(57)【要約】  本明細書には、ＪＡＧ１の発現を増加させるための、および必要としている被験体、例えば、不足したＪＡＧ１タンパク質発現を有する被験体またはアラジール症候群（ＡＬＧＳ）を有する被験体を処置するための方法および組成物が提供される。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体の細胞により標的タンパク質または機能ＲＮＡの発現を増加させることによって必要としている被験体のアラジール症候群を処置する方法であって、該細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、該ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードし、該方法は、被験体の細胞を、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質または機能ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
【請求項２】
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有している細胞によってＪＡＧ１である標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、該ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＪＡＧ１タンパク質をコードし、該方法は、細胞を、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＪＡＧ１タンパク質の発現を増加させる、方法。
【請求項３】
標的タンパク質がＪＡＧ１である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
標的タンパク質または機能ＲＮＡが、被験体において量または活性が不足している標的タンパク質または機能ＲＮＡを機能的に増強または交換する、補償するタンパク質または補償する機能ＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
細胞が、ＪＡＧ１タンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体内にあるか又は被験体に由来する、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
標的タンパク質の量の不足が、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、および標的タンパク質が産生されない第２の対立遺伝子、または非機能性の標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、請求項１乃至５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
被験体が、標的タンパク質の量または機能の不足から結果として生じる障害によって引き起こされた疾病を有し、ここで被験体が、
ａ．第１の変異対立遺伝子であって、
ｉ．標的タンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、低下したレベルで産生される、
ｉｉ．標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で産生される、または
ｉｉｉ．標的タンパク質が産生されない、第１の変異対立遺伝子、および
ｂ．第２の変異対立遺伝子であって、
ｉ．標的タンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、低下したレベルで産生される、
ｉｉ．標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で産生される、または
ｉｉｉ．標的タンパク質が産生されない、第２の変異対立遺伝子を有し、および
ここで被験体が、ａ．ｉｉｉ．の第１の変異対立遺伝子を有するときに、第２の変異対立遺伝子は、ｂ．ｉ．またはｂ．ｉｉ．の変異対立遺伝子であり、被験体が、ｂ．ｉｉｉ．の第２の変異対立遺伝子を有するときに、第１の変異対立遺伝子は、ａ．ｉ．またはａ．ｉｉ．の変異対立遺伝子であり、およびＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ａ．ｉ．またはａ．ｉｉ．である第１の変異対立遺伝子及び／又はｂ．ｉ．またはｂ．ｉｉ．である第２の変異対立遺伝子のいずれかから転写される、請求項１乃至５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した形態で産生される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
標的タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して完全に機能的である形態で産生される、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６の領域から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６の領域内にある、請求項１乃至９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、保持されたイントロンにおいて、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する、＋６から＋５００、＋６から＋４００、＋６から３００、＋６から２００、または＋６から＋１００の領域内；または
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する、−１６から−５００、−１６から−４００、−１６から−３００、−１６から−２００、または−１６から−１００の領域内にある、請求項１乃至９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内；または
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内にある、請求項１乃至９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項１乃至１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１乃至１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
アンチセンスオリゴマーが、機能ＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能ＲＮＡの量を増加させない、請求項１乃至１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
アンチセンスオリゴマーが、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能ＲＮＡの量を増加させない、請求項１乃至１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、全長ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングまたは野生型ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって産生された、請求項１乃至１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡが、全長成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである、請求項１乃至１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、請求項１乃至１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
アンチセンスオリゴマーと接触させられた細胞内で産生された標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞において産生された標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１倍から約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から約１０倍、約３倍から約１０倍、約４倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１倍から約６倍、約１．１倍から約７倍、約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、約４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加される、請求項１乃至１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
アンチセンスオリゴマーと接触させられた細胞によって産生された標的タンパク質の総量は、対照細胞によって産生された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１倍から約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から約１０倍、約３倍から約１０倍、約４倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１倍から約６倍、約１．１倍から約７倍、約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、約４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加される、請求項１乃至２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項１乃至２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項１乃至２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
アンチセンスオリゴマーが、少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項１乃至２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
各糖部が、修飾された糖部である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
アンチセンスオリゴマーが、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基から成る、請求項１乃至２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
アンチセンスオリゴマーが、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項１乃至２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３７−４３９から選択される配列内にある、請求項１乃至２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
アンチセンスオリゴマーが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項１乃至２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
アンチセンスオリゴマーが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１乃至２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
細胞が、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は、２つ以上の保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１乃至３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
最も豊富な保持されたイントロンへのアンチセンスオリゴマーの結合が、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを産生するために、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
細胞が、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は、２つ以上の保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団において２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１乃至３０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
２番目に豊富な保持されたイントロンへのアンチセンスオリゴマーの結合が、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを産生するために、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
疾病が、疾患また障害である、請求項５乃至３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
疾患または障害が、アラジール症候群または筋ジストロフィーである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
標的タンパク質およびＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、ＪＡＧ１遺伝子によってコードされる、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
ＪＡＧ１タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、請求項１乃至３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
アンチセンスオリゴマーが、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、ここで標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、および５７から選択される配列内にある、請求項１乃至３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
被験体がヒトである、請求項１乃至３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
被験体がヒト以外の動物である、請求項１乃至３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
被験体が、胎児、胚、または小児である、請求項１乃至４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４３】
細胞がエクスビボにある、請求項１乃至４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
アンチセンスオリゴマーが、被験体の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって投与される、請求項１乃至４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４５】
５’スプライス部位に隣接しているエクソンの−３ｅから−１ｅおよび保持されたイントロンの＋１から＋６での９つのヌクレオチドが、対応する野生型配列と同一である、請求項１乃至４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
保持されたイントロンの−１５から−１および３’スプライス部位に隣接しているエクソンの＋１ｅでの１６のヌクレオチドは、対応する野生型配列と同一である、請求項１乃至４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】
請求項１乃至３９のいずれか１項の方法で使用される、アンチセンスオリゴマー。
【請求項４８】
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、アンチセンスオリゴマー。
【請求項４９】
請求項４７または４８のアンチセンスオリゴマーおよび賦形剤を含む、医薬組成物。
【請求項５０】
腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射により医薬組成物を投与することによって必要としている被験体を処置する方法。
【請求項５１】
タンパク質不足または機能ＲＮＡ不足に関係する必要としている被験体のアラジール症候群を処置するために細胞によって標的タンパク質または機能ＲＮＡの発現を増加させる方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、ここでタンパク質不足または機能ＲＮＡ不足は、被験体における量または活性の不足であり、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の構成的スプライシングを増強し、ここで標的タンパク質は、
（ａ）不足したタンパク質；または
（ｂ）被験体において不足したタンパク質を機能的に増強または交換する、補償するタンパク質であり、
および機能ＲＮＡは、
（ａ）不足したＲＮＡ；または
（ｂ）被験体において不足した機能ＲＮＡを機能的に増強または交換する、補償する機能ＲＮＡであり、
ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質または機能ＲＮＡの産生または活性を増加させる、組成物。
【請求項５２】
必要としている被験体においてＪＡＧ１タンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、該方法は、被験体の細胞によってＪＡＧ１タンパク質の発現を増加させる工程を含み、ここで細胞は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含む、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＪＡＧ１タンパク質をコードし、該方法はまた、細胞をアンチセンスオリゴマーと接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質または機能ＲＮＡの発現を増加させる、組成物。
【請求項５３】
疾病が、疾患また障害である、請求項５２に記載の組成物。
【請求項５４】
疾患または障害が、アラジール症候群または筋ジストロフィーである、請求項５３に記載の組成物。
【請求項５５】
標的タンパク質およびＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、ＪＡＧ１遺伝子によってコードされる、請求項５４に記載の組成物。
【請求項５６】
アンチセンスオリゴマーが、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６の領域から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６の領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項５１乃至５５のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項５７】
アンチセンスオリゴマーが、保持されたイントロンにおいて、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から＋１００の領域内；または
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６から−１００の領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項５１乃至５６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項５８】
アンチセンスオリゴマーが、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００のヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００のヌクレオチド上流までの領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項５１乃至５７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項５９】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内；または
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内にある、請求項５１乃至５７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６０】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項５１乃至５９のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６１】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項５１乃至６０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６２】
アンチセンスオリゴマーが、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能ＲＮＡの量を増加させない、請求項５１乃至６１のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６３】
アンチセンスオリゴマーが、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより機能ＲＮＡまたは機能タンパク質の量を増加させない、請求項５１乃至６２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６４】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、全長ｍＲＮＡ前駆体または野生型ｍＲＮＡ前駆体から部分的スプライシングによって産生される、請求項５１乃至６３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６５】
標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡが、全長成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである、請求項５１乃至６４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６６】
産生される標的タンパク質が、全長タンパク質または野生型タンパク質である、請求項５１乃至６５のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６７】
保持されたイントロンが、律速のイントロンである、請求項５１乃至６６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６８】
保持されたイントロンが、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において最も豊富な保持されたイントロンである、請求項５１乃至６７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６９】
保持されたイントロンが、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において２番目に豊富な保持されたイントロンである、請求項５１乃至６７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７０】
アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項５１乃至６９のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７１】
アンチセンスオリゴマーが、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項５１乃至７０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７２】
アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項５１乃至７１のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７３】
アンチセンスオリゴマーが、少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項５１乃至７２のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７４】
各糖部が、修飾された糖部である、請求項７３に記載の組成物。
【請求項７５】
アンチセンスオリゴマーが、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基から成る、請求項５１乃至７４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７６】
アンチセンスオリゴマーが、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項５１乃至７５のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７７】
アンチセンスオリゴマーが、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、ここで標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３７−４３９から選択される配列内にある、請求項５１乃至７６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７８】
アンチセンスオリゴマーが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項５１乃至７７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７９】
アンチセンスオリゴマーが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項５１乃至７７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項８０】
