(57)【要約】本発明は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞（例えば樹状細胞）により誘導される活性化Ｔ細胞又はＰＢＭＣを用いる、個体のがんを治療するための方法を提供する。この方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を個体に投与することを更に含んでよい。この方法は、単独で、又は免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて使用してよい。ネオ抗原ペプチドを用いて、又は、個体の腫瘍中の突然変異荷重に基づいて、個体に対してカスタマイズした精密療法が提供される。活性化Ｔ細胞を調製する方法、治療を観察する方法、及び腫瘍特異的Ｔ細胞受容体をクローニングする方法が、更に開示される。活性化Ｔ細胞を含む単離された細胞集団、並びに、がん免疫療法に有用な組成物及びキットも提供される。
2018512380.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体のがんを治療する方法であって、前記個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含み、前記活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、方法。
【請求項２】
前記個体が、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を事前に投与されている、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記樹状細胞が、前記活性化Ｔ細胞の投与に先立って投与される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記樹状細胞が、前記活性化Ｔ細胞の投与の約７日間〜約２１日間前に投与される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記方法が、前記Ｔ細胞集団を前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって、前記活性化Ｔ細胞を調製することを更に含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記Ｔ細胞集団が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日〜約２１日間共培養される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記共培養に先立って、前記Ｔ細胞集団を免疫チェックポイント阻害剤と接触させる、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｔ細胞集団が、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養される、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、請求項８又は請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記方法が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することを更に含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団が、樹状細胞集団を前記複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団が、前記樹状細胞集団を、前記樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、前記複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記Ｔ細胞集団及び前記樹状細胞集団が、同一個体由来である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記Ｔ細胞集団及び前記樹状細胞集団が、治療されている個体由来である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
活性化Ｔ細胞集団を調製する方法であって、
ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、
ｂ）前記樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、
Ｃ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含み、
前記単球集団及び前記非付着性ＰＢＭＣ集団が個体由来のＰＢＭＣ集団から得られる、方法。
【請求項１７】
工程ｂ）が、前記樹状細胞集団を、前記樹状細胞による前記複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、前記複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
工程ｂ）が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を、複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストと接触させ、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の成熟化を誘導することを更に含む、請求項１６又は請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
工程ｃ）が、前記活性化Ｔ細胞集団を複数のサイトカインと接触させ、前記活性化Ｔ細胞集団の増殖及び分化を誘導することを更に含む、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記複数のサイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５又はＩＬ−２１を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記共培養に先立って、前記非付着性ＰＢＭＣ集団を免疫チェックポイント阻害剤と接触させる、請求項１６〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
工程ｃ）が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び前記非付着性ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で共培養することを含む、請求項１６〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、請求項２１又は請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
個体のがんを治療する方法であって、個体に、請求項１６〜２３のいずれか一項に記載の方法によって調製された有効量の前記活性化Ｔ細胞集団を投与することを含む、方法。
【請求項２５】
前記ＰＢＭＣ集団が、治療されている個体から得られる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記活性化Ｔ細胞が、少なくとも３回個体に投与される、請求項１〜１５及び２４〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記活性化Ｔ細胞の各投与間隔が、約０．５ヶ月〜約５ヶ月である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記活性化Ｔ細胞が静脈内投与される、請求項１〜１５及び２４〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記活性化Ｔ細胞が、個体当たり少なくとも約３×１０９個の用量で投与される、請求項１〜１５及び２４〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記活性化Ｔ細胞が、個体当たり約１×１０９〜約１×１０１０個で投与される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞が少なくとも３回投与される、請求項２〜１５及び２４〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記樹状細胞の各投与間隔が、約０．５ヶ月〜約５ヶ月である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞が皮下投与される、請求項２〜１５及び２４〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記樹状細胞が、個体当たり約１×１０６〜約５×１０６個の用量で投与される、請求項２〜１５及び２４〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
個体のがんを治療する方法であって、
ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、
ｂ）個体に、有効量の前記活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、方法。
【請求項３６】
工程（ａ）が、前記ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記活性化ＰＢＭＣが少なくとも３回個体に投与される、請求項３５〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
前記活性化ＰＢＭＣの各投与間隔が、約０．５ヶ月〜約５ヶ月である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記活性化ＰＢＭＣが静脈内投与される、請求項３５〜３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
前記活性化ＰＢＭＣが、個体当たり約１×１０９〜約１×１０１０個の用量で投与される、請求項３５〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、それぞれ約２０〜約４０のアミノ酸長である、請求項１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、ＭＨＣ−Ｉエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む、請求項１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、ＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む、請求項１〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
ＭＨＣ−Ｉエピトープ又はＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む前記少なくとも１つのペプチドが、Ｎ末端、Ｃ末端、又は両方において、エピトープに隣接する追加のアミノ酸を更に含む、請求項４３又は請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループを含む、請求項１〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループを更に含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記第１コアグループが、約１０〜約２０個の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む、請求項４６又は請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記第２グループが、約１〜約１０個のがん種特異的抗原ペプチドを含む、請求項４７又は請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記複数の腫瘍抗原ペプチドがネオ抗原ペプチドを含む、請求項１〜４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
前記ネオ抗原ペプチドが、個体由来の腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルに基づいて選択される、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記がんが、肝細胞がん、子宮頸がん、肺がん、結腸直腸がん、リンパ腫、腎がん、乳がん、膵がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、前立腺がん、上咽頭がん、黒色腫及び脳がんからなる群から選択される、請求項１〜１５及び２４〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
前記個体に有効量の免疫チェックポイント阻害剤を投与することを更に含む、請求項１〜１５及び２４〜５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記個体が、がん中の突然変異荷重に基づく治療方法に対して選択される、請求項１〜１５及び２４〜５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
前記個体のがんにおける突然変異荷重が低い、請求項１〜１５及び２４〜５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
前記個体の１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子における突然変異荷重が低い、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
前記個体が、前記１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中で、約１０ヶ所以下の突然変異を有する、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記個体が、Ｂ２Ｍ中に突然変異を持たない、請求項５７又は請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記個体が、前記１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子の機能性領域中に突然変異を持たない、請求項５７〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記がんの突然変異荷重が、前記個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される、請求項５５〜６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
前記個体が、がん中に１つ又は２つ以上のネオ抗原を有することに基づく治療方法に対して選択される、請求項１〜１５及び２４〜６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
前記個体が少なくとも５つのネオ抗原を有する、請求項１〜１５及び２３〜６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
前記がんのネオ抗原を同定することと、ネオ抗原ペプチドを前記複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、前記ネオ抗原ペプチドが、前記ネオ抗原中のネオエピトープを含む、請求項６２又は請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記ネオ抗原が、前記個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により同定される、請求項６２〜６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６６】
前記配列決定が、がん関連遺伝子のターゲットシークエンシングである、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記ネオエピトープのＭＨＣ分子への親和性を測定することを更に含む、請求項６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴ細胞受容体への親和性を測定することを更に含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記ＭＨＣ分子がＭＨＣクラスＩ分子である、請求項６７又は請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
前記ＭＨＣ分子が前記個体由来である、請求項６７〜６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
前記活性化Ｔ細胞又は前記活性化ＰＢＭＣの投与後に、前記個体を観察することを更に含む、請求項１〜１５及び２４〜７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
前記観察が、前記個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記観察が、前記個体において前記複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む、請求項７１又は請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、前記複数の腫瘍抗原ペプチドが前記特異的免疫応答に基づいて調整される、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記治療方法が、前記複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記個体がヒト個体である、請求項１〜１５及び２４〜７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
腫瘍特異的Ｔ細胞受容体のクローニング方法であって、
（ａ）請求項１〜１５及び２４〜７６のいずれか一項に記載の方法を用いて個体を治療することと、
（ｂ）前記個体からＴ細胞を単離することであって、前記Ｔ細胞が、複数の腫瘍抗原ペプチド中のある腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する、ことと、
（ｃ）前記Ｔ細胞からＴ細胞受容体をクローニングし、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を提供することと、を含む、方法。
【請求項７８】
前記個体が、前記腫瘍抗原ペプチドに対する強い特異的免疫応答を有する、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記Ｔ細胞が、前記個体のＰＢＭＣサンプルから単離される、請求項７７又は請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記腫瘍抗原ペプチドがネオ抗原ペプチドである、請求項７７〜７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８１】
請求項７７〜８０のいずれか一項に記載の方法を用いてクローニングされる、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体。
【請求項８２】
請求項８１に記載の腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を含む、単離されたＴ細胞。
【請求項８３】
個体に、有効量の請求項８２に記載の単離されたＴ細胞を投与することを含む、個体のがんを治療する方法。
【請求項８４】
請求項１６〜２３及び４２〜５１のいずれか一項に記載の方法によって調製される、単離された細胞集団。
【請求項８５】
活性化Ｔ細胞を含み、前記活性化Ｔ細胞の約１％未満が制御性Ｔ（ＴＲＥＧ）細胞である、単離された細胞集団。
【請求項８６】
約０．３％〜約０．５％のＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞を含む、請求項８４又は請求項８５に記載の単離された細胞集団。
【請求項８７】
約６５％〜約７５％のＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞を含む、請求項８４〜８６のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
【請求項８８】
約１６％〜約２２％のＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞を含む、請求項８４〜８７のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
【請求項８９】
約１３％〜約１５％のＣＤ３＋ＣＤ５６＋細胞を含む、請求項８４〜８８のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
【請求項９０】
前記活性化Ｔ細胞が、ｉｎ  ｖｉｖｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで、複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的応答を誘発する能力がある、請求項８４〜８９のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
【請求項９１】
前記活性化Ｔ細胞が、複数の炎症性分子を発現する、請求項９０に記載の単離された細胞集団。
【請求項９２】
前記複数の炎症性分子が、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、グランザイムＢ、又はパーフォリンを含む、請求項９１に記載の単離された細胞集団。
【請求項９３】
前記活性化Ｔ細胞が、複数の免疫抑制サイトカインを発現しないか、又はその発現が低い、請求項８４〜９２のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
【請求項９４】
前記複数の免疫抑制サイトカインがＩＬ−１０又はＩＬ−４を含む、請求項９３に記載の単離された細胞集団。
【請求項９５】
前記活性化Ｔ細胞の約５％未満が免疫抑制分子ＰＤ−１を発現する、請求項８４〜９４のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
【請求項９６】
前記単離された細胞集団中の少なくとも約９０％の細胞が活性化Ｔ細胞である、請求項８４〜９５のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
【請求項９７】
少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む組成物であって、前記少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのうちそれぞれが、配列番号１〜４０からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む、組成物。
【請求項９８】
前記少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドが、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む、請求項９７に記載の組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願の相互参照）
本出願は、２０１５年３月１３日出願の国際出願ＰＣＴ／ＣＮ２０１５／０７４２２７号の優先権の利益を主張するものであり、この内容は、その全体を参照することによって本明細書に組み込まれる。
【０００２】
（ＡＳＣＩＩテキストファイルによる配列表の提出）
ＡＳＣＩＩテキストファイルによる以下の提出内容、すなわち、コンピューター読み取り可能な形式（ＣＲＦ）の配列表（ファイル名：７４４８５２０００１４１ＳＥＱＬＩＳＴ．ＴＸＴ、記録日：２０１６年３月１１日、サイズ：７．８３ＫＢ）は、その全体を参照することによって本明細書に組み込まれる。
【０００３】
（発明の分野）
本発明は、がん免疫療法の分野に関する。より具体的には、本発明は、活性化Ｔ細胞を用いて、個体中のがんを治療するための方法、組成物、及びキットを提供する。
【背景技術】
【０００４】
人体は、内臓の悪性腫瘍などの疾患から自身を防御するため、複雑な免疫系を有している。そのため、がんを治療し、防ぐために人体が持つ免疫力を解放することは、腫瘍学においては長年にわたる究極の目標である。腫瘍に対する自然の免疫応答は、典型的には、がん細胞のみで発現される変異タンパク質などの腫瘍抗原、及び、がんの原発組織で過剰発現しているが、完全に「自己」とは認識されない腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）によって誘発される。腫瘍抗原に遭遇する抗原提示細胞（ＡＰＣ）、特に樹状細胞（ＤＣ）は、腫瘍抗原を処理し、その細胞表面に提示できる。成熟すると、腫瘍抗原を取り込んだＤＣは、腫瘍抗原を有するがん細胞に対して、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、並びに、機能的に異なるエフェクターＴ細胞及びメモリーＴ細胞が関与する、Ｔ細胞応答を引き起こすことができる。Ｔ細胞応答のうち、特に強力なものは、サイトカイン、酵素、及び細胞毒素の放出、又は、細胞間相互作用を介するアポトーシス促進性シグナル伝達カスケードの誘発によって、がん細胞を死滅できる、細胞傷害性Ｔ細胞の産生に関与する。
【０００５】
がん免疫療法は、がん治療のために上記プロセスを利用することを目標としているが、最近までの成果はかなり限定されている。初期の試みは、特異的抗原ペプチド、完全長の抗原タンパク質、又はウイルスベクターをコードする腫瘍抗原に基づいた、がんワクチンの開発に重点を置いた。わずかな種類のがんワクチンが臨床入りしたが、何らかの目を見張る臨床転帰をもたらしたものは更に少ない。化学療法、放射線療法、及び外科的切除などの従来のがん療法とは異なり、一般に、がん免疫療法による治療、特にがんワクチンに対する身体の応答は、ＡＰＣが抗原を処理し、Ｔ細胞に提示する時間、及び、Ｔ細胞が成熟し、免疫応答を誘発する時間がかかるために非常に遅れる。患者体内に腫瘍が存在するとき、腫瘍中のがん細胞は、免疫系による監視から逃れる機構を既に有している。したがって、効果的な腫瘍ワクチンは、免疫学的監視の欠陥を迂回して、強い免疫応答を誘発できる必要がある。また、がんワクチンには、明確かつ持続的な臨床効果をもたらすことによる手法を防ぐ、いくつかの邪魔な問題が存在する。第１に、がん細胞は、同一の組織型であっても、異なる患者間、及び、同一患者の異なる病変部間での遺伝子構成及び発現プロファイルはかなり異質であり、この現象は、文献及び公開データベースに見られる、がん細胞における最近の次世代配列決定実験由来の大量の遺伝的データによって十分に立証されている。その結果、特定のがんワクチン治療における限られた数の腫瘍抗原が、全ての患者の個々の腫瘍に特有の多種多様の抗原を示す可能性は低い。第２に、がんワクチン中の多くの抗原部分は、血清中半減期及び生物学的利用能の問題のため、ＡＰＣ上に効率よく提示されない。第３に、がんワクチン中に含まれる抗原によってＡＰＣが適切に刺激を受けた場合でも、好適な活性化シグナル及び微小環境に欠けるため、Ｔ細胞の誤った亜集団、特に、腫瘍に対する免疫応答を刺激する代わりに阻害する、免疫抑制制御性Ｔ細胞（ＴＲＥＧ）の産生につながる場合がある。後ろ２つの問題の原因は、任意のがんワクチンが投与されると、それに対する患者の実際の応答を臨床医が制御できないことに関連している。
【０００６】
比較的規定され、制御された条件下で調製された免疫媒介細胞又は細胞産物を患者に投与することによる、細胞系がん免疫療法による手法は、がんワクチンにおける上記課題のいくつかを軽減する。特に、ＤＣ系法は、特に、２０１０年４月の、ＦＤＡによる進行前立腺がんに対するＰＲＯＶＥＮＧＥ（登録商標）（シプリューセル−Ｔ）の承認後、大きな関心を集めている。典型的なＤＣ系免疫療法は、がん患者からＤＣを単離することと、そのＤＣに腫瘍抗原（又は、腫瘍細胞ライセート及び総ｍＲＮＡなどの抗原）をｅｘ  ｖｉｖｏで添加することと、その後、ＤＣを患者に投与して戻し、がんを死滅させるＴ細胞応答を誘発することと、が含まれる。例えば、ＰＲＯＶＥＮＧＥ（登録商標）は、患者の末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を、サイトカイン（例えばＧＭ−ＣＳＦ）に結合した腫瘍由来抗原を含む融合タンパク質に曝露すること、続いて、ＰＢＭＣ（Ｔ細胞に対して腫瘍由来抗原を提示可能な活性化ＤＣを含むと推定される）を患者に注入することを含む（米国特許第５，９７６，５４６号、同第６，０８０，４０９号、及び同第６，２１０，６６２号参照）。第ＩＩＩ相ピボタル試験（Ｋａｎｔｏｆｆ  ＰＷ，Ｈｉｇａｎｏ  ＣＳ  ｅｔ  ａｌ．（２０１０）「Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  ｃａｓｔｒａｔｉｏｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ．」Ｎ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６３：４１１〜２２）では、ＰＲＯＶＥＮＧＥ（登録商標）の特定の実施形態が、ＧＭ−ＣＳＦ（ＤＣを誘発かつ誘導すると知られているサイトカイン）に融合した前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）の組換えタンパク質、前立腺がん関連抗原を用いて調製された。ＰＲＯＶＥＮＧＥ（登録商標）は、実験群の患者の生存期間の中央値（２５．８ヶ月）を、対照群（２１．７ヶ月）に比べて延長することができたが、臨床試験の結果は、腫瘍の進行の遅延、又は腫瘍サイズの縮小において、統計学的に有意な証拠を示さなかった。より問題となるのは、個々の患者の生存期間が、ＰＲＯＶＥＮＧＥ（登録商標）治療中の、融合タンパク質又はＰＡＰのいずれかに対する特異的なＴ細胞応答と相関しないように思われることである（Ｃｈｅｅｖｅｒ  ＭＡ，Ｈｉｇａｎｏ  ＣＳ（２０１１）「ＰＲＯＶＥＮＧＥ（Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ）ｉｎ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ：ｔｈｅ  ｆｉｒｓｔ  ＦＤＡ−ａｐｐｒｏｖｅｄ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｃａｎｃｅｒ  ｖａｃｃｉｎｅ．」Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１７：３５２０〜６）。
細胞系免疫療法による手法における２つ目の方法は養子リンパ球療法と言い、患者の腫瘍から腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を単離することと、ＴＩＬをｅｘ  ｖｉｖｏで増殖させることと、患者が従来持っている非骨髄性リンパ球を枯渇させた後にそのＴＩＬを患者に投与して戻すことと、を含む。腫瘍の完全な退縮や長期にわたる無病生存期間などの劇的な臨床応答が、養子リンパ球療法の黒色腫患者への臨床応用において報告されている（Ｒｅｓｔｉｆｏ  ＮＰ，Ｄｕｄｌｅｙ  ＭＥ，ａｎｄ  Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ  ＳＡ．（２０１２）「Ａｄｏｐｔｉｖｅ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ：ｈａｒｎｅｓｓｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ．」Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２：２６９〜８１）。更に、ＴＩＬの臨床上の利点が、ＴＩＬ集団中に存在する腫瘍特異的Ｔ細胞と相関するか、又は、それら細胞から得られることが示されている（Ｒｏｂｂｉｎｓ  ＰＦ  ｅｔ  ａｌ．（２０１３）「Ｍｉｎｉｎｇ  ｅｘｏｍｉｃ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ  ｔｏ  ｉｄｅｎｔｉｆｙ  ｍｕｔａｔｅｄ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ  ｂｙ  ａｄｏｐｔｉｖｅｌｙ  ｔｒａｎｓｆｅｒｒｅｄ  ｔｕｍｏｒ−ｒｅａｃｔｉｖｅ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ．」Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １９：７４７〜７５２、及びＴｒａｎ  Ｅ  ｅｔ  ａｌ．（２０１４）「Ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｂａｓｅｄ  ｏｎ  ｍｕｔａｔｉｏｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＣＤ４＋  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  ａ  ｐａｔｉｅｎｔ  ｗｉｔｈ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃａｎｃｅｒ」Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３４４：６４１〜６４５）。最近は、ある腫瘍抗原への親和性が改変された、遺伝子操作を受けたＴ細胞受容体、つまりキメラ抗原受容体（ＣＡＲ−Ｔ）を有するＴ細胞によって、Ｔ細胞−腫瘍相互作用の微小環境を変えることにより、養子リンパ球療法の能力を更に拡大している。現在の養子リンパ球療法に関する大きな問題点は、臨床試験における、恐らく不適切な標的選択（いわゆるｏｎ−ｔａｒｇｅｔ  ｏｆｆ  ｔｕｍｏｒ作用）が関与する、ＣＮＳ毒性などの重篤な有害事象の複数の報告、及び、Ｔ細胞集団の偏った増殖が関係している。この手法の別の問題点は、注入されたＴリンパ球上に提示された腫瘍特異的抗原に対して、迅速に獲得された免疫寛容、並びに、がん細胞による免疫逃避のせいで、一部の患者において持続的な応答が見られないことである。
免疫寛容及び免疫逃避は、ＴＲＥＧ及びＭＤＳＣ（骨髄由来サプレッサー細胞）などの免疫抑制細胞数の増殖に加えて、腫瘍部位の微小環境においてＴ細胞と相互作用している細胞上のチェックポイント分子、つまり、共抑制シグナルによって仲介されることが多い。よく研究されているチェックポイント分子対は、Ｔ細胞上の免疫抑制ＰＤ−１受容体、及び、ＡＰＣ（例えばＤＣ）、ＭＤＳＣ及びがん細胞上のＰＤ−Ｌ１リガンドを含む。ＰＤ−１にＰＤ−Ｌ１が結合すると、炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ−２）の産生及び細胞傷害性Ｔ細胞の増殖を阻害するシグナルを引き起こす。多くの計画では、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合が、細胞傷害性Ｔ細胞のアポトーシスを引き起こす。一方、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１シグナルはＴＲＥＧ細胞を誘導し、これが、腫瘍攻撃能を備えるＴ細胞を更に阻害するように作用する。Ｔ細胞チェックポイントの阻害により、腫瘍部位における免疫寛容及び免疫逃避を克服できるという理論に基づいて、がん免疫療法の異なる手法として、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及び他のチェックポイント分子（例えばＴ細胞上のＣＴＬＡ−４）に対する抗体が、現在いくつかの製薬会社によって開発されている。チェックポイント阻害手法の抗腫瘍効果が、ｉｎ  ｖｉｖｏにおいて腫瘍特異的Ｔ細胞が予め存在していることを必要とすることは、注目に値する（Ｂｏｕｓｓｉｏｔｉｓ  ＶＡ（２０１４）「Ｓｏｍａｔｉｃ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ｗｉｔｈ  ＣＴＬＡ−４  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｎ  ｍｅｌａｎｏｍａ」Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３７１：２２３０〜２２３２、Ｗｏｌｃｈｏｋ  ＪＤ  ａｎｄ  Ｃｈａｎ  ＴＡ，（２０１４）「Ｃａｎｃｅｒ：ａｎｔｉｔｕｍｏｒ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｇｅｔｓ  ａ  ｂｏｏｓｔ」Ｎａｔｕｒｅ  ５１５：４９６〜４９８）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】米国特許第５，９７６，５４６号明細書
【特許文献２】米国特許第６，０８０，４０９号明細書
【特許文献３】米国特許第６，２１０，６６２号明細書
【非特許文献】
【０００８】
【非特許文献１】Ｋａｎｔｏｆｆ  ＰＷ，Ｈｉｇａｎｏ  ＣＳ  ｅｔ  ａｌ．（２０１０）「Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  ｃａｓｔｒａｔｉｏｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ．」Ｎ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６３：４１１〜２２
【非特許文献２】Ｃｈｅｅｖｅｒ  ＭＡ，Ｈｉｇａｎｏ  ＣＳ（２０１１）「ＰＲＯＶＥＮＧＥ（Ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ−Ｔ）ｉｎ  ｐｒｏｓｔａｔｅ  ｃａｎｃｅｒ：ｔｈｅ  ｆｉｒｓｔ  ＦＤＡ−ａｐｐｒｏｖｅｄ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｃａｎｃｅｒ  ｖａｃｃｉｎｅ．」Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１７：３５２０〜６
【非特許文献３】Ｒｅｓｔｉｆｏ  ＮＰ，Ｄｕｄｌｅｙ  ＭＥ，ａｎｄ  Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ  ＳＡ．（２０１２）「Ａｄｏｐｔｉｖｅ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ：ｈａｒｎｅｓｓｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ．」Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２：２６９〜８１
【非特許文献４】Ｒｏｂｂｉｎｓ  ＰＦ  ｅｔ  ａｌ．（２０１３）「Ｍｉｎｉｎｇ  ｅｘｏｍｉｃ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ  ｔｏ  ｉｄｅｎｔｉｆｙ  ｍｕｔａｔｅｄ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ  ｂｙ  ａｄｏｐｔｉｖｅｌｙ  ｔｒａｎｓｆｅｒｒｅｄ  ｔｕｍｏｒ−ｒｅａｃｔｉｖｅ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ．」Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １９：７４７〜７５２
【非特許文献５】Ｔｒａｎ  Ｅ  ｅｔ  ａｌ．（２０１４）「Ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｂａｓｅｄ  ｏｎ  ｍｕｔａｔｉｏｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＣＤ４＋  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  ａ  ｐａｔｉｅｎｔ  ｗｉｔｈ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃａｎｃｅｒ」Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３４４：６４１〜６４５
【非特許文献６】Ｂｏｕｓｓｉｏｔｉｓ  ＶＡ（２０１４）「Ｓｏｍａｔｉｃ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ｗｉｔｈ  ＣＴＬＡ−４  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｎ  ｍｅｌａｎｏｍａ」Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３７１：２２３０〜２２３２
【非特許文献７】Ｗｏｌｃｈｏｋ  ＪＤ  ａｎｄ  Ｃｈａｎ  ＴＡ，（２０１４）「Ｃａｎｃｅｒ：ａｎｔｉｔｕｍｏｒ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｇｅｔｓ  ａ  ｂｏｏｓｔ」Ｎａｔｕｒｅ  ５１５：４９６〜４９８
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
上記のような様々ながん免疫療法による手法の見通しと課題を考慮すると、既知の危険性を回避しつつ、これまでの方法の利点を組み合わせた新たながん免疫療法を提供することが望ましい。
【００１０】
本明細書に参照される全ての刊行物、特許、特許出願、及び公開特許出願の開示は、その全体を参照することによって本明細書に組み込まれる。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
本発明は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞（例えば樹状細胞）により誘導される活性化Ｔ細胞を用いる、個体のがんを治療するための方法、組成物、及びキットを提供する。
【００１２】
本出願の一態様は、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体（例えばヒト個体）のがんを治療する方法を提供し、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を事前に投与されている。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、樹状細胞は、活性化Ｔ細胞の投与に先立って（例えば、約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約７日間〜約２１日間より前）投与される。
【００１３】
上記いずれかの方法に記載のいくつかの実施形態では、この方法は、投与工程に先立って、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって、活性化Ｔ細胞を調製することを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）共培養される。
【００１４】
上記いずれかの方法に記載のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、共培養に先立って、免疫チェックポイント阻害剤と接触する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＣＴＬＡ−４からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である。
【００１５】
上記いずれかの方法に記載のいくつかの実施形態では、この方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することを更に含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を、樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。
【００１６】
上記いずれかの方法に記載のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、治療されている個体由来である。
【００１７】
本出願の一態様は、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団が、個体由来のＰＢＭＣ集団から得られる、活性化Ｔ細胞集団を調製する方法を提供する。いくつかの実施形態では、工程ｂ）は、樹状細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチド樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む。いくつかの実施形態では、工程ｂ）は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を、複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニスト（例えばポリＩＣ、ＭＡＬＰ、Ｒ８４８、又はこれらの任意の組み合わせ）と接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の成熟化を誘導することを更に含む。いくつかの実施形態では、工程ｃ）は、活性化Ｔ細胞集団を、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させ、活性化Ｔ細胞集団の増殖及び分化を誘導することを更に含む。いくつかの実施形態では、複数のサイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５又はＩＬ−２１を含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養に先立って、免疫チェックポイント阻害剤と接触させる。いくつかの実施形態では、工程ｃ）は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で共培養することを含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＣＴＬＡ−４からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である。
【００１８】
更に提供されるのは、個体に、前段落のいずれか１つに記載の方法によって調製された有効量の活性化Ｔ細胞集団を投与することを含む、個体（例えばヒト個体）のがんを治療する方法である。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【００１９】
上記がんの治療方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、少なくとも３回個体に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞の各投与間隔は、約０．５ヶ月〜約５ヶ月（例えば約０．５ヶ月〜約２ヶ月）である。
【００２０】
上記がんの治療方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体当たり、少なくとも約３×１０９個の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体当たり、約１×１０９〜約１×１０１０個の用量で投与される。
【００２１】
上記がんの治療方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は、少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の各投与間隔は、約０．５ヶ月〜約５ヶ月（例えば約０．５ヶ月〜約２ヶ月）である。
【００２２】
上記がんの治療方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は、皮下投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞は、個体当たり、約１×１０６〜約５×１０６個の用量で投与される。
【００２３】
本出願の一態様は、ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体（例えばヒト個体）のがんを治療する方法を提供する。いくつかの実施形態では、工程（ａ）は、ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約０．５ヶ月〜約５ヶ月（例えば約０．５ヶ月〜約２ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、個体当たり、約１×１０９〜約１×１０１０個の用量で投与される。
【００２４】
上記方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、それぞれ約２０〜約４０のアミノ酸長である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ−Ｉエピトープを含む少なくとも１つのペプチドは、Ｎ末端、Ｃ末端、又は両方において、エピトープに隣接する追加のアミノ酸を更に含む。
【００２５】
上記方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドは、Ｎ末端、Ｃ末端、又は両方において、エピトープに隣接する追加のアミノ酸を更に含む。
【００２６】
上記方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループを更に含む。いくつかの実施形態では、第１コアグループは、約１０〜約２０個の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第２グループは、約１〜約１０個のがん種特異的抗原ペプチドを含む。
【００２７】
上記方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、個体由来の腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルに基づいて選択される。
【００２８】
上記がんの治療方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、がんは、肝細胞がん、子宮頸がん、肺がん、結腸直腸がん、リンパ腫、腎がん、乳がん、膵がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、前立腺がん、上咽頭がん、黒色腫及び脳がんからなる群から選択される。
【００２９】
上記がんの治療方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、この方法は、個体に有効量の免疫チェックポイント阻害剤を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＣＴＬＡ−４からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である。
【００３０】
上記がんの治療方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、がん中の突然変異荷重に基づく治療の方法に対して、個体が選択される。いくつかの実施形態では、個体は、がん中で低い突然変異荷重を有する。いくつかの実施形態では、個体は、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中で低い突然変異荷重を有する。いくつかの実施形態では、個体は、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中で、約１０ヶ所以下の突然変異を有する。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子は、ＭＨＣクラスＩ遺伝子である。個体がヒト個体であるいくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ及びＢ２Ｍからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、個体は、Ｂ２Ｍ中に突然変異を持たない。いくつかの実施形態では、個体は、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子の機能性領域（例えばリーダーペプチド配列、ａ１ドメイン、ａ２ドメイン、又はａ３ドメイン）中に突然変異を持たない。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。
【００３１】
上記がんの治療方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、がん中に１つ又は２つ以上のネオ抗原を有することに基づく治療の方法に対して、個体が選択される。いくつかの実施形態では、個体は、少なくとも５つのネオ抗原を有する。いくつかの実施形態では、この方法は、がんのネオ抗原を同定することと、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、このときネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原中のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により同定される。いくつかの実施形態では、かかる配列決定は、がん関連遺伝子のターゲットシークエンシングである。いくつかの実施形態では、この方法は、ネオエピトープのＭＨＣ分子への親和性を測定することを更に含む。いくつかの実施形態では、この方法は、ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴ細胞受容体への親和性を測定することを更に含む。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子である。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子は個体由来である。
【００３２】
上記がんの治療方法のうちいずれか１つに記載のいくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞又は活性化ＰＢＭＣの投与後に個体を観察することを更に含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体において複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この治療方法は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【００３３】
本出願の一態様は、（ａ）上記がんの治療方法のうちいずれか１つで個体を治療することと、（ｂ）その個体からＴ細胞を単離することであって、Ｔ細胞が、複数の腫瘍抗原ペプチド中のある腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する、ことと、（ｃ）そのＴ細胞からＴ細胞受容体をクローニングし、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を提供することと、を含む、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体をクローニングする方法を提供する。いくつかの実施形態では、個体は、腫瘍抗原ペプチドに対する強い特異的免疫応答を有する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、個体のＰＢＭＣサンプルから単離される。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドはネオ抗原ペプチドである。
【００３４】
更に提供されるのは、上記腫瘍特異的Ｔ細胞受容体のクローニング方法のうちいずれか１つを用いてクローニングされた、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を含む単離されたＴ細胞、及び、個体に、有効量の単離されたＴ細胞を投与することを含む、固体におけるがんの治療方法である。
【００３５】
更に提供されるのは、上記調製方法のうちいずれか１つの方法によって調製された、単離された細胞集団（例えば活性化Ｔ細胞、又は活性化ＰＢＭＣ）である。
【００３６】
本出願の一態様は、活性化Ｔ細胞を含む単離された細胞集団を提供し、このとき約１％未満の活性化Ｔ細胞は、制御性Ｔ（ＴＲＥＧ）細胞である。
【００３７】
上記単離された細胞集団のうちいずれか一つに記載されるいくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約０．３％〜約０．５％のＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約６５％〜約７５％のＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１６％〜約２２％のＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１３％〜約１５％のＣＤ３＋ＣＤ５６＋細胞を含む。
【００３８】
上記単離された細胞集団のうちいずれか一つに記載されるいくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで、複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的応答を誘発する能力がある。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、複数の炎症性分子を発現する。いくつかの実施形態では、複数の炎症性分子は、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、グランザイムＢ、又はパーフォリンを含む。
【００３９】
上記単離された細胞集団のうちいずれか一つに記載されるいくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、複数の免疫抑制サイトカインを発現しないか、又はその発現が低い。いくつかの実施形態では、複数の免疫抑制サイトカインは、ＩＬ−１０又はＩＬ−４を含む。
【００４０】
上記単離された細胞集団のうちいずれか一つに記載されるいくつかの実施形態では、約５％未満の活性化Ｔ細胞は、免疫抑制分子であるＰＤ−１を発現する。
【００４１】
上記単離された細胞集団のうちいずれか一つに記載されるいくつかの実施形態では、単離された細胞集団中の少なくとも約９０％の細胞は、活性化Ｔ細胞である。
【００４２】
本出願の一態様は、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む組成物を提供し、このとき少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのうちそれぞれは、配列番号１〜３５からなる群から選択される、少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドは、図２Ｃ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む。
【００４３】
更に提供されるのは、上記組成物（例えば、単離された細胞集団、又は、腫瘍抗原ペプチド組成物）のうちいずれか１つを含む、キット、医薬品、及び製造物品である。
【００４４】
本発明のこれらの及びその他の態様及び利点は、後続の発明を実施するための形態及び付属の特許請求の範囲から明らかとなるだろう。本明細書に記載される様々な実施形態の特性のうち１つ、一部、又は全てを組み合わせて、本発明の別の実施形態を形成できることが理解されよう。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
【図１】ＤＣ及びＴ細胞調製工程、及び特定の細胞系組成物の投与のタイミングを含む、ＭＡＳＣＴ法の２つの好ましい実施形態を示す。時間軸の下の矢印は、投与工程を示す。
【図２Ａ】実施例１に記載される代表的なＭＡＳＣＴ法の細胞製造プロセスを示す。図２Ａは、ＭＡＳＣＴ法の好ましい実施形態の細胞製造プロセスを示す概略図である。
【図２Ｂ】実施例１に記載される代表的なＭＡＳＣＴ法の細胞製造プロセスを示す。図２Ｂは、ＨＣＣ患者のＭＡＳＣＴ治療について、ＤＣ内に取り込まれるＨＣＣ抗原ペプチドプールの代表的な構成を示す。いくつかの腫瘍抗原ペプチドは、がん免疫療法の臨床試験において使用されており、かかるＤＣワクチン、養子細胞移入（ＡＣＴ）及びペプチドワクチンに対する参考文献を含めている。ＯＣ：卵巣がん、ＢＣ：乳がん、ＰＣ：膵がん、ＬＣ：肺がん、ＲＣＣ：腎がん、ＨＣＣ：肝細胞がん。
【図２Ｃ】実施例１に記載される代表的なＭＡＳＣＴ法の細胞製造プロセスを示す。図２Ｃは、ＨＣＣのペプチドプールに含まれるエピトープのリストを示す。
【図３】ｉＤＣによる腫瘍抗原ペプチドの細胞内取り込みを示す。ヒト単球由来のｉＤＣに、蛍光標識したサバイビンペプチド（第２列左側、２．５μｇ／ｍＬ）で２時間パルス適用した後、ＤＡＰＩ（第１列左側）及びＬＹＳＯＴＲＡＣＫＥＲ（登録商標）（第２列右側）で標識し、それぞれ核及びリソソームを同定した。蛍光像を、共焦点顕微鏡（Ｌｅｉｃａ  ＴＣＳＳＴ５）で記録した（スケールバーは７．５μｍであり、画像は、４回の独立した実験の代表的なものである）。
【図４Ａ】実施例１で調製された成熟ＤＣの特徴を示す。図４Ａは、ＴＬＲアゴニストによる成熟前（灰色ピーク）及び後（黒色ピーク）のＤＣのフローサイトメトリーの結果を示す。フローサイトメトリー実験において細胞の分離に用いた抗体の標的となる分子マーカーは、各クロマトグラフの上部に示す。各分子マーカーの発現が高レベル（顕著な範囲内）であるＤＣの割合は、各図の内側に示す。この結果は、成熟ＤＣのほとんどが、細胞傷害性Ｔ細胞を活性化させる細胞表面発現の特徴を呈していたことを示す。ＤＣは、ＭＨＣクラスＩＩ分子、並びに、共刺激シグナルリガンドＣＤ８６、ＣＤ８０及びＣＤ８３、並びに、成熟受容体ＣＣＲ７を発現するが、典型的に未熟ＤＣ中で発現するＣＤ１４の発現レベルは低い。
【図４Ｂ】実施例１で調製された成熟ＤＣの特徴を示す。図４Ｂは、実施例１で調製された成熟ＤＣによるサイトカインの分泌レベルを示す。機能的成熟ＤＣで予測されたとおり、ＤＣは、炎症性サイトカインＩＬ−１２を高レベルで分泌したが、免疫抑制サイトカインＩＬ−１０は低レベルであった。
【図５】図５Ａ〜５Ｅは、実施例１で調製された活性化Ｔ細胞の特徴を示す。図５Ａは、トリパンブルー色素排除法を用いて細胞数を数えた、１４〜１７日間培養後のＴ細胞増殖を示す。１０人の患者のサンプルの中央値を示す。図５Ｂは、共培養中のＴ細胞の亜集団の割合を示し、活性化Ｔ細胞中で、ＴＲＥＧ細胞（ＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋、０．４％±０．１％）のレベルが極めて低いことを示している。図５Ｃは、サイトカイン（ＩＦＮγ及びＴＮＦα）及び酵素グランザイムＢを共発現している、Ｔ細胞のサブセットの割合を表している円グラフを示す。各群につき、５人の患者の平均±測定の標準誤差（ＳＥＭ）が示されている。３種類産生：濃灰色、２種類産生：明灰色、１種類産生：黒、非産生：白。図５Ｄは、患者のＰＢＭＣから調製され、パルス適用済みＤＣと共培養された活性化Ｔ細胞を、ホルボール１２−ミリステート１３−アセテート（ＰＭＡ）で更に約４時間刺激したものの、３次元フローサイトメトリークロマトグラフを示す。データは、５回の独立した実験の代表的なものである。活性化Ｔ細胞は、ＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、ＣＤ３＋ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞、及びＣＤ３＋ＣＤ５６＋ＮＫＴ細胞の、大きい亜集団を含んでおり、その大部分は、炎症性サイトカイン（ＩＦＮγ及びＴＮＦα）、及びプロテアーゼであるグランザイムＢの細胞内産生が高かった。図５Ｅは、ＰＭＡで約４時間刺激した患者から単離された非活性化Ｔ細胞の３次元フローサイトメトリークロマトグラフを示す。非活性化Ｔ細胞のＩＦＮγ、ＴＮＦα、及びグランザイムＢの発現レベルは、極めて低かった。
