(57)【要約】雑種の乳牛の選択、生成、及び育種のためのシステム、ならびに雑種の牛群を維持するための方法を記載する。複数の雑種の乳牛の各々のメンバーを分析し；及び雑種の乳牛の能力に基づいてＦ０ウシを種牛として選択するステップを含む方法。異種交雑動物群の維持方法であって：複数のＦ１雌乳牛の各々に異種交雑胚を移植するステップを含み、ここで、前記雑種の雌乳牛の各々が、第一の「Ｆ１選択異種交雑」から生じ、ここで、「Ｆ１選択交雑」が、Ｆ０雄性配偶子を用いてＦ０雌性配偶子を受精させることを含む交雑であり、ここで：ａ）前記Ｆ０雄性及び雌性配偶子が異なる品種に由来し；ならびに、ｂ）前記Ｆ０雄性及び雌性配偶子の一方または両方が、同じ個体または系統の交雑で生成した先育成Ｆ１子孫の能力に基づいて選択した個体または系統に由来し；ここで、移植する各Ｆ１交雑胚が、第二のＦ１選択異種交雑から生じる、前記維持方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の雑種の乳牛の各々のメンバーを分析し；及び
雑種の乳牛の能力に基づいてＦ０ウシを種牛として選択するステップを含む方法。
【請求項２】
能力に基づくＦ０ウシの選択が、両系統のＦ０に比べて前記雑種のウシのほうが優れている少なくとも１つの能力特性のレベルまたは性質に基づいて選択することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記能力に基づいてウシを選択するステップが、前記１つ以上の能力特性の前記レベルまたは性質と相関する遺伝子シグネチャを検出することを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項４】
前記Ｆ１ウシが乳牛である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記Ｆ１ウシが雌の乳牛である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
交雑乳牛を活用する上でのヘテロシスの最大化方法であって、前記方法が、雄性及び雌性Ｆ０配偶子から生成したＦ１胚を送達するステップを含み、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子が異なる品種に由来する、前記最大化方法。
【請求項７】
ウシの育種方法であって：
雄性及び雌性Ｆ０配偶子から胚を作製することを含み、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成の雑種子孫の能力に基づいて選択した前記Ｆ０個体に由来し、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子が異なる品種に由来する、前記育種方法。
【請求項８】
雑種動物群の生成方法であって：
Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じる雑種胚を、複数の宿主雌ウシのそれぞれに移植するステップを含む、前記生成方法。
【請求項９】
異種交雑動物群の維持方法であって：
複数のＦ１雌乳牛の各々に異種交雑胚を移植するステップを含み、ここで、前記雑種の雌乳牛の各々が、第一の「Ｆ１選択異種交雑」から生じ、ここで、「Ｆ１選択交雑」が、Ｆ０雄性配偶子を用いてＦ０雌性配偶子を受精させることを含む交雑であり、ここで：
ａ）前記Ｆ０雄性及び雌性配偶子が異なる品種に由来し；ならびに、
ｂ）前記Ｆ０雄性及び雌性配偶子の一方または両方が、同じ個体または系統の交雑で生成した先育成Ｆ１子孫の能力に基づいて選択した個体または系統に由来し；
ここで、移植する各Ｆ１交雑胚が、第二のＦ１選択異種交雑から生じる、前記維持方法。
【請求項１０】
所望の形質を有する雑種Ｆ１動物の交雑種群の維持方法であって、前記Ｆ１の形質の交雑状態を、Ｆ１の能力に基づいて選択した胚の胚移植を行うことによって維持する、前記維持方法。
【請求項１１】
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体または系統由来の雄性Ｆ０配偶子、雌性Ｆ０配偶子、または雄性及び雌性Ｆ０配偶子の両方を利用する、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体または系統由来の雄性Ｆ０配偶子を利用する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑における同じ個体由来の雄性Ｆ０配偶子を利用する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記Ｆ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体または系統由来の雌性Ｆ０配偶子を利用する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑で利用する系統由来の雌性Ｆ０配偶子を利用する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑で利用するものとは異なる個体または系統由来の雄性または雌性配偶子を利用する、請求項９に記載の方法。
【請求項１７】
前記異なる個体または系統が、前記第一のＦ１子孫選択異種交雑で使用する対応する前記Ｆ０個体または系統の能力に比べて向上した前記異なる個体または系統のＦ１子孫の能力に基づいて選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１７に記載の方法であって：
前記第一のＦ１選択異種交雑で利用する前記Ｆ０個体または系統の一方または両方に由来するＦ０配偶子を利用する複数の交雑から生じるＦ１個体の１つ以上の能力特性を分析し；
前記分析した１つ以上の能力特性を、前記異なるＦ０個体または系統由来のＦ０配偶子を利用する複数の交雑から生じるＦ１個体の能力特性と比較し、それにより、前記異なる個体または系統を所望の種牛個体または系統として選択するステップをさらに含む、前記方法。
【請求項１９】
雌ウシの牛群であって、そのうちの１頭以上がＦ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚を妊娠しており、ここで、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択される前記Ｆ０個体に由来する、前記雌ウシの牛群。
【請求項２０】
雌ウシのＦ１牛群であって：
Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚からそれぞれ生成する複数のＦ１動物を含み、ここで、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択される前記Ｆ０個体に由来する、前記雌ウシのＦ１牛群。
【請求項２１】
雌ウシのＦ１牛群であって：
Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚からそれぞれ生成する複数のＦ１動物を含み、ここで、各雄性Ｆ０配偶子が同じＦ０個体に由来し、各雌性配偶子が同じＦ０ファミリー内の雌に由来し、前記Ｆ０配偶子の一方または両方が、前記Ｆ０個体由来または前記Ｆ０ファミリーのメンバー由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択される個体またはファミリーに由来する、前記雌ウシのＦ１牛群。
【請求項２２】
前記複数のＦ１の各メンバーが、Ｆ０のいずれかよりも優れた１つ以上の能力特性のレベルによって特徴付けられる、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
複数の胚であって、その各々がＦ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生成し、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択される前記Ｆ０個体に由来する、前記複数の胚。
【請求項２４】
前記雄性Ｆ０配偶子が、主に一方の性別または他方の性別の精子を含む精液である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記胚を、将来の移植のために受精後に凍結する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記胚を、交雑したＦ０ウシの配偶子から生成する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
乳牛の種牛として使用するためのＦ０雄親または雄親系統の選択方法であって、前記方法が：
第一候補Ｆ０雄親個体と特定のＦ０雌親または雌親系統との交雑である第一交雑から生じる少なくとも１つの第一Ｆ１子孫個体の少なくとも１つの能力属性を分析し；
前記分析した少なくとも１つの能力属性を、基準交雑から生じる少なくとも１つの第二Ｆ１子孫個体の能力属性と比較するステップを含み、前記基準交雑が：
基準Ｆ０雄親個体と前記特定のＦ０雌親もしくは雌親系統との交雑であるか；または、
前記特定のＦ０雄親個体と、前記特定のＦ０雌親または雌親系統と同じかもしくは異なっていてもよい第二Ｆ０雌親もしくは雌親系統との第二交雑であるか；または、
少なくとも１つの異なる候補Ｆ０雄親個体と、前記特定の雌親もしくは雌親系統との交雑であり；前記方法がさらに、
その少なくとも１つのＦ１子孫個体が前記比較において優位性を示したＦ０雄親候補をＦ０種雄牛または種雄牛系統として選択するステップを含む、前記選択方法。
【請求項２８】
乳牛の種牛として使用するためのＦ０雌親または雌親系統の選択方法であって、前記方法が：
第一候補Ｆ０雌親または雌親系統と、特定のＦ０雄親個体との交雑である第一交雑から生じる少なくとも１つの第一Ｆ１子孫個体の少なくとも１つの能力属性を分析し；
前記分析した少なくとも１つの能力属性を、基準交雑から生じる少なくとも１つの第二Ｆ１子孫個体の能力属性と比較するステップを含み、前記基準交雑が：
基準Ｆ０雌親個体と前記特定のＦ０雌親もしくは雌親系統との交雑であるか；または、
前記第二Ｆ０雌親もしくは雌親系統と、前記特定のＦ０雄親と同じかもしくは異なっていてもよい第二Ｆ０雄親との第二交雑であるか；または、
少なくとも１つの異なる候補Ｆ０雌親もしくは雌親系統と、前記特定の雄親との交雑であり；及び、
その少なくとも１つのＦ１子孫個体が前記比較において優位性を示したＦ０雌親または雌親系統候補をＦ０種雌牛または種雌牛系統として選択するステップを含む、前記選択方法。
【請求項２９】
それぞれの交雑に由来する複数のＦ１子孫を分析する、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
潜在的能力属性が：
乳生産、寿命、精液産生、初産時の年齢、体の深さ、細胞数、雌ウシ受胎率、泌乳形態、娘ウシ分娩難易度、娘ウシ妊娠率、娘ウシ死産率、脂肪のポンド数、脂肪の割合、肢蹄得点、繁殖力、決定得点、蹄の角度、前乳房の付着、前乳頭の位置、未経産牛受胎率、ケトン症、跛行率及び／または程度、自発運動、乳生産寿命、搾乳性、タンパク質の割合、タンパク質のポンド数、後肢の後望、後肢の側望、後乳頭の位置、後乳房の高さ、生殖寿命、寒さに対する耐性、疾患（例えば、乳腺炎、子宮炎など）に対する耐性、尻の角度、尻の幅、体細胞スコア、雄親の産子分娩難易度、雄親の産子死産率、サイズ、身長、強健性、乳頭の長さ、乳房の割れ目、乳房の立体構造、及び乳房の深さを含む、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記能力属性を群れに対してカスタマイズする、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
Ｆ１ウシを分析して取得した能力属性に基づく、異種交雑種の総合能力指数の提供方法。
【請求項３３】
コンピュータ可読形式で具現化した、異種交雑種の総合能力指数。
【請求項３４】
前記能力特性が、Ｆ０個体によって共有されない、請求項１〜３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記能力特性が、Ｆ０個体またはＦ０両親に比べてＦ１において優れている、請求項１〜３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記交雑を経時的に繰り返して前記Ｆ１子孫の前記能力特性を調整する、請求項１〜３５に記載の方法。
【請求項３７】
事業の実施方法であって、前記方法が：
選択した乳牛用Ｆ０種牛由来の精液を提供するステップを含み、そのＦ０種牛が、前記選択したＦ０種牛由来の精液でＦ０雌性配偶子を受精させた先育成の異種交雑から生じるＦ１子孫の能力に基づいて選択される、前記実施方法。
【請求項３８】
前記精液が、主に一方の性別または他方の性別の精子を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記精液が、主に「雌型」精子を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
以下のステップを含む方法であって：
第一Ｆ０個体由来の配偶子と、前記第一Ｆ０個体とは反対の性別の少なくとも１つの第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する、複数の交雑のそれぞれから生じるＦ１子孫の能力情報を収集し；
前記能力情報を、後でその検索または分析が可能なコンピュータ可読フォーマットで保存するステップを含む、前記方法。
【請求項４１】
能力情報を収集するステップが、第一Ｆ０個体由来の配偶子と複数の異なる第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する、複数の異なる交雑に関する能力情報を収集することを含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
複数の異なる交雑を異なる時点で実行する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記保存した能力情報を、前記第一Ｆ０個体に一致する性別の第二Ｆ０個体由来の配偶子と前記反対の性別の少なくとも１つの第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する１つ以上の交雑由来の能力情報と比較する、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記一致する性別の第二Ｆ０個体由来の配偶子と、少なくとも１つの反対の性別の第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する、前記交雑の少なくとも１つが、前記第一Ｆ０個体由来の配偶子が交雑したものと同じ少なくとも１つの反対の性別のＦ０個体由来の配偶子を含んでいた、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
体外受精（ＩＶＦ）を用いて雌の乳牛の交雑胚を作製するステップを含む方法。
【請求項４６】
前記交雑胚が、それらの先育成の交雑に由来するＦ１の能力に基づいて選択したＦ０の交雑に由来するＦ１である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
