでいた。したがって、ＤＩＰＳＳは、これらの３つのさらなるＤＩＰＳＳ独立リスク因子：血小板数＜１００×１０９個／Ｌ、赤血球輸血の必要性および好適でない核型を組み込むことによって、ＤＩＰＳＳ−プラスに修正した。上述の８つのリスク因子に基づく４つのＤＩＰＳＳ−プラスリスクカテゴリーは、１５．４年、６．５年、２．９年、および１．３年のそれぞれの生存期間中央値を有する低（リスク因子なし）、中間−１（リスク因子１つ）、中間−２（リスク因子２つまたは３つ）および／または高（４つを超えるリスク因子）である。ある特定の態様では、本開示は、ＤＩＰＳＳ−プラスに従う低、中間−１、中間−２、および／または高リスクの骨髄線維症を有する患者における骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、ＤＩＰＳＳ−プラスに従う骨髄線維症のリスクの進行を予防する、または遅延させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する（例えば、ＤＩＰＳＳ−プラスに従う低から中間−１リスクへの、中間−１から中間−２リスクへの、および／もしくは中間−２から高リスクへのリスクの進行を予防する、または遅延させる）。一部の実施形態では、本開示は、ＤＩＰＳＳ−プラスに従う骨髄線維症の危険性の後退を促進する、または増加させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する（例えば、ＤＩＰＳＳ−プラスに従う高から中間−２のリスクへの、中間−２から中間−１のリスクへの、および／もしくは中間−１から低リスクへの後退を促進する、または増加させる）。
【０２０５】
ＤＩＰＳＳ−プラスの発表以来、さらなる予後情報を示唆するいくつかの研究が発表された。例えば、骨髄線維症における８０％を超える２年死亡率は、モノソーム核型、ｉｎｖ（３）／ｉ（１７ｑ）、または循環芽細胞＞９％、白血球≧４０×１０９個／Ｌもしくは他の好適でない核型のうちのいずれか２つによって予測された［Ｔｅｆｆｅｒｉら（２０１１年）Ｂｌｏｏｄ．１１８巻：４５９５〜４５９８頁］。同様に、骨髄線維症における下生存は、ＪＡＫ２  ４６／１ハプロタイプに関するヌル欠損、低ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ対立遺伝子負荷、またはＩＤＨ、ＥＺＨ２、ＳＲＳＦ２もしくはＡＳＸＬ１変異の存在に関連付けられている［Ｔｅｆｆｅｒｉ、Ａｙａｌｅｗ（２０１４年）Ａｍ．Ｊ．Ｈｅｍａｔｏｌ．８９巻：９１６〜９２５頁］。対照的に、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ、ＭＰＬまたはＴＥＴ２変異の存在または非存在は、生存に影響を及ぼさないようであった。骨髄線維症における生存はまた、血清ＩＬ−８およびＩＬ−２Ｒレベルならびに無血清軽鎖レベルの増加によって影響され、ともにＤＩＰＳＳ−プラスから独立していた。つい最近では、Ｔｅｆｆｅｒｉらは、骨髄線維症を有する２５４名の患者を研究し、３つ全ての変異（即ち、トリプルネガティブ）について、ＪＡＫ２に関して５８％、ＣＡＬＲに関して２５％、ＭＰＬに関して８％、および野生型に関して９％の変異頻度を報告した［Ｔｅｆｆｅｒｉら（２０１４年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ．ＤＯＩ  １０．１０３８／ｌｅｕ．２０１４．３として予定日前に出版された］。ＪＡＫ２／ＭＰＬ非変異の事例におけるＣＡＬＲ変異頻度は、７４％であった。ＣＡＬＲ変異は、若年、より高い血小板数およびより低いＤＩＰＳＳ−プラススコアと関連付けられた。ＣＡＬＲ変異患者はまた、貧血性である可能性が低いか、輸血を必要とする可能性が低いか、または白血球増加症を示す可能性が低かった。スプライソソーム変異は、ＣＡＬＲ変異患者においては稀であった。５７０名の患者の続く国際的研究において、ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１−患者における最も長い生存（中央値１０．４年）およびＣＡＬＲ−ＡＳＸＬ１＋患者における最も短い生存（中央値２．３年）を著者らは報告した［Ｔｅｆｆｅｒｉら（２０１４年）、Ｌｅｕｋｅｍｉａ．ＤＯＩ  １０．１０３８／ｌｅｕ．２０１４．５７として予定日前に出版された］。ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１＋およびＣＡＬＲ−ＡＳＸＬ１−患者は、中間リスクカテゴリーにおいて一緒に分類された（生存中央値５．８年）。全生存に関して明らかになってきているように、白血病を発症してない生存もまた、ＩＤＨおよびＳＲＳＦ２を含むある特定の変異を保有する患者において、非常に危うい［Ｔｅｆｆｅｒｉら（２０１２年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ．２６巻：４７５〜４８０頁；Ｌａｓｈｏら（２０１２年）Ｂｌｏｏｄ．１２０巻：４１６８〜４１７１頁］。さらに、ＬＮＫおよびＴＨＰＯにおける変異もまた、骨髄線維症と関連付けられている。
【０２０６】
ある特定の態様では、本開示は、モノソーム核型、ｉｎｖ（３）／ｉ（１７ｑ）異常、循環芽細胞＞９％および／または白血球≧４０×１０９個／Ｌ、ＪＡＫ２  ４６／１ハプロタイプに関するヌル欠損、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異、ＩＤＨ１変異、ＩＤＨ２変異、ＥＺＨ２変異、ＳＲＳＦ２変異、ＡＳＸＬ１変異、血清ＩＬ−８レベルの増加、血清ＩＬ−２Ｒレベルの増加、遊離軽鎖レベルの増加、ＪＡＫ１変異、ＪＡＫ２変異、ＪＡＫ３変異、ＴＹＫ２変異、ＭＰＬ変異、ＣＡＬＲ変異、ＣＡＬＲ＋ＡＳＸＬ１−、ＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１＋、ＣＡＬＲ＋ＡＳＫＬ１＋、ＣＡＬＲ−ＡＳＫＬ１−、ＴＥＴ２変異、ＴＨＰＯ変異、およびＬＮＫ変異の１もしくは複数を有する患者における骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。
【０２０７】
概して、ＰＶは、赤血球質量の増加を特徴とする［Ｖａｒｄｉｍａｎら（２００９年）Ｂｌｏｏｄ．１１４巻：９３７〜９５１頁；Ｓｔｕａｒｔら（２００４年）Ａｍ  Ｆａｍ  Ｐｈｙｓｉｃｉａｎ  ６９巻：２１３９〜２１４４頁；Ｈｅｎｓｌｅｙら（２０１３年）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒ  １４巻：６０９〜６１７頁；Ｐａｓｓａｍｏｎｔｉ  Ｆ．（２０１２年）Ｂｌｏｏｄ  １２０巻：２７５〜２８４５頁；およびＶａｎｎｕｃｃｈｉ  Ａ．Ｍ．（２０１０年）Ｉｎｔｅｒｎ  Ｅｍｅｒｇ  Ｍｅｄ．５巻：１７７〜１８４頁］。ＰＶを有する患者は通常、赤血球だけでなく、骨髄における骨髄性および巨核球性構成成分の過剰な激増を有し、高い赤血球、白血球（ＷＢＣ）および血小板数をもたらす。ＰＶ患者は概して、生活の質の低下を有し、二次ＭＦおよび急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）への変換の危険性がある。治療選択は限られており（例えば、低用量アスピリン、静脈切開およびヒドロキシウレア）、主に対処療法的であり、血栓症の発生を予防すること、また上昇した赤血球、骨髄および／または巨核球レベルと関連付けられる症状を改善させることに焦点を当てている。
【０２０８】
ＰＶは、ＭＦよりもはるかに高い有病率を有し（それぞれ、１００，０００人当たり４〜６人に対して、１００，０００人当たり４４〜５７人）、ＰＶ患者は、一般集団よりも高い死のリスクを有する［Ｍｅｈｔａら（２０１４年）Ｌｅｕｋ  Ｌｙｍｐｈｏｍａ  ５５巻：５９５〜６００頁；およびＰａｓｓａｍｏｎｔｉら（２００４年）Ａｍ  Ｊ  Ｍｅｄ．１１７巻：７５５〜７６１頁］。ＰＶは、女性よりも男性に影響を及ぼし、診断の年齢中央値は、６０歳であるが、患者のおよそ２０〜２５％が、４０歳よりも若い［Ｔｉｂｅｓら（２０１３年）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｅｍｅｒｇ  Ｄｒｕｇｓ．１８巻：３９３〜４０４頁］。ＰＶを有する患者における生存期間中央値は、およそ１４年であるが、それは、６０歳よりも高齢である患者および／または血栓症歴を有する患者においてはるかに低い（約８年）［Ｔｅｆｆｅｒｉら（２０１３年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２７巻：１８７４〜１８８１頁］。
【０２０９】
ＰＶの病因の理解は、ＰＶを有する大部分の患者においてＪＡＫ２における変異を活性化するという発見後に大いに改善された［Ｌｅｖｉｎｅ  ＲＬ、Ｐａｒｄａｎａｎｉ  Ａ、Ｔｅｆｆｅｒｉら（２００７年）Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｃａｎｃｅｒ  ７巻：６７３〜６８３頁；Ｔｅｆｆｅｒｉ  Ａ．（２０１１年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２５巻：１０５９〜１０６３頁；およびＳｅｖｅｒら（２０１４年）Ｌｅｕｋ  Ｌｙｍｐｈｏｍａ  ５５巻：２６８５〜２６９０頁］。古典的なＪＡＫ２  Ｖ６１７Ｆ変異は、ＰＶを有する患者のおよそ９６％に存在し、ＪＡＫ２エクソン１２変異は、ＰＶを有する患者のおよそ３％に存在する。ＪＡＫ−ＳＴＡＴを含むＪＡＫ２の過剰活性化は、下流経路を自律的に活性化させ、調節されない造血をもたらす。これらの見解は、診断および処置に関する基準を形作るのに役立っている。ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異の存在は、ＰＶの診断における主要基準であり、いくつかのＪＡＫ２インヒビターが、ＰＶ用の分子標的療法として開発中である［Ｈｅｎｓｌｅｙら（２０１３年）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒ  １４巻：６０９〜６１７頁］。
【０２１０】
ＰＶ診断は現在、ｔｈｅ  ２００８  Ｗｏｒｌｄ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ（ＷＨＯ）診断基準に基づく［Ｖａｒｄｉｍａｎら（２００９年）Ｂｌｏｏｄ．１１４巻：９３７〜９５１頁］。ＷＨＯ診断基準は、臨床値、形態学的特徴および遺伝子データを重視し、赤血球増加症が、第１の主要基準である。ＷＨＯによれば、赤血球増加症の根拠は、ヘモグロビン（Ｈｇｂ）レベルの上昇（男性では＞１８．５ｇ／ｄＬおよび女性では＞１６．５ｇ／ｄＬ）を含むが、Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｆｏｒ  Ｓｔａｎｄａｒｄｓ  ｉｎ  ＨａｅｍａｔｏｌｏｇｙおよびＰｏｌｙｃｙｔｈｅｍｉａ  Ｖｅｒａ  Ｓｔｕｄｙ  Ｇｒｏｕｐなどの他のグループは、それぞれ、ヘマトクリット（Ｈｃｔ）値の上昇（女性では＞４８％および男性では＞５２％）または赤血球量測定の使用を重視する［ＭｃＭｕｌｌｉｎら（２００７年）Ｂｒ  Ｊ  Ｈａｅｍａｔｏｌ  １３８巻：８２１〜８２２頁；およびＭｕｒｐｈｙ  Ｓ．（１９９９年）Ｓｅｍｉｎ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ３６巻：９〜１３頁］。近年、研究者らによっては、特にＰＶを有する患者のサブグループにおける仮面ＰＶ（ｍＰＶ）の同定を受けて、ＷＨＯ基準を改正することを提案しているものもいる［Ｂａｒｂｕｉ  Ｔら（２０１４年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２８巻：１１９１〜１１９５頁；およびＢａｒｂｕｉら（２０１４年）Ａｍ  Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ８９巻：１９９〜２０２頁］。顕性ＰＶを有する患者とは異なり、ｍＰＶ患者を有する患者は、正常または境界ＨｇｂおよびＨｃｔ値を有する傾向にあるが、通常ＪＡＫ２変異に関して陽性であり、ＰＶと一致した骨髄の特徴を有し、低い血清エリスロポイエチンレベルを有する。より低いＨｇｂ閾値および／またはＨｃｔ閾値の使用を重視することを伴う現在のＷＨＯ診断基準に対する改正は、ｍＰＶを有するものを正確に診断するのに有益である可能性があり、これらの患者の適切かつ迅速な処置を可能にし得ると提唱されている。
【０２１１】
現在のリスク層別化モデルでは、６０歳以上の年齢および血栓症歴は、ＰＶを有する患者を低（０個のリスク因子）および高（１つまたは２つのリスク因子）リスクグループへ分類するのに使用される２つのリスク因子である。ある特定の態様では、本開示は、低もしくは高リスクＰＶを有する患者におけるＰＶまたはＰＶの１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、ＰＶリスクの進行を予防する、または遅延させる（例えば、低から高リスクＰＶへのリスクの進行を予防する、または遅延させる）ための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、ＰＶリスク後退を促進する、または増加させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する（例えば、高から低リスクＰＶへの後退を促進する、または増加させる）。一部の実施形態では、本開示は、骨髄線維症へのＰＶ進行（ＰＶ後骨髄線維症）を予防する、または遅延させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。ＰＶはまた、急性白血病への変換のリスクを保有する［Ｖａｎｎｕｃｃｈｉ  Ａ．Ｍ．（２０１０年）Ｉｎｔｅｒｎ  Ｅｍｅｒｇ  Ｍｅｄ．５巻：１７７〜１８４頁］。ＰＶを有する患者におけるＡＭＬへの変換の発生率は、経時的に進行性リスクを伴って、疾患の１０年後に５〜１５％に及ぶ［Ｆｉｎａｚｚｉら（２００５年）Ｂｌｏｏｄ  １０５巻：２６６４〜２６７０頁］。高齢、女性およびアルキル化剤、放射線または腫瘍縮小薬の組合せの使用は、白血病変換のより高いリスクと関連付けられる。一部の実施形態では、本開示は、ＡＭＬへのＰＶ進行を予防する、または遅延させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。
【０２１２】
ＰＶにおける症候性の負担は、一般的に重篤であり、疾患を有する大部分の患者に存在する［Ｓｃｈｅｒｂｅｒら（２０１１年）Ｂｌｏｏｄ  １１８巻：４０１〜４０８頁；およびＨｅｎｓｌｅｙら（２０１３年）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒ  １４巻：６０９〜６１７頁である］。最も一般的な病状は、疲労（患者の８８％により報告される）、掻痒症（６２％）、寝汗（５２％）、骨痛（５０％）、発熱（１８％）および体重減少（３１％）であり、掻痒症および疲労が、最も一般的であり、かつ厄介な症状である。掻痒症は、全身性のヒリヒリ感、チクチク感、うずきまたはムズムズ感として現れ、水への接触後に頻繁に報告され（水原性そう痒症）、大規模な温度変化、アルコール消費または運動が、相当する症状を誘導する場合がある。疲労は、上昇した循環サイトカイン（例えば、腫瘍壊死因子アルファ、インターロイキン−１およびインターロイキン−６）の結果として同定されている。さらに、患者のおよそ３５〜４５％が、脾腫を発症するが、その存在は通常、進行性疾患を示している［Ｔｅｆｆｅｒｉら（２０１３年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２７巻：１８７４〜１８８１頁］。脾腫は通常、腹痛、早期満腹、体重減少および悪心を含む二次的症状をもたらし、合併症は、腹部臓器圧迫および門脈圧亢進症を引き起こし得る。ＰＶ関連の全身症状および脾腫と関連付けられる症状は、患者の７０％に存在し、Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｏｒｇａｎｉｓａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｑｕａｌｉｔｙ  ｏｆ  Ｌｉｆｅ  Ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅ  Ｃｏｒｅ  ３０および／またはＭＰＮ−Ｓｙｍｐｔｏｍ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  Ｆｏｒｍ（ＳＡＦ）アンケートなどのツールによって評価されるように、生活の質を危うくする［Ｓｃｈｅｒｂｅｒら（２０１１年）Ｂｌｏｏｄ  １１８巻：４０１〜４０８頁；Ｈｅｎｓｌｅｙら（２０１３年）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒ  １４巻：６０９〜６１７頁；およびＡｂｅｌｓｓｏｎら（２０１３年）Ｌｅｕｋ  Ｌｙｍｐｈｏｍａ  ５４巻：２２２６〜２２３０頁］。ＭＰＮ−ＳＡＦ  Ｔｏｔａｌ  Ｓｙｍｐｔｏｍ  Ｓｃｏｒｅは、疲労、集中、早期満腹、不活発、寝汗、ムズムズ感、骨痛、腹部不快感、体重減少および発熱に焦点を当てた１０品目スコアリング手段である。これらのツールに基づいて、ＰＶを有する患者における症状の負担が、新たに診断される原発性ＭＦを有する患者において観察されるものに匹敵する、またはそれよりも悪化させることがわかっている。
【０２１３】
ＰＶのうち最も高頻度の合併症の幾つかは、血管性および血栓塞栓性事象ならびに出血である［Ｖａｎｎｕｃｃｈｉ  Ａ．Ｍ．（２０１０年）Ｉｎｔｅｒｎ  Ｅｍｅｒｇ  Ｍｅｄ．５巻：１７７〜１８４頁］。血栓症は、診断時にＰＶを有する患者の最大３９％で観察される顕著な症状である［Ｔｅｆｆｅｒｉら（２００７年）Ｓｅｍｉｎ  Ｔｈｒｏｍｂ  Ｈｅｍｏｓｔ  ３３巻：３１３〜３２０頁；およびＢａｒｂｕｉ  Ｔら（２０１２年）Ｂｌｏｏｄ  Ｒｅｖ  ２６巻：２０５〜２１１頁］。主な血栓症の最も高頻度のタイプとしては、発作、一過性脳虚血発作、心筋梗塞、末梢動脈血栓症、深部静脈血栓症、門脈血栓症、およびバッド・キアリ症候群を引き起こす肝静脈の血栓症が挙げられる。大血管性合併症に加えて、患者は、微小血管性症状（例えば、頭痛、眩暈、視力障害、遠位感覚異常、肢端チアノーゼ）を経験する場合があり、肢端紅痛症は、最も特徴的な障害であり、四肢におけるうっ血、発赤および灼熱痛からなる。極度の血小板増加症（例えば、＞１５００×１０９個／Ｌ）の場合、患者は、後天性フォン・ウィルブランド症候群を発症するリスクがある可能性があり、それは、失血の素因を引き起こす［Ｃｈｏｕ  ＹＳら（２０１３年）Ｅｕｒ  Ｊ  Ｈａｅｍａｔｏｌ  ９０巻：２２８〜２３６頁］。出血はまた、累積発生率３９．６％（人年当たり６．２％）で、ＰＶを有する患者における罹患率および死亡率の重大な原因である。さらに、全生存は、この合併症を伴わない患者間よりも、出血を伴う患者間で、著しく短いことがわかっている（全生存中央値、およそ９５ヵ月）。
