(57)【要約】本発明は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）の処置および検出に使用することが可能な新規の抗ＨＩＶ抗体に関する。これらの抗体は高度な感受性を示し、広範囲の特異性を提供することが可能である。一態様では、単離された抗ＨＩＶ抗体などの抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗ＨＩＶ抗体は１ｎＭまたはそれ未満の親和性でＨＩＶのＮ−グリカンエピトープに結合するまたは結合することができる。一部の実施形態では、抗体はＨＩＶを中和するまたは中和することができる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
１ｎＭまたはそれ未満の親和性でＨＩＶのＮ−グリカンエピトープに結合するまたは結合することができる抗ＨＩＶ抗体。
【請求項２】
ＨＩＶを中和するまたは中和することができる、請求項１に記載の抗体。
【請求項３】
広域中和抗体である、請求項１〜２のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４】
ＨＩＶがＨＩＶ−１である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項５】
ＨＩＶがグループＭ  ＨＩＶ−１である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項６】
ＨＩＶがＨＩＶ−１クレードＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはその任意の組合せ、サブタイプ、もしくは循環組換え形態（ＣＲＦ）である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項７】
糖鎖操作されてＦｃ領域でのオリゴ糖が改変されており、糖鎖操作されていない抗体と比べた場合、増加したＡＤＣＣエフェクター機能を有する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項８】
モノクローナル抗体である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項９】
ヒト抗体である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１０】
ヒト化抗体である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１１】
キメラ抗体である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１２】
完全長ＩｇＧクラス抗体である、請求項９〜１１のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１３】
抗体断片である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１４】
一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１５】
（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および
（ｃ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１６】
（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
をさらに含む、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１８】
（ａ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および
（ｃ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項１９】
（ａ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
をさらに含む、請求項１８に記載の抗体。
【請求項２０】
（ａ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含む、請求項１〜１４のいずれかに記載の抗体。
【請求項２１】
（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および
（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項２２】
（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
をさらに含む、請求項２１に記載の抗体。
【請求項２３】
（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項２４】
（ａ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および
（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項２５】
（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
をさらに含む、請求項２４に記載の抗体。
【請求項２６】
（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項２７】
（ａ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；
（ｃ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および
（ｄ）配列番号１０のアミノ酸配列を有するＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項２８】
（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；
（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；および
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸配列を有するＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項２９】
（ａ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および
（ｃ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項３０】
（ａ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号５８アミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
をさらに含む、請求項２９に記載の抗体。
【請求項３１】
（ａ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項３２】
（ａ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および
（ｃ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項３３】
（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；
（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および
（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項３４】
（ａ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号２８アミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
をさらに含む、請求項３３に記載の抗体。
【請求項３５】
（ａ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；
（ｂ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号６８アミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
をさらに含む、請求項３３に記載の抗体。
【請求項３６】
（ａ）配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；
（ｂ）配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；または
（ｃ）（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項３７】
（ａ）配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；
（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；または
（ｃ）（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項３８】
（ａ）配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；または
（ｃ）（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項３９】
（ａ）配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；
（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；または
（ｃ）（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４０】
（ａ）配列番号９のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；および
（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を有するＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４１】
（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；および
（ｂ）配列番号１２のアミノ酸配列を有するＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４２】
（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；
（ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列；または
（ｃ）（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４３】
（ａ）配列番号１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；または
（ｂ）（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４４】
（ａ）配列番号１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；または
（ｂ）（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４５】
（ａ）配列番号１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；または
（ｂ）（ａ）でのＶＨ配列、および配列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４６】
（ａ）配列番号１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列；または
（ｂ）（ａ）でのＶＨ配列、および配列番号６５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列
を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４７】
（ａ）表４のＣＤＲ−Ｈ１、表４のＣＤＲ−Ｈ２、表４のＣＤＲ−Ｈ３、もしくはその任意の組合せ；
（ｂ）表５のＣＤＲ−Ｌ１、表５のＣＤＲ−Ｌ２、表５のＣＤＲ−Ｌ３、もしくはその任意の組合せ；
（ｃ）表４のＶＨ配列、表５のＶＬ配列、もしくは両方；または
（ｄ）（ａ）、（ｂ）、もしくは（ｃ）の任意の組合せ
を含まない、請求項１〜４７のいずれか一項に記載の抗体。
【請求項４８】
請求項１〜４７のいずれか一項に記載の抗体をコードする単離された核酸。
【請求項４９】
請求項４８に記載の核酸を含むベクター。
【請求項５０】
請求項４９に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項５１】
抗体を産生する方法であって、前記抗体が産生されるように請求項５０に記載の宿主細胞を培養するステップを含む方法。
【請求項５２】
請求項１〜４７のいずれか一項に記載の抗体および治療剤を含む免疫コンジュゲート。
【請求項５３】
請求項１〜４７のいずれか一項に記載の抗体および薬学的に許容される担体を含む医薬製剤。
【請求項５４】
医薬として使用するための請求項１〜４７のいずれかに記載の抗体または請求項５２に記載の免疫コンジュゲート。
【請求項５５】
ＨＩＶ感染またはＡＩＤＳを処置するための請求項１〜４７のいずれかに記載の抗体または請求項５２に記載の免疫コンジュゲートの使用。
【請求項５６】
医薬の製造における請求項１〜４７のいずれかに記載の抗体または請求項５２に記載の免疫コンジュゲートの使用。
【請求項５７】
前記医薬がＨＩＶ感染またはＡＩＤＳの処置のためのものである、請求項５６に記載の使用。
【請求項５８】
前記医薬がＨＩＶを中和するためのものである、請求項５６〜５７のいずれかに記載の使用。
【請求項５９】
前記抗体が広域中和抗体である、請求項５６〜５８のいずれかに記載の使用。
【請求項６０】
ＨＩＶがＨＩＶ−１である、請求項５６〜５９のいずれかに記載の使用。
【請求項６１】
ＨＩＶがグループＭ  ＨＩＶ−１である、請求項５６〜６０のいずれかに記載の使用。
【請求項６２】
ＨＩＶがＨＩＶ−１クレードＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはその任意の組合せ、サブタイプ、もしくはＣＲＦである、請求項５６〜６１のいずれかに記載の使用。
【請求項６３】
ＨＩＶ感染またはＡＩＤＳを有する個体を処置する方法であって、前記個体に請求項１〜４７のいずれかに記載の抗体または請求項５２に記載の免疫コンジュゲートの有効量を投与するステップを含む方法。
【請求項６４】
治療剤を投与するステップをさらに含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記治療剤が抗ウイルス剤である、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
（ａ）抗体と試料中に存在するＨＩＶの間での抗体−ＨＩＶ複合体の形成に許容的である条件下で、前記試料を請求項１〜４７のいずれか一項に記載の抗体と接触させるステップと、
（ｂ）免疫検出法により前記複合体の有無を検出するステップと
を含むＨＩＶ免疫組織化学的アッセイ。
【請求項６７】
前記試料が血液試料または組織試料である、請求項６６に記載のアッセイ。
【請求項６８】
抗ＨＩＶ抗体またはその断片を作製するための方法であって、
（ａ）前記ベクターにコードされるポリペプチドの発現および抗体またはその断片の組立てを可能にする条件下で、培地中において請求項５０に記載の細胞を培養するステップと、
（ｂ）前記培養された細胞または前記細胞の前記培地から前記抗体または断片を精製するステップと
を含む方法。
【請求項６９】
（ａ）請求項１〜４７のいずれかに記載の少なくとも１つの単離された抗ＨＩＶ抗体の薬学的有効量の薬学的に許容される投与単位
を含むキット。
【請求項７０】
抗ＨＩＶ薬剤の薬学的有効量の薬学的に許容される投与単位をさらに含む、請求項６９に記載のキット。
【請求項７１】
前記抗ＨＩＶ薬剤が、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、進入または融合阻害剤、およびインテグラーゼ阻害剤からなる群から選択される薬剤である、請求項６９に記載のキット。
【請求項７２】
対象においてＨＩＶ感染またはＡＩＤＳの診断、予後、または処置をモニターするためのキットであって、請求項１〜４７のいずれかに記載の少なくとも１つの単離された抗ＨＩＶ抗体、および前記抗ＨＩＶ抗体に特異的に結合する１つまたは複数の検出試薬を含むキット。
【請求項７３】
ＰＣＲを実施するための試薬をさらに含む、請求項７２に記載のキット。
【請求項７４】
質量分析を実施するための試薬をさらに含む、請求項７２に記載のキット。
【請求項７５】
請求項１〜４７のいずれかに記載の抗体を含む融合タンパク質またはコンジュゲート。
【請求項７６】
任意選択でキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）である、キメラ受容体であるまたはそれを含む、請求項７５に記載の融合タンパク質またはコンジュゲート。
【請求項７７】
請求項１〜４７のいずれかに記載の抗体を含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）。
【請求項７８】
前記ＣＡＲがＩＴＡＭモチーフを含む細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項７７に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項７９】
前記ＣＡＲが、ＣＤ３ζ由来の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項７７〜７８のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【請求項８０】
前記ＣＡＲが、ＣＤ２８、ＣＤ１３７、ＩＣＯＳ、およびＯＸ４０からなる群から選択される共刺激分子由来の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項７７〜７９のいずれか一項に記載のキメラ抗原受容体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１５年９月２４日に出願された米国仮特許出願第６２／２３２，２７９号に関し、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
【０００２】
政府の利益
本明細書に開示される発明は、少なくとも一部は、助成金番号Ｐ０１  ＡＩ０８１６７７の下、米国国立衛生研究所からの政府支援によりなされた。したがって、米国政府は、本発明において特定の権利を有する。
【０００３】
本発明の分野
本発明は、ヒト免疫不全ウイルス（「ＨＩＶ」）に対する抗体およびその使用方法に関する。
【背景技術】
【０００４】
ＨＩＶは、消耗症候群、中枢神経系変性ならびに生命を危うくする感染症および悪性腫瘍をもたらす免疫抑制を特徴とするヒトの状態である後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）を引き起こす。ＨＩＶ１型（ＨＩＶ−１）によりその発見以来２５００万人超が亡くなっており、今後２０年間にわたり２０００万人〜６０００万人が感染すると予測されている。したがって、ＨＩＶ感染を処置するまたは阻害するための治療剤および方法が必要とされる。
【０００５】
一部のＨＩＶ感染個体の血清はＩｇＧアイソタイプの広域中和抗体（ｂＮＡｂ）を示す。しかし、これらの抗体の特異性および活性は大部分未知のままである。中和抗体の受動移入は動物モデルでのウイルスチャレンジに対する防御に寄与することが可能である。
【０００６】
大半のワクチンの成功は抗体に依存しており、ＨＩＶ抗体は最近の抗ＨＩＶワクチン試験では防御と相関していた。一部の患者は感染の数年後にｇｐ１６０に対する広域中和抗体を発現させたが、自己ウイルスの突然変異する能力によりＨＩＶ感染に対する防御が妨げられた。しかし、広域中和活性はウイルスに選択圧を加え、マカクへの（ｂＮＡｂ）の受動移入によりＳＨＩＶ感染に対する防御が可能になる。したがって、そのような抗体を誘発するワクチンはＨＩＶ感染からヒトを防御することができる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明は一部の態様では広域中和抗ＨＩＶ抗体に関する。
【０００８】
一態様では、単離された抗ＨＩＶ抗体などの抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗ＨＩＶ抗体は１ｎＭまたはそれ未満の親和性でＨＩＶのＮ−グリカンエピトープに結合するまたは結合することができる。一部の実施形態では、抗体はＨＩＶを中和するまたは中和することができる。一部の実施形態では、抗体は広域中和抗体である。他の実施形態では、ＨＩＶはＨＩＶ−１である。さらなる実施形態では、ＨＩＶはＨＩＶ−１グループＭである。ＨＩＶはＨＩＶ−１クレードＡ（Ａ１および／またはＡ２を含む）、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ（Ｆ１および／またはＦ２を含む）、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはその任意の組合せ、サブタイプ、もしくは組換え誘導体（循環組換え形態（ＣＲＦ）を含む）であり得る。一部の実施形態では、組換えＨＩＶ−１クレード（一部の実施形態では循環組換え形態（ＣＲＦ）と呼ばれる）はそれが由来する２つのクレードの組合せにより表される。一部の実施形態では、例示的なＣＲＦはＡＢ、ＡＣ、ＡＧ、ＤＦ、ＢＣ等を含む。
【０００９】
一部の実施形態では、抗体は糖鎖操作されてＦｃ領域でのオリゴ糖が改変されており、抗体は糖鎖操作されていない抗体と比べた場合、増加したＡＤＣＣエフェクター機能を有する。一部の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。一部の実施形態では、抗体はヒト、ヒト化、またはキメラ抗体である。一部の実施形態では、抗体は完全長ＩｇＧクラス抗体である。他の実施形態では、抗体は抗体断片である。さらなる実施形態では、抗体は一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）である。
【００１０】
一部の実施形態では、抗体は配列番号１７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号１８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号１９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、抗体は配列番号２０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３をさらに含む。
【００１１】
一部の実施形態では、抗体は配列番号２０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む。
【００１２】
一部の実施形態では、抗体は配列番号２３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、抗体は配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３をさらに含む。
【００１３】
一部の実施形態では、抗体は配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む。
【００１４】
一部の実施形態では、抗体は配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、抗体は配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３をさらに含む。
【００１５】
一部の実施形態では、抗体は配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む。
【００１６】
一部の実施形態では、抗体は配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、抗体は配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３をさらに含む。
【００１７】
一部の実施形態では、抗体は配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む。
【００１８】
一部の実施形態では、抗体は配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、および配列番号１０のアミノ酸配列を有するＶＬ配列を含む。
【００１９】
一部の実施形態では、抗体は配列番号１７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号１８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、配列番号１６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、および配列番号１２のアミノ酸配列を有するＶＬ配列を含む。
【００２０】
一部の実施形態では、抗体は配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、抗体は配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３をさらに含む。
【００２１】
一部の実施形態では、抗体は配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む。
【００２２】
一部の実施形態では、抗体は配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。
【００２３】
一部の実施形態では、抗体は配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。一部の実施形態では、抗体は配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３をさらに含む。一部の実施形態では、抗体は配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３をさらに含む。
【００２４】
一部の実施形態では、抗体は配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列、配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、または（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列を含む。
【００２５】
一部の実施形態では、抗体は配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列、配列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、または（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列を含む。
【００２６】
一部の実施形態では、抗体は配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列、配列番号６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、または（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列を含む。
【００２７】
一部の実施形態では、抗体は配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列、配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、または（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列を含む。
【００２８】
一部の実施形態では、抗体は配列番号９のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列、および配列番号１０のアミノ酸配列を有するＶＬ配列を含む。
【００２９】
一部の実施形態では、抗体は配列番号１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列、および配列番号１２のアミノ酸配列を有するＶＬ配列を含む。
【００３０】
一部の実施形態では、抗体は配列番号１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列、配列番号１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列、または（ａ）でのＶＨ配列および（ｂ）でのＶＬ配列を含む。
【００３１】
一部の実施形態では、抗体は配列番号１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列、または（ａ）でのＶＨ配列および配列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列を含む。
【００３２】
一部の実施形態では、抗体は配列番号１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＨ配列、または（ａ）でのＶＨ配列および配列番号６５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＶＬ配列を含む。
【００３３】
一部の実施形態では、抗体は表４のＣＤＲ−Ｈ１、表４のＣＤＲ−Ｈ２、表４のＣＤＲ−Ｈ３、もしくはその任意の組合せ；表５のＣＤＲ−Ｌ１、表５のＣＤＲ−Ｌ２、表５のＣＤＲ−Ｌ３、もしくはその任意の組合せ；表４のＶＨ配列、表５のＶＬ配列、もしくは両方；または（ａ）、（ｂ）、もしくは（ｃ）のいかなる組合せも含まない。
【００３４】
一態様では、本明細書に記載される抗体のいずれかをコードする単離された核酸が提供される。一態様では、核酸を含むベクターが提供される。一態様では、ベクターを含む宿主細胞が提供される。
【００３５】
一態様では、抗体を産生する方法であって、抗体が産生されるように本明細書に記載される抗体のいずれかをコードする核酸を含む宿主細胞を培養するステップを含む方法が提供される。
【００３６】
一態様では、本明細書に記載される抗体のいずれかおよび細胞毒性剤を含む免疫コンジュゲートが提供される。
【００３７】
一態様では、本明細書に記載される抗体のいずれかおよび薬学的に許容される担体を含む医薬製剤が提供される。
【００３８】
一態様では、医薬として使用するための本明細書に記載される抗体または免疫コンジュゲートのいずれかが本明細書で提供される。
【００３９】
一態様では、ＨＩＶ感染またはＡＩＤＳを処置するための本明細書に記載される抗体または免疫コンジュゲートのいずれかが本明細書で提供される。
【００４０】
一態様では、医薬の製造において使用するための本明細書に記載される抗体または免疫コンジュゲートのいずれかが本明細書で提供される。一部の実施形態では、医薬はＨＩＶ感染またはＡＩＤＳの処置を目的とする。他の実施形態では、医薬はＨＩＶを中和することを目的とする。一部の実施形態では、抗体は広域中和抗体である。一部の実施形態では、ＨＩＶはＨＩＶ−１である。さらなる実施形態では、ＨＩＶはＨＩＶ−１グループＭである。ＨＩＶはＨＩＶ−１クレードＡ（Ａ１および／またはＡ２を含む）、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ（Ｆ１および／またはＦ２を含む）、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはその任意の組合せ、サブタイプ、もしくは組換え誘導体（循環組換え形態（ＣＲＦ）を含む）であり得る。一部の実施形態では、組換えＨＩＶ−１クレード（一部の実施形態では循環組換え形態（ＣＲＦ）と呼ばれる）はそれが由来する２つのクレードの組合せにより表される。一部の実施形態では、例示的なＣＲＦはＡＢ、ＡＣ、ＡＧ、ＤＦ、ＢＣ等を含む。
【００４１】
一態様では、ＨＩＶ感染またはＡＩＤＳを有する個体を処置する方法であって、個体に本明細書に記載される抗体または免疫コンジュゲートのいずれかの有効量を投与するステップを含む方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、方法は治療剤を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、治療剤は抗ウイルス剤である。
【００４２】
一態様では、抗体と試料中に存在するＨＩＶの間での抗体−ＨＩＶ複合体の形成に許容的である条件下で、試料を本明細書に記載される抗体または免疫コンジュゲートのいずれかと接触させるステップと、免疫検出法により複合体の有無を検出するステップとを含む、ＨＩＶ免疫組織化学的アッセイが本明細書で提供される。一部の実施形態では、試料は血液試料または組織試料である。
【００４３】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体またはその断片を作製するための方法であって、ベクターにコードされたポリペプチドの発現および抗体またはその断片の組立てを可能にする条件下で、培地中において、本明細書に記載される抗体のいずれかをコードする核酸を含む宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞または宿主細胞の培地から抗体または断片を精製するステップとを含む方法が本明細書で提供される。
【００４４】
一態様では、本明細書に記載される少なくとも１つの単離された抗ＨＩＶ抗体または免疫コンジュゲートの薬学的有効量の薬学的に許容される投与単位を含むキットが本明細書で提供される。一部の実施形態では、キットは抗ＨＩＶ薬剤の薬学的有効量の薬学的に許容される投与単位をさらに含む。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ薬剤は、非ヌクレオシド逆転写酵素阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、進入または融合阻害剤、およびインテグラーゼ阻害剤からなる群から選択される薬剤である。
【００４５】
一態様では、対象においてＨＩＶ感染またはＡＩＤＳの診断、予後、または処置をモニターするためのキットであって、本明細書に記載される少なくとも１つの単離された抗ＨＩＶ抗体または免疫コンジュゲート、および抗ＨＩＶ抗体に特異的に結合する１つまたは複数の検出試薬を含むキットが本明細書で提供される。一部の実施形態では、キットはＰＣＲを実施するための試薬をさらに含む。一部の実施形態では、キットは、質量分析を実施するための試薬をさらに含む。
【００４６】
一態様では、融合タンパク質またはコンジュゲートは本明細書に記載されるいずれかの抗体を含む。一部の実施形態では、融合タンパク質またはコンジュゲートはキメラ受容体であるまたはこれを含み、この受容体は任意選択でキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）である。
