(57)【要約】ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド及びＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）調節因子を含む組み合わせが本明細書に記載される。炎症性腸疾患（ＩＢＤ）などの炎症性障害を含む疾患病状を治療するためのそのような組み合わせの使用方法も本明細書で提供される。【選択図】図１
2018529726.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
疾患の治療を必要とする患者におけるその方法であって、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）と、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と、の前記患者への有効量での投与を含む、前記方法。
【請求項２】
前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮが、配列番号１の核酸配列のヌクレオチド４０３、ヌクレオチド２３３、ヌクレオチド２９４、ヌクレオチド２９５、ヌクレオチド２９６、ヌクレオチド２９８、ヌクレオチド２９９、またはヌクレオチド５３３を標的とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮが、化合物（Ｉ）を含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＴＬＲが、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＴＬＲが、ＴＬＲ９である、請求項５に記載の方法。
【請求項６】
１．０μＭ未満の濃度で化合物が末梢樹状細胞（ｐＤＣ）と接触するとき、前記化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、前記化合物が、前記ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質、ＴＮＦαタンパク質、またはＩＬ−６タンパク質の発現を増加させることができるのであれば、前記化合物が、前記ＴＬＲを調節する能力を有し、こうしたことが、免疫アッセイにおいて決定される、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
約１．０μＭ以上の濃度で化合物がｐＤＣと接触するとき、前記化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、前記化合物が、前記ｐＤＣによるＴＮＦαタンパク質、ＩＦＮγタンパク質、ＴＧＦβタンパク質、ＩＬ−６タンパク質、ＩＬ−１０タンパク質、ＰＤ−Ｌ１タンパク質、ＩＤＯタンパク質、またはＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を増加させ、かつ前記ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質の発現を低減することができるのであれば、前記化合物が、前記ＴＬＲを調節する能力を有し、こうしたことが、免疫アッセイにおいて決定される、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
１．０μＭ以上の濃度で前記化合物が、キノリンまたはキニーネの存在下でｐＤＣと接触するとき、前記化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、前記化合物が、前記ｐＤＣによるＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を５倍以上増加させるのであれば、前記化合物が、前記ＴＬＲを調節する能力を有し、こうしたことが、免疫アッセイにおいて決定され、前記キノリンまたはキニーネが、前記キノリンまたはキニーネが単独でＩＣＯＳ−Ｌの発現を検出可能なほど増加させることができる閾値濃度を下回る濃度で存在する、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記キノリンが、ヒドロキシクロロキンである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
１．０μＭ以下の濃度で前記化合物が末梢血単核球（ＰＢＭＣ）と接触するとき、前記化合物と接触しないポリＩ：Ｃ誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、前記化合物が、前記ＰＢＭＣによるポリＩ：Ｃ誘導性のＩＦＮα分泌を低減することができるのであれば、前記化合物が、前記ＴＬＲを調節する能力を有する、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
０．１μＭ以下の濃度で前記化合物が末梢血単核球（ＰＢＭＣ）と接触するとき、前記化合物と接触しないイミキモド誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、前記化合物が、前記ＰＢＭＣによるイミキモド誘導性のＩＦＮα分泌を低減することができるのであれば、前記化合物が、前記ＴＬＲを調節する能力を有する、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
ＴＬＲを調節する能力を有する前記化合物が、ＢＬ−７０４０、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０、Ｅ６４４６、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＣＬ０７５、ＶＴＸ−２３３７、ＯＤＮ２００６、またはナルトレキソンである、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＴＬＲを調節する能力を有する前記化合物が、キニーネ、クロロキン、アモジアキン、メフロキン、プリマキン、またはその誘導体からなる群から選択される抗マラリア治療剤である、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記抗マラリア治療剤が、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＴＬＲを調節する能力を有する前記化合物が、１．０μＭ以上の濃度でｐＤＣまたはＰＢＭＣと接触すると、前記ＰＢＭＣからのＩＬ−１βの分泌を誘導し、かつ前記ｐＤＣの分化を誘導する、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＴＬＲを調節する能力を有する前記化合物が、１０．０μＭ以下の濃度でＢ細胞と接触すると、Ｂ細胞の増殖を誘導しない、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＴＬＲ経路構成要素が、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲである、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記疾患が、炎症性疾患、自己免疫障害、気道疾患、アレルギー性障害、代謝性障害、癌、中枢神経系（ＣＮＳ）障害、及び皮膚疾患からなる群から選択される、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記疾患が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、ドライアイ、自己免疫性脳炎、関節リウマチ、多発性硬化症、全身性硬化症、乾癬、大腸炎、ぶどう膜炎、喘息、慢性肺疾患（ＣＯＰＤ）、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、マラリア、橋本脳症、アメーバ症、糖尿病、高脂血症、非アルコール性脂肪性肝疾患、肺癌、膵癌、白血病性の癌、リンパ系の癌、膵癌、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、精巣癌、メラノーマ、骨髄腫、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、結腸直腸癌、胃癌、多発性硬化症、基底細胞癌、及び日光角化症からなる群から選択される、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
疾患の治療を必要とする患者におけるその方法であって、（ａ）配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含む有効量のＳＭＡＤ７ＡＯＮの前記患者への投与と、（ｂ）前記ＯＤＮに対する前記患者の応答の決定と、（ｃ）前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮに対して前記患者が応答しないのであれば、有効量の前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮ及びＴＬＲを調節する能力を有する有効量の化合物の前記患者への投与と、を含む、前記方法。
【請求項２１】
前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮに対する前記患者の応答の決定が、（ａ）前記患者への前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮの投与前の、バイオマーカーの第１のレベルの分析と、（ｂ）前記患者への前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮの投与後の、前記バイオマーカーの第２のレベルの分析と、を含み、前記第１のバイオマーカーレベルと比較して前記第２のバイオマーカーレベルが低いのであれば、前記患者が前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮに応答している、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮが、化合物（Ｉ）を含む、請求項２０または請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記疾患が、ＩＢＤである、請求項２０〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
前記疾患が、クローン病または潰瘍性大腸炎である、請求項２０〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮが、化合物（Ｉ）であり、ＴＬＲを調節する能力を有する前記化合物が、ヒドロキシクロロキンである、請求項２０〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７ＡＯＮと、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と、賦形剤と、を含む、医薬組成物。
【請求項２７】
前記ＳＭＡＤ７ＡＯＮが、化合物（Ｉ）である、請求項２６に記載の医薬組成物。
【請求項２８】
前記ＴＬＲが、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である、請求項２６または請求項２７に記載の医薬組成物。
【請求項２９】
前記ＴＬＲが、ＴＬＲ９である、請求項３８に記載の医薬組成物。
【請求項３０】
前記ＴＬＲを調節する能力を有する前記化合物が、ヒドロキシクロロキンである、請求項２６〜２９のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項３１】
前記ＯＤＮと、ＴＬＲを調節する能力を有する前記化合物と、が共有結合で連結される、請求項２６〜３０のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
１．関連出願の相互参照
本出願は、２０１６年７月８日出願の米国仮出願第６２／３６０，２５６号、及び２０１５年９月３０日出願の米国仮出願第６２／２３５，４７５号に対する優先権の利益を主張し、こうした文献は、それらの全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
２．緒言
ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド（ＯＤＮ）及びＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）調節因子を含む組み合わせが本明細書に記載される。炎症性腸疾患（ＩＢＤ）などの炎症性障害を含む疾患病状を治療するためのそのような組み合わせの使用方法も本明細書で提供される。
【０００３】
３．背景
腫瘍増殖因子ベータ（ＴＧＦ−β）シグナル伝達経路が炎症性疾患に関与していることが最近の研究によって示された。具体的には、ＴＧＦ−β受容体に結合し、ＴＧＦ−β受容体のシグナル伝達を抑制する細胞内タンパク質であるＳＭＡＤ７が、ＩＢＤなどの炎症性疾患徴候の薬物標的候補として浮上してきた。
【０００４】
ＩＢＤは、消化管の慢性の炎症性障害である。クローン病（ＣＤ）及び潰瘍性大腸炎（ＵＣ）という２つが、ＩＢＤの最も一般的な形態である。ＣＤは、回腸終端部及び右結腸に主に影響を与えるものの、ＣＤによる影響は消化管全体に及び得るものである。ＵＣは、結腸及び直腸に主に影響を与える。ＣＤとＵＣとの両方に対する現在の治療には、アミノサリチル酸、抗生物質、副腎皮質ステロイド、免疫抑制剤、及び腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）アンタゴニストが含まれる。しかしながら、こうした治療に対する患者の応答は疾患重症度に応じて変わり得るものであり、現在の治療の多くが、望ましくない副作用を伴う。したがって、ＣＤ及びＵＣを含むＩＢＤの新たな治療を特定することが必要とされている。
【０００５】
ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、マウスにおいてＣＤ様の症状を下方制御、予防、及び治療することが示されており、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを投与することでヒトＣＤ患者において臨床的な効果が得られることが第Ｉ相及び第ＩＩ相の臨床試験によって示唆された。
【０００６】
Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）は、自然免疫系において重要な役割を担う、ある種のパターン認識受容体である。ＴＬＲは、マクロファージ及び樹状細胞などのセンチネル細胞に発現しており、一般に、病原体によって広く共有されるが、宿主分子とは区別可能な分子を認識する。ＴＬＲは、特に細菌及びウイルスに宿主が感染することを回避するのに役立つと長い間見なされてきた。しかしながらつい最近になって、ＴＬＲは、炎症性疾患、自己免疫疾患、癌、及び他のものを含む、多くの疾患徴候に対する魅力的な標的として浮上してきた。
【発明の概要】
【０００７】
４．概要
１つの態様では、疾患の治療を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）と、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と、の患者への有効量での投与を含み、ＳＭＡＤ７ＡＯＮと、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物とは異なる化合物である。
【０００８】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、配列番号１の核酸配列のヌクレオチド４０３、ヌクレオチド２３３、ヌクレオチド２９４、ヌクレオチド２９５、ヌクレオチド２９６、ヌクレオチド２９８、ヌクレオチド２９９、またはヌクレオチド５３３を標的とする。
【０００９】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化合物（Ｉ）を含む。
【００１０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ９である。
【００１１】
いくつかの実施形態では、１．０μＭ未満の濃度で化合物が末梢樹状細胞（ｐＤＣ）と接触するとき、化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、化合物が、ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質、ＴＮＦαタンパク質、またはＩＬ−６タンパク質の発現を増加させることができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有し、こうしたことは、免疫アッセイにおいて決定される。
【００１２】
いくつかの実施形態では、約１．０μＭ以上の濃度で化合物がｐＤＣと接触するとき、化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、化合物が、ｐＤＣによるＴＮＦαタンパク質、ＩＦＮγタンパク質、ＴＧＦβタンパク質、ＩＬ−６タンパク質、ＩＬ−１０タンパク質、ＰＤ−Ｌ１タンパク質、ＩＤＯタンパク質、またはＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を増加させ、かつｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質の発現を低減することができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有し、こうしたことは、免疫アッセイにおいて決定される。
【００１３】
いくつかの実施形態では、１．０μＭ以上の濃度で化合物が、キノリンまたはキニーネの存在下でｐＤＣと接触するとき、化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、化合物が、ｐＤＣによるＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を５倍以上増加させるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有し、こうしたことは、免疫アッセイにおいて決定され、キノリンまたはキニーネは、キノリンまたはキニーネが単独でＩＣＯＳ−Ｌの発現を検出可能なほど増加させることができる閾値濃度を下回る濃度で存在する。
【００１４】
いくつかの実施形態では、キノリンは、ヒドロキシクロロキンである。
【００１５】
いくつかの実施形態では、１．０μＭ以下の濃度で化合物が末梢血単核球（ＰＢＭＣ）と接触するとき、化合物と接触しないポリＩ：Ｃ誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、化合物が、ＰＢＭＣによるポリＩ：Ｃ誘導性のＩＦＮα分泌を低減することができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【００１６】
いくつかの実施形態では、０．１μＭ以下の濃度で化合物が末梢血単核球（ＰＢＭＣ）と接触するとき、化合物と接触しないイミキモド誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、化合物が、ＰＢＭＣによるイミキモド誘導性のＩＦＮα分泌を低減することができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【００１７】
いくつかの実施形態では、１．０μＭ以上の濃度で化合物がｐＤＣまたはＰＢＭＣと接触するとき、化合物が、ＰＢＭＣからのＩＬ−１βの分泌を低減し、かつｐＤＣの分化を誘導することができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【００１８】
いくつかの実施形態では、１０．０μＭ以下の濃度で化合物がＢ細胞と接触するとき、化合物が、Ｂ細胞の増殖を検出可能なほど誘導することができないか、またはＢ細胞の増殖を弱くしか誘導しないのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【００１９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＢＬ−７０４０（ＯＤＮ７０４０）、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０（ＯＤＮ１５０）、Ｅ６４４６、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＣＬ０７５、ＶＴＸ−２３３７、ＯＤＮ２００６、またはナルトレキソンである。
【００２０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、キニーネ、クロロキン、アモジアキン、メフロキン、プリマキン、またはその誘導体からなる群から選択される抗マラリア治療剤である。
【００２１】
いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）である。
【００２２】
いくつかの実施形態では、疾患は、炎症性疾患、自己免疫障害、気道疾患、アレルギー性障害、代謝性障害、癌、中枢神経系（ＣＮＳ）障害、及び皮膚疾患からなる群から選択される。
【００２３】
いくつかの実施形態では、疾患は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、ドライアイ、自己免疫性脳炎、関節リウマチ、多発性硬化症、全身性硬化症、乾癬、大腸炎、ぶどう膜炎、喘息、慢性肺疾患（ＣＯＰＤ）、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、マラリア、橋本脳症、アメーバ症、糖尿病、高脂血症、非アルコール性脂肪性肝疾患、肺癌、膵癌、白血病性の癌、リンパ系の癌、膵癌、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、精巣癌、メラノーマ、骨髄腫、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、結腸直腸癌、胃癌、多発性硬化症、基底細胞癌、日光角化症からなる群から選択される。
【００２４】
別の態様では、疾患の治療を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含む、化学的に改変されたＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）の、患者への有効量での投与を含み、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【００２５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ９である。
【００２６】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化合物（Ｉ）を含む。
【００２７】
いくつかの実施形態では、疾患は、自己免疫障害、気道疾患、アレルギー性障害、または皮膚疾患からなる群から選択される。
【００２８】
いくつかの実施形態では、疾患は、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、ドライアイ、自己免疫性脳炎、関節リウマチ、全身性硬化症、乾癬、大腸炎、ぶどう膜炎、喘息、慢性肺疾患（ＣＯＰＤ）、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、マラリア、橋本脳症、アメーバ症、高脂血症、非アルコール性脂肪性肝疾患、肺癌、膵癌、白血病性の癌、リンパ系の癌、膵癌、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、精巣癌、メラノーマ、骨髄腫、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、胃癌、多発性硬化症、基底細胞癌、及び日光角化症からなる群から選択される。
【００２９】
別の態様では、疾患の治療を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含む有効量のＳＭＡＤ７ＡＯＮの患者への投与と、（ｂ）ＯＤＮに対する患者の応答の決定と、（ｃ）ＳＭＡＤ７ＡＯＮに対して患者が応答しないのであれば、有効量のＳＭＡＤ７ＡＯＮ及びＴＬＲを調節する能力を有する有効量の化合物の患者への投与と、を含む。
【００３０】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮに対する患者の応答の決定は、（ａ）患者へのＳＭＡＤ７ＡＯＮの投与前の、バイオマーカーの第１のレベルの分析と、（ｂ）患者へのＳＭＡＤ７ＡＯＮの投与後の、バイオマーカーの第２のレベルの分析と、を含み、第１のバイオマーカーレベルと比較して第２のバイオマーカーレベルが低いのであれば、患者はＳＭＡＤ７ＡＯＮに応答している。
【００３１】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化合物（Ｉ）を含む。
【００３２】
いくつかの実施形態では、疾患は、ＩＢＤである。いくつかの実施形態では、疾患は、クローン病または潰瘍性大腸炎である。
【００３３】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化合物（Ｉ）であり、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ヒドロキシクロロキンである。
【００３４】
別の態様では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮと相乗的に作用する能力を有する化合物のスクリーニング方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）第１の濃度のＳＭＡＤ７ＡＯＮと免疫系細胞との接触と、（ｂ）免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第１の発現レベルの決定と、（ｃ）免疫系細胞と、第１の濃度のＳＭＡＤ７ＡＯＮ及び第２の濃度の試験化合物と、の接触と、（ｄ）免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第２の発現レベルの決定と、を含み、免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第１の発現レベルと比較して、免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第２の発現レベルが高いのであれば、試験化合物は、ＳＭＡＤ７ＡＯＮと相乗的に作用する能力を有する。
【００３５】
いくつかの実施形態では、免疫系細胞は、ＰＢＭＣまたはｐＤＣである。
【００３６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ−１０、ＴＧＦβ、ＰＤ−Ｌ１、ＩＣＯＳ−Ｌ、またはＩＰ−１０（ＣＸＣＬ１０）である。
【００３７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ＣＣＬ２、ＣＣＬ７、ＣＤ−６９、ＩＬ１−β、ＩＬ−１８、ＭＣＰ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、またはリン酸化ＺＡＰ７０である。
【００３８】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮが存在しない対照試料と比較して、第１の濃度の単独のＳＭＡＤ７ＡＯＮは、免疫細胞におけるＴＬＲ経路構成要素のレベルを２倍未満に増加させる能力を有し、ＳＭＡＤ７ＡＯＮが存在しない対照試料と比較して、第２の濃度の単独の試験化合物は、免疫細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の発現レベルを検出可能なほど増加させない。
【００３９】
いくつかの実施形態では、免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第１の発現レベルと比較して、免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第２の発現レベルが、少なくとも３倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、または少なくとも２０倍高いのであれば、試験化合物は、ＳＭＡＤ７ＡＯＮと相乗的に作用する能力を有する。
【００４０】
別の態様では、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７ＡＯＮと、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と、賦形剤と、を含む医薬組成物が本明細書で提供される。
【００４１】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化合物（Ｉ）である。
【００４２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ９である。
【００４３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ヒドロキシクロロキンである。
【００４４】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮと、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物とは、共有結合で連結される。
【００４５】
別の態様では、疾患の治療を必要とする患者におけるその方法における使用を目的とする、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含む化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＡＯＮが本明細書で提供され、
ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、ＴＬＲを調節する能力を有し、疾患は、自己免疫障害、気道疾患、アレルギー性障害、及び皮膚疾患からなる群から選択される。
【００４６】
別の態様では、疾患の治療を必要とする患者におけるその方法における使用を目的とする、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含む化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＡＯＮが本明細書で提供され、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、ＴＬＲを調節する能力を有し、疾患は、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、ドライアイ、自己免疫性脳炎、関節リウマチ、全身性硬化症、乾癬、大腸炎、ぶどう膜炎、喘息、慢性肺疾患（ＣＯＰＤ）、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、マラリア、橋本脳症、アメーバ症、高脂血症、非アルコール性脂肪性肝疾患、肺癌、膵癌、白血病性の癌、リンパ系の癌、膵癌、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、精巣癌、メラノーマ、骨髄腫、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、胃癌、多発性硬化症、基底細胞癌、及び日光角化症からなる群から選択される。
【００４７】
いくつかの実施形態では、方法は、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物の投与をさらに含む。
【００４８】
いくつかの実施形態では、方法は、（ｉ）ＯＤＮに対する患者の応答の決定と、（ｉｉ）ＳＭＡＤ７ＡＯＮに対して患者が応答しないのであれば、有効量のＳＭＡＤ７ＡＯＮ及びＴＬＲを調節する能力を有する有効量の化合物の患者への投与と、をさらに含む。
【図面の簡単な説明】
【００４９】
５．図面の簡単な説明
【図１】図１Ａ〜Ｃは、ヒトの末梢血単核球（ＰＢＭＣ）及びヒトの形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）におけるＳＭＡＤ７の発現に対する化合物（Ｉ）の作用を示す。図１Ａは、記載の濃度の化合物（Ｉ）またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６で２４時間処理した後のヒトＰＢＭＣにおけるＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルを示す棒グラフであり、ＲＴ−ＰＣＲによって決定したものを示す。図１Ｂ及び図１Ｃは、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６で２４時間（図１Ｂ）または４８時間（図１Ｃ）処理した後のヒトｐＤＣにおけるＳＭＡＤ７のタンパク質レベルを示す棒グラフであり、ＦＡＣＳ（ＣＣＲ６＋／ＣＤ１２３＋細胞の定量化）によって決定したものを示す。
【００５０】
【図２】図２Ａ〜Ｂは、ヒトｐＤＣにおけるＴＧＦβまたはＰＤ−Ｌ１の発現に対する化合物（Ｉ）の作用を示す。図２Ａ〜Ｂは、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ３０１Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ３０２、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６で２４時間処理した後のヒトｐＤＣにおけるＴＧＦβタンパク質（図２Ａ）またはＰＤ−Ｌ１タンパク質（図２Ｂ）の発現レベルを示す棒グラフであり、ＦＡＣＳによって決定したものを示す。ｎ＝２の反復実験に対する平均値及び標準偏差が示される。
【００５１】
【図３】図３Ａ〜Ｃは、ヒトｐＤＣにおけるＩＤＯまたはＩＣＯＳ−Ｌの発現に対する化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２２１６の作用を示す。図３Ａ〜Ｃは、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２２１６で４８時間処理した後のヒトｐＤＣにおけるＩＤＯタンパク質（図３Ａ）、ＩＣＯＳ−Ｌタンパク質（図３Ｂ）、及びＩＬ−１０タンパク質（図３Ｃ）の発現レベルを示す棒グラフであり、ＦＡＣＳによって決定したものを示す。ｎ＝３の反復実験に対する平均値及び標準偏差が示される。
【００５２】
【図４】図４Ａ〜Ｂは、ヒトｐＤＣにおけるＩＤＯタンパク質の発現に対する化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６の作用を示すグラフであり、ＦＡＣＳによって検出したものを示す。図４Ａは、記載の濃度の化合物（Ｉ）、ＯＤＮ７０４０、またはＯＤＮ１５０で４８時間処理した後のヒトｐＤＣにおけるＩＤＯタンパク質の相対発現レベルを示すグラフであり、ＦＡＣＳによって決定したものを示す。ｎ＝３の反復実験に対する平均値及び標準偏差が示される。図４Ｂは、記載の濃度の化合物（Ｉ）（実線）またはＯＤＮ２００６（破線）で４８時間処理した後のヒトｐＤＣにおけるＩＤＯタンパク質の相対発現レベルを示すグラフであり、ＦＡＣＳによって決定したものを示す。
【００５３】
【図５】図５Ａ〜Ｂは、ヒトｐＤＣにおけるＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現に対する化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０及びオリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０の作用を示すグラフであり、記載の濃度のオリゴヌクレオチドでヒトｐＤＣを２４時間（図５Ａ）または４８時間（図５Ｂ）処理した後にＦＡＣＳによって決定したものを示す。
【００５４】
【図６】図６Ａ〜Ｂは、ｐＤＣにおけるＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の誘導に関する、化合物（Ｉ）とヒドロキシクロロキン（ＨＣＱ、１０μＭ）との相乗作用を示すグラフを示す。図６Ａ及び図６Ｂは、各実験において３人のドナーに由来するｐＤＣに対して実施した２つの独立した実験の結果を示す。対照：アイソタイプ対照（アイソタイプ）、媒体対照、ＯＤＮ１８２６Ｃ。ＭＦＩ＝平均蛍光強度。
【００５５】
【図７】図７Ａ〜Ｂは、ヒトＰＢＭＣにおけるＢ細胞の活性化に対する化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２１３７、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２２１６の作用を示すグラフであり、ＣＤ８６タンパク質の発現をＦＡＣＳで測定することによって決定したものを示す。図７Ａ及び図７Ｂは、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２１３７、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２２１６で２４時間処理した後のＢ細胞集団（ＣＤ１９＋細胞）における活性化Ｂ細胞（ＣＤ８６＋細胞）の相対量を示すグラフを示す。
【００５６】
【図８】図８Ａ〜Ｃは、ＴＬＲ３経路、ＴＬＲ７経路、またはＴＬＲ９経路を介する、ヒトＰＢＭＣにおけるＩＦＮαの誘導に対する化合物（Ｉ）の作用であり、ＥＬＩＳＡによって決定したもの示す。図８Ａは、ＴＬＲ３（ポリＣ）によるＩＦＮαの誘導に対する記載の濃度の化合物（Ｉ）の作用を示す。図８Ｂは、ＴＬＲ７（イミキモド）によるＩＦＮαの誘導に対する記載の濃度の化合物（Ｉ）の作用を示す。図８Ｃは、ＴＬＲ３（ＯＤＮ２２１６）によるＩＦＮαの誘導に対する記載の濃度の化合物（Ｉ）の作用を示す。
【００５７】
【図９】図９Ａ〜Ｂは、ヒトＰＢＭＣにおけるＴＬＲ７（イミキモド）によるＩＦＮαの誘導（図９Ａ）またはＴＬＲ７（イミキモド）によるＣＸＣＬ１０の誘導（図９Ｂ）に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、オリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０の相対作用を示すグラフであり、ＥＬＩＳＡによって決定したものを示す。
【００５８】
【図１０】ＨＥＫ２９３細胞における古典的ＮＦ−ｋＢレポーター構築物の活性化に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、オリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ３０２の相対作用を示すグラフを示す。
【００５９】
【図１１】マウスＲＡＷ２６４．７マクロファージ細胞におけるマウスＮＦ−ｋＢレポーター構築物の活性化に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ１８２６、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１８２６Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ３０２、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ３０１Ｃの相対作用を示すグラフを示す。
【００６０】
【図１２】マウスＲＡＷ２６４．７マクロファージ細胞におけるマウスマウスＴＮＦαレポーター構築物の活性化に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ１８２６、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１８２６Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ３０２、もしくはＯＤＮ３０１Ｃの相対作用を示すグラフを示す。
【００６１】
【図１３】マウスＲＡＷ２６４．７マクロファージ細胞におけるマウスＩＬ１０レポーター構築物の活性化に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ１８２６、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１８２６Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ３０２、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ３０１Ｃの相対作用を示すグラフを示す。
【００６２】
【図１４】図１４Ａ〜Ｃは、３人のヒトドナーに由来するｐＤＣにおけるＩＤＯタンパク質の発現に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６の相対作用を示すグラフを示す。
【００６３】
【図１５】ヒトＰＢＭＣからのＩＬ−１βタンパク質の分泌に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０の相対作用であり、ＥＬＩＳＡによって決定したものを示す。
【００６４】
【図１６】図１６Ａ〜Ｂは、ＴＬＲ９発現ＨＥＫ２９３細胞におけるヒトＮＦ−κＢレポーター構築物の活性化に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、及びオリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０の相対作用を示すグラフを示す。図１６Ａは、ヒトＮＦ−κＢレポーター構築物を含むＴＬＲ９発現ＨＥＫ２９３レポーター細胞に対する、化合物（Ｉ）及びヒドロキシクロロキン（ＨＣＱ）での処理の相対作用を示す棒図表を示す。図１６Ｂは、ＮＦ−ｋＢがＯＤＮ１５０、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０によって濃度依存的に誘導されるが、化合物（Ｉ）によっては誘導されないことを示す力価曲線のグラフを示す。
【００６５】
【図１７】Ｂ細胞の増殖に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ３０２、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６Ｃ、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０の作用を示す力価曲線のグラフであり、オリゴヌクレオチドでＢ細胞を９６時間処理した後にフローサイトメトリーよって決定したものを示す。
【００６６】
【図１８】ｐＤＣにおけるＩＦＮαの産生に対する、各濃度が３μＭの化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０の作用を示す棒図表のグラフであり、オリゴヌクレオチドでｐＤＣを４８時間処理した後にＥＬＩＳＡによって決定したものを示す。
【００６７】
【図１９】ＮＯＤ２リガンドであるＬ１８−ＭＤＰ（１００ｎｇ／ｍｌ）で刺激したＰＢＭＣからのＩＬ−１βの分泌に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ３０１Ｃ、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６Ｃ、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ３０２の作用を示す力価曲線のグラフであり、対照媒体、化合物（Ｉ）、または他のオリゴヌクレオチドでＰＢＭＣを事前に１時間処理した後、Ｌ１８−ＭＤＰでＰＢＭＣをさらに２４時間刺激した後にＥＬＩＳＡによって決定したものを示す。
【００６８】
【図２０】図２０Ａ〜Ｂは、無刺激のＰＢＭＣ（図２０Ａ）及びＬＰＳで刺激したＰＢＭＣ（図２０Ｂ）からのＩＬ−１βの分泌に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６の作用を示す力価曲線のグラフであり、対照媒体、化合物（Ｉ）、またはＯＤＮ２００６でＰＢＭＣを事前に１時間処理した後、Ｌ１８−ＭＤＰでＰＢＭＣをさらに２４時間刺激した後にＥＬＩＳＡによって決定したものを示す。
【００６９】
【図２１】図２１Ａ〜Ｄは、ｐＤＣの分化に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０の作用を示す棒図表であり、ｐＤＣにおける分化マーカーの発現をフローサイトメトリーによって検出することによって決定したものを示す。図２１Ａは、ｐＤＣでのＣＤ８３の発現に対する、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０の作用を示す。図２１Ｂは、ｐＤＣでのＣＤ８６の発現に対する、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０の作用を示す。図２１Ｃは、ｐＤＣでのＣＣＲ６の発現に対する、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０の作用を示す。図２１Ｄは、ｐＤＣでのＣＣＲ７の発現に対する、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０の作用を示す。
【００７０】
【図２２】各３μＭのＯＤＮ２００６、化合物（Ｉ）、ヒドロキシクロロキン（ＨＣＱ）、または化合物（Ｉ）とヒドロキシクロロキンとの組み合わせで２４時間処理した後のヒトＰＢＭＣにおけるＣＤ１２３の発現を分析したフローサイトメトリー実験の結果を示すフローサイトメトリープロファイルを示す。
【００７１】
【図２３】記載の濃度の化合物（Ｉ）またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６で２４時間処理した後のｐＤＣにおけるＣＤ１２３分化マーカー及びＣＣＲ６分化マーカーの発現を分析したフローサイトメトリー実験の結果を示す散布図を示す。
【００７２】
【図２４】記載の濃度の化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０のリポトランスフェクションを実施し、２２時間インキュベートした後のＨＥＫ  Ｂｌｕｅレポーター細胞株におけるＴＬＲ８の活性化を分析した実験の結果を示すグラフを示す。
【００７３】
【図２５】ＰＢＭＣからのＩＦＮαの分泌に対する、記載の濃度の化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ３０１Ｃ、及びＯＤＮ７０４０での処理の作用を分析した実験の結果を示すグラフを示す。
【表１】
2018529726.tif 000003
2018529726.tif 000004
2018529726.tif 000005
【発明を実施するための形態】
【００７４】
７．詳細な説明
理論に拘束されるものではないが、本出願は、ある特定のアンチセンスオリゴヌクレオチドが、二重の活性を有し、すなわち、遺伝子発現を抑制する以外の活性を獲得するように設計できることを示すデータを提供する。より具体的には、そして驚くべきことに、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、それがＳＭＡＤ７の発現を抑制するということに加えて、ある特定の細胞シグナル伝達事象も誘導することができる。こうしたシグナル伝達事象では、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）が関与し、免疫抑制活性のある特定の重要メディエーター（例えば、インドールアミンジオキシゲナーゼ（「ＩＤＯ」）など）の発現が結果的に生じ得る。したがって、ＳＭＡＤ７の下方制御と、免疫抑制活性のメディエーターの誘導と、が組み合わさって協調して作用することで、ある特定の炎症性障害（ＩＢＤなど）及び他の疾患徴候を治療することができる。したがって、抗ＳＭＡＤ７治療剤とＴＬＲの調節因子との組み合わせが本明細書で提供される。抗ＳＭＡＤ７活性とＴＬＲの調節とを単一の分子において組み合わせる組成物も本明細書で提供される。さらに、ＴＬＲのある特定の下流標的は、そのような治療のバイオマーカーとして役立てることができる。さまざまな疾患の治療及び予防を目的とするそのような組成物及び組み合わせの使用も本明細書に開示される。さらに、そのような二重活性化合物の同定方法も開示される。
【００７５】
本出願は、ある特定のＴＬＲ調節因子（例えば、ある特定のＳＭＡＤ７ＡＯＮ）が、免疫細胞のＴＬＲ９媒介性の活性化に関して独特の生物学的活性プロファイルを有し得るという驚くべき知見にさらに基づいており、この生物学的活性プロファイルは、古典的または別の形で知られるＴＬＲ９調節因子の活性プロファイルと類似しているが、それとは区別可能なものである。例えば、本明細書で提供されるある特定のＴＬＲ調節因子は、古典的なＣｐＧ−ＢクラスのＴＬＲ９アゴニストと同様にｐＤＣの分化及び／またはＰＢＭＣのインフラマソームの活性化を誘導することができるが、Ｂ細胞の増殖またはＮＦ−κＢ経路の活性化の誘導に関しては古典的なＣｐＧ−ＢクラスのＴＬＲ９アゴニストと活性を共有しない。本明細書で提供されるある特定のＴＬＲ調節因子は、免疫細胞に対するＴＬＲ９媒介性の活性も有し得、こうした活性は、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）（ＯＤＮ１５０）またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）（ＯＤＮ７０４０）などのある特定の他の既知のＴＬＲ９調節因子の活性とは区別可能である。例えば、本明細書で提供されるある特定のＴＬＲ９調節因子は、ＰＢＭＣにおいてインフラマソーム活性を強力に誘導し、かつ／またはｐＤＣの分化を強力に誘導することができ、これらの活性は両方共、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）及びＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）では存在しないか、またははるかに弱いものである。本明細書で提供されるある特定のＴＬＲ調節因子のＴＬＲ９媒介性の独特の活性プロファイルは、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）などの、本明細書に記載の疾患の治療において有益であり得る。したがって、本明細書に記載の疾患の治療における、本明細書で提供されるＴＬＲ９媒介性の独特の免疫細胞活性プロファイルを有するＴＬＲ調節因子の使用方法も提供され、同様に、記載の独特の活性プロファイルを有するＴＬＲ調節因子の同定方法も提供される。
【００７６】
ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド（ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）及びＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）調節因子を含む組み合わせ、そのような組み合わせを含む医薬組成物、ならびに疾患の治療を目的とするそのような組み合わせの使用が本明細書で提供される。セクション７．１．、セクション７．６．、及びセクション７．７．を参照のこと。ＴＬＲを調節する能力を有するＳＭＡＤ７ＯＤＮ、及びそのようなＳＭＡＤ７ＯＤＮのスクリーニング方法も本明細書で提供される。セクション７．８．及びセクション７．９．を参照のこと。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ、ＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡ）である。
【００７７】
本明細書で使用される「抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ」は、ＳＭＡＤ７のコード領域における核酸配列に相補的な核酸配列を含むオリゴヌクレオチド（ＯＤＮ）を指す。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ、またはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡを含む。例えば、セクション７．４（ａ）及び（ｂ）を参照のこと。例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡ、ＳＭＡＤ７ｃＤＮＡ、またはＳＭＡＤ７ＤＮＡのコード鎖の核酸配列に相補的な核酸配列を含むＯＤＮである。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮが細胞（例えば、ＰＢＭＣ、ｐＤＣ、またはＢ細胞などの免疫細胞）に導入されると、相補的な核酸配列を含む遺伝子の発現を低減することができる。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、遺伝子から転写されるｍＲＮＡの発現を低減することができる。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、遺伝子によってコードされるタンパク質の発現を低減することができる。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮが導入された細胞からの、遺伝子によってコードされるタンパク質の分泌を低減することができる。
【００７８】
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド（ＯＤＮ）」は、遺伝子のコード領域または遺伝子から転写されるｍＲＮＡにおける核酸配列に相当する核酸配列を含む核酸、及び遺伝子のコード領域または遺伝子から転写されるｍＲＮＡにおける核酸配列に相補的な核酸配列を含む核酸（抗ＯＤＮ）を指す。例えば、「ＳＭＡＤ７ＯＤＮ」は、ＳＭＡＤ７のコード領域またはＳＭＡＤ７ｍＲＮＡにおける核酸配列に相当する核酸配列を含む核酸、及び抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮを指す。
【００７９】
本明細書で使用される「化学的に改変された」は、オリゴヌクレオチド（ＯＤＮ）などの化合物の任意の化学的改変を指す。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＯＤＮは、化学的に改変されたＡＯＮである。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＯＤＮは、例えば、１つまたは複数の塩基、糖残基、またはヌクレオシド間結合を化学反応において改変することによって、例えば、天然起源のＯＤＮから得ることができる。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＯＤＮは、１つもしくは複数のホスホロチオエート結合及び／または１つもしくは複数のメチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、もしくは７−メチル−グアニン）を含む。ＯＤＮの化学改変の追加例は、例えば、セクション７．１０に記載される。化合物（Ｉ）は、化学的に改変されたＯＤＮの１つの例である。
【００８０】
本明細書で使用される「インフラマソーム」は、典型的には骨髄系細胞（例えば、単球、マクロファージ、好中球、好塩基球、好酸球、赤血球、樹状細胞、及び巨核球または血小板）に発現する多タンパク質オリゴマーを指し、当該オリゴマーは、自然免疫系の構成要素を形成する。インフラマソームは、例えば、カスパーゼ１、カスパーゼ５、ＩＬ−１８、ＩＬ−１８ＲＡＰ、ＰＹＣＡＲＤ、ＮＡＬＰ、ＮＬＲＰ３、ＮＬＲＰ６、及びＮＬＲＰ１２などのタンパク質を含み得る。インフラマソームが活性化すると、ＩＬ−１β及びＩＬ−１８などの炎症性サイトカインの成熟化及び分泌が促進され得る。
【００８１】
本明細書で使用される「治療上有効な量」は、所与の疾患及び／またはそれに関連する症状の重症度及び／または継続期間の低減及び／または寛解に十分な、治療薬剤（例えば、本明細書に記載のＳＭＡＤ７ＡＯＮまたはＴＬＲ調節因子）の量を指す。治療薬剤の治療上有効な量は、所与の疾患の悪化もしくは進行の低減もしくは寛解、所与の疾患の再発、発生、もしくは発症の低減もしくは寛解、及び／または別の治療（例えば、本明細書に記載のＳＭＡＤ７ＡＯＮもしくはＴＬＲ調節因子以外の治療）の予防作用もしくは治療作用の改善もしくは増強に必要な量であり得る。
【００８２】
本明細書で使用される「ＳＭＡＤ７」（ＣＲＣＳ３、ＦＬＪ１６４８２、ＭＡＤＨ７、ＭＡＤＨ８、ＭＡＤ（ショウジョウバエのマザーズアゲインストデカペンタプレジック）ホモログ７、ＭＡＤホモログ８、ＳＭＡＤ、マザーズアゲインストＤＰＰホモログ７、マザーズアゲインストＤＰＰホモログ８としても知られる）は、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子番号４０９２によって特定される遺伝子及びその対立遺伝子変異体によってコードされるヒトタンパク質またはいずれかのｍＲＮＡ転写物を意味する。
【００８３】
本明細書で使用される「ＴＬＲ３」（Ｔｏｌｌ様受容体３、ＩＩＡＥ２、ＣＤ２８３抗原、ＣＤ２８３としても知られる）は、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子番号７０９８によって特定される遺伝子及びその対立遺伝子変異体によってコードされるヒトタンパク質またはいずれかのｍＲＮＡ転写物を意味する。
【００８４】
本明細書で使用される「ＴＬＲ４」（Ｔｏｌｌ様受容体４、ＡＲＭＤ１０、ＣＤ２８４としても知られる）は、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子番号７０９９によって特定される遺伝子及びその対立遺伝子変異体によってコードされるヒトタンパク質またはいずれかのｍＲＮＡ転写物を意味する。
【００８５】
本明細書で使用される「ＴＬＲ７」（Ｔｏｌｌ様受容体７、ＣＤ２８７抗原、ＣＤ２８７としても知られる）は、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子番号５１２８４によって特定される遺伝子及びその対立遺伝子変異体によってコードされるヒトタンパク質またはいずれかのｍＲＮＡ転写物を意味する。
【００８６】
本明細書で使用される「ＴＬＲ８」（Ｔｏｌｌ様受容体８、ＣＤ２８８抗原、ＣＤ２８８としても知られる）は、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子番号５１３１１によって特定される遺伝子及びその対立遺伝子変異体によってコードされるヒトタンパク質またはいずれかのｍＲＮＡ転写物を意味する。
【００８７】
本明細書で使用される「ＴＬＲ９」（Ｔｏｌｌ様受容体９、ＣＤ２８９抗原、ＣＤ２８９としても知られる）は、Ｅｎｔｒｅｚ遺伝子番号５４１０６によって特定される遺伝子及びその対立遺伝子変異体によってコードされるヒトタンパク質またはいずれかのｍＲＮＡ転写物を意味する。
【００８８】
本明細書で使用される「ＴＬＲ調節因子」は、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物を指す。ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲを活性化または抑制する能力を有し得る。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、２つ以上のＴＬＲを活性化または抑制する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、１つまたは複数のＴＬＲを活性化する能力を有し、かつ１つまたは複数のＴＬＲを抑制する能力を有する。ＴＬＲの調節は、生物学的アッセイにおいて検出することができ、こうした生物学的アッセイには、例えば、ＥＬＩＳＡ、放射免疫アッセイ、ＦＡＣＳアッセイ、ＴＲ−ＦＲＥＴアッセイ、ウエスタンブロット、ＲＴ−ＰＣＲ、またはＳＰＲアッセイの形式における、免疫系細胞由来のサイトカインまたは他のタンパク質の発現及び／または分泌を分析する生物学的アッセイが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴＬＲ調節因子は、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）及び／または形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）によるある特定のサイトカインまたは他のタンパク質の発現及び／または分泌を増加または抑制する能力を有する。例えば、セクション７．２．（ａ）を参照のこと。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴＬＲ調節因子は、ＰＢＭＣ及び／またはｐＤＣによるＩＰ１０、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＴＧＦβ、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの発現及び／または分泌を増加させる能力を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴＬＲ調節因子は、ＰＢＭＣ及び／またはｐＤＣによるＩＰ１０の発現及び／または分泌を低減する能力を有する。ＴＬＲ相乗作用因子は、単独のＴＬＲ相乗作用因子が検出可能なほどＴＬＲを調節しない条件下（例えば、ＴＬＲ相乗作用因子の濃度が低い条件）で、別のＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲアゴニスト）の活性を増加させる能力を有するＴＬＲ調節因子である（例えば、免疫系細胞によるサイトカイン分泌の分析によって決定される）。