【０２１４】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）は、真性赤血球増加症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるのに、単独で、または１もしくは複数の支持療法もしくは活性薬剤（例えば、ルキソリチニブなどのヤヌスキナーゼインヒビター）と組み合わせて使用され得る。特に、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、真性赤血球増加症の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるのに、単独で、または１もしくは複数の支持療法もしくは活性薬剤と組み合わせて使用され得る。本明細書中に開示する方法に従って処置され得る真性赤血球増加症の合併症として、例えば、赤血球細胞の過剰な増殖、骨髄系細胞の過剰な増殖、巨核球細胞の過剰な増殖、高い赤血球レベル、高い白血球レベル、高い血小板レベル、疲労、掻痒症、寝汗、骨痛、発熱および体重減少、上昇した炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ−６）、炎症性合併症、ＩＬ−６媒介性の炎症性合併症、脾腫、腹痛、早期満腹、体重減少、悪心、腹部臓器圧迫、門脈圧亢進症、全身症状、血管性合併症、血栓症、微小血管性合併症、および大血管性合併症が挙げられる。
【０２１５】
２００８年に発行された本態性血小板血症（ＥＴ）に関する新しいＷｏｒｌｄ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ（ＷＨＯ）診断基準は、真のＥＴと早期骨髄線維症との間で重要な区別を行い、したがって、一部には、より長期の生存および顕性ＭＦへのより少ない変換を特徴とする診断に関して、より同種の集団を同定するのに役立った。血小板増加症は、ＥＴの診断に関して必要条件であるが、かかる事象はまた、ほとんど見られないもののＰＶおよびＰＭＦ患者においても現れる場合がある［Ｂｉｒｇｅｇａｒｄ  Ｇ．（２０１５年）Ｔｈｅｒ  Ａｄｖ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ６巻（３号）：１４２〜１５６頁］。さらに、ＥＴは、早期骨髄線維症患者よりも、より低い白血球数、より低いヘモグロビンレベル、血漿中の低い乳酸脱水素酵素（ＬＤＨ）レベル、および重要なことに、より良好な予後を特徴とする［Ｂａｒｂｕｉら（２０１２年）Ｂｌｏｏｄ  １２０巻：５６９〜５７１頁］。ＷＨＯ分類されたＥＴに関する最近の予後モデルにより、診断からの予測生存は、高リスク患者に関しては１３．７年、中間グループに関しては２４．５年、低リスク患者に関しては２５年を超えることが示される［Ｐａｓｓａｍｏｎｔｉら（２０１２年）Ｂｌｏｏｄ  １２０巻：１１９７〜１２０１頁］。真のＥＴと早期ＭＦとの間の区別は、これが、血栓出血性事象に関してリスク層別化によって方向付けられるため、これまでのところ薬理学的処置にとってあまり重要ではないが、それは、患者とのコミュニケーションにおいては、当然のことながら重要であり、開発中の新たな薬物を用いた処置の決定にとってもすぐに非常に重要となり得る。
【０２１６】
ＥＴおよび他の骨髄線維症状態におけるドライバー変異の検出は、疾患の病理生物学の理解を大いに高めている。これまで論述されるように、骨髄線維症の研究における躍進は、ＪＡＫ２遺伝子の偽キナーゼドメインにおける変異が、骨髄線維症患者の大部分に存在することが発見された際に成された。興味深いことに、ＰＶ患者のおよそ９５％が、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異を保有するのに対して、ＥＴ患者のほんのおよそ約５０％が、ＪＡＫ２変異陽性である［Ｃａｍｐｂｅｌｌら（２００５年）Ｌａｎｃｅｔ  ３６６巻：１９４５〜１９５３頁］。さらに、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ＋ＥＴ患者は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ−ＥＴ患者とわずかに異なる表現型パターンを現し、より高いＨｂおよびＷＢＣレベル、より少ない血清エリスロポイエチンおよびより少ない血小板を提示する。いくつかの研究により、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ−ＥＴ患者と比較して、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ＋ＥＴ患者において血栓症のリスクの増加が見られることが実証される［Ｚｉａｋａｓ  Ｐ．（２００８年）Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａ  ９３巻：１４１２〜１４１４頁；Ｄａｈａｂｒｅｈら（２００９年）Ｌｅｕｋ  Ｒｅｓ  ３３巻：６７〜７３頁；およびＬｕｓｓａｎａら（２００９年）Ｔｈｒｏｍｂ  Ｒｅｓ  １２４巻：４０９〜４１７頁］。最近の研究により、特に高い安定レベルで、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ対立遺伝子負荷の進行が、ＭＦの発症と著しく相関されることが示された［Ａｌｖａｒｅｚ−Ｌａｒｒａｎ  Ａら（２０１４年）、Ａｍ  Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ８９巻：５１７〜５２３頁］。
【０２１７】
骨髄線維症における変異パターンへの最近の追加は、部分的に未知の機能を有する高度に保存された多機能小胞体タンパク質であるＣＡＬＲのドライバー変異の検出である。変異は、ＥＴおよびＰＭＦ患者に見られるが、ＪＡＫ２またはＭＰＬのいずれかにおいて変異を有さない患者では、ほぼ例外なく見られる［Ｋｌａｍｐｆｌら（２０１３年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６９巻：２３７９〜２３９０頁；Ｎａｎｇａｌｉａら（２０１３年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６９巻：２３９１〜２４０５頁］。頻度は、ＥＴおよびＰＭＦの両方ではおよそ約２０％であり、これは、ＥＴ患者の約８５％が、今では分子マーカーを用いて診断することができることを意味する。興味深いことに、ＥＴにおけるＣＡＬＲ変異は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ＋患者との明らかな差を有する表現型プロファイルをもたらす。ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ＋患者と比較して、ＣＡＬＲ＋患者は、より若く、より一般に男性であり、より高い血小板レベルおよびより低い白血球レベルを有する［Ｇａｎｇａｔら（２０１４年）Ｅｕｒ  Ｊ  Ｈａｅｍａｔｏｌ  ９４巻：３１〜３６頁；Ｒｏｔｕｎｎｏら（２０１４年）Ｂｌｏｏｄ  １２３巻：１５５２〜１５５５頁；Ｒｕｍｉら（２０１４年）Ｂｌｏｏｄ  １２３巻：２４１６〜２４１９頁；Ｔｅｆｆｅｒｉら（２０１４年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２８巻：２３００〜２３０３頁］。さらに、血栓率の差は、非常に顕著である：１０年累積発生率は、それぞれ５．１％（ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ＋患者）および１４．５％（ＣＡＬＲ＋患者）であり、相応して１５年率は、１０．５％（ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ＋患者）および２５．１％（ＣＡＬＲ＋患者）である。
【０２１８】
現在のリスク層別化モデルでは、６０歳以上の年齢および血栓症歴は、ＥＴを有する患者を低（０個のリスク因子）および高（１つまたは２つのリスク因子）リスクグループへ分類するのに使用される２つのリスク因子である。ある特定の態様では、本開示は、低もしくは高リスクＥＴを有する患者におけるＥＴまたはＥＴの１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、または低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、ＥＴリスクの進行を予防する、または遅延させる（例えば、低から高リスクＥＴへのリスクの進行を予防する、または遅延させる）ための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、ＥＴリスク後退を促進する、または増加させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する（例えば、高から低リスクＥＴへの後退を促進する、または増加させる）。一部の実施形態では、本開示は、骨髄線維症へのＥＴ進行（ＥＴ後骨髄線維症）を予防する、または遅延させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。ＥＴはまた、急性白血病への変換のリスクも保有する［Ｖａｎｎｕｃｃｈｉ  Ａ．Ｍ．（２０１０年）Ｉｎｔｅｒｎ  Ｅｍｅｒｇ  Ｍｅｄ．５巻：１７７〜１８４頁］。一部の実施形態では、本開示は、ＡＭＬへのＥＶ進行を予防する、または遅延させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。
【０２１９】
研究により、ＥＴ患者は、生活の質に対して影響を持つ重要な症状の負担を有することが示されている。国際努力では、ＭＰＮ集団に特異的な症状評価ツールが開発および確証された［Ｅｍａｎｕｅｌら（２０１２年）Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ３０巻：４０９８〜４１０３頁；およびＳｃｈｅｒｂｅｒら（２０１１年）Ｂｌｏｏｄ  １１８巻：４０１〜４０８頁］。ＥＴの症状／合併症として、例えば、疲労、寝汗、悪心、しびれ、視覚障害および体重減少、ならびに頭痛、胸痛、眩暈および肢端紅痛症のような微小血管性合併症に起因するものが挙げられる。さらに、ＥＴ患者の約２０％が、診断前に、または診断時に、血栓症を経験している。軽度の脾腫もまた、ＥＴ患者において頻繁に観察される。
【０２２０】
ある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）は、本態性血小板血症を処置する、予防するまたはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるのに、単独で、または１もしくは複数の支持療法もしくは活性薬剤（例えば、ルキソリチニブなどのヤヌスキナーゼインヒビター）と組み合わせて使用され得る。特に、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、本態性血小板血症の１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるのに、単独で、または１もしくは複数の支持療法もしくは活性薬剤と組み合わせて使用され得る。本明細書中に開示する方法に従って処置され得る本態性血小板血症の合併症として、例えば、血小板増加症、疲労、掻痒症、寝汗、悪心、しびれ、視覚障害、体重減少、微小血管性合併症、大血管性合併症、頭痛、胸痛、眩暈、肢端紅痛症、血栓症、脾腫、上昇した炎症性サイトカイン、炎症性合併症、ＩＬ−６炎症性の合併症、上昇した炎症性サイトカインレベル、上昇したＩＬ−６レベル、血管系合併症、および出血が挙げられる。
【０２２１】
上記で論述するように、ヤヌスキナーゼ２（ＪＡＫ２）機能獲得型変異であるＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆの発見は、骨髄線維症の基礎にある生物学の理解における大幅な改善、ならびに骨髄線維症の処置に関してＦＤＡによって承認された第１の薬物であるＪＡＫ２インヒビターのルキソリチニブの開発をもたらした［Ｂａｘｔｅｒら（２００５年）Ｌａｎｃｅｔ  ３６５巻：１０５４〜１０６１頁；Ｊａｍｅｓ  Ｃ．ら（２００５年）Ｎａｔｕｒｅ  ４３４巻：１１４４〜１１４８頁；Ｋｒａｌｏｖｉｃｓら（２００５年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ．３５２巻：１７７９〜１７９０頁；およびＬｅｖｉｎｅら（２００５年）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ７巻：３８７〜３９７頁］。ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆは、大多数の骨髄線維症（５０〜６０％）およびＰＶ（９５％）患者、ならびに約半分のＥＴ（約５０％）患者に存在する［Ｂａｘｔｅｒら（２００５年）Ｌａｎｃｅｔ  ３６５巻：１０５４〜１０６１年；Ｊａｍｅｓ  Ｃ．ら（２００５年）Ｎａｔｕｒｅ  ４３４巻：１１４４〜１１４８頁；Ｋｒａｌｏｖｉｃｓら（２００５年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ．３５２巻：１７７９〜１７９０頁；Ｌｅｖｉｎｅら（２００５年）Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  ７巻：３８７〜３９７頁；およびＱｕｉｎｔａｓ−Ｃａｒｄａｍａら（２０１１年）Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ  １０巻：１２７〜１４０頁］。ＪＡＫ−ＳＴＡＴ経路に関連するさらなる変異は、例えば、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＬＮＫ、ＴＥＴ２、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＴＨＰＯおよびＡＳＸＬ１を含む骨髄増殖性障害を有する患者において同定された［Ｐｉｋｍａｎら（２００６年）ＰＬｏＳ  Ｍｅｄ  ３巻：ｅ２７０頁；Ｏｈら（２０１０年）Ｂｌｏｏｄ  １１６巻：９８８〜９９２頁；Ｄｅｌｈｏｍｍｅａｕら（２００９年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６０巻：２２８９〜２３０１頁；およびＣａｒｂｕｃｃｉａら（２００９年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２３巻：２１８３〜２１８６頁］。ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆおよび他の変異は、同時に同じ患者において起こる場合があり、異なる変異プロファイルを有する多重クローンは、単一の患者において起こり得る。ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆの存在は、骨髄増殖性疾患の症状および進行段階を進行期へと悪化させることと相関していた［Ｂａｒｏｓｉら（２００７年）Ｂｌｏｏｄ  １１０巻：４０３０〜４０３６頁；およびＴｅｆｆｅｒｉら（２００５年）Ｂｒ  Ｊ  Ｈａｅｍａｔｏｌ  １３１巻：３２０〜３２８頁］。
【０２２２】
これらの遺伝子マーカーの発見とともに、より新たな治療戦略は、一部には、骨髄増殖性疾患関連対立遺伝子負荷の低減を達成すること焦点を当てている。骨髄増殖性疾患の状況では、対立遺伝子負荷は一般的に、所定の患者における総遺伝子コピー数に対する変異体コピー数（例えば、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ）の比（例えば、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ／ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ＋野生型ＪＡＫ２）として定義される。いくつかの研究において、より少ない対立遺伝子負荷を有する患者は、より高い対立遺伝子負荷を有する患者よりも良好な予後を示している。いくつかのＭＦ研究は、高い対立遺伝子負荷を疾患の進行に関連付けており、例えば、一研究は、ある特定の変異遺伝子のより高い対立遺伝子負荷が、ＡＭＬへの進行に関連付けられることを示しており、それは、白血病を有する患者の大部分が、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆに関してホモ接合性であるという観察と一貫している［Ｂａｒｏｓｉら（２００７年）Ｂｌｏｏｄ  １１０巻：４０３０〜４０３６頁；およびＰａｓｓａｍｏｎｔｉら（２０１０年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２４巻：１５７４〜１５７９頁］。さらに、研究は、増加する対立遺伝子負荷と悪化する脾腫および骨髄造血の増加との間の関連性を一貫して実証している［Ｐａｓｓａｍｏｎｔｉら（２００９年）Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａ  ９４巻：７〜１０頁］。
【０２２３】
ある特定の態様では、本開示は、任意選択で骨髄増殖性障害を処置するための１または複数のさらなる支持療法および／または活性薬剤（例えば、ルキソリチニブなどのヤヌスキナーゼインヒビター）と組み合わせて、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップによって、骨髄増殖性障害［例えば、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）、真性赤血球増加症（例えば、仮面真性赤血球増加症）および本態性血小板血症］または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症（例えば、線維症、脾腫、炎症、貧血および髄外造血）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法を提供し、ここで、患者は、１または複数の骨髄増殖性関連対立遺伝子（例えば、ＪＡＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＬＮＫ、ＴＥＴ２、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＴＨＰＯおよびＡＳＸＬ１）を有する。一部の実施形態では、上記方法は、患者において１または複数の骨髄増殖性関連対立遺伝子（例えば、ＪＡＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＬＮＫ、ＴＥＴ２、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＴＨＰＯおよびＡＳＸＬ１）の対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、患者は、１または複数の骨髄増殖性関連ＪＡＫ２対立遺伝子を有する。一部の実施形態では、上記方法は、１または複数の骨髄増殖性関連ＪＡＫ２対立遺伝子の対立遺伝子負荷を低減させる。一部の実施形態では、患者は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ骨髄増殖性関連対立遺伝子を有する。一部の実施形態では、上記方法は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ骨髄増殖性関連対立遺伝子負荷を低減させる。
【０２２４】
