(57)【要約】以前に１つ以上の化学療法剤により処置されており、そのような化学療法剤に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった癌患者を処置するための組成物及び方法が本明細書中に開示されている。受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）の阻害薬に対して耐性を持つようになった患者の癌の処置に適した化合物を選択するための方法も開示されている。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の癌を処置するための方法であり、前記方法は、
ａ）前記患者からの生体サンプル中の１つ以上の分子改変の存在の情報を得ることであって、前記１つ以上の分子改変は、１つ以上の受容体チロシンキナーゼポリペプチド中の１つ以上の突然変異を含み、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼポリペプチドは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１から選択される、前記得ることと、
ｂ）前記癌の前記処置に適した化学療法剤を選択することと、
ｃ）治療有効量の前記選択された化学療法剤を前記患者に投与することと、
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記１つ以上の突然変異は、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼポリペプチドのキナーゼ触媒ドメインに１つ以上のアミノ酸置換を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、図１及び／または表１において保存残基と特定されたアミノ酸残基から選択されるアミノ酸残基、及び任意のそれらの組み合わせに対応する位置にある、請求項１から２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、
ａ）配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
ｂ）配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
ｃ）配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
ｄ）配列番号：７に記載のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに
ｅ）配列番号：９に記載のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１
から選択されるアミノ酸残基に対応する位置にある、請求項１から３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
前記患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった、請求項１から３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
前記選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩から成る群から選択される、請求項１から３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１から３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１から３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
前記情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、キナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる、請求項１から３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
前記分析アッセイは、前記受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の前記突然変異に対応する核酸領域を増幅し、前記増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記分析アッセイは、前記生体サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
前記情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる、請求項１から３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
前記アッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される、請求項１から４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
ａ）ｉ．配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
ｉｉ．配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
ｉｉｉ．配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
ｉｖ．配列番号：７に記載のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに
ｖ．配列番号：９に記載のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１；
から選択されるアミノ酸位置に１つ以上の突然変異を有する患者を特定することと、
ｂ）前記１つ以上の突然変異を有する前記患者を処置するのに適した化学療法剤を選択することと、
ｃ）治療有効量の前記選択された化学療法剤を前記患者に投与することと、
を含む、患者の癌を処置するための方法。
【請求項４７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項５２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項５４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項５８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項６０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項６２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項５５に記載の方法。
【請求項６３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項６４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項６３に記載の方法。
【請求項６７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項６８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項７０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項７２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項６５に記載の方法。
【請求項７３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項４６に記載の方法。
【請求項７４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項７３に記載の方法。
【請求項７６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項７３に記載の方法。
【請求項７７】
前記患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった、請求項４６から７４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７８】
前記選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩から成る群から選択される、請求項４６から７５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７９】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項４６から７８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８０】
前記生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項４６から７９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８１】
前記情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、キナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる、請求項４６から８０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８２】
前記分析アッセイは、前記受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の前記突然変異に対応する核酸領域を増幅し、前記増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項８１に記載の方法。
【請求項８４】
前記分析アッセイは、前記生体サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項８１に記載の方法。
【請求項８５】
前記情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる、請求項４６から８０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８６】
前記アッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体を含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される、請求項４６から８６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８８】
治療計画による処置に対する不応答性のリスクが増加していることが予測される、癌がある患者を選択するための方法であり、前記方法は、
ａ）前記患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、前記１つ以上の突然変異は、
ｉ．配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
ｉｉ．配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
ｉｉｉ．配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
ｉｖ．配列番号：７に記載のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに
ｖ．配列番号：９に記載のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１
から選択されるアミノ酸位置にある、前記得ることと、
ｂ）１つ以上の前記突然変異が前記生体サンプル中で検出された場合に、治療計画による処置に対する不応答性のリスクが増加していることが予測されると前記患者を選択すること、または
前記１つ以上の突然変異が前記生体サンプル中で検出されない場合に、治療計画による処置に対する不応答性のリスクが増加していないと予測されると前記患者を選択することと
を含み、
前記治療計画は、前記選択された患者に治療有効量の１つ以上の化学療法剤を投与することを含む、前記方法。
【請求項８９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項９２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項９４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項８９に記載の方法。
【請求項９５】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項９６】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項９５に記載の方法。
【請求項９８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項９５に記載の方法。
【請求項９９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項１００】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項１０２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項１０４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項９７に記載の方法。
【請求項１０５】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項１０６】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項１１０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項１１２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項１１４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１１５】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項８８に記載の方法。
【請求項１１６】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１９】
前記患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった、請求項８８から１１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２０】
前記選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩から成る群から選択される、請求項８８から１１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２１】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項８８から１２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２２】
前記生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項８８から１２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２３】
前記情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、キナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる、請求項８８から１２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２４】
前記分析アッセイは、前記受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の前記突然変異に対応する核酸領域を増幅し、前記増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２６】
前記分析アッセイは、前記生体サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２７】
前記情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる、請求項８８から１２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２８】
前記アッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体を含む、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
前記選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される、請求項８８から１２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３０】
前記１つ以上の化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩である、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
前記治療計画による処置に対して不応答性のリスクが増加していると選択された前記患者を処置することをさらに含む、請求項８８から１３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３２】
前記処置することは、１つ以上の前記突然変異を有する患者を処置するのに適した療法剤を前記患者に投与することを含む、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
前記処置することは、複数の受容体チロシンキナーゼに対して効果的な療法剤を前記患者に投与することを含む、請求項１３１から１３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３４】
受容体チロシンキナーゼの１つ以上の突然変異の結果として生じた前記受容体チロシンキナーゼの阻害薬に対して耐性を持つようになった患者の癌の処置に適した化合物を特定するための方法であり、前記方法は、
ａ）前記患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、前記１つ以上の突然変異は、
ｉ．配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
ｉｉ．配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
ｉｉｉ．配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
ｉｖ．配列番号：７に記載のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに
ｖ．配列番号：９に記載のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１
から選択されるアミノ酸位置にある、前記得ることと、
ｂ）１つ以上の前記突然変異を有する前記受容体チロシンキナーゼを阻害する前記化合物の能力を判定することと、
ｃ）前記化合物が１つ以上の前記突然変異を有する前記受容体チロシンキナーゼを阻害する場合に、前記患者の処置に適していると化合物を特定することと、
を含む、前記方法。
【請求項１３５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４０】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１４１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１４９】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５０】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１５１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項１５５に記載の方法。
【請求項１５７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項１５７に記載の方法。
【請求項１５９】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１６０】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１６１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１６２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６５】
前記患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった、請求項１３４から１６２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６６】
前記選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩から成る群から選択される、請求項１３４から１６３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６７】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１３４から１６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６８】
前記生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１３４から１６７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６９】
前記情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、キナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる、請求項１３４から１６８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７０】
前記分析アッセイは、前記受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の前記突然変異に対応する核酸領域を増幅し、前記増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７１】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７２】
前記分析アッセイは、前記生体サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７３】
前記情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる、請求項１３４から１６８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７４】
前記アッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体を含む、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７５】
前記選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される、請求項１３４から１７４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７６】
前記１つ以上の化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩である、請求項１７５に記載の方法。
【請求項１７７】
前記治療計画による処置に対して不応答性のリスクが増加していると選択された前記患者を処置することをさらに含む、請求項１３４から１７６に記載の方法。
【請求項１７８】
前記処置することは、１つ以上の前記突然変異を有する患者を処置するのに適した療法剤を前記患者に投与することを含む、請求項１７７に記載の方法。
【請求項１７９】
前記処置することは、複数の受容体チロシンキナーゼに対して効果的な療法剤を前記患者に投与することを含む、請求項１７７から１７８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８０】
癌がある患者のために処置計画を選択するための方法であり、前記方法は、
ａ）前記患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、前記１つ以上の突然変異は、
ｉ．配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
ｉｉ．配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
ｉｉｉ．配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
ｉｖ．配列番号：７に記載のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに
ｖ．配列番号：９に記載のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１；
から選択されるアミノ酸位置にある、前記得ることと、
ｂ）１つ以上の前記突然変異が前記生体サンプルに存在するかどうかに基づいて前記患者のために適切な処置計画を選択することと、
を含む、前記方法。
【請求項１８１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１８２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項１８１に記載の方法。
【請求項１８３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１８４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項１８３に記載の方法。
【請求項１８５】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１８６】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項１８１に記載の方法。
【請求項１８７】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１８８】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１８９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１９０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項１８７に記載の方法。
【請求項１９１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１９２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項１９１に記載の方法。