【００８９】
本明細書で使用される「ＴＬＲアゴニスト」は、ＴＬＲを活性化する能力を有する化合物を指す。いくつかの実施形態では、ＴＬＲアゴニストは、１つまたは複数のＴＬＲを活性化する能力を有する。ＴＬＲの活性化は、生物学的アッセイにおいて検出することができ、こうした生物学的アッセイには、例えば、ＥＬＩＳＡ、放射免疫アッセイ、ＦＡＣＳアッセイ、ＴＲ−ＦＲＥＴアッセイ、ウエスタンブロット、ＲＴ−ＰＣＲ、またはＳＰＲアッセイの形式における、免疫系細胞由来のサイトカインまたは他のタンパク質の発現及び／または分泌を分析する生物学的アッセイが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴＬＲアゴニストは、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）及び／または形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）によるある特定のサイトカインまたは他のタンパク質の発現及び／または分泌を増加または抑制する能力を有する。例えば、セクション７．２．（ａ）を参照のこと。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴＬＲアゴニストは、ＰＢＭＣ及び／またはｐＤＣによるＩＰ１０、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＴＧＦβ、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの発現及び／または分泌を増加させる能力を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴＬＲアゴニストは、ＰＢＭＣ及び／またはｐＤＣによるＩＰ１０の発現及び／または分泌を低減する能力を有する。
【００９０】
本明細書で使用される「ＴＬＲアンタゴニスト」は、ＴＬＲを抑制する能力を有する化合物を指す。いくつかのＴＬＲ調節因子は、１つまたは複数のＴＬＲを抑制する能力を有し得る。ＴＬＲの抑制は、生物学的アッセイにおいて検出することができ、こうした生物学的アッセイには、例えば、ＥＬＩＳＡ、放射免疫アッセイ、ＦＡＣＳアッセイ、ＴＲ−ＦＲＥＴアッセイ、ウエスタンブロット、ＲＴ−ＰＣＲ、またはＳＰＲアッセイの形式における、免疫系細胞由来のサイトカインまたは他のタンパク質の発現及び／または分泌を分析する生物学的アッセイが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴＬＲアンタゴニストは、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）及び／または形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）によるある特定のサイトカインまたは他のタンパク質の、ＴＬＲ活性化因子誘導性の発現及び／または分泌を抑制する能力を有する。例えば、セクション７．２．（ａ）を参照のこと。いくつかの実施形態では、ＴＬＲアンタゴニストは、ＰＢＭＣ及び／またはｐＤＣによる、ポリＩ：Ｃ誘導性、イミキモド誘導性、またはＯＤＮ２２１６誘導性のＩＦＮαの発現及び／または分泌を抑制する能力を有する。
【００９１】
ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）調節因子を含む組み合わせが本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ、ＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡ）である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、抗ＳＭＡＤ７治療剤）は、ＴＬＲを調節する能力を有する。疾患の治療を必要とする患者におけるそれを目的とするこうした組み合わせの使用方法も本明細書で提供される。
【００９２】
１つの態様では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子を含む組み合わせが本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、組み合わせは、医薬組成物である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ、ＴＬＲ調節因子、及び医薬的に許容可能な賦形剤を含む。
【００９３】
別の態様では、抗ＳＭＡＤ７治療剤及びＴＬＲ調節因子を含む組み合わせが本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、組み合わせは、医薬組成物である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、抗ＳＭＡＤ７治療剤、ＴＬＲ調節因子、及び医薬的に許容可能な賦形剤を含む。
【００９４】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化合物（Ｉ）である。
【００９５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲアゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３アゴニスト、ＴＬＲ４アゴニスト、ＴＬＲ７アゴニスト、ＴＬＲ８アゴニスト、もしくはＴＬＲ９アゴニスト、またはＴＬＲ３アンタゴニスト、ＴＬＲ４アンタゴニスト、ＴＬＲ７アンタゴニスト、ＴＬＲ８アンタゴニスト、もしくはＴＬＲ９アンタゴニストなどの、ＴＬＲ３調節因子、ＴＬＲ４調節因子、ＴＬＲ７調節因子、ＴＬＲ８調節因子、またはＴＬＲ９調節因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、キニーネ（例えば、キナクリンまたはキニジン）などの抗マラリア治療剤である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ヒドロキシクロロキンである。
【００９６】
別の態様では、疾患の治療を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）及びＴＬＲ調節因子の、患者への有効量での投与を含む。
【００９７】
別の態様では、疾患の治療を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、ＴＬＲを調節する能力を有する有効量のＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）の患者への投与を含む。
【００９８】
別の態様では、疾患の治療を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）有効量のＳＭＡＤ７ＡＯＮの患者への投与と、（ｂ）ＳＭＡＤ７ＡＯＮに対する患者の応答の決定と、（ｃ）ＳＭＡＤ７ＡＯＮに対して患者が応答しないのであれば、有効量のＳＭＡＤ７ＡＯＮ及び有効量のＴＬＲ調節因子の患者への投与と、を含む。
【００９９】
いくつかの実施形態では、ＡＯＮに対する患者の応答の決定は、（ａ）患者へのＳＭＡＤ７ＡＯＮの投与前の、バイオマーカーの第１のレベルの分析と、（ｂ）患者へのＳＭＡＤ７ＡＯＮの投与後の、バイオマーカーの第２のレベルの分析と、を含み、バイオマーカーの第１のレベルと比較して、バイオマーカーの第２のレベルが低いのであれば、患者はＳＭＡＤ７ＡＯＮに応答している。
【０１００】
いくつかの実施形態では、疾患は、炎症性疾患（例えば、炎症性腸症候群（ＩＢＤ）、及び同様のもの）である。いくつかの実施形態では、疾患は、自己免疫疾患（例えば、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス、及び同様のもの）である。いくつかの実施形態では、疾患は、気道疾患（例えば、喘息、慢性肺疾患（ＣＯＰＤ）、及び同様のもの）である。いくつかの実施形態では、疾患は、アレルギー性障害（例えば、アトピー性皮膚炎、及び同様のもの）である。いくつかの実施形態では、疾患は、感染性疾患（例えば、マラリア、及び同様のもの）である。いくつかの実施形態では、疾患は、代謝性疾患（例えば、糖尿病、高脂血症、非アルコール性脂肪性肝疾患、及び同様のもの）である。いくつかの実施形態では、疾患は、癌（例えば、結腸直腸癌、及び同様のもの）である。いくつかの実施形態では、疾患は、中枢神経系（ＣＮＳ）疾患（例えば、多発性硬化症、及び同様のもの）である。いくつかの実施形態では、疾患は、皮膚疾患（例えば、基底細胞癌、日光角化症）である。
【０１０１】
７．１  抗ＳＭＡＤ７治療剤の組み合わせ
１つの態様では、本明細書で提供される治療方法において使用することができる本明細書に記載の抗ＳＭＡＤ７治療剤及び本明細書に記載のＴＬＲ調節因子を含む組み合わせが本明細書で提供される。例えば、セクション７．２、セクション７．４、及びセクション７．７を参照のこと。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、ＴＬＲを調節する能力を有する。セクション７．８．（ａ）も参照のこと。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮである。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化合物（Ｉ）である。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮとＴＬＲ調節因子とは、例えば、別々の単位剤形において別々に製剤化される。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ及びＴＬＲ調節因子は、医薬組成物の構成成分である。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、ＴＬＲ調節因子に共有結合で連結される。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【０１０６】
別の態様では、本明細書で提供される治療方法において使用することができる本明細書に記載の抗ＳＭＡＤ７治療剤、及びＴＬＲ調節因子以外の追加の薬剤を含む組み合わせが本明細書で提供される。例えば、セクション７．３、セクション７．４、及びセクション７．７を参照のこと。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮである。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化合物（Ｉ）である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮと、ＴＬＲ調節因子以外の追加の薬剤とは、例えば、別々の単位剤形において別々に製剤化される。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ、及びＴＬＲ調節因子以外の追加の薬剤は、医薬組成物の構成成分である。
【０１０７】
７．２  ＴＬＲ調節因子
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３調節因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ４調節因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ７調節因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ８調節因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ９調節因子である。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ４アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ７アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ８アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ９アゴニストである。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ４アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ７アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ８アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ９アンタゴニストである。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＴＬＲ調節因子は、２つ以上のＴＬＲを調節することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３及びＴＬＲ７を調節することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ７及びＴＬＲ９を調節することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、及びＴＬＲ８を調節することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、及びＴＬＲ９を調節することができる。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、あるＴＬＲに対するＴＬＲ調節因子の作用は、別のＴＬＲに対する作用と比較して強い。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ９及び／またはＴＬＲ７に対するＴＬＲ調節因子の作用は、ＴＬＲ３に対する作用と比較して強い。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ９を抑制することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ７及びＴＬＲ９を抑制することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及びＴＬＲ９を抑制することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及びＴＬＲ９を抑制することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ４を抑制することができる。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、１つまたは複数のＴＬＲを活性化し、かつ１つまたは複数のＴＬＲを抑制することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ９を活性化し、かつＴＬＲ７及び／またはＴＬＲ３を抑制することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ある特定の条件下（例えば、ＴＬＲ調節因子の濃度、標的細胞の性質、細胞培地における追加のシグナル伝達分子の存在、及び同様のもの）ではＴＬＲを活性化し、ある特定の他の条件下ではＴＬＲを抑制することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ある特定の条件下ではＴＬＲ９を活性化し、ある特定の他の条件下ではＴＬＲ９を抑制することができる。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＰＢＭＣなどの免疫系細胞においてインフラマソームを誘導することができる。いくつかの実施形態では、インフラマソームの誘導は、インフラマソーム構成要素（例えば、カスパーゼ１、カスパーゼ−５、ＰＹＣＡＲＤ、ＮＡＬＰ、ＮＬＲＰ３、ＮＬＲＰ６、またはＮＬＲＰ１２）の発現誘導または分泌誘導を含む。いくつかの実施形態では、インフラマソームの誘導は、免疫系細胞（例えば、ＰＢＭＣ）におけるＩＬ−１β及び／またはＩＬ−１８の発現誘導または分泌誘導を含み、こうしたことは、例えば、ＲＴ−ＰＣＲまたはＥＬＩＳＡによって決定される。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ｐＤＣなどの免疫系細胞の分化を誘導することができ、こうしたことは、例えば、ＦＡＣＳによってｐＤＣの分化マーカー（例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ１２３、ＳＬＡＭＦ７、及び同様のもの）を検出することによって決定される。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＰＢＭＣなどの免疫系細胞からのＴＮＦαまたはＩＦＮγの発現または分泌を誘導することができ、こうしたことは、例えば、ＲＴ−ＰＣＲまたはＥＬＩＳＡによって決定される。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、免疫寛容原性のｐＤＣを誘導することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、Ｔｒｅｇを誘導することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、患者において病原性のエフェクターＴ細胞を抑制することができる。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＰＢＭＣなどの免疫系細胞においてインフラマソームを誘導することができ、かつＴＬＲ調節因子は、ｐＤＣなどの免疫系細胞の分化を誘導することができる。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＰＢＭＣなどの免疫系細胞においてインフラマソームを誘導することができ、かつＴＬＲ調節因子は、ｐＤＣなどの免疫系細胞の分化を誘導することができ、かつＴＬＲ調節因子は、免疫寛容原性のｐＤＣを誘導することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＰＢＭＣなどの免疫系細胞からのＴＮＦαまたはＩＦＮγの発現または分泌を誘導することができる。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、例えば、ＩＢＤの動物モデルまたはヒトＩＢＤ患者において上皮修復または粘膜治癒を誘導することができ、こうしたことは、例えば、内視鏡検査によって決定される。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、Ｂ細胞などの免疫系細胞の増殖を検出可能なレベルで誘導することができないか、またはＢ細胞などの免疫系細胞の増殖を低レベル（例えば、非存在下もしくはＴＬＲ調節因子において観測されるベースラインの増殖レベルと比較して、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、４倍未満、３倍未満、もしくは２倍未満の増殖）でしか誘導せず、こうしたことは、例えば、Ｈ３−チミジン取り込みアッセイ（例えば、図１７を参照のこと）によって決定される。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、例えば、免疫系細胞（例えば、Ｂ細胞）もしくはＮＦ−κＢレポーターのレポーター遺伝子構築物を含む組換え細胞（例えば、ルシフェラーゼなどのレポーター遺伝子に連結されたＮＦ−κＢプロモーターを含む構築物を含むＨＥＫ２９３細胞）において、ＮＦ−κＢ経路を検出可能なほど活性化することができないか、またはＴＬＲ調節因子は、ＮＦ−κＢ経路を低レベル（例えば、非存在下もしくはＴＬＲ調節因子において観測されるＮＦ−κＢ経路の活性化のベースラインレベルを超える活性化度合いがベースラインレベルの、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、４倍未満、３倍未満、もしくは２倍未満である）でしか活性化することができない。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、免疫系細胞（例えば、精製ｐＤＣまたは成熟ｐＤＣ）において、ＩＦＮ−αを誘導することができないか、またはＩＦＮ−αを弱く（非存在下もしくはＴＬＲ調節因子において観測されるＩＦＮ−αのベースラインレベルの、例えば、１０倍未満、９倍未満、８倍未満、７倍未満、６倍未満、５倍未満、４倍未満、３倍未満、もしくは２倍未満）しか誘導することができない。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、Ｂ細胞などの免疫系細胞の増殖を検出可能なレベルで誘導することができないか、またはＢ細胞などの免疫系細胞の増殖を低レベルでしか誘導せず、かつＴＬＲ調節因子は、例えば、免疫系細胞（例えば、Ｂ細胞）、もしくはＮＦ−κＢレポーターのレポーター遺伝子構築物を含む組換え細胞（例えば、ルシフェラーゼなどのレポーター遺伝子に連結されたＮＦ−κＢプロモーターを含む構築物を含むＨＥＫ２９３細胞）においてＮＦ−κＢ経路を検出可能なほど活性化することができないか、またはＴＬＲ調節因子は、ＮＦ−κＢ経路を低レベルでしか活性化することができない。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、Ｂ細胞などの免疫系細胞の増殖を検出可能なレベルで誘導することができないか、Ｂ細胞などの免疫系細胞の増殖を低レベルでしか誘導せず、かつＴＬＲ調節因子は、例えば、免疫系細胞（例えば、Ｂ細胞）、もしくはＮＦ−κＢレポーターのレポーター遺伝子構築物を含む組換え細胞（例えば、ルシフェラーゼなどのレポーター遺伝子に連結されたＮＦ−κＢプロモーターを含む構築物を含むＨＥＫ２９３細胞）においてＮＦ−κＢ経路を検出可能なほど活性化することができないか、またはＴＬＲ調節因子は、ＮＦ−κＢ経路を低レベルでしか活性化することができず、かつＴＬＲ調節因子は、免疫系細胞（例えば、精製ｐＤＣまたは成熟ｐＤＣ）において、ＩＦＮ−αを誘導することができないか、またはＩＦＮ−αを弱くしか誘導することができない。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＰＢＭＣなどの免疫系細胞においてインフラマソームを誘導することができ、かつＴＬＲ調節因子は、ｐＤＣなどの免疫系細胞の分化を誘導することができ、かつＴＬＲ調節因子は、免疫寛容原性のｐＤＣを誘導することができ、かつＴＬＲ調節因子は、Ｂ細胞などの免疫系細胞の増殖を検出可能なレベルで誘導することができないか、またはＢ細胞などの免疫系細胞の増殖を低レベルでしか誘導しない。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、例えば、免疫系細胞（例えば、Ｂ細胞）、もしくはＮＦ−κＢレポーターのレポーター遺伝子構築物を含む組換え細胞（例えば、ルシフェラーゼなどのレポーター遺伝子に連結されたＮＦ−κＢプロモーターを含む構築物を含むＨＥＫ２９３細胞）において、ＮＦ−κＢ経路を検出可能なほど活性化することができないか、またはＴＬＲ調節因子は、ＮＦ−κＢ経路を低レベルでしか活性化することができない。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、免疫系細胞（例えば、精製ｐＤＣまたは成熟ｐＤＣ）において、ＩＦＮ−αを誘導することができないか、またはＩＦＮ−αを弱くしか誘導することができない。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＰＢＭＣなどの免疫系細胞からのＴＮＦαまたはＩＦＮγの発現または分泌を誘導することができる。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）（ＯＤＮ１５０）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）（ＯＤＮ７０４０）と比較して、ｐＤＣの分化を高レベルに誘導することができる（例えば、別の形で同等の実験条件下または同一の実験条件下でＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）で観測されるレベルと比較して、ＴＬＲ調節因子で観測されるｐＤＣの分化レベルは、少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、または少なくとも１０倍高い）。
【０１２８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（ＯＤＮ２００６）、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）（ＯＤＮ１５０）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）（ＯＤＮ７０４０）と比較して、免疫系細胞においてＩＦＮ−αを低レベルで誘導することができる（例えば、ＴＬＲ調節因子で観測されるＩＦＮ−αレベルは、検出不可能であるか、または別の形で同等の実験条件下もしくは同一の実験条件下でＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、もしくはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）で観測されるＩＦＮ−αレベルと比較して、少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、もしくは少なくとも１０倍低い）。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮと比較して、免疫系細胞（例えば、Ｂ細胞）の増殖を低レベルで誘導する（例えば、ＴＬＲ調節因子でのＢ細胞の増殖は、検出不可能であるか、または別の形で同等の実験条件下もしくは同一の実験条件下でＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮで観測されるＢ細胞の増殖と比較して、少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、もしくは少なくとも１０倍低い）。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＮＦ−ｋＢ経路を活性化しないか、またはＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と比較してＮＦ−ｋＢ経路の活性化を低レベルで誘導する（例えば、化合物でのＮＦ−ｋＢ経路の活性化は、検出不可能であるか、または別の形で同等の実験条件下もしくは同一の実験条件下でＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮで観測されるＮＦ−ｋＢ経路の活性化と比較して、少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、もしくは少なくとも１０倍低い）。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、インフラマソームの活性化（例えば、ＩＬ−１β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方の分泌）をより強力に誘導することができ、かつＫａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、ｐＤＣの分化をより強力に誘導することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と同様のレベルにｐＤＣの分化を誘導することができる。例えば、実施例８及び実施例９、表５及び表６を参照のこと。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、インフラマソームの活性化（例えば、ＩＬ−１β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方の分泌）をより強力に誘導することができ、かつＫａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、ｐＤＣの分化をより強力に誘導することができ、かつＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と比較して、Ｂ細胞の増殖を低レベルで誘導する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と同様のレベルにｐＤＣの分化を誘導することができる。いくつかの実施形態では、化合物でのＢ細胞の増殖は、弱いものにすぎないか、または検出不可能である。例えば、実施例８及び実施例９、表５及び表６を参照のこと。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、インフラマソームの活性化（例えば、ＩＬ−１β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方の分泌）をより強力に誘導することができ、かつＫａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、ｐＤＣの分化をより強力に誘導することができ、かつＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と比較して、Ｂ細胞の増殖及びＮＦ−ｋＢ経路の活性化を低レベルで誘導する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と同様のレベルにｐＤＣの分化を誘導することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子でのＢ細胞の増殖は、弱いものにすぎないか、または検出不可能である。例えば、実施例８及び実施例９、表５及び表６を参照のこと。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、インフラマソームの活性化（例えば、ＩＬ−１β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方の分泌）をより強力に誘導することができ、かつＫａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、ｐＤＣの分化をより強力に誘導することができ、かつＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と比較して、Ｂ細胞の増殖、ＩＦＮ−αの分泌、及びＮＦ−ｋＢ経路の活性化を低レベルで誘導する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と同様のレベルにｐＤＣの分化を誘導することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子でのＢ細胞の増殖は、弱いものにすぎないか、または検出不可能である。例えば、実施例８及び実施例９、表５及び表６を参照のこと。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、表３〜７のいずれか１つに記載の化合物（Ｉ）の活性のいずれか１つまたは複数を有し得る。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子の活性は、表３〜７のいずれか１つに記載のＴＬＲ調節因子（例えば、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ７０４０、ＣｐＧ−Ａ、ＣｐＧ−Ａ）と比較した際の化合物（Ｉ）の活性と同様の強度を有し得る。
【０１３６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９アゴニスト）は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮである。例えば、セクション７．８（ａ）を参照のこと。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列、またはその断片（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、もしくは１９以上のヌクレオチドを有する断片）を含まない。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１〜３０、領域１６〜４５、領域３１〜６０、領域４６〜７５、領域６１〜９０、領域７６〜１０５、領域９１〜１２０、領域１０６〜１３５、領域１２１〜１５０、領域１３６〜１６５、領域１５１〜１８０、領域１６６〜１９５、領域１８１〜２１０、領域１９６〜２２５、領域２１１〜２４０、領域２２６〜２５５、領域２４１〜２７０、領域２５６〜２８５、領域２７１〜３００、領域２８６〜３１５、領域３０１〜３３０、領域３１６〜３４５、領域３３１〜３６０、領域３４６〜３７５、領域３６１〜３９０、領域３７６〜４０５、領域３９１〜４２０、領域４０６〜４３５、領域４２１〜４５０、領域４３６〜４６５、領域４５１〜１８０、領域４６６〜４９５、領域４８１〜５１０、領域４９６〜５２５、領域５１１〜５４０、領域５２６〜５５５、領域５４１〜５７０、領域５５６〜５８５、領域５７１〜６００、領域５８６〜６１５、領域６０１〜６３０、領域６１６〜６４５、領域６３１〜６６０、領域６４６〜６７５、領域６６１〜６９０、領域６７６〜７０５、領域６９１〜７２０、領域７０６〜７３５、領域７２１〜７５０、領域７３６〜７６５、領域７５１〜７８０、領域７６６〜１９５、領域７８１〜８１０、領域７９６〜８２５、領域８１１〜８４０、領域８２６〜８５５、領域８４１〜８７０、領域８５６〜８８５、領域８７１〜９００、領域８９６〜９１５、領域９０１〜９３０、領域９１６〜４５、領域９３１〜９６０、領域９４６〜９７５、領域９６１〜９９０、領域９７６〜１００５、領域９９１〜１１２０、領域１１０６〜１１３５、領域１１２１〜１１５０、領域１１３６〜１１６５、領域１１５１〜１１８０、領域１１６６〜１１９５、領域１１８１〜１２１０、領域１１９６〜１２２５、領域１２１１〜１２４０、領域１２２６〜１２５５、領域１２４１〜１２７０、もしくは領域１２５６〜２８１に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列、またはその断片（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、もしくは１９以上のヌクレオチドを有する断片）、またはそれらの組み合わせ（例えば、領域１〜４５、領域１６〜６０、領域１〜６０、領域３０〜９０、及び同様のもの）を含まない。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列のヌクレオチド４０３、ヌクレオチド２３３、ヌクレオチド２９４、ヌクレオチド２９５、ヌクレオチド２９６、ヌクレオチド２９８、ヌクレオチド２９９、もしくはヌクレオチド５３３に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列を含まない。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号３のヌクレオチド配列（５’−ＧＴＣＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＣＧＣＡＧＣ−３’）を含まない。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号３のヌクレオチド配列の１０以上のヌクレオチド（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、または２０以上のヌクレオチド）を含む配列を含まない。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化合物（Ｉ）を含まない。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号２〜７、配列番号１１〜８７、及び／または配列番号９１〜１４４のヌクレオチド配列、及び／または表１に記載の任意のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列、及び／または表２に記載のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列を含まない。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号２〜６、配列番号１１〜８７、または配列番号９１〜１４４のヌクレオチド配列の１０以上のヌクレオチド（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、または２０以上のヌクレオチド）を含む配列を含まない。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＳＭＡＤ７ＡＯＮである。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ以外のＯＤＮである。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、免疫系細胞（例えば、Ｂ細胞、ｐＤＣ、ＰＢＭＣ）は、ヒト細胞である。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、オリゴヌクレオチド（ＯＤＮ）である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、化合物（Ｉ）などの抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ、またはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡ）である。例えば、セクション７．８．（ａ）を参照のこと。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、１つまたは複数の「ＣＧ（もしくはＧＣ）ジヌクレオチド」または「ＣＧ（もしくはＧＣ）アイランド」を含むオリゴヌクレオチドである。ＣＧジヌクレオチドまたはＧＣジヌクレオチドは、メチル化されているか、またはメチル化されていない状態であり得る。ＣＧジヌクレオチドまたはＧＣジヌクレオチドは、ホスフェート結合、またはホスホロチオエート結合などの改変された結合を含み得る。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ホスホロチオエート結合を含む１つまたは複数のメチル化ＣＧジヌクレオチドまたはメチル化ＧＣジヌクレオチドを含む。少なくとも１つの非メチル化ＣＧジヌクレオチドまたは非メチル化ＧＣジヌクレオチドを含むＴＬＲ調節因子は、非メチル化シトシン−グアニンジヌクレオチド配列（非メチル化５’シチジンに３’グアノシンが続き、ホスフェート結合によって連結されるもの）を含み、ＴＬＲ活性を調節するオリゴヌクレオチド分子である。ＣＧオリゴヌクレオチドまたはＧＣオリゴヌクレオチドについては、例えば、米国特許第６，１９４，３８８号、第６，２０７，６４６号、第６，２１４，８０６号、第６，２１８，３７１号、第６，２３９，１１６号、及び第６，３３９，０６８号に記載されており、こうした文献の内容は、参照によって本明細書に組み込まれる。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、１本鎖ＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、２本鎖ＲＮＡである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列を含むＤＮＡ  ＯＤＮである。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、またはそれを超える数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列）である。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、１つまたは複数のＣＧジヌクレオチド配列、及び１つまたは複数のＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、ＣＧジヌクレオチド配列のみを含む。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、ＧＣジヌクレオチド配列のみを含む。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮまたは未改変のＳＭＡＤ７ＯＤＮ）に共有結合で連結される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、化合物（Ｉ）に共有結合で連結される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ以外のＯＤＮ（例えば、ＢＬ−７０４０（ＯＤＮ７０４０）、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０（ＯＤＮ１５０）、Ｅ６４４６、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＯＤＮ２００６、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＣＬ０７５、ＶＴＸ−２３３７、またはナルトレキソン）である。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、立体が定義されたＯＤＮである。立体が定義されたＯＤＮについては、例えば、Ｕ．Ｓ．２０１５／０２１１０６に記載されている。いくつかの実施形態では、立体が無秩序な対応物と比較して、立体が定義されたＯＤＮは、ＴＬＲに対して高い親和性を示し得る。いくつかの実施形態では、立体が定義されたＯＤＮは、立体が無秩序な対応物と比較して集団の中での可変度が低く、ある特定の臨床基準を満たす対象に投与されると、１つまたは複数の免疫応答を誘発することができる。いくつかの実施形態では、立体が定義されたＯＤＮは、ある特定の臨床基準を満たす対象に投与されると、立体が無秩序な対応物と比較して、引き起こし得る毒性副作用の度合いが低いか、または引き起こし得る副作用が少ない。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＣＧジヌクレオチドモチーフを含まない。ＣＧジヌクレオチドを含まないＯＤＮは、非ＣＧ  ＯＤＮと称され、非ＣＧ免疫刺激性モチーフを含み得る。いくつかの実施形態では、非ＣＧ  ＯＤＮは、Ｔ含量が少なくとも８０％のＯＤＮなどのＴ含量が高い免疫刺激性ＯＤＮである。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、「Ａクラス」の免疫調節ＯＤＮである。ＡクラスのＯＤＮは、一般に、ＩＦＮ−α及びＮＫ細胞の活性化の強力な誘導因子であり、Ｂ細胞の刺激は相対的に弱い。ＡクラスのＯＤＮは、典型的には、５’末端及び３’末端に安定化されたポリＧ配列と、少なくとも６つのヌクレオチドを有するパリンドロームリン酸ジエステルＣＧジヌクレオチド含有配列と、を有する。例えば、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ００／２６５２７号（ＷＯ０１／２２９９０として公開）を参照のこと。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、Ｂクラスの免疫調節ＯＤＮである。ＢクラスのＯＤＮは、一般に、Ｂ細胞を強力に活性化するものであり、ＩＦＮ−α及びＮＫ細胞の活性化の比較的弱い誘導因子である。ＢクラスのＯＤＮは、典型的には、完全に安定化されており、ある特定の好ましい塩基構成となるように非メチル化ＣＧジヌクレオチドを含む。例えば、米国特許第６，１９４，３８８号、第６，２０７，６４６号、第６，２１４，８０６号、第６，２１８，３７１号、第６，２３９，１１６号、及び第６，３３９，０６８号を参照のこと。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、「Ｃクラス」の免疫調節ＯＤＮである。ＣクラスのＯＤＮは、一般に、Ｂ細胞及びＮＫ細胞を活性化し、ＩＦＮ−αを誘導することができる。Ｃクラスの免疫刺激性ＯＤＮは、典型的には、少なくとも２つの異なるモチーフを含み、免疫系細胞を刺激することができる。こうしたＯＤＮのいくつかは、伝統的な「刺激性」ＣＧ配列と、「高ＧＣ含量」モチーフまたは「Ｂ細胞中和」モチーフと、の両方を有する。モチーフを組み合わせたこうしたオリゴヌクレオチドは、Ｂ細胞の活性化及び樹状細胞（ＤＣ）の活性化の強力な誘導因子である伝統的なクラスＢのＯＤＮと関連する作用と、ＩＦＮ−α及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の活性化の強力な誘導因子であり、Ｂ細胞及びＤＣの活性化の相対的に弱い誘導因子であるごく最近に報告されたクラスの免疫刺激性ＯＤＮ（クラスＡのＯＤＮ）と関連する作用と、の間のどこかに分類される免疫刺激作用を有し得る。例えば、Ｋｒｉｅｇ  Ａ  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）Ｎａｔｕｒｅ  ３７４：５４６−９、Ｂａｌｌａｓ  Ｚ  Ｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５７：１８４０−５、Ｙａｍａｍｏｔｏ  Ｓ  ｅｔ  ａｌ．（１９９２）Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ４８：４０７２−６を参照のこと。クラスＢの好ましいＯＤＮは、ホスホロチオエート骨格を有することが多く、クラスＡの好ましいＯＤＮは、混合骨格またはキメラ骨格を有する一方で、モチーフを組み合わせたＣクラスの免疫刺激性オリゴヌクレオチドは、例えば、安定したホスホロチオエート骨格、キメラ骨格、またはリン酸ジエステル骨格のいずれかを有し得、いくつかの好ましい実施形態では、半軟性の骨格を有する。このクラスについては、例えば、米国特許第８，８３４，９００号に記載されており、その内容全体が、参照によって本明細書に組み込まれる。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、「Ｅクラス」の免疫刺激性ＯＤＮである。ＥクラスのＯＤＮは、典型的には、ＩＦＮ−αの分泌を誘導する能力が増強されている。構造的には、ＥクラスのＯＤＮは、一般に、ＹＧＺモチーフの５’及び／または３’に親油性置換ヌクレオチドアナログを有する。Ｅクラス式の化合物は、例えば、下記の親油性置換ヌクレオチドアナログのいずれかであり得る：置換ピリミジン、置換ウラシル、疎水性Ｔアナログ、置換トルエン、置換イミダゾールもしくは置換ピラゾール、置換トリアゾール、５−クロロ−ウラシル、５−ブロモ−ウラシル、５−ヨード−ウラシル、５−エチル−ウラシル、５−プロピル−ウラシル、５−プロピニル−ウラシル、（Ｅ）−５−（２−ブロモビニル）−ウラシル、または２．４−ジフルオロ−トルエン。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、「Ｔクラス」の免疫刺激性ＯＤＮである。ＴクラスのＯＤＮは、典型的には、ＢクラスまたはＣクラスのＯＤＮと比較して、ＩＦＮ−αならびにＩＦＮと関連するサイトカイン及びケモカインの分泌を低レベルで誘導する一方で、ＢクラスのＯＤＮと同様のレベルでＩＬ−１０を誘導する能力を保持している。ＴクラスのＯＤＮについては、例えば、米国特許公開第２００６／００１９９１６号に記載されており、その内容全体が、参照によって本明細書に組み込まれる。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、「Ｐクラス」の免疫刺激性ＯＤＮである。Ｐクラスの免疫刺激性ＯＤＮは、典型的には、５’ＴＬＲ活性化ドメイン、２つの２本鎖形成領域、ならびに任意選択のスペーサー及び３’テールを含むいくつかのドメインを有する。いくつかの実例では、このクラスのＯＤＮは、ＣクラスのＯＤＮと比較して、はるかに高いレベルでＩＦＮ−αの分泌を誘導する能力を有する。ＰクラスのＯＤＮは、インビトロまたはインビボで自発的に自己会合してコンカテマーとなる能力を有することが多い。ＰクラスのＯＤＮについては、例えば、米国特許公開第２００８／００４５４７３号に記載されている。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、「Ｓクラス」の免疫抑制性ＯＤＮオリゴヌクレオチドである。ＳクラスのＯＤＮは、免疫刺激を抑制することができ、これは、例えば、敗血症性ショック、炎症、アレルギー、喘息、移植片拒絶、移植片対宿主病（ＧｖＨＤ）、自己免疫疾患、Ｔｈ１媒介性疾患またはＴｈ２媒介性疾患、細菌感染症、寄生虫感染症、自然流産、及び腫瘍の治療または予防において有用であり得る。ＳクラスのＯＤＮは、一般に、関連するＴＬＲを発現するすべての細胞の活性化を抑制するために使用することができ、より具体的には、抗原提示細胞、Ｂ細胞、形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）、単球、単球由来の細胞、好酸球、及び好中球の活性化を抑制するために使用することができる。ＳクラスのＯＤＮについては、例えば、米国特許公開第ＵＳ２００５／０２３９７３３号に記載されている。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＯＤＮ以外の小分子（例えば、＜１，０００Ｄａ）である。いくつかの実施形態では、小分子のＴＬＲ調節因子は、１，０００Ｄａ以下の分子量を有する。いくつかの実施形態では、小分子のＴＬＲ調節因子は、５００Ｄａ以下の分子量を有する。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、小分子のＴＬＲ調節因子は、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、改変または未改変のＳＭＡＤ７ＡＯＮ、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ、またはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡ）に共有結合で連結される。いくつかの実施形態では、小分子のＴＬＲ調節因子は、化合物（Ｉ）に共有結合で連結される。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、抗マラリア治療剤である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ（例えば、キナクリンもしくはキニジン）、クロリキン、アモジアキン、ピリメタミン、プログアニル、スルホンアミド、メフロキン、アトバコン、プリマキン、アルテミシニン、ハフロファントリン、ドキシサイクリン、クリンダマイシン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ、クロロキン、アモジアキン、メフロキン、プリマキン、またはその誘導体である。
【０１５６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、キノリンまたはその誘導体である。いくつかの実施形態では、キノリンには、例えば、クロロキン（Ａｒａｌｅｎ）、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）、４−アミノキノリン（例えば、アモジアキン（Ｃａｍｏｑｕｉｎ、Ｆｌａｖｏｑｕｉｎｅ））、メフロキン（Ｌａｒｉａｍ、Ｍｅｐｈａｑｕｉｎ、もしくはＭｅｆｌｉａｍ）、８−アミノキノリン（例えば、プリマキンもしくはプリマキンリン酸塩）、またはアトバクエノン／プログアニル（Ｍａｌａｒｏｎｅ）が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、キニーネ（Ｑｕａｌａｑｕｉｎ、Ｑｕｉｎａｔｅ、Ｑｕｉｎｂｉｓｕｌ）またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、キニーネには、例えば、キナクリン（Ｍｅｐａｃｒｉｎｅ、Ａｔｅｂｒｉｎｅ）またはキニジン（Ｑｕｉｎａｇｌｕｔｅ、Ｑｕｉｎｉｄｅｘ）が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ヒドロキシクロロキンである。
【０１５７】
表１には、本明細書に記載の化合物、医薬組成物、及び方法と関連させて使用することができるＴＬＲ調節因子の例が記載される。表１に記載のＴＬＲ調節因子は、ある特定の疾患の治療において有用であり得、そうした疾患のいくつかが表１に例示される。
表１：例示のＴＬＲ調節因子（アゴニスト及びアンタゴニスト）ならびに例示の疾患
【表２】
2018529726.tif 000006
【０１５８】
（ａ）ＴＬＲ調節因子及びＴＬＲ相乗作用因子のアッセイ
ＴＬＲ調節因子及びＴＬＲ相乗作用因子は、例えば、免疫系細胞によるある特定のＴＬＲ経路構成要素の発現または分泌に対する試験化合物の作用を分析することによって同定することができる。
【０１５９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＴＧＦβ、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＰ１０（ＣＸＣＬ１０）、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌを含み得る。
【０１６０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ−６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、Ｅｏｔ３、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１を含み得る。
【０１６１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、例えば、免疫系細胞におけるインフラマソームまたはインフラマソーム構成要素を含み得る。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ＩＬ１−βもしくはＩＬ−１８、またはそれらの両方を含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ＩＬ１−βを含む。
【０１６２】
いくつかの実施形態では、免疫系細胞には、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）または形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）が含まれ得る。いくつかの実施形態では、免疫系細胞には、Ｂ細胞が含まれ得る。
【０１６３】
免疫系細胞によるＴＬＲ経路構成要素の発現または分泌は、当該技術分野においてよく知られる検出方法を使用し、ｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルで試験することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素の発現は、ＥＬＩＳＡ、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、ＦＡＣＳ、ＳＰＲ、ＴＲ−ＦＲＥＴ、ウエスタンブロット、ＲＴ−ＰＣＲ、免疫細胞化学、または蛍光顕微鏡によって検出することができる。
【０１６４】
ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲアゴニストまたはＴＬＲアンタゴニスト）は、免疫系細胞によるＴＬＲ経路構成要素の発現または分泌を上方制御または下方制御することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、免疫系細胞によるある特定のＴＬＲ経路構成要素の発現または分泌を上方制御することができ、かつ免疫系細胞によるある特定の他のＴＬＲ経路構成要素の発現または分泌を下方制御することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ経路構成要素の発現または分泌をある濃度では上方制御することができ、かつ別の濃度では発現または分泌を下方制御することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲアンタゴニスト）は、別のＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲアゴニスト）によって誘導される、免疫系細胞によるＴＬＲ経路構成要素の発現または分泌を調節することができる。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１．０μＭ未満の濃度（例えば、約０．０５μＭ、約０．１μＭ、約０．２μＭ、約０．３μＭ、約０．４μＭ、約０．５μＭ、約０．６μＭ、約０．７μＭ、約０．８μＭ、または約０．９μＭ）でｐＤＣと接触すると、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質、ＴＮＦαタンパク質、またはＩＬ−６タンパク質の発現または分泌を増加させることができ、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＦＡＣＳ、ＥＬＩＳＡ、及び同様のもの）によって決定される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質、ＴＮＦαタンパク質、またはＩＬ−６タンパク質の発現または分泌を増加させることができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＩＰ１０タンパク質、ＴＮＦαタンパク質、またはＩＬ−６タンパク質の発現を少なくとも２倍（例えば、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍）増加させることができる。例えば、実施例４、表３を参照のこと。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１．０μＭを超える濃度（例えば、約２．０μＭ、約４．０μＭ、約６．０μＭ、約８．０μＭ、約１０．μＭ、約１５．０μＭ、約２０．０μＭ、約２５．０μＭ、約３０．０μＭ、またはそれを超える濃度）でｐＤＣと接触すると、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、ｐＤＣによるＴＮＦαタンパク質、ＩＦＮγタンパク質、ＴＧＦβタンパク質、ＩＬ−６タンパク質、ＩＬ−１０タンパク質、ＰＤ−Ｌ１タンパク質、ＩＤＯタンパク質、もしくはＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現もしくは分泌を増加させることができるか、またはｐＤＣによるＩＰ１０の発現もしくは分泌を低減することができ、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＦＡＣＳ、ＥＬＩＳＡ、及び同様のもの）によって決定される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＴＧＦβ、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、及びＩＣＯＳ−Ｌの分泌または発現を増加させることができ、かつＩＰ−１０の発現または分泌を低減することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＴＧＦβ、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの発現または分泌を少なくとも２倍（例えば、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍）増加させることができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＴＮＦα、ＩＬ−６、及びＩＣＯＳ−Ｌの発現または分泌を少なくとも２倍（例えば、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍）増加させることができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＩＰ−１０の発現または分泌を少なくとも１０倍（例えば、少なくとも１２倍、少なくとも１４倍、少なくとも１６倍、少なくとも１８倍、または少なくとも２０倍）低減することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＴＧＦβ、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの発現または分泌を少なくとも２倍（例えば、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍）増加させることができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＴＮＦα、ＩＬ−６、及びＩＣＯＳ−Ｌの発現または分泌を少なくとも２倍（例えば、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍）増加させることができ、かつＩＰ−１０の発現を少なくとも１０倍（例えば、少なくとも１２倍、少なくとも１４倍、少なくとも１６倍、少なくとも１８倍、または少なくとも２０倍）低減することができる。例えば、実施例４、表４を参照のこと。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ３アンタゴニスト）は、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物が１．０μＭ以下の濃度（例えば、約０．０５μＭ、約０．１μＭ、約０．２μＭ、約０．３μＭ、約０．４μＭ、約０．５μＭ、約０．６μＭ、約０．７μＭ、約０．８μＭ、または約０．９μＭ）でＰＢＭＣと接触すると、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と接触しないポリＩ：Ｃ誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、ＰＢＭＣによるポリＩ：Ｃ誘導性のＩＦＮαの発現または分泌を低減することができ、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＦＡＣＳ、ＥＬＩＳＡ、及び同様のもの）によって決定される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるポリＩ：Ｃ誘導性のＩＦＮαの発現または分泌を５０％以上（例えば、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上）低減することができる。例えば、実施例６、図８Ａを参照のこと。
