(57)【要約】生化学的経路および／または細胞プロセスに関与する細菌遺伝子に対して標的化したアンチセンスオリゴヌクレオチド、および関連する組成物、ならびに該オリゴヌクレオチドおよび組成物を単独でまたは他の抗菌剤と組み合わせて、例えば感染した哺乳類対象の治療において使用する方法を提供する。例えば、リボソームタンパク質をコードする遺伝子およびリポ多糖生合成に重要なタンパク質をコードする遺伝子のような必須細菌遺伝子のアンチセンス標的化は、ポリミキシンのような抗生物質、ポリミキシンノナペプチドのような抗菌剤に対する抗生物質耐性（例えば、多剤耐性）細菌の感受性を増加させることが示され、したがって、例えば抗生物質および／または抗菌剤と組み合わせて、そのような細菌の処置に有用性を見出すことができる。【選択図】図５
2018506272.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式（Ｉ）、
【化４２】
2018506272.tif 000052
の化合物、またはその薬学的に許容される塩であって、式中、
各Ｎｕが、一緒になって核酸塩基配列を形成する核酸塩基であり、
Ｚが、８〜３８の整数であり、
Ｔが、ＯＨ、および下記式、
【化４３】
2018506272.tif 000053
の部分、から選択され、
式中、
各Ｒ４が独立して、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｒ５が、電子対およびＨから選択され、
Ｒ６が、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および下記式、
【化４４】
2018506272.tif 000054
の部分、から選択され、
式中、
Ｒ７が、ＨおよびＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ８が、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９、アシル、トリチル、および４−メトキシトリチルから選択され、
式中、
Ｒ９が、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−ＯＨのものであり、式中、ｙが、３〜１０の整数であり、前記ｙ個のアルキル基の各々が独立して、Ｃ２−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ１の各出現例が、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０が独立して、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１が、電子対およびＨから選択され、
Ｒ２が、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、および下記式、
【化４５】
2018506272.tif 000055
の部分、からなる群から選択され、
式中、
Ｌが、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、
各Ｒ１２が、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２のものであり、式中、各Ｒ２６が、式（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、
Ｒ３が、電子対、Ｈ、およびＣ１−Ｃ６アルキルからなる群から選択され、
Ｇが、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ピロリジン−２−イル）ＮＨ−ＣＰＰからなる群から選択される、細胞膜透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であり、前記ＣＰＰは、ＣＰＰカルボキシ末端においてアミド結合によって前記リンカー部分に結合されているが、但し、Ｇの１つの出現例が存在することを条件とし、
前記核酸塩基配列が、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲをコードする緑膿菌ｍＲＮＡに相補的である標的化配列を含む、化合物、またはその薬学的に許容される塩。
【請求項２】
前記標的化配列は、表１から選択されるか、表１における標的化配列の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドの断片であるか、または表１における標的化配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する変異型であり、配列中、チミン塩基は、ウラシル塩基であってもよい、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
Ｚが９であり、前記標的化配列が、表１から選択される、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項４】
前記ＣＰＰが、表２から選択され、Ｂは、β−アラニンであり、Ｘは、６−アミノヘキサン酸である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項５】
Ｔが、下記式、
【化４６】
2018506272.tif 000056
のものであり、式中、Ｒ６が、下記式、
【化４７】
2018506272.tif 000057
のものであり、
Ｒ２がＧである、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項６】
Ｔが、下記式、
【化４８】
2018506272.tif 000058
のものであり、
Ｒ２がＧである、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項７】
Ｒ２がＨまたはＧから選択され、Ｒ３が、電子対またはＨから選択される、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項８】
Ｒ２がＧであり、Ｇが、表２から選択される、請求項７に記載の化合物。
【請求項９】
Ｒ２がＨまたはアシルである、請求項７に記載の化合物。
【請求項１０】
各Ｒ１が−Ｎ（ＣＨ３）２である、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項１１】
Ｔが、下記式、
【化４９】
2018506272.tif 000059
のものであり、
各Ｒ１が−Ｎ（ＣＨ３）２であり、
Ｒ２がＧであり、
前記標的化配列および対応するＧが、表３から選択される、請求項１に記載の化合物。
【請求項１２】
Ｔが、下記式、
【化５０】
2018506272.tif 000060
のものであり、
各Ｒ１が、−Ｎ（ＣＨ３）２であり、
Ｒ２が、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ３であり、
前記標的化配列および対応するＧが、表４から選択される、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項１３】
前記化合物が、下記式、
【化５１】
2018506272.tif 000061
のもの、またはその薬学的に許容される塩であり、前記標的化配列が、５’から３’に、
ａ）ＧＴＴ  ＧＴＴ  ＴＧＡ  ＴＣ（配列番号２）、
ｂ）ＴＴＣ  ＴＣＴ  ＣＣＴ  ＴＴ（配列番号３）、
ｃ）ＣＡＴ  ＡＣＣ  ＴＴＧ  ＴＴ（配列番号４）、
ｄ）ＣＴＣ  ＴＡＧ  ＡＣＡ  ＴＧ（配列番号５）、
ｅ）ＡＧＣ  ＡＣＣ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号６）、
ｆ）ＴＧＡ  ＣＴＣ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号７）、
ｇ）ＣＣＡ  ＣＣＴ  ＣＣＡ  ＧＧ（配列番号８）、
ｈ）ＡＧＧ  ＣＴＴ  ＣＣＧ  ＴＣ（配列番号９）、
ｉ）ＡＴＣ  ＡＡＡ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１０）、
ｊ）ＴＡＡ  ＴＣＣ  ＧＴＣ  ＡＧ（配列番号１１）、
ｋ）ＧＣＣ  ＡＧＧ  ＧＴＣ  ＡＴ（配列番号１２）、
ｌ）ＧＣＡ  ＴＴＴ  ＧＡＣ  ＣＴ（配列番号１３）、
ｍ）ＧＴＡ  ＣＧＧ  ＴＴＣ  ＡＴ（配列番号１４）、
ｎ）ＡＧＡ  ＡＴＴ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１５）、
ｏ）ＣＡＧ  ＴＣＧ  ＣＣＣ  ＣＴ（配列番号１６）、
ｐ）ＡＧＧ  ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＧＧ（配列番号１７）、
ｑ）ＣＴＡ  ＧＣＡ  ＣＴＣ  ＣＣ（配列番号１８）、
ｒ）ＡＴＧ  ＴＣＣ  ＡＴＣ  ＡＴ（配列番号１９）、
ｓ）ＡＣＣ  ＴＣＣ  ＣＡＧ  ＧＣ（配列番号２０）、
ｔ）ＧＣＡ  ＡＡＧ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号２１）、および
ｕ）ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＣＣＴ  ＴＧ（配列番号３５）、からなる群から選択され、
配列中、チミン塩基がウラシル塩基であってもよい、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項１４】
前記化合物が、
【化５２】
2018506272.tif 000062
【化５３】
2018506272.tif 000063
からなる群から選択されるか、またはその薬学的に許容される塩であり、
前記標的化配列は、５’から３’に、ＣＣＴ  ＣＡＧ  ＡＣＴ  ＣＣ（配列番号１）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項１５】
前記化合物が、下記式、
【化５４】
2018506272.tif 000064
のものであり、前記標的化配列が、５’から３’に、ＧＴＣ  ＧＡＡ  ＣＣＡ  ＡＴ（配列番号２２）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項１６】
前記チミン塩基が、ウラシル塩基である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の化合物。
【請求項１７】
ａ）請求項１〜１６のいずれか１項に記載の式（Ｉ）の化合物またはその薬学的に許容される塩と、
ｂ）ポリミキシンＥ（ＰＭＥ）、ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）、ポリミキシンＥノナペプチド、前記のもののいずれかの薬学的に許容される塩、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される第２の化合物と、を含む、組み合わせ。
【請求項１８】
前記第２の化合物が、ＰＭＥである、請求項１７に記載の組み合わせ。
【請求項１９】
化合物（Ｉ）対ＰＭＥの比が、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される、請求項１８に記載の組み合わせ。
【請求項２０】
前記第２の化合物が、ＰＭＢＮである、請求項１７に記載の組み合わせ。
【請求項２１】
化合物（Ｉ）対ＰＭＢＮの比が、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される、請求項２０に記載の組み合わせ。
【請求項２２】
緑膿菌感染症を治療する方法であって、それを必要とする患者に、式（Ｉ）、
【化５５】
2018506272.tif 000065
の化合物、またはその薬学的に許容される塩であって、式中、
各Ｎｕが、一緒になって核酸塩基配列を形成する核酸塩基であり、
Ｚが、８〜３８の整数であり、
Ｔが、ＯＨ、および下記式、
【化５６】
2018506272.tif 000066
の部分、から選択され、
式中、
各Ｒ４が独立して、ＨおよびＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ５が、電子対およびＨから選択され、
Ｒ６が、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および下記式、
【化５７】
2018506272.tif 000067
の部分、から選択され、
式中、
Ｒ７が、ＨおよびＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ８が、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９、アシル、トリチル、および４−メトキシトリチルから選択され、
式中、
Ｒ９が、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−ＯＨのものであり、式中、ｙが、３〜１０の整数であり、前記ｙ個のアルキル基の各々が独立して、１つ以上の介在する酸素ラジカルを任意選択で含有するＣ２−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ１の各出現例が、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０が独立して、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１が、電子対およびＨから選択され、
Ｒ２が、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、および下記式、
【化５８】
2018506272.tif 000068
の部分、からなる群から選択され、
式中、
Ｌが、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、
各Ｒ１２が、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２のものであり、式中、各Ｒ２６が、式（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、
Ｒ３が、電子対、Ｈ、およびＣ１−Ｃ６アルキルからなる群から選択され、
Ｇが、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ピロリジン−２−イル）ＮＨ−ＣＰＰからなる群から選択される、細胞膜透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であり、前記ＣＰＰは、ＣＰＰカルボキシ末端においてアミド結合によって前記リンカー部分に結合されているが、但し、Ｇの最大１つの出現例が存在することを条件とし、
前記核酸塩基配列が、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲをコードする緑膿菌ｍＲＮＡに相補的である標的化配列を含む、
化合物、またはその薬学的に許容される塩と、薬学的に許容される担体と、を含む、有効量の薬学的組成物を投与することを含む、方法。
【請求項２３】
緑膿菌感染症の治療または予防を必要とする患者における、前記治療または予防のための薬学的組み合わせ療法であって、
式（Ｉ）、
【化５９】
2018506272.tif 000069
の化合物、またはその薬学的に許容される塩であって、式中、
各Ｎｕが、一緒になって核酸塩基配列を形成する核酸塩基であり、
Ｚが、８〜３８の整数であり、
Ｔが、ＯＨ、および下記式、
【化６０】
2018506272.tif 000070
の部分、から選択され、
式中、
各Ｒ４が独立して、ＨおよびＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ５が、電子対およびＨから選択され、
Ｒ６が、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および下記式、
【化６１】
2018506272.tif 000071
の部分、から選択され、
式中、
Ｒ７が、ＨおよびＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ８が、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９、アシル、トリチル、および４−メトキシトリチルから選択され、
式中、
Ｒ９が、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−ＯＨのものであり、式中、ｙが、３〜１０の整数であり、前記ｙ個のアルキル基の各々が独立して、１つ以上の介在する酸素ラジカルを任意選択で含有するＣ２−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ１の各出現例が、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０が独立して、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１が、電子対およびＨから選択され、
Ｒ２が、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、および下記式、
【化６２】
2018506272.tif 000072
の部分、からなる群から選択され、
式中、
Ｌが、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、
各Ｒ１２が、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２のものであり、式中、各Ｒ２６が、式（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、
Ｒ３が、電子対、Ｈ、およびＣ１−Ｃ６アルキルからなる群から選択され、
Ｇが、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ピロリジン−２−イル）ＮＨ−ＣＰＰからなる群から選択される、細胞膜透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であり、前記ＣＰＰは、ＣＰＰカルボキシ末端においてアミド結合によって前記リンカー部分に結合されているが、但し、Ｇの最大１つの出現例が存在することを条件とし、
前記核酸塩基配列が、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲをコードする緑膿菌ｍＲＮＡに相補的である標的化配列を含む、
化合物、またはその薬学的に許容される塩と、
ポリミキシンＥ（ＰＭＥ）、ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）、ポリミキシンＥノナペプチド、前記のもののいずれかの薬学的に許容される塩、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される第２の化合物と、を含む、薬学的組み合わせ療法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に基づき、２０１４年１２月３１日に出願された米国出願第６２／０９８，７１３号の優先権を主張し、この出願は参照によりその全体が組み込まれる。
【０００２】
配列表についての陳述
本出願に関連付けられた配列表は、ハードコピーの代わりにテキスト形式で提供され、これによって参照により本明細書に組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名前はＳＡＴＨ＿００５＿０１ＷＯ＿ＳｅｑＬｉｓｔ＿ＳＴ２５．ｔｘｔである。テキストファイルは約９ＫＢであり、２０１５年１２月２１日に作成されたものであり、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して電子的に提出されている。
【０００３】
背景
本開示は、生化学経路および／または細胞プロセスに関与する細菌遺伝子に対して標的化したアンチセンスオリオゴヌクレオチド、および関連する組成物、ならびに該オリオゴヌクレオチドおよび組成物を単独でまたは他の抗菌剤と組み合わせて、例えば感染した哺乳類対象の治療において使用する方法に関する。
【０００４】
抗生物質耐性の急速な増加に対抗するために、抗菌剤療法開発における新しいパラダイムが緊急に必要とされている。これは、嚢胞性線維症（ＣＦ）患者などの慢性感染症に罹患している宿主に特に重要である。ＣＦ患者は、両方とも重大な罹患率および死亡率を引き起こす、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）およびバークホルデリア・セパシア複合体（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｃｅｐａｃｉａ  ｃｏｍｐｌｅｘ）（Ｂｃｃ）を含む、様々な病原体による慢性肺炎症に罹る。嚢胞性線維症は、嚢胞性線維症膜コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）遺伝子の両方の対立遺伝子における突然変異から生じる。慢性肺炎症は、緑膿菌、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、およびバークホルデリア・セパシア複合体（Ｂｃｃ）を含む様々な病原体により起こり、ＣＦ患者の罹患率および死亡率の主要原因である。さらに、これらの生物の抗生物質耐性株を保有する患者の割合が上昇している。これらの病原体は、肺から根絶することは不可能であり、肺機能の進行性または急速な低下のいずれかにつながる可能性がある。
【０００５】
これらの多剤耐性グラム陰性病原体に対する新しい抗菌剤の現在の供給経路は限られたままである。さらに、開発されてきた多くの薬物は、薬物開発における根本的に新しいイノベーションとは対照的に、既存の抗生物質スカフォールドを改変することを含む。したがって、（ｉ）細菌感染の抗生物質治療を現在妨げている主なタイプの抗生物質耐性を受けず、（ｉｉ）標的細菌の特異性に関してある程度合理的な程度の予測可能性で迅速に開発することができ、（ｉｉｉ）低用量で有効であり、そして（ｉｖ）副作用が少ない、抗菌剤の必要性が存在する。本開示は、単独で、または従来の抗生物質または他の抗菌剤と組み合わせて使用して、多剤耐性病原体を標的とすることができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
本開示の実施形態は、部分的に、生化学的経路および／または細胞プロセスに関与する細菌遺伝子のアンチセンス標的化が、とりわけ抗生物質耐性病原菌の抗生物質感受性を高め、特定の病原菌の増殖能力を低下させることができるという発見に関する。例えば、リボソームタンパク質をコードする遺伝子およびリポ多糖生合成に重要なタンパク質をコードする遺伝子のような必須細菌遺伝子のアンチセンス標的化は、ポリミキシンのような抗生物質、ポリミキシンノナペプチドのような抗菌剤に対する抗生物質耐性（例えば、多剤耐性）細菌の感受性を増加させることが示され、したがって、例えば抗生物質および／または抗菌剤と組み合わせて、そのような細菌の処置に有用性を見出すことができる。そのようなアンチセンス標的化は、多剤耐性細菌に対するスタンドアロン療法、および例えば抗生物質および／または抗菌剤に対する細菌の感受性を増加させるための組み合わせ療法として有用である。さらに、アンピシリンに対する耐性をコードする遺伝子のような抗生物質耐性遺伝子のアンチセンス標的化は、アンピシリン耐性細菌のアンピシリンに対する感受性を増加させることが示された。
【０００７】
したがって、本開示の実施形態は、モルホリノサブユニットと、１つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの５’−環外炭素に結合させるリン含有サブユニット間結合と、からなる実質的に荷電していないアンチセンスモルホリノオリゴヌクレオチドであって、（ａ）約１０〜４０のヌクレオチド塩基、ならびに（ｂ）細菌生化学経路および／または細胞プロセスに関与するタンパク質をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列に特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性の標的化配列、を有する、アンチセンスモルホリノオリゴヌクレオチドを含み、このオリゴヌクレオチドは細胞膜透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートされている。
【０００８】
ある特定の実施形態では、標的配列は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドン、および／または細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンの約３０塩基上流または下流以内の配列を含む。
【０００９】
ある特定の実施形態において、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴヌクレオチドは、式Ｉ、
【化１】
2018506272.tif 000003
の化合物、またはその薬学的に許容される塩であり、式中、Ｎｕは、一緒になって核酸塩基配列を形成する核酸塩基であり、Ｚは、８〜３８の整数であり、Ｔは、ＯＨおよび下記式、
【化２】
2018506272.tif 000004
の部分、から選択され、
式中、各Ｒ４は独立して、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｒ５は、電子対およびＨから選択され、Ｒ６は、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および下記式、
【化３】
2018506272.tif 000005
の部分、から選択され、