ある特定の態様では、本開示は、任意選択で骨髄増殖性障害を処置するための１または複数のさらなる支持療法および／または活性薬剤（例えば、ルキソリチニブなどのヤヌスキナーゼインヒビター）と組み合わせて、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップによって、骨髄増殖性障害［例えば、骨髄線維症（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）、真性赤血球増加症（例えば、仮面真性赤血球増加症）および本態性血小板血症］を有する患者において、骨髄増殖性関連対立遺伝子負荷を低減させるための方法を提供する。一部の実施形態では、患者は、ＪＡＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、ＬＮＫ、ＴＥＴ２、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＴＨＰＯおよびＡＳＸＬ１からなる群から選択される１または複数の骨髄増殖性関連対立遺伝子を有する。一部の実施形態では、患者は、１または複数のＪＡＫ２骨髄増殖性関連対立遺伝子を有する。一部の実施形態では、患者は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ骨髄増殖性関連対立遺伝子を有する。
【０２２５】
本明細書中に記載する方法によれば、ＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）は、単独で、または１もしくは複数のさらなる活性薬剤もしくは支持療法、例えば、骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）ならびに骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置するのに有用である活性薬剤もしくは支持療法と組み合わせて、被験体に投与することができる。
【０２２６】
本明細書中で使用する場合、投与「と組み合わせて」、投与「の組合せ」、投与「と組み合わせた」、または「結合した」投与は、さらなる療法（例えば、第２、第３、第４等）が身体中で有効のままである（例えば、多重化合物が、患者において同時に有効であり、それらが、それらの化合物の相乗効果を含み得る）ような任意の投与形態を指す。有効性は、血液、血清または血漿中の作用物質の測定可能な濃度に相関し得ない。例えば、異なる治療用化合物は、同じ製剤中、または別個の製剤中のいずれかで、同時に、または順次、および異なるスケジュールで投与することができる。したがって、かかる処置を受ける個体は、異なる両方の複合効果から利益を得ることができる。本開示の１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストは、１もしくは複数の他のさらなる作用物質または支持療法と同時に、それらよりも前に、またはそれらに続いて投与することができる。概して、治療剤はそれぞれ、その特定の作用物質に関して決定される用量で、および／またはタイムスケジュールで投与される。レジメンにおいて用いるための特定の組合せは、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストと、療法および／または所望の効果との適合性を考慮する。
【０２２７】
貧血の管理は、骨髄線維症を有する患者を処置することの最も難易度の高い態様の１つであり得る［Ｔｅｆｆｅｒｉ  Ａ．（２０１１年）Ｂｌｏｏｄ  １１７巻（１３号）：３９４９〜３５０４頁；Ｂａｒｏｓｉら（２０１１年）Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒ  １２巻（１０号）：１５９７〜１６１１頁］。輸血（全血または赤血球輸血）は、症候的に貧血性の骨髄線維症患者のための標準的な治療法である。輸血の他に、これらの患者において貧血を処置するのに使用される様々な従来の作用物質が存在する。例えば、赤血球生成刺激剤［例えば、エリスロポイエチン（ＥＰＯ）およびその誘導体などのＥＳＡ］、アンドロゲン（例えば、エナント酸テストステロンおよびフルオキシメステロン）、プレドニゾン、ダナゾール、サリドマイド、プレドニゾンおよびレナリドミドは、骨髄線維症患者において貧血を処置するのに一般的に使用される。概して、ＥＳＡは、中程度の輸血非依存的貧血および低血清エリスロポイエチンレベルを有する患者において使用される。応答率は、２０から６０％まで多様であり、従来の組換えエリスロポイエチンに対するダーベポエチン−アルファに関して、明らかな支持を伴わない。ＥＳＡ応答は通常、短期間である（およそ１年）。ＥＳＡが、機能しないか、または乏しい有効性を有する場合、ダナゾールまたはアンドロゲン調製物は通常、およそ２０％の応答率で貧血患者を処置するのに使用される。プレドニゾンをテーパリングすることに関連付けられる低用量サリドマイドは、患者のおよそ２０〜４０％において貧血における応答をもたらした［Ｔｈａｐａｌｉｙａら（２０１１年）Ａｍ  Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ８６巻（１号）：８６〜９８頁］。しかしながら、サリドマイド処置は多くの場合、末梢神経障害、便秘および傾眠を伴って許容されにくく、大部分の患者において薬物の中止を招く。ｄｅｌ（５ｑ３１）関連貧血を有する骨髄線維症患者において、レナリドミドは、貧血の回復、および時には分子寛解の根拠を伴う有意な改善が報告されているため、推奨される第一線の療法である［Ｔｅｆｆｅｒｉら（２００７年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２１巻（８号）：１８２７〜１８２８頁］。
【０２２８】
ある特定の態様では、本開示は、貧血を有する患者において骨髄線維症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、骨髄線維症患者において貧血を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法およびＴβＲＩＩアンタゴニストの使用に関する。一部の実施形態では、本開示は、赤血球生成刺激剤［例えば、エリスロポイエチン（ＥＰＯ）およびその誘導体などのＥＳＡ］、アンドロゲン（例えば、エナント酸テストステロンおよびフルオキシメステロン）、プレドニゾン、ダナゾール、サリドマイド、プレドニゾンおよびレナリドミドからなる群から選択される１または複数のさらなる活性薬剤と結合した１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストの投与を含む、それを必要とする患者において骨髄線維症または骨髄線維症の１もしくは複数の合併症（例えば、貧血）を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、赤血球生成刺激剤［例えば、エリスロポイエチン（ＥＰＯ）およびその誘導体などのＥＳＡ］、アンドロゲン（例えば、エナント酸テストステロンおよびフルオキシメステロン）、プレドニゾン、ダナゾール、サリドマイド、プレドニゾンおよびレナリドミドからなる群から選択される１または複数のさらなる活性薬剤と結合した１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストの投与を含む、それを必要とする骨髄線維症患者において貧血を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。一部の実施形態では、本開示は、輸血（全血または赤血球輸血）と結合した１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストの投与を含む、それを必要とする骨髄線維症患者において貧血を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法に関する。
【０２２９】
本開示の１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストは、特に低用量で赤血球の増加を達成するように、ＥＰＯ受容体活性化因子と組み合わせて使用され得る。これは、高用量のＥＰＯ受容体活性化因子と関連付けられる既知のオフターゲットの影響およびリスクを低減させるのに有用であり得る。ＥＳＡの主な有害作用として、例えば、ヘマトクリットまたはヘモグロビンレベルの過剰な増加および赤血球増加症が挙げられる。上昇したヘマトクリットレベルは、高血圧（より詳細には、高血圧の悪化）につながり得る。報告されているＥＳＡの他の有害作用は、それらの幾つかが高血圧に関連しており、頭痛、インフルエンザ様症候群、シャントの閉塞、心筋梗塞ならびに血栓症、高血圧性脳症および赤血球形成不全に起因する脳痙攣である。例えば、Ｓｉｎｇｉｂａｒｔｉ（１９９４年）Ｊ．Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇ  ７２巻（付録６）、Ｓ３６〜Ｓ４３頁；Ｈｏｒｌら（２０００年）Ｎｅｐｈｒｏｌ  Ｄｉａｌ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ  １５巻（付録４）、５１〜５６頁；Ｄｅｌａｎｔｙら（１９９７年）Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４９巻、６８６〜６８９頁；およびＢｕｎｎ（２００２年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３４６巻（７号）、５２２〜５２３頁を参照のこと。ある特定の実施形態では、本開示は、患者に、治療有効量の１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストおよびＥＰＯ受容体活性化因子を投与するステップによって、骨髄線維症患者において貧血を処置または予防するための方法を提供する。ある特定の実施形態では、本開示のＴβＲＩＩアンタゴニストは、ＥＳＡの有害作用の影響を受けやすい患者において、これらの活性化因子の所要用量を低減させるように、ＥＰＯ受容体活性化因子と組み合わせて使用され得る。これらの方法は、患者の治療上および予防上の処置に使用され得る。
【０２３０】
ヒトにおいてヘモグロビンおよび／またはヘマトクリットレベルをモニタリングする場合、適切な年齢および性別のカテゴリーに関して正常に満たないレベルは、貧血を示し得るが、個体変動が考慮される。例えば、１０〜１２．５ｇ／ｄｌ、典型的には約１１．０ｇ／ｄｌのヘモグロビンレベルは、健常な成人において正常範囲内であるとみなされるが、治療の観点から、より低い標的レベルが、より少ない心血管系の副作用を引き起こし得る。例えば、Ｊａｃｏｂｓら（２０００年）Ｎｅｐｈｒｏｌ  Ｄｉａｌ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ  １５巻、１５〜１９頁を参照のこと。あるいは、ヘマトクリットレベル（細胞によって占有される血液試料の容量のパーセント）は、貧血の尺度として使用することができる。健常な個体に関するヘマトクリットレベルは、成人男性に関しては約４１〜５１％、および成人女性に関しては３５〜４５％の範囲である。ある特定の実施形態では、患者は、許容されるレベルの赤血球、ヘモグロビンおよび／もしくはヘマトクリットを維持しながら、赤血球、ヘモグロビンおよび／もしくはヘマトクリットの標的レベルにまで患者を回復するように、または赤血球輸血の低減もしくは排除を可能にするように（輸血の負担を低減させるように）意図される投薬レジメン（例えば、任意選択で１または複数のさらなる活性薬剤または支持療法と組み合わせたＴβＲＩＩアンタゴニスト）で処置され得る。ヘモグロビンおよびヘマトクリットレベルは、人それぞれ多様であるため、最適には、標的ヘモグロビンおよび／またはヘマトクリットレベルは、各患者に関して個別化され得る。
【０２３１】
全血または赤血球の高頻度の輸血を受ける患者において、鉄ホメオスタシスの正常なメカニズムは、押さえ込まれ、最終的には、心臓、肝臓および内分泌腺などの不可欠な組織における鉄の有毒でかつ潜在的に致死性の蓄積を引き起こし得る。規則的な赤血球輸血は、血液の様々なドナーユニットへの曝露、したがって同種免疫のより高いリスクを要する。血管アクセス障害、鉄のキレート化の利用可能性およびそれによるコンプライアンス、ならびに高いコストは、赤血球輸血の回数を制限限することが有益であり得る理由の幾つかである。
【０２３２】
ある特定の態様では、任意選択でＥＰＯ受容体活性化因子と組み合わせた１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄線維症患者において鉄過剰症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるのに、１または複数の鉄キレート剤と組み合わせて使用され得る。一部の実施形態では、任意選択でＥＰＯ受容体活性化因子と組み合わせた１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄線維症患者において組織鉄過剰症［例えば、脾臓（脾性）、肝臓（肝性）、心臓（心性）鉄過剰症］を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるのに、１または複数の鉄キレート剤と組み合わせて使用されて使用され得る。有効な鉄キレート剤は、水酸基および酸化産物の触媒産生による大部分の鉄毒性の主要因である可能性が高い非トランスフェリン結合型鉄の酸化形態である鉄イオンを選択的に結合および中和することが可能であるべきである［例えば、Ｅｓｐｏｓｉｔｏら（２００３年）Ｂｌｏｏｄ  １０２巻：２６７０〜２６７７頁を参照のこと］。これらの作用物質は、構造的に多様であるが、全てが、１：１（６配座作用物質）、２：１（３配座）または３：１（２配座）の化学量論で、個々の鉄原子を伴う中和八面体配位化合物を形成することが可能な酸素または窒素ドナー原子を保有する［Ｋａｌｉｎｏｗｓｋｉら（２００５年）Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｒｅｖ  ５７巻：５４７〜５８３頁］。一般に、有効な鉄キレート剤はまた、影響を受けた組織への接近を可能にするように水および脂質の両方中での溶解度を有する比較的低分子量（例えば、７００ダルトン未満）である。鉄キレート分子の具体例として、毎日の非経口投与を要する細菌起源の６配座作用物質であるデフェロキサミン、ならびに経口活性な合成作用物質デフェリプロン（２配座）およびデフェラシロクス（３配座）が挙げられる。２つの鉄キレート剤の同日投与からなる併用療法は、キレート化単独療法に対して無応答の患者における見込み、およびまたデレロキサミン単独を用いた場合の乏しい患者コンプライアンスの問題を克服することの見込みを示す。［Ｃａｏら（２０１１年）Ｐｅｄｉａｔｒ  Ｒｅｐ  ３巻（２号）：ｅ１７頁；およびＧａｌａｎｅｌｌｏら（２０１０年）Ａｎｎ  ＮＹ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  １２０２巻：７９〜８６頁］。
【０２３３】
骨髄増殖性障害（例えば、骨髄線維症、真性赤血球増加症および本態性血小板減少症）を有する患者の管理において、腫瘍縮小剤は、症候性脾腫を有する大部分の患者に対して最適な処置となっている。ヒドロキシカルバミド（ヒドロキシウレア、ＨＣ）は、最も一般的に使用される腫瘍縮小剤であり、それは通常、より高用量で中程度の反応をもたらす。しかしながら、ＨＣは多くの場合、血漿減少症を悪化させる可能性があり、したがって、多くの場合あまり許容されない。２５％〜５０％の脾臓サイズの低減は、ＨＣで処置した患者の最大３５％で報告されている［Ｍａｒｔｉｎｅｚ−Ｔｒｉｌｌｏｓら（２０１０年）Ａｎｎ  Ｈｅｍａｔｏｌ．８９巻（１２号）：１２３３〜１２３７頁］。ＨＣに応答しない患者において、特に高齢患者において、ブスルファンまたはメルファランは、これらの作用物質が、白血病変換の頻度を増加させ得るという根拠が見られるため、使用され得る。低用量サリドマイドによる脾臓応答は、低い（＜２０％）。しかしながら、レナリドミドは、先のサリドマイド療法を失敗した幾らかの患者を含む研究において、応答率３３％をもたらすことが示された。重度の抵抗性脾種の場合、月１回の静脈内クラドリビン過程は、最大５０％の応答をもたらし、重症であるが、可逆的な血液減少症が、主な毒性である［Ｆａｏｒｏら（２００５年）Ｅｕｒ  Ｊ  Ｈａｅｍａｔｏｌ  ７４巻（２号）：１１７〜１２０頁］。ルキソリチニブは、最近の研究においてＨＣより優れていることが判明し、したがって、症候性または進行性脾腫を制御するための第一線の作用物質となっている。他のＪＡＫインヒビター（例えば、ＳＡＲ３０２５０３、ＣＹＴ３８７、パクリチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、レスタウルチニブ、ＳＥＰ−７０１およびＡＴ−９２８３）は、ＭＦ、ＥＴおよびＰＶを処置する際における使用に関して評価されており、したがって、かかる患者において脾腫を低減させるのに有用であり得る。
【０２３４】
脾摘出術による骨髄増殖性疾患関連脾腫の管理は十分確立されているのに対して、その手順は、それぞれ、およそ３１％および９％の罹患率および死亡率と関連付けられる［Ｍｅｓａ  ＲＡ．（２００９年）Ｂｌｏｏｄ  １１３巻（２２号）：５３９４〜５４００頁］。場合によっては迅速な肝腫を引き起こす肝髄外造血は、珍しいが、血栓性リスクの増加であるように脾摘出術後の十分に理解されている合併症である。結果として、脾摘出術は概して、抵抗性溶血または貧血、症候性脾腫、著しい脾梗塞、重症の門脈圧亢進症および／または重症の異化亢進性の症状（ｈｙｐｅｒｃａｒａｂｏｌｉｃ  ｓｙｍｐｔｏｍｓ）を有する選択患者に制限される。放射線療法は、症候性脾腫および適切な血小板数を有する患者における脾摘出術に対する代替法であり得る。しかしながら、研究により、患者の４４％が、放射線療法の後、血球減少症を経験し、そのうちの１３％が致死性であったことが示されている［Ｅｌｌｉｏｔｔ  ＭＡら（１９９９年）Ｂｌｏｏｄ  Ｒｅｖ．１３巻（３号）：１６３〜１７０頁］。低用量放射線療法は依然として、結果として生じる腹水および胸水を伴う胸膜ならびに肋膜の介入を含む、非脾臓髄外造血に対する好ましい処置である。
【０２３５】
ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面真性赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、脾腫および／または髄外造血を処置するための１または複数の活性薬剤または支持療法と組み合わせて、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法を提供する。脾腫および／または髄外造血を処置するための活性薬剤または支持療法として、例えば、腫瘍縮小剤、サリドマイド（例えば、Ｉｍｍｕｎｏｐｒｉｎ、Ｔａｌｉｄｅｘ、ＴａｌｉｚｅｒおよびＴｈａｌｏｍｉｄ）、レナリドミド（例えば、Ｒｅｖｌｉｍｉｄ）、ヒドロキシウレア（例えば、Ａｐｏ−Ｈｙｄｒｏｘｙｕｒｅａ、ＤｒｏｘｉａおよびＨｙｄｒｅａ）、ブスルファン（例えば、ＭｙｌｅｒａｎおよびＢｕｓｕｌｆｅｘ  ＩＶ）、メルファラン（例えば、ＡｌｋｅｒａｎおよびＳａｒｃｏｌｙｓｉｎ）、クラドリビン（例えば、Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ、ＬｉｔａｋおよびＭｏｖｅｃｔｒｏ）、脾摘出術、放射線療法、ＪＡＫインヒビター（例えば、ルキソリチニブ、ＳＡＲ３０２５０３、ＣＹＴ３８７、パクリチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、レスタウルチニブ、ＳＥＰ−７０１およびＡＴ−９２８３）が挙げられる。
