(57)【要約】  認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む化合物のＬｏｇＤを推定する方法が本明細書に開示される。これらの方法は、一般に、化合物をマトリックスと接触させるステップ、化合物とマトリックスの相互作用を測定するステップ、及び化合物とマトリックスの相互作用を化合物のＬｏｇＤと関連付けるステップを含む。また、認識要素と作動可能に連結したリガンド及びリガンドを認識要素に連結させるリンカーを含む新規の化合物も本明細書に開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む２つまたはそれ以上の化合物のＬｏｇＤを推定する方法であって：
前記化合物を脂質マトリックスと接触させるステップ；
前記脂質マトリックスに吸着されていない化合物から該脂質マトリックスに吸着された化合物を分離するステップ；並びに
該脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は該脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量を測定するステップ；ここで、該脂質マトリックスに吸着された前記化合物の量及び／又は該脂質マトリックスによって吸着されていない該化合物の量の測定が、該化合物のＬｏｇＤの推定値をもたらす；
を包含する、化合物のＬｏｇＤを推定する方法。
【請求項２】
前記接触ステップに賦形剤を含むことをさらに包含し、ここで、前記賦形剤が、カチオン、ポリカチオン、又は体積排除剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記脂質マトリックスが、脂質膜材料でコーティングされたビーズである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記脂質マトリックスに吸着された化合物が、該脂質マトリックスに吸着されていない化合物から遠心分離又は濾過により分離される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は該脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量が、吸光度、蛍光、ＤＮＡシークエンシング又はｑＰＣＲによって測定される、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
吸着が測定された、及び／又は吸着がなかった、かつ測定済みのＬｏｇＤを有する２つまたはそれ以上の標準化合物が前記接触ステップに包含される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は該脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量と、該脂質マトリックスに吸着された前記標準化合物の量及び／又は該脂質マトリックスに吸着されていない該標準化合物の量との比較が、前記化合物のＬｏｇＤの推定値をもたらす、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む２つまたはそれ以上の化合物のＬｏｇＤを推定する方法であって：
前記化合物をゲルマトリックスと接触させるステップ；
電圧勾配を前記ゲルマトリックスに適用するステップ；並びに
該ゲルマトリックス上の該化合物のＲｆを測定するステップ；ここで、該ゲルマトリックス上の該化合物のＲｆが、該化合物のＬｏｇＤの推定値をもたらす；
を包含する、化合物のＬｏｇＤを推定する方法。
【請求項９】
前記ゲルマトリックスが、アガロース及び小胞を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ゲルマトリックスでの可動性が測定済みであって、かつ測定済のＬｏｇＤを有する、２つまたはそれ以上の標準化合物が、前記接触ステップに含まれる、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ゲルマトリックスにおける前記化合物のＲｆと前記標準化合物のＲｆの比較が、該化合物のＬｏｇＤの推定値をもたらす、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
化合物を含む前記ゲルマトリックスの個別の領域を単離するステップ、をさらに包含する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ゲルマトリックスにおける個別の領域の各々から前記化合物を溶出して、各々が単一のオリゴヌクレオチドでバーコード化された単一の画分を取得し、これをプールし、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅した後、次世代シークエンシングによって配列決定する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ゲルマトリックスにおける前記化合物の可動性と該ゲルマトリックスにおける前記標準化合物の可動性との比較が、該化合物のＬｏｇＤの推定値をもたらす、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む２つまたはそれ以上の化合物のＬｏｇＤを推定する方法であって：
前記化合物をクロマトグラフィーマトリックスと接触させるステップ；及び
前記クロマトグラフィーマトリックス上の該化合物の保持時間を測定するステップを含む；ここで、該クロマトグラフィーマトリックス上の該化合物の保持時間測定値が、該化合物のＬｏｇＤの推定値をもたらす；
を包含する、化合物のＬｏｇＤを推定する方法。
【請求項１６】
前記認識要素が、一本鎖ＤＮＡオリゴヌクレオチドであり、前記リガンドが、ペプチド又は有機分子であり、前記クロマトグラフィーマトリックスが、逆相クロマトグラフィー支持体である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記認識要素が、二本鎖ＤＮＡであり、前記リガンドが、ペプチド又は有機分子であり、前記クロマトグラフィーマトリックスが、逆相クロマトグラフィー支持体である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
式（Ｉ）：
ＲＥ−（Ｘ１）−（Ｃ１Ｘ２）ｎ−（Ｃ２Ｘ３）ｏ−Ｌａ              （Ｉ）
式中、
ＲＥは、認識要素であり；
Ｌａは、リガンドであり；
Ｃ１及びＣ２は、個々に連結要素であり；
ｎ及びｏは、個々に０又は１であり；
Ｘ１、Ｘ２及びＸ３は、官能基である、
の化合物又はその塩、水和物、若しくは溶媒和物。
【請求項１９】
３’末端で可変第１リガンドと作動可能に連結した１つのオリゴヌクレオチドと、それとハイブリダイズした、隣接する５’末端で定常第２リガンドと作動可能に連結した相補的オリゴヌクレオチド、を含む二本鎖ＤＮＡ分子であって、前記第２リガンドのＬｏｇＤが６を超える二本鎖ＤＮＡ分子。
【請求項２０】
請求項１９に記載の二本鎖ＤＮＡ分子の２つまたはそれ以上の第１リガンドのＬｏｇＤを推定する方法であって：
前記二本鎖ＤＮＡ分子を脂質マトリックスと接触させるステップ；
該脂質マトリックスに吸着されていない二本鎖ＤＮＡ分子から、該脂質マトリックスに吸着された二本鎖ＤＮＡ分子を分離するステップ；並びに
該脂質マトリックスによって吸着された二本鎖ＤＮＡ分子の量及び／又は該マトリックスによって吸着されていない二本鎖ＤＮＡ分子の量を測定するステップ；ここで、該マトリックスによって吸着された前記二本鎖ＤＮＡ分子の量及び／又は該マトリックスによって吸着されていない該二本鎖ＤＮＡ分子の量の測定が、該二本鎖ＤＮＡ分子の第１リガンドのＬｏｇＤの推定値をもたらす；
を包含する、二本鎖ＤＮＡ分子の第１リガンドのＬｏｇＤを推定する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、３５  Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に従い、２０１５年１０月９日に提出された米国仮特許出願第６２２３９８２４号明細書（その全体を参照により本明細書に組み込む）からの優先権を主張する。
【０００２】
認識要素（recognition element）と作動可能に連結したリガンドを含む化合物のＬｏｇＤを推定する方法が本明細書に開示される。これらの方法は、一般に、化合物をマトリックスと接触させるステップ、化合物とマトリックスの相互作用を測定するステップ、及び化合物とマトリックスの相互作用を化合物のＬｏｇＤと相関させるステップを含む。また、認識要素と作動可能に連結したリガンド及びリガンドを認識要素に連結させるリンカーを含む新規の化合物も本明細書に開示される。
【背景技術】
【０００３】
コンビナトリアルライブラリは、３０年以上前に最初に開発され、現在では、多種多様な生物学的標的（例えば、受容体、酵素、核酸など）に対する新規の、高い親和性リガンドを同定するのに常用されていることから、薬物の発見において重要性が増している。タグ付きコンビナトリアルライブラリ、特に、ＤＮＡと作動可能に結合したリガンドが受ける合成ステップを記録するためのタグとしてＤＮＡを使用するライブラリが、特に、近年では注目されている。ＤＮＡシークエンシング、PCR技術及びリガンドアッセイ開発の進歩によって、ＤＮＡと作動可能に連結したリガンドの複雑な混合物から、生物学的標的に結合するＤＮＡと作動可能に連結したリガンドを同定し、選択する方法が提供されている（Ｈａｒｂｕｒｙ，ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４７９，４７２号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，０７０，９２８号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，２２３，５４５号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４４２，１６０号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４９１，１６０号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，５５７，０６８号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，７７１，９３５号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，８０７，４０８号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９９８，９０４号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，０１７，３２３号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，１８３，１７８号明細書；Ｐｅｄｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，２７７，７１３号明細書；Ｐｅｄｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４１３，８５４号明細書；Ｇｏｕｌｉｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，７０４，９２５号明細書；Ｆｒａｎｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９１５，２０１号明細書；Ｇｏｕｌｉｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，７２２，５８３号明細書；Ｆｒｅｓｋｇａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２００６／０２６９９２０号明細書；Ｆｒｅｓｋｇａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１２／００２８８１２号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９２８，２１１号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，２０２，８２３号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１３／０００５５８１号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１３／０２８８９２９号明細書；Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，６４２，５１４号明細書；Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，６７３，８２４号明細書；Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１４／０１２８８２９０号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９７２，９９２号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９３５，６５８号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１１／０１３６６９７号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９７２，９９４号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９８９，３９５号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，４１０，０２８号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，５９８，０８９号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願第１４／０８５，２７１号明細書；Ｗａｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１２／００５３９０１号明細書；Ｋｅｅｆｅ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１４／０３１５７６２号明細書；Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第６，１４０，４９３号明細書；Ｌｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第６，０６０，５９６号明細書；Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，７８９，１６２号明細書；Ｌｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，７２３，５９８号明細書；Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，７０８，１５３号明細書；Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，６３９，６０３号明細書；Ｌｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，５７３，９０５号明細書）。
【０００４】
しかしながら、リガンドがタグ部分と作動可能に連結されるほとんどのコンビナトリアルライブラリは、単一の活性、すなわち、特定の生物学的標的に対する結合親和性について検定される。多くの場合、例えば、バイオアベイラビリティ、生理条件下での安定性、毒性及び／又は親油性（吸収及び分布にとって重要である）もまた、好適な薬物候補を同定する上で非常に重要である。
【０００５】
生体膜全体に受動的に拡散する特性は、親油性と大きく相関し、これは、経口投与されるほとんどの薬物、及び生物学的標的が細胞内である全ての薬物にとって不可欠である。従って、親油性は、薬物候補の最も重要な特性の１つである。例えば、５を超えるオクタノール−水係数（ＬｏｇＤ）を有する化合物は、一般に、さらなる開発には候補として望ましくない。計算論的アプローチに基づいてこのパラメータを正確に推定する能力は非常に限られており、このパラメータを実験的に測定することは、薬物開発に依然として不可欠である。
【０００６】
親油性は、個々の有機化合物について定期的に測定することができるが、タグ付きコンビナトリアルケミストリー法により提供されるものなどの類似したリガンドの複雑な混合物中で認識要素と作動可能に連結したリガンドの親油性を推定する方法は、まだ開発されていない。従って、必要とされるのは、リガンドが認識要素と作動可能に連結されているコンビナトリアルライブラリの化合物の親油性を推定する方法である。このような方法は、コンビナトリアルライブラリから得られる、薬物候補としてのさらなる最適化に適した特性を備える化合物を同定する上で大いに役立ち、従って、薬物開発の効率を高めるであろう。
【発明の概要】
【０００７】
これらの、及びその他のニーズを満たす化合物及び方法が本明細書において提供される。第１の態様では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む１つの化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物を脂質マトリックスと接触させるステップ、脂質マトリックスに吸着されていない化合物から脂質マトリックスに吸着された化合物を分離するステップ、脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量を測定するステップを含み、ここで、脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量の測定が、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【０００８】
第２の態様では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む２つまたはそれ以上の化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物を脂質マトリックスと接触させるステップ、脂質マトリックスに吸着されていない化合物から脂質マトリックスに吸着された化合物を分離するステップ、脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量を測定するステップを含み、ここで、脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量の測定が、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【０００９】
第３の態様では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む１つの化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物をゲルマトリックスと接触させるステップ、電圧勾配をゲルマトリックスに適用するステップ、及びゲルマトリックス上の化合物のＲｆを測定するステップを含み、ここで、ゲルマトリックス上の化合物のＲｆが、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００１０】
第４の態様では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む２つまたはそれ以上の化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物をゲルマトリックスと接触させるステップ、電圧勾配をゲルマトリックスに適用するステップ、並びにゲルマトリックス上の化合物のＲｆを測定するステップを含み、ここで、ゲルマトリックス上の化合物のＲｆが、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００１１】
第５の態様では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む１つの化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物をクロマトグラフィーマトリックスと接触させるステップ、並びにクロマトグラフィーマトリックス上の化合物の保持時間を測定するステップを含み、ここで、クロマトグラフィーマトリックス上の化合物の保持時間測定値が、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００１２】
第６の態様では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む２つまたはそれ以上の化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物をクロマトグラフィーマトリックスと接触させるステップ、並びにクロマトグラフィーマトリックス上の化合物の保持時間を測定するステップを含み、ここで、クロマトグラフィーマトリックス上の化合物の保持時間測定値が、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００１３】
第７の態様では、３’末端で可変の第１リガンドと作動可能に連結した１つのオリゴヌクレオチドで、隣接した５’末端にある定常第２リガンドと作動可能に連結した相補的オリゴヌクレオチドとハイブリダイズしたものを含む二本鎖ＤＮＡ分子が提供され、ここで、第２リガンドのＬｏｇＤは、６より大きい。
【００１４】
第８の態様では、二本鎖ＤＮＡ分子の２つまたはそれ以上の第１リガンドのＬｏｇＤを推定する方法において、上記の分子が使用される。この方法は、二本鎖ＤＮＡ分子を脂質マトリックスと接触させるステップ、脂質マトリックスに吸着されていない二本鎖ＤＮＡ分子から、脂質マトリックスに吸着された二本鎖ＤＮＡ分子を分離するステップ、並びに脂質マトリックスに吸着された二本鎖ＤＮＡ分子の量及び／又は脂質マトリックスに吸着されていない二本鎖ＤＮＡの量を測定するステップを含み、ここで、脂質マトリックスに吸着された二本鎖ＤＮＡの量及び／又は脂質マトリックスによって吸着されていない二本鎖の量の測定が、二本鎖ＤＮＡ分子の第１リガンドのＬｏｇＤの推定をもたらす
。
【００１５】
