(57)【要約】  本明細書では、対象において免疫応答を誘発するための組成物及び方法が提供される。特に、本開示は、免疫原性融合タンパク質と、前記融合タンパク質をコードする核酸分子を含む宿主細胞を用いて免疫応答を誘発する方法とに関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ．配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ．配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び
ｃ．配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列
を含む宿主細胞。
【請求項２】
ａ．配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ．配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び
ｃ．配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列
を含む宿主細胞。
【請求項３】
１つ又は複数の核酸分子を含む宿主細胞であって、前記核酸分子が、
ａ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ．配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ．配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；又は
ｇ．配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；
ｈ．これらの任意の組み合わせ
をコードする核酸配列を含む、宿主細胞。
【請求項４】
前記核酸分子が、
ａ．配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ．配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｃ．配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｄ．配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｅ．配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｆ．配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｇ．配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３３〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列；
ｈ．配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｉ．配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｊ．配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｋ．配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；又は
ｌ．これらの任意の組合せ
を含む、請求項３に記載の宿主細胞。
【請求項５】
ａ．配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ．配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び
ｃ．配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列
を含む、請求項３又は４に記載の宿主細胞。
【請求項６】
ａ．配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ．配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び
ｃ．配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列
を含む、請求項３又は４に記載の宿主細胞。
【請求項７】
前記核酸分子が、
ａ．配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｂ．配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｃ．配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｄ．配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｅ．配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｆ．配列番号３１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｇ．配列番号３３のアミノ酸残基１〜４５９に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｈ．配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｉ．配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｊ．配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｋ．配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；又は
ｌ．これらの任意の組合せ
をコードする核酸配列を含む、請求項３〜６のいずれか一項に記載の宿主細胞。
【請求項８】
対象において免疫応答を誘発する方法であって、請求項１〜７のいずれか一項に記載の宿主細胞を含む組成物を前記対象に投与するステップを含む方法。
【請求項９】
前記核酸分子が、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０を含む、請求項７に記載の宿主細胞。
【請求項１０】
前記核酸分子が、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる、請求項７に記載の宿主細胞。
【請求項１１】
上皮増殖因子受容体変異型ＩＩＩ（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）ポリペプチドと、滑膜肉腫、Ｘブレークポイント２（ＳＳＸ２）ポリペプチドとを含む融合タンパク質。
【請求項１２】
前記ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドが、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１１に記載の融合タンパク質。
【請求項１３】
複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含む、請求項１１又は１２に記載の融合タンパク質。
【請求項１４】
前記ＳＳＸ２ポリペプチドが、配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項１５】
配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１１〜１４のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項１６】
請求項１１〜１５のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードする核酸分子。
【請求項１７】
請求項１６に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項１８】
請求項１６に記載の核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項１９】
請求項１８に記載の宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含むワクチン。
【請求項２０】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと、前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）ポリペプチドとを含む融合タンパク質。
【請求項２１】
前記ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドが、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項２０に記載の融合タンパク質。
【請求項２２】
前記ＰＡＰポリペプチドが、配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項２０又は２１に記載の融合タンパク質。
【請求項２３】
請求項２０〜２２のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードする核酸分子。
【請求項２４】
請求項２３に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項２５】
請求項２３に記載の核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項２６】
請求項２５に記載の宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含むワクチン。
【請求項２７】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、ＮＫ３ホメオボックス１（ＮＫＸ３．１）ポリペプチド、及び前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）ポリペプチドを含む融合タンパク質。
【請求項２８】
前記ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドが、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項２７に記載の融合タンパク質。
【請求項２９】
前記ＰＳＭＡポリペプチドが、配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項２７又は２８に記載の融合タンパク質。
【請求項３０】
前記ＮＫＸ３．１ポリペプチドが、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項２７〜２９のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項３１】
前記ＮＫＸ３．１ポリペプチドが、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４（Ｒ４１Ｇ）と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む、請求項２７〜２９のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
【請求項３２】
請求項２７〜３１のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードする核酸分子。
【請求項３３】
請求項３２に記載の核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項３４】
請求項３３に記載の宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含むワクチン。
【請求項３５】
ＮＫ３ホメオボックス１（ＮＫＸ３．１）ポリペプチドと、ＰＡＰポリペプチドとを含む融合タンパク質。
【請求項３６】
請求項３５に記載の融合タンパク質をコードする核酸分子。
【請求項３７】
請求項３６に記載の核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項３８】
請求項３７に記載の宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含むワクチン。
【請求項３９】
対象において免疫応答を誘発する方法であって、宿主細胞を含む組成物を前記対象に投与するステップを含み、前記宿主細胞が、
ａ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ．配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ．配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ．配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ＊１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ．これらの任意の組み合わせ
を含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現する、方法。
【請求項４０】
抗原ポリペプチドの発現を増大させる方法であって、宿主細胞において核酸分子を発現させるステップを含み、前記核酸分子が、
ａ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ．配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ．配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ．配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ＊１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ．これらの任意の組み合わせ
をコードする核酸配列を含む、方法。
【請求項４１】
前記１つ又は複数の核酸分子が、
ａ．配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ．配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び
ｃ．配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列
を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記１つ又は複数の核酸分子が、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
癌の治療を、それを必要とする対象において行う方法であって、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を前記対象に投与するステップを含み、前記宿主細胞が、
ａ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ．配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ．配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ．配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；若しくは
ｇ．配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ．これらの任意の組み合わせ
を含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現する、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本願は、２０１５年４月１３日に出願された米国仮特許出願第６２／１４６，６２６号明細書、及び２０１５年４月１３日に出願された米国仮特許出願第６２／１４６，６５４号明細書、及び２０１５年１２月４日に出願された米国仮特許出願第６２／２６３、１７４号明細書の利益を主張する。上記出願の教示全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
政府支援
本発明は、米軍医学研究調達機関協力協定（Ｕ．Ｓ．Ａｒｍｙ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ）（ＵＳＡＭＲＡＡ）からの契約Ｗ８１ＸＷＨ−１２−１−０４３９による政府支援を得て実施された。政府は本発明に一定の権利を有する。
【背景技術】
【０００３】
皮膚癌に加えて、前立腺癌は、米国男性の間で最も一般的な癌である。米国癌協会（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｏｃｉｅｔｙ）によれば、米国のみで推定２２０，８００人の新たな前立腺癌患者及び２７，５４０件の前立腺癌による死亡が２０１５年に発生するであろう。７人のうち約１人がその生涯で前立腺癌と診断されるであろう。過去１０年間の癌診断及び治療の進歩により治療の選択肢は増加したが、転移性前立腺癌患者のための治癒的治療は提供されていない。こうした患者のためにさらなる療法が求められている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
本明細書では、上皮増殖因子受容体変異型ＩＩＩ（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）ポリペプチド、及び滑膜肉腫、Ｘブレークポイント２（ＳＳＸ２）ポリペプチドを含む融合タンパク質が開示される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含み得る。他の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。
【０００５】
また、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードする核酸分子も提供される。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含み得る。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０００６】
本明細書では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと、前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）ポリペプチドとを含む融合タンパク質が開示される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、若しくはｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。他の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含み得る。
【０００７】
また、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子も提供される。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含み得る。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０００８】
本明細書では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、ＮＫ３ホメオボックス１（ＮＫＸ３．１）ポリペプチド、及び前立腺癌特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）ポリペプチドを含む融合タンパク質が開示される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含み得る。他の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。他の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含み得る。他の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。
【０００９】
また、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードする核酸分子が提供される。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、配列番号２４に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含み得る。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。他の実施形態では、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、配列番号１７に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含み得る。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００１０】
本明細書では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドとＰＡＰポリペプチドを含む融合タンパク質が開示される。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含み得る。
【００１１】
また、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子も提供される。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号２８に示されるＮＫＸ３．１ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含み得る。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００１２】
本明細書では、開示される核酸分子の１つ又は複数を含む宿主細胞が開示される。一部の実施形態では、宿主細胞は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；若しくは
ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組み合わせ
をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含み得る。
【００１３】
一部の態様では、ａ）〜ｈ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００１４】
また、対象において免疫応答を誘発する方法も提供される。一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、前記宿主細胞は、１つ又は複数の核酸分子を含み、前記核酸分子は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組み合わせ
をコードする核酸配列を含む。
【００１５】
一部の態様では、ａ）〜ｈ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００１６】
対象において免疫応答を誘発する方法が提供され、これは、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組み合わせ
を含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現する。
【００１７】
さらに、抗原ポリペプチドの発現を増大させる方法も提供される。一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞において核酸分子を発現させるステップを含んでよく、前記核酸分子は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組み合わせ
をコードする核酸配列を含む。
【００１８】
一部の態様では、ａ）〜ｈ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００１９】
癌の治療を、それを必要とする対象において行う方法が本明細書に提供され、前記方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、１つ又は複数の開示された核酸分子を含む。一部の実施形態では、本方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００に示されるＡｃｔＡＮ１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組み合わせ
をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含む。
【００２０】
一部の実施形態では、ａ）〜ｈ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００２１】
癌の治療を、それを必要とする対象において行う方法が提供され、前記方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００に示されるＡｃｔＡＮ１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組み合わせ
を含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現する。
【００２２】
概要及び以下の詳細な説明は、添付の図面と一緒に読まれる場合にさらによく理解されるであろう。開示される組成物及び方法を例証する目的で、組成物及び方法の例示的実施形態の図面が提供されるが、組成物及び方法は、開示される具体的な実施形態に限定されない。
【図面の簡単な説明】
【００２３】
【図１】３つの個別の免疫原性融合タンパク質として発現された５つの癌抗原を含む、ＢＨ５２９０株の例示的な概略図を示す。
【図２】ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）変異を含む免疫原性融合物の発現を示す。
【図３Ａ−Ｂ】ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）変異を含む例示的な免疫原性融合タンパク質の免疫原性を示す。（図３Ａ）ＳＳＸ２特異的免疫；（図３Ｂ）ＰＡＰ特異的免疫；（図３Ｃ）ＮＫＸ３．１特異的免疫；（図３Ｄ）ＰＳＭＡ特異的免疫；及び（図３Ｅ）ＥＧＦＲｖＩＩＩ特異的免疫。
【図３Ｃ−Ｄ】ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）変異を含む例示的な免疫原性融合タンパク質の免疫原性を示す。（図３Ａ）ＳＳＸ２特異的免疫；（図３Ｂ）ＰＡＰ特異的免疫；（図３Ｃ）ＮＫＸ３．１特異的免疫；（図３Ｄ）ＰＳＭＡ特異的免疫；及び（図３Ｅ）ＥＧＦＲｖＩＩＩ特異的免疫。
【図３Ｅ】ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）変異を含む例示的な免疫原性融合タンパク質の免疫原性を示す。（図３Ａ）ＳＳＸ２特異的免疫；（図３Ｂ）ＰＡＰ特異的免疫；（図３Ｃ）ＮＫＸ３．１特異的免疫；（図３Ｄ）ＰＳＭＡ特異的免疫；及び（図３Ｅ）ＥＧＦＲｖＩＩＩ特異的免疫。
【図４】野生型リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）攻撃に対するＢＨ５２９０によるワクチン接種の防御免疫を示す。
【図５Ａ】ＥＧＦＲｖＩＩＩに融合された際のＳＳＸ２の発現を示す。（Ａ）ＥＧＦＲｖＩＩＩの存在下でのＳＳＸ２発現を調べるために用いた例示的な菌株。抗原発現に対するＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５の含有の影響を評価するため、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５の存在のみが異なる対応ＳＳＸ２発現カセットを、ｉｎｌＢ遺伝子座からＡｃｔＡＮ１００＊−ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質を発現した同じＬｍバックグラウンドのｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に導入した。ＢＨ４５９８は、第１カセット−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２を含有し、ＢＨ４６０２は、第２カセット−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２を含有した（図５Ａ）。全ての発現カセットがａｃｔＡプロモータを使用した。（図５Ｂ）細胞内ウエスタンブロット結果。レーン１：Ｌｍ１１（負の対照）、レーン２：ＢＨ４５９８（ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２）、レーン３：ＢＨ４６０２（ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２）。
【図５Ｂ】ＥＧＦＲｖＩＩＩに融合された際のＳＳＸ２の発現を示す。（Ａ）ＥＧＦＲｖＩＩＩの存在下でのＳＳＸ２発現を調べるために用いた例示的な菌株。抗原発現に対するＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５の含有の影響を評価するため、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５の存在のみが異なる対応ＳＳＸ２発現カセットを、ｉｎｌＢ遺伝子座からＡｃｔＡＮ１００＊−ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質を発現した同じＬｍバックグラウンドのｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に導入した。ＢＨ４５９８は、第１カセット−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２を含有し、ＢＨ４６０２は、第２カセット−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２を含有した（図５Ａ）。全ての発現カセットがａｃｔＡプロモータを使用した。（図５Ｂ）細胞内ウエスタンブロット結果。レーン１：Ｌｍ１１（負の対照）、レーン２：ＢＨ４５９８（ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２）、レーン３：ＢＨ４６０２（ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２）。
【図６】ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５が免疫原性融合タンパク質の一部である場合のＳＳＸ２免疫応答を示す。
【図７Ａ】ＥＧＦＲｖＩＩＩの複数のコピーに融合された際のＰＡＰ発現を示す。（Ａ）構築物に含まれるＥＧＦＲｖＩＩＩ反復配列のコピー数が異なる６つのＰＡＰ発現カセットを構築した。全ての構築物をＬｍ１１のｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことにより、６つのＬｍワクチン株：ＢＨ２８６８、ＰＬ１６３１、ＰＬ１６２９、ＰＬ１６２７、ＰＬ１６２５、及びＰＬ１６２３を得た。（Ｂ）細胞内ウエスタンにより発現を評価した。レーン１：Ｌｍ１１（発現カセットなし）；レーン２：ＢＨ２８６８は、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン３：ＰＬ１６３１は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン４：ＰＬ１６２９は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン５：ＰＬ１６２７は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン６：ＰＬ１６２５は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン７：ＰＬ１６２３は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６を発現する。
【図７Ｂ】ＥＧＦＲｖＩＩＩの複数のコピーに融合された際のＰＡＰ発現を示す。（Ａ）構築物に含まれるＥＧＦＲｖＩＩＩ反復配列のコピー数が異なる６つのＰＡＰ発現カセットを構築した。全ての構築物をＬｍ１１のｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことにより、６つのＬｍワクチン株：ＢＨ２８６８、ＰＬ１６３１、ＰＬ１６２９、ＰＬ１６２７、ＰＬ１６２５、及びＰＬ１６２３を得た。（Ｂ）細胞内ウエスタンにより発現を評価した。レーン１：Ｌｍ１１（発現カセットなし）；レーン２：ＢＨ２８６８は、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン３：ＰＬ１６３１は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン４：ＰＬ１６２９は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン５：ＰＬ１６２７は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン６：ＰＬ１６２５は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６を発現し；レーン７：ＰＬ１６２３は、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６を発現する。
【図８】ＥＧＦＲｖＩＩＩの複数のコピーと融合された際のＰＡＰ特異的免疫原性を示す。ＥＧＦＲｖＩＩＩコピー数が異なる６つのＰＡＰ発現Ｌｍ株（ＢＨ２８６８、ＰＬ１６３１、ＰＬ１６２９、ＰＬ１６２７、ＰＬ１６２５、及びＰＬ１６２３）をＴ細胞応答の誘導について試験した。
【発明を実施するための形態】
【００２４】
本発明の例示的な実施形態の説明を以下に行う。
【００２５】
開示される組成物及び方法は、本開示の一部を成す添付の図面に関連して行われる以下の詳細な説明を参照することによってより容易に理解されるであろう。開示される組成物及び方法が本明細書に記載及び／又は示される具体的な組成物及び方法に限定されないことと、本明細書で使用される専門用語があくまで例として具体的な実施形態を説明することを目的とし、特許請求される組成物及び方法の限定を意図するものではないこととを理解すべきである。
【００２６】
特に別途記載のない限り、考えられる作用機構若しくは作用モード又は改善の理由は、例示を意図するに過ぎず、開示される組成物及び方法が、このような提案される作用機構若しくは作用モード又は改善の理由の正確さ又は不正確さによって束縛されるわけではない。
【００２７】
本文全体を通して、これらの説明は、組成物及び前記組成物を使用する方法に関連する。本開示が、組成物に関連する特徴又は実施形態を説明又は特許請求する場合、こうした特徴又は実施形態は、前記組成物を使用する方法にも等しく適用可能である。同様に、開示内容は、組成物を使用する方法に関連する特徴又は実施形態を説明又は特許請求する場合、こうした特徴又は実施形態は、組成物にも等しく適用可能である。
