(57)【要約】本発明は、間質標的療法、抗血管新生療法、及び／または免疫療法等の特定の抗癌療法の利益を受けうる、化学療法耐性である癌を有する患者を決定するための選択基準として、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを使用する方法を提供する。本発明はまた、間質標的薬で、卵巣癌患者等の癌患者を治療するための選択基準として、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを使用する方法を提供する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
化学療法耐性である癌患者を識別する方法であって、前記方法は、
ａ）前記患者から得た試料中の１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを決定すること、
ｂ）前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを、癌種における前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルと比較すること、及び
ｃ）前記患者の癌が化学療法耐性であるかどうか決定することであって、癌種における前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルよりも高い前記患者の試料の前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現は、前記患者が、化学療法耐性である癌を有していることを示す、前記決定すること、
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記患者の癌が、前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子を癌種における前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の７５パーセンタイルを超えるレベルで発現すると決定されているとき、前記患者は、化学療法耐性である癌を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が、ＰＯＳＴＮ、ＬＯＸ、ＴＩＭＰ３、ＦＡＰ、ＢＧＮ、ＦＧＦ１、ＦＮ１、ＡＮＧＰＴＬ２、ＡＣＴＡ２、ＭＭＰ１１、ＲＢＰ４、ＣＤ３６、ＰＬＶＡＰ、ＰＥＣＡＭ１、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７、ＡＢＣＣ９、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＤ１Ｃ、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ４４、ＰＭＥＰＡ１、ＩＬ７Ｒ、ＦＢＬＮ１、ＴＷＩＳＴ１、ＩＤ１、ＲＡＣ２、ＧＦＲＡ１、ＣＣＲ７、ＭＡＮ１Ａ１、ＥＶＩ２Ａ、ＰＴＰＲＣ  ＣＤ４５ＲＡ、ＦＣＲＬ５、ＮＮＭＴ、ＣＤ２７、ＳＬＡ、ＴＤＯ２、ＮＵＡＫ１、及びＣＯＬ４Ａ１から成る群から選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記間質シグネチャー遺伝子がＰＯＳＴＮである、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が、ＰＯＳＴＮ及びＦＡＰ；ＰＯＳＴＮ及びＴＩＭＰ３；ＰＯＳＴＮ及びＬＯＸ；ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、及びＴＩＭＰ３；ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、及びＬＯＸ；ＰＯＳＴＮ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸ；またはＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸである、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記試料が、腫瘍組織試料、血液試料、または血清試料である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
化学療法耐性である前記癌が、白金耐性である癌である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記方法が、投与前診断を提供するために、化学療法薬を投与する前に行われる、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記患者が化学療法を受けたことがない、または前記患者が現在化学療法を受けている、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記患者が、化学療法耐性である癌を有していると決定されるとき、ＶＥＧＦアンタゴニストの投与から利益を受けうると前記患者を識別するステップをさらに含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記患者が化学療法耐性である癌を有していると決定される場合、前記患者に治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストを投与するステップをさらに含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記患者が、化学療法耐性である癌を有していると決定されるとき、間質標的療法から利益を受けうると患者を識別するステップをさらに含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記患者が化学療法耐性である癌を有していると決定される場合、前記患者に治療有効量の間質標的薬を投与するステップをさらに含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記間質標的薬が、抗ペリオスチン（ＰＯＳＴＮ）抗体である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記患者が、化学療法耐性である癌を有していると決定されるとき、免疫療法から利益を受けうると患者を識別するステップをさらに含む、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記患者が化学療法耐性である癌を有していると決定される場合、前記患者に治療有効量の免疫調節薬を投与するステップをさらに含む、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記免疫調節薬が、ＴＤＯ２、ＣＤ３６、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７、ＣＤ１Ｃ、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＤＯ１、ＩＬ７Ｒ、またはＣＣＲ７アンタゴニストを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記癌が、原発性、進行性、難治性、または再発性である、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記癌が、卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、及び外陰癌から成る群から選択される婦人科癌である、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記婦人科癌が、卵巣癌である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記癌が、結腸直腸癌、乳癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎癌（腎細胞癌）、または脳癌（神経膠芽腫）から成る群から選択される、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
化学療法感受性である癌を有する患者を識別する方法であって、前記方法は、
ａ）前記患者から得た試料中の１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを決定すること、
ｂ）前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを、癌種における前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルと比較すること、及び
ｃ）前記患者が、化学療法感受性の癌を有するかどうかを決定することであって、癌種における前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベル未満のレベルの前記患者の試料における前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現は、前記患者が、化学療法感受性である癌を有していることを示す、前記決定すること、
を含む、前記方法。
【請求項２５】
前記患者の癌が、癌種における前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の２５パーセンタイル未満のレベルで前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子を発現すると決定されているとき、前記患者が、化学療法感受性である癌を有している、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が、ＰＯＳＴＮ、ＬＯＸ、ＴＩＭＰ３、ＦＡＰ、ＢＧＮ、ＦＧＦ１、ＦＮ１、ＡＮＧＰＴＬ２、ＡＣＴＡ２、ＭＭＰ１１、ＲＢＰ４、ＣＤ３６、ＰＬＶＡＰ、ＰＥＣＡＭ１、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７、ＡＢＣＣ９、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＤ１Ｃ、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ４４、ＰＭＥＰＡ１、ＩＬ７Ｒ、ＦＢＬＮ１、ＴＷＩＳＴ１、ＩＤ１、ＲＡＣ２、ＧＦＲＡ１、ＣＣＲ７、ＭＡＮ１Ａ１、ＥＶＩ２Ａ、ＰＴＰＲＣ／ＣＤ４５ＲＡ、ＦＣＲＬ５、ＮＮＭＴ、ＣＤ２７、ＳＬＡ、ＴＤＯ２、ＮＵＡＫ１、及びＣＯＬ４Ａ１から成る群から選択される、請求項２４または２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記間質シグネチャー遺伝子がＰＯＳＴＮである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が、ＰＯＳＴＮ及びＦＡＰ；ＰＯＳＴＮ及びＴＩＭＰ３；ＰＯＳＴＮ及びＬＯＸ；ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、及びＴＩＭＰ３；ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、及びＬＯＸ；ＰＯＳＴＮ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸ；またはＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記試料が、腫瘍組織試料、血液試料、または血清試料である、請求項２４〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
前記患者が化学療法感受性である癌を有していると決定される場合、前記患者に化学療法レジメンの１つまたは複数の、治療有効量の化学療法薬を投与するステップをさらに含む、請求項２４〜２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記１つまたは複数の化学療法薬が、ＨＥＲ抗体、腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、心保護薬、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的薬、抗血管新生薬、チロシンキナーゼ阻害薬、ＣＯＸ阻害薬、非ステロイド系抗炎症薬、ファルネシル基転移酵素阻害薬、癌胎児蛋白ＣＡ  １２５と結合する抗体、Ｈｅｒ２ワクチン、ＨＥＲ標的薬、ｒａｆまたはｒａｓ阻害薬、リポソームドキソルビシン、トポテカン、タキサン、二重チロシンキナーゼ阻害薬、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、悪心を治療する医薬品、皮疹を予防または治療する医薬品または標準的にきび治療、下痢を治療または予防する医薬品、体温降下薬、及び造血因子から成る群から選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記１つまたは複数の化学療法薬（複数可）が、ゲムシタビン、カルボプラチン、オキサリプラチン、イリノテカン、フルオロピリミジン（例えば５−ＦＵ）、パクリタキセル（例えばｎａｂ−パクリタキセル）、ドセタキセル、トポテカン、カペシタビン、レコボリン（ｌｅｃｏｖｏｒｉｎ）、テモゾロミド、インターフェロン−アルファ、またはリポソームドキソルビシン（例えばペグ化リポソームドキソルビシン）である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記化学療法レジメンが、カルボプラチン及びパクリタキセル、カルボプラチン及びゲムシタビン、またはパクリタキセル、トポテカン、またはペグ化リポソームドキソルビシンの投与を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
前記化学療法レジメンが、カペシタビン及びパクリタキセル、またはカペシタビン及びドセタキセルの投与を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
前記化学療法レジメンが、テモゾロミドの投与及び任意に化学療法を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３６】
前記化学療法レジメンが、フルオロピリミジン、イリノテカン、シスプラチン；フルオロピリミジン及びオキサリプラチン；フルオロピリミジン及びイリノテカン；フルオロピリミジン、レコボリン（ｌｅｃｏｖｏｒｉｎ）、及びオキサリプラチン；またはイロノテカン（ｉｒｏｎｏｔｅｃａｎ）、フルオロピリミジン及びロイコボリンの投与を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３７】
前記化学療法レジメンが、パクリタキセル及びトポテカン、またはパクリタキセル及びシスプラチンの投与を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３８】
前記化学療法レジメンが、インターフェロン−アルファ２ａの投与を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３９】
前記癌が、原発性、進行性、難治性、または再発性である、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
前記癌が、卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、及び外陰癌から成る群から選択される婦人科癌である、請求項２４〜３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
前記婦人科癌が、卵巣癌である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記癌が、結腸直腸癌、乳癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎癌（腎細胞癌）、または脳癌（神経膠芽腫）から成る群から選択される、請求項２４〜３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４３】
ＶＥＧＦアンタゴニストまたは免疫調節薬の投与から利益を受けうる、癌にり患した患者を識別する方法であって、前記方法は、
ａ）前記患者から得た試料中の１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを決定することであって、癌種における前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値を超えるレベルの前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現が、前記患者がＶＥＧＦアンタゴニストまたは免疫調節薬の投与から利益を受けうることを示す、前記決定すること、及び任意に、
ｂ）前記患者に治療有効量の前記ＶＥＧＦアンタゴニストまたは免疫調節薬を投与すること、
を含む、前記方法。
【請求項４４】
前記ＶＥＧＦアンタゴニストが、抗ＶＥＧＦ抗体である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記抗ＶＥＧＦ抗体が、ベバシズマブである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記免疫調節薬が、ＴＤＯ２、ＣＤ３６、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７、ＣＤ１Ｃ、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＤＯ１、ＩＬ７Ｒ、またはＣＣＲ７アンタゴニストを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
癌患者を治療する方法であって、前記方法は、前記患者に治療有効量の間質標的薬を投与することを含み、前記患者の癌は、癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値を超えるレベルで前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子を発現することが決定されている、前記方法。
【請求項４８】
前記患者に１つまたは複数の化学療法薬を投与することをさらに含む、請求項４３〜４７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４９】
前記患者の癌が、癌種における前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の７５パーセンタイルを超えるレベルで前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子を発現すると決定されている、請求項４３〜４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が、ＰＯＳＴＮ、ＬＯＸ、ＴＩＭＰ３、ＦＡＰ、ＢＧＮ、ＦＧＦ１、ＦＮ１、ＡＮＧＰＴＬ２、ＡＣＴＡ２、ＭＭＰ１１、ＲＢＰ４、ＣＤ３６、ＰＬＶＡＰ、ＰＥＣＡＭ１、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７、ＡＢＣＣ９、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＤ１Ｃ、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ４４、ＰＭＥＰＡ１、ＩＬ７Ｒ、ＦＢＬＮ１、ＴＷＩＳＴ１、ＩＤ１、ＲＡＣ２、ＧＦＲＡ１、ＣＣＲ７、ＭＡＮ１Ａ１、ＥＶＩ２Ａ、ＰＴＰＲＣ  ＣＤ４５ＲＡ、ＦＣＲＬ５、ＮＮＭＴ、ＣＤ２７、ＳＬＡ、ＴＤＯ２、ＮＵＡＫ１、及びＣＯＬ４Ａ１から成る群から選択される、請求項４３〜４９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
前記間質シグネチャー遺伝子がＰＯＳＴＮである、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が、ＰＯＳＴＮ及びＦＡＰ；ＰＯＳＴＮ及びＴＩＭＰ３；ＰＯＳＴＮ及びＬＯＸ；ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、及びＴＩＭＰ３；ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、及びＬＯＸ；ＰＯＳＴＮ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸ；またはＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸである、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
前記癌が、化学療法耐性、化学療法感受性、原発性、進行性、難治性、または再発性である、請求項４３〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
前記癌が、卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、及び外陰癌から成る群から選択される婦人科癌である、請求項４３〜５３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５５】
前記婦人科癌が、卵巣癌である、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記癌が、結腸直腸癌、乳癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎癌（腎細胞癌）、または脳癌（神経膠芽腫）から成る群から選択される、請求項４３〜５３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５７】
患者の卵巣癌のステージを決定する方法であって、前記方法は、前記患者から得た試料のＰＯＳＴＮの発現レベルを決定することであって、対照に対して、前記患者の試料で、増加したレベルのＰＯＳＴＮの発現を検出することが、進行期の卵巣癌であることを意味する、前記決定すること、を含む、前記方法。
【請求項５８】
前記対照が、卵巣癌を有する患者集団の中で、中央値レベルのＰＯＳＴＮ発現である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記対照が、ＦＩＧＯステージＩまたはＦＩＧＯステージＩＩ卵巣癌を有する患者集団の中で、中央値レベルのＰＯＳＴＮ発現である、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記患者が進行期の卵巣癌を有することが決定される場合、前記患者に療法を行うステップをさらに含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６１】
進行期の卵巣癌が、ＦＩＧＯ卵巣癌ステージＩＩＩまたはＩＶである、請求項５７に記載の方法。
【請求項６２】
前記試料が、腫瘍組織試料、血液試料、または血清試料である、請求項５７〜６１のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、参照することによりその全体が本明細書に組み込まれる。２０１５年１２月２２日に作成された上記ＡＳＣＩＩコピーは、５０４７４＿０９２ＷＯ３＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ＿１２＿２２＿１５＿ＳＴ２５という名称であり、４５５２バイトのサイズである。
【０００２】
本発明は化学療法耐性癌の患者を識別する方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
卵巣上皮癌（ＥＯＣ）は婦人科腫瘍による死亡の主原因であり、ＥＯＣの治療は、重要な臨床的課題を示し続けている。ＥＯＣの現在の標準的な治療法は、積極的な外科的細胞切除を行い、次にアジュバント白金及びタキサン系化学療法である。当該治療の奏効率は高いものの、２０〜３０％の症例は耐性があり、一次治療の最中または完了から６カ月以内に進行する。耐性癌の患者はそのため、当該治療から少ししか利益を得られず、未だ対処されていない重要な臨床の必要性を示す。化学療法の応答を予測するために、ＥＯＣ及び一般的な癌において、原発性化学療法耐性を克服するための新規の治療戦略を作り出すために、化学療法耐性の分子特性をより理解する必要がある。
【０００４】
宿主の間質微小環境の活性化は、主に「反応性間質」と呼ばれ、多くの種類の癌において、癌の進行の重要な要素として、関係がある。癌における間質の活性化は、活性した間質細胞が、細胞外基質（ＥＣＭ）成分、成長因子、及びマトリックス再構築酵素の産生を増加させ、癌細胞の生存、増殖及び浸潤を促進する腫瘍微小環境を作るため、正常細胞の創傷治癒のプロセスに似ている。特に、腫瘍微小環境は、ＥＯＣの病態形成に重要な役割を担っていることが徐々に認識されている。しかしながら、反応性間質の重要な調節因子ならびに反応性間質が、ＥＯＣにおいて、腫瘍の進行、治療応答及び臨床転帰に影響する特定の機序がよくわかっていない。
【０００５】
したがって、患者が化学療法に基づく治療に応答するかどうかを決定する方法が必要であり、一般的な癌の治療の代わりとなる治療戦略を作り出すことも必要である。
【発明の概要】
【０００６】
１つの態様では、本発明は、化学療法耐性である癌患者を識別する方法を取り上げ、当該方法は、ａ）患者から得た試料において、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを決定すること、ｂ）１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを、癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルと比較すること、及びｃ）患者の癌が化学療法耐性であるかどうかを決定することであって、患者の試料の１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が、癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルを超えて発現することは、例えば、化学療法耐性（例えば白金系化学療法）癌において１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルの上方制御を検出する場合に、患者が化学療法耐性である癌を有していることを示す、決定することを含む。発現のレベルの減少（例えば中央値レベル以下のレベル）を検出することは、また、化学療法耐性（例えば白金系化学療法）癌において１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルの下方制御を検出する場合に、患者が化学療法耐性である癌を有していることを示す。
【０００７】
１つの実施形態では、患者の癌が、癌種における（例えば、化学療法（例えば、白金系化学療法）耐性癌において１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が上方制御される場合に）１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子発現の７５パーセンタイル超であるレベルで１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子を発現すると決定されているとき、当該患者が、化学療法耐性である癌を有する。上記の態様のある特定の他の実施形態では、化学療法耐性である癌は白金耐性である癌である。