式中、Ｒ７は、ＨおよびＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、Ｒ８は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９、アシル、トリチル、および４−メトキシトリチルから選択され、Ｒ９は、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−ＯＨのものであり、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、ｙ個のアルキル基の各々は独立して、Ｃ２−Ｃ６アルキルから選択され、Ｒ１の各出現例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中各Ｒ１０は独立して、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、および式、
【化４】
2018506272.tif 000006
の部分、からなる群から選択され、
式中、Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、各Ｒ１２は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２のものであり、式中、各Ｒ２６は、式（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、Ｒ３は、電子対、Ｈ、およびＣ１−Ｃ６アルキルからなる群から選択され、Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ピロリジン−２−イル）ＮＨ−ＣＰＰからなる群から選択される、細胞膜透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であり、該ＣＰＰは、ＣＰＰカルボキシ末端においてアミド結合によってリンカー部分に結合されているが、但し、Ｇの１つの出現例が存在することを条件とする。
【００１０】
いくつかの実施形態において、標的化配列は、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲをコードする緑膿菌ｍＲＮＡに称賛的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）である。
【００１１】
いくつかの実施形態において、核酸塩基は、緑膿菌ｍＲＮＡに相補的である標的化配列を含み、該標的化配列は、表１から選択されるか、表１における標的化配列の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドの断片であるか、または表１における標的化配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する変異型であり、配列中、チミン塩基は、ウラシル塩基であってもよい。
【００１２】
ある特定の実施形態において、該ＣＰＰはアルギニンリッチペプチドである。ある特定の実施形態において、ＣＰＰは表２から選択される。
【００１３】
いくつかの実施形態において、Ｒ２がＨまたはＧから選択され、Ｒ３が、電子対またはＨから選択される。特定の実施形態において、Ｒ２がＧであり、Ｇが、表２から選択される。いくつかの実施形態において、Ｒ２は、Ｈまたはアシルである。いくつかの実施形態において、各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【００１４】
ある特定の実施形態において、Ｔは、下記式、
【化５】
2018506272.tif 000007
のものであり、
Ｒ６は、下記式、
【化６】
2018506272.tif 000008
のものであり、
Ｒ２は、Ｇである。
【００１５】
ある特定の実施形態において、Ｔは、下記式、
【化７】
2018506272.tif 000009
のものであり、
Ｒ２は、Ｇである。
【００１６】
ある特定の実施形態において、Ｔは、下記式、
【化８】
2018506272.tif 000010
のものであり、
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２は、Ｇであり、標的化配列および対応するＧは、表３から選択される。
【００１７】
ある特定の実施形態において、Ｔは、下記式、
【化９】
2018506272.tif 000011
のものであり、
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２は、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ３であり、標的化配列および対応するＧは、表４から選択される。
【００１８】
また、ａ）上記順列のいずれか１つに記載の式（Ｉ）の化合物または下記でさらに詳細に記載される式（Ｉ）の化合物、またはその薬学的に許容される塩と、ｂ）ポリミキシンＥ（ＰＭＥ）、ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）、ポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）、上記のいずれかの薬学的に許容される塩、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される第２の化合物と、を含む組み合わせも含まれる。いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対第２の化合物の比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。特定の実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＥである。他の実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＥの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。いくつかの実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＢＮである。いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＢＮの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。他の実施形態において、第２の化合物が化合物（Ｉ）に対して存在する量は、第２の化合物の抗菌活性の治療的量未満である。
【００１９】
また、（１）本開示の式（Ｉ）の化合物またはその薬学的に許容される塩と、（２）薬学的に許容される担体と、を含む、薬学的組成物も含まれる。
【００２０】
いくつかの実施形態において、標的化配列は、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲをコードする緑膿菌ｍＲＮＡに称賛的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）である。
【００２１】
いくつかの実施形態において、核酸塩基は、緑膿菌ｍＲＮＡに相補的である標的化配列を含み、該標的化配列は、表１から選択されるか、表１における標的化配列の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドの断片であるか、または表１における標的化配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する変異型であり、配列中、チミン塩基は、ウラシル塩基であってもよい。
【００２２】
いくつかの実施形態において、該薬学的組成物は、ポリミキシンＥ（ＰＭＥ）、ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）、ポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）、上記のもののいずれかの薬学的に許容される塩、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される、第２の化合物をさらに含む。いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対第２の化合物の比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。特定の実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＥである。いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＥの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。いくつかの実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＢＮである。他の実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＢＮの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。他の実施形態において、第２の化合物が化合物（Ｉ）に対して存在する量は、第２の化合物の抗菌活性の治療的量未満である。
【００２３】
また、本開示の式（Ｉ）の化合物および薬学的に許容される担体を含む有効量の組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、緑膿菌感染症を治療する方法も含まれる。
【００２４】
いくつかの実施形態において、核酸塩基は、緑膿菌ｍＲＮＡに相補的である標的化配列を含み、該標的化配列は、表１から選択されるか、表１における標的化配列の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドの断片であるか、または表１における標的化配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する変異型であり、配列中、チミン塩基は、ウラシル塩基であってもよい。
【００２５】
いくつかの実施形態において、本方法は、ポリミキシンＥ（ＰＭＥ）、ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）、ポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）、上記のもののいずれかの薬学的に許容される塩、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される化合物を含む組成物を投与することをさらに含む。特定の実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＥである。他の実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＥの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。いくつかの実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＢＮである。他の実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＢＮの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。いくつかの実施形態において、第２の化合物が薬学的組成物中に存在する量は、緑膿菌感染症の治療における第２の化合物の抗菌活性の治療的レベルを下回る。
【００２６】
いくつかの実施形態において、本方法はアンピシリンを患者に投与する工程をさらに含む。他の実施形態において、アンピシリンは薬学的組成物と一緒に投与される。ある特定の実施形態において、薬学的組成物はさらにアンピシリンを含む。
【００２７】
また、緑膿菌感染症の治療または予防を必要とする患者における、該治療または予防のための薬学的組み合わせ療法であって、（１）本開示に従う式（Ｉ）の化合物と、（２）ポリミキシンＥ（ＰＭＥ）、ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）、ポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）、上記のもののいずれかの薬学的に許容される塩、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される第２の化合物とを、含む、薬学的組み合わせ療法も含まれる。いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）に対する第２の化合物の量は、第２の化合物の抗細菌活性に対する治療量未満である。
【００２８】
いくつかの実施形態において、核酸塩基は、緑膿菌ｍＲＮＡに相補的である標的化配列を含み、該標的化配列は、表１から選択されるか、表１における標的化配列の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドの断片であるか、または表１における標的化配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する変異型であり、配列中、チミン塩基は、ウラシル塩基であってもよい。
【００２９】
いくつかの実施形態において、対象または患者は緑膿菌の薬剤耐性または多剤耐性（ＭＤＲ）株に感染している。特定の実施形態では、対象は、嚢胞性線維症（ＣＦ）であるか、またはそれを有する危険性がある。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
【図１−１】様々なレベルの抗生物質耐性を有する２１の緑膿菌臨床分離株のパネルに対して試験した表３および４のＰＰＭＯについての最小発育阻害濃度（ＭＩＣ）値のヒートマップを示す。ＭＩＣは各ＰＰＭＯの下に色（灰色≧１６μＭ、青色＝８〜１６μＭ、赤色＝２〜４μＭ、茶色≦１μＭ、白色＝ＭＩＣは検出されない）および数値で示されている。
【図１−２】様々なレベルの抗生物質耐性を有する２１の緑膿菌臨床分離株のパネルに対して試験した表３および４のＰＰＭＯについての最小発育阻害濃度（ＭＩＣ）値のヒートマップを示す。ＭＩＣは各ＰＰＭＯの下に色（灰色≧１６μＭ、青色＝８〜１６μＭ、赤色＝２〜４μＭ、茶色≦１μＭ、白色＝ＭＩＣは検出されない）および数値で示されている。
【図２−１】様々なレベルの抗生物質耐性を有する緑膿菌臨床分離株のパネルに対して試験したコリスチン（ポリミキシンＥ）の阻害未満濃度（ｓｕｂ−ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ  ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎｓ）と組み合わせた表３および４のＰＰＭＯの最小発育阻害濃度（ＭＩＣ）値のヒートマップを示す。ＭＩＣは、図１のように色および数値で示される。特に記載のない限り、すべてのＭＩＣは、１μｇ／ｍＬのコリスチンの存在下で行った（＊アスタリスクの菌株は０．５μｇ／ｍＬのコリスチンで試験した）。コリスチン単独によるシュードモナスの増殖阻害はなかったが、ＰＰＭＯは広範囲の遺伝子標的にわたって活性が増強されていることが示された。最も強力なＰＰＭＯは０．５μＭのＩＣ５０濃度を有していた。
【図２−２】様々なレベルの抗生物質耐性を有する緑膿菌臨床分離株のパネルに対して試験したコリスチン（ポリミキシンＥ）の阻害未満濃度（ｓｕｂ−ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ  ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎｓ）と組み合わせた表３および４のＰＰＭＯの最小発育阻害濃度（ＭＩＣ）値のヒートマップを示す。ＭＩＣは、図１のように色および数値で示される。特に記載のない限り、すべてのＭＩＣは、１μｇ／ｍＬのコリスチンの存在下で行った（＊アスタリスクの菌株は０．５μｇ／ｍＬのコリスチンで試験した）。コリスチン単独によるシュードモナスの増殖阻害はなかったが、ＰＰＭＯは広範囲の遺伝子標的にわたって活性が増強されていることが示された。最も強力なＰＰＭＯは０．５μＭのＩＣ５０濃度を有していた。
【図３】酵素処理によるポリミキシンＢ（ＰＭＢ）からのポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）の生成を示す。
【図４Ａ−１】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図４Ａ−２】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図４Ｂ−１】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図４Ｂ−２】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図４Ｂ−３】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図４Ｂ−４】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図４Ｃ−１】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図４Ｃ−２】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図４Ｃ−３】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図４Ｃ−４】ＰＭＢＮの阻害未満濃度を有するＰＰＭＯ  ＭＩＣのヒートマップを示す。ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下、ＭＨＩＩ培地においてＰＰＭＯは活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【図５】一定濃度のＰＭＢＮ（４μｇ／ｍｌ）でインキュベートした様々な濃度のＲｐｓＪ  ＰＰＭＯを含む２つの異なる緑膿菌株（ＰＡＯ１およびＭ５７−１５）における経時的コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍｌ（ｌｏｇ１０））を示す。ＰＰＭＯは、緑膿菌の増殖を時間および濃度依存的に阻害する。
【図６−１】ＰＰＭＯ処理が緑膿菌バイオフィルムの形成を妨げることを示す。緑膿菌ＰＡＯ１（５×１０５ｃｆｕ／ｍＬ）を、ＭＢＥＣプレート中のＭＨＩＩ培地中で２０時間、単独で、または５μＭの指定のＰＰＭＯ、ＰＭＢＮ単独、（ＲＸＲ）４、もしくはスクランブルＰＰＭＯの存在下でのいずれかで増殖させた。別途指定されない限り、すべての条件において２μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含有した。２０時間目で、ペグをクリスタルバイオレットのために加工し、または顕微鏡観察によって可視化した。図６Ａ：２０時間目のバイオフィルムのクリスタルバイオレット分析により、５μＭ濃度のＲｐｓＪ（ＰＰＭＯ＃１４）、ＲｐｍＢ（ＰＰＭＯ＃５）およびＬｐｘＣ（ＰＰＭＯ＃２）ＰＰＭＯで、バイオフィルムの統計的に有意な予防が示された（一元配置ＡＮＯＶＡ  ｐ＜０．０００１。＊Ｔｕｋｅｙの多重比較検定によって解析したとき、ＰＰＭＯなし、Ｓｃｒ  ＰＰＭＯ＃４１、ペプチド、およびノナペプチドとの統計的に有意な差）。図６Ｂ〜６Ｄ：（図６Ｂ）ＰＰＭＯなし、（図６Ｃ）５μＭ  Ｓｃｒ  ＰＰＭＯ＃４１、（図６Ｄ）５μＭ  ＲｐｓＪ  ＰＰＭＯ＃１４で処理された２０時間目のバイオフィルムのスピニングディスク共焦点顕微鏡観察画像。ＰＡＯ１  ＧＦＰは、緑色で示され、バイオフィルムは、赤色で示される。バイオフィルムは、２００μｇ／ｍＬのＣｏｎｃａｎａｖａｌｉｎ  Ａ、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ  ６４７コンジュゲートで染色されている。
【図６−２】ＰＰＭＯ処理が緑膿菌バイオフィルムの形成を妨げることを示す。緑膿菌ＰＡＯ１（５×１０５ｃｆｕ／ｍＬ）を、ＭＢＥＣプレート中のＭＨＩＩ培地中で２０時間、単独で、または５μＭの指定のＰＰＭＯ、ＰＭＢＮ単独、（ＲＸＲ）４、もしくはスクランブルＰＰＭＯの存在下でのいずれかで増殖させた。別途指定されない限り、すべての条件において２μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含有した。２０時間目で、ペグをクリスタルバイオレットのために加工し、または顕微鏡観察によって可視化した。図６Ａ：２０時間目のバイオフィルムのクリスタルバイオレット分析により、５μＭ濃度のＲｐｓＪ（ＰＰＭＯ＃１４）、ＲｐｍＢ（ＰＰＭＯ＃５）およびＬｐｘＣ（ＰＰＭＯ＃２）ＰＰＭＯで、バイオフィルムの統計的に有意な予防が示された（一元配置ＡＮＯＶＡ  ｐ＜０．０００１。＊Ｔｕｋｅｙの多重比較検定によって解析したとき、ＰＰＭＯなし、Ｓｃｒ  ＰＰＭＯ＃４１、ペプチド、およびノナペプチドとの統計的に有意な差）。図６Ｂ〜６Ｄ：（図６Ｂ）ＰＰＭＯなし、（図６Ｃ）５μＭ  Ｓｃｒ  ＰＰＭＯ＃４１、（図６Ｄ）５μＭ  ＲｐｓＪ  ＰＰＭＯ＃１４で処理された２０時間目のバイオフィルムのスピニングディスク共焦点顕微鏡観察画像。ＰＡＯ１  ＧＦＰは、緑色で示され、バイオフィルムは、赤色で示される。バイオフィルムは、２００μｇ／ｍＬのＣｏｎｃａｎａｖａｌｉｎ  Ａ、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ  ６４７コンジュゲートで染色されている。
【図７−１】ＰＰＭＯ処理が現存の緑膿菌バイオフィルムを減少させることを示している。緑膿菌ＰＡＯ１（５×１０５ｃｆｕ／ｍＬ）をＭＢＥＣプレート中で２４時間増殖させた。２４時間目で、ペグを、新鮮なＭＨＩＩ培地、および指定濃度のスクランブル、ＲｐｓＪ、またはＡｃｐＰ  ＰＰＭＯのいずれかを含有する新たな９６ウェルプレートに移動させた。ＰＰＭＯを含有する（スクランブルを含む）すべてのウェルが、２μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含有した。３２時間目および４０時間目で、ペグを再び、ＰＰＭＯを含むまたは含まない新たなプレートに移動させた。４８時間で、ペグをクリスタルバイオレットのために加工し、または顕微鏡観察によって可視化した。図７Ａ：４８時間目のバイオフィルムのクリスタルバイオレット分析により、１０および５μＭのＲｐｓＪ（ＰＰＭＯ＃１４）で、ならびに１０、５、２．５、および１μＭのＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５で、バイオフィルムの統計的に有意な低減が示された（一元配置ＡＮＯＶＡ  ｐ＜０．０００１。Ｔｕｋｅｙの多重比較検定によって解析したとき、＊ＰＰＭＯなしおよびＳｃｒ  ＰＰＭＯ＃４１との統計的に有意な差、＊＊ＰＰＭＯなしおよびＳｃｒ  ＰＰＭＯ＃４２との統計的に有意な差）。図７Ｂ〜７Ｄ：（図７Ｂ）１０μＭ  Ｓｃｒ  ＰＰＭＯ＃４２、（図７Ｃ）２．５μＭ  ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５、（図７Ｄ）１０μＭ  ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５で処理された４８時間目のバイオフィルムのスピニングディスク共焦点顕微鏡観察画像。緑色のチャネルは、ＰＡＯ１  ＧＦＰであり、赤色のチャネルは、２００μｇ／ｍＬのＣｏｎｃａｎａｖａｌｉｎ  Ａ、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ  ６４７コンジュゲートで染色したバイオフィルムである。
【図７−２】ＰＰＭＯ処理が現存の緑膿菌バイオフィルムを減少させることを示している。緑膿菌ＰＡＯ１（５×１０５ｃｆｕ／ｍＬ）をＭＢＥＣプレート中で２４時間増殖させた。２４時間目で、ペグを、新鮮なＭＨＩＩ培地、および指定濃度のスクランブル、ＲｐｓＪ、またはＡｃｐＰ  ＰＰＭＯのいずれかを含有する新たな９６ウェルプレートに移動させた。ＰＰＭＯを含有する（スクランブルを含む）すべてのウェルが、２μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含有した。３２時間目および４０時間目で、ペグを再び、ＰＰＭＯを含むまたは含まない新たなプレートに移動させた。４８時間で、ペグをクリスタルバイオレットのために加工し、または顕微鏡観察によって可視化した。図７Ａ：４８時間目のバイオフィルムのクリスタルバイオレット分析により、１０および５μＭのＲｐｓＪ（ＰＰＭＯ＃１４）で、ならびに１０、５、２．５、および１μＭのＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５で、バイオフィルムの統計的に有意な低減が示された（一元配置ＡＮＯＶＡ  ｐ＜０．０００１。Ｔｕｋｅｙの多重比較検定によって解析したとき、＊ＰＰＭＯなしおよびＳｃｒ  ＰＰＭＯ＃４１との統計的に有意な差、＊＊ＰＰＭＯなしおよびＳｃｒ  ＰＰＭＯ＃４２との統計的に有意な差）。図７Ｂ〜７Ｄ：（図７Ｂ）１０μＭ  Ｓｃｒ  ＰＰＭＯ＃４２、（図７Ｃ）２．５μＭ  ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５、（図７Ｄ）１０μＭ  ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５で処理された４８時間目のバイオフィルムのスピニングディスク共焦点顕微鏡観察画像。緑色のチャネルは、ＰＡＯ１  ＧＦＰであり、赤色のチャネルは、２００μｇ／ｍＬのＣｏｎｃａｎａｖａｌｉｎ  Ａ、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ  ６４７コンジュゲートで染色したバイオフィルムである。
