(57)【要約】  本発明は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を処置することに用いるための医薬組成物、およびそれを必要とする患者においてＡＭＬを処置する方法を提供する。本発明はまた、遺伝子発現シグネチャーを使用して患者における処置に対する感受性を予測する方法も提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
有効量の（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミドまたはその塩と薬学的に許容される担体とを含む、それを必要とする患者における急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を処置することに用いるための医薬組成物。
【請求項２】
塩がモノｐ−トルエンスルホン酸塩一水和物である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
患者から得られた試料中の図１に列挙した１７７個の遺伝子の群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、ＡＭＬが処置に対して感受性であると予測されている、請求項１または２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
患者から得られた試料中の図１に列挙した１７７個の遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項５】
患者から得られた試料中の図１に列挙したＥＤＡ２ＲおよびＳＰＡＴＡ１８を除く１７５個の遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項６】
患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項７】
患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項８】
患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、および／またはＣＤＫＮ２Ａの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項９】
患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＡＥＮ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＺＭＡＴ３、および／またはＴＮＦＲＳＦ１０Ｂの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
患者が、処置するＡＭＬ細胞のゲノム中に野性型ＴＰ５３遺伝子を有する、請求項３、４、５、６、７、８または９に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
患者に有効量の（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミドまたはその塩を投与することを含む、それを必要とする患者において急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を処置する方法。
【請求項１２】
塩がモノｐ−トルエンスルホン酸塩一水和物である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
患者から得られた試料中の図１に列挙した１７７個の遺伝子の群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
患者から得られた試料中の図１に列挙した１７７個の遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
患者から得られた試料中の図１に列挙したＥＤＡ２ＲおよびＳＰＡＴＡ１８を除く１７５個の遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、および／またはＣＤＫＮ２Ａの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＡＥＮ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＺＭＡＴ３、および／またはＴＮＦＲＳＦ１０Ｂの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
患者が、処置するＡＭＬ細胞のゲノム中に野性型ＴＰ５３遺伝子を有する、請求項１３、１４、１５、１６、１７、１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
図１に示した１７７個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはすべての発現レベルを測定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者におけるＡＭＬのＭＤＭ２ｉ処置に対する感受性を予測する方法であって、
ＭＤＭ２ｉが（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミドまたはその塩である、方法。
【請求項２２】
図１に提示したＥＤＡ２ＲおよびＳＰＡＴＡ１８を除く遺伝子である１７５個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはすべての発現レベルを測定することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣからなる４０個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはすべての発現レベルを測定することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの発現レベルを測定することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
ＡＭＬがそのゲノム中に野生型ＴＰ５３遺伝子を有するか否かを決定することをさらに含む、請求項２１から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
ＡＭＬがそのゲノム中に変異型ＴＰ５３遺伝子を有するか否かを決定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者におけるＭＤＭ２ｉ処置に対する感受性を予測する方法であって、
ＡＭＬが変異型ＴＰ５３遺伝子を有する場合、患者は耐性であると予測され、
ＡＭＬが野生型ＴＰ５３遺伝子を有する場合、続いて、ＡＭＬにおいて図１で示した１７７個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはすべての発現レベルを測定し、
ＡＭＬが所定のカットオフ値と比べて低いシグネチャースコアを有する場合、患者は耐性であると予測され、
ＡＭＬが所定のカットオフ値に比べて高いシグネチャースコアを有する場合、患者は感受性であると予測される、方法。
【請求項２７】
測定するステップが、ＡＭＬにおいて以下の遺伝子：ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することである、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
シグネチャー遺伝子が、ＡＭＬにおける以下の遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子である、請求項２６または２７に記載の方法。
【請求項２９】
測定するステップが、ＡＭＬにおいて以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、および／またはＣＤＫＮ２Ａの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することである、請求項２６から２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
測定するステップが、ＡＭＬにおいて以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＡＥＮ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＺＭＡＴ３、および／またはＴＮＦＲＳＦ１０Ｂの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することである、請求項２６から２９のいずれか１つに記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を処置することに用いるための医薬組成物およびそれを必要とする患者においてＡＭＬを処置する方法に関する。本発明はまた、遺伝子発現シグネチャーを使用して、患者における処置に対する感受性を予測する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
染色体１２ｑ１３−１５に位置しているＭＤＭ２は、ｐ５３腫瘍抑制因子タンパク質の負の制御因子である。９０ｋＤａのＭＤＭ２タンパク質は、そのＮ末端にあるｐ５３結合ドメインと、ｐ５３をユビキチン化するＥ３リガーゼとして機能する、そのＣ末端にあるＲＩＮＧ（ｒｅａｌｌｙ  ｉｎｔｅｒｅｓｔｉｎｇ  ｇｅｎｅ）ドメインとを含有する。細胞刺激およびストレスによる野生型ｐ５３の活性化により、ＭＤＭ２がＮ末端でｐ５３に結合してｐ５３の転写活性化が阻害され、ユビキチン−プロテアソーム経路を介したｐ５３の分解が促進される。したがって、ＭＤＭ２は、ｐ５３が関与するアポトーシスおよびがん細胞増殖の停止を妨げ、がん細胞での重要な発癌活性はＭＤＭ２に起因している可能性がある。いくつかの場合において、ＭＤＭ２は、例えばＭＤＭ２の選択的スプライス形態を有する細胞において、ｐ５３経路とは無関係に発癌を生じさせ得る（Ｈ．Ａ．  Ｓｔｅｉｎｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．，  ２７９（６）：４８７７−４８８６）。このため、いくつかのＭＤＭ２阻害剤が、がんを処置するために開発されており、これには、（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミド（ＷＯ２０１２／１２１３６１、米国特許出願公開第２０１２／０２６４７３８Ａ号およびＷＯ２０１５／１０８１７５）が含まれる。ＭＤＭ２の過剰発現は、肉腫、神経膠腫および急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）を有する個体における予後不良と正の相関があることが報告されている。
【０００３】
