(57)【要約】  本発明は、薬理学的治療に対する、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）感染患者の反応を予測するために有用な方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
インターフェロンを含む抗ＨＢＶ療法での治療から利益を受ける可能性がある患者を同定する方法であって：
患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を決定する工程を含み、ｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療での治療から利益を受ける可能性があることを示す、前記方法。
【請求項２】
インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する方法であって：
患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を決定する工程を含み、ｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が抗ＨＢＶ治療での治療に反応性である可能性がより高いことを示す、前記方法。
【請求項３】
ＨＢＶに感染した患者が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療による利益を示すであろう可能性を決定するための方法であって：
患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を決定する工程を含み、ｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す、前記方法。
【請求項４】
インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の療法的有効性を最適化するための方法であって：
患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を決定する工程を含み、ｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す、前記方法。
【請求項５】
患者においてＨＢＶ感染を治療するための方法であって：
（ｉ）患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおけるｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在を決定し、そして
（ｉｉ）前記患者に、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の有効量を投与し、それによってＨＢＶ感染を治療する
工程を含む、前記方法。
【請求項６】
ＨＢＶに感染したＨＢｅ陽性患者の、インターフェロン治療に対する、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）を予測するための方法であって：
前記ヒト被験体由来の試料を提供し、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を検出し、そしてｒｓ７６３３７９６で少なくとも１つのＡアレルが存在する場合、前記患者が、治療の＞＝２４週追跡調査時のＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）として測定される、インターフェロン治療に対する高い反応率を有することを決定する
工程を含む、前記方法。
【請求項７】
インターフェロンが、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａ、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ｂ、インターフェロン・アルファ−２ａおよびインターフェロン・アルファ−２ｂの群より選択される、請求項１〜６のいずれかの方法。
【請求項８】
インターフェロンが、式：
【化１】
2018500903.tif 000044
式中、ＲおよびＲ’はメチルであり、ＸはＮＨであり、そしてｎおよびｎ’は個々にまたはともに４２０または５２０のいずれかである
を有する、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａコンジュゲートである、請求項７の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）に感染した患者の薬理学的治療に対する反応を予測するために有用な方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）は、世界中で３億５千万〜４億人の人々を感染させ；毎年、感染による肝硬変、肝不全、および肝細胞癌から生じる１００万の死亡例が記録される。感染性病原体、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）は、経皮的に、性的に、そして出生時に伝染しうるＤＮＡウイルスである。アジアにおける感染の蔓延（≧８％）は、欧州および北米（＜２％）におけるより実質的により高い（Ｄｉｅｎｓｔａｇ  Ｊ．Ｌ．