請求項５１乃至７９の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマー、および賦形剤を含む、医薬組成物。
【請求項８１】
腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射により請求項８０の医薬組成物を投与することによって必要としている被験体を処置する方法。
【請求項８２】
不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマー、および薬学的に許容可能な賦形剤を含む、医薬組成物であって、ここで不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物は保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、医薬組成物。
【請求項８３】
不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物が、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である、請求項８２に記載の医薬組成物。
【請求項８４】
ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６の領域から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６の領域内にある、請求項８２または８３に記載の医薬組成物。
【請求項８５】
ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項８２乃至８４のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項８６】
ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項８２乃至８５のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項８７】
アンチセンスオリゴマーが、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項８２乃至８６のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項８８】
アンチセンスオリゴマーが、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項８２乃至８７のいずれか１項に記載の医薬化合物。
【請求項８９】
アンチセンスオリゴマーが、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む、請求項８２乃至８８のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９０】
アンチセンスオリゴマーが、少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項８２乃至８９のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９１】
アンチセンスオリゴマーが、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基を含む、請求項８２乃至９０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９２】
アンチセンスオリゴマーが、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項８２乃至９１のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９３】
ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３７−４３９から選択される配列内にある、請求項８２乃至９２のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９４】
アンチセンスオリゴマーが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項８２乃至９３のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９５】
アンチセンスオリゴマーが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項８２乃至９３のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９６】
医薬組成物が、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射のために製剤される、請求項８２乃至９５のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項９７】
ツベリンタンパク質の機能形態をコードする十分に処理されたＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物を産生するために、保持されたイントロンの除去を促進するように不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物の処理を誘発する方法であって、該方法は、
（ａ）アンチセンスオリゴマーを被験体の標的細胞と接触させる工程；
（ｂ）アンチセンスオリゴマーを不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物にハイブリダイズする工程であって、不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物が、ツベリンタンパク質の機能形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含む、工程；
（ｃ）ツベリンタンパク質の機能形態をコードする十分に処理されたＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物を産生するために、不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物から少なくとも１つの保持されたイントロンを除去する工程；および
（ｄ）十分に処理されたＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物からツベリンタンパク質の機能形態を翻訳する工程を含む、方法。
【請求項９８】
保持されたイントロンが、保持されたイントロン全体である、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物が、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である、請求項９７または９８に記載の方法。
【請求項１００】
ＪＡＧ１タンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体を処置する方法であって、該方法は、
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
＜相互参照＞
本出願は、２０１５年１２月１４日に出願された米国仮特許出願第６２／２６７，２１０号の利益を主張し、該仮出願は、その全体が引用により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
＜配列表＞
本出願は配列表を包含しており、これは、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介してＡＳＣＩＩフォーマットで提出され、その全体が引用により本明細書に組み込まれる。２０１６年１２月９日に作成された前記ＡＳＣＩＩのコピーは、４７９９１−７０５＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔのファイル名であり、２０１，１９２バイトのサイズである。前述のファイルは２０１６年１２月９日に作成され、その全体が引用により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００３】
動脈肝異形成症としても知られているアラジール症候群（ＡＬＧＳ）は、珍しい、衰弱させる、常染色体優性の多系統疾患である（Ｔｕｒｎｐｅｎｎｙ ａｎｄ Ｅｌｌａｒｄ， Ｅｕｒ． Ｊ． Ｈｕｍ． Ｇｅｎ． ２０１２， ２０， ２５１−２５７）。患者は胆管内の異常によって引き起こされた肝損傷を患う。他の影響としては、心臓病、血管形成異常、骨格異常、眼科的特徴、顔面特徴、腎異常、発達遅滞、および膵機能不全が挙げられる。１：７０，０００の報告されたＡＬＧＳの蔓延は、疾病の変動性および不完全浸透が原因で過小評価されていると考えられる。
【０００４】
Ｎｏｔｃｈシグナル伝達に関係する遺伝子の突然変異はＡＬＧＳを引き起こすことが報告された。ＪＡＧ１の突然変異はＡＬＧＳ１型を引き起こし、一方でＮＯＴＣＨ２の突然変異はＡＬＧＳ２型を引き起こし、これはＡＬＧＳ１型ほど蔓延していない。ＪＡＧ１は、Ｎｏｔｃｈ膜受容体に対する細胞表面リガンドである、ＪＡＧ１タンパク質をコードする。Ｎｏｔｃｈ受容体へのＪＡＧ１タンパク質の結合は、シグナル伝達カスケード引き起こし、その結果、細胞運命の決定および分化に関係する遺伝子の転写がもたらされる。
【発明の概要】
【０００５】
本発明は、アラジール症候群を処置するための組成物および方法を提供し、組成物は、ＪＡＧ１の保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）のイントロンスプライス部位での構成的スプライシングを促進するアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を含む。本発明はさらに、必要としている被験体、例えば、ＪＡＧ１タンパク質の増加された産生から恩恵を得ることができる被験体の細胞において、成熟ＪＡＧ１ ｍＲＮＡおよび順にＪＡＧ１タンパク質の産生を増加させるための組成物および方法を提供する。上記方法は、結果としてＪＡＧ１タンパク質産生の不足につながる、ミスセンス、スプライシング、フレームシフトおよびナンセンスの突然変異を含む、ＪＡＧ１遺伝子の突然変異に加えて、全遺伝子欠失によっても引き起こされるアラジール症候群を有する被験体を処置するために使用されてもよい。他の実施形態では、本発明の組成物および方法は、筋ジストロフィーを有する被験体を処置するために使用され、被験体はＪＡＧ１タンパク質の産生の増加から恩恵を得ることができる。
【０００６】
本明細書には、特定の実施形態において、被験体の細胞により標的タンパク質または機能ＲＮＡの発現を増加させることによって必要としている被験体のアラジール症候群を処置する方法が開示され、ここで該細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、該ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードし、該方法は、被験体の細胞を、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質または機能ＲＮＡの発現を増加させる。幾つかの実施形態において、本明細書にはまた、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有している細胞によって、ＪＡＧ１である標的タンパク質の発現を増加させる方法が開示され、該ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＪＡＧ１タンパク質をコードし、該方法は、細胞を、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＪＡＧ１タンパク質の発現を増加させる。幾つかの実施形態では、標的タンパク質はＪＡＧ１である。幾つかの実施形態では、標的タンパク質または機能ＲＮＡは、被験体において量または活性が不足している標的タンパク質または機能ＲＮＡを機能的に増強または交換する、補償する（ｃｏｍｐｅｎｓａｔｉｎｇ）タンパク質または補償する機能ＲＮＡである。幾つかの実施形態では、細胞は、ＪＡＧ１タンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体内にあるか又は被験体に由来する。幾つかの実施形態では、標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、標的タンパク質が産生されない第２の対立遺伝子、または非機能性の標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する。幾つかの実施形態では、被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障害によって引き起こされた疾病を有し、該被験体は、ａ）（ｉ）標的タンパク質が、野生型対立遺伝���からの産生と比較して、低下したレベルで産生させる、（ｉｉ）標的タンパク質が、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で産生される、または（ｉｉｉ）標的タンパク質が産生されない、第１の変異対立遺伝子、およびｂ）（ｉ）標的タンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、低下したレベルで産生させる、（ｉｉ）標的タンパク質が、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で産生される、または（ｉｉｉ）標的タンパク質が産生されない、第２の変異対立遺伝子を有し、ここで被験体が、ａ）（ｉｉｉ）の第１の変異対立遺伝子を有するときに、第２の変異対立遺伝子は、ｂ）（ｉ）またはｂ）（ｉｉ）の変異対立遺伝子であり、被験体が、ｂ）（ｉｉｉ）の第２の変異対立遺伝子を有するときに、第１の変異対立遺伝子は、ａ）（ｉ）またはａ）（ｉｉ）の変異対立遺伝子であり、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ａ）（ｉ）またはａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子及び／又はｂ）（ｉ）またはｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から転写される。幾つかの実施形態では、標的タンパク質は、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した形態で産生される。幾つかの実施形態では、標的タンパク質は、同等の野生型タンパク質と比較して完全に機能的である形態で産生される。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６の領域から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６の領域内にある。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する、＋６から＋５００、＋６から＋４００、＋６から３００、＋６から２００、または＋６から＋１００の領域内；または（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する、−１６から−５００、−１６から−４００、−１６から−３００、−１６から−２００、または−１６から−１００の領域内にある。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内；または（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内にある。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。幾つかの実施形態では、ヌクレオチド構築物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、機能ＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能ＲＮＡの量を増加させない。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク���または機能ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能ＲＮＡの量を増加させない。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングまたは野生型ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって産生された。幾つかの実施形態では、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである。幾つかの実施形態では、産生される標的タンパク質は、全長タンパク質または野生型タンパク質である。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーと接触させられた細胞内で産生された標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞において産生された標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１倍から約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から約１０倍、約３倍から約１０倍、約４倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１倍から約６倍、約１．１倍から約７倍、約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、約４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加される。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーと接触させられた細胞によって産生された標的タンパク質の総量は、対照細胞において産生された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１倍から約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から約１０倍、約３倍から約１０倍、約４倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１倍から約６倍、約１．１倍から約７倍、 約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、 約４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、 少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加される。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む。幾つかの実施形態では、各糖部は、修飾された糖部である。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基から成る。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３７−４３９から選択される配列内にある。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％配列同一性であるヌクレオチド配列を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６から選択されるヌクレオチド配列を含む。幾つかの実施形態では、細胞は、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は、２つ以上の保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣｍＲＮＡ前駆体の集団における最も豊富な保持されたイントロンに結合する。幾つかの実施形態では、最も豊富な保持されたイントロンへのアンチセンスオリゴマーの結合は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発し、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを産生する。幾つかの実施形態では、細胞は、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコー
ドする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は、２つ以上の保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団において２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する。幾つかの実施形態では、２番目に豊富な保持されたイントロンへのアンチセンスオリゴマーの結合は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発し、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを産生する。幾つかの実施形態では、疾病は、疾患また障害である。幾つかの実施形態では、疾患または疾病は、アラジール症候群または筋ジストロフィーである。幾つかの実施形態では、標的タンパク質およびＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＪＡＧ１遺伝子によってコードされる。幾つかの実施形態では、方法は、ＪＡＧ１タンパク質発現を評価する工程をさらに含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、ここで標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、および５７から選択される配列内にある。幾つかの実施形態では、被検体はヒトである。幾つかの実施形態では、被験体はヒト以外の動物である。幾つかの実施形態では、被験体は、胎児、胚、または小児である。幾つかの実施形態では、細胞はエクスビボにある。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、被験体の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって投与される。幾つかの実施形態では、５’スプライス部位に隣接しているエクソンの−３ｅから−１ｅおよび保持されたイントロンの＋１から＋６での９つのヌクレオチドは、対応する野生型配列と同一である。幾つかの実施形態では、保持されたイントロンの−１５から−１および３’スプライス部位に隣接しているエクソンの＋１ｅでの１６のヌクレオチドは、対応する野生型配列と同一である。
【０００７】
本明細書には、特定の実施形態において、上記の方法に使用されるアンチセンスオリゴマーが開示される。
【０００８】
本明細書には、特定の実施形態において、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または１００％の配列同一性を有する配列を含むアンチセンスオリゴマーが開示される。
【０００９】
本明細書には、特定の実施形態において、上記のアンチセンスオリゴマーおよび賦形剤を含む医薬組成物が開示される。
【００１０】
本明細書には、特定の実施形態において、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射により上記の医薬組成物を投与することによって必要としている被験体を処置する方法が開示される。
【００１１】
本明細書には、特定の実施形態において、タンパク質不足または機能ＲＮＡ不足に関係する必要としている被験体のアラジール症候群を処置するために細胞によって標的タンパク質または機能ＲＮＡの発現を増加させる方法に使用するための、アンチセンスオリゴマーを含む組成物が開示され、ここでタンパク質不足または機能ＲＮＡ不足は、被験体における量または活性の不足であり、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の構成的スプライシングを増強し、ここで標的タンパク質は、（ａ）不足したタンパク質；または（ｂ）被験体において不足したタンパク質を機能的に増強または交換する、補償するタンパク質であり、および機能ＲＮＡは、（ａ）不足したＲＮＡ；または（ｂ）被験体において不足した機能ＲＮＡを機能的に増強または交換する、補償する機能ＲＮＡであり、ここでＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質または機能ＲＮＡの産生または活性を増加させる。幾つかの実施形態において、本明細書にはまた、必要としている被験体においてＪＡＧ１タンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用するための、アンチセンスオリゴマーを含む組成物が開示され、該方法は、被験体の細胞によってＪＡＧ１タンパク質の発現を増加させる工程を含み、ここで細胞は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンを含む、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＪＡＧ１タンパク質をコードし、該方法はまた、細胞をアンチセンスオリゴマーと接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、標的タンパク質または機能ＲＮＡの発現を増加させる。幾つかの実施形態では、疾病は、疾患また障害である。幾つかの実施形態では、疾患または疾病は、アラジール症候群または筋ジストロフィーである。幾つかの実施形態では、標的タンパク質およびＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＪＡＧ１遺伝子によってコードされる。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６の領域から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６の領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンにおいて、（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から＋１００の領域内；または（ｂ）保持されたイントロンの���’スプライス部位に対する−１６から−１００の領域内にある。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００のヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００のヌクレオチド上流までの領域内にある、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内；または（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内にある。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能ＲＮＡの量を増加させない。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異から結果として生じる異常スプライシングを調節することにより標的タンパク質または機能ＲＮＡの量を増加させない。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長ｍＲＮＡ前駆体または野生型ｍＲＮＡ前駆体から部分的スプライシングによって産生された。幾つかの実施形態では、標的タンパク質または機能ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである。幾つかの実施形態では、産生される標的タンパク質は、全長タンパク質または野生型タンパク質である。幾つかの実施形態では、保持されたイントロンは、律速の（ｒａｔｅ−ｌｉｍｉｔｉｎｇ）イントロンである。幾つかの実施形態では、保持されたイントロンは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において最も豊富な保持されたイントロンである。幾つかの実施形態では、保持されたイントロンは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において２番目に豊富な保持されたイントロンである。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む。幾つかの実施形態では、各糖部は、修飾された糖部である。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸��基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基から成る。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、ここで標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３７−４３９から選択される配列内にある。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％配列同一性であるヌクレオチド配列を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６から選択されるヌクレオチド配列を含む。
