(57)【要約】一部の態様では、本発明は、抗原を作成する組成物及び方法に関し、その際、抗原は、活性酸素種または活性窒素種によって修飾された生体分子である。一部の態様では、本発明は、活性酸素種または活性窒素種によって修飾されている生体分子に結合する抗体を作成する組成物及び方法に関する。一部の態様では、本発明は、非修飾生体分子上の新規のエピトープに結合する抗体を作成する組成物及び方法に関する。一部の態様では、本発明は、能動免疫療法プロセスの誘導（例えば、予防用または治療用ワクチンを使用）に関し、これは、本明細書に記載の方法及び組成物によって作成されたネオ抗原を投与することを含み得る。【選択図】図３
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）によって修飾された生体分子を含む抗原。
【請求項２】
前記生体分子がタンパク質または脂質である、請求項１に記載の抗原。
【請求項３】
前記生体分子が、フラップ構造特異的エンドヌクレアーゼ１（ＦＥＮ１）；ゴルジ・リアセンブリ・スタッキングタンパク質１（ＧＯＲＡＳＰ１）、ＧＴＰアーゼドメイン−アンキリンリピート及びＰＨドメイン１を有するＡｒｆＧＡＰ（ＡＧＡＰ１）；微小管関連タンパク質タウ（ＭＡＰＴ）；ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４６（ＭＲＰＬ４６）；及びプロトカドヘリンベータ６（ＰＣＤＨＢ６）から選択される、請求項２に記載の抗原。
【請求項４】
前記生体分子がＲＮＳによって修飾されており、前記ＲＮＳが酸化窒素またはペルオキシナイトライトである、請求項１から３のいずれか１項に記載の抗原。
【請求項５】
前記生体分子が、チロシンのニトロ化、チオールのＳ−ニトロシル化、または金属イオンのニトロソ化によって修飾されたタンパク質である、請求項１から４のいずれか１項に記載の抗原。
【請求項６】
金属イオンのニトロソ化によって修飾されていて、前記金属イオンが鉄である、請求項５に記載の抗原。
【請求項７】
前記生体分子がポルフィリンを含み、前記生体分子が、前記ポルフィリンに結合した金属イオンのニトロソ化によって修飾されている、請求項５または６に記載の抗原。
【請求項８】
請求項１から７のいずれか１項に記載の抗原に選択的に結合する単離抗体であって、前記修飾生体分子についての抗体の親和性が、非修飾生体分子についての抗体の親和性よりも高い単離抗体。
【請求項９】
請求項１から７のいずれか１項に記載の抗原に選択的に結合する単離抗体であって、前記修飾生体分子についての抗体の親和性が、非修飾生体分子についての抗体の親和性とほぼ同じである単離抗体。
【請求項１０】
モノクローナル抗体である、請求項８または９に記載の抗体。
【請求項１１】
ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体である、請求項８から１０のいずれか１項に記載抗体。
【請求項１２】
ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４抗体である、請求項８から１１のいずれか１項に記載の抗体。
【請求項１３】
請求項８から１２のいずれか１項に記載の抗体の抗原結合性領域を含む抗体フラグメント。
【請求項１４】
請求項８から１２のいずれか１項に記載の抗体の抗原結合性領域を含むキメラ抗原受容体。
【請求項１５】
請求項１から７のいずれか１項に記載の抗原に選択的に結合するキメラ抗原受容体であって、前記修飾生体分子についてのキメラ抗原受容体の親和性が、非修飾生体分子についてのキメラ抗原受容体の親和性よりも高いキメラ抗原受容体。
【請求項１６】
請求項１から７のいずれか１項に記載の抗原に選択的に結合するキメラ抗原受容体であって、前記修飾生体分子についてのキメラ抗原受容体の親和性が、非修飾生体分子についてのキメラ抗原受容体の親和性とほぼ同じであるキメラ抗原受容体。
【請求項１７】
請求項８から１２のいずれか１項に記載の抗体、請求項１３に記載の抗体フラグメント、または請求項１４から１６のいずれか１項に記載のキメラ抗原受容体をコードする単離核酸。
【請求項１８】
請求項８から１２のいずれか１項に記載の抗体、請求項１３に記載の抗体フラグメント、または請求項１４から１６のいずれか１項に記載のキメラ抗原受容体をコードする外来核酸を含む細胞。
【請求項１９】
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ  ｔａｒｅｎｔｏｌａｅ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ  Ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｎｉｃｏｔｉａｎａ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ、Ｔｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ  ｎｉ、Ｇａｌｌｕｓ  ｇａｌｌｕｓ、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ、Ｓｕｓ  ｓｃｒｏｆａ、Ｏｖｉｓ  ａｒｉｅｓ、Ｃａｐｒａ  ａｅｇａｇｒｕｓ、Ｂｏｓ  ｔａｕｒｕｓ、Ｓｆ９細胞、Ｓｆ２１細胞、Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ２細胞、Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ３細胞、Ｈｉｇｈ  Ｆｉｖｅ細胞、ＮＳ０細胞、チャイニーズハムスター卵巣（「ＣＨＯ」）細胞、ベビーハムスター腎臓細胞、ＣＯＳ細胞、Ｖｅｒｏ細胞、ＨｅＬａ細胞、及びＨＥＫ２９３細胞から選択される、請求項１８に記載の細胞。
【請求項２０】
リンパ球である、請求項１８に記載の細胞。
【請求項２１】
Ｔ細胞である、請求項２０に記載の細胞。
【請求項２２】
請求項１８または１９に記載の細胞を培養することを含む、抗体または抗体フラグメントを生産する方法。
【請求項２３】
請求項８から１２のいずれか１項に記載の抗体または請求項１３に記載の抗体フラグメントを含む組成物であって、前記抗体または抗体フラグメントが細胞傷害性薬物にコンジュゲートしている、組成物。
【請求項２４】
請求項８から１２のいずれか１項に記載の抗体の抗原結合性領域を含む抗体フラグメント。
【請求項２５】
請求項２４に記載の抗体フラグメントをコードする単離核酸。
【請求項２６】
請求項２５に記載の抗体フラグメントをコードする外来核酸を含む形質転換細胞。
【請求項２７】
請求項２４に記載の抗体フラグメントをコードする核酸を発現する細胞を培養することを含む、抗体フラグメントを生産する方法。
【請求項２８】
請求項２４に記載の抗体フラグメントを含む組成物であって、前記抗体フラグメントが細胞傷害性薬物にコンジュゲートしている、組成物。
【請求項２９】
請求項１から７のいずれか１項に記載の抗原を含むワクチン。
【請求項３０】
抗原を生産する方法であって、細胞を含む組成物を活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）と接触させることを含み、ここで、前記ＲＯＳまたはＲＮＳが、前記細胞によって産生される生体分子を修飾し、前記抗原が修飾生体分子である、前記方法。
【請求項３１】
抗原を生産する方法であって、生体分子を含む組成物を活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）と接触させることを含み、ここで、前記ＲＯＳまたはＲＮＳが前記生体分子を修飾し、前記抗原が修飾生体分子である、前記方法。
【請求項３２】
前記生体分子がタンパク質または脂質である、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記生体分子が、フラップ構造特異的エンドヌクレアーゼ１（ＦＥＮ１）；ゴルジ・リアセンブリ・スタッキングタンパク質１（ＧＯＲＡＳＰ１）、ＧＴＰアーゼドメイン−アンキリンリピート及びＰＨドメイン１を有するＡｒｆＧＡＰ（ＡＧＡＰ１）；微小管関連タンパク質タウ（ＭＡＰＴ）；ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４６（ＭＲＰＬ４６）；及びプロトカドヘリンベータ６（ＰＣＤＨＢ６）から選択される、請求項３０から３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
前記組成物を、酸化窒素、酸化窒素ドナー（例えば、ＮＯＮＯアート化合物）、またはニトロソ化作用物質（例えば、ペルオキシナイトライト）と接触させることを含む、請求項３０から３３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３５】
前記組成物をＮＯＮＯアート化合物と共にインキュベートすることを含み、ここで、前記組成物を酸化窒素と接触させることを含み、前記ＮＯＮＯアート化合物が前記酸化窒素を生成する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記組成物をＮＯＮＯアート化合物と共にインキュベートすることを含み、ここで、前記組成物を酸化窒素ドナーと接触させることを含み、前記ＮＯＮＯアート化合物が前記酸化窒素ドナーである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＮＯＮＯアート化合物がジエチレントリアミンＮＯＮＯアートである、請求項３５または３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記組成物を、前記ＮＯＮＯアート化合物と共に少なくとも５分間、例えば、少なくとも１０分間、少なくとも２０分間、少なくとも３０分間、少なくとも４５分間、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも４時間、少なくとも８時間、少なくとも１２時間、少なくとも１６時間、または少なくとも１８時間にわたってインキュベートする、請求項３５から３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
前記組成物をペルオキシナイトライトと共にインキュベートすることを含み、ここで、前記組成物をニトロソ化作用物質と接触させることを含み、ペルオキシナイトライトが前記ニトロソ化作用物質である、請求項３４に記載の方法。
【請求項４０】
前記組成物をペルオキシナイトライトと共に少なくとも５分間、例えば、少なくとも１０分間、少なくとも２０分間、少なくとも３０分間、少なくとも４５分間、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも４時間、少なくとも８時間、少なくとも１２時間、少なくとも１６時間、または少なくとも１８時間にわたってインキュベートする、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
抗体を同定する方法であって、
細胞を活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）と接触させ、その際、前記ＲＯＳまたはＲＮＳが生体分子を修飾すること；及び
修飾生体分子に結合する抗体を選択すること
を含む、前記方法。
【請求項４２】
抗体を同定する方法であって、
生体分子を活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）と接触させて、生体分子を修飾すること；及び
修飾生体分子に結合する抗体を選択すること
を含む、前記方法。
【請求項４３】
前記生体分子がタンパク質または脂質である、請求項４１または４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記生体分子が、フラップ構造特異的エンドヌクレアーゼ１（ＦＥＮ１）；ゴルジ・リアセンブリ・スタッキングタンパク質１（ＧＯＲＡＳＰ１）、ＧＴＰアーゼドメイン−アンキリンリピート及びＰＨドメイン１を有するＡｒｆＧＡＰ（ＡＧＡＰ１）；微小管関連タンパク質タウ（ＭＡＰＴ）；ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４６（ＭＲＰＬ４６）；またはプロトカドヘリンベータ６（ＰＣＤＨＢ６）である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
接触が、酸化窒素、酸化窒素ドナー（例えば、ＮＯＮＯアート）、またはニトロソ化作用物質（例えば、ペルオキシナイトライト）と共にインキュベートすることを含む、請求項４１から４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
接触が、前記ＮＯＮＯアート化合物が酸化窒素を生成する条件下で、ＮＯＮＯアート化合物と共にインキュベートすることを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記ＮＯＮＯアート化合物がジエチレントリアミンＮＯＮＯアートである、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記ＮＯＮＯアート化合物と共に少なくとも５分間、例えば、少なくとも１０分間、少なくとも２０分間、少なくとも３０分間、少なくとも４５分間、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも４時間、少なくとも８時間、少なくとも１２時間、少なくとも１６時間、または少なくとも１８時間にわたってインキュベートすることを含む、請求項４６または４７に記載の方法。
【請求項４９】
接触が、ペルオキシナイトライトと共にインキュベートすることを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項５０】
接触が、ペルオキシナイトライトと共に少なくとも５分間、例えば、少なくとも１０分間、少なくとも２０分間、少なくとも３０分間、少なくとも４５分間、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも４時間、少なくとも８時間、少なくとも１２時間、少なくとも１６時間、または少なくとも１８時間にわたってインキュベートすることを含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
抗体の選択が、
動物を前記修飾生体分子に曝露すること；及び
前記動物が産生する抗体を単離すること
を含む、請求項４１から５０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
抗体の選択が、
動物を前記修飾生体分子に曝露すること；
抗体産生細胞を前記動物から単離すること；
前記細胞によって産生される抗体を単離すること；及び
前記抗体が、前記修飾生体分子に結合することを確認すること
を含む、請求項４１から５０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
前記動物がマウスまたはウサギである、請求項５１または５２に記載の方法。
【請求項５４】
抗体の選択が、ファージディスプレイによって抗体を選択することを含む、請求項４１から５０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
抗原生体分子を生産するための方法であって、生体分子を活性酸素種、活性窒素種、または活性ハロゲン種と接触させることを含む、前記方法。
【請求項５６】
前記活性酸素種、活性窒素種、または活性ハロゲン種が、酸化窒素、酸化窒素ドナー（例えば、ＮＯＮＯアート）、ニトロソ化作用物質、ペルオキシ亜硝酸、ペルオキシナイトライト、二酸化窒素、二酸化窒素ラジカル、三酸化二窒素、ニトロソニウムカチオン、硫酸ニトロシル、過塩素酸ニトロシル、テトラフルオロホウ酸ニトロソニウム、ニトロソペルオキシカーボナート、ニトロニウムカチオン、カーボナートラジカル、ペルオキシモノカーボナート、カルボキシルラジカル、過酸化物、過酸化水素、有機ヒドロペルオキシド、ペルオキシラジカル、アルコキシラジカル、超酸化物、一重項酸素、ヒドロキシルラジカル、オゾン、オキシ硫黄ラジカル、ハイポハロゲン、ハイポクロライト、ハイポブロマイト、ハイポチオシアナイト、塩化ニトリル、ハラミン、モノクロラミン、ブロムアミン、二酸化塩素、またはホスファートラジカルから選択される、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
活性酸素種、活性窒素種、または活性ハロゲン種と、前記生体分子を接触させることが、活性酸素種、活性窒素種、または活性ハロゲン種と、単離生体分子を接触させること、細胞を接触させること、ウイルスを接触させること、または細胞溶解産物を接触させることを含む、請求項５５または５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記生体分子が、ＦＥＮ１、ＧＯＲＡＳＰ１、ＡＧＡＰ１、ＭＡＰＴ、ＭＲＰＬ４６、またはＰＣＤＨＢ６をコードするアミノ酸配列の部分配列と少なくとも９５％の配列相同性を有し、ここで、前記部分配列が少なくとも６アミノ酸長である、請求項５５から５７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５９】