【請求項１９３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１９４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項１９３に記載の方法。
【請求項１９５】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１９６】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項１８９に記載の方法。
【請求項１９７】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項１９８】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項１９７に記載の方法。
【請求項１９９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項１９７に記載の方法。
【請求項２００】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項１９７に記載の方法。
【請求項２０１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項２０２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項２０１に記載の方法。
【請求項２０３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項２０４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項２０３に記載の方法。
【請求項２０５】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項２０６】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項１９９に記載の方法。
【請求項２０７】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項１８０に記載の方法。
【請求項２０８】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２０９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２１０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項２０７に記載の方法。
【請求項２１１】
前記患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった、請求項１８０から２０８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１２】
前記選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩から成る群から選択される、請求項１８０から２０９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１３】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１８０から２１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１４】
前記生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１８０から２１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１５】
前記情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、キナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる、請求項１８０から２１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１６】
前記分析アッセイは、前記受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の前記突然変異に対応する核酸領域を増幅し、前記増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである、請求項２１５に記載の方法。
【請求項２１７】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項２１５に記載の方法。
【請求項２１８】
前記分析アッセイは、前記生体サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項２１５に記載の方法。
【請求項２１９】
前記情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる、請求項１８０から２１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２０】
前記アッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体を含む、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２１】
前記選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される、請求項１８０から２２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２２】
前記１つ以上の化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩である、請求項２２１に記載の方法。
【請求項２２３】
前記治療計画による処置に対して不応答性のリスクが増加していると選択された前記患者を処置することをさらに含む、請求項１８０から２２１に記載の方法。
【請求項２２４】
前記処置することは、１つ以上の前記突然変異を有する患者を処置するのに適した療法剤を前記患者に投与することを含む、請求項２２３に記載の方法。
【請求項２２５】
前記処置することは、複数の受容体チロシンキナーゼに対して効果的な療法剤を前記患者に投与することを含む、請求項２２３から２２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２６】
癌がある患者のための処置計画の予後を予測するための方法であり、前記方法は、前記患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、前記１つ以上の突然変異は、
ｉ．配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
ｉｉ．配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
ｉｉｉ．配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
ｉｖ．配列番号：７に記載のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに
ｖ．配列番号：９に記載のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１；
から選択されるアミノ酸位置にある、前記得ることを含み、
前記生体サンプル中の１つ以上の前記突然変異の存在は、前記処置計画に対する前記患者の不応答性が増加していることを示す、前記方法。
【請求項２２７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２２８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項２２７に記載の方法。
【請求項２２９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２３０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項２２９に記載の方法。
【請求項２３１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２３２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項２２７に記載の方法。
【請求項２３３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２３４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項２３３に記載の方法。
【請求項２３５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項２３３に記載の方法。
【請求項２３６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項２３３に記載の方法。
【請求項２３７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２３８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項２３７に記載の方法。
【請求項２３９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２４０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項２３９に記載の方法。
【請求項２４１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２４２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項２３５に記載の方法。
【請求項２４３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２４４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項２４３に記載の方法。
【請求項２４５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項２４３に記載の方法。
【請求項２４６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項２４３に記載の方法。
【請求項２４７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２４８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項２４７に記載の方法。
【請求項２４９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２５０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項２４９に記載の方法。
【請求項２５１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２５２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項２４５に記載の方法。
【請求項２５３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項２２６に記載の方法。
【請求項２５４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項２５３に記載の方法。
【請求項２５５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項２５３に記載の方法。
【請求項２５６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項２５３に記載の方法。
【請求項２５７】
前記患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった、請求項２２６から２５４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５８】
前記選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩から成る群から選択される、請求項２２６から２５５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５９】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項２２６から２５８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６０】
前記生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項２２６から２５９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６１】
前記情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、キナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる、請求項２２６から２６０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６２】
前記分析アッセイは、前記受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の前記突然変異に対応する核酸領域を増幅し、前記増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである、請求項２６１に記載の方法。
【請求項２６３】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項２６１に記載の方法。
【請求項２６４】
前記分析アッセイは、前記生体サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項２６１に記載の方法。
【請求項２６５】
前記情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる、請求項２２６から２６０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６６】
前記アッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体を含む、請求項２６５に記載の方法。
【請求項２６７】
前記選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される、請求項２２６から２６６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６８】
癌腫瘍がある患者を処置するための方法であり、前記方法は、
ａ）前記患者の腫瘍サンプル中の突然変異Ｔｒｋタンパク質をコードする核酸の存在を判定することであって、前記突然変異Ｔｒｋタンパク質の突然変異は、
ｉ．配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
ｉｉ．配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
ｉｉｉ．配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
ｉｖ．配列番号：７に記載のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに
ｖ．配列番号：９に記載のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１；
から選択されるアミノ酸位置に少なくとも１つの突然変異を含む、前記判定することと、
ｂ）前記腫瘍の処置に適したＴｒｋ阻害薬を選択することと、
ｃ）前記Ｔｒｋ阻害薬を前記患者に投与することと、
を含む、前記方法。
【請求項２６９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２７０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項２６９に記載の方法。
【請求項２７１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２７２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項２７１に記載の方法。
【請求項２７３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２７４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項２６９に記載の方法。
【請求項２７５】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２７６】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項２７５に記載の方法。
【請求項２７７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項２７５に記載の方法。
【請求項２７８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項２７５に記載の方法。
【請求項２７９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２８０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項２７９に記載の方法。
【請求項２８１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２８２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項２８１に記載の方法。
【請求項２８３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２８４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項２７７に記載の方法。
【請求項２８５】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２８６】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項２８５に記載の方法。
【請求項２８７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項２８５に記載の方法。
【請求項２８８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項２８５に記載の方法。
【請求項２８９】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２９０】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項２８９に記載の方法。
【請求項２９１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２９２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項２９１に記載の方法。
【請求項２９３】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２９４】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項２８７に記載の方法。
【請求項２９５】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項２６８に記載の方法。
【請求項２９６】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項２９５に記載の方法。
【請求項２９７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項２９５に記載の方法。
【請求項２９８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項２９５に記載の方法。
【請求項２９９】
前記患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった、請求項２６８から２９６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３００】
前記選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩から成る群から選択される、請求項２６８から２９７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０１】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項２６８から３００のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０２】
前記生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項２６８から３０１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０３】
前記情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、キナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる、請求項２６８から２９６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０４】
前記分析アッセイは、前記受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の前記突然変異に対応する核酸領域を増幅し、前記増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである、請求項３０３に記載の方法。
【請求項３０５】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項３０３に記載の方法。
【請求項３０６】
前記分析アッセイは、前記生体サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項３０３に記載の方法。
【請求項３０７】
前記情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる、請求項２６８から２９６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０８】
前記アッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体を含む、請求項３０７に記載の方法。
【請求項３０９】
前記選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される、請求項２６８から３０８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１０】
癌腫瘍がある患者を処置する方法であって、前記癌腫瘍は突然変異Ｔｒｋ遺伝子を含み、前記癌腫瘍内の前記突然変異Ｔｒｋ遺伝子は、Ｔｒｋ阻害薬による処置に対して耐性または獲得耐性を示し、前記方法は、任意に放射線療法、放射免疫療法及び／または手術による腫瘍切除と組み合わせて、前記突然変異Ｔｒｋ遺伝子によってコードされるポリペプチドに対して有効な治療有効量のＴｒｋ阻害薬を、それを必要とする患者に投与することを含む、前記方法。
【請求項３１１】
ａ）Ｔｒｋ突然変異を有する癌がある患者を選択するステップと、
ｂ）前記患者に１つ以上の前記Ｔｒｋ突然変異に対して有効な阻害薬を投与するステップと
を含む、患者の癌を処置する方法。
【請求項３１２】
癌腫瘍がある患者を処置するための方法であり、前記方法は、
ａ）前記患者からの腫瘍サンプル中の突然変異Ｔｒｋタンパク質の存在を判定することであって、前記突然変異Ｔｒｋタンパク質の突然変異は、
ｉ．配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
ｉｉ．配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
ｉｉｉ．配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
ｉｖ．配列番号：７に記載のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに
ｖ．配列番号：９に記載のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１；
から選択されるアミノ酸位置に少なくとも１つの突然変異を含む、前記判定することと、
ｂ）前記腫瘍の処置に適したＴｒｋ阻害薬を選択することと、
ｃ）前記Ｔｒｋ阻害薬を前記患者に投与することと、
を含む、前記方法。
【請求項３１３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３１４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項３１３に記載の方法。
【請求項３１５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３１６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項３１５に記載の方法。
【請求項３１７】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３１８】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項３１３に記載の方法。
【請求項３１９】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３２０】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項３１９に記載の方法。
【請求項３２１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項３１９に記載の方法。
【請求項３２２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項３１９に記載の方法。
【請求項３２３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３２４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項３２３に記載の方法。
【請求項３２５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３２６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項３２５に記載の方法。
【請求項３２７】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３２８】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項３２１に記載の方法。
【請求項３２９】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３３０】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項３２９に記載の方法。
