(57)【要約】一態様では、本発明で提供するのは、レナリドマイドもしくは化合物Ａ、その立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形の１つに対する応答性と相関するバイオマーカーまたは分類子を用いて、ＤＬＢＣＬ患者のその薬物による治療に対する応答性を予測する方法である。別の態様では、本発明で提供するのは、レナリドマイドもしくは化合物Ａ、その立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形の１つに対する応答性と相関するバイオマーカーまたは分類子（もしくはその出力）を用いて、その薬物による治療に応答すると判定したＤＬＢＣＬ患者を治療する方法である。【選択図】図１
2018529344.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）患者の薬物による治療に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、
（ｂ）表１、２または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、
（ｃ）表１、２または３に定められている遺伝子のうちの前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の前記第１の前記生体試料における発現レベルを、第２の患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、前記第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）が、前記薬物に応答しない者である、前記比較することを含み、
前記第１の生体試料における前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、前記第２の生体試料（複数可）における前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと異なることによって、前記第１の患者のＤＬＢＣＬが、前記薬物による治療に応答することが示され、前記薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、またはそれらの立体異性体、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形である、前記方法。
【請求項２】
びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）患者の薬物による治療に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、
（ｂ）表１、２または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、
（ｃ）表１、２または３に定められている遺伝子のうちの前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の前記第１の生体試料における発現レベルを、第２の患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、前記第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）が、前記薬物に応答する者である、前記比較することを含み、
前記第１の生体試料における前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、前記第２の生体試料（複数可）における前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと同程度であることによって、前記第１の患者のＤＬＢＣＬが、前記薬物による治療に応答することが示され、前記薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、またはそれらの立体異性体、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形である、前記方法。
【請求項３】
ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、
（ｂ）前記第１の生体試料において、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することと、
（ｃ）前記第１の生体試料における前記遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルを、（ｉ）前記薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における前記遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと、（ｉｉ）前記薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における前記遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現と比較することを含み、
前記第１の生体試料における前記遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、前記薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における前記遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様であることによって、前記第１のＤＬＢＣＬ患者が、前記薬物による治療に応答することが示され、前記第１の生体試料における前記遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、前記薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における前記遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様であることによって、前記第１のＤＬＢＣＬ患者が、前記薬物による治療に応答しないことが示され、前記薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、またはそれらの立体異性体、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む、前記方法。
【請求項４】
ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、
（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、
（ｂ）表１、２または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、
（ｃ）表１、２または３に定められている遺伝子のうちの前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の前記第１の生体試料における発現レベルを、第２の患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、前記第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）が、前記薬物に応答しない者である、前記比較することと、
（ｄ）前記第１の生体試料における前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、前記第２の生体試料（複数可）における前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと異なる場合に、前記薬物を前記第１の患者に投与することであって、前記薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、またはそれらの立体異性体、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形である、前記投与することを含む、前記方法。
【請求項５】
ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、
（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、
（ｂ）表１、２または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、
（ｃ）表１、２または３に定められている遺伝子のうちの前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の前記第１の生体試料における発現レベルを、第２の患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、前記第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）が、前記薬物に応答する者である、前記比較することと、
（ｄ）前記第１の生体試料における前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、前記第２の生体試料（複数可）における前記１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと同程度である場合に、前記薬物を前記第１の患者に投与することであって、前記薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、またはそれらの立体異性体、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形である、前記投与することを含む、前記方法。
【請求項６】
ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、
（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、
（ｂ）前記第１の生体試料において、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている特定の遺伝子のサブセットの発現を判定することと、
（ｃ）前記第１の生体試料における前記遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルを、（ｉ）前記薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における前記遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと、（ｉｉ）前記薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における前記遺伝子サブセットの遺伝子発現と比較することと、
（ｄ）（ｉ）前記第１の生体試料における前記遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、前記薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における前記遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様であるとともに、（ｉｉ）前記第１の生体試料における前記遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、前記薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における前記遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様でない場合に、前記薬物を第１の患者に投与することであって、前記薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、またはそれらの立体異性体、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形である、前記投与することを含む、前記方法。
【請求項７】
前記生体試料が、腫瘍生検試料である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記判定ステップが、前記生体試料における複合体の存在及び／または量を検出することを含み、前記複合体の存在及び／または量によって、各遺伝子サブセットにおける遺伝子の発現レベルが示される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記複合体が、ハイブリダイゼーション複合体である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ハイブリダイゼーション複合体が、固体支持体に結合している、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記複合体が、検出可能に標識されている、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記判定ステップが、前記生体試料における反応生成物の存在及び／または量を検出することを含み、前記反応生成物の存在及び／または量によって、前記遺伝子の発現レベルが示される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記反応生成物が、検出可能に標識されている、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＤＬＢＣＬが、前記第１のＤＬＢＣＬ患者において難治性である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＤＬＢＣＬが、前記第１のＤＬＢＣＬ患者において再発したものである、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＤＬＢＣＬが、前記第１のＤＬＢＣＬ患者において、胚中心Ｂ細胞様サブタイプである、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＤＬＢＣＬが、前記第１のＤＬＢＣＬ患者において、活性化Ｂ細胞様である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＤＬＢＣＬが、前記第１のＤＬＢＣＬ患者において、ＩＩＩ型である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、２０１５年９月２５日に出願された米国特許仮出願第６２／２３３，１８１号と、２０１６年４月１９日に出願された米国特許仮出願第６２／３２４，８２９号に対する優先権の利益を主張するものであり、これらの各仮出願は、参照により、その全体が本明細書に援用される。
１．分野
一態様では、本発明で提供するのは、レナリドマイドもしくは化合物Ａ、その立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形の１つに対する応答性と相関するバイオマーカーまたは分類子を用いて、ＤＬＢＣＬ患者のその薬物による治療に対する応答性を予測する方法である。別の態様では、本発明で提供するのは、レナリドマイドもしくは化合物Ａ、その立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形の１つに対する応答性と相関するバイオマーカーまたは分類子（もしくはその出力）を用いて、その薬物による治療に応答すると判定したＤＬＢＣＬ患者を治療する方法である。
【背景技術】
【０００２】
２．１  ＤＬＢＣＬの病理
非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）は、ホジキンリンパ腫以外のあらゆる種類のリンパ腫を含む多様な血液がん群である。ＮＨＬは、不活性なものから悪性度の高いものまで、タイプによって重症度が大きく異なる。悪性度の低い非ホジキンリンパ腫は、長期生存と両立しているが、悪性度の高い非ホジキンリンパ腫は、治療しなければ、速やかに死に至ることがある。非ホジキンリンパ腫は、Ｂ細胞またはＴ細胞のいずれかから形成される。Ｂ細胞非ホジキンリンパ腫としては、バーキットリンパ腫、慢性リンパ球性白血病／小リンパ球性リンパ腫（ＣＬＬ／ＳＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、免疫芽球性大細胞型リンパ腫、前駆Ｂ細胞リンパ芽球性リンパ腫及びマントル細胞リンパ腫が挙げられる。Ｔ細胞非ホジキンリンパ腫としては、菌状息肉腫、未分化大細胞リンパ腫及び前駆Ｔ細胞リンパ芽球性リンパ腫が挙げられる。予後と治療は、疾患のステージとタイプに左右される。
【０００３】
びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）は、非ホジキンリンパ腫の約３分の１を占める。ＤＬＢＣＬ患者には、従来の化学療法で治癒する者もいるが、残りの患者は、ＤＬＢＣＬにより死亡する。抗がん薬は、おそらく、成熟Ｔ細胞及びＢ細胞において直接アポトーシスを誘導することによって、リンパ球を迅速かつ持続的に枯渇させる。Ｋ．Ｓｔａｈｎｋｅ．ｅｔ  ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ  ２００１，９８：３０６６−３０７３を参照されたい。絶対リンパ球数（ＡＬＣ）は、濾胞性非ホジキンリンパ腫における予後因子であることが示されているとともに、最近の成果により、診断時のＡＬＣが、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫における重要な予後因子であることが示唆されている。
【０００４】
びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）は、その遺伝子プロファイリングパターンに従って、胚中心Ｂ細胞様ＤＬＢＣＬ（ＧＣＢ−ＤＬＢＣＬ）、活性化Ｂ細胞様ＤＬＢＣＬ（ＡＢＣ−ＤＬＢＣＬ）及び原発性縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＬ）という別個の分子サブタイプ、または未分類タイプに分けることができる。これらのサブタイプは、生存率、化学療法に対する応答性及びシグナル伝達経路依存性（特にＮＦ−κＢ経路）の明白な違いによって特徴付けられる。Ｄ．Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，２００７  ＡＳＣＯ  Ａｎｎｕａｌ  Ｍｅｅｔｉｎｇ  Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  Ｐａｒｔ  Ｉ．Ｖｏｌ  ２５，Ｎｏ．１８Ｓ（Ｊｕｎｅ  ２０  Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ），２００７：８０８２を参照されたい。Ｂｅａ  Ｓ，ｅｔ  ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ  ２００５；１０６：３１８３−９０、Ｎｇｏ  Ｖ．Ｎ．ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ２０１１；４７０：１１５−９を参照されたい。このような違いにより、より有効かつサブタイプに特異的なＤＬＢＣＬ治療策の模索が促されている。
【０００５】
一般集団の年齢が上がり、新たながんが生まれ、罹患しやすい集団が増加するにつれ、がんの発生数は上昇し続けている。ＤＬＢＣＬ患者を含むＮＨＬ患者の治療に使用できる新たな方法及び組成物に対する非常に大きい需要が存在する。
【０００６】
２．２  治療方法
現在のがん治療には概して、患者の腫瘍性細胞を根絶するために、手術、化学療法、ホルモン療法及び／または放射線治療を伴うことがある（例えば、Ｓｔｏｃｋｄａｌｅ，１９９８，Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｖｏｌ．３，Ｒｕｂｅｎｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｆｅｄｅｒｍａｎ，ｅｄｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １２，Ｓｅｃｔｉｏｎ  ＩＶを参照されたい）。最近では、がん治療には、生物学的療法または免疫療法も伴うことがある。これらのアプローチはいずれも、患者に大きな負担をかける。例えば、手術は、患者の健康状態により禁忌であったり、または患者に受け入れられなかったりすることがある。加えて、手術では、腫瘍性組織を完全には取り除けないことがある。放射線療法は、腫瘍性組織の放射線に対する感受性が正常組織よりも高いときに有効であるに過ぎない。放射線療法は多くの場合、深刻な副作用を引き起こし得る。ホルモン療法は、単剤として行われることはまれである。ホルモン療法は有効であり得るが、他の治療によって、がん細胞の大半を取り除いた後に、がんの再発を予防または遅延する目的で用いることが多い。生物学的療法と免疫療法は、数が限られているとともに、発疹もしくは腫脹、インフルエンザ様症状（発熱、悪寒及び疲労感を含む）、消化管の問題、またはアレルギー反応のような副作用を引き起こすことがある。
【０００７】
化学療法に関しては、がんの治療に利用可能な化学療法剤には様々なものがある。がんに対する化学療法の大半は、ＤＮＡの合成を直接、またはデオキシリボヌクレオチド三リン酸前駆体の生合成を阻害することによって間接的に阻害して、ＤＮＡの複製と、付随する細胞分裂を防ぐことによって作用する。Ｇｉｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｏｏｄｍａｎ  ａｎｄ  Ｇｉｌｍａｎ’ｓ：Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，Ｔｅｎｔｈ  Ｅｄ．（ＭｃＧｒａｗ  Ｈｉｌｌ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）。
【０００８】
様々な化学療法剤が利用可能であるにもかかわらず、化学療法には、多くの短所がある。Ｓｔｏｃｋｄａｌｅ，Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｖｏｌ．３，Ｒｕｂｅｎｓｔｅｉｎ  ａｎｄ  Ｆｅｄｅｒｍａｎ，ｅｄｓ．，ｃｈ．１２，ｓｅｃｔ．１０，１９９８。ほぼすべての化学療法剤は有毒であり、化学療法は、激しい吐き気、骨髄抑制及び免疫抑制を含め、重大かつ多くの場合には危険な副作用を引き起こす。加えて、化学療法剤を組み合わせて投与しても、多くの腫瘍細胞が、化学療法剤に対して耐性を有したり、耐性を発達させたりする。実際、治療プロトコールで用いる特定の化学療法剤に対する耐性を有する腫瘍細胞は、その他の薬物が特定の治療で用いる薬物とは異なる機序で作用する場合でも、他の薬物に対する耐性を有することが判明する場合が多い。この現象は、多剤交叉耐性または多剤耐性という。薬物耐性が原因で、多くのがんが、標準的な化学療法の治療プロトコールに不応であることが判明している。
【０００９】
ＤＬＢＣＬにおいては、治療には通常、化学療法剤と抗体療法剤を組み合わせて投与することが含まれる。ＤＬＢＣＬに対して最も広く用いられている治療は、抗体のリツキシマブと、いくつかの化学療法薬（シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン及びプレドニゾン（Ｒ−ＣＨＯＰ）、ならびに場合によっては、エトポシドを加える（Ｒ−ＥＰＯＣＨ））の混合物である。ＤＬＢＣＬは非常に速く進行し得ることから、ＤＬＢＣＬでは典型的に、診断後、すぐに治療が必要となる。患者によっては、ＤＬＢＣＬは、再発したり、または後続の治療に不応になったりする。現在、Ｄ
ＬＢＣＬと新たに診断されたか、ＤＬＢＣＬが再発したか、または難治性のＤＬＢＣＬである患者に対して、いくつかの代替的な治療（その一部は、レナリドマイドの使用を含むことができる）の臨床試験が行われている。
【００１０】
したがって、従来の療法に付随する毒性及び／または副作用を軽減または回避しながら、ＤＬＢＣＬを含むがん、特に、手術、放射線療法、化学療法及びホルモン療法のような標準治療に不応であるがんを治療、予防及び管理するための安全かつ有効な方法に対する大きなニーズが存在する。さらに、臨床現場において、患者の看護の質を向上させ、不要な治療を回避し、ＤＬＢＣＬを含むがんの治療の成功率を高めるために、療法に対する応答を予測及びモニタリングできることに対するニーズが依然として存在する。
【発明の概要】
【００１１】
ＤＬＢＣＬ患者の腫瘍生検体に由来する治療前転写プロファイルを用いて、レナリドマイド及び／または化合物Ａによる治療に対する、ＤＬＢＣＬ患者の今後の応答性を予測できるという発見に、本開示は部分的に基づいている。
【００１２】
一態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、（ｃ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の第１の生体試料における発現レベルを、第２の患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、その第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）が、上記の薬物に応答しない者であり、第１の生体試料における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、第２の生体試料（複数可）における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと異なることによって、第１の患者のＤＬＢＣＬが、上記の薬物による治療に応答することが示され、この薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。
【００１３】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、（ｃ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の第１の生体試料における発現レベルを、第２の患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、その第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）が、上記の薬物に応答する者であり、第１の生体試料における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、第２の生体試料（複数可）における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと同程度であることによって、第１の患者のＤＬＢＣＬが、上記の薬物による治療に応答することが示され、上記の薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。
【００１４】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子もしくはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することと、（ｃ）その遺伝子または遺伝子サブセットの第１の生体試料における遺伝子発現プロファイルを、（ｉ）上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における、その遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと、（ｉｉ）上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における、その遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現と比較することであって、第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様であることによって、第１のＤＬＢＣＬ患者が、上記の薬物による治療に応答することが示され、第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様であることによって、第１のＤＬＢＣＬ患者が、上記の薬物による治療に応答しないことが示され、その薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。いくつかの実施形態では、この遺伝子サブセット（複数可）は、表１の遺伝子のサブセット（複数可）、表２の遺伝子のサブセット（複数可）及び／または表３の遺伝子のサブセット（複数可）である。
【００１５】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定し、その遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づき、スコアを生成することと、（ｃ）そのスコアを基準スコアと比較することであって、スコアが基準スコアと同程度であることによって、患者が、上記の薬物による治療に応答することが示されることを含む方法である。具体的な実施形態では、この基準スコアは、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいている。具体的な一実施形態では、上記の薬物は、本明細書に開示されている化合物である。
【００１６】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子もしくはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定し、その遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づき、スコアを生成することと、（ｃ）そのスコアを第１の基準スコアと第２の基準スコアと比較することであって、スコアがその第１の基準スコアと同程度であることによって、患者が、上記の薬物による治療に応答することが示されることを含む方法である。具体的な実施形態では、この第１の基準スコアは、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいており、第２の基準スコアは、上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいている。具体的な一実施形態では、上記の薬物は、本明細書に開示されている化合物である。
【００１７】