【００１２】
本明細書には、特定の実施形態において、上記の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマー、および賦形剤を含む医薬組成物が開示される。幾つかの実施形態において、本明細書にはまた、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射により医薬組成物を投与することによって、必要としている被験体を処置する方法が記載される。
【００１３】
本明細書には、特定の実施形態において、不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマー、および薬学的に許容可能な賦形剤を含む、医薬組成物が開示され、ここで不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物は保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。幾つかの実施形態では、不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物は、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である。幾つかの実施形態では、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分は、保持されたイントロンにおいて、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６の領域から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６の領域内にある。幾つかの実施形態では、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。幾つかの実施形態では、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’−Ｏ−メチル、２’−フルオロ、または２’−Ｏ−メトキシエチル部分を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの修飾された糖部を含む。アンチセンスオリゴマーは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、または１２〜１５の核酸塩基を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。幾つかの実施形態では、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物���標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４３７−４３９から選択される配列内にある。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％配列同一性であるヌクレオチド配列を含む。幾つかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６から選択されるヌクレオチド配列を含む。幾つかの実施形態では、医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射または静脈内注射のために製剤される。
【００１４】
本明細書には、特定の実施形態において、ツベリンタンパク質の機能形態をコードする十分に処理されたＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物を産生するために、保持されたイントロンの除去を促進するように不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物の処理を誘発する方法が開示され、該方法は、（ａ）アンチセンスオリゴマーを被験体の標的細胞と接触させる工程；（ｂ）アンチセンスオリゴマーを不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物にハイブリダイズする工程であって、不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物が、ツベリンタンパク質の機能形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含む、工程；（ｃ）ツベリンタンパク質の機能形態をコードする十分に処理されたＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物を産生するために、不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物から少なくとも１つの保持されたイントロンを除去する工程；および（ｄ）十分に処理されたＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物からツベリンタンパク質の機能形態を翻訳する工程を含む。幾つかの実施形態では、保持されたイントロンは、保持されたイントロン全体である。幾つかの実施形態では、不足したＪＡＧ１ ｍＲＮＡの転写産物は、ＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物である。
【００１５】
本明細書には、特定の実施形態において、ＪＡＧ１タンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体を処置する方法が開示され、該方法は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３−４３６のいずれか１つに対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む。
【００１６】
＜参照による組み込み＞
本明細書で言及されるすべての出版物、特許、および特許出願は、あたかも個々の出版物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に指示される程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【図面の簡単な説明】
【００１７】
本発明の新規な特徴は、特に、添付の特許請求の範囲内に明記される。本発明の諸原則が利用される例示の実施形態について説明する以下の詳細な記載と、添付の図面を参照することで、本発明の特徴および利点についてのよりよい理解が得られるであろう。
【図１】図１は、例示的な保持されたイントロン含有（ＲＩＣ）ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の概略図を示す。５’スプライス部位コンセンサス配列は、−３ｅから−１ｅおよび＋１から＋６（「ｅ」のついた数字はエクソンであり、付いていない数字はイントロンである）の、下線部の文字（文字はヌクレオチド、大文字はエクソン部分、小文字はイントロン部分）で示される。３’スプライス部位コンセンサス配列は、−１５から−１および＋１ｅ（「ｅ」のついた数字はエクソンであり、ついていない数字はイントロンである）の、下線部の文字（文字はヌクレオチド、大文字はエクソン部分、小文字はイントロン部分）で示される。ＡＳＯスクリーニングのイントロンの標的部位は、保持されたイントロンの５’スプライス部位（左の矢印）に対応するヌクレオチド＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位（右の矢印）に対応するヌクレオチド−１６までを含む。実施形態では、ＡＳＯスクリーニングのイントロンの標的部位は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対応するヌクレオチド＋６から＋１００、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に対応するヌクレオチド−１６から−１００を含む。エクソンの標的部位は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソンの＋２ｅから−４ｅ、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接する＋２ｅから−４ｅのヌクレオチドを含む。「ｎ」または「Ｎ」はヌクレオチドを表し、「ｙ」はピリミジンを表す。図示された配列は、哺乳動物のスプライス部位のコンセンサス配列を表し、個々のイントロンおよびエクソンはすべての位置でコンセンサス配列をマッチングする必要があるとは限らない。
【図２Ａ】図２Ａは、核内遺伝子出力の標的化増大（Ｔａｒｇｅｔｅｄ  Ａｕｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｎｕｃｌｅａｒ  Ｇｅｎｅ  Ｏｕｔｐｕｔ）（ＴＡＮＧＯ）の概略図を示す。図２Ａは、核と細胞質区画に分割された細胞を示す。核では、エクソン（長方形）およびイントロン（接続線）からなる標的遺伝子のｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ｍＲＮＡを生成するためにスプライシングを受け、このｍＲＮＡは細胞質に輸送され、標的タンパク質に翻訳される。この標的遺伝子については、イントロン１のスプライシングは非効率的であり、保持されたイントロン含有（ＲＩＣ）ｍＲＮＡ前駆体は、主として核に蓄積し、細胞質に輸送された場合は標的タンパク質産生に至ることなく劣化する。図２Ｂは、核と細胞質区画に分割された同様の細胞の例を示す。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）での処置は、イントロン１のスプライシングを促進し、かつｍＲＮＡの増加をもたらし、これは順に、高位レベルの標的タンパク質に翻訳される。
【図２Ｂ】図２Ｂは、核内遺伝子出力の標的化増大（Ｔａｒｇｅｔｅｄ  Ａｕｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｎｕｃｌｅａｒ  Ｇｅｎｅ  Ｏｕｔｐｕｔ）（ＴＡＮＧＯ）の概略図を示す。図２Ａは、核と細胞質区画に分割された細胞を示す。核では、エクソン（長方形）およびイントロン（接続線）からなる標的遺伝子のｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ｍＲＮＡを生成するためにスプライシングを受け、このｍＲＮＡは細胞質に輸送され、標的タンパク質に翻訳される。この標的遺伝子については、イントロン１のスプライシングは非効率的であり、保持されたイントロン含有（ＲＩＣ）ｍＲＮＡ前駆体は、主として核に蓄積し、細胞質に輸送された場合は標的タンパク質産生に至ることなく劣化する。図２Ｂは、核と細胞質区画に分割された同様の細胞の例を示す。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）での処置は、イントロン１のスプライシングを促進し、かつｍＲＮＡの増加をもたらし、これは順に、高位レベルの標的タンパク質に翻訳される。
【図３】図３は、イントロン１３をもつＪＡＧ１遺伝子中のイントロン保持を詳細に示す。ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）を用いた、ＪＡＧ１遺伝子中のイントロン保持事象の特定は、ＵＣＳＣゲノムブラウザで視覚化され示される。上部パネルは、ＴＨＬＥ−３（ヒト肝上皮）細胞中に発現し、細胞質（上部）または核分画（底部）のいずれかに局在するＪＡＧ１転写産物に対応する読取密度を示す。このパネルの底部には、ＪＡＧ１遺伝子のグラフ表現が、目盛に合わせて示される。読取密度は、ピークとして示される。最も高い読取密度は、エクソン（ブラックボックス）に相当し、一方、いずれの細胞分画においてもイントロンの大半（矢印頭部を有する線）については、読取は観察されない。細胞質分画と比較してより高い読取密度は、核分画のイントロン１３、１８、および２３（矢印が示す部分）で検出され、これはイントロン１３、１８、および２３のスプライシング効率が低く、結果としてイントロン保持をもたらすことを示している。保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、主として核に蓄積し、ＪＡＧ１タンパク質に翻訳されない。ＴＨＬＥ−３細胞のイントロン１３についての読取密度は、生物情報学的な分析によって計算されるとおり１２％のイントロン保持を示す下部パネルに詳細に示される。
【図４】図４はＪＡＧ１遺伝子ＩＶＳ  １３  ＡＳＯウォークを示す。２’−ＯＭｅ  ＡＳＯ、ＰＳ骨格を使用して、５’スプライス部位のすぐ下流、または３’スプライス部位の上流の配列を標的とする、ＪＡＧ１  ＩＶＳ  １３に対して行われたＡＳＯウォークのグラフ表現が示される。ＡＳＯは、一度に５つのヌクレオチドの位置を変えることにより、これらの領域をカバーするように設計された。ＪＡＧ１エクソン−イントロン構造は目盛に合わせて示される。
【図５】図５は、放射性のＲＴ−ＰＣＲによって評価されるＪＡＧ１イントロン１３  ＡＳＯウォークを示す。上部では、エクソン１３−イントロン１３−エクソン１４の概略図（縮尺通りではない）は、ＲＴ−ＰＣＲアッセイに使用したプライマーＦｏｒｗａｒｄ１（Ｆ１）およびＲｅｖｅｒｓｅ１（Ｒ１）を示す。中央のパネルでは、代表的なゲルが、ＡＲＰＥ−１９細胞中６０ｎＭの濃度で、ＪＡＧ１偽処理（ｎｅｇ、ＲＮＡｉＭＡＸのみ）、ＡＳＯ処理されたＳＭＮ−対照、または、イントロン１３を標的とする２’−Ｏ−Ｍｅ  ＡＳＯで処理されたＳＭＮ−対照、の放射性ＲＴ−ＰＣＲ産物を示す。下部パネルでは、２つの独立した実験から得られたベータアクチンに正規化されたＪＡＧ１放射性ＲＴ−ＰＣＲ産物に対応するバンドの定量化を、偽処理した産物に対する倍数変化として棒グラフにプロットする。Ｙ軸上で１と標識された黒線は、１の比率（変化なし）を示す。
【図６】図６は、ＲＴ−ｑＰＣＲによって評価されたＪＡＧ１イントロン１３  ＡＳＯウォークを示す。左上では、ＲＴ−ｑＰＣＲアッセイの概略図はプライマー認識部位を示す。図３に示すような放射性ＲＴ−ＰＣＲによって評価された同じＡＳＯトランスフェクション実験を用いて得られたＲＴ−ｑＰＣＲ増幅結果を、βアクチン（上の棒グラフ）またはＲＰＬ３２（下の棒グラフ）に正規化した偽処理した産物に対してプロットし、放射性ＲＴ−ＰＣＲの結果を確認する。Ｙ軸上で１と標識された黒線は、１の比率（変化なし）を示す。
【図７】図７は、イントロン１８をもつＪＡＧ１遺伝子中のイントロン保持を詳細に示す。ＪＡＧ１遺伝子中のイントロン保持は、実施例中に本明細書に述べられているように、ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）によって特定され、ＵＣＳＣゲノムブラウザ中で視覚化された。ＴＨＬＥ−３細胞のイントロン１８についての読取密度が下のパネルに詳細に示され、生物情報学的な分析によって計算されるとおり１４％のイントロン保持を示す。
【図８】図８はＪＡＧ１遺伝子ＩＶＳ  １８  ＡＳＯウォークを示す。２’−ＯＭｅ  ＡＳＯ、ＰＳ骨格を使用して、５’スプライス部位のすぐ下流、または３’スプライス部位の上流の配列を標的とするＪＡＧ１  ＩＶＳ  １８に対して行われたＡＳＯウォークが図示される。ＡＳＯは、一度に５つのヌクレオチドの位置を変えることにより、これらの領域をカバーするように設計された。ＪＡＧ１エクソン−イントロン構造は目盛に合わせて示される。
【図９】図９は、放射性ＲＴ−ＰＣＲによって評価されるＪＡＧ１イントロン１８  ＡＳＯウォークを示す。上部では、エクソン１８からエクソン２０の概略図（縮尺通りではない）が、ＲＴ−ＰＣＲアッセイに使用したプライマーＦｏｒｗａｒｄ１（Ｆ１）およびＲｅｖｅｒｓｅ１（Ｒ１）を示す。中央のパネルでは、代表的なゲルが、ＡＲＰＥ−１９細胞中６０ｎＭの濃度で、実施例および図６の記載で本明細書中に述べられたように、ＪＡＧ１偽処理（ｎｅｇ、ＲＮＡｉＭＡＸのみ）、ＡＳＯ処理されたＳＭＮ−対照、または、イントロン１８を標的とする２’−Ｏ−Ｍｅ  ＡＳＯで処理されたＳＭＮ−対照、の放射性ＲＴ−ＰＣＲ産物を示す。２つの独立した実験から得られたベータアクチンに正規化されたＪＡＧ１放射性ＲＴ−ＰＣＲ産物に対応するバンドの定量化を、偽処理した産物に対する倍数変化として下の棒グラフにプロットする。Ｙ軸上で１と標識された黒線は、１の比率（変化なし）を示す。
【図１０】図１０は、ＲＴ−ｑＰＣＲによって評価されたＪＡＧ１イントロン１８  ＡＳＯウォークを示す。左上では、ＲＴ−ｑＰＣＲアッセイの概略図がプライマー認識部位を示す。図７に示すような放射性ＲＴ−ＰＣＲによって評価された同じＡＳＯトランスフェクション実験を用いて得られたＲＴ−ｑＰＣＲ増幅結果を、βアクチン（上の棒グラフ）またはＲＰＬ３２（下の棒グラフ）に正規化した偽処理した産物に対してプロットし、放射性ＲＴ−ＰＣＲの結果を確認する。Ｙ軸上で１と標識された黒線は、１の比率（変化なし）を示す。
【図１１】図１１は、イントロン２３をもつＪＡＧ１遺伝子中のイントロン保持を詳細に示す。ＪＡＧ１遺伝子中のイントロン保持は、実施例中および図１の記載で本明細書に述べられているように、ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）によって特定され、ＵＣＳＣゲノムブラウザ中で視覚化された。ＴＨＬＥ−３細胞のイントロン２３についての読取密度が下のパネルに詳細に示され、生物情報学的な分析によって計算されるとおり１７％のイントロン保持を示す。
【図１２】図１２はＪＡＧ１遺伝子ＩＶＳ  ２３  ＡＳＯウォークを示す。２’−ＯＭｅ  ＡＳＯ、ＰＳ骨格を使用して、５’スプライス部位のすぐ下流、または３’スプライス部位の上流の配列を標的とするＪＡＧ１  ＩＶＳ  ２３に対して行われたＡＳＯウォークが図示される。ＡＳＯは、一度に５つのヌクレオチドの位置を変えることにより、これらの領域をカバーするように設計された。ＪＡＧ１エクソン−イントロン構造は目盛に合わせて示される。
【発明を実施するための形態】
【００１８】
２つ以上のイントロンを有するタンパク質コード遺伝子の一次転写産物中の個々のイントロンは、異なる効率性をもつ一次転写産物からスプライシングされる。ほとんどの場合、完全にスプライシングされたｍＲＮＡだけが、続く細胞質での翻訳のために核膜孔を通じて輸送される。スプライシングされていない、または部分的にスプライシングされた転写産物は、核内で検出可能である。完全にスプライシングされていない転写産物の核内蓄積は、タンパク質に翻訳されうる細胞質中での有害な恐れのあるｍＲＮＡの蓄積を防止するメカニズムであると一般的に考えられる。いくつかの遺伝子については、最も効率性の低いイントロンのスプライシングは、細胞質中での翻訳に先立つ、遺伝子発現における律速的な転写後の工程である。
【００１９】
かなりのレベルの部分的にスプライシングされたＪＡＧ１遺伝子の転写産物、これは衰弱性の遺伝性疾患であるアラジール症候群において不足しているＪＡＧ１−タンパク質をコードするものであるが、これがヒト細胞の核で発見されてきた。これらのＪＡＧ１ｍＲＮＡ前駆体の種は少なくとも１つの保持されたイントロンを含む。本発明は、完全にスプライシングされた成熟ｍＲＮＡの定常状態での産生を増大させ、従って翻訳されたＪＡＧ１−タンパク質レベルを増大させるために、遺伝子発現の核段階において律速的である、１つ以上の保持されたＪＡＧ１イントロンのスプライシングをアップレギュレートするための組成物と方法を提供する。これらの組成物および方法は、核に蓄積する保持されたイントロン含有ＪＡＧ１ｍＲＮＡ前駆体のイントロンスプライス部位において構成的スプライシングを促進するアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を活用する。したがって、実施形態では、ＪＡＧ１の不足に起因する疾患を治療するために、本発明の方法を用いて、ＪＡＧ１−タンパク質を増加させる。
【００２０】
他の実施形態では、本発明の方法は、それを必要とする被験体の症状を治療するために、ＪＡＧ１−産生を増大させるために使用される。複数の実施形態では、被験体は、ＪＡＧ１が野性型に対して必ずしも不足していないが、それにも関わらずＪＡＧ１の増加が疾患を緩和する症状を有している。複数の実施形態では、被験体は筋ジストロフィーを患っている。複数の実施形態では、被験体はジストロフィン不足（ｄｙｓｔｒｏｐｈｉｎ  ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ）を患っている。例えば、Ｖｉｅｉｒａ  ｅｔ  ａｌ．、２０１５、  “Ｊａｇｇｅｄ  １  Ｒｅｓｃｕｅｓ  ｔｈｅ  Ｄｕｃｈｅｎｎｅ  Ｍｕｓｃｕｌａｒ  Ｄｙｓｔｒｏｐｈｙ  Ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ”、Ｃｅｌｌ  １６３：１２０４−１２１３は、筋肉におけるＪＡＧ１発現の増加がジストロフィン不足表現型をこの疾患の２つの異なる動物モデルにおいて救済できることを示唆する所見を記載している。
【００２１】
＜アラジール症候群＞
動脈肝異形成症とも呼ばれるアラジール症候群（ＡＬＧＳ）は、常染色体優性の多系統障害である（Ｔｕｒｎｐｅｎｎｙ  ａｎｄ  Ｅｌｌａｒｄ、２０１２）。主な臨床的および病理学的な所見は、肝内胆管の不足による肝臓病、心臓病、血管異常、骨格異常、眼の特徴、顔の特徴、腎臓の異常、成長遅延、および膵臓機能不全である。ＡＬＧＳの臨床的所見は、肝臓、心臓、脊椎、眼、または顔の異常を含む５つの臨床的特徴のうち３つの存在が胆管の不足とともに存在することに基づく、「古典的な」ＡＬＧＳの臨床的診断を伴って変動し得る（Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．、  ２００３、７２、１０６５〜１０７０；  Ｐｅｎｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．、Ｓｅｍｉｎａｒｓ  Ｃｅｌｌ＆Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．２０１２、２３、４５０−４５７）。報告されている１：７０，０００のＡＬＧＳの罹患率は、その状態のばらつきおよび浸透率の低下のために過小評価されていると考えられる。
【００２２】
Ｎｏｔｃｈシグナルに関する遺伝子の突然変異はＡＬＧＳを引き起こすと報告されてきた。ＪＡＧ１はＪＡＧ１タンパク質、Ｎｏｔｃｈ膜貫通型受容体のための細胞表面リガンドをコードする。ＪＡＧ１遺伝子のヒトのゲノムの配列は、例えば、Ｊｕｒｋｉｅｗｉｃｚ，  Ｄ．，  ｅｔ  ａｌ．，  ２０１４，  “Ｓｐｅｃｔｒｕｍ  ｏｆ  ＪＡＧ１  ｇｅｎｅ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｐｏｌｉｓｈ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  Ａｌａｇｉｌｌｅ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ，”  Ｊ．  Ａｐｐｌ．  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ５５：３２９−３３６、およびｔｈｅ  ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｔ  ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：  Ｐ７８５０４−１，  Ｏｄａ，Ｔ．，  ｅｔ  ａｌ．，  １９９７，  “Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｌｏｎｉｎｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｈｏｍｏｌｏｇ  （ＪＡＧ１）  ｏｆ  ｔｈｅ  ｒａｔ  Ｊａｇｇｅｄ１  ｇｅｎｅ  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  Ａｌａｇｉｌｌｅ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  ｃｒｉｔｉｃａｌ  ｒｅｇｉｏｎ  ａｔ  ２０ｐ１２，”  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ４３  （３）：  ３７６−３７９により記載されたＮＣＢＩ  Ｇｅｎｅ  ＩＤ  １８２に開示され、その全てが参照によって本明細書に組込まれる。ＪＡＧ１の正準のｍＲＮＡ配列はＮＣＢＩ参照配列：Ｄｕｒｙａｇｉｎａ  Ｒ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２０１３，  “Ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｊａｇｇｅｄ−１  ａｎｄ  ｉｔｓ  ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ  ｄｏｍａｉｎ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ  ｓｔｒｏｍａｌ  ｃｅｌｌｓ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ  ａｆｆｅｃｔ  ｔｈｅ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ  ｓｔｅｍ  ａｎｄ  ｐｒｏｇｅｎｉｔｏｒ  ｃｅｌｌｓ，”  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌｓ  Ｄｅｖ．  ２２  （２０），  ２７３６−２７５０に記載されたＮＭ＿０００２１４．２で開示されており、この両方が参照によって本明細書に組込まれた。ＮｏｔｃｈへのＪＡＧ１リガンドの結合は、細胞運命の決定および分化に関与する遺伝子の転写をもたらすシグナルカスケードを誘発する。ＪＡＧ１中の突然変異はＡＬＧＳ１型、すなわち最も蔓延している疾病型を引き起こし、その一方でＮＯＴＣＨ２中の突然変異はＡＬＧＳ２型を引き起こす。