異種交雑胚を生成するためのＦ０及び／またはＦ１品種が：ホルスタイン、［［‐］］フリーシアン、ノルウェージャン・レッド、デーニッシュ・レッド、ブラウンスイス、ガーンジー、エアシャー、ジャージー、レッド＆ホワイト、ミルキング・ショートホーン、ラインバッカー、ダッチベルト、ブルリーナ、ベラルーシ・レッド、ベルテッド・ギャロウェイ、カナディアン、カローラ、デンマーク・ジャージー、フランクストン・レッド、ドイツ鼻白斑牛、ジロランド、ブラーマン、イラワラ、ミューズ・ライン・イーゼル、及びキューバ・シボネイの１つ以上から選択される、請求項４５に記載の方法。
【請求項４８】
異種交雑指数に応じて乳牛を育種するステップを含む方法。
【請求項４９】
前記Ｆ０雌性配偶子のすべてが同じＦ０雌個体に由来するか、前記Ｆ０雄性配偶子のすべてが同じＦ０雄個体に由来するか、またはその両方である、請求項７〜４８または５２〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記受精を生体外で行う、請求項７〜４９または５２〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
前記受精を生体内で行う、請求項７〜５０または５２〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
交雑胚を作製するための品種の１つ以上が、ホルスタイン、ジャージー、及びノルウェージャン・レッドから選択される、請求項４５に記載の方法。
【請求項５３】
交雑胚を作製するための品種の１つ以上が、ホルスタイン及びジャージーである、請求項４５に記載の方法。
【請求項５４】
交雑胚を作製するための品種が、ホルスタイン及びノルウェージャン・レッドである、請求項４５に記載の方法。
【請求項５５】
交雑胚を作製するための品種が、ノルウェージャン・レッド及びジャージーである、請求項４５に記載の方法。
【請求項５６】
交雑胚を作製するための品種の１つ以上が、フリーシアン及びデーニッシュ・レッドから選択される、請求項４５に記載の方法。
【請求項５７】
交雑胚を作製するための品種の１つ以上が、フリーシアン及びデーニッシュ・レッドである、請求項４５に記載の方法。
【請求項５８】
交雑胚を作製するための品種の１つ以上が、ブラウンスイス、エアシャー、ガーンジー、及びミルキング・ショートホーンから選択される、請求項４５に記載の方法。
【請求項５９】
交雑胚を作製するための品種の１つがブラーマンである、請求項４５に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
ウシ産業は高度に特殊化しており、大量の牛乳を効率的に生産するために乳牛が飼育されている。米国の乳牛群は、１９５０年の５２６億ｋｇ（１１６０億ｌｂ）から２００７年には８３９億ｋｇ（１８５０億ｌｂ）の牛乳を生産するまでになったが、米国の酪農場に存在する雌ウシは約９００万頭に過ぎず、１９５０年に比べて約１３００万頭も少ない。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００２】
概要
本発明は、高品質の雑種（すなわち異種交雑した）乳牛群を生成及び／または維持するための技術を提供する。本発明はまた、乳牛の種牛の雄親／雄親系統及び雌親／雌親系統の同定、特徴決定、及び／または選択のための技術を提供する。
【０００３】
とりわけ、本発明は、伝統的な交雑技術、特に雄親／雄親系統または雌親／雌親系統（本明細書では雄及び雌の「Ｆ０個体」または「Ｆ０系統」と呼ぶ）の一方または両方を選択する技術における問題の原因を、Ｆ０個体または系統自体の能力特性に基づいて特定することを包含する。例えば、特定の雌個体または雌系統の産乳特性に基づいて雌親／雌親系統を選択することは、乳牛の育種の分野において特に一般的である。本開示は、そのようなアプローチが、実際には、酪農動物の雑種の創造にとって最も望ましいＦ０個体または系統をうまく選択することができない場合があるという認識を包含する。
【０００４】
さらに、本発明は、異種交雑種が雑種強勢及び遺伝的選択に基づく理想的な形質を示す一方で、現在利用可能な戦略を用いて群内の次の世代においてこのような形質を維持及び再現することが困難であるという認識を包含する。
【０００５】
いくつかの実施形態では、本発明は：複数のＦ１異種交雑牛の各メンバーを分析し；及びＦ１異種交雑牛の能力に基づいてＦ０ウシを種牛として選択するステップを含む方法を提供する。
【０００６】
いくつかの実施形態では、能力に基づくＦ０ウシの選択は、両系統のＦ０に比べてＦ１ウシのほうが優れている少なくとも１つの能力特性のレベルまたは性質に基づいて選択することを含む。いくつかの実施形態では、能力に基づいてウシを選択するステップは、１つ以上の能力特性のレベルまたは性質と相関する遺伝子シグネチャを検出することを含む。
【０００７】
いくつかの実施形態では、Ｆ１ウシは乳牛である。いくつかの実施形態では、Ｆ１ウシは雌の乳牛である。いくつかの実施形態では、Ｆ１ウシは肉用乳牛である。
【０００８】
いくつかの実施形態において、本発明はウシの育種方法を提供し、前記方法は：雄性及び雌性Ｆ０配偶子から胚を作製することを含み、ここで、雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１子孫の能力に基づいて選択したＦ０個体に由来し、ここで、雄性及び雌性Ｆ０配偶子は異なる品種に由来する。
【０００９】
いくつかの実施形態において、本発明はＦ１動物群の生成方法を提供し、前記方法は：Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚を、複数の宿主雌ウシのそれぞれに移植するステップを含み、ここで、雄性及び雌性の一方または両方のＦ０配偶子は、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択したＦ０個体に由来する。
【００１０】
いくつかの実施形態において、本発明はＦ１異種交雑動物群の維持方法を提供し、前記方法は：複数のＦ１雌乳牛の各々にＦ１交雑胚を移植するステップを含み、ここでＦ１雌乳牛の各々は、第一の「Ｆ１選択異種交雑」から生じ、ここで「Ｆ１選択交雑」は、Ｆ０雄性配偶子を用いてＦ０雌性配偶子を受精させることを含む交雑であり、ここで：ａ）Ｆ０雄性及び雌性配偶子は異なる品種に由来し；ならびにｂ）Ｆ０雄性及び雌性配偶子の一方または両方は、同じ個体または系統の交雑で生成した先育成Ｆ１子孫の能力に基づいて選択した個体または系統に由来し；ここで、移植する各Ｆ１交雑胚は、第二のＦ１選択異種交雑から生じる。
【００１１】
いくつかの実施形態では、本発明は所望の形質を有する雑種Ｆ１動物の交雑種群の維持方法を提供し、ここで、Ｆ１の能力に基づいて選択した胚の胚移植を行うことにより、Ｆ１の形質の交雑状態を維持する。
【００１２】
いくつかの実施形態では、第二のＦ１選択異種交雑は、第一のＦ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体または系統由来の雄性Ｆ０配偶子、雌性Ｆ０配偶子、または雄性及び雌性Ｆ０配偶子の両方を利用する。いくつかの実施形態では、第二のＦ１選択異種交雑は、第一のＦ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体または系統由来の雄性Ｆ０配偶子を利用する。いくつかの実施形態では、第二のＦ１選択異種交雑は、第一のＦ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体由来の雄性Ｆ０配偶子を利用する。いくつかの実施形態では、第二のＦ１選択異種交雑は、Ｆ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体または系統由来の雌性Ｆ０配偶子を利用する。いくつかの実施形態では、第二のＦ１選択異種交雑は、第一のＦ１選択異種交雑で利用する系統由来の雌性Ｆ０配偶子を利用する。
【００１３】
いくつかの実施形態では、第二のＦ１選択異種交雑は、第一のＦ１選択異種交雑で利用するものとは異なる個体または系統由来の雄性または雌性配偶子を利用する。いくつかの実施形態では、異なる個体または系統を、第一のＦ１子孫選択異種交雑で使用する対応するＦ０個体または系統の能力に比べて向上した異なる個体または系統のＦ１子孫の能力に基づいて選択する。
【００１４】
いくつかの実施形態では、本発明はさらに以下のステップを含む方法を提供する：第一のＦ１選択異種交雑で利用するＦ０個体または系統の一方または両方に由来するＦ０配偶子を利用する複数の交雑から生じるＦ１個体の１つ以上の能力特性を分析し；分析した１つ以上の能力特性を、異なるＦ０個体または系統由来のＦ０配偶子を利用する複数の交雑から生じるＦ１個体の能力特性と比較し、それによって前記異なる個体または系統を、所望の種牛個体または系統として選択する。
【００１５】
いくつかの実施形態では、本発明は、Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚を各々妊娠している雌ウシの牛群を提供し、ここで、雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方は、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択されるＦ０個体に由来する。
【００１６】
いくつかの実施形態では、本発明は：Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚からそれぞれ生成する複数のＦ１動物を含む雌ウシの牛群を提供し、ここで、雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方は、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択されるＦ０個体に由来する。
【００１７】
いくつかの実施形態において、本発明はＦ１雌ウシの牛群を提供し、前記牛群は：Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚からそれぞれ生成する複数のＦ１動物を含み、ここで、各雄性Ｆ０配偶子は同じＦ０個体に由来し、各雌性配偶子は同じＦ０ファミリー内の雌に由来し、Ｆ０配偶子の一方または両方は、Ｆ０個体由来またはＦ０ファミリーのメンバー由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択される個体またはファミリーに由来する。いくつかの実施形態では、複数のうちの各メンバーは、１つ以上の能力パラメータのレベルが、いずれかのＦ０の能力パラメータよりも優れていることを特徴とする。
【００１８】
いくつかの実施形態では、本発明は、複数の胚を提供し、その各々はＦ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生成し、ここで、雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方は、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択されるＦ０個体に由来する。いくつかの実施形態では、将来の移植のために受精後に胚を凍結する。いくつかの実施形態では、交雑したＦ０ウシの配偶子から胚を生成する。
【００１９】
いくつかの実施形態では、本発明は、乳牛の種牛として使用するためのＦ０雄親または雄親系統の選択方法を提供し、前記方法は：第一候補Ｆ０雄親個体と、特定のＦ０雌親または雌親系統との交雑である第一交雑から生じる少なくとも１つの第一Ｆ１子孫個体の少なくとも１つの能力属性を分析し；分析した少なくとも１つの能力属性を、基準交雑から生じる少なくとも１つの第二Ｆ１子孫個体の能力属性と比較するステップを含み、前記基準交雑は：基準Ｆ０雄親個体と、特定のＦ０雌親もしくは雌親系統との交雑であるか；または特定のＦ０雄親個体と、特定のＦ０雌親もしくは雌親系統と同じであっても異なっていてもよい第二Ｆ０雌親もしくは雌親系統との第二交雑であるか；または少なくとも１つの異なる候補Ｆ０雄親個体と、特定の雌親もしくは雌親系統との交雑であり；前記方法はさらに、その少なくとも１つのＦ１子孫個体が比較において優位性を示したＦ０雄親候補を、Ｆ０種雄牛または種雄牛系統として選択するステップを含む。
【００２０】
いくつかの実施形態では、本発明は、乳牛の種牛として使用するためのＦ０雌親または雌親系統の選択方法を提供し、前記方法は：第一候補Ｆ０雌親または雌親系統と、特定のＦ０雄親個体との交雑である第一交雑から生じる少なくとも１つの第一Ｆ１子孫個体の少なくとも１つの能力属性を分析し；分析した少なくとも１つの能力属性を、基準交雑から生じる少なくとも１つの第二Ｆ１子孫個体の能力属性と比較するステップを含み、前記基準交雑は：基準Ｆ０雌親もしくは雌親系統と、特定のＦ０雄親との交雑であるか；または特定のＦ０雌親もしくは雌親系統と、特定のＦ０雄親と同じであっても異なっていてもよい第二Ｆ０雄親との第二交雑であるか；または少なくとも１つの異なる候補Ｆ０雌親もしくは雌親系統と、特定の雄親との交雑であり；前記方法はさらに、その少なくとも１つのＦ１子孫個体が比較において優位性を示したＦ０雌親または雌親系統候補を、Ｆ０種雌牛または種雌牛系統として選択するステップを含む。
【００２１】
いくつかの実施形態では、それぞれの交雑に由来する複数のＦ１子孫を分析する。
【００２２】
いくつかの実施形態では、潜在的な能力属性として：乳生産、寿命、精液産生、初産時の年齢、体の深さ、細胞数、雌ウシ受胎率、泌乳形態、娘ウシ分娩難易度、娘ウシ妊娠率、娘ウシ死産率、脂肪のポンド数、脂肪の割合、肢蹄得点、繁殖力、決定得点、蹄の角度、前乳房の付着、前乳頭の位置、未経産牛の受胎率、ケトン症、跛行率及び／または程度、自発運動、乳生産寿命、搾乳性、タンパク質の割合、タンパク質のポンド数、後肢の後望、後肢の側望、後乳頭の位置、後乳房の高さ、生殖寿命、寒さに対する耐性、疾患（例えば、乳腺炎、子宮炎など）に対する耐性、尻の角度、尻の幅、体細胞スコア、雄親の産子分娩難易度、雄親の産子死産率、サイズ、身長、強健性、乳頭の長さ、乳房の割れ目、乳房の立体構造、及び乳房の深さが挙げられる。
【００２３】
いくつかの実施形態では、本発明は、Ｆ１ウシを分析して取得した能力属性に基づく、異種交雑種の総合能力指数の提供方法を提供する。いくつかの実施形態では、異種交雑種の総合能力指数をコンピュータ可読フォーマットで具現化する。いくつかの実施形態では、能力パラメータは、Ｆ０個体に共有されていない。いくつかの実施形態では、Ｆ１の能力パラメータは、Ｆ０個体またはＦ０両親に比べて優れている。
【００２４】
いくつかの実施形態では、交雑を経時的に繰り返し、Ｆ１子孫の能力特性を調整する。
【００２５】
いくつかの実施形態では、本発明は、事業の実施方法を提供し、前記方法は：選択した乳牛用のＦ０種牛由来の精液を提供するステップを含み、ここで、選択したＦ０種牛由来の精液でＦ０雌性配偶子を受精させた先育成の異種交雑から生じるＦ１子孫の能力に基づいて、Ｆ０種牛を選択する。いくつかの実施形態では、精液は、主に一方の性別または他方の性別の精子を含む。いくつかの実施形態では、精液は主に「雌型」精子を含む。
【００２６】