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、（ｃ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の第１の生体試料における発現レベルを、第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、その第２のＤＬＢＣＬ患者が、上記の薬物に応答しない者であることと、（ｄ）第１の生体試料における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、第２の生体試料（複数可）における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと異なる場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することであって、その薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。
【００１８】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、（ｃ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の第１の生体試料における発現レベルを、第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、その第２のＤＬＢＣＬ患者が、上記の薬物に応答する者であることと、（ｄ）第１の生体試料における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、第２の生体試料（複数可）における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと同程度である場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することであって、その薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。
【００１９】
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することと、（ｃ）第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルを、（ｉ）上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと、（ｉｉ）上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現と比較することと、（ｄ）（ｉ）第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様であるとともに、（ｉｉ）第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様でない場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することであって、その薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。いくつかの実施形態では、この遺伝子サブセット（複数可）は、表１の遺伝子のサブセット（複数可）、表２の遺伝子のサブセット（複数可）及び／または表３の遺伝子のサブセット（複数可）である。
【００２０】
本発明で提供する様々な方法のいくつかの実施形態では、本発明で提供する複数の遺伝子（バイオマーカー）の発現レベルを用いて、本発明で提供する化合物に対する患者の応答を予測する。複数の遺伝子（バイオマーカー）の発現レベルを用いて、本発明で提供する化合物（例えば、レナリドマイドと化合物Ａ）による治療に対する患者の応答を予測するときには、本開示では、２つ以上の特徴に基づき分類を行ういずれかの分類子を用いることができる。
【００２１】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ａ）本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの、試料における発現レベルに基づき、試料のスコアを生成することと、（ｂ）試料のスコアを基準スコアと比較することによって、本発明で提供する化合物にその対象が応答する可能性を判定することをさらに含む。
【００２２】
より具体的ないくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ａ）本発明で提供する化合物の投与を以前に受けたことのある対象集団から得た生体試料において、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルを判定することと、（ｂ）その集団の各対象に関して、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルのスコアを生成することと、（ｃ）本発明で提供する化合物に応答する対象と、本発明で提供する化合物に応答しない対象を区別することと、（ｄ）上記の化合物に応答する対象のスコアと、上記の化合物に応答しない対象のスコアに基づき、本発明で提供する化合物に対する応答性を判定することをさらに含む。
【００２３】
より具体的な別の実施形態では、本発明で提供する方法は、（ａ）上記の化合物の投与を以前に受けたことのある対象集団から得た生体試料において、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルを判定することと、（ｂ）その集団の各対象に関して、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルのスコアを生成することと、（ｃ）本発明で提供する化合物に応答する対象と、本発明で提供する化合物に応答しない対象を区別することと、（ｄ）上記の化合物に応答する対象と、上記の化合物に応答しない対象のスコアに基づくモデルを用いて、本発明で提供する化合物に対する対象の応答性を予測する基準スコアを生成することをさらに含む。
【００２４】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子もしくはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定し、その遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づき、スコアを生成することと、（ｃ）そのスコアを基準スコアと比較することと、（ｄ）そのスコアが、基準スコアと同程度である場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することを含む方法である。具体的な実施形態では、この基準スコアは、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいている。具体的な一実施形態では、上記の薬物は、本明細書に開示されている化合物である。
【００２５】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定し、その遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づき、スコアを生成することと、（ｃ）そのスコアを第１の基準スコアと第２の基準スコアと比較することと、（ｄ）そのスコアが、第１の基準スコアと同程度である場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することを含む方法である。具体的な実施形態では、この第１の基準スコアは、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいており、第２の基準スコアは、上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいている。具体的な一実施形態では、上記の薬物は、本明細書に開示されている化合物である。
【図面の簡単な説明】
【００２６】
【図１】ＲＥＶ−ＤＬＣ−００１のレナリドマイド群の２１人の患者における、治験医の判定によるＰＦＳを、表１の遺伝子に基づき、疑似ラベル付けした公のＤＬＢＣＬ遺伝子発現プロファイルで学習したＳＶＭ−ＲＦＥ分類子の行った予測に従って層別化したものの例示的なカプラン−マイヤープロットを示している。上方の生存曲線は、結果が陽性と推定される群に属する者として予測された６人の患者のＰＦＳを示している。下方の生存曲線は、残りの１５人の患者（結果が陰性と推定される群）のＰＦＳを示している。生存分布の差のログランク検定のｐ値は０．０４９である。
【００２７】
【図２】ＲＥＶ−ＤＬＣ−００１のレナリドマイド群の２１人の患者における、治験医の判定によるＰＦＳを、表２の遺伝子に基づき、疑似ラベル付けした公のＤＬＢＣＬ遺伝子発現プロファイルで学習したＳＶＭ−ＲＦＥ分類子の行った予測に従って層別化したものの例示的なカプラン−マイヤープロットを示している。上方の生存曲線は、結果が陽性と推定される群に属する者として予測された７人の患者のＰＦＳを示している。下方の生存曲線は、残りの１４人の患者（結果が陰性と推定される群）のＰＦＳを示している。生存分布の差のログランク検定のｐ値は０．０１３である。
【００２８】
【図３】患者の化合物Ａによる治療に対する応答をＰＦＳによって測定したものを示している。
【００２９】
【図４】化合物Ａによる治療に対する、２６遺伝子陽性集団における患者の腫瘍の測定値を示している。
【００３０】
【図５】化合物Ａによる治療に対する、２６遺伝子陰性集団における患者の腫瘍の測定値を示している。
【００３１】
【図６】患者の化合物Ａ及びリツキシマブによる治療に対する応答をＰＦＳによって測定したものを示している。
【００３２】
【図７】ＤＬＢＣＬの分子サブタイプ（胚中心（ＧＣＢ）、活性化Ｂ細胞（ＡＢＣ）及び未分類）における化合物Ａの臨床活性をＰＦＳによって測定したものを示している。
【００３３】
【図８】過去に予後の悪かったＤＬＢＣＬ患者の化合物Ａに対する応答をＮａｎｏｓｔｒｉｎｇによって測定したものを示している。
【００３４】
【図９】少なくとも３種以上の治療歴のある原発性難治性ＤＬＢＣＬの化合物Ａに対する応答をＮａｎｏｓｔｒｉｎｇによって測定したものを示している。
【発明を実施するための形態】
【００３５】
５．１  用語
「ａ」または「ａｎ」という語の使用は、請求項及び／または明細書において「含む」という用語と併せて使用するときには、「１つ」を意味することができるが、「１つ以上」、「少なくとも１つ」及び「１つまたは１つ超」の意味とも一致している。
【００３６】
「約」または「およそ」という用語は、当業者によって判断されるような、特定の値の許容可能な誤差を意味し、この誤差は、部分的には、その値を測定したり、または判定したりする方法に左右される。ある特定の実施形態では、「約」または「およそ」という用語は、標準偏差が１、２、３または４以内であることを意味する。ある特定の実施形態では、「約」または「およそ」という用語は、所定の値または範囲の２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％または０．０５％以内であることを意味する。
【００３７】
本明細書で使用する場合、別段の定めがないか、または文脈によって別段に示されない限り、「治療前」という用語は、本明細書に記載されている方法に従って用いる場合、薬物の投与前を指す。
【００３８】
本明細書で使用する場合、別段の定めがないか、または文脈によって別段に示されない限り、「薬物」及び「化合物」という用語は、下記の５．４項に記載されている薬物を指す。
【００３９】
本明細書で使用する場合、「患者」及び「対象」という用語は、哺乳動物などの動物を指す。具体的な一実施形態では、患者はヒトである。別の実施形態では、患者は、イヌ、ネコ、家畜（例えば、ウマ、ブタもしくはロバ）、チンパンジーまたはサルのようなヒト以外の動物である。具体的な実施形態では、患者は、治療が必要なＤＬＢＣＬのヒトである。
【００４０】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「治療する」、「治療すること」及び「治療」という用語は、患者がＤＬＢＣＬを罹患している際に行う措置を指す。薬物によって治療すると、例えば、がんの重症度の低下、腫瘍のサイズの縮小、ＤＬＢＣＬの進行の遅延もしくは減速、無増悪生存期間の延長、腫瘍進行までの期間の延長、及び／または１つ以上の症状もしくは治療成果（完全奏功もしくは部分奏効など）の改善のうちの１つ、２つまたは３つ以上が見られ得る。
【００４１】
「複合体」という用語は、遺伝子発現の検出に関して使用する場合には、１つ以上の基が結合によって連結されている分子を指し、試料に遺伝子産物（ＲＮＡ及び／またはタンパク質）が存在することに依存する非天然型の分子が含まれる。例えば、複合体としては、ハイブリダイゼーション複合体、酵素−基質複合体または抗体−抗原複合体を挙げることができるが、これらに限らない。「ハイブリダイゼーション複合体」とは、分子間力（共有結合、非共有結合、ファンデルワールス力、双極子間相互作用、水素結合及びロンドン分散力が挙げられるが、これらに限らない）による２つ以上の核酸分子の相互作用を指す。
【００４２】
「反応生成物」という表現は、遺伝子発現の検出に関して使用する場合、試料に標的物質が存在することに依存する化学反応または生物反応の結果、形成される物質を指す。いくつかの実施形態では、反応生成物は、非天然型の分子である。このような非天然型の分子は、遺伝子発現を検出するためのものとして当該技術分野において周知の方法の結果であることができる。このような方法としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ベースの方法（定量リアルタイムＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）及び逆転写ｑＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）を含む）、物性アッセイ（例えば、ゲル電気泳動、ノーザンブロット、ウェスタンブロット）、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション、遺伝子発現の連続解析（ＳＡＧＥ）、全トランスクリプトームショットガンシークエンシング（ＷＴＳＳ）、ディープシークエンシング、マイクロアレイ／遺伝子チップ、デジタル遺伝子発現解析（例えばＮａｎｏＳｔｒｉｎｇアッセイ）、フローサイトメトリー、免疫蛍光法、ならびに酵素結合免疫吸着アッセイベースの手法（ＥＬＩＳＡ）が挙げられるが、これらに限らない。
【００４３】
本明細書における「固体支持体」、「固体基板」またはその他の文法的な相当語は、本明細書に開示されている組成物の結合または会合に適する１つ以上の部位（例えば、別個の個々の部位、予め定められた部位、ランダムな部位など）を含んだり、及び／またはこのような部位を含むように改変できたりするとともに、少なくとも１つの検出方法に適するいずれかの材料を指す。当業者には理解されるように、考え得る基板は数多く存在する。考え得る基板としては、ガラス及び改質または機能化ガラス、プラスチック（アクリル、ポリスチレン、スチレンとその他の物質のコポリマー、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリウレタン、Ｔｅｆｌｏｎ（登録商標）などを含む）、多糖、ナイロンまたはニトロセルロース、樹脂、シリカまたはシリカベースの物質（シリコン及び改質シリコンを含む）、炭素、金属、無機ガラス、プラスチック、光ファイバー束、ならびに様々なその他のポリマーが挙げられるが、これらに限らない。概して、この基板によって、光検出を可能にでき、基板自体は、感知できるほどには蛍光を発しない。
【００４４】
固体支持体は、平滑（平坦）であることができるが、当業者には理解されるように、その他の構成の基板も用いてよく、例えば、試料のビーズへの接触を可能にする多孔質ブロックにビーズを埋め込むとともに、検出のために共焦点顕微鏡を用いることによって、例えば、３次元構成を用いることができる。同様に、フロースルー型の試料解析のために、チューブの内面上にビーズを配置して、試料体積を最小限に抑えてよい。いくつかの態様では、基板には、光ファイバー束と、平滑な平坦基板（ガラス、ポリスチレン及びその他のプラスチックならびにアクリルなど）が含まれる。ビーズとしては、個別の小粒子が挙げられ、その組成は、用いるプローブの種類と、合成方法に左右されることになる。好適なビーズ組成物としては、ペプチド、核酸及び有機部分の合成で用いられる組成物が挙げられ、プラスチック、セラミック、ガラス、ポリスチレン、メチルスチレン、アクリルポリマー、常磁性物質、トリアゾル、カーボングラファイト、二酸化チタン、ラテックスまたは架橋デキストラン（セファロースなど）、セルロース、ナイロン、架橋ミセル及びＴｅｆｌｏｎ（登録商標）が挙げられるが、これらに限らないものをいずれも用いてよい。インディアナ州フィッシャー図のＢａｎｇｓ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓの「Ｍｉｃｒｏｓｐｈｅｒｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｇｕｉｄｅ」が有用な手引書である。
【００４５】
「標識」または「検出可能に標識されている」という表現は、複合体または反応生成物に関して用いるときには、複合体または反応生成物と連結すると、例えば、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段または化学的手段によって、その複合体または反応生成物を検出可能にする組成物を指す。例示的な標識としては、放射性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光色素、酵素、ビオチン、ジゴキシゲニン、ハプテンなどが挙げられるが、これらに限らない。「標識化複合体」または「標識化反応生成物」は概して、リンカーもしくは化学結合を通じて標識に共有結合しているか、またはイオン結合、ファンデルワールス力、静電引力、疎水性相互作用もしくは水素結合を通じて標識に非共有結合していて、その複合体または反応生成物に結合している標識の存在を検出することによって、その複合体または反応生成物を検出できるようになっているものである。
【００４６】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、化合物の「有効な量」という用語は、ＤＬＢＣＬの治療において治療効果をもたらすか、またはＤＬＢＣＬの存在と関連する１つ以上の症状を遅延するかもしくは最小限に抑えるのに十分な量である。「有効な量」という用語は、全体的な療法を改善させるか、ＤＬＢＣＬの症状もしくは原因を軽減もしくは回避するか、または別の治療剤の治療効果を高める量を含むことができる。ある特定の実施形態では、薬物の有効な量は、全生存率、無病生存期間、客観的奏功率、腫瘍進行までの期間、無増悪生存期間または治療成功期間を改善させる。いくつかの実施形態では、有効な量の薬物により、部分奏効または完全奏功が得られる。
【００４７】
「応答性」または「応答する」という用語は、治療に関して用いるときには、ＤＬＢＣＬ患者における、薬物による治療の有効度を指す。例えば、「応答性の向上」という用語は、ＤＬＢＣＬ患者の治療に関して用いるときには、薬物の有効性（当該技術分野において知られているいずれかの方法を用いて測定した場合）の向上を指すことができる。別の例として、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答は、完全奏効または部分奏効として特徴付けることができる。別の例として、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の向上は、全生存率、無病生存期間、客観的奏功率、腫瘍進行までの期間、無増悪生存期間または治療成功期間として特徴付けることができる。治療に対する「応答性」または「応答」とは、本明細書で使用する場合、化合物による治療と関連する表現型の物理的特徴または分子的特徴を示すことを指すこともできる。ＤＬＢＣＬの治療に対する「応答性」または「応答」は、本明細書で使用する場合、ＤＬＢＣＬと関連する症状（発熱、体重減少または寝汗など）の軽減に基づき判断することができる。いくつかの実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者が治療に応答するか否かは、ステージ診断検査によって判断し、この検査は、身体のどの区域が濾胞性リンパ腫に侵されているかを判断するのに有用な検査である。このような検査としては、血液検査、骨髄生検、ＣＴスキャン及びＰＥＴ／ＣＴスキャンが挙げられるが、これらに限らない。ステージ診断には、どの程度のリンパ系が病変しているかに基づき、患者をグループ（ステージ）に分けることが伴う。リンパ腫のステージに関しては、ステージＩは、１カ所のリンパ節領域のみが病変しているか、１カ所のリンパ構造のみが病変しているか、または１つのリンパ節外部位（ＩＥ）が病変している状態として、ステージＩＩは、横隔膜の同じ側のリンパ節領域またはリンパ節構造が２カ所以上病変している状態として、ステージＩＩＩは、横隔膜の両側のリンパ節領域または構造が病変している状態として、ステージＩＶは、リンパ節領域または構造以外の器官または組織（肝臓、肺または骨髄など）の多くで広範な病変が見られる状態として定義することができる。リンパ節領域とは、リンパ節区域と周辺組織、例えば、頸部リンパ節、腋窩部リンパ節、鼠径部リンパ節及び胸部縦隔リンパ節を指す。リンパ構造とは、リンパ系の一部である器官または構造（リンパ節、脾臓及び胸腺など）を指す。
【００４８】
「完全奏功」とは、過去に異常であったいずれかの放射線学的調査結果、骨髄及び脳脊髄液（ＣＳＦ）または異常な単クローン性タンパク質測定値の正常化とともに、臨床的に検出可能な疾患が存在しないことを指す。「部分奏効」とは、新たな病変が存在しない状態で、いずれかの測定可能な腫瘍量（すなわち、対象に存在する悪性細胞の数、腫瘍塊の大きさの測定値または異常な単クローン性タンパク質の量）が、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％または９０％低下することを指す。
【００４９】
「全生存率」は、無作為化から、いずれかの原因で死亡するまでの時間として定義し、Ｉｎｔｅｎｔ−ｔｏ−Ｔｒｅａｔ集団において測定する。全生存率は、無作為化比較試験で評価する必要がある。全生存率の統計的に有意な改善が見られる際には、毒性プロファイルが許容可能である場合、臨床的に有意とみなすことができ、新薬の認証を促していることが多い。
【００５０】
いくつかの評価項目は、腫瘍評価に基づいている。これらの評価項目としては、無病生存期間（ＤＦＳ）、客観的奏功率（ＯＲＲ）、進行までの期間（ＴＴＰ）、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び治療成功期間（ＴＴＦ）が挙げられる。これらの時間依存性の評価項目に関するデータの収集と解析は、間接的な評価、演算及び推定（例えば腫瘍の測定）に基づいている。
【００５１】
概して、「無病生存期間」（ＤＦＳ）は、無作為化から、いずれかの原因で腫瘍が再発したり死亡したりするまでの期間として定義する。全生存率は、大半の補助療法における従来の評価項目であるが、生存期間を延長でき、生存期間の評価項目が実用的ではなくなる状況では、ＤＦＳが、重要な評価項目となり得る。ＤＦＳは、臨床効果の代わりになったり、または臨床効果の直接的なエビデンスをもたらしたりできる。この判断は、作用の程度と、そのリスクと効果の関係と、疾患の状態に基づいている。ＤＦＳの定義は、特に、事前に腫瘍の進行が記録されずに、死亡が認められたときに複雑になり得る。これらの事象は、疾患の再発または打ち切り事象のいずれかとして記録することができる。死亡の統計解析方法のいずれにも、何らかの制限があるが、すべての死亡例（あらゆる原因による死亡例）を再発とみなすことで、偏りを最小限に抑えることができる。この定義を用いると、特に、観察せずに長期間経過後に死亡した患者において、ＤＦＳを過大評価してしまうことがある。長期経過観察受診の頻度が試験群間で異なる場合、または毒性により、脱落がランダムではない場合、偏りが生じることがある。
【００５２】
「客観的奏功率」（ＯＲＲ）は、腫瘍のサイズが所定量かつ最小期間にわたって縮小した患者の割合として定義する。応答持続時間は通常、最初の応答から、腫瘍進行が記録されるまでの時間から測定する。概して、ＦＤＡは、ＯＲＲを部分奏効率と完全奏功率の和として定義している。この方式で定義すると、ＯＲＲは、薬物の抗腫瘍活性の直接的指標となり、この指標は、単群試験で評価することができる。可能な場合には、標準化された基準を用いて、応答を確認する必要がある。様々な応答基準が適切なものとみなされている（例えば、ＲＥＣＩＳＴという基準）（Ｔｈｅｒａｓｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，（２０００）Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ，９２：２０５−１６）。ＯＲＲの有意性は、その大きさ及び持続時間と、完全奏功（検出可能な腫瘍エビデンスがみられない状態）の割合によって評価する。
【００５３】
「進行までの期間」（ＴＴＰ）と「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）は、薬物認可のための主要評価項目として機能している。ＴＴＰは、無作為化から、客観的な腫瘍進行が見られるまでの時間として定義し、ＴＴＰには、死亡は含まれない。ＰＦＳは、無作為化から、客観的な腫瘍進行または死亡が見られるまでの時間として定義する。ＴＴＰよりも、ＰＦＳの方が好ましい規制評価項目である。ＰＦＳには死亡が含まれるので、ＰＦＳの方が全生存率と相関し得る。ＰＦＳでは、患者の死亡が、腫瘍進行とランダムに関連していると想定されている。しかしながら、死亡の大半ががんと無関係である状況では、ＴＴＰが許容可能な評価項目であることができる。
【００５４】
薬物の認可を後押しする評価項目として、ＰＦＳは、腫瘍の成長を反映できるとともに、延命効果を判断する前に評価することができる。その判断が、その後の療法によって混乱することはない。所定の試料サイズでは、ＰＦＳに及ぶ作用の程度は、全生存率に及ぶ作用よりも大きいことがある。しかしながら、存在する多種多様な悪性度における生存率の代替指標としてのＰＦＳの正式な検証は、困難であり得る。生存率に対する作用とＰＦＳに対する作用との相関性のロバスト評価を可能にするには、データが不十分であることがある。がんの治験は、小規模である場合が多く、概して、既存の薬物の、実証された延命効果は、限られている。許認可承認を後押しする評価項目としてのＰＦＳの役割は、様々ながんの状態において変化する。ＰＦＳの改善が、直接的な臨床上の効果を表すか、臨床上の効果の代替指標を表すのかは、利用可能な療法との比較における新規治療剤の作用の程度と、リスク対効果に左右される。
【００５５】
「治療成功期間」（ＴＴＦ）は、無作為化から、いずれかの理由（疾患の進行、治療の毒性及び死亡を含む）で治療が中止されるまでの時間を測定する複合評価項目として定義する。ＴＴＦは、薬物認可のための規制評価項目としては推奨されていない。ＴＴＦは、有効性をこれらの追加の変数と適切に区別するものではない。規制評価項目は、薬物の有効性を毒性、患者もしくは医師による中止、または患者の不耐性と明白に区別する必要がある。
【００５６】
「同程度」という用語またはその等価語は、本明細書で使用する場合、その基準語または比較対象の語と同様であることを指す。いくつかの実施形態では、ある数値と基準値との差が、基準値の５％、１０％、１５％、２０％または２５％以内である場合、その数値は、基準値と同程度の値である。いくつかの実施形態では、ある数値と基準値との差が、基準値の０．５％〜５％、５％〜１０％、１０％〜２０％または１５％〜２５％以内である場合、その数値は、基準値と同程度の値である。別の実施形態では、「同程度」という用語またはその等価語は、試料の複数の特徴（または値）、例えば、患者の複数の遺伝子の発現レベルに基づいて判定する。さらに別の実施形態では、「同程度」という用語またはその等価語は、分類子によって判定した場合に同じ群に属していることを指す。いくつかの実施形態では、「同程度」という用語またはその等価語は、相対語である。例えば、試料と第１の基準試料との類似性は、その試料を第１の基準試料と第２の基準試料と比較することによって判定し、すなわち、試料は、第２の基準試料と比べて、第１の基準試料と同様である。
【００５７】
「同程度ではない」、「異なる」という用語、またはこれらの等価語は、本明細書で使用する場合、基準語または比較対象語と同様ではないことを指す。ある特定の実施形態では、ある数値と基準値との差が、基準値の２５％超である場合、その数値は、基準値と同程度ではないか、または異なる値である。別の実施形態では、「同程度ではない」、「異なる」という用語、またはこれらの等価語は、試料の複数の特徴（または値）、例えば、患者の複数の遺伝子の発現レベルに基づいて判定する。さらに別の実施形態では、「同程度ではない」、「異なる」という用語、またはこれらの等価語は、分類子によって判定した場合に同じ群に属していないことを指す。いくつかの実施形態では、「同程度ではない」、「異なる」という用語、またはこれらの等価語は、相対語である。例えば、試料が第１の基準試料と類似ではないことは、その試料を第１の基準試料と第２の基準試料と比較することによって判定し、すなわち、試料は、第２の基準試料と比べて、第１の基準試料と類似していない。
【００５８】
「予測する」という用語は概して、事前に判断したりまたは見定めたりすることを意味する。ＤＬＢＣＬ患者を治療する際に薬物の効果を「予測する」目的で使用するときには、この用語は例えば、ＤＬＢＣＬ患者が薬物に応答する可能性（薬物による治療前、または薬物による治療を開始してから短期間（例えば、数時間、１日、２日、３日、４日もしくはそれを超える日数、１週間、または２週間以内）のうちに評価したもの）を意味することができる。
【００５９】
本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、本明細書で同義的に使用する場合、ペプチド結合を介して連結した３個以上のアミノ酸が直列になっているアミノ酸ポリマーを指す。「ポリペプチド」という用語には、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質類似体、オリゴペプチドなどが含まれる。ポリペプチドという用語は、本明細書で使用する場合、ペプチドを指すこともできる。ポリペプチドを構成するアミノ酸は、天然由来であっても、合成したものであってもよい。ポリペプチドは、生体試料から精製できる。
【００６０】
「アップレギュレートされる」ｍＲＮＡは概して、所定の治療または条件で増加する。「ダウンレギュレートされる」ｍＲＮＡは概して、所定の治療または条件に応じて、ｍＲＮＡの発現レベルが低下することを指す。状況によっては、ｍＲＮＡレベルは、所定の治療または条件でも変化しないことがある。
【００６１】