【００２８】
明瞭化のために個別の実施形態に関して本明細書に記載される開示の組成物及び方法のいくつかの特徴は、単一の実施形態において組み合わせて提供してもよいことを理解すべきである。反対に、簡略化のために単一の実施形態に関して記載される開示の組成物及び方法の様々な特徴は、個別に又は任意の部分組合せで提供してもよい。
【００２９】
本明細書で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」は、複数形を含む。
【００３０】
以下の略語は、本開示全体を通して使用される：ＥＧＦＲｖＩＩＩ（上皮増殖因子受容体変異型ＩＩＩネオアンチゲン結合領域）；ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５（ＥＧＦＲｖＩＩＩの５つのコピー）；ＳＳＸ２（滑膜肉腫、Ｘブレークポイント２）（アクセッション番号Ｑ１６３８５）；ＮＫＸ３．１（ＮＫ３ホメオボックス１ポリペプチド）（アクセッション番号Ｑ９９８０１）；ＰＳＭＡ（前立腺特異的膜抗原）（アクセッション番号Ｑ０４６０９）；ＰＡＰ（前立腺酸性ホスファターゼ）（アクセッション番号Ｐ１５３０９）；Ｌｍ（リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ））；ＬＡＤＤ（二重欠失リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ））。
【００３１】
デルタ記号（Δ又は「．ＤＥＬＴＡ．」）は、欠失を指す。例えば、「ΔａｃｔＡ」（又は「．ＤＥＬＴＡ．ａｃｔＡ」）は、ａｃｔＡ遺伝子の全部又は一部が欠失していることを意味する。
【００３２】
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、ヒト又は非ヒト生物を指す。従って、本明細書に記載する方法及び組成物は、ヒト及び脊椎動物の両方に適用可能である。いくつかの実施形態では、対象は、「患者」、すなわち疾患又は病状のための医療を受けている生きたヒトである。これは、確定されていない疾病を有し、疾病の兆候につい検査中の人を含む。ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＳＳＸ２、ＮＫＸ３．１、ＰＭＳＡ、及びＰＡＰの１つ又は複数、好ましくはこれらの各々を発現する悪性腫瘍を有する対象が好ましい。いくつかの実施形態では、対象は、前立腺癌、好ましくは転移性前立腺癌に罹患している。
【００３３】
本明細書で使用される場合、「同一パーセント」、「配列同一性」、及び「同一性パーセント」という用語は、２つ以上のポリペプチド間で同じ（すなわち、同一の）アミノ酸のパーセントを指す。２つ以上のポリペプチド間の配列同一性は、ポリペプチドのアミノ酸配列をアラインメントし、同じアミノ酸残基を含有するアラインメントされたポリペプチド中の位置の数をスコアリングして、これをアラインメントされたポリペプチド中の異なる位置の数と比較することにより決定することができる。ポリペプチドは、例えば、異なるアミノ酸を含有すること（すなわち、置換若しくは突然変異）により、又はアミノ酸が欠失すること（すなわち、ポリペプチドの１つ又は両方へのアミノ酸挿入若しくはアミノ酸欠失）により異なり得る。配列同一性は、同じアミノ酸残基を含有する位置の数をポリペプチド中のアミノ酸残基の総数で割ることによって計算することができる。例えば、同一性パーセントは、同じアミノ酸残基を含有する位置の数をポリペプチド中のアミノ酸残基の総数で割り、１００を掛けることによって計算することができる。
【００３４】
「その免疫原性断片」は、対象において免疫原性応答を誘発することができる融合タンパク質の部分を含む。一部の態様では、免疫原性断片は、融合タンパク質を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になる。他の態様では、免疫原性断片は、シグナル配列−融合タンパク質を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になる。
【００３５】
本明細書で使用される場合、「融合タンパク質」は、２つ以上のポリペプチドの結合から作製されるタンパク質を指す。融合タンパク質は、ポリペプチドを化学的に共役させることによって作製することができる。好ましくは、融合タンパク質は、遺伝子融合によって作製され、この場合、核酸分子の転写及び翻訳により、個々のポリペプチドを含む単一のタンパク質が産生されるように、個々のポリペプチドをコードする核酸分子をフレーム内結合する。開示される融合タンパク質は、ポリペプチド間に１つ又は複数のリンカー残基を有してよい。
【００３６】
本明細書で使用される場合、「シグナル配列」は、融合タンパク質の分泌を駆動するために機能するポリペプチド配列、及びこれをコードするヌクレオチド配列を指す。シグナル配列は、融合タンパク質を含むポリペプチドに作動可能に連結されており、融合タンパク質を含むポリペプチドと共に翻訳リーディングフレーム内にある。「シグナル配列」はまた、「分泌シグナル配列」と呼ぶこともできる。
【００３７】
本明細書で使用される場合、「作動可能に連結された」は、成分の正常な機能が維持される様式におけるプロモータリボソーム結合部位などの制御配列の並置を指す。「制御配列」は、典型的に、宿主生物における作動可能に連結されたコード配列の発現のために必要なＤＮＡ配列を指す。制御配列は、プロモータ、リボソーム結合部位、及び任意選択でＳｈｉｎｅ／Ｄａｌｇａｒｎｏ配列を含んでよい。このように、コードされたシグナル配列に「作動可能に連結された」コード配列は、シグナルペプチドが宿主細胞によってプロセシングされて、プロセシングされたタンパク質が分泌されるように、コード配列がシグナル配列に結合されている立体配置を指す。プロモータに作動可能に連結されたシグナル配列は、分泌シグナル配列の転写及び翻訳がプロモータ、リボソーム結合部位、及び必要に応じてＳｈｉｎｅ／Ｄａｌｇａｒｎｏ配列によって制御されるようにプロモータに結合されている。
【００３８】
本明細書で使用される場合、「ｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一」は、参照項目（例えば、生物学的配列）と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一を包含する。
【００３９】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド及びこれを含む免疫原性融合タンパク質の場合、本明細書に記載するいずれかの配列変異性は、配列番号６のアミノ酸残基７〜１４（ＥＥＫＫＧＮＹＶ）の外部で起こらなければならない。換言すれば、配列変異性は、配列番号６のアミノ酸残基１〜６（ＰＡＳＲＡＬ）若しくはこれを含む免疫原性融合タンパク質、及び／又は配列番号６のアミノ酸残基１５〜２１（ＶＴＤＨＧＳＣ）若しくはこれを含む免疫原性融合タンパク質に起こり得る。例えば、配列番号６と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列を包含し、配列番号６のアミノ酸残基１〜６又は１５〜２１に変異性が起こる。従って、各ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド及びこれを含む免疫原性融合タンパク質は、配列番号６のアミノ酸残基７〜１４（ＥＥＫＫＧＮＹＶ）を含有し得る。
【００４０】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドは、配列番号６の短い部分を含むように長さを調節することができる。例えば、一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６のアミノ酸残基６〜１８と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーは、配列番号６のアミノ酸残基６〜１４と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。前述したように、これらの短いポリペプチドの変異性は、配列番号６のアミノ酸残基１〜６又は１５〜２１で起こることになる。従って、配列番号６のアミノ酸残基６〜１８と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列の場合、変異性は、配列番号６のアミノ酸残基６又は１５〜１８で起こり得る。配列番号６のアミノ酸残基６〜１４のアミノ酸残基と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列の場合、変異性はアミノ酸残基６で起こり得る。
【００４１】
本開示全体を通して、１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含む免疫原性融合タンパク質、及びその融合タンパク質をコードする核酸が記載される。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、表１に記載するＥＧＦＲｖＩＩＩヌクレオチド配列のいずれか１つによってコードされ得る。従って、本開示全体を通して、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドが「配列番号５（表１の共通配列）と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一」であるというとき、配列番号４２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一；配列番号４３と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一；配列番号４４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一；配列番号４５と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一；及び／又は配列番号４６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一を含むことが意図される。同様に、様々な免疫原性融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、配列番号４２〜４６のいずれか１つを含むことができる。そのため、本明細書に提供される各ＥＧＦＲｖＩＩＩ含有免疫原性融合タンパク質は、核酸分子によってコードすることができ、核酸分子は、配列番号４２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一；配列番号４３と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一；配列番号４４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一；配列番号４５と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一；配列番号４６及び／又は少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００４２】
【表１】
2018512165.tif 000002
【００４３】
免疫原性融合タンパク質
本明細書では、免疫原性融合タンパク質及び前記融合タンパク質をコードする核酸分子が開示される。例示的免疫原性融合タンパク質は、表２及び３に記載されている。表１は、融合タンパク質によって発現される抗原の例示的な組合せを提供する。表３は、様々な融合タンパク質の例示的な発現カセット、細菌株、及びアミノ酸範囲を記載する。
【００４４】
【表２】
2018512165.tif 000003
【００４５】
免疫原性融合タンパク質は、抗原（すなわち、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＳＳＸ２、ＮＫＸ３．１、ＰＡＰ、ＰＳＭＡ）の上記組合せのいずれも含むことができる。本明細書に記載する抗原は、完全長タンパク質配列からのＭＨＣクラスＩエピトープ又はＭＨＣクラスＩＩエピトープである配列を含んでもよい。
【００４６】
ＥＧＦＲは、細胞増殖及び生存に重要な受容体チロシンキナーゼである。ＥＧＦＲ遺伝子は、頭部及び頚部、結腸、膵臓、乳房、卵巣、腎臓癌、並びに悪性神経膠腫などのヒト癌に過剰発現又は突然変異することが多い。ＥＧＦＲ受容体変異型ＩＩＩ（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）は、エキソン２〜７の２６７アミノ酸欠失及びエキソン１とエキソン８との融合によって生じ、結合部に新たなグリシンを有する腫瘍特異的ペプチドを産生する。ＥＧＦＲｖＩＩＩは、構成的リガンド非依存性シグナル伝達を呈示する。一実施形態では、記載されたＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードする配列を含む。同様に、本明細書に記載するＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープを含む。ＥＧＦＲｖＩＩＩ突然変異のＮ末端１０残基の配列は、配列番号６１に示される通り、ＬＥＥＫＫＧＮＹＶＶである。
【００４７】
ＳＳＸ２は、高度に相同性の滑膜肉腫（ＳＳＸ）ブレークポイントタンパク質のファミリーに属する。これらのタンパク質は、転写レプレッサとして機能し得る。ＳＳＸ２遺伝子、並びにＳＳＸ１及びＳＳＸ４ファミリーメンバーも、全ての滑膜肉腫に特徴的に見出されるｔ（Ｘ；１８）（ｐ１１．２；ｑ１１．２）転座に関与していた。この転座により、染色体１８上の滑膜肉腫転座遺伝子と染色体Ｘ上のＳＳＸ遺伝子の１つとの融合が起こる。コードされたハイブリッドタンパク質が恐らく形質転換活性の原因となる。この遺伝子の選択的スプライシングにより、複数の転写変異体が生じる。一実施形態では、記載されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープを含む。同様に、本明細書に記載されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープを含む。ＳＳＸ２配列（Ｓｗｉｓｓ  ＰｒｏｔエントリーＱ１６３８５）は、配列番号６２として示される。
【化１】
2018512165.tif 000004
【００４８】
ＮＫＸ３．１（ＮＫ３ホメオボックス１ポリペプチド）（アクセッション番号Ｑ９９８０１）は、転写因子であり、これは、共通配列５’−ＴＡＡＧＴ［ＡＧ］−３’と優先的に結合して、転写レプレッサとして振る舞うことができる。ＮＫＸ３．１は、腺上皮の増殖を調節して、正常な前立腺発生に、さらには前立腺中の管の形成に重要な役割を果たす。一実施形態では、記載されるＮＫＸ３．１ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードする配列を含む。同様に、本明細書に記載するＮＫＸ３．１ポリペプチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープを含む。ＮＫＸ３．１のヒト規定配列（Ｓｗｉｓｓ  ＰｒｏｔエントリーＱ９９８０１）は、配列番号２９として示される。
【化２】
2018512165.tif 000005
【００４９】
ＰＳＭＡ（前立腺特異的膜抗原）（アクセッション番号Ｑ０４６０９）は、葉酸ヒドロラーゼ及びＮ−アセチル化α−結合酸性ジペプチダーゼ（ＮＡＡＬＡＤａｓｅ）活性の両方を有する。ＰＳＭＡは、トリ−α−グルタミン酸ペプチドを選択する。腸において、ＰＳＭＡは、葉酸塩の取り込みのために必要であり；脳において、ＰＳＭＡは、神経ペプチド、Ｎ−アセチルアスパルチルグルタミン酸（ＮＡＡＧ）の加水分解、これによるグルタミン酸塩の放出によって興奮性神経伝達を調節する。ＰＳＭＡも前立腺腫瘍進行に関与している。一実施形態では、記載されるＰＳＭＡポリヌクレオチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードする配列を含む。同様に、本明細書に記載するＰＳＭＡポリペプチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープを含む。ＰＳＭＡのヒト規定配列（Ｓｗｉｓｓ  ＰｒｏｔエントリーＱ０４６０９）は、配列番号６３として示される。
【化３】
2018512165.tif 000006
【００５０】
ＰＡＰ（前立腺ホスファターゼ）（アクセッション番号Ｐ１５３０９）は、酸性条件（ｐＨ４〜６）下でアルキル、アリール、及びアシルオルトリン酸モノエステル並びにリン酸化タンパク質などの様々な数の基質を脱リン酸化する非特異的チロシンホスファターゼである。ＰＡＰは、脂質ホスファターゼ活性を有し、精漿中のリゾホスファチジン酸を不活性化する。一実施形態では、記載されるＰＡＰポリヌクレオチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープをコードする配列を含む。同様に、本明細書に記載するＰＡＰポリペプチドは、少なくとも１つのＭＨＣクラスＩエピトープ又は少なくとも１つのＭＨＣクラスＩＩエピトープを含む。ＰＡＰのヒト規定配列（Ｓｗｉｓｓ  ＰｒｏｔエントリーＰ１５３０９）は、配列番号６４として示される。
【化４】
2018512165.tif 000007
【００５１】
予測アルゴリズム「ＢＩＭＡＳ」は、ペプチド／ＨＬＡ複合体の予測半減期解離に従って潜在的ＨＬＡ結合エピトープを等級付けする。「ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ」アルゴリズムは、一次及び二次ＨＬＡ結合アンカー残基の存在を明らかにするスコアに従ってペプチドを等級付けする。いずれのコンピュータ化アルゴリズムも、以前公開されたＨＬＡ結合エピトープと類似する結合モチーフを有する所与のタンパク質内のアミノ酸配列に基づいて候補エピトープをスコアリングする。また、他のアルゴリズムを用いて別の生物学的試験のための候補を見出すこともできる。
【００５２】
【表３】
2018512165.tif 000008
【００５３】
ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質
本明細書では、上皮増殖因子受容体変異型ＩＩＩ（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）ポリペプチドと、滑膜肉腫、Ｘブレークポイント２（ＳＳＸ２）ポリペプチドとを含む融合タンパク質が開示される。
【００５４】
融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーを含み得る。一部の実施形態では、融合タンパク質は、１つのＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含み得る。他の実施形態では、融合タンパク質は、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含み得る。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの好適なコピー数として、限定はしないが、２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーが挙げられる。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、１つのＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１と称する）を含み得る。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＳＳＸ２融合タンパク質を含み得る。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２と称する）を含み得る。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＳＳＸ２融合タンパク質を含み得る。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの３つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３と称する）を含み得る。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＳＳＸ２融合タンパク質を含み得る。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの４つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４と称する）を含み得る。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＳＳＸ２融合タンパク質を含み得る。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５と称する）を含み得る。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２融合タンパク質を含み得る。
【００５５】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーの各々は、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列を含み得る。一部の態様では、例えば、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。他の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーを含んでよく、各コピーは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６である。ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５の例示的なアミノ酸配列は、配列番号８に示されている。
【００５６】
一部の態様では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーの各々は、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーの各々は、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列から実質的になり得る。
【００５７】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーは、配列番号６のアミノ酸残基６〜１８と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーは、配列番号６のアミノ酸残基６〜１４と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。
【００５８】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドのＮ末端、Ｃ末端、又はＮ末端及びＣ末端の両方で１つ又は複数の切断配列によってフランキングされ得る。切断配列は、対象に存在するプロテアーゼによってプロセシングされるように立体配置されている。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドがＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つ以上のコピーを含む場合、切断配列は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの個々のコピー間に存在してよい。例えば、限定はしないが、配列番号８は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピー（配列番号６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの各コピー）と、切断配列（ＡＳＫＶＬ／ＡＤＧＳＶＫＴＳ（配列番号５４）、ＡＳＫＶＡ／ＧＤＧＳＩＫ（配列番号５５）、ＬＳＫＶＬ／ＡＤＧＳＶＫ（配列番号５６）、ＡＳＫＶＡ／ＧＤＧＳＩＫ（配列番号５７）、及びＬＳＫＶＬ／ＡＤＧＳＶＫ（配列番号５８）；ここで、「／」は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを表す）とを含む。これらの切断配列は、本来、例示的なものに過ぎない。好適な切断配列は、米国特許出願第１３／９８８，０７６号明細書（米国特許出願公開第２０１４／０３７６６２号明細書）；Ｔｏｅｓ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．（２００１）１９４：１−１２；Ｌａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．（２００８）７６：３７４２−５３；及びＳｉｎｎａｔｈａｍｂｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．（２００９）３２：８５６−６９に記載されており、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【００５９】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＳＳＸ２ポリペプチドのＮ末端又はＣ末端と融合させることができる。好ましくは、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＳＳＸ２ポリペプチドのＮ末端と融合させることができる。
【００６０】
好適なＳＳＸ２ポリペプチドとしては、ＳＳＸ２のアミノ酸１〜２３４（「ＳＳＸ２」又は「ＳＳＸ２１〜２３４」）及びＳＳＸ２のアミノ酸２〜２３４（「ＳＳＸ２２〜２３４」）がある。一部の実施形態では、ＳＳＸ２ポリペプチドは、配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、同アミノ酸配列からなるか、又は同アミノ酸配列から実質的になり得る。一部の態様では、ＳＳＸ２ポリペプチドは、配列番号１０である。一部の実施形態では、ＳＳＸ２ポリペプチドは、配列番号１０のアミノ酸残基２〜２３４に示されるＳＳＸ２２〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。
【００６１】
融合タンパク質は、１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド（ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む）、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含み得る。一部の実施形態では、融合タンパク質は、１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド（ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む）、及び配列番号１０のアミノ酸残基２〜２３４に示されるＳＳＸ２２〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含み得る。
【００６２】
融合タンパク質は、配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５として示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。
【００６３】
開示される融合タンパク質は、シグナル配列をさらに含んでもよく、シグナル配列は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド及びＳＳＸ２ポリペプチドと共に翻訳リーディングフレーム内にある。好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号６０に示される）、ＡｃｔＡＮ１００＊（配列番号２に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４９に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５１に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５３に示される）が挙げられる。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号６０に示されるＡｃｔＡＮ１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。従って、一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号４に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。
【００６４】
開示される融合タンパク質は、本明細書の他の箇所に開示する通り、いくつかの好適な宿主細胞に発現させることができる。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、細菌、例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）又はその遺伝子修飾形態に発現させることができる。
【００６５】
また、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードする核酸分子も開示される。開示される核酸分子は、本明細書に開示するＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質のいずれかをコードすることができる。
【００６６】
核酸分子は、１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードすることができる。一部の実施形態では、核酸分子は、１つのＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードすることができる。他の実施形態では、核酸分子は、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードすることができる。開示される核酸分子によってコードされるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの好適な数は、限定はしないが、２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーが挙げられる。一部の実施形態では、核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５）を含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードすることができる。各ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号５と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を有するＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドによってコードすることができる。ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドの例示的な核酸配列は、配列番号７に示される。従って、開示される核酸分子は、１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含み、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。例えば、核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードすることができ、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００６７】
開示される核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードすることができ、ＳＳＸ２ポリペプチドは、配列番号９に示されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００６８】
一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一の１つ又は複数のポリヌクレオチド、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００６９】
核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードすることができる。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００７０】
核酸分子は、プロモータ、シグナル配列、又はその両方をさらに含んでもよく、プロモータ、シグナル配列、又はその両方は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及びＳＳＸ２ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と作動可能に連結されている。好適なプロモータとして、例えば、ａｃｔＡ（配列番号２１に示される）又はｈｌｙ（配列番号４７に示される）が挙げられる。プロモータは、例えば、配列番号２１に示されるａｃｔＡプロモータと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでもよい。好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号５９に示される）、ＡｃｔＡＮ１００＊（配列番号１に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４８に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５０に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５２に示される）が挙げられる。シグナル配列は、例えば、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでもよい。従って、一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号３に示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、同ポリヌクレオチドからなるか、又は同ポリヌクレオチドから実質的になる。
【００７１】
核酸分子は、限定はしないが、制限エンドヌクレアーゼ切断部位（クローニングリンカー）をはじめとする別の核酸配列をさらに含んでもよい。いくつかの好適な制限エンドヌクレアーゼを用いて核酸分子を生成することができ、この場合、最終核酸分子中にエンドヌクレアーゼ切断部位が残留してもよい。
【００７２】
核酸分子に含まれ得る別の核酸配列は、個別のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドとフランキングする「切断配列」（他の箇所で定義する通り）を含む。
【００７３】
核酸分子は発現カセットの一部であってよい。発現カセットは、プロモータ、開示の核酸分子を含むオープンリーディングフレーム、及び３’非翻訳領域を含んでよい。宿主細胞の機構に指令して開示の融合タンパク質を産生させるために発現カセットを使用することができる。