，  Ｂ型肝炎ウイルス感染，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００８；  ３５９：  １４８６−１５００）。感染した母から出生時に獲得されるＨＢＶの発生率は、アジアにおいてはるかにより高く、曝露されたものの＞９０％で慢性感染を導く（ＷＨＯ概況報告書第２０４号；  ２００８年８月改訂）。さらに、小児期に慢性感染した成人の２５％がＨＢＶ関連肝臓癌または肝硬変で死亡する（ＷＨＯ概況報告書第２０４号；  ２００８年８月改訂）。インターフェロン・アルファ（ＩＦＮα）は、抗ウイルス経路の強力な活性化因子であり、そしてさらに、多数の免疫制御機能を仲介する（Ｍｕｌｌｅｒ  Ｕ．，  Ｓｔｅｉｎｈｏｆｆ  Ｕ．，  Ｒｅｉｓ  Ｌ．Ｆ．ら，  抗ウイルス防御におけるＩ型およびＩＩ型インターフェロンの機能的役割，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９４；  ２６４：  １９１８−２１）。
【０００３】
ＨＢＶの治療における１８０μｇ／週の用量のＰＥＧＡＳＹＳ（登録商標）（ＰＥＧ化ＩＦＮアルファ２ａ  ４０ＫＤ、Ｐｅｇ−ＩＦＮ）の有効性は、２つの大規模中枢的研究において立証された。１つの研究は、ＨＢｅＡｇ陰性患者（ＷＶ１６２４１）におけるものであり、そしてもう一方は、ＨＢｅＡｇ陽性患者（ＷＶ１６２４０）におけるものであった。
【０００４】
ＷＶ１６２４１は、２００１年６月〜２００３年８月の間に行われた；  ５５２人のＨＢｅＡｇ陰性ＣＨＢ患者を３つの治療アーム：ＰＥＧ−ＩＦＮ単一療法、ＰＥＧ−ＩＦＮに加えてラミブジン、またはラミブジンのみで４８週間の１つにランダムに割り当てた。治療停止２４週間後に評価したウイルス学的反応（ＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０，０００コピー／ｍＬと定義）は、ＰＥＧ−ＩＦＮを投与された群において匹敵し（４３％および４４％）、そして両方のアームは、ラミブジン群（２９％）よりも優れていた（Ｍａｒｃｅｌｌｉｎ  Ｐ．，  Ｌａｕ  Ｇ．Ｋ．，  Ｂｏｎｉｎｏ  Ｆ．ら，  ＨＢｅＡｇ陰性慢性肝炎患者における、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａのみ、ラミブジンのみ、および２つの組み合わせ，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００４；  ３５１：  １２０６−１７）。
【０００５】
研究ＷＶ１６２４０は、２００２年１月〜２００４年１月の間に行われた。この研究では、８１４人のＨＢｅＡｇ陽性ＣＨＢ患者を、ＷＶ１６２４１におけるものと同じ治療アーム、すなわちＰＥＧ−ＩＦＮ単一療法、ＰＥＧ−ＩＦＮに加えてラミブジン、またはラミブジンのみで４８週間にランダムに割り当てた。治療停止２４週間後に評価した反応は、ＰＥＧ−ＩＦＮ＋ラミブジンおよびラミブジン単一療法でのそれぞれ２７％および１９％に比較して、ＰＥＧ−ＩＦＮ単一療法群においては、３２％の率のＨＢｅＡｇ血清変換を示した（Ｌａｕ  Ｇ．Ｋ．，  Ｐｉｒａｔｖｉｓｕｔｈ  Ｔ，．  Ｌｕｏ  Ｋ．Ｘ．ら，  ＨＢｅＡｇ陽性慢性Ｂ型肝炎に対するＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａ、ラミブジン、およびその組み合わせ，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００５；  ３５２：  ２６８２−９５）。対照ＨＢＶ臨床研究のメタ分析は、ＰＥＧ−ＩＦＮ含有治療が、ラミブジン措置よりも、ＣＨＢ患者における有意なＨＢｓＡｇクリアランスまたは血清変換を促進することを立証してきている（Ｌｉ  Ｗ．Ｃ．，  Ｗａｎｇ  Ｍ．Ｒ．，  Ｋｏｎｇ  Ｌ．Ｂ．ら，  ＨＢｓＡｇクリアランスまたは血清変換に焦点を当てた、慢性Ｂ型肝炎のためのＰＥＧインターフェロン・アルファに基づく療法：対照臨床試験のメタ分析，  ＢＭＣ  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｄｉｓ．  ２０１１；  １１：  １６５−１７７）。
【０００６】
より最近、Ｎｅｐｔｕｎｅ研究（ＷＶ１９４３２）が２００７年５月〜２０１０年４月の間に行われ、そしてＨＢｅＡｇ陽性患者において、２４または４８週間のいずれかに渡って、９０または１８０μｇ／週のいずれかとして投与されるＰＥＧ−ＩＦＮを比較した（Ｌｉａｗ  Ｙ．Ｆ．，  Ｊｉａ  Ｊ．Ｄ．，  Ｃｈａｎ  Ｈ．Ｌ．ら，  より短い期間およびより低い用量のＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａは、Ｂ型肝炎ウイルス遺伝子型ＢまたはＣにおける劣ったＢ型肝炎ｅ抗原血清変換率と関連する，  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２０１１；  ５４：  １５９１−９）。治療終了２４週間後に有効性を決定した。この研究は、治療のより低い用量およびより短い期間の両方が、ＷＶ１６２４０研究において以前用いた認可された用量および期間よりも劣っていることを立証し、したがって、認可された治療措置、すなわち１８０μｇ／週で４８週間の措置が、ＨＢｅＡｇ陽性ＣＨＢ患者には最も有益であることが確認された。
【０００７】