【０００８】
ある特定の実施形態では、当該方法は、患者が、化学療法耐性である癌を有していると決定されるとき、ＶＥＧＦアンタゴニストの投与から利益を得る受けうる患者を識別するステップをさらに含む。ある特定の他の実施形態では、当該方法は、患者が、化学療法耐性である癌を有していると決定されるとき、当該患者に治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストを投与するステップをさらに含む。好ましい実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、抗ＶＥＧＦ抗体である。好ましくは、抗ＶＥＧＦ抗体は、ベバシズマブである。
【０００９】
他の実施形態では、当該方法は、患者が、化学療法耐性である癌を有していると決定されるとき、間質標的療法の実施から利益を受けうる患者を識別するステップをさらに含む。さらに他の実施形態では、当該方法は、患者が、化学療法耐性である癌を有していると決定されるとき、当該患者に治療有効量の間質標的薬を投与するステップをさらに含む。
【００１０】
別の実施形態では、当該方法は、患者が、化学療法耐性である癌を有していると決定されるとき、免疫療法から利益を受けうる患者を識別するステップをさらに含む。別の実施形態では、当該方法は、患者が、化学療法耐性である癌を有していると決定されるとき、当該患者に治療有効量の免疫調節薬を投与するステップをさらに含む。好ましい実施形態では、前記免疫調節薬として、ＴＤＯ２、ＣＤ３６、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７、ＣＤ１Ｃ、ＣＳＦ１、ＩＤＯ１、ＩＬ７Ｒ、またはＣＣＲ７アンタゴニストが挙げられる。
【００１１】
第２の態様では、本発明は、化学療法感受性である癌を有する患者を識別する方法を取り上げ、当該方法は、ａ）患者から得た試料において、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを決定すること、ｂ）１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを、癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルと比較すること、ｃ）患者の癌が化学療法に感受性であるかどうかを決定することであって、患者の試料の１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が、癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベル未満で発現することは、（例えば、化学療法（例えば白金系化学療法）耐性癌において上方制御される１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の場合に）、患者が化学療法感受性である癌を有していることを示す、決定することを含む。
【００１２】
ある特定の実施形態では、患者の癌が、癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子発現の２５パーセンタイル未満のレベルで１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子を発現すると決定されているとき、当該患者が、化学療法感受性である癌を有している。他の実施形態では、患者が化学療法感受性である癌を有していると決定される場合、当該患者に化学療法レジメンの１つまたは複数の、治療有効量の化学療法薬を投与するステップを含む。
【００１３】
上記の態様及び実施形態のある特定の実施形態では、試料は、腫瘍組織の試料である。特定の実施形態では、当該方法は、投与前の診断を提供するために、化学療法薬を投与する前に行われる。ある特定の実施形態では、患者は化学療法を受けたことがない、または現在受けている。
【００１４】
第３の態様では、本発明は、ＶＥＧＦアンタゴニストまたは免疫調節薬の投与から利益を受けうる、癌をり患している患者を識別する方法を取り上げ、当該方法は、ａ）患者から得た試料において、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを決定することであって、患者の試料の１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子が、癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルを超えて発現することは、（化学療法（例えば白金系化学療法）耐性癌において上方制御される１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の場合に）患者がＶＥＧＦアンタゴニストまたは免疫調節薬の投与から利益を受けうることを示す、決定すること、任意に、ｂ）治療有効量のＶＥＧＦアンタゴニストまたは免疫調節薬を患者に投与することを含む。
【００１５】
特定の実施形態では、上記の方法は、化学療法レジメンの１つまたは複数の化学療法薬を投与するステップをさらに含む。いくつかの実施形態では、化学療法薬（複数可）は、ＨＥＲ抗体、腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、心保護薬、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的薬、抗血管新生薬、チロシンキナーゼ阻害薬、ＣＯＸ阻害薬、非ステロイド系抗炎症薬、ファルネシル基転移酵素阻害薬、癌胎児蛋白ＣＡ  １２５と結合する抗体、Ｈｅｒ２ワクチン、ＨＥＲ標的薬、ｒａｆまたはｒａｓ阻害薬、リポソームドキソルビシン、トポテカン、タキサン、二重チロシンキナーゼ阻害薬、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、悪心を治療する医薬品、皮疹を予防または治療する医薬品または標準的にきび治療、下痢を治療または予防する医薬品、体温降下薬、及び造血因子から成る群から選択される。他の実施形態では、１つまたは複数の化学療法薬（複数可）は、ゲムシタビン、カルボプラチン、オキサリプラチン、イリノテカン、フルオロピリミジン（例えば５−ＦＵ）、パクリタキセル（例えばｎａｂ−パクリタキセル）、ドセタキセル、トポテカン、カペシタビン、レコボリン（ｌｅｃｏｖｏｒｉｎ）、テモゾロミド、インターフェロン−アルファ、またはリポソームドキソルビシン（例えばペグ化リポソームドキソルビシン）である。
【００１６】
１つの好ましい実施形態では、化学療法レジメンは、カルボプラチン及びパクリタキセル；カルボプラチン及びゲムシタビン；またはパクリタキセル、トポテカン、またはペグ化リポソームドキソルビシンの投与を含む。第２の好ましい実施形態では、化学療法レジメンは、カペシタビン及びパクリタキセル；またはカペシタビン及びドセタキセルの投与を含む。第３の好ましい実施形態では、化学療法レジメンは、テモゾロミドの投与及び任意に化学療法を含む。第４の好ましい実施形態では、化学療法レジメンは、フルオロピリミジン、イリノテカン、シスプラチン、フルオロピリミジン及びオキサリプラチン；フルオロピリミジン及びイリノテカン；フルオロピリミジン、レコボリン（ｌｅｃｏｖｏｒｉｎ）、及びオキサリプラチン；またはイロノテカン（ｉｒｏｎｏｔｅｃａｎ）、フルオロピリミジン及びロイコボリンの投与を含む。第５の好ましい実施形態では、化学療法レジメンは、パクリタキセル及びトポテカン；またはパクリタキセル及びシスプラチンの投与を含む。第６の好ましい実施形態では、化学療法レジメンは、インターフェロン−アルファ２ａの投与を含む。
【００１７】
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子は、ＰＯＳＴＮ、ＬＯＸ、ＴＩＭＰ３、ＦＡＰ、ＢＧＮ、ＦＧＦ１、ＦＮ１、ＡＮＧＰＴＬ２、ＡＣＴＡ２、ＭＭＰ１１、ＲＢＰ４、ＣＤ３６、ＰＬＶＡＰ、ＰＥＣＡＭ１、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７、ＡＢＣＣ９、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＤ１Ｃ、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ４４、ＰＭＥＰＡ１、ＩＬ７Ｒ、ＦＢＬＮ１、ＴＷＩＳＴ１、ＩＤ１、ＲＡＣ２、ＧＦＲＡ１、ＣＣＲ７、ＭＡＮ１Ａ１、ＥＶＩ２Ａ、ＰＴＰＲＣ  ＣＤ４５ＲＡ、ＦＣＲＬ５、ＮＮＭＴ、ＣＤ２７、ＳＬＡ、ＴＤＯ２、ＮＵＡＫ１、及びＣＯＬ４Ａ１から成る群から選択される。好ましい実施形態では、間質シグネチャー遺伝子はＰＯＳＴＮである。他の好ましい実施形態では、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子は、ＰＯＳＴＮ及びＦＡＰ；ＰＯＳＴＮ及びＴＩＭＰ３；ＰＯＳＴＮ及びＬＯＸ；ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、及びＴＩＭＰ３；ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、及びＬＯＸ；ＰＯＳＴＮ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸ；またはＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸである。
【００１８】
第４の態様では、本発明は、癌患者を治療する方法を取り上げ、当該方法は、患者に治療有効量の間質標的薬を投与することを含み、当該患者の癌は、癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子発現の中央値を超えるレベルで１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子を発現することが決定されている。
【００１９】
上記方法の好ましい実施形態では、間質標的薬は、抗ペリオスチン（ＰＯＳＴＮ）抗体である。上記方法のある特定の実施形態では、癌は原発性、進行性、難治性、または再発性である。その他の実施形態では、癌は、卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、及び外陰癌から成る群から選択される婦人科癌である。好ましい実施形態では、婦人科癌は、卵巣癌である。上記方法のさらに他の実施形態では、癌は、結腸直腸癌、乳癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、腎癌（腎細胞癌）、または脳癌（神経膠芽腫）から成る群から選択される。
【００２０】
第５の態様では、本発明は、患者の卵巣癌のステージを決定する方法を提供する。当該方法は、患者から得た試料（例えば、腫瘍組織試料、血液試料、または血清試料）中のＰＯＳＴＮの発現レベルを決定することを含む。患者の試料中ＰＯＳＴＮの発現レベルが、対照に対して、高いレベルで検出されることは、進行期（例えばＦＩＧＯ卵巣癌ステージＩＩＩまたはＩＶ）の卵巣癌であることを示す。ある特定の実施形態では、対照は、卵巣癌患者の集団において、ＰＯＳＴＮ発現の中央値レベルであり、他の実施形態では、対照は、ＦＩＧＯステージＩ及び／またはＦＩＧＯステージＩＩ卵巣癌の患者集団において、ＰＯＳＴＮ発現の中央値レベルである。任意に、当該方法は、患者が進行期の卵巣癌を有していると決定される場合、当該患者に療法を行うステップも含む。
【００２１】
本発明の他の特徴及び利点は、詳細な説明、図面及び請求項から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１】図１Ａ〜１Ｄは、原発性化学療法耐性卵巣癌において上方制御される「反応性間質」遺伝子シグネチャーの識別を示す。（Ａ）３２個のＰｌａｔ−Ｒ原発性卵巣腫瘍と２６個のＰｌａｔ−Ｓ原発性卵巣腫瘍との最も差次的に発現される遺伝子（偽陽性率（ＦＤＲ）≦１０％、倍数変化≧１．５）の上位１４の階層的クラスタリング。一次化学療法に対する臨床的に規定された応答、ＴＰ５３変異状態、及び７個の再発性増幅遺伝子（≧４個のコピー）は下部に注釈を付ける。（Ｂ）２７個の患者適合型Ｐｌａｔ−Ｒ原発性卵巣腫瘍と、Ｐｌａｔ−Ｒ再発性卵巣腫瘍との最も差次的に発現される遺伝子（ＦＤＲ≦１０％、倍数変化≧１．５）の上位６５の階層的クラスタリング。（Ｃ）Ｐｌａｔ−Ｒ原発性及び再発性腫瘍に有意に差次的に発現される一般的なシグネチャー遺伝子のベン図。（Ｄ）２６個のＰｌａｔ−Ｓ原発性、３２個のＰｌａｔ−Ｒ原発性、及び２７個のＰｌａｔ−Ｒ再発性腫瘍における４つの反応性間質シグネチャー遺伝子の遺伝子発現。
【図２】互いに高度に相関する４つの反応性間質シグネチャー遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルを示す一連のプロットである。
【図３】図３Ａ〜３Ｂは、ＲＮＡ  ＩＳＨ及びＩＨＣによる反応性間質シグネチャー遺伝子ＰＯＳＴＮ、ＬＯＸ、及びＦＡＰのｉｎ  ｓｉｔｕ分析を示す。（Ａ）  Ｐｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍、化学療法前の患者適合型Ｐｌａｔ−Ｒ原発性腫瘍、及び疾患の進行時の化学療法後の再発性腫瘍の代表的なＩＳＨ及びＩＨＣ画像。左縦２列の画像：ＰＯＳＴＮ、ＬＯＸの検出についての２−プレックス発色性ＲＮＡ  ＩＳＨ、及びＦＡＰ  ｍＲＮＡ局所化の検出についてのシングルプレックスＲＮＡ  ＩＳＨ。右縦３列の画像：ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、及びａＳＭＡタンパク質局所化についてのＩＨＣ染色。バー＝１００ｕｍ。（Ｂ）各反応群：Ｐｌａｔ−Ｓ原発性、患者適合型Ｐｌａｔ−Ｒ原発性、及び再発性腫瘍からの、全８５個の試料（ＰＯＳＴＮ及びＦＡＰ  ＩＳＨ）または５つの代表的な腫瘍試料（ＬＯＸ  ＩＳＨ、ＰＯＳＴＮ及びＦＡＰ  ＩＨＣ）におけるＩＳＨスコア及びＩＨＣスコアのまとめ。ＩＳＨ  Ｈスコア（平均値及び標準偏差値でプロットされた材料及び方法）とＩＨＣ全体スコアの両方は、腫瘍細胞及び間質細胞でそれぞれ決定された。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１。
【図４】図４Ａ〜４Ｃは、ＰＯＳＴＮ発現レベルがｉｎ  ｖｉｖｏの線維増生表現型と相関し、ＰＯＳＴＮがｉｎ  ｖｉｔｒｏのＥＯＣ細胞で、化学療法耐性を促進することを示す。（Ａ）線維形成の増加が、ＰＯＳＴＮ発現及び原発性化学療法耐性と相関する。腫瘍試料のヘマトキシリン及びエオシン（Ｈ＆Ｅ）染色の代表的な高拡大率の画像（上部パネル）ならびにＰＯＳＴＮ  ＩＳＨ画像（下部パネル）を示す。線維形成のスコアを以下のように示す。０＝線維形成なし、１＝癌細胞に隣接している２、３の散在した線維形成性病巣、２＝癌細胞に隣接しているいくつかの線維形成性病巣または中度にコンフルエントな（より広い）線維形成、しかし、切片全体には存在していない、３＝大部分の癌細胞に伴う、切片全体の線維形成反応。表示：ＤＳ＝線維形成性間質、ＮＳ＝正常な間質、ＴＣ＝腫瘍細胞。矢印は腫瘍細胞の例を指している。点線は、腫瘍細胞を含む領域を囲んでいる。バーのサイズ、１００μｍ。（Ｂ）２１個のＰｌａｔ−Ｓ原発性、１８個のＰｌａｔ−Ｒ原発性、及び２１個のＰｌａｔ−Ｒ再発性腫瘍試料における線維形成スコアのまとめ。（Ｃ）ＰＯＳＴＮはｉｎ  ｖｉｔｒｏの化学療法感受性のＥＳ２卵巣細胞の化学療法耐性を促進する。細胞を各ウェルに蒔く前に、９６ウェルプレートを、組換えタンパク質ＦＮ１またはＰＯＳＴＮでコーティングした、またはコーティングしないままにした。翌日、１０μＭのカルボプラチンまたは１０ｎＭのタキソールを各ウェルに添加した。細胞の生存率を測定するために化合物処理の７２時間後に、Ｃｅｌｌ−Ｔｉｔｒｅ  Ｇｌｏ（登録商標）試薬を添加した。コーティングされたウェルの生存率をコーティングされていないウェルの生存率と比較し、増殖利益％を計算した。
【図５】図５Ａ〜５Ｂは、反応性間質遺伝子の発現が、ＩＣＯＮ７試験化学療法治療群において、第一線化学療法の臨床転帰を予測することを示す。（Ａ）探索データセット（ｘ軸）と独立した検証データセット（ＩＣＯＮ７対照群）間の倍数変化（Ｐｌａｔ−Ｒ対Ｐｌａｔ−Ｓ）の相関。プロット上の５つの遺伝子が、両方のデータセットで有意に差示的に発現する（ｐ≦０．０１及び倍数変化≧１．５）。（Ｂ）反応性間質シグネチャー遺伝子（中央値カットオフ）の発現と、独立したデータセット（ＩＣＯＮ７化学療法治療群）の一次化学療法からの患者の転帰（ＰＦＳ）との関連性。
【図６】卵巣癌におけるＰＯＳＴＮと既知の予後因子との相関を示す一連のプロットである。
【図７】４つの間質シグネチャー遺伝子の多変量解析を示す。中央値カットオフを使用して二分される５つの遺伝子（ＰＯＳＴＮ、ＰＧＲ、ＦＡＰ、ＬＯＸ及びＴＩＭＰ３）の発現を、多変量コックス回帰モデルを使用して分析し、各遺伝子について関連の強固性を評価した。ＰＯＳＴＮの発現のみが多変量解析で有意であった。さらに、４つの遺伝子の発現を、各患者について平均化したとき、得られた全体の間質のスコアは、ＰＦＳ（ＨＲ＝２．０、９５％ＣＩ：１．３−３．１、ｐ＝０．００１３）と関連して、改善しなかった。
【図８】原発性化学療法耐性と関連される遺伝子シグネチャーを使用するパスウェイ解析（Ｉｎｇｅｎｕｉｔｙ）によって識別される上位の活性化ネットワーク及び上流調節因子の模式図を提供する。化学療法耐性腫瘍において下方制御される遺伝子は、ＦＧＦＲ４、ＣＸＣＬ１０、ＩＤＯ１、ＭＭＰ１０及びＭＭＰ７である。残りの遺伝子は、化学療法耐性腫瘍の上方制御の程度が変化する。
【図９】ＰＯＳＴＮ発現が血管新生促進マーカー（ＰＬＶＡＰ、ＰＥＣＡＭ１、及びＡＮＧＰＴＬ２）及びＭ２様マクロファージマーカー（ＣＤ６８、ＣＤ１６３及びＣＤ３６）と高度に相関することを示すプロットである。
【図１０】１０２個の年齢適合型健常対象（ＮＨＳ）、化学療法感受性（卵巣癌）が知られていない１００名の卵巣上皮癌（ＥＯＣ）患者、白金耐性であることが知られている４３名のＥＯＣ患者（Ｐｌａｔ−Ｒ卵巣癌）、９６名の肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者、及び２９名の膵癌患者からの血清試料のベンダーが獲得したパネルにおける、ＰＯＳＴＮ発現の範囲を示す、グループ化されたドットプロットである。
【図１１】ステージＩ（２５名）及びＩＩ（６名）の患者（合わせて３１名）及び６９名のステージＩＩＩ患者からのベンダーが獲得した血清サンプルにおける、循環ＰＯＳＴＮと疾患のステージの相関を示す相関を示す、グループ化されたドットプロットである。
【発明を実施するための形態】
【００２３】
Ｉ．はじめに
本発明は、卵巣癌の原発性化学療法耐性に特に関連し、再発性腫瘍においてさらに上方制御される反応性間質遺伝子シグネチャーを提供する。ペリオスチン（ＰＯＳＴＮ）、線維芽細胞活性化タンパク質（ＦＡＰ））、及びリジル酸化酵素（ＬＯＸ）を含む当該シグネチャーのいくつかの重要な要素のｉｎ  ｓｉｔｕの分析によって、これらの遺伝子が化学療法耐性腫瘍の腫瘍関連線維芽細胞において特に上方制御されることが明らかになった。反応性間質遺伝子シグネチャーを、第ＩＩＩ相試験の化学療法治療群からの独立したデータセットで検証し、この検証分析において、高いＰＯＳＴＮ発現が、第一線化学療法（カルボプラチン及びパクリタキセル）を受けている患者の悪い転帰（すなわち無増悪生存期間（ＰＦＳ））に関連することを示した。
【００２４】
したがって、本発明は、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを決定し、当該発現レベルを、癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子発現の中央値レベルと比較することによって、化学療法耐性である癌（例えば婦人科癌（例えば卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、または外陰癌））患者を識別する方法を提供する。癌種における１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子発現の中央値レベルを超えるレベルで１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現を検出することは、患者が、化学療法耐性癌を有していることを示す。本発明は、また、間質標的薬またはその他の薬剤を患者に投与することによって、癌（例えば化学療法耐性癌）患者を治療する方法を提供する。本発明は、抗血管新生薬（例えば、抗ＶＥＧＦ抗体、例えばベバシズマブ等のＶＥＧＦアンタゴニスト）または化学療法レジメン及び／または間質標的薬と併用する免疫調節薬の投与から利益を受けうる癌（例えば化学療法耐性癌）患者を識別する方法をさらに提供する。
【００２５】
ＩＩ．定義
別途定義されない限り、本明細書で使用される専門用語及び科学用語は、本発明が属する当業者が一般に理解する意味と同じ意味を有するものとする。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２ｎｄ  ｅｄ．，Ｊ．Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．１９９４），ａｎｄ  Ｍａｒｃｈ，Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ４ｔｈ  ｅｄ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．１９９２）は、当業者に本出願で使用する多くの用語の一般的な指針を提供する。
【００２６】
当該明細書を理解するために、以下の定義を適用し、適切であれば、単数で使用される用語は複数も含み、逆も真である。以下に記載する定義が参照により本明細書に組み込まれるいずれかの文書と矛盾する場合、以下に記載する定義が優先する。
【００２７】
本明細書で使用するとき「投与」または「投与すること」という用語は、化学療法薬（例えば本明細書に記載の任意の化学療法薬、以下参照）、間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体）、及び／または化学療法薬（例えば本明細書に記載の任意の化学療法薬、以下参照）、間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、または抗血管新生薬（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体）を含む医薬組成物／治療レジメンを、治療用抗体を投与するための当該技術分野で知られている適切な方法によって、当該治療または医療介入を必要とする患者に投与することを意味する。投与の非限定な経路として、経口、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、局所的、皮内、鼻腔内または気管支内の投与（例えば吸入によって影響を受けるように）が挙げられる。本発明に関連して特に、非経口投与、例えば静脈内投与が好ましい。結腸直腸癌の治療のためのベバシズマブに関して、ＥＭＥＡに記載の好ましい用量は、体重の５ｍｇ／ｋｇまたは１０ｍｇ／ｋｇを２週に１回、または体重の７．５ｍｇ／ｋｇもしくは１５ｍｇ／ｋｇを３週に１回である。ＮＳＣＬＣの治療について、好ましい用量は、カルボプラチン及びパクリタキセルと併用して、１５ｍｇ／ｋｇを３週に１回注入することである。腎細胞癌の治療について、好ましい用量は、インターフェロンα−２ａ、または単一治療として、１０ｍｇ／ｋｇを２週に１回注入することである。子宮頸癌の治療について、好ましい用量は、以下、パクリタキセル、及びシスプラチンまたはパクリタキセル及びトポテカンの化学療法レジメンの１つと併用して、１５ｍｇ／ｋｇを３週に１回、注入または投与することである。神経膠芽腫の治療について、好ましい用量は、１０ｍｇ／ｋｇを２週に１回注入することである。
【００２８】
ポリペプチドの作動薬または拮抗薬の特定方法は、ポリペプチドを候補作動薬または拮抗薬分子と接触させること、該ポリペプチドと通常関連付けられる１つまたは複数の生物活性における検出可能な変化を測定すること、を含み得る。
【００２９】
「抗体」という用語は、本明細書で最も広義に使用され、所望の抗原結合活性を示す限り、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片を含むが、これらに限定されない、種々の抗体構造を包含する。
標的に結合する抗体は、抗体が診断剤及び／または治療剤として標的を標的とすることに有用となるような十分な親和性で標的と結合することができる抗体を指す。１つの実施形態では、無関係の非標的タンパク質への抗標的抗体の結合の程度は、例えば、放射免疫測定法（ＲＩＡ）またはビアコアアッセイによって測定した場合に、この抗体の標的への結合の約１０％未満である。ある特定の実施形態では、標的に結合する抗体は、＜１μΜ、＜１００ｎＭ、＜１０ｎＭ、＜１ｎＭ、＜０．１ｎＭ、＜０．０１ｎＭ、または＜０．００１ｎＭ（例えば、１０〜８Ｍ以下、例えば、１０〜８Ｍから１０〜１３Ｍ、例えば、１０〜９Ｍから１０〜１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有する。ある特定の実施形態では、抗標的抗体は、異なる種間で保存されている標的のエピトープに結合する。
【００３０】
「抗体断片」は、無傷抗体が結合する抗原と結合する、無傷抗体の一部を含む無傷抗体以外の分子を指す。抗体断片の例として、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；二重特異性抗体；線状抗体（ｌｉｎｅａｒ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）；単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）；及び抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３１】
参照抗体として「同じエピトープに結合する抗体」は、競合アッセイにおいて、参照抗体のその抗原への結合を５０％以上遮断する抗体、及び逆に、競合アッセイにおいて、抗体のその抗原への結合を５０％以上遮断する参照抗体を指す。
【００３２】
「利益」という用語は広義の意味で使用し、任意の望ましい効果を指し、特に本明細書に記載の臨床的有用性を含む。臨床的有用性は、様々なエンドポイントを評価することによって測定することができ、例えば、進行の緩徐化または完全停止を含む疾患の進行のある程度の阻害、疾患のエピソード及び／または症状の数の減少、病変サイズの減少、隣接する周囲の臓器及び／または組織への疾患の細胞の浸潤の阻害（すなわち、減少、緩徐化または完全停止）、疾患の拡散の阻害（すなわち、減少、緩徐化または完全停止）、自己免疫応答の低下（必ずしもその必要はないが、結果として病変の後退または切除になりうる）、障害に関連する１つまたは複数の症状のある程度の緩和、治療後の無憎悪の期間、例えば無増悪生存の増加、全生存期間の増加、高い応答率、及び／または治療後の任意の時点での死亡率の減少がある。
【００３３】
「生物試料」または「試料」は本明細書で使用するとき、限定されないが、血液、血清、血漿、痰、組織生検、腫瘍組織、鼻腔用綿棒または鼻茸を含む鼻腔試料を含む。