【００４７】
一部の実施形態では、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）は本明細書に記載されるいずれかの抗体を含む。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、ＩＴＡＭモチーフを含む細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含むＣＡＲである。他の実施形態では、キメラ抗原受容体は、ＣＤ３ζ由来の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含むＣＡＲである。一部の実施形態では、キメラ抗原受容体は、ＣＤ２８、ＣＤ１３７、ＩＣＯＳ、およびＯＸ４０からなる群から選択される共刺激分子由来の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含むＣＡＲである。
【００４８】
参照による組込み
本明細書のすべての刊行物、特許、特許出願は参照によりその全体を組み込まれる。本明細書の用語と組み込まれた参考文献中の用語の間に不一致がある場合は、本明細書の用語が支配する。
【００４９】
本明細書に記載される新規特色は、添付の請求項で詳細に示される。本明細書に記載される特色および特色の利点のより深い理解は、本明細書に記載される特色の原理が利用される例示的な例を示す以下の詳細な説明および付随図への参照によって得られる。
【図面の簡単な説明】
【００５０】
【図１】図１は、重鎖ＣＤＲ３類似性によるスクリーニングからの結果によるグラフを表す。健康なボランティアで見られる一致類似性は、「有意性閾値」（ドナーからの重鎖中の抗体候補のための初期許容カットオフ）を示唆する。
【００５１】
【図２】図２は、発見された抗体が公知のＰｔ１７  ＢＮＡｂと系統学的に分離することを示すチャートを表す。ドナー１７からのＢＮＡｂの配列を収集した。これらのＢＮＡｂが系統学的に散在する新規抗体が判定され、おそらく同じ系統から発生する。新しい、広域中和抗体を同定するために、ＢＮＡｂとの系統学的関係を使用した。
【００５２】
【図３】図３は、ドナー１７に由来する公知のおよび新規のＡｂのチャートを表す。新しい抗体対には、公知のＢＮＡｂ（重鎖および軽鎖の両方）が散在している。
【００５３】
【図４】図４は、公知のおよび発見された抗体重鎖および軽鎖の対形成を示すチャートを表す。
【００５４】
【図５】図５は、生殖細胞系抗体の可変領域配列と比較したＡｂＶ１〜９抗体可変領域配列のアラインメントを表す。
【００５５】
【図６Ａ】図６Ａは、生殖細胞系およびＡｂＶ１〜９のクローン変異体の配列アラインメントを表す。（Ａ）クローン変異体のためのＡｂＶ１〜９抗体の重鎖（ＩｇＨ）および生殖細胞系（ＧＬ）ＶＨのアミノ酸アラインメント。結晶構造、Kabat（J  Exp  Med  １３２巻（２号）：２１１〜２５０頁）によって規定されるフレームワーク（ＦＷＲ）および相補性決定領域（ＣＤＲ）に基づくアミノ酸番号付けが示される。
【００５６】
【図６Ｂ】図６Ｂは、生殖細胞系およびＡｂＶ１〜９クローン変異体の配列アラインメントを表す。クローン変異体のためのＡｂＶ１〜９抗体の軽鎖（ＩｇＬ）および生殖細胞系（ＧＬ）ＶＬのアミノ酸アラインメント。結晶構造、Kabat（J  Exp  Med  １３２巻（２号）：２１１〜２５０頁）によって規定されるフレームワーク（ＦＷＲ）および相補性決定領域（ＣＤＲ）に基づくアミノ酸番号付けが示される。
【００５７】
【図７】図７は、ＨＩＶ  ｂＮＡｂ発見の方法からの結果を例示する。ＨＩＶエリートコントローラからのＢ細胞を乳剤に入れて、ＢＣＲ対を回収した。（図７Ａ）３８，６２０個の回収されたＶＨＶＬ対の重鎖アイソタイプ分布、ＩｇＧ鎖の稀な割合は既知のｂＮＡｂ（「ＰＧＴ様」）とよく整列した。（図７Ｂ）公知のｂＮＡＢと新たに回収されたものの完全なＶＤＪアミノ酸配列の系統樹（線によって接続されている、ドロップレットバーコードで表示される）、重鎖（左）および軽鎖（右）は別々にプロットされる。潜在的にミスマッチの抗体は、ＰＧＴ１２２．ｈｅａｖｙおよびＰＧＴ１２３．ｌｉｇｈｔならびにＰＣＴ１２３．ｈｅａｖｙおよびＰＧＴ１２２．ｌｉｇｈｔである。（図７Ｃ）１０個のＨＩＶ株に対する８つの新たに発見されたＰＧＴ様変異体の中和活性（ＩＣ５０、μｇ／ｍＬ）、ＰＧＴ１２１の対照ストックと比較した。
【発明を実施するための形態】
【００５８】
一部の態様では、本発明は少なくとも部分的には、一部の態様では、例えば、ｇｐ１２０上の複合体型Ｎ−グリカンなどの炭水化物依存性エピトープを認識することが可能な、ＨＩＶに対する新たな範疇の広域中和抗体（ｂＮＡｂ）の思いがけない発見に基づいている。
【００５９】
提供される抗体には、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体および多反応性抗体）、および抗体断片がある。抗体は抗体コンジュゲートおよびキメラ分子などの抗体を含む分子；１つまたは複数の刺激性、シグナル伝達、および／または共刺激性ドメインを含むキメラ受容体；ならびにキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。したがって、抗体は、完全長および天然抗体、ならびに、任意の数の免疫グロブリンクラスおよび／またはアイソタイプ（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥおよびＩｇＭ）を有する部分を含む、その任意の特異的結合部分などの、その結合特異性を保持しているその断片および部分；ならびに、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、およびｓｃＦｖ（一本鎖または関連する実体）を含むがこれらに限定されないその生物学的に関連する（抗原結合）断片または特異的結合部分を含むがこれらに限定されない。モノクローナル抗体は一般に、実質的に均一な抗体の組成物内の抗体であり、したがって、モノクローナル抗体組成物内に含まれるいかなる個々の抗体も、少量存在することがある考えられる天然に存在する突然変異を除いて同一である。ポリクローナル抗体は、２つまたはそれよりも多い異なる決定基（エピトープ）に一般に向けられている、様々な配列の異なる抗体を含む調製物である。
【００６０】
組換え受容体などの受容体を含むキメラおよび／または融合分子などの分子であって、実施形態のいずれかの抗体（例えば、細胞外ドメインにまたはその一部に含有される）ならびに細胞内シグナル伝達ドメイン、スペーサー、リンカー、および／または膜貫通ドメインなどの追加のドメインを含む分子も提供される。一部の実施形態では、受容体は、実施形態のいずれかの抗体または断片を含む細胞外部分および細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ抗原受容体である。
【００６１】
したがって本明細書の用語「抗体」は最も広い意味で使用され、無傷の抗体ならびに、断片抗原結合（Ｆａｂ）断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片、組換えＩｇＧ（ｒＩｇＧ）断片、一本鎖可変断片（ｓＦｖまたはｓｃＦｖ）を含む一本鎖抗体断片、および単一ドメイン抗体（例えば、ｓｄＡｂ、ｓｄＦｖ、ナノボディ）断片を含むその機能的（抗原結合）抗体断片を含む、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体を含む。上記用語は、細胞内抗体、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、多重特異性、例えば、二重特異性抗体、ダイアボディ、トリアボディ、およびテトラボディ、タンデムジ−ｓｃＦｖ、タンデムトリ−ｓｃＦｖなどの遺伝子操作されたおよび／または他の方法で改変された形態の免疫グロブリンを包含する。他に述べられていなければ、用語「抗体」はその機能的抗体断片を包含すると理解されるべきである。上記用語は、ＩｇＧおよびそのサブクラス、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡ、ならびにＩｇＤを含む任意のクラスまたはサブクラスの抗体を含む、無傷のまたは完全長抗体も包含する。
【００６２】
用語「相補性決定領域」および「ＣＤＲ」は、「超可変領域」または「ＨＶＲ」と同義であり、当技術分野では、抗原特異性および／または結合親和性を与える抗体可変領域内のアミノ酸の非連続配列を指すことが公知である。一般に、それぞれの重鎖可変領域には３つのＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３）およびそれぞれの軽鎖可変領域には３つのＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３）が存在する。「フレームワーク領域」および「ＦＲ」は、当技術分野では、重鎖および軽鎖の可変領域のＣＤＲではない部分を指すことが公知である。一般に、それぞれの完全長重鎖可変領域には４つのＦＲ（ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２、ＦＲ−Ｈ３、およびＦＲ−Ｈ４）およびそれぞれの完全長軽鎖可変領域には４つのＦＲ（ＦＲ−Ｌ１、ＦＲ−Ｌ２、ＦＲ−Ｌ３、およびＦＲ−Ｌ４）が存在する。
【００６３】
所与のＣＤＲまたはＦＲの正確なアミノ酸配列境界は、Kabatら、（１９９１年）、「Sequences  of  Proteins  of  Immunological  Interest」、第５版、Public  Health  Service、National  Institutes  of  Health、Bethesda、MD（「Ｋａｂａｔ」番号付け方式）、Al-Lazikaniら、（１９９７年）JMB  ２７３巻、９２７〜９４８頁（「Ｃｈｏｔｈｉａ」番号付け方式）、MacCallumら、J.  Mol.  Biol.  ２６２巻：７３２〜７４５頁（１９９６年）、「Antibody-antigen  interactions:  Contact  analysis  and  binding  site  topography」、J.  Mol.  Biol.  ２６２巻、７３２〜７４５頁（「接触」番号付け方式）、Lefranc  MPら、「IMGT  unique  numbering  for  immunoglobulin  and  T  cell  receptor  variable  domains  and  Ig  superfamily  V-like  domains」Dev  Comp  Immunol、２００３年１月；２７巻（１号）：５５〜７７頁（「ＩＭＧＴ」番号付け方式）、ならびにHonegger  AおよびPluckthun  A、「Yet  another  numbering  scheme  for  immunoglobulin  variable  domains:  an  automatic  modeling  and  analysis  tool」、J  Mol  Biol、２００１年６月８日；３０９巻（３号）：６５７〜７０頁、（「Ａｈｏ」番号付け方式）により記載される方式を含む、いくつかの周知の方式のいずれかを使用して容易に決定することが可能である。
【００６４】
所与のＣＤＲまたはＦＲの境界は、同定のために使用される方式に応じて変動することがある。例えば、Ｋａｂａｔ方式は構造的整列に基づいており、Ｃｈｏｔｈｉａ方式は構造情報に基づいている。ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａ両方式の番号付けは最も一般的な抗体領域配列長に基づいており、挿入は挿入文字、例えば、「３０ａ」により提供され、欠失はいくつかの抗体に現われる。２つの方式は異なる位置にある特定の挿入と欠失（「インデル」）を置き、差次的番号付けが得られる。接触方式は複合体結晶構造の分析に基づいており、多くの点でＣｈｏｔｈｉａ番号付け方式に類似している。
【００６５】
下の表Ａは、それぞれＫａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、および接触方式により同定されたＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３およびＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３の例示的な位置境界を収載している。ＣＤＲ−Ｈ１では、残基番号付けは、ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａ両番号付け方式を使用して収載されている。ＦＲはＣＤＲ間に位置しており、例えば、ＦＲ−Ｌ１はＣＤＲ−Ｌ１とＣＤＲ−Ｌ２の間に位置している、などである。示されているＫａｂａｔ番号付け方式はＨ３５ＡとＨ３５Ｂに挿入を置くので、Ｃｈｏｔｈｉａ  ＣＤＲ−Ｈ１ループの末端は、示されたＫａｂａｔ番号付け慣例を使用して番号付けした場合、ループの長さに応じて、Ｈ３２とＨ３４の間で変動することが認められている。
【表Ａ】
2018534915.tif 000002
【００６６】
したがって、他に指定されていなければ、所与の抗体またはその可変領域などのその領域の「ＣＤＲ」または「相補性決定領域」または個々の指定されたＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２）は、上述の方式のいずれかにより定義される相補性決定領域（または特定の相補性決定領域）を包含すると理解されるべきである。例えば、特定のＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ−Ｈ３）が所与のＶＨまたはＶＬアミノ酸配列において対応するＣＤＲのアミノ酸配列を含有すると述べられている場合、そのようなＣＤＲは、上述の方式のいずれかにより定義される可変領域内の対応するＣＤＲ（例えば、ＣＤＲ−Ｈ３）の配列を有すると理解される。一部の実施形態では、指定されたＣＤＲ配列は特定化されている。
【００６７】
同様に、他に指定されていなければ、所与の抗体またはその可変領域などのその領域のＦＲまたは個々の指定されたＦＲ（複数可）（例えば、ＦＲ−Ｈ１、ＦＲ−Ｈ２）は、公知の方式のいずれかにより定義されるフレームワーク領域（または特定のフレームワーク領域）を包含すると理解されるべきである。一部の例では、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、または接触法により定義されるＣＤＲなどの、特定のＣＤＲ、ＦＲ、またはＦＲ（複数）、またはＣＤＲ（複数）を同定するための方式が指定されている。他の場合、ＣＤＲまたはＦＲの特定のアミノ酸配列が与えられている。
【００６８】
用語「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体が抗原に結合することに関与している、抗体重鎖または軽鎖のドメインを指す。天然抗体の重鎖および軽鎖の可変ドメイン（それぞれＶＨおよびＶＬ）は一般に類似する構造を有し、それぞれのドメインが４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）および３つのＣＤＲを含む（例えば、Kindtら、Kuby  Immunology、第６版、W.H.  Freeman  and  Co.、９１頁（２００７年）参照）。単一のＶＨまたはＶＬドメインで抗原結合特異性を与えるのに十分であることがある。さらに、特定の抗原に結合する抗体は、抗原に結合する抗体由来のＶＨまたはＶＬドメインを使用して単離し、それぞれ相補的ＶＬまたはＶＨドメインのライブラリーをスクリーニングすることができる。例えば、Portolanoら、J.  Immunol.１５０巻：８８０〜８８７頁（１９９３年）；Clarksonら、Nature  ３５２巻：６２４〜６２８頁（１９９１年）を参照されたい。
【００６９】
提供される抗体には抗体断片がある。「抗体断片」は、無傷の抗体が結合する抗原に結合する、無傷の抗体の部分を含む無傷の抗体以外の分子を指す。抗体断片の例は、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；直鎖抗体；一本鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖまたはｓＦｖ）；および抗体断片から形成される多重特異性抗体を含むがこれらに限定されない。特定の実施形態では、抗体は、ｓｃＦｖなどの可変重鎖領域および／または可変軽鎖領域を含む一本鎖抗体断片である。
【００７０】
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインのすべてもしくは部分、または軽鎖可変ドメインのすべてもしくは部分を含む抗体断片である。ある特定の実施形態では、単一ドメイン抗体はヒト単一ドメイン抗体である。
【００７１】
抗体断片は、無傷の抗体のタンパク質消化ならびに組換え宿主細胞による産生を含むがこれらに限定されない種々の技法により作製することが可能である。一部の実施形態では、抗体は、合成リンカー、例えば、ペプチドリンカーにより結合された２つもしくはそれよりも多い抗体領域もしくは鎖のある断片、および／または天然に存在する無傷の抗体の酵素消化により産生されない断片などの、天然には存在しない配置を含む断片などの組換え産生断片である。一部の態様では、抗体断片はｓｃＦｖである。
【００７２】
「ヒト化」抗体は、すべてのまたは実質的にすべてのＣＤＲアミノ酸残基が非ヒトＣＤＲに由来しており、すべてのまたは実質的にすべてのＦＲアミノ酸残基がヒトＦＲに由来している抗体である。ヒト化抗体は任意選択で、ヒト抗体由来の抗体定常領域の少なくとも一部を含んでいてもよい。非ヒト抗体の「ヒト化形態」は、典型的には、親非ヒト抗体の特異性および親和性を維持しつつヒトに対する免疫原性を減少させるためにヒト化を受けている非ヒト抗体の変異体を指す。一部の実施形態では、ヒト化抗体中のいくつかのＦＲ残基は、例えば、抗体特異性または親和性を回復させるまたは改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＣＤＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。
【００７３】
提供される抗体にはヒト抗体がある。「ヒト抗体」は、ヒトもしくはヒト細胞またはヒト抗体ライブラリーを含む、ヒト抗体レパートリーもしくは他のヒト抗体コード配列を利用する非ヒト供給源により産生される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有する抗体である。上記用語は、すべてのまたは実質的にすべてのＣＤＲが非ヒトである領域などの、非ヒト抗原結合領域を含む非ヒト抗体のヒト化形態を除外する。
【００７４】
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して無傷のヒト抗体またはヒト可変領域を有する無傷の抗体を産生するように改変されているトランスジェニック動物に免疫原を投与することにより調製することができる。そのような動物は典型的には、ヒト免疫グロブリン遺伝子座のすべてまたは一部を含有しており、この遺伝子座は内在性免疫グロブリン遺伝子座に取って代わる、または染色体外に存在しているもしくは動物の染色体に無作為に組み込まれている。そのようなトランスジェニック動物では、内在性免疫グロブリン遺伝子座は一般に不活化されている。ヒト抗体は、ヒトレパートリーに由来する抗体コード配列を含有する、ファージディスプレイおよび無細胞ライブラリーを含む、ヒト抗体ライブラリーに由来していてもよい。
【００７５】
提供される抗体には、モノクローナル抗体断片を含む、モノクローナル抗体がある。本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」は、実質的に均一な抗体の集団からまたは集団内で得られる抗体を指し、すなわち、天然に存在する突然変異を含有するまたはモノクローナル抗体調製物の生産中に生じる考え得る変異体であって、一般に少量存在しているそのような変異体を除いて、その集団を構成する個々の抗体が同一である。異なるエピトープに向けられている異なる抗体を典型的には含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物のそれぞれのモノクローナル抗体は抗原上の単一のエピトープに向けられている。上記用語は任意の特定の方法によって抗体を産生することを必要とすると解釈するべきではない。モノクローナル抗体は、ハイブリドーマからの作成、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ、および他の抗体ディスプレイ法を含むがこれらに限定されない種々の技法によって作製することができる。
【００７６】
用語「ポリペプチド」および「タンパク質」は互換的に使用されてアミノ酸残基のポリマーを指し、最小長に限定されない。提供される抗体および抗体鎖ならびに他のペプチド、例えば、リンカーおよび結合ペプチドを含むポリペプチドは、天然のおよび／または非天然のアミノ酸残基を含むアミノ酸残基を含んでいてもよい。上記用語は、ポリペプチドの発現後修飾、例えば、グリコシル化、シアリル化、アセチル化、リン酸化、および同類の物も含んでいる。一部の態様では、ポリペプチドは、タンパク質が所望の活性を維持する限り、天然のまたは自然の配列に関して修飾を含んでいてもよい。これらの修飾は、部位特異的変異誘発を通じてのように意図的なものでもよく、またはタンパク質を産生する宿主の突然変異もしくはＰＣＲ増幅に起因するエラーを通じてなどの偶発的なものでもよい。
【００７７】
基準ポリペプチド配列に関するパーセント（％）配列同一性は、配列を整列させ最大パーセント配列同一性を達成するために必要であればギャップを導入した後の、および配列同一性の一部としてのいかなる保存的置換も考慮しない、基準ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基の百分率である。パーセントアミノ酸配列同一性を決定するための整列は、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮまたはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアなどの公表されているコンピュータソフトウェアを使用して、公知の種々の方法で達成することが可能である。比較されている完全長の配列にわたり最大整列を達成するのに必要な任意のアルゴリズムを含め、配列を整列させるのに適したパラメータを決定することができる。しかし、本明細書の目的では、％アミノ酸配列同一性値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して作成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはＧｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．により作製され、そのソースコードはワシントンＤ．Ｃ．２０５５９の米国著作権局にユーザー文書と一緒に保管されており、そこでは米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムはＧｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．、Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、Ｃａｌｉｆ．から公表されている、またはソースコードからコンパイルしてもよい。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ（登録商標）  Ｖ４．０Ｄを含むＵＮＩＸ（登録商標）基本システムでの使用のためにコンパイルするべきである。すべての配列比較パラメータはＡＬＩＧＮ−２プログラムにより設定され、変動させない。
【００７８】
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況では、所与のアミノ酸配列Ｂにとっての、それとの、またはそれに対する所与のアミノ酸配列Ａの％アミノ酸配列同一性（これは、その代わりに、所与のアミノ酸配列Ｂにとっての、それとの、またはそれに対するある特定の％アミノ酸配列同一性を有するまたは含む所与のアミノ酸配列Ａと表すことが可能である）は、以下の通りに計算され：１００掛ける分数Ｘ／Ｙであって、Ｘは配列整列プログラムＡＬＩＧＮ−２によりＡとＢのそのプログラム整列において同一マッチとしてスコア化されるアミノ酸残基の数であり、ＹはＢ中のアミノ酸残基の総数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、Ｂに対するＡの％アミノ酸配列同一性はＡに対するＢの％アミノ酸配列同一性とは等しくならないことは認識されるであろう。他に具体的に述べられていなければ、本明細書で使用されるすべての％アミノ酸配列同一性値は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用して直前の段落に記載される通りに得られる。
組成物および方法
【００７９】
本発明は一部の実施形態では抗ＨＩＶ抗体を提供する（抗体の抗原結合断片およびコンジュゲートならびに／または抗体の融合タンパク質、例えば、キメラタンパク質、もしくはキメラ受容体、例えば、抗体のうちの１つもしくは複数を含有するキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）などの断片を含むがこれらに限定されない）。一部の実施形態でのそのような抗体、融合タンパク質および／またはコンジュゲートは、ＨＩＶの処置、診断、および／または予後に用途がある。提供される抗体（ならびにその融合タンパク質およびコンジュゲート）にはＨＩＶを中和することが可能な抗体がある。抗体は広域中和抗体であり得る。一部の実施形態では、本発明の抗体はＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２を中和することが可能である。例えば、一部の実施形態では、本発明の抗体はＨＩＶ−１グループＭ、ＨＩＶ−１グループＮ、ＨＩＶ−１グループＯ、および／またはＨＩＶ−１グループＰを中和することが可能である。一部の実施形態では、本発明の抗体はＨＩＶ−１クレードＡ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋまたはその任意の組合せ、サブタイプ、もしくは組換え誘導体（循環組換え形態（ＣＲＦ）を含む）を中和することが可能である。一部の実施形態では、ＨＩＶの糖タンパク質に結合する抗体が提供される。一部の実施形態では、ＨＩＶに結合する増強されたエフェクター機能を有する抗体が提供される。キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）などのキメラ受容体を含む提供される融合タンパク質およびコンジュゲートには、提供される抗体のうちの任意の１つまたは複数を単独でまたは組み合わせて含むタンパク質およびコンジュゲートがある。
例示的な抗ＨＩＶ抗体
【００８０】
一態様では、本発明はＨＩＶに結合する、単離された抗体などの抗体を提供する。ＨＩＶはＨＩＶ−１であり得る。ＨＩＶはＨＩＶ−２であり得る。ＨＩＶはＨＩＶ−１グループＭであり得る。ＨＩＶはＨＩＶ−１グループＮ、ＨＩＶ−１グループＯ、および／またはＨＩＶ−１グループＰであり得る。ＨＩＶはＨＩＶ−１クレードＡ（Ａ１および／またはＡ２を含む）、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ（Ｆ１および／またはＦ２を含む）、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはその任意の組合せ、サブタイプ、もしくは組換え誘導体（循環組換え形態（ＣＲＦ）を含む）であり得る。一部の実施形態では、組換えＨＩＶ−１クレード（一部の実施形態では、循環組換え形態（ＣＲＦ）と呼ばれる）はそれが由来する２つのクレードの組合せにより表される。一部の実施形態では、例示的なＣＲＦはＡＢ、ＡＣ、ＡＧ、ＤＦ、ＢＣ等を含む。特に、提供される抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶのエンベロープ糖タンパク質に結合する。単離された抗体はその天然環境の成分から分離されている抗体である。一部の実施形態では、抗体は、例えば、電気泳動的（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）またはクロマトグラフィー的（例えば、イオン交換または逆相ＨＰＬＣ）により決定される場合、９５％または９９％よりも大きい純度まで精製される（例えば、Flatmanら、J.  Chromatogr.  B  ８４８巻：７９〜８７頁（２００７年）参照）。
【００８１】
特に、提供される抗ＨＩＶ抗体はヒトＨＩＶの複合体型Ｎ−グリカンエピトープに結合する。特に、提供される抗ＨＩＶ抗体はヒトＨＩＶのｇｐ１２０に結合する。本発明の抗ＨＩＶ抗体はタイプＮ−グリカンを含むヒトＨＩＶのｇｐ１２０ドメイン上に存在するエピトープに結合する。
【００８２】
一部の実施形態では、本発明はＨＩＶを中和することが可能な単離された抗体を提供する。中和抗体はウイルスの感染力を阻害する抗体であり得る。他の実施形態では、本発明は、ＨＩＶを広域に中和することが可能な単離された抗体を提供する。広域中和抗体はウイルスの２つまたはそれよりも多い株またはサブタイプの感染力を阻害する抗体であり得る。ＨＩＶはＨＩＶ−１であり得る。ＨＩＶはＨＩＶ−２であり得る。ＨＩＶはＨＩＶ−１グループＭであり得る。ＨＩＶはＨＩＶ−１グループＮ、ＨＩＶ−１グループＯ、および／またはＨＩＶ−１グループＰであり得る。ＨＩＶはＨＩＶ−１クレードＡ（Ａ１および／またはＡ２を含む）、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ（Ｆ１および／またはＦ２を含む）、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはその任意の組合せ、サブタイプ、もしくは組換え誘導体（循環組換え形態（ＣＲＦ）を含む）であり得る。
【００８３】
一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体は、ＨＩＶを発現している細胞の溶解を誘導する。溶解は、Ｃ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方調節；Ｂ細胞活性化、または細胞アポトーシスの直接誘導などのエフェクター機能を媒介することによるなどの任意の機序により誘導することが可能である。
【００８４】
一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体は、操作されていない親抗ＨＩＶ抗体と比べてエフェクター機能が少なくとも１つ増加しているように操作される。エフェクター機能は抗体のＦｃ領域に起因しうる生物活性であり、この活性は抗体アイソタイプによって変化する。抗体エフェクター機能の例は、Ｃ１ｑ結合および補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方調節；ならびにＢ細胞活性化を含む。例えば、抗ＨＩＶ抗体は、糖鎖操作されていない親抗ＨＩＶ抗体と比べてエフェクター機能が少なくとも１つ増加するように糖鎖操作することが可能である。抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）は、エフェクター細胞上での、抗体のＩｇＧ  Ｆａｂ部分と細胞表面のウイルスタンパク質の間の複合体の形成およびＦｃ部分のＦｃ受容体（ＦｃγＲ）への結合の結果である。エフェクター機能の増加は、Ｆｃ受容体への結合親和性の増加、増加したＡＤＣＣ；増加した食作用；増加した細胞媒介免疫；細胞傷害性ＣＴ８  Ｔ細胞への増加した結合；ＮＫ細胞への増加した結合；マクロファージへの増加した結合；多形核細胞への増加した結合；単球への増加した結合；マクロファージへの増加した結合；大型顆粒リンパ球への増加した結合；顆粒球への増加した結合；アポトーシスを誘導する直接シグナル伝達；増加した樹状細胞成熟；または増加したＴ細胞プライミングであり得る。糖鎖操作された抗ＨＩＶ抗体は、ＨＩＶの同じエピトープに向けられている糖鎖操作されていない抗体と比べてＨＩＶを発現するがんに罹っている対象に延命効果を提供する。
ＡｂＶ１〜９
【００８５】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、および１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶ−１に結合する能力を保持することが可能である。抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶ−２に結合する能力を保持することが可能である。抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶ−１グループＭに結合する能力を保持することが可能である。抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶ−１グループＮ、ＨＩＶ−グループＯ、および／またはＨＩＶ−１グループＰに結合する能力を保持することが可能である。抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶ−１クレードＡ（Ａ１および／またはＡ２を含む）、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ（Ｆ１および／またはＦ２を含む）、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはその任意の組合せ、サブタイプ、もしくは組換え誘導体（循環組換え形態（ＣＲＦ）を含む）に結合する能力を保持することが可能である。一部の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、および１６のアミノ酸配列において総計で１〜１０アミノ酸が置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、および１６のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号１７、２３、２９、３５、４１、４７、５３、５９、および６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号１８、２４、３０、３６、４２、４８、５４、６０、および６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、ならびに（ｃ）配列番号１９、２５、３１、３７、４３、４９、５５、６１、および６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【００８６】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、および１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号２、４、６、８、１０、１２、および１４のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号２、４、６、８、１０、１２、および１４のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号２０、２６、３２、３８、４４、５０、および５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号２１、２７、３３、３９、４５、５１、および５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、ならびに（ｃ）配列番号２２、２８、３４、４０、４６、５２、および５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【００８７】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、および１６のアミノ酸配列を含むＶＨ、ならびに配列番号２、４、６、８、１０、１２、および１４でのＶＬ配列を含む。