前記生体分子が、タウ、α−シヌクレイン、アミロイドβ、またはアミロイドβ前駆体タンパク質をコードするアミノ酸配列の部分配列と少なくとも９５％の配列相同性を有し、ここで、前記部分配列が少なくとも６アミノ酸長である、請求項５５から５７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６０】
前記生体分子が、４−１ＢＢ、アクチビン受容体２Ｂ型、アクチビン受容体様キナーゼ１、ＡＧＳ−２２Ｍ６、アルファ−フェトプロテイン、アンギオポイエチン−２、炭疽毒素、Ｂ細胞活性化因子（ＢＡＦＦ）、癌抗原１２５（ＣＡ−１２５／ムチン１６）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−ＩＸ）、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、Ｃ−Ｃケモカイン受容体４型（ＣＣＲ４）、Ｃ−Ｃケモカイン受容体５型（ＣＣＲ５）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１１（ＣＣＬ１１）、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ３ε、ＣＤ４、ＣＤ６、ＣＤ１１、ＣＤ１５、ＣＤ１８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ４０リガンド（ＣＤ４０Ｌ）、ＣＤ４４、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ７０、ＣＤ７４、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ１２５、ＣＤ１４７、ＣＤ１５２、ＣＤ１５４、ＣＤ２００、ＣＤ２２１、ＣＤ２７４、ＣＥＡ関連抗原、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２（ＣＣＬ２）、クローディン−１８、コロニー刺激因子１受容体（ＣＳＦ１Ｒ）、補体成分５、銅含有アミンオキシダーゼ３（ＡＯＣ３）、サイトメガロウイルス糖タンパク質Ｂ、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）、デス受容体５（ＤＲ５／ＴＲＡＩＬＲ２）、デルタ様リガンド４（ＤＬＬ４）、ジペプチジルペプチダーゼ４、Ｅ．ｃｏｌｉ志賀毒素１型、Ｅ．ｃｏｌｉ志賀毒素２型、ＥＧＦ様ドメイン含有タンパク質７、エンドシアリン、内毒素、上皮成長因子受容体（ＨＥＲ１）、エピシアリン、上皮性細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）、Ｄ因子、線維芽細胞活性化タンパク質アルファ、葉酸受容体１、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ受容体、グリピカン３、顆粒球−マクロファージコロニー−刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、成長分化因子８、グアニル酸シクラーゼ２Ｃ、熱ショックタンパク質９０、Ｂ型肝炎表面抗原、肝細胞成長因子／スキャッター因子（ＨＧＦ／ＳＦ）、ヒトスキャッター因子受容体キナーゼ、ハンチンチンタンパク質、免疫グロブリンＥ、免疫グロブリンイプシロン鎖Ｃ領域、インフルエンザ血球凝集素（ＨＡ）、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ−１）受容体、インスリン様成長因子２（ＩＧＦ−２）、インテグリンα４サブユニット、インテグリンα４β７、インテグリンα５β１、インテグリンα７β７、インテグリンαＩＩｂβ３、インテグリンαｖサブユニット、インテグリンαｖβ３、インテグリンβ２サブユニット、細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）、インターフェロンα、インターフェロンγ、インターフェロンγ−誘導性タンパク質、インターフェロンα／β受容体、インターロイキン１β、インターロイキン２受容体、インターロイキン４、インターロイキン５、インターロイキン６、インターロイキン６受容体、インターロイキン９、インターロイキン１２、インターロイキン１７、インターロイキン１７Ａ、インターロイキン１７Ｆ、インターロイキン２２、インターロイキン２３、インターロイキン３１受容体Ａ、低密度リポタンパク質、Ｌ−セレクチン、リンパ球機能関連抗原１（ＣＤ１１ａ）、リンホトキシン−アルファ、リシルオキシダーゼホモログ２（ＬＯＸＬ２）、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＭＩＦ）、メソテリン、メタロレ��クターゼＳＴＥＡＰ１、ミエリン関連糖タンパク質、ミオスタチン、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経アポトーシス−調節プロテイナーゼ１、ニューロピリン−１、ＮＯＧＯ−Ａ、Ｎｏｔｃｈ受容体、ＰＤ−１、リン酸・ナトリウム共輸送体、血小板由来成長因子受容体α、血小板由来成長因子受容体β、プログラム細胞死タンパク質１（ＣＤ２７９）、プロタンパク質変換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）、狂犬病ウイルス糖タンパク質、核因子カッパ−Ｂリガンドの受容体活性化因子（ＲＡＮＫＬ）、受容体チロシン−プロテインキナーゼｅｒｂＢ−２（ＨＥＲ２／ｎｅｕ）、受容体チロシン−プロテインキナーゼｅｒｂＢ−３（ＨＥＲ３）、呼吸器合胞体ウイルスＦタンパク質、レチキュロン−４、Ｒｈ血液群Ｄ抗原、Ｒｈ因子、スクレロスチン（ＳＯＳＴ）、セレクチンＰ、ＳＬＡＭファミリーメンバー７、シンデカン１、テネイシンＣ、トランスフォーミング成長因子ベータ１（ＴＧＦ−β１）、トランスフォーミング成長因子−ベータ２（ＴＧＦ−β２）、膜貫通糖タンパク質ＮＭＢ、栄養膜糖タンパク質、腫瘍壊死因子α、腫瘍壊死因子β、腫瘍関連カルシウムシグナルトランスデューサー２、腫瘍関連糖タンパク質７２（ＴＡＧ−７２）、ＴＷＥＡＫ受容体、チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、血管内皮成長因子受容体１、血管内皮成長因子受容体２、またはビメンチンをコードするアミノ酸配列の部分配列と少なくとも９５％の配列相同性を有し、ここで、前記部分配列が少なくとも６アミノ酸長である、請求項５５から５７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６１】
前記部分配列が、少なくとも１００アミノ酸長である、請求項５８から６０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６２】
請求項５５から６１のいずれか１項に記載の方法によって生産される抗原。
【請求項６３】
請求項６２に記載の抗原に特異的に結合する、抗体、抗体フラグメント、またはキメラ抗原受容体。
【請求項６４】
細胞傷害性薬物にコンジュゲートしている、請求項６３に記載の抗体または抗体フラグメント。
【請求項６５】
請求項６３に記載の抗体、抗体フラグメント、またはキメラ抗原受容体をコードする核酸。
【請求項６６】
請求項６５に記載の核酸を含む細胞。
【請求項６７】
Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ  ｔａｒｅｎｔｏｌａｅ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ  Ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｎｉｃｏｔｉａｎａ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ、Ｔｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ  ｎｉ、Ｇａｌｌｕｓ  ｇａｌｌｕｓ、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ、Ｓｕｓ  ｓｃｒｏｆａ、Ｏｖｉｓ  ａｒｉｅｓ、Ｃａｐｒａ  ａｅｇａｇｒｕｓ、Ｂｏｓ  ｔａｕｒｕｓ、Ｓｆ９細胞、Ｓｆ２１細胞、Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ２細胞、Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ３細胞、Ｈｉｇｈ  Ｆｉｖｅ細胞、ＮＳ０細胞、チャイニーズハムスター卵巣（「ＣＨＯ」）細胞、ベビーハムスター腎臓細胞、ＣＯＳ細胞、Ｖｅｒｏ細胞、ＨｅＬａ細胞、及びＨＥＫ２９３細胞から選択される、請求項６６に記載の細胞。
【請求項６８】
前記核酸がキメラ抗原受容体をコードし、前記細胞がリンパ球である、請求項６６に記載の細胞。
【請求項６９】
対象において疾患または状態を予防または処置する方法であって、前記対象に、請求項６８に記載の複数の細胞を含む組成物を投与することを含む、前記方法。
【請求項７０】
対象において疾患または状態を予防または処置する方法であって、前記対象に、請求項６３または６４に記載の抗体または抗体フラグメントを含む組成物を投与することを含む、前記方法。
【請求項７１】
対象において疾患または状態を予防または処置する方法であって、前記対象に、請求項６２に記載の抗原を含む組成物を投与することを含む方法。
【請求項７２】
前記疾患または状態が新生物である、請求項６９から７１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７３】
前記新生物が、神経芽細胞腫、神経膠芽細胞腫、神経膠腫、腺癌、転移性脳癌、副腎皮質癌、肉腫、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、胃癌、胃腸癌、結腸直腸癌、扁平上皮細胞癌、黒色腫、頭頚部癌、鼻咽頭癌、膵臓癌、または腎細胞癌である、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
新生物を有する対象を同定することをさらに含む、請求項７２または７３に記載の方法。
【請求項７５】
ＦＥＮ１を過剰発現する新生物を有する対象を同定することをさらに含み、その際、前記生体分子がＦＥＮ１である、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記新生物が、膵臓癌、結腸癌、胃癌、黒色腫、卵巣癌、乳癌、前立腺癌、神経芽細胞腫、または肺癌である、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記新生物が黒色腫であり、前記生体分子が、ＦＥＮ１、ＧＯＲＡＳＰ１、ＡＧＡＰ１、ＭＡＰＴ、ＭＲＰＬ４６、またはＰＣＤＨＢ６である、請求項７２から７４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７８】
前記疾患または状態が、ウイルス感染症、細菌感染症、または寄生虫感染症である、請求項６９から７１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７９】
前記疾患または状態が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、ＨＩＶ、敗血症、エボラ、リーシュマニア症、インフルエンザ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、カンジダ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、呼吸器合胞体ウイルス、サイトメガロウイルス、または狂犬病である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
ウイルス感染症、細菌感染症、または寄生虫感染症を有する対象を同定することをさらに含む、請求項７８または７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記疾患または状態がリーシュマニア症であり、ウイルス感染症、細菌感染症、または寄生虫感染症を有する対象を同定することが、リーシュマニア症を有する対象を同定することを含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記疾患または状態が炎症性疾患である、請求項６９から７１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８３】
前記疾患または状態が、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、関節リウマチ、尋常性乾癬、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、狼瘡、喘息、全身性強皮症、皮膚筋炎、または多発性筋炎である、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記疾患または状態が神経変性疾患である、請求項６９から７１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８５】
前記疾患が、アルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、ラフォラ病、またはハンチントン病である、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
神経変性疾患を有する対象を同定することをさらに含む、請求項８４または８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記生体分子がタウであり、神経変性疾患を有する対象を同定することが、アルツハイマー病またはパーキンソン病を有する対象を同定することを含む、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記疾患または状態が、アスペルガー症候群、自閉症、ＡＤＨＤ、高コレステロール血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、心筋梗塞、心不全、虚血性脳卒中、血栓塞栓症、筋ジストロフィー、脆弱Ｘ症候群、鎌状赤血球症、発作性夜間ヘモグロビン尿症、早老症、扁平苔癬、白斑、気管支肺異形成症、成人呼吸窮迫症候群、気腫、虫垂炎、急性膵臓炎、アルコール中毒、糖尿病、黄斑変性、ブドウ膜炎、白内障発生、骨粗鬆症、サルコペニア、慢性疲労症候群、または坐骨神経痛である、請求項６９から７１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８９】
前記対象が、同種または異種ドナーからの移植を受けている、請求項６９から７１のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる２０１４年１２月２２日出願の米国特許仮出願第６２／０９５，３６９号の優先権を主張する。
【背景技術】
【０００２】
免疫応答の主要な構成要素である酸化ストレスは、感染、炎症、加齢などと関連している。臨床的には、状態の環境は、慢性炎症性及び自己免疫疾患、癌、ならびに加齢関連障害を包含する酸化的損傷と関連している。酸化ストレスは、その大部分が、特に活性酸素種（ＲＯＳ）及び活性窒素種（ＲＮＳ）によって媒介される。ＲＯＳは、高い化学的反応性を有する、酸素をベースとする分子である。これらには、生物学的に産生される遊離ラジカル（超酸化物及びヒドロキシルラジカル、酸化窒素など）ならびに過酸化水素及びペルオキシナイトライトなどの非ラジカル種が包含される。
【０００３】
タンパク質がＲＯＳ及びＲＮＳに曝露されると、タンパク質の合成アミノ酸及び構造が変更され、それによって、ネオ抗原が生成する（ネオ抗原は典型的には、以前に認識されたことのない宿主由来のタンパク質と定義され、これは、物理的／構造的または遺伝子の修飾後に免疫原性になる）。しかしながら、生体分子に対する酸化的損傷はめったに特異的ではなく、タンパク質の濃度、細胞酸化体生成系に対するその細胞の位置、及び修飾タンパク質クリアランスの速度に依存する。
【０００４】
分子レベルでの酸化的損傷の原因となる際の遊離ラジカルの直接的な役割は数十年間にわたって公知であるが、酸化的損傷が組織／臓器機能を変更する程度は、なお大部分が不明である。免疫学において、酸化的損傷は、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を包含するいくつかの自己免疫疾患に関係づけられており、その際、ネオ抗原に対する異常な免疫応答が免疫寛容機構の欠陥を示唆している。ネオ抗原の形成を誘導する因子には、炎症、感染、薬物、ＲＯＳ、及び環境因子が包含される。
【発明の概要】
【０００５】