【００３４】
「癌」及び「癌性」という用語は、典型的には制御されない細胞成長を特徴とする、哺乳動物における生理学的状態を指すか、または説明する。前記定義には、良性及び悪性腫瘍が含まれる。癌の例としては、癌腫、リンパ腫、芽腫、肉腫、及び白血病が挙げられるが、それらに限定されない。そのような癌のより具体的な例としては、扁平上皮細胞癌、肺癌（小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌、及び肺の扁平上皮癌を含む）、腹膜の癌、肝細胞癌、胃癌（ｇａｓｔｒｉｃまたはｓｔｏｍａｃｈ）（胃腸癌を含む）、膵癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝癌、膀胱癌、ヘパトーマ、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜または子宮癌、唾液腺癌、腎臓（ｋｉｄｎｅｙまたはｒｅｎａｌ）癌、肝癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝癌、及び様々な型の頭頸部癌、ならびにＢ細胞リンパ腫（低度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）を含む）；小リンパ球（ＳＬ）ＮＨＬ；中度／濾胞性ＮＨＬ；中度びまん性ＮＨＬ；高度免疫芽細胞性ＮＨＬ；高度リンパ芽球性ＮＨＬ；高度小非切れ込み型細胞ＮＨＬ；巨大腫瘤病変ＮＨＬ；マントル細胞リンパ腫；ＡＩＤＳ関連リンパ腫；及びワルデンストレームマクログロブリン血症）；慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）；毛様細胞白血病；慢性骨髄芽球性白血病；及び移植後リンパ増殖性障害（ＰＴＬＤ）、ならびに母斑症、浮腫（脳腫瘍と関連付けられるものなど）、及びメーグス症候群と関連付けられる異常血管増殖が挙げられる。
【００３５】
「進行」癌は、局所浸潤または転移のいずれかによって元の部位または臓器の外側に拡散する癌である。
【００３６】
「難治性」癌は、化学療法薬等の抗腫瘍薬を癌患者に投与しても、進行する癌である。難治性癌の例は、白金難治性の癌である。
【００３７】
「再発」癌は、初期療法への応答後に、初期部位または遠位部位のいずれかにおいて再成長した癌である。
【００３８】
「白金耐性」癌は、白金系化学療法を受けていながらも進行している患者の癌、または白金系化学療法が完了してから例えば１２カ月以内（例えば６カ月以内）に進行している患者の癌を意味する。当該癌は、「白金耐性」を有するまたは示すということができる。
【００３９】
「化学療法耐性」癌は、化学療法レジメンを受けていながらも進行している患者の癌、または化学療法レジメンが完了してから例えば１２カ月以内（例えば６カ月以内）に進行している患者の癌を意味する。当該癌は、「化学療法耐性」を有するまたは示すということができる。
【００４０】
「キメラ」抗体という用語は、重鎖及び／または軽鎖の一部分が特定の源または種に由来する一方で、重鎖及び／または軽鎖の残りの部分が異なる源または種に由来する、抗体を指す。
【００４１】
抗体の「クラス」は、その重鎖によって保有される定常ドメインまたは定常領域の型を指す。５つの主要な抗体クラスＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭが存在し、これらのうちの数個は、サブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２にさらに分けることができる。免役グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ及びμと呼ばれる。
【００４２】
「化学療法薬」は、癌の治療に有用な化学化合物を含む。化学療法薬の例として、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍ．）、ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標）、Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ  Ｐｈａｒｍ．）、ジスルフィラム、没食子酸エピガロカテキン、サリノスポラミドＡ、カーフィルゾミブ、１７−ＡＡＧ（ゲルダナマイシン）、ラディシコール、乳酸デヒドロゲナーゼＡ（ＬＤＨ−Ａ）、フルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、スニチブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ／Ｓｕｇｅｎ）、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、イマチニブメシル酸塩（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、フィナスナート（ＶＡＴＡＬＡＮＩＢ（登録商標）、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、オキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標）、Ｓａｎｏｆｉ）、５−ＦＵ（５−フルオロウラシル）、ロイコボリン、ラパマイシン（Ｓｉｒｏｌｉｍｕｓ、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）、ラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６、Ｇｌａｘｏ  Ｓｍｉｔｈ  Ｋｌｉｎｅ）、ロナファーニブ（ＳＣＨ  ６６３３６）、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ（登録商標）、Ｂａｙｅｒ  Ｌａｂｓ）、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＡＧ１４７８、チオテパ及びＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標）シクロホスファミド等のアルキル化薬；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン等のスルホン酸アルキル；ベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ及びウレドパ等のアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホルアミド及びトリメチロメラミンを含むエチレンイミン及びメチラメラミン；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）、カンプトテシン（トポテカン及びイリノテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼルシン及びビセレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；副腎皮質ステロイド（プレドニゾン及びプレドニゾロン）；シプロテロン酢酸エステル；５α−レダクターゼ（フィナステリド及びデュタステリドを含む）；ボリノスタット、ロミデプシン、パノビノスタット、バルプロ酸、モセチノスタットドラスタチン；アルデスロイキン、タルクデュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン、サルコジクチイン、スポンジスタチン；クロラムブシル、クロマファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード等のナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン及びラニムヌスチン等のニトロソウレア；エンジイン抗生物質等の抗生物質（例えば、カリチアマイシン、特にカリチアマイシンγ１Ｉ及びカリチアマイシンω１Ｉ（Ａｎｇｅｗ  Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．１９９４  ３３：１８３−１８６）；ジネミシンＡを含むジネミシン；クロドロン酸等のビスホスホネート；エスペラミシン；ならびにネオカルジノスタチンクロモフォア及び関連の色素タンパク質エンジイン抗生物質クロモフォア）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモミシニス、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）（ドキソルビシン）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシン）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣ等のマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン、メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）等の代謝拮抗薬；デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート等の葉酸類似体；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン等のプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン等のピリミジン類似体；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン等のアンドロゲン；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン等の抗副腎薬（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌ）；フォリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）等の葉酸補液；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸、エニルウラシル；アムサクリン、ベストラブシル；ビスアントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン；エルホミチン；エリプチニウム酢酸；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；マイタンシン及びアンサマイトシン等のマイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダムノール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット、ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖類複合体（ＪＨＳ  Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン、２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ−２トキシン、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ、タキソイド、例えば、ＴＡＸＯＬ（パクリタキセル；Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙ��ｒｓ  Ｓｑｕｉｂｂ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（登録商標）（Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ非含有）、パクリタキセルのアルブミン操作したナノ粒子製剤（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐａｒｔｎｅｒｓ，Ｓｃｈａｕｍｂｅｒｇ，Ｉｌｌ．）、及びＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）（ドセタキセル、ドキセタキセル、Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ）；クロラムブシル；ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）（ゲムシタビン）；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン及びカルボプラチン等の白金類似体；ビンブラスチン；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン、ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標）（ビノレルビン）；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））；イバンドロン酸；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸等のレチノイド；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸及び誘導体が挙げられる。
【００４３】
化学療法薬としてまた、（ｉ）抗エストロゲン及び選択的エストロゲン受容体調節因子（ＳＥＲＭ）等の腫瘍でのホルモン活動を調節するまたは阻害するように作用する抗ホルモン薬が挙げられ、例えばタモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）、タモキシフェンクエン酸塩）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、イドキシフェン、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン及びＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標）（トレミフェンクエン酸塩）が挙げられ、（ｉｉ）副腎でのエストロゲンの産生を調節する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害薬が挙げられ、例えば、４（５）−イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＳＥ（登録商標）（メゲストロール酢酸エステル）、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）（エキセメスタン、Ｐｆｉｚｅｒ）、ホルメスタニー、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）（ボロゾール）、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）（レトロゾール、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、及びＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）（アナストロゾール、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）が挙げられ、（ｉｉｉ）フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリド及びゴセレリン等の抗アンドロゲン薬；ブセレリン、トリプテレリン、メドロキシプロゲステロン酢酸、ジエチルスチルベストロール、プレマリン、フルオキシメステロン、全てのトランス型レチノイン酸、フェンレチニド、ならびにトロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）、（ｉｖ）タンパク質キナーゼ阻害薬、（ｖ）脂質キナーゼ阻害薬、（ｖｉ）アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、例えば、ＰＫＣ−アルファ、Ｒａｌｆ及びＨ−Ｒａｓ等の異常な細胞増殖に関係があるとされるシグナル伝達経路での遺伝子発現を阻害するもの、（ｖｉｉ）ＶＥＧＦ発現阻害薬（例えば、ＡＮＧＩＯＺＹＭＥ（登録商標）及びＨＥＲ２発現阻害薬等のリボザイム、（ｖｉｉｉ）遺伝子療法ワクチン等のワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、  ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）；ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）、ｒＩＬ−２、ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）等のトポイソメラーゼ１阻害薬；ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨならびに（ｉｘ）上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸及び誘導体が挙げられる。
【００４４】
化学療法薬として、また、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ）、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）等の抗生物質；セツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ（登録商標）、Ｉｍｃｌｏｎｅ）；パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ（登録商標）、Ａｍｇｅｎ）、リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｂｉｏｇｅｎ  Ｉｄｅｃ）、ペルツズマブ（ＯＭＮＩＴＡＲＧ（登録商標）、２Ｃ４、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ、Ｃｏｒｉｘｉａ）、及び抗体薬複合体、ゲムツズマブオゾガマイシン（ＭＹＬＯＴＡＲＧ（登録商標）、Ｗｙｅｔｈ）が挙げられる。本発明の化合物と併用する薬剤として治療能を有する追加のヒト化モノクローナル抗体として、アポリズマブ、アセリズマブ、アトリズマブ、バピネオズマブ、ビバツズマブメルタンシン、カンツズマブメルタンシン、セデリズマブ、セルトリズマブペゴル、シドフシツズマブ、シドツズマブ、ダクリズマブ、エクリズマブ、エファリズマブ、エプラツズマブ、エルリズマブ、フェルビズマブ、フォントリズマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、ラベツズマブ、リンツズマブ、マツズマブ、メポリズマブ、モタビズマブ、モトビズマブ、ナタリズマブ、ニモツズマブ、ノロビズマブ、ヌマビズマブ、オクレリズマブ、オマリズマブ、パリビズマブ、パスコリズマブ、ペクフシツズマブ、ペクツズマブ、パキセリズマブ、ラリビズマブ、ラニビズマブ、レスリビスマブ、レスリズマブ、レシビズマブ、ロベリズマブ、ルプリズマブ、シブロツズマブ、シプリズマブ、ソンツズマブ、タカツズマブテトラキセタン、タドシズマブ、タリズマブ、テフィバズマブ、トシリズマブ、トラリズマブ、ツコツズマブセルモロイキン、ツクシツズマブ、ウマビズマブ、ウルトキサズマブ、ウステキヌマブ、ビジリズマブ、及び排他的組換えヒト配列である抗インターロイキン−１２（ＡＢＴ−８７４／Ｊ６９５、Ｗｙｅｔｈ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｂｂｏｔｔ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）、インターロイキン−１２ｐ４０タンパク質を認識するために遺伝子修飾された全長のＩｇＧ１λ抗体が挙げられる。
【００４５】
化学療法薬はまた、「ＥＧＦＲ阻害薬」も含み、ＥＧＦＲに結合する、またはそれ以外の方法で直接的にそれと相互作用する化合物を指しており、そのシグナル伝達活性を防ぐまたは低下させ、あるいは「ＥＧＦＲアンタゴニスト」として呼ばれる。当該薬剤の例として、ＥＧＦＲに結合する抗体及び小分子が挙げられる。ＥＧＦＲに結合する抗体の例として、ＭＡｂ  ５７９（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ＨＢ  ８５０６）、ＭＡｂ  ４５５（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ＨＢ８５０７）、ＭＡｂ  ２２５（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ８５０８）、ＭＡｂ  ５２８（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  ８５０９）（米国特許第４，９４３，５３３号、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．を参照）及びその変異体、例えば、キメラ化２２５（Ｃ２２５またはセツキシマブ、ＥＲＢＵＴＩＸ（登録商標））及び再形状化されたヒト２２５（Ｈ２２５）（ＷＯ９６／４０２１０、Ｉｍｃｌｏｎｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃを参照）；ＩＭＣ−１１Ｆ８、完全ヒト、ＥＧＦＲ標的抗体（Ｉｍｃｌｏｎｅ）；タイプＩＩ変異体ＥＧＦＲと結合する抗体（米国特許第５，２１２，２９０号）；米国特許第５，８９１，９９６号に記載のＥＧＦＲと結合するヒト化及びキメラ抗体；ならびにＡＢＸ−ＥＧＦまたはパニツムマブ等のＥＧＦＲと結合するヒト抗体（ＷＯ９８／５０４３３、Ａｂｇｅｎｉｘ／Ａｍｇｅｎ）；ＥＭＤ  ５５９００（Ｓｔｒａｇｌｉｏｔｔｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｕｒ．Ｊ．  Ｃａｎｃｅｒ  ３２Ａ：６３６−６４０（１９９６））；ＥＧＦＲ結合についてＥＧＦとＴＧＦ−アルファの両方と競合するＥＧＦＲに対するＥＭＤ７２００（マツズマブ）ヒト化ＥＧＦＲ抗体（ＥＭＤ／Ｍｅｒｃｋ）；ヒトＥＧＦＲ抗体、ＨｕＭａｘ−ＥＧＦＲ（ＧｅｎＭａｂ）；Ｅ１．１、Ｅ２．４、Ｅ２．５、Ｅ６．２、Ｅ６．４、Ｅ２．１１、Ｅ６．３、及びＥ７．６．３として知られ、米国特許第６，２３５，８８３号に記載される完全ヒト抗体；ＭＤＸ−４４７（Ｍｅｄａｒｅｘ  Ｉｎｃ）；ならびにｍＡｂ  ８０６またはヒト化ｍＡｂ  ８０６（Ｊｏｈｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（２９）：３０３７５−３０３８４（２００４）が挙げられる。抗ＥＧＦＲ抗体は、細胞傷害性薬と結合することができ、したがって免疫複合体を生成する（例えば、欧州特許第６５９，４３９  Ａ２号、Ｍｅｒｃｋ  Ｐａｔｅｎｔ  ＧｍｂＨを参照のこと）。ＥＧＦＲ拮抗薬は、米国特許第５，６１６，５８２号、同第５，４５７，１０５号、同第５，４７５，００１号、同第５，６５４，３０７号、同第５，６７９，６８３号、同第６，０８４，０９５号、同第６，２６５，４１０号、同第６，４５５，５３４号、同第６，５２１，６２０号、同第６，５９６，７２６号、同第６，７１３，４８４号、同第５，７７０，５９９号、同第６，１４０，３３２号、同第５，８６６，５７２号、同第６，３９９，６０２号、同第６，３４４，４５９号、同第６，６０２，８６３号、同第６，３９１，８７４号、同第６，３４４，４５５号、同第５，７６０，０４１号、同第６，００２，００８号、及び同第５，７４７，４９８号、ならびに以下のＰＣＴ公開公報：ＷＯ９８／１４４５１、ＷＯ９８／５００３８、ＷＯ９９／０９０１６、及びＷＯ９９／２４０３７に記載される化合物等の小���子を含む。特定の小分子ＥＧＦＲアンタゴニストとして、ＯＳＩ−７７４（ＣＰ−３５８７７４、エルロチニブ、ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／ＯＳＩ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＰＤ  １８３８０５（ＣＩ  １０３３、２−プロペンアミド、Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−７−［３−（４−モルホリニル）プロポキシ］−６−キナゾリニル］−、二塩酸塩、Ｐｆｉｚｅｒ  Ｉｎｃ．）；ＺＤ１８３９、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ（登録商標））４−（３’−クロロ−４’−フルオロアニリノ）−７−メトキシ−６−（３−モルホリノプロポキシ）キナゾリン、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＺＭ  １０５１８０（（６−アミノ−４−（３−メチルフェニル−アミノ）−キナゾリン、Ｚｅｎｅｃａ）；ＢＩＢＸ−１３８２（Ｎ８−（３−クロロ−４−フルオロ−フェニル）−Ｎ２−（１−メチル−ピペリジン−４−イル）−ピリミド［５，４−ｄ］ピリミジン−２，８−ジアミン、Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）；ＰＫＩ−１６６（（Ｒ）−４−［４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−１Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン−６−イル］−フェノール）；（Ｒ）−６−（４−ヒドロキシフェニル）−４−［（１−フェニルエチル）アミノ］−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン）；ＣＬ−３８７７８５（Ｎ−［４−［（３−ブロモフェニル）アミノ］−６−キナゾリニル］−２−ブチンアミド）；ＥＫＢ−５６９（Ｎ−［４−［（３−クロロ−４−フルオロフェニル）アミノ］−３−シアノ−７−エトキシ−６−キノリニル］−４−（ジメチルアミノ）−２−ブテンアミド）（Ｗｙｅｔｈ）；ＡＧ１４７８（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＡＧ１５７１（ＳＵ  ５２７１、Ｐｆｉｚｅｒ）；二重ＥＧＦＲ／ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤、例えばラパチニブ（ＴＹＫＥＲＢ（登録商標）、ＧＳＫ５７２０１６またはＮ−［３−クロロ−４−［（３フルオロフェニル）メトキシ］フェニル］−６［５［［［２メチルスルホニル）エチル］アミノ］メチル］−２−フラニル］−４−キナゾリンアミン）が挙げられる。
【００４６】