【図６】図６Ａ〜６Ｆは、実施例１で調製された活性化Ｔ細胞の分子的及び機能的特徴を示す。図６Ａは、活性化Ｔ細胞による様々なサイトカインの分泌を示す。ＨＣＣ患者から得られた細胞は、顕著な量のＩＦＮγ及びＴＮＦαを分泌したが、ＩＬ１０及びＩＬ４は分泌しないかわずかであった。６人の患者の平均±ＳＥＭを示す。図６Ｂ〜６Ｃは、健康なドナーと比較して、ＨＣＣ患者から単離されたＴ細胞のＣＤ３＋ＣＤ８＋（図６Ｂ）及びＣＤ３＋ＣＤ４＋（図６Ｃ）サブセットの表面上の、ＰＤ−１の発現頻度が低下していることを示す。７人の患者の発現割合及び統計結果を示す。図６Ｄは、Ｔ細胞のＣＤ３＋ＣＤ８＋サブセット中のＰＤ−１発現Ｔ細胞の頻度が、ｅｘ  ｖｉｖｏ活性化後に低下していることを示す。図６Ｅは、Ｔ細胞のＣＤ３＋ＣＤ４＋サブセット中のＰＤ−１発現Ｔ細胞の頻度が、ｅｘ  ｖｉｖｏ活性化後に低下していることを示す。７人の患者の発現割合及び統計結果を示す。図６Ｆは、活性化Ｔ細胞の、ＨＬＡ（又はＭＨＣ）で制限された細胞毒性を示す。ＨＬＡ−Ａ２＋患者（ｎ＝７、左群）のＰＢＭＣから得られた活性化Ｔ細胞は、ＨＣＣ細胞株ＨｅｐＧ２（白色バー、ＨＬＡ−Ａ２＋）に対する細胞毒性活性レベルが、ＨｕＨ−７細胞（斜線バー、ＨＬＡ−Ａ２−）よりも高く、一方、ＨＬＡ−Ａ２−患者（ｎ＝７、右群）のＰＢＭＣから得られた活性化Ｔ細胞は、これら２種類の細胞株に対する細胞毒性レベルが同等であった。各細胞溶解実験でのエフェクターＴ細胞（調製した活性化Ｔ細胞）と標的細胞（ＨｅｐＧ２又はＨｕＨ−７細胞、Ｅ：Ｔ比）の相対比率は、約４０：１であった。
【図７Ａ】実施例１に記載するＭＡＳＣＴ治療の臨床データの後ろ向き解析での、患者の選択及び除外を説明しているフローチャートを示す。
【図７Ｂ】継続的に治療され、定期的にフォローアップされているステージＢ（バルセロナ臨床肝がん病期分類による）ＨＣＣ患者の後ろ向き解析の概略図を示す。
【図８Ａ】実施例１で解析された対照群の肝細胞がん（Ｂステージ）患者の特徴、治療法、及びＲＥＣＩＳＴ評価を示す。
【図８Ｂ】診断後１年間、従来療法のみを受けた肝細胞がん（Ｂステージ）患者（Ｃｏｎ群、ｎ＝１７）の特徴、治療法、及びＲＥＣＩＳＴ評価を示す。
【図９Ａ】実施例１で解析されたＭＡＳＣＴ治療群の肝細胞がん（Ｂステージ）患者の特徴、治療法、及びＲＥＣＩＳＴ評価を示す。
【図９Ｂ】診断後１年間、複数のＭＡＳＣＴ治療を受けた肝細胞がん（Ｂステージ）患者（Ｃｏｎ群＋ＭＡＳＣＴ、ｎ＝１５）の特徴、治療法、及びＲＥＣＩＳＴ評価を示す。
【図１０Ａ】実施例１で解析された対照群とＭＡＳＣＴ治療群との間の患者の比較のまとめを示す。
【図１０Ｂ】後ろ向き解析に組み入れられた肝細胞がん（Ｂステージ）患者の特徴を示す。
【図１１】図１１Ａ〜１１Ｆは、実施例１に記載のＭＡＳＣＴ治療後のＨＣＣ患者で起こった免疫応答を示す。図１１Ａは、ＭＡＳＣＴ治療を３回受けた後の４人の患者のＰＢＭＣにおいて、ＴＲＥＧの割合が顕著に減少していることを示す。４人の患者の発現割合及び統計結果を示す。図１１Ｂは、ＭＡＳＣＴ治療を受けた７人の別のＨＣＣ患者由来のＰＢＭＣサンプル中で、増殖性Ｔ細胞の割合が増加していることを示す。図１１Ｃは、ＭＡＳＣＴ治療を受けた７人の別のＨＣＣ患者由来のＰＢＭＣサンプル中で、ＩＮＦγ産生細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋ＩＮＦγ＋）の割合が増加していることを示す。図１１Ｄは、ＭＡＳＣＴ治療を受けたＨＣＣ患者由来のＰＢＭＣサンプルの、フローサイトメトリークロマトグラフを示す。この結果は、ＩＮＦγ産生細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＤ８＋ＩＮＦγ＋）がＣＤ２７及びＣＤ２８を共発現していることを示し、ＨＣＣ特異的Ｔ細胞応答の免疫記憶を獲得した可能性が高いことを示唆している。図１１Ｅは、ＩＦＮγの細胞内産生が、３回のＭＡＳＣＴ治療後のＨＣＣ患者由来のＣＤ８＋Ｔ細胞によって上昇したことを示す。それぞれ３回のＭＡＳＣＴ治療前及び後に、ＰＢＭＣを患者から単離し、Ｔ細胞応答を測定した。図１１Ｆは、複数回のＭＡＳＣＴ細胞療法治療中に、患者において連続的に増加したＴ細胞の特異的増殖を示す。それぞれ１回目及び３回目のＭＡＳＣＴ治療前及び後に、ＰＢＭＣを患者から単離した。２人の患者のＴ細胞増殖を、ＥｄＵ（５−エチニル−２’−デオキシウリジン）染色によって測定した。図１１Ｂ〜１１Ｆでは、特異的Ｔ細胞応答を、ＨＣＣ抗原ペプチドプール（ＨＣＣ−ｐｅｐ）によってＰＢＭＣを刺激した後に測定した。対照の応答は、無関係のペプチドのプール（ｉｒ−ｐｅｐ、対照）でＰＢＭＣを刺激した後に測定した。倍率の変化は全て、特異的応答値を対照の応答値に対して標準化することによって計算する。
【図１２】図１２Ａ〜１２Ｄは、実施例１の患者における、ＨＣＣ抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を示す。複数回のＭＡＳＣＴ治療後のＨＣＣ患者（図１２Ａ、ｎ＝６）及び、ＭＡＳＣＴ治療を受けていないＨＣＣ患者（図１２Ｂ、ｎ＝５）における、個々のＨＣＣ抗原ペプチドに対する平均的な特異的免疫応答。図１２Ｃは、ＭＡＳＣＴ治療前（白色バー）及び３回治療後（斜線バー）の１人の患者における、各種類のＨＣＣ抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を示す。図１２Ｄは、複数回のＭＡＳＣＴ治療中の第２のＨＣＣ患者において、各種類のＨＣＣ抗原ペプチドに対する特異的免疫応答が連続的に増加していることを示す（白色バー：治療前、灰色：１回治療後、斜線：３回治療後）。個々のＨＣＣ抗原ペプチドで刺激された患者のＰＢＭＣのＩＦＮγ分泌を、ＥＬＩＳＰＯＴによって計算した。この結果を、非刺激ＰＢＭＣに対する、ＩＦＮγ分泌の倍率変化の平均±ＳＥＭで示した。数字は、応答した患者／合計患者で示した。高い方の点線は、カットオフ値の１．５倍増加を示した。Ｗ／Ｏ：刺激なし。
【図１３−１】図１３Ａ〜１３Ｄは、７回のＭＡＳＣＴ治療で処理した転移性子宮頸がん患者ＷＪの臨床データを示す。図１３Ａ、図１３Ｂ、及び図１３Ｄは、２０１３年１２月（ＭＡＳＣＴ治療前）、２０１４年６月（１０回の局所放射線治療に続き、３回のＭＡＳＣＴ治療後）、及び２０１４年１２月（合計７回のＭＡＳＣＴ治療後）に撮影された患者（patent）のＥＣＴ結果である。矢印及び丸は、右仙腸関節骨の転移部位を示し、ＭＡＳＣＴ治療に応答して、転移性腫瘍の縮小と、更なる転移がないことを示している。図１３Ｃは、ＭＡＳＣＴ治療後の、子宮頸がん抗原ペプチドプール（ＣＣ  ｐｅｐプール）、及びプール中の各種抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を示す。ＰＢＭＣを、ＭＡＳＣＴ治療前、及び合計６回のＭＡＳＣＴ治療後の患者から単離し、ＣＣ  ｐｅｐプール及びプール内の個々の抗原ペプチドで刺激した。各カラムは、ＭＡＳＣＴ治療前の患者のＰＢＭＣの対応する応答に対する、ＩＦＮγの倍率変化（Ｙ軸）を尺度としたときの、各抗原ペプチド（又はＣＣ  ｐｅｐプール）に対するＭＡＳＣＴ治療後の患者のＰＢＭＣの免疫応答のレベルを表す。Ｗ／Ｏ＝抗原ペプチドによる刺激なしの応答ＥＮＶは、無関係のペプチドでの実験を指す。点線は、ＩＦＮγの倍率変化を尺度としたときの、免疫応答が上昇していない閾値を示す。矢印は、ＩＦＮγの倍率変化を尺度としたときの、免疫応答上昇を誘発した特異的抗原ペプチドを示す。
【図１３−２】図１３Ａ〜１３Ｄは、７回のＭＡＳＣＴ治療で処理した転移性子宮頸がん患者ＷＪの臨床データを示す。図１３Ａ、図１３Ｂ、及び図１３Ｄは、２０１３年１２月（ＭＡＳＣＴ治療前）、２０１４年６月（１０回の局所放射線治療に続き、３回のＭＡＳＣＴ治療後）、及び２０１４年１２月（合計７回のＭＡＳＣＴ治療後）に撮影された患者（patent）のＥＣＴ結果である。矢印及び丸は、右仙腸関節骨の転移部位を示し、ＭＡＳＣＴ治療に応答して、転移性腫瘍の縮小と、更なる転移がないことを示している。図１３Ｃは、ＭＡＳＣＴ治療後の、子宮頸がん抗原ペプチドプール（ＣＣ  ｐｅｐプール）、及びプール中の各種抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を示す。ＰＢＭＣを、ＭＡＳＣＴ治療前、及び合計６回のＭＡＳＣＴ治療後の患者から単離し、ＣＣ  ｐｅｐプール及びプール内の個々の抗原ペプチドで刺激した。各カラムは、ＭＡＳＣＴ治療前の患者のＰＢＭＣの対応する応答に対する、ＩＦＮγの倍率変化（Ｙ軸）を尺度としたときの、各抗原ペプチド（又はＣＣ  ｐｅｐプール）に対するＭＡＳＣＴ治療後の患者のＰＢＭＣの免疫応答のレベルを表す。Ｗ／Ｏ＝抗原ペプチドによる刺激なしの応答ＥＮＶは、無関係のペプチドでの実験を指す。点線は、ＩＦＮγの倍率変化を尺度としたときの、免疫応答が上昇していない閾値を示す。矢印は、ＩＦＮγの倍率変化を尺度としたときの、免疫応答上昇を誘発した特異的抗原ペプチドを示す。
【図１４】実施例２における、患者の治療歴の概略を示す。
【図１５】活性化Ｔ細胞の調製のための代表的な実験構成の概略を示す。
【図１６Ａ】抗ＰＤ−Ｌ１抗体及び抗ＣＤ１１ｃ抗体を用いた、成熟樹状細胞のＦＡＣＳの結果を示す。
【図１６Ｂ】８日間の活性化前及び後の、４人の別のドナー由来のＰＢＭＣサンプルにおける、Ｔ細胞のＰＤ−１発現レベルを示す。
【図１７Ａ】抗ＰＤ−１抗体（ニボルマブ）の存在下又は非存在下で、１回又は２回の抗原ペプチド刺激を行った共培養サンプルにおける、ペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を示す。
【図１７Ｂ】抗ＰＤ−１抗体の存在下又は非存在下で、１回又は２回の抗原ペプチド刺激を行った共培養サンプルにおける、機能性ペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を示す。
【図１７Ｃ】抗ＰＤ−１抗体（ＳＨＲ−１２１０又はニボルマブ）の存在下又は非存在下で、１回又は２回の抗原ペプチド刺激を行った共培養サンプルにおける、ペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を示す。
【図１７Ｄ】抗ＰＤ−１抗体（ＳＨＲ−１２１０又はニボルマブ）の存在下又は非存在下で、１回又は２回の抗原ペプチド刺激を行った共培養サンプルにおける、機能性ペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を示す。
【図１８】活性化Ｔ細胞の調製のための代表的な実験構成の概略を示す。
【図１９Ａ】抗ＰＤ−１抗体（ＳＨＲ−１２１０又はニボルマブ）の存在下又は非存在下で、１回の抗原ペプチド刺激を行い、５日間又は１０日間培養した共培養サンプルにおける、ペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を示す。
【図１９Ｂ】抗ＰＤ−１抗体（ＳＨＲ−１２１０又はニボルマブ）の存在下又は非存在下で、１回の抗原ペプチド刺激かつ１０日間培養、又は２回の抗原ペプチド刺激かつ２回目刺激後５日間培養した、共培養サンプルにおける、ペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を示す。
【図１９Ｃ】抗ＰＤ−１抗体（ＳＨＲ−１２１０又はニボルマブ）の存在下又は非存在下で、１回の抗原ペプチド刺激かつ１０日間培養、又は２回の抗原ペプチド刺激かつ２回目刺激後５日間培養した、共培養サンプルにおける、機能性ペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を示す。
【図２０Ａ】抗ＰＤ−１抗体（ＳＨＲ−１２１０又はニボルマブ）の存在下又は非存在下で、２人の別のドナーのＰＢＭＣの共培養中の、経時的な総Ｔ細胞数を示す。
【図２０Ｂ】抗ＰＤ−１抗体（ＳＨＲ−１２１０又はニボルマブ）の存在下又は非存在下で、２人の別のドナーのＰＢＭＣの共培養中の、経時的な総Ｔ細胞数を示す。
【図２１Ａ】抗ＰＤ−１抗体（ＳＨＲ−１２１０又はニボルマブ）の存在下又は非存在下で、２人の別のドナーのＰＢＭＣの共培養中の、経時的な細胞表面上にＰＤ−１を発現している細胞割合を示す。
【図２１Ｂ】抗ＰＤ−１抗体（ＳＨＲ−１２１０又はニボルマブ）の存在下又は非存在下で、２人の別のドナーのＰＢＭＣの共培養中の、経時的な細胞表面上にＰＤ−１を発現している細胞割合を示す。
【図２２】実施例５の５人の患者の、腫瘍サンプル中の３３３種類のがん関連遺伝子を次世代配列決定（ＮＧＳ）した統計データ、及び臨床評価を示す。
【図２３Ａ】３５種類の腫瘍サンプルのＤＭＭ分類解析を示す。図２３Ａは、最適な分類グループの数を示す。
【図２３Ｂ】３５種類の腫瘍サンプルのＤＭＭ分類解析を示す。図２３Ｂは、３５種類の腫瘍サンプルのＤＭＭ分類のプロットを示す。１４種類のサンプルはＤＭＭ１群（赤、ボックスＡ）内に分散し、２１種類のサンプルはＤＭＭ０群（緑、ボックスＢ）内に分散した。
【図２４Ａ】各サンプルにおける、３３３種類のがん遺伝子の突然変異荷重に基づいた、３５種類の腫瘍組織サンプルのクラスター解析を示す。図２４Ａは、３３３種類のがん関連遺伝子それぞれに検出された突然変異荷重、がんの臨床型、ＭＭＲ欠損型（０：ＭＭＲ欠損、１：ＭＭＲ欠損なし）、及び標識されたＤＭＭ群に基づいて集団化した、３５種類の腫瘍サンプルのヒートマップを示す。
【図２４Ｂ】各サンプルにおける、３３３種類のがん遺伝子の突然変異荷重に基づいた、３５種類の腫瘍組織サンプルのクラスター解析を示す。図２４Ｂは、図２４Ａに合わせて同じ順序で並べた、各サンプルのＨＬＡ−Ｉ遺伝子の突然変異荷重の棒グラフを示す。黒色線は、ＨＬＡ−Ｉ突然変異荷重中の６種類の突然変異の印である。
【図２５Ａ】２つのＤＭＭ群内の各腫瘍組織サンプルの、ＨＬＡ−Ｉ遺伝子の突然変異荷重の統計解析を示す。
【図２５Ｂ】２つのＤＭＭ群内の各腫瘍組織サンプルの、ＨＬＡ−Ｉ遺伝子の突然変異荷重の統計解析を示す。
【図２６】図２６Ａ〜２６Ｅは、患者３−ＨＪＬの５時相におけるＣＴスキャンを示す。図２６ＡのＣＴスキャンは、肺の両葉のサルコイドーシスを示し、最大のものは直径２ｃｍである。図２６Ｂは、化学療法２サイクル後の同じサルコイドーシスを示す。図２６Ｃは、化学療法４サイクル後、肺サルコイドーシスに改善が見られていないことを示す。図２６ＤのＣＴスキャンは、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））及びＭＡＳＣＴの併用療法３サイクル後、肺サルコイドーシスのサイズが〜５０％縮小していることを示す。図２６Ｅは、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））及びＭＡＳＣＴの併用療法５サイクル後、肺の両葉からサルコイドーシスが消失したことを示す。
【図２７】図２７Ａ〜２７Ｄは、患者４−ＬＫＳの４時相におけるＣＴスキャンを示す。図２７ＡのＣＴスキャンは脳転移を示し、腫瘍サイズは〜３ｃｍである。図２７Ｂは、放射線療法後の腫瘍の縮小を示す。図２７ＣのＣＴスキャンの再検査は、腫瘍の縮小と、脳水腫の緩和を示す。図２７Ｄは、腫瘍及び水腫の状態が更に緩和していることを示す。
【図２８】患者の腫瘍サンプルの配列決定結果に基づいて予測されたネオ抗原ペプチドと、ＨＬＡ突然変異状態に基づいた予後予測を用いる、代表的な精密ＭＡＳＣＴの概略フローチャートを示す。
【図２９Ａ】患者の腫瘍サンプルの配列決定分析に基づく、患者のネオ抗原候補を示す。
【図２９Ｂ】ＭＡＳＣＴ治療前及び後の患者における、血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）の連続観察結果を示す。
【図２９Ｃ】患者が精密ＭＡＳＣＴ治療を３サイクル受けた後に、様々な抗原ペプチドを投与された患者由来のＰＢＭＣのＥＬＩＳＰＯＴの結果を示す。
【図３０Ａ】ＭＡＳＣＴ治療を受けた４５人の肝細胞がん（ＨＣＣ）患者の臨床的特徴を示す。
【図３０Ｂ】ＭＡＳＣＴ治療前及び後の４５人の患者の定期的血液検査の結果を示す。
【図３０Ｃ】ＭＡＳＣＴ治療前及び後の４５人の患者の肝機能及び腎機能パラメーターを示す。
【図３０Ｄ】ＭＡＳＣＴ治療前及び５回のＭＡＳＣＴ治療中の、８人のＨＣＣ患者のＡＬＴ及びＡＳＴレベルを示す。
【発明を実施するための形態】
【００４６】
本発明は、個体における、様々ながんの治療、並びに、がんの進行の遅延、がんの再発若しくは転移の予防、及び／又は、がんの症状の緩和に有用な、新規細胞系免疫療法（まとめて多重抗原特異的細胞療法（ＭＡＳＣＴ）と称する）を開示する。いくつかの実施形態では、この方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞（ＤＣ）によって誘導された、活性化Ｔ細胞を利用する。例えば、Ｔ細胞及びＤＣは、個体自身の末梢血単核球（ＰＢＭＣ）由来であってよい。複数の抗原を取り込んだＤＣは、ＤＣ（例えば未熟ＤＣ）を、一般的腫瘍抗原ペプチド、及び任意にがん種特異的抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドに曝露することによって調製できる。活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の抗原を取り込んだＤＣと共培養することによって調製できる。所望により、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に免疫チェックポイント阻害剤と接触させる。活性化Ｔ細胞を個体に投与すると、腫瘍抗原に対する養子免疫応答をｉｎ  ｖｉｖｏで誘発できる。所望により、複数の抗原を取り込んだＤＣを個体に投与し、腫瘍抗原に対する能動免疫を引き起こすことができる。あるいは、活性化ＰＢＭＣの投与を含む、ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法が提供される。個体におけるがんの治療のため、本明細書に記載される任意のＭＡＳＣＴ法を、単独で、又は免疫チェックポイント阻害剤（例えばＰＤ−１阻害剤）との併用で用いてよい。
【００４７】
本発明は、治療されている個体の、例えば腫瘍の遺伝子プロファイルに合わせた、精密ＭＡＳＣＴ治療法を更に提供する。例えば、個体は、その個体の腫瘍中の突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）に基づいて、ＭＡＳＣＴ治療を選択できる。個体は、その個体の腫瘍中にあるネオ抗原の数に基づいて、ＭＡＳＣＴ治療を選択してもよい。いくつかの場合では、１つ又は２つ以上のネオ抗原は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により同定されてよい。個体に精密ＭＡＳＣＴを提供するため、その個体のネオ抗原に基づいてネオ抗原ペプチドを設計し、複数の腫瘍抗原ペプチドに含めてもよい。いくつかの実施形態では、個体を、ＭＡＳＣＴ治療サイクル後に各腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答について観察し、今後のＭＡＳＣＴ治療サイクルのため、特異的免疫応答の強さに基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドのカスタマイズが可能である。加えて、腫瘍抗原ペプチド中のエピトープを特異的に認識し、強い特異的免疫応答を誘発する腫瘍特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を、ＭＡＳＣＴ後に個体からクローニングし、個体に対する更なる精密免疫療法に用いることができる。
【００４８】
本明細書で提供されるＭＡＳＣＴ（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ及び精密ＭＡＳＣＴを含む）法及び組成物は、背景技術の項に記載される従来のがん免疫療法が直面する多くの技術的課題を軽減できる。例えば、ＤＣを腫瘍抗原ペプチドプールにｉｎ  ｖｉｔｒｏで曝露することによって、多くのがんワクチン、又はＰＲＯＶＥＧＥＮＥ（登録商標）における１種類の腫瘍抗原とは対照的に、たくさんの腫瘍抗原がＤＣによって提示され、腫瘍がプール中の１つ又は２つ以上の特異的腫瘍抗原を共有する限り、同一個体内又は別の個体内の異なる抗原発現プロファイルの腫瘍に対して、幅広い応答を可能にする。腫瘍抗原ペプチドプールを、各個体の特定の条件、例えばがん型、ウイルス感染状態、及び個々の抗原ペプチドへの応答に従って更にカスタマイズし、各治療において最適な治療効果を達成することができる。がんワクチン及びＤＣ系療法とは異なり、ＭＡＳＣＴ治療法は、活性化Ｔ細胞を投与すること、従来の免疫療法におけるｉｎ  ｖｉｖｏでのＴ細胞誘導工程を回避することを含み、これは、通常は、腫瘍細胞が原因となる様々な免疫不全のせいで、がん患者での応答の鈍化に関係するため、ＭＡＳＣＴ法は、がん細胞に対して強く、迅速で、かつ特異的なＴ細胞応答を誘発することができる。更に、活性化Ｔ細胞は、ＴＲＥＧレベル及びＰＤ−１発現が非常に低く、それによって、がん攻撃性Ｔ細胞において免疫抑制の低下につながることから、がんの免疫逃避を遅らせる。以上をまとめると、本発明は、特に、現在の標準的治療が役に立たないとき、又は、利用できないときに、非常に多くの未だ満たされていないがん患者の医療ニーズを満たすため、有効で、持続性があり、かつ広く適用可能ながん免疫療法を提供する。
【００４９】
用語の定義
用語は、以下のように別途定義されない限り、当該技術分野において一般的に使用されるように本明細書において用いられる。
【００５０】
本明細書で使用されるとき、「治療」又は「治療する」は、有益な、つまり所望の臨床的結果などの結果を得るための方法である。本発明の目的において、有益な、つまり所望の臨床的結果として、疾患によって生じる１つ以上の症状の減少、疾患の範囲の縮小、疾患の安定化（例えば、疾患の悪化の予防若しくは遅延）、疾患の拡散（例えば、転移）の予防若しくは遅延、疾患の発症若しくは再発の予防若しくは遅延、疾患の進行の遅延若しくは緩徐化、病態の改善、疾患の寛解（部分的若しくは完全）の提供、疾患の治療に必要な１つ若しくは２つ以上の別の薬の量の減少、疾患の進行の遅延、生活の質の改善、及び／又は、生存期間の延長のうち、１つ又は２つ以上が挙げられるが、これらに限定されない。更に「治療」に包含されるのは、がんの病理学的変化の減少である。本発明の方法は、これらの治療の態様のうち、任意の１つ又は２つ以上を企図する。
【００５１】
用語「個体」又は「患者」は、ヒトを含む哺乳類を表すために本明細書で同義的に用いられる。個体として、ヒト、ウシ、ウマ、ネコ科動物、イヌ科動物、げっ歯類、又は霊長類が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、個体はヒトである。いくつかの実施形態では、個体は、がんなどの疾患を患っている。いくつかの実施形態では、個体は治療が必要としている。
【００５２】
本明細書で使用されるとき、がんの発症を「遅延させる」とは、その疾患の発症を遅らせる、妨げる、遅くする、抑制する、安定化する、及び／又は先送りにすることを意味する。この遅延は、病歴及び／又は治療されている個体により、様々な期間であり得る。当業者には明らかであるように、十分な、つまり有意な遅延は、実際には、個体がその疾患を発症しないという点で、予防を包含する場合がある。がんの発症を「遅延」させる方法は、その方法を使用しないときと比較して、疾患が発症する確率を一定期間低下させる、及び／又は、疾患の程度を一定期間低下させる方法である。このような比較は、典型的には、統計学的に有意な個体数を用いる臨床試験に基づいている。がんの発症は、コンピューター断層撮影（ＣＡＴスキャン）、磁気共鳴断層撮影（ＭＲＩ）、腹部超音波検査、凝固検査、動脈造影、又は生検が挙げられるが、これらに限定されない、標準的な方法を用いて検出できる。発症は、初期には検出できないがんの進行も指す場合があり、発生、再発、及びオンセットを含む。
【００５３】
当該技術分野において理解されるように、「有効量」は、所望の治療成績（例えば、がんの１つ又は２つ以上の症状の重篤度の低下若しくは期間の短縮、症状の重篤度の安定化、又は、症状の解消）を得るのに十分な、組成物（例えば、複数の抗原を取り込んだＤＣ、活性化Ｔ細胞、活性化ＰＭＢＣ、又は単離されたＴ細胞）の量、第１の療法、第２の療法、又は併用療法を指す。治療用途では、有益な、つまり所望の結果として、例えば、合併症及び疾患の発症中に見つかる中間の病理学的表現型を含む、疾患によって生じる１つ以上の（生化学的、組織学的及び／若しくは行動学的）症状の減少、疾患を患うものの生活の質の改善、疾患の治療に必要な別の薬の量の減少、別の薬の効果の増強、疾患の進行の遅延、並びに／又は、患者の生存期間の延長が挙げられる。
【００５４】
この方法は、アジュバント療法において実行されてもよい。「アジュバント療法」は、増殖性疾患、特にがんの既往があり、一般に（必須ではない）手術（例えば外科的切除）、放射線療法、及び化学療法が挙げられるが、これらに限定されない、療法に反応している個体における、臨床的療法を指す。しかしながら、増殖性疾患（例えばがん）の既往のため、これらの個体は疾患の発症のリスクがあると考えられる。「アジュバント療法」における治療又は投与は、後に続く治療法を指す。リスクの程度（すなわち、アジュバント療法において個体が「高リスク」又は「低リスク」であると考えられるとき）は、いくつかの要因、多くは、最初に治療されたときの疾患の程度に依存する。
【００５５】
本明細書で提供される方法は、「ネオアジュバント療法」において実行されてもよく、すなわち、この方法は、一次／根治的療法の前に実施されてよい。いくつかの実施形態では、個体は前もって治療されている。いくつかの実施形態では、個体は前もって治療されていない。いくつかの実施形態では、治療は第１選択療法である。
【００５６】
本明細書で使用されるとき、「併用療法」は、第１の剤が別の剤と併用して投与されることを意味する。「併用」は、別の治療法に加えて、ある治療法を投与すること、例えば、同一個体に、別の剤（例えば、免疫チェックポイント阻害剤）の投与に加えて、本明細書に記載される活性化Ｔ細胞又はＰＢＭＣを投与することを指す。すなわち、「併用」は、個体に別の治療法を送達する前、送達中、又は送達後に、ある治療法を投与することを指す。このような組み合わせは、単一の治療レジメン、つまり投与計画の一部と考えられる。
【００５７】
本明細書で使用されるとき、用語「同時投与」は、併用療法における第１の療法及び第２の療法が、約１５分以下、例えば約１０分、５分、又は１分以下の任意の時間間隔で、投与されることを意味する。第１及び第２の療法が同時に投与されるとき、第１及び第２の療法は、同一の組成物（例えば、第１及び第２の療法ともに含む組成物）、又は、別の組成物（例えば、１つの組成物中に第１の療法を、別の組成物中に第２の療法を含む）に含有されてよい。
【００５８】
本明細書で使用されるとき、用語「連続投与」は、併用療法における第１の療法及び第２の療法が、約１５分超、例えば約２０分、３０分、４０分、５０分、６０分超、又はそれ以上の任意の時間間隔で、投与されることを意味する。第１の療法又は第２の療法のいずれかを先に投与してよい。第１及び第２の療法は、同一の又は異なる包装、又はキットに含まれ得る別の組成物中に含有される。
【００５９】
本明細書で使用されるとき、用語「併用投与」は、併用療法中で、第１の療法の投与と第２の療法の投与が互いに重なっていることを意味する。
【００６０】
本明細書で使用されるとき、「医薬的に許容される」又は「薬理的に適合される」は、生物学的又は非生物学的に望ましくないものではない物質を意味し、例えば、その物質を、望まれない生物学的影響をほとんど起こさずに、又は、それが含有される組成物の別の任意の構成成分と悪い相互作用をせずに、個体に投与される医薬組成物中に組み込むことができる。医薬的に許容される担体又は賦形剤は、好ましくは、必要な毒性学的及び製造的検査基準を満たしており、並びに／又は、Ｕ．Ｓ．Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎが作成したＩｎａｃｔｉｖｅ  Ｉｎｇｒｅｄｉｅｎｔ  Ｇｕｉｄｅに含まれている。
【００６１】
本明細書で使用されるとき、「有害事象」又は「ＡＥ」は、市販の医薬品が投与されている個体、又は、臨床試験に参加し、治験薬若しくは非治験薬が投与されている個体における、あらゆる好ましくない医療上の出来事を指す。ＡＥは、必ずしも個体の治療との因果関係を有さない。したがって、ＡＥは、医薬品の使用と時間的に関連のある、あらゆる好ましくない、意図しない徴候、症状又は疾患のことであり得、この医薬品との因果関係の有無は問わない。ＡＥとして、既存疾病の増悪、既存の突発性事象又は状態の頻度又は強度の増加、治験薬投与後に検出又は診断された状態（試験開始前に呈していた場合でも）、及び、開始時に存在しており、試験開始後に悪化した継続的に持続する疾患又は症状が挙げられるが、これらに限定されない。通常は、ＡＥとしては、医学的又は外科的処置（例えば、手術、内視鏡検査、抜歯、又は輸血）（ただし、その処置に至る状態は有害事象である）；既存疾患、状態、又は、試験開始時に存在又は検出され、悪化していない検査所見の異常；好ましくない医療上の出来事と関係がない選択的目的でなされる入院又は処置（例えば、美容整形若しくは待機手術のための入院、又は、社会的／コンビニエンス入院）；個体の状態が予想以上に重篤でない限り、試験されている疾患、又は、その疾患に関連する徴候／症状；及び、いかなる臨床的徴候又は症状を伴わない治験薬の過量投与、を含まない。
【００６２】
本明細書で使用されるとき、「重篤な有害事象」、つまり（ＳＡＥ）は、任意の用量における全ての好ましくない医療上の出来事を指し、ａ）死に至るもの；ｂ）生命を脅かすもの（発生した事象による差し迫った死の危険と定義される）；ｃ）長期的又は重大な障害若しくは無能力に至るもの；ｄ）入院若しくは入院期間の延長が必要になるもの（除外：試験中に悪化しなかった既存症状の選択的治療のための入院は、有害事象とは見なさない。入院中に発生する合併症はＡＥであり、合併症が入院期間を延長させる場合、その事象は重篤である）；ｅ）薬物を投与された個体の子孫における先天奇形／先天異常；又は、ｆ）明らかに個体の原疾患に関連する場合を除いて、個体を危険にさらし得る、若しくは、上記転帰のうちの１つを予防するための介入を要し得る、上記定義に含まれない症状が挙げられるが、これらに限定されない。「有効性の欠如」（進行）は、ＡＥ又はＳＡＥと見なされない。有効性の欠如が原因となる徴候と症状、又は臨床的続発症は、ＡＥ又はＳＡＥの定義を満たす場合は報告しなくてはならない。
【００６３】
以下の定義を使用して、標的病変に基づく応答を評価してよい。「完全奏功」又は「ＣＲ」は、全ての標的病変の消失を指し、「部分奏功」又は「ＰＲ」は、標的病変の最長径（ＳＬＤ）の和が、ベースラインＳＬＤと比較して少なくとも３０％減少していることを指し、「安定」又は「ＳＤ」は、治療開始以降の最小ＳＬＤと比較して、ＰＲとするには標的病変の縮小が不十分で、かつ、ＰＤとするには増大が不十分であることを指し、「進行」又は「ＰＤ」は、治療開始以降に記録された最小ＳＬＤと比較して、標的病変のＳＬＤが少なくとも２０％増加していること、又は、１つ若しくは２つ以上の新たな病変部が存在していることを指す。
【００６４】
以下の応答を判断する定義を用いて、非標的病変を評価してよい。「完全奏功」又は「ＣＲ」は、全ての非標的病変の消失を指し、「安定」又は「ＳＤ」は、ＣＲ又はＰＤではない１つ又は２つ以上の非標的病変の残存を指し、「進行」又は「ＰＤ」は、既存の非標的病変の「明らかな増悪」を指し、ありは、１つ又は２つ以上の新たな病変部が存在していると、進行と見なされる（個体におけるＰＤが、非標的病変の進行だけを基準に、ある時点について評価される場合、評価の実施には追加基準が必要である）。
【００６５】
「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）は、治療中及び治療後、がんが成長しない期間を指す。無増悪生存期間は、個体が完全奏功又は部分奏功である期間、並びに、個体が安定である期間を含む。
【００６６】
本明細書では、「予測する」又は「予測」を、治療レジメンに対し、良好又は不良のいずれかで応答する可能性を指すために用いる。
【００６７】
本明細書で使用されるとき、「治療開始時点」又は「ベースライン」は、治療に初めて曝露されたとき、又はその前の期間を指す。
【００６８】
本明細書で使用されるとき、「サンプル」は、例えば、物理的、生化学的、化学的、生理学的、及び／又は遺伝子学的特徴に基づいて、特徴付けられる、及び／又は識別される、分子を含有する組成物を指す。
【００６９】
本明細書で使用されるとき、「細胞」は、特定の個体細胞だけではなく、このような細胞の子孫又は潜在的子孫をも指すと理解される。ある修飾は、変異又は環境の影響のいずれかによって後続の世代で生じ得るため、このような子孫は、実際に、親細胞と同一ではなく、本明細書で使用される用語の範囲内に依然として含まれる場合がある。
【００７０】
用語「ペプチド」は、約１００個以下のアミノ酸のポリマー（タンパク質のフラグメントを含む）を指し、直鎖又は分枝鎖であってよく、修飾アミノ酸を含んでよく、及び／又は、非アミノ酸が割り込んでいてもよい。この用語は、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質付加、アセチル化、リン酸化、又は任意のその他操作若しくは修飾を含む、天然に又は人為的に修飾されているアミノ酸ポリマーも包含する。更にこの用語に含まれるのは、例えば、アミノ酸の１つ又は２つ以上の類似体（例えば、非天然アミノ酸などを含む）、並びに、当該技術分野において既知である他の修飾を含むポリペプチドである。本明細書に記載されるペプチドは、自然に生じる、すなわち、天然源（例えば、血液）から得られる若しくはこれら由来のものであってよく、又は、合成されてよい（例えば、化学的合成、若しくは、組換えＤＮＡ技術による合成）。
【００７１】
本明細書で使用されるとき、「複数の腫瘍抗原ペプチド」、「多数の腫瘍抗原ペプチド」、「腫瘍抗原ペプチドのプール」及び「腫瘍抗原ペプチドプール」は、２種類以上の腫瘍抗原ペプチドの組み合わせを指すために互換可能に使用される。
【００７２】
本明細書で使用されるとき、「複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞」及び「複数の抗原を取り込んだ樹状細胞」は、複数の腫瘍抗原ペプチドのうち、２種類以上の腫瘍抗原ペプチドの提示が向上している樹状細胞を指すために互換可能に使用される。同様に、「複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだＡＰＣ」は、複数の腫瘍抗原ペプチドのうち、２種類以上の腫瘍抗原ペプチドの提示が向上している抗原プロセシング細胞を指すために「複数の抗原を取り込んだＡＰＣ」と互換可能に使用される。
【００７３】
本明細書で使用されるとき、「活性化Ｔ細胞」は、少なくとも１つの腫瘍抗原ペプチドを認識するＴ細胞受容体を有する、モノクローナル（例えば、同一のＴＣＲをコードする）又はポリクローナル（例えば異なるＴＣＲをコードするクローンによる）Ｔ細胞集団を指す。活性化Ｔ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞、γδ  Ｔ細胞、制御性Ｔ細胞、及びメモリーＴ細胞が挙げられるが、これらに限定されない、１つ又は２つ以上のＴ細胞のサブタイプを含有してよい。
【００７４】
本明細書で使用されるとき、「免疫チェックポイント阻害剤」は、免疫細胞（例えばＴ細胞、若しくはＰＢＭＣ）又は腫瘍細胞における抑制性免疫チェックポイント分子を阻害又は遮断する、分子又は薬剤（抗体を含む）を指す。「免疫チェックポイント分子」として、腫瘍細胞に対する、免疫シグナルを増加させる分子（すなわち、「共刺激分子」）、又は、免疫シグナルを減少させる分子（すなわち、「抑制性免疫チェックポイント分子」）が挙げられる。
【００７５】
本明細書で使用されるとき、「突然変異荷重」は、細胞（例えば腫瘍細胞）のゲノム中の１つ又は２つ以上の遺伝子座（例えば遺伝子）に蓄積された総突然変異数を指す。突然変異として、点変異、挿入、欠失、フレームシフト変異、遺伝子融合、及びコピー数多型が挙げられるが、これらに限定されない。突然変異によって、その遺伝子座にコードされる産物の物理的／化学的性質、及び／又は、その機能に悪影響を及ぼす場合と及ぼさない場合がある。
【００７６】
本明細書で使用されるとき、「Ｔ細胞受容体」又は「ＴＣＲ」は、ＭＨＣ分子内に結合された特異的抗原エピトープに結合する細胞外抗原結合領域を含む、内因性の、又は遺伝子操作を受けたＴ細胞受容体を指す。ＴＣＲは、ＴＣＲαポリペプチド鎖及びＴＣＲβポリペプチド鎖を含んでよい。「腫瘍特異的ＴＣＲ」は、腫瘍細胞によって発現される腫瘍抗原特異的に認識するＴＣＲを指す。
【００７７】
本明細書で使用されるとき、用語「ＨＬＡ」又は「ヒト白血球抗原」は、免疫系の制御に関与している細胞の表面上の、ＭＨＣ（主要組織適合遺伝子複合体）タンパク質をコードするヒト遺伝子を指す。「ＨＬＡ−Ｉ」又は「ＨＬＡクラスＩ」は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、及びβ２−ミクログロブリン遺伝子座を含む、ヒトＭＨＣクラスＩ遺伝子を指す。「ＨＬＡ−ＩＩ」又は「ＨＬＡクラスＩＩ」は、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、及びＨＬＡ−ＤＯＢ遺伝子座を含む、ヒトＭＨＣクラスＩＩ遺伝子を指す。
【００７８】
本明細書で用いるとき、用語「抗体」は広義で用いられ、具体的には、モノクローナル抗体（完全長モノクローナル抗体を含む）、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び、所望の生物学的活性を呈する限り、抗体フラグメントが含まれる。
【００７９】
「抗体フラグメント」は、好ましくは抗原結合領域を含む、完全な抗体の一部を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される抗体フラグメントは、抗原結合フラグメントである。抗体フラグメントの例として、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖフラグメント；二重特異性抗体：線状抗体；単鎖抗体分子；並びに、抗体フラグメントから形成される多重特異性抗体が挙げられる。
【００８０】
本明細書で使用するとき、用語「特異的に結合する」、「認識する」、「特異的に認識する」、「標的」、又は「特異的」は、標的と抗体、又は受容体とリガンド、又は受容体とエピトープ／ＭＨＣ複合体との間の結合などの、測定可能かつ再現性のある相互作用を指し、これは、生物学的分子などの分子の異種集団の存在下で、標的の存在を判定する。例えば、標的（エピトープであり得る）に結合する又は特異的に結合する抗体は、別の標的に結合するよりも、この標的に、より高い親和性で、より強い結合活性で、より容易に、及び／又はより長時間結合する抗体である。一実施形態では、無関係の標的への抗体の結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）で測定するとき、標的に対する抗体の結合の約１０％未満である。特定の実施形態では、抗原ペプチド（又はエピトープ）に特異的に結合する抗体の解離定数（Ｋｄ）は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、又は≦０．１ｎＭである。特定の実施形態では、抗体は、異種由来のタンパク質間で保存されているタンパク質のエピトープに特異的に結合する。別の実施形態では、特異的結合は排他的結合を含んでよいが、それは必須ではない。
【００８１】
本明細書に記載される本発明の態様及び実施形態は、態様及び実施形態「からなる」こと、及び／又は、「から本質的になる」ことを含むと理解される。
【００８２】
本明細書の値又はパラメーターへの「約」の表現は、その値又はパラメーター自体に対する変動を含む（かつ、説明する）ものである。例えば、「約Ｘ」という説明は、「Ｘ」の説明を含む。
【００８３】
本明細書で使用される用語「約Ｘ〜Ｙ」は、「約Ｘ〜約Ｙ」と同じ意味を有する。
【００８４】
本明細書で使用されるとき、値又はパラメーターへの「ない（not）」の表現は、一般に、値又はパラメーター「以外」を意味し、説明するものである。例えば、方法をＸ型のがんの治療に使用しないとは、この方法をＸ型以外のがんの治療に使用することを意味する。
【００８５】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用されるとき、単数冠詞「ａ」、「ａｎ」、又は「ｔｈｅ」には、文脈上明記されない限り複数形も含む。
【００８６】
ＭＡＳＣＴ法
本発明は、個体におけるがんを治療する細胞系免疫療法、総じて多重抗原特異的細胞療法（ＭＡＳＣＴ）を提供する。この方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞（ＡＰＣ、例えば樹状細胞）と、複数の抗原を取り込んだＡＰＣによって誘導された活性化Ｔ細胞を利用する。複数の抗原を取り込んだＡＰＣ及び活性化Ｔ細胞の両方は、細胞傷害性Ｔ細胞及びヘルパーＴ細胞による応答を含む、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞応答をｉｎ  ｖｉｖｏ及びｅｘ  ｖｉｖｏで誘発可能であり、メモリーＴ細胞を介して免疫記憶を生じさせる。したがって、ＭＡＳＣＴ法の様々な実施形態では、複数の抗原を取り込んだＡＰＣ（例えば樹状細胞）、活性化Ｔ細胞、ＡＰＣ及びＴ細胞（活性化ＰＢＭＣを含む）の共培養、又はこれらの任意の組み合わせを、個体に投与し、がん若しくは腫瘍性疾患の治療、又は、腫瘍の再発、進行若しくは転移の予防をすることができる。
【００８７】
本発明は、一態様では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体のがんを治療する方法を提供し、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞（例えば樹状細胞）と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び抗原提示細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び／又は抗原提示細胞集団は、治療されている個体由来である。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞集団は、樹状細胞、Ｂ細胞、又はマクロファージの集団である。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は樹状細胞である。
【００８８】
いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体のがんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞（例えば樹状細胞）と共培養することによって調製され、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を予め投与されている。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び抗原提示細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び／又は抗原提示細胞集団は、治療されている個体由来である。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞集団は、樹状細胞、Ｂ細胞、又はマクロファージの集団である。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は樹状細胞である。
【００８９】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞（例えば樹状細胞）を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は、活性化Ｔ細胞の投与の約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）前に投与される。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び抗原提示細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び／又は抗原提示細胞集団は、治療されている個体由来である。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞集団は、樹状細胞、Ｂ細胞、又はマクロファージの集団である。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は樹状細胞である。
【００９０】
樹状細胞、Ｂ細胞、及びマクロファージが挙げられるが、これらに限定されない、任意の好適な抗原提示細胞をＭＡＳＣＴ法で使用できる。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞は樹状細胞である。
【００９１】
したがって、いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体のがんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、投与に先立って、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び／又は樹状細胞集団は、治療されている個体由来である。
【００９２】
いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体のがんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製され、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を予め投与されている。いくつかの実施形態では、樹状細胞は、活性化Ｔ細胞の投与の約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）前に投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び／又は樹状細胞集団は、治療されている個体由来である。
【００９３】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞は、活性化Ｔ細胞の投与の約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）前に投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び／又は樹状細胞集団は、治療されている個体由来である。
【００９４】
投与工程に加え、ＭＡＳＣＴ法のいくつかの実施形態は、次の細胞調製工程、すなわち、１）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団（例えば樹状細胞）の調製、及び、２）活性化Ｔ細胞の調製のうち、１つ又は２つを更に含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、投与に先立って、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間、約１４日間、又は約２１日間）共培養される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団は、抗原提示細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、抗原提示細胞集団を、抗原提示細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養に先立って、免疫チェックポイント阻害剤と接触させる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で、抗原提示細胞集団と共培養する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び抗原提示細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び抗原提示細胞集団は、治療されている個体由来である。
【００９５】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及びＴ細胞集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間、約１４日間、又は約２１日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【００９６】
いくつかの実施形態では、（ａ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及びＴ細胞集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、個体が、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を予め投与されている、ことと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【００９７】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及びＴ細胞集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１０日間、約１０日間〜約１５日間、約１５日間〜約２１日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【００９８】
いくつかの実施形態では、（ａ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及びＴ細胞集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【００９９】
いくつかの実施形態では、（ａ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及びＴ細胞集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、個体が、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を予め投与されている、ことと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【０１００】
いくつかの実施形態では、（ａ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、（ｂ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及びＴ細胞集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｄ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることであって、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団が、ＰＢＭＣ集団から得られる、ことと、（ｄ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体由来である。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｄ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団から得られ、個体が、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を予め投与されている、ことと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団及び／又は樹状細胞は、治療されている個体から得られる。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団から得られる、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１０４】
本明細書に記載される方法は、肝細胞がん、子宮頸がん、肺がん、結腸直腸がん、リンパ腫、腎がん、乳がん、膵がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、前立腺がん、上咽頭がん、黒色腫、及び脳がんからなる群から選択されるがんを含む、本明細書に記載されるがんなどの様々ながんの治療に好適である。この方法は、初期、進行期及び転移性がんなどの、全ての段階のがんに適用できる。いくつかの実施形態では、がんは固形腫瘍である。いくつかの実施形態では、がんは液性がんである。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、この方法は、がんに関連する１つ又は２つ以上の症状の重篤度を、治療前の同一個体の対応する症状と比較して、又は、この治療法を受けていない別の個体の対応する症状と比較して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％又は１００％のうち任意の割合で低下させる。いくつかの実施形態では、この方法は、がんの進行を遅延させる。
【０１０６】
本明細書に記載される方法によって治療し得るがんの例として、副腎皮質（adenocortical）がん、原発性骨髄線維症、肛門がん、虫垂がん、星状細胞腫（例えば、小脳及び大脳）、基底細胞がん、胆管がん（例えば、肝外）、膀胱がん、骨がん（骨肉腫及び悪性線維性組織球腫）、脳腫瘍（例えば、神経膠腫、脳幹神経膠腫、小脳又は大脳星状細胞腫（例えば、毛様細胞性星状細胞腫、びまん性星状細胞腫、未分化（悪性）星状細胞腫）、悪性神経膠腫、上衣腫、乏突起膠細胞腫、髄膜腫、頭蓋咽頭腫、血管芽腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、視覚路及び視床下部神経膠腫、及び神経膠芽腫）、乳がん、気管支腺腫／カルチノイド、カルチノイド腫瘍（例えば、消化管カルチノイド腫瘍）、原発不明がん、中枢神経系リンパ腫、子宮頸がん、結腸がん、結腸直腸がん、慢性骨髄増殖性疾患、子宮内膜がん（例えば、子宮がん）、上衣腫、食道がん、ユーイング腫瘍、眼がん（例えば、眼球内黒色腫及び網膜芽細胞腫）、胆嚢がん、胃（胃部）がん、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞性腫瘍、（例えば、頭蓋外、性腺外、卵巣）、妊娠性絨毛腫瘍、頭頸部がん、肝細胞（肝）がん（例えば、肝がん及び肝細胞腫（heptoma））、下咽頭がん、膵島細胞がん（膵島）、咽頭がん、咽頭がん、白血病（Ｔ細胞白血病は除く）、口唇及び口腔がん、口腔がん、肝がん、肺がん（例えば、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺腺がん、及び肺扁平上皮がん）、リンパ腫（Ｔ細胞リンパ腫は除く）、髄芽腫、黒色腫、中皮腫、転移性頚部扁平上皮がん、口腔がん、多発性内分泌腫瘍症候群、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、鼻腔及び副鼻腔がん、上咽頭がん、神経芽細胞腫、神経内分泌がん、中咽頭がん、卵巣がん（例えば、卵巣上皮がん、卵巣胚細胞性腫瘍、卵巣低悪性度腫瘍）、膵がん、副甲状腺がん、陰茎がん、腹膜がん、咽頭がん、褐色細胞腫、松果体芽腫及びテント上原始神経外胚葉性腫瘍、下垂体腫瘍、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫（小膠細胞腫）、肺リンパ管筋腫症、直腸がん、腎がん、腎盂及び尿管がん（移行細胞がん）、横紋筋肉腫、唾液腺がん、皮膚がん（例えば、非黒色腫（例えば、扁平上皮がん）、黒色腫、及びメルケル細胞がん）、小腸がん、扁平上皮がん、精巣がん、咽頭がん、甲状腺がん、結節性硬化症、尿道がん、膣がん、外陰部がん、ウィルムス腫瘍、母斑症に伴う異常血管増殖、浮腫（例えば脳腫瘍に伴う）、及びメグズ症候群が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１０７】
したがって、いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体の肝細胞がん（ＨＣＣ）を治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団（例えば樹状細胞）と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を事前に投与されている。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与に先立ち、個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、初期ＨＣＣ、非転移性ＨＣＣ、原発性ＨＣＣ、進行性ＨＣＣ、局所進行性ＨＣＣ、転移性ＨＣＣ、寛解期のＨＣＣ、又は再発性ＨＣＣである。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、切除可能に局在しており（すなわち、完全に外科的切除可能な、肝の一部に限定されている腫瘍）、切除不能に局在しており（すなわち、重要な血管構造が含まれるため、又は、肝障害のために、局在化した腫瘍が切除不能な場合がある）、又は切除不能である（すなわち、腫瘍が、全ての肝葉に含まれる、及び／又は、広がって他の臓器に含まれる（例えば、肺、リンパ節、骨）。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、ＴＮＭ分類による、ステージＩ腫瘍（血管浸潤を伴わない単発腫瘍）、ステージＩＩ腫瘍（血管浸潤を伴う単発腫瘍、又は、５ｃｍ以下の多発腫瘍）、ステージＩＩＩ腫瘍（５ｃｍ超の多発腫瘍、又は、門脈若しくは肝静脈の主要分枝に関する腫瘍）、ステージＩＶ腫瘍（胆嚢以外の隣接臓器への直接浸潤を伴う腫瘍、又は、臓側腹膜の穿孔）、Ｎ１腫瘍（所属リンパ節転移）、又はＭ１腫瘍（遠隔転移）である。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、ＡＪＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｓｓｉｏｎ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ）の病期分類基準による、ステージＴ１、Ｔ２、Ｔ３、又はＴ４のＨＣＣである。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、肝細胞がん、線維層板型のＨＣＣ、及び混合型肝細胞胆管細胞がんのうち任意のものである。いくつかの実施形態では、ＨＣＣは、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染によって引き起こされる。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体の肺がんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団（例えば樹状細胞）と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を事前に投与されている。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与に先立ち、個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、肺がんは、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）である。ＮＣＳＬＣの例として、大細胞がん（例えば、大細胞神経内分泌がん、複合型大細胞神経内分泌がん、類基底細胞がん、リンパ上皮腫様がん、淡明細胞がん、及びラブドイド形質を伴う大細胞がん）、腺がん（例えば、腺房、乳頭（例えば、細気管支肺胞上皮がん、非粘膜、粘膜、粘膜と非粘膜の混合型、及び中間細胞型）、粘液充実腺がん、混合型サブタイプを伴う腺がん、高分化胎児型腺がん、粘液（コロイド）腺がん、粘液嚢胞腺がん、印鑑腺がん、及び淡明細胞腺がん）、神経内分泌肺腫瘍、並びに、扁平上皮細胞がん（例えば、乳頭、淡明細胞、小細胞、及び類基底細胞）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＮＳＣＬＣは、ＴＮＭ分類による、ステージＴ腫瘍（原発性腫瘍）、ステージＮ腫瘍（所属リンパ節）、又はステージＭ腫瘍（遠隔転移）であってよい。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、肺がんは、カルチノイド（定型又は非定型）、腺扁平上皮がん、円柱腫、又は唾液腺のがん（例えば、腺様がん又は粘膜表皮がん）である。いくつかの実施形態では、肺がんは、多形性、肉腫様、又は肉腫性成分を伴うがん（例えば、紡錘細胞及び／又は巨細胞を伴うがん、紡錘細胞がん、巨細胞がん、癌肉腫、又は肺芽腫）である。いくつかの実施形態では、肺がんは、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ、エンバク細胞がんとも呼ばれる）である。小細胞肺がんは、限局期、拡張期、又は再発期の小細胞肺がんであってよい。いくつかの実施形態では、個体は、肺がんと関連すると考えられている、若しくは示されている遺伝子、遺伝子突然変異、若しくは多型（例えば、ＳＡＳＨ１、ＬＡＴＳ１、ＩＧＦ２Ｒ、ＰＡＲＫ２、ＫＲＡＳ、ＰＴＥＮ、Ｋｒａｓ２、Ｋｒａｇ、Ｐａｓ１、ＥＲＣＣ１、ＸＰＤ、ＩＬ８ＲＡ、ＥＧＦＲ、α１−ＡＤ、ＥＰＨＸ、ＭＭＰ１、ＭＭＰ２、ＭＭＰ３、ＭＭＰ１２、ＩＬ１β、ＲＡＳ、及び／若しくはＡＫＴ）を有する、又は、肺がんと関連する遺伝子の１つ又は２つ以上の余分なコピーを有する、ヒトであってよい。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体の子宮頸がんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団（例えば樹状細胞）と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を事前に投与されている。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与に先立ち、個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、子宮頸がんは、初期子宮頸がん、非転移性子宮頸がん、局所進行子宮頸がん、転移性子宮頸がん、寛解期の子宮頸がん、切除不能子宮頸がん、アジュバント療法中の子宮頸がん、又はネオアジュバント療法中の子宮頸がんである。いくつかの実施形態では、子宮頸がんは、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、子宮頸がんは、ＴＮＭ分類による、ステージＴ腫瘍（原発性腫瘍）、ステージＮ腫瘍（所属リンパ節）、又はステージＭ腫瘍（遠隔転移）であってよい。いくつかの実施形態では、子宮頸がんは、ステージ０、ステージＩ（Ｔｉｓ、Ｎ０、Ｍ０）、ステージＩＡ（Ｔ１ａ、Ｎ０、Ｍ０）、ステージＩＢ（Ｔ１ｂ、Ｎ０、Ｍ０）、ステージＩＩＡ（Ｔ２ａ、Ｎ０、Ｍ０）、ステージＩＩＢ（Ｔ２ｂ、Ｎ０、Ｍ０）、ステージＩＩＩＡ（Ｔ３ａ、Ｎ０、Ｍ０）、ステージＩＩＩＢ（Ｔ３ｂ、Ｎ０、Ｍ０、又はＴ１−３、Ｎ１、Ｍ０）、ステージＩＶＡ（Ｔ４、Ｎ０、Ｍ０）、又はステージＩＶＢ（Ｔ１−Ｔ３、Ｎ０−Ｎ１、Ｍ１）の任意の子宮頸がんである。いくつかの実施形態では、子宮頸がんは、子宮頚部扁平上皮細胞がん、子宮頚部腺がん（adenonocarcinoma）、又は腺扁平上皮がんである。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体の乳がんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団（例えば樹状細胞）と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を事前に投与されている。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与に先立ち、個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、乳がんは、初期乳がん、非転移性乳がん、局所進行乳がん、転移性乳がん、ホルモン受容体陽性転移性乳がん、寛解期の乳がん、アジュバント療法中の乳がん、腺管上皮内がん（ＤＣＩＳ）、侵襲性腺管がん（ＩＤＣ）、又はネオアジュバント療法中の乳がんである。いくつかの実施形態では、乳がんは、ホルモン受容体陽性転移性乳がんである。いくつかの実施形態では、乳がん（ＨＥＲ２陽性でもＨＥＲ２陰性でもよい）は進行乳がんである。いくつかの実施形態では、乳がんは腺管上皮内がんである。いくつかの実施形態では、個体は、乳がんに関連する遺伝子、遺伝子突然変異、若しくは多型（例えば、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＣＨＥＫ２、ＲＡＤ５１、ＡＲ、ＤＩＲＡＳ３、ＥＲＢＢ２、ＴＰ５３、ＡＫＴ、ＰＴＥＮ、及び／若しくはＰＩ３Ｋ）を有する、又は、乳がんと関連する遺伝子の１つ又は２つ以上の余分なコピー（例えば、ＨＥＲ２遺伝子の１つ又は２つ以上の余分なコピー）を有する、ヒトであってよい。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体の膵がんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団（例えば樹状細胞）と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を事前に投与されている。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与に先立ち、個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、膵がんとして、漿液性嚢胞腺腫、膵管内乳頭粘液性腫瘍、粘液性嚢胞腫瘍、膵腫瘍、膵臓腺がん、膵管がん、又は膵芽腫が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、膵がんは、初期膵がん、非転移性膵がん、原発性膵がん、切除済み膵がん、進行膵がん、局所進行膵がん、転移性膵がん、切除不能膵がん、寛解期の膵がん、再発性膵がん、アジュバント療法中の膵がん、又はネオアジュバント療法中の膵がんのうちの任意のものである。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体の卵巣がんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団（例えば樹状細胞）と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を事前に投与されている。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与に先立ち、個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、卵巣がんは卵巣上皮がんである。代表的な卵巣上皮がんの組織学的分類として、漿液性嚢腫（例えば、漿液性良性嚢胞腺腫、上皮細胞の増殖活性と核異常を伴うが、浸潤性破壊的増殖を伴わない漿液性嚢胞腺腫、若しくは漿液性嚢胞腺腫）、粘液性嚢胞腫（例えば、粘液性良性嚢胞腺腫、上皮細胞の増殖活性と核異常を伴うが、浸潤性破壊的増殖を伴わない粘液性嚢胞腺腫、若しくは粘液性嚢胞腺がん）、子宮内膜性腫瘍（例えば、子宮内膜性良性嚢胞、上皮細胞の増殖活性と核異常を伴うが、浸潤性破壊的増殖を伴わない子宮内膜性腫瘍、若しくは子宮内膜性腺がん）、淡明細胞（中腎性）腫瘍（例えば、良性淡明細胞腫瘍、上皮細胞の増殖活性と核異常を伴うが、浸潤性破壊的増殖を伴わない淡明細胞腫瘍、若しくは淡明細胞嚢胞腺腫）、上記群の１つに分類できない未分類腫瘍、又はその他悪性腫瘍が挙げられる。様々な実施形態では、卵巣上皮がんは、ステージＩ（例えば、ステージＩＡ、ＩＢ、又はＩＣ）、ステージＩＩ（例えば、ステージＩＩＡ、ＩＩＢ、又はＩＩＣ）、ステージＩＩＩ（例えば、ステージＩＩＩＡ、ＩＩＩＢ、又はＩＩＩＣ）、又はステージＩＶである。いくつかの実施形態では、個体は、卵巣がんに関連する遺伝子、遺伝子突然変異、若しくは多型（例えば、ＢＲＣＡ１若しくはＢＲＣＡ２）を有する、又は、卵巣がんと関連する遺伝子の１つ又は２つ以上の余分なコピー（例えば、ＨＥＲ２遺伝子の１つ又は２つ以上の余分なコピー）を有する、ヒトであってよい。いくつかの実施形態では、卵巣がんは卵巣胚細胞腫瘍である。代表的な組織学的サブタイプとして、未分化胚細胞腫又は他の胚細胞性腫瘍（例えば、肝葉若しくは腸腫瘍などの卵黄嚢腫瘍、胚性がん腫、多胚腫（olyembryomas）、絨毛がん、奇形腫、若しくは混合型腫瘍）が挙げられる。代表的な奇形腫は、未熟奇形腫、成熟奇形腫、充実性奇形腫、及び嚢胞性奇形腫（例えば、成熟嚢胞性奇形腫などの類皮嚢胞、及び悪性形質転換を伴う類皮嚢胞）である。一部の奇形腫は、単胚葉性かつ高度に特化した、例えば卵巣甲状腺腫、カルチノイド、卵巣甲状腺腫及びカルチノイド、又はその他（例えば、悪性神経外胚葉性及び上衣腫）である。いくつかの実施形態では、卵巣胚細胞腫瘍は、ステージＩ（例えば、ステージＩＡ、ＩＢ、又はＩＣ）、ステージＩＩ（例えば、ステージＩＩＡ、ＩＩＢ、又はＩＩＣ）、ステージＩＩＩ（例えば、ステージＩＩＩＡ、ＩＩＩＢ、又はＩＩＩＣ）、又はステージＩＶである。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＭＡＳＣＴ法は、Ｔ細胞リンパ腫などのＴ細胞に由来するがんの患者には適用されない。