【図８】ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５がピペラシリン・タゾバクタム（Ｐｉｐｅｒａｃｉｌｌｉｎ  Ｔａｚｏｂａｃｔａｍ）と相乗的であることをを示す。緑膿菌ＰＡＯ１においてピペラシリン・タゾバクタムおよびＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５を用いて、相乗アッセイを行った。１×１０６ｃｆｕ／ｍＬのＰＡＯ１を、９６ウェルプレート中のＭｕｅｌｌｅｒ  Ｈｉｎｔｏｎ  ＩＩ培地に、２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮの存在下で植菌した。ピペラシリン・タゾバクタム（ＰＴ）を２分の１希釈によって、横方向に１２８から０．１２４μｇ／ｍＬまで段階希釈した。ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５を同じ様態で３２から０．５μＭまで縦に希釈した。９６ウェルプレートを次いで３７℃で１８時間インキュベートした。グラフは、ＰＴ単独対漸増濃度のＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５と共にしたＰＴのＭＩＣを示す。ＰＴとＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５の組み合わせは、ＰＰＭＯ濃度が増加するにつれて減少するＭＩＣ値を示した。
【図９】ＡｍｐＲ  ＰＰＭＯおよびＰＭＢＮ濃度の関数としてのアンピシリンの最小生育阻害濃度（ＭＩＣ）を示す。ＰＭＢＮと組み合わせたＡｍｐＲ  ＰＰＭＯは、緑膿菌ＰＡＯ１におけるアンピシリンの活性を回復させる。
【発明を実施するための形態】
【００３１】
定義
別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本開示が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと類似または等価な任意の方法および材料が、本開示の実施または試験において使用され得るが、好ましい方法および材料が記載される。本開示の目的のために、下記の用語を以下に定義する。
【００３２】
冠詞「ａ」および「ａｎ」は、冠詞の文法上の目的語の１つまたは１つよりも多く（すなわち、少なくとも１つ）を指すために本明細書で使用される。一例として、「ａｎ  ｅｌｅｍｅｎｔ」は１つの要素又は１つよりも多くの要素を意味する。
【００３３】
「約」とは、参照する数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さに対して３０、２５、２０、１５、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１％ほど変化する数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量、または長さを意味する。
【００３４】
「コード配列」とは、遺伝子のポリペプチド産物のコードに寄与する任意の核酸配列を意味する。対照的に、用語「非コード配列」は、遺伝子のポリペプチド産物のコードに直接寄与しない任意の核酸配列を指す。
【００３５】
本明細書全体を通して、文脈上そうでないとする要求がない限り、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、および「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という語は、記載されたステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群を含むことを意味すると理解するべきであるが、他のステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群を除外するものではない。
【００３６】
「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」とは、「からなる」という語句に続くものを含み、かつこれらに限定されることを意味する。したがって、「からなる」という語句は、列挙された要素が必要であるかまたは必須であり、他の要素が存在しないことを示す。「〜から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」とは、語句の後に列挙される任意の要素を含み、かつ列挙された要素の開示において特定された活動または作用を妨げないかまたは寄与する他の要素に限定されることを意味する。したがって、「〜から本質的になる」という句は、列挙された要素が必要または必須であることを示すが、他の要素は任意であり、列挙された要素の活性または作用に実質的に影響を及ぼすか否かに応じて存在しても存在しなくてもよい。
【００３７】
本明細書中で使用される場合、「細胞と接触させる（ｃｏｎｔａｃｔｉｎｇ  ａ  ｃｅｌｌ）」、「導入する（ｉｎｔｒｏｄｕｃｉｎｇ）」または「送達する（ｄｅｌｉｖｅｒｉｎｇ）」という用語は、当該技術分野でルーチンの方法、例えばトランスフェクション（例えば、リポソーム、リン酸カルシウム、ポリエチレンイミン）、エレクトロポレーション（例えば、ヌクレオフェクション）、マイクロインジェクション）、形質転換、および投与によって、本開示のオリゴヌクレオチドを細胞に送達することが含まれる。
【００３８】
用語「細胞膜透過性ペプチド（ＣＰＰ）」または「細胞取り込みを増強するペプチド部分」は互換的に用いられ、「輸送ペプチド」、「キャリアペプチド」、または「ペプチド形質導入ドメイン」とも呼ばれるカチオン性細胞膜透過性ペプチドを指す。いくつかの態様では、該ペプチドは、所与の集団の細胞の約または少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、もしくは１００％内で細胞透過を誘導する能力を有し、かつ／または全身投与すると生体内で、複数の組織へまたは複数の組織内で巨大分子の移動を可能にする。ＣＰＰの特定の例には、「アルギニンリッチペプチド」が含まれる。ＣＰＰは、当該技術分野において周知であり、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許出願第２０１０／００１６２１５号に開示されている。
【００３９】
「電子対」は、他の原子と結合または共有されていない原子価電子対を指す。
【００４０】
「相同性」は、同一であるかまたは保存的置換を構成するアミノ酸のパーセンテージ数を指す。相同性は、ＧＡＰ（Ｄｅｖｅｒａｕｘ  ｅｔ  ａｌ．，１９８４，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １２，３８７−３９５）またはＢＬＡＳＴなどの配列比較プログラムを用いて決定することができる。このようにして、本明細書で引用したものと同様のまたは実質的に異なる長さの配列を、アラインメントへのギャップの挿入によって比較することができ、そのようなギャップは、例えばＧＡＰによって使用される比較アルゴリズムによって決定される。
【００４１】
「単離された」とは、天然の状態で通常それに付随する成分を実質的にまたは本質的に含まない物質を意味する。例えば、本明細書中で使用される場合、「単離されたポリヌクレオチド」または「単離されたオリゴヌクレオチド」は、天然に存在する状態でそれに隣接する配列から精製または取り出されたポリヌクレオチド、例えば、ゲノム中の断片に隣接する配列から取り出されたＤＮＡ断片を指す。細胞に関する「単離」という用語は、源となる対象（例えば、ポリヌクレオチド反復疾患を有する対象）からの細胞（例えば、線維芽細胞、リンパ芽球）の精製を指す。ｍＲＮＡまたはタンパク質の文脈において、「単離する」とは、例えば細胞などの源からｍＲＮＡまたはタンパク質を回収することを指す。
【００４２】
「調整する」という用語は、１つ以上の定量可能なパラメータを、任意選択で、定義されたおよび／または統計的に有意な量だけ、「増加させる」または「減少させる」ことを含む。「増加させる（ｉｎｃｒｅａｓｅ）」もしくは「増加している（ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ）」、「増強する（ｅｎｈａｎｃｅ）」もしくは「増強している（ｅｎｈａｎｃｉｎｇ）」、または「刺激する（ｓｔｉｍｕｌａｔｅ）」もしくは「刺激している（ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ）」とは、一般に、アンチセンス化合物なしで、または対照化合物よって引き起こされる反応（すなわち、下流の作用）と比較して、細胞または対象においてより大きな生理学的反応を生成または引き起こす、１つ以上のアンチセンス化合物または組成物の能力を指す。関連する生理学的応答または細胞応答（インビボまたはインビトロ）は、当業者には明らかであろう。「増加した」または「増強された」量は、代表的には「統計的に有意な」量であり、アンチセンス化合物のない（薬剤のない）または対照化合物により生成した量の１．１、１．２、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０倍、またはそれより多い倍数で（例えば、５００、１０００倍）（間にあるすべての整数と範囲および１以上を含む）、例えば１．５、１．６、１．７．１．８）の増加を含むことができる。用語「低減する」または「阻害する」は、一般に、診断技術における日常的な技術に従って測定されるような、関連する生理学的応答または細胞応答、例えば本明細書に記載の疾患または状態の症状を「低下させる」１つ以上のアンチセンス化合物または組成物の能力を指す。関連する生理学的または細胞性応答（インビボまたはインビトロ）は、当業者には明らかであり、細菌細胞増殖の減少、抗菌剤その他の最小阻害濃度（ＭＩＣ）の低下などを含み得る。応答における「減少」は、アンチセンス化合物または対照組成物によって生成された応答と比較して「統計的に有意」であり、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％（間にあるすべての整数と範囲を含む）の減少を含み得る。
【００４３】
本明細書で使用される場合、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」または「オリゴヌクレオチド」は、ワトソン−クリック塩基対形成によって核酸塩基がＲＮＡ中の標的配列にハイブリダイズして標的配列内にオリゴヌクレオチド：ＲＮＡヘテロ二重鎖を形成することを可能にする、ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体の直鎖配列を指す。「アンチセンスオリゴヌクレオチド」、「アンチセンスオリゴマー」、「オリゴマー」、および「化合物」という用語は、オリゴヌクレオチドを指すために互換的に使用することができる。環状サブユニットは、リボースまたは別のペントース糖、または特定の実施形態ではモルホリノ基（以下のモルホリノオリゴヌクレオチドの説明を参照）に基づくものであってもよい。
【００４４】
用語「オリゴヌクレオチド」または「アンチセンスオリゴヌクレオチド」はまた、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされた１つまたは複数のさらなる部分であって、例えばその３’または５’末端において、可溶性を増強するのに有用であり得る１０〜１００個のモノマーサブユニットを有するポリエチレングリコール部分または他の親水性ポリマー、または標的細菌細胞への化合物の取り込みを増強するおよび／または細胞中内で化合物の活性を増強する、例えば、標的ポリヌクレオチドへのその結合を増強するために有効な脂質もしくはペプチド部分などの部分、を有するオリゴヌクレオチドを包含する。
【００４５】
「ヌクレアーゼ耐性」オリゴヌクレオチドは、非ハイブリダイズまたはハイブリダイズした形態で、その骨格が、体内または細菌細胞内における細胞外または細胞内の一般的なヌクレアーゼによる（例えば、３’−エキソヌクレアーゼ、エンドヌクレアーゼ、ＲＮアーゼＨなどのエキソヌクレアーゼによる）、ヌクレアーゼ切断に実質的に耐性である、すなわち、該オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドが受ける通常のヌクレアーゼ条件下でヌクレアーゼ切断をほとんどまたは全く示さないことを指す。「ヌクレアーゼ耐性ヘテロ二本鎖」は、ヘテロ二本鎖が、二本鎖のＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡ複合体を切断可能である細胞内ヌクレアーゼおよび細胞外ヌクレアーゼによるインビボ分解に実質的に耐性であるように、アンチセンスオリゴマーのその相補的標的への結合によって形成されるヘテロ二本鎖を指す。「ヘテロ二重鎖」とは、アンチセンスオリゴヌクレオチドと標的ＲＮＡの相補的部分との間の二本鎖をいう。
【００４６】
本明細書で使用される「核酸塩基」（Ｎｕ）、「塩基対形成部分」または「塩基」は互換可能に使用され、天然のＤＮＡまたはＲＮＡ（ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、およびグアニン）に見出されるプリンまたはピリミジン塩基、ならびにオリゴヌクレオチドへの結合親和性などの改善された特性を与える天然起源のプリンおよびピリミジンの類似体を指す。例示的な類似体には、ヒポキサンチン（ヌクレオシドイノシンの基本成分）、２，６−ジアミノプリン、５−メチルシトシン、Ｃ５−プロピニル修飾ピリミジン、９−（アミノエトキシ）フェノキサジン（Ｇ−ｃｌａｍｐ）などが挙げられる。
【００４７】
リボース、糖類似体またはモルホリノに共有結合した核酸塩基は、ヌクレオシドを含む。「ヌクレオチド」は、１つのリン酸基と共にヌクレオシドから構成される。リン酸基は、隣接するヌクレオチドを互いに共有結合させて、オリゴヌクレオチドを形成する。
【００４８】
４０℃または４５℃よりも実質的に高い、好ましくは少なくとも５０℃、そして代表的には６０℃〜８０℃またはそれよりも高いＴｍの生理学的条件下で、オリゴヌクレオチドが標的にハイブリダイズする場合、オリゴヌクレオチドは標的配列に「特異的にハイブリダイズする」。そのようなハイブリダイゼーションは、好ましくはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に相当する。所与のイオン強度およびｐＨにおいて、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的なポリヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。そのようなハイブリダイゼーションは、標的配列に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの「ほぼ（ｎｅａｒ）」または「実質的な」相補性ならびに、正確な相補性で起こり得る。
【００４９】
本明細書中で使用される場合、「十分な長さ」には、細菌ｍＲＮＡ標的配列の領域内の少なくとも約８、より典型的には約８〜１０、８〜１１、８〜１２、８〜１３、８〜１４、８〜１５、８〜１６、８〜１７、８〜１８、８〜１９、８〜２０、８〜３０、８〜４０、または１０〜１１、１０〜１２、１０〜１３、１０〜１４、１０〜１５、１０〜１６、１０〜１７、１０〜１８、１０〜１９、１０〜２０、１０〜３０、１０〜４０（間にあるすべての整数と範囲を含む）の連続または非連続核酸塩基に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドが含まれる。十分な長さのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、細菌ｍＲＮＡ標的の領域に特異的にハイブリダイズすることができる少なくとも最小数のヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態において、十分な長さのオリゴヌクレオチドは、長さが８〜３０ヌクレオチド、例えば長さが約１０〜２０ヌクレオチドである。
【００５０】
本明細書で使用される「配列同一性」または、例えば「対する５０％の配列同一性」という用語は、配列が、比較ウインドウによってヌクレオチドごとにまたはアミノ酸ごとに同一である程度を指す。したがって、「配列同一性のパーセンテージ」は、比較ウインドウによって２つの最適に整列した配列を比較することと、同一の核酸塩基（例えば、Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｉ）または同一のアミノ酸残基（Ａｌａ、Ｐｒｏ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｇｌｙ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｃｙｓ、およびＭｅｔ）が両方の配列に存在する位置の数を決定して、一致した位置の数を得ることと、一致した位置の数を比較のウインドウの位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で除することと、結果に１００を掛けて、配列同一性のパーセンテージを得ることと、によって計算することができる。
比較ウインドウを整列させるための配列の最適な整列は、アルゴリズムのコンピュータ化された実行（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｐａｃｋａｇｅ  Ｒｅｌｅａｓｅ  ７．０、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ、５７５  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｄｒｉｖｅ  Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．、ＵＳＡ製のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）により、または選択された様々な方法のいずれかによって生成された検査および最良の整列（すなわち、比較ウインドウに対して最も高い相同性を生じている）によって遂行できる。例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９、１９９７によって開示されているように、ＢＬＡＳＴファミリーのプログラムも参照され得る。
【００５１】
「対象」または「それを必要とする対象」は、ヒト対象または患者などの哺乳動物対象を含む。
【００５２】
用語「ＴＥＧ」または「トリエチレングリコールテイル」は、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートしたトリエチレングリコール部分、例えばその３’または５’末端を指す。例えば、いくつかの実施形態において、「ＴＥＧ」は、式（Ｉ）の化合物のＴが式
【化１０】
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であるものを含む。
【００５３】
「標的配列」という用語は、標的ＲＮＡの一部、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチドが向けられる細菌ｍＲＮＡ、すなわちオリゴヌクレオチドが相補的配列のワトソン−クリック塩基対形成によってハイブリダイズする配列によってハイブリダイズする配列を指す。特定の実施形態において、標的配列は、細菌遺伝子の翻訳開始領域の連続領域であってよい。
【００５４】
「翻訳開始コドン領域」とは、遺伝子の翻訳開始コドンの３０塩基上流または下流の領域をいう。
【００５５】
「標的化配列」または「アンチセンス標的化配列」という用語は、ＲＮＡ中の標的配列、例えば細菌ｍＲＮＡに相補的または実質的に相補的であるオリゴヌクレオチド中の配列を指す。アンチセンス化合物の全配列または一部のみが標的配列に相補的であり得る。例えば、約１０〜３０塩基のオリゴヌクレオチドにおいて、塩基の約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、または２９は、標的領域に相補的な標的化配列であり得る。代表的には、標的化配列は連続塩基から形成されるが、代わりに、例えばオリゴヌクレオチドの反対側の末端から、一緒に配置された場合に標的配列に及ぶ配列を構成する非連続配列から形成されてもよい。
【００５６】
「標的化配列」は、標的配列に対する「近い」または「実質的な」相補性を有し得、そして依然として本開示の目的のために機能する、すなわち依然として「相補的」であり得る。いくつかの実施形態において、本開示に使用されるオリゴヌクレオチド類似体化合物は、例えば、標的配列との１０ヌクレオチドのうちの最大でも１つのミスマッチ、および最大でも２０のうちの１つのミスマッチを有する。あるいは、使用されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載される例示の標的化配列と例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％の配列相同性を有する。
【００５７】
明細書で使用する用語「定量する」、「定量」または他の関連する単語は、核酸、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の単位体積中の量、質量または濃度を決定することを指す。
【００５８】
本明細書で使用されるように、対象（例えば、ヒトなどの哺乳動物）または細胞の「治療」は、個体または細胞の自然経過を変更しようと試みる任意の様式の介入である。治療には、薬学的組成物の投与が含まれるが、これに限定されるものではなく、病的事象の開始を予防的にまたは病因の開始後または病原体との接触後に行うことができる。また、治療される疾患または状態の進行速度を低下させること、その疾患または状態の発症を遅延させること、またはその発症の重症度を低下させることを指向することができる「予防的」治療も含まれる。「治療」または「予防」は、必ずしも、疾患または状態、またはその関連症状の完全な根絶、治癒、または予防を示すものではない。
【００５９】
本明細書中で使用される場合、用語「薬学的組み合わせ療法」または単に「組み合わせ療法」は、本明細書に記載の式（Ｉ）の化合物と、本明細書で開示される第２の化合物、例えばポリミキシンＥ（ＰＭＥ）、ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）、ポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）、上記のもののいずれかの薬学的に許容される塩、およびそれらの混合物からなる群から選択されるポリミキシンまたはポリミキシンノナペプチドと、を組み合わせて投与することを一般に指す。言い換えれば、「薬学的組み合わせ療法」という用語は、本開示のＰＰＭＯ例えば式（Ｉ）の化合物は、本明細書に開示される１つ以上の第２の化合物と薬学的に許容される形態で、
（ｉ）同じ剤形で、例えば同じ本開示のＰＰＭＯ例えば式（Ｉ）の化合物、本明細書に開示される１つ以上の第２の化合物、および薬学的に許容される担体を含む薬学的組成物を意味する錠剤または薬学的組成物で、
（ｉｉ）同じ投与様式、例えば式（Ｉ）の化合物のような本開示のＰＰＭＯおよび薬学的に許容される担体を含む経口投与に適した第１の薬学的組成物と、本明細書に開示される１つ以上の第２の化合物および薬学的に許容される担体を含む経口投与に適した第２の薬学的組成物と、を含むキット、を有する別個の剤形で、および（ｉｉｉ）異なる投与様式、例えば式（Ｉ）の化合物のような本開示のＰＰＭＯおよび薬学的に許容される担体を含む経口投与に適した第１の薬学的組成物と、本明細書に開示される１つ以上の第２の化合物および薬学的に許容される担体を含む非経口投与に適した第２の薬学的組成物と、を含むキット、を有する別個の剤形で、同時に投与することができる。さらに、本開示の利益を受ける当業者は、本開示の２つ以上の第２の化合物が投与される場合、例えば、本開示のＰＰＭＯ例えば式（Ｉ）の化合物を含む経口投与に適した第１の薬学的組成物、および薬学的に許容される担体、本開示の第１の第２の化合物および薬学的に許容される担体を含む経口投与に適した第２の薬学的組成物、および本開示の第２の化合物および薬学的に許容される担体を含む、非経口投与に適した第３の薬学的組成物を含むキットのように薬剤は同じ投与様式を共有する必要のないことを理解するであろう。当業者であれば、「薬学的組み合わせ療法」の文脈における上記の同時投与は、本開示のＰＰＭＯを含む薬学的組成物および第２の化合物を含む薬学的組成物が、同じスケジュールで、すなわち、同じ時間および同じ日に、または別のスケジュール、すなわち、必ずしも異なるスケジュールではないが異なるスケジュールで実行されることを意味することを理解するであろう。その点で、本開示のＰＰＭＯを含む薬学的組成物および本開示の（複数の）第２化合物を含む薬学的組成物が異なるスケジュールで投与される場合、そのような異なるスケジュールは、本明細書では「バックグラウンド」または「バックグラウンド投与」とも呼ぶ。例えば、本開示のＰＰＭＯを含む薬学的組成物は、１日２回、特定の剤形で投与されてもよく、本開示の第２の化合物を含む薬学的組成物は、１日１回、例えば、本開示のＰＰＭＯを含む薬学的組成物は、毎日の投与の１つの間に、本開示の第２の化合物を含む薬学的組成物と同時に投与されてもよいが、必ずしも投与される必要はなく投与できる。当然のことながら、「薬学的組み合わせ療法」に対する他の適切な変形は、本開示の利益を受ける当業者には容易に明らかであり、この用語の意味の一部である。
【００６０】
生化学的経路および細胞プロセスにおける細菌遺伝子を標的とするための配列