【０１６８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ７アンタゴニスト）は、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物が１．０μＭ以下の濃度（例えば、約０．０５μＭ、約０．１μＭ、約０．２μＭ、約０．３μＭ、約０．４μＭ、約０．５μＭ、約０．６μＭ、約０．７μＭ、約０．８μＭ、または約０．９μＭ）でＰＢＭＣと接触すると、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と接触しないイミキモド誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、ＰＢＭＣによるイミキモド誘導性のＩＦＮαの発現または分泌を低減することができ、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＦＡＣＳ、ＥＬＩＳＡ、及び同様のもの）によって決定される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるイミキモド誘導性のＩＦＮαの発現または分泌を５０％以上（例えば、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上）低減することができる。例えば、実施例６、図８Ｂを参照のこと。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アンタゴニスト）は、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物が１．０μＭ以下の濃度（例えば、約０．０５μＭ、約０．１μＭ、約０．２μＭ、約０．３μＭ、約０．４μＭ、約０．５μＭ、約０．６μＭ、約０．７μＭ、約０．８μＭ、または約０．９μＭ）でＰＢＭＣと接触すると、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と接触しないＯＤＮ２２１６誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、ＰＢＭＣによるＯＤＮ２２１６誘導性のＩＦＮαの発現または分泌を低減することができ、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＦＡＣＳ、ＥＬＩＳＡ、及び同様のもの）によって決定される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるＯＤＮ２２１６誘導性のＩＦＮαの発現または分泌を５０％以上（例えば、６０％以上、７０％以上、８０％以上、または９０％以上）低減することができる。例えば、実施例６、図８Ｃを参照のこと。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ相乗作用因子）は、０．５μＭ以上の濃度でキノリンまたはキニーネの存在下でｐＤＣと接触すると、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、ｐＤＣによるＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を５倍以上増加させることができ、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＦＡＣＳ、ＥＬＩＳＡ、及び同様のもの）において決定され、キノリンまたはキニーネは、キノリンまたはキニーネが単独でＩＣＯＳ−Ｌの発現を検出可能なほど増加させる閾値濃度を下回る濃度で存在する。例えば、実施例３、図６Ａ〜Ｂを参照のこと。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物がｐＤＣと接触する濃度は、１．０μＭ以上、２．０μＭ以上、３．０μＭ以上、４．０μＭ以上、５．０μＭ以上、６．０μＭ以上、７．０μＭ以上、８．０μＭ以上、９．０μＭ以上、１０．０μＭ以上、または１５．０μＭ以上である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物がｐＤＣと接触する濃度は、約１．０μＭである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物がｐＤＣと接触する濃度は、約１０．０μＭである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ヒドロキシクロロキンである。いくつかの実施形態では、ＩＣＯＳ−Ｌの発現は、少なくとも７倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、または少なくとも２０倍増加する。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１０．０μＭ以下の濃度（例えば、約１０．０μＭ、約８．０μＭ、約６．０μＭ、約４．０μＭ、約２．０μＭ、約１．０μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、約０．１μＭ、または約０．０５μＭ）でＴＬＲ調節因子が免疫系細胞と接触すると、ＴＬＲ調節因子の非存在下で観測されるベースラインレベルと比較して、細胞におけるＩＬ１−β、ＩＬ−１８、ＣＤ−６９、ＣＣＬ２、ＣＣＬ７、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、またはＭＣＰ−１の発現または分泌を、例えば、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍増加させることができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＩＬ１−β、ＩＬ−１８、ＣＤ−６９、ＣＣＬ２、ＣＣＬ７、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、及びＭＣＰ−１から選択される２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、または９つのマーカーの発現または分泌を増加させることができる。
【０１７２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１０．０μＭ以下の濃度（例えば、約１０．０μＭ、約８．０μＭ、約６．０μＭ、約４．０μＭ、約２．０μＭ、約１．０μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、約０．１μＭ、または約０．０５μＭ）のＴＬＲ調節因子とＰＢＭＣが接触すると、ＰＢＭＣからのＩＬ１−β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方などのインフラマソーム構成要素の分泌を、ＴＬＲ調節因子の非存在下で観測されるベースラインレベルの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも３０倍、少なくとも３５倍、少なくとも４０倍、少なくとも４５倍、または少なくとも５０倍を超えて増加させることができる。例えば、図１５を参照のこと。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣからのＩＬ１−β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方の分泌を増加させることができる。
【０１７３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１０．０μＭ以下の濃度（例えば、約１０．０μＭ、約８．０μＭ、約６．０μＭ、約４．０μＭ、約２．０μＭ、約１．０μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、約０．１μＭ、または約０．０５μＭ）でＴＬＲ調節因子がＰＢＭＣと接触すると、（例えば、ＰＢＭＣの細胞培養物において）ＰＢＭＣからのＩＬ−１β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方などのインフラマソーム構成要素の分泌を、５．０ｐｇ／ｍｌ以上、４．５ｐｇ／ｍｌ以上、４．０ｐｇ／ｍｌ以上、３．５ｐｇ／ｍｌ以上、３．０ｐｇ／ｍｌ以上、２．５ｐｇ／ｍｌ以上、２．０ｐｇ／ｍｌ以上、１．０ｐｇ／ｍｌ以上、または０．５ｐｇ／ｍｌ以上のレベルに増加させることができる。例えば、図１５を参照のこと。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣからのＩＬ１−β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方の分泌を増加させることができる。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１０．０μＭ以下の濃度（例えば、約１０．０μＭ、約８．０μＭ、約６．０μＭ、約４．０μＭ、約２．０μＭ、約１．０μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、約０．１μＭ、または約０．０５μＭ）でＴＬＲ調節因子がＮＯＤ２リガンドで刺激した免疫系細胞と接触すると、ＮＯＤ２リガンドで刺激した細胞（例えば、１００ｎｇ／ｍｌのＬ−１８ＭＤＰと接触したＰＢＭＣ）からのＩＬ１−βまたはＩＬ−１８などのインフラマソーム構成要素の分泌を、ＴＬＲ調節因子の非存在下でＮＯＤ２リガンドで刺激した細胞で観測されるベースラインレベルの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍を超えて増加させることができる。例えば、図１９を参照のこと。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣからのＩＬ１−β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方の分泌を増加させることができる。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、免疫系細胞においてインフラマソームをＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮで観測される活性化レベルと同等のレベルに活性化することができる（例えば、ＩＬ−１β、ＩＬ−１８、またはそれらの両方の分泌によって決定される）（例えば、別の形で同等の実験条件下または同一の実験条件下で化合物またはＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮで観測されるインフラマソームの誘導レベルの差異は、１０倍未満、８倍未満、６倍未満、４倍未満、または２倍未満である）。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）（ＯＤＮ１５０）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）（ＯＤＮ７０４０）と比較して、インフラマソーム構成要素の分泌を高レベルに増加させることができる（例えば、別の形で同等の実験条件下または同一の実験条件下でＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）で観測されるレベルと比較して、化合物で観測されるインフラマソーム構成要素の分泌レベルは、少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、または少なくとも１０倍高い）。
【０１７６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１０．０μＭ以下の濃度（例えば、約１０．０μＭ、約８．０μＭ、約６．０μＭ、約４．０μＭ、約２．０μＭ、約１．０μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、約０．１μＭ、または約０．０５μＭ）で化合物が免疫系細胞と接触すると、細胞におけるＩＬ−１α、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、Ｅｏｔ３、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＴＡＣ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、またはＭＩＰ−１αの発現または分泌を（例えば、ＴＬＲ調節因子の非存在下で観測されるベースラインレベルの９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、または１０％未満に）低減することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、免疫系細胞において、ＩＬ−１α、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、Ｅｏｔ３、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＴＡＣ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、またはＭＩＰ−１αから選択される１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、または１２のマーカーの発現または分泌を低減することができる。
【０１７７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、１０．０μＭ以下の濃度（例えば、約１０．０μＭ、約８．０μＭ、約６．０μＭ、約４．０μＭ、約２．０μＭ、約１．０μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、約０．１μＭ、または約０．０５μＭ）でＴＬＲ調節因子がｐＤＣと接触すると、ＴＬＲ調節因子の非存在下でｐＤＣで観測されるベースラインレベルの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍を超えてｐＤＣの分化を誘導することができ、こうしたことは、例えば、ＦＡＣＳによってｐＤＣの分化マーカー（例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ１２３、ＳＬＡＭＦ７、及び同様のもの）を検出することによって決定される。例えば、図２３を参照のこと。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮで観測される活性化レベルと同等のレベルにｐＤＣの分化を誘導することができ（例えば、別の形で同等の実験条件下または同一の実験条件下で化合物またはＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮで観測されるｐＤＣの分化レベルの差異は、１０倍未満、８倍未満、６倍未満、４倍未満、または２倍未満である）、こうしたことは、例えば、ＦＡＣＳによってｐＤＣの分化マーカー（例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ１２３、ＳＬＡＭＦ７、及び同様のもの）を検出することによって決定される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）（ＯＤＮ１５０）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）（ＯＤＮ７０４０）と比較して、ｐＤＣの分化を高レベルに誘導することができる（例えば、別の形で同等の実験条件下または同一の実験条件下でＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）で観測されるレベルと比較して、化合物で観測されるｐＤＣの分化レベルは、少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、または少なくとも１０倍高い）。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、例えば、ＩＢＤの動物モデルまたはヒトＩＢＤ患者において上皮修復または粘膜治癒を誘導することができ、こうしたことは、例えば、内視鏡検査によって決定される。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１０．０μＭ以下の濃度（例えば、約１０．０μＭ、約８．０μＭ、約６．０μＭ、約４．０μＭ、約３．０μＭ、約２．０μＭ、約１．０μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、約０．１μＭ、または約０．０５μＭ）でＴＬＲ調節因子が免疫系細胞（例えば、精製ｐＤＣまたは成熟ｐＤＣ）と接触すると、細胞においてＩＦＮ−αを検出可能なほど誘導することができないか、またはＩＦＮ−αを弱く（例えばｐＤＣの培養物において、例えば、１００ｐｇ／ｍｌ未満、８０ｐｇ／ｍｌ未満、６０ｐｇ／ｍｌ未満、４０ｐｇ／ｍｌ未満、２０ｐｇ／ｍｌ未満、もしくは１０ｐｇ／ｍｌ未満）しか誘導しない。例えば、図１８を参照のこと。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（ＯＤＮ２００６）、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）（ＯＤＮ１５０）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）（ＯＤＮ７０４０）と比較して、免疫系細胞においてＩＦＮ−αを低レベルで誘導する（例えば、別の形で同等の実験条件下または同一の実験条件下でＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）で観測されるＩＦＮ−αレベルと比較して、化合物で観測されるＩＦＮ−αレベルは、検出不可能であるか、または少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、もしくは少なくとも１０倍低い）。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１０．０μＭ以下の濃度（例えば、約１０．０μＭ、約８．０μＭ、約６．０μＭ、約４．０μＭ、約３．０μＭ、約２．０μＭ、約１．０μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、約０．１μＭ、または約０．０５μＭ）でＴＬＲ調節因子が免疫系細胞（例えば、Ｂ細胞）と接触すると、細胞の増殖を検出可能なほど誘導することができないか、または細胞において弱く（例えば、ＴＬＲ調節因子の非存在下で観測される細胞増殖と比較して、細胞増殖の誘導は、４倍未満、３倍未満、もしくは２倍未満）しか増殖を誘導せず、こうしたことは、例えば、チミジン取り込みアッセイにおいて決定される。例えば、図１７を参照のこと。
【０１８３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮと比較して、免疫系細胞（例えば、Ｂ細胞）の増殖を低レベルで誘導する（例えば、化合物でのＢ細胞の増殖は、検出不可能であるか、または別の形で同等の実験条件下もしくは同一の実験条件下でＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮで観測されるＢ細胞の増殖と比較して、少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、もしくは少なくとも１０倍低い）。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮなどのＴＬＲ９アゴニスト）は、１０．０μＭ以下の濃度（例えば、約１０．０μＭ、約８．０μＭ、約６．０μＭ、約４．０μＭ、約３．０μＭ、約２．０μＭ、約１．０μＭ、約０．９μＭ、約０．８μＭ、約０．７μＭ、約０．６μＭ、約０．５μＭ、約０．４μＭ、約０．３μＭ、約０．２μＭ、約０．１μＭ、または約０．０５μＭ）でＴＬＲ調節因子が、例えば、免疫系細胞（例えば、ｐＤＣ）またはレポーター細胞と接触すると、細胞においてＮＦ−ｋＢ経路の活性化を検出可能なほど誘導することができないか、または弱くしか誘導しない（例えば、ＴＬＲ調節因子の非存在下で観測されるＮＦ−ｋＢ経路の活性と比較して、ＮＦ−ｋＢ経路の誘導は、４倍未満、３倍未満、もしくは２倍未満である）。例えば、図１１、図１６Ａ〜Ｂを参照のこと。
【０１８５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＮＦ−ｋＢ経路を活性化しないか、またはＣｐＧ−Ｂ（例えば、ＯＤＮ２００６）と比較してＮＦ−ｋＢ経路の活性化を低レベルで誘導する（例えば、化合物でのＮＦ−ｋＢ経路の活性化は、検出不可能であるか、または別の形で同等の実験条件下もしくは同一の実験条件下でＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮで観測されるＮＦ−ｋＢ経路の活性化と比較して、少なくとも２倍、少なくとも４倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、もしくは少なくとも１０倍低い）。
【０１８６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、免疫系細胞（例えば、ＰＢＭＣ）においてインフラマソームの活性化を誘導することができ、かつｐＤＣの分化を誘導することができる。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、免疫系細胞（例えば、ＰＢＭＣ）においてインフラマソームの活性化を誘導することができ、ｐＤＣの分化を誘導することができ、かつＢ細胞の増殖を検出可能なレベルで誘導することができないか、またはＢ細胞の増殖を低レベルでしか誘導しない。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、免疫系細胞（例えば、ＰＢＭＣ）においてインフラマソームの活性化を誘導することができ、ｐＤＣの分化を誘導することができ、Ｂ細胞の増殖を検出可能なレベルで誘導することができないか、またはＢ細胞の増殖を低レベルでしか誘導せず、かつ免疫系細胞またはレポーター細胞においてＮＦ−ｋＢ経路を誘導することができないか、または弱くしか誘導することができない。例えば、実施例８及び実施例９、表５及び表６を参照のこと。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、より強力にインフラマソームの活性化（例えば、ＩＬ−１βまたはＩＬ−１８）を誘導することができ、かつＫａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、より強力にｐＤＣの分化を誘導することができる。いくつかの実施形態では、化合物は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と同様のレベルにｐＤＣの分化を誘導することができる。例えば、実施例８及び実施例９、表５及び表６を参照のこと。
【０１９０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、より強力にインフラマソームの活性化（例えば、ＩＬ−１βまたはＩＬ−１８）を誘導することができ、かつＫａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、より強力にｐＤＣの分化を誘導することができ、かつＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と比較して、Ｂ細胞の増殖を低レベルで誘導する。いくつかの実施形態では、化合物は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と同様のレベルにｐＤＣの分化を誘導することができる。いくつかの実施形態では、化合物でのＢ細胞の増殖は、弱いものにすぎないか、または検出不可能である。例えば、実施例８及び実施例９、表５及び表６を参照のこと。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、より強力にインフラマソームの活性化（例えば、ＩＬ−１βまたはＩＬ−１８）を誘導することができ、かつＫａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、より強力にｐＤＣの分化を誘導することができ、かつＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と比較して、Ｂ細胞の増殖及びＮＦ−ｋＢ経路の活性化を低レベルで誘導する。いくつかの実施形態では、化合物は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と同様のレベルにｐＤＣの分化を誘導することができる。いくつかの実施形態では、化合物でのＢ細胞の増殖は、弱いものにすぎないか、または検出不可能である。例えば、実施例８及び実施例９、表５及び表６を参照のこと。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ、Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）、またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、より強力にインフラマソームの活性化（例えば、ＩＬ−１βまたはＩＬ−１８）を誘導することができ、かつＫａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）またはＭｏｎａｒｓｅｎ（登録商標）と比較して、より強力にｐＤＣの分化を誘導することができ、かつＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と比較して、Ｂ細胞の増殖、ＩＦＮ−αの分泌、及びＮＦ−ｋＢ経路の活性化を低レベルで誘導する。いくつかの実施形態では、化合物は、ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）と同様のレベルにｐＤＣの分化を誘導することができる。いくつかの実施形態では、化合物でのＢ細胞の増殖は、弱いものにすぎないか、または検出不可能である。例えば、実施例８及び実施例９、表５及び表６を参照のこと。
【０１９３】
別の態様では、ＴＬＲ調節因子の活性の同定方法または分析方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）細胞培養物におけるバイオマーカーのベースラインレベルの分析と、ｂ）試験化合物と細胞培養物との一定時間の接触と、ｃ）接触後のバイオマーカーの第２のレベルの分析と、を含み、バイオマーカーのベースラインレベルと比較して、バイオマーカーの第２のレベルが増加または減少するのであれば、試験化合物は、ＴＬＲ調節因子である。
【０１９４】
別の態様では、ＴＬＲ調節因子の活性の同定方法または分析方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）試験化合物が存在しない第１の細胞培養物におけるバイオマーカーのレベルの分析と、ｂ）試験化合物と第２の細胞培養物との一定時間の接触と、ｃ）接触後の第２細胞培養物におけるバイオマーカーのレベルの分析と、を含み、第１の細胞培養物におけるバイオマーカーのレベルと比較して、第２の細胞培養物におけるバイオマーカーのレベルが増加または減少するのであれば、試験化合物は、ＴＬＲ調節因子である。
【０１９５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、バイオマーカーのレベルを、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍、または少なくとも５０倍増加または低減することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、バイオマーカーのレベルを検出不可能なレベルから検出可能なレベルに増加させることができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、バイオマーカーのレベルを検出可能なレベルから検出不可能なレベルに低減することができる。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、細胞培養物は、初代細胞培養物である。いくつかの実施形態では、細胞培養物は、Ｂ細胞、ＰＢＭＣ、またはｐＤＣの細胞培養物である。いくつかの実施形態では、培養されるｐＤＣは、精製されたｐＤＣ（例えば、ＩＬ−３の非存在下で培養されたもの）である。いくつかの実施形態では、培養されるｐＤＣは、成熟ｐＤＣ（例えば、ＩＬ−３の存在下で培養されたもの）である。いくつかの実施形態では、Ｂ細胞、ＰＢＭＣ、またはｐＤＣは、ヒト、サル、類人猿、マウス、ラット、ウサギ、ハムスター、イヌ、ネコ、雌ウシ、またはヤギのＢ細胞、ＰＢＭＣ、またはｐＤＣである。
【０１９７】
いくつかの実施形態では、細胞培養物は、例えば、組換えのレポーター構築物を含む細胞株などのレポーター細胞を含む。いくつかの実施形態では、レポーター細胞は、サイトカインプロモーターによって推進されるレポーター遺伝子を含み、こうしたサイトカインプロモーターは、ＩＰ−１０、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、またはＩＬ−１βのプロモーターなどである。いくつかの実施形態では、レポーター細胞は、ＮＦ−κＢプロモーター（例えば、古典的なＮＦ−κＢプロモーター）によって推進されるレポーター遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、レポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ、ペルオキシダーゼ、またはホスファターゼの遺伝子である。いくつかの実施形態では、レポーター細胞は、例えば、ヒト、ハムスター、またはマウスの細胞株（例えば、ＨＥＫ細胞、ＣＨＯ細胞、またはＲＡＷ２６４．７細胞）などの細胞株に由来する。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、細胞培養物は、インフラマソームを含む細胞を含む。いくつかの実施形態では、インフラマソーム活性は、ＩＬ−１βまたはＩＬ−１８などのインフラマソーム構成要素の発現または分泌を（例えば、ＲＴ−ＰＣＴまたはＥＬＩＳＡによって）分析することによって分析することができる。
【０１９９】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、例えば、レポーター遺伝子アッセイもしくは定量的ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、または同様のものを使用し、転写レベルで分析される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、細胞培養物の培地に分泌される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＳＰＲ、ＴＲ−ＦＲＥＴ、または同様のものを使用し、細胞培養試料におけるバイオマーカーのレベルを分析することによって分析される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、細胞に結合して留まる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、例えば、ＦＡＣＳ、免疫組織化学、もしくは顕微鏡イメージング（例えば、蛍光顕微鏡）、または同様のものによって分析される。
【０２００】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、サイトカインである。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＴＮＦα、ＴＧＦβ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ６、ＩＬ１０、またはＩＰ−１０（ＣＸＣＬ１０）である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌである。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ−６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、Ｅｏｔ３、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１である。
【０２０２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ３調節因子、ＴＬＲ４調節因子、ＴＬＲ７調節因子、ＴＬＲ８調節因子、またはＴＲＬ９調節因子である。
【０２０３】
いくつかの実施形態では、ＩＰ−１０の第１のレベルと比較して、ＩＰ−１０の第２のレベルが低いのであれば、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ９アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ−１０、ＴＧＦβ、ＰＤ−Ｌ１、またはＩＣＯＳ−Ｌの第１のレベルと比較して、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ−１０、ＴＧＦβ、ＰＤ−Ｌ１、またはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルが増加するのであれば、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ９アゴニストである。例えば、実施例２及び実施例４、表４、図２Ａ〜５Ｂを参照のこと。
【０２０４】
７．３  追加の薬剤
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗ＳＭＡＤ７治療剤は、ＴＬＲ調節因子以外の追加の薬剤と組み合わせることができる。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤と追加の薬剤との組み合わせは、本明細書で提供される治療方法において使用することができる。例えば、セクション７．３、セクション７．４、及びセクション７．７を参照のこと。
【０２０５】
いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、追加の治療薬剤である。いくつかの実施形態では、追加の薬剤は、キナーゼ阻害剤、ジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤、またはＮＯＤ２リガンドを含み得る。
【０２０６】
いくつかの実施形態では、キナーゼ阻害剤は、Ｊａｋ（例えば、Ｊａｋ１、Ｊａｋ２、Ｊａｋ３、もしくはＴｙｋ２）阻害剤またはＳｒｃファミリーのキナーゼ（例えば、Ｓｒｃキナーゼ、Ｙｅｓキナーゼ、Ｆｙｎキナーゼ、Ｆｇｒキナーゼ、Ｌｃｋキナーゼ、Ｈｃｋキナーゼ、Ｂｌｋキナーゼ、Ｌｙｎキナーゼ、もしくはＦｒｋキナーゼ）阻害剤を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｊａｋ阻害剤は、トファシチニブ、フィルゴチニブ、またはバリシチニブを含み得る。いくつかの実施形態では、Ｓｒｃキナーゼ阻害剤は、ＳＵ６６５６を含み得る。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、ジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤は、メトトレキサート、トリメトプリム、またはピリメタミンを含み得る。
【０２０８】
いくつかの実施形態では、ＮＯＤ２リガンドは、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）、またはステアロイル脂肪酸を有する６−Ｏ−アシル誘導体を含む改変ＭＤＰ（Ｌ１８−ＭＤＰ）を含み得る。
【０２０９】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤と組み合わせられる追加の薬剤は、例えば、追加の薬剤のＭＴＤ（例えば、ヒト患者におけるＭＴＤ）の０．３倍未満、０．１倍未満、０．０３倍未満、０．０１倍未満などの低用量で患者に投与される。
【０２１０】
７．４  抗ＳＭＡＤ７治療剤
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗ＳＭＡＤ７治療剤は、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、細胞（例えば、細胞培養物の細胞、または患者から得られる組織試料の細胞）に導入されると、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡまたはＳＭＡＤ７タンパク質の発現レベルを低減する能力を有する。いくつかの実施形態では、細胞は、ＰＢＭＣまたはｐＤＣなどの免疫系細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、ヒトＩＢＤ患者などの患者から得られる組織試料（例えば、腸生検試料）の細胞、または対象から得られる試料（例えば、組織生検試料）における細胞である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、トランスフェクション（例えば、脂質のトランスフェクション試薬もしくはウイルスベクターを使用するもの）または電気穿孔によって細胞に導入される。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７抑制性ＲＮＡ（ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ）である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７マイクロＲＮＡ（ＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡ）である。
【０２１１】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）オリゴヌクレオチドもしくはリボ核酸（ＲＮＡ）オリゴヌクレオチド、またはそのハイブリッドを含む。
【０２１２】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを調節（例えば、ＴＬＲを抑制または活性化）する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。例えば、セクション７．２及びセクション７．８．（ａ）を参照のこと。
【０２１３】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化学的に改変された抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮである。いくつかの実施形態では、化学的に改変された抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、例えば、非天然起源のヌクレオシド間結合、非天然起源の糖残基、非天然起源の塩基、標識（例えば、蛍光標識、または重水素標識もしくは三重水素標識などの同位体標識、あるいは別の改変を含む。
【０２１４】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＣＧジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、複
数のＣＧジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、１つまたは複数のＣＧジヌクレオチド配列、及び１つまたは複数のＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、ＣＧジヌクレオチド配列のみを含むか、またはＧＣジヌクレオチド配列のみを含む。
【０２１５】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含むＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列を少なくとも１つ含む。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列におけるシトシンは、メチル化されている（例えば、５−メチル−シトシン）。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列におけるグアニンは、メチル化されている（例えば、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列におけるシトシン及びグアニンは、メチル化されている。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列である。
【０２１６】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、ＣＧホスフェートジヌクレオチド配列またはＧＣホスフェートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列の１つまたは複数は、非天然のヌクレオシド間結合（例えば、ホスホロチオエート結合）を含む。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチドまたはＧＣジヌクレオチドは、ＣＧホスホロチオエートジヌクレオチド配列またはＧＣホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列の２つ以上が、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列はすべて、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧホスホロチオエートジヌクレオチド配列またはＧＣホスホロチオエートジヌクレオチド配列の１つまたは複数は、１つまたは２つのメチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む。いくつかの実施形態では、メチル化塩基を含む、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列の１つまたは複数は、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、メチル化塩基を含む、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列はすべて、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。
【０２１７】
本明細書に記載の抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、任意の哺乳生物に由来するＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列を含み得、こうした哺乳生物は、例えば、限定はされないが、霊長類（例えば、ヒト、サル、チンパンジー、オランウータン、もしくはゴリラ）、ネコ、イヌ、ウサギ、家畜（例えば、雌ウシ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、ブタ）、またはげっ歯類（例えば、マウス、ラット、ハムスター、もしくはモルモット）である。
【０２１８】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ヒトＳＭＡＤ７における領域に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ヒトＳＭＡＤ７の８以上、１０以上、１２以上、１４以上、１６以上、１８以上、または２０以上のヌクレオチドの領域に相補的なヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１のヌクレオチド配列を含むヒトＳＭＡＤ７配列に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列を含む。
【０２１９】
配列番号１（コード配列：ＮＭ＿００５９０４．３のＣＤＳ（２８８〜１５６８）、ホモサピエンスＳＭＡＤファミリーメンバー７（ＳＭＡＤ７）、転写変異体１、ｍＲＮＡ）（下線付きは、領域１０８〜１２８）：
【表３】
2018529726.tif 000007
【０２２０】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号８〜１０または配列番号８８〜９０のヌクレオチド配列を含むヒトＳＭＡＤ７配列に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列を含む。
【０２２１】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列を含む。
【０２２２】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列のヌクレオチド４０３、ヌクレオチド２３３、ヌクレオチド２９４、ヌクレオチド２９５、ヌクレオチド２９６、ヌクレオチド２９８、ヌクレオチド２９９、もしくはヌクレオチド５３３に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列を含む。
【０２２３】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号２のヌクレオチド配列（５’−ＧＴＣＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＣＧＣＡＧ−３’）を含む。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号３のヌクレオチド配列（５’−ＧＴＣＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＣＧＣＡＧＣ−３’）を含む。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号３のヌクレオチド配列の１０以上のヌクレオチド（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、または２０以上のヌクレオチド）を含む配列を含む。
【０２２５】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化合物（Ｉ）を含む。化合物（Ｉ）の構造は、４ページにわたって以下に示される：
化合物（Ｉ）−１ページ目
【化１】
2018529726.tif 000008
化合物（Ｉ）−２ページ目
【化２】
2018529726.tif 000009
化合物（Ｉ）−３ページ目
【化３】
2018529726.tif 000010
化合物（Ｉ）−４ページ目
【化４】
2018529726.tif 000011
【０２２６】
本明細書では、化合物（Ｉ）の構造は、ナトリウム対イオン（「Ｎａ」）を示して提示される。化合物（Ｉ）は、対イオンを含まない陰イオン形態も指し得ることを当業者であれば理解するであろう。化合物（Ｉ）の陰イオン形態は、プロトン化されることで、化合物（Ｉ）の酸性形態を形成し得ることも当業者であればさらに理解するであろう。いくつかの実施形態では、化合物（Ｉ）のホスホロチオエート骨格は、完全または部分的にプロトン化されることで、化合物（Ｉ）の酸性形態を形成し得る。
【０２２７】
化合物（Ｉ）のヘテロ環式塩基の配列は、配列番号５によって示される。
【０２２８】
（ａ）ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＡＯＮである。
【０２２９】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的タンパク質（例えば、ＳＭＡＤ７）をコードするメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に相補的な短い合成オリゴヌクレオチド配列である。アンチセンスオリゴヌクレオチド配列は、ｍＲＮＡにハイブリダイズすることで、ＤＮＡ／ＲＮＡのハイブリッド鎖を分解するＲＮａｓｅＨなどの遍在性の触媒酵素を活性化することができる２本鎖ハイブリッドを産生させることによって、タンパク質の翻訳を阻止する。理論に拘束されるものではないが、本明細書で提供されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡまたはＤＮＡとして、その標的配列にハイブリダイズすることができる。したがって、ＤＮＡ配列が標的として提供されたとしても、対応するＲＮＡ配列（チミンの代わりにウラシルを含む）が含まれる。
【０２３０】
本明細書に記載のＳＭＡＤ７ＡＯＮは、細胞に（例えば、トランスフェクションまたは電気穿孔によって）導入されると、細胞におけるＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルを低減するか、または細胞におけるＳＭＡＤ７のタンパク質レベルを低減することによって、細胞におけるＳＭＡＤ７の発現を低減することができる。本明細書に記載のＳＭＡＤ７ＡＯＮは、例えば培養細胞などのインビトロ、または例えば対象（ヒト患者もしくは動物モデル生物など）などのインビボでＳＭＡＤ７の発現を低減することができる。
【０２３１】
ＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルまたはＳＭＡＤ７のタンパク質レベルの決定方法は、当該技術分野においてよく知られており、こうした方法には、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ、サザンブロット、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、または免疫細胞化学が含まれ得る。ＳＭＡＤ７のインビボの発現は、例えば、固形または液体の生検試料などの、対象から取得した試料において分析することができる。
【０２３２】
本明細書で提供される組成物及び方法と関連付けて、例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮで処理した試験試料におけるＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルと、対照試料におけるＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルと、を比較することによって、細胞におけるＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルの低減を決定することができる。対照試料には、例えば、非処理試料、トランスフェクション試薬単独で処理した試料（「媒体対照」）、または対照ＯＤＮで処理した試料が含まれ得る。対照ＯＤＮには、例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮのヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を有するＯＤＮが含まれ得る。いくつかの実施形態では、対照ＯＤＮは、無作為化された核酸配列などの、改変されたＳＭＡＤ７ＡＯＮのヌクレオチド配列とは無関係のヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、対照ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７以外の遺伝子に対するＡＯＮである。いくつかの実施形態では、対照試料は、改変されたＳＭＡＤ７ＡＯＮで処理される試料であって、ＳＭＡＤ７ＡＯＮの投与前の時点の試料（例えば、継時的な実験においてＴ＝０分に取得した試料）に類似したものである。いくつかの実施形態では、試験試料は、ＳＭＡＤ７ＡＯＮでの処理を受けた対象から得たものである（例えば、組織試料）。いくつかの実施形態では、対照試料は、ＳＭＡＤ７ＡＯＮでの処理を受けたことのない未治療対照から得たものである。
【０２３３】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、細胞におけるＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルを１０％以上、２０％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または９９％以上低減することができる。
【０２３４】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、細胞におけるＳＭＡＤ７のタンパク質レベルを１０％以上、２０％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または９９％以上低減することができる。
【０２３５】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、ＳＭＡＤ７ＡＯＮと試験試料（例えば、細胞培養物における細胞）との接触、または対象へのＳＭＡＤ７ＡＯＮの投与から１時間以内、２時間以内、３時間以内、６時間以内、９時間以内、１２時間以内、１５時間以内、１８時間以内、２１時間以内、２４時間以内、３０時間以内、３６時間以内、４２時間以内、または４８時間以内にＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルまたはＳＭＡＤ７のタンパク質レベルを低減することができる。
【０２３６】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、ＴＬＲを調節（例えば、ＴＬＲを抑制または活性化）する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。例えば、セクション７．２及びセクション７．８．（ａ）を参照のこと。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＡＯＮは、化学的に改変される。
【０２３８】
（ｂ）ＳＭＡＤ７のＲＮＡｉまたはｍｉＲＮＡ
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７抑制性ＲＮＡ（ＲＮＡｉもしくはｓｉＲＮＡ）またはＳＭＡＤ７マイクロＲＮＡ（ＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡ）である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡは、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたは化学的に改変されたＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡである。
【０２３９】
ＲＮＡｉは、細胞に導入し得るか、または細胞において産生し得る小さなＲＮＡ分子である。理論に拘束されるものではないが、ＲＮＡｉ経路は、酵素であるダイサーによって細胞において開始され、ダイサーは、長い２本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子を切断し、約２０のヌクレオチドを含む短い２本鎖断片のｓｉＲＮＡにするものである。それぞれのｓｉＲＮＡはほどかれて１本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）となり、パッセンジャー鎖及びガイド鎖となる。パッセンジャー鎖は分解され、ガイド鎖は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）へと組み込まれる。典型的には、遺伝子サイレンシングが続いて生じ、これは、ガイド鎖とメッセンジャーＲＮＡ分子における相補配列とが対を形成すると生じるものであり、ＲＩＳＣ複合体を構成する触媒要素であるアルゴノートによる切断を誘導する。
【０２４０】
ｍｉＲＮＡは、ゲノム的にコードされ、遺伝子発現の制御を助ける非コードＲＮＡであり、特に、発生の間の遺伝子発現の制御を助けるものである。成熟ｍｉＲＮＡは、外来性のｄｓＲＮＡから産生されるｓｉＲＮＡと構造的に類似しているが、ｍｉＲＮＡが成熟するにはその前に、広範な翻訳後修飾を最初に受けなくてはならない。ｍｉＲＮＡは、プレｍｉＲＮＡとして知られる一次転写物として、はるかに長いＲＮＡコード遺伝子から発現し、この一次転写物は、細胞核においてマイクロプロセッサ複合体によるプロセシングを受けることでプレｍｉＲＮＡと呼ばれる７０のヌクレオチドを含むステムループ構造となる。この複合体は、ドローシャと呼ばれるＲＮａｓｅＩＩＩ酵素とｄｓＲＮＡ結合タンパク質であるＤＧＣＲ８とからなる。このプレｍｉＲＮＡのｄｓＲＮＡ部分がダイサーに結合し、ダイサーによって切断されることで、ＲＩＳＣ複合体に統合することができる成熟ｍｉＲＮＡ分子が産生される。したがって、ｍｉＲＮＡとｓｉＲＮＡとは、同一の下流細胞機構を共有している。
【０２４１】
ｍｉＲＮＡは、典型的には、標的との塩基対形成が不完全であり、類似の配列を有する多くの異なるｍＲＮＡの翻訳を抑制するという点で、長いｄｓＲＮＡ前駆体に由来するｓｉＲＮＡは、ｍｉＲＮＡとは異なる。対照的に、ｓｉＲＮＡは、典型的には、塩基対形成が完全であり、単一の特定標的のみにおいてｍＲＮＡの切断を誘導する。
【０２４２】
本明細書に記載のＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたはＳＭＡＤ７マイクロＲＮＡは、細胞に（例えば、トランスフェクションまたは電気穿孔によって）導入されると、ＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルを低減するか、またはＳＭＡＤ７のタンパク質レベルを低減することによって、細胞におけるＳＭＡＤ７の発現を低減することができる。本明細書で提供されるＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたはＳＭＡＤ７マイクロＲＮＡは、例えば培養細胞などのインビトロ、または例えば対象（ヒト患者もしくは動物モデル生物など）などのインビボでＳＭＡＤ７の発現を低減することができる。
【０２４３】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡは、細胞においてＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルを１０％以上、２０％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または９９％以上低減することができる。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡは、細胞においてＳＭＡＤ７のタンパク質レベルを１０％以上、２０％以上、３０％以上、４０％以上、５０％以上、６０％以上、７０％以上、８０％以上、９０％以上、９５％以上、または９９％以上低減することができる。