第９の態様では、式（Ｉ）：
ＲＥ−（Ｘ１）−（Ｃ１Ｘ２）ｎ−（Ｃ２Ｘ３）ｏ−Ｌａ                （Ｉ）
（式中、ＲＥは、認識要素であり、Ｌａは、リガンドであり、Ｃ１及びＣ２は、個々に結合要素であり、ｎ及びｏは、個々に０又は１であり；Ｘ１、Ｘ２及びＸ３は、官能基である）の化合物又はその塩、水和物、若しくは溶媒和物が提供される。
【００１６】
さらに別の態様では、式（ＩＩ）：
ＲＥｃ−（Ｘ４）−（Ｃ３Ｘ５）ｋ−（Ｃ４Ｘ６）ｌ−Ｌｂ                （ＩＩ）
（式中、ＲＥｃは、認識要素であり、Ｌｂは、類似した若しくは同一の疎水性を有するリガンドであり、Ｃ３及びＣ４は、個々にリンカーであり、Ｘ４、Ｘ５及びＸ６は、官能基であり、ｋ及びｌは、個々に０又は１である）
の化合物又はその塩、水和物、若しくは溶媒和物が提供される。
【００１７】
第１１の態様では、式（ＩＩ）の化合物とハイブリダイズした式（Ｉ）の化合物を含む化合物が提供される。ここで、式中、ＲＥ及びＲＥｃは、個々に、オリゴヌクレオチド、一本鎖ＲＮＡ又は一本鎖ＤＮＡであり、Ｃ１、Ｃ２、ｎ、ｏ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｌａ、Ｌｂ、Ｃ３、Ｃ4、ｋ、ｌ、Ｘ４、Ｘ５及びＸ６は、上に定義した通りである。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】ＤＮＡ分子の５’末端に結合した化合物１及び２が、スタンダードアガロースゲル上で若干遅れることを示す。
【図２】ＤＮＡ分子の５’末端に結合した化合物１及び２が、０．９％（ｗ／ｖ）合成小胞を含むスタンダードアガロースゲル上で遅れることを示す。
【図３】化合物４〜７が、逆相ＨＰＬＣにより分離されたことを示すＨＰＬＣトレースである。
【図４】マトリックスとの混合後、化合物２〜７について回収された面積を示す。
【図５】マトリックスとの混合後、化合物８〜１１について回収された面積を示す。
【図６】マトリックスとの混合後、化合物１３〜１７について回収された面積を示す。
【図７】アミンリンカー及びピロロｄＣの構造を示す。
【図８】例示的な胆汁酸コンジュゲートの解析データを示す。
【図９】化合物１９〜２４が、逆相ＨＰＬＣにより分離されたことを示すＨＰＬＣトレースである。
【図１０】胆汁酸メチルアミドのｃＬｏｇＰに対してプロットされる、２２０塩基対オリゴヌクレオチドとコンジュゲートした胆汁酸の保持時間を示す。
【図１１】測定ｅＬｏｇＤに対してプロットされる、実施例１２のペプチドの保持時間を示す。
【図１２】遊離ペプチドｅＬｏｇＤ値に対してプロットされる、実施例１３のペプチドオリゴマーの保持時間を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１９】
定義
他に定義がされない限り、本明細書で使用される技術及び科学用語は全て、本発明が属する分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。１つの用語に複数の定義が存在する場合には、他に明示されない限り、このセクションでの定義が優先する。
【００２０】
本明細書で、並びに添付のクレームで使用されるとき、文脈上明らかに他の解釈を要する場合を除き、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」は、複数の指示物を含むことに留意しなければならない。従って、例えば、「１つのタグ」に対しては、複数のそうしたタグへの言及を含み、「その化合物」に対しては、１つ又は複数の化合物、並びに当業者には周知の同等物への示唆を含むことになる。
【００２１】
さらに、クレームが、あらゆる任意選択の要素を排除するために記載され得ることも指摘される。従って、この記載事項は、クレーム要素の列挙に関して、「単独に」、「のみ」などの排他的用語の使用、又は「消極的」限定の使用のための先行詞の役割を果たすことが意図される。
【００２２】
本明細書で使用されるとき、別に明示されない限り、「約」及び「およそ」という用語は、数値又は数値の範囲を含む特性に関して使用される場合、数値又は数値の範囲が、特定の特性を依然として記述しながら、当業者には妥当とみなされる範囲まで逸脱し得ることを示す。具体的には、「約」及び「およそ」という用語は、本発明に関して使用される場合、数値又は数値の範囲が、特定の確固たる形態を依然として記述しながら、列挙される数値又は数値の範囲の５％、４％、３％、２％、１％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２％又は０．１％だけ変化し得ることを示す。
【００２３】
「アルキル」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、親アルカン、アルケン若しくはアルキンの単一炭素原子からの１個の水素原子の除去によって得られる飽和若しくは不飽和、分岐、直鎖若しくは環状の１価炭化水素ラジカルを指す。典型的なアルキル基として、限定されないが、以下：メチル；エタニル、エテニル、エチニルなどのエチル；プロパン−１−イル、プロパン−２−イル、シクロプロパン−１−イル、プロプ−１−エン−１−イル、プロプ−１−エン−２−イル、プロプ−２−エン−１−イル（アリル）、シクロプロプ−１−エン−１−イル；シクロプロプ−２−エン−１−イル、プロプ−１−イン−１−イル、プロプ−２−イン−１−イルなどのプロピル；ブタン−１−イル、ブタン−２−イル、２−メチル−プロパン−１−イル、２−メチル−プロパン−２−イル、シクロブタン−１−イル、ブト−１−エン−１−イル、ブト−１−エン−２−イル、２−メチル−プロプ−１−エン−１−イル、ブト−２−エン−１−イル、ブト−２−エン−２−イル、ブタ−１，３−ジエン−１−イル、ブタ−１，３−ジエン−２−イル、シクロブト−１−エン−１−イル、シクロブト−１−エン−３−イル、シクロブタ−１，３−ジエン−１−イル、ブト−１−イン−１−イル、ブト−１−イン−３−イル、ブト−３−イン−１−イルなどのブチルなどが挙げられる。「アルキル」という用語は、任意の飽和度若しくはレベルを有する基、すなわち、炭素−炭素単結合だけを有する基、１つ又は複数の炭素−炭素二重結合を有する基、１つ又は複数の炭素−炭素三重結合を有する基、並びに単、二重及び三重の炭素−炭素結合の混合を有する基を包含することが特に意図される。特定のレベルの飽和度が意図される場合、「アルカニル」、「アルケニル」、及び「アルキニル」という表現が使用される。一部の実施形態では、アルキル基は、１〜２０個の炭素原子を含む（Ｃ１〜Ｃ２０アルキル）。他の実施形態では、アルキル基は、１〜１０個の炭素原子を含む（Ｃ１〜Ｃ１０アルキル）。さらに別の実施形態では、アルキル基は、アルキル基は、１〜６個の炭素原子を含む（Ｃ１〜Ｃ６アルキル）。
【００２４】
「アルカニル」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、親アルカンの単一炭素原子からの１個の水素原子の除去によって得られる飽和分岐、直鎖若しくは環状アルキルラジカルを指す。典型的なアルカニル基として、限定されないが、以下：メタニル；エタニル；プロパン−１−イル、プロパン−２−イル（イソプロピル）、シクロプロパン−１−イルなどのプロパニル；ブタン−１−イル、ブタン−２−イル（ｓｅｃ−ブチル）、２−メチル−プロパン−１−イル（イソブチル）、２−メチル−プロパン−２−イル（ｔ−ブチル）、シクロブタン−１−イルなどのブタニルなどが挙げられる。
【００２５】
「アルケニル」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、親アルケンの単一炭素原子からの１個の水素原子の除去によって得られる、少なくとも１つの炭素−炭素二重結合を有する不飽和分岐、直鎖若しくは環状アルキルラジカルを指す。この基は、二重結合を中心とするシス又はトランス立体配座のいずれであってもよい。典型的なアルケニル基として、限定されないが、以下：エテニル；プロプ−１−エン−１−イル、プロプ−１−エン−２−イル、プロプ−２−エン−１−イル（アリル）、プロプ−２−エン−２−イル、シクロプロプ−１−エン−１−イル；シクロプロプ−２−エン−１−イルなどのプロペニル；ブト−１−エン−１−イル、ブト−１−エン−２−イル、２−メチル−プロプ−１−エン−１−イル、ブト−２−エン−１−イル、ブト−２−エン−１−イル、ブト−２−エン−２−イル、ブタ−１，３−ジエン−１−イル、ブタ−１，３−ジエン−２−イル、シクロブト−１−エン−１−イル、シクロブト−１−エン−３−イル、シクロブタ−１，３−ジエン−１−イルなどのブテニルなどが挙げられる。
【００２６】
「アルキニル」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、親アルキンの単一炭素原子からの１個の水素原子の除去によって得られる、少なくとも１つの炭素−炭素三重結合を有する不飽和分岐、直鎖若しくは環状アルキルラジカルを指す。典型的なアルキニル基として、限定されないが、以下：エチニル；プロプ−１−イン−１−イル、プロプ−２−イン−１−イルなどのプロピニル；ブト−１−イン−１−イル、ブト−１−イン−３−イル、ブト−３−イン−１−イルなどのブチニルが挙げられる。
【００２７】
「アルキルジイル」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、親アルカン、アルケン若しくはアルキンの２つの異なる炭素原子の各々からの１個の水素原子の除去によって、又は親アルカン、アルケン若しくはアルキンの単一炭素原子からの２個の水素原子の除去によって得られる飽和若しくは不飽和、分岐、直鎖若しくは環状の２価炭化水素基を指す。２つの１価ラジカル中心又は２価ラジカル中心の各原子価は、同じ又は異なる原子との結合を形成することができる。典型的なアルキルジイル基として、限定されないが、以下：メタンジイル；エタン−１，１−ジイル、エタン−１，２−ジイル、エテン−１，１−ジイル、エテン−１，２−ジイルなどのエチルジイル；プロパン−１，１−ジイル、プロパン−１，２−ジイル、プロパン−２，２−ジイル、プロパン−１，３−ジイル、シクロプロパン−１，１−ジイル、シクロプロパン−１，２−ジイル、プロプ−１−エン−１，１−ジイル、プロプ−１−エン−１，２−ジイル、プロプ−２−エン−１，２−ジイル、プロプ−１−エン−１，３−ジイル、シクロプロプ−１−エン−１，２−ジイル、シクロプロプ−２−エン−１，２−ジイル、シクロプロプ−２−エン−１，１−ジイル、プロプ−１−イン−１，３−ジイルなどのプロピルジイル；ブタン−１，１−ジイル、ブタン−１，２−ジイル、ブタン−１，３−ジイル、ブタン−１，４−ジイル、ブタン−２，２−ジイル、２−メチル−プロパン−１，１−ジイル、２−メチル−プロパン−１，２−ジイル、シクロブタン−１，１−ジイル；シクロブタン−１，２−ジイル、シクロブタン−１，３−ジイル、ブト−１−エン−１，１−ジイル、ブト−１−エン−１，２−ジイル、ブト−１−エン−１，３−ジイル、ブト−１−エン−１，４−ジイル、２−メチル−プロプ−１−エン−１，１−ジイル、２−メタニリデン−プロパン−１，１−ジイル、ブタ−１，３−ジエン−１，１−ジイル、ブタ−１，３−ジエン−１，２−ジイル、ブタ−１，３−ジエン−１，３−ジイル、ブタ−１，３−ジエン−１，４−ジイル、シクロブト−１−エン−１，２−ジイル、シクロブト−１−エン−１，３−ジイル、シクロブト−２−エン−１，２−ジイル、シクロブタ−１，３−ジエン−１，２−ジイル、シクロブタ−１，３−ジエン−１，３−ジイル、ブト−１−イン−１，３−ジイル、ブト−１−イン−１，４−ジイル、ブタ−１，３−ジイン−１，４−ジイルなどのブチルジイルなどが挙げられる。特定の飽和レベルが意図される場合、アルカニルジイル、アルケニルジイル及び／又はアルキニルジイルという名称が使用される。一部の実施形態では、アルキルジイル基は、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキルジイルである。他の実施形態では、アルキルジイル基は、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキルジイルである。さらに別の実施形態では、アルキルジイル基は、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルジイルである。一部の実施形態では、ラジカル中心が末端炭素、例えば、メタンジイル（メタノ）；エタン−１，２−ジイル（エタノ）；プロパン−１，３−ジイル（プロパノ）；ブタン−１，４−ジイル（ブタノ）にある飽和非環状アルカニルジイル基など（以下に定義されるアルキレノとも呼ばれる）が好ましい。
【００２８】
「アルキレノ」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、直鎖親アルカン、アルケン若しくはアルキンの２個の末端炭素原子の各々からの１個の水素原子の除去によって得られる、２つの末端１価ラジカル中心を有する直鎖アルキルジイル基を指す。典型的なアルキレノ基として、限定されないが、以下：メタノ；エタノ、エテノ、エチノなどのエチレノ；プロパノ、プロプ［１］エノ、プロパ［１，２］ジエノ、プロプ［１］イノなどのプロピレノ；ブタノ、ブト［１］エノ、ブト［２］エノ、ブタ［１，３］ジエノ、ブト［１］イノ、ブト［２］イノ、ブト［１，３］ジイノなどのブチレノなどが挙げられる。特定の飽和レベルが意図される場合、アルカノ、アルケノ及び／又はアルキノという名称が使用される。一部の実施形態では、アルキレノ基は、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキレノである。他の実施形態では、アルキレノ基は、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキレノである。さらに別の実施形態では、アルキレノ基は、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキレノである。一部の実施形態では、直鎖飽和アルカノ基、例えば、メタノ、エタノ、プロパノ、ブタノなどが好ましい。
【００２９】
本明細書で使用される「抗体」は、免疫グロブリン遺伝子、又は免疫グロブリン遺伝子の断片、例えば、１つ又は複数の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む断片によって実質的若しくは部分的にコードされる１つ又は複数のポリペプチドを含むタンパク質を指す。認識される免疫グロブリン遺伝子としては、κ、λ、α、γ、δ、ε及びμ定常領域遺伝子、並びに多種多様な免疫グロブリン可変領域遺伝子が挙げられる。軽鎖は、典型的に、例えば、κ又はλのいずれかとして分類される。重鎖は、典型的に、例えば、γ、μ、α、δ、又はεとして分類され、これらが、次に免疫グロブリンクラス、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＥをそれぞれ規定する。典型的な免疫グロブリン（抗体）構造単位は、四量体を含む。本来、各四量体は、同じ２対のポリペプチド鎖から構成され、各対は、１つの「軽」鎖（約２５ｋＤ）及び１つの「重」鎖（約５０〜７０ｋＤ）を有する。各鎖のＮ末端は、主として抗原認識を担う約１００〜１１０またはそれ以上のアミノ酸の可変領域と定義されている。可変軽鎖（ＶＬ）及び可変重鎖（ＶＨ）という用語は、これらの軽鎖及び重鎖をそれぞれ指す。抗体は、インタクトな免疫グロブリンとして、又は様々なペプチダーゼでの消化によって生成される、十分に特性決定されたいくつかの断片として存在する。このように、例えば、ペプシンは、ヒンジ領域内のジスルフィド結合の下で抗体を消化して、Ｆ（ａｂ）’２（抗原結合断片）及びＦｃ（結晶性断片、若しくは補体結合断片）を生成する。Ｆ（ａｂ）’２は、Ｆａｂの二量体であり、それ自体が、ジスルフィド結合によってＶＨ−ＣＨ１に連結した軽鎖である。Ｆ（ａｂ）’２は、穏やかな条件下で還元されて、ヒンジ領域内のジスルフィド結合を切断し、これにより、Ｆ（ａｂ’）２二量体をＦａｂ’単量体に変換する。Ｆａｂ’単量体は、本質的に、ヒンジ領域の一部を含むＦａｂである。抗体分子のＦｃ部分は、大部分が免疫グロブリン重鎖の定常領域と一致し、抗体のエフェクター機能を担う（抗体断片のさらに詳細な説明については、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ．Ｗ．Ｅ．Ｐａｕｌ，ｅｄ．，Ｒａｖｅｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎ．Ｙ．（１９９８）を参照されたい）。インタクトな抗体の消化に関して、様々な抗体断片が定義されているが、当業者であれば、そうしたＦａｂ’又はＦｃ断片が、化学的に、又は組換えＤＮＡ法、ペプチドディスプレイなどの使用によるいずれかで、新たに合成され得ることは理解されよう。従って、本明細書で使用されるとき、抗体という用語は、抗体全体を修飾することで生成されたもの、又は組換えＤＮＡ法を用いて新たに合成されたいずれの抗体断片も包含する。抗体はまた、単アーム複合モノクローナル抗体、可変重鎖と可変軽鎖が共に連結されて（直接又はペプチドリンカーを介して）連続したポリペプチドを形成する一本鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）抗体をはじめとする一本鎖抗体、並びに二重特異性抗体（ｄｉａｂｏｄｉｅｓ）、三重特異性抗体（ｔｒｉｂｏｄｉｅｓ）、及び四重特異性抗体（ｔｅｔｒａｂｏｄｉｅｓ）も包含する（Ｐａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．（１９９５）Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ２４６：２８；Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  １１：１２７１；��びＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３１：１５７９）。抗体は、例えば、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ヒト化、一本鎖、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ発現ライブラリにより生成される断片などである。
【００３０】
「アリール」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、本明細書に定義する通り、親芳香環系の単一炭素原子からの１個の水素原子の除去によって得られる１価芳香族炭化水素基を指す。典型的なアリール基として、限定されないが、以下：アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、コロネン、フルオランテン、フルオレン、ヘキサセン、ヘキサフェン、ヘキサレン、ａｓ−インダセン、ｓ−インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、オクタセン、オクタフェン、オクタレン、オバレン、ペンタ−２，４−ジエン、ペンタセン、ペンタレン、ペンタフェン、ペリレン、フェナレン、フェナントレン、ピセン、プレイアデン、ピレン、ピラントレン、ルビセン、トリフェニレン、トリナフタレンなどから得られる基が挙げられる。一部の実施形態では、アリール基は、６〜２０個の炭素原子を含む（Ｃ６〜Ｃ２０アリール）。他の実施形態では、アリール基は、６〜１５個の炭素原子を含む（Ｃ６〜Ｃ１５アリール）。さらに別の実施形態では、アリール基は、６〜１５個の炭素原子を含む（Ｃ６〜Ｃ１０アリール）。
【００３１】
「アリールアルキル」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、本明細書に定義する通り、炭素原子（典型的には、末端若しくはｓｐ３炭素原子）に結合した水素原子の１つが、アリール基で置換された非環状アルキル基を指す。典型的なアリールアルキル基として、限定されないが、以下：ベンジル、２−フェニルエタン−１−イル、２−フェニルエテン−１−イル、ナフチルメチル、２−ナフチルエタン−１−イル、２−ナフチルエテン−１−イル、ナフトベンジル、２−ナフトフェニルエタン−１−イルなどが挙げられる。具体的なアルキル部分が意図される場合、アリールアルカニル、アリールアルケニル及び／又はアリールアルキニルという名称が使用される。一部の実施形態では、アリールアルキル基は、（Ｃ６〜Ｃ３０）アリールアルキルであり、例えば、アリールアルキル基のアルカニル、アルケニル又はアルキニル部分は、（Ｃ１〜Ｃ１０）アルキルであり、アリール部分は、（Ｃ６〜Ｃ２０）アリールである。他の実施形態では、アリールアルキル基は、（Ｃ６〜Ｃ２０）アリールアルキルであり、例えば、アリールアルキル基のアルカニル、アルケニル又はアルキニル部分は、（Ｃ１〜Ｃ８）アルキルであり、アリール部分は、（Ｃ６〜Ｃ１２）アリールである。さらに別の実施形態では、アリールアルキル基は、（Ｃ６〜Ｃ１５）アリールアルキルであり、例えば、アリールアルキル基のアルカニル、アルケニル又はアルキニル部分は、（Ｃ１〜Ｃ５）アルキルであり、アリール部分は、（Ｃ６〜Ｃ１０）アリールである。
【００３２】
「アリールジイル」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、親芳香環系の２個の異なる炭素原子の各々からの１個の水素原子の除去によって、又は親芳香環系の単一炭素原子からの２個の水素原子の除去によって得られる２価炭化水素ラジカルを指す。２つの１価ラジカル中心又は２価中心の各原子価は、同じ又は異なる原子との結合を形成することができる。典型的なアリールジイル基として、限定されないが、以下：アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、コロネン、フルオランテン、フルオレン、ヘキサセン、ヘキサフェン、ヘキサレン、ａｓ−インダセン、ｓ−インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、オクタセン、オクタフェン、オクタレン、オバレン、ペンタ−２，４−ジエン、ペンタセン、ペンタレン、ペンタフェン、ペリレン、フェナレン、フェナントレン、ピセン、プレイアデン、ピレン、ピラントレン、ルビセン、トリフェニレン、トリナフタレンなどから得られる基が挙げられる。一部の実施形態では、アリールジイル基は、５〜２０個の炭素原子を含む。別の実施形態では、アリールジイル基は、５〜１２個の炭素原子を含む。
【００３３】
「アリールアルキルジイル」は、炭素原子（典型的には、末端若しくはｓｐ３炭素原子）に結合した水素原子の１つが、アリール基で置換された非環状アルキルジラジカルを指す。
【００３４】