【０２３６】
骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面真性赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）を有する患者は、重大な心血管イベントのリスクの増加を被る［Ｂａｒｂｕｉら（２０１０年）Ｂｌｏｏｄ  １１５巻（４号）：７７８〜７８２頁］。致死性および非致死性血栓症は、多施設シリーズにおいて含まれるＰＭＦ患者の７．２％において報告され、患者年１．７５％の割合が、ＥＴで報告されるもの（患者年１％〜３％）と異なっていなかった。血栓症に関するリスク因子は、特に後者が白血球増加症と関連付けられる場合、６０歳を超える年齢およびＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異状態であった。ヒドロキシウレアおよび低用量アスピリンは一般的に、ＭＦ患者において血栓症を処置する、または予防するために処方される。
【０２３７】
ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面真性赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、血栓症を処置するための１または複数の活性薬剤または支持療法と組み合わせて、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法を提供する。血栓症を処置するための活性薬剤または支持療法として、例えば、ヒドロキシウレア（例えば、Ａｐｏ−Ｈｙｄｒｏｘｙｕｒｅａ、ＤｒｏｘｉａおよびＨｙｄｒｅａ）およびアスピリンが挙げられる。
【０２３８】
ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面真性赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、１または複数のＪＡＫインヒビターと組み合わせて、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法を提供する。本開示の方法に従って使用され得るＪＡＫインヒビターとして、例えば、ルキソリチニブ、フェドラチニブ（ＳＡＲ３０２５０３）、モメロチニブ（ＣＹＴ３８７）、パクリチニブ、レスタウルチニブ、ＡＺＤ−１４８０、ＢＭＳ−９１１５４３、ＮＳ−０１８、ＬＹ２７８４５４４、ＳＥＰ−７０１、ＸＬ０１９およびＡＴ−９２８３が挙げられる。
【０２３９】
ＪＡＫ２阻害の他に、免疫調節薬（ＩＭｉＤ）、ラパマイシン哺乳動物標的（ｍＴＯＲ）経路のインヒビター、およびエピジェネティック因子モジュレーターを含むいくつかの他の処置戦略が、骨髄増殖性障害の処置に関して研究中である［Ｍａｓｃａｒｅｎｈａｓら（２０１３年）Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａ  ９８巻（１０号）：１４９９〜１５０９頁］。
【０２４０】
ポマリドミドは、ＭＦ、ＰＶおよびＥＶの処置のための用量の範囲において評価段階にある第二世代免疫調整薬である［Ｂｅｇｎａら（２０１１年）Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２５巻：３０１〜３０４頁；Ｍｅｓａら（２０１０年）Ａｍ  Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ８５巻：１２９〜１３０頁］。５８名の患者において低用量ポマリドミドおよびプレドニゾンを評価する第２相治験により、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ陽性患者の２４％において貧血応答が報告された。貧血応答は、変異を伴わないものにおいては非存在であり、ポマリドミド誘発性好塩基球増加症および顕著な脾腫の非存在によって予測された。２００７年から２０１０年まで３連続第１相および第２相臨床試験に登録されたＭＦを有する８２名の評価可能な患者の分析により、ＩＷＧ−ＭＲＴ基準に従って患者の２７％において貧血応答が実証された。貧血応答は、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆの存在下で、および顕著な脾腫の非存在下で、処置の最初の６ヵ月で最も頻繁に発生した。
【０２４１】
ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面真性赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、１または複数の免疫調節剤と組み合わせて、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法を提供する。本開示の方法に従って使用され得る免疫調節剤として、例えば、ポマリドミド（ＰｏｍａｌｙｓｔおよびＩｍｎｏｖｉｄ）が挙げられる。
【０２４２】
ＪＡＫ／ＳＴＡＴの他に、ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ／ラパマイシン哺乳動物標的（ＰＩ３Ｋ／ｍＴＯＲ）経路などの他の関連経路が、骨髄増殖性障害患者において調節不全であることがわかっている［Ｔｅｆｆｅｒｉ  Ａ．（２０１１年）Ａｍ  Ｊ  Ｈｅｍａｔｏｌ  ８６巻（１２号）：１０１７〜１０２６頁］。いくつかの研究において、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ陽性細胞の増殖は、ｍＴＯＲインヒビターエベロリムスで処置されると減少したことが示されている［Ｇｕｇｌｉｅｌｍｅｌｌｉら（２０１１年）Ｂｌｏｏｄ  １１８巻（８号）：２０６９〜２０７６頁；およびＶａｎｎｕｃｃｈｉら（２００９年）Ｂｌｏｏｄ  １１４巻（２２号）：２９１４頁］。また、エベロリムスで処置したＰＭＦまたはＰＶ／ＥＶ後ＭＦを有する３９名の高または中間リスク患者の第Ｉ相／第ＩＩ相研究からの結果もまた報告されている。３０名の評価可能な患者のうち、それぞれ、６９％および８０％が、全身症状および掻痒症の完全消散を受けた。応答は、Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｍｙｅｌｏｆｉｂｒｏｓｉｓ  Ｎｅｔｗｏｒｋ基準が適用された場合には６０％であり（８名が大、７名が中、および３名が小の応答）、あるいはＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｗｏｒｋｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ  ｆｏｒ  Ｍｙｅｌｏｆｉｂｒｏｓｉｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ基準が使用された場合には２３％であった（１名が部分応答、６名が臨床的改善）。これらの結果は、ｍＴＯＲ経路を標的とすることが、骨髄増殖性新生物を有する患者において臨床的に意義があり得るという概念の証拠を提供する。
【０２４３】
ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面真性赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、１または複数のｍＴＯＲインヒビターと組み合わせて、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法を提供する。本開示の方法に従って使用され得るｍＴＯＲインヒビターとして、例えば、ラパマイシン、シロリムス、デフォロリムス、エベロリムス、テムシロリムス、ＮＶＰ−ＢＥＺ２３５、ＢＧＴ２２６、ＳＦ１１２６、ＰＫ１−５８７、ＩＮＫ１２８、ＡＺＤ８０５５およびＡＺＤ２０１４が挙げられる。
【０２４４】
ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害は、ＪＡＫ−ＳＴＡＴ経路に対して阻害効果を有し、ＨＤＡＣインヒビターギビノスタット（ＩＴＦ２３５７）、パノビノスタット（ＬＢＨ５８９）およびプラシノスタット（ＳＢ９３９）は全て、現在ＭＦに関して研究中である［Ｑｕｉｎｔａｓ−Ｃａｒｄａｍａら（２０１１年）Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｂｌｏｏｄ  １１８巻（付録１）；Ｍａｓｃａｒｅｎｈａｓら（２０１１年）Ｂｌｏｏｄ．１１８巻（付録１）；およびＲａｍｂａｌｄｉら（２０１１年）Ｂｌｏｏｄ  １１８巻（付録１）］。プラシノスタットによる処置は、患者の２７％において脾臓サイズの低減を、またＭＦ患者のおよそ１０％においてＩＷＧ基準貧血応答をもたらすと報告されている。毎日３回の２０、２５および３０ｍｇの用量でのパノビノスタットもまた、第１／２相治験からの結果において有望な活性を実証した。脾腫における永続的な（６ヵ月を超える）応答、白赤芽球症の減少、および貧血における応答は、ＩＷＧ基準によって報告された。ギビノスタットもまた、ヒドロキシウレアに応答しなかったＰＶを有する患者において、無作為化第２相治験の結果に基づいて見込みを示す。患者のおよそ５０％において、完全または部分応答が観察され、組合せは概して、十分に許容された。
【０２４５】
ある特定の態様では、本開示は、骨髄増殖性障害（例えば、原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症、仮面真性赤血球増加症、本態性血小板血症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症後骨髄線維症）または骨髄増殖性障害の１もしくは複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させるための方法であって、１または複数のヒストンデアセチラーゼインヒビターと組み合わせて、有効量のＴβＲＩＩアンタゴニスト（例えば、配列番号５〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜４９、５３〜６２、１０１、および１０３〜１０５のいずれか１つのアミノ酸配列に対して、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含むか、それから本質的になるか、またはそれからなるＴβＲＩＩポリペプチド）を、それを必要とする患者に投与するステップを含む方法を提供する。本開示の方法に従って使用され得るヒストンデアセチラーゼインヒビターとして、例えば、ギビノスタット、パノビノスタットおよびプラシノスタットが挙げられる。
【０２４６】
本開示は、線維性障害を処置するための１または複数の療法と組み合わせたＴβＲＩＩアンタゴニストの使用を企図する。例えば、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、細胞毒、免疫抑制剤、放射性毒剤および／または治療用抗体と組み合わせて（と一緒に）投与することができる。本発明によって企図される特定の共治療学として、ステロイド（例えば、Ｐｒｅｄｎｉｓｏｎｅなどのコルチコステロイドステロイド）、免疫抑制および／または抗炎症剤（例えば、ガンマ−インターフェロン、シクロホスファミド、アザチオプリン、メトトレキサート、ペニシラミン、シクロスポリン、コルヒチン、抗胸腺細胞グロブリン、ミコフェノール酸モフェチルおよびヒドロキシクロロキン）、細胞障害薬、カルシウムチャネル遮断薬（例えば、ニフェジピン）、アンジオテンシン変換酵素インヒビター（ＡＣＥ）インヒビター、パラアミノ安息香酸（ＰＡＢＡ）、ジメチルスルホキシド、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）インヒビター、インターロイキン−５（ＩＬ−５）インヒビターおよび汎カスパーゼインヒビターが挙げられるが、これらに限定されない。ＴβＲＩＩアンタゴニストと組み合わせて使用され得るさらなる抗線維性作用物質として、レクチン（例えば、その内容全体が、参照により本明細書に組み込まれる米国特許番号７，０２６，２８３号において記載される）ならびにＷｙｎｎら（２００７年、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  １１７巻：５２４〜５２９頁、その内容全体が、参照により本明細書に組み込まれる）によって記載される抗線維性作用物質が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、さらなる抗線維性作用物質および療法として、様々な抗炎症／免疫抑制／細胞障害薬（コルヒチン、アザチオプリン、シクロホスファミド、プレドニゾン、サリドマイド、ペントキシフィリンおよびテオフィリンを含む）、ＴＧＦβシグナル伝達修飾因子（リラキシン、ＳＭＡＤ７、ＨＧＦおよびＢＭＰ７、ならびにＴＧＦβ１、ＴβＲＩ、ＴβＲＩＩ、ＥＧＲ−ＩおよびＣＴＧＦインヒビターを含む）、サイトカインおよびサイトカイン受容体アンタゴニスト（ＩＬ−１β、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１３、ＩＬ−２１、ＩＬ−４Ｒ、ＩＬ−１３Ｒα１、ＧＭ−ＣＳＦ、ＴＮＦ−α、オンコスタチンＭ、ＷｌＳＰ−Ｉ、およびＰＤＧＦのインヒビター）、サイトカインおよびケモカイン（ｃｈｅｍｏｋｉｎｃｓ）（ＩＦＮ−γ、ＩＦＮ−α／β、ＩＬ−１２、ＩＬ−１０、ＨＧＦ、ＣＸＣＬ１０およびＣＸＣＬ１１）、ケモカインアンタゴニスト（ＣＸＣＬｌ、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ１２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ６、ＣＣＬ１７およびＣＣＬ１８のインヒビター）、ケモカイン受容体アンタゴニスト（ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ５、ＣＣＲ７、ＣＸＣＲ２およびＣＸＣＲ４のインヒビター）、ＴＬＲアンタゴニスト剤（ＴＬＲ３、ＴＬＲ４およびＴＬＲ９のインヒビター）、血管新生アンタゴニスト（ＶＥＧＦ特異的抗体およびアデノシンデアミナーゼ補充療法）、高血圧治療薬（ベータ遮断薬、ならびにＡＮＧ  １１、ＡＣＥおよびアルドステロンのインヒビター）、血管作動性物質（ＥＴ−１受容体アンタゴニストおよびボセタン（ｂｏｓｅｔａｎ））、コラーゲンを合成およびプロセシングする酵素の���ンヒビター（プロリルヒドロキシラーゼのインヒビター）、Ｂ細胞アンタゴニスト（リツキシマブ）、インテグリン／接着分子アンタゴニスト（α１β１およびαｖβ６インテグリンを遮断する分子、ならびにインテグリン連結キナーゼのインヒビター、ならびにＩＣＡＭ−ＩおよびＶＣＡＭ−Ｉに特異的な抗体）、筋線維芽細胞を標的とするアポトーシス促進薬、ＭＭＰインヒビター（ＭＭＰ２、ＭＭＰ９およびＭＭＰ１２のインヒビター）、およびＴｌＭＰインヒビター（ＴＩＭＰ−１に特異的な抗体）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２４７】
ある特定の実施形態では、本開示の対象方法は、単独で使用され得る。あるいは、これらの対象方法は、増殖性障害（例えば、腫瘍）の処置または予防に対して指向された他の従来の抗がん治療アプローチと組み合わせて使用され得る。例えば、かかる方法は、予防的がん予防、手術後のがんの再発および転移の予防において、ならびに他の従来のがん治療のアジュバントとして、使用され得る。本開示は、従来のがん治療（例えば、化学療法、放射線療法、光線療法、免疫療法および手術）の有効性が、対象アンタゴニスト治療剤の使用を介して増強され得ることを認識している。
【０２４８】
本明細書に開示される治療剤が、併用してまたは順次のいずれかで、別の従来の抗新生物剤と組み合わせて投与される場合、かかる治療剤は、抗新生物剤の治療効果を増強し得る、またはかかる抗新生物剤に対する細胞の耐性を克服し得る。これは、抗新生物剤の投薬量の減少を可能にし、それによって、望ましくない副作用を低減させ、または耐性細胞における抗新生物剤の有効性を回復させる。本開示によれば、本明細書に記載されるＴβＲＩＩアンタゴニストは、疾患の処置のために他の組成物および手順と組み合わせて使用され得る。例えば、腫瘍は、ＴβＲＩＩアンタゴニストと組み合わせた手術、放射線療法または化学療法で従来通りに処置され得、次いで、ＴβＲＩＩアンタゴニストが、微小転移の休眠を延長させ、任意の残留原発性腫瘍を安定化させるために、患者に引き続いて投与され得る。
【０２４９】
本発明のある特定の態様では、ＴβＲＩＩアンタゴニストと１つまたは複数のがん治療：例えば、手術、細胞傷害剤、照射または放射性物質の投与が関与する放射線学的処置、化学療法剤、抗ホルモン剤、成長阻害剤、抗新生物組成物、ならびに本明細書に列挙され当該分野で公知の抗がん剤による処置、またはそれらの組合せとの組合せ治療に有用な他の治療剤。
【０２５０】
用語「細胞傷害剤」とは、本明細書で使用する場合、細胞の機能を阻害もしくは防止する、および／または細胞の破壊を引き起こす、物質を指す。この用語は、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、およびＬｕの放射性同位体）、化学療法剤、例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン（ａｄｒｉａｍｉｃｉｎ）、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシンまたは他のインターカレート剤、酵素およびそれらの断片、例えば、核酸分解酵素、抗生物質、ならびに毒素、例えば、小分子毒素、またはそれらの断片および／もしくはバリアントを含む、細菌、真菌、植物もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、ならびに以下に開示する種々の抗腫瘍剤もしくは抗がん剤を含むことを意図する。他の細胞傷害剤は、以下に記載されている。殺腫瘍剤は、腫瘍細胞の破壊を引き起こす。
【０２５１】