【００７４】
さらに、開示の核酸分子を含むベクターも提供される。好適なベクターとして、例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡベクター、及びネイキッドＲＮＡベクターが挙げられる。
【００７５】
ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質
本明細書では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと、前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）ポリペプチドとを含む融合タンパク質が開示される。
【００７６】
融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーを含み得る。一部の実施形態では、融合タンパク質は、１つのＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含み得る。他の実施形態では、融合タンパク質は、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含み得る。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの好適なコピー数として、限定はしないが、２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーが挙げられる。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、１つのＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１と称する）を含んでよい。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ融合タンパク質を含んでよい。一部の態様では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２と称する）を含んでよい。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ融合タンパク質を含んでよい。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの３つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３と称する）を含んでよい。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ融合タンパク質を含んでよい。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの４つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４と称する）を含んでよい。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ融合タンパク質を含んでよい。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５と称する）を含んでよい。このように、一部の態様では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ融合タンパク質を含んでよい。
【００７７】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーの各々は、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、例えば、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。他の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーを含んでよく、各コピーは、配列番号６と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を有する。ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５の例示的なアミノ酸配列は、配列番号８に示されている。
【００７８】
一部の態様では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーの各々は、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列からなり得る。一部の態様では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーの各々は、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列から実質的になり得る。
【００７９】
一部の態様では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーは、配列番号６のアミノ酸残基６〜１８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、同アミノ酸配列からなるか、又は同アミノ酸配列から実質的になり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーは、配列番号６のアミノ酸残基６〜１４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、同アミノ酸配列からなるか、又は同アミノ酸配列から実質的になり得る。
【００８０】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドのＮ末端、Ｃ末端、又はＮ末端及びＣ末端の両方で１つ又は複数の切断配列によってフランキングされていてもよい。切断配列は、対象に存在するプロテアーゼによってプロセシングされるように立体配置されている。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドがＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つ以上のコピーを含む場合、切断配列は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの個々のコピー間に存在してよい。例えば、限定はしないが、配列番号８は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピー（配列番号６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの各コピー）と、切断配列（ＡＳＫＶＬ／ＡＤＧＳＶＫＴＳ（配列番号５４）、ＡＳＫＶＡ／ＧＤＧＳＩＫ（配列番号５５）、ＬＳＫＶＬ／ＡＤＧＳＶＫ（配列番号５６）、ＡＳＫＶＡ／ＧＤＧＳＩＫ（配列番号５７）、及びＬＳＫＶＬ／ＡＤＧＳＶＫ（配列番号５８）；ここで、「／」は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを表す）とを含む。これらの切断配列は、本来、例示的なものに過ぎない。好適な切断配列は、米国特許出願第１３／９８８，０７６号明細書（米国特許出願公開第２０１４／０３７６６２号明細書）；Ｔｏｅｓ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．（２００１）１９４：１−１２；Ｌａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．（２００８）７６：３７４２−５３；及びＳｉｎｎａｔｈａｍｂｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．（２００９）３２：８５６−６９に記載されており、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【００８１】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＰＡＰポリペプチドのＮ末端又はＣ末端と融合させることができる。好ましくは、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＰＡＰポリペプチドのＮ末端と融合させることができる。
【００８２】
好適なＰＡＰポリペプチドは、ＰＡＰのアミノ酸３３〜３８６（「ＰＡＰ３３〜３８６」）を含む。このように、一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列から実質的になり得る。
【００８３】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリペプチドを含んでよい。例えば、融合タンパク質は、配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である２つのポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリペプチドを含んでよい。例えば、融合タンパク質は、配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である３つのポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリペプチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリペプチドを含んでよい。例えば、融合タンパク質は、配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である４つのポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリペプチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリペプチドを含んでよい。例えば、融合タンパク質は、配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である５つのポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリペプチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリペプチドを含んでよい。例えば、融合タンパク質は、配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。
【００８４】
開示される融合タンパク質は、シグナル配列をさらに含み、シグナル配列は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド及びＰＡＰポリペプチドと共に翻訳リーディングフレーム内にある。好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号６０に示される）、ＡｃｔＡＮ１００＊（配列番号２に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４９に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５１に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５３に示される）が挙げられる。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号６０に示されるＡｃｔＡＮ１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。従って、一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号３５に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号３７に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号３９に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号４１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号１２に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。
【００８５】
開示される融合タンパク質は、本明細書の他の箇所に開示する通り、いくつかの好適な宿主細胞に発現させることができる。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、細菌、例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）又はその遺伝子修飾形態に発現させることができる。
【００８６】
また、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子も開示される。開示される核酸分子は、本明細書に開示するＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質のいずれかをコードすることができる。
【００８７】
核酸分子は、１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードすることができる。一部の実施形態では、核酸分子は、１つのＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードすることができる。他の実施形態では、核酸分子は、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードすることができる。開示の核酸分子によってコードされるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの好適な数として、限定はしないが、２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーが挙げられる。一部の実施形態では、核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１）、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２）、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの３つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３）、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの４つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４）、又はＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５）を含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードすることができる。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドの例示的な核酸配列は、配列番号５に示され、また、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドの例示的な核酸配列は、配列番号７に示される。従って、開示される核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードすることができ、融合タンパク質は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１、２、３、４、又は５つのコピーを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、開示の核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードすることができ、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００８８】
開示される核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードすることができ、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００８９】
一部の実施形態では、核酸分子は、各々が配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である、１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【００９０】
核酸分子は、プロモータ、シグナル配列、又はその両方をさらに含んでもよく、プロモータ、シグナル配列、又はその両方は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及びＰＡＰポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と作動可能に連結されている。好適なプロモータとして、例えば、ａｃｔＡ（配列番号２１に示される）又はｈｌｙ（配列番号４７に示される）が挙げられる。プロモータは、例えば、配列番号２１に示されるａｃｔＡプロモータと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでもよい。好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号５９に示される）、ＡｃｔＡＮ１００＊（配列番号１に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４８に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５０に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５２に示される）が挙げられる。シグナル配列は、例えば、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでもよい。従って、一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号３４に示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号３６に示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号３８に示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号４０に示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号１１に示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。
【００９１】
核酸分子は、限定はしないが、制限エンドヌクレアーゼ切断部位（クローニングリンカー）及び「切断配列」（他の箇所で定義する通り）をはじめとする別の核酸配列をさらに含んでもよい。
【００９２】
核酸分子は発現カセットの一部であってよい。発現カセットは、プロモータ、開示の核酸分子を含むオープンリーディングフレーム、及び３’非翻訳領域を含んでよい。宿主細胞の機構に指令して開示の融合タンパク質を産生させるために発現カセットを使用することができる。
【００９３】
さらに、開示の核酸分子を含むベクターも提供される。好適なベクターとして、例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡベクター、及びネイキッドＲＮＡベクターが挙げられる。
【００９４】
ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質
本明細書では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、ＮＫ３ホメオボックス１（ＮＫＸ３．１）ポリペプチド、及び前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）ポリペプチドを含む融合タンパク質が開示される。
【００９５】
融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーを含み得る。一部の実施形態では、融合タンパク質は、１つのＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含み得る。他の実施形態では、融合タンパク質は、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含み得る。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの好適なコピー数として、限定はしないが、２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーが挙げられる。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、１つのＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１と称する）を含んでよい。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２と称する）を含んでよい。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの３つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３と称する）を含んでよい。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの４つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４と称する）を含んでよい。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５と称する）を含んでよい。
【００９６】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーの各々は、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、例えば、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。他の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーを含んでよく、各コピーは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を有する。ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５の例示的なアミノ酸配列は、配列番号８に示されている。
【００９７】
一部の態様では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーの各々は、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーの各々は、配列番号６と少なくとも９０％同一、９１％同一、９２％同一、９３％同一、９４％同一、９５％同一、９６％同一、９７％同一、９８％同一、９９％同一、又は１００％同一であるアミノ酸配列から実質的になり得る。
【００９８】
一部の態様では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーは、配列番号６のアミノ酸残基６〜１８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの１つ又は複数のコピーは、配列番号６のアミノ酸残基６〜１４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、同アミノ酸配列からなるか、又は同アミノ酸配列から実質的になり得る。
【００９９】
ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドのＮ末端、Ｃ末端、又はＮ末端及びＣ末端の両方で１つ又は複数の切断配列によってフランキングされ得る。切断配列は、対象に存在するプロテアーゼによってプロセシングされるように立体配置されている。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドが、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つ以上のコピーを含む場合、切断配列は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの個々のコピー間に存在してよい。例えば、限定はしないが、配列番号８は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピー（配列番号６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの各コピー）と、切断配列（ＡＳＫＶＬ／ＡＤＧＳＶＫＴＳ（配列番号５４）、ＡＳＫＶＡ／ＧＤＧＳＩＫ（配列番号５５）、ＬＳＫＶＬ／ＡＤＧＳＶＫ（配列番号５６）、ＡＳＫＶＡ／ＧＤＧＳＩＫ（配列番号５７）、及びＬＳＫＶＬ／ＡＤＧＳＶＫ（配列番号５８）；ここで、「／」は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを表す）とを含む。これらの切断配列は、本来、例示的なものに過ぎない。好適な切断配列は、米国特許出願第１３／９８８，０７６号明細書（米国特許出願公開第２０１４／０３７６６２号明細書）；Ｔｏｅｓ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．（２００１）１９４：１−１２；Ｌａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．（２００８）７６：３７４２−５３；及びＳｉｎｎａｔｈａｍｂｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．（２００９）３２：８５６−６９に記載されており、これらの各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０１００】
好ましくは、融合タンパク質は、ＮＫＸ３．１ポリペプチドのＮ末端と融合したＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと、ＰＳＭＡポリペプチドのＮ末端と融合したＮＫＸ３．１ポリペプチドとを含んでもよい。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、ＮＫＸ３．１ポリペプチド、及びＰＳＭＡポリペプチドの他の順序も好適である。例えば、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＳＭＡ−ＮＫＸ１；ＰＳＭＡ−ＮＫＸ−ＥＧＦＲｖＩＩＩ；ＰＳＭＡ−ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ１；及びＮＫＸ１−ＰＳＭＡ−ＥＧＦＲｖＩＩＩ融合タンパク質が好適である。
【０１０１】
好適なＮＫＸ３．１ポリペプチドは、ＮＫＸ３．１のアミノ酸１１〜２３４（「ＮＫＸ３．１１１〜２３４」）を含む。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列から実質的になり得る。
【０１０２】
ＮＫＸ３．１１１〜２３４ポリペプチドは、アルギニン（Ｒ）からグリシン（Ｇ）への突然変異をアミノ酸４１に有してもよい（「ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）」）。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列から実質的になり得る。
【０１０３】
好適なＰＳＭＡポリペプチドは、ＰＳＭＡのアミノ酸１〜２０及び４４〜７５０（ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜７５０）又はＰＳＭＡのアミノ酸１〜２０、４４〜１３８、及び１６９〜７５０（ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０）を含む。好ましくは、ＰＳＭＡポリペプチドは、配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、ＰＳＭＡポリペプチドは、配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＰＳＭＡポリペプチドは、配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列から実質的になり得る。
【０１０４】
ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチド；
ｂ）配列番号８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチド；又は
ｃ）配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列
を含み得る。
【０１０５】
ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を有する１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチド；
ｂ）配列番号８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を有するＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチド；又は
ｃ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列
を含み得る。
【０１０６】
開示される融合タンパク質は、シグナル配列をさらに含んでもよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、シグナル配列をさらに含んでもよく、シグナル配列は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、ＮＫＸ３．１ポリペプチド、及びＰＳＭＡポリペプチドと共に翻訳リーディングフレーム内にある。好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号６０に示される）、ＡｃｔＡＮ１００＊（配列番号２に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４９に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５１に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５３に示される）が挙げられる。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号６０に示されるＡｃｔＡＮ１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。従って、一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質は、配列番号２３に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質は、配列番号１６に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。
【０１０７】
開示される融合タンパク質は、本明細書の他の箇所に開示する通り、いくつかの好適な宿主細胞に発現させることができる。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、細菌、例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）又はその遺伝子修飾形態に発現させることができる。
【０１０８】
また、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードする核酸分子も開示される。開示される核酸分子は、本明細書に開示するＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質のいずれかをコードすることができる。
【０１０９】
核酸分子は、１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードすることができる。一部の実施形態では、核酸分子は、１つのＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードすることができる。他の実施形態では、核酸分子は、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードすることができる。開示の核酸分子によってコードされるＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの好適な数として、限定はしないが、２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーが挙げられる。一部の実施形態では、核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピー（ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５）を含むＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードすることができる。ＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドの例示的な核酸配列は、配列番号５に示されており、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドの例示的な核酸配列は、配列番号７に示される。従って、開示される核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードすることができ、融合タンパク質は、各々が配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。開示される核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードすることができ、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１１０】
開示される核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードすることができ、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２４に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。或いは、開示される核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードすることができ、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号１７に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１１１】