急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）は、骨髄における幹細胞または骨髄前駆細胞に由来する血液学的悪性腫瘍であり、急性骨髄性白血病または急性非リンパ球性白血病（ＡＮＬＬ）とも呼ばれる。ＡＭＬの症状としては、疲労、出血障害および感染症リスクの上昇が挙げられる。ＡＭＬに罹患している患者においては、正常な骨髄が白血病芽球に置き換えられる。多くの医薬品が開発されており、そのうちのいくつかはＮｕｔｌｉｎ−３（Ｋｏｊｉｍａ  ｅｔ  ａｌ．  ２００５；  Ｂｌｏｏｄ  １０６（９）：３１５０−３１５９；  Ｓｅｃｃｈｉｅｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００７，  Ｎｅｏｐｌａｓｉａ，  ９（１０）：  ８５３−８６１）、およびＭＩ２１９（Ｌｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０１０，  Ｂｌｏｏｄ，  １１６：  ７１−８０）などのＭＤＭ２阻害剤である。ＭＤＭ２阻害剤ＲＧ７１１２を用いたＡＭＬにおける最初の臨床試験では、完全寛解を含め、臨床応答を誘導することが報告された（Ａｎｄｒｅｅｆｆ，  Ｍ．  ｅｔ  ａｌ．，  Ｃｌｉｎ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．  ２０１５，  ｅｐｕｂｌ．）。
【発明の概要】
【０００４】
本発明は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を処置することに用いるための医薬組成物、およびそれを必要とする患者においてＡＭＬを処置する方法を提供する。本発明はまた、遺伝子発現シグネチャーを使用して、患者の処置に対する感受性を予測する方法も提供する。
【０００５】
本発明者らは、ＡＭＬが、下記の式（Ｉ）によって表される極めて強力なジスピロピロリジン系ＭＤＭ２阻害剤である、（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミドまたはその塩を用いて治療的に処置され得ることを発見した。本発明者らはまた、ＡＭＬ対象における前述の化合物に対する感受性が予測可能であることも発見した。
【化１】
2018538247.tif 000002
【０００６】
本発明は、以下を提供する：
（１）治療有効量の（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミドまたはその塩と薬学的に許容される担体とを含む、それを必要とする患者における急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を処置することに用いるための医薬組成物。
（２）塩がｐ−トルエンスルホン酸塩一水和物である、上記（１）に記載の医薬組成物。
（３）患者から得られた試料中の図１に列挙した１７７個の遺伝子の群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（１）または（２）に記載の医薬組成物。
（４）患者から得られた試料中の図１に列挙した１７７個の遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（３）に記載の医薬組成物。
（５）患者から得られた試料中の図１に列挙したＥＤＡ２ＲおよびＳＰＡＴＡ１８を除く１７５個の遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（３）に記載の医薬組成物。
（６）患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（３）に記載の医薬組成物。
（７）患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（３）に記載の医薬組成物。
（８）患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、および／またはＣＤＫＮ２Ａの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（３）に記載の医薬組成物。
（９）患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＡＥＮ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＺＭＡＴ３、および／またはＴＮＦＲＳＦ１０Ｂの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（３）に記載の医薬組成物。
（１０）患者が、処置するＡＭＬ細胞のゲノム中に野性型ＴＰ５３遺伝子を有する、上記（３）、（４）、（５）、（６）、（７）、（８）または（９）に記載の医薬組成物。
（１１）患者に治療有効量の（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミドまたはその塩を投与することを含む、それを必要とする患者において急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）を処置する方法。
（１２）塩がｐ−トルエンスルホン酸塩一水和物である、上記（１１）に記載の方法。
（１３）患者から得られた試料中の図１に列挙した１７７個の遺伝子の群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（１１）または（１２）に記載の方法。
（１４）患者から得られた試料中の図１に列挙した１７７個の遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（１３）に記載の方法。
（１５）患者から得られた試料中の図１に列挙したＥＤＡ２ＲおよびＳＰＡＴＡ１８を除く１７５個の遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（１３）に記載の方法。
（１６）患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（１３）に記載の方法。
（１７）患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（１３）に記載の方法。
（１８）患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、および／またはＣＤＫＮ２Ａの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（１３）に記載の方法。
（１９）患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＡＥＮ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＺＭＡＴ３、および／またはＴＮＦＲＳＦ１０Ｂの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することによって、患者が処置に対して感受性であると予測されている、上記（１３）に記載の方法。
（２０）患者が、処置するＡＭＬ細胞のゲノム中に野性型ＴＰ５３遺伝子を有する、上記（１３）、（１４）、（１５）、（１６）、（１７）、（１８）または（１９）に記載の方法。
（２１）図１に示した１７７個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはすべての発現レベルを測定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者におけるＭＤＭ２ｉ処置に対する感受性を予測する方法。
（２２）図１に示した、ＥＤＡ２ＲおよびＳＰＡＴＡ１８を除く１７５個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはすべての発現レベルを測定することを含む、上記（２１）に記載の方法。
（２３）ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣからなる４０個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはすべての発現レベルを測定することを含む、上記（２１）に記載の方法。
（２４）ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの発現レベルを測定することを含む、上記（２１）に記載の方法。
（２５）ＡＭＬがそのゲノム中に野生型ＴＰ５３遺伝子を有するか否かを決定することをさらに含む、上記（２１）から（２４）のいずれか１つに記載の方法。
（２６）ＡＭＬがそのゲノム中に変異型ＴＰ５３遺伝子を有するか否かを決定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者におけるＭＤＭ２ｉ処置に対する感受性を予測する方法であって、
ＡＭＬが変異型ＴＰ５３遺伝子を有する場合、患者は耐性であると予測され、
ＡＭＬが野生型ＴＰ５３遺伝子を有する場合、続いて、ＡＭＬにおいて図１で示した１７７個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つまたはすべての発現レベルを測定し、
ＡＭＬが所定のカットオフ値と比べて低いシグネチャースコアを有する場合、患者は耐性であると予測され、
ＡＭＬが所定のカットオフ値に比べて高いシグネチャースコアを有する場合、患者は感受性であると予測される、方法。
（２７）測定するステップが、ＡＭＬにおいて以下の遺伝子：ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することである、上記（２６）に記載の方法。
（２８）測定するステップが、ＡＭＬにおいて以下の遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することである、上記（２６）または（２７）に記載の方法。
（２９）測定するステップが、ＡＭＬにおいて以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、および／またはＣＤＫＮ２Ａの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することである、上記（２６）から（２８）のいずれか１つに記載の方法。
（３０）測定するステップが、ＡＭＬにおいて以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＡＥＮ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＺＭＡＴ３、および／またはＴＮＦＲＳＦ１０Ｂの群から選択される少なくとも１つの遺伝子またはすべての遺伝子の発現レベルを測定することである、上記（２６）から（２９）のいずれか１つに記載の方法。
【図面の簡単な説明】
【０００７】
【図１】本明細書に記載した、ＭＤＭ２ｉに対して感受性であるがんまたは腫瘍の試料または細胞において示差的に発現される１７７個の遺伝子シグネチャーバイオマーカーを表形式で示す図である。
