(57)【要約】  本明細書には、個体の癌種を判定するための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、及びキットが開示される。また、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、及び組成物も記載される。【選択図】図１Ａ
2018508228.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体における癌の存在を判定する方法であって、
該方法は、
（ａ）脱アミノされたヌクレオチドを含む処置されたゲノムＤＮＡを生成するために、抽出されたゲノムＤＮＡを脱アミノ化剤で処理する工程であって、抽出されたゲノムＤＮＡが個体からの生体サンプルから得られる、工程、
（ｂ）処置されたゲノムＤＮＡからの表２０から選択された１つ以上のバイオマーカーを含むメチル化プロファイルを生成する工程、および、
（ｃ）メチル化プロファイルを対照と比較する工程であって、メチル化プロファイルと対照との間の相関が個体における癌の存在を判定する、工程、を含む、方法。
【請求項２】
メチル化プロファイルは、表１５−１８から選択された１つ以上のバイオマーカーをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
メチル化プロファイルは、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択された１つ以上のバイオマーカーをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
比較する工程は、
（ｉ）第１の正常なサンプルのメチル化プロファイルと処置されたゲノムＤＮＡのメチル化プロファイルとの間の第１の差；
（ｉｉ）第２の正常なサンプルのメチル化プロファイルと第３の正常なサンプルのメチル化プロファイルとの間の第２の差；および、
（ｉｉｉ）第１の原発性癌サンプルのメチル化プロファイルと第２の原発性癌サンプルのメチル化プロファイルとの間の第３の差、
を含むペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
比較する工程は、メチル化プロファイルを生成するために機械学習法により対照を用いてペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程をさらに含む、請求項１または４に記載の方法。
【請求項６】
比較する工程は、個体の癌種を判定する工程をさらに含む、請求項１、４、または５のいずれか１つに記載の方法。
【請求項７】
機械学習法は、主成分分析、ロジスティック回帰分析、最近傍分析、サポートベクターマシン、およびニューラルネットワークモデルの１つ以上から選択されたアルゴリズムを利用する、請求項１−６のいずれか１つに記載の方法。
【請求項８】
生成する工程は、プローブを用いて１つ以上のバイオマーカーの各々を交配させ、および、１つ以上のバイオマーカーの各々のメチル化を定量化するためにＤＮＡ配列決定反応を行う工程をさらに含む、請求項１−７のいずれか１つに記載の方法。
【請求項９】
癌種は固形癌タイプまたは血液系悪性癌種である、請求項１−８のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１０】
癌種は転移癌種、または再発性あるいは難治性癌種である、請求項１−９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１１】
癌種は、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬまたはＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、副腎皮質癌（ＡＣＣ）、膀胱の尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、脳幹神経膠腫、脳の軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）、脳腫瘍、乳癌（ＢＲＣＡ）、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、未知の原発部位の癌、カルチノイド腫瘍、未知の原発部位の癌腫、中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、子宮頚部の扁平上皮癌、子宮頚内膜の腺癌（ＣＥＳＣ）癌、小児癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、脊索腫、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖症候群、結腸（腺癌）癌（ＣＯＡＤ）、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、膵内分泌部膵島腫瘍、子宮内膜癌、上衣芽腫、脳室上衣細胞腫、食道癌（ＥＳＣＡ）、感覚神経芽腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、肝臓外胆管癌、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、胃腸間質性腫瘍（ＧＩＳＴ）、栄養膜腫瘍、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ、ヘアリーセル白血病、頭頚部癌（ＨＮＳＤ）、心臓癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、眼球内黒色腫、膵島腫瘍、カポジ肉腫、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌、口唇癌、肝臓癌、リンパ系腫瘍 びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、悪性線維性組織球腫骨癌、髄芽腫、髄上皮腫、黒色腫、メルケル細胞癌、メルケル細胞皮膚癌、中皮腫（ＭＥＳＯ）、原発不明の転移性の扁平上皮頚部癌、口腔癌、多発性内分泌腺腫瘍症候群、多発性骨髄腫、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非黒色腫皮膚癌、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、他の脳と脊髄の腫瘍、卵巣癌、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞性腫瘍、低悪性度卵巣腫瘍、膵癌、乳頭腫、副鼻腔癌、副甲状腺癌、骨盤癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、中間分化型松果体実質腫瘍、松果体芽腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽細胞腫、原発性の中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性の肝細胞性肝臓癌、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）などの前立腺癌、直腸腺癌（ＲＥＡＤ）などの直腸癌、腎癌、腎細胞（腎臓）癌、腎細胞癌、気道癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（ＳＡＲＣ）、セザリー症候群、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、扁平頚部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、精巣癌、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、咽喉癌、胸腺癌、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、移行上皮癌、腎盂および尿管移行上皮癌、絨毛性腫瘍、尿管癌、尿道癌、子宮癌、子宮癌、ブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、膣癌、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍を含む、請求項１−１０のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１２】
生体サンプルは循環腫瘍ＤＮＡサンプルまたは組織サンプルを含む、請求項１−１１のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１３】
癌を抱える個体の治療を選択する方法であって、該方法は、（ａ）請求項１−１２の方法に従って個体の癌種を識別する工程と、（ｂ）工程（ａ）に基づいて、癌種に適した治療を選択する工程とを含む、方法。
【請求項１４】
癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースの生成のためにＣｐＧ癌メチル化データを利用するためのコンピューティングプラットフォームであって、
前記コンピューティングプラットフォームは、
（ａ）プロセッサ、メモリモジュール、オペレーティングシステム、および、生体サンプルのセットからＣｐＧメチル化データを生成するためのデータ収集アプリケーションを作成するためにプロセッサによって実行可能な命令を含むコンピュータプログラムを含む第１のコンピューティングデバイスを含み、
データ収集アプリケーションが、
（１）生体サンプルのセットからＣｐＧメチル化データを生成するために配列決定装置を作動させるように構成された配列決定モジュールであって、前記セットが第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、第３の癌の生体サンプル、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルを含み、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なり、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、配列決定モジュールと、
（２）データ受信モジュールとを含み、
該データ受信モジュールが、
（ｉ）第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルから生成された第１のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第１の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第１のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第２のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、第１のペアのＣｐＧメチル化データセット；
（ｉｉ）第２の正常な生体サンプルと第３の正常な生体サンプルから生成された第２のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第２の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第３のデータセットを形成し、第３の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第４のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、第２のペアのＣｐＧメチル化データセット；および、
（ｉｉｉ）第２の癌の生体サンプルと第３の癌の生体サンプルから生成された第３のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第２の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第５のデータセットを形成し、第３の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第６のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なる、第３のペアのＣｐＧメチル化データセット、を受け取るように構成され、
前記コンピューティングプラットフォームは、
（ｂ）プロセッサ、メモリモジュール、オペレーティングシステム、および癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するためのデータ分析アプリケーションを作成するためにプロセッサによって実行可能な命令を含むコンピュータプログラムを含む第２のコンピューティングデバイスを含み、
データ分析モジュールを含むデータ分析アプリケーションが、
（１）第１のペアのデータセット、第２のペアのデータセット、および第３のペアのデータセットからペアワイズのメチル化差異データセットを生成するように、および、
（２）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するために機械学習法によって対照データセットを用いてペアワイズのメチル化差異データセットを分析するように、構成され、
（ｉ）機械学習法は、トップスコアに基づいて複数のマーカーと複数の加重値を識別し、複数のマーカーと複数の加重値に基づいてサンプルを分類する工程を含み、
（ｉｉ）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースはＣｐＧメチル化プロファイルのセットを含み、ＣｐＧメチル化プロファイルはそれぞれ癌種を表す、コンピューティングプラットフォーム。
【請求項１５】
ペアワイズのメチル化差異データセットを生成することは、
（ａ）第１のペアのデータセット内の第１のデータセットと第２のデータセットとの間の差を算出すること、
（ｂ）第２のペアのデータセット内の第３のデータセットと第４のデータセットとの間の差を算出すること、および
（ｃ）第３のペアのデータセット内の第５のデータセットと第６のデータセットとの間の差を算出すること、を含む、請求項１４に記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項１６】
機械学習法は、主成分分析、ロジスティック回帰分析、最近傍分析、サポートベクターマシン、およびニューラルネットワークモデルの１つ以上から選択されたアルゴリズムを利用する、請求項１４または１５に記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項１７】
ＣｐＧメチル化データは、脱アミノ化剤で処置された抽出されたゲノムＤＮＡから生成される、請求項１４−１６に記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項１８】
配列決定装置は、ＣｐＧメチル化データを生成するために次世代配列決定方法によって抽出されたゲノムＤＮＡを分析するようにさらに構成される、請求項１４−１７のいずれか１つに記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項１９】
次世代配列決定方法は、デジタルＰＣＲ配列決定方法である、請求項１８に記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項２０】
メチル化プロファイルは、表１５−１８からなる群から選択された、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、またはそれ以上のバイオマーカーを含む、請求項１４−１９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項２１】
メチル化プロファイルは、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択される少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、１００、または２００以上のバイオマーカーを含む、請求項１４−２０のいずれか１つに記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項２２】
メチル化プロファイルは、表２０から選択された、少なくとも１、２、３、４、５、１０、２０、３０、４０、５０、１００またはそれ以上のバイオマーカーを含む、請求項１４−２１のいずれか１つに記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項２３】
癌種は固形癌タイプまたは血液系悪性癌種である、請求項１４−２２のいずれか１つに記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項２４】
癌種は転移癌種、または再発性あるいは難治性癌種である、請求項１４−２３のいずれか１つに記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項２５】
癌種は、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬまたはＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、副腎皮質癌（ＡＣＣ）、膀胱の尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、脳幹神経膠腫、脳の軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）、脳腫瘍、乳癌（ＢＲＣＡ）、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、未知の原発部位の癌、カルチノイド腫瘍、未知の原発部位の癌腫、中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、子宮頚部の扁平上皮癌、子宮頚内膜の腺癌（ＣＥＳＣ）癌、小児癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、脊索腫、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖症候群、結腸（腺癌）癌（ＣＯＡＤ）、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、膵内分泌部膵島腫瘍、子宮内膜癌、上衣芽腫、脳室上衣細胞腫、食道癌（ＥＳＣＡ）、感覚神経芽腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、肝臓外胆管癌、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、胃腸間質性腫瘍（ＧＩＳＴ）、栄養膜腫瘍、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ、ヘアリーセル白血病、頭頚部癌（ＨＮＳＤ）、心臓癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、眼球内黒色腫、膵島腫瘍、カポジ肉腫、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌、口唇癌、肝臓癌、リンパ系腫瘍 びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、悪性線維性組織球腫骨癌、髄芽腫、髄上皮腫、黒色腫、メルケル細胞癌、メルケル細胞皮膚癌、中皮腫（ＭＥＳＯ）、原発不明の転移性の扁平上皮頚部癌、口腔癌、多発性内分泌腺腫瘍症候群、多発性骨髄腫、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非黒色腫皮膚癌、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、他の脳と脊髄の腫瘍、卵巣癌、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞性腫瘍、低悪性度卵巣腫瘍、膵癌、乳頭腫、副鼻腔癌、副甲状腺癌、骨盤癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、中間分化型松果体実質腫瘍、松果体芽腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽細胞腫、原発性の中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性の肝細胞性肝臓癌、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）などの前立腺癌、直腸癌、腎癌、腎細胞（腎臓）癌、腎細胞癌、気道癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（ＳＡＲＣ）、セザリー症候群、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、扁平頚部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、精巣癌、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、咽喉癌、胸腺癌、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、移行上皮癌、腎盂および尿管移行上皮癌、絨毛性腫瘍、尿管癌、尿道癌、子宮癌、子宮癌、ブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、膣癌、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍を含む、請求項１４−２４のいずれか１つに記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項２６】
対照データセットはメチル化プロファイルのセットを含み、各々の前記メチル化プロファイルは、知られている癌種から得られた生体サンプルから生成される、請求項１４−２５のいずれか１つに記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項２７】
生体サンプルは循環腫瘍ＤＮＡサンプルまたは組織サンプルを含む、請求項１４−２６のいずれか１つに記載のコンピューティングプラットフォーム。
【請求項２８】
癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するためのコンピューターにより実施される方法であって、
前記方法は、
ａ．配列決定方法によって生体サンプルのセットからＣｐＧメチル化データを生成する工程であって、セットが第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、第３の癌の生体サンプル、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルを含み、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なり、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、工程と、
ｂ．第１のプロセッサを用いて、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルから生成された第１のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第１の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第１のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第２のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、工程と、
ｃ．第１のコンピューティングデバイスを用いて、第２の正常な生体サンプルと第３の正常な生体サンプルから生成された第２のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第２の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第３のデータセットを形成し、第３の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第４のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、工程と、
ｄ．第１のコンピューティングデバイスを用いて、第２の癌の生体サンプルと第３の癌の生体サンプルから生成された第３のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第２の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第５のデータセットを形成し、第３の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第６のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なる、工程と、
ｅ．第１のペアのデータセット、第２のペアのデータセット、および第３のペアのデータセットから、第２のプロセッサを用いて、ペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程と、
ｆ．癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するために機械学習法によって対照データセットを用いてペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程を含み、
（１）機械学習法が、トップスコアに基づいて複数のマーカーと複数の加重値を識別し、複数のマーカーと複数の加重値に基づいてサンプルを分類する工程を含み、および、
（２）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは、ＣｐＧメチル化プロファイルのセットを含み、各ＣｐＧメチル化プロファイルは癌種を表す、コンピューターにより実施される方法。
【請求項２９】
工程ｅ）はさらに、
（ａ）第１のペアのデータセット内の第１のデータセットと第２のデータセットとの間の差を算出すること、
（ｂ）第２のペアのデータセット内の第３のデータセットと第４のデータセットとの間の差を算出すること、および
（ｃ）第３のペアのデータセット内の第５のデータセットと第６のデータセットとの間の差を算出すること、を含む、請求項２８に記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３０】
機械学習法は、主成分分析、ロジスティック回帰分析、最近傍分析、サポートベクターマシン、およびニューラルネットワークモデルの１つ以上から選択されたアルゴリズムを利用する、請求項２８または２９に記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３１】
ＣｐＧメチル化データは、脱アミノ化剤で処置された抽出されたゲノムＤＮＡから生成される、請求項２８−３０のいずれか１つに記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３２】
メチル化プロファイルは、表１５−１８からなる群から選択された、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、またはそれ以上のバイオマーカーを含む、請求項２８−３１のいずれか１つに記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３３】
メチル化プロファイルは、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択される少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、１００、または２００以上のバイオマーカーを含む、請求項２８−３２のいずれか１つに記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３４】
メチル化プロファイルは、表２０から選択された、少なくとも１、２、３、４、５、１０、２０、３０、４０、５０、１００またはそれ以上のバイオマーカーを含む、請求項２８−３３のいずれか１つに記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３５】
癌種は固形癌タイプまたは血液系悪性癌種である、請求項２８−３４のいずれか１つに記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３６】
癌種は再発性または難治性の癌種である、請求項２８−３５のいずれか１つに記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３７】
癌種は、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬまたはＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、副腎皮質癌（ＡＣＣ）、膀胱の尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、脳幹神経膠腫、脳の軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）、脳腫瘍、乳癌（ＢＲＣＡ）、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、未知の原発部位の癌、カルチノイド腫瘍、未知の原発部位の癌腫、中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、子宮頚部の扁平上皮癌、子宮頚内膜の腺癌（ＣＥＳＣ）癌、小児癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、脊索腫、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖症候群、結腸（腺癌）癌（ＣＯＡＤ）、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、膵内分泌部膵島腫瘍、子宮内膜癌、上衣芽腫、脳室上衣細胞腫、食道癌（ＥＳＣＡ）、感覚神経芽腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、肝臓外胆管癌、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、胃腸間質性腫瘍（ＧＩＳＴ）、栄養膜腫瘍、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ、ヘアリーセル白血病、頭頚部癌（ＨＮＳＤ）、心臓癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、眼球内黒色腫、膵島腫瘍、カポジ肉腫、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌、口唇癌、肝臓癌、リンパ系腫瘍 びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、悪性線維性組織球腫骨癌、髄芽腫、髄上皮腫、黒色腫、メルケル細胞癌、メルケル細胞皮膚癌、中皮腫（ＭＥＳＯ）、原発不明の転移性の扁平上皮頚部癌、口腔癌、多発性内分泌腺腫瘍症候群、多発性骨髄腫、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非黒色腫皮膚癌、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、他の脳と脊髄の腫瘍、卵巣癌、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞性腫瘍、低悪性度卵巣腫瘍、膵癌、乳頭腫、副鼻腔癌、副甲状腺癌、骨盤癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、中間分化型松果体実質腫瘍、松果体芽腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽細胞腫、原発性の中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性の肝細胞性肝臓癌、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）などの前立腺癌、直腸癌、腎癌、腎細胞（腎臓）癌、腎細胞癌、気道癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（ＳＡＲＣ）、セザリー症候群、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、扁平頚部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、精巣癌、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、咽喉癌、胸腺癌、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、移行上皮癌、腎盂および尿管移行上皮癌、絨毛性腫瘍、尿管癌、尿道癌、子宮癌、子宮癌、ブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、膣癌、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍を含む、請求項２８−３６のいずれか１つに記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３８】
生体サンプルは循環腫瘍ＤＮＡサンプルまたは組織サンプルを含む、請求項２８−３７のいずれか１つに記載のコンピューターにより実施される方法。
【請求項３９】
複数のプローブを含むプローブパネルであって、各プローブは式Ｉのプローブであり、
【化１】
2018508228.tif 000214
式中、
Ａは第１の標的結合領域であり、
Ｂは第２の標的結合領域であり、および、
Ｌはリンカー領域であり、
Ａは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１−１７７５から選択された配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも３０の連続的なヌクレオチドに対して少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有し、
Ｂは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１−１７７５から選択された同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも１２の連続的なヌクレオチドに対して少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有し、
ＬはＡに結合し、および、
ＢはＡまたはＬのいずれかに結合する、プローブパネル。
【請求項４０】
ＬはＡに結合し、ＢはＬに結合する、請求項３９に記載のプローブパネル。
【請求項４１】
複数のプローブは少なくとも１０、２０、３０、５０、または１００以上のプローブを含む、請求項３９または４０に記載のプローブパネル。
【請求項４２】
複数のプローブは、ＣｐＧメチル化データを生成するために溶液ベースの次世代の配列決定反応に使用される、請求項３９−４１のいずれか１つに記載のプローブパネル。
【請求項４３】
溶液ベースの次世代の配列決定反応は、小滴デジタルＰＣＲ配列決定方法である、請求項４２に記載のプローブパネル。
【請求項４４】
Ｌは１０−６０、１５−５５、２０−５０、２５−４５、ならびに３０−４０のヌクレオチド長さである、請求項３９−４３のいずれか１つに記載のプローブパネル。
【請求項４５】
Ｌはさらに各プローブを識別するためのアダプター領域を含む、請求項３９−４４のいずれか１つに記載のプローブパネル。
【請求項４６】
命令が保存される非一時的なコンピューター可読媒体であって、
前記非一時的なコンピューター可読媒体は、プロセッサによって実行されるとき：
ａ．配列決定方法によって生体サンプルのセットからＣｐＧメチル化データを生成する工程であって、セットが第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、第３の癌の生体サンプル、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルを含み、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なり、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、工程と、
ｂ．第１のプロセッサを用いて、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルから生成された第１のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第１の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第１のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第２のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、工程と、
ｃ．第１のコンピューティングデバイスを用いて、第２の正常な生体サンプルと第３の正常な生体サンプルから生成された第２のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第２の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第３のデータセットを形成し、第３の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第４のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、工程と、
ｄ．第１のコンピューティングデバイスを用いて、第２の癌の生体サンプルと第３の癌の生体サンプルから生成された第３のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第２の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第５のデータセットを形成し、第３の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第６のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なる、工程と、
ｅ．第１のペアのデータセット、第２のペアのデータセット、および第３のペアのデータセットから、第２のプロセッサを用いて、ペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程と、
ｆ．癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するために機械学習法によって対照データセットを用いてペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程であって、
（１）機械学習法が、トップスコアに基づいて複数のマーカーと複数の加重値を識別し、複数のマーカーと複数の加重値に基づいてサンプルを分類する工程を含み、および、
（２）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは、ＣｐＧメチル化プロファイルのセットを含み、各ＣｐＧメチル化プロファイルは癌種を表す、工程、
含む工程を行う、非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項４７】
工程ｅ）はさらに、
ａ．第１のペアのデータセット内の第１のデータセットと第２のデータセットとの間の差を算出すること、
ｂ．第２のペアのデータセット内の第３のデータセットと第４のデータセットとの間の差を算出すること、および
ｃ．第３のペアのデータセット内の第５のデータセットと第６のデータセットとの間の差を算出すること、を含む、請求項４６に記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項４８】
工程ｅ）は、第１のペアのデータセットの算出された差から、第２のペアのデータセットの算出された差から、および第３のペアのデータセットの算出された差から、第２のプロセッサを用いて、ペアワイズのメチル化差異データセットを生成することをさらに含む、請求項４６または４７に記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項４９】
ＣｐＧメチル化データは、脱アミノ化剤で処置された抽出されたゲノムＤＮＡから生成される、請求項４６−４８のいずれか１つに記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項５０】
メチル化プロファイルは、表１５−１８からなる群から選択された、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、またはそれ以上のバイオマーカーを含む、請求項４６−４９のいずれか１つに記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項５１】
メチル化プロファイルは、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択される少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、１００、または２００以上のバイオマーカーを含む、請求項４６−５０のいずれか１つに記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項５２】
メチル化プロファイルは、表２０から選択された、少なくとも１、２、３、４、５、１０、２０、３０、４０、５０、１００またはそれ以上のバイオマーカーを含む、請求項４６−５１のいずれか１つに記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項５３】
癌種は固形癌タイプまたは血液系悪性癌種である、請求項４６−５２のいずれか１つに記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項５４】
癌種は再発性または難治性の癌種である、請求項４６−５３のいずれか１つに記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項５５】
癌種は、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬまたはＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、副腎皮質癌（ＡＣＣ）、膀胱の尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、脳幹神経膠腫、脳の軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）、脳腫瘍、乳癌（ＢＲＣＡ）、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、未知の原発部位の癌、カルチノイド腫瘍、未知の原発部位の癌腫、中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、子宮頚部の扁平上皮癌、子宮頚内膜の腺癌（ＣＥＳＣ）癌、小児癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、脊索腫、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖症候群、結腸（腺癌）癌（ＣＯＡＤ）、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、膵内分泌部膵島腫瘍、子宮内膜癌、上衣芽腫、脳室上衣細胞腫、食道癌（ＥＳＣＡ）、感覚神経芽腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、肝臓外胆管癌、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、胃腸間質性腫瘍（ＧＩＳＴ）、栄養膜腫瘍、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ、ヘアリーセル白血病、頭頚部癌（ＨＮＳＤ）、心臓癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、眼球内黒色腫、膵島腫瘍、カポジ肉腫、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌、口唇癌、肝臓癌、リンパ系腫瘍 びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、悪性線維性組織球腫骨癌、髄芽腫、髄上皮腫、黒色腫、メルケル細胞癌、メルケル細胞皮膚癌、中皮腫（ＭＥＳＯ）、原発不明の転移性の扁平上皮頚部癌、口腔癌、多発性内分泌腺腫瘍症候群、多発性骨髄腫、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非黒色腫皮膚癌、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、他の脳と脊髄の腫瘍、卵巣癌、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞性腫瘍、低悪性度卵巣腫瘍、膵癌、乳頭腫、副鼻腔癌、副甲状腺癌、骨盤癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、中間分化型松果体実質腫瘍、松果体芽腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽細胞腫、原発性の中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性の肝細胞性肝臓癌、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）などの前立腺癌、直腸癌、腎癌、腎細胞（腎臓）癌、腎細胞癌、気道癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（ＳＡＲＣ）、セザリー症候群、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、扁平頚部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、精巣癌、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、咽喉癌、胸腺癌、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、移行上皮癌、腎盂および尿管移行上皮癌、絨毛性腫瘍、尿管癌、尿道癌、子宮癌、子宮癌、ブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、膣癌、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍を含む、請求項４６−５４のいずれか１つに記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【請求項５６】
生体サンプルは循環腫瘍ＤＮＡサンプルまたは組織サンプルを含む、請求項４６−５５のいずれか１つに記載の非一時的なコンピューター可読媒体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２０１５年１月１８日に出願された米国仮出願第６２／１０４，７８５号の利益を主張し、２０１５年１２月３１日に出願された米国出願第１４／９８６，５２０号の継続出願である。両出願は参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
＜配列表＞
本出願は配列表を含んでおり、これはＥＦＳ−ＷｅｂによってＡＳＣＩＩフォーマットで提出されており、参照により全体として本明細書に組み込まれる。上記のＡＳＣＩＩコピーは２０１６年１月１２日に作成され、４９６９７−７０１．６０１＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、８４６キロバイトのサイズがある。
【背景技術】
【０００３】
癌は世界の死因の第一位であり、年間の症例は２０１２年の１４００万から今後２０年間で２２００万まで増加すると予想されている（ＷＨＯ）。場合によっては、診断方法は、患者が既に症状を呈した後になって初めて始まり、高価で、侵襲性で、かつ時間を消費する手順となる。加えて、到達できない領域があるため正確な診断が妨げられることが往々にしてある。さらに、癌の高い病的状態と死亡率は診断の遅さと関連している。
【発明の概要】
【０００４】
本明細書では、ある実施形態において、個体の癌種を判定するための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットが開示されている。いくつかの実施形態において、本明細書では、癌の早期発見のための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットが記載されている。追加の実施形態において、本明細書では、癌の非侵襲的検出のための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットが記載されている。さらなる追加の実施形態において、本明細書では、様々な癌の段階の識別のための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットが記載されている。他の実施形態において、本明細書では、個体の癌の予後の判定、処置応答の予測、および処置応答のモニタリングのための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットが記載されている。さらなる実施形態において、本明細書では、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースの生成と、ＣｐＧメチル化データを生成する際に使用されるプローブのための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットが記載されている。
【０００５】
本明細書では、ある実施形態において、癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースの生成のためにＣｐＧ癌メチル化データを利用するためのコンピューティングプラットフォームが開示され、コンピューティングプラットフォームは、
（ａ）プロセッサ、メモリモジュール、オペレーティングシステム、および、生体サンプルのセットからＣｐＧメチル化データを生成するためのデータ収集アプリケーションを作成するためにプロセッサによって実行可能な命令を含むコンピュータプログラムを含む第１のコンピューティングデバイスを含み、
データ収集アプリケーションが、
（１）生体サンプルのセットからＣｐＧメチル化データを生成するために配列決定装置を作動させるように構成された配列決定モジュールであって、上記セットが第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、第３の癌の生体サンプル、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルを含み、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なり、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、配列決定モジュールと、
（２）データ受信モジュールとを含み、
該データ受信モジュールは、
（ｉ）第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルから生成された第１のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第１の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第１のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第２のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルは同じ生体サンプル源に由来する、第１のペアのＣｐＧメチル化データセット；
（ｉｉ）第２の正常な生体サンプルと第３の正常な生体サンプルから生成された第２のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第２の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第３のデータセットを形成し、第３の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第４のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、第２のペアのＣｐＧメチル化データセット；および、
（ｉｉｉ）第２の癌の生体サンプルと第３の癌の生体サンプルから生成された第３のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第２の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第５のデータセットを形成し、第３の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第６のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なる、第３のペアのＣｐＧメチル化データセットを、受け取るように構成され、
上記コンピューティングプラットフォームは、
（ｂ）プロセッサ、メモリモジュール、オペレーティングシステム、および癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するためのデータ分析アプリケーションを作成するためにプロセッサによって実行可能な命令を含むコンピュータプログラムを含む第２のコンピューティングデバイスを含み、
データ分析モジュールを含むデータ分析アプリケーションが、
（１）第１のペアのデータセット、第２のペアのデータセット、および第３のペアのデータセットからペアワイズのメチル化差異データセットを生成するように、および、
（２）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するために機械学習法によって対照データセットを用いてペアワイズのメチル化差異データセットを分析するように、構成され、
（ｉ）機械学習法は、トップスコアに基づいて複数のマーカーと複数の加重値を識別し、複数のマーカーと複数の加重値に基づいてサンプルを分類する工程を含み、
（ｉｉ）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースはＣｐＧメチル化プロファイルのセットを含み、ＣｐＧメチル化プロファイルはそれぞれ癌種を表す。
【０００６】
いくつかの実施形態において、ペアワイズのメチル化差異データセットを生成することは、（ａ）第１のペアのデータセット内の第１のデータセットと第２のデータセットの間の差を算出すること；（ｂ）第２のペアのデータセット内の第３のデータセットと第４のデータセットの間の差を算出すること；および（ｃ）第３のペアのデータセット内の第５のデータセットと第６のデータセットの間の差を算出すること、を含む。いくつかの実施形態において、ペアワイズのメチル化差異データセットを生成することは、さらに第１のペアのデータセットの算出された差、第２のペアのデータセットの算出された差、および第３のペアのデータセットの算出された差に基づく。
【０００７】
いくつかの実施形態では、機械学習法は半教師あり学習法、または教師なし学習法を含む。いくつかの実施形態では、機械学習法は、以下の１つ以上から選択されたアルゴリズムを利用する：主成分分析、ロジスティック回帰分析、最近傍分析、サポートベクターマシン、およびニューラルネットワークモデル。
【０００８】
いくつかの実施形態では、ＣｐＧメチル化データは、脱アミノ化剤で処置された抽出されたゲノムＤＮＡから生成される。いくつかの実施形態では、データ分析モジュールは、ＣｐＧメチル化データを生成するために次世代配列決定方法によって抽出されたゲノムＤＮＡを分析するようにさらに構成される。いくつかの実施形態では、次世代配列決定方法は、デジタルＰＣＲ配列決定方法である。
【０００９】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１５−１８からなる群から選択された、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、またはそれ以上のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１５からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１６からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１７からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１８からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。
【００１０】
いくつかの実施形態において、メチル化プロファイルは、以下から選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００、または２００以上のバイオマーカーを含む：ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０。
【００１１】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表２０から選択された、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００またはそれ以上のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態において、メチル化プロファイルは、以下から選択される、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、または１００以上のバイオマーカーを含む：ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４。
【００１２】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から選択された少なくとも１、２、３、または４つのバイオマーカーを含む。
【００１３】
いくつかの実施形態では、癌種は固形癌タイプまたは血液系悪性癌種である。いくつかの実施形態では、癌種は転移癌種、または再発性あるいは難治性癌種である。いくつかの実施形態では、癌種は、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬまたはＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、副腎皮質癌（ＡＣＣ）、膀胱の尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、脳幹神経膠腫、脳の軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）、脳腫瘍、乳癌（ＢＲＣＡ）、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、未知の原発部位の癌、カルチノイド腫瘍、未知の原発部位の癌腫、中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、子宮頚部の扁平上皮癌、子宮頚内膜の腺癌（ＣＥＳＣ）癌、小児癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、脊索腫、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖症候群、結腸（腺癌）癌（ＣＯＡＤ）、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、膵内分泌部膵島腫瘍、子宮内膜癌、上衣芽腫、脳室上衣細胞腫、食道癌（ＥＳＣＡ）、感覚神経芽腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、肝臓外胆管癌、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、胃腸間質性腫瘍（ＧＩＳＴ）、栄養膜腫瘍、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ、ヘアリーセル白血病、頭頚部癌（ＨＮＳＤ）、心臓癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、眼球内黒色腫、膵島腫瘍、カポジ肉腫、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌、口唇癌、肝臓癌、リンパ系腫瘍、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、悪性線維性組織球腫骨癌、髄芽腫、髄上皮腫、黒色腫、メルケル細胞癌、メルケル細胞皮膚癌、中皮腫（ＭＥＳＯ）、原発不明の転移性の扁平上皮頚部癌、口腔癌、多発性内分泌腺腫瘍症候群、多発性骨髄腫、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非黒色腫皮膚癌、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、他の脳と脊髄の腫瘍、卵巣癌、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞性腫瘍、低悪性度卵巣腫瘍、膵癌、乳頭腫、副鼻腔癌、副甲状腺癌、骨盤癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、中間分化型松果体実質腫瘍、松果体芽腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽細胞腫、原発性の中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性の肝細胞性肝臓癌、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）などの前立腺癌、直腸癌、腎癌、腎細胞（腎臓）癌、腎細胞癌、気道癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（ＳＡＲＣ）、セザリー症候群、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、扁平頚部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、精巣癌、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、咽喉癌、胸腺癌、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、移行上皮癌、腎盂および尿管移行上皮癌、絨毛性腫瘍、尿管癌、尿道癌、子宮癌、子宮癌、ブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、膣癌、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、膀胱癌、乳癌、脳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、消化器癌、神経膠腫、神経膠芽腫、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、リンパ性腫瘍形成、黒色腫、骨髄性腫瘍、卵巣癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、精巣癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。