いくつかの実施形態では、本発明は：第一Ｆ０個体由来の配偶子と、それとは反対の性別の少なくとも１つの第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する、複数の交雑のそれぞれから生じるＦ１子孫の能力情報を収集し；能力情報を、後でその検索または分析を可能にするコンピュータ可読フォーマットで保存するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、能力情報を収集するステップは、第一Ｆ０個体由来の配偶子と複数の異なる第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する複数の異なる交雑に関する能力情報を収集することを含む。いくつかの実施形態では、複数の異なる交雑を異なる時点で実行する。いくつかの実施形態では、保存した能力情報を、第一Ｆ０個体と一致する性別の第二Ｆ０個体由来の配偶子と、反対の性別の少なくとも１つの第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する１つ以上の交雑由来の能力情報と比較する。いくつかの実施形態では、一致する性別の第二Ｆ０個体由来の配偶子と、少なくとも１つの反対の性別の第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する、前記交雑のうちの少なくとも１つは、第一Ｆ０個体由来の配偶子が交雑したものと同じ少なくとも１つの反対の性別のＦ０個体由来の配偶子を含んでいた。
【００２７】
いくつかの実施形態において、本発明は：体外受精（ＩＶＦ）を用いて雌の乳牛の交雑胚を産生するステップを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、Ｆ１ウシは、能力に基づいて選択したＦ０の交雑種である。いくつかの実施形態では、交雑胚を作製するための品種は、以下から選択される：ホルスタイン、ブラウンスイス、ガーンジー、エアシャー、ジャージー、レッド＆ホワイト、ショートホーン、ラインバッカー、ダッチベルト、ブルリーナ、ベラルーシ・レッド、ベルテッド・ギャロウェイ、カナディアン、カローラ、デーニッシュ・ジャージー、フランクストン・レッド、ドイツ鼻白斑牛、ジロランド、イラワラ、ミューズ・ライン・イーゼル、及びキューバ・シボネイ。
【００２８】
いくつかの実施形態において、本発明は：異種交雑指数に応じて乳牛を育種するステップを含む方法を提供する。
【００２９】
いくつかの実施形態では、すべてのＦ０雌性配偶子が同じＦ０雌個体に由来するか、すべてのＦ０雄性配偶子が同じＦ０雄個体に由来するか、またはその両方である。
【００３０】
いくつかの実施形態では、生体外で受精を行う。いくつかの実施形態では、生体内で受精を行う。
【図面の簡単な説明】
【００３１】
【図１】従来の自然交配による異種交雑戦略を示す。特に、この図は、雑種強勢を追求するのに用いる３種交雑及び２種交雑のローテーション戦略を示す。この図を参照して分かるように、ヘテロシスは第一交雑で最大であり、いずれのスキームもこのレベルを再び達成することはない。提示する戦略のいずれも、Ｆ１動物の（すなわち、５０／５０  ＮＲＦ／Ｈ動物の）群を生成及び維持することができない。さらに、染色体の交叉及び／または分離から生じる合併症は、そのような戦略における連続交配により生成する子孫の特徴に有意な不均一性をもたらし得る。
【図２Ａ】図１に示すような交配中に生じる染色体分離及び交叉事象を示す。図２Ａは、ホルスタインとジャージーとの交雑から生じるＦ１雑種動物の体細胞において見出される代表的な染色体対を示す。Ｆ１雑種は一様である：各染色体対は、２つの初代原種からの５０／５０の寄与を有する。したがって、２つの初代原種をＦ１ゲノムにおいて同じ割合で表している。それぞれのウシにおいて、２つの初代原種を各染色体上で同じ割合で表す。さらに、染色体対の個々の染色体は、１つの初代系統に１００％由来する。
【図２Ｂ】図１に示すような交配中に生じる染色体分離及び交叉事象を示す。図２Ｂは、その体細胞染色体を図２Ａに示したＦ１雑種動物の配偶子の代表的な染色体構成を示す。明らかなように、配偶子産生の間に起こる交叉事象は、対応する２つの初代染色体の各々からの寄与の割合が異なる個々の染色体を生じ得る。これらの交叉事象は、コードする形質を結果としてシャッフルすることになり、したがって、次世代でどの形質がどのように発現するかを予測する努力は複雑なものとなる。
【図２Ｃ】図１に示すような交配中に生じる染色体分離及び交叉事象を示す。図２Ｃは、この課題について説明しており、図２Ｂの配偶子を第三の品種の配偶子と交配させた結果を具体的に示す。図２Ｃに示すように、単一の動物由来であろうと異なるＦ１動物由来であろうと、各卵子は、２つの品種からのハプロタイプの独特な混合体を有する。平均としては、これらは一様であるが、個体としては、これらはそれぞれユニークである。
【図２Ｄ】図１に示すような交配中に生じる染色体分離及び交叉事象を示す。図２Ｄは、この課題について説明しており、図２Ｂの配偶子を第三の品種の配偶子と交配させた結果を具体的に示す。例えば、図２Ｄは、図２Ａ〜図２Ｃに示すＦ１×第三の品種の交雑による子孫であり、これらは３つの異なる意図する「更新」用の個体を示し、これらのすべてが、全ゲノムに対して２５％の初代系統１、２５％の初代系統２、及び５０％の第三の品種の寄与を有してはいるが、明らかに完全に異なる遺伝的構成を有し、したがって異なる形質及び特徴を有する。この複雑さはその後の交雑で増加し、それによって、このような従来の交配戦略によってＦ１雑種の形質を維持することは事実上不可能である。
【図３】本開示の実施形態に基づいて、乳製品の顧客にとって貴重な価値のある製品及びサービスを提供するための本発明のシステムを概説する。図示するシステムの構成要素は：１）二系統育種システム；２）検定システム；３）ＩＶＦ及びＥＴ移転サービス；ならびに４）販売担当部署を含む。
【発明を実施するための形態】
【００３２】
定義
本発明をより容易に理解するために、いくつかの用語を以下に定義する。当業者であれば、特定の用語の定義が、本明細書の他の箇所で提供され得ること、及び／または文脈から明らかにされるであろうことを理解するであろう。
【００３３】
対立遺伝子：本明細書中で使用する場合、用語「対立遺伝子」とは、特定の多型ゲノム遺伝子座の２つ以上の既存の遺伝子変異体のうちの１つを指す。
【００３４】
およそ：本明細書中で使用する場合、関心対象の１つ以上の値に適用する「およそ」または「約」という用語は、記載する基準値に類似する値を指す。特定の実施形態において、用語「およそ」または「約」は、特段の記載がない限り、または文脈から明らかでない限り、記載する基準値に対していずれの方向（上回るかまたは下回る）にも、２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ以下に収まる値の範囲を指す（そのような数が可能値の１００％を超える場合を除く）。
【００３５】
人工授精（ＡＩ）：本明細書中で使用する場合、用語「人工授精（ＡＩ）」とは、人手で精子を雌のウシの子宮に導入し、妊娠を達成することを指す。多くの実施形態では、例えば結果として妊娠が生じる（またはそれを意図する）ように、ＡＩを育種に利用する。いくつかの実施形態では、採集した精液を用いてＡＩを実施する。いくつかの実施形態では、抽出した精液を用いてＡＩを実施する。いくつかの実施形態では、処理した精液を用いてＡＩを実施する；例えば、いくつかの実施形態では、精液を、１つの性別の精子のみを豊富に含むようにして、授精させる。当業者であれば、特に明記しない限り、用語「ＡＩ」は、例えば精子を牛に導入して移植用の胚を作製し得る胚移植手順を包含しないことを理解するであろう。
【００３６】
常染色体：本明細書中で使用する場合、用語「常染色体」とは、Ｘ染色体及びＹ染色体を除いた任意の染色体を指す。
【００３７】
品種：本明細書中で使用する場合、用語「品種」とは、共通の祖先を有し、及び／または他の品種のウシとは共有していない特定の識別可能な形質を共有するウシのグループを指す。当業者であれば、品種の標準及び／または特性に精通している。多くの実施形態において、特定の品種は、同定した親または親達を（例えば、特定の雄親と、特定の雌親とを、または特定の雌親系統のいずれかの特定の雌親とを）互いに交配させることによって産生及び／または維持する。
【００３８】
染色体：本明細書中で使用する場合、用語「染色体」とは、真核細胞の核内において関連タンパク質とともに存在し、遺伝子を保有し、遺伝子情報の伝達における機能を備えたＤＮＡ直鎖状分子を指す。
【００３９】
比較可能：用語「比較可能」は、互いに十分に類似しており、得られた結果または観察した現象の比較を可能にする２つ（またはそれ以上）の条件、状況、個体、または集団を記載するために本明細書中で使用する。いくつかの実施形態では、比較可能な条件、状況、個体、または集団のセットは、複数の実質的に同一の特徴と、１つまたは少数の様々に異なる特徴とを有する。当業者であれば、異なる状況、個体、または集団のセットの下で、またはそれらのセットを用いて観察される結果の差異が、それらの特徴が様々に異なることによって引き起こされるか、または異なることを示唆するという妥当な結論を保証するのに十分な数及びタイプの実質的に同一の特徴を有する場合、状況、個体または集団が互いに比較可能であることを理解するであろう。当業者であれば、本明細書中で使用する相対的な用語（例えば、強化、活性化、低減、阻害など）は、通常、比較可能な条件下で行う比較を指すことを理解するであろう。
【００４０】
異種交雑種：本明細書中で使用する用語「異種交雑種」とは、異なるウシ品種または変種である個々のウシの配偶子から産生するウシを指す。異種交雑は、乳牛の飼養においてしばしば行われ、原種と比較してより健康で生産的な牛を産生する。異種交雑は、異なる品種または系統由来の動物の意図的な交配である；多くの実施形態において、異種交雑は、生産性、繁殖力、及び寿命のような特性に対するヘテロシス（雑種強勢）を利用するために設計する。いくつかの実施形態では、本開示は、酪農業で通常採用されていない人工授精及び／または体外受精に関連する最近の開発結果を利用して、本明細書に記載するような乳牛の交雑システムの生成及び／または維持に関する特定の利点を利用可能とし、及び／または提供することができるという洞察を含む。本明細書に記載のように、特に興味深い異種交雑牛は、牛の体細胞染色体の５０％が一つの血統または系統に由来し、５０％がそれとは異なる血統または系統に由来する（すなわち、互いに異なる第一及び第二血統／系統由来のＦ０個体の交雑により形成する）雑種のウシである。しかしながら、当業者であれば、「異種交雑」という用語は、いくつかの実施形態において（文脈から明らかであるように）、交雑の結果としてそのゲノムが単一の品種に１００％由来することがない個体を指すものとして使用できることを理解するだろう。二倍体細胞：本明細書中で使用する場合、用語「二倍体細胞」は、各常染色体の相同ペアを有し、２コピー（２ｎ）の各常染色体遺伝子座を有する細胞を指す。
【００４１】
胚：本明細書中で使用する場合、用語「胚」とは、直ちに移植するために雌ウシ内に調製するか、または来るべき移植のために雌ウシ内に保存する、受精した卵母細胞（卵子）を指す。
【００４２】
Ｆ１：本明細書中で使用する場合、用語「Ｆ１」とは、異なるウシ品種または系統由来の２頭のＦ０個体を交雑することによって産生する子孫ウシを指す。Ｆ１ウシは、「雑種」とも呼び、体細胞染色体の５０％が第一血統または系統（すなわちＦ０個体のうちの１系統）由来であり、５０％が第一とは別の第二血統または系統（すなわち、他のＦ０個体の系統）由来であることを特徴とする。
【００４３】
Ｆ０：本明細書中で使用する場合、用語「Ｆ０」とは、交雑してＦ１雑種ウシ子孫を生じる、親ウシを指す。
【００４４】
配偶子：本明細書中で使用する場合、用語「配偶子」とは、一倍体数の染色体を有する生殖細胞（例えば、精子または卵母細胞）、特に反対の性別の配偶子と融合して受精卵を産生することができる成熟精子または卵子を指す。配偶子は減数分裂の過程を通じて産生する。
【００４５】
遺伝子：本明細書中で使用する場合、用語「遺伝子」は、産物（例えば、ＲＮＡ産物及び／またはポリペプチド産物）をコードする染色体中のＤＮＡ配列を指す。いくつかの実施形態では、遺伝子は、コード配列（すなわち、特定の産物をコードする配列）を含み；いくつかの実施形態では、遺伝子は非コード配列を含む。いくつかの特定の実施形態では、遺伝子は、コード配列（例えば、エキソン）及び非コード配列（例えば、イントロン）の両方を含み得る。いくつかの実施形態では、遺伝子は、例えば、遺伝子発現の１つ以上の態様（例えば、細胞タイプ特異的発現、誘導性発現など）を制御またはそれに影響を与え得る１つ以上の調節エレメントを含み得る。
【００４６】
ゲノム：本明細書中で使用する場合、用語「ゲノム」とは、染色体の完全なＤＮＡ配列によって表される、個々の生物または細胞が保有する全遺伝情報を指す。
【００４７】
ゲノムプロファイル：本明細書中で使用する場合、用語「ゲノムプロファイル」とは、ゲノム内に含まれる全情報の代表的なサブセットを指す。一般的には、ゲノムプロファイルは、特定の多型遺伝子座のセットにおける遺伝子型を含む。いくつかの実施形態では、ゲノムプロファイルは、例えば、特定の動物、系統、品種、または交雑集団に特徴的な、特定の特徴、形質、またはそのセットに関連するものであってもよい。
【００４８】
遺伝子型：本明細書中で使用する場合、用語「遺伝子型」は、所与の細胞または生物中の所与の遺伝子座または関連遺伝子座のセットにおける対立遺伝子の二倍数の組合せを指す。同型接合対象は同じ対立遺伝子を２コピー保有し、ヘテロ接合対象は２つの異なる対立遺伝子を保有する。２つの対立遺伝子「Ａ」及び「ａ」を有する遺伝子座の最も単純な場合では、以下の３つの遺伝子型を形成できる：Ａ／Ａ、Ａ／ａ、及びａ／ａ。
【００４９】
遺伝子型決定：本明細書中で使用する場合、用語「遺伝子型決定」とは、詳細が明らかにされている１つ以上の遺伝子座において個体の遺伝子型を識別するための、実験的、計算的、または観察的プロトコールを指す。当業者であれば、遺伝子型決定を有用かつ効果的に実施することができる様々な技術について周知であろう。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定は、核酸または核酸配列の直接検出を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子型決定は、核酸または核酸配列の存在に相関する代理マーカーまたは事象の検出または分析を介した核酸または核酸配列の間接的検出を含む。
【００５０】
一倍体細胞：本明細書中で使用する場合、用語「一倍体細胞」とは、染色体の単一セット（１ｎ）、すなわち体細胞の半数の染色体を有する細胞を指す。
【００５１】
未経産牛：本明細書中で使用する場合、用語「未経産牛」とは、未だ仔ウシを産生していない雌ウシを指す。
【００５２】
雑種：本明細書中で使用する場合、用語「雑種」とは、異なるウシ品種または系統由来の雄性及び雌性配偶子を交雑した結果として産生されるウシを指す。したがって、一般的には、雑種の常染色体ゲノム（例えば、体細胞ゲノム）の５０％が第一品種／系統に由来し、５０％が第二品種／系統に由来する。本明細書に記載のように、体細胞染色体の５０％が第一品種由来であり、５０％が第二品種由来である雑種は特に興味深い。
【００５３】