特定の実施形態は、生化学的経路および／または細胞プロセスにおいて遺伝子をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列に特異的にハイブリダイズするのに十分な長さおよび相補性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドおよび関連組成物および方法に関する。一般的な例には、ムレイン生合成、細胞分裂、全体的な遺伝子調節機構、脂肪酸生合成、リボソームタンパク質、ＤＮＡ複製、転写、翻訳開始、リポ多糖生合成、核酸生合成、および中間代謝が含まれる。生化学的経路および細胞プロセスにおける遺伝子の特定の例には、ＲｐｓＪおよびＲｐｍＢ（リボソームタンパク質）；ＬｐｘＣ、ＷａａＣ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＬｐｘＡ、およびＬｐｘＢ（リポ多糖生合成）；ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＭｕｒＦ、およびＭｕｒＧ（ムレイン生合成）；ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ（脂肪酸生合成）、ＡｃｃＡ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ（脂肪酸生合成）などが含まれる。
【００６１】
抗生物質耐性遺伝子／タンパク質などの少なくとも１つの病原因子をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列も含まれる。１つの特定の例には、β−ラクタマーゼＡｍｐＣのグローバルな転写制御因子であるＡｍｐＲが含まれる。
【００６２】
特定の実施形態では、標的配列は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンの全部または一部（例えば、１または２ヌクレオチド）を含む。いくつかの実施形態では、標的配列は、細菌ｍＲＮＡ標的配列の翻訳開始コドン（例えばＡＴＧ；ＡＵＧ）の約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０塩基上流もしくは下流にまたはその範囲内にある配列を含む。例えば、特定の実施形態では、標的配列の５’末端は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドン中のアデニン、ウラシル、またはグアニンヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、標的配列の５’末端または３’末端は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンの最後のヌクレオチド（例えば、グアニン）の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０下流の残基で始まる。いくつかの実施形態では、標的化配列の５’末端または３’末端は、細菌ｍＲＮＡの翻訳開始コドンの最初のヌクレオチド（例えば、アデニン）の１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０上流の残基で始まる。
【００６３】
選択されたアンチセンス標的化配列は、より短く例えば、約８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５塩基とするか、またはより長く、例えば、約２０、３０、または４０塩基で作製することができ、かつ配列が標的配列へのハイブリダイゼーション時に転写または翻訳を減少させるのに十分に相補的であり、任意選択で、ＲＮＡと４５℃以上のＴｍを有するヘテロ二本鎖を形成する限り、少数のミスマッチを含むことができる。
【００６４】
特定の実施形態では、標的配列とアンチセンス標的化配列との間の相補性の程度は、安定な二本鎖を形成するのに十分である。アンチセンスオリゴヌクレオチドと標的ＲＮＡ配列との相補性の領域は、８〜９塩基、８〜１０塩基、８〜１１塩基、８〜１２塩基、１０〜１１塩基、１０〜１２塩基と短くてもよいが、１２〜１５塩基以上、例えば１０〜４０塩基、１２〜３０塩基、１２〜２５塩基、１５〜２５塩基、１２〜２０塩基、または１５〜２０塩基であってもよく、これらの範囲内のすべての整数が含まれる。約１０〜１５塩基のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、一般に、独特の相補的配列を有するのに十分な長さである。特定の実施形態では、本明細書で論じるように、必要な結合Ｔｍを達成するために最小限の長さの相補的塩基が必要とされ得る。
【００６５】
特定の実施形態では、少なくとも最少数の塩基、例えば１０〜１２塩基が標的配列に相補的である４０塩基の長さのオリゴヌクレオチドが適切であり得る。しかしながら、一般に、細胞における促進されたまたは活性な取り込みは、約３０個未満または約２０個未満のオリゴヌクレオチド長で最適化される。少なくとも約６、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０の連続または非連続塩基が本明細書に記載の標的遺伝子に相補的である、約８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０塩基、例えば１０〜４０塩基、１０〜３０塩基、１０〜２０塩基、１５〜４０、１５〜３０、１５〜２０、１１〜４０、１１〜３０、または１１〜２０塩基（間にあるすべての整数と範囲を含む）を含むかまたはそれらからなるアンチセンスオリゴヌクレオチドが含まれる。いくつかの実施形態において、標的遺伝子は、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲである。ある実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲをコードする緑膿菌ｍＲＮＡに相補的な標的化配列を含む。
【００６６】
特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドと標的配列との間に形成されるヘテロ二重鎖がインビボで起こり得る細胞ヌクレアーゼおよび他の分解様式の作用に耐え、標的ｍＲＮＡの発現を低下させるのに十分安定である限り、アンチセンスオリゴヌクレオチドは標的配列に対して１００％相補的であり得るか、または例えば変異体に適応するミスマッチを含み得る。したがって、特定のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドと標的配列との間に、約または少なくとも約７０％の配列相補性、例えば７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列相補性を有し得る。ヌクレアーゼによる切断の影響を受けにくいオリゴヌクレオチド骨格が、本明細書で考察される。ミスマッチは、存在する場合、典型的にはハイブリッド二本鎖の末端領域の方が中央よりも不安定化が少ない。許容されるミスマッチの数は、二本鎖安定性のよく理解されている原理に従い、オリゴヌクレオチドの長さ、二本鎖のＧ：Ｃ塩基対のパーセンテージ、および二重鎖中のミスマッチの位置に依存する。このようなアンチセンスオリゴヌクレオチドは、必ずしも標的配列に対して１００％相補的である必要はないが、例えば標的ＲＮＡの翻訳が減少するように、標的配列に安定かつ特異的に結合することが有効である。
【００６７】
オリゴヌクレオチドと標的配列との間に形成された二重鎖の安定性は、結合Ｔｍおよび二重鎖の細胞酵素切断に対する感受性の関数である。相補的配列ＲＮＡに関するオリゴヌクレオチドのＴｍは、例えばＨａｍｅｓ  ｅｔ  ａｌ、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ、ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ、１９８５、ｐｐ．１０７〜１０８に記載されているおよびＭｉｙａｄａ  Ｃ．Ｇ．ａｎｄ  Ｗａｌｌａｃｅ  Ｒ．Ｂ．、１９８７、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．Ｖｏｌ．１５４  ｐｐ．９４〜１０７に記載されているような従来の方法によって、測定することができる。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、相補的配列ＲＮＡに関して、体温よりも高く、好ましくは約４５℃または５０℃よりも高い結合Ｔｍを有し得る。６０〜８０℃以上の範囲のＴｍもまた含まれる。周知の原理によれば、相補性ベースのＲＮＡハイブリッドに関し、オリゴヌクレオチドのＴｍは、二本鎖中のＣ：Ｇ塩基対の比を増加させることによって、および／またはヘテロ二本鎖の長さを（塩基対で）増加させることによって増加させることができる。同時に、細胞取り込みを最適化する目的のため、オリゴヌクレオチドのサイズを制限することが有利であり得る。
【００６８】
以下の表１は、本明細書に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドの例示的な標的化配列（５’→３’方向）を示す。
【表１】
2018506272.tif 000013
【表Ａ】
2018506272.tif 000014
【００６９】
いくつかの実施形態において、表１の標的化配列のチミン塩基は、ウラシル塩基である。
【００７０】
ある特定のアンチセンスオリゴヌクレオチドは故に、表１における標的化配列（例えば、配列番号１〜２２、３５）、あるいはその変異型、または連続もしくは非連続部分（複数可）を含むか、それからなるか、またはそれから本質的になる。例えば、ある特定のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、表１における標的化配列（例えば、配列番号１、２２、３５）のうちのいずれかの約または少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、または２７個の連続もしくは非連続部分ヌクレオチドを含む。非連続部分については、介在するヌクレオチドを欠失させるか、または異なるヌクレオチドで置換するか、または介在するヌクレオチドを付加することができる。変異型の追加の例としては、表１における標的化配列（例えば、配列番号１〜２２、３５）のうちのいずれかの全長にわたって、約または少なくとも約７０％の配列同一性または相同性、例えば、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性または相同性を有する、オリゴヌクレオチドが挙げられる。
【００７１】
アンチセンスオリゴヌクレオチドおよびその変異体の活性は、当該技術分野における常用手技に従ってアッセイすることができる（例えば実施例参照）。
【００７２】
アンチセンスオリゴヌクレオチドの化学
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、代表的には、生化学的経路および／または細胞プロセスにおいて遺伝子をコードする細菌ｍＲＮＡ標的配列に特異的にハイブリダイズし、それによって生化学経路および／または細胞プロセスタンパク質の発現（例えば、翻訳）を減少させるのに十分な長さおよび相補性の塩基配列を含む。この要件は、オリゴマー化合物が細菌細胞によって積極的に取り込まれ、一度取り込まれると、場合によっては約４０℃または４５℃を超えるＴｍを有する標的ｍＲＮＡと安定な二本鎖（またはヘテロ二本鎖）を形成する場合、必要に応じて満たされる。
【００７３】
特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドの骨格は実質的に荷電しておらず、細胞壁および／または細胞膜を横切る活性輸送または促進輸送の基質として任意に認識される。オリゴヌクレオチドが標的ＲＮＡと安定な二本鎖を形成する能力は、標的に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの長さおよび相補性の程度、Ｇ：Ｃ対Ａ：Ｔ塩基マッチの比、およびいずれかのミスマッチ塩基の位置が含まれる、骨格の他の特徴に関連し得る。細胞ヌクレアーゼに抵抗するアンチセンスオリゴヌクレオチドの能力は、細胞への薬剤の残存および最終的な送達を促進し得る。したがって、いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドはヌクレアーゼ耐性である。例示的なアンチセンスオリゴヌクレオチド標的化配列を表１（上記）に列挙する。
【００７４】
特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、モルホリノオリゴヌクレオチド、例えば、ホスホロジアミダートモルフォリノオリゴヌクレオチド（ＰＭＯ）である。「モルホリノオリゴヌクレオチド」または「ＰＭＯ」は、典型的なポリヌクレオチドに水素結合することができる核酸塩基を支持する骨格を有するオリゴヌクレオチドを含み、ポリマーはペントース糖骨格部分を欠くが、代わりにモルホリノ環を含む。したがって、ＰＭＯにおいて、モルホリノ環構造は、塩基対形成部分を支持して、典型的には、細胞または治療される対象において選択されたアンチセンス標的にハイブリダイズするように設計された塩基対形成部分の配列を形成する。例示的な「モルホリノ」オリゴヌクレオチドは、１つのサブユニットのモルホリノ窒素を隣接するサブユニットの５’の環外炭素に結合させるホスホラミデートまたはホスホロジアミデート結合によって一緒に連結されたモルホリノサブユニット構造を含み、各サブユニットは、塩基特異的水素結合によってポリヌクレオチド中の塩基に結合するのに有効なプリンまたはピリミジン核酸塩基を含む。
【００７５】
モルホリノオリゴヌクレオチド（アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む）およびそれらの合成は、例えば、米国特許第５，６９８，６８５号、同第５，２１７，８６６号、同第５，１４２，０４７号、同第５，０３４，５０６号、同第５，１６６，３１５号、同第５，１８５，４４４号、同第５，５２１，０６３号、同第５，５０６，３３７号、および係属中の米国特許出願第１２／２７１，０３６号、同第１２／２７１，０４０号、およびＰＣＴ公開番号ＷＯ／２００９／０６４４７１、およびＷＯ／２０１２／０４３７３０に記載されており、これらのすべては、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００７６】
オリゴヌクレオチド構造内では、リン酸基は、一般に、オリゴヌクレオチドの「ヌクレオシド間結合」を形成すると呼ばれている。天然に存在するＲＮＡおよびＤＮＡのヌクレオシド間結合は、３’→５’ホスホジエステル結合である。「ホスホルアミダート」基は、３つの結合酸素原子および１つの結合窒素原子を有するリンを含み、「ホスホロジアミダート」基は、２つの結合酸素原子および２つの結合窒素原子を有するリンを含む。
【００７７】
特別な実施形態では、モルホリノサブユニットは、以下の構造に従ってホスホロジアミデート結合によって連結される：
【化１１】
2018506272.tif 000015
Ｙ１＝酸素（Ｏ）または硫黄、窒素または炭素；Ｚ＝酸素または硫黄；Ｐｊは、ポリヌクレオチド中の塩基に塩基特異的な水素結合により結合するのに有効なプリン又はピリミジン塩基対形成部分であり、Ｘは−ＮＲＲ’であり、ＲおよびＲ’は同一又は異なって、Ｈ又はアルキルである。特別な実施形態では、Ｘは−ＮＲＲ’であり、ここでＲおよびＲ’は同一または異なって、Ｈまたはメチルのいずれかである。
【００７８】
ある特定の実施形態において、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴヌクレオチドは、式Ｉ、
【化１２】
2018506272.tif 000016
の化合物、またはその薬学的に許容される塩であり、式中、Ｎｕは、一緒になって核酸塩基配列を形成する核酸塩基であり、Ｚは、８〜３８の整数であり、Ｔは、ＯＨおよび下記式、
【化１３】
2018506272.tif 000017
から選択され、
式中、各Ｒ４は独立して、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｒ５は、電子対およびＨから選択され、Ｒ６は、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および下記式、
【化１４】
2018506272.tif 000018
の部分、から選択され、
式中、Ｒ７は、ＨおよびＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、Ｒ８は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９、アシル、トリチル、および４−メトキシトリチルから選択され、Ｒ９は、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−ＯＨのものであり、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、ｙ個のアルキル基の各々は独立して、Ｃ２−Ｃ６アルキルから選択され、Ｒ１の各出現例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中各Ｒ１０は独立して、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、および式、
【化１５】
2018506272.tif 000019
の部分、から選択され、
式中、Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、各Ｒ１２は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２のものであり、式中、各Ｒ２６は、式（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、Ｒ３は、電子対、Ｈ、およびＣ１−Ｃ６アルキルからなる群から選択され、Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ピロリジン−２−イル）ＮＨ−ＣＰＰからなる群から選択される、細胞膜透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であり、該ＣＰＰは、ＣＰＰカルボキシ末端においてアミド結合によってリンカー部分に結合されているが、但し、Ｇの１つの出現例が存在することを条件とする。
【００７９】
いくつかの実施形態においてＺは８ないし２８であり、８ないし１８である。ある特定の実施形態においてＺは９であり、および標的化配列が表１から選択される。
【００８０】
いくつかの実施形態において、Ｒ２はＨまたはＧから選択され、Ｒ３は電子対またはＨから選択される。特別な実施形態において、Ｒ２はＧであり、そしてが表２から選択される。特別な実施形態において、Ｒ２はＧであり、そしてが表２から選択される．いくつかの実施形態において、Ｒ２は、Ｈまたはアシルである。いくつかの実施形態において、各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２である。
【００８１】
ある特定の実施形態において、Ｔは、下記式、
【化１６】
2018506272.tif 000020
、のものであり、
Ｒ６は、下記式、
【化１７】
2018506272.tif 000021
、のものであり、
Ｒ２は、Ｇである。
【００８２】
ある特定の実施形態において、Ｔは、下記式、
【化１８】
2018506272.tif 000022
、のものであり、
Ｒ２は、Ｇである。
【００８３】
ある特定の実施形態において、Ｔは、下記式、
【化１９】
2018506272.tif 000023
、のものであり、
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２は、Ｇである。
【００８４】
ある特定の実施形態において、Ｔは、下記式、
【化２０】
2018506272.tif 000024
、のものであり、
各Ｒ１は、−Ｎ（ＣＨ３）２であり、Ｒ２は、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ３である。
【００８５】
ＰＭＯの分子量および極性特性のために、これらのオリゴヌクレオチドを膜透過性または細胞透過性ペプチドにコンジュゲートすることにより、細菌細胞への侵入を改善することができる。ペプチド−ＰＭＯコンジュゲート（ＰＰＭＯ）は、非コンジュゲート化対応物よりも特異的な標的の発現を有意に阻害する。膜透過性ペプチドは、その積荷（ｃａｒｇｏ）（アンチセンスオリゴマー）を、グラム陰性外膜を横切って輸送し、その後、原形質膜を横断する。
【００８６】
ある特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの細胞膜透過性ペプチド（ＣＰＰ）にコンジュゲートされる。いくつかの実施形態において、ＣＰＰはアルギニンリッチペプチドである。「アルギニンリッチペプチド」とは、ＣＰＰが少なくとも２個、例えば２、３、４、５、６、７、または８個のアルギニン残基を有し、それぞれが任意選択で１個以上の非荷電疎水性残基によって分離され、および任意選択で約６〜１４個のアミノ酸残基を含有していることを意味する。例示的なＣＰＰを表２（配列番号２３〜３４）に示す。
【表２】
2018506272.tif 000025
【００８７】
いくつかの実施形態において、ＣＰＰは、１、２、３、４または５個のアミノ酸リンカーを介してそのＣ末端でオリゴヌクレオチドの３’末端または５’末端に連結される。特別な実施形態では、該リンカーは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ（Ｘリンカー）、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ（Ｂリンカー）、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ（ＸＢペプチドリンカー）、−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ（Ｇリンカー）および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ピロリジン−２−イル）ＮＨ−ＣＰＰ（Ｐリンカー）が含まれ、ＣＰＰは、ＣＰＰカルボキシ末端のアミド結合によってリンカー部分に結合される。実施例で使用される例示的な３’ＣＣＰ  ＰＰＭＯを表３に提示し、実施例で使用される例示的５’ＣＣＰ  ＰＰＭＯを表４に提示する。
【表３−１】
2018506272.tif 000026
【表３−２】
2018506272.tif 000027
【００８８】
いくつかの実施形態において、表３の標的化配列のチミン塩基は、ウラシル塩基である。
【００８９】
いくつかの実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩の例示的な構造は、下記によって表されてもよく、
【化２１】
2018506272.tif 000028
式中、標的化配列は、
ａ）ＧＴＴ  ＧＴＴ  ＴＧＡ  ＴＣ（配列番号２）、
ｂ）ＴＴＣ  ＴＣＴ  ＣＣＴ  ＴＴ（配列番号３）、
ｃ）ＣＡＴ  ＡＣＣ  ＴＴＧ  ＴＴ（配列番号４）、
ｄ）ＣＴＣ  ＴＡＧ  ＡＣＡ  ＴＧ（配列番号５）、
ｅ）ＡＧＣ  ＡＣＣ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号６）、
ｆ）ＴＧＡ  ＣＴＣ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号７）、
ｇ）ＣＣＡ  ＣＣＴ  ＣＣＡ  ＧＧ（配列番号８）、
ｈ）ＡＧＧ  ＣＴＴ  ＣＣＧ  ＴＣ（配列番号９）、
ｉ）ＡＴＣ  ＡＡＡ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１０）、
ｊ）ＴＡＡ  ＴＣＣ  ＧＴＣ  ＡＧ（配列番号１１）、
ｋ）ＧＣＣ  ＡＧＧ  ＧＴＣ  ＡＴ（配列番号１２）、
ｌ）ＧＣＡ  ＴＴＴ  ＧＡＣ  ＣＴ（配列番号１３）、
ｍ）ＧＴＡ  ＣＧＧ  ＴＴＣ  ＡＴ（配列番号１４）、
ｎ）ＡＧＡ  ＡＴＴ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１５）、
ｏ）ＣＡＧ  ＴＣＧ  ＣＣＣ  ＣＴ（配列番号１６）、
ｐ）ＡＧＧ  ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＧＧ（配列番号１７）、
ｑ）ＣＴＡ  ＧＣＡ  ＣＴＣ  ＣＣ（配列番号１８）、
ｒ）ＡＴＧ  ＴＣＣ  ＡＴＣ  ＡＴ（配列番号１９）、
ｓ）ＡＣＣ  ＴＣＣ  ＣＡＧ  ＧＣ（配列番号２０）、
ｔ）ＧＣＡ  ＡＡＧ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号２１）、および
ｕ）ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＣＣＴ  ＴＧ（配列番号３５）、からなる群から選択され、
配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【００９０】
ある特定の実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩の例示的な構造は、下記によって表されてもよく、
【化２２】
2018506272.tif 000029
標的化配列は、ＣＣＴ  ＣＡＧ  ＡＣＴ  ＣＣ（配列番号１）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【００９１】
いくつかの実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩の例示的な構造は、下記によって表されてもよく、
【化２３】
2018506272.tif 000030
標的化配列は、ＣＣＴ  ＣＡＧ  ＡＣＴ  ＣＣ（配列番号１）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【００９２】
いくつかの実施形態において、上記構造の標的化配列のチミン塩基は、ウラシル塩基である。
【表４−１】
2018506272.tif 000031
【表４−２】
2018506272.tif 000032
【００９３】
いくつかの実施形態において、表４の標的化配列のチミン塩基は、ウラシル塩基である。
【００９４】
いくつかの実施形態において、本開示のオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩の例示的な構造は、