【請求項３３１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項３２９に記載の方法。
【請求項３３２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項３２９に記載の方法。
【請求項３３３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３３４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項３３３に記載の方法。
【請求項３３５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３３６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項３３５に記載の方法。
【請求項３３７】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３３８】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項３３１に記載の方法。
【請求項３３９】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項３１２に記載の方法。
【請求項３４０】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項３３９に記載の方法。
【請求項３４１】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項３３９に記載の方法。
【請求項３４２】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項３３９に記載の方法。
【請求項３４３】
前記患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった、請求項３１２から３４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４４】
前記選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩から成る群から選択される、請求項３１２から３４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４５】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項３１２から３４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４６】
前記生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項３１２から３４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４７】
前記情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、キナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる、請求項３１２から３４６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４８】
前記分析アッセイは、前記受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の前記突然変異に対応する核酸領域を増幅し、前記増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである、請求項３４７に記載の方法。
【請求項３４９】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項３４７に記載の方法。
【請求項３５０】
前記分析アッセイは、前記生体サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項３４７に記載の方法。
【請求項３５１】
前記情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる、請求項３１２から３４６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５２】
前記アッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体を含む、請求項３５１に記載の方法。
【請求項３５３】
前記選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される、請求項３１２から３５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５４】
癌腫瘍がある患者を処置するための方法であり、前記方法は、
ａ）前記患者からの腫瘍サンプル中のＴｒｋタンパク質をコードするＤＮＡ配列中に１つ以上の突然変異の存在を判定することであって、前記１つ以上の突然変異は、
ｉ．配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
ｉｉ．配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
ｉｉｉ．配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
ｉｖ．配列番号：７に記載のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに
ｖ．配列番号：９に記載のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１；
から選択されるアミノ酸残基に対応する位置にある、前記判定することと、
ｂ）前記腫瘍の処置に適したＴｒｋ阻害薬を選択することと、
ｃ）前記Ｔｒｋ阻害薬を前記患者に投与することと
を含む、前記方法。
【請求項３５５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３５６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項３５５に記載の方法。
【請求項３５７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３５８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項３５７に記載の方法。
【請求項３５９】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３６０】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項３５５に記載の方法。
【請求項３６１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３６２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項３６１に記載の方法。
【請求項３６３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項３６１に記載の方法。
【請求項３６４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項３６１に記載の方法。
【請求項３６５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３６６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項３６５に記載の方法。
【請求項３６７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３６８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項３６７に記載の方法。
【請求項３６９】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３７０】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項３６３に記載の方法。
【請求項３７１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３７２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項３７１に記載の方法。
【請求項３７３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項３７１に記載の方法。
【請求項３７４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項３７１に記載の方法。
【請求項３７５】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３７６】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項３７５に記載の方法。
【請求項３７７】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３７８】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項３７７に記載の方法。
【請求項３７９】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３８０】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項３７３に記載の方法。
【請求項３８１】
前記１つ以上の突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項３５４に記載の方法。
【請求項３８２】
前記１つ以上の突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項３８１に記載の方法。
【請求項３８３】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項３８１に記載の方法。
【請求項３８４】
前記１つ以上のアミノ酸置換は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項３８１に記載の方法。
【請求項３８５】
前記患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、前記１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった、請求項３５４から３８２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８６】
前記選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または任意の薬学的に許容されるその塩から成る群から選択される、請求項３５４から３８３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８７】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項３５４から３８６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８８】
前記生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項３５４から３８７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８９】
前記情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、キナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる、請求項３５４から３８８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９０】
前記分析アッセイは、前記受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の前記突然変異に対応する核酸領域を増幅し、前記増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである、請求項３８９に記載の方法。
【請求項３９１】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項３８９に記載の方法。
【請求項３９２】
前記分析アッセイは、前記生体サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項３８９に記載の方法。
【請求項３９３】
前記情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる、請求項３５４から３８８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９４】
前記アッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体を含む、請求項３９３に記載の方法。
【請求項３９５】
前記選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される、請求項３５４から３９４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９６】
Ｔｒｋ突然変異を持つ患者の癌を処置するための方法であって、前記患者は、少なくとも１つのＴｒｋ阻害薬に対して耐性を持つようになっており、前記患者に複数の受容体チロシンキナーゼに対して効果的な有効量の１つ以上の阻害薬を投与することを含む、前記方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、２０１５年５月２９日に出願された米国仮特許出願第６２／１６８，２３７号、及び２０１６年３月１７日に出願された米国仮特許出願第６２／３０９，９００号に対する優先権を主張するものである。上記参照出願の内容は、明白にその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表の組み込み
添付の配列表のデータが参照により本出願に組み込まれる。名称ＩＧＮＹＴ．０５１ＷＯ＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｌｉｓｔｉｎｇの添付の配列表テキストファイルは、２０１６年５月５日に作成され、６９ＫＢである。このファイルは、Ｗｉｎｄｏｗｓ  ＯＳを使用するコンピュータでＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｗｏｒｄを使用して評価することができる。
【０００３】
分野
本開示は、癌患者、例えば、以前に１つ以上の化学療法剤により処置されており、１つ以上の化学療法剤に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった癌患者を処置するための組成物及び方法に関する。
【背景技術】
【０００４】
このセクションに記載されているこの資料は、このセクションに含めることにより先行技術であると認めるものではない。
【０００５】
特に、抗癌剤の組み合わせを用いた癌化学療法が、手術または放射線により処置できない非局在化した腫瘍に最適な処置にますますなってきている。しかしながら、多くの場合、癌は、これらの選択された化学療法剤に対して耐性を獲得し、最終的に処置に抵抗性になる。結果として、一部の患者は、短期間の後にも再発し、第２過程の化学療法に応答しない。
【０００６】
進行する薬物耐性の基となる原因は、概して自然発生的な遺伝子の突然変異に関係し、これは、全生細胞において生じる。この突然変異は遺伝性であり、次の世代に伝わる場合もある。癌細胞集団を含むあらゆる細胞集団において、与えられた任意の薬物に耐性のある突然変異体が、およそ１０５細胞に１つから１０８細胞に１つの間の頻度で生じる。これは非常にまれな事象ではあるが、化学療法の予後に大きな影響を与える可能性がある。
【０００７】
したがって、適切な診断検査を開発することができ、さらに効果的な処置を提供することができるよう、そのような耐性の基となる原因を突き止めることが必要である。さらに、現在のチロシンキナーゼ阻害薬に対する初期の応答にもかかわらず癌進行または再発を示す患者を処置することができる新規の化合物に対するニーズがある。
【発明の概要】
【０００８】
このセクションは、本開示の一般的な概要を提供し、その完全な範囲またはその特徴のすべてを包含するものではない。
【０００９】
一態様において、本明細書中において患者の癌を処置するための方法が開示され、本方法は、（ａ）患者からの生体サンプル中の１つ以上の分子改変の存在の情報を得ることであって、１つ以上の分子改変は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１から選択される１つ以上の受容体チロシンキナーゼポリペプチドに１つ以上の突然変異を含む、得ることと；（ｂ）癌の処置に適した化学療法剤を選択することと；（ｃ）治療有効量の選択された化学療法剤を患者に投与することとを含む。
【００１０】
本明細書中において開示されている方法の実施態様は、１つ以上の以下の特徴を含んでもよい。いくつかの実施形態において、１つ以上の突然変異は、１つ以上の受容体チロシンキナーゼポリペプチドのキナーゼ触媒ドメインに１つ以上のアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、図１及び／または表１において保存残基と特定されたアミノ酸残基から選択されるアミノ酸残基、ならびに任意のその組み合わせに対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１８、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及びＧ１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及びＧ２１０１から選択されるアミノ酸残基に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置におけるＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５８９Ｌ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置におけるＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置におけるＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置におけるＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置におけるＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置におけるＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置におけるＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置におけるＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置におけるＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置におけるＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置におけるＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置におけるＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である。
【００１１】
いくつかの実施形態において、患者は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、本明細書中に記載されている１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった。
【００１２】
いくつかの実施形態において、選択される化学療法剤は、エントレクチニブ、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、レバスチニブ、Ｃｏｍｐｏｕｎｄ  ２、及び任意の薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される。
【００１３】
いくつかの実施形態において、癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、及び乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態において、患者からの生体サンプルとしては、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【００１４】
いくつかの実施形態において、１つ以上の分子改変の存在の情報は、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、及びキナーゼ活性アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイから得られる。いくつかの実施形態において、分析アッセイは、受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の突然変異に対応する核酸領域を増幅し、増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子中の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって突然変異をコードする核酸配列が検出される電気泳動移動度アッセイである。いくつかの実施形態において、分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである。いくつかの実施形態において、分析アッセイは、生体サンプルからの核酸を、１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである。
【００１５】
いくつかの実施形態において、１つ以上の分子改変の存在の情報は、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、及びマルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせから選択される抗体ベースのアッセイから得られる。いくつかの実施形態において、抗体ベースのアッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上に特異的に結合する１つ以上の抗体を含む。
【００１６】
いくつかの実施形態において、選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される。
【００１７】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、患者の癌を処置するための方法に関し、本方法は、（ａ）配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置に１つ以上の突然変異を有する患者を特定することと；（ｂ）前記１つ以上の突然変異を有する前記患者を処置するのに適した化学療法剤を選択することと；（ｃ）治療有効量の選択された化学療法剤を患者に投与することとを含む。
【００１８】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、治療計画による処置に対する不応答性のリスクが増加していることが予測される癌がある患者を選択するための方法に関し、本方法は、（ａ）前記患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、１つ以上の突然変異は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置にある、得ることと；（ｂ）１つ以上の前記突然変異が生体サンプル中で検出された場合に、治療計画による処置に対する不応答性のリスクが増加していることが予測されると患者を選択すること、または前記１つ以上の突然変異が生体サンプル中で検出されない場合に、治療計画による処置に対する不応答性のリスクが増加していないと予測されると患者を選択することであって、治療計画は、前記選択された患者に治療有効量の１つ以上の化学療法剤を投与することを含む、選択することとを含む。いくつかの実施形態において、１つ以上の化学療法剤は、エントレクチニブ、レバスチニブ、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、スタウロスポリン、もしくはＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または薬学的に許容されるその塩である。いくつかの実施形態において、本方法は、治療計画による処置に対する不応答性のリスクが増加していると選択された患者を処置することをさらに含む。いくつかの実施形態において、処置することは、１つ以上の突然変異を有する患者を処置するのに適した療法剤を患者に投与することを含む。いくつかの実施形態において、処置することは、複数の受容体チロシンキナーゼに対して効果的な療法剤を前記患者に投与することを含む。
【００１９】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、受容体チロシンキナーゼの１つ以上の突然変異の結果として生じた受容体チロシンキナーゼの阻害薬に対する耐性を持つようになった患者の癌の処置に適した化合物を特定するための方法に関し、本方法は、（ａ）前記患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、１つ以上の突然変異は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置にある、得ることと；（ｂ）１つ以上の突然変異を有する受容体チロシンキナーゼを阻害する化合物の能力を判定することと；（ｃ）化合物が１つ以上の突然変異を有する受容体チロシンキナーゼを阻害する場合に、患者の処置に適していると化合物を特定することとを含む。
【００２０】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌がある患者のための処置計画を選択するための方法に関し、本方法は、（ａ）患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、１つ以上の突然変異は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置にある、得ることと；（ｂ）１つ以上の突然変異が生体サンプル中に存在するかどうかに基づいて患者のために適切な処置計画を選択することとを含む。
【００２１】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌がある患者のための処置計画の予後を予測するための方法に関し、本方法は、（ａ）患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、１つ以上の突然変異は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置にあり、生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在は、処置計画に対する患者の不応答性の増加を示す、得ることを含む。