「化学療法剤」は、がんの処置において有用な化学的化合物である。化学療法剤の例には、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロホスファミド（ｃｙｃｌｏｓｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）；スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドパ、カルボコン、メツレドパおよびウレドパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド（ｔｒｉｅｔｙｌｅｎｅｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）、トリエチレンチオホスホラミド（ｔｒｉｅｔｈｉｙｌｅｎｅｔｈｉｏｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）およびトリメチロールメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含む、エチレンイミンおよびメチルメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅ）；アセトゲニン（具体的には、ブラタシンおよびブラタシノン）；デルタ−９−テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ−ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトテシン（合成アナログトポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン、および９−アミノカンプトテシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシンおよびビセレシン合成アナログを含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸；テニポシド；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成アナログ、ＫＷ−２１８９およびＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、シクロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミン酸化物塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア（ｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチンおよびラニムスチン（ｒａｎｉｍｎｕｓｔｉｎｅ）；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリチアマ  
イシン、特に、カリチアマイシンガンマールおよびカリチアマイシンオメガール（例えば、Ａｇｎｅｗ、Ｃｈｅｍ  Ｉｎｔｌ．  Ｅｄ．  Ｅｎｇｌ．、３３巻：１８３〜１８６頁（１９９４年）を参照のこと）；ディネマイシンＡを含むディネマイシン；エスペラミシン；ならびにネオカルジノスタチン発色団および関連の色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン（ａｃｌａｃｉｎｏｍｙｓｉｎ）、アクチノマイシン、アウスラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルチノフィリン、クロモマイシン（ｃｈｒｏｍｏｍｙｃｉｎｉｓ）、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗薬、例えば、メトトレキセートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えば、デノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセート；プリンアナログ、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充剤、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトレキセート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デメコルチン；ジアジコン；エフロルニチン（ｅｌｆｏｒｎｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダミン；マイタンシノイド、例えば、マイタンシンおよびアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）ポリサッカライド複合体（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテシン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡおよびアンギジン）；ウレタン；ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商��））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えば、ＴＡＸＯＬ（登録商標）パクリタキセル（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、Ｎ．Ｊ．）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（商標）パクリタキセルのＣｒｅｍｏｐｈｏｒなしのアルブミン操作したナノ粒子製剤（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ、Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ、Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）およびＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）ドセタキセル（ｄｏｘｅｔａｘｅｌ）（Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ、Ａｎｔｏｎｙ、Ｆｒａｎｃｅ）；クロラムブシル；ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；白金アナログ、例えば、シスプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））；オキサリプラチン；ロイコボリン（ｌｅｕｃｏｖｏｖｉｎ）；ビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））；ノバントロン；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼインヒビターＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えば、レチノイン酸；カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））；上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸もしくは誘導体；ならびに上記の２もしくはそれ超の組合せ、例えば、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾロンの組合せ治療の略称ＣＨＯＰ、ならびに５−ＦＵおよびロイコボリンと組み合わせたオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（商標））を用いる処置レジメンの略称ＦＯＬＦＯＸが含まれる。
【０２５２】
がんの成長を促進し得るホルモンの影響を調節、低減、遮断または阻害するように作用し、全身性または全身処置の形態であることが多い抗ホルモン剤もまた、この定義に含まれる。これらは、ホルモン自体であり得る。例には、例えば、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）タモキシフェンを含む）、ＥＶＩＳＴＡ（登録商標）ラロキシフェン、ドロロキシフェン、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹｌ  １７０１８、オナプリストンおよびＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標）トレミフェンを含む、抗エストロゲン剤および選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）；抗プロゲステロン剤；エストロゲン受容体下方調節剤（ＥＲＤ）；卵巣を抑制または停止させるように機能する薬剤、例えば、黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）アゴニスト、例えば、ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）およびＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標）酢酸リュープロリド、酢酸ゴセレリン、酢酸ブセレリンおよびトリプトレリン（ｔｒｉｐｔｅｒｅｌｉｎ）；他の抗アンドロゲン剤、例えば、フルタミド、ニルタミドおよびビカルタミド；ならびに副腎におけるエストロゲン産生を調節する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼインヒビター、例えば、４（５）−イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）酢酸メゲストロール、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）エキセメスタン、ホルメスタン、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳ  ＯＲ（登録商標）ボロゾール、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）レトロゾールおよびＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）アナストロゾールなどが含まれる。さらに、化学療法剤のかかる定義には、ビスホスホネート、例えば、クロドロネート（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）もしくはＯＳＴＡＣ（登録商標））、ＤＩＤＲＯＣ  ＡＬ（登録商標）エチドロネート、ＮＥ−５８０９５、ＺＯＭＥＴ  Ａ（登録商標）ゾレドロン酸／ゾレドロネート、ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標）アレンドロネート、ＡＲＥＤＩＡ（登録商標）パミドロネート、ＳＫＥＬＩＤ（登録商標）チルドロネートまたはＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標）リセドロネート；ならびにトロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの、例えば、ＰＫＣ−アルファ、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓおよび上皮増殖因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）など；ワクチン、例えば、ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン、ならびに遺伝子治療ワクチン、例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチンおよびＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン；ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）トポイソメラーゼ１インヒビター；ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨ；二トシル酸ラパチニブ（ＧＷ５７２０１６としても公知のＥｒｂＢ−２およびＥＧＦＲ二重チロシンキナーゼ小分子インヒビター）；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が含まれる。
【０２５３】
「成長阻害剤」とは、本明細書で使用する場合、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏのいずれかで細胞の成長を阻害する化合物または組成物を指す。したがって、成長阻害剤は、Ｓ期にある細胞の百分率を顕著に低減させる薬剤であり得る。成長阻害剤の例には、細胞周期の進行を（Ｓ期以外の場所において）遮断する薬剤、例えば、Ｇ１停止およびＭ期停止を誘導する薬剤が含まれる。古典的なＭ期ブロッカーには、ビンカ（ビンクリスチンおよびビンブラスチン）、タキサン、ならびにトポイソメラーゼＩＩインヒビター、例えば、ドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシドおよびブレオマイシンが含まれる。ＤＮＡアルキル化剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキセート、５−フルオロウラシルおよびａｒａ−Ｃなどの、Ｇ１を停止させる薬剤はまた、Ｓ期停止まで波及する。さらなる情報は、Ｔｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ、ＭｅｎｄｅｌｓｏｈｎおよびＩｓｒａｅｌ編、第１章、Ｍｕｒａｋａｍｉらによる表題「Ｃｅｌｌ  ｃｙｃｌｅ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ，  ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ，  ａｎｄ  ａｎｔｉｎｅｏｐｌａｓｔｉｃ  ｄｒｕｇｓ」（ＷＢ  Ｓａｕｎｄｅｒｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、１９９５年）、特に１３頁において見出すことができる。タキサン（パクリタキセルおよびドセタキセル）は、共にイチイの木から誘導された抗がん薬物である。ヨーロッパイチイから誘導されたドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ  Ｒｏｒｅｒ）は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ）の半合成アナログである。パクリタキセルおよびドセタキセルは、チューブリンダイマーからの微小管のアセンブリを促進し、脱重合を防止することによって微小管を安定化して、細胞における有糸分裂の阻害を生じる。
７．医薬組成物
【０２５４】
本明細書に記載される治療剤（例えば、配列番号７〜１７、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４７〜５０、５２〜６２、１０１および１０３〜１０５を含む、本質的にからなる、またはからなるＴβＲＩＩポリペプチド）は、医薬組成物に製剤化され得る。本開示に従う使用のための医薬組成物は、１または複数の生理学的に許容される担体または賦形剤を使用して、従来の様式で製剤化され得る。かかる製剤は、一般に、ほとんどの規制要件に応じて、実質的に発熱物質を含まない。
【０２５５】
ある特定の実施形態では、本開示の治療方法は、全身的に、またはインプラントもしくはデバイスとして局所的に、組成物を投与するステップを含む。投与される場合、本開示における使用のための治療組成物は、発熱物質を含まない、生理学的に許容される形態である。これもまた上記のように組成物中に任意選択で含まれ得るＴβＲＩＩシグナル伝達アンタゴニスト以外の治療的に有用な薬剤が、本明細書に開示される方法において、対象化合物（例えば、ＴβＲＩＩポリペプチド）と同時にまたは順次に投与され得る。
【０２５６】
典型的には、本明細書に開示されるタンパク質治療剤は、非経口で、特に静脈内または皮下に投与される。非経口投与に適切な医薬組成物は、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤、製剤を意図したレシピエントの血液と等張にする溶質または懸濁化剤もしくは増粘剤を含み得る、１または複数の薬学的に許容される無菌の等張水性もしくは非水性溶液、分散物、懸濁物またはエマルジョン、あるいは使用の直前に無菌の注射可能な溶液もしくは分散物へと再構成され得る無菌粉末と組み合わせて、１または複数のＴβＲＩＩアンタゴニストを含み得る。本開示の医薬組成物において使用され得る適切な水性および非水性担体の例には、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）およびそれらの適切な混合物、植物油、例えばオリーブ油、ならびに注射可能な有機エステル、例えばオレイン酸エチルが含まれる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング材料の使用によって、分散物の場合には必要とされる粒子サイズの維持によって、および界面活性剤の使用によって、維持され得る。
【０２５７】
これらの組成物および製剤は、所望の場合、活性成分を含む１または複数の単位投薬形態を含み得るパックまたはディスペンサーデバイス中に提示され得る。このパックは、例えば、金属またはプラスチックのホイル、例えば、ブリスターパックを含み得る。このパックまたはディスペンサーデバイスには、投与のための指示書が付随し得る。
【０２５８】
さらに、この組成物は、標的組織部位への送達のための形態で、カプセル化または注射され得る。ある特定の実施形態では、本発明の組成物は、標的組織部位に１または複数の治療化合物（例えば、ＴβＲＩＩポリペプチド）を送達し、発生中の組織に構造を提供することが可能であり、最適には身体中に吸収されることが可能な、マトリックスを含み得る。例えば、このマトリックスは、ＴβＲＩＩアンタゴニストの緩徐な放出を提供し得る。かかるマトリックスは、他の植え込まれた医学的適用のために現在使用されている材料から形成され得る。
【０２５９】
マトリックス材料の選択は、生体適合性、生分解性、機械的特性、表面的外観および界面特性に基づく。対象組成物の特定の適用は、適切な製剤を規定する。組成物のための潜在的マトリックスは、生分解性かつ化学的に規定された硫酸カルシウム、リン酸三カルシウム、ヒドロキシアパタイト、ポリ乳酸およびポリ酸無水物であり得る。骨または皮膚コラーゲンなどの他の潜在的材料は、生分解性であり生物学的に十分規定されている。さらなるマトリックスは、純粋なタンパク質または細胞外マトリックス構成成分から構成される。他の潜在的マトリックスは、非生分解性かつ化学的に規定されており、例えば、焼結ヒドロキシアパタイト、バイオガラス、アルミネートまたは他のセラミックである。マトリックスは、上述の型の材料のいずれかの組合せ、例えば、ポリ乳酸およびヒドロキシアパタイトまたはコラーゲンおよびリン酸三カルシウムから構成され得る。バイオセラミックは、組成、例えば、カルシウム−アルミネート−ホスフェートにおいて変更され得、ポアサイズ、粒子サイズ、粒子形状および生分解性を変更するために加工され得る。
【０２６０】
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、経口でのために、例えば、各々が活性成分として所定の量の薬剤を含む、カプセル剤、サシェ剤、丸剤、錠剤、ロゼンジ剤（風味付けした基礎、通常はスクロースおよびアカシアまたはトラガントを使用する）、粉末、顆粒の形態で、または水性もしくは非水性液体中の溶液もしくは懸濁物として、または水中油もしくは油中水液体エマルジョンとして、またはエリキシル剤もしくはシロップ剤として、またはトローチ剤（不活性基剤、例えば、ゼラチンおよびグリセリン、またはスクロースおよびアカシアを使用する）として、および／または口腔洗浄薬などとして、投与され得る。薬剤は、ボーラス、舐剤またはペースト剤としても投与され得る。
【０２６１】