化学療法薬として、「チロシンキナーゼ阻害剤」（前述のパラグラフに記載されるＥＧＦＲ標的薬を含む）；Ｔａｋｅｄａから入手可能なＴＡＫ１６５などの小分子ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤；ＣＰ−７２４，７１４、ＥｒｂＢ２受容体シロシンキナーゼの経口選択的阻害剤（Ｐｆｉｚｅｒ及びＯＳＩ）；二重ＨＥＲ阻害剤、例えばＥＧＦＲと選好的に結合するが、ＨＥＲ２及びＥＧＦＲ両方の過剰発現細胞を阻害するＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈから入手可能）；ラパチニブ（ＧＳＫ５７２０１６；Ｇｌａｘｏ−ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）、経口ＨＥＲ２及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤；ＰＫＩ−１６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓから入手可能）；カネルチニブなどの汎ＨＥＲ阻害剤（ＣＩ−１０３３、Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；Ｒａｆ−１阻害剤、例えばＲａｆ−１シグナル伝達を阻害するＩＳＩＳ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓから入手可能なアンチセンス剤ＩＳＩＳ−５１３２；非ＨＥＲ標的ＴＫ阻害剤、例えばイマチニブメシラート（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標）、Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅから入手可能）；多標的チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒから入手可能）；バタラニブなどのＶＥＧＦ受容体チロシンキナーゼ阻害剤（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４、Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧから入手可能）；ＭＡＰＫ細胞外調節キナーゼＩ阻害剤ＣＩ−１０４０（Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手可能）；ＰＤ  １５３０３５，４−（３−クロロアニリノ）キナゾリンなどのキナゾリン；ピリドピリミジン；ピリミドピリミジン；ＣＧＰ  ５９３２６、ＣＧＰ  ６０２６１、及びＣＧＰ  ６２７０６などのピロロピリミジン；ピラゾロピリミジン、４−（フェニルアミノ）−７Ｈ−ピロロ［２，３−ｄ］ピリミジン；クルクミン（ジフェルロイルメタン、４，５−ビス（４−フルオロアニリノ）フタルイミド）；ニトロチオフェン部分を含有するチルホスチン；ＰＤ−０１８３８０５（Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒ）；アンチセンス分子（例えば、ＨＥＲをコードする核酸に結合するもの）；キノキサリン（米国特許第５，８０４，３９６号）；トリホスチン（米国特許第５，８０４，３９６号）；ＺＤ６４７４（Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ）；ＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）等の汎ＨＥＲ阻害薬；Ａｆｆｉｎｉｔａｃ（ＩＳＩＳ  ３５２１；Ｉｓｉｓ／Ｌｉｌｌｙ）；イマチニブメシル酸塩（ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標））；ＰＫＩ  １６６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）；ＧＷ２０１６（Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ）；ＣＩ−１０３３（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＥＫＢ−５６９（Ｗｙｅｔｈ）；Ｓｅｍａｘｉｎｉｂ（Ｐｆｉｚｅｒ）；ＺＤ６４７４（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）；ＰＴＫ−７８７（Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ）；ＩＮＣ−１Ｃ１１（Ｉｍｃｌｏｎｅ）、ラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））；または米国特許第５，８０４，３９６号；ＷＯ１９９９／０９０１６（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃｙａｎａｍｉｄ）；ＷＯ１９９８／４３９６０（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃｙａｎａｍｉｄ）；ＷＯ１９９７／３８９８３（Ｗａｒｎｅｒ  Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ１９９９／０６３７８（Ｗａｒｎｅｒ  Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ１９９９／０６３９６（Ｗａｒｎｅｒ  Ｌａｍｂｅｒｔ）；ＷＯ１９９６／３０３４７（Ｐｆｉｚｅｒ，Ｉｎｃ）；ＷＯ１９９６／３３９７８（Ｚｅｎｅｃａ）；ＷＯ１９９６／３３９７（Ｚｅｎｅｃａ）、及びＷＯ１９９６／３３９８０（Ｚｅｎｅｃａ）に記載されるものも挙げられる。
【００４７】
化学療法薬として、デキサメタゾン、インターフェロン、コルヒチン、メトプリン、シクロスポリン、アンホテリシン、メトロニダゾール、アレムツズマブ、アリトレチノイン、アロプリノール、アミホスチン、亜ヒ酸、アスパラギナーゼ、生ＢＣＧ、ベバクジマブ、ベキサロテン、クラドリビン、クロファラビン、ダルベポエチンアルファ、デニロイキン、デクスラゾキサン、エポエチンアルファ、エロチニブ、フィルグラスチム、ヒストレリン酢酸塩、イブリツモマブ、インターフェロンアルファ−２ａ、インターフェロンアルファ−２ｂ、レナリドミド、レバミソール、メスナ、メトキサレン、ナンドロロン、ネララビン、ノフェツモマブ、オプレルベキン、パリフェルミン、パミドロン酸、ペガデマーゼ、ペグアスパルガーゼ、ペグフィルグラスチム、ペメトレキセド二ナトリウム、プリカマイシン、ポルフィマーナトリウム、キナクリン、ラスブリカーゼ、サルグラモスチム、テモゾロミド、ＶＭ−２６、６−ＴＧ、トレミフェン、トレチノイン、ＡＴＲＡ、バルルビシン、ゾレドロン酸塩、及びゾレドロン酸、及びその薬学的に許容される塩も挙げられる。
【００４８】
「白金系化学療法薬」または「プラチン」は、白金の配位化合物である抗悪性腫瘍薬を意味する。白金系化学療法薬の例として、カルボプラチン、シスプラチン、サトラプラチン、ピコプラチン、ネダプラチン、トリプラチン、リポプラチン、及びオキサリプラチナムが挙げられる。
【００４９】
「白金系化学療法」は、任意に１つまたは複数のその他の化学療法薬と併用する１つまたは複数の白金系化学療法薬による療法を意味する。
【００５０】
「エフェクター機能」は、抗体アイソタイプにより様々である、抗体のＦｃ領域に起因し得る生物活性を指す。抗体エフェクター機能の例としては、Ｃｌｑ結合及び補体依存性細胞傷害作用（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害作用（ＡＤＣＣ）；食作用；細胞表面受容体（例えば、Ｂ細胞受容体）の下方制御；ならびにＢ細胞活性化が挙げられる。
【００５１】
ある種類の癌（または癌種において、ここで「癌種」は癌性細胞（例えば腫瘍細胞、腫瘍組織）及び癌性／腫瘍環境を取り囲む非癌性細胞（例えば間質細胞、間質組織）を意味する）において、間質シグネチャー遺伝子の中央値を超える発現レベルで、間質シグネチャー遺伝子を「発現することが決定されている」または「発現する」試料、細胞、腫瘍または癌は、間質シグネチャー遺伝子の発現レベルが、当該種類の癌について、当業者によって「高い間質シグネチャー遺伝子の発現レベル」であると考えられる発現レベルである。一般的に、当該レベルは、同じ癌種の試料、細胞、腫瘍または癌の集団において、間質シグネチャー遺伝子のレベルに対して、約５０％〜最大約１００％またはそれ以上（例えば、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または１００％またはそれ以上）の範囲にある。例えば、中央値の発現レベルに到達するために使用される集団は、一般的に、化学療法耐性卵巣癌、白金耐性卵巣癌、ならびに進行性、難治性、または再発性卵巣癌試料等の卵巣癌の試料、またはその下位集団であり得る。
【００５２】
特定のバイオマーカー（例えば１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子、例えばＰＯＳＴＮ）を参照して使用される、「癌が発現することが決定されるまたは発現することが決定されている」または「癌が発現する」は、診断試験、本明細書に記載の検出方法のいずれか、または同様の方法を使用して決定される、癌関連性の生物環境（例えば腫瘍細胞におけるバイオマーカー（複数可）の発現）、腫瘍関連性細胞（例えば腫瘍関連性線維芽細胞等の腫瘍関連性間質細胞）における、バイオマーカー（複数可）（例えば１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子、例えばＰＯＳＴＮ）の発現を意味する。例えば、ＰＯＳＴＮの発現は、全ペリオスチンまたは全ＰＯＳＴＮアッセイを使用して決定することができる。「全ＰＯＳＴＮアッセイ」は、生物試料中の全体のＰＯＳＴＮのレベルを測定するアッセイを指す。１つの実施形態では、全体のＰＯＳＴＮレベルは、抗ＰＯＳＴＮ抗体を使用して測定される。別の実施形態では、抗ＰＯＳＴＮ抗体は本明細書に記載の抗ＰＯＳＴＮ抗体である。別の例では、全体のＰＯＳＴＮレベルは、ＰＯＳＴＮアイソフォーム１〜４をコードするｍＲＮＡに対する１つまたは複数の核酸配列アンチセンスを使用して測定される。いくつかの実施形態では、全ＰＯＳＴＮアッセイは、（１）生物試料でＰＯＳＴＮと結合する、配列番号１及び配列番号２の配列を含む抗体（「２５Ｄ４」抗体）及び／または配列番号３及び配列番号４の配列を含む抗体（「２３Ｂ９」抗体）、（２）生物試料でＰＯＳＴＮと結合する、配列番号１及び配列番号２の可変領域配列を含む抗体及び／または配列番号３及び配列番号４の可変領域配列を含む抗体、（３）生物試料でＰＯＳＴＮと結合する、配列番号１及び配列番号２のＨＶＲ配列を含む抗体、及び／または配列番号３及び配列番号４のＨＶＲ配列を含む抗体、（４）配列番号１及び配列番号２のＨＶＲ配列と９５％以上同一のＨＶＲ配列を含む抗体、及び／または配列番号３及び配列番号４のＨＶＲ配列と９５％以上同一のＨＶＲ配列を含む抗体の使用を含む。
【００５３】
本明細書における「Ｆｃ領域」という用語は、定常領域の少なくとも一部分を含有する、免役グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するように使用される。この用語は、天然配列Ｆｃ領域及び変異形Ｆｃ領域を含む。一実施形態において、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は、Ｃｙｓ２２６から、またはＰｒｏ２３０から、重鎖のカルボキシル末端までに及ぶ。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は、存在する場合もあれば、しない場合もある。本明細書で別途明記されない限り、Ｆｃ領域または定常領域におけるアミノ酸残基の付番は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，１９９１に記載されるＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ付番システムに従う。
【００５４】
本明細書における治療薬の「固定」または「一定」用量は、患者の体重（ＷＴ）または体表面積（ＢＳＡ）に関係なくヒト患者に投与される用量を指す。したがって、この固定用量または一定用量はｍｇ／ｋｇ用量またはｍｇ／ｍ２用量としてではなく、むしろ治療薬の絶対量として提供される。
【００５５】
「フレームワーク」または「ＦＲ」は、超可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を指す。可変ドメインのＦＲは、一般に、４つのＦＲドメインＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４からなる。したがって、ＨＶＲ及びＦＲ配列は、一般に、ＶＨ（またはＶＬ）において次の配列で現れる：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
【００５６】
「完全長抗体」、「インタクトな抗体」、及び「全抗体」という用語は、本明細書で、天然抗体構造と実質的に同様の構造を有する、または本明細書に定義されるＦｃ領域を含有する重鎖を有する、抗体を指すように交換可能に使用される。
【００５７】
「ヒト抗体」は、ヒトもしくはヒト細胞によって産生された、またはヒト抗体レパートリーを利用する非ヒト源に由来する、抗体のアミノ酸配列、または他のヒト抗体コード配列に対応する、アミノ酸配列を保有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を具体的に除外する。
【００５８】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免役グロブリンＶＬまたはＶＨフレームワーク配列の選択において最も一般的に生じるアミノ酸残基を代表する、フレームワークである。一般に、ヒト免役グロブリンＶＬまたはＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列の下位集団から行われる。一般に、配列の下位集団は、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，ｆｉｆｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＮＩＨ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ  ９１−３２４２，Ｂｅｔｈｅｓｄａ  ＭＤ（１９９１），ｖｏｌｓ．１−３にあるような下位集団である。１つの実施形態において、ＶＬについて、下位集団は、上記のＫａｂａｔらにあるような下位集団カッパＩである。一実施形態において、ＶＨについて、下位集団は、上記のＫａｂａｔらにあるような下位集団ＩＩＩである。
【００５９】
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲからのアミノ酸残基及びヒトＦＲからのアミノ酸残基を含む、キメラ抗体を指す。ある特定の実施形態において、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含むことになり、そのＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全てまたは実質的に全てが、非ヒト抗体のそれらに対応し、そのＦＲの全てまたは実質的に全てが、ヒト抗体のそれらに対応する。ヒト化抗体は任意に、ヒト抗体に由来する抗体定常領域の少なくとも一部分を含んでもよい。抗体、例えば非ヒト抗体の、「ヒト化型」は、ヒト化を経た抗体を指す。
【００６０】
本明細書で使用される「超可変領域」または「ＨＶＲ」という用語は、配列が高度に変化する、かつ／または構造的に規定されたループ（「超可変ループ」）を形成する、抗体可変ドメインの領域のそれぞれを指す。一般に、天然４本鎖抗体は、６つのＨＶＲを含み、このうち３つがＶＨ（ＨＩ、Ｈ２、Ｈ３）にあり、３つがＶＬ（ＬＩ、Ｌ２、Ｌ３）にある。ＨＶＲは一般に、超可変ループからの及び／または「相補性決定領域」（ＣＤＲ）からのアミノ酸残基を含み、このうち後者が、典型的に、配列可変性が最も高く、及び／または抗原認識に関与する。本明細書で使用されるＨＶＲ領域は、位置２４〜３６（ＨＶＲＬ１について）、４６〜５６（ＨＶＲＬ２について）、８９〜９７（ＨＶＲＬ３について）、２６〜３５Ｂ（ＨＶＲＨ１について）、４７〜６５（ＨＶＲＨ２について）、及び９３〜１０２（ＨＶＲＨ３について）内に配置される任意の数の残基を含む。
【００６１】
「免疫複合体」は、細胞傷害性薬剤を含むが、これらに限定されない１個以上の異種性分子（複数可）に複合される抗体である。
【００６２】
「免疫調節薬」は、免疫応答を誘発し、増加させ、または抑制する薬剤を指す。免疫応答を誘発しまたは増幅するようにデザインされた免疫調節薬は、活性免疫調節薬である。免疫応答を低下しまたは抑制するようにデザインされた免疫調節薬は、抑制免疫調節薬である。例えば、抑制免疫調節薬は、ＴＤＯ２、ＣＤ３６、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７、ＣＤ１Ｃ、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＤＯ１、ＩＬ７Ｒ、またはＣＣＲ７アンタゴニストであってもよい。「拮抗薬」という用語は、最も広い意味で使用され、天然ポリペプチドの生物活性を部分的に、または完全に遮断、阻害、または中和する任意の分子を含む。当該薬剤（例えばアンタゴニスト）は、ポリペプチド（複数可）（例えば、抗ＣＳＦ１Ｒ抗体（ＲＧ７１５５）等の抗体）、イムノアドヘシンまたはペプチボディ等の抗体）、タンパク質または核酸分子に結合することができ、免疫系の細胞（例えば、エフェクターＴ細胞、レギュラトリーＴ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞、炎症細胞、抗原提示細胞（例えば樹状細胞、マクロファージ）等）を直接的または間接的に標的にする本明細書で同定される標的をコードする核酸分子（すなわちｓｉＲＮＡ）に結合することができるアプタマーまたは小分子が挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫調節薬は免疫系の細胞上で受容体に特異的に結合し、免疫細胞の活動に影響を及ぼすことができる。他の実施形態では、免疫調節薬は、免疫細胞シグナル伝達経路及び／または免疫細胞の調節活動に関与する遺伝子を標的とする。
【００６３】
「個体」または「対象」は、哺乳動物である。哺乳動物には、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、及びウマ）、霊長類（例えば、ヒト、及びサル等の非ヒト霊長類）、ウサギ、及び齧歯類（例えば、マウス及びラット）が含まれるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態において、個体または対象は、ヒトである。
【００６４】
「単離された」抗体は、その天然環境の構成成分から分離された抗体である。いくつかの実施形態において、本抗体は、例えば、電気泳動法（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）またはクロマトグラフ法（例えば、イオン交換または逆相ＨＰＬＣ）によって決定するとき、９５％超または９９％超の純度まで精製される。抗体純度を評価する方法の概説に関して、例えばＦｌａｔｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ  ８４８：７９−８７（２００７）を参照のこと。
【００６５】
「単離された」核酸は、その天然環境の構成成分から分離された核酸分子を指す。単離核酸には、核酸分子を通常含有する細胞内に含有される核酸分子が含まれるが、その核酸分子は、染色体外に、またはその天然の染色体位置とは異なる染色体位置に、存在する。
【００６６】
「抗標的抗体をコードする単離核酸」は、抗体重鎖及び軽鎖（またはそれらの断片）をコードする１つまたは複数の核酸分子を指し、それには単一のベクターまたは別個のベクターにおけるかかる核酸分子（複数可）が含まれ、かかる核酸分子（複数可）は、宿主細胞内の１つまたは複数の場所に存在する。
【００６７】
本明細書における「負荷」用量は一般に、患者に投与される治療薬の初期用量を含み、その１つまたは複数の維持用量が続く。一般に、単一負荷用量が投与されるが、本明細書において複数の負荷用量が企図される。通常、維持用量（複数可）で達成され得るより早く治療薬の所望の安定状態濃度を達成するように、投与される負荷用量（複数可）の量は、投与される維持用量（複数可）の量を超え、かつ／または負荷用量（複数可）は、維持用量（複数可）より頻繁に投与される。
【００６８】
本明細書における「維持」用量または「延長用量」は、治療期間にわたって患者に投与される治療薬の１つまたは複数の用量を指す。通常、維持用量は、ほぼ毎週、約２週間毎、約３週間毎、または約４週間毎の治療間隔で投与される。
【００６９】
本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、その集団に含まれる個々の抗体は、同一であり、かつ／または同じエピトープと結合するが、例えば、自然発生突然変異を含有する、またはモノクローナル抗体調製物の産生中に発生する、可能性のある変異形抗体は例外であり、かかる変異形は一般に少量で存在する。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を典型的に含む、ポリクローナル抗体製剤とは対照的に、モノクローナル抗体製剤の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対する。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、実質的に同種の抗体の集団から得られる抗体の特徴を示しており、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものとして解釈されるものではない。例えば、本明細書で提供される方法に従って使用されるモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、及びヒト免役グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含有するトランスジェニック動物を利用する方法を含むが、これらに限定されない、多様な技法によって作製されてもよく、モノクローナル抗体を作製するためのかかる方法及び他の例示的な方法が、本明細書に記載されている。
【００７０】
「裸の抗体」は、異種性部分（例えば、細胞傷害性部分）または放射標識に複合されていない抗体を指す。裸の抗体は、医薬製剤中に存在してもよい。
【００７１】
「天然抗体」は、様々な構造を有する、自然発生免役グロブリン分子を指す。例えば、天然ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合されている２つの同一の軽鎖及び２つの同一の重鎖から構成される、約１５０，０００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端まで、各重鎖は、可変重ドメインまたは重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）、続いて３つの定常ドメイン（ＣＨＩ、ＣＨ２、及びＣＨ３）を有する。同様に、Ｎ末端からＣ末端まで、各軽鎖は、可変軽ドメインまたは軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＬ）、続いて定常軽（ＣＬ）ドメインを有する。抗体の軽鎖には、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２つの型うちの１つが割り当てられ得る。
【００７２】
本発明に記載の「〜にり患している患者」という表現は、癌（例えば婦人科癌（例えば卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、または外陰癌））または乳癌（転移性ＭＢＣ、以下を参照のこと）の臨床徴候を示す患者を指す。癌の文脈における「〜しやすい」または「〜の傾向がある」という表現は、例えば、起こり得る遺伝的素因、有害及び／または発癌性化合物に暴露前もしくは最終的な暴露、または放射線等の発癌性身体的危険への暴露に基づいた患者における疾患の徴候を指す。
【００７３】
「患者の応答」または「応答」（及びその文法上の変化形）は、患者への利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価することができ、限定されないが、（１）進行の緩徐化または完全停止を含む疾患の進行のある程度の阻害、（２）疾患のエピソード及び／または症状の数の減少、（３）病変サイズの減少、（４）隣接する周囲の臓器及び／または組織への疾患の細胞の浸潤の阻害（すなわち、減少、緩徐化または完全停止）、（５）疾患の拡散の阻害（すなわち、減少、緩徐化または完全停止）、（６）自己免疫応答の低下（必ずしもその必要はないが、結果として病変の後退または切除になりうる）、（７）障害に関連する１つまたは複数の症状のある程度の緩和、（８）治療後の無憎悪の期間の増加、及び／または（９）治療後の任意の時点での死亡率の減少が挙げられる。
【００７４】
「放射線療法」とは、細胞を正常に機能させる能力を制限するか、または細胞をまとめて破壊するために、十分な損傷を細胞に誘発するように向けられたガンマ線またはベータ線の使用を意味する。投薬量及び治療期間を決定するための、当該技術分野において既知の多くの方法が存在することが理解されるであろう。典型的な治療は、１回投与として付与され、典型的な投薬量は、１日当たり１０〜２００単位（Ｇｒａｙ）の範囲のである。
【００７５】
「小分子」は５０ダルトン〜２５００ダルトンの分子量を有する有機分子を指す。
【００７６】
「間質シグネチャー遺伝子」、「間質遺伝子シグネチャー」、及び「間質シグネチャー」は、表１〜４に記載の遺伝子の１つ、表１〜４に記載の遺伝子の組み合わせ、またはこれらの遺伝子の副組み合わせ、癌化学療法耐性と相関する遺伝子発現パターンを指す。間質シグネチャーの個別の遺伝子はそれぞれ、「間質シグネチャー遺伝子」である。これらの遺伝子として、ＰＯＳＴＮ、ＬＯＸ、ＢＧＮ、ＦＧＦ１、ＴＩＭＰ３、ＦＮ１、ＦＡＰ、ＡＮＧＰＴＬ２、ＡＣＴＡ２、ＭＭＰ１１、ＲＢＰ４、ＣＤ３６、ＰＬＶＡＰ、ＰＥＣＡＭ１、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７、ＡＢＣＣ９、ＰＣＯＬＣＥ、ＣＤ１Ｃ、ＭＳ４Ａ１、ＣＤ４４、ＰＭＥＰＡ１、ＩＬ７Ｒ、ＦＢＬＮ１、ＴＷＩＳＴ１、ＩＤ１、ＲＡＣ２、ＧＦＲＡ１、ＣＣＲ７、ＭＡＮ１Ａ１、ＥＶＩ２Ａ、ＰＴＰＲＣ  ＣＤ４５ＲＡ、ＦＣＲＬ５、ＮＮＭＴ、ＣＤ２７、ＳＬＡ、ＥＳＲ２、ＫＬＫ７、ＫＬＫ６、ＭＵＣ１、ＤＴＸ４、ＦＧＦＲ４、ＴＳＰＡＮ８、ＥＳＲ１、ＫＲＴ１８、ＦＵＴ２、ＨＯＸＤ１０、ＥＸＯ１、ＩＮＡＤＬ、ＩＧＦＢＰ２、ＭＹＣＮ、ＥＲＢＢ３、ＴＭＥＭ４５Ｂ、ＰＲＯＭ１、ＮＣＡＭ１、ＭＫＩ６７、ＣＤＨ３、ＬＹ６Ｅ、ＴＪＰ３、ＳＬＣ７Ａ１１、ＢＮＩＰ３、ＰＲＡＭＥ、ＥＳＭ１、ＶＴＣＮ１、ＣＣＬ２８、ＴＤＯ２、ＮＵＡＫ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＡＢＣＢ９、ＲＢ１、ＡＮＸＡ１、ＦＯＸＯ１、ＰＧＲ及びＡＬＰＰが挙げられる。
【００７７】
「間質標的薬」は、腫瘍間質（例えば、線維芽細胞、内皮細胞、周皮細胞、白血球、細胞外基質等）の構成要素を、直接的または間接的に標的にする薬剤を意味する。間質標的薬は、例えば、標的遺伝子または標的遺伝子がコードするタンパク質に結合する、またはそれ以外の方法でこれらの活動に影響を及ぼすことによって、本明細書に記載の間質シグネチャー遺伝子の遺伝子のいずれか１つの活動に、直接的または間接的に影響を及ぼすことができる。間質標的薬は、本明細書に記載の間質シグネチャー（または対応するポリペプチド）の遺伝子のいずれか１つの活動に影響を及ぼすことなく、異なる方法で、腫瘍間質を標的にすることができる。当該薬剤として、例えば、小分子、アプタマー、ポリペプチド（例えば、イムノアドヘシン、抗体、ポリペプチド、及びペプチド）、及びＲＮＡ治療薬（例えば、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、アンチセンスオリゴヌクレオチド、及び立体ブロック（ｓｔｅｒｉｃ−ｂｌｏｃｋｉｎｇ）オリゴヌクレオチド）を挙げることができる。