【００８８】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は表１中の任意のＶＨから選択されるＶＨを含む。一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は表２中の任意のＶＬから選択されるＶＬを含む。一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は表１中の任意のＶＨから選択されるＶＨおよび表２中の任意のＶＬから選択されるＶＬを含む。一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は表１中の任意のＶＨから選択されるＶＨおよび表２中の任意のＶＬから選択されるＶＬを含み、選択されたＶＨとＶＬは表３に従って対にされる。
ＡｂＶ−１
【００８９】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＨおよび（ｂ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される少なくとも１つまたは両方の可変領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【００９０】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【００９１】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号１５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号２のアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【００９２】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＨを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【００９３】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【００９４】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号１のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号１７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号１８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号１９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【００９５】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は、配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号２のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号２のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号２０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【００９６】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号２でのＶＬ配列を含む。
ＡｂＶ−２
【００９７】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨおよび（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される少なくとも１つまたは両方の可変領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【００９８】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【００９９】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１００】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１０１】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号３のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号３のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号２３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１０２】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は、配列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号４のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号４のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１０３】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号４でのＶＬ配列を含む。
ＡｂＶ−３
【０１０４】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＨおよび（ｂ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される少なくとも１つまたは両方の可変領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１０５】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１０６】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２９１４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２９１４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号６のアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１０７】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＨを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１０８】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１０９】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号５のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号５のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１１０】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は、配列番号６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号６のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号６のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１１１】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号６のＶＬ配列を含む。
ＡｂＶ−４
【０１１２】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨおよび（ｂ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される少なくとも１つまたは両方の可変領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１１３】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１１４】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１１５】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１１６】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１１７】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号７のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号７のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号７のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１１８】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は、配列番号８のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号８のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号８のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号４０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１１９】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号８のＶＬ配列を含む。
ＡｂＶ−５
【０１２０】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号９のアミノ酸配列を含むＶＨおよび（ｂ）配列番号１０のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される両方の可変領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１２１】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１２２】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号４４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１２３】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号９のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号９のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号９のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号４１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号４２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１２４】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は、配列番号１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号１０のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１０のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号４４：１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号４５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１２５】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号９のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号１０でのＶＬ配列を含む。
ＡｂＶ−６
【０１２６】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号１１のアミノ酸配列を含むＶＨおよび（ｂ）配列番号１２のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される両方の可変領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１２７】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号４８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１２８】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号４８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１２９】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号１１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号１１のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１１のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号４８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１３０】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は、配列番号１２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号１２のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１２のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１３１】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１１のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号１２でのＶＬ配列を含む。
ＡｂＶ−７
【０１３２】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＨおよび（ｂ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される少なくとも１つまたは両方の可変領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１３３】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１３４】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号１４のアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｃ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＨを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１３５】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号５６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１３６】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号１３のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１３のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号５４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１３７】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は、配列番号１４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号１４のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１４のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号５６：１０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号５８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１３８】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１３のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号１４でのＶＬ配列を含む。
ＡｂＶ−８
【０１３９】
一態様では、本発明は配列番号１５のアミノ酸配列を含む可変領域ＶＨを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は配列番号１５のアミノ酸配列を含む可変領域ＶＨ；および対になったＶＬ領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１４０】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１４１】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｂ）対になったＶＬ領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１４２】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに対になったＶＬ領域から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＬＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１４３】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；ならびに対になったＶＬ領域から選択される３つすべてのＶＬＣＤＲ配列であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１４４】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号１５のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１５のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号５９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号６１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１４５】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１５のアミノ酸配列を含むＶＨ、および対になったＶＬ配列を含む。
ＡｂＶ−９
【０１４６】
一態様では、本発明は配列番号１６のアミノ酸配列を含む可変領域ＶＨを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＶＨ；および（ｂ）配列番号４のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される可変領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。一態様では、本発明は、（ａ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＶＨ；および（ｂ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＶＬから選択される可変領域を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１４７】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列を含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１４８】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号１６のアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１４９】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される少なくとも１つ、少なくとも２つ、または３つすべてのＶＨＣＤＲ配列；ならびに（ｄ）配列番号６５のアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１５０】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１５１】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１５２】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つのＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
【０１５３】
一態様では、本発明は、（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；（ｄ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；（ｅ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および（ｆ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３であるＣＤＲを含む抗ＨＩＶ抗体を提供する。
ＡｂＶ−９ａ
【０１５４】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号１６のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１６のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１５５】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は配列番号４のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号４のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号４のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１５６】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１６のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号４のＶＬ配列を含む。
ＡｂＶ−９ｂ
【０１５７】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体は、配列番号１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有するＶＨ配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号１６のアミノ酸配列において総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１６のアミノ酸配列のＶＨ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＨは（ａ）配列番号６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）配列番号６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および（ｃ）配列番号６４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１５８】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は配列番号６５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。一部の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は基準配列と比べて置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶに結合する能力を保持している。一部の実施形態では、配列番号６５のアミノ酸配列のいずれか１つにおいて総計で１０アミノ酸に１つが置換されている、挿入されているおよび／または欠失されている。一部の実施形態では、置換、挿入、または欠失がＣＤＲの外側の領域で（例えば、ＦＲで）起こる。任意選択で、抗ＨＩＶ抗体は、その配列の翻訳後修飾を含む、配列番号６５のＶＬ配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは（ａ）配列番号６６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および（ｃ）配列番号６８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。
【０１５９】
一態様では、抗ＨＩＶ抗体が提供され、抗体は上に提供される実施形態のいずれかでのＶＨ、および上に提供される実施形態のいずれかでのＶＬを含む。一部の実施形態では、抗体は、それらの配列の翻訳後修飾を含む、配列番号１６のアミノ酸配列を含むＶＨ、および配列番号６８でのＶＬ配列を含む。
【０１６０】
一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−１である。この抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号１および２に提示されている。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−２である。この抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号３および４に提示されている。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−３である。この抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号５および６に提示されている。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−４である。この抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号７および８に提示されている。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−５である。この抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号９および１０に提示されている。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−６である。この抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号１１および１２に提示されている。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−７である。この抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号１３および１４に提示されている。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−８である。この抗体の重鎖の核酸配列は配列番号１５に提示されている。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−９ａである。この抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号１６および４に提示されている。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒトモノクローナル抗体ＡｂＶ−９ｂである。この抗体の重鎖および軽鎖のアミノ酸配列は、それぞれ配列番号１６および６５に提示されている。
【０１６１】
一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体は上述のヒト抗体のいずれか由来のキメラ抗体である。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒト化抗体である。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はヒト抗体である。
【０１６２】
さらなる態様では、上の実施形態のいずれかに従った抗ＨＩＶ抗体は、下に記載される特色のいずれかを単独でまたは組み合わせて組み込んでもよい。
抗体特性
突然変異頻度
【０１６３】
本発明の抗体は、生殖系列配列由来の、少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、もしくは２０％またはそれよりも高い突然変異頻度を有する重鎖配列を含むことが可能である。本発明の抗体は、生殖系列配列由来の、少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、もしくは２０％またはそれよりも高い突然変異頻度を有する軽鎖配列であるＣＤＲ３領域を含むことが可能である。本発明の抗体は、生殖系列配列由来の、少なくとも約５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、もしくは２０％またはそれよりも高い突然変異頻度を有する重鎖および軽鎖配列を含むことが可能である。本発明の抗体は、ＶＨファミリー４〜５９のうちのいずれか１つからなる群から選択されるＶＨファミリー由来のＶＨ領域を含むことが可能である。
重鎖および軽鎖長
【０１６４】
本発明の抗体は、少なくとも約１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０アミノ酸長の長さであるＣＤＲ３領域を含むことが可能である。本発明の抗体は少なくとも約１８アミノ酸長であるＣＤＲ３領域を含むことが可能である。
【０１６５】
本発明の抗体は軽鎖の末端に欠失を含むことが可能である。本発明の抗体は軽鎖の末端に３つまたはそれよりも多いアミノ酸の欠失を含むことが可能である。本発明の抗体は軽鎖の末端に７つまたはそれ未満のアミノ酸の欠失を含むことが可能である。本発明の抗体は軽鎖の末端に３、４、５、６、または７つのアミノ酸の欠失を含むことが可能である。
【０１６６】
本発明の抗体は軽鎖に挿入を含むことが可能である。本発明の抗体は軽鎖に１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０またはそれよりも多いアミノ酸の挿入を含むことが可能である。本発明の抗体は軽鎖に３つのアミノ酸の挿入を含むことが可能である。
親和性
【０１６７】
親和性は、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）の間の非共有結合相互作用の総計の強さである。他に指示されていなければ、本明細書で使用されるように、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体と抗原）のメンバー間の１対１の相互作用を反映する内因的結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は一般に解離定数（ｋｄ）により表すことが可能である。親和性は、一般に使用されている方法および／または本明細書に記載される方法を含む、いくつかの公知の方法のいずれによっても測定することが可能である。結合親和性を測定するための具体的、説明的、および例示的な実施形態は以下に記載されている。
【０１６８】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、抗体標的に対して約１μＭ、１００ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、２ｎＭ、１ｎＭ、０．５ｎＭ、０．１ｎＭ、０．０５ｎＭ、０．０１ｎＭ、もしくは０．００１ｎＭまたはそれ未満（例えば、１０−８Ｍまたはそれ未満、例えば、１０−８Ｍ〜１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍ〜１０−１３Ｍ）の解離定数（ＫＤ）を有する。抗体標的はＨＩＶ標的であり得る。抗体標的はＨＩＶ−１標的であり得る。抗体標的はＨＩＶ−２標的であり得る。抗体標的はＨＩＶ−１グループＭ標的であり得る。抗体標的はＨＩＶ−１グループＮ標的、ＨＩＶ−１グループＯ標的、および／またはＨＩＶ−１  Ｐ標的であり得る。抗体標的はＨＩＶクレードＡ（Ａ１および／またはＡ２を含む）、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ（Ｆ１および／またはＦ２を含む）、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはその任意の組合せ、サブタイプ、もしくは組換え誘導体（循環組換え形態（ＣＲＦ）を含む）であり得る。本発明の別の態様は、そのＨＩＶ標的に対する親和性が増加した抗ＨＩＶ抗体、例えば、親和性成熟抗ＨＩＶ抗体を提供する。親和性成熟抗体は１つまたは複数の超可変領域（ＨＶＲ）に１つまたは複数の変更のある抗体であり、そのような変更のない親抗体と比べて、そのような変更は抗原に対する抗体の親和性を改善する。これらの抗体は、約５×１０−９Ｍ、２×１０−９Ｍ、１×１０−９Ｍ、５×１０−１０Ｍ、２×１０−９Ｍ、１×１０−１０Ｍ、５×１０−１１Ｍ、１×１０−１１Ｍ、５×１０−１２Ｍ、１×１０−１２Ｍ、またはそれ未満のＫＤでＨＩＶに結合することが可能である。一部の実施形態では、本発明は、配列番号６９の重鎖配列、配列番号７０の軽鎖配列、または両方を含有する生殖系列抗ＨＩＶ抗体と比べた場合、少なくとも１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍またはそれよりも大きな増加した親和性を有する抗ＨＩＶ抗体を提供する。他の実施形態では、本明細書に記載される抗ＨＩＶ抗体と同じエピトープへの結合を巡って競合する抗体が提供される。一部の実施形態では、同じエピトープに結合する、および／または、抗ＨＩＶ抗体と同じエピトープへの結合を巡って競合する抗体は、ＡＤＣＣ活性を含む、例えば、Ｆｃ媒介細胞傷害性などの、エフェクター機能活性を示す。