経口投与のための固体投薬形態（カプセル剤、錠剤、丸剤、糖衣錠、粉末、顆粒など）では、本発明の１または複数の治療化合物は、１または複数の薬学的に許容される担体、例えば、クエン酸ナトリウムもしくはリン酸二カルシウム、および／または以下のいずれかと、混合され得る：（１）充填剤または増量剤、例えば、デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトールおよび／またはケイ酸；（２）バインダー、例えば、カルボキシメチルセルロース、アルジネート、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロースおよび／またはアカシアなど；（３）保水剤、例えば、グリセロール；（４）崩壊剤、例えば、寒天−寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモまたはタピオカデンプン、アルギン酸、特定のシリケートおよび炭酸ナトリウム；（５）溶解遅延剤、例えばパラフィン；（６）吸収加速剤、例えば、第四級アンモニウム化合物；（７）湿潤剤、例えば、セチルアルコールおよびモノステアリン酸グリセロールなど；（８）吸収剤、例えば、カオリンおよびベントナイト粘土；（９）滑沢剤、例えば、タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウムおよびそれらの混合物；ならびに（１０）着色剤。カプセル剤、錠剤および丸剤の場合、これらの医薬組成物は、緩衝剤もまた含み得る。同様の型の固体組成物は、ラクトースまたは乳糖などの賦形剤、ならびに高分子量ポリエチレングリコールなどを使用するソフトおよびハード充填ゼラチンカプセル剤において、充填剤としても使用され得る。
【０２６２】
経口投与のための液体投薬形態には、薬学的に許容されるエマルジョン、マイクロエマルジョン、溶液、懸濁物、シロップ剤およびエリキシル剤が含まれる。活性成分に加えて、この液体投薬形態は、当該分野で一般に使用される不活性希釈剤、例えば、水または他の溶媒、可溶化剤および乳化剤、例えば、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３−ブチレングリコール、油（特に、綿実油、ラッカセイ油、トウモロコシ油、胚芽油、オリーブ油、ヒマシ油およびゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、ポリエチレングリコール、およびソルビタンの脂肪酸エステル、ならびにそれらの混合物を含み得る。不活性希釈剤に加えて、これらの経口組成物は、アジュバント、例えば、湿潤剤、乳化剤および懸濁化剤、甘味剤、調味料、着色剤、芳香剤、ならびに防腐剤もまた含み得る。
【０２６３】
懸濁物は、活性化合物に加えて、懸濁化剤、例えば、エトキシ化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトール、およびソルビタンエステル、結晶セルロース、アルミニウムメタヒドロキシド、ベントナイト、寒天−寒天およびトラガント、ならびにそれらの混合物を含み得る。  
【０２６４】
本発明の組成物は、アジュバント、例えば、防腐剤、湿潤剤、乳化剤および分散剤もまた含み得る。微生物の作用の防止は、種々の抗細菌剤および抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノールソルビン酸などを含めることによって、確実にされ得る。等張剤、例えば、糖、塩化ナトリウムなどを組成物中に含めることもまた、望ましい場合がある。さらに、注射可能な医薬形態の延長された吸収は、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンを含めることによって、もたらされ得る。
【０２６５】
投薬レジメンは、本発明の対象化合物（例えば、ＴβＲＩＩポリペプチド）の作用を修飾する種々の因子を考慮して、担当医によって決定されることが理解される。種々の因子には、患者の年齢、性別および食餌、重症度疾患、投与の時間、および他の臨床学的因子が含まれるがこれらに限定されない。任意選択で、投薬量は、再構成において使用されるマトリックスの型および組成物中の化合物の型によって変動し得る。最終組成物への他の公知の増殖因子の添加もまた、投薬量に影響し得る。進行は、骨の成長および／または修復の周期的評価、例えば、Ｘ線（ＤＥＸＡを含む）、組織形態計測的決定およびテトラサイクリン標識化によって、モニタリングされ得る。
【０２６６】
ある特定の実施形態では、本発明は、ＴβＲＩＩアンタゴニストのｉｎ  ｖｉｖｏ産生のための遺伝子治療もまた提供する。かかる治療は、上に列挙した障害を有する細胞または組織中へのＴβＲＩＩポリヌクレオチド配列の導入によって、その治療効果を達成する。ＴβＲＩＩポリヌクレオチド配列の送達は、キメラウイルスなどの組換え発現ベクターまたはコロイド分散系を使用して、達成され得る。ＴβＲＩＩポリヌクレオチド配列の治療的送達には、標的化リポソームの使用が好ましい。
【０２６７】
本明細書に教示される遺伝子治療に利用され得る種々のウイルスベクターには、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ワクシニア、または、好ましくは、レトロウイルスなどのＲＮＡウイルスが含まれる。好ましくは、このレトロウイルスベクターは、マウスまたはトリのレトロウイルスの誘導体である。単一の外来遺伝子が挿入され得るレトロウイルスベクターの例には、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭｏＭｕＬＶ）、ハーベイマウス肉腫ウイルス（ＨａＭｕＳＶ）、マウス乳癌ウイルス（ＭｕＭＴＶ）およびラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）が含まれるがこれらに限定されない。いくつかのさらなるレトロウイルスベクターが、複数の遺伝子を取り込み得る。これらのベクターは全て、形質導入された細胞が同定および生成され得るように、選択可能なマーカーの遺伝子を移入させ得るまたは取り込み得る。レトロウイルスベクターは、例えば、糖、糖脂質またはタンパク質を結合させることによって、標的特異的にされ得る。好ましい標的化は、抗体を使用することによって達成される。当業者は、特異的ポリヌクレオチド配列が、ＴβＲＩＩポリヌクレオチドを含むレトロウイルスベクターの標的特異的送達を可能にするために、レトロウイルスゲノム中に挿入され得る、またはウイルスエンベロープと結合し得ることを認識する。好ましい実施形態では、このベクターは、骨または軟骨へと標的化される。
【０２６８】
あるいは、組織培養細胞は、従来のリン酸カルシウムトランスフェクションによって、レトロウイルス構造遺伝子ｇａｇ、ｐｏｌおよびｅｎｖをコードするプラスミドで直接トランスフェクトされ得る。次いで、これらの細胞は、目的の遺伝子を含むベクタープラスミドでトランスフェクトされる。得られた細胞は、培養培地中にレトロウイルスベクターを放出する。
【０２６９】
ＴβＲＩＩアンタゴニストポリヌクレオチドのための別の標的化送達系は、コロイド分散系である。コロイド分散系には、高分子複合体、ナノカプセル剤、ミクロスフェア、ビーズ、ならびに水中油エマルジョン、ミセル、混合ミセルおよびリポソームを含む脂質ベースの系が含ま  
れる。本発明の好ましいコロイド系は、リポソームである。リポソームは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏで送達ビヒクルとして有用な人工膜小胞である。ＲＮＡ、ＤＮＡおよびインタクトなビリオンは、水性内部内にカプセル化され得、生物学的に活性な形態で細胞に送達され得る（例えば、Ｆｒａｌｅｙら、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｓｃｉ．、６巻：７７頁、１９８１年を参照のこと）。リポソームビヒクルを使用した効率的な遺伝子移入のための方法は、当該分野で公知であり、例えば、Ｍａｎｎｉｎｏら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、６巻：６８２頁、１９８８年を参照のこと。リポソームの組成物は、通常、通常はステロイド、特にコレステロールと組み合わせた、リン脂質の組合せである。他のリン脂質または他の脂質もまた使用され得る。リポソームの物理的特徴は、ｐＨ、イオン強度、および二価カチオンの存在に依存する。
【０２７０】
リポソーム産生において有用な脂質の例には、ホスファチジル化合物、例えば、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルコリン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルエタノールアミン、スフィンゴ脂質、セレブロシドおよびガングリオシドが含まれる。例示的なリン脂質には、卵ホスファチジルコリン、ジパルミトイルホスファチジルコリンおよびジステアロイルホスファチジルコリンが含まれる。リポソームの標的化もまた、例えば、臓器特異性、細胞特異性およびオルガネラ特異性に基づいて可能であり、当該分野で公知である。
【０２７１】
本開示は、ｐＨを調整するための酸および塩基；ならびに狭い範囲内にｐＨを維持するための緩衝剤を含むように変動され得る製剤を提供する。
【実施例】
【０２７２】
例証
本発明はここまで一般に記載されてきたが、本発明のある特定の実施形態の例示を単に目的として含まれ、本発明を限定することを意図しない、以下の実施例を参照して、より容易に理解される。
（実施例１）
受容体融合タンパク質バリアントの生成
ＴβＲＩＩ  ＥＣＤバリアント
【０２７３】
ヒトＴβＲＩＩは、細胞外ドメイン（ＥＣＤ）における選択的スプライシングによって生成される、少なくとも２つのアイソフォーム−Ａ（長）およびＢ（短）−として天然に生じる（図１および図２）。ＴβＲＩＩは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３に、高い親和性で結合する。いくつかの治療状況においては、この範囲のリガンド結合が好適であり得るのに対して、他の状況では、より選択的な分子が優れている場合がある。以下で詳述するように、出願人らは、ＴβＲＩＩ長または短アイソフォーム（ＴβＲＩＩ長またはＴβＲＩＩ短）ならびにそれらのバリアントの細胞外ドメインを含む様々なＴβＲＩＩポリペプチドおよびＦｃ融合タンパク質を生成し、想定してきた。
【０２７４】
野生型ｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４）配列を以下に示し（配列番号１３）、ここで、２５アミノ酸挿入に下線が引かれている。スプライシングは、挿入に対してＣ末端にある隣接位置で、連続アミノ酸置換（Ｖａｌ→Ｉｌｅ）をもたらすことに留意されたい。いくつかのｈＴβＲＩＩ短バリアントとそれらのｈＴβＲＩＩ長対応物との間の配列関係性を図３に示す。
【化１】
2018522039.tif 000002
【０２７５】
出願人は、ｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４）−Ｆｃ融合タンパク質を生成し、ここで、ｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４）ドメインは、Ｃ末端で（最小のリンカーを介して）ヒトＩｇＧ１  ＦｃドメインにＣ末端で融合され、Ｎ末端でＴＰＡリーダー配列に融合され、それは、下記アミノ酸配列（配列番号１０１）を有する：
【化２】
2018522039.tif 000003
【０２７６】
Ｎ末端リーダー配列およびＣ末端Ｆｃドメインは、一本下線によって表され、リンカードメインは、二重下線によって示される。ｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４）−Ｆｃ融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、下記ヌクレオチド配列（配列番号１０２）を有する：
【化３】
2018522039.tif 000004
【化４】
2018522039.tif 000005
ｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４）−Ｆｃ融合タンパク質のプロセシングされた様式は、下記アミノ酸配列（配列番号１０３）を示す。
【化５】
2018522039.tif 000006
【０２７７】
本明細書中に記載するある特定の動物モデルにおける使用のために、出願人らは、マウスＴβＲＩＩアイソフォーム１由来の成熟完全長ＥＣＤを含むＦｃ融合タンパク質を生成し、それを本明細書中ではｍＴβＲＩＩ−Ｆｃと呼ぶ。マウスＴβＲＩＩアイソフォーム１は、ヒトＴβＲＩＩアイソフォームＡ（長型）に相同的であり、したがって、上述するｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４）−Ｆｃ融合タンパク質のマウス等価形態である。ヒト形態と同様に、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３に、高い親和性（ピコモル）で結合するが、ＴＧＦβ２には結合しないことが決定された。さらに、ｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４）−Ｆｃ融合タンパク質およびｍＴβＲＩＩ−Ｆｃは、以下に記載するように細胞ベースのアッセイにおいて、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３活性の強力なインヒビターであるが、ＴＧＦβ２活性を阻害しないことが決定された。
【０２７８】
本出願人らはまた、（配列番号１３）に示される野生型ｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４）配列およびそのＦｃ融合タンパク質に基づいて、５つの相当するバリアント（配列番号１４〜１７）を想定する。
【０２７９】
（１）以下に示すｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４／Ｄ１３５Ｋ）アミノ酸配列（配列番号１４）、配列中、置換された残基に二重下線を付す。
【化６】
2018522039.tif 000007
【０２８０】
（２）以下に示すＮ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ長（２９〜１８４）アミノ酸配列（配列番号１５）。
【化７】
2018522039.tif 000008
【０２８１】
（３）以下に示すＮ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ長（６０〜１８４）アミノ酸配列（配列番号１０４）。
【化８】
2018522039.tif 000009
【０２８２】
（４）以下に示すＣ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ長（２３〜１７８）アミノ酸配列（配列番号１６）。
【化９】
2018522039.tif 000010
【０２８３】
（５）以下に示すＣ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ長（２３〜１７８／Ｎ９５Ｄ）アミノ酸配列（配列番号１７）、配列中、置換された残基に二重下線を付す。
【化１０】
2018522039.tif 000011
【０２８４】
以下に示す野生型ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９）配列（配列番号７）は、以下に列挙する５つの受容体ＥＣＤバリアント（配列番号８〜１２）についての基礎として機能した。野生型ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９）を、ＩｇＧ２のＦｃ部分に融合させて、新規の基礎Ｆｃ融合構築物を生成した。以下の配列番号５０、５１および５２を参照のこと。
【化１１】
2018522039.tif 000012
【０２８５】
（１）以下に示すｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９／Ｄ１１０Ｋ）アミノ酸配列（配列番号８）、配列中、置換された残基に下線を付す。
【化１２】
2018522039.tif 000013
【０２８６】
（２）以下に示すＮ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ短（２９〜１５９）アミノ酸配列（配列番号９）。  
【化１３】
2018522039.tif 000014
【０２８７】
（３）以下に示すＮ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ短（３５〜１５９）アミノ酸配列（配列番号１０）。
【化１４】
2018522039.tif 000015
【０２８８】
（４）以下に示すＣ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３）アミノ酸配列（配列番号１１）。
【化１５】
2018522039.tif 000016
【０２８９】
（５）以下に示すＣ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３／Ｎ７０Ｄ）アミノ酸配列（配列番号１２）、配列中、置換された残基に下線を付す。
【化１６】
2018522039.tif 000017
【０２９０】
さらなるＴβＲＩＩ  ＥＣＤバリアントには、以下が含まれる：
（Ａ）以下に示す、Ｎ末端およびＣ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ短（３５〜１５３）またはｈＴβＲＩＩ長（６０〜１７８）アミノ酸配列（配列番号４７）。  
【化１７】
2018522039.tif 000018
【化１８】
2018522039.tif 000019
【０２９１】
（Ｂ）以下に示すＮ末端およびＣ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ短（２９〜１５３）アミノ酸配列（配列番号４８）。
【化１９】
2018522039.tif 000020
【０２９２】
（Ｃ）以下に示すＮ末端およびＣ末端がトランケートされたｈＴβＲＩＩ長（２９〜１７８）アミノ酸配列（配列番号４９）。
【化２０】
2018522039.tif 000021
【０２９３】
上記バリアント（例えば、配列番号８〜１２、１４〜１７および４７〜４９）のいずれかは、ｈＴβＲＩＩアイソフォームＣ［Ｋｏｎｒａｄら、（２００７）ＢＭＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８巻：３１８頁］に天然に生じるような、ｈＴβＲＩＩ  ＥＣＤのＣ末端の近傍に位置するグルタミン酸残基の対（配列番号５の１５１位および１５２位、または配列番号６の１７６位および１７７位）の間の３６アミノ酸の挿入（配列番号１８）を取り込み得る。
【化２１】
2018522039.tif 000022
【０２９４】
一例として、任意選択の挿入部位に隣接する対になったグルタミン酸残基が、ｈＴβＲＩＩ短（２９〜１５９）バリアント（配列番号１０５）について以下に示される（下線）。
【化２２】
2018522039.tif 000023
【０２９５】