【００２３】
ＪＡＧ１遺伝子は、２６のエクソンから成り、染色体２０ｐ１１．２−２０ｐ１２に位置する。ＡＬＧＳの中のＪＡＧ１突然変異は全タンパク質に広げられ、かつ、およそ６０％という高いデノボ突然変異率である。突然変異の８０％はフレームシフト変異、ナンセンス変異、およびスプライス部位の変異を含み；全体の遺伝子欠失が、突然変異の７％を占め、かつ、ミスセンス変異は１２％に相当する（Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ、２００３）。全体の遺伝子欠失は、短縮型変異（ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ）およびミスセンス変異で見られる表現型に類似した表現型をもたらすので、大多数の場合、ハプロ不全は疾患の原因である可能性の高いメカニズムである（Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３；  Ｔｕｒｎｐｅｎｎｙ  ａｎｄ  Ｅｌｌａｒｄ，２０１２）。
【００２４】
肝臓病を含む古典的なＡＬＧＳ表現型に関連した突然変異は機能的なハプロ不全を表し、その結果、ＪＡＧ１の細胞表面濃度は野生型レベルの５０％であった（Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．、２００３）。対照的に、ＪＡＧ１−Ｇ２７４Ｄタンパク質の発現を結果としてもたらすＪＡＧ１ミスセンス変異が、２つのタンパク質集団を産生し、１つの集団がグリコシル化欠損を示し、したがって細胞表面への輸送を妨げると報告されてきた。ＪＡＧ１−Ｇ２７４Ｄ突然変異は、肝臓疾患の非存在下での心臓特異的表現型と関連し、突然変異のキャリアは、細胞表面上のＪＡＧ１の正常濃度の５０％超だが１００％未満であった。したがって、発達中の肝臓は、発達中の心臓より少ないＪＡＧ１を必要とし得る（Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．、２００３）。
【００２５】
＜筋肉修復＞
上記のように、ＪＡＧ１がジストロフィン不足表現型を２つの動物モデルにおいて救済する可能性が記載されている（Ｖｉｅｉｒａ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２０１５）。デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）およびベッカー筋ジストロフィー（ＢＭＤ）を含む筋ジストロフィー中の筋肉ジストロフィンの不足は、進行性の筋肉変性および萎縮を引き起こす。ＤＭＤでは、呼吸不全または心不全により最終的に死亡する。これらの疾患ではＪＡＧ１は不足していないが、ＪＡＧ１のレベルが増大すると、筋細胞増殖および修復を刺激しうる。複数の実施形態では、本発明の方法および組成物は、その必要のある被験体の筋肉修復を刺激するようＪＡＧ１産生を増加させるために使用される。複数の実施形態では、被験体は筋ジストロフィーを患っている。複数の実施形態では、筋ジストロフィーはＤＭＤ、ＢＭＤ、または、肢帯、先天性、顔面肩甲上腕型、筋緊張性、眼咽頭筋、遠位、またはエメリー・ドレイフス型の筋ジストロフィーである。複数の実施形態では、被験体はジストロフィン不足を患っている。実施形態では、ジストロフィン不足はＤＭＤまたはＢＭＤである。複数の実施形態では、被験体は、（ＤＹＳＦ遺伝子によってコードされた）ジスフェリン、（ＥＭＤ遺伝子によってコードされた）エメリン、ＤＵＸ４、（ＤＭＰＫ遺伝子によってコードされた）筋緊張性ジストロフィープロテインキナーゼ（ＭＤＰＫ）またはジストロフィアミオトニカプロテインキナーゼ（ＤＭＫ）とも呼ばれるミオトニンプロテインキナーゼ（ＭＴ−ＰＫ）、（ＣＮＢＰ遺伝子によってコードされた）細胞核酸結合タンパク質、または、（ＰＡＢＰＮ１遺伝子によってコードされた）ポリアデニル化結合核タンパク質１（ＰＡＢＰＮ１）とも呼ばれるポリアデニル化結合タンパク質２（ＰＡＮＰ−２）、における不足によって引き起こされる筋ジストロフィーを有している。
【００２６】
＜保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）＞
複数の実施形態では、本明細書において示された方法は、細胞核中で、ＪＡＧ１遺伝子から転写され、ＪＡＧ１−タンパク質をコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣｍＲＮＡ前駆体）の存在を活用する。成熟し、完全にスプライシングされたＪＡＧ１  ｍＲＮＡを産出するための、特定のＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の種のスプライシングは、保持されたイントロンのスプライシングアウトを刺激するＡＳＯを用いて誘導される。結果としてもたらされる成熟ＪＡＧ１ｍＲＮＡは、細胞質に輸送され翻訳され、それによって被験体の細胞中のＪＡＧ１−タンパク質量を増加させ、アラジール症候群の症状を緩和する。この方法は以下でさらに詳述されるが、核内遺伝子出力の標的化増大（ＴＡＮＧＯ）として知られる。
【００２７】
ＪＡＧ１核の転写産物
本明細書の実施例に記載されるように、ＪＡＧ１遺伝子はイントロン保持事象について分析され、イントロン１３、１８および２３の保持が観察された。ＵＣＳＣゲノムブラウザによって視覚化されたＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）は、ＴＨＬＥ−３（ヒト肝上皮）細胞に発現したＪＡＧ１転写産物を示し、細胞質または核分画のいずれかに局在した。どちらの分画においても、読み取りは大多数のイントロンにおいて観察されなかった。しかしながら、細胞質分画と比較してより高い読取密度が、核分画のイントロン１３、１８および２３において検出され、これはイントロン１３、１８および２３のスプライシング効率が低く、結果としてイントロン保持をもたらすことを示している。保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、主として核に蓄積し、ＪＡＧ１タンパク質に翻訳されない。イントロン１３、１８および２３についての読取密度は、それぞれ、１２％、１４％および１７％のイントロン保持を示した。
【００２８】
表１は、ＪＡＧ１  ＲＩＣｍＲＮＡ前駆体の領域を標的化することによってＪＡＧ１タンパク質の産生を増加させるのに有用な、配列ＩＤごとのＪＡＧ１  ＲＩＣｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的配列、および、配列ＩＤごとのＡＳＯの、非限定的なリストを提供する。複数の実施形態では、この目的に有用な他のＡＳＯは、例えば、本明細書に記載の方法を用いて特定される。
【００２９】
【表１】
2018538288.tif 000003
【００３０】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＪＡＧ１ゲノム配列から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンを含むＪＡＧ１ゲノム配列からのＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンを含むＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１３、１８、２３またはその組み合わせで保持されたイントロンを含むＪＡＧ１のＲＩＣｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とし、ここにおいて、イントロンの番号付けは、ＮＭ＿０００２１４におけるｍＲＮＡ配列に一致する。
【００３１】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２で示されるＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３、保持されたイントロン１８、保持されたイントロン２３、またはそれらの組み合わせを含む、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：  ２に係るＪＡＧ１のＲＩＣｍＲＮＡ前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されるＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：４３７−４３９を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３−４３６のいずれか１つにかかる配列を有する。
【００３２】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣｍＲＮＡ前駆体のエクソン１８またはエクソン１９を標的とし、ここにおいて、イントロンの番号付けは、ＮＭ＿０００２１４におけるｍＲＮＡ配列に一致する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（または５’）のエクソン１８配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも、約４から約９９ヌクレオチド上流（または５’）の、エクソン１８配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（または３’）のエクソン１９配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約２から約７ヌクレオチド下流（または３’）の、エクソン１９配列を標的とする。
【００３３】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣｍＲＮＡ前駆体中のイントロン１８を標的とし、ここにおいてイントロンの番号付けはＮＭ＿０００２１４におけるｍＲＮＡ配列に相当する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（または３’）のイントロン１８配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約１６から約２３９ヌクレオチド下流（または３’）の、イントロン１８配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（または５’）のイントロン１８配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１８を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１６から約２５３ヌクレオチド上流（または５’）の、イントロン１８配列を標的とする。
【００３４】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣｍＲＮＡ前駆体のエクソン１３またはエクソン１４を標的とし、ここにおいて、イントロンの番号付けは、ＮＭ＿０００２１４におけるｍＲＮＡ配列に一致する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（または５’）のエクソン１３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約１４から約１３１ヌクレオチド上流（または５’）の、エクソン１３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（または３’）のエクソン１４配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約２から約１４７ヌクレオチド下流（または３’）の、エクソン１４配列を標的とする。
【００３５】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣｍＲＮＡ前駆体中のイントロン１３を標的とし、ここにおいてイントロンの番号付けはＮＭ＿０００２１４におけるｍＲＮＡ配列に相当する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（または３’）のイントロン１３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約１６から約４４０ヌクレオチド下流（または３’）の、イントロン１３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（または５’）のイントロン１３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン１３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１６から約４４１ヌクレオチド上流（または５’）の、イントロン１３配列を標的とする。
【００３６】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣｍＲＮＡ前駆体のエクソン２３またはエクソン２４を標的とし、ここにおいて、イントロンの番号付けは、ＮＭ＿０００２１４におけるｍＲＮＡ配列に一致する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも上流（または５’）のエクソン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも、約４から約２１６ヌクレオチド上流（または５’）の、エクソン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも下流（または３’）のエクソン２４配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約２から約１１４ヌクレオチド下流（または３’）の、エクソン２４配列を標的とする。
【００３７】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣｍＲＮＡ前駆体中のイントロン２３を標的とし、ここにおいてイントロンの番号付けはＮＭ＿０００２１４におけるｍＲＮＡ配列に相当する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも下流（または３’）のイントロン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位よりも約６から約１２１ヌクレオチド下流（または３’）の、イントロン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（または５’）のイントロン２３配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン２３を含むＪＡＧ１のＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１６から約１２１ヌクレオチド上流（または５’）の、イントロン２３配列を標的とする。
【００３８】
イントロンの番号付けは異なるＪＡＧ１アイソフォーム配列に関して変化しうると解される。当業者であれば、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、またはＮＭ＿０００２１４．２におけるｍＲＮＡ配列に関して得られるイントロン番号を使用することで、任意のＪＡＧ１アイソフォームにおける対応するイントロンの番号を判定することができる。当業者はさらに、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、またはＮＭ＿０００２１４．２におけるｍＲＮＡ配列に関して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法を使用して標的化のための任意のＪＡＧ１アイソフォームにおける隣接するエクソンの配列を判定することができる。複数の実施形態では、本発明の組成物および方法が、任意の既知のＪＡＧ１アイソフォームの発現を増加させるために使用される。
【００３９】
ＪＡＧ１タンパク質発現
上述されるように、ＡＬＧＳにおけるＪＡＧ１突然変異は全タンパク質に拡大し、かつ、およそ６０％の高いデノボ突然変異率がある。特徴となる突然変異のうち、８０％はフレームシフト変異、ナンセンス変異、およびスプライス部位の変異を含み；全体の遺伝子欠失は、突然変異の７％を占め、かつ、ミスセンス変異は１２％に相当する（Ｌｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００３）。
【００４０】
複数の実施形態では、本明細書において記載される方法が、機能的ＪＡＧ１タンパク質の産生を増大させるために使用される。本明細書において使用されるように、「機能的」という用語は、例えばアラジール症候群または筋ジストロフィーなどの、処置される疾病の１つ以上の症状を除去するのに必要なＪＡＧ１タンパク質の活性または機能の量を指す。実施形態では、部分的機能的ＪＡＧ１タンパク質の産生を増大させるために、前記方法が使用される。本明細書において使用されるように、「部分的機能的」という用語は、疾患または疾病の１つ以上の症状を除去または予防するために必要なＪＡＧ１タンパク質の活性または機能の任意の量を指す。いくつかの実施形態では、部分的機能的タンパク質またはＲＮＡは、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％の、完全な機能的タンパク質またはＲＮＡに比してより小さな活性を持つだろう。
【００４１】
複数の実施形態では、該方法は、ＪＡＧ１−タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を有する被験体の細胞によって、ＪＡＧ１−タンパク質の発現を増大させる方法であり、ここで、被験体は、ＪＡＧ１タンパク質の活性量の不足に起因するアラジール症候群を有し、そのＪＡＧ１タンパク質の量の不足は、ＪＡＧ１−タンパク質のハプロ不全によって引き起こされる。そのような実施形態では、被験体は、機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、ＪＡＧ１タンパク質を産生しない第２の対立遺伝子とを有する。別のそのような実施形態では、被験体は、機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、非機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態では、被験体は、機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、部分的機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。これらの実施形態のいずれの場合でも、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子（機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位に結合し、それによって、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘導し、かつ、機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡ量の増加と、被検体の細胞中のＪＡＧ１タンパク質発現の増大をもたらす。
【００４２】
実施形態では、被験体は、機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、部分的機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、第１の対立遺伝子（機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分、あるいは第２の対立遺伝子（部分的機能的ＪＡＧ１タンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に、アンチセンスオリゴマーが結合し、それによって、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、ＪＡＧ１タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡレベルの増加と、被験体の細胞中の機能的あるいは部分的機能的ＪＡＧ１タンパク質発現の増加をもたらす。
【００４３】
関連する実施形態では、該方法は、タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させるためにＡＳＯを用いる方法である。実施形態では、ＡＳＯは、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を有する被験体の細胞中のＪＡＧ１タンパク質発現を増加させるために使用され、該被験体は、ＪＡＧ１タンパク質の量または機能の不足、例えばアラジール症候群を有する。
【００４４】
実施形態では、疾患または疾病の原因となる、タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、本明細書に記載されるＡＳＯによって標的化される。いくつかの実施形態では、疾患の原因ではない、タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ＡＳＯによって標的化される。例えば、特定の経路における第１のタンパク質の突然変異または不足の結果として生じる疾患は、第２のタンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を標的とすることによって改善され得、それによって第２のタンパク質産生は増加する。いくつかの実施形態では、第２のタンパク質の活性は、第１のタンパク質の突然変異または不足（それは疾患または疾病の原因である）を補うことができる。実施形態では、第１のタンパク質は筋ジストロフィーにおいて不足しているタンパク質であり、第２のタンパク質はＪＡＧ１である。実施形態では、第１のタンパク質はジストロフィンであり、第２のタンパク質はＪＡＧ１である。
【００４５】
実施形態では、被験体は、
【００４６】
ａ．
ｉ）ＪＡＧ１タンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、減少したレベルで産生され、
ｉｉ）ＪＡＧ１タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した形態で産生され、あるいは
ｉｉｉ）ＪＡＧ１タンパク質あるいは機能的ＲＮＡが産生されない、第１の変異対立遺伝子；および
ｂ．
ｉ）ＪＡＧ１タンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、減少したレベルで産生され、
ｉｉ）ＪＡＧ１タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した形態で産生され、あるいは
ｉｉｉ）ＪＡＧ１タンパク質が産生されない、第２の変異対立遺伝子、を有し、
ここで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、第１の対立遺伝子および／または第２の対立遺伝子から転写される。これらの実施形態では、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子または第２の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することで、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡレベルの増加と、被験体の細胞中の標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現の増加を引き起こす。これらの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングの結果として生じる、発現レベルの増加を有する標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡは、同等の野性型タンパク質と比較して機能性の低い形態（部分的機能的）、あるいは同等の野性型タンパク質と比較して完全な機能性を有する形態（完全機能的）、のいずれかであり得る。
【００４７】
実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルは、例えば、アンチセンスオリゴマーで処置されない、あるいはＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分と結合しないアンチセンスオリゴマーで処置された、対照細胞内で産生されたＪＡＧ１をコードするｍＲＮＡの量と比較した場合、１．１から１０倍に増加する。
【００４８】
実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質の量あるいは活性の不足に起因する疾病は、ＡＳＯが標的とされる保持されたイントロンの選択的スプライシングあるいは異常スプライシングに起因する疾病ではない。実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質の量あるいは活性の不足に起因する疾病は、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体内の保持されたイントロンの選択的スプライシングあるいは異常スプライシングに起因する疾病ではない。実施形態では、選択的スプライシングあるいは異常スプライシングが、遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体に生じうる。しかしながら、本発明の組成物および方法は、この選択的スプライシングあるいは異常スプライシングを予防しないし、修正しない。
【００４９】
実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子から部分的機能的ＪＡＧ１タンパク質を発現し、該部分的機能的ＪＡＧ１タンパク質は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的な遺伝子欠失に起因する。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子から非機能的ＪＡＧ１タンパク質を発現し、該非機能的ＪＡＧ１タンパク質は、１つの対立遺伝子におけるフレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的な遺伝子欠失に起因する。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子にＪＡＧ１全遺伝子欠失を有する。
【００５０】