【０２４５】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡは、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉもしくはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡと試験試料（例えば、細胞培養物における細胞）との接触、または対象へのＳＭＡＤ７ＡＯＮの投与から１時間以内、２時間以内、３時間以内、６時間以内、９時間以内、１２時間以内、１５時間以内、１８時間以内、２１時間以内、２４時間以内、３０時間以内、３６時間以内、４２時間以内、または４８時間以内にＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルまたはＳＭＡＤ７のタンパク質レベルを低減することができる。
【０２４６】
本明細書に記載のＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡには、例えば、ｍｉＲ−１７−５、ｍｉＲ−２１、ｍｉＲ−２５、ｍｉＲ−１８１、ｍｉＲ−１９５、もしくはｍｉＲ−２１６ａ／２１７、またはその天然起源の変異体もしくは合成誘導体が含まれ得る。
【０２４７】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡは、ＴＬＲを調節（例えば、ＴＬＲを抑制または活性化）する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。例えば、セクション７．２及びセクション７．８．（ａ）を参照のこと。
【０２４８】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡは、ＴＬＲを活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。
【０２４９】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉまたはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡは、ＴＬＲを抑制する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。
【０２５０】
７．５  組み合わせの例
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤とＴＬＲ調節因子とを含む本明細書に記載の組み合わせは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列または対応するＲＮＡ配列を含むＳＭＡＤ７ＡＯＮと、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９の１つまたは複数を抑制する能力を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ９を活性化し、かつＴＬＲ３及びＴＬＲ７を抑制する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＴＬＲ相乗作用因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、抗マラリア治療剤である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ（例えば、キナクリンもしくはキニジン）、クロリキン、アモジアキン、ピリメタミン、プログアニル、スルホンアミド、メフロキン、アトバコン、プリマキン、アルテミシニン、ハフロファントリン、ドキシサイクリン、クリンダマイシン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ、クロロキン、アモジアキン、メフロキン、プリマキン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、クロロキン（Ａｒａｌｅｎ）、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）、４−アミノキノリン（例えば、アモジアキン（Ｃａｍｏｑｕｉｎ、Ｆｌａｖｏｑｕｉｎｅ））、メフロキン（Ｌａｒｉａｍ、Ｍｅｐｈａｑｕｉｎ、もしくはＭｅｆｌｉａｍ）、８−アミノキノリン（例えば、プリマキンもしくはプリマキンリン酸塩）、アトバクエノン／プログアニル（Ｍａｌａｒｏｎｅ）、キナクリン（Ｍｅｐａｃｒｉｎｅ、Ａｔｅｂｒｉｎｅ）、またはキニジン（Ｑｕｉｎａｇｌｕｔｅ、Ｑｕｉｎｉｄｅｘ）から選択される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ヒドロキシクロロキンである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＢＬ−７０４０、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０、Ｅ６４４６、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＯＤＮ２００６、ＣＬ０７５、ＶＴＸ−２３３７、またはナルトレキソンである。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、配列番号１の核酸配列のヌクレオチド４０３、ヌクレオチド２３３、ヌクレオチド２９４、ヌクレオチド２９５、ヌクレオチド２９６、ヌクレオチド２９８、ヌクレオチド２９９、またはヌクレオチド５３３を標的とするＳＭＡＤ７ＡＯＮと、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９の１つまたは複数を抑制する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＴＬＲ相乗作用因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、抗マラリア治療剤である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ（例えば、キナクリンもしくはキニジン）、クロリキン、アモジアキン、ピリメタミン、プログアニル、スルホンアミド、メフロキン、アトバコン、プリマキン、アルテミシニン、ハフロファントリン、ドキシサイクリン、クリンダマイシン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ、クロロキン、アモジアキン、メフロキン、プリマキン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、クロロキン（Ａｒａｌｅｎ）、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）、４−アミノキノリン（例えば、アモジアキン（Ｃａｍｏｑｕｉｎ、Ｆｌａｖｏｑｕｉｎｅ））、メフロキン（Ｌａｒｉａｍ、Ｍｅｐｈａｑｕｉｎ、もしくはＭｅｆｌｉａｍ）、８−アミノキノリン（例えば、プリマキンもしくはプリマキンリン酸塩）、アトバクエノン／プログアニル（Ｍａｌａｒｏｎｅ）、キナクリン（Ｍｅｐａｃｒｉｎｅ、Ａｔｅｂｒｉｎｅ）、またはキニジン（Ｑｕｉｎａｇｌｕｔｅ、Ｑｕｉｎｉｄｅｘ）から選択される化合物である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ヒドロキシクロロキンである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＢＬ−７０４０、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０、Ｅ６４４６、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＯＤＮ２００６、ＣＬ０７５、ＶＴＸ−２３３７、またはナルトレキソンである。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、配列番号２を含むＳＭＡＤ７ＡＯＮと、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９の１つまたは複数を抑制する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９の１つまたは複数を抑制する能力を有する化合物は、配列番号２のヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＴＬＲ相乗作用因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、抗マラリア治療剤である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ（例えば、キナクリンもしくはキニジン）、クロリキン、アモジアキン、ピリメタミン、プログアニル、スルホンアミド、メフロキン、アトバコン、プリマキン、アルテミシニン、ハフロファントリン、ドキシサイクリン、クリンダマイシン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ、クロロキン、アモジアキン、メフロキン、プリマキン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、クロロキン（Ａｒａｌｅｎ）、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）、４−アミノキノリン（例えば、アモジアキン（Ｃａｍｏｑｕｉｎ、Ｆｌａｖｏｑｕｉｎｅ））、メフロキン（Ｌａｒｉａｍ、Ｍｅｐｈａｑｕｉｎ、もしくはＭｅｆｌｉａｍ）、８−アミノキノリン（例えば、プリマキンもしくはプリマキンリン酸塩）、アトバクエノン／プログアニル（Ｍａｌａｒｏｎｅ）、キナクリン（Ｍｅｐａｃｒｉｎｅ、Ａｔｅｂｒｉｎｅ）、またはキニジン（Ｑｕｉｎａｇｌｕｔｅ、Ｑｕｉｎｉｄｅｘ）から選択される化合物である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ヒドロキシクロロキンである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＢＬ−７０４０、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０、Ｅ６４４６、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＯＤＮ２００６、ＶＴＸ−２３３７、ＣＬ０７５、またはナルトレキソンである。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の組み合わせは、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、もしくは配列番号７のヌクレオチド配列、またはその断片（例えば、１０以上のヌクレオチドを含む断片）を含むＳＭＡＤ７ＡＯＮと、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、抗マラリア治療剤である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ（例えば、キナクリンもしくはキニジン）、クロリキン、アモジアキン、ピリメタミン、プログアニル、スルホンアミド、メフロキン、アトバコン、プリマキン、アルテミシニン、ハフロファントリン、ドキシサイクリン、クリンダマイシン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ、クロロキン、アモジアキン、メフロキン、プリマキン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９の１つまたは複数を抑制する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＴＬＲ相乗作用因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、クロロキン（Ａｒａｌｅｎ）、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）、４−アミノキノリン（例えば、アモジアキン（Ｃａｍｏｑｕｉｎ、Ｆｌａｖｏｑｕｉｎｅ））、メフロキン（Ｌａｒｉａｍ、Ｍｅｐｈａｑｕｉｎ、もしくはＭｅｆｌｉａｍ）、８−アミノキノリン（例えば、プリマキンもしくはプリマキンリン酸塩）、アトバクエノン／プログアニル（Ｍａｌａｒｏｎｅ）、キナクリン（Ｍｅｐａｃｒｉｎｅ、Ａｔｅｂｒｉｎｅ）、またはキニジン（Ｑｕｉｎａｇｌｕｔｅ、Ｑｕｉｎｉｄｅｘ）から選択される化合物である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ヒドロキシクロロキンである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＢＬ−７０４０、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０、Ｅ６４４６、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＯＤＮ２００６、ＣＬ０７５、ＶＴＸ−２３３７、またはナルトレキソンである。
【０２５４】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、化合物（Ｉ）と、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、化合物（Ｉ）は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物である。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９の１つまたは複数を抑制する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＴＬＲ相乗作用因子である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、抗マラリア治療剤である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ（例えば、キナクリンもしくはキニジン）、クロリキン、アモジアキン、ピリメタミン、プログアニル、スルホンアミド、メフロキン、アトバコン、プリマキン、アルテミシニン、ハフロファントリン、ドキシサイクリン、クリンダマイシン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ、クロロキン、アモジアキン、メフロキン、プリマキン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、クロロキン（Ａｒａｌｅｎ）、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）、４−アミノキノリン（例えば、アモジアキン（Ｃａｍｏｑｕｉｎ、Ｆｌａｖｏｑｕｉｎｅ））、メフロキン（Ｌａｒｉａｍ、Ｍｅｐｈａｑｕｉｎ、もしくはＭｅｆｌｉａｍ）、８−アミノキノリン（例えば、プリマキンもしくはプリマキンリン酸塩）、アトバクエノン／プログアニル（Ｍａｌａｒｏｎｅ）、キナクリン（Ｍｅｐａｃｒｉｎｅ、Ａｔｅｂｒｉｎｅ）、またはキニジン（Ｑｕｉｎａｇｌｕｔｅ、Ｑｕｉｎｉｄｅｘ）から選択される化合物である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ヒドロキシクロロキンである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、及び／またはＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物は、ＢＬ−７０４０、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０、Ｅ６４４６、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＯＤＮ２００６、ＣＬ０７５、ＶＴＸ−２３３７、またはナルトレキソンである。
【０２５５】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、化合物（Ｉ）と、ＴＬＲ３を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３を調節する能力を有する化合物は、ＴＬＲ３アンタゴニストである。
【０２５６】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、化合物（Ｉ）と、ＴＬＲ４を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ４を調節する能力を有する化合物は、ＴＬＲ４アンタゴニストである。
【０２５７】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、化合物（Ｉ）と、ＴＬＲ７を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物７は、ＴＬＲ７アンタゴニストである。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、化合物（Ｉ）と、ＴＬＲ８を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ８を調節する能力を有する化合物は、ＴＬＲ８アンタゴニストである。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、化合物（Ｉ）と、ＴＬＲ９を調節する能力を有する化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ９を抑制する能力を有する化合物は、ＴＬＲ９アンタゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ９を抑制する能力を有する化合物は、ＴＬＲ９アゴニストである。
【０２６０】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、化合物（Ｉ）と、ヒドロキシクロロキンとを含む。
【０２６１】
いくつかの実施形態では、組み合わせは、化合物（Ｉ）と、ＢＬ−７０４０、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、ＤＩＭＳ０１５０、Ｅ６４４６、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＯＤＮ２００６、ＣＬ０７５、ＶＴＸ−２３３７、またはナルトレキソンから選択される化合物と、を含む。
【０２６２】
７．６  医薬組成物
いくつかの実施形態では、ＯＤＮ、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ、もしくは抗ＳＭＡＤ  ＯＤＮ、または抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）と、本明細書に記載のＴＬＲ調節因子とを含む組み合わせは、医薬組成物として製剤化することができる。いくつかの実施形態では、組み合わせの抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子は、同一の単一剤形（例えば、丸剤、錠剤、カプセル、粉末、及び同様のものなどの（「Ｔｗｏ−ｉｎ−Ｏｎｅ（ツー・イン・ワン）」において共に製剤化される。
【０２６３】
１つの態様では、本明細書に記載のＳＭＡＤ７ＯＤＮ、本明細書に記載のＴＬＲ調節因子、及び医薬的に許容可能な賦形剤を含む医薬組成物が本明細書で提供される。例えば、セクション７．２及びセクション７．４．（ｃ）を参照のこと。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮとＴＬＲ調節因子とを等モル比（例えば、１：１の比）で含む。
【０２６５】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＴＬＲ調節因子に対して過剰モルのＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子に対するＳＭＡＤ７ＯＤＮの過剰度は、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも６０倍、少なくとも７０倍、少なくとも８０倍、少なくとも９０倍、少なくとも１００倍、少なくとも２００倍、少なくとも３００倍、少なくとも４００倍、少なくとも５００倍、少なくとも６００倍、少なくとも７００倍、少なくとも８００倍、少なくとも９００倍、または少なくとも１，０００倍である。
【０２６６】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮに対して過剰モルのＴＬＲ調節因子を含む。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮに対するＴＬＲ調節因子の過剰度は、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも８倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、少なくとも２０倍、少なくとも２５倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも６０倍、少なくとも７０倍、少なくとも８０倍、少なくとも９０倍、少なくとも１００倍、少なくとも２００倍、少なくとも３００倍、少なくとも４００倍、少なくとも５００倍、少なくとも６００倍、少なくとも７００倍、少なくとも８００倍、少なくとも９００倍、または少なくとも１，０００倍である。
【０２６７】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、８つ以上、または１０以上のＳＭＡＤ７ＯＤＮなどの、２つ以上の異なるＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。
【０２６８】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、８つ以上、または１０以上のＴＬＲ調節因子などの、複数の異なるＴＬＲ調節因子を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、同一のＴＬＲ（例えば、ＴＬＲ７）を調節する能力を有する２つ以上のＴＬＲ調節因子を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、異なるＴＬＲ（例えば、ＴＬＲ７及びＴＬＲ９）を調節する能力を有する２つ以上のＴＬＲ調節因子を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＴＬＲを活性化する能力を有する１つまたは複数の化合物と、ＴＬＲを抑制する１つまたは複数の化合物と、を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、２つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、８つ以上、または１０以上）のＴＬＲアゴニストを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、２つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、８つ以上、または１０以上）のＴＬＲアンタゴニストを含む。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＴＬＲ９アゴニスト、及び１つまたは複数の追加のＴＬＲ調節因子を含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＴＬＲ７アンタゴニスト及びＴＬＲ９アンタゴニストを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＴＬＲ３アンタゴニスト、ＴＬＲ７アンタゴニスト、及びＴＬＲ９アンタゴニストを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＴＬＲ３アンタゴニスト、ＴＬＲ７アンタゴニスト、ＴＬＲ８アンタゴニスト、及びＴＬＲ９アンタゴニストを含む。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＴＬＲ４アンタゴニストを含む。
【０２７０】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ヒドロキシクロロキンまたはクロロキン、及び１つまたは複数の追加のＴＬＲ調節因子を含む。１つまたは追加のＴＬＲ調節因子には、１つもしくは複数のＴＬＲアゴニスト、及び／または１つもしくは複数のＴＬＲアンタゴニストが含まれ得る。
【０２７１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子を含む）は、本明細書に記載の方法での使用を目的とする医薬的に許容可能な賦形剤または担体と共に製剤化される。
【０２７２】
本明細書に記載の医薬組成物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ、またはＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子を含む）は、医薬組成物の目的が局所送達であるか、または全身送達であるかに応じて、異なる製剤及び投与経路を使用して投与することができる。投与には、例えば、局所投与、経肺投与、経口投与、または非経口投与が含まれ得る。局所投与には、点眼、または腟内送達もしくは直腸内投与送達などの粘膜への投与が含まれ得る。経肺投与には、例えば、噴霧器によるものを含む、粉末またはエアロゾルの吸入または吹送、気管内投与、鼻腔内投与、経表皮投与、及び経皮投与が含まれ得る。非経口投与には、例えば、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内、または筋肉内への注射または注入が含まれ得る。
【０２７３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ、ならびにＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子を含む）は、本明細書に記載の方法での使用を目的とする医薬的に許容可能な担体と共に製剤化される。例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子は、単独で投与するか、または医薬製剤（治療組成物）の構成成分として投与することができる。対象化合物は、ヒト医学または獣医学における使用を目的とする任意の簡便な手法での投与を目的として製剤化してよい。
【０２７４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の治療方法は、組成物の全身投与、またはインプラントもしくは機器としての局所投与を含む。本明細書で使用される治療組成物は、投与されるときに発熱物質を含有せず、生理学的に許容可能な形態であり得る。ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子以外の治療上有用な薬剤を対象化合物と共に同時または連続的に投与してよく、こうした薬剤は、上記の組成物に任意選択で含めてもよい。
【０２７５】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ、またはＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子を含む組成物は、非経口的に投与されることになる。非経口投与に適した医薬組成物は、医薬的に許容可能な無菌かつ等張性の水性または非水性の溶液、分散液、懸濁液、もしくはエマルション、または使用直前に再構成して無菌の注射用溶液もしくは注射用分散液とし得る無菌粉末のうちの１つまたは複数と組み合わせて、１つもしくは複数のＳＭＡＤ７ＯＤＮ、または１つもしくは複数のＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び１つもしくは複数のＴＬＲ調節因子を含み得、組み合わせて使用されるこうしたものは、抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、製剤と意図されるレシピエントの血液との浸透圧を等しくする溶質、懸濁剤、または増粘剤を含み得る。本明細書に記載の方法において使用される医薬組成物において用いられ得る適した水性担体及び非水性担体の例には、水、エタノール、ポリオール（グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、及び同様のものなど）、ならびにそれらの適した混合物、オリーブ油などの植物油、ならびにオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルが含まれる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング材料の使用、分散液の場合は必要粒子径の維持、及び界面活性剤の使用によって維持することができる。
【０２７６】
さらに、組成物は、標的組織部位（例えば、骨）への送達を目的とする形態に封入または注入してよい。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の方法において使用される組成物は、１つまたは複数の治療組成物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ、またはＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子を含む）を標的組織部位（例えば、骨）に送達し、組織の発育のための構造を提供する能力を有すると共に、好ましくは、体に再吸収される能力を有するマトリックスを含み得る。例えば、マトリックスによって、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ、またはＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子が徐放され得る。そのようなマトリックスは、他の埋め込み医療用途に現在使用されている材料から形成され得る。
【０２７７】
マトリックス材料の選択は、生体適合性、生分解性、機械特性、美容的外観、及び界面特性に基づく。対象組成物の特定の用途によって、適切な製剤が定義されることになる。生分解性の化学的に定義された硫酸カルシウム、リン酸三カルシウム、ヒドロキシアパタイト、ポリ乳酸、及びポリ酸無水物は、組成物の潜在的なマトリックスとなり得る。他の潜在的な材料は、骨または皮膚のコラーゲンなどの、生分解性の生物学的によく定義されたものである。追加のマトリックスは、純粋なタンパク質または細胞外マトリックス成分から構成されるものである。他の潜在的なマトリックスは、焼結されたヒドロキシアパタイト、バイオガラス、アルミネート、または他のセラミックスなどの、非生分解性の化学的に定義されたものである。マトリックスは、ポリ乳酸とヒドロキシアパタイトとの組み合わせ、またはコラーゲンとリン酸三カルシウムとの組み合わせなどの、上述の型の材料の任意の組み合わせからなり得る。バイオセラミックスは、カルシウム−アルミネート−ホスフェートなどの組成を改変し、孔径、粒子径、粒子形、及び生分解性が改変されるように処理してよい。
【０２７８】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の方法において使用される組成物は、例えば、カプセル、カシェー剤、丸剤、錠剤、薬用キャンディー（通常はスクロース及びアカシアもしくはトラガントである香味基礎原料を使用するもの）、粉末、顆粒の形態で、または水性液体もしくは非水性液体の溶液もしくは懸濁液として、または水中油型もしくは油中水型の液体エマルション、またはエリキシル剤もしくはシロップとして、またはトローチ（ゼラチン及びグリセリン、もしくはスクロース及びアカシアなどの不活性基礎原料を使用するもの）として、及び／またはマウスウォッシュ及び同様のものとして、経口的に投与することができ、こうしたものはそれぞれ、活性成分として所定量の薬剤を含む。薬剤は、ボーラス、舐剤、またはペーストとして投与してもよい。
【０２７９】
経口投与を目的とする固形剤形（カプセル、錠剤、丸剤、糖衣錠、粉末、顆粒、及び同様のもの）では、本明細書に記載の方法において使用される１つまたは複数の治療化合物は、クエン酸ナトリウムもしくはリン酸二カルシウムなどの１つもしくは複数の医薬的に許容可能な担体、及び／または下記のもののいずれと混合してもよい：（１）デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、及び／またはケイ酸などの増量剤または嵩増し剤（２）例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギネート、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロース、及び／またはアカシアなどの結合剤、（３）グリセロールなどの保水剤、（４）寒天、炭酸カルシウム、ジャガイモデンプンまたはタピオカデンプン、アルギン酸、ある特定のシリケート、及び炭酸ナトリウムなどの崩壊剤、（５）パラフィンなどの溶液流動性低減剤、（６）四級アンモニウム化合物などの吸収促進剤、（７）例えば、セチルアルコール及びモノステアリン酸グリセロールなどの湿潤剤、（８）カオリン及びベントナイト粘土などの吸収剤、（９）タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固形ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウム、及びそれらの混合物などの滑沢剤、ならびに（１０）着色剤。カプセル、錠剤、及び丸剤の場合、医薬組成物は、緩衝剤も含み得る。同様の型の固形組成物は、ラクトースまたは乳糖などの賦形剤、ならびに高分子量のポリエチレングリコール及び同様ものを使用するソフト充填ゼラチンカプセル及びハード充填ゼラチンカプセルにおいて増量剤として用いてもよい。
【０２８０】
経口投与を目的とする液体剤形には、医薬的に許容可能なエマルション、マイクロエマルション、溶液、懸濁液、シロップ、及びエリキシル剤が含まれる。活性成分に加えて、液体剤形は、当該技術分野において通常使用される不活性な希釈剤を含み得、こうした希釈剤は、水または他の溶媒、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３−ブチレングリコール、油（具体的には、綿実油、ラッカセイ油、コーン油、胚芽油、オリーブ油、ヒマシ油、及びゴマ油）、グリセロール、テトラヒドロフリルアルコール、ポリエチレングリコール、ならびにソルビタンの脂肪酸エステル、ならびにそれらの混合物などの可溶化剤及び乳化剤などである。不活性な希釈剤に加えて、経口組成物は、湿潤剤、乳化剤及び懸濁剤、甘味剤、香味剤、着色剤、芳香剤、及び保存剤などの補助剤も含み得る。
【０２８１】
懸濁液は、活性化合物に加えて、エトキシ化イソステアリルアルコール、ポリオキシエチレンソルビトール及びソルビタンエステル、結晶セルロース、アルミニウムメタヒドロキシド、ベントナイト、寒天及びトラガント、ならびにそれらの混合物などの懸濁剤を含み得る。
【０２８２】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、例えば、錠剤、カプセル、または粉末などの単位剤形に含まれる。
【０２８３】
いくつかの実施形態では、単位剤形は、約５ｍｇ〜約８０ｍｇ、約１０ｍｇ〜約７０ｍｇ、約２０ｍｇ〜約６０ｍｇ、または約３０ｍｇ〜約５０ｍｇのＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。
【０２８４】
いくつかの実施形態では、単位剤形は、約１０ｍｇ〜約１５０ｍｇ、約３０ｍｇ〜約１３０ｍｇ、約５０ｍｇ〜約１１０ｍｇ、または約７０ｍｇ〜約９０ｍｇのＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。
【０２８５】
いくつかの実施形態では、単位剤形は、約１０ｍｇ〜約３３０ｍｇ、約５０ｍｇ〜約２８０ｍｇ、約９０ｍｇ〜約２４０ｍｇ、または約１３０ｍｇ〜約２００ｍｇのＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。
【０２８６】
いくつかの実施形態では、単位剤形は、約２０ｍｇ〜約６００ｍｇ、約６０ｍｇ〜約５６０ｍｇ、約１００ｍｇ〜約５２０ｍｇ、約１４０ｍｇ〜約４８０ｍｇ、約１８０ｍｇ〜約４４０ｍｇ、約２２０ｍｇ〜約４００ｍｇ、約２６０ｍｇ〜約３６０ｍｇ、または約２８０ｍｇ〜約３４０ｍｇのＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。
【０２８７】
いくつかの実施形態では、単位剤形は、約４０ｍｇ、約８０ｍｇ、約１６０ｍｇ、または約３２０ｍｇのＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。
【０２８８】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、経口医薬組成物である。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子を、ＩＢＤ患者などの患者の回腸終端部及び／または右結腸に局所的に送達するために腸溶コーティングを含む。いくつかの実施形態では、腸溶コーティングは、アクリル酸エチルとメタクリル酸とのコポリマーを含む。
【０２８９】
開示の治療は、例えば、ＩＢＤ患者などの患者に経口的に投与されると、有効量のＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子を、患者の腸管系に送達することができ、例えば、有効量のＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子を、患者の回腸終端部及び／または右結腸に送達することができる。
【０２９０】
本発明の実施形態のいくつかでは、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子の経口送達に適したものであり得、こうしたものは、例えば、腸溶コーティング（例えば、胃耐性コーティング）を含む錠剤であり、その結果、組成物が、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子を、例えば、患者の回腸終端部及び右結腸に送達することが可能になる。例えば、そのような投与は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子を患者の腸の患部に実質的かつ局所的に直接適用し、局所的な作用を引き起こすことができる。いくつかの実施形態では、そのような投与は、少なくともＳＭＡＤ７ＯＤＮが不要に全身吸収されることを実質的に回避することができる。
【０２９１】
例えば、経口投与を目的とする錠剤は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ、ＴＬＲ調節因子、及び医薬的に許容可能な賦形剤を含む記載の組成物を含む顆粒（例えば、少なくとも部分的には顆粒から形成されるもの）を含み得る。そのような錠剤は、腸溶コーティングでのコーティングを実施することができる。企図される錠剤は、増量剤、結合剤、崩壊剤、及び／または滑沢剤などの医薬的に許容可能な賦形剤、ならびにウインターグリーン、オレンジ、キシリトール、ソルビトール、フルクトース、及びマルトデキストリンなどの着色剤、放出剤、コーティング剤、甘味剤、香味剤、ならびに芳香剤、保存剤、及び／または抗酸化剤を含み得る。
【０２９２】
いくつかの実施形態では、企図される医薬製剤は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子及び／または医薬的に許容可能な塩及び医薬的に許容可能な増量剤を含む顆粒内相を含む。例えば、化合物（Ｉ）及び／またはＴＬＲ調節因子及び増量剤は、任意選択で他の賦形剤と共に混合し、顆粒を形成させることができる。いくつかの実施形態では、顆粒内相は、湿式造粒を使用して形成させることができ、例えば、混合されたアンチセンス化合物及び増量剤に液体（例えば、水）を添加した後、混合物を乾燥、粉砕、及び／または篩掛けすることで顆粒が得られる。顆粒内相を得るために他の処理を使用することができると当業者であれば理解するであろう。
【０２９３】
いくつかの実施形態では、企図される製剤は、顆粒外相を含み、こうした顆粒外相は、１つまたは複数の医薬的に許容可能な賦形剤を含み得、顆粒内相と混合することで開示の製剤を形成させることができる。
【０２９４】
ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子の製剤は、増量剤を含む顆粒内相を含み得る。増量剤の例には、限定はされないが、セルロース、ゼラチン、リン酸カルシウム、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ソルビトール、結晶セルロース、ペクチン、ポリアクリレート、デキストロース、酢酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、部分アルファ化デンプン、炭酸カルシウム、及びそれら組み合わせを含む他のものが含まれる。
【０２９５】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子の製剤は、結合剤を含む顆粒内相及び／または顆粒外相を含み得、こうした結合剤は、一般に、医薬製剤の成分を共に繋ぎとめるために機能することができる。結合剤の例には、例えば、下記のものが含まれる：デンプン、糖、セルロースまたはヒドロキシプロピルセルロースなどの改変セルロース、ラクトース、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、エチルセルロース、糖アルコール、及びそれらの組み合わせを含む他のもの。
【０２９６】
例えば、顆粒内相及び／または顆粒外相を含むＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／または／ＴＬＲ調節因子の企図される製剤は、崩壊剤を含み得、こうした崩壊剤は、限定はされないが、デンプン、セルロース、架橋ポリビニルピロリドン、デンプングリコール酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、アルギネート、コーンスターチ、クロスメロースナトリウム、架橋カルボキシメチルセルロース、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、アカシア、及びそれらの混合物を含む他のものなどである。例えば、顆粒内相及び／または顆粒外相は、崩壊剤を含み得る。
【０２９７】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子の企図される製剤は、開示のアンチセンス化合物、ならびにマンニトール、結晶セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、及びデンプングリコール酸ナトリウム、またはそれらの組み合わせから選択される賦形剤を含む顆粒内相と、結晶セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、及びステアリン酸マグネシウム、またはそれらの混合物のうちの１つまたは複数を含む顆粒外相と、を含む。
【０２９８】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子の企図される製剤は、滑沢剤を含み得、例えば、顆粒外相は、滑沢剤を含み得る。滑沢剤には、限定はされないが、タルク、シリカ、脂質、ステアリン、ステアリン酸マグネシウム、リン酸カルシウム、二酸化ケイ素、ケイ酸カルシウム、リン酸カルシウム、コロイド状二酸化ケイ素、ステアリン酸金属塩、硬化植物油、コーンスターチ、安息香酸ナトリウム、ポリエチレングリコール、酢酸ナトリウム、ステアリン酸カルシウム、ラウリル硫酸ナトリウム、塩化ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、タルク、及びステアリン酸が含まれる。
【０２９９】
いくつかの実施形態では、医薬製剤は、腸溶コーティングを含む。一般に、腸溶コーティングは、薬物が消化路に沿って吸収される位置を制御するバリアを経口薬物に与える。腸溶コーティングは、ｐＨに応じて異なる速度で崩壊するポリマーを含み得る。腸溶コーティングは、例えば、酢酸フタル酸セルロース、アクリル酸メチルとメタクリル酸とのコポリマー、酢酸コハク酸セルロース、フタル酸ヒドロキシルプロピルメチルセルロース、メタクリル酸メチルとメタクリル酸とのコポリマー、アクリル酸エチルとメタクリル酸とのコポリマー、メタクリル酸コポリマーＣ型（例えば、米国薬局方、国民医薬品集、欧州薬局方）、ポリビニルアセテート−フタレート、及び酢酸フタル酸セルロースが含まれ得る。
【０３００】
いくつかの実施形態では、腸溶コーティングは、メタクリル酸、メタクリル酸／アクリル酸エステル、またはその誘導体に基づく陰イオン性、陽イオン性、または中性のコポリマーを含む。いくつかの実施形態では、腸溶コーティングは、アクリル酸エチルとメタクリル酸とのコポリマーを含む。市販の腸溶コーティングには、Ｏｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、Ａｃｒｙｌ−ＥＺＥ（登録商標）、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）グレードが含まれる。いくつかの実施形態では、腸溶コーティングは、企図される錠剤の約５重量％〜約１０重量％、約５重量％〜約２０重量％、約８〜約１５重量％、約８重量％〜約１８重量％、約１０重量％〜約１２重量％、または約１２重量％〜約１６重量％を構成する。
【０３０１】
例えば、ＳＭＡＤ  ＡＯＮ、ＴＬＲ調節因子、またはその医薬的に許容可能な塩の組み合わせを約０．５重量％〜約７０重量％、例えば、約０．５重量％〜約１０重量％または約１重量％〜約２０重量％含むか、またはそれから本質的になる錠剤の形態のＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子組成物が提供される。そのような錠剤は、例えば、約０．５重量％〜約６０重量％のマンニトール、例えば、約３０重量％〜約５０重量％のマンニトール、例えば、約４０重量％のマンニトール、及び／または約２０重量％〜約４０重量％の結晶セルロース、もしくは約１０重量％〜約３０重量％の結晶セルロースを含み得る。
【０３０２】
ＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び／またはＴＬＲ調節因子の製剤の例には、化合物（Ｉ）及びＴＬＲ調節因子の組み合わせを約１０ｍｇ〜約５００ｍｇ含むか、またはそれから本質的になる剤形が含まれ、例えば、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１５０ｍｇ、約２００ｍｇ、または約２５０ｍｇの化合物（Ｉ）を含む錠剤が本明細書で企図される。１つの実施形態では、化合物（Ｉ）／ＴＬＲ調節因子組成物は、経口使用を目的とする錠剤として製剤化することができ、この錠剤は、約０．５重量％〜約１０重量％の化合物（Ｉ）、約０．５重量％〜約１０重量％のＴＬＲ調節因子、約３０重量％〜約５０重量％のマンニトール、及び約１０重量％〜約３０重量％の結晶セルロースを含む。
【０３０３】
企図される錠剤は、腸溶コーティングも含み得、例えば、開示の錠剤は、約１３重量％、約１４重量％、約１５重量％、約１６重量％、約１７重量％の腸溶コーティング、例えば、アクリル酸エチルとメタクリル酸とのコポリマー（例えば、ＡｃｙｒｌＥＺＥ（登録商標））を含み得る。
【０３０４】
いくつかの実施形態では、例えば、錠剤などの企図される製剤は、患者に経口的に投与されると、患者において最小血漿中濃度のオリゴヌクレオチドを与え得る。別の実施形態では、企図される製剤は、患者に経口的に投与されると、患者の回腸終端部及び／または右結腸に局所的に送達され、例えば、患者の腸管の患部または疾患部に局所的に送達される。
【０３０５】
７．７  治療方法
別の態様では、疾患の治療または処置を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、治療上有効な量の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮなどの抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）と、治療上有効な量の本明細書に記載のＴＬＲ調節因子（例えば、セクション７．２を参照のこと）と、の組み合わせの患者への投与を含む。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、化合物（Ｉ）である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、化合物（Ｉ）であり、ＴＬＲ調節因子は、ヒドロキシクロロキンである。
【０３０６】
別の態様では、上皮修復または粘膜治癒を必要とする患者（例えば、ヒトＩＢＤ患者）におけるその誘導方法または促進方法が本明細書で提供され、方法は、治療上有効な量の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）と、治療上有効な量の本明細書に記載のＴＬＲ調節因子（例えば、セクション７．２を参照のこと）と、の組み合わせの患者への投与を含む。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、化合物（Ｉ）である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、化合物（Ｉ）であり、ＴＬＲ調節因子は、ヒドロキシクロロキンである。
【０３０７】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）及びＴＬＲ調節因子は、医薬組成物の構成成分として共に製剤化される。例えば、セクション７．６を参照のこと。
【０３０８】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＴＬＲ（例えば、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９）を調節する能力を有する化合物に共有結合で連結される。セクション７．８．（ｂ）を参照のこと。
【０３０９】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＴＬＲ（例えば、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９）を調節する能力を有する。セクション７．８．（ａ）を参照のこと。
【０３１０】
別の態様では、疾患の治療または処置を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）有効量の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）の患者への投与と、（ｂ）抗ＳＭＡＤ７治療剤に対する患者の応答の決定と、（ｃ）抗ＳＭＡＤ７治療剤に対して患者が応答しないのであれば、有効量の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）及びＴＬＲを調節する能力を有する有効量の化合物の患者への投与と、を含む。
【０３１１】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）に対する患者の応答の決定は、（ａ）抗ＳＭＡＤ７治療剤が患者に投与される前のバイオマーカーの第１のレベルの分析と、（ｂ）抗ＳＭＡＤ７治療剤が患者に投与された後のバイオマーカーの第２のレベルの分析と、を含み、第１のバイオマーカーレベルと比較して、第２のバイオマーカーレベルが低いのであれば、患者は、抗ＳＭＡＤ７治療剤に応答している。
【０３１２】
いくつかの実施形態では、第１のバイオマーカーレベルと比較して、第２のバイオマーカーレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％低いのであれば、患者は、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）に応答している。
【０３１３】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）に対する患者の応答の決定は、（ａ）抗ＳＭＡＤ７治療剤が患者に投与される前のバイオマーカーの第１のレベルの分析と、（ｂ）抗ＳＭＡＤ７治療剤が患者に投与された後のバイオマーカーの第２のレベルの分析と、を含み、第１のバイオマーカーレベルと比較して、第２のバイオマーカーレベルが高いのであれば、患者は、抗ＳＭＡＤ７治療剤に応答している。
【０３１４】
いくつかの実施形態では、第１のバイオマーカーレベルと比較して、第２のバイオマーカーレベルが、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍改変されるのであれば、患者は、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）に応答している。
【０３１５】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーには、限定はされないが、ＣＲＰ、ＴＮＦａ、ＴＧＦβ、ＩＬ４、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１０、ＩＬ１２、ＩＬ１７、ＩＬ２３、ＣＣＬ２０、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＦＣＰ、ＨＬＡ−ＤＲ、リン酸化ＳＭＡＤ２、リン酸化ＳＭＡＤ３、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡ、またはＳＭＡＤ７タンパク質が含まれ得る。
【０３１６】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される治療に対してバイオマーカーが示す応答は、ｐＤＣによるＴＮＦαタンパク質、ＩＦＮγタンパク質、ＴＧＦβタンパク質、ＩＬ−６タンパク質、ＩＬ−１０タンパク質、ＰＤ−Ｌ１タンパク質、ＩＤＯタンパク質、もしくはＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現の増加、またはｐＤＣによるＩＰ１０の発現もしくは分泌の減少である。
【０３１７】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される治療に対してバイオマーカーが示す応答は、ＰＢＭＣ、ｐＤＣ、もしくはＢ細胞などの免疫系細胞におけるＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ−６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲの発現もしくは分泌の増加、またはＰＢＭＣ、ｐＤＣ、もしくはＢ細胞などの免疫系細胞におけるｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１の発現もしくは分泌の減少である。
【０３１８】
本明細書で提供される方法では、バイオマーカーであるｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ−６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１（まとめて、「記載のバイオマーカー」）を使用することで、治療上有効な量の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）と、治療上有効な量の本明細書に記載のＴＬＲ調節因子（例えば、セクション７．２を参照のこと）と、を含む併用治療の活性を監視することができる（例えば、抗ＳＭＡＤ７治療剤／ＴＬＲ調節因子の組み合わせに対して患者が臨床的な応答を示すかどうか、またはＩＢＤの寛解などの、疾患の病状もしくは症状の改善を患者が享受するかどうかが分析される）。いくつかの実施形態では、患者試料における記載のバイオマーカーのレベルによって、第１の治療相から第２の治療相へと患者（例えば、ＩＢＤ患者）が移行しているかどうか（例えば、抗ＳＭＡＤ７治療剤／ＴＬＲ調節因子の組み合わせに対して患者が臨床的な応答を示すかどうか、または記載のバイオマーカーのレベルによって示される寛解を患者が示すかどうか）に関して決定するための情報を得ることができる。本明細書で提供される他の方法では、記載のバイオマーカーは、患者を選択するためのバイオマーカーとして使用することができる。
【０３１９】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）に対する患者の応答は、疾患特異的な臨床パラメーター（例えば、ＣＤＡＩスコア）を使用し、当業者によって決定される。
【０３２０】
（ａ）疾患徴候
いくつかの実施形態では、疾患は、炎症性疾患である。いくつかの実施形態では、炎症性疾患は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である。いくつかの実施形態では、ＩＢＤは、胃十二指腸クローン病を含むクローン病（ＣＤ）、クローン（肉芽腫性）大腸炎、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、空置大腸炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、潰瘍性直腸炎、直腸Ｓ状結腸炎、空回腸炎、左側大腸炎、全大腸炎、回結腸炎、回腸炎、及び不確定大腸炎である。
【０３２１】
いくつかの実施形態では、疾患は、自己免疫障害である。いくつかの実施形態では、自己免疫障害は、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、ドライアイ、自己免疫性脳炎、関節リウマチ、多発性硬化症、全身性硬化症、乾癬、大腸炎、またはぶどう膜炎である。
【０３２２】
いくつかの実施形態では、疾患は、気道疾患である。いくつかの実施形態では、気道疾患は、喘息または慢性肺疾患（ＣＯＰＤ）である。
【０３２３】
いくつかの実施形態では、疾患は、アレルギー性障害である。いくつかの実施形態では、アレルギー性障害は、喘息、アレルギー性鼻炎、またはアトピー性皮膚炎である。
【０３２４】
いくつかの実施形態では、疾患は、感染性疾患である。いくつかの実施形態では、感染性疾患は、マラリア、橋本脳症、またはアメーバ症である。
【０３２５】
いくつかの実施形態では、疾患は、代謝性障害である。いくつかの実施形態では、代謝性障害は、糖尿病、高脂血症、または非アルコール性脂肪性肝疾患である。
【０３２６】
いくつかの実施形態では、疾患は、癌である。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、膵癌、白血病性の癌、リンパ系の癌、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、精巣癌、メラノーマ、骨髄腫、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、結腸直腸癌、または胃癌である。
【０３２７】
いくつかの実施形態では、疾患は、中枢神経系（ＣＮＳ）疾患である。いくつかの実施形態では、疾患は、多発性硬化症である。
【０３２８】
いくつかの実施形態では、疾患は、皮膚疾患である。いくつかの実施形態では、皮膚疾患は、基底細胞癌または日光角化症である。
【０３２９】
（ｂ）単剤治療
別の態様では、疾患の治療または処置を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、治療上有効な量の本明細書に記載の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）（例えば、セクション７．４またはセクション７．８を参照のこと）の患者への投与を含み、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＴＬＲを調節する能力を有する。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、化合物（Ｉ）である。
【０３３０】
別の態様では、疾患の治療または処置を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、治療上有効な量の本明細書に記載のＴＬＲ調節因子（例えば、セクション７．２またはセクション７．８を参照のこと）の患者への投与を含む。
【０３３１】
いくつかの実施形態では、疾患は、炎症性疾患である。いくつかの実施形態では、炎症性疾患は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）である。いくつかの実施形態では、ＩＢＤは、胃十二指腸クローン病を含むクローン病（ＣＤ）、クローン（肉芽腫性）大腸炎、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、空置大腸炎、ベーチェット病、顕微鏡的大腸炎、潰瘍性直腸炎、直腸Ｓ状結腸炎、空回腸炎、左側大腸炎、全大腸炎、回結腸炎、回腸炎、及び不確定大腸炎である。
【０３３２】
いくつかの実施形態では、疾患は、自己免疫障害である。いくつかの実施形態では、自己免疫障害は、シェーグレン症候群、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、ドライアイ、自己免疫性脳炎、関節リウマチ、多発性硬化症、全身性硬化症、乾癬、大腸炎、またはぶどう膜炎である。