一部の態様では、本発明は、抗原を作成する組成物及び方法に関し、その際、抗原は、活性酸素種または活性窒素種によって修飾される生体分子である。一部の態様では、本発明は、活性酸素種または活性窒素種によって修飾されている生体分子に結合する抗体を作成する組成物及び方法に関する。一部の態様では、本発明は、非修飾生体分子上の新規のエピトープに結合する抗体を作成する組成物及び方法に関する。一部の態様では、本発明は、能動免疫療法プロセスの誘導（例えば、予防用または治療用ワクチンを使用）に関し、これは、本明細書に記載の方法及び組成物によって作成されたネオ抗原を投与することを含み得る。
【図面の簡単な説明】
【０００６】
【図１】酸化窒素（ＮＯ）の関連生物学的／化学的反応性。ＮＯは、関連生物学的タンパク質中の感受性化学的部分と迅速に反応し得る：ａ）例えば、チロシン残基：ニトロ化（不可逆的）；ｂ）例えば、チオール：Ｓ−ニトロシル化（可逆的）；及びｃ）例えば、遷移金属イオン：ニトロソ化（可逆的）。
【図２】マウス黒色腫腫瘍としてのＢ１６及び免疫療法モデル。不十分に免疫原性のＣ５７ＢＬ／６由来Ｂ１６黒色腫を包含する多くの腫瘍モデルにおいて治療を評価するために、皮下モデルが広く使用される。皮下注射すると、Ｂ１６は、５〜１０日間で触診可能な腫瘍を形成し、１４〜２１日間で最小１×１×１-ｃｍ腫瘍まで成長して、ＮＯ及びＮＯ関連分子によるＢ１６由来抗原免疫原性の増大をもたらすであろう：ａ）リプログラミング：遺伝子発現の調節を促進し、新たな腫瘍関連抗原を出現させ、Ｂ１６細胞をより免疫原性に変換するために、培養Ｂ１６細胞を、１８時間にわたって、低速ＮＯ放出性化合物ＤＥＴＡ−ＮＯＮＯアート（２５０μＭ−相対的に低い濃度）に対してｉｎ  ｖｉｔｒｏ処理し、音波処理による溶解の後に、抗原（ＮＯＶａｘ）として使用する；ｂ）修飾：音波処理によって得られた未処理の全培養Ｂ１６細胞溶解産物を、３１μＭのＮＯ由来ニトロ化作用物質ペルオキシナイトライト（ＯＮＯＯ-）の存在下で、室温で３時間にわたって、続いて、４℃で４８時間にわたってインキュベートし、抗原（ＮｉＶａｘ）として使用した。抗原調製物を冷凍し、能動治療免疫化において、または腫瘍担持マウスの受動治療処置のための抗血清を作成するために使用するまで、−８０℃で貯蔵した。
【図３】受動治療的処置（血清移入）のための抗血清の作成及び抗体の発見。Ａ）腫瘍Ｃ５７ＢＬ／６非担持雌マウス（６〜１２週齢）を、未処理Ｂ１６溶解産物（対照Ｖａｘ）、リプログラミングされたＢ１６溶解産物（ＮＯＶａｘ）、または修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）のいずれか１００μＬ（タンパク質約１００μｇ）で皮下（ＳＣ）免疫化した。同じ用量及び濃度の抗原での追加免疫化を７及び２１日目に与えた。最後の追加免疫化の１４日後に、ＣＯ2安楽死させた動物から、心臓穿刺によって血液を収集した。ｂ）個々の実験群から貯留した血清の３つの用量（それぞれ２０μＬ）を、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目に腫瘍担持マウスに腹腔内（ＩＰ）投与した。腫瘍量を週２回モニターした。
【図４】黒色腫の能動及び受動治療免疫化。ａ）能動：Ｂ１６−Ｆ０腫瘍担持Ｃ５７ＢＬ／６雌マウス（６〜１２週齢）を、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目に未処理Ｂ１６溶解産物（対照ＶａｘまたはＣＶａｘ）、リプログミングされたＢ１６溶解産物（ＮＯＶａｘ）、または修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）のいずれか１００μＬ（タンパク質約１００μｇ）で皮下（ＳＣ）免疫化した。ｂ）受動：個々の実験群から貯留した血清の３つの用量（それぞれ２０μＬ）を、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目にＢ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスに腹腔内（ＩＰ）投与した。腫瘍量を腫瘍体積（ｍｍ3）±ＳＥＭによって評価した。＊＊＝Ｐ＜０．０１｜ｎ＝１０。
【図５】修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）から作成された抗血清は、非修飾及び修飾Ｂ１６タンパク質溶解産物に対して反応する。非修飾Ｂ１６−Ｆ０（Ｂ１６）、ペルオキシナイトライト修飾Ｂ１６−Ｆ０（ＮＢ１６）、及び非黒色腫マウス細胞系ＥＬ４から精製した全タンパク質溶解産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、ａ）対照非免疫化抗血清；ｂ）対照未処理Ｂ１６溶解産物（対照Ｖａｘ）抗血清；ｃ）修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）抗血清；及びｄ）無抗血清を一次抗体として使用して免疫ブロットした。抗マウスＩｇＧホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）−コンジュゲートを二次抗体として使用した。
【図６】ヒト免疫標的（ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｓ）の同定。包括的ヒトタンパク質発現マイクロアレイ（ＯｒｉＧｅｎｅヒトタンパク質溶解産物ベータアレイ）を、修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）由来抗血清を一次抗体として使用して交差反応性についてスクリーニングし、抗マウスＩｇＧ  ＨＲＰ−コンジュゲートを二次抗体として使用した。
【図７】潜在的免疫標的の二次元電気泳動分析。Ｂ１６−Ｆ０全タンパク質溶解産物を、二次元（２−Ｄ）電気泳動によって分析した。簡単には、天然Ｂ１６−Ｆ０全タンパク質溶解産物（約２０μｇ）の２−Ｄ分析を一次元目では、ＲｅａｄｙＳｔｒｉｐｓ／Ｂｉｏ−Ｒａｄ（ｐＨ３〜１０非線形、７ｃｍ長さ）を使用して等電点フォーカシング（ＩＥＦ）によって行った。次いで、タンパク質を１２％ＳＤＳ−ＰＡＧＥで分離し、修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）由来抗血清を一次抗体として使用して免疫ブロットし、抗マウスＩｇＧ  ＨＲＰ−コンジュゲートを二次抗体として使用した。
【図８】ＦＥＮ１の二次元電気泳動分析。Ｂ１６−Ｆ０全タンパク質溶解産物を２−Ｄ電気泳動で分析し、ポリクローナル抗ＦＥＮ１抗体（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ）を使用して免疫ブロットした。
【図９】ペルオキシナイトライト−ニトロ化（修飾）ヒトＦＥＮ１を使用する、黒色腫に対する能動治療免疫化。精製組換えヒトＦＥＮ１タンパク質を、３１μＭ及び６２μＭのＮＯ由来ニトロ化作用物質ペルオキシナイトライト（ＯＮＯＯ-）の存在下で、室温で３時間にわたって、続いて、４℃で４８時間にわたって修飾し、免疫化のための抗原として使用した。Ｂ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスを、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目に生理食塩水（対照）、または１００μＬ（タンパク質約３μｇ）の非修飾ＦＥＮ１対照、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１、もしくは６２μＭ−修飾ＦＥＮ１のいずれかで皮下（ＳＣ）免疫化した。腫瘍量を、腫瘍体積（ｍｍ3）±ＳＥＭによって評価した。＊＊＝Ｐ＜０．０１｜ｎ＝８。
【図１０】ペルオキシナイトライト−ニトロ化（修飾）ヒトＦＥＮ１を使用しての能動治療免疫化は、生存を延長する。精製ヒトＦＥＮ１タンパク質を、３１μＭ及び６２μＭのＮＯ由来ニトロ化作用物質ペルオキシナイトライト（ＯＮＯＯ-）の存在下で修飾した。Ｂ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスを、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目に生理食塩水（対照）、または１００μＬ（タンパク質約３μｇ）の非修飾ＦＥＮ１対照、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１、もしくは６２μＭ−修飾ＦＥＮ１のいずれかで皮下（ＳＣ）免疫化した。
【図１１】ペルオキシナイトライト−ニトロ化（修飾）ヒトＦＥＮ１を使用しての、黒色腫に対する受動治療免疫化は、血清抗体によって媒介される。プロテインＧコーティングされた磁気ビーズ（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｇ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して、非修飾か（対照Ａｂ）、または３１μＭのペルオキシナイトライトの存在下で修飾されたＦＥＮ１（３１ＰＳＴ  Ａｂ）のいずれかを使用して非腫瘍担持マウスにおいて生成された抗血清を抗体除去した（−）か、または抗体除去しなかった（＋）。個々の実験群から貯留した血清の３つの用量（それぞれ２０μＬ）を、腫瘍攻撃後の４、７、及び１０日目にＢ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスに腹腔内（ＩＰ）投与した。腫瘍量を腫瘍体積（ｍｍ3）±ＳＥＭによって評価した。＊＊＝Ｐ＜０．０１｜ｎ＝８。
【図１２】修飾ヒトＦＥＮ１を使用しての、黒色種に対する能動治療免疫化は、生存を延長する。プロテインＧコーティングされた磁気ビーズ（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｇ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して、すでに記載したとおりに非修飾か（対照Ａｂ）、または３１μＭのペルオキシナイトライトの存在下で修飾されたＦＥＮ１（３１ＰＳＴ  Ａｂ）のいずれかを使用して非腫瘍担持マウスにおいて生成された抗血清を抗体除去した（−）か、または抗体除去しなかった（＋）。個々の実験群から貯留した血清の３つの用量（それぞれ２０μＬ）を、腫瘍攻撃後の４、７、及び１０日目にＢ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスに腹腔内（ＩＰ）投与した。
【図１３】非修飾Ｂ１６−Ｆ０全タンパク質溶解産物に対する抗体依存性抗血清免疫反応性。非修飾Ｂ１６−Ｆ０から精製された全タンパク質溶解産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、独立レーンマルチスクリーニング装置（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）において、完全対照非修飾抗血清（Ｃ＋）、抗体除去された対照非修飾抗血清（Ｃ−）、完全修飾ＦＥＮ１抗血清（３１＋）、または抗体除去された修飾ＦＥＮ１抗血清を使用して免疫ブロットした。抗マウスＩｇＧ  ＨＲＰ−コンジュゲートを二次抗体として使用した。
【図１４】新規の抗原決定基の発見。培養したＬｅｉｓｈｍａｎｉａ  ｃｈａｇａｓｉ無べん毛型を溶解させ、３１μＭのペルオキシナイトライトの存在下で、室温で３時間にわたって、続いて、４℃で４８時間にわたって処理し、抗原（Ｌ−ＮｉＶａｘ）として使用して、未感染のＢＡＬＢ／ｃマウス（１００μＬ−ＳＣ｜約２００μｇ／用量）を免疫化し、７日目に追加免疫化を行った。血清単離のために、最終の追加免疫化から２１日後に、心臓穿刺によって血液を収集した。生理食塩水（ビヒクル）、生Ｌ．ｃｈａｇａｓｉ無べん毛型＋Ｉｍｉｑｕａｍｏｄ（生Ｌ＋Ｉｍｉ）、及び加熱死滅させたＬ．ｃｈａｇａｓｉ無べん毛型（加熱死滅Ｌ）を含有する抗原調製物のために、抗血清調製物の同じスキームを使用した。未処理Ｌ．ｃｈａｇａｓｉ無べん毛型からの全タンパク質溶解産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、ビヒクル、生Ｌ＋Ｉｍｉ、加熱死滅Ｌ、及びＬ−ＮｉＶａｘ抗血清を使用して免疫ブロットした。抗マウスＩｇＧ  ＨＲＰ−コンジュゲートを二次抗体として使用した。
【発明を実施するための形態】
【０００７】
一部の態様では、本発明は、特異的酸化窒素（ＮＯ）関連化合物による標的タンパク質の酸化的／ニトロソ化的修飾（例えば、ニトロ化）の選択的誘導が、新規の抗原決定基の認識を促進することによって、新規の疾患変質免疫原を作成するという所見に関する。ＲＯＳ／ＲＮＳによって誘導される酸化的／ニトロソ化的損傷はまた、脂質及びタンパク質の不可逆的非変性変化の生成をもたらし、高度に免疫原性であるネオ抗原を作成し得る。自己免疫において観察される免疫原性の酸化誘導性増強は、より有効なワクチン、免疫療法手段、及び診断ツールの作成を目的として、他の非生物学的に入手可能な酸化／ニトロ化作用物質を、免疫を増強するそれらの能力について系統的に分析する必要性を支持する。
【０００８】
定義
別段に本明細書において定義しない限り、本出願において使用される科学用語及び専門用語は、当業者が一般に理解する意味を有することとする。一般には、本明細書に記載の化学、細胞及び組織培養、分子生物学、細胞及び癌生物学、神経生物学、神経化学、ウイルス学、免疫学、微生物学、薬理学、遺伝子及びタンパク質及び核酸化学に関連して、及びその技術において使用される命名法は、当技術分野において周知であり、一般に使用されるものである。
【０００９】
対象に物質、化合物、または作用物質「を投与すること」または「の投与」は、当業者に公知の様々な方法のうちの１つを使用して実施することができる。例えば、化合物または作用物質は、静脈内、動脈、皮内、筋肉内、腹腔内、皮下、眼内、舌下、経口（経口摂取によって）、鼻腔内（吸入によって）、髄腔内、脳内、及び経皮（例えば、皮膚の管を通じての吸収によって）で投与することができる。化合物または作用物質を、再充填可能もしくは生分解性のポリマーデバイスもしくは他のデバイス、例えば、パッチ及びポンプ、またはその化合物もしくは作用物質の持続放出、低速放出、もしくは制御放出をもたらす製剤によって適切に導入することもできる。投与を、例えば、１回、複数回、及び／または１もしくはそれを超える長期間にわたって行うこともできる。物質、化合物、または作用物質を対象に投与する適切な方法はまた、例えば、対象の年齢及び／または身体的状態、ならびに化合物または作用物質の化学的及び生物学的特性（例えば、溶解性、消化性、生物学的利用能、安定性、及び毒性）に依存するはずである。一部の実施形態では、化合物または作用物質を、例えば、経口摂取によって対象に経口投与する。一部の実施形態では、経口投与される化合物または作用物質は、徐放または遅効放出製剤であるか、またはそのような低速または徐放のためのデバイスを使用して投与される。
【００１０】
「親和性」は、分子（例えば、抗体）の単一結合部位と、その結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有結合性相互作用の総量の強度を指す。別段に示さない限り、本明細書において使用される場合、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体及び抗原）のメンバー間の１：１相互作用を反映する固有結合親和性を指す。分子Ｘと、そのパートナーＹとの親和性は一般に、解離定数（Ｋｄ）によって表され得る。親和性は、当技術分野において公知の一般的な方法によって測定することができる。
【００１１】
用語「抗体」は本明細書において、最も広い意味において使用され、これらだけに限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び所望の抗原結合性活性を示す限り、抗体フラグメントを包含する様々な抗体構造を包含する。
【００１２】
「抗体フラグメント」は、インタクトな抗体の一部を含み、及び、インタクトな抗体が結合する抗原に結合する、インタクトな抗体以外の分子を指す。抗体フラグメントの例には、これらだけに限定されないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）2；二重特異性抗体；線状抗体；一本鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）；及び抗体フラグメントから形成される多重特異性抗体が包含される。
【００１３】
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／または軽鎖の一部が特定の源または種に由来する一方で、重鎖及び／または軽鎖の残りの部分が、異なる供給源または種に由来する抗体を指す。
【００１４】
