(57)【要約】  がんバイオマーカーおよびそれらを使用する方法が、開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象を評価する方法、例えばがんを有する対象におけるＣＡＲ発現細胞療法の有効性を評価またはモニタリングする方法であって、前記方法が、
(ｉ)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団における、ＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタＴ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中の、サイトカインのレベルまたは活性(例えば、サイトカインレパートリーの質)であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；
(vii)製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプルにおける、ＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；あるいは
(viii)サンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量
の１、２、３、４、５、６、７以上(全て)の測定値を含む、対象についてのＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９発現細胞集団)を含む治療に対する応答者または再発者の状態の値を獲得することを含み、
前記値が、ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答性または再発状態を指し示し、それによって、対象を評価する、方法。
【請求項２】
対象を、完全応答者、部分応答者もしくは非応答者または再発者もしくは非再発者として同定すること；
ＣＡＲ発現細胞療法を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の変更された投薬を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過を変更すること；
例えば、非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせて追加的な薬剤、例えば、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤を投与すること；
非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法を用いた処置の前に、対象における幼若Ｔ細胞の数を増加させる治療を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の製造プロセスを改変すること、例えば、非応答者もしくは部分応答者として同定された対象について、例えば、ＣＡＲをコードする核酸を導入する前に、幼若Ｔ細胞を濃縮することまたは形質導入効率を増加させること；
患者に注入する前に、ＣＡＲ発現細胞産物を改変すること；
臨床有効性を達成するために、ＣＡＲ発現細胞の注入用量を調整すること；
例えば、非応答者もしくは部分応答者または再発者について、代替療法を投与すること；
例えば、非応答者または部分応答者について、代替療法、例えば、特定のがんの種類についての標準治療を投与すること；あるいは
対象が、非応答者もしくは再発者であるかまたはこれとして同定される場合、例えば、ＣＤ２５の枯渇、シクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ｍＴＯＲ阻害剤またはこれらの組合せの投与によって、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーを減少させること
の１、２、３、４、５、６、７以上(例えば、全て)を実施することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９発現細胞集団)を含む治療に応答性であるものとして同定された(例えば、完全応答者、部分応答者または非再発者として同定された)対象の処置における使用のためのＣＡＲ発現細胞療法であって、前記同定が、以下：
(ｉ)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団における、ＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中の、サイトカインのレベルまたは活性(例えば、サイトカインレパートリーの質)であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；あるいは
(vii)製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプルにおける、ＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；あるいは
(viii)サンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量
の１、２、３、４、５、６、７以上(全て)の測定値を含む、ＣＡＲ発現細胞療法。
【請求項４】
対象が、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９発現細胞集団)を含む治療に応答性であるとして同定された(例えば、完全応答者、部分応答者または非再発者として同定された)場合、対象にＣＡＲ発現細胞療法の治療有効用量を投与することを含む、がんを有する対象を処置するための方法であって、前記同定が、以下：
(ｉ)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団における、ＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中の、サイトカインのレベルまたは活性(例えば、サイトカインレパートリーの質)であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；あるいは
(vii)製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプルにおける、ＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；あるいは
(viii)サンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量
の１、２、３、４、５、６、７以上(全て)の測定値を含み、それによって、対象を評価する、方法。
【請求項５】
対象におけるがんを処置する方法であって、
(ｉ)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団における、ＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中の、サイトカインのレベルまたは活性(例えば、サイトカインレパートリーの質)であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択されるレベルまたは活性；あるいは
(vii)製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプルにおける、ＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；あるいは
(viii)サンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量
の１、２、３、４、５、６、７以上(全て)の測定値を含む、対象についてのＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)を含む治療に対する応答者または再発者の状態の値を獲得すること、
ならびに前記値に応じて：
対象を、完全応答者、部分応答者もしくは非応答者または再発者もしくは非再発者として同定すること；
例えば、応答者または非再発者に、ＣＡＲ発現細胞療法を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の変更した投薬を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過を変更すること；
例えば、非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせて追加的な薬剤、例えば、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法を用いた処置の前に、非応答者または部分応答者に、対象における幼若Ｔ細胞またはナイーブＴ細胞の数を増加させる治療を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の製造プロセスを改変すること、例えば、非応答者もしくは部分応答者として同定された対象について、例えば、ＣＡＲをコードする核酸を導入する前に幼若Ｔ細胞もしくはナイーブＴ細胞を濃縮することまたは形質導入効率を増加させること；
例えば、非応答者または部分応答者または再発者について、代替療法、例えば、特定のがんの種類についての標準治療を投与すること；あるいは
対象が、非応答者もしくは再発者であるかまたはこれとして同定される場合、例えば、ＣＤ２５細胞を枯渇させることまたはシクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ｍＴＯＲ阻害剤もしくはこれらの組合せの投与によって、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーを減少させること
の１、２、３、４、５、６、７以上(例えば、全て)を実施すること
を含む方法。
【請求項６】
ＣＡＲ発現細胞療法が、複数のＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞を含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項７】
ＣＡＲ発現細胞療法が、ＣＡＲ１９療法(例えば、ＣＴＬ０１９療法)である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項８】
(ｉ)〜(viii)の１つまたは複数の測定値が、対象から獲得されたアフェレーシスサンプルから得られ、適宜、アフェレーシスサンプルが、注入または再注入の前に評価される、請求項１〜７のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項９】
(ｉ)〜(viii)の１つまたは複数の測定値が、製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)から得られ、適宜、製造されたＣＡＲ発現細胞産物が、注入または再注入の前に評価される、請求項１〜７のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１０】
対象が、ＣＡＲ発現細胞療法を施す前、途中または後に評価される、請求項１〜９のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１１】
がんが、血液がんである、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１２】
血液がんが、ＡＬＬまたはＣＬＬである、請求項１１に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１３】
対象が、ヒト患者である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１４】
(ｉ)〜(viii)の１つまたは複数の測定値に基づき、対象を応答者(例えば、完全応答者もしくは部分応答者)、非応答者、再発者または非再発者として同定することをさらに含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１５】
(ｉ)〜(viii)の１つまたは複数の測定値が、遺伝子発現、フローサイトメトリーまたはタンパク質発現の１つまたは複数についてのプロファイルを評価する、請求項１〜１４のいずれかに記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１６】
ＣＤ８＋Ｔ細胞のレベルまたは活性が、サンプル中のＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージを指し示すプロファイルまたはシグネチャーを使用して評価される、請求項１〜１５のいずれかに記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１７】
ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性が、サンプル中のＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−免疫エフェクター細胞のパーセンテージを指し示すプロファイルまたはシグネチャーを使用して評価される、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１８】
レベルまたは活性が、表１Ａ、１Ｂ、３、４、５、６、７Ａ、７Ｂまたは図２Ｂに挙げたバイオマーカーまたは遺伝子のセットの１、２、３、４、５、１０、２０、５０、６０、７０、１００以上によるプロファイルまたは遺伝子シグネチャーを使用して評価される、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項１９】
バイオマーカーが、表８に挙げた、分泌型バイオマーカーまたは細胞表面のバイオマーカーである、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２０】
応答者(例えば、完全応答者)が、非応答者と比較して、ＧＺＭＫ、ＰＰＦ１ＢＰ２またはナイーブＴ細胞の１、２つ以上(全て)の大きなレベルまたは活性を有するまたは有するものとして同定される、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２１】
非応答者が、応答者と比較して、ＩＬ２２、ＩＬ−２ＲＡ、ＩＬ−２１、ＩＲＦ８、ＩＬ８、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ２２、エフェクターＴ細胞または制御性Ｔ細胞の１、２、３、４、５、６、７以上(例えば、全て)の大きなレベルまたは活性を有するまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２２】
完全応答者が、参照値、例えば、非応答者のＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージと比較して、ＣＤ８＋Ｔ細胞の大きな、例えば、統計的に有意に大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２３】
完全応答者が、例えば、ＣＤ８＋集団において、参照値、例えば、非応答者のＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−免疫エフェクター細胞の数と比較して、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−免疫エフェクター細胞の大きなパーセンテージ(例えば、７％以上の数)を有するまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２４】
完全応答者または部分応答者が、参照値、例えば、非応答者のＣＤ４＋Ｔ細胞のパーセンテージと比較して、ＣＤ４＋Ｔ細胞の大きな、例えば、統計的に有意に大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２５】
完全応答者が、参照値、例えば、非応答者の休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)、初期メモリーＴ細胞の数と比較して、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタ細胞)、もしく初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せの大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２６】
非応答者が、参照値、例えば、応答者の活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)または後期メモリーＴ細胞の数と比較して、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せの大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２７】
非応答者が：
応答者からのＰＤ−１もしくはＬＡＧ−３を発現している免疫エフェクター細胞のパーセンテージと比較して、ＰＤ−１もしくはＬＡＧ−３を発現している免疫エフェクター細胞(例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞および／もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞)(例えば、ＣＡＲ発現ＣＤ４＋細胞および／もしくはＣＤ８＋Ｔ細胞)の大きなパーセンテージまたはＣＡＲ発現細胞療法に対する応答者(例えば、完全応答者)と比較して、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)におけるＰＤ−１＋／ＬＡＧ−３＋細胞の大きなパーセンテージ、
ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)における、消耗した表現型ＰＤ１＋ＣＡＲ＋およびＬＡＧ３の共発現、あるいは
応答者(例えば、完全応答者)と比較して、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)におけるＰＤ−１＋／ＴＩＭ−３＋細胞の大きなパーセンテージ
を有するかまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２８】
部分応答者が、応答者よりも、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)においてＰＤ−１＋／ＬＡＧ−３＋細胞の高いパーセンテージまたは
応答者よりも、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)においてＰＤ−１＋／ＴＩＭ−３＋細胞の高いパーセンテージ
を有するかまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項２９】
アフェレーシスサンプル中のＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−Ｔ細胞の存在が、ＣＡＲ発現細胞療法[例えば、ＣＡＲ１９療法(例えばＣＴＬ０１９療法)]に対する対象の応答の正の予測因子である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３０】
アフェレーシスサンプル中のＰＤ１＋ＣＡＲ＋およびＬＡＧ３＋またはＴＩＭ３＋Ｔ細胞の高いパーセンテージが、ＣＡＲ発現細胞療法[例えば、ＣＡＲ１９療法(例えば、ＣＴＬ０１９療法)]に対する対象の応答の予後不良の予測因子である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３１】
ＣＡＲ１９療法に対する応答者(例えば、完全応答者)が、表９のバイオマーカープロファイルを有するまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３２】
ＣＡＲ１９療法に対する非応答者が、ＰＤ−１＋免疫エフェクター細胞、ＴＩＭ−３＋免疫エフェクター細胞、ＬＡＧ−３＋免疫エフェクター細胞、ＫＬＲＧ１＋免疫エフェクター細胞、ＣＤ２７−免疫エフェクター細胞、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、活性化したＴＨ１、活性化したＴＨ２細胞、刺激されたメモリー細胞もしくは後期Ｔメモリー細胞の１つもしくは複数またはこれらの組合せを含むバイオマーカーを有するかまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３３】
ＣＡＲ１９療法に対する非応答者が、表１０のバイオマーカープロファイルを有するかまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３４】
ＫＬＲＧ１、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２またはＣＤ６２Ｌの１、２、３、４つ以上(全て)の遺伝子発現が、ＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答を予測する、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３５】
再発者が、Ｃ５ｏｒｆ３２、ＣＣＬ１７、ＣＳＦ１、ＣＴＳＬ１、ＥＭＰ１、ＥＰＡＳ１、ＧＣＬＭ、ＧＫ、ＧＰＲ５６、ＨＭＯＸ１、ＩＫＢＩＰ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９、ＭＩＲ１５５、ＰＡＮＸ２、ＰＧＡＭ４、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ８、ＶＴＲＮＡ１−３またはＺＮＦ２８２の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上の上昇したレベルを有するかまたは有するものとして同定される、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３６】
応答者(例えば、完全応答者または部分応答者)が、以下のプロファイル：
(ｉ)参照値、例えば、非応答者のＣＤ２７＋免疫エフェクター細胞の数と比較して、大きな数のＣＤ２７＋免疫エフェクター細胞を有すること；
(ii)参照値、例えば、非応答者のＣＤ８＋Ｔ細胞の数と比較して、大きな数のＣＤ８＋Ｔ細胞を有すること；
(iii)参照値、例えば、非応答者の１つまたは複数のチェックポイント性抑制因子を発現している細胞の数と比較して、１つまたは複数のチェックポイント性抑制因子、例えば、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３もしくはＫＬＲＧ−１から選択されるチェックポイント性抑制因子または組合せを発現している細胞の低い数を有すること；あるいは
(iv)参照値、例えば、非応答者の休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、ナイーブＣＤ４細胞、刺激されていないメモリー細胞または初期メモリーＴ細胞の数と比較して、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若細胞もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(全て)またはこれらの組合せの大きな数を有すること
の１、２、３以上(または全て)を有する、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３７】
(vi)のサイトカインのレベルまたは活性が、サイトカインＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ６、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ２、ＩＬ２１、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９もしくはＴＮＦαの、１、２、３、４、５、６、７、８つ以上(もしくは全て)またはこれらの組合せから選択される、請求項１〜１３または１５のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３８】
(vii)における１５％以上の形質導入効率が、増加した応答性または減少した再発を指し示す、請求項１〜１３または１５のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項３９】
応答者または再発者の状態の前記値が、表１Ａ、１Ｂ、１７、１８または２０に挙げた、０.１または０.０１未満のＦＤＲのｐ値を有するバイオマーカーの１、２、３、４、５、１０、２０以上(例えば、全て)のレベルまたは活性の測定値を含む、請求項１〜３８のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項４０】
ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)の効力を評価する方法であって、前記方法が、
(ｉ)ＣＡＲ発現細胞産物中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団における、ＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)ＣＡＲ発現細胞産物中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタＴ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)ＣＡＲ発現細胞産物中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)ＣＡＲ発現細胞産物中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中の、サイトカインのレベルまたは活性(例えば、サイトカインレパートリー)であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；
(vii)産物におけるＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；
(viii)サンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量；あるいは
(ix)ＴＲＥＧ細胞または細胞集団のレベルまたは活性
の１、２、３、４、５、６、７、８つ以上(例えば、全て)についての値を獲得することを含み、
(ｉ)、(ii)、(vi)、(vii)、(viii)またはこれらの任意の組合せにおける増加が、ＣＡＲ発現細胞産物の増加した効力を指し示し、
(iii)、(iv)、(ix)またはこれらの任意の組合せにおける増加が、ＣＡＲ発現細胞産物の減少した効力を指し示す、方法。
【請求項４１】
サイトカインが、ＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ６、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ２、ＩＬ２１、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９もしくはＴＮＦαの１、２、３、４、５、６、７、８つ以上(もしくは全て)またはこれらの組合せから選択される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
１５％以上の形質導入効率が、増加した効力を指し示す、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)の製造を最適化するための方法であって、前記方法が、
(１)ＣＡＲ発現細胞(例えば、ＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞の集団)を含むサンプルを獲得すること；
(２)ＣＡＲ発現細胞をインビトロで活性化すること；
(３)(ｉ)ＣＡＲ発現細胞産物中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団における、ＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)ＣＡＲ発現細胞産物中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタＴ細胞)、もしく初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)ＣＡＲ発現細胞産物中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)ＣＡＲ発現細胞産物中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中のサイトカインのレベルまたは活性であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；
(vii)産物におけるＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；
(viii)サンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中のＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量；あるいは
(ix)ＴＲＥＧ細胞または細胞集団のレベルまたは活性
の１、２、３、４、５、６、７、８つ以上(例えば、全て)を決定することによって、活性化したＣＡＲ発現細胞の効力を評価することによって産物の製造を最適化すること
を含み、
(ｉ)、(ii)、(vi)、(vii)、(viii)またはこれらの任意の組合せにおける増加が、ＣＡＲ発現細胞産物の増加した効力を指し示し、
(iii)、(iv)、(ix)またはこれらの任意の組合せにおける増加が、ＣＡＲ発現細胞産物の減少した効力を指し示す、方法。
【請求項４４】
(ｉ)、(ii)、(vi)、(vii)、(viii)もしくはこれらの任意の組合せのいずれかに増加または(iii)、(iv)、(ix)もしくはこれらの任意の組合せのいずれかに減少を有する細胞を、濃縮する、例えば、単離する工程をさらに含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
サイトカインのレベルまたは活性が、サイトカインＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ６、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ２、ＩＬ２１、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９もしくはＴＮＦαまたはこれらの組合せの１つまたは複数から選択される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
ＴＲＥＧ細胞を枯渇させるさらなる工程を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
ＴＲＥＧ細胞が、ＣＤ２５枯渇、ＧＩＴＲ枯渇、ｍＴＯＲ阻害またはこれらの組合せを介して枯渇される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
(ｉ)、(ii)、(iii)、(iv)、(ｖ)、(vi)、(vii)、(viii)、(ix)またはこれらの任意の組合せ(例えば、全て)が、インビトロ活性化後に評価される、請求項４０〜４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
ＣＡＲ発現細胞療法が、ＣＴＬ０１９を含む、請求項４０〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
対象に、薬剤、例えば、ｍＴＯＲ阻害剤および／またはチェックポイント阻害剤を用いた処置、例えば、前処置または同時処置、例えば、ＣＡＲ発現細胞療法の開始前の前処置またはＣＡＲ発現細胞療法後の処置が施される、請求項１〜４９のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項５１】
がんが、ＣＤ１９の発現に関連する、請求項１〜５０のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項５２】
がんが、血液がんである、請求項１〜５１のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項５３】
がんまたは血液がんが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)、Ｔ細胞急性リンパ性白血病(Ｔ−ＡＬＬ)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症からなる群から選択される、請求項１〜５２のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項５４】
ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子シグネチャーが、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子シグネチャーを含む、少なくとも５、６、７、８、９つまたは１０の遺伝子の発現についての値を含む、請求項１〜５３のいずれか一項に記載の使用のための方法または組成物。
【請求項５５】
がんを有する対象におけるＣＡＲ発現細胞療法の成功率についての予後診断を提供するためのキットであって、前記キットが：
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げた遺伝子、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１および／またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数のレベルまたは活性を特異的に検出する試薬のセット；ならびに
前記キットを使用するための説明書を含み；
使用のための前記説明書が、検出された発現レベルの１つまたは複数が参照レベルと異なる、例えば、これよりも大きい場合、対象がＣＡＲ発現細胞療法に対して正の応答をする可能性がより大きいと定める、キット。
【請求項５６】
試薬のセットが、前記遺伝子セットから発現されたｍＲＮＡの発現を検出する、請求項５５に記載のキット。
【請求項５７】
試薬のセットが、前記遺伝子セットによってコードされるポリペプチドの発現を検出する、請求項５６に記載のキット。
【請求項５８】
メモリーと作動可能に連結した少なくとも１つのプロセッサーを含む、対象におけるがんを評価するためのシステムであって、前記少なくとも１つのプロセッサーが、実行したときに、以下：
(ｉ)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団における、ＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタＴ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中の、サイトカインのレベルまたは活性(例えば、サイトカインレパートリーの質)であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；
(vii)製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプルにおける、ＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；あるいは
(viii)サンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量、
の１、２、３、４、５、６、７以上(全て)の測定値を含む、応答者または再発者の状態の値を獲得し、応答者の状態の値の決定に応じて：
対象を完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者として同定すること；
ＣＡＲ発現細胞療法を投与することを推奨すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の投薬の選択または変更を推奨すること；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過の選択または変更を推奨すること；
例えば、非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせて追加的な薬剤、例えば、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤を投与することを推奨すること；
ＣＡＲ発現細胞療法を用いた処置の前に、非応答者または部分応答者に、対象におけるナイーブＴ細胞の数を増加させる治療を投与することを推奨すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の製造プロセスを改変することを推奨すること、例えば、非応答者または部分応答者として同定された対象について、ＣＡＲをコードする核酸を導入する前に、例えば、ナイーブＴ細胞を濃縮すること；
患者に注入する前に、ＣＡＲ発現細胞産物を改変することを推奨すること；
臨床有効性を達成するために、ＣＡＲ発現細胞の注入用量を調整することを推奨すること；
例えば、非応答者または部分応答者または再発者について、代替療法を投与することを推奨すること；
例えば、非応答者または部分応答者について、代替療法、例えば、特定のがんの種類についての標準治療の選択を推奨すること；あるいは
対象が、非応答者または再発者であるかまたはこれとして同定される場合、例えば、ＣＤ２５の枯渇、シクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ｍＴＯＲ阻害剤またはこれらの組合せの投与によって、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーを減少させることを推奨すること
の１、２、３、４、５、６、７以上(例えば、全て)を実施するように構成されている、システム。
【請求項５９】
がんを有する対象から血液サンプル、例えば、Ｔ細胞サンプルを提供する工程；
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げた遺伝子、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬまたはＫＬＲＧ１の１つまたは複数の発現レベルを決定して、サンプルについての遺伝子発現パターンを得る工程；
得られた遺伝子発現パターンを、参照値のもの、例えば、遺伝子発現の歴史的記録と比較する工程；
得られた値と参照値との差を決定する工程；および
決定された差を品質管理記録に記録する工程
を含む方法。
【請求項６０】
得られた遺伝子発現パターンと参照サンプルの遺伝子発現パターンとの差を比較する工程をさらに含む、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
(１)対象からのサンプル中の、表１７における１つまたは複数のマーカーのレベルまたは活性についての値を獲得することによって、対象が、ＣＡＲ発現細胞療法に対して再発する可能性が増加しているかどうかを決定すること(ここで、参照レベルと比べた、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のレベルまたは活性における差、例えば、統計的に有意な差は、ＣＡＲ発現細胞療法に対して再発する可能性が増加していることを指し示す)；ならびに
(２)再発する可能性が増加している対象について、ＴＲＥＧ細胞集団を減少させることおよび／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーを減少させること；ならびに
(３)対象にＣＡＲ発現細胞療法の治療有効用量を投与すること
を含む、がんを有する対象を処置するための方法。
【請求項６２】
製造のために細胞を収集する前に、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーが減少される、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法の前に、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーが減少される、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】
ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーが、シクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体またはこれらの組合せの投与によって減少される、請求項６１〜６３のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２０１４年１０月８日付けで出願された米国特許出願第６２／０６１,５５３号および２０１５年４月８日付けで出願された米国特許出願第６２／１４４,６８２号の優先権を主張するものである。これらの出願の全内容は、参照により本明細書に組み入れられる。
【０００２】
配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出された配列表を含み、その全体は参照により本明細書に組み入れられる。２０１５年１０月７日に作成された前記ASCIIのコピーは、N2067-7057WO_SL.txtという名称であり、サイズは２１９,２２１バイトである。
【０００３】
発明の分野
本発明は、がんバイオマーカーおよびその使用に関する。
【背景技術】
【０００４】
発明の背景
Ｂ細胞悪性腫瘍を有する多数の患者は、標準的な治療で治癒不可能である。加えて、伝統的な治療選択肢は、多くの場合に重篤な副作用を有しており、がん免疫療法が試みられてはきたものの、いくつかの障害により、臨床的有効性の目標は達成困難である。数百といういわゆる腫瘍抗原が同定されているものの、これらは、一般的に自己由来であるので免疫原性に乏しい。そのうえ、腫瘍は、自らを免疫攻撃の開始および伝播に対し適さないようにするためにいくつかのメカニズムを使用する。
【０００５】
Ｔ細胞を、Ｂ細胞悪性腫瘍などのがん細胞上の好適な細胞表面分子への再指向化に依存するキメラ抗原受容体(ＣＡＲ)改変自己Ｔ細胞(ＣＡＲＴ)療法を使用する最近の開発は、Ｂ細胞悪性腫瘍および他のがんを処置するために免疫系の力を利用することにおいて有望な結果を示している[例えば、Sadelain et al., CANCER DISCOVERY 3:388-398 (2013)参照]。例えば、ＣＤ１９に結合するＣＡＲＴ(すなわち「ＣＴＬ０１９」)の臨床結果は、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)を患う患者および小児急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)において完全寛解を打ち立てることへの有望性を示した[例えば、Kalos et al., SCI TRANSL MED 3:95ra73 (2011)、Porter et al., NEJM 365:725-733 (2011)、Grupp et al., NEJM 368:1509-1518 (2013)参照]。
【０００６】
遺伝的に改変されたＴ細胞上のキメラ抗原受容体が、標的化細胞を認識および破壊する能力に加えて、成功する治療用Ｔ細胞療法は、増殖し、経時的に存続し、かつ白血病細胞のエスケープ細胞(escapee)をさらにモニタリングする能力を有する必要がある。アネルギー、抑制または消耗の状態であろうと、Ｔ細胞の多様な表現型状態は、ＣＡＲ形質転換Ｔ細胞の有効性に影響を及ぼす。有効であるために、ＣＡＲで形質転換された患者のＴ細胞は、存続し、かつＣＡＲ抗原に応答して増殖する能力を維持する必要がある。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
したがって、鑑別診断およびＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法を用いたがんの処置に関連する使用のために、バイオマーカーを使用する方法が必要である。特に、例えばＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がんを有する対象における、ＣＴＬ０１９または他のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞を用いたＣＡＲ発現細胞療法に対する治療応答の、有効な予測因子はいまだに必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
発明の概要
本開示は、がん[例えば、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)および急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)などの血液がん]と臨床的関連性を有する、分析物、分析物プロファイルまたはマーカー(例えば、遺伝子発現プロファイル、フローサイトメトリープロファイルおよび／またはタンパク質発現プロファイル)の同定および使用に関する。一部の態様において、本開示は、キメラ抗原受容体(ＣＡＲ)発現細胞療法[例えば、ＣＤ１９に結合するＣＡＲを発現する細胞(例えば、免疫エフェクター細胞または細胞集団)(本明細書において「ＣＡＲ１９」または「ＣＤ１９  ＣＡＲ」発現細胞とも称される)を含む治療]に対する応答を予測する方法としての、転写およびタンパク質レベルでの発現がＣＬＬおよびＡＬＬの進行と相関する遺伝子の同定を提供する。ある特定の態様において、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャー、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、メモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えばメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えばセントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えばエフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数およびその組合せが評価される。これらの遺伝子発現プロファイルは、がん、例えばＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がんの診断および／または予後診断に適用され得、がん、例えばＣＬＬまたはＡＬＬなどの血液がんを有すると診断された対象において、対象がＣＡＲ療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ療法、例えばＣＴＬ０１９療法)に好都合に応答するかどうかを予測するのに特に有用である。既存の予後診断方法に使用される臨床パラメーターまたは生化学マーカーと比較して、本明細書開示の遺伝子の発現プロファイルは、血液がんの進行(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬの進行)のより頑健なシグネチャーを構成し、好適な治療レジメンの選択のための、より信頼できる非主観的基盤を提供する。
【０００９】
とりわけ、本開示は、がん、例えばＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がんにおけるＣＡＲ、例えばＣＤ１９  ＣＡＲを発現する細胞(例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞、例えば、本明細書記載のＴ細胞、ＮＫ細胞、例えばＣＴＬ０１９など)療法に対する対象の応答を予測する、例えば転写およびタンパク質レベルでの新規な遺伝子シグネチャーおよびその使用方法を提供する。
【００１０】
本開示は、例えば転写およびタンパク質レベルでの発現プロファイルおよび遺伝子シグネチャーが、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)におけるＣＡＲ発現細胞(例えばＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞またはＮＫ細胞)を含む治療(本明細書において「ＣＡＲ発現細胞療法」とも称される)に対する応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者の間で区別するために有用であることを、少なくとも部分的に実証するものである。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞は、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞である。ある態様において、治療はＣＴＬ０１９療法である。態様において、本明細書開示の発現プロファイルおよび遺伝子シグネチャーは、がん(例えばＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)においてＣＡＲ(またはＣＤ１９  ＣＡＲ)発現細胞応答者、ＣＡＲ(もしくはＣＤ１９  ＣＡＲ)発現細胞部分応答者またはＣＡＲ(もしくはＣＤ１９  ＣＡＲ)発現細胞非応答者(例えば、ＣＴＬ０１９応答者、ＣＴＬ０１９部分応答者およびＣＴＬ０１９非応答者)；あるいはＣＡＲ(もしくはＣＤ１９  ＣＡＲ)発現細胞再発者またはＣＡＲ(もしくはＣＤ１９  ＣＡＲ)発現細胞非再発者(例えばＣＴＬ０１９再発者またはＣＴＬ０１９再発者)を区別する。本開示は、ＣＡＲ発現細胞療法、例えばＣＴＬ０１９などのＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答を予測する新規な遺伝子シグネチャーの同定を包含する。
【００１１】
したがって、がんを有する対象の同定、判定および／または処置のための方法、システム、組成物およびキットが、本明細書に開示される。例示的ながんとしては、これらに限定されないが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)、Ｔ細胞急性リンパ性白血病(Ｔ−ＡＬＬ)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(ＭＣＬ)、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫(ＨＬ)、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症が挙げられる。ある態様において、がんはＡＬＬである。別の態様において、がんはＣＬＬである。ある態様において、がんは、ＣＤ１９の発現に関連する。
【００１２】
それゆえに、ある面において、本発明は、がん、例えば血液がんを有する対象を評価する方法を特徴とする。方法は、対象についてＣＡＲ発現細胞[例えば、複数(例えば集団)のＣＡＲ(例えばＣＡＲ１９)発現細胞]を含む治療に対する応答者または再発者の状態の値(例えば、本明細書に記載されるような応答者または再発者の状態の値)を獲得することを含み、ここで、前記値は、ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答性または再発状態を指し示す。
【００１３】
関連する面において、本発明は、がん、例えば血液がんを有する対象におけるＣＡＲ発現細胞療法の有効性を評価またはモニタリングする方法を特徴とする。方法は、対象についてＣＡＲ発現細胞[例えば、複数(例えば集団)のＣＡＲ(例えばＣＡＲ１９)発現細胞]を含む治療に対する応答者または再発者の状態の値(例えば本明細書に記載されるような応答者または再発者の状態の値)を獲得することによって対象におけるＣＡＲ発現細胞療法の有効性を評価することを含み、ここで、前記値は、ＣＡＲ発現細胞療法の有効性を指し示す。
【００１４】
別の面において、本発明は、がん、例えば血液がんを有する対象を処置するための方法を特徴とする。方法は、対象が、ＣＡＲ発現細胞[例えば、複数(例えば集団)のＣＡＲ(例えばＣＡＲ１９)発現細胞]を含む治療に対して応答性であるものとして同定される(例えば完全応答者、部分応答者または非再発者として同定される)場合、対象にＣＡＲ発現細胞療法の治療有効用量を投与することを含み、ここで、前記同定は、応答者または再発者の状態の値(例えば本明細書に記載されるような応答者または再発者の状態の値)を含む。
【００１５】
関連する面において、本発明は、対象におけるがん、例えば血液がんを処置する方法を特徴とする。方法は、対象についてＣＡＲ発現細胞[例えば、複数(例えば集団)のＣＡＲ(例えばＣＡＲ１９)発現細胞]を含む治療に対する応答者または再発者の状態の値(例えば、本明細書に記載されるような応答者または再発者の状態の値)を獲得すること；および前記値に応じてがんを処置することを含む。
【００１６】
本明細書記載の使用のための方法および組成物のいずれかの態様において、応答者または再発者の状態の値は、以下：
(ｉ)対象、例えば、対象からのサンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団における、ＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えばＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)対象、例えば、対象からのサンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若(younger)Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４細胞もしくは幼若ＣＤ８細胞またはガンマ／デルタＴ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)対象、例えば、対象からのサンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢(older)Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４細胞もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)対象、例えば、対象からのサンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(immune checkpoint inhibitor)(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中の、サイトカインのレベルまたは活性(例えば、サイトカインレパートリーの品質)であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；
(vii)ＣＡＲ発現細胞産物サンプルにおける、ＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；あるいは
(viii)対象、例えば、対象からのサンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量
の１、２、３、４、５、６、７以上(全て)の測定値(ｍｅａｓｕｒｅ)を含む。
【００１７】
ある面において、本発明は、対象の処置における使用のためのＣＡＲ発現細胞療法(例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲＴ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９細胞)であって、ＣＡＲ発現細胞が、例えば、ＣＡＲ核酸を形質導入またはトランスフェクトする前または後に、本明細書における方法に従ってアッセイされた、ＣＡＲ発現細胞療法を提供する。関連する面において、本発明は、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９発現細胞集団)を含む治療に対して応答性であるものとして同定された(例えば、完全応答者、部分応答者または非再発者として同定された)対象の処置における使用のためのＣＡＲ発現細胞療法(例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲＴ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９細胞)を提供する。使用のための組成物は、本明細書記載の(ｉ)〜(viii)の１、２、３、４、５、６、７以上(全て)の測定値を含むことができる。
【００１８】
あるいはまたは本明細書開示の使用のための方法および組成物と組み合わせて、前記値に応じて：
対象を、完全応答者、部分応答者もしくは非応答者または再発者もしくは非再発者として同定すること；
例えば、応答者または非再発者に、ＣＡＲ発現細胞療法を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の変更された用量を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過を変更すること；
例えば、非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせて追加的な薬剤、例えば、チェックポイント阻害剤(checkpoint inhibitor)、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤を投与すること；
非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法を用いた処置の前に、対象における幼若Ｔ細胞の数を増加させる治療を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法のプロセス、例えば、製造プロセスを改変すること、例えば、非応答者もしくは部分応答者として同定された対象について、例えば、ＣＡＲをコードする核酸を導入する前に、幼若Ｔ細胞を濃縮することまたは形質導入効率を増加させること；
例えば、非応答者または部分応答者または再発者について、代替療法、例えば、特定のがんの種類についての標準治療を投与すること；あるいは
対象が、非応答者もしくは再発者であるかまたはこれとして同定される場合、例えば、ＣＤ２５の枯渇またはシクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ｍＴＯＲ阻害剤もしくはこれらの組合せの投与の１つまたは複数によって、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーを減少させること
の１、２、３、４、５、６、７以上(例えば、全て)を実施すること。
【００１９】
ある特定の態様において、対象は、抗ＧＩＴＲ抗体を用いて前処置される。ある特定の態様において、対象は、注入または再注入の前に、抗ＧＩＴＲ抗体を用いて処置される。一部の態様において、対象は、ＣＬＬを有する患者である。
【００２０】
別の面において、本発明は、がんを有する対象を、ＣＡＲ発現細胞[例えば、複数(例えば集団)のＣＡＲ(例えばＣＡＲ１９)発現細胞]を含む処置に応答する可能性が増加または減少しているものとして同定する方法またはこのためのアッセイを特徴とする。方法は：
(１)対象からサンプルを提供すること、例えば、獲得すること；
(２)サンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げた１つまたは複数のバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１のレベルまたは活性を決定すること(ここで、参照レベルと比較した、決定されたレベルの差、例えば、統計的に有意な差は、ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答性を予測する)；ならびに
(３)(所望により)対象を、ＣＡＲ発現細胞療法に対する完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者として同定すること
を含む。
【００２１】
さらに別の面において、本発明は：
例えば、参照レベルと比べて、対象からのサンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／もしくはＩＬ−６)、図２Ｂ、表１７、表１８、表２０における１つもしくは複数のバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーのレベルまたは活性を決定することによって、対象が、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、ＣＡＲ１９発現療法、例えば、ＣＴＬ０１９)に対して応答する可能性が増加しているかまたは再発する可能性が減少しているかどうか決定すること；ならびに
対象にＣＡＲ発現細胞療法の治療有効用量を投与すること
を含む、がんを有する対象を処置するための方法を特徴とする。
【００２２】
さらに別の面において、本発明は：
(１)対象からのサンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現産物サンプル)中の、本明細書における表、例えば、表１７における１つまたは複数のマーカーのレベルまたは活性についての値を獲得することによって、対象が、ＣＡＲ発現細胞療法に対して再発する可能性が増加しているかどうかを決定すること(ここで、参照レベルと比べた、１つまたは複数のバイオマーカー遺伝子のレベルまたは活性における差、例えば、統計的に有意な差は、ＣＡＲ発現細胞療法に対して再発する可能性が増加していることを指し示す)；ならびに
(２)再発する可能性が増加している対象について、ＴＲＥＧ細胞集団を減少させることおよび／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーを減少させること；ならびに
(３)対象にＣＡＲ発現細胞療法の治療有効用量を投与すること
を含む、がんを有する対象を処置するための方法を特徴とする。
【００２３】
本発明の追加的な特徴および態様は、以下の１つまたは複数を含む：
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、免疫細胞は、消耗した表現型を有する、例えば、少なくとも２つの消耗マーカーを共発現する、例えば、ＰＤ−１およびＴＩＭ−３を共発現する。他の態様において、免疫細胞は、消耗した表現型を有する、例えば、少なくとも２つの消耗マーカーを共発現する、例えば、ＰＤ−１およびＬＡＧ−３を共発現する。
【００２４】
本明細書開示の使用のための方法、システム、組成物およびキットのいずれかの一部の態様において、ＣＡＲ発現細胞療法は、複数(例えば集団)のＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞、例えば、複数(例えば集団)のＴ細胞もしくはＮＫ細胞またはこれらの組合せを含む。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞療法は、ＣＡＲ１９療法(例えば、ＣＴＬ０１９療法)である。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞療法は、ＣＴＬ０１９を含むかまたはこれからなる。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞は、ＣＴＬ０１９産物である。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞は、Ｔ細胞である。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞は、ＮＫ細胞である。
【００２５】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、(ｉ)〜(viii)の１つまたは複数の測定値は、対象から獲得されるアフェレーシスサンプルから得られる。アフェレーシスサンプルは、注入または再注入の前に評価することができる。
【００２６】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、(ｉ)〜(viii)の１つまたは複数の測定値は、製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)から得られる。製造されたＣＡＲ発現細胞産物は、注入または再注入の前に評価することができる。
【００２７】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、対象は、ＣＡＲ発現細胞療法を施される前に、これを施されている間にまたはこれを施された後で、評価される。
【００２８】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、血液がんは、ＡＬＬまたはＣＬＬである。対象は、ヒト患者であり得る。
【００２９】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、本明細書記載のＣＡＲ分子を発現する細胞)の集団は、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシン、ＴＧＦＲ(例えば、ＴＧＦＲベータ)の１つまたは複数またはこれらの組合せから選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤と組み合わせて投与される。
【００３０】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、対象は、薬剤、例えば、ｍＴＯＲ阻害剤および／またはチェックポイント阻害剤を用いた同時処置が施される。一部の態様において、ＣＡＲ発現細胞療法の後に、対象に、薬剤、例えば、ｍＴＯＲ阻害剤および／またはチェックポイント阻害剤を用いた処置が施される。一部の態様において、ＣＡＲ発現細胞療法の開始前に、対象に、薬剤、例えば、ｍＴＯＲ阻害剤および／またはチェックポイント阻害剤を用いた前処置が施される。
【００３１】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、製造のために細胞を収集する前に、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーが減少される。一部の態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法の前に、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーが、減少される。一部の態様において、シクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ｍＴＯＲ阻害剤またはこれらの組合せの投与によって、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーが、減少される。
【００３２】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、応答者または再発者の状態の値は、遺伝子シグネチャーおよびバイオマーカーの組合せの測定値を含む。一部の態様において、応答者または再発者の状態の値は、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーならびに表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／もしくはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬまたはＫＬＲＧ１の１つまたは複数の組合せの測定値を含む。
【００３３】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、方法は、さらに、対象を、(ｉ)〜(viii)の１つまたは複数の測定値に基づき、応答者(例えば、完全応答者もしくは部分応答者)、非応答者、再発者または非再発者として同定することを含む。
【００３４】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、(ｉ)〜(viii)の１つまたは複数の測定値は、遺伝子発現、フローサイトメトリーまたはタンパク質発現の１つまたは複数についてのプロファイルを評価する。
【００３５】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、発現プロファイルは、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物(例えば、ＣＴＬ０１９)から得られる、選択された遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルに基づく１つまたは複数の遺伝子シグネチャーを含む。ある態様において、発現プロファイルは、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上を含む。
【００３６】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、ＣＤ８＋Ｔ細胞のレベルまたは活性は、サンプル中のＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージを指し示すプロファイルまたはシグネチャーを使用して評価される。
【００３７】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性は、サンプル中のＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−免疫エフェクター細胞のパーセンテージを指し示すプロファイルまたはシグネチャーを使用して評価される。
【００３８】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、表１Ａ、１Ｂ、３、４、５、６または図２Ｂに挙げたバイオマーカーまたは遺伝子セットの１、２、３、４、５、１０、２０、５０、６０、７０、１００以上によるプロファイルまたは遺伝子シグネチャーを使用して、例えば、(ｉ)、(ii)または(ｖ)におけるレベルまたは活性が評価される。
【００３９】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、例えば、フローサイトメトリーを使用して、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)におけるＰＤ−１＋／ＬＡＧ−３＋細胞のパーセンテージの指標として、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子のレベルまたは活性が評価される。
【００４０】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、例えば、フローサイトメトリーを使用して、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)におけるＰＤ−１＋／ＴＩＭ−３＋細胞のパーセンテージの指標として、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子のレベルまたは活性が評価される。
【００４１】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、表７Ａ、表７Ｂ、表８および図２Ｂに挙げたバイオマーカーまたは遺伝子セットの１、２、３、４、５、１０、２０、５０、６０、７０、１００以上のレベルまたは活性は、ＣＡＲ１９＋細胞産物(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する対象の応答を予測する。
【００４２】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、応答者または再発者の状態の値は、本明細書に、例えば、本明細書の表に挙げた所与のＦＤＲのｐ値を有するバイオマーカーの１、２、３、４、５、１０、２０以上(例えば、全て)のレベルまたは活性の測定値を含む。一部の態様において、ＦＤＲのｐ値は、０.２、０.１、０.０５、０.０２、０.０１、０.００５、０.００２または０.００１未満である。一部の態様において、ＦＤＲのｐ値は、０.１または０.０１未満である。一部の態様において、バイオマーカーは、表１Ａ、表１Ｂ、表１６、表１７、表１８もしくは表２０またはこれらの組合せに挙げたバイオマーカーである。一部の態様において、測定値は、０.２、０.１、０.０５、０.０２、０.０１、０.００５、０.００２または０.００１の閾値未満のｐ値を有する、表１Ａにおけるバイオマーカーの全ての測定値を含む。一部の態様において、測定値は、０.２、０.１、０.０５、０.０２、０.０１、０.００５、０.００２または０.００１の閾値未満のｐ値を有する、表１Ｂにおけるバイオマーカーの全ての測定値を含む。一部の態様において、測定値は、０.２、０.１、０.０５、０.０２、０.０１、０.００５、０.００２または０.００１の閾値未満のｐ値を有する、表１６におけるバイオマーカーの全ての測定値を含む。一部の態様において、測定値は、０.２、０.１、０.０５、０.０２、０.０１、０.００５、０.００２または０.００１の閾値未満のｐ値を有する、表１７におけるバイオマーカーの全ての測定値を含む。一部の態様において、測定値は、０.２、０.１、０.０５、０.０２、０.０１、０.００５、０.００２または０.００１の閾値未満のｐ値を有する、表１８におけるバイオマーカーの全ての測定値を含む。一部の態様において、測定値は、０.２、０.１、０.０５、０.０２、０.０１、０.００５、０.００２または０.００１の閾値未満のｐ値を有する、表２０におけるバイオマーカーの全ての測定値を含む。一部の態様において、測定値は、閾値未満のｐ値を有するバイオマーカーの全ての測定値を含む。一部の態様において、測定値は、閾値未満のｐ値を有する、１、２、３、４、５、１０、２０、５０または１００のバイオマーカーの測定値を含む。一部の態様において、測定値は、閾値未満のｐ値を有する、少なくとも１、２、３、４、５、１０、２０、５０または１００のバイオマーカーの測定値を含む。一部の態様において、測定値は、閾値未満のｐ値を有する、１つ〜５、５つ〜１０、１０〜２０、２０〜５０または５０〜１００のバイオマーカーの測定値を含む。
【００４３】
一部の態様において、表中で「ＣＲ」と名付けられる、表７Ｂのバイオマーカーは、非応答者と比較して完全応答者において上方調節されている。一部の態様において、表中で「ＮＲ」と名付けられる、表７Ｂのバイオマーカーは、完全応答者と比較して非応答者において上方調節されている。
【００４４】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、バイオマーカーは、表８でリストした分泌型バイオマーカーまたは細胞表面バイオマーカーである。例えば、バイオマーカーは、フローサイトメトリーによって測定することができる。
【００４５】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、応答者(例えば、完全応答者)は、非応答者と比較して、ＧＺＭＫ、ＰＰＦ１ＢＰ２またはナイーブＴ細胞の１、２つ以上(全て)の大きなレベルまたは活性を有するかまたは有するものとして同定される。
【００４６】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、非応答者は、応答者と比較して、ＩＬ２２、ＩＬ−２ＲＡ、ＩＬ−２１、ＩＲＦ８、ＩＬ８、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ２２、エフェクターＴ細胞または制御性Ｔ細胞の１、２、３、４、５、６、７以上(例えば、全て)の、大きなレベルまたは活性を有するかまたは有するものとして同定される。
【００４７】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの態様において、再発者は、非再発者と比較して、以下の遺伝子：ＭＩＲ１９９Ａ１、ＭＩＲ１２０３、ｕｃ０２１ｏｖｐ、ＩＴＭ２ＣおよびＨＬＡ−ＤＱＢ１の１つもしくは複数(例えば、２、３、４つもしくは全て)の増加した発現レベル、ならびに／または非再発者と比較して、以下の遺伝子：ＰＰＩＡＬ４Ｄ、ＴＴＴＹ１０、ＴＸＬＮＧ２Ｐ、ＭＩＲ４６５０−１、ＫＤＭ５Ｄ、ＵＳＰ９Ｙ、ＰＲＫＹ、ＲＰＳ４Ｙ２、ＲＰＳ４Ｙ１、ＮＣＲＮＡ００１８５、ＳＵＬＴ１Ｅ１およびＥＩＦ１ＡＹの１つもしくは複数(例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１もしくは全て)の減少した発現レベルを有する患者またはこれとして同定された患者である。
【００４８】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、完全応答者は、参照値、例えば、非応答者のＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージと比較して、大きな、例えば、統計的に有意に大きな、ＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００４９】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、完全応答者は、参照値、例えば、ＣＤ８＋集団において、例えば、非応答者のＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−免疫エフェクター細胞の数と比較して、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−免疫エフェクター細胞の、大きなパーセンテージ(例えば、５％、６％、７％、１０％、１５％、２０％、２５％、２７％、３０％、３５％もしくは４０％以上の数)を有するかまたは有するものとして同定される。
【００５０】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、完全応答者または部分応答者は、参照値、例えば、非応答者のＣＤ４＋Ｔ細胞のパーセンテージと比較して、大きな、例えば、統計的に有意に大きな、ＣＤ４＋Ｔ細胞のパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００５１】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、完全応答者は、参照値、例えば、非応答者の休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)または初期メモリーＴ細胞の数と比較して、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタＴ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せの大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００５２】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、非応答者は、参照値、例えば、応答者の活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)または後期メモリーＴ細胞の数と比較して、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せの大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００５３】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、非応答者は、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)の大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。ある態様において、非応答者は、応答者に由来するＰＤ−１またはＬＡＧ−３発現免疫エフェクター細胞のパーセンテージと比較して、ＰＤ−１またはＬＡＧ−３発現免疫エフェクター細胞(例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞)(例えば、ＣＡＲ発現ＣＤ４＋細胞および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞)の大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００５４】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、非応答者は、消耗した表現型を有する免疫細胞、例えば、少なくとも２つの消耗マーカーを共発現する、例えば、ＰＤ−１およびＴＩＭ−３を共発現する免疫細胞の、より大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。他の態様において、非応答者は、消耗した表現型を有する免疫細胞、例えば、少なくとも２つの消耗マーカーを共発現する、例えば、ＰＤ−１およびＬＡＧ−３を共発現する免疫細胞の、より大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００５５】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、非応答者は、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)において、ＣＡＲ発現細胞療法に対する応答者(例えば、完全応答者)と比較して、ＰＤ−１＋／ＬＡＧ−３＋細胞の大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００５６】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、部分応答者は、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)において、応答者よりもＰＤ−１＋／ＬＡＧ−３＋細胞の高いパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００５７】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、非応答者は、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)において、消耗した表現型ＰＤ１＋ＣＡＲ＋およびＬＡＧ３の共発現を有するかまたは有するものとして同定される。
【００５８】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、非応答者は、応答者(例えば、完全応答者)と比較して、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)においてＰＤ−１＋／ＴＩＭ−３＋細胞の大きなパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００５９】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、部分応答者は、応答者と比較して、ＣＡＲ発現細胞集団(例えば、ＣＡＲ１９＋細胞集団)においてＰＤ−１＋／ＴＩＭ−３＋細胞の高いパーセンテージを有するかまたは有するものとして同定される。
【００６０】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、アフェレーシスサンプル中のＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−Ｔ細胞の存在は、ＣＡＲ発現細胞療法[例えば、ＣＡＲ１９療法(例えば、ＣＴＬ０１９療法)]に対する対象の応答の、正の予測因子である。
【００６１】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、アフェレーシスサンプル中のＰＤ１＋ＣＡＲ＋Ｔ細胞およびＬＡＧ３＋またはＴＩＭ３＋Ｔ細胞の高度なパーセンテージは、ＣＡＲ発現細胞療法[例えば、ＣＡＲ１９療法(例えば、ＣＴＬ０１９療法)]に対する対象の応答の、予後不良の予測因子である。
【００６２】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、ＣＡＲ１９療法に対する応答者(例えば、完全応答者)は、表９のバイオマーカープロファイルを有するかまたは有するものとして同定される。
【００６３】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、ＣＡＲ１９療法に対する非応答者は、ＰＤ−１＋免疫エフェクター細胞、ＴＩＭ−３＋免疫エフェクター細胞、ＬＡＧ−３＋免疫エフェクター細胞、ＫＬＲＧ１＋免疫エフェクター細胞、ＣＤ２７−免疫エフェクター細胞、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、活性化したＴＨ１、活性化したＴＨ２細胞、刺激されたメモリー細胞もしくは後期Ｔメモリー細胞またはこれらの組合せの１つまたは複数を含むバイオマーカーを有するかまたは有するものとして同定される。
【００６４】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、ＣＡＲ１９療法に対する非応答者は、表１０のバイオマーカープロファイルを有するかまたは有するものとして同定される。
【００６５】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、ＫＬＲＧ１、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２またはＣＤ６２Ｌの１、２、３、４つ以上(全て)の発現は、ＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答を予測する。
【００６６】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、非再発者は、Ｂ−ＡＬＬを有する患者であり、休止ＴＥＦＦ細胞または休止ＴＲＥＧ細胞に特徴的な１つまたは複数の発現プロファイル(例えば、タンパク質または遺伝子発現プロファイル)または遺伝子シグネチャーを有するかまたは有するものとして同定される。
【００６７】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、再発者は、Ｂ−ＡＬＬを有する患者であり、活性化したＴＥＦＦ細胞または活性化したＴＲＥＧ細胞に特徴的な１つまたは複数の発現プロファイル(例えば、タンパク質または遺伝子発現プロファイル)または遺伝子シグネチャーを有するかまたは有するものとして同定される。
【００６８】
使用のための前記方法および組成物のいずれかの一部の態様において、ＴＲＥＧ細胞(例えば、活性化したＴＲＥＧ細胞)は、以下のバイオマーカー：ＡＩＭ２、ＡＬＡＳ１、ＢＡＴＦ、Ｃ５ｏｒｆ３２、ＣＣＬ１７、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＨＡＣ２、ＣＳＦ１、ＣＴＳＬ１、ＥＢＮＡ１ＢＰ２、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＭＰ１、ＥＰＡＳ１、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ４０Ｂ、ＦＫＢＰ４、ＦＯＳＬ１、ＧＣＬＭ、ＧＫ、ＧＰＲ５６、ＨＭＯＸ１、ＨＳＰＤ１、ＨＳＰＥ１、ＩＫＢＩＰ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＬ３、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９、ＫＣＮＫ５、ＬＴＡ、ＭＡＮＦ、ＭＩＲ１１８２、ＭＩＲ１５５、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＭＹＯＦ、ＮＤＵＦＡＦ１、ＮＬＮ、ＮＭＥ１、ＮＭＥ１−ＮＭＥ２、ＰＡＮＸ２、ＰＤＩＡ６、ＰＧＡＭ４、ＰＰＩＬ１、ＰＰＰＤＥ２、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１１、ＰＵＳ７、ＲＢＢＰ８、ＳＬＣ２７Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ４３Ａ３、ＳＲＸＮ１、ＳＴＩＰ１、ＳＴＴ３Ａ、ＴＢＸ２１、ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＸＮ、ＵＣＫ２、ＶＤＲ、ＶＴＲＮＡ１−３、ＷＤＲ１２、ＹＷＨＡＧ、ＺＤＨＨＣ１６またはＺＮＦ２８２の１つまたは複数の(例えば、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０または全ての)、上方調節された発現を有する。上方調節された発現は、例えば、刺激の１６時間後に測定され得る。上方調節された発現は、例えば、指示された遺伝子についてＲＮＡレベルを測定することによって決定され得る。
【００６９】
使用のための前記方法および組成物のいずれかの一部の態様において、ＴＥＦＦ細胞(例えば、活性化したＴＥＦＦ細胞)は、以下のバイオマーカー：ＡＩＭ２、ＡＬＡＳ１、Ｂ４ＧＡＬＴ５、ＢＡＴＦ、Ｃ３ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ４３、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＴ３、ＣＣＴ７、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＨＡＣ２、ＣＳＦ２、ＣＴＮＮＡ１、ＥＢＮＡ１ＢＰ２、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＥＦ１Ｅ１、ＥＩＦ２Ｂ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ４０Ｂ、ＦＫＢＰ４、ＦＯＳＬ１、ＧＦＯＤ１、ＧＬＲＸ２、ＨＳＰＤ１、ＨＳＰＥ１、ＩＦＮＧ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２１、ＩＬ２ＲＡ、ＩＬ３、ＫＣＮＫ５、ＫＩＡＡ００２０、ＬＡＲＰ４、ＬＲＰ８、ＬＴＡ、ＭＡＮＦ、ＭＩＲ１１８２、ＭＩＲ１５５、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＭＴＣＨ２、ＭＹＯＦ、ＮＤＵＦＡＦ１、ＮＬＮ、ＮＭＥ１、ＮＭＥ１−ＮＭＥ２、ＯＴＵＤ７Ｂ、ＰＡＭ、ＰＤＩＡ６、ＰＥＡ１５、ＰＦＫＭ、ＰＧＡＭ１、ＰＧＡＭ４、ＰＰＩＬ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＳＳ２３、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１１、ＰＳＭＤ１４、ＰＴＲＨ２、ＰＵＳ７、ＲＢＢＰ８、ＲＰＦ２、ＲＰＰ２５、ＳＦＸＮ１、ＳＬＣ２７Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ４３Ａ３、ＳＯＲＤ、ＳＰＲ、ＳＲＸＮ１、ＳＴＩＰ１、ＳＴＴ３Ａ、ＴＢＸ２１、ＴＭＣＣ２、ＴＭＥＭ１６５、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＸＮ、ＴＸＮＤＣ５、ＵＣＫ２、ＶＤＲ、ＷＤＲ１２、ＹＷＨＡＧまたはＺＤＨＨＣ１６の１つまたは複数の(例えば、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０または全ての)、上方調節された発現を有する。上方調節された発現は、刺激の１６時間後に測定され得る。上方調節される発現は、例えば、指示された遺伝子についてＲＮＡレベルを測定することによって決定され得る。
【００７０】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、再発者は、Ｂ−ＡＬＬを有する患者であり、表７Ａ、表７Ｂもしくは図２Ｂによる、１、２、３、４、５、１０以上の遺伝子またはこれらの組合せを含む、１つまたは複数のタンパク質または遺伝子発現プロファイルを有するかまたは有するものとして同定される。
【００７１】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、再発者は、１つもしくは複数のＴＲＥＧ細胞バイオマーカーまたはこれらの組合せの上昇したレベルを有するかまたは有するものとして同定される。一部の態様において、再発者は、以下の遺伝子：ＡＩＭ２、ＡＬＡＳ１、ＢＡＴＦ、Ｃ５ｏｒｆ３２、ＣＣＬ１７、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＨＡＣ２、ＣＳＦ１、ＣＴＳＬ１、ＥＢＮＡ１ＢＰ２、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＭＰ１、ＥＰＡＳ１、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ４０Ｂ、ＦＫＢＰ４、ＦＯＳＬ１、ＧＣＬＭ、ＧＫ、ＧＰＲ５６、ＨＭＯＸ１、ＨＳＰＤ１、ＨＳＰＥ１、ＩＫＢＩＰ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＬ３、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９、ＫＣＮＫ５、ＬＴＡ、ＭＡＮＦ、ＭＩＲ１１８２、ＭＩＲ１５５、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＭＹＯＦ、ＮＤＵＦＡＦ１、ＮＬＮ、ＮＭＥ１、ＮＭＥ１−ＮＭＥ２、ＰＡＮＸ２、ＰＤＩＡ６、ＰＧＡＭ４、ＰＰＩＬ１、ＰＰＰＤＥ２、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１１、ＰＵＳ７、ＲＢＢＰ８、ＳＬＣ２７Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ４３Ａ３、ＳＲＸＮ１、ＳＴＩＰ１、ＳＴＴ３Ａ、ＴＢＸ２１、ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＸＮ、ＵＣＫ２、ＶＤＲ、ＶＴＲＮＡ１−３、ＷＤＲ１２、ＹＷＨＡＧ、ＺＤＨＨＣ１６またはＺＮＦ２８２の１つまたは複数の(例えば、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０または全ての)上方調節された発現を有するかまたは有するものとして同定される。ある特定の態様において、再発者は、以下の遺伝子：Ｃ５ｏｒｆ３２、ＣＣＬ１７、ＣＳＦ１、ＣＴＳＬ１、ＥＭＰ１、ＥＰＡＳ１、ＧＣＬＭ、ＧＫ、ＧＰＲ５６、ＨＭＯＸ１、ＩＫＢＩＰ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９、ＭＩＲ１５５、ＰＡＮＸ２、ＰＧＡＭ４、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ８、ＶＴＲＮＡ１−３またはＺＮＦ２８２の１つまたは複数の(例えば、少なくとも１０、２０、２５または全て)上方調節された発現を有するかまたは有するものとして同定される。上方調節された発現は、例えば、刺激の１６時間後に、測定され得る。上方調節される発現は、指示された遺伝子について、例えば、ＲＮＡレベルを測定することによって決定され得る。