【０１６９】
ＫＤは任意の適切なアッセイによって測定することが可能である。例えば、ＫＤは放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定することが可能である（例えば、Chenら、J.  Mol.  Biol.２９３巻：８６５〜８８１頁（１９９９年）；Prestaら、Cancer  Res.５７巻：４５９３〜４５９９頁（１９９７年）参照）。例えば、ＫＤは表面プラズモン共鳴アッセイを使用して（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００を使用して）測定することが可能である。
抗体断片
【０１７０】
抗体断片は、無傷の抗体の抗原結合または可変領域などの、無傷の抗体の部分を含む。本発明のさらなる態様では、上の実施形態のいずれかに従った抗ＨＩＶ抗体は、キメラ、ヒト化またはヒト抗体を含む、モノクローナル抗体である。抗体断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ダイアボディ、直鎖抗体、抗体断片から形成される多重特異性抗体およびｓｃＦｖ断片、ならびに下記の他の断片を含むがこれらに限定されない。別の実施形態では、抗体は完全長抗体、例えば、無傷のＩｇＧ１抗体または本明細書に記載される他の抗体クラスもしくはアイソタイプである（例えば、Hudsonら、Nat.  Med.９巻：１２９〜１３４頁（２００３年）；Pluckthiin、The  Pharmacology  of  Monoclonal  Antibodies、１１３巻、２６９〜３１５頁（１９９４年）；Hollingerら、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA  ９０巻：６４４４〜６４４８頁（１９９３年）；ＷＯ９３／０１１６１；ならびに米国特許第５，５７１，８９４号、第５，８６９，０４６号、第６，２４８，５１６号、および第５，５８７，４５８号参照）。完全長抗体、無傷の抗体、または全抗体は天然の抗体構造に実質的に類似する構造を有するまたは本明細書で定義されるＦｃ領域を含有する重鎖を有する抗体である。抗体断片は、本明細書に記載されるように、無傷の抗体のタンパク質消化ならびに組換え宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉまたはファージ）による産生を含むがこれらに限定されない種々の技法により作製することが可能である。
【０１７１】
Ｆｖは完全な抗原認識および抗原結合部位を含有する最小抗体断片である。この断片は堅固に非共有結合会合した１つの重鎖可変領域ドメインと１つの軽鎖可変領域ドメインの二量体を含有する。これら２つのドメインのフォールディングから、抗原結合のためのアミノ酸残基を与え、抗体に抗原結合特異性を授ける６つの超可変ループ（ＨおよびＬ鎖からそれぞれ３つのループ）が発出する。しかし、単一の可変領域（または抗原に特異的な３つのＣＤＲだけを含むＦｖの半分）でも抗原を認識して結合する能力を有するが、全結合部位よりも親和性は低くなる。
【０１７２】
一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖまたはｓｃＦｖ）は、接続されて単一ポリペプチド鎖になるＶＨおよびＶＬ抗体ドメインを含む抗体断片である。ｓＦｖポリペプチドは、そのｓＦｖが抗原結合のための所望の構造を形成することを可能にするポリペプチドリンカーをＶＨおよびＶＬドメインの間にさらに含むことが可能である（例えば、Pluckthun  in  The  Pharmacology  of  Monoclonal  Antibodies、１１３巻、RosenburgおよびMoore編、Springer-Verlag、New  York、２６９〜３１５頁（１９９４年）；Borrebaeck１９９５年、下記、参照）。一部の実施形態では、ｓＦｖはキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）において存在することが可能である。
【０１７３】
ダイアボディは、Ｖドメインの鎖間であって鎖内ではない対の形成が達成されて二価の断片を生じるように、ＶＨおよびＶＬドメインの間に短いリンカー（約５〜１０残基）を有するｓＦｖ断片を構築することにより調製される小抗体断片である。二重特異性ダイアボディは、２つの抗体のＶＨおよびＶＬドメインが異なるポリペプチド鎖上に存在する２つのクロスオーバーｓＦｖ断片のヘテロ二量体である（例えば、ＥＰ４０４，０９７；ＷＯ９３／１１１６１；およびHollingerら、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、９０巻：６４４４〜６４４８頁（１９９３年）参照）。
【０１７４】
ドメイン抗体（ｄＡｂ）は、完全ヒト形態で産生することが可能であり、抗体の最も小さい公知の抗原結合断片で、約１１ｋＤａから約１５ｋＤａの範囲である。ｄＡｂは、免疫グロブリンの重鎖および軽鎖（それぞれＶＨおよびＶＬ）の頑強な可変領域である。ｄＡｂは微生物細胞培養において高度に発現され、例えば、可溶性および温度安定性を含むがこれらに限定されない好ましい生物物理的特性を示し、例えば、ファージディスプレイなどのｉｎ  ｖｉｔｒｏ選択システムによる選択および親和性成熟によく適している。ｄＡｂは単量体として生理活性があり、その小さなサイズおよび固有の安定性のおかげで、もっと大きな分子にフォーマットして、長期の血清半減期または他の薬理活性を有する薬物を作り出すことが可能である（例えば、ＷＯ９４２５５９１およびＵＳ２００３０１３０４９６参照）。
【０１７５】
ＦｖおよびｓＦｖは、定常領域が欠けている無傷の結合部位を有する種である。したがって、ＦｖおよびｓＦｖは、ｉｎ  ｖｉｖｏ使用中の非特異的結合の減少に適している。ｓＦｖ融合タンパク質は、ｓＦｖのアミノまたはカルボキシ終端のどちらでもエフェクタータンパク質の融合を生じるように構築することが可能である。抗体断片は「直鎖抗体」でもあり得る（例えば、米国特許第５，６４１，８７０号参照）。そのような直鎖抗体断片は単一特異性または二重特異性であり得る。
キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）
【０１７６】
ＣＡＲを含む例示的な抗原受容体、およびそのような受容体を操作し細胞内に導入するための方法は、例えば、国際特許出願公開番号ＷＯ２０００１４２５７、ＷＯ２０１３１２６７２６、ＷＯ２０１２／１２９５１４、ＷＯ２０１４０３１６８７、ＷＯ２０１３／１６６３２１、ＷＯ２０１３／０７１１５４、ＷＯ２０１３／１２３０６１、米国特許出願公開番号ＵＳ２００２１３１９６０、ＵＳ２０１３２８７７４８、ＵＳ２０１３０１４９３３７、米国特許第６，４５１，９９５号、第７，４４６，１９０号、第８，２５２，５９２号、第８，３３９，６４５号、第８，３９８，２８２号、第７，４４６，１７９号、第６，４１０，３１９号、第７，０７０，９９５号、第７，２６５，２０９号、第７，３５４，７６２号、第７，４４６，１９１号、第８，３２４，３５３号、および第８，４７９，１１８号、ならびに欧州特許出願番号ＥＰ２５３７４１６に記載されている受容体および方法、ならびに／またはSadelainら、Cancer  Discov.２０１３年４月；３巻（４号）：３８８〜３９８頁；Davilaら、（２０１３年）PLoS  ONE  ８巻（４号）：ｅ６１３３８；Turtleら、Curr.  Opin.  Immunol.、２０１２年１０月；２４巻（５号）：６３３〜３９頁；Wuら、Cancer、２０１２年３月、１８巻（２号）：１６０〜７５頁によって記載される受容体および方法を含む。一部の態様では、抗原受容体は米国特許第７，４４６，１９０号に記載されるＣＡＲおよび国際特許出願公開番号ＷＯ／２０１４０５５６６８Ａ１に記載される受容体を含む。ＣＡＲの例は、ＷＯ２０１４０３１６８７、ＵＳ８，３３９，６４５、ＵＳ７，４４６，１７９、ＵＳ２０１３／０１４９３３７、米国特許第７，４４６，１９０号、米国特許第８，３８９，２８２号、Kochenderferら、２０１３年、Nature  Reviews  Clinical  Oncology、１０巻、２６７〜２７６頁、（２０１３年）；Wangら、（２０１２年）J.  Immunother.  ３５巻（９号）：６８９〜７０１頁；およびBrentjensら、Sci  Transl  Med.  ２０１３年  ５巻（１７７号）などの前述の刊行物のいずれかに開示されているＣＡＲを含む。ＷＯ２０１４０３１６８７、ＵＳ８，３３９，６４５、ＵＳ７，４４６，１７９、ＵＳ２０１３／０１４９３３７、米国特許第７，４４６，１９０号、および米国特許第８，３８９，２８２号も参照されたい。ＣＡＲなどのキメラ受容体は一般に、抗体分子の一部などの細胞外抗原結合ドメイン、一般には抗体の可変重（ＶＨ）鎖領域および／または可変軽（ＶＬ）鎖領域、例えば、ｓｃＦｖ抗体断片を含む。
【０１７７】
一部の実施形態では、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）は、Ｔ細胞受容体の細胞内ドメインを含む細胞内ドメインおよび抗体の抗原結合部分、例えば、抗体のｓＦｖを含む細胞外部分を含むことが可能である。一般に、キメラ受容体（例えば、ＣＡＲ）は、抗原結合部分と膜貫通ドメインの間にリンカーまたはスペーサードメインを含む。一部の実施形態では、リンカーまたはスペーサーは免疫グロブリンヒンジ領域に由来する。一部の実施形態では、ＣＡＲ構築物をコードする核酸、一部の実施形態ではＣＡＲベクターは、Ｔ細胞受容体の細胞内ドメインを含む細胞内ドメインおよび抗体の抗原結合部分、例えば、抗体のｓＦｖを含む細胞外部分をコードすることに加えて、プロモーターを含むことが可能である。例えば、プロモーターは、骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサーと共に改変ＭｏＭｕＬＶ  ＬＴＲのＵ３領域を含有する合成プロモーターであり得る。他の実施形態では、プロモーターはＥＦ１ａプロモーターまたはＥＦ１プロモーターであり得る。一部の実施形態では、ＣＡＲは共刺激ドメインおよびＴ細胞受容体の細胞内ドメインを含む細胞内ドメイン、ならびに本明細書で提供される１つまたは複数の抗体などの抗体を含む細胞外部分を含むことが可能であり、抗体は一本鎖抗体またはその断片でもよい。一部の実施形態では、抗体はｓＦｖまたはｓｃＦｖであるまたはそれを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、スペーサーおよび／またはヒンジ領域などの追加の細胞外部分（複数可）をさらに含んでもよい。
【０１７８】
上の実施形態でのいずれかにおいて、ｓＦｖなどの、キメラ分子、例えば、キメラ受容体、例えば、ＣＡＲ内の抗体は、抗体のＶＨドメインおよびＶＬドメインを含むことが可能である。例えば、ｓＦｖは、ＡｂＶ−１、ＡｂＶ−２、ＡｂＶ−３、ＡｂＶ−４、ＡｂＶ−５、ＡｂＶ−６、ＡｂＶ−７、ＡｂＶ−８、ＡｂＶ−９、ＡｂＶ−９ａ、またはＡｂＶ−９ｂのいずれか１つ由来のＶＨドメインを、Ａｂ−Ｖ１、ＡｂＶ−２、ＡｂＶ−３、ＡｂＶ−４、ＡｂＶ−５、ＡｂＶ−６、ＡｂＶ−７、ＡｂＶ−８、ＡｂＶ−９、ＡｂＶ−９ａ、またはＡｂＶ−９ｂのいずれか１つ由来のＶＬドメインと組み合わせて含むことが可能である。例えば、ｓＦｖは、いくつかのリンカーのうちの１つにより分離されている重鎖および軽鎖についてのコドン最適化配列の合成により作り出すことが可能である。
【０１７９】
一部の態様では、グリシンおよびセリン（および／またはスレオニン）が豊富なリンカーは、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％そのようなアミノ酸（複数可）を含む。一部の実施形態では、リンカーは少なくとも５０％、５５％、６０％、７０％、もしくは７５％のグリシン、セリン、および／もしくはスレオニンまたは少なくとも約５０％、５５％、６０％、７０％、もしくは７５％のグリシン、セリン、および／もしくはスレオニンを含む。一部の実施形態では、リンカーは実質的にまたは全体がグリシン、セリン、および／またはスレオニンで構成されている。リンカーは一般的には、約５アミノ酸から約５０アミノ酸長、典型的には、１０アミノ酸または約１０アミノ酸と３０アミノ酸または約３０アミノ酸の間、例えば、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０アミノ酸であり、一部の例では、１０アミノ酸と２５アミノ酸長の間である。例示的なリンカーは、配列ＧＧＧＧＳ（４ＧＳ）またはＧＧＧＳ（３ＧＳ）の種々の数の繰り返し、例えば、そのような配列の２、３、４から５回までの繰り返しを有するリンカーを含む。例示的なリンカーは、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳを有するまたはそれからなるリンカーを含む。例示的なリンカーは、配列ＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧを有するまたはそれからなるリンカーをさらに含む。
【０１８０】
一部の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ２８、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＯＸ４０、および／またはＩＣＯＳなどの共刺激受容体の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一部の実施形態では、ＣＡＲは、ＴＣＲ複合体の一次活性化を調節する一次細胞質シグナル伝達配列を含む。刺激性の様式で作用する一次細胞質シグナル伝達配列は、免疫受容体活性化チロシンモチーフまたはＩＴＡＭとして公知であるシグナル伝達モチーフを含有していてもよい。一次細胞質シグナル伝達配列を含有するＩＴＡＭの例は、ＴＣＲζ、ＦｃＲγ、ＦｃＲβ、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤ８、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、およびＣＤ６６ｄに由来する配列を含む。一部の実施形態では、ＣＡＲ中の細胞質シグナル伝達分子（複数可）は細胞質シグナル伝達ドメイン、その部分、またはＣＤ３ζ由来の配列を含有する。
【０１８１】
例示的なＣＡＲベクター（ＣＡＲをコードする核酸を含む）はＴ細胞内にトランスフェクトすることが可能である。Ｔ細胞はＣＤ８＋Ｔ細胞であり得る。一部の実施形態では、トランスフェクトされてＣＡＲを発現するＣＤ８＋Ｔ細胞は感染細胞の増殖、死滅および／またはウイルス複製の抑制を認識することが可能である。他の実施形態では、ＣＡＲをトランスフェクトされたＴ細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞であり得る。一部の実施形態では、ＣＡＲ改変ＣＤ４＋Ｔ細胞は、Ｔ細胞がもはやＣＤ４を発現しないようにさらに改変することが可能である。一部の実施形態では、ＣＡＲをトランスフェクトされたＴ細胞は、ＣＣＲ２ｂ、ＣＣＲ３、ＣＸＣＲ４、および／またはＣＣＲ５などの、ＨＩＶ感染に関与する共受容体を欠くようにさらに改変することが可能である。例えば、Ｔ細胞はｓｉＲＮＡなどの試薬をトランスフェクトして、ＣＣＲ２ｂ、ＣＣＲ３、ＣＸＣＲ４、および／またはＣＣＲ５などの、ＨＩＶ感染に関与する１つまたは複数の共受容体の発現を減少させるまたはノックダウンすることが可能である。一部の実施形態では、ＨＩＶ感染に関与するこれらの共受容体のうちの１つまたは複数の発現は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系、ＲＮＡガイドエンドヌクレアーゼおよび／または操作されたメガヌクレアーゼ再設計ホーミングエンドヌクレアーゼなどの標的ゲノム編集ツールにより減少させるまたはノックダウンすることが可能である。
キメラおよびヒト化抗体
【０１８２】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体はキメラ抗体である（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号およびMorrisonら、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８１巻：６８５１〜６８５５頁（１９８４年）参照）。キメラ抗体は一般に、重鎖および／または軽鎖の一部が特定の供給源または種に由来しており、重鎖および／または軽鎖の残りが異なる供給源または種に由来している抗体を指す。一例では、キメラ抗体は非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類由来の可変領域）およびヒト定常領域を含む。さらなる例では、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のクラスまたはサブクラスから変更されている「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体はその抗原結合断片を含む。
【０１８３】
一部の実施形態では、抗体はヒト化抗体である（例えば、AlmagroおよびFransson、Front.  Biosci.１３巻：１６１９〜１６３３頁（２００８年）；Riechmannら、Nature  ３３２巻：３２３〜３２９頁（１９８８年）；Queenら、Proc.  Nat'l  Acad.  Sci.  USA  ８６巻：１００２９〜１００３３頁（１９８９年）；米国特許第５，８２１，３３７号、第７，５２７，７９１号、第６，９８２，３２１号、および第７，０８７，４０９号；Kashmiriら、Methods  ３６巻：２５〜３４頁（２００５年）；Padlan、Mol.  Immunol.２８巻：４８９〜４９８頁（１９９１年）；Dall'Acqua  ら、Methods  ３６巻：４３〜６０頁（２００５年）；Osbournら、Methods  ３６巻：６１〜６８頁（２００５年）；およびKlimkaら、Br.  J.  Cancer、８３巻：２５２〜２６０頁（２０００年）参照）。
【０１８４】
非ヒト抗体は、親非ヒト抗体の特異性および親和性を保持しつつ、ヒトに対する免疫原性を減少させるようにヒト化することが可能である。ヒト化抗体は、非ヒト抗体由来の、１つもしくは複数のＣＤＲ、またはその部分を含む１つまたは複数の可変ドメインを含むことが可能である。ヒト化抗体はヒト抗体配列由来の、１つもしくは複数のＦＲ、またはその部分を含む１つまたは複数の可変ドメインを含むことが可能である。ヒト化抗体はヒト定常領域の少なくとも一部を任意選択で含むことが可能である。一部の実施形態では、ヒト化抗体中の１つまたは複数のＦＲ残基は、例えば、抗体特異性または親和性を回復するまたは改善するために、非ヒト抗体（例えば、ＣＤＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。
【０１８５】
ヒト化のために使用することができるヒトフレームワーク領域は、「最良適合」法を使用して選択されるフレームワーク領域；軽鎖または重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列に由来するフレームワーク領域；ヒト成熟（体細胞突然変異している）フレームワーク領域またはヒト生殖系列フレームワーク領域；およびＦＲライブラリーをスクリーニングすることに由来するフレームワーク領域を含むがこれらに限定されない（例えば、Simsら、J.  Immunol.１５１巻：２２９６頁（１９９３年）；Carterら、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８９巻：４２８５頁（１９９２年）；Prestaら、J.  Immunol.、１５１巻：２６２３頁（１９９３年）；Bacaら、J.  Biol.  Chem.２７２巻：１０６７８〜１０６８４頁（１９９７年）；およびRosokら、J.  Biol.  Chem.２７１巻：２２６１１〜２２６１８頁（１９９６年）参照）。
ヒト抗体
【０１８６】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体はヒト抗体である。ヒト抗体は種々の公知の技法を使用して産生することが可能である（例えば、van  Dijkおよびvan  de  Winkel、Curr.  Opin.  Pharmacol.５巻：３６８〜７４頁（２００１年）；ならびにLonberg、Curr.  Opin.  Immunol.２０巻：４５０〜４５９頁（２００８年）参照）。ヒト抗体は一部の態様では、抗原チャレンジに応答して無傷のヒト抗体またはヒト可変領域を有する無傷の抗体を産生するように改変されているトランスジェニック動物に免疫原（例えば、ＨＩＶ免疫原）を投与することにより調製することができる（例えば、Lonberg、Nat.  Biotech.２３巻：１１１７〜１１２５頁（２００５年）；米国特許第６，０７５，１８１号、第６，１５０，５８４号、第５，７７０，４２９号、および第７，０４１，８７０号；ならびに米国特許出願公開番号ＵＳ２００７／００６１９００参照）。そのような動物から産生される無傷の抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることによりさらに改変することができる。
【０１８７】
ヒト抗体は一部の態様では、ハイブリドーマベースの方法によって作製することも可能である。例えば、ヒト抗体は、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術、および他の方法を使用してヒト骨髄腫およびマウス−ヒトヘテロ骨髄腫細胞株から産生することが可能である（例えば、Kozbor  J.Immunol.、１３３巻：３００１頁（１９８４年）；Brodeurら、Monoclonal  Antibody  Production  Techniques  and  Applications、５１〜６３頁（１９８７年）；Boernerら、J.  Immunol.、１４７巻：８６頁（１９９１年）；Liら、Proc.  Natl.  Acad.、１０３巻：３５５７〜３５６２頁（２００６年）；米国特許第７，１８９，８２６号；Ni、Xiandai  Mianyixue、２６巻（４号）：２６５〜２６８頁（２００６年）；VollmersおよびBrandlein、Histology  and  Histopathology、２０巻（３号）：９２７〜９３７頁（２００５年）；ならびにVollmersおよびBrandlein、Methods  and  Findings  in  Experimental  and  Clinical  Pharmacology、２７巻（３号）：１８５〜９１頁（２００５年）参照）。ヒト抗体は、ヒト由来ファージディスプレイライブラリーから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することにより産生することもできる。次いで、そのような可変ドメイン配列は所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。
ライブラリー誘導
【０１８８】
抗体は、所望の活性（単数または複数）を有する抗体を求めてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより単離することができる（例えば、Hoogenboomら、Methods  in  Molecular  Biology  １７８巻：１〜３７頁（２００１年）；McCaffertyら、Nature  ３４８巻：５５２〜５５４頁；  Clacksonら、Nature  ３５２巻：６２４〜６２８頁（１９９１年）；Marksら、J.  Mol.  Biol.２２２巻：５８１〜５９７頁（１９９２年）；MarksおよびBradbury、Methods  in  Molecular  Biology  ２４８巻：１６１〜１７５頁（２００３年）；Sidhuら、J.  Mol.  Biol.３３８巻（２号）：２９９〜３１０頁（２００４年）；Leeら、J.  Mol.  Biol.  ３４０巻（５号）：１０７３〜１０９３頁（２００４年）；Fellouse、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA  １０１巻（３４号）：１２４６７〜１２４７２頁（２００４年）；およびLeeら、J.  Immunol.  Methods  ２８４巻（１〜２号）：１１９〜１３２頁（２００４年）参照）。ＶＨおよびＶＬ遺伝子のレパートリーは別々にクローニングして（例えば、ＰＣＲにより）、ライブラリーで無作為に組換え（例えば、ファージライブラリー）て、スクリーニングすることが可能である（例えば、Winterら、Ann.  Rev.  Immunol.、１２巻：４３３〜４５５頁（１９９４年）参照）。代わりに、天然のレパートリーをクローニングして（例えば、ヒトから）、いかなる免疫化もなしで抗体の単一供給源を広範囲の非自己および自己抗原にも提供することが可能である（例えば、Griffithsら、EMBO  J、１２巻：７２５〜７３４頁（１９９３年）参照）。代わりに、天然のライブラリーを、幹細胞由来の再編成されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダムプライマーを使用してＣＤＲ３領域をコードするまたはＶ遺伝子セグメントをｉｎ  ｖｉｔｒｏで再編成することにより合成により作製することが可能である（例えば、HoogenboomおよびWinter、J.  Mol.  Biol.、２２７巻：３８１〜３８８頁（１９９２年）；米国特許第５，７５０，３７３号ならびに米国特許公開番号ＵＳ２００５／００７９５７４、ＵＳ２００５／０１１９４５５、ＵＳ２００５／０２６６０００、ＵＳ２００７／０１１７１２６、ＵＳ２００７／０１６０５９８、ＵＳ２００７／０２３７７６４、ＵＳ２００７／０２９２９３６、およびＵＳ２００９／０００２３６０参照）。ヒト抗体ライブラリーから単離される抗体または抗体断片は本明細書のヒト抗体またはヒト抗体断片と見なされる。
多重特異性
【０１８９】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は多重特異性抗体、例えば、二重特異性抗体である。多重特異性抗体は一般に、少なくとも２つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である（例えば、米国特許公開番号ＵＳ２００８／００６９８２０参照）。一部の実施形態では、結合特異性のうちの一方はＨＩＶに対して、他方は他の任意の抗原に対するものである。一部の実施形態では、二重特異性抗体はＨＩＶの２つの異なるエピトープに結合できる。二重特異性抗体は、細胞毒性剤をＨＩＶに感染した細胞に局在化させるのに使用することもできる。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体断片として調製することが可能である。
【０１９０】
多重特異性抗体を作製するための例示的な技法は、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え同時発現、抗体Ｆｃヘテロ二量体分子を作製するための静電的ステアリング効果の操作、２つまたはそれよりも多い抗体または断片の交差架橋、ロイシンジッパーを使用した二重特異性抗体の産生、二重特異性抗体断片を作製するための「ダイアボディ」技術の使用、一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体の使用、三重特異性抗体の調製、および「ノブインホール」工学を含む（例えば、MilsteinおよびCuello、Nature  ３０５巻：５３７頁（１９８３年）；ＷＯ０９／０８９００４Ａ１；ＷＯ９３／０８８２９；Trauneckerら、EMBO  J.１０巻：３６５５頁（１９９１年）；米国特許第４，６７６，９８０号および第５，７３１，１６８号；Brennanら、Science、２２９巻：８１頁（１９８５年）；Kostelnyら、J.  Immunol.、１４８巻（５号）：１５４７〜１５５３頁（１９９２年）；Hollingerら、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、９０巻：６４４４〜６４４８頁（１９９３年）；Gruberら、J.  Immunol.、１５２巻：５３６８頁（１９９４年）；ならびにTuttら、J.  Immunol.１４７巻：６０頁（１９９１年）参照）。３つまたはそれよりも多い機能的抗原結合部位を有する操作された抗体も含まれる（例えば、ＵＳ２００６／００２５５７６参照）。
変異体
【０１９１】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体のアミノ酸配列変異体が企図される。変異体は、１つまたは複数の置換、欠失、付加および／または挿入において本明細書に具体的に開示されるポリペプチドと一般的に異なる。そのような変異体は天然に存在することができるか、または、例えば本発明の上記のポリペプチド配列の１つまたは複数を改変し、本明細書に記載される通りにおよび／もしくはいくつかの公知技術のいずれかを使用してポリペプチドの１つまたは複数の生物学的活性を評価することによって、合成により生成することができる。例えば、抗体の結合親和性および／または他の生物学的特性を改善することが望ましいことがある。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適当な改変を導入することによって、またはペプチド合成によって調製することができる。そのような改変には、例えば、抗体のアミノ酸配列中の残基からの欠失、および／またはそれへの挿入および／またはその置換が含まれる。その最終構築物が所望の特徴、例えば抗原結合性を有する限り、最終構築物に到達するために欠失、挿入および置換の任意の組合せを作成することができる。
置換、挿入および欠失変異体
【０１９２】
一部の実施形態では、１つまたは複数のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換による突然変異誘発のための目的の部位には、ＣＤＲおよびＦＲが含まれる。アミノ酸置換を目的の抗体に導入して、生成物を所望の活性、例えば、保持／改善された抗原結合性、低下した免疫原性または改善されたＡＤＣＣもしくはＣＤＣについてスクリーニングすることができる。
【表Ｂ】
2018534915.tif 000003
【０１９３】
疎水性アミノ酸には、ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕおよびＩｌｅが含まれる。中性親水性アミノ酸には、Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、ＡｓｎおよびＧｌｎが含まれる。酸性アミノ酸には、ＡｓｐおよびＧｌｕが含まれる。塩基性アミノ酸には、Ｈｉｓ、ＬｙｓおよびＡｒｇが含まれる。鎖配向に影響する残基を有するアミノ酸には、ＧｌｙおよびＰｒｏが含まれる。芳香族アミノ酸には、Ｔｒｐ、ＴｙｒおよびＰｈｅが含まれる。
【０１９４】
一部の実施形態では、置換、挿入または欠失は１つまたは複数のＣＤＲの中で起こることができ、ここで、置換、挿入または欠失は抗原への抗体の結合性を実質的に低減しない。例えば、結合親和性を実質的に低減しない保存的置換を、ＣＤＲに加えることができる。そのような変更は、ＣＤＲ「ホットスポット」またはＳＤＲの外部であってもよい。変異体ＶＨおよびＶＬ配列の一部の実施形態では、各ＣＤＲは不変であるか、または１つ、２つもしくは３つ以下のアミノ酸置換を含有する。
【０１９５】
例えば、抗体の親和性を改善するために、ＣＤＲに変更（例えば、置換）を加えることができる。そのような変更は、体細胞成熟の間に高い突然変異率を有するＣＤＲコードコドンに加えることができ（例えば、Chowdhury、Methods  Mol.  Biol.２０７巻：１７９〜１９６頁（２００８年）を参照）、結果として生じる変異体は結合親和性について試験することができる。抗体の親和性を改善するために、親和性成熟（例えば、変異性ＰＣＲ、鎖シャッフリング、ＣＤＲの無作為化、またはオリゴヌクレオチド誘導突然変異誘発を使用する）を使用することができる（例えば、Hoogenboomら、Methods  in  Molecular  Biology  １７８巻：１〜３７頁（２００１年）を参照）。抗原結合に関与するＣＤＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング突然変異誘発またはモデル化を使用して、特異的に特定することができる（例えば、CunninghamおよびWells、Science、２４４巻：１０８１〜１０８５頁（１９８９年）を参照）。特に、ＣＤＲ−Ｈ３およびＣＤＲ−Ｌ３がしばしば標的とされる。あるいは、またはさらに、抗体と抗原の間の接触点を特定するために、抗原抗体複合体の結晶構造が使用される。そのような接触残基および隣接残基は、置換のための候補として標的とするかまたは排除することができる。それらが所望の特性を有するかどうか判定するために、変異体をスクリーニングすることができる。
【０１９６】
アミノ酸配列の挿入および欠失には、１残基から１００またはそれより多い残基を含有するポリペプチドの長さのアミノおよび／またはカルボキシル末端融合、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入および欠失が含まれる。末端挿入の例には、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入型変異体には、酵素（例えば、ＡＤＥＰＴの場合）または抗体の血清中半減期を増加させるポリペプチドに対する抗体のＮまたはＣ末端への融合が含まれる。抗体分子の配列内挿入変異体の例には、軽鎖における３アミノ酸の挿入が含まれる。末端欠失の例には、軽鎖の末端において７またはそれ未満のアミノ酸の欠失を有する抗体が含まれる。
グリコシル化変異体
【０１９７】
一部の実施形態では、抗体は、それらのグリコシル化を増減するために変更される（例えば、１つまたは複数のグリコシル化部位が作製または除去されるようにアミノ酸配列を変更することによって）。抗体のＦｃ領域に付着した炭水化物を、変更することができる。哺乳動物細胞からの天然抗体は、Ｎ結合によってＦｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に付着した、分枝状の二分岐オリゴ糖を一般に含む（例えば、Wrightら、TIBTECH  １５巻：２６〜３２頁（１９９７年）を参照）。オリゴ糖は様々な炭水化物、例えば、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、シアル酸、二分岐オリゴ糖構造のステムのＧｌｃＮＡｃに付着したフコースであってよい。例えばある特定の改善された特性を有する抗体変異体を作製するために、抗体のオリゴ糖に改変を加えることができる。抗体のグリコシル化変異体は、改善されたＡＤＣＣおよび／またはＣＤＣ機能を有することができる。