【化２４】
2018506272.tif 000033
によって表されてもよく、
標的化配列は、ＣＣＴ  ＣＡＧ  ＡＣＴ  ＣＣ（配列番号１）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【００９５】
いくつかの実施形態において、上記構造の標的化配列のチミン塩基は、ウラシル塩基である。
【００９６】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該技術分野で公知の方法および本明細書で引用した参考文献に記載されている方法を用いて、段階的固相合成によって調製することができる。
【００９７】
使用方法および製剤
本開示の実施形態は、生化学的経路および／または細胞プロセスに関与する１つ以上の細菌タンパク質の発現および活性を低下させるために、本明細書に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用する方法を含む。特定の実施形態は、アンチセンスオリゴヌクレオチドを使用して、例えば、単独でまたは１つ以上のさらなる抗菌剤と組み合わせて対象における細菌感染症を治療するための、複製、増殖、病原性因子、または細菌の増殖を低減する方法を含む。場合によっては、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、細菌の１つ以上の抗生物質に対する感受性を増加させる。
【００９８】
また、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、代表的には薬学的に許容される担体と組み合わせて含む、薬学的組成物も含まれる。場合によっては、薬学的組成物は、１つ以上の追加の化合物、例えば、１つ以上の追加の抗生物質を含む。本明細書で提供される方法は、インビトロまたはインビボで実施することができる。
【００９９】
例えば、特定の実施形態は、本明細書に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的組成物を、それを必要とする対象（例えば、細菌感染を有するかまたは有する危険性のある対象）に投与することを含む、対象における細菌感染を治療する方法を含む。また、病原性因子をコードする遺伝子を含む細菌（類）または細菌の病原性および／またはバイオフィルム形成を減少させる方法であって、細菌（類）または細菌を本明細書に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドと接触させることを含む、方法も含まれる。
【０１００】
いくつかの実施形態では、細菌はシュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）属から選択される。シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）は、シュードモナス科（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）に属するグラム陰性好気性ガンマプロテオバクテリアの属である。シュードモナス種はペニシリンおよび関連ベータラクタム系抗生物質の大部分には本来的に耐性であるが、ピペラシリン、イミペネム、チカルシリン、および／またはシプロフロキサシンに対して感受性が高いものもある。トブラマイシン、ゲンタマイシン、およびアミカシンなどのアミノグリコシドは、シュードモナス感染の治療のための他の可能性のある微生物剤である。緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）は、環境中に広く存在し、病院環境において主要な日和見病原体である。それはまた、嚢胞性線維症（ＣＦ）における肺感染に関連する主要な病原体でもある。ＣＦ患者は、環境から緑膿菌の株に感染し、その後、それらはＣＦ肺で発症する。ＣＦ患者の８０％が成人期に緑膿菌に感染し、この病原体による慢性肺感染が罹患率および死亡率の主要な原因である。現在、緑膿菌の完全な根絶はほとんど達成されていない。慢性感染単離体は、環境中の表現型とは異なる表現型または、ムコイドエキソポリサッカライドアルギネート（抗生物質不応性バイオフィルムの形成に関与する）の発現、不完全なリポポリサッカライドＯ抗原合成、鞭毛および／またはＩＶ型線維の消失、および減少させたエキソ酵素産生を含む、急性感染を引き起こす表現型を有し得る。緑膿菌の多剤耐性分離株は現在、ＣＦにおいて一般的であり、実質的に治療選択肢を残さない。
【０１０１】
したがって、いくつかの実施形態において、細菌は、シュードモナス属の上記のメンバーのいずれかである。特定の実施形態では、細菌は緑膿菌の１つ以上である。
【０１０２】
特定の実施形態では、細菌は多剤耐性（ＭＤＲ）細菌類または細菌である。多剤耐性（ＭＤＲ）、多薬剤耐性（ｍｕｌｔｉ−ｄｒｕｇ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）、または多耐性（ｍｕｌｔｉｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）は、病原菌（細菌、ウイルス、真菌または寄生生物）が抗生物質、抗真菌薬、抗ウイルス薬、駆虫薬などの異なる抗菌薬に耐える得る条件である。特別な実施形態において、細菌は、広範囲薬剤耐性（ＸＤＲ）または汎薬剤耐性（ＰＤＲ）である。いくつかの実施形態において、細菌は、基質拡張型β−ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）を産生するグラム陰性細菌、または多剤耐性グラム陰性桿菌（ＭＤＲ  ＧＮＲ）ＭＤＲＧＮ細菌である。特定の実施形態において、細菌は、ＭＤＲ緑膿菌である。
【０１０３】
緑膿菌感染症を治療する方法におけるいくつかの実施形態において、該標的化配列は、表１から選択されるか、表１における標的化配列の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドの断片であるか、または表１における標的化配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する変異型であり、配列中、チミン塩基は、ウラシル塩基であってもよい。
【０１０４】
緑膿菌感染症を治療する方法におけるいくつかの実施形態において、化合物は、下記式、
【化２５】
2018506272.tif 000034
のもの、またはその薬学的に許容される塩であり、標的化配列は、５’から３’に、
ａ）ＧＴＴ  ＧＴＴ  ＴＧＡ  ＴＣ（配列番号２）、
ｂ）ＴＴＣ  ＴＣＴ  ＣＣＴ  ＴＴ（配列番号３）、
ｃ）ＣＡＴ  ＡＣＣ  ＴＴＧ  ＴＴ（配列番号４）、
ｄ）ＣＴＣ  ＴＡＧ  ＡＣＡ  ＴＧ（配列番号５）、
ｅ）ＡＧＣ  ＡＣＣ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号６）、
ｆ）ＴＧＡ  ＣＴＣ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号７）、
ｇ）ＣＣＡ  ＣＣＴ  ＣＣＡ  ＧＧ（配列番号８）、
ｈ）ＡＧＧ  ＣＴＴ  ＣＣＧ  ＴＣ（配列番号９）、
ｉ）ＡＴＣ  ＡＡＡ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１０）、
ｊ）ＴＡＡ  ＴＣＣ  ＧＴＣ  ＡＧ（配列番号１１）、
ｋ）ＧＣＣ  ＡＧＧ  ＧＴＣ  ＡＴ（配列番号１２）、
ｌ）ＧＣＡ  ＴＴＴ  ＧＡＣ  ＣＴ（配列番号１３）、
ｍ）ＧＴＡ  ＣＧＧ  ＴＴＣ  ＡＴ（配列番号１４）、
ｎ）ＡＧＡ  ＡＴＴ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１５）、
ｏ）ＣＡＧ  ＴＣＧ  ＣＣＣ  ＣＴ（配列番号１６）、
ｐ）ＡＧＧ  ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＧＧ（配列番号１７）、
ｑ）ＣＴＡ  ＧＣＡ  ＣＴＣ  ＣＣ（配列番号１８）、
ｒ）ＡＴＧ  ＴＣＣ  ＡＴＣ  ＡＴ（配列番号１９）、
ｓ）ＡＣＣ  ＴＣＣ  ＣＡＧ  ＧＣ（配列番号２０）、
ｔ）ＧＣＡ  ＡＡＧ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号２１）、および
ｕ）ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＣＣＴ  ＴＧ（配列番号３５）、からなる群から選択され、
配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【０１０５】
ある特定の実施形態において、化合物は、
【化２６】
2018506272.tif 000035
【化２７】
2018506272.tif 000036
から選択されるか、またはその薬学的に許容される塩であり、
標的化配列は、５’から３’に、ＣＣＴ  ＣＡＧ  ＡＣＴ  ＣＣ（配列番号１）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【０１０６】
ある特定の実施形態において、化合物は、下記式、
【化２８】
2018506272.tif 000037
のものであり、標的化配列は、５’から３’に、ＧＴＣ  ＧＡＡ  ＣＣＡ  ＡＴ（配列番号２２）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、緑膿菌感染症を治療する方法において薬学的組成物は、ポリミキシンＥ（ＰＭＥ）、ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）、ポリミキシンＥノナペプチド、上記のもののいずれかの薬学的に許容される塩、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される第２の化合物をさらに含む。
【０１０８】
いくつかの実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＥである。
【０１０９】
いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＥの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。
【０１１０】
いくつかの実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＢＮである。
【０１１１】
いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＢＮの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。
【０１１２】
いくつかの実施形態において、第２の化合物が薬学的組成物中に存在する量は、緑膿菌感染症の治療における第２の化合物の抗菌活性の治療的レベルを下回る。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、緑膿菌感染症を治療する方法において、該方法は患者にアンピシリンを投与するステップをさらに含む。
【０１１４】
いくつかの実施形態において、アンピシリンを薬学的組成物と同時投与する。
【０１１５】
いくつかの実施形態において、薬学的組成物はさらにアンピシリンを含む。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、緑膿菌感染症を治療する方法において、患者は免疫無防備状態である。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、緑膿菌感染症を治療する方法において、患者は嚢胞性線維症（ＣＦ）であるか、またはそれを有する危険性がある。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、緑膿菌感染症を治療する方法において、チミン塩基はウラシル塩基である。
【０１１９】
上記のように、本明細書に記載の細菌類または細菌は、抗生物質耐性遺伝子などの１つ以上の病原性因子を含み得る（例えば、コードする）。抗生物質耐性遺伝子（およびそれらの関連タンパク質）の一例は、ある種の抗菌剤を酵素的に不活性化するβ−ラクタマーゼを含む。特別な実施形態では、抗生物質耐性遺伝子は、β−ラクタマーゼＡｍｐＣのグローバル転写制御因子であるＡｍｐＲである。
【０１２０】
これらのおよび関連する実施形態のいくつかにおいて、それを必要とする対象または患者は、嚢胞性線維症（ＣＦ）または慢性肉芽腫性疾患（ＣＧＤ）のような根底にある肺疾患を有する。いくつかの実施形態では、対象または患者は免疫無防備状態である。特定の実施形態では、対象または患者は免疫無防備状態であり、ＣＦまたはＣＧＤのような根底にある肺疾患である。したがって、特定の実施形態は、対象が肺疾患、例えばＣＦおよび／またはＣＧＤであるかまたはそうなる危険性がある対象における細菌感染（例えば、緑膿菌感染）を治療する方法を含む。いくつかの実施形態は、免疫無防備状態の対象、例えばＣＦおよび／またはＣＧＤのような肺疾患であるか、またはそれを有する危険性がある対象における細菌感染（例えば、緑膿菌感染）を治療する方法を含む。
【０１２１】
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、細菌の増殖を低減または阻害する。例えば、いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは細菌の増殖を、対照（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドの不在、オリゴヌクレオチドとの接触前のスクランブルオリゴヌクレオチド）と比較して、約または少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、または１０００％またはそれ以上（間にあるすべての整数と範囲を含む）または対照と比較して、約または少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５倍、または１００倍またはそれ以上（間にあるすべての整数と範囲を含む）低減させる。細菌の増殖は、インビトロ（例えば、実施例参照）またはインビボで測定することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるように、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の抗菌剤と組み合わせて使用される。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、対照と比較して、細菌中のリボソームタンパク質（例えばＲｐｓＪ、ＲｐｍＢ）レベルを約または少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、または１０００％またはそれ以上（間にあるすべての整数と範囲を含む）コントロールと比較して、約または少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５倍、または１００倍以上（間にあるすべての整数と範囲を含む）低下させる。特定の実施形態では、リボソームタンパク質レベルを低下させるアンチセンスオリゴヌクレオチドはＲｐｓＪおよび／またはＲｐｍＢを標的とし、細菌はＲｐｓＪおよび／またはＲｐｍＢを含むかまたは発現する、シュードモナス種、例えば緑膿菌である。これは例示的な細菌種であり、ＲｐｓＪおよび／またはＲｐｍＢ遺伝子を発現する細菌は、本明細書に記載の化合物および方法の影響を受けやすいと予想される。リボソームタンパク質レベルは、当該技術分野の常用手技に従って測定することができる。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、対照（例えば、オリゴヌクレオチドの非存在）と比較して、細菌におけるリポ多糖（ＬＰＳ）生合成および／またはＬＰＳレベルを低下させる。例えば、いくつかの態様において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、対照と比較して、少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、または１０００％またはそれ以上（間にあるすべての整数と範囲を含む）まで、または対照と比較して、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００倍またはそれ以上（間にあるすべての整数と範囲を含む）まで、ＬＰＳ生合成および／またはＬＰＳレベルを低下させる。特別な実施形態において、ＬＰＳ生合成および／またはＬＰＳレベルを低下させるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＬｐｘＣ、ＷａａＣ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＬｐｘＡ、および／またはＬｐｘＢを標的とし、ならびに細菌は、ＬｐｘＣ、ＷａａＣ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＬｐｘＡ、および／またはＬｐｘＢを含むまたは発現するシュードモナス種、例えば緑膿菌である。ＬＰＳ生合成および／またはＬＰＳレベルは、当該技術分野の通常の技術に従って測定することができる。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、本方法はインビボで実施され、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、それを必要とする対象、例えば本明細書に記載の１つ以上の細菌（類）または細菌に感染または感染するリスクのある対象に投与することを含む。したがって、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の細菌（類）または細菌のいずれかによる感染を（予防上または治療上）処置するために対象に投与することができる。そのような治療と併せて、薬理ゲノミクス（例えば、個体の遺伝子型／表現型と外来化合物または薬物に対する個体の反応との間の関係の研究）が考慮され得る。治療薬の代謝の相違は、薬理学的に活性な薬物の用量と血中濃度との間の関係を変えることによって、重度の毒性または治療不全につながる可能性がある。
【０１２５】
したがって、医師または臨床医は、治療薬を投与するかどうかを決定すること、ならびに治療薬による治療の投与量および／または治療計画を調整することにおいて、関連する薬理ゲノミクス研究で得られた知識を適用することを検討することができる。
【０１２６】
標的核酸へのアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果的な送達は、処置の１つの態様である。アンチセンスオリゴヌクレオチド送達の経路には、経口および非経口経路、例えば、静脈内、皮下、腹腔内、および筋肉内）ならびに吸入、経皮および局所送達を含む様々な全身経路が含まれるが、これらに限定されない。適切な経路は、治療中の対象の状態に応じて、当業者によって決定され得る。血管または血管外循環、血液またはリンパ系、および脳脊髄液は、アンチセンスオリゴヌクレオチドが導入され得るいくつかの非限定的な部位である。直接的なＣＮＳ送達を用いることができ、例えば、脳内、脳室内、または髄腔内投与を投与経路として使用することができる。
【０１２７】
特定の実施形態において、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、経皮的方法（例えば、開示されるアンチセンスオリゴヌクレオチドのエマルジョンへの取り込み、そのようなアンチセンスオリゴヌクレオチドは任意選択でリポソーム中にパッケージングされる）によって送達され得る。このような経皮およびエマルジョン／リポソーム媒介送達方法は、当該技術分野でアンチセンスオリゴヌクレオチドの送達について、例えば、米国特許第６，９６５，０２５号に記載されており、その内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０１２８】
本明細書に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、移植可能なデバイスを介して送達することもできる。このようなデバイスの設計は、例えば、米国特許第６，９６９，４００号に記載されている合成インプラント設計による、当該技術分野で認識されているプロセスであり、その内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０１２９】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当該技術分野で認識されている技術（例えば、トランスフェクション、エレクトロポレーション、融合、リポソーム、コロイド状ポリマー粒子、およびウイルス性および非ウイルス性ベクター、ならびに当該技術分野で公知の他の手段）を用いて細胞に導入することができる。選択された送達方法は、少なくともオリゴヌクレオチド化学、治療すべき細胞および細胞の位置に依存し、当業者には明らかであろう。例えば、リポソームを指向する特定のマーカーを有するリポソーム、標的細胞を含む組織への直接注入、特異的な受容体媒介性の取り込みなどにより、局在化を達成することができる。
【０１３０】
当該技術分野で知られているように、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、リポソーム媒介取り込み、脂質コンジュゲート、ポリリジン仲介取り込み、ナノ粒子媒介取り込み、および受容体媒介エンドサイトーシスを含む方法、ならびに送達のさらなる非エンドサイトーシス様式、例えばマイクロインジェクション、透過処理（例えば、ストレプトリジン−Ｏ透過処理、アニオン性ペプチド透過処理）、エレクトロポレーション、および当該技術分野で知られている様々な非侵襲的非エンドサイトーシス送達方法を含む（例えばＤｏｋｋａ  ａｎｄ  Ｒｏｊａｎａｓａｋｕｌ、Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｌｉｖｅｒｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ４４：３５−４９参照。参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。
【０１３１】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、生理学的および／または薬学的に許容される任意の簡便なビヒクルまたは担体で投与することができる。そのような組成物は、当業者によって使用される種々の標準的な薬学的に許容される担体のいずれかを含み得る。例には、生理食塩水、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）、水、水性エタノール、油／水エマルションまたはトリグリセリドエマルションなどのエマルジョン、錠剤およびカプセルが含まれるが、これらに限定されない。適切な生理的に許容される担体の選択は、選択された投与様式に依存して変化する。「薬学的に許容される担体」は、薬学的投与に適合する任意のおよびすべての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含むことが意図される。薬学的に活性な物質のためのそのような媒体および薬剤の使用は、当該技術分野において周知である。任意の従来の媒体または薬剤が活性化合物と不適合である場合を除いて、組成物におけるその使用が意図される。補充的活性化合物も組成物中に組み込むことができる。
【０１３２】
ある特定の実施形態において、本開示は、式（Ｉ）、
【化２９】
2018506272.tif 000038
の化合物、またはその薬学的に許容される塩であって、式中、
各Ｎｕは、一緒になって核酸塩基配列を形成する核酸塩基であり、
Ｚは、８〜３８の整数であり、
Ｔは、ＯＨ、および下記式、
【化３０】
2018506272.tif 000039
の部分、から選択され、
式中、
各Ｒ４は独立して、ＨおよびＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ５は、電子対およびＨから選択され、
Ｒ６は、−Ｎ（Ｒ７）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）ＮＨ２、および下記式、
【化３１】
2018506272.tif 000040
の部分、から選択され、
式中、
Ｒ７は、ＨおよびＣ１−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ８は、Ｇ、−Ｃ（Ｏ）−Ｒ９、アシル、トリチル、および４−メトキシトリチルから選択され、
式中、
Ｒ９は、式−（Ｏ−アルキル）ｙ−ＯＨのものであり、式中、ｙは、３〜１０の整数であり、ｙアルキル基の各々は独立して、１つ以上の介在する酸素ラジカルを任意選択で含有するＣ２−Ｃ６アルキルから選択され、
Ｒ１の各出現例は、−Ｎ（Ｒ１０）２Ｒ１１であり、式中、各Ｒ１０は独立して、Ｃ１−Ｃ６アルキルであり、Ｒ１１は、電子対およびＨから選択され、
Ｒ２は、Ｈ、Ｇ、アシル、トリチル、４−メトキシトリチル、および下記式、
【化３２】
2018506272.tif 000041
の部分、からなる群から選択され、
式中、
Ｌは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）６Ｃ（Ｏ）−および−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２Ｓ２（ＣＨ２）２Ｃ（Ｏ）−から選択され、
各Ｒ１２は、式−（ＣＨ２）２ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ２６）２のものであり、式中、各Ｒ２６は、式（ＣＨ２）６ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ２のものであり、