患者の試料由来のｍＲＮＡは、薬物で処理すると、コントロールと比べて「アップレギュレートされ」得る。このアップレギュレーションは、例えば、比較用コントロールのｍＲＮＡレベルの約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、９０％、１００％、２００％、３００％、５００％、１，０００％、５，０００％またはこれを超えるレベルの増加であることができる。
【００６２】
あるいは、ｍＲＮＡは、特定の薬物またはその他の療法剤の投与に応じて、「ダウンレギュレートされる」、すなわち低下したレベルで発現し得る。ダウンレギュレートしたｍＲＮＡは、例えば、比較用コントロールのｍＲＮＡレベルの約９９％、９５％、９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、１％またはこれを下回るレベルで存在できる。
【００６３】
同様に、「アップレギュレートされる」タンパク質は概して、所定の治療または条件で増加する。「ダウンレギュレートされる」タンパク質は概して、所定の治療または条件に応じて、タンパク質のレベルが低下することを指す。状況によっては、タンパク質レベルは、所定の治療または条件でも変化しないことがある。
【００６４】
患者の試料由来のポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーのレベルは、薬物で処理すると、未処理対照と比べて増加し得る。この増加は、比較用対照のタンパク質レベルの約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、９０％、１００％、２００％、３００％、５００％、１，０００％、５，０００％またはこれを上回るレベルであることができる。
【００６５】
あるいは、タンパク質バイオマーカーのレベルは、ある特定の薬物／化合物またはその他の薬剤の投与に応じて低下し得る。この低下は、例えば、比較用対照のタンパク質レベルの約９９％、９５％、９０％、８０％、７０％、６０％、５０％、４０％、３０％、２０％、１０％、１％またはこれを下回るレベルで存在することができる。
【００６６】
「判定する」、「測定する」、「評価する（ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ）」、「評価する（ａｓｓｅｓｓｉｎｇ）」及び「アッセイする」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、いずれかの形態の測定を指し、ある要素が存在するか否かを判定することを含む。これらの用語には、定量的判定及び／又は定性的判定の両方が含まれる。アッセイは、相対的であっても絶対的であってもよい。「存在をアッセイする」ことには、存在する物の量を割り出すことと、ある物が存在するか存在しないかを割り出すことを含めることができる。
【００６７】
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書では、ヌクレオチド、例えば、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドで構成されているいずれかの長さのポリマー、または合成により作製される化合物であって、２つの天然の核酸と同様の配列特異的な形で、天然の核酸とハイブリダイズできる化合物、例えば、ワトソン・クリック塩基対相互作用に関与できる化合物を説明する目的で同義的に使用する。本明細書で使用する場合、「複数の塩基」（または「１つの塩基」）という用語は、ポリヌクレオチド配列との関連では、「複数のヌクレオチド」（または「１つのヌクレオチド」）、すなわち、ポリヌクレオチドのモノマーサブユニットと同義である。核酸には、いくつかの態様では、相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）も含まれる。「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、既知のプリン塩基及びピリミジン塩基のみならず、修飾されたその他の複素環型塩基も含む部分を含むように意図されている。このような修飾部としては、メチル化プリン、メチル化ピリミジン、アシル化プリン、アシル化ピリミジン、アルキル化リボースまたはその他の複素環が挙げられる。加えて、「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語には、従来のリボース及びデオキシリボース糖のみならず、他の糖も含む部分が含まれる。修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドは、糖部分の修飾部も含んでよく、例えば、ヒドロキシル基の１つ以上が、ハロゲン原子もしくは脂肪族基に置き換えられているか、またはエーテル、アミンなどとして官能化されている。「類似体」とは、模倣体、誘導体として文献で認識されている構造的特徴を有する分子、類似の構造を有する分子、またはその他の同様の用語を指し、例えば、非天然のヌクレオチドが組み込まれたポリヌクレオチド、ヌクレオチド模倣体（２’−修飾ヌクレオシドなど）、ペプチド核酸、オリゴマーヌクレオシドホスホネート、及び置換基（保護基または連結部分など）が付加されているいずれかのポリヌクレオチドが含まれる。
【００６８】
「単離」及び「精製」という用語は、物質（ｍＲＮＡまたはタンパク質など）が存在する試料の相当部分を、その物質が占めるように、すなわち、天然の状態または未単離の状態で典型的にその物質が存在する割合を上回る形で、その物質を単離することを指す。典型的には、試料の相当部分とは、例えば、試料の１％超、２％超、５％超、１０％超、２０％超、５０％超、またはそれを上回る割合、通常は最大で約９０％〜１００％を占める。例えば、単離したｍＲＮＡの試料は、典型的には少なくとも約１％の全ｍＲＮＡを構成する。ポリヌクレオチドを精製する技法は、当該技術分野において周知であり、例えば、ゲル電気泳動、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、フローソーティング及び密度による沈降が挙げられる。
【００６９】
「試料」という用語は、本明細書で使用する場合、必ずしもそうではないが、典型的には、目的の要素を１つ以上含む液体形態の物質または物質の混合物に関する。
【００７０】
「生体試料」は、本明細書で使用する場合、生体組織または体液由来の試料を含め、生体対象から得た試料であって、インビボまたはインサイチュで得たか、到達したか、または採取した試料を指す。生体試料には、患者の領域のうち、前がん細胞、前がん組織、がん細胞またはがん組織を含む領域に由来する試料も含まれる。このような試料は、患者から単離した器官、組織、画分及び細胞であることができるが、これらに限らない。例示的な生体試料としては、細胞溶解液、細胞培養液、細胞株、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞小器官、体液、血液試料、尿試料、皮膚試料などが挙げられるが、これらに限らない。その他の例示的な生体試料としては、全血、部分精製血液、ＰＢＭＣ、組織生検体などが挙げられる。具体的な一実施形態では、生体試料は、腫瘍生検体である。
【００７１】
「分類子」とは、分離されるデータ群、データの集まりまたはデータ分布の１つ以上に、新たなデータ例を割り当てるのに使用できる形で、各データ例を記述する値またはこれらの値に適用される関数の出力に従って、２つ以上のデータ群、データの集まりまたはデータ分布を分離する数学関数を指す。「分類子」という用語には、本明細書で使用する場合、遺伝子発現値をＰＦＳに関連付ける関数のように、データ値に対する回帰または関数であって、そのデータ例と関連する連続ターゲット変数にマッピングする回帰または関数も含まれる。
【００７２】
生物学的マーカーまたは「バイオマーカー」は、検出されることで、特定の生体状態（例えば、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療に対する応答など）を示す物質である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーを個別に測定することも、いくつかのバイオマーカーを同時に測定することもできる。
【００７３】
いくつかの実施形態では、「バイオマーカー」は、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療に対する応答性と相関し得るｍＲＮＡ発現レベルの変化を示す。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡなどの核酸である。
【００７４】
さらなる実施形態では、「バイオマーカー」は、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療に対する応答性と相関し得るポリペプチドまたはタンパク質発現レベルの変化を示す。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ポリペプチドもしくはタンパク質、またはその断片であることができる。特定のタンパク質の相対レベルは、当該技術分野において知られている方法によって割り出すことができる。例えば、イムノブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）またはその他の方法のような、抗体ベースの方法を用いることができる。
【００７５】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「製薬学的に許容可能な塩」という用語には、その用語によって言及している化合物の無毒の酸付加塩及び塩基付加塩が含まれる。許容可能な無毒の酸付加塩としては、当該技術分野において知られている有機酸、無機酸、有機塩基または無機塩基に由来する塩が挙げられ、例えば、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、メタンスルホン酸、酢酸、酒石酸、乳酸、コハク酸、クエン酸、リンゴ酸、マレイン酸、ソルビン酸、アコニット酸、サリチル酸、フタル酸、エンボル酸、エナント酸などが挙げられる。
【００７６】
天然において酸性である化合物は、様々な製薬学的に許容可能な塩基と塩を形成できる。このような酸性化合物の製薬学的に許容可能な塩基付加塩を調製するのに使用できる塩基は、無毒の塩基付加塩、すなわち、アルカリ金属塩、アルカリ土類金属塩、具体的には、カルシウム塩、マグネシウム塩、ナトリウム塩またはカリウム塩など（これらに限らない）、薬理学的に許容可能なカチオンを含む塩を形成する塩基である。好適な有機塩基としては、Ｎ，Ｎ−ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、メグルミン（Ｎ−メチルグルカミン）、リジン及びプロカインが挙げられるが、これらに限らない。
【００７７】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「溶媒和物」という用語は、本発明で提供する化合物またはその塩であって、非共有結合分子間力によって結合された化学量論的量または非化学量論的量の溶媒をさらに含む化合物またはその塩を意味する。溶媒が水である場合、溶媒和物は、水和物である。
【００７８】
本明細書で使用する場合、「エナンチオマー」、「異性体」または「立体異性体」という用語には、本発明で提供する化合物の鏡像異性的／立体異性体的に純粋な化合物と、鏡像異性的に/立体異性体的に濃縮された化合物のすべてが含まれる。
【００７９】
本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「立体異性体的に純粋な」という用語は、組成物が化合物の１つの立体異性体を含むとともに、その化合物の他の立体異性体を実質的に含まないことを意味する。例えば、キラル中心を１つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物は、その化合物の逆のエナンチオマーを実質的に含まないことになる。キラル中心を２つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物は、その化合物の他のジアステレオマーを実質的に含まないことになる。立体異性体的に純粋な典型的な化合物は、その化合物の一方の立体異性体を約８０重量％超、その化合物の他方の立体異性体を約２０重量％未満、より好ましくは、その化合物の一方の立体異性体を約９０重量％超、その化合物の他方の立体異性体を約１０重量％未満、さらに好ましくは、その化合物の一方の立体異性体を約９５重量％超、その化合物の他方の立体異性体を約５重量％未満、最も好ましくは、その化合物の一方の立体異性体を約９７重量％超、その化合物の他方の立体異性体を約３重量％未満含む。本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「立体異性体的に濃縮された」という用語は、化合物の一方の立体異性体を約６０重量％超、好ましくは約７０重量％超、より好ましくは、化合物の一方の立体異性体を約８０重量％超含む組成物を意味する。本明細書で使用する場合、別段の定めのない限り、「鏡像異性的に純粋な」という用語は、キラル中心を１つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物を意味する。同様に、「立体異性体的に濃縮された」という用語は、キラル中心を１つ有する化合物の立体異性体的に濃縮された組成物を意味する。
【００８０】
本明細書で使用する場合、「結晶多形」という用語は、本発明で提供する化合物またはその複合体の固体結晶形態を意味する。同じ化合物でも、その結晶多形によって、異なる物理的特性、化学的特性及び／または分光特性を示し得る。
【００８１】
描写されている構造と、その構造に付された名称との間に相違がある場合には、描写されている構造を優先すべきことに留意されたい。加えて、構造または構造の一部の立体化学が、例えば、太線または破線によって示されていない場合には、その構造または構造の一部は、そのすべての立体異性体を含むものとして解釈するものとする。
【００８２】
本発明で提供する実施形態の実施の際には、別段の定めのない限り、分子生物学、微生物学及び免疫学の従来の技法を用いることになり、これらの技法は、当業者の技術範囲内である。このような技法は、文献に十分に説明されている。特に好適な参照用テキストの例としては、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（２ｄ  ｅｄ．）、Ｄ．Ｎ  Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．（１９８５）ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ、Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．（１９８４）Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ＆  ＳＪ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．（１９８４）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ、Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ＆  Ｓ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．（１９８４）Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ、Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．（１９８６）Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ；Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ（ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，１９８６）、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ）、Ｓｃｏｐｅｓ（１９８７）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ（２ｄ  ｅｄ．；Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．）及びＤ．Ｍ．Ｗｅｉｒ  ａｎｄ  Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．（１９８６）Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＶが挙げられる。
【００８３】
５．２  ＤＬＢＣＬ患者の治療用化合物に対する応答性の予測方法
本願は部分的には、いくつかの遺伝子群（例えば、表１、２及び３に列挙されているもの）の発現レベルが、ＤＬＢＣＬ患者の特定の治療用化合物（レナリドマイドまたは化合物Ａなど）に対する応答性と相関するという知見に基づいている。したがって、一態様では、本発明で提供するのは、下記の表１、２及び３に定められているバイオマーカー及び／または分類子を用いて、ＤＬＢＣＬ患者の薬物（レナリドマイドまたは化合物Ａなど）に対する応答性を予測できる方法である。
表１．
【表１】
2018529344.tif 000003
表２
【表２】
2018529344.tif 000004
表３
【表３】
2018529344.tif 000005
【００８４】
別の態様では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の予測方法は、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、（ｃ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の第１の生体試料における発現レベルを、第２の患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、その第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）が、上記の薬物に応答しない者であり、第１の生体試料における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、第２の生体試料（複数可）における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと異なることによって、第１の患者のＤＬＢＣＬが、上記の薬物による治療に応答することが示され、その薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む。
【００８５】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、（ｃ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の第１の生体試料における発現レベルを、第２の患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、その第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）が、上記の薬物に応答する者であり、第１の生体試料における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、第２の生体試料（複数可）における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと同程度であることによって、第１の患者のＤＬＢＣＬが、上記の薬物による治療に応答することが示され、上記の薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。
【００８６】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子もしくはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することと、（ｃ）その遺伝子または遺伝子サブセットの第１の生体試料における遺伝子発現プロファイルを、（ｉ）上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における、その遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと、（ｉｉ）上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料における、その遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現と比較することであって、第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様であることによって、第１のＤＬＢＣＬ患者が、上記の薬物による治療に応答することが示され、第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様であることによって、第１のＤＬＢＣＬ患者が、上記の薬物による治療に応答しないことが示され、その薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。いくつかの実施形態では、この遺伝子のサブセット（複数可）は、表１の遺伝子のサブセット（複数可）、表２の遺伝子のサブセット（複数可）及び／もしくは表３の遺伝子のサブセット（複数可）、またはこれらをいずれかに組み合わせたものである。
【００８７】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する複数の遺伝子（バイオマーカー）の発現レベルを用いて、本発明で提供する化合物に対する患者の応答を予測する。複数の遺伝子（バイオマーカー）の発現レベルを用いて、本発明で提供する化合物（例えば、レナリドマイドと化合物Ａ）による治療に対する患者の応答を予測するときには、本開示では、２つ以上の特徴に基づき分類を行ういずれかの分類子を用いることができる。例えば、いくつかの実施形態では、本発明で提供する化合物（例えば、レナリドマイドまたは化合物Ａ）による治療を受けたことのあるＤＬＢＣＬ患者集団を、その化合物による治療に対する彼らの応答性に基づき、２つの群、すなわち、応答する患者群と応答しない患者群に分ける。分類子を用いて、その集団の各患者に関して、本発明で提供する２つ以上の遺伝子（例えば表１〜３に列挙されているもの）の発現レベルを解析し、スコアを生成できる。応答する患者のスコアと、応答しない患者のスコアに基づき、基準スコアまたは閾値スコアを生成することができる。このような基準スコアを用いて、患者の遺伝子の発現レベルに基づき、その患者の化合物に対する応答性を予測できる。
【００８８】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ａ）本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの、試料における発現レベルに基づき、試料のスコアを生成することと、（ｂ）試料のスコアを基準スコアと比較することによって、本発明で提供する化合物にその対象が応答する可能性を判定することをさらに含む。
【００８９】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ａ）本発明で提供する化合物の投与を以前に受けたことのある対象集団から得た生体試料において、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルを判定することと、（ｂ）その集団の各対象に関して、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルのスコアを生成することと、（ｃ）本発明で提供する化合物に応答する対象と、本発明で提供する化合物に応答しない対象を区別することと、（ｄ）上記の化合物に応答する対象のスコアと、上記の化合物に応答しない対象のスコアに基づき、本発明で提供する化合物に対する応答性を判定することをさらに含む。
【００９０】
別の実施形態では、本発明で提供する方法は、（ａ）上記の化合物の投与を以前に受けたことのある対象集団から得た生体試料において、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルを判定することと、（ｂ）その集団の各対象に関して、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルのスコアを生成することと、（ｃ）本発明で提供する化合物に応答する対象と、本発明で提供する化合物に応答しない対象を区別することと、（ｄ）上記の化合物に応答する対象と、上記の化合物に応答しない対象のスコアに基づくモデルを用いて、本発明で提供する化合物に対する対象の応答性を予測する基準スコアを生成することをさらに含む。
【００９１】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定し、その遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づき、スコアを生成することと、（ｃ）そのスコアを基準スコアと比較することであって、スコアが基準スコアと同程度であることによって、患者が、上記の薬物による治療に応答することが示されることを含む方法である。具体的な実施形態では、この基準スコアは、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいている。具体的な一実施形態では、上記の薬物は、本明細書に開示されている化合物である。
【００９２】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子もしくはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定し、その遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づき、スコアを生成することと、（ｃ）そのスコアを第１の基準スコアと第２の基準スコアと比較することであって、スコアがその第１の基準スコアと同程度であることによって、患者が、上記の薬物による治療に応答することが示されることを含む方法である。具体的な実施形態では、この第１の基準スコアは、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいており、第２の基準スコアは、上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいている。具体的な一実施形態では、上記の薬物は、本明細書に開示されている化合物である。
【００９３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、第１の生体試料において、表１に定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することを含む。例えば、ある特定の実施形態では、この遺伝子サブセットは、表１に列挙されている遺伝子を２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数含むことができる。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、表１に列挙されている遺伝子を２〜２０個、あるいは３〜２０個、あるいは５〜１５個、あるいは１０〜２０個含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、ＡＮＸＡ４、ＢＡＣＨ２、ＢＩＮ２、Ｃ７ｏｒｆ１０、ＣＸＣＬ１４、ＤＡＰＬ１、ＦＢＸＯ３２、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＴＸ、ＧＩＭＡＰ６、ＩＬ１８ＢＰ、ＫＣＮＭＢ１、ＫＩＡＡ１６７１、ＬＯＣ２８４８３７、ＭＰＰ６、ＭＺＴ１、ＮＦＩＣ、ＯＤＦ３Ｂ、ＯＬＦＭ１、ＰＰＡＴ、ＲＦＥＳＤ、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＴＮＣ、ＴＮＦＲＳＦ１７及びＺＮＦ５０６からなる群から選択した１つ以上の遺伝子の発現を判定することを含む。
【００９４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、第１の生体試料において、表２に定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することを含む。例えば、ある特定の実施形態では、この遺伝子サブセットは、表２に列挙されている遺伝子を２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数含むことができる。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、表２に列挙されている遺伝子を２〜２０個、あるいは３〜２０個、あるいは５〜１５個、あるいは１０〜２０個含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、Ｃ１０ｏｒｆ５４、Ｃ１ＲＬ、Ｃ２０ｏｒｆ１１２、Ｃ８ｏｒｆ４、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＩＬＰ、ＣＩＲＨ１Ａ、ＣＬＵ、ＣＰＶＬ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＳＢ、ＥＰＢ４１Ｌ３、ＦＢＸＯ３２、ＩＦＩ４４、ＬＲＰ１１、ＭＥＧＦ６、ＭＥＩＳ１、ＰＨＡＣＴＲ２、ＰＬＡＴ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＰＣ２５、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＰＳＡＢ１、ＵＬＫ１、ＸＡＦ１及びＺＮＦ２１５からなる群から選択した１つ以上の遺伝子の発現を判定することを含む。