実施形態では、被験体は、Ｇ２７４Ｄ、Ｌ３７Ｓ、Ｒ１８４Ｈ、Ｐ１６３Ｌ、Ｐ８７１Ｒ、Ｃ２３４Ｙ、Ｃ６６４Ｓ、Ｐ８１０Ｌ、またはＲ９３７Ｑから選択されたＪＡＧ１ミスセンス変異を有する。実施形態では、被験体はＪＡＧ１欠失突然変異１４８５−１４８６ｄｅｌＣＴを有する。実施形態では、被験体はＪＡＧ１重複突然変異４１４−４１５ｄｕｐＧＴを有する。実施形態では、当技術分野において既知の、および、例えば先に参照したＬｕ，ｅｔ  ａｌ．，２００３，Ｐｅｎｔｏｎ，ｅｔ  ａｌ．，２０１２の文献に記載された任意のＪＡＧ１突然変異を有する被験体が、本発明の方法および組成物を用いて処置される。
【００５１】
ＪＡＧ１タンパク質発現を増加させるためのＴＡＮＧＯの使用
前述したように、実施形態では、核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）は、ＪＡＧ１タンパク質の発現を増加させるために、本発明の方法において使用される。これらの実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質をコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）は、細胞の核内にある。ＰＣ−２タンパク質をコードする、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエクソン、および３’スプライス部位に隣接するエクソンを含むＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を有する細胞を、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触させる。ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へのＡＳＯのハイブリダイゼーションは、保持されたイントロンのスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）のスプライシングを増強し、その後の標的タンパク質産生を増加させる。
【００５２】
用語「ｍＲＮＡ前駆体」および「ｍＲＮＡ前駆体の転写産物」は、交換可能に使用され、少なくとも１つのイントロンを含むｍＲＮＡ前駆体種を指すこともある。実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’−７−メチルグアノシンキャップ、および／またはポリＡ末端を含む。実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’−７−メチルグアノシンキャップおよびポリＡ末端の両方を含む。いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’−７−メチルグアノシンキャップ、および／またはポリＡ末端を含まない。タンパク質に翻訳されない場合（あるいは核から細胞質へと輸送された場合）、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は非生産的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子である。
【００５３】
本明細書において使用されるように、「保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体」（「ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体」）は、少なくとも１つの保持されたイントロンを含むｍＲＮＡ前駆体の転写産物である。ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、標的タンパク質をコードする。「標的タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体」は、完全にスプライシングされた場合に、標的タンパク質をコードすると解される。「保持されたイントロン」は、同じ遺伝子によってコードされた、隣接するイントロン等の１つ以上の他のイントロンが、同じｍＲＮＡ前駆体の転写産物からスプライシングアウトされた場合に、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物に存在するイントロンである。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、標的タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体において最も豊富なイントロンである。実施形態では、保持されたイントロンは、細胞内の標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富なイントロンであり、該ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標的タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富なイントロンに標的とされたアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的とされた、あるいは結合する保持されたイントロンを含む集団内の、２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。実施形態では、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡは、それによって産生される。「成熟ｍＲＮＡ」および「完全にスプライシングされたｍＲＮＡ」の用語は、標的タンパク質をコードする完全に処理されたｍＲＮＡ（例えば、核から細胞質へと輸送され、標的タンパク質に翻訳されたｍＲＮＡ）、あるいは完全に処理された機能的ＲＮＡを記載するように、本明細書において交換可能に使用される。用語「生産的ｍＲＮＡ」もまた、標的タンパク質をコードする完全に処理されたｍＲＮＡについて記載するように使用することができる。実施形態では、標的領域は、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富なイントロンである保持されたイントロンにある。実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も保持されたイントロンは、イントロン２３である。
【００５４】
実施形態では、保持されたイントロンは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、あるいは少なくとも約５０％の、保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである。実施形態では、保持されたイントロンは、約５％から約１００％、約５％から約９５％、約５％から約９０％、約５％から約８５％、約５％から約８０％、約５％から約７５％、約５％から約７０％、約５％から約６５％、約５％から約６０％、約５％から約６５％、約５％から約６０％、約５％から約５５％、約５％から約５０％、約５％から約４５％、約５％から約４０％、約５％から約３５％、約５％から約３０％、約５％から約２５％、約５％から約２０％、約５％から約１５％、約１０％から約１００％、約１０％から約９５％、約１０％から約９０％、約１０％から約８５％、約１０％から約８０％、約１０％から約７５％、約１０％から約７０％、約１０％から約６５％、約１０％から約６０％、約１０％から約６５％、約１０％から約６０％、約１０％から約５５％、約１０％から約５０％、約１０％から約４５％、約１０％から約４０％、約１０％から約３５％、約１０％から約３０％、約１０％から約２５％、約１０％から約２０％、約１５％から約１００％、約１５％から約９５％、約１５％から約９０％、約１５％から約８５％、約１５％から約８０％、約１５％から約７５％、約１５％から約７０％、約１５％から約６５％、約１５％から約６０％、約１５％から約６５％、約１５％から約６０％、約１５％から約５５％、約１５％から約５０％、約１５％から約４５％、約１５％から約４０％、約１５％から約３５％、約１５％から約３０％、約１５％から約２５％、約２０％から約１００％、約２０％から約９５％、約２０％から約９０％、約２０％から約８５％、約２０％から約８０％、約２０％から約７５％、約２０％から約７０％、約２０％から約６５％、約２０％から約６０％、約２０％から約６５％、約２０％から約６０％、約２０％から約５５％、約２０％から約５０％、約２０％から約４５％、約２０％から約４０％、約２０％から約３５％、約２０％から約３０％、約２５％から約１００％、約２５％から約９５％、約２５％から約９０％、約２５％から約８５％、約２５％から約８０％、約２５％から約７５％、約２５％から約７０％、約２５％から約６５％、約２５％から約６０％、約２５％から約６５％、約２５％から約６０％、約２５％から約５５％、約２５％から約５０％、約２５％から約４５％、約２５％から約４０％、あるいは約２５％から約３５％の、保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである。保持されたイントロンを特定する手助けとして、ＥＮＣＯＤＥデータ（例えば、Ｔｉｌｇｎｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，２０１２，「Ｄｅｅｐ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｏｆ  ｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒ  ＲＮＡ  ｆｒａｃｔｉｏｎｓ  ｓｈｏｗｓ  ｓｐｌｉｃｉｎｇ  ｔｏ  ｂｅ  ｐｒｅｄｏｍｉｎａｎｔｌｙ  ｃｏ−ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎ���ｍｅ  ｂｕｔ  ｉｎｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｆｏｒ  ｌｎｃＲＮＡｓ」  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２２（９）：１６１６−２５に記載）を用いることができる。
【００５５】
本明細書において使用されるように、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、あるいは「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」等の変化形は、列挙された特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、定義された核酸塩基配列）を含むが、他のいかなる特徴をも除外しないことを示すと解されるべきである。したがって、本明細書において使用されるように、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は包含的で、追加の列挙されていない特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、追加の列挙されていない核酸塩基の存在）を除外しない。
【００５６】
本明細書において提供される組成物および方法のいずれかの実施形態において、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は「から本質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」または「から成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」と置換可能である。「から本質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」という句は、特定された特徴（例えば核酸塩基配列）と共に、請求される本発明の性質または機能に実質的に影響しない特徴も必要とするために本明細書で使用される。本明細書で使用されるように、用語「成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」は、列挙された特徴（例えば核酸塩基配列）単独の存在を示すために使用される（その結果、特定された核酸塩基配列から成るアンチセンスオリゴマーの場合には、追加の列挙されていない核酸塩基の存在は除外される）。
【００５７】
実施形態では、標的領域は、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の集団において２番目に豊富に存在するイントロンである保持されたイントロンにある。例えば、２番目に豊富な保持されたイントロンは、最も豊富な保持されたイントロンよりもむしろ標的とされ得る。その要因は、２番目に豊富な保持されたイントロンのヌクレオチド配列の独自性、特定のヌクレオチド配列を標的とするＡＳＯ設計の容易さ、および／またはＡＳＯによりイントロンを標的とすることから生じるタンパク質産生量の増加である。実施形態では、保持されたイントロンは、細胞内の標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体集団において２番目に豊富なイントロンであり、そのＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体集団は、２つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標的タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体集団における２番目に豊富なイントロンを標的とするアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的とする、または結合する保持されたイントロンを含む集団において、２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。それによって、実施形態では、標的タンパク質をコードする完全にスプライシングされた（成熟）ＲＮＡが産生される。実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体集団に２番目に豊富に保持されたイントロンは、イントロン１８である。実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体集団に２番目に豊富に保持されたイントロンは、イントロン１３である。
【００５８】
実施形態では、ＡＳＯは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の保持されていないイントロン内にある標的領域に相補的である。実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は：保持されていないイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から＋１００の領域；または保持されていないイントロンの３’スプライス部位に対する−１６から−１００の領域内にある。実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部位は、保持されていないイントロンの５’スプライス部位に対する＋１００の領域から、保持されていないイントロンの３’スプライス部位に対する−１００の領域内にある。領域または配列の場所を特定するために使用されるように、「内（ｗｉｔｈｉｎ）」は、列挙される位置で残基を含むように理解される。例えば、＋６から＋１００の領域は、＋６および＋１００の位置で残基を含む。それによって、実施形態では、標的タンパク質をコードする完全にスプライシングされた（成熟）ＲＮＡが産生される。
【００５９】
実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の保持されたイントロンは、非効率的にスプライシングされたイントロンである。本明細書で使用されるように、「非効率的にスプライシングされた」は、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体における別のスプライス部位でのスプライシングの頻度と比較して、保持されたイントロンに隣接するスプライス部位（５’スプライス部位または３’スプライス部位）でのスプライシングの頻度が比較的低いことを指し得る。用語「非効率的にスプライシングされた」はまた、スプライス部位でのスプライシングの相対速度または動態（ｋｉｎｅｔｉｃｓ）を指し得る。この「非効率的にスプライシングされた」イントロンは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体における別のイントロンと比較して、より遅い速度でスプライシングあるいは除去され得る。
【００６０】
実施形態では、５’スプライス部位に隣接するエクソンの−３ｅから−１ｅ、および保持されたイントロンの＋１から＋６の９−ヌクレオチド配列は、対応する野生型配列と同一である。実施形態では、保持されたイントロンの−１５から−１および３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１ｅの１６ヌクレオチド配列は、対応する野生型配列と同一である。本明細書に使用されるように、「野生型配列」は、生体および科学の情報のＮＣＢＩリポジトリ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，８６００  Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ  Ｐｉｋｅ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ  ＵＳＡ  ２０８９４によって運営される）に寄託された公開された参照ゲノムにおけるＪＡＧ１遺伝子に対するヌクレオチド配列を指す。本明細書で使用されるように、「野生型配列」は、ＮＣＢＩ  Ｇｅｎｅ  ＩＤ１８２で得られる標準配列を指す。さらに本明細書で使用されるように、「ｅ」で示されたヌクレオチド位置は、ヌクレオチドがエクソン（例えば、５’スプライス部位に隣接するエクソン、または３’スプライス部位に隣接するエクソン）の配列中に存在することを示す。
【００６１】
該方法は、細胞を、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡ前駆体の一部に相補的であるＡＳＯと接触させる工程であって、結果としてＪＡＧ１の発現が増加する工程を含む。本明細書で使用されるように、細胞に「接触させる」または投与することは、ＡＳＯと細胞が相互作用するように、ＡＳＯを細胞に即座に近接させる方法を指す。ＡＳＯと接触させられる細胞は、ＡＳＯを細胞へと取り込む又は輸送する。該方法は、疾病または疾患に関係する又は疾病または疾患に関連する細胞を、本明細書に記載されるＡＳＯのいずれかと接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＡＳＯを細胞型に対して標的とする、ＡＳＯと疾病または疾患に関係する又は疾病または疾患に関連する細胞との間の接触を増強する、またはＡＳＯの取り込みを増強するために、さらに修飾され得るかまたは別の分子に結合され得る（例えば、共有結合される）。
【００６２】
本明細書で使用されるように、用語「タンパク質産生を増加させる」または「標的タンパク質の発現を増加させる」は、細胞中のｍＲＮＡから翻訳されるタンパク質の量を増加させることを意味する。「標的タンパク質」は、発現／産生の増加が望まれるタンパク質で有り得る。
【００６３】
実施形態では、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体を発現する細胞をＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的であるＡＳＯに接触させる工程は、結果として、ｍＲＮＡ前駆体によってコードされたＪＡＧ１タンパク質（例えば標的タンパク質）の量の測定可能な増加をもたらす。タンパク質の産生を測定または検出する方法は、当業者に明白となり、あらゆる既知の方法、例えば、ウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡを含む。
【００６４】
実施形態では、細胞をＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的であるＡＳＯと接触させる工程は、結果として、ＡＳＯの欠如／処置の欠如下における細胞によって産生されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％の、産生されたＪＡＧ１タンパク質の量の増加をもたらす。実施形態では、アンチセンスオリゴマーが接触させられた細胞によって産生されたＪＡＧ１タンパク質の合計量は、対照化合物によって産生された標的タンパク質の量と比較して、約１．１倍から約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から約１０倍、約３倍から約１０倍、約４倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１倍から約６倍、約１．１倍から約７倍、約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍に増加する。対照化合物は、例えば、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドで有り得る。
【００６５】
幾つかの実施形態では、細胞をＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的であるＡＳＯと接触させる工程は、結果として、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡを含む、ＪＡＧ１をコードするｍＲＮＡ量の増加をもたらす。幾つかの実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＪＡＧ１タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの量は、ＡＳＯの欠如／処置の欠如下における細胞によって産生されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％増加する。実施形態では、アンチセンスオリゴマーが接触させられた細胞において産生されたＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＪＡＧ１タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの合計量は、処置されていない細胞、例えば処置されていない細胞あるいは対照化合物で処置された細胞内で産生された成熟ＲＮＡの量と比較して、約１．１倍から約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から約１０倍、約３倍から約１０倍、約４倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１倍から約６倍、約１．１倍から約７倍、約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、約４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍に増加する。対照化合物は、例えば、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドで有り得る。
【００６６】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシング
本明細書で提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチド組成物は、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＪＡＧ１タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルを増加させることによって、例えば、ＪＡＧ１タンパク質の量または活性の不足がもたらすアラジール症候群を有する被験体において細胞内のＪＡＧ１タンパク質の発現を増加させることに有用である。特に、本明細書に記載されるような方法および組成物は、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の転写産物からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、それによって、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＪＡＧ１タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルが増加し、ＪＡＧ１タンパク質の発現が増加する。
【００６７】
ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングは、保持されたイントロンをＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここで保持されたイントロンは、野生型スプライス配列を有する。構成的スプライシングは、本明細書で使用されるように、遺伝子または対立遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有する遺伝子または対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンのスプライシングを包含しない。例えば、本明細書で提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用して誘発された、保持されたイントロンの構成的スプライシングは、ｍＲＮＡ前駆体における異常スプライシングを訂正しない、またはｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングに影響せず、結果的に標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現が増加する。
【００６８】
実施形態では、構成的スプライシングは、保持されたイントロンをＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここでＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、野生型の遺伝子または対立遺伝子、あるいは多形性の遺伝子または対立遺伝子から転写され、完全に機能的な標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。
【００６９】
幾つかの実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングは、ＪＡＧ１タンパク質をコードするＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から、保持されたイントロンを正しく除去し、ここでＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、野生型対立遺伝子からの産生と比較して減少したレベルで標的遺伝子あるいは機能的ＲＮＡを産生する遺伝子または対立遺伝子から転写され、および遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形態では、構成的にスプライシングされた保持されたイントロンの正しい除去は、結果として、同等の野生型タンパク質または機能的ＲＮＡと比較したときに機能的である標的タンパク質または機能的ＲＮＡの産生をもたらす。
【００７０】