「ｃＬｏｇＤ」は、本明細書で使用されるとき、Ｃｈｅｍ  Ａｘｏｎ  Ｐｈｙｓｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  ＬｏｇＤ／ｌｏｇＰプログラムを用いた、ＬｏｇＤの計算値を指す。２つの相は平衡状態にないことに留意されたい。
【００３５】
ｃＬｏｇＰは、本明細書で使用されるとき、Ｃｈｅｍ  Ａｘｏｎ  Ｐｈｙｓｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  ＬｏｇＤ／ｌｏｇＰプログラムを用いた、水及び親油相（通常、オクタノール）間での化合物の計算分配係数を指す。２つの相は平衡状態にないことに留意されたい。
【００３６】
「クロマトグラフィーマトリックス」は、本明細書で使用されるとき、例えば、逆相、シリカ、イオン交換又は「混合モード」支持体などの従来のクロマトグラフィー樹脂を指す。クロマトグラフィーマトリックスはまた、固定化タンパク質（例えば、血清アルブミン、α−酸性糖タンパク質又は例えば、リン脂質（Ｐｅｄｇｅｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．１７６（１９８９））などの固定化人工膜（多くが、Ｒｅｇｉｓ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｍｏｒｔｏｎ  Ｇｒｏｖｅ，ＩＬから入手可能である）を含む樹脂も含み得る。
【００３７】
「ＣｈｒｏｍＬｏｇＤ」は、本明細書で使用されるとき、クロマトグラフィーにより決定したＬｏｇＤを指す。未知化合物のｃｈｒｏｍＬｏｇＤは、未知化合物と既知ｅＬｏｇＤの２つの化合物の保持時間に基づく補間法により計算するが、この方法は、未知化合物を括弧演算するものであり、そのための保持時間は、同じＨＰＬＣ法（理想的には、未知化合物との同時注入として）を用いて測定される。
【００３８】
「ＣｈｒｏｍｓｓＬｏｇＤ」は、本明細書で使用されるとき、クロマトグラフィーによる化合物のｅＬｏｇＤの代用物（ｓｕｒｒｏｇａｔｅ）の決定を指し、ここで、化合物は、典型的に、ＴＥＧリンカーとのアミド結合によって、一本鎖核酸断片と共有結合している。保持時間は、化合物が一本鎖核酸に結合していない場合に化合物のｅＬｏｇＤの代用物としての役目を果たす。未知化合物のｃｈｒｏｍｓｓＬｏｇＤ値は、既知ｃｈｒｏｍＬｏｇＤの２つの化合物の保持時間に基づく補間法により計算するが、この方法は、未知化合物を括弧演算するものであり、そのための保持時間は、同じＨＰＬＣ法（理想的には、未知化合物との同時注入として）及び同一又は機能的に類似のリンカーを用いて測定される。一部の実施形態では、核酸は、２０塩基対ＤＮＡオリゴヌクレオチドであり、ｅＬｏｇＤの代用物は、ｃｈｒｏｍｓｓ２０ＬｏｇＤである。
【００３９】
「ＣｈｒｏｍｄｓＬｏｇＤ」は、本明細書で使用されるとき、ｃｈｒｏｍｓｓＬｏｇＤに類似するｅＬｏｇＤの代用物の決定を指し、主な違いは、複合体が、二本鎖ＤＮＡ断片に共有結合されることである。一部の実施形態では、核酸は、２２０塩基対ＤＮＡオリゴヌクレオチドであり、これは、Ｈａｒｂｕｒｙ，ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４７９，４７２号明細書で使用される典型的ライブラリ遺伝子と設計が類似しているため、ｅＬｏｇＤの代用物は、ｃｈｒｏｍｄｓ２２０ＬｏｇＤである。
【００４０】
「コードテンプレート」は、本明細書で使用されるとき、各々複数のハイブリダイゼーション配列（すなわち、コドン）と官能基又は連結実体とを含む核酸配列を意味する。「ハイブリダイゼーション配列」は、約３〜１００以下、３〜５０以下、及び約５〜約３０の核酸サブユニットを含むオリゴヌクレオチドを指す。このようなコードテンプレートは、連結されたハイブリダイゼーション配列に基づくコンビナトリアルライブラリの合成を指令することができる。コードテンプレートは、官能基又は任意選択で連結実体と作動可能に連結される。コードテンプレートは、捕捉テンプレートにより固定化されて、ＤＰＣＣ内でコンビナトリアルライブラリの合成を指令し得る。一部の実施形態では、コードテンプレートは、オリゴヌクレオチドである。一部の実施形態では、ハイブリダイゼーション配列は、２０核酸サブユニットである。他の実施形態では、ハイブリダイゼーション配列は、定常スペーサ配列によって隔てられる。定常スペーサ配列は、約３〜１００以下、３〜５０以下、及び約５〜約３０の核酸サブユニットを含むオリゴヌクレオチドを指す。」は、約３〜１００以下、３〜５０以下、及び約５〜約３０の核酸サブユニットを含むオリゴヌクレオチドを指す。一部の実施形態では、定常スペーサ配列は、２０核酸サブユニットである。
【００４１】
「コンビナトリアルライブラリ」は、本明細書で使用されるとき、典型的には、異なるサブユニット配列を特徴とする多数の、典型的には１０３〜１０１５またはそれ以上の異なる化合物、又は異なる側鎖官能基の組合せを含む分子のライブラリを指す。一部の実施形態では、コンビナトリアルライブラリは、１０２個より多くの分子を含む。
【００４２】
「化合物」は、本明細書に開示される構造式により包含される化合物を指し、これらの式において、その構造が本明細書に開示されるあらゆる具体的化合物を含む。化合物は、その化学構造及び／又は化学名のいずれかにより同定され得る。化学構造と化学名が矛盾する場合には、化学構造が化合物のアイデンティティを決定する。本明細書に記載される化合物は、１つ又は複数のキラル中心及び／又は二重結合を含み得ることから、二重結合異性体（すなわち、幾何異性体）、鏡像異性体又はジアステレオマーなどの立体異性体として存在し得る。従って、本明細書に描かれる化学構造は、立体異性体として純粋な形態（例えば、幾何異性体として純粋、鏡像異性体として純粋若しくはジアステレオマーとして純粋）並びに鏡像異性体及び立体異性体混合物をはじめとする、例示化合物の考えられる鏡像異性体及び立体異性体を全て包含する。鏡像異性体及び立体異性体混合物は、当業者には周知の分離技術又はキラル合成技術を用いて、それらの成分鏡像異性体又は立体異性体に分離することができる。化合物はまた、エノール形態、ケト形態及びその混合物を含む、いくつかの互変異性体でも存在し得る。従って、本明細書に描かれる化学構造は、例示化合物の考えられる全ての互変異性体を包含する。さらに、記載される化合物は、同位体標識された化合物も含み、その場合、１個又は複数個の原子は、天然に通常見出される原子質量とは異なる原子質量を有する。本明細書に記載の化合物に組み込まれ得る同位体の例として、限定されないが、２Ｈ、３Ｈ、１３Ｃ、１４Ｃ、１５Ｎ、１８Ｏ、１７Ｏ、３５Ｓなどが挙げられる。一般に、本明細書に記載の化合物を含む元素のいずれの同位体は全て、これらの化合物に見出し得ることは理解すべきである。化合物は、非溶媒和又は非水和形態、並びに水和形態及びＮ−オキシドを含む溶媒和形態で存在し得る。一般に、化合物は、水和、溶媒和又はＮ−オキシドであってよい。いくつかの化合物は、様々な結晶又は非晶形態で存在し得る。一般に、全ての物理的形態は、本明細書に考慮される使用について同等であり、本発明の範囲内であることが意図される。さらに、化合物の部分的構造が例示されるとき、括弧は、部分的構造と残りの分子との結合点を示すことも理解すべきである。
【００４３】
「ｅＬｏｇＤ」は、本明細書で使用されるとき、水性バッファー／オクタノール混合物中でのフラスコ振盪法によるＬｏｇＤの決定を指す。
【００４４】
「デプシペプチド」は、本明細書で使用されるとき、１つ又は複数のアミド結合が、エステル結合によって置換された本明細書のペプチドを指す。
【００４５】
「ゲルマトリックス」は、本明細書で使用されるとき、クリオゲル、アガロース、スーパーアガロース又はポリアクリルアミドゲルなどの多種多様なゲルを含み、これらを指す。典型的には、ゲルマトリックスは、例えば、小胞、リポソーム、ミセル、親油性化合物、親油性ポリマー、人工膜又はそれらの組合せなどの脂質相を含む。
【００４６】
「ヘテロアルキル、ヘテロアルカニル、ヘテロアルケニル、ヘテロアルカニル、ヘテロアルキルジイル及びヘテロアルキレノ」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、アルキル、アルカニル、アルケニル、アルキニル、アルキルジイル及びアルキレノ基（並びに任意選択で任意の結合水素原子）を指し、各々、互いに個々に、同じ又は異なるヘテロ原子又はヘテロ原子基で置換される。炭素原子を置換することができる典型的なヘテロ原子又はヘテロ原子基として、限定されないが、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｎ−、−Ｓｉ−、−ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）−、−Ｓ（Ｏ）２−、−Ｓ（Ｏ）ＮＨ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＨ−など及びそれらの組合せが挙げられる。ヘテロ原子又はヘテロ原子基は、アルキル、アルケニル又はアルキニル基の任意の内部位置に配置してよい。これらの基に含有させることができる典型的なヘテロ原子基として、限定されないが、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｏ−Ｏ−、−Ｓ−Ｓ−、−Ｏ−Ｓ−、−ＮＲ５０１Ｒ５０２−、＝Ｎ−Ｎ＝、−Ｎ＝Ｎ−、−Ｎ＝Ｎ−ＮＲ５０３Ｒ５０４−、−ＰＲ５０５−、−Ｐ（Ｏ）２−、−ＰＯＲ５０６−、−Ｏ−Ｐ（Ｏ）２−、−ＳＯ−、−ＳＯ２−、−ＳｎＲ５０７Ｒ５０８−などが挙げられ、ここで、Ｒ５０１、Ｒ５０２、Ｒ５０３、Ｒ５０４、Ｒ５０５、Ｒ５０６、Ｒ５０７及びＲ５０８は、個々に、水素、アルキル、置換アルキル、アリール、置換アリール、アリールアルキル、置換アリールアルキル、シクロアルキル、置換シクロアルキル、シクロヘテロアルキル、置換シクロヘテロアルキル、ヘテロアルキル、置換ヘテロアルキル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル又は置換ヘテロアリールアルキルである。
【００４７】
「ヘテロアリール」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、本明細書で定義される通り、親ヘテロ芳香環系の単一原子からの１個の水素原子の除去によって得られる１価ヘテロ芳香族ラジカルを指す。典型的なヘテロアリール基として、限定されないが、以下：アクリジン、β−カルボリン、クロマン、クロメン、シンノリン、フラン、イミダゾール、インダゾール、インドール、インドリン、インドリジン、イソベンゾフラン、イソクロメン、イソインドール、イソインドリン、イソキノリン、イソチアゾール、イソオキサゾール、ナフチリジン、オキサジアゾール、オキサゾール、ペリミジン、フェナントリジン、フェナントロリン、フェナジン、フタラジン、プテリジン、プリン、ピラン、ピラジン、ピラゾール、ピリダジン、ピリジン、ピリミジン、ピロール、ピロリジン、キナゾリン、キノリン、キノリジン、キノキサリン、テトラゾール、チアジアゾール、チアゾール、チオフェン、トリアゾール、キサンテンなどが挙げられる。一部の実施形態では、ヘテロアリール基は、５〜２０個の環原子を含む（５〜２０員ヘテロアリール）。他の実施形態では、ヘテロアリール基は、５〜１０個の環原子を含む（５〜１０員ヘテロアリール）。典型的なヘテロアリール基として、フラン、チオフェン、ピロール、ベンゾチオフェン、ベンゾフラン、ベンズイミダゾール、インドール、ピリジン、ピラゾール、キノリン、イミダゾール、オキサゾール、イソオキサゾール及びピラジンから得られるものが挙げられる。
【００４８】
「ヘテロアリールアルキル」は、それ自体で、又は別の置換基の一部として、炭素原子（典型的には、末端若しくはｓｐ３炭素原子）に結合した水素原子の１つが、ヘテロアリール基で置換された非環状アルキル基を指す。具体的なアルキル部分が意図される場合、ヘテロアリールアルカニル、ヘテロアリールアルケニル及び／又はヘテロアリールアルキニルの名称が使用される。一部の実施形態では、ヘテロアリールアルキル基は、６〜２１員ヘテロアリールアルキルであり、例えば、ヘテロアリールアルキルのアルカニル、アルケニル又はアルキニル部分は、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルであり、ヘテロアリール部分は、５〜１５員ヘテロアリールである。他の実施形態では、ヘテロアリールアルキルは、６〜１３員ヘテロアリールアルキルであり、例えば、アルカニル、アルケニル又はアルキニル部分は、（Ｃ１〜Ｃ３）アルキルであり、ヘテロアリール部分は、５〜１０員ヘテロアリールである。
【００４９】
「ヘテロアリールジイル」は、親ヘテロ芳香環系の２つの異なる原子の各々からの１個の水素原子の除去によって、又は親ヘテロ芳香環系の単一原子からの２個の水素原子の除去によって得られる２価ヘテロ芳香族基を指す。２つの１価ラジカル中心又は単一の２価中心の各原子価は、同じ又は異なる原子との結合を形成することができる。典型的なヘテロアリールジイル基として、限定されないが、以下：アクリジン、アルシンドール、カルバゾール、  −カルボリン、クロマン、クロメン、シンノリン、フラン、イミダゾール、インダゾール、インドール、インドリン、インドリジン、イソベンゾフラン、イソクロメン、イソインドール、イソインドリン、イソキノリン、イソチアゾール、イソオキサゾール、ナフチリジン、オキサジアゾール、オキサゾール、ペリミジン、フェナントリジン、フェナントロリン、フェナジン、フタラジン、プテリジン、プリン、ピラン、ピラジン、ピラゾール、ピリダジン、ピリジン、ピリミジン、ピロール、ピロリジン、キナゾリン、キノリン、キノリジン、キノキサリン、テトラゾール、チアジアゾール、チアゾール、チオフェン、トリアゾール、キサンテンなどから得られる２価基が挙げられる。一部の実施形態では、ヘテロアリールジイル基は、５〜２０員ヘテロアリールジイルである。他の実施形態では、ヘテロアリールジイル基は、５〜１０員ヘテロアリールジイルである。一部の実施形態では、チオフェン、ピロール、ベンゾチオフェン、ベンゾフラン、インドール、ピリジン、キノリン、イミダゾール、オキサゾール及びピラジンから得られるヘテロアリールジイル基が好ましい。
【００５０】
「ヘテロアリールアルキルジイル」は、炭素原子（典型的には、末端若しくはｓｐ３炭素原子）に結合した水素原子の１つが、ヘテロアリール基で置換された非環状アルキルジラジカルを指す。
【００５１】
「水和物」は、付加物の形成をもたらす、本明細書に記載される化合物の結晶格子中への化学量論比での水の取り込みを指す。水和物の製造方法として、限定されないが、以下：水蒸気を含む空気中での貯蔵、水を含む剤形、又は例えば、結晶化（すなわち、水若しくは混合水性溶媒からの）、凍結乾燥、湿式造粒法、水性フィルムコーティング、又は噴霧乾燥などの常用的製剤ステップが挙げられる。水和物は、特定の状況下で、つまり水蒸気への曝露、又は水中での無水材料の懸濁時に結晶性溶媒和物から形成することもできる。また、水和物は、1より多い形態に結晶化が可能であってもよく、これにより水和物多型が得られる。例えば、（Ｇｕｉｌｌｏｒｙ，Ｋ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  ５，ｐｐ．２０２−２０５  ｉｎ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｏｌｉｄｓ，（Ｂｒｉｔｔａｉｎ，Ｈ．ｅｄ．），Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ，１９９９）。水和物を調製する前述の方法は、十分に当業者の技術の範囲内にあり、ごく一般的であり、当技術分野において標準的なものを超える実験は一切必要ない。水和物は、例えば、単結晶Ｘ線回析、Ｘ線粉末回析、偏光顕微鏡検査、熱顕微鏡検査、熱重量分析法、示差熱分析、示差走査熱量測定、赤外分光法、Ｒａｍａｎ分光法及びＮＭＲ分光法などの当業者にはよく知られている方法によって特性決定及び／又は分析することができる。（Ｂｒｉｔｔａｉｎ，Ｈ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  ６，ｐｐ．２０５−２０８  ｉｎ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｏｌｉｄｓ，（Ｂｒｉｔｔａｉｎ，Ｈ．ｅｄ．），Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９９）。さらに、多くの会社が、水和物の調製及び／又は特性決定を含むサービスを日常的に提供しており、例えば、ＨＯＬＯＤＩＡＧ，Ｐｈａｒｍａｐａｒｃ  ＩＩ，Ｖｏｉｅ  ｄｅ  ｌ’Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ，２７  １００  Ｖａｌ  ｄｅ  Ｒｅｕｉｌ，Ｆｒａｎｃｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈｏｌｏｄｉａｇ．ｃｏｍ）などがある。
【００５２】
「脂質マトリックス」は、本明細書で使用されるとき、親油性小胞、人工膜、親油性若しくは両染性材料でコーティングされたビーズ、親油性化合物、親油性ポリマー、リポソーム若しくはミセルを指す。
【００５３】
「ＬｏｇＤ（ｐＨ）」は、本明細書で使用されるとき、所与のｐＨでの水性バッファー及びオクタノール間の化合物の分配を指す。別に記載のない限り、ｐＨは、７．４であると推定され、ＬｏｇＤと表記される。
【００５４】
「マトリックス」は、本明細書で使用されるとき、概して、少なくとも３種類のマトリックス：「クロマトグラフィー」、「ゲル」、又は「脂質」を指す。一部の実施形態では、マトリックスは、親油性液体と接触する親水性液体（例えば、オクタノール−水）であってもよい。
【００５５】
「核酸」は、本明細書で使用されるとき、以下に定義するオリゴヌクレオチド類似体、並びに二本鎖ＤＮＡ及びＲＮＡ分子を指す。ＤＮＡ及びＲＮＡ分子は、以下に定義する様々な類似体を含み得る。
【００５６】
「オリゴヌクレオチド」又は「オリゴ」は、本明細書で使用されるとき、約３〜約３００以下、典型的には約５〜約３００の核酸サブユニットを含む核酸オリゴマーを指す。ライブラリ化合物の合成を指令するオリゴ（例えば、ハイブリダイゼーション配列）に関して、オリゴは、天然に存在するヌクレオチド残基、ヌクレオチド類似体残基、又は線状ポリマーにアセンブリングされると配列特異的なbase pairを形成することができる他のサブユニット（但し、このポリマーは、ポリメラーゼ及び１つ又は複数の三リン酸ヌクレオチド、例えば、通常のデオキシリボヌクレオチドの存在下で、鎖指向性重合のための好適な基質を提供することができるものとする）を含むか、又はそれらから構成され得る。「既知配列オリゴ」は、核酸配列がわかっているオリゴである。
【００５７】
「オリゴヌクレオチド類似体」は、本明細書で使用されるとき、修飾されて、それが由来するオリゴヌクレオチドの化学的、若しくは生物学的活性の一部又は全部が可能な核酸を指す。オリゴヌクレオチド類似体は、一部の事例では、別の骨格を有し得るオリゴヌクレオチド類似体も含まれるが、一般に、リン酸ジエステル結合を含む。リボース−リン酸骨格の修飾は、標識などの追加部分の付加を促進するか、又はそうした分子の安定性及び半減期を増大するために実施してもよい。さらに、天然に存在する核酸と類似体との混合物を製造することもできる。あるいは、様々な核酸類似体の混合物、及び天然に存在する核酸と類似体との混合物を製造することもできる。オリゴヌクレオチドは、明示されるように、一本鎖若しくは二本鎖であってもよいし、又は二本鎖配列若しくは一本鎖配列のいずれの部分を含んでもよい。オリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ、ＲＮＡ又はハイブリッドであってもよく、ここで、核酸は、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドの任意の組合せ、並びにウラシル、ウリジン、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサニン（ｘａｔｈａｎｉｎｅ）ヒポキサニン（ｈｙｐｏｘａｔｈａｎｉｎｅ）、イソシトシン、イソグアニンなどをはじめとする塩基の任意の組合せを含む。
【００５８】
「作動可能に連結される」は、本明細書で使用されるとき、本明細書に記載の様々な操作を介して連結された状態を維持するように、互いに結合された少なくとも２つの化学構造を意味する。典型的には、リガンド又は官能基及びコードヌクレオチドは、適切なリンカーを介して共有結合される。リンカーは、少なくとも２価であり、オリゴヌクレオチドに対する結合部位と、リガンド又は官能基に対する結合部位とを有する。例えば、機能的部分がポリアミド化合物であるとき、ポリアミド化合物は、Ｎ末端、Ｃ末端で連結基に、又は官能基を介して側鎖の１つに結合することができる。リンカーは、少なくとも１個の原子によって、また一部の実施形態では、1より多い原子によって、リガンドとオリゴヌクレオチドを分離する上で十分である。ほとんどの実施形態では、リンカーは、オリゴヌクレオチドとは独立した様式で、リガンドを標的分子に結合させる上で十分に柔軟である。
【００５９】
「ペプチド」は、本明細書で使用されるとき、約２〜５０アミノ酸残基、約２〜２０アミノ酸残基、又は約２〜１０アミノ酸残基のポリマーを指す。ペプチドは、例えば、糖ペプチド、ペグ化ペプチド、リポペプチド、有機若しくは無機リガンドとコンジュゲートしたペプチド、ペプチド結合イソスターを含むペプチド（例えば、ψ［ＣＨ２Ｓ］、ψ［ＣＨ２ＮＨ２］、ψ［ＮＨＣＯ］、ψ［ＣＯＣＨ２］、ψ［（Ｅ）又は（Ｚ）ＣＨ＝ＣＨ］などが挙げられ、環状ペプチドも含まれる。一部の実施形態では、アミノ酸残基は、任意のＬ−α−アミノ酸、Ｄ−α−アミノ酸残基、それらのＮ−アルキル変異体又はそれらの組合せであってもよい。他の実施形態ではアミノ酸残基は、任意のＬ−α−アミノ酸、Ｄ−α−アミノ酸残基、β−アミノ酸、γ−アミノ酸、それらのＮ−アルキル変異体又はそれらの組合せであってもよい。
【００６０】
「親芳香環系」は、コンジュゲートπ電子系を有する不飽和環又は多環系を指す。特に、「親芳香環系」の定義には、１つ又は複数の環が芳香族で、１つ又は複数の環が飽和若しくは不飽和である融合環系が含まれ、例えば、フルオレン、インダン、インデン、フェナレンなどがある。典型的な親芳香環系として、限定されないが、アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、コロネン、フルオランテン、フルオレン、ヘキサセン、ヘキサフェン、ヘキサレン、ａｓ−インダセン、ｓ−インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、オクタセン、オクタフェン、オクタレン、オバレン、ペンタ−２，４−ジエン、ペンタセン、ペンタレン、ペンタフェン、ペリレン、フェナレン、フェナントレン、ピセン、ピレイアデン、ピレン、ピラントレン、ルビセン、トリフェニレン、トリナフタレンなどが挙げられる。