【００９５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、第１の生体試料において、表３に定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することを含む。例えば、ある特定の実施形態では、この遺伝子サブセットは、表３に列挙されている遺伝子を２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１９個またはこれを超える数含むことができる。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、表３に列挙されている遺伝子を２〜１９個、あるいは３〜１９個、あるいは５〜１５個、あるいは１０〜１９個含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、ＢＭＳ１Ｐ２０、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＦＫＢＰ１１、ＩＧＬＶ１−４４、ＭＳ４Ａ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＭＡＣＲＯＤ２、ＦＡＭ１２９Ｃ、ＡＬＤＨ２、ＫＩＡＡ１５９８、ＴＧＦＢＩ、ＴＹＭＰ、ＳＡＭＤ４Ａ、ＧＰＸ３、Ａ２Ｍ、ＣＦＢ、ＦＳＴＬ１、ＳＬＣ２７Ａ３及びＮＲＰ１からなる群から選択した１つ以上の遺伝子の発現を判定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子サブセットは、ＢＭＳ１Ｐ２０、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＦＫＢＰ１１及びＩＧＬＶ１−４４を含む。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、ＭＳ４Ａ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＭＡＣＲＯＤ２及びＦＡＭ１２９Ｃを含む。さらに別の実施形態では、遺伝子サブセットは、ＡＬＤＨ２、ＫＩＡＡ１５９８、ＴＧＦＢＩ、ＴＹＭＰ及びＳＡＭＤ４Ａを含む。さらに別の実施形態では、遺伝子サブセットは、ＧＰＸ３、Ａ２Ｍ、ＣＦＢ、ＦＳＴＬ１、ＳＬＣ２７Ａ３及びＮＲＰ１を含む。
【００９６】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、第１の生体試料において、表１、２及び３を組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することを含む。例えば、ある特定の実施形態では、遺伝子サブセットは、表１、２及び３に列挙されている遺伝子を２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個またはこれを超える数含むことができる。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、表１、２及び３に列挙されている遺伝子を２〜７１個、あるいは２〜２０個、あるいは３〜２０個、あるいは５〜１５個、あるいは１０〜２０個含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、ＡＮＸＡ４、ＢＡＣＨ２、ＢＩＮ２、Ｃ７ｏｒｆ１０、ＣＸＣＬ１４、ＤＡＰＬ１、ＦＢＸＯ３２、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＴＸ、ＧＩＭＡＰ６、ＩＬ１８ＢＰ、ＫＣＮＭＢ１、ＫＩＡＡ１６７１、ＬＯＣ２８４８３７、ＭＰＰ６、ＭＺＴ１、ＮＦＩＣ、ＯＤＦ３Ｂ、ＯＬＦＭ１、ＰＰＡＴ、ＲＦＥＳＤ、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＴＮＣ、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＺＮＦ５０６、Ｃ１０ｏｒｆ５４、Ｃ１ＲＬ、Ｃ２０ｏｒｆ１１２、Ｃ８ｏｒｆ４、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＩＬＰ、ＣＩＲＨ１Ａ、ＣＬＵ、ＣＰＶＬ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＳＢ、ＥＰＢ４１Ｌ３、ＦＢＸＯ３２、ＩＦＩ４４、ＬＲＰ１１、ＭＥＧＦ６、ＭＥＩＳ１、ＰＨＡＣＴＲ２、ＰＬＡＴ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＰＣ２５、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＰＳＡＢ１、ＵＬＫ１、ＸＡＦ１、ＺＮＦ２１５、ＢＭＳ１Ｐ２０、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＦＫＢＰ１１、ＩＧＬＶ１−４４、ＭＳ４Ａ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＭＡＣＲＯＤ２、ＦＡＭ１２９Ｃ、ＡＬＤＨ２、ＫＩＡＡ１５９８、ＴＧＦＢＩ、ＴＹＭＰ、ＳＡＭＤ４Ａ、ＧＰＸ３、Ａ２Ｍ、ＣＦＢ、ＦＳＴＬ１、ＳＬＣ２７Ａ３及びＮＲＰ１からなる群から選択した１つ以上の遺伝子（バイオマーカー）の発現を判定することを含む。
【００９７】
一実施形態では、バイオマーカーは、ＡＮＸＡ４である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＢＡＣＨ２である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＢＩＮ２である。別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ７ｏｒｆ１０である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＸＣＬ１４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＤＡＰＬ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＢＸＯ３２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＣＧＲ１Ｂである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＴＸである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＩＭＡＰ６である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＬ１８ＢＰである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＫＣＮＭＢ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＫＩＡＡ１６７１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＬＯＣ２８４８３７である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＰＰ６である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＺＴ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＦＩＣである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＯＤＦ３Ｂである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＯＬＦＭ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＰＰＡＴである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＲＦＥＳＤである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＲＰＬ２２Ｌ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＲＰＩＮＧ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＣである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１７である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＺＮＦ５０６である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ１０ｏｒｆ５４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ１ＲＬである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ２０ｏｒｆ１１２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ８ｏｒｆ４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＣＤＣ８８Ｃである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＩＬＰである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＩＲＨ１Ａである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＬＵである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＰＶＬである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＳＦ１Ｒである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＴＳＢである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＥＰＢ４１Ｌ３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＢＸＯ３２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＦＩ４４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＬＲＰ１１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＥＧＦ６である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＥＩＳ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＰＨＡＣＴＲ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＰＬＡＴである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＲＰＩＮＧ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＰＣ２５である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＨＥＭＩＳ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＰＳＡＢ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＵＬＫ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＸＡＦ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＺＮＦ２１５である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＢＭＳ１Ｐ２０である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＺＢ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１７である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＫＢＰ１１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＧＬＶ１−４４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＳ４Ａ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ１１Ａである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＡＣＲＯＤ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＡＭ１２９Ｃである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＬＤＨ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＫＩＡＡ１５９８である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＧＦＢＩである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＹＭＰである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＡＭＤ４Ａである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＰＸ３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ａ２Ｍである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＦＢである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＳＴＬ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＬＣ２７Ａ３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＲＰ１である。
【００９８】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されている方法に従って、遺伝子発現プロファイルまたは遺伝子データを同じタイプの生体試料から得る。換言すると、本発明の方法で参照する各遺伝子発現プロファイルまたはデータを生成するのに用いる生体試料は、同じタイプの生体試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は、腫瘍生検試料である。
【００９９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、生体試料において、複合体の存在及び／または量を検出することであって、その複合体の存在及び／または量によって、遺伝子の発現レベルが示されることを含む。本明細書に記載されている方法で検出する複合体は、ハイブリダイゼーション複合体であることができ、いくつかの実施形態では、このハイブリダイゼーション複合体は、固体支持体に結合している。さらなる実施形態では、この複合体は、検出可能に標識されている。
【０１００】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、生体試料において、反応生成物の存在及び／または量を検出することであって、その反応生成物の存在及び／または量によって、各遺伝子サブセットにおける遺伝子の発現レベルが示されることを含む。さらなる実施形態では、この反応生成物は、検出可能に標識されている。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する遺伝子またはバイオマーカーの発現は、その遺伝子またはバイオマーカーのタンパク質レベルを判定することによって判定する。別の実施形態では、本発明で提供する遺伝子またはバイオマーカーの発現は、その遺伝子またはバイオマーカーのｍＲＮＡレベルを判定することによって判定する。さらに別の実施形態では、本発明で提供する遺伝子の発現は、遺伝子またはバイオマーカーのｍＲＮＡを用いて生成したｃＤＮＡのレベルを判定することによって判定する。したがって、本発明で提供する遺伝子（例えば表１〜３に列挙されているもの）の核酸（例えばｍＲＮＡもしくはｃＤＮＡ）またはタンパク質のアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションを用いて、ＤＬＢＣＬ患者の化合物による治療に対する応答を予測できる。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、用いたアッセイから得たデータに対して、統計解析またはその他の解析を行って、ＲＮＡ転写物またはタンパク質を測定する。ある特定の具体的な実施形態では、示差的に発現するこれらのＲＮＡ転写物またはタンパク質のｐ値は、０．１、０．５、０．４、０．３、０．２、０．０１、０．０５、０．００１または０．０００１である。いくつかの実施形態では、本発明で示されているｐ値は、２つ以上の値群またはデータ例群間の差の統計的検定の出力である。具体的な実施形態では、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％またはそれを下回る偽発見率（ＦＤＲ）を選択する。ＦＤＲ補正と関連閾値を共通に適用して、複数の仮説検定においてｐ値を補正する。すなわち、多くの値群に同じ検定または比較法を適用してから、観察された差のサブセットの統計的有意性の特定を試みる。いくつかの実施形態では、アッセイ出力の関数変換の出力に、差の仮説検定を適用してもよい。いくつかの実施形態では、差の検定以外の追加のプロセスを用いて、アッセイ出力から得た薬物応答を分類または予測できる。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において難治性であることを含む。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において再発性であることを含む。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において、胚中心Ｂ細胞様サブタイプであることを含む。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において、活性化Ｂ細胞様であることを含む。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において、ＩＩＩ型（「未分類型」ともいう）であることを含む。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、薬物による治療の前に、その薬物を服用したことのあるＤＬＢＣＬ患者において、遺伝子サブセット（複数可）の遺伝子発現プロファイルを判定することであって、各遺伝子サブセットが、腫瘍生検組成物に関連するものであることを含む。
【０１０９】
５．２．１  バイオマーカーを適用して、ＤＬＢＣＬ患者のレナリドマイドと化合物Ａに対する応答性を予測する例
表１、２及び３には、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして使用できる遺伝子のリストが示されている。ある特定の実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表１、表２もしくは表３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個またはこれを超える数組み合わせたものを用いることができる。いくつかの実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表１、表２または表３の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個または２０〜２５個用いることができる。
【０１１０】
ある特定の実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表１に列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数と、表２に列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数と、表３に列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１９個またはこれを超える数組み合わせたものを用いることができる。いくつかの実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表１の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、２０〜２５個と、表２の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、２０〜２５個と、表３の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個組み合わせたものを用いる。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表１に列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数と、表２に列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数組み合わせたものを用いる。いくつかの実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表１の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、２０〜２５個と、表２の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、２０〜２５個組み合わせたものを用いる。
【０１１２】
別の実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表１に列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数と、表３に列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１９個またはこれを超える数組み合わせたものを用いることができる。別の実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表１の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、２０〜２５個と、表３の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個組み合わせたもの用いる。
【０１１３】
さらに別の実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表２に列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数と、表３に列挙されている遺伝子を１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１９個またはこれを超える数組み合わせたものを用いることができる。さらに別の実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表２の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、２０〜２５個と、表３の遺伝子を１〜５個、５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個組み合わせたものを用いる。
【０１１４】
加えて、いくつかの実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性を予測するためのバイオマーカーとして、表１、表２及び／または表３に列挙されているすべての遺伝子を用いることができる。
【０１１５】
医療従事者は、表１、表２、及び／または表３のバイオマーカーを他の要因と組み合わせて用いて、ＤＬＢＣＬ患者を薬物、例えばレナリドマイドまたは化合物Ａで治療するか否かを判断することができる。
【０１１６】
例えば、表１と表２の遺伝子サブセットの遺伝子発現値に、計算決定関数を適用して、再発性／難治性ＤＬＢＣＬにおけるＣｅｌｇｅｎｅによる試験ＲＥＶ−ＤＬＣ−００１（臨床試験のウェブサイト、臨床試験識別子ＮＣＴ０１１９７５６０を参照されたい）のレナリドマイド群から得られた遺伝子発現プロファイルの陽性／陰性結果のサブグループ帰属を予測した。図１は、ＲＥＶ−ＤＬＣ−００１のレナリドマイド群の患者における、治験医の判定による無増悪生存期間（ＰＦＳ）の差を表１の分類子による予測に従って層別化したもののカプランマイヤー法による生存プロットを示している。図２は、ＲＥＶ−ＤＬＣ−００１のレナリドマイド群の患者における、治験医の判定によるＰＦＳの差を表２の分類子による予測に従って層別化したもののカプランマイヤー法による生存プロットを示している。Ｒパッケージのｓｕｒｖｉｖａｌを用いて、コックス回帰モデルとカプランマイヤー曲線を作成した（Ｔｅｒｒｙ  Ｍ．Ｔｈｅｒｎｅａｕ，ａｎｄ  Ｐａｔｒｉｃｉａ  Ｍ．Ｇｒａｍｂｓｃｈ（２０００）．Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  Ｄａｔａ：Ｅｘｔｅｎｄｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｃｏｘ  Ｍｏｄｅｌ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：Ｓｐｒｉｎｇｅｒ）。
【０１１７】
分類子によって行った予測のうち、ＲＥＶ−ＤＬＣ−００１のレナリドマイド群から得られた遺伝子発現プロファイルにわたり展開された予測は、表１に記載されている遺伝子サブセットに関しては表４に、表２に記載されている遺伝子サブセットに関しては表５に列挙されている。
表４．表１の遺伝子を用いた、線形ＳＶＭ−ＲＦＥ分類子による予測
列（左から右方向）：患者ＩＤ、結果クラスの予測（陽性は＋１、陰性は−１）、ＩＲＡＣによる最良の応答のカテゴリー、ＩＲＡＣによるＰＦＳ、ＩＲＡＣによるＰＦＳ打ち切り事象、治験医によるＰＦＳ、治験医によるＰＦＳ打ち切り事象、予測由来細胞（Ｗｒｉｇｈｔ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，１００，９９９１−９９９６（２００３））
【表４】
2018529344.tif 000006
表５．表２の遺伝子を用いた、線形ＳＶＭ−ＲＦＥ分類子による予測
列（左から右方向）：患者ＩＤ、結果クラスの予測（陽性は＋１、陰性は−１）、ＩＲＡＣによる最良の応答のカテゴリー、ＩＲＡＣによるＰＦＳ、ＩＲＡＣによるＰＦＳ打ち切り事象、治験医によるＰＦＳ、治験医によるＰＦＳ打ち切り事象、予測由来細胞（Ｗｒｉｇｈｔ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ  ＵＳＡ，１００，９９９１−９９９６（２００３））
【表５】
2018529344.tif 000007
【０１１８】
図１〜２及び表４〜５に示されている結果から、表１及び表２の遺伝子に基づく、分類子による解は、ＤＬＢＣＬ患者のレナリドマイドに対する応答性を予測するものであることが示されている。
【０１１９】
別の例示的な試験では、表２の２６個の遺伝子の遺伝子発現値に、計算決定関数を適用して、再発性または難治性ＤＬＢＣＬ患者において、化合物Ａ単独による治療または化合物Ａと他の薬剤との併用による治療に対する応答性について、陽性／陰性結果のサブグループ帰属を予測した。
【０１２０】
表２の２６個の遺伝子の遺伝子発現レベルに基づき、再発性または難治性ＤＬＢＣＬ患者の各群の化合物Ａによる治療に対する応答を予測し、患者群を２つの集団、すなわち、化合物Ａによる処置に応答すると予測される集団（２６遺伝子陽性集団）と、化合物Ａに応答しないと予測されるもう一方の集団（２６遺伝子陰性集団）に分類した。
【０１２１】
２６個の遺伝子の発現レベルは、以下のように測定した。ＤＬＢＣＬリンパ節生検標本をホルマリンで固定し、パラフィン包埋した。ＲｏｃｈｅのＨｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＦＰＰＥＴキットをメーカーの指示に従って用いて、その組織から得た核酸を抽出した。分光測光法（ＮａｎｏＤｒｏｐ、デラウェア州のＴｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｃｅ）を用いて、ＲＮＡを定量した。およそ２００ナノグラムのＲＮＡでの遺伝子発現を用いて、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇの技術（ワシントン州のＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によって遺伝子発現レベルを判定した。全ＲＮＡを６５℃で一晩、カスタムコードセットにハイブリダイズさせた。その反応物をｎＣｏｕｎｔｅｒ（商標）Ｐｒｅｐ  Ｓｔａｔｉｏｎで処理してから、ｎＣｏｕｎｔｅｒ（商標）Ｄｉｇｉｔａｌ  Ａｎａｌｙｚｅｒで遺伝子発現データを得た。
【０１２２】
続いて、患者の化合物Ａによる治療に対する応答を無増悪生存期間（ＰＦＳ）によって測定した。結果は、図３に示されており、図示されているように、ＰＦＳによって測定したところ、２６遺伝子陽性集団（上方の曲線）の方が、２６遺伝子陰性集団（下方の曲線）よりも、有意な効果が見られる（２６遺伝子陽性集団のＰＦＳは１７．４３週間であるのに対して、２６遺伝子陰性集団のＰＦＳは６．５７週間である）。
【０１２３】
各患者の腫瘍を測定し、その結果から、２６遺伝子陽性集団の患者の大半で、腫瘍のサイズの５０％超の縮小という臨床応答が得られ、及び／または疾患が安定していたことが示された（図４参照）。これに対して、２６遺伝子陰性集団の患者の大半では、急速な進行が見られたり、化合物Ａに対する応答が短かったりした（図５参照）。６カ月時点の進行ＰＦＳは、２６遺伝子陰性集団（５．４％）に対して、２６遺伝子陽性集団では４４．６％であった。
【０１２４】
化合物Ａをリツキシマブと合わせて投与した患者において、２６遺伝子に基づく分類子の予測性能も評価した。結果は、図６に示されている。図示されているように、ＰＦＳによって測定したところ、２６遺伝子陽性集団（上方の曲線）の方が、２６遺伝子陰性集団（下方の曲線）よりも、有意な効果が見られる（２６遺伝子陽性集団のＰＦＳは１７．３７週間であるのに対して、２６遺伝子陰性集団のＰＦＳは４．８６週間である）。
【０１２５】
Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇのリンパ球特異的試験（ＬＳＴ）を用いて、ＤＬＢＣＬの分子サブタイプ（胚中心（ＧＣＢ）、活性化Ｂ細胞（ＡＢＣ）及び未分類型）における化合物Ａの臨床活性を解析し、その結果から、（図７に示されているように、）ＰＦＳによって測定したところ、由来サブタイプ細胞間では、化合物Ａによる治療に対する応答に、有意な差がないことが示された（ＡＢＣのＰＦＳ中央値は１２．１週間であるのに対して、ＧＣＢでは１５．６週間、未分類型では７週間であり、いずれの組み合わせにおいても、ｐ≧０．０５であった）。
【０１２６】
加えて、過去に予後の悪かったＤＬＢＣＬ患者の化合物Ａに対する応答をＮａｎｏｓｔｒｉｎｇによって測定した。原発性難治性疾患（Ｒ−ＣＨＯＰに対して完全奏功未満）の患者の腫瘍を測定し、その結果から、化合物Ａによる治療に応答して、２６遺伝子陰性集団（ピンク色の曲線）のこれらの患者で、急速な進行が見られたことが示されている。これは、２６遺伝子陽性集団（青色の曲線）の患者と比較されており、２６遺伝子陽性集団では、４人の患者で、腫瘍のサイズの５０％超の縮小という耐久的な臨床応答が見られた（図８参照）。少なくとも３ライン以上の治療歴のある原発性難治性ＤＬＢＣＬの患者で調べたところ、同様の結果が観察された（図９参照）。
【０１２７】
これらの調査から、表２の２６個の遺伝子を用いて、ＤＬＢＣＬ患者（例えば、１種、２種、３種またはそれ以上の治療歴のある難治性ＤＬＢＣＬ患者を含む再発性または難治性ＤＬＢＣＬ患者）の化合物Ａ単独または抗ＣＤ２０抗体（例えばリツキシマブなど）のような別の薬剤との併用に対する応答を予測できることが示された。
【０１２８】
５．３  ＤＬＢＣＬの治療方法
一態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者のレナリドマイドまたは化合物Ａによる治療方法であって、表１、２または３に定められているバイオマーカー及び／または分類子を用いる方法である。
【０１２９】
さらに別の実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法は、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、（ｃ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の第１の生体試料における発現レベルを、第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、その第２のＤＬＢＣＬ患者が、上記の薬物に応答しない者であることと、（ｄ）第１の生体試料における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、第２の生体試料（複数可）における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと異なる場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することであって、その薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の発現レベルを判定することと、（ｃ）表１、２及び／または３に定められている遺伝子のうちの上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の第１の生体試料における発現レベルを、第２のＤＬＢＣＬ患者（複数可）から得た第２の生体試料（複数可）における同じ遺伝子の発現レベルと比較することであって、その第２のＤＬＢＣＬ患者が、上記の薬物に応答する者であることと、（ｄ）第１の生体試料における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現が、第２の生体試料（複数可）における上記の１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現レベルと同程度である場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することであって、その薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。
【０１３１】
さらに別の実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法は、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することと、（ｃ）第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルを、（ｉ）上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと、（ｉｉ）上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現と比較することと、（ｄ）（ｉ）第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様であるとともに、（ｉｉ）第１の生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルが、上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者から得た生体試料におけるその遺伝子または遺伝子サブセットの遺伝子発現プロファイルと同様でない場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することであって、その薬物が、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）、それらの立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形であることを含む方法である。いくつかの実施形態では、この遺伝子のサブセット（複数可）は、表１の遺伝子のサブセット（複数可）、表２の遺伝子のサブセット（複数可）及び／もしくは表３の遺伝子のサブセット（複数可）、またはこれらをいずれかに組み合わせたものである。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する複数の遺伝子（バイオマーカー）の発現レベルを用いて、本発明で提供する化合物に対する患者の応答を予測する。複数の遺伝子（バイオマーカー）の発現レベルを用いて、本発明で提供する化合物（例えば、レナリドマイドと化合物Ａ）による治療に対する患者の応答を予測するときには、本開示では、２つ以上の特徴に基づき分類を行ういずれかの分類子を用いることができる。例えば、いくつかの実施形態では、本発明で提供する化合物（例えば、レナリドマイドまたは化合物Ａ）による治療を受けたことのあるＤＬＢＣＬ患者集団を、その化合物による治療に対する彼らの応答性に基づき、２つの群、すなわち、応答する患者群と応答しない患者群に分ける。分類子を用いて、その集団の各患者に関して、本発明で提供する２つ以上の遺伝子（例えば表１〜３に列挙されているもの）の発現レベルを解析し、スコアを生成できる。応答する患者のスコアと、応答しない患者のスコアに基づき、基準スコアまたは閾値スコアを生成することができる。このような基準スコアを用いて、患者の遺伝子の発現レベルに基づき、その患者の化合物に対する応答性を予測できる。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ａ）本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの、試料における発現レベルに基づき、試料のスコアを生成することと、（ｂ）試料のスコアを基準スコアと比較することによって、本発明で提供する化合物にその対象が応答する可能性を判定することをさらに含む。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ａ）本発明で提供する化合物の投与を以前に受けたことのある対象集団から得た生体試料において、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルを判定することと、（ｂ）その集団の各対象に関して、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルのスコアを生成することと、（ｃ）本発明で提供する化合物に応答する対象と、本発明で提供する化合物に応答しない対象を区別することと、（ｄ）上記の化合物に応答する対象のスコアと、上記の化合物に応答しない対象のスコアに基づき、本発明で提供する化合物に対する応答性を判定することをさらに含む。
【０１３５】
別の実施形態では、本発明で提供する方法は、（ａ）上記の化合物の投与を以前に受けたことのある対象集団から得た生体試料において、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルを判定することと、（ｂ）その集団の各対象に関して、本発明で提供する遺伝子またはそのサブセットの発現レベルのスコアを生成することと、（ｃ）本発明で提供する化合物に応答する対象と、本発明で提供する化合物に応答しない対象を区別することと、（ｄ）上記の化合物に応答する対象と、上記の化合物に応答しない対象のスコアに基づくモデルを用いて、本発明で提供する化合物に対する対象の応答性を予測する基準スコアを生成することをさらに含む。
【０１３６】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物に対する応答性の予測方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定し、その遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づき、スコアを生成することと、（ｃ）そのスコアを基準スコアと比較することであって、スコアが基準スコアと同程度であることによって、患者が、上記の薬物による治療に応答することが示されることを含む方法である。具体的な実施形態では、この基準スコアは、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいている。具体的な一実施形態では、上記の薬物は、本明細書に開示されている化合物である。
【０１３７】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子もしくはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定し、その遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づき、スコアを生成することと、（ｃ）そのスコアを基準スコアと比較することと、（ｄ）そのスコアが、基準スコアと同程度である場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することを含む方法である。具体的な実施形態では、この基準スコアは、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいている。具体的な一実施形態では、上記の薬物は、本明細書に開示されている化合物である。
【０１３８】
別の態様では、本発明で提供するのは、ＤＬＢＣＬ患者の薬物による治療方法であって、（ａ）第１の生体試料を第１のＤＬＢＣＬ患者から得ることと、（ｂ）第１の生体試料において、表１、２及び／もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定し、その遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づき、スコアを生成することと、（ｃ）そのスコアを第１の基準スコアと第２の基準スコアと比較することと、（ｄ）そのスコアが、第１の基準スコアと同程度である場合に、上記の薬物を第１の患者に投与することを含む方法である。具体的な実施形態では、この第１の基準スコアは、上記の薬物に応答するＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいており、第２の基準スコアは、上記の薬物に応答しないＤＬＢＣＬ患者集団における同じ遺伝子または遺伝子サブセットの発現に基づいている。具体的な一実施形態では、上記の薬物は、本明細書に開示されている化合物である。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、第１の生体試料において、表１に定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することを含む。例えば、ある特定の実施形態では、この遺伝子サブセットは、表１に列挙されている遺伝子を２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数含むことができる。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、表１に列挙されている遺伝子を２〜２０個、あるいは３〜２０個、あるいは５〜１５個、あるいは１０〜２０個含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、ＡＮＸＡ４、ＢＡＣＨ２、ＢＩＮ２、Ｃ７ｏｒｆ１０、ＣＸＣＬ１４、ＤＡＰＬ１、ＦＢＸＯ３２、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＴＸ、ＧＩＭＡＰ６、ＩＬ１８ＢＰ、ＫＣＮＭＢ１、ＫＩＡＡ１６７１、ＬＯＣ２８４８３７、ＭＰＰ６、ＭＺＴ１、ＮＦＩＣ、ＯＤＦ３Ｂ、ＯＬＦＭ１、ＰＰＡＴ、ＲＦＥＳＤ、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＴＮＣ、ＴＮＦＲＳＦ１７及びＺＮＦ５０６からなる群から選択した１つ以上の遺伝子の発現を判定することを含む。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、第１の生体試料において、表２に定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することを含む。例えば、ある特定の実施形態では、この遺伝子サブセットは、表２に列挙されている遺伝子を２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個またはこれを超える数含むことができる。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、表２に列挙されている遺伝子を２〜２０個、あるいは３〜２０個、あるいは５〜１５個、あるいは１０〜２０個含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、Ｃ１０ｏｒｆ５４、Ｃ１ＲＬ、Ｃ２０ｏｒｆ１１２、Ｃ８ｏｒｆ４、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＩＬＰ、ＣＩＲＨ１Ａ、ＣＬＵ、ＣＰＶＬ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＳＢ、ＥＰＢ４１Ｌ３、ＦＢＸＯ３２、ＩＦＩ４４、ＬＲＰ１１、ＭＥＧＦ６、ＭＥＩＳ１、ＰＨＡＣＴＲ２、ＰＬＡＴ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＰＣ２５、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＰＳＡＢ１、ＵＬＫ１、ＸＡＦ１及びＺＮＦ２１５からなる群から選択した１つ以上の遺伝子の発現を判定することを含む。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、第１の生体試料において、表３に定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することを含む。例えば、ある特定の実施形態では、この遺伝子サブセットは、表３に列挙されている遺伝子を２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１９個またはこれを超える数含むことができる。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、表３に列挙されている遺伝子を２〜１９個、あるいは３〜１９個、あるいは５〜１５個、あるいは１０〜１９個含むことができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、ＢＭＳ１Ｐ２０、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＦＫＢＰ１１、ＩＧＬＶ１−４４、ＭＳ４Ａ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＭＡＣＲＯＤ２、ＦＡＭ１２９Ｃ、ＡＬＤＨ２、ＫＩＡＡ１５９８、ＴＧＦＢＩ、ＴＹＭＰ、ＳＡＭＤ４Ａ、ＧＰＸ３、Ａ２Ｍ、ＣＦＢ、ＦＳＴＬ１、ＳＬＣ２７Ａ３及びＮＲＰ１からなる群から選択した１つ以上の遺伝子の発現を判定することを含む。いくつかの実施形態では、遺伝子サブセットは、ＢＭＳ１Ｐ２０、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＦＫＢＰ１１及びＩＧＬＶ１−４４を含む。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、ＭＳ４Ａ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＭＡＣＲＯＤ２及びＦＡＭ１２９Ｃを含む。さらに別の実施形態では、遺伝子サブセットは、ＡＬＤＨ２、ＫＩＡＡ１５９８、ＴＧＦＢＩ、ＴＹＭＰ及びＳＡＭＤ４Ａを含む。さらに別の実施形態では、遺伝子サブセットは、ＧＰＸ３、Ａ２Ｍ、ＣＦＢ、ＦＳＴＬ１、ＳＬＣ２７Ａ３及びＮＲＰ１を含む。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、第１の生体試料において、表１、２及び３を組み合わせたものに定められている遺伝子またはある特定の遺伝子サブセットの発現を判定することを含む。例えば、ある特定の実施形態では、遺伝子サブセットは、表１、２及び３に列挙されている遺伝子を２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、５０個、６０個、７０個またはこれを超える数含むことができる。別の実施形態では、遺伝子サブセットは、表１、２及び３に列挙されている遺伝子を２〜７１個、あるいは２〜２０個、あるいは３〜２０個、あるいは５〜１５個、あるいは１０〜２０個含むことができる。いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、ＡＮＸＡ４、ＢＡＣＨ２、ＢＩＮ２、Ｃ７ｏｒｆ１０、ＣＸＣＬ１４、ＤＡＰＬ１、ＦＢＸＯ３２、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＴＸ、ＧＩＭＡＰ６、ＩＬ１８ＢＰ、ＫＣＮＭＢ１、ＫＩＡＡ１６７１、ＬＯＣ２８４８３７、ＭＰＰ６、ＭＺＴ１、ＮＦＩＣ、ＯＤＦ３Ｂ、ＯＬＦＭ１、ＰＰＡＴ、ＲＦＥＳＤ、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＴＮＣ、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＺＮＦ５０６、Ｃ１０ｏｒｆ５４、Ｃ１ＲＬ、Ｃ２０ｏｒｆ１１２、Ｃ８ｏｒｆ４、ＣＣＤＣ８８Ｃ、ＣＩＬＰ、ＣＩＲＨ１Ａ、ＣＬＵ、ＣＰＶＬ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＴＳＢ、ＥＰＢ４１Ｌ３、ＦＢＸＯ３２、ＩＦＩ４４、ＬＲＰ１１、ＭＥＧＦ６、ＭＥＩＳ１、ＰＨＡＣＴＲ２、ＰＬＡＴ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＰＣ２５、ＴＨＥＭＩＳ２、ＴＰＳＡＢ１、ＵＬＫ１、ＸＡＦ１、ＺＮＦ２１５、ＢＭＳ１Ｐ２０、ＭＺＢ１、ＴＮＦＲＳＦ１７、ＦＫＢＰ１１、ＩＧＬＶ１−４４、ＭＳ４Ａ１、ＢＣＬ１１Ａ、ＭＡＣＲＯＤ２、ＦＡＭ１２９Ｃ、ＡＬＤＨ２、ＫＩＡＡ１５９８、ＴＧＦＢＩ、ＴＹＭＰ、ＳＡＭＤ４Ａ、ＧＰＸ３、Ａ２Ｍ、ＣＦＢ、ＦＳＴＬ１、ＳＬＣ２７Ａ３及びＮＲＰ１からなる群から選択した１つ以上の遺伝子（バイオマーカー）の発現を判定することを含む。
【０１４３】
一実施形態では、バイオマーカーは、ＡＮＸＡ４である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＢＡＣＨ２である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＢＩＮ２である。別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ７ｏｒｆ１０である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＸＣＬ１４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＤＡＰＬ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＢＸＯ３２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＣＧＲ１Ｂである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＴＸである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＩＭＡＰ６である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＬ１８ＢＰである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＫＣＮＭＢ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＫＩＡＡ１６７１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＬＯＣ２８４８３７である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＰＰ６である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＺＴ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＦＩＣである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＯＤＦ３Ｂである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＯＬＦＭ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＰＰＡＴである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＲＦＥＳＤである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＲＰＬ２２Ｌ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＲＰＩＮＧ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＣである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１７である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＺＮＦ５０６である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ１０ｏｒｆ５４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ１ＲＬである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ２０ｏｒｆ１１２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ８ｏｒｆ４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＣＤＣ８８Ｃである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＩＬＰである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＩＲＨ１Ａである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＬＵである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＰＶＬである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＳＦ１Ｒである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＴＳＢである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＥＰＢ４１Ｌ３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＢＸＯ３２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＦＩ４４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＬＲＰ１１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＥＧＦ６である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＥＩＳ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＰＨＡＣＴＲ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＰＬＡＴである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＲＰＩＮＧ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＰＣ２５である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＨＥＭＩＳ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＰＳＡＢ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＵＬＫ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＸＡＦ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＺＮＦ２１５である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＢＭＳ１Ｐ２０である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＺＢ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１７である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＫＢＰ１１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＧＬＶ１−４４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＳ４Ａ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＢＣＬ１１Ａである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＭＡＣＲＯＤ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＡＭ１２９Ｃである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＬＤＨ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＫＩＡＡ１５９８である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＧＦＢＩである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＹＭＰである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＡＭＤ４Ａである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＰＸ３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、Ａ２Ｍである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＦＢである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＳＴＬ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＬＣ２７Ａ３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＲＰ１である。