【００７２】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、対象は、１つまたは複数のＴＥＦＦ細胞バイオマーカーまたはこれらの組合せの上昇したレベルを有するかまたは有するものとして同定される。一部の態様において、対象は、以下の遺伝子：ＡＩＭ２、ＡＬＡＳ１、Ｂ４ＧＡＬＴ５、ＢＡＴＦ、Ｃ３ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ４３、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＴ３、ＣＣＴ７、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＨＡＣ２、ＣＳＦ２、ＣＴＮＮＡ１、ＥＢＮＡ１ＢＰ２、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＥＦ１Ｅ１、ＥＩＦ２Ｂ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ４０Ｂ、ＦＫＢＰ４、ＦＯＳＬ１、ＧＦＯＤ１、ＧＬＲＸ２、ＨＳＰＤ１、ＨＳＰＥ１、ＩＦＮＧ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２１、ＩＬ２ＲＡ、ＩＬ３、ＫＣＮＫ５、ＫＩＡＡ００２０、ＬＡＲＰ４、ＬＲＰ８、ＬＴＡ、ＭＡＮＦ、ＭＩＲ１１８２、ＭＩＲ１５５、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＭＴＣＨ２、ＭＹＯＦ、ＮＤＵＦＡＦ１、ＮＬＮ、ＮＭＥ１、ＮＭＥ１−ＮＭＥ２、ＯＴＵＤ７Ｂ、ＰＡＭ、ＰＤＩＡ６、ＰＥＡ１５、ＰＦＫＭ、ＰＧＡＭ１、ＰＧＡＭ４、ＰＰＩＬ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＳＳ２３、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１１、ＰＳＭＤ１４、ＰＴＲＨ２、ＰＵＳ７、ＲＢＢＰ８、ＲＰＦ２、ＲＰＰ２５、ＳＦＸＮ１、ＳＬＣ２７Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ４３Ａ３、ＳＯＲＤ、ＳＰＲ、ＳＲＸＮ１、ＳＴＩＰ１、ＳＴＴ３Ａ、ＴＢＸ２１、ＴＭＣＣ２、ＴＭＥＭ１６５、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＸＮ、ＴＸＮＤＣ５、ＵＣＫ２、ＶＤＲ、ＷＤＲ１２、ＹＷＨＡＧまたはＺＤＨＨＣ１６の１つまたは複数の(例えば、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０または全ての)上方調節された発現を有するかまたは有するものとして同定される。ある特定の態様において、対象は、以下の遺伝子：Ｂ４ＧＡＬＴ５、Ｃ３ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ４３、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＴ３、ＣＣＴ７、ＣＳＦ２、ＣＴＮＮＡ１、ＥＥＦ１Ｅ１、ＥＩＦ２Ｂ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＧＦＯＤ１、ＧＬＲＸ２、ＩＬ２１、ＩＬ２ＲＡ、ＩＬ３、ＫＩＡＡ００２０、ＬＡＲＰ４、ＬＲＰ８、ＯＴＵＤ７Ｂ、ＰＡＭ、ＰＥＡ１５、ＰＦＫＭ、ＰＧＡＭ１、ＰＧＡＭ４、ＰＲＳＳ２３、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１１、ＰＳＭＤ１４、ＰＴＲＨ２、ＲＰＦ２、ＳＯＲＤ、ＳＰＲ、ＴＭＣＣ２、ＴＭＥＭ１６５またはＴＸＮＤＣ５の１つまたは複数の(例えば、少なくとも１０、２０、２５または全ての)上方調節された発現を有するかまたは有するものとして同定される。上方調節された発現は、例えば、刺激の１６時間後に測定され得る。上方調節された発現は、例えば、指示された遺伝子についてＲＮＡレベルを測定することによって決定され得る。
【００７３】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、応答者(例えば、完全応答者または部分応答者)は、以下のプロファイル：
(ｉ)参照値、例えば、非応答者のＣＤ２７＋免疫エフェクター細胞の数と比較して、ＣＤ２７＋免疫エフェクター細胞の大きな数を有すること；
(ii)参照値、例えば、非応答者のＣＤ８＋Ｔ細胞の数と比較して、ＣＤ８＋Ｔ細胞の大きな数を有すること；
(iii)参照値、例えば、非応答者の１つまたは複数のチェックポイント性抑制因子を発現している細胞の数と比較して、１つまたは複数のチェックポイント性抑制因子、例えば、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３もしくはＫＬＲＧ−１または組合せから選択されるチェックポイント性抑制因子を発現する、免疫細胞の少ない数を有すること；あるいは
(iv)参照値、例えば、非応答者の休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、ナイーブＣＤ４細胞、刺激されていないメモリー細胞または初期メモリーＴ細胞の数と比較して、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若細胞、ナイーブＣＤ４細胞、刺激されていないメモリー細胞もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３、４つ以上(全て)またはこれらの組合せの大きな数を有すること
の１、２、３以上(または全て)を有する。
【００７４】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、例えば、(vi)の、サイトカインのレベルまたは活性は、サイトカインＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ６、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ２、ＩＬ２１、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９もしくはＴＮＦαまたはこれらの組合せの１、２、３、４、５、６、７、８つ以上(または全て)から選択される。サイトカインは、ＩＬ−１７ａ、ＣＣＬ２０、ＩＬ２、ＩＬ６またはＴＮＦａの１、２、３、４つ以上(全て)から選択することができる。ある態様において、サイトカインのレベルの上昇または活性の増加は、ＩＬ−１７ａおよびＣＣＬ２０の一方または両方から選択され、応答性の増加または再発の減少を指し示す。一部の態様において、サイトカインのレベルは、Ｔ細胞の活性化の後に測定される。
【００７５】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、例えば、(vii)における、１５％以上の形質導入効率は、応答性の増加または再発の減少を指し示す。
【００７６】
本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかの一部の態様において、例えば、(vii)における、１５％未満の形質導入効率は、例えば、応答性の減少または再発の増加を指し示す。
【００７７】
別の面において、本発明は、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を含む治療(例えば、本明細書に記載される、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９療法)に対して応答者(例えば、完全応答者または部分応答者、非再発者)となる可能性がある対象を同定するための方法を特徴とする。ある態様において、応答者の状態[例えば、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を含む治療に対する完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者]は、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャー、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、メモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えばメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えばセントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えばエフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数およびこれらの組合せを測定することによって決定される。ある態様において、完全応答者(ＣＲ)は、例えば、表９に記載されるような、ＣＤ２７＋、ＣＤ４５ＲＯ−、ＰＤ−１−、ＬＡＧ−３−およびＴＩＭ−３−の２、３、４つ以上(例えば、全て)を有する。ある態様において、非応答者(ＮＲ)は、例えば、表１０に記載されるような、ＣＤ２７−ＣＤ４５ＲＯ＋、ＰＤ−１＋、ＬＡＧ−３＋およびＴＩＭ−３＋の２、３つ以上(例えば、全て)を有する。
【００７８】
ある態様において、応答者または再発者の状態(例えば、ＣＡＲ発現細胞療法に対する完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者)は、評価すること、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャー、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５以上を測定することによって決定される。
【００７９】
ある態様において、本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかは、ＣＡＲ発現細胞療法の投与前に使用することができる。一部の態様において、提供される方法は、ＣＡＲ発現細胞療法の前に、同時にまたは経過中に、使用することができる。
【００８０】
ある態様において、本明細書開示の使用のための方法および組成物のいずれかは、がん、例えば、血液がん、例えば、ＣＬＬまたはＡＬＬなどを有する対象を、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法を含む処置に応答する可能性が増加または減少しているものとして同定するために使用することができる。方法は：(１)対象からのサンプル(例えば、対象の血液から得られるアフェレーシスサンプル；および／または例えば、製造された産物サンプル、例えば、遺伝子工学操作されたＴ細胞)を獲得すること；(２)サンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)レベル(例えば、量または活性)を決定すること；ならびに(３)(所望により)決定された１つまたは複数のマーカーのレベルを、参照レベルと比較すること；ならびに(４)対象を、ＣＡＲ発現細胞療法に対する完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者として同定することを含む。態様において、参照レベルと比較した、決定されたレベルの差、例えば、統計的に有意な差は、ＣＡＲ発現細胞療法に対して応答性の対象を予測する。
【００８１】
ある面において、提供される方法は、(１)サンプル(例えば、対象から得られるアフェレーシスサンプル；および／または例えば、製造された産物サンプル、例えば、遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、製造されたＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物)を獲得すること；(２)サンプルの遺伝子シグネチャーを獲得すること、例えば、決定すること；および(３)(所望により)遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較すること(ここで、決定された遺伝子シグネチャー中のバイオマーカーの１つまたは複数の、発現レベルにおける差、例えば、統計的に有意な差は、ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答性を予測する)を含む。ある態様において、遺伝子シグネチャーは、表１Ａ、表１Ｂ、表２、表３、表４、表５、表６、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１およびこれらの組合せから選択される１つまたは複数のマーカーを含む。ある態様において、サンプルは、血液、血漿または血清サンプルから選択される生物学的サンプルである。特定の態様において、生物学的サンプルは、血液サンプルである。ある態様において、サンプルは、アフェレーシスサンプル、例えば、対象の血液から得られる免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞)である。ある態様において、サンプルは、製造された産物サンプル、例えば遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、製造されたＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物である。
【００８２】
ある面において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、本明細書記載の、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法を含む処置に対する、がん、例えば、血液がん、例えば、ＣＬＬまたはＡＬＬなどを有する対象の応答性を判定するための方法が、提供される。方法は：処置の前に得られたサンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)レベルまたは活性を決定することを含み；ここで、予め決定された値と比べた、サンプル中の１つまたは複数のマーカーのレベル(例えば、量または活性)における差、例えば、統計的に有意な差は、ＣＡＲ発現細胞に対する応答性の増加を指し示す。ある態様において、サンプルは、血液、血漿または血清サンプルから選択される生物学的サンプルである。特定の態様において、生物学的サンプルは血液サンプルである。ある態様において、サンプルは、アフェレーシスサンプル、例えば、対象の血液から得られたＴ細胞である。ある態様において、サンプルは、製造された産物サンプル、例えば、対象の血液から得られた、例えば、遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞産物、例えば、製造されたＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物である。
【００８３】
ある態様において、がん、例えば、血液がん、例えば、ＣＬＬまたはＡＬＬなどを有する対象を評価するための方法であって、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４＋バイオマーカー、ＣＤ８＋バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、メモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えばメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えばセントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えばエフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーおよびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)測定値を含む、対象についての応答者または再発者の状態の値を獲得することによって、対象を評価することを含む方法が提供される。ある態様において、方法は、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１およびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の測定値を含む。ある態様において、方法は、ＣＬＬを有する対象を評価するための、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１およびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の測定値を含む。別の態様において、方法は、ＡＬＬを有する対象を評価するための、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１およびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の測定値を含む。ある態様において、方法は、血液、血漿または血清サンプルから選択される生物学的サンプル中の、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１��または複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)測定値を含む。特定の態様において、生物学的サンプルは、血液サンプルである。ある態様において、サンプルは、アフェレーシスサンプル、例えば、対象の血液から得られたＴ細胞である。ある態様において、サンプルは、製造された産物サンプル、例えば、対象の血液から得られた、例えば、遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞産物、例えば、製造されたＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物である。
【００８４】
ある態様において、がんを有する対象における、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法の有効性を評価またはモニタリングするための方法であって、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、メモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えばメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えばセントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えばエフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーおよびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)測定値を含む、対象についての応答者または再発者の状態の値を獲得することによって、対象におけるＣＡＲ発現細胞療法の有効性を評価またはモニタリングすることを含む方法が提供される。ある態様において、方法は、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)測定値を含む。ある態様において、方法は、ＣＬＬを有する対象におけるＣＡＲ発現細胞療法の有効性を評価またはモニタリングするための、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)測定値を含む。別の態様において、方法は、ＡＬＬを有する対象におけるＣＡＲ発現細胞療法の有効性を評価またはモニタリングするための、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)測定値を含む。ある態様において、方法は、血液、血漿または血清サンプルから選択される生物学的サンプル中の、以下：表１Ａ���表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)測定値を含む。ある態様において、生物学的サンプルは、血液サンプルである。ある態様において、サンプルは、アフェレーシスサンプル、例えば、対象の血液から得られたＴ細胞である。ある態様において、サンプルは、製造された産物サンプル、例えば、対象の血液から得られた、例えば遺伝子工学操作されたＴ細胞である。
【００８５】
ある態様において、がんを有する対象における、ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、本明細書記載の、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法の成功率の予測を提供するための方法であって、対象から生物学的サンプルを提供する工程；表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)および表１７に挙げた１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)遺伝子の発現レベルを決定して、サンプルについての遺伝子発現パターンを得る工程；ならびに得られた遺伝子発現パターンに基づいて、対象に予後診断を提供する工程を含む方法が、提供される。ある態様において、生物学的サンプルとしては、これらに限定されないが、血液、血漿または血清サンプルが挙げられる。特定の態様において、生物学的サンプルは、血液サンプルである。ある態様において、サンプルは、アフェレーシスサンプル、例えば、対象の血液から得られたＴ細胞である。ある態様において、対象は、ＣＬＬを有する。ある態様において、対象は、ＡＬＬを有する。
【００８６】
別の面において、がん、例えば、血液がんを有する対象を処置するための方法が提供される。ある態様において、がんを有する対象を処置するための方法であって、対象が、参照レベルと比べて、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)および表１７に挙げた１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)マーカーの発現レベルに差、例えば、統計的に有意な差を有するか否かを決定して、決定されたレベルと参照レベルとの間に差、例えば、統計的に有意な差がある場合、対象にＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の治療有効用量を投与することによって、対象を処置する方法が提供される。決定されたレベルと参照レベルとの間に、差、例えば統計的に有意な差があるある態様において、方法は、対象に注入する前に、ＣＡＲ発現細胞産物を改変することを含む。決定されたレベルと参照レベルとの間に、差、例えば、統計的に有意な差があるある態様において、方法は、対象に注入する前に、ＣＡＲ発現細胞産物の製造を改変することを含む。ある態様において、決定されたレベルと参照レベルとの間に差、例えば、統計的に有意な差がある場合、方法は、抗がん効果を達成するためにＣＡＲ発現細胞の注入用量を調整することを含む。
【００８７】
ある態様において、本明細書記載の処置方法は、参照レベルと比べて、対象からのサンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５および表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)における１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)マーカーのレベルを比較することにより、対象が、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法に応答する増加した可能性を有するか否か決定すること(ここで、参照レベルと比べた１つまたは複数のマーカー遺伝子の発現レベルにおける差、例えば、統計的に有意な差は、応答の可能性が増加していることを指し示す)；ならびに対象にＣＡＲ発現細胞の治療有効用量を投与することにより、対象を処置することを含む。ある態様において、サンプルは、血液、血漿または血清サンプルから選択される。ある態様において、サンプルは、対象の血液から得られたアフェレーシスサンプル、例えば、Ｔ細胞である。
【００８８】
ある態様において、本明細書記載の処置方法は、さらに、対象からサンプルを得ること；サンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０におけるマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)レベルを決定すること；表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０におけるマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の決定されたレベルを参照レベルと比較すること；ならびに対象が、サンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０におけるマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の決定されたレベルに、参照レベルと差、例えば、統計的に有意な差を有するものとして同定される場合、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の治療有効用量を投与することを含む。
【００８９】
ある態様において、本明細書記載の処置方法は、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、メモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えばメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えば、セントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えば、エフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーおよびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)測定値を含む、対象についての応答者または再発者の状態の値を獲得すること、ならびに、応答者または再発者の状態の決定に応じて：対象を完全応答者、部分応答者または非応答者として同定すること；ＣＡＲ発現細胞療法を投与すること；ＣＡＲ発現細胞療法の投薬を選択または変更すること；ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過を選択または変更すること；例えば、非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせて追加的な薬剤、例えば、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤またはキナーゼ阻害剤、例えば、本明細書記載のキナーゼ阻害剤を投与すること；ＣＡＲ発現細胞療法を用いた処置の前に、非応答者または部分応答者に、対象におけるナイーブＴ細胞数を増加させる治療を投与すること；ＣＡＲ発現細胞療法の製造プロセスを改変すること、例えば、非応答者または部分応答者として同定された対象について、ＣＡＲをコードする核酸を導入する前に、例えば、ナイーブＴ細胞を濃縮すること；あるいは例えば、非応答者、部分応答者または再発者について、代替療法、例えば、特定のがん(例えば、本明細書記載のもの)についての標準治療を選択すること；それによって、対象におけるがんを処置することの１、２、３、４つ以上を実施することを含むかまたはさらに含む。
【００９０】
システム
なお別の面において、本開示は、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答を予測するためのキットを提供する。キットは、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌおよび／またはＫＬＲＧ１から選択される遺伝子のセットの(例えば、遺伝子の２、３、４、５、１０、１５以上の)レベルまたは活性を特異的に検出する少なくとも１つの試薬；ならびにキットを使用するための、例えば、ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答を予測するための説明書を含む。一部の態様において、使用のための前記説明書は、検出された発現レベルの１つまたは複数が、参照レベルと異なる、例えば、これよりも大きい場合、対象が、ＣＡＲ発現細胞療法に正の応答をする可能性がより高いと定める。一部の態様において、使用のための前記説明書は、検出された発現レベルの１つまたは複数が、参照レベル未満である場合、対象が、ＣＡＲ発現細胞療法に正の応答をする可能性がより高いと定める。一部の態様において、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３もしくはＴＩＭ−３またはこれらの任意の組合せのレベルまたは活性が、参照値未満である場合、対象は、治療に正の応答をする可能性がより高い。
【００９１】
ある特定の態様において、遺伝子のセットの発現レベルを特異的に検出する少なくとも１つの試薬は、遺伝子から発現されるｍＲＮＡに相補的な核酸プローブ、例えばｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドを含む。核酸プローブは、基材表面上に固定化される場合がありまたは溶液状態の場合がある。試薬のセットは、前記遺伝子のセットによってコードされるポリペプチド、例えば、表面ポリペプチドの発現を検出し得る。ある態様において、核酸プローブは、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌおよび／またはＫＬＲＧ１の核酸配列と相補性の、約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０または１００核酸残基の核酸を含む。キットは、さらに：抽出緩衝液／試薬およびプロトコール、増幅緩衝液／試薬およびプロトコール、ハイブリダイゼーション緩衝液／試薬およびプロトコール、ならびに標識緩衝液／試薬およびプロトコールの１つまたは複数を含み得る。
【００９２】
ある特定の態様において、キットは、さらに、少なくとも１つのＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子セットシグネチャーを含む。ある態様において、キットは、さらに参照標準を含む。
【００９３】
ある態様において、対象は、ＣＬＬを有する。
ある態様において、対象は、ＡＬＬを有する。
ある態様において、対象は、Ｂ細胞ＡＬＬを有する。
【００９４】
ある面において、本開示は、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌおよび／またはＫＬＲＧ１から選択される遺伝子のセットの(例えば、遺伝子の２、３、４、５、１０、１５以上の)発現レベルを特異的に検出する少なくとも１つ試薬；ならびに生物学的サンプルを含む反応混合物を特徴とする。ある態様において、サンプルは、血液、血漿または血清サンプルから選択される。ある態様において、サンプルは、アフェレーシスサンプル、例えば、対象の血液から得られるＴ細胞である。ある態様において、サンプルは、ＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＡＲＴ発現細胞、例えば、ＣＡＲＴ１９細胞を含む。
【００９５】
ある特定の態様において、遺伝子のセットの発現レベルを特異的に検出する少なくとも１つの試薬は、遺伝子から発現されるｍＲＮＡに相補的な核酸プローブ、例えばｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドを含む。核酸プローブは、基材表面上に固定化される場合がありまたは溶液状態の場合がある。試薬のセットは、ポリペプチド、例えば、前記遺伝子のセットによってコードされる表面ポリペプチドの発現を検出し得る。ある態様において、核酸プローブは、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌおよび／またはＫＬＲＧ１の核酸配列に相補的な、約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０または１００核酸残基の核酸を含む。反応混合物は、さらに：抽出緩衝液／試薬、増幅緩衝液／試薬、ハイブリダイゼーション緩衝液／試薬および標識緩衝液／試薬の１つまたは複数を含み得る。
【００９６】
別の面において、本開示は、対象におけるがんを評価するためのシステムを特徴とする。システムは、メモリーと作動可能に連結した少なくとも１つのプロセッサーを含み、この少なくとも１つのプロセッサーは、実行したときに、本明細書記載の工程の任意の１つまたは複数を実施するように構成されている。
【００９７】
なお別の面において、本開示は、対象におけるがんを評価するためのシステムを特徴とする。システムは、メモリーと作動可能に連結した少なくとも１つのプロセッサーを含み、この少なくとも１つのプロセッサーは、実行したときに、以下：
(ｉ)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団におけるＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタＴ細胞)、初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)サンプル(例えば、アフェレーシスサンプルまたは製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプル)中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中のサイトカインのレベルまたは活性(例えば、サイトカインレパートリーの質)であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；
(vii)製造されたＣＡＲ発現細胞産物サンプルにおけるＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；あるいは
(viii)対象、例えば、対象からのサンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量
の１、２、３、４、５、６、７以上(全て)の測定値を含む、応答者または再発者の状態の値を獲得し、応答者の状態の値の決定に応じて：
対象を完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者として同定すること；
ＣＡＲ発現細胞療法を投与することを推奨すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の投薬の選択または変更を推奨すること；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過の選択または変更を推奨すること；
例えば、非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせて追加的な薬剤、例えば、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤を投与することを推奨すること；
ＣＡＲ発現細胞療法を用いた処置の前に、非応答者または部分応答者に、対象におけるナイーブＴ細胞の数を増加させる治療を投与することを推奨すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の製造プロセスを改変することを推奨する、例えば、非応答者または部分応答者として同定された対象について、例えば、ＣＡＲをコードする核酸を導入する前にナイーブＴ細胞を濃縮すること；
患者に注入する前に、ＣＡＲ発現細胞産物を改変することを推奨すること；
臨床有効性を達成するために、ＣＡＲ発現細胞の注入用量を調整することを推奨すること；
例えば、非応答者または部分応答者または再発者について、代替療法を投与することを推奨すること；
例えば、非応答者または部分応答者について、代替療法、例えば、特定のがんの種類についての標準治療の選択を推奨すること、あるいは
対象が、非応答者もしくは再発者であるかまたはこれとして同定される場合、例えば、ＣＤ２５の枯渇、シクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ｍＴＯＲ阻害剤の投与またはこれらの組合せによって、ＴＲＥＧ細胞集団および／またはＴＲＥＧ遺伝子シグネチャーを減少させることを推奨すること
の１、２、３、４、５、６、７以上(例えば、全て)を実施するように構成されている。
【００９８】
ある態様において、値は、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーならびに：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャーおよびメモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えばメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えばセントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えばエフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)組合せの測定値を含み；応答者の状態の値の決定に応じて：対象を完全応答者、部分応答者または非応答者として同定すること；ＣＡＲ発現細胞療法を推奨すること；ＣＡＲ発現細胞療法の投薬の選択または変更を推奨すること；代替療法を推奨すること、組合せ療法、例えば、ＣＡＲ発現細胞療法との組合せを推奨すること、ＣＡＲ発現細胞療法の製造プロセスを推奨または変更することの１、２、３、４つ以上を実施する。
【００９９】
ある態様において、少なくとも１つのプロセッサーは、実行したときに、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーならびに：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)組合せの測定値を含む、応答者の状態の値を獲得し；応答者の状態の値の決定に応じて：対象を完全応答者、部分応答者または非応答者として同定すること；ＣＡＲ発現細胞療法を推奨すること；ＣＡＲ発現細胞療法の投薬の選択または変更を推奨すること；代替療法、例えば、特定のがん(例えば、本明細書記載のもの)についての標準治療を推奨すること；組合せ療法、例えば、ＣＡＲ発現細胞療法との組合せを推奨すること、ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、本明細書記載のものの製造プロセスを推奨または変更することの１、２、３、４つ以上を実施するように構成されている。
【０１００】
製造方法
別の面において、本発明は、ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)の効力を評価する方法を特徴とする。方法は：
(ｉ)ＣＡＲ発現細胞産物中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団におけるＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)ＣＡＲ発現細胞産物中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタＴ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞またはこれらの組合せの１、２、３つ以上の(例えば、全ての)レベルまたは活性；
(iii)ＣＡＲ発現細胞産物中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞またはこれらの組合せの１、２、３つ以上の(例えば、全ての)レベルまたは活性；
(iv)ＣＡＲ発現細胞産物中の免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中のサイトカインのレベルまたは活性であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；
(vii)産物におけるＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；
(viii)対象、例えば、対象からのサンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量；あるいは
(ix)ＴＲＥＧ細胞またはＴＲＥＧ細胞集団のレベルまたは活性
の１、２、３、４、５、６、７、８つ以上(例えば、全て)についての値を獲得することを含み、ここで、
(ｉ)、(ii)、(vi)、(vii)、(viii)またはこれらの任意の組合せにおける増加は、ＣＡＲ発現細胞産物の効力の増加を指し示し、かつ
ここで、(iii)、(iv)、(ix)またはこれらの任意の組合せにおける増加は、ＣＡＲ発現細胞産物の効力の減少を指し示す。
【０１０１】
関連する面において、本発明は、ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)の製造を最適化するための方法を特徴とする。方法は：
(１)ＣＡＲ発現細胞(例えば、ＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞の集団)を含むサンプルを獲得すること；
(２)ＣＡＲ発現細胞をインビトロで活性化すること；ならびに
(３)(ｉ)ＣＡＲ発現細胞産物中の、例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞集団またはＣＤ８＋Ｔ細胞集団における、ＣＤ２７および／またはＣＤ４５ＲＯ−(例えば、ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−)免疫エフェクター細胞のレベルまたは活性；
(ii)ＣＡＲ発現細胞産物中の、休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、幼若Ｔ細胞(例えば、幼若ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞またはガンマ／デルタＴ細胞)もしくは初期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iii)ＣＡＲ発現細胞産物中の、活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、加齢Ｔ細胞(例えば、加齢ＣＤ４もしくはＣＤ８細胞)もしくは後期メモリーＴ細胞の１、２、３以上(例えば、全て)またはこれらの組合せのレベルまたは活性；
(iv)ＣＡＲ発現細胞産物中の、免疫細胞消耗マーカー、例えば、１、２つ以上の免疫チェックポイント性抑制因子(例えば、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３および／またはＬＡＧ−３)のレベルまたは活性；
(ｖ)表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１６、表１７、表１８、表２０、図２Ｂに挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１、２、３、４、５、１０、２０以上のレベルまたは活性；
(vi)ＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)中のサイトカインのレベルまたは活性であって、サイトカインが、表１６に挙げたサイトカインの１、２、３、４、５つ以上(または全て)から選択される、レベルまたは活性；
(vii)産物におけるＣＡＲ発現細胞の形質導入効率；
(viii)対象、例えば、対象からのサンプル[例えば、アフェレーシスサンプルまたはＣＡＲ発現細胞産物サンプル、例えば、ＣＡＲ１９発現細胞産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)]中の、ＣＤ２７＋ＰＤ−１−細胞の量、例えば、１×１０７細胞以上の量；あるいは
(ix)ＴＲＥＧ細胞またはＴＲＥＧ細胞集団のレベルまたは活性
の１、２、３、４、５、６、７、８つ以上(例えば、全て)を決定することによって、活性化したＣＡＲ発現細胞の効力を評価すること
を含み、ここで、(ｉ)、(ii)、(vi)、(vii)、(viii)またはこれらの任意の組合せにおける増加は、ＣＡＲ発現細胞産物の効力の増加を指し示し、
(iii)、(iv)、(ix)またはこれらの任意の組合せにおける増加は、ＣＡＲ発現細胞産物の効力の減少を指し示す。
【０１０２】
関連する面において、本明細書において、産物の効力または有効性を決定するためのＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物(例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞、例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ０１９)の製造プロセスが、開示される。ある態様において、提供される方法は、対象から生物学的サンプル、例えば、血液、血清または血漿サンプルを提供する工程；表１Ａ、１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げた遺伝子、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、１０、１５以上の)発現レベルを決定して、サンプルについての遺伝子発現パターンを得る工程；得られた遺伝子発現パターンを、予め決定された値と(所望により)比較する工程；ならびに得られた値と予め決定された値との差を決定する工程を含む。ある態様において、決定された差は、品質管理記録に記録される。
【０１０３】
一部の態様において、本明細書開示の方法のいずれかは、さらに、(ｉ)、(ii)、(vi)、(vii)、(viii)もしくはこれらの任意の組合せのいずれかに増加または(iii)、(iv)、(ix)もしくはこれらの任意の組合せのいずれかに減少を有する細胞を濃縮する、例えば、単離する工程を含む。
【０１０４】
別の面において、本発明は、産物サンプル、例えば、対象の血液から得られた、例えば、遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＴＬ０１９を製造するための方法を特徴とする。ある態様において、方法は：
製造された産物サンプル、例えば、対象の血液から得られた、例えば、遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＴＬ０１９を提供すること；
(ｉ)ＣＡＲ発現細胞産物から分泌されたサイトカインの発現プロファイル[例えば、表１４、表１５または表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−６および／もしくはＩＬ−１７ａ)の]を獲得すること；ならびに／または
(ii)産物におけるＣＡＲ発現細胞の形質導入効率の測定値を獲得すること；
決定されたサイトカインのレベルもしくは形質導入効率(もしくは両方)に基づき、ＣＡＲ発現細胞産物を投与に好適であるものとして同定すること；および
適宜、対象に投与するためのＣＡＲ発現細胞産物を選択すること
によって、ＣＡＲ発現細胞産物を製造することを含む。
【０１０５】
上述の製造方法のある特定の態様において、サイトカインは、ＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ６、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ２、ＩＬ２１、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９もしくはＴＮＦαまたはこれらの組合せの１、２、３、４、５、６、７、８つ以上(または全て)から選択される。ある態様において、サイトカインは、ＩＬ−１７ａ、ＣＣＬ２０、ＩＬ２、ＩＬ６またはＴＮＦａの１、２、３、４つ以上(全て)から選択される。例えば、サイトカインは：ＩＬ−１７ａおよびＣＣＬ２０の一方もしくは両方；ＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａおよびＩＬ１７Ａの一方もしくは両方；またはＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ１７ＡおよびＩＬ６の１、２つもしくは全てから選択することができる。ある態様において、サイトカインは、ＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａである。別の態様において、サイトカインは、ＩＬ１７Ａである。さらに別の実施面において、サイトカインは、ＩＬ６である。
【０１０６】
上述の製造方法のある特定の態様において、１５％以上の形質導入効率は、効力の増加を指し示す。他の態様において、１５％未満の形質導入効率は、効力の減少を指し示す。
【０１０７】
ある特定の態様において、上述の製造方法のいずれかは、さらに、例えば、ＣＤ２５枯渇、ＧＩＴＲ枯渇またはｍＴＯＲ阻害を介して、ＴＲＥＧ細胞の数を低減すること(例えば、枯渇させること)を含む。代替的にまたは組み合わせて、製造方法は、さらに、サンプル、例えば、アフェレーシスサンプルを抗ＧＩＴＲ抗体と接触させることを含む。
【０１０８】
上述の製造方法のいずれかのある特定の態様において、(ｉ)、(ii)もしくは(iii)、(iv)、(ｖ)、(vi)、(vii)、(viii)、(ix)またはこれらの任意の組合せ(例えば、全て)のそれぞれは、インビトロ活性化後に評価される。
【０１０９】
ある態様において、サイトカインプロファイルには、ＣＣＬ２０(ＭＩＰ３ａとも称される)、ＩＬ−１７ａ、ＩＬ−６、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−２、ＩＬ−２１、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−９およびＴＮＦαの１つまたは複数(例えば、１、２、３、４、５、６つ以上)が含まれる。ある態様において、サイトカインプロファイルには、ＣＣＬ２０が含まれる。ある態様において、サイトカインプロファイルには、ＩＬ−１７ａが含まれる。ある態様において、サイトカインプロファイルには、ＩＬ−６が含まれる。ある態様において、サイトカインプロファイルには、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよびＩＬ−６の２つ以上(例えば、３つ全て)が含まれる。
【０１１０】
ある態様において、方法は、さらに、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物によって分泌される、表１４、表１５または表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)の１つまたは複数のサイトカインの発現レベルを決定することを含む。ある態様において、表１４、表１５または表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)の１つまたは複数のサイトカインの分泌は、１つまたは複数の標的腫瘍抗原を用いたＣＡＲ発現細胞産物の刺激に対応する。
【０１１１】
ある態様において、本明細書記載のサイトカインシグネチャーまたはレベルは、ＣＡＲ発現細胞産物の効力を指し示す。ある態様において、本明細書記載のサイトカインシグネチャーは、血液がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬ)におけるＣＡＲ発現細胞産物の応答のマーカーである。
【０１１２】
ある態様において、本明細書記載のサイトカインシグネチャーまたはレベルは、ＣＡＲ発現細胞産物に対する対象の応答を予測する。
【０１１３】
ある態様において、表１６に記載されるサイトカインシグネチャーまたはレベルは、ＣＡＲ発現細胞産物に対する対象の応答を予測する。
【０１１４】
ある態様において、ＩＬ−１７ａおよびＣＣＬ−２０の発現レベルは、ＣＡＲ発現細胞産物に対する対象の応答を予測する。
【０１１５】
ある態様において、方法は、さらに：血液サンプル、例えば、対象の血液から得られたＴ細胞の集団を得ること；例えば、本明細書記載の方法によって、Ｔ細胞の集団を活性化すること；Ｔ細胞の集団からの細胞を遺伝子工学操作すること、例えば、ＣＡＲ、例えば、本明細書記載のＣＡＲ、例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲをコードする核酸を含むベクターをＴ細胞の集団からの細胞、例えば、ＣＴＬ０１９に形質導入すること；遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、ＣＡＲ、例えば、本明細書記載のＣＡＲ、例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲをコードする核酸を形質導入された細胞を含むＴ細胞の集団を、例えば、本明細書記載の方法によって増大させることの１つまたは複数(例えば、１、２、３つまたは全て)を含む。
【０１１６】
ある態様において、本明細書記載のＣＡＲの形質導入効率は、血液がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬ)におけるＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答を指し示す。
【０１１７】
ある態様において、本明細書記載のＣＡＲ形質導入効率は、血液疾患(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬ)におけるＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答を予測する。
【０１１８】
ある態様において、本明細書記載のサイトカインシグネチャーまたはレベルは、患者に注入する前に、ＣＡＲ発現細胞産物(例えば、ＣＴＬ０１９などの、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物)を改善および／または改変するために使用される。
【０１１９】
ある態様において、本明細書記載のサイトカインシグネチャーまたはレベルは、製造されたＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物を判定するために使用される。ある態様において、本明細書記載のサイトカインシグネチャーまたはレベルは、製造プロセスの最適化におけるエンドポイントを提供する。
【０１２０】
ある態様において、上述の製造方法のいずれかは、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞調製物、例えば、ＣＴＬ０１９など)についての品質管理記録に比較の結果を記録する工程を含む。ある態様において、方法は、さらに、部分応答者または非応答者として同定される対象からＴ細胞の調製物を得ることおよび調製物中のナイーブＴ細胞の数を増加させることを含む。ある態様において、方法は、さらに、Ｔ細胞調製物中にＣＡＲをコードする核酸を導入することを含む。
【０１２１】
ある態様において、方法は、さらに、部分応答者または非応答者として同定された対象であって、続いて対象におけるナイーブＴ細胞の数を増加させる薬剤で処置された対象から免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞)の調製物を得ることを含み、例えば、対象は、キナーゼ阻害剤、例えば、本明細書記載の、例えば、ｍＴＯＲ阻害剤および／または例えば、本明細書記載の、チェックポイント阻害剤で処置されたものである。ある態様において、方法は、さらに、調製物の免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞)の複数にＣＡＲをコードする核酸を導入することを含む。
【０１２２】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物は、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞、例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ０１９である。
【０１２３】
なお別の面において、本開示は、がん、例えば、血液がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬ)におけるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法に対する再発者を、ＣＡＲ発現細胞療法に対する非再発者と区別する、１つまたは複数の遺伝子シグネチャーまたは発現プロファイルを提供する。
【０１２４】
ある態様において、本明細書記載の１つまたは複数の遺伝子シグネチャーまたは発現プロファイルは、製造された産物の改善を可能にすることによって、患者の再発可能性を低減する。ある態様において、本明細書記載の遺伝子シグネチャーは、製造された産物の治療適用を改変することによって、患者の再発可能性を低減するために使用される。
【０１２５】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞の処置に対する再発を予測する本明細書記載の１つまたは複数の遺伝子シグネチャーまたは発現プロファイルは、ＣＡＲ発現細胞の処置(例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞の処置、例えば、ＣＴＬ０１９療法)の前の対象から同定される。ある態様において、本明細書記載の１つまたは複数の遺伝子シグネチャーまたは発現プロファイルは、アフェレーシスサンプルから同定される。ある態様において、本明細書記載の１つまたは複数の遺伝子シグネチャーまたは発現プロファイルは、骨髄サンプルから同定される。ある態様において、本明細書記載の１つまたは複数の遺伝子シグネチャーまたは発現プロファイルは、注入前に製造されたＣＡＲ発現細胞産物(例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＴＬ０１９)から同定される。
【０１２６】
ある態様において、アフェレーシス前またはＣＡＲ発現細胞産物の製造途中の対象におけるＴＲＥＧレベルまたは遺伝子シグネチャーを減少させることは、対象の再発リスクをかなり低減する。
【０１２７】
ある態様において、対象は、ＣＡＲ発現細胞産物を製造するための細胞を収集する前に、ＴＲＥＧ細胞を低減することにより、ＣＡＲ発現細胞処置(例えば、ＣＴＬ０１９処置)に対する対象の再発リスクが低減される、１つまたは複数の治療で前処置される。ある態様において、ＴＲＥＧ細胞を減少させる方法には、これらに限定されないが、対象へのシクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ＣＤ２５枯渇、ｍＴＯＲ阻害剤またはこれらの組合せの１つまたは複数の投与が含まれる。シクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ＣＤ２５枯渇、ｍＴＯＲ阻害剤またはこれらの組合せの１つまたは複数の投与は、ＣＡＲ発現細胞産物を注入する前、途中または後に起こることができる。
【０１２８】
ある態様において、対象は、ＣＡＲ発現細胞産物を製造するために細胞を収集する前に、シクロホスファミドで前処置することによって、ＣＡＲ発現細胞処置(例えば、ＣＴＬ０１９処置)に対する対象の再発リスクが低減される。
【０１２９】
ある態様において、対象は、ＣＡＲ発現細胞産物を製造するために細胞を収集する前に、抗ＧＩＴＲ抗体で前処置することによって、ＣＡＲ発現細胞処置(例えば、ＣＴＬ０１９処置)に対する対象の再発リスクが低減される。
【０１３０】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞の製造プロセスは、ＣＡＲ発現細胞産物(例えば、ＣＴＬ０１９産物)を製造する前に、ＴＲＥＧ細胞を枯渇するために改変される。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞産物(例えば、ＣＴＬ０１９産物)を製造する前に、ＴＲＥＧ細胞を枯渇するために、ＣＤ２５の枯渇が使用される。それゆえに、一部の態様において、方法は、さらに：
ａ. 免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞)の集団を提供すること；および
ｂ. 集団から制御性Ｔ細胞を除去することによって、制御性Ｔ細胞枯渇細胞の集団を提供すること
を含み、ここで、工程ａ)およびｂ)は、ＣＡＲをコードする核酸を集団に導入する前に実施される。
【０１３１】
方法の態様において、制御性Ｔ細胞は、ＣＤ２５＋Ｔ細胞を含み、抗ＣＤ２５抗体またはそのフラグメントを使用して細胞集団から除去される。抗ＣＤ２５抗体またはそのフラグメントは、基材、例えば、ビーズにコンジュゲートすることができる。
【０１３２】
他の態様において、工程(ｂ)から提供される制御性Ｔ細胞枯渇細胞の集団は、ＣＤ２５＋細胞を３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、４％、３％、２％、１％未満含有する。
【０１３３】
さらに他の態様において、方法は、さらに、ＣＤ２５を含まない腫瘍抗原を発現する集団から細胞を取り出して、制御性Ｔ細胞が枯渇され、かつ腫瘍抗原が枯渇された細胞の集団を提供し、その後、集団にＣＡＲをコードする核酸を導入することを含む。腫瘍抗原は、ＣＤ１９、ＣＤ３０、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ２０、ＣＤ１４もしくはＣＤ１１ｂまたはこれらの組合せから選択することができる。
【０１３４】
他の態様において、方法は、さらに、チェックポイント性抑制因子を発現する集団から細胞を取り出し、制御性Ｔ細胞が枯渇され、かつ阻害分子が枯渇された細胞の集団を提供し、その後、集団にＣＡＲをコードする核酸を導入することを含む。阻害分子、例えば、チェックポイント性抑制因子は、例えば、本明細書記載の、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲ(例えば、ＴＧＦＲベータ)から選択することができる。
【０１３５】
さらに、本明細書開示の態様は、免疫エフェクター細胞の集団を提供することを包含する。提供される免疫エフェクター細胞の集団は、ＣＤ３、ＣＤ２８、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ４５ＲＡおよび／またはＣＤ４５ＲＯの１つまたは複数の発現に基づき選択することができる。ある特定の態様において、提供される免疫エフェクター細胞の集団は、ＣＤ３＋および／またはＣＤ２８＋である。
【０１３６】
方法のある特定の態様において、方法は、さらに、ＣＡＲをコードする核酸分子が導入された後に細胞集団を増大させることを含む。
【０１３７】
態様において、細胞集団は、８日以下の期間にわたり増大する。
【０１３８】
ある特定の態様において、細胞集団は、５日間培養されて増大し、結果として生じた細胞は、同じ培養条件で９日間培養されて増大した同じ細胞よりも効力が大きい。
【０１３９】
他の態様において、細胞集団は、５日間培養されて増大し、同じ培養条件で９日間増大した同じ細胞と比較して、抗原刺激に対する細胞倍加に少なくとも１、２、３または４倍の増加を示す。
【０１４０】
さらに他の態様において、細胞集団は、５日間培養されて増大し、結果として生じた細胞は、同じ培養条件で９日間培養されて増大した同じ細胞と比較して、高い炎症促進性ＩＦＮ−γおよび／またはＧＭ−ＣＳＦレベルを示す。
【０１４１】
他の態様において、細胞集団は、ＣＤ３／ＴＣＲ複合体関連シグナルを刺激する薬剤および／または細胞表面の共刺激分子を刺激するリガンドの存在下で、細胞を培養することによって増大する。薬剤は、抗ＣＤ３抗体もしくはそのフラグメントおよび／または抗ＣＤ２８抗体もしくはそのフラグメントとコンジュゲートしたビーズであり得る。
【０１４２】
他の態様において、細胞集団は、１つまたは複数のインターロイキンを含む好適な培地中で増大し、この結果、フローサイトメトリーによって測定される場合、１４日の増大期間をかけて細胞に少なくとも２００倍、２５０倍、３００倍または３５０倍の増加が生じる。
【０１４３】
他の態様において、細胞集団は、ＩＬ−１５および／またはＩＬ−７の存在下で増大する。
【０１４４】
ある特定の態様において、方法は、さらに、好適な増大期間の後に細胞集団を凍結保存することを含む。
【０１４５】
さらに他の態様において、本明細書開示の作製方法は、さらに、免疫エフェクター細胞の集団を、テロメラーゼサブユニット、例えば、ｈＴＥＲＴをコードする核酸と接触させることを含む。テロメラーゼサブユニットをコードする核酸は、ＤＮＡであり得る。
【０１４６】
さらに他の態様において、本明細書開示の作製方法は、さらに、免疫エフェクター細胞の集団を、２％ｈＡＢ血清を含む血清中で培養することを含む。
【０１４７】
本明細書記載の方法、システムおよびキットのいずれかにおいて、ＣＤ１９  ＣＡＲは、表１２に記載された抗ＣＤ１９結合ドメインまたはＣＤＲ、例えば、表１２に記載された抗ＣＤ１９結合ドメインのＨＣ  ＣＤＲ１、ＨＣ  ＣＤＲ２、ＨＣ  ＣＤＲ３、ＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２およびＬＣ  ＣＤＲ３の１つまたは複数(例えば、全て)を含み得る。ある態様において、ＣＡＲは：リーダー配列、例えば、本明細書の、例えば、表１１に記載のリーダー配列；抗ＣＤ１９結合ドメイン、例えば、本明細書の、例えば、表１２に記載の抗ＣＤ１９結合ドメイン；ヒンジ領域、例えば、本明細書記載のヒンジ領域、例えば、表１１に記載のヒンジ領域；膜貫通ドメイン、例えば、本明細書の、例えば、表１１に記載の膜貫通ドメイン；および細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、共刺激ドメインおよび／または一次シグナル伝達ドメイン、例えば、本明細書、例えば、表１１に記載の共刺激ドメインおよび／または本明細書、例えば、表１１に記載の一次シグナル伝達ドメイン)の１つまたは複数を含むことができる。ある態様において、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は、表１３に記載されるＣＴＬ０１９またはＣＤ１９  ＣＡＲである。
【０１４８】
本明細書に記載されるものと類似または等価の方法および材料を、本発明の実施または検査に使用することができるものの、好適な方法および材料が、下に記載される。本明細書において言及される全ての刊行物、特許出願、特許および他の参照(例えば、配列データベース参照番号)は、これらの全体が参照により組み込まれている。例えば、本明細書に、例えば、本明細書における任意の表に、例えば、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表１４、表１７、表１８および表２０のいずれかに参照される全てのＧｅｎＢａｎｋ、ＵｎｉｇｅｎｅおよびＥｎｔｒｅｚ配列は、参照により組み込まれている。特に指定しない限り、本明細書における任意の表、例えば、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表１４、表１７、表１８および表２０のいずれかを含めた、本明細書に特定される配列受託番号は、２０１４年１０月８日現在のデータベースエントリーを指す。１つの遺伝子またはタンパク質が複数の配列受託番号を参照する場合、配列変異体の全てが包含される。
【０１４９】
加えて、材料、方法および実施例は、単なる例証であり、限定することを意図しない。見出し、小見出しまたは番号付きもしくは文字付きエレメント、例えば、(ａ)、(ｂ)、(ｉ)などは、単に読みやすさのためだけに提示されている。本文書における見出しまたは番号付きもしくは文字付きエレメントの使用は、工程またはエレメントをアルファベット順に実施する必要も、工程またはエレメントが、必ずしも相互に別個である必要も、ない。本発明の他の特徴、目的および利点は、明細書および図面から、ならびに特許請求の範囲から明らかである。
【図面の簡単な説明】
【０１５０】
【図１】図１は、２１のＣＬＬおよび７つのＡＬＬサンプルについてアフェレーシス時およびＣＴＬ０１９製造後にＴ細胞に対して行った全ゲノムＣＴＬ０１９のＲＮＡｓｅｑ解析からの知見を図示する代表的なモデルを示す。このモデルは、完全応答者(ＣＲ)の発現パターンが非応答者(ＮＲ)より幼若Ｔ細胞表現型を有することを示す。メモリーＴ細胞サブセットはＮＲに対してＣＲ間で異なって富化され、ＣＲはＴメモリー幹細胞との類似性を示す。
【０１５１】
【図２】図２Ａは、本明細書に記載されている全ゲノムＣＴＬ０１９ＲＮＡｓｅｑ解析で解析されたサンプルの数の代表的なヒストグラムを示す。ｐ＝産物；ａ＝アフェレーシス。図２Ｂは、解析の概観を示す代表的な概略図である。簡潔にいうと、各々の遺伝子セットについて、３つのグループの統計的モデルを適用して、メタ遺伝子(meta-gene)がＣＬＬ産物ＣＲ、ＰＲおよびＮＲ間で統計的に異なるかどうかを決定した。ＣＲは休止ＴＥＦＦ細胞により近いが、ＮＲはむしろ活性化したＴＥＦＦ細胞に近い。ＣＴＬ０１９のＮＲサンプルはＣＲサンプルより活性化された状態にある。
【０１５２】
【図３】図３は、メモリーＴ細胞前駆体およびサブセットの代表的な概略図を示す。特定の理論に縛られることは望まないが、ＣＴＬ０１９サンプル中のメモリーＴ細胞の状態は応答の主要な要素のようである。
【０１５３】
【図４】図４は、ＴＳＣＭ対ＴＣＭ上方調節(ｕｐｒｅｇｕｌａｔｅｄ)遺伝子セットに対するメタ遺伝子スコアを示す代表的な結果を示す。ｘ−軸は応答群によるサンプルであり、ここでａ＝アフェレーシス、ｐ＝産物である。ｙ−軸は正規化されたメタ遺伝子発現スコアである。ＣＬＬ  ＣＲが富化された遺伝子セット(例えば、ＣＴＬ０１９  ＣＲ)は、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)も富化される。ＡＬＬおよびＣＬＬのＣＲはＴ幹細胞(ＴＳＣＭ)サブセット特異的遺伝子が富化されるが、ＣＬＬのＰＲおよびＮＲはＴセントラルメモリー(ＴＣＭ)サブセット遺伝子が富化される。同じパターンが産物サンプルとアフェレーシスで見られる。ＡＬＬ発現パターンはＣＬＬのＣＲに最も類似しており、休止している／刺激されていない／初期のメモリーＴ細胞の方向にさらに一層極端である。
【０１５４】
【図５】図５Ａは、ＣＴＬ０１９サンプルの主成分分析(ＰＣＡ)からの代表的な結果を示す。この代表的なＰＣＡ結果は、ＣＲ、ＡＬＬおよびＮｏｒｍａｌサンプルがＰＲおよびＮＲとは別にクラスターを形成することを示す。図５Ｂは、ＣＴＬ０１９およびアフェレーシスサンプルのＰＣＡからの代表的な結果を示す。この代表的なＰＣＡ結果は、ＣＲ、ＡＬＬおよびＮｏｒｍａｌサンプルがＰＲおよびＮＲとは別に、またアフェレーシスクラスターとは別にクラスターを形成することを示す。
【０１５５】
【図６】図６は、アフェレーシスおよび産物サンプルの免疫表現型検査を示す代表的な概略図を示す。
【０１５６】
【図７】図７Ａおよび図７Ｂは、産物サンプルにおける応答の相関を特定する代表的なマルチカラーフローサイトメトリー解析結果を示す。ＣＬＬ患者に由来する３６の製造されたＣＴＬ０１９サンプルを解析した。サンプルは５つのＣＲ、８つのＰＲ、１９のＮＲおよび３つの未定を含んでいた。図７Ａは、パーセントＣＤ４＋細胞および患者の応答を示す代表的な結果を示す。図７Ｂは、パーセントＣＤ８＋細胞および患者の応答を示す代表的な結果を示す。
【０１５７】
【図８】図８Ａ、図８Ｂ、図８Ｃおよび図８Ｄは、Ｔ細胞におけるＰＤ１およびＣＡＲ１９発現の代表的なフローサイトメトリー解析を示す。図８Ａおよび図８Ｂは、ＣＡＲ発現細胞療法に対して完全応答者(ＣＲ)または非応答者(ＮＲ)である対象に由来するＣＤ４＋Ｔ細胞におけるＰＤ−１およびＣＡＲ１９発現の分布を示す代表的なフローサイトメトリープロファイルである。図８Ｃは、ＣＡＲ発現細胞療法に対して異なる応答を示す対象群に由来するＣＤ４＋Ｔ細胞集団中のＰＤ１細胞のパーセントを示すグラフである。図８Ｄは、ＣＡＲ発現細胞療法に対して異なる応答を示す対象群に由来するＣＤ８＋Ｔ細胞集団中のＰＤ１細胞のパーセントを示すグラフである。
【０１５８】
【図９】図９Ａおよび図９Ｂは、ＣＡＲ発現細胞療法に対して完全応答者(ＣＲ)または非応答者(ＮＲ)である対象に由来するＴ細胞におけるＰＤ１、ＣＡＲ１９およびＬＡＧ−３発現の代表的なフローサイトメトリー解析を示す。図９Ｃは、ＣＡＲ発現細胞療法に対して異なる応答を示す対象群からのＰＤ１およびＬＡＧ−３発現の分布を示す代表的な結果を示す。非応答者(ＮＲ)産物は、ＣＲより高いパーセンテージのＰＤ１＋ＣＡＲ１９＋ＬＡＧ３＋Ｔ細胞を有する。これらのデータは、ＮＲ産物がＰＤ１＋ＣＡＲ＋の枯渇した表現型およびＬＡＧ３の同時発現を示すことを示している。
【０１５９】
【図１０】図１０Ａおよび図１０Ｂは、ＣＡＲ発現細胞療法に対して完全応答者(ＣＲ)または非応答者(ＮＲ)である対象に由来するＴ細胞におけるＰＤ１、ＣＡＲ１９およびＴＩＭ−３発現の代表的なフローサイトメトリー解析を示す。図１０Ｃは、ＣＡＲ発現細胞療法に対して異なる応答を示す対象群からのＰＤ１およびＴＩＭ−３発現の分布を示す代表的な結果を示す。非応答者(ＮＲ)産物は、ＣＲより高いパーセンテージのＣＡＲ１９＋ＰＤ１＋ＴＩＭ３＋細胞を有する。これらのデータは、ＮＲ産物がＰＤ１＋ＣＡＲ＋の枯渇した表現型およびＴＩＭ３の同時発現を示すことを示している。
【０１６０】
【図１１】図１１は、ＣＡＲ産物中のＣＤ２７レベルが患者の応答と相関していることを示す代表的な結果を示す。ＣＲのＣＤ８＋細胞は、ＰＲおよびＮＲと比較してＣＤ２７＋細胞のより高いパーセンテージを示した。
【０１６１】
【図１２】図１２は、アフェレーシスサンプルにおける応答の相関を特定する代表的なマルチカラーフローサイトメトリー解析結果を示す。ＣＬＬ患者に由来する２６のアフェレーシスしたサンプルを解析した。サンプルは４つのＣＲ、６つのＰＲ、１４のＮＲを含んでおり、１人の患者には注入しなかった。
【０１６２】
【図１３】図１３は、より幼若Ｔ細胞表現型とＣＴＬ０１９療法に対する応答との間の相関関係を示す代表的なマルチカラーフローサイトメトリー解析結果を示す。これらのデータは、ＣＤ８＋Ｔ細胞中のＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−のパーセンテージが、どのＣＬＬ患者がＣＴＬ０１９に対して完全な応答を示すかを予測することを示している。
【０１６３】
【図１４】図１４は、ＣＴＬ０１９療法に先立つヒト患者におけるアフェレーシスの代表的な解析を示す。代表的な結果は、患者１０００−０００４５ではＴ細胞がほとんど認められなかったが、Ｔ細胞の２７％がＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−であったことを示している。
【０１６４】
【図１５】図１５は、ＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答の代表的な結果を示す(患者１０００−０００４５)。ＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−Ｔ細胞がＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答の正の予測因子(ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ)であった。これらの代表的な結果は、アフェレーシスにおける良好な予後の表現型が、ＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−Ｔ細胞(ナイーブまたはＴＳＣＭ表現型)の高いパーセンテージであることを示している。ＣＴＬ０１９産物における不良な予後の表現型は、ＰＤ１＋ＣＡＲ＋およびＬＡＧ３＋またはＴＩＭ３＋Ｔ細胞(枯渇した表現型)の高いパーセンテージである。
【０１６５】
【図１６】図１６は、様々な面および態様を実施し得るコンピューターシステムの代表的なブロック図を示す。
【０１６６】
【図１７】図１７は、刺激されたＣＴＬ０１９産物およびＣＬＬ患者におけるサイトカイン発現のバイクラスタリング(ｂｉ−ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ)を示す代表的なヒートマップを示す。２つのクラスター(クラスター１およびクラスター３)はほとんどＣＲおよびＰＲから構成されていたが、他の２つのクラスター(クラスター２およびクラスター４)は主にＮＲを含有していた。平均して、サイトカイン発現レベルはＮＲよりＣＲ／ＰＲで高かった。上のパネルはヒートマップ像の赤色チャネルを示し、中央のパネルは青色チャネルを示し、下のパネルは緑色チャネルを示す。
【０１６７】
【図１８】図１８は、ＣＬＬ患者におけるＣＲ、ＰＲおよびＮＲを区別するための統計的に有意なサイトカイン(例えば、ＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ２、ＴＮＦα、ＩＬ１７ａおよびＩＬ６)の対数正規化された(ｌｏｇ−ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ)発現の代表的な結果を示す。
【０１６８】
【図１９】図１９Ａは、ＩＬ１７Ａ(ｙ−軸)およびＣＣＬ２０(ｘ−軸)の発現の対数正規化された相関関係を示す代表的な散布図を示す。破線はＮＲをＣＲ／ＰＲから分離するための分類境界を表す。各々の点はＣＬＬ患者を表し、クロスハッチ付き(ＮＲ)、黒(ＰＲ)および白(ＣＲ)は臨床応答を表す。相関係数は、「ｒ」(例えば、０.９２８の相関係数)および「ｐ.値」(例えば、１.３６ｅ−０９の対応するｐ値)を使用する相関関係に関する対応するｐ値によって表される。図１９Ｂは、０.３９５の相関係数および０.０７６１の対応するｐ値を有するＣＣＬ２０とＣＡＲ＋細胞のパーセンテージの相関関係を示す代表的な散布図を示す。各々の点はＣＬＬ患者を表し、クロスハッチ付き(ＮＲ)、黒(ＰＲ)および白(ＣＲ)は臨床応答を表す。相関係数は「ｒ」および「ｐ.値」を使用する相関関係に関する対応するｐ値によって表される。図１９Ｃは、０.２７８の相関係数および０.２２２の対応するｐ値を有するＩＬ１７ａとＣＡＲ＋細胞のパーセンテージの相関関係を示す代表的な散布図を示す。各々の点はＣＬＬ患者を表し、クロスハッチ付き(ＮＲ)、黒(ＰＲ)および白(ＣＲ)は臨床応答を表す。相関係数は「ｒ」および「ｐ.値」を使用する相関関係に関する対応するｐ値によって表される。
【０１６９】
【図２０】図２０は、ＴＲＥＧ遺伝子が非再発者、完全応答者(ＣＲ)と比較して再発者(Ｒ)で高い発現レベルを有することを示す代表的な結果(ｐ＝０.０００２１５)を示す。ｘ−軸は応答群によるサンプルであり、ここでＣＲ＝完全応答者、Ｒ＝再発者である。ｙ−軸は正規化されたメタ遺伝子発現スコアである。
【０１７０】
【図２１】図２１は、回収前のＣＡＲ＋細胞のパーセント(すなわち、形質導入率)を完全応答者(ＣＲ)は白で、部分応答者(ＰＲ)は黒で、非応答者(ＮＲ)はハッチングで示す代表的な散布図を示す。形質導入効率を回収前に測定し、対象の応答(例えば、ＣＲ、ＰＲまたはＮＲ)と相関させた。実線は、非応答者の大部分を応答者から分離する１５％の形質導入効率を表す。特定の理論に縛られることは望まないが、これらのデータは、回収前のＣＡＲ形質導入率がＣＬＬにおけるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法に対する応答のマーカーであることを示している。
【０１７１】
【図２２】図２２は、注入されたＣＤ２７＋ＰＤ１−ＣＡＲＴ細胞の数と療法に対する応答との関係を示す棒グラフである。
【０１７２】
【図２３】図２３は、注入されたＣＤ２７＋ＰＤ１−ＣＡＲＴ細胞の数と療法に対する応答との関係を示す散布図である。
【発明を実施するための形態】
【０１７３】
定義
特に定義しない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。
【０１７４】
単数表現は、その文法的対象が１つであるかまたは１つよりも多いこと(すなわち、少なくとも１つ)を指す。一例として、「エレメント」は、１つのエレメントまたは１つより多くのエレメントを意味する。
【０１７５】
用語「約」は、量、時間的な持続などの測定可能な値を指す場合、規定された値から、±２０％の変動またはいくつかの場合において±１０％の変動またはいくつかの場合において±５％の変動またはいくつかの場合において±１％の変動またはいくつかの場合において±０.１％の変動を包含することを、開示された方法を実施するためにそのような変動が適切な限りにおいて、意味している。
【０１７６】
「獲得する」または「獲得すること」は、これらの用語が本明細書に使用される限りにおいて、物理的実体(例えば、サンプル、ポリペプチド、核酸または配列)または値を「直接獲得すること」または「間接的に獲得すること」によって、物理的実体または値、例えば、数値を手に入れることを指す。「直接獲得すること」は、物理的実体または値を得るために、プロセスを実施すること(例えば、合成方法または分析方法を実施すること)を意味する。「間接的に獲得すること」は、別の団体または入手源(例えば、物理的実体または値を直接獲得した第三者の研究室)から物理的実体または値を受け取ることを指す。物理的実体を直接獲得することは、物理的物質、例えば、出発材料における物理的変化を含むプロセスを実施することを含む。例示的な変化は、２つ以上の出発材料から物理的実体を作製すること、物質を剪断または断片化すること、物質を分離または精製すること、２つ以上の別々の実体を組み合わせて混合物にすること、共有結合または非共有結合を破壊または形成させることを含む化学反応を実施することを含む。値を直接獲得することは、サンプルまたは別の物質における物理的変化を含むプロセスを実施すること、例えば、物質、例えば、サンプル、分析物または試薬における物理的変化を含む分析プロセス(時には本明細書において「物理的分析」と称される)を実施すること、分析方法、例えば、以下：物質、例えば、分析物またはそのフラグメントもしくは他の誘導体を、別の物質から分離または精製すること；分析物またはそのフラグメントもしくは他の誘導体を別の物質、例えば、緩衝液、溶媒または反応物と組み合わせること；あるいは、例えば、分析物の第一の原子と第二の原子との間の共有結合または非共有結合を破壊または形成させることによって、分析物またはそのフラグメントもしくは他の誘導体の構造を変化させること；あるいは、例えば、試薬の第一の原子と第二の原子との間の共有結合または非共有結合を破壊または形成させることによって、試薬またはそのフラグメントもしくは他の誘導体の構造を変化させることの１つまたは複数を含む方法を実施することを含む。
【０１７７】
用語「抗体」は、本明細書で使用される場合、抗原と特異的に結合する免疫グロブリン分子由来のタンパク質またはポリペプチド配列を指す。抗体は、ポリクローナルもしくはモノクローナルの、複数もしくは単一の鎖のまたは無傷の、免疫グロブリンの場合があり、自然源由来または組換え源由来であり得る。抗体は、免疫グロブリン分子の四量体の場合がある。
【０１７８】
本明細書記載のバイオマーカー[例えば、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１およびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子シグネチャー]の用語「変化した発現レベル」は、発現を判定するために採用されたアッセイの標準誤差よりも大きいまたは小さい、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)を患う患者由来のサンプルなどの、被験サンプル中のマーカーの発現レベルにおける増加(または減少)を指す。態様において、変化は、対照サンプル(例えば、関連疾患を有さない健康な対象由来のサンプル)におけるバイオマーカーの発現レベルまたはいくつかの対照サンプルにおける平均発現レベルよりも、少なくとも２倍、少なくとも２×３倍、少なくとも２×４倍、少なくとも２×５倍または少なくとも２×１０倍以上大きいまたは小さい場合がある。「変化した発現レベル」は、タンパク質または核酸(例えば、ｍＲＮＡ)レベルで決定することができる。
【０１７９】
用語「抗体フラグメント」は、抗原のエピトープと特異的に相互作用する能力(例えば、結合、立体障害、安定化／不安定化、空間分布により)を保持する、抗体の少なくとも１つの部分を指す。抗体フラグメントの例としては、これらに限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ(ａｂ’)２、Ｆｖフラグメント、ｓｃＦｖ抗体フラグメント、ジスルフィド結合したＦｖ(ｓｄＦｖ)、ＶＨドメインおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント、線状抗体、ｓｄＡｂ(ＶＬまたはＶＨのいずれか)などの単一ドメイン抗体、ラクダＶＨＨドメイン、２つのＦａｂフラグメントがヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結したものを含む二価フラグメントなどの、抗体フラグメントから形成された多重特異性抗体、ならびに抗体の単離されたＣＤＲまたは他のエピトープ結合フラグメントが挙げられる。抗原結合性フラグメントは、また、単一ドメイン抗体、マキシボディ、ミニボディ、ナノボディ、イントラボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ｖ−ＮＡＲおよびビス−ｓｃＦｖに取り込まれていてもよい(例えば、Hollinger and Hudson, Nature Biotechnology 23:1126-1136、2005を参照)。抗原結合性フラグメントは、フィブロネクチンIII型(Ｆｎ３)などのポリペプチドをベースとした足場にグラフト化することもできる(フィブロネクチンポリペプチドのミニボディを説明している米国特許第６,７０３,１９９号を参照)。用語「ｓｃＦｖ」は、軽鎖の可変領域を含む少なくとも１つの抗体フラグメントと重鎖の可変領域を含む少なくとも１つの抗体フラグメントとを含む融合タンパク質であって、軽鎖可変領域および重鎖可変領域が、短いフレキシブルなポリペプチドリンカーを介して連続的に連結されており、単一鎖のポリペプチドとして発現することができ、さらにｓｃＦｖが、その元となった無傷の抗体の特異性を保持している、上記融合タンパク質を指す。特段の規定がなければ、ｓｃＦｖは、本明細書で使用される場合、ＶＬ可変領域およびＶＨ可変領域をいずれの順番で有していてもよく、例えばポリペプチドのＮ末端およびＣ末端の終端に関して、ｓｃＦｖは、ＶＬ−リンカー−ＶＨを含んでいてもよいしまたはＶＨ−リンカー−ＶＬを含んでいてもよい。
【０１８０】
用語「抗体重鎖」は、それらの天然に存在するコンフォメーションの抗体分子中に存在する２種類のポリペプチド鎖の大きい方を指し、通常はこれが抗体が属するクラスを決定する。
【０１８１】
用語「抗体軽鎖」は、それらの天然に存在するコンフォメーションの抗体分子中に存在する２種類のポリペプチド鎖の小さい方を指す。カッパ(κ)およびラムダ(λ)軽鎖は、２つの主要な抗体軽鎖アイソタイプを指す。
【０１８２】
用語「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」は、本明細書で使用される場合、抗原特異性と結合親和性を付与する抗体可変領域内のアミノ酸配列を指す。例えば、一般的に、各重鎖可変領域中に３つのＣＤＲ(例えば、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２およびＨＣＤＲ３)および各軽鎖可変領域中に３つのＣＤＲ(ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２およびＬＣＤＲ３)がある。所与のＣＤＲの正確なアミノ酸配列の境界は、Kabat et al. (1991), “Sequences of Proteins of Immunological Interest,” 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD(「Ｋａｂａｔ」番号付けスキーム)、Al-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948(「Ｃｈｏｔｈｉａ」番号付けスキーム)によって説明されたものまたはそれらの組合せなどのいくつかの周知のスキームのいずれかを使用して決定することができる。Ｋａｂａｔ番号付けスキームによれば、一部の態様において、重鎖可変ドメイン(ＶＨ)におけるＣＤＲのアミノ酸残基は、３１〜３５(ＨＣＤＲ１)、５０〜６５(ＨＣＤＲ２)および９５〜１０２(ＨＣＤＲ３)と番号付けされ、軽鎖可変ドメイン(ＶＬ)におけるＣＤＲのアミノ酸残基は、２４〜３４(ＬＣＤＲ１)、５０〜５６(ＬＣＤＲ２)および８９〜９７(ＬＣＤＲ３)と番号付けされる。Ｃｈｏｔｈｉａ番号付けスキームによれば、一部の態様において、ＶＨにおけるＣＤＲのアミノ酸は、２６〜３２(ＨＣＤＲ１)、５２〜５６(ＨＣＤＲ２)および９５〜１０２(ＨＣＤＲ３)と番号付けされ、ＶＬにおけるＣＤＲのアミノ酸残基は、２６〜３２(ＬＣＤＲ１)、５０〜５２(ＬＣＤＲ２)および９１〜９６(ＬＣＤＲ３)と番号付けされる。ＫａｂａｔおよびＣｈｏｔｈｉａ番号付けスキームの組合せでは、一部の態様において、ＣＤＲは、ＫａｂａｔのＣＤＲ、ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲまたはその両方の一部であるアミノ酸残基に相当する。例えば、一部の態様において、ＣＤＲは、ＶＨ、例えば哺乳動物のＶＨ、例えばヒトＶＨにおいて、アミノ酸残基２６〜３５(ＨＣＤＲ１)、５０〜６５(ＨＣＤＲ２)および９５〜１０２(ＨＣＤＲ３)；ならびにＶＬ、例えば哺乳動物のＶＬ、例えばヒトＶＬにおいて、アミノ酸残基２４〜３４(ＬＣＤＲ１)、５０〜５６(ＬＣＤＲ２)および８９〜９７(ＬＣＤＲ３)に相当する。
【０１８３】
用語「抗がん効果」は、これらに限定されないが、例えば、腫瘍容量の減少、がん細胞数の減少、転移数の減少、平均余命の増加、がん細胞の増殖の減少、がん細胞の生存の減少またはがん性状態に関連する様々な生理的症状の回復を含めた、様々な手段によって顕在化できる生物学的効果を指す。「抗がん効果」は、また、ペプチド、ポリヌクレオチド、細胞および抗体が第一の場所におけるがんの発生を予防する能力により顕在化することができる。用語「抗腫瘍効果」は、これらに限定されないが、例えば、腫瘍容量の減少、腫瘍細胞数の減少、腫瘍細胞の増殖の減少または腫瘍細胞の生存の減少を含めた、様々な手段によって顕在化できる生物学的効果を指す。
【０１８４】
用語「同種異系」は、材料が導入される個体と同じ種の異なる動物由来の任意の材料を指す。２つ以上の個体は、１つまたは複数の遺伝子座における遺伝子が同一ではない場合、互いに同種異系と言われる。一部の面において、同じ種の個体からの同種異系材料は、抗原的に相互作用するのに十分な程度、遺伝学的に異なっていてもよい。
【０１８５】
用語「アフェレーシス」は、本明細書で使用される場合、ドナーまたは患者の血液を、そのドナーまたは患者から除去し、選択された特定の成分を分離除去する装置を通過させ、残りを、ドナーまたは患者の循環に、例えば返血によって戻す、体外プロセスを指す。したがって、関連して「アフェレーシスサンプル」は、アフェレーシスを使用して得られたサンプルを指す。
【０１８６】
用語「自己」は、後でそれが再導入されることになる個体と同じ個体由来の任意の材料を指す。
【０１８７】
「バイオマーカー」または「マーカー」は、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)の進行または処置に対する応答性に関連する、発現における変化を受ける遺伝子、ｍＲＮＡまたはタンパク質である。変化は、ベースラインから得られたサンプル中のその量および／もしくは活性または、がん患者集団、健康な対照もしくは健康な対象集団(例えば、対照)についての異なる時間間隔、平均もしくは中央値での、がんを有する対象についての以前の値と比較した、この対象から得られた生物学的サンプル(例えば、血液、血漿または血清サンプル)中の量および／または活性における変化の場合があり、発現および／または活性におけるそのような変化は、ＣＡＲ発現細胞[例えば、ＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞(例えば、ＣＡＲ発現Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法]に対する、がんの病状(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)を有する対象の応答性に関連する。例えば、治療に対する応答性を予測する本発明のマーカーは、対照の対象から得られた生物学的サンプルと比較して、がんを有するまたはこれを有すると疑われる対象から得られた生物学的サンプル中に変化された発現レベル、タンパク質レベルまたはタンパク質活性を有する場合がある。
【０１８８】
用語「がん」は、異常な細胞の制御不能な成長を特徴とする疾患を指す。がん細胞は、局所的にまたは血流およびリンパ系を経由して体の他の部分に蔓延する可能性がある。様々ながんの例が本明細書で説明されており、これらとしては、これらに限定されないが、乳がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頸がん、皮膚がん、膵臓がん、結腸直腸がん、腎臓がん、肝臓がん、脳がん、リンパ腫、白血病、肺がんおよび同種のものが挙げられる。がんとしては、これらに限定されないが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)、Ｔ細胞急性リンパ性白血病(Ｔ−ＡＬＬ)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(ＭＣＬ)、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症が挙げられる。ある態様において、がんは、ＣＤ１９の発現に関連する。用語「腫瘍」および「がん」は、本明細書において同義的に使用され、例えば、どちらの用語も、固形および液性腫瘍を包含する。用語「がん」または「腫瘍」には、本明細書で使用される場合、前がん性の、同様に悪性のがんおよび腫瘍を包含する。
【０１８９】
用語「がん関連抗原」または「腫瘍抗原」は、同義的に、正常細胞と比較して、全体的にまたはフラグメント(例えば、ＭＨＣ／ペプチド)としてのいずれかで、がん細胞の表面に優先的に発現される分子(典型的にはタンパク質、糖質または脂質)であって、がん細胞への薬理学的薬剤の優先的標的化に有用な分子を指す。一部の態様において、腫瘍抗原は、正常細胞およびがん細胞の両方により発現されるマーカー、例えば、系列マーカー、例えば、Ｂ細胞上のＣＤ１９である。一部の態様において、がん関連抗原は、正常細胞と比較して、がん細胞において過剰発現される、例えば、１倍過剰発現、２倍過剰発現、３倍以上過剰発現される細胞表面分子である。一部の態様において、がん関連抗原は、がん細胞において不適切に合成される細胞表面分子、例えば、正常細胞上に発現される分子と比較して、欠失、付加または突然変異を含有する分子である。一部の態様において、腫瘍抗原は、がん細胞の細胞表面に、全体的にまたはフラグメント(例えば、ＭＨＣ／ペプチド)として独占的に発現され、正常細胞の表面に合成または発現されない。一部の態様において、本発明のＣＡＲは、ＭＨＣにより提示されるペプチドに結合する抗原結合ドメイン(例えば、抗体または抗体フラグメント)を含むＣＡＲを含む。通常、内因性タンパク質由来のペプチドは、主要組織適合遺伝子複合体(ＭＨＣ)クラスＩ分子のポケットにはまり、ＣＤ８＋Ｔリンパ球上のＴ細胞受容体(ＴＣＲ)によって認識される。ＭＨＣクラスＩ複合体は、全ての有核細胞によって構成性発現される。がんにおいて、ウイルス特異的ペプチド／ＭＨＣ複合体および／または腫瘍特異的ペプチド／ＭＨＣ複合体は、免疫療法についての独特なクラスの細胞表面標的に相当する。ヒト白血球抗原(ＨＬＡ)−Ａ１またはＨＬＡ−Ａ２に関連して、ウイルス抗原または腫瘍抗原由来のペプチドを標的化するＴＣＲ様抗体が記載されている(例えば、Sastry et al., J Virol. 2011 85(5):1935-1942; Sergeeva et al., Blood, 2011 117(16):4262-4272; Verma et al., J Immunol 2010 184(4):2156-2165; Willemsen et al., Gene Ther 2001 8(21):1601-1608 ; Dao et al., Sci Transl Med 2013 5(176):176ra33; Tassev et al., Cancer Gene Ther 2012 19(2):84-100参照)。例えば、ＴＣＲ様抗体は、ヒトｓｃＦｖファージディスプレイライブラリーなどのスクリーニングライブラリーから同定することができる。
【０１９０】
「ＣＤ１９」は、本明細書に使用される場合、白血病前駆細胞上に検出可能な抗原決定基である表面抗原分類１９タンパク質を指す。ヒトおよびマウスアミノ酸および核酸配列は、ＧｅｎＢａｎｋ、ＵｎｉＰｒｏｔおよびＳｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔなどの公的データベースから見出すことができる。例えば、ヒトＣＤ１９のアミノ酸配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ受託番号Ｐ１５３９１として見出すことができ、ヒトＣＤ１９をコードするヌクレオチド配列は、受託番号ＮＭ＿００１１７８０９８に見出すことができる。「ＣＤ１９」は、本明細書に使用される場合、全長野生型ＣＤ１９の突然変異、例えば、点突然変異、フラグメント、挿入、欠失およびスプライス変異体を含むタンパク質を包含する。ＣＤ１９は、例えば、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ球性白血病および非ホジキンリンパ腫を含めた大部分のＢ系列がんに発現される。ＣＤ１９を発現する他の細胞は、下記の「ＣＤ１９の発現に関連する疾患」の定義に提供される。これは、Ｂ細胞前駆細胞の初期マーカーでもある。例えば、Nicholson et al., MOL. IMMUN. 34 (16-17): 1157-1165 (1997)を参照されたい。ある面において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の抗原結合部分は、ＣＤ１９タンパク質の細胞外ドメイン内で抗原を認識し、これと結合する。ある面において、ＣＤ１９タンパク質は、がん細胞上に発現される。ある態様において、ＣＤ１９は、野生型配列、例えば、野生型ヒト配列を有する。別の態様において、ＣＤ１９は、突然変異配列、例えば、突然変異ヒト配列を有する。