【００２２】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌腫瘍がある患者を処置するための方法に関し、本方法は、（ａ）前記患者の腫瘍サンプル中の突然変異Ｔｒｋタンパク質をコードする核酸の存在を判定することであって、前記突然変異Ｔｒｋタンパク質の突然変異は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置に少なくとも１つの突然変異を含む、判定することと；（ｂ）前記腫瘍の処置に適したＴｒｋ阻害薬を選択することと；（ｃ）前記Ｔｒｋ阻害薬を患者に投与することとを含む。
【００２３】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌腫瘍がある患者を処置するための方法に関し、癌腫瘍は突然変異Ｔｒｋ遺伝子を含み、癌腫瘍内の突然変異Ｔｒｋ遺伝子は、Ｔｒｋ阻害薬による処置に対して耐性または獲得耐性を示す。本方法は、任意に放射線療法、放射免疫療法及び／または手術による腫瘍切除と組み合わせて、突然変異Ｔｒｋ遺伝子によってコードされるポリペプチドに対して有効な治療有効量のＴｒｋ阻害薬をそれを必要とする患者に投与することを含む。
【００２４】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、患者の癌を処置するための方法であって、（ａ）Ｔｒｋ突然変異を有する癌がある患者を選択するステップと、（ｂ）患者に１つ以上の前記Ｔｒｋ突然変異に対して有効な阻害薬を投与するステップとを含む方法に関する。
【００２５】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌腫瘍がある患者を処置するための方法に関し、本方法は、（ａ）患者からの腫瘍サンプル中のＴｒｋタンパク質をコードするＤＮＡ配列中の１つ以上の突然変異の存在を判定することであって、１つ以上の突然変異は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸残基に対応する位置にある、判定することと；（ｂ）腫瘍の処置に適したＴｒｋ阻害薬を選択することと、（ｃ）Ｔｒｋ阻害薬を患者に投与することとを含む。
【００２６】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、Ｔｒｋ突然変異を持つ患者の癌を処置するための方法に関し、前記対照は、少なくとも１つのＴｒｋ阻害薬に対して耐性を持つようになっており、前記患者に複数の受容体チロシンキナーゼに対して効果的な有効量の１つ以上の阻害薬を投与することを含む。
【００２７】
前述の概要は、説明のためのものに過ぎず、決して限定する意図はない。上記の例となる態様、選択肢、及び特徴に加えて、図及び以下の詳細な説明及び請求項から本開示のさらなる態様、選択肢、対象物及び特徴が完全に明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００２８】
【図１】ヒト受容体チロシンキナーゼＴｒｋＡ（ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿００２５２０．２；配列番号：１）、ＴｒｋＢ（ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿００６１７１．２；配列番号：３）、ＴｒｋＣ（ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿００１０１２３３８．１；配列番号：５）、ＡＬＫ（ＮＣＢＩ受託番号ＮＭ＿００４３０４．４；配列番号：７）、及びＲＯＳ（ＮＣＢＩ受託番号ＮＰ＿００２９３５．２；配列番号：９）のキナーゼドメインのアライメントである。図１の配列アライメントは、デフォルト設定でプログラムＣＬＵＳＴＡＬ  ２．１を使用して生成された。それぞれのアライメントされた配列のアミノ酸の番号付けは、対応する配列番号によって示される完全長ポリペプチド配列を基準とする。本明細書に示されるアライメント図において、アライメントされた配列中のダッシュは、ギャップ、すなわち、その位置にアミノ酸がないことを表す。以下に詳細に述べられるとおり、高度に保存されたいくつかの保存アミノ酸残基及びポリペプチドモチーフがこの配列比較解析から特定された。それぞれのアライメントされた配列のキナーゼドメインに対応するアミノ酸残基は、小括弧の間に示される。アスタリスクは、アライメントされた配列間の同一の保存アミノ酸を特定する。囲まれた文字は、ＴｒｋＡの保存Ｖ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５、及びＧ６６７残基に対応するアライメントされた配列内のアミノ酸残基を特定する。
【図２】実施例のセクションに記載されている実験に使用されている細胞株の一部の簡潔な説明である。
【図３】阻害薬耐性細胞株を作製するための方策及びその後の特徴づけの略図である。
【図４】エントレクチニブ耐性ＫＭ１２細胞の選択に関する典型的なスキームを説明する。
【図５】セットＡのＫＭ１２細胞を３日間増加させた０〜３０ｎＭのエントレクチニブを含む培地において増殖させた本明細書の実施例のセクションに記載されている増殖阻害試験から得られた結果のグラフによる概要である。
【図６】ＫＭ１２細胞を漸増濃度のエントレクチニブを含む培地において４週間増殖させた本明細書の実施例のセクションに記載されている増殖阻害試験から得られた結果のグラフによる概要である。
【図７】実施例４に記載されているセットＢのＫＭ１２細胞プールは、ＴｒｋＡキナーゼドメインの位置Ｇ５９５（Ｇ５９５Ｒ）及びＧ６６７（Ｇ６７７Ｃ）に２つの点突然変異を持っていることがわかったことを示すシークエンシング結果である。
【図８】エントレクチニブ耐性ＢａＦ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ細胞の選択に関する典型的なスキームを説明する。
【図９】２週間の選択後に１０ｎＭのエントレクチニブに対して耐性を持つようになったＢａＦ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ細胞プールの確立を説明する。
【図１０】実施例４に詳細に記載されているセットＢのＫＭ１２細胞のエントレクチニブに対する感受性の低下のグラフによる説明である。
【図１１Ａ】増殖阻害試験から得られた結果のグラフによる説明であり、１０ｎＭエントレクチニブ耐性Ｂａｆ３−ｔｒｋＡ（Ａ）細胞プールが親細胞と比較して１００倍超高いＩＣ５０を示したことを示す。
【図１１Ｂ】増殖阻害試験から得られた結果のグラフによる説明であり、１０ｎＭエントレクチニブ耐性Ｂａｆ３−ｔｒｋＡ（Ａ）細胞プールが親細胞と比較して１００倍超高いＩＣ５０を示したことを示す。
【図１２Ａ】１０ｎＭ−耐性Ｂａｆ３−ｔｒｋＡ細胞プールからのエントレクチニブの除去は、耐性表現型に影響を及ぼさなかったことを示す。この図には、これらの細胞における典型的なＲＴＫ阻害薬の阻害活性の一部も示される。
【図１２Ｂ】１０ｎＭ−耐性Ｂａｆ３−ｔｒｋＡ細胞プールからのエントレクチニブの除去は、耐性表現型に影響を及ぼさなかったことを示す。この図には、これらの細胞における典型的なＲＴＫ阻害薬の阻害活性の一部も示される。
【図１２Ｃ】１０ｎＭ−耐性Ｂａｆ３−ｔｒｋＡ細胞プールからのエントレクチニブの除去は、耐性表現型に影響を及ぼさなかったことを示す。この図には、これらの細胞における典型的なＲＴＫ阻害薬の阻害活性の一部も示される。
【図１２Ｄ】１０ｎＭ−耐性Ｂａｆ３−ｔｒｋＡ細胞プールからのエントレクチニブの除去は、耐性表現型に影響を及ぼさなかったことを示す。この図には、これらの細胞における典型的なＲＴＫ阻害薬の阻害活性の一部も示される。
【図１２Ｅ】１０ｎＭ−耐性Ｂａｆ３−ｔｒｋＡ細胞プールからのエントレクチニブの除去は、耐性表現型に影響を及ぼさなかったことを示す。この図には、これらの細胞における典型的なＲＴＫ阻害薬の阻害活性の一部も示される。
【図１３】実施例４及び５に記載されているＴｒｋＡのキナーゼドメインの最初のＲＴ−ＰＣＲ及びシークエンシング解析の結果の概要である。
【図１４】エントレクチニブ−１０ｎＭ耐性ＢａＦ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ細胞中のＴｒｋＡキナーゼドメイン（エクソン１４）におけるＧ→Ａ置換を示す。対照として、この図は、セットＡの１００ｎＭエントレクチニブ処理ＫＭ１２細胞プールのＴｒｋＡ配列が野生型配列を持っていたことも示す。Ｇ→Ａ単一塩基置換が示されている（囲まれている）。
【図１５】配列解析実験の概要であり、これは、エントレクチニブ耐性ＢａＦ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ−１０ｎＭＡ細胞にＧ５９５Ｒ突然変異の存在を確認した。Ｇ→Ａ単一塩基置換が示されている（囲まれている）。
【図１６】ＴｒｋＡタンパク質のＧ５９５及びＧ６６７Ｃ置換が、エントレクチニブがＴｒｋポリペプチドのＡＴＰポケットと結合するのを妨げることを示すＴｒｋＡキナーゼドメインの三次元モデリングを示す。
【図１７】Ｇ１２０２置換が、エントレクチニブがＡＬＫポリペプチドのＡＴＰポケットと結合するのを妨げることを示すＡＬＫキナーゼドメインの三次元モデリングを示し、これは、それぞれＴｒｋＡ及びＲＯＳ１におけるＧ５９５Ｒ及びＧ２０３２Ｒ置換と類似している。
【図１８】実施例４及び５に記載されているとおりの、ＫＭ１２及びＢａＦ３−ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞株のＴｒｋＡのキナーゼドメインの２回目のＲＴ−ＰＣＲ及びシークエンシング解析の結果の概要である。
【図１９】配列解析実験から得た結果の概要であり、これは、ＫＭ１２セットＢ及びＢａＦ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ−１２ｎＭエントレクチニブ耐性プールのエクソン１５に追加のＧ６６７Ｃ突然変異を特定した。
【図２０】ＫＭ１２細胞プールのＤＮＡサンプルがＧ５９５Ｒ及びＧ６６７Ｃの両突然変異に関するきれいなシークエンシングデータを示すシークエンシングクロマトグラムであり、これは、プールがクローン細胞由来であることを示唆する。Ｇ→Ｔ単一塩基置換が示されている（囲まれている）。
【図２１】エントレクチニブ−１２ｎＭエントレクチニブ耐性ＢａＦ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ細胞のＤＮＡサンプルがＧ６６７Ｃ突然変異に関してＧ及びＴの混合物を含むことを示すシークエンシングクロマトグラムである。
【図２２】ＢａＦ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ−１２ｎＭＡ２及び１２ｎＭＢ３プールのサブクローニングに関する典型的なスキームを示す。
【図２３】上記図２２に記載されているサブクローニング実験由来の１２の単離クローンのシークエンシング解析から得られた結果の概要である。
【図２４】実施例のセクションに記載されている実験に使用されている典型的なスクリーニングプロトコル及び細胞株を説明する。
【図２５】実施例６に詳細に記載されているエントレクチニブ耐性ＢａＦ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ細胞を含む７つの細胞株に対して試験したいくつかの化学化合物のＩＣ５０値の概要である。
【図２６】いくつかのキナーゼに対する候補化合物の一覧の生化学的ＩＣ５０を示す。
【図２７】実施例のセクションに記載されている実験に使用されている別のスクリーニングプロトコル及び細胞株を説明する。
【図２８】実施例６に詳細に記載されているエントレクチニブ耐性ＢａＦ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞に対して試験したいくつかの化学化合物のＩＣ５０値の概要。
【図２９】下流のシグナル伝達経路のＲＴＫ及びタンパク質に対するエントレクチニブの効果の調査の一般的なスキームである。
【図３０】ウエスタンブロット分析を使用することによるＧ５９５Ｒを含むエントレクチニブ耐性突然変異細胞株１０ｎＭ  ＢａＦ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡの特徴づけから得た結果の概要である。
【図３１】ウエスタンブロット分析によるＢａＦ３−Ｔｅｌ−ＴｒｋＡ及びＢａＦ３−Ｔｅｌ−ＴｒｋＡ−１０ｎＭＡ（Ｇ５９５Ｒ）細胞株におけるＴｒｋＡ及び下流のシグナル分子のリン酸化レベルを比較する実験から得た結果の概要である。
【図３２】エントレクチニブに対して耐性のあるセットＢのエントレクチニブ耐性ＫＭ１２細胞プールにおける主要な耐性メカニズムとして点突然変異の特定のための一般的なスキームを説明する。
【図３３】実施例のセクションにさらに詳細に記載される細胞のＩＣ５０決定手順の概要を提供する。
【図３４】ＢａＦ３−ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ細胞及びＢａＦ３−ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ＿Ｇ５９５Ｒ突然変異細胞のエントレクチニブによる増殖阻害のグラフによる説明である。
【図３５】エントレクチニブで処理したＢａＦ３−融合Ｔｒｋ細胞のウエスタンブロット分析に関する典型的な実験デザインを示す。
【図３６】ＢａＦ３−ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ細胞及びＢａＦ３−ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ−Ｇ５９５Ｒ突然変異細胞に対して実施したウエスタンブロット分析から得た結果の概要である。
【図３７】ＢａＦ３−ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ細胞及びＢａＦ３−ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ−Ｇ５９５Ｒ突然変異細胞に対して実施したウエスタンブロット分析から得た結果の概要を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２９】
以下の詳細な説明において、本明細書の一部を形成する添付の図面を参照する。図において、類似の記号は、文脈が他のことを規定しない限り一般に類似の構成要素を特定する。詳細な説明、図、及び請求項に記載されている説明のための選択肢は、限定されることを意図しない。本明細書中で提示する主題の趣旨または範囲から逸脱することなく、その他の選択肢が使用されてもよく、その他の変更が行われてもよい。一般に本明細書中に記載され、図に示されている態様は、多種多様のさまざまな構成で配置され、置換され、組み合わされ、設計されてもよく、そのすべてが明確に意図され、本開示の一部をなすことが容易に理解されるであろう。
【００３０】
別に定義されない限り、本明細書中で使用されるすべての専門用語、表記及びその他の科学用語または術語は、本開示が属する分野の当業者によって一般的に理解される意味を有することが意図される。ある場合には、一般に理解される意味を有する用語は、明確にするため及び／または即座に参照するために本明細書において定義され、本明細書にそのような定義を含めることは、必ずしも当該技術分野において一般に理解されるものに対する大幅な差を表すものと解釈されるべきではない。本明細書に記載されているか、または参照されている多くの技術及び手順は、当業者に十分に理解され、従来の方法論を使用して一般に利用される。
【００３１】
一部の定義
単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに別のことを規定していない限り、複数の言及を含む。例えば、「ａ  ｃｅｌｌ（細胞）」という用語は、それらの混合物を含む１つ以上の細胞を含む。「Ａ及び／またはＢ」は、本明細書中では以下の選択肢のすべてを含んで使用される：「Ａ」、「Ｂ」、「ＡまたはＢ」、及び「Ａ及びＢ」。
【００３２】
「約」は、与えられた値のプラスまたはマナス１０％以内、または最も近い有効数字に丸められるかのいずれかを意味し、あらゆる場合において、与えられた値を含める。範囲が与えられる場合、それらは、境界の値を含む。
【００３３】
「投与」及び「投与すること」という用語は、本明細書中で使用される場合、以下に限定されるものではないが、口腔、静脈内、動脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、筋肉内、及び局所投与、またはその組み合わせを含む投与経路による生物活性組成物または製剤の送達を指す。
【００３４】
本明細書中で使用される場合、未分化リンパ腫キナーゼ（ＡＬＫ）とは、ＡＬＫチロシンキナーゼ受容体またはＣＤ２４６（分化クラスター２４６）、例えば、ＡＬＫ遺伝子によってコードされるヒト酵素を指し、ＵｎｉＰｒｏｔ認定ＡＬＫ＿ＨＵＭＡＮを有する。
【００３５】
本明細書中で使用される場合、「抗体」という用語とは、別の分子の特定の空間及び極性機構と特異的に結合し、それによりそれと相補的だと定義される免疫グロブリンを指す。抗体は、モノクローナルまたはポリクローナルであってもよく、宿主の免疫化及び血清の回収（ポリクローナル）などの当該技術分野において周知の技術によって、あるいは連続的なハイブリッド細胞株の作製及び分泌タンパク質の回収によって（モノクローナル）、あるいは天然の抗体の特異的結合に必要とされるアミノ酸配列を少なくともコードするヌクレオチド配列またはその突然変異誘発型のクローニング及び発現によって作製することができる。抗体は、完全な免疫グロブリンまたはそのフラグメントを含んでもよく、その免疫グロブリンとしては、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ及びＩｇＧ３、ＩｇＭなどのさまざまなクラス及びアイソタイプが挙げられる。それらのフラグメントは、Ｆａｂ、Ｆｖ及びＦ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ならびに同種のものを含んでもよい。さらに、特定の標的に対する結合親和性が保持される限り、免疫グロブリンの凝集体、重合体、及び複合体またはそれらのフラグメントが必要に応じて使用されてもよい。
【００３６】
「モノクローナル抗体」、「ｍＡｂ」及び「ＭＡＢ」という用語は、抗原にある単一のエピトープのみを認識するリンパ球の単一のクローンによって産生される免疫グロブリンである抗体を指す。例えば、本明細書中において開示されている方法に有用なモノクローナル抗体は、１つ以上のチロシンキナーゼの特定のエピトープに対して単一の結合特異性及び親和性を示す。
【００３７】
「ポリクローナル抗体」という用語は、本明細書中で使用される場合、同じ抗原または異なる抗原にあるいくつかの異なる特定の抗原決定基と結合することができるか、またはそれと反応することができるさまざまな抗体分子の組成物を指す。ポリクローナル抗体の抗原特異性の多様性は、ポリクローナル抗体を構成する個々の抗体の可変領域に、特に、相補性決定領域（ＣＤＲ）にある。好ましくは、ポリクローナル抗体は、標的チロシンキナーゼまたはそれらの一部を有する動物の免疫化によって作製される。あるいは、ポリクローナル抗体は、標的チロシンキナーゼに対する所望の特異性を有する複数のモノクローナル抗体を混合することによって作製されてもよい。
【００３８】
「生体サンプル」という用語は、本明細書中で使用される場合、生物から得られるさまざまなサンプルタイプを包含する。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、診断または監視アッセイに使用することができる。生体サンプルは、健康な組織、患部組織または患部組織であると疑われる組織から得られてもよく、またはそれ由来であってもよい。生体サンプルは、例えば、外科的手技中に採取された生検材料から得られたサンプルであってもよい。生体サンプルは、そこから細胞または組織を回収するための穿刺吸引、擦過または腔の洗浄の手段によって回収されてもよい。生体サンプルは、例えば、固形腫瘍及び造血器腫瘍などの腫瘍からなってもよく、周囲の健康な組織からなってもよい。生体サンプルは、個々の細胞のスメアまたは組織切片であってもよい。この用語は、血液、血漿を含む血液成分及び生物学的起源のその他の液体サンプル、固形組織サンプル、例えば、生検試料または組織培養物もしくはそれ由来の細胞ならびにその後代を包含する。この用語は、その入手後に、試薬による処理、可溶化、または特定の構成成分の濃縮によってなど何らかの方法で操作されたサンプルを包含する。この用語は、臨床的サンプルを包含し、細胞培養物中の細胞、細胞上清、細胞ライセート、細胞抽出物、細胞ホモジネート、合成タンパク質、血清、血漿、体液及びその他の生体液を含む細胞成分ならびに組織サンプルも含む。生体サンプルは、自然界の細胞または組織と本来、混合されていない、保存料、抗凝固剤、緩衝剤、固定液、栄養素、抗生剤または同種のものなどの化合物を含んでもよい。いくつかの実施形態において、サンプル生物学的は、凍結サンプルとして、またはホルムアルデヒドもしくはパラホルムアルデヒド固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織標本として保存される。例えば、生体サンプルは、マトリックスに包埋されてもよく、例えば、ＦＦＰＥブロックまたは凍結サンプルであってもよい。
【００３９】
「癌」または「腫瘍」という用語は、本明細書中おいて同義に使用される。これらの用語は、無制御の増殖、不死性、転移能、急速な増大及び増殖速度、ならびに特定の特徴的な形態的特徴などの発癌性細胞に特有の特徴を持つ細胞の存在を指す。癌細胞は腫瘍の形態であることが多いが、そのような細胞は、動物内に単独で存在する場合もあり、または白血病細胞などの非造腫瘍性癌細胞である場合もある。これらの用語は、固形腫瘍、軟部腫瘍、または転移巣を含む。本明細書中で使用される場合、「癌」という用語は、前癌状態ならびに悪性癌を含む。いくつかの実施形態において、癌は、固形腫瘍、軟部腫瘍、または転移巣である。
【００４０】
本明細書においては同義に使用される「化学療法剤」及び「療法剤」という用語は、状態、特に癌を処置するために使用される細胞傷害性薬剤または細胞分裂阻害剤などの化学物質を指す。いくつかの実施形態において、化学療法剤としては、ＡＺ−２３、ＢＭＳ−７５４８０７、ボスチニブ、カボザンチニブ、セリチニブ、クリゾチニブ、エントレクチニブ、フォレチニブ、ＧＮＦ  ５８３７、ＧＷ４４１７５６、イマチニブメシル酸塩、Ｋ２５２ａ、ＬＯＸＯ−１０１、ＭＧＣＤ５１６、ニロチニブ塩酸塩一水和物、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、ＰＦ−０６４６３９２２、レバスチニブ、スタウロスポリン、ソラフェニブトシル酸塩、スニチニブリンゴ酸塩、及びＴＳＲ−０１１、ならびに任意の薬学的に許容されるその塩が挙げられる。
【００４１】
本明細書中で使用される場合、「組み合わせ」及び「と組み合わせて」という用語は、少なくとも１つの追加の医薬品または薬剤（例えば、抗癌剤）を順次または同時かのいずれかで一緒に本明細書中に記載されている療法剤と投与することを意味する。例えば、この用語は、同時、または互いに何分もしくは何時間以内、または同じ日、または隔日での投薬、あるいは例えば、それと同時またはそれと並行して、あるいは本明細書中に記載されている療法剤が投与されている間の時間の少なくとも一部の間に同じ日または隔日もしくは隔週または定期的なベースで化学療法剤などの別の化合物を投与しながら毎日のベース、または１週間に複数日、または週に１回のべースでの本明細書中に記載されている療法剤の投薬を包含する。
【００４２】
本明細書中で使用される場合、特異性または特異的結合の言及における「接触させる」とは、ファンデルワール力、水素結合、疎水性相互作用、及び同種のものなどの短距離の非共有結合性化学的相互作用が分子の相互作用を支配するよう２つの分子が十分に近いことを意味する。
【００４３】
「細胞株」という用語は、本明細書中で使用される場合、クローン細胞由来である細胞の１つ以上の世代を指す。「クローン」、または「クローン細胞」という用語は、増やされ、表現型的に類似の細胞の単離集団（すなわち、「クローン細胞集団」）を作り出す１つの細胞を指す。
【００４４】
本明細書中で使用される場合、「発現」という用語は、一般に酵素、ＲＮＡポリメラーゼによって触媒される転写によりポリヌクレオチドの遺伝情報をＲＮＡへ、ＲＮＡがポリペプチドをコードする場合、リボソームにおけるｍＲＮＡの翻訳によりタンパク質へ変換して、コードタンパク質を産生するプロセスを指す。
【００４５】
「免疫組織化学」という用語は、本明細書中で使用される場合、抗原と特異的に結合する抗体の原理を活用した、生体サンプル、細胞及び／または組織切片の細胞における抗原（例えば、タンパク質）の局在化プロセスを指す。免疫組織化学的染色は、癌性腫瘍に見られるものなどの異常細胞の診断に広く使用される。特異的分子マーカーは、細胞増殖または細胞死などの特定の細胞の事象に特有である。抗体・抗原相互作用の視覚化は、多くの方法で達成することができる。最も一般的な例において、抗体は、発色反応を触媒することができるペルオキシダーゼなどの酵素と結合する。あるいは、抗体は、フルオロフォアにタグ付けされてもよく、したがって免疫蛍光法の原理を使用する。免疫組織化学はまた、ｑＰＣＲの結果が、腫瘍組織が存在する量によって影響を受けることになるという事実を説明するために、ｑＰＣＲが行われるサンプル中の腫瘍含有量を評価するために使用されてもよい。
【００４６】
本明細書中で使用される場合、「１つ以上の分子改変」という用語は、対応する野生型遺伝子またはタンパク質と比較した場合の、患者のまたはそれ以上の細胞における遺伝子またはタンパク質配列中のあらゆる変化を意味する。１つ以上の分子改変としては、遺伝子突然変異、遺伝子増幅、スプライスバリアント、欠失、挿入／欠失、遺伝子再編成、一塩基多様性（ＳＮＶ）、挿入、及び異常なＲＮＡ／タンパク質発現が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【００４７】
「マルチプレックス式アッセイ」とは、本明細書中で使用される場合、複数のアッセイ反応、例えば、複数の標的バイオマーカーの同時アッセイが単一の反応チャンバーで行われる、及び／または単一の分離及び検出方式で分析されるアッセイを指す。「マルチプレックス特定」とは、本明細書中で使用される場合、単一の混合物中の１つ以上の標的バイオマーカーの同時の特定を指す。例えば、二重アッセイとは、単一の反応混合物中の２つの異なる標的バイオマーカーの同時の特定を指す。
【００４８】
「核酸分子」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書においては同義に使用され、ＲＮＡ及びＤＮＡ分子またはその混合物もしくはハイブリッドを指す。いくつかの実施形態において、核酸分子は、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、合成ＤＮＡ、及び核酸類似体を含むＤＮＡまたはＲＮＡ分子を含む。核酸分子は、いかなる三次元構造を有してもよい。核酸分子は、二本鎖または一本鎖（例えば、センス鎖またはアンチセンス鎖）であってもよい。核酸分子の非限定例としては、遺伝子、遺伝子フラグメント、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ｔｒａｃｒＲＮＡ、ｃｒＲＮＡ、ガイドＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組み換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、核酸プローブ及び核酸プライマーが挙げられる。核酸分子は、非定型または修飾ヌクレオチドを含んでもよい。「ポリヌクレオチド配列」及び「核酸配列」という用語は、本明細書中で使用される場合、ポリヌクレオチド分子の配列を同義に指す。３７ＣＦＲ§１．８２２に記載されているとおりのヌクレオチド塩基に関する命名法が本明細書中で使用される。
【００４９】
本明細書中で使用される場合、「ＲＯＳ１」とは、ＲＯＳ１受容体チロシンタンパク質キナーゼ、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔ名ＲＯＳ１＿ＨＵＭＡＮを有するＲＯＳ１受容体チロシンタンパク質キナーゼを指す。
【００５０】