【００１４】
いくつかの実施形態では、対照データセットはメチル化プロファイルのセットを含み、各々の上記メチル化プロファイルは、知られている癌種から得られた生体サンプルから生成される。
【００１５】
いくつかの実施形態では、生体サンプルは無細胞の生体サンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは循環腫瘍ＤＮＡサンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは生検サンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは組織サンプルを含む。
【００１６】
いくつかの実施形態では、プロセッサと、メモリモジュールと、機械可読命令を実行するように構成されたオペレーティングシステムと、および癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するための分析アプリケーションを作成するためにプロセッサによって実行可能な命令を含むコンピュータプログラムとを含む、コンピューティングシステムが本明細書に記載され、分析アプリケーションが、
（ａ）以下を受け取るように構成されたデータ受信モジュール：
（１）第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルから生成された第１のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第１の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第１のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第２のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、第１のペアのＣｐＧメチル化データセット；
（２）第２の正常な生体サンプルと第３の正常な生体サンプルから生成された第２のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第２の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第３のデータセットを形成し、第３の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第４のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、第２のペアのＣｐＧメチル化データセット；および、
（３）第２の癌の生体サンプルと第３の癌の生体サンプルから生成された第３のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第２の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第５のデータセットを形成し、第３の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第６のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なる、第３のペアのＣｐＧメチル化データセット；ならびに、
（ｂ）
（１）第１のペアのデータセット、第２のペアのデータセット、および第３のペアのデータセットからペアワイズのメチル化差異データセットを生成する；および、
（２）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するために機械学習法によって対照データセットを用いてペアワイズのメチル化差異データセットを分析する、ように構成されたデータ分析モジュールを含み、
（ｉ）機械学習法が、トップスコアに基づいて複数のマーカーと複数の加重値を識別し、複数のマーカーと複数の加重値に基づいてサンプルを分類する工程を含み、
（ｉｉ）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースはＣｐＧメチル化プロファイルのセットを含み、ＣｐＧメチル化プロファイルはそれぞれ癌種を表す。
【００１７】
本明細書では、ある実施形態において、癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するためのコンピュータにより実施される方法が開示され、
該方法は、
ａ．配列決定方法によって生体サンプルのセットからＣｐＧメチル化データを生成する工程であって、セットが第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、第３の癌の生体サンプル、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルを含み、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なり、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、工程と、
ｂ．第１のプロセッサを用いて、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルから生成された第１のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第１の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第１のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第２のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、工程と、
ｃ．第１のコンピューティングデバイスを用いて、第２の正常な生体サンプルと第３の正常な生体サンプルから生成された第２のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第２の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第３のデータセットを形成し、第３の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第４のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、工程と、
ｄ．第１のコンピューティングデバイスを用いて、第２の癌の生体サンプルと第３の癌の生体サンプルから生成された第３のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第２の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第５のデータセットを形成し、第３の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第６のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なる、工程と、
ｅ．第１のペアのデータセット、第２のペアのデータセット、および第３のペアのデータセットから、第２のプロセッサを用いて、ペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程と、
ｆ．癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するために機械学習法によって対照データセットを用いてペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程を含み、
（１）機械学習法が、トップスコアに基づいて複数のマーカーと複数の加重値を識別し、複数のマーカーと複数の加重値に基づいてサンプルを分類する工程を含み、および、
（２）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは、ＣｐＧメチル化プロファイルのセットを含み、各ＣｐＧメチル化プロファイルは癌種を表す。
【００１８】
いくつかの実施形態では、工程ｅ）はさらに、（ａ）第１のペアのデータセット内の第１のデータセットと第２のデータセットの間の差を算出すること、（ｂ）第２のペアのデータセット内の第３のデータセットと第４のデータセットの間の差を算出すること、および（ｃ）第３のペアのデータセット内の第５のデータセットと第６のデータセットの間の差を算出すること、を含む。いくつかの実施形態では、工程ｅ）は、第１のペアのデータセットの算出された差、第２のペアのデータセットの算出された差、および第３のペアのデータセットの算出された差から、第２のプロセッサを用いて、ペアワイズのメチル化差異データセットを生成することをさらに含む。
【００１９】
いくつかの実施形態では、機械学習法は半教師あり学習法、または教師なし学習法を含む。いくつかの実施形態では、機械学習法は、以下の１つ以上から選択されたアルゴリズムを利用する：主成分分析、ロジスティック回帰分析、最近傍分析、サポートベクターマシン、およびニューラルネットワークモデル。
【００２０】
いくつかの実施形態では、ＣｐＧメチル化データは、脱アミノ化剤で処置された抽出されたゲノムＤＮＡから生成される。
【００２１】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１５−１８からなる群から選択された、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、またはそれ以上のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１５からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１６からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１７からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１８からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。
【００２２】
いくつかの実施形態において、メチル化プロファイルは、以下から選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００、または２００以上のバイオマーカーを含む：ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０。
【００２３】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表２０から選択された、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００またはそれ以上のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態において、メチル化プロファイルは、以下から選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、または１００以上のバイオマーカーを含む：ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４。
【００２４】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から選択された少なくとも１、２、３、または４つのバイオマーカーを含む。
【００２５】
いくつかの実施形態では、癌種は固形癌タイプまたは血液系悪性癌種である。いくつかの実施形態では、癌種は再発性または難治性の癌種である。いくつかの実施形態では、癌種は、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬまたはＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、副腎皮質癌（ＡＣＣ）、膀胱の尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、脳幹神経膠腫、脳の軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）、脳腫瘍、乳癌（ＢＲＣＡ）、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、未知の原発部位の癌、カルチノイド腫瘍、未知の原発部位の癌腫、中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、子宮頚部の扁平上皮癌、子宮頚内膜の腺癌（ＣＥＳＣ）癌、小児癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、脊索腫、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖症候群、結腸（腺癌）癌（ＣＯＡＤ）、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、膵内分泌部膵島腫瘍、子宮内膜癌、上衣芽腫、脳室上衣細胞腫、食道癌（ＥＳＣＡ）、感覚神経芽腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、肝臓外胆管癌、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、胃腸間質性腫瘍（ＧＩＳＴ）、栄養膜腫瘍、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ、ヘアリーセル白血病、頭頚部癌（ＨＮＳＤ）、心臓癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、眼球内黒色腫、膵島腫瘍、カポジ肉腫、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌、口唇癌、肝臓癌、リンパ系腫瘍、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、悪性線維性組織球腫骨癌、髄芽腫、髄上皮腫、黒色腫、メルケル細胞癌、メルケル細胞皮膚癌、中皮腫（ＭＥＳＯ）、原発不明の転移性の扁平上皮頚部癌、口腔癌、多発性内分泌腺腫瘍症候群、多発性骨髄腫、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非黒色腫皮膚癌、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、他の脳と脊髄の腫瘍、卵巣癌、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞性腫瘍、低悪性度卵巣腫瘍、膵癌、乳頭腫、副鼻腔癌、副甲状腺癌、骨盤癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、中間分化型松果体実質腫瘍、松果体芽腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽細胞腫、原発性の中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性の肝細胞性肝臓癌、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）などの前立腺癌、直腸癌、腎癌、腎細胞（腎臓）癌、腎細胞癌、気道癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（ＳＡＲＣ）、セザリー症候群、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、扁平頚部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、精巣癌、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、咽喉癌、胸腺癌、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、移行上皮癌、腎盂および尿管移行上皮癌、絨毛性腫瘍、尿管癌、尿道癌、子宮癌、子宮癌、ブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、膣癌、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、膀胱癌、乳癌、脳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、消化器癌、神経膠腫、神経膠芽腫、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、リンパ性腫瘍形成、黒色腫、骨髄性腫瘍、卵巣癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、精巣癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。
【００２６】
いくつかの実施形態では、対照データセットはメチル化プロファイルのセットを含み、各々の上記メチル化プロファイルは、知られている癌種から得られた生体サンプルから生成される。
【００２７】
いくつかの実施形態では、生体サンプルは無細胞の生体サンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは循環腫瘍ＤＮＡサンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは生検サンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは組織サンプルを含む。
【００２８】
いくつかの実施形態では、個体の癌診断のコンピュータにより実施される方法が本明細書で記載されており、
該方法は、
ａ．第１のプロセッサを用いて、第４の癌の生体サンプルと第４の正常な生体サンプルから生成された第４のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第４の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第４のペアのデータセット内の第７のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第４のペアのデータセット内の第８のデータセットを形成し、および第４の癌の生体サンプルと第４の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、工程、
ｂ．第１のプロセッサを用いて、第５の正常な生体サンプルと第６の正常な生体サンプルから生成された第５のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第５の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第５のペアのデータセット内の第９のデータセットを形成し、第６の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第５のペアのデータセット内の第１０のデータセットを形成し、および第４の正常な生体サンプル、第５の正常な生体サンプル、および第６の正常な生体サンプルが異なる、工程、
ｃ．第１のプロセッサを用いて、第５の癌の生体サンプルと第６の癌の生体サンプルから生成された第６のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第５の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第６のペアのデータセット内の第１１のデータセットを形成し、第６の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第６のペアのデータセット内の第１２のデータセットを形成し、および第４の癌の生体サンプル、第５の癌の生体サンプル、および第６の癌の生体サンプルが異なる、工程、
ｄ．第２のプロセッサを用いて、第４のペアのデータセット、第５のペアのデータセット、第６のペアのデータセットから第２のペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程、および、
ｅ．上記の癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを用いて、第２のペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程であって、第２のペアワイズのメチル化差異データセットと癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース内のＣｐＧメチル化プロファイルとの間の相関は、個体の癌種を判定する、工程、を含む。
【００２９】
いくつかの実施形態では、第１のプロセッサは第１のコンピューティングデバイス上にあり、第２のプロセッサは第２のコンピューティングデバイス上にある。いくつかの実施形態では、方法は診断された癌種に基づいた処置レジメンを実行する工程をさらに含む。
【００３０】
いくつかの実施形態において、本明細書では、個体において原発腫瘍を転移癌と区別する、コンピュータにより実施される方法が記載されており、
該方法は、
ａ．第１のプロセッサを用いて、第４の癌の生体サンプルと第４の正常な生体サンプルから生成された第４のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第４の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第４のペアのデータセット内の第７のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第４のペアのデータセット内の第８のデータセットを形成し、および第４の癌の生体サンプルと第４の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、工程、
ｂ．第１のプロセッサを用いて、第５の正常な生体サンプルと第６の正常な生体サンプルから生成された第５のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第５の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第５のペアのデータセット内の第９のデータセットを形成し、第６の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第５のペアのデータセット内の第１０のデータセットを形成し、および第４の正常な生体サンプル、第５の正常な生体サンプル、および第６の正常な生体サンプルが異なる、工程、
ｃ．第１のプロセッサを用いて、第５の癌の生体サンプルと第６の癌の生体サンプルから生成された第６のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第５の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第６のペアのデータセット内の第１１のデータセットを形成し、第６の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第６のペアのデータセット内の第１２のデータセットを形成し、および第４の癌の生体サンプル、第５の癌の生体サンプル、および第６の癌の生体サンプルが異なる、工程、
ｄ．第２のプロセッサを用いて、第４のペアのデータセット、第５のペアのデータセット、第６のペアのデータセットから第２のペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程、および、
ｅ．上記の癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを用いて、第２のペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程であって、第２のペアワイズのメチル化差異データセットと癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース内のＣｐＧメチル化プロファイルとの間の相関は、個体において原発腫瘍を転移癌と区別する、工程、を含む。
【００３１】
いくつかの実施形態では、本明細書において、個体の癌の進行をモニタリングする、コンピュータにより実施される方法が記載されており、
該方法は、
ａ．第１のプロセッサを用いて、第４の癌の生体サンプルと第４の正常な生体サンプルから生成された第４のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第４の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第４のペアのデータセット内の第７のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第４のペアのデータセット内の第８のデータセットを形成し、第４の癌の生体サンプルと第４の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、工程、
ｂ．第１のプロセッサを用いて、第５の正常な生体サンプルと第６の正常な生体サンプルから生成された第５のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第５の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第５のペアのデータセット内の第９のデータセットを形成し、第６の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第５のペアのデータセット内の第１０のデータセットを形成し、および第４の正常な生体サンプル、第５の正常な生体サンプル、および第６の正常な生体サンプルが異なる、工程、
ｃ．第１のプロセッサを用いて、第５の癌の生体サンプルと第６の癌の生体サンプルから生成された第６のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第５の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第６のペアのデータセット内の第１１のデータセットを形成し、第６の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第６のペアのデータセット内の第１２のデータセットを形成し、および第４の癌の生体サンプル、第５の癌の生体サンプル、および第６の癌の生体サンプルが異なる、工程、
ｄ．第２のプロセッサを用いて、第４のペアのデータセット、第５のペアのデータセット、第６のペアのデータセットから第２のペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程、および、
ｅ．上記の癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを用いて、第２のペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程であって、第２のペアワイズのメチル化差異データセットと癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース内のＣｐＧメチル化プロファイルとの間の相関は、個体において癌が進行しているかどうかを示す、工程を含む。
【００３２】
いくつかの実施形態では、個体は、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルを受ける前に処置を受けた。
【００３３】
いくつかの実施形態では、本明細書において、個体の癌の進行を判定する、コンピュータにより実施される方法が記載されており、
該方法は、
ａ．第１のプロセッサを用いて、第４の癌の生体サンプルと第４の正常な生体サンプルから生成された第４のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第４の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第４のペアのデータセット内の第７のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第４のペアのデータセット内の第８のデータセットを形成し、第４の癌の生体サンプルと第４の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、工程、
ｂ．第１のプロセッサを用いて、第５の正常な生体サンプルと第６の正常な生体サンプルから生成された第５のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第５の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第５のペアのデータセット内の第９のデータセットを形成し、第６の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第５のペアのデータセット内の第１０のデータセットを形成し、および第４の正常な生体サンプル、第５の正常な生体サンプル、および第６の正常な生体サンプルが異なる、工程、
ｃ．第１のプロセッサを用いて、第５の癌の生体サンプルと第６の癌の生体サンプルから生成された第６のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第５の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第６のペアのデータセット内の第１１のデータセットを形成し、第６の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第６のペアのデータセット内の第１２のデータセットを形成し、および第４の癌の生体サンプル、第５の癌の生体サンプル、および第６の癌の生体サンプルが異なる、工程、
ｄ．第２のプロセッサを用いて、第４のペアのデータセット、第５のペアのデータセット、第６のペアのデータセットから第２のペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程、および、
ｅ．上記の癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを用いて、第２のペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程であって、第２のペアワイズのメチル化差異データセットと癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース内のＣｐＧメチル化プロファイルとの間の相関は、個体における癌の予後を決定する、工程を含む。
【００３４】
いくつかの実施形態では、癌の予後は癌の段階に相関する。いくつかの実施形態では、癌の予後は癌の段階に相関しない。いくつかの実施形態では、癌の予後は、個体において処置反応が出る可能性を示す。
【００３５】
本明細書では、ある実施形態において、複数のプローブを含むプローブパネルが開示され、各プローブは式Ｉのプローブであり、
【００３６】
【化１】
2018508228.tif 000003
式中、
Ａは第１の標的結合領域であり、
Ｂは第２の標的結合領域であり、および、
Ｌはリンカー領域であり、
Ａは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１−１７７５から選択された配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも３０の連続的なヌクレオチドに対して少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有し、
Ｂは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１−１７７５から選択された同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも１２の連続的なヌクレオチドに対して少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を有し、
ＬはＡに結合し、および、
ＢはＡまたはＬのいずれかに結合する。
【００３７】
いくつかの実施形態では、ＬはＡに結合し、ＢはＬに結合する。いくつかの実施形態では、複数のプローブは少なくとも１０、２０、３０、５０、または１００以上のプローブを含む。いくつかの実施形態では、複数のプローブは、ＣｐＧメチル化データを生成するために溶液ベースの次世代の配列決定反応に使用される。いくつかの実施形態では、溶液ベースの次世代の配列決定反応は、小滴デジタルＰＣＲ配列決定方法である。いくつかの実施形態では、各プローブはＣｐＧ部位に相関する。いくつかの実施形態では、Ｌは１０−６０、１５−５５、２０−５０、２５−４５、ならびに３０−４０のヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、Ｌはさらにアダプター領域を含む。いくつかの実施形態では、アダプター領域は、各プローブを識別するために使用される配列を含む。
【００３８】
本明細書では、ある実施形態において、命令が保存される非一時的なコンピュータ可読媒体が開示され、非一時的なコンピュータ可読媒体は、プロセッサによって実行されるとき、以下を含む工程を行う：
ａ．配列決定方法によって生体サンプルのセットからＣｐＧメチル化データを生成する工程であって、セットが第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、第３の癌の生体サンプル、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルを含み、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なり、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、工程と、
ｂ．第１のプロセッサを用いて、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルから生成された第１のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第１の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第１のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第２のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、工程と、
ｃ．第１のコンピューティングデバイスを用いて、第２の正常な生体サンプルと第３の正常な生体サンプルから生成された第２のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第２の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第３のデータセットを形成し、第３の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第４のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、工程と、
ｄ．第１のコンピューティングデバイスを用いて、第２の癌の生体サンプルと第３の癌の生体サンプルから生成された第３のペアのＣｐＧメチル化データセットを取得する工程であって、第２の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第５のデータセットを形成し、第３の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第６のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なる、工程と、
ｅ．第１のペアのデータセット、第２のペアのデータセット、および第３のペアのデータセットから、第２のプロセッサを用いて、ペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程と、
ｆ．癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するために機械学習法によって対照データセットを用いてペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程であって、
（１）機械学習法が、トップスコアに基づいて複数のマーカーと複数の加重値を識別し、複数のマーカーと複数の加重値に基づいてサンプルを分類する工程を含み、および、
（２）癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは、ＣｐＧメチル化プロファイルのセットを含み、各ＣｐＧメチル化プロファイルは癌種を表す、工程。
【００３９】
いくつかの実施形態では、工程ｅ）はさらに、（ａ）第１のペアのデータセット内の第１のデータセットと第２のデータセットの間の差を算出すること、（ｂ）第２のペアのデータセット内の第３のデータセットと第４のデータセットの間の差を算出すること、および（ｃ）第３のペアのデータセット内の第５のデータセットと第６のデータセットの間の差を算出すること、を含む。いくつかの実施形態では、工程ｅ）は、第１のペアのデータセットの算出された差、第２のペアのデータセットの算出された差、および第３のペアのデータセットの算出された差から、第２のプロセッサを用いて、ペアワイズのメチル化差異データセットを生成することをさらに含む。
【００４０】
いくつかの実施形態では、機械学習法は半教師あり学習法、または教師なし学習法を含む。いくつかの実施形態では、機械学習法は、以下の１つ以上から選択されたアルゴリズムを利用する：主成分分析、ロジスティック回帰分析、最近傍分析、サポートベクターマシン、およびニューラルネットワークモデル。
【００４１】
いくつかの実施形態では、ＣｐＧメチル化データは、脱アミノ化剤で処置された抽出されたゲノムＤＮＡから生成される。
【００４２】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１５−１８からなる群から選択された、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、またはそれ以上のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１５からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１６からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１７からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１８からなる群から選択された、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００のバイオマーカーを含む。
【００４３】
いくつかの実施形態において、メチル化プロファイルは、以下から選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００、または２００以上のバイオマーカーを含む：ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０。
【００４４】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表２０から選択された、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００またはそれ以上のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態において、メチル化プロファイルは、以下から選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、または１００以上のバイオマーカーを含む：ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４。
【００４５】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から選択された少なくとも１、２、３、または４つのバイオマーカーを含む。
【００４６】
いくつかの実施形態では、癌種は固形癌タイプまたは血液系悪性癌種である。いくつかの実施形態では、癌種は再発性または難治性の癌種である。いくつかの実施形態では、癌種は、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬまたはＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、副腎皮質癌（ＡＣＣ）、膀胱の尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、脳幹神経膠腫、脳の軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）、脳腫瘍、乳癌（ＢＲＣＡ）、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、未知の原発部位の癌、カルチノイド腫瘍、未知の原発部位の癌腫、中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、子宮頚部の扁平上皮癌、子宮頚内膜の腺癌（ＣＥＳＣ）癌、小児癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、脊索腫、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖症候群、結腸（腺癌）癌（ＣＯＡＤ）、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、膵内分泌部膵島腫瘍、子宮内膜癌、上衣芽腫、脳室上衣細胞腫、食道癌（ＥＳＣＡ）、感覚神経芽腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、肝臓外胆管癌、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、胃腸間質性腫瘍（ＧＩＳＴ）、栄養膜腫瘍、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ、ヘアリーセル白血病、頭頚部癌（ＨＮＳＤ）、心臓癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、眼球内黒色腫、膵島腫瘍、カポジ肉腫、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌、口唇癌、肝臓癌、リンパ系腫瘍、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、悪性線維性組織球腫骨癌、髄芽腫、髄上皮腫、黒色腫、メルケル細胞癌、メルケル細胞皮膚癌、中皮腫（ＭＥＳＯ）、原発不明の転移性の扁平上皮頚部癌、口腔癌、多発性内分泌腺腫瘍症候群、多発性骨髄腫、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非黒色腫皮膚癌、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、他の脳と脊髄の腫瘍、卵巣癌、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞性腫瘍、低悪性度卵巣腫瘍、膵癌、乳頭腫、副鼻腔癌、副甲状腺癌、骨盤癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、中間分化型松果体実質腫瘍、松果体芽腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽細胞腫、原発性の中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性の肝細胞性肝臓癌、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）などの前立腺癌、直腸癌、腎癌、腎細胞（腎臓）癌、腎細胞癌、気道癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（ＳＡＲＣ）、セザリー症候群、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、扁平頚部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、精巣癌、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、咽喉癌、胸腺癌、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、移行上皮癌、腎盂および尿管移行上皮癌、絨毛性腫瘍、尿管癌、尿道癌、子宮癌、子宮癌、ブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、膣癌、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、膀胱癌、乳癌、脳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、消化器癌、神経膠腫、神経膠芽腫、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、リンパ性腫瘍形成、黒色腫、骨髄性腫瘍、卵巣癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、精巣癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。
【００４７】
いくつかの実施形態では、対照データセットはメチル化プロファイルのセットを含み、各々の上記メチル化プロファイルは、知られている癌種から得られた生体サンプルから生成される。
【００４８】
いくつかの実施形態では、生体サンプルは無細胞の生体サンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは循環腫瘍ＤＮＡサンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは生検サンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは組織サンプルを含む。
【００４９】
本明細書において、ある実施形態では、個体における癌の存在を判定する方法が開示され、該方法は、（ａ）脱アミノされたヌクレオチドを含む処置されたゲノムＤＮＡを生成するために、抽出されたゲノムＤＮＡを脱アミノ化剤で処理する工程であって、抽出されたゲノムＤＮＡが個体からの生体サンプルから得られる、工程、（ｂ）処置されたゲノムＤＮＡからの表２０から選択された１つ以上のバイオマーカーを含むメチル化プロファイルを生成する工程、および、（ｃ）メチル化プロファイルを対照と比較する工程であって、メチル化プロファイルと対照との間の相関が個体における癌の存在を判定する、工程、を含む。
【００５０】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１５−１８から選択された１つ以上のバイオマーカーをさらに含む。
【００５１】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルは、以下から選択された１つ以上のバイオマーカーをさらに含む：ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０。
【００５２】
いくつかの実施形態において、比較する工程は、（ｉ）第１の正常なサンプルのメチル化プロファイルと処置されたゲノムＤＮＡのメチル化プロファイルとの間の第１の差；（ｉｉ）第２の正常なサンプルのメチル化プロファイルと第３の正常なサンプルのメチル化プロファイルとの間の第２の差；および、（ｉｉｉ）第１の原発性癌サンプルのメチル化プロファイルと第２の原発性癌サンプルのメチル化プロファイルとの間の第３の差、を含むペアワイズのメチル化差異データセットを生成する工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、比較する工程は、メチル化プロファイルを生成するために機械学習法により対照を用いてペアワイズのメチル化差異データセットを分析する工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、比較する工程は、個体の癌種を判定する工程をさらに含む。いくつかの実施形態では、機械学習法は、以下の１つ以上から選択されたアルゴリズムを利用する：主成分分析、ロジスティック回帰分析、最近傍分析、サポートベクターマシン、およびニューラルネットワークモデル。
【００５３】
いくつかの実施形態において、生成する工程は、プローブを用いて１つ以上のバイオマーカーの各々を交配させ、および、１つ以上のバイオマーカーの各々のメチル化を定量化するためにＤＮＡ配列決定反応を行う工程をさらに含む。いくつかの実施形態では、ＤＮＡ配列決定反応はデジタルＰＣＲ反応である。
【００５４】
いくつかの実施形態では、対照は正常なサンプルのメチル化プロファイルを含む。いくつかの実施形態では、対照は、癌サンプルのメチル化プロファイルを含む。
【００５５】
いくつかの実施形態では、癌種は固形癌タイプまたは血液系悪性癌種である。いくつかの実施形態では、癌種は転移癌種、または再発性あるいは難治性癌種である。いくつかの実施形態では、癌種は、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬまたはＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、副腎皮質癌（ＡＣＣ）、膀胱の尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、脳幹神経膠腫、脳の軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）、脳腫瘍、乳癌（ＢＲＣＡ）、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、未知の原発部位の癌、カルチノイド腫瘍、未知の原発部位の癌腫、中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、子宮頚部の扁平上皮癌、子宮頚内膜の腺癌（ＣＥＳＣ）癌、小児癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、脊索腫、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄増殖症候群、結腸（腺癌）癌（ＣＯＡＤ）、結腸直腸癌、頭蓋咽頭腫、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、膵内分泌部膵島腫瘍、子宮内膜癌、上衣芽腫、脳室上衣細胞腫、食道癌（ＥＳＣＡ）、感覚神経芽腫、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞性腫瘍、性腺外胚細胞性腫瘍、肝臓外胆管癌、胆嚢癌、胃癌、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍、胃腸間質性腫瘍（ＧＩＳＴ）、栄養膜腫瘍、多形神経膠芽腫（ＧＢＭ、ヘアリーセル白血病、頭頚部癌（ＨＮＳＤ）、心臓癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、眼球内黒色腫、膵島腫瘍、カポジ肉腫、腎癌、ランゲルハンス細胞組織球症、喉頭癌、口唇癌、肝臓癌、リンパ系腫瘍、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、悪性線維性組織球腫骨癌、髄芽腫、髄上皮腫、黒色腫、メルケル細胞癌、メルケル細胞皮膚癌、中皮腫（ＭＥＳＯ）、原発不明の転移性の扁平上皮頚部癌、口腔癌、多発性内分泌腺腫瘍症候群、多発性骨髄腫、多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄増殖性疾患、鼻腔癌、上咽頭癌、神経芽腫、非ホジキンリンパ腫、非黒色腫皮膚癌、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、他の脳と脊髄の腫瘍、卵巣癌、卵巣上皮癌、卵巣胚細胞性腫瘍、低悪性度卵巣腫瘍、膵癌、乳頭腫、副鼻腔癌、副甲状腺癌、骨盤癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫および傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、中間分化型松果体実質腫瘍、松果体芽腫、下垂体腫瘍、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽細胞腫、原発性の中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、原発性の肝細胞性肝臓癌、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）などの前立腺癌、直腸腺癌（ＲＥＡＤ）などの直腸癌、腎癌、腎細胞（腎臓）癌、腎細胞癌、気道癌、網膜芽細胞腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（ＳＡＲＣ）、セザリー症候群、皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、扁平頚部癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉性腫瘍、Ｔ細胞性リンパ腫、精巣癌、精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、咽喉癌、胸腺癌、胸腺腫（ＴＨＹＭ）、甲状腺癌（ＴＨＣＡ）、移行上皮癌、腎盂および尿管移行上皮癌、絨毛性腫瘍、尿管癌、尿道癌、子宮癌、子宮癌、ブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）、膣癌、外陰癌、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、膀胱癌、乳癌、脳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、消化器癌、神経膠腫、神経膠芽腫、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、リンパ性腫瘍形成、黒色腫、骨髄性腫瘍、卵巣癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、精巣癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。
【００５６】
いくつかの実施形態では、生体サンプルは循環腫瘍ＤＮＡサンプルまたは組織サンプルを含む。いくつかの実施形態では、生体サンプルは生検サンプルである。いくつかの実施形態では、生体サンプルは無細胞の生体サンプルである。
【００５７】
癌を抱える個体の治療を選択する方法であって、該方法は、（ａ）本明細書に記載される方法に従って個体の癌種を識別する工程と、（ｂ）工程（ａ）に基づいて、癌種に適した治療を選択する工程とを含む。
【００５８】
個体において原発腫瘍を転移癌と区別する方法であって、該方法は、（ａ）脱アミノされたヌクレオチドを含む処置されたゲノムＤＮＡを生成するために、脱アミノ化剤を用いて抽出されたゲノムＤＮＡを処理する工程であって、抽出されたゲノムＤＮＡが個体からの生体サンプルから得られる、工程と、（ｂ）処置されたゲノムＤＮＡからの表２０から選択された１つ以上のバイオマーカーを含むメチル化プロファイルを生成する工程と、（ｃ）メチル化プロファイルを対照と比較する工程であって、メチル化プロファイルと対照との間の相関は個体において原発腫瘍を転移癌と区別する、工程、を含む。
【００５９】
個体における癌の進行をモニタリングする方法であって、該方法は、（ａ）脱アミノされたヌクレオチドを含む処置されたゲノムＤＮＡを生成するために、脱アミノ化剤を用いて抽出されたゲノムＤＮＡを処理する工程であって、抽出されたゲノムＤＮＡが個体からの生体サンプルから得られる、工程と、（ｂ）処置されたゲノムＤＮＡからの表２０から選択された１つ以上のバイオマーカーを含むメチル化プロファイルを生成する工程と、（ｃ）メチル化プロファイルを第２のメチル化プロファイルと比較する工程であって、第２のメチル化プロファイルが、第１の生体サンプルを得る前に個体から得られた第２の生体サンプルから得られた処置されたゲノムＤＮＡから生成され、第１のメチル化プロファイルと第２のメチル化プロファイルとの間の差は癌が個体において進行したかどうかを示す、工程を含む。
【００６０】
本明細書では、ある実施形態において、上記のプローブパネルを含むキットも開示されている。
【００６１】
ある実施形態において、本明細書では、上記の方法を含むサービスがさらに開示されている。
【００６２】
＜参照による組み込み＞
本明細書で言及される全ての出版物、特許、および特許出願は、あたかも個々の出版物、特許、または特許出願が引用によって組み込まれるよう具体的かつ個別に示されるかのような同程度まで引用により本明細書に組み込まれる。
【図面の簡単な説明】
【００６３】
本発明の新規な特徴は添付の請求項で具体的に説明される。本発明の特徴および利点のより良い理解は、本発明の原理が用いられる実施形態を説明する以下の詳細な説明と、以下の添付図面とを引用することによって得られるであろう。
【図１Ａ】本明細書に開示される方法、プラットフォーム、およびシステムの概観を例証する。
【図１Ｂ】本明細書に開示される方法、プラットフォーム、およびシステムの概観を例証する。
【図２】本明細書に開示されるコンピュータシステムの略図を例証する。
【図３】無細胞ＤＮＡの尿からの収率を例証する。尿中の無細胞ＤＮＡは、１ｍｌの尿当たり１−３０ｎｇの間で変動した。これは血漿中で観察される濃度の約１／５である。その範囲は様々な個体からのサンプル間で異なり、さらに、他の因子、例えば、性別、特定の疾患状態に依存する。
【図４】尿からの無細胞ＤＮＡ収率に対する尿安定緩衝液（ＵＳＢ）の効果を例証する。尿サンプルは、ＵＳＢ緩衝液または別の市販の緩衝液画線と混合後に１４日間室温で維持された。１４日後に、緩衝液を含まないサンプルからのゲノムＤＮＡの放出は高いＤＮＡ収率をもたらした。しかし、ＵＳＢまたは画線緩衝液は細胞ＤＮＡの放出を防いだ。
【図５】様々な作用濃度のＵＳＢを使用して、ＤＮＡの収率を例証する。尿中の尿安定緩衝液の様々な比率でのＤＮＡの収率は、市販の画線緩衝液または緩衝液を含まないものと比較して、ＵＳＢ緩衝液が尿に対する希釈比１：１０〜１：５０で作用することを例証している。
【図６】尿と比較して血漿中の胎児ＤＮＡについて検出シグナルの倍率変化（ｆｏｌｄ  ｃｈａｎｇｅ）を例証する。４ｍｌの血漿と尿の出発サンプルから始めて、男性の胎児ＤＮＡのシグナルは、男性に特異的なＳＲＹ遺伝子を備えたｑ−ｒｔ  ＰＣＲによって無細胞ＤＮＡ中で検知された。シグナルは同じ量を用いた尿よりも血漿の方で約２−８倍強い。
【図７】様々な時間点で１人の肺癌患者からの尿と肺流体中の無細胞ＤＮＡの収率を例証する。肺流体中の平均的な無細胞ＤＮＡは約１３０ｎｇ／ｍＬであり、尿中では約２０ｎｇ／ｍＬである。
【図８】様々な癌種においてメチル化プロファイルに関連する教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを例証する。
【図９Ａ】様々な癌種における基準メチル化プロファイルに関連した教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを使用して、同じ組織タイプ内の様々なタイプの癌を区別するために利用されるメチル化プロファイルを例証する。図９Ａで例証されるようなヒートマップは、１４０９のマーカーに基づいた５１１のＬＧＧ、１３８のＧＢＭ、および１５０の正常な脳組織サンプルから得られる。
【図９Ｂ】様々な癌種における基準メチル化プロファイルに関連した教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを使用して、同じ組織タイプ内の様々なタイプの癌を区別するために利用されるメチル化プロファイルを例証する。図９Ｂで例証されるようなヒートマップは、９２６のマーカーに基づいた３１１のＬＵＡＤ、３５９のＬＵＳＣ、および７４の正常な肺組織サンプルから得られる。
【図９Ｃ】様々な癌種における基準メチル化プロファイルに関連した教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを使用して、同じ組織タイプ内の様々なタイプの癌を区別するために利用されるメチル化プロファイルを例証する。図９Ｃで例証されるようなヒートマップは、７１６のマーカーに基づいた３２１のＫＩＲＣ、２２６のＫＩＲＰ、および２０５の正常な腎臓組織サンプルから得られる。
【図１０Ａ】腫瘍状態と腫瘍段階に従って階層化されるように、ＬＧＧ、ＫＩＲＰ、ＫＩＲＣ、ＬＵＳＣ、およびＬＵＡＤを含む様々なタイプの癌の患者の全生存を予測するために利用されるメチル化マーカーを例証するグラフを示す。
【図１０Ｂ】腫瘍状態と腫瘍段階に従って階層化されるように、ＬＧＧ、ＫＩＲＰ、ＫＩＲＣ、ＬＵＳＣ、およびＬＵＡＤを含む様々なタイプの癌の患者の全生存を予測するために利用されるメチル化マーカーを例証するグラフを示す。
【図１１Ａ】メチル化ベースの生存分類がドライバー変異状態と相関することを例証する。図１１Ａは、メチル化プロファイルとＬＧＧにおけるドライバー遺伝子突然変異に関連する、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを例証する。
【図１１Ｂ】メチル化ベースの生存分類がドライバー変異状態と相関することを例証する。図１１Ｂは、ＰＣＡ値とＩＤＨ突然変異の組み合わせに従ってＬＧＧを抱える患者の５年の生存曲線を示す。
【図１１Ｃ】メチル化ベースの生存分類がドライバー変異状態と相関することを例証する。図１１Ｃは、メチル化プロファイルとＬＩＨＣで頻繁に変異した遺伝子に関連する、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを例証する。
【図１１Ｄ】メチル化ベースの生存分類がドライバー変異状態と相関することを例証する。図１１Ｄは、メチル化プロファイルとＫＩＲＣで頻繁に変異した遺伝子に関連する、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを例証する。
【図１２】マッチした正常な組織と比較して、乳癌または肝臓癌のいずれかの高メチル化遺伝子の差次的発現を比較するヒートマップを例証する。
【図１３Ａ】マッチした正常な組織と比較して、乳癌または肝臓癌のいずれかの高メチル化遺伝子の差次的発現を算出するために探索コホート（ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｃｏｈｏｒｔ）としてＴＣＧＡからのＲＮＡ−ｓｅｑデータを例証する。
【図１３Ｂ】マッチした正常な組織と比較して、乳癌または肝臓癌のいずれかの高メチル化遺伝子の差次的発現を算出するために探索コホートとしてＴＣＧＡからのＲＮＡ−ｓｅｑデータを例証する。
【図１３Ｃ】マッチした正常な組織と比較して、乳癌または肝臓癌のいずれかの高メチル化遺伝子の差次的発現を算出するために探索コホートとしてＴＣＧＡからのＲＮＡ−ｓｅｑデータを例証する。
【図１４】メチル化パターンが遺伝子発現プロファイルや癌行動と相関することを例証するグラフを示す。ｑＰＣＲを使用して、乳癌と肝臓癌におけるメチル化された遺伝子の差次的なｍＲＮＡ発現が判定された。腫瘍サンプル中のｍＲＮＡ発現は、同じ患者に由来する近くの正常な組織中の発現に標準化された。結果は、複数のサンプル（ｎ＝３−７）の発現の平均的なパーセント変化として示され、各サンプルは３回の技術的な複製中に行われる。サンプルはすべて、遺伝子発現がメチル化とは逆に変化するかどうかを判定するために、ウィルコクソン符号順位検定を使用して統計的分析のためにまとめてプールされ；予測されたように、プールされたサンプル上のｐ値は、１．２１ｘ１０−２１であるとわかった。
【図１５Ａ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ａと図１５ＦはそれぞれのＣｐＧメチル化部位を例証する。