Ｒ３は、電子対、Ｈ、およびＣ１−Ｃ６アルキルからなる群から選択され、
Ｇは、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨ−ＣＰＰ、−Ｃ（Ｏ）（ＣＨ２）２ＮＨＣ（Ｏ）（ＣＨ２）５ＮＨ−ＣＰＰ、
−Ｃ（Ｏ）ＣＨ２ＮＨ−ＣＰＰ、および−Ｃ（Ｏ）ＣＨ（ピロリジン−２−イル）ＮＨ−ＣＰＰからなる群から選択される、細胞膜透過性ペプチド（「ＣＰＰ」）およびリンカー部分であり、該ＣＰＰは、ＣＰＰカルボキシ末端においてアミド結合によってリンカー部分に結合されているが、但し、Ｇの最大１つの出現例が存在することを条件とし、
核酸塩基配列は、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲをコードする緑膿菌ｍＲＮＡに相補的である標的化配列を含む、
化合物、またはその薬学的に許容される塩と、薬学的に許容される担体と、を含む、薬学的組成物を提供する。
【０１３３】
ある特定の実施形態において、該標的化配列は、表１から選択されるか、表１における標的化配列の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドの断片であるか、該標的化配列は、表１から選択されるか、表１における標的化配列の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドの断片であるか、または表１における標的化配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する変異型であり、配列中、チミン塩基は、ウラシル塩基であってもよい。
【０１３４】
いくつかの実施形態において、化合物は、下記式、
【化３３】
2018506272.tif 000042
のもの、またはその薬学的に許容される塩であり、標的化配列は、５’から３’に、
ａ）ＧＴＴ  ＧＴＴ  ＴＧＡ  ＴＣ（配列番号２）、
ｂ）ＴＴＣ  ＴＣＴ  ＣＣＴ  ＴＴ（配列番号３）、
ｃ）ＣＡＴ  ＡＣＣ  ＴＴＧ  ＴＴ（配列番号４）、
ｄ）ＣＴＣ  ＴＡＧ  ＡＣＡ  ＴＧ（配列番号５）、
ｅ）ＡＧＣ  ＡＣＣ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号６）、
ｆ）ＴＧＡ  ＣＴＣ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号７）、
ｇ）ＣＣＡ  ＣＣＴ  ＣＣＡ  ＧＧ（配列番号８）、
ｈ）ＡＧＧ  ＣＴＴ  ＣＣＧ  ＴＣ（配列番号９）、
ｉ）ＡＴＣ  ＡＡＡ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１０）、
ｊ）ＴＡＡ  ＴＣＣ  ＧＴＣ  ＡＧ（配列番号１１）、
ｋ）ＧＣＣ  ＡＧＧ  ＧＴＣ  ＡＴ（配列番号１２）、
ｌ）ＧＣＡ  ＴＴＴ  ＧＡＣ  ＣＴ（配列番号１３）、
ｍ）ＧＴＡ  ＣＧＧ  ＴＴＣ  ＡＴ（配列番号１４）、
ｎ）ＡＧＡ  ＡＴＴ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１５）、
ｏ）ＣＡＧ  ＴＣＧ  ＣＣＣ  ＣＴ（配列番号１６）、
ｐ）ＡＧＧ  ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＧＧ（配列番号１７）、
ｑ）ＣＴＡ  ＧＣＡ  ＣＴＣ  ＣＣ（配列番号１８）、
ｒ）ＡＴＧ  ＴＣＣ  ＡＴＣ  ＡＴ（配列番号１９）、
ｓ）ＡＣＣ  ＴＣＣ  ＣＡＧ  ＧＣ（配列番号２０）、
ｔ）ＧＣＡ  ＡＡＧ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号２１）、および
ｕ）ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＣＣＴ  ＴＧ（配列番号３５）、からなる群から選択され、
配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【０１３５】
いくつかの実施形態において、化合物は、
【化３４】
2018506272.tif 000043
【化３５】
2018506272.tif 000044
から選択されるか、またはその薬学的に許容される塩であり、
標的化配列は、５’から３’に、ＣＣＴ  ＣＡＧ  ＡＣＴ  ＣＣ（配列番号１）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【０１３６】
ある特定の実施形態において、化合物は、下記式、
【化３６】
2018506272.tif 000045
のものであり、標的化配列は、５’から３’に、ＧＴＣ  ＧＡＡ  ＣＣＡ  ＡＴ（配列番号２２）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【０１３７】
ある特定の実施形態において、本開示はポリミキシンＥ（ＰＭＥ）、ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）、ポリミキシンＥノナペプチド、上記のもののいずれかの薬学的に許容される塩、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される第２の化合物をさらに含む、薬学的組成物を提供する。
【０１３８】
いくつかの実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＥである。
【０１３９】
いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＥの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。
【０１４０】
いくつかの実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＢＮである。
【０１４１】
いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＢＮの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。
【０１４２】
いくつかの実施形態において、本開示の薬学的組成物においてチミン塩基はウラシル塩基である。
【０１４３】
本明細書に記載の化合物（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド、抗菌剤）は、一般に、遊離酸または遊離塩基として利用することができる。あるいは、本開示の化合物は、酸または塩基付加塩の形態で使用することができる。本開示の遊離アミノ化合物の酸付加塩は、当該技術分野において周知の方法によって調製することができ、有機酸および無機酸から形成することができる。適切な有機酸としては、マレイン酸、フマル酸、安息香酸、アスコルビン酸、コハク酸、メタンスルホン酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、シュウ酸、プロピオン酸、酒石酸、サリチル酸、クエン酸、乳酸、マンデル酸、桂皮酸、アスパラギン酸、ステアリン酸、パルミチン酸、グリコール酸、グルタミン酸、およびベンゼンスルホン酸を含む。
【０１４４】
適切な無機酸には、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸、および硝酸が含まれる。塩基付加塩は、カルボン酸アニオンと形成するこれらの塩を含み、および、アルカリおよびアルカリ土類金属（例えば、リチウム、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、バリウム、およびカルシウム）、ならびにアンモニウムイオンおよびその置換誘導体（例えば、ジベンジルアンモニウム、ベンジルアンモニウム、２−ヒドロキシエチルアンモニウムなど）から選択されるような有機および無機カチオンと形成する塩を含む。したがって、用語「薬学的に許容される塩」は、任意のおよびすべての許容される塩形態を包含することを意図する。
【０１４５】
加えて、プロドラッグも本開示の文脈内に含まれる。プロドラッグは、そのようなプロドラッグが患者に投与されたときにインビボで化合物を放出するいずれかの共有結合した担体である。プロドラッグは、通常、慣用の操作またはインビボのいずれかで修飾が切断されて親化合物を生じるように、官能基を修飾することによって調製される。プロドラッグには、例えば、ヒドロキシ、アミンまたはスルフヒドリル基が、患者に投与されたときに開裂してヒドロキシ、アミンまたはスルフヒドリル基を形成するいずれかの基と結合している本開示の化合物が含まれる。したがって、プロドラッグの代表的な例には、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドのアルコールおよびアミン官能基のアセテート、ホルメートおよびベンゾエート誘導体が含まれる（がこれらに限定するものではない）。さらに、カルボン酸（−ＣＯＯＨ）の場合、メチルエステル、エチルエステルなどのエステルを使用することができる。
【０１４６】
場合によっては、アンチセンスオリゴヌクレオチドの細胞への取り込みを容易にするためにリポソームを使用することができる（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍｓ、Ｓ．Ａ．、Ｌｅｕｋｅｍｉａ  １０（１２）：１９８０−１９８９、１９９６；Ｌａｐｐａｌａｉｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．、Ａｎｔｉｖｉｒａｌ  Ｒｅｓ．２３：１１９、１９９４；Ｕｈｌｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．、ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ：ａ  ｎｅｗ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ、９０巻、４号、２５頁、５４４−５８４頁、１９９０年；Ｇｒｅｇｏｒｉａｄｉｓ、Ｇ．、第１４章、Ｌｉｐｏｓｏｍｅｓ、Ｄｒｕｇ  Ｃａｒｒｉｅｒｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、２８７−３４１頁、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、１９７９を参照）。ヒドロゲルはまた、例えばＷＯ  ９３／０１２８６に記載されているようにアンチセンスオリゴマー投与のためのビヒクルとして、使用することができる。あるいは、オリゴヌクレオチドをマイクロスフェアまたはマイクロ粒子で投与してもよい（例えば、Ｗｕ、Ｇ．Ｙ．ａｎｄ  Ｗｕ、Ｃ．Ｈ．、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：４４２９−４４３２、３０  １９８７を参照。）。あるいは、米国特許第６，２４５，７４７号に記載されているように、アンチセンスオリゴマーと複合化したガス充填マイクロバブルの使用は、標的組織への送達を高めることができる。徐放性組成物を使用することもできる。これらは、フィルムまたはマイクロカプセルなどの成形品の形態の半透過性ポリマーマトリックスを含み得る。
【０１４７】
特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、細菌感染症（例えば、抗生物質耐性またはＭＤＲ細菌感染症）の症状を示す哺乳動物対象、例えば、ヒトまたは家畜、に適切な薬学的担体中で投与される。いくつかの態様では、対象はヒト対象、例えば細菌感染であると診断された患者である。特別な実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、薬学的に許容される担体中に含有させ、そして経口的に送達させる。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、薬学的に許容される担体中に含有させ、そして静脈内（ｉ．ｖ．）に送達させる。
【０１４８】
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも２００〜４００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドのピーク血中濃度をもたらすのに有効な量および様式で投与される。代表的には、アンチセンスオリゴヌクレオチドの１つ以上の用量は、一般に一定間隔で、約１〜２週間投与される。経口投与のための特定の用量は、７０ｋｇあたり約１〜１０００ｍｇのオリゴマーである。場合によっては、１０００ｍｇオリゴマー／患者を超える用量が必要な場合もある。静脈内投与に対して、いくつかの用量は、７０ｋｇあたり約０．５ｍｇ〜１０００ｍｇのオリゴマーである。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、短期間に、例えば２週間以下の毎日、一定間隔で投与することができる。しかしながら、場合によっては、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、より長い期間にわたって断続的に投与される。投与は、本明細書に記載の抗菌剤（例えば、抗生物質）または他の治療的処置の後に、または同時に投与することができる。治療計画は、治療中の対象のイムノアッセイ、他の生化学検査および生理学的検査に基づいて、示されるように（用量、頻度、経路などを）調整することができる。
【０１４９】
本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用する効果的なインビボ治療レジメンは、投与の期間、用量、頻度および経路、ならびに治療中の対象の状態（すなわち、局所または全身感染症に応じる予防的投与対投与）に従って変化し得る。したがって、そのようなインビボ治療は、最適な治療結果を達成するために、治療下の特定のタイプの障害または細菌感染に適切な試験によるモニタリング、および用量または治療レジメンにおける対応する調整をしばしば含む。
【０１５０】
治療は、例えば当該技術分野で公知の疾患の一般的指標によってモニタリングすることができる。本開示のインビボで投与されたアンチセンスオリゴヌクレオチドの有効性は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与前、投与中および投与後の対象から採取された生物学的サンプル（組織、血液、尿など）から決定され得る。そのようなサンプルのアッセイには、１）電気泳動ゲル移動度アッセイなどの当業者に公知の手順を用いて、標的および非標的配列によるヘテロ二本鎖形成の存在または不在をモニターすること、（２）ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロッティング、ＥＬＩＳＡまたはウェスタンブロッティングなどの標準的な技術によって決定される基準の正常ｍＲＮＡまたはタンパク質に関連した変異体ｍＲＮＡの量をモニターすることを含む。
【０１５１】
組み合わせ療法
特定の実施形態には、組み合わせ療法、例えば、抗生物質などの抗菌剤と組み合わせたアンチセンスオリゴヌクレオチドの投与が含まれる。組み合わせ療法は、例えば、１つ以上の抗菌剤に対する所定の細菌の感度または感受性を高め、それによって治療結果（例えば、感染の解消）を改善するために使用することができる。同様に、例えば、所定の細菌の１種以上の抗菌剤に対する抗生物質耐性を低減または逆転させるために、特定の組み合わせ療法を用いることができる。特定の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、細菌に対する抗生物質の最小阻害濃度（ＭＩＣ）を低下させる。アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび抗生物質などの抗菌剤を含む、本明細書に記載の薬学的組成物も含まれる。特定の実施形態では、抗生物質は、ポリミキシンＢまたはポリミキシンＥ（コリスチン）などのポリミキシンである。他の実施形態では、抗菌剤は、ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）またはポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）である。
【０１５２】
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび抗菌剤は、別々に投与される。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび抗菌剤は、連続的に投与される。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび抗菌剤は、例えば同じまたは異なる薬学的組成物の一部として同時に投与される。
【０１５３】
特定の実施形態では、上記のように、組み合わせ療法には、１つ以上のポリミキシンの投与が含まれる。ポリミキシンは、様々な種のパエニバシラス（バシラス）・ポリミキサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）ｐｏｌｙｍｙｘａ）由来の長い疎水性テールを有するカチオン性環状ペプチド抗生物質である。これは、親水性および疎水性の両方の特性を有する分子である。ポリミキシンは、そのリン脂質と相互作用することによって細菌細胞膜の構造を破壊する。グラム陰性細菌の外膜のリポ多糖（ｌｉｐｏｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ：ＬＰＳ）の脂質部分である脂質Ａに結合した後、ポリミキシンは外膜および内膜の両方を破壊する。疎水性の尾部は膜損傷を引き起こすのに重要であり、界面活性剤のような作用様式を示唆している。膜透過化による結果としての水の摂取は、細胞死をもたらす。
【０１５４】
ポリミキシンは、パエニバシラス・ポリミキサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ）のようなグラム陽性菌の非リボソームペプチド合成酵素系によって産生され、多くのグラム陰性外膜に存在するＬＰＳ分子に対する特異性により、グラム陰性細菌に対して選択的に毒性である。重要な院内病原菌である（大腸菌）Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、クレブシエラ種（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、エンテロバクター種（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）、緑膿菌およびアシネトバクター種（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．）の分離株の大部分は、通常、ポリミキシンに感受性が高い。さらに、サルモネラ種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、赤痢菌種（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、パスツレラ種（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）およびヘモフィルス種（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐｐ．）に対してかなりの活性が存在する。いくつかの病原体は、ポリミキシンに対する固有の耐性を有する：プロテウス種（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．）、プロビデンシア種（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｓｐｐ．）およびセラチア種（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｓｐｐ．）。さらに、ブルセラ種（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｐｐ．）、ナイセリア種（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐｐ．）、クロモバクテリウム種（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）およびバークホルデリア種（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｓｐｐ．）の分離株は耐性である。
【０１５５】
５種のポリミキシンが最初に記載され（ポリミキシンＡ〜Ｅ）、２つのポリミキシンＢおよびＥがグラム陰性細菌感染の治療に使用されている。ポリミキシンＢおよびＥは、１つのアミノ酸の変更によって異なる：６位にポリミキシンＢはＤ−フェニルアラニンを有し、ポリミキシンＥ（コリスチン）はＤ−ロイシンを有する。ポリミキシンＢは、主成分であるポリミキシンＢ１およびＢ２を含む多くの関連化合物からなる。「マッタシン（ｍａｔｔａｃｉｎ）」として知られるポリミキシンＭは、パエニバシラス・コーベンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｏｂｅｎｓｉｓ）Ｍ．により生産されることが知られている。研究では、その挙動が以前のポリミキシンＢの研究で観察されたものと非常に類似しており、同一の作用機序が示唆される。したがって、本明細書で提供される方法および組成物は、そのようなポリミキシンのいずれか１以上を使用するか、または含むことができる。
【０１５６】
グラム陰性細菌は、ポリミキシンのＬＰＳへの結合を阻害する、ＬＰＳ構造の種々の改変を介してポリミキシンに対する耐性を発現できる。通常ポリミキシンは、グラム陽性生物に対して効果が少なく、効果的なスペクトルを広げるために（トリメトプリム／ポリミキシンのように）他の薬剤と組み合わせられることがある。
【０１５７】
ポリミキシン抗生物質は、神経系および腎臓に対して比較的毒性があるので、現代の抗生物質が、効果がないかまたは禁忌である場合、それらは通常、最後の手段としてのみ使用される。典型的な用途は、多剤耐性緑膿菌またはカルバペネマーゼ産生腸内細菌科の系統によって引き起こされる感染症である。部分的にその毒性のために、ポリミキシンのＭＩＣを低下させるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、特定の臨床的利点を提供することができる。
【０１５８】
ポリミキシンは胃腸管から十分に吸収されないので、特定の組み合わせ療法には、非経口投与（しばしば静脈内）または吸入による投与（おそらく標的が胃腸管の細菌でない限りなどの投与経路が含まれる。それらはまた、外耳炎（ｏｔｉｔｉｓ  ｅｘｔｅｒｎａ  （ｓｗｉｍｍｅｒｓ  ｅａｒ））を治療するためにクリーム剤または点滴薬として外用される。ポリミキシンは、局所救急調剤ネオスポリンにおいて使用される。
【０１５９】
いくつかの実施形態において、緑膿菌感染症の治療または予防のための薬学的組み合わせ療法では、該標的化配列は、表１から選択されるか、表１における標的化配列の少なくとも１０個の連続ヌクレオチドの断片であるか、または表１における標的化配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する変異型であり、配列中、チミン塩基は、ウラシル塩基であってもよい。
【０１６０】
いくつかの実施形態において緑膿菌感染症の治療または予防のための薬学的組み合わせ療法では、化合物が式：
【０１６１】
【化３７】
2018506272.tif 000046
のもの、またはその薬学的に許容される塩であり、標的化配列は、５’から３’に、
ａ）ＧＴＴ  ＧＴＴ  ＴＧＡ  ＴＣ（配列番号２）、
ｂ）ＴＴＣ  ＴＣＴ  ＣＣＴ  ＴＴ（配列番号３）、
ｃ）ＣＡＴ  ＡＣＣ  ＴＴＧ  ＴＴ（配列番号４）、
ｄ）ＣＴＣ  ＴＡＧ  ＡＣＡ  ＴＧ（配列番号５）、
ｅ）ＡＧＣ  ＡＣＣ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号６）、
ｆ）ＴＧＡ  ＣＴＣ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号７）、
ｇ）ＣＣＡ  ＣＣＴ  ＣＣＡ  ＧＧ（配列番号８）、
ｈ）ＡＧＧ  ＣＴＴ  ＣＣＧ  ＴＣ（配列番号９）、
ｉ）ＡＴＣ  ＡＡＡ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１０）、
ｊ）ＴＡＡ  ＴＣＣ  ＧＴＣ  ＡＧ（配列番号１１）、
ｋ）ＧＣＣ  ＡＧＧ  ＧＴＣ  ＡＴ（配列番号１２）、
ｌ）ＧＣＡ  ＴＴＴ  ＧＡＣ  ＣＴ（配列番号１３）、
ｍ）ＧＴＡ  ＣＧＧ  ＴＴＣ  ＡＴ（配列番号１４）、
ｎ）ＡＧＡ  ＡＴＴ  ＣＴＣ  ＡＴ（配列番号１５）、
ｏ）ＣＡＧ  ＴＣＧ  ＣＣＣ  ＣＴ（配列番号１６）、
ｐ）ＡＧＧ  ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＧＧ（配列番号１７）、
ｑ）ＣＴＡ  ＧＣＡ  ＣＴＣ  ＣＣ（配列番号１８）、
ｒ）ＡＴＧ  ＴＣＣ  ＡＴＣ  ＡＴ（配列番号１９）、
ｓ）ＡＣＣ  ＴＣＣ  ＣＡＧ  ＧＣ（配列番号２０）、
ｔ）ＧＣＡ  ＡＡＧ  ＴＣＣ  ＴＣ（配列番号２１）、および
ｕ）ＣＴＣ  ＡＴＡ  ＣＣＴ  ＴＧ（配列番号３５）、からなる群から選択され、
配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【０１６２】
いくつかの実施形態において、化合物は、
【化３８】
2018506272.tif 000047
【化３９】
2018506272.tif 000048
、から選択されるか、またはその薬学的に許容される塩であり、
標的化配列は、５’から３’に、ＣＣＴ  ＣＡＧ  ＡＣＴ  ＣＣ（配列番号１）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【０１６３】
いくつかの実施形態において、化合物は、下記式、
【化４０】