「選択的に結合する」とは、特異的な種内または種間結合ペアの一方のメンバーが、その特異的な種内または種間結合パートナー以外の分子といかなる顕著な結合も示さない状況（例えば、約５０倍低いまたはより好ましくは１００倍低い親和性）を指すために本明細書中で使用され、最小限の交差反応性しか生じないことを意味する。
【００５１】
「特異的な」は、２つの分子または分子と分子の複合体の結合の言及に本明細書中で使用される場合、実質的にその他の分子の低い認識及びそのようなその他の分子との安定した複合体の形成の欠如と比較した場合、一方の他方に対する特異的認識及び安定した複合体の形成を指す。好ましくは、結合の言及における「特異的な」とは、分子がその他の分子または複合体と複合体を形成する限りにおいて、それが特異性を有する分子または複合体と少なくとも５０パーセントの複合体を形成することを意味する。一般に、分子または複合体は、その表面または空洞に２つの結合部分間の特異的認識をもたらす領域を有する。特異的結合の典型的なものは、抗体・抗原相互作用、酵素・基質相互作用、ポリヌクレオチドハイブリダイゼーション及び／または二本鎖の形成、細胞受容体・リガンド相互作用などである。
【００５２】
本明細書中で使用される場合、「トロポミオシン受容体キナーゼ」という用語は、ニューロトロフィンファミリーのペプチドホルモンによって活性化されるトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）のファミリーのあらゆるメンバーを指す。トロポミオシン受容体キナーゼの例としては、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、及びＴｒｋＣが挙げられるが、これらに限定されるものではない。本明細書中で使用される場合、「ＴｒｋＡ」という用語は、ＵｎｉＰｒｏｔ識別名ＮＴＲＫ１＿ＨＵＭＡＮを有する野生型トロポミオシン受容体キナーゼＡを指す。本明細書中で使用される場合、「ＴｒｋＢ」という用語は、ＵｎｉＰｒｏｔ識別名ＮＴＲＫ２＿ＨＵＭＡＮを有する野生型トロポミオシン受容体キナーゼＢを指す。本明細書中で使用される場合、「ＴｒｋＣ」という用語は、ＵｎｉＰｒｏｔ識別名ＮＴＲＫ３＿ＨＵＭＡＮを有する野生型トロポミオシン受容体キナーゼＣを指す。ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ及びＴｒｋＣは、当業者にそれぞれＴｒｋ１、Ｔｒｋ２及びＴｒｋ３とも呼ばれる。ＴｒｋＡに対する言及は、Ｔｒｋ１に対する言及である。ＴｒｋＢ対する言及は、Ｔｒｋ２に対する言及である。ＴｒｋＣ対する言及は、Ｔｒｋ３に対する言及である。
【００５３】
当業者に理解されるであろうとおり、書面の説明を提供することに関してなど任意の目的及びあらゆる目的に対して、本明細書中において開示されているすべての範囲は、任意の及びすべての可能な部分範囲ならびにその部分範囲の組み合わせも包含する。任意の列挙された範囲は、同じ範囲が少なくとも等しい半分、３分の１、４分の１、５分の１、１０分の１などに分解されることを十分に述べ、それができると容易に認識され得る。非限定例として、本明細書において述べられているそれぞれの範囲は、下部の３分の１、中間の３分の１及び上部の３分の１などに容易に分解することができる。当業者によって理解されるであろうとおり、「最大」、「少なくとも」、「超」、「未満」、及び同種のものなどのすべての言語は、列挙される数値を含み、上記のとおりその後、部分範囲に分解することができる範囲を指す。最後に、当業者によって理解されるであろうとおり、範囲は、それぞれの個々のメンバーを含む。したがって、例えば、１〜３個の物品を有する群は、１、２、または３個の物品を有する群を指す。同様に、１〜５個の物品を有する群は、１、２、３、４、または５個の物品を有する群を指すなど。
【００５４】
見出し、例えば、（ａ）、（ｂ）、（ｉ）などは、単に明細書及び請求項を読むのを容易にするために提示される。本明細書または請求項における見出しの使用は、ステップまたは要素がアルファベットもしくは数の順序で、またはそれらが提示される順序で実施されることを必要としない。
【００５５】
受容体チロシンキナーゼ及びその活性と関連する疾患
ニューロトロフィンは、受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）のｔｒｋファミリーによる結合及びシグナル伝達によって脊椎動物の神経系のニューロンの生存及び分化の多くの局面を制御する。神経系において重要な役割を有するＲＴＫをコードする遺伝子ファミリーは、進化の過程で高度に保存されてきたことが示された（Ｇａｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ．  Ｊｕｌ；６０（１）：１２−２０，  ２００４）。受容体チロシンキナーゼの例としては、上皮増殖因子受容体ファミリー（ＥＧＦＲ）、血小板由来増殖因子受容体（ＰＤＧＦＲ）ファミリー、血管内皮増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）ファミリー、神経成長因子受容体（ＮＧＦＲ）ファミリー、線維芽細胞成長因子受容体ファミリー（ＦＧＦＲ）インスリン受容体ファミリー、エフリン受容体ファミリー、Ｍｅｔファミリー、及びＲｏｒファミリーが挙げられるが、これらに限定されるものではない。それぞれのファミリーは、特徴的な構造的及び／または機能的類似点を持っている１つ以上のファミリーメンバーを含む場合もある。
【００５６】
ヒトＴｒｋファミリータンパク質は、３つのファミリーメンバー、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ及びＴｒｋＣから構成される受容体チロシンキナーゼである。これらのタンパク質は、高い親和性でニューロトロフィンファミリーのリガンドと結合し、それにより誘発されるシグナル伝達を仲介する。この原型メンバーは、神経成長因子（ＮＧＦ）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）及びニューロトロフィン３〜５（ＮＴ３〜５）である。さらに、酵素活性が欠如した共受容体、ｐ７５が特定され、これは、すべてのニューロトロフィン（ＮＴ）と低い親和性で結合し、ニューロトロフィンシグナル伝達を調節する。中枢神経系および末梢神経系の発生中におけるＴｒｋ及びそのリガンドの重要な役割が、マウスにおける遺伝子破壊調査により確かめられた。特に、ＴｒｋＡ・ＮＧＦ相互作用が、疼痛シグナル伝達の仲介に関与する特定の末梢神経細胞集団の生存に必要であることが示された。ＴｒｋＡの発現の増加も膵癌の症例における疼痛のレベルの増加と相関関係にあることも示された（Ｚｈｕ，  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，  １７：２４１９−２４２８  （１９９９））。ＮＧＦ及びＴｒｋＡの発現の増加もヒト変形性関節症軟骨細胞において観察された（Ｉａｎｎｏｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ  ４１：１４１３−１４１８  （２００２））。
【００５７】
さまざまなＮＴＲＫポリペプチドのアミノ酸配列は長さが異なるが、本発明の方法による分子改変及び突然変異に供される残基の相対的な位置は保存される（例えば、Ｇａｄ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ．  Ｊｕｌ；６０（１）：１２−２０，  ２００４；ならびに表１及び図１を参照）。アミノ酸位置に関して本開示において記載されている分子改変及び突然変異は、ヒトＴｒｋＡポリペプチド（配列番号：１）のアミノ酸残基番号に対応する。例えば、ヒトＴｒｋＢ（配列番号：３として本明細書中において開示されている）の残基６３９は、ヒトＴｒｋＡポリペプチド（配列番号：１）の残基５９５に対応し、これは、ヒトＴｒｋＣポリペプチド（配列番号：５）の残基６２３、ヒトＡＬＫポリペプチド（配列番号：７）の残基１２０２及びヒトＲＯＳ１ポリペプチド（配列番号：９）の残基２０３２に対応する。別の例として、ヒトＴｒｋＢ（配列番号：３として本明細書中において開示されている）の残基７０９は、ヒトＴｒｋＡポリペプチド（配列番号：１）の残基６６７に対応し、これは、ヒトＴｒｋＣポリペプチド（配列番号：５）の残基６９６、ヒトＡＬＫポリペプチド（配列番号：７）の残基１２６９及びヒトＲＯＳ１ポリペプチド（配列番号：９）の残基２１０１に対応する。さらに別の例として、ヒトＴｒｋＢ（配列番号：３として本明細書中において開示されている）の残基６１９は、ヒトＴｒｋＡポリペプチド（配列番号：１）の残基５７３に対応し、これは、ヒトＴｒｋＣポリペプチド（配列番号：５）の残基６０３、ヒトＡＬＫポリペプチド（配列番号：７）の残基１１８２及びヒトＲＯＳ１ポリペプチド（配列番号：９）の残基２０１２に対応する。本明細書中において開示されているＴｒｋＡポリペプチド配列中の１つ以上の分子改変に関する対応の保存残基、モチーフ、ドメイン及び領域の非限定例は、図１及び表１に記載されている。そのような対応に基づいて、本明細書中において明確に開示されていないＮＲＴＫ配列中の対応する保存位置を、当業者は容易に突き止めることができる。
【００５８】
【表１】
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【００５９】
したがって、本明細書中に開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチド保存アミノ酸残基：Ｖ５７３、Ｆ５８９、Ｅ５９０、Ｍ５９２、Ｇ５９５、Ｄ５９６、Ｌ５９７、Ｋ６６５、Ｉ６６６、Ｇ６６７、Ｄ６６８、Ｆ６６９、及びＧ６７０、またはその組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチド保存アミノ酸残基：Ｖ６１９、Ｆ６３３、Ｅ６３４、Ｍ６３６、Ｇ６３９、Ｄ６４０、Ｌ６４１、Ｋ７０７、Ｉ７０８、Ｇ７０９、Ｄ７１０、Ｆ７１１、Ｇ７１２、及び任意のそれらの組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含んでもよい。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドの保存アミノ酸残基：Ｖ６０３、Ｆ６１７、Ｅ６１８、Ｍ６２０、Ｇ６２３、Ｄ６２４、Ｌ６２５、Ｋ６９４、Ｉ６９５、Ｇ６９６、Ｄ６９７、Ｆ６９８、Ｇ６９９、及び任意のそれらの組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドの保存アミノ酸残基：Ｖ１１８２、Ｌ１１９６、Ｅ１１９７、Ｍ１１９９、Ｇ１２０２、Ｄ１２０３、Ｌ１２０４、Ｋ６１２６７、Ｉ１２６８、Ｇ１２６９、Ｄ１２７０、Ｆ１２７１、Ｇ１２７２、及び任意のそれらの組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドの保存アミノ酸残基：Ｌ２０１２、Ｌ２０２６、Ｅ２０２７、Ｍ２０２９、Ｇ２０３２、Ｄ２０３３、Ｌ２０３４、Ｋ２０１９、Ｉ２１００、Ｇ２１０１、Ｄ２１０２、Ｆ２１０３、Ｇ２１０４、及び任意のそれらの組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。
【００６０】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｖ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５、Ｇ６６７、及びそれらの組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、番号：３のポリペプチド保存アミノ酸残基Ｖ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９、Ｇ７０９、及びそれらの組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｖ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３、Ｇ６９６、及びそれらの組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｖ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２、Ｇ１２６９、及びそれらの組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｌ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２、Ｇ２１０１、及びそれらの組み合わせに対応する１つ以上の位置に１つ以上のアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。
【００６１】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドのＶａｌからＭｅｔへの置換Ｖ５７３Ｍに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドのＰｈｅからＬｅｕへの置換Ｆ５８９Ｌに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドのＧｌｙからＡｒｇへの置換Ｇ５９５Ｒに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドのＧｌｙからＣｙｓへの置換Ｇ６６７Ｃに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドのＧｌｙからＡｌａへの置換Ｇ６６７Ａに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：１のポリペプチドのＧｌｙからＳｅｒへの置換Ｇ６６７Ｓに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。
【００６２】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドのＶａｌからＭｅｔへの置換Ｖ６１９Ｍに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドのＰｈｅからＬｅｕへの置換Ｆ６３３Ｌに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドのＧｌｙからＡｒｇへの置換Ｇ６３９Ｒに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドのＧｌｙからＣｙｓへの置換Ｇ７０９Ｃに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドのＧｌｙからＡｌａへの置換Ｇ７０９Ａに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：３のポリペプチドのＧｌｙからＳｅｒへの置換Ｇ７０９Ｓに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。
【００６３】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドのＶａｌからＭｅｔへの置換Ｖ６０３Ｍに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドのＰｈｅからＬｅｕへの置換Ｆ６１７Ｌに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドのＧｌｙからＡｒｇへの置換Ｇ６２３Ｒに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドのＧｌｙからＣｙｓへの置換Ｇ６９６Ｃに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドのＧｌｙからＡｌａへの置換Ｇ６９６Ａに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：５のポリペプチドのＧｌｙからＳｅｒへの置換Ｇ６９６Ｓに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。
【００６４】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｖ１１８２に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドのＶａｌからＭｅｔへの置換Ｖ１１８２Ｍに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｌ１１９６に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ１２０２に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドのＧｌｙからＡｒｇへの置換Ｇ１２０２Ｒに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ１２６９に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドのＧｌｙからＣｙｓへの置換Ｇ１２６９Ｃに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドのＧｌｙからＡｌａへの置換Ｇ１２６９Ａに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：７のポリペプチドのＧｌｙからＳｅｒへの置換Ｇ１２６９Ｓに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。
【００６５】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｌ２０１２に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドのＬｅｕからＭｅｔへの置換Ｌ２０１２Ｍに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｌ２０２６に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ２０３２に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドのＧｌｙからＡｒｇへの置換Ｇ２０３２Ｒに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドの保存アミノ酸残基Ｇ２１０１に対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドのＧｌｙからＣｙｓへの置換Ｇ２１０１Ｃに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドのＧｌｙからＡｌａへの置換Ｇ２１０１Ａに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。いくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド配列中の１つ以上の突然変異は、配列番号：９のポリペプチドのＧｌｙからＳｅｒへの置換Ｇ２１０１Ｓに対応する位置にアミノ酸欠失、挿入、または置換を含む。
【００６６】
ヌクレオチドベースのアッセイに関して、遺伝子コードの縮重は、変化した突然変異遺伝子から産生されるポリペプチドのアミノ酸配列に影響を及ぼすことなく、異なる塩基を含む遺伝子のタンパク質コード配列の少なくとも１つの塩基を置換する可能性をもたらす。したがって、本明細書中において開示されている方法に使用されるプローブ、プライマーのポリヌクレオチド配列も、遺伝子コードの縮重による置換によって本明細書中に記載されている任意のポリヌクレオチド配列から変化した任意の塩基配列を有してもよい。コドン使用頻度を記載した参考文献は、当業者が容易に入手することができる。
【００６７】
さらに、本明細書中において開示されている受容体チロシンキナーゼポリヌクレオチド及びポリペプチド配列がさまざまな方法によって改変されてもよいこと、ならびにこうした改変が本明細書中において開示されている配列とは異なる１つ以上の突然変異を有するポリヌクレオチド及びポリペプチド配列をもたらす場合もあることが考えられる。したがって、本明細書中において開示されている任意のポリヌクレオチド及びポリペプチド配列は、最大約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５、約５０、約５５、約６０、約６５、約７０、約７５、約８０、約８５、約９０、約１００、約１０５、約１１０、約１１５、約１２０、約１２５、約１３０以上のアミノ酸置換、欠失または挿入を含む配列表に記載されているポリペプチド配列の１つ以上のアミノ酸のアミノ酸置換、欠失、トランケーション、及び挿入を含むさまざまな方法で改変されてもよい。そのような操作のための方法は、当該技術分野において公知である。
【００６８】
したがって、本明細書中に記載されている１つ以上の療法剤に対して耐性を与えることが本明細書において報告されたＮＲＴＫポリペプチドのキナーゼドメインのアミノ酸突然変異に基づいて、その他の可能性のある分子改変及び突然変異が当業者に明らかになろう。
【００６９】
癌患者を選択／処置するための方法及び癌の処置に適した化合物を特定するための方法
一態様において、本開示は、患者の癌を処置するための方法を提供し、本方法は、（ａ）患者からの生体サンプル中の１つ以上の分子改変の存在の情報を得ることであって、１つ以上の分子改変は、１つ以上の受容体チロシンキナーゼポリペプチドに１つ以上の突然変異を含み、１つ以上の受容体チロシンキナーゼポリペプチドは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１から選択される、得ることと；（ｂ）癌の処置に適した化学療法剤を選択することと；（ｃ）治療有効量の選択された化学療法剤を患者に投与することとを含む。
【００７０】
別の態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌がある患者のための処置計画を選択するための方法に関し、本方法は、（ａ）患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、１つ以上の突然変異は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置にある、得ることと；（ｂ）１つ以上の突然変異が生体サンプル中に存在するかどうかに基づいて患者のために適切な処置計画を選択することとを含む。
【００７１】
さらに別の態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌がある患者のための処置計画の予後を予測するための方法に関し、本方法は、（ａ）患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、１つ以上の突然変異は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置にあり、生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在は、処置計画に対する患者の不応答性の増加を示す、得ることを含む。
【００７２】
別の態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌腫瘍がある患者を処置するための方法に関し、本方法は、（ａ）患者からの腫瘍サンプル中の突然変異Ｔｒｋタンパク質をコードする核酸の存在を判定することであって、突然変異Ｔｒｋタンパク質は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置に少なくとも１つの突然変異を含む、判定することと；（ｂ）前記腫瘍の処置に適したＴｒｋ阻害薬を選択することと；（ｃ）前記Ｔｒｋ阻害薬を患者に投与することとを含む。
【００７３】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌腫瘍がある患者を処置するための方法に関し、癌腫瘍は突然変異Ｔｒｋ遺伝子を含み、癌腫瘍内の突然変異Ｔｒｋ遺伝子は、Ｔｒｋ阻害薬による処置に対して耐性または獲得耐性を示す。本方法は、いくつかの実施形態において、任意に放射線療法、放射免疫療法及び／または手術による腫瘍切除と組み合わせて突然変異Ｔｒｋ遺伝子によってコードされるポリペプチドに対して有効な治療有効量のＴｒｋ阻害薬をそれを必要とする患者に投与することを含む。
【００７４】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、患者の癌を処置するための方法に関し、本方法は、（ａ）Ｔｒｋ突然変異を有する癌がある患者を選択するステップと；（ｂ）前記患者に１つ以上の前記Ｔｒｋ突然変異に対して有効な阻害薬を投与するステップとを含む。
【００７５】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、癌腫瘍がある患者を処置するための方法に関し、本方法は、（ａ）前記患者からの腫瘍サンプル中の突然変異Ｔｒｋタンパク質の存在を判定することであって、前記突然変異Ｔｒｋタンパク質は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置に少なくとも１つの突然変異を含む、判定することと；（ｂ）腫瘍の処置に適したＴｒｋ阻害薬を選択することと；（ｃ）Ｔｒｋ阻害薬を患者に投与することとを含む。
【００７６】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、Ｔｒｋ突然変異を持つ患者の癌を処置するための方法に関し、前記対象は、少なくとも１つのＴｒｋ阻害薬に対して耐性を持つようになっており、本方法は、前記患者に複数の受容体チロシンキナーゼに対して効果的な有効量の１つ以上の阻害薬を投与することを含む。
【００７７】
一態様において、本明細書中において開示されているいくつかの実施形態は、受容体チロシンキナーゼの１つ以上の突然変異の結果として生じた受容体チロシンキナーゼの阻害薬に対して耐性を持つようになった患者の癌の処置に適した化合物を特定するための方法に関し、本方法は、（ａ）前記患者からの生体サンプル中の１つ以上の突然変異の存在の情報を得ることであって、１つ以上の突然変異は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸位置にある、得ることと；（ｂ）１つ以上の突然変異を有する受容体チロシンキナーゼを阻害する化合物の能力を判定することと；（ｃ）化合物が１つ以上の突然変異を有する受容体チロシンキナーゼを阻害する場合に、患者の処置に適していると化合物を特定することとを含む。
【００７８】
本開示の上記態様及び他の態様の１つ以上による方法の実施態様は、１つ以上の以下の特徴を含んでもよい。いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されている１つ以上の突然変異は、受容体チロシンキナーゼポリペプチドのキナーゼ触媒ドメインに１つ以上のアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、図１及び／または表１において保存残基と特定されたアミノ酸残基、ならびに任意のそれらの組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸残基に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；配列番号：７のＡＬＫポリペプチドのＶ１１８２、Ｌ１１９６、Ｇ１２０２及び１２６９；ならびに配列番号：９のＲＯＳ１ポリペプチドのＬ２０１２、Ｌ２０２６、Ｇ２０３２及び２１０１から選択されるアミノ酸残基に対応する位置にある。
【００７９】
いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置におけるＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５８９Ｌ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：１のＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置におけるＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置におけるＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置におけるＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である。