用語「細胞傷害性薬物」は、本明細書において使用される場合、細胞機能を阻害もしくは阻止し、及び／または細胞死または分解をもたらす物質を指す。細胞傷害性薬物には、これらだけに限定されないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ211、１131、１125、Ｙ90、Ｒｅ186、Ｒｅ188、Ｓｍ153、Ｂｉ212、Ｐ32、Ｐｂ212、及びＬｕの放射性同位体）；化学療法薬または薬物（例えば、メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン、または他のインターカレート薬）；成長阻害物質；核酸分解酵素などの酵素及びそのフラグメント；抗生物質；そのフラグメント及び／または変異体を包含する小分子毒素または細菌、真菌、植物、もしく動物由来の酵素活性な毒素などの毒素；ならびに下記で開示する様々な抗腫瘍薬または抗癌薬が包含される。
【００１５】
「ヒト抗体」は、ヒトまたはヒト細胞によって産生されるか、またはヒト抗体レパートリーを利用する非ヒト供給源に由来するアミノ酸配列か、または他のヒト抗体コード配列のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は具体的には、非ヒト抗原結合性残基を含むヒト化抗体を排除する。
【００１６】
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲに由来するアミノ酸残基、及びヒトＦＲに由来するアミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。特定の実施形態では、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、及び典型的には２つの可変ドメインの実質的にすべてを含むはずであり、その際、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）のすべてまたは実質的にすべてが、非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲのすべてまたは実質的にすべてが、ヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は任意選択で、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部を含んでよい。抗体、例えば、非ヒト抗体の「ヒト化型」は、ヒト化を施されている抗体を指す。
【００１７】
「単離抗体」は、その天然環境の成分から分離されているものを指す。一部の実施形態では、抗体を、例えば、電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点フォーカシング（ＩＥＦ）、毛細管電気泳動）、またはクロマトグラフィー（例えば、イオン交換または逆相ＨＰＬＣ）によって決定した場合に純度９５％または９９％超まで精製する。抗体純度を評価するための方法の総説については、例えば、Ｆｌａｔｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．  Ｂ  ８４８：７９−８７  （２００７）を参照されたい。
【００１８】
「単離核酸」は、その天然環境の成分から分離されている核酸分子を指す。単離核酸には、核酸分子を普通に含有するが、その核酸分子が、染色体外に、または天然の染色体位置とは異なる染色体位置に存在する細胞中に含有される核酸分子が包含される。
【００１９】
用語「モノクローナル抗体」は、本明細書において使用される場合、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、例えば、天然に存在する変異を含有するか、またはモノクローナル抗体調製物の生成中に生じる可能性のある変異体抗体（そのような変異体は一般に、少量で存在する）を除いて、その集団を構成する個々の抗体は、同一であり、及び／または同じエピトープに結合する。種々の決定因子（エピトープ）を指向する種々の抗体を典型的には包含するポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定因子を指向する。したがって、修飾語句「モノクローナル」は、実質的に同種の抗体の集団から得られているという抗体の特性を示しており、いずれかの特定の方法による抗体の生成を必要とすると解釈されるべきではない。例えば、本発明によって使用されるモノクローナル抗体は、これらだけに限定されないが、ハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージ−ディスプレイ法、及びヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部または一部を含有するトランスジェニック動物を利用する方法を包含する様々な技術によって作成され得て、モノクローナル抗体を作成するためのそのような方法及び他の例示的な方法を本明細書において記載する。
【００２０】
用語「酸化窒素ドナー」または「ＮＯドナー」は、一酸化窒素種を供与、放出、及び／または直接的もしくは間接的に伝達する化合物を指す。
【００２１】
用語「患者」、「対象」、または「個体」は互換的に使用され、ヒトまたは非ヒト動物のいずれかを指す。これらの用語には、哺乳類、例えば、ヒト、霊長類、家畜動物（ウシ、ブタなどを包含する）、コンパニオン動物（例えば、イヌ、ネコなど）、及びげっ歯類（例えば、マウス及びラット）が包含される。
【００２２】
語句「薬学的に許容される」は、当技術分野において認識されている。特定の実施形態では、この用語には、適正な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー応答、または他の問題もしくは合併症を伴うことなくヒト及び動物の組織と接触させて使用するために適していて、合理的なベネフィット／リスク比に見合う組成物、添加剤、アジュバント、ポリマー、及び他の物質、ならびに／または剤形が包含される。
【００２３】
「薬学的に許容される塩」または「塩」は、患者の処置に適しているか、またはそれに適合する酸付加塩または塩基付加塩を指すために、本明細書において使用される。
【００２４】
用語「薬学的に許容される酸付加塩」は、本明細書において使用される場合、いずれかの非毒性有機または非毒性無機塩を意味する。適切な塩を形成する無機酸の実例には、塩酸、臭化水素酸、硫酸、及びリン酸、さらには、オルトリン酸一水素ナトリウム及び硫酸水素カリウムなどの金属塩が包含される。適切な塩を形成する有機酸の実例には、グリコール酸、乳酸、ピルビン酸、マロン酸、コハク酸、グルタル酸、フマル酸、リンゴ酸、酒石酸、クエン酸、アスコルビン酸、マレイン酸、安息香酸、フェニル酢酸、ケイ皮酸、及びサリチル酸などのモノ−、ジ−、及びトリカルボン酸、さらには、ｐ−トルエンスルホン酸及びメタンスルホン酸などのスルホン酸が包含される。一酸塩または二酸塩が形成され得、そのような塩は、水和形態、溶媒和形態、または実質的に無水の形態のいずれかで存在し得る。適切な塩の選択は、当業者に公知であろう。
【００２５】
用語「薬学的に許容される塩基付加塩」は、本明細書において使用される場合、任意の酸化合物の任意の非毒性有機または無機塩基付加塩を意味する。適切な塩を形成する無機塩基の実例には、リチウム、ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、またはバリウムの水酸化物が包含される。適切な塩を形成する有機塩基の実例には、メチルアミン、トリメチルアミン、及びピコリンなどの脂肪族、脂環式、もしくは芳香族有機アミン、またはアンモニアが包含される。適切な塩の選択は、当業者に公知であろう。
【００２６】
語句「薬学的に許容される担体」は、本明細書において使用される場合、医薬または治療用途のために薬物を製剤化するために有用な液体もしくは固体フィルター、希釈剤、添加剤、溶媒、またはカプセル封入材料などの薬学的に許容される材料、組成物、またはビヒクルを意味する。
【００２７】
用語「予防する」は、当技術分野において認識されており、局所再発（例えば、疼痛）、癌などの疾患、心不全などの複合症候群、またはいずれかの他の医学的状態などの状態に関連して使用する場合、当技術分野において十分に理解されており、無症候性対象への組成物の投与を包含し、これは、組成物を投与されない対象と比較すると、対象における医学的状態の症状の頻度もしくは重症度を低減するか、またはその発症を遅延させる。したがって、癌の予防には、例えば、未処置対照個体群と比較しての、予防処置を受けた患者からなる個体群における検出可能な癌の増殖数の低減、及び／または未処置対照個体群に対しての、処置個体群における、例えば、統計的に、及び／または臨床的に有意な量での検出可能な癌の増殖の出現の遅延が包含される。感染の予防には、例えば、未処置対照個体群に対しての、処置個体群における感染の診断数の低減、及び／または未処置対照個体群に対しての、処置個体群における感染の症状の発症の遅延が包含される。疼痛の予防には、例えば、未処置対照個体群に対しての、処置個体群の対象によって経験される疼痛感覚の程度の縮小、または別法では、その遅延が包含される。
【００２８】
治療、またはアゴニスト、アンタゴニスト、もしくは阻害薬などの作用物質の「治療有効量」（「有効量」）または「治療有効用量」は、対象に投与した場合に、意図されている治療効果を有するであろう薬物または治療の量である。完全な治療効果は、１回の用量の投与によっては必ずしも起こらず、一連の用量の投与の後にのみ起こり得る。したがって、治療有効量を、１回または複数回の投与で投与してよい。対象に必要な正確な有効量は、例えば、対象の体格、健康、及び年齢、ならびに処置を受ける状態の性質及び規模に左右されるはずである。当業者であれば、日常的な実験によって、所与の状況についての有効量を容易に決定することができる。
【００２９】
状態または患者を「処置する」は、臨床結果を包含する有利か、または所望の結果を得るステップを行うことを指す。本明細書において使用される場合、及び当技術分野において十分に理解されるとおり、「処置」は、臨床結果を包含する有利か、または所望の結果を得るための手法である。有利か、または所望の臨床結果には、これらだけに限定されないが、検出可能また検出不可能に関わらず、１種または複数種の症状または状態の緩和または寛解、疾患の規模の縮小、疾患状態の安定化（すなわち、悪化しない）、疾患の展開の予防、疾患進行の遅延または低速化、病態の寛解または緩和、及び緩解（一部または全部に関わらず）が包含され得る。「処置」は、処置を受けなかった場合に予測される生存と比較した場合に、生存の延長も意味し得る。
【００３０】
Ｉ．  生体分子、修飾生体分子、及び抗原
一部の実施形態では、本発明は、活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）によって修飾された生体分子を含む抗原に関する。一部の実施形態では、本発明は、活性ハロゲン種（ＲＨＳ）によって修飾された生体分子を含む抗原に関する。抗原は、修飾された生体分子であってよい。生体分子は、糖タンパク質、脂質、または炭水化物などのタンパク質であってよい。生体分子は、癌細胞系または病原体などの細胞系によって発現され得る。一部の実施形態では、生体分子を単離及び／または精製する。例えば、生体分子は、組換えタンパク質または合成ペプチドであってよい。修飾生体分子または抗原は、組換えタンパク質または合成ペプチドであってよい。抗原は、潜在抗原であってよい。
【００３１】
修飾生体分子または抗原は、ニトロチロシン、ジニトロチロシン、クロロチロシン、ジコロルチロシン（ｄｉｃｈｏｌｏｒｔｙｒｏｓｉｎｅ）、ジチロシン、２−アミノ−３−（３，４−ジオキソ−シクロヘキサ−１，５−ジエニル）−プロピオン酸、ｍ−チロシン、ｏ−チロシン、Ｌ−ＤＯＰＡ（３，４−ジヒドロキシフェニルアラニン）、ニトロフェニルアラニン、クロロフェニルアラニン、メチオニンスルホキシド、メチオニンスルホン、シトルリン（例えば、シトルリンがアルギニンに置き換わる）、Ｎ−γ−ニトロアルギニン、Ｓ−ニトロシステイン、システインスルフェン酸、システインスルフィン酸、システインスルホン酸、２−オキソヒスチジン、アスパラギン（例えば、アスパラギンがヒスチジンに置き換わる）、アスパルタート（例えば、アスパラギンがヒスチジンに置き換わる）、ヒドロキシプロリン、ピロリドン、グルタミン酸半アルデヒド、２−アミノ−３−ケト酪酸、α−アミノアジピン酸セミアルデヒド、ヒドロキシトリプトファン、２−オキソ−トリプトファン、キヌレニン、Ｎ−ホルミルキヌレニン、ヒドロキシリシン、２−アミノ−アジピル−セミアルデヒド、ＭＤＡ−リシン、ＨＮＥ−リシン、アクロレイン−リシン、カルボキシメチルリシン、またははｐＨＡ−リシンなどの修飾アミノ酸を含むタンパク質またはペプチドであってよい。修飾アミノ酸は、修飾システイン、メチオニン、トリプトファン、ヒスチジン、リシン、またはフェニルアラニンであってよい。修飾生体分子または抗原は、Ｓ−ニトログルタチオンを含んでよい。修飾生体分子または抗原は、４−ヒドロキシノネナール（「ＨＮＥ」）またはマロンジアルデヒド（「ＭＤＡ」）を含んでよい。修飾生体分子は、１３−ヒドロキシ−９Ｚ，１１Ｅ−オクタデカジエン酸、１３−ヒドロキシ−９Ｅ，１１Ｅ−オクタデカジエン酸、９−ヒドロキシ−１０Ｅ，１２−Ｅ−オクタデカジエン酸（９−ＥＥ−ＨＯＤＥ）、１１−ヒドロキシ−９Ｚ，１２−Ｚ−オクタデカジエン酸、４−ヒドロキシノネナール、１３−ヒドロキシ−９Ｚ，１１Ｅ−オクタデカジエン酸、９−ヒドロキシ−１０Ｅ，１２−Ｚ−オクタデカジエン酸、１０−ヒドロキシ−８Ｅ，１２Ｚ−オクタデカジエン酸、１２−ヒドロキシ−９Ｚ−１３−Ｅ−オクタデカジエン酸、１３−ヒドロキシオクタデカジエン酸、または９−ヒドロキシオクタデカジエン酸を含んでよい。
【００３２】
生体分子を、フラップ構造特異的エンドヌクレアーゼ１（ＦＥＮ１）；ゴルジ・リアセンブリ・スタッキングタンパク質１（ｇｏｌｇｉ  ｒｅａｓｓｅｍｂｌｙ  ｓｔａｃｋｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  １）（ＧＯＲＡＳＰ１）、ＧＴＰアーゼドメイン−アンキリンリピート及びＰＨドメイン１を有するＡｒｆＧＡＰ（ＡＧＡＰ１）；微小管関連タンパク質タウ（ＭＡＰＴ）；ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４６（ＭＲＰＬ４６）；及びプロトカドヘリンベータ６（ＰＣＤＨＢ６）から選択してよい。生体分子は、ＦＥＮ１、ＧＯＲＡＳＰ１、ＡＧＡＰ１、ＭＡＰＴ、ＭＲＰＬ４６、またはＰＣＤＨＢ６をコードするアミノ酸配列の部分配列を含むペプチドであってよい。生体分子は、ＦＥＮ１、ＧＯＲＡＳＰ１、ＡＧＡＰ１、ＭＡＰＴ、ＭＲＰＬ４６、またはＰＣＤＨＢ６をコードするアミノ酸配列の部分配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含むペプチドであってよい。部分配列は、少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００アミノ酸長であってよい。
【００３３】
生体分子は、タウ、α−シヌクレイン、アミロイドβ、またはアミロイドβ前駆体タンパク質であってよい。生体分子は、タウ、α−シヌクレイン、アミロイドβ、またはアミロイドβ前駆体タンパク質をコードするアミノ酸配列の部分配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する部分配列を含むペプチドであってよい。
【００３４】
生体分子は、アブリタンパク質（ａｂｒｉ  ｐｒｏｔｅｉｎ）、膵島アミロイドポリペプチド（アミリン）、ハンチンチンのエキソン１に対応するペプチド、プロチモシンアルファ、アンドロゲン受容体タンパク質のアミノ末端ドメイン、アタキシン−１、ＤＲＰＬＡタンパク質（アトロフィン−１）、スーパーオキシドジスムターゼＩ、ベータ−２−ミクログロブリン、またはカルシトニンであってよい。生体分子は、アブリタンパク質、膵島アミロイドポリペプチド（アミリン）、ハンチンチンのエキソン１に対応するペプチド、プロチモシンアルファ、アンドロゲン受容体タンパク質のアミノ末端ドメイン、アタキシン−１、ＤＲＰＬＡタンパク質（アトロフィン−１）、スーパーオキシドジスムターゼＩ、ベータ−２−ミクログロブリン、またはカルシトニンをコードするアミノ酸配列の部分配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含むペプチドであってよい。
【００３５】
生体分子は、シスタチンｃ、トランスチレチン、ベータ２ミクログロブリン、血清アミロイドＡタンパク質、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン、インスリン、リゾチーム（例えば、ヒトリゾチーム）、アルファラクトアルブミン、モネリン、アンドロゲン受容体タンパク質のリガンド−またはＤＮＡ−結合ドメイン、ラクトアドヘレイン（ｌａｃｔａｄｈｅｒｅｉｎ）（例えば、メディン）、ゲルソリン、アポリポタンパク質Ａｌ、フィブリノーゲン、または心房ナトリウム排出増加因子であってよい。生体分子は、シスタチンｃ、トランスチレチン、ベータ２ミクログロブリン、血清アミロイドＡタンパク質、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン、インスリン、リゾチーム（例えば、ヒトリゾチーム）、アルファラクトアルブミン、モネリン、アンドロゲン受容体タンパク質のリガンド−またはＤＮＡ−結合ドメイン、ラクトアドヘレイン（例えば、メディン）、ゲルソリン、アポリポタンパク質Ａｌ、フィブリノーゲン、または心房ナトリウム排出増加因子をコードするアミノ酸配列の部分配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含むペプチドであってよい。