【０３３３】
いくつかの実施形態では、疾患は、気道疾患である。いくつかの実施形態では、気道疾患は、喘息または慢性肺疾患（ＣＯＰＤ）である。
【０３３４】
いくつかの実施形態では、疾患は、アレルギー性障害である。いくつかの実施形態では、アレルギー性障害は、喘息、アレルギー性鼻炎、またはアトピー性皮膚炎である。
【０３３５】
いくつかの実施形態では、疾患は、感染性疾患である。いくつかの実施形態では、感染性疾患は、マラリア、橋本脳症、またはアメーバ症である。
【０３３６】
いくつかの実施形態では、疾患は、代謝性障害である。いくつかの実施形態では、代謝性障害は、糖尿病、高脂血症、または非アルコール性脂肪性肝疾患である。
【０３３７】
いくつかの実施形態では、疾患は、癌である。いくつかの実施形態では、癌は、肺癌、膵癌、白血病性の癌、リンパ系の癌、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、精巣癌、メラノーマ、骨髄腫、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、結腸直腸癌、または胃癌である。
【０３３８】
いくつかの実施形態では、疾患は、中枢神経系（ＣＮＳ）疾患である。いくつかの実施形態では、疾患は、多発性硬化症である。
【０３３９】
いくつかの実施形態では、疾患は、皮膚疾患である。いくつかの実施形態では、皮膚疾患は、基底細胞癌または日光角化症である。
【０３４０】
（ｃ）投与レジメン
本明細書で提供される方法では、抗ＳＭＡＤ７治療剤とＴＬＲ調節因子とは、患者にほぼ同時（例えば、互いに１分以内、５分以内、１０分以内、１５分以内、３０分以内、４５分以内、もしくは１時間以内）、または異なる時間に投与することができる。
【０３４１】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤が最初に投与され、ＴＬＲ調節因子が２番目に投与される（例えば、投与頻度に応じて、同じ日、同じ週、または同じ月の間に投与される）。
【０３４２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子が最初に投与され、抗ＳＭＡＤ７治療剤が２番目に投与される（例えば、投与頻度に応じて、同じ日、同じ週、または同じ月の間に投与される）。
【０３４３】
いくつかの実施形態では、患者は、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与から一定期間後にＴＬＲ調節因子を投与される。いくつかの実施形態では、一定期間は、少なくとも１日間、少なくとも３日間、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも１ヶ月間、少なくとも２ヶ月間、少なくとも３ヶ月間、少なくとも６ヶ月間、少なくとも１年間、少なくとも２年間、少なくとも３年間、少なくとも４年間、少なくとも５年間、少なくとも６年間、少なくとも７年間、少なくとも８年間、少なくとも９年間、または少なくとも１０年間である）。
【０３４４】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤及びＴＬＲ調節因子は、同一の投与スケジュールを使用して投与される。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤及びＴＬＲは、異なる投与スケジュールを使用して投与される。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤及び／またはＴＬＲ調節因子は、連続的な投薬スケジュール（例えば、１週間、２週間、３週間、１ヶ月間、２ヶ月間、及びそれより長い期間という連続的な期間に、例えば、１日に１回、１日に２回、及び同様のもの）を使用して投与される。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤及び／またはＴＬＲ調節因子は、交互の投薬スケジュール（例えば、４週間治療を実施した後、４週間治療を実施しないもの）を使用して投与される。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤及びＴＬＲ調節因子は、第１の期間中は連続的な投薬スケジュールに従い、第２の期間中は交互の投薬スケジュールに従って投与される。
【０３４５】
抗ＳＭＡＤ７治療剤及びＴＬＲ調節因子は、同一の頻度または異なる頻度で投与することができる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子と比較して、抗ＳＭＡＤ７治療剤は、高頻度で投与される。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤と比較して、ＴＬＲ調節因子は、高頻度で投与される。
【０３４６】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤とＴＬＲ調節因子とは、単位剤形において組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤とＴＬＲ調節因子とは、別々の単位剤形において投与される。
【０３４７】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤及びＴＬＲ調節因子は、例えば、経口、経鼻、または静脈内などの同一の投与経路を使用して投与される。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤及びＴＬＲ調節因子は、異なる投与経路を使用して投与され、例えば、抗ＳＭＡＤ７治療剤はエアロゾルとして経鼻的に投与され、ＴＬＲ調節因子は静脈内に投与される。
【０３４８】
別の実施形態では、本明細書に記載の疾患（例えば、セクション７．７．（ａ）または７．７．（ｂ）を参照のこと）の治療または処置を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）患者におけるＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、ＩＣＯＳ−Ｌの第１のレベルの分析と、（ｂ）初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）の患者への投与と、（ｃ）投与段階の後の患者におけるＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルの分析と、を含み、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの第１のレベルと比較して、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルが同一以上であれば、初回用量以上の追加用量が患者に投与され、かつ／もしくは初回用量以上の頻度で追加用量が患者に投与されるか、またはＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの第１のレベルと比較して、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルが低いのであれば、初回用量以下の追加用量が患者に投与され、かつ／もしくは初回用量以下の頻度で追加用量が患者に投与される。
【０３４９】
別の実施形態では、本明細書に記載の疾患（例えば、セクション７．７．（ａ）または７．７．（ｂ）を参照のこと）の治療または処置を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）患者におけるＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの第１のレベルの分析と、（ｂ）初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）の患者への投与と、（ｃ）投与段階の後の患者におけるＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルの分析と、を含み、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの第１のレベルと比較して、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルが高いのであれば、初回用量以下の追加用量が患者に投与され、かつ／もしくは初回用量以下の頻度で追加用量が患者に投与されるか、またはＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの第１のレベルと比較して、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルが低いのであれば、初回用量を超える追加用量が患者に投与され、かつ／もしくは初回用量を超える頻度で追加用量が患者に投与される。
【０３５０】
別の態様では、本明細書に記載の疾患（例えば、セクション７．７．（ａ）または７．７．（ｂ）を参照のこと）の治療または処置を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）の患者への投与と、（ｂ）投与段階の後の患者におけるＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルの分析と、を含み、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象もしくは対照群において観測されるレベル）を超えるのであれば、初回用量以上の追加用量が患者に投与され、かつ／もしくは初回用量以上の頻度で追加用量が患者に投与されるか、またはＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの対照レベル未満であるならば、初回用量以下の追加用量が患者に投与され、かつ／もしくは初回用量以下の頻度で追加用量が患者に投与される。
【０３５１】
別の態様では、本明細書に記載の炎症性疾患（例えば、セクション７．７．（ａ）または７．７．（ｂ）を参照のこと）の治療または処置を必要とする患者におけるその方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）患者におけるＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの対照レベル（例えば、治療の実施前に観測される基本レベル）の分析と、（ｂ）ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの基本レベルが、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの対照レベルを超える（例えば、健康または正常な対照対象におけるレベルを超える）のであれば、初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与と、を含む。
【０３５２】
いくつかの実施形態では、方法は、（ｃ）上記投与段階の後の患者におけるＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルの分析をさらに含み、上記投与段階の後のＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの健康もしくは正常な対照レベルを超えるか、または患者の基本レベル以上であるならば、初回用量以上の追加用量が患者に投与され、かつ／または初回用量以上の頻度で追加用量が患者に投与されるか、あるいは、上記投与段階の後のＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが、患者の基本レベル未満であるか、またはＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの健康もしくは正常な対照レベル未満であるならば、初回用量以下の追加用量が患者に投与され、かつ／または初回用量以下の頻度で追加用量が患者に投与される。
【０３５３】
いくつかの実施形態では、追加用量が最大耐用量（ＭＴＤ）以上であるならば、治療は終了となる。
【０３５４】
いくつかの実施形態では、方法は、（ｃ）上記投与段階の後の患者におけるＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルの分析をさらに含み、上記投与段階の後のＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの健康もしくは正常な対照レベルを超えるか、または患者の基本レベル以上であるならば、初回用量以下の追加用量が患者に投与され、かつ／または初回用量以下の頻度で追加用量が患者に投与されるか、あるいは上記投与段階の後のＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが、患者の基本レベル未満であるか、またはＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの健康もしくは正常な対照レベル未満であるならば、初回用量以上の追加用量が患者に投与され、かつ／または初回用量以上の頻度で追加用量が患者に投与される。
【０３５５】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが、不変のままであるか、患者のベースラインのＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌのレベル、またはＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％高いのであれば、用量を増やすか、または投与頻度を上げて治療を調整することがあり得る。
【０３５６】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが、不変のままであるか、患者のベースラインのＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌのレベル、またはＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、もしくは少なくとも９０％低いのであれば、用量を減らすか、または投与頻度を下げて治療を調整することがあり得る。
【０３５７】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが、不変のままであるか、患者のベースラインのＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌのレベル、またはＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％低いのであれば、用量を増やすか、または投与頻度を上げて治療を調整することがあり得る。
【０３５８】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの残存レベルが、患者のベースラインのＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌのレベル、またはＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも少なくとも１．５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも３．０倍、少なくとも４．０倍、少なくとも５．０倍、少なくとも６．０倍、少なくとも７．０倍、少なくとも８．０倍、少なくとも９．０倍、または少なくとも１０．０倍高いのであれば、用量を減らすか、または投与頻度を下げて治療を調整することがあり得る。
【０３５９】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）の初回用量は、４０ｍｇ／日または１６０ｍｇ／日または３２０ｍｇ／日であり、追加用量は、４０ｍｇ／日または１６０ｍｇ／日または３２０ｍｇ／日である。
【０３６０】
いくつかの実施形態では、低頻度での投与は、交互のスケジュール（例えば、４週間の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与と、４週間の無治療またはプラセボとを交互で実施するもの）での投与を含む。
【０３６１】
いくつかの実施形態では、患者が臨床的に寛解し、ＩＬ−１β、ＩＰ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌのレベルが対照レベル（例えば、健康または正常な対照対象において観測されるレベル）であるならば、治療は終了となる。
【０３６２】
別の態様では、本明細書に記載の疾患（例えば、セクション７．７（ａ）を参照のこと）を有する患者における疾患（例えば、ＩＢＤ）の治療方法または処置方法が本明細書で提供される。１つの実施形態では、方法は、下記の段階を含む：（ａ）初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）の患者への投与、（ｂ）ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、Ｅｏｔ３、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１からなる群から選択されるバイオマーカーの、患者におけるレベルの分析、及び（ｃ）バイオマーカーのレベルが対照レベルを超えるのであれば、初回用量以上の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与。あるいは、段階（ｃ）では、段階（ｂ）において決定されるバイオマーカーのレベルが対照レベル未満であるならば、段階（ｃ）は、初回用量以下の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与を含む。
【０３６３】
別の態様では、本明細書に記載の疾患（例えば、セクション７．７（ａ）を参照のこと）を有する患者における疾患（例えば、ＩＢＤ）の治療方法または処置方法が本明細書で提供される。１つの実施形態では、方法は、下記の段階を含む：（ａ）初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与、（ｂ）ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲからなる群から選択されるバイオマーカーの、患者におけるレベルの分析、及び（ｃ）バイオマーカーのレベルが検出不可能であるか、または対照レベル以下であるならば、初回用量以上の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与。あるいは、段階（ｃ）において、バイオマーカーのレベルが対照レベルを超えるのであれば、段階（ｃ）は、初回用量以下の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与を含む。
【０３６４】
別の態様では、本明細書に記載の疾患（例えば、セクション７．７（ａ）を参照のこと）を有する患者における疾患（例えば、ＩＢＤ）の治療方法または処置方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、Ｅｏｔ３、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１からなる群から選択されるバイオマーカーの、患者に対する対照レベルの確立と、（ｂ）初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与と、ｃ）患者におけるバイオマーカーのレベルの分析と、（ｄ）対照レベルと比較してバイオマーカーのレベルが低いのであれば、初回用量以下の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与、または対照レベルと比較してバイオマーカーのレベルが不変であるか、もしくは増加するのであれば、初回用量以上の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与もしくは治療の終了と、を含む。
【０３６５】
別の態様では、本明細書に記載の疾患（例えば、セクション７．７（ａ）を参照のこと）を有する患者における疾患（例えば、ＩＢＤ）の治療方法または処置方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲからなる群から選択されるバイオマーカーの、患者に対する対照レベルの確立と、（ｂ）初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与と、ｃ）患者におけるバイオマーカーのレベルの分析と、（ｄ）対照レベルと比較してバイオマーカーのレベルが高い（例えば、バイオマーカーが対照レベルで検出不可能であり、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後に検出可能である）のであれば、初回用量以下の追加用量の患者への投与、または対照レベルと比較してバイオマーカーのレベルが不変（例えば、バイオマーカーが依然として検出不可能）であるか、もしくは減少するのであれば、初回用量以上の追加用量の患者への投与もしくは治療の終了と、を含む。
【０３６６】
いくつかの実施形態では、患者（例えば、ＩＢＤ患者）に対する対照レベルは、例えば慢性疾患の期間中に、例えば患者が寛解していたときに、第１の抗ＳＭＡＤ７治療剤併用治療の実施前に患者から得られる試料におけるバイオマーカーレベルである。いくつかの実施形態では、患者に対する対照レベルは、急性疾患の期間中（例えば、ＣＤ患者では、ＣＤＡＩ＞１５０、ＣＤＡＩ≧２５０かつ≦４５０であり、ＵＣ患者では、ＭＭＳ≧４かつ≦９、及びＥＳ≧２）に第１の抗ＳＭＡＤ７治療剤併用治療の実施前に患者から得られる試料におけるバイオマーカーレベルである。いくつかの実施形態では、患者に対する対照レベルは、抗ＳＭＡＤ７治療剤併用治療が患者に実施される期間中、または治療期間の開始時点（例えば、ベースラインレベルである０週の間）に患者から得られる試料におけるバイオマーカーレベルである。いくつかの実施形態では、患者の対照レベルは、抗ＳＭＡＤ７治療剤併用治療の期間中の早い時点で患者から得られる試料におけるバイオマーカーレベルである。
【０３６７】
いくつかの実施形態では、患者（例えば、ＩＢＤ患者）に対する対照レベルは、対象の対照群におけるバイオマーカーレベル（例えば、バイオマーカーレベルの中央値または平均値）である。いくつかの実施形態では、対象は、健康な対象である。いくつかの実施形態では、対象は、患者である。対照群は、患者における同一セットの基準と一致する遺伝的背景、習慣、及び体格と関連するさまざまな基準に基づいて定義することができる。例えば、いくつかの実施形態では、健康な対照群と、抗ＳＭＡＤ７治療剤併用治療を受ける患者とでは、年齢、性別、民族起源、喫煙習慣、食習慣、肥満度指数（ＢＭＩ）、及び／または運動習慣に関して一致する。いくつかの実施形態では、患者に対する対照レベルは、例えば、科学的または医学的な刊行物から得られるそれぞれのバイオマーカーの既知の参照レベルである。
【０３６８】
別の態様では、初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤併用治療の実施と関連させた、本明細書に記載の疾患を有する患者における疾患の治療方法または処置方法が本明細書で提供される。１つの実施形態では、本明細書に記載の疾患を有する患者における疾患の治療方法または処置方法が本明細書で提供され、方法は、下記の段階を含む：（ａ）ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１からなる群から選択されるバイオマーカーの、患者におけるレベルの分析、及び（ｂ）バイオマーカーのレベルがバイオマーカーの対照を超えるのであれば、初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与。さらに、方法は、（ｃ）上記投与段階、すなわち段階（ｂ）の後の患者におけるバイオマーカーのレベルの分析と、（ｄ）バイオマーカーのレベルがバイオマーカーの対照レベルを超えるのであれば、初回用量以上の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与と、の段階をさらに含み得る。あるいは、段階（ｄ）では、段階（ｃ）において決定されるバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの対照レベル未満であるならば、段階（ｄ）は、初回用量以下の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与を含む。
【０３６９】
別の態様では、初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与と関連させた、本明細書に記載の疾患を有する患者における疾患の治療方法または処置方法が本明細書で提供される。１つの実施形態では、本明細書に記載の疾患を有する患者における疾患の治療方法または処置方法が本明細書で提供され、方法は、下記の段階を含む：（ａ）ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲからなる群から選択されるバイオマーカーの、患者におけるレベルの分析、及び（ｂ）バイオマーカーのレベルが検出不可能であるか、またはバイオマーカーの対照レベル（例えば、健康な対象の対照群におけるバイオマーカーレベルの中央値）以下であるならば、初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与。さらに、方法は、（ｃ）上記投与段階、すなわち段階（ｂ）の後の患者におけるバイオマーカーのレベルの分析と、（ｄ）バイオマーカーのレベルが上記投与段階の前のバイオマーカーレベルと比較して増加するか、またはバイオマーカーの対照レベルを超えるのであれば、初回用量以下の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与と、の段階をさらに含み得る。あるいは、段階（ｄ）において、上記投与段階の前のバイオマーカーレベルと比較して段階（ｃ）において決定されるバイオマーカーのレベルが不変であるか、またはバイオマーカーの対照レベル以下であるならば、段階（ｄ）は、初回用量以上の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与を含む。いくつかの実例では、段階（ｄ）において投与される追加用量が最大耐用量（ＭＴＤ）以上であるならば、方法は、治療の終了段階を含む。
【０３７０】
ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１（まとめて、「記載のバイオマーカー」）のレベルは、本明細書で提供される疾患の治療方法における投与スケジュールの間の任意の時点で分析することができる。例えば、記載のバイオマーカーのレベルは、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与の（例えば、少なくとも１日、少なくとも３日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１ヶ月、少なくとも２ヶ月、少なくとも４ヶ月、もしくは少なくとも６ヶ月）前もしくは後、または抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与と同時に分析することができる。
【０３７１】
記載のバイオマーカーのレベルは、投与段階（ｂ）の後のさまざまな時点で分析することができる。例えば、いくつかの実施形態では、投与段階（ｂ）に続いて、記載のバイオマーカーのレベルは、上記投与段階の少なくとも１日後、少なくとも３日後、少なくとも５日後、少なくとも１週間後、少なくとも２週間後、少なくとも３週間後、少なくとも１ヶ月後、少なくとも２ヶ月後、少なくとも４ヶ月後、もしくは少なくとも６ヶ月後に分析される。いくつかの実施形態では、記載のバイオマーカーのレベルは、上記投与段階の直後に分析される。さらに他の実施形態では、記載のバイオマーカーのレベルは、上記投与段階の約７日後、約１０日後、約１５日後、約２０日後、約２５日後、または約２８日後に分析される。
【０３７２】
記載のバイオマーカーの対照レベルは、数値的な参照値に基づいて決定するか、または健康な対照群における記載のバイオマーカーのレベルを参照して決定することができる。例えば、いくつかの実施形態では、健康な個体の血液試料、血清試料、または血漿試料におけるＩＬ１−βの対照レベルは、０．０ｐｇ／ｍｌ（検出不可能なレベル）〜２ｐｇ／ｍｌの範囲であり得る。いくつかの実施形態では、健康な個体の血液試料、血清試料、または血漿試料におけるＩＬ−１８の対照レベルは、０ｐｇ／ｍｌ（例えば、検出不可能なレベル）〜３００ｐｇ／ｍｌの範囲であり得る。
【０３７３】
本発明のさまざまな実施形態では、本明細書に記載の疾患（例えば、ＩＢＤ）を有する患者に投与される抗ＳＭＡＤ７治療剤の初回用量は変わり得る。例えば、いくつかの実施形態では、患者に投与される抗ＳＭＡＤ７治療剤の初回用量は、５００ｍｇ未満／日、４００ｍｇ未満／日、３００ｍｇ未満／日、２００ｍｇ未満／日、１００ｍｇ未満／日、９０ｍｇ未満／日、８０ｍｇ未満／日、７０ｍｇ未満／日、６０ｍｇ未満／日、５０ｍｇ未満／日、４０ｍｇ未満／日、３０ｍｇ未満／日、２０ｍｇ未満／日、または１０ｍｇ未満／日である。あるいは、他の実施形態では、初回用量は、少なくとも１ｍｇ／日、少なくとも５ｍｇ／日、少なくとも１０ｍｇ／日、少なくとも２０ｍｇ／日、少なくとも３０ｍｇ／日、少なくとも４０ｍｇ／日、少なくとも５０ｍｇ／日、少なくとも６０ｍｇ／日、少なくとも７０ｍｇ／日、少なくとも８０ｍｇ／日、少なくとも９０ｍｇ／日、少なくとも１００ｍｇ／日、少なくとも２００ｍｇ／日、少なくとも３００ｍｇ／日、少なくとも４００ｍｇ／日、または少なくとも５００ｍｇ／日である。さらに他の実施形態では、初回用量は、約５ｍｇ／日、約１０ｍｇ／日、約２０ｍｇ／日、約３０ｍｇ／日、約４０ｍｇ／日、約５０ｍｇ／日、約６０ｍｇ／日、約７０ｍｇ／日、約８０ｍｇ／日、約９０ｍｇ／日、約１００ｍｇ／日、約２００ｍｇ／日、約３００ｍｇ／日、約４００ｍｇ／日、または約５００ｍｇ／日である。いくつかの実施形態では、初回用量は、５ｍｇ／日、１０ｍｇ／日、２０ｍｇ／日、３０ｍｇ／日、４０ｍｇ／日、５０ｍｇ／日、６０ｍｇ／日、７０ｍｇ／日、８０ｍｇ／日、９０ｍｇ／日、１００ｍｇ／日、１１０ｍｇ／日、１２０ｍｇ／日、１３０ｍｇ／日、１４０ｍｇ／日、１５０ｍｇ／日、１６０ｍｇ／日、１７０ｍｇ／日、１８０ｍｇ／日、１９０ｍｇ／日、または２００ｍｇ／日である。
【０３７４】
このセクションで提供される疾患の治療方法または処置方法の実施形態のいくつかでは、段階（ｂ）または段階（ｃ）で患者における記載のバイオマーカーのレベルが分析された後、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１からなる群から選択されるバイオマーカーのレベルがバイオマーカーの対照レベルを超えるのであれば、方法は、初回用量を超える追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与段階を含み得る。いくつかの実施形態では、段階（ｂ）または段階（ｃ）で患者におけるバイオマーカーのレベルが分析された後、バイオマーカーのレベルがバイオマーカーの対照レベル未満であるならば、方法は、初回用量未満の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与段階を含み得る。
【０３７５】
このセクションにおいて提供される疾患の治療方法または処置方法の実施形態のいくつかでは、段階（ｂ）または段階（ｃ）で患者における記載のバイオマーカーのレベルが分析された後、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲからなる群から選択されるバイオマーカーのレベルが検出不可能であるか、またはバイオマーカーの対照レベル以下であるならば、方法は、初回用量を超える追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与段階を含み得る。いくつかの実施形態では、段階（ｂ）または段階（ｃ）で患者におけるバイオマーカーのレベルが分析された後、バイオマーカーのレベルが検出不可能であるか、またはバイオマーカーの対照レベルを超えるのであれば、方法は、初回用量未満の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与段階を含み得る。
【０３７６】
別の態様では、本明細書に記載の疾患（例えば、ＩＢＤ）を有する患者における、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１からなる群から選択されるバイオマーカーのレベルに基づく抗ＳＭＡＤ７治療剤の初回用量と関連して抗ＳＭＡＤ７治療剤の追加用量のレベルを決定する方法が本明細書で提供される。例えば、本明細書に記載の発明の実施形態では、初回投与段階（ａ）または初回投与段階（ｂ）の後、患者におけるバイオマーカーのレベルが対照レベルを超えるのであれば、段階（ｃ）または段階（ｄ）において投与される追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤は、初回用量と比較して、少なくとも約５ｍｇ／日、少なくとも約１０ｍｇ／日、少なくとも約２０ｍｇ／日、少なくとも約３０ｍｇ／日、少なくとも約４０ｍｇ／日、少なくとも約５０ｍｇ／日、少なくとも約６０ｍｇ／日、少なくとも約７０ｍｇ／日、少なくとも約８０ｍｇ／日、少なくとも約９０ｍｇ／日、少なくとも約１００ｍｇ／日、少なくとも約１１０ｍｇ／日、少なくとも約１２０ｍｇ／日、少なくとも約１３０ｍｇ／日、少なくとも約１４０ｍｇ／日、少なくとも約１５０ｍｇ／日、または少なくとも約１６０ｍｇ／日、少なくとも約１７０ｍｇ／日、少なくとも約１８０ｍｇ／日、少なくとも約１９０ｍｇ／日、または少なくとも約２００ｍｇ／日多い。あるいは、いくつかの実施形態では、初回投与段階（ａ）または初回投与段階（ｂ）の後、患者における記載のバイオマーカーのレベルが対照レベル未満であるならば、段階（ｃ）または段階（ｄ）において投与される追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤は、初回用量と比較して、少なくとも約５ｍｇ／日、少なくとも約１０ｍｇ／日、少なくとも約２０ｍｇ／日、少なくとも約３０ｍｇ／日、少なくとも約４０ｍｇ／日、少なくとも約５０ｍｇ／日、少なくとも約６０ｍｇ／日、少なくとも約７０ｍｇ／日、少なくとも約８０ｍｇ／日、少なくとも約９０ｍｇ／日、または少なくとも約１００ｍｇ／日少ない。さらに、いくつかの実施形態では、初回投与段階（ａ）または初回投与段階（ｂ）において投与される初回用量は、約１０ｍｇ／日〜１００ｍｇ／日、約５ｍｇ／日〜２００ｍｇ／日、約１０ｍｇ／日〜５０ｍｇ／日、約５０ｍｇ／日〜１００ｍｇ／日、及び約１００ｍｇ／日〜約２００ｍｇ／日であり、段階（ｃ）または段階（ｄ）において投与される追加用量は、約３０ｍｇ／日〜２００ｍｇ／日、約５ｍｇ／日〜３０ｍｇ／日、約２０ｍｇ／日〜５０ｍｇ／日、約５０ｍｇ／日〜１００ｍｇ／日、または約１００ｍｇ／日〜２００ｍｇ／日である。
【０３７７】
別の態様では、本明細書に記載の疾患（例えば、ＩＢＤ）を有する患者における、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲからなる群から選択されるバイオマーカーのレベルに基づく抗ＳＭＡＤ７治療剤の初回用量と関連して抗ＳＭＡＤ７治療剤の追加用量のレベルを決定する方法が本明細書で提供される。例えば、本明細書に記載の発明の実施形態では、初回投与段階（ａ）または初回投与段階（ｂ）の後、患者におけるバイオマーカーのレベルが検出不可能であるか、または対照レベル以下であるならば、段階（ｃ）または段階（ｄ）において投与される追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤は、初回用量と比較して、少なくとも約５ｍｇ／日、少なくとも約１０ｍｇ／日、少なくとも約２０ｍｇ／日、少なくとも約３０ｍｇ／日、少なくとも約４０ｍｇ／日、少なくとも約５０ｍｇ／日、少なくとも約６０ｍｇ／日、少なくとも約７０ｍｇ／日、少なくとも約８０ｍｇ／日、少なくとも約９０ｍｇ／日、少なくとも約１００ｍｇ／日、少なくとも約１１０ｍｇ／日、少なくとも約１２０ｍｇ／日、少なくとも約１３０ｍｇ／日、少なくとも約１４０ｍｇ／日、少なくとも約１５０ｍｇ／日、または少なくとも約１６０ｍｇ／日、少なくとも約１７０ｍｇ／日、少なくとも約１８０ｍｇ／日、少なくとも約１９０ｍｇ／日、または少なくとも約２００ｍｇ／日多い。あるいは、いくつかの実施形態では、初回投与段階（ａ）または初回投与段階（ｂ）の後、患者における記載のバイオマーカーのレベルが対照レベルを超えるのであれば、段階（ｃ）または段階（ｄ）において投与される追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤は、初回用量と比較して、少なくとも約５ｍｇ／日、少なくとも約１０ｍｇ／日、少なくとも約２０ｍｇ／日、少なくとも約３０ｍｇ／日、少なくとも約４０ｍｇ／日、少なくとも約５０ｍｇ／日、少なくとも約６０ｍｇ／日、少なくとも約７０ｍｇ／日、少なくとも約８０ｍｇ／日、少なくとも約９０ｍｇ／日、または少なくとも約１００ｍｇ／日少ない。さらに、いくつかの実施形態では、初回投与段階（ａ）または初回投与段階（ｂ）において投与される初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤は、約１０ｍｇ／日〜１００ｍｇ／日、約５ｍｇ／日〜２００ｍｇ／日、約１０ｍｇ／日〜５０ｍｇ／日、約５０ｍｇ／日〜１００ｍｇ／日、及び約１００ｍｇ／日〜約２００ｍｇ／日であり、段階（ｃ）または段階（ｄ）において投与される追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤は、約３０ｍｇ／日〜２００ｍｇ／日、約５ｍｇ／日〜３０ｍｇ／日、約２０ｍｇ／日〜５０ｍｇ／日、約５０ｍｇ／日〜１００ｍｇ／日、または約１００ｍｇ／日〜２００ｍｇ／日である。
【０３７８】
別の態様では、患者におけるＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲからなる群から選択されるバイオマーカーの初回投与段階前後での相対レベル比較に基づいて患者（例えば、ＩＢＤ患者）における抗ＳＭＡＤ７治療剤での治療を調整する方法が本明細書で提供される。方法は、下記の段階を含む：（ａ）患者におけるバイオマーカーのレベルの分析、及び（ｂ）バイオマーカーのレベルが検出不可能であるか、またはバイオマーカーの対照レベル以下であるならば、初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与、（ｃ）上記投与段階の後の患者におけるバイオマーカーのレベルの分析、及び（ｄ）上記投与段階の前のバイオマーカーのレベルと比較して、上記投与段階の後にバイオマーカーのレベルが不変であるか、または減少するのであれば、初回用量以上の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与、または治療の終了。あるいは、段階（ｄ）において、上記投与段階（すなわち、段階（ｂ））の前のバイオマーカーのレベルと比較して、上記投与段階の後にバイオマーカーのレベルが不変であるか、または増加するのであれば、段階（ｄ）は、初回用量未満の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与を含む。あるいは、段階（ｄ）において、患者が臨床的に寛解し、上記投与段階（すなわち、段階（ｂ））の前のバイオマーカーのレベルと比較して、上記投与段階の後にバイオマーカーのレベルが不変であるか、または減少するのであれば、段階（ｄ）は、治療の終了を含む。
【０３７９】
別の態様では、患者におけるｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１からなる群から選択されるバイオマーカーの初回投与段階前後での相対レベル比較に基づいて患者（例えば、ＩＢＤ患者）における抗ＳＭＡＤ７治療剤での治療を調整する方法が本明細書で提供される。方法は、下記の段階を含む：（ａ）患者におけるバイオマーカーのレベルの分析、及び（ｂ）バイオマーカーのレベルがバイオマーカーの対照レベルを超えるのであれば、初回用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与、（ｃ）上記投与段階の後の患者におけるバイオマーカーのレベルの分析、及び（ｄ）上記投与段階の前のバイオマーカーのレベルと比較して、上記投与段階の後にバイオマーカーのレベルが低下するのであれば、初回用量以下の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与。あるいは、段階（ｄ）において、上記投与段階（すなわち、段階（ｂ））の前のバイオマーカーのレベルと比較して、上記投与段階の後にバイオマーカーのレベルが不変であるか、または増加するのであれば、段階（ｄ）は、初回用量を超える追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与または治療の終了を含む。あるいは、段階（ｄ）において、患者が臨床的に寛解し、上記投与段階（すなわち、段階（ｂ））の前のバイオマーカーのレベルと比較して、上記投与段階の後にバイオマーカーのレベルが不変であるか、または増加するのであれば、段階（ｄ）は、治療の終了を含む。
【０３８０】
このセクションにおいて提供される方法の実施形態のいくつかでは、（ＳＭＡＤ７ＯＤＮの）初回投与段階の後に観測される記載のバイオマーカーのレベルと、投与段階の前の記載のバイオマーカーのレベルと、を比較した変化を、例えば、記載のバイオマーカーのレベルのパーセント変化として分析することで、患者（例えば、ＩＢＤ患者）に投与されることになる追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の量を決定することができる。例えば、いくつかの実施形態では、上記投与段階（例えば、投与段階（ｂ））の前の記載のバイオマーカーのレベルと比較して、上記投与段階の後の記載のバイオマーカーのレベルが、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少するのであれば、方法は、初回用量以下の追加用量の患者への投与段階（例えば、投与段階（ｄ））を含む。
【０３８１】
別の態様では、記載のバイオマーカーのレベルの比較に基づいて、例えば、抗ＳＭＡＤ７治療剤での治療の前後での、記載のバイオマーカーのレベルのパーセント変化の比較に基づいて、抗ＳＭＡＤ７治療剤での治療の後に患者（例えば、ＩＢＤ患者）が臨床的な寛解を享受することになる確率を決定する方法が本明細書で提供される。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法は、投与段階（例えば、投与段階（ｂ））の前の記載のバイオマーカーのレベルと比較して、投与段階の後に記載のバイオマーカーのレベルが、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％減少するのであれば、患者が、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも６週間、または少なくとも８週間、ＩＢＤの臨床的な寛解を享受する確率が２０％超、３０％超、４０％超、５０％超、６０％超、７０％超、８０％超、９０％超、または１００％超であることを決定する段階をさらに含む。
【０３８２】
本明細書に記載の臨床的な寛解は、例えば、クローン病活性指数（ＣＤＡＩ）または改変メイヨースコア（Ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｍａｙｏ  Ｓｃｏｒｅ）（ＭＭＳ）などの参照値との比較によって決定することができる。本発明の実施形態のいくつかでは、ＩＢＤを有する患者の臨床的な寛解は、ＣＤＡＩスコアが１５０未満（ＣＤＡＩ＜１５０）、またはＭＭＳ≦２であることによって示される。
【０３８３】
このセクションにおいて提供される方法の実施形態のいくつかでは、臨床的な応答または臨床的な寛解は、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与に関する所与の時点または所与の期間内に（例えば、ＣＤＡＩスコアまたはＭＭＳを使用して）観測することができる。例えば、いくつかの実施形態では、臨床的な寛解は、投与段階（例えば、投与段階（ｂ））の約１日後、約３日後、約１週間後、約２週間後、約３週間後、約４週間後、約６週間後、約８週間後、または約１０週間後に観測され、少なくとも３日間、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも４週間、少なくとも６週間、少なくとも８週間、または少なくとも１０週間維持される。同様に、本発明の実施形態のいくつかは、ＩＢＤを有する患者がＩＢＤの臨床的な寛解を享受する確率を有することの決定方法を含み、ＩＢＤを有する患者が、抗ＳＭＡＤ７治療を受ける段階（例えば、投与段階（ｂ））の１週間前に有するＣＤＡＩは、約２２０〜約４００、約１５０〜約２００、約２００〜約２５０、約２５０〜約３００、約３００〜約３５０、約３５０〜約４００、約４００〜約４５０、または約４５０超である。本発明の実施形態のいくつかは、ＩＢＤを有する患者がＩＢＤの臨床的な寛解を享受する確率を有することの決定方法を含み、ＩＢＤを有する患者が、抗ＳＭＡＤ７治療剤を投与される段階（例えば、投与段階（ｂ））の１週間前に有するＭＭＳは、約４〜約９、約２〜約４、約４〜約６、約６〜約８、または約８超である。
【０３８４】
いくつかの実施形態では、バイオマーカー（例えば、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１）のレベルが対照レベルを超える患者における本明細書に記載の疾患の治療方法または処置方法は、一定用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与を含む。さらに、いくつかの実施形態では、一定用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後に、記載のバイオマーカーが対照レベルを超える患者における本明細書に記載の疾患の治療方法または処置方法は、前回用量以上の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与を含む。同様に、本明細書に記載の疾患の治療方法または処置方法の実施形態のいくつかでは、一定用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後に、疾患を有する患者の記載のバイオマーカーは、対照レベル未満である。後者の場合、方法は、前回用量以下の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与を含むことになる。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与は、患者が臨床的な応答または寛解を示すまで反復して実施され、例えば、バイオマーカー（例えば、ＳＭＡＤ７、ＳＭＡＤ３のリン酸化、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、Ｅｏｔ３、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１）のレベルが対照レベルに到達するまで反復して実施されるか、または臨床医などの当業者に知られる任意の他の臨床パラメーターに基づいて実施される。
【０３８５】
いくつかの実施形態では、バイオマーカー（例えば、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲ）が検出不可能なレベルまたは対照（例えば、治療前対照）レベルである患者における本明細書に記載の疾患の治療方法または処置方法は、一定用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与を含む。さらに、いくつかの実施形態では、一定用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後に記載のバイオマーカーが検出不可能なレベルまたは対照レベルである患者における本明細書に記載の疾患の治療方法または処置方法は、前回用量以上の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与を含む。同様に、本明細書に記載の疾患の治療方法または処置方法の実施形態のいくつかでは、一定用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後に、疾患を有する患者の記載のバイオマーカーは、対照レベルを超える。後者の場合、方法は、前回用量の以下の追加用量の抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与を含むことになる。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の患者への投与は、患者が臨床的な応答または寛解を示すまで反復して実施され、例えば、バイオマーカー（例えば、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、Ｅｏｔ３、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１）のレベルが正常なレベルに到達するまで反復して実施されるか、または臨床医などの当業者に知られる任意の他の臨床パラメーターに基づいて実施される。
【０３８６】
バイオマーカー（例えば、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１）が対照（例えば、健康な対照）レベルを超える患者における本明細書に記載の疾患の治療方法または処置方法の実施形態のいくつかでは、患者に投与される抗ＳＭＡＤ７治療剤の量は、患者におけるバイオマーカーのレベルが減少するまで増やされる。そのような実施形態では、患者に投与される抗ＳＭＡＤ７治療剤のレベルは、患者におけるバイオマーカー（例えば、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１）のレベルがバイオマーカーのおよそ正常なレベルまたはバイオマーカーの正常なレベル未満に減少するまで増やすことができる。
【０３８７】
バイオマーカー（例えば、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲ）が検出不可能なレベルまたは対照（例えば、治療前対照）レベルである患者における本明細書に記載の疾患の治療方法または処置方法の実施形態のいくつかでは、患者に投与される抗ＳＭＡＤ７治療剤の量は、患者におけるバイオマーカーのレベルが増加するまで増やされる。そのような実施形態では、患者に投与される抗ＳＭＡＤ７治療剤のレベルは、患者における別のバイオマーカー（例えば、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、Ｅｏｔ３、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１）のレベルがバイオマーカーのおよそ対照レベルまたはバイオマーカーの対照レベル未満に減少するまで増やすことができる。
【０３８８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の疾患の治療方法または処置方法は、抗ＳＭＡＤ７治療剤のそれぞれの投与の後の患者におけるバイオマーカーのレベル（例えば、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１のレベル）の分析を含む。いくつかの実施形態では、こうした方法を利用しても、バイオマーカー（例えば、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１）のレベルが減少しないということは、治療または処置が有効ではないことを示す。いくつかの実施形態では、こうした方法を利用しても、バイオマーカー（例えば、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲ）のレベルが増加しないということは、治療または処置が有効ではないことを示す。そのような実施形態では、バイオマーカーのレベルを、抗ＳＭＡＤ７治療剤のそれぞれの投与の後に、１回または複数回分析することができ、例えば、２回、３回、４回、約５回、約１０回、約１５回、約２０回、または約３０回分析することができる。さらに、バイオマーカーのレベルの測定タイミングは、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与期間に応じて変わり得るものであり、その結果、バイオマーカーのレベルは、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与の直後、約１時間後、約３時間後、約６時間後、約１２時間後、約１日後、約３日後、約１週間後、約２週間後、及び／または約１ヶ月後に分析することができる。
【０３８９】
本明細書に記載の疾患（例えば、ＩＢＤ）を有し、本明細書に記載の方法を使用する患者における記載のバイオマーカーまたは分析物（例えば、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、Ｅｏｔ３、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１）（例えば、ＩＬ−１β）のレベルを決定するために、患者から試料を得ることができる。したがって、このセクションにおいて提供される疾患の治療方法または処置方法の実施形態のいくつかでは、血液試料、血清試料、または血漿試料などの、患者から得られる試料において患者のＩＬ−１βのレベルが決定される。限定はされないが、例えば、インターロイキン−６（ＩＬ６）、インターロイキン−８（ＩＬ８）、インターロイキン−１２（ＩＬ１２）、インターロイキン−１７Ａ（ＩＬ１７Ａ）、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ−γ）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）、表面抗原分類４（ＣＤ４）、表面抗原分類８（ＣＤ８）、ヒト白血球抗原−ＤＲ（ＨＬＡ−ＤＲ）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２０（ＣＣＬ２０）、及びＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）などの、記載のバイオマーカー以外の分析物または記載のバイオマーカーに追加される分析物を、本発明の方法において決定することもできる。したがって、いくつかの実施形態では、方法は、患者における１つまたは複数の追加の分析物の１つまたは複数のレベルの決定を含む。
【０３９０】
患者から得られ、関心対象である記載のバイオマーカーを含む試料は、血液試料、血清試料、または血漿試料を含み得る。試料は、限定はされないが、組織、胃腸、粘膜、粘膜下、腸、食道、回腸、直腸、またはリンパ管の試料などの組織試料も含み得る。患者から得られる試料における関心対象である分析物のレベルは、さまざまなアッセイを使用して決定することができる。例えば、本発明の方法では、ＩＬ−１β及び／または別の分析物のレベルは、免疫化学によって決定することができ、例えば、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）によって、またはヌクレオチド分析によって決定することができる。
【０３９１】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲのレベルが、不変のままであるか、患者のベースラインのＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲのレベル、またはＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲの対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％高いのであれば、用量を増やすか、または投与頻度を上げて治療を調整することがあり得る。
【０３９２】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲのレベルが不変のままであるか、患者のベースラインのＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲ、またはＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲの対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％低いのであれば、用量を減らすか、または投与頻度を下げて治療を調整することがあり得る。
【０３９３】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲのレベルが、不変のままであるか、患者のベースラインのＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲのレベル、またはＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲの対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％低いのであれば、用量を増やすか、または投与頻度を上げて治療を調整することがあり得る。
【０３９４】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲの残存レベルが、患者のベースラインのＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲのレベル、またはＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲの対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも少なくとも１．５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも３．０倍、少なくとも４．０倍、少なくとも５．０倍、少なくとも６．０倍、少なくとも７．０倍、少なくとも８．０倍、少なくとも９．０倍、または少なくとも１０．０倍高いのであれば、用量を減らすか、または投与頻度を下げて治療を調整することがあり得る。
【０３９５】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）の初回用量は、４０ｍｇ／日または１６０ｍｇ／日または３２０ｍｇ／日であり、追加用量は、４０ｍｇ／日または１６０ｍｇ／日または３２０ｍｇ／日である。
【０３９６】
いくつかの実施形態では、低頻度での投与は、交互のスケジュール（例えば、４週間の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与と、４週間の無治療またはプラセボとを交互で実施するもの）での投与を含む。
【０３９７】
いくつかの実施形態では、患者が臨床的に寛解し、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲのレベルが対照レベル（例えば、健康または正常な対照対象において観測されるレベル）であるならば、治療は終了となる。
【０３９８】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１のレベルが、不変のままであるか、患者のベースラインのｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１のレベル、またはｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１の対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％高いのであれば、用量を増やすか、または投与頻度を上げて治療を調整することがあり得る。
【０３９９】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１のレベルが、不変のままであるか、患者のベースラインのｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１、またはｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１の対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％低いのであれば、用量を減らすか、または投与頻度を下げて治療を調整することがあり得る。
【０４００】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１のレベルが、不変のままであるか、患者のベースラインのｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１のレベル、またはｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１の対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％低いのであれば、用量を増やすか、または投与頻度を上げて治療を調整することがあり得る。