【図１５Ｂ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ｂと図１５Ｇは、形質導入された操作された遺伝子または対照細胞がヌードマウスに注入された後に、切除されて測定された腫瘍を示す。
【図１５Ｃ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ｃ、図１５Ｅ、図１５Ｈ、および図１５Ｊは、操作された遺伝子を形質導入された細胞対対照による、インビトロのコロニー形成を示す。
【図１５Ｄ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ｄと図１５Ｉは、これらの腫瘍の経時的な定量化された成長を示す。
【図１５Ｅ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ｃ、図１５Ｅ、図１５Ｈ、および図１５Ｊは、操作された遺伝子を形質導入された細胞対対照による、インビトロのコロニー形成を示す。
【図１５Ｆ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ａと図１５ＦはそれぞれのＣｐＧメチル化部位を例証する。
【図１５Ｇ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ｂと図１５Ｇは、形質導入された操作された遺伝子または対照細胞がヌードマウスに注入された後に、切除されて測定された腫瘍を示す。
【図１５Ｈ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ｃ、図１５Ｅ、図１５Ｈ、および図１５Ｊは、操作された遺伝子を形質導入された細胞対対照による、インビトロのコロニー形成を示す。
【図１５Ｉ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ｄと図１５Ｉは、これらの腫瘍の経時的な定量化された成長を示す。
【図１５Ｊ】乳癌細胞株成長の阻害に対する操作された遺伝子の効果を例証する。操作された遺伝子は、乳癌細胞株に形質導入された。図１５Ｃ、図１５Ｅ、図１５Ｈ、および図１５Ｊは、操作された遺伝子を形質導入された細胞対対照による、インビトロのコロニー形成を示す。
【図１６】結腸癌に関連するＤＮＡメチル化シグネチャーを例証する。３１１のＣｐＧマーカーのパネルを備えた４３５のＴＣＧＡ検体（結腸癌：３９０；正常な結腸：４５）のメチル化プロファイルに関連した、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップ。各列は個々の患者を表し、各行は個々のＣｐＧマーカーを表す。
【図１７】結腸、肺、および肝臓の癌に関連するＤＮＡメチル化シグネチャーを例証する。２７９３のＣｐＧマーカーに基づいた、１１０８のＴＣＧＡ検体（結腸癌：３９０；正常な結腸：４５；肝臓癌：２３８；正常な肝臓：５０；肺癌：３１１；正常な肺：７４）のメチル化プロファイルに関連した、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップ。各列は個々の患者を表し、各行は個々のＣｐＧマーカーを表す。
【図１８】中国人の原発性および転移性の結腸癌、肝臓癌、および肺癌に関連したＤＮＡメチル化シグネチャーを例証する。１０４のマーカーに基づいた５６７の原発腫瘍検体のメチル化プロファイルに関連した、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップ。
【図１９Ａ】カプラン・マイヤー曲線で結腸腺癌（ＣＯＡＤ）患者の全生存を予測するために使用されるメチル化マーカーを例証する。図１９Ａは、メチル化プロファイルに従って階層化された５年の生存率を示す。Ｐｃａ値＞０（ｎ＝１２７）の群は、Ｐｃａ値＜０（ｎ＝１４５）（Ｐ＝０．００７）の群（４２％）よりも生存確率（８１．２％）が改善された。
【図１９Ｂ】カプラン・マイヤー曲線で結腸腺癌（ＣＯＡＤ）患者の全生存を予測するために使用されるメチル化マーカーを例証する。図１９Ｂはメチル化プロファイリングに従って階層化された第１−ＩＩ期の患者の５年の生存率を示す。Ｐｃａ値を＞０（ｎ＝７３）の群は、Ｐｃａ値＜０（ｎ＝７７）（Ｐ＝０．００７）の群（５１．３％）よりも生存確率（１００％）が改善された。
【図１９Ｃ】カプラン・マイヤー曲線で結腸腺癌（ＣＯＡＤ）患者の全生存を予測するために使用されるメチル化マーカーを例証する。図１９Ｃはメチル化プロファイリングに従って階層化された第ＩＩＩ−ＩＶの患者の５年の生存率を示す。Ｐｃａ値＞０（ｎ＝４９）の群は、Ｐｃａ値＜０（ｎ＝６６）（Ｐ＝０．０１）の群（４２％）よりも生存確率（８１．１％）が改善された。
【図１９Ｄ】カプラン・マイヤー曲線で結腸腺癌（ＣＯＡＤ）患者の全生存を予測するために使用されるメチル化マーカーを例証する。図１９Ｄはメチル化プロファイリングに従って階層化された第２期患者の５年の生存率を示す。Ｐｃａ値＞０（ｎ＝５１）の群は、Ｐｃａ値＜０（ｎ＝５８）（Ｐ＝０．０２９）の群（５３．４％）よりも生存確率（１００％）が改善された。
【図１９Ｅ】カプラン・マイヤー曲線で結腸腺癌（ＣＯＡＤ）患者の全生存を予測するために使用されるメチル化マーカーを例証する。図１９Ｅはメチル化プロファイリングに従って階層化された第３期患者の５年の生存率を示す。Ｐｃａ値＞０（ｎ＝３４）の群はＰｃａ値＜０（ｎ＝４６）（Ｐ＝０．０２１）の群（５７．２％）よりも生存確率（９４．１％）が改善された。
【図２０Ａ】ドライバー突然変異状態と相関するメチル化ベースの生存分類を例証する。図２０Ａは、Ｐｃａ値に従ってＣＯＡＤを有する患者の５年の生存曲線を例証する。
【図２０Ｂ】ドライバー突然変異状態と相関するメチル化ベースの生存分類を例証する。図２０Ｂは、遺伝子突然変異に従ってＣＯＡＤを有する患者の５年の生存曲線を示す。
【図２０Ｃ】ドライバー突然変異状態と相関するメチル化ベースの生存分類を例証する。図２０Ｃは、Ｐｃａ値と遺伝子突然変異の組み合わせに従ってＣＯＡＤを有する患者の５年の生存曲線を例証する。
【図２０Ｄ】ドライバー突然変異状態と相関するメチル化ベースの生存分類を例証する。図２０Ｄは、メチル化プロファイルとＣＯＡＤ中の頻繁に変異する遺伝子に関連する、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを示す。
【図２０Ｅ】ドライバー突然変異状態と相関するメチル化ベースの生存分類を例証する。図２０Ｅは、全生存に有意に関連する遺伝子のＰ値を例証する。
【図２０Ｆ】ドライバー突然変異状態と相関するメチル化ベースの生存分類を例証する。図２０Ｆは、突然変異状態と患者の生存との間の関連性を例証する（Ｐ値はログランク検定によって推定された）。
【図２１】患者のコホート特性を例証する。
【図２２】ｑＰＣＲを使用して判定された結腸癌における差次的なメチル化遺伝子のｍＲＮＡ発現を例証する。腫瘍サンプル中のｍＲＮＡ発現は、同じ患者に由来する近くの正常な組織中の発現に標準化された。結果は、複数のサンプル（ｎ＝３−７）の発現の平均的なパーセント変化として示され、各サンプルは３回の技術的な複製中に行われる。サンプルはすべて、遺伝子発現がメチル化とは逆に変化するかどうかを判定するために、ウィルコクソン符号順位検定を使用して統計的分析のためにまとめてプールされ；予測されたように、プールされたサンプル上のｐ値は、１．２１ｘ１０−２１であるとわかった。
【図２３Ａ】結腸癌細胞株成長の阻害に対するＰＣＤＨ１７の効果を例証する。ＰＣＤＨ１７はＨＣＴ１１６細胞へ形質導入された。図２３ＡはＣｐＧメチル化プロファイルを例証する。
【図２３Ｂ】結腸癌細胞株成長の阻害に対するＰＣＤＨ１７の効果を例証する。ＰＣＤＨ１７はＨＣＴ１１６細胞へ形質導入された。図２３Ｂは、形質導入された操作された遺伝子または対照細胞がヌードマウスに注入された後の腫瘍の切除と測定を示す。
【図２３Ｃ】結腸癌細胞株成長の阻害に対するＰＣＤＨ１７の効果を例証する。ＰＣＤＨ１７はＨＣＴ１１６細胞へ形質導入された。図２３Ｃは、これらの腫瘍の経時的な定量化された成長を示す。
【図２３Ｄ】結腸癌細胞株成長の阻害に対するＰＣＤＨ１７の効果を例証する。ＰＣＤＨ１７はＨＣＴ１１６細胞へ形質導入された。図２３Ｄと図２３Ｅは、操作された遺伝子を形質導入された細胞対対照による、インビトロのコロニー形成を示す。
【図２３Ｅ】結腸癌細胞株成長の阻害に対するＰＣＤＨ１７の効果を例証する。ＰＣＤＨ１７はＨＣＴ１１６細胞へ形質導入された。図２３Ｄと図２３Ｅは、操作された遺伝子を形質導入された細胞対対照による、インビトロのコロニー形成を示す。
【図２４】ＡＭＬ対正常な血液におけるメチル化プロファイルに関連する、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを例証する。
【図２５】複製コホート中のＡＭＬ対正常な血液サンプルにおけるメチル化プロファイルに関連する、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを例証する。
【図２６】ＡＬＬ対正常な血液サンプルにおけるメチル化プロファイル（示されたカラースケールに従って）関連する、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップを例証する。
【図２７】メチル化プロファイルが白血病のサブタイプを区別することができることを例証する。階層的クラスタリングとヒートマップはＡＬＬ、ＡＭＬ癌種に関連する。
【図２８Ａ】メチル化マーカープロファイルを例証する。図２８Ａは、ＡＭＬの患者の５年の全生存を予測することができるメチル化マーカーを示し、図２８Ｂは、ＡＬＬの患者の５年の全生存を予測することができるメチル化マーカーを示す。
【図２８Ｂ】メチル化マーカープロファイルを例証する。図２８Ａは、ＡＭＬの患者の５年の全生存を予測することができるメチル化マーカーを示し、図２８Ｂは、ＡＬＬの患者の５年の全生存を予測することができるメチル化マーカーを示す。
【図２９】結腸癌組織と正常な結腸組織サンプル（Ｆａｒｓｉｔｅ）の両方で４つの典型的なＣｐＧ部位（ｃｇ０６７４７５４３、ｃｇ１５５３６６６３、ｃｇ２２１２９２７６、およびｃｇ０７４１８３８７）のメチル化比率を例証する。
【図３０】転移性結腸癌組織サンプル、原発性の結腸癌標準サンプル、および正常なリンパ球ゲノムＤＮＡ標準サンプル中の５つの典型的なＣｐＧ部位のメチル化比率を例証する。
【図３１Ａ】結腸癌に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）サンプルからのメチル化シグネチャーを示す。図３１Ａは、ゲノムｃｆＤＮＡのメチル化領域を示し、図３１ＢはゲノムｃｆＤＮＡのメチル化されていない領域を例証する。
【図３１Ｂ】結腸癌に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）サンプルからのメチル化シグネチャーを示す。図３１Ａは、ゲノムｃｆＤＮＡのメチル化領域を示し、図３１ＢはゲノムｃｆＤＮＡのメチル化されていない領域を例証する。
【図３１Ｃ】結腸癌に由来する無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）サンプルからのメチル化シグネチャーを示す。図３１Ｃは、３人の患者（２０４３０８９、２０４２９８１、および２００４６５１）、正常なｃｆＤＮＡ標準サンプル、原発性の結腸組織の標準サンプル、および正常な血液標準サンプルからのＣｐＧ部位ｃｇ１０６７３８３３のメチル化比率を例証する。患者２０４３０８９と２０４２９８１は原発性の結腸癌を抱え、患者２００４６５１は転移性結腸癌を抱えている。
【図３２Ａ】原発性の肝臓、乳房、および肺の癌に関するメチル化プロファイルを示す。図３２Ａは、肝臓癌ｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性肝癌の組織の標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、および正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）におけるＣｐＧ部位ｃｇ００４０１７９７のメチル化比率を示す。
【図３２Ｂ】原発性の肝臓、乳房、および肺の癌に関するメチル化プロファイルを示す。図３２Ｂは、乳癌ｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性の乳癌組織の標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、および正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）におけるＣｐＧ部位ｃｇ０７５１９２３６のメチル化比率を示す。
【図３２Ｃ】原発性の肝臓、乳房、および肺の癌に関するメチル化プロファイルを示す。図３２Ｃは、肺癌ｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性肺癌組織の標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、および正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）におけるＣｐＧ部位ｃｇ０２８７７５７５のメチル化比率を示す。
【図３３Ａ】原発性の結腸癌と正常なサンプルを区別する、２つの様々なプローブを示す。図３３Ａは、３人の結腸癌患者のｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性の結腸癌組織の標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、および正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）からのＣｐＧ部位ｃｇ１０６７３８３３とメチル化プロファイルを標的とするプローブＣｏｂ−２を示す。３人の患者（２０４３０８９と２０４２９８１）の２人は原発性の結腸癌を抱えている。残りの患者（２００４６５１）は転移性結腸癌を抱えている。
【図３３Ｂ】原発性の結腸癌と正常なサンプルを区別する、２つの様々なプローブを示す。図３３Ｂは、２人の原発性の結腸癌患者（２０４３０８９と２０４２９８１）のｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性の結腸癌組織の標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、および正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）からのＣｐＧ部位ｃｇ０７９７４５１１とメチル化プロファイルを標的とするプローブＢｒｂ−２を示す。
【図３４Ａ】乳癌患者からのｃｆＤＮＡの分析を示す。４つのプローブ：Ｂｒｂ−３（図３４Ａ）、Ｂｒｂ−４（図３４Ｂ）、Ｂｒｂ−８（図３４Ｃ）、およびＢｒｂ−１３（図３４Ｄ）が使用された。ｃｆＤＮＡの原発性の乳癌のメチル化比率は、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性の乳癌組織の標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、および正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）と比較された。
【図３４Ｂ】乳癌患者からのｃｆＤＮＡの分析を示す。４つのプローブ：Ｂｒｂ−３（図３４Ａ）、Ｂｒｂ−４（図３４Ｂ）、Ｂｒｂ−８（図３４Ｃ）、およびＢｒｂ−１３（図３４Ｄ）が使用された。ｃｆＤＮＡの原発性の乳癌のメチル化比率は、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性の乳癌組織の標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、および正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）と比較された。
【図３４Ｃ】乳癌患者からのｃｆＤＮＡの分析を示す。４つのプローブ：Ｂｒｂ−３（図３４Ａ）、Ｂｒｂ−４（図３４Ｂ）、Ｂｒｂ−８（図３４Ｃ）、およびＢｒｂ−１３（図３４Ｄ）が使用された。ｃｆＤＮＡの原発性の乳癌のメチル化比率は、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性の乳癌組織の標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、および正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）と比較された。
【図３４Ｄ】乳癌患者からのｃｆＤＮＡの分析を示す。４つのプローブ：Ｂｒｂ−３（図３４Ａ）、Ｂｒｂ−４（図３４Ｂ）、Ｂｒｂ−８（図３４Ｃ）、およびＢｒｂ−１３（図３４Ｄ）が使用された。ｃｆＤＮＡの原発性の乳癌のメチル化比率は、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性の乳癌組織の標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、および正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）と比較された。
【図３５Ａ】２つのプローブ、ｃｏｂ＿３とｂｒｂ＿１３からの４９人の患者の組織サンプル中の転移性結腸癌の検出を示す。
【図３５Ｂ】２つのプローブ、ｃｏｂ＿３とｂｒｂ＿１３からの４９人の患者の組織サンプル中の転移性結腸癌の検出を示す。
【図３６】ＰＣＡとＩＣＡのフィルタリングを用いる本明細書に記載される分析法を例証する。
【図３７】トレーニングコホートの臨床病理的な特性を示す。
【図３８】検証コホート１の臨床病理的な特性を示す。
【図３９】検証コホート２の臨床病理的な特性を示す。
【図４０】脳、腎臓、および肺の癌のサブタイプの臨床病理的な特性を示す。
【図４１】中国人のコホートにおける原発性の乳癌、肝臓への乳癌転移、正常な乳房、肝臓癌、および正常な肝臓組織に関連するＤＮＡメチル化シグネチャーを示す。１２８のマーカーに基づいて１２６の腫瘍と７５の正常な検体のメチル化プロファイルに関連する、教師なし階層的クラスタリングとヒートマップ。カラーの棒は相対的なメチル化を示す。
【図４２Ａ】メチル化に基づく生存分類がドライバー突然変異状態と相関することを例証する。図４２Ａは、ＰＣＡ値と遺伝子突然変異状態の組み合わせに従ったＬＩＨＣ患者の５年の生存曲線を例証する。
【図４２Ｂ】メチル化に基づく生存分類がドライバー突然変異状態と相関することを例証する。図４２Ｂは、ＰＣＡ値と遺伝子突然変異状態の組み合わせに従ったＫＩＲＣ患者の５年の生存曲線を例証する。
【図４３Ａ】ＢＲＣＡ（図４３Ａ）とＬＩＨＣ（図４３Ｂ）における遺伝子発現に対する様々な選択された差次的なメチル化ＣｐＧマーカーの関係を例証する。散布図上の各ドットは、対応する遺伝子の発現に対してプロットされた指定のＣｐＧマーカーのメチル化レベルに相当する。パネルの第１行は、遺伝子発現の減少と相関する癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示し、パネルの第２行は、遺伝子発現に影響するようには見えなかった癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示し、パネルの第３行は、散布図上の関連する癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示す。各ドットは、対応する遺伝子の発現に対してプロットされた指定のＣｐＧマーカーのメチル化レベルを表す。パネルの第１行は、遺伝子発現の減少と相関する癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示し、パネルの第２行は、遺伝子発現に影響するようには見えなかった癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示し、パネルの第３行は、関連する癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示す。
【図４３Ｂ】ＢＲＣＡ（図４３Ａ）とＬＩＨＣ（図４３Ｂ）における遺伝子発現に対する様々な選択された差次的なメチル化ＣｐＧマーカーの関係を例証する。散布図上の各ドットは、対応する遺伝子の発現に対してプロットされた指定のＣｐＧマーカーのメチル化レベルに相当する。パネルの第１行は、遺伝子発現の減少と相関する癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示し、パネルの第２行は、遺伝子発現に影響するようには見えなかった癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示し、パネルの第３行は、散布図上の関連する癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示す。各ドットは、対応する遺伝子の発現に対してプロットされた指定のＣｐＧマーカーのメチル化レベルを表す。パネルの第１行は、遺伝子発現の減少と相関する癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示し、パネルの第２行は、遺伝子発現に影響するようには見えなかった癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示し、パネルの第３行は、関連する癌における高メチル化されたＣｐＧ部位を示す。
【図４４Ａ】ＴＣＧＡと中国人患者のコホートの臨床病理的な特性を示す。
【図４４Ｂ】ＴＣＧＡと中国人患者のコホートの臨床病理的な特性を示す。
【図４５】遺伝子発現に対する差次的にメチル化されたマーカーの関連付けを示す。散布図上の各ドットは、対応する遺伝子の発現に対してプロットされた指定のｃｇマーカーのメチル化レベルを実証した。第１のラインパネルは遺伝子発現の減少と相関する高メチル化を示し、第２のラインパネルはメチル化レベルが遺伝子発現レベルと相関しなかったことを示し、第３のラインパネルは、メチル化レベルが遺伝子発現レベルとはなんの関係もなかったことを示した。
【図４６】２つの異なる結腸癌プローブ（Ｃｏｂ−２とＣｏｂ−９）を使用して、２つの例示的なＣｐＧ部位（ＣｐＧ部位１とＣｐＧ部位２）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図４７】外科手術後の４人の患者にサンプル（患者２０４５０２１、２０４４６２９、２０４４６４５、および２０４５０２１）における結腸癌プローブＣｏｂ−２とＣｏｂ−９に関するメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図４８】様々な癌の段階のサンプルにおける結腸癌プローブＣｏｂ−２とＣｏｂ−９についてのメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図４９Ａ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図４９Ｂ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図４９Ｃ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図４９Ｄ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図４９Ｅ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図４９Ｆ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図４９Ｇ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図４９Ｈ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図４９Ｉ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図４９Ｊ】１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、および甲状腺癌を含んでいる。
【図５０Ａ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｂ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｃ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｄ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｅ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｆ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｇ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｈ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｉ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｊ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｋ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｌ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｍ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【図５０Ｎ】乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、および正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【発明を実施するための形態】
【００６４】
癌は、細胞増殖と細胞死のバランスの調節不全に結びつく、１つ以上の突然変異または遺伝子の修飾によって引き起こされた細胞の成長異常を特徴とする。ＤＮＡメチル化は、腫瘍抑制遺伝子の発現を停止させ、第１の新生物の変化の１つとして現れる。新生物の組織と血漿で見られるメチル化パターンは均質性を実証し、例によっては、感受性診断のマーカーとして利用される。例えば、ｃＭｅｔｈＤＮＡ分析は、転移性乳癌を分析するために使用されるとき、約９１％敏感でかつ約９６％特異的であることがある研究で示されてきた。別の研究では、それが転移性結腸癌の患者の大きなコホートにおいてＫＲＡＳ遺伝子突然変異を同定するために使用されるとき、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）は約８７．２％敏感で、約９９．２％特異的であった（Ｂｅｔｔｅｇｏｗｄａ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ  Ｔｕｍｏｒ  ＤＮＡ  ｉｎ  Ｅａｒｌｙ−  ａｎｄ  Ｌａｔｅ−Ｓｔａｇｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｍａｌｉｇｎａｎｃｉｅｓ．  Ｓｃｉ．  Ｔｒａｎｓｌ．  Ｍｅｄ，  ６（２２４）：ｒａ２４．  ２０１４）。さらに同じ研究によると、ｃｔＤＮＡは、進行型の膵臓、卵巣、結腸直腸、膀胱、胃食道、乳房、黒色腫、肝細胞、および頭頚部の癌の患者の＞７５％で検知可能であることが実証された（Ｂｅｔｔｅｇｏｗｄａ  ｅｔ  ａｌ）。
【００６５】
さらなる研究によれば、ＣｐＧメチル化パターンは腫瘍の進行と相関することが実証されている。例えば、乳癌メチル化パターンに関するある研究では、Ｐ１６高メチル化は初期段階の乳癌と相関することが分かったが、ＴＩＭＰ３プロモーター高メチル化は後期乳癌と相関していた。加えて、ＢＭＰ６、ＣＳＴ６、およびＴＩＭＰ３プロモーター高メチル化は、乳癌においてリンパ節への転移と関連付けることが示されている。
【００６６】
いくつかの実施形態では、ＤＮＡメチル化プロファイリングは、癌検出のための体細胞突然変異分析と比較して、より高い臨床的感受性とダイナミックレンジを提供する。他の例では、変化したＤＮＡメチル化シグネチャーは、特定の癌について処置応答の予後と相関することが示されている。例えば、ある研究によれば、重度の直腸癌の患者の群では、患者の予後を予測するために１０の差次的にメチル化された領域が使用されることが例証されている。同様に、血清中のＲＡＳＳＦ１Ａ  ＤＮＡメチル化測定は、異なる研究で乳癌患者のアジュバント療法を受ける患者の予後不良を予測するために使用された。加えて、ＳＲＢＣ遺伝子高メチル化は、異なる研究においてオキサリプラチンで処置された結腸直腸癌の患者の予後不良に関連付けられた。別の研究は、ＥＳＲ１遺伝子メチル化がタモキシフェンを受け取る乳癌患者の臨床反応に相関することを実証した。さらに、ＡＲＨＩ遺伝子プロモーター高メチル化は、タモキシフェンで処置されていない乳癌患者の長期生存の予測因子であることが示された。
【００６７】
例によっては、ＤＮＡメチル化プロファイリングアッセイは特定の癌種に適合する。場合によっては、ＤＮＡメチル化プロファイリングアッセイは、汎癌設定下では様々な癌種を識別しない。さらなる例では、低サンプル濃度条件（例えばｎｇ濃度条件）下では、ＤＮＡメチル化プロファイリングアッセイは、高サンプル濃度条件と比較すると、再現性に欠けており、感受性が低い。
【００６８】
本明細書では、個体における癌種を判定する方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットが開示されている。いくつかの実施形態において、本明細書では、癌の早期発見のための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットも記載されている。追加の実施形態において、本明細書では、癌の非侵襲的検出のための方法、システム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービスおよびキットを含んでいる。また追加の実施形態において、本明細書では、様々な癌の段階の識別のための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットが記載されている。他の実施形態において、本明細書では、個体における癌の予後の判定、処置応答の予測、および処置応答のモニタリングのための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットが記載されている。さらなる実施形態において、本明細書では、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するための方法、システム、プラットフォーム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、およびキットと、ＣｐＧメチル化データを生成する際に使用されるプローブとが記載されている。
【００６９】
＜患者の癌状態の測定＞
ＤＮＡメチル化は、ヌクレオチド塩基シトシンのＣ５位置とアデニンのＮ６位置でのメチル基の結合である。アデニンのメチル化は主として前核生物で生じるが、シトシンのメチル化は前核生物と真核生物の両方で生じる。例によっては、シトシンのメチル化はＣｐＧジヌクレオチドモチーフで生じる。他の例では、Ｈがアデニン、シトシン、またはチミンである場合、シトシンメチル化は例えばＣＨＧとＣＨＨのモチーフで生じる。例によっては、１つ以上のＣｐＧジヌクレオチドモチーフまたはＣｐＧ部位は、ＣｐＧジヌクレオチド中で豊富な短鎖ＤＮＡ配列であるＣｐＧアイランドを形成する。例によっては、ＣｐＧアイランドは、すべてのヒト遺伝子のおよそ２分の１の５’領域中にある。ＣｐＧアイランドは、常にではないが典型的には約０．２から約１ｋｂの長さである。シトシンメチル化はさらに５−メチルシトシン（５−ｍＣｙｔ）と５−ヒドロキシメチルシトシンを含む。
【００７０】
シトシンヌクレオチドが直鎖のグアニンヌクレオチドの隣で生じる場合、ＣｐＧ（シトシン−リン酸塩−グアニン）またはＣＧモチーフはＤＮＡ分子の領域を指す。例によっては、ＣｐＧジヌクレオチド中のシトシンは、５−メチルシトシンを形成するためにメチル化される。例によっては、ＣｐＧジヌクレオチド中のシトシンは、５−ヒドロキシメチルシトシンを形成するためにメチル化される。
【００７１】
＜ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース＞
いくつかの実施形態では、複数のＣｐＧメチル化データが生成され、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースへ統合される。例によっては、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは、本明細書に記載される方法、システム、非一時的なコンピュータ可読媒体、サービス、またはキットを用いる基準データベースとして利用される。例によっては、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは、各ＣｐＧメチル化プロファイルが癌種（例えば乳癌、結腸直腸癌、脳癌など）と相関するＣｐＧメチル化プロファイルのライブラリを含んでいる。場合によっては、各々の上記ＣｐＧメチル化プロファイルは、癌のサブタイプ（例えば、三種陰性の乳癌、結腸直腸腺癌、星状細胞腫など）にさらに相関する。
【００７２】
いくつかの実施形態では、図１Ａで例証されるように、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは生成される。例によっては、ゲノムＤＮＡ（例えば核ＤＮＡまたは循環ＤＮＡ）は、生体サンプルから分離され、その後、抽出されたゲノムＤＮＡ（１０１）を生成するために脱アミノ化剤によって処置される。例によっては、抽出されたゲノムＤＮＡ（例えば、抽出された核ＤＮＡまたは抽出された循環ＤＮＡ）は、ＣｐＧメチル化データ（１０２）を生成するべく配列決定分析のための提出前のＤＮＡフラグメントの１セットを生成するために、１つ以上の制限酵素で随意に処置される。その後、ＣｐＧメチル化データは、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース（１０５）を生成するために、機械学習／分類プログラム（１０３）に入力される。
【００７３】
例によっては、生体サンプルのセットは生成され、その後、機械学習／分類プログラム（１０３）に入力される。例によっては、生体サンプルのセットは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、またはそれ以上の生体サンプルを含む。例によっては、生体サンプルのセットは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０またはそれ以上の正常な生体サンプルを含む。例によっては、生体サンプルのセットは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０またはそれ以上の癌の生体サンプルを含む。場合によっては、生体サンプルのセットは第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、第３の癌の生体サンプル、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルを含み、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なり、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルは異なる。場合によっては、３ペアのデータセットが生成され、ここで、３ペアのデータセットは、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルから生成された第１のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第１の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第１のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第１のペアのデータセット内の第２のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプルと第１の正常な生体サンプルが同じ生体サンプル源に由来する、第１のペアのＣｐＧメチル化データセット；第２の正常な生体サンプルと第３の正常な生体サンプルから生成された第２のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第２の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第３のデータセットを形成し、第３の正常な生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第２のペアのデータセット内の第４のデータセットを形成し、第１の正常な生体サンプル、第２の正常な生体サンプル、および第３の正常な生体サンプルが異なる、第２のペアのＣｐＧメチル化データセット；および、第２の癌の生体サンプルと第３の癌の生体サンプルから生成された第３のペアのＣｐＧメチル化データセットであって、第２の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第５のデータセットを形成し、第３の癌の生体サンプルから生成されたＣｐＧメチル化データが第３のペアのデータセット内の第６のデータセットを形成し、第１の癌の生体サンプル、第２の癌の生体サンプル、および第３の癌の生体サンプルが異なる、第３のペアのＣｐＧメチル化データセットを含む。例によっては、各々の上記ペアのデータセット内の差が算出され、その後、差は機械学習／分類プログラム（１０３）に入力される。場合によっては、第１のペア、第２のペア、および第３のペアのデータセットからのペアワイズのメチル化差異データセットが生成され、その後、癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース（１０５）を生成するために、機械学習／分類法（１０３）によって対照データセットまたはトレーニングデータセット（１０４）の存在下で分析される。場合によっては、機械学習法は、トップスコア（例えばｔ検定値、β検定値）に基づき、複数のマーカーと複数の加重値を識別し、複数のマーカーと複数の加重値に基づいてサンプルを分類する工程を含む。場合によっては、癌ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース（１０５）は、ＣｐＧメチル化プロファイルのセットを含み、各ＣｐＧメチル化プロファイルは癌種を表す。
【００７４】
いくつかの実施形態では、第１のバイオマーカーパネルは癌の存在を検知するために使用される。例によっては、少なくとも追加のバイオマーカーパネル、例えば、少なくとも２、３、４、５、または６以上のバイオマーカーパネルが癌種を判定するために使用される。例によっては、少なくとも追加のバイオマーカーパネル、例えば、少なくとも２、３、４、５、または６以上のバイオマーカーパネルは、随意に癌の段階を判定するために、原発性癌を転移癌のサブタイプと識別するために、癌の進行のモニタリングするために、癌の予後を判定するために、または処置レジメンをモニタリングするために、使用される。
【００７５】
いくつかの実施形態では、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは基準データベースとして癌種の診断に使用される。例によっては、癌診断用の基準データベースとしてのＣｐＧメチル化プロファイルデータベースの使用は、図１Ｂで例証されるとおりである。例によっては、ゲノムＤＮＡ（例えば核ＤＮＡまたは循環ＤＮＡ）は生体サンプルから単離され、その後、抽出されたゲノムＤＮＡ（１１１）を生成するために脱アミノ化剤によって処置される。例によっては、抽出されたゲノムＤＮＡ（例えば、抽出された核ＤＮＡまたは抽出された循環ＤＮＡ）は、ＣｐＧメチル化データを生成するために、配列決定分析向けの提出のためのＤＮＡフラグメントのセットを生成するために、１つ以上の制限酵素で随意に処置される。ＣｐＧメチル化データはさらに分析され、所望のＣｐＧメチル化プロファイル（１１２）へコンパイルされる。所望のＣｐＧメチル化プロファイルは、機械学習／分類プログラム（１１４）に随意に入力され、その後、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース（１１５）内のＣｐＧメチル化プロファイルと比較される。ＣｐＧメチル化プロファイルデータベース内のＣｐＧメチル化プロファイルと所望のＣｐＧメチル化プロファイルとの間のマッチが癌種を示す。
【００７６】
例によっては、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは、転移癌のサブタイプから原発性癌を判定するための、または癌の進行のモニタリングのための基準データベースとしても使用される。
【００７７】
いくつかの実施形態では、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは生検サンプルのＣｐＧメチル化データから生成される。例によっては、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは組織サンプルのＣｐＧメチル化データから生成される。例によっては、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは無細胞の生体サンプルからのＣｐＧメチル化データから生成される。例によっては、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースは、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）サンプルからのＣｐＧメチル化データから生成される。
【００７８】
＜バイオマーカー＞
いくつかの実施形態では、正常な組織と比較されると、本明細書に記載されたバイオマーカー（またはマーカー）は癌において差次的にメチル化される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、例えばＣｐＧメチル化部位、メチル化状態、メチル化指標、メチル化プロファイルなどのメチル化シグネチャーを示すまたは表す。例によっては、バイオマーカーのパネルは、例えば、メチル化プロファイル、１つ以上の遺伝子のメチル化などの生成されるメチル化シグネチャーの一群を例証する。場合によっては、バイオマーカーは、診断のツールとして個々にまたはまとめて、あるいは、バイオマーカーパネルとして組み合わせるかまたは形質転換させて利用される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、場合によっては基準メチル化プロファイルなどの１つ以上の遺伝子のメチル化プロファイルとさらに比較して、１つ以上の遺伝子内で評価され、これが癌状態の特徴付けをもたらす。
【００７９】
いくつかの実施形態では、メチル化プロファイルまたは１つ以上のバイオマーカーのメチル化シグネチャーに基づいて癌種を判定するための方法、システム、プラットフォーム、および非一時的なコンピュータ可読媒体が本明細書に記載されている。いくつかの実施形態では、１つ以上のバイオマーカーが癌の早期発見のために利用される。追加の実施形態では、１つ以上のバイオマーカーが癌の非侵襲的検出に使用される。さらなる追加の実施形態では、１つ以上のバイオマーカーが様々な癌の段階の識別のために使用される。他の実施形態では、１つ以上のバイオマーカーが、癌の予後の判定、処置応答の予測、および／または処置応答のモニタリングのために使用される。
【００８０】
いくつかの実施形態において、本明細書では、ＣｐＧメチル化プロファイルデータベースを生成するための方法、システム、プラットフォーム、および非一時的なコンピュータ可読媒体も記載されている。いくつかの実施形態では、１つ以上のバイオマーカーはＣｐＧメチル化プロファイルデータベースの生成のために利用される。
【００８１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたバイオマーカーは、表１５に示されるものを含んでいる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたバイオマーカーは、表１５、１６、１７、および／または１８で開示されたバイオマーカーを含んでいる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システムまたは非一時的なコンピュータ可読媒体は、癌種を判定するために表１５、１６、１７、および／または１８のバイオマーカーの１つ以上を使用する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的なコンピュータ可読媒体は、癌の早期発見のために表１５、１６、１７、および／または１８のバイオマーカーの１つ以上を使用する。追加の実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的なコンピュータ可読媒体は、癌の非侵襲的検出のために表１５、１６、１７、および／または１８のバイオマーカーの１つ以上を使用する。またさらなる実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的なコンピュータ可読媒体は、癌の様々な段階を識別するために表１５、１６、１７、および／または１８のバイオマーカーの１つ以上を使用する。他の実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的なコンピュータ可読媒体は、癌の予後の判定、処置応答の予測、および／または処置応答のモニタリングのために表１５、１６、１７、および／または１８のバイオマーカーの１つ以上を使用する。いくつかの実施形態では、癌種は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、膀胱癌、乳癌、脳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、消化器癌、神経膠腫、神経膠芽腫、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、リンパ性腫瘍形成、黒色腫、骨髄性腫瘍、卵巣癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、精巣癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。
【００８２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されたバイオマーカーは以下を含んでいる：ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、またはｃｇ２６０１７９３０。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的なコンピュータ可読媒体は、癌種を判定するために以下のバイオマーカーの１つ以上を使用する：ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２
１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的なコンピュータ可読媒体は、癌の早期検出、癌の非侵襲的検出、癌の様々な段階の識別、癌の予後の判定、処置応答の予測、および／または処置応答のモニタリングのために、以下のバイオマーカーの１つ以上を使用する：ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的なコンピュータ可読媒体は、癌種を判定するために、以下のバイオマーカーの１つ以上を使用する：ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０
８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的なコンピュータ可読媒体は、癌の早期検出、癌の非侵襲的検出、癌の様々な段階の識別、癌の予後の判定、処置応答の予測、および／または処置応答のモニタリングのために、以下のバイオマーカーの１つ以上を使用する：ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）。いくつかの実施形態では、癌種は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、膀胱癌、乳癌、脳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、消化器癌、神経膠腫、神経膠芽腫、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、リンパ性腫瘍形成、黒色腫、骨髄性腫瘍、卵巣癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、精巣癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。いくつかの実施形態では、癌種は、膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。
【００８３】
幾つかの実施形態では、本明細書に記載されるバイオマーカーは、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５を含む。幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌種を判定するためのバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５の１つ以上を使用する。幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の早期発見、癌の非侵襲的検出、癌の異なるステージの識別、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応のモニタリングのための、バイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５の１つ以上を使用する。幾つかの実施形態では、癌種は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄白血病、膀胱癌、乳癌、脳癌、子宮頸癌、肝内胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胃腸癌、神経膠腫、膠芽腫、頭頸部癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、リンパ性腫瘍、黒色腫、骨髄性腫瘍、卵巣癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、精巣癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。幾つかの実施形態では、癌種は、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、肝内胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頸部癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。
【００８４】
幾つかの実施形態では、パネルは、本明細書に記載されるバイオマーカーの１つ以上を含む。幾つかの事例では、パネルは、表１５または表１６から選択される１つ以上のバイオマーカーを含む。幾つかの事例では、パネルは、表１７または表１８から選択される１つ以上のバイオマーカーを含む。幾つかの事例では、表１５−１８は、癌または正常なサンプルのマーカーパネルを表わす。幾つかの場合では、表１５および１６は、癌サンプルのマーカーパネルを表わす。幾つかの場合では、表１７および１８は、癌サンプルのマーカーパネルを表わす。
【００８５】
幾つかの事例では、パネルは、以下の１つ以上のバイオマーカーを含む：ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０。
【００８６】
幾つかの事例では、パネルは、以下の１つ以上のバイオマーカーを含む：ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）。
【００８７】
幾つかの実施形態では、パネルは、１つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、２つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、３つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、４つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、バイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５、１およびｃｇ１７１２６５５５を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、１つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５、１およびｃｇ１７１２６５５５から成る。幾つかの実施形態では、パネルは、２つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から成る。幾つかの実施形態では、パネルは、３つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から成る。幾つかの実施形態では、パネルは、４つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から成る。幾つかの実施形態では、パネルは、バイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から成る。幾つかの実施形態では、パネルは、バイオマーカーｃｇ２５５７４７６５を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、バイオマーカーｃｇ２５４９０１４５を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、バイオマーカーｃｇ１８３８４０９７を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、バイオマーカーｃｇ１７１２６５５５を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、バイオマーカーｃｇ２５９２２７５１を含む。幾つかの実施形態では、パネルは、１つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５、および随意に表１５、表１６、表１７、表１８、及び／又はバイオマーカーｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、
ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択される１つ以上のバイオマーカーを含む。
【００８８】
幾つかの実施形態では、パネルは、表２０からの１つ以上のバイオマーカー、および随意に表１５、表１６、表１７、表１８、及び／又はバイオマーカーｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択される１つ以上のバイオマーカーを含む。
【００８９】
幾つかの実施形態では、パネルは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含む。幾つかの事例では、パネルは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含み、ここでバイオマーカーは、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択される。幾つかの事例では、パネルは、表１５、１６、１７、及び／又は１８のいずれかから選択される、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーまたはマーカーを含む、約５つ以上のバイオマーカーを含む。
【００９０】
幾つかの実施形態では、パネルは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含み、ここでバイオマーカーは表１５−１６から選択される。幾つかの事例では、パネルは、表１５−１６から選択される、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーまたはマーカーを含む、約５つ以上のバイオマーカーを含む。
【００９１】
幾つかの実施形態では、パネルは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含み、ここでバイオマーカーは表１７−１８から選択される。幾つかの事例では、パネルは、表１７−１８のいずれかから選択される、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーまたはマーカーを含む、約５つ以上のバイオマーカーを含む。
【００９２】
幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌種を判定するための、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の早期発見のための、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、
３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。追加の実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の非侵襲的検出のための、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。さらに追加の実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の異なるステージの識別のための、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。他の実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応のモニタリングのための、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。
【００９３】
幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌種を判定するための、表１７及び／又は表１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の早期発見のための、表１７及び／又は表１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。追加の実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の非侵襲的検出のための、表１７及び／又は表１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。さらに追加の実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の異なるステージの識別のための、表１７及び／又は表１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。他の実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応のモニタリングのための、表１７及び／又は表１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、
３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含むパネルを使用する。
【００９４】
幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌種を判定するための、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０またはそれ以上のバイオマーカーｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０を含むパネルを使用する。
【００９５】
幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の早期発見、癌の非侵襲的検出、癌の異なるステージの識別、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応モニタリングのための、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０またはそれ以上のバイオマーカーｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０を含むパネルを使用する。幾つかの事例では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、またはそれ以上のバイオマーカーｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）を含むパネルを使用する。
【００９６】
幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌種を判定するための、１、２、３、４、またはそれ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５を含むパネルを使用する。幾つかの実施形態では、本明細書に記載される方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の早期発見、癌の非侵襲的検出、癌の異なるステージの識別、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応のモニタリングのための、１、２、３、４、またはそれ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５を含むパネルを使用する。
【００９７】
幾つかの実施形態では、ＣｐＧメチル化プロファイルのデータベースは、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含む。幾つかの実施形態では、ＣｐＧメチル化プロファイルのデータベースは、表１７−１８から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含む。幾つかの事例では、ＣｐＧメチル化プロファイルのデータベースは、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、 ３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、 ８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上のバイオマーカーを含む。幾つかの事例で���、ＣｐＧメチル化プロファイルのデータベースは、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、
ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）から選択される、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、 ３７、３８、３９、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、またはそれ以上のバイオマーカーを含む。幾つかの事例では、ＣｐＧメチル化プロファイルのデータベースは、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から選択される、１、２、３、４またはそれ以上のバイオマーカーを含む。
【００９８】
＜メチル化プロファイル＞