2018506272.tif 000049
のものであり、標的化配列は、５’から３’に、ＧＴＣ  ＧＡＡ  ＣＣＡ  ＡＴ（配列番号２２）であり、配列中、チミン塩基はウラシル塩基であってもよい。
【０１６４】
いくつかの実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＥである。
【０１６５】
いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＥの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。
【０１６６】
いくつかの実施形態において、第２の化合物は、ＰＭＢＮである。
【０１６７】
いくつかの実施形態において、化合物（Ｉ）対ＰＭＢＮの比は、約１：１、２：１、４：１、８：１、１０：１、１２：１、１４：１、１６：１、１８：１、および２０：１から選択される。
【０１６８】
いくつかの実施形態において、第２の化合物の量は、緑膿菌感染症の治療における第２の化合物の抗生物質活性の治療レベル未満である。
【０１６９】
緑膿菌感染症の治療または予防のための薬学的組み合わせ療法におけるいくつかの実施形態では、薬学的組み合わせ療法はさらにアンピシリンを含む。
【０１７０】
緑膿菌感染症の治療または予防のための薬学的組み合わせ療法におけるいくつかの実施形態では、患者は免疫無防備状態である。
【０１７１】
緑膿菌感染症の治療または予防のための薬学的組み合わせ療法におけるいくつかの実施形態では、患者は嚢胞性線維症（ＣＦ）であるか、またはそれを有する危険性がある。
【０１７２】
緑膿菌感染症の治療または予防のための薬学的組み合わせ療法におけるいくつかの実施形態では、チミン塩基はウラシル塩基である。
【０１７３】
特定の実施形態では、組み合わせ療法は、１つ以上のポリミキシンノナペプチドの投与を含む。ポリミキシンＢの疎水性テールを除去すると、依然としてＬＰＳに結合するが、もはや細菌細胞を死滅させない、ポリミキシンノナペプチド（ＰＭＢＮ）が得られる。しかしながら、それは依然として検出可能に他の抗生物質に対する細菌細胞壁の透過性を増加させ、依然としてある程度の膜崩壊を引き起こすことを示している。同様に、ポリミキシンＥの疎水性テールを除去するための酵素処理により、ポリミキシンＥノナペプチドが得られる。したがって、いくつかの実施形態では、ポリミキシンノナペプチドはＰＭＢＮである。いくつかの実施形態では、ポリミキシンノナペプチドはポリミキシンＥノナペプチドである
【０１７４】
したがって、いくつかの実施形態では、抗菌剤は、本明細書に記載のカチオン性環状ペプチド抗生物質である。ある種のこれらのおよび関連する実施形態では、細菌はＲｐｓＪなどのリボソームタンパク質を含むか、または発現し、そしてアンチセンスオリゴヌクレオチドはＲｐｓＪを標的とする。これらの特定の実施形態および関連する実施形態では、細菌はＬｐｘＣなどのリポ多糖生合成遺伝子を含むか、または発現し、そしてアンチセンスオリゴヌクレオチドはＬｐｘＣを標的とする。いくつかの態様において、細菌は、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲから選択される標的遺伝子を含むか、または発現し、そしてアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲから選択される遺伝子を標的とする。ある種の実施形態では、本開示のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲをコードする緑膿菌ｍＲＮＡに称賛的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）な標的化配列を含む。特定の実施形態では、抗菌剤はポリミキシンＥ（コリスチン）である。他の実施形態では、抗菌剤はポリミキシンＢである。特定の実施形態では、細菌は緑膿菌である。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、抗菌剤は、本明細書に記載のように、ノナペプチドを生成する酵素処理を受けたカチオン性環状ペプチド抗生物質である。ある種のこれらのおよび関連する実施形態では、細菌はＲｐｓＪなどのリボソームタンパク質を含むか、または発現し、そしてアンチセンスオリゴヌクレオチドはＲｐｓＪを標的とする。これらの特定の実施形態および関連する実施形態では、細菌はＬｐｘＣなどのリポ多糖生合成遺伝子を含むか、または発現し、そしてアンチセンスオリゴヌクレオチドはＬｐｘＣを標的とする。これらの特定の実施形態および関連する実施形態では、細菌はＲｐｍＢなどのリボソームタンパク質を含むか、または発現し、そしてアンチセンスオリゴヌクレオチドはＲｐｍＢを標的とする。いくつかの態様において、細菌は、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲから選択される遺伝子を含むか、または発現し、そしてアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲから選択される遺伝子を標的とする。ある特定の実施形態において、標的化配列は、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲをコードする緑膿菌ｍＲＮＡに称賛的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）である。特定の実施形態では、抗菌剤はポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）である。いくつかの実施形態では、抗菌剤はポリミキシンＥノナペプチドである。特定の実施形態では、細菌は緑膿菌である。
【０１７６】
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、抗菌剤単独と比較して、所定の細菌の抗菌剤に対する感度を増加させる。例えば、特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、抗菌剤単独と比較して、標的とされる細菌に対する抗菌剤の殺菌（細胞死滅）および／または静菌（成長減速）活性を増加させることによって、細菌の抗菌剤に対する感度を増加させる。特定の実施形態では、アンチセンスは、抗菌剤単独と比較して、約または少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、または１０００％またはそれ以上（間にあるすべての整数と範囲を含む）まで、または、抗菌剤単独と比較して、約または少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００倍以上（（間にあるすべての整数と範囲を含む）で感度を増加させる。
【０１７７】
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、抗菌剤単独と比較して、標的とされる細菌に対する抗菌剤の最小阻害濃度（ＭＩＣ）を低下させる。「最小阻害濃度」または「ＭＩＣ」は、一晩（インビトロ）インキュベーション後に微生物の可視の増殖を阻害する抗菌剤の最低濃度を指す。最小阻害濃度は、微生物の抗菌剤に対する耐性を確認するため、また新しい抗菌剤の活性をモニターするために、診断研究所において重要である。ＭＩＣは、一般に、細菌性生物に対する抗菌剤の活性の最も基本的な実験室測定値と見なされている。したがって、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、抗菌剤単独に対して少なくとも約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８００、９００、または１０００％またはそれ以上（間にあるすべての整数と範囲を含む）、細菌に対する抗菌剤の最小阻害濃度（ＭＩＣ）を低下させる。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、細菌に対する抗菌剤の最小阻害濃度（ＭＩＣ）を、抗菌剤単独と比較して、約または少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００倍またはそれ以上（間にあるすべての整数と範囲を含む）減少させる。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、感度を増加させるかまたはＭＩＣを減少させるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲｐｓＪを標的とし、細菌はＲｐｓＪを含むかまたは発現する緑膿菌であり、かつ抗菌剤は、ポリミキシンＢまたはポリミキシンＥ（Ｃｏｌｉｓｔｉｎ）のようなカチオン性環状ペプチド抗生物質であるか、またはポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）またはポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）である。
【０１７９】
特定の実施形態では、感度を増加させるかまたはＭＩＣを減少させるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＬｐｘＣを標的とし、細菌は、ＬｐｘＣを含むかまたは発現する緑膿菌であり、および抗菌剤は、ポリミキシンＢまたはポリミキシンＥ（コリスチン）のようなカチオン性環状ペプチド抗生物質であるか、またはポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）またはポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）である。
【０１８０】
特定の実施形態では、感度を増加させるかまたはＭＩＣを減少させるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲｐｍＢを標的とし、細菌は、ＲｐｍＢを含むかまたは発現する緑膿菌であり、および抗菌剤は、ポリミキシンＢまたはポリミキシンＥ（コリスチン）のようなカチオン性環状ペプチド抗生物質であるか、またはポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）またはポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）である。
【０１８１】
特定の実施形態では、感度を増加させるかまたはＭＩＣを減少させるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲから選択される遺伝子を標的とし、細菌は、ＲｐｓＪ、ＬｐｘＣ、ＦａｂＧ、ＡｃｐＰ、ＲｐｍＢ、ＷａａＣ、ＭｒａＹ、ＭｕｒＣ、ＡｃｃＡ、ＬｐｘＡ、ＬｐｘＢ、ＷａａＧ、ＷａａＡ、ＷａａＦ、ＭｕｒＢ、ＭｕｒＥ、ＡｃｃＢ、ＦａｂＺ、ＭｕｒＦ、ＭｕｒＧ、またはＡｍｐＲから選択される遺伝子を含むかまたは発現する緑膿菌であり、および抗菌剤は、ポリミキシンＢまたはポリミキシンＥ（コリスチン）のようなカチオン性環状ペプチド抗生物質であるか、またはポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）またはポリミキシンＥノナペプチド（ＰＭＥＮ）である。
【０１８２】
追加の抗菌剤も任意の所定の組み合わせ療法の一部として使用することができる。アンチセンスオリゴヌクレオチドと組み合わせて投与することができる抗菌剤（例えば、抗生物質）の例には、β−ラクタム抗生物質が含まれ、例えばカルバペネム系（ｃａｒｂａｐｅｎｅｍｓ）、ペニシリン（ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｎ）およびペニシリン誘導体（またはペナム）（ｐｅｎａｍｓ））、セファロスポリン系（ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｎｓ）（例えばセファセトリル（Ｃｅｆａｃｅｔｒｉｌｅ）（セファセトリル（ｃｅｐｈａｃｅｔｒｉｌｅ））、セファドロキシル（Ｃｅｆａｄｒｏｘｉｌ）（ｃｅｆａｄｒｏｘｙｌ；ドゥリセフ（Ｄｕｒｉｃｅｆ））、セファレキシン（Ｃｅｐｈａｌｅｘｉｎ）（ｃｅｆａｌｅｘｉｎ；ケフレックスケフレックス（Ｋｅｆｌｅｘ））、セファログリシン（Ｃｅｆａｌｏｇｌｙｃｉｎ）（ｃｅｐｈａｌｏｇｌｙｃｉｎ）、セファロニウム（Ｃｅｆａｌｏｎｉｕｍ）（ｃｅｐｈａｌｏｎｉｕｍ）、セファロリジン（（Ｃｅｆａｌｏｒｉｄｉｎｅ）（セファロラジン（ｃｅｐｈａｌｏｒａｄｉｎｅ））、セファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｉｎ）（ｃｅｐｈａｌｏｔｈｉｎ；ケフリン（Ｋｅｆｌｉｎ））、セファピリン（Ｃｅｆａｐｉｒｉｎ）（ｃｅｐｈａｐｉｒｉｎ；セファドリル（Ｃｅｆａｄｒｙｌ））、セファトリジン（Ｃｅｆａｔｒｉｚｉｎｅ）、セファザフルール（Ｃｅｆａｚａｆｌｕｒ）、セファゼドン（Ｃｅｆａｚｅｄｏｎｅ）、セファゾリン（Ｃｅｆａｚｏｌｉｎ）（ｃｅｐｈａｚｏｌｉｎ；アンセフ（Ａｎｃｅｆ）、ケフゾル（Ｋｅｆｚｏｌ））、セフラジン（Ｃｅｆｒａｄｉｎｅ）（ｃｅｐｈｒａｄｉｎｅ；ベロセフ（Ｖｅｌｏｓｅｆ））、セフロキサジン（Ｃｅｆｒｏｘａｄｉｎｅ）、セフテゾール（Ｃｅｆｔｅｚｏｌｅ）、セファクロール（Ｃｅｆａｃｌｏｒ）（セクロール（Ｃｅｃｌｏｒ）、ジスタクロル（Ｄｉｓｔａｃｌｏｒ）、ケフラー（Ｋｅｆｌｏｒ）、ラニクロア（Ｒａｎｉｃｌｏｒ））、セフォニシド（Ｃｅｆｏｎｉｃｉｄ）（モノシド（Ｍｏｎｏｃｉｄ））、セフプロジル（Ｃｅｆｐｒｏｚｉｌ）（セフプロキシル（ｃｅｆｐｒｏｘｉｌ）；セフジル（Ｃｅｆｚｉｌ））、セフロキシム（Ｃｅｆｕｒｏｘｉｍｅ）（ゼフ（Ｚｅｆｕ）、ジナット（Ｚｉｎｎａｔ）、ジナセフ（Ｚｉｎａｃｅｆ）、セフチン（Ｃｅｆｔｉｎ）、ビオフロクシム（Ｂｉｏｆｕｒｏｋｓｙｍ）、ゾリマックス（Ｘｏｒｉｍａｘ）））、セフゾナム（Ｃｅｆｕｚｏｎａｍ）、セフメタゾール（Ｃｅｆｍｅｔａｚｏｌｅ）、セフォテタン（Ｃｅｆｏｔｅｔａｎ）、セフォキシチン（Ｃｅｆｏｘｉｔｉｎ）、ロラカルベフ（ｌｏｒａｃａｒｂｅｆ）（ロラビド（Ｌｏｒａｂｉｄ））；セファマイシン系（Ｃｅｐｈａｍｙｃｉｎｓ）：セフブペラゾン（ｃｅｆｂｕｐｅｒａｚｏｎｅ）、セフメタゾール（ｃｅｆｍｅｔａｚｏｌｅ）（ゼファゾン（Ｚｅｆａｚｏｎｅ））、セフミノックス（ｃｅｆｍｉｎｏｘ）、セフォテタン（ｃｅｆｏｔｅｔａｎ）（セフォタン（Ｃｅｆｏｔａｎ））、セフォキシチン（ｃｅｆｏｘｉｔｉｎ）（メフォキシン（Ｍｅｆｏｘｉｎ））、セフォチタム（Ｃｅｆｏｔｉａｍ）（パンスポリン（Ｐａｎｓｐｏｒｉｎ））、セフカペン（Ｃｅｆｃａｐｅｎｅ）、セフダロキシム（Ｃ���ｆｄａｌｏｘｉｍｅ）、セフジニル（Ｃｅｆｄｉｎｉｒ）（セフジン（Ｓｅｆｄｉｎ）、ジニル（Ｚｉｎｉｒ）、オムニセフ（Ｏｍｎｉｃｅｆ）、ケフニル（Ｋｅｆｎｉｒ））、セフジトレン（Ｃｅｆｄｉｔｏｒｅｎ）、セフェタメット（Ｃｅｆｅｔａｍｅｔ）、セフィキシム（Ｃｅｆｉｘｉｍｅ）（フィックス（Ｆｉｘｘ）、ジフィ（Ｚｉｆｉ）、スプラックス（Ｓｕｐｒａｘ））、セフメノキシム（Ｃｅｆｍｅｎｏｘｉｍｅ）、セフォジジン（Ｃｅｆｏｄｉｚｉｍｅ）、セフォタキシム（Ｃｅｆｏｔａｘｉｍｅ）（クラフォラン（Ｃｌａｆｏｒａｎ））、セフォベシン（Ｃｅｆｏｖｅｃｉｎ）（コンベニア（Ｃｏｎｖｅｎｉａ））、セフピミゾール（Ｃｅｆｐｉｍｉｚｏｌｅ）、セフポドキシム（Ｃｅｆｐｏｄｏｘｉｍｅ）（バンチン（Ｖａｎｔｉｎ））、（ＰＥＣＥＦ））、セフテラム（Ｃｅｆｔｅｒａｍ）、セフチブテン（Ｃｅｆｔｉｂｕｔｅｎ）（セダックス（Ｃｅｄａｘ））、セフチオフル（Ｃｅｆｔｉｏｆｕｒ）、セフチオレン（Ｃｅｆｔｉｏｌｅｎｅ）、セフチゾキシム（Ｃｅｆｔｉｚｏｘｉｍｅ）（セフィゾックス（Ｃｅｆｉｚｏｘ））、セフトリアキソン（Ｃｅｆｔｒｉａｘｏｎｅ）（ロセフィン（Ｒｏｃｅｐｈｉｎ））、セフォペラゾン（Ｃｅｆｏｐｅｒａｚｏｎｅ）（セフォビド（Ｃｅｆｏｂｉｄ））、セフタジジム（Ｃｅｆｔａｚｉｄｉｍｅ）（ミーザット（Ｍｅｅｚａｔ）、フォータム（Ｆｏｒｔｕｍ）、フォータッズ（Ｆｏｒｔａｚ））、ラタモクセフ（ｌａｔａｍｏｘｅｆ）（モクサラクタム（ｍｏｘａｌａｃｔａｍ））、セフシリジン（Ｃｅｆｃｌｉｄｉｎｅ）、セフェピム（ｃｅｆｅｐｉｍｅ（マキシピム（Ｍａｘｉｐｉｍｅ））、セフルプレナム（ｃｅｆｌｕｐｒｅｎａｍ）、セフォセィス（ｃｅｆｏｓｅｌｉｓ）、セフォゾピラン（Ｃｅｆｏｚｏｐｒａｎ）、セフピロム（Ｃｅｆｐｉｒｏｍｅ）（セフロム（Ｃｅｆｒｏｍ））、セフキノム（Ｃｅｆｑｕｉｎｏｍｅ）、フロモキセフ（ｆｌｏｍｏｘｅｆ）、セフトビプロール（Ｃｅｆｔｏｂｉｐｒｏｌｅ）、セフタロリン（Ｃｅｆｔａｒｏｌｉｎｅ）、セファロラム（Ｃｅｆａｌｏｒａｍ）、セファパラロール（Ｃｅｆａｐａｒｏｌｅ）、セフカネル（Ｃｅｆｃａｎｅｌ）、セフドロール（Ｃｅｆｅｄｒｏｌｏｒ）、セフェムピドン（Ｃｅｆｅｍｐｉｄｏｎｅ）、セフトリゾーレ（Ｃｅｆｅｔｒｉｚｏｌｅ）、セフビトリル（Ｃｅｆｉｖｉｔｒｉｌ）、セフマチレン（Ｃｅｆｍａｔｉｌｅｎ）、セフメピディウム（Ｃｅｆｍｅｐｉｄｉｕｍ）、セフォキサゾール（Ｃｅｆｏｘａｚｏｌｅ）、セフロチル（Ｃｅｆｒｏｔｉｌ）、セフスミド（Ｃｅｆｓｕｍｉｄｅ）、セフチオキシド（Ｃｅｆｔｉｏｘｉｄｅ）、セフラセチム（Ｃｅｆｕｒａｃｅｔｉｍｅ））およびモノバクタム系（ｍｏｎｏｂａｃｔａｍｓ）例えば、アズトレオナム（ａｚｔｒｅｏｎａｍ）、チグモナム（ｔｉｇｅｍｏｎａｍ）、ノカルジアンＡ（ｎｏｃａｒｄｉｎ  Ａ）、タブトキシン（ｔａｂｔｏｘｉｎ）；アミノグリコシド系例えばトブラマイシン（ｔｏｂｒａｍｙｃｉｎ）、ゲンタマイシン（ｇｅｎｔａｍｉｃｉｎ）、カナマイシンａ（ｋａｎａｍｙｃｉｎ  ａ）、アミカシン（ａｍｉｋａｃｉｎ）、ジベカシン（ｄｉｂｅｋａｃｉｎ）、シソマイシン（ｓｉｓｏｍｉｃｉｎ）、ネチルマイシン（ｎｅｔｉｌｍｉｃｉｎ）、ネオマイシンＢ（ｎｅｏｍｙｃｉｎ  Ｂ）、ネオマイシンＣ（ｎｅｏｍｙｃｉｎ  Ｃ）、ネオマイシンＥ（ｎｅｏｍｙｃｉｎ  Ｅ）（パロモマイシン（ｐａｒｏｍｏｍｙｃｉｎ））、およびストレプトマイシン（ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｉｎ）；テトラサイクリン系例えばテトラサイクリン（ｔｅｔｒａｃｙｃｌｉｎｅ）、クロルテトラサイクリン（ｃｈｌｏｒｔｅｔｒａｃｙｃｌｉｎｅ）、オキシテトラサイクリン（ｏｘｙｔｅｔｒａｃｙｃｌｉｎｅ）、デメクロサイクリン（ｄｅｍｅｃｌｏｃｙｃｌｉｎｅ）、リメサイクリン（ｌｙｍｅｃｙｃｌｉｎｅ）、メクロシクリン（ｍｅｃｌｏｃｙｃｌｉｎｅ）、メタサイクリン（ｍｅｔｈａｃｙｃｌｉｎｅ）、ミノサイクリン（ｍｉｎｏｃｙｃｌｉｎｅ）、ロリテトラサイクリン（ｒｏｌｉｔｅｔｒａｃｙｃｌｉｎｅ）、およびドキシサイクリン（ｄｏｘｙｃｙｌｉｎｅ）；スルホンアミド系例えばスルフアセタミド（ｓｕｌｆａｃｅｔａｍｉｄｅ）、スルファジアジン（ｓｕｌｆａｄｉａｚｉｎｅ）、スルファジミジン（ｓｕｌｆａｄｉｍｉｄｉｎｅ）、スルファフラゾール（ｓｕｌｆａｆｕｒａｚｏｌｅ）、スルフィソミジン（ｓｕｌｆｉｓｏｍｉｄｉｎｅ）、スルファドキシン（ｓｕｌｆａｄｏｘｉｎｅ）、スルファメトキサゾール（ｓｕｌｆａｍｅｔｈｏｘａｚｏｌｅ）、スルファモキソール（ｓｕｌｆａｍｏｘｏｌｅ）、スルファジメトキシン（ｓｕｌｆａｄｉｍｅｔｈｏｘｉｎｅ）、スルファメトキシピリダジン（ｓｕｌｆａｍｅｔｈｏｘｙｐｙｒｉｄａｚｉｎｅ）、スルファメトキシジアジン（ｓｕｌｆａｍｅｔｏｘｙｄｉａｚｉｎｅ）、スルファドキシン（ｓｕｌｆａｄｏｘｉｎｅ）、およびスルファメトピラジン（ｓｕｌｆａｍｅｔｏｐｙｒａｚｉｎｅ）；キノロン系（ｑｕｉｎｏｌｏｎｅｓ）例えばシノキサシン（ｃｉｎｏｘａｃｉｎ）、ナリジクス酸（ｎａｌｉｄｉｘｉｃ  ａｃｉｄ）、オキソリニン酸（ｏｘｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ、ウロキシン（Ｕｒｏｘｉｎ））、ピロミド酸（ｐｉｒｏｍｉｄｉｃ  ａｃｉｄ、パナシド（Ｐａｎａｃｉｄ））、ピペミド酸（ｐｉｐｅｍｉｄｉｃ  ａｃｉｄ、ドコール（Ｄｏｌｃｏｌ）、ロソクサシン（ｒｏｓｏｘａｃｉｎ）エラダシル（Ｅｒａｄａｃｉｌ））、シプロフロキサシン（ｃｉｐｒｏｆｌｏｘａｃｉｎ  アルシプロ（Ａｌｃｉｐｒｏ、シプロベイＣｉｐｒｏｂａｙ）、シプロ（Ｃｉｐｒｏ）、シプロキシン（Ｃｉｐｒｏｘｉｎ）、ウルドラシプロ（ｕｌｔｒａｃｉｐｒｏ））、エノキサシン（ｅｎｏｘａｃｉｎ）（エンロキシル（Ｅｎｒｏｘｉｌ）、ぺネトレックス（Ｐｅｎｅｔｒｅｘ））、フレロキサシン（ｆｌｅｒｏｘａｃｉｎ、メガロン（Ｍｅｇａｌｏｎｅ）、ロクイノール（Ｒｏｑｕｉｎｏｌ））、ロメフロキサシン（ｌｏｍｅｆｌｏｘａｃｉｎ）（マクサクイン（Ｍａｘａｑｕｉｎ））、ナジフロキサシン（ｎａｄｉｆｌｏｘａｃｉｎ）（アクアチム（Ａｃｕａｔｉｍ）、ナドキシン（Ｎａｄｏｘｉｎ）、ナディキサ（Ｎａｄｉｘａ）））、ノルフロキサシン（ｎｏｒｆｌｏｘａｃｉｎ）（レクシノア（Ｌｅｘｉｎｏｒ）、ノロキシン（Ｎｏｒｏｘｉｎ）、クイナビック（Ｑｕｉｎａｂｉｃ）、ジャナシン（Ｊａｎａｃｉｎ））、オフロキサシン（ｏ��ｌｏｘａｃｉｎ）（フロキシン（Ｆｌｏｘｉｎ）、オキザリジン（Ｏｘａｌｄｉｎ）、タリビド（Ｔａｒｉｖｉｄ））、ペフロキサシン（ｐｅｆｌｏｘａｃｉｎ）（ペフラシン（Ｐｅｆｌａｃｉｎｅ））、ルフロキサシン（ｒｕｆｌｏｘａｃｉｎ）（ウロフロックス（Ｕｒｏｆｌｏｘ））、バロフロキサシン（ｂａｌｏｆｌｏｘａｃｉｎ）（バロキシン（Ｂａｌｏｘｉｎ））、グレパフロキサシン（ｇｒｅｐａｆｌｏｘａｃｉｎ）（ラキサル（Ｒａｘａｒ））、レボフロキサシン（ｌｅｖｏｆｌｏｘａｃｉｎ）（クラビット（Ｃｒａｖｉｔ））、レバクイン（Ｌｅｖａｑｕｉｎ）、タバニク（Ｔａｖａｎｉｃ））、パズフロキサシン（ｐａｚｕｆｌｏｘａｃｉｎ）（パジル（Ｐａｓｉｌ）、パズクロス（Ｐａｚｕｃｒｏｓｓ））、スパルフロキサシン（ｓｐａｒｆｌｏｘａｃｉｎ）（ザガム（Ｚａｇａｍ））、テマフロキサシン（ｔｅｍａｆｌｏｘａｃｉｎ）（オムニフロック（Ｏｍｎｉｆｌｏｘ））、トスフロキサシン（ｔｏｓｕｆｌｏｘａｃｉｎ）（オゼック（Ｏｚｅｘ）、トサシン（Ｔｏｓａｃｉｎ））、シリナフロキサシン（ｃｌｉｎａｆｌｏｘａｃｉｎ）、ガチフロキサイシン（ｇａｔｉｆｌｏｘａｃｉｎ）（ジナット（Ｚｉｇａｔ）、テクイン（Ｔｅｑｕｉｎ））（ジマロフ（Ｚｙｍａｒ−ｏｐｔｈ．））、ジミフロキサシン（ｇｅｍｉｆｌｏｘａｃｉｎ）（ファクティブ（Ｆａｃｔｉｖｅ））、モキシフロキサシン（ｍｏｘｉｆｌｏｘａｃｉｎ）（アクフロックスウッドワード（Ａｃｆｌｏｘ  Ｗｏｏｄｗａｒｄ）、アベロックス（Ａｖｅｌｏｘ）、ビガモックス（Ｖｉｇａｍｏｘ））、シタフロキサシン（ｓｉｔａｆｌｏｘａｃｉｎ）（グラセビト（Ｇｒａｃｅｖｉｔ））、トロバフロキサシン（ｔｒｏｖａｆｌｏｘａｃｉｎ）（トロバン（Ｔｒｏｖａｎ））、プルリフロキサシン（ｐｒｕｌｉｆｌｏｘａｃｉｎ）（クイスノン（Ｑｕｉｓｎｏｎ））；オキサゾリジノン系（ｏｘａｚｏｌｉｄｉｎｏｎｅｓ）例えばエペレゾリド（ｅｐｅｒｅｚｏｌｉｄ）、リネゾリド（ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ）、ポゾゾリド（ｐｏｓｉｚｏｌｉｄ）、ラセゾリッド（ｒａｄｅｚｏｌｉｄ）、ランベゾリド（ｒａｎｂｅｚｏｌｉｄ）、ステゾリド（ｓｕｔｅｚｏｌｉｄ）、テジゾリド（ｔｅｄｉｚｏｌｉｄ）；ポリミキシン系例えばポリスポリン（ｐｏｌｙｓｐｏｒｉｎ）、ネオスポリン（ｎｅｏｓｐｏｒｉｎ）、ポリミキシンＢ、ポリミキシンＥ（コリスチン）；リファ
マイシン系（ｒｉｆａｍｙｃｉｎｓ）例えばリファンピシン（ｒｉｆａｍｐｉｃｉｎ）またはリファンピン（ｒｉｆａｍｐｉｎ）、リファブチン（ｒｉｆａｂｕｔｉｎ）、リファペンチン（ｒｉｆａｐｅｎｔｉｎｅ）、およびリファキシミン（ｒｉｆａｘｉｍｉｎ）；リピアマイシン系（ｌｉｐｉａｒｍｙｃｉｎ）例えばフィダキソマイシン（ｆｉｄａｘｏｍｉｃｉｎ）；マクロライド系（ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ）例えばアジスロマイシン（ａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ）、クラリスロマイシン（ｃｌａｒｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ）、ジリスロマイシン（ｄｉｒｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ）、エリスロマイシン（ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ）、ロキシスロマイシン（ｒｏｘｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ）、テリスロマイシン（ｔｅｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ）、カルボマイシンＡ（ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ  Ａ）、ジョサマイシン（ｊｏｓａｍｙｃｉｎ）、キタサマイシン（ｋｉｔａｓａｍｙｃｉｎ）、ミデカマイシン／ミデカマイシンアセテート（ｍｉｄｅｃａｍｙｃｉｎ／ｍｉｄｅｃａｍｙｃｉｎ  ａｃｅｔａｔｅ）、オレアンドマイシン（ｏｌｅａｎｄｏｍｙｃｉｎ）、ソリトロマイシン（ｓｏｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ）、スピラマイシン（ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ）、およびトロレアンドマイシン（ｔｒｏｌｅａｎｄｏｍｙｃｉｎ）；リンコサミド系（ｌｉｎｃｏｓａｍｉｄｅｓ）例えばリンコマイシン（ｌｉｎｃｏｍｙｃｉｎ）、クリンダマイシン（ｃｌｉｎｄａｍｙｃｉｎ）、およびピルリマイシン（ｐｉｒｌｉｍｙｃｉｎ）；環状リポペプチド系例えばダプトマイシン（ｄａｐｔｏｍｙｃｉｎ）；糖ペプチド系例えばバンコマイシン（ｖａｎｃｏｍｙｃｉｎ）およびテイコプラニン（ｔｅｉｃｈｏｐｌａｎｉｎ）；グリシルサイクリン系例えばチゲサイクリン（ｔｉｇｅｃｙｃｌｉｎｅ）などである。したがって、本明細書に記載の細菌のいずれかの治療のために、上記の抗生物質のいずれか１つ以上を、本明細書に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドのいずれかと組み合わせることができる。