【０１１５】
一部のウイルスは、ヒトにおけるがんに関係する。例えば、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）は、肝の慢性感染症を引き起こし、個体において肝がん、又は肝細胞がん（ＨＣＣ）になる可能性を高める場合がある。ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）は、１５０種を超える関連ウイルス群であり、皮膚、又は口腔、咽喉、若しくは膣などの粘膜内に感染し、増殖すると、乳頭腫、つまりいぼの原因となる。いくつかの種類のＨＰＶ（タイプ１６、１８、３１、３３、３５、３９、４５、５１、５２、５６、５８、５９及び６を含む）は、子宮頸がんを引き起こすことが知られている。ＨＰＶは、別の生殖器がんを誘発し、又は起因する働きもあり、口腔及び咽喉の一部のがんに関連している。エプスタイン−バーウイルス（ＥＢＶ）は、ヘルペスウイルスの一種であり、Ｂリンパ球内に慢性的に感染し、潜在的に存在する。ＥＢＶ感染は、個体において、上咽頭がん、及び、バーキットリンパ腫などの、急激に成長するある種のリンパ腫の発症リスクを高める。ＥＢＶは、ホジキンリンパ腫及び一部の胃がん症例にも関連している。がんの原因、又は、がん発症リスクの増加に加えて、ウイルス感染、例えばＨＢＶ、ＨＰＶ、及びＥＢＶによる感染は、組織又は臓器の損傷につながる場合があり、がんを患っている個体への疾患の負担を増し、がんの進行に寄与することがある。
【０１１６】
人体が、いくつかのがん関連ウイルス、例えば、様々なサブタイプを含む、ＨＢＶ、ＨＰＶ及びＥＢＶに対して、細胞傷害性Ｔ細胞応答などの有効かつ特異的な免疫応答を備えるように誘導され得ることは、当該技術分野において既知である。したがって、いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体のウイルス関連がんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団（例えば樹状細胞）と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を事前に投与されている。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、ウイルスはＨＢＶ、ＨＰＶ、又はＥＢＶである。いくつかの実施形態では、がんは、ＨＢＶ関連肝細胞がん、ＨＰＶ関連子宮頸がん、又はＥＢＶ関連上咽頭がんである。
【０１１７】
本明細書に記載される方法は、次の目的、すなわち、がんの１つ若しくは２つ以上の症状の緩和、がんの進行の遅延、がんのサイズの縮小、がん間質の崩壊（例えば破壊）、がん増殖の阻害、全生存期間の延長、無病生存期間の延長、がん進行までの期間の延長、がん転移の予防若しくは遅延、既存がんの転移の減少（例えば放出）、既存がんの転移の可能性若しくは負担の減少、がんの再発の予防、及び／又は、がんの臨床上の利点の改善のうち、任意の１つ又は２つ以上を目的として使用できる。
【０１１８】
ＡＰＣ、Ｔ細胞、及び腫瘍抗原ペプチド
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）及び活性化Ｔ細胞を使用する。ＡＰＣは、Ｔ細胞を活性化できる免疫系細胞である。ＡＰＣとして、特定のマクロファージ、Ｂ細胞、及び樹状細胞（ＤＣ）が挙げられるが、これらに限定されない。樹状細胞は、リンパ系又は非リンパ系組織に存在する、様々な形態学的に類似した細胞型集団群である。これらの細胞は、独特の形態と、表面クラスＩ及びクラスＩＩ  ＭＨＣ分子の表面の高発現レベルを特徴とし、Ｔ細胞に抗原ペプチドを提示するタンパク質である。ＤＣ、その他ＡＰＣ、及びＴ細胞は、多くの組織源から、簡便には末梢血、例えば末梢血由来の末梢血単核球（ＰＢＭＣ）から、単離又は誘導（例えば分化）できる。
【０１１９】
Ｔ細胞、つまりＴリンパ球は、細胞性免疫において中心的役割を果たしている。活性化Ｔ細胞の各クローンは、表面上に異なるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現し、ＡＰＣ及び標的細胞（例えばがん細胞）上のＭＨＣ分子に結合する抗原の認識に関与している。Ｔ細胞は、いくつかの種類に細分され、それぞれが、固有の表面タンパク質の組み合わせを発現し、それぞれが異なる機能を有している。
【０１２０】
細胞傷害性Ｔ細胞（ＴＣ）は、腫瘍細胞及びその他感染細胞、例えばウイルス感染細胞への免疫応答と、これらの細胞の破壊に関与している。通常、ＴＣ細胞は、ＡＰＣ又は任意の標的細胞上のクラスＩ  ＭＨＣが提示する抗原を認識することによって機能する。共刺激分子（例えば、ＡＰＣ上のＢ７に結合しているＴ細胞上のＣＤ２８、又はヘルパーＴ細胞による刺激）と共に、ＴＣＲを刺激すると、ＴＣ細胞の活性化が得られる。その後、活性化ＴＣ細胞は、増殖し、細胞毒素を放出することによって、ＡＰＣ、又は標的細胞（例えばがん細胞）を破壊できる。成熟ＴＣ細胞は、通常、表面タンパク質であるＣＤ３及びＣＤ８を発現している。細胞傷害性Ｔ細胞は、ＣＤ３＋ＣＤ８＋Ｔ細胞に属する。
【０１２１】
ヘルパーＴ細胞（ＴＨ）は、Ｔ細胞サイトカインを放出することによって、他の免疫細胞の活性を助けるＴ細胞であり、免疫応答の制御や抑制、細胞傷害性Ｔ細胞の誘導、及びマクロファージの殺細胞活性を可能にする。通常、ＴＨ細胞は、ＡＰＣ上のクラスＩＩ  ＭＨＣが提示する抗原を認識することによって機能する。成熟ＴＨ細胞は、表面タンパク質であるＣＤ３及びＣＤ４を発現している。ヘルパーＴ細胞は、ＣＤ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞に属する。
【０１２２】
ナチュラルキラー（ＮＫ）Ｔ細胞は、Ｔ細胞とナチュラルキラー細胞の両方の性質を有するＴ細胞の異種群である。ＮＫＴ細胞の活性化は、炎症性サイトカイン、ケモカイン、及び細胞因子の産生をもたらす。これらは、一般的にはナチュラルキラー細胞上の表面分子である、ＣＤ５６を発現している。ＮＫＴ細胞は、ＣＤ３＋ＣＤ５６＋Ｔ細胞に属する。
【０１２３】
制御性Ｔ細胞（ＴＲＥＧ細胞）は、通常、自己抗原に対する寛容性を促進することによって免疫系を制御し、これによって自己免疫活性を制限する。がん免疫療法では、ＴＲＥＧは、がん細胞の免疫応答からの回避に寄与している。ＴＲＥＧ細胞は、通常はＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ２５、ＣＴＬＡ４、ＧＩＴＲ、ＧＡＲＰ、ＦＯＸＰ３、及び／又はＬＡＰを発現している。ＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋Ｔ細胞は、ある種のＴＲＥＧ細胞である。
【０１２４】
メモリーＴ細胞（Ｔｍ）は、特異的抗原に事前に遭遇し、それに応答していたＴ細胞、又は、活性化Ｔ細胞から分化したＴ細胞である。腫瘍特異的Ｔｍは、総Ｔ細胞量のごく一部を構成するが、ある人の一生で、腫瘍細胞の監視において重要な働きをする。腫瘍特異的Ｔｍが、特異的腫瘍抗原を発現している腫瘍細胞に遭遇した場合、Ｔｍは、直ちに活性化され、クローン的に増殖する。活性化され、増殖したＴ細胞は、エフェクターＴ細胞に分化し、腫瘍細胞を非常に効率よく死滅させる。メモリーＴ細胞は、Ｔ細胞の長期間にわたる腫瘍抗原特異的応答を確立し、維持するのに重要である。
【０１２５】
典型的には、Ｔ細胞に対する抗原は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）によって認識され、特異的Ｔ細胞応答を誘発できる、タンパク質分子又はタンパク質分子の線状フラグメントである。この抗原は、ウイルスがコードするタンパク質などの外因性由来、又は、細胞内、又は細胞表面に発現しているタンパク質などの内因性由来であり得る。特定のＴＣＲとの相互作用に直接的に関与する、最低限の抗原フラグメントは、エピトープとして知られている。単一の抗原中に複数のエピトープが存在でき、各エピトープは、Ｔ細胞の特定のクローンがコードする異なるＴＣＲによって認識される。
【０１２６】
ＴＣＲによって認識されるために、抗原ペプチド又は抗原フラグメントは、ＡＰＣ（例えば樹状細胞）によってエピトープにプロセシングされた後、主要組織適合性（ＭＨＣ）分子の内部で高次構造が伸ばされた状態で結合し、ＡＰＣ（例えば樹状細胞）の表面上にＭＨＣペプチド複合体を形成できる。ヒトにおけるＭＨＣ分子は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）としても知られている。ＭＨＣは、ＴＣＲとエピトープとの間の強い会合のために結合表面を拡大する一方で、エピトープ内のユニークなアミノ酸残基の組み合わせによって、ＴＣＲとエピトープとの間の相互作用の特異性を確実にする。ヒトＭＨＣ分子は、構造的特徴、特に、対応するＭＨＣ複合体の内部で結合するエピトープの長さにより、ＭＨＣクラスＩとＭＨＣクラスＩＩの２種類に分類される。ＭＨＣ−Ｉエピトープは、ＭＨＣクラスＩ分子に結合し、これによって提示されるエピトープである。ＭＨＣ−ＩＩエピトープは、ＭＨＣクラスＩＩ分子に結合し、これによって提示されるエピトープである。ＭＨＣ−Ｉエピトープは、典型的には、約８〜約１１個のアミノ酸長であり、一方ＭＨＣ−ＩＩエピトープは、約１３〜約１７個のアミノ酸長である。遺伝的多型によって、ヒト集団の中で、ＭＨＣクラスＩ及びＭＨＣクラスＩＩ分子の両方に様々なサブタイプが存在する。ＡＰＣ又は標的細胞上のＭＨＣクラスＩ又はＭＨＣクラスＩＩ分子によって提示される特異的抗原ペプチドに対するＴ細胞応答は、ＭＨＣ拘束性Ｔ細胞応答として知られている。
【０１２７】
腫瘍抗原ペプチドは、がん細胞中に過剰発現しているが、正常細胞中では発現しないか、ほとんど発現しない（例えば、細胞あたり約１０、１００、１０００、又は５０００コピー未満のいずれか）、腫瘍抗原タンパク質（本明細書では「腫瘍抗原」とも称する）由来である。いくつかの腫瘍抗原ペプチドは、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）、異分化抗原、又は過剰発現抗原（腫瘍関連抗原、又はＴＡＡとしても知られる）由来である。いくつかの腫瘍抗原ペプチドは、がん細胞のみに存在し、正常細胞には存在しない、変異タンパク質抗原由来である。
【０１２８】
樹状細胞の抗原取り込み
本発明は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む、個体中でのＭＨＣ拘束性Ｔ細胞応答の誘発に有用な、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の調製方法を提供する。この方法によって調製された樹状細胞を、本明細書に記載されるＭＡＳＣＴ法の任意の実施形態において、又は、次項に記載される、活性化Ｔ細胞の調製、若しくは、樹状細胞及びＴ細胞の共培養のために使用できる。
【０１２９】
複数の抗原を取り込んだ樹状細胞の調製方法のいくつかの実施形態では、樹状細胞集団を、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０個超のうち、任意の個数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団を、配列番号１〜４０からなる群から選択される、少なくとも約１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、又は４０個のうち、任意の個数のエピトープを含む、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団と、図２Ｃ及び図２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又はそれ以上のうち、任意の個数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団は、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ１、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択されるタンパク質由来の、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又はそれ以上のうち、任意の個数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、樹状細胞は、複数の腫瘍抗原ペプチドのうち１つ又は２つ以上の腫瘍抗原ペプチドを提示する成熟樹状細胞である。本明細書に記載される方法のうち任意のものによって調製された成熟樹状細胞は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０個超のうち、任意の個数の腫瘍抗原ペプチドを提示できる。ナイーブな樹状細胞、又は複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んでいない樹状細胞と比較して、複数の抗原を取り込んだ樹状細胞は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０個超のうち、任意の個数の腫瘍抗原ペプチドの提示レベルが向上している場合がある。いくつかの実施形態では、成熟樹状細胞は、配列番号１〜４０からなる群から選択される、少なくとも約１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、又は４０のうち、任意の個数のエピトープの提示レベルが向上している。いくつかの実施形態では、成熟樹状細胞は、腫瘍抗原ペプチドのうち１０個超の提示レベルが向上している。いくつかの実施形態では、成熟樹状細胞は、図２Ｃ及び図２９Ａに示される、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又はそれ以上のうち、任意の個数の腫瘍抗原ペプチドの提示レベルが向上している。いくつかの実施形態では、成熟樹状細胞は、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ１、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択されるタンパク質由来の、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又はそれ以上のうち、任意の個数の腫瘍抗原ペプチドの提示レベルが向上している。
【０１３１】
樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる代表的な実施形態は、複数の腫瘍抗原ペプチドを、樹状細胞集団、例えば未熟樹状細胞、つまりＰＢＭＣに含まれる、又はそら由来の（例えば分化した）樹状細胞にパルス適用することを含む。当該技術分野において既知であるように、パルス適用とは、細胞、例えば樹状細胞を、抗原ペプチドを含有する溶液と混合し、任意にその後、混合物から抗原ペプチドを除く工程を指す。樹状細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドと、数秒間、数分間、又は数時間、例えば、約３０秒間、１分間、５分間、１０分間、１５分間、２０分間、３０分間、１時間、５時間、１０時間、１２時間、１４時間、１６時間、１８時間、２０時間、２２時間、１日間、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、１週間、１０日間、又はそれ以上のうち任意の時間接触させてよい。接触工程で使用される各腫瘍抗原ペプチドの濃度は、約０．１、０．５、１、２、３、５、又は１０μｇ／ｍＬのうち任意の濃度であってよい。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドの濃度は、約０．１〜２００μｇ／ｍＬ、例えば、約０．１〜０．５、０．５〜１、１〜１０、１０〜５０、５０〜１００、１００〜１５０、又は１５０〜２００μｇ／ｍＬのうち任意の濃度などである。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、樹状細胞集団を、樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、化合物、物質、又は組成物を、複数の腫瘍抗原ペプチドの溶液中に含ませて、樹状細胞によるペプチドの取り込みを促進させてよい。樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する化合物、物質、又は組成物として、脂質分子、及び複数の正電荷を持つアミノ酸を有するペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は９５％超のうち、任意の割合の腫瘍抗原ペプチドが樹状細胞集団によって取り込まれる。いくつかの実施形態では、約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は９５％超のうち、任意の割合の集団中樹状細胞が、少なくとも１つの腫瘍抗原ペプチドを取り込む。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、未熟樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の調製方法が提供される。いくつかの実施形態では、この方法は、複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストによって、未熟樹状細胞集団の成熟を誘導することを更に含む。いくつかの実施形態では、この方法は、未熟樹状細胞集団を複数のＴＬＲアゴニスト及び複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ成熟樹状細胞集団を得ることを含む。代表的なＴＬＲアゴニストとして、ポリＩＣ、ＭＡＬＰ、及びＲ８４８が挙げられるが、これらに限定されない。成熟工程において、サイトカイン及びその他適切な分子を、培養培地に更に含めてもよい。未熟樹状細胞集団は、成熟のため、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、又は２０日間のうち任意の期間、ＴＬＲアゴニストによって誘導され得る。いくつかの実施形態では、未熟樹状細胞集団は、成熟のため、約８日間誘導される。
【０１３４】
樹状細胞（例えば未熟樹状細胞）は、自家原料、すなわち治療を受けている個体などの様々な原料から得ることができる。樹状細胞の簡便な材料は、末梢血由来のＰＢＭＣである。例えば、白血球の一種である単球は、ＰＢＭＣ中に豊富に含まれており、総ＰＢＭＣの約１０〜３０％を構成する。サイトカインを使用して単球を誘導し、分化すると、樹状細胞、例えば未熟樹状細胞にすることができる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を得て、そのＰＢＭＣ集団から単球集団を得て、その単球集団を複数のサイトカインと接触させて未熟樹状細胞集団を得ることによって、未熟樹状細胞を調製する。単球の分化誘導に使用できる代表的なサイトカインとして、当該技術分野において既知の条件（例えば濃度、温度、ＣＯ２濃度など）下での、ＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４が挙げられるが、これらに限定されない。ＰＢＭＣの付着性部分は、ＰＢＭＣ中の単球の大部分を含む。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣの付着性部分由来の単球は、未熟樹状細胞集団を得るためのサイトカインと共に含まれている。末梢血サンプルの遠心分離、又は、個体から回収するためのアフェレーシス法の使用によって、ＰＢＭＣを簡便に得ることができる。いくつかの実施形態では、ヒト末梢血サンプルの密度勾配遠心分離によって、ＰＢＭＣ集団を得る。いくつかの実施形態では、サンプルは、複数の抗原を取り込んだ樹状細胞、活性化Ｔ細胞、又は複数の抗原を取り込んだ樹状細胞を用いて調製された別の免疫療法用組成物を投与される個体由来である。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、個体から末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団を得る工程と、ＰＢＭＣ集団から単球集団を得る工程と、単球集団から樹状細胞集団を得る工程と、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得る工程と、を含む、個体におけるＭＨＣ拘束性Ｔ細胞応答の誘発に有用な、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の調製方法が提供される。いくつかの実施形態では、ある個体（例えば特定の個体）からＰＢＭＣ集団を得る工程と、ＰＢＭＣ集団から単球集団を得る工程と、単球集団を複数のサイトカイン（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４）と接触させて、未熟樹状細胞集団を得る工程と、未熟樹状細胞集団を複数のＴＬＲアゴニスト及び複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得る工程と、を含む、個体におけるＭＨＣ拘束性Ｔ細胞応答の誘発に有用な、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の調製方法が提供される。
【０１３６】
本発明によって更に提供されるのは、本明細書に記載される方法の任意の実施形態によって調製される、単離された細胞集団である。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、ＭＨＣ拘束性Ｔ細胞応答をｉｎ  ｖｉｖｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで誘発することが可能である。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ拘束性Ｔ細胞応答は、ＭＨＣクラスＩ及びＭＨＣクラスＩＩ分子の両方によってもたらされる。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の分化及び増殖を誘導することが可能である。
【０１３７】
活性化Ｔ細胞の調製
本発明に更に提供されるのは、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ抗原提示細胞集団（例えば樹状細胞）と共培養することを含む、個体におけるがんの治療に有用な活性化Ｔ細胞集団の調製方法である。上記項中の複数の抗原を取り込んだ樹状細胞の任意の実施形態を用いて、活性化Ｔ細胞を調製できる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体、例えばがん（例えば、低度〜中程度のグレードのがん）の個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、又はその両方は、自家原料由来、すなわち、活性化Ｔ細胞、複数の抗原を取り込んだ樹状細胞、又はその両方を投与される個体由来である。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、少なくとも約２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、又は３０日間のうち任意の期間、共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約７日間〜約１０日間、約１０日間〜約１５日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間、１４日間、１６日間、１８日間、又は２１日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約１０日間共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約１４日間共培養される。
【０１３９】
本明細書に記載される方法の任意の実施形態で使用されるＴ細胞集団は、様々な原料由来であってよい。Ｔ細胞の簡便な材料は、ヒト末梢血のＰＢＭＣ由来である。Ｔ細胞集団をＰＢＭＣから単離でき、あるいは別の方法としては、Ｔ細胞に富むＰＢＭＣ集団（例えば、Ｔ細胞特異的抗体及びサイトカインを加えることによる）を共培養に用いてよい。いくつかの実施形態では、共培養に用いるＴ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）の非付着性部分から得られる。いくつかの実施形態では、末梢血サンプルの密度勾配遠心分離によって、ＰＢＭＣを得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、ＰＢＭＣの非付着性部分を少なくとも１種のサイトカイン（例えばＩＬ−２）と共に、抗ＣＤ３抗体（例えばＯＫＴ３）の存在下又は非存在下において培養することによって得られる（本明細書で「Ｔ細胞の維持」と呼ばれる工程）。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣの非付着性部分を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で培養する。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である。ＰＢＭＣの非付着性部分を、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日間、又はそれ以上のうち、任意の期間培養してよい。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞集団は、非付着性ＰＢＭＣ集団を得て、非付着性ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養する（例えば、少なくとも１種のサイトカイン（例えばＩＬ−２）及び任意に抗ＣＤ３抗体、及び任意に免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）ことによって調製される。
【０１４０】
共培養は、サイトカイン及び他の化合物を更に含め、Ｔ細胞の活性化、成熟、及び／又は増殖の促進、並びに、後のメモリーＴ細胞への分化のため、Ｔ細胞のプライミングをしてもよい。この工程に使用できる代表的なサイトカインとして、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１などが挙げられるが、これらに限定されない。ある種のサイトカインは、共培養中に、活性化Ｔ細胞集団中のＴＲＥＧの割合を抑制するのに役立つ場合がある。例えば、いくつかの実施形態では、高用量（例えば少なくとも約２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１２００、又は１５００Ｕ／ｍＬのうち任意の濃度）のサイトカイン（例えばＩＬ−２）を用いて、ＴＲＥＧ細胞の割合が低い活性化Ｔ細胞集団を得るために、Ｔ細胞集団及び複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を共培養する。
【０１４１】
共培養は、１種又は２種以上（例えば１種、２種、３種、又はそれ以上のうち任意の種類）の免疫チェックポイント阻害剤を含めてもよい。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養に先立って、免疫チェックポイント阻害剤と接触させる。例えば、Ｔ細胞集団は、単離されたＴ細胞、又は、細胞、例えばＰＢＭＣの非付着性部分の混合物中に存在するＴ細胞であってよい。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養に先立って、免疫チェックポイント阻害剤と接触させる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団又は非付着性ＰＢＭＣを、免疫チェックポイント阻害剤と、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４日間、又はそれ以上のうち、任意の期間接触させる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団又は非付着性ＰＢＭＣを、免疫チェックポイント阻害剤と、約５日間〜約１４日間接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、免疫チェックポイント阻害剤と、約８日間接触させる。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４、ＢＬＴＡ、ＴＩＭ−３、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される抑制性チェックポイント分子の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ（例えば、オプジーボ（登録商標））、ペムブロリズマブ（例えば、キイトルーダ（登録商標））又はＳＨＲ−１２１０などの抗ＰＤ−１抗体である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ１の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ（例えば、ヤーボイ（登録商標））などの抗ＣＴＬＡ−４抗体である。
【０１４３】
Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだＤＣ集団によって、任意の回数、例えば、１回、２回、３回、又はそれ以上のうち任意の回数で刺激されてよい。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を１回刺激する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を少なくとも２回刺激する。いくつかの実施形態では、各刺激において、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだＤＣ集団を共培養に加える。ＤＣ集団は新たに調製されて、複数の腫瘍抗原ペプチドをパルス適用されてよく、又は、初回刺激のときに調製されたＤＣ集団のストックから得てもよい。
【０１４４】
したがって、（ａ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団得ることと、を含み、樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団が、個体由来のＰＢＭＣ集団から得られる、活性化Ｔ細胞集団の調製方法が提供される。いくつかの実施形態では、共培養は、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１又はこれらの任意の組み合わせ）の存在下である。いくつかの実施形態では、共培養は、抗ＣＤ３抗体（例えばＯＫＴ３）及び複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１又はこれらの任意の組み合わせ）の存在下である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、この方法は、個体からＰＢＭＣ集団を得ることを更に含む。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団が、個体由来のＰＢＭＣ集団から得られる、活性化Ｔ細胞集団の調製方法が提供される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を、複数のＴＬＲアゴニストと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の成熟を誘導する。いくつかの実施形態では、共培養は、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１又はこれらの任意の組み合わせ）の存在下である。いくつかの実施形態では、共培養は、抗ＣＤ３抗体（例えばＯＫＴ３）及び複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１又はこれらの任意の組み合わせ）の存在下である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、この方法は、（ｉ）個体からＰＢＭＣ集団を得る工程、（ｉｉ）ＰＢＭＣ集団から単球集団を得る工程、及び（ｉｉｉ）ＰＢＭＣ集団から非付着性ＰＢＭＣ集団を得る工程のうち、任意の１つ又は組み合わせを更に含む。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞集団の調製方法が提供され、この方法は、個体から末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団を得ることと、ＰＢＭＣ集団から単球集団を得ることと、単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）、未熟樹状細胞集団を複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニスト及び複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ成熟樹状細胞集団を得ることと、ＰＢＭＣ集団から非付着性ＰＢＭＣ集団を得ることと、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ成熟樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１又はこれらの任意の組み合わせ）、任意に抗ＣＤ３抗体（例えばＯＫＴ３）、及び任意に免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３の阻害剤）の存在下で共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含む。
【０１４７】
本発明によって更に提供されるのは、本明細書に記載される方法の任意の実施形態によって調製される、単離された活性化Ｔ細胞集団である。また、本明細書で提供されるのは、Ｔ細胞集団と、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、を含む、個体におけるがんの治療に有用な共培養物である。いくつかの共培養物の実施形態では、Ｔ細胞集団及び複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、同一個体、例えば治療されている個体由来である。いくつかの共培養物の実施形態では、複数の抗原を取り込んだ樹状細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドの樹状細胞集団へのパルス適用すること、又は、樹状細胞集団を、樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物（例えば脂質分子、又は複数の正電荷を持つアミノ酸を有するペプチド）の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることなどの、上記項に記載されるような任意の調製方法の実施形態によって調製される。単離された活性化Ｔ細胞集団及び本項に記載される共培養物は、ＭＡＳＣＴ法の任意の実施形態において使用してよい。単離された活性化Ｔ細胞集団又は共培養物を含む免疫療法用組成物は、がんの治療、腫瘍の進行若しくは転移の予防、又は、がんの免疫逃避の低減に有用であり、本明細書に提供される。単離された活性化Ｔ細胞集団及び共培養物は、がんの治療、腫瘍の進行若しくは転移の予防、又は、がんの免疫逃避の低減のための医薬品の製造にも有用である場合がある。
【０１４８】
複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の調製、又は、活性化Ｔ細胞集団の調製における、本明細書に記載される任意の工程及びパラメーターは、それぞれの、及び全ての組み合わせが独立して記載されているように、ＭＡＳＣＴ法について本明細書に記載される任意の工程及びパラメーターと組み合わせできることを意図している。
【０１４９】
例えば、いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、単離された活性化Ｔ細胞集団が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば、樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で）接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団、及びＴ細胞集団は、同一原料（例えば、治療のために活性化Ｔ細胞を投与されている個体）由来である。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導し（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得て、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養することであって、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団が、個体由来のＰＢＭＣ集団から得られることによって調製される、単離された活性化Ｔ細胞集団が提供される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を、複数のＴＬＲアゴニストと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の成熟を誘導する。いくつかの実施形態では、共培養は、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１又はこれらの任意の組み合わせ）、及び任意に抗ＣＤ３抗体（例えばＯＫＴ３）の存在下である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、この方法は、（ｉ）個体からＰＢＭＣ集団を得る工程、（ｉｉ）ＰＢＭＣ集団から単球集団を得る工程、及び（ｉｉｉ）ＰＢＭＣ集団から非付着性ＰＢＭＣ集団を得る工程のうち、任意の１つ又は組み合わせを更に含む。
【０１５１】
ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ
ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴという名称のＭＡＳＣＴの変法は、個体のがんの治療に用いるためＡＰＣ（例えば樹状細胞）又はＴ細胞の単離又は誘導をせずに、ＡＰＣ及びＴ細胞を含むＰＢＭＣを直接用いる。
【０１５２】
したがって、いくつかの実施形態では、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを接触させて活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、個体に有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を、ＰＢＭＣ中の抗原提示細胞（例えば樹状細胞）による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３の阻害剤の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ集団をＩＬ−２と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１５３】
ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法は、上記項に記載されるＭＡＳＣＴ法の別の実施形態によって治療できる任意のがん（異なる種類又はステージを含む）の治療に好適である。ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法のいくつかの実施形態では、がんは、肝細胞がん、子宮頸がん、肺がん、結腸直腸がん、リンパ腫、腎がん、乳がん、膵がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、前立腺がん、上咽頭がん、黒色腫及び脳がんからなる群から選択される。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣは、自家、すなわち、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、個体由来の末梢血は、樹状細胞又はＴ細胞の数が少ない。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、サイトカイン、例えばＩＬ−２、ＧＭ−ＣＳＦなどと接触させ、接触工程と同時に、又はその後に、ＰＢＭＣ中の特定の細胞（例えば樹状細胞、Ｔ細胞、又はこれらの組み合わせ）を分化、成熟、又は増殖させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、接触工程後に除かれる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、複数の腫瘍抗原ペプチドと、少なくとも約１０分間、１５分間、２０分間、３０分間、１時間、５時間、１０時間、１２時間、１４時間、１６時間、１８時間、２０時間、２２時間、１日間、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、１週間、１０日間、又はそれ以上のうち任意の時間接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、サイトカインと、少なくとも約２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、又は３０日間のうち、任意の期間接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣをサイトカインと約１４〜２１日間接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣをサイトカインと約１４日間接触させる。
【０１５５】
上記任意のＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法において、ＰＢＭＣを、１つ又は２つ以上の免疫チェックポイント阻害剤と接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、ＰＢＭＣを、免疫チェックポイント阻害剤と、少なくとも約２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、又は３０日間のうち、任意の期間接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、免疫チェックポイント阻害剤と、約１４日間〜約２１日間接触させる。
【０１５６】
免疫チェックポイント阻害剤との併用療法
がんを治療するための本明細書に記載される方法は、単独療法で、並びに、別の薬剤との併用療法で使用できる。例えば、本明細書に記載される任意のＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法を含む）を、１種又は２種以上（例えば、１種、２種、３種、４種、又はそれ以上）の免疫チェックポイント阻害剤の投与と組み合わせてもよい。
【０１５７】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、（ｃ）個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【０１５８】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）任意に、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、（ｆ）個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団から得られる、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及び免疫チェックポイント阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１５９】
いくつかの実施形態では、（ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、（ｃ）個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及び免疫チェックポイント阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及び免疫チェックポイント阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、ＰＢＭＣ中の抗原提示細胞（例えば樹状細胞）による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ集団をＩＬ−２と更に接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３の阻害剤の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１６０】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体である。代表的な抗ＰＤ−１抗体として、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａｂ、ＢＭＳ−９３６５５９、及びａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ、ペムブロリズマブ、ＭＫ−３４７５、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、及びＴＳＲ−０４２が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ（例えば、オプジーボ（登録商標））である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ（例えば、キイトルーダ（登録商標））である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＳＨＲ−１２１０である。
【０１６１】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、（ｃ）個体に、有効量のＰＤ−１阻害剤を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は抗ＰＤ−１抗体である。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、及びＳＨＲ−１２１０からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＰＤ−１阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＰＤ−１阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【０１６２】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）任意に、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、（ｆ）個体に、有効量のＰＤ−１阻害剤を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団から得られる、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は抗ＰＤ−１抗体である。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、及びＳＨＲ−１２１０からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＰＤ−１阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＰＤ−１阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１６３】
いくつかの実施形態では、（ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、（ｃ）個体に、有効量のＰＤ−１阻害剤を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は抗ＰＤ−１抗体である。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、及びＳＨＲ−１２１０からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及びＰＤ−１阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及びＰＤ−１阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、ＰＢＭＣ中の抗原提示細胞（例えば樹状細胞）による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ集団をＩＬ−２と更に接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を、ＰＤ−１阻害剤などの免疫チェックポイント阻害剤の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１６４】
いくつかの実施形態では、（ａ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、（ｃ）個体に、有効量のペムブロリズマブ（例えばキイトルーダ（KETRUDA）（登録商標））を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びペムブロリズマブは、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びペムブロリズマブは、連続して投与される。いくつかの実施形態では、ペムブロリズマブは、静脈内投与される（例えば、約３０分間かけた点滴投与により）。いくつかの実施形態では、ペムブロリズマブは、約２ｍｇ／ｋｇで投与される。いくつかの実施形態では、ペムブロリズマブは、約３週間毎に１回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）任意に、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、（ｆ）個体に、有効量のペムブロリズマブ（例えばキイトルーダ（登録商標））を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団から得られる、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びペムブロリズマブは、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びペムブロリズマブは、連続して投与される。いくつかの実施形態では、ペムブロリズマブは、静脈内投与される（例えば、約３０分間かけた点滴投与により）。いくつかの実施形態では、ペムブロリズマブは、約２ｍｇ／ｋｇで投与される。いくつかの実施形態では、ペムブロリズマブは、約３週間毎に１回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、（ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、（ｃ）個体に、有効量のペムブロリズマブ（例えばキイトルーダ（登録商標））を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及びペムブロリズマブは、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及びペムブロリズマブは、連続して投与される。いくつかの実施形態では、ペムブロリズマブは、静脈内投与される（例えば、約３０分間かけた点滴投与により）。いくつかの実施形態では、ペムブロリズマブは、約２ｍｇ／ｋｇで投与される。いくつかの実施形態では、ペムブロリズマブは、約３週間毎に１回投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、ＰＢＭＣ中の抗原提示細胞（例えば樹状細胞）による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ集団をＩＬ−２と更に接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を、ＰＤ−１阻害剤などの免疫チェックポイント阻害剤の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ１の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。代表的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体として、ＫＹ−１００３、ＭＣＬＡ−１４５、ＲＧ７４４６、ＢＭＳ９３５５５９、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ４７３６、Ａｖｅｌｕｍａｂ、又はＳＴＩ−Ａ１０１０が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１６８】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、（ｃ）個体に、有効量のＰＤ−Ｌ１阻害剤を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−Ｌ１阻害剤は抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＰＤ−Ｌ１阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＰＤ−Ｌ１阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−Ｌ１阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）任意に、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、（ｆ）個体に、有効量のＰＤ−Ｌ１阻害剤を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団から得られる、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−Ｌ１阻害剤は抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＰＤ−Ｌ１阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＰＤ−Ｌ１阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−Ｌ１阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、（ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、（ｃ）個体に、有効量のＰＤ−Ｌ１阻害剤を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＰＤ−Ｌ１阻害剤は抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及びＰＤ−Ｌ１阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及びＰＤ−Ｌ１阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、ＰＢＭＣ中の抗原提示細胞（例えば樹状細胞）による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ集団をＩＬ−２と更に接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を、ＰＤ−Ｌ１阻害剤などの免疫チェックポイント阻害剤の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体である。代表的な抗ＣＴＬＡ−４抗体として、イピリムマブ、Ｔｒｅｍｅｌｉｍｕｍａｂ、及びＫＡＨＲ−１０２が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ（例えば、ヤーボイ（登録商標））である。
【０１７２】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、（ｃ）個体に、有効量のＣＴＬＡ−４１阻害剤を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、イピリムマブなどの抗ＣＴＬＡ−４抗体である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＣＴＬＡ−４阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＣＴＬＡ−４阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）共培養される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）集団の非付着性部分由来である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＣＴＬＡ−４阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。