本明細書に記載されるメチル化プロファイルは、ＤＮＡの分子内の１つ以上のバイオマーカー（または遺伝子座）のメチル化の状態またはレベルを表わす１セットのデータを指す。幾つかの事例では、本明細書に記載されるメチル化プロファイルは、表１５、１６、１７、及び／又は１８の１つ以上のバイオマーカーのメチル化の状態またはレベルを表わす１セットのデータを指す。幾つかの事例では、本明細書に記載されるメチル化プロファイルは、１つ以上のバイオマーカーｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０のメチル化の状態またはレベルを表わす１セットのデータを指す。幾つかの事例では、本明細書に記載されるメチル化プロファイルは、１つ以上のバイオマーカーｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）のメチル化の状態またはレベルを表わす１セットのデータを指す。幾つかの事例では、本明細書に記載されるメチル化プロファイルは、１つ以上のバイオマーカーｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５のメチル化の状態またはレベルを表わす１セットのデータを指す。幾つかの事例では、ＤＮＡメチル化のデータは、限定されないが、ＣｐＧ部位のメチル化指標、領域内のＣｐＧ部位のメチル化密度、隣接する領域にわたるＣｐＧ部位の分布、１つを超えるＣｐＧ部位を含む領域内の１つ以上の個々のＣｐＧ部位のためのメチル化のパターンまたはレベル、ＣｐＧメチル化の欠如、及び／又は非ＣｐＧメチル化を含む。幾つかの事例では、メチル化プロファイルは、１セットのＣｐＧ部位のメチル化指標、１セットの領域内のＣｐＧ部位のメチル化密度、１セットの隣接する領域にわたるＣｐＧ部位の分布、１セットの１つを超えるＣｐＧ部位を含む領域内の１つ以上の個々のＣｐＧ部位のメチル化のパターンまたはレベル、１セットのＣｐＧメチル化の欠如、１セットの非ＣｐＧメチル化、またはそれらの組み合わせを含む。幾つかの事例では、メチル化プロファイルはまた、本明細書でメチル化フィンガープリントまたはメチル化シグネチャーとも呼ばれる。
【００９９】
幾つかの実施形態では、メチル化プロファイルは、表１５、１６、１、及び／又は１８７から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含む。幾つかの事例では、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、癌種を判定するために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの場合では、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、癌の早期発見のために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの場合では、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、癌の存在の検出のために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの事例では、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、癌の非侵襲的検出のために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの事例では、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、異なる癌のステージの識別のために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの事例では、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応のモニタリングのために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。
【０１００】
幾つかの実施形態では、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルは、組織サンプルからもたらされる。幾つかの事例では、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルは、無細胞のＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）サンプルからもたらされる。幾つかの場合では、表１５、１６、１、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルは、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）サンプルからもたらされる。
【０１０１】
幾つかの実施形態では、表１５から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、癌種を判定するために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの事例では、表１６から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、癌種を判定するために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの場合では、表１７から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、癌種を判定するために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの実施形態では、表１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、癌種を判定するために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。
【０１０２】
幾つかの実施形態では、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、生体サンプル中の癌の存在を検出するために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの事例では、この後、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含む少なくとも第２のメチル化プロファイルが、癌種を判定するために、および随意に癌の異なるステージの識別、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応のモニタリングのために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。
【０１０３】
幾つかの実施形態では、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、生体サンプル中の癌の存在を検出するために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの事例では、この後、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４
、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含む少なくとも第２のメチル化プロファイルが、癌種を判定するために、および随意に癌の異なるステージの識別、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応のモニタリングのために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの事例では、第１のメチル化プロファイル及び／又は第２のメチル化プロファイルは、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含む。
【０１０４】
幾つかの実施形態では、表２０から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、生体サンプル中の癌の存在を検出するために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの事例では、この後、表２０から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含む少なくとも第２のメチル化プロファイルが、癌種を判定するために、および随意に癌の異なるステージの識別の、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応のモニタリングのために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。
【０１０５】
幾つかの実施形態では、表２０から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含むメチル化プロファイルは、生体サンプル中の癌の存在を検出するために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。幾つかの事例では、この後、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択されるバイオマーカーのパネルのメチル化の状態またはレベルを含む少なくとも第２のメチル化プロファイルが、癌種を判定するために、および随意に癌の異なるステージの識別、癌の予後の判定、治療反応の予測、及び／又は治療反応のモニタリングのために、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体によって使用される。
【０１０６】
幾つかの事例では、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または９５％を超えるゲノムまたはそれ以上を包含するメチル化プロファイルは、メチロームと見なされる。幾つかの事例では、メチロームは、表１５、１６、１７、及び／又は１８から選択されるバイオマーカーのパネルから生成される。幾つかの場合では、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌種を判定するために、本明細書に記載されるメチロームを使用する。追加の場合では、方法、システム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の早期発見のために本明細書に記載されるメチロームを使用する。幾つかの事例では、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の非侵襲的検出のために本明細書に記載されるメチロームを使用する。追加の事例では、方法、システム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、異なる癌のステージを識別するために、本明細書に記載されるメチロームを使用する。さらに追加の事例では、方法、システム、プラットフォーム、または非一時的コンピュータ可読媒体は、癌の予後の判定する、治療反応を予測する、及び／又は治療反応をモニタリングするために、本明細書に記載されるメチロームを使用する。
【０１０７】
幾つかの事例では、メチル化状態またはメチル化レベルは、特定のヌクレオチド、またはＤＮＡの一部内のヌクレオチドでのメチル化の存在、欠如及び／又は量を示す。幾つかの事例では、特定のＤＮＡ配列（例えば、本明細書に記載されるようなバイオマーカーまたはＤＮＡ領域）のメチル化状態は、配列中のすべての塩基のメチル化状態を示すか、または配列内の塩基対のサブセットのメチル化状態（例えば、シトシンのメチル化状態または１つ以上の特定の制限酵素認識配列のメチル化状態）を示すことができるか、あるいは配列内のどこでメチル化が生じるかの正確な情報を提供することなく配列内の局所的なメチル化密度に関する情報を示すことができる。幾つかの実施形態では、メチル化の状態／レベルは、異なるサブタイプまたは腫瘍実体を区別するために使用される。幾つかの事例では、特定のＤＮＡメチル化パターンは、高転移能の腫瘍と低転移能の腫瘍を区別し、それによって、処置レジメンの調整（ｔａｉｌｏｒｉｎｇ）が可能になる。
【０１０８】
幾つかの事例では、ＤＮＡ配列内の１つ以上のＣｐＧメチル化部位でのメチル化状態は、非メチル化部位、完全にメチル化された部位及び／又はヘミメチル化部位を含む。幾つかの場合では、メチル化プロファイルの集合は、メチル化パネルを作成するために、例えば、個体の群あるいは腫瘍の型または特徴のためのメチル化プロファイルを表わすために使用される。幾つかの事例では、高メチル化は、正常な対照ＤＮＡサンプル内の対応するＣｐＧジヌクレオチドで見られる５−ｍＣｙｔの量に対する、試験ＤＮＡサンプルのＤＮＡ配列内の１つ又は複数のＣｐＧジヌクレオチドでの５−ｍＣｙｔの存在の増加に対応する平均のメチル化状態である。幾つかの場合では、低メチル化は、正常な対照ＤＮＡサンプル内の対応するＣｐＧジヌクレオチドで見られる５−ｍＣｙｔの量に対する、試験ＤＮＡサンプルのＤＮＡ配列内の１つ又は複数のＣｐＧジヌクレオチドでの５−ｍＣｙｔの存在の減少に対応する平均のメチル化状態である。
【０１０９】
幾つかの実施形態では、各々のゲノムの部位（例えばＣｐＧ部位）に対するメチル化指標は、その部位をカバーする読み取りデータの総数にわたる部位でメチル化を示す配列読み取りデータの割合を指す。幾つかの事例では、領域のメチル化密度は、領域内の部位をカバーする読み取りデータの総数で割ったメチル化を示す領域内の部位での読み取りデータの数である。幾つかの場合では、領域のＣｐＧメチル化密度は、領域内のＣｐＧ部位（例えば、特定のＣｐＧ部位、ＣｐＧアイランド内のＣｐＧ部位、またはより大きな領域）をカバーする読み取りデータの総数で割ったＣｐＧメチル化を示す読み取りデータの数である。例えば、ヒトゲノム中の各１００ｋｂのビンに対するメチル化密度は、１００ｋｂの領域にマッピングされた配列読み取りデータによってカバーされたすべてのＣｐＧ部位の割合としてのＣｐＧ部位での（メチル化されたシトシンに対応する）転換されていない（ｕｎｃｏｎｖｅｒｔｅｄ）シトシンの総数から判定される。幾つかの場合では、この分析はまた、他のビンのサイズ、例えば５０ｋｂまたは１Ｍｂなど）に対しても行われる。幾つかの事例では、領域は、ゲノム全体あるいは染色体または染色体の部分（例えば染色体腕）である。幾つかの場合では、ＣｐＧ部位のメチル化指標は、領域がそのＣｐＧ部位のみを含むときの領域に対するメチル化密度と同じである。幾つかの場合では、メチル化されたシトシンの割合は、領域内の分析されたシトシン残基（つまり、ＣｐＧ関連（ｃｏｎｔｅｘｔ）以外のシトシンを含む）の総数にわたってメチル化される（例えば、亜硫酸水素塩転換などの脱アミノ化処置後に転換されない）と示されるシトシン部位「Ｃ’ｓ」の数を指す。幾つかの場合では、メチル化指標、メチル化密度およびメチル化されたシトシンの割合は、メチル化レベルの例である。
【０１１０】
幾つかの実施形態では、メチル化プロファイルの判定は、ＤＮＡサンプルからの少なくとも約１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、５０、７５、ｏｒ １００、１５０、２００、２５０、３００、４００、５００、７５０、１０００、２０００、２５００、３０００、４０００、５０００、７５００、１００００、２００００、２５０００、３００００、４００００、５００００、７５０００、１０００００、２０００００、３０００００、４０００００、５０００００、６０００００ ａｎｄ ７０００００を超えるＣｐＧ部位のメチル化状態の判定を含む。本実施形態の一態様では、メチル化プロファイルは、約１から約５００，０００のＣｐＧ部位のメチル化状態から生成される。
【０１１１】
幾つかの実施形態では、メチル化プロファイルは生検サンプルに由来する。幾つかの事例では、メチル化プロファイルは組織サンプルに由来する。幾つかの事例では、メチル化プロファイルは無細胞の生体サンプルに由来する。幾つかの事例では、メチル化プロファイルは循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）サンプルに由来する。
【０１１２】
＜対照＞
本明細書に記載される様々な方法論は、値、レベル、特徴、特性、性質などを、適正な対照、対照サンプル、または対照として本明細書で交換可能に言及される、適切な対照と比較する工程を含む。幾つかの実施形態では、対照は、患者から得られた細胞、組織、臓器、またはサンプル中で判定された、値、レベル、特徴、特性、性質などである。幾つかの事例では、細胞、組織、臓器、またはサンプルは、正常な細胞、組織、臓器、またはサンプルである。幾つかの場合では、細胞、組織、臓器、またはサンプルは、癌の細胞、組織、臓器、またはサンプルである。例えば、本発明のバイオマーカーは、影響されない個体または正常な対照個体、あるいは被験体の影響されない家族からのサンプル中のそれらのメチル化レベルに関して分析される。別の実施形態では、対照は、患者に治療（例えば癌治療）を開始する前に、または治療レジメン間に判定された、値、レベル、特徴、特性、性質などである。さらなる実施形態では、対照は、予め定義された値、レベル、特徴、特性、性質などである。
【０１１３】
幾つかの実施形態では、対照は、患者のサンプルが比較される、癌の１つの型に相関する本発明の１つ以上のバイオマーカーのメチル化プロファイルである。幾つかの事例では、対照は、表１５、１６、１７、１８及び／又は２０の１つ以上のバイオマーカーのメチル化プロファイルである。幾つかの事例では、対照は、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０の１つ以上のバイオマーカーのメチル化プロファイルである。幾つかの事例では、対照は、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５の１つ以上のバイオマーカーのメチル化プロファイルである。
【０１１４】
幾つかの事例では、対照は、陽性対照、例えば、癌サンプルから得られたメチル化プロファイルであるか、または陰性対照、例えば、正常なサンプルから得られたメチル化プロファイルである。幾つかの事例では、対照はまた、トレ−ニングセットまたはトレ−ニングデータセットとも呼ばれる。
【０１１５】
＜検出方法＞
幾つかの実施形態では、疾患または疾病（例えば癌）の進行においてバイオマーカー（つまり、ＤＮＡの領域／フラグメントまたはゲノムＤＮＡの領域／フラグメント（例えば、ＣｐＧアイランドを含む領域／フラグメント））のメチル化の状態／レベルを測定し、検出し、判定し、特的し、および特徴づけ、それ故、疾患または疾病の発症、存在または状態を診断するために、多くの方法が利用される。
【０１１６】
幾つかの事例では、メチル化プロファイルは、個体から分離された生体サンプルから生成される。幾つかの実施形態では、生体サンプルは生検である。幾つかの事例では、生体サンプルは組織サンプルである。他の事例では、生体サンプルは無細胞の生体サンプルである。他の事例では、生体サンプルは循環腫瘍ＤＮＡサンプルである。一実施形態では、生体サンプルは、循環腫瘍ＤＮＡを含有する無細胞の生体サンプルである。
【０１１７】
幾つかの実施形態では、（本明細書でマーカーとしても言及される）バイオマーカーは組織サンプルから得られる。幾つかの事例では、組織はあらゆる細胞に対応する。異なる型の組織は、異なる型の細胞（例えば、肝臓、肺、血液、結合組織など）に対応するが、正常細胞対腫瘍細胞にも対応する、または腫瘍形成の様々なステージで腫瘍細胞に、または置き換えられた悪性腫瘍細胞に対応する。幾つかの実施形態では、組織サンプルはさらに、臨床サンプルを包含し、培養物、細胞上清、臓器などに細胞も含む。サンプルはまた、免疫組織化学的検査による病態解析または研究のために調製された、臨床的または病理学的な生検から調製されたブロックなどの、新鮮凍結した及び／又はホルマリン固定した、パラフィン包埋した組織ブロックを含む。
【０１１８】
幾つかの実施形態では、バイオマーカーは液体サンプルから得られる。幾つかの実施形態では、液体サンプルは、血液および生体由来の他の液体サンプル（限定されないが、末梢血、血清、血漿、腹水、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、痰、唾液、骨髄、滑液、房水、羊水、耳垢、母乳、気管支肺胞洗浄液、精液、前立腺液、カウパー腺液または我慢汁、女性の潮吹きの液体、汗、 涙、嚢胞液、胸膜液および腹膜液、心膜液、腹水、リンパ液、粥状液、乳糜、胆汁、間質液、月経、膿汁、皮脂、嘔吐物、膣分泌物／フラッシング液（ｆｌｕｓｈｉｎｇ）、滑液、粘膜分泌物、水様便、膵液、副鼻腔からの洗浄液、気管支肺吸引液、胚盤胞腔液（ｂｌａｓｔｏｃｙｌ ｃａｖｉｔｙ ｆｌｕｉｄ）、または臍帯血を含む。幾つかの実施形態では、生体液は、血液、血液製剤または血液分画、例えば血清または血漿である。特定の実施形態では、サンプルは血液サンプルを含む。別の実施形態では、血清サンプルが使用される。別の実施形態では、サンプルは尿を含む。幾つかの実施形態では、液体サンプルはまた、遠心分離、濾過、沈殿、透析、クロマトグラフィー、試薬での処置、洗浄、または特定の細胞集団の濃縮などによって、それらの調達後にあらゆる方法で操作されたサンプルを包含する。
【０１１９】
幾つかの実施形態では、バイオマーカーは、正常サンプル（例えば、疾患のない正常または対照の組織、あるいは正常または対照の体液、便、血液、血清、羊水）において、最も重要なことに健全な便、血液、血清、羊水または他の体液において、メチル化または非メチル化される。他の実施形態では、バイオマーカーは、例えば、正常サンプルと比較して、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、またはでの約１００％の（それぞれ）増加したメチル化頻度で、癌を有する又はそのリスクのある患者からのサンプル中で低メチル化または高メチル化される。一実施形態では、サンプルはまた、癌を有する又はそのリスクのある同じ患者の以前に得られたサンプル分析と比較して、特に疾患の進行と比較して、低メチル化または高メチル化される。
【０１２０】
幾つかの実施形態では、メチロームは、上に記載されたバイオマーカーなどの、１セットのバイオマーカーを含む。幾つかの事例では、生体（例えばヒト）の腫瘍のメチロームに対応するメチロームは、腫瘍メチロームとして分類される。幾つかの場合では、腫瘍メチロームは、生体サンプル中で腫瘍組織または無細胞の（またはタンパク質がない）腫瘍ＤＮＡを使用して判定される。対象のメチロームの他の例は、ＤＮＡを体液へと寄与する臓器のメチローム（例えば、脳、乳房、肺、前立腺および腎臓、血漿などの組織のメチロームなど）を含む。
【０１２１】
幾つかの実施形態では、血漿メチロームは、動物（例えばヒト）の血漿または血清から判定されたメチロームである。幾つかの事例では、血漿および血清が無細胞のＤＮＡを含むため、血漿メチロームは、無細胞の又はタンパク質がないメチロームの例である。血漿メチロームはまた、腫瘍および他の対象のメチロームの混合物であるため、混合メチロームの例である。幾つかの事例では、尿メチロームは、被験体の尿サンプルから判定される。幾つかの場合では、細胞メチロームは、患者の細胞（例えば、脳、肺、乳房などの臓器からの組織細胞）から判定されたメチロームに対応している。血液細胞のメチロームは、血液細胞メチローム（または血液メチローム）と呼ばれる。
【０１２２】
幾つかの実施形態では、ＤＮＡ（例えば、抽出されたゲノムＤＮＡまたは処理されたゲノムＤＮＡなどのゲノムＤＮＡ）は、市販のキットの使用を含む、当該技術分野で芳醇の手段によって単離される。簡潔には、ここで対象のＤＮＡは細胞膜によってカプセル化され、生体サンプルは、酵素的、化学的、または機械的な手段で破壊および溶解されなければならない。幾つかの場合では、その後、例えば、プロテイナーゼＫでの消化によって、ＤＮＡ溶液からタンパク質および他の汚染物質を取り除かれる。その後、ＤＮＡは溶液から回収される。そのような場合、これは、塩析、有機抽出または固相担体へのＤＮＡの結合を含む様々な方法によって実行される。幾つかの事例では、方法の選択は、時間、費用および必要とされるＤＮＡの量を含む幾つかの因子による影響を受ける。
【０１２３】
ここで、サンプルＤＮＡは、膜に囲まれておらず（例えば、血液または尿などの無細胞のサンプルから循環するＤＮＡ）、ＤＮＡの単離及び／又は精製に対して当該技術分野で標準的な方法が、随意に使用される（例えば、Ｂｅｔｔｅｇｏｗｄａ ｅｔ ａｌ． Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ Ｔｕｍｏｒ ＤＮＡ ｉｎ Ｅａｒｌｙ− ａｎｄ Ｌａｔｅ−Ｓｔａｇｅ Ｈｕｍａｎ Ｍａｌｉｇｎａｎｃｉｅｓ． Ｓｃｉ． Ｔｒａｎｓｌ． Ｍｅｄ， ６（２２４）： ｒａ２４． ２０１４を参照）。そのような方法は、タンパク質変性試薬、例えばカオトロピック塩（例えば塩酸グアニジンまたは尿素）；または洗剤、例えばドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、臭化シアンの使用を含む。代替方法は、限定されないが、含むが、エタノール沈澱またはプロパノール沈殿、とりわけ遠心分離による、減圧濃縮を含む。幾つかの場合では、当業者は、フィルタ装置などの装置を活用する（例えば、限外濾過、シリカ表面または膜、磁気微粒子、ポリスチロール微粒子、ポリスチロール表面、正帯電表面、および正帯電膜、帯電膜、帯電表面、帯電したスイッチ膜、帯電したスイッチ表面）。
【０１２４】
幾つかの事例では、核酸が抽出されると、当該技術分野で既知の手段によって、メチル化分析が行われる。様々なメチル化分析手順が、当該技術分野で知られており、本発明を実行するために使用されてよい。これらのアッセイは、組織サンプル内の１つの又は複数のＣｐＧ部位のメチル化状態の判定を可能にする。さらに、これらの方法は、メチル化された核酸の絶対的または相対的な定量化に使用されてもよい。そのようなメチル化アッセイは、他の技術の中でもとりわけ、２つの主要な工程を含む。第１の工程は、（ｉ）亜硫酸水素塩での処置、（ｉｉ）メチル化特異的な結合、または（ｉｉｉ）メチル化特異的な制限酵素などの、メチル化特異的な反応または分離である。第２の主要な工程は、（ａ）Ｔａｑｍａｎ（登録商標）などのＰＣＲ（配列特異的な増幅）、（ｂ）未処理の及び亜硫酸水素塩処理したＤＮＡのＤＮＡ配列決定（ｃ）（環状ライゲーションおよび切断を含む）色素修飾したプローブのライゲーションによる配列決定、（ｄ）ピロシーケンス、（ｅ）単一分子の配列決定、（ｆ）質量分光法、または（ｇ）サザンブロット分析などの様々な方法による、（ｉ）増幅および検出、または（ｉｉ）直接検出を含む。
【０１２５】
さらに、亜硫酸水素塩変換されたＤＮＡから増幅されたＰＣＲ産物の制限酵素消化、例えば、Ｓａｄｒｉ ａｎｄ Ｈｏｒｎｓｂｙ（１９９６， Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２４：５０５８− ５０５９）、またはＣＯＢＲＡ （Ｃｏｍｂｉｎｅｄ Ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ）（Ｘｉｏｎｇ ａｎｄ Ｌａｉｒｄ， １９９７， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５：２５３２− ２５３４）によって記載される方法が使用されてもよい。ＣＯＢＲＡ分析は、少量のゲノムＤＮＡにおいて特異的遺伝子の遺伝子座でＤＮＡメチル化レベルを判定するのに有用な定量的メチル化アッセイである。簡潔には、亜硫酸水素ナトリウム処理されたＤＮＡのＰＣＲ産物のメチル化依存性の配列の差を明らかにするために、制限酵素消化が使用される。メチル化依存性の配列の差は、Ｆｒｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｆｒｏｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ， １９９２， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８９， １８２７−１８３１）によって記載された手順に従って、標準の亜硫酸水素塩処理によってゲノムＤＮＡへと最初に導入される。その後、対象のＣｐＧ部位に特異的なプライマーを使用して、亜硫酸水素塩変換されたＤＮＡのＰＣＲ増幅が実行され、その後、制限酵素消化、ゲル電気泳動法、および特定の、標識されたハイブリダイゼーションプローブを使用する検出が実行される。元のＤＮＡサンプル中のメチル化レベルは、広範囲のＤＮＡメチル化レベルにわたって直線的に定量的な方法で、相対量の消化および未消化のＰＣＲ産物によって表わされる。さらに、この技術は、顕微解剖されたパラフィン包埋した組織サンプルから得られたＤＮＡに確実に適用され得る。ＣＯＢＲＡ分析用の典型的な試薬（例えば、典型的なＣＯＢＲＡベースのキットで見られかもしれない）は、限定されないが、特異的遺伝子用のＰＣＲプライマー（またはメチル化変更されたＤＮＡ配列またはＣｐＧアイランド）；制限酵素および適切な緩衝液；遺伝子ハイブリダイゼーションオリゴ（ｏｌｉｇｏ）；対照ハイブリダイゼーションオリゴ；オリゴプローブ用のキナーゼ標識化キット；および放射性ヌクレオチド、を含む。さらに、亜硫酸水素塩転換試薬は、ＤＮＡ変性緩衝液；スルホン化緩衝液；ＤＮＡ回収試薬またはキット（例えば、沈殿、限外濾過、アフィニティーカラム）；脱スルホン化緩衝液；およびＤＮＡ回収成分、を含み得る。
【０１２６】
一実施形態では、選択されたＣｐＧ部位のメチル化プロファイルは、メチル化に特異的なＰＣＲ（ＭＳＰ）を使用して判定される。ＭＳＰは、メチル化感受性の制限酵素の使用とは無関係に、ＣｐＧアイランド内のＣｐＧ部位の事実上あらゆる群のメチル化の状態を評価することを可能にする（Ｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ， １９９６， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ９３， ９８２１− ９８２６； 米国特許番号第５，７８６，１４６号、第６，０１７，７０４号、第６，２００，７５６号、第６，２６５，１７１号（Ｈｅｒｍａｎ ａｎｄ Ｂａｙｌｉｎ）； 米国特許公開番号２０１０／０１４４８３６（Ｖａｎ Ｅｎｇｅｌａｎｄ ｅｔ ａｌ）；これらは、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる）。簡潔には、ＤＮＡは、非メチル化の、メチル化されていないシトシンをウラシル変換するために、亜硫酸水素ナトリウムなどの脱アミノ化剤によって修飾され、続いて、メチル化対非メチル化のＤＮＡに特異的なプライマーで増幅された。ＭＳＰ分析用の典型的な試薬（例えば、典型的なＭＳＰベースのキットで見られかもしれない）は、限定されないが、特異的遺伝子用のＰＣＲプライマー（またはメチル化変更されたＤＮＡ配列またはＣｐＧアイランド）、最適化したＰＣＲ緩衝液およびデオキシリボヌクレオチド、および特異的プローブを含む。ＣｏｌｏＳｕｒｅ（商標）試験は、ビメンチン遺伝子のメチル化のＭＳＰの技術および測定に基づいた結腸癌に対する市販の試験である（Ｉｔｚｋｏｗｉｔｚ ｅｔ ａｌ， ２００７， Ｃｌｉｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ． Ｈｅｐａｔｏｌ． ５（１）， １１１−１１７）。代替的に、当業者は、Ｆａｃｋｌｅｒ ｅｔ ａｌ． Ｆａｃｋｌｅｒ ｅｔ ａｌ， ２００４， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ６４（１３） ４４４２−４４５２；またはＦａｃｋｌｅｒ ｅｔ ａｌ， ２００６， Ｃｌｉｎ． Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． １２（１１ Ｐｔ １） ３３０６−３３１０によって記載されるような、定量的マルチプレックスメチル化に特異的なＰＣＲ（ＱＭ−ＰＣＲ）を使用し得る。
【０１２７】
一実施形態では、選択されたＣｐＧ部位のメチル化プロファイルは、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ及び／又はＨｅａｖｙ Ｍｅｔｈｙｌ Ｍｅｔｈｏｄを使用して判定される。ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔおよびＨｅａｖｙ Ｍｅｔｈｙｌアッセイは、ＰＣＲ工程後にさらなる操作を必要としない、蛍光ベースのリアルタイムＰＣＲ（Ｔａｑ Ｍａｎ（登録商標））技術を利用する、高スループット定量的メチル化アッセイである（Ｅａｄｓ， Ｃ．Ａ． ｅｔ ａｌ， ２０００， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ． ２８， ｅ ３２； Ｃｏｔｔｒｅｌｌ ｅｔ ａｌ， ２００７， Ｊ． Ｕｒｏｌｏｇｙ １７７， １７５３， 米国特許第６，３３１，３９３号 （Ｌａｉｒｄ ｅｔ ａｌ）、これらの内容はそれら全体が引用によって本明細書に組み込まれる）。簡潔には、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔプロセスは、標準手続きによって、亜硫酸水素ナトリウム反応においてメチル化依存性の配列の差の混合プールに変換されるゲノムＤＮＡの混合サンプルから始まる（亜硫酸水素塩プロセスは、非メチル化シトシン残基をウラシルに変換する）。その後、蛍光ベースのＰＣＲは、「バイアスをかけられていない（ｕｎｂｉａｓｅｄ）」（既知のＣｐＧメチル化部位を重複しないプライマーを用いる）ＰＣＲ反応、または「バイアスをかけられ（ｂｉａｓｅｄ）」（既知のＣｐＧジヌクレオチドを重複するＰＣＲプライマーを用いる）反応のいずれかで実行される。幾つかの場合では、増幅プロセスのレベルまたは蛍光検出プロセスのレベルのいずれか、あるいはその両方で、配列識別が生じる。幾つかの場合では、ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔアッセイは、ゲノムＤＮＡサンプル中でメチル化パターンに対する定量的試験として使用され、ここで、配列識別がプローブハイブリダイゼーションのレベルで生じる。この定量的バージョンでは、ＰＣＲ反応は、特定の推定上のメチル化部位を重複する蛍光プローブの存在下でバイアスがかけられていない増幅を提供する。入力ＤＮＡの量に対するバイアスがかけられていない対照が、プライマーもプローブもＣｐＧジヌクレオチドを覆っていない反応によって提供される。代替的に、ゲノムのメチル化に対する定性試験が、既知のメチル化部位を「カバーしていない（ｃｏｖｅｒ）」対照オリゴヌクレオチドを用いて（「ＭＳＰ」技術の蛍光ベースのバージョン）、または潜在的なメチル化部位をカバーするオリゴヌクレオチドを用いて、バイアスがかけられていないＰＣＲプールの調査（ｐｒｏｂｉｎｇ）によって達成される。ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ分析用の典型的な試薬（例えば、典型的なＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔベースのキットで見られかもしれない）は、限定されないが、特異的遺伝子用のＰＣＲプライマー（またはメチル化変更されたＤＮＡ配列またはＣｐＧアイランド）；ＴａｑＭａｎ（登録商標）プローブ；最適化されたＰＣＲ緩衝液およびデオキシリボヌクレオチド；およびＴａｑポリメラーゼ、を含む。ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔ技術は、肺癌（ｅｐｉ ｐｒｏＬｕｎｇ ＢＬ Ｒｅｆｌｅｘ Ａｓｓａｙ）；結腸癌（ｅｐｉ ｐｒｏＣｏｌｏｎ ａｓｓａｙ ａｎｄ ｍＳＥＰＴ９ ａｓｓａｙ）（Ｅｐｉｇｅｎｏｍｉｃｓ， Ｂｅｒｌｉｎ， Ｇｅｒｍａｎｙ）ＰＣＴ公開番号ＷＯ ２００３／０６４７０１（Ｓｃｈｗｅｉｋｈａ���ｄｔ ａｎｄ Ｓｌｅｄｚｉｅｗｓｋｉ）に対する市販の試験に使用され、これらの内容は、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる。
【０１２８】
定量的ＭｅｔｈｙＬｉｇｈｔは、ゲノムＤＮＡを変換するために亜硫酸水素塩を使用し、メチル化された部位は、メチル化に依存しないプライマーを備えるＰＣＲを使用して増幅される。２つの異なるフルオロフォアを用いるメチル化および非メチル化の部位に特異的な検出プローブは、メチル化の同時の定量的測定を提供する。Ｈｅａｖｙ Ｍｅｔｈｙｌ技術は、ＤＮＡの硫酸水素塩転換から始まる。次に、特異的な遮断薬は、非メチル化ＤＮＡの増幅を防ぐ。メチル化されたゲノムＤＮＡは遮断薬に結合せず、それらの配列が増幅される。増幅された配列は、メチル化特異的プローブで検出される（Ｃｏｔｔｒｅｌｌ ｅｔ ａｌ， ２００４， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３２：ｅ１０、これらの内容は、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる）。
【０１２９】
Ｍｓ−ＳＮｕＰＥ技術は、ＤＮＡの亜硫酸水素塩処置に基づいた特定のＣｐＧ部位でのメチル化の差の評価、その後の単一ヌクレオチドのプライマー伸張のための定量方法である（Ｇｏｎｚａｌｇｏ ａｎｄ Ｊｏｎｅｓ， １９９７， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５， ２５２９−２５３１）。簡潔には、ゲノムＤＮＡは亜硫酸水素ナトリウムと反応させられて、５−メチルシトシンを変更させずに非メチル化シトシンをウラシルに変換する。その後、亜硫酸水素塩変換されたＤＮＡに特異的なＰＣＲプライマーを使用して、望ましい標的配列の増幅が実行され、結果として生じる産物が、分離され、対象のＣｐＧ部位でのメチル化分析のための鋳型として使用される。幾つかの場合では、少量のＤＮＡが分析され（例えば、顕微解剖された病理部分）、その方法は、ＣｐＧ部位でのメチル化状態を判定するための制限酵素の利用を回避する。Ｍｓ−ＳＮｕＰＥ分析用の典型的な試薬（例えば、典型的なＭｓ−ＳＮｕＰＥベースのキットで見られかもしれない）は、限定されないが、特異的遺伝子用のＰＣＲプライマー（またはメチル化変更されたＤＮＡ配列またはＣｐＧアイランド）；最適化されたＰＣＲ緩衝液およびデオキシリボヌクレオチド；ゲル抽出キット；陽性対照プライマー；特異的遺伝子用のＭｓ−ＳＮｕＰＥプライマー；（Ｍｓ−ＳＮｕＰＥ反応用の）反応緩衝液；および放射性ヌクレオチド、を含む。さらに、亜硫酸水素塩転換試薬は、ＤＮＡ変性緩衝液；スルホン化緩衝液；ＤＮＡ回収試薬またはキット（例えば、沈殿、限外濾過、アフィニティーカラム）；脱スルホン化緩衝液；およびＤＮＡ回収成分、を含み得る。
【０１３０】
別の実施形態では、選択されたＣｐＧ部位のメチル化状態は、差次的な結合ベースのメチル化検出方法（Ｂｉｎｄｉｎｇ−ｂａｓｅｄ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ）を使用して判定される。差次的にメチル化された領域の識別のための１つのアプローチは、メチル化されたＤＮＡを捕捉することである。このアプローチはタンパク質を使用し、ここで、ＭＢＤ２のメチル結合ドメインは、抗体（ＭＢＤ−ＦＣ）のＦｃフラグメントに融合される（Ｇｅｂｈａｒｄ ｅｔ ａｌ， ２００６， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ６６：６１１８−６１２８；およびＰＣＴ公開番号ＷＯ ２００６／０５６４８０ Ａ２（Ｒｅｌｈｉ）、これらの内容はそれら全体が引用によって本明細書に組み込まれる）。この融合タンパク質は、従来のメチル化特異抗体よりも幾つかの利点を有する。ＭＢＤ ＦＣは、メチル化されたＤＮＡに対するより高い親和性を有し、二本鎖ＤＮＡに結合する。最も重要なことに、２つのタンパク質は、ＤＮＡに結合する方法において異なる。メチル化特異抗体はＤＮＡに確率的に結合し、これは、バイナリアンサー（ｂｉｎａｒｙ ａｎｓｗｅｒ）だけが得られることを意味している。一方、ＭＢＤ−ＦＣのメチル結合ドメインは、それらのメチル化状態にかかわらずＤＮＡ分子に結合する。このタンパク質−ＤＮＡ相互作用の強度は、ＤＮＡメチル化のレベルによって定義される。ゲノムＤＮＡの結合後、塩濃度が増加する溶出液を用いて、非メチル化およびメチル化のＤＮＡを分画し、より制御された分離を可能にする（Ｇｅｂｈａｒｄ ｅｔ ａｌ， ２００６， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３４： ｅ８２）。結果的に、メチル（Ｍｅｔｈｙｌ）−ＣｐＧ免疫沈降法（ＭＣＩＰ）と呼ばれるこの方法は、メチル化レベルに従ってゲノムＤＮＡを濃縮するだけでなく、分画し、これは、非メチル化ＤＮＡ分画も調査されるべきであるときに特に有用である。
【０１３１】
代替的な実施形態では、５−メチルシチジン抗体が、メチル化したＤＮＡに結合し、それを沈殿させる。抗体は、Ａｂｅａｍ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ）、Ｄｉａｇｅｎｏｄｅ（Ｓｐａｒｔａ， ＮＪ）またはＥｕｒｏｇｅｎｔｅｃ （ｃ／ｏ ＡｎａＳｐｅｃ， Ｆｒｅｍｏｎｔ， ＣＡ）から入手可能である。メチル化されたフラグメントは、分離されると、メチル化されたＣｐＧアイランド回収アッセイ（ＭＩＲＡ）またはメチル化されたＤＮＡ免疫沈降法（ＭｅＤＩＰ）などのマイクロアレイベースの技術を使用して配列決定され得る（Ｐｅｌｉｚｚｏｌａ ｅｔ ａｌ， ２００８， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ． １８， １６５２−１６５９； Ｏ'Ｇｅｅｎ ｅｔ ａｌ， ２００６， ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ４１（５）， ５７７−５８０， Ｗｅｂｅｒ ｅｔ ａｌ， ２００５， Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ． ３７， ８５３−８６２； Ｈｏｒａｋ ａｎｄ Ｓｎｙｄｅｒ， ２００２， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ， ３５０， ４６９−８３； Ｌｉｅｂ， ２００３， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ， ２２４， ９９−１０９）。別の技術は、部分的に溶かされた分子のメチル−ＣｐＧ結合ドメインのカラム／分離である（ＭＢＤ／ＳＰＭ， Ｓｈｉｒａｉｓｈｉ ｅｔ ａｌ， １９９９， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ９６（６）：２９１３−２９１８）。
【０１３２】
幾つかの実施形態では、メチル化の検出のための方法は、ゲノムＤＮＡをランダムに剪断する及びランダムに断片化する工程、メチル化依存性またはメチル化感受性の制限酵素を用いてＤＮＡを切断する工程、および続いて、切断した又は切断していないＤＮＡを選択的に同定及び／又は分析する工程を含む。選択的な同定は、例えば、切断した及び切断していないＤＮＡを（例えばサイズによって）分離する工程、および切断された又は代替的に切断されていない対象の配列を定量化する工程を含むことができる。例えば、米国特許第７，１８６，５１２号を参照。代替的に、該方法は、制限酵素消化後に無傷なＤＮＡを増幅させる工程を含むことができ、それによって、増幅された領域において制限酵素によって切断されなかったＤＮＡを単に増幅させる。例えば、米国特許第７，９１０，２９６号；第７，９０１，８８０号；および第７，４５９，２７４号を参照。幾つかの実施形態では、増幅は、遺伝子特異的なプライマーを使用して実行され得る。
【０１３３】
例えば、メチル化されていない場合にＤＮＡ認識配列で優先的または実質的に切断または消化するメチル感受性酵素がある。したがって、非メチル化ＤＮＡサンプルは、メチル化ＤＮＡサンプルよりも小さなフラグメントへと切断される。同様に、高メチル化ＤＮＡサンプルは切断されない。対照的に、メチル化される場合にのみＤＮＡ認識配列で切断するメチル感受性酵素がある。当該技術の方法での使用に適した、非メチル化ＤＮＡを消化するメチル感受性酵素は、限定されないが、Ｈｐａｌｌ、Ｈｈａｌ、Ｍａｅｌｌ、ＢｓｔＵＩおよびＡｃｉｌを含む。幾つかの事例では、使用される酵素は、非メチル化配列ＣＣＧＧのみを切断するＨｐａｌｌである。他の事例では、使用される別の酵素は、非メチル化配列ＧＣＧＣのみを切断するＨｈａｌである。両方の酵素は、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ（登録商標），Ｉｎｃ．から入手可能である。非メチル化ＤＮＡのみを消化する２つ以上のメチル感受性酵素の組み合わせも使用される。非メチル化ＤＮＡのみを消化する適切な酵素は、限定されないが、完全にメチル化された５’−ＧＡＴＣ配列で単に切断する、Ｄｐｎｌ、およびＤＮＡを含有する修飾されたシトシン（５−メチルシトシンまたは５−ヒドロキシメチルシトシン、あるいはＮ４−メチルシトシン）を切断する及び認識部位’５．．．ＰｕｍＣ（Ｎ４ｏ−３ｏｏｏ）ＰｕｍＣ．．．３’で切断する、ＭｃｒＢＣ（エンドヌクレアーゼ）を含む（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ， Ｉｎｃ．， Ｂｅｖｅｒｌｙ， ＭＡ）を含む。特定部位でＤＮＡを切断するために選択された制限酵素のための切断の方法および手順は、当業者に周知である。例えば、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ、Ｐｒｏ−Ｍｅｇａ Ｂｉｏｃｈｅｍｓ、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ−Ｍａｎｎｈｅｉｍなどを含む、制限酵素の多くのサプライヤーは、特異的な制限酵素によって切断されたＤＮＡ配列の状態およびタイプについての情報を提供している。Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｐｐｒｏａｃｈ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ． １９８９を参照）は、制限酵素および他の酵素を使用する方法の概説を提供している。
【０１３４】
幾つかの事例では、メチル化依存性の制限酵素は、メチル化された認識配列で又はその近位でＤＮＡを切断または消化するが、認識配列がメチル化されてないときに同じ配列で又はその近くでＤＮＡを切断しない、制限酵素である。メチル化依存性の制限酵素は、メチル化された認識配列で切断された酵素（例えばＭｃｒＢＣ）および認識配列ではなく近くの配列で切断された酵素（例えばＤｐｎｌ）を含む。例えば、ＭｃｒＢＣの認識配列は、５’ＲｍＣ（Ｎ４０−３０００）ＲｍＣ３’であり、ここで、「Ｒ」はプリンであり、「ｍＣ」はメチル化されたシトシンであり、および「Ｎ４０−３０００」は、制限事象が観察された２つのＲｍＣの半分の部位間の距離を示す。  ＭｃｒＢＣは、一般に、片方の半分の部位またはもう片方の半分の部位の近くで切断するが、切断位置は、典型的に、幾つかの塩基対（メチル化された塩基からおよそ３０の塩基対）にわたって分布する。ＭｃｒＢＣは、時に半分の部位両方の３’、時に半分の部位両方の５’、および時に２つの部位間で切断する典型的なメチル化依存性の制限酵素は、例えば、ＭｃｒＢＣ、ＭｃｒＡ、ＭｒｒＡ、Ｂｉｓｌ、Ｇｌａｌ、およびＤｐｎｌを含む。当業者は、本明細書に記載される制限酵素の相同体およびオルソログを含む、メチル化依存性の制限酵素も、本発明での使用に適していることを認識する。
【０１３５】
幾つかの場合では、メチル化感受性の制限酵素は、非メチル化認識配列で又はその近位でＤＮＡを切断するが、認識配列がメチル化されるときに同じ配列で又はその近位で切断しない、制限酵素である。典型的なメチル化感受性の制限酵素は、例えば、ＭｃＣｌｅｌｌａｎｄ ｅｔ ａｌ， ２２（１７） ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ． ３６４０−５９ （１９９４）に記載されている。認識配列内のシトシンが位置Ｃ５でメチル化されるときにそれらの認識配列で又はその近くでＤＮＡを切断しない適切なメチル化感受性の制限酵素は、例えば、Ａａｔ ＩＩ、Ａｃｉ Ｉ、Ａｃｄ Ｉ、Ａｇｅ Ｉ、Ａｌｕ Ｉ、Ａｓｃ Ｉ、Ａｓｅ Ｉ、ＡｓｉＳ Ｉ、Ｂｂｅ Ｉ、ＢｓａＡ Ｉ、ＢｓａＨ Ｉ、ＢｓｉＥ Ｉ、ＢｓｉＷ Ｉ、ＢｓｒＦ Ｉ、ＢｓｓＨ ＩＩ、ＢｓｓＫ Ｉ、ＢｓｔＢ Ｉ、ＢｓｔＮ Ｉ、ＢｓｔＵ Ｉ、Ｃｌａ Ｉ、Ｅａｅ Ｉ、Ｅａｇ Ｉ、Ｆａｕ Ｉ、Ｆｓｅ Ｉ、Ｈｈａ Ｉ、ＨｉｎＰｌ Ｉ、ＨｉｎＣ ＩＩ、Ｈｐａ ＩＩ、Ｈｐｙ９９ Ｉ、ＨｐｙＣＨ４ ＩＶ、Ｋａｓ Ｉ、Ｍｂｏ Ｉ、Ｍｌｕ Ｉ、ＭａｐＡｌ Ｉ、Ｍｓｐ Ｉ、Ｎａｅ Ｉ、Ｎａｒ Ｉ、Ｎｏｔ Ｉ、Ｐｍｌ Ｉ、Ｐｓｔ Ｉ、Ｐｖｕ Ｉ、Ｒｓｒ ＩＩ、Ｓａｃ ＩＩ、Ｓａｐ Ｉ、Ｓａｕ３Ａ Ｉ、Ｓｆｌ Ｉ、Ｓｆｏ Ｉ、ＳｇｒＡ Ｉ、Ｓｍａ Ｉ、ＳｎａＢ Ｉ、Ｔｓｃ Ｉ、Ｘｍａ Ｉ、およびＺｒａ Ｉを含む。認識配列内のアデノシンが位置Ｎ６でメチル化されるときにそれらの認識配列で又はその近くでＤＮＡを切断しないメチル化感受性の制限酵素は、例えば、Ｍｂｏ Ｉを含む。当業者は、本明細書に記載される制限酵素の相同体およびオルソログを含む、メチル化感受性の制限酵素も、本発明での使用に適していることを認識する。当業者はさらに、その認識配列で又はその近くでシトシンのメチル化の存在下において切断に失敗するメチル化感受性の制限酵素が、その認識配列で又はその近くでアデノシンのメチル化の存在に非感受性であり得ることを認識する。同様に、その認識配列で又はその近くでアデノシンのメチル化の存在下において切断に失敗するメチル化感受性の制限酵素は、その認識配列で又はその近くでシトシンのメチル化の存在に非感受性であり得る。例えば、Ｓａｕ３ＡＩは、その認識配列で又はその近くでメチル化されたシトシンの存在に感受性である（つまり切断に失敗する）が、その認識配列で又はその近くでメチル化されたアデノシンの存在に非感受性である（つまり切断する）。当業者はまた、幾つかのメチル化感受性の制限酵素が、それらの認識配列他のＤＮＡ包含（ｅｎｃｏｍｐａｓｓｉｎｇ）の１つ又は両方の鎖上の塩基のメチル化によってブロックされ、一方で、他のメチル化感受性の制限酵素が、両方の鎖上のメチル化によってのみブロックされるが、認識部位がヘミメチル化される場合に切断することができることを認識する。
【０１３６】
代替的な実施形態では、アダプターが、ランダムに断片化されたＤＮＡの端部に随意に加えられ、その後、ＤＮＡは、メチル化依存性またはメチル化感受性の制限酵素で消化され、続いて、無傷なＤＮＡは、アダプター配列にハイブリダイズするプライマーを使用して増幅される。この場合、ＤＮＡの増幅されたプールにおいて特定の遺伝子の存在、欠如または量を判定する、第２の工程が実行される。幾つかの実施形態では、ＤＮＡは、リアルタイムの定量的ＰＣＲを使用して増幅される。
【０１３７】
他の実施形態では、該方法は、ゲノムＤＮＡの集団内の標的配列において平均のメチル化密度を定量化する工程を含む。幾つかの実施形態では、該方法は、遺伝子座中の潜在的な制限酵素の切断部位の少なくとも幾つかのコピーを、切断されないままにすることが可能である条件下で、ゲノムＤＮＡをメチル化依存性の制限酵素またはメチル化感受性の制限酵素と接触させる工程；遺伝子座の無傷なコピーを定量化する工程；および増幅された産物の量を対照ＤＮＡのメチル化の量を表わす対照値と比較する工程であって、それによって、対照ＤＮＡのメチル化密度と比較して遺伝子座中の平均のメチル化密度を定量化する工程、を含む。
【０１３８】
幾つかの事例では、ＤＮＡの遺伝子座のメチル化の量は、遺伝子座を含むゲノムＤＮＡのサンプルを提供し、メチル化感受性またはメチル化依存性のいずれかである制限酵素を用いてＤＮＡを切断し、およびその後、無傷なＤＮＡの量を定量化する又は対象のＤＮＡ遺伝子座で切断されたＤＮＡの量を定量化することによって判定される。無傷な又は切断されたＤＮＡの量は、遺伝子座を含むゲノムＤＮＡの最初の量、遺伝子座中のメチル化の量、およびゲノムＤＮＡにおいてメチル化される遺伝子座中のヌクレオチドの数（つまり分画）に依存する。ＤＮＡ遺伝子座中のメチル化の量は、無傷なＤＮＡまたは切断されたＤＮＡの量を、同様に処理されたＤＮＡサンプル中の無傷なＤＮＡまたは切断されたＤＮＡの量を表わす対照値と比較することによって判定され得る。対照値は、メチル化されたヌクレオチドの既知の又は予測された数を表わすことができる。代替的に、対照値は、別の（例えば、正常な、非疾患の）細胞中の同じ遺伝子座または第２の遺伝子座からの無傷な又は切断されたＤＮＡの量を表わすことができる。
【０１３９】
遺伝子座中の潜在的な制限酵素の切断部位の少なくとも幾つかのコピーを、切断されないままにすることが可能である条件下で、少なくとも１つのメチル化感受性またはメチル化依存性の制限酵素を使用し、続いて、残りの無傷なコピーを定量化し、および量を対照と比較することによって、遺伝子座の平均のメチル化密度が判定され得る。メチル化感受性の制限酵素が、遺伝子座中の潜在的な制限酵素の切断部位の少なくとも幾つかのコピーを、切断されないままにすることが可能である条件下で、ＤＮＡ遺伝子座のコピーに接触される場合、残りの無傷なＤＮＡは、メチル化密度に正比例し、それ故、サンプル中の遺伝子座の相対的なメチル化密度を判定するために対照と比較され得る。同様に、メチル化依存性の制限酵素が、遺伝子座中の潜在的な制限酵素の切断部位の少なくとも幾つかのコピーを、切断されないままにすることが可能である条件下で、ＤＮＡ遺伝子座のコピーに接触される場合、残りの無傷なＤＮＡは、メチル化密度に反比例し、それ故、サンプル中の遺伝子座の相対的なメチル化密度を判定するために対照と比較され得る。そのようなアッセイは、例えば、米国特許第７，９１０，２９６号に開示される。
【０１４０】
メチル化されたＣｐＧアイランドの増幅（ＭＣＡ）技術は、ゲノムＤＮＡ中の変更されたメチル化パターンをスクリーニングするために、およびこれらの変更に関連する特異的配列を分離するために使用され得る方法である（Ｔｏｙｏｔａ ｅｔ ａｌ， １９９９， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ５９， ２３０７−２３１２，米国特許第７，７００，３２４号（Ｉｓｓａ ｅｔ ａｌ）、これらの内容はそれら全体が引用によって本明細書に組み込まれる）。簡潔には、それらの認識部位におけるシトシンのメチル化に対する異なる感受性を有する制限酵素は、恣意的にプライミングされたＰＣＲ増幅の前に、一次腫瘍、細胞株、および正常組織からのゲノムＤＮＡを消化するために使用される。差次的なメチル化を示すフラグメントは、ＰＣＲ産物を高分解能のポリアクリルアミドゲル上で分解した後に、クローン化され、配列決定される。その後、クローン化されたフラグメントは、これらの領域の差次的なメチル化を確証するサザン解析のためにプローブとして使用される。ＭＣＡ分析用の典型的な試薬（例えば、典型的なＭＣＡベースのキットで見られかもしれない）は、限定されないが、恣意的なプライミングゲノムＤＮＡ用のＰＣＲプライマー；ＰＣＲ緩衝液およびヌクレオチド、制限酵素および適切な緩衝液；遺伝子ハイブリダイゼーションのオリゴまたはプローブ；対照ハイブリダイゼーションのオリゴまたはプローブ、を含む。
【０１４１】
追加のメチル化検出方法は、例えば、米国特許第７，５５３，６２７号；第６，３３１，３９３号；米国特許番号１２／４７６，９８１；米国特許公開番号２００５／００６９８７９号；Ｒｅｉｎ， ｅｔ ａｌ， ２６（１０） ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ． ２２５５−６４ （１９９８）； ａｎｄ Ｏｌｅｋ ｅｔ ａｌ， １７（３） ＮＡＴ． ＧＥＮＥＴ． ２７５−６ （１９９７）に記載されるこれらの方法を含む。
【０１４２】
別の実施形態では、選択されたＣｐＧ部位のメチル化状態は、メチル化感受性高分解能融解（Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ− Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ Ｈｉｇｈ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ Ｍｅｌｔｉｎｇ）（ＨＲＭ）を使用して判定される。最近、Ｗｏｊｄａｃｚ ｅｔ ａｌ．は、メチル化を評価する技術としてメチル化感受性高分解能融解を報告した（Ｗｏｊｄａｃｚ ａｎｄ Ｄｏｂｒｏｖｉｃ， ２００７， Ｎｕｃ． Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３５（６） ｅ４１； Ｗｏｊｄａｃｚ ｅｔ ａｌ． ２００８， Ｎａｔ． Ｐｒｏｔ． ３（１２） １９０３−１９０８； Ｂａｌｉｃ ｅｔ ａｌ， ２００９ Ｊ． Ｍｏｌ． Ｄｉａｇｎ． １１ １０２− １０８；および米国特許公開番号２００９／０１５５７９１ （Ｗｏｊｄａｃｚ ｅｔ ａｌ）、これらの内容はそれら全体が引用によって本明細書に組み込まれる）。様々な市販のリアルタイムＰＣＲマシンが、Ｒｏｃｈｅ ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０、Ｃｏｒｂｅｔｔ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ＲｏｔｏｒＧｅｎｅ６０００、およびｔｈｅ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ７５００を含むＨＲＭシステムを有する。ＨＲＭは、Ｃａｎｄｉｌｏｒｏ ｅｔ ａｌ．（Ｃａｎｄｉｌｏｒｏ ｅｔ ａｌ， ２０１１， Ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃｓ ６（４） ５００−５０７）によって記載されるようなピロシーケンスなどの他の増幅技術と組み合わせられてもよい。
【０１４３】
別の実施形態では、選択されたＣｐＧ遺伝子座のメチル化状態は、質量分析法を使用する分析のために増幅された標的を生成する最適化されたＰＣＲ増幅反応を含む、プライマー伸張アッセイを使用して判定される。アッセイもマルチプレックスで（ｉｎ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ）行うことができる。質量分析法は、差次的にメチル化された調節エレメントに関連付けられたポリヌクレオチドの検出のための特に有効な方法である。ポリヌクレオチド配列の存在は、検出された信号の質量を対象のポリヌクレオチドの予期された質量と比較することによって確証される。特定のポリヌクレオチド配列に対する相対的な信号強度、例えば、スペクトル上の質量ピークは、特異的対立遺伝子の相対的な集団を示し、それ故、データからの直接の対立遺伝子比率の計算が可能になる。この方法は、ＰＣＴ公開番号ＷＯ ２００５／０１２５７８ Ａ１（Ｂｅａｕｌｉｅｕ ｅｔ ａｌ）に詳細に記載され、これは、その全体が引用によって本明細書に組み込まれる。メチル化分析のために、亜硫酸水素塩を導入されたメチル化依存性のＣからＴへの配列変化を検出するためのアッセイが採用され得る。これらの方法は、スループットをさらに増加させ、プライマー伸張反応のための１反応当たりのコストを減少させるために、単一のウェルにおいて多重増幅反応および多重プライマー伸張反応（例えば、多重均質のプラーマー質量伸張（ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ｈｏｍｏｇｅｎｅｏｕｓ ｐｒｉｍｅｒ ｍａｓｓ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）（ｈＭＥ）アッセイ）を実行するのに特に有用である。
【０１４４】
ＤＮＡメチル化分析のための他の方法は、制限酵素ランドマークゲノムスキャニング法（ＲＬＧＳ， Ｃｏｓｔｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ， ２００２， Ｍｅｔｈ． Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ， ２００， ５３−７０）、メチル化−感受性の発現差解析（ＭＳ−ＲＤＡ、Ｕｓｈｉｊｉｍａ ａｎｄ Ｙａｍａｓｈｉｔａ， ２００９， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ５０７， １ １７−１３０）を含む。相対的なメチル化技術のための包括的な高スループットアレイ（ＣＨＡＲＭ）は、ＷＯ ２００９／０２１１４１（Ｆｅｉｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｉｒｉｚａｒｒｙ）に記載されている。クロマチン免疫沈降（Ｃｈｒｏｍａｔｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ）のオンチップ（ＣｈｌＰチップ）またはメチル化ＤＮＡ免疫沈降のオンチップ（ＭｅＤＩＰチップ）を含む、Ｒｏｃｈｅ（登録商標）ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ（登録商標）マイクロアレイ。これらのツールは、黒色腫、肝臓癌および肺癌を含む様々な癌の適用に使用されている（Ｋｏｇａ ｅｔ ａｌ， ２００９， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．， １９， １４６２−１４７０； Ａｃｅｖｅｄｏ ｅｔ ａｌ， ２００８， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．， ６８， ２６４１−２６５１； Ｒａｕｃｈ ｅｔ ａｌ， ２００８， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， １０５， ２５２−２５７）。硫酸水素塩転換、パッドロックプローブのハイブリダイゼーション、環状化、増幅およびメチル化の高スループット検出のための次世代または多重の配列決定などの他の方法が報告されている（Ｄｅｎｇ ｅｔ ａｌ， ２００９， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２７， ３５３−３６０； Ｂａｌｌ ｅｔ ａｌ， ２００９， Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２７， ３６１−３６８；米国特許第７，６１１，８６９号（Ｆａｎ））。硫酸水素塩酸化に代わるものとして、Ｂａｙｅｙｔ ｅｔ ａｌ．は、チミジンと反応させることなく５−メチルシトシンを酸化させ、その後、ＰＣＲまたはピロシーケンスが続く、選択的酸化剤を報告した（ＷＯ ２００９／０４９９１６（Ｂａｙｅｙｔ ｅｔ ａｌ））。
これらの技術に対するこれらの言及は、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる。
【０１４５】
幾つかの事例では、定量的増幅方法（例えば、定量的ＰＣＲまたは定量的線形増幅）は、制限消化後に増幅プライマーに隣接した遺伝子座内の無傷なＤＮＡの量を定量化するために使用される。定量的増幅の方法は、例えば、米国特許第６，１８０，３４９号；第６，０３３，８５４号；および第５，９７２，６０２号に加えて、例えば、ＤｅＧｒａｖｅｓ， ｅｔ ａｌ， ３４（１） ＢＩＯＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ １０６−１５ （２００３）； Ｄｅｉｍａｎ Ｂ， ｅｔ ａｌ．， ２０（２） ＭＯＬ． ＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬ． １６３−７９ （２００２）；およびＧｉｂｓｏｎ ｅｔ ａｌ， ６ ＧＥＮＯＭＥ ＲＥＳＥＡＲＣＨ ９９５−１００１ （１９９６）に開示されている。
【０１４６】
メチル化の特異的な方法での核酸の反応または分離後に、幾つかの場合での核酸は、配列ベースの分析を受ける。例えば、１つの特定の黒色腫のゲノム配列が、良性の対応物と比較して高メチル化または低メチル化されることが判定されると、このゲノム配列の量を判定することができる。続いて、この量は、標準の対照値と比較され、黒色腫に対する指標として働くことができる。多くの事例では、当業者に周知の幾つかの核酸増幅手順のいずれかを使用して、核酸配列を増幅することが望ましい。具体的には、核酸増幅は、増幅されている核酸配列に相補的な配列を含む核酸コピーの化学的または酵素的な合成である（鋳型）。本発明の方法およびキットは、米国特許第５，５２５，４６２号（Ｔａｋａｒａｄａ ｅｔ ａｌ）；第６，１１４，１１７号（Ｈｅｐｐ ｅｔ ａｌ）；第６，１２７，１２０号（Ｇｒａｈａｍ ｅｔ ａｌ）；第６，３４４，３１７号（Ｕｒｎｏｖｉｔｚ）；第６，４４８，００１号（Ｏｋｕ）；第６，５２８，６３２号（Ｃａｔａｎｚａｒｉｔｉ ｅｔ ａｌ）；およびＰＣＴ公開番号ＷＯ ２００５／１１１２０９（Ｎａｋａｊｉｍａ ｅｔ ａｌ）に記載される方法などの、当業者に既知の核酸増幅または検出の方法を使用し得、これらすべては、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる。
【０１４７】