【０１９８】
一部の実施形態では、Ｆｃ領域に付着した（直接的または間接的に）フコースを欠く炭水化物構造を有する抗体変異体が提供される。例えば、そのような抗体中のフコースの量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％または２０％から４０％であってもよい。フコースの量は、Ａｓｎ２９７に付着した全ての糖構造の合計と比較した、Ａｓｎ２９７での糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって判定される（例えば、ＷＯ０８／０７７５４６を参照）。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域の２９７位（Ｆｃ領域残基のＥｕ番号付け）あたりに位置するアスパラギン残基を指す。しかし、抗体中の軽微な配列変動のために、Ａｓｎ２９７は、２９７位から約±３アミノ酸上流または下流に、すなわち２９４位から３００位の間に位置することもできる。そのようなフコシル化変異体は、改善されたＡＤＣＣ機能を有することができる（例えば、特許公開番号ＵＳ２００３／０１５７１０８；ＵＳ２００４／００９３６２１；ＵＳ２００３／０１５７１０８；ＷＯ００／６１７３９；ＷＯ０１／２９２４６；ＵＳ２００３／０１１５６１４；ＵＳ２００２／０１６４３２８；２００４／００９３６２１；ＵＳ２００４／０１３２１４０；ＵＳ２００４／０１１０７０４；ＵＳ２００４／０１１０２８２；ＵＳ２００４／０１０９８６５；ＷＯ０３／０８５１１９；ＷＯ０３／０８４５７０；ＷＯ０５／０３５５８６；ＷＯ０５／０３５７７８；ＷＯ０５／０５３７４２；ＷＯ０２／０３１１４０；Okazakiら、J.  Mol.  Biol.３３６巻：１２３９〜１２４９頁（２００４年）；およびYamane-Ohnukiら、Biotech.  Bioeng.８７巻：６１４頁（２００４年）を参照）。細胞株、例えばノックアウト細胞株、およびそれらの使用方法は、脱フコシル化抗体、例えば、タンパク質フコシル化欠損Ｌｅｃ１３  ＣＨＯ細胞およびアルファ−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子（ＦＵＴ８）ノックアウトＣＨＯ細胞を産生するために使用することができる（例えば、Ripkaら、Arch.  Biochem.  Biophys.２４９巻：５３３〜５４５頁（１９８６年）；Yamane-Ohnukiら、Biotech.  Bioeng.８７巻：６１４頁（２００４年）；Kanda,  Y.ら、Biotechnol.  Bioeng.、９４巻（４号）：６８０〜６８８頁（２００６年）；ＷＯ０３／０８５１０７；ＥＰ１１７６１９５Ａ１、ＷＯ０４／０５６３１２；ＷＯ０４／０５７００２；ＷＯ０３／０８４５７０；ＷＯ０３／０８５１１９；ＷＯ０３／０５６９１４；ＷＯ０４／０２４９２７；ならびに米国特許公開番号ＵＳ２００３／０１５７１０８；ＵＳ２００３／０１１５６１４、ＵＳ２００４／０９３６２１、ＵＳ２００４／１１０２８２、ＵＳ２００４／１１０７０４およびＵＳ２００４／１３２１４０を参照）。他の抗体グリコシル化変異体も含まれる（例えば、米国特許第６，６０２，６８４号；特許公開番号ＵＳ２００５／０１２３５４６；ＷＯ０３／０１１８７８；ＷＯ９７／３００８７；ＷＯ９８／５８９６４；およびＷＯ９９／２２７６４を参照。）
【０１９９】
したがって、本発明の抗ＨＩＶ抗体は、外因性のおよび／または高い内因性グリコシルトランスフェラーゼ活性の１つまたは複数を有する宿主細胞によって産生することができる。グリコシルトランスフェラーゼ活性を有する遺伝子には、β（１，４）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ（ＧｎＴＩＩ）、α−マンノシダーゼＩＩ（ＭａｎＩＩ）、β（１，４）−ガラクトシルトランスフェラーゼ（ＧａｌＴ）、β（１，２）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩ（ＧｎＴＩ）およびβ（１，２）−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩ（ＧｎＴＩＩ）が含まれる。糖転移酵素は、ゴルジ局在化ドメインを含む融合を含むことができる（例えば、Lifelyら、Glycobiology  ３１８巻：８１３〜２２頁（１９９５年）；Schachter、Biochem.  Cell  Biol.６４巻：１６３〜８１頁（１９８６年）；米国特許仮出願第６０／４９５，１４２号および第６０／４４１，３０７号；特許公開番号ＵＳ２００３／０１７５８８４およびＵＳ２００４／０２４１８１７；ならびにＷＯ０４／０６５５４０を参照）。一部の実施形態では、混乱したまたは不活性化されたグリコシルトランスフェラーゼ遺伝子を含む宿主細胞において抗ＨＩＶ抗体を発現させることができる。したがって、一部の実施形態では、本発明は、（ａ）グリコシルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする配列を含む単離された核酸；および（ｂ）ヒトＨＩＶに結合する本発明の抗ＨＩＶ抗体をコードする単離されたポリヌクレオチドを含む宿主細胞に関する。特定の実施形態では、宿主細胞によって産生される改変された抗ＨＩＶ抗体は、ＩｇＧ定常領域またはＦｃ領域を含むその断片を有する。別の特定の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体は、ヒト化抗体またはＦｃ領域を含むその断片である。単離された核酸は、その天然の環境の構成要素から分離された核酸分子である。単離された核酸には、その核酸分子を通常含有する細胞に含有される核酸分子が含まれるが、その核酸分子は染色体外に存在するかまたはその天然の染色体位置と異なる染色体位置に存在する。
【０２００】
本発明の宿主細胞によって産生される変更されたグリコシル化を有する抗ＨＩＶ抗体は、増加したＦｃ受容体結合親和性（例えば、ＦｃγＲＩＩＩａ受容体などのＦｃγ活性化受容体への増加した結合）および／または増加したエフェクター機能を示すことができる。増加したエフェクター機能は、以下の１つまたは複数の増加であってよい：増加した抗体依存性細胞傷害、増加した抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）、増加したサイトカイン分泌、抗原提示細胞による増加した免疫性複合体媒介性抗原取り込み、増加したＦｃ媒介性細胞傷害、ＮＫ細胞への増加した結合、マクロファージへの増加した結合、多形核細胞（ＰＭＮ）への増加した結合、単球への増加した結合、標的結合抗体の増加した架橋、アポトーシスを誘導する増加した直接シグナル伝達、増加した樹状細胞成熟および増加したＴ細胞プライミング。したがって、一態様では、本発明は、糖鎖操作されていない抗ＨＩＶ抗体と比較して増加したエフェクター機能を有する抗ＨＩＶ抗体の糖型を提供する。（例えば、Tangら、J.  Immunol.１７９巻：２８１５〜２８２３頁（２００７年）を参照）。
【０２０１】
本発明は、改変されたオリゴ糖を有する、本発明の抗ＨＩＶ抗体を産生するための方法であって、（ａ）本発明による抗ＨＩＶ抗体の産生を可能にする条件下においてグリコシルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする少なくとも１つの核酸を発現するように工学操作された宿主細胞を培養するステップであって、グリコシルトランスフェラーゼ活性を有する前記ポリペプチドは、前記宿主細胞によって産生される前記抗ＨＩＶ抗体のＦｃ領域のオリゴ糖を改変するのに十分な量で発現されるステップ；および（ｂ）前記抗ＨＩＶ抗体を単離するステップを含む方法にも関する。別の実施形態では、グリコシルトランスフェラーゼ活性を有する２つのポリペプチドがある。本発明の方法によって産生される抗ＨＩＶ抗体は、増加したＦｃ受容体結合親和性および／または増加したエフェクター機能を有することができる。
【０２０２】
一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体のＦｃ領域の二分されたＮ連結オリゴ糖の百分率は、全オリゴ糖の少なくとも約１０％から約１００％、具体的には少なくとも約５０％、より具体的には少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％または少なくとも約９０〜９５％である。さらに別の実施形態では、本発明の方法によって産生される抗体は、本発明の方法によるそのオリゴ糖の改変の結果として、Ｆｃ領域において非フコシル化オリゴ糖の割合が増加している。一部の実施形態では、非フコシル化オリゴ糖の百分率は、少なくとも約２０％から約１００％、具体的には少なくとも約５０％、少なくとも約６０％から約７０％、より具体的には少なくとも約７５％である。非フコシル化オリゴ糖は、ハイブリッドまたは複合型であってよい。さらに別の実施形態では、本発明の方法によって産生される抗体は、本発明の方法によるそのオリゴ糖の改変の結果として、Ｆｃ領域において二分されたオリゴ糖の割合が増加している。一部の実施形態では、二分されたオリゴ糖の百分率は、少なくとも約２０％から約１００％、具体的には少なくとも約５０％、少なくとも約６０％から約７０％、より具体的には少なくとも約７５％である。
【０２０３】
別の実施形態では、本発明は、本発明の方法によって産生される、増加したエフェクター機能および／または増加したＦｃ受容体結合親和性を有するように工学操作された抗ＨＩＶ抗体に関する。一部の実施形態では、抗体は無傷の抗体である。一部の実施形態では、抗体は、Ｆｃ領域を含有する抗体断片、または免疫グロブリンのＦｃ領域と同等である領域を含む融合タンパク質である。
【０２０４】
一態様では、本発明は、改変されたグリコシル化パターンを有する本発明の抗体の生成のための宿主細胞発現系を提供する。特に、本発明は、改善された治療値を有する本発明の抗体の糖型の生成のための宿主細胞系を提供する。したがって、本発明は、グリコシルトランスフェラーゼ活性を有するポリペプチドを発現するように選択または工学操作された宿主細胞発現系を提供する。
【０２０５】
一般的に、本発明の宿主細胞株を工学操作するためのバックグラウンドとして、上で議論される細胞株を含む任意のタイプの培養細胞株を使用することができる。一部の実施形態では、ＣＨＯ細胞、ＢＨＫ細胞、ＮＳ０細胞、ＳＰ２／０細胞、ＹＯ骨髄腫細胞、Ｐ３Ｘ６３マウス骨髄腫細胞、ＰＥＲ細胞、ＰＥＲ．Ｃ６細胞またはハイブリドーマ細胞、他の哺乳動物細胞、酵母細胞、昆虫細胞または植物細胞が、本発明の工学操作宿主細胞を生成するためのバックグラウンド細胞株として使用される。
【０２０６】
本発明の抗体のコード配列を含有し、生物学的に活性な遺伝子産物を発現する宿主細胞は、少なくとも４つの一般的アプローチによって同定することができる；（ａ）ＤＮＡ−ＤＮＡまたはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリダイゼーション；（ｂ）「マーカー」遺伝子機能の存在または不在；（ｃ）宿主細胞においてそれぞれのｍＲＮＡ転写物の発現によって測定される転写レベルを調査すること；および（ｄ）イムノアッセイまたはその生物学的活性によって測定される遺伝子産物の検出。
Ｆｃ領域変異体
【０２０７】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に１つまたは複数のアミノ酸改変を導入し、それによってＦｃ領域変異体を生成することができる。本明細書においてＦｃ領域は、定常領域の少なくとも一部を含有する、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域である。Ｆｃ領域は、天然配列のＦｃ領域および変異体のＦｃ領域を含む。Ｆｃ領域変異体は、１つまたは複数のアミノ酸位置にアミノ酸改変（例えば、置換）を含むヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のＦｃ領域）を含むことができる。
【０２０８】
一部の実施形態では、本発明は、エフェクター機能の全てではなく一部を有する抗体変異体を企図し、したがってそれは、抗体のｉｎ  ｖｉｖｏ半減期は重要であるが、ある特定のエフェクター機能（例えば、補体およびＡＤＣＣ）が不要または有害である適用のための望ましい候補となる。ＣＤＣおよび／またはＡＤＣＣ活性の低減／消失を確認するために、ｉｎ  ｖｉｔｒｏおよび／またはｉｎ  ｖｉｖｏ細胞傷害性アッセイを実行することができる。例えば、抗体がＦｃγＲ結合を欠いている（したがって、ＡＤＣＣ活性を欠いている可能性がある）がＦｃＲｎ結合能力を保持することを確実にするために、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイを実行することができる。目的の分子のＡＤＣＣ活性を調査するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイの非限定例は、米国特許第５，５００，３６２号および第５，８２１，３３７号に記載されている。あるいは、非放射性アッセイ方法を用いることができる（例えば、ＡＣＴＩ（商標）およびＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ）。そのようなアッセイのための有益なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、またはさらに、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、例えば動物モデルにおいてｉｎ  ｖｉｖｏで調査することができる（例えば、Clynesら、Proc.  Nat'l  Acad.  Sci.  USA  ９５巻：６５２〜６５６頁（１９９８年）を参照）。抗体がＣ１ｑに結合することが可能または不可能であり、したがってＣＤＣ活性を有するか欠くことを確認するために、Ｃ１ｑ結合アッセイを実行することもできる（例えば、ＷＯ０６／０２９８７９、ＷＯ９９／５１６４２およびＷＯ０５／１００４０２；米国特許第６，１９４，５５１号；ならびにIdusogieら、J.  Immunol.１６４巻：４１７８〜４１８４頁（２０００年）を参照）。補体活性化を調査するために、ＣＤＣアッセイを実行することができる（例えば、Gazzano-Santoroら、J.  Immunol.  Methods  ２０２巻：１６３頁（１９９６年）；Cragg,  M.S.ら、Blood  １０１巻：１０４５〜１０５２頁（２００３年）；およびCraggら、Blood  １０３巻：２７３８〜２７４３頁（２００４年）を参照）。公知の方法を使用して、ＦｃＲｎ結合およびｉｎ  ｖｉｖｏクリアランス／半減期の判定を実施することもできる（例えば、Petkova,  S.  B.ら、Int'l.  Immunol.１８巻（１２号）：１７５９〜１７６９頁（２００６年）を参照）。エフェクター機能の低減された抗体には、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７および３２９の１つもしくは複数；またはアミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７および３２７の２つもしくはそれより多くの置換を有するもの、例えば、残基２６５および２９７のアラニンへの置換を有するＦｃ突然変異体が含まれる（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号および第７，３３２，５８１号を参照）。ＦｃＲへの結合が改善または減少した抗体変異体も含まれる（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；ＷＯ０４／０５６３１２およびShieldsら、J.  Biol.  Chem.９巻（２号）：６５９１〜６６０４頁（２００１年）を参照）。一部の実施形態では、抗体変異体は、ＡＤＣＣを改善する１つまたは複数のアミノ酸置換、例えばＦｃ領域��２９８位、３３３位および／または３３４位の置換を有するＦｃ領域を含む。
【０２０９】
抗体は、増加した半減期および新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への改善された結合を有することができる（例えば、ＵＳ２００５／００１４９３４を参照）。そのような抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する１つまたは複数の置換をその中に有するＦｃ領域を含むことができ、Ｆｃ領域残基、２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４または４３４のうちの１つまたは複数での置換を有するものを含むことができる（例えば、米国特許第７，３７１，８２６号を参照）。Ｆｃ領域変異体の他の例も、企図される（例えば、DuncanおよびWinter、Nature  ３２２巻：７３８〜４０頁（１９８８年）；米国特許第５，６４８，２６０号および第５，６２４，８２１号；ならびにＷＯ９４／２９３５１を参照）。
システイン工学操作抗体変異体
【０２１０】
一部の実施形態では、抗体の１つまたは複数の残基がシステイン残基で置換されるシステイン工学操作抗体、例えば「ｔｈｉｏＭＡｂ」を作製することが望ましいことがある。一部の実施形態では、置換される残基は、抗体のアクセス可能な部位に存在する。免疫コンジュゲートを作製するために、他の部分、例えば薬物部分またはリンカー−薬物部分へのコンジュゲーションのための部位に、反応性チオール基を配置することができる。一部の実施形態では、以下の残基の任意の１つまたは複数をシステインで置換することができる：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔ番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；および重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン工学操作抗体を、記載される通り生成することができる（例えば、米国特許第７，５２１，５４１号を参照）。
抗体誘導体
【０２１１】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体は、公知であり利用可能な追加の非タンパク部分を含有するように、さらに改変することができる。抗体の誘導体化のために適する部分には、限定されずに水溶性ポリマーが含まれる。水溶性ポリマーの非限定例には、限定されずに、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（ホモポリマーまたはランダム共重合体）、およびデキストランまたはポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコールホモポリマー、ポリプロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えば、グリセロール）、ポリビニルアルコールならびにそれらの混合物が含まれる。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中でのその安定性のために製造上の利点を有することができる。
【０２１２】
ポリマーは任意の分子量であってよく、分枝状または非分枝状であってよい。抗体に付着するポリマーの数は異なってもよく、２またはそれより多いポリマーが付着する場合は、それらは同じかまたは異なる分子であってもよい。
【０２１３】
別の実施形態では、抗体と、照射への曝露によって選択的に加熱することができる非タンパク部分のコンジュゲートが提供される。一部の実施形態では、非タンパク部分は、カーボンナノチューブである（例えば、Kamら、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA  １０２巻：１１６００〜１１６０５頁（２００５年）を参照）。照射は任意の波長であってもよく、限定されずに、通常の細胞を害しないが、抗体−非タンパク部分に隣接する細胞が死滅する温度まで非タンパク部分を加熱する波長を含む。
組換え方法および組成物
【０２１４】
抗体は、組換え方法および組成物を使用して産生することができる（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号を参照）。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＨＩＶ抗体またはその断片をコードする単離された核酸が提供される。そのような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列および／またはＶＨを含むアミノ酸配列をコードすることができる。さらなる実施形態では、そのような核酸を含む１つまたは複数のベクターが提供される。ベクターは、それが連結する別の核酸を増殖させることが可能な核酸分子である。本用語は、自己複製する核酸構造としてのベクター、ならびにそれが導入された宿主細胞のゲノムに組み込まれるベクターを含む。ある特定のベクターは、それらが作動可能に連結されている核酸の発現を導くことが可能である。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＨＩＶ抗体に由来する結合性ドメインを含むＣＡＲをコードする核酸および／またはベクターが提供される。
【０２１５】
さらなる実施形態では、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。宿主細胞は外因性核酸が導入された細胞であり、そのような細胞の後代を含む。宿主細胞には「形質転換体」および「形質転換細胞」が含まれ、それらには、一次形質転換細胞および継代数に関係なくそれに由来する後代が含まれる。後代は親細胞と核酸内容が完全に同一でなくてもよく、突然変異を含有することができる。当初形質転換された細胞でスクリーニングまたは選択されたのと同じ機能または生物学的活性を有する突然変異体後代が、本明細書に含まれる。そのような一実施形態では、宿主細胞は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列および抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、または抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第１のベクターおよび抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第２のベクターを含む（例えば、それで形質転換されている）。一部の実施形態では、宿主細胞は、ＣＡＲをコードする核酸を含むベクターを含む。一部の実施形態では、宿主細胞は真核生物、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはリンパ系細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体を作製する方法であって、上で提供されるような抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を、抗体の発現に適する条件下で培養するステップ、および任意選択で宿主細胞または宿主細胞培地から抗体を回収するステップを含む方法が提供される。一部の実施形態では、宿主細胞は、患者から得られた一次免疫細胞、例えばＴ細胞である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、調節Ｔ細胞またはＮＫ細胞である。
【０２１６】
抗ＨＩＶ抗体の組換え産生のために、例えば前記のような抗体をコードする単離された核酸を、さらなるクローニングおよび／または宿主細胞での発現のために１つまたは複数のベクターに挿入する。そのような核酸は、従来の手法を使用して容易に単離し、配列決定することができる。
【０２１７】
抗体コードベクターのクローニングまたは発現のために適する宿主細胞には、本明細書に記載される原核生物または真核生物の細胞が含まれる。例えば、グリコシル化およびＦｃエフェクター機能が不要なときなどは、抗体を細菌で産生することができる（例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、第５，７８９，１９９号および第５，８４０，５２３号；Charlton、Methods  in  Molecular  Biology、第２４８巻、２４５〜２５４頁（２００３年）を参照）。発現の後、抗体を可溶性分画中の細菌細胞ペーストから単離することができ、さらに精製することができる。
【０２１８】
原核生物に加えて、糸状菌または酵母などの真核微生物が、抗体コードベクターのために適するクローニングまたは発現宿主である（例えば、Gerngross、Nat.  Biotech.２２巻：１４０９〜１４１４頁（２００４年）およびLiら、Nat.  Biotech.２４巻：２１０〜２１５頁（２００６年）を参照）。グリコシル化抗体の発現のために適する宿主細胞は、無脊椎動物および脊椎動物を含む多細胞生物にも由来する。無脊椎動物の例には、植物および昆虫細胞が含まれる（例えば、米国特許第５，９５９，１７７号、第６，０４０，４９８号、第６，４２０，５４８号、第７，１２５，９７８号および第６，４１７，４２９号を参照）。脊椎動物細胞の例には、哺乳動物細胞株、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１系（ＣＯＳ−７）；ヒト胚性腎臓系（例えば、Grahamら、J.  Gen  Virol.３６巻：５９頁（１９７７年）に記載される、２９３または２９３細胞）；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）；マウスセルトリ細胞（ＴＭ４細胞）；サル腎臓細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト頸部癌細胞（ＨＥＬＡ）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ  ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ  Ｇ２）；マウス乳房腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）；ＴＲ１細胞；ＭＲＣ５細胞；ＦＳ４細胞；チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞を含む；ならびにＹ０、ＮＳ０およびＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株が含まれる。（例えば、YazakiおよびWu、Methods  in  Molecular  Biology、第２４８巻、２５５〜２６８頁（２００３年）を参照）。
アッセイ
【０２１９】
本明細書で提供される抗ＨＩＶ抗体は、公知の様々なアッセイによって同定すること、それらの物理的／化学的特性および／または生物学的活性についてスクリーニングするかまたは特徴付けることができる。
【０２２０】
一態様では、本発明の抗体は、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット等によって、その抗原結合活性について試験される。一態様では、本明細書に記載される抗ＨＩＶ抗体と、ＨＩＶとの結合に関して競合する抗体を同定するために、競合アッセイを使用することができる。一部の実施形態では、そのような競合抗体は、本明細書に記載される抗ＨＩＶ抗体が結合するのと同じエピトープ（例えば、線状または立体配置的エピトープ）に結合する。例示的なエピトープマッピング方法が公知である（例えば、Morris「Epitope  Mapping  Protocols」、Methods  in  Molecular  Biology、第６６巻（１９９６年）を参照）。
【０２２１】
例示的な競合アッセイでは、固定化されたＨＩＶを、ＨＩＶに結合する第１の標識抗体およびＨＩＶへの結合に関して第１の抗体と競合するその能力について試験される第２の非標識抗体を含む溶液中でインキュベートする。第２の抗体は、ハイブリドーマ上清中に存在してもよい。対照として、固定化されたＨＩＶを、第１の標識抗体を含むが第２の非標識抗体を含まない溶液中でインキュベートする。ＨＩＶへの第１の抗体の結合を許容する条件下でのインキュベーションの後、過剰な未結合の抗体を除去し、固定化されたＨＩＶに会合している標識の量を測定する。固定化されたＨＩＶに会合している標識の量が対照試料に対して試験試料で実質的に低減されている場合は、そのことは、ＨＩＶへの結合に関して第２の抗体が第１の抗体と競合していることを示す（例えば、HarlowおよびLane、Antibodies:  A  Laboratory  Manual、第１４章（１９９６年）を参照）。
【０２２２】
一態様では、生物学的活性を有する、その抗ＨＩＶ抗体を同定するためのアッセイが提供される。一部の実施形態では、ＨＩＶへの中和活性を有する、その抗ＨＩＶ抗体を同定するためのアッセイが提供される。ｉｎ  ｖｉｖｏおよび／またはｉｎ  ｖｉｔｒｏでそのような生物学的活性を有する抗体も、提供される。一部の実施形態では、本発明の抗体は、そのような生物学的活性について試験される。
免疫コンジュゲート
【０２２３】
本発明は、本明細書の抗ＨＩＶ抗体を含む免疫コンジュゲートも提供する。免疫コンジュゲートは、１つまたは複数の異種分子にコンジュゲートされる抗体である。例えば、免疫コンジュゲートは、１つまたは複数の細胞傷害剤、例えば化学療法剤もしくは薬物、増殖阻害剤、タンパク質ドメイン、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物もしくは動物起源の酵素活性毒素、またはその断片）、または放射性同位体にコンジュゲートされる抗ＨＩＶ抗体を含むこともできる。一部の実施形態では、免疫コンジュゲートは、抗ＨＩＶ抗体またはその断片（例えば、ｓｃＦｖ）を含むことができる。
【０２２４】
一部の実施形態では、免疫コンジュゲートは、抗体が１つまたは複数の薬物、例えば、限定されずに、マイタンシノイド；モノメチルオーリスタチン薬物部分ＤＥおよびＤＦ（ＭＭＡＥおよびＭＭＡＦ）などのオーリスタチン；ドラスタチン；カリケアマイシンまたはその誘導体；ダウノマイシンまたはドキソルビシンなどのアントラサイクリン；メトトレキセート；ビンデシン；ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセルおよびオルタタキセルなどのタキサン；トリコテセン；ならびにＣＣ１０６５にコンジュゲートされる抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である（例えば、米国特許第５，２０８，０２０号、第５，４１６，０６４号、第５，６３５，４８３号、第５，７８０，５８８号、第７，４９８，２９８号、第５，７１２，３７４号、第５，７１４，５８６号、第５，７３９，１１６号、第５，７６７，２８５号、第５，７７０，７０１号、第５，７７０，７１０号、第５，７７３，００１号、第６，６３０，５７９号および第５，８７７，２９６号；ＥＰ０４２５２３５Ｂ１；Hinmanら、Cancer  Res.５３巻：３３３６〜３３４２頁（１９９３年）；Lodeら、Cancer  Res.５８巻：２９２５〜２９２８頁（１９９８年）；Kratzら、Current  Med.  Chem.１３巻：４７７〜５２３頁（２００６年）；Jeffreyら、Bioorganic  &  Med.  Chem.  Letters  １６巻：３５８〜３６２頁（２００６年）；Torgovら、Bioconj.  Chem.１６巻：７１７〜７２１頁（２００５年）；Nagyら、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA  ９７巻：８２９〜８３４頁（２０００年）；Dubowchikら、Bioorg.  &  Med.  Chem.  Letters  １２巻：１５２９〜１５３２頁（２００２年）；ならびにKingら、J.  Med.  Chem.４５巻：４３３６〜４３４３頁（２００２年）を参照）。
【０２２５】
別の実施形態では、免疫コンジュゲートは、限定されずに、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性断片、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａから）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデッシンＡ鎖、アルファ−サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ダイアンシンタンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩおよびＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａ阻害剤、クルシン、クロチン、ｓａｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ阻害剤、ゲロニン、マイトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシンおよびトリコテセンを含む、酵素活性毒素またはその断片にコンジュゲートされた本明細書に記載の抗体を含む。
【０２２６】
別の実施形態では、免疫コンジュゲートは、放射性原子にコンジュゲートされて放射性コンジュゲートを形成する、本明細書に記載の抗体を含む。放射性コンジュゲートの生成に利用可能な例示的放射性同位体には、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２およびＬｕの放射性同位体が含まれる。放射性コンジュゲートは、シンチグラフィー検出のための放射性原子を含むことができる（例えば、ｔｃ９９ｍもしくはＩ１２３、または核磁気共鳴（ＮＭＲ）画像化のためのスピン標識、例えば、再びヨウ素１２３、ヨウ素１３１、インジウム１１１、フッ素１９、炭素１３、窒素１５、酸素１７、ガドリニウム、マンガンもしくは鉄）。
【０２２７】
抗体と細胞傷害剤のコンジュゲートは、二官能基タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能基誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣｌなど）、活性エステル（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアネート（トルエン２，６−ジイソシアネートなど）およびビス活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）を使用して作製することができる。例えば、リシン免疫毒素を調製することができる（例えば、Vitettaら、Science２３８巻：１０９８頁（１９８７年）を参照）。炭素１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性ヌクレオチドのコンジュゲーションのための例示的なキレート剤である（例えば、ＷＯ９４／１１０２６を参照）。リンカーは開裂可能であってよく、細胞内で細胞傷害薬の放出を促進する。例示的な開裂可能なリンカーには、酸に対して不安定なリンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、感光性リンカー、ジメチルリンカーおよびジスルフィド含有リンカーが含まれる（例えば、Chariら、Cancer  Res.５２巻：１２７〜１３１頁（１９９２年）；米国特許第５，２０８，０２０号を参照）。