【０１７３】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）任意に、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、（ｆ）個体に、有効量のＣＴＬＡ−４阻害剤を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団から得られる、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、イピリムマブなどの抗ＣＴＬＡ−４抗体である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＣＴＬＡ−４阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞及びＣＴＬＡ−４阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、又は約１０日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、活性化Ｔ細胞を、複数のサイトカイン（例えばＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５、ＩＬ−２１、又はこれらの任意の組み合わせ）及び任意に抗ＣＤ３抗体と接触させることを更に含む。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＣＴＬＡ−４阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、（ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、（ｃ）個体に、有効量のＣＴＬＡ−４阻害剤を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、イピリムマブなどの抗ＣＴＬＡ−４抗体である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及びＣＴＬＡ−４阻害剤は、同一組成物中などで同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ及びＣＴＬＡ−４阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣを、ＰＢＭＣ中の抗原提示細胞（例えば樹状細胞）による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣ集団をＩＬ−２と更に接触させる。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を、ＣＴＬＡ−４阻害剤などの免疫チェックポイント阻害剤の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞（又は活性化ＰＢＭＣ）及び免疫チェックポイント阻害剤は、同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞（又は活性化ＰＢＭＣ）及び免疫チェックポイント阻害剤は、単一の組成物中で投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、共培養物中に存在する。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞（又は活性化ＰＢＭＣ）及び免疫チェックポイント阻害剤は、投与に先立って（例えば、投与直前に）混合される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞（又は活性化ＰＢＭＣ）及び免疫チェックポイント阻害剤は、別の組成物によって同時に投与される。
【０１７６】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞（又は活性化ＰＢＭＣ）及び免疫チェックポイント阻害剤は、連続して投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞（又は活性化ＰＢＭＣ）の投与に先立って投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞（又は活性化ＰＢＭＣ）の投与後に投与される。
【０１７７】
複数の腫瘍抗原ペプチド
本明細書に記載される全てのＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法を含む）及び細胞調製法では、複数の腫瘍抗原ペプチド（ネオ抗原ペプチドを含む）を用いて、ＡＰＣ（例えば樹状細胞）及び活性化Ｔ細胞、又は、特異的Ｔ細胞応答をｅｘ  ｖｉｖｏ及びｉｎ  ｖｉｖｏで引き起こし得る活性化ＰＢＭＣを調製する。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法での各腫瘍抗原ペプチドは、単一のタンパク質抗原（ネオ抗原を含む）由来の、約１、２、３、４、５、又は１０個のうち任意の数のエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチド中の各腫瘍抗原ペプチドは、Ｔ細胞受容体によって認識可能な少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、単一のタンパク質抗原由来の少なくとも２つのエピトープを含む、少なくとも１つの腫瘍抗原ペプチドを含む。腫瘍抗原ペプチドは、天然由来の、１つ又は２つ以上のエピトープを含むタンパク質抗原のペプチドフラグメント、又は、１つ又は２つ以上の天然エピトープ配列を有する人工的に設計されたペプチドであってよく、リンカーペプチドが、隣接するエピトープ配列間に任意に配置されていてよい。いくつかの好ましい実施形態では、同一の腫瘍抗原ペプチド内に含まれるエピトープは、同一のタンパク質抗原由来である。
【０１７９】
腫瘍抗原ペプチド（ネオ抗原ペプチドを含む）は、少なくとも１つのＭＨＣ−Ｉエピトープ、少なくとも１つのＭＨＣ−ＩＩエピトープ、又はＭＨＣ−Ｉエピトープ及びＭＨＣ−ＩＩエピトープの両方を含んでよい。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチド中の少なくとも１つの腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉ及びＭＨＣ−ＩＩエピトープの両方を含む。
【０１８０】
腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞に対する免疫応答を最適化するため、特別な設計戦略を腫瘍抗原ペプチド（ネオ抗原ペプチドを含む）の配列に適用してよい。典型的には、正確なエピトープペプチドよりも長いペプチドは、抗原提示細胞（例えば樹状細胞）内へのペプチドの取り込みを増加させることができる。いくつかの実施形態では、エピトープを内部に有するタンパク質の天然配列に従って、ＭＨＣ−Ｉ又はＭＨＣ−ＩＩエピトープ配列を、Ｎ末端若しくはＣ末端、又は両末端で延長し、延長配列を得、このとき延長配列は、クラスＩ及びクラスＩＩのＭＨＣ分子の両方による、及び、別の個体におけるＭＨＣ分子の異なるサブタイプによる提示に適している。いくつかの実施形態では、エピトープ配列を、片方又は両方の末端で、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、又は２０個のうち、任意の個数のアミノ酸残基で延長し、延長したエピトープを生じさせる。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ−Ｉ又はＭＨＣ−ＩＩエピトープを含むペプチドは、Ｎ末端、Ｃ末端、又は両方においてエピトープに隣接する追加のアミノ酸を更に含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチド中の各腫瘍抗原ペプチドは、約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、又は１００個のアミノ酸長のうち、任意の長さである。複数の腫瘍抗原ペプチド中の異なる腫瘍抗原ペプチドは、同じ長さ、又は異なる長さを有し得る。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、それぞれ約２０〜４０個のアミノ酸長である。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、本出願における腫瘍抗原ペプチドの設計に用いられる１つ又は２つ以上のエピトープペプチドのアミノ酸配列は、当該技術分野において既知の配列、又は、Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｂｒｕｇｇｅｎ  Ｐ  ｅｔ  ａｌ．（２０１３）Ｐｅｐｔｉｄｅ  ｄａｔａｂａｓｅ：Ｔ  ｃｅｌｌ−ｄｅｆｉｎｅｄ  ｔｕｍｏｒ  ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ．ＵＲＬ：ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒｉｍｍｕｎｉｔｙ．ｏｒｇ／ｐｅｐｔｉｄｅ／）などの公開データベースにおいて利用可能な配列に基づいている。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のエピトープペプチドのアミノ酸配列は、配列番号１〜３５からなる群から選択される。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のエピトープペプチドのアミノ酸配列は、Ｔ細胞エピトープ予測用のバイオインフォマティクスツールを用い、抗原タンパク質（ネオ抗原を含む）の配列に基づいて予測される。Ｔ細胞エピトープ予測用の代表的なバイオインフォマティクスツールは、当該技術分野において既知であり、例えば、Ｙａｎｇ  Ｘ．ａｎｄ  Ｙｕ  Ｘ．（２００９）「Ａｎ  ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  ｅｐｉｔｏｐｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  ｓｏｆｔｗａｒｅ」Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．１９（２）：７７〜９６を参照されたい。いくつかの実施形態では、抗原タンパク質の配列は、当該技術分野において既知であり、公開データベースにおいて利用可能である。いくつかの実施形態では、抗原タンパク質（ネオ抗原を含む）の配列は、治療されている個体のサンプル（例えば腫瘍サンプル）を配列決定することによって決定される。
【０１８３】
本発明は、当該技術分野において既知である任意の腫瘍抗原及びエピトープ（ネオ抗原及びネオエピトープを含む）由来、又は、発明者らによってバイオインフォマティクスツールを用いて特別に開発、つまり予測された腫瘍抗原ペプチドを企図している。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループを更に含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、がん種特異的抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループからなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループからなり、第２グループは、がん種特異的抗原ペプチドからなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ネオ抗原ペプチドのみからなる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループ、及び１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループ、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループ、及び１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。
【０１８５】
一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループは、様々な種類の各種がんの表面上に一般的に発現又は過剰発現されている、腫瘍抗原由来である。したがって、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループは、異なるがん型を有する個体を治療するための、任意のＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法を含む）、又は本明細書に記載される別の治療法若しくは細胞調製法において使用される樹状細胞、又は活性化Ｔ細胞の調製に有用である。例えば、いくつかの実施形態では、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループは、様々ながん、例えば肺がん、結腸がん、胃がん、前立腺がん、黒色腫、リンパ腫、膵がん、卵巣がん、乳がん、神経膠腫、食道がん、上咽頭がん、子宮頸がん、腎がん、又は肝細胞がんを治療するための、本明細書に記載される方法に有用である。代表的な第１コアグループの腫瘍抗原ペプチドとして、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、及びＣＤＣＡ１由来のペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。第１コアグループは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０超のうち、任意の個数の腫瘍抗原由来のペプチドを含んでよい。第１コアグループは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０のうち、任意の個数の一般的腫瘍抗原ペプチドを含んでよい。いくつかの実施形態では、第１コアグループは、２つ以上の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第１コアグループは、約１０〜約２０個の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第１コアグループは、配列番号１〜２４からなる群から選択される、２つ以上のエピトープを有する一般的腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０１８６】
がん種特異的抗原ペプチドである第２グループは、たった１種、又は限られた種類のがん型で発現又は過剰発現している腫瘍抗原由来である。したがって、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループは、特定の種類のがんを有する個体を治療するための、任意のＭＡＳＣＴ法、又は本明細書に記載される別の治療法若しくは細胞調製法において使用される樹状細胞、活性化Ｔ細胞の調製に有用である。肝細胞がん（ＨＣＣ）を治療するための代表的ながん種特異的抗原ペプチドとして、ＡＦＰ、及びＧＰＣ３由来のペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のがん特異的抗原ペプチドは、個体に感染すると、個体におけるがんの誘発、又はがんの発症に関連する、ウイルス由来のウイルス特異的抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、ウイルス特異的抗原ペプチドは、個体に感染しているウイルスのサブタイプに特異的である。ＨＢＶに同時感染しているＨＣＣ患者を治療するための代表的なウイルス特異的抗原ペプチドとして、ＨＢＶコア抗原、及びＨＢＶ  ＤＮＡポリメラーゼ由来のペプチドが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ウイルス特異的抗原ペプチドは、配列番号３１〜３５からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、この方法が、個体における肝細胞がんを治療するためであるとき、第２グループは、ＨＢＶ抗原由来のウイルス特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法が、個体における子宮頸がんを治療するためであるとき、第２グループは、ＨＰＶ抗原由来のウイルス特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法が、個体における上咽頭がんを治療するためであるとき、第２グループは、ＥＢＶ抗原由来のウイルス特異的抗原ペプチドを含む。がん種特異的抗原ペプチドである第２グループは、約０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０超のうち、任意の個数のがん種特異的抗原由来のペプチドを含んでよい。がん種特異的抗原ペプチドである第２グループは、約０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０超のうち、任意の個数のがん種特異的抗原ペプチドを含んでよい。いくつかの実施形態では、第２グループは、２つ以上のがん種特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第２グループは、約１〜約１０個のがん種特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、がんが肝細胞がんであるとき、第２グループは、配列番号２５〜３５からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む、がん種特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、がん種特異的抗原ペプチドの標的となるがんの種類は、肝細胞がん、子宮頸がん、上咽頭がん、乳がん、及びリンパ腫から本質的になる群から選択される。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個以上のうち任意の個数の）ネオ抗原ペプチドを含む。ネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原由来である。ネオ抗原は、個体、例えばがん治療されている個体の腫瘍細胞に新たに獲得され、発現している抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、がん細胞中のみに存在するが、正常細胞中には存在しない、変異タンパク質抗原由来である。ネオ抗原は、がん治療されている個体の腫瘍細胞（例えば、全ての腫瘍細胞又は一部の腫瘍細胞）中に特異的に存在する、又は、治療されている個体と類似の種類のがんを有する個体中に存在する場合がある。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、クローンネオ抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、サブクローンネオ抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％以上のうち、任意の割合で個体の腫瘍細胞中に存在する。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉ拘束性ネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、ＭＨＣ−ＩＩ拘束性ネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、例えば、Ｎ末端及びＣ末端の両方において、ネオエピトープを延長することによって、クラスＩ及びクラスＩＩ  ＭＨＣ分子の両方によるネオエピトープの提示を促進するように設計されている。代表的なネオ抗原ペプチドとして、変異ＫＲＡＳ（例えば、ＫＲＡＳＧ１２Ａ）、ＰＡＲＰ４（例えば、ＰＡＲＰ４Ｔ１１７０Ｉ）、ＭＬＬ３（例えば、ＭＬＬ３Ｃ９８８Ｆ）、及びＭＴＨＦＲ（例えば、ＭＴＨＦＲＡ２２２Ｖ）由来のネオエピトープが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、配列番号４１〜４５からなる群から選択される配列中に、点変異を有するエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、配列番号３６〜４０からなる群から選択されるエピトープを含む。
【０１８８】
ネオ抗原ペプチドは、治療されている個体１つ又は２つ以上の腫瘍部位の遺伝子プロファイルに基づいて選択できる。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルは、全ゲノムの配列情報を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルは、エクソームの配列情報を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルは、がん関連遺伝子の配列情報を含む。
【０１８９】
本発明での使用に好適なネオ抗原ペプチドは、腫瘍細胞中の任意の変異タンパク質、例えば、変異がん関連遺伝子によってコードされるもの由来であってよい。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、がん関連遺伝子由来の単一のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、がん関連遺伝子由来の２つ以上（例えば２つ、３つ、又はそれ以上）のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、２つ以上（例えば２つ、３つ、又はそれ以上）のがん関連遺伝子由来の２つ以上（例えば２つ、３つ、又はそれ以上）のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原は、単一のがん関連遺伝子由来の複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原は、２つ以上（例えば２つ、３つ、４つ、５つ、又はそれ以上のうち任意の個数）のがん関連遺伝子由来の複数のネオ抗原ペプチドを含む。
【０１９０】
がん関連遺伝子は、がん細胞で過剰発現、又は、正常細胞では見られないが、がん細胞のみに発現している遺伝子である。代表的ながん関連遺伝子として、ＡＢＬ１、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＫＴ３、ＡＬＫ、ＡＬＯＸ１２Ｂ、ＡＰＣ、ＡＲ、ＡＲＡＦ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＲＩＤ１Ｂ、ＡＲＩＤ２、ＡＳＸＬ１、ＡＴＭ、ＡＴＲＸ、ＡＵＲＫＡ、ＡＵＲＫＢ、ＡＸＬ、Ｂ２Ｍ、ＢＡＰ１、ＢＣＬ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＣＬ２Ｌ１２、ＢＣＬ６、ＢＣＯＲ、ＢＣＯＲＬ１、ＢＬＭ、ＢＭＰＲ１Ａ、ＢＲＡＦ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＤ４、ＢＲＩＰ１、ＢＵＢ１Ｂ、ＣＡＤＭ２、ＣＡＲＤ１１、ＣＢＬ、ＣＢＬＢ、ＣＣＮＤ１、ＣＣＮＤ２、ＣＣＮＤ３、ＣＣＮＥ１、ＣＤ２７４、ＣＤ５８、ＣＤ７９Ｂ、ＣＤＣ７３、ＣＤＨ１、ＣＤＫ１、ＣＤＫ２、ＣＤＫ４、ＣＤＫ５、ＣＤＫ６、ＣＤＫ９、ＣＤＫＮ１Ａ、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＣＤＫＮ１Ｃ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫＮ２Ｂ、ＣＤＫＮ２Ｃ、ＣＥＢＰＡ、ＣＨＥＫ２、ＣＩＩＴＡ、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＲＫＬ、ＣＲＬＦ２、ＣＲＴＣ１、ＣＲＴＣ２、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＴＮＮＢ１、ＣＵＸ１、ＣＹＬＤ、ＤＤＢ２、ＤＤＲ２、ＤＥＰＤＣ５、ＤＩＣＥＲ１、ＤＩＳ３、ＤＭＤ、ＤＮＭＴ３Ａ、ＥＥＤ、ＥＧＦＲ、ＥＰ３００、ＥＰＨＡ３、ＥＰＨＡ５、ＥＰＨＡ７、ＥＲＢＢ２、ＥＲＢＢ３、ＥＲＢＢ４、ＥＲＣＣ２、ＥＲＣＣ３、ＥＲＣＣ４、ＥＲＣＣ５、ＥＳＲ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＥＷＳＲ１、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＺＨ２、ＦＡＭ４６Ｃ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＤ２、ＦＡＮＣＥ、ＦＡＮＣＦ、ＦＡＮＣＧ、ＦＡＳ、ＦＢＸＷ７、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＨ、ＦＫＢＰ９、ＦＬＣＮ、ＦＬＴ１、ＦＬＴ３、ＦＬＴ４、ＦＵＳ、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ４、ＧＡＴＡ６、ＧＬＩ１、ＧＬＩ２、ＧＬＩ３、ＧＮＡ１１、ＧＮＡＱ、ＧＮＡＳ、ＧＮＢ２Ｌ１、ＧＰＣ３、ＧＳＴＭ５、Ｈ３Ｆ３Ａ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＲＡＳ、ＩＤ３、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＫＺＦ１、ＩＫＺＦ３、ＩＮＳＩＧ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＫＣＮＩＰ１、ＫＤＭ５Ｃ、ＫＤＭ６Ａ、ＫＤＭ６Ｂ、ＫＤＲ、ＫＥＡＰ１、キット、ＫＲＡＳ、ＬＩＮＣ００８９４、ＬＭＯ１、ＬＭＯ２、ＬＭＯ３、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＡＰ２Ｋ４、ＭＡＰ３Ｋ１、ＭＡＰＫ１、ＭＣＬ１、ＭＤＭ２、ＭＤＭ４、ＭＥＣＯＭ、ＭＥＦ２Ｂ、ＭＥＮ１、ＭＥＴ、ＭＩＴＦ、ＭＬＨ１、ＭＬＬ（ＫＭＴ２Ａ）、ＭＬＬ２（ＫＴＭ２Ｄ）、ＭＰＬ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＭＴＯＲ、ＭＵＴＹＨ、ＭＹＢ、ＭＹＢＬ１、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１（ＭＹＣＬ）、ＭＹＣＮ、ＭＹＤ８８、ＮＢＮ、ＮＥＧＲ１、ＮＦ１、ＮＦ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＦＫＢＩＡ、ＮＦＫＢＩＺ、ＮＫＸ２−１、ＮＯＴＣＨ１、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＭ１、ＮＰＲＬ２、ＮＰＲＬ３、ＮＲＡＳ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、ＰＡＬＢ２、ＰＡＲＫ２、ＰＡＸ５、ＰＢＲＭ１、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＨＦ６、ＰＨＯＸ２Ｂ、ＰＩＫ３Ｃ２Ｂ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＩＭ１、ＰＭＳ１、ＰＭＳ２、ＰＮＲＣ１、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＭ１、ＰＲＦ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＣＩ、ＰＲＫＣＺ、ＰＲＫＤＣ、ＰＲＰＦ４０Ｂ、ＰＲＰＦ８、ＰＳＭＤ１３、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＴＫ２、ＰＴＰＮ１１、ＰＴＰＲＤ、ＱＫＩ、ＲＡＤ２１、ＲＡＦ１、ＲＡＲＡ、ＲＢ１、ＲＢＬ２、ＲＥＣＱＬ４、ＲＥＬ、ＲＥＴ、ＲＦＷＤ２、ＲＨＥＢ、ＲＨＰＮ２、ＲＯＳ１、ＲＰＬ２６、ＲＵＮＸ１、ＳＢＤＳ、ＳＤＨＡ、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＣ、ＳＤＨＤ、ＳＥＴＢＰ１、ＳＥＴＤ２、ＳＦ１、ＳＦ３Ｂ１、ＳＨ２Ｂ３、ＳＬＩＴＲＫ６、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＳＭＡＲＣＡ４、ＳＭＡＲＣＢ１、ＳＭＣ１Ａ、ＳＭＣ３、ＳＭＯ、ＳＯＣＳ１、ＳＯＸ２、ＳＯＸ９、ＳＱＳＴＭ１、ＳＲＣ、ＳＲＳＦ２、ＳＴＡＧ１、ＳＴＡＧ２、ＳＴＡＴ３、ＳＴＡＴ６、ＳＴＫ１１、ＳＵＦＵ、ＳＵＺ１２、ＳＹＫ、ＴＣＦ３、ＴＣＦ７Ｌ１、ＴＣＦ７Ｌ２、ＴＥＲＣ、ＴＥＲＴ、ＴＥＴ２、ＴＬＲ４、ＴＮＦＡＩＰ３、ＴＰ５３、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、Ｕ２ＡＦ１、ＶＨＬ、ＷＲＮ、ＷＴ１、ＸＰＡ、ＸＰＣ、ＸＰＯ１、ＺＮＦ２１７、ＺＮＦ７０８、及びＺＲＳＲ２が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、配列番号１〜４０からなる群から選択される、少なくとも１つの（例えば少なくとも約１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、又は４０個のうちいくつかの）エピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、配列番号１〜２４からなる群から選択される、少なくとも１つの（例えば少なくとも約１、５、１０、１５、２０、又は２４個のうちいくつかの）エピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、配列番号２５〜３０からなる群から選択される、少なくとも１つの（例えば約１、２、３、４、５、又は６つのうちいくつかの）エピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、配列番号３１〜３５からなる群から選択される、少なくとも１つの（例えば約１、２、３、４、又は５つのうちいくつかの）エピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、配列番号３６〜４０からなる群から選択される、少なくとも１つの（例えば約１、２、３、４、又は５つのうちいくつかの）エピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１つの（例えば少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、又は１０個のうちいくつかの）、図２Ｂ、又は２Ｃ中の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１つの（例えば少なくとも約１、２、３、４、又は５つのうちいくつかの）、図２９Ａ中のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１つの（例えば少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又はそれ以上のうちいくつかの）、図２Ｂ、２Ｃ、又は２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１つの（例えば少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、又はそれ以上のうちいくつかの）、腫瘍抗原ペプチドを含み、それぞれが、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択されるがん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープを含む。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれは、配列番号１〜２４からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、図２Ｂ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、図２Ｃ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、図２９Ａ中の少なくとも１つのネオ抗原ペプチドを含む。
【０１９３】
いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む組成物が提供され、このとき少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのうちそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される、少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む組成物が提供され、このとき少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのうちそれぞれは、配列番号１〜２４からなる群から選択される、少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、図２Ｂ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、図２Ｃ及び図２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む組成物が提供される。いくつかの実施形態では、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされるエピトープをそれぞれ含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む組成物が提供される。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される、単離された複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団が提供され、このとき複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意にがん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、図２Ｃ及び図２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０１９５】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することを含む、活性化Ｔ細胞集団の調製方法が提供され、このとき複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、単離された活性化Ｔ細胞集団が提供され、このとき複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意にがん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、図２Ｃ及び図２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団が、ＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られ、複数の腫瘍抗原ペプチドが少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、活性化Ｔ細胞集団の調製方法が提供される。いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団が、ＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られ、複数の腫瘍抗原ペプチドが少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、ことによって調製される、単離された活性化Ｔ細胞集団が提供される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意にがん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、図２Ｃ及び図２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０１９７】
いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含み、複数の腫瘍抗原ペプチドが少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３の阻害剤の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させる。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意にがん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、図２Ｃ及び図２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養（例えば、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）することによって調製される、ことと、を含み、複数の腫瘍抗原ペプチドが少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団、樹状細胞集団、ＰＢＭＣ集団、又はこれらの任意の組み合わせは、治療されている個体由来である。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意にがん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、図２Ｃ及び図２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０１９９】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られ、複数の腫瘍抗原ペプチドが少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意にがん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、図２Ｃ及び図２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０２００】
精密ＭＡＳＣＴ
更に本明細書で提供されるのは、治療されている個体の遺伝子及び臨床反応に基づいて、個体に合わせてカスタマイズした、精密ＭＡＳＣＴである。上記任意のＭＡＳＣＴ法をカスタマイズして、精密ＭＡＳＣＴ法を提供できる。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＭＡＳＣＴ法は、特定の個体集団、例えば、がん（がん細胞の全て又はサブセットなど）における突然変異荷重（ＭＨＣ遺伝子中など）が低い個体、及び／又は、１つ又は２つ以上のネオ抗原を持つ個体に特に好適である。
【０２０２】
突然変異荷重
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法は、個体のがんにおける総突然変異荷重が低い個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法は、個体のがんにおけるがん関連遺伝子中の突然変異荷重が低い個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法は、個体のがんにおけるＴ細胞応答関連免疫遺伝子中の突然変異荷重が低い個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法は、個体のがんにおけるＭＨＣ遺伝子中の突然変異荷重が低い個体に特に好適である。突然変異荷重は、全てのがん細胞、又は、原発性若しくは転移性腫瘍部位などのがん細胞のサブセット、例えば、腫瘍生検サンプル中の細胞中の突然変異荷重であり得る。
【０２０３】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）任意に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製され、個体のがんにおける突然変異荷重が低い、ことと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、個体の、がんにおける１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重は低い（例えば、突然変異が約１０ヶ所以下、Ｂ２Ｍ中に突然変異なし、及び／又は、機能性領域中に突然変異なし）。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、（ａ）がんにおける突然変異荷重に基づく方法に対して個体を選択することと、（ｂ）任意に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｃ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、個体の、がんにおける１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重は低い（例えば、突然変異が約１０ヶ所以下、Ｂ２Ｍ中に突然変異なし、及び／又は、機能性領域中に突然変異なし）。
【０２０５】
いくつかの実施形態では、（ａ）任意に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製され、個体が、がんにおける突然変異荷重が低いことを基準に治療のために選択される、ことと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、個体の、がんにおける１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重は低い（例えば、突然変異が約１０ヶ所以下、Ｂ２Ｍ中に突然変異なし、及び／又は、機能性領域中に突然変異なし）。
【０２０６】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られ、個体のがんにおける突然変異荷重が低い、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、個体の、がんにおける１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重は低い（例えば、突然変異が約１０ヶ所以下、Ｂ２Ｍ中に突然変異なし、及び／又は、機能性領域中に突然変異なし）。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、（ａ）がんにおける突然変異荷重に基づく方法に対して個体を選択することと、（ｂ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｃ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｄ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｅ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｆ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られる、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、個体の、がんにおける１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重は低い（例えば、突然変異が約１０ヶ所以下、Ｂ２Ｍ中に突然変異なし、及び／又は、機能性領域中に突然変異なし）。
【０２０８】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られ、個体が、がんにおける突然変異荷重が低いことを基準に治療のために選択される、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、個体の、がんにおける１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重は低い（例えば、突然変異が約１０ヶ所以下、Ｂ２Ｍ中に突然変異なし、及び／又は、機能性領域中に突然変異なし）。
【０２０９】
いくつかの実施形態では、（ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含み、個体のがんにおける突然変異荷重が低い、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、個体の、がんにおける１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重は低い（例えば、突然変異が約１０ヶ所以下、Ｂ２Ｍ中に突然変異なし、及び／又は、機能性領域中に突然変異なし）。
【０２１０】
いくつかの実施形態では、（ａ）がんにおける突然変異荷重に基づく方法に対して個体を選択することと、（ｂ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｃ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、個体の、がんにおける１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重は低い（例えば、突然変異が約１０ヶ所以下、Ｂ２Ｍ中に突然変異なし、及び／又は、機能性領域中に突然変異なし）。
【０２１１】
いくつかの実施形態では、（ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含み、個体が、がんにおける突然変異荷重が低いことを基準に治療のために選択される、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、個体の、がんにおける１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重は低い（例えば、突然変異が約１０ヶ所以下、Ｂ２Ｍ中に突然変異なし、及び／又は、機能性領域中に突然変異なし）。
【０２１２】
いくつかの実施形態では、突然変異荷重が低い１つ又は２つ以上の遺伝子は、１つ又は２つ以上の遺伝子上に蓄積された突然変異の数が小さい。いくつかの実施形態では、総数が約５００、４００、３００、２００、１００、５０、４０、３０、２０、１０、５つ、又はそれ以下のうち、任意の数以下の突然変異は、低い突然変異荷重であることを意味する。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中の、約５０、４０、３０、２５、２０、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２又は１つのうち、任意の数以下の突然変異は、突然変異荷重が低い１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子であることを意味する。いくつかの実施形態では、突然変異荷重が低い１つ又は２つ以上の遺伝子は、１つ又は２つ以上の遺伝子（例えばＭＨＣ遺伝子）上に蓄積された突然変異数と、選択された遺伝子群（例えばがん関連遺伝子）中、又は全ゲノム中の総突然変異数との間の比が低い。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中の突然変異数と、実施例５に記載される３３３種類のがん関連遺伝子の総数との間の比が、約１：１０、１：１５、１：２０、１：２５、１：３０、１：４０、１：５０、１：６０、１：７０、１：８０、１：９０、１：１００、１：２００、又はそれ以下のうち任意の比率未満であることが、突然変異荷重が低い１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子であることを意味する。
【０２１３】
いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子は、ＭＨＣクラスＩ遺伝子（又は遺伝子座）を含む。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子は、ＭＨＣクラスＩＩ遺伝子（又は遺伝子座）を含む。個体がヒト個体であるいくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ及びＢ２Ｍからなる群から選択される。
【０２１４】
代表的な突然変異として、欠失、フレームシフト、挿入、インデル、ミスセンス突然変異、ナンセンス突然変異、点変異、コピー数多型、一塩基多型（ＳＮＶ）、サイレント突然変異、スプライス部位突然変異、スプライスバリアント、遺伝子融合、及び転位が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ遺伝子のコピー数多型は、染色体又はそのフラグメントの欠失、重複、逆位、及び転位など、ゲノムの構造的再構成によって生じる。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中の突然変異は、点変異、フレームシフト突然変異、遺伝子融合、及びコピー数多型から選択されるいくつかの実施形態では、突然変異は、ＭＨＣ遺伝子のタンパク質コード領域中にある。いくつかの実施形態では、突然変異は、非同義突然変異である。いくつかの実施形態では、突然変異は、多型ではない。いくつかの実施形態では、突然変異は、個体の正常細胞中に存在する。いくつかの実施形態では、突然変異は、個体の正常細胞中に存在しない。いくつかの実施形態では、突然変異は、影響を受けた遺伝子にコードされたＭＨＣ分子の安定性又は結合親和性などの、生理化学的又は機能的特性に影響する。いくつかの実施形態では、突然変異は、ＭＨＣ分子中に不可逆的欠損をもたらす。いくつかの実施形態では、突然変異は、ＭＨＣ分子のＴ細胞エピトープ及び／又はＴ細胞受容体への結合親和性を低下させる。いくつかの実施形態では、突然変異は、機能喪失型突然変異である。いくつかの実施形態では、突然変異は、ＭＨＣ分子中に可逆的欠損をもたらす。いくつかの実施形態では、突然変異は、ＭＨＣ分子のＴ細胞エピトープ及び／又はＴ細胞受容体への結合親和性に影響しない。いくつかの実施形態では、突然変異は、体細胞突然変異である。いくつかの実施形態では、突然変異は、生殖細胞突然変異である。
【０２１５】
突然変異荷重に反映される突然変異は、全てのがん細胞又はがん細胞のサブセット中に存在し得る。いくつかの実施形態では、突然変異は、個体における全てのがん細胞中に存在する。いくつかの実施形態では、突然変異は、腫瘍部位の全てのがん細胞中に存在する。いくつかの実施形態では、突然変異は、クローン性である。いくつかの実施形態では、突然変異は、サブクローン性である。いくつかの実施形態では、突然変異は、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％以上のうち、任意の割合の個体のがん細胞中に存在する。
【０２１６】
特定のＭＨＣ遺伝子中、及び／又は、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中の特定のドメイン若しくは位置中の突然変異は、本明細書に記載されるＭＡＳＣＴ法への個体の臨床応答に、大きな影響を与え得る。例えば、機能喪失型突然変異は、ＨＬＡ分子のリーダーペプチド配列、ａ３ドメイン（Ｔ細胞のＣＤ８共受容体に結合する）、ａ１ペプチド結合ドメイン、又はａ２ペプチド結合ドメイン中に起こる場合がある（参照することにより本明細書に組み込まれる、例えば、Ｓｈｕｋｌａ  Ｓ．ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ３３，１１５２〜１１５８（２０１５）参照）。Ｂ２Ｍ（β２−マクログロブリン）遺伝子中の突然変異は、腫瘍エスケープの表現型を促進する場合もある。例えば、Ｍｏｎｉｃａ  Ｂ  ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕ．，（２０１２）６１：１３５９〜１３７１を参照されたい。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子の、リーダーペプチド配列、ａ１ドメイン、ａ２ドメイン、又はａ３ドメインなどの機能性領域中に、任意の数（例えば１、２、３、４、５、又はそれ以上）の突然変異が存在することは、突然変異荷重が高いことを意味する。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えば、ヒト個体中のＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ又はＨＬＡ−Ｃ遺伝子）中に、任意の数（例えば１、２、３、４、５、又はそれ以上）の機能喪失型突然変異が存在することは、突然変異荷重が高いことを意味する。いくつかの実施形態では、低い突然変異荷重の１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子は、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子（例えばＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ又はＨＬＡ−Ｃ遺伝子）の、リーダーペプチド配列、ａ１ドメイン（例えば、ＣＤ８共受容体と直接接触する残基）、ａ２ドメイン、及びａ３ドメイン（例えば、エピトープと直接接触する残基）などの機能性領域中に、突然変異を含まない。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子中に任意の数の突然変異（例えば機能喪失型突然変異）が存在することは、突然変異荷重が高いことを意味する。いくつかの実施形態では、低い突然変異荷重の１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子中に突然変異を含まない。
【０２１７】
１つ又は２つ以上の遺伝子（例えばＭＨＣ遺伝子）の突然変異荷重は、ゲノムＤＮＡ配列決定、エクソーム配列決定、若しくはサンガー法を用いる他のＤＮＡ配列決定法、又は次世代配列決定プラットフォーム；ポリメラーゼ連鎖反応アッセイ；ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションアッセイ；及びＤＮＡマイクロアレイが挙げられるが、これらに限定されない、当該技術分野において既知の任意の方法によって決定してよい。
【０２１８】
いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子の突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。いくつかの実施形態では、配列決定法は次世代配列決定法である。いくつかの実施形態では、配列決定法は全ゲノム配列決定法である。いくつかの実施形態では、配列決定法はエクソーム配列決定法である。いくつかの実施形態では、配列決定法は、がん関連遺伝子及びＨＬＡ遺伝子などの候補遺伝子のターゲットシークエンシングである。例えば、ＯＮＣＯＧＸＯＮＥ（商標）Ｐｌｕｓ（Ａｄｍｅｒａ  Ｈｅａｌｔｈ）は、がん関連遺伝子及びＨＬＡ遺伝子座の配列を、高い配列決定深度で決定するのに利用できる。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子の突然変異荷重の決定と、個体中のネオ抗原の同定に、同じ配列データを使用できる。
【０２１９】
いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、組織サンプルである。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、腫瘍細胞の細針生検、又は、腹腔鏡検査によって得られた腫瘍細胞（例えば、腫瘍間質を含む）などの、腫瘍生検サンプルである。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルを新たに得る。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは冷凍される。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、ホルムアルデヒドで固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプルである。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、細胞サンプルである。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、循環中の転移性がん細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、血液から血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を分別することによって得られる。いくつかの実施形態では、配列解析のため、腫瘍サンプルから核酸（例えばＤＮＡ及び／又はＲＮＡ）を抽出する。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルの配列データを、対照サンプル、例えば、同一個体の健康組織のサンプル、又は、健康個体のサンプルの配列データと比較して、突然変異を同定し、腫瘍細胞中の突然変異荷重を決定する。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルの配列データを、ゲノムデータベースの対照配列と比較して、突然変異を同定し、腫瘍細胞中の突然変異荷重を決定する。
【０２２０】
ネオ抗原ペプチド
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＭＡＳＣＴ法は、１つ又は２つ以上のネオ抗原を有する個体の治療に特に好適である。複数の腫瘍抗原ペプチド中に１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを用いる、本明細書に記載される任意のＭＡＳＣＴ法は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体を選択する工程、並びに／又は、（ｉ）個体のネオ抗原を同定する工程と、（ｉｉ）ＭＡＳＣＴ法に使用するために、複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原由来のネオ抗原ペプチドを組み入れる工程と、を更に含んでよい。
【０２２１】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）個体のネオ抗原を同定することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原ペプチドを組み入れることであって、ネオ抗原ペプチドが、ネオ抗原中にネオエピトープを含む、ことと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、（ｄ）任意に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｅ）Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することと、（ｆ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、個体が１つ又は２つ以上のネオ抗原を有している、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２２２】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体を選択することと、（ｂ）個体のネオ抗原を同定することと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原ペプチドを組み入れることであって、ネオ抗原ペプチドが、ネオ抗原中にネオエピトープを含む、ことと、（ｄ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、（ｅ）任意に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｆ）Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することと、（ｇ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２２３】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体のネオ抗原を同定することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原ペプチドを組み入れることであって、ネオ抗原ペプチドが、ネオ抗原中にネオエピトープを含む、ことと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、（ｄ）任意に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｅ）Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することと、（ｆ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、個体が、１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体が選択される、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体のネオ抗原を同定することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原ペプチドを組み入れることであって、ネオ抗原ペプチドが、ネオ抗原中にネオエピトープを含む、ことと、（ｃ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｄ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｅ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｆ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｇ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られ、個体が１つ又は２つ以上のネオ抗原を有している、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、個体の複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２２５】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体を選択することと、（ｂ）個体のネオ抗原を同定することと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原ペプチドを組み入れることであって、ネオ抗原ペプチドが、ネオ抗原中にネオエピトープを含む、ことと、（ｄ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｅ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｆ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｇ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｈ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られる、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、個体の複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２２６】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体のネオ抗原を同定することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原ペプチドを組み入れることであって、ネオ抗原ペプチドが、ネオ抗原中にネオエピトープを含む、ことと、（ｃ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｄ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｅ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｆ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｇ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られ、個体が、１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体が選択される、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、個体の複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２２７】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体のネオ抗原を同定することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原ペプチドを組み入れることであって、ネオ抗原ペプチドが、ネオ抗原中にネオエピトープを含む、ことと、（ｃ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｄ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含み、個体が１つ又は２つ以上のネオ抗原を有している、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２２８】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体を選択することと、（ｂ）個体のネオ抗原を同定することと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原ペプチドを組み入れることであって、ネオ抗原ペプチドが、ネオ抗原中にネオエピトープを含む、ことと、（ｄ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２２９】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体のネオ抗原を同定することと、（ｂ）複数の腫瘍抗原ペプチド中にネオ抗原ペプチドを組み入れることであって、ネオ抗原ペプチドが、ネオ抗原中にネオエピトープを含む、ことと、（ｃ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｄ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含み、個体が、１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体が選択される、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２３０】