幾つかの実施形態では、核酸は、当業者に周知の方法論を使用して、ＰＣＲ増幅によって増幅される。しかしながら、当業者は、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、Ｑ−レプリカ増幅、ローリングサークル増幅、転写増幅、自家持続配列複製法、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）（これら各々は十分な増幅を提供する）などの、任意の既知の方法によって、増幅が達成され得ることを認識する。特定のメチル化パターンを表わす、技術の配列の存在を質的に実証する、またはサンプル中のこの特定のゲノム配列の量を定量的に判定するために、随意に、分枝したＤＮＡ技術も使用される。Ｎｏｌｔｅは、臨床サンプル中の核酸配列の直接の定量化のための分枝したＤＮＡシグナル増幅を調査している（Ｎｏｌｔｅ， １９９８， Ａｄｖ． Ｃｌｉｎ． Ｃｈｅｍ． ３３：２０１−２３５）。
【０１４８】
ＰＣＲプロセスは、当業者に周知であり、例えば、逆転写ＰＣＲ、ライゲーションＰＣＲ、デジタルＰＣＲ（ｄＰＣＲ）、またはドロップレットデジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）を含む。ＰＣＲの方法およびプロトコルの調査については、例えば、Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ， ｅｄｓ．， ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ， Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， Ｃａｌｉｆ． １９９０；米国特許第４，６８３，２０２号（Ｍｕｌｌｉｓ）を参照。ＰＣＲの試薬およびプロトコルも、Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｙｓｔｅｍｓなどの、商用ベンダーから利用可能である。幾つかの事例では、ＰＣＲは、熱安定酵素を用いる自動化プロセスとして実行される。このプロセスでは、反応混合物の温度は、自動的に、変性領域、プライマーのアニーリング領域、および伸張反応領域を通って循環させられる。この目的に特に適したマシンは市販で入手可能である。
【０１４９】
幾つかの実施形態では、Ｉｎｖａｄｅｒ（登録商標）技術などの侵襲性の切断反応を使用して、増幅された配列も測定される（Ｚｏｕ ｅｔ ａｌ， ２０１０， Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ （ＡＡＣＣ）（２０１０年７月２８日にポスター発表） ， "Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｅｔｈｙｌａｔｅｄ Ｍａｒｋｅｒｓ ｗｉｔｈ ａ Ｎｏｖｅｌ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ；および米国特許第７，０１１，９４４号（Ｐｒｕｄｅｎｔ ｅｔ ａｌ））。
【０１５０】
適切な次世代の配列決定技術が広く利用可能である。例は、以下を含む：４５４ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓのプラットフォーム （Ｒｏｃｈｅ， Ｂｒａｎｆｏｒｄ， ＣＴ）（Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ ｅｔ ａｌ． ２００５ Ｎａｔｕｒｅ， ４３７， ３７６−３８０）； ｌｌｌｕｍｉｎａ'ｓ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ， ＧｏｌｄｅｎＧａｔｅ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ Ａｓｓａｙ、またはＩｎｆｉｎｉｕｍ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ Ａｓｓａｙｓ、即ちＩｎｆｉｎｉｕｍ ＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ２７Ｋ ＢｅａｄＡｒｒａｙまたはＶｅｒａＣｏｄｅ ＧｏｌｄｅｎＧａｔｅのメチル化アレイ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ； Ｂｉｂｋｏｖａ ｅｔ ａｌ， ２００６， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ． １６， ３８３−３９３；米国特許第６，３０６，５９７号および第７，５９８，０３５号（Ｍａｃｅｖｉｃｚ）； 第７，２３２，６５６号（Ｂａｌａｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ ｅｔ ａｌ．））； Ｂｉｏ−ＲａｄからのＱＸ２００（商標） Ｄｒｏｐｌｅｔ Ｄｉｇｉｔａｌ（商標） ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ；またはＤＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ Ｌｉｇａｔｉｏｎ， ＳＯＬｉＤ Ｓｙｓｔｅｍ （Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ；米国特許第６，７９７，４７０号， 第７，０８３，９１７号， 第７，１６６，４３４号， 第７，３２０，８６５号， 第７，３３２，２８５号， 第７，３６４，８５８号，および第７，４２９，４５３号（Ｂａｒａｎｙ ｅｔ ａｌ）； ｔｈｅ Ｈｅｌｉｃｏｓ Ｔｒｕｅ Ｓｉｎｇｌｅ Ｍｏｌｅｃｕｌｅ ＤＮＡの配列決定技術（Ｈａｒｒｉｓ ｅｔ ａｌ， ２００８ Ｓｃｉｅｎｃｅ， ３２０， １０６−１０９；米国特許第７，０３７，６８７号および第７，６４５，５９６号（Ｗｉｌｌｉａｍｓ ｅｔ ａｌ）；第７， １６９，５６０号（Ｌａｐｉｄｕｓ ｅｔ ａｌ）；第７，７６９，４００号（Ｈａｒｒｉｓ）），単一の分子、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓのリアルタイム（ＳＭＲＴ（商標））技術、および配列決定（Ｓｏｎｉ ａｎｄ Ｍｅｌｌｅｒ， ２００７， Ｃｌｉｎ． Ｃｈｅｍ． ５３， １９９６−２００１）；半導体配列決定（Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ； Ｐｅｒｓｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｍａｃｈｉｎｅ）；ＤＮＡナノボール配列決定；Ｄｏｖｅｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ （Ｐｏｌｏｎａｔｏｒ）からの技術、およびナノポアベースの戦略（例えば、Ｏｘｆｏｒｄ Ｎａｎｏｐｏｒｅ， Ｇｅｎｉａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， ａｎｄ Ｎａｂｓｙｓ）などの、増幅を必要としない、またはそうでなければ配列決定前に天然ＤＮＡを変換する（例えば、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ ａｎｄ Ｈｅｌｉｃｏｓ）技術を使用する配列決定。これらのシステムは、並列様式で多重化の高次（ｈｉｇｈ ｏｒｄｅｒｓ）で標本から分離された多くの核酸分子の配列決定を可能にする。これらのプラットフォームの各々は、核酸フラグメントのクローン的に拡張された又は増幅されなかった単一分子の配列決定を可能にする。特定のプラットフォームは、例えば、（ｉ）（環状ライゲーションおよび切断を含む）色素修飾したプローブのライゲーションによる配列決定、（ｉｉ）ピロシーケンス、および（ｉｉｉ）単一分子の配列決定を含���。
【０１５１】
ピロシーケンスは、ヌクレオチド取り込みで放出されたピロリン酸塩の検出に依存する、合成による配列決定に基づいた核酸配列決定の方法である。一般に、合成による配列決定は、一度に１つのヌクレオチドで、その配列が求められている鎖に相補的なＤＮＡ鎖を合成する工程を含む。研究用の核酸は、固体担体に固定され、配列決定プライマーでハイブリダイズされ、ＤＮＡポリメラーゼ、ＡＴＰスルフリラーゼ、ルシフェラーゼ、アピラーゼ、アデノシン５’ホスホ硫酸およびルシフェリンでインキュベートされ得る。ヌクレオチド溶液は、連続して加えられ、除去される。ヌクレオチドの正しい取り込みによってピロリン酸塩が放出され、これは、ＡＴＰスルフリラーゼと相互作用し、アデノシン５’ホスホ硫酸の存在下でＡＴＰを生成しルシフェリン反応を刺激し、これによって、配列決定を可能にする化学発光シグナルが生成させる。ピロシーケンス用のマシンおよびメチル化特異試薬は、Ｑｉａｇｅｎ， Ｉｎｃ． （Ｖａｌｅｎｃｉａ， ＣＡ）から入手可能である。また、Ｔｏｓｔ ａｎｄ Ｇｕｔ， ２００７， Ｎａｔ． Ｐｒｏｔ． ２ ２２６５−２２７５を参照。ピロシーケンスに基づいて当業者によって使用され得るシステムの一例は、一般に以下の工程を含む：研究用の核酸にアダプター核酸をライゲートし、研究用の核酸をビーズにハイブリダイズする工程；エマルジョン中の研究用の核酸においてヌクレオチド配列を増幅させる工程；ピコリットルの多重ウェルの固体担体を使用して、ビーズを選別する工程；およびピロシーケンスの方法論によって、増幅されたヌクレオチド配列を配列決定する工程（例えば、Ｎａｋａｎｏ ｅｔ ａｌ， ２００３， Ｊ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． １０２， １１７−１２４）。そのようなシステムは、本明細書に記載されるプロセスによって、例えば、本明細書に記載されるプロセスによって生成された最初の増幅産物への異種核酸のライゲーションによって生成された増幅産物を指数関数的に増幅させるために使用され得る。
【０１５２】
＜プローブ＞
幾つかの事例では、プローブパネルの１つ以上のプローブが、上に記載された核酸配列決定の方法に使用される。幾つかの事例では、プローブパネルの１つ以上のプローブは式Ｉのプローブを含み：
【０１５３】
【化２】
2018508228.tif 000004
式中：
Ａは、第１の標的結合領域であり；
Ｂは、第２の標的結合領域であり；および
Ｌは、リンカー領域であり；
ここで、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも３０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含み；Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも１２の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含み；Ｌは、Ａに結合され；およびＢは、ＡまたはＬのいずれかに結合される。
【０１５４】
幾つかの事例では、ＬはＡに結合され、ＢはＬに結合される。幾つかの場合では、Ａ、Ｂ、およびＬは、式Ｉａで例証されるように結合される：
【０１５５】
【化３】
2018508228.tif 000005
【０１５６】
幾つかの場合では、複数のプローブは、少なくとも１０、２０、３０、５０、１００、２００、５００、１０００、１５００、１７７５、１８００、２０００、またはそれ以上のプローブを含む。幾つかの場合では、複数のプローバ（ｐｒｏｂｅｒｓ）は、１０、２０、３０、５０、１００、またはそれ以上のプローブを含む。
【０１５７】
幾つかの実施形態では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも３５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも４０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも４５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも５０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも５５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも６０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも６５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも７０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも８０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ａは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される配列の５’末端から位置１で始まる少なくとも９０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。
【０１５８】
幾つかの実施形態では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも１４の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも１５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも１８の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも２０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも２２の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも２５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも２８の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも３０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも３５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも４０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも４５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも５０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−���７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも５５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも６０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも６５の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも７０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも８０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。幾つかの場合では、Ｂは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−１７７５から選択される同じ配列の３’末端から位置１’で始まる少なくとも９０の連続的なヌクレオチドに対する少なくとも７０％、８０％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含む。
【０１５９】
幾つかの事例では、複数のプローブは、ＣｐＧメチル化のデータを生成するために次世代の配列決定反応に使用される。幾つかの事例では、複数のプローブは、ＣｐＧメチル化のデータを生成するために溶液ベースの次世代の配列決定反応に使用される。幾つかの事例では、次世代の配列決定反応は、以下を含む；４５４ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓのプラットフォーム （Ｒｏｃｈｅ， Ｂｒａｎｆｏｒｄ， ＣＴ）； ｌｌｌｕｍｉｎａ'ｓ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ， ＧｏｌｄｅｎＧａｔｅ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ Ａｓｓａｙ、またはＩｎｆｉｎｉｕｍ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ Ａｓｓａｙｓ、即ちＩｎｆｉｎｉｕｍ ＨｕｍａｎＭｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ２７Ｋ ＢｅａｄＡｒｒａｙまたはＶｅｒａＣｏｄｅ ＧｏｌｄｅｎＧａｔｅのメチル化アレイ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ； Ｂｉｏ−ＲａｄからのＱＸ２００（商標） Ｄｒｏｐｌｅｔ Ｄｉｇｉｔａｌ（商標） ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ；ＤＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ Ｌｉｇａｔｉｏｎ， ＳＯＬｉＤ Ｓｙｓｔｅｍ （Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）；ｔｈｅ Ｈｅｌｉｃｏｓ Ｔｒｕｅ Ｓｉｎｇｌｅ Ｍｏｌｅｃｕｌｅ ＤＮＡの配列決定技術；半導体配列決定（Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ； Ｐｅｒｓｏｎａｌ Ｇｅｎｏｍｅ Ｍａｃｈｉｎｅ）；ＤＮＡナノボール配列決定；Ｄｏｖｅｒ Ｓｙｓｔｅｍｓ （Ｐｏｌｏｎａｔｏｒ）からの技術、およびナノポアベースの戦略（例えば、Ｏｘｆｏｒｄ Ｎａｎｏｐｏｒｅ， Ｇｅｎｉａ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， ａｎｄ Ｎａｂｓｙｓ）などの、増幅を必要としない、またはそうでなければ配列決定前に天然ＤＮＡを変換する（例えば、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ ａｎｄ Ｈｅｌｉｃｏｓ）技術を使用する配列決定。幾つかの事例では、溶液ベースの次世代の配列決定反応は、ドロップレットデジタルＰＣＲ配列決定の方法である。
【０１６０】
幾つかの事例では、各プローブは、ＣｐＧ部位に相関する。幾つかの事例では、各プローブは、表１５−１８、及び／又は２０から選択されるバイオマーカー（例えばＣｐＧ部位）に相関する。幾つかの事例では、各プローブは、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択されるバイオマーカーに相関する。幾つかの事例では、各プローブは、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）から選択されるバイオマーカーに相関する。幾つかの事例では、各プローブは、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１およびｃｇ１７１２６５５５から選択されるバイオマーカーに相関する。
【０１６１】
幾つかの事例では、Ｌは、長さが１０と６０、１５と５５、２０と５０、２５と４５、および３０と４０の間のヌクレオチドである。幾つかの事例では、Ｌは、長さが約１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５またはで６０のヌクレオチドである。
【０１６２】
幾つかの事例では、Ｌはさらにアダプター領域を含む。幾つかの事例では、アダプター領域は、各プローブを同定するために使用される配列を含む。
【０１６３】
幾つかの実施形態では、プローブパネルの１つ以上のプローブは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１−２３３３から選択される配列に対して少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、または９９％配列同一性である配列を含む。幾つかの実施形態では、プローブパネルの１つ以上のプローブは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８３０−２３２１から選択される配列に対して少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９８％、または９９％配列同一性である配列を含む。幾つかの事例では、プローブパネルの１つ以上のプローブは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８３０−２３２１から選択される配列に対して約１００％配列同一性である配列を含む。幾つかの事例では、プローブパネルの１つ以上のプローブは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１８３０−２３２１から選択される配列から成る。幾つかの場合では、プローブパネルの１つ以上のプローブは、デジタルＰＣＲ配列決定の方法で利用される。幾つかの場合では、プローブパネルの１つ以上のプローブは、ドロップレットデジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）配列決定の方法で利用される。
【０１６４】
＜ＣｐＧメチル化のデータ解析方法＞
特定の実施形態では、バイオマーカーパネルのマーカーのために測定されたメチル化値は、数学的に組み合わされ、組み合わされた値は、基礎的な問診に関連づけられる。幾つかの事例では、メチル化されたバイオマーカー値は、任意の適切な技術水準の数学的方法によって組み合わせられる。マーカーの組み合わせを疾患状態に関連づけるための周知の数学的方法は、判別分析（ＤＡ）（例えば、線形、二次、正規化のＤＡ）、判別関数分析（ＤＦＡ）、カーネル法（例えばＳＶＭ）、多次元尺度構成法（ＭＤＳ）、ノンパラメトリック法（例えばｋ最近傍分類器）、ＰＬＳ（部分最小二乗）、ツリーベースの方法（Ｔｒｅｅ−Ｂａｓｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ）（例えば、Ｌｏｇｉｃ Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ、ＣＡＲＴ、ランダムフォレスト法、ブースティング／バギング法（Ｂｏｏｓｔｉｎｇ／Ｂａｇｇｉｎｇ Ｍｅｔｈｏｄｓ））、一般化線形モデル（例えばロジスティック回帰分析）、主成分ベースの方法（例えばＳＩＭＣＡ）、一般化加法モデル、ファジイ論理ベースの方法、ニューラルネットワークおよび遺伝的アルゴリズムベースの方法のような方法を利用する。当業者は、本発明のバイオマーカーの組み合わせを評価するために適切な方法を選択する際に問題はない。一実施形態では、例えば、ＣＲＣを診断するために、本発明のバイオマーカーの組み合わせの相関するメチル化状態において使用される方法は、ＤＡ（例えば、線形、二次、正規化の判別分析）、ＤＦＡ、カーネル法（例えばＳＶＭ）、ＭＤＳ、ノンパラメトリック法（例えばｋ最近傍分類器）、ＰＬＳ（部分最小二乗）、ツリーベースの方法（例えばＬｏｇｉｃ Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ、ＣＡＲＴ、ランダムフォレスト法、ブースティング法）、または一般化線形モデル（例えばロジスティク回帰分析）、および主成分分析から選択される。これらの統計方法に関連する詳細は、以下の参考文献で見られる：Ｒｕｃｚｉｎｓｋｉ ｅｔ ａｌ．， １２ Ｊ． ＯＦ ＣＯＭＰＵＴＡＴＩＯＮＡＬ ＡＮＤ ＧＲＡＰＨＩＣＡＬ ＳＴＡＴＩＳＴＩＣＳ ４７５−５１１ （２００３）； Ｆｒｉｅｄｍａｎ， Ｊ． Ｈ．， ８４ Ｊ． ＯＦ ＴＨＥ ＡＭＥＲＩＣＡＮ ＳＴＡＴＩＳＴＩＣＡＬ ＡＳＳＯＣＩＡＴＩＯＮ １６５−７５ （１９８９）； Ｈａｓｔｉｅ， Ｔｒｅｖｏｒ， Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ， Ｒｏｂｅｒｔ， Ｆｒｉｅｄｍａｎ， Ｊｅｒｏｍｅ， Ｔｈｅ Ｅｌｅｍｅｎｔｓ ｏｆ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｌｅａｒｎｉｎｇ， Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｅｒｉｅｓ ｉｎ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ （２００１）； Ｂｒｅｉｍａｎ， Ｌ．， Ｆｒｉｅｄｍａｎ， Ｊ． Ｈ．， Ｏｌｓｈｅｎ， Ｒ． Ａ．， Ｓｔｏｎｅ， Ｃ． Ｊ． Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ ｔｒｅｅｓ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ： Ｗａｄｓｗｏｒｔｈ （１９８４）； Ｂｒｅｉｍａｎ， Ｌ．， ４５ ＭＡＣＨＩＮＥ ＬＥＡＲＮＩＮＧ ５−３２ （２００１）； Ｐｅｐｅ， Ｍ． Ｓ．， Ｔｈｅ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｔｅｓｔｓ ｆｏｒ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｓｅｒｉｅｓ， ２８ （２００３）；およびＤｕｄａ， Ｒ． Ｏ．， Ｈａｒｔ， Ｐ． Ｅ．， Ｓｔｏｒｋ， Ｄ． Ｏ．， Ｐａｔｔｅｒｎ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ， Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ， ２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ （２００１）。
【０１６５】
一実施形態では、各メチル化パネルに対して関連付けられた結果は、疾患または腫瘍型の正状態に対するそれらの相関性、例えば、ｐ値検定またはｔ値検定あるいはＦ検定によって格付けされる。その後、格付けされた（第一合致、つまり低いｐ値またはｔ値）マーカーが、続いて選択され、特定の診断値に達するまでメチル化パネルを加えられる。そのような方法は、例えば、確率差異ｔ検定を使用する、メチル化パネル、またはより広範囲には、幾つかのクラスの中で差次的にメチル化された遺伝子の同定を含む（Ｗｒｉｇｈｔ Ｇ． Ｗ． ａｎｄ Ｓｉｍｏｎ Ｒ， Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １９：２４４８−２４５５，２００３）。他の方法は、バイオマーカーパネルに含まれるバイオマーカーを判定するために使用される有意水準を指定する工程を含む。指定された閾値未満の単変量のパラメトリックな有意水準でクラス間で差次的にメチル化されるバイオマーカーは、パネルに含まれている。指定された有意水準が、十分な偽発見率を除外することができるほど十分に小さいかどうかは重要ではない。幾つかの問題では、特徴として使用されるバイオマーカーパネルに関してより寛容である（ｌｉｂｅｒａｌ）ことによって、より良い予測が達成される。幾つかの場合では、パネルは、生物学的に解釈可能であり、臨床的に適用可能であるが、これらは、含まれるバイオマーカーがより少ない場合に限られる。交差検証に類似して、バイオマーカー選択は、交差検証プロセスで作成された各トレ−ニングセットのために繰り返される。予測誤差の不偏推定値を提供することが、その目的である。新しい患者のサンプルデータとともに使用するためのメチル化パネルは、メチル化選択の適用に起因するパネルおよび「既知の」メチル化情報の分類器、または対照メチル化パネルである。
【０１６６】
将来のサンプルのクラスを予測するためにメチル化プロファイルを利用するモデルも使用することができる。これらのモデルは、Ｃｏｍｐｏｕｎｄ Ｃｏｖａｒｉａｔｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ（Ｒａｄｍａｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ９：５０５−５１１， ２００２）、Ｄｉａｇｏｎａｌ Ｌｉｎｅａｒ Ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ Ａｎａｌｙｓｉｓ （Ｄｕｄｏｉｔ ｅｔ ａｌ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ９７：７７−８７， ２００２）、Ｎｅａｒｅｓｔ Ｎｅｉｇｈｂｏｒ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ （ａｌｓｏ Ｄｕｄｏｉｔ ｅｔ ａｌ．）、およびＳｕｐｐｏｒｔ Ｖｅｃｔｏｒ Ｍａｃｈｉｎｅｓ ｗｉｔｈ ｌｉｎｅａｒ ｋｅｒｎｅｌ （Ｒａｍａｓｗａｍｙ ｅｔ ａｌ． ＰＮＡＳ ＵＳＡ ９８：１５１４９−５４， ２００１）に基づき得る。モデルは、確率差異ｔ検定によって評価されるように与えられた有意水準（例えば０．０１、０．０５または０．１）で差次的にメチル化されたバイオマーカーを組み込んだ（Ｗｒｉｇｈｔ Ｇ． Ｗ． ａｎｄ Ｓｉｍｏｎ Ｒ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １９：２４４８−２４５５， ２００３）。交差検証、好ましくは一個抜きの交差検証を使用する、各モデルの予測誤差が推測され得る（Ｓｉｍｏｎ ｅｔ ａｌ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ９５：１４−１８， ２００３）。各々の一個抜きの交差検証のトレ−ニングセットに対して、バイオマーカー選択プロセスを含む、モデル構築プロセス全体が繰り返される。モデルに対する交差検証されたエラー率の推定値が、ランダム予測から予想される値より著しく低いかどうかも評価されてもよい。クラスラベルはランダムに並べ替えられ得、その後、一個抜きの交差検証プロセス全体が繰り返される。有意水準は、真のメチル化データとともに得られた交差検証されたエラー率を上回らないエラー率を与えるランダム置換の割合である。
【０１６７】
別の分類法は、Ｂｏ ａｎｄ Ｊｏｎａｓｓｅｎ （Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ３（４）：ｒｅｓｅａｒｃｈ００１７．１−００１７．１１， ２００２）によって記載された貪欲な対の方法（ｇｒｅｅｄｙ−ｐａｉｒｓ ｍｅｔｈｏｄ）である。貪欲な対のアプローチは、トレ−ニングセット上のそれらの個々のｔスコアに基づいてすべてのバイオマーカーを格付けすることから開始する。この方法は、クラスを識別するために一緒にうまく作用する対のバイオマーカーを選択することを試みる。
【０１６８】
さらに、メチル化プロファイルを利用するためのバイナリツリー分類器（ｂｉｎａｒｙ ｔｒｅｅ ｃｌａｓｓｉｆｉｅｒ）が、将来のサンプルのクラスを予測するために使用され得る。ツリーの最初のノードは、クラスの合計セットの２つのサブセットを区別したバイナリ分類器を組み込んだ。個々のバイナリ分類器は、確率差異ｔ検定によって評価されるように有意水準（例えば０．０１、０．０５または０．１）でバイオマーカーの中で差次的に発現されたバイオマーカーを組み込む「サポートベクターマシン」に基づく（Ｗｒｉｇｈｔ Ｇ． Ｗ． ａｎｄ Ｓｉｍｏｎ Ｒ． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １９：２４４８−２４５５， ２００３）。すべての考えられ得るバイナリ分割のための分類機が評価され、選択される分割は、交差検証された予測誤差が最小であるためのものである。その後、そのプロセスは、前のバイナリ分割によって判定されたクラスの２つのサブセットのために続いて繰り返される。バイナリツリー分類器の予測誤差は、ツリー構築プロセス全体を交差検証することによって推測され得る。この全体的な交差検証は、Ｓｉｍｏｎ ｅｔ ａｌ． （Ｓｉｍｏｎ ｅｔ ａｌ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ９５：１４−１８， ２００３）によって記載されるような、各ノードでの最適な分割の再選択および各々の交差検証されたトレ−ニングセットに使用されるバイオマーカーの再選択を含む。サンプルの小片が保留され（ｗｉｔｈｈｅｌｄ）、残りのサンプル上でバイナリツリーが発展され、およびその後にクラスのメンバーシップが保留されたサンプルに対して予測される、数倍の交差検証が行われる。これを数回繰り返し、その度に異なるパーセンテージのサンプルを保留する。サンプルは、断片的な試験セットへとランダムに分割される（Ｓｉｍｏｎ Ｒ ａｎｄ Ｌａｍ Ａ． ＢＲＢ−ＡｒｒａｙＴｏｏｌｓ Ｕｓｅｒ Ｇｕｉｄｅ， ｖｅｒｓｉｏｎ ３．２． Ｂｉｏｍｅｔｒｉｃ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｂｒａｎｃｈ， Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）。
【０１６９】
したがって、一実施形態では、各バイオマーカーに対して関連付けられた結果は、ｂ）疾患または腫瘍型の正状態に対するそれらの正しい相関性、好ましくはｐ値検定によって格付けされるバイオマーカーが、ｄ）それらの格付けの順に選択される工程を含むことも可能である。
【０１７０】
追加の実施形態では、転写速度、ｍＲＮＡレベル、翻訳速度、タンパク質レベル、生物活性、細胞の特性または性質、遺伝子型、表現型などの、値、レベル、特徴、特性、性質などの、因子は、患者の癌状態の詳しい分析を可能にするために、患者に療法を施すことに加えて、その前に、間に、またはその後に利用され得る。
【０１７１】
＜特異性および感受性＞
状態を正確に予測する診断テストの力は、アッセイの感受性、アッセイの特異性、または受信者動作特性（「ＲＯＣ」）曲線下面積として一般に測定される。感受性は、試験によって陽性と予測される真陽性のパーセンテージであり、特異性は、試験によって陰性と予測される真陰性のパーセンテージである。ＲＯＣ曲線は、１−特異性に応じた試験の感受性を提供する。ＲＯＣ曲線下面積が大きければ大きいほど、試験の予測値は強力である。試験の有用性の他の有用な尺度は、陽性適中率および陰性的中率である。陽性適中率は、実際に陽性であるという試験結果が出る人の割合である。陰性的中率は、実際に陰性であるという試験結果が出る人の割合である。
【０１７２】
特定の実施形態では、本発明のバイオマーカーパネルは、少なくともｐ＜０．０５、ｐ＜１０−２、ｐ＜１０−３、ｐ＜１０−４またはｐ＜１０−５の異なる癌状態の統計的有意差を示し得る。これらのバイオマーカーを使用する診断テストは、少なくとも０．６、少なくとも約０．７、少なくとも約０．８、または少なくとも約０．９のＲＯＣを示し得る。バイオマーカーは、影響されない個体（または正常な対照個体）および癌において差次的にメチル化され、各癌種に対するバイオマーカーは、差次的にメチル化され、それ故、癌状態の判定を助けるのに有用である。特定の実施形態では、バイオマーカーは、本明細書に記載される方法を使用して患者サンプル中で測定され、例えば、予め定義されたバイオマーカーレベルと比較され、癌状態に関連づけられる。他の実施形態では、患者サンプル中のバイオマーカーの組み合わせの相関性は、例えば、予め定義されたバイオマーカーパネルと比較される。また別の実施形態では、患者サンプル中の１つ以上の遺伝子のメチル化プロファイルは、腫瘍の型または状態または癌状態に関連づけられた、差別的にメチル化されたと特定された遺伝子のメチル化プロファイルと比較される。特定の実施形態では、測定値は、その後、陽性の癌状態と陰性の癌状態を区別する、関連する診断量、カットオフ値、または多変量モデルスコアと比較され得る。診断量は、患者が特定の癌状態を有しているとして分類される値を超える又はそれ未満のエピジェネティックなバイオマーカーの測定された量を表わす。当該技術分野で十分に理解されるように、アッセイで使用される特定の診断上のカットオフ値を調節することによって、診断医の優先度に依存して診断アッセイの感受性または特異性を増加させることができる。特定の実施形態では、特定の診断上のカットオフ値は、例えば、異なる癌状態にある患者からの統計学的に有意な数のサンプル中のバイオマーカーの高メチル化または低メチル化の量を測定し、カットオフ値を望ましいレベルの特異性および感受性に合わせることによって判定され得る。
【０１７３】
＜癌＞
幾つかの実施形態では、本明細書には、癌を検出する、特徴づける、及び／又は予測するための、上に記載される１つ以上のバイオマーカーの使用が開示される。幾つかの事例では、バイオマーカーは、癌を判定する、特徴づける、認定する、及び／又は評価するために、診断テストにおいて使用される。幾つかの場合では、バイオマーカーは、表１５、１６、１７、１８及び／又は２０に示されるものを含む。
【０１７４】
幾つかの事例では、癌は固形腫瘍または血液系悪性腫瘍である。幾つかの事例では、癌は、癌腫、肉腫、リンパ腫、または白血病である。幾つかの事例では、癌は、未処置の癌、または特定の治療薬によって処置されていない癌である。幾つかの事例では、癌は、存在する位置または臓器を起源とし、別の位置からその位置に転移しなかった腫瘍である、一次腫瘍または原発性癌である。幾つかの事例では、癌は転移性癌である。幾つかの場合では、癌は、再発性または難治性の癌である。
【０１７５】
幾つかの事例では、腫瘍または癌は、胃で、血液、リンパ節、肝臓、脳／神経芽細胞腫、食道、気管、胃、腸、結腸、直腸、肛門、膵臓、咽喉、舌、骨、卵巣、子宮、子宮頸部、腹膜、前立腺、精巣、乳房、腎臓、肺、または皮膚、結腸直腸、膀胱、頭頚部、鼻咽頭、子宮内膜、胆管、経口、多発性骨髄腫、白血病、軟部組織肉腫、胆嚢、内分泌、中皮腫、ウィルムス腫瘍、十二指腸、神経内分泌、唾液腺、喉頭、絨毛癌、心臓、小腸、眼、胚細胞癌などから生じる。
【０１７６】
幾つかの事例では、腫瘍または癌は、限定されないが、以下を含む：急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）；急性骨髄白血病（ＬＡＭＬまたはＡＭＬ）；副腎皮質癌（ＡＣＣ）；ＡＩＤＳ関連の癌；ＡＩＤＳ関連のリンパ腫；肛門癌；虫垂癌；星状細胞腫；非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍；基底細胞癌；膀胱または膀胱尿路上皮の癌（ＢＬＣＡ）；脳幹神経膠腫；脳の軽度神経膠腫（ＬＧＧ）；脳癌（脳幹神経膠腫、中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍、中枢神経系胚芽腫、星状細胞腫、頭蓋咽頭腫、上衣芽細胞腫、上衣腫、 髄芽腫（ｍｅｄｕＵｏｂｌａｓｔｏｍａ）、髄様上皮腫、中間分化型松果体実質腫瘍、テント上原始神経外胚葉性腫瘍および松果体芽腫を含む）；乳房または脳の浸潤癌（ＢＲＣＡ）；気管支腫瘍；バーキットリンパ腫；未知の原発部位の癌；カルチノイド腫瘍；未知の原発部位の癌腫；中枢神経系の非定型奇形腫／ラブドイド腫瘍；中枢神経系胚芽腫；子宮頸部扁平上皮癌および子宮頸部腺癌（ＣＥＳＣ）癌；小児癌；肝内胆管癌（ＣＨＯＬ）；脊索腫；慢性リンパ球性白血病；慢性骨髄性白血病；慢性骨髄増殖性疾患；結腸（腺癌）癌（ＣＯＡＤ）；結腸直腸癌；頭蓋咽頭腫；皮膚Ｔ細胞リンパ腫；内分泌膵島細胞腫；子宮内膜癌；上衣芽細胞腫；上衣腫；食道癌（ＥＳＣＡ）；感覚神経芽腫；ユーイング肉腫；頭蓋外胚細胞腫瘍；性腺外胚細胞腫瘍；肝臓外胆管癌；胆嚢癌；胃癌；消化管カルチノイド腫瘍；消化管間質細胞腫瘍；消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）；妊娠性絨毛腫瘍；多形神経膠芽腫、神経膠腫（ＧＢＭ）；ヘアリーセル白血病；頭頸部癌（ＨＮＳＤ）；心臓癌；ホジキンリンパ腫；下咽頭癌；眼内黒色腫；島細胞腫；カポジ肉腫；腎臓嫌色素性（ＫＩＨＣ）の腎臓明細胞癌（ＫＩＲＣおよび腎臓乳頭細胞癌（ＫＩＲＰ））を含む、腎臓癌；ランゲルハンス細胞組織球症；喉頭癌；口唇癌；肝細胞癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＡＤ）および肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）を含む、肝臓癌；リンパ性腫瘍 びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣ）；悪性線維性組織球腫の骨癌；髄芽腫；髄上皮腫；黒色腫；メルケル細胞癌；メルケル細胞皮膚癌；中皮腫（ＭＥＳＯ）；原発不明の転移性頸部扁平上皮癌；口腔癌；多発性内分泌腺腫症；多発性骨髄腫；多発性骨髄腫／形質細胞腫瘍；菌状息肉腫；骨髄異形成症候群；骨髄増殖性腫瘍；鼻腔癌；鼻咽腔癌；神経芽細胞腫；非ホジキンリンパ腫；非黒色腫皮膚癌；非小細胞肺癌；口腔癌；口腔癌；口腔咽頭癌；骨肉腫；他の脳および脊髄の腫瘍；卵巣漿液性嚢胞腺癌（ＯＶ）などの卵巣癌；卵巣上皮癌；卵巣胚細胞腫瘍；卵巣低悪性度腫瘍；膵臓腺癌（ＰＡＡＤ）などの膵臓癌；乳頭腫症；副鼻腔癌；副甲状腺癌；骨盤癌；陰茎癌；咽頭癌；褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）；中間分化型松果体実質腫瘍；松果体芽腫；下垂体腫瘍；形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫；胸膜肺芽腫；原発性中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫；原発性肝細胞癌；前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）などの前立腺癌；直腸腺癌（ＲＥＡＤ）などの直腸癌；腎癌；腎細胞（腎臓）癌；腎細胞癌；呼吸器癌；網膜芽細胞腫；横紋筋肉腫；唾液腺癌；肉腫（ＳＡＲＣ）；セザリー症候群；皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）；小細胞肺癌；小腸癌；軟部組織肉腫；扁平上皮癌；頸部扁平上皮癌���胃腺癌（ＳＴＡＤ）などの胃癌；テント上原始神経外胚葉腫瘍；Ｔ細胞リンパ腫；精巣癌の精巣胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）；咽喉癌；胸腺癌；胸腺腫（ＴＨＹＭ）；甲状腺癌（ＴＨＣＡ）；移行上皮癌；腎盂および尿管の移行上皮癌；栄養膜腫瘍；尿管癌；尿道癌；子宮癌；子宮癌肉腫（ＵＣＳ）および子宮体癌（ＵＣＥＣ）などの子宮癌；ブドウ膜黒色腫（ＵＶＭ）；膣癌；外陰癌；ワルデンストレーム高ガンマグロブリン血症；またはウィルムス腫瘍。
【０１７７】
幾つかの実施形態では、癌は、胃腸癌、癌、肝細胞癌、肝臓癌、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、食道癌、膵臓癌または結腸直腸癌を含む。幾つかの事例では、癌（例えば一次腫瘍）は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄白血病（ＡＭＬ）、膀胱癌、乳癌、脳癌、子宮頸癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、胃腸癌、神経膠腫、膠芽腫、頭頸部癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、リンパ性腫瘍、黒色腫、骨髄性腫瘍、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、扁平上皮癌、卵巣癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。幾つかの事例では、癌は、リンパ性腫瘍、頭頸部癌、膵臓癌、子宮内膜癌、結腸または結腸直腸の癌、前立腺癌、神経膠腫または他の脳／脊髄の癌、卵巣癌、肺癌、膀胱癌、黒色腫、乳癌、骨髄性腫瘍、精巣癌、胃癌、子宮頸癌、腎臓、肝臓癌、または甲状腺癌を含む。幾つかの実施形態では、癌種は、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄白血病、膀胱癌、乳癌、脳癌、子宮頸癌、肝内胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胃腸癌、神経膠腫、膠芽腫、頭頸部癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、リンパ性腫瘍、黒色腫、骨髄性腫瘍、卵巣癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、扁平上皮癌、精巣癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。幾つかの実施形態では、癌種は、膀胱癌、乳癌、子宮頸癌、肝内胆管癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頸部癌、腎臓癌、肝臓癌、肺癌、膵臓癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、または甲状腺癌を含む。幾つかの事例では、癌はＡＬＬである。幾つかの事例では、癌はＡＭＬである。幾つかの事例では、癌は脳癌である。幾つかの事例では、癌は結腸癌である。幾つかの事例では、癌は肺癌である。幾つかの事例では、癌は乳癌である。幾つかの事例では、癌は前立腺癌である。幾つかの事例では、癌は膀胱癌である。幾つかの事例では、癌は子宮頸癌である。幾つかの事例では、癌は肝内胆管癌（ＣＨＯＬ）である。幾つかの事例では、癌は食道癌である。幾つかの事例では、癌は頭頸部癌である。幾つかの事例では、癌は腎臓癌である。幾つかの事例では、癌は肝臓癌である。幾つかの事例では、癌は膵臓癌である。幾つかの事例では、癌は褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）である。幾つかの事例では、癌は直腸癌である。幾つかの事例では、癌は肉腫である。幾つかの事例では、癌は皮膚癌である。幾つかの事例では、癌は胃癌である。幾つかの事例では、癌は甲状腺癌である。
【０１７８】
幾つかの事例では、癌はリンパ腫である。リンパ腫は、リンパ系と呼ばれる免疫系の一部の癌を指す。これは、一般に非ホジキンリンパ腫およびホジキンリンパ腫へと分類される。
【０１７９】
幾つかの事例では、癌はリンパ性腫瘍である。リンパ性腫瘍は、本明細書で使用されるように、Ｂリンパ球またはＴリンパ球の悪性の変化から生じる腫瘍を指し、限定することなく、あらゆる型のリンパ腫を含む。リンパ腫の２つの主要な型は、ホジキン病および非ホジキンリンパ腫である。ホジキン病は、４つの主要な型のみを含む比較的単純な疾患である。対照的に、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）は、以下のサブタイプを含む、様々な型のリンパ腺癌に適用される用語である；前駆Ｂ細胞リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫／慢性リンパ球性白血病、辺縁帯リンパ腫（結節性辺縁帯リンパ腫、節外性ＭＡＬＴ、脾臓）、ヘアリーセル白血病、濾胞性リンパ腫、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、未分化大細胞リンパ腫、末梢性Ｔ細胞リンパ腫、および菌状息肉腫。幾つかの実施形態では、非ホジキンリンパ腫と密に関連していないが本明細書に含まれている他のリンパ系腫瘍は、急性リンパ芽球性白血病、リンパ形質細胞リンパ腫、Ｔ細胞慢性リンパ球性白血病／前リンパ球性白血病、および容易に分類されないリンパ起源の他の癌を含む。
【０１８０】
幾つかの事例では、癌は頭頸部癌である。頭頸部癌は、唇、口腔（口）、鼻腔（鼻内部）、副鼻腔、咽頭および喉頭を含む、上気道消化管中で開始する生物学的に類似した癌の群である。頭頸部癌の９０％は、これらの領域の粘膜内層（上皮）から生じる、扁平上皮細胞癌（ＳＣＣＨＮ）である。頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣの）は、頭頸部癌の大部分を構成し、この解剖領域全体にわたって粘膜表面から生じる。これらは、鼻腔、副鼻腔、口腔、鼻咽腔、口腔咽頭、下咽頭、および喉頭の腫瘍を含む。
【０１８１】
幾つかの事例では、癌は、膵臓癌または膵癌である。膵臓癌は、限定されないが、腺癌、腺扁平上皮癌、印環細胞癌、肝様癌、コロイド癌、未分化癌、破骨細胞様巨大細胞を有する未分化癌、および島細胞癌を含む、膵細胞に由来する。
【０１８２】
幾つかの事例では、癌は子宮内膜癌である。子宮内膜癌は、子宮（子宮内膜）の内側から生じる悪性腫瘍である。該用語は、限定されないが、子宮体癌および子宮内膜腺癌を指す。本明細書で使用されるような子宮内膜癌はまた、 漿液性乳頭状癌、明細胞癌、乳頭状の類内膜癌、および粘液性癌腫などの、他の周知の細胞型を含む。
【０１８３】
幾つかの事例では、癌は、結腸直腸癌または腸癌とも呼ばれる、結腸癌である。結腸癌は、大腸（結腸）または直腸（結腸端）において生じる悪性腫瘍を指し、腺癌を含む、結腸、直腸、および虫垂における癌性増殖を含む。腺組織に由来する又は明確に定義された腺構造を示す上皮由来の腫瘍である腺腫は、結腸直腸癌に先行する。
【０１８４】
幾つかの事例では、癌は前立腺癌である。前立腺癌は、前立腺から生じる細胞の抑制されない（悪性腫瘍）増殖を説明する。
【０１８５】
幾つかの事例では、癌は、腎癌とも呼ばれる、腎臓癌である。腎臓癌は、腎臓細胞が悪性（癌）になり、制御不能に増殖し、腫瘍を形成する、疾患である。最も一般的な腎臓癌は、腎臓中の小さな管（細管）の内側に最初に現われ、これは腎細胞癌である。
【０１８６】
幾つかの事例では、癌は甲状腺癌である。甲状腺癌は、濾胞性または傍濾胞の甲状腺細胞から生じる癌を指す。
【０１８７】
幾つかの事例では、癌は神経膠腫である。神経膠腫は、脳または脊椎で開始し、上衣腫（脳室上衣細胞由来の神経膠腫）、星状細胞腫（星状細胞由来の神経膠腫）を含む、膠細胞及び／又はその前駆体から生じ、多形神経膠芽甲状腺腫（ｇｌｉｏｂｌａｔｈｙｒｏｉｄａ ｍｕｌｔｉｆｏｒｍｅ）、乏突起膠腫（乏突起膠細胞由来の神経膠腫）および（異なるタイプの膠からの細胞に由来する）乏突起星細胞腫などの、混合膠腫を含む、癌の種類を指す。
【０１８８】
幾つかの事例では、癌は卵巣癌である。卵巣癌は、卵巣から生じ、限定することなく、漿液性卵巣癌、非侵襲性卵巣癌、混合表現型卵巣癌、粘液性卵巣癌、子宮内膜卵巣癌、明細胞卵巣癌、漿液性乳頭状卵巣癌、Ｂｒｅｎｎｅｒ細胞、および低分化腺癌を含む、腫瘍の一群である。
【０１８９】
幾つかの事例では、癌は肺癌である。肺癌は、限定されないが、小細胞肺癌、組み合わさった小細胞癌、非小細胞肺癌、肉腫様癌、唾液腺腫瘍、カルチノイド腫瘍、腺扁平上皮癌、胸膜肺芽腫およびカルチノイド腫瘍を含む、肺の組織中の抑制されない細胞増殖を指す。
【０１９０】
幾つかの事例では、癌は膀胱癌である。膀胱癌は、膀胱の悪性腫瘍の幾つかの型のいずれかを指し、限定することなく、移行上皮癌、扁平上皮癌、腺癌、肉腫および小細胞癌を含む。
【０１９１】
幾つかの事例では、癌は黒色腫である。黒色腫は、メラニン細胞中で開始する癌のあらゆる形態を指す。黒色腫は、限定されないが、以下のサブタイプを含む：悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、末端性ほくろ性黒色腫、粘膜の黒色腫、結節型黒色腫、ポリープ状黒色腫、線維形成性黒色腫、無色性黒色腫、軟組織黒色腫、および転移性黒色腫。
【０１９２】
幾つかの事例では、癌は乳癌である。乳癌または悪性乳房腫瘍は、一般的に、乳房組織から、最も一般には、乳管または乳管にミルクを供給する小葉の内側から生じる癌に対する一般名として使用される。免疫組織化学的検査によって検出されるそれらの受容体状態、特にエストロゲン受容体（ＥＲ）、プロゲステロン受容体（ＰＲ）の存在または欠如、およびＨＥＲ２／ｎｅｕの発現（正常な発現／低発現対過剰発現）のレベルに依存して、乳癌は、ＥＲ陽性（ＥＲ＋）乳癌、ＥＲ陰性（ＥＲ−）乳癌、ＰＲ陽性（ＰＲ＋）乳癌、ＰＲ陰性（ＰＲ−）乳癌、ＨＥＲ２陽性（ＨＥＲ２＋）乳癌（ＨＥＲ２を過剰発現する癌）、ＨＥＲ２陰性（ＨＥＲ２−）乳癌（正常レベルのＨＥＲ２または低発現ＨＥＲ２を発現する、または検出可能なレベルのＨＥＲ２を発現しない癌）、ホルモン受容体陰性の乳癌、つまり、エストロゲン受容体とプロゲステロン受容体のいずれも有さない乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−乳癌と省略される）；および三種陰性乳癌、つまり、エストロゲン受容体とプロゲステロン受容体のいずれも有さず、ＨＥＲ２の正常な発現／低発現を有する（または検出可能なレベルの発現が欠如した）乳癌（ＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−乳癌と省略される）に分割され得る。それらの遺伝子発現パターンに依存して、幾つかの事例における乳癌は、ルミナールサブタイプＡ乳癌、ルミナールサブタイプＢ乳癌、正常様乳癌、ＨＥＲ２＋乳癌および基底細胞様乳癌に分割される（Ｓｏｒｌｉｅ ｅｔ ａｌ． （２００１） Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ９８： １０８６９−１０８７４）。ルミナールＡおよびＢのサブタイプは、ほとんどが陽性ＥＲである。対照的に、ＨＥＲ２＋乳癌は、ＨＥＲ２アンプリコンに関連付けた遺伝子の高発現の増加を示し、正常様乳癌は、正常な乳房組織の分子の特徴を共有する。
【０１９３】
幾つかの事例では、癌は骨髄性腫瘍である。骨髄性腫瘍は、骨髄細胞系列、例えば顆粒球（例えば、好中球、好酸球、および好塩基球）または単球に由来する骨髄性（骨髄球性または骨髄性）白血病の細胞の癌を含む。幾つかの実施形態では、骨髄性腫瘍は、慢性骨髄性白血病、急性骨髄性白血病、慢性好中球性白血病、慢性好酸球性白血病、および 骨髄異形成症候群を含む。
【０１９４】
幾つかの事例では、癌は精巣癌である。精巣癌は 睾丸の癌である。幾つかの実施形態では、精巣癌は、限定されないが、 セミノーマ、非セミノーマ、絨毛癌、胎児性癌、未熟型奇形腫、卵黄嚢腫瘍、ライディッヒ細胞腫およびセルトリ細胞腫、ＰＮＥＴ、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、および中皮腫などの悪性癌を含む。
【０１９５】
幾つかの事例では、癌は胃癌である。胃腫瘍または胃癌は、例えば、腺癌（びまん型および腸型など）、およびリンパ腫、平滑筋肉腫、および扁平上皮細胞癌などの、それほど普及していない形態を含む、胃の腫瘍または癌を指す。
【０１９６】
＜追加方法＞
特定の実施形態において、本明細書には、患者において癌を進行させるリスクを判定する方法が提供される。バイオマーカーのメチル化のパーセンテージ、量またはパターンは、様々なリスク状態（例えば高、中、または低）の特徴である。癌を進行させるリスクは、関連するバイオマーカーのメチル化状態を測定し、その後それらを分類アルゴリズムに提示する又はそれらを基準量、つまり、特定のリスクレベルと関連付けられるメチル化された（または非メチル化の）バイオマーカーの予め定義されたレベルまたはパターンと比較することによって、判定される。
【０１９７】
＜癌重症度の判定＞
別の実施形態において、本明細書には、患者における癌の重症度を判定する方法が提供される。癌の特定のステージまたは重症度は、バイオマーカーの高メチル化または低メチル化の特性レベルあるいは１セットのバイオマーカー（パターン）の相対的な高メチル化または低メチル化のレベルを有し得る。幾つかの場合では、癌の重症度は、関連するバイオマーカーのメチル化状態を測定し、その後それらを分類アルゴリズムに提示する又はそれらを基準量、つまり、特定のステージと関連付けられるメチル化されたバイオマーカーの予め定義されたメチル化のレベルまたはパターンと比較することによって、判定される。
【０１９８】
幾つかの実施形態では、表１５、１６、１７、１８及び／又は２０から選択される１つ以上のバイオマーカーが、患者の癌の重症度を判定するために利用される。幾つかの場合では、表１５から選択される１つ以上のバイオマーカーが、患者の癌の重症度を判定するために使用される。幾つかの場合では、表１６から選択される１つ以上のバイオマーカーが、患者の癌の重症度を判定するために使用される。幾つかの場合では、表１７から選択される１つ以上のバイオマーカーが、患者の癌の重症度を判定するために使用される。幾つかの場合では、表１８から選択される１つ以上のバイオマーカーが、患者の癌の重症度を判定するために使用される。
【０１９９】
幾つかの場合では、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択される１つ以上のバイオマーカーが、患者の癌の重症度を判定するために使用される。
【０２００】
幾つかの場合では、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）から選択される１つ以上のバイオマーカーが、患者の癌の重症度を判定するために使用される。
【０２０１】
幾つかの場合では、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から選択される１つ以上のバイオマーカーが、患者の癌の重症度を判定するために使用される。
【０２０２】
＜癌の予後の判定＞
一実施形態において、本明細書には、患者の癌の経過を判定する方法が提供され、癌経過は、癌進行（悪化）および癌退縮（改善）を含む、時間にわたる癌状態の変化を指す。時間とともに、バイオマーカーのメチル化の量か相対量（例えばパターン）は変わる。例えば、バイオマーカー「Ｘ」および「Ｙ」の高メチル化または低メチル化は、癌を有する幾つかの事例において増加される。それ故、癌または非癌への時間にわたるメチル化の増加または減少いずれかの、これらのバイオマーカーの傾向は、疾患の経過を示す。したがって、この方法は、少なくとも２つの異なる時間点（例えば、第１時間および第２時間）で患者における１つ以上のバイオマーカーのメチル化のレベルまたは状態を測定する工程、およびもしある場合に変化を比較する工程を含む。癌の経過は、これらの比較に基づいて判定される。
【０２０３】
幾つかの実施形態では、表１５、１６、１７、１８及び／又は２０から選択される１つ以上のバイオマーカーは、患者の癌の経過を判定するために利用され、癌の経過は、癌進行（悪化）および癌退縮（改善）を含む、時間にわたる癌状態の変化を指す。幾つかの場合では、表１５から選択される１つ以上のバイオマーカーは、患者の癌の経過を判定するために利用され、癌の経過は、癌進行（悪化）および癌退縮（改善）を含む、時間にわたる癌状態の変化を指す。幾つかの場合では、表１６から選択される１つ以上のバイオマーカーは、患者の癌の経過を判定するために利用され、癌の経過は、癌進行（悪化）および癌退縮（改善）を含む、時間にわたる癌状態の変化を指す。幾つかの場合では、表１７から選択される１つ以上のバイオマーカーは、患者の癌の経過を判定するために利用され、癌の経過は、癌進行（悪化）および癌退縮（改善）を含む、時間にわたる癌状態の変化を指す。幾つかの場合では、表１８から選択される１つ以上のバイオマーカーは、患者の癌の経過を判定するために利用され、癌の経過は、癌進行（悪化）および癌退縮（改善）を含む、時間にわたる癌状態の変化を指す。
【０２０４】
幾つかの場合では、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択される１つ以上のバイオマーカーは、患者の癌の経過を判定するために使用され、癌の経過は、癌進行（悪化）および癌退縮（改善）を含む、時間にわたる癌状態の変化を指す。
【０２０５】
幾つかの場合では、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）から選択される１つ以上のバイオマーカーは、患者の癌の経過を判定するために使用され、癌の経過は、癌進行（悪化）および癌退縮（改善）を含む、時間にわたる癌状態の変化を指す。
【０２０６】
幾つかの場合では、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から選択される１つ以上のバイオマーカーは、患者の癌の経過を判定するために使用され、癌の経過は、癌進行（悪化）および癌退縮（改善）を含む、時間にわたる癌状態の変化を指す。
【０２０７】
＜患者管理＞
癌状態を認定する方法の特定の実施形態では、方法はさらに、状態に基づいて患者の処置を管理する工程を含む。そのような管理は、癌状態の判定後に続く医師または臨床医の行動を含む。例えば、医師が癌の診断または予後を行う場合、モニタリングの特定のレジームが続く。その後、本発明の方法を使用する癌の経過の評価に、特定の癌治療レジメンが必要とされる。代替的に、非癌の診断には、患者が患う具体的な疾患を判定するための更なるテストが続く。随意に、診断テストが癌状態に関する不確定な結果を与える場合、更なるテストが要求される。
【０２０８】
幾つかの実施形態では、表１５、１６、１７、１８及び／又は２０から選択される１つ以上のバイオマーカーは、癌状態を認定するために利用される。幾つかの場合では、表１５から選択される１つ以上のバイオマーカーは、癌状態を認定するために使用される。幾つかの場合では、表１６から選択される１つ以上のバイオマーカーは、癌状態を認定するために使用される。幾つかの場合では、表１７から選択される１つ以上のバイオマーカーは、癌状態を認定するために使用される。幾つかの場合では、表１８から選択される１つ以上のバイオマーカーは、癌状態を認定するために使用される。
【０２０９】
幾つかの場合では、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、およびｃｇ２６０１７９３０から選択される１つ以上のバイオマーカーは、癌状態を認定するために使用される。
【０２１０】
幾つかの場合では、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、およびｃｇ０００２５０４４（表２０）から選択される１つ以上のバイオマーカーは、癌状態を認定するために使用される。
【０２１１】
幾つかの場合では、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、およびｃｇ１７１２６５５５から選択される１つ以上のバイオマーカーは、癌状態を認定するために使用される。
【０２１２】
＜医薬品の治療上の有効性の判定＞
別の実施形態において、本明細書には、医薬品の治療上の有効性を判定する方法が提供される。これらの方法は、薬物の臨床試験を実行することの他に、薬物に関する患者の進行をモニタリングすることにも有用である。
【０２１３】
治療または臨床試験は、特定のレジメンにおいて薬物を投与する工程を含む。幾つかの事例では、レジメンは、時間にわたる薬物の単回投与または薬物の複数回投与を含む。医師または臨床研究者は、投与の経過にわたる患者または被験体に対する薬物の効果をモニタリングする。薬物が疾病に対する薬理学的影響を有する場合、本発明のバイオマーカーの１つ以上の高メチル化または低メチル化の量または相対量（例えば、パターンまたはプロファイル）は、非癌のプロファイルへと変更される。
【０２１４】
幾つかの事例では、処置の経過の間に、患者における１つ以上のバイオマーカーのメチル化状態の経過が続く。したがって、この方法は、薬物治療を受ける患者における１つ以上のバイオマーカーのメチル化レベルを測定する工程、および（例えば、異なる癌状態に対応するバイオマーカーの予め定義されたメチル化レベルとの比較によって）そのレベルを患者の癌状態と関連付ける工程を含む。この方法の一実施形態は、薬物治療の経過の間の少なくとも２つの異なる時間点（例えば、第１時間および第２時間）で１つ以上のバイオマーカーのメチル化レベルを判定する工程、およびもしある場合にバイオマーカーのメチル化レベルの変化を比較する工程を含む。例えば、１つ以上のバイオマーカーのメチル化レベルは、薬物投与の前後に又は薬物投与の間の２つの異なる時間点で測定される。治療の効果は、これらの比較に基づいて判定される。処置が有効である場合、１つ以上のバイオマーカーのメチル化状態は正常に向かう傾向があり、処置が有効でない場合、１つ以上のバイオマーカーのメチル化状態は、癌の徴候に向かう傾向がある。
【０２１５】
幾つかの実施形態では、表１５、１６、１７、１８及び／又は２０から選択される１つ以上のバイオマーカーは、医薬品の治療上の有効性を判定するために利用される。幾つかの場合では、表１５から選択される１つ以上のバイオマーカーは、医薬品の治療上の有効性を判定するために使用される。幾つかの場合では、表１６から選択される１つ以上のバイオマーカーは、医薬品の治療上の有効性を判定するために使用される。幾つかの場合では、表１７から選択される１つ以上のバイオマーカーは、医薬品の治療上の有効性を判定するために使用される。幾つかの場合では、表１８から選択される１つ以上のバイオマーカーは、医薬品の治療上の有効性を判定するために使用される。
【０２１６】