【００７８】
「生存期間」は、患者が生存していることを指し、全生存期間、ならびに無増悪生存期間を含む。
【００７９】
「全生存期間」は、患者が、診断または治療の開始から１年、５年等の規定の期間生存していることを指す。
【００８０】
本発明の文脈での「無増悪生存期間」という表現は、医師または研究者による評価に従って、患者の疾患が悪くなっていない、すなわち進行していない治療期間中及び治療期間後の時間の長さを指す。当業者が理解するように、患者の無増悪生存期間は、同様の状況の患者の対照群の平均または中間の無増悪生存期間と比較して、より長期間患者の疾患が進行しない場合、改善または向上する。
【００８１】
「生存期間の延長」は、治療を受けていない患者と比べて（すなわち、間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、抗血管新生薬（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト、例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体）で治療を受けていない患者と比べて）、または指定されたレベルで間質シグネチャー遺伝子を発現しない患者と比べて、及び／または（例えば本明細書に記載の）化学療法薬で、治療を受けた化学療法感受性の患者と比べて、治療を受けた患者の全生存期間または無増悪生存期間が増加することを意味する。
【００８２】
「標準的治療」は、本明細書では、特定の形態の癌を治療するために通常使用される抗腫瘍薬または薬剤を意図している。例えば、白金耐性卵巣癌では、標準的治療はカルボプラチン及びパクリタキセルの併用である。
【００８３】
「治療有効量」または「有効量」という用語は、患者の癌を治療するのに有効な薬剤の量を指す。有効量の薬剤によって、癌細胞の数が低減し、腫瘍サイズが縮小し、末梢臓器への癌細胞の浸潤が阻害され（すなわち、ある程度遅れる、好ましくは止まる）、腫瘍転移が阻害され（すなわち、ある程度遅れる、好ましくは止まる）、腫瘍成長がある程度阻害され、かつ／または癌と関連付けられる１つまたは複数の症状がある程度緩和され得る。薬剤が既存の癌細胞の成長の予防及び／またはそれらの殺滅を行うことができる限り、この薬剤は細胞増殖抑制性及び／または細胞毒性であり得る。有効量によって、無増悪生存期間が延長し（例えば、固体腫瘍の奏功評価基準（ＲＥＣＩＳＴ）もしくはＣＡ−１２５変化によって測定される）、客観的奏功がもたらされ（部分奏功（ＰＲ）もしくは完全奏功（ＣＲ））、（全生存期間及び無増悪生存期間を含む）生存期間が改善し、及び／または癌の１つまたは複数の症状が改善される（例えば、ＦＯＳＩによって評価される）。最も好ましくは、治療有効量の薬剤は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）の改善に有効である。
【００８４】
「全ペリオスチン（ＰＯＳＴＮ）」という用語は、本明細書で使用されるとき、ペリオスチンの少なくとも１つのアイソフォーム１、２、３、及び４を指す。ヒトＰＯＳＴＮアイソフォーム１、２、３、及び４は、以下のアミノ酸配列：それぞれＮＰ  ００６４６６．２；ＮＰ  ００１１２９４０６．１、ＮＰ  ００１１２９４０７．１、及びＮＰ  ００１１２９４０８．１であり（ＮＣＢＩデータベース）（それぞれＵＳ２０１２／０１５６１９４の配列番号１９〜２２、これらの配列及び配列番号２３に関連して、参照により本明細書に援用される）を含むものとして当該技術分野で既知である。ＰＯＳＴＮの追加の形態は、ＵＳ２０１２／０１５６１９４に記載されている。当該アイソフォームは、本明細書では「アイソフォーム５」として呼ばれ、部分的に配列決定される。アイソフォーム５は、ＵＳ２０１２／０１５６１９４の配列番号２３のアミノ酸配列を含む。１つの実施形態では、ＰＯＳＴＮのアイソフォームはヒトＰＯＳＴＮである。さらなる実施形態では、全ＰＯＳＴＮという用語は、アイソフォーム１〜４の他にヒトＰＯＳＴＮのアイソフォーム５を含む。別の実施形態では、全ＰＯＳＴＮは全血清全ＰＯＳＴＮまたは全血漿ＰＯＳＴＮ（すなわち、それぞれ、患者から得た全血から得た血清試料または患者から得た全血から得た血漿試料からの全ＰＯＳＴＮ）である。
【００８５】
「ペリオスチン（ＰＯＳＴＮ）抗体」または「抗ＰＯＳＴＮ抗体」という用語は、ＰＯＳＴＮのアイソフォームに結合する抗体を指す。１つの実施形態では、ＰＯＳＴＮはヒトＰＯＳＴＮである。１つの実施形態では、抗体は、配列番号１及び配列番号２の配列を含み（「２５Ｄ４」抗体）、または配列番号３及び配列番号４の配列を含む（「２３Ｂ９」抗体）。別の実施形態では、抗体は、配列番号１及び配列番号２の配列の可変領域を含み、または配列番号３及び配列番号４の配列の可変領域を含む。別の実施形態では、抗体は、配列番号１及び配列番号２の配列のＨＶＲ配列を含み、または配列番号３及び配列番号４のＨＶＲ配列を含む。別の実施形態では、抗体は、配列番号１及び配列番号２のＨＶＲ配列と９５％以上同一のＨＶＲ配列を含み、及び／または抗体は、配列番号３及び配列番号４のＨＶＲ配列と９５％以上同一のＨＶＲ配列を含む。
【００８６】
本明細書で使用されるとき、「治療」は、治療される個体または細胞の自然経過を変更する試みにおける臨床的介入を指し、予防または臨床病理学の経過中のいずれかに行うことができる。治療の望ましい効果には、疾患の発生または再発の予防、症状の緩和、疾患の任意の直接的または間接的な病理学的結果の減少、疾患進行速度の低減、病状の回復または一時的緩和、及び寛解または予後の改善が含まれる。いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物は、疾患または障害の発症を遅らせる試みにおいて有用である。
【００８７】
「可変領域」または「可変ドメイン」という用語は、抗体を抗原に結合することに関与する、抗体重鎖または軽鎖のドメインを指す。天然抗体の重鎖及び軽鎖の可変ドメイン（それぞれ、ＶＨ及びＶＬ）は一般に、同様の構造を有し、各ドメインは、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）及び３つの超可変領域（ＨＶＲ）を含む。（例えば、Ｋｉｎｄｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｋｕｂｙ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６ｔｈ  ｅｄ．，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．，ｐａｇｅ９１（２００７）を参照されたい）。抗原結合特異性を付与するためには、単一のＶＨまたはＶＬドメインで十分であり得る。さらに、抗原に結合する抗体からのＶＨまたはＶＬドメインを使用して、それぞれ、相補的ＶＬまたはＶＨドメインのライブラリをスクリーニングして、特定の抗原と結合する抗体を単離してもよい。Ｐｏｒｔｏｌａｎｏ  ｅｔ  ａｌ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０：８８０−８８７（１９９３）；Ｃｌａｒｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８（１９９１）を参照されたい。
【００８８】
「ＶＥＧＦアンタゴニスト」または「ＶＥＧＦ特異的アンタゴニスト」は、ＶＥＧＦに結合し、ＶＥＧＦ発現レベルを減少させ、またはＶＥＧＦ生物活性を中和する、ブロックする、阻害する、抑制する、減少させる、妨げることができる分子を指し、限定されないが、１つまたは複数のＶＥＧＦ受容体へのＶＥＧＦ結合、ＶＥＧＦシグナル伝達、及びＶＥＧＦ媒介血管新生、内皮細胞の生存または増殖が挙げられる。例えば、ＶＥＧＦ生物活性を中和する、ブロックする、阻害する、抑制する、減少させる、妨げることができる分子は、１つまたは複数のＶＥＧＦ受容体（ＶＥＧＦＲ）（例えばＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、膜結合ＶＥＧＦ受容体（ｍｂＶＥＧＦＲ）、または可溶性ＶＥＧＦ受容体（ｓＶＥＧＦＲ））に結合することによって、効果を発揮することができる。本発明の方法に有用なＶＥＧＦ特異的アンタゴニストとして、ＶＥＧＦに特異的に結合するポリペプチド、抗ＶＥＧＦ抗体、及びその抗原結合断片、ＶＥＧＦに特異的に結合し、それによって、１つまたは複数の受容体への結合を引き離す受容体分子及び誘導体、融合タンパク質（例えば、ＶＥＧＦ−Ｔｒａｐ（Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ））及びＶＥＧＦ１２１−ゲロニン（Ｐｅｒｅｇｒｉｎｅ）が挙げられる。ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストとして、ＶＥＧＦポリペプチドのアンタゴニスト変異体、ＶＥＧＦポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも１つの断片に相補的なアンチセンス核酸塩基オリゴマー、ＶＥＧＦポリペプチドをコードする核酸分子の少なくとも１つの断片に相補的な低分子ＲＮＡ、ＶＥＧＦを標的とするリボザイム、ＶＥＧＦへのペプチボディ、及びＶＥＧＦアプタマーも挙げられる。ＶＥＧＦアンタゴニストとして、ＶＥＧＦＲに結合するポリペプチド、抗ＶＥＧＦＲ抗体、その抗原結合断片、ＶＥＧＦＲに結合し、それによりＶＥＧＦ生物活性（例えばＶＥＧＦシグナル伝達）をブロックする、阻害する、抑制する、減少させる、妨げる誘導体、または融合タンパク質も挙げられる。ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストとして、ＶＥＧＦまたはＶＥＧＦＲに結合する非ペプチド小分子も挙げられ、ＶＥＧＦ生物活性をブロックする、阻害する、抑制する、減少させる、または妨げることができる。そのため、「ＶＥＧＦ活性」という用語は、特にＶＥＧＦのＶＥＧＦ媒介生物活性を含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦアンタゴニストは、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％以上、ＶＥＧＦの発現レベルまたは生物活性を減少または阻害する。いくつかの実施形態では、ＶＥＧＦ特異的アンタゴニストによって阻害されるＶＥＧＦは、ＶＥＧＦ（８−１０９）、ＶＥＧＦ（１−１０９）、またはＶＥＧＦ１６５である。
【００８９】
本明細書で使用するとき、ＶＥＧＦアンタゴニストとして、限定されないが、抗ＶＥＧＦＲ２抗体及び関連の分子（例えばラムシルマブ、タニビルマブ、アフリベルセプト）、抗ＶＥＧＦＲ１抗体及び関連の分子（例えばイクルクマブ、アフリベルセプト（ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ−Ｅｙｅ；ＥＹＬＥＡ（登録商標））、ｚｉｖ−アフリベルセプト（ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ；ＺＡＬＴＲＡＰ（登録商標））、二重特異性ＶＥＧＦ抗体（例えばＭＰ−０２５０、バヌシズマブ（ＶＥＧＦ−ＡＮＧ２）、及びＵＳ２００１／０２３６３８８に開示の二重特異性抗体）、抗ＶＥＧＦ、抗ＶＥＧＦＲ１、及び抗ＶＥＧＦＲ２アームの組み合わせを含む二重特異性抗体、抗ＶＥＧＦＡ抗体（例えばベバシズマブ、セバシズマブ）、抗ＶＥＧＦＢ抗体、抗ＶＥＧＦＣ抗体（例えばＶＧＸ−１００）、抗ＶＥＧＦＤ抗体、及び非ペプチド小分子ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばパゾパニブ、アキシチニブ、バンデタニブ、スチバーガ、カボザンチニブ、レンバチニブ、ニンテダニブ、オランチニブ、テラチニブ、ドビチニグ、セジラニブ、モテサニブ二リン酸塩、スルファチニブ、アパチニブ、ホレチニブ、ファミチニブ、及びチボザニブ）を挙げることができる。
【００９０】
「抗ＶＥＧＦ抗体」は、十分な親和性及び特異性でＶＥＧＦに結合する抗体である。ある特定の実施形態では、前記抗体はＶＥＧＦに十分に高い結合親和性を有し、例えば、前記抗体は、１００ｎＭ〜１ｐＭのＫｄ値で、ｈＶＥＧＦと結合することができる。抗体の親和性は、例えば表面プラズモン共鳴法に基づくアッセイ（ＰＣＴ出願公報ＷＯ２００５／０１２３５９に記載のＢＩＡｃｏｒｅアッセイ等）、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）及び拮抗実験（例えばＲＩＡ）によって決定することができる。
【００９１】
ある特定の実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、ＶＥＧＦ活性が関与する疾患または病態を標的とし、それと干渉する治療薬として使用することができる。また、前記抗体は、例えば、治療薬としての効能を評価するために、その他の生物活性アッセイに供してもよい。当該アッセイは、当該技術分野で既知であり、標的抗原及び抗体の意図した使用に依存する。例えば、ＨＵＶＥＣ阻害アッセイ、腫瘍細胞増殖阻害アッセイ（例えばＷＯ８９／０６６９２に記載）、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）及び補体媒介性細胞傷害（ＣＤＣ）アッセイ（米国特許第５，５００，３６２号）、及びアゴニスト活性または造血アッセイが挙げられる（ＷＯ９５／２７０６２を参照のこと）。抗ＶＥＧＦ抗体は、通常、ＶＥＧＦ−ＢまたはＶＥＧＦ−Ｃ等のその他のＶＥＧＦ相同体に結合することも、ＰｌＧＦ、ＰＤＧＦまたはｂＦＧＦ等のその他の増殖因子に結合することもない。１つの実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、ハイブリドーマＡＴＣＣ  ＨＢ  １０７０９によって産生された、モノクローナル抗ＶＥＧＦ抗体Ａ４．６．１と同じエピトープに結合するモノクローナル抗体である。別の実施形態では、抗ＶＥＧＦ抗体は、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９に従って産生される組換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体であり、限定されないが、ベバシズマブ（ＢＶ、ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））として知られている抗体が挙げられる。
【００９２】
抗ＶＥＧＦ抗体「ベバシズマブ（ＢＶ）」は、「ｒｈｕＭＡｂ  ＶＥＧＦ」または「ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標）」としても知られ、組換えヒト化抗ＶＥＧＦモノクローナル抗体であり、Ｐｒｅｓｔａ  ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．５７：４５９３−４５９９）に従って産生される。この抗ＶＥＧＦ抗体は、変異したヒトＩｇＧ１フレームワーク領域、及びヒトＶＥＧＦのその受容体への結合をブロックするマウス抗ｈＶＥＧＦモノクローナル抗体Ａ．４．６．１からの抗原結合相補性決定領域を含む。大部分のフレームワーク領域を含むベバシズマブのアミノ酸配列の約９３％は、ヒトＩｇＧ１に由来し、当該配列の約７％はマウス抗体Ａ４．６．１に由来する。ベバシズマブは、約１４９，０００ダルトンの分子量を有し、グリコシル化されている。ベバシズマブ及びその他のヒト化抗ＶＥＧＦ抗体は、さらに、２００５年２月２６日発行の米国特許第６，８８４，８７９号に記載されており、その開示の全体が参照により本明細書に明示的に援用される。追加の好ましい抗体として、ＰＣＴ出願公報ＷＯ２００５／０１２３５９に記載されるＧ６またはＢ２０系列抗体（例えば、Ｇ６−３１、Ｂ２０−４．１）が挙げられる。追加の好ましい抗体については、米国特許第７，０６０，２６９号、同６，５８２，９５９号、同６，７０３，０２０号、同６，０５４，２９７号、ＷＯ９８／４５３３２、ＷＯ９６／３００４６、ＷＯ９４／１０２０２、欧州特許第０６６６８６８Ｂ１号、米国特許出願公開第２００６００９３６０号、同２００５０１８６２０８号、同２００３０２０６８９９号、同２００３０１９０３１７号、同２００３０２０３４０９号、及び同２００５０１１２１２６号、ならびにＰｏｐｋｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２８８：１４９−１６４（２００４）を参照のこと。他の好ましい抗体として、残基Ｆ１７、Ｍ１８、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｙ２５、Ｑ８９、１９１、Ｋ１０１、Ｅ１０３、及びＣ１０４、またはあるいは残基Ｆ１７、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｄ６３、１８３、及びＱ８９を含むヒトＶＥＧＦ上の機能性エピトープに結合する抗体が挙げられる。
【００９３】
ＩＩＩＢ．予後、診断及び検出の方法
本発明は、化学療法薬（例えば、白金系化学療法薬、例えばシスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、ストラプラチン、ピコプラチン、デダプラチン、トリプラチン、リポプラチン等）に対する耐性に関連する癌（例えば、婦人科癌（例えば卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、または外陰癌））のバイオマーカーの識別、選択及び使用に関する。この点で、本発明は、化学療法耐性癌または化学療法感受性癌を有していると決定される癌（例えば、婦人科癌（例えば卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、または外陰癌））患者の腫瘍間質成分（例えば、腫瘍関連線維芽細胞）発現プロファイル（複数可）を使用すること、化学療法薬（例えば、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、ストラプラチン、ピコプラチン、デダプラチン、トリプラチン、リポプラチン等の白金系化学療法薬）に対する耐性に関連性のあるバイオマーカーを識別することに関する。本発明のバイオマーカーは、例えば、表１〜４に列挙する。
【００９４】
本発明は、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子（例えば、表１〜４に列挙される１つまたは複数の遺伝子、及び／またはその組み合わせ）の発現レベルを決定し、間質シグネチャー遺伝子発現レベルと、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルとを比較することによって、化学療法耐性である癌（例えば、婦人科癌（例えば卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、または外陰癌））患者を識別する方法を提供する。いくつかの実施形態では、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表１及び３の遺伝子及び／またはその組み合わせ）の発現が、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルを超える場合、患者は化学療法耐性である癌を有することが決定される。他の実施形態では、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表２及び４の遺伝子及び／またはその組み合わせ）の発現が、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベル未満である場合、患者は化学療法耐性である癌を有することが決定される。本発明は、また、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表１〜４に列挙される１つまたは複数の遺伝子、及び／またはその組み合わせ）の発現レベルを決定し、間質シグネチャー遺伝子発現のレベルと、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルとを比較することによって、化学療法感受性である癌（例えば、婦人科癌（例えば卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、または外陰癌））を有する患者を識別する方法を提供する。いくつかの実施形態では、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表１及び３の遺伝子のいずれか及び／またはその組み合わせ）の発現が、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベル未満である場合、患者は化学療法感受性である癌を有することが決定される。他の実施形態では、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表２及び４の遺伝子のいずれか及び／またはその組み合わせ）の発現が、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルを超える場合、患者は化学療法感受性である癌を有することが決定される。任意に、これらの方法は、化学療法耐性の投与前の診断を患者に提供するために、化学療法薬を投与する前に行われる。
【００９５】
本発明は、また、特定の化学療法薬（例えば、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン、または本明細書に記載の薬剤、上記参照）で、化学療法から利益を受ける可能性、及び／または化学療法に加えてまたはその代わりに、代わりの抗癌治療（例えば、抗血管新生薬、免疫調節薬、及び間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）を投与すること）から利益を受ける可能性に関しての予後の方法を提供する。これらの方法は、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表１〜４に列挙される１つまたは複数の遺伝子、及び／またはその組み合わせ）の発現レベルを決定し、間質シグネチャー遺伝子の発現のレベルと、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルとを比較することを含む。いくつかの実施形態では、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表１及び３の遺伝子のいずれか及び／またはその組み合わせ）の発現が、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベルを超える場合、患者は、化学療法に加えてまたはその代わりに抗癌療法（例えば、抗血管新生療法、免疫調節療法、及び間質標的療法等）の実施から利益を受ける可能性があると決定される。他の実施形態では、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表２及び４の遺伝子のいずれか及び／またはその組み合わせ）の発現が、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベル未満である場合、患者は、化学療法に加えてまたはその代わりに抗癌治療療法（例えば、抗血管新生療法、免疫調節療法、及び間質標的療法等）の実施から利益を受ける可能性があると決定される。任意に、これらの方法は、抗癌治療薬（例えば、抗血管新生薬（例えば抗ＶＥＧＦ抗体、例えばベバシズマブ等のＶＥＧＦアンタゴニスト）を投与すること、免疫調節薬及び／または間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）を、患者に、化学療法レジメンと併用して、または単一治療として投与することを含む。
表１．白金耐性対白金感受性原発性卵巣腫瘍において差示的に発現される、上方制御される遺伝子
2018508183.tif 000002
表２．白金耐性対白金感受性原発性卵巣腫瘍において差示的に発現される、下方制御される遺伝子
2018508183.tif 000003
表３．白金耐性再発性卵巣腫瘍対白金耐性原発性卵巣腫瘍において差示的に発現される、上方制御される遺伝子
2018508183.tif 000004
表４．白金耐性再発性卵巣腫瘍対白金耐性原発性卵巣腫瘍において差示的に発現される、下方制御される遺伝子
2018508183.tif 000005
*遺伝子ＩＤ番号は、２０１５年７月２９日にＮａｎｏｓｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのウェブサイトｓｔｏｒｅ．ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ．ｃｏｍ／ｓｅａｒｃｈで検索された。
【００９６】
本発明は、患者の癌のステージを決定する方法を提供する。これらの方法では、本明細書に記載の１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを評価し、当該遺伝子（複数可）の発現の増加は、癌の後期を示す。１つの例では、例えば試料（例えば血清試料等の血液試料）中のＰＯＳＴＮのレベルを評価し、当該遺伝子、例えばＰＯＳＴＮの発現レベルの増加の検出は、ＥＯＣの後期（例えばＦＩＧＯステージＩＩＩ（例えば、ステージＩＩＩＡ、ＩＩＩＢ、またはＩＩＩＣ）またはＩＶ））を示す。試料中のシグネチャー遺伝子（複数可）の発現レベルを、例えば一般的に、癌種を有する患者集団の遺伝子の中央値の発現レベルと比較することができ、または癌種の特定のステージ（例えば、ＦＩＧＯステージＩまたはＦＩＧＯステージＩＩ  ＥＯＣ等の初期のステージ）に関連することが決定されるレベルと比較することができる。
【００９７】
間質シグネチャー遺伝子の発現レベルは、患者の試料の特定のタンパク質レベルを決定するのに適した当該技術分野で既知の方法によって評価してもよく、好ましくは、間質シグネチャー遺伝子に特異的な抗体を使用する免疫組織化学的（「ＩＨＣ」）法によって決定される。当該方法は、当該技術分野で十分に知られており、日常的に実施されており、対応の市販されている抗体及び／またはキットを容易に入手できる。好ましくは、本発明のマーカー／指示薬のタンパク質の発現レベルは、抗体またはキットの製造者が推薦する試薬及び／またプロトコルを使用して評価される。当業者は、また、ＩＨＣ法によって間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを決定するさらなる方法を認識している。したがって、１つまたは複数の本発明のマーカー／指示薬の発現レベルは、難なく当業者によって日常的に、再現可能に決定することができる。しかしながら、正確で再現性のある結果を保証するために、本発明は、試験手順の妥当性を確認することができる専門的な実験室で、患者の試料を試験することも含む。
【００９８】