開示される核酸分子は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードすることができ、ＰＳＭＡポリペプチドは、配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１１２】
ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質をコードする核酸分子は、
ａ）配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、配列番号２４に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド；又は
ｂ）配列番号７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、配列番号２４に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド
を含むか、これらからなるか、又はこれらから実質的になり得る。
【０１１３】
一部の態様では、上に列記した核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１１４】
ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質をコードする核酸分子は、
ａ）配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、配列番号１７に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド；又は
ｂ）配列番号７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、配列番号１７に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド
を含むか、これらからなるか、又はこれらから実質的になり得る。
【０１１５】
一部の態様では、上に列記した核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１１６】
核酸分子は、プロモータ、シグナル配列、又はその両方をさらに含んでもよく、プロモータ、シグナル配列、又はその両方は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、ＮＫＸ３．１ポリペプチド、及びＰＳＭＡポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と作動可能に連結されている。好適なプロモータとして、例えば、ａｃｔＡ（配列番号２１に示される）又はｈｌｙ（配列番号４７に示される）が挙げられる。プロモータは、例えば、配列番号２１に示されるａｃｔＡプロモータと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでもよい。好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号５９に示される）、ＡｃｔＡＮ１００＊（配列番号１に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４８に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５０に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５２に示される）が挙げられる。シグナル配列は、例えば、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでもよい。従って、一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号２２として示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。他の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１−ＰＳＭＡ融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号１５として示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。
【０１１７】
核酸分子は、限定はしないが、制限エンドヌクレアーゼ切断部位（クローニングリンカー）及び「切断配列」（他の箇所で定義する通り）をはじめとする別の核酸配列をさらに含んでもよい。
【０１１８】
核酸分子は発現カセットの一部であってよい。発現カセットは、プロモータ、開示の核酸分子を含むオープンリーディングフレーム、及び３’非翻訳領域を含んでよい。宿主細胞の機構に指令して開示の融合タンパク質を産生させるために発現カセットを使用することができる。
【０１１９】
さらに、開示の核酸分子を含むベクターも提供される。好適なベクターとして、例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡベクター、及びネイキッドＲＮＡベクターが挙げられる。
【０１２０】
ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ融合タンパク質
本明細書では、ＮＫ３ホメオボックス１（ＮＫＸ３．１）ポリペプチドと、ＰＡＰポリペプチドとを含む融合タンパク質が開示される。
【０１２１】
好適なＮＫＸ３．１ポリペプチドとしては、完全長ＮＫＸ３．１（ＮＫＸ３．１のアミノ酸残基１〜２３４、「ＮＫＸ３．１」）がある。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列から実質的になり得る。
【０１２２】
好適なＰＡＰポリペプチドとしては、ＰＡＰのアミノ酸３３〜３８６（「ＰＡＰ３３〜３８６」）がある。このように、一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸を含み得る。一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列から実質的になり得る。
【０１２３】
ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、ＰＡＰポリペプチドのＮ末端又はＣ末端に融合させることができる。好ましくは、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、ＰＡＰポリペプチドのＮ末端に融合させることができる。
【０１２４】
融合タンパク質は、配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含むか、これらからなるか、又はこれらから実質的になり得る。
【０１２５】
融合タンパク質は、配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。
【０１２６】
開示される融合タンパク質は、シグナル配列をさらに含んでもよい。一部の実施形態では、融合タンパク質は、シグナル配列をさらに含んでもよく、シグナル配列は、ＮＫＸ３．１ポリペプチド及びＰＡＰポリペプチドと共に翻訳リーディングフレーム内にある。好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号６０に示される）、ＡｃｔＡＮ１００＊（配列番号２に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４９に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５１に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５３に示される）が挙げられる。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号６０に示されるＡｃｔＡＮ１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。従って、一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号２７に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。
【０１２７】
開示される融合タンパク質は、本明細書の他の箇所に開示する通り、いくつかの好適な宿主細胞に発現させることができる。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、細菌、例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）又はその遺伝子修飾形態に発現させることができる。
【０１２８】
また、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子も開示される。開示される核酸分子は、本明細書に開示するＮＫＸ３．１−ＰＡＰ融合タンパク質のいずれかをコードすることができる。
【０１２９】
開示される核酸分子は、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ融合タンパク質をコードすることができ、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２８に示されるＮＫＸ３．１ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１３０】
開示される核酸分子は、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ融合タンパク質をコードすることができ、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドによってコードされる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１３１】
核酸分子は、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質をコードすることができる。一部の実施形態では、例えば、核酸分子は、配列番号２８に示されるＮＫＸ３．１ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含み得る。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１３２】
核酸分子は、プロモータ、シグナル配列、又はその両方をさらに含んでもよく、プロモータ、シグナル配列、又はその両方は、ＮＫＸ３．１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及びＰＡＰポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と作動可能に連結されている。好適なプロモータとして、例えば、ａｃｔＡ（配列番号２１に示される）又はｈｌｙ（配列番号４７に示される）が挙げられる。プロモータは、例えば、配列番号２１に示されるａｃｔＡプロモータと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでもよい。好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号５９に示される）、ＡｃｔＡＮ１００＊（配列番号１に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４８に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５０に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５２に示される）が挙げられる。シグナル配列は、例えば、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでもよい。従って、一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号２６に示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。
【０１３３】
核酸分子は、限定はしないが、制限エンドヌクレアーゼ切断部位（クローニングリンカー）をはじめとする別の核酸配列をさらに含んでもよい。
【０１３４】
核酸分子は発現カセットの一部であってよい。発現カセットは、プロモータ、開示の核酸分子を含むオープンリーディングフレーム、及び３’非翻訳領域を含んでよい。宿主細胞の機構に指令して開示の融合タンパク質を産生させるために発現カセットを使用することができる。
【０１３５】
さらに、開示の核酸分子を含むベクターも提供される。好適なベクターとして、例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡベクター、及びネイキッドＲＮＡベクターが挙げられる。
【０１３６】
ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質
本明細書では、ＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチドとＳＳＸ２ポリペプチドを含む融合タンパク質が開示される。
【０１３７】
好適なＳＳＸ２ポリペプチドとしては、ＳＳＸ２のアミノ酸１〜２３４（「ＳＳＸ２」又は「ＳＳＸ２１〜２３４」）及びＳＳＸ２のアミノ酸２〜２３４（「ＳＳＸ２２〜２３４」）がある。一部の実施形態では、ＳＳＸ２ポリペプチドは、配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、ＳＳＸ２ポリペプチドは、配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＳＳＸ２ポリペプチドは、配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列から実質的になり得る。
【０１３８】
ＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチドは、配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。
【０１３９】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含み得る。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号３１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。
【０１４０】
他の好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号６０に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４９に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５１に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５３に示される）が挙げられる。
【０１４１】
開示される融合タンパク質は、本明細書の他の箇所に開示する通り、いくつかの好適な宿主細胞に発現させることができる。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、細菌、例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）又はその遺伝子修飾形態に発現させることができる。
【０１４２】
また、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードする核酸分子も開示される。一部の実施形態では、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のＡｃｔＡＮ１００＊ポリヌクレオチド、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のＳＳＸ２ポリヌクレオチドを含むか、これらからなるか、又はこれらから実質的になり得る。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号３０に示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。
【０１４３】
他の好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号５９に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４８に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５０に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５２に示される）が挙げられる。
【０１４４】
核酸分子は、限定はしないが、制限エンドヌクレアーゼ切断部位（クローニングリンカー）をはじめとする別の核酸配列をさらに含んでもよい。核酸分子は、いくつかの好適な制限エンドヌクレアーゼを用いて生成することができ、エンドヌクレアーゼ切断部位が最終核酸分子内に残ってもよい。
【０１４５】
核酸分子は発現カセットの一部であってよい。発現カセットは、プロモータ、開示の核酸分子を含むオープンリーディングフレーム、及び３’非翻訳領域を含んでよい。宿主細胞の機構に指令して開示の融合タンパク質を産生させるために発現カセットを使用することができる。
【０１４６】
さらに、開示の核酸分子を含むベクターも提供される。好適なベクターとして、例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡベクター、及びネイキッドＲＮＡベクターが挙げられる。
【０１４７】
ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ融合タンパク質
本明細書では、ＡｃｔＡＮ１００ポリペプチドとＰＡＰポリペプチドを含む融合タンパク質が開示される。
【０１４８】
好適なＰＡＰポリペプチドとしては、ＰＡＰのアミノ酸３０〜３８６（「ＰＡＰ３０〜３８６」）がある。一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列からなり得る。一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列から実質的になり得る。
【０１４９】
好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号６０に示される）、ＡｃｔＡＮ１００＊（配列番号２に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４９に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５１に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５３に示される）が挙げられる。一部の実施形態では、ＡｃｔＡＮ１００ポリペプチドは、配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。他の実施形態では、ＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチドは、配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。
【０１５０】
ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ融合タンパク質は、ＳＬ８ポリペプチドをさらに含んでもよい。ＳＬ８ポリペプチドは、Ｔ細胞エピトープタグ（ニワトリオボアルブミン（ＯＶＡ２５７−２６４）由来の「ＳＩＩＮＦＥＫＬ」）であり、これを用いて、例えば、ウエスタンブロットによる結合抗原の検出に役立てることができる。ＳＬ８は、Ｃ５７／ＢＬ６マウスに関連するクラスＩ  ＭＨＣ分子、Ｈ−２Ｋｂによって提示されるクラスＩ（Ｋｂ）制限ペプチドエピトープである。
【０１５１】
一部の実施形態では、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ融合タンパク質は、配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含むか、これらからなるか、又はこれらから実質的になり得る。一部の実施形態では、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ融合タンパク質は、配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含むか、これらからなるか、又はこれらから実質的になり得る。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号３３のアミノ酸残基１〜４５９に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号３３に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むか、これらからなるか、又はこれから実質的になり得る。
【０１５２】
開示される融合タンパク質は、本明細書の他の箇所に開示する通り、いくつかの好適な宿主細胞に発現させることができる。一部の実施形態では、例えば、融合タンパク質は、細菌、例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）又はその遺伝子修飾形態に発現させることができる。
【０１５３】
また、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子も開示される。一部の実施形態では、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ融合タンパク質をコードする核酸分子は、配列番号３２に示されるａｃｔＡ−ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含むか、これからなるか、又はこれから実質的になり得る。一部の実施形態では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１５４】
好適なシグナル配列として、例えば、ＡｃｔＡＮ１００（配列番号５９に示される）、ＬＬＯ４４１（配列番号４８に示される）、ＬＬＯ４４１ΔＰＥＳＴ（配列番号５０に示される）、及びＬＬＯ４４１Δ２６（配列番号５２に示される）が挙げられる。
【０１５５】
核酸分子は、限定はしないが、制限エンドヌクレアーゼ切断部位（クローニングリンカー）をはじめとする別の核酸配列をさらに含んでもよい。核酸分子は、いくつかの好適な制限エンドヌクレアーゼを用いて生成することができ、エンドヌクレアーゼ切断部位は、最終核酸分子内に残ってもよい。
【０１５６】
核酸分子は発現カセットの一部であってよい。発現カセットは、プロモータ、開示の核酸分子を含むオープンリーディングフレーム、及び３’非翻訳領域を含んでよい。宿主細胞の機構に指令して開示の融合タンパク質を産生させるために発現カセットを使用することができる。
【０１５７】
さらに、開示の核酸分子を含むベクターも提供される。好適なベクターとして、例えば、細菌ベクター、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡベクター、及びネイキッドＲＮＡベクターが挙げられる。
【０１５８】
免疫原性ポリペプチドをコードする核酸分子を含む宿主細胞
開示される核酸分子のいずれかを含む宿主細胞も提供される。さらに、開示の核酸分子のいずれかによってコードされる融合タンパク質を発現する宿主細胞も開示される。
【０１５９】
好適な宿主細胞として、例えば、細菌が挙げられる。宿主細胞は、弱毒化、片利共生、及び／又は死滅しているが、代謝的に活性であってよい。例示的な実施形態では、宿主細胞は、弱毒化、片利共生、及び／又は死滅しているが、代謝的に活性の細菌であってよい。好適な細菌として、限定はしないが、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、フレキシナ赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、エルシニア・エンテロコリチカ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、腸チフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ）若しくはマイコバクテリウム属（ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種、又はこれらの修飾形態が挙げられる。一部の実施形態では、例えば、宿主細胞は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）又はその修飾形態であってよい。修飾としては、突然変異、改変、及びその他の遺伝子変化／変異、並びに熱処理又は化学修飾が挙げられ、これらにより対象に対する宿主細胞の毒性を軽減する。例えば、対象における細胞との結合を低減するか、１細胞から別の細胞への広がりを低減するか、対象における細胞外増殖を低減するか、又は対象における細胞内増殖を低減するために細菌を修飾することができる。
【０１６０】
宿主細胞として好適な細菌株は、米国特許出願第１３／９８８，０７６号明細書（米国特許出願公開第２０１４／０３７６６２号明細書）に記載されているものがあり、この文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。例えば、宿主細胞は、ａｃｔＡ及び／又はｉｎｌＢに弱毒変異、並びに好ましくはａｃｔＡ及びｉｎｌＢの全部又は一部の欠失（本明細書では「Ｌｍ  ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ」と称する）を含むように遺伝子修飾され、且つ免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含有する、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌ．ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）の弱毒生株であってよい。一部の実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ａｃｔＡ欠失（ΔａｃｔＡ）突然変異体、ａｃｔＡ挿入突然変異体、ｉｎｌＢ欠失（ΔｉｎｌＢ）突然変異体、ｉｎｌＢ挿入突然変異体、又はこれらの組み合わせであってよい。例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体であってよい。
【０１６１】
宿主細胞は、開示される核酸分子の１つ又は複数を含むことができる。１つ又は複数の核酸分子を宿主細胞に組み込むことができる。このような宿主細胞は、宿主細胞発現配列の制御下にあるため、真核生物の転写又は翻訳エレメントを必要としない核酸を含有することができる。核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座又はｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の実施形態では、核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができる。一部の実施形態では、核酸分子は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができる。一部の実施形態では、核酸分子は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。表４は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む宿主細胞の例示的なリストを示し、ここで、核酸分子は、宿主細胞ゲノムに組み込まれている。以下のリストは、例示を意図するに過ぎない。
【０１６２】
【表４】
2018512165.tif 000009
【０１６３】
反対に、宿主細胞は、核酸分子が宿主細胞内において染色体外にある免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含んでもよい。例えば、免疫原性融合タンパク質をコードする開示の核酸分子の１つ又は複数を宿主細胞内のエピソームプラスミド上の発現カセットに挿入することができる。
【０１６４】
一部の実施形態では、宿主細胞は、開示される核酸分子の１つ又は複数を含んでよく、核酸分子は、
ａ）配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド；
ｂ）配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド；
ｃ）配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、配列番号２４に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド；
ｄ）配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、配列番号１７に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド；
ｅ）配列番号２８に示されるＮＫＸ３．１ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド；
ｆ）配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるＡｃｔＡＮ１００＊ポリヌクレオチド、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるＳＳＸ２ポリヌクレオチド；
ｇ）配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３３〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド；又は
ｈ）これらの任意の組合せ
を含み、
ｉ）核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座若しくはｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれるか、又は核酸分子は、宿主細胞内のエピソームプラスミド上の発現カセットに挿入される。
【０１６５】
一部の態様では、ａ）〜ｈ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１６６】
本明細書の他の箇所に開示されている通り、開示される免疫原性融合タンパク質及びこれをコードする核酸分子は、１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含むことができる。このように、「配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー」には、限定はしないが、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれを超えるコピーを含む免疫原性融合タンパク質、及びこれをコードする核酸分子が含まれる。
【０１６７】
一部の実施形態では、宿主細胞は、１つ又は複数の核酸分子を含んでよく、前記核酸分子は、
ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｄ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｅ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｆ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｇ）配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３３〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列；
ｈ）配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｉ）配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｊ）配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｋ）配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｌ）これらの任意の組合せ
を含み、
ｍ）核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座若しくはｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれるか、又は核酸分子は、宿主細胞内のエピソームプラスミド上の発現カセットに挿入される。
【０１６８】
一部の態様では、ａ）〜ｌ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１６９】
宿主細胞は、（ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子はプロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子はプロモータに作動可能に連結されている。
【０１７０】
宿主細胞は、（ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｃ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子はプロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子はプロモータに作動可能に連結されている。
【０１７１】
宿主細胞は、（ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｂ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子はプロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子はプロモータに作動可能に連結されている。
【０１７２】
宿主細胞は、（ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｂ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子はプロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子はプロモータに作動可能に連結されている。
【０１７３】
宿主細胞は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；又は
ｇ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質
をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよく、