【０１９１】
用語「キメラ抗原受容体」または代替的に「ＣＡＲ」は、ポリペプチドのセット、最も簡単な態様では典型的には２つを指し、これらは、免疫エフェクター細胞にある場合、標的細胞、典型的にはがん細胞に対する特異性および細胞内シグナル発生を有する細胞を提供する。一部の態様において、ＣＡＲは、少なくとも細胞外抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、ならびに下に定義される刺激分子および／または共刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む、細胞質シグナル伝達ドメイン(本明細書において「細胞内シグナル伝達ドメイン」とも称される)を含む。一部の態様において、ポリペプチドのセットは、同じポリペプチド鎖内にある(例えば、キメラ融合タンパク質を含む)。一部の態様において、ポリペプチドのセットは、相互に連続せず、例えば、異なるポリペプチド鎖内にある。一部の面において、ポリペプチドのセットは、二量体化分子が存在すると、これらのポリペプチドを互いに結合させることができる、例えば、細胞内シグナル伝達ドメインに抗原結合ドメインを結合させることができる、二量体化スイッチを含む。ある面において、ＣＡＲの刺激分子は、Ｔ細胞受容体複合体に関連するゼータ鎖である。ある面において、細胞質シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン(例えば、ＣＤ３−ゼータの一次シグナル伝達ドメイン)を含む。ある面において、細胞質シグナル伝達ドメインは、さらに、下に定義される少なくとも１つの共刺激分子由来の１つまたは複数の機能的シグナル伝達ドメインを含む。ある面において、共刺激分子は、４−１ＢＢ(すなわちＣＤ１３７)、ＣＤ２７、ＩＣＯＳおよび／またはＣＤ２８から選択される。ある面において、ＣＡＲは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメインおよび刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。ある面において、ＣＡＲは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメイン、ならびに共刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインおよび刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。ある面において、ＣＡＲは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメイン、ならびに１つまたは複数の共刺激分子由来の２つの機能的シグナル伝達ドメインおよび刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。ある面において、ＣＡＲは、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメイン、ならびに１つまたは複数の共刺激分子由来の少なくとも２つの機能的シグナル伝達ドメインおよび刺激分子由来の機能的シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインを含むキメラ融合タンパク質を含む。ある面において、ＣＡＲは、ＣＡＲ融合タンパク質のアミノ末端(Ｎ−ｔｅｒ)に、適宜のリーダー配列を含む。ある面において、ＣＡＲは、さらに、細胞外抗原認識ドメインのＮ末端にリーダー配列を含み、ここで、リーダー配列は、細胞加工および細胞膜へのＣＡＲの局在化の間に、抗原認識ドメイン(例えば、ｓｃＦｖ)から切断されてもよい。態様において、ＣＡＲは、ＣＴＬ０１９である。
【０１９２】
抗体またはこの抗体フラグメントを含むＣＡＲ組成物の部分は、抗原結合ドメインが、例えば、単一ドメイン抗体フラグメント(ｓｄＡｂ)、単鎖抗体(ｓｃＦｖ)およびヒト化抗体(Harlow et al., 1999、出典: USING ANTIBODIES:  A LABORATORY MANUAL, COLD SPRING HARBOR LABORATORY PRESS, NY; Harlow et al., 1989、出典：ANTIBODIES:  A LABORATORY MANUAL, Cold Spring Harbor, New York; Houston et al., 1988, PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 85:5879-5883; Bird et al., 1988, Science 242:423-426)を含めた連続するポリペプチド鎖の一部として発現される、多様な形態で存在し得る。ある面において、本発明のＣＡＲ組成物の抗原結合ドメインは、抗体フラグメントを含む。さらなる面において、ＣＡＲは、ｓｃＦｖを含む抗体フラグメントを含む。
【０１９３】
用語「結合ドメイン」または「抗体分子」は、本明細書に使用される場合、少なくとも１つの免疫グロブリン可変ドメイン配列を含む、タンパク質、例えば、免疫グロブリン鎖またはそのフラグメントを指す。用語「結合ドメイン」または「抗体分子」は、抗体および抗体フラグメントを包含する。ある態様において、抗体分子は、多重特異性抗体分子であり、例えば、これは、複数の免疫グロブリン可変ドメイン配列を含み、ここで、前記複数のうち第一の免疫グロブリン可変ドメイン配列は、第一のエピトープに対して結合特異性を有し、前記複数のうち第二の免疫グロブリン可変ドメイン配列は、第二のエピトープに対して結合特異性を有する。ある態様において、多重特異性抗体分子は、二重特異性抗体分子である。二重特異性抗体は、２つ以下の抗原に対して特異性を有する。二重特異性抗体分子は、第一のエピトープに対して結合特異性を有する第一の免疫グロブリン可変ドメイン配列および第二のエピトープに対して結合特異性を有する第二の免疫グロブリン可変ドメイン配列によって特徴づけられる。
【０１９４】
抗体またはこの抗体フラグメントを含む、本発明のＣＡＲの部分は、抗原結合ドメインが、例えば、単一ドメイン抗体フラグメント(ｓｄＡｂ)、単鎖抗体(ｓｃＦｖ)、ヒト化抗体または二重特異性抗体(Harlow et al., 1999、出典: Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY; Harlow et al., 1989、出典: Antibodies:  A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor, New York; Houston et al., 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883; Bird et al., 1988, Science 242:423-426)を含めた、連続するポリペプチド鎖の一部として発現される、多様な形態で存在し得る。ある面において、本発明のＣＡＲ組成物の抗原結合ドメインは、抗体フラグメントを含む。さらなる面において、ＣＡＲは、ｓｃＦｖを含む抗体フラグメントを含む。
【０１９５】
語句「ＣＤ１９の発現に関連する疾患」には、これらに限定されないが、例えば、脊髄形成異常、骨髄異形成症候群もしくは前白血病などの、がんもしくは悪性腫瘍もしくは前がん状態などの増殖性疾患を含めた、ＣＤ１９(例えば、野生型もしくは突然変異ＣＤ１９)の発現に関連する疾患またはＣＤ１９を発現するかもしくは任意の時間に発現した細胞に関連する状態；あるいはＣＤ１９を発現する細胞に関連する非がん性関連徴候が含まれる。疑いを避けるために、ＣＤ１９の発現に関連する疾患は、例えば、ＣＤ１９の発現が、例えば、ＣＤ１９を標的化する分子、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲを用いた処置により下方調節されているので、現在のところＣＤ１９を発現しないが、かつてはＣＤ１９を発現した細胞に関連する状態を含み得る。ある面において、ＣＤ１９の発現に関連するがんは、血液がんである。ある面において、血液がんは、白血病またはリンパ腫である。ある面において、ＣＤ１９の発現に関連するがんは、例えば、これらに限定されないが、例えば、急性骨髄性白血病(ＡＭＬ)、Ｂ細胞急性リンパ性白血病(「Ｂ−ＡＬＬ」)、Ｔ細胞急性リンパ性白血病(「Ｔ−ＡＬＬ」)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)を含めた、１つまたは複数の急性白血病；これらに限定されないが、例えば、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)を含めた、１つまたは複数の慢性白血病を含むが、それに限定されないがんおよび悪性腫瘍を含む。ＣＤ１９の発現に関連する追加的ながんまたは血液学的状態は、これらに限定されないが、例えば、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(ＭＣＬ)、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、骨髄増殖性新生物；組織球性障害(例えば、肥満細胞障害または芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物)；肥満細胞障害、例えば、全身性肥満細胞症または肥満細胞性白血病；Ｂ細胞前リンパ球性白血病、形質細胞性骨髄腫、ならびに骨髄性血液細胞の無効な生成(または異形成)によってまとめられる血液学的状態の多様な集まりである「前白血病」などを含む。ＣＤ１９の発現に関連するさらなる疾患は、これらに限定されないが、例えば、ＣＤ１９の発現に関連する、非定型および／または非古典的な、がん、悪性腫瘍、前がん状態または増殖性疾患を含む。ＣＤ１９の発現に関連する非がん関連徴候は、これらに限定されないが、例えば、自己免疫疾患(例えば、ループス)、炎症性障害(アレルギーおよび喘息)および移植を含む。一部の態様において、腫瘍抗原発現細胞は、腫瘍抗原をコードするｍＲＮＡを発現するかまたは任意の時間に発現したものである。ある態様において、腫瘍抗原発現細胞は、腫瘍抗原タンパク質(例えば、野生型または突然変異体)を生成し、腫瘍抗原タンパク質は、正常レベルまたは低下したレベルで存在し得る。ある態様において、腫瘍抗原発��細胞は、一時点で腫瘍抗原タンパク質の検出可能なレベルを生成し、続いて実質的に検出可能な腫瘍抗原タンパク質を生成しなかったものである。他の態様において、疾患は、ＣＤ１９陰性がん、例えば、ＣＤ１９陰性の再発がんである。一部の態様において、腫瘍抗原(例えば、ＣＤ１９)発現細胞は、腫瘍抗原をコードするｍＲＮＡを発現するかまたは任意の時間に発現したものである。ある態様において、腫瘍抗原(例えば、ＣＤ１９)発現細胞は、腫瘍抗原タンパク質(例えば、野生型または突然変異体)を生成し、腫瘍抗原タンパク質は、正常レベルまたは低下したレベルで存在し得る。ある態様において、腫瘍抗原(例えば、ＣＤ１９)発現細胞は、一時点で腫瘍抗原タンパク質の検出可能なレベルを生成し、続いて実質的に検出可能な腫瘍抗原タンパク質を生成しなかったものである。
【０１９６】
用語「共刺激分子」は、共刺激リガンドと特異的に結合することによって、これらに限定されないが、増殖などのＴ細胞による共刺激応答を媒介する、Ｔ細胞上の同起源の結合パートナーを指す。共刺激分子は、効率的な免疫応答に必要な、抗原受容体またはこれらのリガンド以外の細胞表面分子である。共刺激分子としては、これらに限定されないが、ＭＨＣクラスＩ分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ球性活性化分子(ＳＬＡＭタンパク質)、活性化ＮＫ細胞受容体、ＢＴＬＡ、Ｔｏｌｌリガンド受容体、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１(ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８)、４−１ＢＢ(ＣＤ１３７)、Ｂ７−Ｈ３、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＯＳ(ＣＤ２７８)、ＧＩＴＲ、ＢＡＦＦＲ、ＬＩＧＨＴ、ＨＶＥＭ(ＬＩＧＨＴＲ)、ＫＩＲＤＳ２、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０(ＫＬＲＦ１)、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１９、ＣＤ４、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＩＬ７Ｒα、ＩＴＧＡ４、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ−６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ−１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ−１、ＩＴＧＢ７、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＫＧ２Ｃ、ＴＮＦＲ２、ＴＲＡＮＣＥ／ＲＡＮＫＬ、ＤＮＡＭ１(ＣＤ２２６)、ＳＬＡＭＦ４(ＣＤ２４４、２Ｂ４)、ＣＤ８４、ＣＤ９６(Ｔａｃｔｉｌｅ)、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９(ＣＤ２２９)、ＣＤ１６０(ＢＹ５５)、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００(ＳＥＭＡ４Ｄ)、ＣＤ６９、ＳＬＡＭＦ６(ＮＴＢ−Ａ、Ｌｙ１０８)、ＳＬＡＭ(ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ−３)、ＢＬＡＭＥ(ＳＬＡＭＦ８)、ＳＥＬＰＬＧ(ＣＤ１６２)、ＬＴＢＲ、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ、ＳＬＰ−７６、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＣＤ１９ａおよびＣＤ８３と特異的に結合するリガンドが挙げられる。
【０１９７】
共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激分子の細胞内部分を指す。細胞内シグナル伝達ドメインは、その元となる分子またはその機能的フラグメントの細胞内部分全体またはネイティブな細胞内シグナル伝達ドメイン全体を含むことができる。
【０１９８】
「応答者または再発者状態の値」は、本明細書に使用される場合、処置(例えば、本明細書記載のＣＡＲ発現細胞療法を含むかまたはこれからなる処置)に対する対象の応答性または再発を予測する測定値(例えば、レベル)を含む。一部の態様において、測定値は、定性的または定量的である。一部の態様において、応答者または再発者の状態の値は、完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者である。一部の態様において、応答者または再発者の状態の値は、完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者である確率である。一部の態様において、応答者または再発者の状態の値は、本明細書記載の(ｉ)〜(viii)のいずれかの測定値に基づき決定することができる。
【０１９９】
応答性に関して、対象におけるがん(例えば、血液がん、例えば、がん細胞の成長、増殖および／または生存)のパラメーターが、任意の好適な測定値によって、例えば、質量、細胞数または容量によって決定されるとき、検出可能な量、例えば、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％以上だけ遅延または低減している場合、対象は、処置に応答する。一例において、対象が、処置が投与されないときに予測される平均余命から約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％以上延長した平均余命を経験する場合、対象は、処置に応答する。別の例において、対象が、増加した無病生存率、全生存率または進行までの時間の増加を有する場合、対象は、処置に応答する。
【０２００】
患者が、例えば、ＮＣＣＮ腫瘍学臨床診療ガイドライン[ＮCCN Guidelines(登録商標)]によって提供される基準を含めた処置に応答するかどうかを、いくつかの方法を使用して決定することができる。例えば、Ｂ−ＡＬＬに関連して、完全応答または完全応答者は：ＢＭ芽球＜５％、好中球／ＡＮＣ＞１０００(／μＬ)、血小板＞１００,０００(／μＬ)、循環芽球または髄外疾患なし(リンパ節症、脾腫、皮膚／歯肉浸潤／精巣腫瘤／ＣＮＳ併発なし)、三血球系造血および４週間再発なしの１つまたは複数を伴い得る。部分応答者は、ＢＭ芽球の≧５０％低減、好中球／ＡＮＣ＞１０００(／μＬ)、血小板＞１００,０００(／μＬ)の１つまたは複数を伴い得る。非応答者は、疾患進行、例えば、ＢＭ芽球＞２５％を示す場合がある。
【０２０１】
「完全応答者」は、本明細書に使用される場合、処置に対して完全応答、例えば、完全寛解を示す、疾患、例えば、がんを有する対象を指す。完全応答は、本明細書記載のように、例えば、NCCN Guidelines(登録商標)またはCheson et al, J Clin Oncol 17:1244 (1999)およびCheson et al., “Revised Response Criteria for Malignant Lymphoma”, J Clin Oncol 25:579-586 (2007)(これらの両方は、これらの全体が参照により本明細書に組み込まれている)を使用して、同定され得る。
【０２０２】
「部分応答者」は、本明細書に使用される場合、処置に対して部分応答、例えば、部分寛解を示す、疾患、例えば、がんを有する対象を指す。部分応答は、本明細書記載のように、例えば、NCCN Guidelines(登録商標)またはCheson基準を使用して同定され得る。
【０２０３】
「非応答者」は、本明細書に使用される場合、処置に対して応答を示さない、疾患、例えば、がんを有する対象を指し、例えば、患者は、安定な疾患または進行性疾患を有する。非応答者は、本明細書記載のように、例えば、NCCN Guidelines(登録商標)またはCheson基準を使用して同定され得る。
【０２０４】
「再発する」は、本明細書に使用される場合、例えば、治療、例えば、がん療法を用いた以前の処置後の、最初の応答性(例えば、完全応答または部分応答)期間の後の、疾患(例えば、がん)の再出現を指す。最初の応答性期間は、がん細胞のレベルが、ある特定の閾値未満、例えば、２０％、１５％、１０％、５％、４％、３％、２％または１％未満に低下することを伴い得る。再出現は、がん細胞のレベルが、ある特定の閾値を超えて、例えば、２０％、１５％、１０％、５％、４％、３％、２％または１％を超えて上昇することを伴い得る。例えば、Ｂ−ＡＬＬに関連して、再出現は、完全応答後の、例えば、血液、骨髄中(＞５％)または任意の髄外部位における芽球の再出現を伴い得る。完全応答は、これに関連して、ＢＭ芽球＜５％を伴い得る。より一般的に、ある態様において、応答(例えば、完全応答または部分応答)は、検出可能なＭＲＤ(微小残存病変)の不在を伴う場合がある。ある態様において、最初の応答性期間は、少なくとも１、２、３、４、５もしくは６日間；少なくとも１、２、３もしくは４週間；少なくとも１、２、３、４、６、８、１０もしくは１２カ月；または少なくとも１、２、３、４もしくは５年間継続する。
【０２０５】
一部の態様において、ＣＤ１９阻害剤、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ療法を含む治療は、再発するかまたは処置に難治性であり得る。再発または耐性は、ＣＤ１９喪失(例えば、抗原喪失突然変異)またはＣＤ１９のレベルを低減する他のＣＤ１９変化によって引き起こされる可能性がある(例えば、ＣＤ１９陰性クローンのクローン選択によって引き起こされる)。そのようなＣＤ１９の喪失または変化を有するがんは、本明細書において「ＣＤ１９陰性がん」または「ＣＤ１９陰性再発がん」と称される。ＣＤ１９陰性がんは、ＣＤ１９の１００％喪失を有する必要はなく、ＣＤ療法の有効性が低下することにより、がんが再発するかまたは難治性になるのに十分な低減を有する必要があることを理解されたい。一部の態様において、ＣＤ１９陰性がんは、ＣＤ１９  ＣＡＲ療法に起因する。一部の態様において、ＣＤ１９陰性多発性骨髄腫は、例えば、その全体が参照により組み込まれている、２０１５年４月７日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０２４６７１(例えば、その中の段落９および９０、ならびに実施例６)に記載されているような、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現療法を用いて処置することができる。一部の態様において、ＣＤ１９陰性がんは、例えば、その全体が参照により組み込まれている、２０１５年８月１９日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０４５８９８(例えば、その中の２６頁、３０頁および実施例７)に記載されているような、ＣＡＲ発現療法、例えば、ＣＤ１２３  ＣＡＲ発現療法を用いて処置することができる。
【０２０６】
用語「内因性」は、生物、細胞、組織または系の内部由来のまたはこれらの内部で生成される、任意の材料を指す。
【０２０７】
用語「有効量」または「治療有効量」は、本明細書において同義的に使用され、本明細書記載の化合物、製剤、材料または組成物の、特定の生物学的な結果を達成するのに有効な量を指す。
【０２０８】
用語「外因性」は、生物、細胞、組織または系の外部から導入されたまたはこれらの外部で生成される、任意の材料を指す。
【０２０９】
用語「発現」は、プロモーターによって駆動される特定のヌクレオチド配列の転写および／または翻訳を指す。
【０２１０】
用語「フレキシブルなポリペプチドリンカー」または「リンカー」は、ｓｃＦｖの状況で使用される場合、可変重鎖領域と可変軽鎖領域とを一緒に連結するために、単独でまたは組み合わせて使用される、グリシンおよび／またはセリン残基などのアミノ酸からなるペプチドリンカーを指す。ある態様において、フレキシブルなポリペプチドリンカーは、Ｇｌｙ／Ｓｅｒリンカーであり、アミノ酸配列(Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ)ｎ[式中、ｎは、１以上の正の整数である。例えば、ｎ＝１、ｎ＝２、ｎ＝３、ｎ＝４、ｎ＝５、ｎ＝６、ｎ＝７、ｎ＝８、ｎ＝９およびｎ＝１０である。](配列番号２８)を含む。ある態様において、フレキシブルなポリペプチドリンカーには、これらに限定されないが、(Ｇｌｙ４Ｓｅｒ)４(配列番号２９)または(Ｇｌｙ４Ｓｅｒ)３(配列番号３０)が含まれる。別の態様において、リンカーは、(Ｇｌｙ２Ｓｅｒ)、(ＧｌｙＳｅｒ)または(Ｇｌｙ３Ｓｅｒ)の複数の反復(配列番号３１)を含む。参照により本明細書に組み込まれているＷＯ２０１２／１３８４７５に説明されているリンカーも本発明の範囲内に含まれる。
【０２１１】
本明細書において同義的に使用される用語「相同性」または「同一性」は、２つのポリヌクレオチド配列間または２つのポリペプチド配列間の配列類似性を指し、同一性の方がより厳密な比較である。語句「同一率または相同率」および「同一％または相同％」は、２つ以上のポリヌクレオチド配列または２つ以上のポリペプチド配列の比較において見出される配列類似性のパーセンテージを指す。「配列類似性」は、２つ以上のポリヌクレオチド配列の間の塩基対配列の類似率(任意の好適な方法によって決定される)を指す。２つ以上の配列は、０から１００％類似までのどこかまたはそれらの間の任意の整数値であり得る。同一性または類似性は、比較目的で整列することができる各配列中の位置を比較することによって決定することができる。比較された配列中の位置が、同じヌクレオチド塩基またはアミノ酸によって占有されている場合、分子は、その位置で同一である。ポリヌクレオチド配列間の類似性または同一性の度合いは、これらのポリヌクレオチド配列によって共有される位置で同一またはマッチするヌクレオチドの数の関数である。ポリペプチド配列の同一性の度合いは、ポリペプチド配列によって共有される位置で同一なアミノ酸の数の関数である。ポリペプチド配列の相同性または類似性の度合いは、ポリペプチド配列によって共有される位置でのアミノ酸の数の関数である。「実質的な相同性」は、本明細書に使用される場合、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％以上の相同性を指す。
【０２１２】
非ヒト(例えば、マウス)抗体の「ヒト化された」形態は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小の配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらのフラグメント[例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ(ａｂ’)２または抗体の他の抗原結合部分配列]である。大抵の場合、ヒト化抗体およびそれらの抗体フラグメントは、レシピエントの相補性決定領域(ＣＤＲ)からの残基が、望ましい特異性、親和性および能力を有するマウス、ラットまたはウサギなどの非ヒト種(ドナー抗体)のＣＤＲからの残基で置き換えられている、ヒト免疫グロブリン(レシピエントの抗体または抗体フラグメント)である。いくつかの場合において、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク領域(ＦＲ)残基は、対応する非ヒト残基で置き換えられている。さらに、ヒト化抗体／抗体フラグメントは、レシピエント抗体でも移入されたＣＤＲまたはフレームワーク配列にも見出されない残基を含む可能性がある。これらの改変は、抗体または抗体フラグメントの性能をさらに洗練させて最適化する可能性がある。一般的に、ヒト化抗体またはこれらの抗体フラグメントは、ＣＤＲ領域の全部または実質的に全部が非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に相当し、ＦＲ領域の全部のまたはかなりの部分がヒト免疫グロブリン配列のＦＲ領域である、少なくとも１つの、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全部を含む。ヒト化抗体または抗体フラグメントは、また、免疫グロブリン定常領域(Ｆｃ)、典型的にはヒト免疫グロブリンのＦｃの少なくとも一部を含む可能性がある。さらなる詳細に関しては、Jones et al., NATURE, 321: 522-525, 1986; Reichmann et al., NATURE, 332: 323-329, 1988; Presta, CURR. OP. STRUCT. BIOL., 2: 593-596, 1992を参照されたい。
【０２１３】
「免疫エフェクター細胞」は、この用語が本明細書において使用される場合、免疫応答、例えば、免疫エフェクター応答の促進に関与する細胞を指す。免疫エフェクター細胞の例としては、Ｔ細胞、例えば、アルファ／ベータＴ細胞およびガンマ／デルタＴ細胞、Ｂ細胞、ナチュラルキラー(ＮＫ)細胞、ナチュラルキラーＴ(ＮＫ−Ｔ)細胞、肥満細胞、ならびに骨髄系由来の食細胞が挙げられる。
【０２１４】
「免疫エフェクター機能または免疫エフェクター応答」は、この用語が本明細書において使用される場合、例えば、免疫エフェクター細胞の、標的細胞の免疫攻撃を増強または促進する機能または応答を指す。例えば、免疫エフェクター機能または応答は、標的細胞の殺滅または成長もしくは増殖の阻害を促進するＴまたはＮＫ細胞の特性を指す。Ｔ細胞のケースにおいて、一次刺激および共刺激が、免疫エフェクター機能または応答の例である。
【０２１５】
用語「エフェクター機能」は、細胞の特殊化した機能を指す。Ｔ細胞のエフェクター機能は、例えば、細胞溶解活性またはサイトカイン分泌などのヘルパー活性であり得る。
【０２１６】
用語「４−１ＢＢ」は、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡＡ６２４７８.２として提供されるアミノ酸配列または非ヒト種、例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基を有するＴＮＦＲスーパーファミリーのメンバーを指し；「４−１ＢＢ共刺激ドメイン」は、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡＡ６２４７８.２のアミノ酸残基２１４〜２５５または非ヒト種、例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基として定義される。ある面において、「４−１ＢＢ共刺激ドメイン」は、配列番号１４として提供される配列または非ヒト種、例えば、マウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基である。
【０２１７】
「細胞内シグナル伝達ドメイン」は、この用語が本明細書において使用される場合、分子の細胞内部分を指す。細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＡＲを含有する細胞、例えばＣＡＲ発現細胞、例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞の免疫エフェクター機能を促進するシグナルを生成することができる。例えばＣＡＲ発現細胞における免疫エフェクター機能の例としては、細胞溶解活性およびヘルパー活性、例えばサイトカイン分泌が挙げられる。態様において、細胞内シグナルドメインは、エフェクター機能シグナルを伝達し、細胞に特殊化した機能を実行するよう指令する。細胞内シグナル伝達ドメイン全体が採用される場合もあるが、多くの場合において鎖全体を使用する必要はない。細胞内シグナル伝達ドメインの切断型部分が使用される範囲で、このような切断型部分がエフェクター機能シグナルを伝達するならば、それを無傷の鎖の代わりに使用することができる。したがって、細胞内シグナル伝達ドメインという用語は、エフェクター機能シグナルを伝達するのに十分な、細胞内シグナル伝達ドメインの任意の切断型部分を含むことを意味する。
【０２１８】
ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、一次細胞内シグナル伝達ドメインを含んでいてもよい。例示的な一次細胞内シグナル伝達ドメインとしては、一次刺激または抗原依存性刺激を担う分子由来のドメインが挙げられる。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激細胞内ドメインを含んでいてもよい。例示的な共刺激細胞内シグナル伝達ドメインとしては、共刺激シグナルまたは抗原非依存性刺激を担う分子由来のドメインが挙げられる。例えば、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)のケースにおいて、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞受容体の細胞質配列を含む場合があり、共刺激細胞内シグナル伝達ドメインは、補助受容体または共刺激分子からの細胞質配列を含む場合がある。
【０２１９】
一次細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容活性化チロシンモチーフまたはＩＴＡＭとして公知のシグナル伝達モチーフを含み得る。ＩＴＡＭを含有する一次細胞質内シグナル伝達配列の例としては、これらに限定されないが、ＣＤ３ゼータ、ＦｃＲガンマ、ＦｃＲベータ、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ２７８(「ＩＣＯＳ」)、ＦｃεＲＩ、ＣＤ６６ｄ、ＣＤ３２、ＤＡＰ１０およびＤＡＰ１２由来の配列が挙げられる。
【０２２０】
「インビトロで転写されたＲＮＡ」は、本明細書で使用される場合、インビトロで合成されたＲＮＡ、好ましくはｍＲＮＡを指す。一般的に、インビトロで転写されたＲＮＡは、インビトロ転写ベクターから生成される。インビトロ転写ベクターは、インビトロで転写されたＲＮＡを生成するのに使用される鋳型を含む。
【０２２１】
用語「単離された」は、天然状態から変更されたまたは天然状態から除去されたことを意味する。例えば、生きた動物中に自然に存在する核酸またはペプチドは、「単離されて」いないが、同じ核酸またはペプチドでもその天然状態において共存する材料から部分的または完全に分離されていれば、「単離されている」。単離された核酸またはタンパク質は、実質的に精製された形態で存在していてもよいしまたは例えば宿主細胞などの非天然の環境中に存在していてもよい。
【０２２２】
用語「レンチウイルス」は、レトロウイルス科の属の１つを指す。レンチウイルスは、レトロウイルスの中でも非分裂細胞に感染することができるという点で独特であり、これらは、宿主細胞のＤＮＡに相当な量の遺伝情報をデリバリーすることができることから、遺伝子デリバリーベクターの最も効率的な方法の１つである。ＨＩＶ、ＳＩＶおよびＦＩＶが、レンチウイルスの全ての例である。
【０２２３】
用語「レンチウイルスベクター」は、レンチウイルスゲノムの少なくとも一部分に由来するベクターを指し、特に、Milone et al., MOL. THER. 17(8): 1453-1464 (2009)で示されるような自己不活性化レンチウイルスベクターが挙げられる。診療施設で使用される可能性があるレンチウイルスベクターの他の例としては、これらに限定されないが、例えば、Oxford BioMedica製のLENTIVECTOR(登録商標)遺伝子デリバリー技術、Lentigen製のLENTIMAX(商標)ベクター系などが挙げられる。非臨床タイプのレンチウイルスベクターも利用可能であり、当業者公知であると予想される。
【０２２４】
用語「低免疫増強用量」は、ｍＴＯＲ阻害剤、例えば、アロステリックｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ＲＡＤ００１もしくはラパマイシンまたは触媒性ｍＴＯＲ阻害剤と共に使用される場合、例えば、Ｐ７０  Ｓ６キナーゼ活性の阻害により測定するとき、ｍＴＯＲ活性を完全ではないものの部分的に阻害するｍＴＯＲ阻害剤の用量を指す。例えば、Ｐ７０  Ｓ６キナーゼの阻害によってｍＴＯＲ活性を評価するための方法は、本明細書に論じられている。前記用量は、完全な免疫抑制を生じるには不十分であるが、免疫応答を増強するために十分である。ある態様において、ｍＴＯＲ阻害剤の低免疫増強用量は、ＰＤ−１陽性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞もしくはＮＫ細胞の数の減少および／またはＰＤ−１陰性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞もしくはＮＫ細胞の数の増加またはＰＤ−１陰性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞もしくはＮＫ細胞／ＰＤ−１陽性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞もしくはＮＫ細胞の比の増加を招く。
【０２２５】
一般的に、用語「ナイーブＴ細胞」は、抗原を未経験の細胞、例えば、メモリー細胞の前駆細胞である免疫細胞を含む免疫細胞を指す。一部の態様において、ナイーブＴ細胞は、分化している場合があるが、それらの同種抗原にまだ遭遇しておらず、したがって活性化したＴ細胞またはメモリーＴ細胞ではない。一部の態様において、ナイーブＴ細胞は、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ２７、ＣＣＲ７、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ２８およびＣＤ１２７の発現、ならびにＣＤ９５またはＣＤ４５ＲＯアイソフォームの不在によって特徴付けられ得る。ある特定の態様において、ナイーブＴ細胞は、本明細書記載の幼若Ｔ細胞の１種である。
【０２２６】
用語「低消耗」または「低消耗した表現型」は、免疫細胞消耗マーカー、例えばＰＤ１、ＴＩＭ３およびＬＡＧ３の発現が低下(例えば、欠如)した免疫エフェクター細胞を指す。一部の態様において、低消耗細胞は、本明細書記載の幼若Ｔ細胞であり得る。
【０２２７】
用語「核酸」または「ポリヌクレオチド」は、デオキシリボ核酸(ＤＮＡ)もしくはリボ核酸(ＲＮＡ)またはこれらのＤＮＡもしくはＲＮＡの組合せおよび一本鎖または二本鎖いずれかの形態のこれらのポリマーを指す。用語「核酸」には、遺伝子、ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡが含まれる。ある態様において、核酸分子は、合成(例えば、化学合成)または組換えされたものである。特に限定されない限り、この用語は、参照核酸と類似の結合特性を有し、天然に存在するヌクレオチドと類似な方法で代謝される、天然ヌクレオチドの類似体または誘導体を含有する核酸を包含する。特に他の指定がない限り、特定の核酸配列はまた、これらの保存的に改変された変異体(例えば、縮重コドンの置換)、対立遺伝子、オーソログ、ＳＮＰおよび相補配列、加えて明確に提示された配列も事実上包含する。具体的に言えば、縮重コドンの置換は、１つまたは複数の選択された(または全ての)コドンの第三の位置が混成の塩基および／またはデオキシイノシン残基で置換されている配列を生成することによって達成される可能性がある[Batzer et al., NUCLEIC ACID RES. 19:5081 (1991); Ohtsuka et al., J. BIOL. CHEM. 260:2605-2608 (1985)；およびRossolini et al., MOL. CELL. Probes 8:91-98 (1994)]。本発明に関連して、よくある核酸塩基について以下の略語を使用する。「Ａ」は、アデノシンを指し、「Ｃ」は、シトシンを指し、「Ｇ」は、グアノシンを指し、「Ｔ」は、チミジンを指し、「Ｕ」は、ウリジンを指す。
【０２２８】
「核酸」、「マーカー」または「バイオマーカー」は、本明細書記載のマーカーによってコードされるかまたはこれに対応する核酸(例えば、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ)である。例えば、そのようなマーカー核酸分子としては、示された核酸配列のいずれかの全体配列もしくは部分配列またはこのような配列の相補体もしくはハイブリダイゼーションフラグメントを含むＤＮＡ(例えば、ゲノムＤＮＡおよびｃＤＮＡ)が挙げられる。マーカー核酸分子としては、また、本明細書に示される核酸配列のいずれかの全体配列もしくは部分配列またはそのような配列の相補体を含むＲＮＡであって、全てのチミジン残基がウリジン残基で置換されているＲＮＡが挙げられる。「マーカータンパク質」は、本発明のマーカーによってコードされるかまたはそれに対応するタンパク質である。マーカータンパク質は、本明細書に示される配列のいずれかによってコードされるタンパク質の全体配列もしくは部分配列またはそのフラグメントを含む。用語「タンパク質」および「ポリペプチド」は、本明細書において同義的に使用される。
【０２２９】
遺伝子産物の「過剰発現」または「有意に高い発現レベル」は、発現レベルを判定するために採用されたアッセイの標準誤差よりも大きい、被験サンプル中の発現レベルまたはコピー数を指す。態様において、過剰発現は、対照サンプル中の遺伝子の発現レベルまたはいくつかの対照サンプル中の遺伝子産物の平均発現レベルの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、少なくとも５倍または少なくとも１０倍以上であり得る。
【０２３０】
用語「ペプチド」、「ポリペプチド」および「タンパク質」は、同義的に使用され、ペプチド結合により共有結合で連結されたアミノ酸残基から構成される化合物を指す。タンパク質またはペプチドは、少なくとも２つのアミノ酸を含有していなければならず、タンパク質またはペプチドの配列を構成し得るアミノ酸の最大数に制限はない。ポリペプチドは、互いにペプチド結合で合体した２つ以上のアミノ酸を含むあらゆるペプチドまたはタンパク質を包含する。この用語は、本明細書で使用される場合、当業界では一般的に例えばペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称される短鎖と、当業界では一般的に多くのタイプが存在するタンパク質と称されるそれより長い鎖との両方を指す。「ポリペプチド」としては、例えば、なかでも生物学的に活性なフラグメント、実質的に相同なポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドの変異体、改変されたポリペプチド、誘導体、類似体、融合タンパク質が挙げられる。ポリペプチドとしては、天然ペプチド、組換えペプチドまたはそれらの組合せが挙げられる。
【０２３１】
「ポリ(Ａ)」は、本明細書に使用される場合、ポリアデニル化によってｍＲＮＡに付着した一連のアデノシンである。一過性発現のためのコンストラクトの一部の態様において、ポリＡは、５０から５０００個の間(配列番号３４)(例えば、２０００個；配列番号３２)、例えば、６４個(配列番号３７)、例えば、１００個より多く(例えば、１５０個、配列番号３３)、例えば、４００個(配列番号３８)より多い。ポリ(Ａ)配列を化学的または酵素的に改変して、局在化、安定性または翻訳効率などのｍＲＮＡの機能性を調節してもよい。
【０２３２】
用語「プローブ」は、具体的に意図された標的分子、例えば、本発明のマーカーに選択的に結合することが可能な任意の分子を指す。プローブは、当業者によって合成することができるかまたは好適な生物学的調製物から得ることができる。標的分子を検出する目的で、本明細書記載のように標識するためにプローブを特異的に設計することができる。プローブとして利用できる分子の例としては、これらに限定されないが、ＲＮＡ、ＤＮＡ、タンパク質、抗体および有機モノマーが挙げられる。
【０２３３】
用語「プロモーター」は、ポリヌクレオチド配列の特異的転写を開始させるのに必要な、細胞の合成機構によって認識されるＤＮＡ配列または導入された合成機構を指す。
【０２３４】
用語「プロモーター／調節配列」は、プロモーター／調節配列に機能するように連結した遺伝子産物の発現に必要な核酸配列を指す。いくつかの場合において、この配列は、コアプロモーター配列であってもよく、他の例において、この配列はまた、遺伝子産物の発現に必要なエンハンサー配列および他の調節因子を含んでいてもよい。プロモーター／調節配列は、例えば、組織特異的な方式で遺伝子産物を発現するプロモーター／調節配列であってもよい。
【０２３５】
用語「予防」は、本明細書で使用される場合、疾患または病状の予防または予防的処置を意味する。
【０２３６】
範囲：本開示全体にわたり、本発明の様々な面は、範囲の形式で示される場合がある。範囲の形式での記載は、単に利便性および簡潔さのためと理解すべきであり、本発明の範囲における柔軟性のない限定として解釈すべきではない。したがって、範囲の記載は、全ての可能性のある部分範囲、加えてその範囲内の個々の数値を具体的に開示しているとみなすべきである。例えば、１から６などの範囲の記載は、例えば１から３、１から４、１から５、２から４、２から６、３から６などの部分範囲、加えてその範囲内の個々の数値、例えば、１、２、２.７、３、４、５、５.３および６を具体的に開示したとみなすべきである。別の例として、９５〜９９％の同一性などの範囲は、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有する何かを含み、９６〜９９％、９６〜９８％、９６〜９７％、９７〜９９％、９７〜９８％および９８〜９９％の同一性などの部分範囲を含む。これは、範囲の幅に関係なく適用される。
【０２３７】
用語「組換え抗体」は、例えばバクテリオファージまたは酵母発現系によって発現される抗体などの、組換えＤＮＡ技術を使用して生成される抗体を指す。この用語はまた、抗体をコードするＤＮＡ分子(このＤＮＡ分子は抗体タンパク質を発現する)または抗体を指定するアミノ酸配列の合成によって生成された抗体を意味すると解釈すべきであり、この場合、ＤＮＡまたはアミノ酸配列は、当業界で利用可能であり周知の組換えＤＮＡまたはアミノ酸配列技術を使用して得られたものである。
【０２３８】
「難治性」は、本明細書で使用される場合、処置に応答しない疾患、例えばがんを指す。態様において、難治性がんは、処置の前または開始時に、処置に対して耐性である可能性がある。他の態様において、難治性がんは、処置中に耐性になる可能性がある。難治性がんはまた、耐性がんとも称される。
【０２３９】
態様において、参照または対照のレベルまたは活性は、対象、例えば：対象(例えば、ＣＡＲ発現細胞を用いた処置の前)についてのベースラインまたは以前の値；異なる時間間隔での対象；がん患者集団；健康な対照；または健康な対象集団(例えば、対照)についての平均値または中央値の１つまたは複数から得られるサンプルにおけるレベルおよび／または活性である。
【０２４０】
「サンプル」、「組織サンプル」、「患者サンプル」、「患者細胞または組織サンプル」または「検体」は、それぞれ、対象または患者の組織または体液から得られた生物学的サンプルを指す。組織サンプルの起源は、新鮮、凍結および／または保存された器官、組織サンプル、生検または吸引物からのような固形組織；血液または任意の血液成分(例えば、血清、血漿)；尿、脳脊髄液、全血、血漿および血清などの体液であり得る。サンプルは、非細胞性画分(例えば、尿、血漿、血清または他の非細胞性体液)を含み得る。ある態様において、サンプルは、尿サンプルである。他の態様において、個体からサンプルが得られる元となる体液は、血液(例えば、全血)を含む。ある態様において、サンプルは、対象から得られる全血サンプルである。ある特定の態様において、血液をさらに加工して、血漿または血清を得ることができる。ある態様において、サンプルは、対象の血液から得られるアフェレーシスサンプルである。ある態様において、サンプルは、対象の血液から得られる製造された産物サンプル、例えば、遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物、例えば、製造されたＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物である。別の態様において、サンプルは、組織、細胞[例えば、末梢血単核細胞(ＰＢＭＣ)]を含有する。例えば、サンプルは、とりわけ、細針生検サンプル、アーカイブサンプル(例えば、公知の診断歴および／または処置歴を有するアーカイブサンプル)、組織切片(例えば、長期保存後の、例えば、凍結切片またはホルマリン固定切片)であり得る。サンプルという用語には、サンプルから精製または加工されたポリペプチドおよび核酸(例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ)を含めた、生物学的サンプルから入手および／または派生された任意の材料が含まれる。サンプルの精製および／または加工は、抽出、濃縮、抗体単離、選別、濃縮、固定、試薬の添加などの１つまたは複数を伴う場合がある。サンプルは、保存料、抗凝固剤、緩衝液、固定液、栄養分、抗生物質などのような、自然界で組織と自然に混合されない化合物を含有し得る。
【０２４１】
用語「産物」または「製造された産物」は、本明細書で使用される場合、遺伝子工学操作された細胞(例えば、免疫エフェクター細胞)、例えば、ＣＡＲ、例えば、本明細書記載のＣＡＲを発現するように複数の細胞が工学操作された細胞集団を含む、製造された組成物を指す。製造された産物は、任意の遺伝子工学操作された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)、例えば、対象の血液から得られた、遺伝子工学操作された免疫エフェクター細胞、例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞産物、例えば、製造されたＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物であり得る。ある態様において、ＣＡＲを発現するように工学操作された細胞(例えば、免疫エフェクター細胞)は、活性化した、凍結保存された、増大した細胞集団(例えば、増大した免疫エフェクター細胞集団)から得られる場合がある。
【０２４２】
用語「シグナル伝達ドメイン」は、第二のメッセンジャーを生成したりまたはこのようなメッセンジャーに応答してエフェクターとして機能化したりすることにより、規定のシグナル伝達経路を介して細胞活性を調節するために、細胞内で情報を伝えることによって作用するタンパク質の機能的な部分を指す。
【０２４３】
対象におけるバイオマーカーの量、例えば、遺伝子産物(例えば、本明細書記載の１つまたは複数のバイオマーカー)の発現は、マーカーの量が、量を判定するために採用されたアッセイの標準誤差を超える量だけまたはその量の少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍以上倍、正常なレベルよりも大きいまたは少ない場合、マーカーの正常な量よりもそれぞれ「有意に」高いまたは低い。あるいは、対象におけるマーカーの量が、マーカーの正常な量よりも少なくとも約１.５倍、２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍または少なくとも約５倍高いまたは低い場合、その量は、正常な量よりもそれぞれ「有意に」高いまたは低いとみなすことができる。
【０２４４】
用語「特異的に結合する」は、サンプル中に存在する同起源の結合パートナータンパク質を認識し、これと結合する抗体またはリガンドを指すが、これらの抗体またはリガンドは、サンプル中の他の分子を実質的に認識または結合することはない。
【０２４５】
用語「刺激」は、刺激分子(例えば、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体)とその同起源のリガンドとの結合によって誘導された一次応答を指し、それによって、これらに限定されないが、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体を介したシグナル伝達などのシグナル伝達事象が媒介される。刺激は、ＴＧＦ−βの下方調節および／または細胞骨格構造の再構築などの、ある特定の分子の変化された発現を媒介することができる。
【０２４６】
用語「刺激分子」は、Ｔ細胞のシグナル伝達経路の少なくとも一部の面に関して、刺激の形態でＴＣＲ複合体の一次活性化を調節する一次細胞質内シグナル伝達配列をもたらすＴ細胞によって発現される分子を指す。ある面において、例えば、ＴＣＲ／ＣＤ３複合体と、ペプチドを提示したＭＨＣ分子との結合によって一次シグナルが始動し、それにより、これらに限定されないが、増殖、活性化、分化などを含めたＴ細胞応答の媒介が起こる。刺激の形態で作用する一次細胞質内シグナル伝達配列(「一次シグナル伝達ドメイン」とも称される)は、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはＩＴＡＭとして知られているシグナル伝達モチーフを含有し得る。本発明に特に有用な細胞質内シグナル伝達配列を含有するＩＴＡＭの例としては、これらに限定されないが、ＣＤ３ゼータ、共通ＦｃＲガンマ(ＦＣＥＲ１Ｇ)、ＦｃガンマＲIIａ、ＦｃＲベータ(ＦｃイプシロンＲ１ｂ)、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＤＡＰ１０およびＤＡＰ１２由来のものが挙げられる。本発明の特定のＣＡＲにおいて、本発明のいずれか１つまたは複数のＣＡＲにおける細胞内シグナル伝達ドメインは、細胞内シグナル伝達配列、例えばＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達配列を含む。本発明の特定のＣＡＲにおいて、ＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達配列は、配列番号１８(突然変異ＣＤ３ゼータ)として提供される配列であるかまたは非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基である。本発明の特定のＣＡＲにおいて、ＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達配列は、配列番号２０(野生型ヒトＣＤ３ゼータ)に提供されるような配列であるかまたは非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基である。
【０２４７】
用語「対象」は、免疫反応を惹起させることができる生物(例えば、哺乳動物、ヒト)を包含することが意図される。ある態様において、対象は哺乳動物である。ある態様において、対象はヒトである。ある態様において、対象は患者である。
【０２４８】
用語「治療」は、本明細書で使用される場合、処置を意味する。治療効果は、病状の回復、抑制、寛解または根絶によって得られる。
【０２４９】
用語「トランスフェクション」または「形質転換」または「形質導入」は、宿主細胞に外因性核酸を移入または導入させるプロセスを指す。「トランスフェクション」または「形質転換」または「形質導入」された細胞は、外因性核酸をトランスフェクト、形質転換または形質導入された細胞である。細胞は、対象の初代細胞およびその後代を包含する。
【０２５０】
「一過性」は、本明細書で使用される場合、統合されていない導入遺伝子が数時間、数日または数週間の期間にわたり発現されることを指し、ここで、発現期間は、宿主細胞中でゲノムに統合されているかまたは安定なプラスミドレプリコン内に含有されている場合の遺伝子の発現期間よりも短い。
【０２５１】
用語「膜貫通ドメイン」は、原形質膜を貫通するポリペプチドを指す。ある態様において、これは、細胞外配列、例えば、スイッチドメイン、細胞外認識エレメント、例えば、抗原結合ドメイン、阻害性カウンターリガンド結合ドメインまたは共刺激ＥＣＤドメインを、細胞内配列、例えば、スイッチドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインに連結する。膜貫通ドメインは、膜貫通領域に隣接する１つまたは複数の追加的なアミノ酸、例えば、膜貫通が得られる元となるタンパク質の細胞外領域に関連する１つもしくは複数のアミノ酸(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、最大１５のアミノ酸の細胞外領域)および／または膜貫通タンパク質が得られる元となるタンパク質の細胞内領域に関連する１つもしくは複数の追加的なアミノ酸(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、最大１５のアミノ酸の細胞内領域)を含み得る。膜貫通ドメインの例は、本明細書に開示される。
【０２５２】
用語「処置する」、「処置」および「処置すること」は、１種または複数の治療(例えば、本発明のＣＡＲなどの１種または複数の治療剤)の投与の結果生じる、増殖性障害の進行、重症度および／もしくは持続時間の低減もしくは改善または増殖性障害の１種もしくは複数の症状(好ましくは、１種もしくは複数の識別可能な症状)の改善を指す。具体的な態様において、用語「処置する」、「処置」および「処置すること」は、必ずしも患者によって識別可能ではない、腫瘍成長などの増殖性障害の少なくとも１つの測定可能な物理的パラメーターの改善を指す。他の態様において、用語「処置する」、「処置」および「処置すること」は、例えば識別可能な症状の安定化によって物理的に、例えば物理的パラメーターの安定化によって生理学的にのいずれかまたはその両方によって増殖性障害の進行を阻害することを指す。他の態様において、用語「処置する」、「処置」および「処置すること」は、腫瘍サイズまたはがん細胞数の低減または安定化を指す。
【０２５３】
産物(例えば、本明細書に示されるマーカー)の「過小発現」または「有意に低い発現レベル」は、対照サンプルにおける遺伝子の発現レベルまたはいくつかの対照サンプルにおける遺伝子産物の平均発現レベルの、例えば、多くて１.５分の１、２分の１、多くて３分の１、多くて４分の１、多くて５分の１または多くて１０分の１以下の、発現を判定するために採用されたアッセイの標準誤差よりも大きい、被験サンプルにおける発現レベルを指す。
【０２５４】
用語「異種」は、異なる種の動物由来の移植片を指す。
【０２５５】
用語「若齢Ｔ細胞」または「幼若Ｔ細胞」は、本明細書で使用される場合、低分化表現型、例えば、幼若細胞、例えば、若齢Ｔ細胞を含む免疫エフェクター細胞を指す。一部の態様において、幼若Ｔ細胞は、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)であり得る。一部の態様において、若齢Ｔ細胞は、ＣＤ６２Ｌの発現およびＣＤ２５、ＣＤ４４またはＣＤ４５ＲＯアイソフォームの不在により特徴付けられ得る。一部の態様において、幼若Ｔ細胞は、メモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)であり得る。一部の態様において、幼若Ｔ細胞は、セントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)であり得る。ＴＮ、ＴＳＣＭおよびＴＣＭに関連する表現型マーカーは、例えば、参照により本明細書に組み込まれているMaus, M. et al. (2014) Annu. Rev. Immunol. 32:189-225(例えば、図３参照)に開示されている。ＴＮの例示的な表現型は、以下：ＣＤ４５ＲＡ＋、ＣＤ４５ＲＯ−、ＣＤ６２Ｌ高、ＣＣＲ７高、ＣＤ９５−、ＣＤ１２２−、ＣＤ２７高、ＣＤ２８＋、ＣＤ５７−、ＫＬＲＧ−１−または長いテロメア長の１つまたは複数(または全て)(または上述のＴＮマーカーの２、３、４、５、６、７、８、９つもしくは全ての任意の組合せ)を含む。ＴＳＣＭの例示的な表現型は、以下：ＣＤ４５ＲＡ＋、ＣＤ４５ＲＯ−、ＣＤ６２Ｌ高、ＣＣＲ７高、ＣＤ９５＋、ＣＤ１２２＋、ＣＤ２７高、ＣＤ２８高、ＣＤ５７−、ＫＬＲＧ−１−または長いテロメア長の１つまたは複数(または全て)(または上述のＴＳＣＭマーカーの２、３、４、５、６、７、８、９つもしくは全ての任意の組合せ)を含む。ＴＣＭの例示的な表現型は、以下：ＣＤ４５ＲＡ−、ＣＤ４５ＲＯ高、ＣＤ６２Ｌ高、ＣＣＲ７＋、ＣＤ９５＋、ＣＤ１２２高、ＣＤ２７＋、ＣＤ２８高、ＣＤ５７−、ＫＬＲＧ−１−／＋または長い／中間のテロメア長の１つまたは複数(または全て)(または上述のＴＣＭマーカーの２、３、４、５、６、７、８、９つもしくは全ての任意の組合せ)を含む。
【０２５６】
用語「加齢Ｔ細胞」は、本明細書で使用される場合、より消耗した表現型を含む免疫エフェクター細胞を指す。一部の態様において、加齢Ｔ細胞は、エフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)であり得る。他の態様において、加齢Ｔ細胞は、エフェクターＴ細胞(ＴＥＦＦ)であり得る。他の態様において、加齢Ｔ細胞は、消耗した表現型を有する。ＴＥＭ、ＴＥＦＦおよび消耗Ｔ細胞に関連する表現型マーカーは、例えば、参照により本明細書に組み込まれているMaus, M. et al. (2014) Annu. Rev. Immunol. 32:189-225(例えば、図３参照)に開示されている。ＴＥＭの例示的な表現型は、以下：ＣＤ４５ＲＡ−／＋、ＣＤ４５ＲＯ高、ＣＤ６２Ｌ−、ＣＣＲ７−、ＣＤ９５−、ＣＤ１２２高、ＣＤ２７−／＋、ＣＤ２８−／＋、ＣＤ５７低、ＫＬＲＧ−１＋または中間のテロメア長(または上述のＴＥＭマーカーの２、３、４、５、６、７、８、９つもしくは全ての任意の組合せ)の１つまたは複数(または全て)を含む。ＴＥＦＦの例示的な表現型は、以下：ＣＤ４５ＲＡ−／＋、ＣＤ４５ＲＯ＋、ＣＤ６２Ｌ−、ＣＣＲ７−、ＣＤ９５高、ＣＤ１２２−／＋、ＣＤ２７−、ＣＤ２８−、ＣＤ５７＋、ＫＬＲＧ−１高または短い／中間のテロメア長(または上述のＴＥＦＦマーカーの２、３、４、５、６、７、８、９つもしくは全ての任意の組合せ)の１つまたは複数(または全て)を含む。消耗Ｔ細胞表現型の例示的な表現型は、以下：ＣＤ４５ＲＡ−／＋、ＣＤ４５ＲＯ＋、ＣＤ６２Ｌ−、ＣＣＲ７−、ＣＤ９５高、ＣＤ１２２低、ＣＤ２７−、ＣＤ２８−、ＣＤ５７高、ＫＬＲＧ−１高または短いテロメア長(または上述のマーカーの２、３、４、５、６、７、８、９つもしくは全ての任意の組合せ)の１つまたは複数(または全て)を含む。
【０２５７】
用語「ゼータ」またはその代わりに「ゼータ鎖」、「ＣＤ３ゼータ」もしくは「ＴＣＲゼータ」は、ＧｅｎＢａｎ受託番号ＢＡＧ３６６６４.１として提供されるタンパク質または非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基として定義され、「ゼータ刺激ドメイン」またはその代わりに「ＣＤ３ゼータ刺激ドメイン」もしくは「ＴＣＲゼータ刺激ドメイン」は、Ｔ細胞の活性化に必要な最初のシグナルを機能的に伝達するのに十分な、ゼータ鎖の細胞質内ドメイン由来のアミノ酸残基として定義される。ある面において、ゼータの細胞質内ドメインは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＡＧ３６６６４.１の残基５２から１６４またはそれらの機能的なオーソログである非ヒト種、例えばマウス、げっ歯類、サル、類人猿など由来の等価の残基を含む。ある面において、「ゼータ刺激ドメイン」または「ＣＤ３ゼータ刺激ドメイン」は、配列番号１８として提供される配列である。ある面において、「ゼータ刺激ドメイン」または「ＣＤ３ゼータ刺激ドメイン」は、配列番号２０として提供される配列である。
【０２５８】
本発明の様々な面を下にさらに詳細に記載する。追加的な定義は、本明細書全体にわたり示される。
【０２５９】
特定の態様の詳細な説明
がん(例えば、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)および急性リンパ芽球性白血病(ＡＬＬ)などの血液がん)を有する対象における治療に対する応答を予測するバイオマーカーが、本明細書に提供される。
【０２６０】
ある面において、ＣＬＬおよびＡＬＬを有する対象におけるＣＡＲを発現する細胞、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ０１９など)に対する応答を予測するバイオマーカーが、本明細書に提供される。
【０２６１】
がんを有するかまたは有すると疑われる患者からのサンプル中の特定のバイオマーカーの検出に基づく、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)の診断および処置のモニタリングのための方法が、提供される。さらに、１つまたは複数のそのようなバイオマーカーの発現を使用して、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法に対して好都合に応答する対象(例えば、「完全応答者」または「ＣＲ」)を、ＣＡＲ発現細胞療法に応答しない対象(例えば、「非応答者」または「ＮＲ」)とおよびＣＡＲ発現細胞療法に対して部分応答を有する対象(例えば、「部分応答者」または「ＰＲ」)と識別することができる。
【０２６２】
疾患の進行を評価するためおよびＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答を予測するためのバイオマーカーの使用
ある態様において、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１および／またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子シグネチャーにおける１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０以上の遺伝子を、本開示の方法と共に使用して、疾患進行の値を獲得することができる。疾患進行の値は、例えば、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)の処置における治療の有効性を評価することに使用することができる。ある態様において、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌおよび／もしくはＫＬＲＧ１ならびに／またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子シグネチャーにおける、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０以上の遺伝子を使用して、対象を、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)に対する完全応答者、部分応答者または非応答者として分類する。ある態様において、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌおよび／もしくはＫＬＲＧ１、ならびに／またはＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子シグネチャーにおける１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０以上の遺伝子は、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)に対する対象の応答性を予測するために使用される。
【０２６３】
対象
本明細書開示の方法およびキットのいずれかについて、処置される対象または値が得られる元となる対象は、任意の処置段階でがんを有する対象またはこれを有するリスクがある対象である。例示的ながんとしては、これらに限定されないが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)、Ｔ細胞急性リンパ性白血病(Ｔ−ＡＬＬ)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(ＭＣＬ)、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症が挙げられる。ある態様において、がんは血液がんである。ある態様において、がんはＡＬＬである。別の態様において、がんはＣＬＬである。ある態様において、がんは、ＣＤ１９の発現に関連する。
【０２６４】
ある態様において、対象は、追加的な治療の前処置が施されており、例えば、部分応答者または非応答者として同定され、続いて追加的な治療で前処置された対象である。ある態様において、対象に、ｍＴＯＲ阻害剤を用いた前処置が施される。ある態様において、ｍＴＯＲ阻害剤は、本明細書記載の用量または投与計画で投与される。ある態様において、ｍＴＯＲ阻害剤の低免疫増強用量が、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を用いた処置の前に対象に与えられる。ある態様において、ｍＴＯＲ阻害剤、例えば、アロステリック阻害剤、例えば、ＲＡＤ００１または触媒性阻害剤の低免疫増強用量の投与が、本明細書記載のＣＡＲ発現細胞、例えば、Ｔ細胞の投与前に開始される。ある態様において、ＣＡＲ細胞は、ＰＤ１陰性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞のレベルまたはＰＤ１陰性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞／ＰＤ１陽性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞の比が少なくとも一過性に増加するように、ｍＴＯＲ阻害剤の十分な時間または十分な投薬を行った後に投与される。ある態様において、ＣＡＲを発現するように工学操作されるべき細胞、例えば、Ｔ細胞は、対象におけるまたは対象から回収されたＰＤ１陰性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞のレベルまたはＰＤ１陰性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞／ＰＤ１陽性免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞の比が少なくとも一過性に増加するように、ｍＴＯＲ阻害剤の低免疫増強用量の十分な時間後または十分な投薬の後に回収される。
【０２６５】
ある態様において、対象は、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤を用いた前処置を施されたものである。阻害分子、例えば、チェックポイント分子の例としては、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲ(例えば、ＴＧＦＲベータ)が挙げられる。態様において、阻害性核酸、例えば、阻害性核酸、例えば、ｄｓＲＮＡ、例えば、ｓｉＲＮＡもしくはｓｈＲＮＡ；または例えば、阻害性タンパク質または系、例えば、本明細書記載のような、例えば、クラスター化規則的間隔短鎖回文配列リピート(ＣＲＩＳＰＲ)、転写活性化剤様エフェクターヌクレアーゼ(ＴＡＬＥＮ)またはジンクフィンガーヌクレアーゼ(ＺＦＮ)を使用して、ＣＡＲ発現細胞におけるＴ細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する、分子の発現を阻害することができる。ある態様において、薬剤は、ｓｈＲＮＡ、例えば、本明細書記載のｓｈＲＮＡである。ある態様において、チェックポイント分子の阻害剤は、例えば、チェックポイント分子に結合する抗体または抗体フラグメントであり得る。例えば、薬剤は、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２に結合する抗体もしくは抗体フラグメント(例えば、本明細書記載のような)またはＣＴＬＡ４に結合する抗体もしくは抗体フラグメント[例えば、イピリムマブ(ＭＤＸ−０１０およびＭＤＸ−１０１とも称され、Ｙｅｒｖｏｙ(登録商標)；Bristol-Myers Squibｂとして販売されている；トレメリムマブ(Ｐｆｉｚｅｒから入手可能なＩｇＧ２モノクローナル抗体、以前はチシリムマブ(ｔｉｃｉｌｉｍｕｍａｂ)、ＣＰ−６７５,２０６としても公知であった)]であり得る。ある態様において、薬剤は、ＴＩＭ３、例えば、本明細書記載のものに結合する抗体または抗体フラグメントである。ある態様において、薬剤は、ＬＡＧ３、例えば、本明細書記載のものに結合する抗体または抗体フラグメントである。ある態様において、薬剤は、ＣＥＡＣＡＭ、例えば、本明細書記載のものに結合する抗体または抗体フラグメントである。
【０２６６】
ある態様において、対象は、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)と組み合わせて追加的な治療が施される。ある態様において、対象は、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせて、ｍＴＯＲ阻害剤、例えば、本明細書記載のｍＴＯＲ阻害剤が施される。ある態様において、ｍＴＯＲ阻害剤は、本明細書記載の用量および／または投与計画で投与される。ある態様において、対象は、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせて、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤が施される。ある態様において、チェックポイント阻害剤は、本明細書記載の用量および／または投与計画で投与される。ある態様において、対象は、キナーゼ阻害剤、例えば、本明細書記載のキナーゼ阻害剤が施される。ある態様において、キナーゼ阻害剤は、本明細書記載の用量および／または投与計画で投与される。
【０２６７】
ある態様において、対象は、非応答者として同定されており、対象は、ＣＡＲ発現細胞療法以外の治療、例えば、特定のがんの種類についての標準治療が施される。ある態様において、対象は、抗ＣＤ２０抗体またはその機能的フラグメント(例えば、オファツムマブ、リツキシマブ、オビヌツズマブ)、抗ＣＤ５２抗体またはその機能的フラグメント(例えば、アレムツズマブ)、アルキル化剤(例えば、ナイトロジェンマスタードアルキル化剤、例えば、ベンダムスチンＨＣｌ、クロラムブシル(ｃｈｌｏｒａｍｂｕｃｅｌ)、シクロホスファミドなど)、キナーゼ阻害剤(例えば、本明細書記載のキナーゼ阻害剤、例えば、本明細書記載のＢＴＫ阻害剤または本明細書記載のホスホイノシチド(ｐｈｏｓｐｈｏｎｏｓｉｔｉｄｅ)−３キナーゼ阻害剤)の１つまたは複数が施される。ある態様において、対象は、幹細胞移植が施される。
【０２６８】
バイオマーカーの判定
ＣＴＬ０１９バイオマーカーの分析
ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)に対する対象の応答およびがんの疾患進行(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)と対比した遺伝子産物の発現および／または活性のレベルの解析は、新規なＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子シグネチャーの同定に繋がった。例えば、本発明は、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子シグネチャーを構成する、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１からの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、１００以上の遺伝子の発現レベルを評価するための方法を提供する。
【０２６９】
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌおよび／またはＫＬＲＧ１は、部分応答者および非応答者と比較して、完全応答者によって示差的に発現される遺伝子(例えば、タンパク質バイオマーカー)を挙げている。
【０２７０】
一部の態様において、本開示の方法を使用して、ＣＡＲ発現細胞療法[例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、ＣＴＬ０１９など]を用いた処置に対する対象の応答性を決定することができ、ここで、参照、例えば、がん患者集団(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)についての中央値、健康な、がんのない対象集団についての中央値、非応答者または部分応答者集団についての中央値と比べた、対象サンプル中の本明細書開示のマーカーの量、例えば、発現および／または活性における統計的に有意な差がある場合、疾患がＣＡＲ発現細胞療法に応答する可能性がより高い。
【０２７１】
ある態様において、本開示は、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を有する対象を、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)を含む処置に応答する可能性が増加または減少しているものとして対象を同定する方法またはこのためのアッセイであって：
(１)対象からのサンプルを獲得すること；
(２)サンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１に挙げた１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５以上の)マーカーのレベルを決定すること；ならびに
(３)決定された１つまたは複数のマーカーのレベルを参照レベルを比較すること
(ここで、参照レベルと比べた、決定されたレベルにおける差、例えば統計的に有意な差は、ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答性を予測する)；ならびに
(４)対象をＣＡＲ発現細胞療法に対する完全応答者、部分応答者または非応答者として同定すること
を含む方法またはこのためのアッセイを提供する。
【０２７２】
ある態様において、サンプルは、血液、血漿または血清サンプルである。ある態様において、サンプルは、アフェレーシスサンプル、例えば、対象の血液から得られたＴ細胞である。ある態様において、サンプルは、製造された産物サンプル、例えば、対象の血液から得られた遺伝子工学操作されたＴ細胞、例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞産物、例えば、製造されたＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞産物である。
【０２７３】
ある態様において、本開示は、これらに限定されないが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)、Ｔ細胞急性リンパ性白血病(Ｔ−ＡＬＬ)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(ＭＣＬ)、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症を含めた、がんを有する対象を同定する方法またはこのためのアッセイを提供する。ある態様において、がんは血液がんである。ある態様において、がんはＡＬＬである。別の態様において、がんはＣＬＬである。ある態様において、がんは、ＣＤ１９の発現に関連する。
【０２７４】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞療法は、本明細書記載のＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９を含む。
【０２７５】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞療法は、本明細書記載のＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９からなる。
【０２７６】
ある態様において、本開示は、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を有する対象を、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)を含む処置に応答する可能性が増加しているまたは減少しているものとして同定する方法またはこのためのアッセイであって：
(１)対象からのサンプルを獲得すること；
(２)サンプルの遺伝子シグネチャーを決定すること；および
(３)決定された遺伝子シグネチャーを参照遺伝子シグネチャーと比較すること
を含む方法またはこのためのアッセイを提供し；
ここで、決定された遺伝子シグネチャー中のマーカーの１つまたは複数の発現レベルにおける、例えば、予め決定された値と比較した、差、例えば、統計的に有意な差は、ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答性を予測する。
【０２７７】
ある態様において、本開示は、ＣＡＲを発現している細胞[例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲを発現している細胞、例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)、例えば、ＣＴＬ０１９など]を含む処置に対するがん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を有する対象の応答性を決定する方法またはこのためのアッセイであって：
処置の前に得られたサンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１に挙げた１つまたは複数のマーカーのレベルを決定すること
を含む方法またはこのためのアッセイを提供し；
ここで、予め決定された値と比較した、サンプル中の１つまたは複数のマーカーの発現レベルにおける統計的に有意な差は、ＣＡＲ発現細胞に対する応答性の増加を指し示す。
【０２７８】
本明細書に提供される方法は、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)に応答する可能性がある対象を、そのような処置の開始前(例えば前治療)または治療レジメンの初期に同定するために特に有用である。一部の態様において、バイオマーカーの発現または活性は、治療開始の少なくとも２週間前、少なくとも１カ月前、少なくとも３カ月前、少なくとも６カ月前または少なくとも１年前に対象において測定される。一部の態様において、バイオマーカーの発現または活性は、治療開始の６カ月未満前に測定される。したがって、一部の態様において、バイオマーカーの発現または活性は、治療開始の６カ月、５カ月、４カ月、３カ月、２カ月、１カ月、２週間、１週間、６日、５日、４日、３日、２日または１日前以内に測定される。他の態様において、バイオマーカーの発現または活性は、治療開始後(例えば、１カ月、２カ月、３カ月、３.５カ月、４カ月、４.５カ月、５カ月、５.５カ月、６カ月)に決定される。
【０２７９】
ある態様において、本発明は、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を有する対象を評価する方法であって：
以下：
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、メモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えばメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えば、セントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えば、エフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーおよびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０以上の)
の１つまたは複数の測定値を含む、対象についての応答者の状態の値を獲得することによって対象を評価すること
を含む方法を提供する。
【０２８０】
ある態様において、本開示は、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を有する対象を評価する方法であって、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１およびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０以上の)測定値を含む、対象についての応答者の状態の値を獲得することによって対象を評価することを含む方法を提供する。
【０２８１】
ある態様において、本開示は、がんを有する対象におけるＣＡＲ発現細胞療法の有効性を評価またはモニタリングする方法であって：
以下：
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、メモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えば、メモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えば、セントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えば、エフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーおよびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の測定値を含む、対象についての応答者の状態の値を獲得することによって、対象におけるＣＡＲ療法の有効性を評価またはモニタリングすること
を含む方法を提供する。
【０２８２】
ある態様において、本開示は、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を有する対象におけるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)の有効性を評価またはモニタリングする方法であって、以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１およびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０以上の)測定値を含む、対象についての応答者の状態の値を獲得することによって、対象におけるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法の有効性を評価またはモニタリングすることを含む方法を提供する。
【０２８３】
ある態様において、応答者の状態の値は、遺伝子シグネチャーおよびバイオマーカーの組合せの測定値を含む。
【０２８４】
ある態様において、応答者の状態の値は、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーならびに表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャーおよびメモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えばメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えば、セントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えば、エフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の組合せの測定値を含む。
【０２８５】
ある態様において、応答者の状態の値は、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーならびに表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の組合せの測定値を含む。
【０２８６】
ある態様において、応答者の状態の値は、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂに挙げた１つまたは複数のバイオマーカーならびにＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、メモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えば、メモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えばセントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えば、エフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーおよびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の組合せの測定値を含む。
【０２８７】
ある態様において、応答者の状態の値は、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂに挙げた１つまたは複数のバイオマーカー、ならびにＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の組合せの測定値を含む。
【０２８８】
ある態様において、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子シグネチャーは、ＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子シグネチャーを構成する少なくとも５、６、７、８、９つまたは１０の遺伝子の発現についての値を含む。
【０２８９】
ある態様において、遺伝子発現についての値は、転写パラメーターについての値、例えば、遺伝子によってコードされるｍＲＮＡレベルを含む。
【０２９０】
ある態様において、タンパク質の発現についての値は、転写パラメーターについての値、例えば、タンパク質のレベルを含む。
【０２９１】
ある態様において、提供される方法は、さらに、対象からサンプルを得ることを含み、ここで、サンプルは、細胞画分または組織画分を含む。ある態様において、細胞画分は、血液を含む。
【０２９２】
ある態様において、バイオマーカーおよび／または遺伝子シグネチャーの測定値は、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)の経過前、経過と同時または経過途中に獲得される。
【０２９３】
ある態様において、バイオマーカーおよび／または遺伝子シグネチャーの測定値は、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)の開始の６カ月、５カ月、４カ月、３カ月、２カ月、１カ月、２週間、１週間、６日、５日、４日、３日、２日未満前に獲得される。
【０２９４】
本明細書記載の方法は、また、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の処置(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞の処置、例えば、ＣＴＬ０１９など)に対する対象の陽性応答をモニタリングするために使用することができる。そのような方法は、治療耐性の早期検出にまたは対象において疾患が進行するかどうかを予測するために、有用である。そのような態様において、バイオマーカーの発現または活性は、例えば、少なくとも毎週、少なくとも２週間毎、少なくとも毎月、少なくとも２カ月毎、少なくとも３カ月毎、少なくとも４カ月毎、少なくとも５カ月毎、少なくとも６カ月毎、少なくとも７カ月毎、少なくとも８カ月毎、少なくとも９カ月毎、少なくとも１０カ月毎、少なくとも１１カ月毎、少なくとも毎年、少なくとも１８カ月毎、少なくとも２年毎、少なくとも３年毎、少なくとも５年毎に以上で決定される。バイオマーカーの発現または活性が、不規則な間隔であることも考えられており、例えば、バイオマーカーは、処置の３カ月目、処置の６カ月目および処置の７カ月目に対象から検出することができる。したがって、一部の態様において、対象の処置をモニタリングしている熟練の医師によって必要とみなされる場合、バイオマーカーの発現または活性が決定される。
【０２９５】
本明細書記載の方法は、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を有する任意の対象を処置することに使用することができる。ある面において、本発明は、対象におけるがん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を処置する方法に関する。
【０２９６】
ある態様において、本開示は、これらに限定されないが、Ｂ細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)、Ｔ細胞急性リンパ性白血病(Ｔ−ＡＬＬ)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(ＭＣＬ)、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症を含めたがんを処置するための方法を提供する。ある態様において、本発明は、ＡＬＬを処置するための方法を提供する。別の態様において、本発明は、ＣＬＬを処置するための方法を提供する。ある態様において、本発明は、ＣＤ１９の発現に関連するがんを処置するための方法を提供する。
【０２９７】
ある態様において、対象が、参照レベルと比べて、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の発現レベルに差、例えば、統計的に有意な差を有するものとして同定される場合、提供される方法は、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)が対象において処置されるように、対象にＣＡＲを発現している細胞、例えば、ＣＡＲ  Ｔ細胞、例えば、ＣＤ１９  ＣＡＲ  Ｔ細胞、例えば、ＣＴＬ０１９産物を投与することを含む。
【０２９８】
上述のように、開示された方法によって処置可能ながんの例は、ＣＤ１９の発現に関連するがんである。ある面において、ＣＤ１９の発現に関連するがんは、血液がんである。ある面において、血液がんは、白血病またはリンパ腫である。ある面において、ＣＤ１９の発現に関連するがんとしては、例えば、これらに限定されないが、例えば、Ｂ細胞急性リンパ性白血病(「Ｂ−ＡＬＬ」)、Ｔ細胞急性リンパ性白血病(「Ｔ−ＡＬＬ」)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)を含めた１つまたは複数の急性白血病；これらに限定されないが、例えば、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ球性白血病(ＣＬＬ)を含めた１つまたは複数の慢性白血病をこれらに限定されないが含めたがんおよび悪性腫瘍が挙げられる。ＣＤ１９の発現に関連する追加的ながんまたは血液学的状態は、これらに限定されないが、例えば、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型または大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性リンパ増殖性状態、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(ＭＣＬ)、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、ならびに骨髄性血液細胞の無効な生成(または異形成)によってまとめられる血液学的状態の多様な集まりである「前白血病」などが含まれる。さらに、ＣＤ１９の発現に関連する疾患には、これらに限定されないが、例えば、ＣＤ１９の発現に関連する、非定型および／または非古典的な、がん、悪性腫瘍、前がん状態または増殖性疾患が含まれる。
【０２９９】
ある態様において、本開示は、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)を有する対象を処置するための方法であって：
参照レベルに比べて、対象からのサンプル中の表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０におけるマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１の１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０以上の)レベルを比較することによって、対象が、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)に応答する可能性が増加しているかどうかを決定すること(ここで、参照レベルと比べた、１つまたは複数のマーカー遺伝子の発現レベルにおける統計的に有意な差は、応答の可能性が増加していることを指し示す)；ならびに
対象にＣＡＲ発現細胞療法の治療有効用量を投与すること
を含む方法を提供する。
【０３００】
ある態様において、本開示は、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)を有する対象を処置するための方法であって：
対象からのサンプルを得ること；
サンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１における１つまたは複数のレベルを決定すること；
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１における１つまたは複数のマーカーの決定されたレベルを参照レベルと比較すること；ならびに
対象が、参照レベルと比べた、サンプル中の、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１における１つまたは複数のマーカーの決定されたレベルに統計的に有意な差を有するものとして同定される場合、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)の治療有効用量を投与すること
を含む方法を提供する。
【０３０１】
ある態様において、本開示は、対象におけるがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)を処置する方法であって：
以下：
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、メモリーＴ細胞[例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えば、メモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えば、セントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えば、エフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)]遺伝子セットシグネチャーおよびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の測定値を含む、対象についての応答者の状態の値を獲得すること、