【０４０１】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与後にｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１の残存レベルが、患者のベースラインのｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１のレベル、またはｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１の対照レベル（例えば、健康もしくは正常な対照対象において観測されるレベル）と比較して、少なくとも少なくとも１．５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも３．０倍、少なくとも４．０倍、少なくとも５．０倍、少なくとも６．０倍、少なくとも７．０倍、少なくとも８．０倍、少なくとも９．０倍、または少なくとも１０．０倍高いのであれば、用量を減らすか、または投与頻度を下げて治療を調整することがあり得る。
【０４０２】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）の初回用量は、４０ｍｇ／日または１６０ｍｇ／日または３２０ｍｇ／日であり、追加用量は、４０ｍｇ／日または１６０ｍｇ／日または３２０ｍｇ／日である。
【０４０３】
いくつかの実施形態では、低頻度での投与は、交互のスケジュール（例えば、４週間の抗ＳＭＡＤ７治療剤の投与と、４週間の無治療またはプラセボとを交互で実施するもの）での投与を含む。
【０４０４】
いくつかの実施形態では、患者が臨床的に寛解し、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１のレベルが対照レベル（例えば、健康または正常な対照対象において観測されるレベル）であるならば、治療は終了となる。
【０４０５】
７．８  追加のＳＭＡＤ７治療剤
（ａ）ＴＬＲ調節因子としてのＳＭＡＤ７ＯＤＮ
別の態様では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮが本明細書で提供され、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）を調節する能力を有する。例えば、セクション７．２を参照のこと。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有するＳＭＡＤ７ＯＤＮは、１０以上のヌクレオチドを含む配列を含み、配列は、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡに相補的である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮである。例えば、セクション７．１０を参照のこと。
【０４０６】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、抗ＳＭＡＤ７治療剤である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ、またはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡ）である。いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、細胞（例えば、細胞培養物の細胞、または患者から得られる組織試料の細胞）に導入されると、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡまたはＳＭＡＤ７タンパク質の発現レベルを低減する能力を有する。例えば、セクション７．４を参照のこと。
【０４０７】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、抗ＳＭＡＤ７治療剤ではない（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ、またはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡではない）。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、例えば、リポトランスフェクションまたは電気穿孔によって細胞に導入されると、ＳＭＡＤ７の発現を検出可能なほど低減しない。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡまたはＳＭＡＤ７タンパク質の発現を５％超、１０％超、１５％超、または２０％超低減しない。
【０４０８】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列、またはその断片（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、もしくは１９以上のヌクレオチドを有する断片）を含まない。
【０４０９】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１〜３０、領域１６〜４５、領域３１〜６０、領域４６〜７５、領域６１〜９０、領域７６〜１０５、領域９１〜１２０、領域１０６〜１３５、領域１２１〜１５０、領域１３６〜１６５、領域１５１〜１８０、領域１６６〜１９５、領域１８１〜２１０、領域１９６〜２２５、領域２１１〜２４０、領域２２６〜２５５、領域２４１〜２７０、領域２５６〜２８５、領域２７１〜３００、領域２８６〜３１５、領域３０１〜３３０、領域３１６〜３４５、領域３３１〜３６０、領域３４６〜３７５、領域３６１〜３９０、領域３７６〜４０５、領域３９１〜４２０、領域４０６〜４３５、領域４２１〜４５０、領域４３６〜４６５、領域４５１〜１８０、領域４６６〜４９５、領域４８１〜５１０、領域４９６〜５２５、領域５１１〜５４０、領域５２６〜５５５、領域５４１〜５７０、領域５５６〜５８５、領域５７１〜６００、領域５８６〜６１５、領域６０１〜６３０、領域６１６〜６４５、領域６３１〜６６０、領域６４６〜６７５、領域６６１〜６９０、領域６７６〜７０５、領域６９１〜７２０、領域７０６〜７３５、領域７２１〜７５０、領域７３６〜７６５、領域７５１〜７８０、領域７６６〜１９５、領域７８１〜８１０、領域７９６〜８２５、領域８１１〜８４０、領域８２６〜８５５、領域８４１〜８７０、領域８５６〜８８５、領域８７１〜９００、領域８９６〜９１５、領域９０１〜９３０、領域９１６〜４５、領域９３１〜９６０、領域９４６〜９７５、領域９６１〜９９０、領域９７６〜１００５、領域９９１〜１１２０、領域１１０６〜１１３５、領域１１２１〜１１５０、領域１１３６〜１１６５、領域１１５１〜１１８０、領域１１６６〜１１９５、領域１１８１〜１２１０、領域１１９６〜１２２５、領域１２１１〜１２４０、領域１２２６〜１２５５、領域１２４１〜１２７０、もしくは領域１２５６〜２８１に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列、またはその断片（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、もしくは１９以上のヌクレオチドを有する断片）、またはそれらの組み合わせ（例えば、領域１〜４５、領域１６〜６０、領域１〜６０、領域３０〜９０、及び同様のもの）を含まない。
【０４１０】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列のヌクレオチド４０３、ヌクレオチド２３３、ヌクレオチド２９４、ヌクレオチド２９５、ヌクレオチド２９６、ヌクレオチド２９８、ヌクレオチド２９９、もしくはヌクレオチド５３３に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列を含まない。
【０４１１】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号３のヌクレオチド配列（５’−ＧＴＣＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＣＧＣＡＧＣ−３’）を含まない。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号３のヌクレオチド配列の１０以上のヌクレオチド（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、または２０以上のヌクレオチド）を含む配列を含まない。
【０４１２】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化合物（Ｉ）を含まない。
【０４１３】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号２〜７、配列番号１１〜８７、及び／または配列番号９１〜１４４のヌクレオチド配列、及び／または表１に記載の任意のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列、及び／または表２に記載のオリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列を含まない。
【０４１４】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号２〜６、配列番号１１〜８７、または配列番号９１〜１４４のヌクレオチド配列の１０以上のヌクレオチド（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、または２０以上のヌクレオチド）を含む配列を含まない。
【０４１５】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを調節する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、例えば、セクション７．１３に記載のオリゴヌクレオチド改変を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド改変は、非天然起源のヌクレオシド間結合（例えば、ホスホロチオエート結合）、またはメチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む。いくつかの実施形態では、メチル化塩基は、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＧＣジヌクレオチド配列またはＣＧジヌクレオチド配列に含まれ得る。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを抑制する能力を有する。ＳＭＡＤ７ＯＤＮがＴＬＲを調節する能力を有するかどうかを分析する方法は、セクション７．２．（ａ）に記載される。
【０４１６】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを調節することができる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９を調節することができる。
【０４１７】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを活性化することができる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９を活性化することができる。
【０４１８】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを抑制することができる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９を抑制することができる。
【０４１９】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、２本鎖ＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、１本鎖ＲＮＡを含む。
【０４２０】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＣＧジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、複数のＣＧジヌクレオチド配列及び／または複数のＧＣジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、１つまたは複数のＣＧジヌクレオチド配列、及び１つまたは複数のＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、ＣＧジヌクレオチド配列のみを含むか、またはＧＣジヌクレオチド配列のみを含む。
【０４２１】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含むＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列を少なくとも１つ含む。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列におけるシトシンは、メチル化されている（例えば、５−メチル−シトシン）。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列におけるグアニンは、メチル化されている（例えば、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列におけるシトシン及びグアニンは、メチル化されている。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列である。
【０４２２】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、ＣＧホスフェートジヌクレオチド配列またはＧＣホスフェートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列の１つまたは複数は、非天然のヌクレオシド間結合（例えば、ホスホロチオエート結合）を含む。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチドまたはＧＣジヌクレオチドは、ＣＧホスホロチオエートジヌクレオチド配列またはＧＣホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列の２つ以上が、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列はすべて、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧホスホロチオエートジヌクレオチド配列またはＧＣホスホロチオエートジヌクレオチド配列の１つまたは複数は、１つまたは２つのメチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む。いくつかの実施形態では、メチル化塩基を含む、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列の１つまたは複数は、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、メチル化塩基を含む、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列はすべて、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。
【０４２３】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ポリピリミジントラクトを含む。いくつかの実施形態では、ポリピリミジントラクトは、約１０〜約３０のヌクレオチドまたは約１５〜約２５のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ポリピリミジントラクトは、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ配列の少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％を構成する。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるヌクレオチドの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％がピリミジン（例えば、シトシン、チミン、ウラシル、または非天然起源の塩基）である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ウラシル残基またはチミン残基の含量が高く、例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおける残基の少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％がウラシルまたはチミンである。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、シトシン含量が高く、例えば、ポリピリミジントラクトにおけるヌクレオチドの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％がシトシンである。
【０４２４】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、医薬組成物において製剤化される。
【０４２５】
（ｂ）ＳＭＡＤ７ＯＤＮとＴＬＲ調節因子との融合構築物
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ、ＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡ）は、ＴＬＲ調節因子に共有結合で連結されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのＳＭＡＤ７ＯＤＮ部分）を含む。
【０４２６】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物に共有結合で連結されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（化学的に改変または未改変のもの）である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＯＤＮである。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、非ＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列（化学的に改変または未改変のもの）に共有結合で連結された化学的に未改変のＳＭＡＤ７ＯＤＮを含むことで、非天然起源の配列を有する化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮを形成する。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＯＤＮ以外の小分子（＜１，０００Ｄａ）である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物に共有結合で連結されるＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮである。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、表１の化合物に共有結合で連結される。セクション７．２を参照のこと。
【０４２７】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、ＴＬＲを活性化する能力を有する化合物に共有結合で連結される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。
【０４２８】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、ＴＬＲを抑制する能力を有する化合物に共有結合で連結される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲは、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、またはＴＬＲ９である。
【０４２９】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、ＴＬＲ３調節因子、ＴＬＲ４調節因子、ＴＬＲ７調節因子、ＴＬＲ８調節因子、またはＴＬＲ９調節因子）に共有結合で連結されたＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＳＭＡＤ７ＯＤＮ配列は、非天然起源のヌクレオシド間結合、非天然起源の糖残基、または非天然起源の塩基（例えば、メチル化塩基）などの追加の改変をさらに含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＳＭＡＤ７ＯＤＮは、天然起源のヌクレオチドのみを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを活性化する能力を有するＯＤＮ（例えば、ＴＬＲ３アゴニスト、ＴＬＲ４アゴニスト、ＴＬＲ７アゴニスト、またはＴＬＲ９アゴニスト）に共有結合で連結されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（改変または未改変のもの）を含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを抑制する能力を有するＯＤＮ（例えば、ＴＬＲ３アゴニスト、ＴＬＲ４アゴニスト、ＴＬＲ７アゴニスト、またはＴＬＲ９アゴニスト）に共有結合で連結されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（化学的に改変または未改変のもの）を含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、表１の化合物を含む。セクション７．２を参照のこと。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＢＬ−７０４０、ＣＹＴ００３、ＣＹＴ００３−ＱｂＧ１０、ＡＺＤ１４１９、またはＤＩＭＳ０１５０を含む。
【０４３０】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）部分は、１０以上のヌクレオチドを含む配列を含み、配列は、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡに相補的である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡは、配列番号１のヌクレオチド配列を含む。
【０４３１】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）部分は、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列を含む。
【０４３２】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）部分は、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列のヌクレオチド４０３、ヌクレオチド２３３、ヌクレオチド２９４、ヌクレオチド２９５、ヌクレオチド２９６、ヌクレオチド２９８、ヌクレオチド２９９、もしくはヌクレオチド５３３に相補的なヌクレオチド配列、または対応するＲＮＡ配列を含む。
【０４３３】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのＳＭＡＤ７ＯＤＮ部分（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、配列番号３の核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号３のヌクレオチド配列の１０以上のヌクレオチド（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、または２０以上のヌクレオチド）を含む配列を含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化合物（Ｉ）を含む。
【０４３４】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）部分は、配列番号２〜７、配列番号１１〜８７、または配列番号９１〜１４４のヌクレオチド配列を含む。
【０４３５】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）部分は、配列番号２〜７、配列番号１１〜８７、または配列番号９１〜１４４のヌクレオチド配列の１０以上のヌクレオチド（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、または２０以上の核酸）を含むヌクレオチド配列を含む。
【０４３６】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）部分は、配列番号１１１、配列番号１１３、配列番号１１５、配列番号１１８、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３４、配列番号１３７、または配列番号１３９のヌクレオチド配列を含む。
【０４３７】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）部分は、配列番号１１１、配列番号１１３、配列番号１１５、配列番号１１８、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３４、配列番号１３７、または配列番号１３９のヌクレオチド配列の１０以上のヌクレオチド（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、または２０以上の核酸）を含むヌクレオチド配列を含む。
【０４３８】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、抗マラリア治療剤であるＴＬＲ調節因子を含む。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ（例えば、キナクリンもしくはキニジン）、クロリキン、アモジアキン、ピリメタミン、プログアニル、スルホンアミド、メフロキン、アトバコン、プリマキン、アルテミシニン、ハフロファントリン、ドキシサイクリン、クリンダマイシン、またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、抗マラリア治療剤は、キニーネ、クロロキン、アモジアキン、メフロキン、プリマキン、またはその誘導体である。
【０４３９】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、キノリンまたはその誘導体であるＴＬＲ調節因子を含む。いくつかの実施形態では、キノリンには、例えば、クロロキン（Ａｒａｌｅｎ）、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）、４−アミノキノリン（例えば、アモジアキン（Ｃａｍｏｑｕｉｎ、Ｆｌａｖｏｑｕｉｎｅ））、メフロキン（Ｌａｒｉａｍ、Ｍｅｐｈａｑｕｉｎ、もしくはＭｅｆｌｉａｍ）、８−アミノキノリン（例えば、プリマキンもしくはプリマキンリン酸塩）、またはアトバクエノン／プログアニル（Ｍａｌａｒｏｎｅ）が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、キニーネ（Ｑｕａｌａｑｕｉｎ、Ｑｕｉｎａｔｅ、Ｑｕｉｎｂｉｓｕｌ）またはその誘導体である。いくつかの実施形態では、キニーネには、例えば、キナクリン（Ｍｅｐａｃｒｉｎｅ、Ａｔｅｂｒｉｎｅ）またはキニジン（Ｑｕｉｎａｇｌｕｔｅ、Ｑｕｉｎｉｄｅｘ）が含まれる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ヒドロキシクロロキンである。
【０４４０】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、ヒドロキシクロロキンまたはその化学的な誘導体（例えば、クロロキン）を含む。
【０４４１】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）とＴＬＲ調節因子とは、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮにおいて互いに直接的に連結される。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮとＴＬＲ調節因子とは、化学的なリンカー成分を介して連結される。いくつかの実施形態では、化学的なリンカーは、切断可能なリンカーである。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮとＴＬＲ調節因子とは、例えば、ナノ粒子などの骨格構造に別々に付加される。いくつかの実施形態では、骨格構造へのＳＭＡＤ７ＯＤＮ及びＴＬＲ調節因子の付加は、可逆的である。
【０４４２】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）とＴＬＲ調節因子とは、融合化合物において等モル比（例えば、１：１の比）で互いに共有結合で連結される。いくつかの実施形態では、過剰な数のＳＭＡＤ７ＯＤＮ化合物が、それぞれのＴＬＲ調節因子化合物と共有結合で連結される（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮ化合物は、２倍過剰、３倍過剰、４倍過剰、５倍過剰、６倍過剰、８倍過剰、または１０倍過剰である）。いくつかの実施形態では、過剰な数のＴＬＲ調節因子が、それぞれのＳＭＡＤ７ＯＤＮ化合物と共有結合で連結される（例えば、ＴＬＲ調節因子化合物は、２倍過剰、３倍過剰、４倍過剰、５倍過剰、６倍過剰、８倍過剰、または１０倍過剰である）。
【０４４３】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、８つ以上、または１０以上のＳＭＡＤ７ＯＤＮなどの、複数の異なるＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号１を含むＳＭＡＤ７ＯＤＮまたはその断片、及び１つまたは複数の追加のＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化合物（Ｉ）またはその断片、及び１つまたは複数の追加のＴＬＲ調節因子を含む。
【０４４４】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、８つ以上、または１０以上のＴＬＲ調節因子などの、複数の異なるＴＬＲ調節因子を含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ９アゴニスト、及び１つまたは複数の追加のＴＬＲ調節因子を含む。いくつかの実施形態では、化合物は、ＴＬＲ７アンタゴニスト及びＴＬＲ９アンタゴニストを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ヒドロキシクロロキン、及び１つまたは複数の追加のＴＬＲ調節因子を含む。
【０４４５】
（ｉ）ＳＭＡＤ７ＯＤＮとＴＬＲ調節因子との融合構築物の例
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、配列番号２〜７、配列番号１１〜８７、もしくは配列番号９１〜１４４の核酸配列を含むＳＭＡＤ７ＯＤＮまたはその断片（例えば、１０以上のヌクレオチドを含む断片）、ならびにＴＬＲ７アンタゴニスト及び／またはＴＬＲ９アンタゴニストを含む。いくつかの実施形態では、融合化合物は、配列番号１１１、配列番号１１３、配列番号１１５、配列番号１１８、配列番号１２３、配列番号１２４、配列番号１２９、配列番号１３２、配列番号１３４、配列番号１３７、もしくは配列番号１３９のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７ＯＤＮまたはその断片（例えば、１０以上のヌクレオチドを含む断片）、ならびにＴＬＲ７アゴニスト及び／またはＴＬＲ９アンタゴニストを含む。
【０４４６】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、ヒドロキシクロロキン、ＣｐＧ  ＯＤＮ２０８８、ＩＭＯ−８４００、ＩＭＯ−３１００、ＣＯＶ０８−００６４、またはその誘導体を含む。
【０４４７】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、配列番号１のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７ＯＤＮまたはその断片（例えば、１０以上の核酸を含む断片）、及びヒドロキシクロロキンを含む。
【０４４８】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、化合物（Ｉ）を含むＳＭＡＤ７ＯＤＮまたはその断片（例えば、１０以上のヌクレオチドを含む断片）、及びヒドロキシクロロキンを含む。
【０４４９】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、化合物（Ｉ）を含むＳＭＡＤ７ＯＤＮまたはその断片（例えば、１０以上のヌクレオチドを含む断片）、及び表１の化合物を含む。
【０４５０】
７．９  スクリーニング方法
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、ＳＭＡＤ７ＡＯＮ、ＳＭＡＤ７ＲＮＡｉ、またはＳＭＡＤ７ｍｉＲＮＡなどの抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲアゴニストまたはＴＬＲアンタゴニスト）として作用することができる。
【０４５１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲアゴニストまたはＴＬＲアンタゴニスト）として作用することができる。ＴＬＲを調節する能力を有する化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、例えば、細胞におけるＴＬＲ経路構成要素に対する候補ＯＤＮの作用を分析することによって同定できる。
【０４５２】
別の態様では、ＴＬＲを調節する能力を有する化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのスクリーニング方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）細胞におけるＴＬＲ経路構成要素のベースラインレベルの分析と、ｂ）化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮと細胞との一定時間の接触と、ｃ）接触後のバイオマーカーの第２のレベルの分析と、を含み、バイオマーカーのベースラインレベルと比較して、ＴＬＲ経路構成要素の第２のレベルが増加または減少するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを調節することができる。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、トランスフェクション薬剤の非存在下で細胞との接触が実施される。
【０４５３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素のベースラインレベルは、対照細胞におけるＴＬＲ経路構成要素のレベルである。
【０４５４】
いくつかの実施形態では、一定時間は、最大３時間、最大６時間、最大９時間、最大１２時間、最大１５時間、最大１８時間、最大２４時間、最大３０時間、最大３６時間、最大４２時間、または最大４８時間である。
【０４５５】
いくつかの実施形態では、細胞は、初代細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、ＰＢＭＣまたはｐＤＣである。いくつかの実施形態では、細胞は、ヒト、サル、類人猿、マウス、ラット、ウサギ、ハムスター、イヌ、ネコ、雌ウシ、またはヤギのＰＢＭＣまたはｐＤＣである。
【０４５６】
いくつかの実施形態では、細胞は、レポーター細胞である。いくつかの実施形態では、レポーター細胞は、サイトカインプロモーターによって推進されるレポーター遺伝子を含み、こうしたサイトカインプロモーターは、ＩＰ−１０、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、またはＩＬ−１βのプロモーターなどである。いくつかの実施形態では、レポーター細胞は、ＮＦ−κＢプロモーター（例えば、古典的なＮＦ−κＢプロモーター）によって推進されるレポーター遺伝子を含む。
【０４５７】
いくつかの実施形態では、レポーター細胞は、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ−６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、Ｅｏｔ３（ＣＣＬ２０）、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１のプロモーターから選択されるプロモーターによって推進されるレポーター遺伝子を含む。
【０４５８】
いくつかの実施形態では、レポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ、ペルオキシダーゼ、またはホスファターゼの遺伝子である。いくつかの実施形態では、レポーター細胞は、例えば、ヒト、ハムスター、またはマウスの細胞株（例えば、ＨＥＫ細胞、ＣＨＯ細胞、またはＲＡＷ２６４．７細胞）などの細胞株に由来する。
【０４５９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素のレベルは、例えば、レポーター遺伝子アッセイもしくは定量的ＲＴ−ＰＣＲアッセイ、または同様のものを使用し、転写レベルで分析される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、細胞培養物の培地に分泌される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素のレベルは、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＴＲ−ＦＲＥＴアッセイ、または同様のものによって、細胞培養試料におけるＴＬＲ経路構成要素のレベルを分析することによって分析される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、細胞に結合して留まる。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、細胞表面に露出している。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素のレベルは、例えば、ＦＡＣＳ、免疫組織化学、または顕微鏡イメージングによって分析される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素のレベル（例えば、ＮＩＫのリン酸化）は、ウエスタンブロット法によって分析される。
【０４６０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、サイトカインを含む。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＴＮＦα、ＴＧＦβ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ１０、またはＩＰ−１０（ＣＸＣＬ１０）を含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌを含む。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ＭｙＤ８８、ＴＲＩＦ、ＮＩＫ、ＩＫＫ（例えば、ＩＫＫαもしくはＩＫＫβ）、ＩｋＢ、ＮＦｋＢ、またはＲｅｌＢを含む。
【０４６１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、インフラマソーム構成要素を含む。いくつかの実施形態では、インフラマソーム構成要素は、ＩＬ−１β、ＩＬ−１８、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＮＯＤ２、またはＮＬＲＰ３を含む。
【０４６２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ−６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、Ｅｏｔ３、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１を含む。
【０４６３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、ＴＬＲ９アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＩＰ−１０のベースラインレベルと比較して、ＩＰ−１０の第２のレベルが減少するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、ベースラインレベルと比較して、ＴＮＦα、ＴＧＦβ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルが増加するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。
【０４６４】
いくつかの実施形態では、ベースラインレベルと比較して、ＩＬ−１βまたはＩＬ−１８の第２のレベルが増加するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、ベースラインレベルと比較して、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、またはｕＰＡＲの第２のレベルが増加するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。
【０４６５】
いくつかの実施形態では、ベースラインレベルと比較してＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）またはＣＣＲ６の第２のレベルが減少するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。いくつかの実施形態では、ベースラインレベルと比較して、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、Ｅｏｔ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、またはＶＣＡＭ−１の第２のレベルが減少するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する。
【０４６６】
いくつかの実施形態では、ベースラインレベルと比較して、ＴＬＲ経路構成要素のレベルが少なくとも１．５倍，少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍増加するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【０４６７】
いくつかの実施形態では、ベースラインレベルと比較して、ＴＬＲ経路構成要素のレベルが少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％減少するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【０４６８】
いくつかの実施形態では、方法は、ａ）ＰＢＭＣにおけるＴＮＦα、ＴＧＦβ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、ＩＣＯＳ−Ｌ、またはＩＰ−１０のベースラインレベルの分析と、ｂ）化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮとＰＢＭＣとの一定時間の接触と、ｃ）接触後のＴＧＦβ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、またはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルの分析と、を含み、ＩＰ−１０のベースラインレベルと比較してＩＰ−１０の第２のレベルが減少するか、またはＴＮＦα、ＴＧＦβ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌのベースラインレベルと比較して、ＴＮＦα、ＴＧＦβ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、もしくはＩＣＯＳ−Ｌの第２のレベルが増加するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【０４６９】
いくつかの実施形態では、方法は、ａ）ＰＢＭＣにおけるｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ−６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、Ｅｏｔ３、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１のベースラインレベルの分析と、ｂ）化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮとＰＢＭＣとの一定時間の接触とｃ）接触後の、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、Ｅｏｔ３、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１の第２のレベルの分析と、を含み、ベースラインレベルと比較して、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、Ｅｏｔ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ−４、ＩＬＴ７７、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、ｕＰＡ、もしくはＶＣＡＭ−１の第２のレベルが減少するか、またはベースラインレベルと比較して、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＥＧＦＲ、ＧＡＲＰ、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＭＩＰ−１α、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、もしくはｕＰＡＲの第２レベルが増加するのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲを調節する能力を有する。
【０４７０】
別の態様では、ＴＬＲを調節する能力を有する化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのスクリーニング方法が本明細書で提供され、方法は、ａ）第１の細胞培養物における細胞と、細胞におけるＴＬＲ経路構成要素のレベルを増加させるＴＬＲアゴニストと、の改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの非存在下での接触と、ｂ）第２の細胞培養物における細胞と、細胞におけるＴＬＲ経路のレベルを増加させるＴＬＲアゴニストと、の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの存在下での接触と、ｃ）化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの存在下での第２の細胞培養物の細胞におけるＴＬＲ経路構成要素のレベルと、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの非存在下でのＴＬＲ経路構成要素のレベルとの分析及び比較と、を含み、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの非存在下と比較して、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの存在下での細胞におけるＴＬＲ経路構成要素のレベルが低いのであれば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＬＲアンタゴニストである。
【０４７１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲアゴニストは、ＴＬＲ３アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ３アゴニストは、ポリイノシン・ポリシチジン酸（ポリ（Ｉ：Ｃ））である。例えば、図８Ａを参照のこと。
【０４７２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲアゴニストは、ＴＬＲ７アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ７アゴニストは、イミキモドである。例えば、図８Ｂを参照のこと。
【０４７３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲアゴニストは、ＴＬＲ９アゴニストである。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ９アゴニストは、ＯＤＮ２２１６である。例えば、図８Ｃを参照のこと。
【０４７４】
いくつかの実施形態では、１．０μＭ未満の濃度（例えば、０．１μＭ未満、０．２μＭ未満、０．３μＭ未満、０．４μＭ未満、０．５μＭ未満、０．６μＭ未満、０．７μＭ未満、０．８μＭ未満、または０．９μＭ）で化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮまたは他の試験化合物）が形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）と接触するとき、化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、化合物が、ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質、ＴＮＦαタンパク質、及び／またはＩＬ−６タンパク質の発現（例えば、分泌）を増加させることができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有し（例えば、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する）、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、またはＳＰＲによるアッセイ）において決定される。
【０４７５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質、ＴＮＦαタンパク質、及びＩＬ−６タンパク質の発現（例えば、分泌）を増加させることができる。
【０４７６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質、ＴＮＦαタンパク質、及び／またはＩＬ−６タンパク質の発現（例えば、分泌）を少なくとも１．５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍増加させることができる。
【０４７７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＩＰ１０タンパク質及びＩＬ６タンパク質の発現（例えば、分泌）を２倍以上増加させる。実施例４、表３を参照のこと。
【０４７８】
いくつかの実施形態では、１０．０μＭ未満の濃度（例えば、１．０μＭ未満、０．１μＭ未満、または０．０１μＭ未満）で化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮまたは他の試験化合物）がＰＢＭＣと接触するとき、化合物と接触しないＰＢＭＣ対照と比較して、化合物が、ＰＢＭＣによるＩＬ−１βタンパク質またはＩＬ−１８タンパク質の発現（例えば、分泌）を増加させることができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有し（例えば、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する）、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、またはＳＰＲによるアッセイ）において決定される。例えば、図１５を参照のこと。
【０４７９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるＩＬ−１βタンパク質またはＩＬ−１８タンパク質の発現（例えば、分泌）を、少なくとも１ｐｇ／ｍｌ、少なくとも２ｐｇ／ｍｌ、少なくとも３ｐｇ／ｍｌ、少なくとも４ｐｇ／ｍｌ、または少なくとも５ｐｇ／ｍｌのレベルに増加させることができる。
【０４８０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるＩＬ−１βタンパク質またはＩＬ−１８タンパク質の発現（例えば、分泌）を、ＯＤＮ２００６などのＣＧ  ＯＤＮと同等のレベルに増加させることができる（例えば、ＴＬＲ調節因子によって誘導されるＩＬ−１βタンパク質またはＩＬ−１８タンパク質のレベルと、ＣｐＧ  ＯＤＮによって誘導されるＩＬ−１βタンパク質またはＩＬ−１８タンパク質のレベルとの差異は、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、または１０％未満である）。
【０４８１】
いくつかの実施形態では、ＯＤＮ１５０またはＤＮ７０４０と比較して、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるＩＬ−１βタンパク質またはＩＬ−１８タンパク質の発現（例えば、分泌）を高レベル（例えば、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍高い）に増加させることができる。
【０４８２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＩＰ１０タンパク質及びＩＬ−６タンパク質の発現を２倍以上増加させる。実施例４、表３を参照のこと。
【０４８３】
いくつかの実施形態では、１０．０μＭ未満の濃度（例えば、３．０μＭ未満、１．０μＭ未満、または０．３μＭ未満）で化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮまたは他の試験化合物）がｐＤＣと接触するとき、化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、化合物が、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、またはＣＤ８６などの、ｐＤＣの分化マーカーのｐＤＣでの発現を増加させることができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有し（例えば、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する）、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、またはＳＰＲによるアッセイ）において決定される。例えば、図２１Ａ〜Ｄを参照のこと。
【０４８４】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子化合物で処理しない対照ｐＤＣと比較して、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、例えば、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、またはＣＤ８６などの、ｐＤＣの分化マーカーのｐＤＣでの発現を少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍に増加させることができる。
【０４８５】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、１０．０μＭ未満の濃度（例えば、３．０μＭ未満、１．０μＭ未満、０．３μＭ未満、０．１μＭ未満、または０．０３μＭ未満）で化合物がＢ細胞と接触すると、Ｂ細胞の増殖を誘導しないか、またはＢ細胞の増殖を弱くしか誘導せず、こうしたことは、例えば、チミジン取り込みアッセイによって決定される。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物が誘導するＢ細胞の増殖レベルは、例えばＯＤＮ２００６などのＣｐＧ  ＯＤＮ、またはＯＤＮ１５０もしくはＯＤＮ７０４０によって誘導されるＢ細胞の増殖レベルの５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、５％未満、３％未満、または１％未満である。例えば、図１７を参照のこと。
【０４８６】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、２．０μＭ以上、４．０μＭ以上、６．０μＭ以上、８．０μＭ以上、１０．０μＭ以上、１２．０μＭ以上、１４．０μＭ以上、１６．０μＭ以上、１８μＭ以上、または２０μＭ以上）は、例えばＯＤＮ２００６などのＣＧ  ＯＤＮと同様のレベルでｐＤＣの分化を誘導することができ、かつ例えばＯＤＮ２００６などのＣＧ  ＯＤＮと同様のレベルで、例えばＩＬ−１ｂまたはＩＬ−１８などのインフラマソーム構成要素の発現（例えば、分泌）を誘導することができる（例えば、同様のレベルの差異は、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、または１０％未満である）。いくつかの実施形態では、ＯＤＮ１５０またはＯＤＮ７０４０と比較して、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ｐＤＣの分化を高レベル（例えば、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、または少なくとも１０倍高いレベル）に誘導することができる。
【０４８７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物（例えば、約１．０μＭ以上の濃度（例えば、２．０μＭ以上、４．０μＭ以上、６．０μＭ以上、８．０μＭ以上、１０．０μＭ以上、１２．０μＭ以上、１４．０μＭ以上、１６．０μＭ以上、１８μＭ以上、または２０μＭ以上）は、例えばＯＤＮ２００６などのＣＧ  ＯＤＮと同様のレベルでｐＤＣの分化を誘導することができ、かつ例えばＯＤＮ２００６などのＣＧ  ＯＤＮと同様のレベルで、例えばＩＬ−１βまたはＩＬ−１８などのインフラマソーム構成要素の発現（例えば、分泌）を誘導することができ（例えば、同様のレベルの差異は、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、または１０％未満である）、かつＢ細胞の増殖を誘導しないか、または例えばＯＤＮ２００６などのＣＧ  ＯＤＮと比較してＢ細胞の増殖を弱くしか誘導しない（例えば、Ｂ細胞の増殖は、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満、または５％未満である）。いくつかの実施形態では、ＯＤＮ１５０またはＯＤＮ７０４０と比較して、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ｐＤＣの分化を高レベル（例えば、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、または少なくとも１０倍高いレベル）に誘導することができる。
【０４８８】
いくつかの実施形態では、約１．０μＭ以上の濃度（例えば、２．０μＭ以上、４．０μＭ以上、６．０μＭ以上、８．０μＭ以上、１０．０μＭ以上、１２．０μＭ以上、１４．０μＭ以上、１６．０μＭ以上、１８μＭ以上、または２０μＭ以上）で化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮまたは他の化合物）がｐＤＣと接触するとき、化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、化合物が、ｐＤＣによるＴＮＦαタンパク質、ＩＦＮγタンパク質、ＴＧＦβタンパク質、ＩＬ−６タンパク質、ＩＬ−１０タンパク質、ＰＤ−Ｌ１タンパク質、ＩＤＯタンパク質、またはＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を増加させ、かつｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質の発現を低減するのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有し（例えば、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する）、こうしたことは、免疫アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、またはＳＰＲによるアッセイ）によって決定される。