核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座若しくはｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれるか、又は核酸分子は、宿主細胞内のエピソームプラスミド上の発現カセットに挿入される。
【０１７４】
一部の態様では、ａ）〜ｇ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１７５】
宿主細胞は、
配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；又は
配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質
を含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現することができる。
【０１７６】
宿主細胞は、
ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｃ）配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｄ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｅ）配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｆ）配列番号３１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜４５９に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｈ）配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｉ）配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｊ）配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｋ）配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；又は
ｌ）これらの任意の組合せ
をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよく、
ｍ）核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座若しくはｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれるか、又は核酸分子は、宿主細胞内のエピソームプラスミド上の発現カセットに挿入される。
【０１７７】
一部の態様では、ａ）〜ｌ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１７８】
宿主細胞は、
ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｃ）配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｄ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｅ）配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｆ）配列番号３１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜４５９に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｈ）配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｉ）配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｊ）配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｋ）配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；又は
ｌ）これらの任意の組合せ
を含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現することができる。
【０１７９】
開示される核酸分子のいずれかを含むように修飾された組換えリステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）属細菌が提供される。この核酸分子は、リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）属に染色体外で存在してよく、又は細菌ゲノムに組み込んでもよい。一部の実施形態では、例えば、宿主細胞は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座、又はｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれた免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を有するリステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体であってよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）属は、宿主細胞と異種である開示の融合タンパク質を発現するための発現プラットフォームとして使用することができる。このような発現により、例えば、宿主細胞を含有する対象において異種融合タンパク質に対する免疫応答をもたらすことができる。
【０１８０】
免疫原性融合タンパク質の発現は、Ｌｍ  ａｃｔＡプロモータから駆動され、これは、Ｌｍが宿主細胞に感染すると、高度に誘導される。ａｃｔＡ遺伝子は、ＰｒｆＡレギュロンに存在するが、これは、一連のＬｍ病原性遺伝子であり、その発現は、ＰｒｆＡ、すなわち、感染宿主細胞に関連して誘導される転写活性化タンパク質によって制御及び誘導される。開示される核酸分子中の発現カセットは、Ｌｍ転写、翻訳及び分泌機構のみを使用し、哺乳動物発現エレメント（例えば、哺乳動物発現系に特有のプロモータ又はターミネータ領域）を一切含まない。そのため、目的の指定遺伝子を発現するために哺乳動物宿主細胞機構を使用しなければならず、且つ定義により、遺伝子移入が遺伝子発現の前提であるプラスミドＤＮＡ−又はウイルスベースのベクターと異なり、Ｌｍは、「自己完結型」自由生活性有機体である。ワクチン接種した宿主の感染細胞では、開示される宿主細胞の原生動物発現機構のみが使用されて宿主細胞内で融合タンパク質を合成し、続いて、このタンパク質は、抗原プロセシング及び提示のために対象の感染細胞の細胞質中に分泌される。
【０１８１】
一部の態様では、宿主細胞は、１つ又は複数の核酸分子を含んでよく、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１８２】
一部の態様では、宿主細胞は、１つ又は複数の核酸分子を含んでよく、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１８３】
宿主細胞は、薬学的に許容される賦形剤と組み合わせることができる。
【０１８４】
また、本明細書では、開示される宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤を含むワクチンが提供される。ワクチンは、本明細書に開示される適切な免疫応答を誘発するのに十分な量で対象に投与することができる。
【０１８５】
免疫応答を誘発する方法
また、対象において免疫応答を誘発する方法も提供され、これは、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、本明細書に開示される融合タンパク質の１つ又は複数を発現する。
【０１８６】
本明細書において、「宿主細胞」は、１つ又は複数の宿主細胞を含み、各宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする１つ又は複数の核酸分子を含み得る。一部の実施形態では、宿主細胞は、１つの免疫原性融合タンパク質をコードする同じ核酸分子を含んでよい。例えば、限定はしないが、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２をコードする核酸分子を含む。一部の実施形態では、宿主細胞は、異なる免疫原性融合タンパク質をコードする様々な核酸分子を含んでよい。
【０１８７】
本方法は、本明細書に開示される宿主細胞のいずれかを用いて実施することができ、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。
【０１８８】
対象において免疫応答を誘発する方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、前記宿主細胞は、１つ又は複数の核酸分子を含み、前記核酸分子は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組合せ
をコードする核酸配列を含む。
【０１８９】
一部の実施形態では、ａ）〜ｈ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０１９０】
本明細書では、対象において免疫応答を誘発する方法が開示され、これは、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組合せ
を含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現する。
【０１９１】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる免疫原性融合タンパク質を発現する。
【０１９２】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる免疫原性融合タンパク質を発現する。
【０１９３】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、配列番号２４に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる免疫原性融合タンパク質を発現する。
【０１９４】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、配列番号１７に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる免疫原性融合タンパク質を発現する。
【０１９５】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号２８に示されるＮＫＸ３．１ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる免疫原性融合タンパク質を発現する。
【０１９６】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるＡｃｔＡＮ１００＊ポリヌクレオチド、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるＳＳＸ２ポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる免疫原性融合タンパク質を発現する。
【０１９７】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる免疫原性融合タンパク質を発現する。
【０１９８】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、上記核酸分子の任意の組合せを含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる免疫原性融合タンパク質を発現する。
【０１９９】
宿主細胞は、開示される核酸分子の１つ又は複数を含んでよく、核酸分子は、
ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｄ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｅ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｆ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｇ）配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列；
ｈ）配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｉ）配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｊ）配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｋ）配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；又は
ｌ）これらの任意の組合せ
を含む核酸分子から発現される。
【０２００】
一部の態様では、ａ）〜ｌ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２０１】
一部の実施形態では、宿主細胞は、１つ又は複数の融合タンパク質を発現し、１つ又は複数の融合タンパク質は、
ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｄ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｅ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｆ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｇ）配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列；
ｈ）配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｉ）配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｊ）配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｋ）配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；又は
ｌ）これらの任意の組合せ
を含む核酸分子から発現される。
【０２０２】
一部の態様では、ａ）〜ｌ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２０３】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２０４】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２０５】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２０６】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２０７】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２０８】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２０９】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２１０】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２１１】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２１２】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２１３】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２１４】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２１５】
本明細書に既述したように、核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座若しくはｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込んでもよく、又は宿主細胞内のエピソームプラスミド上の発現カセットに挿入してもよい。
【０２１６】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする１つ又は複数の核酸分子を含む。１つ又は複数の核酸分子を含む本明細書に記載の宿主細胞のいずれを本方法に使用することもできる。
【０２１７】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、（ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列をａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列をｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列をｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によりコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２１８】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、（ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｃ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列をａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列をｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列をｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によりコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２１９】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、１つ又は複数の融合タンパク質を発現し、融合タンパク質は、
ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び
ｃ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列
を含む核酸分子から発現される。
【０２２０】
一部の態様では、ａ）〜ｃ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２２１】
一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２２２】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、（ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｂ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によりコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２２３】
本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、（ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｂ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ、配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によりコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２２４】
本明細書に開示される宿主細胞のいずれも、開示される方法での使用に好適である。例えば、宿主細胞は、ａｃｔＡ及び／又はｉｎｌＢに弱毒変異、並びに好ましくはａｃｔＡ及びｉｎｌＢの全部又は一部の欠失（本明細書では「Ｌｍ  ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ」と称する）を含むように遺伝子修飾され、且つ免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含有する、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）の弱毒生株であってよい。一部の実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ａｃｔＡ欠失突然変異体、ａｃｔＡ挿入突然変異体、ｉｎｌＢ欠失突然変異体、ｉｎｌＢ挿入突然変異体、又はこれらの組み合わせであってよい。例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体であってよい。
【０２２５】
組成物を対象に投与する好適な態様として、限定はしないが、静脈内、経口、皮下、皮内、筋内、腹腔内、経粘膜、鼻内投与、又はこれらの任意の組合せが挙げられる。一部の実施形態では、投与ステップは静脈内で実施され得る。
【０２２６】
宿主細胞は、開示の免疫原性融合タンパク質を対象内に発現させ、これによって宿主細胞を含有する対象において異種融合タンパク質に対する免疫応答を誘発するための発現プラットフォームとして使用することができる。例えば、対象内の感染細胞の細胞質中に融合タンパク質を宿主細胞から発現及び分泌させることができる。感染細胞は、宿主細胞を取り込むことができる対象内の任意の細胞を含む。一部の実施形態では、感染細胞は抗原提示細胞であってよい。抗原提示細胞（ＡＰＣ）は、Ｔ細胞に対して抗原を提示するために用いられる免疫系の細胞である。ＡＰＣとしては、樹状細胞、単球、マクロファージ、辺縁帯クッパー細胞、小膠細胞、ランゲルハンス細胞、Ｔ細胞、及びＢ細胞が挙げられる。一部の実施形態では、融合タンパク質は、対象の１つ又は複数の細胞に発現させることができる。
【０２２７】
一部の実施形態では、本方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、
ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｃ）配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｄ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｅ）配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｆ）配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｇ）配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｈ）配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｉ）配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；又は
ｊ）これらの任意の組合せ
を含む融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。
【０２２８】
一部の態様では、ａ）〜ｊ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２２９】
開示される方法は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ免疫応答、ＳＳＸ２免疫応答、ＰＡＰ免疫応答、ＮＫＸ３．１免疫応答、ＰＳＭＡ免疫応答、リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）属に対する免疫、又はこれらの任意の組合せを誘発するために使用することができる。従って、対象においてＥＧＦＲｖＩＩＩ免疫応答を誘発する方法が提供され、この方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。また、対象においてＳＳＸ２免疫応答を誘発する方法も提供され、この方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。さらに、対象においてＰＡＰ免疫応答を誘発する方法も提供され、この方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。また、対象においてＮＫＸ３．１免疫応答を誘発する方法も提供され、この方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。さらにまた、対象においてＰＳＭＡ免疫応答を誘発する方法も提供され、この方法は、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。さらには、対象においてリステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）属に対する免疫を誘発する方法が提供され、この方法は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。
【０２３０】
抗原ペプチドの発現を増大させる方法
抗原ペプチドの発現を増大させる方法も本明細書に開示され、これは、開示される核酸分子の１つ又は複数を宿主細胞において発現させるステップを含む。
【０２３１】
抗原ポリペプチドの発現を増大させる方法は、宿主細胞において核酸分子を発現させるステップを含み、前記核酸分子は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｇ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組合せ
をコードする核酸配列を含む。
【０２３２】
一部の態様では、ａ）〜ｈ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２３３】
本方法は、本明細書に開示される核酸分子のいずれを用いて実施することもできる。一部の実施形態では、本方法は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、本方法は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、本方法は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、配列番号２４に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、本方法は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドの１つ又は複数のコピー、配列番号１７に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、本方法は、配列番号２８に示されるＮＫＸ３．１ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくとも９０％同一であるポリヌクレオチドを含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２３４】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２３５】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２３６】
一部の実施形態では、本方法は、上記核酸分子の任意の組合せを宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。
【０２３７】
宿主細胞は、以下の核酸分子：
ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｄ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｅ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｆ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｇ）配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列；
ｈ）配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｉ）配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｊ）配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｋ）配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；又は
ｌ）これらの任意の組合せ
のうちの１つ又は複数を含んでよい。
【０２３８】
一部の態様では、ａ）〜ｌ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２３９】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４０】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４１】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４２】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４３】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４４】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４５】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４６】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４７】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４８】
一部の実施形態では、本方法は、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２４９】
本明細書に既述したように、核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座若しくはｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込んでもよく、又は宿主細胞内のエピソームプラスミド上の発現カセットに挿入してもよい。
【０２５０】
一部の実施形態では、本方法は、上記核酸分子の１つ又は複数を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。
【０２５１】
本方法は、（ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２５２】
本方法は、（ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｃ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２５３】
本方法は、（ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｂ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２５４】
本方法は、（ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｂ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む核酸分子を宿主細胞において発現させるステップを含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ、配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２５５】
開示される方法は、開示の核酸分子の転写、並びに限定はしないが、細菌細胞、ウイルス細胞、酵母細胞、昆虫細胞、及び哺乳動物細胞をはじめとする抗原ポリペプチドの発現を支持するか、又は支持するように設計され得る任意の宿主細胞において実施することができる。発現ステップは、核酸分子を宿主細胞に導入し、宿主細胞機構が抗原ポリペプチドを産生するのを可能にすることによって実施することができる。例えば、宿主細胞は、ａｃｔＡ及び／又はｉｎｌＢに弱毒変異、並びに好ましくはａｃｔＡ及びｉｎｌＢの全部又は一部の欠失（本明細書では「Ｌｍ  ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ」と称する）を含むように遺伝子修飾され、且つ免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含有する、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）の弱毒生株であってよい。一部の態様では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ａｃｔＡ欠失突然変異体、ａｃｔＡ挿入突然変異体、ｉｎｌＢ欠失突然変異体、ｉｎｌＢ挿入突然変異体、又はこれらの組み合わせであってよい。例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体であってよい。
【０２５６】
或いは、発現ステップは、目的の細胞に宿主細胞を投与することによって実施することができ、抗原ポリペプチドは、前記目的の細胞内に産生される。一部の実施形態では、発現ステップは、目的の細胞を宿主細胞に感染させることによって実施することができ、抗原ポリペプチドは、目的の細胞内に産生される。一部の実施形態では、発現ステップは、宿主細胞を対象に投与することによって実施することができ、抗原ポリペプチドは、対象において産生される。
【０２５７】
本方法は、宿主細胞において、
ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｃ）配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｄ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｅ）配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｆ）配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｇ）配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｈ）配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；