応答者の状態の決定に応じて：
対象を完全応答者、部分応答者または非応答者として同定すること；
ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の投薬を選択または変更すること；
ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過を選択または変更すること；
例えば、非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせた追加的な薬剤、例えば、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤を投与すること；
非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法を用いた処置の前に、対象におけるナイーブＴ細胞の数を増加させる治療を投与すること；
ＣＡＲ発現細胞療法の製造プロセスを改変すること、例えば、非応答者もしくは部分応答者として同定された対象について、ＣＡＲをコードする核酸を導入する前に、例えば、ナイーブＴ細胞を濃縮すること；または例えば、非応答者もしくは部分応答者について、代替療法を選択すること；あるいは
代替療法、例えば、本明細書記載の代替療法、例えば、がんについての標準治療を選択することによって対象におけるがんを処置すること
の１、２、３、４つ以上を実施すること
を含む方法を提供する。
【０３０２】
ある態様において、本開示は、対象におけるがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)を処置する方法であって：以下：表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０に挙げたバイオマーカー、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ＫＬＲＧ１およびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの１つまたは複数の測定値を含む、対象についての応答者の状態の値を獲得すること、ならびに応答者の状態の決定に応じて：対象を完全応答者、部分応答者または非応答者として同定すること；ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)を投与すること；ＣＡＲ発現細胞療法の投薬を選択または変更すること；ＣＡＲ発現細胞療法のスケジュールまたは時間経過を選択または変更すること；例えば、非応答者または部分応答者に、ＣＡＲ発現細胞療法と組み合わせた追加的な薬剤、例えば、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書記載のチェックポイント阻害剤を投与すること；ＣＡＲ発現細胞療法を用いた処置の前に、非応答者または部分応答者に、対象におけるナイーブＴ細胞数を増加させる治療を投与すること；ＣＡＲ発現細胞療法の製造プロセスを改変すること、例えば、非応答者または部分応答者として同定された対象について、例えば、ＣＡＲをコードする核酸をＴ細胞に導入する前にナイーブＴ細胞を濃縮すること；例えば、非応答者または部分応答者について、代替療法、例えば、がんについての標準治療を選択すること；あるいは代替的なＣＡＲ発現細胞療法を選択すること；それによって対象におけるがんを処置すること
の１、２、３、４つ以上を実施すること
を含む方法を提供する。
【０３０３】
一部の態様において、対象からのサンプル中から決定されたバイオマーカーの量は、絶対測定値(例えば、ｎｇ／ｍＬ)として定量される。絶対測定値は、参照値またはカットオフ値と容易に比較することができる。例えば、疾患進行状態を表すカットオフ値を決定することができ、カットオフ値を上回る(すなわち、がん、例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がんの進行と共に発現を増加させるバイオマーカーについて)かまたは下回る(すなわち、がん、例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がんの進行と共に発現が減少するバイオマーカーについて)かのいずれかの任意の絶対値は、疾患進行の可能性がある。
【０３０４】
あるいは、バイオマーカーの相対量が決定される。ある態様において、相対量は、がんを有する対象における１つまたは複数のバイオマーカーの発現および／または活性を、参照パラメーターにおけるバイオマーカーの発現と比較することによって決定される。一部の態様において、参照パラメーターは、対象についてのベースラインまたは以前の値、異なる時間間隔での対象、がんの対象(例えば、患者)集団、健康な対照または健康な対象集団についての平均または中央値の１つまたは複数から得られる。
【０３０５】
本開示は、また、診断アッセイ、薬理ゲノミクスおよび臨床試験のモニタリングが予測目的で使用され、それにより、個体を予防的に処置する予測医学の分野に関する。それゆえに、本開示の一面は、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を有するかまたはがん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を発生するリスクがある個体が、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)に応答する可能性がより高いかどうかを決定するために、本明細書記載の１つまたは複数のマーカーに対応するポリペプチドまたは核酸の量、構造および／または活性を決定するためのアッセイに関する。
【０３０６】
それゆえに、ある面において、本開示は、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬなどの血液がん)を有する対象が、ＣＡＲを発現している細胞、例えば、ＣＴＬ０１９などの本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞に応答する可能性があるかどうかを決定するための方法を提供する。別の面において、本開示は、疾患の時間経過を予測するための方法を対象とする。なお別の面において、方法は、疾患(例えば、再発生または寛解)の時間経過における重大な事象の確率を予測するための方法を対象とする。ある特定の態様において、方法は、本明細書記載の処置に対する応答性に関連するバイオマーカーの組合せを検出することおよび対象が処置に応答する可能性があるかどうかを決定することを含む。
【０３０７】
ある面において、本開示は、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)を有する対象における、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)の成功率についての予後診断を提供するための方法であって：
対象からの生物学的サンプルを提供する工程；
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１に挙げた、１つまたは複数の(例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０以上の)遺伝子の発現レベルを決定して、サンプルについての遺伝子発現パターンを得る工程；ならびに
得られた遺伝子発現パターンに基づき、対象に予後診断を提供する工程
を含む方法を提供する。
【０３０８】
ある態様において、遺伝子のセットの発現レベルを決定する工程は、さらに、前記遺伝子から発現されたｍＲＮＡの発現を検出することを含む。ある態様において、提供される方法は、さらに、ｍＲＮＡの発現を決定することが、前記ｍＲＮＡに相補性の核酸プローブに前記ｍＲＮＡを曝露することを含む工程を含む。
【０３０９】
ある態様において、遺伝子のセットの発現レベルを決定する工程は、さらに、前記遺伝子によってコードされるポリペプチドの発現を検出することを含む。
【０３１０】
ある態様において、提供される方法は、提供される予後診断に基づき、対象についてＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、本明細書記載のＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞療法、例えば、ＣＴＬ０１９など)を選択することを含む。
【０３１１】
一部の態様において、前記方法は、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２Ｌ、ならびにＫＬＲＧ１およびＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子シグネチャーにおける１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５以上の遺伝子の発現および／または活性における変化を検出するために、生物学的サンプル、例えば、対象、例えば、がん(例えばＣＬＬまたはＡＬＬなどの血液がん、例えば、ＣＬＬまたはＡＬＬの症状を示す)を有すると診断されたかまたはこれを有すると疑われる患者からのサンプルを評価することを伴う。
【０３１２】
スクリーニング方法の結果およびその解釈は、患者の疾患進行(例えば、がん、例えば、ＡＬＬまたはＣＬＬなどの血液がんの進行)を予測する。本発明により、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１ならびにＣＤ１９  ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子シグネチャーの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５以上の遺伝子の発現または活性における変化は、がん患者集団についての平均もしくは中央値または健康な、がんのない対象集団についての平均もしくは中央値と比べた、がんの進行(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬなどの血液がん)を指し示す。
【０３１３】
さらに別の実施面において、１つまたは複数の変化、例えば、バイオマーカーの発現における変化は、予め決定された間隔で、例えば、第一の時点および少なくとも後続する時点で判定される。ある態様において、時間経過は、対象の疾患の経過中の重大な事象の間の時間を決定することによって測定され、ここで、測定は、対象が長い時間経過を有するか否かを予測する。別の態様において、重大な事象は、診断から死亡までの進行である。別の態様において、重大な事象は、診断から疾患悪化までの進行である。
【０３１４】
遺伝子発現の検出方法
バイオマーカーの発現レベルもアッセイすることができる。本明細書に記載されているマーカーの発現は、転写された分子またはタンパク質の発現を検出するための様々な公知の方法のいずれかによって評価することができる。かかる方法の非限定例は、分泌された細胞−表面、細胞質もしくは核のタンパク質の検出のための免疫学的な方法、タンパク質の精製方法、タンパク質の機能もしくは活性アッセイ、核酸ハイブリダイゼーション方法、核酸逆転写方法および核酸増幅方法を含む。
【０３１５】
一定の態様において、特定の遺伝子の活性は、遺伝子転写物(例えば、ｍＲＮＡ)の測定により、翻訳されたタンパク質の量の測定によりまたは遺伝子産物の活性の測定により特徴付けられる。マーカーの発現は、いずれも標準的な技術を使用して測定することができるｍＲＮＡのレベル、タンパク質のレベルまたはタンパク質の活性を検出することを含む様々なやり方でモニターすることができる。検出は、遺伝子発現(例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、タンパク質または酵素活性)のレベルの定量化を含むことをできるか、あるいは、遺伝子発現のレベルの、特に対照のレベルと比較した定性的な評価であることができる。検出されるレベルの種類は背景状況から明らかである。
【０３１６】
核酸ハイブリダイゼーション技術を使用して遺伝子転写物(それから作製されたｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ)を検出および／または定量する方法は当業者に公知である(例えば、Sambrook et al. supra参照)。例えば、ｃＤＮＡの存在、不在または量を評価するための１つの方法は上記のようなサザン法を含む。簡潔にいうと、ｍＲＮＡを単離し(例えば、酸グアニジニウム−フェノール−クロロホルム抽出方法を使用する、Sambrook et al. supra.)、逆転写してｃＤＮＡを作製する。その後、ｃＤＮＡを消化し、バッファーでゲル上に流し、膜に移してもよい。次に、標的ｃＤＮＡに特異的な核酸プローブを使用してハイブリダイゼーションを実施する。
【０３１７】
かかる診断および予後アッセイの一般的な原理は、マーカーおよびプローブを含有することができるサンプルまたは反応混合物を、適当な条件下、マーカーおよびプローブが相互作用し結合して複合体を形成することが可能なように充分な時間調製することを含み、この複合体は取り出すことができおよび／または反応混合物中で検出することができる。これらのアッセイは様々なやり方で行うことができる。
【０３１８】
例えば、かかるアッセイを実施する１つの方法は、基材ともいわれる固相支持体にマーカーまたはプローブを固定し、反応の終了時に固相に固定されている標的マーカー／プローブ複合体を検出することを含むであろう。かかる方法のある態様において、マーカーの存在および／または濃度をアッセイしようとする対象からのサンプルを担体または固相支持体に固定することができる。別の態様においては逆の状況が可能であり、プローブを固相に固定することができ、対象からのサンプルをアッセイの固定されてない成分として反応させることができる。
【０３１９】
上述の手法を用いてアッセイを実施するためには、第２の成分が固定されている固相に、固定化されてない成分を加える。反応が完了したのち、複合体を形成していない成分は、形成されたすべての複合体が固相に固定化されたままでいるような条件下で除去することができる(例えば、洗浄することにより)。固相に固定されたマーカー／プローブ複合体の検出は本明細書に概略を示したいくつかの方法で達成することができる。
【０３２０】
別の態様において、プローブは、固定されてないアッセイ成分である場合、アッセイの検出および読み出しの目的で、本明細書に述べられ当業者には周知である検出可能な標識により直接または間接的に標識することができる。
【０３２１】
また、いずれの構成成分(マーカーまたはプローブ)もさらに操作または標識することなく、例えば蛍光エネルギー移動の技術(例えば、Lakowiczら、米国特許第５,６３１,１６９号；Stavrianopoulosら、米国特許第４,８６８,１０３号参照)を利用することにより、マーカー／プローブ複合体の形成を直接検出することも可能である。第１の「ドナー」分子上の蛍光体標識は、適当な波長の入射光による励起の際に、その放出された蛍光エネルギーが第２の「アクセプター」分子上の蛍光標識により吸収され、これが次に吸収されたエネルギーによって蛍光を発することができるように選択される。あるいは、「ドナー」タンパク質分子は単にトリプトファン残基の自然の蛍光エネルギーを利用することができる。標識は、「アクセプター」分子の標識が「ドナー」の標識と区別され得るように異なる波長の光を放出するものが選ばれる。標識間のエネルギー移動の効率は分子を分離している間隔に関連しているので、分子間の空間関係を評価することができる。分子間で結合が起こる状況で、アッセイにおける「アクセプター」分子の標識の蛍光放出は最大になるはずである。ＦＥＴ結合事象は好都合なことに当技術分野で周知の標準的な蛍光検出手段(例えば、蛍光光度計を使用する)によって測定することができる。
【０３２２】
もう１つ別の態様において、マーカーを認識するプローブの能力の決定は、リアルタイムの生体分子間相互作用解析(ＢＩＡ)のような技術(例えば、Sjolander, S. and Urbaniczky, C., 1991, ANAL. CHEM. 63:2338-2345およびSzabo et al., 1995, CURR. OPIN. STRUCT. BIOL. 5:699-705参照)を利用することによって、アッセイ構成成分(プローブまたはマーカー)を標識するなく達成することができる。本明細書で使用されるとき、「ＢＩＡ」または「表面プラズモン共鳴」は、生体特異的な相互作用を、相互作用体のいずれも標識することなくリアルタイムで研究する技術である(例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ)。結合表面における質量の変化(結合事象を示す)の結果、表面付近の光の屈折率が変更され(表面プラズモン共鳴(ＳＰＲ)の光学現象)、その結果として検出可能なシグナルが生じ、これは生体分子間のリアルタイムの反応の指標として使用することができる。
【０３２３】
あるいは、もう１つ別の態様において、マーカーおよびプローブを液相中の溶質として用いて類似の診断および予後のアッセイを実施することができる。かかるアッセイにおいて、複合体を形成したマーカーとプローブは、限定されることはないが分画遠心分離、クロマトグラフィー、電気泳動および免疫沈降を含む多くの標準的な技術のいずれかによって、複合体を形成していない成分から分離される。分画遠心分離において、マーカー／プローブ複合体は、複合体の異なる大きさおよび密度に基づくそれらの異なる沈降平衡のために一連の遠心分離ステップによって複合体を形成していないアッセイ成分から分離することができる(例えば、Rivas, G., and Minton, A.P., 1993, Trends Biochem Sci. 18(8):284-7参照)。標準的なクロマトグラフ技術も、複合体を形成した分子を、複合体を形成していない分子から分離するために利用することができる。例えば、ゲル濾過クロマトグラフィーは分子を大きさに基づいて、そしてカラムフォーマットに適当なゲル濾過樹脂を利用することで分離し、例えば、比較的大きめの複合体を比較的小さめの複合体を形成していない成分から分離することができる。同様に、複合体を形成していない成分と比較して相対的に異なるマーカー／プローブ複合体の電荷特性を利用して、例えばイオン交換クロマトグラフィー樹脂の利用により、複合体を形成していない成分から複合体を区別することができる。かかる樹脂およびクロマトグラフ技術は当業者に周知である(例えば、Heegaard, N.H., 1998, J. MOL. RECOGNIT. Winter 11(1-6):141-8; Hage, D.S., and Tweed, S.A.  J CHROMATOGR B BIOMED SCI APPL 1997 Oct 10;699(1-2):499-525参照)。ゲル電気泳動も、複合体を形成したアッセイ成分を未結合の成分から分離するのに使用することができる(例えば、Ausubel et al., ed., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, New York, 1987-1999参照)。この技術において、タンパク質または核酸複合体は、例えば大きさまたは電荷に基づいて分離される。電気泳動プロセス中結合相互作用を維持するために、非変性性のゲルマトリックス材料および還元剤の不在下の条件が典型的である。特定のアッセイおよびその構成成分に適当な条件は当業者に周知である。
【０３２４】
特定の態様において、マーカーに対応するｍＲＮＡのレベルは、当技術分野で公知の方法を使用して生物学的なサンプル中でインサイチュおよびインビトロの両方のフォーマットにより決定することができる。用語「生物学的なサンプル」とは、対象から単離された組織、細胞、生物学的流体およびその単離物、ならびに対象内に存在する組織、細胞および流体を含むことが意図されている。多くの発現検出方法が単離されたＲＮＡを使用する。インビトロ方法の場合、ｍＲＮＡの単離に対して選択しないあらゆるＲＮＡ単離技術が細胞からのＲＮＡの精製のために利用され得る(例えば、Ausubel et al., ed., CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY, John Wiley & Sons, New York 1987-1999参照)。加えて、多数の組織サンプルが、例えばChomczynskiの単一ステップのＲＮＡ単離プロセス(１９８９年、米国特許第４,８４３,１５５号)のような当業者に周知の技術を使用して容易に加工処理することができる。
【０３２５】
単離された核酸は、限定されることはないがサザンまたはノーザン分析、ポリメラーゼ連鎖反応分析およびプローブアレイを含むハイブリダイゼーションまたは増幅アッセイに使用することができる。ｍＲＮＡレベルの検出のための１つの診断方法は、検出しようとする遺伝子によりコードされているｍＲＮＡとハイブリダイズすることができる核酸分子(プローブ)に単離されたｍＲＮＡを接触させることを含む。核酸プローブは、例えば、全長のｃＤＮＡまたは長さが少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０または５００個のヌクレオチドのオリゴヌクレオチドのようなその一部分であることができ、本発明のマーカーをコードするｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡにストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするのに充分であることができる。診断アッセイに使用するのに適した他のプローブは本明細書に記載されている。ｍＲＮＡとプローブとのハイブリダイゼーションは、問題のマーカーが発現されていることを示す。
【０３２６】
１つのフォーマットにおいて、例えば単離されたｍＲＮＡをアガロースゲル上に流し、そのｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースのような膜に移すことによって、ｍＲＮＡを固体表面に固定化し、プローブと接触させる。代わりのフォーマットにおいては、例えばAffymetrix遺伝子チップアレイにおいて、プローブを固体表面に固定化し、ｍＲＮＡをそのプローブに接触させる。当業者は、公知のｍＲＮＡ検出方法を、本明細書に記載されているマーカーによりコードされているｍＲＮＡのレベルを検出する際に使用するように容易に適合させることができる。
【０３２７】
プローブはタンパク質をコードする核酸配列の全長または全長未満であることができる。より短いプローブの特異性が実験的に試験される。代表的な核酸プローブは長さが２０塩基以上である(核酸ハイブリダイゼーションに使用される核酸プローブ配列を選択する方法については、例えばSambrookらを参照されたい)。ハイブリダイズした部分の可視化によって、ｃＤＮＡの存在または不在の定性的な決定が可能になる。
【０３２８】
サンプル中の本発明のマーカーに対応する転写物のレベルを決定する別の方法は、例えば、ｒｔＰＣＲ(実験的具現化はMullis、１９８７年、米国特許第４,６８３,２０２号に記載されている)、リガーゼ連鎖反応(Barany, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:189-193)、自家持続配列複製(Guatelli et al., 1990, PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 87:1874-1878)、転写増幅システム(Kwoh et al., 1989, PROC. NATL. ACAD. SCI. USA 86:1173-1177)、Q-Beta Replicase(Lizardi et al., 1988, BIO/TECHNOLOGY 6:1197)、ローリングサークル複製(Lizardiら、米国特許第５,８５４,０３３号)または他の任意の核酸増幅方法による核酸増幅のプロセスおよびその後の当業者に周知の技術を使用する増幅された分子の検出を含む。蛍光性ｒｔＰＣＲも本発明の方法に使用することができる。蛍光性ｒｔＰＣＲにおいて、定量化は蛍光シグナルの量に基づいており、例えばＴａｑＭａｎおよびサイバーグリーンである。これらの検出計画は、核酸分子が非常に小数でしか存在しない場合、かかる分子の検出に殊に有用である。本明細書で使用されるとき、増幅プライマーは、遺伝子の５’または３’領域(それぞれプラスおよびマイナス鎖またはその逆)にアニールすることができ、間に短い領域を含有することができる一対の核酸分子であると定義される。一般に、増幅プライマーは長さが約１０〜３０ヌクレオチドであり、長さ約５０〜２００ヌクレオチドの領域にフランクしている。適当な条件下、適当な試薬により、かかるプライマーは、プライマーによりフランクされているヌクレオチド配列を含む核酸分子の増幅を可能にする。
【０３２９】
インサイチュの方法では、検出に先立ってｍＲＮＡを細胞から単離する必要がない。かかる方法において、細胞または組織サンプルは公知の組織学的方法を使用して調製／加工処理する。次に、サンプルを支持体、通例ガラススライドに固定化した後、マーカーをコードするｍＲＮＡにハイブリダイズすることができるプローブと接触させる。
【０３３０】
マーカーの絶対的な発現レベルに基づいて決定をする別の可能性として、決定はマーカーの正規化された発現レベルに基づくことができる。発現レベルは、その発現を、マーカーではない遺伝子、例えば構成的に発現するハウスキーピング遺伝子の発現と比較することによりマーカーの絶対的な発現レベルを補正することによって正規化される。正規化のための適切な遺伝子はアクチン遺伝子または上皮細胞−特異的遺伝子のようなハウスキーピング遺伝子を含む。この正規化により、１つのサンプル、例えば対象サンプルの発現レベルを別のサンプル、例えば健常な対象とまたは異なる起源のサンプル間で比較することが可能になる。
【０３３１】
あるいは、発現レベルは相対発現レベルとして提供することができる。マーカーの相対的な発現レベルを決定するために、マーカーの発現のレベルは、問題のサンプルに対する発現レベルの決定に先立って、正常対がん単離物の１０以上のサンプルまたはさらに５０以上のサンプルに対して決定することができる。より多数の方のサンプルでアッセイした遺伝子の各々の平均発現レベルを決定することができ、これをマーカーに対するベースラインの発現レベルとして使用することができる。次に、試験サンプルに対して決定されたマーカーの発現レベル(発現の絶対的なレベル)をそのマーカーに対して得られた平均の発現値で割ることができる。これが相対的な発現レベルを提供する。
【０３３２】
一定の態様において、ベースラインの決定に使用されるサンプルは、同じ組織型の健常な対象からのサンプルに対して、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を有する対象に由来するサンプルからのものである。細胞の起源の選択は相対的な発現レベルの使用に依存する。正常な組織で見出された発現を平均発現スコアとして使用すると、アッセイしたマーカーが(正常な細胞に対して)その細胞が由来した組織に特異的であるかどうかを確認する助けになる。さらに、より多くのデータが蓄積されると、その平均の発現値を見直すことができ、蓄積されたデータに基づく改良された相対的な発現値を提供することができる。正常な細胞からの発現データはがんの疾患状態の重症度を格付けするための手段を提供する。
【０３３３】
もう１つ別の態様において、マーカーの発現は、対象のサンプルの細胞からゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡ(すなわち、転写されたポリヌクレオチド)を調製し、そのゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡ／ｃＤＮＡを、マーカーおよびその断片を含むポリヌクレオチドの相補体である参照ポリヌクレオチドとハイブリダイズすることによって評価される。ｃＤＮＡは適宜参照ポリヌクレオチドとのハイブリダイゼーションに先立って様々なポリメラーゼ連鎖反応方法のいずれかを使用して増幅することができる。同様に１つまたは複数のマーカーの発現を、定量的ＰＣＲ(ＱＰＣＲ)を使用して検出してマーカーの発現のレベルを評価することができる。あるいは、本発明のマーカーの突然変異または変異体(例えば、単一ヌクレオチド多型、欠失等)を検出する多くの公知の方法のいずれかを使用して対象における変異したマーカーの出現を検出することができる。
【０３３４】
関連する態様において、サンプルから得られた転写されたポリヌクレオチドの混合物を、本明細書に記載されているマーカーの少なくとも一部分(例えば、少なくとも７、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも５００以上のヌクレオチド残基)と相補的または相同のポリヌクレオチドが固定されている基材と接触させる。本明細書に記載されているマーカーと相補的または相同のポリヌクレオチドが基材上で異なって検出可能であれば(例えば、異なる発色団もしくは蛍光体を使用して検出可能なもしくは異なる選択された位置に固定されている)、複数のマーカーの発現のレベルが単一の基材(例えば、選択された位置に固定されたポリヌクレオチドの「遺伝子チップ」マイクロアレイ)を使用して同時に評価することができる。１つの核酸の別の核酸とのハイブリダイゼーションを含むマーカーの発現を評価する方法を使用するとき、ハイブリダイゼーションはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件で実施することができる。
【０３３５】
もう１つ別の態様において、マーカーの発現を評価する方法の組合せが利用される。
【０３３６】
本組成物、キットおよび方法は本明細書に記載されている１つまたは複数のマーカーの発現レベルの差の検出に依拠しているので、一定の態様において、マーカーの発現のレベルは、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を有する対象または参照(例えば、健常な対象、例えばがんをもたない対象からの生物学的なサンプル)からの少なくとも１つの生物学的なサンプルにおける発現を評価するために使用される方法の最小の検出限界より有意に大きい。
【０３３７】
核酸分子およびプローブ
本開示の１つの面は、本明細書に記載されている１つまたは複数のマーカーまたはかかるポリペプチドの一部分に対応するポリペプチドをコードする核酸を含む、本明細書に記載されている１つまたは複数のマーカーに対応する単離された核酸分子に関連する。核酸分子は、本明細書に特定されているゲノム領域内に存在する核酸分子を含む。単離された核酸分子はまた、本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドをコードする核酸分子およびかかる核酸分子の断片、例えば核酸分子の増幅または突然変異のためのＰＣＲプライマーとして使用するのに適したものを含む、本明細書に記載されているマーカーに対応する核酸分子を確認するためにハイブリダイゼーションプローブとして使用するのに充分な核酸分子も含む。核酸分子はＤＮＡ分子(例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ)およびＲＮＡ分子(例えば、ｍＲＮＡ)およびヌクレオチドアナログを使用して生成されるＤＮＡまたはＲＮＡのアナログであることができる。核酸分子は一本鎖または二本鎖であることができ、一定の態様において核酸分子は二本鎖ＤＮＡである。
【０３３８】
「単離された」核酸分子は、天然起源の核酸分子中に存在する他の核酸分子から分離されているものである。一定の態様において、「単離された」核酸分子は、その核酸が由来した生物のゲノムＤＮＡ内でその核酸に生来フランクしている配列(例えば、タンパク質をコードする配列)(すなわち、その核酸の５’および３’末端に位置する配列)を含まない。
【０３３９】
言葉「他の細胞物質または培養培地を実質的に含まない」は、核酸分子を単離したかまたは組換えで生産した細胞の細胞成分からその分子が分離されている核酸分子の調製物を含む。したがって、細胞物質を実質的に含まない核酸分子は、(乾燥重量で)約３０％未満、約２０％未満、約１０％未満または約５％未満の他の細胞物質または培養培地を有する核酸分子の調製物を含む。
【０３４０】
所望であれば、核酸分子、例えば、本明細書で特定されているマーカー遺伝子産物は、標準的な分子生物学技術および本明細書に記載されているデータベースレコードの配列情報を使用して単離することができる。かかる核酸配列のすべてまたは一部を使用すると、標準的なハイブリダイゼーションおよびクローニング技術(例えば、Sambrook et al., ed., MOLECULAR CLONING:  A LABORATORY MANUAL, 2nd ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1989に記載されている)を使用して、核酸分子を単離することができる。
【０３４１】
核酸分子は、鋳型としてｃＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡおよび適当なオリゴヌクレオチドプライマーを標準的なＰＣＲ増幅技術に従って使用して増幅することができる。そうして増幅された核酸分子は適当なベクター中にクローニングし、ＤＮＡ配列解析によって特徴付けることができる。なお、本発明の核酸分子のすべてまたは一部に対応するオリゴヌクレオチドは標準的な合成技術により、例えば自動化ＤＮＡ合成器を使用して調製することができる。
【０３４２】
本発明の核酸分子の配列に基づくプローブを使用して、本明細書に記載されている１つまたは複数のマーカーに対応する転写物(例えば、ｍＲＮＡ)またはゲノム配列を検出することができる。プローブは標識基が結合しており、例えば、放射性同位体、蛍光性化合物、酵素または酵素補因子を含む。かかるプローブは、対象からの細胞のサンプル中のタンパク質をコードする核酸分子のレベルを測定し、例えば、mRNAのレベルを検出しまたはタンパク質をコードする遺伝子が突然変異しているかもしくは欠失しているかどうかを決定するなどによって、タンパク質を誤発現する細胞または組織を確認するための診断用試験キットの一部として使用することができる。
【０３４３】
ポリペプチド検出
本明細書に記載されているバイオマーカーを測定する方法は、限定されることはないが、ウェスタンブロット、免疫ブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ(ＥＬＩＳＡ)、ラジオイムノアッセイ(ＲＩＡ)、免疫沈降、表面プラズモン共鳴、化学発光、蛍光偏光、燐光、免疫組織学的分析、液体クロマトグラフィー質量分光分析(ＬＣ−ＭＳ)、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間(ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ)質量分光分析、マイクロサイトメトリー、マイクロアレイ、顕微鏡、蛍光活性化セルソーティング(ＦＡＣＳ)、磁気活性化セルソーティング(ＭＡＣＳ)、フローサイトメトリー、レーザー走査型サイトメトリー、血液分析器および限定されることはないがＤＮＡ結合、リガンド結合または他のタンパク質パートナーとの相互作用を含むタンパク質の性質に基づくアッセイを含む。
【０３４４】
マーカータンパク質の活性またはレベルはまた、発現されたポリペプチドを検出または定量することによって検出および／または定量化こともできる。ポリペプチドは当業者に周知のいくつかの手段のいずれかによって検出し定量化することができる。これらは、電気泳動、キャピラリー電気泳動、高性能液体クロマトグラフィー(ＨＰＬＣ)、薄層クロマトグラフィー(ＴＬＣ)、高拡散クロマトグラフィーなどのような分析生化学的方法または流体またはゲル沈降素反応、免疫拡散(一元または二元)、免疫電気泳動、ラジオイムノアッセイ(ＲＩＡ)、酵素結合免疫吸着アッセイ(ＥＬＩＳＡ)、免疫蛍光アッセイ、ウェスタンブロッティング、免疫組織化学などのような様々な免疫学的方法を含むことができる。当業者は、公知のタンパク質／抗体検出方法を、血清サンプル中の１つまたは複数のバイオマーカーの発現レベルを決定するのに使用するように容易に適合させることができる。
【０３４５】
ポリペプチドを検出するための別の作用物質は本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドに結合することができる抗体、例えば検出可能な標識を有する抗体である。抗体はポリクローナルまたはモノクローナルであることができる。インタクトな抗体またはその断片(例えば、ＦａｂまたはＦ(ａｂ’)２)を使用することができる。プローブまたは抗体に関して用語「標識された」とは、検出可能な物質をプローブまたは抗体にカップリングする(すなわち、物理的に結合する)ことによるプローブまたは抗体の直接標識、ならびに直接に標識された別の試薬との反応性によるプローブまたは抗体の間接標識を包含することを意図している。間接標識の例は、蛍光標識された二次抗体を使用する一次抗体の検出および蛍光標識されたストレプトアビジンで検出することができるようにするビオチンによるＤＮＡプローブの末端標識を含む。
【０３４６】
もう１つ別の態様において、抗体は、標識された、例えば、放射性標識、発色団標識、蛍光体標識または酵素標識された抗体である。もう１つ別の態様においては、抗体誘導体(例えば、基質またはタンパク質−リガンド対(例えば、ビオチン−ストレプトアビジン)のタンパク質またはリガンドとコンジュゲートした抗体)またはマーカーに対応する読取り枠によりコードされるタンパク質またはその正常な翻訳後修飾のすべてまたは一部を受けているかかるタンパク質のようなマーカーに対応するタンパク質に特異的に結合する抗体断片(例えば、一本鎖抗体、単離された抗体超可変ドメイン等)が使用される。
【０３４７】
細胞に由来するタンパク質は当業者に周知の技術を使用して単離することができる。使用されるタンパク質単離方法は、例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ(Harlow and Lane, 1988, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York)に記載されているようなものであることができる。
【０３４８】
１つのフォーマットにおいて、抗体または抗体断片をウェスタンブロットまたは免疫蛍光技術のような方法で使用して、発現されたタンパク質を検出することができる。かかる使用においては、抗体またはタンパク質を固体支持体に固定化することができる。適切な固相支持体または担体は抗原または抗体に結合することができるあらゆる支持体を含む。周知の支持体または担体はガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然および変性セルロース、ポリアクリルアミド、斑レイ岩およびマグネタイトを含む。
【０３４９】
もう１つ別の態様において、ポリペプチドはイムノアッセイを使用して検出される。本明細書で使用されるとき、イムノアッセイは、分析物(ａｎａｌｙｔｅ)に特異的に結合する抗体を利用するアッセイである。従って、イムノアッセイは、分析物を単離し、標的とし、定量するために他の物理的または化学的な性質を使用することとは対照的に、抗抗体に対するポリペプチドの特異的な結合の検出によって特徴付ける。
【０３５０】
ポリペプチドは、いくつかの十分に認識された免疫学的結合アッセイのいずれかを使用して検出および／または定量化される(例えば、米国特許第４,３６６,２４１号、同第４,３７６,１１０号、同第４,５１７,２８８号および同第４,８３７,１６８号参照)。一般的なイムノアッセイの概論として、Asai (1993) Methods in Cell Biology Volume 37: Antibodies in Cell Biology, Academic Press, Inc. New York; Stites & Terr (1991) Basic and Clinical Immunology 7th Editionも参照されたい。
【０３５１】
もう１つ別の態様において、ポリペプチドは、Luminex(登録商標)アッセイ技術を使用して検出および／または定量化される。Luminex(登録商標)アッセイは、小さな色分けされたビーズを、例えば、各々が特定のバイオアッセイのための試薬でコートされる別個の組に分離し、特異的な分析物のサンプルからの捕獲および検出を多様な様式で可能にする。Luminex(登録商標)アッセイ技術はビーズに基づく蛍光サイトメトリーを使用する多重ＥＬＩＳＡアッセイと比較してバイオマーカーのような分析物を検出することができる。
【０３５２】
本開示はまた、生物学的なサンプル、例えば、組織、全血、血清、血漿、頬側スクレープ、唾液、脳脊髄液、尿、糞便および骨髄を含有するサンプル中の、本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドまたは核酸の存在を検出するためのキットも包含する。かかるキットは、対象ががん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬのような血液がん)に罹患しているかまたは発症するリスクが増大しているかを決定するのに使用することができる。例えば、キットは、生物学的なサンプル中の、本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドまたはポリペプチドをコードするｍＲＮＡを検出することができる標識された化合物または作用物質、ならびに、サンプル中のポリペプチドまたはｍＲＮＡの量を決定するための手段(例えば、ポリペプチドに結合する抗体またはポリペプチドをコードするＤＮＡまたはｍＲＮＡに結合するオリゴヌクレオチドプローブ)を含むことができる。キットはまた、キットを使用して得られる結果を解釈するための説明書も含むことができる。
【０３５３】
従って、本開示は、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬのような血液がん)を有する対象の疾患の進行を評価するためのキットを含む。
【０３５４】
ある態様において、キットは、限定されることはないが、Ｂ−細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)、Ｔ−細胞急性リンパ性白血病(Ｔ−ＡＬＬ)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞型−または大細胞型−濾胞性リンパ腫、悪性リンパ球増殖症状、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞性腫瘍およびワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症含むがんの疾患進行を評価するために使用することができる。ある態様において、本開示は、血液がんを有する対象の疾患進行を評価するためのキットを提供する。ある態様において、本開示は、ＡＬＬを有する対象の疾患進行を評価するためのキットを提供する。もう１つ別の態様において、本開示は、ＣＬＬを有する対象の疾患進行を評価するためのキットを提供する。ある態様において、本開示は、ＣＤ１９の発現に関連するがんを有する対象の疾患進行を評価するためのキットを提供する。
【０３５５】
ある態様において、本開示は、血液がんを有する対象の、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法)に対する応答者の状態(例えば、完全応答者、部分応答者または非応答者)を評価し特徴付けるためのキットを提供する。ある態様において、本開示は、ＡＬＬを有する対象の、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法)に対する応答者の状態(例えば、完全応答者、部分応答者または非応答者)を評価し特徴付けるためのキットを提供する。ある態様において、本開示は、ＣＬＬを有する対象の、ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法)に対する応答者の状態(例えば、完全応答者、部分応答者または非応答者)を評価し特徴付けるためのキットを提供する。
【０３５６】
本明細書に記載されているマーカーに対応するポリペプチドに結合するのに適した試薬は抗体、抗体誘導体、抗体断片、などを含む。核酸(例えば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、スプライスされたｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、など)に結合するのに適した試薬は相補的な核酸を含む。例えば、核酸試薬は、基質に固定されたオリゴヌクレオチド(標識または非標識)、基質に結合されてない標識オリゴヌクレオチド、ＰＣＲプライマー対、分子指標プローブ、などを含むことができる。
【０３５７】
キットは、適宜、本明細書に記載されている方法を実施するのに有用な追加の構成要素を含むことができる。例として、キットは、相補的な核酸をアニールするかまたは特異的に結合するタンパク質に抗体を結合させるのに適切な流体(例えば、ＳＳＣバッファー)、１つまたは複数のサンプル区画、本発明の方法の性能を記載した説明書、本明細書に記載されているバイオマーカーの発現レベルの比較のための参照サンプル、などを含むことができる。
【０３５８】
本発明のキットは、マーカーのタンパク質レベルまたはタンパク質活性を決定するのに有用な試薬を含むことができる。
【０３５９】
ある態様において、がん(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬのような血液がん)を有する対象におけるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法)の成功率の予想を提供するためのキットが提供され、前記キットは、
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０にリストされている１つまたは複数(例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、５０以上)の遺伝子、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１ならびにＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞遺伝子セットシグネチャーの発現レベルを特異的に検出する１組の試薬；ならびに
前記キットを使用するための説明書
を含み、
ここで、前記使用のための説明書は、検出された発現レベルの１つまたは複数が参照レベルよりも大きければ、その対象がＣＡＲ発現細胞療法に対してむしろ正に応答するといえることを提供する。
【０３６０】
ある態様において、１組の試薬は、前記遺伝子セットから発現されたｍＲＮＡの発現を検出する。
【０３６１】
ある態様において、１組の試薬は、前記遺伝子セットから発現されたｍＲＮＡに相補的な核酸プローブを含む。
【０３６２】
ある態様において、ｍＲＮＡに相補的な核酸プローブはｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドである。
【０３６３】
ある態様において、ｍＲＮＡに対して相補的な核酸プローブは基質表面に固定化される。
【０３６４】
ある態様において、１組の試薬は、前記遺伝子セットによりコードされているポリペプチドの発現を検出する。
【０３６５】
治療剤、組成物および投与
本明細書に記載されている方法は、ＣＡＲを発現する細胞に対する応答者の状態を評価するのに使用することができる。ある態様において、細胞は、抗原結合ドメイン(例えば、腫瘍抗原に特異的に結合する抗体または抗体断片)、膜貫通ドインおよび細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、同時刺激ドメインおよび／または一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメイン)を含むＣＡＲ分子を発現する。ある態様において、抗原結合ドメインは、本明細書に記載されている腫瘍抗原のいずれかを標的とするかまたは特異的に結合する当技術分野で公知の任意の抗体またはその断片、例えばｓｃＦｖを含む。例えば、腫瘍抗原はＢＣＭＡ(TNFRSF17としても知られている。腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー１７またはＢ細胞成熟抗原ともいう)、ＣＤ３３、ＣＬＬ−１(Ｃ型レクチン様ドメインファミリー１またはＣＬＥＣＬ１ともいう)またはクローディン−６(ＣＬＤＮ６)である。抗体またはその断片は、マウス科、ヒト化または全ヒト抗体またはその断片、例えばｓｃＦｖであることができる。
【０３６６】
ある態様において、ＣＡＲは、本明細書に記載されている抗ＣＤ１９結合するドメインを含む抗体または抗体断片(例えば、本明細書に記載されているＣＤ１９に特異的に結合するマウス科またはヒト化抗体または抗体断片)、本明細書に記載されている膜貫通ドメインおよび本明細書に記載されている細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、本明細書に記載されている同時刺激ドメインおよび／または一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメイン)を含む。
【０３６７】
抗原結合ドメイン
ある面において、本発明のＣＡＲは、抗原結合ドメインともいわれる標的−特異的な結合エレメントを含む。部分の選択は、標的細胞の表面を規定するリガンドの種類および数に依存する。例えば、抗原結合ドメインは、特定の疾患状態に関連する標的細胞上の細胞表面マーカーとして働くリガンドを認識するように選択され得る。従って、本発明のＣＡＲで抗原結合ドメインに対するリガンドとして働き得る細胞表面マーカーの例は、ウイルス、細菌および寄生虫感染、自己免疫疾患およびがん細胞に関連するものを含む。
【０３６８】
ある面において、ＣＡＲ−媒介Ｔ−細胞応答は、所望の抗原に特異的に結合する抗原結合ドメインをＣＡＲ中に工学操作で含めることによって目的の抗原に対して指向化することができる。
【０３６９】
ある面において、抗原結合ドメインを含むＣＡＲの部分は、腫瘍抗原、例えば本明細書に記載されている腫瘍抗原を標的とする抗原結合ドメインを含む。
【０３７０】
抗原結合ドメインは抗原に結合するいかなるドメインであることもでき、例えば、限定されることはないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体およびそれらの機能性断片、例えば、限定されることはないが、単一ドメイン抗体、例えば重鎖可変ドメイン(ＶＨ)、軽鎖可変ドメイン(ＶＬ)およびラクダ由来ナノボディーの可変ドメイン(ＶＨＨ)、さらにまた別の可能性として、抗原結合ドメインとして機能することが当技術分野で公知の足場、例えば組換えフィブロネクチンドメイン、Ｔ細胞受容体(ＴＣＲ)またはそれらの断片、例えば単鎖ＴＣＲ、などであることができる。場合によって、抗原結合ドメインは、ＣＡＲを最終的に使用するのと同一の種に由来するのが有益である。例えば、ヒトに使用する場合、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、抗体または抗体断片の抗原結合ドメインに対するヒトまたはヒト化残基を含むのが有益であり得る。
【０３７１】
当技術分野で公知のあらゆるＣＤ１９ＣＡＲ、例えば、任意の公知のＣＤ１９ＣＡＲのＣＤ１９抗原結合ドメインを本発明に従って使用することができる。例えば、ＬＧ−７４０；ＣＤ１９ＣＡＲは米国特許第８,３９９,６４５号；米国特許第７,４４６,１９０号；Xu et al., Leuk Lymphoma. 2013 54(2):255-260(2012); Cruz et al., Blood 122(17):2965-2973 (2013); Brentjens et al., Blood, 118(18):4817-4828 (2011); Kochendenderfer et al., Blood 116(20):4099-102 (2010); Kochendenderfer et al., Blood 122 (25):4129-39(2013); and 16th Annu Meet Am Soc Gen Cell Ther (ASGCT) (May 15-18, Salt Lake City) 2013, Abst 10に記載されている。
【０３７２】
ＣＡＲ発現細胞を使用して標的とすることができる代表的な標的抗原は、限定されることはないが、例えば各々参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１３０６３５号、国際公開第２０１４／１３０６５７号および国際公開第２０１５／０９０２３０号に記載されている、とりわけＣＤ１９、ＣＤ１２３、ＥＧＦＲｖIII、メソテリンを含む。
【０３７３】
ある態様において、ＣＤ１９に特異的に結合するＣＡＲ  Ｔ細胞はＵＳＡＮ名ＴＩＳＡＧＥＮＬＥＣＬＥＵＣＥＬ−Ｔを有する。ＣＴＬ０１９は、Ｔ細胞の遺伝子改変により作製され、これは、ＥＦ−１アルファプロモーターの制御下にＣＴＬ０１９導入遺伝子を含有する自己不活性化する複製欠陥レンチウイルス(ＬＶ)ベクターによる形質導入を介した安定な挿入によって媒介される。ＣＴＬ０１９は、パーセント導入遺伝子陽性Ｔ細胞に基づいて対象に送達される導入遺伝子陽性および陰性Ｔ細胞の混合物であることができる。
【０３７４】
他の態様において、ＣＡＲ発現細胞はヒトＣＤ１９に特異的に結合することができ、例えば、ＣＡＲ分子または参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１５３２７０号の表３に従う抗原結合ドメイン(例えば、ヒト化された抗原結合ドメイン)を含むことができる。
【０３７５】
他の態様において、ＣＡＲ発現細胞はＣＤ１２３に特異的に結合することができ、例えば、ＣＡＲ分子(例えば、ＣＡＲ１−ＣＡＲ８のいずれか)または参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１３０６３５号の表１−２に従う抗原結合ドメインを含むことができる。
【０３７６】
他の態様において、ＣＡＲ発現細胞はＥＧＦＲｖIIIに特異的に結合することができ、例えば、ＣＡＲ分子または参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１３０６５７号の表２または配列番号１１に従う抗原結合ドメインを含むことができる。
【０３７７】
他の態様において、ＣＡＲ発現細胞はメソテリンに特異的に結合することができ、例えば、ＣＡＲ分子または参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１５／０９０２３０号の表２−３に従う抗原結合ドメインを含むことができる。
【０３７８】
ある態様において、抗原結合ドメインは上記リストの抗体に由来する１、２、３つ(例えば、３つすべて)の重鎖ＣＤＲ、ＨＣ  ＣＤＲ１、ＨＣ  ＣＤＲ２およびＨＣ  ＣＤＲ３および／または上記リストの抗体に由来する１、２、３つ(例えば、３つすべて)の軽鎖ＣＤＲ、ＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２およびＬＣ  ＣＤＲ３を含む。ある態様において、抗原結合ドメインは上にリストまたは記載した抗体の重鎖可変領域および／または可変軽鎖領域を含む。
【０３７９】
いくつかの態様において、腫瘍抗原は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号に記載されている腫瘍抗原である。いくつかの態様において、腫瘍抗原は、ＣＤ１９；ＣＤ１２３；ＣＤ２２；ＣＤ３０；ＣＤ１７１；ＣＳ−１(ＣＤ２サブセット１、ＣＲＡＣＣ、ＳＬＡＭＦ７、ＣＤ３１９および１９Ａ２４ともいわれる)；Ｃ−型レクチン様分子−１(ＣＬＬ−１またはＣＬＥＣＬ１)；ＣＤ３３；上皮増殖因子受容体変異体III(ＥＧＦＲｖIII)；ガングリオシドＧ２(ＧＤ２)；ガングリオシドＧＤ３(ａＮｅｕ５Ａｃ(２−８)ａＮｅｕ５Ａｃ(２−３)ｂＤＧａｌｐ(１−４)ｂＤＧｌｃｐ(１−１)Ｃｅｒ)；ＴＮＦ受容体ファミリーメンバーＢ細胞成熟(ＢＣＭＡ)；Ｔｎ抗原((Ｔｎ  Ａｇ)または(ＧａｌＮＡｃα−Ｓｅｒ／Ｔｈｒ))；前立腺特異的膜抗原(ＰＳＭＡ)；受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体１(ＲＯＲ１)；Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３(ＦＬＴ３)；腫瘍関連糖タンパク質７２(ＴＡＧ７２)；ＣＤ３８；ＣＤ４４ｖ６；がん胎児性抗原(ＣＥＡ)；上皮細胞接着分子(ＥＰＣＡＭ)；Ｂ７Ｈ３(ＣＤ２７６)；ＫＩＴ(ＣＤ１１７)；インターロイキン−１３受容体サブユニットアルファ−２(ＩＬ−１３Ｒａ２またはＣＤ２１３Ａ２)；メソテリン；インターロイキン１１受容体アルファ(ＩＬ−１１Ｒａ)；前立腺幹細胞抗原(ＰＳＣＡ)；プロテアーゼセリン２１(テスティシンまたはＰＲＳＳ２１)；血管内皮細胞増殖因子受容体２(ＶＥＧＦＲ２)；Ｌｅｗｉｓ(Ｙ)抗原；ＣＤ２４；血小板由来増殖因子受容体ベータ(ＰＤＧＦＲ−ベータ)；ステージ特異的胎児抗原−４(ＳＳＥＡ−４)；ＣＤ２０；葉酸受容体アルファ；受容体チロシン−タンパク質キナーゼＥＲＢＢ２(Ｈｅｒ２／ｎｅｕ)；ムチン１,細胞表面関連(ＭＵＣ１)；上皮増殖因子受容体(ＥＧＦＲ)；神経細胞接着分子(ＮＣＡＭ)；プロスタシス(Ｐｒｏｓｔａｓｅ)；前立腺酸性ホスファターゼ(ＰＡＰ)；伸長因子２突然変異(ＥＬＦ２Ｍ)；エフリンＢ２；繊維芽細胞活性化タンパク質アルファ(ＦＡＰ)；インスリン様増殖因子１受容体(ＩＧＦ−Ｉ受容体)、炭酸脱水酵素ＩＸ(ＣＡＩＸ)；プロテアソーム(プロソーム、マクロペイン(Ｍａｃｒｏｐａｉｎ))サブユニット、ベータ型、９(ＬＭＰ２)；糖タンパク質１００(ｇｐ１００)；ブレイクポイントクラスター領域(ＢＣＲ)およびエーベルソンマウス白血病ウイルスがん遺伝子ホモログ１(Ａｂｌ)からなるがん遺伝子融合タンパク質(ｂｃｒ−ａｂｌ)；チロシナーゼ；エフリン型−Ａ受容体２(ＥｐｈＡ２)；フコシルＧＭ１；シアリルＬｅｗｉｓ接着分子(ｓＬｅ)；ガングリオシドＧＭ３(ａＮｅｕ５Ａｃ(２−３)ｂＤＧａｌｐ(１−４)ｂＤＧｌｃｐ(１−１)Ｃｅｒ)；トランスグルタミナーゼ５(ＴＧＳ５)；高分子量−黒色腫−関連抗原(ＨＭＷＭＡＡ)；ｏ−アセチル−ＧＤ２ガングリオシド(ＯＡｃＧＤ２)；葉酸受容体ベータ；腫瘍内皮細胞マーカー１(ＴＥＭ１／ＣＤ２４８)；腫瘍内皮細胞マーカー７−関連(ＴＥＭ７Ｒ)；クローディン６(ＣＬＤＮ６)；甲状腺刺激ホルモン受容体(ＴＳＨＲ)；Ｇタンパク質結合受容体クラスＣ群５,メンバーＤ(ＧＰＲＣ５Ｄ)；染色体Ｘ読取り枠６１(ＣＸＯＲＦ６１)；ＣＤ９７；ＣＤ１７９ａ；未分化リンパ腫キナーゼ(ＡＬＫ)；ポリシアル��；胎盤−特異的１(ＰＬＡＣ１)；グロボＨ糖セラミド(ＧｌｏｂｏＨ)の六糖部分；乳腺分化抗原(ＮＹ−ＢＲ−１)；ウロプラキン２(ＵＰＫ２)；Ａ型肝炎ウイルス細胞受容体１(ＨＡＶＣＲ１)；アドレナリン受容体ベータ３(ＡＤＲＢ３)；パネキシン３(ＰＡＮＸ３)；Ｇタンパク質結合受容体２０(ＧＰＲ２０)；リンパ球抗原６複合体,位置Ｋ９(ＬＹ６Ｋ)；嗅覚受容体５１Ｅ２(ＯＲ５１Ｅ２)；ＴＣＲガンマ交互読取り枠タンパク質(ＴＡＲＰ)；Ｗｉｌｍｓ腫瘍タンパク質(ＷＴ１)；がん／睾丸抗原１(ＮＹ−ＥＳＯ−１)；がん／睾丸抗原２(ＬＡＧＥ−１ａ)；黒色腫−関連抗原１(ＭＡＧＥ−Ａ１)；染色体１２ｐに位置するＥＴＳ転座−変異型遺伝子６(ＥＴＶ６−ＡＭＬ)；精子タンパク質１７(ＳＰＡ１７)；Ｘ抗原ファミリー,メンバー１Ａ(ＸＡＧＥ１)；アンジオポイエチン−結合細胞表面受容体２(Ｔｉｅ２)；黒色腫がん睾丸抗原−１(ＭＡＤ−ＣＴ−１)；黒色腫がん睾丸抗原−２(ＭＡＤ−ＣＴ−２)；Ｆｏｓ−関連抗原１；腫瘍タンパク質ｐ５３(ｐ５３)；ｐ５３突然変異体；プロステイン；ｓｕｒｖｉｖｉｎｇ；テロメラーゼ；前立腺癌腫腫瘍抗原−１(ＰＣＴＡ−１またはガレクチン８)、Ｔ細胞１により認識される黒色腫抗原(ＭｅｌａｎＡまたはＭＡＲＴ１)；ラット肉腫(Ｒａｓ)突然変異体；ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(ｈＴＥＲＴ)；肉腫転座ブレイクポイント；アポトーシスの黒色腫阻害剤(ＭＬ−ＩＡＰ)；ＥＲＧ(膜貫通プロテアーゼ、セリン２(ＴＭＰＲＳＳ２)ＥＴＳ融合遺伝子)；Ｎ−アセチルグルコサミニル−トランスフェラーゼＶ(ＮＡ１７)；ペアードボックスタンパク質Ｐａｘ−３(ＰＡＸ３)；アンドロゲン受容体；サイクリンＢ１；ｖ−ｍｙｃトリ骨髄球腫症ウイルスがん遺伝子神経芽細胞腫由来ホモログ(ＭＹＣＮ)；ＲａｓホモログファミリーメンバーＣ(ＲｈｏＣ)；チロシナーゼ−関連タンパク質２(ＴＲＰ−２)；シトクロムＰ４５０  １Ｂ１(ＣＹＰ１Ｂ１)；ＣＣＣＴＣ−結合因子(ジンクフィンガータンパク質)様(ＢＯＲＩＳまたはインプリント部位のレギュレーターのブラザー)、Ｔ細胞３により認識される扁平上皮細胞癌腫抗原(ＳＡＲＴ３)；ペアードボックスタンパク質Ｐａｘ−５(ＰＡＸ５)；プロアクロシン結合タンパク質ｓｐ３２(ＯＹ−ＴＥＳ１)；リンパ球−特異的タンパク質チロシンキナーゼ(ＬＣＫ)；Ａキナーゼアンカータンパク質４(ＡＫＡＰ−４)；滑液肉腫,Ｘブレイクポイント２(ＳＳＸ２)；糖化最終産物に対する受容体(ＲＡＧＥ−１)；腎遍在性１(ＲＵ１)；腎遍在性２(ＲＵ２)；レグマイン；ヒト乳頭腫ウイルスＥ６(ＨＰＶ  Ｅ６)；ヒト乳頭腫ウイルスＥ７(ＨＰＶ  Ｅ７)；腸カルボキシルエステラーゼ；突然変異したヒートショックタンパク質７０−２(ｍｕｔ  ｈｓｐ７０−２)；ＣＤ７９ａ；ＣＤ７９ｂ；ＣＤ７２；白血球−関連免疫グロブリン様受容体１(ＬＡＩＲ１)；ＩｇＡ受容体のＦｃ断片(ＦＣＡＲまたはＣＤ８９)；白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリーＡメンバー２(ＬＩＬＲＡ２)；ＣＤ３００分子様ファミリーメンバーｆ(ＣＤ３００ＬＦ)；Ｃ−型レクチンドメインファミリー１２メンバーＡ(ＣＬＥＣ１２Ａ)；骨髄間質細胞抗原２(ＢＳＴ２)；ＥＧＦ様モジュール−含有ムチン様ホルモン受容体様２(ＥＭＲ２)；リンパ球抗原７５(ＬＹ７５)；グリピカン−３(ＧＰＣ３)；Ｆｃ受���体様５(ＦＣＲＬ５)；および免疫グロブリンラムダ様ポリペプチド１(ＩＧＬＬ１)の１つまたは複数から選択される。
【０３８０】
ＣＤ１９ＣＡＲコンストラクト
マウスＣＤ１９ＣＡＲコンストラクトは参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１２／０７９０００号に記載されており、マウスＣＤ１９ＣＡＲおよびｓｃＦｖコンストラクトのアミノ酸配列を下記表２に示す。
【０３８１】
【表１】
2018501463.tif 000002
【表２】
2018501463.tif 000003
【０３８２】
ヒト化抗ＣＤ１９  ｓｃＦｖドメインを含有するＣＤ１９ＣＡＲコンストラクトは参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１５３２７０号に記載されている。
【０３８３】
ある態様において、抗原結合ドメインは抗ＣＤ１９抗体またはその断片、例えばｓｃＦｖを含む。例えば、抗原結合ドメインは表１２にリストされている可変重鎖および可変軽鎖を含む。可変重鎖と可変軽鎖を連結するリンカー配列は、例えば本明細書に記載されているリンカー配列のいずれかであることができまたは代わりにＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ(配列番号４５)であることができる。
【０３８４】
【表３】
2018501463.tif 000004
【表４】
2018501463.tif 000005
【０３８５】
当技術分野で公知のあらゆるＣＤ１９ＣＡＲ、例えば公知のＣＤ１９ＣＡＲのＣＤ１９抗原結合ドメインを、本開示に従って使用することができる。例えばＬＧ−７４０；ＣＤ１９ＣＡＲは、米国特許第８,３９９,６４５号；米国特許第７,４４６,１９０号；Xu et al., LEUK LYMPHOMA. 2013 54(2):255-260(2012); Cruz et al., BLOOD 122(17):2965-2973 (2013); Brentjens et al., BLOOD, 118(18):4817-4828 (2011); Kochenderfer et al., BLOOD 116(20):4099-102 (2010); Kochenderfer et al., BLOOD 122 (25):4129-39 (2013)；および16th Annu Meet Am Soc Gen Cell Ther (ASGCT) (May 15-18, Salt Lake City) 2013, Abst 10に記載されている。
【０３８６】
ある態様において、抗原結合ドメインは、上記リストの抗体由来の１、２、３つ(例えば、３つすべて)の重鎖ＣＤＲ、ＨＣ  ＣＤＲ１、ＨＣ  ＣＤＲ２およびＨＣ  ＣＤＲ３および／または上記リストの抗体由来の１、２、３つ(例えば、３つすべて)の軽鎖ＣＤＲ、ＬＣ  ＣＤＲ１、ＬＣ  ＣＤＲ２およびＬＣ  ＣＤＲ３を含む。ある態様において、抗原結合ドメインは、上にリストまたは記載した抗体の重鎖可変領域および／または可変軽鎖領域を含む。
【０３８７】
ある態様において、ＣＤ２２に対する抗原結合ドメインは、例えばHaso et al., BLOOD, 121(7): 1165-1174 (2013); Wayne et al., CLIN CANCER RES 16(6): 1894-1903 (2010); Kato et al., LEUK RES 37(1):83-88 (2013); Creative BioMart (creativebiomart.net): MOM-18047-S(P)に記載されている抗体の抗原結合部分、例えばＣＤＲである。
【０３８８】
ある態様において、ＣＤ２０に対する抗原結合ドメインは抗体リツキシマブ、オファツムマブ、オクレリズマブ、ベルツズマブまたはＧＡ１０１の抗原結合部分、例えばＣＤＲである。
【０３８９】
ある態様において、ＲＯＲ１に対する抗原結合ドメインは、例えばHudecek et al., CLIN CANCER RES 19(12):3153-3164 (2013)；国際公開第２０１１１５９８４７号；および米国特許出願公開第２０１３０１０１６０７号に記載されている抗体の抗原結合部分、例えばＣＤＲである。
【０３９０】
二重特異的ＣＡＲ
ある態様において、多重特異的な抗体分子は二重特異的な抗体分子である。二重特異的抗体は２つ以下の抗原に対して特異性を有する。二重特異的抗体分子は、第１のエピトープに対して結合特異性を有する第１の免疫グロブリン可変ドメイン配列および第２のエピトープに対して結合特異性を有する第２の免疫グロブリン可変ドメイン配列によって特徴付けられる。ある態様において、第１および第２のエピトープは同一の抗原、例えば同じタンパク質(または多量体タンパク質のサブユニット)上にある。ある態様において、第１および第２のエピトープは重複している。ある態様において、第１および第２のエピトープは重複しない。ある態様において、第１および第２のエピトープは、異なる抗原、例えば異なるタンパク質(または多量体タンパク質の異なるサブユニット)上にある。ある態様において、二重特異的抗体分子は、第１のエピトープに対して結合特異性を有する重鎖可変ドメイン配列および軽鎖可変ドメイン配列ならびに第２のエピトープに対して結合特異性を有する重鎖可変ドメイン配列および軽鎖可変ドメイン配列を含む。ある態様において、二重特異的抗体分子は、第１のエピトープに対して結合特異性を有する半抗体および第２のエピトープに対して結合特異性を有する半抗体を含む。ある態様において、二重特異的抗体分子は、第１のエピトープに対して結合特異性を有する半抗体またはその断片および第２のエピトープに対して結合特異性を有する半抗体またはその断片を含む。ある態様において、二重特異的抗体分子は、第１のエピトープに対して結合特異性を有するｓｃＦｖまたはその断片および第２のエピトープに対して結合特異性を有するｓｃＦｖまたはその断片を含む。
【０３９１】
一定の態様において、抗体分子は多重特異的な(例えば、二重特異的または三重特異的な)抗体分子である。二重特異的またはヘテロ二量体の抗体分子を作製するためのプロトコールおよび二重特異的な抗体分子に対する様々な構成は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日出願の国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ４５５−４５８に記載されている。
【０３９２】
ある面において、二重特異的な抗体分子は、ＣＤ１９に対して結合特異性を有し、例えば本明細書に記載されているｓｃＦｖを含むかまたは本明細書に記載されているｓｃＦｖからの軽鎖ＣＤＲおよび／または重鎖ＣＤＲを含む第１の免疫グロブリン可変ドメイン配列、例えばｓｃＦｖおよび異なる抗原の第２のエピトープに対して結合特異性を有する第２の免疫グロブリン可変ドメイン配列によって特徴付けられる。
【０３９３】
キメラＴＣＲ
ある面において、本発明の抗体および抗体断片(例えば、ＣＤ１９抗体および断片)は、Ｔ細胞受容体(「ＴＣＲ」)鎖、例えばＴＣＲアルファまたはＴＣＲベータ鎖の１つまたは複数の定常ドメインに移植してキメラＴＣＲを作り出すことができる。理論に縛られることはないが、キメラＴＣＲは抗原結合の際にＴＣＲ複合体を介してシグナルを送ると考えられる。例えば、本明細書に開示されているｓｃＦｖは、ＴＣＲ鎖、例えばＴＣＲアルファ鎖および／またはＴＣＲベータ鎖の定常ドメイン、例えば、細胞外定常ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインの少なくとも一部分に移植することができる。別の例として、抗体断片、例えば本明細書に記載されているＶＬはＴＣＲアルファ鎖の定常ドメインに移植することができ、抗体断片、例えば本明細書に記載されているＶＨドメインはＴＣＲベータ鎖の定常ドメインに移植することができる(または、代わりに、ＶＬドメインをＴＣＲベータ鎖の定常ドメインに移植してもよく、ＶＨドメインをＴＣＲアルファ鎖に移植してもよい)。もう１つ別の例として、抗体または抗体断片のＣＤＲを、ＴＣＲアルファおよび／またはベータ鎖に移植してキメラＴＣＲを作り出してもよい。例えば、本明細書に開示されているＬＣＤＲをＴＣＲアルファ鎖の可変ドメインに移植することができ、本明細書に開示されているＨＣＤＲをＴＣＲベータ鎖の可変ドメインに移植することができまたはその逆でもよい。かかるキメラＴＣＲは、例えば、当技術分野で公知の方法(例えば、Willemsen RA et al, Gene Therapy 2000; 7: 1369-1377; Zhang T et al, Cancer Gene Ther 2004; 11: 487-496; Aggen et al, Gene Ther. 2012 Apr;19(4):365-74)により生成することができる。
【０３９４】
非抗体足場
複数の態様において、抗原結合ドメインは非抗体足場、例えば、フィブロネクチン、アンキリン、ドメイン抗体、リポカリン、小モジュール免疫医薬品、マキシボディー、プロテインＡまたはアフィリンを含む。非抗体足場は細胞上の標的抗原に結合する能力を有する。複数の態様において、抗原結合ドメインは細胞上に発現された天然に存在するタンパク質のポリペプチドまたはその断片である。いくつかの態様において、抗原結合ドメインは非抗体足場を含む。得られるポリペプチドが標的細胞上の標的抗原に特異的に結合する少なくとも1つの結合領域を含む限り、様々な非抗体足場を使用することができる。
【０３９５】
非抗体足場は、フィブロネクチン(Novartis, MA)、アンキリン(Ｍolecular Partners AG, Zurich, Switzerland)、ドメイン抗体(Domantis, Ltd., Cambridge, MAおよびAblynx nv, Zwijnaarde, Belgium)、リポカリン(Ｐieris Proteolab AG, Freising, Germany)、小モジュール免疫医薬品(Trubion Pharmaceuticals Inc., Seattle, WA)、マキシボディー(Avidia, Inc., Mountain View, CA)、プロテインＡ(Ａffibody AG, Sweden)およびアフィリン(ガンマ−クリスタリンまたはユビキチン)(Scil Proteins GmbH, Halle, Germany)を含む。
【０３９６】
ある態様において、抗原結合ドメインは、標的細胞の表面上のカウンターリガンドに結合する分子の細胞外ドメインまたはそのカウンターリガンド結合性断片を含む。
【０３９７】
膜貫通ドメイン
複数の態様において、本明細書に記載されているＣＡＲは、抗原結合ドメインを含むことができる細胞外の配列、例えば細胞外認識要素に融合した膜貫通ドメインを含む。ある態様において、膜貫通ドメインは、ＣＡＲ中のドメインの１つに生来伴うものである。ある態様において、膜貫通ドメインは、ＣＡＲ中のドメインの１つに生来伴わないものである。
【０３９８】
膜貫通ドメインは、膜貫通領域に隣接する１つまたは複数の追加のアミノ酸、例えば、膜貫通ドメインが由来したタンパク質の細胞外領域に伴う１つまたは複数のアミノ酸(例えば、細胞外領域の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０〜１５のアミノ酸)および／または膜貫通タンパク質が由来するタンパク質の細胞内領域に伴う１つまたは複数の追加のアミノ酸(例えば、細胞内領域の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０〜１５のアミノ酸)を含むことができる。
【０３９９】
複数の態様において、膜貫通ドメインは、他の要素、例えば他の膜貫通ドメインとの相互作用を最小にするものである。場合によっては、膜貫通ドメインは、かかるドメインの、同一または異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに対する結合を最小にし、例えば、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小にする。適切な例は、公知の膜貫通ドメインのアミノ酸置換の選択または修飾によって誘導することができる。ある態様において、膜貫通ドメインは、細胞表面上の別のＣＡＲとのホモ二量体化を促進することができる。
【０４００】
膜貫通ドメインは天然に存在するかまたは天然に存在しない合成の配列を含み得る。天然に存在する場合、膜貫通ドメインは任意の膜結合または膜貫通タンパク質に由来し得る。
【０４０１】
本明細書に記載されている分子に使用するのに適した膜貫通領域は、例えば、Ｔ−細胞受容体のアルファ、ベータまたはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３エプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４の任意の１つまたは複数に由来し得る。いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、例えば、ＫＩＲＤＳ２、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＬＦＡ−１(ＣＤ１１ａ、ＣＤ１８)、ＩＣＯＳ(ＣＤ２７８)、４−１ＢＢ(ＣＤ１３７)、ＧＩＴＲ、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ(ＬＩＧＨＴＲ)、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０(ＫＬＲＦ１)、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＩＬ７Ｒα、ＩＴＧＡ１、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ−６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ−１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ−１、ＩＴＧＢ７、ＴＮＦＲ２、ＤＮＡＭ１(ＣＤ２２６)、ＳＬＡＭＦ４(ＣＤ２４４、２Ｂ４)、ＣＤ８４、ＣＤ９６(Ｔａｃｔｉｌｅ)、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９(ＣＤ２２９)、ＣＤ１６０(ＢＹ５５)、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００(ＳＥＭＡ４Ｄ)、ＳＬＡＭＦ６(ＮＴＢ−Ａ、Ｌｙ１０８)、ＳＬＡＭ(ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ−３)、ＢＬＡＭＥ(ＳＬＡＭＦ８)、ＳＥＬＰＬＧ(ＣＤ１６２)、ＬＴＢＲ、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＫＧ２ＣまたはＣＤ１９の少なくとも膜貫通領域を含み得る。ある態様において、膜貫通ドメインはＣＤ８に由来する。ある態様において、膜貫通ドメインはＣＤ２８に由来する。ある面において、膜貫通ドメインは、配列番号１２または配列番号４２として提供されている配列からの膜貫通ドメインである。
【０４０２】
ある態様において、配列、例えばヒンジまたはスペーサー配列を、膜貫通ドメインと、これが融合している別の配列またはドメインとの間に配置することができる。複数の態様において、例えば、限定されることはないがヒトＩｇ(免疫グロブリン)ヒンジを含む様々なヒトヒンジ(別名「スペーサー」)も使用することができる。適宜、２〜１０のアミノ酸の長さの短いオリゴ−またはポリペプチドリンカーが、ＣＡＲの膜貫通ドメインと別のドメイン、例えば細胞内シグナル伝達ドメインまたは同時刺激ドメインとの間の結合を形成してもよい。グリシン−セリンダブレットは特に適切なリンカーを提供する。ある面において、ヒンジまたはスペーサーは配列番号４、配列番号６または配列番号８として提供されているアミノ酸配列である。ある面において、ヒンジまたはスペーサーはＫＩＲ２ＤＳ２ヒンジを含む。
【０４０３】
ある態様において、膜貫通ドメインは天然に存在しない配列であってもよく、この場合主としてロイシンおよびバリンのような疎水性の残基を含むことができる。ある態様において、フェニルアラニン、トリプトファンおよびバリンのトリプレットが膜貫通ドメインの各々の末端に見出される。
【０４０４】
適宜、２〜１０のアミノ酸の長さの短いオリゴ−またはポリペプチドリンカーが、ＣＡＲの膜貫通ドメインと細胞質領域との間の結合を形成してもよい。グリシン−セリンダブレットは特に適切なリンカーを提供する。例えば、ある面において、リンカーはＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ(配列番号１０)のアミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、リンカーは、ＧＧＴＧＧＣＧＧＡＧＧＴＴＣＴＧＧＡＧＧＴＧＧＡＧＧＴＴＣＣ(配列番号１１)のヌクレオチド配列によりコードされる。
【０４０５】
細胞質ドメイン
ＣＡＲの細胞質ドメインまたは領域は細胞内シグナル伝達ドメインを含む。細胞内シグナル伝達ドメインは、一般に、ＣＡＲが導入された免疫細胞の正常なエフェクター機能の少なくとも１つの活性化を担う。
【０４０６】
本発明のＣＡＲに使用される細胞内シグナル伝達ドメインの例は、抗原受容体係合の後協力してシグナル変換を開始させるように機能するＴ細胞受容体(ＴＣＲ)および共受容体の細胞質配列、ならびにこれらの配列の任意の誘導体または変異体および同じ機能を有する任意の組換え配列を含む。
【０４０７】
ＴＣＲ単独により生成するシグナルがＴ細胞の完全な活性化には不充分であり、二次的および／または同時刺激のシグナルも必要とされることは公知である。従って、Ｔ細胞活性化は、２つの明確に区別可能な種類の細胞質シグナル伝達配列、すなわち、ＴＣＲを介して抗原−依存性一次活性化を開始するもの(一次細胞内シグナル伝達ドメイン)および抗原−独立的に機能して二次的または同時刺激シグナルを提供するもの(二次細胞質ドメイン、例えば同時刺激ドメイン)により媒介されるということができる。
【０４０８】
一次シグナル伝達ドメイン
一次シグナル伝達ドメインはＴＣＲ複合体の一次活性化を刺激的または抑制的のいずれかで調節する。刺激的に働く一次細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフまたはＩＴＡＭとして知られるシグナル伝達モチーフを含有し得る。
【０４０９】
本発明で特に使用されるＩＴＡＭを含有する一次細胞内シグナル伝達ドメインの例は、ＴＣＲゼータ、ＦｃＲガンマ、ＦｃＲベータ、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ３デルタ、ＣＤ３エプシロン、ＣＤ５、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ２７８(「ＩＣＯＳ」ともいわれる)、ＦｃεＲＩ、ＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２およびＣＤ６６ｄのものを含む。ある態様において、本発明のＣＡＲは細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ＣＤ３−ゼータ、例えば、本明細書に記載されているＣＤ３−ゼータ配列の一次シグナル伝達ドメインを含む。
【０４１０】
ある態様において、一次シグナル伝達ドメインは、天然のＩＴＡＭドメインと比較して変化した(例えば、増大または減少した)活性を有する改変されたＩＴＡＭドメイン、例えば、突然変異したＩＴＡＭドメインを含む。ある態様において、一次シグナル伝達ドメインは、改変されたＩＴＡＭを含有する一次細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、最適化されたおよび／またはトランケートされたＩＴＡＭを含有する一次細胞内シグナル伝達ドメインを含む。ある態様において、一次シグナル伝達ドメインは１、２、３、４つ以上のＩＴＡＭモチーフを含む。本発明で特に使用される一次細胞内シグナル伝達ドメインを含有する分子のさらなる例はＤＡＰ１０、ＤＡＰ１２およびＣＤ３２のものを含む。
【０４１１】
一次細胞内シグナル伝達ドメインは一次刺激分子の機能性断片またはアナログ(例えば、ＣＤ３ゼータ−GenBank Acc. No. ＢＡＧ３６６６４.１)を含む。一次細胞内シグナル伝達ドメインは、全細胞内領域または、それが融合している抗原結合ドメインが同族抗原と結合したときに細胞内シグナルを発生させるのに充分な細胞内領域の断片を含むことができる。複数の態様において、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、天然に存在する一次刺激分子、例えば、ヒト(GenBank Acc. No. ＢＡＧ３６６６４.１)または他の哺乳類の動物、例えば、非ヒト種、例えば、齧歯動物、サル、類人猿またはマウス科の細胞内一次刺激分子の全細胞内領域または細胞内シグナルの発生に充分な細胞内領域の断片と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９８または９９％の配列同一性を有する。複数の態様において、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、配列番号１８または配列番号２０と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９８または９９％の配列同一性を有する。
【０４１２】
複数の態様において、一次細胞内シグナル伝達ドメインは、天然に存在するヒト一次刺激分子、例えば、本明細書に開示されている天然に存在するヒト一次刺激分子の全細胞内領域または細胞内シグナルの発生に充分な細胞内領域の断片の対応する残基と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８または９９％の同一性を有するかまたは３０、２５、２０、１５、１０、５、４、３、２または１個以下のアミノ酸残基だけ異なる。
【０４１３】
同時刺激シグナル伝達ドメイン
ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインはＣＤ３−ゼータシグナル伝達ドメイン自体を含むことができるかまたは本発明のＣＡＲとの関連で有用な他の任意の望ましい細胞内シグナル伝達ドメインと組み合わせることができる。例えば、ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインはＣＤ３ゼータ鎖部分および同時刺激シグナル伝達ドメインを含むことができる。同時刺激シグナル伝達ドメインとは、同時刺激分子の細胞内ドメインを含むＣＡＲの一部分を意味する。ある態様において、細胞内ドメインは、ＣＤ３−ゼータのシグナル伝達ドメインおよびＣＤ２８のシグナル伝達ドメインを含むように設計される。ある面において、細胞内ドメインは、ＣＤ３−ゼータのシグナル伝達ドメインおよびＩＣＯＳのシグナル伝達ドメインを含むように設計される。
【０４１４】
同時刺激分子は、抗原に対するリンパ球の効率的な応答のために必要とされる抗原受容体またはそのリガンド以外の細胞表面分子である。かかる分子の例は、ＭＨＣクラスＩ分子、ＴＮＦ受容体タンパク質、免疫グロブリン様タンパク質、サイトカイン受容体、インテグリン、シグナル伝達リンパ球活性化分子(ＳＬＡＭタンパク質)、活性化性ＮＫ細胞受容体、ＢＴＬＡ、Ｔｏｌｌリガンド受容体、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１(ＣＤ１１ａ／ＣＤ１８)、４−１ＢＢ(ＣＤ１３７)、Ｂ７−Ｈ３、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＯＳ(ＣＤ２７８)、ＧＩＴＲ、ＢＡＦＦＲ、ＬＩＧＨＴ、ＨＶＥＭ(ＬＩＧＨＴＲ)、ＫＩＲＤＳ２、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０(ＫＬＲＦ１)、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１９、ＣＤ４、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＩＬ７Ｒα、ＩＴＧＡ４、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ−６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ−１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ−１、ＩＴＧＢ７、ＮＫＧ２Ｄ、ＮＫＧ２Ｃ、ＴＮＦＲ２、ＴＲＡＮＣＥ／ＲＡＮＫＬ、ＤＮＡＭ１(ＣＤ２２６)、ＳＬＡＭＦ４(ＣＤ２４４、２Ｂ４)、ＣＤ８４、ＣＤ９６(Ｔａｃｔｉｌｅ)、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９(ＣＤ２２９)、ＣＤ１６０(ＢＹ５５)、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００(ＳＥＭＡ４Ｄ)、ＣＤ６９、ＳＬＡＭＦ６(ＮＴＢ−Ａ、Ｌｙ１０８)、ＳＬＡＭ(ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ−３)、ＢＬＡＭＥ(ＳＬＡＭＦ８)、ＳＥＬＰＬＧ(ＣＤ１６２)、ＬＴＢＲ、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ、ＳＬＰ−７６、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＣＤ１９ａおよびＣＤ８３と特異的に結合するリガンド、などを含む。例えば、ＣＤ２７同時刺激は、ヒトＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)細胞のインビトロでの拡大、エフェクター機能および生存を増強し、ヒトＴ細胞の永続性および抗腫瘍活性をインビボで増加させることが立証されている(Song et al. BLOOD. 2012; 119(3):696-706)。かかる同時刺激分子のさらなる例は、ＣＤＳ、ＩＣＡＭ−１、ＧＩＴＲ、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ(ＬＩＧＨＴＲ)、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０(ＫＬＲＦ１)、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＣＤ４、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＩＬ２Ｒβ、ＩＬ２Ｒγ、ＩＬ７Ｒα、ＩＴＧＡ４、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ−６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ−１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ−１、ＩＴＧＢ７、ＴＮＦＲ２、ＴＲＡＮＣＥ／ＲＡＮＫＬ、ＤＮＡＭ１(ＣＤ２２６)、ＳＬＡＭＦ４(ＣＤ２４４、２Ｂ４)、ＣＤ８４、ＣＤ９６(Ｔａｃｔｉｌｅ)、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９(ＣＤ２２９)、ＣＤ１６０(ＢＹ５５)、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００(ＳＥＭＡ４Ｄ)、ＣＤ６９、ＳＬＡＭＦ６(ＮＴＢ−Ａ、Ｌｙ１０８)、ＳＬＡＭ(ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ−３)��ＢＬＡＭＥ(ＳＬＡＭＦ８)、ＳＥＬＰＬＧ(ＣＤ１６２)、ＬＴＢＲ、ＬＡＴ、ＧＡＤＳ、ＳＬＰ−７６、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＮＫＧ２ＤおよびＮＫＧ２Ｃを含む。
【０４１５】
本発明のＣＡＲの細胞質部分内の細胞内シグナル伝達配列は、ランダムまたは特定の順序で互いに連結され得る。適宜、例えば、２〜１０個のアミノ酸(例えば、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のアミノ酸)の長さの短いオリゴ−またはポリペプチドリンカーが細胞内シグナル伝達配列間の結合を形成してもよい。ある態様において、グリシン−セリンダブレットを適切なリンカーとして使用することができる。ある態様において、単一のアミノ酸、例えば、アラニン、グリシンを適切なリンカーとして使用することができる。
【０４１６】
ある面において、細胞内シグナル伝達ドメインは２つ以上、例えば、２、３、４、５つ以上の同時刺激シグナル伝達ドメインを含むように設計される。ある態様において、２つ以上、例えば、２、３、４、５つ以上の同時刺激シグナル伝達ドメインは、リンカー分子、例えば、本明細書に記載されているリンカー分子により分離される。ある態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは２つの同時刺激シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの態様において、リンカー分子はグリシン残基である。いくつかの態様において、リンカーはアラニン残基である。
【０４１７】
同時刺激ドメインは、同時刺激分子(例えば、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８または４−１ＢＢ)の機能性断片またはアナログを含む。それは、全細胞内領域または、例えば、それが融合している抗原結合ドメインが同族抗原と結合したとき細胞内シグナルを発生するのに充分な細胞内領域の断片を含むことができる。複数の態様において、同時刺激ドメインは、本明細書に記載されている天然に存在する同時刺激分子、例えば、ヒトまたは他の哺乳類の動物、例えば、非ヒト種、例えば、齧歯動物、サル、類人猿またはマウス科の細胞内同時刺激分子の全細胞内領域または細胞内シグナルの発生に充分な細胞内領域の断片と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の配列同一性を有する。複数の態様において、同時刺激ドメインは配列番号１４、配列番号１６、配列番号４０または配列番号４４と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の配列同一性を有する。
【０４１８】
複数の態様において、同時刺激シグナル伝達ドメインは、天然に存在するヒト同時刺激分子、例えば、本明細書に開示されている天然に存在するヒト同時刺激分子の全細胞内領域または細胞内シグナルの発生に充分な細胞内領域の断片の対応する残基と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８または９９％の同一性を有するかまたは３０、２５、２０、１５、１０、５、４、３、２または１個以下のアミノ酸残基だけ異なる。
【０４１９】
本明細書に記載されているＣＡＲはいずれも表１１にリストされている構成成分の１つまたは複数を含むことができる。
【０４２０】
【表５】
2018501463.tif 000006
【表６】
2018501463.tif 000007
【０４２１】
【表７】
2018501463.tif 000008
【表８】
2018501463.tif 000009
【０４２２】
ＣＡＲの組合せ
ある面において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、さらに、第２のＣＡＲ、例えば、例えば同じ標的または異なる標的(例えば、本明細書に記載されているがん関連抗原以外の標的または本明細書に記載されている異なるがん関連抗原、例えば、ＣＤ１９、ＣＤ３３、ＣＬＬ−１、ＣＤ３４、ＦＬＴ３または葉酸受容体ベータ)に対する異なる抗原結合ドメインを含む第２のＣＡＲを含むことができる。ある態様において、第２のＣＡＲはがん関連抗原と同一のがん細胞型で発現される標的に対する抗原結合ドメインを含む。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞は、第１の抗原を標的とし、同時刺激シグナル伝達ドメインを有するが一次シグナル伝達ドメインをもたない細胞内シグナル伝達ドメインを含む第１のＣＡＲ、ならびに第２の異なる抗原を標的とし、一次シグナル伝達ドメインを有するが同時刺激シグナル伝達ドメインをもたない細胞内シグナル伝達ドメインを含む第２のＣＡＲを含む。理論に縛られることは望まないが、同時刺激シグナル伝達ドメイン、例えば、４−１ＢＢ、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＤ２７またはＯＸ−４０を第１のＣＡＲ上に、また一次シグナル伝達ドメイン、例えば、ＣＤ３ゼータを第２のＣＡＲ上に配置することにより、ＣＡＲ活性を両方の標的が発現される細胞に限定することができる。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞は、本明細書に記載されている標的抗原に結合する抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび同時刺激ドメインを含む第１のがん関連抗原ＣＡＲ、ならびに異なる標的抗原(例えば、第１の標的抗原と同一のがん細胞型上に発現する抗原)を標的とし、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第２のＣＡＲを含む。別の態様において、ＣＡＲ発現細胞は、本明細書に記載されている標的抗原に結合する抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび一次シグナル伝達ドメインを含む第１のＣＡＲ、ならびに第１の標的抗原以外の抗原(例えば、第１の標的抗原と同一のがん細胞型上に発現する抗原)を標的とし、その抗原に対する抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび同時刺激シグナル伝達ドメインを含む第２のＣＡＲを含む。
【０４２３】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞は本明細書に記載されているＣＡＲ(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ)および抑制ＣＡＲを含む。ある態様において、抑制ＣＡＲは、正常な細胞、例えばＣＬＬも発現する正常な細胞に見出されるががん細胞では見られない抗原に結合する抗原結合ドメインを含む。ある態様において、抑制ＣＡＲは抑制分子の抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインを含む。例えば、抑制ＣＡＲの細胞内ドメインはＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲ(例えば、ＴＧＦＲベータ)の細胞内ドメインであることができる。
【０４２４】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞が２つ以上の異なるＣＡＲを含むとき、異なるＣＡＲの抗原結合ドメインはこれらの抗原結合ドメインがお互いに相互作用しないようなものであることができる。例えば、第１および第２のＣＡＲを発現する細胞は、第１のＣＡＲの抗原結合ドメインを、例えば、第２のＣＡＲの抗原結合ドメインと会合を形成しない断片、例えばｓｃＦｖとして有することができ、例えば、第２のＣＡＲの抗原結合ドメインはＶＨＨである。