体外受精（ＩＶＦ）：本明細書中で使用する場合、用語「体外受精（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ｆｅｒｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ）」とは、生きているウシの体外で卵子を受精させる方法を指す。ＩＶＦは、体外の精子によって卵子を受精させるプロセスである（すなわち、ｉｎ  ｖｉｔｒｏは、「ガラス中において」と文字通りには翻訳されるが、当該技術分野では、例えば実験室または他の人工的な設定において実施するプロセスを指すと理解される）。いくつかの実施形態では、ＩＶＦプロセスは、雌の排卵プロセスを監視及び／または刺激し、卵母細胞または卵母細胞群（卵子または卵子群）を雌の卵巣から除去し、及び／または実験室で精子と卵子を互いに接触させ（例えば、流体媒体中で）、受精を達成することを含み得る。いくつかの実施形態では、ＩＶＦは、増殖培地中で受精卵（接合体）を培養し、及び／または、それを雌の子宮に移植するかまたは将来の分析及び／または移植のためにそれを保存することを含む。いくつかの実施形態では、ＩＶＦは、特定の所望の属性（例えば、性別）について受精卵を選別することを含み得る。
【００５４】
系統：本明細書中で使用する場合、用語「系統」とは、選択的育種によって開発及び維持する共通祖先の原種に由来するウシの系統を指す。
【００５５】
交配：本明細書中で使用する場合、用語「交配」とは、一般的には２つの反対の性の配偶子に由来する胚の形成をもたらすプロセスを指す。いくつかの実施形態では、交配は自然交配を含む。いくつかの実施形態では、交配は人工授精を含む。いくつかの実施形態では、交配はＩＶＦを含む。本明細書に記載の多くの実施形態において、交配を利用して雑種の子孫を生成する。多くの実施形態において、交配を利用して異種交雑子孫を生成する。
【００５６】
自然交配：本明細書中で使用する場合、用語「自然交配」とは、人工授精またはＩＶＦに基づく技術を用いずに、雄と雌とをペアリングする伝統的な牧畜を指す。
【００５７】
表現型：本明細書中で使用する場合、用語「表現型」は、細胞もしくは生物が提示する形質または形質のクラスもしくはセットを指す。いくつかの実施形態では、特定の表現型は、特定の対立遺伝子または遺伝子型と相関し得る。いくつかの実施形態では、表現型は離散的であってもよい。いくつかの実施形態では、表現型は連続的であってもよい。
【００５８】
単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）：本明細書中で使用する場合、用語「一塩基多型」または「ＳＮＰ」とは、ゲノム上の特定の塩基位置であって、その位置における代替塩基が１つの対立遺伝子を別のものと区別することが知られているものを指す。いくつかの実施形態では、１つまたは少数のＳＮＰ及び／またはコピー数多型（ＣＮＰ）は、複雑な遺伝子変異体を互いに区別するのに十分であり、分析目的のために、１つまたは１セットのＳＮＰ及び／またはＣＮＰを、特定の変異体、形質、動物、系統、品種、異種交雑種、もしくはそれらのセットの特徴であるとみなしてもよい。いくつかの実施形態では、ＳＮＰ及び／またはＣＮＰの１つもしくは１セットは、特定の変異体、形質、動物、系統、品種、異種交雑種、もしくはそれらのセットを定義するものとみなしてもよい。
【００５９】
実質的に：本明細書中で使用する場合、用語「実質的に」は、関心対象の特徴または特性の、全体的なまたはほぼ全体的な範囲または程度を示す定性的条件を指す。生物学関連技術の当業者であれば、生物学的及び化学的現象が、完了すること、及び／または完全性を達成すること、または絶対的結果を達成もしくは回避することが、たとえあるとしても非常に稀であることを理解するであろう。したがって、本明細書では、用語「実質的に」を、多くの生物学的及び化学的現象が本来有する完全性の潜在的な欠如を捕捉するために使用する。
【００６０】
形質：本明細書中で使用する場合、用語「形質」は、個体の検出可能な属性を指す。一般的には、特定の形質の発現は、個体の遺伝的構成によって完全にまたは部分的に影響され得る。いくつかの実施形態では、形質は、特定の個体、系統、品種または異種交雑種の特徴であり、例えば、形質に依存して、個体、系統、品種または異種交雑種を他と区別する（個々にまたはセットの一部として）ことができる。
【００６１】
特定の実施形態の詳細な説明
［乳牛］
紀元前６，５００年代にまで遡る家畜牛の痕跡がトルコで発見され、中近東の他の地域における発見もこの年代に近づいている。１万年前には早くもウシが家畜化されており、それ以外は５０００年ほど前であったとする専門家もいる。初期のウシには三重の目的があった。それらのウシは自らの所有者に肉、牛乳、及び労働を提供した。ウシの労働／牽引の目的は、最終的にはウマや機械に大部分が置き換わったため、ウシは、単一の、または場合によっては二重の目的（牛乳及び肉）のために選ばれるようになった。
【００６２】
エアシャー品種は、１８００年以前のスコットランドのエアー州を発祥とする。エアシャー種は中型の牛であり、成熟時には１２００ポンド以上の体重となる。これらは強健かつ頑丈な牛であり、フリーストール及び搾乳場を備えた酪農場での集団取扱いを含むすべての管理システムに適合する。エアシャー種は乳房の構造に優れ、肢蹄に関する過度の問題を抱えていない。良好ではない給餌及び気候条件の下であっても、自ら動き回り、食糧を求める能力に関して、他品種でエアシャー種に並ぶものはない。エアシャー種のウシは、他の主要な乳牛品種よりも牧草地の条件下でより良く振る舞い、牧草地が貧弱な場合には、自らを空気条件下で維持するために穀物をそれほど必要としない（Ｃ．Ｈ．Ｅｃｋｌｅｓ，Ｄａｉｒｙ  Ｃａｔｔｌｅ  ａｎｄ  Ｍｉｌｋ  Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ，１９２３）。地形の凹凸と原生地の不利な気候条件は、理想的ではない条件に適応する耐久力の点における選択をもたらした。これらの特性により、エアシャー種は優れた商業的乳牛となっている。
【００６３】
エアシャー種は中程度の乳脂肪品種である。公式のＤａｉｒｙ  Ｈｅｒｄ  Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ  Ｒｅｇｉｓｔｒｙ（ＤＨＩＲ）試験でのすべてのエアシャー種の実際の平均は、年間１２，０００ポンド超の乳量に対し、３．９％である。エアシャー種は良好な管理と給餌習慣に対応しており、個々のエアシャー種の牛群の平均は、年間１７，０００ポンドの乳量、及び７００ポンドの乳脂肪である。最も多く生産するエアシャー種では、授乳期間中、年間２０，０００ポンドの乳量を定常的に上回る。
【００６４】
エアシャー種を商業酪農家にとって魅力的にさせる他の特性として、エアシャー種の仔ウシの活発性が挙げられる。これらは強健で飼養しやすい。エアシャー種は枝肉の価値を低下させる黄色い獣脂の特徴を有しておらず、そのため、エアシャー種の雄ウシは食用去勢牛として効果的に飼養することができる。
【００６５】
ガーンジー種の雌ウシは、高濃度のβカロチンを含む高脂肪、高タンパク乳を産生することで知られる。中程度のサイズであることから、ガーンジー種は高品質の牛乳を生産する一方で、生産する牛乳１ポンドあたりの飼料消費は、より大型の乳牛品種に比べて２０〜３０％少なくて済む。ガーンジー種はまた、より短い計画分娩間隔を有することで知られ、未経産牛の初産平均年齢が、より大型の品種に比べて低い。ガーンジー種の他の魅力的な特徴は、公知の望ましくない遺伝的劣性を有していないこと、及びより温暖な気候へのそれらの適応性である。
【００６６】
ガーンジー種はまた、優れた牧牛でもある。雌ウシは牧草に基づく牛乳の生産用に作られている。草食能力、優しい気質、分娩の容易さ、及び他の品種より少ない飼料で効率的に牛乳を生産する能力を有することから、ガーンジー種は集約的な放牧のための理想的な候補である。乳製品製造業者は、管理コストを削減しつつ、潜在的利益を得ることができる。
【００６７】
１９９２年にアメリカン・ガーンジー・アソシエーションのＤＨＩＲプログラムに登録された牛群のデータは、品種平均が、成牛換算ベースで年間に、牛乳１４，６６７ポンド、脂肪６５９ポンド及びタンパク質５１０ポンドであることを示している。
【００６８】
遺伝学的には、現在のガーンジー種は、紀元９６０年のガーンジー種とは大きく異なっている。天然の手段を用いずに精液を雌親に導入するプロセスである人工授精の出現及び商品化により、特定の雄ウシから数千の子孫を産ませることが可能である。この遺伝的改善は、累進的で積極的な若い雄親プログラムによって生じる。若い雄ウシの精液を、子孫の性質を予測するのに十分な娘個体集団をこれらの雄ウシが有するようになるまで、ガーンジー種の集団全体に分配する。検認された雄ウシとして、これらの雄親は、最大４００の集団に１，５００頭の娘ウシを有し得る。しかしながら、利用可能な雄親のリストは６ヶ月ごとに更新する。その時、優れた遺伝子を有する新しい雄ウシを追加し、高齢の雄親は「活動」状態を失う。これは、ガーンジー種の健全な遺伝子基盤を改善するための品種全体の努力が継続することを保証する。
【００６９】
ホルスタイン種の雌ウシは、ヨーロッパを発祥とする。この種の主要な歴史的発展は現在のオランダ、より具体的には北部オランダとフリーズランドの２つの北部州で生じており、これらはゾイデル海の両側にある。原種は、約２，０００年前にライン・デルタ地域に定住した移民ヨーロッパ種族のバタビアン種とフリージアン種の黒色動物と白色動物であった。長年にわたり、ホルスタイン種を育種し、厳密に淘汰し、その地域で最も豊富な資源である草地を最大限に活用する動物が得られた。これらの動物の混血は、効率的で高生産性の白黒の乳牛へと進化した。
【００７０】
健康なホルスタイン種の仔ウシは、出生時に体重が９０ポンド以上である。成熟したホルスタイン種の雌ウシの体重は約１５００ポンドであり、肩の位置での体高は５８インチである。ホルスタイン種の未経産牛は、体重が約８００ポンドとなる１５ヵ月齢で繁殖が可能である。ホルスタイン種の雌の仔ウシを２４〜２７ヵ月齢の間に初めて繁殖させることが望ましい。ホルスタイン種の妊娠期間は約９ヵ月である。かなり長く生存する雌ウシも存在するが、通常、ホルスタイン種の生産寿命は６年である。１９８７年に公式の米国生産試験プログラムに登録されたすべてのホルスタイン種の平均生産量は、年間に、牛乳１７，４０８ポンド、乳脂肪６３２ポンド、タンパク質５５０ポンドであった。
【００７１】
ジャージー品種は、フランス沿岸の英国海峡の小さな英国の島であるジャージー島を発祥とする。ジャージー種は最も古い乳牛品種の一つであり、専門家によると、約６世紀もの間、純血種として報告されている。この種は１７７１年にはすでにイギリスで知られており、牛乳と乳脂肪を生産することから、非常に好ましい種であると認識されていた。
【００７２】
気候及び地理的条件の広い範囲に適応し、デンマークからオーストラリア及びニュージーランド、カナダから南アメリカ、ならびに南アフリカから日本にかけて卓越したジャージー種の牛群が発見されている。ジャージー種は優れた牧牛であり、集約的な放牧プログラムにおいてうまく機能する。ジャージー種はより大型の品種に比べて熱に対してより耐性を有する。平均体重が９００ポンドであり、ジャージー種は、体重１ポンドあたりの乳量において他のどの品種よりも多くを産生する。ほとんどのジャージー種は、各授乳期間中に体重の１３倍をはるかに超える牛乳を産生する。
【００７３】
米国型ジャージー種は美容よりも生産用にはるかに注目された。本説明で参照するウシは通常、より大型で、より粗野であり、ならびに牛乳及び乳脂肪の生産に適した品質であったために長年にわたって育種が行われてきた。牛乳生産におけるさらなる重要性と、乳脂肪製品の生産へのストレスが少ないことは、疑いなく、より大型のサイズと規模を有するジャージー種の雌ウシが一般的に受け入れられる状況をもたらした。近年に輸入されたジャージー種は、以前に米国に持ち込まれた多くのジャージー種よりも大型のウシからなっていた。ジャージー種の子孫は型式において受け入れられるだけでなく、生産の改善においても有効に用いられてきた。
【００７４】
世界で認識される最古の品種の１つであるショートホーン種のウシは、英国北東部のティース川の谷を発祥とする。ミルキング・ショートホーン品種は、すべての品種の中で最も用途が広く、これはこの品種の最大の特質の一つである。これらの従順な雌ウシは、授乳の度に栄養価の高い大量の牛乳を効率的に産生し、その長い生産寿命を最終的に終える際に、高い残存価額を有するのに十分な大きさを有する。さらに、これらの雌ウシから毎年定期的な分娩間隔で生まれた健康な仔ウシは、出生時に生き生きとしており、急速に繁殖し、種牛用に保管していないものと牛群の更新は、効率的な利益と、非常に望ましい格付けの枝肉をもたらす。この品種の他の特質として、分娩の容易さ、管理の容易さならびに生産の経済性、特に国産の粗飼料及び牧草が利用できる点が挙げられる。
【００７５】
ベラルーシアン・レッド、クラスヤナ・ベラルースカヤ、及びクラスノベラルースカヤとしても知られるベラルーシ・レッドは、ロシアの乳牛品種である。この品種は、アンゲルン・レッド、ジャーマン・レッド、ポリッシュ・レッド、デーニッシュ・レッド、エストニアン・レッド、及びラトビアン・ブラウンとの交雑により改善された。この品種は、フロドナとミンスクを中心にベラルーシでは一般的である。この品種は、その長寿命性及び餌をあまり要求しない点から注目される。
【００７６】
ベラルーシ・レッド雌ウシの外観は、以下のような特徴を有する。頭部は中程度の長さで、幅広ではなく、面長の顔である。頚背が際立っている。角は中程度の大きさである。首は厚みがなく、適度な長さである。馨甲は角張っておらず、場合により分割している。胸部は中程度の深さで十分に広い。背中は平坦でわずかに隆起している。腰部は長く平坦であり、幅は中程度である。体の中間部分がよく発達している。腹部は容量が大きく、垂れ下がっていない。臀部は平坦で、わずかに隆起している。後部は中程度の長さと幅を有し、尻部が突き出ている。脚部は比較的ほっそりして、骨張っており、長くはなく、正確に設定されている。時には脚部が広がっているか、または弓なりに曲がっている。乳房は、中程度の容積であり、腺状、杯状または丸みを帯びている。乳頭は中型の円筒形である。皮膚は薄く弾性があり、可動性がある。骨格は軽くて丈夫である。筋肉は適度に発達している。構造は調和していてコンパクトであり；体格は繊細である。
【００７７】
現代のベラルーシ・レッド牛が有する潜在能力は完全には具現化していないと多くの人が考えている。１９８１年の飼育農場で評価したベラルーシ・レッド種の平均産乳量は２５５７ｋｇ、脂肪は３．６９％であり；最高ランクの農場では３０５３ｋｇ、脂肪は３．６２％であった。フロドナ地区のＶａｓｉｌｉｓｈｋｏｖｓｋｉ飼育センターの牛群では、１９８２年の平均産乳量は２５０７ｋｇであり、脂肪は３．７３％であった。近年、この牛群とＳｈｃｈｕｃｈｉｎ実験場のいくつかの牛群の雌ウシは、平均４５１４ｋｇの牛乳と４．０８％の脂肪を産生した。４回目の授乳期において、雌ウシＶｙｅｔｖ２０１６は、５９８６ｋｇの牛乳、３．９１％の脂肪及び３．７０％のタンパク質を産生し；Ｍａｌｔａは３回目の授乳期に６０５６ｋｇの牛乳と４．５５％の脂肪を産生し；Ｖｏｌｎａは４回目の授乳期に５９０６ｋｇ及び４．８５％の脂肪を産生した。
【００７８】