【００３６】
生体分子は、ＣＤ５２、インターロイキン２受容体、ＣＤ３０、上皮成長因子受容体、ＣＤ３８、インターロイキン−１β、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、腫瘍壊死因子α、腫瘍壊死因子β、ＣＤ２０、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）、ＣＤ３、免疫グロブリンＥ、呼吸器合胞体ウイルスＦタンパク質、受容体チロシン−プロテインキナーゼｅｒｂＢ−２（ＨＥＲ２／ｎｅｕ）、受容体チロシン−プロテインキナーゼｅｒｂＢ−３（ＨＥＲ３）、インテグリンα４β７、インターロイキン１２、インターロイキン２３、インターロイキン６受容体、またはインテグリンα４サブユニットであってよい。
【００３７】
生体分子は、４−１ＢＢ、アクチビン受容体２Ｂ型、アクチビン受容体様キナーゼ１、ＡＧＳ−２２Ｍ６、αフェトプロテイン、アミロイドα、アミロイドβ、アミロイド前駆体タンパク質、アンギオポイエチン−２、炭疽毒素、Ｂ細胞活性化因子（ＢＡＦＦ）、癌抗原１２５（ＣＡ−１２５／ムチン１６）、炭酸脱水酵素９（ＣＡ−ＩＸ）、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、Ｃ−Ｃケモカイン受容体４型（ＣＣＲ４）、Ｃ−Ｃケモカイン受容体５型（ＣＣＲ５）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１１（ＣＣＬ１１）、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ３ε、ＣＤ４、ＣＤ６、ＣＤ１１、ＣＤ１５、ＣＤ１８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ４０リガンド（ＣＤ４０Ｌ）、ＣＤ４４、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ７０、ＣＤ７４、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤ８０、ＣＤ１２５、ＣＤ１４７、ＣＤ１５２、ＣＤ１５４、ＣＤ２００、ＣＤ２２１、ＣＤ２７４、ＣＥＡ関連抗原、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２（ＣＣＬ２）、クローディン−１８、コロニー刺激因子１受容体（ＣＳＦ１Ｒ）、補体成分５、銅含有アミンオキシダーゼ３（ＡＯＣ３）、サイトメガロウイルス糖タンパク質Ｂ、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）、デス受容体５（ＤＲ５／ＴＲＡＩＬＲ２）、デルタ様リガンド４（ＤＬＬ４）、ジペプチジルペプチダーゼ４、Ｅ．ｃｏｌｉ志賀毒素１型、Ｅ．ｃｏｌｉ志賀毒素２型、ＥＧＦ様ドメイン含有タンパク質７、エンドシアリン、内毒素、上皮成長因子受容体（ＨＥＲ１）、エピシアリン、上皮性細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）、Ｄ因子、線維芽細胞活性化タンパク質アルファ、葉酸受容体１、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ受容体、グリピカン３、顆粒球−マクロファージコロニー−刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、成長分化因子８、グアニル酸シクラーゼ２Ｃ、熱ショックタンパク質９０、Ｂ型肝炎表面抗原、肝細胞成長因子／スキャッター因子（ＨＧＦ／ＳＦ）、ヒトスキャッター因子受容体キナーゼ、ハンチンチンタンパク質、免疫グロブリンＥ、免疫グロブリンイプシロン鎖Ｃ領域、インフルエンザ血球凝集素（ＨＡ）、インスリン様成長因子１（ＩＧＦ−１）受容体、インスリン様成長因子２（ＩＧＦ−２）、インテグリンα４サブユニット、インテグリンα４β７、インテグリンα５β１、インテグリンα７β７、インテグリンαＩＩｂβ３、インテグリンαｖサブユニット、インテグリンαｖβ３、インテグリンβ２サブユニット、細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）、インターフェロンα、インターフェロンγ、インターフェロンγ−誘導性タンパク質、インターフェロンα／β受容体、インターロイキン１β、インターロイキン２受容体、インターロイキン４、インターロイキン５、インターロイキン６、インターロイキン６受容体、インターロイキン９、インターロイキン１２、インターロイキン１７、インターロイキン１７Ａ、インターロイキン１７Ｆ、インターロイキン２２、インターロイキン２３、インターロイキン３１受容体Ａ、低密度リポタンパク質、Ｌ−セレクチン、リンパ球機能関連抗原１（ＣＤ１１ａ）、リンホトキシン−アルファ、リシルオキシダーゼホモログ２（ＬＯＸＬ２）、マクロファージ遊走��止因子（ＭＭＩＦ）、メソテリン、メタロレダクターゼＳＴＥＡＰ１、ミエリン関連糖タンパク質、ミオスタチン、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経アポトーシス−調節プロテイナーゼ１、ニューロピリン−１、ＮＯＧＯ−Ａ、Ｎｏｔｃｈ受容体、ＰＤ−１、リン酸・ナトリウム共輸送体、血小板由来成長因子受容体α、血小板由来成長因子受容体β、プログラム細胞死タンパク質１（ＣＤ２７９）、プロタンパク質変換酵素サブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）、狂犬病ウイルス糖タンパク質、核因子カッパ−Ｂリガンドの受容体活性化因子（ＲＡＮＫＬ）、受容体チロシン−プロテインキナーゼｅｒｂＢ−２（ＨＥＲ２／ｎｅｕ）、受容体チロシン−プロテインキナーゼｅｒｂＢ−３（ＨＥＲ３）、呼吸器合胞体ウイルスＦタンパク質、レチキュロン（ｒｅｔｉｃｕｌｏｎ）−４、Ｒｈ血液群Ｄ抗原、Ｒｈ因子、スクレロスチン（ＳＯＳＴ）、セレクチンＰ、ＳＬＡＭファミリーメンバー７、シンデカン１、テネイシンＣ、トランスフォーミング成長因子ベータ１（ＴＧＦ−β１）、トランスフォーミング成長因子−ベータ２（ＴＧＦ−β２）、膜貫通糖タンパク質ＮＭＢ、栄養膜糖タンパク質、腫瘍壊死因子α、腫瘍壊死因子β、腫瘍関連カルシウムシグナルトランスデューサー２、腫瘍関連糖タンパク質７２（ＴＡＧ−７２）、ＴＷＥＡＫ受容体、チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＹＲＰ１）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、血管内皮成長因子受容体１、血管内皮成長因子受容体２、またはビメンチンであってよい。
【００３８】
生体分子は、炭疽、細菌性髄膜炎、ボツリヌス中毒、ブルセラ症、カンピロバクター症、猫爪病、コレラ、ジフテリア、淋病、膿痂疹、レジオネラ症、ライ病（ハンセン病）、レプトスピラ症、リステリア症、ライム病、類鼻疽、ＭＲＳＡ感染症、ノカルジア症、百日咳、ペスト、肺炎球菌性肺炎、オウム病、Ｑ熱、ロッキー山紅斑熱（ＲＭＳＦ）、サルモネラ症、猩紅熱、細菌性赤痢、梅毒、破傷風、トラコーマ、結核、野兎病、腸チフス、発疹チフス（流行性発疹チフスを包含する）、及び尿路感染症から選択される細菌感染症の病理に関連する分子であってよい。
【００３９】
生体分子は、アメーバ症、回虫症、バベシア症、シャガス病、肝ジストマ症、クリプトスポリジウム症、嚢虫症、裂頭条虫症、メジナ虫症、エキノコックス症、蟯虫症、肝蛭症、肥大肝蛭病、糸状虫症、自由生活アメーバ感染症、ジアルジア鞭毛虫症、顎口虫症、膜様条虫疾患、イソスポラ症、カラアザール、リーシュマニア症、マラリア、横川吸虫症、ハエウジ病、オンコセルカ症、シラミ寄生症、蟯虫感染症、マラリア病原虫、疥癬、住血吸虫症、テニヤ条虫症、トキソカラ症、トキソプラズマ症、施毛虫症、旋回虫症、鞭虫症、トリコモナス症、及びトリパノソーマ症（アフリカトリパノソーマ症を包含）から選択される寄生虫感染症の病理に関連する分子であってよい。
【００４０】
生体分子は、ＡＩＤＳ、ＡＩＤＳ関連症候群、水痘、感冒、サイトメガロウイルス感染症、コロラドダニ熱、デング熱、エボラ出血熱、手足口病、肝炎、単純ヘルペス、帯状疱疹、ＨＰＶ、インフルエンザ、ラッサ熱、麻疹、マールブルグ出血熱、感染性単核細胞症、流行性耳下腺炎、ポリオ、進行性多病巣性白質脳障害、狂犬病、風疹、ＳＡＲＳ、天然痘、ウイルス性脳炎、ウイルス性胃腸炎、ウイルス性髄膜炎、ウイルス性肺炎、西ナイル病、及び黄熱病からなる群から選択されるウイルス感染症の病理に関連する分子であってよい。インフルエンザは、Ａ、Ｂ、またはＣ型インフルエンザであってよく、Ａ型インフルエンザは、サブタイプＨ３Ｎ２、Ｈ１Ｎ１、またはＨ５Ｎ１であってよい。体液性ヒト免疫系は、ウイルスに由来する２種の主な免疫原性タンパク質、血球凝集素（ＨＡ）及びノイラミニダーゼ（ＮＡ）を認識する。ＨＡ分子のヘッドまたはトップの既知のエピトープ領域は、超可変領域に対応する。これらの配列は、高度に易変性であり、単離配列は、この領域内に変化を有する。生体分子は、インフルエンザの血球凝集素、ノイラミニダーゼ、またはＭ２プロトンチャネル（例えば、Ｍ２ｅペプチド）であってよい。生体分子は、ＨＩＶのクレードＢギャグ、プロテアーゼ、逆転写酵素、ｇｐｌ２０、ｎｅｆペプチド、リポペプチド、ｇｐ４１、またはｅｎｖであってよい。生体分子は、Ｃ型肝炎のエンベロープ糖タンパク質（Ｅ１／Ｅ２）であってよい。
【００４１】
生体分子は、原線維発生を受け、１つまたは複数のタンパク質配座異性障害と関連する球状タンパク質であってよく、それらには、シスタチンｃ、トランスチレチン、ベータ２ミクログロブリン、血清アミロイドＡタンパク質及びそのフラグメント、ハンチンチン及びそのフラグメント（ハンチンチンのエキソンＩを包含）、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン、インスリン、リゾチーム（特に、ヒトリゾチーム）、アルファラクトアルブミン、モネリン、アンドロゲン受容体タンパク質のリガンド−及びＤＮＡ−結合ドメイン、ラクトアドへレイン及びより特異的なそのフラグメント（例えば、アミノ酸残基２４５〜２９４；メディン）、ゲルソリン、アポリポタンパク質Ａ１、フィブリノーゲン及びそのフラグメント、ならびに心房ナトリウム排出増加因子が包含される。
【００４２】
具体的な例として、アルツハイマー病では、病理は、Ａβペプチド前駆体（ＡＰＰ）の一部であり、酵素プレセニリン１（ＰＳ１）によって切断される４ｋＤａアミロイドベータ（Ａβ）ペプチドの存在と著しく相関している。研究によって、Ａβ１−４０の原線維形態が小グリア細胞を刺激し、アルツハイマー病の病因において重要な役割を果たすと現在考えられていることが示されている（Ｊｅｋａｂｓｏｎｅ，  Ａ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｎｅｕｒｏｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ  ３：２４  （２００６））。Ａβ１−４０のペプチド配列を表２において示す。他方で、プラーク形成Ａβのマイナー画分であるＡβ１−４２は、原線維Ａβの形成開始に寄与すると考えられている。ペプチドのこの「長い形態」を表２において記載する。生体分子は、例えば、Ａβ１−４０、Ａβ１−４２、または上記いずれかの部分配列であってよい。
【００４３】
さらなる具体的な例は、パーキンソン病（ＰＤ）である。ＰＤは、５０歳超の個体の１〜２％が罹患する変性神経障害である。神経病理学的ホールマークは、レビー小体（ＬＢ）と名付けられた好酸球性細胞室内タンパク様封入体の存在と共に、黒質緻密部におけるドーパミン作動性ニューロンの進行性の喪失によって特徴づけられる。α−シヌクレインは、レビー小体において最も豊富なタンパク質であり、ＰＤの毒性の重要なメディエーター、ことによると、原因因子でさえあるかもしれないと考えられる。したがって、毒性α−シヌクレインの低減は、ＰＤ患者に有利であると考えられる。全長タンパク質のＣ末端領域に由来するそのようなマウスα−シヌクレインペプチドの１種の配列を表２において示す。さらに、ニトロ化α−シヌクレイン及びそのフラグメントの除去または隔離は、ＰＤに罹患している患者に好ましい効果を有すると考えられる。本発明の一部の実施形態では、生体分子は、ヒトα−シヌクレインのアミノ酸１２１〜１３７（ＤＮＥＡＹＥＭＰＳＥＥＧＹＱＤＹＥ）を含むフラグメントである。一部の実施形態では、α−シヌクレインフラグメント（１２１〜１３７）配列は、異なる種において１２１及び１２２位で置換されており、各Ｙ（チロシン）位でトリ−ニトロ化されており、及び／またはＳ１２９でリン酸化されている。
【００４４】
一部の実施形態では、生体分子は、プリオン病に関連するペプチド配列に基づく。様々な種のプリオン配列が、その全体が参照によって本明細書に組み込まれるＨａｒｍｅｙｅｒ，  Ｓ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ  Ｇｅｎ  Ｖｉｒｏｌ．  ７９（Ｐｔ  ４）：９３７−４５  （１９９８）によって開示されている。
【００４５】
一部の実施形態では、生体分子は、スーパーオキシドジスムターゼＩ（ＳＯＤ１）に由来するペプチド配列に基づく。ＳＯＤ１変異は、家族性ＡＬＳの一部の形態の病理と原因関係を有することが知られている。ＳＯＤ１の変異体型であるヒトＧ９３Ａ  ＳＯＤ１組換えタンパク質に対して増大した抗血清は、内因性マウスＳＯＤ１よりも４倍高いヒトＳＯＤ１タンパク質を過剰発現する、Ｇ３７Ｒ変異ＳＯＤ１を持つＡＬＳのマウスモデルに対して防御効果を有することが報告されている。
【００４６】
異常な折り畳み構造のタンパク質はまた、ハンチンチン（ｈｔｔ）タンパク質におけるポリグルタミン（ポリＱ）トラクトの病的拡張に起因し、神経変性及び早熟死をもたらす遺伝性障害であるハンチントン病において役割を果たす。ハンチンチンのＮ末端の１７アミノ酸によって形成されるエピトープに結合する単鎖抗体（Ｌｅｃｅｒｆ，  Ｊ−Ｍ  ｅｔ  ａｌ，  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９８（８）：４７６４−４７６９  （２００１））が、ハンチントン病のショウジョウバエモデルにおいて症状を低減することが示されている（Ｗｏｌｆｇａｎｇ，  ＷＪ  ｅｔ  ａｌ，  Ｐｒｏｃ  Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ．  １０２（３２）：１１５６３−１１５６８  （２００５））。
【００４７】
さらなる具体的な例は、透析関連アミロイドーシス（ＤＲＡ）である。ＤＲＡは、血液透析、血液濾過、または持続性自己管理腹膜透析（ＣＡＰＤ）などの種々の形態の血液濾過に起因し得る。ＤＲＡは、１５年超にわたって透析している患者では９５％超の発生率を有し、その際、ベータ−２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）アミロイドーシスが優勢であり、予想では経時的に漸増する。Ｂ２Ｍの配座異性体は、臨床状況で観察されている。Ｂ２Ｍは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩ分子の一部であり、アミロイド原線維に特徴的で顕著なベータ−プリーツ構造を有する。Ｂ２Ｍは、細胞外空間に分布した非結合モノマーとして循環することが知られている。Ｂ２Ｍは原線維発生を受けて、様々な組織においてアミロイド沈着を形成する。この沈着は、腎不全をもたらし、これがＢ２Ｍの合成及び放出の増大をもたらして、状態を増悪させる。したがって、本発明の一実施形態では、生体分子は、ベータ２ミクログロブリンまたはそのフラグメントであってよい。Ｂ２Ｍの例示的なフラグメントは、本発明の生体分子として有用な、表２におけるアミノ酸残基２１〜４０の範囲のフラグメントである。
【００４８】
生体分子は、上述の生体分子のいずれか１つをコードするアミノ酸配列の部分配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を含むペプチドであってよい。部分配列は、少なくとも６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、４００、または５００アミノ酸長であってよい。病態または有害反応に対して多少の有意性を有するペプチド配列は、関連エピトープの実験調査によって同定され得る。これらの配列は、例えば、疾患または状態の処置において有用である天然に存在しないペプチド配列を包含してよい（例えば、それぞれその全体が参照によって本明細書に組み込まれるＷＯ２００６／０３１７２７及び米国特許第６，９３０，１６８号を参照されたい）。
【００４９】