【０２２８】
本明細書において、免疫コンジュゲートまたはＡＤＣは、架橋試薬で調製されるコンジュゲートを明示的に企図する。例示的な架橋試薬には、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣおよびスルホ−ＳＭＰＢ、ならびにＳＶＳＢ（スクシンイミジル−（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）が含まれる。
診断および検出のための方法および組成物
【０２２９】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗ＨＩＶ抗体のいずれも、生体試料中のＨＩＶの存在を検出するのに有益である。検出することは、定量的または定性的検出を包含する。
【０２３０】
本明細書に開示される抗体および組成物は、様々な目的のために、例えば対象においてＨＩＶ感染を検出するためにまたはＡＩＤＳを診断するために、使用することができる。これらの方法は、ＨＩＶまたはＡＩＤＳと診断された対象からの試料を本明細書に記載される抗体と接触させるステップ、および試料への抗体の結合を検出するステップを含むことができる。対照試料への抗体の結合と比較して試料への抗体の結合の増加は、対象がＨＩＶ−１感染および／またはＡＩＤＳを有することを確認する。一部の実施形態では、本方法は、ＨＩＶに結合する第２の抗体を試料と接触させるステップ、および第２の抗体の結合を検出するステップをさらに含む。一部の非限定例では、対照試料と比較して試料への抗体の結合の増加は、対象におけるＨＩＶを検出する。一部の非限定例では、抗体は、試料中の可溶性ｇｐ１２０に特異的に結合する。一部の実施形態では、本方法は、ＨＩＶ抗体を特異的に認識する第２の抗体を試料と接触させるステップ、および第２の抗体の結合を検出するステップをさらに含む。
【０２３１】
別の実施形態により、本発明は診断方法を提供する。診断方法は、患者から得られる生体試料、例えば、血液、血清、唾液、尿、喀痰、細胞スワブ試料または組織生検などをＨＩＶ抗体と接触させるステップ、および抗体が対照試料または所定のカットオフ値と比較して試料に優先的に結合するかどうか判定し、それによってＨＩＶウイルスの存在を示すステップを一般的に含む。
【０２３２】
別の実施形態により、本発明は、患者からの生体試料における本発明のＨＩＶ抗体の存在を検出する方法を提供する。検出方法は、患者から生体試料を、例えば、血液、血清、唾液、尿、喀痰、細胞スワブ試料または組織生検などを得るステップ、およびＨＩＶ抗体もしくはその断片、またはＨＩＶ抗体をコードする核酸を単離するステップ、および生体試料におけるＨＩＶ抗体の存在について検査するステップを一般的に含む。さらに、本発明は、細胞においてＨＩＶ抗体のヌクレオチド配列を検出する方法を提供する。ＨＩＶ抗体のヌクレオチド配列は、本明細書に開示されるプライマーを使用して検出することもできる。患者からの生体試料中のＨＩＶ抗体の存在は、公知の組換え技術を利用しておよび／または質量分析計の使用により判定することができる。
【０２３３】
一部の実施形態では、診断または検出の方法で使用するための抗ＨＩＶ抗体が提供される。さらなる態様では、生体試料中のＨＩＶの存在を検出する方法が提供される。一部の実施形態では、本方法は、ＨＩＶへの抗ＨＩＶ抗体の結合を許容する条件下で生体試料を本明細書に記載される抗ＨＩＶ抗体と接触させるステップ、および複合体が抗ＨＩＶ抗体とＨＩＶの間で形成されるかどうか検出するステップを含む。そのような方法は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏの方法であってもよい。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体は、例えばＨＩＶが患者の選択のためのバイオマーカーである場合に、抗ＨＩＶ抗体による療法に適格な対象を選択するために使用される。
【０２３４】
本発明の抗体を使用して診断することができる例示的な障害には、ＡＩＤＳを含む、ＨＩＶの感染によって特徴付けられる障害が含まれる。
【０２３５】
一部の実施形態では、標識された抗ＨＩＶ抗体が提供される。標識には、限定されずに、直接的に検出される標識または部分（例えば、蛍光性、発色性、高電子密度、化学発光および放射性の標識）、ならびに、例えば酵素反応または分子相互作用を通して間接的に検出される部分（例えば、酵素またはリガンド）が含まれる。例示的な標識には、放射性同位体（例えば、３２Ｐ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈおよび１３１Ｉ）、蛍光体（例えば、希土類キレートまたはフルオレセインおよびその誘導体、ローダミンおよびその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン、ルシフェラーゼ（luceriferases）（例えば、米国特許第４，７３７，４５６号を参照）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、アルカリ性ホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、色素前駆体を酸化するために過酸化水素を用いる酵素とカップリングされたサッカライドオキシダーゼ、ヘテロサイクリックオキシダーゼ、ビオチン／アビジン、スピン標識、バクテリオファージ標識、安定したフリーラジカルなどが含まれる。
医薬製剤
【０２３６】
所望の純度を有するそのような抗体を、１つまたは複数の任意選択の薬学的に許容される担体（例えば、Remington's  Pharmaceutical  Sciences  １６版、Osol,  A.編（１９８０年）を参照）と、凍結乾燥製剤または水溶液の形で混合することによって調製される、本明細書に記載される抗ＨＩＶ抗体の医薬製剤も提供される。薬学的に許容される担体は、用いられる投薬量および濃度でレシピエントに一般に無毒である。例示的な医薬用の許容される担体には、緩衝液（例えば、リン酸、クエン酸および他の有機酸）；抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸およびメチオニン）；保存剤（例えば、塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム）；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；アルキルパラベン（例えば、メチルまたはプロピルパラベン）；カテコール；レソルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；およびｍ−クレゾール；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質（例えば、血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン）；親水性ポリマー（例えば、ポリビニルピロリドン）；アミノ酸（例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリシン）；単糖、二糖および他の炭水化物（例えば、グルコース、マンノースまたはデキストリン）；キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ）；糖（例えば、スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール）；塩形成性対イオン（例えば、ナトリウム）；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質複合体）；ならびに／または非イオン性界面活性剤（例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ））が含まれる。本明細書の例示的な薬学的に許容される担体には、間質性薬物分散剤（例えば、可溶性中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ））がさらに含まれる（例えば、米国特許公開番号ＵＳ２００５／０２６０１８６およびＵＳ２００６／０１０４９６８を参照）。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰは、１つまたは複数の追加のグリコサミノグリカナーゼ（例えば、コンドロイチン分解酵素）と組み合わされる。
【０２３７】
抗ＨＩＶ抗体もしくはその断片、および／または融合タンパク質、および／またはキメラ受容体、および／またはその分子を発現する工学操作細胞を含む医薬製剤も提供される。医薬組成物および製剤は、１つまたは複数の任意選択の薬学的に許容される担体または賦形剤を一般的に含む。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも１つの追加の治療剤を含む。
【０２３８】
用語「医薬製剤」は、そこに含有される有効成分の生物学的活性を有効にするような形態であり、製剤が投与される対象に許容されないほど毒性である追加の構成成分を含有しない調製物を指す。
【０２３９】
「薬学的に許容される担体」は、医薬製剤中の、有効成分以外の対象に無毒である成分を指す。薬学的に許容される担体には、限定されずに、緩衝液、賦形剤、安定剤または保存剤が含まれる。
【０２４０】
一部の態様では、担体の選択は、特定の細胞、結合性分子、および／もしくは抗体、ならびに／または投与方法によって一部決定される。したがって、様々な適する製剤がある。例えば、医薬組成物は、保存剤を含有することができる。適する保存剤には、例えば、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウムおよび塩化ベンザルコニウムを含めることができる。一部の態様では、２つまたはそれより多い保存剤の混合物が使用される。保存剤またはそれらの混合物は、全体の組成物の約０．０００１重量％から約２重量％の量で一般的に存在する。
【０２４１】
一部の態様での緩衝剤は、組成物中に含まれる。適する緩衝剤には、例えば、クエン酸、クエン酸ナトリウム、リン酸、リン酸カリウムならびに様々な他の酸および塩が含まれる。一部の態様では、２つまたはそれより多い緩衝剤の混合物が使用される。緩衝剤またはそれらの混合物は、全体の組成物の約０．００１重量％から約４重量％の量で一般的に存在する。投与可能な医薬組成物を調製するための方法が、公知である。例示的な方法は、例えば、Remington:  The  Science  and  Practice  of  Pharmacy、Lippincott  Williams  &  Wilkins；第２１版（２００５年５月１日）でより詳細に記載される。
【０２４２】
抗体の製剤には、凍結乾燥製剤および水溶液を含めることができる。
【０２４３】
製剤または組成物は、抗体もしくはその断片、または細胞、好ましくは、それぞれの活性がお互いに悪影響を与えない場合に抗体もしくはその断片、または細胞に相補的な活性を有するもの、で処置される特定の適応症、疾患または状態に有益な１つより多い有効成分を含有することもできる。一部の実施形態では、製剤は、ウイルス負荷を処置、改善、管理、低減するための、または特定の適応症（例えば、ＨＩＶ感染またはＡＩＤＳ）の疾患重症度を軽くするための成分を、必要に応じて含むこともできる。そのような有効成分は、意図した目的のために有効な量で組み合わされて好適に存在する。したがって、一部の実施形態では、医薬組成物は、抗ウイルス剤などの他の薬学的に活性な薬剤または薬物をさらに含む。一部の実施形態では、細胞または抗体は、塩、例えば薬学的に許容される塩の形で投与される。適する薬学的に許容される酸付加塩には、鉱酸、例えば塩酸、臭化水素酸、リン酸、メタリン酸、硝酸および硫酸、ならびに有機酸、例えば酒石酸、酢酸、クエン酸、リンゴ酸、乳酸、フマル酸、安息香酸、グリコール酸、グルコン酸、コハク酸およびアリールスルホン酸、例えばｐ−トルエンスルホン酸に由来するものが含まれる。
【０２４４】
抗体製剤は凍結乾燥することができる（例えば、米国特許第６，２６７，９５８号を参照）。抗体製剤は、水性抗体であってよい（例えば、米国特許第６，１７１，５８６号およびＷＯ０６／０４４９０８を参照）。
【０２４５】
有効成分は、マイクロカプセル（例えば、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチンマイクロカプセルおよびポリ（メチルメタクリレート））に取り込むことができる。有効成分は、コロイド状薬物送達系のマイクロカプセル（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子およびナノカプセル）に、またはマクロエマルジョンに取り込むことができる。徐放性調製物を調製することができる。徐放性調製物の適する例には、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが含まれ、そのマトリックスは造形品（例えば、フィルムまたはマイクロカプセル）の形である。
【０２４６】
一部の態様での医薬組成物は、組成物の送達が処置部位の感作の前に、およびそれを引き起こすのに十分な時間で起こるように、持続的放出、遅延型放出および徐放性の送達系を用いることができる。多くのタイプの放出送達系が利用可能で、公知である。そのような系は、組成物の反復投与を避けることができ、それによって対象および医師への利便性を増加させる。
【０２４７】
一部の実施形態での医薬組成物は、抗体もしくはその断片、および／または細胞を、疾患または状態を処置または予防するのに有効な量、例えば治療的に有効なまたは予防的に有効な量で含有する。一部の実施形態での治療または予防的効能は、処置される対象の定期的な調査によってモニタリングされる。数日にわたるまたはそれより長い反復投与のために、状態により、処置は疾患症状の所望の抑制が起こるまで反復される。しかし、他の投薬レジメンが有益かもしれず、決定することができる。所望の投薬量は、組成物の単回のボーラス投与によって、組成物の複数回のボーラス投与によって、または組成物の連続的注入投与によって送達することができる。
【０２４８】
ある特定の実施形態では、抗体またはその断片を含有する遺伝子操作された細胞との関連で、対象は、約１００万から約１，０００億個の範囲の細胞、例えば、１００万から約５００億個の細胞（例えば、約５００万個の細胞、約２，５００万個の細胞、約５億個の細胞、約１０億個の細胞、約５０億個の細胞、約２００億個の細胞、約３００億個の細胞、約４００億個の細胞、または上の値のうちの任意の２つによって規定される範囲）など、例えば、約１，０００万から約１，０００億個の細胞（例えば、約２，０００万個の細胞、約３，０００万個の細胞、約４，０００万個の細胞、約６，０００万個の細胞、約７，０００万個の細胞、約８，０００万個の細胞、約９，０００万個の細胞、約１００億個の細胞、約２５０億個の細胞、約５００億個の細胞、約７５０億個の細胞、約９００億個の細胞、または上の値のうちの任意の２つによって規定される範囲）、および、一部の場合には約１億個の細胞から約５００億個の細胞（例えば、約１億２，０００万個の細胞、約２億５，０００万個の細胞、約３億５，０００万個の細胞、約４億５，０００万個の細胞、約６億５，０００万個の細胞、約８億個の細胞、約９億個の細胞、約３０億個の細胞、約３００億個の細胞、約４５０億個の細胞）または、これらの範囲の間の任意の値および／または対象の体重１キログラムあたりのそのような細胞数を投与される。
【０２４９】
組成物は、標準の投与技術、製剤および／またはデバイスを使用して投与することができる。組成物の保存および投与のための製剤およびデバイス、例えばシリンジおよびバイアルが提供される。細胞の投与は、自家または異種であってよい。例えば、免疫応答細胞または前駆体は、１つの対象から得ることができ、同じ対象または異なる、適合する対象に投与することができる。末梢血から派生させた免疫応答細胞またはそれらの後代（例えば、ｉｎ  ｖｉｖｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏで派生させたもの）は、局所注射、例えばカテーテル投与、全身性注射、局所注射、静脈内注射または非経口投与を通して投与することができる。治療組成物（例えば、遺伝子改変免疫応答細胞を含有する医薬組成物）を投与するとき、それは、単位投薬量注射可能形態（溶液、懸濁液、乳剤）で一般的に製剤化される。
【０２５０】
製剤には、経口、静脈内、腹腔内、皮下、肺、経皮、筋肉内、鼻腔内、口内、舌下または坐薬投与のためのものが含まれる。一部の実施形態では、細胞集団は非経口的に投与される。本明細書で使用するように、用語「非経口」は、静脈内、筋肉内、皮下、直腸、膣および腹腔内投与を含む。一部の実施形態では、細胞集団は、静脈内、腹腔内または皮下注射による末梢全身送達を使用して対象に投与される。
【０２５１】
一部の実施形態での組成物は、無菌の液体調製物、例えば、等張性水溶液、懸濁液、乳剤、分散液または粘性組成物として提供され、それらは、一部の態様では選択されるｐＨに緩衝されてもよい。液体調製物は、ゲル剤、他の粘性組成物および固体組成物より調製するのが通常容易である。さらに、液体組成物は、特に注射によって投与するのに若干より便利である。他方、粘性組成物は、特異組織とのより長い接触期間を提供するために、適当な粘度範囲内で製剤化することができる。液体または粘性組成物は担体を含むことができ、それは、例えば水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール（polyoi）（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコール）および適するそれらの混合物を含有する溶媒または分散媒であってよい。
【０２５２】
無菌の注射可能な溶液は、抗体またはその断片を溶媒に、例えば適する担体、希釈剤または賦形剤、例えば無菌水、生理的食塩水、グルコース、デキストロースなどと混合して組み込むことによって調製することができる。組成物は、凍結乾燥されてもよい。組成物は、所望の投与経路および調製物によって、湿潤、分散または乳化剤（例えば、メチルセルロース）、ｐＨ緩衝剤、ゲル化または増粘添加剤、保存剤、着香料、着色剤などの補助物質を含有することができる。一部の態様では、適する調製物を調製するために、標準テキストを参照することができる。
【０２５３】
抗微生物性保存剤、抗酸化剤、キレート剤および緩衝液を含む、組成物の安定性および無菌性を強化する様々な添加剤を加えることができる。微生物活動の防止は、様々な抗細菌性および抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などによって確実にすることができる。注射用医薬形態の長期吸収は、吸収を遅らせる薬剤、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンの使用によってもたらすことができる。
【０２５４】
徐放性調製物を調製することができる。徐放性調製物の適する例には、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが含まれ、そのマトリックスは造形品、例えばフィルムまたはマイクロカプセルの形である。
【０２５５】
ｉｎ  ｖｉｖｏ投与のために使用される製剤は、一般に無菌である（例えば、滅菌濾過メンブランによる濾過による）。
治療方法および組成物
【０２５６】
本明細書で提供される抗ＨＩＶ抗体のいずれも、治療方法で使用することができる。本発明は、ウイルス感染（例えば、ＨＩＶ）に感染した哺乳動物を処置するための方法であって、前記哺乳動物に本明細書に開示されるＨＩＶ抗体を含む医薬組成物を投与するステップを含む方法を提供する。対象において、ＨＩＶウイルス価の増加、ウイルス複製、ウイルス増殖またはＨＩＶウイルスタンパク質の量を低減するための方法が、さらに提供される。
【０２５７】
一態様では、医薬として使用するための抗ＨＩＶ抗体が提供される。さらなる態様では、ＨＩＶ感染の処置で使用するための抗ＨＩＶ抗体が提供される。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体はＨＩＶを中和する。一部の実施形態では、抗ＨＩＶ抗体は、広域中和抗体である。他の実施形態では、ＨＩＶはＨＩＶ−１である。一部の実施形態では、ＨＩＶはＨＩＶ−２である。他の実施形態では、ＨＩＶはＨＩＶ−１グループＭである。一部の実施形態では、ＨＩＶはＨＩＶ−１グループＮ、ＨＩＶ−１グループＯおよび／またはＨＩＶ−１グループＰである。他の実施形態では、ＨＩＶは、クレードＡ（Ａ１および／またはＡ２を含む）、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、Ｆ（Ｆ１および／またはＦ２を含む）、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｊ、Ｋ、またはその任意の組合せ、サブタイプもしくはＣＲＦである。さらなる態様では、ＡＩＤＳの処置で使用するための抗ＨＩＶ抗体が提供される。一部の実施形態では、処置の方法で使用するための抗ＨＩＶ抗体が提供される。一部の実施形態では、本発明は、抗ＨＩＶ抗体の有効量を個体に投与するステップを含む、ＨＩＶに感染したかＡＩＤＳを有する個体を処置する方法で使用するための抗ＨＩＶ抗体を提供する。薬剤の有効量は、必要な投薬量および期間で、所望の治療的または予防的結果を達成するのに有効な量である。そのような一実施形態では、この方法は、少なくとも１つの追加の治療剤の有効量を個体に投与するステップをさらに含む。個体は、ヒトであってよい。
【０２５８】
さらなる態様では、本発明は、医薬の製造または調製における抗ＨＩＶ抗体の使用を提供する。一部の実施形態では、医薬は、ＨＩＶ感染の処置のためである。一部の実施形態では、医薬は、ＡＩＤＳの処置のためである。さらなる実施形態では、医薬は、ＨＩＶ感染またはＡＩＤＳを有する個体に医薬の有効量を投与するステップを含む、ＨＩＶ感染またはＡＩＤＳを処置する方法で使用するためのものである。
【０２５９】
さらなる態様では、本発明は、ＨＩＶ感染またはＡＩＤＳを処置するための方法を提供する。一部の実施形態では、この方法は、そのようなＨＩＶ感染またはＡＩＤＳを有する個体に抗ＨＩＶ抗体の有効量を投与するステップ含む。
【０２６０】
一部の実施形態では、感染またはＡＩＤＳのＨＩＶは、その構成要素ウイルスの表面にｇｐ１２０を発現する。
【０２６１】
別の実施形態により、本発明は、ＨＩＶ感染を有するかまたはＨＩＶ感染の危険があるヒトまたは非ヒト霊長類の患者への、ヒトにおいてＨＩＶに対する防御免疫応答またはＨＩＶウイルスの低減を誘導するのに十分な量のおよびスケジュールに従っている投与のために適する、ＨＩＶ抗体組成物の調製および投与のための方法を提供する。
【０２６２】
別の実施形態により、本発明は、本発明の少なくとも１つの抗体および薬学的に許容される担体を含むワクチンを提供する。一実施形態により、本ワクチンは、本発明に記載される少なくとも１つの抗体および薬学的に許容される担体を含むワクチンである。本ワクチンは、本明細書に記載される特徴を任意の組合せで有する複数の抗体を含むことができ、追加の抗体、例えばＨＩＶを中和する他の利用可能な抗体をさらに含むことができる。
【０２６３】
ワクチン接種の後にＨＩＶ感染の様々なサブタイプの進行を予防的にまたは治療的に処置するために、組成物は、同じであるかまたは異なってもよい、本明細書に開示される抗体の１つまたは組合せであってもよいことを理解すべきである。そのような組合せは、所望の免疫によって選択することができる。抗体が動物またはヒトに投与されるとき、それは、１つまたは複数の薬学的に許容される担体、賦形剤またはアジュバントと組み合わせることができる。
【０２６４】
さらに、特にＨＩＶの処置のための患者における有効レベルの判定に関して、様々な遺伝子療法プロトコールのＨＩＶに対するｉｎ  ｖｉｖｏ効能を評価するために、適する動物モデルが利用可能で、広く実行された（Sarverら（１９９３年ｂ）、上記）。これらのモデルには、マウス、サルおよびネコが含まれる。これらの動物がＨＩＶ疾患に本来感受性でないとしても、ヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、リンパ節、胎児の肝臓／胸腺または他の組織で再構成されるキメラマウスモデル（例えば、ＳＣＩＤ、ｂｇ／ｎｕ／ｘｉｄ、ＮＯＤ／ＳＣＩＤ、ＳＣＩＤ−ｈｕ、免疫適格ＳＣＩＤ−ｈｕ、骨髄切除ＢＡＬＢ／ｃ）を、レンチウイルスベクターまたはＨＩＶに感染させることができ、ＨＩＶ病因のモデルとして用いることができる。同様に、サル免疫欠損ウイルス（ＳＩＶ）／サルモデルをネコ免疫欠損ウイルス（ＦＩＶ）／ネコモデルのように用いることができる。ＡＩＤＳを治療的に処置するために使用されるとき、医薬組成物は、本発明によるベクターと共に他の医薬品を含有することができる。これらの他の医薬品は、それらの伝統的な様式で（すなわち、ＨＩＶ感染を処置する薬剤として）使用することができる。別の実施形態により、本発明は、単離されたＨＩＶ抗体または親和性成熟バージョンの有効量を含む抗体ベースの医薬組成物を提供し、それは、ＨＩＶウイルスの感染を低減するための予防的または治療的処置の選択肢を提供する。本発明の抗体ベースの医薬組成物は、任意の数の一般的に公知である戦略によって製剤化することができる（例えば、McGoffおよびScher、２０００年、Solution  Formulation  of  Proteins/Peptides：McNally,  E.J.編、Protein  Formulation  and  Delivery、New  York、NY：Marcel  Dekker；１３９〜１５８頁；AkersおよびDefilippis、２０００年、Peptides  and  Proteins  as  Parenteral  Solutions：Pharmaceutical  Formulation  Development  of  Peptides  and  Proteins、Philadelphia、PA：Talyor  and  Francis；１４５〜１７７頁；Akersら、２００２年、Pharm.  Biotechnol.１４巻：４７〜１２７頁を参照）。
【０２６５】
別の実施形態では、本発明は、生体試料において高度に保存されたコンセンサス配列を含む重鎖および高度に保存されたコンセンサス配列を含む軽鎖を含むＨＩＶ抗体を検出するための方法であって、哺乳動物対象から免疫グロブリン含有生体試料を得るステップ、前記試料からＨＩＶ抗体を単離するステップ、ならびに重鎖および軽鎖の高度に保存されたコンセンサス配列を同定するステップを含む方法を提供する。生体試料は、血液、血清、唾液、尿、喀痰、細胞スワブ試料または組織生検であってよい。アミノ酸配列は、例えば、ＰＣＲおよび質量分析を含む公知の方法によって判定することができる。
【０２６６】
さらなる態様では、本発明は、（例えば上記の治療方法のいずれかで使用するための）本明細書で提供される抗ＨＩＶ抗体のいずれかを含む医薬製剤を提供する。一部の実施形態では、医薬製剤は、本明細書で提供される抗ＨＩＶ抗体のいずれかおよび薬学的に許容される担体を含む。別の実施形態では、医薬製剤は、本明細書で提供される抗ＨＩＶ抗体のいずれかおよび少なくとも１つの追加の治療剤を含む。
【０２６７】
本明細書に記載されるような抗体またはその断片は、療法において単独で、または他の薬剤と組み合わせて使用することができる。例えば、本発明の抗体は、少なくとも１つの追加の治療剤と同時投与することができる。例えば、抗体またはその断片は、単独で、または１つもしくは１つより多い抗体（例えば、複数のまたはプールされた抗体）と組み合わせて使用することができる。例えば、抗体は、単独で、または１つもしくは複数の他の抗体（例えば、ＨＩＶ中和抗体）、例えば、限定されずに、ＶＲＣＯ１、ＶＲＣ０２、ＶＲＣ０３、ＶＲＣ−ＰＧ−０４、ＶＲＣ−ＰＧ−０５、ｂｌ２、（ＣＤ４ｂ）、ＰＧＴ、ＰＧ９およびＰＧ１６と組み合わせて使用することができる。（Science  ３３３巻（６０４９号）：１６３３〜１６３７頁；Nature  ４７７巻（７３６５号）：４６６〜４７０頁；Science  ３３４巻（６０６０号）：１２８９〜１２９３頁；Science  ３２６巻（５９５０号）：２８５〜２８９頁；Science  ３３４巻（６０５９号）：１０９７〜１１０３頁；およびNature  ４８０巻（７３７７号）：３３６〜３４３頁を参照）。
【０２６８】
別の実施形態により、本発明は、ウイルス感染、例えば、ＨＩＶなどに感染した哺乳動物を処置するための方法であって、前記哺乳動物に本明細書に開示されるＨＩＶ抗体を含む医薬組成物を投与するステップを含む方法を提供する。一実施形態により、ＨＩＶに感染した哺乳動物を処置するための方法は、前記哺乳動物に本発明の抗体またはその断片を含む医薬組成物を投与するステップを含む。
【０２６９】
上記のそのような併用療法は、併用投与（２つまたはそれより多くの治療剤が同じかまたは別々の製剤に含まれる）、および別個の投与を包含し、後者の場合には、本発明の抗体の投与は、追加の治療剤および／またはアジュバントの投与の前、同時および／または後に起こることができる。
【０２７０】
養子細胞療法の方法および使用も提供される。一部の実施形態では、本方法は、対象、組織または細胞、例えば疾患、状態または障害を有するか、その危険があるかまたは有することが疑われるものへの、細胞または細胞を含有する組成物の投与を含む。一部の実施形態では、細胞、集団および組成物は、例えば養子Ｔ細胞療法などの養子細胞療法を通して処置すべき特定の疾患または状態を有する対象に投与される。一部の実施形態では、細胞または組成物は、対象に、例えば疾患または状態を有するかまたはその危険がある対象に投与される。一部の態様では、本方法は、疾患または状態の１つまたは複数の症状をそれによって処置する、例えば改善する。
【０２７１】
養子細胞療法のための細胞の投与のための方法は公知であり、提供される方法および組成物と共に使用することができる。例えば、養子Ｔ細胞療法の方法は、例えば、Gruenbergらに対する米国特許出願公開第２００３／０１７０２３８号；Rosenbergに対する米国特許第４，６９０，９１５号；Rosenberg（２０１１年）Nat  Rev  Clin  Oncol.８巻（１０号）：５７７〜８５頁）に記載される。例えば、Themeliら（２０１３年）Nat  Biotechnol.３１巻（１０号）：９２８〜９３３頁；Tsukaharaら（２０１３年）Biochem  Biophys  Res  Commun  ４３８巻（１号）：８４〜９頁；Davilaら（２０１３年）PLoS  ONE  ８巻（４号）：ｅ６１３３８を参照。
【０２７２】
一部の実施形態では、細胞療法、例えば養子Ｔ細胞療法などの養子細胞療法は、自家移入によって実行され、そこでは、細胞は、細胞療法を受ける予定の対象から、またはそのような対象に由来する試料から単離され、および／またはさもなければ調製される。したがって、一部の態様では、細胞は処置を必要とする対象、例えば患者に由来し、細胞は、単離およびプロセシングの後に同じ対象に投与される。
【０２７３】
一部の実施形態では、細胞療法、例えば養子Ｔ細胞療法などの養子細胞療法は、同種異系移入によって実行され、そこでは、細胞は、細胞療法を受ける予定のまたは最終的に受ける対象以外の対象、例えば第１の対象から単離され、および／またはさもなければ調製される。そのような実施形態では、細胞は同じ種の異なる対象、例えば第２の対象に次に投与される。一部の実施形態では、第１および第２の対象は、遺伝的に同一である。一部の実施形態では、第１および第２の対象は、遺伝的に類似している。一部の実施形態では、第２の対象は、第１の対象と同じＨＬＡクラスまたはスーパータイプを発現する。
【０２７４】
一部の実施形態では、細胞、細胞集団または組成物が投与される対象は、ヒトなどの霊長類である。一部の実施形態では、霊長類はサルまたは類人猿である。対象は雄または雌であってもよく、小児、若年、青年、成年および老年対象を含む任意の適する年齢であってよい。一部の実施形態では、対象は、齧歯動物などの非霊長類哺乳動物である。一部の例では、患者または対象は、疾患、養子細胞療法のための、および／またはサイトカイン放出症候群（ＣＲＳ）などの毒性の転帰を調査するための検証された動物モデルである。
【０２７５】
本発明の抗体（および任意の追加の治療剤）は、非経口、肺内および鼻腔内、ならびに、局所処置のために所望の場合は病巣内投与を含む、任意の適する手段によって投与することができる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内または皮下の投与が含まれる。投薬は、任意の適する経路によることができる。例えば、投薬は、注射（例えば、静脈内または皮下注射）によることができる。様々な時点での単一または複数の投与、ボーラス投与およびパルス注入を限定されずに含む、様々な投薬スケジュールが本明細書で企図される。
【０２７６】
本発明の抗体は、医学行動規範と一致した様式で製剤化、投薬および投与されるだろう。この関係において考慮すべき因子には、処置される特定の障害、処置される特定の哺乳動物、個々の患者の臨床状態、障害の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与計画および医療施術者に公知である他の因子が含まれる。抗体は、その必要はないが、問題の障害を予防または処置するために現在使用されている１つまたは複数の薬剤と一緒に任意選択で製剤化される。そのような他の薬剤の有効量は、製剤中に存在する抗体の量、障害または処置のタイプおよび上で議論される他の因子に依存する。これらは本明細書に記載されるのと同じ投薬量および投与経路で、または本明細書に記載される投薬量の約１から９９％で、または適当であると経験的／臨床的に判定される任意の投薬量および任意の経路によって一般に使用される。
【０２７７】
疾患の予防または処置のために、本発明の抗体の適当な投薬量（単独で、または１つもしくは複数の他の追加の治療剤と組み合わせて使用されるとき）は、処置する疾患のタイプ、抗体のタイプ、疾患の重症度および経過、抗体が予防または治療目的で投与されるか、以前の療法、患者の病歴および抗体への応答、ならびに主治医の裁量に依存する。抗体は、好適には、一度にまたは一連の処置にわたって患者に投与される。約１μｇ／ｋｇから１５ｍｇ／ｋｇ（例えば、０．１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ）の抗体が、患者への投与のための初期候補投薬量であってもよい（例えば、１回もしくは複数回の別個の投与によるかまたは連続的注入による）。日投薬量は、約１μｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇの範囲内またはそれより多くてもよい。数日にわたるまたはそれより長い反復投与のためには、処置は感染または疾患症状の所望の抑制が起こるまで一般に維持される。抗体の１つの例示的な投薬量は、約０．０５ｍｇ／ｋｇから約１０ｍｇ／ｋｇの範囲内であろう。したがって、約０．５ｍｇ／ｋｇ、２．０ｍｇ／ｋｇ、４．０ｍｇ／ｋｇまたは１０ｍｇ／ｋｇ（またはその任意の組合せ）の１回または複数回の用量を患者に投与することができる。そのような用量は、断続的に投与することができる（例えば、週ごとまたは３週ごとに）。より高い初回負荷用量と、続く１回または複数回のより低い用量を投与することができる。
【０２７８】
抗ＨＩＶ抗体の代わりにまたはそれに加えて本発明の免疫コンジュゲートを使用して、上記の製剤または治療方法のいずれかを実行することができることが理解される。
【０２７９】
対象において、ＨＩＶウイルス価の増加、ウイルス複製、ウイルス増殖またはＨＩＶウイルスタンパク質の量を低減するための方法が、さらに提供される。別の態様により、方法は、対象において、ＨＩＶ価の増加、ウイルス複製または１つもしくは複数のＨＩＶ株もしくは分離株のＨＩＶタンパク質の量を低減するのに有効なＨＩＶ抗体の量を対象に投与するステップを含む。