ベラルーシ・レッドの肉質及び肥育能力は良好であり：好ましい給餌及び管理条件下で、若齢牛は高い成長率及び早期成熟を示す。この品種は、６つの基本的系統及び２．’Ｄ系統を含む。これらのウシを保全するために、保存用の牛群を整備し、すべての基本的系統の最良の雄親の凍結精液バンクを確立した。ベラルーシ・レッドの改良のための育種計画は、純品種のための以下のパラメータを目標とする：成牛の生体重は５００〜５４０ｋｇであるべきであり、授乳１回あたりの産乳量は４５００〜５０００ｋｇ、乳脂肪は４．０〜４．２％、及びタンパク質含量は３．６％以上であるべきである。
【００７９】
ベルテッド・ギャロウェイは、スコットランド南部西側のギャロウェイを発祥とし、貧弱な牧草地及び同地域の吹きさらしの泥炭地での生息に適応したウシの伝統的な肉用種である。この種の正確な起源は不明であるが、土着の黒ギャロウェイ牛とこれらのウシを区別する白いベルト部は、オランダのＬａｋｅｎｖｅｌｄｅｒベルト牛と交雑した結果である可能性があると、しばしば考えられている。この白いベルト部はこれらのウシの名前の由来ともなっている。ベルテッド・ギャロウェイ種（またはベルティ）は、主に高級霜降り肉用に飼養されるが、時には搾乳用に、及びその印象的な外観ゆえに牧草地に美観を添えるために購入される。
【００８０】
ギャロウェイ牛は、自然状態で無角である。特に、ベルテッド・ギャロウェイの外見上の特徴は、その長い毛の外被と、身体を完全に取り囲む幅広の白いベルト部である。その粗い外被が雨をはじくのを助け、その柔らかな下毛は断熱と防水を提供し、この品種が快適に野外で越冬することを可能にする。ブラック・ベルティが最も有名だが、ダン及びレッド・ベルティも育種学会によって認知されており、後者は比較的珍しく、探求されている。ベルト部以外の副蹄の上に白色がある場合、雌のベルテッド・ギャロウェイは登録簿に登録することはできないが、付録に登録することができる。雄ウシは、ベルト部以外に白い部分がない場合に限り、登録簿に登録することができる。
【００８１】
雄ウシは体重が１，７００ポンド（７７０ｋｇ）〜２，３００ポンド（１０４５ｋｇ）であり、平均１，８００ポンド（８２０ｋｇ）である。雌ウシの体重は１，０００ポンド（４５０ｋｇ）〜１，５００ポンド（６７５ｋｇ）であり、平均１，２５０ポンド（５６５ｋｇ）である。仔ウシの体重は、通常４０ポンド〜６０ポンドである。
【００８２】
ベルティは一般に静かな気質であるが、強い母性本能を維持し、知覚した脅威から仔ウシを護ろうとする。ベルティは荒れた放牧地に適しており、他の品種が避けるような粗草を摂食する。理想的な牧草地でなくとも良好な状態を維持し、牧草を与えるのみで高品質の牛肉製品を生産することができる。食肉動物研究センター（ＭＡＲＣ）のＵＳＤＡサイクルＩＶ生殖細胞質評価プログラムは、ギャロウェイ交雑種が他の１１頭の品種に比べて、味、ジューシーさ、及び柔らかさの点でチャートの上位に位置したことを示した。
【００８３】
ブラウンスイスは、９０００ｋｇ（２０，０００ｌｂ．）を超える２番目に多くの牛乳を生産する乳牛の品種である。牛乳は、平均４％の乳脂肪と３．５％のタンパク質を含有し、それゆえにチーズの生産用として優れている。ブラウンスイスは、長い妊娠期間、巨大なサイズ、大きな柔毛質の耳、そして非常に従順な気質で知られる。いずれにしても、ブラウンスイスはかなり快活な品種のウシであり；この品種は頑丈であり、ほとんどケアまたは給餌がなくても生存可能である。
【００８４】
ブラウンスイスはスイスのアルプスの斜面を発祥とする；ブラウンスイスはこの厳しい気候で飼育されたため、熱、寒さ、及びウシに関する他のよくある多くの問題に抵抗性である。
【００８５】
ノルウェージャン・レッド（ノルウェー語：Ｎｏｒｓｋ  ｒｏｄｔ  ｆｅ）は、ノルウェーで造成された乳牛品種である。しばしば単にＮＲＦに短縮され、赤と白または黒の外被を有する。ノルウェージャン・レッドは、その頑丈さと牛乳の豊富さで知られる。
【００８６】
ノルウェージャン・レッド（ＮＲＦ）は、広範な育種目的のために選択された乳牛品種であり、健康及び繁殖力のような機能的特徴に重点が置かれている。ＮＲＦ‐ノルウェージャン・レッドは、１９６０年代に、ノルウェージャン・レッド・アンド・ホワイト、レッド・トロンハイム、レッド・ポーランド・オストランドなどのいくつかの北欧品種と乳牛品種との交雑によって造成された。１９７０年代半ばまでに、この品種は母国での支配的な品種となり、ウシ全体の９８％を占めた。米国の酪農業界でホルスタイン牛と異種交雑するために、たびたび精液が北米に輸出される。Ｇｅｎｏ  Ｂｒｅｅｄｉｎｇ  ａｎｄ  Ａ．Ｉ．  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎは、ノルウェーの酪農家が所有する協同組合であり、ノルウェージャン・レッドの飼育機関である。
【００８７】
最良の牛群による生産は１０，０００ｋｇ（２２，０００ｌｂ．）を超え、最良の雌ウシは１６，０００ｋｇ（３５，０００ｌｂ．）以上の搾乳量をもたらす。成長形質もまた指標に含まれており、後代検定用の若い雄親の成長率は約１．４ｋｇ／日である。完全に成長した雌ウシの体重は最大６００ｋｇ（１，３００ｌｂ．）である。
【００８８】
健康形質は、１９７８年以来、ネットメリット指数に含まれている。現在、乳腺炎及び他の疾患（特にケトン症）が育種計画に含まれている。これらは弱い遺伝形質であるが、多数の子孫に基づく後代検定は、高い精度で選択指標を提供する。乳腺炎の後代検定は、現在、およそ３００頭の子孫に基づいて行っている。
【００８９】
ノルウェージャン・レッドは、無角または有角のいずれもあり得る。現在、ノルウェー内の仔ウシの５０％が無角で誕生する（通常、遺伝的に無角である）。近年、無角の雄親を選り抜いた後に、無角の子孫を体系的に選別することにより、無角動物の頻度が増大した。ノルウェージャン・レッド（ＮＲＦ）品種は、今後２０〜２５年以内に無角品種になることが期待されている。
【００９０】
［従来の乳牛の畜産］
畜産とは、営利目的での人間による家畜の管理及びケアであり、そこでは人間に有益であると考えられる遺伝的性質及び作用をさらに発展させる。この用語は、家畜を選択的に育種及び飼養し、公益事業、スポーツ、娯楽、または研究のために動物の望ましい形質を促進するという実践を指し得る。
【００９１】
畜産業は、古くからの慣行と現代の科学的知識とをシステムに融合させることにより、動物を飼養する技術と科学を組み合わせ、動物の健康を提供するとともに動物の安全かつ効率的な管理及び取扱いを提供する。科学者、農業専門家、及び動物に関わる他の人々が、新しい技術を学んだり、もはや必要でなくなるか、または適切でなくなったものを段階的に廃止したりするにつれて、畜産業の慣行は変化する。畜産業の慣行は、ウシを無角化して群れの仲間及び農場労働者を傷つけるのを防ぐことから、畜牛の飼育方法、適切な栄養供給、及び育種戦略の工夫にまで及ぶ。
【００９２】
人工授精及び胚移植などの技術が開発されており、育種を容易にするためにこれらを使用することができる。例えば、そのような技術により、雌親が自分自身のもの以外の胚を保有することが可能になるため、これらを用いて、特定の高品質の雌親（または雌親系統）由来の多数の胚を低品質の代理母に移植して、高品質の雌親から発生可能な子孫の数を拡大することができる。この慣行により、最良の品質の親動物の小さな選択によって産生する子孫の数を大幅に増加させることができる。しかしながら、本明細書で論じるように、そのような技術は、通常、乳牛には採用されていない。とりわけ、これらの技術はしばしば乳牛での使用を保証するには高価すぎるとみなされている。また、集団内の特定の遺伝形質を増幅する傾向があるという点で、これらの技術は集団内の遺伝的多様性を減少させ、数あるリスクの中で、特定の病気が突発することに関する深刻度を高める。とりわけ、本発明は、特に異種交雑戦略と組み合わせた場合に、そのような技術が、従来のアプローチに比べて乳牛の畜産において有意な利点を提供し得るという洞察を包含する。
【００９３】
一般的に、本開示は、現在の酪農業が、投資金額に対する収益率が非常に低く、リスクの高いビジネスとなったという認識を包含する。失敗や余分な費用をかける余地はほとんどない。とりわけ、子取り繁殖のための雌の更新費用は重大である。更新用雌ウシの選択を行うことは挑戦的であり、たった今行った決定が長年にわたり自らの操業に影響すると考えている場合は特にそうである。したがって、酪農家は費用と資源をできるだけ効率的にする方法を見つける必要がある。理想的には、酪農家は乳生産を最大化し、世代を超えて安定した高い乳生産を確保する方法を見つける必要がある。
【００９４】
［種牛の従来型選択］
乳牛を育種するための従来の畜産方法では、酪農業の生産者は、雄親を選択決定するための利用可能な多数の情報入力を有する。例えば生産（牛乳及び乳成分）、健康／フィットネス、ならびにタイプに関する広範なカテゴリーにおいて、例えば様々な形質についての予測伝達能力（ＰＴＡ）を計算することができる。また、３ヵ月ごとに、米国農務省の家畜改良研究所（ＡＩＰＬ）が、ＵＳＤＡ‐ＤＨＩＡ（乳牛改良協会）による雌雄の乳牛の最新の遺伝学的評価を公表している。乳牛は、牛乳、脂肪、及びタンパク質収量、生産寿命の長さ、ならびに体細胞スコア（乳腺炎の指標）の形質について、評価を受ける。評価手順は、牛の場合は、評価する動物の全ての既知の雌系親族の情報と、動物自体の情報とを組み合わせる。さらに、多数のタイプまたは構造形質をルーチン的に評価する。ＡＩＰＬは様々な品種の遺伝的評価を算出しており、多くの品種の関連付けは、特定の品種関連形質を評価するための独自の指数またはその他の戦略を提供する。
【００９５】
形質は、一般的には、それらの相対的経済的重み付けに基づいて指標に組み合わせる。例えば、ＵＳＤＡ  ＡＩＰＬによって計算したネットメリット指数（ＮＭ＄）は、現在の乳製品生産者に関連する所得及び費用に基づいて生涯利益を推定し、それをドル価値として表す。ＮＭ＄に含まれる形質は：タンパク質（ｌｂ．）、脂肪（ｌｂ．）、生産寿命、体細胞スコア、乳器の構成、肢蹄の構成、体サイズの構成及び娘ウシ妊娠率である。ホルスタインとブラウンスイスについては、分娩能力もＮＭ＄の計算に含まれる。ホルスタインの分娩能力に組み込まれている形質は、娘ウシ死産率、種雄牛の産子死産率、娘ウシ分娩難易度、種雄牛の産子分娩難易度である。ブラウンスイスの分娩能力値に含めることができるのは、２つの分娩難易度の形質のみである。
【００９６】
様々な乳牛品種協会が開発した選択指標は、一般的には、それぞれの取締役会が決定した遺伝的目標を反映する。米国のエアシャー・ブリーダーズ・アソシエーションは、エアシャー牛のランキングツールとして産乳力・体型指数（ＰＴＩ）を使用している。この指数は、タンパク質、脂肪、体型、娘ウシ妊娠率、乳房の深さ及び体細胞スコアを算定に含む。プログレッシブ・パフォーマンス・ランキング（ＰＰＲ）はブラウンスイス・アソシエーションで使用される選択指標である。ＰＰＲに含まれる形質は、タンパク質、脂肪、体細胞スコア、生産寿命、肢蹄の構成、乳器の構成及び娘ウシ妊娠率である。アメリカン・ガーンジー・アソシエーションによって開発された選択指標は、産乳力・体型指数（ＰＴＩ）である。ＰＴＩに組み合わせる形質は：タンパク質、脂肪、タイプ、乳器の構成、肢蹄の構成、生産寿命、娘ウシ妊娠率、体細胞スコア、及び強健性である。ホルスタイン・アソシエーション・ＵＳＡは総合能力指数（ＴＰＩ）を算定する。この指数は、タンパク質、脂肪、タイプ、乳器の構成、肢蹄の構成、娘ウシ妊娠率、生産寿命、体細胞スコア、娘ウシ分娩難易度、娘ウシ死産率及び泌乳形態の形質を含む。アメリカン・ジャージー・キャトル・アソシエーションが使用するジャージー・パフォーマンス指数は以下の形質を含む：タンパク質、脂肪、機能形質指数、生産寿命、体細胞スコア、及び娘ウシ妊娠率。機能形質指数は、全てのタイプの形質に対する雄ウシ／雌ウシのＰＴＡに基づいている。
【００９７】
選択指標を用いることは、種牛を選択する際にいくつかの形質を考慮する有効な方法となり得る。従来の畜産戦略は、特に種付け用の雄親の選択について、選択指標に依存していることが多い。
【００９８】
従来の雄親選択戦略
種牛となる雄親及び雄親系統は、一般的には、それらのサイズ及び繁殖力に基づいて選択する。交配ならびに雌への種付けに以前に成功していることは、いずれも、雄親及び／または雄親系統の選択においてしばしば用いる形質である。
【００９９】
また、他の活動的な雄ウシに比べて種付け用の雄親がどのランクを占めているかを知ることは、一般的には、雄親が特定の牛群の遺伝的目標を満たすかどうかを判断するのに役立つと考えられる。選択指標は、そのようなランキングをモニタリングするのに特に有用であり得る。選択指標を用いて遺伝的改善を最大にするには、通常、所与の牛群に対して種付け用の雄親が平均８０パーセンタイルまたはそれ以上にあることが推奨される。
【０１００】
従来の雄親選択原理の下では、雄の雄親（ＳＭ）は、次世代の若い雄ウシの雄親として選択した最優良な雄達を表す。このグループは、推定育種価（ＥＢＶ）またはゲノム推定育種価（ＧＥＢＶ）に基づいて選択し、通常、雄親のうち、その精液が酪農家に販売されている雄親の５％未満からなる。これらの雄ウシを、しばしば「ｓｉｒｅ  ｏｆ  ｓｏｎｓ（種雄牛を作る為の種雄牛）」と呼ぶ。
【０１０１】
これらの同じ従来の雄親選択原理に従って、雌の雄親（ＳＦ）を、ＥＢＶまたはＧＥＢＶに基づいて選択し、その精液を用いて、一般的な集団を育種し、営利農場用の更新用の雌を産生する。これらの雄ウシを、通常、「ａｃｔｉｖｅ  ＡＩ  ｓｉｒｅ（種雄牛）」と呼ぶ。
【０１０２】
従来の雌親選択戦略
乳牛を育種するための従来の畜産アプローチでは、種牛となる雌親及び雌親系統を、通常、その産乳能力及び繁殖力に基づいて選択する。
【０１０３】
従来の雌親選択原理の下では、雄の雌親（ＤＭ）は、ＥＢＶまたはＧＥＢＶに基づいて選択した優良な雌の群を表し、これらは通常、集団の上位１％にランクインする。これらの雌ウシを、通常、雄の仔ウシを産む目的でＳＭ群の優良な雄ウシと交配する。また、これらの雌ウシを、より一般的に「ｂｕｌｌ  ｍｏｔｈｅｒ（種雄牛の種雌牛）」と呼ぶ。
【０１０４】
これらの同じ従来の雌親選択原理に従って、雌の雌親（ＤＦ）は、種牛よりも牛乳を生産するために主に使用する雌の大部分を表す。「ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ  ｃｏｗ（商用雌ウシ）」と呼ばれることが多いこれらの雌ウシを、ＳＦ群由来の雄ウシとルーチン的に交配させ、泌乳を開始させ、次世代の、更新用の未経産牛を得る。
【０１０５】
［交雑の周知の利点］
畜産の専門家は、交雑により、多くの利点が一般に観察され、十分に実証されており、正味の報酬に大きな影響を与え得ることをよく認識している。ヘテロシス（雑種強勢）及び品種相補性は、適切に計画した交雑プログラムにより実現される主要な利点である。具体的には、ヘテロシスとは、異種交雑の子孫において観察される能力または機能の向上が、子孫の親に基づいて予想されるものを上回ることを指す。収益性に影響を及ぼすすべての形質に対して、単一の品種がそれらすべてにおいて上回るということがないため、品種相補性は、育種家が異なる品種の強みを利用して資本化することを可能にする。
【０１０６】
交雑しようとする２つの品種の間に十分な遺伝的差異がある場合、任意の健康または生産形質に関してヘテロシスを観察することができる。品種１を品種２と交雑する場合、子孫において認められる両品種の形質の平均を上回る追加的な恩恵が雑種強勢効果である。雑種強勢効果は、品種間で、及び影響を受ける形質間で、様々に異なる可能性がある。