一部には、出願人らは、ヒトＴβＲＩＩ  ＥＣＤのバリアントを含む融合タンパク質を生成することによって、ＴＧＦβ１もしくはＴＧＦβ３に対する選択性の増強または低減を有するポリペプチドを追求した。以下に示す野生型ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９）配列（配列番号７）は、以下で列挙する５つの受容体ＥＣＤバリアント（配列番号８〜１２）に関する基盤として機能を果たした。野生型ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９）をＩｇＧ２のＦｃ部分に融合させて、新規の基礎Ｆｃ構築物を生成した。以下の配列番号５０、５１および５２を参照のこと。
【０２９６】
出願人らは、以下に示される野生型ｈＴβＲＩＩ長（２３〜１８４）配列（配列番号１３）に基づいて、５つの相当するバリアント（配列番号１４〜１７）（配列中、２５個のアミノ酸挿入に下線を付す）を想定する。スプライシングが、挿入に対してＣ末端にある隣接位置で、保存的アミノ酸置換（Ｖａｌ→Ｉｌｅ）をもたらすことに留意されたい。いくつかのｈＴβＲＩＩ短バリアントとそれらのｈＴβＲＩＩ長対応物との間の配列関係性を図３に示す。
Ｆｃドメインバリアント
【０２９７】
上記５つのｈＴβＲＩＩ短バリアントが各々、以下のアミノ酸配列（配列番号１９）を有するヒトＩｇＧ２  Ｆｃドメインに、それらのＣ末端において（ミニマルリンカーを介して）融合された、ｈＴβＲＩＩ−ｈＦｃ融合タンパク質を生成した：
【化２３】
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【０２９８】
出願人らは、上記の全長ヒトＩｇＧ２  Ｆｃ、ＩｇＧ１  Ｆｃ（ｈＧ１Ｆｃ）（配列番号２０、以下）およびＮ末端がトランケートされたヒトＩｇＧ１  Ｆｃ（ｈＧ１Ｆｃ短）（配列番号２１、以下）を含むＦｃドメインを含むｈＴβＲＩＩ（短および長）−ｈＦｃ融合タンパク質を想定する。任意選択で、Ｆｃドメインと無関係のポリペプチドを、Ｆｃドメインの代わりに結合させることができる。
【化２４】
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リーダー配列バリアント
以下の３つのリーダー配列を検討した：
【化２５】
2018522039.tif 000026
ｈＴβＲＩＩ−ｈＦｃ融合タンパク質の発現
【０２９９】
選択されたｈＴβＲＩＩ−ｈＦｃタンパク質バリアントは、ＴＰＡリーダーを取り込み、配列番号２５、２９、３３、３７、４１および１０１に示されるプロセシングされていないアミノ酸配列を有する（実施例３を参照のこと）。これらのバリアントの対応するヌクレオチド配列は、配列番号２６、３０、３４、３８、４２および１０２である。各々がＧ２Ｆｃドメイン（配列番号１９）を有する選択されたｈＴβＲＩＩ−ｈＦｃバリアントを、ＨＥＫ−２９３細胞において発現させ、濾過およびプロテインＡクロマトグラフィーによって馴化培地から精製した。レポーター遺伝子アッセイのための試料の純度を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウエスタンブロット分析によって評価した。
【０３００】
出願人らは、配列番号２７、３１、３５、３９、４３および１０１に示されるプロセシングされていないアミノ酸配列を有するさらなるｈＴβＲＩＩ−ｈＦｃタンパク質バリアント、ならびに配列番号２８、３２、３６、４０、４４および１０１に示される対応するヌクレオチド配列を想定する。
【０３０１】
野生型短構築物ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９）−ｈＧ２Ｆｃのアミノ酸配列（配列番号５０）が、以下に示される。
【化２６】
2018522039.tif 000027
【０３０２】
このタンパク質を、以下に示すような、ＴＰＡリーダー配列を含む構築物（配列番号５２）から発現させた。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化２７】
2018522039.tif 000028
配列番号５２をコードする核酸配列を以下に示す：  
【化２８】
2018522039.tif 000029
（実施例２）
細胞ベースのアッセイにおける受容体融合タンパク質バリアントによる示差的リガンド阻害
【０３０３】
Ａ５４９細胞におけるレポーター遺伝子アッセイを使用して、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３の活性を阻害するｈＴβＲＩＩ−ｈＦｃバリアントの能力を決定した。このアッセイは、ｐＧＬ３（ＣＡＧＡ）１２レポータープラスミド（Ｄｅｎｎｌｅｒら、１９９８年、ＥＭＢＯ  １７巻：３０９１〜３１００頁）ならびにトランスフェクション効率について制御するためのＲｅｎｉｌｌａレポータープラスミド（ｐＲＬＣＭＶ）でトランスフェクトしたヒト肺癌細胞株に基づく。ＣＡＧＡモチーフは、ＴＧＦβ応答性遺伝子（例えば、ＰＡＩ−１）のプロモーター中に存在するので、このベクターは、ＳＭＡＤ２およびＳＭＡＤ３を介してシグナル伝達する因子のために一般に使用される。
【０３０４】
アッセイの最初の日に、Ａ５４９細胞（ＡＴＣＣ（登録商標）：ＣＣＬ−１８５（商標））を、１ウェル当たり６．５×１０４細胞で４８ウェルプレート中に分配した。２日目に、１０μｇ  ｐＧＬ３（ＣＡＧＡ）１２、１００ｎｇ  ｐＲＬＣＭＶ、３０μｌ  Ｘ−ｔｒｅｍｅＧＥＮＥ  ９（Ｒｏｃｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅ）および９７０μｌ  ＯｐｔｉＭＥＭ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を含む溶液を、３０分間事前インキュベートし、次いで、０．１％ＢＳＡを補充したイーグル最小必須培地（ＥＭＥＭ、ＡＴＣＣ（登録商標））に添加し、これを、室温で一晩のインキュベーションにわたり、プレートした細胞に適用した（５００μｌ／ウェル）。３日目に、培地を除去し、細胞を、以下に記載するように調製したリガンドおよびインヒビターの混合物と共に、３７℃で一晩インキュベートした。
【０３０５】
試験物品の連続希釈を、２００μｌ体積のアッセイ緩衝液（ＥＭＥＭ＋０．１％ＢＳＡ）中で４８ウェルプレートにおいて行った。試験リガンドを含む等体積のアッセイ緩衝液を添加して、予め決定したＥＣ５０と等しい最終リガンド濃度を得た。ヒトＴＧＦβ１、ヒトＴＧＦβ２およびヒトＴＧＦβ３は、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈから取得した。試験溶液を、３７℃で３０分間インキュベートし、次いで、２５０μｌの混合物を、全てのウェルに添加した。各濃度の試験物品を、二連で決定した。試験溶液との一晩のインキュベーション後に、細胞を、リン酸緩衝食塩水でリンスし、次いで、受動溶解緩衝液（Ｐｒｏｍｅｇａ  Ｅ１９４１）で溶解させ、−７０℃で一晩貯蔵した。４日目の最終日に、プレートを、穏やかに振盪しながら室温まで温めた。細胞溶解物を、化学発光プレート（９６ウェル）に二連で移し、Ｄｕａｌ−Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ  Ｒｅｐｏｒｔｅｒ  Ａｓｓａｙシステム（Ｐｒｏｍｅｇａ  Ｅ１９８０）の試薬を用いてルミノメーターで分析して、正規化されたルシフェラーゼ活性を決定した。
【０３０６】
このアッセイを使用して、ＴβＲＩＩリガンドによる細胞シグナル伝達に対する潜在的阻害効果について、受容体融合タンパク質バリアントをスクリーニングした。野生型ＴβＲＩＩ短−ＦｃおよびＴβＲＩＩ長−Ｆｃに関する以前の報告［ｄｅｌ  Ｒｅら、（２００４）Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７９巻：２２７６５頁］と一致して、試験したいずれのバリアントも、高い濃度であっても、ＴＧＦβ２を阻害できなかった。しかし、ｈＴβＲＩＩ−ｈＦｃバリアントは、ＴＧＦβ１およびＴＧＦβ３によって媒介される細胞シグナル伝達の示差的阻害を、予想外に示した。野生型ＴβＲＩＩ短（２３〜１５９）−Ｇ２Ｆｃと比較すると、ＴβＲＩＩ短（２３〜１５９／Ｄ１１０Ｋ）−Ｇ２Ｆｃバリアントは、ＴＧＦβ１の阻害の喪失を示したが、ＴＧＦβ３の中程度の阻害を維持した（以下の表を参照のこと）。１１０位は、ＴβＲＩＩの「フック」領域中に位置するが［Ｒａｄａｅｖら、（２０１０）Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２８５巻：１４８０６頁］、認識されたＴβＲＩＩリガンドＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２およびＴＧＦβ３のうちで選択性を付与することは示唆されてこなかった。したがって、このバリアントは、差次的なリガンド阻害のプロファイルを示し、ここで、いくつかのＴＧＦβ３阻害は維持され、バリアントは、ＴＧＦβ１活性に対する影響をほとんどから全く有さない。
【表１】
2018522039.tif 000030
【０３０７】
第２の実験では、Ｎ末端がトランケートされたＴβＲＩＩ  ＥＣＤを有するバリアントの潜在力を、全長野生型ＴβＲＩＩ  ＥＣＤのものと比較した。以下の表に示すように、ＴβＲＩＩ短（２９〜１５９）−Ｇ２ＦｃおよびＴβＲＩＩ短（３５〜１５９）−Ｇ２Ｆｃは、ＴβＲＩＩ短（２３〜１５９）−Ｇ２Ｆｃ（野生型）と比較して、ＴＧＦβ３を阻害する大きく減退した能力を示したが、一部のＴＧＦβ１インヒビター効果を維持する。
【表２】
2018522039.tif 000031
【０３０８】
第３の実験では、本発明者らは、Ｃ末端がトランケートされたＴβＲＩＩ  ＥＣＤにおけるＮ７０Ｄ置換の潜在力に対する影響を決定した。このアスパラギン酸残基は、潜在的グリコシル化部位を示す。以下の表に示すように、ＴβＲＩＩ短（２３〜１５３／Ｎ７０Ｄ）−Ｇ２Ｆｃは、ＴβＲＩＩ短（２３〜１５３）−Ｇ２Ｆｃと比較して、ＴＧＦβ１を阻害する大きく減退された能力およびＴＧＦβ３を阻害する事実上減退されていない能力を示した。したがって、Ｎ７０Ｄ置換を伴うＣ末端がトランケートされたバリアントは、差次的なリガンド阻害のプロファイルを示し、ここで、ＴＧＦβ３は最も強力に阻害されるが、ＴＧＦβ１阻害に関する効力を非常に減少させる。
【表３】
2018522039.tif 000032
【０３０９】
合わせると、これらの結果は、出願人らが、大きく異なるリガンド結合プロファイルを示すＴβＲＩＩ  ＥＣＤのトランケーションおよび変異を生成したことを実証している。これらのバリアントの活性プロファイルは、以下の表にまとめられ得る。
【表４】
2018522039.tif 000033
【０３１０】
本発明者らは、これらのＴβＲＩＩ短ＥＣＤバリアントのＴβＲＩＩ長ＥＣＤ対応物が、類似のリガンド選択性を示すことを予測する。さらに、Ｃ’Δ６トランケートされたＥＣＤ（例えば、それぞれ、ＴβＲＩＩ短およびＴβＲＩＩ長アイソフォームについて配列番号１１および１６）が、変異およびＮ末端トランケーションを導入するＴβＲＩＩ短またはＴβＲＩＩ長についての塩基配列として使用され得る。
（実施例３）
例示的なｈＴβＲＩＩ−ｈＦｃ核酸およびタンパク質
【０３１１】
この実施例は、細胞培養物から単離されたタンパク質を提供するために、本明細書に提供される方法に従って、ＨＥＫ−２９３またはＣＨＯ細胞においてＴβＲＩＩ構築物を発現させるために使用され得る核酸構築物をまとめる。各場合において、細胞培養物から単離された成熟タンパク質は、リーダー配列（以下の各配列中の点線の下線）が除去されている。
【０３１２】
項目１は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９／Ｄ１１０Ｋ）−ｈＧ２Ｆｃのアミノ酸配列（配列番号２５）を示す。二重下線はＤ１１０Ｋ置換を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化２９】
2018522039.tif 000034
【０３１３】
項目２は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９／Ｄ１１０Ｋ）−ｈＧ２Ｆｃをコードするヌクレオチド配列（配列番号２６）を示す。二重下線はＤ１１０Ｋ置換を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化３０】
2018522039.tif 000035
【化３１】
2018522039.tif 000036
【０３１４】
項目３は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９／Ｄ１１０Ｋ）−ｈＧ１Ｆｃ短のアミノ酸配列（配列番号２７）を示す。二重下線はＤ１１０Ｋ置換を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。  
【化３２】
2018522039.tif 000037
【０３１５】
項目４は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９／Ｄ１１０Ｋ）−ｈＧ１Ｆｃ短をコードするヌクレオチド配列（配列番号２８）を示す。二重下線はＤ１１０Ｋ置換を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化３３】
2018522039.tif 000038
【化３４】
2018522039.tif 000039
【０３１６】
項目５は、ｈＴβＲＩＩ短（２９〜１５９）−ｈＧ２Ｆｃのアミノ酸配列（配列番号２９）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化３５】
2018522039.tif 000040
【０３１７】
項目６は、ｈＴβＲＩＩ短（２９〜１５９）−ｈＧ２Ｆｃをコードするヌクレオチド配列（配列番号３０）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。  
【化３６】
2018522039.tif 000041
【化３７】
2018522039.tif 000042
【０３１８】
項目７は、ｈＴβＲＩＩ短（２９〜１５９）−ｈＧ１Ｆｃ短のアミノ酸配列（配列番号３１）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化３８】
2018522039.tif 000043
【０３１９】
項目８は、ｈＴβＲＩＩ短（２９〜１５９）−ｈＧ１Ｆｃ短をコードするヌクレオチド配列（配列番号３２）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化３９】
2018522039.tif 000044
【化４０】
2018522039.tif 000045
【０３２０】
項目９は、ｈＴβＲＩＩ短（３５〜１５９）−ｈＧ２Ｆｃのアミノ酸配列（配列番号３３）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。  
【化４１】
2018522039.tif 000046
【０３２１】
項目１０は、ｈＴβＲＩＩ短（３５〜１５９）−ｈＧ２Ｆｃをコードするヌクレオチド配列（配列番号３４）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化４２】
2018522039.tif 000047
【化４３】
2018522039.tif 000048
【０３２２】
項目１１は、ｈＴβＲＩＩ短（３５〜１５９）−ｈＧ１Ｆｃ短のアミノ酸配列（配列番号３５）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化４４】
2018522039.tif 000049
【０３２３】
項目１２は、ｈＴβＲＩＩ短（３５〜１５９）−ｈＧ１Ｆｃ短をコードするヌクレオチド配列（配列番号３６）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化４５】
2018522039.tif 000050
【化４６】
2018522039.tif 000051
【０３２４】
項目１３は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３）−ｈＧ２Ｆｃのアミノ酸配列（配列番号３７）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化４７】
2018522039.tif 000052
【０３２５】
項目１４は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３）−ｈＧ２Ｆｃをコードするヌクレオチド配列（配列番号３８）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。  
【化４８】
2018522039.tif 000053
【化４９】
2018522039.tif 000054
【０３２６】
項目１５は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３）−ｈＧ１Ｆｃ短のアミノ酸配列（配列番号３９）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化５０】
2018522039.tif 000055
【０３２７】
項目１６は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３）−ｈＧ１Ｆｃ短をコードするヌクレオチド配列（配列番号４０）を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化５１】
2018522039.tif 000056
【化５２】
2018522039.tif 000057
【０３２８】
項目１７は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３／Ｎ７０Ｄ）−ｈＧ２Ｆｃのアミノ酸配列（配列番号４１）を示す。二重下線はＮ７０Ｄ置換を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。  
【化５３】
2018522039.tif 000058
【０３２９】
項目１８は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３／Ｎ７０Ｄ）−ｈＧ２Ｆｃをコードするヌクレオチド配列（配列番号４２）を示す。二重下線はＮ７０Ｄ置換を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化５４】
2018522039.tif 000059
【化５５】
2018522039.tif 000060
【０３３０】
項目１９は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３／Ｎ７０Ｄ）−ｈＧ１Ｆｃ短のアミノ酸配列（配列番号４３）を示す。二重下線はＮ７０Ｄ置換を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化５６】
2018522039.tif 000061
【０３３１】
項目２０は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３／Ｎ７０Ｄ）−ｈＧ１Ｆｃ短をコードするヌクレオチド配列（配列番号４４）を示す。二重下線はＮ７０Ｄ置換を示す。点線の下線はリーダーを示し、実線の下線はリンカーを示す。