【０４２５】
いくつかの態様において、細胞の表面上に存在するとき、第１のＣＡＲの抗原結合ドメインとその同族抗原との結合は第２のＣＡＲの存在によって実質的に低減しない。いくつかの態様において、第２のＣＡＲの存在下における第１のＣＡＲの抗原結合ドメインとその同族抗原との結合は第２のＣＡＲの不在下での第１のＣＡＲの抗原結合ドメインとその同族抗原との結合の８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％である。
【０４２６】
いくつかの態様において、細胞の表面上に存在するとき、第１のＣＡＲおよび第２のＣＡＲの抗原結合ドメインは、両方がｓｃＦｖ抗原結合ドメインであった場合ほどには互いに会合しない。いくつかの態様において、第１のＣＡＲおよび第２のＣＡＲの抗原結合ドメインは、両方がｓｃＦｖ抗原結合ドメインであった場合より８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％少なく互いに会合する。
【０４２７】
ＣＡＲ発現細胞
本明細書に記載されているＣＡＲは細胞、例えば免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞上に発現される。例えば、本明細書に記載されているＣＡＲの核酸コンストラクトはＴ細胞に形質導入される。複数の態様において、本明細書に記載されているＣＡＲを発現する細胞はインビトロで転写されたＲＮＡ  ＣＡＲ  Ｔ細胞である。
【０４２８】
細胞、例えばＴ細胞の起源
増殖および遺伝子改変または他の改変に先立って、細胞、例えば免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞またはＮＫ細胞の起源を対象から入手することができる。対象の例はヒト、サル、チンパンジー、イヌ、ネコ、マウス、ラットおよびこれらのトランスジェニック種を含む。Ｔ細胞は、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位由来の組織、腹水、胸膜滲出、脾臓組織および腫瘍を含む多くの起源から入手することができる。いくつかの態様において、このセクションに記載されているようにして得られた細胞を本明細書に記載されているアッセイにかけ、例えば、１つまたは複数のバイオマーカーをアッセイする。
【０４２９】
本開示のいくつかの面において、免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞またはＮＫ細胞は、Ｆｉｃｏｌｌ(商標)分離のような当業者に公知のあらゆる技術を使用して対象から採取した一単位の血液から得ることができる。ある面において、個体の循環血液からの細胞はアフェレーシスによって得られる。アフェレーシス産物は通例、リンパ球、例えばＴ細胞、単球、顆粒球、Ｂ細胞、他の有核白血球細胞、赤血球細胞および血小板を含有する。ある面において、アフェレーシスによって収集された細胞は、洗浄して血漿画分を除去することができ、適宜細胞を適当なバッファーまたは後の処理ステップのための媒体中にいれてもよい。ある態様において、細胞はリン酸緩衝生理食塩水(ＰＢＳ)で洗浄される。代わりの態様において、洗浄液はカルシウムを欠いており、マグネシウムを欠いていてもよくまたは全部ではないとしても多くの二価カチオンを欠いてもよい。
【０４３０】
カルシウム不在下の初期の活性化ステップにより拡大した活性化を得ることができる。当業者には容易に認識されるように、洗浄ステップは、当業者に公知の方法により、例えば半自動「フロースルー」遠心分離機(例えば、Ｃｏｂｅ  ２９９１細胞プロセッサー、Baxter CytoMateまたはHaemonetics Cell Saver 5)を製造業者の指示に従って使用することにより達成され得る。洗浄後、細胞を、例えば、Ｃａ不含、Ｍｇ不含ＰＢＳ、ＰｌａｓｍａＬｙｔｅ  Ａまたはその他のバッファー含有または不含の生理食塩水溶液のような様々な生体適合性のバッファーに再懸濁することができる。あるいは、アフェレーシスサンプルの望ましくない構成成分を除去し、細胞を直接培養培地に再懸濁してもよい。
【０４３１】
本出願の方法は、５％またはこれ未満、例えば２％のヒトＡＢ血清を含む培養培地条件を利用することができ、公知の培養培地条件および組成、例えばSmith et al., “Ex vivo expansion of human T cells for adoptive immunotherapy using the novel Xeno-free CTS Immune Cell Serum Replacement” Clinical & Translational Immunology (2015) 4, e31; doi:10.1038/cti.2014.31に記載されているものを使用することができるということが認識される。
【０４３２】
ある面において、Ｔ細胞は、赤血球細胞を溶解し、例えば、ＰＥＲＣＯＬＬ(商標)勾配を通す遠心分離によりまたは向流遠心分離水簸により単球を枯渇させることによって末梢血リンパ球から単離される。
【０４３３】
例えば、本明細書に記載されている方法は、例えば、例えば本明細書に記載されている陰性選択技術を使用した、Ｔ調節性細胞枯渇集団、ＣＤ２５＋枯渇細胞である免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞の特定の亜集団の選択を含むことができる。複数の態様において、Ｔ調節性枯渇細胞の集団は３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、５％、４％、３％、２％、１％未満のＣＤ２５＋細胞を含有する。
【０４３４】
ある態様において、Ｔ調節性細胞、例えばＣＤ２５＋Ｔ細胞は、抗ＣＤ２５抗体またはその断片またはＣＤ２５結合性リガンド、例えばＩＬ−２を使用して集団から取り出される。ある態様において、抗ＣＤ２５抗体またはその断片またはＣＤ２５結合性リガンドは基材、例えばビーズにコンジュゲートされるかまたは基材、例えばビーズに他の方法でコートされる。ある態様において、抗ＣＤ２５抗体またはその断片は、本明細書に記載されているように基材にコンジュゲートされる。
【０４３５】
ある態様において、Ｔ調節性細胞、例えばＣＤ２５＋Ｔ細胞は、Miltenyi(商標)からのＣＤ２５枯渇試薬を使用して集団から取り出される。ある態様において、細胞とＣＤ２５枯渇試薬の比は１ｅ７細胞対２０ｕＬまたは１ｅ７細胞対１５ｕＬまたは１ｅ７細胞対１０ｕＬまたは１ｅ７細胞対５ｕＬまたは１ｅ７細胞対２.５ｕＬまたは１ｅ７細胞対１.２５ｕＬである。ある態様において、例えば、Ｔ調節性細胞、例えばＣＤ２５＋枯渇の場合、５億細胞／ｍｌ超を使用する。さらなる面において、６、７、８または９億細胞／ｍｌの濃度の細胞を使用する。
【０４３６】
ある態様において、枯渇される免疫エフェクター細胞の集団は約６×１０９のＣＤ２５＋Ｔ細胞を含む。他の面において、枯渇される免疫エフェクター細胞の集団は約１×１０９〜１×１０１０のＣＤ２５＋Ｔ細胞および間のあらゆる整数値を含む。ある態様において、得られる集団Ｔ調節性枯渇細胞は２×１０９のＴ調節性細胞、例えば、ＣＤ２５＋細胞またはこれ未満(例えば、１×１０９、５×１０８、１×１０８、５×１０７、１×１０７またはこれ未満のＣＤ２５＋細胞)を有する。
【０４３７】
ある態様において、Ｔ調節性細胞、例えば、ＣＤ２５＋細胞は、例えばチュービング１６２−０１のような枯渇チュービングセットを有するＣｌｉｎｉＭＡＣシステムを使用して集団から取り出される。ある態様において、ＣｌｉｎｉＭＡＣシステムは例えば、ＤＥＰＬＥＴＩＯＮ２.１のような枯渇セッティングで行われる。
【０４３８】
特定の理論に縛られることは望まないが、アフェレーシスの前またはＣＡＲ発現細胞産物の製造中対象において免疫細胞の負の制御因子のレベルを低減する(例えば、不要な免疫細胞、例えばＴＲＥＧ細胞の数を低減する)ことで、対象の再発のリスクを低減することができる。ある態様において、患者を、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物の製造のための細胞の採集に先立ってＴＲＥＧ細胞を低減する１つまたは複数の療法で前処置することにより、患者のＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)治療(例えば、ＣＴＬ０１９治療)への逆戻りのリスクを低減させる。ＴＲＥＧ細胞を枯渇させる方法は当技術分野で公知である。ＴＲＥＧ細胞を低減する方法は、限定されることはないが、シクロホスファミド、抗ＧＩＴＲ抗体、ＣＤ２５−枯渇およびこれらの組合せを含む。
【０４３９】
いくつかの態様において、製造方法は、ＣＡＲ発現細胞の製造に先立ってＴＲＥＧ細胞の数を低減する(例えば、枯渇させる)ことを含む。例えば、製造方法は、例えば、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物の製造に先立ってＴＲＥＧ細胞を枯渇させるために、サンプル、例えばアフェレーシスサンプルを、抗ＧＩＴＲ抗体および／または抗ＣＤ２５抗体(またはその断片またはＣＤ２５結合性リガンド)と接触させることを含む。
【０４４０】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物の製造のための細胞の採集に先立って患者をシクロホスファミドで前処置することにより、患者のＣＡＲ発現細胞治療(例えば、ＣＴＬ０１９治療)への逆戻りのリスクを低減する。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物の製造のための細胞の採集に先立って患者を抗ＧＩＴＲ抗体で前処置することにより、患者のＣＡＲ発現細胞治療(例えば、ＣＴＬ０１９治療)への逆戻りのリスクを低減する。
【０４４１】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)製造プロセスを改変して、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物(例えば、ＣＴＬ０１９産物)の製造に先立ってＴＲＥＧ細胞を枯渇させる。ある態様において、ＣＤ２５−枯渇を使用して、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物(例えば、ＣＴＬ０１９産物)の製造に先立ってＴＲＥＧ細胞を枯渇させる。
【０４４２】
本明細書に記載されている方法は１つより多くの選択ステップ、例えば、１つより多くの枯渇ステップを含むことができる。陰性選択によるＴ細胞集団の富化は、例えば、負に選択された細胞にユニークな表面マーカーに対する抗体の組合せによって達成することができる。１つの方法は、負に選択された細胞上に存在する細胞表面マーカーに対するモノクローナル抗体の混合物を使用する負磁気免疫付着またはフローサイトメトリーによるセルソーティングおよび／または選択である。例えば、陰性選択によってＣＤ４＋細胞を富化するために、モノクローナル抗体混合物はＣＤ１４、ＣＤ２０、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＨＬＡ−ＤＲおよびＣＤ８に対する抗体を含むことができる。
【０４４３】
本明細書に記載されている方法は、さらに、腫瘍抗原、例えば、ＣＤ２５を含まない腫瘍抗原、例えば、ＣＤ１９、ＣＤ３０、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ２０、ＣＤ１４またはＣＤ１１ｂを発現する集団から細胞を取り出すことを含むことにより、ＣＡＲ、例えば本明細書に記載されているＣＡＲの発現に適したＴ調節性枯渇、例えば、ＣＤ２５＋枯渇および腫瘍抗原枯渇細胞の集団を提供することができる。ある態様において、腫瘍抗原を発現する細胞はＴ調節性、例えば、ＣＤ２５＋細胞と同時に取り出される。例えば、抗ＣＤ２５抗体またはその断片および抗腫瘍抗原抗体またはその断片を同一の基材、例えばビーズに付着させることができ、これは細胞または抗ＣＤ２５抗体もしくはその断片を取り出すのに使用することができまたは抗腫瘍抗原抗体またはその断片を別々のビーズに付着させることができ、これらの混合物は細胞を取り出すのに使用することができる。他の態様において、Ｔ調節性細胞、例えば、ＣＤ２５＋細胞の取り出しおよび腫瘍抗原を発現する細胞の取り出しは順次起こり、例えばいずれの順序でも起こることができる。
【０４４４】
また、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書に記載されているチェックポイント阻害剤、例えば、ＰＤ１＋細胞、ＬＡＧ３＋細胞およびＴＩＭ３＋細胞の１つまたは複数を発現する集団から細胞を取り出すことにより、Ｔ調節性枯渇、例えば、ＣＤ２５＋枯渇細胞およびチェックポイント阻害剤枯渇細胞、例えば、ＰＤ１＋、ＬＡＧ３＋および／またはＴＩＭ３＋枯渇細胞の集団を提供することを含む方法も提供される。代表的なチェックポイント阻害剤はＢ７−Ｈ１、Ｂ＆−１、ＣＤ１６０、Ｐ１Ｈ、２Ｂ４、ＰＤ１、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＴＬＡ−４、ＢＴＬＡおよびＬＡＩＲ１を含む。ある態様において、チェックポイント阻害剤を発現する細胞はＴ調節性、例えば、ＣＤ２５＋細胞と同時に取り出される。例えば、抗ＣＤ２５抗体またはその断片および抗チェックポイント阻害剤抗体またはその断片は、同一のビーズに付着させることができ、これは細胞または抗ＣＤ２５抗体またはその断片を取り出すのに使用することができ、抗チェックポイント阻害剤抗体またはその断片は別々のビーズに付着させることができ、これらの混合物は細胞を取り出すのに使用することができる。他の態様において、Ｔ調節性細胞、例えば、ＣＤ２５＋細胞の取り出しおよびチェックポイント阻害剤を発現する細胞の取り出しは順次起こり、例えばいずれの順序で起こることもできる。
【０４４５】
本明細書に記載されている方法は陽性選択ステップを含むことができる。例えば、Ｔ細胞は、ＤＹＮＡビーズＳ(登録商標)Ｍ−４５０  ＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔのような抗ＣＤ３／抗ＣＤ２８(例えば、３×２８)とコンジュゲートしたビーズと共に、所望のＴ細胞の陽性選択に充分な期間インキュベーションすることによって単離することができる。ある態様において、この期間は約３０分である。さらなる態様において、期間は３０分〜３６時間以上の範囲およびその間のすべての整数値である。さらなる態様おいて、期間は少なくとも１、２、３、４、５または６時間である。さらに別の態様において、期間は１０〜２４時間、例えば、２４時間である。より長いインキュベーション時間も、腫瘍に浸潤するリンパ球(ＴＩＬ)を腫瘍組織または免疫抑制された個体から単離する際のように、他の細胞型と比較して少ないＴ細胞しか存在しないような状況においてＴ細胞を単離するのに使用し得る。さらに、より長いインキュベーション時間の使用はＣＤ８＋Ｔ細胞の捕獲の効率を増大することができる。このように、Ｔ細胞をＣＤ３／ＣＤ２８ビーズに結合させる時間を単に短縮または延長することによっておよび／またはビーズとＴ細胞の比を増大または減少することによって(本明細書にさらに記載するように)、Ｔ細胞の亜集団を培養開始時またはプロセス中の他の時点において優先的に選択することができる。加えて、ビーズまたは他の表面上の抗ＣＤ３および／または抗ＣＤ２８抗体の割合を増大または減少することによって、Ｔ細胞の亜集団を培養開始時または他の所望の時点において優先的に選択することができる。
【０４４６】
ある態様において、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦα、ＩＬ−１７Ａ、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−９、ＩＬ−２１、ＣＣＬ２０,ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、グランザイムＢおよびパーフォリンまたはその他の適当な分子、例えば他のサイトカインの１つまたは複数を発現するＴ細胞集団を選択することができる。細胞発現をスクリーニングする方法は、例えば、国際公開第２０１３／１２６７１２号に記載されている方法によって決定することができる。ある態様において、Ｔ細胞集団はサイトカインＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａ、ＩＬ−６およびこれらの組合せを発現する。
【０４４７】
陽性または陰性選択による細胞の所望の集団の単離のために、細胞の濃度および表面(例えば、ビーズのような粒子)は変化することができる。いくつかの面において、細胞およびビーズの最大の接触を確実にするために、ビーズおよび細胞が互いに混合される容量を顕著に減少させる(例えば、細胞の濃度を増大する)のが望ましいことがある。例えば、ある面において、１００億細胞／ｍｌ、９０億／ｍｌ、８０億／ｍｌ、７０億／ｍｌ、６０億／ｍｌまたは５０億／ｍｌの濃度が使用される。ある面において、１０億細胞／ｍｌの濃度が使用される。別のある面において、７５、８０、８５、９０、９５または１００百万細胞／ｍｌの細胞濃度が使用される。さらなる面において、１２５または１５０百万細胞／ｍｌの濃度を使用することができる。
【０４４８】
高濃度を使用すると、増大した細胞収率、細胞活性化および細胞増殖を得ることができる。さらに、高い細胞濃度を使用すると、ＣＤ２８−陰性Ｔ細胞のような、目的の標的抗原を弱く発現し得る細胞のまたは多くの腫瘍細胞が存在するサンプル(例えば、白血病血液、腫瘍組織等)からの、より効率的な捕獲が可能になる。かかる細胞集団は治療的価値を有する可能性があり、取得するのが望ましいであろう。例えば、高い細胞濃度を使用すると、通常はより弱いＣＤ２８の発現を有するＣＤ８＋Ｔ細胞のより効率的な選択が可能になる。
【０４４９】
関連する面において、より低い細胞濃度を使用するのが望ましいことがある。Ｔ細胞の混合物および表面(例えば、ビーズのような粒子)を大幅に希釈することにより、粒子と細胞との間の相互作用が最小になる。これにより、粒子に結合される所望の抗原を大量に発現する細胞が選択される。例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞はより高いレベルのＣＤ２８を発現し、希薄な濃度でＣＤ８＋Ｔ細胞より効率的に捕獲される。ある面において、使用される細胞の濃度は５×１０６／ｍｌである。他の面において、使用される濃度は約１×１０５／ｍｌ〜１×１０６／ｍｌおよび間の任意の整数値であることができる。
【０４５０】
他の面において、細胞は変化する長さの時間にわたって変化するスピードで２−１０℃または室温において回転子上でインキュベートすることができる。
【０４５１】
刺激のためのＴ細胞はまた洗浄ステップの後凍結することもできる。理論に縛られることは望まないが、凍結およびその後の解凍ステップは、細胞集団内の顆粒球およびある程度までの単球を除去することによってより均一な産物を提供する。血漿および血小板を除去する洗浄ステップの後、細胞を凍結溶液中に懸濁させることができる。多くの凍結溶液およびパラメーターが当技術分野で公知であり、この状況で有用であるが、１つの方法は２０％ＤＭＳＯおよび８％ヒト血清アルブミンを含有するＰＢＳまたは１０％デキストラン４０および５％ブドウ糖、２０％ヒト血清アルブミンおよび７.５％ＤＭＳＯまたは３１.２５％Ｐｌａｓｍａｌｙｔｅ−Ａ、３１.２５％ブドウ糖５％、０.４５％ＮａＣｌ、１０％デキストラン４０および５％ブドウ糖、２０％ヒト血清アルブミンおよび７.５％ＤＭＳＯを含有する培養培地または例えば、ＨｅｓｐａｎおよびＰｌａｓｍａｌｙｔｅ  Ａを含有する他の適切な細胞凍結培地を使用することを含み、その後細胞は１°／分の速度で−８０℃に凍結され、液体窒素貯蔵タンクの蒸気相内に保存される。他の制御された凍結方法を、−２０℃または液体窒素中の即座の制御されない凍結と同様に使用できる。
【０４５２】
いくつかの面において、凍結保存された細胞を本明細書に記載されているように解凍し洗浄し、１時間室温でせた後、本発明の方法を使用して活性化する。
【０４５３】
また、本発明の状況において、本明細書に記載されている増殖させた細胞が必要になるかもしれないときの前の期間に対象から血液サンプルまたはアフェレーシス産物を採集することも考えられる。この場合、増殖させる細胞の起源は必要ないかなる時点でも採取することができ、Ｔ細胞のような所望の細胞が本明細書に記載されているもののような免疫エフェクター細胞療法の恩恵を受ける多くの疾患または症状のための免疫エフェクター細胞療法での後の使用のために単離され凍結される。ある面において、血液サンプルまたはアフェレーシスは一般に健康な対象から採取される。いくつかの面において、血液サンプルまたはアフェレーシスは、疾患を発症するリスクがあるがまだ疾患を発症していない一般に健康な対象から採取され、目的の細胞が後の使用のために単離され凍結される。いくつかの面において、Ｔ細胞が増殖され、凍結され、後の時点で使用され得る。いくつかの面において、サンプルは本明細書に記載されている特定の疾患の診断の直後に、しかし何らかの処置をする前に患者から採取される。さらなる面において、細胞は、限定されることはないが治療剤、例えばナタリズマブ、エファリズマブ、抗ウイルス剤、化学療法、放射線、免疫阻害剤、例えばシクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノレートおよびＦＫ５０６、抗体または他の免疫除去剤、例えばＣＡＭＰＡＴＨ、抗ＣＤ３抗体、シトキサン、フルダラビン、シクロスポリン、ＦＫ５０６、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、ＦＲ９０１２２８および放射線治療を含む多くの関連の治療法の前の対象に由来する血液サンプルまたはアフェレーシスから単離される。
【０４５４】
本発明のさらなる面において、Ｔ細胞は対象に機能性のＴ細胞を残す治療の直後に患者から得られる。この点に関して、ある種のがん治療、特に免疫系を損なう薬物による治療の後、治療直後の通常患者がその治療から回復している間、得られるＴ細胞の質がそれらのエクスビボで増殖する能力の点で最適または改良されていることがあるということが観察されている。同様に、本明細書に記載されている方法を使用するエクスビボ操作の後、これらの細胞は増強された生着およびインビボでの増殖に好適な状態であることがある。従って、Ｔ細胞、樹状細胞または造血系の他の細胞を含む血液細胞をこの回復期に採取することは本発明の範囲内であると考えられる。さらに、いくつかの面において、殊に療法後のある所定の時間枠の間に、動員(例えば、ＧＭ−ＣＳＦによる動員)およびコンディショニングレジメンを使用して、特定の細胞型の再増殖、再循環、再生および／または増殖が都合がよい状態を対象において作り出すことができる。実例の細胞型はＴ細胞、Ｂ細胞、樹状細胞および免疫系の他の細胞を含む。
【０４５５】
ある態様において、ＣＡＲ分子、例えば本明細書に記載されているＣＡＲ分子を発現する免疫エフェクター細胞は、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤を受けている対象から得られる。ある態様において、ＣＡＲを発現するように工学操作される免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞の集団は、対象のまたは対象から回収されたＰＤ１陰性免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞のレベルまたはＰＤ１陰性免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞／ＰＤ１陽性免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞の比が少なくとも一時的に増大しているように、充分な時間の後または低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤の充分な服用の後回収される。
【０４５６】
他の態様において、ＣＡＲを発現するように工学操作されているかまたはされることになる免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞の集団は、ＰＤ１陰性免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞の数を増大させるかまたはＰＤ１陰性免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞／ＰＤ１陽性免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞の比を増大させる量のｍＴＯＲ阻害剤と接触させることによってエクスビボで処理することができる。
【０４５７】
ある態様において、Ｔ細胞集団はジアシルグリセロールキナーゼ(ＤＧＫ)欠損である。ＤＧＫ欠損細胞はＤＧＫ  ＲＮＡまたはタンパク質を発現しないかまたは低減したかもしくは阻害されたＤＧＫ活性を有する細胞を含む。ＤＧＫ欠損細胞は、遺伝子的手法により、例えば、ＲＮＡ−干渉剤、例えば、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡを投与してＤＧＫ発現を低減または抑制することによって生成することができる。あるいは、ＤＧＫ欠損細胞は、本明細書に記載されているＤＧＫ阻害剤による処理によって生成することができる。
【０４５８】
ある態様において、Ｔ細胞集団はＩｋａｒｏｓ欠損である。Ｉｋａｒｏｓ欠損細胞はＩｋａｒｏｓ  ＲＮＡまたはタンパク質を発現しないかまたは低減したかもしくは阻害されたＩｋａｒｏｓ活性を有する細胞を含み、Ｉｋａｒｏｓ欠損細胞は遺伝子的手法により、例えば、ＲＮＡ−干渉剤、例えば、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡを投与してＩｋａｒｏｓ発現を低減または抑制することによって生成することができる。あるいは、Ｉｋａｒｏｓ欠損細胞はＩｋａｒｏｓ阻害剤、例えばレナリドミドによる処理によって生成することができる。
【０４５９】
複数の態様において、Ｔ細胞集団はＤＧＫ欠損かつＩｋａｒｏｓ欠損であり、例えば、ＤＧＫおよびＩｋａｒｏｓを発現しないかまたは低減したかもしくは阻害されたＤＧＫおよびＩｋａｒｏｓ活性を有する。かかるＤＧＫおよびＩｋａｒｏｓ欠損細胞は本明細書に記載されている方法のいずれかによって生成することができる。
【０４６０】
同種異系ＣＡＲ
本明細書に記載されている複数の態様において、免疫エフェクター細胞は同種異系の免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞であることができる。例えば、細胞は同種異系のＴ細胞、例えば、機能性のＴ細胞受容体(ＴＣＲ)および／またはヒト白血球抗原(ＨＬＡ)、例えば、ＨＬＡクラスＩおよび／またはＨＬＡクラスIIの発現を欠損している同種異系のＴ細胞であることができる。
【０４６１】
機能性のＴＣＲを欠くＴ細胞は、例えば、機能性のＴＣＲをその表面上に発現しないように工学操作されているか、機能性のＴＣＲを含む１つまたは複数のサブユニットを発現しないように工学操作されている(例えば、ＴＣＲアルファ、ＴＣＲベータ、ＴＣＲガンマ、ＴＣＲデルタ、ＴＣＲエプシロンおよび／またはＴＣＲゼータを発現しない(または低減した発現を示す)ように工学操作されている)かまたはその表面上に非常にわずかの機能性のＴＣＲしか生産しないように工学操作されていることができる。あるいは、Ｔ細胞は、例えば、ＴＣＲの１つまたは複数のサブユニットの突然変異したかまたはトランケートされた形態の発現によって、実質的に機能低下したＴＣＲを発現することができる。用語「実質的に機能低下したＴＣＲ」とは、このＴＣＲが宿主中で不利な免疫反応を引き起こさないことを意味する。
【０４６２】
本明細書に記載されているＴ細胞は、例えば、機能性のＨＬＡをその表面上に発現しないように工学操作することができる。例えば、本明細書に記載されているＴ細胞は、細胞表面発現ＨＬＡ、例えばＨＬＡクラス１および／またはＨＬＡクラスIIが下方調節(ｄｏｗｎｒｅｇｕｌａｔｅ)されるように工学操作することができる。いくつかの態様において、ＨＬＡの下方調節はベータ−２マイクログロブリン(Ｂ２Ｍ)の発現を低減または排除することによって達成され得る。
【０４６３】
いくつかの態様において、Ｔ細胞は機能性のＴＣＲおよび機能性のＨＬＡ、例えば、ＨＬＡクラスＩおよび／またはＨＬＡクラスIIを欠損していることができる。
【０４６４】
機能性のＴＣＲおよび／またはＨＬＡの発現を欠損する改変されたＴ細胞は、ＴＣＲまたはＨＬＡの１つまたは複数のサブユニットのノックアウトまたはノックダウンを含む任意の適切な手段によって得ることができる。例えば、Ｔ細胞は、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、クラスター化した規則的空間配置の短パリンドローム反復配列(ＣＲＩＳＰＲ)転写−活性化因子様エフェクーヌクレアーゼ(ＴＡＬＥＮ)またはジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ(ＺＦＮ)を使用するＴＣＲおよび／またはＨＬＡのノックダウンを含むことができる。
【０４６５】
いくつかの態様において、同種異系細胞は、例えば本明細書に記載されている方法によって、抑制分子を発現しないかまたは低いレベルで発現する細胞であることができる。例えば、細胞は、例えば、免疫エフェクター応答を開始させるＣＡＲ発現細胞の能力を減少することができる抑制分子を発現しないかまたは低いレベルで発現する細胞であることができる。抑制分子の例はＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲ(例えば、ＴＧＦＲベータ)を含む。抑制分子の抑制、例えばＤＮＡ、ＲＮＡまたはタンパク質レベルでの抑制は、ＣＡＲ発現細胞の性能を最適化することができる。複数の態様において、抑制性核酸、例えば抑制性核酸、例えばｄｓＲＮＡ、例えばｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡ、クラスター化した規則的空間配置の短パリンドローム反復配列(ＣＲＩＳＰＲ)、転写−活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(ＴＡＬＥＮ)またはジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ(ＺＦＮ)を、例えば、本明細書に記載されているように使用することができる。
【０４６６】
ＴＣＲまたはＨＬＡを抑制するｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡ
いくつかの態様において、ＴＣＲ発現および／またはＨＬＡ発現は、ＴＣＲおよび／またはＨＬＡコードする核酸を標的とするｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡおよび／または本明細書に記載されている抑制分子(例えば、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲベータ)を細胞、例えば、Ｔ細胞で使用して抑制することができる。
【０４６７】
ｓｉＲＮＡおよびｓｈＲＮＡに対する発現系、ならびに代表的なｓｈＲＮＡは、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日付で出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６４９および６５０に記載されている。
【０４６８】
ＴＣＲまたはＨＬＡを抑制するＣＲＩＳＰＲ
「ＣＲＩＳＰＲ」または「ＴＣＲおよび／またはＨＬＡに対するＣＲＩＳＰＲ」または「ＴＣＲおよび／またはＨＬＡを抑制するＣＲＩＳＰＲ」とは、本明細書で使用されるとき、１組のクラスター化した規則的空間配置の短パリンドローム反復配列またはかかる１組の反復配列を含む系を意味する。「Ｃａｓ」とは、本明細書で使用されるとき、ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質を指す。「ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ」系とは、ＣＲＩＳＰＲおよびＣａｓから誘導される系を意味し、これはＴＣＲおよび／またはＨＬＡ遺伝子をサイレントにするかまたは突然変異させるためにおよび／または本明細書に記載されている抑制分子(例えば、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲベータ)を細胞、例えば、Ｔ細胞中に使用することができる。
【０４６９】
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系およびその使用は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日付出願の国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６５１−６５８に記載されている。
【０４７０】
ＴＣＲおよび／またはＨＬＡを抑制するＴＡＬＥＮ
「ＴＡＬＥＮ」または「ＨＬＡおよび／またはＴＣＲに対するＴＡＬＥＮ」または「ＨＬＡおよび／またはＴＣＲを抑制するＴＡＬＥＮ」とは転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼを意味し、ＨＬＡおよび／またはＴＣＲ遺伝子を編集するためにおよび／または本明細書に記載されている抑制分子(例えば、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲベータ)を細胞、例えば、Ｔ細胞中に使用することができる人工のヌクレアーゼである。
【０４７１】
ＴＡＬＥＮおよびその使用は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日付出願の国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６５９−６６５に記載されている。
【０４７２】
ＨＬＡおよび／またはＴＣＲを抑制するジンクフィンガーヌクレアーゼ
「ＺＦＮ」または「ジンクフィンガーヌクレアーゼ」または「ＨＬＡおよび／またはＴＣＲに対するＺＦＮ」または「ＨＬＡおよび／またはＴＣＲを抑制するＺＦＮ」とはジンクフィンガーヌクレアーゼ、すなわち、ＨＬＡおよび／またはＴＣＲ遺伝子および／または本明細書に記載されている抑制分子(例えば、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲベータ)を編集するために、細胞、例えば、Ｔ細胞中に使用することができる人工のヌクレアーゼを意味しする。
【０４７３】
ＺＦＮおよびその使用は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６６６−６７１に記載されている。
【０４７４】
テロメラーゼ発現
いかなる特定の理論にも縛られることは望まないが、いくつかの態様において、治療用Ｔ細胞はＴ細胞で短縮されるテロマーのために患者内で短期間の持続性を有し、従って、テロメラーゼ遺伝子によるトランスフェクションはＴ細胞のテロマーを長くすることができ、患者におけるＴ細胞の持続性を改良することができる。Carl June, “Adoptive T cell therapy for cancer in the clinic”, Journal of Clinical Investigation, 117:1466-1476 (2007)参照。従って、ある態様において、免疫エフェクター細胞、例えばＴ細胞は、テロメラーゼサブユニット、例えばテロメラーゼの触媒サブユニット、例えばＴＥＲＴ、例えばｈＴＥＲＴを異所的に発現する。いくつかの面において、本開示は、テロメラーゼサブユニット、例えば、テロメラーゼの触媒サブユニット、例えば、ＴＥＲＴ、例えば、ｈＴＥＲＴをコードする核酸に細胞を接触させることを含む、ＣＡＲ発現細胞を生産する方法を提供する。細胞は、ＣＡＲをコードするコンストラクトとの接触の前、同時または後に核酸と接触させることができる。
【０４７５】
ある面において、本開示は、免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の集団を作製する方法を特徴とする。ある態様において、この方法は、免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞)の集団を提供し、この免疫エフェクター細胞の集団を、ＣＡＲをコードする核酸と接触させ；免疫エフェクター細胞の集団を、テロメラーゼサブユニット、例えば、ｈＴＥＲＴをコードする核酸と、ＣＡＲおよびテロメラーゼの発現を可能にする条件下で接触させることを含む。
【０４７６】
ある態様において、テロメラーゼサブユニットをコードする核酸はＤＮＡである。ある態様において、テロメラーゼサブユニットをコードする核酸はテロメラーゼサブユニットの発現を駆動することができるプロモーターを含む。
【０４７７】
ある態様において、ｈＴＥＲＴは、本明細書中の配列番号８２に記載されているGenBank Protein ID ＡＡＣ５１７２４.１のアミノ酸配列を有する(Meyerson et al., “hEST2、the Putative Human Telomerase Catalytic Subunit Gene, Is Up-Regulated in Tumor Cells and during Immortalization” Cell Volume 90, Issue 4, 22 August 1997, Pages 785-795)。
【０４７８】
ある態様において、ｈＴＥＲＴは配列番号８２の配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一の配列を有する。ある態様において、ｈＴＥＲＴは配列番号８２の配列を有する。ある態様において、ｈＴＥＲＴはＮ−末端、Ｃ−末端または両末端に欠失(例えば、５、１０、１５、２０または３０アミノ酸以下)を含む。ある態様において、ｈＴＥＲＴはＮ−末端、Ｃ−末端または両末端にトランスジェニックアミノ酸配列(例えば、５、１０、１５、２０または３０アミノ酸以下)を含む。
【０４７９】
ある態様において、ｈＴＥＲＴは、本明細書中配列番号８３に記載されているGenBank Accession No. ＡＦ０１８１６７の核酸配列によりコードされている(Meyerson et al., “hEST2, the Putative Human Telomerase Catalytic Subunit Gene, Is Up-Regulated in Tumor Cells and during Immortalization” Cell Volume 90, Issue 4, 22 August 1997, Pages 785-795)。
【０４８０】
ある態様において、ｈＴＥＲＴは、配列番号８３の配列と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６、９７％、９８％または９９％同一の配列を有する核酸によりコードされている。ある態様において、ｈＴＥＲＴは配列番号８３の核酸によりコードされている。
【０４８１】
免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞)の活性化および増殖
Ｔ細胞のような免疫エフェクター細胞は、一般に、例えば米国特許第６,３５２,６９４号；同第６,５３４,０５５号；同第６,９０５,６８０号；同第６,６９２,９６４号；同第５,８５８,３５８号；同第６,８８７,４６６号；同第６,９０５,６８１号；同第７,１４４,５７５号；同第７,０６７,３１８号；同第７,１７２,８６９号；同第７,２３２,５６６号；同第７,１７５,８４３号；同第５,８８３,２２３号；同第６,９０５,８７４号；同第６,７９７,５１４号；同第よ６,８６７,０４１号；および米国特許出願公開第２００６０１２１００５号に記載されている方法を使用して活性化し増殖させることができる。いくつかの態様において、免疫エフェクター細胞は、活性化の前、中もしくは後にまたは増殖の前、中もしくは後に本明細書に記載されているようにアッセイにかけられる(例えば、１つまたは複数のバイオマーカーがアッセイされる)。
【０４８２】
一般に、免疫エフェクター細胞の集団は、ＣＤ３／ＴＣＲ複合体関連信号を刺激する作用物質およびＴ細胞の表面上の同時刺激分子を刺激するリガンドが結合している表面との接触により増殖させることができる。特に、Ｔ細胞集団は、本明細書に記載されているように、例えば、表面上に固定化された抗ＣＤ３抗体もしくはその抗原結合性断片または抗ＣＤ２抗体との接触によってまたはカルシウムイオノフォアと同時のタンパク質キナーゼＣ活性化因子(例えば、ブリオスタチン)との接触によって、刺激することができる。Ｔ細胞の表面上のアクセサリー分子の同時刺激のために、アクセサリー分子に結合するリガンドを使用する。例えば、Ｔ細胞の集団を、Ｔ細胞の増殖を刺激するのに適当な条件下で抗ＣＤ３抗体および抗ＣＤ２８抗体と接触させることができる。ＣＤ４＋Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞の増殖を刺激するために、抗ＣＤ３抗体および抗ＣＤ２８抗体を使用することができる。抗ＣＤ２８抗体の例は、９.３、Ｂ−Ｔ３、ＸＲ−ＣＤ２８(Diaclone, Besancon, France)を含み、当技術分野で一般に公知の他の方法と同様に使用することができる(Berg et al., Transplant Proc. 30(8):3975-3977, 1998; Haanen et al., J. Exp. Med. 190(9):13191328, 1999; Garland et al., J. Immunol Meth. 227(1-2):53-63, 1999)。
【０４８３】
いくつかの面において、Ｔ細胞に対する一次刺激性シグナルおよび同時刺激シグナルは異なるプロトコールにより提供され得る。例えば、各々のシグナルを提供する作用物質は溶液中にあってもまたは表面に結合していてもよい。表面に結合されているとき、作用物質は同一の表面に結合していても(すなわち、「シス」構成)または別個の表面に結合していても(すなわち、「トランス」構成)よい。あるいは、１つの作用物質が表面に結合し、他の作用物質が溶液中にあってもよい。ある面において、同時刺激シグナルを提供する作用物質が細胞表面に結合され、一次活性化シグナルを提供する作用物質が溶液中にあるかまたは表面に結合される。いくつかの面において、両方の作用物質が溶液中にあることができる。ある面において、作用物質が可溶性の形態にあり、その後Ｆｃ受容体を発現する細胞または抗体またはこの作用物質に結合する他の結合剤のような表面に架橋してもよい。この点に関して、本発明においてＴ細胞を活性化し増殖させる際に使用が考えられる人工の抗原提示細胞(ａＡＰＣ)については、例えば、米国特許出願公開第２００４０１０１５１９号および同第２００６００３４８１０号を参照されたい。
【０４８４】
ある面において、２つの作用物質が同一のビーズ、すなわち「シス」かまたは別個のビーズ、すなわち「トランス」のビーズに固定化される。例として、一次活性化シグナルを提供する作用物質は抗ＣＤ３抗体またはその抗原結合性断片であり、同時刺激シグナルを提供する作用物質は抗ＣＤ２８抗体またはその抗原結合性断片であり、両方の作用物質が同等の量の分子として同一のビーズに同時固定化される。ある面において、ビーズに結合された１：１の比の各々の抗体がＣＤ４＋Ｔ細胞増殖およびＴ細胞増殖に使用される。本発明のいくつかの面において、１：１の比を使用して観察される増殖と比較してＴ細胞増殖の増大が観察されるように、ある比の抗ＣＤ３：ＣＤ２８抗体をビーズに結合して使用する。１つの特定の面において、１：１の比を使用して観察される増殖と比較して約１〜約３倍の増大が観察される。ある面において、ビーズに結合したＣＤ３：ＣＤ２８抗体の比は１００：１〜１：１００の範囲およびその間のすべての整数値である。ある面において、抗ＣＤ３抗体より多くの抗ＣＤ２８抗体が粒子に結合され、すなわち、ＣＤ３：ＣＤ２８の比は１未満である。いくつかの面において、ビーズに結合した抗ＣＤ２８抗体対抗ＣＤ３抗体の比は２：１より大きい。１つの特定の面において、ビーズに結合された１：１００のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。ある面において、ビーズに結合された１：７５のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。さらなる面において、ビーズに結合された１：５０のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。ある面において、ビーズに結合された１：３０のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。１つの好ましい面において、ビーズに結合された１：１０のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。ある面において、ビーズに結合された１：３のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。別のある面において、ビーズに結合された３：１のＣＤ３：ＣＤ２８の比の抗体を使用する。
【０４８５】
１：５００〜５００：１およびその間の任意の整数値の粒子対細胞の比を使用してＴ細胞または他の標的細胞を刺激し得る。当業者には容易に認識され得るように、粒子対細胞の比は標的細胞に対する相対的な粒径に依存し得る。例えば、小さい大きさのビーズは数個の細胞に結合できるだけであろうが、より大きいビーズは多くと結合することができよう。いくつかの面において、細胞対粒子の比は１：１００〜１００：１の範囲およびその間の任意の整数値であり、さらなる面において、１：９〜９：１およびその間の任意の整数値の比も、Ｔ細胞を刺激するのに使用することができる。抗ＣＤ３−および抗ＣＤ２８に結合した粒子対Ｔ細胞の、Ｔ細胞の刺激をもたらす比は上記のように変化することができるが、いくつかの適切な値は１：１００、１：５０、１：４０、１：３０、１：２０、１：１０、１：９、１：８、１：７、１：６、１：５、１：４、１：３、１：２、１：１、２：１、３：１、４：１、５：１、６：１、７：１、８：１、９：１、１０：１および１５：１を含み、１つの適切な比は少なくとも１：１の粒子／Ｔ細胞である。ある面において、１：１またはこれ未満の粒子対細胞の比を使用する。１つの特定の面において、適切な粒子：細胞の比は１：５である。さらなる面において、粒子対細胞の比は刺激の日に応じて変化することができる。例えば、ある面において、粒子対細胞の比は第１の日で１：１〜１０：１であり、その後１０日まで、毎日または１日おきに１：１〜１：１０(追加の日の細胞数に基づく)の最終の比で追加の粒子を細胞に加える。１つの特定の面において、粒子対細胞の比は刺激の第１の日に１：１であり、刺激の第３および第５の日に１：５に調節する。ある面において、粒子は毎日または１日おきの割合で第１の日に１：１の最終の比で、刺激の第３および第５の日に１：５で加えられる。ある面において、粒子対細胞の比は刺激の第１の日に２：１であり、刺激の第３および第５の日に１：１０に調節される。ある面において、粒子は毎日または１日おきの割合で第１の日に１：１の最終の比で、刺激の第３および第５の日に１：１０で加えられる。当業者には認識されるように、様々な他の比が本発明での使用に適切であり得る。特に、比は粒径ならびに細胞の大きさおよび型に応じて変化する。ある面において、使用するのに最も典型的な比は第１の日に１：１、２：１および３：１の近辺である。
【０４８６】
さらなる面において、Ｔ細胞のような細胞を作用物質がコートされたビーズと混合し、その後ビーズと細胞を分離し、次いで細胞を培養する。代わりの面においては、培養の前に、作用物質がコートされたビーズと細胞を分離しないで、一緒に培養する。さらなる面において、最初に磁力のような力を加えることによりビーズと細胞を集結させて、細胞表面マーカーの増大したライゲーションを得ることにより、細胞刺激を誘発する。
【０４８７】
例として、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８が結合した常磁性のビーズ(３×２８ビーズ)をＴ細胞と接触させることによって細胞表面タンパク質をライゲーションすることができる。ある面において、細胞(例えば、１０４〜１０９のＴ細胞)およびビーズ(例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ(登録商標)Ｍ−４５０  ＣＤ３／ＣＤ２８  Ｔ常磁性ビーズ、比１：１)を、バッファー、例えばＰＢＳ(カルシウムおよびマグネシウムのような二価のカチオンを含まない)中で混合する。ここでも、当業者は、いかなる細胞濃度を使用してもよいことが容易に理解できる。例えば、標的細胞はサンプル中にきわめてまれに存在し、サンプルの０.０１％でしかないことがあるかまたは全サンプル(すなわち、１００％)が目的の標的細胞を含むことがある。従って、いかなる細胞数も本発明の範囲内である。いくつかの面において、細胞と粒子の最大の接触を確保するために、粒子と細胞が共に混合される容量を大幅に減少する(すなわち、細胞の濃度を増大する)のが望ましいことがある。例えば、ある面において、約１００億細胞／ｍｌ、９０億／ｍｌ、８０億／ｍｌ、７０億／ｍｌ、６０億／ｍｌ、５０億／ｍｌまたは２０億細胞／ｍｌの濃度を使用する。ある面において、１億細胞／ｍｌより多くを使用する。さらなる面において、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００または５０００万細胞／ｍｌの細胞濃度を使用する。別のある面において、７５００、８０００、８５００、９０００、９５００または１００００万細胞／ｍｌの細胞濃度を使用する。さらなる面において、１億２５００万または１億５０００万細胞／ｍｌの濃度を使用することができる。高い濃度を使用すると、増大した細胞収率、細胞活性化および細胞増殖を得ることができる。さらに、高い細胞濃度の使用により、ＣＤ２８−陰性Ｔ細胞のような目的の標的抗原を弱く発現し得る細胞のより効率的な捕獲が可能になる。かかる細胞集団は治療的価値を有し得、いくつかの面においては得ることが望ましいであろう。例えば、高濃度の細胞を使用すると、通常より弱いＣＤ２８発現を有するＣＤ８＋Ｔ細胞のより効率的な選択が可能になる。
【０４８８】
ある態様において、ＣＡＲ、例えば本明細書に記載されているＣＡＲをコードする核酸で形質導入された細胞を、例えば本明細書に記載されている方法によって増殖させる。ある態様において、細胞を、数時間(例えば、約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、１８、２１時間)〜約１４日(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４日)の期間培養して増殖させる。ある態様において、細胞を４〜９日の期間増殖させる。ある態様において、細胞を、８日またはこれ未満、例えば、７、６または５日の期間増殖させる。ある態様において、細胞、例えば本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ細胞を５日間培養して増殖させると、得られる細胞は同じ培養条件下で９日間培養して増殖させた同じ細胞より効力が高い。効力は、例えば、様々なＴ細胞機能、例えば増殖、標的細胞殺戮、サイトカイン生産、活性化、移行またはこれらの組合せによって定義することができる。ある態様において、５日間増殖させた細胞、例えば本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ細胞は、同じ培養条件下で９日間培養して増殖させた同じ細胞と比較して抗原刺激の際の細胞倍加において少なくとも１、２、３または４倍の増大を示す。ある態様において、細胞、例えば本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲを発現する細胞を５日間培養して増殖させると、得られる細胞は、同じ培養条件下で９日間培養して増殖させた同じ細胞と比較してより高い炎症誘発性サイトカイン生産、例えばＩＦＮ−γおよび／またはＧＭ−ＣＳＦレベルを示す。ある態様において、５日間増殖させた細胞、例えば本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ細胞は、同じ培養条件下で９日間培養して増殖させた同じ細胞と比較して、ｐｇ／ｍｌの炎症誘発性サイトカイン生産、例えば、ＩＦＮ−γおよび／またはＧＭ−ＣＳＦレベルにおいて少なくとも１、２、３、４、５、１０倍以上の増大を示す。
【０４８９】
Ｔ細胞の培養時間が６０日以上になり得るように数サイクルの刺激も望ましいことがある。Ｔ細胞培養に適当な条件は、血清(例えば、ウシ胎児またはヒト血清)、インターロイキン−２(ＩＬ−２)、インスリン、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−４、ＩＬ−７、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＴＧＦβおよびＴＮＦ−αまたはその他当業者に公知の細胞の成長のための任意の添加剤を含む、増殖および生存能力に必要な因子を含有していてもよい適当な培地(例えば、最少必須培地またはＲＰＭＩ培地１６４０またはＸ−ｖｉｖｏ  １５(Ｌｏｎｚａ))を含む。細胞の成長のためのその他の添加剤は、限定されることはないが、界面活性剤、プラスマネート、ならびにＮ−アセチル−システインおよび２−メルカプトエタノールのような還元剤を含む。培地は、アミノ酸、ピルビン酸ナトリウムおよびビタミンが添加され、血清を含まないかまたは適当な量の血清(または血漿)もしくは規定の組のホルモンおよび／またはＴ細胞の成長および増殖に充分な量のサイトカインが補充された、ＲＰＭＩ  １６４０、ＡＩＭ−Ｖ、ＤＭＥＭ、ＭＥＭ、α−ＭＥＭ、Ｆ−１２、Ｘ−Ｖｉｖｏ  １５およびＸ−Ｖｉｖｏ  ２０、Ｏｐｔｉｍｉｚｅｒを含むことができる。抗生物質、例えばペニシリンおよびストレプトマイシンは実験的培養でのみ含まれ、対象に注入される細胞の培養では含まれない。標的細胞を、成長を支持するのに必要な条件、例えば、適当な温度(例えば、３７℃)および大気(例えば、空気プラス５％ＣＯ２)に維持する。
【０４９０】
ある態様において、細胞は、１４日の増殖期間で、例えば、フローサイトメトリーのような本明細書に記載されている方法によって測定して、少なくとも２００倍(例えば、２００倍、２５０倍、３００倍、３５０倍)の細胞の増大が得られる１つまたは複数のインターロイキンを含む適当な培地(例えば、本明細書に記載されている培地)で増殖させる。ある態様において、細胞はＩＬ−１５および／またはＩＬ−７(例えば、ＩＬ−１５およびＩＬ−７)の存在下で増殖させる。
【０４９１】
複数の態様において、本明細書に記載されている方法、例えば、ＣＡＲ発現細胞を製造する方法は、例えば、抗ＣＤ２５抗体またはその断片またはＣＤ２５結合性リガンド、ＩＬ−２を使用して、Ｔ調節性細胞、例えばＣＤ２５＋Ｔ細胞を細胞集団から取り出すことを含む。Ｔ調節性細胞、例えばＣＤ２５＋Ｔ細胞を細胞集団から取り出す方法は本明細書に記載されている。複数の態様において、方法、例えば、製造する方法は、さらに、細胞集団(例えば、ＣＤ２５＋Ｔ細胞のようなＴ調節性細胞が枯渇した細胞集団；または予め抗ＣＤ２５抗体、その断片またはＣＤ２５結合性リガンドと接触させてある細胞集団)をＩＬ−１５および／またはＩＬ−７と接触させることを含む。例えば、細胞集団(例えば、抗ＣＤ２５抗体、その断片またはＣＤ２５結合性リガンドと予め接触させてある)をＩＬ−１５および／またはＩＬ−７の存在下で増殖させる。
【０４９２】
いくつかの態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を、インターロイキン−１５(ＩＬ−１５)ポリペプチド、インターロイキン−１５受容体アルファ(ＩＬ−１５Ｒａ)ポリペプチドまたはＩＬ−１５ポリペプチドとＩＬ−１５Ｒａポリペプチドとの組合せ、例えば、ｈｅｔＩＬ−１５を含む組成物と、ＣＡＲ発現細胞を、例えばエクスビボで製造する間に接触させる。複数の態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を、ＣＡＲ発現細胞を、例えばエクスビボで製造する間に、ＩＬ−１５ポリペプチドを含む組成物と接触させる。複数の態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を、ＩＬ−１５ポリペプチドとＩＬ−１５Ｒａポリペプチドとの両方の組合せを含む組成物と、ＣＡＲ発現細胞を、例えばエクスビボで製造する間に接触させる。複数の態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を、ＣＡＲ発現細胞を、例えばエクスビボで製造する間に、ｈｅｔＩＬ−１５を含む組成物と接触させる。
【０４９３】
ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を、エクスビボ増殖の間にｈｅｔＩＬ−１５を含む組成物と接触させる。ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を、エクスビボ増殖の間にＩＬ−１５ポリペプチドを含む組成物と接触させる。ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を、エクスビボ増殖の間に、ＩＬ−１５ポリペプチドとＩＬ−１５Ｒａポリペプチドとの両方を含む組成物と接触させる。ある態様において、接触の結果、リンパ球亜集団、例えばＣＤ８＋Ｔ細胞が生存し増殖する。
【０４９４】
ある態様において、細胞は、血清を含む培地で培養する(例えば、増殖させる、シミュレート(ｓｉｍｕｌａｔｅ)するおよび／または形質導入する)。血清は、例えば、ヒトＡＢ血清(ｈＡＢ)でよい。いくつかの態様において、ｈＡＢ血清が約２％、約５％、約２−３％、約３−４％、約４−５％または約２−５％存在する。本明細書中の実施例１５に示されるように、２％および５％の血清は各々、Ｔ細胞の多数倍増殖を可能にする適切なレベルである。なお、Smith et al., “Ex vivo expansion of human T cells for adoptive immunotherapy using the novel Xeno-free CTS Immune Cell Serum Replacement” Clinical & Translational Immunology (2015) 4, e31; doi:10.1038/cti.2014.31に示されているように、２％のヒトＡＢ血清を含有する培地はＴ細胞のエクスビボ増殖に適している。
【０４９５】
多様な刺激時間に曝露されたＴ細胞は異なる特性を示し得る。例えば、典型的な血液またはアフェレーシス処理した末梢血単核細胞産物は、細胞毒性またはサプレッサーＴ細胞集団(ＴＣ、ＣＤ８＋)より大きいヘルパーＴ細胞集団(ＴＨ、ＣＤ４＋)を有する。ＣＤ３およびＣＤ２８受容体を刺激することによるＴ細胞のエクスビボ増殖は約８〜９日の前には主にＴＨ細胞からなるＴ細胞の集団を生成し、一方約８〜９日の後にはＴ細胞の集団はＴＣ細胞の次第に大きくなる集団を含む。従って、治療の目的に応じて、主にＴＨ細胞を含むＴ細胞集団の対象への注入は有利であり得る。同様に、ＴＣ細胞の抗原−特異的なサブセットが単離されたら、このサブセットをさらに大きく増殖させるのが有益であり得る。
【０４９６】
さらに、ＣＤ４およびＣＤ８マーカーに加えて、他の表現型マーカーが細胞増殖プロセスの過程で顕著に、しかし大部分が再現性よく変化する。従って、かかる再現性は活性化したＴ細胞産物を特定の目的に適合させる能力を可能にする。
【０４９７】
いくつかの態様において、ＣＡＲ、例えば本明細書に記載されているＣＡＲをコードする核酸で形質導入された細胞は、例えば、ＣＣＬ２０、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１７ａ、ＩＬ−２、ＩＬ−２１、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−９、ＴＮＦαおよび／またはこれらの組合せの１つまたは複数のタンパク質発現レベルに基づいて、投与のために選択することができる。いくつかの態様において、ＣＡＲ、例えば本明細書に記載されているＣＡＲをコードする核酸で形質導入された細胞は、例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａ、ＩＬ−６およびこれらの組合せのタンパク質発現レベルに基づいて、投与のために選択することができる。
【０４９８】
本明細書に記載されているＣＡＲが構築されたら、様々なアッセイを使用して、限定されることはないが、抗原刺激後にＴ細胞を増殖させ、再刺激の不在下でＴ細胞増殖を持続する能力および抗がん活性のような分子の活性を適当なインビトロおよび動物モデルで評価することができる。ＣＡＲの効果を評価するためのアッセイは以下にさらに詳細に記載する。
【０４９９】
例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６９５に記載されているように、一次Ｔ細胞におけるＣＡＲ発現のウェスタンブロット分析を使用して単量体および二量体の存在を検出することができる。
【０５００】
抗原刺激に続くＣＡＲ＋Ｔ細胞のインビトロ増殖はフローサイトメトリーにより測定することができる。例えば、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の混合物をαＣＤ３／αＣＤ２８  ａＡＰＣで刺激し、その後解析されるプロモーターの制御下でＧＦＰを発現するレンチウイルスベクターで形質導入する。代表的なプロモーターはＣＭＶ  ＩＥ遺伝子、ＥＦ−１α、ユビキチンＣまたはホスホグリセロキナーゼ(ＰＧＫ)プロモーターを含む。ＧＦＰ蛍光は培養６日にＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットでフローサイトメトリーにより評価される。例えば、Milone ET AL., MOLECULAR THERAPY 17(8): 1453-1464 (2009)参照。あるいは、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞の混合物を、αＣＤ３／αＣＤ２８でコートされた磁気ビーズで０日に刺激し、１日に、２Ａリボソーマルスキッピング配列(ribosomal skipping sequence)を使用してｅＧＦＰと共にＣＡＲを発現する２シストロン性レンチウイルスベクターを使用してＣＡＲで形質導入する。洗浄後、培養物を、本明細書に記載されているがん関連抗原＋Ｋ５６２細胞(本明細書に記載されているＫ５６２−ａがん関連抗原)、野生型Ｋ５６２細胞(Ｋ５６２野生型)または抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８抗体の存在下でｈＣＤ３２および４−１ＢＢＬを発現するＫ５６２細胞(Ｋ５６２−ＢＢＬ−３／２８)のいずれかで再刺激する。外因性のＩＬ−２を１日おきに１００ＩＵ／ｍｌで培養物に加える。ＧＦＰ＋Ｔ細胞はビーズに基づく計数(bead-based counting)を使用してフローサイトメトリーにより数え上げる。例えば、Milone et al., MOLECULAR THERAPY 17(8): 1453-1464 (2009)参照。
【０５０１】
再刺激の不在下の持続されるＣＡＲ＋Ｔ細胞増殖を測定することもできる。例えば、Milone et al., MOLECULAR THERAPY 17(8): 1453-1464 (2009)参照。簡潔にいうと、αＣＤ３／αＣＤ２８でコートされた磁気ビーズによる０日での刺激および示されたＣＡＲによる１日での形質導入の後、培養の８日に、Coulter Multisizer III粒子計数器, Nexcelom Cellometer VisionまたはMillipore Scepterを使用して平均Ｔ細胞容量(ｆｌ)を測定する。
【０５０２】
例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６９８に記載されているように、動物モデルを使用してＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)活性を測定することもできる。
【０５０３】
例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６９９に記載されているように、用量依存性のＣＡＲ治療応答を評価することができる。
【０５０４】
例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ７００に記載されているように、細胞増殖およびサイトカイン生産の評価は既に記載されている。
【０５０５】
別の態様において、細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)集団(例えばＣＡＲ発現細胞)産物、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)細胞産物、例えば、ＣＴＬ０１９細胞)の効力は、サイトカインのLuminex(登録商標)パネルを使用して評価されて、サイトカイン発現レベルを決定する。細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)集団(例えば、製造されたＣＡＲ発現細胞)細胞産物、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＴＬ０１９細胞)は、ＣＬＬでＣＤ１９を発現するＢ細胞を模倣するＣＤ１９を発現するＫ５６２(Ｋ５６２−１９)細胞によりインビトロで活性化される。細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)活性化の後、サイトカイン発現プロファイルは同時培養された細胞培地で測定され、活性化した細胞(例えば、ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＴＬ０１９細胞)の効力は、限定されることはないがＣＣＬ−２０／ＭＩＰ−３ａ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１７ａ、ＩＬ−２、ＩＬ−２１、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−９、ＴＮＦαおよび／またはこれらの組合せを含む様々なサイトカインの発現と相関する。
【０５０６】
ある態様において、サイトカイン発現レベルは細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)集団(例えば、腫瘍細胞を殺す)の効力に関する有益な情報を提供する。ある態様において、本明細書に記載されているサイトカイン発現レベルを使用して、患者への注入の前の細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)集団(例えば、ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＴＬ０１９細胞)を改良する。ある態様において、本明細書に記載されているサイトカイン発現レベルは製造プロセスの最適化の間の終点を提供する。
【０５０７】
細胞毒性は、例えば参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ７０１に記載されているように、標準的な５１Ｃｒ−放出アッセイにより評価することができる。
【０５０８】
例えば参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ７０２に記載されているように、イメージング技術を使用して、腫瘍担持動物モデルにおけるＣＡＲの特定のトラフィッキング(ｔｒａｆｆｉｃｋｉｎｇ)および増殖を評価することができる。
【０５０９】
本明細書の実施例のセクションに記載されているものならびに当技術分野で公知のものを含む他のアッセイも、本明細書に記載されているＣＡＲを評価するために使用することができる。
【０５１０】
あるいはまたは本明細書に開示されている方法と組み合わせて、ＣＡＲ発現細胞の検出および／または定量化(例えば、インビトロまたはインビボ(例えば、臨床モニタリング))；免疫細胞増殖および／または活性化；および／またはＣＡＲリガンドの使用を含むＣＡＲ−特異的な選択の１つまたは複数のための方法および組成物が開示される。１つの代表的な態様において、ＣＡＲリガンドは、ＣＡＲ分子に結合する、例えば、ＣＡＲの細胞外抗原結合ドメインに結合する抗体(例えば、抗原結合ドメインに結合する抗体、例えば、抗イディオタイプ抗体；または細胞外結合ドメインの定常領域に結合する抗体)である。他の態様において、ＣＡＲリガンドはＣＡＲ抗原分子(例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ抗原分子)である。
【０５１１】
ある面において、ＣＡＲ発現細胞を検出および／または定量する方法が開示される。例えば、ＣＡＲリガンドを使用してＣＡＲ発現細胞をインビトロまたはインビボで検出および／または定量することができる(例えば、患者でのＣＡＲ発現細胞の臨床モニタリングまたは患者に投薬する)。この方法は：
ＣＡＲリガンドを提供する(適宜、ＣＡＲリガンドを標識してもよい、例えば、タグ、ビーズ、放射性または蛍光標識を含むＣＡＲリガンド)；
ＣＡＲ発現細胞を獲得する(例えば、ＣＡＲ発現細胞を含有するサンプルを獲得する、例えばサンプルまたは臨床サンプルを製造する)；
ＣＡＲ発現細胞をＣＡＲリガンドと、結合が起こる条件下で接触させることにより、存在するＣＡＲ発現細胞のレベル(例えば、量)を検出する
ことを含む。ＣＡＲ発現細胞とＣＡＲリガンドの結合はＦＡＣＳ、ＥＬＩＳＡなどのような標準的な技術を使用して検出することができる。
【０５１２】
別の面において、細胞(例えば、免疫エフェクター細胞)を増殖および／または活性化する方法が開示される。この方法は：
ＣＡＲ発現細胞(例えば、第１のＣＡＲ発現細胞または一時的に発現するＣＡＲ細胞)を提供する；
前記ＣＡＲ発現細胞をＣＡＲリガンド(例えば、本明細書に記載されているＣＡＲリガンド)と、免疫細胞の拡大および／または増殖が起こる条件下で接触させることにより、活性化および／または増殖した細胞集団を生産する
ことを含む。
【０５１３】
一定の態様において、ＣＡＲリガンドは(例えば、基材、例えば、天然に存在しない基材に固定化または結合されて)存在する。いくつかの態様において、基材は非細胞性基材である。非細胞性基材は例えば、プレート(例えば、マイクロタイタープレート)、膜(例えば、ニトロセルロース膜)、マトリックス、チップまたはビーズから選択される固体の支持体であることができる。複数の態様において、ＣＡＲリガンドは基材中(例えば、基材表面上)に存在する。ＣＡＲリガンドは基材に共有結合または非共有結合で固定化、付着または結合する(例えば、架橋する)ことができる。ある態様において、ＣＡＲリガンドはビーズに結合される(例えば、共有結合される)。前述の態様において、免疫細胞集団はインビトロまたはエクスビボで増殖させることができる。この方法は、さらに、ＣＡＲ分子のリガンドの存在下で、例えば、本明細書に記載されている方法のいずれかを使用して免疫細胞の集団を培養することを含むことができる。
【０５１４】
他の態様において、細胞を増殖および／または活性化する方法は、さらに、第２の刺激分子、例えば、ＣＤ２８の添加を含む。例えば、ＣＡＲリガンドおよび第２の刺激分子は基材、例えば、１つまたは複数のビーズに固定化することにより、増大した細胞増殖および／または活性化を提供することができる。
【０５１５】
さらに別の面において、ＣＡＲ発現細胞を選択または富化する方法が提供される。この方法は、ＣＡＲ発現細胞を本明細書に記載されているＣＡＲリガンドと接触させ；ＣＡＲリガンドの結合に基づいて細胞を選択することを含む。
【０５１６】
さらに他の態様において、ＣＡＲ発現細胞を枯渇、低減および／または殺戮する方法が提供される。この方法は、ＣＡＲ発現細胞を本明細書に記載されているＣＡＲリガンドと接触させ；ＣＡＲリガンドの結合に基づいて細胞を標的とすることにより、ＣＡＲ発現細胞の数を低減するかおよび／または殺戮することを含む。ある態様において、ＣＡＲリガンドを毒性の作用物質(例えば、毒素または細胞除去剤)に結合する。もう１つ別の態様において、抗イディオタイプ抗体をエフェクター細胞活性、例えば、ＡＤＣＣまたはＡＤＣ活性を引き起こすことができる。
【０５１７】
本明細書に開示されている方法に使用することができる代表的な抗ＣＡＲ抗体は、例えば、国際公開第２０１４／１９０２７３号およびJena et al., “Chimeric Antigen Receptor (CAR)-Specific Monoclonal Antibody to Detect CD19-Specific T Cells in Clinical Trials”、PLOS March 2013 8:3 e57838(その内容は参照により組み込まれる)に記載されている。
【０５１８】
いくつかの面および態様において、本発明の組成物および方法は、例えば、参照によりその内容が全体として本明細書に組み込まれる２０１５年７月３１日に出願された国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１５／０４３２１９号に記載されているように、Ｔ細胞の特定のサブセットに最適化される。いくつかの態様において、Ｔ細胞の最適化されたサブセットは、対照のＴ細胞、例えば、同じコンストラクトを発現する異なる型(例えば、ＣＤ８＋またはＣＤ４＋)のＴ細胞と比較して増強された持続性を示す。
【０５１９】
いくつかの態様において、ＣＤ４＋Ｔ細胞は本明細書に記載されているＣＡＲを含み、このＣＡＲは(例えば、例えば増強された持続性に通じるように最適化された)ＣＤ４＋Ｔ細胞に適切な細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ＩＣＯＳドメインを含む。いくつかの態様において、ＣＤ８＋Ｔ細胞は本明細書に記載されているＣＡＲを含み、このＣＡＲは(例えば、例えば増強された持続性に通じるように最適化された)ＣＤ８＋Ｔ細胞に適切な細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、４−１ＢＢドメイン、ＣＤ２８ドメインまたはＩＣＯＳドメイン以外の別の同時刺激ドメインを含む。いくつかの態様において、本明細書に記載されているＣＡＲは本明細書に記載されている抗原結合ドメイン、例えば、抗原結合ドメインを含むＣＡＲを含む。
【０５２０】
ある面において、対象、例えば、がんを有する対象を治療する方法が本明細書に記載されている。この方法は、前記対象に、有効な量の：
１)抗原結合ドメイン、例えば、本明細書に記載されている抗原結合ドメイン；
膜貫通ドメイン；および
細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、第１の同時刺激ドメイン、例えば、ＩＣＯＳドメイン
を含むＣＡＲ(ＣＡＲＣＤ４＋)を含むＣＤ４＋Ｔ細胞：ならびに
２)抗原結合ドメイン、例えば、本明細書に記載されている抗原結合ドメイン；
膜貫通ドメイン；および
細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、第２の同時刺激ドメイン、例えば、４−１ＢＢドメイン、ＣＤ２８ドメインまたはＩＣＯＳドメイン以外の別の同時刺激ドメイン；
を含むＣＡＲ(ＣＡＲＣＤ８＋)を含むＣＤ８＋Ｔ細胞
を投与することを含み、ここでＣＡＲＣＤ４＋およびＣＡＲＣＤ８＋はお互いに異なる。
【０５２１】
所望により、本方法は、さらに、
３)抗原結合ドメイン、例えば、本明細書に記載されている抗原結合ドメイン；
膜貫通ドメイン；および
細胞内シグナル伝達ドメイン
を含むＣＡＲ(第２のＣＡＲＣＤ８＋)を含む第２のＣＤ８＋Ｔ細胞
を投与することを含んでもよく、ここで、第２のＣＡＲＣＤ８＋は、細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ＣＡＲＣＤ８＋には存在しない同時刺激シグナル伝達ドメインを含み、適宜ＩＣＯＳシグナル伝達ドメインを含まなくてもよい。
【０５２２】
ＲＮＡトランスフェクション
本明細書には、インビトロで転写されたＲＮＡ  ＣＡＲを生産する方法が開示されている。ＲＮＡ  ＣＡＲおよびそれを使用する方法は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ５５３−５７０に記載されている。
【０５２３】
ある態様において、インビトロで転写されたＲＮＡ  ＣＡＲは一時的なトランスフェクションの形態として細胞へ導入することができる。このＲＮＡは３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲまたは両方を有していてもよい。５’ＵＴＲはＫｏｚａｋ配列を含有し得る。ＲＮＡはＩＲＥＳを含み得る。ＲＮＡは５’キャップを含み得る。ＲＮＡはポリＡ配列を含み得る。ＲＮＡは、プロモーター、例えば、Ｔ７、Ｔ７またはＳＰ６プロモーターを含むＤＮＡ鋳型を使用して生成することができる。ＲＮＡは、限定されることはないが、エレクトロポレーション、Ｇｅｎｅ  Ｐｕｌｓｅｒ  II、Ｍｕｌｔｉｐｏｒａｔｏｒ、リポフェクションを使用するカチオン性リポソーム媒介トランスフェクション、ポリマーカプセル化、ペプチド媒介トランスフェクションまたは「遺伝子銃」のような微粒子銃粒子送達システムを含む多くの異なる方法のいずれか、例えば、商業的に利用可能な方法を使用して標的細胞に導入することができる。
【０５２４】
非ウイルス送達法
いくつかの面において、非ウイルス法を使用して、本明細書に記載されているＣＡＲをコードする核酸を細胞もしくは組織または対象に送達することができる。適切な非ウイルス送達法はトランスポゾン(例えば、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ  Ｂｅａｕｔｙ、ｐｉｇｇｙＢａｃおよびｐＴ２をベースとするトランスポゾン)を含む。代表的な非ウイルス送達法およびそれを使用する方法は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ５７１−５７９に記載されている。
【０５２５】
製造／生成方法
ある面において、本発明に従うＣＡＲ発現細胞を製造する方法が本明細書に(例えば、「細胞の起源」および「細胞の活性化および増殖」に)開示されている。
【０５２６】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞を製造する方法が提供される。この方法は：
ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞のような複数のＣＡＲ発現免疫エフェクター細胞)(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞)の調製物を提供し；
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１にリストされている１つまたは複数の遺伝子のレベルの値を獲得して(例えば、発現のレベルを決定して)、サンプルの遺伝子発現パターンを取得し；
(所望により)取得された遺伝子発現パターンを遺伝子発現の歴史的な記録のものと比較してもよく；
取得されたものと歴史的な遺伝子発現との差を決定し；
決定された差を品質管理記録に記録する
ことを含む。
【０５２７】
ある態様において、提供される方法は、
ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞))を提供する；
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１にリストされている１つまたは複数の遺伝子の発現のレベルを決定して、サンプルの遺伝子発現パターン(例えば、遺伝子シグネチャー)を取得する；
例えば、ＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)に対する患者の応答と遺伝子シグネチャーとを相関させる；
患者への注入に先立って、遺伝子シグネチャーと患者の応答との相関関係に基づいてＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物を最適化する
ステップを含む。
【０５２８】
ある態様において、提供される方法は、抗原認識に応答してＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)により分泌されるサイトカイン、例えば、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)および表１７、表１８、表２０にリストされている１つまたは複数のサイトカインのレベルに対する値を獲得する(例えば、発現レベルを決定する)ことを含む。ある態様において、提供される方法は、抗原認識に応答してＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)により分泌される１つまたは複数のサイトカインＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ−１７ａ、ＩＬ−６および／またはこれらの組合せの発現レベルを決定することを含む。ある態様において、提供される方法は、さらに、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)により分泌されるサイトカイン、例えば、表１４、表１５および表１６にリストされている１つまたは複数のサイトカインの効力アッセイへの組み込みを含む。ある態様において、提供される方法は、さらに、サイトカインＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ−１７ａ、ＩＬ−６および／またはこれらの組合せの効力アッセイへの組み込みを含む。
【０５２９】
ある態様において、提供される方法は、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)により分泌されるサイトカイン、例えば、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)および表１７にリストされている１つまたは複数のサイトカインを効力アッセイへ組み込み、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞))が臨床効果を有するか否かを決定することを含む。ある態様において、ＣＣＬ２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ−１７ａ、ＩＬ−６および／または  これらの組合せを効力アッセイに使用して、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞))が臨床効果を有し得るかどうかを決定する。ある態様において、提供される方法は、さらに、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の注入用量を調節して臨床的効能を達成することを含む。
【０５３０】
ある態様において、提供される方法は、がんを有する対象から血液サンプル、例えば、Ｔ細胞サンプルを提供するステップを含む。
【０５３１】
ある態様において、提供される方法は、さらに、取得された遺伝子発現パターンの差を参照サンプルと比較するステップを含む。
【０５３２】
ある態様において、参照サンプルは、治療的なＣＡＲ発現細胞調製物を生産する細胞の異なるバッチに由来するＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞)である。
【０５３３】
ある態様において、参照サンプルは、製造されたＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物(例えば、例えばＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞)を含む健常ドナーサンプルである。ある態様において、参照サンプルは、例えば、ＣＴＬ０１９産物のような製造されたＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物を含む健常ドナーサンプルである。
【０５３４】
ある態様において、提供される方法は、さらに、治療的なＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物に対する品質管理記録との比較の結果を記録するステップを含む。
【０５３５】
ある態様において、決定された差を参照サンプルの歴史的な記録と比較する。
【０５３６】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物はＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、ＣＴＬ０１９)調製物である。
【０５３７】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物はＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、ＣＴＬ０１９)調製物を含む。
【０５３８】
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)調製物はＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、ＣＴＬ０１９)調製物からなる。
【０５３９】
ある面において、
がんを有する対象から血液サンプル、例えば、Ｔ細胞サンプルを提供し；
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬまたはＫＬＲＧ１にリストされている１つまたは複数の遺伝子の発現のレベルを決定して、サンプルに対する遺伝子発現パターンを取得し；
取得された遺伝子発現パターンを参照値、例えば、遺伝子発現の歴史的な記録と比較し；
取得されたものと参照値との差を決定し；
決定された差を品質管理記録に記録する
ことを含む方法が提供される。
【０５４０】
本方法は、取得された遺伝子発現パターンの差を参照サンプルと比較するステップを含むことができる。
【０５４１】
いくつかの態様において、本明細書に開示されている方法は、さらに、細胞(例えば、本明細書に記載されている免疫エフェクター細胞)での処置後Ｔ細胞を枯渇させる作用物質を投与することにより、ＣＡＲ発現細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞)を低減する(例えば、枯渇させる)ことを含む。かかるＴ細胞を枯渇させる作用物質を使用して、ＣＡＲ発現細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞)を効果的に枯渇させて毒性を軽減することができる。いくつかの態様において、ＣＡＲ発現細胞を、本発明の方法に従って製造し、例えば、(例えば、トランスフェクションまたは形質導入の前または後に)本発明の方法に従ってアッセイした。
【０５４２】
いくつかの態様において、細胞、例えば、本明細書に記載されている免疫エフェクター細胞の集団の投与の１、２、３、４または５週後、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質を投与する。
【０５４３】
ある態様において、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質は、例えば、抗体依存性の細胞媒介細胞毒性(ＡＤＣＣ)および／または相補体誘発細胞死を誘発することによりＣＡＲ発現細胞を枯渇させる作用物質である。例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、細胞死、例えば、ＡＤＣＣまたは相補体誘発細胞死を誘発することができる分子により認識される抗原(例えば、標的抗原)も発現し得る。例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞はまた、抗体または抗体断片が標的とすることができる標的タンパク質(例えば、受容体)も発現し得る。かかる標的タンパク質の例は、限定されることはないが、ＥｐＣＡＭ、ＶＥＧＦＲ、インテグリン(例えば、インテグリンανβ３、α４、αΙ３／４β３、α４β７、α５β１、ανβ３、αν)、ＴＮＦ受容体スーパーファミリー(例えば、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２)のメンバー、ＰＤＧＦ受容体、インターフェロン受容体、葉酸受容体、ＧＰＮＭＢ、ＩＣＡＭ−１、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＥＡ、ＣＡ−１２５、ＭＵＣ１、ＴＡＧ−７２、ＩＬ−６受容体、５Ｔ４、ＧＤ２、ＧＤ３、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ１１、ＣＤ１１ａ／ＬＦＡ−１、ＣＤ１５、ＣＤ１８／ＩＴＧＢ２、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３／ｌｇＥ受容体、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ４１、ＣＤ４４、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ７４、ＣＤ８０、ＣＤ１２５、ＣＤ１４７／ベイシジン(ｂａｓｉｇｉｎ)、ＣＤ１５２／ＣＴＬＡ−４、ＣＤ１５４／ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ１９５／ＣＣＲ５、ＣＤ３１９／ＳＬＡＭＦ７およびＥＧＦＲおよびこれらのトランケートバージョン(例えば、１つまたは複数の細胞外エピトープを保存するが細胞質ドメイン内の１つまたは複数の領域を欠くバージョン)を含む。
【０５４４】
いくつかの態様において、ＣＡＲ発現細胞は、ＣＡＲおよび標的タンパク質を同時発現する、例えば、標的タンパク質を生来発現するかまたは標的タンパク質を発現するように工学操作されている。例えば、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団は、ＣＡＲ核酸(例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ核酸)を含む核酸(例えば、ベクター)および標的タンパク質をコードする核酸を含むことができる。
【０５４５】
ある態様において、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質はＣＤ５２阻害剤、例えば、抗ＣＤ５２抗体分子、例えば、アレムツズマブである。
【０５４６】
他の態様において、細胞、例えば、免疫エフェクター細胞の集団は、本明細書に記載されているＣＡＲ分子(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ)およびＴ細胞を枯渇させる作用物質により認識される標的タンパク質を発現する。ある態様において、標的タンパク質はＣＤ２０である。標的タンパク質がＣＤ２０である複数の態様において、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質は抗ＣＤ２０抗体、例えば、リツキシマブである。
【０５４７】
前述した方法のいずれかのさらなる態様において、方法はさらに細胞、例えば、造血幹細胞または骨髄を哺乳動物に移植することを含む。
【０５４８】
もう１つ別の面において、本発明は、細胞移植に先立って哺乳動物をコンディショニングする方法を特徴とする。この方法は、ＣＡＲ核酸またはポリペプチド、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ核酸またはポリペプチドを含む有効な量の細胞を哺乳動物に投与することを含む。いくつかの態様において、細胞移植は幹細胞移植、例えば、造血幹細胞移植または骨髄移植である。他の態様において、細胞移植に先立って対象をコンディショニングすることは、対象中の、標的を発現する細胞、例えば、ＣＤ１９を発現する正常な細胞またはＣＤ１９を発現するがん細胞の数を低下することを含む。
【０５４９】
ＣＡＲをコードする核酸コンストラクト
１つまたは複数のＣＡＲコンストラクトをコードする核酸分子は本明細書に記載されている免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞)に導入することができる。ある面において、核酸分子はメッセンジャーＲＮＡ転写物として提供される。ある面において、核酸分子はＤＮＡコンストラクトとして提供される。
【０５５０】
いくつかの態様において、本明細書に記載されている核酸は、本明細書に記載されている方法によりアッセイされている、例えば、１つまたは複数のバイオマーカーがアッセイされている細胞に導入される。いくつかの態様において、本明細書に記載されている核酸を含む細胞は、本明細書に記載されている方法によりアッセイされ、例えば、１つまたは複数のバイオマーカーがアッセイされている。
【０５５１】
本明細書に記載されている核酸分子はＤＮＡ分子、ＲＮＡ分子またはこれらの組合せであることができる。ある態様において、核酸分子は本明細書に記載されているＣＡＲポリペプチドをコードするｍＲＮＡである。他の態様において、核酸分子は前述した核酸分子のいずれかを含むベクターである。
【０５５２】
核酸分子は、例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ分子をコードすることができ、例えば本明細書に記載されている、例えば表１１、表１２または表１３の核酸配列を含むことができる。
【０５５３】
所望の分子をコードする核酸配列は、例えば、標準的な技術を使用して、遺伝子を発現する細胞からのライブラリーをスクリーニングすることにより、同遺伝子を含むことが知られているベクターから遺伝子を誘導することによりまたは同遺伝子を含有する細胞および組織から直接単離することにより、など当技術分野で公知の組換え方法を使用して得ることができる。あるいは、目的の遺伝子は、クローニングではなく合成的に生成することができる。
【０５５４】
また、本開示の核酸が挿入されるベクターも記載されている。レンチウイルスのようなレトロウイルスに由来するベクターは、導入遺伝子の長期の安定な組み込みおよび娘細胞でのその増殖を可能にするので、長期の遺伝子導入を達成するために適切な手段である。レンチウイルスベクターは、肝細胞のような非増殖性細胞に形質導入することができる点で、マウス白血病ウイルスのようなオンコレトロウイルスに由来するベクターと比べて追加の利点を有する。また、これらは、低い免疫原性という追加の利点も有する。レトロウイルスベクターはまた、例えば、ガンマレトロウイルスベクターであってもよい。ガンマレトロウイルスベクターは、例えば、プロモーター、パッケージングシグナル(ψ)、プライマー結合部位(ＰＢＳ)、１つまたは複数(例えば、２)の長い末端反復(ＬＴＲ)および目的の導入遺伝子、例えば、ＣＡＲをコードする遺伝子を含み得る。ガンマレトロウイルスベクターはｇａｇ、ｐｏｌおよびｅｎｖのようなウイルスの構造遺伝子を欠いてもよい。代表的なガンマレトロウイルスベクターはMurine Leukemia Virus(ＭＬＶ)、Spleen-Focus Forming Virus(ＳＦＦＶ)およびMyeloproliferative Sarcoma Virus(ＭＰＳＶ)、ならびにこれらに由来するベクターを含む。他のガンマレトロウイルスベクターは、例えば、Tobias Maetzig et al., “Gammaretroviral Vectors: Biology、Technology and Application” Viruses. 2011 Jun; 3(6): 677-713に記載されている。
【０５５５】
別の態様において、本発明の所望のＣＡＲをコードする核酸を含むベクターはアデノウイルスベクター(Ａ５／３５)である。もう１つ別の態様において、ＣＡＲをコードする核酸の発現は、スリーピングビューティー、ＣＲＩＳＰＲ、ＣＡＳ９およびジンクフィンガーヌクレアーゼのようなトランスポゾンを使用して達成することができる。参照により本明細書に組み込まれる下記June et al. 2009 NATURE REVIEWS IMMUNOLOGY 9.10: 704-716参照。
【０５５６】
簡単に要約すると、ＣＡＲをコードする天然または合成の核酸の発現は、通例、ＣＡＲポリペプチドまたはその一部をコードする核酸をプロモーターに作動可能に連結し、そのコンストラクトを発現ベクター中に組み込むことによって達成される。これらのベクターは複製および真核生物への組み込みに適切であることができる。典型的なクローニングベクターは転写および翻訳ターミネーター、開始配列、ならびに所望の核酸配列の発現の調節に有用なプロモーターを含有する。
【０５５７】
また、標準的な遺伝子送達プロトコールを使用して、発現コンストラクトを核酸免疫付与および遺伝子療法にも使用し得る。遺伝子送達の方法は当技術分野で公知である。例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第５,３９９,３４６号、同第５,５８０,８５９号、同第５,５８９,４６６号参照。もう１つ別の態様において、本発明は遺伝子療法ベクターを提供する。
【０５５８】
核酸は多くの種類のベクターにクローニングすることができる。例えば、核酸は、限定されることはないがプラスミド、ファージミド、ファージ誘導体、動物ウイルスおよびコスミドを含むベクターにクローニングすることができる。特に興味があるベクターは発現ベクター、複製ベクター、プローブ発生ベクターおよび配列決定用ベクターを含む。