【０１０７】
母系性ヘテロシスは、交雑牛を用いて実現される、純血種牛に対する利点である。研究では、異種交雑牛が多くの利点を有することが示されたが、それらの利点として、例えば、より高い分娩率（約６％の増加が一般的に報告されている）、より高い仔ウシ生存率（約４％の増加が一般的に報告されている）、より高い仔ウシの離乳時体重（約５％の増加が一般的に報告されている）、より高い離乳後の仔ウシの増体（約６％の増加が一般的に報告されている）、より高い泌乳量（約６％の増加が一般的に報告されている）、より高い効率（約８％の増加が一般的に報告されている）、寿命の向上（約３８％の増加が一般的に報告されている）、及び生涯生産性の向上（約２３％の増加が一般的に報告されている）が挙げられる。当業者であれば、任意の特定の恩恵の存在またはレベルが、異なる交雑ごとに様々に大きく異なる可能性があり、一般的に、品種によって有意に影響を受けると考えられることを認識している。
【０１０８】
大部分の商業的な子取り繁殖農家の目標は収益性を高めることである。交雑の利用は、より健康的で繁殖力の高い子孫、ならびに牛群に遺伝的多様性を導入する能力を含め、酪農場における生産の様々な局面に有意な正の影響を与えることができるが、従来の交雑戦略は、優れた品質ではなく、劣った品質の、または予期しない負の形質を有するウシを産生する可能性がある。伝統的な交雑育種において直面する課題の１つは、交雑が、気質上の傾向などの予測不可能な作用形質の可能性を含んでいることであり；異種交雑動物（すなわち、「Ｆ１」子孫）を、その後に同系交配または戻し交配により、系統を存続させるようにする場合、そのような望ましくない形質が増幅される可能性が高い。
【０１０９】
本開示は、交雑した牛群を維持することが困難であることを認識している。すなわち、Ｆ１ウシの高能力を失うリスクがあるということである。例えば、農家が従来の手法（例えば、図１に示すような方法）を用いてＦ１の牛群を維持しようとする場合、彼らは通常、牛群の雌をＦ０雄親と交配させるであろう（図１左パネル参照）。しかしながら、特定の望ましい形質に関する雑種強勢の損失は、一般的には、そのような戻し交配から生じる。このような戻し交配はまた、親の対立遺伝子が自由組合せであるため、次世代の動物におけるヘテロシスの増大をもたらす可能性がある。品種を交雑するための別の戦略は、Ｆ１雑種動物の交配雄親として第三の品種を導入することであった（図１、右パネル参照）。この戦略は、戻し交配戦略に比べてより高い相対的なヘテロシスを有するが、予測不能で非常に多様な表現型をもたらす自由組合せの問題を依然として有する。本開示は、とりわけ、初期の高能力かつ均一なＦ１雑種動物が、Ｆ１親からの配偶子の産生において対立遺伝子同士が分離してしまうため、自然交配または人工授精によって同様の高能力で均一な更新を行うのに用いることができないという点において、現時点で交雑システムに問題があるという洞察を包含する。
【０１１０】
［Ｆ１交雑乳牛の作製及び／または維持のための発明戦略］
本開示は、酪農家がＦ１遺伝産物から既に恩恵を受けることができている一方で、乳牛群が、酪農経営の通常の過程で生じる妊娠からのそれらの更新個体の産生を支援する能力から恩恵を得るであろうという洞察を包含する。現在の方法（人工授精または自然交配）で雑種のウシに生じた妊娠は、自然過程の間の組換えに起因して予測不可能な子孫を生じ、これは雑種動物に一倍体（卵子）を生み出す。本開示は、価値の高いＦ１交雑牛群の産生及び／または維持を可能にする新規アプローチを提供する。
【０１１１】
とりわけ、本発明は、交雑した乳牛群を提供及び／または維持するための改良されたシステムが、一方または両方のＦ０個体もしくは系統を、それらの雑種子孫の能力に基づいて、同定し、特徴決定し、及び／または選択することを含むという認識を包含する。
【０１１２】
本明細書で論じるように、雑種動物（「Ｆ１交雑種」とも呼ぶ）の優位性は、数十年間にわたって学術文献に記録されている。優位性の証拠があるにもかかわらず、交雑システム及びＦ１の使用は、特に酪農事業全体のわずかな割合を占めるに過ぎない。本開示は、交雑システムが機能しない点は、更新個体の次世代の生産にあるという洞察を包含する。Ｆ１動物そのものは、品種Ａ由来のゲノムが５０％、品種Ｂ由来が５０％の複合体である。したがって、その表現型と能力には一貫性がある。天然またはＡＩ送達によって、この雌から産生した次世代の動物（更新個体）が課題を提示する。シンプルなメンデル型の自然組合せの法則のために、品種Ａ及び品種Ｂの寄与は、次世代のための一倍体の産生において再結合し、これらの一倍体の合計は５０％Ａ及び５０％Ｂとなるだろうが、実際の寄与は５０％Ａ：Ｂを中心とし、尾部で１００％に近づく正規分布となるだろう。すべての更新個体の妊娠はこの分布からの一回のドローとなるため、中間的である可能性は低く、ＡまたはＢから再現される異なる遺伝子が得られる。したがって、たとえ単一の雄親と交配しても、生産される一倍体卵母細胞は、他の表現型、能力、シンプルな雌ウシの設計においてさえも互いに著しく異なる。この理由から、交雑操作の通常の終了は、反復的な戻し交配の系を介して元のＦ０親品種の１つに戻るか、または操作の外側から純血統の動物を単に獲得することである（図１及び図２Ａ〜２Ｄ参照）。持続的な乳生産に必要な妊娠を生み出しながら、雑種Ｆ１遺伝産物を持続的に提供できる事業システムは、酪農業界全体への幅広い採用、及びプラスの効果をもたらす可能性を秘めている。
【０１１３】
本開示によれば、この価値を伝達するシステムは、以下の構成要素から組み立てることができる。（１）以下の１つ以上を含む二系統育種システム：（ａ）雄性系統（複数可）‐精液を提供するために現行のエリート酪農品種から造成し、雑種子孫の能力（予測及び測定による）によって遺伝子選択を駆動することを除いては現行のＡＩ雄親の造成と同様の方法で造成する；（ｂ）雌性系統（複数可）‐ＩＶＦで使用する卵母細胞を提供するために、これについても現行のエリート酪農品種から造成する。これらの系統を、持続的な雌の能力（卵母細胞の収量及びダイアリー（ｄｉａｒｙ）能力に関して）ならびにＦ１子孫の能力に基づく指標ベースの遺伝的選択を用いて造成する；（ｃ）雄性系統を維持して精液を産生する種雄牛；（ｄ）Ｆ１胚の作製のための両系統の卵母細胞産生を提供し、雌性系統（複数可）の連続的な遺伝的改良を可能にする、卵母細胞培養所及び雌性核。（２）高品質の商業的酪農事業において、Ｆ１動物から高品質の能力情報を得ることを可能にする検定システムであって：（ａ）発売製品の能力検定を可能にする既存の遺伝子産物のＦ１組合せの検定；（ｂ）Ｆ１情報を用いて雄と雌の系統選択を支援し、品種依存の選択から逸脱できるように取得する選択データを提供する検定システム。（３）ＩＶＦ、及び卵母細胞培養所に近接してＩＶＦを支援することができる胚移植（ＥＴ）サービス事業、ならびに分散型商業的酪農事業に対するＥＴサービス。（４）能力の差別化に基づいて新規遺伝子産物を販売可能な販売担当部署に直面する顧客。図３参照。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、高能力雑種Ｆ１乳牛の生成及び／または維持は、数ある中で、ＩＶＦ、ＥＴ、人工授精、凍結保存、及び核移植などの現代の生殖技術の使用を含む。このような現代的技術は、競走馬の育種などの産業において利用されており、そこにおいては、純血種の動物は非常に価値があるが、酪農業［交雑種の産生のための］においてはそうではなく、個々の商用生産動物（すなわち、雌）は、そのような技術の使用を是認するには不十分な個体的価値しか有していないと一般的には考えられている。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、本発明は、雑種乳牛のスクリーニング、世代、及び維持におけるＩＶＦ、ＥＴ、人工授精、凍結保存、及び核移植などの現代技術の使用を包含する。
【０１１６】
さらに、いくつかの実施形態では、本発明は、Ｆ０雄親由来の配偶子試料を、第一Ｆ０雌親由来の第一の複数の雌性配偶子と交配させ、及び、第一Ｆ０雌親とは異なるが、場合により第一Ｆ０雌親と同じ系統の第二Ｆ０雌親由来の第二の複数の雌性配偶子と交配させる技術を提供する。多くの実施形態では、第一及び第二Ｆ０雌親のそれぞれは、Ｆ０雄親とは異なる品種である。これらの第一及び第二（及びそれに続く）異種交雑のそれぞれに由来する雑種子孫の形質を評価し、Ｆ０雄親（及び場合により１つ以上のＦ０雌親または雌親系統）を、その後の、第一及び／または第二異種交雑由来のＦ１子孫の望ましい能力に基づく異種交配で使用するために選択する。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、雑種子孫形質の品質を、基準動物の品質と比較して評価する。いくつかの実施形態では、雑種子孫形質の品質を、比較可能な異種交雑の雑種子孫形質の品質（必要に応じて過去または同時の）と比較して評価する。いくつかの実施形態では、雑種子孫形質の品質を、異種交雑指数または他の業界標準を参照して評価する。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、本発明は、異種交雑子孫形質の能力に対する定常的モニタリングによる雑種牛群の継続的な［世代を積み重ねての］改良、及び他の乳牛の交雑による異種交雑子孫との比較を提供し、それによって、Ｆ０種牛の選択において定期的または継続的な改善を行うことができる。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、種牛飼育場である第一飼育場から、繁殖用の雌親飼育場であって、繁殖用の雌牛群を有し、その体内へ精液または胚を送達することができる第二飼育場へ、Ｆ１胚を輸送してもよい。いくつかの実施形態では、複数の異なる繁殖用飼育場へＦ１胚を輸送することができ、それによって、複数の飼育場で複数のＦ１子孫の牛群を産生する。いくつかの実施形態では、Ｆ１形質に関する情報を、繁殖用飼育場（複数可）から（または１つ以上のＦ１子孫ウシの購入者から）、種牛飼育場に提供し、それによって雑種乳牛の種牛としての雄親の品質を評価するこができる。同様に、いくつかの実施形態では、雑種の形質に関する情報を、１つ以上の繁殖用飼育場（複数可）及び／またはＦ１胚を作製するために使用するＦ０配偶子の供給源の飼育場に提供し、それによって乳牛の種牛としての雌親または雌親系統の品質を評価することができる。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、特定のＦ０個体または系統由来の配偶子の１つ以上の交配の子孫におけるＦ１形質の評価を、複数の時点で評価し、それによって乳牛の種牛としてのＦ０個体の品質を周期的または連続的に再評価する。いくつかの実施形態では、１つ以上の特定のＦ０個体に対し、時間経過とともに乳牛の種牛としての選択を解除する場合がある。
【０１２１】
［種牛／雑種育種インデセス（Ｉｎｄｅｃｅｓ）の発明的選択］
いくつかの実施形態において、本発明によれば、Ｆ０ウシを、それらの配偶子の異種交配から生じる雑種のウシの能力に基づいて選択してもよい。例えば、雑種のウシの乳生産性を評価することができ、Ｆ０ウシを、先育成の異種交雑由来のＦ１子孫の能力に基づく特定の交雑のための（例えば、異種交雑のための）種牛として使用するために選択してもよい。
【０１２２】
代替的にまたは追加的に、評価してもよい雑種形質として、例えば、初産時の年齢、体の深さ、細胞数、雌ウシ受胎率、泌乳形態、娘ウシ分娩難易度、娘ウシ妊娠率（Ｆ１動物が娘ウシで妊娠する割合）、娘ウシ死産率、脂肪のポンド数、乳脂肪率、肢蹄得点、繁殖力、決定得点、蹄の角度、前乳房の付着、前乳頭の位置、経産牛受胎率、ケトン症、跛行率及び／または程度、自発運動、乳生産寿命、搾乳性、［乳］タンパク質の割合、タンパク質のポンド数、後肢の後望、後肢の側望、後乳頭の位置、後乳房の高さ、生殖寿命、寒さに対する耐性、疾患（例えば、乳腺炎、子宮炎など）に対する耐性、尻の角度、尻の幅、体細胞スコア、雄親の産子分娩難易度、雄親の産子死産率、サイズ、身長、強健性、乳頭の長さ、乳房の割れ目、乳房の立体構造、乳房の深さ、及びそれらの組合せが挙げられる。
【０１２３】
雑種形質は、任意の利用可能な技術を用いて、表現型、遺伝子型、またはその両方に基づいて評価してもよい。
【０１２４】
１つ以上の雑種の指標において１つ以上の雑種の形質を利用してもよい；このような雑種の指標は雑種のウシの構成、評価及び／またはランク付けを容易にし、次にこれらに由来する雑種子孫の能力に基づいて、Ｆ０個体または系統を選択することを容易にし得る。いくつかの実施形態では、個々の形質（例えば、ある指標に含まれる）に対し、相対的な重み付けを割り当てる。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、乳生産は、Ｆ０個体または系統の選択に対して考えられる最も影響力のある（例えば、大きく重み付けされた）雑種形質と考えられる。いくつかの実施形態では、本発明の方法または指標において、不妊症、高い体細胞数、及び跛行のうちの１つ以上に対し、負の重み付けを割り当てる（例えば、選択する）。
【０１２６】
とりわけ、本明細書に記載する本発明の戦略によって提供する技術は、乳生産を最大化すること、及び／または雑種牛群のターンオーバーまたは更新率を最小限に抑えると考えられる。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、疾患に対する感受性の低下は、雑種のウシの評価のための重要な能力形質であり得る。乳腺炎は乳生産に悪影響を与える乳房の感染症である。乳腺炎に対して選択を実施することにより、雑種のウシの産乳能力を向上させることができる。高い体細胞数は、乳腺炎のような感染症の指標でもある。高い体細胞数（ＳＣＣ）に対して選択を実施することにより、疾患の発症率を低下させることができる。
【０１２８】
繁殖力は、任意の乳牛群の効率に影響を及ぼす主要な要因の１つである。これは、生産における主要なコストの一角を占めるとともに、大幅に改善できる余地がまだ残されていることを示してもいる。乳牛群の繁殖力の欠如は、直接的及び間接的に多くの結果をもたらすと認識されている。最も重要なものは：あまりにも多くの乾燥日数による乳生産の喪失、または後の泌乳収量を引き換えにしたピーク収量；分娩期と乳生産パターンの混乱；初期の淘汰による成熟した動物の産乳量の損失；余分な獣医療費；仔ウシの売り上げ減少；追加のＡＩコスト；飼育または購入でのより多くの更新をもたらす強制的な淘汰；価値の高い遺伝子の喪失；及び栄養不均衡や生産不足などの他の問題との関連である。不必要な繁殖力の低下を減らすための第一歩は、個体群の繁殖能力の詳細な評価、ならびに所望の繁殖力を改善または維持するであろうＦ０の選択である。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、望ましい雑種の形質は、肉牛としての潜在的適合性を含み得る。牛乳を生産することができなくなった雌の乳牛は、伝統的に淘汰させて、更新用の雌を選ぶ。伝統的に、乳牛はしばしば肉牛に則した品質の肉を提供せず、牛の価値を低下させることがある。牛肉市場に望ましい形質を備えることは、酪農家にもう一つの収益源を提供するだろう。いくつかの実施形態では、肉牛と交雑した乳牛は、乳生産に対する有益な形質を犠牲にすることなく、牛肉産業にとって望ましい形質を有する。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、先育成の異種交雑から得られた雑種子孫の能力に基づいて選択した種牛の雄及び／または雌由来の配偶子を利用して、新規雑種胚及び／または雑種子孫を作製する。いくつかの実施形態では、そのような配偶子を、保存（例えば、凍結／凍結保存）のために採集する。いくつかの実施形態では、このような配偶子を、例えば、１つ以上の農場または農業施設に販売する。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、雌雄２つの系統の間で分離した形質を選択することによって、雌雄両系統がＦ１能力に寄与するさらなる繁殖の進行が得られる。例えば、ホルスタイン種とジャージー種を組み合わせた雑種動物では、ホルスタイン種が雄親系統であり、ジャージー種が雌親系統である場合には、ホルスタイン種の親を、乳成分を無視して、飲料乳の生産に焦点を当てて選択することができ、ジャージー種の親を、例えば、場合によっては飲料乳の生産を無視して、乳固形分（例えば、脂肪及びタンパク質）に焦点を当てて選択することができる。このようにして、各親系統の両方の形質を改善しようとするよりも、さらなる遺伝的進歩をもたらすことができる。