【００６１】
「ペプチド核酸」は、本明細書で使用されるとき、核酸の糖リン酸骨格が、擬ペプチド骨格により置換されているオリゴヌクレオチド類似体（例えば、Ｎ−（２−アミノエチル）−グリシン）（Ｎｉｅｌｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，５３９，０８２号明細書；Ｎｉｅｌｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，７７３，５７１号明細書；Ｂｕｒｃｈａｒｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第６，３９５，４７４号明細書）を指す。
【００６２】
「ペプトイド」は、本明細書で使用されるとき、ポリＮ−置換グリシンのポリマー（Ｓｉｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９２）８９（２０）９３６７−９３７１）を指し、それらの環状変異体を含む。
【００６３】
「ポリペプチド」は、本明細書で使用されるとき、典型的には５０個を超えるアミノ酸残基を含むアミノ酸残基のポリマーを指し、それらの環状変異体を含む。ポリペプチドとしては、タンパク質（糖タンパク質、ペグ化タンパク質、リポタンパク質、有機若しくは無機リガンドとのポリペプチドコンジュゲートなどの修飾タンパク質を含む）受容体、受容体断片、酵素、構造タンパク質（例えば、コラーゲン）などが挙げられる。一部の実施形態では、アミノ酸残基は、任意のＬ−α−アミノ酸、Ｄ−α−アミノ酸残基、又はそれらの組合せであってもよい。他の実施形態ではアミノ酸残基は、任意のＬ−α−アミノ酸、Ｄ−α−アミノ酸残基、それらのＮ−アルキル変異体又はそれらの組合せであってもよい。
【００６４】
「認識要素」は、本明細書で使用されるとき、オリゴヌクレオチド、一本鎖若しくは二本鎖ＲＮＡ、一本鎖若しくは二本鎖ＤＮＡ、ＤＮＡ結合タンパク質、ロックド核酸、ＲＮＡ結合タンパク質、ペプチド核酸、ペプチド、デプシペプチド、ポリペプチド、抗体、ペプトイド、ポリマー、ポリシロキサン、分子量５０ダルトンを超える無機化合物、分子量約２０００ダルトン〜約５０ダルトンの有機化合物又はそれらの組合せを指す。
【００６５】
「塩」は、親化合物に期待される薬理活性を有する化合物の塩を指す。こうした塩として、以下：（１）塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸などの無機酸により形成される酸付加塩；又は酢酸、プロピオン酸、ヘキサン酸、シクロペンタンプロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、乳酸、マロン酸、コハク酸、リンゴ酸、マレイン酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、３−（４−ヒドロキシベンゾイル）安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、１，２−エタン−ジスルホン酸、２−ヒドロキシエタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、４−クロロベンゼンスルホン酸、２−ナフタレンスルホン酸、４−トルエンスルホン酸、カンファースルホン酸、４−メチルビシクロ［２．２．２］−オクト−２−エン−１−カルボン酸、グルコへプトン酸、３−フェニルプロピオン酸、トリメチル酢酸、ｔｅｒｔ−ブチル酢酸、ラウリル硫酸、グルコン酸、グルタミン酸、ヒドロキシナフトエ酸、サリチル酸、ステアリン酸、ムコン酸などの有機酸により形成される酸付加塩；あるいは（２）親化合物中に存在する酸性プロトンが、例えば、アルカリ金属イオン、アルカリ土類イオン、若しくはアルミニウムイオンなどの金属イオンで置換されるか；又はエタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、Ｎ−メチルグルカミンなどの有機塩基と配位結合するとき、形成される塩が挙げられる。一部の実施形態では、塩は、存在する酸性プロトンが無機塩基（例えば、水酸化ナトリウム、炭酸ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アルミニウム、水酸化カルシウムなど）及び有機塩基（例えば、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、トロメタミン、Ｎ−メチルグルカミンなど）と反応することができるとき、形成され得る。一部の実施形態では、塩は、薬学的に許容される。
【００６６】
「溶媒和物」は、本明細書に記載される化合物の結晶格子中への化学量論比での溶媒の取り込みを指し、付加物の形成をもたらす。溶媒和物の製造方法として、限定されないが、以下：溶媒を含む空気中での貯蔵、溶媒を含む剤形、又は例えば、結晶化（すなわち、溶媒若しくは混合溶媒からの）蒸気拡散などの常用的製剤ステップが挙げられる。また、溶媒和物は、溶媒への曝露、又は溶媒中での材料の懸濁といった特定の状況下で他の結晶性溶媒和物や水和物から形成することもできる。溶媒和物は、1より多い形態に結晶化が可能であってもよく、これにより溶媒和物多型が得られる。例えば、（Ｇｕｉｌｌｏｒｙ，Ｋ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  ５，ｐｐ．２０５−２０８  ｉｎ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｏｌｉｄｓ，（Ｂｒｉｔｔａｉｎ，Ｈ．ｅｄ．），Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＮＹ，１９９９）を参照されたい。溶媒和物を調製する前述の方法は、十分に当業者の技術の範囲内にあり、ごく一般的であり、当技術分野において標準的なものを超える実験は一切必要ない。溶媒和物は、例えば、単結晶Ｘ線回析、Ｘ線粉末回析、偏光顕微鏡検査、熱顕微鏡検査、熱重量分析法、示差熱分析、示差走査熱量測定、赤外分光法、Ｒａｍａｎ分光法、及びＮＭＲ分光法などの当業者にはよく知られている方法によって特性決定及び／又は分析することができる。（Ｂｒｉｔｔａｉｎ，Ｈ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  ６，ｐｐ．２０５−２０８  ｉｎ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｏｌｉｄｓ，（Ｂｒｉｔｔａｉｎ，Ｈ．ｅｄ．），Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９９）。さらに、多くの民営会社が、溶媒和物の調製及び／又は特性決定を含むサービスを日常的に提供しており、例えば、ＨＯＬＯＤＩＡＧ，Ｐｈａｒｍａｐａｒｃ  ＩＩ，Ｖｏｉｅ  ｄｅ  ｌ’Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ，２７  １００  Ｖａｌ  ｄｅ  Ｒｅｕｉｌ，Ｆｒａｎｃｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈｏｌｏｄｉａｇ．ｃｏｍ）などがある。
【００６７】
「標準化合物」は、本明細書で使用されるとき、測定済ＬｏｇＤの化合物を指し、これは、クロマトグラフィーマトリックス中での保持時間測定値、又はいずれも遊離化合物として、ゲルマトリックス中での測定済Ｒｆ、若しくは脂質マトリックス中での既知吸光度も有し、さらに、標準的オリゴヌクレオチド（例えば、２０核酸サブユニット若しくは２２０核酸サブユニットのオリゴヌクレオチド）にコンジュゲートされたときにも測定されている。標準化合物は、例えば、クロマトグラフィーマトリックスに対して、コンビナトリアルライブラリの化合物と同時注入する。次に、ライブラリの化合物の保持時間は、標準化合物の保持時間と比較され、ライブラリの化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００６８】
「置換された」は、記載される基又はラジカルを修飾するために使用される場合、記載される基又はラジカルの１個又は複数個の水素原子が、各々、互いに独立して、同じ又は異なる置換基で置換されることを意味する。記載される基又はラジカル中の飽和炭素原子を置換するのに有用な置換基として、限定されないが、−Ｒａ、ハロ、−Ｏ−、＝Ｏ、−ＯＲｂ、−ＳＲｂ、−Ｓ−、＝Ｓ、−ＮＲｃＲｃ、＝ＮＲｂ、＝Ｎ−ＯＲｂ、トリハロメチル、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＯ、−ＮＯ２、＝Ｎ２、−Ｎ３、−Ｓ（Ｏ）２Ｒｂ、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲｂ、−Ｓ（Ｏ）２Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２ＯＲｂ、−ＯＳ（Ｏ）２ＯＲｂ、−ＯＳ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＳ（Ｏ）２ＯＲｂ、−Ｐ（Ｏ）（Ｏ−）２、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｂ）（Ｏ−）、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｂ）（ＯＲｂ）、−Ｃ（Ｏ）Ｒｂ、−Ｃ（Ｓ）Ｒｂ、−Ｃ（ＮＲｂ）Ｒｂ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＯＲｂ、−Ｃ（Ｓ）ＯＲｂ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲｃＲｃ、−Ｃ（ＮＲｂ）ＮＲｃＲｃ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＯＣ（Ｓ）Ｒｂ、−ＯＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）ＯＲｂ、−ＯＣ（Ｓ）ＯＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲｂＣ（Ｓ）Ｒｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲｂＣ（Ｏ）ＯＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｓ）ＯＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）ＮＲｃＲｃ、−ＮＲｂＣ（ＮＲｂ）Ｒｂ及び−ＮＲｂＣ（ＮＲｂ）ＮＲｃＲｃが挙げられ、ここで、Ｒａは、アルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロヘテロアルキル、アリール、アリールアルキル、ヘテロアリール及びヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；各Ｒｂは、個々に、水素又はＲａであり；各Ｒｂは、個々に、Ｒｂであり、あるいは、２つのＲｃは、それらが結合する窒素原子と一緒になって、４−、５−、６−若しくは７−員シクロヘテロアルキルを形成するが、これは、任意選択で、Ｏ、Ｎ及びＳからなる群から選択される、１〜４個の同じ若しくは異なる別のヘテロ原子を含んでもよい。具体的な例として、−ＮＲｃＲｃは、−ＮＨ２、−ＮＨ−アルキル、Ｎ−ピロリジニル及びＮ−モルホリニルを含むことを意味する。
【００６９】
同様に、記載される基又はラジカル中の不飽和炭素原子を置換するのに有用な置換基として、限定されないが、−Ｒａ、ハロ、−Ｏ−、−ＯＲｂ、−ＳＲｂ、−Ｓ−、−ＮＲｃＲｃ、トリハロメチル、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＯ、−ＮＯ２、−Ｎ３、−Ｓ（Ｏ）２Ｒｂ、−Ｓ（Ｏ）２Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２ＯＲｂ、−ＯＳ（Ｏ）２Ｒｂ、−ＯＳ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＳ（Ｏ）２ＯＲｂ、−Ｐ（Ｏ）（Ｏ−）２、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｂ）（Ｏ−）、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｂ）（ＯＲｂ）、−Ｃ（Ｏ）Ｒｂ、−Ｃ（Ｓ）Ｒｂ、−Ｃ（ＮＲｂ）Ｒｂ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（Ｏ）ＯＲｂ、−Ｃ（Ｓ）ＯＲｂ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲｃＲｃ、−Ｃ（ＮＲｂ）ＮＲｃＲｃ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＯＣ（Ｓ）Ｒｂ、−ＯＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）ＯＲｂ、−ＯＣ（Ｓ）ＯＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲｂＣ（Ｓ）Ｒｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲｂＣ（Ｏ）ＯＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｓ）ＯＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）ＮＲｃＲｃ、−ＮＲｂＣ（ＮＲｂ）Ｒｂ及び−ＮＲｂＣ（ＮＲｂ）ＮＲｃＲｃが挙げられ、ここで、Ｒａ、Ｒｂ及びＲｃは、上に定義した通りである。
【００７０】
ヘテロアルキル及びシクロヘテロアルキル基中の窒素原子を置換するのに有用な置換基として、限定されないが、−Ｒａ、−Ｏ−、−ＯＲｂ、−ＳＲｂ、−Ｓ−、−ＮＲｃＲｃ、トリハロメチル、−ＣＦ３、−ＣＮ、−ＮＯ、−ＮＯ２、−Ｓ（Ｏ）２Ｒｂ、−Ｓ（Ｏ）２Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２ＯＲｂ、−ＯＳ（Ｏ）２Ｒｂ、−ＯＳ（Ｏ）２Ｏ−、−ＯＳ（Ｏ）２ＯＲｂ、−Ｐ（Ｏ）（Ｏ−）２、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｂ）（Ｏ−）、−Ｐ（Ｏ）（ＯＲｂ）（ＯＲｂ）、−Ｃ（Ｏ）Ｒｂ、−Ｃ（Ｓ）Ｒｂ、−Ｃ（ＮＲｂ）Ｒｂ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲｂ、−Ｃ（Ｓ）ＯＲｂ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲｃＲｃ、−Ｃ（ＮＲｂ）ＮＲｃＲｃ、−ＯＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＯＣ（Ｓ）Ｒｂ、−ＯＣ（Ｏ）ＯＲｂ、−ＯＣ（Ｓ）ＯＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）Ｒｂ、−ＮＲｂＣ（Ｓ）Ｒｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）ＯＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｓ）ＯＲｂ、−ＮＲｂＣ（Ｏ）ＮＲｃＲｃ、−ＮＲｂＣ（ＮＲｂ）Ｒｂ及び−ＮＲｂＣ（ＮＲｂ）ＮＲｃＲｃが挙げられ、ここで、Ｒａ、Ｒｂ及びＲｃは、上に定義した通りである。
【００７１】
他の記載される基又は原子を置換するのに有用な上記リストからの置換基は、当業者には明らかであろう。記載される基を置換するのに使用される置換基は、典型的には、上に明示した様々な基から選択される、１つ又は複数の同じ若しくは異なる基でさらに置換することができる。本明細書で考慮される置換基の組合せは、安定した化合物、又は化学的に実現可能な化合物の形成をもたらすものである。「安定した」という用語は、本明細書で使用されるとき、それらの生成、検出、特定の実施形態では、それらの回収、精製、並びに本明細書に開示される１つ又は複数の目的のための使用を可能にする条件に付されたとき、実質的に改変されない化合物を指す。一部の実施形態では、置換基は、上に明記した基に限定される。
【００７２】
本発明の実施形態について以下に詳細に述べる。本発明は、これらの実施形態と共に説明していくが、本発明を以下の実施形態に限定することは意図されないことを理解されたい。そうではなく、添付のクレームによって明確にされる本発明の主旨及び範囲内に含まれるものとして、代替物、改変物、及び同等物を包含することが意図される。
【００７３】
タグ付きコンビナトリアルライブラリ化合物のＬｏｇＤを推定する方法
本明細書には、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む化合物のＬｏｇＤを推定する方法が開示される。一部の事例では、化合物は、コンビナトリアルライブラリの化合物であってよく、これらの方法は、コンビナトリアルライブラリのいくつかの化合物のＬｏｇＤの推定値を同時に提供し得る。
【００７４】
コンビナトリアルライブラリは、よく知られており、当技術分野で公知の方法により合成することができる（Ｈａｒｂｕｒｙ，ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４７９，４７２号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，０７０，９２８号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，２２３，５４５号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４４２，１６０号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４９１，１６０号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，５５７，０６８号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，７７１，９３５号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，８０７，４０８号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９９８，９０４号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，０１７，３２３号明細書；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，１８３，１７８号明細書；Ｐｅｄｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，２７７，７１３号明細書；Ｐｅｄｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４１３，８５４号明細書；Ｇｏｕｌｉｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，７０４，９２５号明細書；Ｆｒａｎｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９１５，２０１号明細書；Ｇｏｕｌｉｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，７２２，５８３号明細書；Ｆｒｅｓｋｇａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２００６／０２６９９２０号明細書；Ｆｒｅｓｋｇａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１２／００２８８１２号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９２８，２１１号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，２０２，８２３号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１３／０００５５８１号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１３／０２８８９２９号明細書；Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，６４２，５１４号明細書；Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，６７３，８２４号明細書；Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１４／０１２８８２９０号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９７２，９９２号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９３５，６５８号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１１／０１３６６９７号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９７２，９９４号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９８９，３９５号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，４１０，０２８号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，５９８，０８９号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願第１４／０８５，２７１号明細書；Ｗａｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１２／００５３９０１号明細書；Ｋｅｅｆｅ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１４／０３１５７６２号明細書；Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第６，１４０，４９３号明細書；Ｌｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第６，０６０，５９６号明細書；Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，７８９，１６２号明細書；Ｌｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，７２３，５９８号明細書；Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，７���８，１５３号明細書；Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，６３９，６０３号明細書；Ｌｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，５７３，９０５号明細書）。