【０５５９】
さらに、発現ベクターはウイルスベクターの形態で細胞に提供され得る。ウイルスベクター技術は当技術分野で周知であり、例えば、Sambrook et al., 2012, MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, volumes 1-4, Cold Spring Harbor Press, NY)ならびに他のウイルス学および分子生物学マニュアルに記載されている。ベクターとして有用なウイルスは、限定されることはないが、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルスおよびレンチウイルスを含む。一般に、適切なベクターは、少なくとも１種の生物で機能性の複製起点、プロモーター配列、好都合な制限エンドヌクレアーゼ部位および１つまたは複数の選択可能なマーカーを含有する(例えば、国際公開第０１／９６５８４号；国際公開第０１／２９０５８号；および米国特許第６,３２６,１９３号)。
【０５６０】
多くのウイルスに基づく系が哺乳類の動物細胞への遺伝子導入用に開発されている。例えば、レトロウイルスは遺伝子送達システムのための好都合なプラットフォームを提供する。選択された遺伝子は、当技術分野で公知の技術を使用して、ベクター中に挿入し、レトロウイルス粒子にパッケージングすることができる。次に、組換えウイルスを単離し、インビボまたはエクスビボのいずれかで対象の細胞に送達することができる。多くのレトロウイルス系が当技術分野で公知である。いくつかの態様において、アデノウイルスベクターが使用される。いくつかのアデノウイルスベクターが当技術分野で公知である。ある態様において、レンチウイルスベクターを使用する。
【０５６１】
追加のプロモーターエレメント、例えば、エンハンサーは、転写開始の頻度を調節する。通例、これらは開始部位の３０−１１０ｂｐ上流の領域に位置するが、いくつかのプロモーターは開始部位の下流にも機能性のエレメントを含有することが示されている。プロモーターエレメント間の間隔は、エレメントが互いに対して逆転または移動したときにプロモーター機能が保存されるように柔軟性があることが多い。チミジンキナーゼ(ｔｋ)プロモーターにおいて、プロモーターエレメント間の間隔は、活性が低下し始める前に５０ｂｐ離れるまで増大することができる。プロモーターに応じて、個々のエレメントは共同または独立して転写を活性化するように機能することができるようである。代表的なプロモーターはＣＭＶ  ＩＥ遺伝子、ＥＦ−１α、ユビキチンＣまたはホスホグリセロキナーゼ(ＰＧＫ)プロモーターを含む。
【０５６２】
哺乳類のＴ細胞でＣＡＲ導入遺伝子を発現することができるプロモーターの例はＥＦ１ａプロモーターである。天然のＥＦ１ａプロモーターは、アミノアシルｔＲＮＡのリボソームへの酵素的な送達を担う伸長因子−１複合体のアルファサブユニットの発現を駆動する。ＥＦ１ａプロモーターは哺乳類の発現プラスミドに広く使用されており、レンチウイルスベクター中にクローニングされた導入遺伝子からのＣＡＲ発現を駆動するのに有効であることが示されている。例えば、Milone et al., MOL. THER. 17(8): 1453-1464 (2009)参照。ある面において、ＥＦ１ａプロモーターは配列番号１１として提供される配列を含む。
【０５６３】
プロモーターの別の例は前初期サイトメガロウイルス(ＣＭＶ)プロモーター配列である。このプロモーター配列は、これに作動可能に連結されたポリヌクレオチド配列の高レベルの発現を駆動することができる強力な構成的プロモーター配列である。しかしながら、限定されることはないがサルウイルス４０(ＳＶ４０)初期プロモーター、マウス乳がんウイルス(ＭＭＴＶ)、ヒト免疫不全ウイルス(ＨＩＶ)の長い末端反復(ＬＴＲ)プロモーター、ＭｏＭｕＬＶプロモーター、トリ白血病ウイルスプロモーター、エプスタイン・バールウイルス前初期プロモーター、ラウス肉腫ウイルスプロモーター、ならびに、限定されることはないが、アクチンプロモーター、ミオシンプロモーター、伸長因子−１αプロモーター、ヘモグロビンプロモーターおよびクレアチンキナーゼプロモーターのようなヒト遺伝子プロモーターを含む他の構成的プロモーター配列も使用できる。さらに、本発明は構成的プロモーターの使用に限定されない。誘導性のプロモーターも本発明の一部と考えられる。誘導性のプロモーターの使用は、作動可能に連結されたポリヌクレオチド配列の発現が望ましいときかかる発現を開始させまたは発現が望ましくないときにはその発現を止めさせることができる分子スイッチを提供する。誘導性のプロモーターの例は、限定されることはないがメタロチオネインプロモーター、グルココルチコイドプロモーター、プロゲステロンプロモーターおよびテトラサイクリンプロモーターを含む。
【０５６４】
プロモーターのもう１つ別の例はホスホグリセリン酸キナーゼ(ＰＧＫ)プロモーターである。複数の態様において、トランケートされたＰＧＫプロモーター(例えば、野生型ＰＧＫプロモーター配列と比較したときに１つまたは複数、例えば、１、２、５、１０、１００、２００、３００または４００個のヌクレオチド欠失を伴うＰＧＫプロモーター)が望ましいことがある。
【０５６５】
ベクターはまた、例えば、分泌を促進するシグナル配列、ポリアデニル化信号および転写ターミネーター(例えば、ウシ成長ホルモン(ＢＧＨ)遺伝子由来)、エピソーム複製および原核生物での複製を可能にするエレメント(例えば、ＳＶ４０複製起点およびＣｏｌＥ１またはその他当技術分野で公知のもの)および／または選択を可能にするエレメント(例えば、アンピシリン耐性遺伝子および／またはゼオシンマーカー)も含み得る。
【０５６６】
ＣＡＲポリペプチドまたはその一部の発現を評価するために、細胞に導入される発現ベクターはまた、選択可能なマーカー遺伝子もしくはレポーター遺伝子または両方も含有して、ウイルスベクターによりトランスフェクトまたは感染させようとする細胞の集団からの発現する細胞の同定および選択を可能にすることができる。他の面において、選択可能なマーカーは別個のＤＮＡ片上に担持させて、同時トランスフェクション法で使用してもよい。選択可能なマーカーとレポーター遺伝子とは両方とも、宿主細胞での発現を可能にするために適当な調節性配列にフランクしていてもよい。有用な選択可能なマーカーは、例えば、ｎｅｏなどのような抗生物質−耐性遺伝子を含む。
【０５６７】
レポーター遺伝子は、潜在的にトランスフェクトされている細胞を確認し、調節性配列の機能性を評価するために使用される。レポーター遺伝子は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ５９９に記載されている。
【０５６８】
複数の態様において、ベクターは、ＣＡＲ、例えば本明細書に記載されているＣＡＲ、例えばＣＤ１９ＣＡＲおよび第２のＣＡＲ、例えば、抑制ＣＡＲまたはＣＤ１９以外の抗原に特異的に結合するＣＡＲをコードする２つ以上の核酸配列を含んでいてもよい。かかる態様において、ＣＡＲをコードする２つ以上の核酸配列は、同一枠の単一の核酸分子により、単一のポリペプチド鎖としてコードされる。この面において、２つ以上のＣＡＲは、例えば、１つまたは複数のペプチド開裂部位(例えば、自己開裂(ａｕｔｏ−ｃｌｅａｖａｇｅ)部位または細胞内プロテアーゼのための基質)により分離されることができる。ペプチド開裂部位の例はＴ２Ａ、Ｐ２Ａ、Ｅ２ＡまたはＦ２Ａ部位を含む。
【０５６９】
遺伝子を細胞内に導入し発現させる方法は当技術分野で公知である。発現ベクターの関係で、ベクターは当技術分野で公知の任意の方法によって宿主細胞、例えば、哺乳類、細菌、酵母または昆虫細胞に容易に導入することができる。例えば、発現ベクターは物理的、化学的または生物学的な手段、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６０１−６０３に記載されている手段により、宿主細胞中に移入することができる。
【０５７０】
非ウイルス送達システムを利用する場合、代表的な送達媒体はリポソームである。脂質製剤の使用が核酸の宿主細胞中への導入(インビトロ、エクスビボまたはインビボ)用に考えられ、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ６０４−６０５に記載されている。
【０５７１】
外因性の核酸を宿主細胞中に導入するかまたはその他、細胞を本発明の阻害剤に曝露するために使用される方法にかかわらず、宿主細胞中の組換えＤＮＡ配列の存在を確認するために様々なアッセイを実施することができる。かかるアッセイは、例えば、サザンおよびノーザンブロッティング、ＲＴ−ＰＣＲおよびＰＣＲのような当業者に周知の「分子生物学的」アッセイ；例えば、免疫学的手段(ＥＬＩＳＡおよびウェスタンブロット)または本発明の範囲内に入る作用物質の同定のための本明細書に記載されているアッセイによる特定のペプチドの存在または不在の検出のような「生化学的」アッセイを含む。
【０５７２】
治療方法
ある面において、本開示は、本明細書に記載されている腫瘍抗原の発現に関連する疾患を治療する方法を提供する。いくつかの態様において、免疫エフェクター細胞を本明細書に記載されている方法によってアッセイし、例えば、１つまたは複数のバイオマーカーをアッセイし、細胞を本明細書に記載されている治療の一部として対象に投与する。例えば、免疫エフェクター細胞を本明細書に記載されている併用療法の一部として投与することができる。
【０５７３】
ある面において、本開示は、ＣＡＲを発現するように工学操作された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)をそれを必要とする対象に供給することによって、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供する。ある態様において、治療されるがんはＢ細胞悪性腫瘍である。ある態様において、治療されるがんはＡＬＬ(急性リンパ性白血病)、ＣＬＬ(慢性リンパ性白血病)、ＤＬＢＣＬ(びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫)、ＭＣＬ(マントル細胞リンパ腫またはＭＭ(多発性骨髄腫)である。
【０５７４】
ある面において、本開示は、ＣＤ１９ＣＡＲを発現するように工学操作された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)をそれを必要とする対象に供給することによって、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供し、ここでがん細胞はＣＤ１９を発現する。ある態様において、治療されるがんはＢ細胞悪性腫瘍である。ある態様において、治療されるがんはＡＬＬ(急性リンパ性白血病)、ＣＬＬ(慢性リンパ性白血病)、ＤＬＢＣＬ(びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫)、ＭＣＬ(マントル細胞リンパ腫)、ホジキンリンパ腫またはＭＭ(多発性骨髄腫)である。
【０５７５】
ある面において、本発明は、ＣＤ２２  ＣＡＲを発現するように工学操作された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)をそれを必要とする対象に供給することによって、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供し、ここでがん細胞はＣＤ２２を発現する。ある態様において、治療されるがんはＢ細胞悪性腫瘍である。ある態様において、治療されるがんはＡＬＬ(急性リンパ性白血病)、ＣＬＬ(慢性リンパ性白血病)、ＤＬＢＣＬ(びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫)、ＭＣＬ(マントル細胞リンパ腫)、ホジキンリンパ腫またはＭＭ(多発性骨髄腫)である。
【０５７６】
ある面において、本発明は、ＣＤ２０  ＣＡＲを発現するように工学操作された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)をそれを必要とする対象に供給することによって、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供し、ここでがん細胞はＣＤ２０を発現する。ある態様において、治療されるがんはＢ細胞悪性腫瘍である。ある態様において、治療されるがんはＡＬＬ(急性リンパ性白血病)、ＣＬＬ(慢性リンパ性白血病)、ＤＬＢＣＬ(びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫)、ＭＣＬ(マントル細胞リンパ腫)、ホジキンリンパ腫またはＭＭ(多発性骨髄腫)である。
【０５７７】
ある面において、本発明は、ＲＯＲ１  ＣＡＲを発現するように工学操作された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)をそれを必要とする対象に供給することによって、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供し、ここでがん細胞はＲＯＲ１を発現する。ある態様において、治療されるがんはＢ細胞悪性腫瘍である。ある態様において、治療されるがんはＡＬＬ(急性リンパ性白血病)、ＣＬＬ(慢性リンパ性白血病)、ＤＬＢＣＬ(びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫)、ＭＣＬ(マントル細胞リンパ腫)、ホジキンリンパ腫またはＭＭ(多発性骨髄腫)である。
【０５７８】
本開示は、免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)をＣＡＲを発現するように遺伝子改変し(例えば、レンチウイルスベクターの形質導入により)、そのＣＡＲ発現細胞をそれを必要とする受容者に注入するタイプの細胞療法を含む。注入された細胞は受容者において腫瘍細胞を殺すことができる。抗体療法とは違って、ＣＡＲ−改変された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)はインビボで複製することができ、結果として持続性の腫瘍管理に通じることができる長期持続性が得られる。レンチウイルスベクターを使用して生成したＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞)は安定なＣＡＲ発現を有する。様々な面において、患者に投与された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)またはその子孫は、Ｔ細胞の患者への投与後少なくとも４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、１３カ月、１４カ月、１５カ月、１６カ月、１７カ月、１８カ月、１９カ月、２０カ月、２１カ月、２２カ月、２３カ月、２年、３年、４年または５年間患者内で持続する。
【０５７９】
本発明はまた、例えばインビトロ転写されたＲＮＡにより、ＣＡＲを一時的に発現するように免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を改変し、そのＣＡＲ発現細胞をそれを必要とする受容者に注入するタイプの細胞療法を含む。ＣＡＲ  ＲＮＡの(例えば、トランスフェクションまたはエレクトロポレーションによる)形質導入によって生成したＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は形質導入後４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５日間ＲＮＡ  ＣＡＲを一時的に発現する。注入された細胞は受容者において腫瘍細胞を殺すことができる。従って、様々な面において、患者に投与された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は、Ｔ細胞の患者への投与後１カ月未満、例えば、３週、２週、１週間存在する。
【０５８０】
ある面において、本開示は、ＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されているＣＡＲを遺伝子工学操作された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を、それを必要とする対象に供給することによってがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供する。
【０５８１】
ある態様において、本開示は、本明細書に記載されている腫瘍抗原(またはがん関連抗原)を特異的に標的とするかまたは結合するＣＡＲを発現するように工学操作された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を、それを必要とする対象に供給することによって、がん(例えば、ＡＬにＬおよびＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供し、ここで対象は応答者または部分応答者であると確認されている。他の態様において、本方法は、ＣＡＲ療法以外のがん療法を対象に提供することによって、例えば、特定の種類のがんに対する標準的な治療である治療を対象に提供することによって、部分応答者または非応答者としてがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を治療することを提供する。さらに別の態様において、治療方法は、ＣＡＲ発現細胞、例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を投与する前に部分応答者または非応答者として確認された対象に対して、ＣＡＲ発現細胞の製造を変化させて、例えば、本明細書に記載されているようなナイーブＴ細胞を富化することを含む。
【０５８２】
ある態様において、免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を有する対象を治療するために、ＣＤ１９ＣＡＲを発現するように工学操作され、ここでがん細胞はＣＤ１９を発現する。ある態様において、治療されるがんはＡＬＬまたはＣＬＬである。免疫エフェクター細胞で発現されるＣＤ１９ＣＡＲ分子は、当技術分野で任意の抗ＣＤ１９抗原結合ドメイン(例えば、表１２に提供されているもの)を、本明細書に記載されているＣＡＲドメインのいずれかと組み合わせて含み、完全ＣＡＲコンストラクトを生成することができる。例えば、完全ＣＡＲコンストラクトは表１３にリストされているＣＡＲである。表１３は、表１２にリストされている様々なＣＡＲドメイン(例えば、膜貫通および細胞内シグナル伝達ドメイン)および表１２にリストされている抗ＣＤ１９抗原結合ドメインを使用して生成される代表的な完全ＣＤ１９ＣＡＲコンストラクトを提供する。アミノ酸配列は(ａａ)と指定され、核酸配列は(ｎｔ)と指定されている。
【０５８３】
【表９】
2018501463.tif 000010
【表１０】
2018501463.tif 000011
【０５８４】
【表１１】
2018501463.tif 000012
【表１２】
2018501463.tif 000013
【０５８５】
【表１３】
2018501463.tif 000014
【表１４】
2018501463.tif 000015
【０５８６】
【表１５】
2018501463.tif 000016
【表１６】
2018501463.tif 000017
【表１７】
2018501463.tif 000018
【０５８７】
ＣＤ１９関連疾患および／または障害
ある面において、本開示は、がん、例えば、ＣＤ１９発現に関連するがんを、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法で治療する方法を提供する。代表的ながんは、限定されることはないが、例えば、限定されることはないが、例えば、Ｂ−細胞急性リンパ性白血病(「Ｂ−ＡＬＬ」)、Ｔ−細胞急性リンパ性白血病(「Ｔ−ＡＬＬ」)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)を含む１つまたは複数の急性白血病；限定されることはないが、例えば、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)を含む１つまたは複数の慢性白血病を含む。追加のがんまたはＣＤ１９の発現に関連する血液学的状態は、限定されることはないが、例えば、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞型−または大細胞型−濾胞性リンパ腫、悪性リンパ球増殖症状、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(ＭＣＬ)、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞性腫瘍、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、ならびに、骨髄性血液細胞の無効な生産(または異形成)によりまとめた多様な血液学的状態の集まりである「前白血病」、などを含む。さらに、ＣＤ１９発現に関連する疾患は、限定されることはないが、例えば、ＣＤ１９の発現に関連する、変則的および／または非古典的がん、悪性腫瘍、前がん状態または増殖性疾患を含む。
【０５８８】
ある態様において、本開示は、ＣＬＬを治療する方法を提供する。
別の態様において、本開示は、ＡＬＬを治療する方法を提供する。
もう１つ別の態様において、本開示は、Ｂ−細胞ＡＬＬを治療する方法を提供する。
【０５８９】
ある面において、本開示は、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を有する応答者(例えば、完全応答者および部分応答者)を、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)(例えば、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)、例えば、ＣＴＬ０１９)で治療する方法を提供する。ある態様において、本開示は、応答者(例えば、完全応答者および部分応答者)を、別の治療剤、例えば、本明細書に記載されている別の治療剤(例えば、別のＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されている別のＣＡＲ、抑制ＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されている抑制ＣＡＲ、キナーゼ阻害剤(例えば、本明細書に記載されているキナーゼ阻害剤、例えば、ｍＴＯＲ阻害剤、ＢＴＫ阻害剤)、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書に記載されているチェックポイント阻害剤、標準的な治療法等)と組み合わせたＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)で治療する方法を提供する。組合せは、例えば、本明細書に記載されているいずれかの作用物質との組合せであることができる。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)処置、例えば、最初のＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)処置の後、部分応答者を、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子セットシグネチャー付けのような本明細書に記載されているいずれかの方法によって試験し、状態が変化しないかおよび／または例えば非応答者に降格したら、その時は対象に別の療法、例えば、特定のがんに対する標準的な治療を施す。
【０５９０】
ある面において、本開示は、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を有する非応答者を、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)(例えば、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)、例えば、ＣＴＬ０１９)で治療する方法を提供する。ある態様において、本開示は、別の治療剤、例えば、本明細書に記載されている別の治療剤(例えば、もう１つ別のＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されているもう１つ別のＣＡＲ、抑制ＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されている抑制ＣＡＲ、キナーゼ阻害剤(例えば、本明細書に記載されているキナーゼ阻害剤、例えば、ｍＴＯＲ阻害剤、ＢＴＫ阻害剤)、チェックポイント阻害剤、例えば、本明細書に記載されているチェックポイント阻害剤、標準的な治療法等)と組み合わせたＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)で非応答者を治療する方法を提供する。組合せは、例えば、本明細書に記載されているいずれかの作用物質との組合せであることができる。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)処置、例えば、最初のＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)処置の後、非応答者を、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子セットシグネチャー付けのような本明細書に記載されている方法のいずれか１つにより試験し、状態が変化しおよび／または例えば、部分的な応答者、例えば完全応答者に昇格したら、対象に本明細書に記載されている別の療法を施す。
【０５９１】
ある態様において、本開示は、(１)部分応答者対象および／または非応答者対象を確認し、(２)部分応答者対象および／または非応答者対象に、例えば、ＲＡＤ００１およびラパマイシンのような本明細書に記載されているｍＴＯＲ阻害剤を、例えば、本明細書に記載されている用量および／または投薬スケジュールで投与し；(３)ＣＡＲ(例えば、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ、例えば、ＣＴＬ０１９)を、例えば、ｍＴＯＲ阻害剤の投与後に投与し、こうしてがんを治療するステップを含んでなる、がん(例えば、ＡＬＬまたはＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供する。ある態様において、本方法は、さらに、ｍＴＯＲ阻害剤および／またはＣＡＲを、例えば、ＰＤ１阻害剤のようなここに記載されている１つまたは複数のチェックポイント阻害剤と組み合わせて投与することを含む。
【０５９２】
ある態様において、本開示は、(１)部分応答者対象(例えば、患者)および／または非応答者対象(例えば、患者)を確認し、(２)それほど消耗していないおよび／またはよりナイーブなＴ細胞集団を選択することにより、部分応答者対象および／または非応答者対象のＴ細胞集団を富化し、(３)ＣＡＲ(例えば、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ、例えば、ＣＴＬ０１９)を前記富化されたＴ細胞集団に導入し(例えば、形質転換、形質導入、感染、エレクトロポレーション、等により)、こうして対象のＴ細胞集団を形質転換し；(４)ＣＡＲを発現するＴ細胞集団を部分応答者対象および／または非応答者対象に投与し、こうしてがんを治療するステップを含む、がん(例えば、ＡＬＬまたはＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供する。
【０５９３】
ある態様において、本開示は、(１)部分応答者対象(例えば、患者)および／または非応答者対象(例えば、患者)を確認し、(２)後の期間に部分応答者対象および／または非応答者対象(例えば、患者)のナイーブＴ細胞および／またはそれほど消耗していない表現型について再評価し、(３)例えば、対象のナイーブＴ細胞の増大および／またはそれほど消耗していない表現型を有していたら、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)、例えば、ＣＴＬ０１９)を施し、こうしてがんを治療するステップを含む、がん(例えば、ＡＬＬまたはＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供する。ある態様において、後の期間は少なくとも１時間、少なくとも２時間、少なくとも３時間、少なくとも４時間、少なくとも５時間、少なくとも６時間、少なくとも７時間、少なくとも８時間、少なくとも９時間、少なくとも１０時間、少なくとも１１時間、少なくとも１２時間、少なくとも１日、少なくとも２日、少なくとも３日、少なくとも４日、少なくとも５日、少なくとも６日、少なくとも１週、少なくとも２週、少なくとも３週、少なくとも１カ月、少なくとも２カ月、少なくとも３カ月、少なくとも４カ月、少なくとも５カ月、少なくとも６カ月、少なくとも７カ月、少なくとも８カ月、少なくとも９カ月、少なくとも１０カ月、少なくとも１１カ月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも４年、少なくとも５年、少なくとも６年、少なくとも７年、少なくとも８年、少なくとも９年、少なくとも１０年または１１年以上を含む。
【０５９４】
ある態様において、本開示は、(１)部分応答者および／または非応答者を確認し；(２)別の療法、例えば、特定のがんのための標準的な治療(例えば、ＡＬＬまたはＣＬＬのための標準的な治療)で治療するステップを含む、がん(例えば、ＡＬＬまたはＣＬＬのような血液がん)を治療する方法を提供する。ある態様において、部分応答者が、ＣＡＲによる治療の不在下の標準的な治療(例えば、ＡＬＬまたはＣＬＬのような血液がんのための標準的な治療)のみで治療される。ある態様において、非応答者が、ＣＡＲによる治療の不在下で標準的な治療(例えば、ＡＬＬまたはＣＬＬのような血液がんのための標準的な治療)のみで治療される。
【０５９５】
ある態様において、ＣＬＬのための標準的な治療は、本明細書中に記載の、例えば、表Ａに記載されている代表的な治療およびそれらの組合せを含むが、限定されることはない。
【０５９６】
【表１８】
2018501463.tif 000019
【０５９７】
ある態様において、ＣＬＬの標準的な治療は、(１)放射線療法、(２)化学療法、(３)外科手術(例えば、脾臓の除去)、(４)標的療法、(５)幹細胞移植およびこれらの組合せを含む。ある態様において、標準的な治療は外部放射線療法を含む。ある態様において、標準的な治療は内部放射線療法(例えば、例えばがんの内部または近くに直接配置される、ニードル、ワイヤまたはカテーテルに密封された放射性物質)を含む。
【０５９８】
ある態様において、ＡＬＬの標準的な治療は、限定されることはないが、本明細書に記載されている、例えば、表Ｂに記載されている代表的な治療法およびその組合せを含む。
【０５９９】
【表１９】
2018501463.tif 000020
【０６００】
ある態様において、ＡＬＬのための標準的な治療は(１)化学療法、(２)放射線療法、(３)幹細胞移植、(４)生物学的療法、(５)標的療法およびこれらの組合せを含む。
【０６０１】
ある態様において、標準的な治療は、限定されることはないが、フルダラビンとシクロホスファミド(ＦＣ)；フルダラビンとリツキシマブ(ＦＲ)；フルダラビン、シクロホスファミドおよびリツキシマブ(ＦＣＲ)；シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチンおよびプレドニゾン(ＣＨＯＰ)；ならびにこれらの組合せを含む。使用が考えられる一般的な化学療法剤は、限定されることはないが、アナストロゾール(Ａｒｉｍｉｄｅｘ(登録商標))、ビカルタミド(Ｃａｓｏｄｅｘ(登録商標))、ブレオマイシン硫酸塩(Ｂｌｅｎｏｘａｎｅ(登録商標))、ブスルファン(Ｍｙｌｅｒａｎ(登録商標))、ブスルファン注射剤(Ｂｕｓｕｌｆｅｘ(登録商標))、カペシタビン(Ｘｅｌｏｄａ(登録商標))、Ｎ４−ペントキシカルボニル−５−デオキシ−５−フルオロシチジン、カルボプラチン(Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ(登録商標))、カルムスチン(ＢｉＣＮＵ(登録商標))、クロラムブシル(Ｌｅｕｋｅｒａｎ(登録商標))、シスプラチン(Ｐｌａｔｉｎｏｌ(登録商標))、クラドリビン(Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ(登録商標))、シクロホスファミド(シトキサン(登録商標)またはＮｅｏｓａｒ(登録商標))、シタラビン、シトシンアラビノシド(Ｃｙｔｏｓａｒ−Ｕ(登録商標))、シタラビンリポソーム注射剤(ＤｅｐｏＣｙｔ(登録商標))、ダカルバジン(ＤＴＩＣ−Ｄｏｍｅ(登録商標))、ダクチノマイシン(アクチノマイシンＤ、コスメガン)、ダウノルビシン塩酸塩(Ｃｅｒｕｂｉｄｉｎｅ(登録商標))、ダウノルビシンクエン酸塩リポソーム注射剤(ＤａｕｎｏＸｏｍｅ(登録商標))、デキサメタゾン、ドセタキセル(Ｔａｘｏｔｅｒｅ(登録商標))、ドキソルビシン塩酸塩(Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ(登録商標)、Ｒｕｂｅｘ(登録商標))、エトポシド(Ｖｅｐｅｓｉｄ(登録商標))、リン酸フルダラビン(フルダラ(登録商標))、５−フルオロウラシル(Ａｄｒｕｃｉｌ(登録商標)、Ｅｆｕｄｅｘ(登録商標))、フルタミド(Ｅｕｌｅｘｉｎ(登録商標))、テザシチビン、ゲムシタビン(ジフルオロデオキシシチジン)、ヒドロキシ尿素(Ｈｙｄｒｅａ(登録商標))、イダルビシン(Ｉｄａｍｙｃｉｎ(登録商標))、イホスファミド(ＩＦＥＸ(登録商標))、イリノテカン(Ｃａｍｐｔｏｓａｒ(登録商標))、Ｌ−アスパラギナーゼ(ＥＬＳＰＡＲ(登録商標))、ロイコボリンカルシウム、メルファラン(Ａｌｋｅｒａｎ(登録商標))、６−メルカプトプリン(Ｐｕｒｉｎｅｔｈｏｌ(登録商標))、メトトレキサート(Ｆｏｌｅｘ(登録商標))、ミトキサントロン(Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ(登録商標))、マイロターグ、パクリタキセル(Ｔａｘｏｌ(登録商標))、フェニックス(Ｙｔｔｒｉｕｍ９０／ＭＸ−ＤＴＰＡ)、ペントスタチン、ポリフェプロザン２０カルムスチンインプラント(Ｇｌｉａｄｅｌ(登録商標))、タモキシフェンクエン酸塩(Ｎｏｌｖａｄｅｘ(登録商標))、テニポシド(Ｖｕｍｏｎ(登録商標))、６−チオグアニン、チオテパ、チラパザミン(Ｔｉｒａｚｏｎｅ(登録商標))、注射用トポテカン塩酸塩(Ｈｙｃａｍｐｔｉｎ(登録商標))、ビンブラスチン(Ｖｅｌｂａｎ(登録商標))、ビンクリスチン(Ｏｎｃｏｖｉｎ(登録商標))、ビノレルビン(Ｎａｖｅｌｂｉｎｅ(登録商標))およびこれらの組合せを含む。
【０６０２】
ある態様において、化学療法は、限定されることはないが、葉酸アンタゴニスト(本明細書では葉酸拮抗剤ともいう)、ピリミジンアナログ、プリンアナログおよびアデノシンデアミナーゼ阻害剤)：メトトレキサート(Ｒｈｅｕｍａｔｒｅｘ(登録商標)、Ｔｒｅｘａｌｌ(登録商標))、５−フルオロウラシル(Ａｄｒｕｃｉｌ(登録商標)、Ｅｆｕｄｅｘ(登録商標)、Ｆｌｕｏｒｏｐｌｅｘ(登録商標))、フロクスウリジン(ＦＵＤＦ(登録商標))、シタラビン(Ｃｙｔｏｓａｒ−Ｕ(登録商標)、Ｔａｒａｂｉｎｅ  ＰＦＳ)、６−メルカプトプリン(Ｐｕｒｉ−Ｎｅｔｈｏｌ(登録商標)))、６−チオグアニン(Ｔｈｉｏｇｕａｎｉｎｅ  Ｔａｂｌｏｉｄ(登録商標))、リン酸フルダラビン(フルダラ(登録商標))、ペントスタチン(Ｎｉｐｅｎｔ(登録商標))、ペメトレキセド(Ａｌｉｍｔａ(登録商標))、ラルチトレキセド(Ｔｏｍｕｄｅｘ(登録商標))、クラドリビン(Ｌｅｕｓｔａｔｉｎ(登録商標))、クロファラビン(Ｃｌｏｆａｒｅｘ(登録商標)、Ｃｌｏｌａｒ(登録商標))、シタラビンリポソーム(Ｌｉｐｏｓｏｍａｌ  Ａｒａ−Ｃ、ＤｅｐｏＣｙｔ(商標)としても知られている)；デシタビン(Ｄａｃｏｇｅｎ(登録商標))；ヒドロキシ尿素(Ｈｙｄｒｅａ(登録商標)、Ｄｒｏｘｉａ(商標)およびＭｙｌｏｃｅｌ(商標))；メルカプトプリン(Ｐｕｒｉ−Ｎｅｔｈｏｌ(登録商標))、プララトレキサート(Ｆｏｌｏｔｙｎ(商標))、カペシタビン(Ｘｅｌｏｄａ(登録商標))、ネララビン(Ａｒｒａｎｏｎ(登録商標))、アザシチジン(Ｖｉｄａｚａ(登録商標))およびゲムシタビン(Ｇｅｍｚａｒ(登録商標))を含む代謝拮抗剤を含む。適切な代謝拮抗剤は、例えば、５−フルオロウラシル(Ａｄｒｕｃｉｌ(登録商標)、Ｅｆｕｄｅｘ(登録商標)、Ｆｌｕｏｒｏｐｌｅｘ(登録商標))、フロクスウリジン(ＦＵＤＦ(登録商標))、カペシタビン(Ｘｅｌｏｄａ(登録商標))、ペメトレキセド(Ａｌｉｍｔａ(登録商標))、ラルチトレキセド(Ｔｏｍｕｄｅｘ(登録商標))およびゲムシタビン(Ｇｅｍｚａｒ(登録商標))、ならびにこれらの組合せを含む。ある態様において、プリンアナログはフルダラビンである。
【０６０３】
ある態様において、化学療法は、限定されることはないが、ナイトロジェンマスタード、エチレンイミン誘導体、スルホン酸アルキル、ニトロソウレアおよびトリアゼン、ウラシルマスタード(Ａｍｉｎｏｕｒａｃｉｌ  Ｍｕｓｔａｒｄ(登録商標)、Ｃｈｌｏｒｅｔｈａｍｉｎａｃｉｌ(登録商標)、Ｄｅｍｅｔｈｙｌｄｏｐａｎ(登録商標)、Ｄｅｓｍｅｔｈｙｌｄｏｐａｎ(登録商標)、Ｈａｅｍａｎｔｈａｍｉｎｅ(登録商標)、Ｎｏｒｄｏｐａｎ(登録商標)、Ｕｒａｃｉｌ  ｎｉｔｒｏｇｅｎ  ｍｕｓｔａｒｄ(登録商標)、Ｕｒａｃｉｌｌｏｓｔ(登録商標)、Ｕｒａｃｉｌｍｏｓｔａｚａ(登録商標)、Ｕｒａｍｕｓｔｉｎ(登録商標)、Ｕｒａｍｕｓｔｉｎｅ(登録商標))、クロルメチン(Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ(登録商標))、シクロホスファミド(Ｃｙｔｏｘａｎ(登録商標)、Ｎｅｏｓａｒ(登録商標)、Ｃｌａｆｅｎ(登録商標)、Ｅｎｄｏｘａｎ(登録商標)、Ｐｒｏｃｙｔｏｘ(登録商標)、Ｒｅｖｉｍｍｕｎｅ(商標))、イホスファミド(Ｍｉｔｏｘａｎａ(登録商標))、メルファラン(Ａｌｋｅｒａｎ(登録商標))、クロラムブシル(Ｌｅｕｋｅｒａｎ(登録商標))、ピポブロマン(Ａｍｅｄｅｌ(登録商標)、Ｖｅｒｃｙｔｅ(登録商標))、トリエチレンメラミン(Ｈｅｍｅｌ(登録商標)、Ｈｅｘａｌｅｎ(登録商標)、Ｈｅｘａｓｔａｔ(登録商標))、トリエチレンチオホスホラミン、テモゾロミド(Ｔｅｍｏｄａｒ(登録商標))、チオテパ(Ｔｈｉｏｐｌｅｘ(登録商標))、ブスルファン(Ｂｕｓｉｌｖｅｘ(登録商標)、Ｍｙｌｅｒａｎ(登録商標))、カルムスチン(ＢｉＣＮＵ(登録商標))、ロムスチン(ＣｅｅＮＵ(登録商標))、ストレプトゾシン(Ｚａｎｏｓａｒ(登録商標))およびダカルバジン(ＤＴＩＣ−Ｄｏｍｅ(登録商標))ならびにこれらの組合せを含むアルキル化剤を含む。追加の代表的なアルキル化剤は、限定することなく、オキサリプラチン(Ｅｌｏｘａｔｉｎ(登録商標))；テモゾロミド(Ｔｅｍｏｄａｒ(登録商標)およびＴｅｍｏｄａｌ(登録商標))；ダクチノマイシン(アクチノマイシン−Ｄとしても知られている、Ｃｏｓｍｅｇｅｎ(登録商標))；メルファラン(Ｌ−ＰＡＭ、Ｌ−サルコリシンおよびフェニルアラニンマスタードとしても知られている、Ａｌｋｅｒａｎ(登録商標))；アルトレタミン(ヘキサメチルメラミン(ＨＭＭ)としても知られている、Ｈｅｘａｌｅｎ(登録商標))；カルムスチン(ＢｉＣＮＵ(登録商標))；ベンダムスチン(Ｔｒｅａｎｄａ(登録商標))；ブスルファン(Ｂｕｓｕｌｆｅｘ(登録商標)およびＭｙｌｅｒａｎ(登録商標))；カルボプラチン(Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ(登録商標))；ロムスチン(ＣＣＮＵとしても知られている、ＣｅｅＮＵ(登録商標))；シスプラチン(ＣＤＤＰとしても知られている、Ｐｌａｔｉｎｏｌ(登録商標)およびＰｌａｔｉｎｏｌ(登録商標)−ＡＱ)；クロラムブシル(Ｌｅｕｋｅｒａｎ(登録商標))；シクロホスファミド(シトキサン(登録商標)およびＮｅｏｓａｒ(登録商標))；ダカルバジン(ＤＴＩＣ、ＤＩＣおよびイミダゾールカルボキサミドとしても知られている、ＤＴＩＣ−Ｄｏｍｅ(登録商標))；アルトレタミン(ヘキサメチルメラミン(ＨＭＭ)としても知られている、Ｈｅｘａｌｅｎ(登録商標))；イホスファミド(Ｉｆｅｘ(登録商標))；Ｐｒｅｄｎｕｍｕｓｔｉｎｅ；プロカルバジン(Ｍａｔｕｌａｎｅ(登録商標))；メクロメタミン(ナイトロジェンマ���タード、ムスチンおよびメクロロエタミン塩酸塩としても知られている、Ｍｕｓｔａｒｇｅｎ(登録商標))；ストレプトゾシン(Ｚａｎｏｓａｒ(登録商標))；チオテパ(チオホスホアミド、ＴＥＳＰＡおよびＴＳＰＡとしても知られている、Ｔｈｉｏｐｌｅｘ(登録商標))；シクロホスファミド(Ｅｎｄｏｘａｎ(登録商標)、Ｃｙｔｏｘａｎ(登録商標)、Ｎｅｏｓａｒ(登録商標)、Ｐｒｏｃｙｔｏｘ(登録商標)、Ｒｅｖｉｍｍｕｎｅ(登録商標))；ベンダムスチンＨＣｌ(Ｔｒｅａｎｄａ(登録商標))ならびにこれらの組合せを含む。ある態様において、アルキル化剤はベンダムスチンである。ある態様において、アルキル化剤はシクロホスファミドである。
【０６０４】
ある態様において、化学療法剤は、キナーゼ阻害剤、例えば、限定されることはないが、エルロチニブ塩酸塩(Ｔａｒｃｅｖａ(登録商標))；リニファニブ(Ｎ−[４−(３−アミノ−１Ｈ−インダゾール−４−イル)フェニル]−Ｎ’−(２−フルオロ−５−メチルフェニル)尿素、ＡＢＴ８６９としても知られており、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈから入手可能)；リンゴ酸スニチニブ(Ｓｕｔｅｎｔ(登録商標))；ボスチニブ(４−[(２,４−ジクロロ−５−メトキシフェニル)アミノ]−６−メトキシ−７−[３−(４−メチルピペリジン−１−イル)プロポキシ]キノリン−３−カルボニトリル、ＳＫＩ−６０６としても知られており、米国特許第６,７８０,９９６号に記載されている)；ダサチニブ(Ｓｐｒｙｃｅｌ(登録商標))；パゾパニブ(Ｖｏｔｒｉｅｎｔ(登録商標))；ソラフェニブ(Ｎｅｘａｖａｒ(登録商標))；ザクティマ(ＺＤ６４７４)；およびイマチニブまたはイマチニブメシル酸塩(Ｇｉｌｖｅｃ(登録商標)およびＧｌｅｅｖｅｃ(登録商標))を含むチロシンキナーゼ阻害剤である。ある態様において、キナーゼ阻害剤は、イブツツニブ(ＰＣＩ−３２７６５)；ＧＤＣ−０８３４；ＲＮ−４８６；ＣＧＩ−５６０；ＣＧＩ−１７６４；ＨＭ−７１２２４；ＣＣ−２９２；ＯＮＯ−４０５９；ＣＮＸ−７７４；およびＬＦＭ−Ａ１３から選択されるＢＴＫ阻害剤である。ある態様において、キナーゼ阻害剤は、アロイシンＡ；フラボピリドールまたはＨＭＲ−１２７５、２−(２−クロロフェニル)−５,７−ジヒドロキシ−８−[(３Ｓ,４Ｒ)−３−ヒドロキシ−１−メチル−４−ピペリジニル]−４−クロメノン；クリゾチニブ(ＰＦ−０２３４１０６６；２−(２−クロロフェニル)−５,７−ジヒドロキシ−８−[(２Ｒ,３Ｓ)−２−(ヒドロキシメチル)−１−メチル−３−ピロリジニル]−４Ｈ−１−ベンゾピラン−４−オン、塩酸塩(Ｐ２７６−００)；１−メチル−５−[[２−[５−(トリフルオロメチル)−１Ｈ−イミダゾール−２−イル]−４−ピリジニル]オキシ]−Ｎ−[４−(トリフルオロメチル)フェニル]−１Ｈ−ベンゾイミダゾール−２−アミン(ＲＡＦ２６５)；インジスラム(Ｅ７０７０)；ロスコビチン(ＣＹＣ２０２)；パルボシクリブ(ＰＤ０３３２９９１)；ジナシクリブ(ＳＣＨ７２７９６５)；Ｎ−[５−[[(５−ｔｅｒｔ−ブチルオキサゾール−２−イル)メチル]チオ]チアゾール−２−イル]ピペリジン−４−カルボキサミド(ＢＭＳ３８７０３２)；４−[[９−クロロ−７−(２,６−ジフルオロフェニル)−５Ｈ−ピリミド[５,４−ｄ][２]ベンゾアゼピン−２−イル]アミノ]−安息香酸(ＭＬＮ８０５４)；５−[３−(４,６−ジフルオロ−１Ｈ−ベンゾイミダゾール−２−イル)−１Ｈ−インダゾール−５−イル]−Ｎ−エチル−４−メチル−３−ピリジンメタンアミン(ＡＧ−０２４３２２)；４−(２,６−ジクロロベンゾイルアミノ)−１Ｈ−ピラゾール−３−カルボン酸Ｎ−(ピペリジン−４−イル)アミド(ＡＴ７５１９)；４−[２−メチル−１−(１−メチルエチル)−１Ｈ−イミダゾール−５−イル]−Ｎ−[４−(メチルスルホニル)フェニル]−２−ピリミジンアミン(ＡＺＤ５４３８)；およびＸＬ２８１(ＢＭＳ９０８６６２)から選択されるＣＤＫ４阻害剤である。ある態様において、キナーゼ阻害剤は、ＣＧＰ０５２０８８；４−アミノ−３−(ｐ−フルオロフェニルアミノ)−ピラ���ロ[３,４−ｄ]ピリミジン(ＣＧＰ５７３８０)；セルコスポラミド；ＥＴＣ−１７８０４４５−２；および４−アミノ−５−(４−フルオロアニリノ)−ピラゾロ[３,４−ｄ]ピリミジンから選択されるＭＮＫ阻害剤である。
【０６０５】
ある態様において、標的療法は、限定されることはないが、例えば、リツキシマブ(Ｒｉｕｘａｎ(登録商標)およびＭａｂＴｈｅｒａ(登録商標))；トシツモマブ(Ｂｅｘｘａｒ(登録商標))；ならびにオファツムマブ(Ａｒｚｅｒｒａ(登録商標))およびこれらの組合せのような抗ＣＤ２０抗体またはその機能性断片を含む。ある態様において、標的療法は、限定されることはないが、例えば、アレムツズマブ(Ｃａｍｐａｔｈ(登録商標))のような抗ＣＤ５２抗体またはその機能性断片を含む。
【０６０６】
ある態様において、生物学的療法は免疫療法を含む。代表的なアントラサイクリンは、限定することなく、ドキソルビシン(Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ(登録商標)およびＲｕｂｅｘ(登録商標))；ブレオマイシン(ｌｅｎｏｘａｎｅ(登録商標))；ダウノルビシン(ダウノルビシン塩酸塩、ダウノマイシンおよびルビドマイシン塩酸塩、Ｃｅｒｕｂｉｄｉｎｅ(登録商標))；ダウノルビシンリポソーム(ダウノルビシンクエン酸塩リポソーム、ＤａｕｎｏＸｏｍｅ(登録商標))；ミトキサントロン(ＤＨＡＤ、Ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ(登録商標))；エピルビシン(Ｅｌｌｅｎｃｅ(商標))；イダルビシン(Ｉｄａｍｙｃｉｎ(登録商標)、ＩｄａｍｙｃｉｎＰＦＳ(登録商標))；マイトマイシンＣ(Ｍｕｔａｍｙｃｉｎ(登録商標))；ゲルダナマイシン；ハービマイシン；ラビドマイシン；デスアセチルラビドマイシンおよびこれらの組合せを含む。
【０６０７】
ある態様において、幹細胞移植は自然発生幹細胞移植を含む。ある態様において、幹細胞移植は同種幹細胞移植を含む。ある態様において、幹細胞移植は同種異系の骨髄移植を含む。ある態様において、幹細胞移植は造血幹細胞移植(ＨＳＣＴ)を含む。ある態様において、造血幹細胞は、限定されることはないが骨髄、末梢血、臍帯血およびこれらの組合せを含む様々な組織に由来する。
【０６０８】
ある態様において、提供される方法は、対象が、表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５および表１６にリストされている１つまたは複数のマーカーまたはＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＣＤ５７バイオマーカー、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ１２２バイオマーカー、ＣＤ６２ＬバイオマーカーおよびＫＬＲＧ１バイオマーカーの発現レベルにおいて、参照レベルと比べて統計的に有意な差を有するとして同定されるかどうかを決定し、その対象に、治療的に有効な用量のＣＡＲ発現細胞、例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞を投与することを含む。ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は、例えば、ＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)である。
【０６０９】
ある面において、本開示は、ＣＤ１９発現に関連する疾患を治療する方法を提供する。ある面において、本発明は、腫瘍の一部がＣＤ１９に対して陰性であり、腫瘍の一部がＣＤ１９に対して陽性である疾患を治療する方法を提供する。例えば、提供される方法は、ＣＤ１９の高まった発現に関連する疾患に対する治療を受けている対象を治療するのに有用であり、ここでＣＤ１９の高まったレベルに対する治療を受けている対象はＣＤ１９の高まったレベルに関連する疾患を示す。
【０６１０】
ある面において、提供される方法は、哺乳類の細胞(例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞)での発現のためのプロモーターに作動可能に連結したＣＤ１９ＣＡＲを含むベクターを含む。ある面において、提供される方法は、ＣＤ１９を発現する腫瘍を治療するのに使用されるＣＤ１９ＣＡＲを発現する組換え細胞(例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞)を含み、ここでＣＤ１９ＣＡＲを発現する組換えＴ細胞はＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞と称される。ある面において、提供される方法に従って投与されるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は、ＣＡＲ発現細胞が腫瘍細胞を標的とし、腫瘍の増殖を抑制するように、その表面上に発現された少なくとも１つのＣＤ１９ＣＡＲに腫瘍細胞を接触させることができる。
【０６１１】
ある面において、本開示は、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)に腫瘍細胞を接触させて、このＣＡＲ発現細胞が抗原に応答して活性化されがん細胞を標的とするようにし、腫瘍の増殖が抑制されることを含む、ＣＤ１９を発現する腫瘍細胞の増殖を抑制する方法を特徴とする。
【０６１２】
ある面において、本開示は、Ｔ細胞がＣＡＲを発現するように遺伝子改変され、そのＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)がそれを必要とする受容者に注入されるタイプの細胞療法を含む。注入された細胞は受容者において腫瘍細胞を殺すことができる。抗体療法とは違って、ＣＡＲで改変された細胞(例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞)はインビボで複製することができ、結果として持続性の腫瘍管理をもたらすことができる長期持続性が得られる。様々な面において、患者に投与された細胞またはその子孫は、細胞の患者への投与後少なくとも４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、１３カ月、１４カ月、１５カ月、１６カ月、１７カ月、１８カ月、１９カ月、２０カ月、２１カ月、２２カ月、２３カ月、２年、３年、４年または５年の間患者内で持続する。
【０６１３】
本開示は、また、細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)が、例えばインビトロで転写されたＲＮＡにより、キメラ抗原受容体(ＣＡＲ)を一時的に発現するように改変され、そのＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)がそれを必要とする受容者に注入されるタイプの細胞療法も含む。注入された細胞は受容者において腫瘍細胞を殺すことができる。こうして、様々な面において、患者に投与された細胞は、細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の患者への投与後１カ月未満、例えば、３週、２週、１週間存在する。
【０６１４】
いかなる特定の理論にも縛られることは望まないが、ＣＡＲで改変された細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)により引き起こされる抗腫瘍免疫応答は能動的もしくは受動的な免疫応答であり得るか、あるいは直接対間接の免疫応答に起因し得る。ある面において、ＣＡＲが形質導入されたＴ細胞は、ＣＤ１９を発現するヒトがん細胞に応答して特異的な炎症誘発性のサイトカイン分泌および強力な細胞溶解活性を示し、可溶性のＣＤ１９抑制に耐え、バイスタンダー殺戮を媒介し、定着したヒト腫瘍の退行を媒介する。例えば、ＣＤ１９を発現する腫瘍の異質の場内の抗原がより少ない腫瘍細胞は、隣接する抗原−陽性がん細胞に対して既に反応しＣＤ１９に対して再指向化されたＴ細胞による間接の破壊の影響を受け易い。
【０６１５】
ある面において、本明細書に記載されている全ヒトＣＡＲで改変された細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は哺乳動物におけるエクスビボ免疫付与および／またはインビボ療法のためのある種のワクチンであり得る。ある面において、哺乳動物はヒトである。
【０６１６】
エクスビボ免疫付与に関して、対象に細胞を投与する前にインビトロで、ｉ)細胞の増殖、ｉｉ)ＣＡＲをコードする核酸の細胞への導入またはｉｉｉ)細胞の凍結保存の少なくとも１つが起こる。
【０６１７】
エクスビボの手法は当技術分野で周知であり、以下でより詳細に述べる。簡潔にいうと、細胞を対象(例えば、ヒト)から単離し、本明細書に開示されているＣＡＲを発現するベクターで遺伝子改変する(すなわち、インビトロで形質導入またはトランスフェクトする)。ＣＡＲで改変された細胞は哺乳類の受容者に投与して治療的な恩恵を提供することができる。哺乳類の受容者はヒトであってもよく、ＣＡＲで改変された細胞は受容者に関して自己移植であることができる。あるいは、細胞は受容者に関して同種異系、同系または異種であることができる。
【０６１８】
血液がん
血液がん状態は、血液、骨髄およびリンパ系に影響を及ぼす白血病および悪性リンパ球増殖症状のような種類のがんである。
【０６１９】
白血病は急性白血病および慢性白血病として分類することができる。急性白血病はさらに急性骨髄性白血病(ＡＭＬ)および急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)として分類することができる。慢性白血病は慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)および慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)を含む。その他の関連状態は、骨髄性血液細胞の無効な生産(または異形成)およびＡＭＬへの形質転換のリスクによりまとめられる異なる集合の血液学的状態である骨髄異形成症候群(ＭＤＳ、以前は「前白血病」として知られていた)を含む。
【０６２０】
リンパ腫はリンパ球から発症する血液細胞腫瘍の１つの群である。代表的なリンパ腫は非ホジキンリンパ腫およびホジキンリンパ腫を含む。
【０６２１】
本開示は、がんを治療するための組成物および方法を提供する。ある面において、がんは、限定されることはないが白血病またはリンパ腫を含む血液がんである。ある面において、本発明のＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は、限定されることはないが、例えば、限定されることはないが、例えば、Ｂ−細胞急性リンパ性白血病(「Ｂ−ＡＬＬ」)、Ｔ−細胞急性リンパ性白血病(「Ｔ−ＡＬＬ」)、急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)含む急性白血病；限定されることはないが、例えば、慢性骨髄性白血病(ＣＭＬ)、慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)を含む１つまたは複数の慢性白血病；限定されることはないが、例えば、Ｂ細胞前骨髄球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞腫瘍、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、有毛細胞白血病、小細胞型−または大細胞型−濾胞性リンパ腫、悪性リンパ球増殖症状、ＭＡＬＴリンパ腫、マントル細胞リンパ腫(ＭＣＬ)、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常および骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽球性リンパ腫、形質細胞様樹状細胞性腫瘍、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、ならびに、骨髄性血液細胞の無効な生産(または異形成)によりまとめられる異なる集合の血液学的状態である「前白血病」を含む追加の血液がんまたは血液学的状態、などのようながんおよび悪性腫瘍を治療するのに使用され得る。さらに、ＣＤ１９の発現に関連する疾患は、限定されることはないが、例えば、ＣＤ１９を発現する変則的および／または非古典的ながん、悪性腫瘍、前がん状態または増殖性疾患を含む。
【０６２２】
本開示は、また、増殖を阻害するかまたはＣＤ１９を発現する細胞集団を低減する方法も提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞を含む細胞の集団を、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)と接触させることを含む。特定の面において、本開示は、増殖を阻害するかまたはＣＤ１９を発現するがん細胞の集団を低減する方法を提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現するがん細胞集団を、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)と接触させることを含む。ある面において、本開示は、増殖を阻害するかまたはＣＤ１９を発現するがん細胞の集団を低減する方法を提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現するがん細胞集団を、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)と接触させることを含む。いくつかの面において、抗ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は、ＣＤ１９を発現する細胞に関連する骨髄性白血病または別のがんを有する対象またはその動物モデルにおいて、細胞および／またはがん細胞の量(quantity)、数、量(amount)またはパーセンテージを、陰性対照と比べて少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６５％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも９５％または少なくとも９９％低減する。ある面において、対象はヒトである。
【０６２３】
本開示はまた、ＣＤ１９を発現する細胞に関連する疾患(例えば、ＣＤ１９を発現する血液がんまたは変則的ながん)を予防、治療および／または管理する方法も提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を必要としている対象に投与することを含む。ある面において、対象はヒトである。ＣＤ１９を発現する細胞に関連する障害の非限定例は、自己免疫疾患(例えば、狼瘡)、炎症性疾患(例えば、アレルギーおよび喘息)およびがん(例えば、ＣＤ１９を発現する血液がんまたは変則的ながん)を含む。
【０６２４】
本開示は、また、ＣＤ１９を発現する細胞に関連する疾患を予防、治療および／または管理する方法も提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を必要としている対象に投与することを含む。ある面において、対象はヒトである。
【０６２５】
本開示は、ＣＤ１９を発現する細胞に関連するがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)再発を予防する方法を提供し、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)をそれを必要とする対象に投与することを含む。ある面において、この方法は、ＣＤ１９を発現する細胞に結合する本明細書に記載の有効な量のＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を有効な量の別の療法と組み合わせてそれを必要とする対象に投与することを含む。
【０６２６】
併用療法
上記および本明細書に記載されているいかなるがん療法も、１つまたは複数の追加の療法と組み合わせて、本明細書に記載されているがんの症状を治療および／または低減するために投与することができるということが理解される。医薬組成物は１つまたは複数の他の追加の療法または治療剤と同時に、その前にまたはその後に投与することができる。1つの態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は他の公知の作用物質および療法と組み合わせて使用できる。本明細書で使用されるとき、「組み合わせて」投与するとは、対象の障害による苦悩の過程で２つ(以上)の異なる治療が対象に送達されること、例えば、対象が障害と診断された後、その障害が治癒されるかもしくは排除される前または他の理由で治療が中止される前に、２つ以上の治療が送達されることを意味する。いくつかの態様において、１つの治療の送達は第２の送達が始まるときにも起こり、その結果投与期間が重複する。これは本明細書中で「同時」または「同時送達」ということがある。他の態様において、１つの治療の送達は他の治療の送達が始まる前に終わる。いずれかの場合のいくつかの態様において、治療は、組み合わせた投与のため、より有効である。例えば、第２の治療が第１の治療の不在下で投与された場合に見られるよりも、第２の治療がより有効であり、例えば、より少ない第２の治療で同等の効果が見られまたはより大きな程度に第２の治療が症状を低減するまたは類似の状況が第１の治療で見られる。いくつかの態様において、送達は、症状または障害に関連する他のパラメーターの低減が、他の治療の不在下で送達される１つの治療で観察されるよりも大きくなるようなものである。２つの治療の効果は部分的に相加的、全体に相加的または相加的を超えるものであることができる。送達は、第２の治療が送達されたときに、送達された第１の治療の効果がまだ検出可能であるようなものであることができる。
【０６２７】
本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞および少なくとも１つの追加の治療剤は同時に、同じもしくは別個の組成物としてまたは逐次投与することができる。逐次の投与の場合、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を最初に投与することができ、追加の作用物質は第２に投与するができ、あるいは投与の順序は逆であることもできる。
【０６２８】
ＣＡＲ療法および／または他の治療剤、手順または様式は活性な障害の期間中またはより活性の低い疾患の軽快期中に投与することができる。ＣＡＲ療法は他の治療の前、治療と同時、治療後または障害の軽快中に投与することができる。
【０６２９】
組み合わせて投与されるとき、ＣＡＲ療法および追加の作用物質(例えば、第２または第３の作用物質)または全部を、個別に、例えば単独療法として使用される各々の作用物質の量または用量より高い、より低いまたは同じ量もしくは用量で投与することができる。一定の態様において、ＣＡＲ療法、追加の作用物質(例えば、第２または第３の作用物質)または全部の投与量または用量は、個別に、例えば単独療法として使用される各々の作用物質の量または用量より低い(例えば、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％または少なくとも５０％)。他の態様において、ＣＡＲ療法、追加の作用物質(例えば、第２または第３の作用物質)または全部の、所望の効果(例えば、がんの治療)が得られる量または用量は、個別に、例えば単独療法として使用される各々の作用物質の、同一の治療的効果を達成するのに必要とされる量または用量より低い(例えば、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％または少なくとも５０％低い)。
【０６３０】
さらなる面において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は外科手術、化学療法、放射線、免疫阻害剤、例えば、シクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノレートおよびＦＫ５０６、抗体または他のｉｍｍｕｎｏａｂｌａｔｉｖｅ  ａｇｅｎｔ、例えばＣＡＭＰＡＴＨ、抗ＣＤ３抗体または他の抗体療法、シトキサン(ｃｙｔｏｘｉｎ)、フルダラビン、シクロスポリン、ＦＫ５０６、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、ＦＲ９０１２２８、サイトカイン、ａｎｄ  および放射線  ペプチドワクチン、例えばIzumoto et al. 2008 J NEUROSURG 108:963-971に記載されているものと組み合わせた治療計画で使用し得る。
【０６３１】
ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は化学療法剤と組み合わせて使用することができる。代表的な化学療法剤は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ８７３−８７４に記載されているものおよびそれらの組合せを含む。
【０６３２】
代表的なアルキル化剤は、限定することなく、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ８７５に記載されているものおよびそれらの組合せを含む。
【０６３３】
代表的なｍＴＯＲ阻害剤は、限定することなく、ＲＡＤ００１、テムシロリムス；リダホロリムス(以前はデフェロリムスとして知られていた、(１Ｒ,２Ｒ,４Ｓ)−４−[(２Ｒ)−２  [(１Ｒ,９Ｓ,１２Ｓ,１５Ｒ,１６Ｅ,１８Ｒ,１９Ｒ,２１Ｒ、２３Ｓ,２４Ｅ,２６Ｅ,２８Ｚ,３０Ｓ,３２Ｓ,３５Ｒ)−１,１８−ジヒドロキシ−１９,３０−ジメトキシ−１５,１７,２１,２３、２９,３５−ヘキサメチル−２,３,１０,１４,２０−ペンタオキソ−１１,３６−ジオキサ−４−アザトリシクロ[３０.３.１.０４,９]ヘキサトリアコンタ−１６,２４,２６,２８−テトラエン−１２−イル]プロピル]−２−メトキシシクロへキシルジメチルホスフィネート、ＡＰ２３５７３およびＭＫ８６６９としても知られており、国際公開第０３／０６４３８３)号に記載されている；エベロリムス(Ａｆｉｎｉｔｏｒ(登録商標)またはＲＡＤ００１)；ラパマイシン(ＡＹ２２９８９、Ｓｉｒｏｌｉｍｕｓ(登録商標))；ｓｉｍａｐｉｍｏｄ(ＣＡＳ  １６４３０１−５１−３)；ｅｍｓｉｒｏｌｉｍｕｓ、(５−{２,４−ビス[(３Ｓ)−３−メチルモルホリン−４−イル]ピリド[２,３−ｄ]ピリミジン−７−イル}−２−メトキシフェニル)メタノール(ＡＺＤ８０５５)；２−アミノ−８−[トランス−４−(２−ヒドロキシエトキシ)シクロへキシル]−６−(６−メトキシ−３−ピリジニル)−４−メチル−ピリド[２,３−ｄ]ピリミジン−７(８Ｈ)−オン(ＰＦ０４６９１５０２、ＣＡＳ  １０１３１０１−３６−４)；およびＮ２−[１,４−ジオキソ−４−[[４−(４−オキソ−８−フェニル−４Ｈ−１−ベンゾピラン−２−イル)モルホリニウム−４−イル]メトキシ]ブチル]−Ｌ−アルギニルグリシル−Ｌ−α−アスパルチルＬ−セリン−(配列番号９１)、内塩(ＳＦ１１２６、ＣＡＳ  ９３６４８７−６７−１)、ＸＬ７６５およびこれらの組合せを含む。
【０６３４】
代表的な免疫調節剤は、限定することなく、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ８８２に記載されているものおよびそれらの組合せを含む。
【０６３５】
代表的なアントラサイクリンは、限定することなく、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ８８３に記載されているものおよびそれらの組合せを含む。
【０６３６】
代表的なビンカアルカロイドは、限定することなく、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ８８４に記載されているものおよびそれらの組合せを含む。
【０６３７】
代表的なプロテオソーム阻害剤は、限定することなく、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ８８４に記載されているものおよびそれらの組合せを含む。
【０６３８】
いくつかの態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は腫瘍溶解性のウイルスと組み合わせて投与される。複数の態様において、腫瘍溶解性のウイルスはがん細胞内で選択的に複製し、その細胞死を引き起こしまたはその成長を遅くすることができる。いくつかの場合には、腫瘍溶解性のウイルスは非がん細胞に対して影響を及ぼさないかまたは最小の影響を及ぼす。腫瘍溶解性のウイルスは、限定されることはないが腫瘍溶解性アデノウイルス、腫瘍溶解性単純ヘルペスウイルス、腫瘍溶解性レトロウイルス、腫瘍溶解性パルボウイルス、腫瘍溶解性ワクシニアウイルス、腫瘍溶解性Ｓｉｎｂｉｓウイルス、腫瘍溶解性インフルエンザウイルスまたは腫瘍溶解性ＲＮＡウイルス(例えば、腫瘍溶解性レオウイルス、腫瘍溶解性ニューカッスル病ウイルス(ＮＤＶ)、腫瘍溶解性麻疹ウイルスまたは腫瘍溶解性水疱性口内炎ウイルス(ＶＳＶ))を含む。
【０６３９】
ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲを発現する細胞は、Ｔｒｅｇ細胞集団を減少する分子と組み合わせて対象に投与される。Ｔｒｅｇ細胞の数を減少する(例えば、枯渇させる)方法は、当技術分野で公知であり、例えば、ＣＤ２５枯渇、シクロホスファミド投与、ＧＩＴＲ機能の調節を含む。理論に縛られることは望まないが、アフェリーシスの前または本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の投与の前に対象中のＴｒｅｇ細胞の数を低減すると、腫瘍微小環境における不要な免疫細胞(例えば、Ｔｒｅｇ)の数を低下させ、対象の再発のリスクを低下すると考えられる。
【０６４０】
ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、ＧＩＴＲアゴニストおよび／または制御性Ｔ細胞(Ｔｒｅｇ)を枯渇させるＧＩＴＲ抗体のような、ＧＩＴＲを標的としおよび／またはＧＩＴＲ機能を調節する分子と組み合わせて対象に投与される。複数の態様において、本明細書に記載されているＣＡＲを発現する細胞はシクロホスファミドと組み合わせて対象に投与される。ある態様において、ＧＩＴＲに結合する分子および／またはＧＩＴＲ機能を調節する分子(例えば、ＧＩＴＲアゴニストおよび／またはＴｒｅｇを枯渇させるＧＩＴＲ抗体)がＣＡＲ発現細胞の投与に先立って投与される。例えば、ある態様において、ＧＩＴＲアゴニストは細胞のアフェレーシスに先立って投与することができる。複数の態様において、シクロホスファミドは、ＣＡＲ発現細胞の投与(例えば、注入または再注入)に先立ってまたは細胞のアフェレーシスに先立って対象に投与される。複数の態様において、シクロホスファミドおよび抗ＧＩＴＲ抗体が、ＣＡＲ発現細胞の投与(例えば、注入または再注入)に先立ってまたは細胞のアフェレーシスに先立って対象に投与される。ある態様において、対象はがん(例えば、固形がんまたはＡＬＬまたはＣＬＬのような血液がん)を有する。ある態様において、対象はＣＬＬを有する。複数の態様において、対象はＡＬＬを有する。複数の態様において、対象は固形がん、例えば、本明細書に記載されている固形がんを有する。代表的なＧＩＴＲアゴニストは、限定することなく、ＧＩＴＲ融合タンパク質および抗ＧＩＴＲ抗体(例えば、二価の抗ＧＩＴＲ抗体)、例えば、米国特許第６,１１１,０９０号、欧州特許第０９０５０５号、米国特許第８,５８６,０２３号、国際公開第２０１０／００３１１８号および同第２０１１／０９０７５４号に記載されているＧＩＴＲ融合タンパク質または例えば、米国特許第７,０２５,９６２号、欧州特許第１９４７１８３号、米国特許第７,８１２,１３５号、米国特許第８,３８８,９６７号、米国特許第８,５９１,８８６号、欧州特許出願公開第１８６６３３９号、国際公開第２０１１／０２８６８３号、国際公開第２０１３／０３９９５４号、国際公開第２００５／００７１９０号、国際公開第２００７／１３３８２２号、国際公開第２００５／０５５８０８号、国際公開第９９／４０１９６号、国際公開第２００１／０３７２０号、国際公開第９９／２０７５８号、国際公開第２００６／０８３２８９号、国際公開第２００５／１１５４５１号、米国特許第７,６１８,６３２号および国際公開第２０１１／０５１７２６号に記載されている抗ＧＩＴＲ抗体を含む。
【０６４１】
ある態様において、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)のような本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ０１９は、ＧＩＴＲアゴニスト、例えば、本明細書に記載されているＧＩＴＲアゴニストと組み合わせて対象、例えば、部分応答者または非応答者と確認された対象に投与される。ある態様において、ＧＩＴＲアゴニストはＣＡＲ発現細胞に先立って投与される。例えば、ある態様において、ＧＩＴＲアゴニストは細胞のアフェレーシスに先立って投与することができる。ある態様において、対象はがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を有する。ある態様において、対象はＡＬＬを有する。ある態様において、対象はＣＬＬを有する。
【０６４２】
ある態様において、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)のような本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ０１９は、ｍＴＯＲ阻害剤、例えば、本明細書に記載されているｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ＲＡＤ００１のようなラパマイシンシグナル伝達経路の標的と組み合わせて、対象、例えば、部分応答者または非応答者と確認された対象に投与される。ある態様において、ｍＴＯＲ阻害剤はＣＡＲ発現細胞に先立って投与される。例えば、ある態様において、ｍＴＯＲ阻害剤は細胞のアフェレーシスに先立って投与することができる。ある態様において、対象はがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を有する。ある態様において、対象はＡＬＬを有する。ある態様において、対象はＣＬＬを有する。
【０６４３】
キナーゼ阻害剤
ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、キナーゼ阻害剤、例えば、ＣＤＫ４阻害剤、ＢＴＫ阻害剤、ＭＮＫ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ＩＴＫ阻害剤、等と組み合わせた治療計画に使用され得る。ある態様において、対象は完全応答者であり、対象は、キナーゼ阻害剤、例えば、本明細書に記載されているキナーゼ阻害剤と組み合わせた本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の投与を含む治療計画が、例えば、本明細書に記載されている用量または投薬スケジュールで投与される。ある態様において、対象は部分応答者または非応答者であり、対象は、キナーゼ阻害剤、例えば、本明細書に記載されているキナーゼ阻害剤と組み合わせた本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の投与を含む治療計画が、例えば、本明細書に記載されている用量または投薬スケジュールで投与される。
【０６４４】
ある態様において、キナーゼ阻害剤はＣＤＫ４阻害剤、例えば、本明細書に記載されているＣＤＫ４阻害剤、例えば、６−アセチル−８−シクロペンチル−５−メチル−２−(５−ピペリジン−１−イル−ピリジン−２−イルアミノ)−８Ｈ−ピリド[２,３−ｄ]ピリミジン−７−オン、塩酸塩(パルボシクリブまたはＰＤ０３３２９９１ともいわれる)のようなＣＤＫ４／６阻害剤である。ある態様において、キナーゼ阻害剤はＢＴＫ阻害剤、例えば、本明細書に記載されているＢＴＫ阻害剤、例えば、イブルチニブである。ある態様において、キナーゼ阻害剤はｍＴＯＲ阻害剤、例えば、本明細書に記載されているｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ラパマイシン、ラパマイシンアナログ、ＯＳＩ−０２７である。ｍＴＯＲ阻害剤は、例えば、ｍＴＯＲＣ１阻害剤および／またはｍＴＯＲＣ２阻害剤、例えば、本明細書に記載されているｍＴＯＲＣ１阻害剤および／またはｍＴＯＲＣ２阻害剤であることができる。ある態様において、キナーゼ阻害剤はＭＮＫ阻害剤、例えば、本明細書に記載されている、例えば、４−アミノ−５−(４−フルオロアニリノ)−ピラゾロ[３,４−ｄ]ピリミジンのようなＭＮＫ阻害剤である。ＭＮＫ阻害剤は、例えば、ＭＮＫ１ａ、ＭＮＫ１ｂ、ＭＮＫ２ａおよび／またはＭＮＫ２ｂ阻害剤であることができる。
【０６４５】
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、アロイシンＡ；フラボピリドールまたはＨＭＲ−１２７５、２−(２−クロロフェニル)−５,７−ジヒドロキシ−８−[(３Ｓ,４Ｒ)−３−ヒドロキシ−１−メチル−４−ピペリジニル]−４−クロメノン；クリゾチニブ(ＰＦ−０２３４１０６６；２−(２−クロロフェニル)−５,７−ジヒドロキシ−８−[(２Ｒ,３Ｓ)−２−(ヒドロキシメチル)−１−メチル−３−ピロリジニル]−４Ｈ−１−ベンゾピラン−４−オン、塩酸塩(Ｐ２７６−００)；１−メチル−５−[[２−[５−(トリフルオロメチル)−１Ｈ−イミダゾール−２−イル]−４−ピリジニル]オキシ]−Ｎ−[４−(トリフルオロメチル)フェニル]−１Ｈ−ベンゾイミダゾール−２−アミン(ＲＡＦ２６５)；インジスラム(Ｅ７０７０)；ロスコビチン(ＣＹＣ２０２)；パルボシクリブ(ＰＤ０３３２９９１)；ジナシクリブ(ＳＣＨ７２７９６５)；Ｎ−[５−[[(５−ｔｅｒｔ−ブチルオキサゾール−２−イル)メチル]チオ]チアゾール−２−イル]ピペリジン−４−カルボキサミド(ＢＭＳ３８７０３２)；４−[[９−クロロ−７−(２,６−ジフルオロフェニル)−５Ｈ−ピリミド[５,４−ｄ][２]ベンゾアゼピン−２−イル]アミノ]−安息香酸(ＭＬＮ８０５４)；５−[３−(４,６−ジフルオロ−１Ｈ−ベンゾイミダゾール−２−イル)−１Ｈ−インダゾール−５−イル]−Ｎ−エチル−４−メチル−３−ピリジンメタンアミン(ＡＧ−０２４３２２)；４−(２,６−ジクロロベンゾイルアミノ)−１Ｈ−ピラゾール−３−カルボン酸Ｎ−(ピペリジン−４−イル)アミド(ＡＴ７５１９)；４−[２−メチル−１−(１−メチルエチル)−１Ｈ−イミダゾール−５−イル]−Ｎ−[４−(メチルスルホニル)フェニル]−２−ピリミジンアミン(ＡＺＤ５４３８)；およびＸＬ２８１(ＢＭＳ９０８６６２)から選択するＣＤＫ４阻害剤である。
【０６４６】
ある態様において、キナーゼ阻害剤はＣＤＫ４阻害剤、例えば、パルボシクリブ(ＰＤ０３３２９９１)であり、パルボシクリブは一定期間の間毎日、例えば、２８日サイクルの１４〜２１日の間毎日または２１日サイクルの７〜１２日の間毎日約５０ｍｇ、６０ｍｇ、７０ｍｇ、７５ｍｇ、８０ｍｇ、９０ｍｇ、１００ｍｇ、１０５ｍｇ、１１０ｍｇ、１１５ｍｇ、１２０ｍｇ、１２５ｍｇ、１３０ｍｇ、１３５ｍｇ(例えば、７５ｍｇ、１００ｍｇまたは１２５ｍｇ)の用量で投与される。ある態様において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２以上のサイクルのパルボシクリブが投与される。
【０６４７】
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、イブルチニブ(ＰＣＩ−３２７６５)；ＧＤＣ−０８３４；ＲＮ−４８６；ＣＧＩ−５６０；ＣＧＩ−１７６４；ＨＭ−７１２２４；ＣＣ−２９２；ＯＮＯ−４０５９；ＣＮＸ−７７４；およびＬＦＭ−Ａ１３から選択されるＢＴＫ阻害剤である。
【０６４８】
ある態様において、キナーゼ阻害剤はＢＴＫ阻害剤、例えば、イブルチニブ(ＰＣＩ−３２７６５)であり、イブルチニブは一定期間の間毎日、例えば、２１日サイクルの間毎日または２８日サイクルの間毎日約２５０ｍｇ、３００ｍｇ、３５０ｍｇ、４００ｍｇ、４２０ｍｇ、４４０ｍｇ、４６０ｍｇ、４８０ｍｇ、５００ｍｇ、５２０ｍｇ、５４０ｍｇ、５６０ｍｇ、５８０ｍｇ、６００ｍｇ(例えば、２５０ｍｇ、４２０ｍｇまたは５６０ｍｇ)の用量で投与される。ある態様において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２以上のサイクルのイブルチニブが投与される。
【０６４９】
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、テムシロリムス；リダホロリムス(１Ｒ,２Ｒ,４Ｓ)−４−[(２Ｒ)−２−[(１Ｒ,９Ｓ,１２Ｓ,１５Ｒ,１６Ｅ,１８Ｒ,１９Ｒ,２１Ｒ、２３Ｓ,２４Ｅ,２６Ｅ,２８Ｚ,３０Ｓ,３２Ｓ,３５Ｒ)−１,１８−ジヒドロキシ−１９,３０−ジメトキシ−１５,１７,２１,２３、２９,３５−ヘキサメチル−２,３,１０,１４,２０−ペンタオキソ−１１,３６−ジオキサ−４−アザトリシクロ[３０.３.１.０４,９]ヘキサトリアコンタ−１６,２４,２６,２８−テトラエン−１２−イル]プロピル]−２−メトキシシクロへキシルジメチルホスフィネート、ＡＰ２３５７３およびＭＫ８６６９としても知られている；エベロリムス(ＲＡＤ００１)；ラパマイシン(ＡＹ２２９８９)；ｓｉｍａｐｉｍｏｄ；(５−{２,４−ビス[(３Ｓ)−３−メチルモルホリン−４−イル]ピリド[２,３−ｄ]ピリミジン−７−イル}−２−メトキシフェニル)メタノール(ＡＺＤ８０５５)；２−ｍｍｉｎｏ−８−[トランス−４−(２−ヒドロキシエトキシ)シクロへキシル]−６−(６−メトキシ−３−ピリジニル)−４−メチル−ピリド[２,３−ｄ]ピリミジン−７(８Ｈ)−オン(ＰＦ０４６９１５０２)；およびＮ２−[１,４−ジオキソ−４−[[４−(４−オキソ−８−フェニル−４Ｈ−１−ベンゾピラン−２−イル)モルホリニウム−４−イル]メトキシ]ブチル]−Ｌ−アルギニルグリシル−Ｌ−α−アスパルチルＬ−セリン−、内塩(ＳＦ１１２６)；ならびにＸＬ７６５から選択されるｍＴＯＲ阻害剤である。
【０６５０】
ある態様において、キナーゼ阻害剤はｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ラパマイシンであり、ラパマイシンは一定の期間の間毎日、例えば、２１日のサイクルの間毎日または２８日のサイクルの間約３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、６ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、１０ｍｇ(例えば、６ｍｇ)の用量で投与される。ある態様において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２以上のサイクルのラパマイシンが投与される。ある態様において、キナーゼ阻害剤はｍＴＯＲ阻害剤、例えば、エベロリムスであり、エベロリムスは一定の期間毎日、例えば、２８日のサイクルの間毎日約２ｍｇ、２.５ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、６ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、１０ｍｇ、１１ｍｇ、１２ｍｇ、１３ｍｇ、１４ｍｇ、１５ｍｇ(例えば、１０ｍｇ)の用量で投与される。ある態様において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２以上のサイクルのエベロリムスが投与される。
【０６５１】
ある態様において、キナーゼ阻害剤は、ＣＧＰ０５２０８８；４−アミノ−３−(ｐ−フルオロフェニルアミノ)−ピラゾロ[３,４−ｄ]ピリミジン(ＣＧＰ５７３８０)；セルコスポラミド；ＥＴＣ−１７８０４４５−２；および４−アミノ−５−(４−フルオロアニリノ)−ピラゾロ[３,４−ｄ]ピリミジンから選択されるＭＮＫ阻害剤である。
【０６５２】
本明細書の方法、使用および組成物のいくつかの態様において、ＢＴＫ阻害剤は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際公開第／２０１５／０７９４１７号に記載されているＢＴＫ阻害剤である。例えば、いくつかの態様において、ＢＴＫ阻害剤は式(Ｉ)の化合物またはその医薬として許容される塩である。
【０６５３】
【化１】
2018501463.tif 000021
〔式中、
Ｒ１は、水素、ヒドロキシにより置換されていてもよいＣ１−Ｃ６であり；
Ｒ２は、水素またはハロゲンであり；
Ｒ３は、水素またはハロゲンであり；
Ｒ４は、水素であり；
Ｒ５は、水素またはハロゲンであり；
あるいは、Ｒ４およびＲ５は、互いに結合し、結合、−ＣＨ２−、−ＣＨ２−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−；−ＣＨ２−ＣＨ＝ＣＨ−；または−ＣＨ２−ＣＨ２−ＣＨ２−を表し；
Ｒ６およびＲ７は、互いに独立して、Ｈ、ヒドロキシルにより置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキル、ハロゲンもしくはヒドロキシにより置換されていてもよいＣ３−Ｃ６シクロアルキルまたはハロゲンを表し；
Ｒ８、Ｒ９、Ｒ、Ｒ’、Ｒ１０およびＲ１１は、互いに独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルコキシにより置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキルを表し；あるいはＲ８、Ｒ９、Ｒ、Ｒ’、Ｒ１０およびＲ１１のいずれか２つは、それらが結合している炭素原子と共に、３−６員の飽和炭素環式環を形成してもよく；
Ｒ１２は、水素またはハロゲンもしくはＣ１−Ｃ６アルコキシにより置換されていてもよいＣ１−Ｃ６アルキルであり；
あるいは、Ｒ１２およびＲ８、Ｒ９、Ｒ、Ｒ’、Ｒ１０またはＲ１１のいずれか１つは、それらが結合している原子と共に、４、５、６または７員のアザ環式環を形成してもよく、この環はハロゲン、シアノ、ヒドロキシル、Ｃ１−Ｃ６アルキルまたはＣ１−Ｃ６アルコキシにより置換されていてもよく；
ｎは、０または１であり；
Ｒ１３は、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシもしくはＮ,Ｎ−ジ−Ｃ１−Ｃ６アルキルアミノにより置換されていてもよいＣ２−Ｃ６アルケニル；Ｃ１−Ｃ６アルキルもしくはＣ１−Ｃ６アルコキシにより置換されていてもよいＣ２−Ｃ６アルキニル；またはＣ１−Ｃ６アルキルにより置換されていてもよいＣ２−Ｃ６アルキレニルオキシドである。〕
【０６５４】
低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤
本明細書に記載されている方法は低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ＲＡＤ００１のようなラパログを含むアロステリックなｍＴＯＲ阻害剤を使用することができる。低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤(例えば、免疫系を完全に抑制するには不充分であるが、免疫機能を改良するには充分である用量)の投与は対象における免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞またはＣＡＲ発現細胞の性能を最適化することができる。ｍＴＯＲ阻害を測定する方法、用量、治療計画および適切な医薬組成物は参照により本明細書に組み込まれる２０１４年１１月１３日に出願された米国特許出願公開第２０１５／０１４００３６号に記載されている。
【０６５５】
ある態様において、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤の投与は、結果として、次の１つまたは複数をもたらすことができる：
ｉ)ＰＤ−１陽性免疫エフェクター細胞の数の減少；
ii)ＰＤ−１陰性免疫エフェクター細胞の数の増大；
iii)ＰＤ−１陰性免疫エフェクター細胞／ＰＤ−１陽性免疫エフェクター細胞の比の増大；
iv)ナイーブＴ細胞の数の増大；
ｖ)例えば、メモリーＴ細胞、例えば、メモリーＴ細胞前駆体上の次のマーカー：ＣＤ６２Ｌ高、ＣＤ１２７高、ＣＤ２７＋およびＢＣＬ２の１つまたは複数の発現の増大；
vi)例えば、メモリーＴ細胞、例えば、メモリーＴ細胞前駆体上のＫＬＲＧ１の発現の減少；または
vii)次の特性：増大したＣＤ６２Ｌ高、増大したＣＤ１２７高、増大したＣＤ２７＋、減少したＫＬＲＧ１および増大したＢＣＬ２のいずれか１つまたは組合せを有するメモリーＴ細胞前駆体、例えば、細胞の数の増大；
ここで、以上のいずれか、例えば、ｉ)、ｉｉ)、ｉｉｉ)、ｉｖ)、ｖ)、ｖｉ)またはｖｉｉ)は、例えば、処置されてない対象と比較して、例えば、少なくとも一時的に起こる。
【０６５６】
別の態様において、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤の投与の結果、例えば、培養中または対象において、例えば、処置されてないＣＡＲ発現細胞または処置されてない対象と比較して、ＣＡＲ発現細胞の増大したまたは延長した増殖が得られる。複数の態様において、増大した増殖はＣＡＲ発現細胞の数の増大と関連する。もう１つ別の態様において、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤の投与の結果、例えば、培養中または対象において、例えば、処置されてないＣＡＲ発現細胞または処置されてない対象と比較して、ＣＡＲ発現細胞によるがん細胞の増大した殺戮が得られる。複数の態様において、がん細胞の増大した殺戮は腫瘍容量の減少と関連する。
【０６５７】
ある態様において、ＣＡＲ分子、例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ分子を発現する細胞は、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤、例えば、アロステリックなｍＴＯＲ阻害剤、例えば、ＲＡＤ００１または触媒的なｍＴＯＲ阻害剤と組み合わせて投与される。例えば、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤の投与は、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の投与に先立って開始する；本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の投与に先立って完了する；本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の投与と同時に開始する；本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の投与と重複する；または本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の投与後続行することができる。
【０６５８】
代わりにまたはさらに、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤の投与は、本明細書に記載されているＣＡＲ分子を発現するように工学操作される免疫エフェクター細胞を最適化することができる。かかる態様において、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤、例えば、アロステリックな阻害剤、例えば、ＲＡＤ００１または触媒的な阻害剤の投与は、本明細書に記載されているＣＡＲ分子を発現するように工学操作される免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞の対象からの回収に先立って開始または完了する。
【０６５９】
別の態様において、例えば対象からの回収後本明細書に記載されているＣＡＲ分子を発現するように工学操作される免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞または例えば、対象への投与に先立って、ＣＡＲを発現する免疫エフェクター細胞、例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞は、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤の存在下で培養することができる。
【０６６０】
ある態様において、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤の対象への投与は、例えば週に一回、例えば即時放出投与形態で、０.１〜２０、０.５〜１０、２.５〜７.５、３〜６または約５ｍｇのＲＡＤ００１またはその生物学的同等用量を投与することを含む。ある態様において、低免疫増強用量のｍＴＯＲ阻害剤の対象への投与は、例えば週に一回、例えば持続放出投与形態で、０.３〜６０、１.５〜３０、７.５〜２２.５、９〜１８または約１５ｍｇのＲＡＤ００１またはその生物学的同等用量を投与することを含む。
【０６６１】
ある態様において、ある用量のｍＴＯＲ阻害剤は、少なくとも５％以上〜９０％以下、少なくとも１０％以上〜９０％以下、少なくとも１５％以上〜９０％以下、少なくとも２０％以上〜９０％以下、少なくとも３０％以上〜９０％以下、少なくとも４０％以上〜９０％以下、少なくとも５０％以上〜９０％以下、少なくとも６０％以上〜９０％以下、少なくとも７０％以上〜９０％以下、少なくとも５％以上〜８０％以下、少なくとも１０％以上〜８０％以下、少なくとも１５％以上〜８０％以下、少なくとも２０％以上〜８０％以下、少なくとも３０％以上〜８０％以下、少なくとも４０％以上〜８０％以下、少なくとも５０％以上〜８０％以下、少なくとも６０％以上〜８０％以下、少なくとも５％以上〜７０％以下、少なくとも１０％以上〜７０％以下、少なくとも１５％以上〜７０％以下、少なくとも２０％以上〜７０％以下、少なくとも３０％以上〜７０％以下、少なくとも４０％以上〜７０％以下、少なくとも５０％以上〜７０％以下、少なくとも５％以上〜６０％以下、少なくとも１０％以上〜６０％以下、少なくとも１５％以上〜６０％以下、少なくとも２０％以上〜６０％以下、少なくとも３０％以上〜６０％以下、少なくとも４０％以上〜６０％以下、少なくとも５％以上〜５０％以下、少なくとも１０％以上〜５０％以下、少なくとも１５、ｂｕｔ〜５０％以下、少なくとも２０％以上〜５０％以下、少なくとも３０％以上〜５０％以下、少なくとも４０％以上〜５０％以下、少なくとも５％以上〜４０％以下、少なくとも１０％以上〜４０％以下、少なくとも１５％以上〜４０％以下、少なくとも２０％以上〜４０％以下、少なくとも３０％以上〜４０％以下、少なくとも３５％以上〜４０％以下、少なくとも５％以上〜３０％以下、少なくとも１０％以上〜３０％以下、少なくとも１５％以上〜３０％以下、少なくとも２０％以上〜３０％以下または少なくとも２５％以上〜３０％以下のｍＴＯＲ阻害を伴うかまたは提供する。
【０６６２】
ｍＴＯＲ阻害の程度はＰ７０  Ｓ６キナーゼ阻害の程度として伝えることができるかまたは対応することができ、例えば、ｍＴＯＲ阻害の程度はＰ７０  Ｓ６キナーゼ活性の低下のレベルにより、例えば、Ｐ７０  Ｓ６キナーゼ基質のリン酸化の減少により決定することができる。ｍＴＯＲ阻害のレベルは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１５／０１２４００３６号に記載されているもしくは参照により本明細書に組み込まれる米国特許第７,７２７,９５０号に記載されているＢｏｕｌａｙアッセイによって、Ｐ７０  Ｓ６キナーゼ活性を測定する；リン酸化されたＳ６のレベルをウェスタンブロットで測定する；またはＰＤ１陰性免疫エフェクター細胞対ＰＤ１陽性免疫エフェクター細胞の比の変化を評価するといったような様々な方法により評価することができる。
【０６６３】
本明細書で使用されるとき、用語「ｍＴＯＲ阻害剤」は、細胞においてｍＴＯＲキナーゼを阻害する化合物もしくはリガンドまたはその医薬として許容される塩を意味する。ある態様において、ｍＴＯＲ阻害剤はアロステリックな阻害剤である。アロステリックなｍＴＯＲ阻害剤は中性の三環式化合物ラパマイシン(シロリムス)、例えば、ラパマイシン誘導体、ラパマイシンアナログ(ラパログともいわれる)を含む、ラパマイシンと構造的および機能的類似性を有する化合物であるラパマイシン関連化合物およびｍＴＯＲ活性を阻害するその他のマクロライド化合物を含む。ある態様において、ｍＴＯＲ阻害剤は触媒的阻害剤である。
【０６６４】
ラパマイシンは、式Ａに示される構造を有する、ストレプトミセス・ハイグロスコピカス(Streptomyces hygroscopicus)により生産される公知のマクロライド抗生物質である。