場合によっては、ｃｇ２０４６８９３９、ｃｇ２４７９０４１９、ｃｇ２６８３６４７９、ｃｇ１６９１１５８３、ｃｇ１５１３９５９６、ｃｇ１６９２７６０６、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ０６０６４９６４、ｃｇ１１７７９１１３、ｃｇ１２０４２２６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ１２５０４８７７、ｃｇ２１９１３８８８、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ２７１４１９１５、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ０９８４４５７３、ｃｇ０３０８７８９７、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１８９０１１０４、ｃｇ２５９８２８８０、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ２０６９５２９７、ｃｇ０４８５８５５３、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ０７０５８９８８、ｃｇ１７８６４６４６、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ０３２９７９０１、ｃｇ０６８５３３３９、ｃｇ１２９００６４９、ｃｇ２７２１９１８２、ｃｇ１５７５９７２１、ｃｇ２７０２３５９７、ｃｇ０２７８２６３４、ｃｇ１８９４２５７９、ｃｇ０１４０９３４３、ｃｇ１０５３０７６７、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ００２５３２４８、ｃｇ０１７２２２９７、ｃｇ２２５８９７７８、ｃｇ０７１３７２４４、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ２３８７８５６４、ｃｇ０７８６０９１８、ｃｇ００２０６４９０、ｃｇ０７６４４８０７、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ０５３０４９７９、ｃｇ２７５９８６５６、ｃｇ０３５４９１４６、ｃｇ２２１９０７２１、ｃｇ０１６６０９３４、ｃｇ０２３５８８６２、ｃｇ２３０９３４９６、ｃｇ０７６４１２８４、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０２９１４４２７、ｃｇ０３６５３６０１、ｃｇ０１９９０９１０、ｃｇ００９３３６９６、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ２０３５７５３８、ｃｇ２２４６０８９６、ｃｇ０７１１６７１２、ｃｇ１０１８６１３１、ｃｇ０６３８０１２３、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０００３７６８１、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３５６９６３７、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ１１６５５４９０、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ２６３６３３６３、ｃｇ２１２４９７５４、ｃｇ２３１４７２２７、ｃｇ０１６５７１８６、ｃｇ２３７６４１２９、ｃｇ０４５１４９９８、ｃｇ０７３３２８８０、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ１４０８８１９６、ｃｇ０３７５８６９７、ｃｇ０５３９８７００、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１８１５８８５９、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１０７３２６１１、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５９５４０２８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ２４１６５９２１、ｃｇ１８２１５４４９、ｃｇ１６４０２４５２、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ０７１１９４７２、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ０９３９９８７８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１１７９１５２６、ｃｇ００８６２４０８、ｃｇ１６２６０６９６、ｃｇ００２２０４５５、ｃｇ２０８２６７０９、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ１３３９５０８６、ｃｇ２０１３６１００、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０９９０２１３０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ２７２８４２８８、ｃｇ１３９１２３０７、ｃｇ１０５１１８９０、ｃｇ００２４２０３５、ｃｇ０４３１４９７８、ｃｇ２５２２５０７０、ｃｇ２０４１１７５６、ｃｇ２４２４７５３７、ｃｇ０４３３０８８４、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ０４８８８３６０、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ０５９７９２３２、ｃｇ０００２５０４４、ｃｇ０４４４１８５７、ｃｇ０９６８４１１２、ｃｇ２７３８８９６２、ｃｇ０５９３１４９７、ｃｇ１３４０８０８６、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１３４６４２４０、ｃｇ１４６３３２５２、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ０８６３２８１０、ｃｇ１２７３７３９２、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ０３２１８４７９、ｃｇ０２６０９３３７、ｃｇ１０３５１２８４、ｃｇ２３５５４１６４、ｃｇ１９０２１９８５、ｃｇ２１０３１１２８、ｃｇ１９４２１５８４、ｃｇ１７９８４９５６、ｃｇ０５１７７０６０、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２５６５２７０１、ｃｇ００２８２２４４、ｃｇ１８８８７２３０、ｃｇ０８４８６９０３、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ１２６２９７９６、ｃｇ１６４５４１３０、ｃｇ２６４３３９７５、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０７５７３３６６、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０５２８７４８０、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６６４４０２３、ｃｇ０６４８８１５０、ｃｇ０９４５０１９７、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ１２０９８２２８、ｃｇ２６８１１３１３、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１２３５９００１、ｃｇ０１２０９６４２、ｃｇ１４５６４３５１、ｃｇ２３４２９７９４、ｃｇ２６４０１５４１、ｃｇ２００４６３４３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ０７４１７１４６、ｃｇ０９００１２２６、ｃｇ０６４８２４９８、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ００８９９９０７、ｃｇ１３５９７０５１、ｃｇ１８１１３８２６、ｃｇ０４８５９１０２、ｃｇ０１６２０３６０、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１５０４６１２３、ｃｇ０３１９０５１３、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ１７２０７５１２、ｃｇ２０５１０２８５、ｃｇ０１１４９１９２、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ０８９１２９２２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２４８３５９４８、ｃｇ１０３９３７４４、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ１７６９４１３０、ｃｇ０３９５６０４２、ｃｇ１９２６６３８７、ｃｇ１３５１２８３０、ｃｇ１９９８２６８４、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ０７１８６０３２、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ２５４５１７０２、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１３８２１００８、ｃｇ２７４０５４００、ｃｇ０９３６６１１８、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ０１６０４６０１、ｃｇ０５６５６９００、ｃｇ０８１３２５７３、ｃｇ２４６８６９１８、ｃｇ０５３５２６８８、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１６２６６２２７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ２１４６１９８１、ｃｇ２５７６５１０４、ｃｇ２６３９４０５５、ｃｇ２０６８５７１３、ｃｇ２３５８９０３５、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２６３１５９８５、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ２３２２９０１６、ｃｇ２１００４４９０、ｃｇ２４７４２５２０、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ０７５８９９９１、ｃｇ１００５５２３１、及びｃｇ２６０１７９３０から選択される１以上のバイオマーカーは、医薬品の治療効力の判定のために使用される。
【０２１７】
場合によっては、ｃｇ２５９２２７５１、ｃｇ２５４３２５１８、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ２６７６９９２７、ｃｇ２６７６９７００、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ１７１２６５５５、ｃｇ１４２４７２８７、ｃｇ０７４２０１３７、ｃｇ０５０９８３４３、ｃｇ０１９０３３７４、ｃｇ００９０７２７２、ｃｇ２７１２５０９３、ｃｇ２６１１２７９７、ｃｇ２４１６６４５７、ｃｇ１９３００３０７、ｃｇ１７１２２１５７、ｃｇ１３５５５４１５、ｃｇ１１４３６３６２、ｃｇ１０６７３８３３、ｃｇ０９８６６５６９、ｃｇ０８０７５２０４、ｃｇ０５６１４３４６、ｃｇ０２０５３９６４、ｃｇ２７３７７２１３、ｃｇ２４４８０８１０、ｃｇ２４３０１９３０、ｃｇ２２５１３４５５、ｃｇ１９６９３１７７、ｃｇ１９６７５７３１、ｃｇ１９２５２９５６、ｃｇ１８８５６４７８、ｃｇ１６５０９５６９、ｃｇ１５７９７８３４、ｃｇ１５６９８７９５、ｃｇ１５３４１８３３、ｃｇ１４５５６９０９、ｃｇ１４０８３０１５、ｃｇ１４０５８４７６、ｃｇ１２１９２５８２、ｃｇ１０５９０２９２、ｃｇ０６７８７６６９、ｃｇ０６４３９６５５、ｃｇ０２５２２１９６、ｃｇ０２２３３１４９、ｃｇ００５５８８０４、ｃｇ２６６８０５０２、ｃｇ２３０１３０２９、ｃｇ２２５５２７３６、ｃｇ２１３７６７３３、ｃｇ２０８４７５８０、ｃｇ１９７０４７５５、ｃｇ１８８４２３５３、ｃｇ１６６２２８９９、ｃｇ１４９９９１６８、ｃｇ１３９２５４３２、ｃｇ１２９６７０５０、ｃｇ１１１０５２９２、ｃｇ０９４１９００５、ｃｇ０９１５３０８０、ｃｇ０７３８０４１６、ｃｇ０６８２５４４８、ｃｇ０５５９６７５６、ｃｇ０３８９１０５０、ｃｇ０１６８１３６７、ｃｇ０１４５６６９１、ｃｇ０００１５５３０、ｃｇ２７４１０６０１、ｃｇ２７３６６２８０、ｃｇ２６６８３００５、ｃｇ２５６６６４０３、ｃｇ２４７０６５０５、ｃｇ２４１０７８５２、ｃｇ２３８２４７６２、ｃｇ２３０２１７９６、ｃｇ２１１２２４７４、ｃｇ２０３３６１７２、ｃｇ１８６１０２０５、ｃｇ１８４５６６２１、ｃｇ１７５１８９６５、ｃｇ１６７４８００８、ｃｇ１６１９１０８７、ｃｇ１６０６１６６８、ｃｇ１４６４２０４５、ｃｇ１３９２４９９６、ｃｇ１２３５３４５２、ｃｇ０９３３５７１５、ｃｇ０８８５８１３０、ｃｇ０８４８００６８、ｃｇ０８０５２２９２、ｃｇ０７４２８９５９、ｃｇ０６１５３９２５、ｃｇ０４１４７９０６、ｃｇ０３４３１７４１、ｃｇ００２８２２４４、及びｃｇ０００２５０４４から選択される１以上のバイオマーカー（表２０）は、医薬品の治療効力の判定のために使用される。
【０２１８】
場合によっては、ｃｇ２５５７４７６５、ｃｇ２５４９０１４５、ｃｇ１８３８４０９７、ｃｇ２５９２２７５１、及びｃｇ１７１２６５５５から選択される１以上のバイオマーカーは、医薬品の治療効力の判定のために使用される。
【０２１９】
＜癌の状況を確認する（Ｑｕａｌｉｆｙｉｎｇ）ための分類アルゴリズムの生成＞
幾つかの実施形態において、根本的な問診に関連付けられるバイオマーカーパネルのマーカーについて測定されたメチル化値を分析するのに、１以上のパターン認識方法が使用される。場合によっては、生体サンプルが、疾患の証拠が無い患者、全身性の癌を示す患者、又は生化学的な再発を示す患者に由来するものであるという可能性を絞り出すために、同様に、これら疾患の状況及びタイプ、特に原発腫瘍のタイプを区別するために、パターン認識方法は、メチル化レベルの線形結合、又はメチル化レベルの非線形結合を含む。場合によっては、モデル及び／又はアルゴリズムは、機械可読フォーマットで提供され、且つ、メチル化レベル又はメチル化プロファイルを疾患の状況と関連付けるために、及び／又は患者或いは患者の分類について治療法（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｍｏｄａｌｉｔｙ）を指定するために使用される。
【０２２０】
幾つかの実施形態において、複数の標的についてのメチル化レベルの分析は、アルゴリズム又は分類子の使用を含む。アレイデータは、当該技術分野で既知の及び本明細書に記載される技術を使用して、管理され、分類され、且つ分析される。場合によっては、複数の標的についてのメチル化レベルの分析は、プローブセットのモデリングとデータの前処理を含む。幾つかの例において、プローブセットのモデリング及びデータの前処理は、Ｒｏｂｕｓｔ  Ｍｕｌｔｉ−Ａｒｒａｙ（ＲＭＡ）アルゴリズム又は変異体ＧＣ−ＲＭＡ、ＲＭＡ、Ｐｒｏｂｅ  Ｌｏｇａｒｉｔｈｍｉｃ  Ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ  Ｅｒｒｏｒ（ＰＬＩＥＲ）アルゴリズム、又は変異体ｉｔｅｒＰＬＩＥＲを使用して導き出した。相違又は強度のフィルタは、例えば、＜１０の標準偏差、又は標準化されたデータ範囲の＜１００の強度単位の平均強度それぞれを備えた標的配列の除去により、ＲＭＡアルゴリズムを使用して前処理データに適用される。
【０２２１】
幾つかの実施形態において、次に、「既知のサンプル」又は「対照」などのサンプルを使用して生成されるデータが、分類モデルを「トレーニングする」ために使用される。「既知のサンプル」は、例えば、罹患していない又は癌を患っていない「正常な」サンプルからの適切な対照（例えばバイオマーカー）、及び／又は既知の腫瘍組織のタイプ又は段階、或いは癌の状況からの適切な対照（例えばバイオマーカー）などの、予め分類されたサンプルである。分類モデルを形成するために使用されるデータは「トレーニングデータセット」と呼ばれる。場合によっては、分類モデルを形成するために使用されるトレーニングデータセットは、生データ又は前処理データを含む。一旦トレーニングされると、分類モデルは、未知のサンプルを使用して生成されたデータにおけるパターンを認識する。幾つかの例において、次に分類モデルは、未知のサンプルをクラスに分類するために使用される。これは、例えば、特定の生体サンプルが、特定の生物学的条件（例えば、罹患した対罹患していない）に関連しているかどうかを予測するのに有用である。
【０２２２】
モデルは、一旦構築され且つ検証されると、エンドユーザーにアクセス可能となるようにパッケージ化される。例えば、このことは、モデルが中に埋め込まれる、表計算アプリケーション又は視覚表示の代替形態の実装、統計ソフトウェアパッケージのスクリプト記述、又は情報技術スタッフによるハードコードされたアプリケーションへのモデルのリファクターリングに関与する。
【０２２３】
幾つかの実施形態において、分類モデルは、任意の適切なデジタルコンピュータ上で形成され、且つ使用される。適切なデジタルコンピュータは、Ｕｎｉｘ（登録商標）、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）、又はＬｉｎｕｘ（登録商標）をベースとするオペレーティングシステムなどの、任意の標準又は専用オペレーティングシステムを使用する、超小型、小型、又は大型コンピュータを含む。質量分析計を利用する実施形態において、使用されるデジタルコンピュータは、対象のスペクトルを作成するために使用される質量分析計とは物理的に分離され、或いは、質量分析計に繋がれている。
【０２２４】
本発明の実施形態に従う、トレーニングデータセット及び分類モデルは、デジタルコンピュータにより実行又は使用されるコンピュータコードにより具体化される。コンピュータコードは、光学又は磁気のディスク、スティック、テープなどを含む任意の適切なコンピュータ可読媒体に保存され、且つ、Ｒ，Ｃ、Ｃ＋＋、ビジュアルベーシックなどを含む任意の適切なコンピュータプログラミング言語で書くことができる。
【０２２５】
上述の学習アルゴリズムは、既に発見されていたバイオマーカーのための分類アルゴリズムを発達させるのに、且つ、新たなバイオマーカーを見つけるのに有用である。次に分類アルゴリズムは、単独又は組み合わせて使用されるバイオマーカーのために診断価値（例えばカットオフポイント）を提供することにより、診断テストのための基礎を形成する。
【０２２６】
＜コンピュータシステム、プラットフォーム、及びプログラム＞
幾つかの態様において、本明細書に記載されるものは、本明細書に記載される１以上の方法を実施するための手段が提供されるコンピュータシステム又はプラットフォームに関係する。幾つかの実施形態において、コンピュータシステムは、（ａ）方法を実施するためにコンピュータシステムの動作を制御するのに適用される少なくとも１つのコンピュータプログラムを含む少なくとも１つのメモリを含み、前記方法は、（ｉ）ＤＮＡメチル化データ、例えば、ＣＵＰのメチル化プロファイル及び１以上の原発腫瘍のメチル化プロファイルを受け取る工程、（ｉｉ）ＣＰＵのメチル化プロファイルと原発腫瘍のメチル化プロファイルとの同一性の程度を判定する工程を含み、前記コンピュータシステムは更に、（ｂ）コンピュータプログラムを実行するための少なくとも１つのプロセッサを含む。幾つかの実施形態において、プラットフォームは１以上のコンピュータシステムを含む。
【０２２７】
本明細書に記載される別の態様は、本明細書に記載される１以上の方法に従い工程を実行するためにコンピュータシステムを制御するためのコンピュータプログラムに関係する。
【０２２８】
幾つかの実施形態において、コンピュータシステムはコンピュータを持つシステムを指し、そこではコンピュータが、コンピュータを動作するためにソフトウェアを具体化するコンピュータ可読媒体を含んでいる。場合によっては、コンピュータシステムは、１以上の汎用又は専用プロセッサ、揮発性及び不揮発性メモリ装置を含む関連するメモリを含んでいる。場合によって、コンピュータシステムのメモリは、本発明に従い専用システムを作るために、又は本発明に従い方法を実行するためのシステムを実装するために、コンピュータシステムの動作を制御するためのソフトウェア又はコンピュータプログラムを保存する。場合によっては、コンピュータシステムは、Ｉｎｔｅｌ又はＡＭＤ  ｘ８６をベースとするシングルコア又はマルチコア中央処理装置（ＣＰＵ）、ＡＲＭプロセッサ、又はデータを処理するための同様のコンピュータプロセッサを含む。場合によっては、ＣＰＵ又はマイクロプロセッサは、Ｉｎｔｅｌ  Ｐｅｎｔｉｕｍプロセッサ、Ｉｎｔｅｌ  ８０５１プロセッサ、ＲＩＳＣ又はＭＩＳＳプロセッサ、Ｐｏｗｅｒ  ＰＣプロセッサ、又はＡＬＰＨＡプロセッサなどの、任意の従来の汎用シングルチップ又はマルチチップのマイクロプロセッサである。場合によっては、マイクロプロセッサは、デジタル信号プロセッサ又はグラフィックスプロセッサなどの任意の従来の又は専用プロセッサである。マイクロプロセッサは典型的に、従来のアドレス線、従来のデータ線、及び１以上の従来の制御線を有している。以下に記載するように、本発明に従うソフトウェアは、専用システム上で、又は、ＤＯＳ、ＣＰＭ、Ｗｉｎｄｏｗｓ、Ｕｎｉｘ（登録商標）、Ｌｉｎｉｘ、又は他のオペレーティングシステムを持つ汎用コンピュータ上で実行される。幾つかの例において、システムは、コンピュータプログラム、ソフトウェア、及びデータを保存するためのディスクメモリ及びソリッドステートメモリなどの不揮発性メモリ、及び、プログラム及びソフトウェアを実行するための高速ラム（ｒａｍ）などの揮発性メモリを含む。
【０２２９】
幾つかの実施形態において、コンピュータ可読媒体は、コンピュータによりアクセス可能なデータを保存するために使用される任意の記憶装置、同様に、コンピュータによりデータへのアクセスを提供するための他の手段を指す。記憶装置タイプのコンピュータ可読媒体の例は、磁気ハードディスク；フロッピーディスク；ＣＤ−ＲＯＭとＤＶＤなどの光ディスク；磁気テープ；メモリチップを含む。本発明の様々な実施形態に有用なコンピュータ可読物理記憶媒体は、任意の物理的コンピュータ可読記憶媒体、例えば、ソリッドステートメモリ（フラッシュメモリなど）、磁気及び光学のコンピュータ可読記憶媒体及び装置、及び他の持続的な記憶技術を使用するメモリを含み得る。幾つかの実施形態において、コンピュータ可読媒体は、コンピュータプログラムとデータがコンピュータによりアクセスされることを可能にする任意のタンジブル媒体（ｔａｎｇｉｂｌｅ  ｍｅｄｉａ）である。コンピュータ可読媒体は、コンピュータ可読命令、プログラムモジュール、プログラム、データ、データ構造、及びデータベース情報などの情報を保存することができる任意の方法又は技術で実施される、揮発性及び不揮発性であり、取り外し可能及び不可能なタンジブル媒体を含み得る。本発明の幾つかの実施形態において、コンピュータ可読媒体は、限定されないが、ＲＡＭ（ランダムアクセスメモリ）、ＲＯＭ（読取り専用メモリ）、ＥＰＲＯＭ（消去可能なプログラマブル読取専用メモリ）、ＥＥＰＲＯＭ（電気的に消去可能なプログラマブル読取専用メモリ）、フラッシュメモリ又は他のメモリ技術、ＣＤ−ＲＯＭ（読み取り専用コンパクトディスクメモリ）、ＤＶＤ（デジタル多用途ディスク）又は他の光記憶装置媒体、磁気カセット、磁気テープ、磁気ディスク記憶装置又は他の磁気記憶装置媒体、他のタイプの揮発性及び不揮発性メモリ、並びに、情報を保存するために使用され得且つ前述の任意の適切な組み合わせを含むコンピュータにより読み取ることができる他のタンジブル媒体を含む。
【０２３０】
幾つかの例において、本明細書に記載される１以上の方法は、独立型コンピュータ上で、又はネットワーク化されたコンピュータシステム或いはコンピューティングプラットフォームの一部として実施される。独立型コンピュータにおいて、全てのソフトウェアとデータは、ローカルメモリ装置上に存在し得、例えば、光ディスク又はフラッシュメモリ装置は、本発明を実施するためのコンピュータソフトウェア、同様にデータを保存するために使用され得る。代替的な実施形態において、ソフトウェア又はデータ、或いはその両方は、リモート装置へのネットワーク接続を通じてアクセスされ得る。１つのネットワーク化されたコンピュータシステム又はコンピューティングプラットフォームの実施形態において、本発明は、遠隔及び／又は中心に位置する場所に保存されるデータ及びリソースに接続するために、インターネット又はプライベートネットワークなどの公衆通信回線上のクライアント−サーバー環境を使用する。この実施形態において、ウェブサーバーを含むサーバーは、オープンアクセス（ｐａｙ  ａｓ  ｙｏｕ  ｇｏ）、又は本発明に従い提供される情報へのサブスクリプションをベースとするアクセスの何れかといった、アクセスを提供することができる。クライアントサーバー環境において、ウェブブラウザなどのクライアントソフトウェア又はプログラムを実行するクライアントコンピュータは、ネットワーク上のサーバーに接続する。クライアントソフトウェア又はウェブブラウザは、データと情報を入力し、且つデータと情報へのアクセスを受け取るために、本発明のユーザー用のユーザーインターフェースを提供する。場合によっては、クライアントソフトウェアは、ローカルコンピュータディスプレイ又は他の出力装置上で見られ、且つ、ユーザーがコンピュータキーボード、マウス、又は他の入力装置の使用により情報を入力することを可能にすることができる。サーバーは、クライアントがデータを入力し、本発明に従いデータを処理し、及びユーザーへデータを出力するのを可能にすると同様に、ローカル及びリモートコンピュータリソースへのアクセスを提供する、１以上のコンピュータプログラムを実行する。例えば、ユーザーインターフェースは、分析からのデータ、例えば基準の多能性肝細胞の母集団及び／又は対象の多能性肝細胞の母集団の標的遺伝子のＤＮＡメチル化データレベル又はＤＮＡ遺伝子発現レベルのエントリーを許可する、テキストボックスなどのアクセス要素、同様に、コンピュータ可読媒体上でコードされた命令の実行後にプロセッサへと送信され且つそれにより利用可能とされるスコアカード、又はデータとの比較の結果のグラフィカルな読み取りを提供することができるディスプレイ要素を含む、グラフィカルユーザーインターフェースを含み得る。本明細書で使用されるように、用語「ソフトウェア」は「プログラム」と互換的に使用され、コンピュータを動作するための定法を指す。ソフトウェアの例は、ソフトウェア；コードセグメント；命令；コンピュータプログラム；及びプログラムドロジックを含む。
【０２３１】
幾つかの実施形態において、基準として使用される、原発腫瘍からのメチル化プロファイルは、データベースから電子的に又はデジタルに記録され、注釈され、及び検索され得、前記データベースは、限定されないが、ゲノム、ＥＳＴｓ、ＳＮＰＳ、Ｔｒａｃｅｓ、Ｃｅｌａｒａ、Ｖｅｎｔｏｒ  Ｒｅａｄｓ、Ｗａｔｓｏｎ  ｒｅａｄｓ、ＨＧＴＳなどのＧｅｎＢａｎｋ（ＮＣＢＩ）タンパク質及びＤＮＡデータベース；ＥＮＺＹＭＥ、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＳＷＩＳＳ−２ＤＰＡＧＥ、Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ及びＴｒＥＭＢＬデータベースなどのＳｗｉｓｓ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓのデータベース；Ｍｅｌａｎｉｅソフトウェアパッケージ又はＥｘＰＡＳｙ  ＷＷＷサーバーなど、ＳＷＩＳＳ−ＭＯＤＥＬ、Ｓｗｉｓｓ−Ｓｈｏｐ及び他のネットワークベースの計算道具；Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅデータベース（Ｔｈｅ  ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を含む。場合によっては、結果として生じる情報は、ゲノム内の、及びゲノムの中の基準データ又は遺伝子又はタンパク質の間の相同性を判定するために利用される、リレーショナルデータベースに保存される。
【０２３２】
幾つかの実施形態において、システムは、判定モジュールにおいて判定される配列情報を基準データと比較するよう動作する比較のために、様々な利用可能なソフトウェアプログラム及びフォーマットを使用する、「比較モジュール」においてデータを比較する。１つの実施形態において、比較モジュールは、１以上のエントリーから１以上の基準データパターンまでの配列情報を比較するために、パターン認識技術を使用するように構成される。比較モジュールは、パターンの比較のために既存の市販で入手可能な又は自由に利用可能なソフトウェアを使用して構成され得、且つ行なわれる特定のデータ比較のために最適化され得る。比較モジュールはまた、例えば、ＤＮＡ配列におけるＣｐＧメチル化部位の存在又は不在の検出；メチル化のレベルの決定を含み得る、配列情報に関連するコンピュータ可読情報を提供することができる。
【０２３３】
幾つかの実施形態において、比較モジュールは、予め定義された基準、又はユーザーにより定義された基準によりコンピュータ可読形態で処理され得る、コンピュータ可読の比較結果を提供することで、ディスプレイモジュールを用いてユーザーにより要求されるように保存され且つ出力され得る比較結果に部分的に基づくコンテンツを含む報告を提供する。幾つかの実施形態において、ディスプレイモジュールは、ユーザーのために比較結果に部分的に基づくコンテンツの表示を可能にし、ここでコンテンツは、対象のＣＵＰのメチル化プロファイルの腫瘍細胞のメチル化プロファイルとの比較の結果を示す報告である。
【０２３４】
幾つかの実施形態において、ディスプレイモジュールは、エンドユーザーのために比較結果に部分的に基づく報告又はコンテンツの表示を可能にし、ここでコンテンツは、ＣＵＰのメチル化プロファイルの、選択された原発細胞のメチル化プロファイルの比較の結果を示す報告である。本発明のこの態様及び他の全ての態様の幾つかの実施形態において、比較モジュール、又は本発明の他のモジュールは、リレーショナルデータベース管理システム、Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂアプリケーション、及びＷｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂサーバーを実行するオペレーティングシステム（例えばＵＮＩＸ（登録商標）、Ｗｉｎｄｏｗｓ）を含み得る。Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂアプリケーションは、データベース言語文［例えば、Ｓｔａｎｄａｒｄ  Ｑｕｅｒｙ  Ｌａｎｇｕａｇｅ（ＳＱＬ）文］の生成に必要な実行可能コードを含む。実行可能なコードは、埋め込まれたＳＱＬ文を含み得る。加えて、Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂアプリケーションは、ポインターを含有し、且つ、サーバー、同様にサービスのユーザーの要求へとアクセスされねばならない様々な外部及び内部のデータベースを含む様々なソフトウェア実体へと対処する、構成ファイルを含み得る。構成ファイルはまた、万が一サーバーが２つ以上の別個のコンピュータ上に分布されると、必要とされ得るように適切なハードウェアへのサーバーリソースのための要求を指示する。１つの実施形態において、Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  ＷｅｂサーバーはＴＣＰ／ＩＰプロトコルを支援する。このようなローカルネットワークは時に、「イントラネット」と呼ばれる。そのようなイントラネットの利点は、それらが、Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）又はＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（ＩＣＧＣ）などのＷｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ又はＳｗｉｓｓ  Ｐｒｏ  Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ  ｓｉｔｅ）上にある公衆のドメインデータベースとの容易な通信を可能にするということである。故に、本発明の特定の実施形態において、ユーザーは、ウェブブラウザ及びウェブサーバーにより提供されるＨＴＭＬインターフェースを使用して、インターネットデータベース上に存在するデータに（例えば、ハイパーテキストリンクを介して）直接アクセスすることができる。本発明の他の実施形態において、ＨＴＴＰ、ＦＴＰ、ＳＳＨ、及びＶＰＮベースのインターフェースなどの他のインターフェースは、インターネットデータベースに接続するために使用され得る。
【０２３５】
幾つかの例において、コンピュータ命令は、ソフトウェア、ファームウェア、又はハードウェアにおいて実施され、情報処理システムのモジュールにより着手される任意のタイプのプログラムされた工程を含む。場合によっては、コンピュータシステムは、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）又は広域ネットワーク（ＷＡＮ）に接続される。ローカルエリアネットワークの１つの例は、インターネットへのアクセスを含む、企業のコンピューティングネットワークであり得、これに対して、データ処理システムを含むコンピュータ及びコンピューティングデバイスが接続される。１つの実施形態において、ＬＡＮは、通信のための工業規格の伝送制御プロトコル／インターネットプロトコル（ＴＣＰ／ＩＰ）のネットワークプロトコルを使用する。伝送制御プロトコル（ＴＣＰ）は、コンピュータシステムの中に信頼性があり、接続指向のトランスポート層リンクを提供するためのトランスポート層プロトコルとして使用され得る。ネットワーク層はトランスポート層にサービスを提供する。２路のハンドシェイク方式（ｔｗｏ−ｗａｙ  ｈａｎｄｓｈａｋｉｎｇ  ｓｃｈｅｍｅ）を用いて、ＴＣＰは、コンピュータシステムの中の論理的接続を確立し、維持し、且つ終了するための機構を提供する。ＴＣＰトランスポート層は、そのネットワーク層プロトコルとしてＩＰを使用する。加えて、ＴＣＰは、各メッセージを持つ宛先及びソースのポートを含むことにより、単一の装置上で実行する複数のプログラムを区別するために、プロトコルポートを提供する。ＴＣＰは、バイトストリームの伝送、データフロー定義、データ認識、失われた又は破損したデータの再送、及び単一のネットワーク接続を介した複式接続の多重化などの機能を実行する。最終的に、ＴＣＰはデータグラム構造に情報を閉じ込める原因である。代替な実施形態において、ＬＡＮは、国際基準局の開放型システム間相互接続、ＩＢＭのＳＮＡ、ＮｏｖｅｌｌのＮｅｔｗａｒｅ、及びＢａｎｙａｎ  ＶＩＮＥＳを含むがこれらに限定されない、他のネットワーク規格に従うことができる。
【０２３６】
幾つかの実施形態において、比較モジュールは、予め定義された基準、又はユーザーにより定義された基準によりコンピュータ可読形態で処理され得る、コンピュータ可読データを提供することで、ディスプレイモジュールを用いてユーザーにより要求されるように保存され且つ出力され得る、検索されたコンテンツを提供する。本発明の幾つかの実施形態に従い、コンピュータ化したシステムは、コンピュータモニター、タッチスクリーン、又はビデオディスプレイシステムなどのディスプレイモジュールを含むか、それらに動作可能に接続され得る。ディスプレイモジュールは、ユーザー命令がシステムのユーザーに提示されること、システムへの入力を確認すること、及びシステムがユーザーインターフェースの一部としてユーザーに結果を表示することを可能にする。随意に、コンピュータ化したシステムは、システムによる情報出力の印刷されたコピーを生成するために、印刷装置を含むか、又はそれに動作可能に接続され得る。
【０２３７】
幾つかの実施形態において、Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂブラウザは、ユーザーが情報を入力し、要求を構築し、且つ検索されたコンテンツを表示するためにシステムと相互に作用することを可能にするための、ユーザーインターフェースを提供する。加えて、システムの様々な機能モジュールは、ユーザーインターフェースを提供するためにウェブブラウザを使用するよう適用され得る。ウェブブラウザを使用して、ユーザーは、データベースなどのデータソースから検索データに関する要求を構築し、比較とパターン照合を実行するために比較モジュールと相互に作用することができる。ユーザーは、システムと相互に作用してシステムに本発明の方法を実行させるためのグラフィカルユーザーインターフェースに従来利用される、ボタン、プルダウンメニュー、スクロールバーなどのユーザーインターフェース要素を指示し、且つそれらをクリックすることができる。ユーザーのウェブブラウザにより作成された要求は、ＤＮＡメチル化レベルと遺伝子発現レベル、検索されたコンテンツに関連する関連情報を提供し、この情報を処理し、結果を出力するために利用され得る１以上のデータベースのクエリを生成するための要求を処理又はフォーマットすることができるウェブアプリケーションへとネットワーク上で送信され得る。
【０２３８】
＜サーバー＞
幾つかの実施形態において、本明細書に提供される方法は、サーバー又はコンピュータサーバー上で処理される（図２）。幾つかの実施形態において、サーバー（４０１）は、シングルコアプロセッサ、マルチコアプロセッサ、又は、並行処理のための複数のプロセッサである、中央処理装置（ＣＰＵ、「プロセッサ」とも称す）（４０５）を含む。幾つかの実施形態において、制御組立体の一部として使用されるプロセッサは、マイクロプロセッサである。幾つかの実施形態において、サーバー（４０１）はまた、メモリ（４１０）（例えば、ランダムアクセスメモリ、読み出し専用メモリ、フラッシュメモリ）；電子記憶装置ユニット（４１５）（例えばハードディスク）；１以上の他のシステムと通信するための通信用インターフェース（４２０）（例えばネットワークアダプタ）；及び、キャッシュ、他のメモリ、データストレージ、及び／又は電子表示装置アダプターを含む周辺機器（４２５）を含む。メモリ（４１０）、記憶装置ユニット（４１５）、インターフェース（４２０）、及び周辺機器（４２５）は、マザーボードなどの通信バス（実線）を介してプロセッサ（４０５）と通信状態にある。幾つかの実施形態において、記憶装置ユニット（４１５）は、データを保存するためのデータ記憶装置ユニットである。サーバー（４０１）は、通信用インターフェース（４２０）の補助によりコンピュータネットワーク（「ネットワーク」）（４３０）に動作自在につながれる。幾つかの実施形態において、追加のハードウェアの補助によりプロセッサも、ネットワークに動作自在につながれる。幾つかの実施形態において、ネットワーク（４３０）は、インターネット、イントラネット及び／又はエクストラネット、インターネットと通信状態にあるイントラネット及び／又はエクストラネット、テレコミュニケーション、又はデータネットワークである。幾つかの実施形態において、サーバー（４０１）の補助によりネットワーク（４３０）は、サーバー（４０１）につながれたデバイスがクライアント又はサーバーとして作用するのを可能にする、ピアツーピアのネットワークを実施する。幾つかの実施形態において、サーバーは、ネットワーク（４３０）を通って運ばれた電子信号を介して、コンピュータ可読命令（例えば、デバイス／システム動作プロトコル又はパラメータ）、又はデータ（例えば、センサー測定値、代謝物質の検出から得た生データ、代謝物質の検出から得た生データの解析、代謝物質の検出から得た生データの解釈など）を送受信することができる。更に、幾つかの実施形態において、ネットワークは例えば、国境線にわたってデータを送受信するために使用される。
【０２３９】
幾つかの実施形態において、サーバー（４０１）は、ディスプレイ又はプリンタなどの１以上の出力装置（４３５）と通信状態、及び／又は、例えばキーボード、マウス、又はジョイスティックなどの１以上の入力装置（４４０）と通信状態にある。幾つかの実施形態において、ディスプレイはタッチスクリーンディスプレイであり、その場合、ディスプレイ装置と入力装置の両方として機能する。幾つかの実施形態において、異なる及び／又は追加の入力装置は、アナンシエイタ（ｅｎｕｎｃｉａｔｏｒ）、スピーカ、又はマイクロホンなどとして存在する。幾つかの実施形態において、サーバーは、例えば、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）、ＭａｃＯＳ（登録商標）、又はＵｎｉｘ（登録商標）、或いはＬｉｎｕｘ（登録商標）の様々なバージョンの何れか１つなどの、様々な動作システムの何れか１つを使用する。
【０２４０】
幾つかの実施形態において、記憶装置ユニット（４１５）は、本明細書に記載される装置、システム、又は方法の動作に関連したファイル又はデータを保存する。
【０２４１】
幾つかの実施形態において、サーバーは、ネットワーク（４３０）を通って１以上のリモートコンピュータシステムと通信する。幾つかの実施形態において、１以上のリモートコンピュータシステムは、例えば、パーソナルコンピュータ、ラップトップ、タブレット、電話、スマートフォン、又は携帯情報端末を含む。
【０２４２】
幾つかの実施形態において、制御組立体は単一のサーバー（４０１）を含む。他の状況において、システムは、イントラネット、エクストラネット、及び／又はインターネットを通じて互いに通信する複数のサーバーを含む。
【０２４３】
幾つかの実施形態において、サーバー（４０１）は、装置動作パラメータ、プロトコル、本明細書に記載される方法、及び潜在的な関連の他の情報を保存するのに適している。幾つかの実施形態において、そのような情報は、記憶装置ユニット（４１５）又はサーバー（４０１）に保存され、そのようなデータはネットワークを通じて送信される。
【０２４４】
＜キット及び製造品＞
別の態様において、本発明は、癌の状況を検出及び／又は特徴付け、及び／又はＣｐＧメチル化プロファイルのデータベースの生成のためのキットを提供し、該キットは、本明細書に記載される１以上のサンプルのメチル化の状況／レベルを検出又は測定するために複数のプライマー又はプローブを含む。そのようなキットは、幾つかの例において、本発明のメチル化バイオマーカー配列の少なくとも１つをハイブリダイズする少なくとも１つのポリヌクレオチド、及び遺伝子メチル化の検出のための少なくとも１つの試薬を含む。メチル化の検出のための試薬は、例えば、硫酸水素ナトリウム、マーカー配列がメチル化されない場合にマーカー配列の生成物である配列にハイブリダイズするよう設計されたポリヌクレオチドの検出のための試薬（例えば、少なくとも１つのＣ−Ｕ変換を含む）、及び／又は、メチル化に敏感な又はメチル化に依存する制限酵素を含む。場合によっては、キットは、アッセイにおける使用に適したアッセイ機器の形態で固形支持体を提供する。幾つかの例において、キットは、キット中に、ポリヌクレオチド、例えばプローブに随意に結合される、検知可能なラベルを更に含む。
【０２４５】
幾つかの実施形態において、本発明のキットは、本発明のバイオマーカーのＤＮＡ領域の少なくとも一部を特異的に増幅することができる、１以上（例えば１、２、３、４、又はそれ以上）の異なるポリヌクレオチド（例えばプライマー及び／又はプローブ）を含む。幾つかの例において、キットはプローブパネルを含み、そこでは、前記プローブパネル内の各プローブは、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯｓ：１−１７７５のプローブとの６０％−９９％の配列同一性を含む。随意に、増幅部分にハイブリダイズすることができる１以上の検知可能に標識化したポリペプチドも、キットに含まれる。幾つかの実施形態において、キットは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、又はそれ以上の異なるＤＮＡ領域或いはその部分を増幅するのに十分なプライマーを含み、及び随意に、増幅ＤＮＡ領域又はその部分それぞれにハイブリダイズすることができる検知可能に標識化したポリヌクレオチドを含む。キットは更に、メチル化に依存する又はメチル化に敏感な制限酵素及び／又は亜硫酸水素ナトリウムを含み得る。
【０２４６】
幾つかの実施形態において、キットは、本発明のバイオマーカーのＤＮＡ領域から少なくとも１つのシトシンの変換されたメチル化及び／又は変換された非メチル化配列の存在を定量化するために、亜硫酸水素ナトリウム、全ゲノム増幅のためのプライマーとアダプター（例えば、遺伝子断片にライゲート又は他に結合され得るオリゴヌクレオチド）、及びポリヌクレオチド（例えば、検知可能に標識化したポリヌクレオチド）を含む。
【０２４７】
幾つかの実施形態において、キットは、本発明のバイオマーカーのＤＮＡ領域の少なくとも一部のコピーを定量化するために、メチル化を感知する制限酵素（例えば、メチル化に依存する制限酵素及び／又はメチル化に敏感な制限酵素）、全ゲノム増幅のためのプライマーとアダプター、及びポリヌクレオチドを含む。
【０２４８】
幾つかの実施形態において、キットは、本発明のバイオマーカーのＤＮＡ領域の少なくとも一部のコピーを定量化するために、メチル化結合部分、及び１以上のポリヌクレオチドを含む。メチル化結合部分は、メチル−シトシンに特異的に結合する分子（例えばポリペプチド）を指す。
【０２４９】
例は、制限酵素又はそのフラグメントを含み、これは、ＤＮＡ切断活性を欠いているが、メチル化ＤＮＡや、メチル化ＤＮＡに特異的に結合する抗体などに結合する能力を保持している。
【０２５０】
幾つかの実施形態において、キットは包装材料を含む。本明細書で使用されるように、用語「包装材料」は、キットの構成要素を収容する物理構造を指し得る。幾つかの例において、包装材料は、キット構成要素の無菌状態を維持し、且つ、そのような目的に共通して使用される材料（例えば、紙、段ボール（ｃｏｒｒｕｇａｔｅｄ  ｆｉｂｅｒ）、ガラス、プラスチック、箔、アンプルなど）で作られている。アッセイのパフォーマンスに有用な他の材料は、試験管、ホールピペットなどを含むキットに含まれている。場合によっては、キットはまた、本明細書に記載されるアッセイの何れかにおけるこれらの試薬の１以上の使用のための書面による指示書を含む。
【０２５１】
幾つかの実施形態において、キットはまた、緩衝剤、防腐剤、又はタンパク質／核酸安定化剤を含む。場合によっては、キットはまた、本明細書に記載されるような反応混合物の他の構成要素も含む。例えば、キットは、本明細書に記載されるような熱安定性ＤＮＡポリメラーゼの１以上のアリコート、及び／又はｄＮＴＰの１以上のアリコートを含む。場合によっては、キットはまた、遺伝子座の個々の対立遺伝子を抱く鋳型ＤＮＡ分子の既知量の対照サンプルを含む。幾つかの実施形態において、キットは負の対照サンプル、例えば、遺伝子座の個々の対立遺伝子を抱くＤＮＡ分子を含まないサンプルを含む。幾つかの実施形態において、キットは正の対照サンプル、例えば、遺伝子座の個々対立遺伝子の１以上の既知量を含むサンプルを含んでいる。
【０２５２】
＜特定の用語＞
他に定義されない限り、本明細書で用いる全ての技術用語及び科学用語は、請求される主題が属する技術分野における当業者によって、一般に理解されるものと同じ意味を有する。前述の一般的な記載及び次の詳細な記載は、典型的且つ例示的なものにすぎず、請求された任意の内容を限定するものではないことが理解される。本出願において、単数形の使用は、特に別記しない限り複数を含む。明細書と添付の特許請求の範囲に使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、他にその内容が明確に指示しない限り、複数の指示対象を含むということに留意しなければならない。本出願において、「又は」の使用は、特に明記しない限り、「及び／又は」を意味する。更に、用語「含んでいる（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」の使用は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、及び「含まれる（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」といった他の形態と同じく、制限はない。
【０２５３】
本明細書で使用されるように、範囲及び量は、特定の値又は範囲の「約（ａｂｏｕｔ）」として表わすことができる。「約」は正確な量も含む。従って、「約５μＬ」は「約５μＬ」、及び「５μＬ」も意味する。通常、用語「約」は、実験誤差内にあると予想される量を含む。本明細書に使用されるセクションの見出しは、構成上の目的のためのみのものであり、記載された主題を制限すると解釈されるものではない。
【０２５４】
本明細書で使用されるように、用語「個々」、「被験体」、及び「患者」は、任意の哺乳動物を意味する。幾つかの実施形態において、哺乳動物は、ヒトである。幾つかの実施形態では、哺乳動物は、非ヒトである。
【０２５５】
「部位」は、一つの部位に相当し、これは、単一の基本位置、又は関連付けられた基本位置の群、例えばＣｐＧ部位であり得る。「遺伝子座」は、複数の部位を含む領域に相当する。幾つかの例において、遺伝子座は１つの部位を含む。
【０２５６】
本明細書で使用されるように、用語「比較すること（ｃｏｍｐａｒｉｎｇ）」は、患者のサンプルにおける１以上のバイオマーカーのメチル化の状況、比率、レベル、又は遺伝子局在化が、どのようにして標準又は対照のサンプルにおける１以上の対応するバイオマーカーのメチル化の状況、比率、レベル、又は遺伝子局在化に関連するのかについての評価を行うことを指す。例えば、「比較すること」は、患者のサンプルにおける１以上のバイオマーカーのメチル化の状況、比率、レベル、又は細胞局在化が、標準又は対照のサンプルにおける１以上の対応するバイオマーカーのメチル化の状況、比率、レベル、又は細胞局在化と同じになるか、それよりも多く又は少なくなるか、或いは異なるのかを評価することを指す場合もある。１つの実施形態において、用語「比較すること」は、複数の標準又は対照のサンプルとの比較（同じ、それ以上又はそれ以下、或いは異なる）における１以上のサンプルの評価を指す。
【０２５７】
用語「統計的に有意な」又は「有意に」は、統計的有意性を指し、通常、標準より下、或いは更に下のマーカーの濃度の２つの標準偏差（２  ＳＤ）を意味する。この用語は差が存在するという統計的な証拠を指す。これは、帰無仮説が実際に真である場合に、帰無仮説を拒む決定を下す可能性として定められる。この決定はｐ値を用いて頻繁に下される。
【０２５８】
用語「予後」又は「予測する」は、癌、疾患、又は腫瘍のタイプを進行させる危険性の予想又は計算、及び、患者がどのように回復するのか、そして回復の可能性が存在するかどうかを指す。「癌の予後」は通常、癌及び／又は患者の起こり得る経過又は結果の予想又は予測、癌の発生又は再発の危険性の評価、処置法の決定、又は治療効果又は反応の判定を指す。予後は、個体の情報、同様に、人口データ、生存者の反応率、家族又はその他の遺伝子情報などの個体の情報に対して比較を行うための外部のデータを使用することができる。「予後」はまた、特に疾患、特に特定の腫瘍性疾病、又は腫瘍のタイプの特定の治療の治療結果を予測するために疾患進行を予測することに照らして使用される。治療の予後は、例えば、成功の可能性（即ち、疾患の治癒）、又は疾患の重症度の特定レベルまでの減少の可能性を予測するために使用される。通常の概念として、この目的のためにスクリーニングされたマーカーは、好ましくは、予測される治療に従い処置された患者のサンプルデータに由来する。マーカーのセットも、治療結果又はポジティブな疾患進行の出現について患者をモニタリングするために使用され得る。
【０２５９】
用語「癌のレベル」又は「癌の状況」は、癌が存在するかどうか、癌の段階、腫瘍の大きさ、転移があるかどうか、身体の全体の腫瘍組織量、癌の位置及び／又は原因、及び／又は癌の重症度の他の測定を指す。癌のレベルは数字又は他の文字であり得る。場合によっては、レベルはゼロである。場合によっては、癌のレベルはまた、突然変異又は多くの突然変異に関連する前癌状態又は前癌症状（状態）を含む。
【０２６０】
本明細書で使用されるように、用語「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」及び「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、疾患の少なくとも１つの症状の減少又は疾患の改善、例えば有益又は所望の臨床結果を被験体が受けるように、有効な量の組成物を被験体に投与することを指す。本発明の目的のために、有益又は所望の臨床結果は、検出可能又は検出不可能なものにかかわらず、限定されないが、１以上の症状の緩和、疾患の範囲の減少、疾患の安定（例えば、悪化しない）状態、又は疾患進行の遅延又は減速、疾患状況の改善又は軽減、及び寛解（部分的又は全体的のいずれか）を含む。幾つかの実施形態において、処置することは、処置を受けない場合に予期される生存と比較して生存を延ばすことを指す。幾つかの例において、処置は予防処置を含む。代替的に、疾患の進行が減少又は止められる場合に、処置は「有効」である。幾つかの実施形態において、用語「処置」はまた、処置を受けない場合に予期される生存と比較して生存を延ばすことを意味する。処置を必要とする人は、疾患又は疾病を既に患っていると診断された人、同様に、遺伝的感受性、又は疾患又は疾病に起因する他の要因により疾患又は疾病を進行させると思われる人を含み、他の要因の限定されない例としては、被験体の体重、食事、及び健康が、糖尿病を進行させると思われる被験体に起因し得る要因である。処置を必要性とする人はまた、医学的又は外科的な注意、ケア、又は管理を必要とする被験体を含む。被験体は通常、病気になっている又は負傷している、又は人口の平均人員に比べて病気になる危険性が増している、或いはそのような注意、ケア、又は管理を必要としている。
【０２６１】
更なる綿密な仕上げなしで、当業者は、前述の記載を用いて、本判明を最も完全な程度にまで利用することができると考えられる。以下の実施は例示的なものにすぎず、方法はどうであれ、開示の残りを限定するものとして、解釈されるべきではない。
【実施例】
【０２６２】
これら実施例は、例示目的のためのみに提供され、本明細書で提供される請求項の範囲を制限するものではない。
【０２６３】
＜実施例１−非侵襲的診断のための尿からの無細胞ＤＮＡの抽出＞
＜安定化及びストック＞
＜承認＞
このプロジェクトはＳＹＳＵのＩＲＢ及びＳｉｃｈｕａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙにより承認されている。インフォームドコンセントを全患者から得る。患者がインフォームドコンセントに署名した後、腫瘍と正常組織を得る。
【０２６４】
３つの工程：尿安定緩衝液（Ｕｒｉｎｅ  ｓｔａｂｌｅ  ｂｕｆｆｅｒ）−遠心分離−上清の凍結
【０２６５】
＜尿安定緩衝液＞
尿安定緩衝液を、尿ＤＮＡ安定化及び無細胞ＤＮＡの保護により処方した。防腐剤は尿の中の細胞を安定させ、ゲノムＤＮＡの放出を妨げて、高品質の無細胞ＤＮＡの分離を可能にする。尿安定緩衝液において集められたサンプルは室温で１４日までの間、安定しており、好都合なサンプルの収集、移送、及び貯蔵を可能にする。
【０２６６】
尿安定緩衝液の処方：
２．２％のクエン酸ナトリウム
０．８％のクエン酸
０．２４５％のデキストロース
５００ｍＭＥＧＴＡ
１％のグルタルアルデヒド又は１％のホルムアルデヒド
【０２６７】
＜遠心分離＞
尿サンプルを１５分間、高速（例えば１１，０００ｘｇ）で遠心分離し、上清を核酸抽出のために使用する。これにより、サンプルから細胞物質及び細胞の核酸を除去する。
【０２６８】
＜ストック＞
長期的なストックのために上清を−２０から−８０℃で維持する。
【０２６９】
手順：
１．円錐管に４０ｍｌまでの尿を移す。
２．尿１ｍｌごとに、５０μｌの尿安定緩衝液を加える。逆チューブにより１０回より多く、尿混合物を十分に混合する。尿に尿安定緩衝液を加えて混合した後、尿を周囲温度で１４日まで保存することができる。
３．１５分間１１０００ｘｇで遠心分離する。
４．ペレットをかき乱すことなく、新たな円錐管に尿の上清を注意深く移す。
５．その後、無細胞の尿（尿の上清）をストックとして−２０から８０℃で維持し、又はＤＮＡ抽出のために処理する。
【０２７０】
＜ＤＮＡ抽出＞
４つの工程：溶解−結合−洗浄−溶出
【０２７１】
＜サンプルの溶解＞
尿サンプルをプロテイナーゼＫとＤＮＡ溶解緩衝液の存在下、高温の非常に変性の条件下で溶解して、それと共に、ＤＮａｓｅの不活性化、及び結合タンパク質、脂質、及びベシクルから核酸の完全な放出を確実なものとする。
【０２７２】
＜ＤＮＡの結合＞
溶解後の尿から放出された核酸を、シリカ膜のカラム又はビーズへと選択的に結合する。
【０２７３】
Ｂｉｎｇ  Ｂｕｆｆｅｒを添加することにより結合条件を調整して、循環する核酸のシリカ膜への最適な結合を可能にする。その後、溶解物を真空圧力により引き抜くと、溶解物をシリカ膜上に移し、大量の循環する核酸を小さなシリカ膜上で吸収する。
【０２７４】
結合バッファーの塩及びｐＨ条件により、幾つかの例においてＰＣＲ及び他の下流の酵素反応を阻害する、タンパク質及び他の汚染物質はシリカ膜上で保持されないことが確実となる。
【０２７５】
＜洗浄＞
核酸は膜に結合したままである一方、汚染物質は３つの洗浄工程中に効率的に洗い流される。
【０２７６】
＜純粋な核酸の溶出＞
高度に純粋な循環する核酸を、一回の工程で溶出緩衝液において溶出する。
【０２７７】
＜核酸の収量と大きさ＞
Ｑｕｂｉｔ  ｄｓ  ＤＮＡ  ＨＳキット又は定量的な増幅方法を、収量の判定のために使用する。収量は、サンプルの容積と、サンプル中の循環する核酸の濃度に依存する。サンプルから得た循環するＤＮＡとＲＮＡの絶対収量は、サンプルと異なる個体との間でかなり変動し、また他の要因、例えば性別や特定の疾患状況に依存する。この手順を使用して精製された循環する核酸の粒度分布を、アガロースゲル電気泳動法により確認する。
【０２７８】
＜実施例２−尿からの遊離循環無細胞ＤＮＡの分離＞
ＱＩＡａｍｐ  Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｋｉｔを使用し、４ｍｌの尿から、上清を尿安定緩衝液の混合物により処理して、上述のように遠心分離する。尿サンプルは新鮮である又は凍結されており、後に室温に釣り合う。
【０２７９】
＜手順＞
１．５０ｍｌのチューブ（提供されない）の中へ５００μｌのＱＩＡＧＥＮプロテイナーゼＫをピペットで移す。
２．５０ｍｌのチューブに４ｍｌの尿を加える。
３．４ｍｌの緩衝液ＡＣＬ（必要とされるような担体ＲＮＡを含む）と１．０ｍｌの緩衝液ＡＴＬを加え、キャップを締め、３０秒間パルス攪拌により混合する。
４．６０℃で３０分間インキュベートする。
５．実験台上でチューブを配して、キャップを弛める。
６．溶解物に９．０ｍｌの緩衝液ＡＣＢを加えて、キャップを締め、１５−３０秒間パルス攪拌により徹底的に混合する。
７．氷の上で５分間、溶解物−緩衝液ＡＣＢをインキュベートする。
８．ＱＩＡｖａｃ  ２４  Ｐｌｕｓ上で、ＶａｃＣｏｎｎｅｃｔｏｒにＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムを挿入する。開いたＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムに２０ｍｌのチューブ伸展具を挿入する。サンプルの漏出を回避するために、チューブ伸展具がＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムにしっかり挿入されていることを確かめる。
９．ＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムのチューブ伸展具に、工程７の溶解物を注意深く適用する。真空ポンプのスイッチを入れる。全ての溶解物がカラムを通って完全に引き抜かれると、真空ポンプのスイッチを切り、圧力を０ｍｂａｒにまで解放する。チューブ伸展具を注意深く除去且つ廃棄する。
１０．ＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムに６００μｌの緩衝液ＡＣＷ１を適用する。カラムの蓋を開いた状態にし、真空ポンプのスイッチを入れる。全ての緩衝液ＡＣＷ１がＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムを通って引き抜かれた後、真空ポンプのスイッチを切り、圧力を０ｍｂａｒにまで解放する。
１１．ＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムに７５０μｌの緩衝液ＡＣＷ２を適用する。カラムの蓋を開いた状態にし、真空ポンプのスイッチを入れる。全ての緩衝液ＡＣＷ２がＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムを通って引き抜かれた後、真空ポンプのスイッチを切り、圧力を０ｍｂａｒにまで解放する。
１２．ＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムに７５０μｌのエタノール（９６−１００％）を適用する。カラムの蓋を開いた状態にし、真空ポンプのスイッチを入れる。全てのエタノールがＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムを通って引き抜かれた後、真空ポンプのスイッチを切り、圧力を０ｍｂａｒにまで解放する。
１３．ＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムの蓋を閉じ、それを真空マニホルドから除去し、ＶａｃＣｏｎｎｅｃｔｏｒを廃棄する。（工程８から取っておいた）きれいな２ｍｌの収集チューブにＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムを入れ、３分間全速力で（２０，０００ｘｇ；１４，０００ｒｐｍ）遠心分離する。
１４．新しい２ｍｌの収集チューブにＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムを入れ、蓋を開き、５６℃で１０分間アセンブリをインキュベートして、膜を完全に乾燥する。
１５．きれいな１．５ｍｌの溶出チューブにＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムを入れ、工程１４の収集チューブを廃棄する。ＱＩＡａｍｐ  Ｍｉｎｉカラムの膜の中心に２０−１５０μｌの緩衝液ＡＶＥを注意深く適用する。蓋を閉じ、室温で３分間インキュベートする。
１６．１分間全速力で（２０，０００ｘｇ；１４，０００ｒｐｍ）遠心分離を行い、核酸を溶出する。
【０２８０】
遊離循環無細胞ＤＮＡを緩衝液ＡＶＥの中で溶出し、増幅反応での使用、又は１５−３０℃での貯蔵の用意を行う。精製された核酸には、タンパク質、ヌクレアーゼ、及び他の不純物がない。分離されたＤＮＡは、ＰＣＲ、アレイ、メチル化の検出などに理想的なものである。
【０２８１】
＜実施例３−メチル化マーカーの生成＞
＜データソース＞
Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を含む様々なソースからＤＮＡメチル化データを得た。Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ４５０Ｋのメチル化アレイを使用して、４８５，０００の部位のメチル化状況を生成した。追加データは、以下のＧＳＥデータセット：ＧＳＥ４６３０６、ＧＳＥ５０１９２、ＧＳＥ５８２９８、及びＧＳＥ４１８２６からのものであった。腫瘍及びその対応する正常組織に関するメチル化プロファイルを分析した（表１）。
【０２８２】
メチル化データファイルを、走査された各ビーズの比率値を備えたＩＤＡＴフォーマットで得た。Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒのｍｉｎｆｉパッケージを使用して、これらデータファイルをベータ値と呼ばれるスコアに変換した。
【０２８３】
全てのサンプルに関するベータ値を得た後、２０のデータセット全てにわたり存在しなかったマーカーを除去した。
【０２８４】
【表１−１】
2018508228.tif 000006
【０２８５】
【表１−２】
2018508228.tif 000007
【０２８６】
＜各比較におけるトップマーカーの識別＞
癌種に特異的なシグネチャーの識別を、特定の癌種とその周囲の正常組織との間の対でのメチル化差異、２つの異なる癌種間の差異、同様に、２つの異なる正常組織間の差異を比較することにより、達成した。全ての４８５，０００ＣｐＧのメチル化部位を、１１００の腫瘍サンプル及び２３１の一致した隣接する正常組織サンプルのトレーニングコホートにおいて調査した。
【０２８７】