【０１３２】
したがって、本開示は、従来の乳牛の畜産で使用するものとは異なるウシを飼育するための選択戦略を提供する。したがって、本開示を読む当業者は、高品質の雑種子孫を生成するために特別に手入れした牛品種のための新規育種指数も提供することを理解するであろう（このような指数は、本明細書において「雑種育種指数」と呼んでもよい）。例えば、上記のパラグラフに記載した特定の場合に関して、本開示は、乳成分ではなく乳生産に焦点を合わせたホルスタイン／ジャージーの交雑で使用するためのホルスタイン種の親のための雑種育種指数を提供し；同様に、乳生産ではなく乳固形分に焦点を合わせた交雑で使用するためのジャージー種の親のための雑種育種指数を提供する。当業者であれば、本開示に従って、交雑で利用するパートナー株または系統に応じて、異なる雑種育種指数を、所与の株または系統に対して利用し得ることをさらに理解するであろう。したがって、本発明は、乳牛の品種または系統用の雑種育種指数のセットを提供し、これは、交雑で利用するパートナー品種または系統によって異なる場合がある。
【０１３３】
本開示を読む当業者は、本発明の技術の１つの特徴及び含意が、種牛の雄親（または雄親系統）及び雌親（または雌親系統）を、それら自身の特定の形質に関わらずに選択することであることを理解するであろう。すなわち、本発明によれば、本明細書に記載するように、１つ以上のＦ１交雑子孫のための乳牛の種雌牛として振る舞うために、雌ウシ自身が高量の乳生産個体である必要はない。したがって、本発明は、従来の知恵とは正反対に、パーソナルな産乳形質が、大幅に劣る場合がある（例えば、品種基準、標準、指標などと比較して）うえに、特にそのＦ１交雑子孫の形質よりも実質的に低い場合がある乳牛個体として選択及び／または利用する技術を提供する。
【０１３４】
［提供する牛群］
いくつかの実施形態では、本発明は、所望の形質に基づく高能力な牛群の作成及び／または維持を提供する。いくつかの実施形態では、牛群は、例えばこれらの交雑から生じる雑種のウシの能力によって決定するようなＦ０雄親／雄親系統及び雌親／雌親系統の選択を介して生成することができる。Ｆ０ウシを再ペアリングして、所望の形質を有する新しい雑種のウシを生成することができる。発情同期化及び／または人工授精のような技術は、Ｆ０ウシの交雑により、高能力な雑種のウシをより効率的に産生することを支援することができる。
【０１３５】
代替的または追加的に、いくつかの実施形態では、高能力な雑種の牛群を、胚操作を介して生成することができる。Ｆ０ウシ由来配偶子を採集し、これを用いて、体外受精及び胚移植により新しい雑種のウシを生成することができる。配偶子ならびに受精胚を凍結保存し、後に移植することで、高能力な雑種の牛群を構築することができる。さらに、性選別精子を用いて、牛群内の更新用のウシまたはより多くの乳生産を行う個体のための雌の生成を支援することができる。
【０１３６】
ホルスタイン、ガーンジー、エアシャー、レッドアンドホワイト、ミルキング・ショートホーン、ジャージー、ブラウンスイス、ノルウェージャン・レッド、ベラルーシ・レッド、ベルテッド・ギャロウェイ、アンガス、ビーフマスター、ブラック・ヘルフォード、ブラーマン、ブランガス、シャロレー、フロリダ・クラッカー、ヘレフォード、ハイランド、パイニーウッズ、レッド・アンガス、サンタ・ガートルーディス、シンメンタール、但馬牛、テキサス・ロングホーン、リムーザン、和牛、及びそれらの任意の組合せを含むが、これらに限定されないウシ品種から、交雑牛群を産生することができる。
【０１３７】
とりわけ、本発明は、Ｆ０個体間の交配の子孫である雑種のウシを提供し、そこでは、先育成の雑種子孫の１つ以上の属性に基づいて、Ｆ０個体の少なくとも１つを、同じＦ０個体（または同系統内の別のＦ０個体、特に雌親側）の配偶子を含む交配から選択する。本発明はまた、そのような雑種の牛群、及び、凍結保存し得るか、または例えば長期保存などの保存用に調製し得るＦ１交雑胚のコレクションも提供する。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、提供する雑種牛群は妊娠している。いくつかの実施形態では、提供する雑種牛群は、Ｆ１雑種胚を妊娠しており、その胚は、例えば、妊娠している雑種子孫を生成したものと同じ交雑から、及び／または同じＦ０個体の交雑の繰り返しから生じたものであってもよい。いくつかの実施形態では、提供する雑種牛群は、妊娠した雑種を生成した第一交雑で利用したものと同じ品種の第二交雑由来の雑種胚を妊娠しており、ここで、第二交雑でその配偶子を利用したＦ０個体の一方または両方を、本明細書に記載するような継続的な雑種の能力モニタリングのプロセスを介して選択したことから、第二交雑種は、第一交雑種よりも改良された交雑種であると考えられる。いくつかの実施形態では、提供するＦ１牛群は、牛群を維持するのに必要とされるものに比べ、過剰な妊娠力を有し；いくつかの実施形態では、過剰な妊娠力の一部または全部を用いて肉牛を妊娠させる。
【０１３９】
［胚及び繁殖技術］
様々な技術の開発及び改良により、動物交配を人間が制御し、及び／または影響を与えることが可能となり、場合によっては動物の交尾（例えば、自然交配）または動物の接触さえも伴わずに、それは可能となった。そのような技術の代表的なものとして、例えば、体外受精、人工授精、配偶子または胚の凍結保存（凍結）、複数回の排卵誘発、胚移植、精子または胚の性決定、核移植、クローニングなどが挙げられる。
【０１４０】
生体外での反芻動物胚の産生は、卵母細胞成熟、卵子受精、及び生体外培養を含む３段階のプロセスである。このような卵母細胞の３０〜４０％のみが胚盤胞期に達し、その時期において、レシピエントに移すか、または将来の使用のために凍結することができる。卵母細胞の質は、胚盤胞を形成する未成熟卵母細胞の割合に劇的に影響を与えることができ、一方で、受精後培養環境は胚盤胞の質に大きな影響を及ぼす。いくつかの実施形態において、生体外での胚産生に伴い、特定の性別の精子を用いることは、所望の性別の子孫を得る潜在的に効率的な手段である。性選別精液技術の使用に関する懸念としては、選別した精子の見かけ上の低受精能、選別した精子の凍結保存後における生存率の低下、及び特定の期間に分離できる精子数の少なさが挙げられる。胚の品質をどのように評価するかは課題である。現在、形態学的評価は、移植前の胚選択のための最も一般的な方法である。他の非侵襲的評価方法は、発生能力に関連した第一卵割のタイミングを含む。遺伝子発現の定量的検査は、培養胚の生存能力を評価するための追加的な価値を有するツールである。胚が曝露される培養条件、特に受精後期間に曝露される培養条件が、胚における遺伝子発現のパターンに乱れを及ぼすとともに、潜在的に重要な長期的結果をもたらし得ることを示す多くの証拠が存在する。
【０１４１】
ＩＶＦは、生殖器系から吸引する方法によってドナーの雌牛から卵母細胞を抽出する技術である。次いで、選択した卵母細胞を２４時間インキュベートし；この時間は、成熟期と呼ばれる。成熟後、共培養を行い、その１８〜２２時間後に卵子が受精する。胚は、移入の準備が整う７日目まで培地中にとどまる。この技術は、従来の生体内での胚採取に比べて３つの主な利点を有する。ＩＶＦでは雌ウシに過排卵させる必要がなく、同期させる必要もない。動物の生殖の健全性を損なう可能性のあるホルモンにドナーの雌ウシが曝露することがなく、手順前の準備時間なしで作業することができるため、これは大変画期的である。胚生産量は平均して収穫する卵母細胞の約３０％であるが、この量は、品種、ドナーの雌ウシ、及び交配に応じて変わる。ＩＶＦに伴うもう１つの利点は、生体内での胚採取のように６０日ごとではなく、２０日ごとに吸引できることである。ＩＶＦのもう１つの利点は、非常に若い時期に動物から収穫できることであり；このことは、特定の望ましい形質を有する動物の世代間隔を低減することから、育種選択に大きな影響を与える。
【０１４２】
人工授精（ＡＩ）は、遺伝的に優れた雄から子孫を得るために２００年以上にわたって使用されてきた。精液を凍結保存（凍結）して貯蔵する公知の方法により、より多くの家畜生産者がＡＩを利用できるようになった。精液の凍結保存と同様に、胚の凍結により、高い遺伝的性質を有する動物をグローバルに商業化することが可能になった。雄ウシ由来の精液は、特に凍結及び長期貯蔵に適している。大量の乳牛を激烈に管理する酪農業界において、ＡＩはシンプルで経済的であり、成功している。米国の乳牛の６０％以上がＡＩによって育種されている。しかしながら、育種集団を通常、牧場や牧草地の条件で維持する肉牛では、状況は異なる。米国の牛肉産業では、ＡＩは授精の５％未満を占めるに過ぎない。
【０１４３】
ＥＴ技術の開発により、生産者は、遺伝的に優れた雌から複数の子孫を得ることができる。外科的または非外科的技術によって優れた遺伝的メリットを有する雌（胚ドナーとも呼ぶ）から、受精胚を回収することができる。次に、遺伝的に優れた胚を、遺伝的メリットの乏しい雌（胚レシピエントとも呼ぶ）に移植する。ウシにおいては、効率的な技術により受精胚を手術なしで回収できるものの、胚は、通常の生殖周期ごとに１つまたは時々２つが産生されるのみである。遺伝的に優れた雌から回収可能な胚の数を増加させるために、胚ドナーに対してホルモン投与計画による処理を行い、複数回の排卵または過排卵を誘導する。
【０１４４】
米国の牛肉産業は雄の仔ウシを好み、これらは、肉生産の生育及び仕上げ段階のためにフィードロットで飼育する際に、体重及び飼料効率がより高い傾向にある（雌または未経産牛に比べて）。対照的に、酪農業界は雌仔ウシを好み、これらの雌仔ウシは、最終的に子孫と、人間が消費するための牛乳を生産する。したがって、生産者が家畜の子孫の性別を制御できるように、精子または胚の性別を判定する方法が必要である。
【０１４５】
１９８０年代半ば以降、卵割球（早期及びおそらくは未分化の卵割期胚由来細胞）または体細胞（線維芽細胞、皮膚、心臓、神経、または他の体細胞）から脱核卵子（核を除去した未受精卵）へ核を移植する技術が開発されてきた。この「核移植」は動物の複数のコピーを産生し、このコピーは、他の動物（トランスジェニック動物、遺伝的に優れた動物、または多量の牛乳を産生するか、もしくは他の望ましい形質を有する動物）のほぼ同一のコピーである。このプロセスは、クローニングとも呼ばれる。これまでに体細胞核移植は、ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギ、ウマ、ラバ、ネコ、ウサギ、ラット、及びマウスをクローン化するために使用されてきた。
【０１４６】
この技術は、クローン化する動物に由来する適切な組織（線維芽細胞）由来の体細胞を培養することを含む。次に、培養した体細胞由来の核を、同じまたは密接に関連する種の別の個体から採取した脱核した卵母細胞にマイクロインジェクションする。まだ解明されていない過程を介して、体細胞由来の核を、胚の正常な発生へと向かわせるのに適した遺伝子発現パターンに再プログラムする。生体外でのさらなる培養及び発育の後、胚をレシピエントの雌に移植し、最終的には生きた子孫が誕生する。核移植によって動物を繁殖させる成功率はしばしば１０％未満であり、また、種、レシピエント卵子の供給源、ドナー核の細胞型、核移植前のドナー細胞の処理、核移植に使用する技術などを含む多くの要因に依存する。
【０１４７】
本開示は、乳牛の能力を向上させるために、繁殖技術と形質選択とを組み合わせることが有効であることを示す。本開示は、体外受精、人工授精、配偶子または胚の凍結保存（凍結）、複数回の排卵誘発、胚移植、精子または胚の性決定、核移植、クローニングなどの工学的交配技術が、従来、乳牛の産生に広範に利用されてはこなかったことを認識する。特定の理論に拘泥することを望むものではないが、本発明者らは、そのような技術が、少なくともそれらの多大な費用を正当化し得るような性質または類のものではなく、乳牛産業に大きな利益をもたらすことはないであろうという従来の知見を提示する。しかしながら、本開示は、そのような技術が、乳牛産業において過去に見過ごされていた有意な利点を提供できるということを実証する。例えば、本開示は、そのような技術がＦ１交雑乳牛群の発育、維持、監視、及び／または改善をユニークに促進するということを立証する。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、雑種の能力に基づくＦ０選択の結果として生成する胚を他の農場及び企業に供給し、例えば、胚から雑種子孫及び／または牛群を生成することができる。いくつかの実施形態では、本発明は、雑種のウシをスクリーニングし、親のＦ０配偶子を用いた選択的育種によって高能力な雑種のウシを再形成する事業方法を可能にする。
【実施例】
【０１４９】
［実施例１：個々の高能力Ｆ１ウシに基づくさらなる雑種のウシの繁殖］
本実施例は、とりわけ、雑種の能力に基づくＦ０雄親／雄親系統及び雌親／雌親系統の選択によるウシの能力形質の最適化を示す。
【０１５０】
育種計画から生じる雑種の乳牛を、様々な能力形質についてスクリーニングする。スクリーニングは、高度な遺伝子ベースの検査だけでなく、各ウシの産乳量及びその他の能力形質の簡単な観察及び分析を含む。最高度の乳生産、繁殖力、病気に対する耐性、及び全般的な健康を有するウシを、その先祖の系統とともに記録する。高能力Ｆ１ウシを産生したＦ０の雄親及び雌親由来の配偶子を採集し、さらなる高能力Ｆ１ウシを生成するために貯蔵する。それらが利用可能である場合、雌雄のＦ０それ自体をさらなる育種に用いる。性的成熟に達した雌の仔ウシに、受精前の胚（理想的なＦ０雄親及び雌親の配偶子から生成する）を移植する。雌または雄の子孫に妊娠を偏らせるには、精子を性別鑑定する。高能力な雑種のウシに、そのＦ０親由来の胚を移植し、高能力の姉妹及び／または兄弟ウシの産生を促進するとともに、乳生産プロセスを継続する。
【０１５１】
［実施例２：高能力雑種の牛群の作製］
高能力雑種ならびにそれらの雄親／雄親系統及び雌親／雌親系統を確立した後、すぐに高能力牛群を作製する。新規Ｆ１ウシを実施例１と同様にスクリーニングして分析し、どれが高能力であるかを判定する。これらの新規高能力ウシの親由来のＦ０配偶子を、その後のＦ１ウシの産生にも利用する。