好ましくは、間質シグネチャー遺伝子の発現レベルは、癌細胞を含んでいるまたは含んでいると思われる生物試料で評価される。当該試料は、例えば、癌（例えば婦人科癌、とりわけ卵巣癌）をり患している、り患していると思われる、または診断された患者から得た卵巣組織の切除片、卵巣組織の生検、または転移巣であってもよい。好ましくは、当該試料は、卵巣組織の試料、卵巣腫瘍の切除片または生検、既知または疑いのある転移卵巣癌巣または切片、または血液試料、例えば、流血中癌細胞、例えば卵巣癌細胞を含むことが知られているまたは疑いのある末梢血試料である。当該試料は、癌細胞、すなわち腫瘍細胞と非癌性細胞との両方を含んでいてもよく、ある特定の実施形態では、癌性と非癌性細胞（例えば、好ましくは試料は間質細胞を含む）の両方を含む。間質成分における遺伝子発現の決定を含む本発明の態様では、試料は、例えば、癌／腫瘍細胞に関連する癌／腫瘍細胞と非癌性細胞との両方（例えば、腫瘍関連線維芽細胞、内皮細胞、周皮細胞、細胞外基質、及び／または様々なクラスの白血球）を含む。他の態様では、当業者、例えば病理学者は癌細胞を非癌性細胞（例えば、間質細胞、内皮細胞等）と容易に区別することができる。癌／腫瘍細胞を含む組織切除片、生検及び体液、例えば血液試料を含む生体試料を得る方法は、当該技術分野で既知である。いくつかの実施形態では、患者から得た試料は、化学療法レジメン、またはその他の化学療法レジメンまたは療法、例えば、癌の治療またはその症状の管理または改善のための療法を開始する前に、採取される。したがって、いくつかの実施形態では、試料は、化学療法薬またはその他の薬剤の投与または化学療法レジメンまたはその他の治療レジメンの開始前に採取される。
【００９９】
上述の方法の他に、本発明は、ウエスタンブロット法及びＥＬＩＳＡに基づく検出等の、１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを評価するための免疫組織化学的方法をさらに含む。当該技術分野で理解されるように、本発明のマーカー／指示薬のタンパク質の発現レベルは、ノーザンブロット法、リアルタイムＰＣＲ、及びＲＴ  ＰＣＲ等の当該技術分野で既知の任意の適切な方法によって、ｍＲＮＡレベルで評価してもよい。免疫組織化学及びｍＲＮＡに基づく検出方法及びシステムは、当該技術分野で既知であり、Ｌｏｔｔｓｐｅｉｃｈ（Ｂｉｏａｎａｌｙｔｉｋ、Ｓｐｅｋｔｒｕｍ  Ａｋａｄｅｍｉｓｈｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ、１９９８）またはＳａｍｂｒｏｏｋ  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、ＣＳＨ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．、Ｕ．Ｓ．Ａ．，２００１）等の標準的な教科書から導くことができる。好ましい実施形態では、間質シグネチャー遺伝子のｍＲＮＡレベルを検出する方法は、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼイション（ＲＮＡ  ＩＳＨ）（例えば以下参照）を使用して行われる。記載の方法は、癌（例えば、卵巣癌等の婦人科癌）の進行期であると診断された集団に確立された対照レベルに対して、患者または患者の群の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルを決定するために特に使用されている。
【０１００】
本明細書に記載の検出方法における使用について、当業者は、本発明に含まれるポリペプチドまたはオリゴヌクレオチドを標識する能力を有している。当該技術分野で日常的に実施されているように、ｍＲＮＡレベルを検出するのに使用されるハイブリダイゼーションプローブ、及び／またはＩＨＣ法における使用のための抗体または抗体断片は、当該技術分野で既知の標準的な方法によって、標識され、視覚化されることができる。通常使用されるシステムの非限定的な例として、放射標識、酵素標識、蛍光タグ、ビオチン−アビジン複合体、化学発光等の使用が挙げられる。
【０１０１】
１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子の発現レベルは、免疫凝集、免疫沈降（例えば、免疫拡散法、免疫電気泳動法、免疫固定）、ウエスタンブロット法（例えば、（例えば、ｉｎ  ｓｉｔｕの免疫組織化学、ｉｎ  ｓｉｔｕの免疫細胞化学、アフィニティークロマトグラフィー、酵素免疫測定法）等を利用して、タンパク質レベルで決定することできる。精製されたポリペプチドの量は、物理的方法、例えば測光法によって測定することもできる。混合物中の特定のポリペプチドを定量する方法は、例えば、抗体の特定の結合に通常依存する。
【０１０２】
上述のように、本発明に記載のマーカー／指示薬のタンパク質の発現レベルは、また、間質シグネチャー遺伝子をコードする対応する遺伝子（複数可）の発現の増加または減少に反映されうる。そのため、翻訳（例えば、スプライスされた、スプライスされていないまたは部分的にスプライスされたｍＲＮＡ）の前の遺伝子産物の定量的評価は、対応する遺伝子（複数可）の発現を評価するために実施することができる。当業者は、これに関連して使用される標準的な方法を知っているまたは標準的な教科書（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ、２００１）からこれらの方法を推定することができる。例えば、本明細書に記載の１つまたは複数の間質シグネチャー遺伝子をコードするｍＲＮＡのそれぞれの濃度／量についての定量的データは、ノーザンブロット、リアルタイムＰＣＲ等によって得ることができる。
【０１０３】
ＩＶ．治療方法
本発明は、癌（例えば、化学療法耐性癌、化学療法感受性癌、原発性癌、進行性癌、難治性癌、及び／または再発性癌）患者を治療する方法を提供する。当該方法は、患者の癌が、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値を超えるレベルで、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表１及び３に記載の１つまたは複数の遺伝子）を発現することが決定されている、または癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値未満のレベルで間質シグネチャー遺伝子（例えば、表２及び４に記載の１つまたは複数の遺伝子）を発現することが決定される場合、患者に治療有効量の間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）を投与することを含む。いくつかの実施形態では、間質標的薬は単一治療として投与することができる。他の実施形態では、間質標的薬は化学療法レジメン、放射線療法及び／または免疫療法と併用して投与することができる。
【０１０４】
特定の実施形態では、間質標的薬はペリオスチン（ＰＯＳＴＮ）に結合する薬剤である。ある特定の実施形態では、ＰＯＳＴＮに結合する当該薬剤は、単離された抗体（すなわち、抗ペリオスチン（ＰＯＳＴＮ）抗体（抗ＰＯＳＴＮ抗体））である。特定の実施形態では、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、ヒトＰＯＳＴＮのアイソフォーム１〜４に良好な親和性で結合することができる。
【０１０５】
１つの実施形態では、抗体は、配列番号１及び配列番号２の配列を含み（「２５Ｄ４」抗体）、または配列番号３及び配列番号４の配列を含む（「２３Ｂ９」抗体）。別の実施形態では、抗体は、配列番号１及び配列番号２の可変領域配列を含み、または配列番号３及び配列番号４の可変領域配列を含む。別の実施形態では、抗体は、配列番号１及び配列番号２の配列のＨＶＲ配列を含み、または配列番号３及び配列番号４のＨＶＲ配列を含む。別の実施形態では、抗体は、配列番号１及び配列番号２のＨＶＲ配列と９５％以上同一のＨＶＲ配列を含み、及び／または抗体は、配列番号３及び配列番号４のＨＶＲ配列と９５％以上同一のＨＶＲ配列を含む。
【０１０６】
上の実施形態のいずれにおいても、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、ヒト化されることができる。一実施形態では、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、上の実施形態のいずれかにあるようなＨＶＲを含み、ヒトアクセプターフレームワーク、例えば、ヒト免役グロブリンフレームワークまたはヒトコンセンサスフレームワークをさらに含む。
【０１０７】
別の態様では、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、配列番号１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列と比較して、置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＰＯＳＴＮ抗体は、ペリオスチンに結合する能力を保持する。ある特定の実施形態において、総計１〜１０個のアミノ酸が、配列番号１において置換され、挿入され、及び／または欠失されている。ある特定の実施形態において、置換、挿入、または欠失は、ＨＶＲの外側の領域で（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。任意に、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、配列番号１におけるＶＨ配列を、その配列の翻訳後修飾も含めて、含む。
【０１０８】
別の態様では、抗ＰＯＳＴＮ抗体が提供され、該抗体は、配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％＞、９１％＞、９２％、９３％＞、９４％＞、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも９０％＞、９１％＞、９２％、９３％＞、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列と比較して、置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＰＯＳＴＮ抗体は、ペリオスチンに結合する能力を保持する。ある特定の実施形態において、総計１〜１０個のアミノ酸が、配列番号２において置換され、挿入され、及び／または欠失されている。ある特定の実施形態において、置換、挿入、または欠失は、ＨＶＲの外側の領域で（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。任意に、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、配列番号２におけるＶＬ配列を、その配列の翻訳後修飾も含めて、含む。
【０１０９】
別の態様では、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、配列番号３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列と比較して、置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＰＯＳＴＮ抗体は、ペリオスチンに結合する能力を保持する。ある特定の実施形態において、総計１〜１０個のアミノ酸が、配列番号３において置換され、挿入され、及び／または欠失されている。ある特定の実施形態において、置換、挿入、または欠失は、ＨＶＲの外側の領域で（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。任意に、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、配列番号３におけるＶＨ配列を、その配列の翻訳後修飾も含めて、含む。
【０１１０】
別の態様では、抗ＰＯＳＴＮ抗体が提供され、該抗体は、配列番号２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも９０％＞、９１％＞、９２％、９３％＞、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列と比較して、置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を含有するが、その配列を含む抗ＰＯＳＴＮ抗体は、ペリオスチンに結合する能力を保持する。ある特定の実施形態において、総計１〜１０個のアミノ酸が、配列番号４において置換され、挿入され、及び／または欠失されている。ある特定の実施形態において、置換、挿入、または欠失は、ＨＶＲの外側の領域で（すなわち、ＦＲにおいて）生じる。任意に、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、配列番号４におけるＶＬ配列を、その配列の翻訳後修飾も含めて、含む。
【０１１１】
別の態様では、抗ＰＯＳＴＮ抗体が提供され、この抗体は、上述の実施形態のいずれかにあるようなＶＨ、及び上述の実施形態のいずれかにあるようなＶＬを含む。
【０１１２】
さらなる態様では、本発明は、本明細書に提供される抗ＰＯＳＴＮ抗体と同じエピトープに結合する、抗体を使用する。例えば、ある特定の実施形態では、配列番号１のＶＨ配列及び配列番号２のＶＬ配列を含む抗ＰＯＳＴＮ抗体と同じエピトープに結合する抗体が提供される。例えば、ある特定の実施形態では、配列番号３のＶＨ配列及び配列番号４のＶＬ配列を含む抗ペリオスチン抗体と同じエピトープに結合する抗体が提供される。
【０１１３】
本発明のさらなる態様では、上の実施形態のいずれかに記載の抗ＰＯＳＴＮ抗体は、キメラ、ヒト化、またはヒト抗体を含む、モノクローナル抗体である。一実施形態では、抗ＰＯＳＴＮ抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、またはＦ（ａｂ’）２断片である。別の実施形態では、当該抗体は、完全長の抗体、例えば、本明細書に定義されるインタクトなＩｇＧ１またはＩｇＧ４抗体または他の抗体クラスもしくはアイソタイプである。別の実施形態では、抗体は二重特異性抗体である。
【０１１４】
本発明は、また、間質シグネチャー遺伝子（例えば表１〜４の遺伝子の１つまたはその組み合わせ）の発現レベルを決定することによって、抗血管新生薬（例えば抗ＶＥＧＦ抗体、例えばベバシズマブ等のＶＥＧＦアンタゴニスト）または免疫調節薬の投与から利益を受けうる癌をり患している患者を識別する方法を提供し、間質シグネチャー遺伝子（表１及び３の遺伝子のいずれか及び／またはその組み合わせ）の発現が、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値を超えるレベルである場合、患者は抗血管新生薬または免疫調節薬を投与される。他の実施形態では、間質シグネチャー遺伝子（例えば、表２及び４の遺伝子のいずれか及び／またはその組み合わせ）の発現が、癌種における間質シグネチャー遺伝子の発現の中央値レベル未満である場合、患者は抗血管新生薬または免疫調節薬を投与される。抗血管新生薬（例えば抗ＶＥＧＦ抗体、例えばベバシズマブ等のＶＥＧＦアンタゴニスト）は、免疫調節薬、化学療法レジメン薬、または間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）と併用して投与することができる。
【０１１５】
したがって、本発明は、化学療法耐性、化学療法感受性、難治性、原発性、進行性、または再発性である、癌（例えば、婦人科癌（例えば卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、または外陰癌））患者を治療する方法を提供し、当該患者に治療有効量の抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））を投与することを含み、任意に、これらの方法は、ＶＥＧＦアンタゴニストを、以下にさらに記載する、１つまたは複数の追加の化学療法治療薬（例えばカルボプラチン及び／またはパクリタキセル）と同時投与することを含む。
【０１１６】
任意に、１つまたは複数の化学療法薬（カルボプラチン及び／またはパクリタキセル）と併用する、間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えば、ＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））での治療は、好ましくは、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／または全生存期間（ＯＳ）を含む生存期間を延長する及び／または改善する。１つの実施形態では、間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えば、ベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））での治療は、治療対象の癌について、承認された抗腫瘍薬または標準治療を受けることによって達成される生存期間より、生存期間を少なくとも約２０％延長させる。好ましい実施形態では、患者は、婦人科癌（例えば卵巣癌、腹膜癌、卵管癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、腟癌、または外陰癌）を有する。
【０１１７】
癌の予防または治療に関して、間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））及び／または化学療法薬の適切な投薬量は、上述のような治療対象の癌の種類、癌の重症度及び経過、抗体が予防目的で投与されるか治療目的で投与されるか、以前の治療法、患者の病歴及び薬剤への反応、ならびに主治医の裁量に依存する。
【０１１８】
１つの実施形態では、固定量の間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））が投与される。当該固定量は、好適には、１回、または一連の治療にわたり、患者に投与される。固定量が投与される場合、固定量は好ましくは、約２０ｍｇ〜約２０００ｍｇの範囲である。例えば、固定量は、約４２０ｍｇ、約５２５ｍｇ、約８４０ｍｇ、または約１０５０ｍｇの薬剤（例えば、間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））であってもよい。一連の投与量が投与される場合、例えば、おおよそ毎週、約２週間毎、約３週間毎、または約４週間毎であってもよいが、好ましくは約３週間毎である。固定量は、例えば、疾患の進行、有害事象、または医師に定められたその他の時まで投与を続けてもよい。例えば、約２、３、または４〜最大約１７の固定投与量を投与してもよい。
【０１１９】
１つの実施形態では、間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））の１つまたは複数の負荷用量（複数可）が投与され、次に１つまたは複数の維持用量（複数可）が投与される。別の実施形態では、複数の同じ用量が患者に投与される。
【０１２０】
間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））が、単一の抗腫瘍薬として投与され得るが、患者は任意に間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））及び１つまたは複数の（追加の）化学療法薬（複数可）と併用して治療を受ける。例示的な化学療法薬として、ゲムシタビン、カルボプラチン、オキサリプラチン、イリノテカン、フルオロピリミジン（例えば５−ＦＵ）、パクリタキセル（例えばｎａｂ−パクリタキセル）、ドセタキセル、トポテカン、カペシタビン、テモゾロミド、インターフェロン−アルファ、及び／またはリポソームドキソルビシン（例えばペグ化リポソームドキソルビシン）が挙げられる。いくつかの実施形態では、化学療法薬のうちの少なくとも１つは、カルボプラチンまたはパクリタキセルである。併用投与は、別々の製剤または単一の医薬組成物を使用して、同時投与（ｃｏ−ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）または同時投与（ｃｏｎｃｕｒｒｅｎｔ  ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）、及びいずれかの順番で連続投与を含み、好ましくは、両方（または全ての）の活性薬が生物活性を同時に発揮する期間があるのがよい。そのため、化学療法薬は、間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））の投与の前または後に投与してもよい。本実施形態では、少なくとも１つの化学療法薬と少なくとも１つの間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））との間の投与のタイミングは、好ましくは、１カ月以下（３週間、２週間、１週間、６日、５日、４日、３日、２日、１日）である。あるいは、化学療法薬及び間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））は、単一製剤または別個の製剤として、患者に同時投与される。化学療法薬（カルボプラチン及び／またはパクリタキセル）と間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））との併用による治療は、相乗的または相加以上の治療効果を患者にもたらすことができる。
【０１２１】
例えば卵巣癌の治療のために、間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））と併用する特に望ましい化学療法薬として、白金化合物（例えばカルボプラチン）等の化学療法薬、パクリタキセルまたはドセタキセル等のタキソール、トポテカンまたはリポソームドキソルビシンが挙げられる。
【０１２２】
例えば進行期の卵巣上皮癌、卵管癌、または原発腹膜癌の治療のために、間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））と併用する特に望ましい化学療法薬として、カルボプラチン及びパクリタキセル等の化学療法薬が挙げられる。
【０１２３】
例えば白金感受性卵巣上皮癌、卵管癌、または原発腹膜癌の治療のために、間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））と併用する特に望ましい化学療法薬として、カルボプラチン及びゲムシタビン等の化学療法薬が挙げられる。
【０１２４】
例えば白金耐性再発性卵巣上皮癌、卵管癌、または原発腹膜癌の治療のために、間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））と併用する特に望ましい化学療法薬として、パクリタキセル、トポテカン、またはペグ化リポソームドキソルビシン等の化学療法薬が挙げられる。
【０１２５】
例えば乳癌の治療のために、間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））と併用する特に望ましい化学療法薬として、カペシタビン等の化学療法薬、及びパクリタキセル（例えばｎａｂ−パクリタキセル）またはドセタキセル等のタキソールが挙げられる。
【０１２６】
例えば神経膠芽腫の治療のために、間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））と併用する特に望ましい化学療法薬として、放射線治療と併用してもよいテモゾロミド等の化学療法薬が挙げられる。
【０１２７】
結腸直腸癌の治療のために、間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））と併用する特に望ましい化学療法薬として、フルオロピリミジン（例えば５−ＦＵ）、パクリタキセル、シスプラチン、トポテカン、イリノテカン、フルオロピリミジン−オキサリプラチン、フルオロピリミジン−イリノテカン、ＦＯＬＦＯＸ４（５−ＦＵ、レコボリン（ｌｅｃｏｖｏｒｉｎ）、オキサリプラチン）及びＩＦＬ（イロノテカン（ｉｒｏｎｏｔｅｃａｎ）、５−ＦＵ、ロイコボリン）等の化学療法薬が挙げられる。
【０１２８】
例えば腎細胞癌の治療のために、間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））と併用する特に望ましい化学療法薬として、インターフェロン−アルファ２ａ等の化学療法薬が挙げられる。
【０１２９】
例えば子宮頸癌の治療のために、間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））と併用する特に望ましい化学療法薬として、パクリタキセル、シスプラチン、トポテカン、シスプラチンと併用したパクリタキセル、及びトポテカンと併用したパクリタキセル等の化学療法薬が挙げられる。
【０１３０】
化学療法薬は、投与する場合、通常は知られている用量で投与されるか、薬剤の組み合せ作用または化学療法薬の投与に起因する負の副作用があるために少なくしてもよい。当該化学療法薬の調製及び投与スケジュールは、製造者の説明書に従って使用しても、専門医師によって経験的に決定されたように使用してもよい。化学療法薬がパクリタキセルである場合、好ましくは、約１３０ｍｇ／ｍ２〜２００ｍｇ／ｍ２（例えば約１７５ｍｇ／ｍ２）を、例えば３週毎に１回、３時間にわたり投与される。化学療法薬がカルボプラチンである場合、好ましくは、患者の既存の肝機能または肝機能及び望ましい血小板の最下点に基づくＣａｌｖｅｒｔ式を使用してカルボプラチンの投与量を計算することによって投与される。腎排泄がカルボプラチンの除去の主要な経路である。体表面積に基づいた経験による用量計算に比べると、当該投与量の式を使用することによって、それを使用しなければ（平均以上の腎機能を有する患者では）過少量投与、または（腎機能に障害がある患者では）過剰投与のいずれかになりうる、治療前の患者の腎機能の変動を補うことができる。単一薬のカルボプラチンを使用する４〜６ｍｇ／ｍＬ／分の標的ＡＵＣは、以前に治療を受けた患者において、最も適切な用量範囲を提供するように思われる。
【０１３１】
間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））及び化学療法薬とは別に、その他の化学療法レジメンを併用してもよい。例えば、第２（第３、第４等）の化学療法薬（複数可）を投与してもよく、第２の化学療法薬は、代謝拮抗薬の化学療法薬、または代謝拮抗薬ではない化学療法薬である。例えば、第２の化学療法薬は、タキサン（パクリタキセルまたはドセタキセル）、カペシタビン、または白金系化学療法薬（カルボプラチン、シスプラチン、またはオキサリプラチン）、アントラサイクリン（リポソームドキソルビシンを含むドキソルビシン）、トポテカン、ペメテレキセド、ビンカアルカロイド（ビノレルビン等）、及びＴＬＫ  ２８６であってもよい。異なる化学療法薬の「カクテル」を投与してもよい。
【０１３２】