【０１４４】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されている方法に従って、遺伝子発現プロファイルまたはデータは、同じタイプの生体試料から得る。換言すると、本発明の方法で参照する各遺伝子発現プロファイルまたはデータを生成するのに用いる生体試料は、同じタイプの生体試料である。いくつかの実施形態では、生体試料は、腫瘍生検試料である。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、生体試料において、複合体の存在及び／または量を検出することであって、複合体の存在及び／または量によって、遺伝子の発現レベルが示されることを含む。本明細書に記載されている方法で検出する複合体は、ハイブリダイゼーション複合体であることができ、いくつかの実施形態では、このハイブリダイゼーション複合体は、固体支持体に結合している。さらなる実施形態では、この複合体は、検出可能に標識されている。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法の判定ステップは、生体試料において、反応生成物の存在及び／または量を検出することであって、反応生成物の存在及び／または量によって、各遺伝子サブセットにおける遺伝子の発現レベルが示されることを含む。さらなる実施形態では、この反応生成物は、検出可能に標識されている。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、本発明で提供する遺伝子またはバイオマーカーの発現は、その遺伝子またはバイオマーカーのタンパク質レベルを判定することによって判定する。別の実施形態では、本発明で提供する遺伝子またはバイオマーカーの発現は、その遺伝子またはバイオマーカーのｍＲＮＡレベルを判定することによって判定する。さらに別の実施形態では、本発明で提供する遺伝子またはバイオマーカーの発現は、その遺伝子またはバイオマーカーのｍＲＮＡを用いて生成したｃＤＮＡのレベルを判定することによって判定する。したがって、本発明で提供する遺伝子（例えば表１〜３に列挙されているもの）の核酸（例えばｍＲＮＡもしくはｃＤＮＡ）またはタンパク質のアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションを用いて、ＤＬＢＣＬ患者の化合物による治療に対する応答を予測できる。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、用いたアッセイから得たデータに対して、統計解析またはその他の解析を行って、ＲＮＡ転写物またはタンパク質を測定する。特定の具体的な実施形態では、示差的に発現するこれらのＲＮＡ転写物またはタンパク質のｐ値は、０．１、０．５、０．４、０．３、０．２、０．０１、０．０５、０．００１または０．０００１である。いくつかの実施形態では、本発明で示されているｐ値は、２つ以上の値群またはデータ例群間の差の統計的検定の出力である。具体的な実施形態では、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％またはそれを下回る偽発見率（ＦＤＲ）を選択する。ＦＤＲ補正と関連閾値を共通に適用して、複数の仮説検定においてｐ値を補正する。すなわち、多くの値群に同じ検定または比較法を適用してから、観察された差のサブセットの統計的有意性の特定を試みる。いくつかの実施形態では、アッセイ出力の関数変換の出力に、差の仮説検定を適用してもよい。いくつかの実施形態では、差の検定以外の追加のプロセスを用いて、アッセイ出力から得た薬物応答を分類または予測できる。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において難治性であることを含む。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において再発性であることを含む。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において、胚中心Ｂ細胞様サブタイプであることを含む。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において、活性化Ｂ細胞様であることを含む。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、ＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測することであって、ＤＬＢＣＬが、そのＤＬＢＣＬ患者において、ＩＩＩ型であることを含む。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されている方法は、薬物による治療の前に、その薬物を服用したことのあるＤＬＢＣＬ患者において、遺伝子サブセット（複数可）の遺伝子発現プロファイルを判定することであって、各遺伝子サブセットが、腫瘍生検組成物に関連するものであることを含む。
【０１５５】
ある特定の実施形態では、薬物は、ＤＬＢＣＬ患者に、１日当たり約０．１ｍｇ〜１日当たり約１００ｍｇの用量で投与する。別の実施形態では、薬物は、ＤＬＢＣＬ患者に、１日当たり約０．５ｍｇ〜１日当たり約１００ｍｇの用量で投与する。別の実施形態では、薬物は、ＤＬＢＣＬ患者に、１日当たり約０．５ｍｇ〜１日当たり約２０ｍｇの用量で投与する。別の実施形態では、薬物は、ＤＬＢＣＬ患者に、１日当たり約５ｍｇ〜１日当たり約２５ｍｇの用量で投与する。いくつかの実施形態では、薬物は、ＤＬＢＣＬ患者に、１日当たり約０．５ｍｇ〜１日当たり約１０ｍｇの用量で投与する。ある特定の実施形態では、薬物は、ＤＬＢＣＬ患者に、１日当たり約０．５ｍｇ〜１日当たり約１００ｍｇの用量で投与する。
【０１５６】
別の実施形態では、薬物は、１日当たり約０．１ｍｇ、０．５ｍｇ、１ｍｇ、１．５ｍｇ、２ｍｇ、２．５ｍｇ、３ｍｇ、３．５ｍｇ、４．０ｍｇ、４．５ｍｇ、５ｍｇ、５．５ｍｇ、６ｍｇ、６．５ｍｇ、７ｍｇ、７．５ｍｇ、８ｍｇ、８．５ｍｇ、９ｍｇ、９．５ｍｇ、１０ｍｇ、１１ｍｇ、１２ｍｇ、１３ｍｇ、１４ｍｇ、１５ｍｇ、２０ｍｇ、２５ｍｇ、３０ｍｇ、３５ｍｇ、４０ｍｇ、４５ｍｇ、５０ｍｇ、６０ｍｇ、７０ｍｇ、８０ｍｇ、９０ｍｇまたは１００ｍｇの用量で投与する。
【０１５７】
いくつかの実施形態では、薬物は、１日に１回投与する。いくつかの実施形態では、薬物は、１日に２回投与する。ある特定の実施形態では、薬物は、ＤＬＢＣＬ患者に、周期的に投与する。周期療法には、ある期間にわたって活性剤を投与してから、ある期間にわたって休薬し、この順次的な投与を繰り返すことを伴う。したがって、いくつかの実施形態では、薬物は、１日当たり約０．５ｍｇ〜１日当たり約１００ｍｇで、２８日の繰り返しサイクルの１〜１２日目に投与する。具体的な一実施形態では、薬物を２５ｍｇ、１日に１回、２８日の繰り返しサイクルの１〜１２日目に投与する。いくつかの実施形態では、薬物は、間欠的な投与スケジュールで投与する。具体的な一実施形態では、薬物（例えば、レナリドマイドまたは化合物Ａ）は、７日間、すなわち１週間のうち、５日連続で毎日、２ｍｇまたは３ｍｇで投与する。
【０１５８】
いずれかの特定の対象に対するものとして記載されている具体的な薬物用量レベルは、用いる具体的な化合物の活性、患者の年齢、体重、全身の健康状態、性別、食事、投与時間、排泄速度、薬物の組み合わせ、治療対象のＤＬＢＣＬの重症度及び投与形態を含む様々な要因に左右されることが分かる。当業者が、これらの要因に基づき、薬物の適切な用量を容易に判定できることも分かる。処置用量は概して、漸増・漸減させて、安全性と有効性を最適にしてよい。
【０１５９】
薬物は、当該技術分野において知られているいずれかの投与経路（経口投与、静脈内投与、皮下投与または粘膜内投与など）によって投与できる。一実施形態では、レナリドマイドもしくはその立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形をＤＬＢＣＬ患者に経口投与する。一実施形態では、化合物Ａもしくはその立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形をＤＬＢＣＬ患者に経口投与する。いくつかの実施形態では、レナリドマイドもしくはその立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形と、化合物Ａ、その立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形とを組み合わせたものをＤＬＢＣＬ患者に経口投与する。経口用剤形は、錠剤またはカプセル剤であることができる。いくつかの実施形態では、剤形は、錠剤である。いくつかの別の実施形態では、剤形は、カプセル剤である。
【０１６０】
一実施形態では、本明細書に記載されている薬物は、下記の５．５項に説明されているように、別の療法と組み合わせることができる。
【０１６１】
５．４  治療用化合物
５．４．１  ３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）
いくつかの実施形態では、ＤＬＢＣＬ患者に投与する化合物は、３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド、ＲＥＶＬＩＭＩＤ（登録商標））、その立体異性体、それらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物またはそれらの結晶多形である。このような化合物は、当該技術分野において知られている技法を用いて、適切な投与経路用に調合できる。
【０１６２】
５．４．２  ３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（レナリドマイド）の調製
メチル２−ブロモメチル−３−ニトロベンゾエート
フラスコを、２ｃｍ離して設置した１００Ｗの電球で照らしながら、四塩化炭素（２００ｍＬ）中のメチル２−メチル−３−ニトロベンゾエート（１４．０ｇ、７１．７ミリモル）とＮ−ブロモスクシンイミド（１５．３ｇ、８６．１ミリモル）との攪拌混合物を、穏やかな還流下で、１５時間加熱した。この混合物をろ過し、その固体をメチレンクロライド（５０ｍＬ）で洗浄した。このろ過物を水（２×１００ｍＬ）、ブライン（１００ｍＬ）で洗浄し、乾燥した。溶媒を真空下で除去し、残渣をフラッシュクロマトグラフィー（ヘキサン／エチルアセテート、８/２）によって精製して、生成物１９ｇ（９６％）を黄色固体として得た。ｍｐ ７０．０−７１．５℃；１Ｈ ＮＭＲ （ＣＤＣｌ３） δ ８．１２−８．０９（ｄｄ，Ｊ＝１．３ 及び ７．８ Ｈｚ，１Ｈ），７．９７−７．９４（ｄｄ，Ｊ＝１．３ 及び ８．２ Ｈｚ，１Ｈ），７．５４（ｔ，Ｊ＝８．０ Ｈｚ，１Ｈ）．５．１５（ｓ，２Ｈ），４．００（ｓ，３Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ （ＣＤＣｌ３） δ １６５．８５，１５０．５８，１３４．６８，１３２．３８，１２９．０８，１２７．８０，５３．０６，２２．６９；ＨＰＬＣ，Ｗａｔｅｒ Ｎｏｖｅ−Ｐａｋ／Ｃ１８，３．９×１５０ ｍｍ，４ マイクロメートル，１ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，４０／６０ ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液） ７．２７ 分（９８．９２％）；元素分析Ｃ９Ｈ８ＮＯ４Ｂｒに対する計算値： Ｃ，３９．４４；Ｈ，２．９４；Ｎ，５．１ １ ；Ｂｒ，２９．１５．実測値 ： Ｃ，３９．４６；Ｈ，３．００；Ｎ，５．００；Ｂｒ，２９．１１
【０１６３】
ｔ−ブチルＮ−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン
テトラヒドロフラン（９０ｍＬ）中のメチル２−ブロモメチル−３−ニトロベンゾエート（３．５ｇ、１３．０ミリモル）とＬ−グルタミンｔ−ブチルエステルヒドロクロライド（３．１ｇ、１３．０ミリモル）との攪拌混合物に、トリエチルアミン（２．９ｇ、２８．６ミリモル）を滴下した。この混合物を２４時間、加熱還流した。冷却したこの混合物に、メチレンクロライド（１５０ｍＬ）を加え、この混合物を水（２×４０ｍＬ）、ブライン（４０ｍＬ）で洗浄し、乾燥した。溶媒を真空下で除去し、残渣をフラッシュクロマトグラフィー（メチレンクロライド中の３％ＣＨ３ＯＨ）によって精製して、粗生成物２．８４ｇ（６０％）を得、この生成物を次の反応で直接使用した。１Ｈ ＮＭＲ （ＣＤＣｌ３） δ ８．４０（ｄ，Ｊ＝８．１ Ｈｚ，１Ｈ），８．１５（ｄ，Ｊ＝７．５ Ｈｚ，１Ｈ），７．７１（ｔ，Ｊ＝７．８ Ｈｚ，１Ｈ），５．８３（ｓ，１Ｈ），５．６１（ｓ，１Ｈ），５．１２（ｄ，Ｊ＝１９．４ Ｈｚ，１Ｈ），５．０４−４．９８（ｍ，１Ｈ），４．９２（ｄ，Ｊ＝１９．４ Ｈｚ，１Ｈ），２．４９−２．２２（ｍ，４Ｈ）．１．４６（ｓ，９Ｈ）；ＨＰＬＣ，Ｗａｔｅｒｓ Ｎｏｖａ−Ｐａｋ Ｃ１８，３．９×１５０ ｍｍ，４ マイクロメートル，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，２５／７５ ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液） ６．７５ 分（９９．９４％）
【０１６４】
Ｎ−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン
メチレンクロライド（６０ｍＬ）中のｔ−ブチルＮ−（１−オキソ−４−ニトロ−イソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン（３．６ｇ、９．９ミリモル）の５℃の攪拌溶液に、塩化水素ガスを１時間通気した。続いて、さらに１時間、この混合物を室温で攪拌した。エーテル（４０ｍＬ）を加え、得られた混合物を３０分攪拌した。このスラリーをろ過し、エーテルで洗浄し、乾燥して、生成物３．３ｇを得た。１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ８．４５（ｄ，Ｊ＝８．１ Ｈｚ，１Ｈ），８．１５（ｄ，Ｊ＝７．５ Ｈｚ，１Ｈ），７．８３（ｔ，Ｊ＝７．９ Ｈｚ．１Ｈ），７．２４（ｓ，１Ｈ），６．７６（ｓ，１Ｈ），４．９３（ｓ，２Ｈ），４．８４−４．７８（ｄｄ，Ｊ＝４．８及び １０．４ Ｈｚ，１Ｈ），２．３４−２．１０（ｍ，４Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １７３．０３，１７１．８８，１６５．９６，１４３．３５，１３７．４９，１３４．７７，１３０．１０，１２９．６１，１２６．９５，５３．６５，４８．１３，３１．５０，２４．６９；元素分析Ｃ１３Ｈ１３Ｎ３Ｏ６ に対する計算値 ： Ｃ，５０．８２；Ｈ，４．２６；Ｎ，１３．６８．実測値 ： Ｃ，５０．５３；Ｈ．４．３７；Ｎ，１３．２２．
【０１６５】
（Ｓ）−３−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン
無水メチレンクロライド（１５０ｍＬ）中のＮ−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）−Ｌ−グルタミン（３．２ｇ、１０．５ミリモル）の攪拌懸濁混合物をイソプロパノール／ドライアイス浴で、−４０℃まで冷却した。冷却したこの混合物に、チオニルクロライド（０．８２ｍＬ、１１．３ミリモル）を滴下してから、ピリジン（０．９ｇ、１１．３ミリモル）を滴下した。３０分後、トリエチルアミン（１．２ｇ、１１．５ミリモル）を加え、その混合物を−３０〜−４０℃で３時間攪拌した。この混合物を氷水（２００ｍＬ）に注ぎ、水層をメチレンクロライド（４０ｍＬ）で抽出した。このメチレンクロライド溶液を水（２×６０ｍＬ）、ブライン（６０ｍＬ）で洗浄し、乾燥した。溶媒を真空下で除去し、固体の残渣をエチルアセテート（２０ｍＬ）でスラリー化して、生成物２．２ｇ（７５％）を白色固体として得た。ｍｐ ２８５℃；１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ： １．０４（ｓ，１Ｈ），８．４９−８．４５（ｄｄ，Ｊ＝０．８ 及び ８．２ Ｈｚ，１Ｈ），８．２１−８．１７（ｄｄ，Ｊ＝７．３ Ｈｚ，１Ｈ），７．８４（ｔ，Ｊ＝７．６ Ｈｚ，１Ｈ），５．２３−５．１５（ｄｄ，Ｊ＝４．９ 及び １３．０ Ｈｚ，１Ｈ），４．９６（ｄｄ，Ｊ＝１９．３ 及び ３２．４ Ｈｚ，２Ｈ），３．００−２．８５（ｍ，１Ｈ），２．６４−２．４９（ｍ，２Ｈ），２．０８−１．９８（ｍ，１Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ− ｄ６） δ １７２．７９，１７０．６９，１６５．９３，１４３．３３，１３７．４０，１３４．６８，１３０．１５，１２９．６０，１２７．０２，５１．８２，４８．４３，３１．１６．２２．２３；ＨＰＬＣ，Ｗａｔｅｒｓ Ｎｏｖｅ−Ｐａｋ／Ｃ１８，３．９×１５０ ｍｍ，４ マイクロメートル，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，２０／８０ ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液） ３．６７ 分（１００％）；元素分析Ｃ１３ＨｎＮ３Ｏ５に対する計算値 ： Ｃ，５３．９８；Ｈ，３．８３；Ｎ，１４．５３．実測値 ： Ｃ，５３．９２；Ｈ，３．７０；Ｎ，１４．１０．
【０１６６】
３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン
メタノール（６００ｍＬ）中の（Ｓ）−３−（１−オキソ−４−ニトロイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン（１．０ｇ、３．５ミリモル）と１０％Ｐｄ／Ｃ（０．３ｇ）との混合物をＰａｒｒ−Ｓｈａｋｅｒ装置で、５０ｐｓｉの水素において、５時間、水素化した。この混合物をセライトでろ過し、そのろ過物を真空下で濃縮した。その固体を熱エチルアセテート中で３０分、スラリー化し、ろ過し、乾燥して、生成物０．４６ｇ（５１％）を白色固体として得た。融点２３５．５−２３９℃；１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １１．０１ （ｓ，１Ｈ）．７．１９（ｔ，Ｊ＝７．６ Ｈｚ，１Ｈ）．６．９０（ｄ．Ｊ＝７．３ Ｈｚ，１Ｈ），６．７８（ｄ，Ｊ＝７．８ Ｈｚ，１Ｈ），５．４２（ｓ，２Ｈ）．５．１２（ｄｄ．Ｊ＝５．１ 及び １３．１ Ｈｚ，１Ｈ），４．１７（ｄｄ，Ｊ＝１７．０ 及び ２８．８ Ｈｚ，２Ｈ），２．９２−２．８５（ｍ，１Ｈ）．２．６４−２．４９（ｍ，１Ｈ）．２．３４−２．２７（ｍ，１Ｈ），２．０６−１．９９（ｍ，１Ｈ）；１３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １７２．８５，１７１．１９，１６８．８４，１４３．５８，１３２．２２．１２８．７９，１２５．５６，１ １６．３７，１ １０．３９，５１．４８，４５．４９，３１．２０，２２．７４；ＨＰＬＣ．Ｗａｔｅｒｓ Ｎｏｖａ−Ｐａｋ／Ｃ１８，３．９×１５０ ｍｍ，４ マイクロメートル，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，１０／９０ ＣＨ３ＣＮ／０．１％Ｈ３ＰＯ４（水溶液） ０．９６ 分（１００％）；キラル分析，Ｄａｉｃｅｌ Ｃｈｉｒａｌ Ｐａｋ ＡＤ，４０／６０ ヘキサン／ＩＰＡ，６．６０ 分（９９．４２％）；元素分析Ｃ１３Ｈ１３Ｎ３Ｏ３に対する計算値： Ｃ，６０．２３；Ｈ，５．０５；Ｎ，１６．２１．実測値 ： Ｃ，５９．９６；Ｈ．４．９８；Ｎ，１５．８４．
【０１６７】
３−（４−アミノ−１−オキソ−１，３−ジヒドロ−イソインドール−２−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンは、当該技術分野において知られている方法によっても、例えば、Ｄｒｕｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｕｔｕｒｅ，２００３，２８（５）：４２５−４３１（参照により、その全体が援用される）に示されているようにして調製してよい。
【０１６８】
５．４．３  ３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（化合物Ａ）
いくつかの実施形態では、患者に投与する化合物は、下記の構造を有する３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（「化合物Ａ」）、
【化１】
2018529344.tif 000008
またはその立体異性体、またはそれらの製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物、またはそれらの結晶多形である。このような化合物は、当該技術分野において知られている技法を用いて、適切な投与経路用に調合できる。
【０１６９】
化合物Ａは、米国特許第７，６３５，７００号（その開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される）に記載されているようにして調製できる。この化合物は、本発明の教示に基づき、当業者には明らかな別の方法に従って合成することもできる。ある特定の実施形態では、化合物Ａは、２０１４年８月１２日に提出された米国特許第８，８０２，６８５号（参照により、その全体が本明細書に援用される）に記載されている結晶形態である。いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法において、化合物Ａの塩酸塩を使用する。化合物Ａを用いて、がん及びその他の疾患を治療、予防及び／または管理する方法は、２０１２年９月１２日に公開された米国特許出願公開第２０１２／０２３０９８３号（参照により、その全体が本明細書に援用される）に記載されている。
【０１７０】
５．４．４  化合物Ａの調製
水（５００ｍＬ）中の水酸化カリウム（１６．１ｇ、２８６ミリモル）の溶液に、３−ニトロフタルイミド（２５．０ｇ、１３０ミリモル）を少しずつ、０℃で加えた。この懸濁液を０℃で３時間攪拌してから、３０℃まで３時間加熱した。この溶液に、ＨＣｌ（１００ｍＬ、６Ｎ）を加えた。得られた懸濁液を０℃まで１時間冷却した。この懸濁液をろ過し、冷水（２×１０ｍＬ）で洗浄して、３−ニトロ−フタルアミド酸を白色固体として得た（２４．６ｇ、収率９０％）。１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ７．６９ （ｂｒｓ，１Ｈ，ＮＨＨ），７．７４ （ｔ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），７．９２ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），８．１３ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），８．１５ （ｂｒｓ，１Ｈ，ＮＨＨ），１３．５９ （ｓ，１Ｈ，ＯＨ）；１３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １２５．３３，１２９．１５，１３０．２５，１３２．５４，１３６．７２，１４７．０３，１６５．９０，１６７．３１．
【０１７１】
水（１１８ｍＬ）中の３−ニトロ−フタルアミド酸（２４．６ｇ、１１７ミリモル）と水酸化カリウム（６．５６ｇ、１１７ミリモル）の混合物に、水（２４０ｍＬ）中の臭素（６ｍＬ）と水酸化カリウム（１３．２ｇ、２３４ミリモル）の混合物を０℃で加えてから、水（３５０ｍＬ）中の水酸化カリウム（１９．８ｇ、３５１ミリモル）の溶液を加えた。０℃で５分後、この混合物を１００℃の油浴で１時間加熱した。この反応溶液を室温まで冷却してから、氷水浴で３０分冷却した。この混合物に、ＨＣｌ（２４０ｍＬ、２Ｎ）の溶液を０℃で滴下し、得られた混合物を１時間静置した。この懸濁液をろ過し、水（５ｍＬ）で洗浄して、２−アミノ−６−ニトロ−安息香酸を黄色固体として得た（１５．６ｇ、収率７３％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｍｍｅｔｒｙ Ｃ１８，５μｍ，３．９ × １５０ ｍｍ，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，ＣＨ３ＣＮ／０．１％ Ｈ３ＰＯ４，５分で５％〜９５％勾配，５．８３ 分 （８５％）；１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６）  δ ６．９０ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），７．０１ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，９ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），７．３１ （ｔ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），８．５−９．５ （ｂｒｓ，３Ｈ，ＯＨ，ＮＨ２）；１３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ １０５．５８，１１０．１４，１２０．０７，１３１．７４，１４９．８０，１５１．３６，１６６．３０；ＬＣＭＳ：ＭＨ ＝ １８３．
【０１７２】
無水酢酸（１５ｍＬ）中の２−アミノ−６−ニトロ−安息香酸（１．５ｇ、８．２ミリモル）の混合物を２００℃で３０分、電子レンジで加熱した。この混合物をろ過し、エチルアセテート（２０ｍＬ）で洗浄した。このろ過物を真空下で濃縮した。この固体をエーテル（２０ｍＬ）中で２時間攪拌した。この懸濁剤をろ過し、エーテル（２０ｍＬ）で洗浄して、２−メチル−５−ニトロ−ベンゾ［ｄ］［１，３］オキサジン−４−オンを淡褐色固体として得た（１．４ｇ、収率８５％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｍｍｅｔｒｙ Ｃ１８，５μｍ，３．９ × １５０ ｍｍ，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，ＣＨ３ＣＮ／０．１％ Ｈ３ＰＯ４，５分で５％〜９５％勾配，５．３６ 分 （９２％）；１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６）  δ ２．４２ （ｓ，３Ｈ，ＣＨ３），７．７９ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），７．９３ （ｄｄ，Ｊ ＝ １，８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），８．０６ （ｔ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ）；１３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６）  δ ２０．８７，１０７．７９，１２１．５４，１２８．８７，１３７．１９，１４７．１２，１４８．４６，１５５．１８，１６１．７８；ＬＣＭＳ：ＭＨ ＝ ２０７．
【０１７３】
ピリジン（１５ｍＬ）中の５−ニトロ−２−メチル−ベンゾ［ｄ］［１，３］オキサジン−４−オン（０．６０ｇ、２．９１ミリモル）と３−アミノ−ピペリジン−２，６−ジオン水素クロライド（０．４８ｇ、２．９１ミリモル）との懸濁液がそれぞれ入った２個のバイアルを１７０℃で１０分、電子レンジで加熱した。この懸濁液をろ過し、ピリジン（５ｍＬ）で洗浄した。このろ過物を真空下で濃縮した。得られた混合物をＨＣｌ（３０ｍＬ、１Ｎ）、エチルアセテート（１５ｍＬ）及びエーテル（１５ｍＬ）中で２時間攪拌した。この懸濁液をろ過し、水（３０ｍＬ）とエチルアセテート（３０ｍＬ）で洗浄し、濃褐色固体を得、この固体をメタノール（５０ｍＬ）とともに、室温で一晩攪拌した。この懸濁液をろ過し、メタノールで洗浄して、３−（２−メチル−５−ニトロ−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンを黒色固体として得た（４９０ｍｇ、収率２７％）。この固体を、さらに精製することなく次のステップで使用した。
【０１７４】
ＤＭＦ（４０ｍＬ）中の３−（２−メチル−５−ニトロ−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオン（２５０ｍｇ）とＰｄ（ＯＨ）２炭素（１１０ｍｇ）との混合物を水素下（５０ｐｓｉ）で１２時間振盪した。この懸濁液をセライトパッドでろ過し、ＤＭＦ（１０ｍＬ）で洗浄した。このろ過物を真空下で濃縮し、得られた油を、フラッシュカラムクロマトグラフィー（シリカゲル、メタノール／メチレンクロライド）によって精製して、３−（５−アミノ−２−メチル−４−オキソ−４Ｈ−キナゾリン−３−イル）−ピペリジン−２，６−ジオンを白色固体として得た（１５６ｍｇ、収率６９％）。ＨＰＬＣ：Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｍｍｅｔｒｙ Ｃ１８，５μｍ，３．９ × １５０ ｍｍ，１ ｍＬ／分，２４０ ｎｍ，１０／９０ ＣＨ３ＣＮ／０．１％ Ｈ３ＰＯ４，３．５２ 分 （９９．９％）；ｍｐ：２９３−２９５  ℃；１Ｈ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６）  δ ２．１０−２．１７ （ｍ，１Ｈ，ＣＨＨ），２．５３ （ｓ，３Ｈ，ＣＨ３），２．５９−２．６９ （ｍ，２Ｈ，ＣＨ２），２．７６−２．８９ （ｍ，１Ｈ，ＣＨＨ），５．１４ （ｄｄ，Ｊ ＝ ６，１１ Ｈｚ，１Ｈ，ＮＣＨ），６．５６ （ｄ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），６．５９ （ｄ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），７．０２ （ｓ，２Ｈ，ＮＨ２），７．３６ （ｔ，Ｊ ＝ ８ Ｈｚ，１Ｈ，Ａｒ），１０．９８ （ｓ，１Ｈ，ＮＨ）；１３Ｃ ＮＭＲ （ＤＭＳＯ−ｄ６） δ ２０．９８，２３．１４，３０．５２，５５．９２，１０４．１５，１１０．４８，１１１．３７，１３４．９２，１４８．１７，１５０．５５，１５３．６２，１６２．５９，１６９．６５，１７２．５７；ＬＣＭＳ：ＭＨ ＝ ２８７；元素分析Ｃ１４Ｈ１４Ｎ４Ｏ３ ＋ ０．３ Ｈ２Ｏに対する計算値：Ｃ，５７．６５；Ｈ，５．０５；Ｎ，１９．２１．実測値：Ｃ，５７．５０；Ｈ，４．７３；Ｎ，１９．００．
【０１７５】
描写されている構造と、その構造に付された名称との間に相違がある場合には、描写されている構造を優先すべきことに留意されたい。加えて、構造または構造の一部の立体化学が、例えば、太線または破線によって示されていない場合には、その構造または構造の一部は、そのすべての立体異性体を含むものとして解釈するものとする。
【０１７６】
５．５  併用療法
１つ以上の追加の治療剤（追加の活性成分または活性剤など）を、本明細書に記載されている薬物の投与と併用して、ＤＬＢＣＬ患者を治療できる。具体的な一実施形態では、１つ以上の追加の活性成分または活性剤は、本発明で提供する方法であって、薬物を用いる方法において使用できる。この１つ以上の追加の治療剤は、本明細書に記載されている薬物を投与する前、投与するのと同時、または投与した後に投与できる。本明細書に記載されている薬物と追加の活性剤の患者への投与は、同じまたは異なる投与経路によって、同時または順次に行うことができる。特定の活性剤で用いる特定の投与経路の適性は、その活性剤自体（例えば、その活性剤が、血流に入る前に分解することなく、経口投与できるか否か）と、治療するがんに左右されることになる。追加の活性剤または成分の投与経路は、当業者に知られている。例えば、Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ’  Ｄｅｓｋ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅを参照されたい。