ｉ）配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６又はその免疫原性断片と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；又は
ｊ）これらの任意の組合せ
を含む融合タンパク質をコードする核酸分子を発現させるステップを含む。
【０２５８】
一部の態様では、ａ）〜ｊ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２５９】
癌を治療する方法
本明細書では、癌の治療を、それを必要とする対象において行う方法が開示され、前記方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、本明細書に開示の核酸分子の１つ又は複数を含む。一部の実施形態では、宿主細胞は、１つ又は複数の核酸分子によってコードされる１つ又は複数の融合タンパク質を発現する。例えば、宿主細胞は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；若しくは
ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００に示されるＡｃｔＡＮ１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組合せ
をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。
【０２６０】
一部の態様では、ａ）〜ｈ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２６１】
また、癌の治療を、それを必要とする対象において行う方法が開示され、前記方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、
ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；
ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；
ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；
ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；若しくは
ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００に示されるＡｃｔＡＮ１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又は
ｈ）これらの任意の組合せ
を含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現する。
【０２６２】
一部の実施形態では、宿主細胞は、（ａ）、（ｂ）及び（ｄ）を発現する。
【０２６３】
いくつかの実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、上記の任意の組合せを含んでもよい。宿主細胞は、上記核酸分子のいずれかによってコードされる融合タンパク質を発現することができる。
【０２６４】
一部の態様では、本方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、１つ又は複数の融合タンパク質を発現し、融合タンパク質は、
ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び
ｃ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列
を含む核酸分子から発現される。
【０２６５】
一部の態様では、ａ）〜ｃ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２６６】
一部の実施形態では、ヌクレオチド配列は、ＡｃｔＡプロモータに作動可能に連結することができる。ＡｃｔＡプロモータは、配列番号２１に示される配列を有してよい。
【０２６７】
一部の態様では、融合タンパク質は、
ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；
ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び
ｃ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列
からなる核酸分子から発現される。
【０２６８】
一部の態様では、ａ）〜ｃ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２６９】
一部の実施形態では、ヌクレオチド配列は、ＡｃｔＡプロモータに作動可能に連結することができる。ＡｃｔＡプロモータは、配列番号２１に示される配列を有してよい。
【０２７０】
一部の態様では、融合タンパク質は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる核酸分子から発現される。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２７１】
宿主細胞は、宿主細胞ゲノムに組み込まれた核酸分子を含んでよい。このような宿主細胞は、宿主細胞発現配列の制御下にあるため、真核生物転写又は翻訳エレメントを必要としない核酸を含有する。核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座又はｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の実施形態では、核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができる。一部の実施形態では、核酸分子は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができる。一部の実施形態では、核酸分子は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。宿主細胞は、融合タンパク質をコードする核酸分子を含み、核酸分子は、宿主細胞内において染色体外に存在する。例えば、免疫原性融合タンパク質をコードする開示の核酸分子の１つ又は複数を、宿主細胞内のエピソームプラスミド上の発現カセットに挿入することができる。
【０２７２】
本方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、（ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２７３】
本方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、（ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；（ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｃ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ；配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２７４】
本方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、（ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｂ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２７５】
本方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、（ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及び（ｂ）配列番号３０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含む。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の態様では、配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込むことができ、配列番号３０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込むことができる。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２７６】
ＰＡＰは、良性及び悪性両方の前立腺円柱上皮細胞によって分泌される主要タンパク質の１つである。免疫療法における薬剤としてのＰＡＰの有効性は、進行前立腺癌の治療薬として、ＰＡＰをターゲティングするオートロガス細胞免疫療法である、シプリューセル−Ｔ（ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ）（Ｐｒｏｖｅｎｇｅ（登録商標））の２０１０  ＦＤＡ承認において確認された。
【０２７７】
ＰＳＭＡは、葉酸ヒドロラーゼ及びニューロカルボキシペプチダーゼ活性を有する１００ｋＤＡのＩＩ型膜貫通糖タンパク質である。非分泌型、細胞表面膜内在性タンパク質であるＰＳＭＡは、ほぼ全ての前立腺癌で発現され、より高度の悪性腫瘍、転移性疾患及び去勢抵抗性前立腺癌において発現を次第に増大させていく。前立腺癌におけるＰＳＭＡの役割はわかっていないが、ＰＳＭＡの発現は疾患の進行と相関しており、これは、ＰＳＭＡが前立腺癌の進行において機能的な役割を有することを示唆する。ＰＳＭＡは固形腫瘍の新生血管にも発現されるが、正常な血管には発現されない。新生血管における役割はわかっていないものの、ＰＳＭＡの葉酸ヒドロラーゼ活性は、上皮組織における脈管形成を促進する上で重要である可能性がある。
【０２７８】
ＳＳＸタンパク質は、高度に相同性のＣＴＡのスーパーファミリーを代表する癌−精巣抗原（ＣＴＡ）であり、ＨＬＡクラスＩ欠損精巣又は卵巣生殖細胞における核局在化、制限発現、及び様々な組織を起源とする腫瘍、特に進行癌における頻繁な過剰発現を有する。ＳＳＸタンパク質の発現は、幹細胞遊走に関連するが、これは、転移性表現型について重要な生物学的役割を果たすことを示唆している。生殖細胞は、クラスＩ  ＭＨＣ分子を発現しないため、これらは傍観者型自己免疫から保護されている。癌細胞におけるＳＳＸ２の過剰発現及び正常ＨＬＡクラスＩ発現細胞におけるその限定的発現により、ＳＳＸ２は、Ｔ細胞を用いた戦略のための特に魅力的な免疫療法となる。ＣＴＡは、通常、精巣の生殖細胞のみに発現され、癌患者において自発的に免疫原性であることが明らかにされている。癌組織におけるＣＴＡの異所性発現により、これらのタンパク質は理想的な免疫療法標的となる。重要なことに、ＳＳＸ−２に特異的なＩｇＧ応答及びＣＤ８＋Ｔ細胞を前立腺癌患者において検出することができ、且つ発現が進行前立腺癌で証明されたことから、ＳＳＸ２が前立腺癌の免疫標的として選択された。
【０２７９】
ＮＫＸ３．１は、ホメオボックスタンパク質であり、ヒト染色体ｈｐ２１の最小領域に位置付けられる。ＮＫＸ３．１は、正常な前立腺発生に必要であり、胚性前立腺発生、新生児期の分化、及び成体機能のあらゆる局面と関連している。これは、最も早期にわかった前立腺形成のマーカであり、前立腺分化のあらゆる段階及び成人期で発現され続ける。組織特異的調節遺伝子であるＮＫＸ３．１は、前立腺の正常な形態形成及び機能に必須であるが、これが不活性化すると、前腫瘍状態のモデルとなる前立腺上皮過形成及び異形成を招く。ＮＫＸ３．１は、アンドロゲンアブレーション後、前立腺中に持続する幹様特性を有する管腔細胞の集団の目印となる。重要なことに、ＮＫＸ３．１発現細胞が欠失すると、前立腺腫瘍は、アンドロゲンアブレーション及びテストステロン欠失後に進行することができなくなったことから、これらの去勢抵抗性ＮＫＸ３．１発現細胞（ＣＡＲＮ）は、前立腺癌の起源細胞として作用することが判明した。ＣＡＲＮでのＮＫＸ３．１特有の過剰発現は、この抗原に対するワクチン接種により前立腺ＣＳＣの直接前駆体をターゲティングする可能性を開いた。加えて、近年、ヒトＮＫＸ３．１は、ゲノムワイド関連スクリーンによって７つの前立腺癌感受性遺伝子座のうちの１つとして同定されたため、これは、前立腺癌の免疫療法の極めて魅力的な新規の抗原標的となった。近年の分析は、検査したほぼ全ての前立腺癌及び転移で低レベルのＮＫＸ３．１を立証できることを示す。このように、癌の進行全体を通してＮＫＸ３．１の減少（しかし、消失ではない）の選択が明らかである。
【０２８０】
ＥＧＦＲは、細胞増殖及び生存に重要な受容体チロシンキナーゼである。ＥＧＦＲ遺伝子は、頭部及び頚部、結腸、膵臓、乳房、卵巣、腎臓、及び悪性グリオーマなどのヒト癌で過剰発現又は突然変異することが多い。ＥＧＦＲｖＩＩＩは、２６７アミノ酸欠失及びエキソン１とエキソン８との融合によって生じ、結合部に新たなグリシンを有する腫瘍特異的ペプチドをもたらす。ＥＧＦＲｖＩＩＩ発現乳癌を有する患者は、このペプチドに対して検出可能な体液性及び細胞性免疫応答を有し、これが免疫原性ネオアンチゲンとして機能することを示唆している。ＥＧＦＲｖＩＩＩ反復配列は、それが融合タンパク質（ＰＡＰ、ＰＳＭＡ、ＳＳＸ２、及びＮＫＸ３．１）の高度発現及び前立腺癌関連抗原に対する高度抗原特異的免疫応答と相関するため、開示の免疫原性融合タンパク質に含有されていた。ネイティブＥＧＦＲは、正常機能細胞集団におけるシグナル伝達に必要であるため、開示される免疫原性融合タンパク質は、腫瘍細胞中のエキソン２〜７の欠失によって発現されるＥＧＶＲｖＩＩＩネオアンチゲン領域の２１アミノ酸セグメントのみを含有することに留意することが重要である。
【０２８１】
従って、開示される方法で治療することができる好適な癌として、ＥＧＦＲｖＩＩＩ発現癌、ＳＳＸ２発現癌、ＰＡＰ発現癌、ＮＫＸ３．１発現癌、ＰＳＭＡ発現癌、又はこれらの任意の組合せが挙げられる。好ましくは、癌は前立腺癌である。
【０２８２】
本明細書に開示される宿主細胞のいずれも、開示される方法での使用に好適である。例えば、宿主細胞は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）であってよい。好ましい態様では、宿主細胞は、ａｃｔＡ及び／又はｉｎｌＢに弱毒変異、並びに好ましくはａｃｔＡ及びｉｎｌＢの全部又は一部の欠失（本明細書では「Ｌｍ  ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ」と称する）を含むように遺伝子修飾され、且つ開示される免疫原性融合タンパク質の１つ又は複数をコードする核酸分子を含有する、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）の弱毒生株であってよい。一部の実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ａｃｔＡ欠失（ΔａｃｔＡ）突然変異体、ａｃｔＡ挿入突然変異体、ｉｎｌＢ欠失（ΔｉｎｌＢ）突然変異体、ｉｎｌＢ挿入突然変異体、又はこれらの組み合わせであってよい。例えば、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体であってよい。
【０２８３】
宿主細胞は、対象内で核酸分子によりコードされる免疫原性融合タンパク質を発現し、これによりＥＧＦＲｖＩＩＩ発現腫瘍細胞、ＳＳＸ２発現腫瘍細胞、ＰＡＰ発現腫瘍細胞、ＮＫＸ３．１発現腫瘍細胞、及び／又はＰＳＭＡ発現腫瘍細胞に対して抗腫瘍応答を誘発するための発現プラットフォームとして使用することができる。融合タンパク質は、対象内の感染細胞の細胞質中に宿主細胞から発現及び分泌させることができる。感染細胞は、宿主細胞を取り込むことができる、対象内の任意の細胞を含む。一部の実施形態では、感染細胞は抗原提示細胞であってよい。
【０２８４】
宿主細胞は、配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２８５】
宿主細胞は、配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２８６】
宿主細胞は、配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２８７】
宿主細胞は、配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２８８】
宿主細胞は、配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２８９】
宿主細胞は、配列番号３１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２９０】
宿主細胞は、配列番号３３のアミノ酸残基１〜４５９に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２９１】
宿主細胞は、配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２９２】
宿主細胞は、配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２９３】
宿主細胞は、配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２９４】
宿主細胞は、配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の態様では、核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。一部の実施形態では、宿主細胞は、核酸分子によってコードされる融合タンパク質を発現する。
【０２９５】
宿主細胞は、上記アミノ酸配列の任意の組合せをコードする核酸配列を含む１つ又は複数の核酸分子を含んでよい。一部の実施形態では、宿主細胞は、１つ又は複数の核酸分子によってコードされる融合タンパク質の組合せを発現する。例えば、宿主細胞は、
ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；
ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；及び
ｃ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列
を含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現することができる。
【０２９６】
一部の態様では、ａ）〜ｃ）に列記した１つ又は複数の核酸分子は、プロモータに作動可能に連結されている。
【０２９７】
宿主細胞は、
ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；
ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；及び
ｃ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列
からなる１つ又は複数の融合タンパク質を発現することができる。
【０２９８】
宿主細胞は、配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる１つ又は複数の融合タンパク質を発現することができる。
【０２９９】
開示される方法は、組成物を投与する前に対象からの生体サンプル中でＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＳＳＸ２、ＰＡＰ、ＮＫＸ３．１、ＰＳＭＡ、又はこれらの任意の組合せの発現を測定するステップをさらに含んでもよい。対象からの生体サンプル中でＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＳＳＸ２、ＰＡＰ、ＮＫＸ３．１、ＰＳＭＡ、又はこれらの任意の組合せの発現レベルを測定する方法として、限定はしないが、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ウエスタンブロッティング、顕微鏡法、免疫沈降、ＢＣＡアッセイ、分光測光法、ｉｎ  ｖｉｖｏイメージング、又はこれらの任意の組合せが挙げられる。ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＳＳＸ２、ＰＡＰ、ＮＫＸ３．１、及び／又はＰＳＭＡは、限定はしないが、血液、リンパ液、骨髄、固形腫瘍サンプル、又はこれらの任意の組合せをはじめとする生体サンプル中で検出することができる。
【０３００】
本組成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含んでもよい。例えば、限定はしないが、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）、及びグリセロールをはじめとする任意の好適な緩衝液と宿主細胞を組み合わせることができる。例示的な実施形態では、組成物をダルベッコリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）及びグリセロール中で製剤化した後、投与まで凍結保存（−６０℃以下で）し、好適な時間にわたり、塩化ナトリウムを用いた静脈内注入により投与することができる。当業者であれば、組成物を投与する時間が部分的に癌の種類、癌の重症度、及び対象の年齢、体重などに応じて変動することは理解するであろう。好ましくは、組成物は、数時間かけて投与することができる。例えば、組成物は、１〜２時間かけて投与することができる。他の実施形態では、１〜２時間未満で組成物を投与することができる。また別の実施形態では、１〜２時間超かけて組成物を投与することができる。
【０３０１】
治療は、単回用量の組成物又は複数回用量の組成物を含んでよい。このように、開示される方法は、宿主細胞を含む組成物の１回又は複数回用量を対象に投与するステップを含んでよく、宿主細胞は、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む。用量数を決定することができる要因として、例えば、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せが挙げられる。限定はしないが、用量数は、進行、又は癌の進行を抑制できないこと、癌症状の重症度の増悪若しくは重症度の無変化、癌症状の頻度の増大若しくは頻度の無変化、腫瘍サイズの増加若しくは腫瘍サイズの無変化、又はこれらの任意の組み合わせに基づいて増加させることができる。例えば、１〜１００回用量以上の組成物を対象に投与することができる。
【０３０２】
宿主細胞の用量を決定することができる要因として、例えば、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せが挙げられる。一部の実施形態では、組成物は、約１×１０８〜約１×１０９コロニー形成単位（ＣＦＵ）の宿主細胞を含んでよい。一部の態様では、組成物は、約１×１０８ＣＦＵの宿主細胞を含んでよい。一部の態様では、組成物は、約１×１０９ＣＦＵの宿主細胞を含んでよい。
【０３０３】
組成物は、約７日毎に１回、約１４日毎に１回、約２１日毎に１回、約２８日毎に１回、約３５日毎に１回、約４２日毎に１回、約４９日毎に１回、約５６日毎に１回、約６３日毎に１回、約７０日毎に１回、約７７日毎に１回、約８４日毎に１回、又は約９１日毎に１回投与することができる。
【０３０４】
以上に基づき、当業者は、本明細書に記載される組成物のいずれか１つの上記用量を投与する（投与は、記載される通り、一定の間隔で繰り返される）ことにより、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せについて対象を治療し得ることを理解するであろう。従って、一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８〜約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約７日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、組成物は、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８〜約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約１４日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８〜約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約２１日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８〜約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約３５日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８〜約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約４５日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８〜約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約６０日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８〜約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約９０日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約７日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約１４日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約２１日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するために約１×１０８ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約３５日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約４５日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約６０日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０８ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約９０日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約７日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約１４日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実��形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約２１日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０９ＣＦＵの用量で、組成物を対象に投与してよく、投与は、約３５日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約４５日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約６０日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。一実施形態では、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せを治療するため、約１×１０９ＣＦＵの用量で組成物を対象に投与してよく、投与は、約９０日毎に１回繰り返される。さらに、本明細書に記載の組成物は、この方法で投与しようとするそのような用量に適した医薬製剤として調製することができる。
【０３０５】
好ましくは、治療は、投与間において、組成物を対象に投与しない期間を含んでよい。例えば、本方法は、宿主細胞を含む組成物の第１用量を対象に投与するステップであって、宿主細胞が、免疫原性融合タンパク質をコードする核酸分子を含む、ステップ、第１用量の有効性をモニターするステップ、及び第１用量が有効でない場合、組成物の１又は複数回用量を対象に投与するステップを含んでよい。組成物の有効性を決定することができる要因として、例えば、癌の進行、癌症状の重症度、癌症状の頻度、腫瘍サイズ、又はこれらの任意の組合せが挙げられる。限定はしないが、進行、又は癌の進行を抑制できないこと、癌症状の重症度の増悪若しくは重症度の無変化、癌症状の頻度の増大若しくは頻度の無変化、腫瘍サイズの増加若しくは腫瘍サイズの無変化、又はこれらの任意の組み合わせは、組成物の第１用量が有効でなかった指標となり得る。投与間の好適な期間としては、数日、数週間、又は数ヵ月が挙げられる。一部の実施形態では、投与間の期間は、約１日〜約９０日、約５日〜約８０日、約１０日〜約７０日、約１５日〜約６０日、約２０日〜約５０日、又は約２５日〜約４０日であってよい。例えば、投与間の期間は、約１日、約２日、約３日、約４日、約５日、約６日、約７日、約１４日、約２１日、約２８日、約３５日、約４２日、約４９日、約５６日、約６０日、約６５日、約７０日、約８０日、約８５日、又は約９０日であってよい。
【０３０６】
組成物を対象に投与する好適な態様として、限定はしないが、静脈内、経口、皮下、皮内、筋肉内、腹腔内、経粘膜、鼻内投与、又はこれらの任意の組合せが挙げられる。一部の実施形態では、投与ステップは、静脈内経路で実施することができる。
【０３０７】
治療は、組成物の投与後、抗生物質を対象に投与するステップをさらに含んでもよい。例えば、組成物の最終用量を患者に投与してから好適な時間を置いた後、患者に抗生物質を投与することができる。このように、好ましい態様では、組成物の最終用量後に抗生物質を投与する。好適な抗生物質として、限定はしないが、アモキシシリン、又はペニシリンに対してアレルギー性の対象にはトリメトプリム／スルファメトキサゾールがある。当業者は、抗生物質を対象に投与するための十分な投与量及び投与スケジュールを決定することができるであろう。
【０３０８】
以下の実施例は、本明細書に開示される実施形態のいくつかをさらに詳細に説明するために記載する。これらの実施例は、開示される実施形態を例示することを意図し、これらを限定するものではない。
【実施例】
【０３０９】
方法
ワクチン株の分子構造
ワクチン株は、全てＢｒｏｃｋｓｔｅｄｔ，Ｄ．Ｇ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｌｉｓｔｅｒｉａ−ｂａｓｅｄ  ｃａｎｃｅｒ  ｖａｃｃｉｎｅｓ  ｔｈａｔ  ｓｅｇｒｅｇａｔｅ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ｆｒｏｍ  ｔｏｘｉｃｉｔｙ．ＰＮＡＳ（２００４）１０１（３８）：１３８３２−１３８３７（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）ΔａｃｔＡ  ΔｉｎｌＢ株バックグラウンドで構築した。ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＳＳＸ２、ＰＡＰ、ＮＫＸ３．１、及びＰＳＭＡオープンリーディングフレームを、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）バイアスを用いてコドン最適化した後、表１に記載する断片をＰＣＲ増幅した後、国際公開第２０１４／１０６１２３号パンフレット；米国特許出願公開第２０１４／１８６３８７号明細書（参照により本明細書に組み込まれる）に開示されているように、ａｃｔＡプロモータの制御下でクローニングし、修飾ＡｃｔＡＮ１００＊配列と作動可能に連結した。Ｃａｍｉｌｌｉ，Ａ．ｅｔ  ａｌ．，Ｄｕａｌ  ｒｏｌｅｓ  ｏｆ  ｐｌｃＡ  ｉｎ  Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ  ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（１９９３）８（１）：１４３−１５７（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、対立遺伝子交換によって抗原発現カセットをａｃｔＡ又はｉｎｌＢ遺伝子座に挿入した。欠失ａｃｔＡ又はｉｎｌＢの両側から約１キロベースのＤＮＡ配列をｐＫＳＶ７の誘導体にクローニングすることにより、対立遺伝子交換ベクターをアセンブリングした。ｐＫＳＶ７ベクターのａｃｔＡ又はｉｎｌＢフランキング相同間に抗原発現カセットをクローニングした。
【０３１０】
単一の発現カセットが、ａｃｔＡプロモータ、ＡｃｔＡＮ１００＊コード配列、２１アミノ酸ＥＧＦＲｖＩＩＩ結合領域の５つのコピー、及びコドン最適化完全長ＳＳＸ２配列からなるａｃｔＡ対立遺伝子交換ベクターにクローニングされ、且つ株ＢＨ５２５８及びＢＨ５２９０を構築するために用いられた。同様に、２つの発現カセットをｉｎｌＢ対立遺伝子交換ベクターにクローニングし、ここで、第１の発現カセットは、ａｃｔＡプロモータ、ＡｃｔＡＮ１００＊コード配列、２１アミノ酸ＥＧＦＲｖＩＩＩ結合領域の５つのコピー、及びアミノ酸３３〜３８６をコードするコドン最適化ＰＡＰを含み（ＢＨ５２５８及びＢＨ５２９０を構築するために用いられる）；第２の発現カセットは、ａｃｔＡプロモータ、ＡｃｔＡＮ１００＊コード配列、完全長コドン最適化ＮＫＸ３．１配列、及びアミノ酸３３〜３８６をコードするコドン最適化ＰＡＰを含んだ（株ＢＨ４５９８及びＢＨ４６０２を構築するために用いられる）。対立遺伝子交換は、Ｃａｍｉｌｌｉ，Ａ．ｅｔ  ａｌ．，Ｄｕａｌ  ｒｏｌｅｓ  ｏｆ  ｐｌｃＡ  ｉｎ  Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ  ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（１９９３）８（１）：１４３−１５７に以前に記載された通りに実施した。
【０３１１】
ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に挿入された抗原発現カセットの場合、部位特異的組換えを用いてＬｍ染色体上に構築物を安定に組み込んだ。抗原発現カセットは、Ｌａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．（２００８）７６：３７４２−５３（その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているように、ｐＰＬ２組込みベクターの誘導体にクローニングしたが、このベクターは、国際公開第２００７／１０３２２５号パンフレット；米国出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００７／００５４５７号明細書（参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている通り、全ての抗生物質耐性マーカを含む外来ベクター配列の除去を可能にするように修飾しておいた。ａｃｔＡプロモータ、ＡｃｔＡＮ１００＊コード配列、ＥＧＦＲｖＩＩＩ結合領域の５つのコピー、アミノ酸１１〜２４３にわたるＮＫＸ３．１のコドン最適化配列、並びにアミノ酸１〜２０、４４〜１３８、及び１６９〜７５０にわたるＰＳＭＡを含む発現カセットをクローニングし、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込んだ。２つの変異株は、ＮＫＸ３．１コード配列のアミノ酸４１でコードされる１アミノ酸が異なる。すなわち、ＢＨ５２５８は、アミノ酸４１でアルギニンをコードし；ＢＨ５２９０は、アミノ酸４１でグリシンをコードする。プラスミド骨格及び抗生物質耐性マーカの除去のため、温度感受性プラスミドからの一過性ＦＬＰリコンビナーゼ発現を使用した。全ての最終抗原発現カセットをＤＮＡ配列決定により確認した。