【化２】
2018501463.tif 000022
例えば、McAlpine, J.B., et al., J. Antibiotics (1991) 44: 688; Schreiber, S.L., et al., J. Am. Chem. Soc. (1991) 113: 7433；米国特許第３,９２９,９９２号参照。ラパマイシンについては、様々な番号付けスキームが提案されている。混同を避けるために、特定のラパマイシンアナログを本明細書で名付けた場合、その名称は式Ａの番号付けスキームを使用するラパマイシンを参照している。
【０６６５】
本発明に有用なラパマイシンアナログは、例えば、ラパマイシンのシクロへキシル環上のヒドロキシル基がＯＲ１により置き換えられたＯ−置換アナログ(ここで、Ｒ１はヒドロキシアルキル、ヒドロキシアルコキシアルキル、アシルアミノアルキルまたはアミノアルキルである)；例えばその内容が参照により組み込まれる米国特許第５,６６５,７７２号および国際公開第９４／０９０１０号に記載されているエベロリムスとしても知られているＲＡＤ００１である。他の適切なラパマイシンアナログは２６−または２８−位が置換されているものを含む。ラパマイシンアナログは上述のアナログのエピマー、特に位置４０、２８または２６が置換されたアナログのエピマーでもよく、例えばその内容が参照により組み込まれる米国特許第６,０１５,８１５号、国際公開第９５／１４０２３号および国際公開第９９／１５５３０号に記載されているようにさらに水素化されていてもよく、例えばゾタロリムスとしても知られているＡＢＴ５７８またはその内容が参照により組み込まれる米国特許第７,０９１,２１３号、国際公開第９８／０２４４１号および国際公開第０１／１４３８７号に記載されているラパマイシンアナログ、例えばリダホロリムスとしても知られているＡＰ２３５７３でよい。
【０６６６】
米国特許第５,６６５,７７２号から本発明に使用するのに適したラパマイシンアナログの例は、限定されることはないが、４０−Ｏ−ベンジル−ラパマイシン、４０−Ｏ−(４’−ヒドロキシメチル)ベンジル−ラパマイシン、４０−Ｏ−[４’−(１,２−ジヒドロキシエチル)]ベンジル−ラパマイシン、４０−Ｏ−アリル−ラパマイシン、４０−Ｏ−[３’−(２,２−ジメチル−１,３−ジオキソラン−４(Ｓ)−イル)−プロパ−２’−エン−１’−イル]−ラパマイシン、(２’Ｅ,４’Ｓ)−４０−Ｏ−(４’,５’−ジヒドロキシペンタ−２’−エン−１’−イル)−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−ヒドロキシ)エトキシカルボニルメチル−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−ヒドロキシ)エチル−ラパマイシン、４０−Ｏ−(３−ヒドロキシ)プロピル−ラパマイシン、４０−Ｏ−(６−ヒドロキシ)ヘキシル−ラパマイシン、４０−Ｏ−[２−(２−ヒドロキシ)エトキシ]エチル−ラパマイシン、４０−Ｏ−[(３Ｓ)−２,２−ジメチルジオキソラン−３−イル]メチル−ラパマイシン、４０−Ｏ−[(２Ｓ)−２,３−ジヒドロキシプロプ−１−イル]−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−アセトキシ)エチル−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−ニコチノイルオキシ)エチル−ラパマイシン、４０−Ｏ−[２−(Ｎ−モルホリノ)アセトキシ]エチル−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−Ｎ−イミダゾリルアセトキシ)エチル−ラパマイシン、４０−Ｏ−[２−(Ｎ−メチル−Ｎ’−ピペラジニル)アセトキシ]エチル−ラパマイシン、３９−Ｏ−デスメチル−３９,４０−Ｏ,Ｏ−エチレン−ラパマイシン、(２６Ｒ)−２６−ジヒドロ−４０−Ｏ−(２−ヒドロキシ)エチル−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−アミノエチル)−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−アセトアミノエチル)−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−ニコチンアミドエチル)−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−(Ｎ−メチル−イミダゾ−２’−イルカルボエトキサミド)エチル)−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−エトキシカルボニルアミノエチル)−ラパマイシン、４０−Ｏ−(２−トリルスルホンアミドエチル)−ラパマイシンおよび４０−Ｏ−[２−(４’,５’−ジカルボエトキシ−１’,２’,３’−トリアゾール−１’−イル)−エチル]−ラパマイシンを含む。
【０６６７】
本発明に有用な他のラパマイシンアナログは、ラパマイシンのシクロへキシル環上のヒドロキシル基および／または２８位のヒドロキシ基がヒドロキシエステル基で置き換えられているアナログであり、例えば、米国再発行特許第４４,７６８号に見られるラパマイシンアナログ、例えばテムシロリムスが公知である。
【０６６８】
本発明に有用な他のラパマイシンアナログは、１６位のメトキシ基が別の置換基、好ましくは(適宜ヒドロキシ−置換されてもよい)アルキニルオキシ、ベンジル、オルトメトキシベンジルまたはクロロベンジルで置き換えられているかおよび／または３９位のメトキシ基が３９位の炭素と共に削除されて、ラパマイシンのシクロへキシル環が３９位のメトキシ基を欠くシクロペンチル環なっているもの；例えばその内容が参照により組み込まれる国際公開第９５／１６６９１号および国際公開第９６／４１８０７号に記載されているものを含む。アナログは、ラパマイシンの４０−位のヒドロキシがアルキル化されおよび／または３２−カルボニルが還元されるようにさらに改変することができる。
【０６６９】
国際公開第９５／１６６９１号からのラパマイシンアナログは、限定されることはないが、１６−デメトキシ−１６−(ペンタ−２−イニル)オキシ−ラパマイシン、１６−デメトキシ−１６−(ブタ−２−イニル)オキシ−ラパマイシン、１６−デメトキシ−１６−(プロパルギル)オキシ−ラパマイシン、１６−デメトキシ−１６−(４−ヒドロキシ−ブタ−２−イニル)オキシ−ラパマイシン、１６−デメトキシ−１６−ベンジルオキシ−４０−Ｏ−(２−ヒドロキシエチル)−ラパマイシン、１６−デメトキシ−１６−ベンジルオキシ−ラパマイシン、１６−デメトキシ−１６−オルト−メトキシベンジル−ラパマイシン、１６−デメトキシ−４０−Ｏ−(２−メトキシエチル)−１６−ペンタ−２−イニル)オキシ−ラパマイシン、３９−デメトキシ−４０−デスオキシ−３９−ホルミル−４２−ノル−ラパマイシン、３９−デメトキシ−４０−デスオキシ−３９−ヒドロキシメチル−４２−ノル−ラパマイシン、３９−デメトキシ−４０−デスオキシ−３９−カルボキシ−４２−ノル−ラパマイシン、３９−デメトキシ−４０−デスオキシ−３９−(４−メチル−ピペラジン−１−イル)カルボニル−４２−ノル−ラパマイシン、３９−デメトキシ−４０−デスオキシ−３９−(モルホリン−４−イル)カルボニル−４２−ノル−ラパマイシン、３９−デメトキシ−４０−デスオキシ−３９−[Ｎ−メチル,Ｎ−(２−ピリジン−２−イル−エチル)]カルバモイル−４２−ノル−ラパマイシンおよび３９−デメトキシ−４０−デスオキシ−３９−(ｐ−トルエンスルホニルヒドラゾノメチル)−４２−ノル−ラパマイシンを含む。
【０６７０】
国際公開第９６／４１８０７号からのラパマイシンアナログは、限定されることはないが、３２−デオキソ−ラパマイシン、１６−Ｏ−ペンタ−２−イニル−３２−デオキソ−ラパマイシン、１６−Ｏ−ペンタ−２−イニル−３２−デオキソ−４０−Ｏ−(２−ヒドロキシ−エチル)−ラパマイシン、１６−Ｏ−ペンタ−２−イニル−３２−(Ｓ)−ジヒドロ−４０−Ｏ−(２−ヒドロキシエチル)−ラパマイシン、３２(Ｓ)−ジヒドロ−４０−Ｏ−(２−メトキシ)エチル−ラパマイシンおよび３２(Ｓ)−ジヒドロ−４０−Ｏ−(２−ヒドロキシエチル)−ラパマイシンを含む。
【０６７１】
別の適切なラパマイシンアナログはその内容が参照により組み込まれる米国特許出願公開第２００５／０１０１６２４号に記載されているウミロリムスである。
【０６７２】
エベロリムス(Ａｆｉｎｉｔｏｒ(登録商標))としても知られているＲＡＤ００１は、化学名(１Ｒ,９Ｓ,１２Ｓ,１５Ｒ,１６Ｅ,１８Ｒ,１９Ｒ,２１Ｒ,２３Ｓ,２４Ｅ,２６Ｅ,２８Ｅ,３０Ｓ,３２Ｓ,３５Ｒ)−１,１８−ジヒドロキシ−１２−{(１Ｒ)−２−[(１Ｓ,３Ｒ,４Ｒ)−４−(２−ヒドロキシエトキシ)−３−メトキシシクロへキシル]−１−メチルエチル}−１９,３０−ジメトキシ−１５,１７,２１,２３,２９,３５−ヘキサメチル−１１,３６−ジオキサ−４−アザ−トリシクロ[３０.３.１.０４,９]ヘキサトリアコンタ−１６,２４,２６,２８−テトラエン−２,３,１０,１４,２０−ペンタオンを有する。
【０６７３】
アロステリックなｍＴＯＲ阻害剤のさらなる例は、シロリムス(ラパマイシン、ＡＹ−２２９８９)、４０−[３−ヒドロキシ−２−(ヒドロキシメチル)−２−メチル−プロパノエート]−ラパマイシン(テムシロリムスまたはＣＣＩ−７７９ともいわれる)およびリダホロリムス(ＡＰ−２３５７３／ＭＫ−８６６９)を含む。アロステリックなｍＴｏｒ阻害剤のその他の例はゾタロリムス(ＡＢＴ５７８)およびウミロリムスを含む。
【０６７４】
代わりにまたは加えて、触媒的なＡＴＰ−競合性のｍＴＯＲ阻害剤がｍＴＯＲキナーゼドメインを直接標的とし、ｍＴＯＲＣ１およびｍＴＯＲＣ２の両方を標的とすることが見出された。これらは、また、４ＥＢＰ１−Ｔ３７／４６リン酸化およびキャップ−依存性翻訳のようなラパマイシン−抵抗性のｍＴＯＲＣ１産出を調節するので、ラパマイシンとしてかかるアロステリックなｍＴＯＲ阻害剤よりｍＴＯＲＣ１のより有効な阻害剤でもある。
【０６７５】
触媒的な阻害剤は：ＢＥＺ２３５または２−メチル−２−[４−(３−メチル−２−オキソ−８−キノリン−３−イル−２,３−ジヒドロ−イミダゾ[４,５−ｃ]キノリン−１−イル)−フェニル]−プロピオニトリルまたはモノトシル酸塩形態、ＢＥＺ２３５の合成は国際公開第２００６／１２２８０６号に記載されている；化学名{５−[２,４−ビス−((Ｓ)−３−メチル−モルホリン−４−イル)−ピリド[２,３ｄ]ピリミジン−７−イル]−２−メトキシ−フェニル}−メタノールを有する、ＣＣＧ１６８(ＡＺＤ−８０５５としても知られている、Chresta, C.M., et al., Cancer Res, 2010, 70(1), 288-298)；３−[２,４−ビス[(３Ｓ)−３−メチルモルホリン−４−イル]ピリド[２,３−ｄ]ピリミジン−７−イル]−Ｎ−メチルベンズアミド(国際公開第０９１０４０１９号)；３−(２−アミノベンゾ[ｄ]オキサゾール−５−イル)−１−イソプロピル−１Ｈ−ピラゾロ[３,４−ｄ]ピリミジン−４−アミン(国際公開第１００５１０４３号および国際公開第２０１３０２３１８４号)；Ｎ−(３−(Ｎ−(３−((３,５−ジメトキシフェニル)アミノ)キノキサリン−２−イル)スルファモイル)フェニル)−３−メトキシ−４−メチルベンズアミド(国際公開第０７０４４７２９号および国際公開第１２００６５５２号)；化学名１−[４−[４−(ジメチルアミノ)ピペリジン−１−カルボニル]フェニル]−３−[４−(４,６−ジモルホリノ−１,３,５−トリアジン−２−イル)フェニル]尿素を有するＰＫＩ−５８７(Venkatesan, A.M., J. Med.Chem., 2010, 53, 2636-2645)；化学名２,４−ジフルオロ−Ｎ−{２−メトキシ−５−[４−(４−ピリダジニル)−６−キノリニル]−３−ピリジニル}ベンゼンスルホンアミドを有するＧＳＫ−２１２６４５８(ACS Med. Chem. Lett., 2010, 1, 39-43)；５−(９−イソプロピル−８−メチル−２−モルホリノ−９Ｈ−プリン−６−イル)ピリミジン−２−アミン(国際公開第１０１１４４８４号)；(Ｅ)−Ｎ−(８−(６−アミノ−５−(トリフルオロメチル)ピリジン−３−イル)−１−(６−(２−シアノプロパン−２−イル)ピリジン−３−イル)−３−メチル−１Ｈ−イミダゾ[４,５−ｃ]キノリン−２(３Ｈ)−イリデン)シアナミド(国際公開第１２００７９２６号)を含む。
【０６７６】
触媒的なｍＴＯＲ阻害剤のさらなる例は８−(６−メトキシ−ピリジン−３−イル)−３−メチル−１−(４−ピペリジン−１−イル−３−トリフルオロメチル−フェニル)−１,３−ジヒドロ−イミダゾ[４,５−ｃ]キノリン−２−オン(国際公開第２００６／１２２８０６号)およびＫｕ−００６３７９４(Garcia-Martinez JM, et al.,Biochem J., 2009, 421(1), 29-42を含む。Ｋｕ−００６３７９４はラパマイシンの哺乳類標的の特異的な阻害剤(ｍＴＯＲ)である。ＷＹＥ−３５４は触媒的なｍＴＯＲ阻害剤のもう１つ別の例である(Yu K,et al. (2009). Biochemical, Cellular, and In vivo Activity of Novel ATP-Competitive and Selective Inhibitors of the Mammalian Target of Rapamycin. Cancer Res. 69(15): 6232-6240)。
【０６７７】
また、本発明に従って有用なｍＴＯＲ阻害剤はプロドラッグ、誘導体、医薬として許容される塩または以上のもののいずれかのアナログを含む。
【０６７８】
ＲＡＤ００１のようなｍＴＯＲ阻害剤は、本明細書に記載されている特定の用量に基づいて当技術分野で確立された方法に基づいて送達用に製剤化され得る。特に、米国特許第６,００４,９７３号(参照により本明細書に組み込まれる)は本明細書に記載されているｍＴＯＲ阻害剤と共に使用可能な製剤の例を提供する。
【０６７９】
抑制分子阻害剤／チェックポイント阻害剤
ある態様において、対象にＣＡＲ発現細胞の活性を増強する作用物質を投与することができる。例えば、ある態様において、作用物質は、チェックポイント分子を阻害する作用物質であることができる。チェックポイント分子、例えば、プログラム死１(ＰＤ１)は、いくつかの態様において、ＣＡＲ発現細胞の免疫エフェクター応答を開始させる能力を減少させることができる。抑制分子、例えば、チェックポイント分子の例は、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲ(例えば、ＴＧＦＲベータ)を含む。複数の態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際公開第２０１３／０１９６１５号に記載されているスイッチ同時刺激受容体を含む。
【０６８０】
本明細書に記載されている方法はチェックポイント阻害剤と組み合わせたＣＡＲ発現細胞の投与を含むことができる。ある態様において、対象は完全応答者である。別の態様において、対象は部分応答者または非応答者であり、例えば、いくつかの態様において、チェックポイント阻害剤はＣＡＲ発現細胞に先立って、例えば、ＣＡＲ発現細胞の投与の２週、１２日、１０日、８日、１週、６日、５日、４日、３日、２日または１日前に投与される。いくつかの態様において、チェックポイント阻害剤はＣＡＲ発現細胞と同時に投与される。
【０６８１】
例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡまたはタンパク質レベルでの阻害によるチェックポイント分子の阻害はＣＡＲ発現細胞の性能を最適化することができる。複数の態様において、抑制性核酸、例えば、抑制性核酸、例えば、ｄｓＲＮＡ、例えば、ｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡ、クラスター化した規則的空間配置の短パリンドローム反復配列(ＣＲＩＳＰＲ)、転写−活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ(ＴＡＬＥＮ)または、例えば、本明細書に記載されているジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ(ＺＦＮ)を使用して、ＣＡＲ発現細胞内でチェックポイント分子の発現を阻害することができる。ある態様において、阻害剤はｓｈＲＮＡである。ある態様において、チェックポイント分子はＣＡＲ発現細胞内で阻害される。これらの態様において、チェックポイント分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子はＣＡＲのある構成成分、例えば、構成成分のすべてをコードする核酸に連結される。
【０６８２】
ある態様において、抑制的シグナルの阻害剤は、例えば、チェックポイント分子に結合する抗体または抗体断片であることができる。例えば、作用物質は、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２またはＣＴＬＡ４(例えば、イピリムマブ(ＭＤＸ−０１０およびＭＤＸ−１０１ともいわれる、Ｙｅｒｖｏｙ(登録商標)として市販；Bristol-Myers Squibｂ；トレメリムマブ(Ｐｆｉｚｅｒから入手可能なＩｇＧ２モノクローナル抗体、以前はチシリムマブとして知られていた、ＣＰ−６７５,２０６)に結合する抗体または抗体断片であることができる。ある態様において、作用物質はＴＩＭ３に結合する抗体または抗体断片である。ある態様において、作用物質はＬＡＧ３に結合する抗体または抗体断片である。ある態様において、作用物質はＣＥＡＣＡＭに結合する抗体または抗体断片である。
【０６８３】
ＰＤ１は、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ−４、ＩＣＯＳおよびＢＴＬＡも含むＣＤ２８ファミリーの受容体の１つの抑制性メンバーである。ＰＤ１は活性化したＢ細胞、Ｔ細胞および骨髄細胞上に発現される(Agata et al. 1996 INT. IMMUNOL 8:765-75)。ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２に対する２つのリガンドがＰＤ１への結合の際Ｔ細胞活性化を下方調節することが示されている(Freeman et a. 2000 J Exp Med 192:1027-34; Latchman et al. 2001 NAT IMMUNOL 2:261-8; Carter et al. 2002 EUR J IMMUNOL 32:634-43)。ＰＤ−Ｌ１はヒトのがんに豊富に存在する(Dong et al. 2003 J MOL MED 81:281-7; Blank et al. 2005 CANCER IMMUNOL. IMMUNOTHER. 54:307-314; Konishi et al. 2004 CLIN CANCER RES 10:5094)。免疫抑制は、ＰＤ１とＰＤ−Ｌ１との局所的相互作用を抑制することにより逆転することができる。
【０６８４】
ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２の抗体、抗体断片およびその他の阻害剤は当技術分野で入手可能であり、本明細書に記載されているＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲと組み合わせて使用し得る。例えば、ニボルマブ(ＢＭＳ−９３６５５８またはＭＤＸ１１０６ともいわれる；Bristol-Myers Squibｂ)はＰＤ１を特異的にブロックする全ヒトＩｇＧ４モノクローナル抗体である。ＰＤ１に特異的に結合するニボルマブ(クローン５Ｃ４)およびその他のヒトモノクローナル抗体は米国特許第８,００８,４４９号および国際公開第２００６／１２１１６８号に開示されている。ピディリズマブ(ＣＴ−０１１；Ｃｕｒｅ  Ｔｅｃｈ)はＰＤ１に結合するヒト化ＩｇＧ１ｋモノクローナル抗体である。ピディリズマブおよびその他のヒト化抗ＰＤ１モノクローナル抗体は国際公開第２００９／１０１６１１号に開示されている。ランブロリズマブ(ＭＫ０３４７５ともいわれる；Ｍｅｒｃｋ)はＰＤ１に結合するヒト化ＩｇＧ４モノクローナル抗体である。ランブロリズマブおよびその他のヒト化抗ＰＤ１抗体は米国特許第８,３５４,５０９号および国際公開第２００９／１１４３３５号に開示されている。ＭＤＰＬ３２８０Ａ(Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ)はＰＤ−Ｌ１に結合するヒトＦｃ最適化ＩｇＧ１モノクローナル抗体である。ＰＤ−Ｌ１に対するＭＤＰＬ３２８０Ａおよびその他のヒトモノクローナル抗体は米国特許第７,９４３,７４３号および米国特許出願公開第２０１２００３９９０６号に開示されている。他の抗ＰＤ−Ｌ１結合剤はＹＷ２４３.５５.Ｓ７０(重鎖および軽鎖可変領域は国際公開第２０１０／０７７６３４号に配列番号２０および２１として示されている)およびＭＤＸ−１  １０５(ＢＭＳ−９３６５５９ともいわれる、例えば、国際公開第２００７／００５８７４号に開示されている抗ＰＤ−Ｌ１結合剤)を含む。ＡＭＰ−２２４(Ｂ７−ＤＣＩｇ；Amplimmune；例えば、国際公開第２０１０／０２７８２７号および国際公開第２０１１／０６６３４２号に開示されている)は、ＰＤ１とＢ７−Ｈ１との相互作用をブロックするＰＤ−Ｌ２  Ｆｃ融合可溶性受容体である。他の抗ＰＤ１抗体はＡＭＰ  ５１４(Amplimmune)、とりわけ、例えば、米国特許第８,６０９,０８９号、米国特許出願公開第２０１００２８３３０号および／または米国特許出願公開第２０１２０１１４６４９号に開示されている抗ＰＤ１抗体を含む。
【０６８５】
ある態様において、抗ＰＤ−１抗体またはその断片は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる「ＰＤ−１に対する抗体分子およびその使用」と題する米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号に記載されている抗ＰＤ−１抗体分子である。ある態様において、抗ＰＤ−１抗体分子は、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０１、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０２、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０３、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０４、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０５、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０６、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０７、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０８、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０９、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１０、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１１、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１２、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１３、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１４、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１５、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１６、ＢＡＰ０４９−クローン−Ａ、ＢＡＰ０４９−クローン−Ｂ、ＢＡＰ０４９−クローン−Ｃ、ＢＡＰ０４９−クローン−ＤまたはＢＡＰ０４９−クローン−Ｅのいずれかから選択される抗体の重鎖および軽鎖可変領域の少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲ(またはまとめてすべてのＣＤＲ)または米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号の表１に記載のものまたは表１のヌクレオチド配列または前述の配列のいずれかと実質的に同一の(例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い同一性の)配列によりコードされているもの；または密接に関連したＣＤＲ、例えば、同一であるかまたは少なくとも１つのアミノ酸の変化、しかし２、３もしくは４以下の変化(例えば、置換、欠失または挿入、例えば、保存的置換)を有するＣＤＲを含む。
【０６８６】
さらに別の態様において、抗ＰＤ−１抗体分子は、本明細書に記載されている抗体、例えば、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０１、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０２、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０３、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０４、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０５、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０６、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０７、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０８、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ０９、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１０、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１１、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１２、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１３、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１４、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１５、ＢＡＰ０４９−ｈｕｍ１６、ＢＡＰ０４９−クローン−Ａ、ＢＡＰ０４９−クローン−Ｂ、ＢＡＰ０４９−クローン−Ｃ、ＢＡＰ０４９−クローン−ＤまたはＢＡＰ０４９−クローン−Ｅのいずれかから選択される抗体の少なくとも１、２、３または４つの可変領域または米国特許出願公開第２０１５／０２１０７６９号の表１に記載されているものまたは表１のヌクレオチド配列；または前述の配列のいずれかと実質的に同一の(例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い同一性の)配列によりコードされているものを含む。
【０６８７】
ＴＩＭ３(Ｔ細胞免疫グロブリン−３)はまた特にＩＦＮ−ｇを分泌するＣＤ４＋Ｔヘルパー１およびＣＤ８＋Ｔ細胞毒性１細胞においてＴ細胞機能を負に調節し、Ｔ細胞消耗において重大な役割を果たす。ＴＩＭ３とそのリガンド、例えば、ガレクチン−９(Ｇａｌ９)、ホスファチジルセリン(ＰＳ)およびＨＭＧＢ１との間の相互作用の阻害は免疫応答を増大することができる。ＴＩＭ３とそのリガンドの抗体、抗体断片およびその他の阻害剤は当技術分野で入手可能であり、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲと組み合わせて使用することができる。例えば、ＴＩＭ３を標的とする抗体、抗体断片、小さい分子またはペプチド阻害剤はＴＩＭ３のＩｇＶドメインに結合してそのリガンドとの相互作用を阻害する。ＴＩＭ３を阻害する抗体およびペプチドは国際公開第２０１３／００６４９０号および米国特許出願公開第２０１００２４７５２１号に開示されている。他の抗ＴＩＭ３抗体はＲＭＴ３−２３のヒト化されたバージョン(Ngiow et al., 2011, Cancer Res、71:3540-3551に開示されている)およびクローン８Ｂ.２Ｃ１２(Monney et al., 2002, Nature, 415:536-541に開示されている)を含む。ＴＩＭ３およびＰＤ−１を阻害する二重特異的な抗体は米国特許出願公開第２０１３０１５６７７４号に開示されている。
【０６８８】
ある態様において、抗ＴＩＭ３抗体またはその断片は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる「ＴＩＭ３に対する抗体分子およびその使用」と題する米国特許出願公開第２０１５／０２１８２７４号に記載されている抗ＴＩＭ３抗体分子である。ある態様において、抗ＴＩＭ３抗体分子は、ＡＢＴＩＭ３、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０１、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０２、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０３、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０４、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０５、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０６、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０７、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０８、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０９、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１０、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１１、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１２、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１３、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１４、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１５、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１６、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１７、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１８、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１９、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ２０、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ２１、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ２２、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ２３のいずれかから選択される抗体の重鎖および軽鎖可変領域の少なくとも１、２、３、４、５または６つのＣＤＲ(またはまとめてすべてのＣＤＲ)または米国特許出願公開第２０１５／０２１８２７４号の表１−４に記載されているもの；または表１−４のヌクレオチド配列によりコードされるもの；または前述の配列のいずれかと実質的に同一の(例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い同一性の)配列または密接に関連したＣＤＲ、例えば、同一であるかまたは少なくとも１つのアミノ酸変化、しかし２、３または４つ以下の変化(例えば、置換、欠失または挿入、例えば、保存的置換)を有するＣＤＲを含む。
【０６８９】
さらに別の態様において、抗ＴＩＭ３抗体分子は、本明細書に記載されている抗体、例えば、ＡＢＴＩＭ３、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０１、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０２、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０３、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０４、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０５、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０６、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０７、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０８、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ０９、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１０、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１１、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１２、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１３、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１４、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１５、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１６、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１７、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１８、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ１９、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ２０、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ２１、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ２２、ＡＢＴＩＭ３−ｈｕｍ２３のいずれかから選択される抗体の少なくとも１、２、３または４つの可変領域または米国特許出願公開第２０１５／０２１８２７４号の表１−４に記載されているもの；または表１−４のヌクレオチド配列によりコードされるもの；または前述の配列のいずれかと実質的に同一の(例えば、少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９８％、９９％またはそれより高い同一性の)配列を含む。
【０６９０】
他の態様において、ＣＡＲ発現細胞の活性を増強する作用物質はＣＥＡＣＡＭ阻害剤(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５阻害剤)である。ある態様において、ＣＥＡＣＡＭの阻害剤は抗ＣＥＡＣＡＭ抗体分子である。代表的な抗ＣＥＡＣＡＭ−１抗体は、国際公開第２０１０／１２５５７１号、国際公開第２０１３／０８２３６６号、国際公開第２０１４／０５９２５１号および国際公開第２０１４／０２２３３２号に記載されており、例えば、モノクローナル抗体３４Ｂ１、２６Ｈ７および５Ｆ４；または、例えば、米国特許出願公開第２００４／００４７８５８号、米国特許第７,１３２,２５５号および国際公開第９９／０５２５５２号に記載されているその組換え形態である。他の態様において、抗ＣＥＡＣＡＭ抗体は、例えば、Zheng et al. PLoS One. 2010 Sep 2;5(9). pii: e12529 (DOI:10:1371/journal.pone.0021146)に記載されているようにＣＥＡＣＡＭ−５に結合するかまたは、例えば、国際公開第２０１３／０５４３３１号および米国特許出願公開第２０１４／０２７１６１８号に記載されているようにＣＥＡＣＡＭ−１およびＣＥＡＣＡＭ−５と交差反応する。
【０６９１】
理論に縛られることは望まないが、ＣＥＡＣＡＭ−１およびＣＥＡＣＡＭ−５のようながん胎児性抗原細胞接着分子(ＣＥＡＣＡＭ)が、少なくとも部分的に、抗腫瘍免疫応答の阻害を媒介すると考えられる(例えば、Markel et al. J Immunol. 2002 Mar 15;168(6):2803-10; Markel et al. J Immunol. 2006 Nov 1;177(9):6062-71; Markel et al. Immunology. 2009 Feb;126(2):186-200; Markel et al. Cancer Immunol Immunother. 2010 Feb;59(2):215-30; Ortenberg et al. Mol Cancer Ther. 2012 Jun;11(6):1300-10; Stern et al. J Immunol. 2005 Jun 1;174(11):6692-701; Zheng et al. PLoS One. 2010 Sep 2;5(9). pii: e12529参照)例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１は、ＴＩＭ−３に対するヘテロ親和性のリガンドとして、またＴＩＭ３−媒介Ｔ細胞寛容および消耗にある役割を果たすとして記載されている(例えば、国際公開第２０１４／０２２３３２号；Huang、et al. (2014) Nature doi:10.1038/nature13848参照)。複数の態様において、ＣＥＡＣＡＭ−１およびＴＩＭ−３の同時遮断は異種移植結腸直腸がんモデルで抗腫瘍免疫応答を増強することが示されている(例えば、国際公開第２０１４／０２２３３２号；Huang, et al. (2014), supra参照)。他の態様において、ＣＥＡＣＡＭ−１およびＰＤ−１の同時遮断は、例えば、国際公開第２０１４／０５９２５１号に記載されているようにＴ細胞寛容を低減する。従って、ＣＥＡＣＡＭ阻害剤を本明細書に記載されている他の免疫調節剤(例えば、抗ＰＤ−１および／または抗ＴＩＭ−３阻害剤)と共に使用して、がん、例えば、黒色腫、肺がん(例えば、ＮＳＣＬＣ)、膀胱がん、結腸がん、卵巣がんおよび本明細書に記載されているその他のがんに対する免疫応答を増強することができる。
【０６９２】
ＬＡＧ３(リンパ球活性化遺伝子−３またはＣＤ２２３)は、ＣＤ８＋Ｔ細胞消耗においてある役割を果たすことが示されている、活性化したＴ細胞およびＢ細胞上に発現される細胞表面分子である。ＬＡＧ３およびそのリガンドの抗体、抗体断片およびその他の阻害剤は当技術分野で入手可能であり、本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲと組み合わせて使用することができる。例えば、ＢＭＳ−９８６０１６(Bristol-Myers Squib)はＬＡＧ３を標的とするモノクローナル抗体である。ＩＭＰ７０１(Immutep)はアンタゴニストＬＡＧ３抗体であり、ＩＭＰ７３１(ImmutepおよびGlaxoSmithKline)は枯渇性のＬＡＧ３抗体である。その他のＬＡＧ３阻害剤は、ＬＡＧ３の可溶性部分と、ＭＨＣクラスII分子に結合し、抗原提示細胞(ＡＰＣ)を活性化するＩｇとの組換え融合タンパク質であるＩＭＰ３２１(Immutep)を含む。他の抗体は、例えば、国際公開第２０１０／０１９５７０号に開示されている。
【０６９３】
いくつかの態様において、ＣＡＲ発現細胞の活性を増強する作用物質は、例えば、第１のドメインおよび第２のドメインを含む融合タンパク質であることができ、ここで第１のドメインはチェックポイント分子またはその断片であり、第２のドメインは陽性シグナルに関連するポリペプチド、例えば、本明細書に記載されている細胞内シグナル伝達ドメインを含むポリペプチド(本明細書中で抑制ＣＡＲまたはｉＣＡＲともいわれる)である。いくつかの態様において、陽性シグナルに関連するポリペプチドは、ＣＤ２８、ＣＤ２７、ＩＣＯＳの同時刺激ドメイン、例えば、ＣＤ２８、ＣＤ２７および／またはＩＣＯＳの細胞内シグナル伝達ドメインおよび／または一次シグナル伝達ドメイン、例えば、本明細書に記載されているＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達ドメインを含むことができる。ある態様において、融合タンパク質はＣＡＲを発現する同一の細胞により発現される。別の態様において、融合タンパク質は細胞、例えば、ＣＡＲ、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲを発現しないＴ細胞により発現される。
【０６９４】
ある態様において、チェックポイント分子、例えば、例えばプログラム死１(ＰＤ１)のような本明細書に記載されているチェックポイント分子の細胞外ドメイン(ＥＣＤ)は、膜貫通ドメインならびに本明細書に記載されている細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、例えば４１ＢＢ  ＯＸ４０、Ｃｄ２８、ＣＤ２７のような同時刺激シグナル伝達ドメインおよび／または例えばＣＤ３ゼータの一次シグナル伝達ドメインを含む細胞内シグナル伝達ドメインと融合することができる。ある態様において、抑制ＣＡＲ、例えば、例えば、ＰＤ１ＣＡＲを、別のＣＡＲ、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ(例えば、ＣＤ１９ＲＣＡＲ)と組み合わせて使用することができる。ある態様において、ＰＤ１ＲＣＡＲ(またはＰＤ１ＣＡＲ)はＴ細胞の持続性を改良する。抑制分子の例は、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲ(例えば、ＴＧＦＲベータ)を含む。ある態様において、抑制分子ＣＡＲは、例えば、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ４、ＴＩＭ３、ＣＥＡＣＡＭ(例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１、ＣＥＡＣＡＭ−３および／またはＣＥＡＣＡＭ−５)、ＬＡＧ３、ＶＩＳＴＡ、ＢＴＬＡ、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、Ｂ７−Ｈ３(ＣＤ２７６)、Ｂ７−Ｈ４(ＶＴＣＮ１)、ＨＶＥＭ(ＴＮＦＲＳＦ１４またはＣＤ２７０)、ＫＩＲ、Ａ２ａＲ、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスII、ＧＡＬ９、アデノシンおよびＴＧＦＲ(例えば、ＴＧＦＲベータ)のような抑制分子またはこれらのいずれかの断片(例えば、これらのいずれかの細胞外ドメインの少なくとも一部分)の第１のポリペプチド、ならびに本明細書に記載されている細胞内シグナル伝達ドメインである第２のポリペプチド(例えば、同時刺激ドメイン(例えば、例えば本明細書に記載されている４１ＢＢ、ＣＤ２７またはＣＤ２８)および／または一次シグナル伝達ドメイン(例えば、本明細書に記載されているＣＤ３ゼータシグナル伝達ドメインを含む)を含む。
【０６９５】
ある態様において、抑制分子ＣＡＲは、膜貫通ドメインならびに４１ＢＢおよびＣＤ３ゼータのような細胞内シグナル伝達ドメインと融合したＰＤ１の細胞外ドメイン(ＥＣＤ)を含む(本明細書中でＰＤ１ＣＡＲともいわれる)。ある態様において、ＰＤ１ＣＡＲはＣＡＲ発現細胞の持続性を改良する。ある態様において、ＰＤ１ＣＡＲは配列番号４４に示されるＰＤ１の細胞外ドメインを含む。ある態様において、ＰＤ１ＣＡＲは配列番号４０のアミノ酸配列を含む。
【０６９６】
ある態様において、ＰＤ１ＣＡＲは配列番号４１として提供されるアミノ酸配列を含む。
【０６９７】
ある態様において、ＰＤ１ＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されているＰＤ１ＣＡＲは、配列番号４２として提供される核酸配列または少なくとも、ＰＤ１の細胞外ドメインをコードする核酸配列(配列番号１０１として提供される)によりコードされる。
【０６９８】
複数の態様において、抑制的細胞外ドメインは、天然に存在するヒト抑制分子、例えば、本明細書に開示されている天然に存在するヒト一次刺激分子の対応する残基と少なくとも７０、７５、８０、８５、９０、９５、９６、９７、９８または９９％の同一性を有するかまたは３０、２５、２０、１５、１０、５、４、３、２または１個以下のアミノ酸残基だけ異なる。
【０６９９】
ある態様において、Ｔ−細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子をコードする核酸分子がプロモーター、例えば、Ｈ１−またはＵ６−由来のプロモーターに作動可能に連結されていて、Ｔ−細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子が発現され、例えば、ＣＡＲ発現細胞内で発現されるようになっている。例えば、Tiscornia G., “Development of Lentiviral Vectors Expressing siRNA,” Chapter 3, in Gene Transfer: Delivery and Expression of DNA and RNA (eds. Friedmann and Rossi). Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, USA, 2007; Brummelkamp TR, et al. (2002) Science 296: 550-553;  Miyagishi M, et al. (2002) Nat. Biotechnol. 19: 497-500参照。ある態様において、Ｔ−細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子をコードする核酸分子は、ＣＡＲの構成成分、例えば、構成成分のすべてをコードする核酸分子を含む同一のベクター、例えば、レンチウイルスベクター上に存在する。かかる態様において、Ｔ−細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子をコードする核酸分子は、ベクター、例えば、レンチウイルスベクター上で、ＣＡＲの構成成分、例えば、構成成分のすべてをコードする核酸の５’−または３’に位置する。Ｔ−細胞機能をモジュレートまたは調節する例えば、阻害する分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子をコードする核酸分子は、ＣＡＲの構成成分、例えば、すべての構成成分をコードする核酸と同一または異なる方向に転写される可能性がある。
【０７００】
ある態様において、Ｔ−細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子をコードする核酸分子は、ＣＡＲの構成成分、例えば、すべての構成成分をコードする核酸分子を含むベクター以外のベクターに存在する。ある態様において、Ｔ−細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子をコードする核酸分子はＣＡＲ発現細胞内で一過的に発現する。ある態様において、Ｔ−細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する分子の発現を阻害するｄｓＲＮＡ分子をコードする核酸分子は、ＣＡＲ発現細胞のゲノム内に安定に組み込まれる。ある態様において、Ｔ−細胞機能をモジュレートまたは調節する、例えば、阻害する分子はＰＤ−１である。
【０７０１】
複数の態様において、ＣＡＲ発現細胞の活性を増強する作用物質、例えば、抑制分子の阻害剤は、同種異系のＣＡＲ、例えば、本明細書に記載されている同種異系のＣＡＲ(例えば、本明細書中の同種異系のＣＡＲセクションに記載されている)と組み合わせて投与される。
【０７０２】
ナチュラル・キラー細胞受容体(ＮＫＲ)ＣＡＲ
ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ分子はナチュラル・キラー細胞受容体(ＮＫＲ)の１つまたは複数の構成成分を含むことによりＮＫＲ−ＣＡＲを形成する。ＮＫＲ構成成分は次のナチュラル・キラー細胞受容体のいずれかの膜貫通ドメイン、ヒンジドメインまたは細胞質ドメインであることができる：キラー細胞免疫グロブリン様受容体(ＫＩＲ)、例えば、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２／Ｌ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ、ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ、ＫＩＲ２ＤＳ１、ＫＩＲ２ＤＳ２、ＫＩＲ２ＤＳ３、ＫＩＲ２ＤＳ４、ＤＩＲ２ＤＳ５、ＫＩＲ３ＤＬ１／Ｓ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＰ１およびＫＩＲ３ＤＰ１；天然の細胞毒性受容体(ＮＣＲ)、例えば、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ４６；シグナル伝達リンパ球活性化分子(ＳＬＡＭ)ファミリーの免疫細胞受容体、例えば、ＣＤ４８、ＣＤ２２９、２Ｂ４、ＣＤ８４、ＮＴＢ−Ａ、ＣＲＡＣＣ、ＢＬＡＭＥおよびＣＤ２Ｆ−１０；Ｆｃ受容体(ＦｃＲ)、例えば、ＣＤ１６およびＣＤ６４；ならびにＬｙ４９受容体、例えば、ＬＹ４９Ａ、ＬＹ４９Ｃ。本明細書に記載されているＮＫＲ−ＣＡＲ分子はアダプター分子または細胞内シグナル伝達ドメイン、例えば、ＤＡＰ１２と相互作用し得る。ＮＫＲ構成成分を含むＣＡＲ分子の代表的な構造および配列は、その内容が参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／１４５２５２号に記載されている。
【０７０３】
スプリットＣＡＲ
いくつかの態様において、ＣＡＲ発現細胞はスプリットＣＡＲを使用する。スプリットＣＡＲ手法は参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１４／０５５４４２号および国際公開第２０１４／０５５６５７号により詳細に記載されている。簡潔にいうと、スプリットＣＡＲシステムは第１の抗原結合ドメインおよび同時刺激ドメインを有する第１のＣＡＲを発現する細胞(例えば、４１ＢＢ)を含み、この細胞はまた第２の抗原結合ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインを有する第２のＣＡＲ(例えば、ＣＤ３ゼータ)も発現する。細胞が第１の抗原と出会うと、同時刺激ドメインが活性化され、細胞が増殖する。細胞が第２の抗原と出会うと、細胞内シグナル伝達ドメインが活性化され、細胞殺戮活性が始まる。こうして、ＣＡＲ発現細胞は両方の抗原の存在下でのみ完全に活性化される。
【０７０４】
キメラ抗原受容体を調節する方策
ＣＡＲ活性を調節することができる多くの方法がある。いくつかの態様において、ＣＡＲ活性を制御することができる調節可能なＣＡＲ(ＲＣＡＲ)が、ＣＡＲ療法の安全性および効能を最適化するために望ましい。ＣＡＲ活性を調節することができる多くの方法がある。例えば、例えば二量体化ドメインに融合したカスパーゼを使用した誘導性のアポトーシス(例えば、Di Stasa et al., N Engl. J. Med. 2011 Nov. 3; 365(18):1673-1683参照)を、本発明のＣＡＲ療法に安全性スイッチとして使用することができる。ある態様において、本発明のＣＡＲを発現する細胞(例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞)はさらに誘導性のアポトーシススイッチを含み、ここでヒトカスパーゼ(例えば、カスパーゼ９)または改変バージョンが条件付き二量体化を可能にするヒトＦＫＢタンパク質の改変体に融合される。ラパログのような小さい分子(例えば、ＡＰ１９０３、ＡＰ２０１８７)の存在下で、誘導性のカスパーゼ(例えば、カスパーゼ９)が活性化され、本発明のＣＡＲを発現する細胞(例えば、Ｔ細胞またはＮＫ細胞)の迅速なアポトーシスおよび死に通じる。カスパーゼに基づく誘導性のアポトーシススイッチの例(またはかかるスイッチの  １つまたは複数の面)は、例えば、すべて参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２００４０４００４７号；米国特許出願公開第２０１１０２８６９８０号；米国特許出願公開第２０１４０２５５３６０号；国際公開第１９９７０３１８９９号；国際公開第２０１４１５１９６０号；国際公開第２０１４１６４３４８号；国際公開第２０１４１９７６３８号；国際公開第２０１４１９７６３８号に記載されている。
【０７０５】
別の例において、ＣＡＲ発現細胞はまた、二量体化薬(例えば、ｒｉｍｉｄｕｃｉｄ(ＡＰ１９０３(Bellicum Pharmaceuticals)またはＡＰ２０１８７(Ariad)ともいわれる)の投与の際にカスパーゼ−９の活性化および細胞のアポトーシスを導く誘導性のカスパーゼ−９(ｉカスパーゼ−９)分子も発現することができる。ｉカスパーゼ−９分子は、化学的二量体化誘導物質(ＣＩＤ)の存在下で二量体化を媒介するＣＩＤ結合ドメインを含有する。この結果、ＣＡＲ発現細胞の誘導性で選択的な枯渇が起こる。いくつかの場合には、ｉカスパーゼ−９分子は、ＣＡＲをコードするベクターとは別個の核酸分子によりコードされる。いくつかの場合には、ｉカスパーゼ−９分子はＣＡＲをコードするベクターと同じ核酸分子によりコードされる。ｉカスパーゼ−９はＣＡＲ発現細胞のあらゆる毒性を回避するために安全性スイッチを提供することができる。例えば、Song et al. Cancer Gene Ther. 2008; 15(10):667-75; Clinical Trial Id. No. NCT02107963；およびDi Stasi et al. N. Engl. J. Med. 2011; 365:1673-83参照。
【０７０６】
本発明のＣＡＲ療法を調節するための代わりの方策は、例えば、抗体依存性細胞媒介細胞毒性(ＡＤＣＣ)を誘発することにより、例えば、ＣＡＲ発現細胞を除去することにより、ＣＡＲ活性を不活性化または消去する小さい分子または抗体を利用することを含む。例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、細胞死、例えば、ＡＤＣＣまたは相補体誘発細胞死を誘発することができる分子により認識される抗原も発現し得る。例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞は、抗体または抗体断片により標的とされることができる受容体も発現し得る。かかる受容体の例はＥｐＣＡＭ、ＶＥＧＦＲ、インテグリン(例えば、インテグリンανβ３、α４、αΙ３／４β３、α４β７、α５β１、ανβ３、αν)、ＴＮＦ受容体スーパーファミリーのメンバー(例えば、ＴＲＡＩＬ−Ｒ１、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２)、ＰＤＧＦ受容体、インターフェロン受容体、葉酸受容体、ＧＰＮＭＢ、ＩＣＡＭ−１、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＥＡ、ＣＡ−１２５、ＭＵＣ１、ＴＡＧ−７２、ＩＬ−６受容体、５Ｔ４、ＧＤ２、ＧＤ３、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ１  １、ＣＤ１  １  ａ／ＬＦＡ−１、ＣＤ１５、ＣＤ１８／ＩＴＧＢ２、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３／ｌｇＥ受容体、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３０、ＣＤ３３、ＣＤ３８、ＣＤ４０、ＣＤ４１、ＣＤ４４、ＣＤ５１、ＣＤ５２、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ７４、ＣＤ８０、ＣＤ１２５、ＣＤ１４７／ベイシジン、ＣＤ１５２／ＣＴＬＡ−４、ＣＤ１５４／ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ１９５／ＣＣＲ５、ＣＤ３１９／ＳＬＡＭＦ７およびＥＧＦＲ、ならびにこれらのトランケート体(例えば、１つまたは複数の細胞外エピトープを保存するが細胞質ドメイン内の１つまたは複数の領域を欠くバージョン)を含む。
【０７０７】
例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞はまた、シグナル伝達能力を欠くが、ＡＤＣＣを誘発することができる分子、例えば、セツキシマブ(ＥＲＢＩＴＵＸ(登録商標))により認識されるエピトープを保持するトランケートされた上皮増殖因子受容体(ＥＧＦＲ)も発現することができ、その結果セツキシマブの投与がＡＤＣＣおよびＣＡＲ発現細胞の後の枯渇を誘発する(例えば、国際公開第２０１１／０５６８９４およびJonnalagadda et al., Gene Ther. 2013; 20(8)853-860参照)。別の方策は、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞でＣＤ３２およびＣＤ２０抗原両方からの標的エピトープを併せ持つ高度にコンパクトなマーカー／自殺遺伝子を発現させることを含み、これがリツキシマブと結合し、結果として、例えば、ＡＤＣＣによるＣＡＲ発現細胞の選択的な枯渇を起こす(例えば、Philip et al., Blood. 2014; 124(8)1277-1287参照)。本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞を枯渇させる他の方法は、成熟リンパ球、例えば、ＣＡＲ発現細胞に選択的に結合し、例えば、ＡＤＣＣを誘発することにより破壊するために標的とするモノクローナル抗ＣＤ５２抗体であるＣＡＭＰＡＴＨの投与を含む。他の態様において、ＣＡＲ発現細胞はＣＡＲリガンド、例えば、抗イディオタイプ抗体を使用して選択的に標的とすることができる。いくつかの態様において、抗イディオタイプ抗体はエフェクター細胞活性、例えば、ＡＤＣＣまたはＡＤＣ活性を生じさせることができ、それによりＣＡＲ発現細胞の数を低減する。他の態様において、ＣＡＲリガンド、例えば、抗イディオタイプ抗体は、細胞殺戮を誘発する作用物質、例えば、毒素結合にすることができ、それによりＣＡＲ発現細胞の数を低減する。あるいは、ＣＡＲ分子自体が、活性を調節する、例えば、以下に記載するようにオンオフすることができるように構成することができる。
【０７０８】
他の態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞はまた、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質により認識される標的タンパク質も発現し得る。ある態様において、標的タンパク質はＣＤ２０であり、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質は抗ＣＤ２０抗体、例えば、リツキシマブである。かかる態様において、ＣＡＲ発現細胞を低減または除去し、例えばＣＡＲに誘発された毒性を軽減するのが望ましくなったときには、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質を投与する。他の態様において、Ｔ細胞を枯渇させる作用物質は抗ＣＤ５２抗体、例えば、本明細書中実施例に記載されているようにアレムツズマブである。
【０７０９】
他の態様において、ＲＣＡＲは１組のポリペプチド、通例最も簡単な態様において２つのポリペプチドを含み、ここで本明細書に記載されている標準的なＣＡＲの構成成分、例えば、抗原結合ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインは別個のポリペプチドまたはメンバーに分配される。いくつかの態様において、１組のポリペプチドは、二量体化分子が存在する際に、ポリペプチドに互いに結合することができ、例えば、抗原結合ドメインを細胞内シグナル伝達ドメインに結合することができる二量体化スイッチを含む。ある態様において、本発明のＣＡＲは、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４１２７２６１号に記載されているもののような二量体化スイッチを利用する。かかる調節可能なＣＡＲの追加の説明および代表的な構成は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれ２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／０９０２２９号のパラグラフ５２７−５５１に提供されている。いくつかの態様において、ＲＣＡＲは、スイッチドメイン、例えば、配列番号９２に記載のＦＫＢＰスイッチドメインを含むかまたは、例えば、配列番号９３に記載のＦＲＢに結合する能力を有するＦＫＢＰの断片を含む。いくつかの態様において、ＲＣＡＲは、例えば、配列番号９４に記載のＦＲＢ配列または例えば、配列番号９５−１００のいずれかに記載の突然変異体ＦＲＢ配列を含むスイッチドメインを含む。
【０７１０】
ＣＡＲとケモカイン受容体との同時発現
複数の態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞はさらにケモカイン受容体分子を含む。Ｔ細胞でのケモカイン受容体ＣＣＲ２ｂまたはＣＸＣＲ２のトランスジェニック発現は黒色腫および神経芽細胞腫を含むＣＣＬ２またはＣＸＣＬ１を分泌する充実性腫瘍へのトラフィッキングを増強する(Craddock et al., J Immunother. 2010 Oct; 33(8):780-8およびKershaw et al., Hum Gene Ther. 2002 Nov 1; 13(16):1971-80)。こうして、理論に縛られることは望まないが、腫瘍、例えば、充実性腫瘍により分泌されるケモカインを認識するＣＡＲ発現細胞で発現されるケモカイン受容体は、ＣＡＲ発現細胞の腫瘍への帰巣性を改良し、ＣＡＲ発現細胞の腫瘍への浸潤を促進し、そしてＣＡＲ発現細胞の抗腫瘍効能を増強することができると考えられる。ケモカイン受容体分子は天然に存在するかまたは組換えのケモカイン受容体またはそのケモカイン結合性断片を含むことができる。本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞での発現に適したケモカイン受容体分子は、ＣＸＣケモカイン受容体(例えば、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ５、ＣＸＣＲ６またはＣＸＣＲ７)、ＣＣケモカイン受容体(例えば、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＣＣＲ８、ＣＣＲ９、ＣＣＲ１０またはＣＣＲ１１)、ＣＸ３Ｃケモカイン受容体(例えば、ＣＸ３ＣＲ１)、ＸＣケモカイン受容体(例えば、ＸＣＲ１)またはこれらのケモカイン結合性断片を含む。ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲと共に発現されるケモカイン受容体分子は、腫瘍により分泌されるケモカインに基づいて選択される。ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞はさらに、ＣＣＲ２ｂ受容体またはＣＸＣＲ２受容体を含み、例えば、発現する。ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲおよびケモカイン受容体分子は同一のベクター上にあるかまたは２つの異なるベクター上にある。本明細書に記載されているＣＡＲおよびケモカイン受容体分子が同一のベクター上にある複数の態様において、ＣＡＲおよびケモカイン受容体分子は各々２つの異なるプロモーターの制御下にあるかまたは同一のプロモーターの制御下にある。
【０７１１】
スプリットＣＡＲ
いくつかの態様において、ＣＡＲ発現細胞はスプリットＣＡＲを使用する。スプリットＣＡＲ手法は国際公開第２０１４／０５５４４２号および国際公開第２０１４／０５５６５７号により詳細に記載されている。簡潔にいうと、スプリットＣＡＲシステムは、第１の抗原結合ドメインおよび同時刺激ドメインを有する第１のＣＡＲを発現する細胞(例えば、４１ＢＢ)を含み、この細胞は第２の抗原結合ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメイン(例えば、ＣＤ３ゼータ)を有する第２のＣＡＲも発現する。細胞が第１の抗原に出会うと、同時刺激ドメインが活性化され、細胞は増殖する。細胞が第２の抗原に出会うと、細胞内シグナル伝達ドメインが活性化され、細胞殺戮活性が始まる。このように、ＣＡＲ発現細胞は両方の抗原の存在下でのみ十分に活性化される。
【０７１２】
医薬組成物および治療
医薬組成物は、本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞、例えば、複数のＣＡＲ発現細胞を、１つまたは複数の医薬としてまたは生理学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤と組み合わせて含み得る。かかる組成物は、中性の緩衝化された生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水などのようなバッファー；グルコース、マンノース、スクロースまたはデキストラン、マンニトールのような炭水化物；タンパク質；ポリペプチドまたはグリシンのようなアミノ酸；抗酸化剤；ＥＤＴＡまたはグルタチオンのようなキレート剤；アジュバント(例えば、水酸化アルミニウム)；および保存料を含み得る。組成物は、例えば、静脈内投与用に製剤化することができる。
【０７１３】
本開示の医薬組成物は治療される(または予防される)疾患に適当なやり方で投与することができる。投与の量および頻度は患者の状態、ならびに患者の疾患の種類および重症度のような因子によって決定されるが、適当な用量は臨床試験により決定され得る。
【０７１４】
ある態様において、医薬組成物は、汚染物質、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ１００９に記載されている汚染物質を実質的に含まない、例えば、検出可能なレベルの汚染物質がない。
【０７１５】
「免疫学的に有効な量」、「抗腫瘍有効量」、「腫瘍を阻害する有効量」または「治療量」が指示されているとき、投与される本発明の組成物の正確な量は、患者(対象)の年齢、重量、腫瘍の大きさ、感染または転移の程度および状態の個体差を考慮して医師が決定することができる。一般に、本明細書に記載されている免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を含む医薬組成物は、範囲内のすべての整数値を含む１０４〜１０９細胞／ｋｇ体重、場合によっては１０５〜１０６細胞／ｋｇ体重の用量で投与し得るということができる。Ｔ細胞組成物はまたこれらの用量で複数回投与してもよい。細胞は免疫療法で一般に公知の注入技術を使用することにより投与することができる(例えば、Rosenberg et al., NEW ENG. J. OF MED. 319:1676, 1988参照)。
【０７１６】
いくつかの態様において、ＣＡＲ細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ細胞)の用量は約１×１０６、１.１×１０６、２×１０６、３.６×１０６、５×１０６、１×１０７、１.８×１０７、２×１０７、５×１０７、１×１０８、２×１０８または５×１０８細胞／ｋｇを含む。いくつかの態様において、ＣＡＲ細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ細胞)の用量は少なくとも約１×１０６、１.１×１０６、２×１０６、３.６×１０６、５×１０６、１×１０７、１.８×１０７、２×１０７、５×１０７、１×１０８、２×１０８または５×１０８細胞／ｋｇを含む。いくつかの態様において、ＣＡＲ細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ細胞)の用量は約１×１０６、１.１×１０６、２×１０６、３.６×１０６、５×１０６、１×１０７、１.８×１０７、２×１０７、５×１０７、１×１０８、２×１０８または５×１０８細胞／ｋｇまでを含む。いくつかの態様において、ＣＡＲ細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ細胞)の用量は約１.１×１０６−１.８×１０７細胞／ｋｇを含む。いくつかの態様において、ＣＡＲ細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ細胞)の用量は約１×１０７、２×１０７、５×１０７、１×１０８、２×１０８、５×１０８、１×１０９、２×１０９または５×１０９細胞を含む。いくつかの態様において、ＣＡＲ細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ細胞)の用量は少なくとも約１×１０７、２×１０７、５×１０７、１×１０８、２×１０８、５×１０８、１×１０９、２×１０９または５×１０９細胞を含む。いくつかの態様において、ＣＡＲ細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ細胞)の用量は約１×１０７、２×１０７、５×１０７、１×１０８、２×１０８、５×１０８、１×１０９、２×１０９または５×１０９細胞までを含む。
【０７１７】
いくつかの面において、活性化した免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を対象に投与し、その後再度採血し(またはアフェレーシスを実施し)、それからの免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を本開示に従って活性化し、これらの活性化され増殖させた免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を患者に再度注入するのが望ましいことがある。このプロセスは数週毎に複数回実施することができる。いくつかの面において、免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は１０ｃｃ〜４００ｃｃの採血から活性化することができる。いくつかの面において、免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は２０ｃｃ、３０ｃｃ、４０ｃｃ、５０ｃｃ、６０ｃｃ、７０ｃｃ、８０ｃｃ、９０ｃｃまたは１００ｃｃの採血から活性化される。
【０７１８】
本組成物の投与はエアゾル吸入、注射剤、摂取、輸液、注入または移植を含むいかなる好都合な方法で行ってもよい。本明細書に記載されている組成物は患者に経動脈的、皮下、皮内、腫瘍内、結節内、髄内、筋肉内、静脈内(ｉ.ｖ.)注射剤でまたは腹腔内に投与し得る。ある面において、本明細書に記載されているＴ細胞組成物は皮内または皮下注射剤により患者に投与される。ある面において、本明細書に記載されているＴ細胞組成物はｉ.ｖ.注射剤により投与される。免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の組成物は直接腫瘍、リンパ節または感染部位に注射してもよい。
【０７１９】
特定の代表的な面において、対象は、白血球を採取し、富化しまたはエクスビボで枯渇させて、目的の細胞、例えば、Ｔ細胞を選択および／または単離する白血球除去輸血を受けてもよい。これらのＴ細胞単離物は、当技術分野で公知の方法により増殖させ、本明細書に記載されている１つまたは複数のＣＡＲコンストラクトが導入されて本開示のＣＡＲ  Ｔ細胞が作り出されるように処理することができる。その後、それを必要とする対象は、高用量の化学療法に続く末梢血幹細胞移植による標準的な治療を受けることができる。いくつかの面において、移植の後または移植と同時に、対象は本明細書に記載されている増殖させたＣＡＲＴ細胞の注入を受ける。追加の面において、増殖させた細胞は外科手術の前または後に投与される。
【０７２０】
患者に投与される上記治療の用量は、治療される症状および治療の受容者の正確な性質と共に変化する。ヒト投与の用量の拡大縮小は業界で認められている慣習に従って行うことができる。例えば、ＣＡＭＰＡＴＨの場合の用量は、一般に成人患者で１〜約１００ｍｇの範囲であり、通常１〜３０日の期間毎日投与される。適切な一日用量は１〜１０ｍｇ／日であるが、場合によっては４０ｍｇ／日までのより大きい用量を使用してもよい(米国特許第６,１２０,７６６号に記載されている)。
【０７２１】
ある態様において、ＣＡＲは、例えば、インビトロ転写を使用して、免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)に導入され、対象(例えば、ヒト)は本発明のＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の初期の投与および本発明のＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の１つまたは複数の後の投与を受け、ここで１つまたは複数の後の投与は先の投与の１５日未満、例えば、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、の６、５、４、３または２日後に投与される。ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の１より多くの投与が、毎週対象(例えば、ヒト)に投与され、例えば、本発明のＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の２、３または４の投与が毎週投与される。ある態様において、対象(例えば、ヒト対象)は、週当たり１より多くのＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の投与(例えば、週当たり２、３または４の投与)(本明細書中でサイクルともいわれる)を受け、その後１週間ＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を投与せず、次いで１つまたは複数のＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の追加の投与(例えば、週当たり１より多くのＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の投与)が対象に投与される。もう１つ別の態様において、対象(例えば、ヒト対象)は、ＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の１つより多くのサイクルを受け、各々のサイクル間の時間は１０、９、８、７、６、５、４または３日未満である。ある態様において、ＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は、１週当たり３の投与で１日おきに投与される。ある態様において、本明細書に記載されているＣＡＲ免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は少なくとも２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週またはそれ以上投与される。
【０７２２】
ある面において、例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞、例えば、ＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は、レンチウイルスのようなレンチウイルスのウイルスベクターを使用して生成される。そのようにして生成されたＣＡＲ発現細胞は安定なＣＡＲ発現を有することができる。
【０７２３】
ある面において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)は形質導入後４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５日の間ＣＡＲベクターを一時的に発現する。ＣＡＲの一時的な発現はＲＮＡＣＡＲベクター送達により奏することができる。ある面において、ＣＡＲＲＮＡはエレクトロポレーションによって細胞に形質導入される。
【０７２４】
一時的に発現するＣＡＲ細胞、例えば、Ｔ細胞(特に、マウスｓｃＦｖを担持するＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞))を使用して治療される患者で起こる可能性がある潜在的な問題は複数の処置後のアナフィラキシーである。この理論に縛られることなく、かかるアナフィラキシー応答は、体液性の抗ＣＡＲ応答、すなわち、抗ＩｇＥアイソタイプを有する抗ＣＡＲ抗体を発症する患者によって引き起こされる可能性があると考えられる。患者の抗体産生細胞は、抗原への曝露が１０〜１４日中断されたときＩｇＧアイソタイプ(これはアナフィラキシーを引き起こさない)からＩｇＥアイソタイプへの種類のスイッチを受けると考えられる。
【０７２５】
患者が一時的なＣＡＲ療法(ＲＮＡ形質導入により生成するようなもの)の過程で抗ＣＡＲ抗体応答を生じるリスクが高いならば、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の注入中断は１０〜１４日より長く続いてはならない。
【０７２６】
前述した方法のいずれかのいくつかの態様において、方法は、さらに、１つまたは複数の用量の細胞(例えば、本明細書に記載されているＣＡＲ核酸またはＣＡＲポリペプチドを含有する免疫細胞)を、哺乳動物(例えば、がんを有する哺乳動物、例えば、応答者、完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者であるかまたは本発明の方法に従って応答者、完全応答者、部分応答者、非応答者、再発者または非再発者であると確認される哺乳動物)に投与することを含む。いくつかの態様において、ＣＡＲ細胞(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ細胞)１つまたは複数の用量は少なくとも約１×１０６、５×１０６、１×１０７、２×１０７、５×１０７、１×１０８、２×１０８、５×１０８、１×１０９、２×１０９または５×１０９細胞を含む。
【０７２７】
ある態様において、１０、９、８、７、６、５、４、３または２以下の用量の細胞が投与される。他の態様において、１、２、３、４、５または６つの用量の細胞が哺乳動物に、例えば、１、２、３、４つ以上の週の処置間隔で投与される。ある態様において、６以下の用量が２週で投与される。用量は同じでもまたは異なってもよい。ある態様において、より低い用量が最初に投与され、続いて１つまたは複数のより高い用量が投与される。１つの代表的な態様において、より低い用量は約１×１０５〜１×１０９細胞／ｋｇまたは１×１０６〜１×１０８細胞／ｋｇであり；より高い用量は約２×１０５〜２×１０９細胞／ｋｇまたは２×１０６〜２×１０８細胞／ｋｇであり、その後３−６用量の約４×１０５〜４×１０９細胞／ｋｇまたは４×１０６〜４×１０８細胞／ｋｇが続く。
【０７２８】
ある態様において、１つまたは複数の用量の細胞が、１つまたは複数のリンパ球枯渇療法、例えば、リンパ球枯渇化学療法の後に投与される。ある態様において、リンパ球枯渇療法は化学療法(例えば、シクロホスファミド)を含む。
【０７２９】
ある態様において、１つまたは複数の用量に続いて、細胞移植、例えば、同種異系の造血幹細胞移植を行う。例えば、同種異系の造血幹細胞移植は約２０〜約３５日の間、例えば、約２３〜３３日の間に起こる。
【０７３０】
バイオポリマー送達方法
いくつかの態様において、１つまたは複数の本明細書に開示されているＣＡＲ発現細胞は、バイオポリマー足場、例えば、バイオポリマーインプラントを介して対象に投与または送達することができる。バイオポリマー足場は本明細書に記載されているＣＡＲ発現細胞の送達、増殖および／または分散を支持または増強することができる。バイオポリマー足場は天然に存在するかまたは合成であることができる生体適合性の(例えば、炎症または免疫応答を実質的に誘発しない)および／または生物分解性のポリマーを含む。代表的なバイオポリマーは、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる２０１５年３月１３日に出願された国際公開第２０１５／１４２６７５号のパラグラフ１００４−１００６に記載されている。
【０７３１】
例示的コンピューターシステム
潜在的ながん応答者の状態インジケーター(例えば、本明細書に記載されている、例えば完全応答者、部分応答者、非応答者のようなＡＬＬおよびＣＬＬ応答者の状態インジケーター)について戻される情報を活用するために様々なコンピューターシステムを特別に構成することができる。いくつかの態様において、コンピューターシステムは、ＡＬＬおよびＣＬＬのようながん(例えば血液がん)のための様々なバイオマーカーおよび／またはインジケーターに関連する信頼レベルに関する情報を判定し提示することができる。例えば、コンピューターシステムは、対象に対して行った試験が完全応答者、部分応答者または非応答者の遺伝子シグネチャーを示すかどうかを、対象応答者分類に関連する信頼の程度と共に評価することができる。さらなる例において、システムは、予測された応答者分類に関連する信頼の程度を増大することに関して表示および／または推奨を提供することができる。例えば、システムは、現存するデータと独立および／または相加的と同定される別の特性について対象に対して行われたあらゆる試験および試験されたがんのバイオマーカーおよび／またはインジケーターを評価するように構成することができる。ある態様において、システムは、現存するデータと独立および／または相加的と同定されるもう１つ別の特性について対象に対して行われたあらゆる試験および試験されたバイオマーカーおよび／またはがんインジケーター(例えば、ＣＬＬおよびＡＬＬのような血液がん)を評価するように構成することができる。システムは、追加のバイオマーカーおよび／またはインジケーター(例えば、遺伝子シグネチャー)が、例えば、応答者分類の変化に関連する信頼をいつ増大するのか判定することができる。従って、システムは任意の同定された特性の試験を推奨することができる。
【０７３２】
いくつかの態様において、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を有する対象の同定、評価および／または治療のための相互作用システムを提供することができる。ある態様において、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を有する対象の同定、評価および／または治療のための相互作用システムを提供することができる。１つの態様によると、システムは、対象の評価の信頼の程度に関してユーザーのインプットを受け入れるように構成することができる。ユーザーが入力した信頼の程度に応答して、システムは、評価モデルに含むように試験特性を判定することができる。１つの例において、システムは、対象(例えば、患者)集団における疾患活性のための独立のインジケーターの明細を含む。システムは、どの独立のインジケーターが使用されるかに基づいて疾患活性の決定における信頼の程度または将来の疾患活性の予測を評価するように構成することができる。システムは、さらに、評価における信頼の程度を改良するために様々な組合せの判定された独立のインジケーターを判定および／または推奨するように構成することができる。
【０７３３】
別の面によると、コンピューターシステムは、がん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)に対するインジケーターを評価するように特別に構成することができる。ある態様において、コンピューターシステムは、ＡＬＬおよび／またはＣＬＬに対するインジケーターを評価するように特別に構成することができる。システムは、多変量のモデルが相関されたインジケーターを排除する多変量のモデルを生成するように構成することができる。いくつかの例において、システムは、１つまたは複数のインジケーターを有する対象(例えば、患者)集団内で戻った試験結果の評価に応答して相関されたインジケーターを特定するように構成することができる。例えば、システムは、例えば、対象年齢、人種、性別および他のインジケーターの存在を含む様々なパラメーターを制御するために回帰モデル解析を遂行することができる。相関されたインジケーターの除外に応答して、システムは、１つまたは複数の独立のインジケーターのモデルを生成することができる。いくつかの態様において、システムは、１つまたは複数の独立のインジケーターの様々な組合せを選択するように構成することができ、さらに、それぞれの選択に関連する信頼レベルに関する情報を提示するために評価(例えば、直接組合せを評価することを含む)にアクセスすることができる。システムに選択されたモデルは、決定された信頼レベルで疾患活性における期待される変化を生成するように使用することができる。
【０７３４】
ある態様において、本開示は、メモリーと作動可能に連結した少なくとも１つのプロセッサーを含む、対象におけるがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を評価するためのシステムであって、この少なくとも１つのプロセッサーが、実行したときに、以下：
ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の遺伝子セットシグネチャーの測定値、ならびに以下：
表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＣＤ２７バイオマーカー、ＣＤ４５ＲＯバイオマーカー、ＰＤ−１バイオマーカー、ＬＡＧ−３バイオマーカー、ＴＩＭ−３バイオマーカー、ＩＬ２ＲＡバイオマーカー、ＩＬ２１バイオマーカー、ＣＤ４バイオマーカー、ＣＤ８バイオマーカー、ＴＨ１＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャー、ＴＨ２＋ヘルパーＴ細胞遺伝子セットシグネチャーおよびメモリーＴ細胞(例えば、ＣＤ８＋メモリーＴ細胞、例えば、ナイーブＴ細胞(ＴＮ)、例えばメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)、例えばセントラルメモリーＴ細胞(ＴＣＭ)、例えばエフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ))遺伝子セットシグネチャーにリストされているバイオマーカー
の１つまたは複数の組合せを含む応答者の状態の値を獲得し、応答者の状態の値の決定に応じて：
対象を完全応答者、部分応答者または非応答者と同定すること；
ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、例えば、ＣＴＬ０１９のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法)を推奨すること；
ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法の投薬の選択または変更または代わりの療法、例えば、特定のがんのための標準的な治療を推奨すること；
の１、２、３、４つ以上を実行するように構成されている、システムを提供する。
【０７３５】
ある態様において、本発明は、メモリーと作動可能に連結された少なくとも１つのプロセッサーを含む、対象においてがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を評価するためのシステムであって、この少なくとも１つのプロセッサーは、実行したとき：ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)遺伝子セットシグネチャーの測定値ならびに表１Ａ、表１Ｂ、表７Ａ、表７Ｂ、表８、表９、表１０、表１４、表１５、表１６(例えば、ＣＣＬ２０、ＩＬ−１７ａおよび／またはＩＬ−６)、表１７、表１８、表２０、ＰＤ−１、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２、ＣＤ６２ＬおよびＫＬＲＧ１にリストされているバイオマーカーの１つまたは複数の組合せを含む応答者の状態の値を獲得し；応答者の状態の値の決定に応じて：対象を完全応答者、部分応答者または非応答者と同定すること；ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、本明細書に記載されている、例えば、ＣＴＬ０１９ａのようなＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法)を推奨すること；ＣＡＲ発現細胞療法の投薬の選択または変更；または代わりの療法を推奨することの１、２、３、４つ以上を実行するように構成されている、システムを提供する。
【０７３６】
図１６は、本開示に従って様々な面および機能を実施することができる分散型コンピューターシステム２００のブロック図である。分散型コンピューターシステム２００は１つまたは複数のコンピューターシステムを含み得る。例えば、図示されているように、分散型コンピューターシステム２００は３つのコンピューターシステム２０２、２０４および２０６を含む。示されているように、コンピューターシステム２０２、２０４および２０６はコミュニケーションネットワーク２０８により相互に接続され、そのネットワークを通してデータを交換することができる。ネットワーク２０８は、それを通してコンピューターシステムがデータを交換することができるいかなるコミュニケーションネットワークも含み得る。ネットワーク２０８を介してデータを交換するために、コンピューターシステム２０２、２０４および２０６ならびにネットワーク２０８は、とりわけ、トークンリング、Ｅｔｈｅｒｎｅｔ、Ｗｉｒｅｌｅｓｓ  Ｅｔｈｅｒｎｅｔ、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ、無線通信、赤外線通信、ＴＣＰ／ＩＰ、ＵＤＰ、ＨＴＴＰ、ＦＴＰ、ＳＮＭＰ、ＳＭＳ、ＭＭＳ、ＳＳ２、ＪＳＯＮ、ＸＭＬ、ＲＥＳＴ、ＳＯＡＰ、ＣＯＲＢＡ  IIＯＰ、ＲＭＩ、ＤＣＯＭおよびＷｅｂ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓを含む様々な方法、プロトコールおよび標準を使用することができる。
【０７３７】
いくつかの態様に従って、対象においてがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を同定、治療するまたは予防するための論じられる機能および動作は、個別におよび／または組み合わせてコンピューターシステム２０２、２０４および２０６で遂行することができる。例えば、コンピューターシステム２０２、２０４および２０６は、例えば、患者集団に対して捕獲された治療データを解析することを含み得る共同動作への関与を支持する。１つの代替において、単一のコンピューターシステム(例えば、２０２)が、対象(例えば、患者)集団について捕獲された治療データを解析して、疾患活性に対する特徴付けモデルを開発するかおよび／または独立のインジケーターを確認することができる。コンピューターシステム２０２、２０４および２０６は携帯電話、スマートフォン、タブレット、等のようなパーソナルコンピューターを含み得、デスクトップコンピューター、ラップトップコンピューター、等も含み得る。
【０７３８】
本開示に従う様々な面および機能は、図１６に示されているコンピューターシステム２０２を含む１つまたは複数のコンピューターシステムを実行する専用のハードウェアまたはソフトウェアとして実行し得る。ある態様において、コンピューターシステム２０２は上に論じたプロセスおよび／または動作を遂行するように特別に構成された計算装置である。例えば、システムは、治療情報、診断情報、ならびに他の選択肢の中でもバイオマーカーおよび／または遺伝子インジケーターに関連する信頼レベルを提示するユーザーインターフェースを末端ユーザーに提供することができる。描かれているように、コンピューターシステム２０２は少なくとも１つのプロセッサー２１０(例えば、単一コアまたは多重コアプロセッサー)、メモリー２１２、バス２１４、入力／出力インターフェース(例えば、２１６)および記憶装置２１８を含む。プロセッサー２１０は、１つまたは複数のマイクロプロセッサーまたは他のタイプのコントローラーを含み得、データ(例えば、治療データ、試験データ等)を扱う一連の指示を実行することができる。示されているように、プロセッサー２１０は相互接続要素(例えば、バス２１４)によりメモリー２１２を含む他のシステム構成要素に接続される。
【０７３９】
メモリー２１２および／または記憶装置２１８はコンピューターシステム２０２の動作中プログラムおよびデータを保存するために使用され得る。例えば、メモリー２１２はダイナミックランダムアクセスメモリー(ＤＲＡＭ)またはスタティックメモリー(ＳＲＡＭ)のような比較的高性能の、揮発性の、ランダムアクセスメモリーであり得る。加えて、メモリー２１２は、ディスクドライブまたは他の非揮発性記憶装置、例えばフラッシュメモリー、半導体または相変化メモリー(ＰＣＭ)のようなデータを保存するためのあらゆるデバイスを含み得る。さらなる態様において、対象においてがん(例えば、ＡＬＬおよび／またはＣＬＬ)を同定、治療または予防することに関連して述べた機能および動作はメモリー２１２および／または記憶装置２１８からコンピューターシステム２０２で遂行されるアプリケーションに具現化することができる。
【０７４０】
コンピューターシステム２０２はまた入力装置、出力装置および組合せ入力／出力装置のような１つまたは複数のインターフェース２１６も含む。インターフェース２１６は入力を受け、出力を提供しまたは両方をし得る。記憶装置２１８は、プロセッサーにより遂行されるプログラムを規定する指示が保存されているコンピューターで読取りおよび書き込み可能な非揮発性のメモリー媒体を含み得る。記憶装置システム２１８はまた媒体上または内に記録されている情報も含み得、この情報はａｐｐｌｉカチオンアプリケーションによりプロセシングされ得る。様々な態様で使用することができる媒体は、例えば、とりわけ光ディスク、磁気ディスクまたはフラッシュメモリー、ＳＳＤを含み得る。
【０７４１】
さらに、本発明は特定のメモリーシステムまたは記憶装置システムに限定されない。対象においてがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を同定、治療または予防するための様々な機能を実施し得る１つのタイプのコンピューターシステムとしてコンピューターシステム２０２が例示されているが、本発明の面は図１６に示されているコンピューターシステムでの実行に限定されない。本発明に従う様々な面および機能は図１６に示されているのと異なるアーキテクチャまたは構成要素を有する１つまたは複数のコンピューターで実施することができる。
【０７４２】
いくつかの態様において、コンピューターシステム２０２は、コンピューターシステム２０２に含まれるハードウェアコンポーネントの少なくとも一部分(例えば、入力／出力装置、タッチスクリーン、カメラ等)を管理するオペレーティングシステムを含み得る。プロセッサー２１０のような１つまたは複数のプロセッサーまたはコントローラーが、とりわけ、Microsoft Corporationから入手可能なWindows系オペレーティングシステム(例えば、Ｗｉｎｄｏｗｓ  ＮＴ、ＭＥ、ＸＰ、Ｖｉｓｔａ、２、８またはＲＴ)、Apple Computerから入手可能なオペレーティングシステム(例えば、Ｓｙｓｔｅｍ  Ｘを含むＭＡＣ  ＯＳ)、多くのLinux系オペレーティングシステムディストリビューションの１つ(例えば、Red Hat Inc.から入手可能なEnterprise Linuxオペレーティングシステム)、Sun Microsystemsから入手可能なSolarisオペレーティングシステムまたは様々な起源から入手可能なＵＮＩＸオペレーティングシステムであり得るオペレーティングシステムを遂行し得る。パーソナルコンピューター用に設計されたオペレーティングシステム(例えば、ｉＯＳ、Ａｎｄｒｏｉｄ等)を含む多くの他のオペレーティングシステムを使用し得、態様はいかなる特定のオペレーティングシステムにも限定されない。