【０４８９】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ｐＤＣによるＴＮＦαタンパク質、ＩＦＮγタンパク質、ＴＧＦβタンパク質、ＩＬ−６タンパク質、ＩＬ−１０タンパク質、ＰＤ−Ｌ１タンパク質、ＩＤＯタンパク質、及びＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を増加させ、かつｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質の発現を低減する。
【０４９０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質の発現を少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％低減する。
【０４９１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ｐＤＣによるＩＰ１０タンパク質の発現を少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍低減することができる。
【０４９２】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ｐＤＣによるＴＮＦαタンパク質、ＩＦＮγタンパク質、ＴＧＦβタンパク質、ＩＬ−６タンパク質、ＩＬ−１０タンパク質、ＰＤ−Ｌ１タンパク質、ＩＤＯタンパク質、またはＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を、少なくとも１．５倍、少なくとも２．０倍、少なくとも２．５倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍増加させることができる。
【０４９３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＩＰ１０タンパク質の発現を１０倍以上低減し、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＴＮＦα、ＩＬ−６、及びＩＣＯＳ−Ｌのそれぞれの発現を２倍以上増加させる。実施例４、表４を参照のこと。
【０４９４】
いくつかの実施形態では、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＴＧＦβ、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、ＩＣＯＳ−Ｌ、及び同様のものなどのＴＬＲ経路構成要素の発現（例えば、タンパク質レベルまたはｍＲＮＡレベルでのもの）は、ＴＬＲ調節因子の非存在下では検出不可能である。いくつかの実施形態では、ＴＬＲ調節因子は、それが存在しなければ検出不可能なＴＬＲ経路構成要素の発現を、バックグラウンド（例えば、「ＴＬＲ調節因子が存在しない」対照のレベル）の少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍を超えて増加させることができる。
【０４９５】
いくつかの実施形態では、１．０μＭ以上の濃度で化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮまたは他の化合物）が、キノリンまたはキニーネの存在下でｐＤＣと接触するとき、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と接触しないｐＤＣ対照と比較して、化合物が、ｐＤＣによるＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を５倍以上増加させることができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有し（例えば、ＴＬＲ９を活性化する能力を有する）、こうしたことは、免疫アッセイにおいて決定され、キノリンまたはキニーネは、キノリンまたはキニーネが単独でＩＣＯＳ−Ｌの発現を検出可能なほど増加させる閾値濃度を下回る濃度で存在する。
【０４９６】
いくつかの実施形態では、キノリンは、クロロキン（Ａｒａｌｅｎ）、ヒドロキシクロロキン（Ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）、アモジアキン（Ｃａｍｏｑｕｉｎ）、メフロキン（Ｌａｒｉａｍ）、８−アミノキノリン、またはアトバクエノン／プログアニル（Ｍａｌａｒｏｎｅ）である。いくつかの実施形態では、キノリンは、ヒドロキシクロロキンである。いくつかの実施形態では、ヒドロキシクロロキンの濃度は、１０μＭ以上である。いくつかの実施形態では、キニーネは、キナクリン（Ｍｅｐａｃｒｉｎｅ）またはキニジン（Ｑｕｉｎｉｄｅｘ）である。実施例３、図６Ａ〜Ｂを参照のこと。
【０４９７】
いくつかの実施形態では、１．０μＭ以下の濃度で化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮまたは他の化合物）が末梢血単核球（ＰＢＭＣ）と接触するとき、化合物と接触しないポリＩ：Ｃ誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、化合物が、ＰＢＭＣによるポリＩ：Ｃ誘導性のＩＦＮα分泌を低減することができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有する（例えば、ＴＬＲ３を抑制する能力を有する）。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるポリＩ：Ｃ誘導性のＩＦＮα分泌を、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％低減することができる。
【０４９８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるポリＩ：Ｃ誘導性のＩＦＮα分泌を５０％以上低減することができる。実施例６、図８Ａを参照のこと。
【０４９９】
いくつかの実施形態では、０．１μＭ以下の濃度で化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮまたは他の化合物）が末梢血単核球（ＰＢＭＣ）と接触するとき、化合物と接触しないイミキモド誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、化合物が、ＰＢＭＣによるイミキモド誘導性のＩＦＮα分泌を低減することができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有する（例えば、ＴＬＲ７を抑制する能力を有する）。
【０５００】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるイミキモド誘導性のＩＦＮα分泌を、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％低減することができる。
【０５０１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるイミキモド誘導性のＩＦＮα分泌を５０％以上低減することができる。実施例６、図８Ｂを参照のこと。
【０５０２】
いくつかの実施形態では、０．１μＭ以下の濃度で化合物（例えば、ＳＭＡＤ７ＯＤＮまたは他の化合物）が末梢血単核球（ＰＢＭＣ）と接触するとき、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物と接触しないイミキモド誘導ＰＢＭＣ対照と比較して、化合物がＰＢＭＣによるＯＤＮ２２１６誘導性のＩＦＮα分泌を低減することができるのであれば、化合物は、ＴＬＲを調節する能力を有する（例えば、ＴＬＲ９を抑制する能力を有する）。いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるＯＤＮ２２１６誘導性のＩＦＮα分泌を、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、または少なくとも９０％低減することができる。
【０５０３】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲを調節する能力を有する化合物は、ＰＢＭＣによるＯＤＮ２２１６誘導性のＩＦＮα分泌を５０％以上低減することができる。実施例６、図８Ｃを参照のこと。
【０５０４】
別の態様では、本明細書に記載の抗ＳＭＡＤ７治療剤または化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮと相乗的に作用する能力を有する化合物のスクリーニング方法が本明細書で提供され、方法は、（ａ）第１の濃度の抗ＳＭＡＤ７治療剤または化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮと免疫系細胞との接触と、（ｂ）免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第１の発現レベルの決定と、（ｃ）免疫細胞と、第１の濃度の抗ＳＭＡＤ７治療剤または化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮ及び第２の濃度の試験化合物と、の接触と、（ｄ）免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第２の発現レベルの決定と、を含み、ＴＬＲ経路構成要素の第１の発現レベルと比較して、免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第２の発現レベルが高いのであれば、試験化合物は、抗ＳＭＡＤ７治療剤または化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮと相乗的に作用する能力を有する。実施例３、図６Ａ〜Ｂを参照のこと。
【０５０５】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤または化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮが存在しない対照試料と比較して、第１の濃度の単独の抗ＳＭＡＤ７治療剤または化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、免疫細胞におけるＴＬＲ経路構成要素のレベルを２倍未満に増加させる能力を有する。実施例３、図６Ａ〜Ｂを参照のこと。
【０５０６】
いくつかの実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療剤または化学的に改変されたＳＭＡＤ７が存在しない対照試料と比較して、第２の化合物濃度の単独の試験化合物は、免疫細胞におけるバイオマーカーの発現レベルを検出可能なほど増加させない。実施例３、図６Ａ〜Ｂを参照のこと。
【０５０７】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素の第１の発現レベルと比較して、免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第２の発現レベルが、少なくとも３倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも１５倍、または少なくとも２０倍高いのであれば、試験化合物は、抗ＳＭＡＤ７治療剤または化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮと相乗作用する能力を有する。実施例３、図６Ａ〜Ｂを参照のこと。
【０５０８】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素の第１の発現レベルと比較して、免疫系細胞におけるＴＬＲ経路構成要素の第２の発現レベルは、少なくとも４倍、少なくとも５倍、少なくとも６倍、少なくとも７倍、少なくとも８倍、少なくとも９倍、または少なくとも１０倍高い。
【０５０９】
いくつかの実施形態では、免疫系細胞は、ＰＢＭＣまたはｐＤＣである。
【０５１０】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＩＬ−１β、ＩＬ−１０、ＴＧＦβ、ＰＤ−Ｌ１、ＩＣＯＳ−Ｌ、またはＩＰ−１０（ＣＸＣＬ１０）を含む。
【０５１１】
いくつかの実施形態では、ＴＬＲ経路構成要素は、ｂＦＧＦ、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＣＤ６９、ＣＤ１２３（ＩＬ−３Ｒα）、ＥＧＦＲ、Ｅｏｔ３、ＧＡＲＰ、ＩＣＡＭ−１、ＩｇＧ、ＩＬ−１α、ＩＬ１−β、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１０Ｒα、ＩＬ−１８、ＩＬ−２３ｐ１９、ＩＬＴ７７、ＩＰ−１０、ＩＴＡＣ、ＭＣＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＭＩＰ−１α、ＰＡＩ−１、リン酸化ヒストンＨ３、リン酸化ｐ３８ＭＡＰキナーゼ、リン酸化ＺＡＰ７０、ＲＡＮＫＬ、ＳＬＡＭＦ７、ｔＰＡ、ｕＰＡ、ｕＰＡＲ、またはＶＣＡＭ−１を含む。
【０５１２】
７．１０  オリゴヌクレオチドの改変
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＳＭＡＤ７ＯＤＮ（例えば、抗ＳＭＡＤ７ＯＤＮ）は、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮである。ある特定の実施形態では、本明細書に記載のＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡのヌクレオチド配列に相補的な配列を有し得る（すなわち、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、アンチセンスオリゴヌクレオチドであり得る）。
【０５１３】
本明細書で提供される化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、例えば、非天然起源の核酸塩基、ヌクレオシド間（骨格）結合の改変、糖の修飾、または５’末端もしくは３’末端の修飾を含み得る。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、非天然起源の配列タグを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、非天然起源の核酸配列を得るために他の核酸配列（例えば、ＴＬＲ調節因子）に連結されたＳＭＡＤ７ＯＤＮを含む。追加のオリゴヌクレオチド改変には、例えば、蛍光標識または同位体標識（例えば、重水素、三重水素、Ｃ１３、Ｎ１５、Ｏ１８）などの、ＯＤＮの検出のための標識が含まれ得る。
【０５１４】
本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、天然起源の核酸塩基、糖、及びヌクレオシド間（骨格）共有結合、ならびに非天然起源の部分を含み得る。例えば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、例えば、１つまたは複数のホスホロチオエート結合を含む混合骨格を含み得る。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの１つまたは複数のシトシン残基は、５−メチルシトシンによって交換され得る。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のシトシン残基は、ＣｐＧ対の一部を形成する。
【０５１５】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、限定はされないが、５−メチル−２’−デオキシシチジン５’−モノホスフェート及び５−メチル−２’−デオキシシチジン５’−モノホスホロチオエートを含む、デオキシシチジン及び／または５−メチル２’−デオキシシチジンなどの人工ヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０の人工ヌクレオシドを含む。
【０５１６】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＣＧジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、複数のＣＧジヌクレオチド配列及び／または複数のＧＣジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、１つまたは複数のＣＧジヌクレオチド配列、及び１つまたは複数のＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、ＣＧジヌクレオチド配列のみを含むか、またはＧＣジヌクレオチド配列のみを含む。
【０５１７】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含むＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列を少なくとも１つ含む。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列におけるシトシンは、メチル化されている（例えば、５−メチル−シトシン）。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列におけるグアニンは、メチル化されている（例えば、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列におけるシトシン及びグアニンは、メチル化されている。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮは、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む複数のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上のＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列である。
【０５１８】
いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列は、ＣＧホスフェートジヌクレオチド配列またはＧＣホスフェートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列の１つまたは複数は、非天然のヌクレオシド間結合（例えば、ホスホロチオエート結合）を含む。いくつかの実施形態では、ＣＧジヌクレオチドまたはＧＣジヌクレオチドは、ＣＧホスホロチオエートジヌクレオチド配列またはＧＣホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列の２つ以上が、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列はすべて、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧホスホロチオエートジヌクレオチド配列またはＧＣホスホロチオエートジヌクレオチド配列の１つまたは複数は、１つまたは２つのメチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、７−メチル−グアニン）を含む。いくつかの実施形態では、メチル化塩基を含む、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列の１つまたは複数は、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、メチル化塩基を含む、ＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるＣＧジヌクレオチド配列またはＧＣジヌクレオチド配列はすべて、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。
【０５１９】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号４の核酸配列（５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧ−３）’を含み、Ｘは、５−メチル２’−デオキシシチジンである。
【０５２０】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号５の核酸配列（５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ−３’）を含み、Ｘは、５−メチル２’−デオキシシチジンである。
【０５２１】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号６の核酸配列（５’−ＧＴＸＹＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＹＣＡＧ−３’）を含み、Ｘは、シトシン及び５−メチルシトシンヌクレオシドまたは２’−Ｏ−メチルシトシンヌクレオシドからなる群から選択される窒素塩基を含むヌクレオチドであり、Ｙは、グアニン及び５−メチルグアニンまたは２’−Ｏ−メチルグアニンヌクレオシドからなる群から選択される窒素塩基を含むヌクレオチドであり、任意選択の条件として、ヌクレオチドＸまたはヌクレオチドＹの少なくとも１つは、メチル化窒素塩基を含む。
【０５２２】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号５の核酸配列：（５’−ＧＴＣ＊  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  Ｃ＊ＧＣ  ＡＧＣ−３’）を含み、Ｃ＊は、５−メチル−２’−デオキシシチジンを示す。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのヌクレオシド間結合の少なくとも１つは、Ｏ，Ｏ結合型ホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのヌクレオチド間結合はすべて、Ｏ，Ｏ結合型ホスホロチオエートであり得る。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号５のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７ＡＯＮであり、２０のヌクレオチド間結合はそれぞれ、Ｏ，Ｏ結合型ホスホロチオエート結合である。
【０５２３】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、少なくとも１つのヌクレオシド間結合を含み、こうしたヌクレオシド間結合は、例えば、モノホスフェート結合などのホスフェート結合である。
【０５２４】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、少なくとも１つのヌクレオシド間結合を含み、こうしたヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、またはそれを超える数のホスホロチオエート結合を含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるヌクレオシド間結合の少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも１００％がホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオシド間結合はすべて、ホスホロチオエート結合である。
【０５２５】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、例えば、５−メチル−２’−デオキシシチジン−５’−モノホスフェート及び５−メチル−２’−デオキシシチジン−５’−モノホスホロチオエートなどの非天然のヌクレオシドを少なくとも１つ含む。いくつかの実施形態では、改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、またはそれを超える数のデオキシシチジン及び／または５−メチル２’−デオキシシチジンを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるヌクレオチドの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも１００％が、デオキシシチジン及び／または５−メチル−２’−デオキシシチジンを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、またはそれを超える数のデオキシシチジン及び／または５−メチル２’−デオキシシチジンを含む。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、１つまたは複数のデオキシシチジンを含み、５−メチル２’−デオキシシチジンは含まない。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、１つまたは複数の５−メチル２’−デオキシシチジンを含み、デオキシシチジンは含まない。
【０５２６】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、核酸配列：５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧ−３’（配列番号４）を含み、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、ヌクレオシド間結合はすべて、ホスホロチオエート結合である。
【０５２７】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、核酸配列５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ−３’（配列番号５）を含み、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、ヌクレオシド間結合はすべて、ホスホロチオエート結合である。
【０５２８】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７ＯＤＮの５’末端及び／または３’末端に位置するメチルホスホネート結合を含む。
【０５２９】
いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮには、医薬的に許容可能な塩または溶媒和物が含まれる。いくつかの実施形態では、溶媒和物は、水和物である。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、配列番号５の核酸配列を含む化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮのナトリウム塩であり、このＳＭＡＤ７ＯＤＮは、１〜２０のＯ，Ｏ結合型ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を任意選択で含み得る。化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの企図される塩には、完全に中和されたものが含まれ、例えば、ホスホロチオエート結合はそれぞれ、Ｎａ＋などのイオンと会合している。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの塩は、部分的にのみ中和されており、例えば、ホスホロチオエート結合のすべてがイオンと会合しているわけではない（例えば、中和されている割合は、９９％未満、９５％未満、９０％未満、８５％未満、８０％未満、８５％未満、８０％未満、７５％未満、７０％未満、６５％未満、６０％未満、５５％未満、５０％未満、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満、２０％未満、１５％未満、１０％未満、５％未満、３％未満、または１％未満である）。
【０５３０】
本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、骨格の改変を含み得る。例えば、限定はされないが、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、メチルならびに他のアルキルホスホネート（３’−アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを含む）、ホスフィネート、ホスホロアミダート（３’−アミノホスホロアミダート及びアミノアルキルホスホロアミダート、チオノホスホロアミダートを含む）、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、ならびにボラノホスフェートであって、通常の３’−５’結合を有するもの、こうしたものの２’−５’結合型アナログ、及びヌクレオシド単位の隣接対との結合が３’−５’から５’−３’へ、または２’−５’から５’−２’へと反転した方向性を有するものを含み得る。本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮには、ＯＤＮのさまざまな塩、混合塩、及び遊離酸の形態が含まれる。そのような化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの調製方法は、当該技術分野において知られている。
【０５３１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、短鎖アルキルもしくはシクロアルキルのヌクレオシド間結合、混合ヘテロ原子及びアルキルもしくはシクロアルキルのヌクレオシド間結合、または１つもしくは複数の短鎖ヘテロ原子またはヘテロ環式のヌクレオシド間結合を含む骨格構造をリン原子の代わりに含み得る。そのようなヘテロ原子またはヘテロ環式のヌクレオシド間結合には、例えば、モルホリノ結合（その一部はヌクレオシドの糖部分から形成される）、シロキサン骨格、スルフィド骨格、スルホキシド骨格、及びスルホン骨格、ホルムアセチル骨格及びチオホルムアセチル骨格、メチレンホルムアセチル骨格及びチオホルムアセチル骨格、アルケン含有骨格、スルファメート骨格、メチレンイミノ骨格及びメチレンヒドラジノ骨格、スルホネート骨格及びスルホンアミド骨格、アミド骨格、ならびに構成成分であるＮ部分、Ｏ部分、Ｓ部分、及びＣＨ２部分が混ざって存在する他のものが含まれ得る。そのような骨格構造を有する改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの調製方法は、当該技術分野においてよく知られている。
【０５３２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、糖とヌクレオシド間結合との両方を有し得、すなわち、ヌクレオチド単位が非天然基で交換された骨格を有し得る。塩基単位は、一般に、標的ＳＭＡＤ７核酸とのハイブリダイゼーションのために維持される。例えば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含み得る。ＰＮＡでは、オリゴヌクレオチドの糖骨格は、アミド含有骨格、特に、アミノエチルグリシン骨格と交換される。ＳＭＡＤ７ＰＮＡの核酸塩基は保持され、骨格のアミド部分のアザ窒素原子に直接的または間接的に結合される。そのようなＰＮＡ化合物の調製方法は、当該技術分野においてよく知られている。
【０５３３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ホスホロチオエート骨格、または−−ＣＨ２−−ＮＨ−−Ｏ−−ＣＨ２−−、−−ＣＨ２−−Ｎ（ＣＨ３）−−Ｏ−−ＣＨ２−−［メチレン（メチルイミノ）骨格もしくはＭＭＩ骨格として知られる］、−−ＣＨ２−−Ｏ−−Ｎ（ＣＨ３）−−ＣＨ２−−、−−ＣＨ２−−Ｎ（ＣＨ３）−−Ｎ（ＣＨ３）−−ＣＨ２−−、及び−−Ｏ−−Ｎ（ＣＨ３）−−ＣＨ２−−ＣＨ２−−［天然のリン酸ジエステル骨格は、−−Ｏ−−Ｐ−−Ｏ−−ＣＨ２−−として示される］などのヘテロ原子骨格を有するオリゴヌクレオシドを含み得る。
【０５３４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、置換された糖部分を１つまたは複数含み得る。いくつかの実施形態では、改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、下記のものの１つを２’位に含み得る：ＯＨ、Ｆ、Ｏ−−アルキル、Ｓ−−アルキル、もしくはＮ−アルキル、Ｏ−−アルケニル、Ｓ−−アルケニル、もしくはＮ−アルケニル、Ｏ−−アルキニル、Ｓ−−アルキニル、もしくはＮ−アルキニル、またはＯ−アルキル−Ｏ−アルキル（アルキル、アルケニル、及びアルキニルは、置換または非置換のＣ１〜Ｃ１０アルキルまたはＣ２〜Ｃ１０アルケニル及びＣ２〜Ｃ１０アルキニルであり得る）。いくつかの実施形態では、改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮＨ２、及びＯ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２（ｎ及びｍは、１〜約１０である）を含む。いくつかの実施形態では、改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、下記のものの１つを２’位に含む：Ｃ１〜Ｃ１０低級アルキル、置換低級アルキル、アルカリル、アラルキル、Ｏ−アルカリルもしくはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリル、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を改善するための基、またはオリゴヌクレオチドの薬力学特性を改善するための基、及び同様の特性を有する他の置換基。いくつかの実施形態では、改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、２’−メトキシエトキシ（２’−Ｏ−−ＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、２’−Ｏ−（２−メトキシエチル）または２’−ＭＯＥとしても知られる）、すなわち、アルコキシアルコキシ基を含む。いくつかの実施形態では、改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、２’−ジメチルアミノオキシエトキシ、すなわち、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２基（２’−ＤＭＡＯＥとしても知られる）、及び２’−ジメチルアミノ−エトキシエトキシ（２’−Ｏ−ジメチルアミノエトキシエチルまたは２’−ＤＭＡＥＯＥとしても当該技術分野において知られる）、すなわち、２’−Ｏ−−ＣＨ２−−Ｏ−−ＣＨ２−−Ｎ（ＣＨ２）２を含む。そのようなＯＤＮ改変の調製方法は、当該技術分野においてよく知られている。
【０５３５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、２’−メトキシ（２’−Ｏ−−ＣＨ３）、２’−アミノプロポキシ（２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ２）、及び２’−フルオロ（２’−Ｆ）による修飾を含む。同様の修飾は、オリゴヌクレオチドの他の位置に実施することもでき、特に、３’末端のヌクレオチドに存在する糖の３’位または２’−５’結合型オリゴヌクレオチドにおける糖の３’位、及び５’末端のヌクレオチドの５’位に実施することもできる。化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、ペントフラノシル糖の代わりにシクロブチル部分などの糖模倣物も有し得る。
【０５３６】
本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、核酸塩基の改変または置換も含み得る。本明細書で使用される「未改変」または「天然」の核酸塩基は、プリン塩基であるアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基であるチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）を含む。化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、例えば、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、アデニン及びグアニンの６−メチル及び他のアルキル誘導体、アデニン及びグアニンの２−プロピル及び他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−ハロウラシル及びシトシン、５−プロピニルを有するウラシル及びシトシン、６−アゾを有するウラシル、シトシン、及びチミン、５−ウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシ、及び他の８−置換を有するアデニン及びグアニン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、及び他の５−置換を有するウラシル及びシトシン、７−メチルグアニン及び７−メチルアデニン、８−アザグアニン及び８−アザアデニン、７−デアザグアニン及び７−デアザアデニン、ならびに３−デアザグアニン及び３−デアザアデニンなどの合成及び天然の核酸塩基を含み得る。化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、米国特許第３，６８７，８０８号に開示のもの、Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ｐａｇｅｓ  ８５８−８５９，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，ｅｄ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，１９９０に開示のもの、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３によって開示されるもの、またはＳａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐａｇｅｓ  ２８９−３０２，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ  Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，ｅｄ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，１９９３によって開示されるものなどの核酸塩基をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの結合親和性を増加させることができる核酸塩基を含む。そのような核酸塩基には、例えば、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、ならびにＮ−２置換プリン、Ｎ−６置換プリン、及びＯ−６置換プリンが含まれ得、こうしたものには、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシル、及び５−プロピニルシトシン５−メチルシトシンという置換体が含まれる。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、２’−Ｏ−メトキシエチルによる糖の修飾と組み合わせて上述の改変された核酸塩基を１つまたは複数含み得る。そのような化学的に改変されたＯＤＮの調製方法は、当該技術分野においてよく知られている。
【０５３７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮの活性、細胞での分布、または細胞による取り込みを増強する１つまたは複数の部分または複合体に共有結合で連結することができる。そのような部分には、限定はされないが、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル（例えば、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオール）、チオコレステロール、脂肪族鎖（例えば、ドデカンジオール残基もしくはウンデシル残基）、リン脂質（例えば、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールもしくはトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート）、ポリアミン鎖もしくはポリエチレングリコール鎖、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分、またはオクタデシルアミン部分もしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分などの脂質部分が含まれる。例示の部分へのＯＤＮの複合化方法は、当該技術分野において知られている。
【０５３８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、一様に改変され、例えば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるヌクレオシド間結合はすべて、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮは、１つまたは複数の位置において改変され、例えば、化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮにおけるヌクレオシド間結合の１つまたは複数は、ホスホロチオエート結合である。
【０５３９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化学的に改変されたＳＭＡＤ７ＯＤＮには、医薬的に許容可能な塩、エステル、またはそのようなエステルの塩が含まれる。
【０５４０】
本明細書の変数の定義のいずれかにおける要素リストの記載は、リストに記載の要素の任意の単一要素または組み合わせ（もしくは部分的な組み合わせ）としてのその変数の定義を含む。本明細書の実施形態の記載は、任意の単一実施形態、または任意の他の実施形態もしくはその一部との組み合わせとしてのその実施形態を含む。
【０５４１】
本明細書に記載の特許及び刊行物はすべて、それぞれの独立した特許及び刊行物が参照によって組み込まれることが具体的かつ個々に示される場合と同程度に、参照によって本明細書に組み込まれる。
【０５４２】
下記の実施例は、例示を目的として提供され、限定を目的とするものではない。
【実施例】
【０５４３】
８．実施例
８．１  実施例１：ＳＭＡＤ７の発現に対する化合物（Ｉ）の作用
この実施例は、化合物（Ｉ）を細胞培地に添加し、化合物（Ｉ）をＰＢＭＣまたはｐＤＣにトランスフェクトしないという実験条件下では、正常なヒトＰＢＭＣまたは正常なヒトｐＤＣにおいてＳＭＡＤ７のｍＲＮＡまたはタンパク質の発現に化合物（Ｉ）が影響を与えないことを示す。こうした条件下では、理論に拘束されるものではないが、化合物（Ｉ）及びある特定の他の試験ＯＤＮは、ＴＬＲ９アゴニストとして作用すると考えられる。
【０５４４】
オリゴヌクレオチド
表２は、本明細書で提供される実施例において使用したオリゴヌクレオチド（ＯＤＮ）の配列及びある特定の化学特性を示す。
表２．例示のオリゴヌクレオチドの配列及び化学特性
【表４】
2018529726.tif 000012
【０５４５】
ＤＩＭＳ０１５０（「Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標）」、ＯＤＮ１５０）及びＢＬ−７０４０（「Ｍｏｎａｒｓｅｎ（商標）」、ＯＤＮ７０４０）は、潰瘍性大腸炎の治療薬剤として臨床的に試験されたオリゴヌクレオチドである。こうした臨床試験において、ＯＤＮ１５０及びＯＤＮ７０４０は、ＵＣ患者のサブセットにおいて中程度の有益作用を幾分か示した。理論に拘束されるものではないが、ＯＤＮ１５０とＯＤＮ７０４０とは両方共、ＴＬＲ９アゴニストとして作用すると考えられる。ＯＤＮ１５０は、ＮＦ−ｋＢのｐ６５（ＲｅｌＡ）のｍＲＮＡを標的とするアンチセンス配列を有する２０塩基長のＯＤＮである。ＯＤＮ７０４０は、アセチルコリンエステラーゼのｍＲＮＡを標的とするアンチセンス配列を有する２０塩基長のＯＤＮである。
【０５４６】
ＯＤＮ２００６は、古典的なＣｐＧ−Ｂ型のＴＬＲ９アゴニストであり、このアゴニストは、癌治療におけるアジュバントとして開発された。
【０５４７】
ＯＤＮ３０２は、２つのＣＧ配列を含むスクランブル（ＳＭＡＤ７ＡＯＮではない）対照配列である。
【０５４８】
細胞アッセイ
健康なドナー由来のＰＢＭＣは、Ｆｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）を媒体とした密度勾配遠心によってバフィーコート血液（ＮＹの血液センター）から単離した。細胞をＰＢＳで洗浄した後、１０％の非働化ウシ胎仔血清、ペニシリン（１００Ｕ／ｍｌ）及びストレプトマイシン（１００μｇ／ｍｌ）、ならびに２ｍＭのＬ−グルタミンを含むＲＰＭＩ−１６４０培地（完全培地、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に再懸濁した。ＣＤ４０Ｌ及び抗Ｈｉｓタグ抗体と共に、または媒体対照（エンドトキシンを含まない無菌水対照）と共に、記載の濃度（一般に、０．０００１μＭ〜１０μＭ）のＯＤＮでＰＢＭＣを記載の時間処理した。ＯＤＮは、トランスフェクション試薬を添加せずに使用した。
【０５４９】
ＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルは、標準的なプロトコールを使用し、ＲＴ−ＰＣＲによって決定した。
【０５５０】
ＳＭＡＤ７のタンパク質レベルは、標準的なＦＡＣＳプロトコールを使用して決定した。ＰＢＭＣは、Ｆｃ−Ｂｌｏｃｋ（ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）の存在下、氷上で２０分間インキュベートし、洗浄した後、表面分子に特異的な抗体、またはアイソタイプが一致する対照ｍＡｂと共にインキュベートした。ＰＥＣＹ−７標識抗ヒトＣＣＲ６ｍＡｂ、及びＰｅｒＣＰ−Ｃｙ５．５標識抗ヒトＣＤ１２３ｍＡｂは、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから購入した。ＳＭＡＤ７抗体は、Ｂｉｏｒｂｙｔ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫから購入した。染色した細胞は、その後、ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェアを使用するＦＡＣＳ（ＦＡＣＳＣａｎｔｏ，ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）に供した。ＦＡＣＳ解析は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して実施した。ＣＣＲ６＋ＣＤ１２３＋ｐＤＣのゲートにおける単一の生細胞を、例えば、ＳＭＡＤ７のタンパク質レベルの解析に使用した。
【０５５１】
ヒトのＰＢＭＣ及びｐＤＣにおけるＳＭＡＤ７の発現に対するＯＤＮ処理の作用
図１Ａに示される結果は、化合物（Ｉ）及びＯＤＮ２００６が、記載のいずれの濃度でも、正常なヒトＰＢＭＣにおけるＳＭＡＤ７のｍＲＮＡレベルに影響を与えないことを示す。
【０５５２】
図１Ａ及び図１Ｂに示される結果は、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ７０４０、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ２２１６、及びＯＤＮ２００６が、記載のいずれの濃度の処理期間でも、ヒトｐＤＣにおけるＳＭＡＤ７のタンパク質レベルに影響を与えないことを示す。ＳＭＡＤ７のタンパク質レベルが相対的に低い他の正常なヒトＰＢＭＣにおいても同様の結果が観測された（未掲載）。
【０５５３】
８．２  実施例２：化合物（Ｉ）は、ヒトｐＤＣにおいてＴＧＦβ、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、ＩＣＯＳ−Ｌ、及びＩＬ−１０の発現を誘導する。
この実施例は、化合物（Ｉ）がヒトｐＤＣにおいてＴＧＦβ、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、ＩＣＯＳ−Ｌ、及びＩＬ−１０の発現を誘導できることを示す。具体的には、ＯＤＮ７０４０及びＯＤＮ１５０などの、ＴＬＲ９アゴニストである他の試験ＯＤＮと比較して、化合物（Ｉ）は、例えばＩＤＯ及びＩＣＯＳＬを、より迅速、より強力、かつより効果的に活性化する因子であることが明らかになった。
【０５５４】
細胞アッセイ
ヒトｐＤＣにおける細胞内のＩＬ−１０、ＴＧＦβ１、及びＩＤＯの発現を評価するために、ＰＥＣＹ−７標識抗ヒトＣＣＲ６ｍＡｂ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＰｅｒＣＰ−Ｃｙ５．５標識抗ヒトＣＤ１２３ｍＡｂ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で細胞を最初に染色した。その後、製造者の説明書に従ってＣｙｔｏｆｉｘ／Ｃｙｔｏｐｅｒｍキット（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用し、染色細胞を固定化し、その透過処理を実施した後、ＰＥ標識抗ヒトＩＤＯ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、ＡＰＣ標識抗ヒトＩＬ−１０ｍＡｂ、及びＦＩＴＣ標識抗ヒトＴＧＦ−β１（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、またはアイソタイプが一致する対照ｍＡｂで染色した。染色した細胞は、ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェアを使用し、ＦＡＣＳＣａｎｔｏによって観測した。ＦＡＣＳ解析は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して実施した。ＣＣＲ６＋ＣＤ１２３＋ｐＤＣのゲートにおいて単一の生細胞を解析した。フローサイトメトリーの結果は、それぞれのゲートにおけるＩＬ−１０発現細胞、ＴＧＦ−β１発現細胞、またはＩＤＯ発現細胞のパーセンテージ及びＭＦＩとして示される。結果は、定量化された細胞の平均値±ＳＥＭとして示される。
【０５５５】
ＣＣＲ６＋ＣＤ１２３＋ｐＤＣ細胞サブセットにおける表面ＩＣＯＳ−Ｌ、表面ＰＤ−Ｌ１の発現を評価するために、Ｆｃ−Ｂｌｏｃｋ（ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）の存在下、氷上でＰＢＭＣを２０分間インキュベートし、洗浄した後、表面分子に特異的な抗体、またはアイソタイプが一致する対照ｍＡｂと共にインキュベートした。ＡＰＣ標識抗ヒトＩＣＯＳ−ＬｍＡｂは、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄから購入し、ＰＥＣＹ−７標識抗ヒトＣＣＲ６ｍＡｂ、ＦＩＴＣ標識抗ヒトＰＤ−Ｌ１ｍＡｂ、及びＰｅｒＣＰ−Ｃｙ５．５標識抗ヒトＣＤ１２３ｍＡｂは、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから購入した。染色した細胞は、その後、ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェアを使用するＦＡＣＳ（ＦＡＣＳＣａｎｔｏ，ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）に供した。ＦＡＣＳ解析は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して実施した。ＣＣＲ６＋ＣＤ１２３＋ｐＤＣのゲートにおいて単一の生細胞を解析した。フローサイトメトリーの結果は、それぞれのゲートにおけるＩＣＯＳＬ発現細胞またはＰＤ−Ｌ１発現細胞のパーセンテージ及びＭＦＩとして示される。
【０５５６】
標準的なプロトコールを使用し、ＥＬＩＳＡによって細胞上清におけるＩＬ１０を代替的に測定した。
【０５５７】
図２Ａは、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ３０１Ｃ、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ７０４０、ＯＤＮ３０２、及びＯＤＮ２００６が、ヒトｐＤＣにおいてＴＧＦ−β１タンパク質を誘導できることを示す。
【０５５８】
図２Ｂは、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ３０１Ｃ、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ７０４０、ＯＤＮ３０２、及びＯＤＮ２００６が、ヒトｐＤＣにおいてＰＤ−Ｌ１タンパク質を誘導できることを示す。
【０５５９】
図３Ａは、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、及びＯＤＮ２２１６が、ヒトｐＤＣにおいてＩＤＯタンパク質を誘導できることを示す。図１４Ａ〜Ｃも参照のこと。
【０５６０】
図３Ｂは、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、及びＯＤＮ２２１６が、ヒトｐＤＣにおいてＩＣＯＳ−Ｌタンパク質を誘導できることを示す。
【０５６１】
図３Ｃは、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、及びＯＤＮ２２１６が、ヒトｐＤＣにおいてＩＬ１０タンパク質を誘導できることを示す。
【０５６２】
図４Ａは、ＯＤＮ７０４０またはＯＤＮ１５０と比較して、化合物（Ｉ）が、ヒトｐＤＣにおいてＩＤＯタンパク質の発現を高効力で高レベルに誘導できることを示す。
【０５６３】
図４Ｂは、化合物（Ｉ）が、ヒトｐＤＣにおいてＩＤＯタンパク質の発現をＯＤＮ２００６と同等のレベルに誘導できることを示す。図１４Ａ〜Ｃも参照のこと。
【０５６４】
図５Ａ及び図５Ｂは、ＯＤＮ７０４０及びＯＤＮ１５０と比較して、化合物（Ｉ）がヒトｐＤＣにおいてＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を動力学的に速く誘導できることを示し、このことは、例えば、インキュベーションの２４時間以内に既に見られる（図５Ａ）。さらに、化合物（Ｉ）は、ＯＤＮ７０４０またはＯＤＮ１５０と比較して、ＩＣＯＳ−Ｌタンパク質を高レベルに誘導することができる（図５Ａ及び図５Ｂ）。
【０５６５】
結論として、この実施例は、免疫寛容原性のｐＤＣへの分化、及び制御性Ｔ細胞の誘導を促進するヒトｐＤＣにおける免疫抑制性経路を化合物（Ｉ）が誘導できることを示す。この実施例に示されるように、化合物（Ｉ）によって刺激されたｐＤＣは、ＩＤＯ、ＩＬ−１０、ＴＧＦ−β、及びＩＣＯＳ−Ｌを産生することができ、こうしたものは、その下流において制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の分化を促進することができる。特に、ヒトｐＤＣにおいて化合物（Ｉ）が媒介するＴＧＦ−β及びＩＤＯの誘導は、免疫寛容原性のｐＤＣ及びＴｒｅｇの誘導にとって重要な側面となり得る。
【０５６６】
８．３  実施例３：ヒドロキシクロロキンは、化合物（Ｉ）と相乗的に作用することで初代ヒトｐＤＣにおいてＩＣＯＳ−Ｌタンパク質の発現を誘導する。
この実施例は、ＴＬＲ７及びＴＬＲ９のアンタゴニストであるヒドロキシクロロキン（ｐｌａｑｕｅｎｉｌ、ＨＣＱ）などのＴＬＲアンタゴニストが、化合物（Ｉ）などのＳＭＡＤ７ＡＯＮと相乗的に作用することで初代ヒトｐＤＣを活性化することができるという驚くべき結果を示す。具体的には、ヒドロキシクロロキンは、初代ヒトｐＤＣで化合物（Ｉ）が誘導するＩＣＯＳリガンド（ＩＣＯＳ−Ｌ）のタンパク質発現を強化することが明らかになった。ＩＣＯＳ−Ｌは、一般に、免疫寛容原性のｐＤＣによる制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の誘導に関与する共刺激因子であると考えられる。
【０５６７】
ｐＤＣを単離し、実施例２に記載されるようにＩＣＯＳ−Ｌの発現を分析した。
【０５６８】
図６Ａ〜Ｂは、化合物（Ｉ）などのＳＭＡＤ７ＡＯＮの効力が、ヒドロキシクロロキン（ｐｌａｑｕｅｎｉｌ）での同時処理によって増加し得るという驚くべき結果を示す。化合物（Ｉ）は、１μＭ及び１０μＭの濃度で試験し、すなわち、化合物（Ｉ）単独ではヒトｐＤＣにおいて中程度のレベルのＩＣＯＳ−Ｌ発現を誘導する条件下で試験した。例えば、図６Ｂ（左から６番目の棒及び７番目の棒と媒体対照とを比較されたい）を参照のこと。ＨＣＱは、その濃度を１０μＭとし、ＨＣＱ単独ではｐＤＣにおいて測定可能なレベルのＩＣＯＳ−Ｌ発現を誘導しない条件下で適用した。例えば、図６Ｂ（左から８番目の棒と媒体対照とを比較されたい）を参照のこと。こうした条件下では、化合物（Ｉ）が誘導するＩＣＯＳ−Ｌ発現をＨＣＱが増加させる度合いは、ある実験（図６Ａ）では７．３倍及び７．１倍（それぞれ１μＭ及び１０μＭでのもの）であり、別の実験（図６Ｂ）では２．０倍及び１．９倍（それぞれ１μＭ及び１０μＭでのもの）であった。
【０５６９】
理論に拘束されるものではないが、免疫寛容原性のｐＤＣによる制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）の誘導は、一般に、免疫応答を抑制し、その結果として免疫媒介性の疾患を寛解させると考えられる。
【０５７０】
８．４  実施例４：化合物（Ｉ）は、ヒトＰＢＭＣにおいてＴＧＦβ、ＰＤ−Ｌ１、ＩＤＯ、ＩＣＯＳ−Ｌ、及びＩＬ−１０の発現を誘導する。
この実施例は、化合物（Ｉ）が、低用量（０．１μＭ）で正常なヒトＰＢＭＣに投与されると、ＩＰ１０、ＩＬ６、及びＴＮＦαを含むある特定のサイトカインの中程度の誘導因子として作用できることを示す。化合物（Ｉ）は、高用量（１０μＭ）で投与されると、ＩＰ−１０などのある特定のサイトカインの誘導を抑制し、かつＴＮＦα、ＩＦＮγ、及びＩＬ−１βを含む他のサイトカインの強力な発現を誘導することができる。
【０５７１】
低用量（０．１μＭ）及び高用量（１０μＭ）のＯＤＮによって誘導されるサイトカインを比較した。
【０５７２】
３人のドナーに由来するＰＢＭＣを、バフィーコート（ＮＹの血液センター）から単離した。細胞をＰＢＳで洗浄した後、５％のヒトＡＢ血清、１％のペニシリン／ストレプトマイシン、及び２ｍＭのＬ−グルタミンを含むＲＰＭＩ−１６４０培地に再懸濁した。その後、９６ウェルプレートに２５０，０００個細胞／ウェルで細胞を播種した。０．１μＭまたは１０μＭのＯＤＮ２００６、ＯＤＮ２２１６、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ７０４０、ＯＤＮ７０４０Ｃ、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ１５０Ｃ、ＯＤＮ３０１Ｃ、及びＯＤＮ３０２でＰＢＭＣを処理した後、３７℃で２４時間インキュベートした。２４時間後、上清を収集し、ＭａｇＰｉｘマルチプレックステクノロジーを使用して上清におけるサイトカイン産生を試験した。下記のサイトカインを試験した：ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２ｐ４０、ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−γ、ＩＰ−１０、ＩＬ−１β、及びＴＮＦ−α。
【０５７３】
表３は、低用量のＯＤＮでの処理によって誘導されたサイトカインの結果を示す。表４は、高用量のＯＤＮでの処理によって誘導されたサイトカインの結果を示す。
表３．低用量（０．１μＭ）のＯＤＮによって誘導されたサイトカイン
（ＩＰ１０、ＴＮＦ−α、ＩＬ−６、及びＩＬ−１０の値は、倍数変化である。ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１２ｐ４０、及びＩＬ−１βの値は、ｐｇ／ｍｌである）
【表５】
2018529726.tif 000013
【０５７４】
表３は、試験したＯＤＮの中で、ＯＤＮ２００６及びＯＤＮ３０２がｐＤＣにおいてある特定の免疫刺激性サイトカイン、特に、ＩＰ１０及びＩＬ６ならびにＴＮＦαの強力な上方制御を示したことを示す。比較すると、化合物（Ｉ）は、ＩＰ１０、ＩＬ６、及びＴＮＦαの産生を中程度にしか上方制御しないことが明らかになった。ＯＤＮ７０４０は、ＩＰ１０の産生のみを中程度のレベルでしか誘導しないことが明らかになった。
表４．高用量（１０μＭ）のＯＤＮによって誘導されたサイトカイン