【０００８】
【図２】図２Ａおよび２Ｂは、化合物２に４８時間曝露した後の感受性試料における生存細胞％の代表的な検出結果を示す図である。試料番号２および１５の結果をそれぞれ図２Ａおよび図２Ｂに示した。
【０００９】
【図３】１７５遺伝子シグネチャーを使用した予測における式（Ｉ）の化合物に対する各ＴＰ５３野生型試料の測定感受性と予測感受性（感受性スコア）の関係（上図）、ならびに予測における受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線（下図）を示す図である。上図の縦線は、予測におけるカットオフ値を示す。
【００１０】
【図４】４０遺伝子シグネチャーを使用した予測における式（Ｉ）の化合物に対する各ＴＰ５３野生型試料の測定感受性と予測感受性（感度スコア）との関係（上図）、ならびに予測における受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線（下図）を示す図である。上図の縦線は、予測におけるカットオフ値を示す。
【００１１】
【図５】１７５遺伝子シグネチャーを使用した予測における式（Ｉ）の化合物に対する全試料の各々の測定感受性と予測感受性（感受性スコア）の関係（上図）、ならびに予測における受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線（下図）を示す図である。上図の縦線は、予測におけるカットオフ値を示す。
【００１２】
【図６】４０遺伝子シグネチャーを使用した予測における式（Ｉ）の化合物に対する全試料の各々の測定感受性と予測感受性（感受性スコア）の関係（上図）、ならびに予測における受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線（下図）を示す図である。上図の縦線は、予測におけるカットオフ値を示す。
【００１３】
【図７】本発明の好ましい実施形態におけるＭＤＭ２ｉ感受性の予測スキームを示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１４】
本明細書で使用される場合、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」とは、オープンエンドで包括的であり、列挙されていない追加の特徴を除外するものではなく、また「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔ  ｏｆ）」または「本質的にからなる」という閉鎖的な用語を包含するものとする。
【００１５】
用語「患者」とは、ＡＭＬに罹患している哺乳動物、特にヒトを意味する。患者は、他の療法によって処置されている、または以前に処置された患者であってもよい。また患者は、新たに診断された、再発した、または難治性のＡＭＬを有する患者であってもよい。また患者は、骨髄異形成症候群に罹患している患者、または新しく診断された、もしくは再発した骨髄異形成症候群の患者であってよい。
【００１６】
一般的な意味における用語「処置する」とは、予防的、治療的またはその両方のいずれかの所望する生理学的および／または薬理学的効果を達成または獲得することを意味する。その必要のある患者の処置は、典型的には、有効量または治療有効量の化合物の使用または投与を包含する。有効量とは、患者への投与または送達の際、患者における所望の応答を誘導する化合物の分量（量）を意味する。
【００１７】
用語「ＭＤＭ２」とは、ｐ５３と相互作用し、ｐ５３の分解を引き起こし得るＥ３ユビキチンリガーゼを指す。ＭＤＭ２としては、限定するものではないが、マウスＭＤＭ２およびＭＤＭ２のヒトオーソログ（「ヒト二重微小染色体２（Ｈｕｍａｎ  Ｄｏｕｂｌｅ  Ｍｉｎｕｔｅ  ２）」または「ＨＤＭ２」とも呼ばれる）が挙げられる。用語「ＭＤＭ２阻害剤」とは、ｐ５３の分解に対するＭＤＭ２の機能または活性を阻害する阻害剤を意味する。
【００１８】
用語「ＭＤＭ２ｉ」は、いくつかの低分子量ＭＤＭ２阻害剤を包含する。
【００１９】
本明細書で使用される場合、用語「化合物１」とは、式（Ｉ）によって表される（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミドまたはその薬学的に許容される塩を指す。本明細書で使用される場合、用語「化合物２」とは、化合物１のｐ−トルエンスルホン酸塩一水和物を指す。これらの化合物は、参照によりその全体が本明細書に援用される、ＷＯ２０１２／１２１３６１に従って当業者により調製され得る。本明細書で使用される場合、用語「化合物１処置」とは、化合物１を用いて、好ましくは化合物２を用いて、ＡＭＬの対象を処置することを意味する。
【化２】
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【００２０】
本明細書で使用される場合、用語「アレイ」とは、表面、マトリックスまたは基板上またはそれらの中に離して割り当てられたアドレス可能な位置に置かれた、生物学的分子、例えば核酸、ポリペプチド、ペプチド、生物学的試料の配置、典型的には規則正しい配置を意味する。マイクロアレイは、典型的には顕微鏡で評価または分析されるアレイの小型化されたバージョンである。核酸アレイ、例えばＲＮＡまたはＤＮＡアレイは、固相表面またはマトリックス上の割り当てられたアドレス可能な位置における核酸（例えばプローブ）の配置である。核酸アレイは、ｃＤＮＡアレイおよびオリゴヌクレオチドアレイおよびマイクロアレイを包含し、それらは、バイオチップ、またはＤＮＡ／ｃＤＮＡチップと呼ぶことができる。マイクロアレイ、ならびにそれらの構築物、試薬成分および使用は、当業者に公知である。例として、遺伝子発現状態を決定および測定するのに有用なマイクロアレイ技術は、ＵＳ  ２０１１／００１５８６９に提示されている。
【００２１】
用語「バイオマーカー」とは、一般に、発現レベルがある条件下で変化する、またはある細胞状況において異なる、例えば、ある処置に対して非感受性であるものとは対照的にその処置に対して感受性である細胞において異なる、遺伝子、遺伝子由来の発現された配列タグ（ＥＳＴ）、遺伝子のセット、またはタンパク質もしくはペプチドのセットを意味する。一般に、遺伝子または遺伝子セットの発現レベルがある条件に対応する場合、遺伝子（複数可）は、その条件に関する１つまたは複数のバイオマーカーとして機能を果たす。バイオマーカーは、予後および疾患状態に従って、個体（例えば、がんまたは腫瘍型を有する個体）の間で差次的に発現され得る。したがって、バイオマーカーは、様々な生存結果、ならびに有益薬物の影響性および感受性を予測することができる。
【００２２】
本明細書で使用される場合、「遺伝子」という用語は、ＲＮＡ転写物として対象において発現されるＤＮＡ配列を意味し、遺伝子は、完全長遺伝子（タンパク質をコードする、またはノンコーディング）であり得る。
【００２３】
用語「遺伝子シグネチャー」、「遺伝子発現シグネチャー」および「遺伝子感受性シグネチャー」とは、それらが、本発明による化合物１を用いた処置に対して感受性であるＡＭＬにおける細胞応答を予測する遺伝子の発現、例えば差次的発現、または発現パターンを意味し、本明細書においては同義的に使用される。例えば、一実施形態において、化合物１を用いた処置に対して感受性を示すＡＭＬ試料は、本発明の遺伝子シグネチャーに含有されている遺伝子の発現のレベルが対照と比べて増加または上昇している。
【００２４】
本発明に従って使用される場合、「遺伝子発現」とは、遺伝子にコードされている遺伝情報を遺伝子の転写を介して（例えば、ＲＮＡポリメラーゼの酵素作用により媒介される）ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、またはｓｎＲＮＡ）に変換するプロセス、またタンパク質をコードする遺伝子については、ｍＲＮＡの「翻訳」を介してタンパク質に変換するプロセスを意味する。
【００２５】
遺伝子発現における変化、例えば差次的発現は、限定するものではないが、対照と、例えば非がん細胞と比較した場合に、または正規化された発現レベルと比して、過剰発現、発現の増加、過少発現、または発現の抑制を含み得る。核酸分子の発現の変化は、対応するタンパク質の発現の変化と関連し、ある場合には、そのタンパク質の発現の変化を引き起こし得る。例としては、遺伝子発現を測定して化合物１による処置に対する患者ＡＭＬ試料の感受性を示す遺伝子シグネチャーにおける遺伝子の差次的発現を決定し、患者への化合物１の投与、および／または化合物１による効果的処置の個別化、および／または患者の生存時間の予測を行う目的で患者の処置に対する応答可能性を予測することができる。
【００２６】
遺伝子または核酸分子に関連して使用される、アップレギュレーションされた発現または活性化された発現とも呼ぶことができる発現の増加は、全種類のＲＮＡまたはタンパク質などの遺伝子産物の産生の増加または上昇を引き起こす、またはもたらす任意のプロセスを意味する。遺伝子発現の増加または上昇は、遺伝子の転写またはｍＲＮＡのタンパク質への翻訳を増加させる任意のプロセスを含む。遺伝子発現の増加（または上方制御）は、遺伝子産物の産生における任意の検出可能な、または測定可能な増加を含み得る。例としては、遺伝子産物の産生、（例えば、図１の遺伝子の少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべて；または、ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべて；ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＺＭＡＴ３、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＢＡＸ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＸＰＣ、ＴＮＦＲＳＦ１０ＢおよびＡＥＮからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべて；ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＣＤＫＮ２Ａからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべて；または、ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮからなる遺伝子シグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、もしくはすべて）は、測定可能な相対量で増加し、例えば、限定するものではないが、対照と比較した場合に少なくとも１．５倍、少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍、または少なくとも６〜１０倍の増加である。対照は、正常細胞などの生物学的試料中の遺伝子発現の量、または細胞の遺伝子発現の基準値、もしくは正規化された値であってよい。ある例において、対照は、ＡＭＬを有していない対象由来の、（検査を受けている）当該対象が有するのと同じ組織型の生検材料における遺伝子発現の相対量である。別の例においては、対照は、腫瘍を有し検査を受けている対象から採取されたものと同じ組織型（例えば末梢血および骨髄）の非腫瘍化組織由来の組織生検材料における遺伝子発現の相対量である。