他の群ごとに対する各群のプロファイルを比較した。上記に列挙した合計２０の癌の群（表１）と共に、合計２０＊１９／２＝１９０の異なる群の比較を行った。４５０ｋのマーカーを全て、Ｒ遺伝子フィルタ（ｇｅｎｅｆｉｌｔｅｒ）パッケージにおいてｃｏｌｔｔｅｓｔｓ（）関数を使用して、１つの群から他の群まで比較した。この分析は、ｔ−統計値を持つｐ値、及び比較において各マーカーに関するカテゴリ間の平均メチル化画分における差異を生成した。この比較後、マーカーを選別し、ｔ−統計値の絶対値によりランク付けして、２つのカテゴリ間に区別することができる可能性が高いマーカーを識別した。各比較からの上位１０のマーカーを、再検証分析のために選択した。１９０の比較群と共に、１０ｘ１９０＝１９００のマーカーを将来の分析のために選択した。複製を除去した後、９５８の固有のマーカーを、４０００の腫瘍及び１０００の正常組織の検証コホートにおいて試験された全癌パネルのために選択した。その後、このパネルを使用して、肺、乳房、肝臓、及び結腸直腸の癌患者、及び癌の無い患者の血漿及び体液サンプルを調べて、その診断上及び予後の値を検証した。メチル化パターンを、このパネルにおけるマーカーの発現遺伝子の発現プロファイルに関連付けた。
【０２８８】
＜各比較における上位１０のマーカーに関する加重値の計算＞
主成分分析を、統計環境における関数：ｐｒｃｏｍｐ（）を使用して、各比較群における上位１０のマーカーに適用し、各群の第１の主成分における加重値を抽出し、その加重値を各群において１０の対応するマーカーと一致させた。マーカーを持つ加重値の１９０の群が存在する。
【０２８９】
＜変数の生成＞
データにおけるサンプルの各々に関する１９０の変数を生成した。加重値／マーカーの組み合わせを使用して、各変数Ｖを、以下の方程式を用いて計算した：
【０２９０】
【数１】
2018508228.tif 000008
ここで、Ｗは加重値であり、Ｍは、対応するマーカーの０から１までのメチル化ベータ値である。
【０２９１】
寸法が（２）１９０の変数ごとの（１）サンプルの数である場合に、マトリックスを生成した。
【０２９２】
＜サンプルの分類＞
上述のマトリックスを使用してサンプルを分類した。ロジスティック回帰、最近傍（ＮＮ）、及びサポートベクターマシン（ＳＶＭ）を含む、本明細書で使用される様々な分類アルゴリズムがある。
【０２９３】
Ｒに関するｋｅｒｎｌａｂライブラリを使用し、サポートベクターマシンを生成した。Ｃｒａｍｍｅｒ、Ｓｉｎｇｅｒのアルゴリズムは、Ｗｅｓｔｏｎ、Ｗａｔｓｏｎのアルゴリズムよりもわずかに結果が優れていた。分析において、４つの起こり得るタイプの分類誤差を確認した。
１．誤った組織。これは結腸組織が肺組織として識別される場合に生じる。
２．偽陰性
３．偽陽性
４．正しい組織及び予後。誤った癌種。例えば、これは、腎臓の明細胞癌が腎臓の乳頭状の細胞癌として識別される時のものである。
【０２９４】
３つの方法を使用して結果を検証した。最初の２つを最後の工程により確認した。
１．サンプルを５等分に分け、そのうち４つをトレーニングに使用し、５番目の部分を使用して結果を試験した。
２．１つを除いて全てのサンプルがトレーニングに使用される場合、Ｌｅａｖｅ  ｏｎｅ  ｏｕｔのシナリオを使用した。ｏｎｅ  ｌｅｆｔ  ｏｕｔを試験に使用した。それらを全て試験するまで、各サンプルのためにこれを繰り返した。
３．２段階の複製研究において、プロセスの始めにサンプルを２つのセットに分けた。トレーニングセットにより、最も高いｔ検定スコアとのそれぞれの比較において１０のマーカーを確認した。その後、これらマーカーを使用して主成分を生成し、次にこれら変数を使用してＳＶＭを生成した。その後、得られたマーカーを試験セットに適用し、主成分とＳＶＭの結果を生成した。
【０２９５】
これらの方法の各々により、予測精度は９５％より上であった。組織誤差の数は１％未満であった。特異性は約９５％であり、感受性は試験データセットにより約９９％であった。
【０２９６】
加えて、ＩＣＡと組み合わせたＰＣＡも適用した。ＩＣＡにおいて、構成要素のプロセスは、予め指定されたノイズターム無しで測定されたメチル化値へと合計すると仮定されるが、幾つかの構成要素は、データ中の１以上のタイプの「ノイズ」として表わされる。例えば、この場合、変数の数（例えば、１１７Ｋのメチル化値）は、サンプルの数（例えば、７７０６のサンプル）よりもはるかに多かった。ＩＣＡが入力データから不混合マトリックス（ｕｎｍｉｘｉｎｇ  ｍａｔｒｉｘ）を習得するのに十分なサンプルの数を必要としたため、場合によっては次元縮退が生じることなく行われるＩＣＡ分解は、まとまらなかった。この工程は更に図３６で示され、以下のように議論される：
【０２９７】
教師無し学習−パート１：マーカー選択
【０２９８】
このパートは、合計の生のマーカースペース（１１７Ｋ）から、Ｎの最も有益なマーカー（例えば、Ｎは５０００である）を選択することであった。これにより、連続する血液サンプルのカテゴリ化用に血液細胞をサンプリングするために、資金効率が良く正確なマーカーのアレイを調査した。更なる修飾は、血液細胞のサンプリングにおいて信号対ノイズ比（ＳＮＲ）を増加させるために、Ｎ値を増大させ、又は同じセットのマーカーを複製する（即ち、２つの異なる位置に５０００のマーカーの各々を配する）ことを含んでいた。
【０２９９】
工程１：独立成分分析（ＩＣＡ）
【０３００】
ＩＣＡは、入力データのマトリックスＸ（７１７６×１１７Ｋ）を立体的に独立したソースのマトリックスＵへと直線的に混合しない、「不混合」マトリックスＷを見出し、ここでＵ＝ＷＸである。推測されたソースのマトリックスＵ（成分活性化）の行は、マーカーの各々に沿った相当するＩＣの波形であった。この工程では、ＩＣＡ分析は更なる分析のために７１７６の成分を戻した。ＩＣＡにおいて、成分のプロセスは、予め指定された雑音項無しで測定されたメチル化値へと合計すると仮定されるが、幾つかの構成要素は実際に、データ中の１以上のタイプの「ノイズ」を含むか、又はそれを表し得る。
【０３０１】
工程２：成分活性化へのＺ変換標準化
【０３０２】
７１７６のＩＣの中の各マーカーの寄与を適正に評価するために、成分活性化へのＺ変換標準化を適用した。具体的に、成分活性化（Ｕの１つの行）はそれぞれ、その平均を取り除き、標準偏差によりその値を分割して、ゼロ平均と単位差異を得た。この手順は、いわゆるＺ値において標準化された成分活性化Ｕ（即ち、マーカー加重値）を生成した。
【０３０３】
工程３：各成分に関するＺスコア化したマーカーのランク付け
【０３０４】
この工程は、７１７６の成分の各々に対する１１７Ｋのマーカーの重要性を識別することであった。各成分について、絶対的なＺ値に従うマーカーを全て、各マーカーに１から１１７Ｋまでのラベルを付けるようにしてランク付けした。「１」としてラベル付けされたマーカーは、最も寄与されたことを示す一方で、「１１７Ｋ」としてラベル付けされたマーカーは最も重要ではなかった。この工程の後、各マーカーを７１７６の値に関連付け、その各々は、７１７６の成分の各々への寄与を示した。
【０３０５】
工程４：全ての成分の中で上位のＮの寄与したマーカーの検索
【０３０６】
この工程は、１１７ＫからＮの最も重要なマーカーを検索することであった。検索は、任意の成分による「１」として標識化されたマーカー、その後、任意の成分による「２」として標識化されたマーカーなどの収集から始まった。検索は、完全に収集された、所望の数の寄与したマーカーで終わった。
【０３０７】
パート２：ＩＣＡに基づく特徴抽出
【０３０８】
最も寄与したマーカー（１１７Ｋから５０００）を選択した後、特徴として処置された成分を得るためにマーカーをトリミングしたマトリックス（７１７６×５０００）へのＩＣＡ分解（上述のもの）を適用した。ＩＣＡ分解前に、主成分分析（ＰＣＡ）を利用して、寸法を７１７６から２５に減らした。故に、この工程におけるＰＣＡとＩＣＡは、血液サンプル分類のために３５×５０００の特徴マトリックスを生成した。
【０３０９】
パート３：血液サンプル分類
【０３１０】
ｋ最近傍（ＫＮＮ）及びサポートベクターマシン（ＳＶＭ）を比較した後、放射基底関数（ＲＢＦ）のカーネル関数を備えたＳＶＭは、ＫＮＮより性能が優れており、９３．９９％の分類性能を戻して、３０の分類から７１７６のサンプルのうち１つを正確に認識した（ＫＮＮ＝９１．５４％、Ｋ＝５）。
【０３１１】
生のマーカー全体（１１７Ｋ）を使用して得た９５．５５％の分類性能を比較して、マーカーをトリミングしたマトリックスは同等の性能（９３．９９％）を戻した。
【０３１２】
＜ＤＮＡ／ＲＮＡ分離及び定量的ＰＣＲ＞
患者と組織の特徴：一致した隣接する正常組織を対照として使用した。これらの正常組織を、癌の証拠のない組織構造により確認した。
【０３１３】
腫瘍及び相当する遠くの部位のサンプルを、外科的腫瘍切除を受ける患者から得て、使用するまでサンプルを−８０℃で冷凍保存した。サンプルからのＤＮＡとＲＮＡの分離を、ＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用して実行し、ＲＮＡをオンカラムのＤＮａｓｅ消化にさらした。Ｎａｎｏｄｒｏｐ  ２０００（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用してＲＮＡを定量化し、製造業者の指示に従いｉＳｃｒｉｐｔ  ｃＤＮＡ合成キット（Ｂｉｏ−ｒａｄ，Ｉｎｃ）を使用して、各サンプルの２００ｎｇのＲＮＡを相補ＤＮＡ合成のために使用した。簡潔に、サンプルを、２５℃で５分間、４２℃で３０分間、その後８５℃で５分間、インキュベートした。７５００  Ｒｅａｌ  Ｔｉｍｅ  ＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の上で遺伝子特異的なプライマー及びＰｏｗｅｒ  ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘを使用して、４０サイクルの増幅によりｑＰＣＲを実行した。測定を三通りに行い、内因的なＡＣＴＢレベルに標準化した。発現における相対的な倍率変化を、ΔΔＣＴ方法（サイクル閾値＜３０）を使用して計算した。３つの複製に基づいてデータを平均±ｓ．ｄとして示す。
【０３１４】
＜ゲノムワイドメチル化のプロファイリングは、癌における特異的メチル化のシグネチャーを識別した＞
癌種に特異的なシグネチャーを識別するために、特定の癌種とその周囲の正常組織との間のメチル化の差異、異なる癌種間の差異、同様にペアワイズの様式で２つの正常組織間の差異を、比較した。肺癌（腺癌及び扁平上皮癌）及び結腸と直腸の癌の２つのＮＳＣＬＣ亜型を含む、１２種類の癌の患者のトレーニングコホートのゲノムワイドＤＮＡメチル化プロファイルを、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ４５０，０００  ＣｐＧメチル化マイクロアレイを使用して分析した。１２の腫瘍群と９の正常組織群を含む、合計２１の組織群により、合計２１＊２０／２＝２１０の固有のペアワイズの比較を、実行した。Ｒ遺伝子フィルタパッケージにおいてｃｏｌｔｔｅｓｔｓ（）関数を使用して、４５０ｋのマーカーを、１つの群からの群まで比較した。ｔ−統計量によりマーカーを最低のｐ値にランク付けし、各群における各比較と上位１０のマーカーとの間の平均メチル化画分における最大の差異を、再検証分析のために選択した。１９０の比較の後、９５８の固有の非冗長マーカーを全癌パネルとして生成した。統計環境における関数：：ｐｒｃｏｍｐ（）を使用して、主成分分析を各比較群における上位１０のマーカーに適用することにより各マーカーに重みをかけ、各群の第１の主成分における加重値を抽出し、その加重値を各群において１０の対応するマーカーと一致させた。これらのマーカーを使用して、ニューラルネットワーク、ロジスティック回帰、最近傍（ＮＮ）及びサポートベクターマシン（ＳＶＭ）を含む様々なアルゴリズムによりサンプルを分類し、その全ては一貫した結果を生成した。ＳＶＭを使用する分析は、最も確固としていることが分かり、それ故、全ての後の分析に使用された。これら９５８の上位ランクのＣｐＧ部位を、癌及び正常なサンプルにおいて教師無し様式で示した。
【０３１５】
階層的クラスタリングは、高い特異性と感応性を持つ癌種を区別することができた。癌の存在及び部位の識別が最大の臨床的有用性を提供する可能性が高いと仮定して、同じ組織から生じる癌を、アルゴリズムの有効性を評価する目的のために組み合わせた。組み合わせた腫瘍は、結腸と直腸の癌、肺の扁平上皮細胞癌と腺癌、腎臓の乳頭状の明細胞癌、及び軽度の神経膠腫と多形性神経膠芽腫を含んでいた。アルゴリズムは、結腸と直腸の癌を除き同じ組織から生じる癌を区別するのにかなり有効であり、これはおそらく、これら腫瘍における同様の生物学を反映している。トレーニングコホートは、２８５２の癌サンプルと１２７８の標準とで成っていた。４１３０のうち４０８７、又はサンプルの９８．９％を、癌又は正常として正確に識別した。癌サンプルのうち２つだけを、癌ではあるが誤った組織として正確に識別した。癌に関する総合感受性は９９．５％であり、個々の癌の間で一貫していた一方で、特異性は９７．８％であり、より多くの変動が組織間にあった。特に、前立腺と甲状腺の両方は、７４．１％と７５％の低特異性を有しており、これはおそらく、アルゴリズムにおける制限、トレーニングに利用可能な小さいサンプル数、又はこれら組織における低悪性度の悪性腫瘍の高い罹患率を反映する。アルゴリズムが癌を識別する能力を、１２２０の癌と５５０の正常なサンプルから成る独立したコホートにおいて検証した。このコホートにおいて同様の結果を達成し、サンプルの９８．７％を癌又は正常として正確に識別し、４つの癌サンプルのみを誤った組織であると識別した。検証コホートにおける総合感受性と特異性はそれぞれ９８．９％と９８．４％であり、トレーニングコホートにおけるものと非常に類似する予測特性を有していた。全体として、これら結果は、悪性腫瘍の存在、同様にその起源の部位も識別する際に、これらメチル化パターンの丈夫な性質を実証する。
【０３１６】
＜その遺伝子発現パターンに関連付けられた癌メチル化プロファイル＞
ＤＮＡメチル化が遺伝子発現の不可欠な後成的レギュレータであるとすれば、コホートにおける遺伝子発現との、腫瘍対正常組織における部位遺伝子の差動的なメチル化の相関性を調査した。具体的に、上述のアルゴリズムにおける悪性腫瘍の存在を予測したメチル化部位が対象であった。癌種における高メチル化を示した上位のマーカーを、その一致した正常組織の相当物におけるものと比較した場合に選択し、乳房、肝臓、肺、及び結腸の癌におけるそれらの対応遺伝子を確認した。これらの遺伝子の差動的発現を計算するために発見コホートとしてＴＣＧＡからのＲＮＡ  ｓｅｑデータを利用し、癌組織収集物を検証コホートとして使用した。ほぼ全ての遺伝子は、正常なものに比べて提示された著しいＣｐＧの高メチル化を選択し、減少された発現をこれら遺伝子の各々において観察した。ウィルコクソンの符号順位検定を使用して１．２１ｘ１０−２１のｐ値を判定した。幾つかの例において、選択された遺伝子は発癌性に関連していた。
【０３１７】
＜早期癌の診断のための全癌パネル＞
８０００のメチル化マーカーの検証及び癌患者の第２コホートにおけるそれらの検証後、早期癌を検出するためのそれらの使用を、血漿と尿における調査する無細胞腫瘍ＤＮＡにより調査した。
【０３１８】
＜実施例４−共通の癌の診断及び予後における全癌メチル化マーカー＞
＜承認＞
Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）のデータを、ＴＣＧＡのウェブサイトからダウンロードした。このプロジェクトはＳＹＳＵのＩＲＢ及びＳｉｃｈｕａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙにより承認された。インフォームドコンセントを全患者から得た。患者がインフォームドコンセントに署名した後、腫瘍と正常組織を得た。
【０３１９】
＜データソース＞
初期のトレーニングセット及び第１の試験セットからのＤＮＡメチル化データを、Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）から得た。１１５０の患者腫瘍及び一致した正常組織サンプルの検証コホートと同様に、４０３２の腫瘍及び一致した隣接する正常組織サンプルのトレーニングコホートに関するメチル化データを含む、臨床的特徴及び分子プロファイリングを、ＴＣＧＡから得た。Ｗｅｓｔ  Ｃｈｉｎａ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ及びＳｕｎ  Ｙａｔ−ｓｅｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒからの亜硫酸水素塩配列決定方法を使用して、８１０人の中国人の癌患者の別個の検証コホートを得た。研究コホートにおける患者の臨床的特徴を、表２、及び図３７−図４０に列挙する。一致した隣接する正常組織サンプルを、同じ患者から腫瘍と同時に集めて、組織構造により癌の証拠を持たないことを確認した。Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ４５０Ｋのメチル化アレイを使用して、４８５，０００の部位のメチル化状況を生成した。追加データは、以下のＧＳＥデータセット：ＧＳＥ４６３０６、ＧＳＥ５０１９２、ＧＳＥ５８２９８、及びＧＳＥ４１８２６からのものであった。メチル化データファイルを、走査された各ビーズの比率値を備えたＩＤＡＴフォーマットで得た。Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒのｍｉｎｆｉパッケージを使用して、これらデータファイルを、ベータ値と称されるスコアに変換した。全てのサンプルに関するベータ値を得た後、２０のデータセット全てにわたり存在しなかったマーカーを排除した。
【０３２０】
【表２】
2018508228.tif 000009
【０３２１】
＜全癌マーカーセットの生成＞
特定の癌種とその相当する正常組織との間のペアワイズのメチル化差異、２つの異なる癌種間の差異、同様に、２つの異なる正常組織間の差異を比較することにより、癌種に特異的なシグネチャーを識別し、合計１２の組織群は６の腫瘍群と６の正常組織群とを含んでいる。患者のサンプルを、一致した隣接する正常組織を含む６つの異なる組織からのＴＣＧＡを表示する９つの癌種から、トレーニング及び検証のコホートへと、無作為に分けた。これを行うために、合計１２＊１１／２＝６６の固有のペアワイズの比較を行なった。Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ４５０，０００  ＣｐＧメチル化マイクロアレイを使用して、４５０ｋのマーカーを、Ｒ遺伝子フィルタパッケージにおいて［カラムｔ検定］ｃｏｌｔｔｅｓｔｓ（）関数を用いて群ごとに比較した。ｔ−統計量により最低のｐ値を持つマーカー、及び各群における各比較間の平均メチル化画分における最大の差異をランク付けし、各群における上位１０のマーカーを再検証分析のために選択した。４５０の比較の後、４３２の固有の非冗長マーカーを全癌パネルとして生成した。これら４３２の上位ランクのＣｐＧ部位を、各癌種及び正常なサンプルにおいて教師無し様式で示した（図８）。
【０３２２】
この様式でのＣｐＧ部位の差動的メチル化に従う、これらサンプルの階層的クラスタリングは、起原となる癌組織、同様にＴＣＧＡトレーニングコホートにおける正常組織を区別することができた（表３）。全体的な正確な診断割合は９９．２％であった。その後、これらマーカーを、９７．９％の同様の正確な割合で、ＴＣＧＡ検証コホートに適用した（表４）。中国人癌患者の独立した第３のコホートにおいても結果を確認し（表５）、正確な割合は９５．２％であり、ＴＣＧＡから別個の人種的及び地理的な背景における代替的な重亜硫酸塩配列決定技術を使用して、メチル化分析を実行した（軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）と多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）の適切な数は中国人コホートにおいて入手可能ではなかった）。
【０３２３】
２０の乳癌転移、及び３０の結腸直腸癌の肝転移を調べた。原発性乳癌、原発性結腸直腸癌、原発性肝癌、及び正常な肝臓と比較した、これら転移の階層的クラスタリングを図４１に図示する。この分析は、１９／２０の乳癌転移と２９／３０の結腸直腸癌転移の診断を示した（表５）。２つの誤診を正常な肝臓と識別し、これは誤差の原因が組織汚染であったことを示唆している。
【０３２４】
【表３】
2018508228.tif 000010
【０３２５】
【表４】
2018508228.tif 000011
【０３２６】
【表５】
2018508228.tif 000012
【０３２７】
アルゴリズムは、悪性腫瘍の組織起源と、同じ組織から生じる癌とを区別した。組織学的な亜型は治療の選択と予後に関係する。故に、組織学的な亜型を起源となる共通の組織と区別するアルゴリズムの能力を、軽度の神経膠腫（ＬＧＧ）対多形性神経膠芽腫（ＧＢＭ）（図９Ａ、表６）、肺腺癌（ＬＵＳＣ）対扁平上皮癌（ＬＵＡＤ）（図９Ｂ、表７）、及び腎臓の明細胞（ＫＩＲＣ）対腎臓の乳頭状細胞癌（ＫＩＲＰ）（図９Ｃと表８）について、更に調べた。組織学的な亜型の教師無し階層的クラスタリングを例示するヒートマップを図９Ａ−９Ｃにおいて示し、メチル化に基づく分類の結果を表６−８に示す。これらメチル化シグネチャーは、ＴＣＧＡコホートにおける脳癌の９７．６％、肺癌の９５．５％、及び腎臓癌の９８％において、組織学的な亜型を正確に確認することができた。不正確な分類の大多数は、癌であるが誤った組織学的な亜型を正確に識別し、サンプルの１％未満は正常組織として誤認された。
【０３２８】
【表６】
2018508228.tif 000013
【０３２９】
【表７】
2018508228.tif 000014
【０３３０】
【表８】
2018508228.tif 000015
【０３３１】
＜各比較における上位１０のマーカーに関する加重値の計算＞
主成分分析を、統計環境における関数：ｐｒｃｏｍｐ（）を使用して、各比較群における上位１０のマーカーに適用し、各群の第１の主成分における加重値を抽出し、各群において１０の対応するマーカーと一致させた。マーカーを持つ加重値の４５の群が存在する。これらのマーカーを使用して、ニューラルネットワーク、ロジスティック回帰、最近傍（ＮＮ）及びサポートベクターマシン（ＳＶＭ）を含む様々なアルゴリズムによりサンプルを分類し、その全ては一貫した結果を生成した。ＳＶＭを使用する分析は、最も確固としていることが分かり、それ故、全ての後の分析に使用された。
【０３３２】
各腫瘍群について、サンプルを、結果として生じるメチル化シグネチャーに基づき２つの群に分け、それらの生存を、カプラン＝マイヤー曲線を使用して示した（図１０Ａ−図１０Ｂ）。腫瘍段階、及び処置後に残る腫瘍の存在に基づく亜群も、分析した。これらメチル化プロファイルは、調べられる全ての腫瘍のタイプ及び大半の亜群における生存の大きな統計的有意差を予測することができた。様々な特異的な結果は、潜在的に臨床的に有意であると分かった（ｓｔｏｏｄ）。全てのＬＧＧ患者、同様に腫瘍が残存する患者において、メチル化は、特に好ましい生存を持つ個体の亜群を識別した（図１０Ａ−図１０Ｂ、Ｐ＜０．００１）。腎臓の明細胞癌（ＫＩＲＣ）において、分析は、処置の後に腫瘍が残存していない患者における比較的優れた生存を持つ群と比較して、相対的に生存が乏しい患者の小さな亜群を識別した（８６．３％ｖｓ３４．８％）（図１０Ａ−図１０Ｂ）。ＫＩＲＰにおいて、アルゴリズムは、処置後に腫瘍が残存する患者、又は疾患が進行した段階にある患者の亜群において、特に予後が乏しい患者を識別した（図１０Ａ−図１０Ｂ）。統計的に有意であるが、この効果の規模の評価は、少ない数のこのような群により限定される。処置後に腫瘍が残存していないＬＵＡＤ患者の亜群は更に、大抵の患者と比較して特に好ましい予後を持つと確認され（図１０Ａ−図１０Ｂ）、このことは、これらの患者の再発率の割合が低いことを示唆している。最終的に、ＬＵＳＣにおいて、メチル化パターンは、処置後に腫瘍が残存しない患者の亜群における、同様に優れた生存を予測した（図１０Ａ−図１０Ｂ）。これらの結果は、生存を予測し、及び、上述の様々な実施例において、多かれ少なかれ積極的なモニタリング又は処置を必要とし得る患者の群を識別する際に、補体組織構造に対してメチル化パターンを使用する可能性を強調する。
【０３３３】
体細胞突然変異がメチル化シグネチャーのみに付加的な予後の情報を加えたかどうか、又はメチル化シグネチャーが体細胞突然変異と相互に関連したかどうかを試験するための実験を行った。３つの癌種（ＬＧＧ、ＬＩＨＣ、及びＫＩＲＣ）において、ＤＮＡメチル化ベースの予測が体細胞突然変異と相互に関連すること、及び、メチル化の組み合わせと体細胞突然変異の分析とが、５年の生存の予測のために改善されたパフォーマンスを提供することを、見出した。体細胞突然変異の分布及び相対度数を図４３Ａ−図４３Ｂに示す。ＬＧＧについて、ＩＤＨ１又はＩＤＨ２の何れかにおける突然変異は、一般的且つ相互に排他的であり、突然変異はＩＤＨ２よりもＩＤＨ１においてより頻繁に生じた。ＩＤＨ１又はＩＤＨ２の突然変異は、改善された予後を予測するメチル化シグネチャーを持つサンプルの９２％で存在し、これに対し、予後不良を予測するメチル化シグネチャーにおいては４２％しかなかった（図１１Ａ）。興味深いことには、ＩＤＨ２突然変異は、予後不良を予測するメチル化シグネチャーを持つ群全てにおいては観察されなかった。一意的に、腫瘍のタイプに関する体細胞突然変異の中で、ＩＤＨ１／ＩＤＨ２の状況は独立して、メチル化シグネチャーに加えて改善された予後を予測した（図１１Ｂ）。ＩＤＨ１及び正のメチル化シグネチャーは優れた予後を予測したが、ＩＤＨ２突然変異は、より優れた生存さえも予測するように思われる。サンプルセットにおけるＩＤＨ２突然変異体において死亡は観察されなかったが、この観察は２２のサンプルの大きさにより限定される。ＩＤＨ１とＩＤＨ２の突然変異は、ＬＧＧにおいて一般的であると知られ、この腫瘍において優れた予後を示しており、ＬＧＧを欠くＩＤＨ１／２突然変異は、ＧＢＭにかなり類似する臨床的挙動を実証する。ＩＤＨ１とＩＤＨ２は、細胞における代謝プロセスに関係し、これら遺伝子における突然変異は、ｍＣｐＧ部位のヒドロキシル化と脱メチル化に干渉すると考えられている。著しくは、予後を予測するメチル化シグネチャーは、体細胞突然変異にも、ＨＥＲ２とＥＲ／ＰＲ発現を含む組織学的マーカーにも関連しなかった。
【０３３４】
ＬＩＨＣについて、体細胞突然変異の総数は、より悪化した予後を予測するメチル化シグネチャーに関連した（図１１Ｃ）。ＫＩＲＣについて、図１１Ｄは、メチル化プロファイル及び頻繁に突然変異した遺伝子に関連する、教師無し階層的クラスタリング及びヒートマップを示し、図４２Ａは、体細胞突然変異の総数がより悪化した予後を予測するメチル化シグネチャーに関連したことを示す。加えて、メチル化シグネチャーと、３つの遺伝子（ＢＡＰ１、ＴＰ５３、及びＰＴＣＨ１）の１つの体細胞突然変異との組み合わせを使用して、予後を予測し（図４２Ｂ、ｐ＜０．０００１）、その他に好ましい予後を持つこの癌において特に生存が乏しい小さな亜群を識別した。
【０３３５】
＜その遺伝子発現パターン及び機能に関連付けられた癌メチル化プロファイル＞
遺伝子発現と相互に関連付けられた、腫瘍対正常組織における遺伝子中の部位の差動的なメチル化を更に調査した。正常組織において平均メチル化値が＜５％であり、且つ癌組織においては＞５０％であるトップマーカーを選択し、これは癌と正常組織の両方におけるメチル化と遺伝子発現のレベルの優れた相関性を示した。ＴＣＧＡからのＲＮＡ−ｓｅｑデータを使用して、これら遺伝子の差動的発現を計算した（図１５Ａ）。ＣｐＧ高メチル化は、正常なサンプルに比べて癌において観察され、対応遺伝子においては反対に発現が減少していた。新しく発見された腫瘍抑制因子機能により識別された遺伝子を更に試験した。ＺＳＣＡＮ１８を選択して、癌の生物学に対するその機能的関連性を試験し、ＺＮＦ５０２は乳癌の病因に関係していた。ＺＮＦ５０２は、逆に遺伝子発現が減少している乳癌において高メチル化される（ｐ＝ｘｘ、ｐ＝ｘｘ）（図１５Ａ−図１５Ｅ）。加えて、ＺＮＦ５０２発現は乳癌において抑止され、細胞培養物及びヌードマウスにおける腫瘍増殖を減少させると観察された（図１５Ｇ）。同様に、ＦＵＺにおけるメチル化レベルは、逆に遺伝子発現レベルが減少した肝臓癌において増大し、細胞培養物とヌードマウスにおいて腫瘍増殖を阻害すると示された（図１５Ｆ−図１５Ｊ）。
【０３３６】
＜変数の生成＞
データにおけるサンプルの各々に関する４５の変数を生成した。加重値／マーカーの組み合わせを使用して、各変数Ｖを、以下の方程式を用いて計算した：
【０３３７】
【数２】
2018508228.tif 000016
ここで、Ｗは加重値であり、Ｍは、対応するマーカーの０から１までのメチル化ベータ値である。
【０３３８】
寸法が（２）１９０の変数ごとの（１）サンプルの数である場合に、マトリックスを生成した。
【０３３９】
＜サンプルの分類＞
上述のマトリックスを使用してサンプルを分類した。ロジスティック回帰、最近傍（ＮＮ）、及びサポートベクターマシン（ＳＶＭ）を含む、本明細書で使用される様々な分類アルゴリズムがある。全ての後の分析に、ＳＶＭを用いる分析を使用した。
【０３４０】
Ｒに関するＫｅｒｎｅｌ−Ｂａｓｅｄ  Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  Ｌａｂ（ｋｅｒｎｌａｂ）を使用し、サポートベクターマシンを生成した。最良の結果は「ＲＢＦ」カーネルを伴う。Ｃｒａｍｍｅｒ、Ｓｉｎｇｅｒのアルゴリズムは、Ｗｅｓｔｏｎ、Ｗａｔｓｏｎのアルゴリズムよりもわずかに結果が優れていた。分析において、４つの起こり得るタイプの分類誤差を確認した。
１．不正確な組織；例えば結腸組織が肺組織として識別される。
２．偽陰性；例えば、肺癌は正常な肺として識別される。
３．偽陽性；例えば、正常な結腸は結腸癌として識別される。
４．正確な組織、不正確な癌種；例えば、腎臓の明細胞癌は、腎臓の乳頭状の細胞癌として識別される。
【０３４１】
３つの方法を使用して結果を検証した。
１．サンプルを５等分に分け、そのうち４つをトレーニングに使用し、５番目の部分を使用して結果を試験した。
２．１つを除いて全てのサンプルがトレーニングに使用される場合、Ｌｅａｖｅ  ｏｎｅ  ｏｕｔのシナリオを使用した。ｏｎｅ  ｌｅｆｔ  ｏｕｔを試験に使用した。それらを全て試験するまで、各サンプルのためにこれを繰り返した。
３．２段階の複製研究：プロセスの始めにサンプルを２つのセットに分けた。トレーニングセットにより、最も高いｔ検定スコアとのそれぞれの比較において１０のマーカーを確認した。その後、これらマーカーを使用して主成分を生成し、次にこれら変数を使用してＳＶＭを作成した。得られたマーカーを試験セットに適用し、主成分とＳＶＭの結果を生成した。
【０３４２】
＜腫瘍ＤＮＡ抽出＞
新しく凍結した健全な又は癌の組織の片からのゲノムＤＮＡ抽出を、製造業者の推奨に従いＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）により行った。およそ０．５ｍｇの組織を使用し、平均５μｇのゲノムＤＮＡを得た。ＤＮＡを−２０℃で保存し、調製の１週間以内に分析した。
【０３４３】
＜ＦＦＰＥサンプルからのＤＮＡ抽出＞
様々な修飾でＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  ＦＦＰＥ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔを使用して、凍結したＦＦＰＥサンプルからのゲノムＤＮＡを抽出した。ＤＮＡを更なる分析のために−２０℃で保存した。
【０３４４】
＜ゲノムＤＮＡの重亜硫酸塩変換＞
製造業者のプロトコルに従いＥＺ  ＤＮＡ  Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ−Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇ（商標）キット（Ｚｙｍｏ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用し、１μｇのゲノムＤＮＡをビス−ＤＮＡに変換した。結果として生じるビス−ＤＮＡは、〜２００−３０００ｂｐの粒度分布を有しており、ピークは約〜５００−１０００ｂｐであった。ビス−ＤＮＡの深い配列決定、及び、ＣＨ（非ＣＧ）ジヌクレオチドのＴ変換に対するＣの比率の分析によって確認されるように、重亜硫酸塩変換の効率は、＞９９．８％であった。
【０３４５】
＜分子反転（パッドロック）プローブにより捕捉されるビス−ＤＮＡの深い配列決定による第２の検証コホートのＤＮＡメチル化レベルの判定＞
癌組織と正常組織との比較の何れかにおいてメチル化レベルが著しく異なったＣｐＧマーカーを使用して、配列決定のためのパッドロックプローブを設計した。パッドロック捕捉とビス−ＤＮＡの配列決定は、修飾によりＧ．  Ｃｈｕｒｃｈ  ａｎｄ  ｃｏｌｌｅａｇｕｅｓ  （Ｐｏｒｒｅｃａ  ＧＪ，  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２００７  Ｎｏｖ；  ４  （１１）：９３１−６．）及びＫ．  Ｚｈａｎｇ  ａｎｄ  ｃｏｌｌｅａｇｕｅｓ  （Ｄｉｅｐ，  Ｄ  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２０１２  Ｆｅｂ  ５；９（３）：２７０−２，  Ｄｅｎｇ，  Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．  Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  ２７，  ３５３−３６０  （２００９））によって開発された技術に基づく。
【０３４６】
＜プローブの設計と合成＞
パッドロックプローブを、ｐｐＤｅｓｉｇｎｅｒソフトウェア（Ｄｉｅｐ，  Ｄ，  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２０１２  Ｆｅｂ  ５；９（３）：２７０−２７２）を使用して設計した。捕捉した領域の平均長は７０ｂｐであり、ＣｐＧマーカーは捕捉した領域の中心部に位置する。ＣｐＧマーカーの未知のメチル化状況により導入されたバイアスを妨げるために、ＣＧジヌクレオチドを欠いた配列内に捕捉アームを排他的に位置付けた。アーム間のリンカー配列は、等しい長さのプローブを生成するために、Ｃｓの可変的な伸展により分離された増幅プライマーのための結合配列を含んでいた。プローブの平均長は９１ｂｐであった。プローブは、６−ｂｐの固有の分子識別子（ＵＭＩ）配列を組み込み、個々の分子捕捉事象の識別と、ＤＮＡメチル化レベルの正確なスコア付けを可能にした。
【０３４７】
標準の商業上の合成方法を使用して、プローブを別個のオリゴヌクレオチドとして合成した。捕捉実験のために、プローブを混合し、製造業者の推奨に従いＴ４  ＰＮＫ（ＮＥＢ）によりインビトロでリン酸化して、Ｐ−３０  Ｍｉｃｒｏ  Ｂｉｏ−Ｓｐｉｎカラム（Ｂｉｏ−ｒａｄ）を使用して精製した。
【０３４８】
＜ビス−ＤＮＡの捕捉＞
２０ｎｇの重亜硫酸塩に変換されたＤＮＡを、１Ｘ  Ａｍｐｌｉｇａｓｅ緩衝液（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）を含む２０μｌの反応物において、定められたモル比のパッドロックプローブと混合した。ＤＮＡに対するプローブの最適なモル比は、２０，０００：１であると実験的に判定した。蒸発を妨げるために、反応物を５０μｌの鉱油で覆いかぶせた。ＤＮＡに対してプローブをアニールするために、９５℃で３０秒の変性の後、毎秒０．０２℃の割合で５５℃にゆっくりと冷却した。ハイブリダイゼーションを、５５℃で１５時間にわたり放置することで完了させた。アニールされたアーム間の間隙を満たすために、以下の５μｌの混合物を各反応物に加えた：２ＵのＰｆｕＴｕｒｂｏＣｘポリメラーゼ（９５℃で３分間予め活性化した（Ａｇｉｌｅｎｔ））、０．５ＵのＡｍｐｌｉｇａｓｅ（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）、及び１Ｘ  Ａｍｐｌｉｇａｓｅ緩衝液中の２５０ｐｍｏｌの各ｄＮＴＰ。５５℃で５時間のインキュベーションの後、反応物を９４℃で２分間変性させて、氷の上で即座に冷却した。５μｌのエキソヌクレアーゼ混合物（２０ＵのＥｘｏＩ及び１００ＵのＥｘｏＩＩＩ、共にＥｐｉｃｅｎｔｒｅ由来）を加え、一本鎖ＤＮＡ分解を３７℃で２時間行い、その後、９４℃で２分間酵素不活性化を行った。
【０３４９】
部位特異的捕捉の環状の生成物を、別個のサンプルへのバーコーディングを付随するＰＣＲにより増幅した。パッドロックプローブ内のリンカーＤＮＡに特異的なプライマーを用いて増幅を行い、その１つは特異的な６ｂｐのバーコードを含んでいた。両方のプライマーは、Ｉｌｌｕｍｉｎａの次世代の配列決定アダプター配列を含んでいた。ＰＣＲを以下のように行った：次のサイクルを使用して、１Ｘ  Ｐｈｕｓｉｏｎ  Ｆｌａｓｈ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ、３μｌの捕捉されたＤＮＡ、及び２００ｎＭの最終［ｃ］のプライマー：１０ｓ＠９８℃、８Ｘの（１＠９８℃、５ｓ＠５８℃、１０ｓ＠７２℃）、２５Ｘの（１＠９８℃、１５ｓ＠７２℃）、６０ｓ＠７２℃。ＰＣＲ反応物を混合し、結果として生じるライブラリは、有効な捕捉（〜２３０ｂｐ）を含み、且つＡｇｅｎｃｏｕｒｔ  ＡＭＰｕｒｅ  ＸＰビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用して「空の」捕捉（〜１５０ｂｐ）を除外するように選択された大きさであった。Ｉｌｌｕｍｉｎａフローセルアダプタープライマー（Ｐ及びＰ７）を使用してＰＣＲによりライブラリの純度を確認し、Ｑｕｂｉｔ  ｄｓＤＮＡ  ＨＳアッセイ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して濃度を判定した。ＭｉＳｅｑとＨｉＳｅｑ２５００システム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用してライブラリを配列決定した。
【０３５０】
＜捕捉範囲の均一性の最適化＞
本来のパイロット捕捉実験の深い配列決定は、最も効果的なプローブと非効果的なプローブにより捕捉された読み取りの数の間の有意差を示した（＞０．２の平均の範囲を持つ捕捉領域の６０−６５％）。これを改善するために、相対的な効率を配列決定データから計算し、プローブを調整されたモル比で混合した。これにより捕捉均一性を、＞０．２の平均範囲で領域の８５％に増大させた。
【０３５１】
＜配列決定データの分析＞
幾つかの修飾と共にソフトウェアツールｂｉｓＲｅａｄＭａｐｐｅｒ  （Ｄｉｅｐ，  Ｄ，  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２０１２  Ｆｅｂ  ５；９（３）：２７０−２７２）を使用して、配列決定の読み取りのマッピングを行った。初めに、各配列決定の読み取りからＵＭＩを抽出し、添付して、Ｄ．Ｄ．により豊富に提供されるカスタムスクリプトを用いてＦＡＳＴＱファイル内のヘッダーを読み取った。Ｂｏｗｔｉｅ２を使用して、あたかもＣが全てメチル化されず、且つヒトゲノムのインシリコで変換されたＤＮＡ鎖へとマッピングされたかのように、また、あたかもＣが全てメチル化されなかったかのように、読み取りを飛行中に変換した（Ｌａｎｇｍｅａｄ  Ｂ，  Ｓａｌｚｂｅｒｇ  Ｓ．  Ｆａｓｔ  ｇａｐｐｅｄ−ｒｅａｄ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｗｉｔｈ  Ｂｏｗｔｉｅ  ２．  Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２０１２，  ９：３５７−３５９）。本来の読み取りを単一のＵＭＩのために統合且つフィルタ処理し、即ち、同じＵＭＩを運ぶ読み取りを廃棄して、１つの読み取りを残した。パッドロックプローブが設計される全てのＣｐＧマーカーのために、メチル化頻度を抽出した。任意のサンプルにおける２０未満の読み取りを持つマーカーを分析から除外した。この結果、メチル化レベルが約５％以上の精度で判定される〜６００ＣｐＧのマーカーがもたらされた。
【０３５２】
＜ＤＮＡ／ＲＮＡ分離及び定量的ＰＣＲ＞
腫瘍及び相当する遠くの部位のサンプルを、外科的腫瘍切除を受ける患者から得て、使用するまでサンプルを−８０℃で冷凍保存した。サンプルからのＤＮＡとＲＮＡの分離を、ＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用して実行し、ＲＮＡをオンカラムのＤＮａｓｅ消化にさらした。Ｎａｎｏｄｒｏｐ  ２０００を使用してＲＮＡを定量化し、製造業者の指示に従いｉＳｃｒｉｐｔ  ｃＤＮＡ合成キット（Ｂｉｏ−ｒａｄ，Ｉｎｃ）を使用して、各サンプルの２００ｎｇのＲＮＡを相補ＤＮＡ合成のために使用した。簡潔に、サンプルを、２５℃で５分間、４２℃で３０分間、その後８５℃で５分間、インキュベートした。７５００  Ｒｅａｌ  Ｔｉｍｅ  ＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の上で遺伝子特異的なプライマー（表９）とＰｏｗｅｒ  ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘを使用して、４０のサイクル増幅によりｑＰＣＲを実行した。測定を三通りに行い、内因的なＡＣＴＢレベルに標準化した。発現における相対的な倍率変化を、ΔΔＣＴ方法（サイクル閾値＜３０））を使用して計算した。３つの複製に基づいてデータを平均±ｓ．ｄとして示す。
【０３５３】
【表９−１】
2018508228.tif 000017
【０３５４】
【表９−２】
2018508228.tif 000018
【０３５５】
【表９−３】
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【０３５６】
コホートにおける腫瘍対正常組織の遺伝子発現との、遺伝子におけるＣｐＧ部位の差動的メチル化の相関性を更に調査した。乳癌又は肝臓癌の何れかにおいて高メチル化を示した上位の差動的にメチル化したＣｐＧマーカーを、その一致した標準組織のものと比較した際に選択した。一致した正常組織と比較してこれら遺伝子の差動的発現を計算するために、ＴＣＧＡからのＲＮＡ−ｓｅｑデータを発見コホートとして利用した（図１２と図１３Ａ−図１３Ｃ）。ＲＴ−ｑＰＣＲを使用し、癌組織収集におけるこれら遺伝子の発現を検証コホートとして特徴化した（図１４）。これら高メチル化遺伝子の各々において発現の減少を観察した。
【０３５７】
＜腫瘍異種移植片＞
制度上及び国際的な動物の規則に従い、全ての動物研究を行った。Ｓｕｎ  Ｙａｔ−  Ｓｅｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒ及びＷｅｓｔ  Ｃｈｉｎａ  ＨｏｓｐｉｔａｌのＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅにより、動物プロトコルは承認された。メスの無胸腺ＢＡＬＢ／ｃヌードマウス（４−５週齢、１８−２０ｇ）を、供給業者（Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ  Ｐｒｏｖｉｎｃｅ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ，  Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ，  Ｃｈｉｎａ）から購入した。腫瘍細胞を１００μｌの無血清培地において懸濁し、マウスに皮下注射した。最大の腫瘍の大きさが１０ｍｍ以上として定められる腫瘍量に到達するまで、腫瘍の増殖を３日ごとに診察によりモニタリングした。キャリパーを使用して腫瘍の大きさを測定し、腫瘍容積を以下の方程式に従って計算した：腫瘍容積（ｍｍ３）＝（長さ（ｍｍ）×幅（ｍｍ）２）×０．５。典型的なデータを、１つの実験群当たり５匹のマウスから得た。一元の繰返し測定ＡＮＯＶＡにより統計分析を行った。
【０３５８】
＜実施例５−ＤＮＡメチル化をベースとするシグネチャー、並びに、結腸癌及びその転移の診断及び予後＞
＜承認＞
Ｓｕｎ  Ｙａｔ−Ｓｅｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒ及びＷｅｓｔ  Ｃｈｉｎａ  ＨｏｓｐｉｔａｌのＩＲＢにより、この計画は承認された。インフォームドコンセントを全患者から得た。患者がインフォームドコンセントに署名した後、腫瘍と正常組織を得た。
【０３５９】
＜不顕性癌＞
未知の起原の転移性腺癌の患者をこの研究に登録した。患者は、進行性の体重減少、疲労、及び虚弱を提示した。精密検査は、詳細な履歴、骨盤、直腸、精巣組織を含む完全な検査、ＣＢＣ、ＣＭＰ、ＵＡ、便潜血を含む研究所試験、組織検査、撮像、内視鏡検査を含んでいた。
【０３６０】
＜患者と組織の特徴＞
目的は結腸癌とその転移を診断することであったので、肝臓と肺が転移の最も頻繁な部位である場合、結腸癌に加えて肝臓癌と肺腺癌のための正確な癌シグネチャーを生成することが必要とされた。それ故、２４８７の癌患者及び正常な患者を研究した（表１０と図２１）。同じ患者に由来する隣接した正常組織を対照として使用した。これら正常組織を、癌の証拠の無い組織構造により確認した。患者の特徴を図４４Ａ−図４４Ｂに要約する。
【０３６１】
【表１０】
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【０３６２】
＜癌マーカーセットの生成＞
癌種の特異的なシグネチャーを識別するために、比較を行い、特定の癌種と、肝臓癌及び肺癌に関するその周囲の正常組織との間のメチル化差異を識別する。３つのペアワイズの比較解析を、癌に特異的及び組織に特異的なメチル化シグネチャーの生成のために行った：１）特定の癌種と、その相当する正常組織との間のペアワイズのメチル化差異、２）２つの異なる癌種間の差異、及び３）２つの異なる正常組織間の差異。３の腫瘍群と３の正常組織群を含む、合計６の組織群により、合計１５の固有のペアワイズの比較（６＊５／２）を、実行した。Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ４７０，０００  ＣｐＧメチル化マイクロアレイを使用して、４５０，０００のマーカーを、Ｒ遺伝子フィルタパッケージにおいて［カラムｔ検定］ｃｏｌｔｔｅｓｔｓ（）関数を用いて１つの比較ごとに使用した。マーカーを、ｔ−統計量試験により判定されるように最低のｐ値、及び各比較の間の平均メチル化画分における最大の差異の両方によりランク付けし、再検証分析のために各群における上位１０のマーカーを選択した。１５の比較の後、１２７の固有の非冗長マーカーを全癌パネルとして生成した。
【０３６３】
異なる癌種間の差異、同様にペアワイズの様式で３つの正常組織間の差異も、比較した。ＴＣＧＡから１１０８人の患者のトレーニングコホートのゲノムワイドＤＮＡメチル化（Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ４７０，０００  ＣｐＧメチル化マイクロアレイを使用して得られる）プロファイルの分析を実行した。７８６の固有の非冗長マーカーを全癌パネルとして生成した。これら７８６の上位ランクのＣｐＧ部位の階層的クラスタリングを、９３９癌の及び１６９正常なサンプルにおいて教師無し様式で示した（図１６）。別の３１１のマーカーを含む９３９の癌及び１６９の正常なサンプルを使用して、その後、異なる癌種（結腸、肝臓、肺癌）を比較した（図１７）。
【０３６４】
階層的クラスタリングは、各癌種を互いに区別、及び正常組織と区別することができた。ＴＣＧＡサンプルをトレーニングコホートと試験コホートへと無作為に分け、トレーニングコホートは９３９の癌サンプル及び１６９の正常なサンプルから成っていた。トレーニングコホートの階層的クラスタリングを使用して、メチル化パターンに基づき癌種と正常組織を区別した（表１１Ａ）。９３９の癌サンプルのうち９２６と、１６９の正常なサンプルのうち１６６を正確に識別し、９８．６％の総合感受性と９９％の特異性を得た。各個体の癌において、一貫した高い特異性且つ感受性を観察した（表１１Ａ）。アルゴリズムが癌を識別する能力を、３９３の癌と５２の正常なサンプルから成る、別個のＴＣＧＡ試験コホートにおいて検証した（表１１Ｂ）。このコホートにおいて同様の効果を達成し、サンプルのうち３８４を癌として正確に識別し、４７を正常として正確に識別した。この検証コホートにおける全体的な正確な割合は９６．９％であった。その後、このアルゴリズムを、３２３の癌と２８３の正常なサンプルから成る、別の試験コホートにおいて試験した（表１１Ｃ）。再度、全体的な正確な診断割合は９５．９％であった。次に生成する配列決定プラットフォームを用いてサンプルの第３のコホートを試験し、それにより、プラットフォームのバイアス又は組織的誤差の可能性を減少させた。結腸直腸癌の肝転移の３３の事例及び結腸直腸癌の肺転移の３４の事例について、サンプルの９３．９％と９４．１％をそれぞれ正確に識別した。４つの誤診されたサンプルを、侵された臓器の正常組織として予測し、これは、誤診につながる組織生検の汚染可能性を示唆している。
【０３６５】
【表１１Ａ】
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【０３６６】
【表１１Ｂ】
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【０３６７】
【表１１Ｃ】
2018508228.tif 000023
【０３６８】
次に、癌、及び転移における原因の組織の存在を判定するためにメチル化シグネチャーを使用する可能性を調査した。中国人患者のコホートからの様々な正常及び癌病変のサンプルを集めた（表１０）。このシグネチャーは、肝臓、肺、及びリンパ節の転移性病巣における癌の原因を再現性よく識別することができる。更に、未知の原因の癌のパネルを試験して、全てを原発性の結腸腺癌から予測することができることが分かった（図１８）。
【０３６９】
＜各比較における上位１０のマーカーに関する加重値の計算＞
主成分分析を、統計環境におけるｐｒｃｏｍｐ（）関数を使用して、各比較群における上位１０のマーカーに適用し、各群の第１の主成分における加重値を抽出し、各群において１０の対応するマーカーを持つ加重値と一致させた。全体でマーカーを持つ加重値の４５の群が存在する。これらのマーカーを使用して、ニューラルネットワーク、ロジスティック回帰、最近傍（ＮＮ）及びサポートベクターマシン（ＳＶＭ）を含む様々なアルゴリズムによりサンプルを分類し、その全ては一貫した結果を生成した。ＳＶＭを使用する分析は、最も確固としていることが分かり、それ故、全ての後の分析に使用された。
【０３７０】
メチル化のパターンが特定の腫瘍の根本的な生物学における差異を反映し得るので、メチル化シグネチャーが結腸直腸、肺、及び肝臓の癌患者のコホートにおける全生存を予測する能力を、調査した。各癌について、５年で生存又は死亡する患者を比較し、主成分分析（ＰＣＡ）を用いて、５年生存率を予測するメチル化シグネチャーを導き出した。結腸癌コホート及び各亜群に関する著しく異なる全生存を、段階に基づいて予測した（図１９Ａ−図１９Ｅ）。メチル化シグネチャーは、全ての患者に関して、優れた予後の群において８１．２％の５年のＯＳを、これに対し予後不良群においては４２％を予測した。段階Ｉ−ＩＩの結腸癌患者の亜群の分析において（図１９Ｂ）、５年の時点で１００％のＯＳを持つ患者、これに対し５１．３％しかない患者の群を識別した。これらの結果は、これら腫瘍のメチル化プロファイリングが、予後の予測、及び処置選択の潜在的な誘導において著しい役割を果たし得ることを示唆している。体細胞突然変異の分布及び相対度数を図４５に示す。
【０３７１】
＜データソース＞
ＤＮＡメチル化データを、Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）、Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ４５０Ｋメチル化アレイを使用して生成された４８５，０００の部位の分析、及び以下のＧＳＥデータセットからの追加データを含む、様々なソースから得た：ＧＳＥ４６３０６、ＧＳＥ５０１９２、ＧＳＥ５８２９８、及びＧＳＥ４１８２６。腫瘍及びその対応する正常組織に関するメチル化プロファイルを分析した。メチル化データファイルを、走査された各ビーズの比率値を備えたＩＤＡＴフォーマットで得た。Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒのｍｉｎｆｉパッケージを使用して、これらデータファイルを、ベータ値と称されるスコアに変換した。全２０のデータセットにわたり存在していない任意のマーカーに関するベータ値を排除した。
【０３７２】
＜変数の生成＞
データにおけるサンプルの各々に関する４５の変数を生成した。加重値／マーカーの組み合わせを使用して、各変数Ｖを、以下の方程式を用いて計算した：
【０３７３】
【数３】
2018508228.tif 000024
ここで、Ｗは加重値であり、Ｍは、対応するマーカーの０から１までのメチル化ベータ値である。寸法が（２）１９０の変数ごとの（１）サンプルの数である場合に、マトリックスを生成した。
【０３７４】
＜サンプルの分類＞
上述のマトリックスを使用してサンプルを分類した。ロジスティック回帰、最近傍（ＮＮ）、及びサポートベクターマシン（ＳＶＭ）を含む、本明細書で使用される様々な分類アルゴリズムがある。その全てが、一貫した結果を生成した。しかし、ＳＶＭを使用する分析はかなり優れており、より堅固なものであり、それ故、全ての後の分析に使用された。
【０３７５】
Ｒに関するＫｅｒｎｅｌ−Ｂａｓｅｄ  Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  Ｌａｂ（ｋｅｒｎｌａｂ）を使用し、サポートベクターマシンを生成した。最良の結果は「ＲＢＦ」カーネルを伴う。Ｃｒａｍｍｅｒ、Ｓｉｎｇｅｒのアルゴリズムは、Ｗｅｓｔｏｎ、Ｗａｔｓｏｎのアルゴリズムよりもわずかに結果が優れていた。分析において、４つの起こり得るタイプの分類誤差を確認した。
１．不正確な組織；例えば結腸組織が肺組織として識別される。
２．偽陰性；
３．偽陽性；
４．正確な組織及び予後、不正確な癌種。
【０３７６】
結果を検証する３つの方法を使用した：
１．サンプルを５等分に分けた。４つの部分をトレーニング用に使用し、５番目の部分を結果の試験のために使用した。
２．１つを除いて全てのサンプルがトレーニングに使用されるｌｅａｖｅ  ｏｎｅ  ｏｕｔシナリオを利用して、除外された群を試験した。それらを全て試験するまで、各サンプルのためにこれを繰り返した。
３．２段階の複製研究：プロセスの始めにサンプルを２つのセットに分けた。トレーニングセットにより、最も高いｔ検定スコアとのそれぞれの比較において１０のマーカーを選択した。その後、これらマーカーを使用して主成分を生成し、結果として生じる変数を使用してＳＶＭを作成した。次に、得られたマーカーを試験セットに適用し、主成分とＳＶＭの結果を生成した。
【０３７７】
これらの方法の各々により、予測精度は９５％より上であった。組織誤差の数は１％未満である。特異性は約９５％であり、感受性は試験データセットにより約９９％であった。
【０３７８】
＜腫瘍ＤＮＡ抽出＞
約０．５ｍｇの組織から始めて、ゲノムＤＮＡを、製造業者のプロトコルに従いＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して抽出した。腫瘍及び相当する正常且つ転移した組織サンプルの両方を使用し、平均で５μｇの総ＤＮＡを得た。ＤＮＡを−２０℃で保存し、調製の１週間以内に分析した。
【０３７９】
＜ＦＦＰＥサンプルからのＤＮＡ抽出＞
様々な修飾でＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  ＦＦＰＥ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔを使用して、ＦＦＰＥサンプルからのゲノムＤＮＡを抽出した。ＤＮＡを−２０℃で保存し、調製の１週間以内に分析した。
【０３８０】
＜ゲノムＤＮＡの重亜硫酸塩変換＞
製造業者のプロトコルに従いＥＺ  ＤＮＡ  Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ−Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇ（商標）キット（Ｚｙｍｏ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用し、健康な組織、腫瘍組織、及び転移組織からの１μｇのゲノムＤＮＡをビス−ＤＮＡに変換した。Ｔａｐｅ  Ｓｔａｔｉｏｎ分析（Ａｇｉｌｅｎｔ）に基づき、結果として生じるビス−ＤＮＡは、〜２００−３０００ｂｐの粒度分布を有しており、ピークは約〜５００−１０００ｂｐであった。ビス−ＤＮＡの深い配列決定、及び、ＣＨ（非ＣＧ）ジヌクレオチドのＴ変換に対するＣの比率の分析によって確認されるように、重亜硫酸塩変換の効率は、＞９９．８％であった。
【０３８１】
＜分子反転（パッドロック）プローブにより捕捉されるビス−ＤＮＡの深い配列決定によるＣｐＧメチル化の定量化＞
癌組織と正常組織との比較の何れかにおいてメチル化レベルが著しく異なったＣｐＧマーカーを使用して、配列決定のためのパッドロックプローブを設計した。パッドロック捕捉とビス−ＤＮＡの配列決定は、修飾によりＧ．  Ｃｈｕｒｃｈ  ａｎｄ  ｃｏｌｌｅａｇｕｅｓ  （Ｐｏｒｒｅｃａ  ＧＪ，  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２００７  Ｎｏｖ；  ４  （１１）：９３１−６．）及びＫ．  Ｚｈａｎｇ  ａｎｄ  ｃｏｌｌｅａｇｕｅｓ  （Ｄｉｅｐ，  Ｄ  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２０１２  Ｆｅｂ  ５；９（３）：２７０−２，  Ｄｅｎｇ，  Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．  Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  ２７，  ３５３−３６０  （２００９））によって開発された技術に基づく。
【０３８２】
＜プローブの設計と合成＞
パッドロックプローブを、７０ｂｐの平均捕捉領域長さによりｐｐＤｅｓｉｇｎｅｒソフトウェア（Ｄｉｅｐ，  Ｄ，  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２０１２  Ｆｅｂ  ５；９（３）：２７０−２７２）を使用して設計した。ＣｐＧマーカーは、捕捉した領域の中心部内に位置していた。外部ＣｐＧマーカーの未知のメチル化状況により導入された意図しないバイアスを妨げるために、捕捉アームは、ＣＧジヌクレオチドを欠いた領域内に排他的に位置していた。増幅プライマーのための結合配列を含んでいたリンカー配列により、捕捉アームを接続した。Ｃｓを繰り返す可変的な伸展を、長さが平均９１ｂｐであるプローブを生成するためにプライマー部位の間に挿入した。プローブは、６−ｂｐの固有の分子識別子（ＵＭＩ）配列を組み込み、個々の分子捕捉事象の識別と、ＤＮＡメチル化レベルの正確なスコア付けを可能にした。
【０３８３】
標準の商業上の合成方法を使用して、プローブを別個のオリゴヌクレオチドとして合成した。捕捉実験のために、プローブを混合し、製造業者の推奨に従いＴ４  ＰＮＫ（ＮＥＢ）によりインビトロでリン酸化して、Ｐ−３０  Ｍｉｃｒｏ  Ｂｉｏ−Ｓｐｉｎカラム（Ｂｉｏ−ｒａｄ）を使用して精製した。
【０３８４】
＜ビス−ＤＮＡの捕捉＞
２０ｎｇの重亜硫酸塩に変換されたＤＮＡを、１Ｘ  Ａｍｐｌｉｇａｓｅ緩衝液（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）を含む２０μｌの反応物において、定められたモル比のパッドロックプローブ（実験的に定められるように、１：２０，０００）と混合した。その後、蒸発を妨げるために、反応物を５０μｌの鉱油（Ｓｉｇｍａ）で覆いかぶせた。ＤＮＡを９５℃で３０秒間変性させ、その後、１秒につき０．０２℃の割合で５５℃に冷却し、プローブがＤＮＡに対してアニールすることを可能にした。ハイブリダイゼーションを、５５℃で１５時間にわたり放置することで完了させた。捕捉領域を重合するために、以下の５μｌの混合物を各反応物に加えた：２ＵのＰｆｕＴｕｒｂｏＣｘポリメラーゼ（９５℃で３分間予め活性化したＣ（Ａｇｉｌｅｎｔ））、０．５ＵのＡｍｐｌｉｇａｓｅ（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）、及び１Ｘ  Ａｍｐｌｉｇａｓｅ緩衝液中の２５０ｐｍｏｌの各ｄＮＴＰ。５５℃で５時間のインキュベーションの後、反応物を９４℃で２分間変性させて、氷の上で即座に冷却した。５μｌのエキソヌクレアーゼ混合物（２０ＵのＥｘｏＩ及び１００ＵのＥｘｏＩＩＩ、共にＥｐｉｃｅｎｔｒｅ由来）を加え、一本鎖ＤＮＡ分解を３７℃で２時間行い、その後、９４℃で２分間酵素不活性化を行った。
【０３８５】
部位特異的捕捉の環状の生成物を、別個のサンプルへのバーコーディングを付随するＰＣＲにより増幅した。パッドロックプローブ内のリンカーＤＮＡに特的なプライマーを使用して増幅を行い。そのうちの１つは、全てのプローブと、その他固有の６つのｂｐバーコードを含むものの上にある共通の増幅プライマー部位であった。両方のプライマーは、Ｉｌｌｕｍｉｎａの次世代の配列決定アダプター配列を含んでいた。ＰＣＲを以下のように行った：次のサイクルを使用して、１Ｘ  Ｐｈｕｓｉｏｎ  Ｆｌａｓｈ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ、３μｌの捕捉されたＤＮＡ、及び２００ｎＭの最終［ｃ］のプライマー：１０ｓ＠９８℃、８Ｘの（１＠９８℃、５ｓ＠５８℃、１０ｓ＠７２℃）、２５Ｘの（１＠９８℃、１５ｓ＠７２℃）、６０ｓ＠７２℃。５μｌの各ＰＣＲ反応物を混合し、結果として生じるライブラリは、有効な捕捉（〜２３０ｂｐ）を含み、且つＡｇｅｎｃｏｕｒｔ  ＡＭＰｕｒｅ  ＸＰビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用して「空の」捕捉（〜１５０ｂｐ）を除外するように選択された大きさであった。Ｉｌｌｕｍｉｎａフローセルアダプタープライマー（Ｐ及びＰ７）を使用してＰＣＲによりライブラリの純度を確認し、Ｑｕｂｉｔ  ｄｓＤＮＡ  ＨＳアッセイ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して濃度を判定した。ＭｉＳｅｑとＨｉＳｅｑ２５００システム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用してライブラリを配列決定した。
【０３８６】
＜捕捉範囲の均一性の最適化＞
本来のパイロット捕捉実験の深い配列決定は、最も効果的なプローブと非効果的なプローブにより捕捉された読み取りの数の間の有意差を示した（＞０．２の平均の範囲を持つ捕捉領域の６０−６５％）。これを改善するために、相対的な効率を配列決定データから計算し、プローブを調整されたモル比で混合した。これにより捕捉均一性を、＞０．２の平均範囲で領域の８５％に増大させた。
【０３８７】
＜配列決定データの分析＞
幾つかの修飾と共にソフトウェアツールｂｉｓＲｅａｄＭａｐｐｅｒ（Ｄｉｅｐ，  Ｄ，  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２０１２  Ｆｅｂ  ５；９（３）：２７０−２７２）を使用して、配列決定の読み取りをマッピングした。初めに、各配列決定の読み取りからＵＭＩを抽出し、添付して、Ｄ．Ｄ．により豊富に提供されるカスタムスクリプトを用いてＦＡＳＴＱファイル内のヘッダーを読み取った。Ｂｏｗｔｉｅ２を使用して、あたかもＣが全てメチル化されず、且つヒトゲノムのインシリコで変換されたＤＮＡ鎖へとマッピングされたかのように、また、あたかもＣが全てメチル化されなかったかのように、読み取りを飛行中に変換した（Ｌａｎｇｍｅａｄ  Ｂ，  Ｓａｌｚｂｅｒｇ  Ｓ．  Ｆａｓｔ  ｇａｐｐｅｄ−ｒｅａｄ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｗｉｔｈ  Ｂｏｗｔｉｅ  ２．  Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２０１２，  ９：３５７−３５９）。本来の読み取りを単一のＵＭＩのために統合且つフィルタ処理し、即ち、同じＵＭＩを運ぶ読み取りを廃棄して、二重の読み取りを除外した。パッドロックプローブが設計される全てのＣｐＧマーカーのために、メチル化頻度を抽出した。任意のサンプルにおける２０未満の読み取りを持つマーカーを分析から除外した。この結果、メチル化レベルが約５％以上の精度で判定される〜６００ＣｐＧのマーカーがもたらされた。
【０３８８】
＜ＤＮＡ／ＲＮＡ分離及び定量的ＰＣＲ＞