【００８０】
いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置におけるＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：３のＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置におけるＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置におけるＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置におけるＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である。
【００８１】
いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置におけるＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６２３に対応する位置におけるＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６２３Ｌ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置におけるＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、配列番号：５のＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置におけるＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置におけるＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である。いくつかの実施形態において、１つ以上のアミノ酸置換は、ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置におけるＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である。
【００８２】
いくつかの実施形態において、本明細書中において開示されている方法は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、１つ以上のそのような阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった患者の癌状態を処置する、その症状を低減する、その症状を回復させる、その発症を遅延させる、または別の方法で薬学的に対処することに関する。
【００８３】
いくつかの実施形態において、本明細書中において開示されている方法は、以前に１つ以上の受容体チロシンキナーゼ阻害薬により処置されており、１つ以上のそのような阻害薬に対して少なくとも部分的な耐性を持つようになった患者の癌状態を処置する、その症状を低減する、その症状を回復させる、発症を遅延させる、または別の方法で薬学的に対処することに関する。そのような受容体チロシンキナーゼ阻害薬の非限定例としては、ＡＺ−２３、ＢＭＳ−７５４８０７、ボスチニブ、カボザンチニブ、セリチニブ、クリゾチニブ、エントレクチニブ、フォレチニブ、ＧＮＦ５８３７、ＧＷ４４１７５６、イマチニブメシル酸塩、Ｋ２５２ａ、ＬＯＸＯ−１０１、ＭＧＣＤ５１６、ニロチニブ塩酸塩一水和物、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、ＰＦ−０６４６３９２２、レバスチニブ、スタウロスポリン、ソラフェニブトシル酸塩、スニチニブリンゴ酸塩、ＴＳＲ−０１１、及び任意のそれらの組み合わせが挙げられる（表２）。いくつかの実施形態において、本明細書中において開示されている方法は、以前にエントレクチニブにより処置された患者の癌状態を処置する、その症状を低減する、その症状を回復させる、発症を遅延させる、または別の方法で薬学的に対処することに関する。
【００８４】
【表２−１】
2018521973.tif 000003
【００８５】
【表２−２】
2018521973.tif 000004
【００８６】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、受容体チロシンキナーゼポリペプチド中の１つ以上の突然変異は、エントレクチニブ、レバスチニブ、または薬学的に許容されるその塩による処置に対して耐性または獲得耐性を与える。
【００８７】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態は、癌の処置に適した化学療法剤を選択することと、治療有効量の選択された化学療法剤を患者に投与することとを含む。そのような化学療法剤の非限定例としては、表２に挙げられているもの、または任意の薬学的に許容されるその塩が挙げられる。いくつかの実施形態において、選択された化学療法剤は、エントレクチニブ、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、レバスチニブ、Ｃｏｍｐｏｕｎｄ  ２、及び任意の薬学的に許容されるその塩からなる群から選択される。
【００８８】
本開示による方法及び化合物は、あらゆる癌がある患者を選択及び／または処置するために展開されてもよい。処置するのに適した癌の非限定例としては、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【００８９】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１から選択される受容体チロシンキナーゼポリペプチドの１つ以上の突然変異が機能を果たす可能性もあろう未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌から選択される癌状態を、癌状態の処置に適した化学療法剤を選択すること、及び治療有効量の選択された化学療法剤を患者に投与することによって処置する、その症状を低減する、その症状を回復させる、発症を遅延させる、または別の方法で薬学的に対処することに関する。
【００９０】
本明細書中に記載されている方法に使用するのに適した生体サンプルのタイプは、特に限定されない。いくつかの実施形態において、生体サンプルは、痰、気管支肺胞洗浄、胸水、組織、全血、血清、血漿、口腔粘膜採取物、唾液、脳脊髄液、尿、便、血中循環腫瘍細胞、血中循環核酸、骨髄、またはそれらの任意の組み合わせを含む。さらにいくつかの実施形態において、生体サンプルは、全血及び血液成分を含む。いくつかの実施形態において、血液成分は血漿を含む。さらに他の実施形態において、生体サンプルは、細胞または組織を含む。いくつかの実施形態において、組織は、腫瘍または癌組織である。
【００９１】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、患者から得られた生体サンプルに対して実施された分析アッセイから１つ以上の分子改変の情報を得ること。分析アッセイは、一般に当業者に既知の任意の分析アッセイであってもよく、例えば、抗体ベースのアッセイ、ヌクレオチドベースのアッセイ、または酵素活性アッセイであってもよい。適した分析アッセイの非限定例としては、核酸シークエンシング、ポリペプチドシークエンシング、制限分解、キャピラリー電気泳動、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、蛍光インサイツハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、及びキナーゼ活性アッセイが挙げられる。適した分析アッセイのその他の例としては、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【００９２】
いくつかの実施形態において、患者から得られた生体サンプル中の１つ以上の分子改変の情報を得るために電気泳動移動度アッセイが使用される。例えば、受容体チロシンキナーゼ遺伝子の１つ以上の改変に対応する核酸領域を増幅し、増幅された核酸の電気泳動移動度を野生型受容体チロシンキナーゼ遺伝子の対応する領域の電気泳動移動度と比較することによって突然変異をコードする核酸配列が検出される。
【００９３】
いくつかの実施形態において、生体サンプル中の１つ以上の分子改変の情報を得るために使用される分析アッセイは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）または核酸増幅ベースのアッセイを含む。以下に限定されるものではないが、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、及びＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイを含む当該技術分野において既知の多くのＰＣＲベースの分析アッセイが本明細書中において開示されている方法に適している。
【００９４】
いくつかの実施形態において、生体サンプル中の１つ以上の分子改変の情報を得るために使用される分析アッセイは、１つ以上の分子改変を含む核酸配列及び／またはアミノ酸配列を決定することを含む。いくつかの実施形態において、癌患者の１つ以上の分子改変を含む核酸配列が配列決定される。いくつかの実施形態において、配列は、次世代シークエンシング手順によって決定される。本明細書中で使用される場合、「次世代シークエンシング」とは、同時に何千から何百万のシークエンシング反応を実施し、読み取るため、従来のシークエンシング方法（例えば、サンガーシークエンシング）により可能な速度を超えた速度でオリゴヌクレオチドを配列決定する能力を有するオリゴヌクレオチドシークエンシング技術を指す。次世代シークエンシング方法／プラットフォームの非限定例としては、Ｍａｓｓｉｖｅｌｙ  Ｐａｒａｌｌｅｌ  Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（Ｌｙｎｘ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、固相、可逆ダイターミネーターシークエンシング（Ｓｏｌｅｘａ／Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、ＤＮＡナノボールシークエンシング（Ｃｏｍｐｌｅｔｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）、ＳＯＬｉＤ技術（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、４５４パイロシークエンシング（４５４  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ／Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）、イオン半導体シークエンシング（ＩＯＮ  Ｔｏｒｒｅｎｔ）、ならびにＰａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎ  Ｂｉｏ−ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｎａｎｏｐｏｒｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、及びＨｅｌｉｃｏｓ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからの利用可能な技術が挙げられる。
【００９５】
したがって、いくつかの実施形態において、本明細書中において開示されている方法に使用されるＮＧＳ手順は、パイロシークエンシング、合成によるシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、または任意のそれらの組み合わせを含んでもよい。いくつかの実施形態において、ＮＧＳ手順は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、ＩＯＮ  Ｔｏｒｒｅｎｔ、Ｑｉａｇｅｎ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ、Ｈｅｌｉｃｏｓ、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｎａｎｏｐｏｒｅ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、及びＣｏｍｐｌｅｔｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓから選択されるＮＧＳプラットフォームによって実施される。
【００９６】
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されている突然変異遺伝子または突然変異遺伝子産物（すなわちポリペプチド）などの１つ以上の分子改変の結果として生じる染色体突然変異を特定するためにＦＩＳＨ解析が使用されてもよい。例えば、ＦＩＳＨを実施するために、プローブを観察する当業者が関連遺伝子または遺伝子産物がサンプル中に存在することを判定することができるよう、突然変異ポリペプチドの変異遺伝子を標的とするために第１の検出可能な標識でタグ付けされた少なくとも第１のプローブが設計されてもよく、対応する野生型遺伝子または野生型ポリペプチドを標的とする第２の検出可能な標識でタグ付けされた少なくとも第２のプローブが設計されてもよい。一般に、ＦＩＳＨアッセイは、スライド上に置かれたホルマリン固定されたパラフィン包埋組織切片を使用して行われる。例えば、生体サンプルのＤＮＡは、一本鎖の形態に変性され、その後、当業者に既知の方法及び技術を使用して設計及び作製され得る適切なＤＮＡプローブとハイブリダイズすることができる。ハイブリダイゼーションの後、結合していないあらゆるプローブが一連の洗浄により除去されてもよく、細胞の核が青い蛍光を発するＤＮＡ特異的染料であるＤＡＰＩ（４’，６ジアミジノ−２−フェニルインドール）で対比染色される。プローブ（複数可）のハイブリダイゼーションは、適切な励起及び蛍光フィルターを備えた蛍光顕微鏡を使用して見られ、蛍光シグナルの視覚化を可能にする。当該技術分野において既知のＦＩＳＨ法の他の変形も、本明細書中において開示されている方法により選択された患者を評価するのに適している。
【００９７】
いくつかの実施形態において、生体サンプル中の１つ以上の分子改変の情報を得るために使用される分析アッセイは、核酸ハイブリダイゼーションアッセイを含む。「ハイブリダイゼーション」という用語は、本明細書中で使用される場合、一般に相補的な塩基鎖の対形成により結合する核酸分子の能力を指す。そのようなハイブリダイゼーションは、適した条件及び／または状況下で核酸分子が接触させられるときに生じる可能性がある。本明細書中で使用される場合、２つの核酸分子は、２つの分子が逆平行の二本鎖核酸構造を形成することができる場合、互いに特異的にハイブリダイズすることことができると言われる。核酸分子は、それらが完全な相補性を示す場合に、別の核酸分子の「相補体」と言われる。本明細書中で使用される場合、一方の分子のすべてのヌクレオチドが他方のその塩基対合パートナーヌクレオチドと相補的であるとき、核酸分子は「完全な相補性」を示すと言われる。２つの分子は、少なくとも従来の「低いストリンジェンシー」条件下においてそれらを互いにアニーリングしたままにさせておくだけ十分な安定性で互いにハイブリダイズすることができる場合に、「最小限に相補的な」と言われる。ある場合には、これらの分子は、従来の「高いストリンジェンシー」条件下においてそれらを互いにアニーリングしたままにさせておくだけ十分な安定性で互いにハイブリダイズすることができる場合に「相補的」であると言われる。例えば、少なくとも低いストリンジェンシー条件下において他の核酸分子とハイブリダイズする核酸分子は、他の核酸分子の「ハイブリダイズ可能な同種」と言われる。従来のストリンジェンシー条件は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，  １９８９）によって、及びＨａｙｍｅｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｉｎ：  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ，  Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，  ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，  Ｄ．Ｃ．  （１９８５）によって記載されている。ゆえに、完全な相補性からの逸脱は、そのような逸脱が二本鎖構造を形成する分子の能力を完全に妨げない限り許容される。したがって、核酸分子またはそのフラグメントがプライマーまたはプローブとして働くためには、それが配列において利用される特定の溶媒及び塩濃度下において安定した二本鎖構造を形成することができるだけ十分に相補的であることだけが必要である。
【００９８】
ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する適切なストリンジェンシー条件は、例えば、約４５℃における６．０×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）に続く約５０℃における２．０×ＳＳＣの洗浄を含む。さらに、洗浄ステップの温度は、室温、約２２℃の低いストリンジェンシー条件から、約６５℃の高いストリンジェンシー条件まで増加させてもよい。温度及び塩の両方が変えられてもよく、または温度もしくは塩濃度のいずれかは、他の変数が変えられても一定に維持されてもよい。これらの条件は、当業者に既知であり、またはＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  Ｎ．Ｙ．  （１９８９），  ６．３．１−  ６．３．６に見いだせる。例えば、標的核酸配列とより低い配列同一性を有する核酸配列を選択するために、低いストリンジェンシー条件が使用されてもよい。約２０℃から約５５℃に上昇させられる温度で約０．１５Ｍから約０．９Ｍの塩化ナトリウムなどの条件を利用したい場合もある。開示されている核酸配列とより高い程度の一致を有する核酸配列を選択するために、高いストリンジェンシー条件が使用されてもよい（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，  １９８９、上記）。一実施形態において、高いストリンジェンシー条件は、約２×ＳＳＣから約１０×ＳＳＣ（３Ｍの塩化ナトリウム及び０．３Ｍのクエン酸ナトリウムを含む２０×ＳＳＣ原液から希釈される、蒸留水中ｐＨ７．０）、約２．５×から約５×デンハルト液（蒸留水中１％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミン、１％（ｗ／ｖ）フィコール、及び１％（ｗ／ｖ）ポリビニルピロリドンを含む５０×原液から希釈される）、約１０ｍｇ／ｍＬから約１００ｍｇ／ｍＬの魚の精子ＤＮＡ、及び約０．０２％（ｗ／ｖ）から約０．１％（ｗ／ｖ）ＳＤＳにおける、数時間から一晩の約５０℃から約７０℃におけるインキュベーションを用いた核酸ハイブリダイゼーションを含む。高いストリンジェンシー条件は、好ましくは５５×Ｃにおける数時間のインキュベーションを用いた６×ＳＳＣ、５×デンハルト液、１００ｍｇ／ｍＬの剪断し、変性させたサケの精子ＤＮＡ、及び０．１％（ｗ／ｖ）ＳＤＳによってもたらされる。ハイブリダイゼーションには、いくつかの洗浄ステップが続く。洗浄組成物は、一般に０．５×ＳＳＣから約１０×ＳＳＣ、及び０．０１％（ｗ／ｖ）から約０．５％（ｗ／ｖ）ＳＤＳを含み、約２０℃から約７０℃における１５分のインキュベーションを伴う。好ましくは、核酸セグメントは、６５℃における少なくとも１回の０．１×ＳＳＣ中での洗浄後にハイブリダイズしたままである。ある場合には、開示されている核酸配列とさらにはるかに高い程度の一致を有する核酸配列を選択するために、非常に高いストリンジェンシー条件が使用されてもよい。非常に高いストリンジェンシー条件は、５×ＳＳＰＥ、０．３％のＳＤＳ、２００μｇ／ｍＬの剪断し、変性させたサケの精子ＤＮＡ、及び５０％ホルムアミド中４２℃でのプレハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーションならびに２×ＳＳＣ、０．２％のＳＤＳを使用した７０℃における各１５分間の３回の洗浄と定義される。
【００９９】
いくつかの実施形態において、生体サンプル中の１つ以上の分子改変の情報を得るために使用される分析アッセイには、生体サンプル由来の核酸を、（１）１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、（２）検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイが含まれる。
【０１００】
いくつかの実施形態において、１つ以上の分子改変の存在の情報が複数の生体サンプルに対して同時に実施されるアッセイから得られるような方法が提供される。いくつかの実施形態において、複数の生体サンプルは、マルチテストプラットフォームでアッセイされてもよい。
【０１０１】
本明細書中で使用される場合、「マルチテストプラットフォーム」という用語は、１つ以上の反応混合物、懸濁液、または検出反応を収容する任意の適切な手段を包含することが意図される。したがって、多くのスクリーニング事象の結果が１つの表面にまとめられてもよく、結果として２つ以上の実験を同時に行うための複数の要素またはパーツを有するか、またはそれらから成る「マルチテストプラットフォーム」をもたらす。「マルチテストプラットフォーム」という用語は、タンパク質チップ、マイクロタイタープレート、マルチウェルプレート、マイクロカード、試験管、ペトリ皿、トレー、スライド、ならびに同種のものを包含することが意図される。いくつかの実施形態において、マルチプレックスは、複数の別々の生体サンプルのそれぞれにおける複数のスクリーニング事象を同時に行うことをさらに含んでもよい。例えば、分析される生体サンプルの数は、スライドグラス上のスポットの数及び各スポットにおいて行われる試験の数に基づく場合がある。別の例において、分析される生体サンプルの数は、マルチウェルプレートのウェルの数及び各ウェルにおいて行われる試験の数に基づく場合がある。例えば、６ウェル、１２ウェル、２４ウェル、４８ウェル、９６ウェル、３８４ウェル、１５３６ウェルまたは３４５６ウェルマイクロタイタープレートが本開示の方法に有用な場合があるが、それぞれのマイクロタイターウェルが患者の生体サンプルを含む必要はないことが当業者に認識されるであろう。マイクロタイタープレートの大きさ及び各ウェルの個々の生体サンプルの数に応じて、非常に多くの数の試験を同時に行うことができる。いくつかの実施形態において、複数の生体サンプルは、少なくとも６、１２、２４、４８、９６、２００、３８４、４００、５００、１０００、１２５０、１５００、または３０００のサンプルを含む。
【０１０２】
いくつかの実施形態において、以下に限定されるものではないがＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、ウエスタンブロッティング、質量分析、フローサイトメトリー、タンパク質マイクロアレイ、免疫蛍光法、マルチプレックス検出アッセイ、またはそれらの任意の組み合わせを含む抗体ベースのアッセイから情報が得られる。いくつかの実施形態において、抗体ベースのアッセイは、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、ＴｒｋＣ、ＡＬＫ及びＲＯＳ１ポリペプチドの１つ以上と選択的に結合する１つ以上の抗体の使用を含む。
【０１０３】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、投与のために選択されるか、または任意に少なくとも１つの追加の化学療法剤と組み合わせて癌がある個体または患者に投与される。いくつかの実施形態において、エントレクチニブ、レバスチニブ、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、スタウロスポリン、Ｃｏｍｐｏｕｎｄ  ２、または薬学的に許容されるその塩は、癌を処置するのに適切な化学療法剤として本明細書中において開示されている方法に使用される。
【０１０４】
いくつかの実施形態において、本明細書中に記載されている化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、治療有効量で患者に投与される。本明細書中で使用される場合、「治療有効量」という用語は、処置されている障害の１つ以上の症状をある程度まで軽減する、投与されている化合物（複数可）の量を意味する。癌の処置に対する言及において、治療有効量とは、（１）癌腫瘍のサイズの縮小、（２）癌腫瘍転移の阻害（すなわち、ある程度、遅らせること、好ましくは止めること）、（３）癌腫瘍増大のある程度の阻害（すなわち、ある程度、遅らせること、好ましくは止めること）、及び／または、（４）癌に関連する１つ以上の症状のある程度の軽減（または、好ましくは、取り除くこと）の効果を有する量を指す。
【０１０５】
この量は、以下に限定されるものではないが、本明細書中において開示されている生物活性組成物及び製剤の特性（その活性、薬物動態、薬力学、及びバイオアベイラビリティを含む）、処置される対象または細胞の生理学的な状態（年齢、性別、疾患のタイプ及びステージ、全身健康状態、与えられる投与量に対する応答性、ならびに薬剤の種類を含む）、製剤中の薬学的に許容される担体（複数可）の性質、ならびに投与の経路を含むさまざまな要因に応じて変化することになる。さらに、有効量または治療有効量は、本明細書中において開示されている１つ以上の生物活性組成物及び製剤が、単独で投与されるかどうか、または他の薬物（複数可）、他の療法（複数可）または他の治療法（複数可）または様式（複数可）と組み合わせて投与されるかどうかに応じて変化する場合もある。臨床及び薬理学分野の当業者は、有効量または治療有効量を定型化した実験により、すなわち、本明細書中において開示されている１つ以上の生物活性組成物及び製剤の投与に対する細胞または対象の応答を監視し、それに応じて投与量を調節することによって決定することができるであろう。この態様に関するさらなる指針は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，  ２１ｓｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，  Ｕｎｉｖ．ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｉｎ  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ  （ＵＳＩＰ），  Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，  Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，  ＰＡ，  ２００５に見出すことができる。
【０１０６】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、単一の療法剤として、または１つ以上の追加の療法剤と組み合わせて投与される。