さらに、合成コンビナトリアルペプチドライブラリのポジショナルスキャニングによって、または目的のタンパク質全体の重複ペプチド配列の作成によって候補配列を同定し、それらのペプチドを、例えば、ＨＩアッセイ、ウイルス攻撃モデル、または新規の抗原もしくは抗体が求められている疾患及び種に適したｉｎ  ｖｉｔｒｏもしくはｉｎ  ｖｉｖｏアッセイシステムなどのそのような目的に有用な任意の読出しアッセイを使用して免疫反応性について試験することによって、エピトープを経験的に決定してよい。候補分子には、例えば、糖−及び／または修飾糖付加（Ｎ−またはＳ−連結されたグリコシル化及びグリコーゲン化（ｇｌｙｃｏｇｅｎａｔｉｏｎ）など）、脂肪酸修飾（ミリストイル化など）、またはジスルフィド結合形成によって合成中または合成後のいずれかに修飾されるペプチドが包含され得る。候補エピトープを同定した後に、サブストレイン変異体、クラスター変異体、ドリフト変異体、シフト変異体を使用して、または容易に利用可能な参照文献（例えば、参照によって本明細書に組み込まれるＷＯ２０００／０４２５５９）において記載されているモデリング及び予測アルゴリズムによって、一連の追加の関連エピトープを作成してよい。本発明の生体分子として使用してよい様々な部分配列を表１及び２において示す。
表１．  本発明の生体分子として使用してよいウイルスタンパク質の部分配列
2018502850.tif 000003
表２．  本発明の生体分子として使用してよいヒトタンパク質の部分配列
2018502850.tif 000004
【００５０】
修飾生体分子は、非修飾生体分子上の同じエピトープと比較すると、増大した免疫原性を有するエピトープを含んでよい。
【００５１】
一部の実施形態では、生体分子は、ＲＮＳによって修飾されており、そのＲＮＳは、酸化窒素またはペルオキシナイトライトである。生体分子は、チロシンのニトロ化、チオールのＳ−ニトロシル化、または金属イオンのニトロソ化によって修飾されたタンパク質であってよい。生体分子は、金属イオンのニトロソ化によって修飾されていてよく、その際、その金属イオンは鉄である。金属イオンは、銅、クロム、マンガン、またはコバルトであってよい。一部の実施形態では、生体分子は、ポルフィリン（ヘム、例えば、ヘムＡ、Ｂ、Ｃ、またはＯなど）を含み、生体分子は、ポルフィリンに結合している金属イオンのニトロソ化によって修飾されている。生体分子は、メチルコバラミンまたはコバマミドなどのコバラミンを含んでよい。
【００５２】
生体分子は、ペルオキシ亜硝酸、ペルオキシナイトライト、一酸化窒素、二酸化窒素、二酸化窒素ラジカル、三酸化二窒素、ニトロソニウムカチオン、硫酸ニトロシル、過塩素酸ニトロシル、テトラフルオロホウ酸ニトロソニウム、ニトロソペルオキシカーボナート、ニトロニウムカチオン、カーボナートラジカル、ペルオキシモノカーボナート、カルボキシルラジカル、過酸化物、過酸化水素、有機ヒドロペルオキシド、ペルオキシラジカル、アルコキシラジカル、超酸化物、一重項酸素、ヒドロキシルラジカル、オゾン、オキシ硫黄ラジカル、ハイポハロゲン、ハイポクロライト、ハイポブロマイト、ハイポチオシアナイト、塩化ニトリル、ハラミン、モノクロラミン、ブロムアミン、二酸化塩素、またはホスファートラジカルで修飾されていてよい。
【００５３】
ＩＩ．  抗体、抗体フラグメント、及びキメラ抗原受容体
一部の実施形態では、本発明は、修飾生体分子に選択的に結合する抗体であって、修飾生体分子についてのその抗体の親和性が、非修飾生体分子についてのその抗体の親和性よりも高い抗体に関する。例えば、修飾生体分子についての抗体の親和性は、非修飾生体分子についての抗体の親和性よりも少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、１０，０００％、または１００，０００％高いことがあるであろう。
【００５４】
特定の実施形態では、修飾生体分子についての抗体の親和性は、非修飾生体分子についての抗体の親和性とほぼ同じである。例えば、修飾生体分子についての抗体の親和性は、非修飾生体分子についての抗体の親和性の０．１倍から１０倍高いことがあるであろう。
【００５５】
一部の実施形態では、本発明は、非修飾生体分子に選択的に結合する抗体であって、非修飾生体分子についてのその抗体の親和性が、修飾生体分子についてのその抗体の親和性よりも高い抗体に関する。例えば、非修飾生体分子についての抗体の親和性は、修飾生体分子についての抗体の親和性よりも少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、６００％、７００％、８００％、９００％、１０００％、１０，０００％、または１００，０００％高いことがあるであろう。
【００５６】
抗体は、単離抗体であってよい。一部の実施形態では、抗体は、モノクローナル抗体である。抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体、またはキメラ抗体であってよい。一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４抗体である。
【００５７】
ある種の態様では、本発明は、抗体をコードする単離核酸に関する。ある種の態様では、本発明は、抗体をコードする外来核酸を含む細胞に関する。ある種の態様では、本発明は、抗体をコードする核酸を発現する細胞を培養することを含む、抗体を生産する方法に関する。
【００５８】
ある種の態様では、本発明は、抗体を含む組成物であって、その抗体が、細胞傷害性薬物とコンジュゲートしている組成物に関する。
【００５９】
ある種の態様では、本発明は、抗体の抗原結合領域を含む抗体フラグメントに関する。抗体フラグメントは、一本鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）であってよい。抗体フラグメントは、抗原結合性フラグメント（Ｆａｂ）、化学的に連結したＦａｂフラグメントまたはヒンジ領域を包含するＦａｂフラグメントＦ（ａｂ’）2、二量体ｓｃＦｖ（ジ−ｓｃＦｖ）、単一ドメイン抗体（ｓｄＡｂ）、三機能抗体（３ｆｕｎｃｔ）、または二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）であってよい。
【００６０】
ある種の態様では、本発明は、抗体フラグメントをコードする核酸に関する。ある種の態様では、本発明は、抗体フラグメントをコードする外来核酸を含む形質転換細胞に関する。ある種の態様では、本発明は、抗体フラグメントをコードする核酸を発現する細胞を培養することを含む、抗体フラグメントを生産する方法に関する。ある種の態様では、本発明は、抗体フラグメントを含む組成物であって、その抗体フラグメントが細胞傷害性薬物にコンジュゲートしている組成物に関する。
【００６１】
一部の実施形態では、本発明は、ｓｃＦｖなどの本明細書に記載のとおりの抗体または抗体フラグメントを含むキメラ抗原受容体に関する。ある種の態様では、本発明は、キメラ抗原受容体をコードする核酸に関する。ある種の態様では、本発明は、キメラ抗原受容体をコードする外来核酸を含む形質転換細胞に関する。ある種の態様では、本発明は、キメラ抗原受容体を含む形質転換細胞に関する。キメラ抗原受容体を含む形質転換細胞は、Ｔ細胞などのリンパ球であってよい。形質転換細胞は、末梢血単核細胞であってよい。キメラ抗原受容体を含む形質転換細胞は、ヒトＴ細胞などのヒトリンパ球であってよい。
【００６２】
ＩＩＩ．  細胞、発現細胞、及び治療用細胞のクローニング
一部の態様では、本発明は、本明細書に記載のとおりの抗体、抗体フラグメント、またはキメラ抗原受容体を含む細胞に関する。一部の実施形態では、細胞は、本明細書に記載のとおりの抗体、抗体フラグメント、またはキメラ抗原受容体をコードする核酸を含む。一部の実施形態では、細胞は、本明細書に記載のとおりの抗体、抗体フラグメント、またはキメラ抗原受容体を発現する。
【００６３】
細胞は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ  ｔａｒｅｎｔｏｌａｅ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ  Ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｎｉｃｏｔｉａｎａ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ、Ｔｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ  ｎｉ、Ｇａｌｌｕｓ  ｇａｌｌｕｓ、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ、Ｓｕｓ  ｓｃｒｏｆａ、Ｏｖｉｓ  ａｒｉｅｓ、Ｃａｐｒａ  ａｅｇａｇｒｕｓ、Ｂｏｓ  ｔａｕｒｕｓ、Ｓｆ９細胞、Ｓｆ２１細胞、Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ２細胞、Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ３細胞、Ｈｉｇｈ  Ｆｉｖｅ細胞、ＮＳ０細胞、チャイニーズハムスター卵巣（「ＣＨＯ」）細胞、ベビーハムスター腎臓細胞、ＣＯＳ細胞、Ｖｅｒｏ細胞、ＨｅＬａ細胞、及びＨＥＫ２９３細胞から選択してよい。例えば、細胞は、抗体、抗体フラグメント、またはキメラ抗原受容体をコードする核酸を含んでよく、細胞は、例えば、核酸をクローニングするためには、Ｅ．ｃｏｌｉであってよい。細胞は、抗体または抗体フラグメントをコードする核酸を含んでよく、細胞は、例えば、抗体または抗体フラグメントを発現するためには、ＣＨＯ細胞であってよい、
【００６４】
細胞は、Ｔ細胞または末梢血単核細胞などのリンパ球であってよい。細胞は、リンパ球であってよく、キメラ抗原受容体をコードする核酸を含んでよい。細胞は、リンパ球であってよく、キメラ抗原受容体を含んでよい。細胞は、リンパ球であってよく、そのリンパ球は、キメラ抗原受容体を発現してよい。細胞は、Ｔ細胞であってよく、Ｔ細胞は、キメラ抗原受容体を発現してよく、例えば、キメラ抗原受容体は、修飾生体分子に選択的に結合する。細胞を、例えば、１つまたは複数のＨＬＡタンパク質の欠失によって、同種移植のために修飾してよい、
【００６５】
ＩＶ．  ワクチン
ある種の態様では、本発明は、抗原を含むワクチンに関する。抗原は、本明細書に記載のとおりの修飾生体分子であってよい。ワクチンは、薬学的に許容される担体をさらに含んでよい。
【００６６】
修飾生体分子を含むワクチンは、ワクチン中に存在する修飾を含むか、または含まない標的生体分子に対する能動免疫化を促進し得る。例えば、修飾生体分子を含むワクチンは、対象が、癌、炎症性疾患、または神経変性疾患に関連する自己抗原などの自己抗原に対する自己免疫応答を生成することを誘導し得る。同様に、修飾生体分子を含むワクチンは、対象が、典型的には、病原体の潜在エピトープなど、免疫応答を誘発しないであろう病原体または毒素上に存在する抗原に対する免疫応答を生成することを誘導し得る。加えて、修飾生体分子を含むワクチンは、対象が、生体分子の特異的エピトープに対する免疫応答を生成することを誘導し得て、これは、非修飾生体分子に対する免疫応答よりも好ましい（例えば、より永続的、より強力、またはその両方）免疫応答をもたらし得る。例えば、修飾生体分子は、非修飾生体分子上の同じエピトープと比較すると、増大した免疫原性のエピトープを含み、それによって、エピトープに対する免疫応答を増大させ得る。
【００６７】
Ｖ．  抗原を生産するための方法
ある種の態様では、本発明は、抗原を生産する方法であって、細胞を活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）と接触させ、その際、そのＲＯＳまたはＲＮＳが、細胞によって産生される生体分子を修飾し、抗原が、修飾生体分子または修飾生体分子上のエピトープであることを含む方法に関する。ある種の態様では、本発明は、抗原を生産する方法であって、細胞を活性ハロゲン種（ＲＨＳ）と接触させることを含み、その際、そのＲＨＳが、細胞によって産生される生体分子を修飾し、抗原が、修飾生体分子または修飾生体分子上のエピトープである方法に関する。
【００６８】
ある種の態様では、本発明は、抗原を生産する方法であって、生体分子を活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）と接触させ、その際、そのＲＯＳまたはＲＮＳが、生体分子を修飾し、抗原が、修飾生体分子または修飾生体分子上のエピトープであることを含む方法に関する。ある種の態様では、本発明は、抗原を生産する方法であって、生体分子を活性ハロゲン種（ＲＨＳ）と接触させ、その際、そのＲＨＳが、生体分子を修飾し、抗原が、修飾生体分子または修飾生体分子上のエピトープであることを含む方法に関する。
【００６９】
生体分子は、タンパク質または脂質であってよい。例えば、生体分子を、フラップ構造特異的エンドヌクレアーゼ１（ＦＥＮ１）；ゴルジ・リアセンブリ・スタッキングタンパク質１（ＧＯＲＡＳＰ１）、ＧＴＰアーゼドメイン−アンキリンリピート及びＰＨドメイン１を有するＡｒｆＧＡＰ（ＡＧＡＰ１）；微小管関連タンパク質タウ（ＭＡＰＴ）；ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４６（ＭＲＰＬ４６）；及びプロトカドヘリンベータ６（ＰＣＤＨＢ６）から選択してよい。生体分子は、前出のセクションＩにおいて記載した生体分子のいずれかであってよい。
【００７０】
当該方法は、生体分子を酸化窒素、酸化窒素ドナー（例えば、ＮＯＮＯアート）、またはニトロソ化作用物質（例えば、ペルオキシナイトライト）と接触させることを含んでよい。例えば、当該方法は、生体分子をＮＯＮＯアート化合物と共にインキュベートすることを含んでよく、その際、その方法は、生体分子を酸化窒素と接触させることを含み、ＮＯＮＯアート化合物は酸化窒素を生成する。当該方法は、生体分子をＮＯＮＯアート化合物と共にインキュベートすることを含んでよく、その際、その方法は、生体分子を酸化窒素ドナーと接触させることを含み、ＮＯＮＯアート化合物は酸化窒素ドナーである。ＮＯＮＯアート化合物は、ジエチレントリアミンＮＯＮＯアートであってよい。当該方法は、生体分子をペルオキシナイトライトまたは任意の他のニトロソ化化合物と接触させることを含んでよい。
【００７１】
一部の実施形態では、細胞を含む組成物（すなわち、細胞が生体分子を含む）、細胞溶解産物を含む組成物、ウイルスを含む組成物（すなわち、ウイルスが生体分子を含む）、または生体分子及び溶媒（例えば、水）を含む組成物など、組成物は生体分子を含む。当該方法は、組成物を酸化窒素、酸化窒素ドナー（例えば、ＮＯＮＯアート）、またはニトロソ化作用物質（例えば、ペルオキシナイトライト）と接触させることを含んでよい。例えば、当該方法は、組成物をＮＯＮＯアート化合物と共にインキュベートすることを含んでよく、その際、その方法は、組成物を酸化窒素と接触させることを含み、ＮＯＮＯアート化合物は酸化窒素を生成する。当該方法は、組成物をＮＯＮＯアート化合物と共にインキュベートすることを含んでよく、その際、その方法は、組成物を酸化窒素ドナーと接触させることを含み、ＮＯＮＯアート化合物は酸化窒素ドナーである。ＮＯＮＯアート化合物は、ジエチレントリアミンＮＯＮＯアートであってよい。当該方法は、組成物をペルオキシナイトライトまたは任意の他のニトロソ化化合物と接触させることを含んでよい。
【００７２】
方法は、生体分子を、ペルオキシ亜硝酸、ペルオキシナイトライト、一酸化窒素、二酸化窒素、二酸化窒素ラジカル、三酸化二窒素、ニトロソニウムカチオン、硫酸ニトロシル、過塩素酸ニトロシル、テトラフルオロホウ酸ニトロソニウム、ニトロソペルオキシカーボナート、ニトロニウムカチオン、カーボナートラジカル、ペルオキシモノカーボナート、カルボキシルラジカル、過酸化物、過酸化水素、有機ヒドロペルオキシド、ペルオキシラジカル、アルコキシラジカル、超酸化物、一重項酸素、ヒドロキシルラジカル、オゾン、オキシ硫黄ラジカル、ハイポハロゲン、ハイポクロライト、ハイポブロマイト、ハイポチオシアナイト、塩化ニトリル、ハラミン、モノクロラミン、ブロムアミン、二酸化塩素、またはホスファートラジカルと接触させることを含んでよい。
【００７３】
組成物を、ＲＯＳまたはＲＮＳと共に少なくとも５分間、例えば、少なくとも１０分間、少なくとも２０分間、少なくとも３０分間、少なくとも４５分間、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも４時間、少なくとも８時間、少なくとも１２時間、少なくとも１６時間、または少なくとも１８時間にわたってインキュベートしてよい。
【００７４】
一部の実施形態では、接触は、活性酸素種、活性窒素種、または活性ハロゲン種と共に少なくとも５分間、例えば、少なくとも１０分間、少なくとも２０分間、少なくとも３０分間、少なくとも４５分間、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも４時間、少なくとも８時間、少なくとも１２時間、少なくとも１６時間、または少なくとも１８時間にわたってインキュベートすることを含む。