腫瘍及び相当する遠くの部位のサンプルを、外科的腫瘍切除を受ける患者から得て、使用するまでサンプルを−８０℃で冷凍保存した。サンプルからのＤＮＡとＲＮＡの分離を、製造業者の推奨に従いＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ）を使用して実行し、ＲＮＡをオンカラムのＤＮａｓｅ消化にさらした。Ｎａｎｏｄｒｏｐ  ２０００（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用してＲＮＡを定量化した。製造業者の指示に従いｉＳｃｒｉｐｔ  ｃＤＮＡ合成キット（Ｂｉｏ−ｒａｄ，Ｉｎｃ）を使用して、各サンプルの２００ｎｇのＲＮＡをｃＤＮＡ合成のために使用した。７５００  Ｒｅａｌ  Ｔｉｍｅ  ＰＣＲシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の上で遺伝子特異的なプライマー（表９及び１２）とＰｏｗｅｒ  ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘを使用して、標準４０サイクルの増幅プロトコルによりｑＰＣＲを実行した。実験を三通りに行い、内因的なＡＣＴＢレベルに標準化した。発現における相対的な倍率変化を、ΔΔＣＴ方法（サイクル閾値＜３０））を使用して計算した。３つの複製に基づいてデータを平均±ｓ．ｄとして示す。
【０３８９】
【表１２】
2018508228.tif 000025
【０３９０】
ＤＮＡメチル化が遺伝子発現の不可欠な後成的レギュレータであるとすれば、遺伝子発現との、腫瘍対正常組織における部位遺伝子の差動的なメチル化の相関性を、我々のコホートにおいて調査した。具体的に、上述のアルゴリズムにおける悪性腫瘍の存在を予測したメチル化部位が対象であった。癌種における高メチル化を示した上位のマーカーを、その一致した正常組織の相当物におけるものと比較した場合に選択し、結腸癌におけるそれらの対応遺伝子を識別した。検証コホートとしてこれら遺伝子及び癌組織の収集の差動的発現を計算するために、ＴＣＧＡからのＲＮＡ−ｓｅｑデータを発見コホートとして利用した（図２０Ａ−図２０Ｆ及び図２２）。選択された遺伝子の大多数は、正常なものに比べて著しいＣｐＧの高メチル化を提示し、減少された発現をこれら遺伝子の各々において観察した。ウィルコクソンの符号順位検定を使用して１．２１ｘ１０−２１のｐ値を判定した。重要なことに、選択された遺伝子は、発癌性において重要であると知られており、悪性腫瘍の予測因子としてこれらマーカーの生物学的な検証を提供する。驚くほどではないが、これら選択された遺伝子は、全て抑止され、既知の腫瘍抑制因子、並びに幾つかの新しく発見された遺伝子の両方を含む。ＰＣＤＨ１７は、癌生物学への機能的関連性を試験するために選択される。ＰＣＤＨ１７（ｃｇ０２９９４４６３）は、反対に遺伝子発現が減少した結腸癌において高メチル化される。ヌードマウスにおける細胞培養及び腫瘍形成アッセイにおけるコロニー形成アッセイにより、ＰＣＤＨ１７の発現増加は、細胞培養及びインビボにおいて癌増殖を抑止すると示された（図２３Ａ−図２３Ｅ）。
【０３９１】
＜細胞株＞
ヒト結腸直腸癌株ＤＬＤ−１をＡＴＣＣから得た。この細胞株をトランスフェクトして、ＧＦＰ、又は所望のＧＦＰ融合構成物、及び純度で分類されるＦＡＣＳを安定して発現させた。１０％のＦＢＳ、１％のペニシリン−ストレプトマイシン、及び１％の非必須アミノ酸で補われたＤＭＥＭにおいて、細胞を維持した。
【０３９２】
＜クローン形成法の方法＞
上述の培養条件下で増殖した細胞をトリプシン処理し、自動細胞計数器を使用して計数した。５００の細胞を、６−ウェルプレートの各ウェルに蒔き、コロニーの形成を可能にした。７−１０日後、細胞を１０％のｖ／ｖ酢酸／メタノールに固定し、０．１％のクリスタルバイオレットで染色した。三重のウェルから計数するマニュアルにより、コロニーの数を判定した。
【０３９３】
＜軟寒天アッセイ＞
１％のノーブル寒天（Ｇｉｆｃｏ）を、４２℃で２０％のＦＢＳ、２％のＰｅｎ−Ｓｔｒｅｐ、及び２％の非必須アミノ酸により、各細胞株についてそれぞれ２Ｘの培地において０．５％に希釈した。０．５％の寒天培養培地の混合物１．５ｍＬを、６−ウェル皿の各ウェルに播種し、４５分間室温で冷却した。上述の培養条件下で増殖された細胞をトリプシン処理し、自動細胞計数器を使用して計数し、２Ｘ培地において４０００の細胞／ｍＬに希釈した。０．６％のノーブル寒天を、０．３％の終末濃度になるまで、４２℃で等量の希釈された細胞と混合した。１．５ｍＬを、下の寒天層の上にある各ウェルに播種し、４５分間室温で冷却した。プレートを３７℃で増殖させ、１００μＬの培地を週に２回加えた。３週間後、コロニーを１０％のｖ／ｖ酢酸／メタノールで固定し、０．００５％のクリスタルバイオレットで染色した。各細胞株の構築物について三重のウェルから計数するマニュアルにより、コロニーの数を判定した。
【０３９４】
＜腫瘍異種移植片＞
制度上及び国際的な動物の規則に従い、全ての動物研究を行った。Ｓｕｎ  Ｙａｔ−Ｓｅｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ及びＷｅｓｔ  Ｃｈｉｎａ  ＨｏｓｐｉｔａｌのＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅにより、動物プロトコルは承認された。メスの無胸腺ＢＡＬＢ／ｃヌードマウス（４−５週齢、１８−２０ｇ）を、供給業者（Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ  Ｐｒｏｖｉｎｃｅ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ，  Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ，  Ｃｈｉｎａ）から購入した。腫瘍細胞を１００μｌの無血清培地において懸濁し、マウスに皮下注射した。腫瘍の増殖を３日ごとに診察によりモニタリングした。キャリパーを使用して腫瘍の大きさを測定し、腫瘍容積を以下の方程式に従って計算した：腫瘍容積（ｍｍ３）＝（長さ（ｍｍ）×幅（ｍｍ）２）×０．５。３−４週後に、全ての動物を屠殺し、異種移植片を採取した。典型的なデータを、１つの実験群当たり５匹のマウスから得た。一元の繰返し測定ＡＮＯＶＡにより統計分析を行った。
【０３９５】
＜実施例６−共通のタイプの白血病の診断及び予後におけるＤＮＡメチル化マーカー＞
＜承認＞
Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）のデータを、ＴＣＧＡのウェブサイトからダウンロードした。このプロジェクトは、Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ  Ｗｏｍｅｎ  ａｎｄ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎ  Ｃｅｎｔｅｒ，  ｗｅｓｔ  Ｃｈｉｎａ  ｈｏｓｐｉｔａｌのＩＲＢにより承認された。インフォームドコンセントを全患者から得た。患者がインフォームドコンセントに署名した後、腫瘍と正常組織を得た。
【０３９６】
＜患者の特徴＞
臨床的特徴と分子プロファイリングは、２３２のＡＭＬ  １６１  ＡＬＬ及び６４７の正常な血液サンプルを含む研究コホートに関するメチル化データを含む。研究コホートにおける患者の臨床的特徴を表１３に列挙する。
【０３９７】
【表１３−１】
2018508228.tif 000026
【０３９８】
【表１３−２】
2018508228.tif 000027
【０３９９】
＜データソース＞
初期のトレーニングセット及び第１の試験セットからのＤＮＡメチル化データを、Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）から得た。Ｉｎｆｉｎｉｕｍ  ４５０Ｋのメチル化アレイを使用して、４７０，０００の部位のメチル化状況を生成した。中国人癌患者の第２のコホートのＤＮＡメチル化データを、重亜硫酸塩配列決定方法を使用して得た。
【０４００】
＜各比較における上位１０のマーカーに関する加重値の計算＞
主成分分析を、統計環境における関数：ｐｒｃｏｍｐ（）を使用して、各比較群における上位１０のマーカーに適用し、各群の第１の主成分における加重値を抽出し、各群において１０の対応するマーカーと一致させた。マーカーを持つ加重値の４５の群が存在する。これらのマーカーを使用して、ニューラルネットワーク、ロジスティック回帰、最近傍（ＮＮ）及びサポートベクターマシン（ＳＶＭ）を含む様々なアルゴリズムによりサンプルを分類し、その全ては一貫した結果を生成した。ＳＶＭを使用する分析は、最も確固としていることが分かり、それ故、全ての後の分析に使用された。
【０４０１】
＜サンプルの分類＞
上述の機械学習方法を使用して、ＡＬＬ、ＡＭＬ、及び正常な血液サンプルを分類した。ロジスティック回帰、最近傍（ＮＮ）、及びサポートベクタマシン（ＳＶＭ）を含む、本明細書で使用される様々な分類アルゴリズムがある。その全てが、一貫した結果を生成した。全ての後の分析に、ＳＶＭを用いる分析を更に使用した。
【０４０２】
Ｒに関するＫｅｒｎｅｌ−Ｂａｓｅｄ  Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  Ｌａｂ（ｋｅｒｎｌａｂ）を使用し、サポートベクターマシンを生成した。最良の結果は「ＲＢＦ」カーネルを伴う。Ｃｒａｍｍｅｒ、Ｓｉｎｇｅｒのアルゴリズムは、Ｗｅｓｔｏｎ、Ｗａｔｓｏｎのアルゴリズムよりもわずかに結果が優れていた。分析において、４つの起こり得るタイプの分類誤差を確認した。
１．不正確な組織；
２．偽陰性；例えば、ＡＬＬは正常な血液として識別される。
３．偽陽性；例えば、正常な血液はＡＬＬ又はＡＭＬとして識別される。
４．正確な組織、不正確な白血病のタイプ；例えば、ＡＬＬはＡＭＬとして識別される。
【０４０３】
＜腫瘍ＤＮＡ抽出＞
新しく凍結した健全な又は癌の組織の片からのゲノムＤＮＡ抽出を、製造業者の推奨に従いＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）により行った。およそ０．５ｍｇの組織を使用し、平均５μｇのゲノムＤＮＡを得た。ＤＮＡを−２０℃で保存し、調製の１週間以内に分析した。
【０４０４】
＜ゲノムＤＮＡの重亜硫酸塩変換＞
製造業者のプロトコルに従いＥＺ  ＤＮＡ  Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ−Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇ（商標）キット（Ｚｙｍｏ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用し、１μｇのゲノムＤＮＡをビス−ＤＮＡに変換した。結果として生じるビス−ＤＮＡは、〜２００−３０００ｂｐの粒度分布を有しており、ピークは約〜５００−１０００ｂｐであった。ビス−ＤＮＡの深い配列決定、及び、ＣＨ（非ＣＧ）ジヌクレオチドのＴ変換に対するＣの比率の分析によって確認されるように、重亜硫酸塩変換の効率は、＞９９．８％であった。
【０４０５】
＜分子反転（パッドロック）プローブにより捕捉されるビス−ＤＮＡの深い配列決定による第２の検証コホートのＤＮＡメチル化レベルの判定＞
癌組織と正常組織との比較の何れかにおいてメチル化レベルが異なったＣｐＧマーカーを使用して、配列決定のためのパッドロックプローブを設計した。パッドロック捕捉とビス−ＤＮＡの配列決定は、修飾によりＧ．  Ｃｈｕｒｃｈ  ａｎｄ  ｃｏｌｌｅａｇｕｅｓ  （Ｐｏｒｒｅｃａ  ＧＪ，  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２００７  Ｎｏｖ；  ４  （１１）：９３１−６．）及びＫ．  Ｚｈａｎｇ  ａｎｄ  ｃｏｌｌｅａｇｕｅｓ  （Ｄｉｅｐ，  Ｄ  Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．  ２０１２  Ｆｅｂ  ５；９（３）：２７０−２，  Ｄｅｎｇ，  Ｊ．  ｅｔ  ａｌ．  Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  ２７，  ３５３−３６０  （２００９））によって開発された技術に基づく。
【０４０６】
＜プローブの設計と合成＞
パッドロックプローブを、ｐｐＤｅｓｉｇｎｅｒソフトウェアを使用して設計した。捕捉した領域の平均長は７０ｂｐであり、ＣｐＧマーカーは捕捉した領域の中心部に位置する。ＣｐＧマーカーの未知のメチル化状況により導入されたバイアスを妨げるために、ＣＧジヌクレオチドを欠いた配列内に捕捉アームを排他的に位置付けた。アーム間のリンカー配列は、等しい長さのプローブを生成するために、Ｃｓの可変的な伸展により分離された増幅プライマーのための結合配列を含んでいた。プローブの平均長は９１ｂｐであった。プローブは、６−ｂｐの固有の分子識別子（ＵＭＩ）配列を組み込み、個々の分子捕捉事象の識別と、ＤＮＡメチル化レベルの正確なスコア付けを可能にした。
【０４０７】
標準の商業上の合成方法を使用して、プローブを別個のオリゴヌクレオチドとして合成した。捕捉実験のために、プローブを混合し、製造業者の推奨に従いＴ４  ＰＮＫ（ＮＥＢ）によりインビトロでリン酸化して、Ｐ−３０  Ｍｉｃｒｏ  Ｂｉｏ−Ｓｐｉｎカラム（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を使用して精製した。
【０４０８】
＜ビス−ＤＮＡの捕捉＞
２０ｎｇの重亜硫酸塩に変換されたＤＮＡを、１Ｘ  Ａｍｐｌｉｇａｓｅ緩衝液（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）を含む２０μｌの反応物において、定められたモル比のパッドロックプローブと混合した。ＤＮＡに対するプローブの最適なモル比は、２０，０００：１であると実験的に判定した。蒸発を妨げるために、反応物を５０μｌの鉱油で覆いかぶせた。ＤＮＡに対してプローブをアニールするために、９５℃で３０秒の変性の後、毎秒０．０２℃の割合で５５℃にゆっくりと冷却した。ハイブリダイゼーションを、５５℃で１５時間にわたり放置することで完了させた。アニールされたアーム間の間隙を満たすために、以下の５μｌの混合物を各反応物に加えた：２ＵのＰｆｕＴｕｒｂｏＣｘポリメラーゼ（９５℃で３分間予め活性化したＣ（Ａｇｉｌｅｎｔ））、０．５ＵのＡｍｐｌｉｇａｓｅ（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）、及び１Ｘ  Ａｍｐｌｉｇａｓｅ緩衝液中の２５０ｐｍｏｌの各ｄＮＴＰ。５５℃で５時間のインキュベーションの後、反応物を９４℃で２分間変性させて、氷の上で即座に冷却した。５μｌのエキソヌクレアーゼ混合物（２０ＵのＥｘｏＩ及び１００ＵのＥｘｏＩＩＩ、共にＥｐｉｃｅｎｔｒｅ由来）を加え、一本鎖ＤＮＡ分解を３７℃で２時間行い、その後、９４℃で２分間酵素不活性化を行った。
【０４０９】
部位特異的捕捉の環状の生成物を、別個のサンプルへのバーコーディングを付随するＰＣＲにより増幅した。パッドロックプローブ内のリンカーＤＮＡに特異的なプライマーを用いて増幅を行い、その１つは特異的な６ｂｐのバーコードを含んでいた。両方のプライマーは、Ｉｌｌｕｍｉｎａの次世代の配列決定アダプター配列を含んでいた。ＰＣＲを以下のように行った：次のサイクルを使用して、１Ｘ  Ｐｈｕｓｉｏｎ  Ｆｌａｓｈ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ、３μｌの捕捉されたＤＮＡ、及び２００ｎＭの最終［ｃ］のプライマー：１０ｓ＠９８℃、８Ｘの（１＠９８℃、５ｓ＠５８℃、１０ｓ＠７２℃）、２５Ｘの（１＠９８℃、１５ｓ＠７２℃）、６０ｓ＠７２℃。ＰＣＲ反応物を混合し、結果として生じるライブラリは、有効な捕捉（〜２３０ｂｐ）を含み、且つＡｇｅｎｃｏｕｒｔ  ＡＭＰｕｒｅ  ＸＰビーズ（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ）を使用して「空の」捕捉（〜１５０ｂｐ）を除外するように選択された大きさであった。Ｉｌｌｕｍｉｎａフローセルアダプタープライマー（Ｐ及びＰ７）を使用してＰＣＲによりライブラリの純度を確認し、Ｑｕｂｉｔ  ｄｓＤＮＡ  ＨＳアッセイ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して濃度を判定した。ＭｉＳｅｑとＨｉＳｅｑ２５００システム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用してライブラリを配列決定した。
【０４１０】
＜捕捉範囲の均一性の最適化＞
本来のパイロット捕捉実験の深い配列決定は、最も効果的なプローブと非効果的なプローブにより捕捉された読み取りの数の間の有意差を示した（＞０．２の平均の範囲を持つ捕捉領域の６０−６５％）。これを改善するために、相対的な効率を配列決定データから計算し、プローブを調整されたモル比で混合した。これにより捕捉均一性を、＞０．２の平均範囲で領域の８５％に増大させた。
【０４１１】
＜配列決定データの分析＞
幾つかの修飾によりソフトウェアツールを使用して、配列決定の読み取りのマッピングを行った。初めに、各配列決定の読み取りからＵＭＩを抽出し、添付して、Ｄ．Ｄ．により豊富に提供されるカスタムスクリプトを用いてＦＡＳＴＱファイル内のヘッダーを読み取った。Ｂｏｗｔｉｅ２を使用して、あたかもＣが全てメチル化されておらず、ヒトゲノムのインシリコで変換されたＤＮＡ鎖にマッピングされたかのように、また、あたかもＣが全てメチル化されないかのように、読み取りを飛行中に変換した。本来の読み取りを単一のＵＭＩのために統合且つフィルタ処理し、即ち、同じＵＭＩを運ぶ読み取りを廃棄して、１つの読み取りを残した。パッドロックプローブが設計される全てのＣｐＧマーカーのために、メチル化頻度を抽出した。任意のサンプルにおける２０未満の読み取りを持つマーカーを分析から除外した。この結果、メチル化レベルが５％以上の精度で判定される〜６００ＣｐＧのマーカーがもたらされた。
【０４１２】
＜ゲノムワイドメチル化のプロファイリングは、白血病における特異的メチル化のシグネチャーを識別した＞
白血病のタイプに特異的なシグネチャーを識別するために、ＡＬＬ又はＡＭＬと、正常な血液サンプルとの間の全ゲノムのメチル化差異を、ペアワイズの様式で比較した。最も大きなメチル化差異を持つＣｐＧマーカーをランク付けした。これら５０の上位ランクのＣｐＧ部位を、ＡＭＬ対正常な血液サンプルにおいて教師無し様式で示した（図２４）。ＡＭＬを正常な血液サンプルから分化させた（図２４、表１４Ａ）。研究成果を、中国人ＡＭＬコホートにおいて更に繰り返した（図２５と表１４Ｃ）。同様に、ＡＬＬを正常な血液サンプルから分化させた（図２６、表１４Ｂ）。総合すると、これらのデータは、ＣｐＧ部位の差動的メチル化が、特異性及び感受性により特定の白血病のタイプを正常な血液と区別することができたことを実証した（表１４）。総合感受性は約９８％であり、特異性は約９７％であった。全体として、これらの結果は、白血病の特定のタイプの存在を識別する際に、これらメチル化パターンの堅固な性質を実証する。
【０４１３】
【表１４Ａ】
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【０４１４】
【表１４Ｂ】
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【０４１５】
【表１４Ｃ】
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【０４１６】
＜メチル化プロファイルは異なる白血病間を区別することができる＞
この方法は、白血病の特定のタイプと正常な血液サンプルとを区別する能力を有しており、それ故、ＡＬＬ及びＡＭＬに関して骨髄から生じる白血病癌の異なるタイプ（ＡＬＬ及びＡＭＬ）を区別するアルゴリズムの能力を調査した（表１４Ｃ）。各腫瘍の亜型を、９０％より上の感受性と特異性により区別した（図２７）。共に、これらの結果は、組織学的な亜型の正確な癌診断のためにメチル化パターンを使用する効果を実証する。
【０４１７】
＜メチル化プロファイルは予後と生存率を予測する＞
主成分分析（ＰＣＡ）を使用して各白血病の亜型（ＡＭＬとＡＬＬ）を分析し、生存（具体的に診断から５年での生存ｖｓ死亡）を予測したメチル化シグネチャーを識別した。
【０４１８】
各白血病のタイプについて、サンプルを、結果として生じるメチル化シグネチャーに基づき２つの群に分け、それらの生存を、カプラン＝マイヤー曲線を使用して示した（図２８Ａ−図２８Ｂ）。これらメチル化プロファイルは、ＡＬＬ及びＡＭＬにおける生存の大きな有意差を予測することができた。
【０４１９】
＜実施例７−デジタル液滴ＰＣＲによる組織及び無細胞ＤＮＡサンプルの分析＞
＜無細胞ＤＮＡサンプルのプロセス＞
血漿サンプルを４℃で５分間、１５００ｇで遠心分離して、細胞残屑を除去した。遠心分離後、製造業者のプロトコルに従いＱＩＡａｍｐ  Ｂｌｏｏｄ  ＤＮＡ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎｔ）を使用して、リンパ球の無いＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を上清から抽出した。
【０４２０】
製造業者のプロトコルに従いＥＺ  ＤＮＡ  Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ−Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇ（商標）キット（Ｚｙｍｏ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用し、ゲノムＤＮＡをビス−ＤＮＡに変換した。ビス−ＤＮＡを更に、Ｑｕｂｉｔ（商標）ｓｓＤＮＡアッセイキットを使用して定量化した。
【０４２１】
＜腫瘍組織からのゲノムＤＮＡサンプルのプロセス＞
新しく凍結した健全な又は癌の組織の片からのゲノムＤＮＡ抽出を、製造業者の推奨に従いＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）により行った。およそ０．５ｍｇの組織を使用し、平均５μｇのゲノムＤＮＡを得た。ＤＮＡを−２０℃で保存し、調製の１週間以内に分析した。
【０４２２】
製造業者のプロトコルに従いＥＺ  ＤＮＡ  Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ−Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇ（商標）キット（Ｚｙｍｏ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ）を使用し、１μｇのゲノムＤＮＡをビス−ＤＮＡに変換した。結果として生じるビス−ＤＮＡは、〜２００−３０００ｂｐの粒度分布を有しており、ピークは約〜５００−１０００ｂｐであった。
【０４２３】
＜液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）＞
製造業者の推奨（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）に従いＱＸ２００（商標）液滴デジタルＰＣＲシステムを使用して、液滴デジタルＰＣＲ（ｄｄＰＣＲ）を実行した。ｄｄＰＣＲを、Ｂｉｏ−Ｒａｄの推奨された２工程の熱循環プロトコルにより実行した。プライマー及びプローブの配列を表１７−１８に示す。約１ｎｇから約２０ｎｇのビス−ＤＮＡサンプルを、約０．４−０．８μＭのフォワード及びリバースプライマー、及び約０．２μＭの各プローブとの反応それぞれのために使用した。ＱｕａｎｔａＳｏｆｔ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を使用してデータ分析を行った。
【０４２４】
＜メチル化プロファイリングは癌種と癌の亜型を区別する＞
結腸癌組織と正常な結腸組織サンプル（Ｆａｒｓｉｔｅ）の両方で４つの典型的なＣｐＧ部位（ｃｇ０６７４７５４３、ｃｇ１５５３６６６３、ｃｇ２２１２９２７６、およびｃｇ０７４１８３８７）のメチル化比率を、図２９に示す。各バーは平均２４のサンプルを表わす。ＣｐＧ部位ｃｇ１４５１９３５６と共に、これらの４つのＣｐＧ部位を、肺に転移した結腸癌組織サンプルにおいて更に分析した。図３０は、転移性結腸癌組織サンプル、原発性結腸癌標準サンプル、及び正常リンパ球ゲノムＤＮＡ標準サンプルにおける、これらの５つのＣｐＧ部位のメチル化比率を示す。ｃｇ１５５３６６６３とｃｇ１４５１９３５６のメチル化比率は、それぞれの原発性結腸癌標準サンプルに対する転移性結腸癌サンプル間の比較において同様である。しかし、ｃｇ０６７４７５４３、ｃｇ２２１２９２７６、及びｃｇ０７４１８３８７のメチル化比率は、それぞれの原発性結腸癌標準サンプルに対する転移性結腸癌サンプル間の比較において異なる。同様に、これら５つのＣｐＧ部位のメチル化比率はまた、それぞれの正常リンパ球ゲノムＤＮＡ標準サンプルに対する転移性結腸癌サンプル間の比較においても異なる。５つのＣｐＧ部位のメチル化比率は、転移性結腸癌、原発性結腸癌、及び正常リンパ球のサンプルの間の異なるメチル化パターンを示す。
【０４２５】
結腸癌由来の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）サンプルからのメチル化シグネチャーを図３１Ａ−図３１Ｃに示す。図３１Ａは、ゲノムｃｆＤＮＡのメチル化領域を示し、図３１Ｂは、ゲノムｃｆＤＮＡの非メチル化領域を示す。図３１Ｃは、３人の患者（２０４３０８９、２０４２９８１、及び２００４６５１）、正常なｃｆＤＮＡ標準サンプル、原発性結腸組織標準サンプル、及び正常な血液標準サンプルからのＣｐＧ部位ｃｇ１０６７３８３３のメチル化比率を示す。患者２０４３０８９及び２０４２９８１は、原発性結腸癌を有しており、患者２００４６５１は転移性結腸癌を有している。
【０４２６】
原発性の肝臓癌、乳癌、及び肺癌に関するメチル化プロファイルを、図３２Ａ−図３２Ｃに示す。図３２Ａは、肝臓癌ｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性肝癌組織標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、及び正常リンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）におけるＣｐＧ部位ｃｇ００４０１７９７のメチル化比率を示す。図３２Ｂは、乳癌ｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性乳癌組織標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、及び正常リンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）におけるＣｐＧ部位ｃｇ０７５１９２３６のメチル化比率を示す。図３２Ｃは、肺癌ｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性肺癌組織標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、及び正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）におけるＣｐＧ部位ｃｇ０２８７７５７５のメチル化比率を示す。図３３Ａ−図３３Ｂは、原発性の結腸癌と正常なサンプルを区別する、２つの様々なプローブを示す。図３３Ａは、３人の結腸癌患者のｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性の結腸癌組織標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、及び正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）からのＣｐＧ部位ｃｇ１０６７３８３３とメチル化プロファイルを標的とするプローブＣｏｂ−２を示す。３人の患者（２０４３０８９と２０４２９８１）の２人は原発性結腸癌を抱えている。残りの患者（２００４６５１）は転移性結腸癌を抱えている。ｃｇ１０６７３８３３のメチル化比率は、ｃｆＤＮＡの原発性結腸癌サンプルとｃｆＤＮＡ転移性結腸癌サンプルとの比較において異なり、一方でｃｆＤＮＡ転移性結腸癌サンプルと原発性結腸癌組織標準サンプルとのメチル化比率は、同様である。図３３Ｂは、２人の原発性の結腸癌患者（２０４３０８９と２０４２９８１）のｃｆＤＮＡサンプル、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性結腸癌組織標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、及び正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）からのＣｐＧ部位ｃｇ０７９７４５１１とメチル化プロファイルを標的とするプローブＢｒｂ−２を示す。ＣｐＧ部位ｃｇ０７９７４５１１では、ｃｆＤＮＡ結腸癌サンプルと原発性結腸癌組織標準サンプルとの間のメチル化比率は同様であるが、正常なｃｆＤＮＡサンプルと正常リンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）とのメチル化比率とは異なる。
【０４２７】
図３４Ａ−図３４Ｄは、乳癌患者からのｃｆＤＮＡの分析を示す。４つのプローブ（Ｂｒｂ−３、Ｂｒｂ−４、Ｂｒｂ−８、及びＢｒｂ−１３）を使用した。ｃｆＤＮＡの原発性乳癌のメチル化比率を、正常なｃｆＤＮＡサンプル、原発性の乳癌組織標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）、及び正常なリンパ球標準サンプル（ゲノムＤＮＡ）と比較した。４つのプローブは全て、ｃｆＤＮＡサンプルにおける乳癌の存在を検出することができた。
【０４２８】
図３５Ａと図３５Ｂは、２つのプローブ、ｃｏｂ＿３とｂｒｂ＿１３が、４９人の患者の組織サンプル中の転移性結腸癌を検出できることを示す。図３５Ａは、ｃｏｂ＿３プローブを使用して、結腸癌組織標準サンプル、肺癌組織標準サンプル、及び正常な肺組織標準サンプルとの比較における、４９人の患者のメチル化プロファイルを示す。４９人の患者の約４７人の患者のメチル化比率は、正常な肺組織標準サンプルのメチル化比率と比較してかなり高かった。ｂｒｂ＿１３プローブを使用した図３５Ｂにおいて、４９人の患者の約３０人の患者が、正常な肺組織標準サンプルのメチル化比率と比較してかなり小さいメチル化比率を有していた。
【０４２９】
＜実施例８−メチル化プロファイリングは処置を区別する＞
血漿サンプルを実施例７に記載されるように処理した。図４６は、２つの異なる結腸癌プローブ（Ｃｏｂ−２とＣｏｂ−９）を使用して、２つの例示的なＣｐＧ部位（ＣｐＧ部位１とＣｐＧ部位２）のメチル化プロファイルの変化を例証する。図４７は、外科手術後の４人の患者のサンプル（患者２０４５０２１、２０４４６２９、２０４４６４５、及び２０４５０２１）における結腸癌プローブＣｏｂ−２とＣｏｂ−９に関するメチル化プロファイルの変化を例証する。４人の患者のサンプルのメチル化プロファイルは、正常なｃｆＤＮＡサンプルのメチル化プロファイルと比較した場合、ｃｏｂ−２プローブを使用して別個のプロファイルを示す。ｃｏｂ−９プローブについて、メチル化プロファイルは、４人の患者サンプルと正常なｃｆＤＮＡサンプルとの間で類似したままである。
【０４３０】
＜実施例９−メチル化プロファイリングは癌の段階を区別する＞
血漿サンプルを実施例７に記載されるように処理した。図４８は、様々な癌の段階のサンプルにおける結腸癌プローブｃｏｂ−２とｃｏｂ−９についてのメチル化プロファイルの変化を例証する。
【０４３１】
＜実施例１０−メチル化プロファイリングは、正常なサンプルと腫瘍細胞の無いＤＮＡサンプルとを区別する＞
血漿サンプルを実施例７に記載されるように処理した。図４９Ａ−図４９Ｊは、１９の様々な癌種と正常な血液サンプルについての１０の例示のＣｐＧ部位（ｃｇ０２８７４９０８、ｃｇ０８０９８１２８、ｃｇ１０５４２９７５、ｃｇ１１２５２９５３、ｃｇ１１３３４８７０、ｃｇ１３９１１３９２、ｃｇ２３１３０７３１、ｃｇ２３６１２２２０、ｃｇ２５４３２５１８、及びｃｇ２５９２２７５１）のメチル化プロファイルの変化を例証する。癌種は膀胱癌、乳癌、子宮頚部癌、胆管細胞癌（ＣＨＯＬ）、結腸癌、食道癌、頭頚部癌、腎癌、肝臓癌、肺癌、膵癌、褐色細胞腫と傍神経節腫（ＰＣＰＧ）、前立腺癌、直腸癌、肉腫、皮膚癌、胃癌、及び甲状腺癌を含んでいる。
【０４３２】
図５０は、乳癌、結腸癌、肝臓癌、肺癌、及び正常な血液サンプルに関する約２８０のＣｐＧ部位（バイオマーカー）のメチル化プロファイルの変化を例証する。
【０４３３】
表１９は、ＣｐＧ部位ｃｇ２５９２２７５１に関する癌種の各々に関するＰ−値を示す。
【０４３４】
【表１５】
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【０４３５】
＜実施例１１−表＞
表１５と１６は、本明細書に記載される方法、システム、非一時的なコンピュータ可読媒体、又はキットの１つ以上と共に使用されるＣｐＧ部位を示す。
【０４３６】
表１７と１８は、本明細書に記載される方法、システム、非一時的なコンピュータ可読媒体、又はキットの１つ以上に有用なＣｐＧ部位及びプローブを示す。
【０４３７】
表２０は、本明細書に記載される方法、システム、非一時的なコンピュータ可読媒体、又はキットの１つ以上に有用なＣｐＧ部位（又はＣｐＧマーカー）を示す。
【０４３８】
【表１６−１】
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【０４３９】
【表１６−２】
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【０４４０】
【表１６−３】
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【０４４１】
【表１６−４】
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【０４４２】
【表１６−５】
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【０４４３】
【表１６−６】
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【０４４４】
【表１６−７】
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【０４４５】
【表１６−８】
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【０４４６】
【表１６−９】
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【０４４７】
【表１６−１０】
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【０４４８】
【表１６−１１】
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【０４４９】
【表１６−１２】
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【０４５０】
【表１６−１３】
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【０４５１】
【表１６−１４】
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【０４５２】
【表１６−１５】
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【０４５３】
【表１６−１６】
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【０４５４】
【表１６−１７】
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【０４５５】
【表１６−１８】
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【０４５６】
【表１６−１９】
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【０４５７】
【表１６−２０】
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【０４５８】
【表１６−２１】
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【０４５９】
【表１６−２２】
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【０４６０】
【表１６−２３】
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【０４６１】
【表１６−２４】
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【０４６２】
【表１６−２５】
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【０４６３】
【表１６−２６】
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【０４６４】
【表１６−２７】
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【０４６５】
【表１６−２８】
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【０４６６】
【表１６−２９】
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【０４６７】
【表１６−３０】
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【０４６８】
【表１６−３１】
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【０４６９】
【表１６−３２】
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【０４７０】
【表１６−３３】
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【０４７１】
【表１６−３４】
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【０４７２】
【表１６−３５】
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【０４７３】
【表１６−３６】
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【０４７４】
【表１６−３７】
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【０４７５】
【表１６−３８】
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【０４７６】
【表１６−３９】
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【０４７７】
【表１６−４０】
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【０４７８】
【表１６−４１】
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【０４７９】
【表１６−４２】
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【０４８０】
【表１６−４３】
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【０４８１】
【表１６−４４】
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【０４８２】
【表１６−４５】
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【０４８３】
【表１６−４６】
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【０４８４】
【表１６−４７】
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【０４８５】
【表１６−４８】
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【０４８６】
【表１６−４９】
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【０４８７】
【表１６−５０】
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【０４８８】
【表１６−５１】
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【０４８９】
【表１６−５２】
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【０４９０】
【表１６−５３】
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【０４９１】
【表１６−５４】
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【０４９２】
【表１６−５５】
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【０４９３】
【表１６−５６】
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【表１６−５７】
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【表１６−５８】
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【０４９６】
【表１６−５９】
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【０５３０】
【表１７−２８】
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【０５３１】
【表１７−２９】
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【０５３２】
【表１７−３０】
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【０５３３】
【表１７−３１】
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【表１７−３２】
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【０５３５】
【表１７−３３】
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【表１７−４０】
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【表１７−４１】
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【０５４４】
【表１７−４２】
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【表１７−４３】
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【表１７−４４】
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【０５４７】
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【表１７−４６】
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【表１７−４９】
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【表１７−５０】
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【０５５３】
【表１７−５１】
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【０５５４】
【表１７−５２】
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【０５５５】
【表１７−５３】
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【０５５６】
【表１７−５４】
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【０５５７】
【表１７−５５】
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【０５５８】
【表１７−５６】
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【表１７−５７】
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【表１７−５８】
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【表１７−５９】
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【０５６２】
【表１７−６０】
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【表１７−６１】
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【０５６４】
【表１７−６２】
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【表１７−６３】
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【０５６６】
【表１７−６４】
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【表１７−６５】
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【０５６８】
【表１７−６６】
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【表１７−６７】
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【０５７０】
【表１７−６８】
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【０５７１】
【表１７−６９】
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【０５７２】
【表１７−７０】
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【０５７３】
【表１７−７１】
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【０５７４】
【表１７−７２】
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【０５７５】
【表１７−７３】
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【０５７６】
【表１７−７４】
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【０５７７】
【表１７−７５】
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【０５７８】
【表１７−７６】
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【０５７９】
【表１７−７７】
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【０５８０】
【表１７−７８】
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【０５８１】
【表１７−７９】
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【０５８２】
【表１７−８０】
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【０５８３】
【表１７−８１】
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【０５８４】
【表１７−８２】
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【０５８５】
【表１７−８３】
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【０５８６】
【表１８−１】
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【０５８７】
【表１８−２】
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【０５８８】
【表１８−３】
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【０５８９】
【表１８−４】
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【０５９０】
【表１８−５】
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【０５９１】
【表１８−６】
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【０５９２】
【表１８−７】
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【０５９３】
【表１９−１】
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【０５９４】
【表１９−２】
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【０５９５】
【表１９−３】
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【０５９６】
【表１９−４】
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【０５９７】
【表１９−５】
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【０５９８】
【表１９−６】
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【０５９９】
【表１９−７】
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【０６００】
【表１９−８】
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【０６０１】
【表２０−１】
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【０６０２】
【表２０−２】
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【０６０３】
【表２０−３】
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【０６０４】
【表２０−４】
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【０６０５】
【表２０−５】
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【０６０６】
【表２０−６】
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【０６０７】
【表２１−１】
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【０６０８】
【表２１−２】
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【０６０９】
【表２１−３】
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【０６１０】
【表２１−４】
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【０６１１】
【表２１−５】
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【０６１２】
【表２１−６】
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【０６１３】
【表２１−７】
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【０６１４】
【表２１−８】
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【０６１５】
【表２１−９】
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【０６１６】
【表２１−１０】
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【０６１７】
【表２１−１１】
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【０６１８】
【表２１−１２】
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【０６１９】
【表２２】
2018508228.tif 000213
【０６２０】
本発明の好ましい実施形態が本明細書中で示され且つ記載されてきたが、このような実施形態はほんの一例として提供されるものであることは、当業者に明らかであろう。多数の変形、変化、及び置換は、本発明から逸脱することなく、当業者によって現在想到される。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されるかもしれないことを理解されたい。以下の特許請求の範囲は本発明の範囲を定義するものであり、この特許請求の範囲及びその同等物の範囲内の方法及び構造は、それにより包含されることが、意図されている。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
2018508228.tif 000222
【図８】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ】
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【図１１Ｃ】
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【図１１Ｄ】
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【図１２】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１３Ｃ】
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【図１４】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１５Ｃ】
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【図１５Ｄ】
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【図１５Ｅ】
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【図１５Ｆ】
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【図１５Ｇ】
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【図１５Ｈ】
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【図１５Ｉ】
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【図１５Ｊ】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９Ａ】
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【図１９Ｂ】
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【図１９Ｃ】
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【図１９Ｄ】
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【図１９Ｅ】
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【図２０Ａ】
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【図２０Ｂ】
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【図２０Ｃ】
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【図２０Ｄ】
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【図２０Ｅ】
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【図２０Ｆ】
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【図２１】
2018508228.tif 000262
【図２２】
2018508228.tif 000263
【図２３Ａ】
2018508228.tif 000264
【図２３Ｂ】
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【図２３Ｃ】
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【図２３Ｄ】
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【図２３Ｅ】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
2018508228.tif 000271
【図２７】
2018508228.tif 000272
【図２８Ａ】
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【図２８Ｂ】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１Ａ】
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【図３１Ｂ】
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【図３１Ｃ】
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【図３２Ａ】
2018508228.tif 000280
【図３２Ｂ】
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【図３２Ｃ】
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【図３３Ａ】
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【図３３Ｂ】
2018508228.tif 000284
【図３４Ａ】
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【図３４Ｂ】
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【図３４Ｃ】
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【図３４Ｄ】
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【図３５Ａ】
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【図３５Ｂ】
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【図３６】
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【図３７】
2018508228.tif 000292
【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２Ａ】
2018508228.tif 000297
【図４２Ｂ】
2018508228.tif 000298
【図４３Ａ】
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【図４３Ｂ】
2018508228.tif 000300
【図４４Ａ】
2018508228.tif 000301
【図４４Ｂ】
2018508228.tif 000302
【図４５】
2018508228.tif 000303
【図４６】
2018508228.tif 000304
【図４７】
2018508228.tif 000305
【図４８】
2018508228.tif 000306
【図４９Ａ】
2018508228.tif 000307
【図４９Ｂ】
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【図４９Ｃ】
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【図４９Ｄ】
2018508228.tif 000310
【図４９Ｅ】
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【図４９Ｆ】
2018508228.tif 000312
【図４９Ｇ】
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【図４９Ｈ】
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【図４９Ｉ】
2018508228.tif 000315
【図４９Ｊ】
2018508228.tif 000316
【図５０Ａ】
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【図５０Ｂ】
2018508228.tif 000318
【図５０Ｃ】
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【図５０Ｄ】
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【図５０Ｅ】
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【図５０Ｆ】
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【図５０Ｇ】
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【図５０Ｈ】
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【図５０Ｉ】
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【図５０Ｊ】
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【図５０Ｋ】
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【図５０Ｌ】
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【図５０Ｍ】
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【図５０Ｎ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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