【０１０７】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、癌があるか、またはそれに苦しむ患者に約２００ｍｇ／ｍ２から約１６００ｍｇ／ｍ２、または約２００ｍｇ／ｍ２から約１２００ｍｇ／ｍ２、または約２００ｍｇ／ｍ２から約１０００ｍｇ／ｍ２、または約４００ｍｇ／ｍ２から約１２００ｍｇ／ｍ２、または約４００ｍｇ／ｍ２から約１０００ｍｇ／ｍ２、または約８００ｍｇ／ｍ２から約１０００ｍｇ／ｍ２、または約８００ｍｇ／ｍ２から約１２００ｍｇ／ｍ２、または約８００ｍｇ／ｍ２から約１２００ｍｇ／ｍ２、または約８００ｍｇ／ｍ２から約１６００ｍｇ／ｍ２の範囲の量で投与される。いくつかの実施形態において、上記の化学療法剤は、約２００ｍｇ／ｍ２、約３００ｍｇ／ｍ２、約４００ｍｇ／ｍ２、約５００ｍｇ／ｍ２、約６００ｍｇ／ｍ２、約７００ｍｇ／ｍ２、約８００ｍｇ／ｍ２、約９００ｍｇ／ｍ２、約１０００ｍｇ／ｍ２、約１１００ｍｇ／ｍ２、約１２００ｍｇ／ｍ２、約１３００ｍｇ／ｍ２、約１４００ｍｇ／ｍ２、約１５００ｍｇ／ｍ２、約１６００ｍｇ／ｍ２、約１７００ｍｇ／ｍ２、約１８００ｍｇ／ｍ２、約１９００ｍｇ／ｍ２、または約２０００ｍｇ／ｍ２の量で患者に投与される。いくつかの実施形態において、選択された化学療法剤、または薬学的に受け入れられるその塩は、癌があるか、もしくはそれに苦しむ患者または個体に２から５０日間の処置期間、複数回の投与量で投与される。いくつかの実施形態において、選択された化学療法剤、または薬学的に受け入れられるその塩は、癌があるか、もしくはそれに苦しむ患者または個体に５から４２日間の処置期間にわたって１用量当たり約５０から約２００ｍｇ／ｋｇの複数回の投与量で投与される。いくつかの実施形態において、選択された化学療法剤、または薬学的に受け入れられるその塩は、癌があるか、またはそれに苦しむ患者に約６０ｍｇ／ｋｇの１日２回（ＢＩＤ）の経口投与により、１週間当たり７回投与される。いくつかの実施形態において、選択された化学療法剤、または薬学的に受け入れられるその塩は、癌があるか、またはそれに苦しむ患者に約６０ｍｇ／ｋｇの１日２回（ＢＩＤ）の経口投与により、１週間当たり７回、６週間、１週間おきに（すなわち、１週間薬あり、１週間薬なし）投与される。
【０１０８】
いくつかの実施形態は、本明細書中に記載されている任意の方法を含み、選択された化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩は、癌があるか、またはそれに苦しむ患者に約０．０１ｍｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ、または約０．０２ｍｇ／ｋｇから約５０ｍｇ／ｋｇ、または約０．０５ｍｇ／ｋｇから約２５ｍｇ／ｋｇ、または約０．１ｍｇ／ｋｇから約２０ｍｇ／ｋｇ、または約０．２ｍｇ／ｋｇから約１０ｍｇ／ｋｇ、または約０．５ｍｇ／ｋｇから約５ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇから約２ｍｇ／ｋｇの範囲の量で投与される。
【０１０９】
本明細書中において開示されている方法のいくつかの実施形態において、本明細書中に記載されている化学療法剤は、１つ以上のそのような薬剤を含む医薬組成物の患者への投与によってそれを必要とする癌患者に投与されてもよい。特に、そのような医薬組成物は、１つ以上の本明細書中に記載されている化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩、及び少なくとも１つの薬学的に許容される賦形剤を含んでもよい。
【０１１０】
いくつかの実施形態において、そのような医薬組成物は、さまざまな成分の物理的混合物を固体、液体、またはゲルキャップ形態で含んでもよい。他の実施形態は、例えば、少なくとも２つの活性成分が錠剤の別々の層または領域に配置され、任意に最初の２つの成分間の接触を妨げるために、例えば、糖の層または他の不活性バリアなどの第３の材料によって分離される二層または三層錠剤などの単一の投与単位または剤形に少なくとも２つの別々の成分を含んでもよい。他の実施形態において、２つ以上の活性成分が別々に個々の投与単位に製剤化され、それは、その後、投与を容易にするために一緒に包装される。一実施形態は、複数の個々の投与単位を含むパッケージを含む。この実施形態は、例えば、ブリスター包装を含んでもよい。ブリスター包装の一実施形態において、複数のブリスター包装された投与単位が単一のシート上に存在し、一緒に投与されるそうした単位がブリスター包装の同じブリスターまたは近くのブリスターに包装される。あるいは、２つの活性成分が同時または逐次使用のために一緒に包装される任意の他の包装が使用されてもよい。
【０１１１】
いくつかの実施形態は、本明細書中に記載されている任意の化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩の、哺乳動物における異常な細胞増殖の処置のための薬剤の製造への使用に関する。本開示は、本明細書中に記載されている任意の化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩の、哺乳動物における癌性または非癌性の異常な細胞増殖の処置のための薬剤の製造への使用にさらに関する。いくつかの実施形態において、異常な細胞増殖は、癌性である。別の実施形態では、異常な細胞増殖は、非癌性である。
【０１１２】
いくつかの実施形態は、本明細書中に記載されている化学療法剤、または薬学的に許容されるその塩、薬学的に許容される担体及び、任意に、少なくとも１つの追加の薬物もしくは医薬品を含む医薬組成物に関する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの追加の薬物または医薬品は、以下に記載されるような抗癌剤である。
【０１１３】
薬学的に許容される担体は、従来の医薬担体または賦形剤を含んでもよい。適した医薬担体は、不活性希釈剤または増量剤、水及びさまざまな有機溶媒（水和物及び溶媒和物など）を含む。本医薬組成物は、必要に応じて、香味料、結合剤、賦形剤ならびに同種のものなどの追加の成分を含んでもよい。したがって、クエン酸などのさまざまな賦形剤を含む経口投与用の錠剤が、デンプン、アルギン酸及び特定の複合ケイ酸塩などのさまざまな崩壊剤ならびにショ糖、ゼラチン及びアラビアゴムなどの結合剤と一緒に利用されてもよい。さらに、ステアリン酸マグネシウム、ラウリル硫酸ナトリウム及びタルクなどの滑沢剤は、錠剤にするために有用な場合が多い。類似のタイプの固体組成物が、軟及び硬ゼラチンカプセルに利用されてもよい。よって、材料の非限定例としては、ラクトースまたは乳糖及び高分子量ポリエチレングリコールが挙げられる。水性懸濁剤またはエリキシル剤が経口投与のために望まれる場合は、その中の活性化合物は、水、エタノール、プロピレングリコール、グリセリン、またはそれらの組み合わせなどの希釈剤と一緒にさまざまな甘味料、香味料、着色剤または色素、必要に応じて、乳化剤または懸濁化剤と組み合わされてもよい。
【０１１４】
本医薬組成物は、例えば、錠剤、カプセル、丸薬、粉末、徐放性製剤、液剤懸濁剤として経口投与に適した形態、または無菌性液剤、懸濁剤もしくはエマルジョンとして非経口注射に適した形態、または軟膏もしくはクリームとして局所投与に適した形態、または座剤として直腸投与に適した形態であってもよい。
【０１１５】
典型的な非経口投与形態としては、滅菌水溶液、例えば、水性プロピレングリコールまたはデキストロース溶液中の活性化合物の溶液または懸濁液が挙げられる。そのような剤形は、必要に応じて適切に緩衝されてもよい。
【０１１６】
本医薬組成物は、正確な投与量の単回投与に適した単位剤形であってもよい。
【０１１７】
いくつかの実施形態において、本組成物は、治療有効量の本明細書において開示されている化合物及び薬学的に許容される担体を含む。
【０１１８】
本明細書中に記載されている化合物は、当業者が適していると認識できる任意の医薬形態として以下に記載されているとおりの医薬組成物に製剤化されてもよい。本開示の医薬組成物は、治療有効量の本明細書中において開示されている少なくとも１つの化合物及び不活性の薬学的に許容される担体または希釈剤を含む。
【０１１９】
本明細書中において開示されている１つ以上の突然変異受容体チロシンキナーゼが関係する疾患または状態を処置または予防するために、治療有効量の少なくとも１つの化合物（活性成分として）を１つ以上の薬学的に適した担体と組み合わせることによって調製された適した製剤として医薬組成物が投与され、この担体は、例えば、希釈剤、賦形剤及び活性化合物の最終的な医薬調製物への加工を容易にする助剤から選択されてもよい。
【０１２０】
利用される医薬担体は、固体または液体のいずれかでよい。例となる固体担体は、ラクトース、スクロース、タルク、ゼラチン、寒天、ペクチン、アラビアゴム、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸及び同種のものである。例となる液体担体は、シロップ、ピーナッツ油、オリーブ油、水及び同種のものである。同様に、本発明の組成物は、グリセリルモノステアラートもしくはグリセリルジステアレートなどの当該技術分野において既知の時間遅延または持続放出材料を単独で、またはワックス、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、メチルメタクリラートもしくは同種のものとともに含んでもよい。所望の製剤特性を達成するために、さらなる添加剤または賦形剤が添加されてもよい。例えば、Ｌａｂｒａｓｏｌ、Ｇｅｌｕｃｉｒｅ、もしくは同種のものなどのバイオアベイラビリティ促進剤、またはＣＭＣ（カルボキシ−メチルセルロース）、ＰＧ（プロピレングリコール）、もしくはＰＥＧ（ポリエチレングリコール）などの製剤化剤が添加されてもよい。Ｇｅｌｕｃｉｒｅ（登録商標）、光、水分及び酸化から活性成分を保護する半固体ビヒクルが、例えば、カプセル製剤を調製するときに添加されてもよい。
【０１２１】
固体担体が使用される場合、調製物は、錠剤にされても、粉末もしくはペレット形態で硬ゼラチンカプセル中に入れられても、またはトローチもしくは薬用キャンディーに形成されてもよい。固体担体の量は変化することもあるが、一般に約２５ｍｇから約１ｇになる。液体担体が使用される場合、調製物は、シロップ、エマルジョン、軟ゼラチンカプセル、アンプルもしくはバイアル中の無菌性の注入可能な溶液または懸濁液または非水性液体懸濁液の形態であってもよい。半固体担体が使用される場合、調製物は、硬及び軟ゼラチンカプセル製剤の形態であってもよい。本発明の組成物は、投与の様式、例えば、非経口または経口投与に適した単位剤形に調製される。
【０１２２】
安定した水溶性の投与形態を得るために、化合物の塩が、コハク酸またはクエン酸の０．３Ｍ溶液などの有機または無機酸の水溶液に溶解されてもよい。可溶性塩の形態が利用できない場合、薬剤は、適した共溶媒または共溶媒の組み合わせに溶解されてもよい。適した共溶媒の例としては、全体積の０から６０％の範囲の濃度のアルコール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール３００、ポリソルベート８０、グリセリン及び同種のものが挙げられる。典型的な実施形態において、化合物は、ＤＭＳＯに溶解され、水で希釈される。本組成物はまた、水もしくは生理食塩水またはデキストロース溶液などの適切な水性ビヒクル中の塩形態の活性成分の溶液の形態であってもよい。
【０１２３】
適切な製剤は、選択される投与の経路によって決まる。化合物の注射用の薬剤は、水溶液、好ましくは、ハンクス液、リンゲル液、または生理学的食塩緩衝液などの生理学的に適合した緩衝液中の水溶液に製剤化されてもよい。経粘膜投与に対しては、通過させる関門に適切な浸透剤が製剤中に使用される。そのような浸透剤は、一般に当該技術分野においてよく知られている。
【０１２４】
経口投与に対しては、本化合物は、活性化合物を当該技術分野において既知の薬学的に許容される担体と組み合わせることによって製剤化することができる。そのような担体は、本開示の化合物が処置される対象に経口摂取されるための錠剤、丸剤、糖衣錠、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ、スラリー、懸濁剤及び同種のものとして製剤化されるのを可能にする。経口使用のための医薬調製物は、活性成分（薬剤）との混合物に固体賦形剤を使用して得られてもよく、任意に得られた混合物を粉砕し、適した助剤を添加した後、細粒の混合物を加工して、必要に応じて、錠剤または糖衣錠コアを得る。適した賦形剤としては、以下のものが挙げられる：増量剤、例えば、ラクトース、スクロース、マンニトール、またはソルビトールを含む糖；及びセルロース調製物、例えば、トウモロコシデンプン、小麦デンプン、米デンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、ガム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、またはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）。必要に応じて、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、またはアルギン酸もしくはアルギン酸ナトリウムなどのその塩などの崩壊剤が添加されてもよい。
【０１２５】
糖衣錠コアは適したコーティングとともに提供される。この目的に対して、濃縮した糖溶液が使用されてもよく、これは、任意にアラビアゴム、ポリビニルピロリドン、Ｃａｒｂｏｐｏｌゲル、ポリエチレングリコール、及び／または二酸化チタン、ラッカー溶液、ならびに適した有機溶媒または溶媒混合物を含んでもよい。識別のため、または活性薬剤のさまざまな組み合わせを特徴づけるために錠剤または糖衣錠コーティングに色素または着色剤が添加されてもよい。
【０１２６】
経口で使用されてもよい医薬調製物としては、ゼラチンでできたプッシュフィットカプセル、ならびにゼラチン及びグリセロールまたはソルビトールなどの可塑剤でできた密封軟カプセルが挙げられる。プッシュフィットカプセルは、ラクトースなどの増量剤、デンプンなどの結合剤、及び／またはタルクもしくはステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤、ならびに、任意に、安定剤との混合物中に活性成分を含んでもよい。軟カプセルでは、活性薬剤は、脂肪油、液体パラフィン、または液体ポリエチレングリコールなどの適した液体に溶解されるか、または懸濁されてもよい。さらに、安定剤が添加されてもよい。経口投与用のすべての製剤は、そのような投与に適した投与量でなければならない。頬側投与に対して、本組成物は、従来の様式で製剤化された錠剤または薬用ドロップの形態をとってもよい。
【０１２７】
鼻腔内投与または吸入による投与に対して、本開示による使用のための化合物は、適した噴射剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素もしくはその他の適した気体の使用を伴う加圧パックまたはネブライザーからのエアロゾルスプレー押出しの形態で好都合に送達されてもよい。加圧エアロゾルの場合、投与単位は、定量を送達するためのバルブを設けることによって決定されてもよい。化合物及びラクトースまたはデンプンなどの適した粉末基剤の粉末混合物を含む、インヘラーまたは吸入器及び同種のものに使用するためのゼラチンのカプセル及びカートリッジが製剤化されてもよい。
【０１２８】
本化合物は、注射、例えば、ボーラス注射または継続的な注入による非経口投与のために製剤化されてもよい。注射用製剤は、保存料が添加された単位剤形、例えば、アンプルまたは複数回用量容器として提示されてもよい。本組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁液、溶液またはエマルジョンのような形態をとってもよく、懸濁化剤、安定化剤及び／または分散剤などの製剤に関連する薬剤を含んでもよい。
【０１２９】
非経口投与用の医薬製剤としては、水溶性形態の活性化合物の水溶液が挙げられる。さらに、活性薬剤の懸濁液が、適切な油性注射懸濁液として調製されてもよい。適した親油性溶媒またはビヒクルとしては、ゴマ油などの脂肪油またはオレイン酸エチルもしくはトリグリセリドなどの合成脂肪酸エステル、あるいはリポソームが挙げられる。水性注射懸濁液は、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、またはデキストランなどの懸濁液の粘度を高める物質を含んでもよい。任意に、懸濁液は、適した安定剤または化合物の溶解度を高めて、極めて濃縮された溶液の調製を可能にさせる薬剤も含んでよい。
【０１３０】
あるいは、活性成分は、使用前に適したビヒクル、例えば、滅菌パイロジェンフリー水により構成するための粉末形態であってもよい。
【０１３１】
上記の製剤に加えて、本化合物はまた、デポー調製物として製剤化されてもよい。そのような長時間作用性製剤は、植込み（例えば、皮下もしくは筋肉内）によって、または筋肉内注射によって投与されてもよい。したがって、例えば、本化合物は、適したポリマーもしくは疎水性材料（例えば、許容できる油中のエマルジョンとして）またはイオン交換樹脂とともに製剤化されてもよく、あるいはやや可溶性の誘導体として、例えば、やや可溶性の塩として製剤化されてもよい。疎水性化合物のための医薬担体は、ベンジルアルコール、非極性界面活性剤、水混和性有機ポリマー、及び水相を含む共溶媒系である。共溶媒系は、ＶＰＤ共溶媒系であってもよい。ＶＰＤは、無水エタノール中で体積にされた３％ｗ／ｖのベンジルアルコール、８％ｗ／ｖの非極性界面活性剤ポリソルベート８０、及び６５％ｗ／ｖのポリエチレングリコール３００の溶液である。ＶＰＤ共溶媒系（ＶＰＤ：５Ｗ）は、５％デキストロース水溶液で１：１に希釈されたＶＰＤを含む。この共溶媒系は疎水性化合物をよく溶かし、それ自体は全身的投与時に低毒性である。共溶媒系の割合は、その溶解度及び毒性特性を壊すことなく適切に変えることができる。さらに、共溶媒構成成分の素性が変えられてもよく、例えば、ポリソルベート８０の代わりに他の低毒性の非極性界面活性剤が使用されてもよく、ポリエチレングリコールの分画サイズが変えられてもよく、他の生体適合性ポリマーがポリエチレングリコール、例えば、ポリビニルピロリドンに取って代わってもよく、その他の糖または多糖がデキストロースで置換されてもよい。
【０１３２】
あるいは、疎水性医薬化合物のためにその他の送達系が利用されてもよい。リポソーム及びエマルジョンは、疎水性薬物のための送達ビヒクルまたは担体の既知の例である。ジメチルスルホキシドなどの特定の有機溶媒も利用されてよいが、一般にＤＭＳＯの毒性のため、より高い毒性という代償を払う。さらに、本化合物は、療法剤を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスなどの徐放系を使用して送達されてもよい。さまざまな徐放材料が確立されて、当業者に知られている。徐放カプセルは、化学的性質に応じて、数週間から最大１００日を超えて化合物を放出する場合もある。治療試薬の化学的性質及び生物学的安定性に応じて、タンパク質安定化のためのさらなる方策が利用されてもよい。
【０１３３】
本医薬組成物は、適した固体もしくはゲル相担体または賦形剤も含んでよい。こうした担体及び賦形剤は、可溶性が不十分な薬物のバイオアベイラビリティを著しく向上させる場合もある。そのような担体または賦形剤の例としては、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、糖、デンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、及びポリエチレングリコールなどのポリマーが挙げられる。さらに、Ｇｅｌｕｃｉｒｅ（登録商標）、Ｃａｐｒｙｏｌ（登録商標）、Ｌａｂｒａｆｉｌ（登録商標）、Ｌａｂｒａｓｏｌ（登録商標）、Ｌａｕｒｏｇｌｙｃｏｌ（登録商標）、Ｐｌｕｒｏｌ（登録商標）、Ｐｅｃｅｏｌ（登録商標）、Ｔｒａｎｓｃｕｔｏｌ（登録商標）などの添加物または賦形剤が使用されてもよい。
【０１３４】
さらに、本医薬組成物は、皮膚に直接薬物を送達するための皮膚パッチに組み込まれてもよい。
【０１３５】
当然のことながら、本開示の薬剤の実際の投与量は、使用されている特定の薬剤、製剤化された特定の組成物、投与の様式、ならびに処置されている特定の部位、宿主、及び疾患により変化することになる。所与の化合物の実験データを考慮して従来の投与量決定試験を使用する当業者は、所与のセットの条件に対する最適な投与量を突き止めることができる。経口投与に対して、一般に利用される典型的な１日当たりの用量は、適切な間隔で繰り返される処置の過程を用いて約０．００１から約１０００ｍｇ／ｋｇ体重になる。
【０１３６】
さらに、薬学的に許容される製剤は、化合物（複数可）、またはその塩もしくは溶媒和物を約１０ｍｇから約２０００ｍｇ、または約１０ｍｇから約１５００ｍｇ、または約１０ｍｇから約１０００ｍｇ、または約１０ｍｇから約７５０ｍｇ、または約１０ｍｇから約５００ｍｇ、または約２５ｍｇから約５００ｍｇ、または約５０から約５００ｍｇ、または約１００ｍｇから約５００ｍｇの量で含んでもよい。さらに、薬学的に許容される製剤は、化合物、またはその塩もしくは溶媒和物を約５０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、または約５００ｍｇの量で含んでもよい。
【０１３７】
さらに、薬学的に許容される製剤は、化合物、またはその塩もしくは溶媒和物を約０．５ｗ／ｗ％から約９５ｗ／ｗ％、または約１ｗ／ｗ％から約９５ｗ／ｗ％、または約１ｗ／ｗ％から約７５ｗ／ｗ％、または約５ｗ／ｗ％から約７５ｗ／ｗ％、または約１０ｗ／ｗ％から約７５ｗ／ｗ％、または約１０ｗ／ｗ％から約５０ｗ／ｗ％の量で含んでもよい。
【０１３８】
本明細書中において開示されている化合物、またはその塩もしくは溶媒和物は、異常な細胞増殖に苦しむ哺乳動物、例えば、ヒトに単独でまたは薬学的に許容される製剤の一部としてのいずれかで、週に１回、１日に１回、１日に２回、１日に３回、もしくは１日に４回、またはさらに高い頻度で投与されてもよい。
【０１３９】
本化合物に関して、特定の医薬製剤、投与量、及びそのような処置を必要とする哺乳動物に１日当たり与えられる用量の数は、すべて当業者の知識内にある選択であり、過度の実験を行うことなく決定することができることを当業者は理解するであろう。
【０１４０】
本明細書中において開示されている化合物の投与は、作用部位へ化合物を送達することを可能にする任意の方法によってもたらされてもよい。こうした方法としては、経口経路、十二指腸内経路、非経口注射（静脈内、皮下、筋肉内、血管内または注入を含む）、局所、及び直腸投与が挙げられる。ボーラス投与が使用されてもよく、または１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、６０、９０、１２０分以上の時間にわたる注入、もしくは任意の中間の期間の注入も使用でき、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、２０、２４時間以上続くもしくは１〜７日以上続く注入も使用できる。注入は、点滴、継続的な注入、注入ポンプ、定量ポンプ、デポー製剤、または任意の他の適した手段によって投与されてもよい。
【０１４１】
投与計画は、最適な所望の応答を得られるよう調節されてもよい。例えば、単回のボーラス投与が行われてもよく、いくつかの分割された用量が経時的に投与されてもよく、または治療状況の危急の事情によって示されるとおり用量が比例して低減もしくは増加されてもよい。投与の容易さ及び投与量の均一性のために単位剤形として非経口組成物を製剤化することが特に有利である。単位剤形とは、本明細書中で使用される場合、処置される哺乳動物対象に対する統一された投与量として適した物理的に個別の単位を指し、各単位は必要とされる医薬担体と共同して所望の治療効果をもたらすよう算出され所定の量の活性化合物を含む。単位剤形に関する仕様は、（ａ）化学療法剤の固有の特徴及び達成される特定の治療または予防効果、ならびに（ｂ）患者の感受性の処置のためのそのような活性化合物を作る技術分野に固有の制限によって決定され、それらに直接依存する。
【０１４２】
したがって、本明細書において提供される開示に基づいて、用量及び投与計画が治療分野において周知の方法により調節されることを当業者は認識するであろう。すなわち、最大耐容量は、容易に確かめることができ、検知可能な治療上の利益を患者にもたらす有効量も決定することができ、検知可能な治療上の利益を患者にもたらすために各薬剤を投与するための時間的要件も決定することができる。したがって、特定の用量及び投与計画が本明細書において例示されているが、これらの例は本開示を実践する際に患者に提供されてもよい用量及び投与計画を決して限定するものではない。
【０１４３】
投与量の値は緩和される状態のタイプ及び重症度により変化する場合もあり、単回用量または複数回用量を含んでもよいことに留意すべきである。任意の特定の対象に対して、特定の投薬計画は、個々の必要性及び組成物を投与する、または組成物の投与を管理する人の専門的な判断に従って時間とともに調節されるべきであり、本明細書中に記載されている投与量範囲は、典型的なものに過ぎず、特許請求される組成物の範囲または実務を限定する意図はないことがさらに理解されるべきである。例えば、用量は、毒の影響及び／または臨床検査値などの臨床的効果を含んでもよい薬物動態または薬力学的パラメータに基づいて調節されてもよい。したがって、本開示は、当業者によって求められる患者内用量漸増を包含する。適切な投与量及び化学療法剤の投与に関する計画を決定することは、関連分野において周知であり、本明細書中に開示されている教示が提供されれば当業者によって、達成されることが理解されるであろう。
【０１４４】
本明細書において与えられる一般的な方法の解説は、説明のために過ぎない。その他の代替的方法及び選択肢は、本開示を見直した際に当業者に明らかになるであろうし、それらは、本出願の趣旨および範囲内に含まれる。
【実施例】
【０１４５】
さらなる選択肢が以下の実施例にさらに詳細に開示するが、これは、本開示または特許請求の範囲を限定する意図は決してない。
【実施例１】
【０１４６】
エントレクチニブに対して耐性のあるＫＭ１２及びＢａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞株の形成
この実施例は、エントレクチニブ耐性ＫＭ１２細胞株及びエントレクチニブ耐性ＢＡ／Ｆ３−ＴＥＬ／ＴＲＫＡ細胞株の形成について記載する。
【０１４７】
エントレクチニブ耐性ＫＭ１２細胞の選択及び特徴づけに関する略図を図３及び図４に示す。ＴｒｋＡ融合遺伝子ＴＰＭ３−ＴｒｋＡを持つヒト結腸直腸細胞株ＫＭ１２の細胞を、初めに独立した２セットのフラスコ（Ａ及びＢとラベルを貼った）中、完全培養培地（ＲＰＭＩ培地（ＧＩＢＣＯ（登録商標））＋１０％ＦＢＳ（ウシ胎仔血清）＋ペニシリン及びストレプトマイシン）において０、１、３、１０ｎＭのエントレクチニブで処理した。０．１％ＤＭＳＯ（すなわち、未処理対照）またはエントレクチニブを含有する培養培地を３〜４日毎に変え、培養細胞をおよそ週に１回分離した。１０ｎＭのエントレクチニブで処理したＫＭ１２細胞を、その後、１０ｎＭのエントレクチニブの最初の処理の後に３０ｎＭのエントレクチニブの存在下においておよそ２週間培養した。処理のおよそ４週間後、その細胞を順次、１００ｎＭのエントレクチニブで処理し、さらに約４週間後に、３００ｎＭのエントレクチニブで処理した。処理の各段階の終わりに、細胞アリコートを、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ  Ｇｌｏ（登録商標）（Ｐｒｏｍｅｇａ）を使用して、エントレクチニブの３日間の処理による増殖阻害に関して分析した。細胞サンプルのそれぞれからＲＮＡ／ＤＮＡを抽出した。ＲＴ−ＰＣＲ及びシークエンシング解析をＢｉｏＳｅｔｔｉａ（サンディエゴ、カリフォルニア州）により実施した。
【０１４８】