【０２８０】
別の実施形態により、本発明は、ウイルス複製または追加の宿主細胞もしくは組織へのＨＩＶ感染の拡散を低減する方法であって、哺乳動物の細胞を、ｇｐ１２０の上の抗原性エピトープに結合する抗体またはその一部と接触させるステップを含む方法を提供する。
【０２８１】
ウイルス疾患を効果的におよび安全に予防し、処置するために、受動免疫を使用することができる。（例えば、Kellerら、Clin.  Microbiol.  Rev.１３巻：６０２〜１４頁（２０００年）；Casadevall、Nat.  Biotechnol.２０巻：１１４頁（２００２年）；Shibataら、Nat.  Med.５巻：２０４〜１０頁（１９９９年）；およびIgarashiら、Nat.  Med.５巻：２１１〜１６頁（１９９９年）を参照）。ヒトモノクローナル抗体を使用する受動免疫は、ＨＩＶの緊急予防および処置のために即時処置戦略を提供する。
【０２８２】
ＨＩＶ関連の疾患または障害の危険がある対象には、感染した人と接触したか、または何らかの形でＨＩＶに曝露した患者が含まれる。予防的薬剤の投与は、疾患または障害が予防されるか、または代わりにその進行が遅延されるように、ＨＩＶ関連の疾患または障害に特徴的な症状の発現の前に起こることができる。
製造品
【０２８３】
本発明の一態様では、上記の障害の処置、予防および／または診断のために有益な材料を含有する製造品が提供される。製造品は、容器、および容器の上にまたはそれに関連してラベルまたは添付文書を含む。適する容器には、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、ＩＶ溶液バッグ等が含まれる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの様々な材料で形成することができる。容器は、単独であるか、または状態を処置、予防および／もしくは診断するために有効な別の組成物と組み合わされる組成物を保持し、無菌アクセスポートを有することができる（例えば、容器は、静脈内溶液バッグまたは皮下注射針で穿刺可能なストッパを有するバイアルであってもよい）。組成物中の少なくとも１つの活性剤は、本発明の抗体である。ラベルまたは添付文書は、組成物が選択された状態を処置するために使用されることを示す。さらに、製造品は、（ａ）本発明の抗体を含む組成物を含有する第１の容器；および（ｂ）さらなる細胞傷害性の、さもなければ治療用の薬剤を含む組成物を含有する第２の容器を含むことができる。本発明のこの実施形態での製造品は、特定の状態を処置するために組成物を使用することができることを示す添付文書をさらに含むことができる。あるいは、またはさらに、製造品は、薬学的に許容される緩衝液、例えば静菌性注射用水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝食塩水、リンガー液およびブドウ糖溶液を含む第２の（または第３の）容器をさらに含むことができる。それは、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針およびシリンジを含む、商業的およびユーザーの見地から望ましい他の材料をさらに含むことができる。
【０２８４】
本発明は、表１および２に掲載されるＨＩＶ抗体の重鎖および軽鎖のポリペプチドをコードする単離された核酸配列、配列番号１〜１６および６５の重鎖および軽鎖の配列も含む。
【表１】
2018534915.tif 000004
【表２】
2018534915.tif 000005
【表３】
2018534915.tif 000006
【表４】
2018534915.tif 000007
【表５】
2018534915.tif 000008
配列表
【０２８５】
配列番号１〜１６−重鎖および軽鎖可変領域配列：
配列番号1  -
QMQLQESGPGLVKPSETLSLTCVVSGGSVSGNIWSWIRQSPGKGPEWVGFVSGEYIEYNPSLKSRLTISRDTSKNQLSLTLRSVTAADTAMYYCAKTLRARRIYGVIAFGEVYDYHYFDVWGKGTMVTVSS
配列番号2  -     
TDSVASDVAMSVAPGDTATISCGEKSNGARAVQWYQQKPGQAPVLIIYNNQDRPSGIPERFSASPDAGFGTTATLTISRVEAGDEADYYCHIWDSRFPLSWVFAGGTKLTVL
配列番号3  -     
QVQLQESGPGLVKPSETLSVTCSVSGDSMNNYYWTWIRQSPGKGLEWIGYVSDRASATYNPSLKSRVVISRDTSKNQLSLKLNSVTLADTAVYYCATARRGQRIYGEVAFGEFFYYYSMDVWGKGTAVTVSS
配列番号4  -  
GSVTSFVRPLSVALGETASISCGRQALGSRAVQWYQHRPGQAPVLLIYNNQDRPSGIPERFSGTPDINFGTRATLTISGVEAGDEADYYCHMWDSRSGFSWSFGGATRLTVL
配列番号5  -     
QLQLQESGPGLVKPPETLSLTCSVSGASINDAYWSWIRQSPGKRPEWVGYVHHSGDTNYNPSLKRRVTFSLDTAKNEVSLKLVALTAADSAVYFCARALHGKRIYGTVALGELFVYFHMDVWGKGTAVTVSS
配列番号6  -  
HCTGAVSSFVSVAPGQTARITCGEESLGSRSVIWYQQRPGQAPSLIIYNNNDRPSGIPERFSGSPGSTFGTTATLTITSVEAGDEADYYCHIWDSRRPTNWVFGEGTTLTVL
配列番号7  -
QLQLQESGPGLVKPPETLSLTCSVSGASINDAYWSWIRQSPGKRPEWVGYVHHSGDTNYNPSLKRRVTFSLDTAKNEVSLKLVALTAADSAVYFCARALHGKRIYGTVALGELFVYFYMDVWGKGTAVTVSS
配列番号8  -     
HCTGAVSSFVSVAPGQTARITCGEESLGSRSVIWYQQRPGQAPSLIIYNNNDRPSGIPERFSGSPGSTFGTTATLTITSVEAGDEADYYCHIWDSRRPTNWVFGEGTTLTVL
配列番号9  -     
QVHLQESGPGLVKPSETLSLTCNVSGTLVRDNYWSWIRQPLGKQPEWIGYVHDSGDTNYNPSLKSRVHLSLDKSKNLVSLRLTGVTAADSAIYYCATTKHGRRIYGVVAFKEWFTYFYMDVWGKGTSVTVSS
配列番号10  -  
HCTASLASSMSVSPGETAKISCGKESIGSRAVQWYQQKPGQPPSLIIYNNQDRPAGVPERFSASPDFRPGTTATLTITNVDAEDEADYYCHIYDARGGTNWVFDRGTTLTVL
配列番号11  -    
QVHLQESGPGLVKPSETLSLTCNVSGTLVRDNYWSWIRQPLGKQPEWIGYVHDSGDTNYNPSLKSRVHLSLDKSKNLVSLRLTGVTAADSAIYYCATTKHGRRIYGVVAFKEWFTYFYMDVWGKGTSVTVSS
配列番号12  -    
HCTGSLASSMSVSPGETAKISCGKESIGSRAVQWYQQKPGQPPSLIIYNNQDRPAGVPERFSASPDFRPGTTATLTITNVDAEDEADYYCHIYDARGGTNWVFDRGTTLTVL
配列番号13  -    
QMQLQESGPGLVKPSETLSLTCSVSGASISDSYWSWFRRSPGKGLEWIGYVHKSGDTNYSPSLKSRVNLSLDASKNQVSLSLVAATAADSGKYYCARTLHGRRIYGIVAFNEWFTYFYMDVWGNGTQVTVSS
配列番号14  -    
HCTASVTSDISVAPGETARISCGEKSLGSRAVQWYQHRAGQAPSLIIYNNQDRPSGIPERFSGSPDSAFGTTATLTITSVEAGDEADYYCHIWDSRVPTKWVFGGGTTLTVL
配列番号15  -  
QVHLQESGPGLVKPSETLSLTCVVSGASTSGQYWSWIRQSPGKGLEWIGYRSDSGDANYNPSLKSRVIISLDTSRNQLSLNVTSVTTADTAMYFCARAQRGKRIYGVVSLGEYYHYYIMDVWGTGTPVTVSS
配列番号16  -    
QVQLQESGPGLVKPSETLSVTCSVSGDSMNNYYWTWIRQSPGKGLEWIGYISDRASATYNPSLNSRVVISRDTSKNQLSLKLNSVTPADTAVYYCATARRGQRIYGEVSFGEFFYYYSMDVWGKGTAVTVSS
【０２８６】
配列番号１７〜６４−重鎖および軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列：
配列番号17  -  GNIWS
配列番号18  -  FVSGEYIEYNPSLKS
配列番号19  -  TLRARRIYGVIAFGEVYDYHYFDV
配列番号20  -  GEKSNGARAVQ  
配列番号21  -  NNQDRPS
配列番号22  -  HIWDSRFPLSWV
配列番号23  -  NYYWT
配列番号24  -  YVSDRASATYNPSLKS
配列番号25  -  ARRGQRIYGEVAFGEFFYYYSMDV
配列番号26  -  GRQALGSRAVQ
配列番号27  -  NNQDRPS
配列番号28  -  HMWDSRSGFSWS
配列番号29  -  GRQALGSRAVQ
配列番号30  -  NNQDRPS
配列番号31  -  HMWDSRSGFSWS
配列番号32  -  GEESLGSRSVI
配列番号33  -  NNNDRPS
配列番号34  -  HIWDSRRPTNWV
配列番号35  -  DAYWS
配列番号36  -  YVHHSGDTNYNPSLKR
配列番号37  -  ALHGKRIYGTVALGELFVYFYMDV
配列番号38  -  GEESLGSRSVI
配列番号39  -  NNNDRPS
配列番号40  -  HIWDSRRPTNWV
配列番号41  -  DNYWS
配列番号42  -  YVHDSGDTNYNPSLKSV
配列番号43  -  TKHGRRIYGVVAFKEWFTYFYMDV
配列番号44  -  GKESIGSRAVQ
配列番号45  -  NNQDRPA
配列番号46  -  HIYDARGGTNWV
配列番号47  -  DNYW
配列番号48  -  YVHDSGDTNYNPSLKS
配列番号49  -  TKHGRRIYGVVAFKEWFTYFYMDV
配列番号50  -  GKESIGSRA
配列番号51  -  NNQDRPA
配列番号52  -  HIYDARGGTNWV
配列番号53  -  DSYWS
配列番号54  -  YVHKSGDTNYSPSLKS
配列番号55  -  TLHGRRIYGIVAFNEWFTYFYMDV
配列番号56  -  GEKSLGSRAVQ
配列番号57  -  NNQDRPS
配列番号58  -  HIWDSRVPTKWV
配列番号59  -  GQYWS
配列番号60  -  YRSDSGDANYNPSLKS
配列番号61  -  AQRGKRIYGVVSLGEYYHYYIMDV
配列番号62  -  NYYWT
配列番号63  -  YISDRASATYNPSLNS
配列番号64  -  ARRGQRIYGEVSFGEFFYYYSMDV
【０２８７】
配列番号６５−軽鎖可変領域配列：
配列番号65  -  XXXXSYVRPLSVALGETASISCGRQALGSRAVQWYQHRPGQAPILLIYNNQDRPSGIPERFSGTPDINFGTRATLTISGVEAGDEADYYCHMWDSRSGFSWSFGGATRLTVL
【０２８８】
配列番号６６〜６８−軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列：
配列番号66  -  GRQALGSRAVQ
配列番号67  -  NNQDRPS
配列番号68  -  HMWDSRSGFSWS
【０２８９】
配列番号６９および７０−生殖系列可変領域配列：
配列番号69  -  
QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGGSISSYYWSWIRQPPGKGLEWIGYIYYSGSTNYNPSLKSRVTISVDTSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARTQQGKRIYGVVSFGDYYYYYYMDVWGKGTTVTVSS
配列番号70  -  SYVLTQPPSVSVAPGQTARITCGGNNIGSKSVHWYQQKPGQAPVLVVYDDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVWDSSSDHPWVFGGGTKLTVL
【実施例】
【０２９０】
（実施例１）
ＡｂＶ−１〜９抗体の特徴付け
ＨＩＶ−１への中和抗体応答およびＡｂＶ１〜９抗体の標的エピトープをより深く理解するために、クレードＡ感染患者からのｇｐｌ６０特異的ＩｇＧメモリー応答を支配する大きなクローンファミリーのメンバーを単離した。炭水化物およびＶ３ループの配列、結合親和性、中和活性および認識を、ＡｂＶ−１〜９抗体のために判定した。ＡｂＶ−１〜９をコードするＢ細胞クローンを単離するために、アッセイを実行した。ＡｂＶ−１〜９クローンは、配列、結合親和性、炭水化物認識および中和活性によって区別される２つの異なる群に分離された。第１の群は、無タンパク質グリカンに検出可能に結合しないにもかかわらず、著しい効力および広範さを示す。
（実施例２）
ｋｄ値の判定
【０２９１】
Ｋｄは、以下のアッセイによって記載される目的の抗体のＦａｂバージョンおよびその抗原で実施される放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。抗原へのＦａｂの溶液結合親和性は、非標識抗原の滴定シリーズの存在下で最小限の濃度の（１２５Ｉ）標識抗原でＦａｂを平衡させ、結合した抗原を次に抗Ｆａｂ抗体でコーティングしたプレートで捕捉することによって測定される（例えば、Chenら、J.  Mol.  Biol.２９３巻：８６５〜８８１頁（１９９９年）を参照）。アッセイの条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を５０ｍＭ炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍｌの捕捉抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ  Ｌａｂｓ）で一晩コーティングし、その後室温（およそ２３℃）で２から５時間、ＰＢＳ中の２（ｗ／ｖ）％ウシ血清アルブミンでブロックする。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ＃２６９６２０）において、１００ｐＭまたは２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を目的のＦａｂの段階希釈と混合する（例えば、Prestaら、Cancer  Res.５７巻：４５９３〜４５９９頁（１９９７年）における抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ−１２の調査と一致して）。目的のＦａｂは、その後一晩インキュベートされる；しかし、平衡に確実に到達するように、インキュベーションはより長い期間（例えば、約６５時間）続いてもよい。その後、室温でのインキュベーション（例えば、１時間）のために、混合液を捕捉プレートに移す。溶液を次に除去し、ＰＢＳ中の０．１％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（登録商標））でプレートを８回洗浄する。プレートが乾燥したとき、１５０μｌ／ウェルの閃光物質（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０（商標）；Ｐａｃｋａｒｄ）を加え、１０分間、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴ（商標）ガンマ計数器（Ｐａｃｋａｒｄ）で計数する。競合結合アッセイで使用するために、最大結合の２０％またはそれ未満を与える各Ｆａｂの濃度が選択される。
（実施例３）
ｋｄ値の判定
【０２９２】
Ｋｄは、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００またはＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、Ｎ．Ｊ．）を、約１０応答単位（ＲＵ）の固定化抗原ＣＭ５チップと２５℃で使用する表面プラズモン共鳴アッセイを使用して測定される。簡潔には、供給業者の説明書に従って、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（ＣＭ５、ＢＩＡＣＯＲＥ，Ｉｎｃ．）を、Ｎ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）およびＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化する。カップリングされたタンパク質のおよそ１０応答単位（ＲＵ）を達成するために、５μｌ／分の流速で注射する前に、抗原を１０ｍＭ酢酸ナトリウム、ｐＨ４．８で５μｇ／ｍｌ（約０．２μＭ）に希釈する。抗原の注射の後、１Ｍのエタノールアミンを注射して未反応基をブロックする。反応速度論的測定のために、Ｆａｂの二倍段階希釈（０．７８ｎＭから５００ｎＭ）を、２５℃の０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（商標））界面活性剤を有するＰＢＳ（ＰＢＳＴ）におよそ２５μｌ／分の流速で注射する。会合および解離センサーグラムを同時に取り付けて、簡単な１対１のＬａｎｇｍｕｉｒ結合モデル（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン３．２）を使用することによって、会合速度（ｋｏｎ）および解離速度（ｋｏｆｆ）を計算する。平衡解離定数（ｋｄ）は、比ｋｏｆｆ／ｋｏｎとして計算される。例えば、Chenら、J.  Mol.  Biol.２９３巻：８６５〜８８１頁（１９９９年）を参照。上記の表面プラズモン共鳴アッセイによりオン速度が１０６  Ｍ−１  ｓ−１を超える場合は、オン速度は、ＰＢＳ、ｐＨ７．２中の２０ｎＭ抗抗原抗体（Ｆａｂ形）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ、放出＝３４０ｎｍ、１６ｎｍ帯域通過）の増加または低下を、流動停止を備えた分光光度計（Ａｖｉｖ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）または撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯ（商標）分光光度計（ＴｈｅｒｍｏＳｐｅｃｔｒｏｎｉｃ）などの分光計で測定される漸増濃度の抗原の存在下で、２５℃で測定する蛍光クエンチング技術を使用して判定することができる。
（実施例４）
ＨＩＶドナー配列決定
【０２９３】
各々約９０，０００個の細胞を含有する、患者からの生体試料からの７つのアリコートを分画に分離し、対形成忠実度を分析した。ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０２８９２５に開示されるＡｂＰａｉｒ技術方法を使用して、分析は、約１００，０００個の可能な重−軽鎖対および約３７，０００個の高信頼度の天然の重−軽鎖対をもたらした。アリコートは、ＷＯ２０１２０４８３４１およびＷＯ２０１２０４８３４０に開示されるＡｂＳｅｑ技術方法で配列決定した。
（実施例５）
新規ｂＮＡｂバイオインフォマティクス発見（ドナー内類似性）
【０２９４】
患者１７（Ｐｔ１７）に由来する公知のｂＮＡｂに対する、ＡｂＶ１〜９のＣＤＲ３アミノ酸類似性を判定した。偽陽性の閾値を較正して、類似性カットオフまたは閾値を生成するために、健康な患者の配列を使用した。ＡｂＶ１〜９抗体の系統学的関係は、完全なアミノ酸配列を使用して公知のｂＮＡｂに対して分析した。選択された抗体の他の特徴を、生殖系列ファミリー、突然変異レベル等を含む、他の公知のｂＮＡｂ配列特徴の特徴と比較した。結果：７つの高信頼度重鎖および軽鎖対ならびに推測された軽鎖対との２つの重鎖が見出された（ＡｂＶ１〜９）。
（実施例６）
実施例２〜５で使用された材料および方法。
【０２９５】
ｇｐｌ４０特異的単一Ｂ細胞捕捉に続いてＨＩＶ抗体をクローニングし、産生する。様々な重鎖位置で残基を置換することによって、糖鎖操作抗体を生成する。ＨＩＶ  Ｅｎｖタンパク質に対する抗ｇｐｌ４０抗体の結合特性は、ＥＬＩＳＡ、ＳＰＲおよびグリカンマイクロアレイアッセイによって検査される。中和は、（ｉ）ＴＺＭ．ｂｌ細胞におけるルシフェラーゼをベースとしたアッセイ、および（ｉｉ）一次ＨＩＶ−１変異体による感染を使用したＰＢＭＣをベースとしたアッセイを使用して評価される。リガンドに結合したおよび結合していないＡｂＶ１〜９の構造ならびにＧＬ  Ｆａｂ断片は、高分解能への分子置換によって解析される。
単一Ｂ細胞ＲＴ−ＰＣＲおよびＩｇ遺伝子分析
【０２９６】
患者からのｇｐｌ４０＋ＣＤ１９＋ＩｇＧ＋Ｂ細胞の単細胞選別を実行する。ＰＢＭＣ、ｃＤＮＡ合成およびＩｇ遺伝子のネステッドＰＣＲ増幅を実行する。ＡｂＶ１〜９クローン変異体によって発現されるＩｇｋ遺伝子を、ＰＣＲ増幅する。全てのＰＣＲ生成物を配列決定し、Ｉｇ遺伝子使用、ＣＤＲ３分析およびＶＨ／ＶＫ体細胞性超変異の数について分析する。ＣｌｕｓｔａｌＷ分析機能を有するＭａｃＶｅｃｔｏｒプログラムを使用して複数の配列アラインメントを実行し、近隣結合方法によってデンドログラムを生成するために使用する。あるいは、ＵＰＧＭＡ方法を使用してデンドログラムを生成する。
【０２９７】
ＡｂＶ１〜９抗体の生殖系列（ＧＬ）前駆体遺伝子セグメントは、ＩｇＢＬＡＳＴおよびＩＭＧＴｄＶＶ−ＱＵＥＳＴを使用して同定される。代表的ＧＬ先祖配列を構築するために、ＩｇＢＬＡＳＴを使用して、最少の体細胞性超変異を含有する抗体のＩｇＨおよびＩｇＬ配列をＧＬ配列に整列させる。ＧＬ  ＩｇＨ配列は、成熟したＶＨおよびＪＨ遺伝子セグメントをそれらのＧＬ対応物で置き換え、Ｎ領域ヌクレオチドおよびＤＨ遺伝子セグメントを含むＣＤＲＨ３領域の１０〜９９６配列を使用することによって構築される。ＧＬ  ＩｇＬ配列は、ＶＬ３−２１＊０２およびＪＬ３＊０２遺伝子セグメント配列から組み立てられる。
抗体のクローニングおよび産生
【０２９８】
精製され消化されたＰＣＲ生成物を、ヒトＩｇγ１またはＩｇλ発現ベクターにクローニングした。ＩｇＨおよびＩｇλ遺伝子を含有するベクターを次に配列決定して、元のＰＣＲ生成物配列と比較する。部位特異的突然変異誘発（ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ部位特異的突然変異誘発キット；Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）を使用して、変異抗体を産生する。Ｈｉｓタグ付きのＦａｂを生成するために、ＶＨ遺伝子を６ｘＨｉｓ−ＩｇＣｙｌ発現ベクターにサブクローニングして、ＩｇＧ１  ＣＨ１ドメイン、続いて６ｘ−Ｈｉｓタグをコードする。突然変異抗体をコードするＩｇＨ  ＤＮＡ断片は、合成ミニ遺伝子（ＩＤＴ）として得られ、Ｉｇγ１発現ベクターにサブクローニングされる。
【０２９９】
抗体およびＦａｂ断片は、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）沈殿方法を使用した、指数関数的に成長するＨＥＫ  ２９３Ｔ細胞（ＡＴＣＣ、ＣＲＬ−１１２６８）へのＩｇＨおよびＩｇＬ発現プラスミドの一過性のトランスフェクションによって産生される。ＩｇＧ抗体は、製造業者の説明書に従ってプロテインＧセファロースビーズ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して親和性精製される。Ｆａｂ断片は、下記のようにＨｉｓＰｕｒ（商標）コバルト樹脂（Ｔｈｅｒｍｏ  ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して親和性精製される。
ＨＩＶ−１  Ｅｎｖタンパク質
【０３００】
製造業者の説明書に従ってＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ部位特異的突然変異誘発キット（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）を使用して、アラニン突然変異をｐＹＵ−２  ｇｐ１２０ベクターに導入する。単一のアラニン突然変異をｐＹＵ−２  ｇｐ１２０ｍｕｔａｎｔベクターに導入することによって二重グリカン突然変異体を生成するために、同じ手順が使用される。部位特異的突然変異は、ＤＮＡ配列決定によって検証される。
【０３０１】
ＹＵ−２  ｇｐｌ４０、ＹＵ−２  ｇｐ１２０、ＨＸＢ２ｃ  ｇｐ１２０ｃｏｒｅ、ＨＸＢ２ｃ  ２ＣＣコアタンパク質およびＹＵ−２  ｇｐ１２０突然変異タンパク質をコードする発現ベクターが、ＨＥＫ  ２９３Ｔ細胞にトランスフェクトするために使用される。高マンノースのみのＹＵ−２  ｇｐ１２０タンパク質を産生するために、２５μＭのキフネンシン（Ｅｎｚｏ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）がトランスフェクション時に加えられる。培養上清を収集し、１０ｍＭイミダゾール、５０ｍＭリン酸ナトリウム、３００ｍＭ塩化ナトリウム；ｐＨ７．４への試料の緩衝液交換を可能にした遠心分離をベースとした濾過デバイスを使用して濃縮する。製造業者の説明書に従ってＨｉｓＰｕｒ（商標）コバルト樹脂（Ｔｈｅｒｍｏ  ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して、親和性クロマトグラフィーによってタンパク質を精製する。
【０３０２】
脱グリコシル反応のために、ＰＢＳ中の５０μｇのＨＥＫ  ２９３Ｔ細胞産生ＹＵ−２  ｇｐ１２０を、変性剤なしのそれらのそれぞれの反応緩衝液中の２００ＵのＰＮＧａｓｅ  Ｆ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ）または１０，０００ＵのＥｎｄｏ  Ｈｆ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ）により、３７℃で一晩消化する。遠心分離フィルター（Ａｍｉｃｏｎ（登録商標）ウルトラ、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を使用したＰＢＳへの緩衝液交換の後、グリコシダーゼ処置ｇ１２０（２００ｎｇ）を、４〜１２％ＮｕＰＡＧＥゲル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用したＳＤＳ−ＰＡＧＥによって、続いて銀染色（Ｐｉｅｒｃｅ銀染色キット、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）によって検査する。
ＥＬＩＳＡ
【０３０３】
高結合性９６ウェルＥＬＩＳＡプレート（Ｃｏｓｔａｒ）を、ＰＢＳ中の精製されたｇｐ１２０の１００ｎｇ／ウェルで一晩コーティングする。洗浄の後、プレートを２％ＢＳＡ、１μＭのＥＤＴＡ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ−ＰＢＳ（ブロッキング緩衝液）で２時間ブロックし、ＰＢＳ中の２６．７ｎＭおよび７連続１：４希釈の濃度でＩｇＧと２時間、次にインキュベートする。洗浄の後、ヤギＨＲＰコンジュゲート抗ヒトＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｃｈ）（ブロッキング緩衝液に０．８μｇ／ｍｌ）との１時間のインキュベーションによって、およびＨＲＰ発色性基質（ＡＢＴＳ溶液、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）の添加によってプレートを発色させた。選択されたｇｐ１２０重複ペプチドへの抗体結合は、以前に記載されたペプチド−ＥＬＩＳＡ方法を使用して試験される。
【０３０４】
競合ＥＬＩＳＡのために、ｇｐ１２０コーティングプレートをブロッキング緩衝液で２時間ブロックし、次にＰＢＳ中の抗体競合者の１：２の連続希釈溶液中のビオチン化抗体と２時間インキュベートする（５．２から６６７ｎＭのＩｇＧ濃度範囲）。ＨＲＰコンジュゲートストレプトアビジン（Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｃｈ）（ブロッキング緩衝液に０．８μｇ／ｍｌ）を使用して、プレートを前記のように発色させる。全ての実験は、少なくとも２反復で実行される。
グリカンマイクロアレイ分析
【０３０５】
２反復で２つのレベル（２および５ｆｍｏｌ／スポット）でニトロセルロースコーティングガラススライドの上に脂質に連結されたグリカンプローブ（ネオ糖脂質）をロボットにより印刷することによって、マイクロアレイを生成する。高マンノースおよび複合体型のＮ−グリカンに由来する１５個のネオ糖脂質を含有するマイクロアレイで、結合アッセイを実行する。簡潔には、抗体を５０μｇ／ｍｌで試験し、ビオチン化抗ヒトＩｇＧ（Ｖｅｃｔｏｒ）で、続いてＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ６４７標識ストレプトアビジン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ）で結合を検出する。
表面プラズモン共鳴
【０３０６】
Ｂｉａｃｏｒｅ  Ｔ１００（Ｂｉａｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．）を使用して、実験を実行する。簡潔には、ＹＵ−２  ｇｐ１４０およびｇｐ１２０タンパク質は、３００ＲＵのカップリング密度でＣＭ５チップ（Ｂｉａｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．）の上にカップリングした一級アミンである。抗ｇｐ１２０  ＩｇＧおよび生殖系列前駆体（ＧＬ）は、３５μｌ／分の流量でそれぞれ１μＭおよび１０μＭでフローセルの上に注射され、会合相は３分で解離相は５分である。センサー表面は、５０μｌ／分の流量で１０ｍＭグリシン−ＨＣｌ、ｐＨ２．５の３０秒間の注射によって再生される。解離（ｋｄ（ｓ−１））、会合（ｋ＆（Ｍ−１ｓ−１）および結合定数（ＫＤ、（Ｍ）またはＫＡ（Ｍ−１）は、バルク反射指数（ＲＩ）補正（Ｂｉａｃｏｒｅ  Ｔ１００評価ソフトウェア）なしで１：１の結合モデルを使用したバックグラウンドの減算の後に、動態分析から計算される。
中和アッセイ
【０３０７】
ＴＺＭ．ｂｌでのルシフェラーゼをベースとしたアッセイを使用して、ウイルス中和を評価する。試験するＨＩＶ−１偽ウイルスは、大部分は段２および段３ウイルスを含有する。２５μＭのキフネンシン（Ｅｎｚｏ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）で処置した野生型細胞で、またはＨＥＫ２９３  Ｓ  ＧｎＴＩ−／−細胞で、高マンノースのみの偽ウイルスが産生される。最大半減阻害が観察される濃度（ＩＣ５０値）を計算するために、非線形回帰分析が使用される。中和活性は、１９８５年から１９８９年（歴史的ｎ＝１４）または２００３年から２００６年（同時代、ｎ＝２１）の間の公知の血清転換日を有するクレードＢ感染ドナーから単離された一次ＨＩＶ−１変異体（ｎ＝９５）による感染を使用した、以前に特徴付けられたＰＢＭＣをベースとしたアッセイでも評価される。
【０３０８】
各抗体の中和活性は、ＧｒａｐｈＰａｄプリズムソフトウェアを使用してベストフィット曲線下面積として計算され、それは、０．００１から５０μｇ／ｍｌの範囲内であるＩＣ５０値の上に中和されるウイルスの割合をあてはめる。最高値によって全てのＡＵＣ値を正規化することによって、相対的な曲線下面積（ＲＡＵＣ）値が導かれる。
統計分析
【０３０９】
統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄプリズムソフトウェアで実行される。ｇｐ１２０およびｇｐｌ４０への抗体の見かけの結合親和性に対する、ウイルス株の選択されたパネルに対するＴＺＭ−ｂｌアッセイでの中和効力を、スピアマンの相関検定を使用して分析する。以下を比較するために、マンホイットニー検定を使用する：（ｉ）抗体のｇｐ１２０／ｇｐｌ４０親和性、ならびに（ｉｉ）歴史的および同時代の血清転換体から単離されるウイルスに対する中和活性。
結晶化および構造決定
【０３１０】
結晶化のための６ｘ−Ｈｉｓタグ付きＡｂＶ１〜９  Ｆａｂを発現させる。Ｆａｂは、逐次的なＮｉ−ＮＴＡ親和性（Ｑｉａｇｅｎ）およびＳｕｐｅｒｄｅｘ２００  １０／３００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）サイズ排除クロマトグラフィーによって、一時的にトランスフェクトされたＨＥＫ  ２９３−６Ｅ細胞の上清から精製される。非リガンド結合ＰＧＴ１２１  Ｆａｂの結晶のために、プロテインＡ親和性クロマトグラフィー（Ｐｉｅｒｃｅ）によって、一時的にトランスフェクトされたＨＥＫ  ２９３−６Ｅ細胞の上清からＰＧＴ１２１  ＩｇＧを単離し、ＩｇＧのパパイン切断およびＳｕｐｅｒｄｅｘ２００  １０／３００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）サイズ排除クロマトグラフィーを使用したさらなる精製によってＦａｂ断片を得る。
【０３１１】
精製されたＦａｂは、ＰＢＳ緩衝液中に８〜２０ｍｇ／ｍＬまで濃縮される。「リガンド結合」ＡｂＶ１〜９  Ｆａｂ結晶は、３倍モル過剰のＮＡ２グリカンと混合されるタンパク質試料から調製され（最終濃度：１５ｍｇ／ｍＬ）、２０℃で２時間インキュベートされる。１：１のタンパク質対レザバー比を使用して、４００ｎＬのドロップにおいてＭｏｓｑｕｉｔｏ（登録商標）結晶化ロボット（ＴＴＰ  ｌａｂｓ）を使用して、２０℃で結晶化状態をスクリーニングする。非リガンド結合ＡｂＶ１〜９  Ｆａｂの結晶は、２４％ＰＥＧ４，０００、０．１Ｍトリス−ＨＣｌ  ｐＨ８．５、１０ｍＭのＣｕＣｌ２において得られ、リガンド結合ＡｂＶ１〜９  Ｆａｂの結晶は、１７％ＰＥＧ１０，０００、０．１Ｍビス−トリスｐＨ５．５、０．１ＭのＣＨ３ＣＯＯＨＮＨ４中で成長する。ＡｂＶ１〜９  Ｆａｂの結晶は２５％ＰＥＧ３，３５０、０．１Ｍビス−トリスｐＨ５．５、０．２ＭのＮａＣｌにおいて得られ、ＧＬ  Ｆａｂの結晶は２０％ＰＥＧ３，３５０、０．２４Ｍマロン酸ナトリウムｐＨ７．０、１０ｍＭのＭｎＣｌ２中で成長する。２０％グリセロールまたは２０％エチレングリコールを含有する母液に浸し、その後液体窒素でフラッシュ冷却することによって、結晶を凍結保護する。
【０３１２】
Ｐｉｌａｔｕｓ  ６Ｍピクセル検出器（Ｄｅｃｔｒｉｓ）によりビームライン１２−２で回折データを収集する。データを指数化し、統合し、ＸＤＳを使用してスケーリングする。非リガンド結合ＡｂＶ１〜９  Ｆａｂ結晶から得られるデータを使用して、ＣＤＲＨ３およびＣＤＲＬ３ループの残基を削除した後に、２つの検索モデル、ＰＧＴ１２８  ＦａｂのＣＨ−ＣＬドメイン（ＰＤＢコード３ＰＶ３）および２Ｆ５のＶＨ−ＶＬドメイン（ＰＤＢコード３  ＩＤ  Ｊ）を使用して非対称単位につき１つのＦａｂのための分子置換解法を見出すために、Ｐｈｅｎｉｘが使用される。その後、非リガンド結合ＡｂＶ１〜９構造は、リガンド結合ＡｂＶ１〜９  Ｆａｂ（非対称単位につき１つのＦａｂ）およびＧＬ（非対称単位につき４つのＦａｂ）のための分子置換解法を見出す検索モデルとして使用される。