ネオ抗原ペプチドを含む複数の腫瘍抗原ペプチドを用いるＭＡＳＣＴ法の利益を享受するため、個体は、任意の数（例えば、少なくとも１、２、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、５０、１００、又はそれ以上のうち任意の数）のネオ抗原を有し得る。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法は、少なくとも約４、５、６、７、８、１０、１５、２０、５０、１００、又はそれ以上のうち任意の数のネオ抗原を有する個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、１つ又は２つ以上のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法は、少なくとも約４、５、６、７、８、１０、１５、２０、５０、１００、又はそれ以上のうち任意の数のネオエピトープを有する個体に特に好適である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞エピトープは、ＭＨＣ−Ｉ拘束性エピトープである。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、対応する野生型Ｔ細胞エピトープよりも、個体のＭＨＣ分子に対する親和性が高い。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、対応する野生型Ｔ細胞エピトープよりも、モデルのＴ細胞受容体に対する親和性が高い。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（又はネオエピトープ）は、クローンネオ抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（又はネオエピトープ）は、サブクローンネオ抗原である。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（又はネオエピトープ）は、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％以上のうち、任意の割合で個体の腫瘍細胞中に存在する。
【０２３１】
本明細書に記載される任意のＭＡＳＣＴ法に対して個体を選択するために、ネオ抗原数を別のバイオマーカー又は選択基準と組み合わせてよい。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法は、がん細胞中の突然変異荷重（例えば１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低く、少なくとも約４、５、６、７、８、１０、又はそれ以上のうち、任意の数のネオ抗原（例えば、ＭＨＣ−Ｉ拘束性ネオエピトープとの親和性が高いネオ抗原）を有する個体に、特に好適である。
【０２３２】
いくつかの実施形態では、個体のがんにおける突然変異荷重、及び／又は、個体中のネオ抗原数に基づいて、個体の予後予測を行う方法が提供され、この予後予測によって、本明細書に記載される任意のＭＡＳＣＴ法に対する個体の臨床反応が予測される。いくつかの実施形態では、予後予測に基づいて、個体を次の３つのカテゴリー、すなわち、（１）ＭＨＣ拘束性介入（例えばＭＡＳＣＴ治療）のメリットあり、（２）ＭＨＣ拘束性介入（例えばＭＡＳＣＴ治療）のメリットがある可能性あり、及び、（３）ＭＨＣ拘束性介入（例えばＭＡＳＣＴ治療）のメリットなし、のうち、１つに分類する。いくつかの実施形態では、個体が、Ｂ２Ｍ遺伝子中に突然変異がない、ＭＨＣ遺伝子の機能性領域（例えば、リーダーペプチド配列、ａ１ドメイン、ａ２ドメイン若しくはａ３ドメイン）中に突然変異がない、ＭＨＣ−Ｉ遺伝子（例えば、ＨＬＡ−ＩＡ、Ｂ、若しくは／又はＣ遺伝子）中の突然変異が２つ以下、及び／又は、突然変異が５つ超である場合、個体は、ＭＨＣ拘束性介入（例えばＭＡＳＣＴ治療）のメリットありと予測される。いくつかの実施形態では、個体が、Ｂ２Ｍ遺伝子中に突然変異がない、ＭＨＣ遺伝子の機能性領域（例えば、リーダーペプチド配列、ａ１ドメイン、ａ２ドメイン若しくはａ３ドメイン）中に突然変異がない、ＭＨＣ−Ｉ遺伝子（例えば、ＨＬＡ−ＩＡ、Ｂ、若しくは／又はＣ遺伝子）中の突然変異が約１０個以下、及び／又は、突然変異が５つ以下である場合、個体は、ＭＨＣ拘束性介入（例えばＭＡＳＣＴ治療）のメリットがある可能性ありと予測される。いくつかの実施形態では、個体が、Ｂ２Ｍ中に突然変異がある、又は、ＭＨＣ遺伝子（例えばＭＨＣ−Ｉ遺伝子）中の突然変異荷重が高い（例えば、突然変異が少なくとも１０個）場合、個体は、ＭＨＣ拘束性介入（例えばＭＡＳＣＴ治療）のメリットなしと予測される。いくつかの実施形態では、個体が、ＭＨＣ拘束性介入（例えばＭＡＳＣＴ治療）のメリットあり、又はメリットがある可能性ありと予測される場合、個体は、ＭＡＳＣＴ法のために選択される。
【０２３３】
任意の数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上のうち任意の数）のネオ抗原ペプチドを、個体のネオ抗原に基づいて設計し、本明細書に記載される任意のＭＡＳＣＴ法で使用する複数の腫瘍抗原ペプチド中に含めてよい。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、単一のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。各ネオ抗原ペプチドは、個体のネオ抗原由来の１つ又は２つ以上のネオエピトープを含んでよい。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、Ｔ細胞エピトープである。ネオ抗原に基づいてネオ抗原ペプチドを設計する方法は、「複数の腫瘍抗原ペプチド」の項に記載されている。
【０２３４】
個体中のネオ抗原を、当該技術分野において既知である任意のものを用いて同定してよい。いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、個体由来の腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルに基づいて同定される。各ネオ抗原は、１つ又は２つ以上のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、ネオ抗原中の１つ又は２つ以上のネオエピトープは、腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルに基づいて同定される。任意の既知の遺伝子プロファイリング法、例えば次世代配列決定（ＮＧＳ）法、マイクロアレイ、又はプロテオミクス法を用いて、腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルを得ることができる。
【０２３５】
いくつかの実施形態では、ネオ抗原は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により同定される。いくつかの実施形態では、配列決定法は次世代配列決定法である。いくつかの実施形態では、配列決定法は全ゲノム配列決定法である。いくつかの実施形態では、配列決定法はエクソーム配列決定法である。いくつかの実施形態では、配列決定法は、がん関連遺伝子などの候補遺伝子のターゲットシークエンシングである。多くの市販のＮＧＳがんパネル、例えば、ＯＮＣＯＧＸＯＮＥ（商標）Ｐｌｕｓ（Ａｄｍｅｒａ  Ｈｅａｌｔｈ）は、がん関連遺伝子の配列を、高い配列決定深度で決定するのに利用できる。
【０２３６】
いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、組織サンプルである。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、腫瘍細胞の細針生検、又は、腹腔鏡検査によって得られた腫瘍細胞（例えば、腫瘍間質を含む）などの、腫瘍生検サンプルである。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルを新たに得る。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは冷凍される。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、ホルムアルデヒドで固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプルである。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、細胞サンプルである。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、循環中の転移性がん細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルは、血液から血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を分別することによって得られる。いくつかの実施形態では、配列解析のため、腫瘍サンプルから核酸（例えばＤＮＡ及び／又はＲＮＡ）を抽出する。いくつかの実施形態では、配列解析のため、腫瘍サンプルからタンパク質を抽出する。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルを、対照サンプル、例えば、同一個体の健康組織のサンプル、又は、健康個体のサンプルの遺伝子プロファイルと比較して、突然変異を同定し、腫瘍細胞中の候補突然変異遺伝子を決定する。いくつかの実施形態では、腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルを、ゲノムデータベースの対照配列と比較して、腫瘍細胞中の候補突然変異遺伝子を同定する。いくつかの実施形態では、候補突然変異遺伝子は、がん関連遺伝子である。いくつかの実施形態では、各候補突然変異遺伝子は、非同義置換、インデル（挿入又は欠失）、又は遺伝子融合などの、ネオ抗原を生じさせ得る１つ又は２つ以上の突然変異を含む。一般的な一塩基多型（ＳＮＰ）は、候補突然変異から除外される。
【０２３８】
いくつかの実施形態では、ネオ抗原中のネオエピトープは、候補突然変異タンパク質から同定される。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで予測される。Ｔ細胞エピトープ予測用の代表的なバイオインフォマティクスツールは、当該技術分野において既知であり、例えば、Ｙａｎｇ  Ｘ．ａｎｄ  Ｙｕ  Ｘ．（２００９）「Ａｎ  ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  ｅｐｉｔｏｐｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  ｓｏｆｔｗａｒｅ」Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．Ｖｉｒｏｌ．１９（２）：７７〜９６を参照されたい。Ｔ細胞エピトープ予測アルゴリズムにおいて考慮される因子として、個体のＭＨＣサブタイプ、Ｔ細胞エピトープの配列に由来する生理化学的特性、ＭＨＣ結合モチーフ、プロテアソームの切断パターン、抗原プロセシング関連トランスポーター（ＴＡＰ）の輸送能、ＭＨＣ結合親和性、ペプチド−ＭＨＣ安定性、及びＴ細胞受容体結合親和性が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣ−Ｉ拘束性エピトープである。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣ−ＩＩ拘束性エピトープである。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、個体のＭＨＣ分子に対する親和性が高い。いくつかの実施形態では、この方法は、例えば、配列データから、個体のＭＨＣサブタイプを決定し、個体の１つ又は２つ以上のＭＨＣ分子を同定することを更に含む。いくつかの実施形態では、この方法は、ネオエピトープのＭＨＣ分子、例えばＭＨＣクラスＩ分子への親和性を測定することを更に含む。いくつかの実施形態では、この方法は、ネオエピトープの、個体の１つ又は２つ以上のＭＨＣ（例えばＭＨＣクラスＩ）分子への親和性を測定することを含む。いくつかの実施形態では、ネオエピトープの、個体の１つ又は２つ以上のＭＨＣ分子への親和性は、対応する野生型エピトープの、個体の１つ又は２つ以上のＭＨＣ分子への親和性と比較される。いくつかの実施形態では、対応する野生型エピトープよりも、（例えば少なくとも約１．５、２、５、１０、１５、２０、２５、５０、１００、又はそれ以上の倍率で）個体の１つ又は２つ以上のＭＨＣ分子（例えばＭＨＣ−Ｉ分子）への親和性が高い、ネオエピトープが選択される。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ結合親和性は、任意の当該技術分野において既知の任意のツール又は方法を用いて、ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで予測される。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ結合親和性は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ結合アッセイを用いるなど、実験的に決定される。
【０２４０】
いくつかの実施形態では、この方法は、ネオエピトープ及びＭＨＣ分子（例えば、個体のＭＨＣクラスＩ分子）を含む複合体のＴ細胞受容体への親和性を測定することを更に含む。いくつかの実施形態では、ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴ細胞受容体への親和性は、対応する野生型エピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体と比較される。いくつかの実施形態では、ＭＨＣ分子は個体由来である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞受容体は、個体の１つ又は２つ以上のＴ細胞の表面上にある。いくつかの実施形態では、対応する野生型エピトープよりも、（例えば少なくとも約１．５、２、５、１０、１５、２０、２５、５０、１００、又はそれ以上の倍率で）ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴ細胞受容体モデルへの親和性が高い、ネオエピトープが選択される。いくつかの実施形態では、ＴＣＲ結合親和性は、任意の当該技術分野において既知の任意のツール又は方法を用いて、ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏで予測される。いくつかの実施形態では、ＴＣＲ結合親和性は、例えば、ネオエピトープに対するＴ細胞応答を測定することによって、実験的に決定される。
【０２４１】
いくつかの実施形態では、ネオ抗原（又はネオエピトープ）は、更に腫瘍サンプル中のネオ抗原（又はネオエピトープ）発現レベルに基づいて、同定される。ネオ抗原（又はネオエピトープ）の発現レベルは、ＲＴ−ＰＣＲ、抗体系アッセイ、質量分析法などの、当該技術分野において既知である、ｍＲＮＡ又はタンパク質レベルを定量する任意の方法を用いて決定できる。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（又はネオエピトープ）の発現レベルは、腫瘍サンプルの配列データから決定される。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（又はネオエピトープ）は、細胞当たり、少なくとも約１０、２０、５０、１００、２００、５００、１０００、２０００、５０００、１０４、又はそれ以上のうち任意のコピー数のレベルで、腫瘍細胞中に発現している。いくつかの実施形態では、ネオ抗原（又はネオエピトープ）は、腫瘍細胞中の対応する野生型タンパク質（又は対応する野生型エピトープよりも、約１．５、２、５、１０、２０、５０、１００、又はそれ以上のうち、任意の倍率を超えるレベルで発現している。
【０２４２】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体の腫瘍サンプルの配列決定を行い、ネオ抗原を同定することと、（ｂ）ネオ抗原中のネオエピトープを同定することと、任意に（ｃ）個体のＭＨＣサブタイプを決定し（例えば、配列データを用いて）、個体のＭＨＣ分子を同定することと、任意に（ｄ）ネオエピトープの個体のＭＨＣ分子に対する親和性を決定することと、任意に（ｅ）ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体の、Ｔ細胞受容体に対する親和性を決定することと、（ｆ）ネオエピトープを含むペプチドを得て、ネオ抗原ペプチドを提供することと、を含む工程によって、ネオ抗原ペプチドを選択し、同定する。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、対応する野生型Ｔ細胞エピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体と比較して、個体のＭＨＣ分子（例えばＭＨＣ−Ｉ分子）に対する親和性が高く、及び／又は、ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴＣＲに対する親和性が高い。いくつかの実施形態では、エピトープを内部に有するネオ抗原の天然配列に従って、ネオエピトープを、Ｎ末端若しくはＣ末端、又は両末端で延長し、延長配列を得、このとき延長配列は、クラスＩ及びクラスＩＩのＭＨＣ分子の両方による提示に適している。１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを用いる本明細書に記載される任意のＭＡＳＣＴ法は、任意の１つ又は２つ以上のネオ抗原選択／同定工程を更に含んでよい。
【０２４３】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）個体の腫瘍サンプルの配列決定を行い、ネオ抗原を同定することと、（ｂ）ネオ抗原中のネオエピトープを同定することと、任意に（ｃ）個体のＭＨＣサブタイプを決定し（例えば、配列データを用いて）、個体のＭＨＣ分子を同定することと、任意に（ｄ）ネオエピトープの個体のＭＨＣ分子に対する親和性を決定することと、任意に（ｅ）ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体の、Ｔ細胞受容体に対する親和性を決定することと、（ｆ）ネオエピトープを含むネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、（ｇ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、（ｈ）任意に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｉ）Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することと、（ｊ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体を選択することを更に含む。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体の腫瘍サンプルの配列決定を行い、ネオ抗原を同定することと、（ｂ）ネオ抗原中のネオエピトープを同定することと、任意に（ｃ）個体のＭＨＣサブタイプを決定し（例えば、配列データを用いて）、個体のＭＨＣ分子を同定することと、任意に（ｄ）ネオエピトープの個体のＭＨＣ分子に対する親和性を決定することと、任意に（ｅ）ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体の、Ｔ細胞受容体に対する親和性を決定することと、（ｆ）ネオエピトープを含むネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、（ｇ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｈ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｉ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｊ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｋ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られ、個体が１つ又は２つ以上のネオ抗原を有している、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、個体の複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体を選択することを更に含む。
【０２４５】
いくつかの実施形態では、（ａ）個体の腫瘍サンプルの配列決定を行い、ネオ抗原を同定することと、（ｂ）ネオ抗原中のネオエピトープを同定することと、任意に（ｃ）個体のＭＨＣサブタイプを決定し（例えば、配列データを用いて）、個体のＭＨＣ分子を同定することと、任意に（ｄ）ネオエピトープの個体のＭＨＣ分子に対する親和性を決定することと、任意に（ｅ）ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体の、Ｔ細胞受容体に対する親和性を決定することと、（ｆ）ネオエピトープを含むネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、（ｇ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｈ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、複数のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。
【０２４６】
ＭＡＳＣＴ後の観察
本明細書に記載される任意のＭＡＳＣＴ法は、個体にＭＡＳＣＴを行った後に観察工程を更に含む。治療後観察は、個体の治療レジメンを調整し、治療成績を最適化させるために有効な場合がある。
【０２４７】
例えば、反復ＭＡＳＣＴ治療に使用できる、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、本明細書に記載される複数の腫瘍抗原ペプチドを、個体の、複数の腫瘍抗原ペプチドそれぞれに対する特異的免疫応答、及び／又は、個体の、活性化Ｔ細胞又は活性化ＰＢＭＣに対する臨床反応に基づいて調整、つまりカスタマイズすることができる。いくつかの実施形態では、強い特異的免疫応答を誘発しない腫瘍抗原ペプチドを、後に使用するパルス適用済みＤＣ、活性化Ｔ細胞、又は活性化ＰＢＭＣの調製物用の抗原ペプチドプールから除いてもよい。いくつかの実施形態では、個体が、１種の抗原ペプチドプールを用いたＭＡＳＣＴ治療に反応しない（例えば、疾患の進行、転移などの徴候を有する）場合、この抗原ペプチドプールを調整してよい、つまり、ＭＡＳＣＴ治療の第２サイクルで使用するために、抗原ペプチドプールにネオ抗原を組み入れてよい。
【０２４８】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、（ｃ）活性化Ｔ細胞の投与後に、個体を観察することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、個体は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体のネオ抗原を同定すること（例えば、個体の腫瘍サンプルを配列決定することにより）と、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、このときネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原中のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与後に個体を観察することを更に含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体において複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この方法は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０２４９】
いくつかの実施形態では、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定すること、及び／又は、個体における複数の腫瘍抗原ペプチドそれぞれに対する特異的免疫応答を検出することを含み、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって得られ、この治療が、任意に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、活性化Ｔ細胞を用いて、がんを有する個体の治療を観察する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体を選択することを更に含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体のネオ抗原を同定すること（例えば、個体の腫瘍サンプルを配列決定することにより）と、ネオ抗原に基づいてネオ抗原ペプチドを提供することと、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この治療は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、（ｆ）活性化Ｔ細胞の投与後に、個体を観察することと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られる、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、個体は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体のネオ抗原のネオ抗原を同定すること（例えば、個体の腫瘍サンプルを配列決定することにより）と、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、このときネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原中のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与後に個体を観察することを更に含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体において複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この方法は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定すること、及び／又は、個体における複数の腫瘍抗原ペプチドそれぞれに対する特異的免疫応答を検出することを含み、活性化Ｔ細胞が、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られる、工程によって得られ、この治療が、任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、活性化Ｔ細胞を用いて、がんを有する個体の治療を観察する方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体を選択することを更に含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体のネオ抗原を同定すること（例えば、個体の腫瘍サンプルを配列決定することにより）と、ネオ抗原に基づいてネオ抗原ペプチドを提供することと、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この治療は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、（ａ）ＰＢＭＣ集団を、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、（ｃ）活性化ＰＢＭＣの投与後に個体を観察することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、個体は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体のネオ抗原を同定すること（例えば、個体の腫瘍サンプルを配列決定することにより）と、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、このときネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原中のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化ＰＢＭＣの投与後に個体を観察することを更に含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体において複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この方法は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定すること、及び／又は、個体における複数の腫瘍抗原ペプチドそれぞれに対する特異的免疫応答を検出することを含み、活性化ＰＢＭＣが、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）共培養することによって得られ、この治療が、個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することを含む、活性化ＰＢＭＣを用いて、がんを有する個体の治療を観察する方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して個体を選択することを更に含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体のネオ抗原を同定すること（例えば、個体の腫瘍サンプルを配列決定することにより）と、ネオ抗原に基づいてネオ抗原ペプチドを提供することと、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この治療は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０２５４】
個体の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答は、任意の当該技術分野において既知のものを用いて、例えば、細胞傷害性因子（例えばパーフォリン又はグランザイムＢ）のレベル、又は、個体の腫瘍抗原ペプチドによる刺激後のＴ細胞（又はＰＢＭＣ）からのサイトカインの放出（例えばＩＦＮγ又はＴＮＦα）を測定することによって判定できる。ＥＬＩＳＰＯＴなどの抗体系アッセイを用いて、細胞傷害性因子、又はサイトカイン（例えばＩＦＮγ）レベルを定量できる。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイの代表的な実施形態を実施例に記載する。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドに応答したＴ細胞（又はＰＢＭＣ）からのサイトカイン（例えばＩＦＮγ）放出レベルを、対照、例えば、無関係のペプチドに応答したＴ細胞（又はＰＢＭＣ）からのベースラインのサイトカイン放出レベル、又は非特異的サイトカイン放出レベルに対して補正し、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）倍率変化値を得る。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおける約１．２、１．５、２、２．５、３、４、５、６、８、１０超、又はそれ以上のうち、任意のサイトカイン（例えばＩＦＮγ）倍率変化値は、腫瘍抗原ペプチドに対する強い特異的免疫応答を示す。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおいて、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）倍率変化値が、約１０、８、６、５、４、３、２．５、２、１．５、１．２未満、又はそれ以下のうち任意の値である腫瘍抗原ペプチドは、後のＭＡＳＣＴ用の複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを得るための複数の腫瘍抗原ペプチドから除かれる。
【０２５５】
ＭＡＳＣＴ法に対する個体の臨床反応は、医師が、画像検査法、血液検査、バイオマーカー評価、及び生検などの当該技術分野において既知の方法によって、評価できる。いくつかの実施形態では、臨床反応は、ＭＡＳＣＴ実施前後に、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することによって観察される。いくつかの実施形態では、ＣＴＣは、原発腫瘍から離れ、体液内を循環している。いくつかの実施形態では、ＣＴＣは、原発腫瘍から離れ、血流内を循環している。いくつかの実施形態では、ＣＴＣは、転移の徴候である。ＣＴＣ数は、ＣｅｌｌＳｅａｒｃｈ法、Ｅｐｉｃ  Ｓｃｉｅｎｃｅ法、ｉｓｏｆｌｕｘ、及びｍａｉｎｔｒａｃが挙げられるが、これらに限定されない、当該技術分野において既知の様々な方法によって測定できる。いくつかの実施形態では、個体の血液サンプル中の、ＣＴＣの特定のサブタイプなどの単一のＣＴＣの数が測定される。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ実施後の個体の血液サンプル１ｍＬ当たり、約１０、２０、５０、１００、１５０、２００、３００、又はそれ以上のうち、任意の数を超える単一のＣＴＣの個数は、転移リスクが増加し、及び／又は、ＭＡＳＣＴに対する臨床反応が乏しいことを意味している。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ実施前と比較して、ＭＡＳＣＴ実施後の個体の単一のＣＴＣ数が増加している（例えば少なくとも約１．５、２、３、４、５、１０、又はそれ以上のうち、任意の倍率の増加）ことは、ＭＡＳＣＴに対する臨床反応が乏しいことを意味している。いくつかの実施形態では、個体の血液サンプル中のＣＴＣ群の数が測定される。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ実施後の個体の血液サンプル中に少なくとも約１、５、１０、５０、１００、又はそれ以上のうち、任意の数のＣＴＣ群が検出されることは、転移リスクが増加し、及び／又は、ＭＡＳＣＴに対する臨床反応が乏しいことを意味している。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ実施前と比較して、ＭＡＳＣＴ実施後の個体のＣＴＣ群が増加している（例えば少なくとも約１．５、２、３、４、５、１０、又はそれ以上のうち、任意の倍率の増加）ことは、ＭＡＳＣＴに対する臨床反応が乏しいことを意味している。
【０２５６】
用量及び投与方法
一般に、活性化Ｔ細胞、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団、及び活性化ＰＢＭＣの投与用量、投与スケジュール、及び投与経路は、個体の大きさ及び状態に従って、かつ、標準的な薬物療法的手法に従って決定され得る。代表的な投与経路として、静脈内、動脈内、腹腔内、肺内、小肺内、筋肉内、気管内、皮下、眼球内、くも膜下腔内、又は経皮が挙げられる。ＭＡＳＣＴ法のいくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。ＭＡＳＣＴ法のいくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法のいくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。
【０２５７】
個体に投与為れる細胞の用量は、例えば、投与される細胞の特定の種類、投与経路、及び治療されるがんの特定の種類及びステージによって変化し得る。その量は、がんに対する治療反応など、望ましい応答を生じさせるのに十分であるが、重篤な毒性又は有害事象があってはならない。いくつかの実施形態では、投与される活性化Ｔ細胞又は樹状細胞の量は、治療有効量である。いくつかの実施形態では、細胞（例えば複数の抗原を取り込んだ樹状細胞、活性化Ｔ細胞、又は活性化ＰＢＭＣ）の量は、治療前の同一個体における対応する腫瘍サイズ、がん細胞数、又は腫瘍増殖率と比較して、又は、治療を受けていない別の個体における対応する活性と比較して、腫瘍のサイズの縮小、がん細胞数の減少、又は腫瘍の増殖率の、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、又は１００％のうち、任意の割合の減少に十分な量である。精製酵素を用いるｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイ、細胞系アッセイ、動物モデル、又はヒト試験などの標準的方法を用いて、この効果の程度を測定できる。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、個体当たり、少なくとも約１×１０５、５×１０５、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、又は５×１０７個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、個体当たり、約１×１０５〜５×１０５、５×１０５〜１×１０６、１×１０６〜２×１０６、２×１０６〜３×１０６、３×１０６〜４×１０６、４×１０６〜５×１０６、５×１０６〜６×１０６、６×１０６〜７×１０６、７×１０６〜８×１０６、８×１０６〜１×１０８、１×１０６〜３×１０６、３×１０６〜５×１０６、５×１０６〜７×１０６、２×１０６〜４×１０６、１×１０６〜５×１０６、又は５×１０６〜１×１０７個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は、個体当たり、少なくとも約１×１０６個の用量で投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は、個体当たり、約１×１０６〜約５×１０６個の用量で投与される。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、１ｋｇ当たり、少なくとも約１×１０４、５×１０４、１×１０５、２×１０５、４×１０５、６×１０５、８×１０５、１×１０６、２×１０６、又は１×１０７個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、１ｋｇ当たり、約１×１０４〜５×１０４、５×１０４〜１×１０５、１×１０５〜２×１０５、２×１０５〜４×１０５、４×１０５〜６×１０５、６×１０５〜８×１０５、８×１０５〜１×１０６、１×１０６〜２×１０６、２×１０６〜１×１０７、１×１０４〜１×１０５、１×１０５〜１×１０６、１×１０６〜１×１０７、１×１０４〜１×１０６、又は１×１０５〜１×１０７個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は、１ｋｇ当たり、少なくとも約２×１０５個の用量で投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は、１ｋｇ当たり、約２×１０５〜約１×１０６個の用量で投与される。
【０２６０】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体当たり、少なくとも約１×１０８、５×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、１．５×１０１０、２×１０１０、又は５×１０１０個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体当たり、約１×１０８〜約５×１０８、約５×１０８〜約９×１０８、約９×１０８〜約１×１０９、約１×１０９〜約２×１０９、約２×１０９〜約３×１０９、約３×１０９〜約４×１０９、約４×１０９〜約５×１０９、約５×１０９〜約６×１０９、約６×１０９〜約１×１０１０、約１×１０９〜約３×１０９、約３×１０９〜約５×１０９、約５×１０９〜約７×１０９、約７×１０９〜約１×１０１０、約１×１０９〜約５×１０９、約５×１０９〜約１×１０１０、約３×１０９〜約７×１０９、約１×１０１０〜約１．５×１０１０、約１×１０１０〜約２×１０１０、又は約１×１０９〜約１×１０１０個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体当たり、少なくとも約３×１０９個の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体当たり、約１×１０９〜約１×１０１０個の用量で投与される。
【０２６１】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、１ｋｇ当たり、少なくとも約１×１０７、１×１０８、２×１０８、４×１０８、６×１０８、８×１０８、１×１０９、２×１０９、４×１０９、６×１０９、８×１０９、１×１０１０個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、１ｋｇ当たり、約１×１０７〜約１×１０８、約１×１０８〜約２×１０８、約２×１０８〜約４×１０８、約４×１０８〜約６×１０８、約６×１０８〜約８×１０８、約８×１０８〜約１×１０９、約１×１０９〜約２×１０９、約２×１０９〜約４×１０９、約４×１０９〜約１×１０１０、約２×１０８〜約６×１０８、約６×１０８〜約１×１０９、約１×１０８〜約２×１０８、約２×１０８〜約２×１０９、約１×１０７〜約１×１０８、約１×１０８〜約１×１０９、約１×１０９〜約１×１０１０、又は約１×１０７〜約１×１０９個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、１ｋｇ当たり、少なくとも約６×１０８個の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、１ｋｇ当たり、約２×１０８〜約２×１０９個の用量で投与される。
【０２６２】
いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、個体当たり、少なくとも約１×１０８、５×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、１．５×１０１０、２×１０１０、又は５×１０１０個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、個体当たり、約１×１０８〜約５×１０８、約５×１０８〜約９×１０８、約９×１０８〜約１×１０９、約１×１０９〜約２×１０９、約２×１０９〜約３×１０９、約３×１０９〜約４×１０９、約４×１０９〜約５×１０９、約５×１０９〜約６×１０９、約６×１０９〜約１×１０１０、約１×１０９〜約３×１０９、約３×１０９〜約５×１０９、約５×１０９〜約７×１０９、約７×１０９〜約１×１０１０、約１×１０９〜約５×１０９、約５×１０９〜約１×１０１０、約３×１０９〜約７×１０９、約１×１０１０〜約１．５×１０１０、約１×１０１０〜約２×１０１０、又は約１×１０９〜約１×１０１０個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、個体当たり、少なくとも約１×１０９個の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、個体当たり、約１×１０９〜約１×１０１０個の用量で投与される。
【０２６３】
いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、１ｋｇ当たり、少なくとも約１×１０７、１×１０８、２×１０８、４×１０８、６×１０８、８×１０８、１×１０９、２×１０９、４×１０９、６×１０９、８×１０９、１×１０１０個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、１ｋｇ当たり、約１×１０７〜約１×１０８、約１×１０８〜約２×１０８、約２×１０８〜約４×１０８、約４×１０８〜約６×１０８、約６×１０８〜約８×１０８、約８×１０８〜約１×１０９、約１×１０９〜約２×１０９、約２×１０９〜約４×１０９、約４×１０９〜約１×１０１０、約２×１０８〜約６×１０８、約６×１０８〜約１×１０９、約１×１０８〜約２×１０８、約２×１０８〜約２×１０９、約１×１０７〜約１×１０８、約１×１０８〜約１×１０９、約１×１０９〜約１×１０１０、又は約１×１０７〜約１×１０９個のうち、任意の個数の用量で投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、１ｋｇ当たり、約２×１０８〜約２×１０９個の用量量で投与される。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、投与時に、ヒトアルブミンなどの安定剤、つまり賦形剤を、活性化Ｔ細胞、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団、及び／又は活性化ＰＢＭＣ細胞と共に用いる。
【０２６５】
ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法を含む）における細胞の用量及び投与スケジュールを、投与する医師の判断に基づいて、治療中に調整してよい。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞の投与後、約１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、又は１ヶ月のうち、任意の期間後に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、樹状細胞と同時に投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、樹状細胞の投与約１４〜２１日後に投与される。いくつかの代表的な実施形態では、活性化Ｔ細胞は、樹状細胞の投与約１４日後に投与される。ＭＡＳＣＴ法の代表的な実施形態を、代表的な投与スケジュールと共に図１及び図２Ａに示す。
【０２６６】
ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）は、単回治療、又は反復治療を含んでよい。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又は１０回超のうち、任意の回数投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又は１０回超のうち、任意の回数投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞は少なくとも３回投与される。ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法のいくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又は１０回超のうち、任意の回数投与される。ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法のいくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、１つ又は２つ以上の細胞（例えば抗原取り込み樹状細胞又は活性化Ｔ細胞）調製工程は、樹状細胞、活性化Ｔ細胞、又はその両方の反復投与に先立って繰り返される。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法（は、ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）は、１週間に１回、２週間に１回、３週間に１回、４週間に１回、１ヶ月に１回、２ヶ月に１回、３ヶ月に１回、４ヶ月に１回、５ヶ月に１回、６ヶ月に１回、７ヶ月に１回、８ヶ月に１回、９ヶ月に１回、又は１年に１回、繰り返される。いくつかの実施形態では、樹状細胞、活性化Ｔ細胞、又はＰＢＭＣの各投与間隔は、約１週間〜２週間、２週間〜１ヶ月、２週間〜２ヶ月、１ヶ月〜２ヶ月、１ヶ月〜３ヶ月、３ヶ月〜６ヶ月、又は６ヶ月〜１年のうち、１つである。いくつかの実施形態では、樹状細胞、活性化Ｔ細胞、又はＰＢＭＣの各投与間隔は、約０．５〜約５ヶ月、例えば約２週間〜約２ヶ月、又は約２ヶ月〜約５ヶ月である。いくつかの代表的な実施形態では、ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）の全ての工程は、個体の疾患が安定している場合、治療の最初の６ヶ月間は１ヶ月に１回、治療の次の６ヶ月間は２ヶ月毎、治療開始１２ヶ月から後は６ヶ月毎に繰り返される。本明細書に記載されるＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）の任意の実施形態は、反復治療の全過程の間、ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）の任意の別の実施形態と組み合わせることができる。
【０２６７】
本明細書に提供されるＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）を、アジュバント療法又はネオアジュバント療法中の、第１の療法、第２の療法、第３の療法、又は、当該技術分野において既知である別の種類のがん療法、例えば、化学療法、手術、放射線、遺伝子治療、免疫療法、骨髄移植、幹細胞移植、標的療法、低温療法、超音波療法、光線力学的療法、高周波アブレーションなどとの併用療法として用いることができる。いくつかの実施形態では、本発明は、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、第１の療法を含む個体のがんを治療する方法を提供し、このときＴ細胞は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって活性化される。第１の療法として用いられる方法のいくつかの実施形態では、個体に対して承認された抗がん剤治療は存在しない。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）は第２の療法として使用され、このとき個体は、切除、高周波アブレーション、化学療法、放射線療法、又は他の種類のがん治療を予め受けている。いくつかの実施形態では、個体は進行しているか、標準的な抗がん剤治療に耐えることができない。いくつかの実施形態では、個体は、ＭＡＳＣＴ治療の前、同時に、又は後に、別の種類のがん治療を受ける。例えば、ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）は、数分、数日、数週間から数ヶ月の範囲の間隔で、別のがん治療（例えば化学療法、放射線、手術、又はこれらの組み合わせ）に先行するか、又は後続してよい。いくつかの実施形態では、第１の療法と第２の療法との間の間隔は、ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）の活性化Ｔ細胞及び別のがん治療（例えば化学療法、放射線、手術、又はこれらの組み合わせ）が、個体に有利な複合効果を発揮できるようなものである。いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）は、個体におけるがんを治療するため、別のがん治療（例えば化学療法、放射線、手術、又はこれらの組み合わせ）と併用して使用される。本明細書に記載される併用療法は、単独で、又は、別の治療法、例えば、手術、放射線、遺伝子治療、免疫療法、骨髄移植、幹細胞移植、ホルモン療法、標的療法、低温療法、超音波療法、光線力学的療法、化学療法などと併用して実施されてよい。加えて、増殖性疾患を発症するリスクがより高い人は、疾患の発症の阻害及び／又は遅延のために治療を受けてもよい。
【０２６８】
いくつかの実施形態では、この方法は、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体のがん細胞増殖（例えば腫瘍増殖）を阻害する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体のがん細胞増殖（例えば腫瘍増殖）を阻害する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体のがん細胞増殖（例えば腫瘍増殖）を阻害する方法を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞又はＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、少なくとも約１０％（例えば少なくとも約２０％、３０％、４０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％のうち、任意の割合を含む）の細胞増殖が阻害される。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、この方法は、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体の腫瘍転移を阻害する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体の腫瘍転移を阻害する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体の腫瘍転移を阻害する方法を含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞又はＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、少なくとも約１０％（例えば少なくとも約２０％、３０％、４０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％のうち、任意の割合を含む）の転移が阻害される。いくつかの実施形態では、リンパ節への転移を阻害する方法が提供される。
【０２７０】
いくつかの実施形態では、この方法は、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体の腫瘍サイズを縮小する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体の腫瘍サイズを縮小する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体の腫瘍サイズを縮小する方法を含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞又はＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、腫瘍サイズは、少なくとも約１０％（例えば少なくとも約２０％、３０％、４０％、６０％、７０％、８０％、９０％、又は１００％のうち、任意の割合を含む）縮小する。
【０２７１】
いくつかの実施形態では、この方法は、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体においてがんの無増悪生存期間を延長する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、個体においてがんの無増悪生存期間を延長する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体においてがんの無増悪生存期間を延長する方法を含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞又はＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、この方法は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２週間のうち、任意の期間、疾患の進行までの期間を延長する。
【０２７２】
いくつかの実施形態では、この方法は、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、がんを有する個体の生存期間を延長する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、がんを有する個体の生存期間を延長する方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。いくつかの実施形態では、この方法は、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、がんを有する個体の生存期間を延長する方法を含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞又はＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、この方法は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、又は１２週間のうち、任意の期間、疾患の進行までの期間を延長する。いくつかの実施形態では、この方法は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１８、又は２４ヶ月のうち、任意の期間、個体の生存期間を延長する。
【０２７３】
任意の方法のうちいくつかの実施形態では、この方法は、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、がんを有する個体のＡＥ及びＳＡＥを減少させる方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。任意の方法のうちいくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、を含む、がんを有する個体のＡＥ及びＳＡＥを減少させる方法を含み、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。任意の方法のうちいくつかの実施形態では、この方法は、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、がんを有する個体のＡＥ及びＳＡＥを減少させる方法を含む。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞又はＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。
【０２７４】
いくつかの実施形態では、この方法は、客観的奏功（例えば、部分奏功又は完全奏功）を予測する、及び／又はもたらす。いくつかの実施形態では、この方法は、生活の質の改善を予測する、及び／又はもたらす。
【０２７５】
一部のがん免疫療法は、他のがん治療に一般的に関連するよくある有害事象に加え、免疫関連有害事象（ｉｒＡＥ）と関連している。ｉｒＡＥは、メカニズム的に、正常な非腫瘍組織に発現している標的抗原に対するｏｎ−ｔａｒｇｅｔ  Ｔ細胞毒性、いわゆるｏｎ−ｔａｒｇｅｔ  ｏｆｆ  ｔｕｍｏｒ作用、又は、自己寛容の破綻、若しくはエピトープ交差反応などのｏｆｆ−ｔａｒｇｅｔ作用のいずれかに関することが多い。ｉｒＡＥは、皮膚系、胃腸系、内分泌系、肝、眼、神経系、及びその他組織又は臓器において、重篤な症状及び状態を引き起こす場合がある。当該技術分野において既知のがん免疫療法において報告されている典型的なｉｒＡＥとして、致死的免疫介在性皮膚炎、肺炎、大腸炎、リンパ球性下垂体炎、膵炎、リンパ節腫脹、内分泌疾患、ＣＮＳ毒性などが挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法を含む）は、ｉｒＡＥなどの有害事象の低い発生率に関与している。いくつかの実施形態では、約５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、５％、４％、３％、２％、又は１％のうち、任意の割合未満の個体が、ｉｒＡＥ、例えばグレード２〜５のｉｒＡＥを経験する。
【０２７６】
免疫チェックポイント阻害剤