間質標的薬（例えば、抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））及び／または化学療法薬と併用してもよいその他の治療薬として、ＨＥＲ阻害薬、ＨＥＲ二量体化阻害薬（例えばトラスツズマブ等の増殖阻害ＨＥＲ２抗体、または７Ｃ２、７Ｆ３またはそのヒト化変異体等のＨＥＲ２過剰発現細胞のアポトーシスを誘導するＨＥＲ２抗体）、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ３、ＨＥ  Ｒ４等の異なる腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、例えば、タモキシフェン等の抗エストロゲン化合物またはアロマターゼ阻害薬、（治療に関連する任意の心筋機能不全を予防または減少させるための）心保護薬、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的薬（ＴＡＲＣＥＶＡ（登録商標）、ＩＲＥＳＳＡ（登録商標）またはセツキシマブ等）、チロシンキナーゼ阻害薬、ＣＯＸ阻害薬（例えばＣＯＸ−１またはＣＯＸ−２阻害薬）、非ステロイド系抗炎症薬、セレコキシブ（ＣＥＬＥＢＲＥＸ（登録商標））、ファルネシル基転移酵素阻害薬（例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｊｏｈｎｓｏｎから市販されているＴｉｐｉｆａｒｎｉｂ／ＺＡＲＮＥＳＴＲＡ（登録商標）Ｒ１１５７７７、またはＳｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈから市販されているＬｏｎａｆａｒｎｉｂ  ＳＣＨ６６３３６）、Ｏｒｅｇｏｖｏｍａｂ（ＭｏＡｂ  Ｂ４３．１３）等の癌胎児蛋白ＣＡ  １２５と結合する抗体、ＨＥＲ２ワクチン（ＰｈａｒｍｅｘｉａのＨＥＲ２ＡｕｔｏＶａｃワクチン、またはＤｅｎｄｒｅｏｎのＡＰＣ８０２４タンパク質ワクチン、またはＧＳＫ／ＣｏｒｉｘａのＨＥＲ２ペプチドワクチン）、別のＨＥＲ標的治療薬（例えば、トラスツズマブ、セツキシマブ、ＡＢＸ−ＥＧＦ、ＥＭＤ７２００、ゲフィチニブ、エルロチニブ、ＣＰ７２４７１４、ＣＩ１０３３、ＧＷ５７２０１６、ＩＭＣ−１１Ｆ８、ＴＡＫ１６５等）、Ｒａｆ及び／またはｒａｓ阻害薬（例えばＷＯ２００３／８６４６７を参照のこと）、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注入（ＤＯＸＩＬ（登録商標））、トポテカン等のトポイソメラーゼ１阻害薬、タキサン、ラパチニブ／ＧＷ５７２０１６等のＨＥＲ２及びＥＧＦＲ二重チロシンキナーゼ阻害薬、ＴＬＫ２８６（ＴＥＬＣＹＴＡ（登録商標））、ＥＭＤ−７２００、セロトニンアンタゴニスト、ステロイド、またはベンゾジアゼピン等の悪心を治療する医薬品、局所的または経口抗生物質を含む皮疹を予防または治療する医薬品または標準的にきび治療、下痢を治療または予防する医薬品、アセトアミノフェン、ジフェンヒドラミンまたはメペリジン等の体温降下薬、造血因子のうちの１つまたは複数が挙げられる。
【０１３３】
上述の同時投与薬剤の適切な投与量は、現在使用している用量であり、薬剤及び間質標的薬、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））阻害薬の組み合せ作用（相乗）があるために低くしてもよい。上述の治療レジメンの他に、患者に腫瘍及び／または癌細胞の切除手術、及び／または放射線治療を行ってもよい。
【０１３４】
間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））及び化学療法薬が抗体である場合、好ましくは、投与される抗体は裸の抗体である。投与される間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））及び化学療法薬は、細胞傷害性薬と複合してもよい。好ましくは、複合体及び／または結合される抗原は、細胞によって内部移行され、複合体に結合する癌細胞を殺す当該複合体の治療効果が増加する。好ましい実施形態では、細胞障害性薬は、癌細胞の核酸を標的または干渉する。当該細胞障害性薬の例として、マイタンシノイド、カリチアマイシン、リボヌクレアーゼ、及びＤＮＡエンドヌクレアーゼが挙げられる。
【０１３５】
投与される間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））及び化学療法薬は、遺伝子治療によって投与することができる。例えば、細胞内抗体を生成するために遺伝子治療の使用に関する、１９９６年３月１４日に公開されたＷＯ９６／０７３２１を参照のこと。核酸を患者の細胞に入れる（任意にベクターに含まれる）には、ｉｎ  ｖｉｖｏとｅｘ  ｖｉｖｏの２つの方法が主にある。ｉｎ  ｖｉｖｏ送達については、核酸を患者、通常は抗体を必要とする部位に直接注入する。Ｅｘ  ｖｉｖｏ治療については、患者の細胞を取り除き、核酸をこれらの単離した細胞に導入し、改変した細胞を患者に直接投与するか、例えば、多孔性膜内でカプセル化して患者に移植するかのいずれかで投与する（米国特許第４，８９２，５３８号及び同５，２８３，１８７号を参照のこと）。核酸を生きている細胞に導入するために使用することができる様々な方法がある。当該技術は、核酸をｉｎ  ｖｉｔｒｏで培養細胞に移動するか、ｉｎ  ｖｉｖｏで意図した宿主の細胞に移動するかによって変化する。ｉｎ  ｖｉｔｒｏで核酸を哺乳動物の細胞に移動する適切な方法として、リポソームの使用、電気穿孔法、微量注入法、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、リン酸カルシウム沈殿法等が挙げられる。通常使用される遺伝子のｅｘ  ｖｉｖｏ送達のベクターは、レトロウイルスである。現状、好ましいｉｎ  ｖｉｖｏの核酸移動技術として、ウイルスベクター（アデノウイルス、単純ヘルペスウイルスＩ型、またはアデノ関連ウイルス）及び脂質に基づく系（遺伝子の脂質媒介性移動に有用な脂質は、例えばＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥ及びＤＣ−Ｃｈｏｌである）を用いるトランスフェクションが挙げられる。いくつかの状況では、核酸の供給源を、細胞表面膜タンパク質または標的細胞に特異的な抗体、標的細胞上の受容体についてのリガンド等の、標的細胞を標的とする薬剤とともに提供することが望ましい。リポソームを使用する場合、エンドサイトーシスに関連する細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質を、例えば、特定の細胞タイプに向性のカプシドタンパク質またはその断片、循環に内部移行するタンパク質の抗体、及び細胞内局所化を標的とし、細胞内半減期を増加させるタンパク質を標的とし、及び／またはそれらを容易に取り込むために使用してもよい。受容体媒介性エンドサイトーシスは、例えばＷｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：４４２９４４３２（１９８７）；及びＷａｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８７：３４１０−３４１４（１９９０））に記載されている。現在知られている遺伝子作製及び遺伝子治療プロトコルの概説については、Ａｎｄｅｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５６：８０８−８１３（１９９２）を参照のこと。また、ＷＯ９３／２５６７３及びそこに記載の参考文献を参照のこと。
【０１３６】
Ｖ．用量及び製剤
間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））は、非経口的、肺内、及び鼻腔内、ならびに局所的治療が所望される場合は、病変内投与を含む任意の好適な手段により投与することができる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が含まれる。投薬は、任意の好適な経路により、例えば投与が短時間であるかそれとも慢性的であるかに部分的に応じた、静脈内注射または皮下注射などの注射により、行うことができる。単回または種々の時点にわたる複数回投与、ボーラス投与、及びパルス注入を含むが、これらに限定されない、種々の投薬スケジュールが本明細書で企図される。
【０１３７】
間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））は、良質な医療実務と一致する形で、製剤、投薬、投与されてよい。この文脈における考慮の要因には、治療されている特定の障害、治療されている特定の哺乳動物、個々の患者の臨床的病態、障害の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与のスケジュール管理、及び医療従事者に既知の他の要因が含まれる。投与される間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））及び化学療法薬は、問題の障害を予防するかまたは治療するために現在使用される１つまたは複数の薬剤である必要はないが、任意でそれらと共に製剤されてもよい。かかる他の薬剤の有効量は、製剤中に存在する抗体の量、障害または治療の種類、及び上に考察された他の要因に依存する。これらは、一般に、本明細書に記載されるのと同じ投薬量で、本明細書に記載される投与経路により、または本明細書に記載される投薬量の約１〜９９％、または適切であると経験的／臨床的に決定される任意の投薬量で、任意の経路によって、使用される。
【０１３８】
疾患の予防または治療のために、本発明の治療薬の適切な投薬量（単独でまたは１つまたは複数の他の追加の治療剤と組み合わせて使用されるとき）は、治療対象の疾患の種類、薬剤の種類、疾患の重症度及び経過、薬剤が予防目的または治療目的で投与されるかどうか、以前の治療法、患者の病歴及び薬剤への応答、ならびに主治医の裁量に依存するであろう。当該薬剤は、好適には、１回、または一連の治療にわたり、患者に投与される。疾患の種類及び重症度に応じて、例えば、１回または複数回の別個の投与によるものであれ、連続注入によるものであれ、約１μｇ／ｋｇ〜１５ｍｇ／ｋｇの薬剤が、患者への投与のための初期候補投薬量であり得る。１つの典型的な１日の投薬量は、上述の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇまたはそれ以上の範囲に及び得る。病態に応じて数日間またはより長い日数にわたる反復投与について、治療は、一般に、疾患症状の所望の抑制が生じるまで持続されるであろう。薬剤の１つの例示的な投薬量は、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇの範囲内となる。したがって、約０．５ｍｇ／ｋｇ、２．０ｍｇ／ｋｇ、４．０ｍｇ／ｋｇ、または１０ｍｇ／ｋｇ（もしくはこれらの任意の組み合わせ）の１回以上の用量が患者に投与され得る。かかる用量は、断続的に、例えば、毎週または３週間毎に（例えば、患者が抗体の約２〜約２０回、または例えば、約６回用量を受容するように）投与されてもよい。しかしながら、他の投薬レジメンが有用な場合がある。この治療法の進行は、従来の技術及びアッセイによって容易に監視される。
【０１３９】
ある特定の実施形態では、間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））は、３７．５ｍｇの一定用量（すなわち体重に依存しない）、または１２５ｍｇの一定用量、または２５０ｍｇの一定用量で投与される。ある特定の実施形態では、当該用量は、一定期間、４週毎に１回皮下注射される。ある特定の実施形態では、当該一定期間は６カ月、１年、２年、５年、１０年、１５年、２０年または患者の一生の期間である。
【０１４０】
別の実施形態では、患者は、化学療法耐性である癌を有していると決定され、抗ＰＯＳＴＮ抗体または前述の任意の治療薬による治療を受けるように選択される。１つの実施形態では、癌患者は１８歳以上である。１つの実施形態では、癌患者は１２〜１７歳であり治療薬は、２５０ｍｇの一定量、または１２５ｍｇの一定量として投与される。１つの実施形態では、癌患者は６〜１１歳であり、治療薬は、１２５ｍｇの一定量として投与される。
【０１４１】
ＶＩ．製品
本発明の別の態様において、上述の障害の治療、予防、及び／または診断に有用な物質を含有する製品が提供される。製品は、容器、及び容器上のまたは容器と関連したラベルまたは添付文書を含む。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、ＩＶ溶液バッグ等が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなど、様々な材料から形成され得る。容器は、組成物を、それ自体で、または病態を治療する、予防する、及び／もしくは診断するのに有効な別の組成物と組み合わせて保有し、また滅菌アクセスポートを有し得る（例えば容器は、静脈注射用溶液バッグまたは皮下注射針によって貫通可能な栓を有するバイアルであり得る）。組成物中の少なくとも１つの活性剤は、本発明の薬剤である（例えば、間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））。ラベルまたは添付文書は、組成物が選定した病態を治療するために使用されることを表示する。さらに、製品は、（ａ）組成物が中に含有された第１の容器（この組成物は薬剤（例えば間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体）））を含む、及び（ｂ）組成物が中に含有された第２の容器（この組成物はさらなる細胞傷害性薬剤またはそうでなければ治療剤を含む）を含んでもよい。本発明のこの実施形態の製品は、組成物が特定の病態を治療するために使用され得ることを表示する、添付文書をさらに含んでもよい。代替または追加として、製品は、注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝食塩水、リンガー溶液、及びデキストロース溶液といった、薬学的に許容される緩衝液を含む第２（または第３）の容器をさらに含んでもよい。それは、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む、商業的及びユーザの立場から望ましい他の材料をさらに含んでもよい。任意の上述の製品は、薬剤（例えば、間質標的薬（例えば抗ＰＯＳＴＮ抗体）、免疫調節薬、及び／または抗血管新生薬（例えばＶＥＧＦアンタゴニスト（例えばベバシズマブ等の抗ＶＥＧＦ抗体））の代わりにまたはその他に、本発明の免疫複合体を含んでいてもよいことが理解される。
【実施例】
【０１４２】
一次治療薬に対する化学療法耐性に関連する重要な分子特性を探索し、機能的に特徴化し、独立して検証するために、系統的で徹底した分析を行った。探索については、一次化学療法の治療に臨床的に明確に応答し、適合した臨床病理学的特徴を有する患者のセットを選択した。独立した検証試験については、代表的なｉｎｔｅｎｄｅｄ−ｔｏ  −ｔｒｅａｔ（ＩＴＴ）患者集団及び明確な臨床的特徴、明確に注解された臨床応答、及び患者の転帰を有する第ＩＩＩ相臨床試験の化学療法対照群に割り付けられた患者から得た組織試料を使用した。探索試験では、反応性間質シグネチャーが、白金耐性（Ｐｌａｔ−Ｒ）原発性腫瘍と特に関連があると同定され、Ｐｌａｔ−Ｒ再発性腫瘍においてさらに上方制御された。当該シグネチャーを、独立データセットでさらに検証し、第一線の白金系化学療法についての患者の転帰を予測するときの臨床的有用性を証明した。これらの所見は、原発性化学療法耐性卵巣癌の患者を識別する診断戦略を提供し、一次化学療法に対する応答を予測するためのバイオマーカーに基づく試験を提供する。
【０１４３】
材料及び実験方法
患者及び腫瘍試料
当該試験は、それぞれ探索及び検証のために、２組の卵巣癌コホートから構成された。
【０１４４】
探索セットは、５８名の患者の８５個の高グレードの漿液性または類内膜卵巣癌から構成された。これらの患者の臨床的特徴は表６に記載し、高グレード卵巣上皮癌の患者の典型的な臨床的特性を表す。５８名の全患者は、最初に白金とタキサンとの併用で治療を受けた。このうち、３２名の患者が原発性白金耐性腫瘍を有しており（第一線白金系化学療法の完了後６カ月以内に疾患の再発または進行した）、２６名の患者は白金感受性腫瘍を有していた（第一線化学療法の１２カ月以内に再発または進行がなかった）。全患者の腫瘍試料を第一線化学療法の前に採取した。３２名の白金耐性患者のうち２７名はまた、疾患の再発時に患者適合型腫瘍試料も採取した。全ての探索セットの腫瘍試料は、商用品から得て、適切な機関の承認を有していた。
【０１４５】
検証セットは、第ＩＩＩ試験の化学療法治療群１３８名の患者から１３８個の高グレードの漿液性または類内膜卵巣癌から構成され、新たに卵巣癌であると診断を受けた女性において、標準化学療法と、標準化学療法にベバシズマブを追加した治療との効果を調査した。これらの患者の臨床的特徴を表９に記載する。
【０１４６】
全ての腫瘍組織は病理学者によるレビューを受け、診断及び腫瘍内容を確認した。ホルマリン固定及びパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍組織にｍａｃｒｏ−ｄｉｓｓｅｃｔｉｏｎを行い、腫瘍の割合を７０％超まで濃縮した。Ｈｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＦＦＰＥ  ＲＮＡ  Ｍｉｃｒｏ  Ｋｉｔｓ（Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ、ＵＳＡ）を使用して、全ＲＮＡを精製した。ＱＩＡａｍｐ  ＤＮＡ  ＦＦＰＥ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔｓ（Ｑｉａｇｅｎ、ＣＡ）を使用してＦＦＰＥ腫瘍ＤＮＡを調製した。
【０１４７】
卵巣癌バイオマーカーＮａｎｏｓｔｒｉｎｇパネルを使用した遺伝子発現のプロファイリング  カスタムＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  ８００  ＧＸ  ＣｏｄｅＳｅｔをデザインし、卵巣疾患生物学に関連性のある８００個のバイオマーカー及び対照の発現を測定し、それにはサブタイプ及び予後分類子、流出ＡＢＣトランスポーター、ならびに化学耐性、免疫、及び血管新生マーカー（完全な遺伝子リストについては表５を参照のこと）を含んでいた。ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  ｎＣｏｕｎｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｙｓｔｅｍを製造者のプロトコル（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に従い使用して２００ｎｇのＲＮＡを分析した。出力された生カウント値を、各試料についての８００アッセイ全ての中央カウント値によって正規化した。
表５．完全な遺伝子リスト
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【０１４８】
統計分析
無増悪生存期間は、ランダム化を行った日から疾患の進行または死亡の最初の徴候をどちらか最初に発生した日までを計算し、最後の非進行性疾患（ＰＤ）腫瘍評価の時点で、疾患の進行がなく生きている患者のデータを打ち切った。全生存期間は、ランダム化を行った日から何らかの原因で死亡した日までを計算し、患者が生きていた直近の日付で、依然として生存している患者のデータを打ち切った。生存分析は、バイオマーカー高群と低群との間の無増悪生存期間の分布の差について、対数順位検定を使用して行った。中央値の生存期間は、カプラン・マイヤー法による積極限推定を使用して計算した。
【０１４９】
Ｐｌａｔ−ＳとＰｌａｔ−Ｒ原発性腫瘍との遺伝子発現の差を比較するために、２試料のｔ検定を使用した。Ｐｌａｔ−Ｒ適合型原発性腫瘍と転移性腫瘍との遺伝子発現の差を比較するために、対応ｔ検定を使用した。両側ｐ値は、Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ  Ｈｏｃｈｂｅｒｇ法を使用して、偽発見率（ＦＤＲ）について制御することによって、複数の比較のために導き出し、調整した。
【０１５０】
ＲＮＡ  ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼイション（ＲＮＡ  ＩＳＨ）アッセイ
Ｄｕｐｌｅｘ  ＰＯＳＴＮ／ＬＯＸ及びシングルプレックスＦＡＰ  ＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼイション（ＩＳＨ）を、Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｈａｙｗａｒｄ、ＣＡでデザインし、実装し、スコア付けを行った。ＦＡＰ（ＮＭ＿００４４６０．２，ｎｔ  ２３７−１５４９）の単一色プローブは、あらかじめ設計されており、市販されていた。デュアルカラー対ダブルＺオリゴヌクレオチドプローブを、Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｄｉａｇｎ１４：２２−２９（２０１２）に記載のカスタムのソフトウェアを使用して、ＬＯＸ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００１１７８１０２．１、ｎｔ  ２２３−１７２５）及びＰＯＳＴＮ（ＮＭ＿００６４７５．２、ｎｔ  １３−１１９９）ＲＮＡに対して設計した。ＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）２−プレックスＣｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ  Ｒｅａｇｅｎｔ  Ｋｉｔ及びＲＮＡｓｃｏｐｅ（登録商標）２．０  ＨＤ  Ｂｒｏｗｎ  Ｒｅａｇｅｎｔ  Ｋｉｔを使用して、４μｍのホルマリン固定、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織切片上で、製造者の指示に従って、ＲＮＡ  ＩＳＨを実施した。ハウスキーピング遺伝子シクロフィリンＢ（ＰＰＩＢ）及びＲＮＡポリメラーゼサブユニットＩＩＡ（ＰｏｌＲ２Ａ）に特異的なデュアルカラープローブで、各試料のＲＮＡの品質を評価した。細菌ｄａｐＢ遺伝子に特異的なプローブを使用して、負対照バックグラウンド染色を評価した。ハウスキーピング遺伝子プローブ染色による細胞あたり平均４個超のドットを有する試料、及び負対照染色による１０細胞あたり平均１個未満のドットを有する試料だけを、標的プローブによってアッセイした。技術的及びスコア付けの精度を検証するために、ＦＦＰＥ  ＨｅＬａ細胞ペレットから構成される参照スライド（ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ｓｌｉｄｅ）を、組織ＦＦＰＥスライドと一緒に、ＰＰＩＢ及びｄａｐＢについて試験を行った。明るい領域は、４０倍の対物レンズを使用して  Ｚｅｉｓｓ  Ａｘｉｏ  Ｉｍａｇｅｒ  Ｍ１顕微鏡を使用して得た。ＲＮＡｓｃｏｐｅシグナルに、以下のように、細胞当たりのドット数に基づいてスコアを付けた、クラスター中の１０％超のドットにおいて、０＝０ドット／細胞、１＝１〜３ドット／細胞、２＝４〜９ドット／細胞、３＝１０〜１５ドット／細胞、及び４＝１５超ドット／細胞。マーカーの発現における異質性を評価するために、Ｈスコア分析を行った。各スコアカテゴリにおいて、細胞の割合を合計し、対応するスコアを掛けることによってＨスコアを計算し、ここでスコアはスケール０〜４００である。
【０１５１】
免疫組織化学
スライドガラス上に乗せた、４μｍ厚のホルマリン固定、パラフィン包埋組織切片で、免疫組織化学（ＩＨＣ）を行った。ＦＡＰ（ＧＮＥ、クローン１０Ｄ２．１．１）、平滑筋αアクチン（ＳＭＡ）（ＡｂＣａｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）、及びＰＯＳＴＮ（ＢｉｏＶｅｎｄｏｒ、Ａｓｈｅｖｉｌｌｅ、ＮＣ）に対する一次抗体を使用した。Ｔｒｉｌｏｇｙ（Ｃｅｌｌ  Ｍａｒｑｕｅ、Ｒｏｃｋｌｉｎ、ＣＡ）抗原検索を使用して、ＤＡＫＯ自動染色装置（Ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒ）でＦＡＰ染色を行った。ウマ抗マウスビオチン化二次抗体（ＶｅｃｔｏｒＬａｂｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ、ＣＡ）、次にＴＳＡ増強を有するストレプトアビジンＨＲＰ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）及びＤＡＢ視覚化（Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）を検出のために使用した。Ｖｅｎｔａｎａ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ＸＴ自動プラットフォーム（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ、ＡＺ）上で、ＳＭＡ及びＰＯＳＴＮ染色を行った。切片は、Ｃｅｌｌ  Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｅｒ１、標準時間で処理した。特異的に結合される一次抗体を、ＯｍｎｉＭａｐ  抗Ｒａｂｂｉｔ−ＨＲＰ（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ、ＡＺ）、次にＣｈｒｏｍｏＭａｐ  ＤＡＢ（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｔｕｃｓｏｎ、ＡＺ）において、切片をインキュベートすることによって検出した。切片を、ヘマトキシリンで対比染色し、脱水し、カバーガラスをかけた。
【０１５２】
線維形成のＨ＆Ｅ評価
腫瘍の侵襲に伴う間質の活性化を証明するために、探索する腫瘍試料の代表的なＨ＆Ｅ染色切片（原発性Ｐｌａｔ−Ｓ、患者適合型Ｐｌａｔ−Ｒ原発性、再発性腫瘍を含む全８５個）を調査し、線維形成スコアを割り当てた。組織損傷、壊死、浮腫のため、または存在する間質が限定されていたために、使用できる代表的な切片にスコアを付けることが困難な場合があった。線維形成は、常在性の非活性化線維芽細胞と区別される筋線維芽細胞の密度及び組織崩壊の増加によって代表される線維化領域として識別された。使用した線維形成スコアシステムは、Ｔｏｔｈｉｌｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１４：５１９８−５２９８，２００８によって報告されたシステムと同様である。線維形成のスコアは以下のように定義された。０＝線維形成なし、１＝癌細胞に隣接している２、３の散在した線維形成性病巣、２＝癌細胞に隣接しているいくつかの線維形成性病巣または中度にコンフルエントな（より広い）線維形成、しかし、切片全体には存在していない、３＝切片全体の線維形成応答。
【０１５３】
ＴＰ５３変異状態
以前に開発したＭＭＰ−Ｓｅｑ標的化癌パネルを使用して、ＴＰ５３遺伝子全体の全てのエキソン及びエキソン−イントロン接合部で、ディープシークエンシングを行った。ＦＦＰＥ  ＤＮＡ試料の品質を、ＴＲＡＫ２  ｑＰＣＲ「ｒｕｌｅｒアッセイ」を使用して機能的コピーの数として定量化した。Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ａｃｃｅｓｓ  Ａｒｒａｙを使用して、各試料からのＤＮＡの５０００個の機能的コピーを、ターゲットエンリッチメント（ｔａｒｇｅｔ  ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ）及びライブラリ構築の入力として使用し、次にＩｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑシークエンサー上でディープシークエンシングを行った。ＴＰ５３遺伝子の平均カバー度は、アンプリコンあたり約１０００倍であった。配列アライメント、主要変異体呼び出し（ｐｒｉｍａｒｙ  ｖａｒｉａｎｔ  ｃａｌｌｉｎｇ）、及びフィルタリングは、Ｂｏｕｒｇｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ２０：２０８０−２０９１（２０１４）に記載のように行った。