【００７５】
理論による拘束は望まないが、リガンドの構造が、コンビナトリアルライブラリの化合物の相対ＬｏｇＤを決定し得る。認識要素（すなわち、タグ）は、典型的には異性体ポリマーであることから、類似の物理化学的特性を有する。従って、極性の異なるリガンドが、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む化合物のＬｏｇＤを制御し得る（Ｂｏｕｍａ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第５，００６，４７３号明細書、Ｐａｓｃｏｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ２００３，２４，４２２７−４２４０；Ｐａｓｃｏｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ２００６，２７，７９３−８０４）。コンビナトリアルライブラリ中の認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む化合物のＬｏｇＤは、修飾なしで、又は相補的部分若しくは修飾された相補的部分のいずれかと認識要素の結合後に、推定することができる（後掲）。
【００７６】
一部の実施形態では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む１つの化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物を脂質マトリックスと接触させるステップ、脂質マトリックスに吸着されていない化合物から脂質マトリックスに吸着された化合物を分離するステップ、脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量を測定するステップを含み、ここで、脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量の測定が、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００７７】
別の実施形態では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む２つまたはそれ以上の化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物を脂質マトリックスと接触させるステップ、脂質マトリックスに吸着されていない化合物から脂質マトリックスに吸着された化合物を分離するステップ、脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量を測定するステップを含み、ここで、脂質マトリックスに吸着された化合物の量及び／又は脂質マトリックスに吸着されていない化合物の量の測定が、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００７８】
一部の実施形態では、接触ステップで賦形剤を含有させる。賦形剤は、例えば、ポリアミン若しくは塩などのカチオン若しくはポリカチオン、又はＰＥＧなどの体積排除剤であってよい。ポリアミンは、限定されないが、プトレシン、カダベリン、スペルミジン又はスペルミンであってもよい。一部の実施形態では、塩は、アンモニウム、カリウム、ナトリウム、リチウム、マグネシウム、カルシウム若しくはグアナジニウムカチオンと組み合わせたフッ化物、硫酸塩、リン酸塩、酢酸塩、塩化物、硝酸塩、臭化物、塩化物、過塩素酸塩又はチオ硫酸塩である。他の実施形態では、塩は、硫酸アンモニウムである。
【００７９】
一部の実施形態では、約１５℃〜約５０℃の温度で、混合物をマトリックスと接触させる。
【００８０】
一部の実施形態では、マトリックスは、脂質膜材料でコーティングされたビーズ（例えば、Ｌｏｎｇｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ａｎｄ  Ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ  ３９：３１２−３２１，２０１１）、合成小胞、リポソーム又はミセルである。一部の実施形態では、合成小胞は、ホスファチジルコリン、セラミド、ホスファチジルエタノールアミン又はホスファチジルセリンの混合物から形成される。他の実施形態では、合成小胞は、ドデシル硫酸ナトリウム、臭化セチルトリメチルアンモニウム、オクチル硫酸ナトリウム、臭化オクチルトリメチルアンモニウム、１−パルミトイル−２−オレイル−ｓｎ−グリセロ−３０−ホスホコリン又はビス（２−エチルヘキシル）スルホコハク酸ナトリウムの混合物から形成される。また別の実施形態では、合成小胞は、ドデシル硫酸ナトリウム及び硫酸セチルトリメチルアンモニウムの混合物から形成される。さらに別の実施形態では、ミセルは、ドデシル硫酸ナトリウム及び臭化セチルトリメチルアンモニウムから形成される。さらに別の実施形態では、合成小胞は、炭水化物、荷電化合物又はタンパク質でコーティングされる。さらにまた別の実施形態では、マトリックスは、オクタノール／水混合物である。一般に、脂質マトリックスは、再生可能に合成され、実験条件に対して安定しており、且つ極性が異なる化合物を分離するのに十分なダイナミックレンジを有していなければならない。従って、適正な脂質マトリックスの選択は、十分に当業者の技術の範囲内である常用的実験を含み得る。
【００８１】
マトリックスに吸着される化合物は、マトリックスに吸着されていない化合物から、限定されないが、遠心分離、濾過、電気泳動又は磁気ビーズへの磁界の適用を含む方法によって分離することができる。一部の実施形態では、マトリックスに吸着された化合物の量及び／又はマトリックスに吸着されていない化合物の量は、吸光度、蛍光、放射線又は定量的質量分析法によって測定される。別の実施形態では、マトリックスに吸着された化合物の量及び／又はマトリックスに吸着されていない化合物の量は、ＤＮＡシークエンシング又はｑＰＣＲによって測定される。
【００８２】
一部の実施形態では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む１つの化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物をゲルマトリックスと接触させるステップ、電圧勾配をゲルマトリックスに適用するステップ、並びにゲルマトリックス上の化合物のＲｆを測定するステップを含み、ここで、ゲルマトリックス上の化合物のＲｆが、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００８３】
一部の実施形態では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む２つまたはそれ以上の化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物をゲルマトリックスと接触させるステップ、電圧勾配をゲルマトリックスに適用するステップ、並びにゲルマトリックス上の化合物のＲｆを測定するステップを含み、ここで、ゲルマトリックス上の化合物のＲｆが、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００８４】
一部の実施形態では、ゲルマトリックスは、脂質相を含む。他の実施形態では、脂質相は、合成小胞、リポソーム又はミセルである。また別の実施形態では、ゲルマトリックス上の化合物は、染色によって検出される。さらに別の実施形態では、ゲルマトリックス上の化合物は、分光学的手段（例えば、蛍光又は吸光度）によって検出される。
【００８５】
一部の実施形態では、化合物を含むゲルマトリックスの個別の領域を単離する。ゲルマトリックスの個別の単離された領域の各々から化合物を溶出して、単一のオリゴヌクレオチドでバーコード化されている単一の画分を取得し、これらの画分をプールし、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅した後、次世代シークエンシングによって配列決定する。
【００８６】
他の実施形態では、ゲルマトリックスの個別の単離された領域の各々から化合物を溶出して、単一の画分を取得する。画分をポリメラーゼ連鎖反応により増幅した後、次世代シークエンシングによって配列決定する。
【００８７】
一部の実施形態では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む１つの化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物をクロマトグラフィーマトリックスと接触させるステップ、及びクロマトグラフィーマトリックス上の化合物の保持時間を測定するステップを含み、ここで、クロマトグラフィーマトリックス上の化合物の保持時間測定値が、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００８８】
一部の実施形態では、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む２つまたはそれ以上の化合物のＬｏｇＤを推定する方法が提供される。この方法は、化合物をクロマトグラフィーマトリックスと接触させるステップ、及びクロマトグラフィーマトリックス上の化合物の保持時間を測定するステップを含み、ここで、クロマトグラフィーマトリックス上の化合物の保持時間測定値が、化合物のＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００８９】
適正なクロマトグラフィーマトリックスの選択は、当業者の技術の範囲内であり、試行錯誤であることが多い。リガンドと作動可能に連結した認識要素の識別による溶出は、クロマトグラフィーマトリックスの必須要件である。重要なもう一つの特徴は孔径である。一部の実施形態では、クロマトグラフィーマトリックスの孔径は、約１００Åである。別の実施形態では、クロマトグラフィーマトリックスの孔径は、約４０００Åである。
【００９０】
一部の実施形態では、認識要素は、一本鎖ＤＮＡオリゴヌクレオチドであり、リガンドは、ペプチド又は有機分子であり、クロマトグラフィーマトリックスは、逆相クロマトグラフィー支持体である。他の実施形態では、化合物の保持時間は、ｃｈｒｏｍｓｓｘｘＬｏｇＤであり、ここで、ｘｘは、ＤＮＡオリゴヌクレオチド中のヌクレオチドの数である。一部の実施形態では、ｘｘは、２０である。また別の実施形態では、接触ステップに２種またはそれ以上の標準化合物が含まれ、ここで、標準化合物は、測定済ｃｈｒｏｍｓｓｘｘＬｏｇＤ及び測定済ｃｈｒｏｍＬｏｇＤのリガンドを含む。また別の実施形態では、クロマトグラフィーマトリックスは、高圧液体クロマトグラフィーカラム中に充填される。さらに別の実施形態では、化合物を含む画分は、カラムの溶出によって収集される。さらにまた別の実施形態では、各画分をポリメラーゼ連鎖反応により増幅した後、次世代シークエンシングによって配列決定して、画分中の化合物の保持時間の推定値を得る。また別の実施形態では、化合物の保持時間を標準化合物の保持時間と比較して、化合物のｃｈｒｏｍｓｓｘｘＬｏｇＤの推定値を取得する。さらに別の実施形態では、単一のオリゴヌクレオチドバーコードを各画分中の化合物に結合させ、画分をプールし、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅した後、次世代シークエンシングにより配列決定して、画分中の化合物の保持時間の推定値を得る。さらにまた別の実施形態では、化合物の保持時間は標準化合物の保持時間と比較され、化合物のｃｈｒｏｍｓｓｘｘＬｏｇＤの推定値をもたらす。
【００９１】
一部の実施形態では、認識要素は、二本鎖ＤＮＡオリゴヌクレオチドであり、リガンドは、ペプチド又は有機分子であり、クロマトグラフィーマトリックスは、逆相クロマトグラフィー支持体である。一部の実施形態では、化合物の保持時間は、ｃｈｒｏｍｄｓｘｘＬｏｇＤである。また別の実施形態では、ｘｘは、２２０である。さらに別の実施形態では、２種またはそれ以上の標準化合物が接触ステップに含まれ、ここで、標準化合物は、測定済ｃｈｒｏｍｄｓｘｘＬｏｇＤ及び測定済ｃｈｒｏｍＬｏｇＤのリガンドを含む。さらにまた別の実施形態では、クロマトグラフィーマトリックスは、高圧液体クロマトグラフィーカラム中に充填される。また別の実施形態では、化合物を含む画分は、カラムの溶出によって収集される。さらに別の実施形態では、各画分をポリメラーゼ連鎖反応により増幅した後、次世代シークエンシングによって配列決定して、画分中の化合物の保持時間の推定値を得る。さらにまた別の実施形態では、化合物の保持時間は標準化合物の保持時間と比較され、化合物のｃｈｒｏｍｄｓｘｘＬｏｇＤの推定値をもたらす。また別の実施形態では、単一のオリゴヌクレオチドバーコードを各画分中の化合物に結合させ、画分をプールし、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅した後、次世代シークエンシングにより配列決定して、画分中の化合物の保持時間の推定値を得る。さらに別の実施形態では、化合物の保持時間は標準化合物の保持時間と比較され、化合物のｃｈｒｏｍｄｓｘｘＬｏｇＤの推定値をもたらす。
【００９２】
当業者であれば、認識要素が、相補的部分（例えば、オリゴヌクレオチド、一本鎖ＤＮＡ又はＲＮＡ）と結合することができる場合、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む化合物の親油性又またはＬｏｇＤは、限定されないが、下記のものを含むいくつかの異なる立体配置で推定され得ることを理解されよう。第１に、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む化合物の親油性又はＬｏｇＤは、一切の修飾なしで推定することができる。第２に、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む化合物の親油性又はＬｏｇＤは、相補的部分との結合後に、推定することができる。第３に、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む化合物の親油性又はＬｏｇＤは、修飾された相補的部分、例えば、１つの基が結合された相補的部分（一部の実施形態では、疎水性である）との結合後に、推定することができる。
【００９３】
一部の実施形態では、認識要素は、３’末端で第１リガンドと作動可能に連結したオリゴヌクレオチド、一本鎖ＤＮＡ又は一本鎖ＲＮＡである。これらの実施形態の一部では、３’末端で第１リガンドに作動可能に連結したオリゴヌクレオチド、一本鎖ＤＮＡ又は一本鎖ＲＮＡは、隣接する５’末端で第２リガンドと作動可能に連結した相補的オリゴヌクレオチド又は一本鎖ＤＮＡとハイブリダイズさせた後、化合物の混合物を脂質マトリックスと接触させる。
【００９４】
一部の実施形態では、認識要素は、５’末端で第１リガンドと作動可能に連結したオリゴヌクレオチド、一本鎖ＤＮＡ又は一本鎖ＲＮＡである。これらの実施形態の一部では、５’末端で第１リガンドに作動可能に連結したオリゴヌクレオチド、一本鎖ＤＮＡ又は一本鎖ＲＮＡは、隣接する３’末端で第２リガンドと作動可能に連結した相補的オリゴヌクレオチド又は一本鎖ＤＮＡとハイブリダイズさせた後、化合物の混合物をマトリックスと接触させる。一部の実施形態において、第１リガンドは３’末端にあってよく、第２リガンドは３’末端にあってよいことを理解すべきである。
【００９５】
ハイブリダイズした化合物（前掲）が、コンビナトリアルライブラリの一部である場合、第２リガンドは、ライブラリの全化合物について同一であってもよいが、必ずしも同一であるわけではない。一部の実施形態では、コンビナトリアルライブラリの第２リガンド（前掲）は、類似するオクタノール−水係数（ＬｏｇＤ）を有する。他の実施形態では、第２リガンドは、１超、２超、３超、４超、５超又は６超のオクタノール−水係数（ＬｏｇＤ）を有し得る。一部の実施形態では、コンビナトリアルライブラリの第２リガンド（前掲）は、同一である。これらの他の実施形態では、第２リガンドは、疎水性である。これらのまた別の実施形態では、第２リガンドは、５超又は６超のオクタノール−水係数（ＬｏｇＤ）を有する。これらのさらに別の実施形態では、第２リガンドは、Ｃ６〜Ｃ３０アルカニル、Ｃ１８アルカニル、アリール、アリールアルキル、ステロール誘導体、ステロイド誘導体又はコレステロール誘導体である。
【００９６】
理論に拘束されることは望まないが、前述の疎水性３’定常第２リガンドは、膜画分中に二本鎖ＤＮＡの測定可能な分布を付与すると考えられ、これは、膜利用アッセイのダイナミックレンジの中央に位置し得る。５’可変第１リガンドへの近接は、膜画分について３’定常第２リガンドの親和性を乱し得ることから、原則として、５’可変第１リガンドの親油性の測定、並びに一部の実施形態では、５’可変第１リガンドのＬｏｇＤの測定が可能になる。
【００９７】
一部の実施形態では、隣接する５’末端で定常第２リガンドと作動可能に連結した相補的オリゴヌクレオチドとハイブリダイズした、３’末端で可変第１リガンドと作動可能に連結した１つのオリゴヌクレオチドを含む二本鎖ＤＮＡ分子であって、第２リガンドのＬｏｇＤが６超である二本鎖ＤＮＡ分子が提供される。
【００９８】
第８の態様では、二本鎖ＤＮＡ分子の２つまたはそれ以上の第１リガンドのＬｏｇＤを推定する方法に前述の分子を使用する。この方法は、二本鎖ＤＮＡ分子を脂質マトリックスと接触させるステップ、脂質マトリックスに吸着されていない二本鎖ＤＮＡ分子から脂質マトリックスに吸着された二本鎖ＤＮＡ分子を分離するステップ、並びに脂質マトリックスに吸着された二本鎖ＤＮＡ分子の量及び／又はマトリックスに吸着されていない二本鎖ＤＮＡ分子の量を測定するステップを含み、ここで、マトリックスに吸着された二本鎖ＤＮＡ分子の量及び／又はマトリックスに吸着されていない二本鎖ＤＮＡ分子の量の測定が、二本鎖ＤＮＡ分子の第１リガンドのＬｏｇＤの推定をもたらす。
【００９９】
前述の方法のいずれかにおいて、一部の実施形態では、認識要素と作動可能に連結した少なくとも２つの標準化合物の使用は、標準化合物のＬｏｇＤ値間の補間法によって、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む未知化合物のＬｏｇＤの推定値をもたらし得る。例えば、ＬｏｇＤ値が３である標準化合物及びＬｏｇＤ値が４である別の標準化合物を使用すれば、ＬｏｇＤが３〜４の化合物の同定が可能になる。別の例では、既知ＬｏｇＤ（当技術分野で既知の認識要素に結合されている場合）及び既知Ｒｆの標準化合物を用いて、ゲルマトリックス上の化合物のＲｆを括弧演算し、これにより、化合物のＬｏｇＤを推定することができる。また別の例では、既知ＬｏｇＤの標準化合物を用いて、クロマトグラフィーマトリックス上の化合物の保持時間を括弧演算し、これにより、化合物のＬｏｇＤを推定することができる。
【０１００】
前述の方法のいずれかにおいて、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む化合物は、マトリックスと接触させる前に、標的との結合によりアフィニティ精製してもよく、標的は、例えば、受容体、酵素、タンパク質、細胞、膜調製物などの生物学的標的であってよい。一部の実施形態では、アフィニティ精製では、非結合化合物を除去することによって、化合物の混合物を濃縮し、これにより、標的に対する親和性が証明された化合物のみの親油性推定値が得られる。
【０１０１】
当業者は、前述の方法が選択モード又はスクリーニングモードのいずれかで使用され得ることも理解されよう。選択モードの一例として、脂質相を含むゲルマトリックスに化合物のライブラリを適用し、電気泳動によって分離し、ゲルの所望の領域を単離した後、対応する化合物上の核酸タグをＰＣＲ増幅することができる。ゲルマトリックス上で可動性を有する配列のシークエンシング及び後の相関によって、ゲルの選択した領域内の化合物ライブラリの化合物にＬｏｇＤを割り当てることができる。あるいは、化合物のライブラリは、脂質マトリックスと接触させてもよく、脂質マトリックスと結合した集団を分離し、ＰＣＲで増幅した後、脂質マトリックス上でのもう１ラウンドの翻訳及び選択のための投入物として使用することができる。また別の実施形態では、化合物のライブラリをクロマトグラフィーマトリックスと接触させ、画分を収集し、ＰＣＲで増幅した後、クロマトグラフィーマトリックス上でのもう１ラウンドの翻訳及び選択のための投入物として使用することもできる。このような方法を繰り返すことによって、所望のＬｏｇＤを有する化合物を指数関数的に濃縮することができる。一部の実施形態では、ＰＣＲ増幅した材料を例えばアフィニティ選択のための投入物として使用してもよい。
【０１０２】
さらに、前述の方法は、認識要素と作動可能に連結したリガンドを含む単一の化合物、並びにコンビナトリアルライブラリのメンバーである化合物（すなわち、複雑な混合物）のＬｏｇＤを測定するために使用することもできる。
【０１０３】
一部の実施形態では、各々単一のオリゴヌクレオチドに連結した複数の化合物が合成され、プールされる。次に、プールした化合物を前述した方法のいずれかを用い、ＬｏｇＤの差に基づいて分離することができる。収集した画分のシークエンシングによって、いずれか所与の画分内のいずれか所与のオリゴヌクレオチドの相対存在量が得られ、これにより、ＬｏｇＤを推定するための計算が可能になる。各化合物は単一のオリゴヌクレオチドに結合されるため、複数の化合物を並行して検定することができる。プールされた化合物は、本発明に記載される方法で分離の前に、例えば、固定化標的に対してアフィニティ精製してもよい。
【０１０４】