【０３１２】
細胞内ウエスタンブロット
マウス樹状細胞株ＤＣ２．４に多重感染度（ＭＯＩ）１０でリステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）株を１時間かけて接種し、ＰＢＳ及び５０μｇ／ｍＬゲンタマイシンを補充したＤＭＥＭ培地で細胞を３回洗浄した。細胞を感染から７時間後、回収した。ＳＤＳサンプルバッファーで細胞を溶解させ、回収し、４〜１２％ポリアクリルアミドゲル上で泳動させた後、ウエスタンブロット分析のためにニトロセルロース膜に移した。抗原検出を視覚化し、ＡｃｔＡタンパク質の成熟Ｎ末端に対するポリクローナル抗体を用いたＬｉｃｏｒ  Ｏｄｙｓｓｅｙ  ＩＲ検出システムで定量した後、抗ｐ６０モノクローナル抗体を用いたｐ６０発現（非関連Ｌｍタンパク質）に対して正規化した。ｐ６０レベルは、実験における細菌の数と直接相関する。
【０３１３】
ワクチン接種マウスにおける抗原特異的免疫応答
６週齢のＢａｌｂ／ｃマウス（ｎ＝５）に５×１０６ｃｆｕで静脈内（ＩＶ）ワクチン接種した。７日後、脾臓を採取し、ＳＳＸ２、ＰＡＰ、ＮＫＸ３．１、又はＰＳＭＡ（１１アミノ酸による１５量体ペプチドオーバーラップ）のオーバーラップペプチドライブラリー又は非刺激培地対照を用いたＩＦＮγ  ＥＬＩｓｐｏｔアッセイにより、免疫応答を測定した。ＥＧＦＲｖＩＩＩ特異的免疫原性について、６週齢のＣ３Ｈ／ＨｅＮマウス（ｎ＝５）に５×１０６ｃｆｕでＩＶワクチン接種した。７日後、脾臓を採取して、ＥＧＦＲｖＩＩＩ２６〜３３（Ｋｋ結合ペプチドＥＥＫＫＧＮＹＶ）を用いたＩＦＮγ  ＥＬＩｓｐｏｔアッセイにより、免疫応答を測定した。非刺激応答と一緒に、又はバックグラウンド（非刺激）除去データとして、各株／抗原についてのデータをプロットした。独立ｔ検定を用いて統計的有意性を決定した。
【０３１４】
野生型リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）攻撃に対する防御免疫
２×１０６ｃｆｕの各Ｌｍ株ＩＶでＢａｌｂ／ｃマウスに１回ワクチン接種した。４０日後、Ｌａｕｅｒ，２００２に記載されているように、５×１０４ｃｆｕ（２×ＬＤ５０用量）のＷＴ  Ｌｍ株ＤＰ−Ｌ４０５６でマウスをＩＶ攻撃した。３日後、脾臓を採取し、ホモジナイズした。２００μｇ／ｍＬのストレプトマイシンを含有するＢＨＩプレート上で希釈液を平板培養して、ｃｆｕ／臓器を決定した。このアッセイの検出限界（ＬＯＤ）は、５０ＣＦＵであった。
【０３１５】
癌の治療
転移性去勢抵抗性前立腺癌を有する対象に投与した際の安全性を特性決定し、第２相用量（ＲＰ２Ｄ）を決定し、予備臨床有効性を評価し、単剤ＡＤＵ−７４１（株ＢＨ５２９０とも呼ばれる）の免疫応答を決定するため、ファーストインヒューマン（ＦＩＨ）、第Ｉ相、オープンラベル、多施設、２部試験を実施した。対象は、ホルモン療法に応答せず、且つスクリーニングで進行中の疾患を有すると共に、少なくとも２種の未承認療法を受けたことがある者でなければならない。約４２人の対象がこの試験に参加することになるであろう。
【０３１６】
第１部（用量漸増）：安全性及び薬力学的評価に基づいてＲＰ２Ｄを決定するために設計される。２用量のＡＤＵ−７４１（用量コホート１Ａ：１×１０８ＣＦＵ及び用量コホート１Ｂ：１×１０９ＣＦＵ）を順次投与する。参加する対象の総数は、用量制限毒性が観察されたとき及び／又はこれが観察されるか否かに応じて変動し得る。
【０３１７】
第２部（用量拡大）：ＡＤＵ−７４１についてのＲＰ２Ｄを決定した後の２つの拡大コホート（コホート２Ａ及び２Ｂ）を評価するために設計される。拡大コホートの目標は、ＡＤＵ−７４１の安全性をさらに評価すること（コホート２Ａ）と、腫瘍部位での免疫応答について治療前及び治療後の生検を評価することとである（コホート２Ｂ）。
【０３１８】
対象が試験に適格であると決定されたら、オープンラベル治療期間中、２１日毎にＡＤＵ−７４１を静脈内投与する。ＡＤＵ−７４１は、末梢静脈カテーテルを介して投与する。試験薬物は、１時間かけて投与するが、必要に応じて注入時間を延長する選択肢もある。対象は、有害事象、検査所見の異常、並びに臨床及び免疫学的応答について詳細にモニターされる。治療薬は、放射腺写真による疾患進行の確認、許容できない毒性、同意の撤回、治験責任医師による治療停止の決定、後の抗癌療法の開始、又はスポンサーによる試験の終了まで投与される。安全性及び有効性を評価する。
【０３１９】
試験集団  −  去勢抵抗性転移性疾患と共に前立腺の組織学的に確認された腺癌を有する１８歳超であり、少なくとも２種の未承認療法を受けたことがあり、且つ疾患進行についての下記基準：（１）各決定間に＞１週間の間隔をあけ、最小３つの上昇レベルを含む、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）の上昇（最後の決定は、参加前の２週間以内に得られた値≧２ｎｇ／ｍＬでなければならない）；（２）コンピュータ断層撮影（ＣＴ）又は磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）スキャンにより、新規若しくは進行性軟組織疾患と定義される測定可能な疾患；（３）前立腺癌臨床試験ワーキンググループ（Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｔｒｉａｌｓ  Ｗｏｒｋｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ）（ＰＣＷＧ２）基準によって決定される、少なくとも２つの新たな骨病変を伴う、放射性核種スキャン又は１８Ｆフッ化ナトリウムポジトロンエミッショントモグラフィー／コンピュータ断層撮影（ＮａＦ  ＰＥＴ／ＣＴ）結果の少なくとも１つを有する対象が本試験に適格であり；且つ対象は、少なくとも２種の未承認療法を受けたことがなければならない。対象は、０又は１の米国東海岸癌臨床試験グループ（Ｅａｓｔｅｒｎ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｇｒｏｕｐ）（ＥＣＯＧ）性能状態スコアを有していなければならない。
【０３２０】
有効性評価  −  有効性評価は、ＰＣＷＧ２基準、固形癌の治療効果判定のための新ガイドライン（Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒｓ（Ｖ１．１）（ＲＥＣＩＳＴ）基準、及び免疫関連反応評価基準（Ｉｍｍｕｎｅ−Ｒｅｌａｔｅｄ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ）（ｉｒＲＣ）に従って治験責任医師により評価される。疾患応答は、胸部、腹部及び骨盤のＩＶコントラストと共にＣＴスキャンを用いて評価する。ＩＶ  ＣＴコントラスト剤に不耐性の対象は、経口造影剤を用いて実施されるＣＴスキャンを使用する。磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）を用いて、ＣＴにより適切に画像表示できない疾患の部位を評価することができる。軟組織疾患（すなわち、放射線で検出可能な腫瘍）は、ＣＴ及び／又はＭＲＩによって評価する。放射性核種骨スキャン又は１８Ｆ−ＮａＦ  ＰＥＴ／ＣＴを実施して骨疾患の部位を評価する。これらの評価は、ベースラインで疾患を評価するのに用いたのと同じ評価方法を使用して、試験全体を通し各時点で実施する。また、次の抗癌療法について、及び治療後の追跡期間中の全生存期間についてもデータを収集する。
【０３２１】
結果
全てのコードされた抗原の高度発現におけるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）結果
２つの多価ワクチン株ＢＨ５２５８（「野生型」ＮＫＸ３．１を含有する）及びＢＨ５２９０（ＮＫＸ３．１  Ｒ４１Ｇ変異を含む）は、ＮＫＸ３．１の４１位の単一アミノ酸が異なる。記載のように、Ｌｍゲノムにおいて３つの遺伝子座から５つのコードされた抗原を発現する株を構築した（図１）。これらの株を用いてマウス樹状細胞株ＤＣ２．４を感染させ、半定量ウエスタンブロットを用いて発現を測定した。融合タンパク質の各々は、ほぼ予測サイズで検出された。驚くべきことに、コードされた融合タンパク質抗原（ＰＳＭＡ、ＰＡＰ、ＮＫＸ３．１、ＳＳＸ２、及びＥＧＦＲｖＩＩＩ）の各々について、発現は、ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）変異を含有する株で２．１×〜３．２×の範囲で高かったが、これは、ＮＫＸ３．１における単一アミノ酸の変化が全てのコードされた抗原の発現を増大させることを示す。特に、ＮＫＸ３．１及びＰＳＭＡは、ＢＨ５２９０で２．７倍高く、ＰＡＰは、ＢＨ５２９０で３．２倍高く、ＳＳＸ２は、ＢＨ５２９０で２．１倍高く、ＥＧＦＲｖＩＩＩは、ＢＨ５２９０で３．２倍高かった。
【０３２２】
ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）は、より高い抗原特異的免疫原性をもたらす
２つの多価ワクチン株ＢＨ５２５８及びＢＨ５２９０をマウスにおけるＴ細胞免疫原性について比較した（図３）。ＳＳＸ２、ＰＡＰ、ＮＫＸ３．１、及びＰＳＭＡに対する免疫応答をＢａｌｂ／ｃマウスにおいて測定した。ＥＧＦＲｖＩＩＩは、Ｃ３Ｈ／ＨｅＮマウスにおいて測定した。５つのコードされた抗原のうちの４つに対する応答は、ＢＨ５２９０において高かったが、これは、ＮＫＸ３．１コード配列中の単一のアミノ酸が異なる（ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ））。ＰＡＰに対する応答は、ＢＨ５２５８と比較してＢＨ５２９０において統計的に高かった。ＰＳＭＡ応答は、両方の株でほぼ均等であった。ＢＨ５２９０とＢＨ５２５８との間の単一のアミノ酸の違いが、コードされた抗原の大部分に対してより高い応答をもたらしたが、これは、それがより強力な前立腺癌ワクチンであることを示す。
【０３２３】
ＢＨ５２９０は、ＷＴ  Ｌｍで攻撃されると十分に機能性且つ防御的な免疫を誘導する
図４に示すように、ＢＨ５２９０による１回のワクチン接種は、ＷＴリステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）攻撃に対して十分に防御的な長期免疫を誘導した。ＢＨ５２９０によるワクチン接種は、ＷＴ−Ｌｍ攻撃後、脾臓中のＣＦＵの５−ｌｏｇ減少をもたらした。機能免疫は、抗原特異的免疫応答の大きさと、免疫応答が将来の攻撃から防御する能力との組合せである。この場合、機能性は、十分に毒性の野生型リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）攻撃を用いて試験した。ＨＢＳＳ又はＬｍ株ＤＰ−Ｌ４０２７（ｈｌｙ−）によるワクチン接種は、負の対照として実験に加えた。
【０３２４】
融合タンパク質の一部としてＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５が含まれる場合、ＳＳＸ２発現が増大する
抗原発現に対するＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５の含有の影響を評価するため、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５の存在のみが異なる対応ＳＳＸ２発現カセットを、ｉｎｌＢ遺伝子座からＡｃｔＡＮ１００＊−ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質を発現した同じＬｍバックグラウンドのｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に導入した。ＢＨ４５９８は、第１カセット−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２を含み、ＢＨ４６０２は、第２カセット−ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２を含んだ（図５Ａ）。いずれの発現カセットもａｃｔＡプロモータを使用した。次に、これらのカセットの発現を細胞内ウエスタンブロットにより評価した（図５Ｂ）。レーン１：Ｌｍ１１（負の対照）、レーン２：ＢＨ４５９８（ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２）、レーン３：ＢＨ４６０２（ＡｃｔＡＮ１００＊−ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２）。融合タンパク質各々の全長サイズのバンドを右側に示す。発現レベルを定量し、データを構成的リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）Ｐ６０タンパク質に対して正規化した。定発現カセット（ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ融合）の相対発現レベルは、２つの株（ＢＨ４５９８では０．４３、ＢＨ４６０２では０．３３）同士で同様であった。しかし、ＳＳＸ２融合タンパク質の発現は、融合物の一部としてＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５を含有する株の方が２００倍超高かった（ＢＨ４５９８では１、ＢＨ４６０２では２２４）。このデータは、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５がＳＳＸ２の発現を増大させることを明確に証明する。
【０３２５】
ＳＳＸ２免疫応答は、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５が免疫原性融合タンパク質の一部であるとき、有意に高い
ＢＨ４５９８及びＢＨ４６０２によって誘導される一次免疫応答を比較した。ＢＨ４６０２は、ＢＨ４５９８より有意に高いＳＳＸ２特異的免疫応答を誘導した（ｐ＝０．００２４）。これは、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質からのより高度な発現が免疫原性のマウスモデルにおいてより高い免疫応答に変換されたことを証明する。
【０３２６】
ＰＡＰ発現は、ＥＧＦＲｖＩＩＩの複数のコピーに融合された場合に高くなる
図７に示すように、追加ＥＧＦＲｖＩＩＩ反復単位の各々がより高いＰＡＰの発現をもたらした。レーン２〜７で測定された相対発現：それぞれ１×、２．４×、１９．６×、１２７×、１５６×、及び２１３×。さらに、ＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５とＳＳＸ２及びＰＡＰとのいずれの融合の場合にも、発現の増加は両抗原について２００×超の発現増加をもたらした。
【０３２７】
ＰＡＰ応答は、ＥＧＦＲｖＩＩＩの複数のコピーと融合するとより高く、ＥＧＦＲｖＩＩＩの５つのコピーと融合すると有意に高い
ＥＧＦＲｖＩＩＩコピー数が異なる６つのＰＡＰ発現Ｌｍ株（ＢＨ２８６８、ＰＬ１６３１、ＰＬ１６２９、ＰＬ１６２７、ＰＬ１６２５、及びＰＬ１６２３）をＴ細胞応答の誘導について試験した。ＢＨ２８６８（ＥＧＦＲｖＩＩＩのゼロコピー）は、低いが検出可能なＰＡＰ特異的応答を誘導した。ＰＡＰ融合物の一部としてＥＧＦＲｖＩＩＩの少なくとも１つのコピーを含む全ての株は、より高いＰＡＰ特異的応答を誘導し、発現レベルの増加を反映する免疫応答には、ある傾向があった（ＥＧＦＲｖＩＩＩのコピーが多いほど高い免疫応答をもたらした）。最も高い免疫応答は、ＰＬ１６２３（ＥＧＦＲｖＩＩＩの５つのコピー）から観察され、この応答は、ＥＧＦＲｖＩＩＩを全く含まないか、又はＥＧＦＲｖＩＩＩ反復の１コピーを含む株より統計的に高かった。同様に、反復の２つのコピーを含むＰＬ１６２９は、ＥＧＦＲｖＩＩＩのゼロコピーの株より有意に高いＰＡＰ応答を誘導した。
【０３２８】
当業者は、本発明の好ましい実施形態に対する多くの変更形態及び改変形態がなされ得ることと、こうした変更形態及び改変形態が本発明の趣旨から逸脱することなくなされ得ることとを理解するであろう。従って、添付の特許請求の範囲は、こうした均等な変形形態の全てを本発明の真の趣旨及び範囲に含まれるものとして包含することが意図される。
【０３２９】
本明細書に引用又は記載される各特許、特許出願、及び刊行物の開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０３３０】
【表５】
2018512165.tif 000010
【０３３１】
【表６】
2018512165.tif 000011
【０３３２】
【表７】
2018512165.tif 000012
【０３３３】
【表８】
2018512165.tif 000013
【０３３４】
【表９】
2018512165.tif 000014
【０３３５】
【表１０】
2018512165.tif 000015
【０３３６】
【表１１】
2018512165.tif 000016
【０３３７】
【表１２】
2018512165.tif 000017
【０３３８】
【表１３】
2018512165.tif 000018
【０３３９】
【表１４】
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【０３４０】
【表１５】
2018512165.tif 000020
【０３４１】
【表１６】
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【０３４２】
【表１７】
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【０３４３】
【表１８】
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【０３４４】
【表１９】
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【０３４５】
【表２０】
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【０３４６】
【表２１】
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【０３４７】
一部の実施形態では、本発明は、上皮増殖因子受容体変異型ＩＩＩ（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）ポリペプチドと、滑膜肉腫、Ｘブレークポイント２（ＳＳＸ２）ポリペプチドとを含む融合タンパク質に関する。一部の実施形態では、前記ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、前記融合タンパク質は、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含む。一部の実施形態では、前記融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピーを含む。いくつかの実施形態では、前記ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、１つ又は複数の切断配列によってフランキングされている。いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＳＳＸ２ポリペプチドのＮ末端と融合されている。いくつかの実施形態では、ＳＳＸ２ポリペプチドは、配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３４８】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３４９】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、シグナル配列を含み、シグナル配列は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド及びＳＳＸ２ポリペプチドと共に翻訳リーディングフレーム内にある。いくつかの実施形態では、シグナル配列は、配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。
【０３５０】
いくつかの実施形態では、前記融合タンパク質は細菌に発現される。一実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。
【０３５１】
様々な実施形態では、本発明はまた、前述の実施形態のいずれかの融合タンパク質をコードする核酸分子も提供する。
【０３５２】
いくつかの実施形態では、前記核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、及び配列番号９に示されるＳＳＸ２ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。
【０３５３】
一部の実施形態では、核酸分子は、プロモータ、シグナル配列、又はその両方をさらに含んでもよく、プロモータ、シグナル配列、又はその両方は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及びＳＳＸ２ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と作動可能に連結されている。いくつかの実施形態では、プロモータは、配列番号２１に示されるａｃｔＡプロモータと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。様々な実施形態において、シグナル配列は、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。一部の実施形態では、核酸分子は発現カセットの一部である。
【０３５４】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの核酸分子を含むベクターを提供する。
【０３５５】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの核酸分子を含む宿主細胞も提供する。いくつかの実施形態では、前記宿主細胞は細菌である。一実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。一部の実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ａｃｔＡ欠失突然変異体、ａｃｔＡ挿入突然変異体、ｉｎｌＢ欠失突然変異体、ｉｎｌＢ挿入突然変異体、又はこれらの組合せである。一実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体である。いくつかの実施形態では、核酸分子は、宿主細胞ゲノムに組み込まれる。いくつかの実施形態では、核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座又はｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０３５６】
様々な実施形態において、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞は、薬学的に許容される賦形剤と組み合わされる。
【０３５７】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含むワクチンを提供する。
【０３５８】
いくつかの実施形態では、本発明は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドと、前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）ポリペプチドとを含む融合タンパク質を提供する。一部の実施形態では、前記ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、前記融合タンパク質は、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含む。一実施形態では、前記融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピーを含む。
【０３５９】
いくつかの実施形態では、前記ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、１つ又は複数の切断配列によってフランキングされている。一部の実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＰＡＰポリペプチドのＮ末端と融合されている。
【０３６０】
一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３６１】
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む。
【０３６２】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、シグナル配列を含み、シグナル配列は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド及びＰＡＰポリペプチドと共に翻訳リーディングフレーム内にある。いくつかの実施形態では、シグナル配列は、配列番号２に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。
【０３６３】
様々な実施形態では、融合タンパク質は細菌に発現される。一部の実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。
【０３６４】
いくつかの実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの融合タンパク質をコードする核酸分子を提供する。一部の実施形態では、前記核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。
【０３６５】
一部の実施形態では、核酸は、プロモータ、シグナル配列、又はその両方をさらに含んでもよく、プロモータ、シグナル配列、又はその両方は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及びＰＡＰポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と共に翻訳フレーム内にある。いくつかの実施形態では、プロモータは、配列番号２１に示されるａｃｔＡプロモータと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。一部の実施形態において、シグナル配列は、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。
【０３６６】
一実施形態では、前記核酸分子は発現カセットの一部である。
【０３６７】
いくつかの実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの核酸分子を含むベクターを提供する。
【０３６８】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの核酸分子を含む宿主細胞も提供する。いくつかの実施形態では、前記宿主細胞は細菌である。一実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。様々な実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ａｃｔＡ欠失突然変異体、ａｃｔＡ挿入突然変異体、ｉｎｌＢ欠失突然変異体、ｉｎｌＢ挿入突然変異体、又はこれらの組合せである。一実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体である。
【０３６９】
一部の実施形態では、核酸分子は、宿主細胞ゲノムに組み込まれる。いくつかの実施形態では、核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座又はｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０３７０】
いくつかの実施形態において、宿主細胞は、薬学的に許容される賦形剤と組み合わされる。
【０３７１】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含むワクチンを提供する。
【０３７２】
いくつかの実施形態では、本発明は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、ＮＫ３ホメオボックス１（ＮＫＸ３．１）ポリペプチド、及び前立腺特異的膜抗原（ＰＳＭＡ）ポリペプチドを含む融合タンパク質を提供する。一部の実施形態では、前記ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、融合タンパク質は、複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドを含む。一実施形態では、融合タンパク質は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドの５つのコピーを含む。
【０３７３】
一部の実施形態では、前記ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、１つ又は複数の切断配列によってフランキングされている。
【０３７４】
いくつかの実施形態では、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチドは、ＮＫＸ３．１ポリペプチドのＮ末端と融合されており、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、ＰＳＭＡポリペプチドのＮ末端と融合されている。
【０３７５】
一部の実施形態では、ＰＳＭＡポリペプチドは、配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３７６】
いくつかの実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３７７】
いくつかの実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４（Ｒ４１Ｇ）と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３７８】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む。
【０３７９】
一実施形態では、融合タンパク質は、配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３８０】
いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む。
【０３８１】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３８２】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、シグナル配列を含み、シグナル配列は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、ＮＫＸ３．１ポリペプチド、及びＰＳＭＡポリペプチドと共に翻訳リーディングフレーム内にある。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号２に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。
【０３８３】
様々な実施形態において、融合タンパク質は細菌に発現される。一実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。
【０３８４】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの融合タンパク質をコードする核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、前記核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、配列番号２４に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。
【０３８５】
一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリヌクレオチド、配列番号１７に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１９に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。
【０３８６】
一部の実施形態では、核酸は、プロモータ、シグナル配列、又はその両方をさらに含んでもよく、プロモータ、シグナル配列、又はその両方は、ＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、ＮＫＸ３．１ポリペプチド、及びＰＳＭＡポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と共に翻訳フレーム内にある。一部の実施形態では、プロモータは、配列番号２１に示されるａｃｔＡプロモータと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。一部の実施形態において、シグナル配列は、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。
【０３８７】
一部の実施形態では、前述の実施形態のいずれかの核酸分子は発現カセットの一部である。
【０３８８】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの核酸分子を含むベクターを提供する。
【０３８９】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの核酸分子を含む宿主細胞を提供する。一部の実施形態では、宿主細胞は細菌である。一実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。一部の実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ａｃｔＡ欠失突然変異体、ａｃｔＡ挿入突然変異体、ｉｎｌＢ欠失突然変異体、ｉｎｌＢ挿入突然変異体、又はこれらの組合せである。一部の実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体である。
【０３９０】
一部の実施形態では、核酸分子は、宿主細胞ゲノムに組み込まれる。一部の実施形態では、核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座又はｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０３９１】
一部の実施形態では、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞は、薬学的に許容される賦形剤と組み合わされる。
【０３９２】
様々な実施形態において、本発明は、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞及び薬学的に許容される賦形剤を含むワクチンを提供する。