【０７４３】
１つの態様によると、プロセッサーとオペレーティングシステムは共に、アプリケーションが遂行され得るコンピュータープラットフォームを規定する。加えて、対象においてがん(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がん)を同定、治療または予防するための様々な機能は非定型の環境で実行され得る(例えば、ブラウザプログラムのウィンドウで眺めると、グラフィカル−ユーザーインターフェースの局面を見せるかまたは他の機能を実行する、ＨＴＭＬ、ＸＭＬまたはその他のフォーマットで作り出された文書)。さらに、本開示の面に従う様々な態様はプログラムされたまたはプログラムされてないコンポーネントまたはその任意の組合せとして実行され得る。このように、本開示は特定のプログラミング言語に限定されることはなく、いかなる適切なプログラミング言語も使用することができる。
【実施例】
【０７４４】
以下の実験的実施例を参照することにより本発明をさらに詳細に説明する。これらの実施例は例示の目的のみで提供されており、特に断らない限り限定する意図はない。従って、本発明はいかなる意味でも以下の実施例に限定されると解釈すべきでなく、むしろ、本明細書の教示の結果として明らかになる任意のあらゆる変形を包含すると解されるべきである。
【０７４５】
当業者は、さらなる説明なく、先行の説明および以下の例示の実施例を使用して、本発明の化合物を作製および利用し、また特許請求の範囲に記載の方法を実施することができると考えられる。以下の実施例は本発明の様々な面を特に指摘しており、本開示の残余をいかなる意味でも限定するとは解釈されない。
【０７４６】
実施例１：全ゲノムＲＮＡｓｅｑおよび不偏の特徴選択を使用する慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)および急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)におけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答を予測する新規な転写遺伝子シグネチャーの同定
本実施例は、本発明に従って使用される慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)および急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)におけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９療法)に対する患者の応答を予測する新規な転写遺伝子シグネチャーの同定を説明する。
特に、本実施例は、再注入に先立ってアフェレーシスおよび製造されたＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)における選択された遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルに基づく新規な転写遺伝子シグネチャーを説明する。
特に、本実施例は、本発明に従って使用されるＣＬＬおよびＡＬＬにおけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する患者の応答を予測する新規な転写遺伝子シグネチャーを発見するための不偏の特徴選択の方法を説明する。
【０７４７】
慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)および急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)においてＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法に対する患者の応答を予測する、再注入に先立つアフェレーシスおよび製造されたＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物サンプルにおけるｍＲＮＡ発現レベルに基づく新規な転写遺伝子シグネチャーが同定された。同定されたシグネチャーは、７つのＡＬＬ対象サンプルおよび２１のＣＬＬ対象サンプルを含む製造された産物サンプルの全ゲノムＲＮＡｓｅｑ研究で発見された。ＡＬＬ対象サンプル(全部で７つ)はＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法に対して完全な応答を有する対象(例えば、患者)から採取した。ＣＬＬ対象サンプル(全部で２１)は、次のように階層化された：生物学的なサンプルは、ＣＴＬ０１９療法に対する完全応答者(ＣＲ)である２人の患者、部分応答者(ＰＲ)である６人の患者および１３人の非応答者(ＮＲ)から採取した。次に、サンプルがアフェレーシス時に採取された上記患者のサブセットで転写遺伝子シグネチャーを調査した。製造された産物およびアフェレーシスサンプルで応答者を非応答者から区別するいくつかの転写遺伝子シグネチャーが発見されたが、これらについては実施例２でさらに説明する。製造された産物を有する健常ドナーサンプル(すなわち、参照サンプル)が獲得され、参照レベルとして使用した。
次に、様々なデータ分析手法：１)不偏の特徴選択；２)遺伝子セット分析；および３)目的の選択された遺伝子の差次的発現分析を使用して新規な遺伝子シグネチャーを発見した。遺伝子セット分析(２)および差次的発現分析(３)は実施例２でさらに詳細に論じる。
【０７４８】
不偏の特徴選択に由来する新規な遺伝子シグネチャーは、どの遺伝子がＣＲとＮＲでおよびＣＲとＰＲで異なって発現されるか決定することによって発見された。遺伝子は、それらの差次的発現が統計的に有意で、ＦＤＲのｐ値のカットオフが０.１であれば異なって発現すると定義された。ＣＲ対ＮＲの比較(Ｎ＝１２８)およびＣＲ対ＰＲの比較(Ｎ＝３４)に対する遺伝子リストを表１Ａ−Ｂにまとめて示す。
特定の理論に縛られることは望まないが、これらのデータは、アフェレーシスまたはＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物(例えば、ＣＴＬ０１９)におけるＴ細胞の分化状態が対象の応答(すなわち、ＣＲ、ＰＲまたはＮＲ)と相関することを示す。ＣＲからのＴ細胞に対する転写遺伝子シグネチャーはより非刺激／未分化状態にある。さらに、メモリーＴ細胞サブセットはＣＲ対ＮＲで異なって富化され、ＣＲはナイーブＴ細胞(ＴＮ)およびＴメモリー幹細胞(ＴＳＣＭ)に類似性を示す。ナイーブＴ細胞(ＴＮ)からメモリーＴ細胞サブセット段階を経てエフェクターメモリーＴ細胞(ＴＥＭ)へと進行する様子を示す代表的な概略図を図３に示す。
【０７４９】
ＣＴＬ０１９療法に対する完全応答者は、同時刺激分子ＣＤ２７を発現するが抗原を経験したＴ細胞マーカーＣＤ４５ＲＯを欠くＣＤ８＋Ｔ細胞を、非応答者に比較して有意により高い％を有する。ある態様において、この区別の閾値は、ＣＤ８＋集団において７％のＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−細胞であった。ある態様において、完全応答者は、ＣＤ８＋集団における７％以上のＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−細胞と定義される。特定の理論に縛られることは望まないが、ＣＴＬ０１９サンプルにおけるメモリーＴ細胞の状態は応答の主要な成分のようである(図３)。
【０７５０】
これらのデータは、ＣＲがむしろ休止ＴＥＦＦ細胞、休止ＴＲＥＧ細胞、ナイーブＣＤ４細胞、刺激されていないメモリー細胞および初期メモリーＴ細胞に近い一方で、ＮＲがむしろ活性化したＴＥＦＦ細胞、活性化したＴＲＥＧ細胞、活性化したＴＨ１およびＴＨ２細胞、刺激されたメモリー細胞および後期Ｔメモリー細胞に近いことを示している。
【０７５１】
【表２０】
2018501463.tif 000023
【表２１】
2018501463.tif 000024
【表２２】
2018501463.tif 000025
【０７５２】
【表２３】
2018501463.tif 000026
【０７５３】
実施例２：遺伝子セット分析および差次的発現分析を使用する慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)および急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)におけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の応答を予測する新規な転写遺伝子シグネチャーの同定
本実施例は、本発明に従って使用されるＣＬＬおよびＡＬＬにおけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する患者の応答を予測する新規な転写遺伝子シグネチャーの同定を説明する。
特に、本実施例は、本発明に従って使用される新規な転写遺伝子シグネチャーを発見するための遺伝子セット分析の方法を説明する。
とりわけ、本実施例は、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する患者の応答を予測する、遺伝子セット分析に基づく新規な転写遺伝子シグネチャーについて説明する。遺伝子セット分析は、実施例１に記載されている遺伝子セットに対して、また３つの追加のデータセットからの遺伝子セットを用いて実施された。図２Ａは、全ゲノムＣＴＬ０１９ＲＮＡｓｅｑ解析で分析されたサンプルの数を比較する代表的なヒストグラムを示す。ｐ＝産物；ａ＝アフェレーシス。遺伝子セットは、(１)Ｓｚａｂｏらによる遺伝子セットに基づく追加の実験(本明細書に記載されている)；(２)ＡｂｂａｓらによりGENOME RESEARCH 2005に公表された遺伝子セット；および(３)ＧａｔｔｉｎｏｎｉらによりNATURE MEDICINE 2011に公表された遺伝子セットから調達された。これらの遺伝子セットの各々については以下にさらに詳細に説明する。
【０７５４】
遺伝子セット分析に使用されたＳｚａｂｏらの遺伝子セットを表２に示す。ヒトＣＤ４＋Ｔ細胞はＰＢＭＣ(５人の正常なドナー、男性、年齢１８−２８、アレルギーまたは感染は知られていない)から精製された。ＣＤ４＋ＣＤ２５＋(Ｔｒｅｇ)およびＣＤ４＋ＣＤ２５−(Ｔエフェクター)Ｔ細胞を単離し、抗ＣＤ３／ＣＤ２８を０または１６時間刺激して、４つの条件：(１)Ｔｒｅｇ０時間；(２)Ｔｒｅｇ１６時間；(３)Ｔエフェクター０時間；および(４)Ｔエフェクター１６時間を作り出した。各々の条件について２つの遺伝子セットが誘導された：すなわち、その条件で発現レベルが他のすべてのものに対して上方調節された１つの遺伝子セットおよびその条件で発現レベルが他のすべてのものに対して下方調節された別の遺伝子セットである。各々の遺伝子セット内の遺伝子の数は変化倍率カットオフによって決定された(表２参照)。
【０７５５】
【表２４】
2018501463.tif 000027
【０７５６】
０ｈのＴｅｆｆと比較してＴｒｅｇにおいて下方調節される表２に従う例示的な遺伝子は、ＡＢＣＢ１、ＡＣＳＬ６、ＡＤＡＭＴＳ１０、ＡＤＤ２、ＡＩＦ１、ＡＩＦ１、ＡＩＦ１、ＡＩＦ１、ＡＫ５、ＡＫＲ１Ｅ２、ＡＬＳ２ＣＬ、ＡＮＫ３、ＡＮＫＲＤ５５、ＡＰＢＡ２、ＡＲＥＧ、ＡＴＨＬ１、ＡＸＩＮ２、Ｂ４ＧＡＬＮＴ４、ＢＡＣＨ２、ＢＣＬ７Ａ、ＢＥＮＤ５、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＰＧＭ、Ｃ１０ｏｒｆ４７、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１ｏｒｆ２２８、Ｃ２ｏｒｆ８９、ＣＡ６、ＣＡＣＨＤ１、ＣＡＣＮＡ１Ｉ、ＣＣＬ５、ＣＥＬＡ１、ＣＨＤ７、ＣＨＩ３Ｌ２、ＣＯＬ１８Ａ１、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＲ２、ＣＹＢ５６１、ＣＹＳＬＴＲ１、Ｄ４Ｓ２３４Ｅ、ＤＡＣＴ１、ＤＥＮＮＤ５Ａ、ＤＨＲＳ３、ＤＬＧ４、ＤＬＬ１、ＤＰＹＳＬ４、ＤＳＣ１、ＥＤＡＲ、ＥＭＲ１、ＥＭＲ４Ｐ、ＥＮＣ１、ＥＰＨＡ１、ＦＣＧＢＰ、ＦＨＩＴ、ＧＡＤＤ４５Ｇ、ＧＩＰＣ３、ＧＩＰＣ３、ＧＰＲ１２５、ＧＰＲ１６０、Ｈ１Ｆ０、ＨＤＧＦＲＰ３、ＨＩＰＫ２、ＩＦＩＴＭ５、ＫＣＮＱ１、ＫＬＦ５、ＫＬＨＬ２９、ＫＲＴ７２、ＫＲＴ７３、ＬＡＳＳ６、ＬＲＲＣ２４、ＭＡＮ１Ｃ１、ＭＥ３、ＭＭＰ２８、ＭＴＵＳ１、ＮＢＬ１、ＮＥＬＬ２、ＮＥＯ１、ＮＫＧ７、ＮＬＲＰ６、ＮＭＥ４、ＮＯＧ、ＮＯＳＩＰ、ＮＰＡＳ２、ＮＲＣＡＭ、ＯＢＳＣＮ、ＯＳＢＰＬ５、ＰＣＳＫ５、ＰＤＺＤ４、ＰＥＣＡＭ１、ＰＬＬＰ、ＰＬＸＤＣ１、ＰＰＦＩＢＰ２、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＴＫ２、ＲＨＯＢ、ＲＭＲＰ、ＲＮＦ１５７、ＳＡＴＢ１、ＳＣＭＬ４、ＳＤＫ２、ＳＥＣ１４Ｌ２、ＳＥＣ１４Ｌ２、ＳＬＣ１５Ａ３、ＳＬＣ２２Ａ１７、ＳＬＣ２２Ａ２３、ＳＬＣ４０Ａ１、ＳＮＴＢ１、ＳＯＲＢＳ３、ＳＯＸ８、ＳＴ６ＧＡＬＮＡＣ１、ＴＣＦ７、ＴＣＦ７、ＴＨＥＭＩＳ、ＴＭＩＧＤ２、ＶＩＰＲ１、ＷＮＴ１０Ｂ、ＷＮＴ７Ａ、ＺＮＦ４６７、ＺＮＦ５１６およびＺＮＦ６０９を含む。
【０７５７】
１６ｈのＴｅｆｆと比較してＴｒｅｇにおいて下方調節される表２に従う例示的な遺伝子は、ＩＬ２、ＴＮＦＳＦ８、ＮＥＬＬ２、Ｇ０Ｓ２、ＩＲＦ８、ＩＦＮＧ、ＩＧＦＢＰ４、ＧＰＲ１２５、ＣＤ２００、ＧＰＲ８１、ＡＤＤ２、ＩＬ２１、ＳＮＯＲＤ８６、ＴＭＣＣ２、Ｃ１ｏｒｆ２２８、ＳＬＣ１５Ａ３、ＩＬ２２、ＬＲＲＮ３、ＧＰＲ１７１、ＦＡＳＬＧ、ＧＺＭＨ、ＮＨＳ、ＭＣＯＬＮ２、ＢＡＣＨ２、ＴＡＧＡＰ、ＭＰＺＬ２、ＰＲＡＧＭＩＮ、ＤＡＣＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＳＬＡＭＦ６、ＰＨＧＤＨ、ＣＳＦ２、ＰＲＳＳ２３、ＵＨＲＦ１、ＰＬＡＣ８、ＩＳＭ１、ＢＴＬＡ、ＣＤＣ２０、ＧＦＯＤ１、ＨＳＤ１１Ｂ１、ＭＥ３、ＺＮＦ７０４、ＤＨＲＳ３、ＣＸＣＬ１３、ＣＣＮＤ１、ＮＢＬ１、ＣＲＴＡＭ、ＭＡＰ６Ｄ１、Ｈ１Ｆ０、ＣＤＴ１、ＣＣＬ４、ＬＩＦ、ＣＤ８４、ＴＲＡＴ１、ＭＩＲ１５５、ＳＬＡＭＦ７、ＡＩＦ１、ＡＩＦ１、ＡＩＦ１、ＡＩＦ１、ＰＲＧ４、ＶＷＣＥ、ＣＨＥＫ１、ＳＨ２Ｄ４Ａ、ＭＣＭ１０、ＲＨＯＵ、ＮＰＡＳ２、ＮＦＩＸ、ＳＴＡＰ１、ＤＴＬ、Ｃ１６ｏｒｆ５９、ＣＳＤＡ、ＧＩＮＳ２、ＦＡＭ１１７Ｂ、ＡＢＣＢ１、ＣＬＣ、ＰＨＥＸ、ＧＤＦ１０、ＲＡＢ１３、ＢＣＬ７Ａ、ＭＡＭＬＤ１、ＳＨＦ、ＬＰＩＮ２、ＡＨＩ１、ＣＣＮＤ３、ＨＤＧＦＲＰ３、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＰＶＲ、ＣＤＣＡ５、ＲＲＡＳ２、ＳＩＰＡ１Ｌ２、ＲＡＳＬ１０Ｂ、ＧＡＬ、ＳＮＯＲＤ８８Ｃ、ＳＮＯＲＤ１８Ｂ、ＣＤＣ６、ＳＲＤ５Ａ３、ＯＲＣ６Ｌ、Ｂ３ＧＮＴ５、ＡＮＫ３、ＭＣＭ２、ＭＩＲ２５、ＲＨＯＢＴＢ３、ＴＮＦ、ＴＥＲＴ、ＣＳＤＡＰ１、ＣＣＤＣ６４、ＣＤＣ２５Ａ、ＺＮＦ３６７、ＭＣＭ７、ＣＡＳＰ１０、ＬＴＡ、ＭＣＭ４、ＡＦＦ３、ＦＭＮＬ２、ＴＮＦＲＳＦ２１、ＡＸＩＮ２、ＣＨＤ７、ＦＡＢＰ５、ＸＲＣＣ２、ＣＧＲＥＦ１、ＣＣＬ４Ｌ１、ＣＣＬ４Ｌ２、Ｂ４ＧＡＬＮＴ４、ＤＳＣＣ１、ＣＤ９７、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＥＰＢ４１Ｌ３、ＭＹＯ１Ｂ、ＯＲＣ１Ｌ、ＣＨＭＬ、ＺＷＩＮＴ、ＭＡＤ２Ｌ１、ＮＤＳＴ１、Ｃ１１ｏｒｆ８２、ＢＥＧＡＩＮ、ＣＤ５５およびＦＡＢＰ５Ｌ３を含む。
【０７５８】
１６ｈ対０ｈのＴｅｆｆにおいて下方調節される表２に従う例示的な遺伝子は、ＡＢＣＡ７、ＡＢＣＧ１、ＡＢＴＢ１、ＡＣＣＳ、ＡＤＡＭＴＳ１０、ＡＤＤ３、ＡＫ５、ＡＬＳ２ＣＬ、ＡＭＴ、ＡＮＫＲＤ５５、ＡＮＸＡ１、ＡＱＰ３、ＡＲＥＧ、ＡＲＬ４Ｃ、ＡＲＲＤＣ２、ＡＲＲＤＣ３、ＢＢＣ３、ＢＣＬ９Ｌ、ＢＩＮ２、ＢＮＩＰ３Ｌ、ＢＴＧ１、ＢＴＮ３Ａ１、Ｃ１０ｏｒｆ１１０、Ｃ１１ｏｒｆ２１、Ｃ１１ｏｒｆ３５、Ｃ１４ｏｒｆ１８１、Ｃ１６ｏｒｆ５４、Ｃ１６ｏｒｆ７４、Ｃ１７ｏｒｆ１０８、Ｃ１ｏｒｆ１６２、Ｃ１ＱＴＮＦ６、Ｃ２０ｏｒｆ１１１、Ｃ２０ｏｒｆ１１２、Ｃ５ｏｒｆ３９、Ｃ５ｏｒｆ４１、Ｃ５ｏｒｆ４１、ＣＡＣＮＡ１Ｉ、ＣＡＰＳ、ＣＢＸ４、ＣＣＮＬ１、ＣＤＣ１４Ａ、ＣＤＣ４２ＢＰＧ、ＣＥＣＲ１、ＣＦＰ、ＣＨＩ３Ｌ２、ＣＩＴＥＤ４、ＣＬＫ１、ＣＲＩＰ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＴＳＦ、ＣＴＳＷ、ＣＸＣＲ４、ＣＹＴＨ４、ＤＣＨＳ１、ＤＤＩＴ３、ＤＤＸ６０Ｌ、ＤＩＳＣ１、ＤＩＳＣ１、ＤＩＳＣ１、ＤＩＳＣ１、ＤＰＥＰ２、ＤＰＹＤ、ＤＵＳＰ１、ＤＵＳＰ８、ＥＤＡＲ、ＥＭＲ４Ｐ、ＥＰＨＡ４、ＥＰＨＸ１、ＥＰＨＸ２、ＥＲＭＮ、ＥＲＰ２７、ＥＶＩ２Ｂ、ＦＡＭ１３Ａ、ＦＡＭ１３ＡＯＳ、ＦＡＭ４６Ｃ、ＦＡＭ６５Ｂ、ＦＢＸＯ３２、ＦＨＩＴ、ＦＬＴ３ＬＧ、ＦＯＳ、ＦＯＳＢ、ＦＲＡＴ１、ＦＹＢ、ＧＡＢＡＲＡＰＬ１、ＧＡＢＡＲＡＰＬ３、ＧＡＤＤ４５Ｂ、ＧＯＬＧＡ７Ｂ、ＧＰＡ３３、ＧＰＲＡＳＰ１、ＧＲＡＳＰ、ＧＳＴＭ２、ＧＺＭＡ、ＧＺＭＫ、ＨＢＰ１、ＨＥＲＰＵＤ２、ＨＩＳＴ１Ｈ１Ｃ、ＨＩＳＴ１Ｈ３Ａ、ＨＰＣＡＬ４、ＨＳＤ１７Ｂ１１、ＩＤ１、ＩＤＵＡ、ＩＥＲ２、ＩＦＩ４４、ＩＬ１０ＲＡ、ＩＬ１１ＲＡ、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＩＲＳ２、ＩＴＧＡ６、ＪＭＹ、ＪＵＮ、ＪＵＮＢ、ＪＵＮＤ、ＫＣＮＱ１、ＫＩＡＡ１３７０、ＫＩＡＡ１６８３、ＫＬＦ２、ＫＬＦ３、ＫＬＦ４、ＫＬＦ５、ＫＬＦ６、ＫＬＨＬ２４、ＫＬＨＬ３、ＫＬＲＢ１、ＫＲＴ７２、ＫＲＴ７３、ＬＩＭＥ１、ＬＯＣ１００１２８０７１、ＬＯＣ１００２８９５１１、ＬＯＣ２８２９９７、ＬＯＣ２８３０７０、ＬＯＣ３３８７９９、ＬＯＣ７２８３９２、ＬＴＢＰ３、ＭＡＬ、ＭＡＰ２Ｋ６、ＭＤＳ２、ＭＥＧＦ６、ＭＥＧＦ６、ＭＦＧＥ８、ＭＩＲ１９０９、ＭＭＰ２８、ＭＯＡＰ１、ＭＸＤ４、ＭＹＡＤＭ、ＭＹＬＩＰ、ＭＹＯ１５Ｂ、ＮＦＫＢＩＺ、ＮＬＲＣ３、ＮＬＲＰ１、ＮＯＧ、ＮＲ１Ｄ２、ＮＲ１Ｄ２、ＮＲ３Ｃ２、Ｐ２ＲＹ８、ＰＢＸＩＰ１、ＰＣＳＫ５、ＰＤＥ４Ｄ、ＰＤＺＤ４、ＰＥＲ１、ＰＧＡＭ２、ＰＧＣＰ、ＰＨＦ１、ＰＨＦ１、ＰＩＫ３ＩＰ１、ＰＩＫ３Ｒ５、ＰＩＭ１、ＰＩＯＮ、ＰＬＣＤ１、ＰＬＣＨ２、ＰＬＣＬ１、ＰＬＥＫＨＢ１、ＰＬＫ２、ＰＬＸＤＣ１、ＰＮＲＣ１、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＰｒｏＳＡＰｉＰ１、ＲＡＢ３７、ＲＡＰ１ＧＡＰ２、ＲＡＲＲＥＳ３、ＲＡＳＡ３、ＲＡＳＧＲＰ２、ＲＥＭ２、ＲＧＳ１、ＲＧＳ２、ＲＮＦ１２５、ＳＡＭＤ３、ＳＣＭＬ４、ＳＥＣ３１Ｂ、ＳＩＧＩＲＲ、ＳＩＫ１、ＳＬＣ２Ａ３、ＳＬＣ２Ａ４ＲＧ、ＳＬＣ２Ａ４ＲＧ、ＳＬＣ９Ａ９、ＳＬＦＮ５、ＳＭＡＤ７、ＳＭＰＤ１、ＳＮＯＲＡ１１、ＳＯＲＬ１、ＳＯＸ４、ＳＵＬＴ１Ｂ１、ＳＹＮＥ１、ＳＹＴＬ１、ＴＣＥＡ３、ＴＣＦ７、ＴＣＦ７、ＴＣＰ１１Ｌ２、ＴＨＥＭＩＳ、ＴＭＣ８、ＴＭＥＭ６３Ａ、ＴＭＥＭ７１、ＴＭＩＧＤ２、ＴＮＦＡＩＰ３、ＴＮＮＴ３、ＴＰ５３ＩＮＰ２、ＴＰＭ２、ＴＲＡＮＫ１、ＴＲＩＢ２、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＴＳＰＡＮ１８、ＴＳＰＡＮ１８、ＴＳＰＡＮ３２、ＴＳＳＫ３、ＴＸＫ、ＴＸＮＩＰ、ＵＮＣ８４Ｂ、ＵＴＲＮ、ＶＩＰＲ１、ＶＳＩＧ１、ＶＳＩＧ１、ＷＨＡＭＭ、ＷＮＴ１０Ｂ、ＷＮＴ７Ａ、ＸＡＦ１、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ１、ＹＰＥＬ２、ＹＰＥＬ３、ＹＰＥＬ５、ＺＢＰ１、ＺＢＴＢ１０、ＺＦＰ３６、ＺＦＰ３６Ｌ２、ＺＭＡＴ１、ＺＮＦ３３１およびＺＮＦ８１５を含む。
【０７５９】
１６ｈＦＣのＴｒｅｇ対Ｔｅｆｆで上方調節される表２に従う例示的な遺伝子は、ＺＢＴＢ３２、ＬＲＲＣ３２、ＳＴＡＭＢＰＬ１、ＳＮＸ１０、ＬＯＣ３８９３３３、ＺＮＦ１９３、ＧＣＮＴ１、ＦＡＳ、ＧＫ３Ｐ、ＮＴＲＫ１、ＦＲＥＱ、ＩＬ１Ｒ１、ＣＲＡＤＤ、ＧＮＡ１５、ＲＡＢ３３Ａ、ＩＬ１８Ｒ１、ＣＸ３ＣＲ１、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＡＰＯＢＥＣ３Ｇ、ＦＯＸＰ３、ＳＥＰＴ１１、ＣＤ７０、ＩＬ１ＲＬ１、ＮＩＰＡ１、ＰＡＮＸ２、ＣＨＳＴ２、ＮＥＤＤ９、ＡＣＯＴ９、ＰＤＧＦＡ、ＭＡＳＴ４、ＴＮＦＲＳＦ８、ＰＨＬＰＰ１、ＩＬ２ＲＢ、ＣＴＬＡ４、ＳＹＴＬ３、ＺＣ３Ｈ１２Ｃ、ＰＴＰＲＪ、ＵＢＡＳＨ３Ｂ、ＭＥＴＲＮＬ、ＰＲＤＭ１、ＳＥＰＴ３、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＷＮＴ１０Ａ、ＣＣＲ８、Ｃ１８ｏｒｆ１、ＣＳＦ１、ＣＤ８０、ＧＡＬＮＴ４、ＧＡＬＮＴ４、ＩＬ１ＲＬ２、ＡＤＰＲＨ、ＺＮＦ２８２、ＡＰＯＢＥＣ３Ｃ、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＥＰＡＳ１、ＲＢＫＳ、ＫＡＴ２Ｂ、Ｃ９ｏｒｆ１６７、ＴＹＭＰ、ＩＬ１ＲＡＰ、Ｃ２ＣＤ４Ａ、ＣＤ６８、ＡＢＨＤ４、ＭＩＣＡＬ２、Ｃ６ｏｒｆ１４５、ＤＵＳＰ１６、ＬＲＩＧ１、ＣＡＳＫ、ＥＰＳＴＩ１、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＩＧＳＦ３、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＭＡＦ、ＣＤ５８、ＫＬＨＤＣ７Ｂ、ＺＢＴＢ３８、ＬＡＹＮ、ＩＬ１Ｒ２、ＨＩＰ１、ＩＴＧＢ８、ＩＴＧＢ８、ＩＫＺＦ２、ＬＧＭＮ、ＸＩＲＰ１、ＧＰＲ１９、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＰＲＦ１、ＪＡＫＭＩＰ１、ＭＧＣ２９５０６、ＡＤＡＭ８、ＨＬＦ、ＣＯＬ９Ａ２、ＮＤＲＧ１、ＳＡＭＨＤ１、ＡＫＡＰ５、ＲＮＦ２１３、ＲＮＦ２１３、ＡＰＡＦ１、ＳＴＸ１Ａ、ＳＳＨ１、ＳＳＨ１、ＣＣＲＬ２、ＣＣＲ６、ＣＳＦ２ＲＢ、ＨＡＶＣＲ２、ＫＬＦ５、ＭＸ１、ＡＣＴＡ２、ＯＡＳ３、ＥＭＰ１、ＣＴＮＮＡＬ１、ＭＧＣ１２９１６、ＣＣＬ１７、ＦＯＳＬ２、ＳＡＴ１、ＴＲＰＶ２、ＰＲＩＣ２８５、ＳＯＣＳ２、ＥＴＶ７、ＴＩＧＩＴ、ＲＡＳＡＬ１、ＯＰＴＮ、ＭＧＳＴ２、ＧＰＲ６８、ＭＹＯ１Ｇ、ＰＴＰＬＡ、ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ、ＡＮＸＡ２、ＩＲＦ５、Ｃ１４ｏｒｆ１３９、ＣＡＰＮ２、ＬＦＮＧ、ＩＬ１２ＲＢ１、ＭＹＯ１Ｅ、ＧＬＲＸ、ＤＥＮＮＤ３、ＡＮＸＡ２Ｐ２、ＮＱＯ１、Ｃ１０ｏｒｆ１２８、ＡＮＴＸＲ２、ＡＮＴＸＲ２、ＳＬＣ２６Ａ１１、ＦＬＶＣＲ２、ＰＲＥＸ１、ＳＬＣ２Ａ８、ＣＤＫＮ２Ａ、ＴＭＥＭ１４９、ＳＹＴ１１、ＴＯＸ、ＴＯＸ２、ＦＵＴ７、ＡＮＸＡ２Ｐ１、ＦＡＭ１２９Ｂ、ＤＦＮＢ３１、ＴＭＰＲＳＳ６、ＩＬ１ＲＮ、ＩＳＧ１５、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＦＡＭ１２９Ａ、ＴＳＴ、ＨＤＡＣ９、ＴＭＥＭ１１０、ＳＭＰＤ１、ＣＤＫＮ１Ａ、Ｃ１７ｏｒｆ６７、ＡＮＸＡ２Ｐ３、ＭＰＳＴ、ＩＲＦ７、ＬＭＣＤ１、ＳＮＸ２４、ＨＭＯＸ１、ＡＴＰ２Ｂ４、ＦＣＥＲ２、ＨＰＧＤ、ＲＡＳＧＲＰ４、ＦＡＭ１６４Ａ、ＩＦＩ６、ＦＡＭ１１０Ｃ、ＸＫＲＸ、ＰＢＸ４、ＮＴＮＧ２、ＣＳＴ７、ＢＡＳＰ１、Ｃ１４ｏｒｆ４９、ＧＬＩＰＲ１、ＤＨＲＳ２、ＴＷＩＳＴ１、ＳＰＳＢ１、ＣＹＴＨ４、ＣＡＤＭ１、ＩＴＩＨ４、ＬＯＣ５４１４７１、ＣＧＡ、ＬＯＣ６４５１６６、ＰＡＲＰ１２、ＮＩＮＪ２、ＭＩＣＡＬ１、ＯＡＳ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＬＧＡＬＳ３、ＯＡＳＬ、ＣＯＲＯ２Ａ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＫＩＡＡ１３７０、ＨＥＲＣ６、ＳＴＡＣ、ＭＳＣ、ＣＣＲ５、ＳＵＯＸ、ＲＨＯＣ、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＰＤＥ４Ａ、ＬＯＣ１００３０２６５０、ＸＡＦ１、ＦＣＲＬ３、ＲＴＫＮ２、ＧＬＩＰＲ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＩＬ１３、Ｐ２ＲＹ１０、ＩＬ１０、ＣＸＣＲ６、ＬＳＰ１、ＡＣＰ５、ＳＬＣ１Ａ４、ＦＸＹＤ７、ＴＲＩＢ２、ＬＭＮＡ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＭＥＯＸ１、ＬＧＡＬＳ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＩＬ１０ＲＡ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＡＲＤ１６、ＩＬ５、ＲＧＳ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＡＫＲ１Ｃ３、ＩＬ４、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＧＰＲ５５、ＡＱＰ３、ＭＵＳＴＮ１、Ｐ２ＲＹ８、ＦＡＮＫ１、ＩＬ９、ＣＣＮＧ２、ＡＤＡＭ１２、ＬＯＣ６５４３４２、ＩＬ１７Ａ、ＰＰＰ２Ｒ２ＢおよびＦＡＭ４６Ｃを含む。
【０７６０】
０ｈＦＣ４のＴｒｅｇ対Ｔｅｆｆで上方調節される表２に従う例示的な遺伝子は、Ｃ１２ｏｒｆ７５、ＳＥＬＰＬＧ、ＳＷＡＰ７０、ＲＧＳ１、ＰＲＲ１１、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＳＰＡＴＳ２Ｌ、ＴＳＨＲ、Ｃ１４ｏｒｆ１４５、ＣＡＳＰ８、ＳＹＴ１１、ＡＣＴＮ４、ＡＮＸＡ５、ＧＬＲＸ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＰＭＣＨ、ＲＡＢ１１ＦＩＰ１、ＩＬ３２、ＦＡＭ１６０Ｂ１、ＳＨＭＴ２、ＦＲＭＤ４Ｂ、ＣＣＲ３、ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ、ＮＴＮＧ２、ＣＬＤＮＤ１、ＢＡＲＤ１、ＦＣＥＲ１Ｇ、ＴＹＭＳ、ＡＴＰ１Ｂ１、ＧＪＢ６、ＦＧＬ２、ＴＫ１、ＳＬＣ２Ａ８、ＣＤＫＮ２Ａ、ＳＫＡＰ２、ＧＰＲ５５、ＣＤＣＡ７、Ｓ１００Ａ４、ＧＤＰＤ５、ＰＭＡＩＰ１、ＡＣＯＴ９、ＣＥＰ５５、ＳＧＭＳ１、ＡＤＰＲＨ、ＡＫＡＰ２、ＨＤＡＣ９、ＩＫＺＦ４、ＣＡＲＤ１７、ＶＡＶ３、ＯＢＦＣ２Ａ、ＩＴＧＢ１、ＣIIＴＡ、ＳＥＴＤ７、ＨＬＡ−ＤＭＡ、ＣＣＲ１０、ＫＩＡＡ０１０１、ＳＬＣ１４Ａ１、ＰＴＴＧ３Ｐ、ＤＵＳＰ１０、ＦＡＭ１６４Ａ、ＰＹＨＩＮ１、ＭＹＯ１Ｆ、ＳＬＣ１Ａ４、ＭＹＢＬ２、ＰＴＴＧ１、ＲＲＭ２、ＴＰ５３ＩＮＰ１、ＣＣＲ５、ＳＴ８ＳＩＡ６、ＴＯＸ、ＢＦＳＰ２、ＩＴＰＲＩＰＬ１、ＮＣＡＰＨ、ＨＬＡ−ＤＰＢ２、ＳＹＴ４、ＮＩＮＪ２、ＦＡＭ４６Ｃ、ＣＣＲ４、ＧＢＰ５、Ｃ１５ｏｒｆ５３、ＬＭＣＤ１、ＭＫＩ６７、ＮＵＳＡＰ１、ＰＤＥ４Ａ、Ｅ２Ｆ２、ＣＤ５８、ＡＲＨＧＥＦ１２、ＬＯＣ１００１８８９４９、ＦＡＳ、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＳＥＬＰ、ＷＥＥ１、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＦＣＲＬ１、ＩＣＡ１、ＣＮＴＮＡＰ１、ＯＡＳ１、ＭＥＴＴＬ７Ａ、ＣＣＲ６、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＡＮＸＡ２Ｐ３、ＳＴＡＭ、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＬＧＡＬＳ１、ＡＮＸＡ２、ＰＩ１６、ＤＵＳＰ４、ＬＡＹＮ、ＡＮＸＡ２Ｐ２、ＰＴＰＬＡ、ＡＮＸＡ２Ｐ１、ＺＮＦ３６５、ＬＡＩＲ２、ＬＯＣ５４１４７１、ＲＡＳＧＲＰ４、ＢＣＡＳ１、ＵＴＳ２、ＭＩＡＴ、ＰＲＤＭ１、ＳＥＭＡ３Ｇ、ＦＡＭ１２９Ａ、ＨＰＧＤ、ＮＣＦ４、ＬＧＡＬＳ３、ＣＥＡＣＡＭ４、ＪＡＫＭＩＰ１、ＴＩＧＩＴ、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＩＫＺＦ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＦＡＮＫ１、ＲＴＫＮ２、ＴＲＩＢ１、ＦＣＲＬ３およびＦＯＸＰ３を含む。
【０７６１】
１６ｈ対０ｈのＴｅｆｆにおいて上方調節される表２に従う例示的な遺伝子は、ＡＡＲＳ、ＡＢＣＦ２、ＡＣＯＴ７、ＡＣＴＬ６Ａ、ＡＨＳＡ１、ＡＩＭ２、ＡＩＭＰ２、ＡＬＡＳ１、ＡＬＤＨ１Ｂ１、ＡＮＫＲＤ１３Ｂ、ＡＰＯＬ１、ＡＲＭＣＸ３、ＡＳＰＨＤ２、Ｂ３ＧＮＴ５、Ｂ４ＧＡＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ５、ＢＡＴＦ、ＢＡＴＦ３、ＢＣＡＴ２、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＯＰ１、ＢＴＬＡ、ＢＹＳＬ、Ｃ１１ｏｒｆ７５、Ｃ１５ｏｒｆ２３、Ｃ１５ｏｒｆ６３、Ｃ１６ｏｒｆ５９、Ｃ１７ｏｒｆ７９、Ｃ１７ｏｒｆ９６、Ｃ１ｏｒｆ１６３、Ｃ３ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ４３、Ｃ８ｏｒｆ３０Ａ、Ｃ９ｏｒｆ６４、ＣＡＤ、ＣＢＲ１、ＣＣＤＣ５６、ＣＣＤＣ８６、ＣＣＬ２０、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＬ３Ｌ３、ＣＣＬ４、ＣＣＬ４Ｌ１、ＣＣＬ４Ｌ２、ＣＣＮＢ１、ＣＣＮＤ２、ＣＣＴ３、ＣＣＴ５、ＣＣＴ６Ａ、ＣＣＴ７、ＣＤ１０９、ＣＤ２００、ＣＤ２７４、ＣＤ３ＥＡＰ、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＤ８２、ＣＤＣ２０、ＣＤＣ４５Ｌ、ＣＤＣ６、ＣＤＫ４、ＣＤＴ１、ＣＥＮＰＭ、ＣＥＴＮ３、ＣＨＡＣ２、ＣＨＥＫ１、ＣＩＳＤ１、ＣＩＳＨ、ＣＫＳ１Ｂ、ＣＯＰＢ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＣＳＦ２、ＣＴＮＮＡ１、ＣＴＰＳ、ＣＴＴＮ、ＤＡＲＳ２、ＤＣＡＦ１２、ＤＣＴＰＰ１、ＤＨＣＲ２４、ＤＫＣ１、ＤＴＬ、Ｅ２Ｆ１、ＥＢＮＡ１ＢＰ２、ＥＣＥ２、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＥＦ１Ｅ１、ＥＧＲ２、ＥＩＦ２Ｂ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＥＩＦ５Ｂ、ＥＩＦ６、ＥＮＯ１、ＥＳＰＬ１、ＥＸＯＳＣ３、ＥＸＯＳＣ４、Ｆ５、Ｆ５、ＦＡＢＰ５、ＦＡＢＰ５Ｌ３、ＦＡＤＳ１、ＦＡＭ４０Ｂ、ＦＡＲＳＡ、ＦＡＳＬＧ、ＦＤＰＳ、ＦＫＢＰ４、ＦＫＢＰ４、ＦＯＳＬ１、ＦＲＥＱ、Ｇ０Ｓ２、Ｇ３ＢＰ１、ＧＡＬＥ、ＧＡＲ１、ＧＡＲＴ、ＧＥＭ、ＧＥＭＩＮ６、ＧＥＭＩＮ７、ＧＦＯＤ１、ＧＩＮＳ１、ＧＩＮＳ２、ＧＬＲＸ２、ＧＮＧ８、ＧＮＰＤＡ１、ＧＰＡＴＣＨ４、ＧＰＮ３、ＧＰＲ１７１、ＧＴＦ２Ｈ２Ｄ、ＨＩＶＥＰ３、ＨＭＧＣＳ１、ＨＮ１Ｌ、ＨＮＲＮＰＡＢ、ＨＳＰＤ１、ＨＳＰＥ１、ＨＹＡＬ２、ＩＡＲＳ、ＩＥＲ３、ＩＦＮＧ、ＩＦＲＤ２、ＩＧＦＢＰ４、ＩＬ１２ＲＢ２、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ１７Ｆ、ＩＬ２、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２ＲＡ、ＩＬ３、ＩＲＦ４、ＩＲＦ８、ＩＳＯＣ２、ＫＣＮＫ５、ＫＥＡＰ１、ＫＩＡＡ００２０、ＫＩＡＡ０６６４、ＬＡＧ３、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＬＡＲＰ４、ＬＩＦ、ＬＯＣ２８６０１６、ＬＯＣ３４４９６７、ＬＯＣ４４２３０８、ＬＯＣ７２８４０２、ＬＲＰ８、ＬＳＭ２、ＬＴＡ、ＬＹＡＲ、ＭＡＮＦ、ＭＡＴＫ、ＭＣＭ１０、ＭＣＭ２、ＭＣＭ３、ＭＣＭ４、ＭＥＴＴＬ１３、ＭＩＲ１１８２、ＭＩＲ１５５、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＭＩＲ６２１、ＭＰＶ１７Ｌ２、ＭＰＺＬ２、ＭＲＭ１、ＭＲＰＬ１２、ＭＲＰＬ１５、ＭＲＰＬ１７、ＭＲＰＬ３５、ＭＲＰＬ５１、ＭＲＰＳ１７、ＭＲＰＳ２３、ＭＲＴＯ４、ＭＴＣＨ２、ＭＴＨＦＤ１Ｌ、ＭＴＨＦＤ２、ＭＹＯＦ、ＮＡＢ２、ＮＤＦＩＰ２、ＮＤＵＦＡＦ１、ＮＦＥ２Ｌ３、ＮＦＫＢＩＬ２、ＮＬＮ、ＮＭＥ１、ＮＭＥ１−ＮＭＥ２、ＮＯＬＣ１、ＮＯＰ１６、ＮＰＴＸ１、ＮＴ５ＤＣ２、ＮＵＤＣＤ１、ＮＵＰ４３、ＮＵＰ６２、ＯＴＵＤ７Ｂ、ＰＡＣＳＩＮ３、ＰＡＩＣＳ、ＰＡＫ１ＩＰ１、ＰＡＭ、ＰＤＣＤ１、ＰＤＣＤ２Ｌ、ＰＤＩＡ４、ＰＤＩＡ６、ＰＥＡ１５、ＰＦＡＳ、ＰＦＤＮ６、ＰＦＤＮ６、ＰＦＫＭ、ＰＦＫＰ、ＰＧＡＭ１、ＰＧＡＭ４、ＰＨＢ、ＰＨＦ６、ＰＫＭ２、ＰＬＡＧＬ２、ＰＮＰＯ、ＰＯＬＤ２、ＰＯＬＥ２、ＰＯＬＲ３Ｋ、ＰＯＰ１、ＰＰＩＬ１、ＰＰＰ１Ｒ１４Ｂ、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ３、ＰＲＤＸ４、ＰＲＭＴ１、ＰＲＭＴ５、ＰＲＳＳ２３、ＰＳＡＴ１、ＰＳＭＡ３、ＰＳＭＡ５、ＰＳＭＡ６、ＰＳＭＢ３、ＰＳＭＢ５、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１１、ＰＳＭＤ１４、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＭＳ、ＰＴＲＨ１、ＰＴＲＨ２、ＰＵＳ７、ＰＹＣＲ１、ＰＹＣＲＬ、ＲＡＲＳ、ＲＢＢＰ８、ＲＣＣ１、ＲＰＦ２、ＲＰＰ２５、ＲＲＰ１、ＲＲＰ９、ＲＵＶＢＬ１、ＲＵＶＢＬ２、ＳＡＭＤ４Ａ、ＳＣＤ、ＳＤＣ４、ＳＥＣＴＭ１、ＳＥＨ１Ｌ、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＦＴ２Ｄ１、ＳＦＸＮ１、ＳＨ２Ｄ２Ａ、ＳＨＦ、ＳＨＭＴ２、ＳＩＰＡ１Ｌ２、ＳＬＡＭＦ１、ＳＬＣ１Ａ５、ＳＬＣ２７Ａ２、ＳＬＣ２７Ａ４、ＳＬＣ２９Ａ１、ＳＬＣ３８Ａ５、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ４３Ａ３、ＳＬＣ６Ａ９、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＮＯＲＡ１８、ＳＮＯＲＤ１７、ＳＯＲＤ、ＳＰＲ、ＳＱＬＥ、ＳＲＭ、ＳＲＸＮ１、ＳＴＩＰ１、ＳＴＴ３Ａ、ＴＡＬＤＯ１、ＴＡＰ１、ＴＢＫＢＰ１、ＴＢＬ３、ＴＢＸ２１、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＩＭＭ８Ｂ、ＴＩＰＩＮ、ＴＭＣＣ２、ＴＭＥＭ１６５、ＴＭＥＭ１９４Ａ、ＴＭＥＭ２０８、ＴＭＥＭ９７、ＴＮＦ、ＴＮＦＡＩＰ８Ｌ２、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＯＭＭ４０、ＴＰＩ１、ＴＲＩＰ１０、ＴＲＩＰ１３、ＴＴＬＬ１２、ＴＵＢＡ１Ｂ、ＴＵＢＢ、ＴＵＢＢ、ＴＵＢＢ、ＴＵＢＧ１、ＴＸＮ、ＴＸＮＤＣ５、ＵＢＥ２Ｔ、ＵＣＫ２、ＵＧＤＨ、ＵＨＲＦ１、ＵＭＰＳ、ＵＴＰ６、ＶＤＡＣ１、ＶＤＲ、ＷＡＲＳ、ＷＤＲ１２、ＷＤＲ１８、ＷＤＲ３、ＷＤＲ４、ＷＤＲ７７、ＹＩＦ１Ａ、ＹＷＨＡＧ、ＺＢＥＤ２、ＺＤＨＨＣ１６、ＺＮＦ５９３、ＺＮＦ６０７およびＺＷＩＮＴを含む。
【０７６２】
１６ｈ対０ｈＦｃ８のＴｒｅｇにおいて上方調節される表２に従う例示的な遺伝子は、ＡＡＲＳ、ＡＣＯＴ７、ＡＧＲＮ、ＡＨＳＡ１、ＡＩＭ２、ＡＩＭＰ２、ＡＬＡＳ１、ＡＬＤＨ１Ｂ１、ＡＰＯＬ１、ＡＰＯＬ２、Ｂ４ＧＡＬＴ２、ＢＡＴＦ、ＢＡＴＦ３、ＢＣＬ２Ａ１、ＢＣＬ２Ｌ１、ＢＯＰ１、ＢＹＳＬ、Ｃ１７ｏｒｆ９６、Ｃ２ＣＤ４Ａ、Ｃ５ｏｒｆ３２、Ｃ９ｏｒｆ６４、ＣＣＤＣ８６、ＣＣＬ１７、ＣＣＬ２０、ＣＣＴ５、ＣＤ３ＥＡＰ、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＤ６８、ＣＤ７、ＣＤＫ２ＡＰ２、ＣＤＫ４、ＣＨＡＣ２、ＣＨＰＦ、ＣＩＳＤ１、ＣＩＳＨ、ＣＯＰＢ２、ＣＲＩＭ１、ＣＳＦ１、ＣＴＬＡ４、ＣＴＳＬ１、ＣＴＴＮ、ＤＣＴＰＰ１、ＤＨＣＲ２４、ＥＢＩ３、ＥＢＮＡ１ＢＰ２、ＥＣＥ２、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＧＲ２、ＥＭＰ１、ＥＮＯ１、ＥＰＡＳ１、ＥＸＯＳＣ４、ＦＡＢＰ５、ＦＡＨ、ＦＡＭ４０Ｂ、ＦＡＲＳＡ、ＦＫＢＰ４、ＦＫＢＰ４、ＦＬＴ１、ＦＬＴ１、ＦＯＳＬ１、ＦＲＥＱ、Ｇ６ＰＤ、ＧＡＬＥ、ＧＡＲＴ、ＧＣＬＭ、ＧＥＭ、ＧＫ、ＧＮＰＤＡ１、ＧＰＲ５６、ＨＩＶＥＰ３、ＨＭＧＣＳ１、ＨＭＯＸ１、ＨＮ１Ｌ、ＨＳＰＡ１Ａ、ＨＳＰＡ１Ｂ、ＨＳＰＤ１、ＨＳＰＥ１、ＨＹＡＬ２、ＩＥＲ３、ＩＦＲＤ２、ＩＫＢＩＰ、ＩＬ１０、ＩＬ１２ＲＢ２、ＩＬ１３、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ１Ｒ１、ＩＬ１Ｒ２、ＩＬ１ＲＬ２、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＬ３、ＩＬ４、ＩＬ４Ｉ１、ＩＬ５、ＩＬ９、ＩＲＦ４、ＫＣＮＫ５、ＬＡＧ３、ＬＡＰＴＭ４Ｂ、ＬＩＦ、ＬＯＣ３４４９６７、ＬＯＣ３８９３３３、ＬＯＣ４４２３０８、ＬＲＲＣ３２、ＬＲＲＣ６１、ＬＴＡ、ＬＹＡＲ、ＭＡＮＦ、ＭＡＴＫ、ＭＥＴＲＮＬ、ＭＥＴＴＬ１３、ＭＧＣ２９５０６、ＭＩＣＡＬ２、ＭＩＲ１１８２、ＭＩＲ１５５、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＭＬＥＣ、ＭＲＰＬ１２、ＭＲＴＯ４、ＭＴＨＦＤ１Ｌ、ＭＹＯＦ、ＮＡＢ２、ＮＤＦＩＰ２、ＮＤＵＦＡＦ１、ＮＫＧ７、ＮＬＮ、ＮＭＥ１、ＮＭＥ１−ＮＭＥ２、ＮＯＰ１６、ＮＰＭ３、ＮＵＤＣＤ１、ＰＡＩＣＳ、ＰＡＮＸ２、ＰＤＣＤ１、ＰＤＧＦＡ、ＰＤＩＡ４、ＰＤＩＡ６、ＰＦＡＳ、ＰＧＡＭ４、ＰＨＢ、ＰＮＰＯ、ＰＯＰ１、ＰＰＩＬ１、ＰＰＰＤＥ２、ＰＲＤＸ１、ＰＲＤＸ３、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＲＭＴ１、ＰＲＭＴ５、ＰＳＡＴ１、ＰＳＭＢ５、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１１、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＲＨ１、ＰＵＳ７、ＰＹＣＲ１、ＲＡＳＡＬ１、ＲＢＢＰ８、ＲＣＣ１、ＳＣ４ＭＯＬ、ＳＣＤ、ＳＤＣ４、ＳＥＣＴＭ１、ＳＥＨ１Ｌ、ＳＥＭＡ７Ａ、ＳＥＴＰ１１、ＳＥＲＰＩＮＥ２、ＳＥＲＰＩＮＨ１、ＳＨ２Ｄ２Ａ、ＳＬＣ１６Ａ１３、ＳＬＣ１６Ａ３、ＳＬＣ１Ａ５、ＳＬＣ２７Ａ２、ＳＬＣ２７Ａ４、ＳＬＣ２９Ａ１、ＳＬＣ３８Ａ５、ＳＬＣ３９Ａ１、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ４３Ａ３、ＳＬＣＯ４Ａ１、ＳＯＣＳ１、ＳＰＨＫ１、ＳＰＩＮＴ１、ＳＱＬＥ、ＳＲＭ、ＳＲＸＮ１、ＳＴＩＰ１、ＳＴＴ３Ａ、ＴＢＫＢＰ１、ＴＢＸ２１、ＴＭＰＲＳＳ６、ＴＮＦ、ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１８、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ４、ＴＮＦＲＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＯＭＭ４０、ＴＲＩＰ１０、ＴＴＬＬ１２、ＴＵＢＢ、ＴＵＢＢ、ＴＵＢＢ、ＴＸＮ、ＴＹＭＰ、ＵＣＫ２、ＵＧＤＨ、ＶＤＲ、ＶＴＲＮＡ１−３、ＷＡＲＳ、ＷＤＲ１２、ＷＤＲ４、ＷＤＲ７７、ＸＩＲＰ１、ＹＷＨＡＧ、ＺＢＥＤ２、ＺＢＴＢ３２、ＺＤＨＨＣ１６およびＺＮＦ２８２を含む。
【０７６３】
１６ｈで上方調節されるＴＲＥＧ遺伝子の例示的なリストは、ＡＩＭ２、ＡＬＡＳ１、ＢＡＴＦ、Ｃ５ｏｒｆ３２、ＣＣＬ１７、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＨＡＣ２、ＣＳＦ１、ＣＴＳＬ１、ＥＢＮＡ１ＢＰ２、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＭＰ１、ＥＰＡＳ１、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ４０Ｂ、ＦＫＢＰ４、ＦＯＳＬ１、ＧＣＬＭ、ＧＫ、ＧＰＲ５６、ＨＭＯＸ１、ＨＳＰＤ１、ＨＳＰＥ１、ＩＫＢＩＰ、ＩＬ１０、ＩＬ１３、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ１ＲＮ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＬ３、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ９、ＫＣＮＫ５、ＬＴＡ、ＭＡＮＦ、ＭＩＲ１１８２、ＭＩＲ１５５、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＭＹＯＦ、ＮＤＵＦＡＦ１、ＮＬＮ、ＮＭＥ１、ＮＭＥ１−ＮＭＥ２、ＰＡＮＸ２、ＰＤＩＡ６、ＰＧＡＭ４、ＰＰＩＬ１、ＰＰＰＤＥ２、ＰＲＤＸ４、ＰＲＫＡＲ１Ｂ、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１１、ＰＵＳ７、ＲＢＢＰ８、ＳＬＣ２７Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ４３Ａ３、ＳＲＸＮ１、ＳＴＩＰ１、ＳＴＴ３Ａ、ＴＢＸ２１、ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＮＦＲＳＦ８、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＸＮ、ＵＣＫ２、ＶＤＲ、ＶＴＲＮＡ１−３、ＷＤＲ１２、ＹＷＨＡＧ、ＺＤＨＨＣ１６およびＺＮＦ２８２を含む。上方調節された発現は、例えば、指示された遺伝子に対するＲＮＡレベルを測定することによって決定することができる。
【０７６４】
１６ｈに上方調節されるＴＥＦＦ遺伝子の例示的なリストは、ＡＩＭ２、ＡＬＡＳ１、Ｂ４ＧＡＬＴ５、ＢＡＴＦ、Ｃ３ｏｒｆ２６、Ｃ４ｏｒｆ４３、ＣＣＬ３、ＣＣＬ４、ＣＣＴ３、ＣＣＴ７、ＣＤ４０ＬＧ、ＣＨＡＣ２、ＣＳＦ２、ＣＴＮＮＡ１、ＥＢＮＡ１ＢＰ２、ＥＤＡＲＡＤＤ、ＥＥＦ１Ｅ１、ＥＩＦ２Ｂ３、ＥＩＦ２Ｓ１、ＦＡＢＰ５、ＦＡＭ４０Ｂ、ＦＫＢＰ４、ＦＯＳＬ１、ＧＦＯＤ１、ＧＬＲＸ２、ＨＳＰＤ１、ＨＳＰＥ１、ＩＦＮＧ、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２１、ＩＬ２ＲＡ、ＩＬ３、ＫＣＮＫ５、ＫＩＡＡ００２０、ＬＡＲＰ４、ＬＲＰ８、ＬＴＡ、ＭＡＮＦ、ＭＩＲ１１８２、ＭＩＲ１５５、ＭＩＲ１５５ＨＧ、ＭＴＣＨ２、ＭＹＯＦ、ＮＤＵＦＡＦ１、ＮＬＮ、ＮＭＥ１、ＮＭＥ１−ＮＭＥ２、ＯＴＵＤ７Ｂ、ＰＡＭ、ＰＤＩＡ６、ＰＥＡ１５、ＰＦＫＭ、ＰＧＡＭ１、ＰＧＡＭ４、ＰＰＩＬ１、ＰＲＤＸ４、ＰＲＳＳ２３、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１１、ＰＳＭＤ１４、ＰＴＲＨ２、ＰＵＳ７、ＲＢＢＰ８、ＲＰＦ２、ＲＰＰ２５、ＳＦＸＮ１、ＳＬＣ２７Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ４３Ａ３、ＳＯＲＤ、ＳＰＲ、ＳＲＸＮ１、ＳＴＩＰ１、ＳＴＴ３Ａ、ＴＢＸ２１、ＴＭＣＣ２、ＴＭＥＭ１６５、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＸＮ、ＴＸＮＤＣ５、ＵＣＫ２、ＶＤＲ、ＷＤＲ１２、ＹＷＨＡＧおよびＺＤＨＨＣ１６を含む。
【０７６５】
Ａｂｂａｓ遺伝子セットは、１７の免疫細胞型の発現プロファイルを比較し、ある種の細胞型で他と比べて独特に発現された遺伝子を同定した。遺伝子セット分析に含まれていた厳選したＡｂｂａｓ遺伝子セットは表３にリストされており、ナイーブな休止しているＣＤ４＋Ｔ細胞、ナイーブな休止しているＣＤ８＋Ｔ細胞、１２時間でのヘルパーＴｈ１、４８時間でのヘルパーＴｈ１、１２時間でのヘルパーＴｈ２、４８時間でのヘルパーＴｈ２、メモリーＴ休止(ナイーブ)細胞およびメモリーＴ活性化細胞を含む。
【０７６６】
【表２５】
2018501463.tif 000028
【０７６７】
Ｇａｔｔｉｎｏｎｉ遺伝子セットは様々なＣＤ８＋メモリーＴ細胞サブセットの発現プロファイルを比較した。具体的には、免疫細胞を健常なドナーから単離し、次のＣＤ８＋Ｔメモリーサブセットを精製した：ＴＮ(ナイーブ)、ＴＳＣＭ(メモリー幹細胞)、ＴＣＭ(セントラルメモリー)、ＴＥＭ(エフェクターメモリー)。遺伝子セットは、すべての対の群(例えばＴＳＣＭ対ＴＮ)を比較することにより、また４つの状態を通してＴＮ→ＴＳＣＭ→ＴＣＭ→ＴＥＭの順に次第に増大または減少する遺伝子を同定することにより、規定された。遺伝子セット分析で考慮されたＧａｔｔｉｎｏｎｉらからの厳選した遺伝子セットをまとめて表４に示す。
【表２６】
2018501463.tif 000029
【０７６８】
各々の遺伝子セット(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬＲＮＡｓｅｑ遺伝子セット、Ｓｚａｂｏ遺伝子セット、Ａｂｂａｓ遺伝子セット、ならびにＧａｔｔｉｎｏｎｉ遺伝子セット)を評価して、その対象応答(すなわち、ＣＲ、ＰＲまたはＮＲ)との関係を以下のようにして決定した：メタ遺伝子を各々の対象について計算した。ここで、対象ｊに対するメタ遺伝子スコアは次式で定義される。
【数１】
2018501463.tif 000030
ここで、ｘｉｊは、所与の遺伝子セットｎ＝１,..,Ｇに対する対象ｊにおける遺伝子ｉの発現値であり；μ(ｘ.ｊ)は、対象ｊにおける遺伝子１,...,Ｇの平均であり；σ(ｘ.ｊ)は、対象ｊにおける遺伝子１,...,Ｇの標準偏差である。
【０７６９】
３つのグループの統計的モデルを各々の遺伝子セットに適用して、メタ遺伝子がＣＬＬ産物ＣＲ、ＰＲおよびＮＲの間で統計的に異なるかどうかを決定した。この手法を図示した概略図を図２Ｂに示す。ＣＲはむしろ休止ＴＥＦＦ細胞に近いが、ＮＲはむしろ活性化したＴＥＦＦ細胞に近い。ＣＴＬ０１９のＮＲサンプルはＣＲサンプルより高く活性化された状態にある。有意に変化しており、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する患者の応答を予測することが見出された遺伝子セットを表５にリストして示す。
【表２７】
2018501463.tif 000031
【０７７０】
図３は、メモリーＴ細胞前駆体およびサブセットの例示的な概略図を示す。特定の理論に縛られることは望まないが、ＣＴＬ０１９サンプルにおけるメモリーＴ細胞の状態は応答の主要な要素であるらしい。
実施例１で説明した製造産物研究における患者のサブセットについて、全ゲノムＲＮＡｓｅｑも、アフェレーシスで採取したＴ細胞に対して実施した。上記遺伝子セットを、これら１４のアフェレーシス処理したサンプル(２つのＣＲ、３つのＰＲおよび９つのＮＲ)において評価した。有意に変化しており、ＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答を予測することが見出された遺伝子セットを表５にまとめて示す。
【０７７１】
全ゲノムＲＮＡｓｅｑを、７つのＡＬＬ製造産物ＣＲサンプルおよび４つのＡＬＬアフェレーシスＣＲサンプルに対して実施した。各々の遺伝子セットについてメタ遺伝子スコアを、ＣＬＬサンプルについて上記したようにしてＡＬＬサンプルに対して計算した。産物およびアフェレーシスサンプルにおける応答の期待されたパターン(ＡＬＬ→ＣＬＬＣＲ→ＣＬＬＰＲ→ＣＬＬＮＲ)と相関するメタ遺伝子スコアを有する遺伝子セットを表６まとめて示す。表６で＊のマークを付けた遺伝子セットはまたアフェレーシスサンプルにおける応答とも相関する。
【表２８】
2018501463.tif 000032
【０７７２】
例えば、ＴＣＭと比較してＴＳＣＭに上方調節された遺伝子から構成される遺伝子セットに対するメタ遺伝子スコアは、アフェレーシスおよび産物サンプルの両方において応答と相関することが見出される(図４)。製造された産物を含む健常ドナーサンプルからのメタ遺伝子スコアをプロットに含ませて参照点として役立たせる。ｘ−軸は応答群によるサンプルであり、ここで、ａ＝アフェレーシス、ｐ＝産物である。ｙ−軸は正規化されたメタ遺伝子発現スコアである。ＣＬＬＣＲ(例えば、ＣＴＬ０１９ＣＲ)が富化された遺伝子セットは急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)も富化される。ＡＬＬおよびＣＬＬＣＲはＴ幹細胞(ＴＳＣＭ)サブセット特異的遺伝子が富化されるが、ＣＬＬＰＲおよびＮＲはＴセントラルメモリー(ＴＣＭ)サブセット遺伝子が富化される。産物サンプルと同じパターンがアフェレーシスで見られる。ＡＬＬ発現パターンはＣＬＬＣＲと最も類似しており、休止している／刺激されていない／初期のメモリーＴ細胞の方向にさらに一層極端である。
【０７７３】
図５Ａは、ＣＴＬ０１９サンプルの主成分分析(ＰＣＡ)からの例示的な結果を示す。この例示的なＰＣＡ結果は、ＣＲ、ＡＬＬおよび正常なサンプルがＰＲおよびＮＲと別にクラスターを形成することを示す。図５Ｂは、ＣＴＬ０１９およびアフェレーシスサンプルのＰＣＡからの例示的な結果を示す。この例示的なＰＣＡの結果は、ＣＲ、ＡＬＬおよび正常なサンプルがＰＲおよびＮＲと別に、またアフェレーシスクラスターと別にクラスターを形成することを示す。
図６は、アフェレーシスおよび産物サンプルの免疫表現型検査を示す例示的な概略図を示す。
【０７７４】
完全応答者(ＣＲ)、部分応答者(ＰＲ)、非応答者(ＮＲ)または未定と分類された、製造されたＣＴＬ０１９産物(例えば、ＣＬＬ患者から得られた、遺伝子工学操作された、ＣＡＲ１９を発現するＴ細胞)を、ＰＤ−１、ＬＡＧ３およびＴＩＭ３のような免疫チェックポイント阻害剤分子の発現について評価した。
ＣＡＲ発現細胞療法に対して異なる応答を有するＣＬＬ患者からのＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)(例えば、製造された産物)を、フローサイトメトリーにより分析して、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋Ｔ細胞のパーセンテージを決定した。ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞は：ＣＡＲ発現細胞療法に応答する患者(ＣＲ)(ｎ＝５)；ＣＡＲ発現細胞療法に部分的に応答する患者(ｎ＝８)、ＣＡＲ発現細胞療法に応答しなかった患者(ＮＲ)(ｎ＝１９)；および未定、例えば、１つの群に割り当てられなかった患者(ＮＡ)(ｎ＝３)に由来した。細胞を、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＡＲ１９分子および免疫チェックポイント分子ＰＤ−１、ＬＡＧ３およびＴＩＭ３、ならびにフルオレセインにコンジュゲートされた二次抗体を特異的に認識する抗体を用いて、当技術分野で公知のフローサイトメトリー解析のための標準的な方法に従って標識した。各マーカー、例えば、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、等の発現をフローサイトメトリー解析ソフトウェアにより決定し、亜集団(例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞またはＣＡＲ１９を発現するＴ細胞)を免疫チェックポイント分子ＰＤ−１、ＬＡＧ３およびＴＩＭ３の発現についてさらに解析した。
【０７７５】
上記の方法および分析を使用して、ＣＤ４を発現する細胞およびＣＤ８を発現する細胞のパーセンテージを、各々の応答群の各々の患者に対して決定した。上記したように、ＣＬＬ患者からの３６の製造されたＣＴＬ０１９サンプルを分析したが、５つのＣＲ、８つのＰＲ、１９のＮＲおよび３つの未定を含んでいた。図７Ａは、パーセントＣＤ４＋細胞および患者の応答を示す例示的な結果を示す。部分応答者は、ＣＤ４＋細胞の統計的に有意なより大きいパーセンテージを有することが示された。図７Ｂは、パーセントＣＤ８＋細胞および患者の応答を示す例示的な結果を示す。完全応答者は、ＣＤ８＋細胞の統計的に有意な大きいパーセンテージを有することが示された。
表面マーカー発現を決定するために使用されたフローサイトメトリープロファイル分析の一例を図８Ａおよび８Ｂに示す。ＣＤ４＋を発現する細胞を、フローサイトメトリーを使用して決定し、さらにＣＡＲ１９およびＰＤ−１発現について分析した。ここで、プロファイルのｘ−軸はＣＡＲ１９発現を示し(左上(Ｑ５)および左下(Ｑ８)象限はＣＡＲ１９−陰性ＣＤ４＋細胞を示し、右上(Ｑ６)および右下(Ｑ７)象限はＣＡＲ１９を発現するＣＤ４＋細胞を示す)、ｙ−軸はＰＤ−１発現を示す(左下(Ｑ８)および右下(Ｑ７)象限はＰＤ−１陰性ＣＤ４＋細胞を示し、左上(Ｑ５)および右上(Ｑ６)象限はＰＤ−１を発現するＣＤ４＋細胞を示す)。ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)応答者からのＣＤ４＋集団において、ＣＤ４＋細胞全体の４４.７％がＰＤ−１を発現し、ＣＡＲ１９を発現する細胞の約２２.３％がＰＤ−１陽性であったが、ＣＡＲ１９を発現する細胞の２７.２％がＰＤ−１陰性であった(図８Ａ)。対照的に、非応答者からのＣＤ４＋集団においては、ＣＡＲ１９を発現する細胞全体に有意な減少があり(ＣＲにおける４９.５％と比較して１５.３％)、ＣＡＲ１９を発現する細胞の１４.７％がＰＤ−１陽性であるが、たった０.６４％のみがＰＤ−１陰性であった(図８Ｂ)。図８Ａと図８Ｂのプロファイル間の比較は、非応答者からのＣＤ４＋細胞のずっと高いパーセンテージがＣＡＲ発現細胞応答者(約４４.７％)と比較してＰＤ−１(約９２.９％)を発現することを示す。
【０７７６】
上記した方法および分析を使用して、ＣＤ４＋集団およびＣＤ８＋集団のＰＤ−１を発現する(ＰＤ−１＋)細胞のパーセンテージを、各々の応答群からの各々の患者に対して決定した。非応答者は、ＣＡＲ療法(ＣＲ)に応答したものと比較してＣＤ４＋(図８Ｃ)およびＣＤ８＋(図８Ｄ)集団の中のＰＤ−１＋細胞のより大きいパーセンテージを有することが示されており；平均のＰＤ−１パーセンテージの増大はＣＤ４＋およびＣＤ８＋集団に対して統計的に有意であった。部分応答者(ＰＲ)は、ＣＤ４＋(図８Ｃ)およびＣＤ８＋(図８Ｄ)集団において、応答者(ＣＲ)より高いパーセンテージのＰＤ−１＋細胞を示す。
さらなる解析を実施して、ＣＡＲ療法に対して異なる応答を有する患者に由来するＰＤ−１、ＬＡＧ３およびＴＩＭ３を発現する細胞の分布を決定した。ＣＤ４＋集団におけるＰＤ−１、ＬＡＧ３およびＴＩＭ３発現に対する例示的な細胞プロファイル解析を図９および図１０に示す。細胞集団を最初にＣＡＲ１９＋発現について解析した。次に、ＣＡＲ１９＋集団をＰＤ−１およびＬＡＧ３発現(図９)またはＰＤ−１およびＴＩＭ−３発現(図１０)について解析した。ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)応答者からのＬＡＧ３＋集団において、ＣＡＲ１９＋細胞全体の３６.１％がＰＤ−１を発現し、ＬＡＧ３発現細胞の約７.３％がＰＤ−１陽性であったが、ＬＡＧ３発現細胞の５.９％がＰＤ−１陰性であった(図９)。対照的に、非応答者からのＣＡＲ１９＋集団においては、ＬＡＧ３発現細胞全体で有意な増大があり(ＣＲの１３.２％と比較して約６９.７％)、ＬＡＧ３発現細胞の６７.３％がＣＡＲ１９＋陽性であったが、２.４１％のみがＰＤ−１陰性であった(図９)。図９のＣＲおよびＮＲフローサイトメトリープロファイルの比較は、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)応答者(約７.３％)と比較してずっと高いパーセンテージの非応答者からのＬＡＧ３＋細胞がＰＤ−１(約６７.３％)を発現することを示す。
【０７７７】
上記した方法および解析を使用して、ＣＡＲ１９＋集団のＰＤ−１およびＬＡＧ−３を発現する(ＰＤ−１＋／ＬＡＧ−３＋)細胞のパーセンテージを、各応答群の各患者に対して決定した。非応答者は、ＣＡＲ療法(ＣＲ)に応答した者と比較して、ＣＡＲ１９＋集団においてより大きいパーセンテージのＰＤ−１＋／ＬＡＧ−３＋細胞を有することが示され(図９)；平均のＰＤ−１／ＬＡＧ−３パーセンテージの増大はＣＡＲ１９＋集団で統計的に有意であった。部分応答者(ＰＲ)は、ＣＡＲ１９＋(図９)集団において応答者(ＣＲ)より高いパーセンテージのＰＤ−１＋／ＬＡＧ−３＋細胞を示した。ある態様において、ＮＲ産物はＰＤ１＋ＣＡＲ＋の枯渇した表現型およびＬＡＧ３の同時発現を示す。
次に、ＣＡＲ１９＋集団をＰＤ−１およびＴＩＭ−３発現について解析した(図１０)。ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)応答者からのＴＩＭ＋集団において、ＣＡＲ１９＋細胞全体の２８.５％がＰＤ−１を発現した(図１０)。対照的に、非応答者からのＣＡＲ１９＋集団においては、ＴＩＭ３＋／ＰＤ１＋細胞に有意な増大があり、ＣＡＲ１９＋を発現する細胞の８３.３％がＴＩＭ３＋／ＰＤ１＋であった(図１０)。
【０７７８】
上記した方法および解析を使用して、ＣＡＲ１９＋集団のＰＤ−１およびＴＩＭ−３を発現する(ＰＤ−１＋／ＴＩＭ−３＋)細胞のパーセンテージを、各応答群の各々の患者について決定した。非応答者は、ＣＡＲ療法(ＣＲ)に応答した者と比較してＣＡＲ１９＋集団においてより大きいパーセンテージのＰＤ−１＋／ＴＩＭ−３＋細胞を有することが示され(図１０)；平均のＰＤ−１／ＴＩＭ−３パーセンテージの増大はＣＡＲ１９＋集団に対して統計的に有意であった。部分応答者(ＰＲ)は、ＣＡＲ１９＋(図１０)集団において、応答者(ＣＲ)より高いパーセンテージのＰＤ−１＋／ＴＩＭ−３＋細胞を示した。ある態様において、ＮＲ産物は、ＰＤ１＋ＣＡＲ＋の枯渇した表現型およびＴＩＭ３の同時発現を示す。
フローサイトメトリーを使用してＣＤ４＋およびＣＤ８＋を発現する細胞を決定し、さらにＣＤ２７＋発現について解析した。上記した方法および解析を使用して、ＣＤ４＋集団およびＣＤ８＋集団のＣＤ２７発現(ＣＤ２７＋)細胞のパーセンテージを各々の応答群の各々の患者について決定した。完全応答者(ＣＲ)および部分応答者(ＰＲ)は、非応答者(ＮＲ)と比較して、ＣＤ４＋(図１１Ａ)およびＣＤ８＋(図１１Ｂ)集団の両方でより大きいパーセンテージのＣＤ２７＋細胞を有することが示され；平均のＣＤ２７パーセンテージの増大はＣＤ４＋およびＣＤ８＋集団の両方に対して統計的に有意であった。部分応答者(ＰＲ)は、ＣＤ４＋(図１１Ａ)集団において、完全応答者(ＣＲ)より高いパーセンテージのＣＤ２７＋細胞を示した。完全応答者(ＣＲ)は、ＣＤ８＋(図１１Ｂ)集団において、部分応答者(ＰＲ)より高いパーセンテージのＣＤ２７＋細胞を示した。ある態様において、ＣＡＲ産物のＣＤ２７レベルは患者の応答と相関する。ある態様において、ＣＲのＣＤ８＋細胞はＰＲおよびＮＲと比較してより高いパーセンテージのＣＤ２７＋細胞を示す。
【０７７９】
図１２は、アフェレーシスサンプルにおける応答の相関を確認する例示的なマルチカラーフローサイトメトリー解析結果を示す。ＣＬＬ患者からの２６のアフェレーシス処理したサンプルを解析した。サンプルは４つのＣＲ、６つのＰＲ、１４のＮＲを含み、１人の患者は注入しなかった。
図１３は、より幼若Ｔ細胞表現型とＣＴＬ０１９療法に対する応答との相関関係を示す例示的なマルチカラーフローサイトメトリー解析の結果を示す。これらのデータは、ＣＤ８＋Ｔ細胞におけるＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−のパーセンテージが、どのＣＬＬ患者がＣＴＬ０１９に対して完全な応答を示すか予測することを示している。
図１４は、ＣＴＬ０１９療法に先立つヒト患者におけるアフェレーシスの例示的な解析を示す。例示的な結果は、患者１０００−０００４５ではＴ細胞がほとんど認められなかったが、Ｔ細胞の２７％がＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−であったことを示す。
図１５は、ＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答(患者１０００−０００４５)の例示的な結果を示す。ＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−Ｔ細胞はＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答の正の予測因子であった。これらの例示的な結果は、アフェレーシスにおける良好な予後の表現型が、高いパーセンテージのＣＤ８＋ＣＤ２７＋ＣＤ４５ＲＯ−Ｔ細胞(若齢表現型)であることを示す。ＣＴＬ０１９産物における不良な予後の表現型は、高いパーセンテージのＰＤ１＋ＣＡＲ＋およびＬＡＧ３＋またはＴＩＭ３＋Ｔ細胞(枯渇した表現型)である。
【０７８０】
上記解析からの有意な遺伝子セットを、これら遺伝子セット内の、ＡＬＬＣＲ／ＣＬＬＣＲおよびＣＬＬＮＲの間で有意に異なって発現し、ＡＬＬ→ＣＬＬＣＲ→ＣＬＬＰＲ→ＣＬＬＮＲの順に増大または減少する期待された発現パターンに従う遺伝子のサブセットへと洗練化した。有意に異なって発現した遺伝子の例示的なリストを表７Ａに示す。表７Ａは、その発現値がＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答を予測するバイオマーカーの例示的なリストである。表７Ａをさらに洗練化して、細胞表面マーカーである遺伝子に関して選択することによりフローサイトメトリーバイオマーカー遺伝子パネルを作製した。ＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答を予測する例示的な細胞表面遺伝子を表８に示す。
【０７８１】
【表２９】
2018501463.tif 000033
【表３０】
2018501463.tif 000034
【０７８２】
【表３１】
2018501463.tif 000035
【表３２】
2018501463.tif 000036
【０７８３】
【表３３】
2018501463.tif 000037
【表３４】
2018501463.tif 000038
【０７８４】
【表３５】
2018501463.tif 000039
【表３６】
2018501463.tif 000040
【０７８５】
【表３７】
2018501463.tif 000041
【表３８】
2018501463.tif 000042
【０７８６】
【表３９】
2018501463.tif 000043
【表４０】
2018501463.tif 000044
【０７８７】
【表４１】
2018501463.tif 000045
【表４２】
2018501463.tif 000046
【０７８８】
【表４３】
2018501463.tif 000047
【表４４】
2018501463.tif 000048
【０７８９】
【表４５】
2018501463.tif 000049
【表４６】
2018501463.tif 000050
【０７９０】
表７Ａの最も有意な遺伝子は、１)ＡＬＬＣＲ／ＣＬＬＣＲおよびＣＬＬＮＲ間の絶対的な変化倍率が２より大きく、２)応答と発現の相関関係に対するｐ値が０.０１未満であるものと規定された。下記表７Ｂに挙げた３４の遺伝子がこの基準に合い、これらの遺伝子の発現を４つの追加のプラットフォームで測定し比較してＲＮＡｓｅｑからの知見を確認した。４つのプラットフォームはＯｐｅｎＡｒｒａｙ、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ、ＮａｎｏｓｔｒｉｎｇおよびｑＰＣＲであった。このプラットフォーム間の比較実験の結果は、本明細書に記載されている結果および結論を確認した。表７Ｂはまた、各々の遺伝子が、非応答者と比べて完全応答者(ＣＲ)で上方調節されるかまたは完全応答者と比べて非応答者(ＮＲ)で上方調節されることも示す。各々の遺伝子の配列を開示する例示的な刊行物も表７Ｂに示す。各々の刊行物はその核酸およびタンパク質配列すべてを含めて参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０７９１】
【表４７】
2018501463.tif 000051
【表４８】
2018501463.tif 000052
【０７９２】
Maus et al. (ANNU. REV. IMMUNOL. 2014)に記載されており、Ｇａｔｔｉｎｏｎｉ遺伝子セットに含まれていなかったメモリーＴ細胞サブセットを区別する細胞表面マーカーも評価した。特に、ＫＬＲＧ１は、その発現がアフェレーシスサンプルでＡＬＬ→ＣＬＬＣＲ→ＣＬＬＰＲ→ＣＬＬＮＲの順に増大する遺伝子として同定された。ＫＬＲＧ１発現値はＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答を予測する。少なくともＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２およびＣＤ６２Ｌが産物サンプルにおける応答のバイオマーカーとして同定された。特に、ＣＤ５７、ＣＤ２７、ＣＤ１２２およびＣＤ６２Ｌの発現値はＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答を予測する。
【０７９３】
ある態様において、完全応答者(ＣＲ)の遺伝子シグネチャーは表９に記載されている１つまたは複数のバイオマーカープロファイルを含む。
【表４９】
2018501463.tif 000053
【０７９４】
ある態様において、非応答者(ＮＲ)遺伝子シグネチャーは表１０に記載されている１つまたは複数のバイオマーカープロファイルを含む。
【表５０】
2018501463.tif 000054
【０７９５】
生物学的な理解に基づいて、不偏の特徴選択、遺伝子セットおよび目的の選択された遺伝子からの遺伝子の組合せを使用して、ＮＲ、ＰＲおよびＣＲをさらに区別するができるであろう。
既に記載した仕事を３５のＣＬＬ対象サンプルの研究に拡大した。この群の３５の対象は先の研究での２１のＣＬＬ対象を含み、全部で５のＣＲ、９のＰＲおよび２１のＮＲを含んでいた。この研究では、製造されたＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物サンプルを採取し、対照ビーズと共に一晩培養した。ｍＲＮＡの発現レベルに基づく新規な遺伝子シグネチャーは予測された患者の応答を確認した。ＣＲ対ＮＲの比較(Ｎ＝１８５)に対する遺伝子リストを表１８にまとめて示す。
【０７９６】
【表５１】
2018501463.tif 000055
【表５２】
2018501463.tif 000056
【０７９７】
【表５３】
2018501463.tif 000057
【表５４】
2018501463.tif 000058
【０７９８】
【表５５】
2018501463.tif 000059
【表５６】
2018501463.tif 000060
【０７９９】
遺伝子セット分析を実施して、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する患者の応答を予測した。遺伝子セット分析は、実施例１に記載した遺伝子セットにおよび実施例２に記載した３つの追加のデータセットからの遺伝子セット(Ｓｚａｂｏら、ＡｂｂａｓらおよびＧａｔｔｉｎｏｎｉら)に対して実施した。各々の遺伝子セットを評価して、実施例２に記載したようにその対象応答(すなわちＣＲ、ＰＲまたはＮＲ)との関連を決定した。有意に変化し、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する患者の応答を予測することが判明した遺伝子セットを表１９に示す。
【表５７】
2018501463.tif 000061
【０８００】
上記分析からの有意な遺伝子セットを、これらの遺伝子セット内の、ＣＲとＮＲで有意に異なって発現する遺伝子のサブセットに洗練化した。有意に異なって発現した遺伝子の例示的なリストを表２０に示す。表２０は、その発現値がＣＴＬ０１９療法に対する患者の応答を予測するバイオマーカーの例示的なリストである。表２０は、より厳しいＦＤＲを設定することにより信頼性の高いバイオマーカーのより小さいリストにさらに洗練化することができる。例えば、０.１０のＦＤＲを使用すると２６５の遺伝子のリストが得られ、０.０１のＦＤＲでは２７の遺伝子のリストが得られる。
【０８０１】
【表５８】
2018501463.tif 000062
【表５９】
2018501463.tif 000063
【０８０２】
【表６０】
2018501463.tif 000064
【表６１】
2018501463.tif 000065
【０８０３】
【表６２】
2018501463.tif 000066
【表６３】
2018501463.tif 000067
【０８０４】
【表６４】
2018501463.tif 000068
【表６５】
2018501463.tif 000069
【０８０５】
【表６６】
2018501463.tif 000070
【表６７】
2018501463.tif 000071
【０８０６】
【表６８】
2018501463.tif 000072
【表６９】
2018501463.tif 000073
【０８０７】
【表７０】
2018501463.tif 000074
【表７１】
2018501463.tif 000075
【０８０８】
【表７２】
2018501463.tif 000076
【表７３】
2018501463.tif 000077
【０８０９】
【表７４】
2018501463.tif 000078
【表７５】
2018501463.tif 000079
【０８１０】
【表７６】
2018501463.tif 000080
【表７７】
2018501463.tif 000081
【０８１１】
【表７８】
2018501463.tif 000082
【０８１２】
実施例３：予後のフローサイトメトリーに基づくアッセイ
予後のフローサイトメトリーに基づくアッセイが、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、例えばＣＴＬ０１９療法のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法について、がんを担持する対象(例えば、ＡＬＬおよびＣＬＬのような血液がんを担持する患者)をスクリーニングするために開発される。いくつかの態様において、対象は臨床試験に参加している。
サンプル(例えば、血液サンプル)が患者から単離され、実施例１および２に記載されている１つまたは複数の細胞表面または分泌されたバイオマーカーをスクリーニングする蛍光フローサイトメトリーに基づくアッセイを実施する。例えば、細胞表面に発現された場合はフローサイトメトリーによりまたは分泌された場合はＥＬＩＳＡにより測定され、その発現値がＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、例えばＣＴＬ０１９療法のような本明細書に記載されているＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法に対する患者の応答を予測するマーカーの例示的なリストは、限定されることはないが、表８にリストされている遺伝子を含む。
【０８１３】
【表７９】
2018501463.tif 000083
【表８０】
2018501463.tif 000084
【０８１４】
実施例４：クラスメンバーシップを予測する分類指標
生物学的な理解に基づいて、不偏の特徴選択、遺伝子セットおよび目的の選択された遺伝子からの遺伝子の組合せを使用して、完全応答者を部分応答者および非応答者からさらに区別する。ある態様において、不偏の特徴選択、遺伝子セットおよび目的の選択された遺伝子からの遺伝子の組合せを使用して、再発者を非再発者からさらに区別する。ある態様において、すべての遺伝子に基づいて分類指標を作ってクラスメンバーシップを予測する。ある態様において、クラスメンバーシップの予測はＮＲ、ＰＲおよびＣＲをさらに区別する。ある態様において、クラスメンバーシップの予測は再発者を非再発者からさらに区別する。代わりにまたは加えて、所定の有意な特徴のサブセットを使用する分類指標が作られる。有意な特徴は、限定されることはないが、富化されたメタ遺伝子、メタ遺伝子の有意に異なって発現する遺伝子のサブセットおよびこれらの組合せを含む。
【０８１５】
実施例５：ＣＡＲ発現細胞効力を予測するサイトカイン発現シグネチャー
本実施例は、本発明に従って使用される、慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)および急性リンパ性白血病(ＡＬＬ)におけるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、ＣＴＬ０１９療法)に対する患者の応答を予測する例示的なサイトカイン発現シグネチャーの同定を説明する。
特に、本実施例は、インビトロでの活性化後分泌されるサイトカインプロファイルに基づいて製造されるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)細胞産物の効力を予測する新規なサイトカイン発現シグネチャーを説明する。
ある態様において、本明細書に記載されている新規なサイトカイン発現シグネチャーは、製造されるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物の標的腫瘍細胞を殺す効力を予測する。
ある態様において、本明細書に記載されている新規なサイトカイン発現シグネチャーは、ＣＬＬにおいてＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えばＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法、例えば、ＣＴＬ０１９ＣＡＲ発現細胞療法)に対する患者の応答と相関して患者に注入する前にＣＡＲ発現細胞産物を改良する。
【０８１６】
ある態様において、本明細書に記載されている新規なサイトカイン発現シグネチャーは、製造されるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＴＬ０１９産物)を評価するために使用される。ある態様において、本明細書に記載されている新規なサイトカイン発現シグネチャーは製造プロセス最適化の終点を提供する。
慢性リンパ性白血病(ＣＬＬ)においてＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法に対する患者の応答を予測する、再注入前の製造されるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物サンプルのサイトカインタンパク質発現レベルに基づく新規なサイトカイン発現シグネチャーが同定された。同定されたシグネチャーは、２１のＣＬＬ対象サンプルから調製された製造された産物サンプルのサイトカインタンパク質発現研究で発見された。ＣＬＬ対象サンプル(全部で２１)は次のように階層化された：ＣＴＬ０１９療法に対する完全応答者(ＣＲ)であった６人の患者、部分応答者(ＰＲ)であった５人の患者および１０人の非応答者(ＮＲ)に由来するＣＴＬ０１９製造産物。製造産物において応答者を非応答者から区別するいくつかのサイトカイン発現シグネチャーが１３のサイトカインのLuminex(登録商標)パネルを使用して発見された。
２１人のＣＬＬ患者からのＣＴＬ０１９製造産物の効力を腫瘍細胞殺戮アッセイで評価した。簡潔にいうと、製造されたＣＴＬ０１９産物を、ＣＤ１９を発現するＫ５６２(Ｋ５６２−１９細胞)によりインビトロで「活性化した」。特定の理論に縛られることは望まないが、ＣＤ１９を発現するＫ５６２細胞(例えば、Ｋ５６２−１９細胞)はＣＬＬ患者における白血病のＣＤ１９を発現するＢ−細胞を模倣する。ＣＴＬ０１９細胞を工学操作して、細胞表面上にＣＤ１９抗原を発現する細胞を確認し殺すようにし、Ｋ５６２−１９細胞のＣＴＬ０１９に媒介される殺戮は、腫瘍細胞のＣＴＬ０１９に媒介される殺戮効力を評価するための代用品として役立つ。
【０８１７】
ＣＴＬ０１９産物活性化の後、サイトカインタンパク質発現プロファイルを、サイトカインのLuminex(登録商標)パネルを使用して同時培養培地で測定した。例示的なサイトカインの発現プロファイルを測定し、ＣＴＬ０１９細胞産物の効力を様々なサイトカインの発現と相関させた。この分析で考察した例示的なサイトカインを表１４に示す。
【表８１】
2018501463.tif 000085
【０８１８】
その後、１)バイクラスタリング解析；および２)単変量解析を含む様々なデータ解析手法を使用して新規なサイトカイン発現プロファイルが発見された。
Luminex(登録商標)アッセイから得られたサイトカイン発現データを対数正規化し、バイクラスタリング解析に付した(完全連結法を使用して階層的クラスタリングを実行した)。刺激されたＣＴＬ０１９産物およびＣＬＬ患者でのサイトカイン発現のバイクラスタリング解析により、４つの主要なクラスターが得られ(カットオフ間隔≦１.０、図１７に示す４つのクラスターが得られた)、ＣＲ／ＰＲおよびＮＲの明確に区別可能なサブグループが同定された。刺激されたＣＴＬ０１９産物およびＣＬＬ患者におけるサイトカイン発現のバイクラスタリングの例示的なヒートマップを図１７に示す。驚くべきことに、２つのクラスター(クラスター１およびクラスター３)はほとんどがＣＲおよびＰＲから構成されるが、他の２つのクラスター(クラスター２およびクラスター４)は主にＮＲを含有していた。平均して、サイトカイン発現レベルはＮＲよりＣＲ／ＰＲで高かった(図１７)。
【０８１９】
次に、ＣＲ対ＰＲ対ＮＲを比較してＡＮＯＶＡ(分散分析)を使用して３群の単変量解析を行った。０.０５のｐ値カットオフを使用して統計的有意さを決定した。ＣＲ、ＰＲおよびＮＲを識別するための様々なサイトカインの統計的有意さ(例えば、ｐ値)を表１５にリストで示す。
【表８２】
2018501463.tif 000086
【０８２０】
３群モデルの単変量解析は、ＣＬＬ患者におけるＣＴＬ０１９療法に対する応答の統計的に有意なマーカーとして５つのサイトカイン、例えば、ＩＬ−１７ａ、ＣＣＬ−２０／ＭＩＰ３ａ、ＩＬ−６、ＩＬ−２およびＴＮＦαを特定した(図１８および表１５)。ＣＬＬ患者におけるＣＲ、ＰＲおよびＮＲを識別する統計的に有意なサイトカインの対数正規化された発現の例示的な結果を図１８に示す。
【０８２１】
製造されたＣＴＬ０１９産物をフローサイトメトリーにより評価してＣＡＲ＋細胞のパーセンテージを決定した。３群モデルの単変量解析で特定された５つのサイトカインを各々の製造されたＣＴＬ０１９産物におけるＣＡＲ＋細胞のパーセンテージにさらに相関させた。サイトカイン発現(上記したLuminex(登録商標)パネルから誘導)およびＣＡＲ＋細胞のパーセンテージ(フローサイトメトリーにより決定)の例示的な相関係数および対応するｐ値を表１６に示す。
【表８３】
2018501463.tif 000087
【０８２２】
ＣＴＬ０１９産物におけるＣＡＲ＋細胞のパーセンテージは形質導入効率を表す。ＣＬＬにおいて、回収前レベルでのＣＡＲ＋細胞のパーセントは応答者(例えば、完全応答者および部分応答者)を非応答者(ＮＲ)から識別する。図２１は、回収前のＣＡＲ＋細胞のパーセント(すなわち、形質導入率)を完全応答者(ＣＲ)については赤色で、部分応答者(ＰＲ)については青色で、そして非応答者(ＮＲ)については赤色で示す例示的な散布図を示す。形質導入効率を回収前に測定し、対象の応答(例えば、ＣＲ、ＰＲまたはＮＲ)と相関させた。実線は、非応答者の大部分を応答者から分離する１５％の形質導入効率を表す。特定の理論に縛られることは望まないが、これらのデータは、回収前ＣＡＲ形質導入効率がＣＬＬにおけるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法に対する応答のマーカーであることを示す。
ＩＬ１７ａとＣＣＬ２０サイトカイン発現との相関関係解析を行い、臨床応答との関連を散布図分析により評価した。図１９Ａは、ＩＬ１７Ａ(ｙ−軸)およびＣＣＬ２０(ｘ−軸)発現の、相関係数０.９２８および対応するｐ値１.３６ｅ−０９の対数正規化された相関関係を示す例示的な散布図を示す。破線はＮＲをＣＲｓ／ＰＲから分離する分類境界を表す。図１９Ａの各々の点はＣＬＬ患者を表し、クロスハッチ付き(ＮＲ)、黒(ＰＲ)および白(ＣＲ)は臨床応答を表す。図１９Ａの分類境界は、ＩＬ−１７ａおよびＣＣＬ２０の組合せがほとんどすべてのＮＲをＣＲ／ＰＲから分離し、次にＰＲがＣＲと別にクラスターを形成することを示す。特に、これらのデータは、表１６に挙げた１つまたは複数のサイトカインのＣＡＲ＋細胞発現が臨床応答を予測することを示す。
【０８２３】
驚くべきことに、ＩＬ−１７ａおよびＣＣＬ−２０の発現レベルはＣＴＬ０１９産物におけるＣＡＲ＋細胞のパーセンテージ(形質導入効率を表す)と相関しなかった。特定の理論に縛られることは望まないが、これらのデータは、ＩＬ−１７ａおよびＣＣＬ−２０サイトカインの発現レベルが、いくつかのやり方で、製造されたＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物、例えば、製造されたＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物の効力に関して情報を提供する(例えば、応答を予測する)ことを示す。第１に、サイトカインシグネチャーはＣＬＬにおいてＣＴＬ０１９ＣＡＲ発現細胞療法に対する患者の応答と相関する。従って、本明細書に記載されているサイトカインシグネチャーは、患者への注入の前に、より高い臨床的効能のために、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物(例えば、例えばＣＴＬ０１９ａのようなＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物)を改良および／または改変するのに使用することができる。第２に、本明細書に記載されているサイトカインシグネチャーは、製造されるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物を評価することにより、特に、製造プロセスの最適化における終点を提供するのに使用することができる。
ある態様において、本明細書に記載されているサイトカインシグネチャーは、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物の効力を規定する。ある態様において、本明細書に記載されているサイトカインシグネチャーは血液がん(例えば、ＣＬＬまたはＡＬＬ)におけるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物に対する応答のマーカーである。
ある態様において、本明細書に記載されているサイトカインシグネチャーはＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物に対する対象の応答を予測する。
ある態様において、表１６に記載されているサイトカインシグネチャーはＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物に対する対象の応答を予測する。
ある態様において、ＩＬ−１７ａおよびＣＣＬ−２０の発現レベルはＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物に対する対象の応答を予測する。
【０８２４】
実施例６：Ｂ−細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)におけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞療法に対する対象の再発を予測する因子の同定
本実施例は、特に、本発明に従って使用される、Ｂ細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)においてＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９療法)に対する患者の再発を予測する新規な転写遺伝子シグネチャーの同定を説明する。
特に、本実施例は、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)治療(例えば、ＣＴＬ０１９)(アフェレーシスまたは骨髄)に先立つ患者におけるまたは再注入に先立つ製造されたＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物サンプル(例えば、ＣＴＬ０１９)内における、選択された遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルに基づく新規な遺伝子シグネチャーを説明する。ある態様において、本実施例は、Ｂ−ＡＬＬにおけるＣＴＬ０１９療法に対する再発者をＢ−ＡＬＬにおけるＣＴＬ０１９療法に対する非再発者から区別する新規な遺伝子シグネチャーを説明する。
本実施例は、本発明に従って使用される、Ｂ−ＡＬＬにおけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する対象の再発を予測する新規な遺伝子シグネチャーを発見するための不偏の特徴選択の方法を説明する。
本実施例はまた、本発明に従って使用される新規な遺伝子シグネチャーを発見するための遺伝子セット分析の方法も説明する。
【０８２５】
Ｂ細胞急性リンパ性白血病(Ｂ−ＡＬＬ)におけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法に対する対象の再発を予測する、再注入に先立つ製造されたＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物サンプル内のｍＲＮＡ発現レベルに基づく新規な遺伝子シグネチャーが同定された。同定されたシグネチャーは、７つのＢ−ＡＬＬ対象サンプルを含む製造された産物サンプルの全ゲノムＲＮＡｓｅｑ研究で発見された。Ｂ−ＡＬＬ対象サンプル(全部で７つ)は次のように階層化された：生物学的なサンプルは、ＣＴＬ０１９療法後の再発(「非再発者」)ではない４人の対象およびＣＴＬ０１９療法後の再発(「再発者」)である３人の対象から採取した。製造された産物サンプル内の、応答者を非応答者から、また再発者を非再発者から区別するいくつかの転写遺伝子シグネチャーが発見された。これらを以下でさらに詳細に説明する。
その後、様々なデータ分析手法：１)不偏の特徴選択；２)遺伝子セット分析；および３)目的の選択された遺伝子の差次的発現分析を使用して新規な遺伝子シグネチャーが発見された。
【０８２６】
３人の再発者を４人の非再発者と比較する再発者および非再発者の２群の比較でどの遺伝子が異なって発現されるかを決定することによって、不偏の特徴選択に由来する新規な遺伝子シグネチャーが発見された。遺伝子は、ＦＤＲのｐ値カットオフが０.２５の２群の比較で差次的発現が統計的に有意であれば異なって発現すると規定された。再発者対非再発者の比較(Ｎ＝１７)に対する遺伝子リストを表１７にまとめて示す。２群の統計的モデルを適用して、図２Ｂに示した手法と同様に、メタ遺伝子がこれらの群間で統計的に異なるかどうかを決定した。図２Ｂは、完全応答者(ＣＲ)、部分応答者(ＰＲ)および非応答者(ＮＲ)に対する活性化したＴＥＦＦ対休止ＴＥＦＦ細胞で上方調節された遺伝子の例示的なヒートマップを示す。
特定の理論に縛られることは望まないが、これらのデータは、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物(例えば、ＣＴＬ０１９)におけるＴ細胞の分化状態が、対象の応答(すなわち、ＣＲ、ＰＲまたはＮＲ)と相関しており、Ｂ−ＡＬＬにおけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９療法)に対する対象の再発を予測することを示す。実施例１に記載したように、完全応答者の遺伝子シグネチャーはむしろ休止しているＴＲＥＧおよびＴＥＦＦ細胞に近い。特に、再発者(例えば、ＣＴＬ０１９療法に再発する完全応答者)に対する遺伝子シグネチャーは休止時のＴＲＥＧ対ＴＥＦＦ細胞において上方調節された遺伝子を含有する。特定の理論に縛られることは望まないが、これらのデータは、Ｂ−ＡＬＬにおけるＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する再発者が、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する非再発者と比較して、より高いレベルのＴＲＥＧを有することを示している。図２１は、ＴＲＥＧが再発者(Ｒ)対非再発者で異なって富化されることを示す例示的な結果を示し、例えば、再発者は完全応答者(ＣＲ)(例えば、非再発者)と比較して高レベルのＴＲＥＧ遺伝子を発現する。各々の遺伝子の配列を開示する例示的な刊行物または配列番号も表１７に示されており、各々の刊行物は全ての核酸およびタンパク質配列を含めてその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０８２７】
【表８４】
2018501463.tif 000088
【０８２８】
遺伝子セット分析により、Ｂ−ＡＬＬにおけるＣＴＬ０１９療法に対する対象の再発を予測するいくつかの遺伝子シグネチャーが得られた。次の遺伝子は再発者において増大したレベルを、非再発者において減少したレベルを示した：ＭＩＲ１９９Ａ１、ＭＩＲ１２０３、ｕｃ０２１ｏｖｐ、ＩＴＭ２ＣおよびＨＬＡ−ＤＱＢ１。次の遺伝子は再発者において減少したレベルを、非再発者において増大したレベルを示した：ＰＰＩＡＬ４Ｄ、ＴＴＴＹ１０、ＴＸＬＮＧ２Ｐ、ＭＩＲ４６５０−１、ＫＤＭ５Ｄ、ＵＳＰ９Ｙ、ＰＲＫＹ、ＲＰＳ４Ｙ２、ＲＰＳ４Ｙ１、ＮＣＲＮＡ００１８５、ＳＵＬＴ１Ｅ１およびＥＩＦ１ＡＹ。
特に、本実施例は、本発明に従って使用される新規な遺伝子シグネチャーを発見するための遺伝子セット分析の方法を説明する。
とりわけ、本実施例は、Ｂ−ＡＬＬにおけるＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)療法(例えば、ＣＴＬ０１９)に対する患者の再発を予測する、遺伝子セット分析に基づく新規な遺伝子シグネチャーを説明する。遺伝子セット分析は、表１７に記載した遺伝子セットに対して、そして実施例２に記載した遺伝子セットを用いて実施し、例えば、遺伝子セットは(１)Ｓｚａｂｏら(本明細書に開示されている)による遺伝子セットに基づく追加の実験；(２)ＡｂｂａｓらによりGenome Research 2005に公表された遺伝子セット；および(３)ＧａｔｔｉｎｏｎｉらによりNature Medicine 2011に公表された遺伝子セットから調達された。Ｓｚａｂｏ、ＡｂｂａｓおよびＧａｔｔｉｎｏｎｉの遺伝子セットの各々は実施例２に詳細に記載されている。Ｓｚａｂｏにより規定され、この分析で考察された遺伝子セットは実施例２の表２にまとめて示されている。Ａｂｂａｓにより規定され、この分析で考察された遺伝子セットは実施例２の表３にまとめて示されている。Ｇａｔｔｉｎｏｎｉにより規定され、この分析で考察された遺伝子セットは実施例２の表４にまとめて示されている。
【０８２９】
各々の遺伝子セット(例えば、Ｂ−ＡＬＬＲＮＡｓｅｑ遺伝子セット、Ｓｚａｂｏ遺伝子セット、Ａｂｂａｓ遺伝子セットおよびＧａｔｔｉｎｏｎｉ遺伝子セット)を評価して、その対象の応答(すなわち、再発者または非再発者)との関連を次のようにして決定した：メタ遺伝子を各々の対象について計算した。ここで、対象ｊに対するメタ遺伝子スコアは次式で定義される。
【数２】
2018501463.tif 000089
ここで、ｘｉｊは所与の遺伝子セットｎ＝１,..,Ｇに対する対象ｊの遺伝子ｉの発現値であり；μ(ｘ.ｊ)は対象ｊにおける遺伝子１,...,Ｇの平均であり；σ(ｘ.ｊ)は対象ｊにおける遺伝子１,...,Ｇの標準偏差である。
２群統計モデルを各々の遺伝子セットに適用して、メタ遺伝子が再発者および非再発者の製造されたＣＴＬ０１９産物間で統計的に異なるかどうかを決定した。この手法を示す概略図を図２Ｂに示す。Ｓｚａｂｏ、ＡｂｂａｓおよびＧａｔｔｉｎｏｎｉの遺伝子セットのうち、再発者と非再発者間で有意に異なって富化された１つの遺伝子セットがあった。この遺伝子セットはＳｚａｂｏ集合に由来し、休止時のＴＲＥＧ対ＴＥＦＦ細胞で上方調節された遺伝子を含有し、ＣＴＬ０１９療法に対する患者の再発に相関した。特に、この遺伝子セットは再発者で富化されていることが見出され、再発者が非再発者と比較してより高いレベルのＴＲＥＧＳを有することを示した。例えば、ＴＥＦＦ細胞と比較してＴＲＥＧで上方調節された遺伝子から構成される遺伝子セットに対するメタ遺伝子スコアが産物サンプルで患者の再発と相関することが見出される(図２０参照)。図２０は、ＴＲＥＧ遺伝子が非再発者、完全応答者(ＣＲ)と比較して再発者(Ｒ)で高い発現レベルを有することを示す例示的な結果(ｐ＝０.０００２１５)を示す。ｘ−軸は応答群によるサンプルであり、ＣＲ＝完全応答者、Ｒ＝再発者である。ｙ−軸は正規化されたメタ遺伝子発現スコアである。
【０８３０】
ある態様において、本明細書に記載されている遺伝子シグネチャーを使用して製造産物の改良を可能にすることにより、患者の再発の可能性を低下する。ある態様において、本明細書に記載されている遺伝子シグネチャーを使用して、製造産物の治療応用を修正することにより、患者の再発の可能性を低下する。
ある態様において、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)治療に対する再発を予測する本明細書に記載されている遺伝子シグネチャーを、ＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)治療(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞治療、例えば、ＣＴＬ０１９療法)に先立って対象で確認する。ある態様において、本明細書に記載されている遺伝子シグネチャーをアフェレーシスサンプルで確認する。ある態様において、本明細書に記載されている遺伝子シグネチャーを骨髄サンプルで確認する。ある態様において、本明細書に記載されている遺伝子シグネチャーは注入に先立って製造されたＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物(例えば、ＣＤ１９ＣＡＲ発現細胞産物、例えば、ＣＴＬ０１９)で確認される。
特定の理論に縛られることは望まないが、これらのデータは、アフェレーシスに先立ってまたはＣＡＲ発現細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)産物の製造中に、患者のＴＲＥＧシグネチャーを低下させると、患者の再発のリスクを顕著に低減することを示している。
【０８３１】
実施例７：患者に注入されるＣＤ２７＋ＰＤ１−ＣＡＲＴ細胞の量が療法に対する応答を予測する
ＣＴＬ０１９注入産物中のＣＤ２７＋ＰＤ１−細胞の数を２９人のＣＬＬ患者(８人の完全応答者および２１人の非応答者)で決定した。注入されるＣＤ２７＋ＰＤ１−ＣＡＲＴ細胞の数と療法に対する応答との関係を図２２に棒グラフとして、図２３に散布図として示す。閾値は患者当たり１×１０７のＣＡＲＴ細胞に設定した。完全応答者と非応答者で統計的に有意な差(ｐ＜０.０００１)が観察された。この実験は、ＣＡＲＴ１９免疫療法に対するＣＬＬ患者の完全な軽快が注入されたＣＤ２７＋ＰＤ１−ＣＡＲＴ細胞のより大きい数に関連することを示している。
【０８３２】
均等物
本発明の他の態様は、本明細書の考察または本明細書に開示されている本発明の実施から当業者には明らかとなろう。本発明は特定の面を参照して開示されているが、本発明の真の思想と範囲から逸脱することなく、当業者が本発明の他の面および変形を考案し得ることは明らかである。添付の特許請求の範囲はかかる面および等価な変形のすべてを包含するものと解釈されるべきである。
【図１】
2018501463.tif 000090
【図２Ａ】
2018501463.tif 000091
【図２Ｂ】
2018501463.tif 000092
【図３】
2018501463.tif 000093
【図４】
2018501463.tif 000094
【図５Ａ】
2018501463.tif 000095
【図５Ｂ】
2018501463.tif 000096
【図６】
2018501463.tif 000097
【図７】
2018501463.tif 000098
【図８−１】
2018501463.tif 000099
【図８−２】
2018501463.tif 000100
【図９−１】
2018501463.tif 000101
【図９−２】
2018501463.tif 000102
【図１０−１】
2018501463.tif 000103
【図１０−２】
2018501463.tif 000104
【図１１】
2018501463.tif 000105
【図１２】
2018501463.tif 000106
【図１３】
2018501463.tif 000107
【図１４】
2018501463.tif 000108
【図１５】
2018501463.tif 000109
【図１６】
2018501463.tif 000110
【図１７】
2018501463.tif 000111
【図１８】
2018501463.tif 000112
【図１９−１】
2018501463.tif 000113
【図１９−２】
2018501463.tif 000114
【図２０】
2018501463.tif 000115
【図２１】
2018501463.tif 000116
【図２２】
2018501463.tif 000117
【図２３】
2018501463.tif 000118
【配列表】
2018501463000001.app
【国際調査報告】
2018501463.tif 000119
2018501463.tif 000120
2018501463.tif 000121
2018501463.tif 000122
2018501463.tif 000123
2018501463.tif 000124