他の実施形態では、構成的スプライシングは、保持されたイントロンをＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここでＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、同等の野生型タンパク質または機能的ＲＮＡと比較して、機能の低下した形態で産生された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子または対立遺伝子から転写され、遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形態では、構成的にスプライシングされた保持されたイントロンの正しい除去は、結果として、部分的に機能的な標的タンパク質、または同等の野生型タンパク質または機能的ＲＮＡと比較したときに部分的に機能的である機能的ＲＮＡの産生をもたらす。
【００７１】
構成的スプライシングによる保持されたイントロンの「正しい除去」は、エクソンのいかなる部分も除去することのない、全イントロンの除去を指す。
【００７２】
実施形態では、本明細書に記載されるような、または本明細書に記載される方法に使用されるアンチセンスオリゴマーは、ＪＡＧ１遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングまたは異常スプライシングを調節することによって、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡの量、またはＪＡＧ１タンパク質の量を増加させない。選択的スプライシングまたは異常スプライシングの調節は、ＲＮＡ種の配列および長さを解析する既知の方法を使用して、例えばＲＴ−ＰＣＲによって、および本明細書および文献中で別記される方法を使用して測定することができる。実施形態では、選択的スプライシングまたは異常スプライシングの調節は、対象となるスプライシングされた種の量の、少なくとも１０％または１．１倍の増加または減少に基づいて判定される。実施形態では、調節は、本発明の方法においてＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡの増加の判定に関して本明細書に記載されるように、少なくとも１０％から１００％または１．１倍から１０倍のレベルでの増加または減少に基づいて判定される。
【００７３】
実施形態では、該方法は、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体が、野生型ＪＡＧ１  ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって生成された方法である。実施形態では、該方法は、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体が、全長の野生型ＪＡＧ１  ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって生成された方法である。実施形態では、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体は、全長のＪＡＧ１  ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって生成された。これらの実施形態では、全長のＪＡＧ１  ｍＲＮＡ前駆体は、野生型スプライス部位配列を有する保持されたイントロンのスプライシングと比較して、保持されたイントロンの正しいスプライシングを損なわない保持されたイントロンのスプライス部位に多型を有し得る。
【００７４】
実施形態では、ＪＡＧ１タンパク質をコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡまたは野生型成熟ｍＲＮＡである。これらの実施形態では、全長の成熟ｍＲＮＡは、野生型成熟ｍＲＮＡによってコードされたＪＡＧ１タンパク質の活性と比較して、成熟ｍＲＮＡによってコードされた標的タンパク質または機能的ＲＮＡの活性に影響しない多型を有し得る。
【００７５】
＜アンチセンスオリゴマー＞
本開示の一態様は、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することによってスプライシングを増強するアンチセンスオリゴマーを含む組成物である。本明細書で使用されるように、用語「ＡＳＯ」および「アンチセンスオリゴマー」は、交換可能に使用され、ワトソン・クリック塩基対またはゆらぎ塩基対（Ｇ−Ｕ）によって標的核酸（例えば、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体）配列にハイブリダイズする、核酸塩基を含む、ポリヌクレオチドなどのオリゴマーを指す。ＡＳＯは、標的配列に相補的な又はほぼ相補的（例えば、標的配列に結合し、スプライス部位でスプライシングを増強させるのに十分な相補性）である正確な配列を有し得る。ＡＳＯは、標的核酸（例えば、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分）に結合し（ハイブリダイズし）、生理学的条件下でハイブリダイズされたままであるように設計されている。典型的に、ＡＳＯは、意図した（標的とされた）核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸でない限られた数の配列に（標的核酸以外の少数の部位に）ハイブリダイズする。ＡＳＯの設計は、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分の核酸配列、或いはゲノムまたは細胞のｍＲＮＡ前駆体またはトランスクリプトームにおける他の場所での十分に類似した核酸配列の発生を考慮に入れることができ、その結果、ＡＳＯが他の部位に結合し「オフターゲット」効果を引き起こす可能性は限定される。例えば、発明の名称「Ｒｅｄｕｃｉｎｇ  Ｎｏｎｓｅｎｓｅ−Ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｍＲＮＡ  Ｄｅｃａｙ」のＷＯ２０１５／０３５０９１として公開されたＰＣＴ国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５４１５１におけるものなどの、当業者に既知のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載される方法を実施するために使用され得る。
【００７６】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、標的核酸またはＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に「特異的にハイブリダイズする」または「特異的である」。典型的に、そのようなハイブリダイゼーションは、３７℃より実質的に高い融解温度（Ｔｍ）で、好ましくは少なくとも５０℃で、および典型的に６０℃からおよそ９０℃の間で生じる。そのようなハイブリダイゼーションは、好ましくは、厳しいハイブリダイゼーション条件に対応している。与えられたイオン強度およびｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
【００７７】
オリゴヌクレオチドなどのオリゴマーは、ハイブリダイゼーションが２つの一本鎖ポリヌクレオチド間の逆平行構成で生じるときに、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが第１のポリヌクレオチドの鎖の１つと第２のポリヌクレオチドの鎖の１つとの間に生じる場合に、別のポリヌクレオチドに「相補的」であり得る。相補性（１つのポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度）は、一般に容認された塩基対合則に従って、互いに水素結合を形成すると予期される対向する鎖における塩基の割合（例えばパーセンテージ）の点から数量化できる。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）の配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に１００％相補的である必要はない。特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的とされる標的核酸配列内の標的部位に対する、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列相補性を含むことができる。例えば、オリゴマー化合物の２０の核酸塩基のうちの１８が標的部位に相補的であり、それ故、特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、９０パーセントの相補性を表わす。この例において、残りの相補的でない核酸塩基は、ともにクラスター化され得るか、または相補的な核酸塩基と分散され（ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ）、互いに又は相補的な核酸塩基に隣接している必要はない。ＡＳＯの標的核酸の領域とのパーセント相補性は、ＢＬＡＳＴプログラム（基礎的なローカルアライメント検索ツール）および当該技術分野で既知のＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  １９９０，  ２１５，  ４０３−４１０；  Ｚｈａｎｇ  ａｎｄ  Ｍａｄｄｅｎ，  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，  １９９７，  ７，  ６４９−６５６）を慣例的に使用して判定され得る。
【００７８】
ＡＳＯは、標的配列におけるすべての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、それがハイブリダイズする核酸塩基は、隣接しているか又は隣接していないかもしれない。ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の１つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズし得、その結果、介在する又は隣接するセグメントは、ハイブリダイゼーション事象に関係しない（例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る）。特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的ｍＲＮＡ前駆体の転写産物において隣接していない核酸塩基にハイブリダイズする。例えば、ＡＳＯは、ＡＳＯがハイブリダイズしない１つ以上の核酸塩基によって分離される、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物における核酸塩基にハイブリダイズすることができる。
【００７９】
本明細書に記載されるＡＳＯは、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に存在する核酸塩基に相補的である核酸塩基を含む。用語「ＡＳＯ」は、オリゴヌクレオチド、および標的ｍＲＮＡ上の相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、ペプチド核酸（ＰＮＡ）などの糖部を含まない、他のオリゴマー分子を具体化する。ＡＳＯは、自然発生のヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、修飾されたヌクレオチド、またはそれらの２つ又は３つの任意の組み合わせを含み得る。用語「自然発生のヌクレオチド」は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。用語「修飾されたヌクレオチド」は、修飾された又は置換された糖類及び／又は修飾された骨格を有するヌクレオチドを含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯのヌクレオチドのすべてが、修飾されたヌクレオチドである。本明細書に記載される方法および組成物と適合性のあるＡＳＯの化学修飾およびＡＳＯの成分は、当業者に明白であり、例えば、米国特許第８，２５８，１０９号  Ｂ２、米国特許第５，６５６，６１２号、米国特許公開番号２０１２／０１９０７２８、およびＤｉａｓ  ａｎｄ  Ｓｔｅｉｎ，Ｍｏｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒ．２００２，３４７−３５５で見られ得、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる。
【００８０】
ＡＳＯの核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミンおよびウラシルなどの自然発生の未修飾の核酸塩基、または標的ｍＲＮＡ前駆体上に存在する核酸塩基との水素結合が可能であるように未修飾の核酸塩基に十分に類似している合成または修飾された核酸塩基であり得る。修飾された核酸塩基の例としては、限定されないが、ヒポキサンチン、キサンチン、７−メチルグアニン、５，６−ジヒドロウラシル、５−メチルシトシン、および５−ヒドロキシメチルシトシンが挙げられる。
【００８１】
本明細書に記載されるＡＳＯはまた、オリゴマーの成分に結合する骨格構造を含む。用語「骨格構造」および「オリゴマー結合」は、交換可能に使用され、ＡＳＯの単量体間の結合を指し得る。自然発生のオリゴヌクレオチドでは、骨格は、オリゴマーの糖部を結合する３’−５’ホスホジエステル結合を含む。本明細書に記載されるＡＳＯの骨格構造またはオリゴマー結合は、（限定されないが）ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホラニラデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｎｉｌａｄａｔｅ）、ホスホラミデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄａｔｅ）などを含む。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １４：９０８１  （１９８６）；  Ｓｔｅｃ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  １０６：６０７７  （１９８４），  Ｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．  １６：３２０９  （１９８８），  Ｚｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ａｎｔｉ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  ６：５３９  （１９９１）；  Ｚｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：  Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，  ｐｐ．  ８７−１０８  （Ｆ．  Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，  Ｅｄ．，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｏｘｆｏｒｄ  Ｅｎｇｌａｎｄ  （１９９１））；  Ｓｔｅｃ  ｅｔ  ａｌ．，  米国特許第５，１５１，５１０号；  Ｕｈｌｍａｎｎ  ａｎｄ  Ｐｅｙｍａｎ，  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ９０：５４３  （１９９０）を参照。幾つかの実施形態では、ＡＳＯの骨格構造は、亜リン酸を含有していないが、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、またはカルバミン酸塩、アミド、および直鎖および環式の炭化水素基を含む連結基において、ペプチド結合を含有している。幾つかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホロチオエート結合である。幾つかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホラミデート結合である。
【００８２】
実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は、ランダムである。実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は、制御され、ランダムではない。例えば、引用によって本明細書に組み込まれた米国特許公開番号２０１４／０１９４６１０、「Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ」は、核酸オリゴマーにおいて各リン原子でキラリティーの対掌性（ｈａｎｄｅｄｎｅｓｓ）を独立して選択する方法について記載している。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、ランダムでないリンヌクレオチド間の結合を有するＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使用される組成物は、純粋なジアステレオマーＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使用される組成物は、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、約１００％、約９０％〜約１００％、約９１％〜約１００％、約９２％〜約１００％、約９３％〜約１００％、約９４％〜約１００％、約９５％〜約１００％、約９６％〜約１００％、約９７％〜約１００％、約９８％〜約１００％、または約９９％〜約１００％のジアステレオマー純度を有するＡＳＯを含む。
【００８３】
実施形態では、ＡＳＯは、そのリンヌクレオチド間の結合でＲｐおよびＳｐの構成のランダムでない混合物を有している。例えば、ＲｐとＳｐの混合物が、アンチセンスオリゴヌクレオチドにおいて、優れた活性とヌクレアーゼ安定性との間のバランスを達成する必要があることが示唆されてきた（Ｗａｎ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２０１４，「Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，  ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ  ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  ａｎｄ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｏｆ  ｓｅｃｏｎｄ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ｃｈｉｒａｌ  ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ  ｌｉｎｋａｇｅｓ，」Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４２（２２）：  １３４５６−１３４６８、引用によって本明細書に組み込まれる）。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約５−１００％のＲｐ、少なくとも約５％のＲｐ、少なくとも約１０％のＲｐ、少なくとも約１５％のＲｐ、少なくとも約２０％のＲｐ、少なくとも約２５％のＲｐ、少なくとも約３０％のＲｐ、少なくとも約３５％のＲｐ、少なくとも約４０％のＲｐ、少なくとも約４５％のＲｐ、少なくとも約５０％のＲｐ、少なくとも約５５％のＲｐ、少なくとも約６０％のＲｐ、少なくとも約６５％のＲｐ、少なくとも約７０％のＲｐ、少なくとも約７５％のＲｐ、少なくとも約８０％のＲｐ、少なくとも約８５％のＲｐ、少なくとも約９０％のＲｐ、または少なくとも約９５％のＲｐと、残りのｓｐ、或いは、約１００％のＲｐを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約１０％〜約１００のＲｐ、約１５％〜約１００％のＲｐ、約２０％〜約１００％のＲｐ、約２５％〜約１００％のＲｐ、約３０％〜約１００％のＲｐ、約３５％〜約１００％のＲｐ、約４０％〜約１００％のＲｐ、約４５％〜約１００％のＲｐ、約５０％〜約１００％のＲｐ、約５５％〜約１００％のＲｐ、約６０％〜約１００％のＲｐ、約６５％〜約１００％のＲｐ、約７０％〜約１００％のＲｐ、約７５％〜約１００％のＲｐ、約８０％〜約１００％のＲｐ、約８５％〜約１００％のＲｐ、約９０％〜約１００％のＲｐ、約９５％〜約１００％のＲｐ、約２０％〜約８０％のＲｐ、約２５％〜約７５％のＲｐ、約３０％〜約７０％のＲｐ、約４０％〜約６０％のＲｐ、または約４５％〜約５５％Ｒｐと、残りのＳｐを含む。
【００８４】
実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約５−１００％のＳｐ、少なくとも約５％のＳｐ、少なくとも約１０％のＳｐ、少なくとも約１５％のＳｐ、少なくとも約２０％のＳｐ、少なくとも約２５％のＳｐ、少なくとも約３０％のＳｐ、少なくとも約３５％のＳｐ、少なくとも約４０％のＳｐ、少なくとも約４５％のＳｐ、少なくとも約５０％のＳｐ、少なくとも約５５％のＳｐ、少なくとも約６０％のＳｐ、少なくとも約６５％のＳｐ、少なくとも約７０％のＳｐ、少なくとも約７５％のＳｐ、少なくとも約８０％のＳｐ、少なくとも約８５％のＳｐ、少なくとも約９０％のＳｐ、または少なくとも約９５％のＳｐと、残りのＲｐ、あるいは約１００％のＳｐを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約１０％〜約１００％のＳｐ、約１５％〜約１００％のＳｐ、約２０％〜約１００％のＳｐ、約２５％〜約１００％のＳｐ、約３０％〜約１００％のＳｐ、約３５％〜約１００％のＳｐ、約４０％〜約１００％のＳｐ、約４５％〜約１００％のＳｐ、約５０％〜約１００％のＳｐ、約５５％〜約１００％のＳｐ、約６０％〜約１００％のＳｐ、約６５％〜約１００％のＳｐ、約７０％〜約１００％のＳｐ、約７５％〜約１００％のＳｐ、約８０％〜約１００％のＳｐ、約８５％〜約１００％のＳｐ、約９０％〜約１００％のＳｐ、または約９５％〜約１００％のＳｐ、約２０％〜約８０％のＳｐ、約２５％〜約７５％のＳｐ、約３０％〜約７０％のＳｐ、約４０％〜約６０％のＳｐ、または約４５％〜約５５％のＳｐと、残りのＲｐを含む。
【００８５】
本明細書に記載されるＡＳＯのいずれかは、自然発生のヌクレオチド中に存在するような、リボースまたはデオキシリボースを含む糖部、あるいはモルホリン環を含む、修飾された糖部または糖アナログを含有し得る。修飾された糖部の限定しない例は、２’−Ｏ−メチル（２’−Ｏ−Ｍｅ）、２’−Ｏ−メトキシエチル（２’ＭＯＥ）、２’−Ｏ−アミノエチル、２’Ｆ；Ｎ３’−＞Ｐ５’ホスホラミデート、２’ジメチルアミノオキシエトキシ、２’ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’−グアニジニウム（ｇｕａｎｉｄｉｎｉｄｉｕｍ）、２’−Ｏ−グアニジニウムエチル、カルバミン酸塩修飾した糖、および二環式修飾した糖などの、２’置換基が挙げられる。幾つかの実施形態では、糖部修飾は、２’−Ｏ−Ｍｅ、２’Ｆ、および２’ＭＯＥから選択される。幾つかの実施形態では、糖部修飾は、ロックド核酸（ＬＮＡ）におけるような追加の架橋結合である。幾つかの実施形態では、糖アナログは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）などのモルホリン環を含有している。幾つかの実施形態では、糖部は、リボフラノシルまたは２’デオキシリボフラノシルの修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、２’４’抑制された（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ）２’Ｏ−メチルオキシエチル（ｃＭＯＥ）修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、ｃＥｔ  ２’，４抑制された２’−ＯエチルＢＮＡ修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、エチレン核酸（ＥＮＡ）修飾を含む。幾つかの実施形態では、糖部は、ＭＣＥ修飾を含む。修飾は当該技術分野で既知であり、文献、例えば、Ｊａｒｖｅｒ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２０１４，「Ａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｖｉｅｗ  ｏｆ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ｆｏｒ  Ｅｘｏｎ  Ｓｋｉｐｐｉｎｇ  ａｎｄ  Ｒｅｌａｔｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，」Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ２４（１）：  ３７−４７に記載され、これは、この目的のための引用によって本明細書に組み込まれる。
【００８６】
幾つかの例では、ＡＳＯの各単量体は、同じ方法で修飾され、例えば、ＡＳＯの骨格の各結合はホスホロチオエート結合を含み、または各リボース糖部は２’Ｏ−メチル修飾を含む。ＡＳＯの単量体成分の各々の上に存在する、そのような修飾は、「均一な修飾」と呼ばれる。幾つかの例では、異なる修飾の組み合わせが望まれ得、例えば、ＡＳＯは、ホスホロジアミデート結合とモルホリン環を含む糖部（モルホリノ）との組み合わせを含み得る。ＡＳＯへの異なる修飾の組み合わせは、「混合修飾」または「混合化学作用」と呼ばれる。
【００８７】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の骨格修飾を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の糖部修飾を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の骨格修飾および１つ以上の糖部修飾を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、２’ＭＯＥ修飾およびホスホロチオエート骨格を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）を含む。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。本明細書に記載されるＡＳＯのいずれか又はＡＳＯの成分（例えば、核酸塩基、糖部、骨格）は、ＡＳＯの望ましい特性または活性を達成するために或いはＡＳＯの望ましくない特性または活性を減少させるために修飾されてもよい。例えば、ＡＳＯまたはＡＳＯの１つ以上の成分は、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物上の標的配列への結合親和性を増強する；非標的配列への結合を減少させる；細胞のヌクレアーゼ（つまり、ＲＮａｓｅ  Ｈ）による分解を減少させる；細胞及び／又は細胞の核へのＡＳＯの取り込みを改善する；ＡＳＯの薬物動態（ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎｅｔｉｃｓ）または薬力（ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃｓ）を変更する；およびＡＳＯの半減期を調節するために修飾され得る。