【０３９３】
一部の実施形態では、本発明は、ＮＫ３ホメオボックス１（ＮＫＸ３．１）ポリペプチドと、ＰＡＰポリペプチドとを含む融合タンパク質を提供する。一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３９４】
一部の実施形態では、ＮＫＸ３．１ポリペプチドは、ＰＡＰポリペプチドのＮ末端と融合されている。
【０３９５】
一部の実施形態では、ＰＡＰポリペプチドは、配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３９６】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０３９７】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む。
【０３９８】
一部の実施形態では、融合タンパク質は、シグナル配列をさらに含み、シグナル配列は、ＮＫＸ３．１ポリペプチド及びＰＡＰポリペプチドと共に翻訳リーディングフレーム内にある。一部の実施形態では、シグナル配列は、配列番号２に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。
【０３９９】
一部の実施形態では、前記融合タンパク質は細菌に発現される。一実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。
【０４００】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの融合タンパク質をコードする核酸分子を提供する。一部の実施形態では、前記核酸分子は、配列番号２８に示されるＮＫＸ３．１ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチド、及び配列番号１３に示されるＰＡＰ３３〜３８６ポリヌクレオチドと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるポリヌクレオチドを含む。
【０４０１】
一部の実施形態では、核酸は、プロモータ、シグナル配列、又はその両方をさらに含み、プロモータ、シグナル配列、又はその両方は、ＮＫＸ３．１ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及びＰＡＰポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と共に翻訳フレーム内にある。一部の実施形態では、プロモータは、配列番号２１に示されるａｃｔＡプロモータと少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。一部の実施形態において、シグナル配列は、配列番号１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である。
【０４０２】
一部の実施形態では前記核酸分子は発現カセットの一部である。
【０４０３】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの核酸分子を含むベクターを提供する。
【０４０４】
一部の実施形態では、本発明は、前述のいずれかの核酸分子を含む宿主細胞を提供する。一実施形態では、前記宿主細胞は細菌である。一部の実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。一部の実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ａｃｔＡ欠失突然変異体、ａｃｔＡ挿入突然変異体、ｉｎｌＢ欠失突然変異体、ｉｎｌＢ挿入突然変異体、又はこれらの組合せである。いくつかの実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体である。一部の実施形態では、核酸分子は、宿主細胞ゲノムに組み込まれる。様々な実施形態では、核酸分子は、ａｃｔＡ遺伝子座、ｉｎｌＢ遺伝子座又はｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０４０５】
一部の実施形態では、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞は、薬学的に許容される賦形剤と組み合わされる。
【０４０６】
一部の実施形態では、本発明は、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤とを含むワクチンを提供する。
【０４０７】
一部の実施形態では、本発明は、１つ又は複数の核酸分子を含む宿主細胞を提供し、前記核酸分子は、ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又はｈ）これらの任意の組み合わせをコードする核酸配列を含む。
【０４０８】
一部の実施形態では、宿主細胞の核酸分子は、ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｄ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｅ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｆ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｇ）配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列；ｈ）配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｉ）配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｊ）配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｋ）配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；又はｌ）これらの任意の組合せを含む。
【０４０９】
一部の実施形態では、宿主細胞は細菌である。一実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。一部の実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体である。
【０４１０】
一部の実施形態では、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞は、ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及びｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、（ａ）は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｃ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０４１１】
一部の実施形態では、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞は、ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及びｃ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、（ａ）は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｃ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０４１２】
一部の実施形態では、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞は、ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及びｂ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、（ａ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０４１３】
一部の実施形態では、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞は、ａ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及びｂ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態では、（ａ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０４１４】
一部の実施形態では、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞の核酸分子は、ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｃ）配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｄ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｅ）配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｆ）配列番号３１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜４５９に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｈ）配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｉ）配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｊ）配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；ｋ）配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるアミノ酸配列；又はｌ）これらの任意の組合せをコードする核酸配列を含む。
【０４１５】
一部の実施形態では、本発明は、対象において免疫応答を誘発する方法を提供し、これは、前述の実施形態のいずれかの宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含む。
【０４１６】
一部の実施形態では、本発明は、対象において免疫応答を誘発する方法を提供し、これは、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；ｇ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又はｈ）これらの任意の組み合わせを含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現する。
【０４１７】
一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｄ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｅ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｆ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｇ）配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列；ｈ）配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｉ）配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｊ）配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｋ）配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；又はｌ）これらの任意の組合せを含む核酸分子から発現される。一部の実施形態では、（ａ）は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｃ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。いくつかの実施形態では、（ａ）は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｄ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。一部の実施形態では、（ｅ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｆ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。様々な実施形態において、（ｅ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ａ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０４１８】
一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｃ）配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｄ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｅ）配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｆ）配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｇ）配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｈ）配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｉ）配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；又はｊ）これらの任意の組合せを含む。
【０４１９】
前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、前記宿主細胞は細菌である。一実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。いくつかの実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体である。様々な実施形態において、投与ステップは、静脈内経路で実施される。一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、対象内の感染細胞の細胞質中に宿主細胞から発現及び分泌される。一部の実施形態では、感染細胞は抗原提示細胞である。
【０４２０】
一部の実施形態では、本発明は、抗原ポリペプチドの発現を増大させる方法を提供し、前記方法は、宿主細胞において核酸分子を発現するステップを含み、前記核酸分子は、ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；ｇ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又はｈ）これらの任意の組み合わせをコードする核酸配列を含む。
【０４２１】
いくつかの実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｄ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｅ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｆ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｇ）配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列；ｈ）配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｉ）配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｊ）配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｋ）配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；又はｌ）これらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、（ａ）は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｃ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。一部の実施形態では、（ａ）は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｄ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。一部の実施形態では、（ｅ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｆ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。一部の実施形態において、（ｅ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ａ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０４２２】
前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、核酸分子は、ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｃ）配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｄ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｅ）配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｆ）配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｇ）配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｈ）配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｉ）配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；又はｊ）これらの任意の組合せを含む融合タンパク質をコードする。
【０４２３】
前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、前記宿主細胞は細菌である。いくつかの実施形態では、細菌は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。
【０４２４】
前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、発現ステップは、目的の細胞を宿主細胞に感染させるステップを含む。一部の実施形態では、前記発現ステップは、宿主細胞を対象に投与するステップを含む。
【０４２５】
一部の実施形態では、前述の宿主細胞のいずれかの核酸分子は、宿主細胞内のエピソームプラスミド上の発現カセットに挿入される。
【０４２６】
一部の実施形態では、前述の宿主細胞のいずれかの核酸分子は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６；配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０を含む。
【０４２７】
一部の実施形態では、前述の宿主細胞のいずれかの核酸分子は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６；配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる。
【０４２８】
前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；及びｃ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列を含む。
【０４２９】
前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、１つ又は複数の核酸分子は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２；配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６；配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる。
【０４３０】
一部の実施形態では、本発明は、癌の治療を、それを必要とする対象において行う方法を提供し、前記方法は、治療有効量の、宿主細胞を含む組成物を対象に投与するステップを含み、宿主細胞は、ａ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＳＳＸ２融合タンパク質；ｂ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；ｃ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号２５に示されるＮＫＸ３．１１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；ｄ）配列番号６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含む１つ又は複数のＥＧＦＲｖＩＩＩポリペプチド、配列番号１８に示されるＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号２０に示されるＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＳＭＡポリペプチドを含む、ＥＧＦＲｖＩＩＩ−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０融合タンパク質；ｅ）配列番号２９に示されるＮＫＸ３．１と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＮＫＸ３．１ポリペプチド、及び配列番号１４に示されるＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６融合タンパク質；ｆ）配列番号２として示されるＡｃｔＡＮ１００＊と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００＊ポリペプチド、及び配列番号１０に示されるＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＳＳＸ２ポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２融合タンパク質；ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜１００に示されるＡｃｔＡＮ１００と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＡｃｔＡＮ１００ポリペプチド、及び配列番号３３のアミノ酸残基１０３〜４５９に示されるＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列を含むＰＡＰポリペプチドを含む、ＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６融合タンパク質；又はｈ）これらの任意の組み合わせを含む１つ又は複数の融合タンパク質を発現する。一部の実施形態では、宿主細胞は、（ａ）、（ｂ）及び（ｄ）を発現する。
【０４３１】
一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、ａ）配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｂ）配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｃ）配列番号２２に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｄ）配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｅ）配列番号２６に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｆ）配列番号３０に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｇ）配列番号３２に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６−ＳＬ８と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一である核酸配列；ｈ）配列番号３４に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｉ）配列番号３６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｊ）配列番号３８に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；ｋ）配列番号４０に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一であるヌクレオチド配列；又はｌ）これらの任意の組合せを含む核酸分子から発現される。
【０４３２】
一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、（ａ）、（ｂ）、及び（ｄ）を含む核酸分子から発現される。一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、（ａ）、（ｂ）、及び（ｄ）からなる核酸分子から発現される。一部の実施形態では、（ａ）、（ｂ）、及び（ｄ）は、ＡｃｔＡプロモータと作動可能に連結されている。一部の実施形態では、ＡｃｔＡプロモータは、配列番号２１に示される。一部の実施形態では、（ａ）は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｃ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。いくつかの実施形態では、（ａ）は、ａｃｔＡ遺伝子座に組み込まれ、（ｂ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｄ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。一部の実施形態では、（ｅ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ｆ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。いくつかの実施形態では、（ｅ）は、ｉｎｌＢ遺伝子座に組み込まれ、（ａ）は、ｔＲＮＡＡｒｇ遺伝子座に組み込まれる。
【０４３３】
一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、配列番号３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる核酸分子から発現される。
【０４３４】
いくつかの実施形態では、癌は、ＥＧＦＲｖＩＩＩ発現癌、ＳＳＸ２発現癌、ＰＡＰ発現癌、ＮＫＸ３．１発現癌、ＰＳＭＡ発現癌、又はこれらの任意の組合せである。一実施形態では、癌は前立腺癌である。
【０４３５】
いくつかの実施形態では、宿主細胞は、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）である。様々な実施形態において、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ａｃｔＡ欠失（ΔａｃｔＡ）突然変異体、ａｃｔＡ挿入突然変異体、ｉｎｌＢ欠失（ΔｉｎｌＢ）突然変異体、ｉｎｌＢ挿入突然変異体、又はこれらの組合せである。一実施形態では、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）は、ΔａｃｔＡ／ΔｉｎｌＢ突然変異体である。
【０４３６】
癌を治療する前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、融合タンパク質は、対象における感染細胞の細胞質中に宿主細胞から発現及び分泌される。いくつかの実施形態では、感染細胞は抗原提示細胞である。
【０４３７】
癌を治療する前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、ａ）配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｂ）配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｃ）配列番号２３のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｄ）配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｅ）配列番号２７のアミノ酸残基８９〜６７８に示されるＮＫＸ３．１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｆ）配列番号３１に示されるＡｃｔＡＮ１００＊−ＳＳＸ２と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｇ）配列番号３３のアミノ酸残基１〜４５９に示されるＡｃｔＡＮ１００−ＰＡＰ３０〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｈ）配列番号３５のアミノ酸残基８９〜４７６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ１−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｉ）配列番号３７のアミノ酸残基８９〜５０９に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ２−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｊ）配列番号３９のアミノ酸残基８９〜５４１に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ３−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；ｋ）配列番号４１のアミノ酸残基８９〜５７３に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ４−ＰＡＰ３３〜３８６と少なくともｉ）９０％同一、ｉｉ）９５％同一、ｉｉｉ）９９％同一、又はｉｖ）１００％同一のアミノ酸配列；又はこれらの任意の組合せを含む。
【０４３８】
癌を治療する前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、（ａ）、（ｂ）及び（ｄ）を含む。
【０４３９】
癌を治療する前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、（ａ）、（ｂ）及び（ｄ）からなる。
【０４４０】
癌を治療する前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、１つ又は複数の融合タンパク質は、配列番号４のアミノ酸残基８９〜４７５に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＳＳＸ２、配列番号１２のアミノ酸残基８９〜６０６に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＰＡＰ３３〜３８６、及び配列番号１６のアミノ酸残基８９〜１１７７に示されるＥＧＦＲｖＩＩＩｘ５−ＮＫＸ３．１（Ｒ４１Ｇ）１１〜２３４−ＰＳＭＡ１〜２０，４４〜１３８，１６９〜７５０からなる。
【０４４１】
一部の実施形態では、本方法は、組成物を投与する前に対象からの生体サンプルにおいてＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＳＳＸ２、ＰＡＰ、ＮＫＸ３．１、ＰＳＭＡ、又はこれらの任意の組合せの発現を測定するステップをさらに含む。
【０４４２】
癌を治療する前述の方法のいずれかの一部の実施形態では、組成物は、薬学的に許容される賦形剤をさらに含む。いくつかの実施形態では、投与ステップは、静脈内経路で実施する。
【０４４３】
一部の実施形態では、癌を治療する方法は、組成物を投与した後、抗生物質を対象に投与するステップをさらに含む。いくつかの実施形態では、組成物の最終用量後に抗生物質を投与する。関連する実施形態では、抗生物質は、アモキシシリン又はトリメトプリム／スルファメトキサゾールである。
【０４４４】
本明細書に引用されるあらゆる特許、公開出願、及び参照文献の教示は、その全体が参照により組み込まれる。
【０４４５】
本発明をその例示的な実施形態に関して具体的に示し、説明してきたが、当業者は、特許請求の範囲に包含される本発明の範囲から逸脱することなく、形態及び詳細に対する様々な変更形態がなされ得ることを理解するであろう。
【図１】
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【図２】
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【図３Ａ−Ｂ】
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【図３Ｃ−Ｄ】
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【図３Ｅ】
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【図４】
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【図５Ａ】
2018512165.tif 000033
【図５Ｂ】
2018512165.tif 000034
【図６】
2018512165.tif 000035
【図７Ａ】
2018512165.tif 000036
【図７Ｂ】
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【図８】
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【配列表】
2018512165000001.app
【国際調査報告】
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