いくつかの実施形態では、ＭＡＳＣＴ法は、例えば、活性化Ｔ細胞又はＰＢＭＣの調製（例えば、共培養工程前及び／若しくはその最中）において、並びに／又は併用療法において、免疫チェックポイント阻害剤を利用する。この項に記載する免疫チェックポイント阻害剤が挙げられるが、これらに限定されない、任意の既知の免疫チェックポイント阻害剤を使用できる。
【０２７７】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、例えば、ＣＴＬＡ−４のリガンド（例えば、Ｂ７．１、Ｂ７．２）、ＴＩＭ−３のリガンド（例えば、ガレクチン−９）、Ａ２ａ受容体のリガンド（例えば、アデノシン、レガデノソン）、ＬＡＧ−３のリガンド（例えば、ＭＨＣクラスＩ又はＭＨＣクラスＩＩ分子）、ＢＴＬＡのリガンド（例えば、ＨＶＥＭ、Ｂ７−Ｈ４）、ＫＩＲのリガンド（例えば、ＭＨＣクラスＩ又はＭＨＣクラスＩＩ分子）、ＰＤ−１のリガンド（例えば、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２）、ＩＤＯのリガンド（例えば、ＮＫＴＲ−２１８、Ｉｎｄｏｘｉｍｏｄ、ＮＬＧ９１９）、及びＣＤ４７のリガンド（例えば、ＳＩＲＰ−α受容体）などの、抑制性免疫チェックポイント分子の天然又は遺伝子操作を受けたリガンドである。
【０２７８】
免疫チェックポイント阻害剤は、低分子、核酸（例えばＤＮＡ、ＲＮＡｉ、又はアプタマー）、ペプチド、又はタンパク質（例えば抗体）が挙げられるが、これらに限定されない、任意の好適な分子様式を有してよい。
【０２７９】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４（例えば、イピリムマブ、Ｔｒｅｍｅｌｉｍｕｍａｂ、ＫＡＨＲ−１０２）、抗ＴＩＭ−３（例えば、Ｆ３８−２Ｅ２、ＥＮＵＭ００５）、抗ＬＡＧ−３（例えば、ＢＭＳ−９８６０１６、ＩＭＰ７０１、ＩＭＰ３２１、Ｃ９Ｂ７Ｗ）、抗ＫＩＲ（例えば、Ｌｉｒｉｌｕｍａｂ及びＩＰＨ２１０１）、抗ＰＤ−１（例えば、ニボルマブ、Ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａｂ、ペムブロリズマブ、ＢＭＳ−９３６５５９、ａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ、ペムブロリズマブ、ＭＫ−３４７５、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２）、抗ＰＤ−Ｌ１（例えば、ＫＹ−１００３（ＥＰ２０１２０１９４９７７）、ＭＣＬＡ−１４５、ＲＧ７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、ＳＴＩ−Ａ１０１０、ＰＣＴ／ＵＳ２００１／０２０９６４、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＡＭＰ−２２４、Ｄａｐｉｒｏｌｉｚｕｍａｂ  ｐｅｇｏｌ（ＣＤＰ−７６５７）、ＭＥＤＩ−４９２０）、抗ＣＤ７３（例えば、ＡＲ−４２（ＯＳＵ−ＨＤＡＣ４２、ＨＤＡＣ−４２、ＡＲ  ４２、ＡＲ４２、ＯＳＵ−ＨＤＡＣ  ４２、ＯＳＵ−ＨＤＡＣ−４２、ＮＳＣ  Ｄ７３６０１２、ＨＤＡＣ−４２、ＨＤＡＣ  ４２、ＨＤＡＣ４２、ＮＳＣＤ７３６０１２、ＮＳＣ−Ｄ７３６０１２）、ＭＥＤＩ−９４４７）、抗Ｂ７−Ｈ３（例えば、ＭＧＡ２７１、ＤＳ−５５７３ａ、８Ｈ９）、抗ＣＤ４７（例えば、ＣＣ−９０００２、ＴＴＩ−６２１、ＶＬＳＴ−００７）、抗ＢＴＬＡ、抗ＶＩＳＴＡ、抗Ａ２ａＲ、抗Ｂ７−１、抗Ｂ７−Ｈ４、抗ＣＤ５２（例えばアレムツズムブ）、抗ＩＬ−１０、抗ＩＬ−３５、及び抗ＴＧＦ−β（例えばＦｒｅｓｏｌｕｍｉｍａｂ）からなる群から選択される、抑制性免疫チェックポイントタンパク質を標的とする抗体（例えば、アンタゴニスト抗体）である。いくつかの実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は完全長の抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｄＦｖ、ＢｉＴＥ、ナノボディ、及び、完全長抗体のその他の抗原結合部分配列、又は、これらの遺伝子操作済み組み合わせからなる群から選択される、抗原結合フラグメントである。いくつかの実施形態では、抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体である。いくつかの実施形態では、抗体は、二重特異性又は多重特異性抗体である。
【０２８０】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−１抗体である。代表的な抗ＰＤ−１抗体として、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａｂ、ＢＭＳ−９３６５５９、及びａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ、ペムブロリズマブ、ＭＫ−３４７５、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、及びＴＳＲ−０４２が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ（例えば、オプジーボ（登録商標））である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ペムブロリズマブ（例えば、キイトルーダ（登録商標））である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＳＨＲ−１２１０である。
【０２８１】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ１の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。代表的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体として、ＫＹ−１００３、ＭＣＬＡ−１４５、ＲＧ７４４６、ＢＭＳ９３５５５９、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ４７３６、Ａｖｅｌｕｍａｂ、又はＳＴＩ−Ａ１０１０が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２８２】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４の阻害剤である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体である。代表的な抗ＣＴＬＡ−４抗体として、イピリムマブ、Ｔｒｅｍｅｌｉｍｕｍａｂ、及びＫＡＨＲ−１０２が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、イピリムマブ（例えば、ヤーボイ（登録商標））である。
【０２８３】
免疫チェックポイント阻害剤の培地中の好適な濃度として、少なくとも約１μｇ／ｍＬ、１０μｇ／ｍＬ、１５μｇ／ｍＬ、２５μｇ／ｍＬ、５０μｇ／ｍＬ、１００μｇ／ｍＬ、２００μｇ／ｍＬ、５００μｇ／ｍＬ、又は１ｍｇ／ｍＬのうち、任意の濃度が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤の培地中の濃度は、約１μｇ／ｍＬ〜約１０μｇ／ｍＬ、約１０μｇ／ｍＬ〜約２５μｇ／ｍＬ、約２５μｇ／ｍＬ〜約５０μｇ／ｍＬ、約５０μｇ／ｍＬ〜約１００μｇ／ｍＬ、約１００μｇ／ｍＬ〜約２００μｇ／ｍＬ、約２００μｇ／ｍＬ〜約５００μｇ／ｍＬ、約１００μｇ／ｍＬ〜約１ｍｇ／ｍＬ、約１０μｇ／ｍＬ〜約１００μｇ／ｍＬ、又は約１μｇ／ｍＬ〜約１００μｇ／ｍＬのうち、任意の濃度である。
【０２８４】
上記ＭＡＳＣＴ法（ＰＭＢＣ系ＭＡＳＣＴ法及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）のうち任意のものを、１種又は２種以上の免疫チェックポイント阻害剤の投与と組み合わせて適用してよい。免疫チェックポイント阻害剤の代表的な投与経路として、腫瘍内、膀胱内、筋肉内、腹腔内、静脈内、動脈内、頭蓋内、胸膜内、皮下、及び上皮的経路が挙げられるが、これらに限定されず、又は、当該生がん細胞を含むことがわかっているリンパ腺、体腔、臓器若しくは組織に送達される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は点滴投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、少なくとも約１０分間、３０分間、１時間、２時間、４時間、６時間、又はそれ以上のうち、任意の時間をかけて注入される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞又は活性化ＰＢＭＣと同じ投与経路で投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞又は活性化ＰＢＭＣと異なる投与経路で投与される。
【０２８５】
免疫チェックポイント阻害剤の好適な用量として、約１ｍｇ／ｍ２、５ｍｇ／ｍ２、１０ｍｇ／ｍ２、２０ｍｇ／ｍ２、５０ｍｇ／ｍ２、１００ｍｇ／ｍ２、２００ｍｇ／ｍ２、３００ｍｇ／ｍ２、４００ｍｇ／ｍ２、５００ｍｇ／ｍ２、７５０ｍｇ／ｍ２、１０００ｍｇ／ｍ２、又はそれ以上のうち、任意の用量が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤の用量は、約１〜約５ｍｇ／ｍ２、約５〜約１０ｍｇ／ｍ２、約１０〜約２０ｍｇ／ｍ２、約２０〜約５０ｍｇ／ｍ２、約５０〜約１００ｍｇ／ｍ２、約１００ｍｇ／ｍ２〜約２００ｍｇ／ｍ２、約２００〜約３００ｍｇ／ｍ２、約３００〜約４００ｍｇ／ｍ２、約４００〜約５００ｍｇ／ｍ２、約５００〜約７５０ｍｇ／ｍ２、又は約７５０〜約１０００ｍｇ／ｍ２のうち、任意のものである。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤の用量は、約１μｇ／ｋｇ、２μｇ／ｋｇ、５μｇ／ｋｇ、１０μｇ／ｋｇ、２０μｇ／ｋｇ、５０μｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ、０．２ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ、０．４ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇ、５０ｍｇ／ｋｇ、１００ｍｇ／ｋｇ、又はそれ以上のうち、任意のものである。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤の用量は、約１μｇ／ｋｇ〜約５μｇ／ｋｇ、約５μｇ／ｋｇ〜約１０μｇ／ｋｇ、約１０μｇ／ｋｇ〜約５０μｇ／ｋｇ、約５０μｇ／ｋｇ〜約０．１ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約０．２ｍｇ／ｋｇ、約０．２ｍｇ／ｋｇ〜約０．３ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ〜約０．４ｍｇ／ｋｇ、約０．４ｍｇ／ｋｇ〜約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約１ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約２０ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約５０ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、又は約１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇのうち、任意のものである。
【０２８６】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は毎日投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、１週間で少なくとも約１×、２×、３×、４×、５×、６×、又は７×（すなわち、毎日）のうち、任意の頻度で投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は毎週投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、休みなく毎週、３週のうち２週間、４週のうち３週間、２週間毎に１回、３週間毎に１回、４週間毎に１回、６週間毎に１回、８週間毎に１回、毎月、又は２〜１２ヶ月毎に投与される。いくつかの実施形態では、各投与間隔は、約６ヶ月、３ヶ月、１ヶ月、２０日、１５日、１２日、１０日、９日、８日、７日、６日、５日、４日、３日、２日、１日のうち、任意の間隔未満である。いくつかの実施形態では、各投与間隔は、約１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、８ヶ月、又は１２ヶ月のうち、任意の間隔超である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、３ヶ月毎に１回投与される。いくつかの実施形態では、投与スケジュール中に休みはない。いくつかの実施形態では、各投与間隔は約１週以下である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞又は活性化ＰＢＭＣと同じ投与スケジュールで投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、活性化Ｔ細胞又は活性化ＰＢＭＣと異なる投与スケジュールで投与される。
【０２８７】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＡＳＣＴ治療サイクル毎に投与される。例えば、免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＡＳＣＴ治療サイクル毎に、約１、２、３、４、５、６、又はそれ以上の回数のうち、任意の回数で投与されてよい。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＡＳＣＴ治療サイクル毎に投与されない。例えば、免疫チェックポイント阻害剤は、約１、２、３、４、５、又はそれ以上のＭＡＳＣＴ治療サイクルのうち、任意の回数につき１回投与されてよい。
【０２８８】
免疫チェックポイント阻害剤を、長期間、例えば約１ヶ月から最大約７年にわたって、投与してよい。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１８、２４、３０、３６、４８、６０、７２、又は８４ヶ月のうち、任意の期間にわたって投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は単回投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は反復投与される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、疾患が進行するまで反復投与される。
【０２８９】
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）
一態様の本発明は、本明細書に記載される任意のＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ及び精密ＭＡＳＣＴを含む）で治療した個体から、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体をクローニングする方法を更に提供する。
【０２９０】
したがって、いくつかの実施形態では、（ａ）任意に、がんを有する個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｂ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することであって、活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、ことと、（ｃ）Ｔ細胞を個体から単離することであって、Ｔ細胞が、複数の腫瘍抗原ペプチド中の腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する、ことと、（ｄ）Ｔ細胞からＴ細胞受容体をクローニングし、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を得ることと、を含む、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体をクローニングする方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、樹状細胞集団及びＴ細胞集団は、治療されている個体などの同一個体由来である。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、個体は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体のネオ抗原を同定すること（例えば、個体の腫瘍サンプルを配列決定することにより）と、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、このときネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原中のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与後に個体を観察することを更に含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体において複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この方法は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０２９１】
いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、（ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を（例えばＧＭ−ＣＳＦ及びＩＬ−４の存在下で）誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと（例えば複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストの存在下で）接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）任意に、個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することと、（ｄ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を（例えば、複数のサイトカイン及び任意に抗ＣＤ３抗体の存在下で）共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることであって、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団がＰＢＭＣ集団（例えば個体由来）から得られる、ことと、（ｅ）個体に、有効量の活性化Ｔ細胞を投与することと、（ｆ）Ｔ細胞を個体から単離することであって、Ｔ細胞が、複数の腫瘍抗原ペプチド中の腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する、ことと、（ｇ）Ｔ細胞からＴ細胞受容体をクローニングし、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を得ることと、を含む、を含む、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体をクローニングする方法が提供される。いくつかの実施形態では、樹状細胞の投与と活性化Ｔ細胞の投与との間隔は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、約１４日間〜約２１日間、約１０日間又は約１４日間）である。いくつかの実施形態では、共培養は、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）である。いくつかの実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養前及び／又は共培養中に、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、又はＣＴＬＡ−４の阻害剤）と接触させる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、個体は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体のネオ抗原を同定すること（例えば、個体の腫瘍サンプルを配列決定することにより）と、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、このときネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原中のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞の投与後に個体を観察することを更に含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体において複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この方法は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０２９２】
いくつかの実施形態では、（ａ）ＰＢＭＣ集団を、（例えば免疫チェックポイント阻害剤の存在下で）複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させて、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、（ｂ）がんを有する個体に、有効量のＰＢＭＣを投与することと、（ｃ）Ｔ細胞を個体から単離することであって、Ｔ細胞が、複数の腫瘍抗原ペプチド中の腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する、ことと、（ｄ）Ｔ細胞からＴ細胞受容体をクローニングし、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を得ることと、を含む、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体をクローニングする方法が提供される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは少なくとも３回投与される。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約２週間〜約５ヶ月（例えば約３ヶ月）である。いくつかの実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、任意に、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、１つ又は２つ以上のネオ抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤、例えばＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、又はＬＡＧ−３を投与することを更に含む。いくつかの実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）が低いことを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、個体は、個体において１つ又は２つ以上の（例えば少なくとも５つの）ネオ抗原を有することを基準に、治療方法に対して選択される。いくつかの実施形態では、この方法は、個体のネオ抗原を同定すること（例えば、個体の腫瘍サンプルを配列決定することにより）と、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、このときネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原中のネオエピトープを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、活性化ＰＢＭＣの投与後に個体を観察することを更に含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む。いくつかの実施形態では、この観察は、個体において複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む。いくつかの実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。いくつかの実施形態では、この方法は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０２９３】
いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＭＡＳＣＴ法に応答する個体、例えば、ＭＡＳＣＴ後にＣＴＣ数が低下した、又はＣＴＣ数が低い個体、臨床評価が安定（ＳＤ）、完全奏功（ＣＲ）、又は部分奏功（ＰＲ）である個体からクローニングされる。いくつかの実施形態では、ＴＣＲは、ＭＡＳＣＴ法に応答しない個体からクローニングされる。いくつかの実施形態では、個体は、腫瘍抗原ペプチドに対する強い特異的免疫応答を有する。個体の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答は、任意の当該技術分野において既知のものを用いて、例えば、細胞傷害性因子（例えばパーフォリン又はグランザイムＢ）のレベル、又は、個体の腫瘍抗原ペプチドによる刺激後のＴ細胞（又はＰＢＭＣ）からのサイトカインの放出（例えばＩＦＮγ又はＴＮＦα）を測定することによって判定できる。ＥＬＩＳＰＯＴなどの抗体系アッセイを用いて、細胞傷害性因子、又はサイトカイン（例えばＩＦＮγ）レベルを定量できる。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドに応答したＴ細胞（又はＰＢＭＣ）からのサイトカイン（例えばＩＦＮγ）放出レベルを、対照、例えば、無関係のペプチドに応答したＴ細胞（又はＰＢＭＣ）からのベースラインのサイトカイン放出レベル、又は非特異的サイトカイン放出レベルに対して補正し、サイトカイン（例えばＩＦＮγ）倍率変化値を得る。いくつかの実施形態では、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイにおける約１．２、１．５、２、２．５、３、４、５、６、８、１０超、又はそれ以上のうち、任意のサイトカイン（例えばＩＦＮγ）倍率変化値は、腫瘍抗原ペプチドに対する強い特異的免疫応答を示す。いくつかの実施形態では、ＴＣＲのクローニング方法は、個体中、例えば個体のＰＢＭＣサンプル中の複数の腫瘍抗原ペプチドそれぞれの、特異的免疫応答を判定することを更に含む。
【０２９４】
ＭＡＳＣＴ実施後に、個体の生体サンプルからＴ細胞を単離してよい。いくつかの実施形態では、生体サンプルは、ＭＡＳＣＴを１サイクル実施後の個体から得られる。いくつかの実施形態では、生体サンプルは、少なくとも２、３、４、５、又はそれ以上のうち任意のサイクル数ＭＡＳＣＴを実施後の個体から得られる。いくつかの実施形態では、生体サンプルは、ＭＡＳＣＴ実施後、少なくとも約１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、２ヶ月、又は３ヶ月のうち、任意の期間後の個体から得られる。いくつかの実施形態では、生体サンプルは、ＭＡＳＣＴ実施後、約６ヶ月、３ヶ月、２ヶ月、１ヶ月、又はそれ以下のうち、任意の期間後の個体から得られる。いくつかの実施形態では、生体サンプルは血液サンプルである。いくつかの実施形態では、生体サンプルはＰＢＭＣサンプルである。いくつかの実施形態では、生体サンプルはＴ細胞サンプルである。いくつかの実施形態では、生体サンプルは、ＣＴＬを含有する腫瘍サンプルである。Ｔ細胞は、任意の当該技術分野において既知の方法を用いて、例えば、フローサイトメトリー又は遠心分離法により生体サンプルから単離できる。いくつかの実施形態では、生体サンプルから得られた複数のＴ細胞を、例えば、多量体（例えば五量体又はデキストラマー）による染色、又は、細胞傷害性因子（例えばパーフォリン若しくはグランザイムＢ）のレベル、若しくは、細胞によるサイトカイン放出（例えばＩＦＮγ若しくはＴＮＦα）の測定によって、複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答に対してスクリーニングする。
【０２９５】
Ｔ細胞が特異的に認識する腫瘍抗原ペプチドは、腫瘍抗原ペプチドプール由来の任意のものであってよい。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉ拘束性エピトープを含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−ＩＩ拘束性エピトープを含む。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、一般的がん腫瘍抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、がん種特異的腫瘍抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、ネオ抗原ペプチドである。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、ＣＥＡ又はｈＴＥＲＴ由来のエピトープを含む。
【０２９６】
ＴＣＲは、既知のＴＣＲ可変ドメインに特異的にアニーリングするプライマーを用いるＰＣＲ法が挙げられるが、これらに限定されない、任意の当該技術分野において既知の方法を使用して、Ｔ細胞からクローニングできる。いくつかの実施形態では、ａｍｐｌｉｃｏｎ  ｒｅｓｃｕｅｄ  ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ  ＰＣＲ（ａｒｍ−ＰＣＲ）を用いて、腫瘍特異的ＴＣＲをクローニングする。例えば、米国特許第７，９９９，０９２号を参照されたい。単一のＴ細胞から腫瘍抗原特異的ＴＣＲをクローニングする方法も、ＴＣＲのクローニングに使用できる。例えば、Ｅ．Ｋｏｂａｙａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  １９．１１（２０１３）：１５４２〜１５４６を参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞の配列決定を行ってＴＣＲ遺伝子の配列を特定することによって、ＴＣＲのクローニングを可能にする。
【０２９７】
いくつかの実施形態では、クローニングしたＴＣＲを、発現ベクターに更に組み込む。いくつかの実施形態では、クローニングしたＴＣＲを、宿主細胞（例えばＴ細胞）内に（例えば、ウイルスベクターによって、又は、物理的若しくは化学的方法によって）更に形質導入し、ＴＣＲを発現させる。いくつかの実施形態では、宿主細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、ＴＣＲを発現している宿主細胞を、検証目的で腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答についてアッセイする。いくつかの実施形態では、宿主細胞はある細胞株由来である。いくつかの実施形態では、宿主細胞は初代細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞はがん患者由来である。
【０２９８】
本明細書に更に提供されるのは、本明細書に記載される任意の方法を用いてクローニングされた腫瘍特異的ＴＣＲである。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲを更に遺伝子操作し、物理的／化学的特性及び／又はＴＣＲの機能を改良する。例えば、遺伝子操作を受けた腫瘍特異的ＴＣＲは、発現レベルの向上、安定性の改善、ＭＨＣ−腫瘍特異的抗原ペプチド複合体への結合親和性の強化、及び／又は、シグナル伝達の増強を有り得るいくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲは、腫瘍特異的ＴＣＲを用いる免疫療法治療を受けた個体のＭＨＣサブタイプに基づいて、遺伝子操作を受ける。いくつかの実施形態では、遺伝子操作は、クローニングした腫瘍特異的ＴＣＲの可変領域中の、１つ又は２つ以上の位置を突然変異させることを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子操作は、クローニングした腫瘍特異的ＴＣＲの１つ又は２つ以上のドメイン又はフラグメントを含む、融合タンパク質をもたらすことを含む。
【０２９９】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲ若しくはコンポーネント又はそれらの誘導体（例えばＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、又は遺伝子操作を受けた腫瘍特異的ＴＣＲ）をコードする単離された核酸が提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲ若しくはコンポーネント又はそれらの誘導体（例えばＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、又は遺伝子操作を受けた腫瘍特異的ＴＣＲ）をコードする発現ベクターが提供される。いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲ若しくはコンポーネント又はそれらの誘導体（例えばＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、又は遺伝子操作を受けた腫瘍特異的ＴＣＲ）を発現する単離された宿主細胞が提供される。
【０３００】
いくつかの実施形態では、腫瘍特異的ＴＣＲ若しくはコンポーネント又はそれらの誘導体（例えばＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、又は遺伝子操作を受けた腫瘍特異的ＴＣＲ）を含む単離されたＴ細胞が提供される。いくつかの実施形態では、単離されたＴ細胞の内因性ＴＣＲはノックアウトされる。いくつかの実施形態では、単離されたＴ細胞はＴＣＲ−Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、単離されたＴ細胞と、医薬的に許容される賦形剤と、を含む、医薬組成物が提供される。いくつかの実施形態では、単離されたＴ細胞は、がんを有する個体由来である。いくつかの実施形態では、単離されたＴ細胞は、単離されたＴ細胞又はその医薬組成物で治療される個体由来である。
【０３０１】
単離されたＴ細胞又はその医薬組成物は、腫瘍特異的ＴＣＲがクローニングされる個体の治療に、又は、同種個体、つまり同じＭＨＣ遺伝子型を有する、及び／若しくは、がん細胞上に同じエピトープを発現している個体など、別の個体の治療に有用であり得る。いくつかの実施形態では、個体に、有効量の本明細書に記載される任意の単離されたＴ細胞、又はその医薬組成物を投与することを含む、個体のがんを治療する方法が提供される。クローニングした腫瘍特異的ＴＣＲを含む単離されたＴ細胞を用いる免疫療法を、単独で、又は別の治療、例えば免疫チェックポイント阻害剤、ＭＡＳＣＴ（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ及び精密ＭＡＳＣＴを含む）、化学療法、放射線、手術、標的療法などと組み合わせて用いて、所望の臨床転帰を達成することができる。
【０３０２】
活性化Ｔ細胞
本発明は、活性化Ｔ細胞を含む単離された細胞集団を更に提供し、このとき約１％未満の活性化Ｔ細胞は、制御性Ｔ（ＴＲＥＧ）細胞である。本明細書に記載される単離された細胞集団は、これまでの項に記載される活性化Ｔ細胞集団の任意の調製方法によって調製されてよい。本明細書に記載される単離された細胞集団は、個体におけるがんの治療、腫瘍進行の予防、又は免疫逃避の低減に有用である。
【０３０３】
本明細書に記載される単離された細胞集団は、主に活性化Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された集団中の細胞の少なくとも約９０％は活性化Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、集団中の細胞の少なくとも約５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、又は９９％のうち、任意の割合が活性化Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、単離された集団中の細胞の約５０〜６０％、６０〜７０％、７０〜８０％、８０〜９０％、９０〜９５％、９５〜９８％、５０〜７０％、６０〜８０％、９０〜９９％、５０〜８０％、８０〜９９％、５０〜９０％、６０〜９０％、７０〜９９％、又は５０〜９９％のうち、任意の割合が活性化Ｔ細胞である。
【０３０４】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０％、５％、３％、１％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２％、０．１％、又は０．０１％未満のうち、任意の割合のＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約５〜１０％、３〜５％、１〜３％、０．９〜１％、０．８〜０．９％、０．７〜０．８％、０．６〜０．７％、０．５〜０．６％、０．４〜０．５％、０．３〜０．４％、０．２〜０．３％、０．１〜０．２％、０．１〜０．５％、０．５〜１％、０．２〜０．６％、０．４〜０．８％、０．３〜０．７％、又は０．３〜０．５％未満のうち、任意の割合のＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約０．３％〜約０．５％のＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞を含む。
【０３０５】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、制御性Ｔ細胞（ＴＲＥＧ）を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０％、５％、３％、１％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２％、０．１％、又は０．０１％未満のうち、任意の割合のＴＲＥＧ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約５〜１０％、３〜５％、１〜３％、０．９〜１％、０．８〜０．９％、０．７〜０．８％、０．６〜０．７％、０．５〜０．６％、０．４〜０．５％、０．３〜０．４％、０．２〜０．３％、０．１〜０．２％、０．１〜０．５％、０．５〜１％、０．２〜０．６％、０．４〜０．８％、０．３〜０．７％、又は０．３〜０．５％未満のうち、任意の割合のＴＲＥＧ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約０．３％〜約０．５％のＴＲＥＧ細胞を含む。
【０３０６】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、ＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、又は８０％のうち、任意の割合のＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約５０〜６０％、６０〜６５％、６５〜７０％、７０〜７５％、７５〜８０％、５０〜６５％、６５〜８０％、６５〜７０％、又は６５〜７５％未満のうち、任意の割合のＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約６５％〜約７５％のＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞を含む。
【０３０７】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、細胞傷害性Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、又は８０％のうち、任意の割合の細胞傷害性Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約５０〜６０％、６０〜６５％、６５〜７０％、７０〜７５％、７５〜８０％、５０〜６５％、６５〜８０％、６５〜７０％、又は６５〜７５％未満のうち、任意の割合の細胞傷害性Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約６５％〜約７５％の細胞傷害性Ｔ細胞を含む。
【０３０８】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、ＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０％、１３％、１６％、１８％、２０％、２２％、２５％又は３０％のうち、任意の割合のＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０〜１３％、１３〜１６％、１６〜１８％、１８〜２０％、２０〜２２％、２２〜２５％、２５〜３０％、１６〜２０％、１８〜２２％、又は１６〜２２％未満のうち、任意の割合のＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１６％〜約２２％のＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞を含む。
【０３０９】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、ヘルパーＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０％、１３％、１６％、１８％、２０％、２２％、２５％又は３０％のうち、任意の割合のヘルパーＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０〜１３％、１３〜１６％、１６〜１８％、１８〜２０％、２０〜２２％、２２〜２５％、２５〜３０％、１６〜２０％、１８〜２２％、又は１６〜２２％未満のうち、任意の割合のヘルパーＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１６％〜約２２％のヘルパーＴ細胞を含む。
【０３１０】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、ＣＤ３＋ＣＤ５６＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０％、１２％、１３％、１３．５％、１４％、１４．５％、１５％、又は２０％のうち、任意の割合のＣＤ３＋ＣＤ５６＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０〜１２％、１２〜１３％、１３〜１３．５％、１３．５〜１４％、１４〜１４．５％、１４．５〜１５％、１５〜２０％、１３〜１４％、１４〜１５％、１３．５〜１４．５％、又は１３〜１５％未満のうち、任意の割合のＣＤ３＋ＣＤ５６＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１３％〜約１５％のＣＤ３＋ＣＤ５６＋細胞を含む。
【０３１１】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、ナチュラルキラー（ＮＫ）Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０％、１２％、１３％、１３．５％、１４％、１４．５％、１５％、又は２０％のうち、任意の割合のＮＫＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１０〜１２％、１２〜１３％、１３〜１３．５％、１３．５〜１４％、１４〜１４．５％、１４．５〜１５％、１５〜２０％、１３〜１４％、１４〜１５％、１３．５〜１４．５％、又は１３〜１５％未満のうち、任意の割合のＮＫＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約１３％〜約１５％のＮＫＴ細胞を含む。
【０３１２】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約０．３％〜約０．５％のＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞、約６５％〜約７５％のＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞、及び約１６％〜約２２％のＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、約０．３％〜約のＴＲＥＧ細胞、約６５％〜約７５％の細胞傷害性Ｔ細胞、及び約１６％〜約２２％のヘルパーＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、メモリーＴ細胞を更に含む。
【０３１３】
いくつかの実施形態では、単離された細胞集団の任意の実施形態における活性化Ｔ細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで、複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を誘発する能力がある。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、２つ以上の腫瘍抗原ペプチドに対して、ヒト個体中で細胞傷害性Ｔ細胞活性を増加させる能力がある。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、炎症性シグナル分子の発現又は分泌レベルが高く、免疫抑制サイトカインの発現又は分泌レベルが低いことを特徴とする。いくつかの実施形態では、発現又は分泌レベルは、活性化Ｔ細胞の分子（例えば、炎症性シグナル分子、又は免疫抑制サイトカイン）の発現又は分泌レベルを、対照の発現又は分泌レベルと比較することによって測定される。いくつかの実施形態では、対照分子の発現又は分泌レベルは、同一のアッセイ条件下で測定された、対照Ｔ細胞集団中の分子の発現又は分泌レベルである。いくつかの実施形態では、対照Ｔ細胞集団は、複数の無関係のペプチド（例えば、Ｔ細胞受容体抗原に対応していないペプチド、つまりランダムペプチド）によって誘導されたＴ細胞集団である。いくつかの実施形態では、分子の対照発現又は分泌レベルは、複数のＴ細胞対照集団中の分子の発現又は分泌レベルの平均値又は中央値である。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞中の分子の、高い発現又は分泌レベルとは、少なくとも約１．５、２、２．５、３、４、５、１０、２０、５０、１００、１０００倍、又はそれ以上のうち、任意の倍率の対照発現又は分泌レベルである。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞中の分子の、低い発現又は分泌レベルとは、０．００１、０．０１、０．０５、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７５、又は０．８倍未満のうち、任意の倍率の対照発現又は分泌レベルである。
【０３１４】
いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、複数の炎症性分子、例えばＩＦＮγ、ＴＮＦα、グランザイムＢ、パーフォリン、又はこれらの任意の組み合わせを発現する。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、免疫抑制サイトカイン、例えばＩＬ−１０及び／又はＩＬ−４を発現しないか、又はその発現は少ない。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１などの免疫抑制分子を発現している活性化Ｔ細胞（例えばＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞又はＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞）の出現頻度は低い。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１を発現している活性化Ｔ細胞の出現頻度は、約１０％、５％、３％、２％、又は１％未満のうち、任意の割合である。いくつかの実施形態では、約５％未満の活性化Ｔ細胞が免疫抑制分子ＰＤ−１を発現する。
【０３１５】
本明細書に記載される単離された細胞集団を用いて、個体に投与したときに、個体において特異的な免疫記憶を生じさせることができる。いくつかの実施形態では、個体は、単離された細胞集団の投与の約２週間、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、６ヶ月、１２ヶ月後、又はそれ以上のうち任意の期間後に、複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的なＴ細胞応答を誘発できる、メモリーＴ細胞を有する。
【０３１６】
本明細書に記載される単離された細胞集団を用いて、ｉｎ  ｖｉｖｏで、免疫抑制シグナルを変化させることもできる。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、個体に投与したときに、個体におけるＴ細胞（例えば細胞傷害性Ｔ細胞又はヘルパーＴ細胞）上の免疫抑制分子（例えばＰＤ−１）の発現頻度を低下させる。いくつかの実施形態では、単離された細胞集団は、個体のがん細胞の免疫寛容又は免疫逃避を低下させる。したがって、個体に、有効量の本明細書に記載される単離された細胞集団任意の実施形態を投与することを含む、個体のＴ細胞において、ＰＤ−１などの免疫抑制分子の発現頻度を低下させる方法が提供される。更に本明細書に提供されるのは、活性化Ｔ細胞を含む単離された細胞集団の任意の実施形態を含む、免疫療法用組成物、及び、個体のがんを治療するための医薬品の製造における、単離された細胞集団の任意の実施形態の使用である。
【０３１７】
組成物、キット、及び製造物品
本発明は更に、本明細書に記載されるＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法及び精密ＭＡＳＣＴを含む）又は細胞（例えば抗原取り込みＤＣ、活性化Ｔ細胞、又は活性化ＰＢＭＣ）調製方法の任意の実施形態で使用するための、キット、組成物（例えば医薬組成物）、及び腫瘍抗原ペプチドの商業用バッチを提供する。
【０３１８】
いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、がん免疫療法に有用なキットが提供される。いくつかの実施形態では、このキットは、約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、又は５０個超のうち、任意の個数の腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループを含む。いくつかの実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループと、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループと、を含む。いくつかの実施形態では、第１コアグループは、約１０〜約２０個の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第１コアグループは、２つ以上の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第１コアグループは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０個超のうち、任意の個数の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第２グループは、約１〜約１０個のがん種特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第２グループは、約０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０個超のうち、任意の個数のがん種特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、第２グループは、約０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０個超のうち、任意の個数のウイルス特異的抗原ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、このキットは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２５、３０、４０、又は５０個のうち、任意の個数のネオ抗原ペプチドを更に含む。
【０３１９】
いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、がん免疫療法に有用なキットが提供され、このとき少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのうちそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される、少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、がん免疫療法に有用なキットが提供され、このとき少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのうちそれぞれは、配列番号１〜２４からなる群から選択される、少なくとも１つのエピトープを含む。いくつかの実施形態では、図２Ｂ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、がん免疫療法に有用なキットが提供される。いくつかの実施形態では、図２Ｃ及び図２９Ａ中の腫瘍抗原ペプチドからなる群から選択される、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含むがん免疫療法に有用なキットが提供される。いくつかの実施形態では、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ１、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、タンパク質由来の少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、がん免疫療法に有用なキットが提供される。
【０３２０】
当業者は、第１コアグループの腫瘍抗原ペプチドの任意の組み合わせ、及び任意に、第２グループのがん種特異的抗原ペプチドの任意の組み合わせ、及び／又はネオ抗原ペプチドを利用して樹状細胞集団に取り込ませることができ、これを更に用いて、個体のがんの治療に有用な活性化Ｔ細胞を調製できる。またこのキットは、ＰＢＭＣ系ＭＡＣＴ法、精密ＭＡＳＣＴ法、又は、ＭＡＳＣＴ実施後の個体からの腫瘍特異的ＴＣＲのクローニングにも有用であり得る。
【０３２１】
キットは、ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法、及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）、又は、ＭＡＳＣＴ実施後の個体からの腫瘍特異的ＴＣＲのクローニング法の任意の実施形態の実践を容易にするため、追加の構成要素、例えば容器、試薬、培地、サイトカイン、緩衝液、抗体などを含んでよい。例えば、いくつかの実施形態では、キットは、個体の末梢血の採取に使用できる、末梢血採取及び保存用器具を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、ヒト末梢血サンプルからのＰＢＭＣの単離に使用できる、末梢血の密度勾配遠心分離用容器及び試薬を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、末梢血から樹状細胞を得るための、培地、サイトカイン、又は緩衝液を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、第１コアグループ、及び任意に第２グループを樹状細胞内に取り込ませ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を得るための、培地、ＴＬＲアゴニスト、試薬及び緩衝液を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、末梢血から得られたＴ細胞を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞と共培養するための、サイトカイン、抗ＣＤ３抗体、緩衝液、免疫チェックポイント阻害剤、又は培地を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、がん細胞中の突然変異荷重（例えば、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中）を測定するための試薬を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、ＭＡＳＣＴとの併用療法のための免疫チェックポイント阻害剤を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、腫瘍サンプル中のネオ抗原を（例えば配列決定法により）同定するための試薬を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を評価するためのＥＬＩＳＰＯＴアッセイを更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、腫瘍特異的ＴＣＲをクローニングするための試薬を更に含む。
【０３２２】
本発明のキットは、好適な包装中にある。好適な包装として、バイアル、ボトル、ジャー容器、可撓性包装（例えば、マイラー又はプラスチックバッグ）などが挙げられるが、これらに限定されない。キットは、緩衝液、及び説明用情報などの追加の構成要素を任意に提供してもよい。したがって本出願は、バイアル（例えば密封バイアル）、ボトル、ジャー容器、可撓性包装などが挙げられる、製造物品も提供する。
【０３２３】
説明書には、腫瘍抗原ペプチド（及び任意に、上記の追加構成要素）の使用に関する説明も含めることができる。いくつかの実施形態では、キットは、ＭＡＳＣＴ法（ＰＢＭＣ系ＭＡＳＣＴ法及び精密ＭＡＳＣＴ法を含む）の実施形態、本明細書に記載される細胞調製方法の実施形態、又は、腫瘍特異的ＴＣＲのクローニング方法の実施形態のプロトコールを記載しているマニュアルなどの、使用マニュアルを更に含む。説明書には、目的とする治療のために、キットを用いて調製された抗原提示細胞（例えば樹状細胞）、活性化Ｔ細胞、及び／又は活性化ＰＢＭＣの用量、投与スケジュール、及び投与経路に関する情報を含めてもよい。いくつかの実施形態では、キットは、ＭＡＳＣＴ法に対して個体を選択するための説明書を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、がん細胞の突然変異荷重の決定、及び／又は個体中のネオ抗原数の決定のための説明書を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、例えば、免疫チェックポイント阻害剤の用量、投与スケジュール、及び投与経路に関する情報を含む、ＭＡＳＣＴと組み合わせて免疫チェックポイント阻害剤を投与するための説明書を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、腫瘍サンプル中のネオ抗原を（例えば配列決定法により）同定するための説明書を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、ＭＡＳＣＴ実施後に個体を観察するための説明書を更に含む。いくつかの実施形態では、キットは、腫瘍特異的ＴＣＲをクローニングするための説明書を更に含む。
【０３２４】
容器は、１回用量、バルク包装（例えば、複数回用量包装）又は、１回未満用量であってよい。例えば、長期間、例えば、３週間、６週間、９週間、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１年、又はそれ以上の任意の期間にわたり、個体に効果的な治療をもたらす、十分な活性化Ｔ細胞及び／又は抗原取り込み樹状細胞（例えば樹状細胞）を調製するための、本明細書に開示される十分な腫瘍抗原ペプチドを含むキットが提供されてよい。
【０３２５】
キットは、複数個の１回用量の腫瘍抗原ペプチド及び使用説明書を含んでもよく、薬局、例えば、病院の薬局及び処方薬局で保管し、使用するための十分な量で包装されている。
【０３２６】
いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチド集団の商業用バッチ、又は、本明細書に記載されるキットが提供される。本明細書で使用される「商業用バッチ」は、少なくとも約１０ｍｇのバッチサイズを指す。いくつかの実施形態では、バッチサイズは、少なくとも約１０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、５０００、又は１００００ｍｇのうち、任意のサイズである。いくつかの実施形態では、商業用バッチは、本明細書に記載される任意の組成物（例えば、腫瘍抗原ペプチド集団又はキット）を含む、複数のバイアルを含む。いくつかの実施形態では、商業用バッチは、少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、５０、７５、１００、２００、３００、４００、５００、１０００、２０００、５０００、又は１００００本のうち、任意の数のバイアルを含む。例えば、各バイアルは、少なくとも約０．１ｍｇの腫瘍抗原ペプチドを含有する。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは液体懸濁状態である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、凍結乾燥粉末などの粉末形態である。
【０３２７】
更に提供されるのは、本明細書に記載される任意の単離された細胞集団（例えば樹状細胞、活性化Ｔ細胞、活性化ＰＢＭＣ、又は単離された腫瘍特異的なＴＣＲを含むＴ細胞）のキット、組成物（例えば医薬組成物）、及び商業用バッチである。
【０３２８】
本明細書に記載される単離された細胞集団を、本明細書に記載される治療方法、投与方法、及び用量レジメンで使用するため、当該技術分野において既知の医薬的に許容される担体、賦形剤、安定剤及び／又はその他の剤と記載される単離された細胞集団を組み合わせることによって、医薬組成物又は配合物中で使用してよい。いくつかの実施形態では、ヒトアルブミンを医薬的に許容される担体として使用する。
【０３２９】