【００２７】
いくつかの場合において、開示した遺伝子の発現レベル（例えば、図１の遺伝子シグネチャーに列挙された遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも１０、もしくはすべて；ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべて；ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＺＭＡＴ３、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＢＡＸ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＸＰＣ、ＴＮＦＲＳＦ１０ＢおよびＡＥＮからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべて；ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＣＤＫＮ２Ａからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべて；または、ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべての発現）は、例えば、同一のもしくは異なるがんまたは新生物試料中の１つまたは複数のハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化される。集約値は、いくつかの場合において、各遺伝子（例えば、遺伝子シグネチャーにおける各遺伝子）の発現のレベルを計算し、遺伝子が条件（例えば、化合物１処置に対する感受性または生存リスクスコア）により正または負のいずれに制御されるかに応じて、各遺伝子に対し正または負の加重を使用することによって得られる。いくつかの場合において、遺伝子もしくは遺伝子シグネチャーの正規化された発現、または集約値は、がんのセットまたはがんのタイプのセットに関して、遺伝子もしくは遺伝子シグネチャーの正規化された発現中央値、または集約値に対して増加した、または減少したと決定される。いくつかの場合において、正規化された発現中央値または集約値は、公的に入手可能なマイクロアレイデータセット、例えば、白血病、リンパ腫、メラノーマ、または骨髄腫がんマイクロアレイデータセットから得られる。ある例においては、遺伝子シグネチャーの発現遺伝子に関する正規化された発現中央値または集約値は、マイクロアレイデータセットを使用して決定される。
【００２８】
いくつかの場合において、スコア（感受性スコア）は、正規化された発現レベル測定値から計算される。スコアを利用して、化合物１に対して感受性である、もしくは感受性である可能性が低いＡＭＬ、および／またはＡＭＬを有する患者の化合物１処置もしくは療法に対する低、中もしくは高感受性などの様々なパラメーターを同定するためのカットオフポイントまたはカットオフ値を与えることができる。いくつかの場合において、カットオフポイントは、多くの場合、トレーニングデータセットおよびバリデーションデータセットを使用して決定される。例として、教師付の手法を利用して、例えば、レスポンダーおよび非レスポンダーにおける遺伝子シグネチャー発現を比較することによって、化合物１処置に対して応答しないものから感受性であるもの（レスポンダー）を識別するカットオフを確立することができる。別の例において、教師付でない手法を利用して、結果、すなわち、化合物１処置に対する感受性を予測するカットオフレベル（例えば、上位５０％対下位５０％、または上位四分位値対下位四分位値、または上位三分位値対下位三分位値）を実験的に決定することができる。トレーニングセットにおいて決定されたカットオフは、１つまたは複数の独立したバリデーションデータセットにおいて試験され得る。
【００２９】
用語「診断する」とは、外部試験、評価および分析の使用にしばしば関与する、徴候または症状による疾患または症状の認識または同定を意味する。疾患または症状の診断は、疾患または症状を同定するための結論を下すことが包含される手順の全体によりもたらされる。本発明によれば、化合物１に対する患者の感受性、ならびに患者が化合物１処置に応答するという可能性は、遺伝子シグネチャー内の遺伝子の発現レベルが測定される記載の方法を実施することによって診断され得る。様々な実施形態において、図１の遺伝子の少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべての発現レベルが測定される；または、ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣからなる遺伝子シグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、もしくは少なくとも４つ、もしくはすべての発現が測定される；ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＺＭＡＴ３、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＢＡＸ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＸＰＣ、ＴＮＦＲＳＦ１０ＢおよびＡＥＮからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべてが測定される；ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＣＤＫＮ２Ａからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべてが測定される；または、ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮからなる遺伝子シグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、もしくはすべての発現が測定される。例として、検査を受けており化合物１感受性を示す患者のがんまたは腫瘍試料中の遺伝子シグネチャー遺伝子の発現は、化合物１処置に対して感受性であるものとして患者を診断するのに有用である。
【００３０】
本明細書で使用される場合、「差次的に発現した」とは、遺伝子コード情報（例えば、化合物１感受性に関連する遺伝子）のＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）への変換、および／またはｍＲＮＡのタンパク質への変換の増加または減少などの発現における差異または変化を意味する。いくつかの場合において、差異または変化は、対照または基準値、または対照もしくは基準値の範囲に対して相対的なものであり、例えば、化合物１処置に対する良好な応答または不十分な応答を有する対象の群（例えば、化合物１感受性集団対化合物１非感受性集団）などの対象の群または集団の平均発現に相対的なものである。いくつかの場合において、差異または変化は、同一の対象または健全な対象由来の非腫瘍組織に相対的であり得る。差次的発現の検出は、遺伝子またはタンパク質発現の変化、例えば、化合物１感受性に関連する図１の遺伝子シグネチャー遺伝子の少なくとも３つ、または少なくとも４つの発現における変化を測定することを包含することができる。
【００３１】
遺伝子産物の発現の検出、および遺伝子産物の差次的発現の検出とは、当技術分野で公知の１つまたは複数の適切な手段によって、例えば、マイクロアレイ分析、ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、免疫組織化学的検査、免疫蛍光法、質量分析、ノーザンブロット、ウエスタンブロットなどによって、試料中の核酸またはタンパク質の発現のレベルを定性的または定量的に測定または決定することを意味する。
【００３２】
「予後」という用語は、その疾患もしくは症状の通常の経過から予測される、または対象によって提示される特別な特徴によって示される、疾患もしくは症状からの予期される生存および回復の予測を意味する。また予後は、例えば、１つまたは複数の薬物または化合物が関与する所定の療法または処置レジメンに対する患者の応答または感受性に応じて、例えば、患者が所定の期間生存する、または生存する可能性があることを決定することにより、特定の処置と関連する疾患の経過も予測することができる。したがって、化合物１に対する患者のＡＭＬの感受性が記載した化合物１感受性遺伝子シグネチャー遺伝子の発現レベルを測定することによって決定される本発明の方法の実施は、患者が化合物１処置に応答する、または応答する可能性があるという予後に関連している。様々な実施形態において、図１の遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべての発現レベルが測定される；または、ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣからなる遺伝子シグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべての発現が測定される；ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＺＭＡＴ３、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＢＡＸ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＸＰＣ、ＴＮＦＲＳＦ１０ＢおよびＡＥＮからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべてが測定される；ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＣＤＫＮ２Ａからなる遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、もしくはすべてが測定される；または、ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮからなる遺伝子シグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、もしくはすべての発現が測定される。
【００３３】
本明細書で言及される場合、「処置に対する感受性」とは、初期の療法または処置、いくつかの場合においては、その後のまたは進行中の療法または処置に対して応答性であるＡＭＬに関する。感受性は、化合物１に対するＡＭＬの疾患、症状、または進行、例えばＡＭＬもしくはＡＭＬ細胞の成長の応答性を意味し得る。例えば、増加した（相対的な）感受性は、処置に対して感受性でないＡＭＬと比べて、ＡＭＬが所定の療法または治療薬もしくは処置に対してより応答性である状態を意味する。