【０３１３】
Ｐｈｅｎｉｘを使用し、またＣｏｏｔを使用してモデルを電子密度地図に手動でフィッティングし反復的精密化（ＧＬのための非結晶学的左右対称制限を含む）を実行する。分子可視化のために、およびＦａｂ構造の像を生成するために、ＰｙＭＯＬを使用する。１．４Ａプローブを使用したＡｒｅａｉｍｏｌ（ＣＣＰ４  Ｓｕｉｔｅ）で、埋没表面積の計算を実行する。Ｆａｂ構造は、ＰｙＭＯＬのスーパースクリプトを使用して整列させる。ペアワイズＣａアラインメントは、ＰＤＢｅＦｏｌｄを使用して実行される。
（実施例７）
新しい特異変異体の同定
【０３１４】
餌としてＹＵ−２  ｇｐ１４０トリマーを使用して、クレードＡ感染アフリカ人ドナーから、ＡｂＶ１〜９クローン型ｇｐ１４０特異的ＩｇＧ記憶Ｂ細胞の優勢および多様性を単離する。特異なクローンファミリーに相当する、対応する免疫グロブリン重鎖（ＩｇＨ）および軽鎖（ＩｇＬ）遺伝子を同定する。ＩｇＨ遺伝子における高レベルの超変異と一致して、増幅されたＩｇ遺伝子は高度に突然変異して、ヌクレオチド変更を有する。
【０３１５】
新しい特異変異体が発現され、ＥＬＩＳＡおよび表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によってＹＵ−２  ｇｐ１２０およびｇｐｌ４０への結合を実証することができる。特に明記しない限り、これらのおよび他の実験のためのｇｐ１２０およびｇｐｌ４０タンパク質は、複合体型または高マンノースＮ−グリカンをＰＮＧＳに付着することができる哺乳動物の細胞において発現される。
（実施例８）
抗原認識におけるＶ３ループの役割
【０３１６】
ＡｂＶ１〜９抗体による抗原認識におけるＶ３の役割を検査する。Ｖ１〜Ｖ３ループ（ｇｐ１２０ｃｏｒｅ）を欠いているまたはＶ３の一部（２ＣＣコア）を保持するＨＸＢ２  ｇｐ１２０コアタンパク質を使用し、Ｖ３ステム（ｇｐ１２０ＧＤ３２４＿５ＡＡ）に二重アラニン置換を有するＹＵ−２  ｇｐ１２０突然変異タンパク質を使用して、ＥＬＩＳＡを実行する。抗体は、無傷のＹＵ−２  ｇｐ１２０と比較してＶ３ループおよびｇｐ１２０ＧＤ３２４  ５ＡＡを欠く変異体に対して減少した反応性を示すことがあり、ＡｂＶ１〜９による認識にはＶ３ループの近くのタンパク質決定因子が関与することを示唆しているかもしれない。抗体のいずれも、Ｖ３にわたる重複ペプチドと結合することができず、標的化エピトープが不連続であることおよび／または単離されたペプチドによって達成されない特定の立体配座を必要とすることを示唆している可能性がある。
【０３１７】
ＡｂＶ１〜９抗体による全体的グリカン認識を比較するために、複合体型および高マンノースのＮ−グリカンの両方を切断するＰＮＧａｓｅ  Ｆで処置したＹＵ−２  ｇｐ１２０へのそれらの結合を検査する。それが変性されない限りｇｐ１２０を酵素的に完全に脱グリコシル化することができないので、ＰＮＧａｓｅ  Ｆ処置は、天然の形で折り畳まれたｇｐ１２０の部分的脱グリコシルをもたらす。それにもかかわらず、抗体の各群の反応性は、ＰＮＧａｓｅ  Ｆによるｇｐ１２０の部分的脱グリコシルがＡｂＶ１〜９抗体の結合活性を減少させることができるという点で、異なることができる。高マンノースＮ−グリカンを切断するが複合体型Ｎ−グリカンを切断せず、ＡｂＶ１〜９抗体よりも他の抗体の結合により影響する可能性があるＥｎｄｏ  Ｈで処置したＹＵ−２  ｇｐ１２０で類似の実験を実行する。
【０３１８】
いくつかのＡｂＶ１〜９抗体が様々な複合体型の一または二分岐Ｎ−グリカンへの検出可能な結合を示すことを、Ｎ−グリカンマイクロアレイは明らかにすることができる。競合ＥＬＩＳＡによって各群の２つの代表的メンバーで、エピトープマッピング実験を実行する。抗体は、交差競合を示すことができる。標的化エピトープをさらにマッピングするために、Ｖ３ループの頂部、ＣＤ４ｂ、共受容体結合部位、高マンノースＮ−グリカンの布置（２Ｇ１２）、または３０１および３３２位のＶ３ループおよびＮ連結グリカンを認識する抗ｇｐ１２０抗体を使用する。抗Ｖ３頂部抗体は、これらの抗体の一部の結合を阻害することができるが、他はできない。
（実施例９）
広域の、強力なＨＩＶ中和
【０３１９】
ＡｂＶ１〜９変異体の中和活性を評価するために、ＴＺＭ−ｂｌ細胞のＨＩＶ感染を阻害するそれらの能力を、ｇｐ１２０の３３２位のＰＮＧＳを欠く、Ｒ１１６６．ｃｌを含むウイルス株を使用して試験する。ＡｂＶ１〜９変異体は偽ウイルスを中和し、いずれも対照を中和しない。中和活性は、ＨＩＶスパイクへの親和性と相関する。ＰＧＴ１２１／１０−１０７４抗体クローン型の代表的生殖系列バージョン（ＧＬ）は、ｇ１２０／ｇ１４０に結合すること、またはパネルの中のいかなるウイルスも中和することができず、結合および中和のために体細胞性突然変異が必要とされることを暗示する。ＧＬ軽鎖を突然変異重鎖と対形成させることは、結合または中和を救済できず、両方の突然変異鎖が抗体パラトープの適切なアセンブリーに寄与することを示唆する。
【０３２０】
中和困難な偽ウイルスの、拡張されたパネルに対するＡｂＶ１〜９の中和活性を比較するために、次のアッセイを実行する。予想された通り、ｇｐ１２０の３３２および／または３３４位（Ａｓｎ３３２−Ｘ−Ｓｅｒ３３４／Ｔｈｒ３３４  ＰＮＧＳにわたる）にアミノ酸変化を有するほとんどのウイルスは、中和に抵抗性である。このＰＮＧＳでの突然変異は、中和に抵抗性である大多数のウイルスを説明する。同等の中和活性がＡｂＶ１〜９のＩｇＧおよびＦａｂ形について観察されており、二価性がそれらの活性に重大でないことを示唆する。
【０３２１】
ＡｂＶ１〜９による中和におけるＨＩＶエンベロープ上の複合体型Ｎ−グリカンの潜在的役割を評価するために、高マンノースのみのビリオンを２つの異なる方法：Ｍａｎ９ＧｌｃＮＡｃ２  Ｎ連結グリカンをもたらす、キフネンシンで処置した細胞において偽ウイルスをアセンブルすることによって、または、Ｍａｎ５ＧｌｃＮＡｃ２  Ｎ連結グリカンをもたらす、ＨＥＫ２９３  Ｓ  ＧｎＴＩ−／−細胞におけるアセンブリーによって産生する。ＡｂＶ１〜９は、３つのキフネンシン由来の株のうちの２つを、野生型細胞において産生されるそれらの対応物と同等に中和する。ＧｎＴＩ−／−細胞において産生される２つのウイルス株は、ＡｂＶ１〜９に対して野生型細胞において産生されるそれらの対応物と同じくらい感受性である。複合体型Ｎ−グリカンがＣＤ４結合部位を抗体結合から部分的に保護するという以前の報告書と一致して、ＧｎＴＩ−／−細胞において産生されるウイルスは、ＣＤ４結合部位抗体により感受性である。
（実施例１０）
新たに伝染したＨＩＶ−１
【０３２２】
１９８５年から１９８９年の間（歴史的、ｎ＝１４）、または２００３年から２００６年の間（同時代、ｎ＝２５）に血清転換した個体のコホートから単離されたクレードＢウイルスを使用した末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をベースとしたアッセイにおいて中和を評価することによって、伝染した創始者ウイルスに対するＡｂＶ１〜９の活性を試験する。ＡｂＶ１〜９を、抗ＣＤ４ｂ  ｂＮＡｂならびにＶＲＣＯ１、ＰＧ９／ＰＧ１６、ｂｌ２、２Ｇ１２、４Ｅ１０および２Ｆ５を含む他のｂＮＡｂと比較する。中和活性のクラスタリング分析は、２つの群への分離を示した；１つの群は、抗ＣＤ４ｂおよびＰＧ９抗体を含む最も活性であるＨＩＶ中和剤を含有する。ＡｂＶ１〜９は、このクレードＢウイルスパネルに特別な中和効力を示す。
（実施例１１）
ＡｂＶ１〜９およびＧＬの結晶構造
【０３２３】
ＡｂＶ１〜９抗体の間の差の構造的な決定因子を調査するために、ＡｂＶ１〜９および代表的生殖系列前駆体（ＧＬ）のＦａｂ断片の結晶構造を決定する。３つのＦａｂの間の重鎖および軽鎖可変ドメイン（ＶＲおよびＶＬ）の重ね合せは、骨格構造の保存を示し、差は、ＧＬと比較して親和性成熟ＦａｂのＣＤＲＨ３およびＣＤＲＬ３ループの小さい置換に限定される。
【０３２４】
Ａｓｎ３３２ｇｐ１２０およびＡｓｎ３０１ｇｐ１２０連結グリカンならびにＶ３を認識し、複合体型Ｎ−グリカン改変タンパク質を産生することができない細胞において発現される外部ドメイン／ミニＶ３ループｇｐ１２０との複合体として解かれる抗体の構造について比較を行う。
（実施例１２）
ＡｂＶ１〜９−グリカン複合体の結晶構造
【０３２５】
複合体型のシアル酸付加二分岐グリカンに会合したＡｂＶ１〜９の構造は、ＮＡ２を含む条件の下で得られる結晶を使用して解かれる。
（実施例１３）
グリカン接触抗体残基の置換は中和に影響する
【０３２６】
リガンド結合ＡｂＶ１〜９構造から同定される複合体型Ｎ−グリカン接触残基の寄与を評価するために、複合体型グリカン接触残基を交換するように設計された突然変異抗体を生成する。糖鎖操作抗体は、ＳＰＲによって測定したとき、ＹＵ−２  ｇｐ１２０／ｇｐｌ４０への野生型に近い見かけの親和性を示し、両ＡｂＶ１〜９によって中和されるウイルス株に由来するエンベロープスパイクへの結合を置換は破壊しないことを実証する。野生型ＡｂＶ１〜９と異なって、ＡｂＶ１〜９ＧＭは、マイクロアレイ実験においてグリカン結合を示さない。次に、野生型および糖鎖操作抗体の中和を比較するために、ＴＺＭ−ｂｌをベースとしたアッセイが使用される。ウイルス株が試験される。
（実施例１４）
ｉｎ  ｖｉｖｏでの抗ＨＩＶ−１中和ｍＡｂの受動移入
【０３２７】
ＡｂＶ１〜９抗ＨＩＶ中和モノクローナル抗体をアカゲザルに投与し、それらに対して２４時間後に２つの異なるＳＨＩＶのいずれかで直腸内に抗原投与する。６０頭の抗原投与した動物から得られた結果を合わせることによって、曝露させたサルの５０％でウイルス獲得を阻止した血漿中の保護中和力価は、概ね１：１００である。
動物実験
【０３２８】
この研究で有用なマカクは、ＭＨＣクラスＩ  Ｍａｍｕ−Ａ＊０１対立遺伝子に関して陰性である。白金ＰＦＸ  ＤＮＡポリメラーゼ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用してそれらのＶ３配列をｐＳＨＩＶＤＨ１２＿ＣＬ７分子クローンの遺伝的背景に導入するために、ＳＨＩＶＡＤ８ＥＯの５’および３’半分に対応するプライマーによる、Ｒ５−トロピックＳＨＩＶＤＨ１２−Ｖ３ＡＤ８  ＰＣＲ突然変異誘発の構築が用いられる。ゲル精製の後、ＰＣＲ生成物をＴ４ポリヌクレオチドキナーゼ（ＧｉｂｃｏＢＲＬ）で処置し、平滑末端ライゲーションし、それを使用してコンピテント細胞を形質転換する。
ウイルス
【０３２９】
Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ２０００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）を使用して２９３Ｔ細胞にＳＨＩＶＡＤ８ＥＯまたはＳＨＩＶＤＨ１２−Ｖ３ＡＤ８分子クローンを最初にトランスフェクトすることによって、ウイルス保存株を調製する。培養上清を４８時間後に収集し、使用時までアリコートを−８０℃で保存する。コンカナバリンＡで刺激したアカゲザルＰＢＭＣ（５００μｌ中に細胞数２×１０６）をスピノキュレーションによってトランスフェクション細胞上清に１時間感染させ、同じ数／容量の活性化ＰＢＭＣと混合し、培地を毎日交換して培養を少なくとも１２日間維持する。ピークＲＴ生成時間のあたりで上清培地試料をプールし、個々のウイルス保存株を調製する。
抗体
【０３３０】
１１個のモノクローナル抗体（ＶＲＣＯｌ、ＮＩＨ４５−４６、４５−４６Ｇ５４Ｗ、４５−４６ｍ２、３ＢＮＣ１１７、１２Ａ１２、１ＮＣ９および８ＡＮＣ１９５、１０−１０７４、ＰＧＴ１２１およびＰＧＴ１２６）を単離し、産生する。ＤＥＮ３、デング熱ウイルスＮＳ１特異的ヒトＩｇＧ１モノクローナル抗体または対照ヒトＩｇＧが、この研究で陰性対照抗体として使用される。曝露前受動移入のために選択するモノクローナル抗体は、ウイルス抗原投与の２４時間前に静脈内投与される。
血漿中ウイルスＲＮＡレベルの定量化
【０３３１】
血漿中のウイルスＲＮＡレベルは、リアルタイム逆転写ＰＣＲによって判定される（ＡＢＩ  Ｐｒｉｓｍ  ７９００ＨＴ配列検出システム；Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）。
血漿中抗体濃度
【０３３２】
組換えＨＩＶ−１ＪＲＦＬ  ｇｐ１２０（Ｐｒｏｇｅｎｉｅｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）またはＨＩＶＩＩＩＢ（Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｃ．）を使用して、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）によってサル血漿中の投与されたモノクローナル抗体の濃度を判定する。簡潔には、マイクロタイタープレートをＨＩＶ−１  ｇｐ１２０（２μｇ／ｍｌ）でコーティングし、４℃で一晩インキュベートする。プレートをＰＢＳ／０．０５％Ｔｗｅｅｎ−２０で洗浄し、１（容量／容量）％ＢＳＡでブロックする。ブロッキングの後、抗体または血漿試料の段階希釈をプレートに加え、室温で１時間インキュベートする。結合は、アルカリ性ホスファターゼ（Ｐｉｅｒｃｅ）にカップリングされたヤギ抗ヒトＩｇＧ  Ｆ（ａｂ）２断片で検出され、ＳＩＧＭＡＦＡＳＴ  ＯＰＤ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）で可視化される。中和モノクローナル抗体の減衰半減期は、抗体投与から５日目または７日目に始まる血漿中濃度に基づく単指数関数的減衰式によって計算される。
中和アッセイ
【０３３３】
各ｍＡｂのｉｎ  ｖｉｔｒｏ効力およびアカゲザルから収集される血漿試料中に存在する中和活性は、２種類の中和アッセイによって調査される；１）偽型化抗原投与ウイルスによるＴＺＭ−ｂｌ侵入アッセイまたは複製コンピテントウイルスによる１４日ＰＢＭＣ複製アッセイ。ＴＺＭ−ｂｌアッセイのために、連続希釈のｍＡｂまたは血漿試料を、ＳＨＩＶＡＤ８ＥＯまたはＳＨＩＶＤＨ１２＿Ｖ３ＡＤ８に由来するｅｎｖ遺伝子を発現する偽型化ウイルスとインキュベートし、２９３Ｔ細胞に、それぞれのエンベロープタンパク質を発現するｐＮＬｅｎｖｌおよびｐＣＭＶベクターをコトランスフェクトすることによって調製される。５０％＞中和抑制量（ＩＣ５０）力価は、細胞対照ＲＬＵの減算の後のウイルス対照ウェルにおけるレベルと比較した相対発光単位（ＲＬＵ）における５０％＞の低減を引き起こす希釈として計算される。ＳＨＩＶＤＨ１２＿Ｖ３ＡＤ８分子クローンの中和表現型（段レベル）は、サブタイプＢ  ＨＩＶ−１に対して広範囲の中和活性を示す、コホート研究からの血漿試料を使用したＴＺＭ−ｂｌ細胞アッセイによって判定される。
動物保護力価の判定および統計分析。
【０３３４】
ウイルス抗原投与動物の５０または８０％のウイルス獲得の予防をもたらす、各Ｒ５  ＳＨＩＶに対する血漿中の中和力価の計算を実行する。全ての受動免疫サルを使用して滅菌免疫をｉｎ  ｖｉｖｏで付与するのに必要とされる血漿中の力価間の関係をモデル化するためにプロビット回帰が使用され、このモデルからのｐ値は、尤度比検定に基づく。ｉｎ  ｖｉｖｏ保護の異なるレベル（３３％、５０％、８０％、９０％および９５％＞）のために必要とされる血漿中力価はプロビットモデル推定値から判定され、９０％＞信頼区間の構築のためにブートストラッピングの方法が使用される。
【０３３５】
受動移入実験のためのプロトコールは、漸減量の中和ｍＡｂを静脈内投与し、２４時間後に直腸内経由で動物を抗原投与することである。目標は、個々のマカクへのヒト化抗ＨＩＶ  ｍＡｂの反復投与がそれらの効力を低減すること、および／またはおそらくアナフィラキシー性応答を誘導することができるかもしれないという知識と相まって、ウイルス獲得をブロックすることであり、単回接種の後にｉｎ  ｖｉｖｏ感染を確立するのに十分なサイズのＳＨＩＶ抗原投与量が選択される。
【０３３６】
第１の受動移入実験のための対照として、抗デング熱ウイルスＮＳ１  ＩｇＧ１  ｍＡｂを動物に静脈内投与し、動物は２４時間後にＳＨＩＶＡＤ８ＥＯで抗原投与される。ＶＲＣＯ１は、ウイルス獲得に対する保護について試験される第１の抗ＨＩＶ−１中和ｍＡｂであり、５０ｍｇ／ｋｇの用量で２匹のマカクに投与される。２匹の接種されたマカクの１匹（ＤＥＧＦ）は、ＳＨＩＶＡＤ８ＥＯ抗原投与から完全に保護されている。５０ｍｇ／ｋｇ  ＶＲＣＯ１の他のレシピエント（ＤＥＨ３）は感染するが、ピーク血漿ウイルス血症である。２匹の追加のマカクはＶＲＣＯ１のより低い量（２０ｍｇ／ｋｇ）が投与され、ＳＨＩＶＡＤ８ＥＯ抗原投与から保護されていない。ＳＨＩＶＤＨ１２−Ｖ３ＡＤ８獲得をブロックするＶＲＣＯ１およびＡｂＶ１〜９  ｍＡｂの能力を、同様に評価する。
【０３３７】
受動移入したマカクから様々な時間に収集される血漿試料をＨＩＶ−１  ｇｐ１２０  ＥＬＩＳＡによって分析して、中和ｍＡｂ濃度を判定する。一般的に、抗原投与時点（抗体投与の２４時間後）の各ｍＡｂの血漿中濃度は、投与される抗体の用量と相関する。
【０３３８】
中和力価は、マカクがＳＨＩＶＡＤ８ＥＯまたはＳＨＩＶＤＨ１２−Ｖ３ＡＤ８で抗原投与される、ｍＡｂ投与の２４時間後に収集される血漿試料で測定される。抗原投与サルの５０％においてウイルス獲得を阻止するために必要な血漿で測定される中和力価を、次に計算する。
（実施例１５）
慢性感染したＨＩＶ  ｉｎ  ｖｉｖｏモデルへの中和ｍＡｂの投与
【０３３９】
ＳＨＩＶＡＤ８ＥＯに対する広域作用中和ｍＡｂの中和活性は、ＳＨＩＶＡＤ８ＥＯに対するＴＺＭ−ｂｌ細胞系において最初に判定される。Ｒ５−トロピックＳＨＩＶＡＤ８ＥＯで抗原投与される慢性感染動物においてウイルス獲得をブロックする、または血漿ウイルス血症を制御するそれらの能力は、血漿ウイルス負荷および細胞関連ウイルス核酸をモニタリングすることによって調査される；ＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットのレベルは、フローサイトメトリーによって測定される。循環ウイルス変異体のＳＧＡ分析および血漿中の抗体レベルの判定。ＮＡｂの血漿中濃度は、１０−１０７４または３ＢＮＣ１１７のいずれかだけに感受性であるＨＩＶ−１偽ウイルス調製物に対する中和活性を測定することによって、判定される。
（実施例１６）
４５４配列決定ライブラリー調製物
【０３４０】
１０μＬの全ＲＮＡおよび２μＬのＲＴプライマーミックス（５０μＭオリゴｄＴおよび２５μＭランダムヘキサマー）で、逆転写を実行する。混合物を９５℃で１分間、６５℃で５分間加熱し、次に氷上で１分間冷却する。反応ごとに、４μＬの５×ＦＳ緩衝液、１μＬの１０ｍＭ  ｄＮＴＰミックス、１μＬの０．１Ｍ  ＤＴＴ、１μＬのＲＮアーゼ阻害剤（Ｅｎｚｙｍａｔｉｃｓ）および１μＬのスーパースクリプトＩＩＩ  ＲＴ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）でミックスが調製される。このミックスを反応に加え、２５℃で１０分間、３５℃で５分間、５５℃で４５分間および８５℃で５分間インキュベートする。４μＬのＥ．ｃｏｌｉ  ＲＮアーゼＨ（Ｅｎｚｙｍａｔｉｃｓ）を加えることによって、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを除く。１３．７５μＬの水、５μＬのｃＤＮＡ、５μＬの５×ＨＦ緩衝液、０．５μＬの１０ｍＭ  ｄＮＴＰ、各１００μＭプライマー保存液の０．２５μＬ、および０．２５μＬのＰｈｕｓｉｏｎ  Ｈｏｔ  Ｓｔａｒｔを使用してＰＣＲ反応を組み立てる。９８℃（６０秒）、２４サイクルの９８℃（１０秒）、６２℃（２０秒）および７２℃（２０秒）で反応を循環させ、最終伸長は７２℃（５分）である。ＱＩＡｑｕｉｃｋカラムで試料を精製し、２％アガロースＥゲルに流す。Ｑｉａｇｅｎ  ＭｉｎＥｌｕｔｅゲル抽出キットを使用して所望のバンドを精製し、１０μＬのＥＢ緩衝液で２回溶出させ、２１００バイオアナライザーで定量化する。４５４配列決定のために試料をＳｅｑＷｒｉｇｈｔに送り、それは製造業者の説明書通りに実行される。
（実施例１７）
偽ウイルス産生および中和アッセイ
【０３４１】
偽ウイルスを産生するために、ＥｎｖをコードするプラスミドをＥｎｖ欠損ゲノム骨格プラスミド（ｐＳＧ３ΔＥｎｖ）と共に、トランスフェクション試薬Ｆｕｇｅｎｅ６（Ｐｒｏｍｅｇａ）と１：２の比でコトランスフェクトする。中和アッセイで使用するために、偽ウイルスをトランスフェクションの７２時間後に収集する。以前に記載されるように、中和活性は、単回複製偽ウイルスアッセイおよびＴＺＭ−ｂｌ標的細胞を使用して調査される。
（実施例１８）
ヒト検体
【０３４２】
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）は、ドナー１７、コホートからのＨＩＶ−１感染ドナーから得る。全てのヒト試料は、適当な施設内審査委員会に承認された臨床プロトコールの下で、インフォームドコンセントにより収集される。
（実施例１９）
細胞選別およびＲＮＡ抽出
【０３４３】
全てＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからのものである、パシフィックブルー標識抗ＣＤ３（ＵＣＨＴ１）、パシフィックブルー標識抗ＣＤ１４（Ｍ５Ｅ２）、ＦＩＴＣ標識抗ＣＤ１９（ＨＩＢ１９）、ＰＥ−Ｃｙ５標識抗ＣＤ１０（ＨＩ１０ａ）、ＰＥ標識抗ＣＤ２７（Ｍ−Ｔ２７１）およびＡＰＣ標識抗ＣＤ２１（Ｂ−ｌｙ４）による染色の前に、１０×１０６個のＰＢＭＣの冷凍バイアルを解凍し、洗浄する。選別は、高速ＢＤ  ＦＡＣＳＡｒｉａにより、ｍｉＲＶａｎａ溶解緩衝液（Ａｍｂｉｏｎ）の中に実行される。未成熟Ｂ細胞、消耗した組織様記憶、活性化成熟Ｂ細胞、静止記憶Ｂ細胞および短寿命末梢プラズマ芽球を、以前に記載されたマーカー３１を使用して染色する。次に、ｍｉＲＶａｎａ  ＲＮＡ抽出キット（Ａｍｂｉｏｎ）を製造業者の説明書に従って使用して、細胞から全ＲＮＡを抽出し、２１００バイオアナライザー（Ａｇｉｌｅｎｔ）で定量化する。
（実施例２０）
抗体およびタンパク質の発現および精製
【０３４４】
抗体配列を合成して、以前に記載された重鎖および軽鎖ベクターにクローニングする。Ｆｕｇｅｎｅ６（Ｐｒｏｍｅｇａ）または２９３ｆｅｃｔｉｎ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）をそれぞれ使用して、ＨＥＫ２９３Ｔまたは２９３フリースタイル細胞においてプラスミドをコトランスフェクトする（１：１の比）。製造業者のプロトコールによってトランスフェクションを実行し、トランスフェクションの４日後に抗体上清を収集する。２９３Ｔ細胞において産生される抗体は、ＥＬＩＳＡによって定量化され、中和アッセイにおいて直接的に使用される。２９３フリースタイル細胞において産生される抗体は、プロテインＡカラムでさらに精製される。突然変異は、ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ部位特異的突然変異誘発キット（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）を使用して部位特異的突然変異誘発によって導入される。組換えｇｐ１２０タンパク質は２９３ｆｅｃｔｉｏｎ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して２９３フリースタイル細胞にトランスフェクトされ、Ｇａｌａｎｔｈｕｓ  ｎｉｖａｌｉｓレクチンカラムで、続いてＳｕｐｅｒｄｅｘ３００  ２６／６０（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用したサイズ排除によって精製される。
（実施例２１）
細胞表面結合アッセイ
【０３４５】
ｍＡｂの滴定量をＨＩＶ−１  Ｅｎｖトランスフェクション２９３Ｔ細胞に加え、１×ＰＢＳ中に４℃で１時間インキュベートする。洗浄後、室温で２０分間、細胞を２％ＰＦＡ（ＰｏｌｙＳｃｉｅｎｃｅｓ）で固定する。次に細胞を洗浄し、室温で１時間、フィコエリトリンコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ  Ｆ（ａｂ’）２（Ｊａｃｋｓｏｎ）の１：２００希釈で染色する。結合は、フローサイトメトリーを使用して分析する。ＩＣ７０を与えるために必要な濃度でビオチン化抗体を加える前に競合モノクローナル抗体の量を滴定し、次にフィコエリトリン標識ストレプトアビジン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）との結合を測定することによって、結合競合を実行する。データ解釈のために、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用する。
（実施例２２）
ＥＬＩＳＡアッセイ
【０３４６】
ＥＬＩＳＡによる結合を実行する。簡潔には、プレートをヤギ抗ヒトＩｇＧ  Ｆｃ（Ｐｉｅｒｃｅ）またはｇｐ１２０でコーティングし、アルカリ性ホスファターゼ（Ｐｉｅｒｃｅ）にコンジュゲートしたヤギ抗ヒトＩｇＧ  Ｆ（ａｂ’）２を使用して結合を検出する。溶解したビリオンから抽出されるｇｐ１２０への結合のために、プレートを５ｎｇ／μＬのヒツジＤ７３２４抗ｇｐ１２０抗体（Ａａｌｔｏ  Ｂｉｏ  ｒｅａｇｅｎｔｓ）でコーティングする。最終濃度１％のＮＰ−４０を使用してウイルス上清を溶解し、３７℃で２時間、コーティングされたプレートの上でインキュベートする。アルカリ性ホスファターゼ（Ｐｉｅｒｃｅ）にコンジュゲートしたヤギ抗ヒトＩｇＧ  Ｆ（ａｂ’）２を使用して、検出を測定する。抗体濃度は、精製されたＩｇＧタンパク質の標準濃度曲線を使用して線形回帰によって計算される。
（実施例２３）
ＡｂＶ１〜９生殖系列Ｆａｂ発現、精製、結晶化およびＸ線回折解析
【０３４７】
ＡｂＶ１〜９生殖系列Ｆａｂは、ＨＥＫ  ２９３Ｔ細胞で産生され、精製される。簡潔には、重鎖および軽鎖遺伝子によるトランスフェクションの３日後、発現培地を収集し、分泌されたＦａｂは、抗ヒトλ軽鎖親和性マトリックス（ＣａｐｔｕｒｅＳｅｌｅｃｔ  Ｆａｂλ；ＢＡＣ）を通して、続いてカチオン交換クロマトグラフィーおよびサイズ排除クロマトグラフィーによって精製する。０．２Ｍ酢酸マグネシウム、２０ｗ／ｖ％ＰＥＧ８０００、０．１Ｍカコジル酸ナトリウムｐＨ６．５を含有する条件で、Ｘ線回折品質の結晶が得られる。結晶をマウントする前および液体窒素にフラッシュ凍結する前に、凍結保護のために母液に２０％グリセロールを補う。完全なデータセットを収集する。データ処理は、ＸＤＳを使用して実行する。ＰＧＴ１２１生殖系列構造は、ＰＧＴ１２３  Ｆａｂ構造を検索モデルとして空間群Ｐ２１２１２１でＰＨＡＳＥＲを使用して解かれる。ＰＨＥＮＩＸおよびＣＯＯＴの組合せを使用して、精密化を実行する。
（実施例２４）
生データ処理：ＶＤＪアラインメントおよびクローン定義
【０３４８】
生の配列決定データは、パイソンに書かれた自家製のツールを使用して処理する。読み取りデータはバーコードに分け、サイズでフィルターにかけ、ＩＭＧＴの生殖系列ＶＤＪ参照データベースに整列させる。非常に高度に突然変異している配列については、スコアを低く保つ。Ｖ領域を先ず整列させ、その後取り出し、Ｊが続き、その後取り出し、Ｄが続く。各読み取りデータのＩＭＧＴによって規定されるＣＤＲ３配列を、次に抽出する。ＣＤＲ３配列を存在度によって選別し、ＵＳＥＡＲＣＨ５．１でクラスター化する。最後に、これらの抗体から分岐値を判定するために、各ＣＤＲ３配列をＡｂＶ１〜９の標的抗体配列と整列させる。
（実施例２５）
抗体変異体の同定および分析
【０３４９】
公知の抗体と類似である読み取りデータを同定するツールとして、分岐−突然変異プロットを使用する。配列の高同一性クラスターおよびバックグラウンドを越えるクラスターを手動で同定し、Ｉｍｍｕｎｉｔｒｅｅによる系統学推測のためのインプットとして使用する。Ｉｍｍｕｎｉｔｒｅｅは、ＳＨＭおよび配列決定誤りの確率論モデルを含むクローンの体細胞性超変異のベイズモデルを実行し、ツリー構造、サブクローンの生／死時間、生／死、突然変異および、配列決定誤り率、サブクローンコンセンサス配列、およびノードへの読み取りデータの割当てにわたって、マルコフ連鎖モンテカルロを実行する。ツリー構造は、複数の計算のために、および異なる情報のオーバーレイのためにも使用される。所与のノードが経験する選択圧は、ＢＡＳＥＬＩＮｅアルゴリズムを使用して推定される。それは、ノードコンセンサス配列のＣＤＲ／ＦＷＲにおける交換／サイレント突然変異の観察された数を比較することによって、選択圧のベイズ推定を実行する。
（実施例２６）
ＨＩＶエリートコントローラからの公知の低頻度ＶＨＶＬ対の回収
【０３５０】
対形成感度およびアッセイの精度のさらなる検証として、いくつかの稀な（１０，０００に１細胞未満）天然のＶＨＶＬ対形成が既知および公知である場合に、試料を処理した。記憶Ｂ細胞がＨＩＶ中和活性を提示する抗体について近年深く探られた、ＨＩＶエリートコントローラ患者からの末梢Ｂ細胞を得た。３５０，０００個のＢ細胞を処理して、合計３８，６２０個のフィルター処理されたＶＨＶＬ対を生成した。興味深いことに、この個体は、以前の健康な試料（図３Ａ）または一般的な健康な末梢Ｂ細胞レパートリーより大きな割合のＩｇＧを示した。このデータセットからのＶＨ配列を、ＰＧＴ１２１を含むこの個体からの全ての報告された広域中和抗体（ｂＮＡｂ）と比較し、８つの近いまたは同一のＶＨ配列を見出し、ｂＮＡｂのこのファミリーが循環Ｂ細胞の０．０３％未満に相当することを示した。決定的なことに、これらの重鎖と対になった全ての軽鎖は、予想されたような同様に稀なｂＮＡｂ系統であり、以前に報告されたのと同じＩｇλ−Ｖ３−２１／Ｊ３再配列および特質三重コドン挿入を提示したが、これは、本発明者らの方法の高い精度および感度を裏付ける。さらに、この個体からの全ての公知のおよび新たに生成されたＰＧＴ１２１様ＶＨＶＬ対の系統樹の上で（図３Ｂ）、ＶＨおよびＶＬツリーは、著しく類似したトポロジーを示し、対のＶＨおよびＶＬ配列は鏡のような位置を占有するが、これはおそらく共有された系統学的歴史を反映する。ここで発見された変異体対は、この規則によくあてはまる。興味深いことに、２つの公開された抗体ＰＧＴ１２２およびＰＧＴ１２３は、例外として出現する；これらの２つの対形成のための裏付けは見出されなかったが、代わりにＰＧＴ１２２ＶＨ：ＰＧＴ１２３ＶＬ様およびＰＧＴ１２３ＶＨ：ＰＧＴ１２２ＶＬ様の対が見出され、元の報告書の未検証の対形成が解決された。８つの新規ＰＧＴ様ＶＨＶＬ対の完全なＶ（Ｄ）Ｊ領域をコードするＤＮＡを合成し、完全なＩｇＧとして抗体を発現し、ＨＩＶの複数の偽株を中和するそれらの能力を試験した（図６Ｃ）。抗体はよく発現し、ウイルスに対して強力な中和活性を全てが示し、関連する生体試料から天然の形で対になった機能的抗体変異体を迅速に生成することにおける本発明者らのアプローチの有用性を実証した。
（実施例２７）
ヒト試料
【０３５１】
健康なレパートリー検証のための血液試料を、パーソナルゲノムプロジェクトの承認下で収集した。ＨＩＶ  ｂＮＡｂ実験のためのＰＢＭＣは、ドナー１７、ＩＡＶＩプロトコールＧコホートからのＨＩＶ−１感染ドナーから得られた。全てのヒトＨＩＶ試料は、ルワンダ共和国全国倫理委員会、エモリー大学施設内倫理委員会、ザンビア大学研究倫理委員会、チャリングクロス研究倫理委員会、ＵＶＲＩ科学および倫理委員会、ニューサウスウェールズ大学研究倫理委員会、セントヴィンセント病院およびシドニー東部地域健康サービス、ケニヤッタ国立病院倫理および研究委員会、ケープタウン大学研究倫理委員会、国際施設内倫理委員会、マヒドール大学倫理委員会、ウォルター・リード軍研究施設（ＷＲＡＩＲ）施設内倫理委員会ならびにＩｖｏｒｙ  Ｃｏａｓｔ  Ｃｏｍｉｔｅ「Ｎａｔｉｏｎａｌ  ｄ’Ｅｔｈｉｑｕｅ  ｄｅｓ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｄｅ  ｌａ  Ｖｉｅ  ｅｔ  ｄｅ  ｌａ  Ｓａｎｔｅ」（ＣＮＥＳＶＳ）によって承認された臨床プロトコールの下で、書面によるインフォームドコンセントにより収集された。ＩＲＢ承認プロトコールの下で書面によるインフォームドコンセントにより、単一のドナーからの、低温保存され、解離され、切除された卵巣腺癌をＣｏｎｖｅｒｓａｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓから得た。
（実施例２８）
抗ＨＩＶキメラ抗原受容体（ＣＡＲＴ細胞）
【０３５２】
ＡｂＶ−１〜９の抗ＨＩＶ単鎖可変断片（ｓＦｖまたはｓｃＦｖ）バージョンのための遺伝子は、（ＧＧＧＧＳ）３リンカーなどのリンカーによって分離される重鎖および軽鎖のコドン最適化配列の合成によって作製される。抗ＨＩＶ抗体ごとに、レンチウイルスベクターなどの抗ＨＩＶ  ＣＡＲコードベクターを作製するために、ＣＡＲをコードするベクター、例えば、ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインに融合した４−１ＢＢ由来のシグナル伝達ドメインを含むＣＡＲをコードするベクターに、ｓｃＦｖ遺伝子が含まれる。一次ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞に、抗ＨＩＶ  ＣＡＲコードベクターで形質導入する。
抗ＨＩＶ  ＣＡＲを発現するＴ細胞の特徴付け
【０３５３】
強化された抗ＨＩＶ  ＣＡＲを形質導入したＴ細胞を、ＨＩＶ−１感染細胞に応答して増殖するそれらの能力について試験する。抗ＨＩＶ  ＣＡＲを形質導入したＴ細胞をＣｅｌｌＴｒａｃｅバイオレットで標識し、次にＨＩＶ−１ＮＬ４−３感染細胞（例えば、Ｊｕｒｋａｔ、ＳｕｐＴ１、ＨＥＫ２９３ＴまたはＨｅＬａ細胞）と共培養する。抗ＨＩＶ  ＣＡＲを形質導入したＴ細胞の増殖はフローサイトメトリーによって測定され、非形質導入Ｔ細胞より増加することが示される。
【０３５４】
強化された抗ＨＩＶ  ＣＡＲを形質導入したＴ細胞を、ＨＩＶ−１感染細胞の特異的死滅を媒介するそれらの能力について試験する。抗ＨＩＶ  ＣＡＲを形質導入したＴ細胞を、ＨＩＶ−１感染標的細胞と共培養したときにクロム放出アッセイで検査する。ＨＩＶ−１感染細胞の特異的溶解を測定し、特異的溶解は抗ＨＩＶ  ＣＡＲを形質導入したＴ細胞のために起こることが示される。
ＣＡＲを発現するＴ細胞による処置
【０３５５】
抗ＨＩＶ  ＣＡＲを発現させるために、ＨＩＶに感染した対象からのＴ細胞に、抗ＨＩＶ  ＣＡＲベクターで形質導入する。抗ＨＩＶ  ＣＡＲを形質導入したＴ細胞を、対象に投与する。抗ＨＩＶ  ＣＡＲの標的抗原を発現する細胞は、抗ＨＩＶ  ＣＡＲを形質導入したＴ細胞によって死滅させられ、それは、対象においてＨＩＶ感染を低減もしくは消去し、および／またはその症状を低減する。
【図１】
2018534915.tif 000009
【図２】
2018534915.tif 000010
【図３】
2018534915.tif 000011
【図４】
2018534915.tif 000012
【図５】
2018534915.tif 000013
【図６Ａ】
2018534915.tif 000014
【図６Ｂ】
2018534915.tif 000015
【図７】
2018534915.tif 000016
【配列表】
2018534915000001.xml
【手続補正書】
【提出日】平成30年5月25日(2018.5.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2018534915000001.app
【国際調査報告】
2018534915.tif 000021
2018534915.tif 000022
2018534915.tif 000023
2018534915.tif 000024
2018534915.tif 000025
2018534915.tif 000026
2018534915.tif 000027
2018534915.tif 000028
2018534915.tif 000029
2018534915.tif 000030
2018534915.tif 000031
2018534915.tif 000032