好適な医薬的担体として、滅菌水；生理食塩水、ブドウ糖；ブドウ糖の水又は生理食塩水溶液；ヒマシ油１モル当たり約３０〜約３５モルのエチレンオキシドを含む、ヒマシ油及びエチレンオキシドの縮合物；液体酸；低級アルカノール；トウモロコシ油などの油；ピーナツ油、ゴマ油などと、脂肪酸のモノ−又はジ−グリセリド、又はホスファチド、例えば、レシチンなどといった乳化剤；グリコール；ポリアルキレングリコール；懸濁剤、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム存在下の水性溶媒；アルギン酸ナトリウム；ポリ（ビニルピロリドン）；その他同種のモノを単独で、又はレシチンなどの好適な分散剤と共に；ポリオキシエチレンステアレート；その他同種のものが挙げられる。担体は、浸透増強剤と共に使用する保存安定剤、湿潤剤、乳化剤などといった、補助剤を含んでもよい。最終形態は滅菌でき、また、中空針などの注射器具を容易に通過することもできる。溶媒又は賦形剤を適切に選択することによって、適切な粘度が得られ、維持できる。
【０３３０】
本明細書に記載される医薬組成物は、組成物の特性を向上するため、その他の剤、賦形剤、又は安定剤を含んでよい。好適な賦形剤及び希釈剤の例として、ラクトース、ブドウ糖、ショ糖、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アラビアゴム、リン酸カルシウム、アルギン酸塩、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、生理食塩水溶液、シロップ、メチルセルロース、メチル−及びプロピルヒドロキシ安息香酸、タルク、ステアリン酸マグネシウム及び鉱物油が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、約４．５〜約９．０のｐＨ範囲、例えば約５．０〜約８．０、約６．５〜約７．５、又は約６．５〜約７．０のうち任意のｐＨ範囲を有するように配合される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、グリセロールなどの好適な浸透圧調整剤を添加することによって、血液と等張にすることもできる。
【０３３１】
いくつかの実施形態では、単離された細胞組成物（例えば医薬組成物）は、ヒトに投与するのに好適である。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）は、非経口投与によってヒトに投与するのに好適である。非経口投与に好適な処方として、対象となる被投与者の血液に相溶する配合物にするための、抗酸化剤、緩衝液、制菌剤、及び溶質を含み得る、水性及び非水性の等張性滅菌注射用液、並びに、懸濁剤、可溶化剤、増粘剤、安定剤、及び保存剤を含み得る、水性及び非水性の滅菌懸濁液が挙げられる。配合物は、１回用量又は複数回用量の密封容器、例えばアンプル及びバイアルの形態でよく、使用直前に、注射のため、滅菌液体賦形剤（すなわち、水）を加えるだけの本明細書に記載される治療方法、投与方法、及び用量レジメンに必要な状態で保存されてよい。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）を、１回使用バイアル、例えば１回使用密封バイアルに入れる。いくつかの実施形態では、各１回使用バイアルには、約１０９個の活性化Ｔ細胞が入っている。いくつかの実施形態では、各１回使用バイアルは、約１０９個の活性化Ｔ細胞に増殖させるのに十分な活性化Ｔ細胞が入っている。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）を、複数回使用バイアルに入れる。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）を、容器中にバルクで入れられている。
【０３３２】
更に提供されるのは、本明細書に記載される単離された細胞組成物（例えば医薬組成物）及び配合物を含む、１回用剤形である。これらの１回用剤形は、１回用量又は複数回用量に好適な包装内に保存でき、更に滅菌し、密封してもよい。いくつかの実施形態では、組成物（例えば医薬組成物）は、がんの治療に有用な、１つ又は２つ以上の別の化合物（又はそれらの医薬的に許容される塩）も含む。様々な変形形態では、医薬組成物中の活性化Ｔ細胞数は、約１×１０８〜約５×１０８、約５×１０８〜約９×１０８、約９×１０８〜約１×１０９、約１×１０９〜約２×１０９、約２×１０９〜約３×１０９、約３×１０９〜約４×１０９、約４×１０９〜約５×１０９、約５×１０９〜約６×１０９、約６×１０９〜約１×１０１０、約１×１０９〜約３×１０９、約３×１０９〜約５×１０９、約５×１０９〜約７×１０９、約７×１０９〜約１×１０１０、約１×１０９〜約５×１０９、約５×１０９〜約１×１０１０、約３×１０９〜約７×１０９、約１×１０１０〜約１．５×１０１０、約１×１０１０〜約２×１０１０、又は約１×１０９〜約１×１０１０個のうち、任意の範囲で含まれる。いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞は、組成物中に含まれるがんの治療用の唯一の医薬品有効成分である。
【０３３３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される単離された細胞組成物（例えば医薬組成物）のうち任意のものを含む、がんの治療用の剤形（例えば、１回用剤形）が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される治療方法、投与方法、及び用量レジメンで使用するための、好適な包装中の、本明細書に記載される組成物（例えば医薬組成物）、配合物、及び１回用量を含む、製造物品が提供される。本明細書に記載される組成物（例えば医薬組成物）に好適な包装は、当該技術分野において既知であり、例えば、バイアル（例えば密封バイアル）、容器（例えば密封容器）、アンプル、ボトル、ジャー容器、可撓性包装（例えば、密封マイラー又はプラスチックバッグ）などが挙げられる。これらの製造物品を、更に滅菌及び／又は密封してよい。
【０３３４】
本出願は、本明細書に記載される治療方法、投与方法、及び用量レジメンで使用するための、本明細書に記載される任意の単離された細胞集団、組成物（例えば医薬組成物）、配合物、１回用量、及び製造物品を含む、キットを更に提供する。本明細書に記載されるキットは、活性化Ｔ細胞を入れている、１つ又は２つ以上の容器を含む。
【０３３５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される活性化Ｔ細胞の商業用バッチが提供される。本明細書で使用される「商業用バッチ」は、少なくとも約１×１０９個の活性化Ｔ細胞のバッチサイズを指す。いくつかの実施形態では、バッチサイズは、少なくとも約１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、５×１０１０、又は１×１０１１個のうち、任意の細胞数である。いくつかの実施形態では、商業用バッチは、本明細書に記載される任意の組成物（例えば医薬組成物）を含む、複数のバイアルを含む。いくつかの実施形態では、商業用バッチは、少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、５０、７５、又は１００本のうち、任意の数のバイアルを含む。例えば、各バイアルは、少なくとも約１×１０９個の活性化Ｔ細胞を含む。
【０３３６】
以下の実施例及び代表的な実施形態は、本発明を単に例示することを意図しており、そのため、いかなる意味においても本発明を限定するものと考えてはならない。以下の実施例及び発明を実施するための形態は、限定ではなく、実例として提供されるものである。
【０３３７】
代表的な実施形態
実施形態１．いくつかの実施形態では、個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含む、個体のがんを治療する方法が提供され、このとき活性化Ｔ細胞は、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される。
【０３３８】
実施形態２．実施形態１のいくつかの更なる実施形態では、個体は、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を事前に投与されている。
【０３３９】
実施形態３．実施形態１のいくつかの更なる実施形態では、この方法は、個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することを更に含む。
【０３４０】
実施形態４．実施形態３のいくつかの更なる実施形態では、樹状細胞は、活性化Ｔ細胞の投与に先立って投与される。
【０３４１】
実施形態５．実施形態４のいくつかの更なる実施形態では、樹状細胞は、活性化Ｔ細胞の投与の約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）前に投与される。
【０３４２】
実施形態６．実施形態１〜５のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、この方法は、Ｔ細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって、活性化Ｔ細胞を調製することを更に含む。
【０３４３】
実施形態７．実施形態６のいくつかの更なる実施形態では、Ｔ細胞集団は、樹状細胞集団と、約７日間〜約２１日間（例えば約７日間〜約１４日間、又は約１４日間〜約２１日間）共培養される。
【０３４４】
実施形態８．実施形態１〜７のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、Ｔ細胞集団を、共培養に先立って、免疫チェックポイント阻害剤と接触させる。
【０３４５】
実施形態９．実施形態１〜８のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、Ｔ細胞集団は、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養される。
【０３４６】
実施形態１０．実施形態８又は実施形態９のいくつかの更なる実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＣＴＬＡ−４からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である。
【０３４７】
実施形態１１．実施形態１〜１０のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、この方法は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することを更に含む。
【０３４８】
実施形態１２．実施形態１１のいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。
【０３４９】
実施形態１３．実施形態１２のいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団は、樹状細胞集団を、樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される。
【０３５０】
実施形態１４．実施形態１〜１３のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、同一個体由来である。
【０３５１】
実施形態１５．実施形態１４のいくつかの更なる実施形態では、Ｔ細胞集団及び樹状細胞集団は、治療されている個体由来である。
【０３５２】
実施形態１６．いくつかの実施形態では、ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、（ｂ）樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を得ることと、（ｃ）複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含み、単球集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団が、個体由来のＰＢＭＣ集団から得られる、活性化Ｔ細胞集団を調製する方法が提供される。
【０３５３】
実施形態１７．実施形態１６のいくつかの更なる実施形態では、工程ｂ）は、樹状細胞集団を、樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む。
【０３５４】
実施形態１８．実施形態１６又は実施形態１７のいくつかの更なる実施形態では、工程ｄ）は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を、複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の成熟化を誘導することを更に含む。
【０３５５】
実施形態１９．実施形態１６〜１８のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、工程ｆ）は、活性化Ｔ細胞集団を、複数のサイトカインと接触させ、活性化Ｔ細胞集団の増殖及び分化を誘導することを更に含む。
【０３５６】
実施形態２０．実施形態１９のいくつかの更なる実施形態では、複数のサイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５又はＩＬ−２１を含む。
【０３５７】
実施形態２１．実施形態１６〜２０のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、非付着性ＰＢＭＣ集団を、共培養に先立って、免疫チェックポイント阻害剤と接触させる。
【０３５８】
実施形態２２．実施形態１６〜２１のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、工程ｃ）は、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で共培養することを含む。
【０３５９】
実施形態２３．実施形態２１又は実施形態２２のいくつかの更なる実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＣＴＬＡ−４からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である。
【０３６０】
実施形態２４．いくつかの実施形態では、個体に、実施形態１６〜２３に記載の方法のうちいずれか１つの方法によって調製された有効量の活性化Ｔ細胞集団を投与することを含む、個体のがんを治療する方法が提供される。
【０３６１】
実施形態２５．実施形態２４のいくつかの更なる実施形態では、ＰＢＭＣ集団は、治療されている個体から得られる。
【０３６２】
実施形態２６．実施形態１〜１５及び２４〜２５のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、活性化Ｔ細胞は、少なくとも３回個体に投与される。
【０３６３】
実施形態２７．実施形態２６のいくつかの更なる実施形態では、活性化Ｔ細胞の各投与間隔は、約０．５ヶ月〜約５ヶ月である。
【０３６４】
実施形態２８．実施形態１〜１５及び２４〜２７のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、活性化Ｔ細胞は静脈内投与される。
【０３６５】
実施形態２９．実施形態１〜１５及び２４〜２８のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体当たり少なくとも約３×１０９個の用量で投与される。
【０３６６】
実施形態３０．実施形態２９のいくつかの更なる実施形態では、活性化Ｔ細胞は、個体当たり、約１×１０９〜約１×１０１０個の用量で投与される。
【０３６７】
実施形態３１．実施形態２〜１５及び２４〜３０のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は少なくとも３回投与される。
【０３６８】
実施形態３２．実施形態３１のいくつかの更なる実施形態では、樹状細胞の各投与間隔は、約０．５ヶ月〜約５ヶ月である。
【０３６９】
実施形態３３．実施形態２〜１５及び２４〜３２のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞は皮下投与される。
【０３７０】
実施形態３４．実施形態２〜１５及び２４〜３３のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、樹状細胞は、個体当たり、約１×１０６〜約５×１０６個の用量で投与される。
【０３７１】
実施形態３５．いくつかの実施形態では、ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、ｂ）個体に、有効量の活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、個体のがんを治療する方法が提供される。
【０３７２】
実施形態３６．実施形態３５のいくつかの更なる実施形態では、工程（ａ）は、ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む。
【０３７３】
実施形態３７．実施形態３６のいくつかの更なる実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＣＴＬＡ−４からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である。
【０３７４】
実施形態３８．実施形態３５〜３７のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、少なくとも３回個体に投与される。
【０３７５】
実施形態３９．実施形態３８のいくつかの更なる実施形態では、活性化ＰＢＭＣの各投与間隔は、約０．５ヶ月〜約５ヶ月である。
【０３７６】
実施形態４０．実施形態３５〜３９のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、活性化ＰＢＭＣは静脈内投与される。
【０３７７】
実施形態４１．実施形態３５〜４０のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、活性化ＰＢＭＣは、個体当たり、約１×１０９〜約１×１０１０個の用量で投与される。
【０３７８】
実施形態４２．実施形態１〜４１のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、それぞれ約２０〜約４０のアミノ酸長である。
【０３７９】
実施形態４３．実施形態１〜４２のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−Ｉエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む。
【０３８０】
実施形態４４．実施形態１〜４３のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む。
【０３８１】
実施形態４５．実施形態４３又は実施形態４４のいくつかの更なる実施形態では、ＭＨＣ−Ｉエピトープ又はＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドは、Ｎ末端、Ｃ末端、又は両方において、エピトープに隣接する追加のアミノ酸を更に含む。
【０３８２】
実施形態４６．実施形態１〜４５のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループを含む。
【０３８３】
実施形態４７．実施形態１〜４６のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドは、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループを更に含む。
【０３８４】
実施形態４８．実施形態４６又は実施形態４７のいくつかの更なる実施形態では、第１コアグループは、約１０〜約２０個の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む。
【０３８５】
実施形態４９．実施形態４６又は実施形態４７のいくつかの更なる実施形態では、第２グループは、約１〜約１０個のがん種特異的抗原ペプチドを含む。
【０３８６】
実施形態５０．実施形態１〜４９のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、複数の腫瘍抗原ペプチドはネオ抗原ペプチドを含む。
【０３８７】
実施形態５１．実施形態５０のいくつかの更なる実施形態では、ネオ抗原ペプチドは、個体由来の腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルに基づいて選択される。
【０３８８】
実施形態５２．実施形態１〜１５及び２４〜５１のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、がんは、肝細胞がん、子宮頸がん、肺がん、結腸直腸がん、リンパ腫、腎がん、乳がん、膵がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、前立腺がん、上咽頭がん、黒色腫及び脳がんからなる群から選択される。
【０３８９】
実施形態５３．実施形態１〜１５及び２４〜５２のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、この方法は、個体に有効量の免疫チェックポイント阻害剤を投与することを更に含む。
【０３９０】
実施形態５４．実施形態５３のいくつかの更なる実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＣＴＬＡ−４からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である。
【０３９１】
実施形態５５．実施形態１〜１５及び２４〜５４のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、個体は、がん中の突然変異荷重に基づく治療方法に対して選択される。
【０３９２】
実施形態５６．実施形態１〜１５及び２４〜５５のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、個体は、がんにおける突然変異荷重が低い。
【０３９３】
実施形態５７．実施形態５６のいくつかの更なる実施形態では、個体は、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中で低い突然変異荷重を有する。
【０３９４】
実施形態５８．実施形態５６のいくつかの更なる実施形態では、個体は、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中で、約１０ヶ所以下の突然変異を有する。
【０３９５】
実施形態５９．実施形態５６又は実施形態５８のいくつかの更なる実施形態では、個体は、Ｂ２Ｍ中に突然変異を持たない。
【０３９６】
実施形態６０．実施形態５７〜５９のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、個体は、１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子の機能性領域中に突然変異を持たない。
【０３９７】
実施形態６１．実施形態５５〜６０のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、がんの突然変異荷重は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される。
【０３９８】
実施形態６２．実施形態１〜１５及び２４〜６１のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、個体は、がん中に１つ又は２つ以上のネオ抗原を有することに基づく治療方法に対して選択される。
【０３９９】
実施形態６３．実施形態１〜１５及び２４〜６２のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、個体は、少なくとも５つのネオ抗原を有する。
【０４００】
実施形態６４．実施形態６２又は実施形態６３のいくつかの更なる実施形態では、この方法は、がんのネオ抗原を同定することと、ネオ抗原ペプチドを複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、このときネオ抗原ペプチドは、ネオ抗原中のネオエピトープを含む。
【０４０１】
実施形態６５．実施形態６２〜６４のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、ネオ抗原は、個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により同定される。
【０４０２】
実施形態６６．実施形態６５のいくつかの更なる実施形態では、かかる配列決定は、がん関連遺伝子のターゲットシークエンシングである。
【０４０３】
実施形態６７．実施形態６４〜６６のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、この方法は、ネオエピトープのＭＨＣ分子への親和性を測定することを更に含む。
【０４０４】
実施形態６８．実施形態６４〜６７のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、この方法は、ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴ細胞受容体への親和性を測定することを更に含む。
【０４０５】
実施形態６９．実施形態６７又は実施形態６８のいくつかの更なる実施形態では、ＭＨＣ分子はＭＨＣクラスＩ分子である。
【０４０６】
実施形態７０．実施形態６７〜６９のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、ＭＨＣ分子は個体由来である。
【０４０７】
実施形態７１．実施形態１〜１５及び２４〜７０のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、この方法は、活性化Ｔ細胞又は活性化ＰＢＭＣの投与後に個体を観察することを更に含む。
【０４０８】
実施形態７２．実施形態７１のいくつかの更なる実施形態では、この観察は、個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む。
【０４０９】
実施形態７３．実施形態７１又は実施形態７２のいくつかの更なる実施形態では、この観察は、個体において複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む。
【０４１０】
実施形態７４．実施形態７３のいくつかの更なる実施形態では、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、特異的免疫応答に基づいて複数の腫瘍抗原ペプチドが調整される。
【０４１１】
実施形態７５．実施形態７４のいくつかの更なる実施形態では、この治療方法は、複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される。
【０４１２】
実施形態７６．実施形態１〜１５及び２４〜７５のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、個体はヒト個体である。
【０４１３】
実施形態７７．いくつかの実施形態では、（ａ）実施形態１〜１５及び２４〜７６のいずれか１つの方法で、個体を治療することと、（ｂ）その個体からＴ細胞を単離することであって、Ｔ細胞が、複数の腫瘍抗原ペプチド中のある腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する、ことと、（ｃ）そのＴ細胞からＴ細胞受容体をクローニングし、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を提供することと、を含む、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体をクローニングする方法が提供される。
【０４１４】
実施形態７８．実施形態７７のいくつかの更なる実施形態では、個体は、腫瘍抗原ペプチドに対する強い特異的免疫応答を有する。
【０４１５】
実施形態７９．実施形態７７又は実施形態７８のいくつかの更なる実施形態では、Ｔ細胞は、個体のＰＢＭＣサンプルから単離される。
【０４１６】
実施形態８０．実施形態７７〜７９のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、腫瘍抗原ペプチドはネオ抗原ペプチドである。
【０４１７】
実施形態８１．いくつかの実施形態では、実施形態７７〜８０のいずれか１つの方法を用いてクローニングされる、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体が提供される。
【０４１８】
実施形態８２．いくつかの実施形態では、実施形態８１の腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を含む、単離されたＴ細胞が提供される。
【０４１９】
実施形態８３．いくつかの実施形態では、個体に、有効量の実施形態８２の単離されたＴ細胞を投与することを含む、個体のがんを治療する方法が提供される。
【０４２０】
実施形態８４．いくつかの実施形態では、実施形態１６〜２３及び４２〜５１のいずれか１つの方法によって調製される、単離された細胞集団が提供される。
【０４２１】
実施形態８５．いくつかの実施形態では、活性化Ｔ細胞を含む単離された細胞集団が提供され、このとき約１％未満の活性化Ｔ細胞は、制御性Ｔ（ＴＲＥＧ）細胞である。
【０４２２】
実施形態８６．実施形態８４又は実施形態８５のいくつかの更なる実施形態では、単離された細胞集団は、約０．３％〜約０．５％のＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞を含む。
【０４２３】
実施形態８７．実施形態８４〜８６のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、単離された細胞集団は、約６５％〜約７５％のＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞を含む。
【０４２４】
実施形態８８．実施形態８４〜８７のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、単離された細胞集団は、約１６％〜約２２％のＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞を含む。
【０４２５】
実施形態８９．実施形態８４〜８８のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、単離された細胞集団は、約１３％〜約１５％のＣＤ３＋ＣＤ５６＋細胞を含む。
【０４２６】
実施形態９０．実施形態８４〜８９のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、活性化Ｔ細胞は、ｉｎ  ｖｉｖｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで、複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的応答を誘発する能力がある。
【０４２７】
実施形態９１．実施形態９０のいくつかの更なる実施形態では、活性化Ｔ細胞は、複数の炎症性分子を発現する。
【０４２８】
実施形態９２．実施形態９１のいくつかの更なる実施形態では、複数の炎症性分子は、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、グランザイムＢ、又はパーフォリンを含む。
【０４２９】
実施形態９３．実施形態８４〜９２のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、活性化Ｔ細胞は、複数の免疫抑制サイトカインを発現しないか、又はその発現が低い。
【０４３０】
実施形態９４．実施形態９３のいくつかの更なる実施形態では、複数の免疫抑制サイトカインは、ＩＬ−１０又はＩＬ−４を含む。
【０４３１】
実施形態９５．実施形態８４〜９４のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、約５％未満の活性化Ｔ細胞が免疫抑制分子ＰＤ−１を発現する。
【０４３２】
実施形態９６．実施形態８４〜９５のいずれか１つのいくつかの更なる実施形態では、単離された細胞集団中の少なくとも約９０％の細胞は、活性化Ｔ細胞である。
【０４３３】
実施形態９７．いくつかの実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む組成物が提供され、このとき少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのうちそれぞれは、配列番号１〜４０からなる群から選択される、少なくとも１つのエピトープを含む。
【０４３４】
実施形態９８．実施形態５６のいくつかの更なる実施形態では、少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドは、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む。
【実施例】
【０４３５】
本明細書に記載される実施例は、以下の実験が実施された全ての又は唯一の実験であることを示すことを意図していない。使用された数値（例えば、量、温度など）についての精度を確実にする取り組みがなされているが、ある程度の実験誤差及び偏差は考慮されなくてはならない。別途記載のない限り、部は重量部であり、分子量が重量平均分子量であり、温度は摂氏度であり、圧力は大気圧又は大気圧近傍下である。
【０４３６】
実施例１−ＨＣＣ治療における、ＭＡＳＣＴの臨床的及び機構的試験
緒言
肝細胞がん（ＨＣＣ）は、死亡率が高いがんの１つで、慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染症の中国人患者において、高頻度で発症する。切除、肝移植、肝動脈化学塞栓術（ＴＡＣＥ）などの現在の標準的治療（ＳＯＣ）は、患者の生存期間を改善できるものの、ＨＣＣの治癒はまれであり、再発及び転移のリスクが高い。この試験では、ＨＣＣを患っており、かつＨＢＶに同時感染している中国人患者群に、ＭＡＳＣＴ法を適用した。
【０４３７】
ＭＡＳＣＴ法の実施形態に従って、複数の腫瘍抗原によって活性化した自家Ｔ細胞を、患者のＰＢＭＣからｅｘ  ｖｉｖｏで調製し、患者に点滴投与した。ＭＡＳＣＴ計画に沿って、患者の自家Ｔ細胞レパートリー由来の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞を、関連する腫瘍抗原ペプチドを用いて選択的に活性化し、増幅した。このことによって、得られた細胞が、健康組織に対して交差反応を示さずに、腫瘍細胞を特異的に認識することを確実になるが、これは、これらのＴ細胞が、胸腺における中枢性選択に耐えているためであり、胸腺では、宿主にとって有害な、強い自己反応性を示す全てのＴ細胞が排除されている。我々は、活性化Ｔ細胞が、ｉｎ  ｖｉｖｏで、エフェクターＴ細胞及びメモリーＴ細胞の両方を含むＨＣＣ特異的Ｔ細胞の増殖を引き起こし、ＨＣＣ患者の無増悪転帰を改善したことを見いだした。
【０４３８】
結果
製造プロセス及びＭＡＳＣＴの特徴
ＭＡＳＣＴ細胞療法の細胞製造プロセスを図２Ａに示す。簡潔に言えば、患者のＰＢＭＣから単離された単球から分化された未熟樹状細胞（ｉＤＣ）を、腫瘍抗原ペプチドプールでパルス適用し、ＴＬＲアゴニストの助けを借りて成熟ＤＣ（ｍＤＣ）にした。同一原料のＰＢＭＣ由来の自家Ｔ細胞を、サイトカイン中で維持し、その後上記のように調製したｍＤＣと共に、更に７〜１０日間共培養した。抗原ペプチドプールは、ＨＣＣ患者のがん性肝細胞で過剰発現している複数の腫瘍関連抗原を含んでいた。これらの一部は、既に臨床試験で使用された（図２Ｂ）（１〜１５）。ＨＣＣ抗原ペプチドプールは、ＨＣＣなどの多くの種類の腫瘍細胞中で過剰発現している１０種の腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）、例えば、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、がん胎児性抗原（ＣＥＡ）など、並びに、一般にＨＣＣ患者のがん性肝細胞で発現している、αフェトプロテイン（ＡＦＰ）及びグリピカン−３（ＧＰＣ３）という名称の２種のＨＣＣ特異的抗原を含んでいた。中国におけるＨＣＣ患者は、殆どが慢性Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染と関連しているため、ＨＢＶコア抗原及びＨＢＶ  ＤＮＡポリメラーゼという名称の２種のＨＢＶ関連抗原も、ペプチドプールに含まれていた。更に、２０〜４０のアミノ酸長を有し、クラスＩ及びクラスＩＩ両方のＨＬＡ分子に対する、いくつかの予め同定されたＴ細胞認識エピトープ（図２Ｃ）を含む、ペプチドをそれぞれ合成した。これらのペプチドは、ＧＭＰ条件下で化学的に合成した。
【０４３９】
実験は、ペプチドが、ｉＤＣによって効率的に内部移行され、元々はサイトゾル中に局在しておって（図３）、結果としてＭＨＣ  Ｉ分子による交差提示を促進することを示した。Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）リガンドで刺激後、ｍＤＣは、完全な免疫機能特性、特にＩＬ１２の高レベル分泌を示した（図４Ａ〜Ｂ）。
【０４４０】
共培養後、得られたＴ細胞は、中央値、８．９×１０７個（範囲、５×１０７〜１．６×１０８個）〜中央値、６．２×１０９個（範囲、４．１×１０９〜９×１０９個、図５Ａ）まで、少なくとも４５倍増殖していた。得られた細胞は、ほとんどがＣＤ３＋Ｔ細胞（９５％±１％）で、主な表現型がＣＤ３＋ＣＤ８＋（７０％±５％）、ごく一部がＣＤ３＋ＣＤ４＋（１９％±３％）及びＣＤ３＋ＣＤ５６＋（１４％±１％）であるが、ＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋制御性Ｔ細胞（ＴＲＥＧ、０．４％±０．１％）はほとんどなかった（図５Ｂ）。
【０４４１】
得られたＴ細胞の免疫学的機能
得られたＴ細胞のサブセット解析により、患者から単離された非活性化Ｔ細胞（図５Ｅ）と比較して、主なサブセットであるＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞、並びに、少量のサブセットであるＣＤ３＋ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞及びＣＤ３＋ＣＤ５６＋ＮＫＴ細胞（１６）（ＩＦＮγ、ＴＮＦα、及びグランザイムＢの共発現を特徴とする）（図５Ｃ、Ｄ）における、多機能特性が明らかとなった。ＩＦＮγ及びＴＮＦαなどの炎症性サイトカインも、得られた細胞の上清中に見いだされたが、わずかなＩＬ１０及びＩＬ４などの免疫抑制サイトカインが検出された（図６Ａ）。他の研究者（１７、１８）及び我々は、ＨＣＣ患者由来の表面上に免疫抑制分子ＰＤ−１を発現しているＣＤ３＋ＣＤ８＋及びＣＤ３＋ＣＤ４＋サブセットのＴ細胞両方の出現頻度が、健康なドナーと比較して高いことを確認しており、ＨＣＣ患者におけるＴ細胞の消耗を示唆している（図６Ｂ〜Ｃ）。しかしながら、このＴ細胞の免疫寛容状態は、複数の腫瘍抗原でパルス適用するＤＣの刺激によって、ＣＤ３＋ＣＤ８＋Ｔ細胞サブセット（ｎ＝７、ｐ＝０．０２）及びＣＤ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞サブセット（ｎ＝７、ｐ＜０．０１）の両方において有意に回復できた（図６Ｄ〜Ｅ）。更に、ＨＬＡ−Ａ２＋患者から生成した活性化Ｔ細胞は、ＨＬＡ−Ａ２＋ＨＣＣ細胞株ＨｅｐＧ２に対して、ＨＬＡ−Ａ２−Ｈｕｈ−７細胞よりも優れた細胞傷害性活性を呈しており、ＨＬＡ拘束性の死滅を示唆している。ＨＬＡ−Ａ２−患者（ｎ＝７）から生成して得られたＴ細胞が、ＨＬＡ−Ａ２＋及びＨＬＡ−Ａ２−ＨＣＣ細胞株の両方に対して同様の細胞傷害性活性を呈したが、これは、ＣＤ３＋ＣＤ５６＋ＮＫＴ細胞によって行われる非特異的死滅に寄与し得る（図６Ｆ）。
【０４４２】
ＨＣＣ患者における、ＭＡＳＣＴ誘発抗原特異的免疫応答
ＭＡＳＣＴ治療が、ＨＣＣ患者の免疫環境に改善をもたらし得るかを調べるため、患者のＰＢＭＣ中のＴＲＥＧの出現頻度を測定したところ、ＭＡＳＣＴを３回適用後に、これらの細胞の有意な下方制御が判明した（図１１Ａ）。また、無関係のペプチドによる刺激と比較して、ペプチドプールによる刺激後に、患者のＰＢＭＣ中の腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の増殖（図１１Ｂ）及びＩＦＮγ生成（図１１Ｃ）も検出した。更に、無関係のペプチドで刺激したＰＢＭＣと比較して、ＨＣＣ−抗原ペプチドプールで刺激後に、ＨＣＣ患者のＰＢＭＣ（ｎ＝６）の応答が有意に増加していることを観察した（抗原特異的増殖：ｐ＝０．０２７；抗原特異的ＩＦＮγ産生：ｐ＝０．０２４、図１１Ｂ及び１１Ｃ）。ＩＦＮγを産生するＨＣＣ特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は、その表面上にＣＤ２７及びＣＤ２８も共発現しており（図１１Ｄ）、免疫記憶表現型の獲得可能性が高いことを示唆している（１９、２０）。更に、ＨＣＣ抗原特異的Ｔ細胞増殖及びＩＦＮγ産生がＭＡＳＣＴ治療中に誘導又は増強されたかを調べるため、３回のＭＡＳＣＴ治療前及び後の患者のＰＢＭＣの免疫応答を比較した。この結果は、これらのＨＣＣ特異的Ｔ細胞増殖及びＩＦＮγ産生が安定しており、複数回のＭＡＳＣＴ治療後に、患者において徐々に蓄積される免疫応答が検出されたことを示す（図１１Ｅ及び１１Ｆ）。したがって、ＭＡＳＣＴ治療をした患者では、ＴＲＥＧの下方制御及び腫瘍特異的Ｔ細胞の上方制御の両方が検出され、ＭＡＳＣＴ治療後のＨＣＣ患者における免疫環境の改善が示された。
【０４４３】
プール中の各抗原ペプチドに対するＭＡＳＣＴ誘発免疫応答
プール中の各種腫瘍抗原ペプチドに対する特異的応答を更に調べるため、ＭＡＳＣＴ細胞療法を複数回治療した後の６人のＨＣＣ患者（全員がＨＢＶ＋であった）由来のＰＢＭＣを単離し、個々の抗原ペプチドで刺激した。ＩＦＮγの産生は、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって測定した。腫瘍抗原ペプチドに対する特異的応答は、６人の患者全て（ＨＢＶ＋）において明らかに上昇したが、一方、各抗原ペプチドに対する特異的免疫応答パターンは異なっていた。多くの患者が、ＣＥＡ（５／６）、ＨＢＶコア抗原（５／６）サバイビン（４／６）、ＶＥＧＦＲ（４／６）、ＡＦＰ（４／６）、ＧＰＣ３（４／６）及びＨＢＶ  ＤＮＡポリメラーゼ（４／６）に応答した。しかし、より少ない患者が、ｐ５３（２／６）、ＣＣＤＮ１（２／６）及びＭＥＴ（１／６）に応答し（図１２Ａ）、これは、腫瘍における抗原発現の多様性と、異なる患者における免疫環境の可変性に起因し得る。しかしながら、ＭＡＳＣＴ細胞療法を受けなかった患者（ｎ＝５）において、これらの腫瘍抗原に対する免疫応答はほとんど見られなかった（図１２Ｂ）。更に、ＭＡＳＣＴ細胞療法による治療中の、２人のＨＣＣ患者（Ｂステージ）における免疫応答の動的変化を長期的に調べ、腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答が徐々に増加し、２人の患者における免疫応答パターンが異なっていることを発見した（図１２Ｃ、１２Ｄ）。最後のＭＡＳＣＴ治療後４ヶ月を超えて、患者におけるＴ細胞の腫瘍抗原特異的応答を検出することができ（データ示さず）、メモリーＴ細胞による長期免疫応答の確立が示唆された。腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のレベル上昇及びＴＲＥＧのレベル減少の両方が、患者の臨床転帰の改善につながり得る。
【０４４４】
ＭＡＳＣＴの臨床上の利点の中間解析
ＭＡＳＣＴ細胞療法の臨床上の利点を調査するため、ＨＣＣ患者のがんの進行状況を後ろ向きに調べた。２０１２年から現在まで、１００人の患者がＢステージのＨＣＣであると診断された（図７Ａ）。全患者のうち、３３人が少なくとも１年間継続して治療されていたため、これらの症例を更に解析した。これらのうち、１５人は、切除、ＴＡＣＥ及びＲＦＡなどのＨＣＣに対する従来治療のみを受けていた（図８Ａ）。一方の１６人の患者は、標準的治療に加えてＭＡＳＣＴ細胞治療を受けていた。これらのうち、１３人の患者が、従来治療と組み合わせた１〜３ヶ月毎の反復ＭＡＳＣＴ細胞治療（≧３）を受けており（図９Ａ）、単回ＭＡＳＣＴ細胞療法のみを受けた３人の患者は、反復治療のプロトコールに従わなかったため、更に解析を行わなかった。各治療中、２〜５×１０７個の細胞／ｋｇ体重（又は少なくとも１×１０９個／人）を注入した。明らかな毒性は見られなかった。腫瘍が、コンピューター断層撮影（ＣＴ）法によって再発、増殖、又は転移として検出された場合、患者をＰＤ（進行）と評価した。診断から疾患の進行までの時間と受けた治療法を示した。腫瘍が進行性でなかった場合、診断１年後の時点の患者の評価、並びに、１年間全体で受けた治療を示した。１人の患者は１年の評価がなく、もう１人の患者は疾患が進行するまで何らかの治療を受けていなかったため、２人の患者を解析から除外した。１人の患者のみ（ｎ＝１３、ＰＤ：７．６９％）が進行したため、複数回治療のＭＡＳＣＴ細胞療法を受けた患者の疾患進行の発生率は有意に低下した（ｐ＜０．０００１）（表１）。従来療法のみを受けた患者の疾患の進行までの平均期間は、より短かった（中央値：６ヶ月）が、各患者が受けた治療の平均回数は比較的高かった（１１ヶ月、表１及び図１０Ａ）ことも判明した。更に、単回ＭＡＳＣＴ細胞療法は、この患者コホートにおいて無増悪転帰をなんら改善できなかった（データ示さず）ことから、より良好な臨床転帰の原因となるのは、ＨＣＣ患者における複数回のＭＡＳＣＴ細胞治療に起因し、注入した活性化Ｔ細胞の総量に関連し得ることが示唆された。
【０４４５】
【表１】
2018512380.tif 000003
ＮＡ：データなし；ＮＴ：試験せず；ａ：フィッシャーの正確確率検定（両側）による解析；ｂ：ピアソンのカイ二乗検定（両側）
【０４４６】
我々の試験は、腫瘍抗原に対するＴ細胞の特異的応答を、ｉｎ  ｖｉｖｏで安定的に増加させることができることを初めて証明し、ＭＡＳＣＴ細胞療法が、ＨＣＣ患者の免疫機能と臨床転帰を改善する安全かつ実用的な免疫療法であることを示唆する。
【０４４７】
ＭＡＳＣＴの臨床上の利点の第２解析
２０１２年以降に診断され、継続的に治療され（ＭＡＳＣＴの有無）、かつ、１年を超えて定期的にフォローアップされた、ステージＢのＨＣＣ患者の疾患制御率（ＤＣＲ）を後ろ向きに調べた（図７Ｂ及び表２）。医療記録の確認により、１７人の患者が、切除、ＴＡＣＥ、及びＲＦＡ（高周波アブレーション）などの従来治療（Ｃｏｎ群）を受けていたことがわかった（図８Ｂ）。一方、１５人の患者が、従来治療に加え、２〜３ヶ月毎にＭＡＳＣＴ治療（≧３）を繰り返し受けていた（Ｃｏｎ群＋ＭＡＳＣＴ、図９Ｂ）。これら１５人の患者は、治療前後に定期的な血液検査及び血液生化学的検査が実施されていた。また、皮疹、疲労、発熱、下痢、貧血、血小板減少、又はその他任意の重篤な副作用は報告されておらず、ＭＡＳＣＴの良好な認容性を示している。診断１年後、Ｃｏｎ群＋ＭＡＳＣＴのＤＣＲは８０％（１５人のうち１２人）であり、全奏功の４人の患者（１人の患者がＣＲ、３人の患者がＰＲ）、及び安定の８人の患者（ＳＤ）を含んだ。このＤＣＲは、Ｃｏｎ群のＤＣＲ（１７．６５％）（１７人の患者のうち３人のみが制御疾患を示した）よりも有意に良好であった（ｐ＜０．０００１）（表２及び図９Ｂ）。更に、両群においてＰＤと評価された患者について、疾患の進行までの期間の中央値を調べ、その期間が、Ｃｏｎ群＋ＭＡＳＣＴ患者（１１ヶ月）において、Ｃｏｎ群（６ヶ月）より長いことがわかった。Ｃｏｎ群の平均回数（３．７１）と比較して、Ｃｏｎ群＋ＭＡＳＣＴの各患者が受けた従来治療の平均回数は２．６であった（図１０Ｂ）これらのデータは、ＭＡＳＣＴ治療が、ステージＢのＨＣＣ患者に臨床上の利点をもたらすことを明らかに示した。
【０４４８】
【表２】
2018512380.tif 000004
ａ：フィッシャーの正確確率検定（両側）による解析；ｂ：ピアソンのカイ二乗検定（両側）
【０４４９】
材料及び方法
患者
ＭＡＳＣＴ細胞療法を受けたＮａｎｆａｎｇ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙの肝疾患科のＨＣＣ患者は、治療前に、インフォームドコンセントに署名をしなければならない。これらの患者全てが、１〜３ヶ月毎に、５〜１０×１０７個／ｋｇ体重の得られたＴ細胞の注入を受けた。適格な組み入れ基準：年齢２５〜８０才、Ｅａｓｔｅｒｎ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｇｒｏｕｐ（ＥＣＯＧ）の活動状態のスコアが２以下、余命３ヶ月超、及び、重篤な心血管疾患、自己免疫疾患がなく、又は妊娠していないこと。
【０４５０】
中間解析試験デザイン
Ｎａｎｆａｎｇ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙの肝疾患科のコンピューター化データベースから、ＨＣＣ患者の医療記録を確認した。このデータベースは、年齢、性別、腫瘍の特徴、ＢＣＬＣステージ、治療法、及び転帰についての詳細を含む、患者の臨床病理学的情報が記録されていた。１００人のＢステージのＨＣＣ患者は、２０１２以降にこの診療科で診断された。これらのうち、３３人の患者が、少なくとも１年間この診療科で継続的に治療されていたため、この試験に組み入れられた。これらのうち、１回のみＭＡＳＣＴ細胞療法のみを受けた３人の患者は、反復治療のプロトコールに従わなかったため、更に解析を行わなかった。残りの患者（ｎ＝３０）を、患者の選択によって２つの治療群のうち１つに割り付け、群１の患者は、標準的治療法のみを受け、一方群２の患者は、複数回のＭＡＳＣＴ細胞療法と組み合わせた標準治療を受けた。１年の評価がなかったため、群１（ｎ＝１３）の１人の患者を除外した。疾患が進行するまで何らかの治療を受けていなかったため、群２（ｎ＝１５）の別の患者を除外した。これら２群の患者の特徴を、図８Ａ及び図９Ａに示す。主要評価項目は、１年間で進行（ＰＤ）した患者の割合と、ＰＤまでの期間を調べることとした。この試験は、ＮａｎｆａｎｇＨｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙの倫理委員会によって承認された。
【０４５１】
中間解析における安全性評価項目
複数回のＭＡＳＣＴ細胞療法を受けた１５人の患者について、それぞれＭＡＳＣＴ細胞療法治療前後に定期的な血液検査及び血液生化学的検査を実施した。白血球数、好中球数及びリンパ球数などの炎症関連指標に有意差は見られなかった。ＡＳＴ、ＡＬＴ及び総ビリルビンなどの様々な肝機能関連指標も明らかに検出されなかった。更に、皮疹、疲労、発熱、下痢、貧血及び血小板減少は見られなかった。
【０４５２】
第２の後ろ向き解析
第２の後ろ向き解析中は、Ｎａｎｆａｎｇ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙの肝疾患センターのコンピューター化データベースから、患者の医療記録を使用した。このデータベースは、年齢、性別、腫瘍の特徴、ステージ、治療法、及びＲＥＣＩＳＴ評価などの、患者の臨床病理学的情報が記録されていた。２０１２以降にステージＢのＨＣＣと診断され、継続的に治療され、かつ少なくとも１年間このセンターで定期的にフォローアップされた、患者のＤＣＲを解析した（図７Ｂ）。この基準に合致した患者は合計５３人であった。これらのうち、１７人の患者は、ＳＯＣを受けたがＭＡＳＣＴは受けておらず、Ｃｏｎ群に分類した。別の３６人のステージＢのＨＣＣ患者は、従来治療に加えてＭＡＳＣＴを受けていた。しかしながら、これらのうち２１人は、１年間のＭＡＳＣＴの反復治療（≧３）の条件を満たさなかったため、除外された。残りの１５人の患者をＣｏｎ群＋ＭＡＳＣＴに分類した。これら２群の患者の特徴を、図８Ｂ及び図９Ｂに示す。Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ  Ｉｎ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒｓ（ＲＥＣＩＳＴ  ｖ１．１）に従って、コンピューター断層撮影（ＣＴ）法によって、患者を完全奏功（ＣＲ）、部分奏功（ＰＲ）、安定（ＳＤ）、又は進行（ＰＤ）と判定した。主要目的は、診断１年後のステージＢのＨＣＣ患者の疾患制御率を調査することであった。この試験は、Ｎａｎｆａｎｇ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙの倫理委員会によって承認された。
【０４５３】
細胞の調製
Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ（Ｎｙｃｏｍｅｄ  Ｐｈａｒｍａ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）での密度勾配遠心分離によって、ＨＣＣ患者から末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を得た。接着単球を、１０００Ｕ／ｍＬ  ＧＭ−ＣＳＦ及び５００Ｕ／ｍＬ  ＩＬ−４を含むＡＩＭ−Ｖ培地で継続して培養し、未熟樹状細胞（ＤＣ）に分化させた。得られた未熟ＤＣに、複数の腫瘍抗原ペプチドプール（１μｇ／ｍＬ／ペプチド）、続けてＴＬＲアゴニストをパルス適用し、成熟ＤＣに分化させた。一方、非接着ＰＢＭＣは、抗ＣＤ３（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）及びインターロイキン−２（ｒＩＬ−２；Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）を含むＡＩＭ−Ｖ培地で維持し、次に、サイトカインの存在下で、成熟ＤＣと７〜１４日間（例えば７〜１０日間、又は９〜１３日間）共培養した。患者は、１〜３ヶ月毎に、５〜１０×１０７個／ｋｇ体重の得られたＴ細胞の注入を受けた。
【０４５４】
免疫蛍光法
樹状細胞（ＤＣ）をチャンバースライド（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，ＵＳＡ）中で培養し、リポソーム封入した、又はしていない、ＦＩＴＣで標識したペプチドをパルス適用した。２時間後、ＤＣをＤＡＰＩ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ）及びＬＹＳＯＴＲＡＣＫＥＲ（商標）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ）で標識し、それぞれ核及びリソソームを同定した。蛍光像を、共焦点レーザー走査型顕微鏡（ＴＣＳ  ＳＰ５ＩＩ、Ｌｅｉｃａ，Ｅｒｎｓｔ−Ｌｅｉｔｚ−Ｓｔｒａｓｓｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて記録した。
【０４５５】
フローサイトメトリー
細胞表面染色のための抗体は、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから入手した（抗ヒトＣＤ３−ＰＥ、ＣＤ３−ＦＩＴＣ、ＣＤ８−ＰｅｒＣＰ、ＣＤ８−ＡＰＣ、ＣＤ５６−ＰＥ、ＮＫＧ２Ｄ−ＡＰＣ、ＣＤ４−ＦＩＴＣ、ＣＤ４−ＰｅｒＣＰ、ＣＤ１０７ａ−ＦＩＴＣ、ＣＤ２５−ＡＰＣ、ＣＤ４５ＲＯ−ＦＩＴＣ、ＣＤ２７−ＰｅｒＣＰＣＹ５．５、ＣＤ５７−ＡＰＣ、ＣＣＲ７−ＰＥ、ＰＤ−１−ＰＥ）。単球及び樹状細胞表面染色のための抗体も、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから入手した（抗ヒトＣＤ１４−ＡＰＣ、ＣＤ８０−ＰＥ、ＣＤ８３−ＡＰＣ、ＣＤ８６−ＦＩＴＣ、ＨＬＡ−ＤＲ−ＦＩＴＣ）。細胞内サイトカイン染色のための抗体は、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから入手した（抗ヒトＩＦＮ−γ−ＡＰＣ、ＴＮＦ−α−ＰＥＣＹ７、グランザイムＢ−ＦＩＴＣ、ＦｏｘＰ３−ＰＥ）。細胞内サイトカイン染色は、ｃｙｔｏｆｉｘ／ｃｙｔｏｐｅｒｍ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて細胞を固定し、透過処理を行うことによって実施した。フローサイトメトリーは、ＦＡＣＳ  ＣａｎｔｏＩＩ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）フローサイトメーターを用いて実施し、データはＦｌｏｗｊｏプログラムで解析した。
【０４５６】
サイトカイン検出のためのＥＬＩＳＡ
成熟ＤＣ又は培養したＴ細胞の上清を、遠心分離して微粒子状残渣を除去し、使用するまで−８０℃で保存した。ＩＬ−１２ｐ７０及びＩＬ−１０を、特異的ＥＬＩＳＡキット（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）により、製造業者のプロトコールに従って測定した。ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α及びＩＬ−４は、Ｐｒｏｃａｒｔａ  Ｐｌｅｘ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）によって検出した。
【０４５７】
機能性及び細胞傷害性研究
ＨｅｐＧ２又はＨｕｈ７を、１０％不活化ウシ胎児血清、１００Ｕ／ｍＬペニシリン、１００μｇ／ｍＬストレプトマイシン、Ｇｌｕｔａｍａｘ、ＭＥＭ  ＮＥＡＡ（Ｇｉｂｉｃｏ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を加えたＤＭＥＭ中で培養した。細胞傷害性アッセイを製造業者のマニュアル通りに実施した。ＨｅｐＧ２又はＨｕｈ７細胞をＤ−ＰＢＳ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で洗浄し、患者のエフェクターＴ細胞と共に、ＡＩＭ−Ｖ中で、４時間、９６ウェルの丸底プレート中三つ組で、エフェクター：標的（Ｅ：Ｔ）比を４０：１として共培養した。細胞傷害性は、溶解後に放出された最大ＬＤＨの割合で示され、Ｃｙｔｏｔｏｘ  ９６アッセイキット（Ｐｒｏｍｅｇａ  Ｇ１７８０，Ｃａｎａｄａ）で測定した。
【０４５８】
抗原特異的Ｔ細胞の増殖アッセイ及びＩＦＮγ産生
患者由来のＰＢＭＣを、５０Ｕ／ｍＬ  ＩＬ−２を含むＡＩＭ−Ｖ培地中にプレーティングし（１×１０６個／ウェル）、１０μｇ／ｍＬのペプチドプールで３日間刺激した。特異的Ｔ細胞の増殖割合を判定するため、Ｃｌｉｃｋ−ｉＴ  ＥｄＵ  Ａｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４８８  Ｆｌｏｗ  Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙアッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に記載されるようにＦＡＣＳ分析を実施した。また、特異的Ｔ細胞のＩＦＮγ産生は、細胞内サイトカイン染色及びＦＡＣＳ分析によっても検出した。１０μｇ／ｍＬの無関係のペプチドとインキュベートしたＰＢＭＣを、陰性対照として使用した。これらの結果は、特異的ペプチド群：無関係のペプチド群によって計算される、倍率値として示した。
【０４５９】
ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ
患者由来のＰＢＭＣを、細胞培養プレートにおいて、任意のサイトカインを含まないＡＩＭ−Ｖ培地中にプレーティング（１×１０６個／ウェル）し、それぞれ無関係のペプチド、ＭＡＳＣＴ抗原ペプチドプール、及び個々の抗原ペプチドで、４８時間更に刺激した。次に、ＩＦＮγ検出のため、ＰＢＭＣを９６ウェルのＥＬＩＳＰＯＴアッセイプレート（Ｕ−ＣｙＴｅｃｈ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）に移した。ＰＢＭＣを、ペプチドで更に１６時間刺激した。ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを行い、製造業者の説明書に従って分析した。スポット形成単位の数は、コンピューターを使った画像解析ソフトウェア（ＣｈａｍｐＳｐｏｔ；Ｓａｉｚｈｉ）で判定した。応答は、１０５個のＰＢＭＣ／ウェル当たりのスポット形成単位として示された。結果を、無関係のペプチドによる刺激に対する特異的ペプチドによる刺激の比によって計算される、ＩＦＮγ−産生倍率値として示した。
【０４６０】
考察
養子細胞療法（ＡＣＴ）は、がん患者、特に、手術、放射線療法、及び化学療法などの従来のがん治療法による治療に失敗した患者を治療するための、効果的な代替療法として最近広く受け入れられている。腫瘍特異的ＴＩＬは、５０％超の全奏功率［２１］で転移性黒色腫患者の治療に成功しているが、抗ＣＤ１９ＣＡＲ改変Ｔ細胞は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）及び急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）の両方において顕著な臨床上の利点を示しており［２２、２３］、腫瘍特異的Ｔ細胞を用いるＡＣＴは、依然として大きな課題に直面している。腫瘍環境において、特定の腫瘍抗原をその表面に発現し、提示している腫瘍細胞は、特定の腫瘍抗原のエピトープを特異的に認識する腫瘍浸潤Ｔ細胞によって標的とされ得る。認識後、Ｔ細胞は、パーフォリン及びグランザイムＢなどの細胞傷害性因子、並びに、ＩＦＮγ及びＴＮＦαなどの機能性サイトカインを放出し、腫瘍細胞を溶解する。しかしながら、がん患者中では、免疫学的監視の機構が停止する可能性が高い。ＴＲＥＧなどの阻害細胞の数が多いこと、腫瘍特異的ＴＩＬに欠けること、及び腫瘍細胞中の腫瘍抗原発現がないことの全てが、失敗に関与し得る。
【０４６１】
ここでは、患者のＰＢＭＣから、複数の腫瘍抗原活性化Ｔリンパ球をｅｘ  ｖｉｖｏで調製することによる、新規かつ実用的な戦略のＭＡＳＣＴを提唱している。ＭＡＳＣＴ戦略では、腫瘍抗原タンパク質又は腫瘍溶解液の代わりに長鎖抗原ペプチドを用いた。我々は、特定の腫瘍抗原発現の損失に起因する腫瘍細胞の免疫逃避をより効率的に予防できる、Ｔ細胞の複数の腫瘍抗原エピトープによる同時刺激を実証した。この試験では、複数回のＭＡＳＣＴ治療後に、異なるＨＣＣ患者において、各種腫瘍抗原に対する特異的Ｔ細胞応答の異なるパターンが観察された。これは、抗原発現及び提示の多様性、並びに、腫瘍の微小環境の可変性によるものと思われる。この現象は、単一の腫瘍抗原の代わりに、腫瘍細胞を標的とする複数の抗原を使用する必要性も示唆している。更に、各腫瘍抗原ペプチドは、様々な種類のＨＬＡサブタイプを有する患者で、ＤＣ上にクラスＩ及びクラスＩＩ  ＨＬＡ分子の両方の提示を可能にする、２０〜４０個のアミノ酸を含めるように設計された。実際に、Ｔ細胞増殖アッセイ及びＩＦＮγ刺激アッセイの両方によって、異なるＨＣＣ患者中の腫瘍抗原に対する特異的免疫応答、並びに、複数回のＭＡＳＣＴ治療後に、患者のＰＢＭＣ中ＴＲＥＧの減少を観察した。また、これらの免疫応答は、複数回のＭＡＳＣＴ治療中に徐々に増強され、反復治療が、より良好な臨床転帰と関連し得ることを示している。
【０４６２】
世界中で２億４千万人（その１０分の１の集団が中国）が、ＨＢＶに慢性的に感染しており、後年のＨＣＣ発症のリスクが高いことが報告されている。効果的な従来療法が少なく、中国におけるＨＣＣは、罹患率及び死亡率が高いがんの一種である。この問題の解決を試みて、ＨＣＣ患者にＭＡＳＣＴを応用し、ＭＡＳＣＴ及び従来療法の組み合わせ治療による患者の臨床転帰の改善を意図して、腫瘍抗原及びＨＢＶ関連抗原に対する特異的Ｔ細胞応答を刺激した。後ろ向き解析によって、複数回のＭＡＳＣＴ治療を受けた後の、ステージＢのＨＣＣ患者の臨床効果を調べた。１年間のＤＣＲは、対照群と比較して、従来療法と組み合わせて２〜３ヶ月毎にＭＡＳＣＴで治療された患者群（Ｃｏｎ群＋ＭＡＳＣＴ）では有意に増加していた（１７．６５％対８０％）。１年目に疾患制御を示したＣｏｎ群＋ＭＡＳＣＴから１２人の患者について、診断後２年間のＤＣＲを更に解析した。疾患経過が２年未満である２人の患者を除き、１０人のうち９人の患者において、依然として疾患制御が示された（データ示さず）。
【０４６３】