【００３４】
用語「薬学的に許容される塩」とは、相対的に非毒性の酸または塩基付加塩である活性化合物の塩を意味する。酸付加塩の非限定的な例としては、塩酸、臭化水素酸、硝酸、炭酸、リン酸、酢酸、プロピオン酸、イソ酪酸、マレイン酸、マロン酸、安息香酸、コハク酸、フマル酸、乳酸、ベンゼンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、クエン酸、酒石酸、シュウ酸およびメタンスルホン酸が挙げられる。用語「薬学的に許容される塩」は、薬学的に許容される溶媒和物またはその塩を含む。溶媒和物は、分子と１つまたは複数の溶媒分子との化学量論的な複合体である。薬学的に許容される溶媒和物の非限定的な例としては、溶媒としての水、メタノール、エタノール、ジメチルスルホキシドおよび酢酸が挙げられる。溶媒として水を含有する溶媒和物は水和物である。本発明の好ましい実施形態において、化合物の薬学的に許容される塩は水和物、より好ましくは一水和物であり得る。
【００３５】
本明細書で使用される場合、用語「約」とは、用語に続く特定の値および特定の値の値±１０％の範囲を意味する。例えば、語句の「約１００」とは、この場合の特定の値である１００と、９０〜１１０の範囲を意味する。
【００３６】
式（Ｉ）の化合物、およびそのｐ−トルエンスルホン酸塩を含むその薬学的に許容される塩は、ＭＤＭ２阻害剤の１つとして開示されている（ＷＯ２０１２／１２１３６１の実施例７０および米国特許出願公報第２０１２／０２６４７３８Ａ号の実施例７０を参照されたい）。
【００３７】
本発明の好ましい実施形態において、式（Ｉ）の化合物の塩は、式（ＩＩ）：
（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミドモノ（４−メチルベンゼンスルホネート）一水和物の化合物であり得る（「式（Ｉ）の化合物のモノｐ−トルエンスルホネート一水和物」または「化合物２」とも呼ばれる）。
【化３】
2018538247.tif 000004
【００３８】
化合物１または２は、患者におけるＡＭＬを処置するために、新たに診断された、再発した、または難治性のＡＭＬなどのＡＭＬに罹患している患者に１日１回投与することができる。
【００３９】
化合物１または２は、ＭＤＭ２阻害剤として作用し得る。ＭＤＭ２は、ｐ５３腫瘍抑制因子タンパク質の負の制御因子である。９０ｋＤａのＭＤＭ２タンパク質は、そのＮ末端にあるｐ５３結合ドメインと、ｐ５３をユビキチン化するＥ３リガーゼとして機能する、そのＣ末端にあるＲＩＮＧ（ｒｅａｌｌｙ  ｉｎｔｅｒｅｓｔｉｎｇ  ｇｅｎｅ）ドメインとを含有する。細胞刺激およびストレスによる野生型ｐ５３の活性化により、ＭＤＭ２がＮ末端でｐ５３に結合してｐ５３の転写活性化が阻害され、ユビキチン−プロテアソーム経路を介したｐ５３の分解が促進される。したがって、ＭＤＭ２は、ｐ５３が関与するアポトーシスおよびがん細胞増殖の停止を妨げ、がん細胞での重要な発癌活性はＭＤＭ２に起因している可能性がある。いくつかの場合において、ＭＤＭ２は、例えば、ＭＤＭ２の選択的スプライス形態を有する細胞において、ｐ５３経路とは無関係に発癌を生じさせ得る。（Ｈ．Ａ．  Ｓｔｅｉｎｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００４，  Ｊ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．，  ２７９（６）：４８７７−４８８６）。さらに、ヒトがんの約５０％は、ＴＰ５３遺伝子に変異または欠失を有することが認められている。ＭＤＭ２は、例えば、メラノーマ、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、乳がん、食道がん、白血病、非ホジキンリンパ腫および肉腫を含む、いくつかのヒトがんにおいて過剰発現される。
【００４０】
したがって、本発明において処置するＡＭＬは、ＡＭＬに罹患している対象のゲノムのＭＤＭ２遺伝子を増幅しているか、またはＡＭＬにおいてＭＤＭ２を活性化していることが好ましい。本発明の特定の実施形態において、本発明において処置するＡＭＬは、ＡＭＬのゲノム上に増幅されたＭＤＭ２遺伝子を有するＡＭＬであり得る。
【００４１】
本発明で処置するＡＭＬは、ＡＭＬのゲノム上に野生型ＴＰ５３遺伝子を有することもまた好ましい。本発明の特定の実施形態において、本発明において処置するＡＭＬは、ＡＭＬのゲノム上に１つまたは複数の野生型ＴＰ５３遺伝子を有するＡＭＬであり得る。
【００４２】
本発明のより具体的な実施形態において、本発明において処置するＡＭＬは、ＡＭＬのゲノム上に野生型ＴＰ５３遺伝子および増幅されたＭＤＭ２遺伝子を有するＡＭＬであり得る。
【００４３】
これらの特定の実施形態において、ＡＭＬのゲノム上に野生型ＴＰ５３遺伝子および／または増幅されたＭＤＭ２遺伝子を有するＡＭＬは、化合物１または２を投与することによって効果的に処置され得る。
【００４４】
本発明者らは、ＷＯ２０１５／１０８１７５に開示されているＭＤＭ２ｉ感受性を予測する遺伝子シグネチャーが化合物１または２に対するＡＭＬの感受性の予測にも有用であることを発見した。図１に示した１７７個の遺伝子は、ＷＯ２０１１／１０８１７５の多重がん細胞株パネルから得られたデータから同定された。１７７個の各遺伝子の発現は、ＭＤＭ２ｉ処置に対するがんの感受性と正の相関関係にある。ＷＯ２０１５／１０８１７５は、１７７個の遺伝子の遺伝子シグネチャーがＭＤＭ２ｉに対するがんまたは腫瘍試料の感受性を予測することを証明した。また、１７７個の遺伝子に含まれる、ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣ、からなる４０個の遺伝子もまた、ＷＯ２０１５／１０８１７５においてＭＤＭ２ｉ感受性を予測するシグナチャー遺伝子として明らかにされた。
【００４５】
さらに１７７個の遺伝子のうち４個の遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮは、ＷＯ２０１５／１０８１７５において、がんのＭＤＭ２ｉ感受性を予測するのに有用な遺伝子シグネチャーとして確立されており、本発明の遺伝子シグネチャーとして使用することができる。好ましくは上記の４つのシグネチャー遺伝子を含む、遺伝子：ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＺＭＡＴ３、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＢＡＸ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＸＰＣ、ＴＮＦＲＳＦ１０ＢおよびＡＥＮ、の少なくとも４つ、またはすべてはまた、本発明において遺伝子シグネチャーとして使用することができる。本発明の別の実施形態において、好ましくは上記の４つのシグネチャー遺伝子を含む、遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＣＤＫＮ２Ａ、の少なくとも４つ、またはすべてもまた、本発明において遺伝子シグネチャーとして使用することができる。
【００４６】
本発明者らは、化合物１または２などのＭＤＭ２ｉに対するＡＭＬの感受性がシグネチャー遺伝子を使用することによって予測できることも発見した。本発明者らはまた、化合物１または２などのＭＤＭ２ｉに対するＡＭＬの感受性がシグネチャー遺伝子およびＴＰ５３遺伝子型の両方を用いることによって予測できることも発見した。
【００４７】
したがって、本発明は、４個の遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、またはすべての発現レベルを測定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者における化合物１または２処置に対する感受性を予測する方法を提供する。本発明は、以下の遺伝子：ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＺＭＡＴ３、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＢＡＸ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＸＰＣ、ＴＮＦＲＳＦ１０ＢおよびＡＥＮ、の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者における化合物１または２処置に対する感受性を予測する方法であって、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、方法を提供する。本発明は、以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＣＤＫＮ２Ａ、の少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者における化合物１または２処置に対する感受性を予測する方法であって、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、方法を提供する。本発明は、ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣ、からなる４０個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者における化合物１または２処置に対する感受性を予測する方法であって、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、方法を提供する。本発明は、１７５個のシグネチャー遺伝子（すなわち、図１に提示した、ＥＤＡ２ＲおよびＳＰＡＴＡ１８を除く遺伝子）の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者における化合物１または２処置に対する感受性を予測する方法であって、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、方法を提供する。本発明は、図１に示した１７７個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含む、ＡＭＬに罹患している患者における化合物１または２処置に対する感受性を予測する方法であって、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、方法を提供する。好ましい実施形態において、本発明は、ＴＰ５３遺伝子の遺伝子型を決定することと、上記のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはすべての発現レベルを測定することとを含む、ＡＭＬに罹患している患者における化合物１または２処置に対する感受性を予測する方法を提供する。特定の実施形態において、本発明は、ＴＰ５３遺伝子の遺伝子型を決定することと、上記のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、またはすべての発現レベルを測定することとを含む、ＡＭＬに罹患している患者における化合物１または２処置に対する感受性を予測する方法であって、患者が変異型ＴＰ５３遺伝子を有する場合、または患者が野生型ＴＰ５３遺伝子を有し、かつ所定のカットオフ値と比べて低いシグネチャースコアを有する場合、ＡＭＬは耐性であると予測され、また患者が野生型ＴＰ５３遺伝子を有し、かつ所定のカットオフ値と比べて高いシグネチャースコアを有する場合、ＡＭＬは感受性であると予測される、方法を提供する。