前述の実施形態の一部では、当技術分野で公知の方法（前掲）により個別の容器中の非変異オリゴヌクレオチドに結合した化合物を合成することによって、化合物の混合物を調製する。非変異オリゴヌクレオチドは、前述の非変異オリゴヌクレオチドと同一のフランキングオリゴヌクレオチド領域の間に配置された単一のバーコード領域を含む単一のオリゴヌクレオチドでプライミングしてから、従来の方法により二本鎖材料に変換してもよい。次に、二本鎖材料をプールし、化合物のＬｏｇＤの推定値を得るための前述した方法のいずれかに使用する。一部の実施形態では、二本鎖材料は、前述した方法のいずれかで使用する前に、生物学的標的に対してアフィニティ精製してもよい。
【０１０５】
標準化合物を使用しないか、又は入手できない場合、ＬｏｇＤの推定なしで、コンビナトリアルライブラリ化合物の相対親油性を取得するために、前述した方法のいずれを用いてもよいことに留意すべきである。前述した方法の多くでは、標準化合物が接触ステップに含まれる。
【０１０６】
前述した実施形態のいくつかでは、リガンドは、オリゴヌクレオチド、一本鎖ＲＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、ペプチド、デプシペプチド、ペプトイド、又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物である。別の実施形態では、リガンドは、ペプチド、ペプトイド又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物である。また別の実施形態では、リガンドは、ペプチド又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物である。
【０１０７】
リガンドは、リンカーによって認識要素に作動可能に連結されるが、リンカーは、一般に、リガンドと認識要素を連結する機能を果たす任意の分子又は物質である。リガンドと認識要素との距離は、約１０Å、約２５Å、約５０Å又は約１００Åより大きくてもよい。
【０１０８】
リンカーは、様々な構造及び長さであってよい。リンカーは、疎水性又は親水性、長い又は短い、剛性、半剛性又は柔軟などのいずれであってもよい。連結基は、例えば、下記のものを含んでよい：−（ＣＨ２）ｎ−鎖などのポリメチレン鎖、又は−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ鎖などのポリ（エチレングリコール）鎖（いずれの場合も、ｎは１〜約２０の整数である）、５’−Ｏ−ジメトキシトリチル−１’、２’−ジデオキシリボース−３’−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト；９−Ｏ−ジメトキシトリチル−トリエチレングリコール、１−［２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−イソプロピル）］−ホスホロアミダイト；３−（４，４’−ジメトキシトリチルオキシ）プロピル−１−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト；及び１８−Ｏ−ジメトキシトリチルヘキサエチレングリコール、１，−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、アミノ−カルボン酸リンカー（例えば、ペプチド（例えば、Ｚ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｏｓｕ又はＺ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｏｓｕ）、ＰＥＧ（例えば、Ｆｍｏｃ−アミノＰＥＧ２０００−ＮＨＳ若しくはアミノ−ＰＥＧ（１２−２４）−ＮＨＳ）、又はアルカン酸鎖（例えば、Ｂｏｃ−ε−アミノカプロン酸−Ｏｓｕ））、クリックケミストリーリンカー（例えば、ペプチド（例えば、アジドホマラニン−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｏｓｕ若しくはプロパルギルグリシン−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｏｓｕ）、ＰＥＧ（例えば、アジド−ＰＥＧ−ＮＨＳ）、又はアルカン酸鎖（例えば、５−アジドペンタン酸、（Ｓ）−２−（アジドメチル）−１−Ｂｏｃ−ピロリジン、又は４−アジド−ブタン−１−酸Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル））、チオール反応性リンカー（例えば、ＰＥＧ（例えば、ＳＭ（ＰＥＧ）ｎＮＨＳ−ＰＥＧ−マレイミド）、アルカン鎖（例えば、３−（ピリジン−２−イルジスルファニル）−プロピオン酸−Ｏｓｕ若しくはスルホスクシンイミジル６−（３’−［２−ピリジルジチオ］プロピオンアミド）ヘキサノエート）））、オリゴヌクレオチド合成のためのアミダイト（例えば、アミノ修飾塩基（例えば、６−（トリフルオロアセチルアミノ）−ヘキシル−（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）−ホスホロアミダイト）、チオール修飾塩基（例えば、Ｓ−トリチル−６−メルカプトヘキシル−１−［（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）］−ホスホロアミダイト、又はクリックケミストリー修飾塩基（例えば、５−ヘキシン１−ＴＴＴ（Ｔ）０〜７、６−ヘキシン１−ＴＴＴ（Ｔ）０〜７、５−ヘキシン−１−イル−（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）−ホスホロアミダイト、６−ヘキシン−１−イル−（２−シアノエチル）−（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル）−ホスホロアミダイト、３−ジメトキシトリチルオキシ−２−（３−（３−プロパルギルオキシプロパンアミド）プロパンアミド）プロピル−１−Ｏ−スクシノイル、長鎖アルキルアミノＣＰＧ若しくは４−アジド−ブタン−１−酸Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル））。リンカーのさら���別の例は以下に記載する。
【０１０９】
認識要素は、最も広義の用語では、オリゴヌクレオチド、二本鎖オリゴヌクレオチド、一本鎖ＲＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、ＤＮＡ結合タンパク質、ＲＮＡ結合タンパク質、ペプチド核酸、ペプチド、デプシペプチド、ポリペプチド、ロックド核酸、抗体又はペプトイドであってもよい。一部の実施形態では、認識要素は、オリゴヌクレオチド、二本鎖オリゴヌクレオチド、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリッド、一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ又はペプチド核酸である。他の実施形態では、認識要素は、オリゴヌクレオチド、一本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ又は二本鎖ＤＮＡである。
【０１１０】
一部の実施形態では、前述した化合物は、コンビナトリアルライブラリの化合物であってもよく、この方法は、そうした特定のコンビナトリアルライブラリの1より多い化合物の親油性の推定値を同時にもたらし得る。コンビナトリアルライブラリは、限定されないが、前述したタグ付きコンビナトリアルライブラリを含む。
【０１１１】
当業者には理解されるように、認識要素は、限定されないが、当技術分野で既に記載されている全てのタグ又は標識、及びこうしたタグを調製するために使用される全ての方法を含み得る。一部の実施形態では、認識要素の正確な化学構造は、本明細書に記載の方法で決定的に重要なものではない。従って、本明細書に記載される方法は、当技術分野でまだ知られていないものを含め、あらゆるタグ付きコンビナトリアルライブラリで使用することができる。
【０１１２】
当業者には周知であるように、認識要素と作動可能に連結した化合物の同定は、認識要素の同定によって達成することができる。一般に、認識要素は、例えば、限定されないが、生物学的方法（例えば、アフィニティ結合、シークエンシングなど）及び化学的方法（例えば、ＮＭＲ、質量分析法など）をはじめとする、当業者には周知の任意の方法によって同定することができる。一部の実施形態では、認識要素が核酸である場合、同定は、増幅、及び増幅された認識要素のシークエンシング、又は相補的配列との定量的ハイブリダイゼーションを含む。核酸の増幅、核酸の配列決定及び定量的ハイブリダイゼーションは、一般的であり、当技術分野において公知である。
【０１１３】
また別の態様では、式（Ｉ）：
ＲＥ−（Ｘ１）−（Ｃ１Ｘ２）ｎ−（Ｃ２Ｘ３）ｏ−Ｌａ              （Ｉ）
（式中：
ＲＥは、認識要素であり；
Ｌａは、リガンドであり；
Ｃ１及びＣ２は、個々に連結要素であり；
ｎ及びｏは、個々に０又は１であり；
Ｘ１、Ｘ２及びＸ３は、官能基である）
の化合物又はその塩、水和物、若しくは溶媒和物が提供される。
【０１１４】
一部の実施形態では、式（Ｉ）の化合物は、小分子コンビナトリアルライブラリの合成を指令するために使用されるコードテンプレートである（Ｈａｒｂｕｒｙ，ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４７９，４７２号明細書）。コードテンプレートは、少なくとも１つ、典型的には２つまたはそれ以上の異なる連結されたハイブリダイゼーション配列、任意選択の定常スペーサ配列、及び結合した連結実体若しくは官能基（すなわち、化学反応部分）を含む核酸配列を有する化合物である（図１）。コードテンプレートは、ハイブリダイゼーション配列及び／又は定常スペーサ配列の数で限定されない。任意の所与のコードテンプレート中のハイブリダイゼーション配列は、一般に、いずれか他のコードテンプレート中の配列とは異なる。異なるコードテンプレートが、共通のコドンを有し得ることに留意すべきである。各コードテンプレートのハイブリダイゼーション配列は、連結実体若しくは官能基に結合したユニークなリガンドを合成するための連続的合成ステップの各々で使用される特定の化学的化合物を明らかにする。従って、各コードテンプレートのハイブリダイゼーション配列は、連結実体若しくは官能基への特定の化学単位の結合の順序も明らかにする。
【０１１５】
他の実施形態では、式（Ｉ）の化合物は、以下：Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９７２，９９２号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９３５，６５８号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１１／０１３６６９７号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９７２，９９４号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９８９，３９５号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，４１０，０２８号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，５９８，０８９号明細書；Ｍｏｒｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願第１４／０８５，２７１号明細書；Ｗａｇｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１２／００５３９０１号明細書；及びＫｅｅｆｅ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１４／０３１５７６２号明細書に記載される方法で使用されるものなどのタグ付けオリゴヌクレオチドである。
【０１１６】
また別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物は、以下：Ｐｅｄｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，２７７，７１３号明細書；Ｐｅｄｅｒｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，４１３，８５４号明細書；Ｇｏｕｌｉｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，７０４，９２５号明細書；Ｆｒａｎｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９１５，２０１号明細書；Ｇｏｕｌｉｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，７２２，５８３号明細書；Ｆｒｅｓｋｇａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２００６／０２６９９２０号明細書；Ｆｒｅｓｋｇａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１２／００２８８１２号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第７，９２８，２１１号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，２０２，８２３号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１３／０００５５８１号明細書；Ｈａｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１３／０２８８９２９号明細書；Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，６４２，５１４号明細書；Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許第８，６７３，８２４号明細書；Ｎｅｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，米国特許出願公開第２０１４／０１２８８２９０号明細書に記載されるオリゴヌクレオチドである。
【０１１７】
一部の実施形態では、Ｘ１は、ＲＥ上の官能基に結合される。他の実施形態ではＸ２又はＸ３は、Ｌａ上の官能基に結合される。前述した実施形態のいくつかでは、ＲＥ上の官能基は、ＯＨ、ＮＨ２又はＮＲＸであり、ここで、Ｘは、アルキル基又はメチル基である。ＲＥ及びＬａは、上に定義した通りである。
【０１１８】
一部の実施形態では、Ｘ１は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）ＮＲ２−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ３−、−Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ４−、−ＯＣ（Ｓ）−、−ＯＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｓ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ５−、−ＮＲ６Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ７Ｃ（Ｏ）ＮＲ８−、−ＯＰ（Ｏ）ＮＲ９−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ１０−、−ＯＰ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−ＮＲ１１−、−ＮＲ１２Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１３Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ−、−Ｏ−若しくは炭素−炭素結合であり；Ｘ２は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ２１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）ＮＲ２２−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ２３−、−Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ２４−、−ＯＣ（Ｓ）−、−ＯＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｓ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ２５−、−ＮＲ２６Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ２７Ｃ（Ｏ）ＮＲ２８−、−ＯＰ（Ｏ）ＮＲ２９−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ３０−、−ＯＰ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−ＮＲ３１−、−ＮＲ３２Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ２３Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ−、−Ｏ−若しくは炭素−炭素結合であり；Ｘ３は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ４１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）ＮＲ４２−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ４３−、−Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ４４−、−ＯＣ（Ｓ）−、−ＯＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｓ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ４５−、−ＮＲ４６Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ４７Ｃ（Ｏ）ＮＲ４８−、−ＯＰ（Ｏ）ＮＲ４９−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ５０−、−ＯＰ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−ＮＲ５１−、−ＮＲ５２Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ５３Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ−、−Ｏ−若しくは炭素−炭素結合であり；Ｒ１〜Ｒ１３、Ｒ２１〜Ｒ３３及びＲ４１〜Ｒ５３は、個々に、水素、アルキル、置換アルキル、アリール、置換アリール、アリールアルキル、置換アリールアルキル、ヘテロアルキル、置換ヘテロアルキル、ヘテロアリールアルキル又は置換ヘテロアリールアルキルである。別の実施形態では、Ｃ１及びＣ２は、個々に、アルキルジイル、置換アルキルジイル、アリールジイル、置換アリールジイル、アリールアルキルジイル、置換アリールアルキルジイル、ヘテロアルキルジイル、置換ヘテロアルキルジイル、ヘテロアリールアルキルジイル又は置換ヘテロアリールアルキルジイルである。
【０１１９】
一部の実施形態では、ＲＥは、オリゴヌクレオチド、一本鎖若しくは二本鎖ＲＮＡ又は一本鎖若しくは二本鎖ＤＮＡであり、Ｌａは、ペプチド、ペプトイド又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物であり、Ｃ１及びＣ２は、個々に、アルキルジイル、置換アルキルジイル、アリールジイル、置換アリールジイル、アリールアルキルジイル、置換アリールアルキルジイル、ヘテロアルキルジイル、置換ヘテロアルキルジイル、ヘテロアリールアルキルジイル又は置換ヘテロアリールアルキルジイルであり、Ｘ１は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ３−又は−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり；Ｘ２は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ２１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ２３−又は−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり；Ｘ３は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ４１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ４３−又は−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−である。他の実施形態では、ＲＥは、オリゴヌクレオチドであり、Ｘ１は、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｃ１は、−（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）３であり、Ｘ２は、−ＮＨＣ（Ｏ）−であり、ｏは、０であり、Ｌａは、コレステロールである。また別の実施形態では、ＲＥは、オリゴヌクレオチドであり、Ｘ１は、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｃ１は、−（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）３であり、Ｘ２は、−ＮＨＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｌａは、−ｎＣ１８Ｈ３７である。
【０１２０】