我々の試験は、腫瘍抗原に対するＴ細胞の特異的応答が、ＭＡＳＣＴによって、ｉｎ  ｖｉｖｏで強く誘導され、増加され得ること、及び、ＭＡＳＣＴ治療が、ＨＣＣ患者の免疫機能及び疾患制御の両方を改善する認容性が良好な免疫療法であることを初めて証明した。同じ原理及び方法で、ＨＣＣ患者に対する前向き（perspective）無作為化臨床試験（ＮＣＴ０２０２６３６２）が進行中であり、同様に別の腫瘍についても探索されている。更に、抗ＰＤ１抗体療法が、異なる種類のがんにおいて、平均２０％の患者に臨床上の利点のみをもたらすことから、ＭＡＳＣＴ治療が、抗ＰＤ１抗体などの免疫チェックポイント阻害療法と組み合わせできることも推測される。８０％の無応答患者は、予め存在している腫瘍特異的Ｔ細胞が十分でないと考えられ、ＭＡＳＣＴ治療によって助けることができる場合がある。
【０４６４】
参考文献
１．Ａ．Ｊ．Ｇｅｈｒｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  １３７，６８２（２００９）。
２．Ｅ．Ｍｉｚｕｋｏｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ４３，１２８４（２００６）。
３．Ｖ．Ｒ．Ｃｉｃｉｎｎａｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  １１９，２８５１（２００６）。
４．Ｓ．Ｉｄｅｎｏｕｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １１，１４７４（２００５）。
５．Ｔ．Ｉｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ３１，１０８０（２０００）。
６．Ｊ．Ｌ．Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６５，９４８（２０００）。
７．Ｊ．Ｌ．Ｍａｒｓｈａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２３，７２０（２００５）。
８．Ｓ．Ｗａｌｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ  Ｍｅｄ  １８，１２５４（２０１２）。
９．Ｎ．Ｎｉｓｈｉｄａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５４，３１０７（１９９４）。
１０．Ｋ．Ｓｃｈａｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １０，３６５８（２００４）。
１１．Ｃ．Ｎ．Ｂｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １３，３３４７（２００７）。
１２．Ｈ．Ｓｕｚｕｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｔｒａｎｓｌ  Ｍｅｄ  １１，９７（２０１３）。
１３．Ｌ．Ｈ．Ｂｕｔｔｅｒｆｉｅｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １２，２８１７（２００６）。
１４．Ｈ．Ｋｏｍｏｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １２，２６８９（２００６）。
１５．Ａ．Ｊ．Ｇｅｈｒｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，ＪＨｅｐａｔｏｌ  ５５，１０３（２０１１）。
１６．Ｊ．Ｙｕａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ  １０５，２０４１０（２００８）。
１７．Ｂ．Ｍａｒｔｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｈｅｐａｔｏｌ（２０１４）。
１８．Ａ．Ｓｃｈｕｒｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ５３，１４９４（２０１１）。
１９．Ａ．Ｇ．Ｃｈａｐｕｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  Ｕ  Ｓ  Ａ  １０９，４５９２（Ｍａｒ  ２０，２０１２）。
２０．Ｄ．Ｊ．Ｐｏｗｅｌｌ，Ｊｒ．，Ｍ．Ｅ．Ｄｕｄｌｅｙ，Ｐ．Ｆ．Ｒｏｂｂｉｎｓ，Ｓ．Ａ．Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ，Ｂｌｏｏｄ  １０５，２４１（２００５）。
２１．Ｒｅｓｔｉｆｏ  ＮＰ，Ｄｕｄｌｅｙ  ＭＥ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ  ＳＡ．Ａｄｏｐｔｉｖｅ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ：ｈａｒｎｅｓｓｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ．Ｎａｔｕｒｅ  ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ２０１２；１２：２６９〜２８１。
２２．Ｐｏｒｔｅｒ  ＤＬ，Ｌｅｖｉｎｅ  ＢＬ，Ｋａｌｏｓ  Ｍ，Ｂａｇｇ  Ａ，Ｊｕｎｅ  ＣＨ．Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ−ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  ｃｈｒｏｎｉｃ  ｌｙｍｐｈｏｉｄ  ｌｅｕｋｅｍｉａ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２０１１；３６５：７２５〜７３３。
２３．Ｇｒｕｐｐ  ＳＡ，Ｋａｌｏｓ  Ｍ，Ｂａｒｒｅｔｔ  Ｄ，Ａｐｌｅｎｃ  Ｒ，Ｐｏｒｔｅｒ  ＤＬ，Ｒｈｅｉｎｇｏｌｄ  ＳＲ，ｅｔ  ａｌ．Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ−ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｆｏｒ  ａｃｕｔｅ  ｌｙｍｐｈｏｉｄ  ｌｅｕｋｅｍｉａ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２０１３；３６８：１５０９〜１５１８。
【０４６５】
実施例２−ＭＡＳＣＴで治療された転移性子宮頸がん患者の症例研究及び腫瘍特異的Ｔ細胞受容体のクローニング
子宮頸がんは、２番目に多い婦人科悪性腫瘍であり、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染患者に起こることが多い。子宮頸がんに有効な治療法（手術及び化学放射線同時治療を含む）により、初期疾患（ステージＩ〜ＩＩ）の女性において８０％の治癒率を得ることができる。しかしながら、血管浸潤、不完全なリンパ節切除は、初期子宮頸がんの予後不良を予測する最も一般的な因子である。病理標本の確認によって血管浸潤を有する患者は、手術後近い将来に転移性疾患を発症する可能性が高い。ここでは、ＨＰＶ＋転移性子宮頸がん患者を、複数の腫瘍抗原でパルス適用した樹状細胞（ＤＣ）及びこれらのＤＣによって刺激されたＴリンパ球を用いて治療するための、ＭＡＳＣＴ（複数抗原刺激細胞療法）という名称の免疫療法を提唱する。
【０４６６】
患者、ＷＪ、女性は、４１才のときに血管浸潤を伴う子宮頸がんと診断され、検査の結果、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）ＤＮＡに陽性であった。彼女は、治療的切除と５ヶ月間の化学放射線療法を受けた。この患者は、２回目のＨＰＶ  ＤＮＡ検査を受け、血清ＨＰＶ  ＤＮＡが陰性であることが確認された。
【０４６７】
治療的切除及び化学放射線療法の約２年後、この患者は、磁気共鳴像（ＭＲＩ）及び放射形コンピューター断層撮影（ＥＣＴ）によって、右仙腸関節骨に転移性腫瘍を有すると診断された（図１３Ａ）。その後、患者は、１０回の局所的放射線治療を受け、続いて、１ヶ月に１回投与する、３回のＭＡＳＣＴ治療を受けた。ＭＡＳＣＴ治療では、患者自身の末梢血由来のＰＢＭＣを用いて、１２種類の腫瘍関連抗原ペプチドであるコアグループ、並びに、ＨＰＶのウイルスタンパク質由来の６種類の抗原ペプチドである子宮頸がん特異的グループを含む、１８種類の抗原ペプチドプールでパルス適用した樹状細胞を調製した。簡潔に言えば、患者のＰＢＭＣ由来の単球を未熟ＤＣに分化させ、その後、腫瘍関連抗原及びＨＰＶ抗原を含む複数の合成ペプチド抗原でパルス適用した。半成熟ＤＣを、ＴＬＲリガンドによって更に刺激し、成熟ＤＣ（ｍＤＣ）に分化させた。ｍＤＣの半分を、患者に皮下投与した。非接着ＰＢＭＣを抗ＣＤ３抗体（例えば、ＯＫＴ３）、及びＩＬ２と培養することによって、維持Ｔ細胞を調製した。ｍＤＣの残りの半分を、注入前に更に７〜９日間維持Ｔ細胞と共に共培養した。患者は、ＨＬＡ−Ａ２の血清型（ＨＬＡ−Ａ０２０１＋）を有することが確認された。
【０４６８】
３回のＭＡＳＣＴ治療後、患者のＥＣＴの結果により、右仙腸関節骨の転移が縮小し、新たな転移が検出されなかったことが示され（図１３Ｂ）、ＭＡＳＣＴの有効な治療成績を示している。この患者は、約１ヶ月又は２ヶ月の間隔で投与され、更に４回のＭＡＳＣＴ治療を受けた。合計６回のＭＡＳＣＴ治療後、患者のＰＢＭＣのサンプルを得て、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイによって検査し、患者が、抗原ペプチドプール及びプール内の抗原ペプチドのそれぞれに対して、治療的に有効なＭＨＣ拘束性Ｔ細胞応答を有していたかどうかを判定した。ＥＬＩＳＰＯＴの結果（図１３Ｅ）は、子宮頸がん抗原ペプチドプール、並びに、腫瘍特異的抗原ペプチドのコアグループ（例えばｈＴＥＲＴ、ｐ５３、ＣＥＡ、及びＲＧＳ５）、及び、腫瘍抗原ペプチドの子宮頸がん特異的グループ（例えばＨＰＶ−３及びＨＰＶ−５）の両方に含まれる個々の抗原ペプチドに対して、増強したＴ細胞応答を示した。合計７回のＭＡＳＣＴ後の患者のＥＣＴは、右仙腸関節骨転移を更に縮小させ、新たな転移部位がないことを示し（図１３Ｃ）、ＭＡＳＣＴ治療レジメンが、患者における腫瘍量の減少と、腫瘍進行及び更なる転移の予防に成功したことを示している。
【０４６９】
患者の特異的免疫応答に基づいて、抗原ペプチドプールをカスタマイズし、特異的応答を誘導した応答性ペプチドを残し、特異的応答を誘導しなかった非応答性ペプチドを除くことによって、患者特異的抗原ペプチドプールを提供した。この患者を、患者特異的抗原ペプチドプールを用いて調製されたＭＡＳＣＴ（本明細書では「精密ＭＡＳＣＴ」と称する）を３サイクル使用して更に治療した。３回の精密ＭＡＳＣＴ後、患者のＥＣＴは、右仙腸関節骨転移の発症がなく、新たな転移部位がないことを示した（図１３Ｄ）。この患者を、安定（ＳＤ）と評価した。患者特異的抗原ペプチドプールは、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイに示されるように、特異的応答を更に増強した（図１３Ｆ）。具体的には、いくつかのｈＴＥＲＴペプチド、ｐ５３−１ペプチド、ＣＥＡペプチド、及びＲＧＳ５ペプチドによって、最も強い特異的応答が得られた。我々は、この患者から、ＣＥＡ及びテロメラーゼ特異的ＴＣＲをクローニングしている最中である。
【０４７０】
患者の特異的免疫応答に基づいて、抗原ペプチドプールを更に調整し、更に調整したペプチド抗原プールを用いて、２回目の精密ＭＡＳＣＴによって患者を治療した。
【０４７１】
患者の治療歴の概要を図１４に示す。
【０４７２】
我々の試験は、子宮頸がん患者の転移を減少させた安全な治療として、ＭＡＳＣＴを提唱する。腫瘍抗原特異的Ｔ細胞応答は、ＭＡＳＣＴ治療後の子宮頸がん患者において安定的に増加でき、患者特異的抗原選択後、更に増強された。加えて、我々の試験は、免疫学的応答の増強を示したがん患者から、腫瘍特異的ＴＣＲをクローニングする有望な方法、並びに、患者特異的抗原による免疫療法後の臨床上の利点をもたらす。
【０４７３】
実施例３−第１／２相ＭＡＳＣＴ臨床試験プロトコールの簡単な説明
「根治的切除又は高周波アブレーション（ＲＦＡ）後の肝細胞がん（ＨＣＣ）患者における、複数抗原特異的細胞療法（ＭＡＳＣＴ）」という名称の第１／２相ＭＡＳＣＴ臨床試験は、２０１３年７月に開始され、オンラインデータベースであるＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖに、識別子ＮＣＴ０２０２６３６２で登録されている。この試験の説明及びいくつかの特徴は、ｈｔｔｐｓ：／／ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ．ｇｏｖ／ｃｔ２／ｓｈｏｗ／ＮＣＴ０２０２６３６２に記載されており、参照することにより本明細書に組み込む。この臨床試験は進行中である。
【０４７４】
第１／２相ＭＡＳＣＴ試験は、１：１無作為化オープンラベル多施設試験であり、抗ＨＣＣ療法として切除又はＲＦＡなどの治療的切除を予め受けている、肝細胞がん（ＨＣＣ）患者の治療における、ＭＡＳＣＴ法の実施形態の安全性及び有効性の探索を目的としている。この試験は、ＮａｎｆａｎｇＨｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｓｏｕｔｈｅｒｎ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ，ＰＲＣ）、Ｔｈｉｒｄ  Ａｆｆｉｌｉａｔｅｄ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｓｕｎ  Ｙａｔ−Ｓｅｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ，ＰＲＣ）、Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｏｆ  Ｓｕｎ  Ｙａｔ−Ｓｅｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ，ＰＲＣ）、ＰＬＡ  ３０２  Ｈｏｓｐｉｔａｌ  ｏｆ  Ｃｈｉｎａ（Ｂｅｉｊｉｎｇ，ＰＲＣ）、及びＦｕｊｉａｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ（Ｆｕｚｈｏｕ，ＰＲＣ）を含む、中国内の複数の施設で実施される。患者を、年齢、性別、以前の治療レジメン、及び臨床的活動状態などの標準的な予後因子に基づいて、対照群と試験群（１群の患者数１：１）に無作為に層別化する。対照群の患者は、肝保護治療及びヌクレオシドアナログ薬を用いるＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）に対する抗ウイルス治療などの、現在の医療による標準的治療（ＳＯＣ）を受ける。中国では、ＨＣＣは、ＨＢＶ感染と強く関連している。試験群の患者は、同じＳＯＣ治療に加え、ｈＴＥＲＴ、サバイビン、ｐ５３、及びＣＥＡなどの合計１４種類の抗原を取り込んだ樹状細胞、並びにこの樹状細胞によって誘導された活性化Ｔ細胞の投与を含む、ＭＡＳＣＴ治療を受ける。ＭＡＳＣＴ治療は、３週間毎に合計３回繰り返す。２つの試験群における各患者は、患者が疾患の進行をきたす、又は容認できない毒性が見られるまで、約９週間治療を受ける。９週間後に患者が進行していなかった場合、治験医師の裁量によって治療を継続してもよい。患者を、約２．５年間、又は、全患者の死亡若しくは疾患の進行のいずれか早い方まで、フォローアップする。
【０４７５】
試験には、約１００人の患者の組み入れ、治療、評価が予定されている。試験に参加できるためには、患者は以下の基準全てを満たさなくてはならない。
１．肝細胞がん（ＨＣＣ）と診断されている患者
２．組み入れ８週間以内にＨＣＣの根治的手術を受けた患者
３．腫瘍数が２以下
４．門脈本幹、肝管の第１枝、肝静脈の第１枝、又は下大静脈にがん細胞塞栓がない
５．門脈リンパ節転移がない
６．肝外転移がない
７．根治的手術後４週間以内（４週間を含む）の造影ＣＴ又はＭＲＩ画像で確認するとき、切除縁において残留腫瘍がなく、完全に腫瘍が切除されている
８．根治的手術前に患者の血清ＡＦＰレベルの上昇が検出された場合、ＡＦＰレベルが８週間以内に正常値に戻っていること
９．Ｃｈｉｌｄ−Ｐｕｇｈスコア≦９
１０．ＥＣＯＧ活動状態（ＥＣＯＧ−ＰＳ）≦２
１１．予測される生存期間が２年超
１２．血液、肝及び腎検査が以下の基準を満たす：
ａ．ＷＢＣ＞３×１０９／Ｌ
ｂ．好中球数＞１．５×１０９／Ｌ
ｃ．ヘモグロビン≧８５ｇ／Ｌ
ｄ．血小板数≧５０×１０９／Ｌ
ｅ．ＰＴが正常又は延長時間＜３ｓ
ｆ．ＢＵＮ、上限値の≦１．５倍
ｇ．血清クレアチニン、上限値の≦１．５倍
１３．その地方の組織及び／若しくは大学の、ヒト実験委員会、及び／又は、中央の施設内倫理委員会（ＩＲＢ）の要件、又は適切な他の要件に従って、患者の同意が取得され、署名されている。
【０４７６】
以下の任意の基準を満たす患者は、試験に参加できない。
１．妊娠中若しくは授乳中、又は２年以内に妊娠を予定している女性
２．肝外転移又は肝残存腫瘍
３．門脈本幹、肝管の第１枝、肝静脈の第１枝、又は下大静脈にがん細胞塞栓がある
４．組み入れ６ヶ月前：免疫調節薬（例えば、インターフェロン、サイモシン、伝統的漢方薬）の全身的かつ継続使用期間が３ヶ月を超える
５．組み入れ６ヶ月前：免疫抑制薬（例えば副腎皮質ホルモン薬）の全身的かつ継続使用期間が１ヶ月を超える
６．組み入れ前６ヶ月以内に、任意の細胞療法（ＮＫ、ＣＩＫ、ＤＣ、ＣＴＬ、幹細胞療法など）を受けた
７．ＨＩＶ抗体又はＨＣＶ抗体陽性
８．免疫不全疾患又は自己免疫疾患（例えば、関節リウマチ、バージャー病、多発性硬化症又は１型糖尿病）の既往歴
９．組み入れ前５年以内に別の悪性腫瘍に罹患した患者（皮膚がん、限局性前立腺がん、又は子宮頸がんを除く）
１０．臓器不全を伴う患者
１１．重篤な精神疾患を伴う患者
１２．組み入れ前１年以内の薬物依存症（アルコール依存症を含む）
１３．スクリーニング前３ヶ月以内に別の臨床試験に参加した
１４．研究者が試験には不適と見なすその他理由。
【０４７７】
この試験の主要目的は、ＭＡＳＣＴ＋ＳＯＣ治療が、（１）有効性の指標としての、２年以内に腫瘍の再発又は転移を有する患者数、（２）有効性の指標としての、手術から２年以内の腫瘍の再発又は転移までの期間、（３）安全性及び認容性の指標としての、２年以内の有害事象を有する患者数について、基本治療のみより優れていることを証明することである。この試験の第２の目的は、（１）ＨＢｅＡｇを含むＨＢＶマーカー、（２）血清ＨＢＶ  ＤＮＡ量、及び（３）患者の生活の質への影響について、ＭＡＳＣＴ＋基本治療を基本治療のみと比較することである。２つの患者群の追加の臨床評価項目、例えば全奏功率（ＲＲ）、完全奏功（ＣＲ）、部分奏功（ＰＲ）及び安定率（ＳＤＲ）を比較する。腫瘍応答及び進行は、ＲＥＣＩＳＴ基準（ｖ１．１）を用いて評価する。安全性は、バイタルサイン、臨床検査所見、及び、ＮＣＩ  ＣＴＣＡＥバージョン４．０２（２００９年１０月１５日）に従って等級付けした有害事象に基づいて評価する。
【０４７８】
ＨＣＣにおける第１／２相ＭＡＳＣＴ臨床試験と同様の、ＭＡＳＣＴ法の実施形態の臨床的有効性及び毒性を探索する別の臨床試験が、肝がん、肺がん、結腸がん、子宮頸がん、リンパ腫、腎がん、乳がん、膵がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、及び脳がんを患っている患者の治療のために実施される。
【０４７９】
実施例４−Ｔ細胞活性化プロトコール
この実施例は、Ｔ細胞の共培養の時間及びサイクルの差、並びに、共培養中の、抗ＰＤ−１モノクローナル抗体などの免疫チェックポイント阻害剤の有無など、様々な代表的なＴ細胞活性化プロトコールを用いて調製された細胞傷害性Ｔ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ特異性及び機能を比較する。
【０４８０】
抗ＰＤ−１抗体の使用
図１５は、活性化Ｔ細胞の調製のための実験構成の概略を示す。０日目、Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ（Ｎｙｃｏｍｅｄ  Ｐｈａｒｍａ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）での密度勾配遠心分離によって、ＨＢＶ陽性のＨＣＣ患者から末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を得た。接着単球を、１０００Ｕ／ｍＬ  ＧＭ−ＣＳＦ及び５００Ｕ／ｍＬ  ＩＬ−４を含むＡＩＭ−Ｖ培地で継続して培養し、未熟樹状細胞（ＤＣ）に分化させた。この未熟ＤＣに、ＨＢＶコア抗原ペプチド（５μｇ／ｍＬ）並びにＴＬＲアゴニストでパルス適用し、成熟ＤＣに分化させた。ＰＢＭＣ分画も、同じ抗原ペプチドでパルス適用し、固定した。一方、非接着ＰＢＭＣを、抗ＣＤ３（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）及びインターロイキン−２（ｒＩＬ−２；Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）を含むＡＩＭ−Ｖ培地中で８日目まで維持し、維持Ｔ細胞を得た。次に、この維持Ｔ細胞を、成熟ＤＣのみ、又は、抗ＰＤ−１抗体（ニボルマブ、又はＳＨＲ−１２１０）との組み合わせ、又は、陰性対照であるＩｇＧ４と共に、９日目から１３日目までサイトカインの存在下で共培養し、活性化Ｔ細胞（すなわち、細胞傷害性Ｔリンパ球又はＣＴＬ）を得た。１４日目、固定したペプチド−パルス適用済みＰＢＭＣをＣＴＬに加え、Ｔ細胞刺激の第２サイクルとして５日間共培養した。あるいは、Ｔ細胞刺激の第２サイクルには、固定したペプチド−パルス適用済みＰＢＭＣの代わりに、第２バッチのペプチド−パルス適用済み成熟ＤＣを使用してもよい。
【０４８１】
ペプチド−パルス適用済み成熟ＤＣ及び８日目のＴ細胞を、ＦＡＣＳを用いて分析し、それぞれＰＤ−Ｌ１又はＰＤ−１を発現した亜集団を定量した。共培養由来の活性化Ｔ細胞サンプルを１３日目及び１８日目に得て、五量体で染色することによりアッセイし、続いてＦＡＣＳ分析を行った。五量体及び他の多量体（例えばデキストラマー）による染色は、ＭＨＣ−ペプチド複合体を特異的に認識する活性化Ｔ細胞上にＴＣＲが存在し、それによって、活性化Ｔ細胞の特異性の目安がもたらされることを示す。１３日目及び１８日目の活性化Ｔ細胞についても腫瘍抗原ペプチドプールで刺激し、活性化Ｔ細胞によるＩＦＮγ産生を、細胞内サイトカイン染色、その後のＦＡＣＳ分析によって判定した。ＩＦＮγが、腫瘍抗原ペプチドによって特異的に活性化されたＴ細胞によって産生されるため、ＩＦＮγ産生アッセイによって、ペプチド特異的Ｔ細胞の細胞傷害性機能の目安がもたらされる。
【０４８２】
図１６Ａに示されるように、ペプチド−パルス適用済み成熟ＤＣの約８９．１％がＰＤ−Ｌ１を発現した。図１６Ｂは、ＰＤ１＋Ｔ細胞の、４人の別々のドナー由来のＰＢＭＣ中の全ＣＤ３＋Ｔ細胞における割合が、８日目までに顕著に増加したことを示す。
【０４８３】
Ｔ細胞及びＤＣの共培養中に抗ＰＤ１抗体を導入すると、抗ＰＤ−１抗体なし、又は、陰性対照ＩｇＧ４ありで調製した活性化Ｔ細胞と比較して、活性化Ｔ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏでの特異性及び機能の両方が顕著に上昇した（図１７Ａ〜１７Ｄ）。具体的には、ＳＨＲ−１２１０（Ｈｅｎｇｒｕｉ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ）は、ニボルマブと比較して、活性化Ｔ細胞によるｉｎ  ｖｉｔｒｏのＩＦＮγ産生を増強した（図１７Ｄ）。
【０４８４】
刺激時間及び回数
図１８は、活性化Ｔ細胞の調製のための実験構成の概略を示す。０日目、Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ（Ｎｙｃｏｍｅｄ  Ｐｈａｒｍａ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）での密度勾配遠心分離によって、ＥＢＶ陽性の健康ドナーから末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を得た。接着単球を、１０００Ｕ／ｍＬ  ＧＭ−ＣＳＦ及び５００Ｕ／ｍＬ  ＩＬ−４を含むＡＩＭ−Ｖ培地で継続して培養し、未熟樹状細胞（ＤＣ）に分化させた。この未熟ＤＣに、複数の腫瘍抗原ペプチドプール（１μｇ／ｍＬ／ペプチド）、並びにＴＬＲアゴニストをパルス適用し、成熟ＤＣに分化させた。ＰＢＭＣ分画も、同じ腫瘍抗原ペプチドプールでパルス適用し、固定した。一方、非接着ＰＢＭＣを、ＩＬ２、ＩＬ７、ＩＬ１５及びＩＬ２１を含むＡＩＭ−Ｖ培地中で維持し、８日目までに維持Ｔ細胞を得た。次に、この維持Ｔ細胞を、成熟ＤＣのみ、又は、抗ＰＤ−１抗体（ニボルマブ、又はＳＨＲ−１２１０）との組み合わせ、又は、陰性対照であるＩｇＧ４と共に、９日目から１８日目までサイトカインの存在下で共培養し、活性化Ｔ細胞（すなわち、細胞傷害性Ｔリンパ球又はＣＴＬ）を得た。１４日目、活性化Ｔ細胞画分を、固定したペプチド−パルス適用済みＰＢＭＣと混合し、Ｔ細胞刺激の第２サイクルとして５日間培養した。あるいは、Ｔ細胞刺激の第２サイクルには、固定したペプチド−パルス適用済みＰＢＭＣの代わりに、第２バッチのペプチド−パルス適用済み成熟ＤＣを使用してもよい。
【０４８５】
共培養由来の活性化Ｔ細胞１３日目及び１８日目に得て、五量体又はデキストラマーで染色することによりアッセイし、続いてＦＡＣＳ分析を行った。１３日目及び１８日目の活性化Ｔ細胞についても腫瘍抗原ペプチドプールで刺激し、活性化Ｔ細胞によるＩＦＮγγ産生を、細胞内サイトカイン染色、その後のＦＡＣＳ分析によって判定した。
【０４８６】
図１９Ａに示されるように、刺激５日後と比較して、刺激１０日後の共培養中に、より高い割合でペプチド特異的Ｔ細胞が存在していた。試験した全ての培養条件のうち、１回刺激し、抗ＰＤ１抗体の存在下で１０日間共培養すると、ＣＤ８＋Ｔ細胞の特異性及び細胞傷害性機能は、多量体染色（図１９Ｂ）及びＩＦＮγ産生（図１９Ｃ）によって測定するとき、一番高かった。
【０４８７】
１回刺激共培養物の８日目、１０日目、１３日目、及び１５日目から採取したサンプル中のＴ細胞の総数を、２人の異なるドナー由来のＰＢＭＣを用いた２つの調製物について定量した。図２０Ａ〜２０Ｂに示されるように、試験した全てのサンプルのうち、ＳＨＲ−１２１０抗ＰＤ１抗体の存在下で１５日目に採取した共培養物において、総Ｔ細胞数は一番多かった。
【０４８８】
加えて、０日目に、抗ＰＤ１抗体（ニボルマブ若しくはＳＨＲ−１２１０）又は陰性対照ＩｇＧ４、及びＰＭＡで処理した非接着ＰＢＭＣ細胞において、ＰＤ−１の表面発現を定量した。抗ＰＤ１抗体で処理したＰＢＭＣは、細胞表面上のＰＤ−１の発現レベルが減少しており、抗ＰＤ１抗体が表面のＰＤ１を内部移行させたと予測される（図２１Ａ〜２１Ｂ）。
【０４８９】
上記の、様々な調製プロトコールを用いて活性化したＴ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ特性をまとめると、ＰＢＭＣ培養中での抗ＰＤ１モノクローナル抗体の使用は、活性化細胞傷害性Ｔ細胞の特異性及び機能を改善した。抗ＰＤ１モノクローナル抗体は、Ｔ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける全体的な増殖の増強と、通常はＴ細胞の表面に発現しているＰＤ１分子の内部移行の促進の両方を行うように思われた。ニボルマブと比較して、ＳＨＲ−１２１０抗ＰＤ１抗体は、より高い特異性及び機能を有する活性化Ｔ細胞を産生した。他の免疫チェックポイント阻害剤、例えば抗ＰＤ−Ｌ１抗体又は抗ＣＴＬＡ−４抗体を、抗ＰＤ１抗体の代わりに用いて、特異性及び細胞傷害性機能が増強した活性化Ｔ細胞を調製できる。
【０４９０】
実施例５−がん精密免疫療法臨床実践症例の分析
この実施例は、次世代配列決定法（ＮＧＳ）を用いて、がん細胞ドライバー変異及びヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩ遺伝子の突然変異荷重を評価することによる、ＰＤ−Ｉ阻害剤又は複数抗原特異的がん治療（ＭＡＳＣＴ）などの主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩ拘束性免疫療法の、奏効率及び有効性の予測を目的とする試験について記載する。
【０４９１】
３３３種類のがん関連遺伝子の次世代配列決定（ＮＧＳ）及び、分類用ＲＳｔｕｄｉｏソフトウェア中のＤｉｒｉｃｈｌｅｔ  Ｍｕｌｔｉｎｏｍｉａｌ  Ｍｉｘｔｕｒｅパッケージを用いることによって、３５のがんサンプルを２つのサブグループに分類した。各サンプルからＨＬＡ−Ｉ遺伝子の突然変異荷重を評価し、非同義点変異からネオ抗原を予測した。複合突然変異情報を用いて、３５人のがん患者のＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法に対する応答を予測した。サンプルを配列決定し、解析した３５人の患者のうち、５人の患者が、ＰＤ−１阻害剤単独療法、ＭＡＳＣＴ単独療法、又は併用療法を受けていた。２人の患者は、ＨＬＡ−Ｉ遺伝子の突然変異荷重が高く（非応答例と予測される）、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））及びＭＡＳＣＴの併用療法、又はＭＡＳＣＴ単独療法を４回以上受けていた。これら２人の患者は、臨床的に進行（ＰＤ）と評価された。３人の患者は、ＨＬＡ−Ｉ遺伝子の突然変異荷重が低く、ネオ抗原がより多く（応答例と予測される）、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））及びＭＡＳＣＴの併用療法、又はＭＡＳＣＴ単独療法を５回以上受けていた。３人のうち２人の患者は、臨床的に部分奏功（ＰＲ）と評価され、１人の患者は安定（ＳＤ）と評価された。
【０４９２】
本実施例に記載されるがん関連遺伝子における突然変異のＮＧＳ分析によって、ＭＡＳＣＴ単独療法又はＰＤ−１阻害剤とのＭＡＳＣＴ併用療法を受けた患者のうち、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法に対する臨床反応をうまく予測できた。この予測方法によって、個々のがん患者における有効性の改善と精密な免疫療法を可能とすることができる。
【０４９３】
緒言
次世代配列決定法（ＮＧＳ）は、腫瘍組織における大量の突然変異データを提供するため、迅速かつハイスループットに腫瘍組織の配列決定を行うことができる。バイオインフォマティクス法をその突然変異データに適用して臨床的に重要な突然変異を入手し、それによって、以下の領域において、がん患者に有用な情報を提供できる。１．臨床的及び分子的層別化、２．好適な薬剤標的の選択、及び、３．ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法の有効性の予測かかる情報は、各患者に対して正確な介入を提供し、がん免疫療法を高精度医療の時代に導くことができる。精密免疫細胞療法、精密免疫学的薬物療法などのがん精密免疫療法により、がん精密療法の重要な飛躍、患者の生活の質の大幅な改善、及び患者の生存期間の延長が約束されている（例えば、Ｑｉａｎ  Ｑｉｊｕｎ，Ｍｅｎｇｃｈａｏ  Ｗｕ．Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ：Ｆｒｏｍ  ｔｈｅｏｒｙ  ｔｏ  ｐｒａｃｔｉｃｅ［Ｊ］．Ｃｈｉｎ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｔｈｅｒ，２０１５，２２（２）：１５１〜１５８参照）。
【０４９４】
材料及び方法
サンプル原料
３５人の患者由来の腫瘍サンプルを配列決定した。これら患者のうち、１８人は男性、１７人は女性、年齢２７〜８８才、平均年齢は５６才であった。患者から腫瘍サンプルを入手し、３３３種類のＯｎｃｏＧｘＯｎｅ（商標）がん関連遺伝子及びＨＬＡ−Ｉ遺伝子に重点を置いた配列解析に使用した。次世代配列決定（ＮＧＳ）を行って、３３３種類のがん関連遺伝子に重点を置いて、腫瘍組織中の遺伝子突然変異情報、例えば点変異、インデル、融合、コピー数多型などを得た。３５人のうち５人の患者は、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ）単独療法、ＭＡＳＣＴ単独療法、又は併用療法で更に治療された（図２２）。全ての臨床試験について、患者からインフォームドコンセントを取得した。
【０４９５】
ＨＬＡ−Ｉサブタイプ
質が低い読み取り値及びアダプター配列を生配列データから除いた後、ＨＬＡ−Ｉサブタイプの予測にＰｏｌｙｓｏｌｖｅｒ分析ツール（例えば、Ｓｈｕｋｌａ  ＳＡ，Ｒｏｏｎｅｙ  ＭＳ，Ｒａｊａｓａｇｉ  Ｍ，ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ−ａｓｓｏｉｃａｔｅｄ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ＨＬＡ  ｇｅｎｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１５，３３：１１５２〜１１５８参照）を用いた。
【０４９６】
ネオ抗原予測
各患者のＨＬＡ−Ｉサブタイプの結果に基づき、ＮｅｔＭＨＣ３．４などの複数のアルゴリズムを用いて、腫瘍組織由来の３３３種類のがん関連遺伝子の点変異座位のアミノ酸配列を解析した。変異したアミノ酸の患者の対応するＨＬＡ−Ｉ分子に対する親和性を予測し、野生型と変異体抗原ペプチドとの間の親和性の差を比較し、野生型より親和性が高い変異体抗原ペプチドを選択した。次に、ＨＬＡ−Ｉ分子に高い親和性を持つ上記で選択した変異体抗原ペプチドを用いて、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）結合親和性を予測し、野生型と変異体抗原ペプチドとの間のＴＣＲ結合親和性の差を比較した。野生型抗原よりもＴＣＲへの結合親和性が高い変異体抗原ペプチドを、免疫応答を誘導し得る予測されるネオ抗原として選択した。これら予測されるネオ抗原の配列を健康個体のヒト全ゲノムにマッピングし、臨床試験における有害反応を避けるため、交差反応の可能性がある配列を有するネオ抗原をプールから除いた。
【０４９７】
統計
１．１オープンソースソフトウェアＲＳｔｕｄｉｏバージョン０．９９．４７３を用いて、点変異座位数、点変異を有する遺伝子数、インデル座位数、インデルを有する遺伝子数、融合遺伝子数、コピー数多型を有する遺伝子数、及び変異座位及び遺伝子の総数について、解析を実施した。Ｄｉｒｉｃｈｌｅｔ  Ｍｕｌｔｉｎｏｍｉａｌ  Ｍｉｘｔｕｒｅ（ＤＭＭ）モデル（例えば、Ｈｏｌｍｅｓ  ＩＫ，Ｑｕｉｎｃｅ  Ｃ．Ｈａｒｒｉｓ．Ｄｉｒｉｃｈｌｅｔ  Ｍｕｌｔｉｎｏｍｉａｌ  Ｍｉｘｔｕｒｅｓ：Ｇｅｎｅｒａｔｉｖｅ  Ｍｏｄｅｌｓ  ｆｏｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃｓ［Ｊ］．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ，２０１２，７（２）：ｅ３０１２６参照）を用いる、３５種類の腫瘍サンプルの層別解析に、これらの突然変異誘発特性を利用した。
【０４９８】
１．２「Ｐｈｅａｔｍａｐ」パッケージを用いて、３３３種類のがん関連遺伝子それぞれの突然変異荷重に基づいて、３５種類の腫瘍組織サンプルについてクラスタープロットを作成した。臨床試験の群情報、ＤＮＡミスマッチ修復（ＭＭＲ）欠損の有無についてのグループ情報、及びＤＭＭグループ情報など、各腫瘍サンプルの特性情報をクラスタープロットに加えた。
【０４９９】
１．３ＲＳｔｕｄｉｏソフトウェアに基づいて、各ＤＭＭグループ中のＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異数の統計的差異について、統計的有意をｐ＜０．０５とするマン・ホイットニーの順位和検定を用いて検定した。
【０５００】
結果
３３３種類のがん関連遺伝子の層別化クラスター分析
点変異座位数、点変異を有する遺伝子数、インデル座位数、インデルを有する遺伝子数、融合遺伝子数、コピー数多型を有する遺伝子数、及び変異座位及び遺伝子の総数などの、突然変異誘発特性データを、各腫瘍サンプル中の３３３種類のがん関連遺伝子について統計解析し、これらのデータを、３５種類の腫瘍組織サンプルに対するＤＭＭ層別解析に用いた。図２３Ａに示されるように、３５サンプルのうち最適クラスターは２つのグループである。各サンプルのラベル化クラスターを図２３Ｂに示すが、ここでは、最低分離距離（ＭＤＳ１）に基づいて２つのグループのメンバーの有効な分離を示しており、１４種類の腫瘍サンプルがグループＤＭＭ１に含まれ、２１種類の腫瘍サンプルがグループＤＭＭ０に含まれていた。
【０５０１】
各腫瘍サンプル中の３３３種類のがん関連遺伝子それぞれについて検出した点変異数、インデル座位数、及びコピー数多型を有する座位数に基づいて、３５種類の腫瘍サンプルについてヒートマップを作成し、サンプル及び遺伝子に対してクラスター分析を行った。図２４Ａに示されるように、３５種類の腫瘍サンプルについて、２つの主要な枝クラスターが観察された。各サンプルについて臨床的又は分子的ラベルを付加した後、クラスターの結果は、がんの臨床型と一致しないことが判明し、同一のがん臨床型の腫瘍サンプルが、異なる突然変異誘発スペクトルを有している一方で、異なるがん臨床型であるいくつかの腫瘍サンプルは、類似する突然変異を共有している。この試験で見られたがん分子分類と臨床型との差は、他の報告と一致している（例えば、Ｇｏｌｕｂ  ＴＲ，Ｓｌｏｎｉｍ  ＤＫ，Ｔａｍａｙｏ  Ｐ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ：ｃｌａｓｓ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  ｃｌａｓｓ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｂｙ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ［Ｊ］．Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９，２８６（５４３９）：５３１〜５３７）参照）。ＭＭＲ欠損型に基づくクラスタリングは、ヒートマップに見られるクラスタリングの結果とも一致している。しかしながら、ＤＭＭグループは、クラスタリングの結果と類似する分類を有し、１つのサンプルのみが、ＤＭＭ分類とクラスタリングとの間に不一致であったことが示された（図２４Ａ）。
【０５０２】
各腫瘍サンプル中に検出される、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ及びＨＬＡ−Ｃ座位における総突然変異数を計数すること、及び、ヒートマップ中の腫瘍組織のクラスタリングの結果と比較することによって、２つのＤＭＭグループ間のＨＬＡ−Ｉ遺伝子の突然変異荷重において有意差が観察された（図２４Ｂ）。
【０５０３】
総突然変異数中のＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異の割合
ＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異数を更に解析すると、２つのＤＭＭグループ間の統計的有意差が示された。ＤＭＭグループ１（赤）である、１４種類の腫瘍サンプルのＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異荷重は、ＤＭＭグループ０（緑）である、２１種類の腫瘍サンプルより有意に高く、ｐ値は１．０７６ｅ−５であった（図２５Ａ）。更に、ＤＭＭグループ１のＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異荷重の総突然変異荷重に対する割合は、ＤＭＭグループ０より有意に高く（図２５Ａ）、ＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異が、ＤＭＭグループ１であるがん細胞の重要な内部突然変異である可能性を示唆している。ＨＬＡ−Ｉ遺伝子の突然変異荷重が高いと、がん細胞の免疫学的監視からの逃避を促進でき、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法が無効となる可能性につながる。
【０５０４】
３５人のがん患者のうち５人が、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））単独療法、ＭＡＳＣＴ単独療法、又はこれらの併用療法を受けた（図２２、２５Ｂ）。ＨＬＡ−Ｉ遺伝子上の突然変異荷重が高い２人の患者（ＤＭＭグループ１）は、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法に対して非応答性であると予測された。ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））及びＭＡＳＣＴの併用療法、又はＭＡＳＣＴ単独療法で、少なくとも３サイクル治療された後、これら２人の患者は、予測通り、進行（ＰＤ）である、つまり、臨床的利点を示す応答（ＣＢＲ）が無効であったと臨床的に評価された。ＨＬＡ−Ｉ遺伝子上の突然変異荷重が高い３人の患者（ＤＭＭグループ０）は、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法に対して応答性であると予測された。これら３人のうち２人の患者は、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ）単独療法又は（キイトルーダ）及びＭＡＳＣＴ併用療法で５サイクル治療を受け、部分奏功（ＰＲ）である、つまり明らかにＣＢＲであると臨床的に評価され、３人のうち１人の患者は、ＭＡＳＣＴで４サイクル治療を受け、予測通り、安定であると臨床的に評価された。
【０５０５】
典型的な症例分析
患者ＩＤ１−ＬＱＬ
患者ＩＤ１−ＬＱＬは、肺腺がんであり、クラスター解析に基づいてＤＭＭグループ１であると予測された。５５の突然変異が、ＨＬＡ−Ｉ遺伝子座位に検出され、ＨＬＡ−Ｉ高突然変異荷重と分類された（図２２）。ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法は、臨床的に無効と予測された。
【０５０６】
３サイクルのＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））治療、４サイクルのＭＡＳＣＴ治療を受けた後、患者は、呼吸不全に陥り、無効な疾患制御と胸水によって死亡した。この患者は、クラスター解析で予測されたとおり、進行（ＰＤ）であると臨床的に評価された。
【０５０７】
患者ＩＤ２−ＳＪＳ
患者ＩＤ２−ＳＪＳは、食道がんであり、クラスター解析に基づいてＤＭＭグループ１であると予測された。８つの突然変異が、ＨＬＡ−Ｉ遺伝子座位に検出され、ＨＬＡ−Ｉ高突然変異荷重と分類された（図２２）ため、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法が無効であると示唆された。
【０５０８】
３サイクルのＭＡＳＣＴ単独療法を受けた後、この患者は、クラスター解析で予測されたとおり、進行（ＰＤ）であると臨床的に評価された。
【０５０９】
患者ＩＤ３−ＨＪＬ
患者ＩＤ３−ＨＪＬ（女性、７３才）は、左腎盂の移行上皮がんであり、左副腎、左鎖骨上及び縦隔リンパ節、並びに両肺への複数箇所の転移があった。この患者は、次世代配列決定（ＮＧＳ）の結果に基づいて、ＤＭＭグループ０にクラスタリングされ、２つの突然変異がＨＬＡ−Ｉ遺伝子座位に検出され、ＨＬＡ−Ｉ低突然変異荷重と分類された。患者のＨＬＡ−Ｉサブタイプから、６種類のネオ抗原が予測された。したがって、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法は、この患者に有効なＣＢＲをもたらすと予測された。
【０５１０】
この患者は、左腎盂の移行上皮がんであると診断され、根治手術を受けた。２年後、左副腎において転移が発見されたため、高周波アブレーション（ＲＦＡ）が適用された。ＲＦＡ後のＰＥＴ−ＣＴスキャンにより、左鎖骨上及び縦隔リンパ節、並びに両肺での複数箇所の転移が示され、最大腫瘍サイズが直径〜２ｃｍであったため、患者は化学療法を開始した。４サイクル目の化学療法の後、再度ＣＴ検査を行い、化学療法によるがん制御が無効であったと示された（図２６Ａ〜Ｃ）。その後、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））及びＭＡＳＣＴ併用療法によって、患者を治療した。３サイクルの併用療法後、ＣＴスキャンによって、腫瘍サイズが〜５０％小さくなっていたことがわかった（図２６Ｄ）。５サイクルのＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））及びＭＡＳＣＴ併用療法後、ＣＴスキャンによって、肺の腫瘍が消失し、縦隔リンパ節では安定しており、左鎖骨上リンパ節の腫れが消失していることが示唆された。疾患の状態は、部分奏功（ＰＲ、図２６Ｅ）と臨床的に評価された。この臨床的結果は予測通りであった。
【０５１１】
患者ＩＤ４−ＬＫＳ
患者ＩＤ４−ＬＫＳ（男性、６１才）は、根治手術後、脳及び縦隔リンパ節に転移を伴うステージＩＶの中分化左肺腺がんを患った。この患者は、ＮＧＳの結果に基づいて、ＤＭＭグループ０にクラスタリングされ、２つの突然変異がＨＬＡ−Ｉ座位に検出され、ＨＬＡ−Ｉ低突然変異荷重と分類された。患者のＨＬＡ−Ｉサブタイプから、６種類のネオ抗原が予測された。したがって、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法は、この患者に有効なＣＢＲをもたらすと予測された。
【０５１２】
この患者は、１３年前に左肺腫瘍の根治手術を受け、その後、４サイクルのアジュバント化学療法と縦隔ＣＴスキャンを受けた。再検査中に頭蓋内転移が検出され、腫瘍サイズが〜３ｃｍ（図２７Ａ）であり、右半側麻痺を伴っていた。２０サイクルの標的化放射線（線量の情報は不明）後、腫瘍のサイズは小さくなった（図２７Ｂ）。次に、この患者は、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））単独療法を受けた。２サイクルの治療後、ＣＴによる再検査によって、頭蓋内腫瘍が更に小さくなったことが示され（図２７Ｃ）、臨床症状により、片側不全麻痺側の筋力が徐々に回復していることが示された。６サイクルのＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））単独療法を受けた後、ＣＴによる再検査によって、頭蓋内腫瘍及び浮腫の状態が更に改善していることが示唆され（図２７Ｄ）、臨床症状によって、片側不全麻痺側の筋力と、細かい動きを行う能力が徐々に回復していることが示された。放射線療法及び６ヶ月のＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））単独療法を終えた後、患者は、部分奏功（ＰＲ）であると臨床的に評価された。この臨床的結果は、配列解析によって予測された通りであった。
【０５１３】
考察
養子Ｔ細胞免疫療法後の「可逆的ＨＬＡ−Ｉ欠損」を有する患者では、Ｔ細胞は、ＩＦＮ−γを局所的に分泌し、ＨＬＡ−Ｉ分子の発現を上方制御できる。したがって、養子Ｔ細胞免疫療法を受ける前に、患者が「不可逆的ＨＬＡ−Ｉ欠損」を有するかどうかを評価することは、臨床的に非常に重要であろう。
【０５１４】
上記の５種類の腫瘍組織サンプルに基づく配列決定の結果は、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））及び／又はＭＡＳＣＴ治療後のＣＢＲと、ＤＮＡのＭＭＲ欠損状態（ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６及びＰＭＳ２の座位で検出された突然変異）との間の相関が、ＣＢＲとＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異荷重との間に比べて弱いことを示唆している。ＭＭＲ欠損は、がん細胞での突然変異率に増加につながる場合があり、それが、理論的にはネオ抗原の増加につながり得る。しかしながら、これらのがん細胞のＨＬＡ−Ｉ分子の発現が低い、又はない場合、ネオ抗原は、認識用に効率的に提示されず、免疫細胞による細胞傷害性作用を引き起こさない。したがって、がん細胞における有効なネオ抗原提示のためにＨＬＡ−Ｉ分子が利用できることは、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法を有効にするための要件の１つである。症例１、ＬＱＬは、この仮説を支持しており、多くの突然変異が腫瘍組織中に検出された（合計３２４３箇所の突然変異が検出された）が、ＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異荷重も非常に高かったため、ＰＤ−１阻害剤（キイトルーダ（登録商標））療法又はＭＡＳＣＴは、顕著な臨床効果を示さなかった。
【０５１５】
ＨＬＡ−Ｉ遺伝子は高い多型性を有しているため、腫瘍組織中のＨＬＡ−Ｉ遺伝子の突然変異情報を入手した後、特定の座位におけるアミノ酸突然変異がＨＬＡ−Ｉ分子による抗原提示に影響するか、かつどの程度影響するかを判定するため、更なる検査が必要である。この試験では、統計解析を行い、がん患者の層別解析し、かつ、臨床反応とＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異荷重との間の相関を測定できるように、各患者の腫瘍組織中のＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異荷重に基づいて、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法に応答する１つのグループ、及び応答しない１つのグループにクラスタリングした。５症例の研究によると、低ＨＬＡ−Ｉ突然変異荷重の３人の患者は、ＭＨＣ−Ｉ拘束性免疫療法に対して有効なＣＢＲを示した一方で、高ＨＬＡ−Ｉ突然変異荷重の２人の患者は、かかる療法に対する有効なＣＢＲを示さなかった。この実施例は、患者サンプルのＮＧＳデータのバイオインフォマティクス解析を行って、ネオ抗原数及びＨＬＡ−Ｉ遺伝子突然変異荷重に基づく、がん免疫療法（例えば、ＰＤ−１阻害剤キイトルーダ（登録商標）を用いる）及び養子Ｔ細胞療法（例えばＭＡＳＣＴ）の予後予測を行うことによって、患者に精密免疫療法を提供できる、最初の臨床的発見を報告する。この発見を裏付ける、より大きいサンプルサイズを用いた臨床試験が進行中である。
【０５１６】
実施例６−ネオ抗原−ＭＡＳＣＴで治療した結腸直腸がん患者の症例研究
患者ＸＭＺ（男性、５８才）は、結腸がんと診断され、結腸切除を受けた。病理分析では、ステージＩＩの結腸がんであることを示された。結腸切除３年後、患者のＣＴＣを観察すると、ＣＴＣ量が１９４個／１０ｍＬであることが示された。この患者は、図２８に概略が示される、３回の治療サイクルの精密ＭＡＳＣＴを受けた。
【０５１７】
簡潔に言えば、第１工程として、患者の腫瘍生検サンプルの配列決定を行い、ＯＮＣＯＧＸＯＮＥ（商標）がん関連遺伝子＋ＨＬＡパネル（ＡｄｍｅｒａＨｅａｌｔｈ）を用いて解析した。ＯＮＣＯＧＸＯＮＥ（商標）＋ＨＬＡパネルは、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ又はＨｉＳｅｑ配列決定プラットフォームを用いて、がん種に特異的な、ＨＬＡ座位を含む約１５０〜４００の遺伝子の配列決定を行った。Ａｇｉｌｅｎｔ  ＳＵＲＥＳＥＬＥＣＴ（商標）標的増強キットを用いて、サンプル中の標的配列を増強させた。標的配列領域は、各遺伝子座位の約２〜５．４Ｍｂに広がり、全てのエクソン、ＵＴＲ、及び関連するイントロン領域をカバーする。平均被覆深度は、約１００回であった。配列データに基づいて、点変異、インデル、転位、及びコピー数多型（ＣＮＶ）などのゲノム変異を判定した。
【０５１８】
患者サンプルのＯＮＣＯＧＸＯＮＥ（商標）＋ＨＬＡ分析により、患者が、ＥＧＦＲに対するモノクローナル抗体、例えばセツキシマブ、又はパニツムマブでの治療に対する患者の感受性を低下させ得る、ＫＲＡＳ遺伝子中のＧ１２Ａ点変異を有していたことが明らかになった。この患者は、ＸＲＣＣ１遺伝子の残基Ｑ３９９において点変異を有しており、白金系抗がん剤への応答が増強する可能性が示唆された。この患者は、ＭＴＨＦＲ及びＴＹＭＳ中に突然変異を有しており、５−ＦＵへの応答が増強する可能性が示唆された。この患者は、ＣＹＰ２Ｄ６中に突然変異を有しており、タモキシフェン又はオピオイド系鎮痛剤への応答が低下する可能性が示唆された。配列決定の結果に基づいて予測される、有用である可能性がある薬剤として、抗ＰＤ−１抗体（例えばオプジーボ（登録商標）又はキイトルーダ（登録商標））、ＰＤ−０３３２９９１（パルボシクリブ）、及びトラメチニブ（例えばＭＥＫＩＮＩＳＴ（登録商標））が挙げられる。
【０５１９】
加えて、配列決定の結果に基づくＨＬＡサブタイプ及び突然変異解析によって、患者が、ＨＬＡ−Ｉ遺伝子中に、ＨＬＡ−Ａ座位中の１つ、及びＨＬＡ−Ｃ座位中の１つを含む、２ヶ所の欠失突然変異を有していたことが明らかとなった。患者の腫瘍サンプルのＨＬＡ−Ｉサブタイプ及び突然変異荷重の結果を、以下の表３及び４に示す。患者のＨＬＡ座位の機能性解析により、ＭＨＣ−Ｉ拘束性療法、例えばＴ細胞系療法が、この患者に有効である可能性が示唆された。
【０５２０】
【表３】
2018512380.tif 000005
【０５２１】
【表４】
2018512380.tif 000006
【０５２２】
配列解析に基づいて、４種類のネオ抗原候補を発見した（図２９Ａ）。それぞれ、ネオ抗原ＭＴＨＲ−Ａ２２２Ｖ及びＭＬＬ３−Ｃ９８８Ｆに基づいて、２種類の新たな抗原ペプチドを設計した。また、我々の抗原ペプチドライブラリから、ネオ抗原ペプチドであるＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖを選択した。患者のＳ字結腸腫瘍に特異的なＭＡＳＣＴ治療用に、合わせて１６種類の抗原ペプチド（ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＥＴ、ＭＵＣ１、Ｋｒａｓ−３、ネオ抗原１＋２を含む）を抗原ペプチドプールに含めた。
【０５２３】
ネオ抗原ペプチドを含む抗原ペプチドプールを用いた精密ＭＡＳＣＴ治療を３サイクルした後、患者の血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数は低下した（図２９Ｂ）。患者由来のＰＢＭＣサンプルを、ＥＬＩＳＰＯＴによって分析し、抗原特異的Ｔ細胞応答を評価した。ＥＬＩＳＰＯＴの結果（図２９Ｃ）から、患者のＰＢＭＣが、ＭＵＣ１及びネオ抗原（ネオ抗原１＋１、Ｋｒａｓ−３）に対して強い特異的応答を呈するＴリンパ球を有している一方で、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、及びＭＥＴに対する特異的応答も顕著であったことが明らかとなった。腫瘍ネオ抗原及び腫瘍関連抗原に対して特異的なＴ細胞は、患者のＰＢＭＣ中に存在し、ＭＡＳＣＴ治療の期間にわたって増殖した。３サイクルのＭＡＳＣＴ治療を受けた後、患者の気力及び体力が改善し、並びに、外観が変化した（例えば、毛髪や髭が黒くなった）と報告された。
【０５２４】
実施例７−ＭＡＳＣＴ治療に対する患者の予後予測及び層別化
この実施例は、患者におけるネオ抗原数（すなわちネオ抗原荷重）及びＨＬＡ分子の突然変異荷重に基づいて、ＭＨＣ拘束性療法、例えばＭＡＳＣＴ治療（精密ＭＡＳＣＴを含む）を受ける患者の予後予測及び層別化を提供する代表的なモデルを示す。
【０５２５】
４０人のがん患者由来の腫瘍サンプルにおける、ＨＬＡ分子の突然変異荷重及びネオ抗原を測定し、実施例５に記載する方法を用いて解析した。患者が、（１）Ｂ２Ｍ中に突然変異がない、（２）ＨＬＡ遺伝子の機能性領域（例えば、リーダーペプチド配列、ａ１ドメイン、ａ２ドメイン又はａ３ドメイン）中に突然変異がない、（３）ＨＬＡ−ＩＡ、Ｂ、又はＣ遺伝子中の突然変異が２つ未満、及び、（４）ネオ抗原が５つ超である場合に、患者は、ＭＨＣ拘束性療法が有用であると予測された。患者が、（１）Ｂ２Ｍ中に突然変異がない、（２）ＨＬＡ遺伝子の機能性領域（例えば、リーダーペプチド配列、ａ１ドメイン、ａ２ドメイン又はａ３ドメイン）中に突然変異がない、（３）ＨＬＡ−ＩＡ、Ｂ、又はＣ遺伝子中の突然変異が少なくとも２つかつ１０個未満、及び、（４）ネオ抗原が５つ未満である場合に、患者は、ＭＨＣ拘束性療法が有用である可能性ありと予測された。患者が、（１）Ｂ２Ｍ中に１つ若しくは２つ以上の突然変異がある、又は、（２）ＨＬＡ−ＩＡ、Ｂ、若しくはＣ遺伝子中に少なくとも１０個の突然変異がある場合に、患者は、ＭＨＣ拘束性療法が有用でないと予測された。９人の患者が、ＭＡＳＣＴ及び／又は免疫チェックポイント阻害治療を含むＭＨＣ拘束性療法を受けた。以下の表５は、３種類の予後予測群の患者の臨床反応を示す。
【０５２６】
【表５】
2018512380.tif 000007
【０５２７】
実施例８−肝細胞がん患者におけるＭＡＳＣＴの安全性
４５人の肝細胞がん患者をＭＡＳＣＴで治療し、臨床反応、肝及び腎機能、定期的血液検査結果、及び有害反応などの臨床データを収集して、後ろ向きに解析した。これらの患者は、何らかのその他免疫療法を受けておらず、ＭＡＳＣＴを受ける前の最後に受けた治療（手術、放射線療法、化学療法）は、ＭＡＳＣＴに先立って少なくとも１ヶ月又はそれ以上前に完了していた。図３０Ａは、４５人の患者の臨床的特徴を示す。
【０５２８】
実施例１に記載される方法に従って、ＭＡＳＣＴ用の細胞を調製した。簡潔に言えば、１日目に各患者からＰＢＭＣを単離し、付着性細胞をＤＣに誘導した。ＤＣに、１４種類の複数抗原ペプチドを取り込ませ、成熟ＤＣ（ｍＤＣ）を調製した。８日目、ｍＤＣのごく一部を患者に皮下注射した。７日目から、ＰＢＭＣサンプルの非付着性細胞を、ｍＤＣの残りと共培養して細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）に誘導し、これを、２６日目に静脈内に注入した。ｍＤＣ及びＣＴＬの特徴を確認し、確実な品質管理を行った。ｍＤＣでは、ＣＤ８０＋細胞の割合は９８．５±５％、ＣＤ８３＋細胞の割合は８８±１０％、ＣＤ８６＋細胞の割合は９８．４±３％、かつ、ＨＬＡ−ＤＲ＋細胞の割合は９８．８±２％であった。ｍＤＣは、高レベルのＩＬ−１２（９８５±３１２ｐｇ／ｍＬ）、低レベルのＩＬ−１０（５３±１０ｐｇ／ｍＬ）を分泌した。ＣＴＬでは、ＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞の割合は８３±１０％、かつ、ＣＤ３＋ＣＤ５６＋細胞の割合は２４±５％であった。ＣＴＬは、高レベルのＩＦＮ−γ（１２２２±６５０ｐｇ／ｍＬ）、及び低レベルのＩＬ−１０（６．８±５．０ｐｇ／ｍＬ）を分泌した。
【０５２９】
４５人の患者は全て、ＭＡＳＣＴ治療を受けた後、様々な程度で臨床症状の改善が見られた。多くの患者で、気力、食欲、睡眠、及び体力の改善が報告された。活性免疫細胞注入後の主な有害事象は、中等度の発熱（２人、４．４４％）であった。発熱はＣＴＬ注入約１時間後に起こり、両症例において、発熱は３８．５℃以下であった。休息、飲水、及び身体冷却後、患者は正常な体温に回復した。他に重篤な有害事象は観察されなかった。
【０５３０】
図３０Ｂは、ＭＡＳＣＴ治療前及び最後のＭＡＳＣＴ治療後の４５人の患者の定期的血液検査の結果を示す。全ての患者の定期的血液検査の結果において、異常は見られなかった。白血球（ＷＢＣ）数（Ｐ＝０．０４１１）、及び好中球（Ｎｅｕ）数（Ｐ＝０．００１５）は、ＭＡＳＣＴ治療の前後で顕著な変化が見られたが、正常範囲内であるため、有意な臨床的効果ではなかった。ヘモグロビン（ＨＢ）及び血小板（ＰＬＴ）数は、統計的に有意な変化を示さなかった。統計解析は、ＳＰＳＳ  １９．０ソフトウェアを使用したｔ検定を用いて実施した。
【０５３１】
図３０Ｃは、ＭＡＳＣＴ治療前及び最後のＭＡＳＣＴ治療後の４５人の患者における、ＡＬＴ、ＡＳＴ、ＴＢＩＬ、ＣＲ及びＢＵＮレベルを示す。全ての患者の肝又は腎機能において、異常は見られなかった。ＭＡＳＣＴ治療前の２人の患者のデータは入手できなかった。ＡＳＴ（ｐ＝０．０１９８）及びＴＢＩＬ（ｐ＝０．０１７７）レベルは、ＭＡＳＣＴ治療後に統計的に有意な変化を示し、ＡＬＴも、臨床的に意義のある増加傾向を示した。ＣＲ及びＢＵＮレベルは、ＭＡＳＣＴ治療後に統計的に有意な変化を示さなかった。
【０５３２】
４〜６回のＭＡＳＣＴ治療後、肝機能データを６回の受診時に入手した（ベースラインレベルから５回のＭＡＳＣＴ治療後まで）。図３０Ｄは、５回のＭＡＳＣＴ治療期間中における、１０人の患者のＡＬＴ及びＡＳＴレベルの変化を示す。レベルが大きく変動した、６回目の受診時に、ＡＬＴレベルが２８８ＩＵ／Ｌまで増加する原因となった肝移植を受けた１人の患者、及び、６回目の受信時に、レベルが５７２ＩＵ／Ｌに増加する原因となったＴＡＣＥ療法を受けた２人目目の患者を含む、２人の患者を除外した。患者のＡＬＴ及びＡＳＴレベルを長期間比較すると、統計的に有意な変化は見られなかった。
【０５３３】
この結果は、ＭＡＳＣＴ治療がＨＣＣ患者にとって安全であることを示す。
【図１】
2018512380.tif 000008
【図２Ａ】
2018512380.tif 000009
【図２Ｂ】
2018512380.tif 000010
【図２Ｃ】
2018512380.tif 000011
【図３】
2018512380.tif 000012
【図４Ａ】
2018512380.tif 000013
【図４Ｂ】
2018512380.tif 000014
【図５】
2018512380.tif 000015
【図６】
2018512380.tif 000016
【図７Ａ】
2018512380.tif 000017
【図７Ｂ】
2018512380.tif 000018
【図８Ａ】
2018512380.tif 000019
【図８Ｂ】
2018512380.tif 000020
【図９Ａ】
2018512380.tif 000021
【図９Ｂ】
2018512380.tif 000022
【図１０Ａ】
2018512380.tif 000023
【図１０Ｂ】
2018512380.tif 000024
【図１１】
2018512380.tif 000025
【図１２】
2018512380.tif 000026
【図１３−１】
2018512380.tif 000027
【図１３−２】
2018512380.tif 000028
【図１４】
2018512380.tif 000029
【図１５】
2018512380.tif 000030
【図１６Ａ】
2018512380.tif 000031
【図１６Ｂ】
2018512380.tif 000032
【図１７Ａ】
2018512380.tif 000033
【図１７Ｂ】
2018512380.tif 000034
【図１７Ｃ】
2018512380.tif 000035
【図１７Ｄ】
2018512380.tif 000036
【図１８】
2018512380.tif 000037
【図１９Ａ】
2018512380.tif 000038
【図１９Ｂ】
2018512380.tif 000039
【図１９Ｃ】
2018512380.tif 000040
【図２０Ａ】
2018512380.tif 000041
【図２０Ｂ】
2018512380.tif 000042
【図２１Ａ】
2018512380.tif 000043
【図２１Ｂ】
2018512380.tif 000044
【図２２】
2018512380.tif 000045
【図２３Ａ】
2018512380.tif 000046
【図２３Ｂ】
2018512380.tif 000047
【図２４Ａ】
2018512380.tif 000048
【図２４Ｂ】
2018512380.tif 000049
【図２５Ａ】
2018512380.tif 000050
【図２５Ｂ】
2018512380.tif 000051
【図２６】
2018512380.tif 000052
【図２７】
2018512380.tif 000053
【図２８】
2018512380.tif 000054
【図２９Ａ】
2018512380.tif 000055
【図２９Ｂ】
2018512380.tif 000056
【図２９Ｃ】
2018512380.tif 000057
【図３０Ａ】
2018512380.tif 000058
【図３０Ｂ】
2018512380.tif 000059
【図３０Ｃ】
2018512380.tif 000060
【図３０Ｄ】
2018512380.tif 000061
【配列表】
2018512380000001.app
【国際調査報告】
2018512380.tif 000062
2018512380.tif 000063
2018512380.tif 000064
2018512380.tif 000065
2018512380.tif 000066