【００４８】
いくつかの場合において、シグネチャー遺伝子の発現レベル（例えば、図１の遺伝子シグネチャーに列挙した遺伝子の少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも１０、もしくはすべて；ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣからなる遺伝子セット中の遺伝子の少なくとも３つ、もしくはすべて；遺伝子セットＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＺＭＡＴ３、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＢＡＸ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＸＰＣ、ＴＮＦＲＳＦ１０ＢおよびＡＥＮ中の遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、もしくはすべて；遺伝子セットＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＣＤＫＮ２Ａ中の遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、もしくはすべて；または、遺伝子セットＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮからなる遺伝子セット中の遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、もしくはすべての発現）は、例えば、同一のまたは異なるがんまたは新生物試料における１つまたは複数のハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化される。集約値は、いくつかの場合において、各遺伝子（例えば、遺伝子シグネチャーにおける各遺伝子）の発現のレベルを計算し、遺伝子が条件（例えば、化合物１または２処置に対する感受性または生存リスクスコア）によって正または負のいずれに制御されるかに応じて、各遺伝子に対し正または負の重みを使用することによって得られる。いくつかの場合において、遺伝子または遺伝子シグネチャーの正規化された発現、または集約値は、ＡＭＬに関して、遺伝子または遺伝子シグネチャーの正規化された発現中央値、または集約値に対して、増加した、または減少したと決定される。いくつかの場合において、正規化された発現中央値または集約値は、公的に入手可能なマイクロアレイデータセット、例えば、白血病、リンパ腫、メラノーマ、または骨髄腫がんマイクロアレイデータセットなどから得られる。ある例においては、遺伝子シグネチャーの発現遺伝子に関する正規化された発現中央値または集約値は、マイクロアレイデータセットを使用して決定される。
【００４９】
ある実施形態において、感受性スコアは、ＡＭＬが化合物１または２に対して感受性であるか否かを定義するための基礎として使用することができ、それにより、化合物に対して感受性であるＡＭＬを有する個体が化合物による処置に対して好ましく応答することを予測することができるので、感受性スコアの使用は有利であり得る。例えば、化合物１または２に対するＡＭＬ試料の感受性を示す感受性スコアの決定に基づいて、医師は、ＡＭＬを有する患者を化合物１または２で処置することを選択することができる。あるいは、ＡＭＬ試料の化合物１または２に対する非感受性を示す感受性スコアの決定に基づいて、医師は、患者が化合物１または２による処置から臨床的または医学的利益を受けないと予測されるので、ＡＭＬを有する患者を化合物１また２で処置しないことを選択することができる。患者のＡＭＬの試料が、化合物１または２による処置または療法の経過中の化合物１または２に対する感受性に関して評価される場合、化合物１または２に対する感受性を示す感受性スコアは、医師が患者のＡＭＬ処置または療法を継続もしくは変更する、および／または化合物１または２で処置することを決定する際に役立ち得る。
【００５０】
いくつかの場合においては、感受性スコアは、正規化された発現レベル測定値から計算される。スコアを利用して、化合物１もしくは２に対して感受性である、または感受性である可能性が低いＡＭＬ、および／またはＡＭＬを有する患者の化合物１もしくは２による処置もしくは療法に対する低、中もしくは高感受性などの様々なパラメーターを同定するためのカットオフポイントまたは値を提供することができる。いくつかの場合においては、カットオフポイントは、多くの場合、トレーニングデータセットおよびバリデーションデータセットを使用して決定される。例として、教師付の手法を利用して、例えば、レスポンダーおよび非レスポンダーにおける遺伝子シグネチャー発現を比較することによって、化合物１もしくは２処置に対して応答しないものから感受性であるもの（レスポンダー）を識別するカットオフを確立することができる。別の例において、教師なしの手法を利用して、結果を予測する、すなわち、化合物１もしくは２処置に対する感受性を予測するカットオフレベル（例えば、上位５０％対下位５０％、または上位四分位値対下位四分位値、または上位三分位値対下位三分位値）を実験的に決定することができる。トレーニングセットにおいて決定されたカットオフは、１つまたは複数の独立したバリデーションデータセットにおいて試験され得る。カットオフ値は、望ましい偽陽性率および偽陰性率を考慮して、決定または調整することができる。一実施形態において、カットオフ値は、ＡＭＬに罹患している患者群のシグネチャースコア中央値以上であってよく、好ましくは、シグネチャースコアは、上記の各シグネチャー遺伝子の発現レベルのＺスコアの合計である。一実施形態において、カットオフ値は、ＡＭＬに罹患している患者群のシグネチャースコアの第１四分位値（Ｑ1/4）以上であってよく、好ましくは、シグネチャースコアは、上記の各シグネチャー遺伝子の発現レベルのＺ−スコアの非重み付け平均または重み付け平均である。一実施形態において、カットオフ値は、ＡＭＬに罹患している患者群のシグネチャースコアの第３四分位値（Ｑ3/4）以上であってよく、好ましくは、シグネチャースコアは、上記の各シグネチャー遺伝子の発現レベルのＺ−スコアの非重み付け平均または重み付け平均である。一実施形態において、カットオフ値は、ＡＭＬに罹患している患者群のシグネチャースコアの四分位範囲内にあってよく、好ましくは、シグネチャースコアは、上記の各シグネチャー遺伝子の発現レベルのＺ−スコアの非重み付け平均または重み付け平均である。
【００５１】
本発明の別の態様おいて、本発明は、化合物１または２を含む、それを必要とする患者におけるＡＭＬを処置することに用いるための医薬組成物であって、患者が上記の感受性を予測する方法によって感受性であると予測された患者である、医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、本発明は、化合物１または２を含む、それを必要とする患者におけるＡＭＬを処置することに用いるための医薬組成物であって、患者が、患者における化合物処置に対する感受性を予測する方法によって感受性であると予測された患者であり、方法が、患者から得られた試料中の４個の遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、またはすべての発現レベルを測定することを含む、医薬組成物を提供する。別の特定の実施形態において、本発明は、化合物１または２を含む、それを必要とする患者におけるＡＭＬを処置することに用いるための医薬組成物であって、患者が、患者における化合物処置に対する感受性を予測する方法によって感受性であると予測された患者であり、方法が、患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＺＭＡＴ３、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＢＡＸ、ＲＲＭ２Ｂ、ＳＥＳＮ１、ＣＣＮＧ１、ＸＰＣ、ＴＮＦＲＳＦ１０ＢおよびＡＥＮの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含み、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、医薬組成物を提供する。別の特定の実施形態において、本発明は、化合物１または２を含む、それを必要とする患者におけるＡＭＬを処置することに用いるための医薬組成物であって、患者が、患者における化合物処置に対する感受性を予測する方法によって感受性であると予測された患者であり、方法が、患者から得られた試料中の以下の遺伝子：ＢＡＸ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＥＤＡ２Ｒ、ＸＰＣ、ＤＤＢ２、ＦＤＸＲ、ＭＤＭ２、ＣＤＫＮ１Ａ、ＴＲＩＡＰ１、ＢＢＣ３、ＣＣＮＧ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＣＤＫＮ２Ａの少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含み、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、医薬組成物を提供する。別の特定の実施形態において、本発明は、化合物１または２を含む、それを必要とする患者におけるＡＭＬを処置することに用いるための医薬組成物であって、患者が、患者における化合物処置に対する感受性を予測する方法によって感受性であると予測された患者であり、方法が、患者から得られた試料中のＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣからなる４０個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含み、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、医薬組成物を提供する。別の特定の実施形態において、本発明は、化合物１または２を含む、それを必要とする患者におけるＡＭＬを処置することに用いるための医薬組成物であって、対象が、患者における化合物処置に対する感受性を予測する方法によって感受性であると予測された患者であり、方法が、患者から得られた試料中の１７５個のシグネチャー遺伝子（すなわち、図１に提示した、ＥＤＡ２ＲおよびＳＰＡＴＡ１８を除く遺伝子）の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含み、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、医薬組成物を提供する。別の特定の実施形態において、本発明は、化合物１または２を含む、それを必要とする患者におけるＡＭＬを処置することに用いるための医薬組成物であって、患者が、患者における化合物処置に対する感受性を予測する方法によって感受性であると予測された患者であり、方法が、患者から得られた試料中の図１に示した１７７個のシグネチャー遺伝子の少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、４つ、またはすべての発現レベルを測定することを含み、測定する遺伝子が、好ましくは、遺伝子：ＲＰＳ２７Ｌ、ＦＤＸＲ、ＣＤＫＮ１ＡおよびＡＥＮを含む、医薬組成物を提供する。