【０１５４】
リアルタイムＰＣＲによるコピー数多様性分析
ゲノムホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）ＤＮＡ（２００ｎｇ）を、各５０ｎＭの３５対の遺伝子特異的プライマーのプール、及び製造者のプロトコルに従ってＴａｑｍａｎ  Ｐｒｅａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して、１７サイクルの事前増幅に供した。事前に増幅した試料を希釈し、ＢｉｏＭａｒｋ（商標）システムのＦｌｕｉｄｉｇｍ  ９６．９６  Ｄｙｎａｍｉｃ  Ａｒｒａｙｓを使用してｑＰＣＲを行った。端的には、試料混合物は、ＤＮＡ、Ｔａｑｍａｎ  ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、ＤＮＡ結合試料充填試薬（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）及びＥｖａＧｒｅｅｎ染料（Ｂｉｏｔｉｕｍ）を含んでいた。アッセイ混合物は、遺伝子特異的プライマー対及び試料充填試薬（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を含んでいた。Ｃｔ決定及び融解曲線分析は、Ｆｌｕｉｄｉｇｍの遺伝子分析ソフトウェアを使用して行った。相対的な遺伝子コピー数は、グローバルＤｅｌｔａ  Ｄｅｌｔａ  Ｃｔ方法を使用して計算した。最初に、各試料中の全遺伝子の中央値Ｃｔを、参照として使用し、試料ＤＮＡの入力を正規化し、デルタＣｔを計算した。個々の遺伝子について全試料の中央値のデルタＣｔを、２コピーキャリブレータ試料として使用した。結果は各遺伝子についての３つのプライマー対の平均である。
【０１５５】
細胞ベースアッセイ
卵巣細胞株ＥＳ−２をＡＴＣＣから得て、１０％のＦＢＳ及び２ｍＭのグルタミンを有するＲＰＭＩ１６４０培地で培養した。９６ウェルプレートを最初に組換え全長ＦＮ１（カタログ番号Ｆ２００６、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）、ＰＯＳＴＮ（カタログ番号３５４８−Ｆ２、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）でコーティングし、または３７℃で２時間、もしくは４℃で１６時間コーティングしないままにした。コーティングしたプレートに、３，０００細胞／ウェルで、細胞を蒔いた。翌日、１０μＭのカルボプラチンまたは１０ｎＭのパクリタキセルを各ウェルに添加した。細胞の生存率を測定するために化合物処理の７２時間後に、Ｃｅｌｌ−Ｔｉｔｒｅ  Ｇｌｏ（登録商標）試薬を添加した。コーティングされたウェルの生存率をコーティングされていないウェルの生存率と比較し、増殖利益％を計算した。
【０１５６】
実施例１．原発性化学療法耐性卵巣癌において上方制御される「反応性間質」遺伝子シグネチャーの識別
ＥＯＣにおける原発性化学療法耐性に関連する分子特徴を識別するために、一次化学療法に臨床的に明確に応答する高グレードの漿液性または類内膜卵巣腫瘍のセットを選択した（表６）。この探索セットは、３２名の原発性化学療法耐性患者及び２６名の一次化学療法に感受性のある患者からの腫瘍試料から構成された。全て患者が、第一線化学療法として白金とタキサンの併用による治療を受けた。原発性化学療法耐性の患者は、第一線白金系化学療法の完了から６カ月以内に疾患の再発または進行を有したことがあることに基づいて選択され、化学療法感受性患者は、一次化学療法から１２カ月以内に再発または進行を有することがなかったことに基づいて選択された。３２名の化学療法耐性患者のうち２７名は、化学療法の前に、患者適合型原発性腫瘍試料を採取し、疾患の進行時の治療後に再発性腫瘍試料を採取した（Ｐｌａｔ−Ｒ原発性及びＰｌａｔ−Ｒ再発性としてそれぞれ言及されている）。２６名の化学療法感受性患者については、治療前の原発性腫瘍試料だけを分析に使用した（Ｐｌａｔ−Ｓ原発性として言及されている）。
表６．探索試験における患者の臨床病理学的特徴
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【０１５７】
白金系化学療法への応答と相関する遺伝子発現シグネチャーを探索した。Ｐｌａｔ−Ｒ原発性、Ｐｌａｔ−Ｒ再発性、及びＰｌａｔ−Ｓ原発性試料において、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ  ｐｌａｔｆｏｒｍで作製した８００個の遺伝子卵巣癌バイオマーカーパネル（表５）を使用して、遺伝子発現プロファイリングを行った。化学療法前の３２個のＰｌａｔ−Ｒと２６個のＰｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍を比較する２試料のｔ検定で、２群間で有意に差示的に発現する１４個の遺伝子を同定した（ＦＤＲ≦１０％及び倍数変化≧１．５、表７）。Ｐｌａｔ−Ｒ腫瘍において上方制御される遺伝子は、固有の「反応性間質」シグネチャーを表し（図１Ａ）、ＥＣＭ産生及び再構築遺伝子（すなわち、ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＬＯＸ、ＴＩＭＰ３、ＣＯＬ４Ａ１）、細胞移動及び侵襲に関与する遺伝子（すなわち、ＮＵＡＫ１）、ならびに免疫調節に関与する遺伝子（すなわち、ＴＤＯ２）を高度に富化した。一方で、化学療法感受性腫瘍に関連する鍵遺伝子として、プロゲステロン受容体（ＰＧＲ）、胎盤型アルカリホスファターゼ（ＡＬＰＰ）、及び線維芽細胞増殖因子４（ＦＧＦＲ４）遺伝子が挙げられる。治療前に患者適合型原発性腫瘍試料を採取し疾患進行時における治療後に再発性腫瘍試料を採取した２７名のＰｌａｔ−Ｒ患者については、再発性腫瘍を特徴付ける遺伝子シグネチャーについて調査するために、さらなる分析を行った。対応ｔ検定では、原発性と再発性耐性腫瘍間で、有意に差示的に発現する６５個の遺伝子を同定した（ＦＤＲ≦１０％及び倍数変化≧１．５、表８）。また、腫瘍間質成分を表す特徴的な遺伝子は、活性化線維芽細胞マーカー（ＡＣＴＡ２）、ＥＣＭ産生及び再構築酵素（すなわちＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＦＮ１、ＴＩＭＰ３、ＬＯＸ、ＭＭＰ１１）、増殖因子（すなわちＦＧＦ１）、免疫関連遺伝子（すなわちＣＤ３６、ＧＺＭＫ、ＣＤ２４７）、ならびに血管内皮性マーカー（すなわちＰＬＶＡＰ及びＰＥＣＡＭ（抗原ＣＤ３１））、及び増殖因子（すなわちＡＮＧＰＬ２）を含む再発性腫瘍（図１Ｂ）で有意に上方制御された３６個の遺伝子の中で、高度に富化した。治療前の原発性腫瘍に比べ、再発性Ｐｌａｔ−Ｒ腫瘍における有意に下方制御された２９個の遺伝子は、エストロゲン受容体（ＥＳＲ１及びＥＳＲ２）及び他の分化された内皮細胞マーカー（ＭＵＣ１、ＫＬＫ６、ＫＬＫ７）（図１Ｂ）であった。原発性及び再発性Ｐｌａｔ−Ｒ腫瘍を特徴付ける２つのシグネチャーの比較では、（１）互いに高度に相関し（図２）、（２）Ｐｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍に比べＰｌａｔ−Ｒ原発性腫瘍において有意に上方制御され、（３）Ｐｌａｔ−Ｒ再発性腫瘍において、化学療法治療後にさらに誘発した発現レベルを有する（図１Ｃ及び１Ｄ）、４つの共通の反応性間質シグネチャー遺伝子ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸを同定した。まとめると、これらの結果は、反応性間質遺伝子の上方制御が、ＥＯＣにおける化学療法耐性を調節する重要な役割を担う可能性があることを示した。
【０１５８】
腫瘍抑制遺伝子ＴＰ５３の変異及びサイクリンＥ１（ＣＣＮＥ１）の増幅は、以前から、卵巣癌の原発性腫瘍耐性に関連付けられている。ＭＭＰ−Ｓｅｑ標的化癌パネルを使用して、ＴＰ５３遺伝子全体の全てのエキソンで、ディープシークエンシングを行った。ＴＰ５３は、３２個のＰｌａｔ−Ｒ原発性腫瘍のうち３２個（１００％）で見つかり、２６個のＰｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍のうち２３個（８８％）で見つかった（図１Ａ）。観察した全体的に高い頻度のＴＰ５３変異は、高グレード漿液性卵巣腫瘍におけるＴＣＧＡの所見と一致していた。これらの結果は、また、ＴＰ５３変異状態が、おそらく化学療法に対する応答の決定を主導するものではないことを示した。ｑＰＣＲに基づくコピー数の分析を、多くの癌種において頻繁に変化することが報告されている３５個の遺伝子に対して行った。当該試験では、９つの反回性に増幅する遺伝子を同定した（図１Ａ、コピー数≧４）。この中でも、ＲＳＦ１、ＡＫＴ１及びＡＫＴ３の増幅だけがＰｌａｔ−Ｓ腫瘍で同定され、ＦＧＦＲ１及びＺＮＦ７０３の増幅だけがＰｌａｔ−Ｒ腫瘍で同定された。しかしながら、化学療法への応答と、（ＣＣＮＥ１を含む）いずれかまたはこれらの遺伝子の組み合わせの増幅とで有意な相関は観察されなかった。
表７．Ｐｌａｔ−Ｒ原発性対Ｐｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍における１４個の差示的に発現する遺伝子（探索データセット）
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表８．Ｐｌａｔ−Ｒ再発性対Ｐｌａｔ−Ｒ原発性腫瘍における６５個の差示的に発現する遺伝子（探索データセット）
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【０１５９】
実施例２．反応性間質シグネチャー遺伝子は派生し、腫瘍関連線維芽細胞で特に調節される
どの特定の細胞型が反応性間質シグネチャー遺伝子を発現するのかを決定するために、８５個の腫瘍試料の全てのセットから、腫瘍試料全体のスライドで、ＰＯＳＴＮ及びＦＡＰ  ＲＮＡ  ＩＳＨ分析を行った。さらに１５個の代表的な腫瘍試料に対して、ＰＯＳＴＮ及びＦＡＰ  ＩＨＣ、ならびにＬＯＸ  ＲＮＡ  ＩＳＨ分析も行った。これらのマーカーのＩＳＨ及びＩＨＣを示す代表的な画像を図３Ａに示す。Ｐｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍では、反応性間質シグネチャー遺伝子は、ＩＳＨまたはＩＨＣによって、間質または腫瘍細胞でまったく検出されないか、または有意に低いレベルで検出された。対照的に、Ｐｌａｔ−Ｒ原発性及び再発性腫瘍では、ＰＯＳＴＮが腫瘍関連線維芽細胞でのみ発現し、ＬＯＸ及びＦＡＰは、腫瘍関連線維芽細胞では優位に発現し、腫瘍細胞ではより低いレベルで発現した。ＰＯＳＴＮ／ＬＯＸ／ＦＡＰ発現腫瘍関連線維芽細胞はまた、活性化筋線維芽細胞について確立されたマーカーである、強い平滑筋αアクチン（αＳＭＡ）染色を示した。Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ遺伝子発現プロファイリングからの結果（図１Ｄ）に一致して、ＩＳＨ及びＩＨＣ分析は、反応性間質遺伝子の発現が、Ｐｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍に比べ、Ｐｌａｔ−Ｒ原発性腫瘍において有意に高く発現し、Ｐｌａｔ−Ｒ再発性腫瘍においてさらに上方制御されたことを確認した（図３Ｂ）。反応性間質遺伝子発現において観察した調節は、多くは原発性及び再発性Ｐｌａｔ−Ｒ腫瘍における腫瘍細胞と直ぐに並置される間質区画に制限され（図３Ｂ）、このことは、腫瘍関連間質区画が、卵巣癌の化学療法耐性を媒介する特別な活性部位であり得ることを示している。そのため、ＩＨＣとＲＮＡ  ＩＳＨの両方を含むｉｎ  ｓｉｔｕ分析を使用して、反応性間質シグネチャー遺伝子は、腫瘍細胞と直ぐに並置される活性化線維芽細胞によって、排他的または優位に発現されると識別した。
【０１６０】
実施例３．ＰＯＳＴＮの間質発現は、線維形成表現型と関連する
線維形成は、多くの種類の癌に見られる共通の病理学的表現型である。線維形成の組織学的徴候として、細胞外基質タンパク質の有意な過剰発現、ならびに筋線維芽細胞様細胞の大量の増殖及び組織崩壊が挙げられる。間質細胞の増殖の変化及び細胞外基質成分の沈着は、結果として全体的な組織の不均一性及び弾性、ならびに付随的な間質液の圧力の劇的な変化をもたらす。これらの変化は、癌における化学療法耐性に寄与することが示唆されている。反応性間質分子シグネチャーと線維形成生理学的特徴との間の潜在的な関連性を評価するために、線維形成の程度を、当該試験において、Ｈ＆Ｅ染色された全ての組の腫瘍試料についての全組織切片にスコアを付けた。スコアを付けた８５個の試料のうち、２６個が、組織損傷、壊死、浮腫のため、または存在する間質が限定されていたために、スコアを付けることが困難であった。残りの試料は、２１個のＰｌａｔ−Ｓ原発性、１８個のＰｌａｔ−Ｒ原発性及び２１個のＰｌａｔ−Ｒ再発性腫瘍を含んだ。図４Ａ及び４Ｂに示されるように、大部分のＰｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍において線維形成性病巣が観察されないか、２、３の散在した線維形成性病巣が観察され、中度から広範な線維形成がＰｌａｔ−Ｒ原発性及び再発性腫瘍において、高度に富化した。さらに線維形成の程度は、原発性化学療法耐性を特徴付ける反応性間質シグネチャーの重要な要素の１つである、ＰＯＳＴＮの間質発現レベルと高度に相関した。化学療法耐性を媒介するこれら反応性間質シグネチャー遺伝子の直接的な役割をさらに確立するために、組換えＰＯＳＴＮの存在下で増殖する化学療法感受性卵巣細胞が、ｉｎ  ｖｉｔｒｏのカルボプラチン及びパクリタキセル療法に耐性になることを証明した。
【０１６１】
実施例４．ＰＯＳＴＮはｉｎ  ｖｉｔｒｏのＥＯＣ細胞の化学療法耐性を促進する
反応性間質シグネチャー遺伝子が、卵巣癌細胞において化学療法耐性を促進する特定の役割を担うかどうかを次に調査した。これについて、組換えヒトＰＯＳＴＮタンパク質を使用して、組織培養皿をコーティングし、ＥＳ−２細胞における化学試薬、内在性ＰＯＳＴＮ発現のない化学療法感受性卵巣癌の細胞株に対する耐性に及ぼす影響の試験を直接行った（図４Ｃ）。フィブロネクチン（ＦＮ）、糖タンパク質及びＥＣＭの主要な成分が、卵巣癌細胞においてドセタキセル耐性を調節することが示されているため、当該実験では、ＦＮタンパク質コーティングを対照として使用した。図４Ｃに示されるように、ＰＯＳＴＮコーティングされた皿で増殖したＥＳ−２細胞は、未処理の培養皿で増殖した細胞より、カルボプラチンまたはパクリタキセル療法に対して有意により耐性であることを示した。ＰＯＳＴＮコーティング単独は、また、化学療法治療の非存在下で、細胞増殖のわずかな増加を示したが、化学療法治療において生存利益を与えることへの影響は、優位であり有意であった。対照的に、ＦＮコーティングは、ＰＯＳＴＮに比べ、ＥＳ−２細胞におけるカルボプラチンまたはパクリタキセル療法に対する薬物耐性を促進する効果がかなり小さかった。当該試験は、ＰＯＳＴＮが、ｉｎ  ｖｉｔｒｏのＥＯＣ細胞において、化学療法耐性を促進する可能性があることを証明した。まとめると、これらの結果は、ＰＯＳＴＮ及びその他の間質成分が、ｉｎ  ｖｉｖｏの化学療法耐性を促進する直接的な役割を担いうることをさらに支持する証拠を提供した。
【０１６２】
実施例５．原発性化学療法耐性に関連する反応性間質シグネチャーの独立した検証
独立したデータセットにおける反応性間質シグネチャーと原発性化学療法耐性との直接的な関連性をさらに検証するために、卵巣癌の組織試料のサブセットを、第ＩＩＩ相試験の化学療法治療群から使用し、卵巣癌の第一線療法として標準的化学療法にベバシズマブを追加することの利益を評価した（ＩＣＯＮ７）。化学療法対照群に割り付けられた５１０名の患者のうち、高グレードの漿液性または類内膜卵巣癌の１３８名の患者が、Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ卵巣癌バイオマーカーパネルにおける遺伝子発現プロファイリングに利用できる組織を有していた（表９）。Ｐｌａｔ−Ｒ及びＰｌａｔ−Ｓ患者の分布、または臨床病理学的特徴に関して有意なバイアスがないことが、バイオマーカー部分母集団に認められ、当該部分母集団がｉｎｔｅｎｔｉｏｎ−ｔｏ−ｔｒｅａｔ（ＩＴＴ）集団の代表であることを示唆する（表１０）。第ＩＩＩ相試験の化学療法対照群の患者を、探索試験（上記、実施例１）に使用される同じ臨床定義を使用して、Ｐｌａｔ−ＳとＰｌａｔ−Ｒ群に分類した。化学療法前の４９個のＰｌａｔ−Ｒと８６個のＰｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍に対する２試料のｔ検定で、２群間で有意に差示的に発現する１０個の遺伝子を同定した（ｐ≦０．０１及び倍数変化≧１．５、表１１）。当該データセット及び探索データセットからの差示的に発現される遺伝子のリストを比較により、原発性化学療法耐性腫瘍において、最上位４つの有意に上方制御された遺伝子を構成する、４つ全ての反応性間質遺伝子（ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸ）が示された（図５Ａ）。これらの結果は独立して、反応性間質シグネチャーが、ＥＯＣにおいて、強固で再現性のある化学療法耐性シグネチャーであることを確認した。ＰＧＲの発現は、探索と検証の両方のデータセットで、化学療法耐性群において少なくとも２倍、一貫して下方制御され（探索データセットではｐ＜０．００１及び倍数変化＝３．３、検証データセットではｐ＝０．００５８及び倍数変化＝２）、このことは、プロゲステロンシグナル伝達が、卵巣癌における化学療法の感受性を媒介する重要な役割を担いうることを示唆している。
表９．第ＩＩＩ相臨床試験の標準化学療法群の検証セットにおける患者の臨床病理学的特徴
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表１０．ＩＣＯＮ７化学療法群（バイオマーカー集団対ＩＴＴ）の人口統計のまとめ
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表１１．Ｐｌａｔ−Ｒ原発性対Ｐｌａｔ−Ｓ原発性腫瘍間の１０個の差示的に発現した遺伝子（ＩＣＯＮデータセット）
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【０１６３】
実施例６．ＰＯＳＴＮは、ＥＯＣにおいて第一線白金系化学療法の臨床転帰を予測する
反応性間質シグネチャー遺伝子が、ＥＯＣにおいて第一線化学療法の臨床転帰を予測することができるかどうかを検討するために、４つの事前に特定した反応性間質シグネチャー遺伝子ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＴＩＭＰ３、及びＬＯＸならびにＰＧＲをそれぞれ使用して、第ＩＩＩ相試験の化学療法対照群患者に、単変量生存率解析を行った。図５Ｂで示すように、ＰＯＳＴＮの発現が高い患者（中央値のカットオフ）は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）が有意により短く、中央値のＰＦＳが１２カ月であるのに対し、ＰＯＳＴＮの発現が低い患者では２７カ月であった（ＨＲ＝２．４、９５％ＣＩ：１．６〜３．７、ｐ＝０．０００１）。ＰＯＳＴＮの発現レベルと腫瘍減量の状態、血清ＣＡ１２５レベル及びＦＩＧＯステージを含むいくつかの既知の臨床的予後因子との間に弱い相関が観察されたものの（図６）、ＰＯＳＴＮレベルとＰＦＳとの関連性は、これらの共変数を調節した後も有意なままであった（ＨＲ＝１．７６、ｐ＝０．０１５）。ＴＩＭＰ３の発現もまた、単変量Ｃｏｘモデルにおいて、ＰＦＳとの有意に関連することがわかった（ＨＲ＝１．８、９５％ＣＩ：１．２〜２．８、ｐ＝０．００７３）（図５Ｂ）。一方で、中央値カットオフを使用したＦＡＰまたはＬＯＸの発現とＰＦＳとの関連性は統計学的には有意ではなかったが、７５パーセンタイルのカットオフを使用した場合には高度に有意であった（ＦＡＰについては、ＨＲ＝２．２、９５％ＣＩ：１．４〜３．４、ｐ＜０．００１；ＬＯＸについてはＨＲ＝１．９、９５％ＣＩ：１．２〜３．０、ｐ＝０．００５）。次に、中央値カットオフを使用して二分される４つの遺伝子全て（ＰＯＳＴＮ、ＦＡＰ、ＬＯＸ及びＴＩＭＰ３）の発現を、多変量コックス回帰モデルを使用して分析し、各遺伝子について関連の強固性を分析した。ＰＯＳＴＮの発現のみが当該多変量解析で有意であり、このことは、ＰＯＳＴＮが主導するものであり、患者の第一線化学療法の転帰を予測するための有意な力を提供することを示唆する（図７）。さらに、４つの遺伝子の発現を各患者について平均化したとき、得られた全体の間質のスコアは、ＰＦＳとの関連性を改善することはなく（ＨＲ＝２．０、９５％ＣＩ：１．３〜３．１、ｐ＝０．００１３）、このことは、化学療法下の第一線卵巣癌を予測する際の決定的な間質因子としてＰＯＳＴＮの役割を確認した。シグネチャー遺伝子のいずれも全生存期間（ＯＳ）との有意な関連性を示さなかった。ＰＧＲが患者の生存期間に追加の予測力を提供するかどうかを評価するために、共変数として二分されたＰＯＳＴＮ及びＰＧＲで多変量コックスモデル分析を行った（図７）。ＰＯＳＴＮ発現レベルについて調節した後、より高いＰＧＲの発現を有する患者が、卵巣癌の進行のリスクが３５％減少することがわかったが、その効果はわずかであり、ｐ値は０．０５５である（ＨＲ＝０．６５、９５％ＣＩ：０．４２〜１．０１）。
【０１６４】
実施例７．癌における化学療法耐性を克服するための治療戦略
当該試験から明らかになった反応性間質と、化学療法耐性と、臨床転帰の不良との特定の関連性は、卵巣癌の生物学及び治療における癌と腫瘍の微小環境との間の重要な相互作用を強調した。そのため、腫瘍細胞を直接標的とする薬剤と併用したときの腫瘍間質の成分を標的とすることは、抵抗性を克服し、有効性を改善する潜在的な新規の方法を提供することができる。例えば、ＰＯＳＴＮは、潜在的な治療標的の１つになることができる。ＰＯＳＴＮの上方制御は、乳癌、肺癌、結腸癌、膵癌、及び卵巣癌等の多くの癌種で観察されている。ＰＯＳＴＮは、複数の細胞表面受容体、中でもインテグリンと相互作用し、ＰＩ３Ｋ／Ａｋｔ及びＦＡＫ媒介性経路を主に介してシグナル伝達を行い、癌細胞の生存、血管新生、上皮間葉転換（ＥＭＴ）、侵襲、及び転移を促進する。最近の研究では、間質ＰＯＳＴＮが、乳癌の幹細胞間の相互関係を制御することによって、転移性コロニー形成に欠かせないことを示した。さらに、卵巣癌細胞株における中和抗体で内因性ＰＯＳＴＮを標的とすることは、動物モデルにおいて、卵巣癌の増殖及び転移を阻害した。まとめると、癌の発現、進行及び治療応答におけるＰＯＳＴＮの重要な役割のため、ＰＯＳＴＮは、化学療法耐性を克服するための、可能性のある新規の治療標的である。個別の間質成分の他に、我々の研究は、化学療法耐性を特徴付ける反応性間質シグネチャーが、創傷の治癒の正常なプロセスに関与する遺伝子で、高度に富化されることを明らかにした。以前の実験的証拠と一致して、我々のデータは、創傷の回復における間質の応答の主要な媒介者である、ＴＧＦ−βが、腫瘍細胞とその関連する間質との間の広範なクロストークを制御する重要な役割を担う可能性があることを示唆している（図８）。したがって、ＴＧＦ−βシグナル伝達経路を標的とすることは、化学療法耐性を克服するための、別の潜在的で有望な治療戦略となりうる。
【０１６５】
発現レベルが反応性間質シグネチャー遺伝子と有意に相関する遺伝子の分析によって、化学療法耐性の促進に関与しうるその他の生物学的プロセスを明らかにした。例えば、我々はＰＯＳＴＮ発現レベルが、血管新生及び血管発生を促進するときの重要な成分であるＰＬＶＡＰ、ＰＥＣＡＭ１、及びＡＮＧＰＴＬ２と高度に相関することを発見した（図９）。したがって、化学療法の主力であるベバシズマブ等に抗血管新生試薬を追加することは、一次化学療法に本質的に抵抗する卵巣癌患者に追加の利益をもたらしうる。さらに、一次化学療法耐性を克服するための別の治療戦略は、ＰＯＳＴＮ発現レベルがＣＤ６８及びＣＤ１６３と高度に相関したという観察から生じ、ＣＤ６８とＣＤ１６３の両者は、創傷治癒プロセスの最中に炎症及び免疫応答に関与することが知られているＭ２マクロファージの特徴がはっきりとした表面マーカーである（図９）。当該観察は、間質応答の発現シグネチャーが、Ｍ２マクロファージの浸潤と相関し、胃癌及び卵巣癌の予後不良を予測するという最近の報告と一致する。そのため、Ｍ２マクロファージを直接的に標的とする抗炎症薬、または関連するケモカイン、サイトカイン、または成長因子が、ＥＯＣにおいて、一次化学療法耐性を克服するための別の新規の治療戦略を示しうることが考えられる。
【０１６６】
実施例８．白金耐性ＥＯＣを予測するためのマーカーとしての循環ＰＯＳＴＮ
循環ＰＯＳＴＮが、ＥＯＣ患者における化学療法耐性を予測するために使用することができるかどうかを調査するために、ＥＬＩＳＡアッセイを使用して、血清における循環ＰＯＳＴＮを測定した。１０２名の年齢適合型健常対象（ＮＨＳ）、化学療法感受性（卵巣癌）が知られていない１００名のＥＯＣ患者、白金耐性であることが知られている４３名のＥＯＣ患者、９６名の肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者、及び２９名の膵癌患者からの血清試料のベンダーが獲得したパネルで、血清ＰＯＳＴＮレベルを測定した。ベンダーが獲得した１００個の試料について、化学療法感受性状態及び血清の回収の時期（治療前または治療後）は、知られていないが、有病率調査に基づいて、試料の少なくとも３０％が、化学耐性患者に由来した。血清ＰＯＳＴＮ  ＥＬＩＳＡは、１．８８ｎｇ／ｍＬまで感受性があり、ＰＯＳＴＮは全ての卵巣癌患者及びＮＨＳの血清で検出された。図１０のグループ化されたドットプロットは、ＥＯＣ患者におけるＰＯＳＴＮ発現の範囲が、ＮＨＳ患者のそれと、その他の癌患者のそれと高度に重複していたことを示している。しかしながら、循環ＰＯＳＴＮの中央値及び範囲は、化学療法耐性卵巣癌とＮＳＣＬＣ患者の両方において、ＮＨＳより有意に高かった。これらの結果は、化学療法耐性卵巣癌患者において、組織ＰＯＳＴＮがより高く発現することと一致する。
【０１６７】
循環ＰＯＳＴＮレベルはまた、ステージＩ（２５名）及びＩＩ（６名）の患者（合わせて３１名）からのベンダーが獲得した血清試料、ならびにステージＩＩＩの患者（卵巣癌のＦＩＧＯステージ分類によって決定された）からの６９個の試料でも測定した。循環ＰＯＳＴＮと疾患のステージとの間に、正の相関が見られた（図１１）。これらの結果に基づいて、循環ＰＯＳＴＮの測定もまた、ＥＯＣ患者のステージを決定する非侵襲的な方法として使用することができる。
配列表
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【０１６８】
上述の発明は、明確に理解するために、説明及び実施例によって、ある程度詳細に記載されたが、この説明及び実施例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。全ての特許、特許出願、本明細書に記載した科学文献の開示は、あたかも特許、特許出願、科学文献のそれぞれが参照により個別に援用されるように、全ての目的について、その全体が参照により明示的に援用される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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