一部の実施形態では、ＲＥは、オリゴヌクレオチドであり、Ｘ１は、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｃ１は、−（（ＣＨ２）２Ｏ）２（ＣＨ２）３−であり、Ｘ２は、−ＮＨＣ（Ｏ）−であり、Ｃ２は、ｎ−Ｃ３Ｈ６、ｎ−Ｃ７Ｈ１４又はｎ−Ｃ１１Ｈ２２であり、Ｘ３は、−ＮＨＣ（Ｏ）−である。他の実施形態では、Ｌａは、ペプチド、ペプトイド又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物である。また別の実施形態では、Ｌａは、ステロール誘導体又はコレステロール誘導体である。さらに別の実施形態では、Ｌａは、以下：
【化１】
2018535197.tif 000002
から得られる化合物である。
【０１２１】
一部の実施形態では、ＲＥは、オリゴヌクレオチドであり、Ｘ１は、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｃ１は、−（（ＣＨ２）２Ｏ）２（ＣＨ２）３−であり、Ｘ２は、−ＮＨＣ（Ｏ）−、−（（ＣＨ２）２Ｏ）３（ＣＨ２）２−であり、Ｘ３は、−ＮＨＣ（Ｏ）−である。他の実施形態では、Ｌａは、ペプチド、ペプトイド又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物である。また別の実施形態では、Ｌａは、ステロール誘導体又はコレステロール誘導体である。さらに別の実施形態では、Ｌａは、以下：
【化２】
2018535197.tif 000003
から得られる化合物である。
【０１２２】
一部の実施形態では、ＲＥは、オリゴヌクレオチドであり、Ｘ１は、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｃ１は、−（（ＣＨ２）２Ｏ）２（ＣＨ２）３−であり、Ｘ２は、−ＮＨＣ（Ｏ）−であり、Ｃ２は、ピペルジニル又は−（ＣＨ２）３−ピペルジニルであり、Ｘ３は、−Ｃ（Ｏ）−である。他の実施形態では、Ｌａは、ペプチド、ペプトイド又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物である。また別の実施形態では、Ｌａは、以下：
【化３】
2018535197.tif 000004
から得られる化合物である。
【０１２３】
一部の実施形態では、ＲＥは、オリゴヌクレオチドであり、Ｘ１は、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｃ１は、−Ｃ６Ｈ１２、−Ｃ１２Ｈ２４−又はＣ１８Ｈ３６−であり、Ｘ２は、−ＮＨ−である。他の実施形態では、ＲＥは、オリゴヌクレオチドであり、Ｘ１は、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｃ１は、−（（ＣＨ２）２Ｏ）５ＣＨ２ＣＨ２−であり、Ｘ２は、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｌ２は、−Ｃ１２Ｈ２４であり、Ｘ３は、−ＮＨ−である。また別の実施形態では、Ｌａは、ペプチド、ペプトイド又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物である。
【０１２４】
前述した実施形態の多くでは、ＲＥ及びＬａが異なる、一つより多くの、以上の式（Ｉ）の化合物を含む化合物のライブラリが提供される。一部の実施形態では、ライブラリの各化合物において、Ｃ１、Ｃ２、ｎ、ｏ、Ｘ１、Ｘ２及びＸ３は、同一である。
【０１２５】
さらに別の態様では、式（ＩＩ）：
ＲＥｃ−（Ｘ４）−（Ｃ３Ｘ５）ｋ−（Ｃ４Ｘ６）ｌ−Ｌｂ              （ＩＩ）
（式中：
ＲＥｃは、認識要素であり；
Ｌｂは、類似若しくは同じ疎水性を有するリガンドであり；
Ｃ３及びＣ４は、個々にリンカーであり；
Ｘ４、Ｘ５及びＸ６は、官能基であり；
ｋ及びｌは、個々に０又は１である）
の化合物又はその塩、水和物、若しくは溶媒和物が提供される。
【０１２６】
一部の実施形態では、Ｘ４は、ＲＥ上の官能基に結合される。他の実施形態では、Ｘ５又はＸ６は、Ｌｂ上の官能基に結合される。前述した実施形態のいくつかでは、ＲＥｃ上の官能基は、ＯＨ、ＮＨ２又はＮＲｙであり、ここで、Ｙは、アルキル基又はメチル基である。ＲＥ及びＬｂは、上に定義した通りである。
【０１２７】
一部の実施形態では、Ｌｂは、ペプチド又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物である。他の実施形態では、Ｌｂは、４超、５超又は６超のｌｏｇＰを有する疎水性化合物である。
【０１２８】
一部の実施形態では、Ｘ４は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ６１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）ＮＲ６２−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ６３−、−Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ６４−、−ＯＣ（Ｓ）−、−ＯＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｓ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ６５−、−ＮＲ６６Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ６７Ｃ（Ｏ）ＮＲ６８−、−ＯＰ（Ｏ）ＮＲ６９−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ７０−、−ＯＰ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−ＮＲ７１−、−ＮＲ７２Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ７３Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ−、−Ｏ−若しくは炭素−炭素結合であり；Ｘ５は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ８１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）ＮＲ８２−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ８３−、−Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ８４−、−ＯＣ（Ｓ）−、−ＯＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｓ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ８５−、−ＮＲ８６Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ８７Ｃ（Ｏ）ＮＲ８８−、−ＯＰ（Ｏ）ＮＲ８９−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ９０−、−ＯＰ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−ＮＲ９１−、−ＮＲ９２Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ９３Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ−、−Ｏ−若しくは炭素−炭素結合であり；Ｘ５は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ９１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）ＮＲ９２−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ９３−、−Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ（Ｏ）２ＮＲ９４−、−ＯＣ（Ｓ）−、−ＯＣ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｓ）Ｏ−、−ＯＣ（Ｏ）ＮＲ９５−、−ＮＲ９６Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ９７Ｃ（Ｏ）ＮＲ９８−、−ＯＰ（Ｏ）ＮＲ９９−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ１００−、−ＯＰ（Ｏ）Ｏ−、−ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−ＮＲ１０１−、−ＮＲ１０２Ｐ（Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１０３Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−、−Ｓ−、−Ｏ−若しくは炭素−炭素結合であり；Ｒ７１〜Ｒ７３、Ｒ８１〜Ｒ８３及びＲ９１〜Ｒ１０３は、個々に、水素、アルキル、置換アルキル、アリール、置換アリール、アリールアルキル、置換アリールアルキル、ヘテロアルキル、置換ヘテロアルキル、ヘテロアリールアルキル又は置換ヘテロアリールアルキルである。他の実施形態では、Ｃ１及びＣ２は、個々に、アルキルジイル、置換アルキルジイル、アリールジイル、置換アリールジイル、アリールアルキルジイル、置換アリールアルキルジイル、ヘテロアルキルジイル、置換ヘテロアルキルジイル、ヘテロアリールアルキルジイル又は置換ヘテロアリールアルキルジイルである。
【０１２９】
一部の実施形態では、ＲＥｃは、オリゴヌクレオチド、一本鎖ＲＮＡ又は一本鎖ＤＮＡであり、Ｌｂは、ペプチド又は分子量２０００ダルトン未満の有機化合物であり、Ｃ１及びＣ２は、個々に、アルキルジイル、置換アルキルジイル、アリールジイル、置換アリールジイル、アリールアルキルジイル、置換アリールアルキルジイル、ヘテロアルキルジイル、置換ヘテロアルキルジイル、ヘテロアリールアルキルジイル又は置換ヘテロアリールアルキルジイルであり、Ｘ４は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ３−又は−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり；Ｘ５は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ２１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ２３−又は−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−であり、Ｘ６は、−Ｃ（Ｏ）−、−ＣＯＮＲ４１−、−Ｃ（Ｏ）Ｏ−、−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）ＮＲ４３−又は−Ｐ（Ｏ）（ＯＨ）Ｏ−である。一部の実施形態では、Ｌｂは、Ｃ６〜Ｃ３０アルカニル、Ｃ１８アルカニル、アリール、アリールアルキル、ステロール誘導体、ステロイド誘導体又はコレステロール誘導体である。
【０１３０】
前述した実施形態の多くでは、ＲＥｃが異なり、且つＬｂが類似の疎水性である、1より多い式（ＩＩ）の化合物を含む化合物のライブラリが提供される。一部の実施形態では、ライブラリの各化合物において、Ｃ３、Ｃ４、ｋ、ｌ、Ｘ４、Ｘ５及びＸ６は、同一である。
【０１３１】
また別の態様では、ＲＥ及びＲＥｃが個々に、オリゴヌクレオチド、一本鎖ＲＮＡ又は一本鎖ＤＮＡであり、Ｃ１、Ｃ２、ｎ、ｏ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｌａ、Ｌｂ、Ｃ３、Ｃ４、ｋ、ｌ、Ｘ４、Ｘ５及びＸ６が上に定義した通りである、式（ＩＩ）の化合物とハイブリダイズした式（Ｉ）の化合物を含む化合物が提供される。一部の実施形態では、式（ＩＩ）の化合物とハイブリダイズした1より多い式（Ｉ）の化合物を含む化合物のライブラリが提供される。他の実施形態では、ＲＥ、ＲＥｃ及びＬａが異なり、且つＬｂが類似の疎水性である、化合物が提供される。他の実施形態では、ライブラリの各化合物において、Ｌｂは類似の疎水性であり、Ｃ１、Ｃ２、ｎ、ｏ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｃ３、Ｃ４、ｋ、ｌ、Ｘ４、Ｘ５及びＸ６は同一である。また別の実施形態では、ライブラリの各化合物において、Ｌｂ、Ｃ１、Ｃ２、ｎ、ｏ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｃ３、Ｃ４、ｋ、ｌ、Ｘ４、Ｘ５及びＸ６は同一である。
【０１３２】
具体的な化合物を以下の表１に表示する。認識要素は、オリゴマーの５’末端に対するリガンド又はリンカーとの連結を有するＤＮＡオリゴヌクレオチドである。
【０１３３】
【表１−１】
2018535197.tif 000005
【表１−２】
2018535197.tif 000006
【表１−３】
2018535197.tif 000007
【０１３４】
Ｘは、５’ＧＣＴＣＧＴＣＧＣＡＴＴＣＧＧＣＡＣＧＣ−３’（配列番号１）であり、Ｙは、ＡＴＧＧＴＡＴＸＡＡＧＣＴＴＧＣＣＡＸＡＡＰＰＴ（配列番号２）であり、Ｘ＝ピロロｄＣ、Ｗは、
【化４】
2018535197.tif 000008
であり、Ｚは、
【化５】
2018535197.tif 000009
である。
【０１３５】
下記の実施例は、あくまで例示の目的のために記載されるものであり、本発明の範囲を限定することは意図されない。
【実施例】
【０１３６】
実施例１：Ｆｍｏｃ−１２−Ａｄｏ修飾オリゴマーの調製
ＤＥＡＥ−セファロースの５０％水性懸濁液を４０ｕＬずつ、３８４−ウェルフィルタプレート内の５つのウェルの各々に添加した。６０ｕＬの１０ｍＭ酢酸で樹脂を３回洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。３００ｕＬの１０ｍＭ酢酸に溶解させた１００ｎモルのＺａｐｐＴ（原材料）をＤＥＡＥ−セファロース（５ウェル×ウェル当たり２０ｎモルのオリゴ）にロードして、１０分間静置した後、濾過した。別に記載のない限り、それ以上の洗浄物は全て１００ｕＬであった。
【０１３７】
「ＺａｐｐＴ」の配列は、５’−ＺＡＴＧＧＴＡＴＸＡＡＧＣＴＴＧＣＣＡＸＡ−３’（配列番号５）（Ｚ＝「ＴＥＧアミン」、Ｘ＝ピロロｄＣ）である。「ＴＥＧアミン」は、１級アミン、それに続いてオリゴヌクレオチドの５’末端に連結した３つのポリエチレングリコール部分を組み込むカスタム５’修飾である。「ピロロｄＣ」は、ＤＮＡ構造及び動力学の理想的なプローブである蛍光デオキシチジン類似体である（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｌｅｎｒｅｓｅａｒｃｈ．ｃｏｍ／Ｃａｔａｌｏｇ／ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ．ｐｈｐ＃ｐ６４を参照）。「ＴＥＧアミン」及び「ピロロｄＣ」の構造の詳細については、図７を参照されたい。
【０１３８】
水、１００ｍＭ  Ｎ−メチルモルホリンの水溶液、水、５０％水／ＭｅＯＨ、ＭｅＯＨ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦで樹脂を洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。その間、１３９ｕＬのＤＭＦ中の１２．１ｍｇのＦｍｏｃ−１２−アミノドデカン酸（Ｆｍｏｃ−１２−Ａｄｏ−ＯＨ）の懸濁液（十分に溶解性ではない）を調製した。２７８ｕＬのＮ−メチルモルホリン溶液（９０９ｕＬのメタノール中１０ｕＬ）を添加したが、溶液は依然として溶解性ではなかった。混合物を超音波処理したが、やはり溶解しなかった。懸濁液（１８７．５ｕＬ）を等分し、６２．５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ（４−（４，６−ジメトキシ−１，３，５−トリアジン−２−イル）−４−メチルモルホリニウム）溶液（１５７ｕＬのＤＭＦ中５．２ｍｇ）で処理した。次に、得られた懸濁液４０ｕＬを各ウェルに添加してから、これらを室温で１時間インキュベートした。
【０１３９】
樹脂を濾過し、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、５０％ＭｅＯＨ／水、水（５分静置させる）、５０％ＭｅＯＨ／水、ＭｅＯＨ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦですすいだ後、遠沈した。
【０１４０】
別の１８７．５ｕＬのＦｍｏｃ−１２−Ａｄｏ−ＯＨ懸濁液を６２．５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ溶液（１９１ｕＬのＤＭＦ中６．３ｍｇ）で処理した。次に、得られた懸濁液４０ｕＬを各ウェルに添加し、これらを室温で１時間インキュベートした。樹脂を濾過し、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、７０％ＭＥＯＨ／ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、５０％ＭｅＯＨ／水及び水ですすいだ。
【０１４１】
各ウェルからのオリゴマーを３×３３ｕＬの１．５Ｍ  ＮａＣｌ／１０ｍＭ  酢酸アンモニウム水溶液で溶出し、濾過の前に各溶媒を添加してから２分間静置した。Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ  Ｌｕｎａ  Ｃ−１８カラム（溶媒Ａ：１０ｍＭ酢酸アンモニウム水溶液；溶媒Ｂ：アセトニトリル）でのＲＰ−ＨＰＬＣにより粗オリゴマーを精製した。所望の画分をＳｐｅｅｄｖａｃにより乾燥させた。
【０１４２】
実施例２：Ｆｍｏｃ−１２−アミノ−４，７，１０−トリオキサドデカン酸修飾オリゴマーの合成
ＤＥＡＥ−セファロースの５０％水性懸濁液を４０ｕＬずつ、３８４−ウェルフィルタプレート内の５つのウェルの各々に添加した。６０ｕＬの１０ｍＭ酢酸で樹脂を３回洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。３００ｕＬの１０ｍＭ酢酸に溶解させた１００ｎモルのＺａｐｐＴ（原材料）をＤＥＡＥ−セファロース（５ウェル×ウェル当たり２０ｎモルのオリゴ）にロードして、１０分間静置した後、濾過した。別に記載のない限り、それ以上の洗浄物は全て１００ｕＬであった。
【０１４３】
水、１００ｍＭ  Ｎ−メチルモルホリンの水溶液、水、５０％水／ＭｅＯＨ、ＭｅＯＨ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦで樹脂を洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。その間、１２７ｕＬのＤＭＦ中の１１．２ｍｇのＦｍｏｃ−１２−アミノ−４，７，１０−トリオキサドデカン酸の溶液を調製した。６２．５ｕＬのこの溶液を等分し、１２５ｕＬのＮ−メチルモルホリン溶液（９０９ｕＬのメタノール中１０ｕＬのＮ−メチルモルホリン）、続いて６２．５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ溶液（１５７ｕＬのＤＭＦ中５．２ｍｇ）で処理した。得られた溶液４０ｕＬを各ウェルに添加してから、これらを室温で１時間インキュベートした。
【０１４４】
樹脂を濾過し、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、５０％ＭｅＯＨ／水、水（５分静置）、５０％ＭｅＯＨ／水、ＭｅＯＨ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦですすいだ後、遠沈した。
【０１４５】
別の６２．５ｕＬのＦｍｏｃ−１２−アミノ−４，７，１０−トリオキサドデカン酸溶液を１２５ｕＬのＮ−メチルモルホリン溶液、続いて６２．５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ溶液（１９１ｕＬのＤＭＦ中６．３ｍｇ）で処理した。次に、得られた溶液の４０ｕＬを各ウェルに添加してから、これらを室温で１時間インキュベートした。樹脂を濾過し、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、５０％ＭｅＯＨ／水及び水ですすいだ。
【０１４６】
３×３３ｕＬの１．５Ｍ  ＮａＣｌ／１０ｍＭ  酢酸アンモニウム水溶液で各ウェルからオリゴマーを溶出し、各溶媒を添加してから２分間静置した後、濾過した。Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ  Ｌｕｎａ  Ｃ−１８カラム（溶媒Ａ：１０ｍＭ酢酸アンモニウム水溶液；溶媒Ｂ：アセトニトリル）でのＲＰ−ＨＰＬＣにより粗オリゴマーを精製した。所望の画分をＳｐｅｅｄｖａｃにより乾燥させた。得られた化合物を、主として図８に示すように、ＨＰＬＣにより分析し、主要ピークに対応する面積の百分率（％）により定量して、純度が＞９０％であることが判明した。主要ピークでの化合物の質量測定値は、Ｆｍｏｃ−１２−アミノ−４，７，１０−トリオキサドデカン酸修飾オリゴマーについて予測されるものの実験誤差の範囲内であった。
【０１４７】
実施例３：４−（１−Ｆｍｏｃ−ピペリジン−４−イル）ブタン酸修飾オリゴマーの合成
ＤＥＡＥ−セファロースの５０％水性懸濁液を４０ｕＬずつ、３８４−ウェルフィルタプレート内の５つのウェルの各々に添加した。６０ｕＬの１０ｍＭ酢酸で樹脂を３回洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。３００ｕＬの１０ｍＭ酢酸に溶解した１００ｎモルのＺａｐｐＴ（原材料）をＤＥＡＥ−セファロース（５ウェル×２０ｎモルオリゴ/ウェル）にロードして、１０分間静置した後、濾過した。別に記載のない限り、それ以上の洗浄物は全て１００ｕＬであった。
【０１４８】
水、１００ｍＭ  Ｎ−メチルモルホリンの水溶液、水、５０％水／ＭｅＯＨ、ＭｅＯＨ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦで樹脂を洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。その間、１５９ｕＬのＤＭＦ中の１２．６ｍｇの４−（１−Ｆｍｏｃ−ピペリジン−４−イル）ブタン酸を調製した。６２．５ｕＬのこの溶液を等分し、１２５ｕＬのＮ−メチルモルホリン溶液（９０９ｕＬのメタノール中１０ｕＬのＮ−メチルモルホリン）、続いて６２．５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ溶液（１３６ｕＬのＤＭＦ中４．５ｍｇ）で処理した。次に、得られた懸濁液の４０ｕＬを各ウェルに添加してから、これらを室温で１時間インキュベートした。