【００８８】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）（ＭＯＥ）ホスホロチオエート修飾されたヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構成されたＡＳＯは、特に、本明細書で開示される方法によく適しており、そのような修飾を有しているオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する著しく増強された耐性および増加したバイオアベイラビリティを有すると示されており、これによって、例えば、本明細書に記載される幾つかの実施形態における経口送達に適するようになる。例えば、Ｇｅａｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｅｘｐ  Ｔｈｅｒ．  ２００１；  ２９６（３）：８９０−７；  Ｇｅａｒｙ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｅｘｐ  Ｔｈｅｒ．  ２００１；  ２９６（３）：８９８−９０４を参照。
【００８９】
ＡＳＯを合成する方法は当業者に既知である。代替的に又は加えて、ＡＳＯは商用源から得てもよい。
【００９０】
他に明記されない限り、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物、オリゴヌクレオチド、ＡＳＯなど）配列の左端は、５’末端であり、一本鎖または二本鎖の核酸配列の左方向は、５’方向と呼ばれる。同様に、核酸配列（一本鎖または二本鎖）の右端または右方向は、３’末端または３’方向である。一般に、核酸中の基準点に対する５’にある領域または配列は、「上流」として言及され、核酸中の基準点に対する３’にある領域または配列は、「下流」として言及される。一般に、ｍＲＮＡの５’方向または５’末端は、開始コドン（ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ  ｏｒ  ｓｔａｒｔ  ｃｏｄｏｎ）が位置する場所であり、一方で、３’末端または３’方向は、終止コドンが位置する場所である。幾つかの態様では、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは、負の数によって指定され、基準点の下流にあるヌクレオチドは、正の数によって指定され得る。例えば、基準点（例えば、ｍＲＮＡ中のエクソンエクソン連結）は「ゼロ」部位として指定され得、基準点に直接隣接し且つその上流にあるヌクレオチドは、「マイナス１」、例えば「−１」と指定され、一方で、基準点に直接隣接し且つその下流にあるヌクレオチドは、「プラス１」、例えば「＋１」と指定される。
【００９１】
他の実施形態では、ＡＳＯは、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの５’スプライス部位の下流（３’の方向）であるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば５’スプライス部位に対して、正の数で示された方向）に対して相補的である（及び、標的部分に結合する）（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する領域＋６から＋５００、＋６から＋４００、＋６から＋３００、＋６から＋２００、または＋６から＋１００内にあるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して、＋１から＋５までのヌクレオチド（５’スプライス部位の下流に位置付けられた最初の５つのヌクレオチド）に対して相補的ではない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋６と＋５０の間の領域内にあるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的であり得る。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する領域＋６から＋９０、＋６から＋８０、＋６から＋７０、＋６から＋６０、＋６から＋５０、＋６から＋４０、＋６から＋３０、または＋６から＋２０内にある標的部分に相補的である。
【００９２】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体において保持されたイントロンの３’スプライス部位の上流（５’の方向（ｒｅｌａｔｉｖｅ））にあるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば負の数で指定された方向）に対して相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する領域−１６から−５００、−１６から−４００、−１６から−３００、−１６から−２００、または−１６から−１００内にあるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位に対して、−１から−１５までのヌクレオチド（３’スプライス部位の上流に位置付けられた最初の１５のヌクレオチド）には相補的ではない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する領域−１６から−５０内にあるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する領域−１６から−９０、−１６から−８０、−１６から−７０、−１６から−６０、−１６から−５０、−１６から−４０、または−１６から−３０内にある、標的部分に相補的である。
【００９３】
実施形態において、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する−１６までの領域内に存在する。
【００９４】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン内（上流）にあるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける領域＋２ｅから−４ｅ内にあるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド−１ｅから−３ｅに相補的ではない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する領域−４ｅから−１００ｅ、−４ｅから−９０ｅ、−４ｅから−８０ｅ、−４ｅから−７０ｅ、−４ｅから−６０ｅ、−４ｅから−５０ｅ、−４ｅから−４０ｅ、−４ｅから−３０ｅ、または−４ｅから−２０ｅ内にある、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。
【００９５】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソン内（下流）にあるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である（図１）。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋２ｅから−４ｅの領域内にあるＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対するヌクレオチド＋１ｅに相補的ではない。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅから＋１００ｅ、＋２ｅから＋９０ｅ、＋２ｅから＋８０ｅ、＋２ｅから＋７０ｅ、＋２ｅから＋６０ｅ、＋２ｅから＋５０ｅ、＋２ｅから＋４０ｅ、＋２ｅから＋３０ｅ、または＋２ｅから＋２０ｅの領域内にある、ＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的である。ＡＳＯは、スプライシングの特異的結合および効果的な増強作用に適する任意の長さでもよい。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは８から５０の核酸塩基から成る。例えば、ＡＳＯは、長さが８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４５または５０の核酸塩基であってもよい。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは５０よりも多い核酸塩基から成る。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは、８〜５０の核酸塩基、８〜４０の核酸塩基、８〜３５の核酸塩基、８〜３０の核酸塩基、８〜２５の核酸塩基、８〜２０の核酸塩基、８〜１５の核酸塩基、９〜５０の核酸塩基、９〜４０の核酸塩基、９〜３５の核酸塩基、９〜３０の核酸塩基、９〜２５の核酸塩基、９〜２０の核酸塩基、９〜１５の核酸塩基、１０〜５０の核酸塩基、１０〜４０の核酸塩基、１０〜３５の核酸塩基、１０〜３０の核酸塩基、１０〜２５の核酸塩基、１０〜２０の核酸塩基、１０〜１５の核酸塩基、１１〜５０の核酸塩基、１１〜４０の核酸塩基、１１〜３５の核酸塩基、１１〜３０の核酸塩基、１１〜２５の核酸塩基、１１〜２０の核酸塩基、１１〜１５の核酸塩基、１２〜５０の核酸塩基、１２〜４０の核酸塩基、１２〜３５の核酸塩基、１２〜３０の核酸塩基、１２〜２５の核酸塩基、１２〜２０の核酸塩基、１２〜１５の核酸塩基、１３〜５０の核酸塩基、１３〜４０の核酸塩基、１３〜３５の核酸塩基、１３〜３０の核酸塩基、１３〜２５の核酸塩基、１３〜２０の核酸塩基、１４〜５０の核酸塩基、１４〜４０の核酸塩基、１４〜３５の核酸塩基、１４〜３０の核酸塩基、１４〜２５の核酸塩基、１４〜２０の核酸塩基、１５〜５０の核酸塩基、１５〜４０の核酸塩基、１５〜３５の核酸塩基、１５〜３０の核酸塩基、１５〜２５の核酸塩基、１５〜２０の核酸塩基、２０〜５０の核酸塩基、２０〜４０の核酸塩基、２０〜３５の核酸塩基、２０〜３０の核酸塩基、２０〜２５の核酸塩基、２５〜５０の核酸塩基、２５〜４０の核酸塩基、２５〜３５の核酸塩基、または２５〜３０の核酸塩基の長さである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが３０のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２９のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２８のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２７のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２６のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２５のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２４のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２３のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２２のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２１のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが２０のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１９のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１８のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１７のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１６のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１５のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１４のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１３のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１２のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１１のヌクレオチドである。幾つかの実施形態では、ＡＳＯは長さが１０のヌクレオチドである。
【００９６】
幾つかの実施形態では、異なる化学的性質を有するが、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の同じ標的部分に相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。幾つかの実施形態では、ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体の異なる標的部分に相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。
【００９７】
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の部分または抱合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または他の抱合体に化学的に連結される。そのような部分には、限定されないが、例えば、コレステロール部分、コレステリル部分、例えばドデカンジオールまたはウンデシル残基などの脂肪族鎖、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、または、アダマンタン酢酸として、脂質部分が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公開された文献に記載されている。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えばＮ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ−Ａｃ−グルコサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、またはマンノース（例えばマンノース６−リン酸）、脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分と抱合する。当該技術分野で理解され且つ文献に記載されるように、例えばリンカーを用いて、抱合体は、糖、塩基またはリン酸基上のいくつかの位置のうちのいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの１つ以上に連結することができる。リンカーは二価または三価の分枝リンカーを含み得る。実施形態では、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に付けられている。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば、米国特許第８，４５０，４６７号「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ  ａｓ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ａｇｅｎｔｓ  ｆｏｒ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載され、これは参照により本明細書に組み込まれる。
【００９８】
幾つかの実施形態では、ＡＳＯによって標的とされる核酸は、真核細胞などの細胞内に発現したＪＡＧ１  ＲＩＣ  ｍＲＮＡ前駆体である。幾つかの実施形態では、用語「細胞」は、細胞の集団を指すこともある。幾つかの実施形態では、細胞は被験体内に存在する。幾つかの実施形態では、細胞は被験体から単離されている。幾つかの実施形態では、細胞はエクスビボである。幾つかの実施形態では、細胞は疾患関連細胞もしくは疾患関連細胞、または細胞株である。幾つかの実施形態では、細胞はインビトロである（例えば細胞培養液中にある）。
【００９９】
＜医薬組成物＞
記載された組成物のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、上記方法のいずれかにおいて使用するための医薬組成物または医薬製剤は、医薬品産業において周知の従来技術に従って調製することができ、且つ公開文献においても記載されている。実施形態において、被験体を処置するための医薬組成物または医薬製剤は、上記のような任意のアンチセンスオリゴマー、またはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、またはエステルの有効量、および薬学的に許容可能な希釈剤を含む。医薬製剤のアンチセンスオリゴマーはさらに、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤または担体を含み得る。
【０１００】
薬学的に許容可能な塩は、過度の毒性反応、刺激反応、アレルギー反応等を持たないヒトおよび下等動物の組織に接する使用に適しており、かつ適切なベネフィット・リスク比に相応している（例えば、Ｓ． Ｍ． Ｂｅｒｇｅ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， ６６： １−１９ （１９７７）を参照、この目的のために参照によって本明細書に組み込まれる）。塩は、化合物の最終的な分離および精製中にインサイチュで、または遊離基機能を適切な有機酸と反応させることによって別々に調製されうる。薬学的に許容可能で無毒な酸付加塩の例は、塩化水素、臭化水素酸、リン酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸か、酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸もしくはマロン酸などの有機酸か、またはイオン交換などの他の文書で立証された方法を用いることによって形成されたアミノ基の塩である。他の薬学的に許容可能な塩は、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２−ヒドロキシ−エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸、チオシアン酸塩、ｐ−トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などを含む。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属の塩は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどを含む。さらに薬学的に許容可能な塩は、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルのスルホン酸塩、およびアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成された、無毒なアンモニウム、第四級アンモニウム、およびアミンのカチオンを含む。
【０１０１】
実施形態において、組成物は、限定されないが、錠剤、カプセル、ゲルカプセル、液体シロップ、ソフトゲル、坐剤、および浣腸剤などの多くの考えられる剤形のいずれかへと製剤される。実施形態において、組成物は、水性培地、非水性培地、または混合培地状の懸濁液として製剤化される。水性懸濁液は、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム（ソルビトールおよび／またはデキストラン）を含む懸濁液の粘度を増加させる物質をさらに含むこともある。その懸濁液は、安定化剤も含むこともある。実施形態において、本発明の医薬製剤または医薬組成物は、限定されないが、溶液、エマルジョン、マイクロエマルジョン、発泡体またはリポソーム含有製剤（例えばカチオンリポソームまたは非カチオンリポソーム）を含む。
【０１０２】
本発明の医薬組成物または医薬製剤は、必要に応じて当業者に周知されるように、または公開文献において記載されているように、１つ以上の透過促進剤、担体、賦形剤、または他の活性成分もしくは非活性成分を含むこともある。実施形態において、リポソームは立体的に安定したリポソーム、例えば１つ以上の特定の脂質を含むリポソームも含む。これらの特定の脂質は、循環寿命が増強されたリポソームを結果としてもたらす。実施形態において、立体的に安定したリポソームは、１つ以上の糖脂質を含むか、またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分などの１つ以上の親油性ポリマーを用いて誘導体化される。実施形態において、界面活性剤は医薬製剤または医薬組成物中に含まれる。薬物製品、製剤およびエマルジョンにおける界面活性剤の使用は、当技術分野においてよく知られている。実施形態では、本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの効率的な送達を達成する、例えば、細胞膜にわたる拡散を助ける及び／又は脂溶性薬物の浸透性を増強するために、浸透促進剤を利用する。実施形態では、浸透促進剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、または非キレート性の非界面活性剤である。
【０１０３】
実施形態において、医薬製剤は複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは他の薬物または治療剤と組み合わせて投与される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野において知られている任意の方法によって、血液脳関門を介する主題のアンチセンスオリゴヌクレオチドの浸透を促進することができる１つ以上の薬剤と共に投与される。例えば、筋組織内の運動ニューロンへアデノウイルスベクターを投与することによる薬剤の送達は、引用によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，６３２，４２７号「Ａｄｅｎｏｖｉｒａｌ−ｖｅｃｔｏｒ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎｔｏ ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｍｏｔｏｒ ｎｅｕｒｏｎｓ」に記載されている。脳、例えば、線条体、視床、海馬、または黒質への直接のベクターの送達は、例えば、引用によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，７５６，５２３号「Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎｔｏ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓ ｓｙｓｔｅｍ ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ ｉｎ ｂｒａｉｎ」に記載される。
【０１０４】
実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、望ましい薬理学的性質または薬力学的性質を提供する薬剤に結合されるか抱合される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を介する浸透または輸送を促進すると当技術分野において知られている物質、例えばトランスフェリン受容体の抗体に結合される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、アンチセンス化合物をより効果的にするために、または血液脳関門を介する輸送を増加させるためにウイルスベクターに結合される。実施形態において、浸透性の血液脳関門の破壊は、砂糖、例えばメソエリスリトール、キシリトール、Ｄ（＋）ガラクトース、Ｄ（＋）ラクトース、Ｄ（＋）キシロース、ズルシトール、ミオ−イノシトール、Ｌ（−）フルクトース、Ｄ（−）マンニトール、Ｄ（＋）グルコース、Ｄ（＋）アラビノース、Ｄ（−）アラビノース、セロビオース、Ｄ（＋）マルトース、Ｄ（＋）ラフィノース、Ｌ（＋）ラムノース、Ｄ（＋）メリビオース、Ｄ（−）リボース、アドニトール、Ｄ（＋）アラビトール、Ｌ（−）アラビトール、Ｄ（＋）フコース、Ｌ（−）フコース、Ｄ（−）リキソース、Ｌ（＋）リキソース、およびＬ（−）リキソース、またはアミノ酸、例えばグルタミン、リジン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン、およびタウリンを注入することにより促進される。血液脳関門の浸透性を増強するための方法および物質は、例えば、米国特許第４，８６６，０４２号「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｔｅｒｉａｌ ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、米国特許第６，２９４，５２０号「Ｍａｔｅｒｉａｌ ｆｏｒ ｐａｓｓａｇｅ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ−ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、および米国特許第６，９３６，５８９号「Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍｓ」に記載されており、各々は引用によって本明細書に組み込まれる。
【０１０５】
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の部分または抱合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または他の抱合体に化学的に連結される。そのような部分には、限定されないが、例えば、コレステロール部分、コレステリル部分、例えばドデカンジオールまたはウンデシル残基などの脂肪族鎖、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、または、アダマンタン酢酸として、脂質部分が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公開された文献に記載されている。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えばＮ−アセチルガラクトサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、Ｎ−Ａｃグルコサミン（ＧａｌＮＡｃ）、もしくはマンノース（例えばマンノース−６−リン酸）、脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分で抱合される。抱合体は、当該技術分野で理解され文献に記載されるように、例えばリンカーを用いて、糖、塩基またはリン酸基上のいくつかの位置のうちのいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの１つ以上に連結されうる。リンカーは二価または三価の分枝リンカーを含みうる。実施形態では、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に結合している。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば、米国特許第８，４５０，４６７号「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。