［参考文献］
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【０１５２】
［均等物］
当業者であれば、本明細書に記載する本発明の特定の実施形態に対する多くの均等物を、認識し、または慣用的な実験を用いてこれを確認することができる。本発明の範囲は、上記の説明に必ずしも限定するものではなく、添付の特許請求の範囲に記載する通りである。
【０１５３】
（項目１）
複数の雑種の乳牛の各々のメンバーを分析し；及び
雑種の乳牛の能力に基づいてＦ０ウシを種牛として選択するステップを含む方法。
（項目２）
能力に基づくＦ０ウシの選択が、両系統のＦ０に比べて前記雑種のウシのほうが優れている少なくとも１つの能力特性のレベルまたは性質に基づいて選択することを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記能力に基づいてウシを選択するステップが、前記１つ以上の能力特性の前記レベルまたは性質と相関する遺伝子シグネチャを検出することを含む、項目３に記載の方法。
（項目４）
前記Ｆ１ウシが乳牛である、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記Ｆ１ウシが雌の乳牛である、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記Ｆ１ウシが肉用乳牛である、項目１に記載の方法。
（項目７）
ウシの育種方法であって：
雄性及び雌性Ｆ０配偶子から胚を作製することを含み、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成の雑種子孫の能力に基づいて選択した前記Ｆ０個体に由来し、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子が異なる品種に由来する、前記育種方法。
（項目８）
雑種動物群の生成方法であって：
Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じる雑種胚を、複数の宿主雌ウシのそれぞれに移植するステップを含み、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成の雑種個体の能力に基づいて選択される前記Ｆ０個体に由来する、前記生成方法。
（項目９）
異種交雑動物群の維持方法であって：
複数のＦ１雌乳牛の各々に異種交雑胚を移植するステップを含み、ここで、前記雑種の雌乳牛の各々が、第一の「Ｆ１選択異種交雑」から生じ、ここで、「Ｆ１選択交雑」が、Ｆ０雄性配偶子を用いてＦ０雌性配偶子を受精させることを含む交雑であり、ここで：
ａ）前記Ｆ０雄性及び雌性配偶子が異なる品種に由来し；ならびに、
ｂ）前記Ｆ０雄性及び雌性配偶子の一方または両方が、同じ個体または系統の交雑で生成した先育成Ｆ１子孫の能力に基づいて選択した個体または系統に由来し；
ここで、移植する各Ｆ１交雑胚が、第二のＦ１選択異種交雑から生じる、前記維持方法。
（項目１０）
所望の形質を有する雑種Ｆ１動物の交雑種群の維持方法であって、前記Ｆ１の形質の交雑状態を、Ｆ１の能力に基づいて選択した胚の胚移植を行うことによって維持する、前記維持方法。
（項目１１）
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体または系統由来の雄性Ｆ０配偶子、雌性Ｆ０配偶子、または雄性及び雌性Ｆ０配偶子の両方を利用する、項目９に記載の方法。
（項目１２）
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体または系統由来の雄性Ｆ０配偶子を利用する、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑における同じ個体由来の雄性Ｆ０配偶子を利用する、項目１１に記載の方法。
（項目１４）
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記Ｆ１選択異種交雑で利用するものと同じ個体または系統由来の雌性Ｆ０配偶子を利用する、項目１１に記載の方法。
（項目１５）
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑で利用する系統由来の雌性Ｆ０配偶子を利用する、項目１１に記載の方法。
（項目１６）
前記第二のＦ１選択異種交雑が、前記第一のＦ１選択異種交雑で利用するものとは異なる個体または系統由来の雄性または雌性配偶子を利用する、項目９に記載の方法。
（項目１７）
前記異なる個体または系統が、前記第一のＦ１子孫選択異種交雑で使用した対応する前記Ｆ０個体または系統の能力に比べて向上した前記異なる個体または系統のＦ１子孫の能力に基づいて選択される、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
項目１７に記載の方法であって：
前記第一のＦ１選択異種交雑で利用する前記Ｆ０個体または系統の一方または両方に由来するＦ０配偶子を利用する複数の交雑から生じるＦ１個体の１つ以上の能力特性を分析し；
前記分析した１つ以上の能力特性を、前記異なるＦ０個体または系統由来のＦ０配偶子を利用する複数の交雑から生じるＦ１個体の能力特性と比較し、それにより、前記異なる個体または系統を所望の種牛個体または系統として選択するステップをさらに含む、前記方法。
（項目１９）
雌ウシの牛群であって、それら［の一部またはすべて］がＦ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚を妊娠しており、ここで、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択される前記Ｆ０個体に由来する、前記雌ウシの牛群。
（項目２０）
雌ウシのＦ１牛群であって：
Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚からそれぞれ生成する複数のＦ１動物を含み、ここで、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択される前記Ｆ０個体に由来する、前記雌ウシのＦ１牛群。
（項目２１）
雌ウシのＦ１牛群であって：
Ｆ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生じるＦ１胚からそれぞれ生成する複数のＦ１動物を含み、ここで、各雄性Ｆ０配偶子が同じＦ０個体に由来し、各雌性配偶子が同じＦ０ファミリー内の雌に由来し、前記Ｆ０配偶子の一方または両方が、前記Ｆ０個体由来または前記Ｆ０ファミリーのメンバー由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択される個体またはファミリーに由来する、前記雌ウシのＦ１牛群。
（項目２２）
前記複数のＦ１の各メンバーが、Ｆ０のいずれかよりも優れた１つ以上の能力パラメータレベルによって特徴付けられる、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
複数の胚であって、その各々がＦ０雄性配偶子を用いたＦ０雌性配偶子の受精から生成し、前記雄性及び雌性Ｆ０配偶子の一方または両方が、Ｆ０個体由来の配偶子の交雑から生じる先育成Ｆ１個体の能力に基づいて選択される前記Ｆ０個体に由来する、前記複数の胚。
（項目２４）
前記雄性Ｆ０配偶子が、主に一方の性別または他方の性別の精子を含む精液である、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記胚を、将来の移植のために受精後に凍結する、項目２３に記載の方法。
（項目２６）
前記胚を、交雑したＦ０ウシの配偶子から生成する、項目２３に記載の方法。
（項目２７）
乳牛の種牛として使用するためのＦ０雄親または雄親系統の選択方法であって、前記方法が：
第一候補Ｆ０雄親個体と特定のＦ０雌親または雌親系統との交雑である第一交雑から生じる少なくとも１つの第一Ｆ１子孫個体の少なくとも１つの能力属性を分析し；
前記分析した少なくとも１つの能力属性を、基準交雑から生じる少なくとも１つの第二Ｆ１子孫個体の能力属性と比較するステップを含み、前記基準交雑が：
基準Ｆ０雄親個体と前記特定のＦ０雌親もしくは雌親系統との交雑であるか；または、
前記特定のＦ０雄親個体と、前記特定のＦ０雌親または雌親系統と同じかもしくは異なっていてもよい第二Ｆ０雌親もしくは雌親系統との第二交雑であるか；または、
少なくとも１つの異なる候補Ｆ０雄親個体と、前記特定の雌親もしくは雌親系統との交雑であり；前記方法がさらに、
その少なくとも１つのＦ１子孫個体が前記比較において優位性を示したＦ０雄親候補をＦ０種雄牛または種雄牛系統として選択するステップを含む、前記選択方法。
（項目２８）
乳牛の種牛として使用するためのＦ０雌親または雌親系統の選択方法であって、前記方法が：
第一候補Ｆ０雌親または雌親系統と、特定のＦ０雄親個体との交雑である第一交雑から生じる少なくとも１つの第一Ｆ１子孫個体の少なくとも１つの能力属性を分析し；
前記分析した少なくとも１つの能力属性を、基準交雑から生じる少なくとも１つの第二Ｆ１子孫個体の能力属性と比較するステップを含み、前記基準交雑が：
基準Ｆ０雌親個体と前記特定のＦ０雌親もしくは雌親系統との交雑であるか；または、
前記第二Ｆ０雌親もしくは雌親系統と、前記特定のＦ０雄親と同じかもしくは異なっていてもよい第二Ｆ０雄親との第二交雑であるか；または、
少なくとも１つの異なる候補Ｆ０雌親もしくは雌親系統と、前記特定の雄親との交雑であり；及び、
その少なくとも１つのＦ１子孫個体が前記比較において優位性を示したＦ０雌親または雌親系統候補をＦ０種雌牛または種雌牛系統として選択するステップを含む、前記選択方法。
（項目２９）
それぞれの交雑に由来する複数のＦ１子孫を分析する、項目１〜２８に記載の方法。
（項目３０）
潜在的能力属性が：
乳生産、寿命、精液産生、初産時の年齢、体の深さ、細胞数、雌ウシ受胎率、泌乳形態、娘ウシ分娩難易度、娘ウシ妊娠率、娘ウシ死産率、脂肪のポンド数、脂肪の割合、肢蹄得点、繁殖力、決定得点、蹄の角度、前乳房の付着、前乳頭の位置、未経産牛受胎率、ケトン症、跛行率及び／または程度、自発運動、乳生産寿命、搾乳性、タンパク質の割合、タンパク質のポンド数、後肢の後望、後肢の側望、後乳頭の位置、後乳房の高さ、生殖寿命、寒さに対する耐性、疾患（例えば、乳腺炎、子宮炎など）に対する耐性、尻の角度、尻の幅、体細胞スコア、雄親の産子分娩難易度、雄親の産子死産率、サイズ、身長、強健性、乳頭の長さ、乳房の割れ目、乳房の立体構造、及び乳房の深さを含む、項目１〜２９に記載の方法。
（項目３１）
前記能力属性を群れに対してカスタマイズする、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
Ｆ１ウシを分析して取得した能力属性に基づく、異種交雑種の総合能力指数の提供方法。
（項目３３）
コンピュータ可読形式で具現化した、異種交雑種の総合能力指数。
（項目３４）
前記能力パラメータが、Ｆ０個体によって共有されない、項目１〜３３に記載の方法。
（項目３５）
前記能力パラメータが、Ｆ０個体またはＦ０両親に比べてＦ１において優れている、項目１〜３４に記載の方法。
（項目３６）
前記交雑を経時的に繰り返して前記Ｆ１子孫の前記能力特性を調整する、項目１〜３５に記載の方法。
（項目３７）
事業の実施方法であって、前記方法が：
選択した乳牛用Ｆ０種牛由来の精液を提供するステップを含み、そのＦ０種牛が、前記選択したＦ０種牛由来の精液でＦ０雌性配偶子を受精させた先育成の異種交雑から生じるＦ１子孫の能力に基づいて選択される、前記実施方法。
（項目３８）
前記精液が、主に一方の性別または他方の性別の精子を含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記精液が、主に「雌型」精子を含む、項目３７に記載の方法。
（項目４０）
以下のステップを含む方法であって：
第一Ｆ０個体由来の配偶子と、前記第一Ｆ０個体とは反対の性別の少なくとも１つの第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する、複数の交雑のそれぞれから生じるＦ１子孫の能力情報を収集し；
前記能力情報を、後でその検索または分析が可能なコンピュータ可読フォーマットで保存するステップを含む、前記方法。
（項目４１）
能力情報を収集するステップが、第一Ｆ０個体由来の配偶子と複数の異なる第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する、複数の異なる交雑に関する能力情報を収集することを含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
複数の異なる交雑を異なる時点で実行する、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記保存した能力情報を、前記第一Ｆ０個体に一致する性別の第二Ｆ０個体由来の配偶子と前記反対の性別の少なくとも１つの第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する１つ以上の交雑由来の能力情報と比較する、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記一致する性別の第二Ｆ０個体由来の配偶子と、少なくとも１つの反対の性別の第二Ｆ０個体由来の配偶子とを交雑する、前記交雑の少なくとも１つが、前記第一Ｆ０個体由来の配偶子が交雑したものと同じ、少なくとも１つの反対の性別のＦ０個体由来の配偶子を含んでいた、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
体外受精（ＩＶＦ）を用いて雌の乳牛の交雑胚を作製するステップを含む方法。
（項目４６）
Ｆ１ウシが、能力に基づいて選択したＦ０の交雑種である、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
異種交雑胚を生成するための品種が：ホルスタイン・フリーシアン、ブラウンスイス、ガーンジー、エアシャー、ジャージー、レッド＆ホワイト、ミルキング・ショートホーン、ラインバッカー、ダッチベルト、ブルリーナ、ベラルーシ・レッド、ベルテッド・ギャロウェイ、カナディアン、カローラ、デンマーク・ジャージー、フランクストン・レッド、ドイツ鼻白斑牛、ジロランド、イラワラ、ミューズ・ライン・イーゼル、及びキューバ・シボネイから選択される、項目４５に記載の方法。
（項目４８）
異種交雑指数に応じて乳牛を育種するステップを含む方法。
（項目４９）
前記Ｆ０雌性配偶子のすべてが同じＦ０雌個体に由来するか、前記Ｆ０雄性配偶子のすべてが同じＦ０雄個体に由来するか、またはその両方である、項目１〜４８に記載の方法。
（項目５０）
前記受精を生体外で行う、項目１〜４９に記載の方法。
（項目５１）
前記受精を生体内で行う、項目１〜４９に記載の方法。
【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図３】
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【国際調査報告】
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