【０１４９】
樹脂を濾過し、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、５０％ＭｅＯＨ／水、水（５分静置させる）、５０％ＭｅＯＨ／水、ＭｅＯＨ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦですすいだ後、遠心分離した。
【０１５０】
別の６２．５ｕＬの４−（１−Ｆｍｏｃ−ピペリジン−４イル）ブタン酸溶液を１２５ｕＬのＮ−メチルモルホリン溶液、続いて６２．５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ溶液（１９１ｕＬのＤＭＦ中６．３ｍｇ）で処理した。次に、得られた溶液の４０ｕＬを各ウェルに添加してから、これらを室温で１時間インキュベートした。樹脂を濾過し、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、７０％ＭＥＯＨ／ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、５０％ＭｅＯＨ／水及び水ですすいだ。
【０１５１】
３×３３ｕＬの１．５Ｍ  ＮａＣｌ／１０ｍＭ  酢酸アンモニウム水溶液で各ウェルからオリゴマーを溶出し、各溶媒を添加してから２分間静置した後、濾過した。Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ  Ｌｕｎａ  Ｃ−１８カラム（溶媒Ａ：１０ｍＭ酢酸アンモニウム水溶液；溶媒Ｂ：アセトニトリル）でのＲＰ−ＨＰＬＣにより粗オリゴマーを精製した。所望の画分をＳｐｅｅｄｖａｃにより乾燥させた。
【０１５２】
実施例４：酢酸又は胆汁酸を伸長オリゴマーに連結する一般的な手順
ＤＥＡＥ−セファロースの５０％水性懸濁液４０ｕＬを３８４−ウェルフィルタプレート内の１ウェルに添加した。６０ｕＬの１０ｍＭ酢酸で樹脂を３回洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。実施例１、２又は３に記載の通りに調製した、精製済Ｆｍｏｃ−アミノ酸修飾オリゴマーを３００ｕＬの１０ｍＭ酢酸に溶解させ、ウェル当たり６０ｕＬをＤＥＡＥ−セファロースにロードした。懸濁液を１０分間静置した後、濾過した。別に記載のない限り、以上の洗浄物は全て１００ｕＬであった。
【０１５３】
水、５０％ＭｅＯＨ／水、ＭｅＯＨ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、３０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ及びＤＭＦで樹脂を洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。６０ｕＬの２０％ピペリジンのＤＭＦ溶液をウェルに添加し、室温で１０分間静置した。
【０１５４】
樹脂を濾過した後、ＤＭＦ、３０％ＭＥＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、５０％ＭｅＯＨ／水、水、５０％ＭｅＯＨ／水、ＭｅＯＨ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦで洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。
【０１５５】
その間、オリゴマーに結合させるカルボン酸の２００ｍＭ ＤＭＦ溶液を調製した。１２．５ｕＬのこの溶液を等分し、２５ｕＬのＮ−メチルモルホリン溶液（９０９ｕＬのメタノール中１０ｕＬのＮ−メチルモルホリン）、続いて１２．５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ溶液（ＤＭＦ中１００ｍＭ）で処理した。得られた溶液の４０ｕＬをウェルに添加してから、これらを室温で１時間インキュベートした。
【０１５６】
樹脂を濾過し、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、５０％ＭｅＯＨ／水、水（５分静置）、５０％ＭｅＯＨ／水、ＭｅＯＨ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦですすいだ後、遠沈した。
【０１５７】
別の１２．５ｕＬのカルボン酸溶液を２５ｕＬのＮ−メチルモルホリン溶液で処理し、これに、１２．５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ溶液（ＤＭＦ中１００ｍＭ）を添加した。得られた混合物の４０ｕＬをウェルに添加し、これを室温で１時間インキュベートしてから、濾過し、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、７０％ＭｅＯＨ／ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、５０％ＭｅＯＨ／水及び水ですすいだ。
【０１５８】
オリゴマーを３×３３ｕＬの１．５Ｍ  ＮａＣｌ／１０ｍＭ  酢酸アンモニウム水溶液で溶出し、各溶媒を添加してから２分間静置した後、濾過した。得られたオリゴマーをＨＰＬＣ及びＮａｎｏｄｒｏｐ（濃度について）により分析した。
【０１５９】
例示的なコンジュゲートから得られた分析データを図８に示す。コール酸とＺａｐｐＴのコンジュゲートを調製し、主として実施例４に記載のように精製した。トレースは、コール酸コンジュゲートの溶出プロファイルを示す。分単位の時間をＸ軸に示す。溶媒Ｂ（％）をＹ軸に示す（右側；軸は０から１００％まで延びる）。溶媒Ａは、１０ｍＭ酢酸アンモニウム水溶液であった。溶媒Ｂはアセトニトリルであった。
【０１６０】
実施例５：化合物１の調製
ＤＮＡ自動合成装置でホスホロアミダイトを使用する標準的な方法によって、下記の配列Ｘａ−ステアリル：（５’ＺＧＣＴＣＧＴＣＧＣＡＴＴＣＧＧＣＡＣＧＣ−３’）（配列番号５）を含む化合物１を合成した。Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈから市販されているステアリルホスホロアミダイト（カタログ番号１０−１７９−０２）を使用することにより、Ｚ基をオリゴマーに添加した。これは、主として図８に記載されるように特性決定され、＞９０％純粋であると評価された。
【０１６１】
実施例６：化合物２の調製
ＤＮＡ自動合成装置でホスホロアミダイトを使用する標準的な方法によって、下記の配列Ｘａ−コレストリル：（５’Ｚ’ＧＣＴＣＧＴＣＧＣＡＴＴＣＧＧＣＡＣＧＣ−３’）（配列番号６）を含む化合物２を合成した。Ｇｌｅｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈから市販されているコレストリルホスホロアミダイト（カタログ番号１０−１９７６−０２）を使用することにより、Ｚ’基をオリゴマーに添加した。これは、主として図８に記載されるように特性決定され、＞９０％純粋であると評価された。
【０１６２】
実施例７：認識要素と作動可能に連結した化合物の親油性の推定のためのゲル法
小胞を含まない低融点アガロースゲル（標準１×ＴＢＥ、１．５％アガロース）を従来の方法（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｔ．Ｍａｎｉａｔｉｓ，Ｅ．Ｆ．Ｆｒｉｔｓｃｈ  ＆  Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ（１９８２））により調製した。
【０１６３】
小胞は、主としてＰａｓｃｏｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ２００３，２４：４２２７−４２４０に記載されるように調製する。簡潔にいうと、０．４５ｇｍのＣＴＡＢ／ＳＯＳ（ＣＴＡＢ＝臭化ヘキサデシルトリメチルアンモニウム、Ｓｉｇｍａカタログ＃９１５１；ＳＯＳ＝オクチル硫酸ナトリウム。Ｓｉｇｍａカタログ＃Ｏ４００３）を３：７の比で１×ＴＢＥ［Ｔｒｉｓｍａ−ホウ酸塩−ＥＤＴＡ電気泳動バッファー、Ｍａｎｉａｔｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，ｐ．４５４］に溶解し、確実に溶解するために、水浴中で５０℃に加熱した。溶液を室温まで一晩冷却した後、０．２ミクロンフィルタで濾過する。このようにして調製した小胞は、室温で数日間安定していることが報告されている。
【０１６４】
低融点アガロース（０．７５ｇｍ）を２５ｍＬの１×ＴＢＥに溶解し、個別の小胞のチューブと一緒に、５０℃の水浴中でインキュベートする。平衡に到達した後、チューブを予熱したフラスコ中に混合し、穏やかに旋回してから、スタンダード水平ミニゲル装置中に注ぎ込み、小胞アガロースゲルを得る（（標準１×ＴＢＥ、１．５％アガロース、０．９％）。
【０１６５】
ゲルが凝固した後、サンプルをロードし、１００ボルトで泳動させ、臭化エチジウムで染色した後、標準的方法によって撮影する（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ｍａｎｉａｔｉｓ  ｅｔ  ａｌ．；Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  ｐｒｅｓｓ，１９８２）。
【０１６６】
図１及び２を参照すると、ゲルは、ＤＮＡ分子（すなわち、それぞれ化合物１及び２）の５’末端へのコレステロール（Ｃｈｏｌ）又はＣ１８（ｎ−Ｃ１８Ｈ３７）いずれかの付加が、０．９％ＣＴＡＢ／ＳＯＳ小胞を含有するアガロースゲル中のコンジュゲートの可動性を、これらの小胞がないコントロールゲルと比較して大幅に遅らせることができることを示す。ＦＡＭは、５’−６−ＦＡＭ（フルオレセイン）である。６−ＦＡＭ部分は、フルオレセインの単一異性体誘導体から成り、オリゴヌクレオチドについて最も一般的に使用される蛍光染料結合物質であり、ほとんどの蛍光検出装置と適合性である。これは、プロトン化され、ｐＨ７未満では蛍光は弱く；典型的には、７．５〜８．５のｐＨ範囲で使用される。ＦＡＭは、オリゴの５’又は３’末端に結合する（ｈｔｔｐｓ：／ｗｗｗ．ｉｄｔｄｎａ．ｃｏｍ／ｓｉｔｅ／Ｃａｔａｌｏｇ／Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ／Ｐｒｏｄｕｃｔ／１１０８）。
【０１６７】
理論に拘束されることは望まないが、可動性が小分子に左右され、且つ付随するＤＮＡ分子のＤＮＡ配列から独立している程度まで、ｌｏｇＫ、すなわち、埋め込まれた小胞中への分配係数の代用物を得ることができ、これは、他の脂質膜への拡散の代用物として機能し得る。従って、原則として、この方法を用いて、このタイプのゲル系に異なるリガンドを有する複数のＤＮＡ分子を分離することができる。次に、単離されたゲル切片の配列から、そこに含まれるＤＮＡコンジュゲート種の可動性を推定することができる。
【０１６８】
実施例８：認識要素と作動可能に連結したステロイドの親油性の推定のためのマトリックス方法
コンジュゲート（図３、化合物３は酢酸塩、化合物２はコレステロール、化合物４はコール酸、化合物５はケノデオキシコール酸、化合物６はリトコール酸、化合物７はコラン酸である）、（図４、化合物８は酢酸塩、化合物９はコール酸、化合物１０はケノデオキシコール酸、化合物１１はリトコール酸である）、（図５、化合物１３は酢酸塩、化合物１４はコール酸、化合物１５はケノデオキシコール酸、化合物１６はリトコール酸、化合物１７はコラン酸である）を適切な濃度でＰＢＳ中に溶解させた。ＴＲＡＮＳＩＬビーズは、ＡＤＭＥ  Ｃｅｌｌ，Ｉｎｃ．Ａｌａｍｅｄａ，ＣＡから取得した。キット中のＴＲＡＮＳＩＬビーズのバイアルを２５℃で解凍し、提供されるプロトコルに従ってＰＢＳ中で平衡化させた。オリゴコンジュゲートの最終濃度が約２００ピコモル／３００マイクロリットルとなるように、コンジュゲートをＴＲＡＮＳＩＬビーズに添加した。プレートシェーカ上のビーズを１０００ｒｐｍで１２分間攪拌してから、７５０ｇで１０分間回転させて、ビーズをペレット化し、ＴＲＡＮＳＩＬビーズを一切取らないように注意しながら、１１０マイクロリットルの上清を採取した。図３の分析方法に従い、上清をＨＰＬＣ−ＭＳにより分析した。コンジュゲートの既知保持時間のピークの積分により、目的のオリゴコンジュゲートを定量した。ＴＲＡＮＳＩＬビーズを含まない２つの参照チューブは、「ビーズなしコントロール」とした。ビーズなしチューブをリファレンスとして用いて、溶液中に残った各ＴＲＡＮＳＩＬチューブ内の各コンジュゲートの面積百分率を各サンプルについて計算した。このデータを用いて、図４、５及び６を作成した。データに示されるように、コンジュゲートの測定可能な画分はそれぞれＴＲＡＮＳＩＬビーズに分配され、ビーズに分配されるものについて、予想した通り、ビーズに分配される画分はビーズ濃度と共に増加する。
【０１６９】
実施例９：２０塩基対オリゴヌクレオチドと作動可能に連結したステロイドの親油性の推定のためのクロマトグラフィー法
Ｌｕｎａ  Ｃ１８カラム及びアセトニトリル／酢酸アンモニウム勾配を用いる逆相ＨＰＬＣカラムで、化合物３〜７を分析した。溶媒Ａは、１０ｍＭ酢酸アンモニウムであり、溶媒Ｂは、アセトニトリルであった。今度は図９を参照して、Ｘ軸は分単位であり、Ｙ軸は、溶媒Ｂ（％）である。図３に示すように、これらのツール化合物をＨＰＬＣにより分離した。従って、ＬｏｇＤの順位は、カラムでの保持時間の順位から推定できる。理論に拘束されることは望まないが、適切な標準化合物の含有によって、ＬｏｇＤの絶対値の有用な代用物が提供され得る。ｃｈｒｏｍＬｏｇＤ及びＣｈｒｏｍ２０ＬｏｇＤが、上の実験の延長によって決定され得ることにも留意すべきである。
【０１７０】
実施例１０：リガンドと作動可能に連結した２０核酸サブユニットのオリゴヌクレオチドの、リガンドと作動可能に連結した２２０核酸サブユニットのオリゴヌクレオチドへの変換のための一般的方法
アルキル又はステロイドリガンドと作動可能に連結したＨＰＬＣ精製済２０塩基対の一本鎖オリゴマーを、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって二本鎖２２０塩基対遺伝子に転換した。アルキル又はステロイドリガンドと作動可能に連結したオリゴマーと、２０塩基対のリバースオリゴマー（１ｕＭ）を、２×Ｆｕｓｉｏｎ  Ｆｌａｓｈ  Ｈｉｇｈ−Ｆｉｄｅｌｉｔｙ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ  Ｆ５４８Ｓ）と共に１０ｎｇの二本鎖２２０塩基対遺伝子テンプレートを含む１００ｕＬ反応物中のＰＣＲプライマーとして使用した。９８℃１０秒後、９８℃１秒、５５℃５秒、７２℃１０秒を１０サイクル、続いて９８℃１０秒のプロトコルをさらに１回、続いて９８℃１秒、５０℃５秒、７２℃１０秒を１５サイクルのサーモサイクルを実施した。２２０塩基対のＰＣＲ産物をゲル電気泳動によって確認し、ＱＩＡｑｕｉｃｋ  ＰＣＲ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）で精製した後、ｎａｎｏｄｒｏｐ  Ａ２６０測定値からＤＮＡ濃度を定量した。
【０１７１】
実施例１１：認識要素と作動可能に連結したステロイドの親油性の推定のためのクロマトグラフィー法
類似した２０塩基対オリゴマーから実施例１０に記載されるように調製された化合物１８〜２４を、Ａｇｉｌｅｎｔ  ＡｄｖａｎｃｅＢｉｏ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅカラム及びアセトニトリル／酢酸アンモニウム勾配を用いる逆相ＨＰＬＣカラムで分析した。溶媒Ａは、１０ｍＭ酢酸アンモニウムであり、溶媒Ｂは、アセトニトリルであった。図９に示すように、ステロイドはＨＰＬＣにより分離され、酢酸塩は、空隙容積中に溶出した。従って、ＬｏｇＤの順位は、Ｃ１８カラム上の保持時間の順位から推定することができる。アセトアミド（−０．２）、コール酸アミド（１．７）、ケノデオキシコール酸アミド（２．９）、リトコール酸アミド（４．２）、コール酸アミド（５．６）及び酢酸コレステロール（８．７）のｃＬｏｇＰに対して保持時間をプロットすると、図１０に示されるように、線状相関が得られた。理論に拘束されることは望まないが、適切な標準化合物の含有によって、ＬｏｇＤの絶対値の有用な代用物が提供され得る。ｃｈｒｏｍＬｏｇＤ及びＣｈｒｏｍ２０ＬｏｇＤが、上の実験の延長によって決定され得ることにも留意すべきである。
【０１７２】
実施例１２：線状ペプチドのｃＬｏｇＤ及びｅＬｏｇＤの決定
標準的な方法を用いて、９つの線状ペプチド（Ｎ末端アセチル化及びＣ末端アミド）の１セットを合成し、従来の方法を用いて、ｃＬｏｇＤ及びｅＬｏｇＤ値を決定した。ＦＦＦＦのｅＬｏｇＤは、オクタノール−水界面に可視凝集体が形成したため、決定することができなかった。
【０１７３】
【表２】
2018535197.tif 000010
【０１７４】
実施例１３：線状ペプチドのｃｈｒｏｍＬｏｇＤの決定
実施例１２に挙げたペプチドのｃｈｒｏｍＬｏｇＤの決定を、４０ｍＭ酢酸アンモニウムの勾配、ｐＨ７．４及びアセトニトリル及びＷａｔｅｒ’ｓ  Ｓｈｉｅｌｄ  ＲＰ１８カラムを用いて、２５℃で実施した。保持時間（分）をｅＬｏｇＤに対してプロットすると、Ｒ２＝０．８０の相関係数が得られた（図１１）。
【０１７５】
実施例１４：ペプチドを伸長オリゴマーに連結する一般的な手順
ＤＥＡＥ−セファロースの５０％水性懸濁液４０ｕＬを３８４−ウェルフィルタプレート内の１ウェルに添加した。０．０２％Ｔｗｅｅｎ−２０を含む９０ｕＬの１０ｍＭ酢酸水溶液で樹脂を３回洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。Ｔｒｉｌｉｎｋにより調製された精製済アミノ−ＴＥＧ修飾オリゴマー（アミノ−トリエチレングリコール−５’−ＧＣＴＣＧＴＣＧＣＡＴＴＣＧＧＣＡＣＧＣ−３’）（配列番号７）（ｕＬ当たり７．９０５ｎモルオリゴまで水に予め溶解した）５ｕＬを、０．０２％Ｔｗｅｅｎ−２０を含む７８５ｕＬの１０ｍＭ酢酸水溶液に溶解し、ウェル当たり６０ｕＬをＤＥＡＥ−セファロースにロードした（計１２ウェル）。次に、遠心分離機中で懸濁液をスピン乾燥させ、フィルタプレートを通過させてディープウェルプレート中に入れた。ディープウェルプレートの内容物を吸引して樹脂上部に戻した後、再度遠心分離機中でスピン乾燥させた。このステップをもう１回繰り返した。
【０１７６】
樹脂を水（９０ｕＬ）、５０％ジメチルアセトアミド（ＤＭＡ）／水（９０ｕＬ）、及びＤＭＦ（３×９０ｕＬ）で洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。５０ｕＬの２０％トリエチルアミンのＤＭＡ溶液をウェルに添加し、室温で７分間静置させた。
【０１７７】
樹脂を濾過してから、ＤＭＡ（３×９０ｕＬ）、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＡ（３×９０ｕＬ）で洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。
【０１７８】
その間、オリゴマーに結合させるペプチド−カルボン酸の各々のＤＭＡ中の２００ｍＭ溶液を調製した。この溶液を５ｕＬずつ新しい３８４ディープウェルプレートの個別のウェルに各々分注した後、１５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ溶液（１：１ＭｅＯＨ／ＤＭＡ中３３．５ｍＭ）を各ウェル内で混合した。個別に得られた溶液の各々２０ｕＬを、オリゴマーを含む個別の各フィルタプレートウェルに添加してから、これらを室温で３０分間インキュベートした。
【０１７９】
次に、樹脂を遠心分離機でスピン乾燥させてから、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＡ（９０ｕＬ）で洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。
【０１８０】
さらに、この２００ｍＭペプチド−カルボン酸溶液を５ｕＬずつ個別のウェルに各々分注した後、１５ｕＬの新しく調製したＤＭＴＭＭ溶液（１：１ＭｅＯＨ／ＤＭＡ中３３．５ｍＭ）を各ウェル内で混合した。個別に得られた溶液の各々２０ｕＬを、オリゴマーを含む個別のフィルタプレートウェルに各々添加し、室温で３０分間インキュベートし、濾過した後、得られた樹脂を、ＤＭＡ（３×９０ｕＬ）、５０％ＭｅＯＨ／ＤＭＡ（９０ｕＬ）、及び水（３×９０ｕＬ）ですすいだ後、遠心分離機でスピン乾燥させた。
【０１８１】
各ウェルに、５０ｕＬの１００ｍＭ水酸化ナトリウム水溶液を添加し、これを室温で１０分間静置した。プレートを濾過し、水（３×９０ｕＬ）で洗浄した後、遠心分離機でスピン乾燥させた。
【０１８２】
新しい、清潔な３８４ディープウェルレシーバプレートを用い、３３ｕＬの１．５Ｍ酢酸トリエチルアンモニウムの５％ＩＰＡ／水溶液により、オリゴマーをウェルから溶出し、４分間静置した後、遠心分離機でスピン乾燥した。この工程を２回繰り返し、計９０ｕＬを樹脂から溶出した（３×３３ｕＬ）。
【０１８３】
実施例１５：２０塩基対オリゴヌクレオチドと作動可能に連結したペプチドの親油性の推定のためのクロマトグラフィー法
実施例１４に記載の２０塩基対オリゴマーに連結した実施例１２のペプチドのｃｈｒｏｍＬｏｇＤを決定するために、４０ｍＭ酢酸アンモニウムの勾配、ｐＨ７．４及びアセトニトリル並びにＷａｔｅｒ’ｓ  Ｓｈｉｅｌｄ  ＲＰ１８カラムを用いて、２５℃で実施した。保持時間（分）をｅＬｏｇＤに対してプロットすると、ｃＬｏｇＤを使用したペプチドＦＦＦＦおよびＦＦＦ以外の、２０ｂｐオリゴマーに連結したペプチドについてＲ２＝０．７９の相関係数が得られた（図１２）。遊離ペプチドの対応するプロットも比較のために示す。
【図１】
2018535197.tif 000011
【図２】
2018535197.tif 000012
【図３】
2018535197.tif 000013
【図４】
2018535197.tif 000014
【図５】
2018535197.tif 000015
【図６】
2018535197.tif 000016
【図７】
2018535197.tif 000017
【図８】
2018535197.tif 000018
【図９】
2018535197.tif 000019
【図１０】
2018535197.tif 000020
【図１１】
2018535197.tif 000021
【図１２】
2018535197.tif 000022
【国際調査報告】
2018535197.tif 000023
2018535197.tif 000024
2018535197.tif 000025