エントレクチニブ耐性Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞の選択及び特徴づけに関する略図を図３及び図８に示す。投入Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞株は、組み換えＴｒｋＡ融合遺伝子ＥＴＶ６−ＴｒｋＡを持つ遺伝子操作細胞株とした。Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞を、初めに独立した２セットのフラスコ（Ａ及びＢとラベルを貼った）中、完全培養培地（ＲＰＭＩ＋１０％ＦＢＳ＋ペニシリン及びストレプトマイシン）において０及び３ｎＭのエントレクチニブで処置した。最初の処理の７日後に、３ｎＭのエントレクチニブで処理したＢａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞を、その後、独立した２セット（Ａ及びＢ）のフラスコ中、１０及び３０ｎＭのエントレクチニブにおいておよそ２週間培養した。細胞生存率をトリパンブルーにより評価し、２日毎にカウントした（図９）。２４日目に、３ｎＭのエントレクチニブで培養した細胞を三つ組みで準備し（すなわち、セットＡからの３つの複製及びセットＢからの３つの複製）、６、１２、または２４ｎＭのエントレクチニブとともにインキュベートした。Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−１０ｎＭＡ、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−６ｎＭＡ１、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−６ｎＭＡ２、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−６ｎＭＡ３、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−６ｎＭＢ１、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−６ｎＭＢ２、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−６ｎＭＢ３、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−１２ｎＭＡ１、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−１２ｎＭＡ２、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−１２ｎＭＡ３、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−１２ｎＭＢ２及びＢａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−１２ｎＭＢ３と名づけた生き残った細胞プールを増殖させ、さらに特徴づけた。親系統の細胞及びエントレクチニブ耐性細胞を、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ  Ｇｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を使用して、エントレクチニブの３日間の処理による増殖阻害に関して分析した。細胞サンプルのそれぞれからＲＮＡ／ＤＮＡを抽出した。ＲＴ−ＰＣＲ及びシークエンシング解析をＢｉｏＳｅｔｔｉａ（サンディエゴ、カリフォルニア州）により実施した。
【実施例２】
【０１４９】
ＫＭ１２細胞及びＢＡ／Ｆ３−ＴＥＬ／ＴＲＫＡ細胞における増殖阻害調査によって求められたＲＴＫ阻害薬の細胞のＩＣ５０
この実施例は、親ＫＭ１２細胞及びエントレクチニブ耐性ＫＭ１２細胞においてＲＴＫ阻害薬、例えば、エントレクチニブの抗増殖活性を評価するために開発された一般的な手順について記載する。親ＫＭ１２株及びエントレクチニブ耐性ＫＭ１２株の細胞を、トリプシン処理し、９６ウェルアッセイホワイトプレート（Ｃｏｓｔａｒ  ＃３６１０）の各ウェル当たり５，０００細胞で播いた後、エントレクチニブを含まない完全培地で一晩、インキュベートした。次の日、異なる濃度のそれぞれのＲＴＫ阻害薬、例えば、エントレクチニブ（０から１μＭ）を、ウェルに添加した。各処理条件を２回実施した。同様に、Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞を、９６ウェルアッセイホワイトプレート（Ｃｏｓｔａｒ  ＃３６１０）の各ウェル当たり５，０００細胞でエントレクチニブを含まない完全培地に播き、次の日に、二つ組で異なる濃度のそれぞれのＲＴＫ阻害薬、例えば、エントレクチニブ（０から１μＭ）で処理した。３日間のインキュベーション後、細胞生存率をＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（登録商標）試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ）を使用したルシフェラーゼに基づくＡＴＰレベル検出により測定し、ＩＣ５０を可変の傾きを用いた４−パラメータ曲線フィッティングにより求めた。
【実施例３】
【０１５０】
Ｂａ／Ｆ３−ＴＰＭ３及びＢａ／Ｆ３−ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ−Ｇ９５９Ｒ細胞株の形成
この実施例は、野生型タンパク質ＴＰＭ３−ＴｒｋＡまたはＴＰＭ３−ＴｒｋＡ−Ｇ５９５Ｒ融合タンパク質のいずれかを発現するトランスジェニックＢａ／Ｆ３細胞を形成するために実施された研究について記載する。ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ融合物をコードするｃＤＮＡを、ＰＣＲ−ベースの技術によってＫＭ１２親細胞株及びエントレクチニブ耐性細胞からクローン化した後、レンチウイルスベクターｐＶＬ−ＥＦ１ａ−ＭＣＳ−ＩＲＥＳ−Ｐｕｒｏ（ＢｉｏＳｅｔｔｉａ、サンディエゴ、カリフォルニア州）に挿入した。直接シークエンシングによりｃＤＮＡ挿入を確認した後、ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ  ｃＤＮＡまたはＴＰＭ３−ＴｒｋＡ−Ｇ５９５Ｒ  ｃＤＮＡのいずれかを含む水泡性口内炎ウイルスＧＰ（ＶＳＶＧ）シュードタイプレンチウイルスを、８μｇ／ｍＬのポリブレン（ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）により異なる感染効率（ＭＯＩ）でネズミＩＬ−３依存性プロＢ細胞Ｂａ／Ｆ３に形質導入した。形質導入Ｂａ／Ｆ３細胞を１０％ＦＢＳ及び１μｇ／ｍＬのピューロマイシンを加えたネズミＩＬ−３含有ＲＰＭＩ培地において２週間選択した。安定した細胞プールを、ネズミＩＬ−３を含まない１０％ＦＢＳ（ウシ胎仔血清）を加えたＲＰＭＩ培地（ＧＩＢＣＯ（登録商標））において４週間さらに選択した。
【実施例４】
【０１５１】
エントレクチニブ耐性ＫＭ１２細胞の単離及び特徴づけ
親ＫＭ１２細胞の６つのサンプル（各処理における複製サンプル）を、０．０１％のＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）、１ｎＭのエントレクチニブ、３ｎＭのエントレクチニブ、または１０ｎＭのエントレクチニブで約２週間処理した。細胞の形態及び倍加時間に明らかな変化は観察されなかった。２週間の処理の終わりに、１０ｎＭのエントレクチニブで処理したＫＭ１２細胞の複製サンプルを、３０ｎＭのエントレクチニブを含有する増殖培地において培養した。これらのＫＭ１２−１０ｎＭ処理細胞に関してやや遅い増殖速度が観察された。図５に示されるとおり、３日間の増殖阻害調査では、ＤＭＳＯ（ビヒクル）及び１〜１０ｎＭのエントレクチニブにおいて培養したＫＭ１２細胞（セットＡ）は、増殖阻害曲線の重なり及び類似のＩＣ５０値を示した（表３及び図５）。しかしながら、ＫＭ１２−３０ｎＭ−Ａ処理細胞は、上にシフトした増殖曲線及びＩＣ５０値の約２倍の増加を示し（表３）、これは、エントレクチニブに対する感受性の低下を示す。
【０１５２】
【表３】
2018521973.tif 000005
【０１５３】
約４週間培養培地のエントレクチニブ濃度が３０から１００μＭに増加されたとき、セットＡのＫＭ１２細胞は、最下部のプラトーの上へのシフトによって示されるとおりエントレクチニブに対する感受性がさらに低くなり（図６）、ＩＣ５０値が増加した（表４）。
【０１５４】
【表４】
2018521973.tif 000006
【０１５５】
セットＢのＫＭ１２細胞も、そのエントレクチニブに対する感受性に関して試験した（図１０及び表５）。表５に示されるとおり、セットＢの細胞を３０ｎＭ以上のエントレクチニブの濃度で培養した場合、セットＢの細胞におけるＩＣ５０値の劇的な増加が確認された。さらに、１００ｎＭのエントレクチニブを含有する培地において４週間培養した細胞の変化は、遺伝学的に安定であったことがわかった。この結論は、１００ｎＭのエントレクチニブ（ＫＭ１２−１００ｎＭ−Ｂ）の存在下における４週間の培養期間後、ＩＣ５０値は、エントレクチニブを細胞培養培地から取り除いた（ＫＭ１２−１００ｎＭ−Ｂ（薬物なし））後でも安定していたことがわかったという観察結果から導き出され、これは、これらの細胞の変化がゲノムレベルであったことを示唆する。
【０１５６】
【表５】
2018521973.tif 000007
【０１５７】
３００ｎＭのエントレクチニブによる４週間の処理後、セットＡ及びセットＢの両方のＫＭ１２細胞プールのそれぞれからＲＮＡを単離した後、ＲＴ−ＰＣＲ及びシークエンシング解析に供した。図７及び表６に示されるとおり、セットＡの細胞プールのＴｒｋＡキナーゼドメインに突然変異は見つからなかったが、セットＢの細胞は、ＴｒｋＡキナーゼドメインの位置Ｇ５９５及びＧ６６７に２つの点突然変異を持っていることがわかった（表６）。特に、残基Ｇ５９５においてＧｌｙからＡｒｇへの置換（すなわち、Ｇ５９５Ｒ）が特定され、残基Ｇ６６７におけるＧｌｙからＣｙｓへの置換（すなわち、Ｇ６６７Ｃ）が特定された（図７）。
【０１５８】
【表６】
2018521973.tif 000008
【０１５９】
いかなる特定の理論に縛られるものではないが、耐性の２つのメカニズムの可能性が考えられる。セットＡでは、ＫＭ１２の耐性は、他のシグナル伝達経路が影響を受けたバイパスメカニズムである可能性があろう。この可能性は、ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ遺伝子に突然変異がないという観察結果によって裏付けられる。セットＢでは、ヌクレオチドＧからＴへの変化（表６及び図７を参照）が、結果として３０〜１００ｎＭの間のエントレクチニブにおいて培養したＫＭ１２細胞のエクソン１５にミスセンス突然変異（Ｇ６６７Ｃ）をもたらした。しかしながら、１００ｎＭから３００ｎＭの範囲のエントレクチニブ濃度においてさらに４週間細胞を培養した場合、ＧからＡへの変化（図７）が、結果としてエクソン１４のＧ５９５Ｒにもたらされたが、Ｇ６６７Ｃ突然変異はこれらの細胞では観察されなかった。
【０１６０】
（１００ｎＭのエントレクチニブにおいて培養した）Ｇ６６７Ｃ突然変異を持つＫＭ１２細胞は、４週間の１００ｎＭのエントレクチニブの除去がＧ６６７Ｃ突然変異を逆行させなかったため遺伝学的に安定であることがわかった（表６）。図１の配列アライメントにおいて、ＴｒｋＡのアミノ酸の番号付けは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿００２５２０．２を有するＴｒｋＡの完全長型配列を基準にしている。ＴｒｋＢ及びＴｒｋＣの対応するアミノ酸の番号付けを表１及び７に示す。
【０１６１】
【表７】
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【実施例５】
【０１６２】
エントレクチニブ耐性Ｂａ／Ｆ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ細胞の単離及び特徴づけ
親Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞をＲＴＫ阻害薬、エントレクチニブにより上記実施例４に記載される処置計画で処理した。実施例４に記載されている手順を使用することによってエントレクチニブ耐性Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞を単離し、続いて特徴づけた。１０ｎＭエントレクチニブ耐性Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡの細胞プールを２週間の選択後に確立した（図９）。意外なことに、図１１Ａ及び１１Ｂに示されるとおり、１０ｎＭエントレクチニブ耐性Ｂａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡ−１０ｎＭＡ細胞プールは、対照親株のものより１００倍超高いＩＣ５０を示し、これは、これらの細胞のエントレクチニブに対する感受性の劇的な低下を示す。図１５に示されるとおり、これらのエントレクチニブ耐性Ｂａｆ３−ｔｒｋＡ（Ａ）細胞は、エントレクチニブ耐性ＫＭ１２細胞株に関して実施例４において上で述べたのと同じＧ６６７Ｃ及びＧ５９５Ｒ突然変異を持つことがわかった。さらに、図１９に示されるとおり、１２ｎＭのエントレクチニブのＢａ／Ｆ３−Ｔｅｌ／ＴｒｋＡの異なる処理は、結果として複数のクローンにＧ６６７Ｃ変化をもたらし、これはまた実施例４において上で述べたエントレクチニブ−ＫＭ１２耐性細胞において特定された同じ変化であった。
【実施例６】
【０１６３】
エントレクチニブ耐性ＫＭ１２細胞及びエントレクチニブ耐性のＢａ／Ｆ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ細胞の増殖を阻害することができる化合物の特定
この実施例は、Ｇ５９５ＲまたはＧ６６７Ｃ突然変異のいずれかを持っている突然変異ＫＭ１２及びＢａ／Ｆ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ細胞の増殖を阻害する能力に関して多くの化学化合物をスクリーニングするために上記実施例２に記載されている実験手順を使用して実施した調査について記載する。そのような化合物は、特定されると、受容体チロシンキナーゼの阻害薬に対して耐性を持つようになった癌患者の処置に有用であろう。この実験では、Ｂａ／Ｆ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ、Ｂａ／Ｆ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ−１０ｎＭＡ（Ｇ５９５Ｒ）、ＫＭ１２−ＤＭＳＯ、ＫＭ１２−３０ｎＭ１０１−Ｂ（Ｇ６６７Ｃ）、ＫＭ１２−１００ｎＭ１０１−Ｂ（Ｇ６６７Ｃ）、ＫＭ１２−３００ｎＭ１０１−Ｂ（Ｇ５９５Ｒ）の細胞株のそれぞれを多くの化学化合物に対してスクリーニングした。そのような化合物の適例を表２及び８〜９に列挙する。
【０１６４】
図２７及び３０ならびに下記表８〜９に示されるとおり、エントレクチニブ、レバスチニブ、スタウロスポリン、ＮＶＰ−ＴＡＥ６８４、及びＣｏｍｐｏｕｎｄ  ２はそれぞれ、ＴｒｋＡ−Ｇ５９５Ｃ突然変異またはＴｒｋＡ−Ｇ６６７Ｃ突然変異を持つ突然変異細胞に対して有意な阻害活性を示した。
【０１６５】
【表８】
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【０１６６】
【表９】
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【実施例７】
【０１６７】
ＮＴＲＫ１野生型及びさまざまな突然変異ＮＴＲＫ１を発現するＢａ／Ｆ３細胞株の増殖の阻害におけるエントレクチニブ及びＬＯＸＯ−１０１の活性
この実施例は、野生型及びさまざまな突然変異を持つ突然変異Ｂａ／Ｆ３−ｔｅｌ／ＴｒｋＡ細胞の増殖を阻害するエントレクチニブ及びＬＯＸＯ−１０１化合物の能力を調査するために上記実施例２に記載されている実験手順を使用して実施した調査について記載する。この実験では、エントレクチニブ及びＬＯＸＯ−１０１のそれぞれを表１０の変異体に対してスクリーニングした。
【０１６８】
【表１０】
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【実施例８】
【０１６９】
ＮＴＲＫ１野生型及びさまざまな突然変異ＮＴＲＫ１を発現するＢａ／Ｆ３細胞株の増殖の阻害におけるエントレクチニブ、ＬＯＸＯ−１０１、及びスタウロスポリンの活性
この実施例は、野生型及びさまざまな突然変異を持つ突然変異Ｂａ／Ｆ３−ｔｅｌ／ｔｒｋＡ細胞の増殖を阻害するエントレクチニブ、ＬＯＸＯ−１０１、及びスタウロスポリン化合物の能力を調査するために、上記実施例２に記載されている実験手順を使用して実施した調査について記載する。この実験では、エントレクチニブ、ＬＯＸＯ−１０１、及びスタウロスポリンのそれぞれを表１１の変異体に対してスクリーニングした。
【０１７０】
【表１１】
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【０１７１】
以下に限定されるものではないが、学術論文、教科書、特許及び特許出願を含む本明細書中において開示されているすべての参考文献は、本明細書において述べられている主題に関して、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。ただし、本明細書中で引用されるいかなる参考文献も先行技術を構成することを認めるものではない。本開示全体をとおして、さまざまな情報源が言及され、参照により組み込まれる。情報源としては、例えば、科学学術論文、特許文献、教科書、及びワールドワイドウェブブラウザ・インアクティブページアドレスが挙げられる。そのような情報源に対する言及は、単に出願時における一般的な最新技術の指標を提供するために過ぎない。それぞれ及びすべての情報源の内容及び教示は、本明細書中において開示されている実施形態を作製し、使用するために当業者が信用し、使用することができるが、特定の情報源のいかなる考察及び解説も、そのような解説が本分野における一般的な見解として広く受け入れられていたことを認めるものと決して見なされるべきではない。
【０１７２】
本明細書において与えられる一般的な方法の解説は、単に説明のためであることが意図される。これは、網羅的であること、または本開示を限定することは意図されない。特定の実施形態の個々の態様または特徴は、明確に示されていない、または記載されていない場合でも、一般にその特定の実施形態に限定されず、適切な場合、置き換え可能であり、選択された実施形態に使用されてもよい。本開示の任意の態様または特徴が、本明細書中において開示されている任意の他の態様、特徴または態様及び特徴の組み合わせと組み合わされてもよいことが特に意図される。他の代替的方法及び実施形態は、本開示の検討時に当業者に明らかになり、それは本出願の趣旨および範囲内に含まれる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１２Ｃ】
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【図１２Ｄ】
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【図１２Ｅ】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成30年1月30日(2018.1.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌腫瘍を有する患者を処置するための薬剤の製造におけるＴｒｋ阻害化合物の使用であって、前記腫瘍は、突然変異Ｔｒｋタンパク質をコードする核酸を含むことが決定され、前記突然変異Ｔｒｋタンパク質は、
（ｉ）配列番号：１に記載のＴｒｋＡポリペプチドのＶ５７３、Ｆ５８９、Ｇ５９５及びＧ６６７；
（ｉｉ）配列番号：３に記載のＴｒｋＢポリペプチドのＶ６１９、Ｆ６３３、Ｇ６３９及びＧ７０９；
（ｉｉｉ）配列番号：５に記載のＴｒｋＣポリペプチドのＶ６０３、Ｆ６１７、Ｇ６２３及びＧ６９６；
から選択されるアミノ酸位置において少なくとも１つの突然変異を含む、使用。
【請求項２】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ５７３に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項３】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ５７３Ｍ）である、請求項２に記載の使用。
【請求項４】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ５８９に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項５】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ５９８Ｌ）である、請求項４に記載の使用。
【請求項６】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ５９５に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項７】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ５９５Ｒ）である、請求項６に記載の使用。
【請求項８】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＡポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６６７に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項９】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６６７Ｃ）である、請求項８に記載の使用。
【請求項１０】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６６７Ａ）である、請求項８に記載の使用。
【請求項１１】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６６７Ｓ）である、請求項８に記載の使用。
【請求項１２】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６１９に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項１３】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６１９Ｍ）である、請求項１２に記載の使用。
【請求項１４】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６３３に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項１５】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６３３Ｌ）である、請求項１４に記載の使用。
【請求項１６】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６３９に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項１７】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６３９Ｒ）である、請求項１６に記載の使用。
【請求項１８】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＢポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ７０９に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項１９】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ７０９Ｃ）である、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ７０９Ａ）である、請求項１８に記載の使用。
【請求項２１】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ７０９Ｓ）である、請求項１８に記載の使用。
【請求項２２】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｖ６０３に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項２３】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＶａｌからＭｅｔへの置換（Ｖ６０３Ｍ）である、請求項２２に記載の使用。
【請求項２４】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｆ６１７に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項２５】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＰｈｅからＬｅｕへの置換（Ｆ６１７Ｌ）である、請求項２４に記載の使用。
【請求項２６】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６２３に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項２７】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＡｒｇへの置換（Ｇ６２３Ｒ）である、請求項２６に記載の使用。
【請求項２８】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、前記ＴｒｋＣポリペプチドのアミノ酸残基Ｇ６９６に対応する位置にある、請求項１に記載の使用。
【請求項２９】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＣｙｓへの置換（Ｇ６９６Ｃ）である、請求項２８に記載の使用。
【請求項３０】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＡｌａへの置換（Ｇ６９６Ａ）である、請求項２８に記載の使用。
【請求項３１】
前記１つ以上のアミノ酸突然変異は、ＧｌｙからＳｅｒへの置換（Ｇ６９６Ｓ）である、請求項２８に記載の使用。
【請求項３２】
前記癌は、未分化大細胞リンパ腫（ＡＬＣＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、胆管細胞癌、胃癌、膠芽腫（ＧＢＭ）、平滑筋肉腫、メラノーマ、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肺扁平上皮癌、神経芽腫（ＮＢ）、卵巣癌、膵癌、前立腺癌、甲状腺髄様癌、乳癌、乳頭様甲状腺癌、またはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１から３１のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３３】
前記腫瘍は、核酸シークエンシング、核酸増幅ベースのアッセイ、核酸ハイブリダイゼーションアッセイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、リアルタイムＰＣＲ、定量的逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、ＰＣＲ−ＲＦＬＰアッセイ、ＨＰＬＣ、質量分析ジェノタイピング、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、またはそれらの任意の組み合わせから選択される分析アッセイを使用して突然変異Ｔｒｋタンパク質をコードする核酸を含むことが決定される、請求項１から３２のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３４】
前記分析アッセイは、対立遺伝子特異的ポリメラーゼ連鎖反応または次世代シークエンシングである、請求項３３に記載の使用。
【請求項３５】
前記分析アッセイは、腫瘍サンプルからの核酸を、前記１つ以上の突然変異をコードする核酸配列と相補的な核酸配列を含み、検出可能な標識をさらに含む核酸プローブと接触させることを含む核酸ハイブリダイゼーションアッセイである、請求項３３に記載の使用。
【国際調査報告】
2018521973.tif 000056
2018521973.tif 000057
2018521973.tif 000058
2018521973.tif 000059
2018521973.tif 000060
2018521973.tif 000061