【００７５】
一部の実施形態では、抗原を、生体分子を合成することによって（例えば、「修飾生体分子」を合成することによって）生産してよい。例えば、抗原は、ペプチドであってよく、抗原の生産は、例えば、酸化的損傷の特徴を複製する１種または複数種のアミノ酸（またはアミノ酸混合物）を使用して、ペプチドを合成することを含んでよい。例えば、ペプチドを、ペプチドのアミノ酸配列における１つまたは複数の位置で、チロシンの代わりに、ニトロチロシン（すなわち、例えば、ＦＭＯＣまたはｔＢＯＣ化学作用に適した保護基を含む）を使用して合成してよい。同様に、ペプチドを、ペプチドのアミノ酸配列における１つまたは複数の位置のために、ニトロチロシン及びチロシンの混合物（例えば、１：１０、１：５、１：４、１：３、１：２、１：１の比）を使用して合成してよい。
【００７６】
ＶＩ．  抗体を同定するための方法
一部の態様では、本発明は、抗体を同定する方法であって、細胞を活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）と接触させ、その際、そのＲＯＳまたはＲＮＳが生体分子を修飾すること；及び修飾生体分子に結合する抗体を選択することを含む方法に関する。
【００７７】
一部の実施形態では、本発明は、抗体を同定する方法であって、生体分子を活性酸素種（ＲＯＳ）または活性窒素種（ＲＮＳ）と接触させて、生体分子を修飾すること；及び修飾生体分子に結合する抗体を選択することを含む方法に関する。生体分子は、タンパク質、脂質、または炭水化物であってよい。生体分子は、本明細書に記載の生体分子のいずれか１種であってよい。例えば、生体分子は、フラップ構造特異的エンドヌクレアーゼ１（ＦＥＮ１）；ゴルジ・リアセンブリ・スタッキングタンパク質１（ＧＯＲＡＳＰ１）、ＧＴＰアーゼドメイン−アンキリンリピート及びＰＨドメイン１を有するＡｒｆＧＡＰ（ＡＧＡＰ１）；微小管関連タンパク質タウ（ＭＡＰＴ）；ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４６（ＭＲＰＬ４６）；またはプロトカドヘリンベータ６（ＰＣＤＨＢ６）であってよい。生体分子は、ＦＥＮ１、ＧＯＲＡＳＰ１、ＡＧＡＰ１、ＭＡＰＴ、ＭＲＰＬ４６、またはＰＣＤＨＢ６をコードするアミノ酸配列の部分配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列相同性を有するアミノ酸配列を含むペプチドまたはポリペプチドであってよい。生体分子は、ＦＥＮ１、ＧＯＲＡＳＰ１、ＡＧＡＰ１、ＭＡＰＴ、ＭＲＰＬ４６、またはＰＣＤＨＢ６をコードするアミノ酸配列の部分配列であるアミノ酸配列を含むペプチドまたはポリペプチドであってよい。
【００７８】
当該方法は、生体分子を酸化窒素、酸化窒素ドナー、またはニトロソ化作用物質と接触させることを含んでよい。例えば、当該方法は、ＮＯＮＯアート化合物と共に、ＮＯＮＯアート化合物が酸化窒素を生成する条件下でインキュベートすることを含んでよい。ＮＯＮＯアート化合物は、ジエチレントリアミンＮＯＮＯアート（ＤＥＴＡ−ＮＯＮＯアート）またはジエチルアミンＮＯＮＯアート（ＤＥＡ−ＮＯＮＯアート）であってよい。当該方法は、生体分子をペルオキシナイトライトと接触させることを含んでよい。当該方法は、生体分子を、ペルオキシ亜硝酸、ペルオキシナイトライト、一酸化窒素、二酸化窒素、二酸化窒素ラジカル、三酸化二窒素、ニトロソニウムカチオン、ニトロシル硫酸、過塩素酸ニトロシル、テトラフルオロホウ酸ニトロソニウム、ニトロソペルオキシカーボナート、ニトロニウムカチオン、カーボナートラジカル、ペルオキシモノカーボナート、カルボキシルラジカル、過酸化物、過酸化水素、有機ヒドロペルオキシド、ペルオキシラジカル、アルコキシラジカル、超酸化物、一重項酸素、ヒドロキシルラジカル、オゾン、オキシ硫黄ラジカル、ハイポハロゲン、ハイポクロライト、ハイポブロマイト、ハイポチオシアナイト、塩化ニトリル、ハラミン、モノクロラミン、ブロムアミン、二酸化塩素、またはホスファートラジカルと接触させることを含んでよい。
【００７９】
一部の実施形態では、接触は、活性酸素種、活性窒素種、または活性ハロゲン種と共に少なくとも５分間、例えば、少なくとも１０分間、少なくとも２０分間、少なくとも３０分間、少なくとも４５分間、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも４時間、少なくとも８時間、少なくとも１２時間、少なくとも１６時間、または少なくとも１８時間にわたってインキュベートすることを含む。
【００８０】
一部の実施形態では、接触は、ペルオキシナイトライトと共に少なくとも５分間、例えば、少なくとも１０分間、少なくとも２０分間、少なくとも３０分間、少なくとも４５分間、少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも４時間、少なくとも８時間、少なくとも１２時間、少なくとも１６時間、または少なくとも１８時間にわたってインキュベートすることを含む。
【００８１】
抗体の選択は、動物を修飾生体分子に曝露すること、及び動物が産生する抗体を単離することを含んでよい。
【００８２】
抗体の選択は、動物を修飾生体分子に曝露すること；抗体産生細胞を動物から単離すること；細胞によって産生される抗体を単離すること；及びその抗体が修飾生体分子に結合することを確認することを含んでよい。
【００８３】
動物は、マウス、ラット、ウサギ、ブタ、ウマ、またはヒツジであってよい。
【００８４】
一部の実施形態では、抗体の選択は、ファージディスプレイによって抗体を選択することを含む。
【００８５】
ＶＩＩ．  対象を処置するための方法
一部の態様では、本発明は、対象を処置するための方法であって、対象に、本明細書に記載のとおりの修飾生体分子を含む組成物を投与すること（能動免疫化）を含む方法に関する。他の態様では、本発明は、対象を処置するための方法であって、対象に、本明細書に記載のとおりの抗体または抗体フラグメントを含む組成物を投与すること（受動免疫化）を含む方法に関する。一部の態様では、本発明は、対象を処置するための方法であって、対象に、本明細書に記載のとおりの細胞を含む組成物を投与し、例えば、その際、その細胞がキメラ抗原受容体、及び／またはキメラ抗原受容体をコードする核酸を含むことを含む方法に関する。一部の態様では、本発明は、対象を処置するための方法であって、対象に、本明細書に記載のとおりの核酸を含む組成物を投与し、例えば、その際、その核酸が、本明細書に記載のとおりの抗体、抗体フラグメント、またはキメラ抗原受容体をコードすることを含む方法に関する。
【００８６】
一部の態様では、本発明は、対象において疾患または状態を予防または処置するための方法であって、対象に、本明細書に記載のとおりの修飾生体分子を含む組成物を投与すること（能動免疫化）を含む方法に関する。一部の態様では、本発明は、対象において疾患または状態を予防または処置するための方法であって、対象に、本明細書に記載のとおりの抗体または抗体フラグメントを含む組成物を投与すること（受動免疫化）を含む方法に関する。一部の態様では、本発明は、対象において疾患または状態を予防または処置するための方法であって、対象に、本明細書に記載のとおりの細胞を含む組成物を投与し、例えば、その際、その細胞がキメラ抗原受容体、及び／またはキメラ抗原受容体をコードする核酸を含むことを含む方法に関する。一部の態様では、本発明は、対象において疾患または状態を予防または処置するための方法であって、対象に、本明細書に記載のとおりの核酸を含む組成物を投与し、例えば、その際、その核酸が、本明細書に記載のとおりの抗体、抗体フラグメント、またはキメラ抗原受容体をコードすることを含む方法に関する。
【００８７】
対象は、げっ歯類、ウサギ、ネコ、イヌ、ブタ、ヒツジ、ウシ、ウマ、及び霊長類から選択してよい。対象は、ヒト対象であってよい。
【００８８】
対象は、新生物を有してよく、当該方法は、新生物を処置するための方法であってよい。対象は、結腸癌、黒色腫、卵巣癌、または乳癌などの癌を有してよい。対象は、前立腺癌、胃癌、神経芽細胞腫、膵臓癌、または肺癌を有してよい。
【００８９】
対象は、ウイルス感染症を有してよく、例えばまた、当該方法は、ウイルス感染症を処置するための方法であってよい。対象は、細菌感染症を有してよく、例えばまた、当該方法は、細菌感染症を処置するための方法であってよい。対象は、寄生虫感染症（リーシュマニア症など）を有してよく、例えばまた、当該方法は、寄生虫感染症を処置するための方法であってよい。
【００９０】
疾患または状態は、新生物であってよい。新生物は、癌であってよい。新生物は、神経芽細胞腫、神経膠芽細胞腫、神経膠腫、腺癌、転移性脳癌、副腎皮質癌、肉腫、卵巣癌、前立腺癌、乳癌、リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、胃癌、胃腸癌、結腸直腸癌、扁平上皮細胞癌、黒色腫、頭頚部癌、鼻咽頭癌、膵臓癌、または腎細胞癌であってよい。
【００９１】
疾患または状態は、ウイルス感染症、細菌感染症、または寄生虫感染症であってよい。疾患または状態は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、ＨＩＶ、敗血症、エボラ、リーシュマニア症、インフルエンザ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、カンジダ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、呼吸器合胞体ウイルス、サイトメガロウイルス、または狂犬病であってよい。対象は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、ＨＩＶ、敗血症、エボラ、リーシュマニア症、インフルエンザ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、カンジダ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、呼吸器合胞体ウイルス、サイトメガロウイルス、または狂犬病を発症するリスクを有してよい。疾患または状態は、ＡＩＤＳ、ＡＩＤＳ関連症候群、水痘、感冒、サイトメガロウイルス感染症、コロラドダニ熱、デング熱、エボラ出血熱、手足口病、肝炎、単純ヘルペス、帯状疱疹、ヒト乳頭腫ウイルス（ＨＰＶ）、インフルエンザ、ラッサ熱、麻疹、マールブルグ出血熱、感染性単核細胞症、流行性耳下腺炎、ポリオ、進行性多病巣性白質脳障害、風疹、ＳＡＲＳ、天然痘、ウイルス性脳炎、ウイルス性胃腸炎、ウイルス性髄膜炎、ウイルス性肺炎、西ナイル病、及び黄熱病であってよい。対象は、ＡＩＤＳ、ＡＩＤＳ関連症候群、水痘、感冒、サイトメガロウイルス感染症、コロラドダニ熱、デング熱、エボラ出血熱、手足口病、肝炎、単純ヘルペス、帯状疱疹、ＨＰＶ、インフルエンザ、ラッサ熱、麻疹、マールブルグ出血熱、感染性単核細胞症、流行性耳下腺炎、ポリオ、進行性多病巣性白質脳障害、狂犬病、風疹、ＳＡＲＳ、天然痘、ウイルス性脳炎、ウイルス性胃腸炎、ウイルス性髄膜炎、ウイルス性肺炎、西ナイル病、及び黄熱病を発症するリスクを有してよい。疾患または状態は、アメーバ症、回虫症、バベシア症、シャガス病、肝ジストマ症、クリプトスポリジウム症、嚢虫症、裂頭条虫症、メジナ虫症、エキノコックス症、蟯虫症、肝蛭症、肥大肝蛭病、糸状虫症、自由生活アメーバ感染症、ジアルジア鞭毛虫症、顎口虫症、膜様条虫疾患、イソスポラ症、カラアザール、マラリア、横川吸虫症、ハエウジ病、オンコセルカ症、シラミ寄生症、蟯虫感染症、マラリア病原虫、疥癬、住血吸虫症、テニヤ条虫症、トキソカラ症、トキソプラズマ症、施毛虫症、旋回虫症、鞭虫症、トリコモナス症、またはトリパノソーマ症（アフリカトリパノソーマ症を包含）であってよい。対象は、アメーバ症、回虫症、バベシア症、シャガス病、肝ジストマ症、クリプトスポリジウム症、嚢虫症、裂頭条虫症、メジナ虫症、エキノコックス症、蟯虫症、肝蛭症、肥大肝蛭病、糸状虫症、自由生活アメーバ感染症、ジアルジア鞭毛虫症、顎口虫症、膜様条虫疾患、イソスポラ症、カラアザール、マラリア、横川吸虫症、ハエウジ病、オンコセルカ症、シラミ寄生症、蟯虫感染症、マラリア病原虫、疥癬、住血吸虫症、テニヤ条虫症、トキソカラ症、トキソプラズマ症、施毛虫症、旋回虫症、鞭虫症、トリコモナス症、またはトリパノソーマ症（アフリカトリパノソーマ症を包含）を発症するリスクを有してよい。対象は、炭疽などの毒素に曝露されていてよい。
【００９２】
疾患または状態は、炎症性疾患であってよい。疾患または状態は、炎症性腸疾患、潰瘍性大腸炎、クローン病、関節リウマチ、尋常性乾癬、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、若年性特発性関節炎、多発性硬化症、狼瘡、喘息、全身性強皮症、皮膚筋炎、または多発性筋炎であってよい。
【００９３】
疾患または状態は、神経変性疾患であってよい。疾患または状態は、アルツハイマー病、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、散発性筋萎縮性側索硬化症、ラフォラ病、またはハンチントン病であってよい。疾患または状態は、アミロイドーシスを伴うオランダ型遺伝性脳出血（脳血管アミロイドーシス）、コンゴレッド親和性血管障害、ピック病、進行性核上麻痺、家族性イギリス型認知症、レビー小体関連疾患、多発性萎縮症、ハレルフォルデン−スパッツ病、脊髄小脳失調、神経核内封入体病、遺伝性歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症、プリオン関連疾患、スクラピー、ウシ海綿状脳障害、クロイツフェルト−ヤコブ病、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー症候群、クールー、致死性家族性不眠症、遺伝性シスタチンｃアミロイド血管障害、またはボクサー認知症であってよい。
【００９４】
疾患または状態は、アスペルガー症候群、自閉症、ＡＤＨＤ、高コレステロール血症、脂質異常症、アテローム性動脈硬化症、心筋梗塞、心不全、虚血再灌流障害、虚血性脳卒中、血栓塞栓症、筋ジストロフィー、脆弱Ｘ症候群、鎌状赤血球症、発作性夜間ヘモグロビン尿症、早老症、扁平苔癬、白斑、気管支肺異形成症、成人呼吸窮迫症候群、気腫、虫垂炎、膵臓炎、急性膵臓炎、アルコール中毒、糖尿病、黄斑変性、ブドウ膜炎、白内障発生、骨粗鬆症、サルコペニア、慢性疲労症候群、または坐骨神経痛であってよい。
【００９５】
対象は、同種移植または異種移植などの移植を受けていてよい。対象は、臓器移植拒絶のリスクを有してよい。対象は、移植片対宿主病を有してよい。
【００９６】
対象は、虚血または血栓塞栓症を有してよいか、または患者は、虚血または塞栓症の発症のリスクを有してよい。対象は、心臓発作または虚血性卒中を有していてよいか、または対象は、心臓発作または虚血性卒中を有するリスクを有してよい。
【００９７】
疾患または状態は、癌であってよく、修飾生体分子は、修飾ＦＥＮ１タンパク質、またはその部分であってよい。当該方法は、例えば、修飾生体分子、抗体、細胞、または核酸を含む組成物を対象に投与する前に、ＦＥＮ１を過剰発現する癌を有する対象を同定することを含んでよい。ＦＥＮ１を過剰発現する癌には、結腸癌、黒色腫、卵巣癌、乳癌、前立腺癌、胃癌、神経芽細胞腫、膵臓癌、及び肺癌が包含される。
【００９８】
疾患または状態は、アルツハイマー病またはパーキンソン病などの神経変性疾患であってよく、修飾生体分子は、修飾タウタンパク質、またはその部分であってよい。当該方法は、タウと関連する神経変性疾患を有する対象を同定することを含んでよい。タウと関連する神経変性疾患には、アルツハイマー病及びパーキンソン病が包含される。
【００９９】
疾患または状態は、リーシュマニア症であってよく、修飾生体分子は、修飾リーシュマニアタンパク質であってよい。当該方法は、リーシュマニア症を有する対象を同定することを含んでよい。当該方法は、例えば、対象に、本明細書に記載のとおりの修飾生体分子、抗体、または抗体フラグメントを予防的に投与することによって、対象においてリーシュマニア症を予防することを含んでよい。
【０１００】
投与は、組成物を注射することを含んでよい。組成物の注射は、静脈内注射、皮下注射、筋肉内注射、または腫瘍内注射を含んでよい。
【０１０１】
本開示は、下記の実験の詳細から、さらに良好に理解されるであろう。しかしながら、当業者であれば、下記の実施形態においてさらに十分に記載するとおり、論述する具体的な方法及び結果が本開示の単なる実例であることは容易に分かるであろう。
【実施例】
【０１０２】
実施例１  Ｂ１６細胞及び細胞溶解産物を使用して抗原及び抗体を作成する方法
マウス黒色腫腫瘍としてのＢ１６及び免疫療法モデル。不十分に免疫原性のＣ５７ＢＬ／６由来Ｂ１６黒色腫を包含する多くの腫瘍モデルにおいて治療を評価するために、皮下モデルが広く使用される（図２）。皮下注射すると、Ｂ１６は、５〜１０日間で触診可能な腫瘍を形成し、１４〜２１日間で最小１×１×１-ｃｍ腫瘍まで成長して、ＮＯ及びＮＯ関連分子によるＢ１６由来抗原免疫原性の増大をもたらすであろう。遺伝子発現の調節を促進し、新たな腫瘍関連抗原を出現させ、Ｂ１６細胞をより免疫原性に変換するために、培養Ｂ１６細胞を、１８時間にわたって、低速ＮＯ放出性化合物ジエチレントリアミンＮＯＮＯアート（ＤＥＴＡ−ＮＯＮＯアート）（２５０μＭ−相対的に低い濃度）に対してｉｎ  ｖｉｔｒｏ処理し、音波処理による溶解の後に、抗原（ＮＯＶａｘ）として使用した。