【０１８３】
治療のモニタリング方法
本明細書に記載の方法を含む所与の治療レジメンの有効性は、例えば全血球数（ＣＢＣ）、核酸検出方法、免疫診断検査または細菌培養などの細菌感染症の一般的指標によってモニタリングすることができる。
【０１８４】
いくつかの態様において、細菌感染症の同定およびモニタリングには、（１）核酸検出方法、（２）血清学的検出法、すなわち従来のイムノアッセイ、（３）培養方法、および（４）生化学的方法、の１つ以上が関与する。そのような方法は、定性的または定量的であり得る。
【０１８５】
核酸プローブは、公に入手可能な細菌核酸配列に基づいて設計され、細菌感染症を示す標的遺伝子または代謝物（すなわち、毒素）を検出するために使用することができ、それは特定の細菌型、例えば特定の種または株に特異的であり得るか、または２つ以上の種または型の細菌に共通であり得る（すなわち、グラム陽性細菌またはグラム陰性細菌）。そのような検出方法においては、核酸増幅試験（例えば、ＰＣＲ）も使用することができる。
【０１８６】
血清学的同定は、生体試料、例えば便、尿、脳脊髄液、血液などから単離した細菌試料または培養物を用いて達成することができる。細菌の検出のためのイムノアッセイは、一般に、当業者によって日常的に使用される方法、例えば、ＥＬＩＳＡまたはウェスタンブロットによって行われる。さらに、特定の細菌株または種に特異的なモノクローナル抗体は、多くの場合市販されている。
【０１８７】
好気性対嫌気性培養、様々な培養条件下での増殖および形態を含むがこれらに限定されない技術を用いることにより、培養法を用いて特定のタイプの細菌を単離および同定することができる。例示的な生化学的試験には、グラム染色（Ｇｒａｍ、１８８４；グラム陽性菌株はダークブルーに染色され、およびグラム陰性菌株は赤に染色される）、酵素分析およびファージ分類が含まれる。
【０１８８】
そのような診断の正確な性質および定量試験ならびに細菌感染症を示す他の生理学的要因は、細菌標的、治療される状態および治療が予防的であるか治療的であるかに依存して変化すると理解するべきである。
【０１８９】
対象が特定のタイプの細菌感染症であると診断された場合、治療中の細菌感染症の特定のタイプをモニタリングするために、当業者によって通常使用される診断技術を用いて、細菌感染の状態もモニタリングされる。
【０１９０】
治療中の対象の、イムノアッセイ、他の生化学的試験および生理学的検査の結果に基づいて、ＰＭＯまたはＰＰＭＯ処置レジメンを指示どおりに（用量、頻度、ルートなどを）調整することができる。
【０１９１】
上記のことから、本開示の様々な目的および特徴がどのように満たされるかが理解されるであろう。この方法は、生化学的経路および／または細胞プロセスに関与する細菌遺伝子に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用して、細胞取り込みおよび抗菌作用を増強する、細菌感染（例えば、多剤耐性（ＭＤＲ）細菌および／またはバイオフィルム形成細菌）に対する治療の改善を提供する。結果として、薬物療法は、コストおよび化合物の必要量の両方の点で、より効果的で、より安価である。
【０１９２】
本開示の１つの例は、実質的に任意の病原性細菌に対して有効な化合物を、例えば、新薬耐性株に対する迅速な応答のために容易に設計および試験することができることである。
【０１９３】
以下の実施例は、本開示を説明することを意図するが、本開示を限定するものではない。本明細書で言及される特許および非特許文献の各々は、参照によりその全体が組み込まれる。
【実施例】
【０１９４】
材料および方法
緑膿菌ＰＰＭＯ−ＭＩＣプロトコール
−１日目：
緑膿菌の１コロニー（またはそれ以上）を新鮮なプレートから２ｍｌのＭＨに採取し、一晩増殖させる。
０日目：一晩の培養物をプレーティングして開始接種材料のＣＦＵ／ｍｌを決定する。一晩の培養物から、４μｌを１０ｍｌの新鮮な培地に取り込み、十分に混合して細菌作業懸濁液を得る。この１０ｍｌから、５０μｌを４５０μｌの生理食塩水に取り込む。１０−２、１０−３および１０−４の段階希釈液をＢＡにプレーティングする。ポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）を添加する場合は、４μｇ／ｍｌのＰＭＢＮを１ｍｇ／ｍｌのストック（水中）から４μｇ／ｍｌの最終ＰＭＢＮ濃度まで細菌懸濁液に添加する。
試験すべきすべてのＰＰＭＯについて、以下の操作を行う。１ｍＭ  ＰＰＭＯストック６．８μｌを細菌作業懸濁液４１３．２μｌに添加し、ボルテックスする。２００μｌを９６ウェルプレートの第１列（Ａ）に２連（ｄｕｐｌｉｃａｔｅ）で入れる。１００μｌの細菌作業懸濁液を列Ｂ〜Ｆに添加する。Ａ列をピペットで１０回よく混合する。次いで、Ａ列の各ウェルからの１００μｌを、Ｂ列の各ウェル中の１００μｌの細菌作動懸濁液に添加して１０回よく混合する。連続希釈は、同じ方法でＦ列まで継続する。最後に、最後の列の１００μｌを取り出して廃棄する。したがって、Ａ列は１６μＭでＰＰＭＯを有し、Ｂ列は８μＭでＰＰＭＯを有し、Ｃ列は４μＭでＰＰＭＯを有し、Ｄ列は２μＭでＰＰＭＯを有し、Ｅ列は１μＭでＰＰＭＯを有し、Ｆ列は０．５μＭでＰＰＭＯを有する。Ｈ列は対照に使用できる。対照（２連で）は、培地単独、細菌懸濁液単独、培地または細菌懸濁液による任意のさらなる処理を含むことができる。９６ウェルプレートを通気性膜で覆い、３７℃および２２５ｒｐｍで１８時間インキュベートする。
＋１日目：プレートをプレートリーダーで読み取り、ＯＤ６００を測定する。
【０１９５】
緑膿菌ＭＢＥＣプレートプロトコールにおけるバイオフィルムの予防
０日目：新鮮なプレートをストリークし、インキュベーター内で一晩増殖させる。
１日目：
１．１０ｍＬのＭＨに単一のコロニーを接種し、３７℃および約２５０ｒｐｍで約５時間インキュベートする。
２．試料を４℃、約４０００ｒｐｍで１０分間遠心分離し、上清をデカントし、ペレットを１５０ｍＭ  ＮａＣｌまたはＰＢＳ１０ｍＬに再懸濁する。この工程を繰り返してペレットを３回洗浄する。
３．試料を１５０ｍＭ  ＮａＣｌまたはＰＢＳ  １０ｍＬに再懸濁する。
４．試料のＯＤ６００を取り、ｃｆｕ／ｍＬを計算する（ＯＤ６００は通常０．６５〜０．８０の間である）。
５．細菌作業溶液（ＢＷＳ）を５×１０５ｃｆｕ／ｍＬの最終濃度まで１０ｍＬのＭＨを接種することによって調製する。
６．２μＬ／ｍＬの１ｍｇ／ｍＬストックＰＭＢＮをＢＷＳに添加し、３回ボルテックスする。
７．テストされる各条件のため、１ｍＬのＢＷＳを、それぞれ別々のエッペンドルフチューブにピペットで移す。
８．ＰＰＭＯの適切な量を各エッペンドルフチューブに添加し、３回ボルテックスする。
９．外側のペグ（ｐｅｇ）が乾燥するのを防ぐため、外側のウェルに新鮮なＭＨ、ＮａＣｌ、またはＰＢＳを充填する。
１０．ＭＢＥＣプレートの１つのカラムに、各エッペンドルフチューブから１ウェル当たり１５０μＬを充填する（１つのカラムにつき１つの条件）。
１１．ペグをＭＢＥＣプレートに入れ、エッジを通気性膜で覆う。
１２．ＭＢＥＣプレートを３７℃および１１０ｒｐｍで１８〜２０時間インキュベートする。
２日目：
１．ＭＢＥＣプレート処理：
ａ．すすぎ：膜ストリップを取り出し、各ウェルに１５０μＬの１５０ｍＭ  ＮａＣｌを含む９６ウェル丸底プレートにペグを注意深く入れる。ペグをＮａＣｌ溶液中に１分間置く。
ｂ．固定：ペグを１００％メタノール（１５０μＬ／ウェル）を含む別の９６ウェル丸底プレートに移す。ペグをメタノール中で１５分間静置する。
ｃ．乾燥：ペグをメタノールから取り出し、ドラフトで少なくとも３時間風乾する。この工程のために、ペグを一晩乾燥させることもできる。
ｄ．染色：ペグを１５０μＬ／ウェルのクリスタルバイオレット（ＣＶ）溶液を有する別の丸底プレートに移す。プレートを最低設定のプレートロッカーで２０分間揺動させる。
ｉ．クリスタルバイオレット（ＣＶ）溶液レシピ：０．０７ｇのＣＶ粉末を１００ｍＬの純水（０．０７％濃度用）に混合し、一晩混合する。この０．０７％ＣＶ溶液２５ｍＬを５００ｍＬの１９９培地中に混合する。１２．５ｍＬの１Ｍ  ＨＥＰＥＳ溶液混合物に加える。溶液の１０倍希釈の最終ＯＤ５７０は約０．５００吸光度でなければならない。溶液をよく振り、使用しないときは４℃で保存する。
ｅ．溶解：各ウェルに１５０μＬの酢酸を含む別の９６ウェルプレートにペグを移し、プレートを１０分間激しく揺動させる。
２．ＯＤ読み取り：ステップ１ｅからの９６ウェルプレートのＯＤ５７０を決定する。
任意のステップ：細菌の増殖を評価するために、一晩のＭＢＥＣプレートから１００μＬを新たな９６ウェルプレートにピペットで移し、ＯＤ６００を決定する。
【０１９６】
ＭＢＥＣプレートプロトコールにおける緑膿菌バイオフィルムの減少
１日目：
１．１０ｍＬのＭＨに単一のコロニーを接種し、３７℃および約２５０ｒｐｍで約５時間インキュベートする。
２．サンプルを４℃、約４０００ｒｐｍで１０分間遠心分離し、上清をデカントし、ペレットを１０ｍＬの１５０ｍＭ  ＮａＣｌまたはＰＢＳに再懸濁する。この工程を繰り返してペレットを３回洗浄する。
３．試料を１５０ｍＭ  ＮａＣｌまたはＰＢＳ  １０ｍＬに再懸濁する。
４．試料のＯＤ６００を取り、ｃｆｕ／ｍＬを計算する（ＯＤ６００は通常０．６５〜０．８０の間である）。
５．細菌作業溶液（ＢＷＳ）を、５×１０５ｃｆｕ／ｍＬの最終濃度まで１０ｍＬのＭＨを接種することによって調製する。
６．１５０μＬのＢＷＳを、ＰＰＭＯを含まないＭＢＥＣプレートの各ウェルに入れ、カバーする。
７．プレートを３７℃および１１０ｒｐｍで２４時間インキュベートする。
８．約１５ｍＬの新鮮な培地の溶液を調製する。
９．２μＬ／ｍＬの１ｍｇ／ｍＬストックＰＭＢＮを新しい培地に添加し、３回ボルテックスする。
１０．１ｍＬの新鮮な培地を、試験される各条件について、それぞれの別個のエッペンドルフチューブにピペットで移す。
１１．適切な量のＰＰＭＯを各エッペンドルフチューブに添加し、３回ボルテックスする。
１２．新鮮な９６ウェルプレートの３つのウェルに、各エッペンドルフチューブから１ウェル当たり１５０μＬを充填する（３つのウェルにつき１つの条件）。
１３．ペグを新鮮な９６ウェルプレートに入れ、縁を通気性の膜で覆う。
１４．プレートを３７℃および１１０ｒｐｍで８時間インキュベートする。
１５．ステップ８〜１４を合計４８時間までさらに２回（合計３回）繰り返す。次いで、プレートを取り出して処理する。
２日目：
１．ＭＢＥＣプレート処理：
ａ．すすぎ：膜ストリップを取り出し、各ウェルに１５０μＬの１５０ｍＭ  ＮａＣｌを含む９６ウェル丸底プレートにペグを注意深く入れる。ペグをＮａＣｌ溶液中に１分間置く．
ｂ．固定：ペグを、１００％メタノールを含む別の９６ウェル丸底プレート（１５０μＬ／ウェル）に移す。ペグをメタノール中で１５分間静置する。
ｃ．乾燥：ペグをメタノールから取り出し、ドラフトで少なくとも３時間風乾する。この工程のために、ペグを一晩乾燥させることもできる。
ｄ．染色：ペグを１５０μＬ／ウェルのクリスタルバイオレット（ＣＶ）溶液を有する別の丸底プレートに移す。プレートを最低設定のプレートロッカーで２０分間揺動させる。
ｉ．クリスタルバイオレット（ＣＶ）溶液レシピ：０．０７ｇのＣＶ粉末を１００ｍＬの純水（０．０７％濃度用）に混合し、一晩混合する。この０．０７％ＣＶ溶液２５ｍＬを、５００ｍＬの１９９培地中に混合する。１２．５ｍＬの１Ｍ  ＨＥＰＥＳ溶液を混合物に加える。溶液の１０倍希釈の最終ＯＤ５７０は約０．５００吸光度でなければならない。溶液をよく振り、使用しないときは４℃で保存する。
ｅ．溶解：各ウェルに１５０μＬの酢酸を含む別の９６ウェルプレートにペグを移し、プレートを１０分間激しく揺動させる。
２．ＯＤ読み取り：ステップ１ｅからの９６ウェルプレートのＯＤ５７０を決定する。
任意のステップ：細菌の増殖を評価するために、一晩のＭＢＥＣプレートから１００μＬを新たな９６ウェルプレートにピペットで移して、ＯＤ６００を決定する。
【０１９７】
実施例１
ＰＰＭＯ単独によるシュードモナスの阻害
細胞透過性ペプチドコンジュゲートホスホロジアミデートモルホリノオリゴヌクレオチド（ＰＰＭＯ）を設計し、合成し、種々の生化学的経路および細胞プロセスを表す必須遺伝子に対して試験した。これらには、ムレイン生合成、細胞分裂、グローバル遺伝子調節機構、脂肪酸生合成、リボソームタンパク質、ＤＮＡ複製、転写、翻訳開始、リポ多糖生合成、核酸生合成および中間代謝が含まれる。
【０１９８】
各ＰＰＭＯ（表３および４）は、最初に、病院臨床ラボで使用されている方法（ＣＬＳＩ微量希釈アッセイ）に従う最小阻害濃度（ＭＩＣ）を測定により試験した。各ＰＰＭＯのＭＩＣを、緑膿菌株のパネルに対して試験した。パネルの組成は、主に臨床分離株であり、多剤耐性分離株を含んでいた。
【０１９９】
シュードモナス必須遺伝子スクリーニング
様々なレベルの抗生物質耐性を有する、様々な身体部位から得られた臨床分離株を含む、種々なシュードモナス分離株を試験した。試験したＰＰＭＯの大部分は、単独で試験した場合、ＭＩＣ＞１６μＭであった（図１）。
【０２００】
実施例２
ＰＰＭＯは、緑膿菌においてポリミキシンＥ（コリスチン）と相乗的である。
ポリミキシンは、バシラス・ポリミキサ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ）から単離された天然カチオン性環状デカペプチドである。ポリミキシンは、グラム陰性細菌において高度に殺菌性である。脂質Ａへのその高親和性結合のために、ポリミキシンは、最も効率的な細胞透過性化合物の１つである。しかしながら、ポリミキシンの治療的適用は、その比較的高い毒性のために非常に限られている。
【０２０１】
ＰＰＭＯは古くから伝統的な抗生物質であるポリミキシンＥ（コリスチン）と相乗的であることが見出された。１μｇ／ｍｌまたは０．５μｇ／ｍｌのいずれかで（菌株に依存する）コリスチン単独では、試験したいずれののシュードモナス菌株の増殖も阻害せず、コリスチンは、シュードモナス菌株に対して治療量未満（ｓｕｂ−ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ）か、または殺菌レベル未満（ｓｕｂ−ｂａｃｔｅｒｉｃｉｄａｌ  ｌｅｖｅｌ）であることを示した。しかし、図２のヒートマップに見られるように、同じＰＰＭＯ（表３および４）を阻害未満濃度のコリスチンと組み合わせた場合、劇的な相乗効果があった。試験した菌株の７５％が８μＭ以下のＭＩＣを有する１８のＰＰＭＯがあった。活性を示したＰＰＭＯは、ＬｐｘＣ、ＲｐｓＪ、ＡｃｃＡ、ＷａａＧ、ＦａｂＧ、ＭｒａＹ、ＡｃｐＰおよびＬｐｘＢを含むいくつかの必須遺伝子標的にわたって存在した。これらのＰＰＭＯは、リポ多糖類（ＬＰＳ）、ペプチドグリカンおよび脂肪酸生合成ならびにリボソーム標的を含む多くの必須細菌経路を標的とする。
【０２０２】
実施例３
阻害未満濃度のポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）は、ＭＨＩＩ培地およびＭＯＰＳ最小培地におけるＰＰＭＯ活性を増強する。
特定の理論に縛られることなく、多数のＰＰＭＯがコリスチンと組み合わせた場合有効であるという事実を考慮すると、効力を増加させる際の主な問題はＰＰＭＯの細胞取り込みに関連すると仮定された。シュードモナスによるＰＰＭＯの取り込みを増強させる代替方法を決定するための研究が行われた。
【０２０３】
関連するポリミキシン抗生物質ポリミキシンＢ（ＰＭＢ）における化学修飾は、カチオン性環状ペプチドポリミキシンＢノナペプチド（ＰＭＢＮ）をもたらす（図３）。この環状ペプチドはそれ自体が抗菌活性が乏しいことが示されている。しかし、改変されていないＰＭＢのように、ペプチドはグラム陰性菌の表面上のＬＰＳに依然として結合するが、ＰＭＢとは異なり、ヒト細胞に対する毒性は非常に低い。ＰＰＭＯおよびコリスチンの相乗的結果を仮定して、ＰＰＭＯ（表３および４）を異なる濃度のＰＭＢＮの存在下でスクリーニングした。
【０２０４】
図４Ａ〜４Ｃに示されるように、ＰＰＭＯは、ＰＰＭＯ単独と比較して、ＰＭＢＮの存在下でＭＨＩＩ培地における活性の増加を示した。ＰＰＭＯはまた、ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でも活性を示した。図４Ａ：２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮを含むＭＨ中でＭＩＣを行った。図４Ｂ：ＰＭＢＮを含まないＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。図４Ｃ：０．２５μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含むＭＯＰＳ  ＭＭ中でＭＩＣを行った。
【０２０５】
実施例４
ＰＰＭＯ＋ＰＭＢＮは、時間と用量に依存するシュードモナスの死滅を引き起こす。
図５に示すように、ＰＰＭＯは時間と濃度の両方に依存した死滅を呈示した。８時間のインキュベーションにより、４μｇ／ｍｌのＰＭＢＮを有するＲｐｓＪ  ＰＰＭＯは、２つの異なる緑膿菌株（ＰＡＯ１およびＭ５７−１５）において４μＭで約３ｌｏｇのＣＦＵ／ｍｌの減少を示した。１６μＭのＰＰＭＯでは、ＣＦＵ／ｍｌは検出限界以下であった。さらに、多剤耐性である緑膿菌株において８μＭ以下のＭＩＣ値が達成されている。例えば、Ｔ６３５４７株はＣＦ患者の喀痰から単離され、広範スペクトルのペニシリン、セファロスポリン、キノロンおよびカルバペネムに対して耐性であった。ＲｐｓＪ  ＰＰＭＯおよびＲｐｍＢ  ＰＰＭＯのＭＩＣ値は４μＭであった。ＰＰＭＯはまた、緑膿菌のムコイド株（例えば、Ｈ２７９２５株；ＣＦ痰サンプル）において活性を保持した。ムコイドシュードモナスは重大な治療上の課題を提起するため、これは極めて重要な発見である。
【０２０６】
実施例５
ＰＰＭＯ治療は緑膿菌バイオフィルムの形成を予防する。
緑膿菌ＰＡＯ１（５×１０５ｃｆｕ／ｍＬ）を、ＭＢＥＣプレート中のＭＨＩＩ培地中で２０時間、単独で、または５μＭの指定のＰＰＭＯ、ＰＭＢＮ単独、（ＲＸＲ）４、もしくはスクランブルＰＰＭＯの存在下でのいずれかで増殖させた。別途指定されない限り、すべての条件において２μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含有した。２０時間目で、ペグをクリスタルバイオレットのために加工し、または顕微鏡観察によって可視化した。図６Ａ：２０時間目のバイオフィルムのクリスタルバイオレット分析により、５μＭ濃度のＲｐｓＪ（ＰＰＭＯ＃１４）、ＲｐｍＢ（ＰＰＭＯ＃５）およびＬｐｘＣ（ＰＰＭＯ＃２）ＰＰＭＯで、バイオフィルムの統計的に有意な予防が示された（一元配置ＡＮＯＶＡ  ｐ＜０．０００１。＊Ｔｕｋｅｙの多重比較検定によって解析したとき、ＰＰＭＯなし、Ｓｃｒ＃１、ペプチド、およびノナペプチドとの統計的に有意な差）。図６Ｂ〜６Ｄ：ＰＰＭＯなし（図６Ｂ）、５μＭ  Ｓｃｒ＃１（図６Ｃ）、５μＭ  ＲｐｓＪ  ＰＰＭＯ＃１４（図６Ｄ）で処理した２０時間目のバイオフィルムのスピニングディスク共焦点顕微鏡画像ＰＡＯ１  ＧＦＰは、緑色で示され、バイオフィルムは、赤色で示される。バイオフィルムは、２００μｇ／ｍＬのＣｏｎｃａｎａｖａｌｉｎ  Ａ、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ  ６４７コンジュゲートで染色されている。
【０２０７】
実施例６
ＰＰＭＯ治療は既存の緑膿菌バイオフィルムを減少させる
緑膿菌ＰＡＯ１（５×１０５ｃｆｕ／ｍＬ）をＭＢＥＣプレート中で２４時間増殖させた。２４時間目で、ペグを、新鮮なＭＨＩＩ培地、および指定濃度のスクランブル、ＲｐｓＪ、またはＡｃｐＰ  ＰＰＭＯのいずれかを含有する新たな９６ウェルプレートに移動させた。ＰＰＭＯを含有する（スクランブルを含む）すべてのウェルが、２μｇ／ｍＬのＰＭＢＮを含有した。３２時間目および４０時間目で、ペグを再び、ＰＰＭＯを含むまたは含まない新たなプレートに移動させた。４８時間で、ペグをクリスタルバイオレットのために加工し、または顕微鏡観察によって可視化した。図７Ａ：４８時間目のバイオフィルムのクリスタルバイオレット分析により、１０および５μＭのＲｐｓＪ（ＰＰＭＯ＃１４）で、ならびに１０、５、２．５、および１μＭのＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５で、バイオフィルムの統計的に有意な低減が示された（一元配置ＡＮＯＶＡ  ｐ＜０．０００１。Ｔｕｋｅｙの多重比較検定によって解析したとき、＊ＰＰＭＯなしおよびＳｃｒ＃１（ＰＰＭＯ＃４１）との統計的に有意な差、＊＊ＰＰＭＯなしおよびＳｃｒ＃２（ＰＰＭＯ＃４２）との統計的に有意な差）。図７Ｂ〜７Ｄ：１０μＭ  Ｓｃｒ＃２（図７Ｂ）２．５μＭ  ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ（図７Ｃ）１０μＭ  ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ（図７Ｄ）で処理した（図７Ｂ）４８時間目のバイオフィルムのスピニングディスク共焦点顕微鏡画像。緑色のチャネルは、ＰＡＯ１  ＧＦＰであり、赤色のチャネルは、２００μｇ／ｍＬのＣｏｎｃａｎａｖａｌｉｎ  Ａ、Ａｌｅｘａｆｌｕｏｒ  ６４７コンジュゲートで染色したバイオフィルムである。
【０２０８】
実施例７
ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５は、ピペラシリン・タゾバクタムと相乗的である
緑膿菌ＰＡＯ１においてピペラシリン・タゾバクタムおよびＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５を用いて、相乗アッセイを行った。１×１０６ｃｆｕ／ｍＬのＰＡＯ１を、９６ウェルプレート中のＭｕｅｌｌｅｒ  Ｈｉｎｔｏｎ  ＩＩ培地に、２μｇ／ｍＬ  ＰＭＢＮの存在下で植菌した。ピペラシリン・タゾバクタム（ＰＴ）を２分の１希釈によって、横方向に１２８から０．１２４μｇ／ｍＬまで段階希釈した。ＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５を３２から０．５μＭまで同様に縦方向に希釈した。次いで、９６ウェルプレートを３７℃で１８時間インキュベートした。図８は、ＰＴ単独対、ＰＴと増加させた濃度のＡｃＰＰ  ＰＰＭＯ＃３５、のＭＩＣを示す。ＰＴとＡｃｐＰ  ＰＰＭＯ＃３５の組み合わせは、ＰＰＭＯ濃度が増加するにつれて減少するＭＩＣ値を示した。
【０２０９】
実施例８
ＡｍｐＲ  ＰＰＭＯは緑膿菌ＰＡＯ１におけるアンピシリンの活性を回復する
既存の薬剤に対する抗生物質の感度を回復させるための補助療法としてＰＰＭＯを使用する能力は、慢性的に感染した患者においてますます発見されつつある多剤耐性病原体の治療を探求する興味深い方法となり得る。頻繁に遭遇する耐性遺伝子（β−ラクタマーゼ、排出ポンプ）を標的化した。原則的な研究の証拠は、これがさらなる動物研究にふさわしい実行可能なアプローチであり得ることを実証している。表５に示され、以下に例示される代表的なＰＰＭＯは、ＡｍｐＣのようなβ−ラクタマーゼを制御するグローバル転写制御因子である緑膿菌のＡｍｐＲを標的とするように設計された。図９は、ＰＭＢＮと組み合わせたＡｍｐＲ  ＰＰＭＯ（ＰＰＭＯ＃２８）が抗生物質アンピシリンの活性を回復させることを示す。ＰＰＭＯの濃度が増加するにつれて、アンピシリンのＭＩＣは、３２μＭのＡｍｐＲ  ＰＰＭＯおよび４μｇ／ｍｌのＰＭＢＮの存在下で、ＰＰＭＯの非存在下で５１２μｇ／ｍｌのＭＩＣから４μｇ／ｍｌのＭＩＣまで漸進的に減少した。動物モデルにおいてＡｍｐＲ  ＰＰＭＯを試験することは、伝統的な抗生物質によるアジュバント療法としてのアンチセンスの考え方に対する合理的な代替アプローチであろう。
【表５】
2018506272.tif 000050
ＰＰＭＯ＃２８の例示的構造
【化４１】
2018506272.tif 000051
該標的化配列  はＧＴＣ  ＧＡＡ  ＣＣＡ  ＡＴ  （配列番号  ２２）であり、配列中、チミン塩基は、ウラシル塩基であってもよい。
【０２１０】
いくつかの実施形態において、表５の標的化配列のチミン塩基および／または上記構造の標的化配列は、ウラシル塩基である。
【図１−１】
2018506272.tif 000073
【図１−２】
2018506272.tif 000074
【図２−１】
2018506272.tif 000075
【図２−２】
2018506272.tif 000076
【図３】
2018506272.tif 000077
【図４Ａ−１】
2018506272.tif 000078
【図４Ａ−２】
2018506272.tif 000079
【図４Ｂ−１】
2018506272.tif 000080
【図４Ｂ−２】
2018506272.tif 000081
【図４Ｂ−３】
2018506272.tif 000082
【図４Ｂ−４】
2018506272.tif 000083
【図４Ｃ−１】
2018506272.tif 000084
【図４Ｃ−２】
2018506272.tif 000085
【図４Ｃ−３】
2018506272.tif 000086
【図４Ｃ−４】
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【図５】
2018506272.tif 000088
【図６−１】
2018506272.tif 000089
【図６−２】
2018506272.tif 000090
【図７−１】
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【図７−２】
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【図８】
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【図９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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