【０１７７】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載されている薬物と追加の活性剤は、血液がん（例えばＤＬＢＣＬ）患者に周期的に投与する。周期療法には、ある期間にわたって活性剤を投与してから、ある期間にわたって休薬し、この順次的な投与を繰り返すことを伴う。周期療法は、療法剤のうちの１つ以上に対する耐性の発達を軽減したり、療法剤のうちの１つの副作用を回避もしくは軽減したり、及び／または治療の有効性を向上させたりできる。
【０１７８】
本明細書に記載されている薬物と併せて投与する追加の活性剤は、大分子（例えばタンパク質）または小分子（例えば、合成無機分子、有機金属分子もしくは有機分子）であることができる。ある特定の実施形態では、追加の活性剤は、免疫調節治療剤である。別の実施形態では、追加の活性剤は、本明細書に記載されている薬物ではない。大分子活性剤の例としては、造血成長因子、サイトカイン、モノクローナル抗体及びポリクローナル抗体が挙げられるが、これらに限らない。ある特定の実施形態では、大分子活性剤は、天然のタンパク質または人工的に作られたタンパク質のような生体分子である。有用なタンパク質としては、インビトロまたはインビボにおいて、造血前駆細胞と免疫学的に活性な造血細胞の生存及び／または増殖を刺激するタンパク質が挙げられる。その他のタンパク質は、インビトロまたはインビボにおいて、細胞におけるコミッティッド赤血球前駆細胞の分裂と分化を刺激する。特定のタンパク質としては、ＩＬ−２（組み換えＩＬ−ＩＩ（「ｒＩＬ２」）とカナリアポックスＩＬ−２を含む）、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２及びＩＬ−１８のようなインターロイキン、インターフェロンα−２ａ、インターフェロンα−２ｂ、インターフェロンα−ｎ１、インターフェロンα−ｎ３、インターフェロンβ−Ｉａ及びインターフェロンγ−Ｉｂのようなインターフェロン、ＧＭ−ＣＦ及びＧＭ−ＣＳＦ、ならびにＥＰＯが挙げられるが、これらに限らない。
【０１７９】
本開示の方法及び組成物で使用できる特定のタンパク質としては、米国でＮＥＵＰＯＧＥＮ（登録商標）（カリフォルニア州サウザンドオークスのＡｍｇｅｎ）という商品名で販売されているフィルグラスチム、米国でＬＥＵＫＩＮＥ（登録商標）（ワシントン州シアトルのＩｍｍｕｎｅｘ）という商品名で販売されているサルグラモスチム、及び米国でＥＰＧＥＮ（登録商標）（カリフォルニア州サウザンドオークスのＡｍｇｅｎ）という商品名で販売されている組み換えＥＰＯが挙げられるが、これらに限らない。
【０１８０】
本発明で提供する方法及び組成物では、ＡｃｔＲＩＩレセプターのインヒビターまたはアクチビン−ＡｃｔＲＩＩインヒビターを用いてよい。ＡｃｔＲＩＩレセプターとしては、ＡｃｔＲＩＩＡインヒビターとＡｃｔＲＩＩＢインヒビターが挙げられる。ＡｃｔＲＩＩレセプターのインヒビターは、ＡｃｔＲＩＩのアクチビン結合ドメインを含むポリペプチドであることができる。ある特定の実施形態では、アクチビン結合ドメインを含むポリペプチドは、抗体のＦｃ部分に連結している（すなわち、ＡｃｔＲＩＩレセプターのアクチビン結合ドメインを含むポリペプチドと、抗体のＦｃ部分とを含むコンジュゲート体を生成する）。ある特定の実施形態では、アクチビン結合ドメインは、リンカー、例えばペプチドリンカーを介して、抗体のＦｃ部分に連結している。アクチビンまたはＡｃｔＲＩＩＡの結合用に選択するこのような非抗体タンパク質と、その設計及び選択方法の例は、ＷＯ／２００２／０８８１７１、ＷＯ／２００６／０５５６８９、ＷＯ／２００２／０３２９２５、ＷＯ／２００５／０３７９８９、ＵＳ２００３／０１３３９３９及びＵＳ２００５／０２３８６４６（それぞれ、参照により、その全体が本明細書に援用される）に見出される。
【０１８１】
ＧＭ−ＣＳＦの組み換え形態と変異形態は、米国特許第５，３９１，４８５号、同第５，３９３，８７０号及び同第５，２２９，４９６号（それぞれの開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される）に記載されているようにして調製できる。Ｇ−ＣＳＦの組み換え形態と変異形態は、米国特許第４，８１０，６４３号、同第４，９９９，２９１号、同第５，５２８，８２３号及び同第５，５８０，７５５号（それぞれの開示内容は、参照により、その全体が本明細書に援用される）に記載されているようにして調製できる。
【０１８２】
本開示には、天然タンパク質、自然発生タンパク質及び組み換えタンパク質を用いることが含まれる。本開示にはさらに、自然発生タンパク質の変異体及び誘導体（例えば改変形態）であって、その由来元のタンパク質の薬理活性を少なくとも一部、インビボにおいて示す変異体及び誘導体が含まれる。変異体の例としては、自然発生形態のタンパク質における対応するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基を１つ以上有するタンパク質が挙げられるが、これらに限らない。「変異体」という用語には、その自然発生形態に通常存在している糖鎖部分を欠損しているタンパク質（例えば、非グリコシル化形態）も含まれる。誘導体の例としては、ペグ化誘導体と、融合タンパク質（ＩｇＧ１またはＩｇＧ３を対象のタンパク質またはタンパク質の活性部分に融合することによって形成されるタンパク質など）が挙げられるが、これらに限らない。例えば、Ｐｅｎｉｃｈｅｔ，Ｍ．Ｌ．ａｎｄ  Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｓ．Ｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２４８：９１−１０１（２００１）を参照されたい。
【０１８３】
本明細書に記載されている薬物と併用できる抗体としては、モノクローナル抗体とポリクローナル抗体が挙げられる。抗体の例としては、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ）、リツキシマブ（ＲＩＴＵＸＡＮ（登録商標））、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））、ペルツズマブ（ＯＭＮＩＴＡＲＧ（商標））、トシツモマブ（ＢＥＸＸＡＲ（登録商標））、エドレコロマブ（ＰＡＮＯＲＥＸ（登録商標））、パニツムマブ及びＧ２５０が挙げられるが、これらに限らない。本発明で提供する免疫調節治療剤は、抗ＴＮＦα抗体と組み合わせることも、抗ＴＮＦα抗体と併用することもできる。
【０１８４】
大分子活性剤は、抗がんワクチンの形態で投与してよい。例えば、本開示の方法、医薬組成物及びキットでは、ＩＬ−２、ＳＣＦ、ＣＸＣ１４（血小板因子４）、Ｇ−ＣＳＦ及びＧＭ−ＣＳＦのようなサイトカインを分泌するかまたは分泌させるワクチンを用いることができる。例えば、Ｅｍｅｎｓ，Ｌ．Ａ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．３（１）：７７−８４（２００１）を参照されたい。
【０１８５】
小分子である追加の活性剤を用いて、本明細書に記載されている薬物の投与と関連する有害作用を緩和することもできる。しかしながら、いくつかの大分子のように、多くは、免疫調節治療剤とともに、（例えば、その投与前、その投与後または同時に）投与すると、相乗効果をもたらすことができると考えられている。小分子の追加の活性剤の例としては、抗がん剤、抗生剤、免疫抑制剤及びステロイドが挙げられるが、これらに限らない。
【０１８６】
抗がん剤の例としては、アブラキサン、ａｃｅ−１１、アシビシン、アクラルビシン、アコダゾール塩酸塩、アクロニン、アドゼレシン、アルデスロイキン、アルトレタミン、アルボマイシン、アメタントロンアセテート、アムルビシン、アムサクリン、アナストロゾール、アントラマイシン、アスパラギナーゼ、アスペルリン、アザシチジン、アゼテパ、アゾトマイシン、バチマスタット、ベンゾデパ、ビカルタミド、ビサントレン塩酸塩、ビスナフィドジメシレート、ビゼレシン、ブレオマイシンサルフェート、ブレキナルナトリウム、ブロピリミン、ブスルファン、カクチノマイシン、カルステロン、カラセミド、カルベチマー、カルボプラチン、カルムスチン、カルビシン塩酸塩、カルゼレシン、セデフィンゴール、セレコキシブ（ＣＯＸ−２インヒビター）、クロラムブシル、シロレマイシン、シスプラチン、クラドリビン、クリスナトールメシレート、シクロホスファミド、シタラビン、ダカルバジン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン塩酸塩、デシタビン、デキソルマプラチン、デザグアニン、デザグアニンメシレート、ジアジクオン、ドセタキセル、ドキソルビシン、ドキソルビシン塩酸塩、ドロロキシフェン、ドロロキシフェンシトレート、ドロモスタノロンプロピオネート、デュアゾマイシン、エダトレキセート、エフロルニチン塩酸塩、エルサミトルシン、エンロプラチン、エンプロメート、エピプロピジン、エピルビシン塩酸塩、エルブロゾール、エソルビシン塩酸塩、エストラムスチン、エストラムスチンホスフェートナトリウム、エタニダゾール、エトポシド、エトポシドホスフェート、エトプリン、ファドロゾール塩酸塩、ファザラビン、フェンレチニド、フロクスウリジン、フルダラビンホスフェート、フルオロウラシル、フルオロシタビン、ホスキドン、ホストリエシンナトリウム、ゲムシタビン、ゲムシタビン塩酸塩、ハーセプチン、ヒドロキシウレア、イダルビシン塩酸塩、イホスファミド、イルモホシン、イプロプラチン、イリノテカン、イリノテカン塩酸塩、ランレオチドアセテート、ラパチニブ、レトロゾール、ロイプロリドアセテート、リアロゾール塩酸塩、ロメテレキソールナトリウム、ロムスチン、ロソキサントロン塩酸塩、マソプロコール、メイタンシン、メクロレタミン塩酸塩、メゲストロールアセテート、メレンゲストロールアセテート、メルファラン、メノガリル、メルカプトプリン、メトトレキセート、メトトレキセートナトリウム、メトプリン、メツレデパ、ミチンドミド、ミトカルシン、ミトクロミン、ミトギリン、ミトマルシン、マイトマイシン、ミトスペル、ミトタン、ミトキサントロン塩酸塩、ミコフェノール酸、ノコダゾール、ノガラマイシン、オルマプラチン、オキシスラン、パクリタキセル、ペグアスパラガーゼ、ペリオマイシン、ペンタムスチン、ペプロマイシンサルフェート、ペルホスファミド、ピポブロマン、ピポスルファン、ピロキサントロン塩酸塩、プリカマイシン、プロメスタン、ポルフィマーナトリウム、ポルフィロマイシン、プレドニムスチン、プロカルバジン塩酸塩、ピューロマイシン、ピューロマイシン塩酸塩、ピラゾフリン、リボプリン、ロミデプシン、サフィンゴール、サフィンゴール塩酸塩、セムスチン、シムトラゼン、スパルホセートナトリウム、スパルソマイシン、スピロゲルマニウム塩酸塩、スピロムスチン、スピロプラチン、幹細胞治療剤（ＰＤＡ−００１など）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、スロフェヌル、タリソマイシン、テコガランナトリウム、タキソテール、テガフール、テロキサントロン塩酸塩、テモポルフィン、テニポシド、テロキシロン、テストラクトン、チアミプリン、チオグアニン、チオテパ、チアゾフリン、チラパザミン、トレミフェンシトレート、トレストロンアセテート、トリシリビンホスフェート、トリメトレキセート、トリメトレキセートグルクロネート、トリプトレリン、ツブロゾール塩酸塩、ウラシルマスタード、ウレデパ、バプレオチド、ベルテポルフィン、ビンブラスチンサルフェート、ビンクリスチンサルフェート、ビンデシン、ビンデシンサルフェート、ビネピジンサルフェート、ビングリシネートサルフェート、ビンロイロシンサルフェート、ビノレルビンタートレート、ビンロシジンサルフェート、ビンゾリジンサルフェート、ボロゾール、ゼニプラチン、ジノスタチン及びゾルビシン塩酸塩が挙げられるが、これらに限らない。
【０１８７】
他の抗がん薬としては、２０−ｅｐｉ−１，２５ジヒドロキシビタミンＤ３、５−エチニルウラシル、アビラテロン、アクラルビシン、アシルフルベン、アデシペノール、アドゼレシン、アルデスロイキン、ＡＬＬ−ＴＫアンタゴニスト、アルトレタミン、アンバムスチン、アミドックス、アミホスチン、アミノレブリン酸、アムルビシン、アムサクリン、アナグレリド、アナストロゾール、アンドログラホリド、血管新生インヒビター、アンタゴニストＤ、アンタゴニストＧ、アンタレリクス、抗背側化形態形成タンパク質−１、前立腺癌用抗アンドロゲン、抗エストロゲン、アンチネオプラストン、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アフィジコリングリシネート、アポトーシス遺伝子モジュレーター、アポトーシスレギュレーター、アプリン酸、ａｒａ−ＣＤＰ−ＤＬ−ＰＴＢＡ、アルギニンデアミナーゼ、アスラクリン、アタメスタン、アトリムスチン、アキシナスタチン１、アキシナスタチン２、アキシナスタチン３、アザセトロン、アザトキシン、アザチロシン、バッカチンＩＩＩ誘導体、バラノール、バチマスタット、ＢＣＲ／ＡＢＬアンタゴニスト、ベンゾクロリン、ベンゾイルスタウロスポリン、βラクタム誘導体、β−アレチン、βクラマイシンＢ、ベツリン酸、ｂ−ＦＧＦインヒビター、ビカルタミド、ビサントレン、ビスアジリジニルスペルミン、ビスナフィド、ビストラテンＡ、ビゼレシン、ブレフレート、ブロピリミン、ブドチタン、ブチオニンスルホキシミン、カルシポトリオール、カルホスチンＣ、カンプトテシン誘導体、カペシタビン、カルボキサミド−アミノ−トリアゾール、カルボキシアミドトリアゾール、ＣａＲｅｓｔ  Ｍ３、ＣＡＲＮ７００、軟骨由来インヒビター、カルゼレシン、カゼインキナーゼインヒビター（ＩＣＯＳ）、カスタノスペルミン、セクロピンＢ、セトロレリックス、クロリン、クロロキノキサリンスルホンアミド、シカプロスト、シス−ポルフィリン、クラドリビン、クロミフェン類似体、クロトリマゾール、コリスマイシンＡ、コリスマイシンＢ、コンブレタスタチンＡ４、コンブレタスタチン類似体、コナゲニン、クラムベシジン８１６、クリスナトール、クリプトフィシン８、クリプトフィシンＡ誘導体、クラシンＡ、シクロペンタントラキノン、シクロプラタム、シペマイシン、シタラビンオクホスフェート、細胞溶解因子、サイトスタチン、ダクリキシマブ、デシタビン、デヒドロジデムニンＢ、デスロレリン、デキサメタゾン、デキシホスファミド、デクスラゾキサン、デクスベラパミル、ジアジクオン、ジデムニンＢ、ジドックス、ジエチルノルスペルミン、ジヒドロ−５−アザシチジン、９−ジヒドロタキソール、ジオキサマイシン、ジフェニルスピロムスチン、ドセタキセル、ドコサノール、ドラセトロン、ドキシフルリジン、ドキソルビシン、ドロロキシフェン、ドロナビノール、デュオカルマイシンＳＡ、エブセレン、エコムスチン、エデルホシン、エドレコロマブ、エフロルニチン、エレメン、エミテフール、エピルビシン、エプリステリド、エストラムスチン類似体、エストロゲンアゴニスト、エストロゲンアンタゴニスト、エタニダゾール、エトポシドホスフェート、エキセメスタン、ファドロゾール、ファザラビン、フェンレチニド、���ィルグラスチム、フィナステリド、フラボピリドール、フレゼラスチン、フルアステロン、フルダラビン、フルオロダウノルビシン塩酸塩、ホルフェニメクス、フォルメスタン、ホストリエシン、フォテムスチン、ガドリニウムテキサフィリン、ガリウムニトレート、ガロシタビン、ガニレリクス、ゼラチナーゼインヒビター、ゲムシタビン、グルタチオンインヒビター、ヘプスルファム、ヘレグリン、ヘキサメチレンビスアセトアミド、ヒペリシン、イバンドロン酸、イダルビシン、イドキシフェン、イドラマントン、イルモホシン、イロマスタット、イマチニブ（例えば、ＧＬＥＥＶＥＣ（登録商標））、イミキモド、免疫賦活ペプチド、インスリン様成長因子−１レセプターインヒビター、インターフェロンアゴニスト、インターフェロン、インターロイキン、ヨーベングアン、ヨードドキソルビシン、４−イポメアノール、イロプラクト、イルソグラジン、イソベンガゾール、イソホモハリコンドリンＢ、イタセトロン、ジャスプラキノリド、カハラリドＦ、ラメラリン−Ｎトリアセテート、ランレオチド、レイナマイシン、レノグラスチム、レンチナンサルフェート、レプトルスタチン、レトロゾール、白血病抑制因子、白血球αインターフェロン、ロイプロリド＋エストロゲン＋プロゲステロン、リュープロレリン、レバミゾール、リアロゾール、直鎖ポリアミン類似体、親油性二糖ペプチド、親油性白金化合物、リッソクリナミド７、ロバプラチン、ロンブリシン、ロメテレキソール、ロニダミン、ロソキサントロン、ロキソリビン、ルルトテカン、ルテチウムテキサフィリン、リソフィリン、溶解ペプチド、マイタンシン、マンノスタチンＡ、マリマスタット、マソプロコール、マスピン、マトリリシンインヒビター、マトリックスメタロプロテイナーゼインヒビター、メノガリル、メルバロン、メテレリン、メチオニナーゼ、メトクロプラミド、ＭＩＦインヒビター、ミフェプリストン、ミルテフォシン、ミリモスチム、ミトグアゾン、ミトラクトール、マイトマイシン類似体、ミトナフィド、マイトトキシン線維芽細胞成長因子−サポリン、ミトキサントロン、モファロテン、モルグラモスチム、アービタックス、ヒト絨毛性ゴナドトロピン、モノホスホリルリピッドＡ＋マイコバクテリウム細胞壁ｓｋ、モピダモール、マスタード抗がん剤、マイカペルオキシドＢ、マイコバクテリア細胞壁抽出物、ミリアポロン、Ｎ−アセチルジナリン、Ｎ−置換ベンズアミド、ナファレリン、ナグレスチップ、ナロキソン＋ペンタゾシン、ナパビン、ナフテルピン、ナルトグラスチム、ネダプラチン、ネモルビシン、ネリドロン酸、ニルタミド、ニサマイシン、一酸化窒素モジュレーター、窒素酸化物抗酸化剤、ニトルリン、オブリメルセン（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））、Ｏ６−ベンジルグアニン、オクトレオチド、オキセノン、オリゴヌクレオチド、オナプリストン、オンダンセトロン、オンダンセトロン、オラシン、経口サイトカイン誘導剤、オルマプラチン、オサテロン、オキサリプラチン、オキサウノマイシン、パクリタキセル、パクリタキセル類似体、パクリタキセル誘導体、パラウアミン、パルミトイルリゾキシン、パミドロン酸、パナキシトリオール、パノミフェン、パラバクチン、パゼリプチン��ペグアスパラガーゼ、ペルデシン、ペントサンポリサルフェートナトリウム、ペントスタチン、ペントロゾール、ペルフルブロン、ペルホスファミド、ペリリルアルコール、フェナジノマイシン、フェニルアセテート、フォスファターゼインヒビター、ピシバニール、ピロカルピン塩酸塩、ピラルビシン、ピリトレキシム、プラセチンＡ、プラセチンＢ、プラスミノゲンアクチベーターインヒビター、白金錯体、白金化合物、白金−トリアミン複合体、ポルフィマーナトリウム、ポルフィロマイシン、プレドニゾン、プロピルビス−アクリドン、プロスタグランジンＪ２、プロテアソームインヒビター、タンパク質Ａベースの免疫調節剤、タンパク質キナーゼＣインヒビター、タンパク質キナーゼＣインヒビター、微細藻、タンパク質チロシンフォスファターゼインヒビター、プリンヌクレオシドホスホリラーゼインヒビター、プルプリン、ピラゾロアクリジン、ピリドキシル化ヘモグロビンポリオキシエチレンコンジュゲート、ｒａｆアンタゴニスト、ラルチトレキセド、ラモセトロン、ｒａｓファルネシルタンパク質トランスフェラーゼインヒビター、ｒａｓインヒビター、ｒａｓ−ＧＡＰインヒビター、デメチル化レテリプチン、レニウムＲｅ１８６エチドロネート、リゾキシン、リボザイム、ＲＩＩレチナミド、ロヒツキン、ロムルチド、ロキニメクス、ルビギノンＢ１、ルボキシル、サフィンゴール、セイントピン、ＳａｒＣＮＵ、サルコフィトールＡ、サルグラモスチム、Ｓｄｉ１模倣体、セムスチン、老化由来インヒビター１、センスオリゴヌクレオチド、シグナル伝達インヒビター、シゾフラン、ソブゾキサン、ナトリウムボロカプテート、ナトリウムフェニルアセテート、ソルベロール、ソマトメジン結合タンパク質、ソネルミン、スパルホス酸、スピカマイシンＤ、スピロムスチン、スプレノペンチン、スポンジスタチン１、スクアラミン、スチピアミド、ストロメライシンインヒビター、スルフィノシン、超活性血管作動性腸管ペプチドアンタゴニスト、スラジスタ、スラミン、スワインソニン、タリムスチン、タモキシフェンメチオジド、タウロムスチン、タザロテン、テコガランナトリウム、テガフール、テルラピリリウム、テロメラーゼインヒビター、テモポルフィン、テニポシド、テトラクロロデカオキシド、テトラゾミン、タリブラスチン、チオコラリン、トロンボポエチン、トロンボポエチン模倣体、チマルファシン、チモポイエチンレセプターアゴニスト、チモトリナン、甲状腺刺激ホルモン、チンエチルエチオプルプリン、チラパザミン、二塩化チタノセン、トプセンチン、トレミフェン、翻訳インヒビター、トレチノイン、トリアセチルウリジン、トリシリビン、トリメトレキセート、トリプトレリン、トロピセトロン、ツロステリド、チロシンキナーゼインヒビター、チルフォスチン、ＵＢＣインヒビター、ウベニメクス、尿生殖路由来成長阻害因子、ウロキナーゼレセプターアンタゴニスト、バプレオチド、バリロリンＢ、ベラレゾール、ベルアミン、ベルジン、ベルテポルフィン、ビノレルビン、ビンキサルチン、ビタキシン、ボロゾール、ザノテロン、ゼニプラチン、ジラスコルブ及びジノスタチンスチマラマーが挙げられるが、これらに限らない。
【０１８８】
具体的な追加の活性剤としては、オブリメルセン（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））、レミケード、ドセタキセル、セレコキシブ、メルファラン、デキサメタゾン（ＤＥＣＡＤＲＯＮ（登録商標））、ステロイド、ゲムシタビン、シスプラチナム、テモゾロミド、エトポシド、シクロホスファミド、テモダール、カルボプラチン、プロカルバジン、グリアデル、タモキシフェン、トポテカン、メトトレキセート、ＡＲＩＳＡ（登録商標）、タキソール、タキソテール、フルオロウラシル、ロイコボリン、イリノテカン、ゼローダ、ＣＰＴ−１１、インターフェロンα、ペグ化インターフェロンα（例えば、ＰＥＧ  ＩＮＴＲＯＮ−Ａ）、カペシタビン、シスプラチン、チオテパ、フルダラビン、カルボプラチン、リポソームダウノルビシン、シタラビン、ドキセタキソール、パクリタキセル、ビンブラスチン、ＩＬ−２、ＧＭ−ＣＳＦ、ダカルバジン、ビノレルビン、ゾレドロン酸、パルミトロネート、バイアキシン、ブスルファン、プレドニゾン、ビスホスホネート、三酸化ヒ素、ビンクリスチン、ドキソルビシン（ＤＯＸＩＬ（登録商標））、パクリタキセル、ガンシクロビル、アドリアマイシン、エストラムスチンナトリウムホスフェート（ＥＭＣＹＴ）、スリンダク及びエトポシドが挙げられるが、これらに限らない。
【０１８９】
５．６  生体試料
ある特定の実施形態では、本発明で提供する様々な方法では、患者由来の試料（例えば生体試料）を用いる。患者は、男性または女性であることができ、成人、小児または乳児であることができる。試料は、ＤＬＢＣＬが活動期中のとき、またはＤＬＢＣＬが活動していないときに、解析できる。一実施形態では、本明細書に記載されている薬物を投与する前、投与するのと同時、及び／または投与した後に、試料を患者から得る。具体的な一実施形態では、本明細書に記載されている薬物を投与する前に、試料を患者から得る。ある特定の実施形態では、患者由来の２つ以上の試料を得ることができる。
【０１９０】
ある特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、対象の体液を含む。体液の非限定的な例としては、血液（例えば、末梢全血、末梢血）、血漿、羊水、房水、胆汁、耳垢、クーパー液、射精前液、乳び、び汁、膣液、間質液、リンパ、月経、母乳、粘液、胸膜液、膿汁、唾液、皮脂、精液、血清、汗、涙、尿、膣潤滑液、嘔吐物、水、糞便、体内液（脳と脊髄を取り囲む脳脊髄液、骨関節を取り囲む滑液、細胞内の流体である細胞内液及び硝子体液（眼球内の流体）を含む）が挙げられる。いくつかの実施形態では、試料は、血液試料である。血液試料は、例えば、Ｉｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ，ｅｄｉｔｏｒｓ，ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９９０）に記載されているような従来の技法を用いて得ることができる。白血球は、従来の技法または市販のキット、例えばＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐというキット（カナダ、バンクーバーのＳｔｅｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、血液試料から分離できる。従来の技法、例えば、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）（カリフォルニア州オーバーンのＭｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ）または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）（カリフォルニア州サンノゼのＢｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を用いて、白血球、例えば単核球、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球またはリンパ球の亜集団をさらに単離できる。
【０１９１】
一実施形態では、血液試料は、約０．１ｍＬ〜約１０．０ｍＬ、約０．２ｍＬ〜約７ｍＬ、約０．３ｍＬ〜約５ｍＬ、約０．４ｍＬ〜約３．５ｍＬまたは約０．５ｍＬ〜約３ｍＬである。別の実施形態では、血液試料は、約０．３ｍＬ、０．４ｍＬ、０．５ｍＬ、０．６ｍＬ、０．７ｍＬ、０．８ｍＬ、０．９ｍＬ、１．０ｍＬ、１．５ｍＬ、２．０ｍＬ、２．５ｍＬ、３．０ｍＬ、３．５ｍＬ、４．０ｍＬ、４．５ｍＬ、５．０ｍＬ、６．０ｍＬ、７．０ｍＬ、８．０ｍＬ、９．０ｍＬまたは１０．０ｍＬである。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、本発明の方法で用いる試料は、生検体（例えば腫瘍生検体）を含む。生検体は、いずれかの器官または組織、例えば、皮膚、肝臓、肺、心臓、大腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、体毛、脾臓、脳、乳房またはその他の器官に由来することができる。具体的な一実施形態では、本明細書に記載されている方法で用いる試料は、腫瘍生検体を含む。対象から試料を単離するには、当業者に知られているいずれかの生検技法、例えば、オープン生検、クローズ生検、コア生検、切開生検、切除生検または細針吸引生検を用いることができる。
【０１９３】
一実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、患者が、ＤＬＢＣＬの治療を受ける前に、その対象から採取する。別の実施形態では、試料は、対象が、ＤＬＢＣＬの治療を受けている間に、その患者から採取する。別の実施形態では、試料は、患者が、ＤＬＢＣＬの治療を受けた後に、その患者から採取する。様々な実施形態では、この治療は、本明細書に記載されている薬物（例えば５．４項を参照）を対象に投与することを含む。
【０１９４】
ある特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、複数の細胞を含む。このような細胞としては、いずれかのタイプの細胞、例えば、幹細胞、血液細胞（例えば、末梢血単核球）、リンパ球、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球、免疫細胞、または腫瘍もしくはがん細胞を挙げることができる。腫瘍もしくはがん細胞、または腫瘍組織（腫瘍生検体もしくは腫瘍移植体）。Ｔ細胞（Ｔリンパ球）としては、例えば、ヘルパーＴ細胞（エフェクターＴ細胞またはＴｈ細胞）、細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）、メモリーＴ細胞及び制御性Ｔ細胞が挙げられる。一実施形態では、本発明で提供する方法で用いる細胞は、例えば、フローサイトメトリーによって検出する、ＣＤ３＋Ｔ細胞である。本発明の方法で用いるＴ細胞の数は、単一細胞から約１０９個の細胞の範囲であることができる。Ｂ細胞（Ｂリンパ球）としては、例えば、血漿Ｂ細胞、樹状細胞、記憶Ｂ細胞、Ｂ１細胞、Ｂ２細胞、辺縁帯Ｂ細胞及び濾胞性Ｂ細胞が挙げられる。Ｂ細胞は、免疫グロブリン（抗体、Ｂ細胞レセプター）を発現することができる。
【０１９５】
特定の細胞集団は、市販の抗体（例えば、Ｑｕｅｓｔ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ（カリフォルニア州のＳａｎ  Ｊｕａｎ  Ｃａｐｉｓｔｒａｎｏ）、Ｄａｋｏ（デンマーク））を組み合わせたものを用いて得ることができる。
【０１９６】
ある特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、ＤＬＢＣＬ患者の罹患組織由来のものである。ある特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる細胞の数は、単一細胞から約１０９個の細胞の範囲であることができる。いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法で用いる細胞の数は、約１×１０４個、５×１０４個、１×１０５個、５×１０５個、１×１０６個、５×１０６個、１×１０７個、５×１０７個、１×１０８個または５×１０８個である。
【０１９７】
対象から採取する細胞の数及びタイプは、例えば、フローサイトメトリー、細胞選別、免疫細胞化学（例えば、組織特異的もしくは細胞マーカー特異的抗体での染色）、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）のような標準的な細胞検出技法を用いて、形態と細胞表面マーカーの変化を測定すること、光学もしくは共焦点顕微鏡を用いて、細胞の形態を調べること、及び／ならびにＰＣＲ及び遺伝子発現プロファイリングのように、当該技術分野において周知の技法を用いて、遺伝子発現の変化を測定することによってモニタリングできる。これらの技法を用いて、１つ以上の特定のマーカーに対して陽性である細胞を特定することもできる。蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）は、粒子の蛍光特性に基づき、細胞を含むその粒子を分離するための周知な方法である（Ｋａｍａｒｃｈ，１９８７，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ，１５１：１５０−１６５）。個々の粒子における蛍光部分のレーザー励起により、わずかに荷電させて、混合物から陽性粒子と陰性粒子を電磁的に分離可能になる。一実施形態では、細胞表面マーカーに特異的な抗体またはリガンドが別個の蛍光標識で標識されている。細胞をセルソーターで処理して、用いる抗体に対する細胞の結合能力に基づき、細胞を分離可能にする。ＦＡＣＳで選別した粒子は、９６ウェルまたは３８４ウェルプレートの各ウェルに直接堆積させて、分離とクローニングを促してよい。
【０１９８】