【化５７】
2018522039.tif 000062
【０３３２】
項目２１は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９／Ｄ１１０Ｋ）−ｈＧ２Ｆｃの成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号５３）を示す。二重下線はＤ１１０Ｋ置換を示す。一本線の下線はリンカーを示す。
【化５８】
2018522039.tif 000063
【０３３３】
項目２２は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５９／Ｄ１１０Ｋ）−ｈＧ１Ｆｃ短の成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号５４）を示す。二重下線はＤ１１０Ｋ置換を示す。一本線の下線はリンカーを示す。
【化５９】
2018522039.tif 000064
【０３３４】
項目２３は、ｈＴβＲＩＩ短（２９〜１５９）−ｈＧ２Ｆｃの成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号５５）を示す。一本線の下線はリンカーを示す。
【化６０】
2018522039.tif 000065
【０３３５】
項目２４は、ｈＴβＲＩＩ短（２９〜１５９）−ｈＧ１Ｆｃ短の成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号５６）を示す。一本線の下線はリンカーを示す。
【化６１】
2018522039.tif 000066
【０３３６】
項目２５は、ｈＴβＲＩＩ短（３５〜１５９）−ｈＧ２Ｆｃの成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号５７）を示す。一本線の下線はリンカーを示す。  
【化６２】
2018522039.tif 000067
【０３３７】
項目２６は、ｈＴβＲＩＩ短（３５〜１５９）−ｈＧ１Ｆｃ短の成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号５８）を示す。一本線の下線はリンカーを示す。
【化６３】
2018522039.tif 000068
【０３３８】
項目２７は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３）−ｈＧ２Ｆｃの成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号５９）を示す。一本線の下線はリンカーを示す。
【化６４】
2018522039.tif 000069
【０３３９】
項目２８は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３）−ｈＧ１Ｆｃ短の成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号６０）を示す。一本線の下線はリンカーを示す。  
【化６５】
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【０３４０】
項目２９は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３／Ｎ７０Ｄ）−ｈＧ２Ｆｃの成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号６１）を示す。二重下線はＮ７０Ｄ置換を示す。一本線の下線はリンカーを示す。
【化６６】
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【０３４１】
項目３０は、ｈＴβＲＩＩ短（２３〜１５３／Ｎ７０Ｄ）−ｈＧ１Ｆｃ短の成熟アミノ酸配列（即ち、リーダー配列なし）（配列番号６２）を示す。二重下線はＮ７０Ｄ置換を示す。一本線の下線はリンカーを示す。
【化６７】
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（実施例４）
ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ動物モデルにおけるＴβＲＩＩ−Ｆｃの影響
【０３４２】
骨髄増殖性障害は、一部には、血液細胞異常（例えば、血小板、白血球および赤血球の１または複数の異常レベル）を特徴とする状態の一群である。この群の障害は、真性赤血球増加症（ＰＶ）、本態性血小板血症（ＥＴ）および骨髄線維症（ＭＦ）を含む。近年、いくつかのグループが、ＰＶ、ＥＴおよびＭＦを有する患者において、主要な分子欠陥としてチロシンキナーゼＪＡＫ２の機能獲得型変異（ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ）を同定した［例えば、Ｋｒａｌｏｖｉｃｓら（２００５年）Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２００５年；３５２巻：１７７９〜１７９０頁］。変異は、ＪＡＫ２の構成的な活性化を生じ、それは、骨髄増殖性疾患の発症または悪化に関連付けられている。近年、ＪＡＫ２インヒビター（ルキソリチニブ）は、ＭＦおよびＰＶの処置に関して承認されている。
【０３４３】
ヒト新生物に非常に似ているＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ骨髄増殖性疾患モデルが開発された［Ｘｉｎｇら（２００８年）Ｂｌｏｏｄ  １１１巻：５１０９〜５１１７頁］。特に、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスは、若年時にヒトＰＶまたはＥＴに非常に似ている病理学を発症し、その疾患は、高齢に伴って進行して、骨髄線維症をもたらす。出願人らは、骨髄増殖性疾患のこのＪＡＫ２Ｖ６１７ＦモデルにおけるＴβＲＩＩ長−Ｆｃ融合タンパク質の影響を評価した。
【０３４４】
トランスジェニックＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異マウス［Ｘｉｎｇら（２００８年）Ｂｌｏｏｄ  １１１巻：５１０９〜５１１７頁に記載されるようなＡ株］および同齢の野生型（対照）マウス（Ｃ５７ＢＬ／６マウス）をこれらの研究において使用した。骨髄増殖性疾患の発症および進行を理解するために、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスにおける完全血球数および線維症の度合いを、様々な年齢で、対照動物から得られるデータと比較した。赤血球（ＲＢＣ）および血小板レベルは、２〜５ヵ月間の変異動物におけるレベルの増加の傾向を伴って、野生型と比較して全ての年齢でＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスにおいて上昇し、続いて８〜１４ヵ月間、段階的に減少した。線維症は、およそ５ヵ月で始まって、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスの骨髄で検出可能であり、それは、年齢とともに悪化した。ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスはまた、脾腫を示し、それもまた、年齢とともに悪化した。興味深いことに、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２および様々な骨代謝サイトカイン（例えば、ＯＰＧ、ＯＰＮ、ａＦＧＦおよびＴｒａｎｃｅ）の血清レベルは、より高齢のＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスより、より若いＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウス（およそ２〜５ヵ月齢）において上昇し、それはＲＢＣおよび血小板レベルにおいて観察された増加と一致する。これらのタンパク質のピーク血清レベルは、線維症の発症時（約５ヵ月）に観察された。同様に、炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ−６、ＩＬ−１ｂおよびＴＮＦα）は、より高齢で上昇した。したがって、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスは、初期（およそ２〜５ヵ月齢）でＰＶまたはＥＴ病理学を示し、それらが年を取るにつれ（およそ５〜８ヵ月齢後に）、ＭＦ病理学を発症する。
【０３４５】
ＴβＲＩＩ−Ｆｃ研究のために、処置を４ヵ月齢（それは、血清ＴＧＦβ１の上昇に相当するが、線維症の発症（およそ５ヵ月齢で）に先立っていた）で開始した。マウスを、３つの群の１つに配置した：ｉ）週に２度の１０ｍｇ／ｋｇの投薬スケジュールでの、上述するようなマウスＴβＲＩＩ長−Ｆｃ（ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ）によるＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスの処置；ｉｉ）週に２度のビヒクル（ＴＢＳ）によるＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスの処置、およびｉｉｉ）ビヒクル処置した野生型マウス（Ｃ５７ＢＬ／６マウス）。処置の６ヵ月後に、ビヒクル処置したＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスは、野生型マウスと比較して、ＲＢＣレベルの上昇（＋３７．１％、Ｐ＜０．００１）、血小板の上昇（＋７４．５％、Ｐ＜０．００１）および脾臓重量の増加（＋９．５倍、Ｐ＜０．００１）を示した。さらに、ビヒクル処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスからの骨髄切片（図４Ｂを参照のこと）から、野生型マウス（図４Ａを参照のこと）と比較して、重症の線維症が明らかとなった。ビヒクルと比較して、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ  ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスは、より少ないＲＢＣレベルの傾向が見られ（図５Ａを参照のこと）、フローサイトメトリー分析から、骨髄および脾臓試料においてＴｅｒ１１９＋赤血球前駆細胞のレベルの低減が明らかとなった（−１５％、Ｐ＜０．０５）。処置はまた、脾腫に対して著しい影響を有し、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスは、ビヒクル処置と比較して脾臓重量の低減（−２９％、Ｐ＜０．０１）を有し（図５Ｂ）、また線維症に対して著しい影響を有し、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスは、ビヒクル処置と比較した骨髄線維症（図４Ｃを参照のこと）および脾臓線維症（図６Ａおよび６Ｂを参照のこと）の低減を有した。線維症における低減と一致して、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスは、ビヒクル処置マウスと比較して、ＩＬ−６レベルの低減（−４８．９％、Ｐ＜０．０５）を示した。
【０３４６】
したがって、データにより、高い血清ＴＧＦβレベルが、このＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ疾患モデルにおける線維症の発症（およそ約５ヵ月齢）と相関していること、およびＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質による処置が、線維症および脾腫ならびに疾患と関連付けられる病的状態の低減（例えば、炎症性サイトカインのレベルの低減）をもたらすことが示される。総合すると、これらのデータは、ＴβＲＩＩ−Ｆｃポリペプチドが、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異から起こる疾患を処置する、または予防するのに使用され得ることを実証し、これは、かかる治療学が、骨髄増殖性障害（例えば、真性赤血球増加症、本態性血小板血症後骨髄線維症、ならびに原発性骨髄線維症、真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症）および他のヤヌスキナーゼ関連障害を処置するのに使用され得ることを示す。初期（例えば、脾腫および血液細胞レベルの上昇）および後期（例えば、線維症および炎症誘発性サイトカイン）疾患病理学に対する正の影響を考慮すると、ＴβＲＩＩ−Ｆｃポリペプチドは、ＰＶ、ＥＴおよびＭＦ患者の処置に特に十分に適し得る。例えば、ＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置は、ＰＶおよびＥＴ病理学を軽減し、ならびに線維症および他の後期疾患合併症の発症を予防する／遅延させる、またはそれらの重症度を低減させる。ＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置はまた、二次的な骨髄線維症疾患（真性赤血球増加症後骨髄線維症および本態性血小板血症）へのＰＶおよび／またはＥＴの移行を予防する／遅延させるのに有用であり得る。
（実施例５）
ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ動物モデルにおけるＴβＲＩＩ−Ｆｃおよびルキソリチニブの影響
【０３４７】
上述のトランスジェニックＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ変異マウスモデルをさらに使用して、骨髄線維症に対する、別々での、および組み合わせた、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃおよびルキソリチニブ（ｒｕｘ）の影響を比較した。実施例４と対照的に、この研究における処置は、１２ヵ月齢で開始し、それは、骨髄線維症の後期段階に相当し、ここでは、マウスは概して、より若いＪＡＫ２Ｖ６１７マウス（例えば、２〜５ヵ月齢）と比較して様々な組織（例えば、骨髄および脾臓）における線維症のレベルの増加、および赤血球レベルの低減を有する。マウスを、４つの群の１つに配置した：ｉ）週に２度のビヒクル（ＴＢＳ）によるＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスの処置；ｉｉ）週に２度の１０ｍｇ／ｋｇの投薬スケジュールでの、上述するようなｍＴβＲＩＩ−ＦｃによるＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスの処置；ｉｉｉ）１日に２度の６０ｍｇ／ｋｇの投薬スケジュールでの、ｒｕｘによるＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスの処置；ならびにｉｖ）週に２度の１０ｍｇ／ｋｇでのｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ、および毎日の６０ｍｇ／ｋｇでのｒｕｘによるＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスの処置。処置の３週後、単独の、またはｍＴβＲＩＩ−Ｆｃと組み合わせたｒｕｘ処置は、ビヒクル処置マウスと比較して、著しくＲＢＣレベルを低減させ、脾臓重量を低減させた（図７Ａおよび７Ｂを参照のこと）。ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置単独は、より高齢のＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆマウスにおいて、ＲＢＣレベルおよび脾臓重量に対してより適度な影響を有した。骨髄線維症もまた、処置の３週後に評価した。ｒｕｘおよびビヒクル処置マウスは、類似した高レベルの骨髄線維症を有し、それは、ｒｕｘがヒト患者において骨髄線維症を改善するようには見えないという観察と一致する（それぞれ、図８Ｂおよび図８Ａを参照のこと）。驚くべきことに、単独での、およびｒｕｘと組み合わせたｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置は、療法開始の３週後と少なくとも早期のうちに、骨髄線維症を低減させるようであり（それぞれ、図８Ｃおよび図８Ｄを参照のこと）、ｍＴβＲＩＩ−Ｆｃ処置が、進行性骨髄線維症を有する患者において線維性瘢痕を実際に逆戻りさせ得ることを示唆する。
【０３４８】
データによって実証されるように、骨髄線維症は、患者が、例えば、赤血球過形成、脾腫、増加した炎症性サイトカインレベル、および組織線維症を含む多くの種々の合併症に苦しんでいる複雑な疾患である。ｒｕｘは、骨髄線維症を処置するための現在承認されている治療学である。ｒｕｘは、脾腫を低減させることが示されている一方で、それは、例えば、骨髄線維症を含む疾患の他の合併症を処置しない。初期および後期骨髄線維症の両方の研究において、出願人らは、ＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質単独による処置は、組織線維症を減少させるのに使用され、骨髄増殖性疾患に対して他の正の影響（例えば、特に疾患のＰＶおよびＥＴ段階における、脾腫および血液細胞レベルの低減）を有し得ることを実証している。したがって、ＴβＲＩＩアンタゴニスト処置は、ｒｕｘによって影響を受けない骨髄線維症のある特定の合併症を処置することに対して有益な影響を有する。したがって、出願人らは、ＴβＲＩＩ−Ｆｃ融合タンパク質が、骨髄線維症ならびにヤヌスキナーゼ関連障害を処置するのに、単独療法として、ならびにｒｕｘとの併用療法として使用され得ることを実証している。さらに、これらのデータにより、ＴβＲＩＩアンタゴニストは、骨髄増殖性障害を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる際に、特にＭＦ、ＰＶおよび／またはＥＴの１または複数の合併症を処置する、予防する、またはその進行速度および／もしくは重症度を低減させる際に、様々な有益な影響を有し得ることが示唆される。
参照による組み込み
参照による組み込み
【０３４９】
本明細書で言及される全ての刊行物および特許は、各個々の刊行物または特許が参照により組み込まれることがあたかも具体的かつ個々に示されるかのように、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０３５０】
主題の具体的な実施形態が議論されてきたが、上記明細書は、例示的であって限定的ではない。多くのバリエーションが、本明細書および以下の特許請求の範囲の再検討により、当業者に明らかとなる。本発明の全範囲は、等価物のそれらの全範囲と共に特許請求の範囲を参照し、かかるバリエーションと共に明細書を参照することによって、決定されるべきである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４Ａ−４Ｃ】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８Ａ−８Ｄ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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