【０１０３】
修飾。音波処理によって得られた未処理の全培養Ｂ１６細胞溶解産物を、３１μＭのＮＯ由来ニトロ化作用物質ペルオキシナイトライト（ＯＮＯＯ-）の存在下で、室温で３時間にわたって、続いて、４℃で４８時間にわたってインキュベートし、抗原（ＮｉＶａｘ）として使用した。抗原調製物を冷凍し、能動治療免疫化において、または腫瘍担持マウスの受動治療処置のための抗血清を作成するために使用するまで、−８０℃で貯蔵した。
【０１０４】
受動治療的処置（血清移入）のための抗血清の作成及び抗体の発見。腫瘍Ｃ５７ＢＬ／６非担持雌マウス（６〜１２週齢）を、未処理Ｂ１６溶解産物（対照Ｖａｘ）、リプログラミングされたＢ１６溶解産物（ＮＯＶａｘ）、または修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）のいずれか１００μＬ（タンパク質約１００μｇ）で皮下（ＳＣ）免疫化した。同じ用量及び濃度の抗原での追加免疫化を７及び２１日目に与えた。最後の追加免疫化の１４日後に、ＣＯ2安楽死させた動物から、心臓穿刺によって血液を収集した。個々の実験群から貯留した血清の３つの用量（それぞれ２０μＬ）を、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目に腫瘍担持マウスに腹腔内（ＩＰ）投与した。腫瘍量を週２回モニターした。投与方法は、図３において示されている。
【０１０５】
黒色腫の能動治療免疫化。Ｂ１６−Ｆ０腫瘍担持Ｃ５７ＢＬ／６雌マウス（６〜１２週齢）を、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目に未処理Ｂ１６溶解産物（対照ＶａｘまたはＣＶａｘ）、リプログミングされたＢ１６溶解産物（ＮＯＶａｘ）、または修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）のいずれか１００μＬ（タンパク質約１００μｇ）で皮下（ＳＣ）免疫化した。
【０１０６】
黒色腫の受動治療免疫化。個々の実験群から貯留した血清の３つの用量（それぞれ２０μＬ）を、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目にＢ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスに腹腔内（ＩＰ）投与した。腫瘍量を腫瘍体積（ｍｍ3）±ＳＥＭによって評価した。＊＊＝Ｐ＜０．０１｜ｎ＝１０。
【０１０７】
結果。リプログラミングされたＢ１６溶解産物（ＮＯＶａｘ）または修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）での能動免疫化は、未処理Ｂ１６溶解産物（Ｃｏｎｔｒｏｌ  ＶａｘまたはＣＶａｘ）と比較すると、治療手法では、使用された腫瘍増殖を有意に減少させた。しかしながら、受動血清移入治療的手法では、修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）のみが、有意な腫瘍増殖遅滞を示し、これは、リプログラミングされたＢ１６溶解産物（ＮＯＶａｘ）処理マウス中には存在しない、修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）−免疫化マウスの血清中の腫瘍阻害因子の存在を示唆している（図４）。
【０１０８】
実施例２  Ｂ１６細胞及び細胞溶解産物を使用して抗原及び抗体を作成する方法
修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）から作成された抗血清は、非修飾及び修飾Ｂ１６タンパク質溶解産物に対して反応する。非修飾Ｂ１６−Ｆ０（Ｂ１６）、ペルオキシナイトライト修飾Ｂ１６−Ｆ０（ＮＢ１６）、及び非黒色腫マウス細胞系ＥＬ４から精製した全タンパク質溶解産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、ａ）対照非免疫化抗血清；ｂ）対照未処理Ｂ１６溶解産物（対照Ｖａｘ）抗血清；ｃ）修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）抗血清；及びｄ）無抗血清を一次抗体として使用して免疫ブロットした。抗マウスＩｇＧホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）−コンジュゲートを二次抗体として使用した。
【０１０９】
結果。修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）抗血清は、修飾及び非修飾黒色腫Ｂ１６−Ｆ０精製タンパク質に対しては、選択的な免疫反応性活性を実証したが、非黒色腫ＥＬ４（Ｃ５７ＢＬ／６由来マウス胸腺腫細胞系）精製タンパク質に対しては実証せず、これは、特異的タンパク質修飾（ニトロ化）を超える選択的免疫反応性抗体の作成を示唆した（図５）。
【０１１０】
実施例３  抗原の同定
ヒト免疫標的の同定。包括的ヒトタンパク質マイクロアレイ（ＯｒｉＧｅｎｅヒトタンパク質溶解産物ベータアレイ）を、改変Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）由来抗血清を一次抗体として使用して交差反応性についてスクリーニングし、抗マウスＩｇＧ  ＨＲＰ−コンジュゲートを二次抗体として使用した（図６）。
【０１１１】
結果。修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）由来抗血清を免疫スクリーニングツールとして使用して、６つの新規の交差反応性ヒト免疫標的を同定した：１）フラップ構造特異的エンドヌクレアーゼ１（ＦＥＮ１）；２）ゴルジ・リアセンブリ・スタッキングタンパク質１（ＧＯＲＡＳＰ１）；３）ＧＴＰアーゼドメイン−アンキリンリピート及びＰＨドメイン１を有するＡｒｆＧＡＰ（ＡＧＡＰ１）；４）微小管関連タンパク質タウ（ＭＡＰＴ）；５）ミトコンドリアリボソームタンパク質Ｌ４６（ＭＲＰＬ４６）；及び６）プロトカドヘリンベータ６（ＰＣＤＨＢ６）。これらの結果は、診断用の新規の黒色腫関連抗原として、または免疫療法用ツールとしての、単独か、または組み合わせでのこれらの免疫標的の有望な使用を示唆している。
【０１１２】
実施例４  抗原の同定
潜在的免疫標的の二次元電気泳動分析。Ｂ１６−Ｆ０全タンパク質溶解産物を、二次元（２−Ｄ）電気泳動によって分析した。簡単には、天然Ｂ１６−Ｆ０全タンパク質溶解産物（約２０μｇ）の２−Ｄ分析を一次元目では、ＲｅａｄｙＳｔｒｉｐｓ／Ｂｉｏ−Ｒａｄ（ｐＨ３〜１０非線形、７ｃｍ長さ）を使用して等電点フォーカシング（ＩＥＦ）によって行った。タンパク質を１２％ＳＤＳ−ＰＡＧＥで分離し、修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）由来抗血清を一次抗体として使用して免疫ブロットし、抗マウスＩｇＧ  ＨＲＰ−コンジュゲートを二次抗体として使用した（図７）。１つの有意な免疫反応性シグナルが、ヒトタンパク質マイクロアレイ免疫スクリーニングを使用して既に同定された交差反応性ヒト免疫標的の１つである、約８のＩＥＦ及び約４２ｋＤａの分子量を有するＦＥＮ１と同時に検出された。
【０１１３】
ＦＥＮ１の二次元電気泳動分析。Ｂ１６−Ｆ０全タンパク質溶解産物を、上記のとおりに２−Ｄ電気泳動で分析し、ポリクローナル抗ＦＥＮ１抗体（Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ）を使用して免疫ブロットした。特異的なシグナルが、約８のＩＥＦ及び約４２ｋＤａの分子量を有する免疫反応性タンパク質を明らかにし、これは、修飾Ｂ１６溶解産物（ＮｉＶａｘ）由来抗血清によって生成される有意なシグナルの１つと同時に生じた（図８）。このデータは、ＦＥＮ１が免疫療法のために、または診断用ツールとして使用され得ることを示唆している。
【０１１４】
実施例５  修飾ＦＥＮ１での免疫化
ペルオキシナイトライト−ニトロ化（修飾）ヒトＦＥＮ１を使用する、黒色腫に対する能動治療免疫化。精製組換えヒトＦＥＮ１タンパク質を、３１μＭ及び６２μＭのＮＯ由来ニトロ化作用物質ペルオキシナイトライト（ＯＮＯＯ-）の存在下で、室温で３時間にわたって、続いて、４℃で４８時間にわたって修飾し、免疫化のための抗原として使用した。Ｂ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスを、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目に生理食塩水（対照）、または１００μＬ（タンパク質約３μｇ）の非修飾ＦＥＮ１対照、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１、もしくは６２μＭ−修飾ＦＥＮ１のいずれかで皮下（ＳＣ）免疫化した。腫瘍量を、腫瘍体積（ｍｍ3）±ＳＥＭによって評価した。＊＊＝Ｐ＜０．０１｜ｎ＝８。３１μＭ−修飾ＦＥＮ１を使用しての能動免疫化は、非修飾ＦＥＮ１対照または６２μＭ−修飾ＦＥＮ１と比較すると、治療手法で使用される腫瘍増殖を有意に低減し、これは、有効な抗腫瘍応答を誘発するためには、精製ヒトＦＥＮ１ニトロ化のために３１μＭのペルオキシナイトライト硝酸塩の濃度が最適であることを示唆している（図９）。
【０１１５】
ペルオキシナイトライト−ニトロ化（修飾）ヒトＦＥＮ１を使用しての能動治療免疫化は、生存を延長する。精製ヒトＦＥＮ１タンパク質を、上記のとおり、３１μＭ及び６２μＭのＮＯ由来ニトロ化作用物質ペルオキシナイトライト（ＯＮＯＯ-）の存在下で修飾した。Ｂ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスを、腫瘍攻撃後の４、１１、及び１８日目に生理食塩水（対照）、または１００μＬ（タンパク質約３μｇ）の非修飾ＦＥＮ１対照、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１、もしくは６２μＭ−修飾ＦＥＮ１のいずれかで皮下（ＳＣ）免疫化した。３１μＭまたは６２μＭ−修飾ＦＥＮ１を使用しての能動免疫化は、未処理及び非修飾対照と比較すると、腫瘍担持マウスの生存率を有意に上昇させる（図１０）。
【０１１６】
実施例６  ＦＥＮ１接種マウスから得られた抗体の使用
ペルオキシナイトライト−ニトロ化（修飾）ヒトＦＥＮ１を使用しての、黒色腫に対する受動治療免疫化は、血清抗体によって媒介される。プロテインＧコーティングされた磁気ビーズ（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｇ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して、すでに記載したとおりに、非修飾か（対照Ａｂ）、または３１μＭのペルオキシナイトライトの存在下で修飾されたＦＥＮ１（３１ＰＳＴ  Ａｂ）のいずれかを使用して非腫瘍担持マウスにおいて生成された抗血清を抗体除去した（−）か、または抗体除去しなかった（＋）。個々の実験群から貯留した血清の３つの用量（それぞれ２０μＬ）を、腫瘍攻撃後の４、７、及び１０日目にＢ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスに腹腔内（ＩＰ）投与した。腫瘍量を腫瘍体積（ｍｍ3）±ＳＥＭによって評価した。＊＊＝Ｐ＜０．０１｜ｎ＝８（図１１）。血清移入は、腫瘍体積を有意に減少させた。しかしながら、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１免疫化マウスからの抗体除去抗血清の受動血清移入は、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１免疫化マウスからの完全血清と比較すると、治療的手法で使用される腫瘍増殖を制御することができず、これは、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１免疫化マウスからの受動移入抗血清の治療作用における、抗体含有血清の特異的役割を示唆した。
【０１１７】
修飾ヒトＦＥＮ１を使用しての、黒色種に対する能動治療免疫化は、生存を延長する。プロテインＧコーティングされた磁気ビーズ（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（登録商標）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｇ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して、すでに記載したとおりに、非修飾か（対照Ａｂ）、または３１μＭのペルオキシナイトライトの存在下で修飾されたＦＥＮ１（３１ＰＳＴ  Ａｂ）のいずれかを使用して非腫瘍担持マウスにおいて生成された抗血清を抗体除去した（−）か、または抗体除去しなかった（＋）。個々の実験群から貯留した血清の３つの用量（それぞれ２０μＬ）を、腫瘍攻撃後の４、７、及び１０日目にＢ１６−Ｆ０腫瘍担持マウスに腹腔内（ＩＰ）投与した（図１２）。血清移入は、生存を延長した。しかしながら、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１免疫化マウスからの抗体除去抗血清の受動血清移入は、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１免疫化マウスからの完全血清と比較すると、治療的手法で使用した場合に、腫瘍攻撃後の２０日間以降の生存を維持することができず、これは、３１μＭ−修飾ＦＥＮ１免疫化マウスからの受動移入抗血清の治療作用における、抗体含有血清の特異的役割を示唆した。
【０１１８】
実施例７  ＦＥＮ１−接種マウスから得られた抗体は、Ｂ１６黒色腫細胞系の溶解産物を標的とする
非修飾Ｂ１６−Ｆ０全タンパク質溶解産物に対する抗体依存性抗血清免疫反応性。非修飾Ｂ１６−Ｆ０から精製された全タンパク質溶解産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、独立レーンマルチスクリーニング装置（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）において、完全対照非修飾抗血清（Ｃ＋）、抗体除去された対照非修飾抗血清（Ｃ−）、完全修飾ＦＥＮ１抗血清（３１＋）、または抗体除去された修飾ＦＥＮ１抗血清を使用して免疫ブロットした。抗マウスＩｇＧ  ＨＲＰ−コンジュゲートを二次抗体として使用した。図１３における相対的濃度計測分析に反映されたとおり、ＦＥＮ１−接種マウスから得られた血清は、Ｂ１６−Ｆ０全タンパク質溶解産物に対して特異的に反応した。
【０１１９】
実施例８  非修飾生体分子上の新規のエピトープに結合する抗体を作成するためのニトロ化作用物質の使用
培養したＬｅｉｓｈｍａｎｉａ  ｃｈａｇａｓｉ無べん毛型を溶解させ、３１μＭのペルオキシナイトライトの存在下で室温で３時間にわたって、続いて、４℃で４８時間にわたって処理し、抗原（Ｌ−ＮｉＶａｘ）として使用して、未感染のＢＡＬＢ／ｃマウス（１００μＬ−ＳＣ｜約２００μｇ／用量）を免疫化し、７日目に追加免疫化を続けた。血清単離のために、最終の追加免疫化から２１日後に、心臓穿刺によって血液を収集した。生理食塩水（ビヒクル）、生Ｌ．ｃｈａｇａｓｉ無べん毛型＋Ｉｍｉｑｕａｍｏｄ（生Ｌ＋Ｉｍｉ）、及び加熱死滅させたＬ．ｃｈａｇａｓｉ無べん毛型（加熱死滅Ｌ）を含有する抗原調製物のために、抗血清調製物の同じスキームを使用した。未処理Ｌ．ｃｈａｇａｓｉ無べん毛型からの全タンパク質溶解産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、ビヒクル、生Ｌ＋Ｉｍｉ、加熱死滅Ｌ、及びＬ−ＮｉＶａｘ抗血清を使用して免疫ブロットした。抗マウスＩｇＧ  ＨＲＰ−コンジュゲートを二次抗体として使用した。ウェスタンブロットは、免疫化の他の標準的なモダリティと比較すると、Ｌ−ＮｉＶａｘを使用した場合に、溶解させた未処理Ｌ．ｃｈａｇａｓｉ無べん毛型に対する有意な強い免疫反応性バンドを表示した（図１４）。これらの結果は、ニトロ化抗原が新規の非ニトロ化抗原決定基を明らかにし得ることを実証している。
【０１２０】
参考文献の取込み
本明細書において引用される特許、公開特許出願、及び非特許文献はすべて、参照によって本明細書に組み込まれる。
【０１２１】
同等物
当業者であれば、日常程度の実験を使用して、本明細書に記載の本発明の具体的な実施形態に対する多くの同等物を理解するか、または確認することができるであろう。そのような同等物は、下記の特許請求の範囲に包含されることが意図されている。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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