（ＩＰ１０、ＴＮＦ−α、ＩＬ−６、及びＩＬ−１０の値は、倍数変化である。ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１２ｐ４０、及びＩＬ−１βの値は、ｐｇ／ｍｌである）
【表６】
2018529726.tif 000014
【０５７５】
表４は、高用量のＯＤＮ２００６及び化合物（Ｉ）が、ｐＤＣにおいてＩＰ−１０タンパク質の発現を抑制することができる一方、ＯＤＮ７０４０及びＯＤＮ１５０が、ＰＢＭＣにおいてＩＰ−１０タンパク質の発現を誘導することが明らかになったことを示す。さらに、ＯＤＮ７０４０またはＯＤＮ１５０と比較して、高用量の化合物（Ｉ）は、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、及びＩＬ−１βの強力な誘導因子であることが明らかになった。
【０５７６】
図２５は、ＯＤＮ２００６が、０．１μＭの濃度でＰＢＭＣと共に２４時間インキュベートすると、ＰＢＭＣからのＩＦＮαの分泌を誘導できることを示す。ＯＤＮ２００６によるＰＢＭＣからのＩＦＮαの分泌誘導は、例えば、０．０１μＭ、１．０μＭ、または１０μＭなどの低濃度または高濃度では見られなかった。化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ３０１Ｃ、及びＯＤＮ７０４０によるＰＢＭＣからのＩＦＮαの分泌誘導は、０．０１μＭ〜１０μＭのいずれの試験濃度でも見られなかった。
【０５７７】
実施例５：化合物（Ｉ）は、ヒトＰＢＭＣにおいてＢ細胞の活性化を増加させる。
この実施例は、化合物（Ｉ）が、正常なヒトＰＢＭＣにおいてＢ細胞の活性化を中程度に誘導できることを示す。
【０５７８】
化合物（Ｉ）がＢ細胞の活性化を増加させることができるかどうかを検討するために、ＣＤ１９＋Ｂ細胞サブセットにおけるＣＤ８６の発現レベルを分析した。Ｆｃ−Ｂｌｏｃｋ（ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）の存在下、氷上でＰＢＭＣを２０分間インキュベートし、洗浄した後、表面分子に特異的な抗体、またはアイソタイプが一致する対照ｍＡｂと共にインキュベートした。ＡＰＣ−Ｃｙ７標識抗ヒトＣＤ１９ｍＡｂ及びＰＥ標識抗ヒトＣＤ８６ｍＡｂは、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄから購入した。染色した細胞は、その後、ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェアを使用するＦＡＣＳ（ＦＡＣＳＣａｎｔｏ，ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）に供した。ＦＡＣＳ解析は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して実施した。ＣＤ１９＋Ｂ細胞のゲートにおける単一の生細胞を解析に使用した。フローサイトメトリーの結果は、それぞれのゲートにおけるＣＤ８６発現細胞のパーセンテージ（図７Ａ）、ＣＤ８６発現細胞の平均蛍光強度（ＭＦＩ）（図７Ｂ）として示される。図７Ａは、ＣＤ１９＋Ｂ細胞集団におけるＣＤ８６＋細胞の結果を示す棒図表を示す。図７Ｂは、図７Ａに示される選択実験のＦＡＣＳによる追跡例を示す（化合物（Ｉ）は１μＭ及び１０μＭであり、ＯＤＮ２００６は５μＭである）。
【０５７９】
図７は、化合物（Ｉ）がヒトＰＢＭＣにおいてＢ細胞の活性化を増加させることができることを示し、ＣＤ８６の発現によって決定したものである。ＣＤ８６の上方制御は、２４時間後には中程度であり（図７Ｂ）、３６時間時点ではさらに増加する（未掲載）ことが明らかになった。ＯＤＮ２１３７、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ２２１６を使用すると、Ｂ細胞のより強力な活性化が観測された（図７Ａ）。
【０５８０】
８．５  実施例６：化合物（Ｉ）は、ＴＬＲ３経路、ＴＬＲ７経路、及びＴＬＲ９経路を介して誘導されるＩＦＮαを抑制する。
この実施例は、化合物（Ｉ）が、ＴＬＲ３経路、ＴＬＲ７経路、及びＴＬＲ９経路を含むある特定のＴＬＲ経路の活性化を抑制できることを示す。
【０５８１】
ＰＢＭＣにおけるＴＬＲ３媒介性のＩＦＮα誘導、ＴＬＲ７媒介性のＩＦＮα誘導、及びＴＬＲ９媒介性のＩＦＮα誘導に対する化合物（Ｉ）の作用を分析した。化合物（Ｉ）（０．０００１μＭ〜１０μＭ）で細胞を１時間処理した後、１０μｇ／ｍｌのポリｌ：Ｃ（ＴＬＲ３）、５μｇ／ｍｌのイミキモド（ＴＬＲ７）、または６．３μｇ／ｍｌのＯＤＮ２２１６（ＴＬＲ９）で細胞を２４時間刺激した。２４時間後、上清を収集し、ＭａｇＰｉｘマルチプレックステクノロジーを使用して上清におけるＩＦＮαを試験した。
【０５８２】
図８は、ＴＬＲ３（図８Ａ）経路を介するＩＦＮαの誘導、ＴＬＲ７（図８Ｂ）経路を介するＩＦＮαの誘導、及びＴＬＲ９（図８Ｃ）経路を介するＩＦＮαの誘導を化合物（Ｉ）が抑制できることを示す実験結果を示す。化合物（Ｉ）は、ＴＬＲ９媒介性のＩＦＮα誘導（ＩＣ５０約１．０μＭ、図８Ｃ）と比較して、ＴＬＲ３媒介性のＩＦＮα誘導（ＩＣ５０約０．１μＭ、図８Ａ）及びＴＬＲ７媒介性のＩＦＮα誘導（ＩＣ５０＜０．１μＭ、図８Ｂ）のより強力な抑制剤であることが明らかになった。
【０５８３】
図９は、化合物（Ｉ）がＯＤＮ２００６（図９Ａ、ＩＣ５０＜１μＭ）とほぼ同程度に強力なＴＬＲ７媒介性ＩＦＮα誘導抑制剤であり、ＯＤＮ２００６（図９Ｂ、ＩＣ５０＜１μＭ）とほぼ同程度に強力なＴＬＲ７媒介性ＩＰ１０（ＣＸＣＬ１０）誘導抑制剤であることを示す実験結果を示す。ＢＬ−７０４０（ＩＣ５０約１０μＭ）及びＯＤＮ１５０（ＯＤＮ１５０が１０μＭに至っても抑制活性なし）と比較して、化合物（Ｉ）及びＯＤＮ２００６は、ＴＬＲ７媒介性のＩＦＮα誘導及びＩＰ１０誘導の少なくとも１０倍強力な抑制剤であることが明らかになった。
【０５８４】
８．６  実施例７：化合物（Ｉ）は、古典的なＮＦ−ｋＢ経路を活性化しない。
この実施例は、化合物（Ｉ）が古典的なＮＦ−κＢ経路を活性化しないことを示し、このことは、例えば実施例２〜４に記載の、ヒトＰＢＭＣにおける、例えばＩＤＯ、ＩＣＯＳ−Ｌ、ＴＧＦβなどのサイトカインの発現に対する化合物（Ｉ）の作用が、非古典的なＮＦ−κＢ経路を介して媒介され得ることを示唆している。
【０５８５】
古典的なＮＦ−κＢプロモーターによって推進されるレポーター構築物を含むマウスＲＡＷ２６４．７マクロファージ細胞を、５０，０００個細胞／ウェルで９６ウェルプレートに播種した。０．１μＭ、１μＭ、１０μＭ、３０μＭ、または１００μＭのＯＤＮ７０４０、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、及びＯＤＮ３０２で細胞を処理した後、２４時間インキュベートした。上清を収集し、上清の光学濃度を試験した。
【０５８６】
図１０は、化合物（Ｉ）が１００μＭの濃度に至ってもマウスＲＡＷ２６４．７マクロファージ細胞においてＮＦ−κＢ構築物を活性化しなかったことを示す結果を示す（図１０）。ＯＤＮ３０２では約１μＭのＯＤＮ濃度でＮＦ−κＢ構築物の中程度の活性化が観測され始め、ＯＤＮ７０４０及びＯＤＮ１５０でははるかに高い濃度（１００μＭ）でＮＦ−κＢ構築物の中程度の活性化が観測された。
【０５８７】
さらに、マウスのマクロファージＲａｗ２６４細胞における古典的なＮＦ−κＢプロモーター活性に対する化合物（Ｉ）の作用を試験した。古典的なＮＦ−κＢプロモーターによって推進される分泌型胚性アルカリホスファターゼ（ＳＥＡＰ）レポーター遺伝子を含むマウスＲａｗＢｌｕｅレポーター細胞（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）を、１０％のＦＢＳ、２ｍＭのＬ−グルタミン、１％のペニシリン／ストレプトマイシン、１００ｍｇ／ｍｌのノルマシン（Ｎｏｒｍａｃｉｎ）を添加したＤＭＥＭ培地に含め、５０，０００個細胞／ウェルで９６ウェルプレートに播種した。０．０１μＭ〜１０μＭまたは０．１μＭ〜１００μＭのＯＤＮ１８２６、ＯＤＮ１８２６Ｃ、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ７０４０、ＯＤＮ７０４０Ｃ、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ１５０Ｃ、ＯＤＮ３０２、及びＯＤＮ３０１Ｃで細胞を処理した後、２４時間インキュベートした。上清を収集し、６３０ｎＭでＯＤを測定することによって上清におけるＳＥＡＰの産生を試験した。
【０５８８】
図１１は、化合物（Ｉ）が、１０μＭの濃度に至ってもマウスマクロファージにおける古典的なＮＦ−κＢレポーターを活性化しないことを示す結果を示す。対照的に、ＯＤＮ１８２６は、０．０１μＭという低濃度でさえマウスマクロファージにおいてＮＦ−κＢレポーターを強力に活性化する因子であることが明らかになった。ＯＤＮ７０４０及びＯＤＮ１５０は、マウスマクロファージにおけるＮＦ−κＢレポーターを活性化し、この活性化は、１μＭ濃度（ＯＤＮ７０４０）または１０μＭという高濃度（ＯＤＮ１５０）で始まることが明らかになった。ＯＤＮ７０４０及びＯＤＮ１５０がＮＦ−κＢを活性化する作用は、ＣＧ−ジヌクレオチド配列の存在に依存することが明らかになった。ＯＤＮ７０４０Ｃ対照オリゴヌクレオチド及びＯＤＮ１５０Ｃ対照オリゴヌクレオチドは、ＣＧ−ジヌクレオチド配列を欠いており、これらの対照オリゴヌクレオチドは、マウスマクロファージにおいて古典的なＮＦ−κＢレポーターを活性化しなかった。
【０５８９】
ＴＮＦαまたはＩＬ−１０の誘導に対する化合物（Ｉ）の作用をマウスマクロファージにおいてさらに探索した。１０％のＦＢＳ、２ｍＭのＬ−グルタミン、１％のペニシリン／ストレプトマイシン、１００ｍｇ／ｍｌのノルマシン（Ｎｏｒｍａｃｉｎ）を添加したＤＭＥＭ培地にマウスＲａｗＢｌｕｅレポーター細胞（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ）を含め、５０，０００個細胞／ウェルで９６ウェルプレートに播種した。０．０１μＭ〜１０μＭまたは０．１μＭ〜１００μＭのＯＤＮ１８２６、ＯＤＮ１８２６Ｃ、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ７０４０、ＯＤＮ７０４０Ｃ、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ１５０Ｃ、ＯＤＮ３０２、及びＯＤＮ３０１Ｃで細胞を処理した後、２４時間インキュベートした。上清を収集し、ＭａｇＰｉｘマルチプレックステクノロジーを使用して上清におけるＴＮＦα及びＩＬ−１０の産生を試験した。
【０５９０】
図１２及び図１３は、化合物（Ｉ）が、１０μＭの濃度に至ってもマウスマクロファージにおいてＴＮＦαタンパク質またはＩＬ−１０タンパク質の発現を誘導しないことを示す結果を示す。こうした結果は、マウスマクロファージにおいて化合物（Ｉ）による古典的なＮＦ−κＢの活性化（例えば、ＴＮＦαの発現を推進する）が生じないことと一致する。ＯＤＮ１８２６、ＯＤＮ７０４０、及びＯＤＮ１５０は、古典的なＮＦ−κＢに対する活性がそれらで観測されたことと一致して、マウスマクロファージにおいてＴＮＦαタンパク質及びＩＬ−１０タンパク質の発現を誘導することが明らかになった。
【０５９１】
結論として、理論に拘束されるものではないが、本明細書に記載の実施例は、下記のことを示す：
●化合物（Ｉ）は、例えばｐＤＣにおいて、免疫抑制活性の重要なメディエーターであるＩＤＯを誘導することができる。化合物（Ｉ）は、制御性Ｔ細胞の誘導の重要なメディエーターであるＩＣＯＳ−Ｌを誘導することができる。化合物（Ｉ）は、ＰＢＭＣまたはｐＤＣなどの免疫系細胞においてＩＬ−１０を誘導することができる。化合物（Ｉ）のこうした活性は、化合物（Ｉ）がＴＬＲ９を活性化し、免疫抑制活性を発揮できることを示す。
●化合物（Ｉ）は、一般に、マウスまたはヒトのレポーター細胞株において古典的なＮＦ−ｋＢシグナル伝達を刺激しない。この知見は、化合物（Ｉ）がＩＤＯを誘導して免疫抑制活性を発揮する能力を有することと一致し、これは、例えばＴＬＲ９の下流の非古典的なＮＦ−ｋＢシグナル伝達を介して媒介される。
●化合物（Ｉ）は、ＴＬＲ７のシグナル伝達の抑制剤として作用することができる。
●化合物（Ｉ）（ＳＭＡＤ７ＡＯＮ）は、ＳＭＡＤ７ｍＲＮＡの発現のアンチセンス機構を介する下方制御と、ＴＬＲ調節因子（例えば、ＴＬＲ９及び／またはＴＬＲ７の調節因子）としての化合物（Ｉ）の活性と、を含む二重の作用機構を有し得る。
【０５９２】
８．７  実施例８：化合物（Ｉ）の細胞活性プロファイルは、ＣｐＧ−Ａオリゴヌクレオチド及びＣｐＧ−Ｂオリゴヌクレオチドの細胞活性プロファイルと区別される
この実施例は、化合物（Ｉ）が、末梢血に由来する免疫細胞においてＴＬＲ９のシグナル伝達を活性化できることを示す。この実施例は、化合物（Ｉ）の細胞活性プロファイルが、ＯＤＮ２２１６（クラスＡのＯＤＮ）及びＯＤＮ２００６（クラスＢのＯＤＮ）を含む、ＣＧ−オリゴヌクレオチド（ＣＧ  ＯＤＮ）クラスの他のＴＬＲ９アゴニストの細胞活性プロファイルとは高度に区別されることをさらに示す。免疫細胞におけるＴＬＲ９及びインフラマソームの活性化に関する化合物（Ｉ）の活性は、例えば腸管組織修復の促進を介する、ＩＢＤなどの疾患の治療に有益であり得る。
【０５９３】
一般に、ＣＧ  ＯＤＮは、非メチル化ＣＧジヌクレオチド（ＣＧモチーフ）を含む短い合成１本鎖ＤＮＡ分子のクラスであると考えられる。ＣＧ  ＯＤＮは、一般に、部分的または完全なホスホロチオエート（ＰＳ）骨格を有する。ＣＧ  ＯＤＮは、その構造特性と、ヒトＰＢＭＣ、特にＢ細胞及びｐＤＣに対するその活性と、に基づいて３つのカテゴリーに分類されることが多い：
○クラスＡのＯＤＮ（「ＣｐＧ−Ａ」）は、ＰＯを含み、中心に位置するＣＧ含有パリンドロームモチーフと、ＰＳを含むように改変された３’ポリＧストリングと、によって特徴付けられる。ＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮは、一般に、ｐＤＣからのＩＦＮ−αの産生を高度に誘導し、一般に、ＴＬＲ９依存性のＮＦ−κＢシグナル伝達または炎症誘発性サイトカイン（例えば、ＩＬ−６）の産生の弱い刺激因子である。
○ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮは、１つまたは複数のＣＧジヌクレオチドを有する完全なＰＳ骨格を含む。ＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮは、一般に、Ｂ細胞の増殖、ｐＤＣの活性化及び分化、ならびにＴＬＲ９依存性のＮＦ−κＢシグナル伝達を強力に誘導する一方、ＩＦＮ−αの分泌は弱くしか刺激しない。
○ＣｐＧ−Ｃ  ＯＤＮは、ＡとＢとの両方のクラスの特徴を併せ持つ。ＣＧ−ＯＤＮは、完全なＰＳ骨格及びＣＧ含有パリンドロームモチーフを含む。ＣクラスのＣＧ  ＯＤＮは、一般に、ｐＤＣからの強力なＩＦＮ−α産生、及びＢ細胞に対する強力な刺激を誘導する。
【０５９４】
表５は、化合物（Ｉ）で観測される相対細胞活性と、ＴＬＲ９の参照調節因子であるＣｐＧ−Ａ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２２１６）及びＣｐＧ−Ｂ  ＯＤＮ（例えば、ＯＤＮ２００６）の典型的な活性と、を比較したものである。ＣｐＧ−Ａ、ＣｐＧ−Ｂ（及びＣｐＧ−Ｃ）のＯＤＮの細胞活性については、当該技術分野において説明されている。例えば、Ｖｏｌｌｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｒｅｅ  ＣｐＧ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｃｌａｓｓｅｓ  ｗｉｔｈ  ｄｉｓｔｉｎｃｔ  ｉｍｍｕｎｏｓｔｉｍｕｌａｔｏｒｙ  ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ．ＥＵＲ．Ｊ．ＩＭＭＵＮＯＬ．Ｖｏｌ．３４：２５１−２６２（２００４）を参照のこと。具体的には、化合物（Ｉ）は、ヒトＰＢＭＣにおいていわゆるインフラマソームタンパク質複合体（ＩＬ−１β／ＩＬ−１８分泌）を誘導する能力、及びヒトｐＤＣの分化を誘導する能力を含む、免疫細胞関連の活性をＯＤＮ２００６と多く共有することが明らかになった。しかしながら、例えば、Ｂ細胞の増殖誘導（活性は検出不可能）またはＮＦ−κＢ経路の活性化（活性は低い）における化合物（Ｉ）の活性がはるかに低いことに基づくと、化合物（Ｉ）の活性プロファイルは、ＯＤＮ２００６のプロファイルと区別可能であった。例えば、ヒトｐＤＣまたはＰＢＭＣからのＩＦＮ−α、ＩＬ−６、またはＩＬ−１２の分泌の誘導における化合物（Ｉ）の活性が比較的低いこと、及びｐＤＣの分化誘導における化合物（Ｉ）の活性が比較的高いことに基づくと、化合物（Ｉ）の活性プロファイルは、典型的なＣｐＧ−Ａ（例えば、ＯＤＮ２２１６）のプロファイルと区別可能であった。例えば、例えばＰＢＭＣにおけるＩＦＮ−αの誘導に関して、化合物（Ｉ）の活性が相対的に低いことに基づくと、化合物（Ｉ）の観測された活性プロファイルは、ＣｐＧ−Ｃ  ＯＤＮの典型的な活性プロファイルと区別可能である。
表５．化合物（Ｉ）と、ＣｐＧ−Ａオリゴヌクレオチド及びＣｐＧ−Ｂオリゴヌクレオチドと、の細胞活性の比較
【表７】
2018529726.tif 000015
記載のアッセイにおけるＣｐＧ−Ａ、ＣｐＧ−Ｂ、及び化合物（Ｉ）の細胞活性の相対強度は、１つまたは複数の矢印によって示され、矢印の数が増えるほど相対活性が強いことを示す。例えば、（↑）は、弱いが検出可能な活性を示し、（↑↑）及び（↑↑↑）は、異なるレベルの中程度の活性を示し、（↑↑↑↑）は、強力な活性を示し、（−）は、活性が検出不可能であることを示す。報告活性は、例えばＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、レポーター遺伝子、またはチミジン取り込みアッセイなどの、本明細書で提供される実施例を通じて記載される細胞に基づくアッセイ形式における活性を示す。データの例は、例えば、実施例４、実施例７、実施例９、及び実施例１２に記載される。
【０５９５】
結論として、この実施例は、古典的なＣｐＧ−Ｂ型のＴＬＲ９活性化因子であるＯＤＮ２００６のプロファイルと重複する細胞活性プロファイルを化合物（Ｉ）が有することを示す。しかしながら、例えば、Ｂ細胞の増殖に対する化合物（Ｉ）の活性が低いか、または存在しないことに基づくと、化合物（Ｉ）の細胞活性プロファイルは、ＯＤＮ２００６のプロファイルと区別することができる。
【０５９６】
８．８  実施例９：化合物（Ｉ）の細胞活性プロファイルは、ＯＤＮ１５０オリゴヌクレオチド及びＯＤＮ７０４０オリゴヌクレオチドの細胞活性プロファイルと区別される。
この実施例は、化合物（Ｉ）の細胞活性プロファイルが、ＯＤＮ１５０（Ｋａｐｐａｐｒｏｃｔ（登録商標））及びＯＤＮ７０４０（Ｍｏｎａｒｓｅｎ（商標））の細胞活性プロファイルと区別されることを示す。
【０５９７】
表６及び表７は、化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、及びＯＤＮ７０４０の相対細胞活性のまとめを示す。例えば、ＯＤＮ１５０及びＯＤＮ７０４０と比較して、ＰＢＭＣにおいて強力なインフラマソーム活性を誘導する能力、及びｐＤＣの分化を強力に誘導する能力を化合物（Ｉ）が有していることに基づくと、化合物（Ｉ）の活性プロファイルは、ＯＤＮ１５０及びＯＤＮ７０４０のプロファイルと区別可能であった。表６を参照のこと。さらに、ＯＤＮ１５０及びＯＤＮ７０４０と比較して、ｐＤＣにおけるＩＦＮ−αの誘導に関して化合物（Ｉ）で観測された活性は、存在するのであれば、はるかに弱いものであった。表６を参照のこと。
【０５９８】
ＴＬＲの調節に関して、化合物（Ｉ）は、ＴＬＲ９アゴニスト特性をＯＤＮ１５０及びＯＤＮ７０４０といくつか共有していることが明らかになった。さらに、化合物（Ｉ）は、ＴＬＲ３及びＴＬＲ７に対するアンタゴニスト活性をＯＤＮ１５０と共有していることが明らかになった。例えば、化合物（Ｉ）と比較して、ＴＬＲ８に対するＯＤＮ１５０のアゴニスト活性がはるかに強力であることに基づくと、化合物（Ｉ）のＴＬＲ調節プロファイルは、ＯＤＮ１５０のプロファイルと区別可能であった。例えば、ＴＬＲ３及びＴＬＲ７に対する化合物（Ｉ）のアンタゴニスト活性がより強力であることに基づくと、化合物（Ｉ）のＴＬＲ調節プロファイルは、ＯＤＮ７０４０のプロファイルと区別可能であった。
表６．化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、及びＯＤＮ７０４０の細胞活性の比較
【表８】
2018529726.tif 000016
記載のアッセイにおけるＯＤＮ１５０、ＯＤＮ７０４０、及び化合物（Ｉ）の細胞活性の相対強度は、１つまたは複数の矢印によって示され、矢印の数が増えるほど相対活性が強いことを示す。例えば、（↑）は、弱いが検出可能な活性を示し、（↑↑）及び（↑↑↑）は、異なるレベルの中程度の活性を示し、（↑↑↑↑）は、強力な活性を示し、（−）は、活性が検出不可能であることを示す。（−／↑）は、活性が低く、検出限界に近いことを示す。報告活性は、例えばＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、レポーター遺伝子、またはチミジン取り込みアッセイなどの、本明細書で提供される実施例を通じて記載される細胞に基づくアッセイ形式における活性を示す。データの例は、例えば、実施例４、実施例７、実施例９、及び実施例１２に記載される。
表７．ＴＬＲ発現細胞株におけるＴＬＲ／ＮＯＤ誘導性のＮＦ−κＢの調節における化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、及びＯＤＮ２００６の活性の比較
【表９】
2018529726.tif 000017
組換えのＴＬＲ発現ＨＥＫ２９３レポーター細胞株における化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、及びＯＤＮ２００６のＴＬＲ調節活性の相対強度は、１つまたは複数のプラス記号（＋）で示される。マイナス記号（−−）は、活性がないことを示す。ＮＡは、その実験条件では分析されていないことを示す。実験データは、本明細書に記載され、例えば、実施例６に記載される。
【０５９９】
図１５は、記載の濃度の化合物（Ｉ）、またはオリゴヌクレオチドＯＤＮ１５０、オリゴヌクレオチドＯＤＮ２００６、もしくはオリゴヌクレオチドＯＤＮ７０４０と共にヒトＰＢＭＣを２４時間インキュベートし、ＩＬ−１βの分泌をＥＬＩＳＡによって測定した実験の結果を示す。結果は、化合物（Ｉ）がヒトＰＢＭＣにおいてＩＬ−１βを強力に誘導したことを示す。化合物（Ｉ）がＩＬ−１βを誘導する効力は、古典的なＣｐＧ−ＢオリゴヌクレオチドであるＯＤＮ２００６のものと類似していた。ＯＤＮ３０１Ｃもまた、ＩＬ−１βを誘導することが明らかになり、このことは、このアッセイでは、ＳＭＡＤ７またはＣＧ含有ＯＤＮの配列のいずれもＩＬ−１βの誘導に必要ないことを示している。ＯＤＮ１５０及びＯＤＮ７０４０などの他のＴＬＲ９調節因子は、ＩＬ−１βを誘導しなかった。
【０６００】
例えばＰＢＭＣからのＩＬ−１βの分泌には、ＩＢＤに関係づけられるタンパク質複合体である、いわゆるインフラマソームの活性化が必要になると一般に考えられる。ＩＢＤのヒト及びマウスの遺伝学は、インフラマソーム媒介性の免疫応答が正常に機能しないことがＩＢＤの根本的な異常となるという概念と一致するように見える。ＩＢＤにおいて危険となり得る対立遺伝子を含むと同定された他のインフラマソーム構成要素またはメディエーターには、例えば、ＮＡＣＨＴドメイン、ＬＲＲドメイン、及びＰＹＤドメイン含有タンパク質３（ＮＬＲＰ３）、ＩＬ−１８、ＩＬ−１８ＲＡＰ、ならびにヌクレオチド結合オリゴマー化ドメイン含有タンパク質２（ＮＯＤ２）（炎症性腸疾患タンパク質１（ＩＢＤ１）としても知られる）が含まれる。インフラマソームの活性化に関する化合物（Ｉ）の活性は、インフラマソーム媒介性の組織修復の促進を介するＩＢＤ治療において有益であり得る。
【０６０１】
図１６Ａ〜Ｂは、記載の濃度の化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０と共に、ＮＦ−κＢレポーター遺伝子を保有する組換えＴＬＲ発現ＨＥＫ２９３細胞を４８時間インキュベートした実験の結果を示す。結果は、化合物（Ｉ）が、ＴＬＲ９依存的様式でＮＦ−κＢレポーター遺伝子を活性化したことを示す。図１６Ａを参照のこと。化合物（Ｉ）の活性は、ヒドロキシクロロキンによって抑制される。しかしながら、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０と比較して、化合物（Ｉ）がＮＦ−κＢを活性化したレベルは、はるかに低かった。図１６Ｂを参照のこと。
【０６０２】
図１７は、記載の濃度の化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ３０２、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ２００８Ｃと共に、精製ヒトＢ細胞を９６時間インキュベートした実験の結果を示す。Ｂ細胞は、ＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐ（商標）ヒトＢ細胞濃縮キット（Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ、カタログ番号１５０２４）を使用し、製造者の手順書に従って、３人のドナーのバフィーコート（ＮＹの血液センター）から単離した。その後、１０％のＦＢＳ、２ｍＭのＬ−グルタミン、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム、及び１％のペニシリン／ストレプトマイシンを添加したＲＰＭＩ−１６４０培地においてＢ細胞を培養した。９６ウェルの平底プレートを使用し、精製Ｂ細胞を１８０μｌに含め、１００，０００個細胞／ウェルで播種した。１０Ｘの化合物（Ｉ）、ＯＤＮ３０１Ｃ、ＤＩＭＳ０１５０、ＯＤＮ２００６、及びＯＤＮ７０４０を２０μｌ用いて細胞を直ちに処理した。最終濃度は、０μＭ、０．０００１μＭ、０．００１μＭ、０．０１μＭ、０．１μＭ、１μＭ、１０μＭとした。５％ＣＯ２雰囲気下、３７℃でプレートを９６時間インキュベートした。７２時間後、トリチウム標識されたチミジン（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ、原液濃度１ｍＣｉ／ｍｌ）を完全ＲＰＭＩ−１６４０培地に１μＣｉ／ウェル（１：２０希釈）で添加し、３７℃で２４時間インキュベートした。２４時間後、細胞ハーベスターでプレートから細胞を収集し、一晩空気乾燥させた後、Ｔｏｐ  Ｃｏｕｎｔ  Ｒｅａｄｅｒで分析した（分析前にシンチレーション液を２０μｌ添加した）。結果は、化合物（Ｉ）がＢ細胞の増殖を検出可能なほど誘導しなかったことを示す。
【０６０３】
図１８は、記載の濃度の化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０と共に、ＩＬ−３の存在下または非存在下で、ヒト精製ｐＤＣを４８時間インキュベートし、ＥＬＩＳＡによってＩＦＮ−αの分泌を測定した実験の結果を示す。結果は、化合物（Ｉ）が、精製ｐＤＣ（ＩＬ−３なし）またはＩＬ−３処理によって成熟させたｐＤＣからのＩＦＮαの分泌を検出可能なほど誘導しなかったことを示す。対照的に、ＯＤＮ２００６は、精製ｐＤＣ及び成熟ｐＤＣからのＩＦＮ−αの分泌を誘導し、ＯＤＮ１５０及びＯＤＮ７０４０は、成熟ｐＤＣからのＩＦＮ−αの分泌を誘導した。
【０６０４】
図２４は、記載の濃度の化合物（Ｉ）、ＯＤＮ１５０、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０をＨＥＫ  Ｂｌｕｅ  ＴＬＲ８レポーター細胞株（ＩｎｖｉｖｏＧｅｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）にトランスフェクトし、ＴＬＲ８の活性化を測定した実験の結果を示す。簡潔に記載すると、レポーター細胞は、ＴＬＲ８遺伝子を発現するように操作されたＨＥＫ２９３細胞であり、ＮＦ−ｋβ誘導性のＳＥＡＰ（分泌型胚性アルカリホスファターゼ）の活性の監視するために特別に設計されたものである。レポーター細胞は、およそ６００００個／ウェルの密度で９６ウェルプレートに播種し、７２時間保持した。増殖培地を除去し、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）２０００／オリゴヌクレオチド複合体及びアゴニストを添加し、６時間インキュベートした。複合体を除去してから検出培地を添加し、１６時間インキュベートした。分光光度計によって６４０ｎＭでＳＥＡＰの光学濃度を測定した。結果は、試験したＯＤＮのものであり、ＯＤＮ１５０のみがＴＬＲ８の活性化を実質的に誘導したことを示す。表７も参照のこと。
【０６０５】
結論として、この実施例は、例えば、ＴＬＲの調節に関して、またはヒトＰＢＭＣもしくはｐＤＣなどの免疫系細胞とのその相互作用において、化合物（Ｉ）が、ＯＤＮ１５０オリゴヌクレオチドまたはＯＤＮ７０４０オリゴヌクレオチドと区別可能な細胞活性プロファイルを有することを示す。具体的には、化合物（Ｉ）が、例えばヒトＰＢＭＣにおいて、インフラマソーム活性を誘導する能力、及び化合物（Ｉ）がヒトｐＤＣの分化を誘導する能力によって、化合物（Ｉ）は、ＯＤＮ１５０及びＯＤＮ７０４０と区別される。さらに、この実施例は、ＩＢＤと関連する癌の組織修復などの、インフラマソームの活性化を伴う疾患治療に化合物（Ｉ）が有用である可能性を示している。
【０６０６】
８．９  実施例１０：化合物（Ｉ）は、ＮＯＤ２リガンドであるＬ１８−ＭＤＰと相乗的に作用することでヒトＰＢＭＣにおいてインフラマソーム複合体を活性化する
この実施例は、化合物（Ｉ）が、ＭＤＰまたはＬ１８−ＭＤＰなどのＮＯＤ２受容体リガンドと相乗的に作用することでヒトＰＢＭＣにおいてインフラマソーム複合体を活性化できることを示す。
【０６０７】
ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）は、一般に、すべての細菌に共通する最小の生理活性ペプチドグリカンモチーフであると考えられており、一般に、ワクチンにおいてそのアジュバント活性が使用される。ＭＤＰは、ＮＯＤ２によって認識されるが、ＴＬＲ２またはＴＬＲ２／１会合体もしくはＴＬＲ２／６会合体には認識されないことが示されている。ＭＤＰの誘導体は当該技術分野において多く知られており、市販されている（例えば、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）。その中で、ステアロイル脂肪酸を有する６−Ｏ−アシル誘導体であるＬ１８−ＭＤＰ（例えば、Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ  カタログ番号ｔｌｒｌ−ｌｍｄｐ）は、非常に高い活性を有することが知られている。例えば、ＨＥＫ−Ｂｌｕｅ（商標）ＮＯＤ２細胞では、ＭＤＰと比較して、Ｌ１８−ＭＤＰは１０倍以上効率的なＮＦ−κＢ活性化因子であることが知られている。
【０６０８】
ＰＢＭＣは、密度勾配遠心を使用し、３人のドナーのバフィーコート（ＮＹの血液センター）から単離した。１０％のＦＢＳ、２ｍＭのＬ−グルタミン、ならびに１００ユニット／ｍｌのペニシリン及び１００μｇ／ｍｌのストレプトマイシンを添加したＲＰＭＩ−１６４０培地にＰＢＭＣを再懸濁した。細胞を２５０，０００個細胞／ウェルで９６ウェルの平底プレートに播種した。媒体対照（エンドトキシンを含まない水）、０．０００１μＭ、０．００１μＭ、０．０１μＭ、０．１μＭ、１μＭ、及び１０μＭの化合物（Ｉ）及びＯＤＮ２００６で事前に細胞を１時間処理した。１時間後、１００ｎｇ／ｍｌのＬ−１８ＭＤＰ（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）または１ｎｇ／ｍｌのＬＰＳ（Ｓｉｇｍａ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，Ｍｉｓｓｏｕｒｉ）を含めて、または含めずに細胞を刺激した。その後、５％ＣＯ２雰囲気下、３７ｏＣで細胞を２４時間インキュベートした。化合物またはＯＤＮはすべて、エンドトキシンを含まない水に再懸濁したものである。２４時間後、上清を収集し、上清におけるサイトカイン産生を分析した。上清におけるサイトカイン産生の分析は、ＭａｇＰｉｘ機器（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ，Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ）を使用し、磁性マルチプレックスビーズ形式で２回繰り返して実施した。ＩＬ−１βは、ビーズに基づくヒトサイトカイン／ケモカインキット（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、カタログ番号ＨＣＹＴＯＭＡＧ−６０Ｋ−０９）を使用して試験した。製造者の手順書に従って実施した。データ解析は、Ｍｉｌｌｉｐｌｅｘ  Ａｎａｌｙｓｔソフトウェア（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を使用して実施した。
【０６０９】
図１９は、ヒトＰＢＭＣをＬ−１８ＭＤＰ（１００ｎｇ／ｍｌ）で約５１倍に刺激し、記載の濃度の化合物（Ｉ）、ＯＤＮ３０１Ｃ、ＯＤＮ３０２、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ２００６Ｃと共にさらにインキュベートし、ＥＬＩＳＡによってＩＬ−１βの分泌を測定した実験の結果を示す。結果は、化合物（Ｉ）がＬ−１８ＭＤＰなどのＮＯＤ２リガンドと相乗的に作用することでＩＬ−１βの分泌をさらに誘導することができ、それ故に、ヒトＰＢＭＣにおいてインフラマソームが活性化されることを示す。
【０６１０】
８．１０  実施例１１：化合物（Ｉ）は、ＬＰＳと相乗的に作用することでヒトＰＢＭＣにおいてインフラマソーム複合体を活性化する
この実施例は、化合物（Ｉ）が、リポ多糖（ＬＰＳ）と相乗的に作用することでヒトＰＢＭＣにおいてインフラマソーム複合体を活性化できることを示す。
【０６１１】
図２０Ａ〜Ｂは、ＬＰＳの非存在下（図２０Ａ）または存在下（図２０Ｂ）で、記載の濃度の化合物（Ｉ）またはＯＤＮ２００６と共にヒトＰＢＭＣを２４時間インキュベートし、ＥＬＩＳＡによってＩＬ−１βの分泌を測定した実験の結果を示す。結果は、化合物（Ｉ）またはＯＤＮ２００６と比較して、ＬＰＳの刺激でＩＬ−１βの分泌が約１０００倍高いレベルになることを示す。０．１μＭ〜１０μＭの化合物（Ｉ）濃度で化合物（Ｉ）と同時にインキュベートすると、ＬＰＳが刺激するＩＬ−１β分泌をさらに増加させることができる。
【０６１２】
８．１１  実施例１２：化合物（Ｉ）は、ｐＤＣの分化を誘導する
この実施例は、化合物（Ｉ）がヒトｐＤＣの分化を誘導できることを示す。
【０６１３】
図２１は、記載の濃度の化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮ７０４０の存在下で精製ヒトｐＤＣを培養し、分化マーカーであるＣＤ８６、ＣＤ８３、ＣＣＲ６、及びＣＣＲ７をフローサイトメトリーによって分析した実験の結果を示す。結果は、化合物（Ｉ）及びＯＤＮ２００６が、精製ヒトｐＤＣの分化を誘導したことを示し、このことは、ＣＤ８３、ＣＤ８６、及びＣＣＲ７が上方制御されたことによって示された。対照的に、分化マーカーであるＣＤ８６、ＣＤ８３、ＣＣＲ６、及びＣＣＲ７を使用して決定したところ、ＯＤＮ７０４０は、ｐＤＣの分化を誘導しなかった。
【０６１４】
８．１２  実施例１３：初代細胞における化合物（Ｉ）の活性プロファイル
この実験は、ＢｉｏＭａｐ（登録商標）プラットフォーム（ＤｉｓｃｏｖｅＲｘ  Ｃｏｒｐ．，Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ）を使用し、１２の初代細胞アッセイ一団に対する化合物（Ｉ）のプロファイリングから得られた結果のまとめである。
【０６１５】
以下の表８に示されるとおり、初代ヒト細胞に基づく組織及び疾患の１３のモデルにおいて化合物（Ｉ）を特徴付けた。こうしたシステムは、血管、上皮（皮膚及び呼吸器）、間質、免疫、ならびに炎症の生物学を広範囲にカバーするものである。
【０６１６】
表６．細胞に基づく組織及び疾患のモデル
【表１０】
2018529726.tif 000018
2018529726.tif 000019
【０６１７】
初代ヒト細胞．試験はすべて、米国のＨＨＳヒト対象規制（４５ＣＦＲパート４６）の下、ヒト対象研究のガイドラインに従って実施した。システムのための初代ヒト細胞型の調製及び培養ならびに方法は、（Ｋｕｎｋｅｌ  ＥＪ  ｅｔ  ａｌ，“Ｒａｐｉｄ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ−ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｎｄ  ｓｅｌｅｃｔｉｖｉｔｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｋｉｎａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ｂｙ  ＢｉｏＭＡＰ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  ｃｏｍｐｌｅｘ  ｈｕｍａｎ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｃｅｌｌ−ｂａｓｅｄ  ｍｏｄｅｌｓ，”Ａｓｓａｙ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ  Ｔｅｃｈｎｏｌ．，２，４３１−４１（２００４）、Ｂｅｒｇ  ＥＬ  ｅｔ  ａｌ．“Ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｔａｒｇｅｔ  ａｎｄ  ｐａｔｈｗａｙ  ｔｏｘｉｃｉｔｙ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ｄｅｆｉｎｅｄ  ｉｎ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｈｕｍａｎ  ｃｅｌｌ  ｓｙｓｔｅｍｓ，”Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ，６１，３−１５（２０１０）、Ｂｅｒｇａｍｉｎｉ  Ｇ  ｅｔ  ａｌ．，“Ａ  ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｒｅｖｅａｌｓ  ＰＩ３Ｋγ  ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｅ  ｏｆ  Ｔ（Ｈ）１７  ｃｅｌｌ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ，”Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，８，５７６−８２（２０１２）、Ｘｕ  Ｄ  ｅｔ  ａｌ．，“ＲＮ４８６［６−Ｃｙｃｌｏｐｒｏｐｙｌ−８−ｆｌｕｏｒｏ−２−（２−ｈｙｄｒｏｘｙｍｅｔｈｙｌ−３−｛１−ｍｅｔｈｙｌ−５−［５−（４−ｍｅｔｈｙｌｐｉｐｅｒａｚｉｎ−１−ｙｌ）−ｐｙｒｉｄｉｎ−２−ｙｌａｍｉｎｏ］−６−ｏｘｏ−１，６−ｄｉｈｙｄｒｏ−ｐｙｒｉｄｉｎ−３−ｙｌ｝−ｐｈｅｎｙｌ）−２Ｈｉｓｏｑｕｉｎｏｌｉｎ−１−ｏｎｅ］，ａ  ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ  Ｂｒｕｔｏｎ’ｓｔｙｒｏｓｉｎｅ  ｋｉｎａｓｅ（Ｂｔｋ）ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ，ａｂｒｏｇａｔｅｓ  ｉｍｍｕｎｅ  ｈｙｐｅｒｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ａｎｄ  ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ｉｎ  ｒｏｄｅｎｔｓ，”Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，３，（２０１２））において以前に記載されたものと実質的に同じものを使用した。３人のドナーに由来するヒト新生児包皮線維芽細胞（ＨＤＦｎ）はプールし、サプライヤー（Ｌｏｎｚａ，Ｉｎｃ．，Ａｌｌｅｎｄａｌｅ，ＮＪ）の推奨事項に従って培養してから低血清濃度条件で播種し、アッセイを開始する前に２４時間保持した。初代ヒト気管支上皮細胞（Ｃｅｌｌ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、動脈平滑筋細胞、成人肺線維芽細胞（Ｌｏｎｚａ，Ｉｎｃ．，Ａｌｌｅｎｄａｌｅ，ＮＪ）、及びケラチノサイト（Ｃａｍｂｒｅｘ，Ｉｎｃ．，Ｅａｓｔ  Ｒｕｔｈｅｒｆｏｒｄ，ＮＪ）は、商業サプライヤーが推奨する方法に従って培養した。末梢血単核球（ＰＢＭＣ）は、正常なヒトドナーに由来するバフィーコートから調製した（Ｋｕｎｋｅｌ，ＥＪ  ｅｔ  ａｌ．，“Ａｎ  ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｐｐｒｏａｃｈ  ｆｏｒ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｄｒｕｇ  ａｃｔｉｏｎ  ｉｎ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｖａｓｃｕｌａｒ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ，”Ｔｈｅ  ＦＡＳＥＢ  Ｊｏｕｒｎａｌ，２００４，１８，１２７９−８１）。ＣＤ１９＋Ｂ細胞及びＣＤ１４＋単球は、ＡｌｌＣｅｌｌｓ，Ｉｎｃ．（Ｅｍｅｒｙｖｉｌｌｅ，ＣＡ）から入手した。マクロファージは、ＣＤ１４＋単球を７日間培養することによって調製した。それぞれのシステムを構築するために、コンフルエントのマイクロタイタープレートに下記の濃度／量の試薬を添加した：サイトカイン（ＩＬ−１β（１ｎｇ／ｍｌ）、ＴＮＦ−α（５ｎｇ／ｍｌ）、ＩＦＮ−γ（２０ｎｇ／ｍｌ）、ＩＬ−４（５ｎｇ／ｍｌ））、活性化因子（ヒスタミン（１０マイクロＭ）、スーパー抗原（ＴＣＲリガンド）（２０ｎｇ／ｍｌ）、またはＬＰＳ（２ｎｇ／ｍｌ））、増殖因子（ＴＧＦ−β（５ｎｇ／ｍｌ）、ＥＧＦ、ｂＦＧＦ、及びＰＤＧＦ−ＢＢ（１０ｎｇ／ｍｌ）、ザイモサン（１０μｇ／ｍｌ）、抗ＩｇＭ（５００ｎｇ／ｍｌ））、Ｂ細胞（２．５ｘ１０４個）、ＰＢＭＣ（ＬＰＳシステム、Ｓａｇシステム、またはＨＤＦＳＡｇシステムについては７．５ｘ１０４個細胞／ウェル、もしくはＢＴシステムについては２．５ｘ１０４個細胞／ウェル）、またはマクロファージ（７５００個細胞／ウェル）。細胞培養への適応を最小化し、生理学的なシグナル伝達応答を保つために、利用した初代ヒト細胞はすべて、継代回数が少ない段階（≦Ｐ４）で使用した。
【０６１８】
ＢｉｏＭＡＰシステム．それぞれのシステムにおいて使用した細胞型及び刺激（上掲の表６）は下記のとおりである：３Ｃシステム（臍帯静脈内皮細胞（ＨｕＶＥＣ）／ＩＬ−１β、ＴＮＦα、及びＩＦＮγ）、４Ｈシステム（ＨｕＶＥＣ／ＩＬ−４及びヒスタミン）、ＬＰＳシステム（ＰＢＭＣ及びＨｕＶＥＣ／ＬＰＳ）、ＳＡｇシステム（ＰＢＭＣ及びＨｕＶＥＣ／ＴＣＲリガンド）、ＢＴシステム（ＣＤ１９＋Ｂ細胞及びＰＢＭＣ／抗ＩｇＭ＋ＴＣＲリガンド）、ＢＥ３Ｃシステム（気管支上皮細胞／ＩＬ−１β、ＴＮＦα、及びＩＦＮγ）、ＢＦ４Ｔシステム（気管支上皮細胞及びヒト皮膚線維芽細胞／ＴＮＦα及びＩＬ−４）、ＨＤＦ３ＣＧＦシステム（ヒト皮膚線維芽細胞／ＩＬ−１β、ＴＮＦα、及びＩＦＮγ、ＥＧＦ、ｂＦＧＦ、及びＰＤＧＦ−ＢＢ）、ＫＦ３ＣＴシステム（ケラチノサイト及び皮膚線維芽細胞／ＩＬ−１β、ＴＮＦα、及びＩＦＮγ）、ＣＡＳＭ３Ｃシステム（冠動脈平滑筋細胞／ＩＬ−１β、ＴＮＦα、及びＩＦＮγ）、ＭｙｏＦシステム（分化肺筋線維芽細胞／ＴＮＦα及びＴＧＦβ）、／Ｍｐｈｇシステム（ＨｕＶＥＣ及びＭ１マクロファージ／ＴＬＲ２リガンド）、ならびにＨＤＦＳＡｇ（ＰＢＭＣ及びＨＤＦ／ＴＣＲリガンド）。それぞれのアッセイについて、接着細胞型をコンフルエントになるまで３７℃で最初に培養した。その後、ＰＢＭＣ（ＳＡｇシステム、ＬＰＳシステム、及びＢＴシステム）ならびにＣＤ１９＋Ｂ細胞（ＢＴシステム）を添加してから試験物質を添加して１時間保持し、その後、適切な刺激を加えた。その後、ＭｙｏＦシステム（４８時間）及びＢＴシステム（可溶物の読み取りについては７２時間または分泌型ＩｇＧについては６日間）は例外として、アッセイプレートを２４時間インキュベートした。増殖アッセイについては、個々の細胞型をサブコンフルエンスで培養し、４８時間時点、７２時間時点（ＨＤＦ３ＣＧＦ）、または９６時間時点（ＢＴシステム）で読み取った。
【０６１９】
試験物質．化合物（Ｉ）は、水で調製し、記載の濃度で添加した。化合物（Ｉ）は、細胞を刺激する１時間前に添加し、その後２４〜９６時間存在させた。最終的なＤＭＳＯ濃度は、＜０．１％とした。１．１μＭのコルヒチンを含む正の対照試料、及び無刺激試料をプレートごとに対照として含めた。プレート当たり６連以上で０．１％のＤＭＳＯを試験した。
【０６２０】
評価項目の測定．読み取りパラメーターのレベルは、（Ｂｅｒｇ，２０１０、Ｂｅｒｇａｍｉｎｉ，２０１２、Ｍｅｌｔｏｎ，２０１３、Ｘｕ，２０１２）に記載のようにＥＬＩＳＡによって測定した。簡潔に記載すると、マイクロタイタープレートを処理し、ブロッキングした後、一次抗体またはアイソタイプ対照抗体（０．０１〜０．５μｇ／ｍｌ）と共に１時間インキュベートした。洗浄の後、ペルオキシダーゼ複合化抗マウスＩｇＧ二次抗体またはビオチン複合化抗マウスＩｇＧ抗体と共にプレートを１時間インキュベートし、続けてストレプトアビジン−ＨＲＰと共にプレートを３０分間インキュベートした。プレートを洗浄し、ＴＭＢ基質で発色させ、吸光度（ＯＤ）を４５０ｎｍで読み取った（６５０ｎｍでのバックグラウンドの吸光度を差し引いた）。可溶物の読み取り値の定量化は、製造者の指示書に従って市販キットを使用して実施した。ＰＢＭＣ（Ｔ細胞）の増殖は、Ａｌａｍａｒ  ｂｌｕｅの還元によって定量化し、接着細胞型の増殖は、ＳＲＢ染色によって定量化した（Ｂｅｒｇ，２０１０）。ＳＲＢ染色は、１０％ＴＣＡでの固定化処理の後、０．１％のスルホローダミンＢで細胞を染色することによって実施し、ウェルを読み取りは５６０ｎｍで実施する（Ａｈｍｅｄ，，ＳＡ  ｅｔ  ａｌ．，“Ａ  ｎｅｗ  ｒａｐｉｄ  ａｎｄ  ｓｉｍｐｌｅ  ｎｏｎｒａｄｉｏａｃｔｉｖｅ  ａｓｓａｙ  ｔｏ  ｍｏｎｉｔｏｒ  ａｎｄ  ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ  ｔｈｅ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ：ａｎ  ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ  ｔｏ［３Ｈ］ｔｈｙｍｉｄｉｎｅ  ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ  ａｓｓａｙ，”Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１９９４，１７０（２）：２１１−２４）。ＰＢＭＣの生存率は、活性化因子及び化合物の存在下で２４時間培養したＰＢＭＣにＡｌａｍａｒ  ｂｌｕｅを添加することによって評価し、その還元を８時間後に測定する。
【０６２１】
データ解析．処理試料における各パラメーターの測定値を少なくとも６つの緩衝液対照試料（同一プレート由来のもの）から得た平均値で割ることで比を算出した。その後、比はすべてｌｏｇ１０変換した。有意性予測エンベロープ（Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｅｎｖｅｌｏｐｅ）は、歴史的負対照試験試料から計算した（例えば、９５％）。それぞれのシステム読み取り値と組み合わせるための対照分布を考慮し、例えば対照比と比較して、９５パーセンタイル、または９９パーセンタイル、または９９．９パーセンタイルを取ることによって、個々の読み取り比の有意性を経験分布から計算した。総タンパク質のレベルを５０％未満に低減するものとして明らかに細胞毒性を有する化合物を同定した（スルホローダミンブルー、ＳＲＢ、またはＡｌａｍａｒ  ｂｌｕｅ、ＰＢＭＣ細胞毒性）。プロファイルの類似性解析については、明らかに細胞毒性を有する化合物のプロファイルは除外した。比較は、数学的な相関性によって評価される。相関性尺度は、ピアソン相関に類似性尺度の組み合わせを加えたものである（Ｂｅｒｇ，２０１０）。類似プロファイルは、選択基準値＞０．７を超えるピアソン相関を有するもの（または別の方法で示されるもの）として同定した。クラスタリング解析（機能類似性マップ）では、ペアワイズの相関性解析の結果を使用することで化合物プロファイルの「近似性」が多次元空間から二次元にかけて投影される。二次元投影での座標は、（Ｂｅｒｇ，２０１０）に記載の改変された非線形マッピング手法を適用することによって生成させた。勾配降下最小化法を一連の開始位置（例えば、主成分分析に由来する）から始めて使用することで改変応力関数を最小化した。
【０６２２】
アッセイ許容基準．ＢｉｏＭＡＰプラットフォームによって、それぞれの試験化合物について多パラメーターのデータセットを生成させた。アッセイはプレートに基づき、それぞれのアッセイについて正の対照及び負の対照によって結果を評価した。負の対照は、緩衝液（例えば、ＤＭＳＯ）を含む。刺激を実施したシステムについては、正の対照は、無刺激条件（無刺激）及び正の対照試験物質（コルヒチン）を含む。データ許容基準は、プレートの結果（負の対照ウェルのＣＶ％）と、歴史的対照と比較した全アッセイの正の対照の結果と、を基準にした。所与のアッセイにおけるそれぞれのＢｉｏＭＡＰシステムの結果は、正の対照に対するピアソン統計量を使用して評価し、ピアソン統計量は、正の対照の参照データセットと比較し、それぞれのアッセイについて個々に計算した。この検定（ＱＡ／ＱＣピアソン検定）は、１％偽陰性ピアソンカットオフ値を正の参照データセットから最初に確立することによって実施した。このプロファイルとデータセットにおける残りのプロファイルの平均値との間でピアソン値を計算し、計算されるピアソン値の数が参照データセットにおけるプロファイルの数となるように、正の対照参照データセットにおけるそれぞれのプロファイルを通してプロセスを繰り返した。計算したすべてのピアソン値の１パーセンタイルのピアソンを、１％偽陰性ピアソンカットオフ値とした。新たな正の対照プロファイルと正の対照参照プロファイルの平均値との間のピアソンが、この１％偽陰性ピアソンカットオフ値を超えるのであれば、こうしたプレートは検定を通過させた。正の対照がピアソン検定を通過し、プレートの９５％が２０％未満のＣＶ％を有するとき、アッセイを採用した。
【０６２３】
化合物（Ｉ）の同定された活性には下記のものが含まれる：
●炎症関連の活性：
○エオタキシン−３（Ｅｏｔ−３、ＣＣＬ２０）、インターロイキン（ＩＬ−１α）、可溶性ＴＮＦ−α、インターフェロン誘導性Ｔ細胞アルファ走化性因子（Ｉ−ＴＡＣ）、血管細胞接着分子−１（ＶＣＡＭ−１）、ＩＦＮ−γ誘導性タンパク質１０（ＩＰ−１０）、単球走化性タンパク質−１（ＭＣＰ−１）、細胞間接着分子１（ＩＣＡＭ−１）、マクロファージ炎症性タンパク質１アルファ（ＭＩＰ−１α）、及びガンマインターフェロンによって誘導される調節されたモノカイン（調節されたＭＩＧ）の発現低減
●免疫調節活性：
○マクロファージコロニー刺激因子、可溶性ＩｇＧ、可溶性ＩＬ−１０の発現低減
○表面抗原分類６９（ＣＤ６９）、可溶性ＩＬ−６の発現増進
●組織リモデリング活性：
○尿型プラスミノーゲン活性化因子（ｕＰＡ）、塩基性線維芽細胞増殖因子（ｂＦＧＦ）、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤−１（ＰＡＩ−Ｉ）の発現低減
○ウロキナーゼ受容体（ｕＰＡＲ）、組織プラスミノーゲン活性化因子（ｔＰＡ）、上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）の発現増進
【０６２４】
化合物（Ｉ）では免疫刺激活性と免疫抑制活性との両方がＢｉｏＭａｐ（登録商標）によるスクリーニングで検出された。しかしながら、すべてを考慮すると、プロファイルは免疫抑制的であり、このことは、Ｓｒｃファミリーのキナーゼの既知の小分子阻害剤とプロファイルが一致することによって裏付けられる。化合物（Ｉ）と同等の細胞活性プロファイルを有する化合物についてＢｉｏＳｅｅｋ（登録商標）データベース（ＤｉｓｃｏｖｅＲｘ  Ｃｏｒｐ．，Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ）に対して検索を実施すると、最も一致するものとしてＳｒｃファミリー阻害剤であるＳＵ６６５６、チミジル酸合成酵素阻害剤であるラルチトレキセド、及びジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤であるメトトレキサートが結果として得られた。
【０６２５】
結論として、この実施例は、化合物（Ｉ）が、すべてを考慮すると、免疫抑制活性を有する化合物であることを示唆している。化合物（Ｉ）と、Ｓｒｃ−キナーゼ阻害剤（例えば、ＳＵ６６５６）、チミジル酸合成酵素阻害剤（例えば、ラルチトレキセド）、またはジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤（メトトレキサート）と、の組み合わせは、炎症性疾患または癌を含む他の疾患の治療に有用な併用治療となり得る。
【０６２６】
８．１３  実施例１４：化合物（Ｉ）のＰｒｉｍｉｔｙプロファイル
この実施例は、ＰｒｉｍｉｔｙＢｉｏ  Ｉｎｃ．の表面プロファイリングプラットフォーム（Ｐｒｉｍｉｔｙ  Ｂｉｏ，Ｉｎｃ．，Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ）を使用し、細胞経路アッセイ一団に対する化合物（Ｉ）のプロファイリングから得られた結果のまとめである。
【０６２７】
化合物（Ｉ）、ＯＤＮ２００６、またはＯＤＮなし／抗体対照で３０分間処理した後、４００を超える細胞表面マーカー及び細胞内サイトカイン及びシグナル伝達メディエーターをフローサイトメトリーによってスクリーニングした：
●化合物（Ｉ）及びＯＤＮ２００６は、ヒトｐＤＣにおいて、同様のリン酸化タンパク質プロファイルを誘導することが明らかになり、こうしたリン酸化タンパク質には、リン酸化バージョンのヒストンＨ３、ｐ３８マイトジェン活性化タンパク質（ＭＡＰ）キナーゼ（ＯＤＮ２００６と比較して化合物（Ｉ）が示した誘導は弱かった）、及びゼータ鎖会合タンパク質キナーゼ７０（Ｚａｐ７０）が含まれる。
●化合物（Ｉ）は、ＯＤＮ２００６と同等のレベルでサイトカインのサブセット（ＭＣＰ−１、核内因子カッパー−Ｂ活性化受容体リガンド（ＲＡＮＫＬ）、ＩＬ−２）を誘導した。両方が等しくＩＬ−４を抑制した。
●化合物（Ｉ）は、反復優位型糖タンパク質Ａ（ＧＡＲＰ、ＴＧＦ−β制御因子）及びＩＬ−２３ｐ１９を誘導したが、その程度は、ＯＤＮ２００６と比較して弱いものであった。
●ＯＤＮ２００６は、ＩＬ−２７を強力に誘導し、一方で化合物（Ｉ）はＩＬ−２７を誘導しなかった。
●化合物（Ｉ）は、ＩＬ−１βを強力に誘導し、一方でＯＤＮ２００６は、ＩＬ−１βを抑制した。
●化合物（Ｉ）は、ＣＸＣＬ１０（ＩＰ−１０）を低減し、一方でＯＤＮ２００６は、ＣＸＣＬ１０（ＩＰ−１０）を低減しなかった。
●化合物（Ｉ）及びＯＤＮ２００６は、ヒトＰＢＭＣにおいてＣＤ１２３（ＩＬ３Ｒ）を低減した。化合物（Ｉ）は、ＣＸＣＬ１０（ＩＰ−１０）を低減し、一方でＯＤＮ２００６は、ＣＸＣＬ１０（ＩＰ−１０）を低減しなかった。図２２も参照のこと。
●化合物（Ｉ）は、ｐＤＣにおいて免疫グロブリン様転写物７（ＩＬＴ７）の発現を低減し、ＩＬ１０Ｒα及びＳＬＡＭファミリーメンバー７（Ｓｌａｍｆ７）（これらは、Ｔｒｅｇの誘導及び免疫抑制に関与すると考えられる免疫調節受容体である）の発現を増加させることが示された。
●化合物（Ｉ）は、濃度依存的様式でＣＤ１２３及びＣＣＲ６の発現を低減した。図２３も参照のこと。
【０６２８】
結論として、この実施例は、化合物（Ｉ）が、すべてを考慮すると、免疫抑制活性を有する化合物であることを示唆している。例えば、化合物（Ｉ）の効力及び一般薬理学を監視するためのバイオマーカーとして有用であり得るタンパク質が多く同定された。
【０６２９】
まとめとして、本明細書で提供される実施例は、化合物（Ｉ）が、複数クラスのオリゴヌクレオチドと広く関連する活性のサブセットと、より選択的な他の活性とを有することを示す。例えば、化合物（Ｉ）は、免疫寛容原性のｐＤＣを誘導することによってＴｒｅｇを誘導することが示され、こうしたことは、結果的に、例えば炎症性疾患病状において病原性のエフェクターＴ細胞を望ましく抑制し得るものである。免疫寛容原性のｐＤＣの誘導は、例えばＯＤＮ１５０またはＯＤＮ７０４０を含む多くのオリゴヌクレオチドを使用して達成することができる。一方、化合物（Ｉ）は、ｐＤＣの分化を誘導し（例えば、化合物（Ｉ）媒介性の、ＣＤ１２３及びＣＣＲ６の下方制御ならびにＣＣＲ７、ＳＬＡＭＦ７、ＣＤ８０、ＣＤ８３、及びＣＤ８６の上方制御を参照のこと）、かつインフラマソームを誘導（例えば、ＩＬ−１β及びＩＬ−１８の上方制御）することが示された。化合物（Ｉ）は、こうした後者の活性をＯＤＮ２００６などのＣｐＧ−Ｂ型のＴＬＲ９アゴニストと共有するが、例えばＯＤＮ１５０またはＯＤＮ７０４０とは共有しない。恒常性のインフラマソーム活性化は、例えば、上皮修復（粘膜治癒）の促進を介するＩＢＤ治療、または創傷修復を伴う他の疾患治療において有用であり得る。慢性のインフラマソーム活性化は、例えば、ＩＬ−１β及びＩＬ−１８などのケモカイン、ならびに他の炎症誘発性メディエーターの上方制御を介して炎症作用を促進し得る。
【０６３０】
本開示は、本明細書に記載の特定の実施形態によって範囲が限定されることにはならない。実際、記載のものに加えて、本明細書で提供される主題に対するさまざまな改変が、前述の記載及び添付の図から当業者に明らかになるであろう。そのような改変は、添付の特許請求の範囲に含まれることが意図される。
【０６３１】
さまざまな刊行物、特許、及び特許出願が本明細書で引用されており、それらの開示は、参照によってそれらの全体が組み込まれる。
表５：配列リスト
【表１１】
2018529726.tif 000020
2018529726.tif 000021
2018529726.tif 000022
2018529726.tif 000023
2018529726.tif 000024
2018529726.tif 000025
2018529726.tif 000026
2018529726.tif 000027
2018529726.tif 000028
2018529726.tif 000029
2018529726.tif 000030
2018529726.tif 000031
2018529726.tif 000032
2018529726.tif 000033
2018529726.tif 000034
2018529726.tif 000035
2018529726.tif 000036
2018529726.tif 000037
2018529726.tif 000038
2018529726.tif 000039
【図１】
2018529726.tif 000040
【図２】
2018529726.tif 000041
【図３】
2018529726.tif 000042
【図４】
2018529726.tif 000043
【図５】
2018529726.tif 000044
【図６Ａ】
2018529726.tif 000045
【図６Ｂ】
2018529726.tif 000046
【図７】
2018529726.tif 000047
【図８】
2018529726.tif 000048
【図９】
2018529726.tif 000049
【図１０】
2018529726.tif 000050
【図１１】
2018529726.tif 000051
【図１２】
2018529726.tif 000052
【図１３】
2018529726.tif 000053
【図１４Ａ】
2018529726.tif 000054
【図１４Ｂ】
2018529726.tif 000055
【図１４Ｃ】
2018529726.tif 000056
【図１５】
2018529726.tif 000057
【図１６Ａ】
2018529726.tif 000058
【図１６Ｂ】
2018529726.tif 000059
【図１７】
2018529726.tif 000060
【図１８】
2018529726.tif 000061
【図１９】
2018529726.tif 000062
【図２０Ａ】
2018529726.tif 000063
【図２０Ｂ】
2018529726.tif 000064
【図２１Ａ−Ｂ】
2018529726.tif 000065
【図２１Ｃ−Ｄ】
2018529726.tif 000066
【図２２】
2018529726.tif 000067
【図２３−１】
2018529726.tif 000068
【図２３−２】
2018529726.tif 000069
【図２３−３】
2018529726.tif 000070
【図２４】
2018529726.tif 000071
【図２５】
2018529726.tif 000072
【手続補正書】
【提出日】平成30年7月17日(2018.7.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2018529726000001.app
【国際調査報告】
2018529726.tif 000073
2018529726.tif 000074