ある特定の実施形態では、本発明で提供する方法では、細胞サブセットを用いる。特定の細胞集団を選別及び単離する方法は、当該技術分野において周知であり、細胞のサイズ、形態、または細胞内マーカーもしくは細胞外マーカーに基づくことができる。このような方法としては、フローサイトメトリー、フローソーティング、ＦＡＣＳ、磁気細胞選別のようなビーズベースの分離、サイズベースの分離（例えば、ふるい、障害物の配列またはフィルター）、マイクロフルイディクスデバイスでの選別、抗体ベースの分離、沈降、親和性吸着、親和性抽出、密度勾配遠心分離、レーザーキャプチャーマイクロダイセクションなどが挙げられるが、これらに限らない。
【０１９９】
５．７  ＲＮＡ発現の検出方法
いくつかのｍＲＮＡレベルの検出または定量方法が当該技術分野において知られている。例示的な方法としては、ノーザンブロット、リボヌクレアーゼ保護アッセイ、ＰＣＲベースの方法などが挙げられるが、これらに限らない。ｍＲＮＡ配列を用いて、少なくとも部分的に相補的であるプローブを調製できる。続いて、いずれかの好適なアッセイ（ＰＣＲベースの方法、ノーザンブロッティング、ディップスティックアッセイなど）を使用して、試料中のｍＲＮＡ配列を検出するのに、そのプローブを用いることができる。
【０２００】
別の実施形態では、生体試料における免疫調節活性を試験するための核酸アッセイ体を調製できる。アッセイ体は典型的には、固体支持体と、その支持体と接触する少なくとも１つの核酸であって、表１、表２または表３に列挙されている遺伝子によってコードされるｍＲＮＡの少なくとも一部に対応する核酸とを含む。このアッセイ体は、試料におけるｍＲＮＡの発現の変化を検出するための手段を有することもできる。
【０２０１】
このアッセイ方法は、所望のｍＲＮＡ情報のタイプに応じて変化し得る。例示的な方法としては、ノーザンブロット及びＰＣＲベースの方法（例えばＲＴ−ｑＰＣＲ）が挙げられるが、これらに限らない。ＲＴ−ｑＰＣＲのような方法は、試料中のｍＲＮＡの量を正確に定量することもできる。
【０２０２】
いずれかの好適なアッセイプラットフォームを用いて、試料中のｍＲＮＡの存在を割り出すことができる。例えば、アッセイは、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレートまたは光ファイバーの形態であってよい。アッセイシステムは、ｍＲＮＡに対応する核酸が結合している固体支持体を有してよい。この固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、毛細管、フィルム、プレートまたはスライドを含んでよい。アッセイの構成要素は、ｍＲＮＡを検出するためのキットとして、併せて調製及びパッケージ化できる。
【０２０３】
所望の場合、核酸を標識して、標識化ｍＲＮＡの集団を作製できる。概して、試料は、当該技術分野において周知である方法を用いて（例えば、ＤＮＡリガーゼ、ターミナルトランスフェラーゼを用いるか、またはＲＮＡ骨格を標識することによってなど。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ  ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  １９９５及びＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００１  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．を参照されたい）標識できる。いくつかの実施形態では、試料は、蛍光標識で標識する。例示的な蛍光色素としては、キサンテン色素、フルオレセイン色素、ローダミン色素、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、６カルボキシ−２’，４’，７’，４，７−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、６カルボキシ４’，５’ジクロロ２’，７’ジメトキシフルオレセイン（ＪＯＥまたはＪ）、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’テトラメチル６カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡまたはＴ）、６カルボキシＸローダミン（ＲＯＸまたはＲ）、５カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ５またはＧ５）、６カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ６またはＧ６）及びローダミン１１０、シアニン色素、例えばＣｙ３、Ｃｙ５及びＣｙ７色素、Ａｌｅｘａ色素，例えばＡｌｅｘａ−ｆｌｕｏｒ−５５５、クマリン、ジエチルアミノクマリン、ウンベリフェロン、ベンズイミド色素、例えばＨｏｅｃｈｓｔ３３２５８、フェナントリジン色素、例えばＴｅｘａｓ  Ｒｅｄ、エチジウム色素、アクリジン色素、カルバゾール色素、フェノキサジン色素、ポルフィリン色素、ポリメチン色素，ＢＯＤＩＰＹ色素、キノリン色素、ピレン、フルオレセインクロロトリアジニル、Ｒ１１０、エオシン、ＪＯＥ、Ｒ６Ｇ、テトラメチルローダミン、リサミン、ＲＯＸ、ナフトフルオレセインなどが挙げられるが、これらに限らない。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ配列は、表１、表２もしくは表３に列挙されている遺伝子、またはそれらの断片によってコードされるｍＲＮＡから選択した少なくとも１つのｍＲＮＡを含む。この核酸は、固体支持体上の特定のアドレス可能な位置に存在してよく、それぞれ、細胞または患者において、免疫調節化合物の処理によって示差的に発現するｍＲＮＡ配列の少なくとも一部に対応する。
【０２０５】
典型的なｍＲＮＡアッセイ方法は、１）表面結合対象プローブを得るステップと、２）特異的な結合をもたらすのに十分な条件で、ｍＲＮＡの集団と、その表面結合プローブとをハイブリダイズさせるステップと、（３）ハイブリダイゼーション後の洗浄を行って、ハイブリダイズにおける未結合の核酸を除去するステップと、（４）ハイブリダイズしたｍＲＮＡを検出するステップとを含むことができる。これらの各ステップで用いる試薬と、用いる条件は、特定の用語によって異なってよい。
【０２０６】
ハイブリダイズは、好適なハイブリダイズ条件で行うことができ、この条件は、所望に応じて、ストリンジェンシーの点で異なり得る。典型的な条件は、相補的な結合部材間、すなわち、表面結合対象プローブと試料中の相補的なｍＲＮＡとの間で、固体表面上に、プローブ／標的複合体を生成させるのに十分な条件である。ある特定の実施形態では、ストリンジェントなハイブリダイズ条件を用いてよい。
【０２０７】
ハイブリダイゼーションは典型的には、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件で行う。標準的なハイブリダイズ技法（例えば、試料中の標的ｍＲＮＡのプローブへの特異的な結合をもたらすのに十分な条件下）は、Ｋａｌｌｉｏｎｉｅｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５８：８１８−８２１（１９９２）及びＷＯ９３／１８１８６に記載されている。一般的技法のいくつかの指針は、例えば、Ｔｉｊｓｓｅｎ，Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｐａｒｔｓ  Ｉ  ａｎｄ  ＩＩ  （Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ  １９９３）で入手可能である。インサイチュハイブリダイズに適する技法の説明については、Ｇａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２１：４７０−４８０（１９８１）及びＡｎｇｅｒｅｒ  ｅｔ  ａｌ．ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ（Ｓｅｔｌｏｗ  ａｎｄ  Ｈｏｌｌａｅｎｄｅｒ，Ｅｄｓ．）Ｖｏｌ  ７，ｐａｇｅｓ４３−６５（Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８５）を参照されたい。温度、塩濃度、ポリヌクレオチド濃度、ハイブリダイズ時間、洗浄条件のストリンジェンシーなどを含む適切な条件の選択は、試料の供給源、捕捉物質が何であるか、予測される相補性の程度などを含む実験設計に依存し、当業者にとっては、日常的な実験で定めることができる。
【０２０８】
代替的かつ同等のハイブリダイゼーション条件と洗浄条件を用いて、同様のストリンジェンシーの条件をもたらすことができることを当業者は容易に認識するであろう。
【０２０９】
ｍＲＮＡハイブリダイズ手順の後、典型的には、表面結合ポリヌクレオチドを洗浄して、未結合の核酸を除去する。洗浄は、いずれかの利便的な洗浄プロトコールを用いて行ってよく、その洗浄条件は典型的には、上記のように、ストリンジェントな条件である。続いて、標準的な技法を用いて、標的ｍＲＮＡのプローブへのハイブリダイズを検出する。
【０２１０】
ＰＣＲベースの方法のような他の方法を用いて、表１、表２または表３の遺伝子の発現を追跡できる。ＰＣＲ方法の例は、文献に見ることができる。ＰＣＲアッセイの例は、米国特許第６，９２７，０２４号に見ることができ、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。ＲＴ−ＰＣＲ法の例は、米国特許第７，１２２，７９９号に見ることができ、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。蛍光インサイチュＰＣＲの方法は、米国特許第７，１８６，５０７号に記載されており、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。
【０２１１】
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ標的の検出と定量化の両方に、リアルタイム逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）を使用できる（Ｂｕｓｔｉｎ，ｅｔ  ａｌ．，２００５，Ｃｌｉｎ．Ｓｃｉ．，１０９：３６５−３７９）。ＲＴ−ｑＰＣＲによって得られた定量結果は概して、定性的データよりも情報に富む。したがって、いくつかの実施形態では、ＲＴ−ｑＰＣＲベースのアッセイは、細胞ベースのアッセイの最中に、ｍＲＮＡレベルを測定するのに有用であり得る。ＲＴ−ｑＰＣＲ法は、患者の治療をモニタリングするのにも有用である。ＲＴ−ｑＰＣＲベースの方法の例は、例えば、米国特許第７，１０１，６６３号に見ることができ、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。
【０２１２】
通常の逆転写酵素ＰＣＲとアガロースゲルによる解析とは対照的に、リアルタイムＰＣＲからは、定量結果が得られる。リアルタイムＰＣＲのさらなる利点は、比較的容易なことと、使用しやすいことである。リアルタイムＰＣＲ用の機器（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００など）は市販されており、リアルタイムＰＣＲ用の試薬（ＴａｑＭａｎ配列検出物質など）も市販されている。例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ａｓｓａｙｓをメーカーの指示に従って用いることができる。これらのキットは、ヒト、マウス及びラットのｍＲＮＡ転写物の迅速かつ信頼性の高い検出と定量化を行うために、事前に調合された遺伝子発現アッセイ体である。例示的なＰＣＲプログラムは、例えば、５０℃で２分、９５℃で１０分、９５℃で１５秒を４０サイクル、６０℃で１分である。
【０２１３】
特定のアンプリコンの蓄積と関連する蛍光シグナルが閾値と交差するサイクル数（ＣＴという）を割り出すために、例えば、比較ＣＴ相対定量計算方法を用いた７５００  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｖ１．３というソフトウェアを用いて、データを解析できる。この方法を用いて、出力を発現レベルの倍数変化として表す。いくつかの実施形態では、閾値レベルは、ソフトウェアが自動的に割り出すように選択できる。いくつかの実施形態では、閾値レベルは、ベースラインを上回るが、増幅曲線の指数増加領域内に入るように十分に低くなるように設定する。
【０２１４】
当業者に知られている技法を用いて、ＲＮＡ転写物（複数可）の量を測定してよい。いくつかの実施形態では、ディープシークエンシング（ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）ＲＮＡＳｅｑ、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）次世代シークエンシング（ＮＧＳ）、ＩＯＮ  ＴＯＲＲＥＮＴ（商標）ＲＮＡ次世代シークエンシング、４５４（商標）パイロシークエンシングまたはＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｂｙ  Ｏｌｉｇｏ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ（ＳＯＬＩＤ（商標））など）を用いて、１個、２個、３個、４個、５個またはそれを上回る数のＲＮＡ転写物の量を測定する。別の実施形態では、マイクロアレイ及び／又は遺伝子チップを用いて、複数のＲＮＡ転写物の量を測定する。ある特定の実施形態では、１個、２個、３個またはそれを上回る数のＲＮＡ転写物の量をＲＴ−ＰＣＲによって割り出す。別の実施形態では、１個、２個、３個またはそれを上回る数のＲＮＡ転写物の量をＲＴ−ｑＰＣＲによって割り出す。これらのアッセイを行う技法は、当業者に知られている。さらに別の実施形態では、ＲＮＡ転写物の解析には、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（例えば、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（登録商標）Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓによって供給されているｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）ｍｉＲＮＡ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ａｓｓａｙｓ）を使用する。
【０２１５】
５．８  タンパク質発現の検出方法
いくつかのタンパク質検出方法及び定量方法を用いて、タンパク質のレベルを測定できる。いずれかの好適なタンパク質定量方法を用いることができる。いくつかの実施形態では、抗体ベースの方法を使用する。使用できる例示的な方法としては、イムノブロッティング（ウェスタンブロット）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫組織化学法、フローサイトメトリー、サイトメトリックビーズアレイ、質量分析法などが挙げられるが、これらに限らない。直接ＥＬＩＳＡ、間接ＥＬＩＳＡ及びサンドイッチＥＬＩＳＡを含むいくつかのタイプのＥＬＩＳＡが広く用いられている。
【０２１６】
５．９  キット
一態様では、本発明で提供するのは、１つ以上の容器に、本明細書に記載されている薬物（５．４項参照）またはその医薬組成物と、使用説明書を含む医薬またはアッセイキットである。ある特定の実施形態における、本明細書に記載されている薬物に対するＤＬＢＣＬ患者の応答性を予測するのに有用であるキット。さらなる実施形態では、容器には、薬物とともに、薬物またはその組成物を対象に投与するのに必要な１つの器具または複数の器具が同梱されている。いくつかの実施形態では、本発明で提供する説明書には、ＤＬＢＣＬ患者が、本明細書に記載されている薬物に応答することを示すために、遺伝子または遺伝子サブセットが達する必要のあるスコア、閾値発現レベルまたは発現に適用される関数変換の出力が示されている。
【０２１７】
ある特定の実施形態では、キットは、容器に、本明細書に記載されている薬物またはその医薬組成物を含むとともに、１つ以上の別の容器に、本明細書に記載されているアッセイ（複数可）を行うために必要な１つの試薬または複数の試薬を含む。ある特定の実施形態では、このキットは、固体支持体と、生体試料における少なくとも１つのバイオマーカー（例えば、表１、２または３に定められている、示差的に発現する遺伝子）のＲＮＡまたはタンパク質の発現を検出する手段を含む。このようなキットでは、例えば、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレートまたは光ファイバーを用いてよい。このキットの固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、毛細管、フィルム、プレートまたはスライドであることができる。
【０２１８】
具体的な一実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器に、本明細書に記載されている薬物またはその医薬組成物を含み、１つ以上の容器に、ＲＮＡを単離する成分をさらに含む。別の具体的な実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器に、本明細書に記載されている薬物または医薬組成物を含み、１つ以上の容器に、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、ディープシークエンシングまたはマイクロアレイ（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇアッセイなど）を行う構成要素をさらに含む。いくつかの実施形態では、キットは、固体支持体と、その支持体と接触する核酸であって、ｍＲＮＡの少なくとも２０個、５０個、１００個、２００個、３５０個またはそれを上回る塩基と相補的である核酸と、生体試料中のｍＲＮＡの発現を検出する手段を含む。
【０２１９】
別の具体的な実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器に、本明細書に記載されている薬物またはその医薬組成物を含み、１つ以上の容器に、タンパク質を単離するための構成要素をさらに含む。別の具体的な実施形態では、医薬またはアッセイキットは、容器に、本明細書に記載されている薬物または医薬組成物を含み、１つ以上の容器に、フローサイトメトリーまたはＥＬＩＳＡを行うための成分をさらに含む。
【０２２０】
別の態様では、本発明で提供するのは、バイオマーカーを測定するためのキットであって、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものの遺伝子または遺伝子サブセット（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを上回る数の遺伝子）の遺伝子産物のうちの１つ以上の存在量を測定するのに必要な材料を供給するキットである。このようなキットは、ＲＮＡまたはタンパク質を測定するのに必要な材料と試薬を含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、マイクロアレイを含み、このマイクロアレイは、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものの遺伝子または遺伝子サブセットのうちの１つ以上の産物の１つ以上にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド及び／又はＤＮＡ及び／又はＲＮＡ断片で構成されている。いくつかの実施形態では、このようなキットは、遺伝子または遺伝子サブセットのいずれかのＲＮＡ産物もしくはＲＮＡ産物のｃＤＮＡコピーまたはこの両方のＰＣＲのためのプライマーを含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、ＰＣＲのためのプライマーと、定量ＰＣＲのためのプローブを含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、複数のプライマーと複数のプローブを含んでよく、前記プローブのいくつかは、遺伝子産物または複数の遺伝子産物の複数の産物をマルチプレックス解析できるように、異なるフルオロフォアを有する。いくつかの実施形態では、このようなキットは、ＲＮＡからｃＤＮＡを作製するための材料と試薬をさらに含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものの遺伝子もしくは遺伝子サブセットのタンパク質産物に対して特異的な抗体を含んでよい。加えて、このようなキットは、生体試料からＲＮＡ及び／又はタンパク質を単離するための材料と試薬を含んでよい。加えて、このようなキットは、生体試料から単離したＲＮＡからｃＤＮＡを合成するための材料と試薬を含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、コンピューター可読媒体に組み込まれたコンピュータープログラム製品であって、患者が、本明細書に記載されているような薬物に応答するかを予測するためのプログラム製品を含んでよい。いくつかの実施形態では、キットは、説明書とともに、コンピューター可読媒体に組み込まれたコンピュータープログラム製品を含んでよい。
【０２２１】
いくつかの実施形態における、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものの遺伝子または遺伝子サブセットの１つ以上の核酸配列の発現を測定するためのキット。具体的な一実施形態では、このようなキットは、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものの遺伝子または遺伝子サブセットと関連する１つ以上の核酸配列の発現を測定する。この実施形態によれば、キットは、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものの遺伝子または遺伝子サブセットの特定の核酸配列産物の発現を測定するのに必要な材料と試薬を含んでよい。例えば、特定の状態に対して、マイクロアレイまたはＲＴ−ＰＣＲキットを作成してよく、このキットは、本明細書に記載されている薬物による治療に、ＤＬＢＣＬ患者が応答するかを予測するために、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものの遺伝子または遺伝子サブセットの特定のＲＮＡ転写産物のレベルを測定するのに必要な試薬と材料のみを含む。あるいは、いくつかの実施形態では、キットは、表１、２もしくは３、またはこれらを組み合わせたもののいずれかの特定の遺伝子の特定の核酸配列の発現を測定するのに必要な材料と試薬に限定されない材料と試薬を含むことができる。例えば、ある特定の実施形態では、キットは、表１、２または３の遺伝子以外の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個またはそれを上回る数の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬と材料に加えて、表１、２または３の遺伝子の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個または２６個の発現のレベルを測定するのに必要な材料と試薬を含む。別の実施形態では、キットは、表１、２または３の遺伝子の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１５個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個またはそれを上回る数と、表１、２もしくは３の遺伝子ではない１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１２５個、１５０個、１７５個、２００個、２２５個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個もしくはそれを上回る数の遺伝子、または表１、２もしくは３の遺伝子ではない１〜１０個、１〜１００個、１〜１５０個、１〜２００個、１〜３００個、１〜４００個、１〜５００個、１〜１０００個、２５〜１００個、２５〜２００個、２５〜３００個、２５〜４００個、２５〜５００個、２５〜１０００個、１００〜１５０個、１００〜２００個、１００〜３００個、１００〜４００個、１００〜５００個、１００〜１０００個もしくは５００〜１０００個の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬と材料を含む。
【０２２２】
核酸マイクロアレイキットでは、キットは概して、固体支持体表面に結合しているプローブを含む。このような実施形態の１つでは、プローブは、オリゴヌクレオチド、または１５０ヌクレオチド長〜８００ヌクレオチド長の範囲のプローブを含むさらに長いプローブのいずれかであることができる。このプローブは、検出可能な標識で標識してよい。具体的な一実施形態では、このプローブは、表１、２または３の遺伝子産物の１つ以上に対して特異的である。このマイクロアレイキットは、アッセイと、そのアッセイを行うことによって得られるデータの解釈及び解析の方法とを行うための説明書を含んでよい。具体的な一実施形態では、キットは、本明細書に記載されている薬物による治療に、ＤＬＢＣＬ患者が応答するかを予測するための説明書を含む。キットは、ハイブリダイズ試薬及び／又はプローブが標的核酸配列にハイブリダイズすると生成されるシグナルを検出するための試薬も含んでよい。概して、マイクロアレイキット用の材料と試薬は、１つ以上の容器に入っている。キットの各構成要素は概して、独自の好適な容器に入っている。
【０２２３】
ある特定の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、表１、２または３の遺伝子以外の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１５個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個またはそれを上回る数の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬と材料に加えて、表１、２もしくは３、またはこれらを組み合わせたものに定められている遺伝子の１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個またはそれを上回る数の発現のレベルを測定するのに必要な材料と試薬を含む。別の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、表１、２もしくは３、またはこれらをいずれかに組み合わせたものの遺伝子の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１５個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個またはそれを超える数と、表１の遺伝子ではない１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１２５個、１５０個、１７５個、２００個、２２５個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個もしくはそれを超える数の遺伝子、または表１、２もしくは３の遺伝子ではない１７個、１〜１０個、１〜１００個、１〜１５０個、１〜２００個、１〜３００個、１〜４００個、１〜５００個、１〜１０００個、２５〜１００個、２５〜２００個、２５〜３００個、２５〜４００個、２５〜５００個、２５〜１０００個、１００〜１５０個、１００〜２００個、１００〜３００個、１００〜４００個、１００〜５００個、１００〜１０００個もしくは５００〜１０００個の遺伝子の発現のレベルを測定するのに必要な試薬と材料を含む。
【０２２４】
定量ＰＣＲでは、キットは概して、事前に選択したプライマーであって、特定の核酸配列に対して特異的なプライマーを含む。定量ＰＣＲキットは、核酸を増幅するのに適する酵素（例えば、Ｔａｑのようなポリメラーゼ）と、増幅のために反応混合物に必要なデオキシヌクレオチド及び緩衝剤も含んでよい。定量ＰＣＲキットは、状態と関連するかまたは状態を示す核酸配列に対して特異的なプローブも含んでよい。プローブは、フルオロフォアで標識してもしなくてもよい。プローブは、消光分子で標識してもしなくてもよい。いくつかの実施形態では、定量ＰＣＲキットは、逆転写反応に必要なデオキシヌクレオチドと緩衝剤ともに、ＲＮＡを逆転写するのに適する構成要素（酵素（例えば、ＡＭＶ、ＭＭＬＶなどのような逆転写酵素）及び逆転写用のプライマーを含む）も含む。定量ＰＣＲキットの各構成要素は概して、独自の好適な容器に入っている。したがって、これらのキットは概して、個々の各試薬、酵素、プライマー及びプローブに適する別々の容器を含む。さらに、定量ＰＣＲキットは、アッセイと、そのアッセイを行うことによって得られるデータの解釈及び解析の方法を行うための説明書を含んでよい。具体的な一実施形態では、キットは、ＤＬＢＣＬ患者が、本明細書に記載されている薬物に応答するかを予測するための説明書を含む。
【０２２５】
抗体ベースのキットでは、そのキットは、例えば、（１）目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質に結合する第１の抗体（固体支持体に結合していてもしていなくてもよい）と、任意に応じて、（２）ペプチド、ポリペプチドもしくはタンパク質、または第１の抗体のいずれかに結合するとともに、検出可能な標識（例えば、蛍光標識、放射性同位体または酵素）にコンジュゲートされている第２の別の抗体を含むことができる。具体的な一実施形態では、目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質は、状態（例えば疾患）と関連するか、またはそれを示す。抗体ベースのキットは、免疫沈降を行うためのビーズも含んでよい。抗体ベースのキットの各構成要素は概して、独自の好適な容器に入っている。したがって、これらのキットは概して、各抗体に適する別々の容器を含む。さらに、抗体ベースのキットは、アッセイと、そのアッセイを行うことによって得られるデータの解釈及び解析の方法とを行うための説明書を含んでよい。具体的な一実施形態では、キットは、ＤＬＢＣＬ患者が、本明細書に記載されている薬物による治療に応答するかを予測するための説明書を含む。
【０２２６】
本明細書では、例示目的で、具体的な実施形態について説明してきたが、本明細書で提供するものの趣旨及び範囲から逸脱せずに、様々な修正を行ってよいことは、上記内容から分かるであろう。上で引用した参考文献はいずれも、参照により、その全体が本明細書に援用される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【国際調査報告】
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