【００５２】
本発明の別の態様において、本発明は、化合物１または２を患者に投与することを含む、それを必要とする患者におけるＡＭＬを処置する方法を提供する。本発明の一実施形態において、本発明は、化合物１または２を患者に投与することを含む、それを必要とする患者におけるＡＭＬを処置する方法であって、患者が上記のような対象における化合物１または２に対する感受性を予測する方法のいずれか１つによって感受性が予測される、方法を提供する。
【００５３】
本発明の医薬組成物は、化合物１または化合物２と、薬学的に許容される担体とを含有することができ、また様々な注射、例えば静脈注射、筋肉内注射および皮下注射として、または様々な方法、例えば経口投与もしくは経皮投与により投与することができる。「薬学的に許容される担体」とは、化合物１もしくは２または化合物１もしくは２を含有する組成物の、所定の器官から別の器官への輸送に関与する薬理学的に許容される材料（例えば、賦形剤、希釈剤、添加物、溶媒など）を意味する。
【００５４】
製剤は、投与方法に応じて適当な剤形（例えば、経口剤または注射剤）を選択し、製剤の調製に通常使用される様々な方法を用いることによって調製することができる。経口剤の例としては、錠剤、散剤、顆粒剤、カプセル剤、丸剤、トローチ剤、溶液剤、シロップ剤、エリキシル剤、乳剤、油性または水性の懸濁剤などが挙げられる。経口投与においては、遊離化合物または塩形態で使用することができる。水性製剤は、薬理学的に許容される酸と酸付加物を形成させることにより、またはナトリウムなどのアルカリ金属塩を形成させることにより調製することができる。注射剤の場合、安定剤、保存剤、溶解補助剤などを製剤に使用することもできる。これらの補助剤などを含有していてもよい溶液を容器に充填した後、使用のための製剤は凍結乾燥などによって固形製剤として調製することができる。さらに、一回投与量は１つの容器に充填することができ、または複数回投与量を１つの容器に充填することができる。
【００５５】
固形製剤の例としては、錠剤、散剤、顆粒剤、カプセル剤、丸剤およびトローチ剤が挙げられる。これらの固形製剤は、薬学的に許容される添加物を化合物１または２と共に含有していてもよい。添加物の例としては、充填剤、増量剤、結合剤、崩壊剤、溶解促進剤、湿潤剤および滑沢剤が挙げられ、これらは必要に応じて選択、混合され製剤化することができる。
【００５６】
液体製剤の例としては、溶液剤、シロップ剤、エリキシル剤、乳剤および懸濁剤が挙げられる。これらの液体製剤は、薬学的に許容される添加物を化合物１または２と共に含有していてもよい。添加物の例としては、懸濁化剤および乳化剤が挙げられ、これらは必要に応じて選択、混合され製剤化する。
【００５７】
化合物１または２は、哺乳動物、特にヒトのＡＭＬ処置において使用することができる。投与量および投与間隔は、疾患の部位、患者の身長、体重、性別または病歴に応じて、医師の判断に従って適宜選択され得る。化合物１または２をヒトに投与する場合、投与量の範囲は、１日当たり、約０．０１〜５００ｍｇ／ｋｇ体重、好ましくは、約０．１〜１００ｍｇ／ｋｇ体重である。好ましくは、化合物１または２は、ヒトに１日あたり１回投与され、または投与は２〜４回に分けられ、投与は適当な間隔で繰り返される。さらに、１日量は、必要により、医師の判断で上記の用量を超過してもよい。
【００５８】
化合物１または２は、他の抗腫瘍剤（複数可）と併用することができる。それらの例としては、抗腫瘍抗生物質、抗腫瘍植物成分、ＢＲＭ（生物学的応答制御物質）、ホルモン、ビタミン、抗腫瘍抗体、分子標的薬および他の抗腫瘍剤、例えばＭＤＭ２ｉが挙げられる。
【００５９】
より具体的には、アルキル化剤の例としては、以下のもの：ナイトロジェンマスタード、ナイトロジェンマスタードＮ−オキシド、ベンダムスチンおよびクロラムブチルなどのアルキル化剤；カルボコンおよびチオテパなどのアミジンアルキル化剤；ジブロモマンニトールおよびジブロモダルシトールなどのエポキシドアルキル化剤；カルムスチン、ロムスチン、セムスチン、ニムスチンハイドロクロライド、ストレプトゾシン、クロロゾトシンおよびラニムスチンなどのニトロソウレアアルキル化剤；ならびに、ブスルファン、トシル酸インプロスルファンおよびダカルバジンが挙げられる。
【００６０】
様々な代謝拮抗物質の例としては、以下のもの：６−メルカプトプリン、６−チオグアニンおよびチオイノシンなどのプリン代謝拮抗物質；フルオロウラシル、テガフール、テガフール−ウラシル、カルモフール、ドキシフルリジン、ブロクスウリジン、シタラビンおよびエノシタビンなどのピリミジン代謝拮抗物質；ならびに、メトトレキサートおよびトリメトレキサートなどの葉酸代謝拮抗物質が挙げられる。
【００６１】
抗腫瘍抗生物質の例としては、マイトマイシンＣ、ブレオマイシン、ペプロマイシン、ダウノルビシン、アクラルビシン、ドキソルビシン、イダルビシン、ピラルビシン、ＴＨＰ−アドリアマイシン、４’−エピドキソルビシンおよびエピルビシン；ならびに、クロモマイシンＡ３およびアクチノマイシンＤが挙げられる。
【００６２】
抗腫瘍植物成分およびそれらの誘導体の例としては、以下のもの：ビンデシン、ビンクリスチンおよびビンブラスチンなどのビンカアルカロイド；パクリタキセル、ドセタキセルおよびカバジタキセルなどのタキサン；ならびに、エトポシドおよびテニポシドなどのエピポドフィロトキシンが挙げられる。
【００６３】
ＢＲＭの例としては、腫瘍壊死因子およびインドメタシンが挙げられる。
【００６４】
ホルモンの例としては、ヒドロコルチゾン、デキサメタゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾロン、プラステロン、ベタメタゾン、トリアムシノロン、オキシメトロン、ナンドロロン、メテノロン、ホスフェストロール、エチニルエストラジオール、クロルマジノン、メドロキシプロゲステロンおよびメピチオスタンが挙げられる。
【００６５】
ビタミンの例としては、ビタミンＣおよびビタミンＡが挙げられる。
【００６６】
抗腫瘍性抗体および分子標的薬の例としては、トラスツズマブ、リツキシマブ、セツキシマブ、ニモツズマブ、デノスマブ、ベバシズマブ、インフリキシマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、アベルマブ、ピジリズマブ、アテゾリズマブ、ラムシルマブ、メシル酸イマチニブ、ダサチニブ、ゲフィチニブ、エルロチニブ、スニチニブ、ラパチニブ、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、トラメチニブ、パゾパニブ、パルボシクリブ、パノビノスタット、ソラフェニブ、イブルチニブ、ボルテゾミブ、カルフィルゾミブ、イクサゾミブおよびキザルチニブが挙げられる。
【００６７】
他の抗腫瘍剤の例としては、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、タモキシフェン、レトロゾール、アナストロゾール、エキセメスタン、トレミフェンクエン酸塩、フルベストラント、ビカルタミド、フルタミド、ミトタン、リュープロレリン、ゴセレリン酢酸塩、カンプトテシン、イホスファミド、シクロホスファミド、メルファラン、Ｌ−アスパラギナーゼ、アセグラトン、シゾフラン、ピシバニール、プロカルバジン、ピポブロマン、ネオカルチノスタチン、ヒドロキシウレア、ウベニメクス、アザシチジン、デシタビン、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、エリブリン、トレチノインおよびクレスチンが挙げられる。
【００６８】
これ以降、単に例示目的で以下の実施例を提供するが、本発明は実施例に限定されないことを理解されたい。
【実施例】
【００６９】
実施例１
新たに診断されたＡＭＬまたは再発性／難治性のＡＭＬを有する患者の末梢血または骨髄から単離された白血病試料を、以下に記載した試験化合物を用いて処理した。
【００７０】
試験化合物
（３’Ｒ，４’Ｓ，５’Ｒ）−Ｎ−［（３Ｒ，６Ｓ）−６−カルバモイルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−３−イル］−６”−クロロ−４’−（２−クロロ−３−フルオロピリジン−４−イル）−４，４−ジメチル−２”−オキソ−１”，２”−ジヒドロジスピロ［シクロヘキサン−１，２’−ピロリジン−３’，３”−インドール］−５’−カルボキサミドモノ（４−メチルベンゼンスルホネート）一水和物（化合物２）をＷＯ２０１４／０３８６０６に記載されているように調製した。
【００７１】
白血病試料
１．６×１０7個よりも多くの単核細胞を含有するヘパリン処置末梢血および骨髄試料は、ヘルシンキ宣言に沿ったテキサス大学ＭＤアンダーソンキャンサーセンター（ＭＤＡ，  Ｈｏｕｓｔｏｎ，  ＴＸ，  ＵＳＡ）ガイドラインによるインフォームドコンセントの後、新たに診断された、または再発性／難治性のＡＭＬを有するＡＭＬ患者から得た。各試料において、芽球カウント（芽球％）は、臨床検査技師による通常の形態学的差異カウント（通常５００細胞がカウントされる）から決定され、ＭＤＡの血液病理学者によって確認された。５０％より多くの芽球を含む骨髄細胞または末梢血細胞を選択し、実施例においてＡＭＬ試料として使用した。４４個の試料のうち３個の試料において高い割合（＞３０％）の自発的アポトーシスが観察され、これらはこの目的から除外した。ＡＭＬ試料の特徴を表１に示す。
【表１】
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【００７２】
ＴＰ５３遺伝子型判定
ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）は、Ａｕｔｏｐｕｒｅ抽出器（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を使用して各事例の骨髄吸引物または末梢血から抽出し、Ｑｕｂｉｔ  ＤＮＡ  ＢＲアッセイキット（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）を使用して定量した。ゲノムライブラリーは、２５０ｎｇのＤＮＡ鋳型および５個の遺伝子について特注のプローブ対が加えられた市販の４８−遺伝子ＴｒｕＳｅｑ  Ａｍｐｌｉｃｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｐａｎｅｌ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｉｎｃ．、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）を使用して調製した。ＴＰ５３を含む、５３−遺伝子パネルはすでに公開されている。（Ｏｋ  ｅｔ  ａｌ，  Ｌｅｕｋｅｍｉａ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  （２０１５）  ３９，  ３４８−３５４）。生成されたライブラリーは、ＡＭＰｕｒｅ磁気ビーズ（Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ、Ｂｒｅａ、ＣＡ）を使用して精製し、次いでＭｉＳｅｑシーケンサー（Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｉｎｃ．、ＳａｎＤｉｅｇｏ、ＣＡ）を使用し、次世代シークエンシングに供した。サンガー配列決定を実施し、ＴＰ５３の変異を確認した。
【００７３】
アポトーシスの検出
単核細胞は密度勾配遠心分離によって精製した。細胞を１０％ウシ胎仔血清含有ＲＰＭＩ  １６４０培地で培養し、試験化合物（０、２５、５０、１００、２５０、５００または１０００ｎＭ）で４８時間ｅｘ  ｖｉｖｏで処理し、アネキシンＶおよびヨウ化プロピジウム（ＰＩ、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈから購入）結合アッセイを用いるアポトーシス分析によって生存細胞数を決定した。アネキシンＶおよびＰＩ陰性細胞を生存細胞としてカウントした。アポトーシスをアネキシンＶ陽性細胞の割合として定量化し、次式：
特異的アポトーシス％＝（試験−対照）×１００／（１００−対照）により特異的アポトーシスを計算した。
【００７４】
ＡＵＣ生存細胞％
薬物感受性／耐性を定義するため、感受性試料が相対的に低い曲線下面積（ＡＵＣ）値を有し、耐性試料が相対的に大きいＡＵＣ値を有するようにＡＵＣ値を計算した。特に、ＡＵＣは、Ｒ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  Ｃｏｒｅ  Ｔｅａｍにより提供されたＲ  ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｖｅｒ．３．２．０を使用し、所与のｘおよびｙ（ｘ）値｛ｘ：化合物２の濃度、ｙ（ｘ）：測定された生存細胞％｝に適合した平滑化スプライン下面積を計算して関数の積分を近似することにより計算した。
【００７５】
感受性の決定
野生型ＴＰ５３を用いた３３事例のうち、１１個の試料のそれぞれをＡＵＣ値に基づき試験化合物に対して感受性（低ＡＵＣ群）または耐性（高ＡＵＣ群）として決定した。遺伝子型混合試料においては、１４個の試料のそれぞれをＡＵＣ値に基づき試験化合物に対する感受性または耐性として選択した。
【００７６】
遺伝子シグネチャー
４１個のＡＭＬ試料のベースライン全ゲノムＲＮＡ発現プロファイル（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｕ１３３  Ｐｌｕｓ  ２．０  Ａｒｒａｙ）を決定した。ＲＮＡは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ製の３’ＩＶＴ  Ｅｘｐｒｅｓｓキットを用いて増幅させた。ＲＮＡ（１００ｎｇ）は、逆転写して第１鎖（first strand）のｃＤＮＡ鎖を合成した。次いで、このｃＤＮＡを転写用の二本鎖ＤＮＡ鋳型に変換してａＲＮＡ（ｃＲＮＡ）を作製し、ヒト遺伝子Ｕ１３３＿２．０アレイ上でのハイブリダイゼーション用に断片化されたビオチン結合ヌクレオチドに組み込んだ。アレイは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｃｏｍｍａｎｄ  Ｃｏｎｓｏｌｅ（ＡＧＣＣ）ソフトウェアによって制御されるＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｆｌｕｉｄｉｃｓステーション４５０を使用し、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐハイブリダイゼーション、洗浄および染色キットを用いて処理した。ＡＧＣＣ  Ｓｏｆｔｗａｒｅによって制御されるＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｓｃａｎｎｅｒ  ３０００，７Ｇを使用してアレイをスキャンした。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｃｏｎｓｏｌｅデフォルト分析設定を使用し、ＭＡＳ５アルゴリズムによりアレイを分析した。
【００７７】
ＷＯ２０１５／１０８１７５の広範囲のがん細胞で確立されている１７５−遺伝子シグネチャーまたは４０−遺伝子シグネチャーを耐性試料または感受性試料に適用した。１７５−遺伝子シグネチャーにおいては、１７５個の遺伝子（すなわち、図１に提示した、ＥＤＡ２ＲおよびＳＰＡＴＡ１８を除く遺伝子）のｍＲＮＡ発現プロファイルが決定された。４０−遺伝子シグネチャーにおいては、４０個の遺伝子（すなわち、ＢＡＸ、Ｃ１ＱＢＰ、ＦＤＸＲ、ＧＡＭＴ、ＲＰＳ２７Ｌ、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＴＰ５３、ＴＲＩＡＰ１、ＺＭＡＴ３、ＡＥＮ、Ｃ１２ｏｒｆ５、ＧＲＳＦ１、ＥＩＦ２Ｄ、ＭＰＤＵ１、ＳＴＸ８、ＴＳＦＭ、ＤＩＳＣ１、ＳＰＣＳ１、ＰＲＰＦ８、ＲＣＢＴＢ１、ＳＰＡＧ７、ＴＩＭＭ２２、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＡＣＡＤＳＢ、ＤＤＢ２、ＦＡＳ、ＧＤＦ１５、ＧＲＥＢ１、ＰＤＥ１２、ＰＯＬＨ、Ｃ１９ｏｒｆ６０、ＨＨＡＴ、ＩＳＣＵ、ＭＤＭ２、ＭＥＤ３１、ＭＥＴＲＮ、ＰＨＬＤＡ３、ＣＤＫＮ１Ａ、ＳＥＳＮ１およびＸＰＣからなる遺伝子）のｍＲＮＡ発現プロファイルが決定された。
【００７８】
シグネチャーにおける各遺伝子の寄与を正規化するため、シグネチャー遺伝子にＺ−スコア正規化を行った（各遺伝子の平均発現値を各試料の値から引き、その差を標準偏差で除算した）。感受性スコア（シグネチャースコア）は、各シグネチャー遺伝子のＺ−スコア正規化発現値の非重み付け平均を決定することにより得た。
【００７９】
結果
ＡＭＬのアポトーシスが試料において試験化合物で誘導された。生存細胞数％の結果（未処理のウェルとの比較）を表２に示した。
【表２】
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【００８０】
さらに、ＡＵＣ、ＴＰ５３状態および試料の試験化合物に対する感受性の結果を表３にまとめた。表３において、各試料のＡＵＣは、試料のうち最大のＡＵＣであった試料番号１３のＡＵＣにより正規化した。
【表３】
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【００８１】
これらの結果は、試験化合物が、新たに診断された、または再発性／難治性のＡＭＬを有する患者におけるＡＭＬの処置において有用であることを示唆している。さらに、いくつかの試料において、８０％を超える白血病細胞が高濃度の試験化合物の処置によりアポトーシスを誘導したが（図２および表２を参照）、他の試料においては、２０％未満の白血病細胞しかアポトーシスを誘導しない。
【００８２】
試験化合物に対する試料の感受性が予測可能であるか否かを決定するために、ＷＯ２０１５／１０８１７５の広範囲のがん細胞で開示されている１７５個の遺伝子または４０個の遺伝子を用いて、試料の遺伝子シグネチャー分析を行った。
【００８３】
各１１個のｐ５３野生型試料をＡＵＣ生存細胞％に基づき試験化合物に対する感受性または耐性として選択し、１７５−遺伝子シグネチャーまたは４０−遺伝子シグネチャーを適用した。１７５−遺伝子シグネチャーの予測精度は、カットオフ値が０．０２であった場合、７２％であった（図３および表４を参照）。また、４０−遺伝子シグネチャーの予測精度は、カットオフ値が０．０５であった場合、６８％であった（図４および表５を参照）。
【表４】
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【表５】
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【００８４】
遺伝子型混合試料において、各１４個の感受性試料および耐性試料を選択し、１７５−遺伝子シグネチャーまたは４０−遺伝子シグネチャーを適用した。１７５−遺伝子シグネチャーの予測精度は、カットオフ値が−０．０５であった場合、７９％であった（図５および表６を参照）。また、４０−遺伝子シグネチャーの予測精度は、カットオフ値が−０．０４であった場合、７１％であった（図６および表７を参照）。
【表６】
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【表７】
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【００８５】
これらの結果は、試験化合物に対する感受性が、ＴＰ５３野生型ＡＭＬ対象およびＴＰ５３遺伝子型の決定を行わなかったすべてのＡＭＬ対象において予測可能であることを示唆している。さらに、ＴＰ５３変異試料においては、３つの感受性試料がすべて感受性であると予測され、他の３つの耐性試料は耐性であると予測されたことが示された。したがって、試験化合物に対する感受性はまた、ＴＰ５３変異ＡＭＬ対象においても予測可能である。
【００８６】
さらに本発明者らは、ＴＰ５３変異状態が耐性の第１の予測因子として組み込まれた後に１７５−遺伝子シグネチャーが適用された場合の予測性能を明らかにした。具体的には、本発明者らは、試料がＴＰ５３変異を有する場合に耐性である場合、および、遺伝子シグネチャーを使用して野生型ＴＰ５３を有する残りの試料のＭＤＭ２ｉに対して予測される感受性が低い場合に耐性であると予測し、野生型ＴＰ５３を有する残りの試料のＭＤＭ２ｉに対して予測される感受性が高かった場合に、感受性であると予測した（図７に示した一般的な予測スキームを参照）。１７５−遺伝子シグネチャーの予測精度は、カットオフ値が−０．５であった場合に８２％であり（表８参照）、このことはＴＰ５３変異状態単独または遺伝子シグネチャー単独と比べ、性能が非常に正確であることを示している。
【表８】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【国際調査報告】
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