【０１０６】
被験体の処置本明細書に提供される組成物のうちのいずれかが個体に投与されうる。「個体」は、「被験体」または「患者」と互換的に使用されてもよい。個体は、哺乳動物、例えば、ヒト、またはヒト以外の霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ロバ、ヤギ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、またはヒツジなどの動物であってもよい。実施形態では、個体はヒトである。実施形態では、個体は胎児、胚、または小児である。他の実施形態では、個体は植物などの別の真核生物かもしれない。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される化合物は細胞にエクスビボで投与される。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、疾病または障害を処置する方法として個体に投与される。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記述されたいずれかの疾病などの遺伝病を有する。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記述されたいずれかの疾病などの疾病を有するリスクがある。いくつかの実施形態では、個体は、不十分な量のタンパク質または不十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾病または障害を有するリスクが増大している。個体が、不十分な量のタンパク質または不十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾病または障害を有するリスクが増大している場合、方法は防止的または予防的な処置を含む。例えば、個体は、その疾病の家族歴のために、そのような疾病または障害を有するリスクが増大している場合がある。典型的には、そのような疾病または障害を有するリスクが増大している個体は、予防的処置（例えば、疾病または障害の発症または悪化を予防するかまたは遅らせることによる）から利益を受ける。
【０１０８】
本発明のＡＳＯの投与に適切な経路は、ＡＳＯの送達が所望される細胞型に応じて変わりうる。多数の組織および器官はアラジール症候群によって影響を受け、肝臓が最も著しく影響を受ける組織である。本発明のＡＳＯは、患者に非経口的に投与されることもある。実施形態では、本発明のＡＳＯは、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によって患者に投与さる。実施形態では、送達は心臓または肝臓に対して行なわれる。実施形態では、胎児は、例えばＡＳＯ組成物を胎児に対して直接または間接的（例えば母を介して）に投与することにより、子宮内で処置される。
【０１０９】
筋ジストロフィーの被験体の処置において、本発明の組成物は、直接投与（例えば注射により局所的に、もしくは処置部位における局所投与）、もしくは全身的な（例えば非経口的もしくは経口的な）、鼻腔内な、経口的な投与を含む任意の適切な手段か、または吸入、腸内、局所的、子宮内、膣、舌下、直腸、筋肉内、胸膜内、脳室内、腹腔内、眼、静脈内、もしくは皮下の手段により筋細胞に提供されてもよい。
【０１１０】
スプライシングを増強する追加のＡＳＯを識別する方法本発明の範囲内にはまた、特に標的イントロンにおけるＪＡＧ１ ＲＩＣのｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを増強する追加のＡＳＯを識別する（判定する）方法がある。ｍＲＮＡ前駆体の標的領域内で様々なヌクレオチドを特異的にハイブリダイズさせるＡＳＯは、標的イントロンのスプライシングの速度および／または程度を改善するＡＳＯを識別する（判定する）ためにスクリーニングされてもよい。いくつかの実施形態では、ＡＳＯはスプライシング抑制因子／サイレンサーの結合部位でブロックまたは妨害することもある。当該技術分野において既知の任意の方法は、イントロンの標的領域にハイブリダイズされた時に所望の効果（例えばスプライシング、タンパク質または機能性ＲＮＡの生産の向上）をもたらすＡＳＯを識別する（判定する）ために使用されてもよい。これらの方法はまた、保持されたイントロンに隣接するエクソン中、または保持されていないイントロン中の標的領域へ結合することにより、保持されたイントロンのスプライシングを増強するＡＳＯを識別するために使用することができる。使用されうる方法の一例が下記に提供される。
【０１１１】
ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを用いて、ＡＳＯ「ウォーク」（ｗａｌｋ）と呼ばれる１ラウンドのスクリーニングを行うこともある。例えば、ＡＳＯウォークに使用されるＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位の上流のおよそ１００ヌクレオチド（例えば、標的とされた／保持されたイントロンの上流に位置するエクソンの配列の一部）から標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位の下流のおよそ１００ヌクレオチドまで、および／または、保持されたイントロンの３’スプライス部位の上流のおよそ１００ヌクレオチドから標的とされた／保持されたイントロンの３’スプライス部位の下流のおよそ１００ヌクレオチド（例えば、標的とされた／保持されたイントロンの下流に位置するエクソンの配列の一部）まで、５ヌクレオチドごとに敷き詰められうる。例えば、長さが１５ヌクレオチドの第１のＡＳＯは、標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋６から＋２０まで特異的にハイブリダイズするように設計されうる。第２のＡＳＯは、標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋１１から＋２５まで特異的にハイブリダイズするように設計されている。ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域に及ぶように設計されている。実施形態では、ＡＳＯは、より密に、例えば、１、２、３、または４ヌクレオチドごとに敷き詰められうる。さらに、ＡＳＯは、５’スプライス部位の下流の１００ヌクレオチドから３’スプライス部位の上流の１００ヌクレオチドまで敷き詰められうる。
【０１１２】
１つ以上のＡＳＯ、または１つの対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズするとは予期されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）は、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体（例えば、本明細書で別記されるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を発現する疾患関連の細胞株へと送達される。ＡＳＯの各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）−ＰＣＲによって評価されうる（「イントロン保持事象の特定」を参照）。対照ＡＳＯ処理された細胞と比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用して生成されたＲＴ−ＰＣＲ産物が減少または欠如しているということは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施形態では、スプライシング効率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するスプライシングされたｍＲＮＡ前駆体の比率、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記載のＡＳＯを使用して改善されうる。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコード化されるタンパク質または機能性ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定するために評価されうる。ウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡなどの、タンパク質産生を評価および／または定量するための当該技術分野で既知の方法も使用することができる。
【０１１３】
ＡＳＯ「ミクロウォーク」（ｍｉｃｒｏ−ｗａｌｋ）と呼ばれる第２ラウンドのスクリーニングは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを使用して実行されうる。ＡＳＯミクロウォークに使用されるＡＳＯは、ＡＳＯでハイブリダイズされたときに結果的にスプライシングを増強させるｍＲＮＡ前駆体のヌクレオチド酸配列をさらに改良する（ｒｅｆｉｎｅ）ために、１ヌクレオチドごとに敷き詰められる。
【０１１４】
標的イントロンのスプライシングを促進するＡＳＯによって画定される領域は、１−ｎｔステップで間隔を置かれたＡＳＯ、ならびに典型的には１８−２５ｎｔであるより長いＡＳＯを含む、ＡＳＯ「ミクロウォーク」によって、より詳細に調査される。
【０１１５】
上記にＡＳＯウォークに関して記載されたように、１つ以上のＡＳＯ、または対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズすると予期されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）を、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体を発現する疾患関連細胞株へと送達することによって、ＡＳＯミクロウォークが実行される。ＡＳＯの各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）−ＰＣＲによって評価されうる（「イントロン保持事象の特定」を参照）。対照ＡＳＯ処理された細胞と比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用して生成されたＲＴ−ＰＣＲ産物が減少または欠如しているということは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施形態では、スプライシング効率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するスプライシングされたｍＲＮＡ前駆体の比率、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記載のＡＳＯを使用して改善されうる。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコード化されるタンパク質または機能性ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定するために評価されうる。ウェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡなどの、タンパク質産生を評価および／または定量するための当該技術分野で既知の方法も使用することができる。
【０１１６】
ｍＲＮＡ前駆体の領域にハイブリダイズされたときに、結果的にスプライシングを増強させ、タンパク質産生を増加させるＡＳＯは、動物モデル、例えば、全長ヒト遺伝子がノックインされたトランスジェニックマウスモデルまたは疾患のヒト化マウスモデルを使用して、インビボで試験されうる。ＡＳＯの投与に適した経路は、ＡＳＯの送達が望まれる疾患及び／又は細胞型に応じて変化しうる。ＡＳＯは、例えば、腹腔内注射、筋肉注射、皮下注射、または静脈注射によって投与されうる。投与後に、モデル動物の細胞、組織、及び／又は臓器は、当該技術分野に既知の方法および本明細書に記載される方法によって、例えば、スプライシング（効率、速度、程度）およびタンパク質産生を評価することにより、ＡＳＯ処置の効果を判定するために評価されうる。動物モデルはまた、疾患または疾患重症度の表現型または行動的徴候でありうる。
【０１１７】
本発明の好ましい実施形態が本明細書中に示され記述された一方、そのような実施形態が一例としてしか提供されていないことは当業者にとって明白だろう。多くの変更、変化、および置換が、本発明から逸脱することなく、当業者に想到されるであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されることもあることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義するものであり、この特許請求の範囲内の方法および構造およびそれらの同等物がそれによって包含されることが意図されている。
【実施例】
【０１１８】
本発明は、以下の実施例によってより具体的に例証されるだろう。しかしながら、本発明がいかなる方法においてもこれらの実施例によって限定されないことが理解されるべきである。
【０１１９】
＜実施例１：次世代配列決定を用いたＲＮＡｓｅｑによるＪＡＧ１転写産物のイントロン保持事象の特定＞
イントロン保持事象を特定するために次世代配列決定を使用して、全トランスクリプトームショットガン配列決定を実行し、ＪＡＧ１遺伝子によって生成された転写産物のスナップショットを明らかにした。この目的のために、ＴＨＬＥ−３（ヒトの肝臓上皮）細胞の核および細胞質の分画からのｐｏｌｙＡ＋ＲＮＡを単離し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ’ｓ ＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ ｍＲＮＡ ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐ Ｋｉｔを使用してｃＤＮＡライブラリを構築した。ライブラリに対してペア−エンド配列決定（ｐａｉｒ−ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を行い、結果として、ヒトゲノム（２００９年２月、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９アセンブリ）にマッピングされた１００ヌクレオチドの読み取りをもたらした。ＪＡＧ１に対する配列決定の結果を、図３に示す。簡潔に言うと、図３は、ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｇｒｏｕｐ （Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， １１５６ Ｈｉｇｈ Ｓｔｒｅｅｔ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， ＣＡ ９５０６４）によって操作され、かつ、例えばＲｏｓｅｎｂｌｏｏｍ， ｅｔ ａｌ．， ２０１５，”Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔａｂａｓｅ： ２０１５年アップデート，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４３， Ｄａｔａｂａｓｅ Ｉｓｓｕｅ （ｄｏｉ： １０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｕ１１７７）に記載された、ＵＣＳＣのゲノムブラウザを使用して視覚化されマッピングされた読み取りを示し、読み取りの範囲および数はピーク信号によって推論されうる。ピークの高さは、特定の領域における読み取り密度によって与えられた発現のレベルを示している。ピークがＪＡＧ１エクソン領域およびイントロン領域に適合されるように、（読み取りシグナルの下の）ＵＣＳＣゲノムブラウザによってＪＡＧ１の模式図（縮尺通りに描かれている）が提供される。この表示に基づいて、ＴＨＬＥ−３細胞の核分画における高い読み取り密度を持つが、（図３の下のダイアグラムにおけるイントロン１３に関して、図７の下のダイアグラムにおけるイントロン１８に関して、および図１１の下のダイアグラムにおけるイントロン２３に関して示されるように、）これらの細胞の細胞質分画中では、読み取りが非常に低いか全くない３つのイントロン（矢印により示された１３、１８および２３）を識別した。このことは、これらのイントロンが保持されること、およびイントロン−１３、イントロン−１８およびイントロン−２３含有転写産物は細胞核中に残存し、かつそれらが細胞質へと運び出されないため、これらの保持されたＪＡＧ１ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は非生産的であることが示唆されることを示す。
【０１２０】
＜実施例２：ＪＡＧ１のイントロン１３を標的とするＡＳＯウォークの設計＞
ＡＳＯウォークを、本明細書中に記載された方法を使用して、イントロン１３を標的とするよう設計した（図４；表２）。ヌクレオチド＋６から＋６９に及ぶイントロン１３の５’スプライス部位のすぐ下流の領域、およびヌクレオチド−１６から−６８に及ぶイントロン１３の３’スプライス部位のすぐ上流の領域を、（１ＡＳＯ、ＪＡＧ１−ＩＶＳ１３＋５２を例外として、）２’−Ｏ−Ｍｅ ＲＮＡ、ＰＳ骨格、５ヌクレオチド間隔でシフトされた１８−ｍｅｒ ＡＳＯを用いて標的とした（図４；表２）。
【０１２１】
＜実施例３：ＪＡＧ１イントロン１３のＡＳＯ標的化によるスプライシング効率の改善が転写レベルを増加させる＞
ＡＳＯを使用してＪＡＧ１イントロン１３のスプライシング効率を改善することによって、ＪＡＧ１発現の増加を達成することができるかどうかを判定するために、本明細書に記載される方法を使用した（図５）。この目的のために、ＡＲＰＥ−１９細胞を偽トランスフェクトしたか、あるいはＲＮＡｉＭＡＸ（ＲｉＭ）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）の送達試薬を独立して使用して、図４および表２に記載される標的ＡＳＯの各々、または非標的化ＳＭＮ−ＡＳＯ対照でトランスフェクトした。４８時間（図５に示されるように）６０ｎＭのＡＳＯを使用して、実験を行った。放射性ＲＴ−ＰＣＲの結果は、いくつかの標的ＡＳＯ（＋６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３５；＋１１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３６；＋２１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３８；＋２６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１３９；＋３１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４０；＋３６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１；＋５２；−１６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３０１；−３６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９７；−４１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９６；−４６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９５；および− ５１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２９４）が、疑似トランスフェクトされた、または非標的化のＡＳＯ（図５）と比べて、ＪＡＧ１転写産物のレベルを増大させることを示した。標的ＡＳＯでトランスフェクトされた細胞からのＪＡＧ１ ＰＣＲ産物に対応するバンドの強度をβアクチンに正規化し、偽処理された細胞からの正規化されたＪＡＧ１ ＰＣＲ産物に対してプロットした。この分析の結果は、そのいくつかの標的ＡＳＯが、ＰＫＤ１転写産物レベルを２から６倍増大させることを示している（図５）。これらの結果は、ＪＡＧ１転写産物の他の部分にプライマーを使用してＲＴ−ｑＰＣＲによって確認され、図６における倍率変化プロットにより証明されたＪＡＧ１アップレギュレーションの同じ傾向を示す（上部がベータアクチンに正規化されたもの、下部がＲＰＬ３２に正規化されたもの）。要するに、これらの結果によって、ＡＳＯを使用してＪＡＧ１遺伝子における律速のイントロンのスプライシング効率を改善することが、遺伝子発現の増加につながることが確認される。
【０１２２】
＜実施例４：ＪＡＧ１のイントロン１８を標的とするＡＳＯウォークの設計＞
ＡＳＯウォークを、本明細書中に記載された方法を使用して、イントロン１８を標的とするよう設計した（図８；表２）。イントロン１８のヌクレオチド＋１５から＋６７に及ぶ５’スプライス部位のすぐ下流の領域、およびイントロン１８のヌクレオチド−１６から−６８に及ぶ３’スプライス部位のすぐ上流の領域を、２’−Ｏ−Ｍｅ ＲＮＡ、ＰＳ骨格、５ヌクレオチド間隔でシフトされた１８−ｍｅｒ ＡＳＯを用いて標的とした（図８；表２）。
【０１２３】
＜実施例５：ＪＡＧ１イントロン１８のＡＳＯ標的化によるスプライシング効率の改善が転写レベルを増加させる＞
ＡＳＯを使用してＪＡＧ１イントロン１８のスプライシング効率を改善することにより、ＪＡＧ１の発現の増加を達成しうるかどうかを判断するために、本明細書に記載された方法を使用した（図９）。この目的のために、独立してＲＮＡｉＭＡＸ（ＲｉＭ）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）の送達試薬を使用して、ＡＲＰＥ−１９細胞を偽トランスフェクトしたか、図８および表２に記載される標的ＡＳＯの各々でトランスフェクトしたか、または非標的化ＳＭＮ−ＡＳＯ対照でトランスフェクトした。４８時間（図５に示されるように）６０ｎＭのＡＳＯを使用して、実験を行った。放射性ＲＴ−ＰＣＲの結果は、いくつかの標的ＡＳＯ（＋１５；＋２０；および−２６、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１０７）が、疑似トランスフェクトされたか、非標的のＡＳＯと比較してＪＡＧ１転写産物レベルを増大させたことを示す（図９）。標的ＡＳＯでトランスフェクトされた細胞からのＪＡＧ１ ＰＣＲ産物に対応するバンドの強度をβアクチンに正規化し、偽処理された細胞からの正規化されたＪＡＧ１ ＰＣＲ産物に対してプロットした。この分析の結果は、その３つの標的ＡＳＯが、ＪＡＧ１転写産物レベルを少なくとも１．５倍増大させることを示している（図９）。これらの結果は、ＪＡＧ１転写産物の他の部分にプライマーを使用するＲＴ−ｑＰＣＲによって確認され、図１０における倍率変化プロットにより証明されたＪＡＧ１アップレギュレーションの同じ傾向を示す（上部はベータアクチンに正規化されたもの、下部はＲＰＬ３２に正規化されたもの）。要するに、これらの結果によって、ＡＳＯを使用してＪＡＧ１遺伝子における律速のイントロンのスプライシング効率を改善することが、遺伝子発現の増加につながることが確認される。
【０１２４】
第２の方法は、ＡＳＯを用いてＪＡＧ１標的遺伝子イントロンのスプライシング効率の増大を達成することができるかどうかを判定するために使用されうる。簡潔に言えば、ヒトの網膜の上皮細胞であるＡＲＰＥ−１９細胞（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ （ＡＴＣＣ）， ＵＳＡ）、またはヒトの肝細胞腫細胞株であるＨｕｈ−７（ＮＩＢＩＯＨＮ（日本））、またはヒトの神経芽細胞腫細胞株であるＳＫ−Ｎ−ＡＳ（ＡＴＣＣ）は、疑似トランスフェクトされるか、または表１および２に記載の標的ＡＳＯでトランスフェクトされる。細胞を、供給業者の仕様書に従って、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いてトランスフェクトする。ＡＳＯを９６ウェル組織培養プレートに蒔き、Ｏｐｔｉ−ＭＥＭで希釈したＲＮＡｉＭａｘと組み合わせる。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全培地中で再懸濁し、約２５，０００個の細胞をＡＳＯトランスフェクション混合物に加える。トランスフェクション実験は３通りのプレート複製において実行される。最終的なＡＳＯ濃度は８０ｎＭである。供給業者の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの６時間後に交換し、細胞を、ＤＮＡｓｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を補充したＣｅｌｌｓ−ｔｏ−Ｃｔ ＲＴ試薬を用いて２４時間で回収する。供給業者の仕様書に従い、ｃＤＮＡをＣｅｌｌｓ−ｔｏ−Ｃｔ ＲＴ試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で生成する。対象のイントロンでスプライシングする量を定量化するために、対応するエクソン−エクソン連結（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）に及ぶプローブでＴａｑｍａｎアッセイを用いて、定量的ＰＣＲを実施する。Ｔａｑｍａｎアッセイを、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ７Ｆｌｅｘ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲシステム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）上の供給業者の仕様書に従い実行する。標的遺伝子アッセイ値を、ＲＰＬ３２（ΔＣｔ）およびプレート適合偽トランスフェクションサンプル（ΔΔＣｔ）に対して正規化し、模擬モックの定量（２＾−（ΔΔＣｔ）に対して倍数変化を生成する。
【０１２５】
＜実施例６：ＪＡＧ１のイントロン２３を標的とするＡＳＯウォークの設計＞
ＡＳＯウォークを、本明細書中に記載された方法を使用して、イントロン２３を標的とするよう設計した（図１２；表２）。イントロン２３のヌクレオチド＋６から＋５８に及ぶ５’スプライス部位のすぐ下流の領域、およびイントロン２３のヌクレオチド−１６から−６８に及ぶ３’スプライス部位のすぐ上流の領域を、２’−Ｏ−Ｍｅ ＲＮＡ、ＰＳ骨格、５ヌクレオチド間隔でシフトされた１８−ｍｅｒ ＡＳＯを用いて標的とした（図１２；表２）。
【０１２６】
【表２】
2018538288.tif 000004
【図１】
2018538288.tif 000005
【図２Ａ】
2018538288.tif 000006
【図２Ｂ】
2018538288.tif 000007
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
2018538288.tif 000011
【図７】
2018538288.tif 000012
【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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