しかし、ＰＥＧ−ＩＦＮが、ＣＨＢ治療において、成功裡に用いられてきているという事実にもかかわらず、治療反応に対する宿主因子（遺伝的および非遺伝的）およびウイルス因子の影響に関しては、ほとんど知られていない。
【０００８】
ウイルスおよび環境因子は、ＨＢＶ病因形成に重要な役割を果たすが、遺伝的影響が明らかに存在する。小規模な遺伝的研究によって、ＨＢＶ感染の転帰において宿主免疫／炎症因子（例えばＨＬＡ、サイトカイン、阻害分子）が関与している可能性が示唆されてきている一方、全ゲノム関連研究（ＧＷＡＳ）によって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−ＤＰ遺伝子領域に渡る１１の一塩基多型（ＳＮＰ）が、日本およびタイＨＢＶコホートにおいて、持続性慢性Ｂ型肝炎ウイルスキャリアーの発展に有意に関連することが明らかに立証された（Ｋａｍａｔａｎｉ  Ｙ．，  Ｗａｔｔａｎａｐｏｋａｙａｋｉｔ  Ｓ．，  Ｏｃｈｉ  Ｈ．ら，  全ゲノム関連研究は、アジア人における慢性Ｂ型肝炎と関連するＨＬＡ−ＤＰ遺伝子座中の変異体を同定する。  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  ５９１−５９５）。続いて、この知見はまた、ＴａｑＭａｎに基づく遺伝子型決定アッセイを用いた、別の中国人コホート研究においても確認された（Ｇｕｏ  Ｘ．，  Ｚｈａｎｇ  Ｙ．，  Ｌｉ  Ｊ．ら，  漢民族集団における持続性慢性Ｂ型肝炎ウイルスの発展に対するヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−ＤＰ遺伝子変異体の強い影響，  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２０１１；  ５３：  ４２２−８）。さらに、別個のＧＷＡＳおよび複製分析は、日本人および韓国人集団における、ＨＬＡ−ＤＰ遺伝子座および持続性ＨＢＶ感染に対する防御効果の間に有意な関連があるという類似の結果を結論づけた（Ｎｉｓｈｉｄａ  Ｎ．，  Ｓａｗａｉ  Ｈ．，  Ｍａｔｓｕｕｒａ  Ｋ．ら，  日本人および韓国人における、慢性Ｂ型肝炎に対する防御およびウイルスクリアランスと、ＨＬＡ−ＤＰの関連を確認する、全ゲノム関連研究。  ＰＬｏｓ  Ｏｎｅ  ２０１２；  ７：  ｅ３９１７５）。最後に、ＨＬＡ−ＤＱ遺伝子座内の２つのさらなるＳＮＰ（ｒｓ２８５６７１８およびｒｓ７４５３９２０）が、ＣＨＢ感受性に対して、ＨＬＡ−ＤＱ変異体の独立の影響を有することが見出された（Ｍｂａｒｅｋ  Ｈ．，  Ｏｃｈｉ  Ｈ．，  Ｕｒａｂｅ  Ｙ．ら，  慢性Ｂ型肝炎の全ゲノム関連研究は、日本人集団において、新規リスク遺伝子座を同定した，  Ｈｕｍ．  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２０１１；  ２０：  ３８８４−９２）。総合すると、ロバストな遺伝的証拠によって、アジア人集団において、ＨＬＡ領域での多型変異が、急性感染に続く慢性Ｂ型肝炎の進行に有意に寄与することが示唆された。
【０００９】
対照ＨＢＶ臨床試験のメタ分析は、慣用的ＩＦＮアルファまたはＰＥＧ化ＩＦＮアルファ（２ａまたは２ｂ）含有治療が、ラミブジン措置よりも、ＣＨＢ患者における有意なＨＢｓＡｇクリアランスまたは血清変換を促進することを立証している（Ｌｉ  Ｗ．Ｃ．，  Ｗａｎｇ  Ｍ．Ｒ．，  Ｋｏｎｇ  Ｌ．Ｂ．ら，  ＨＢｓＡｇクリアランスまたは血清変換に焦点を当てた、慢性Ｂ型肝炎のためのＰＥＧインターフェロン・アルファに基づく療法：対照臨床試験のメタ分析，  ＢＭＣ  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｄｉｓ．  ２０１１；  １１：  １６５−１７７）。しかし、Ｐｅｇ−ＩＦＮがＣＨＢの治療に成功裡に用いられてきているという事実にもかかわらず、一塩基多型（ＳＮＰ）のレベルでは、治療反応および宿主因子の影響の間の関連に関してはほとんどわかっていない。リバビリン（ＲＢＶ）と組み合わせたＰＥＧ化インターフェロン・アルファは、慢性Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染の治療において成功裡に用いられてきている。ＨＣＶ患者が、Ｐｅｇ−ＩＦＮ／ＲＢＶ治療にどのように反応したかにおける主な科学的知見は、全ゲノム関連研究（ＧＷＡＳ）を通じた、１９番染色体上の遺伝子ＩＬ２８Ｂ周囲の遺伝子多型が、治療転帰と強く関連することである（Ｇｅ  Ｄ．，  Ｆｅｌｌａｙ  Ｊ．，  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  Ａ．Ｊ．ら，  ＩＬ２８Ｂにおける遺伝子変異は、Ｃ型肝炎治療が誘導するウイルスクリアランスを予測する，  Ｎａｔｕｒｅ  ２００９；  ４６１：  ３９９−４０１；  Ｔａｎａｋａ  Ｙ．，  Ｎｉｓｈｉｄａ  Ｎ．，  Ｓｕｇｉｙａｍａ  Ｍ．ら，  慢性Ｃ型肝炎に対するＰＥＧ化インターフェロン−アルファおよびリバビリン療法に対する反応と、ＩＬ２８Ｂの全ゲノム関連，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  １１０５−９；  Ｓｕｐｐｉａｈ  Ｖ．，  Ｍｏｌｄｏｖａｎ  Ｍ．，  Ａｈｌｅｎｓｔｉｅｌ  Ｇ．ら，  ＩＬ２８Ｂは、慢性Ｃ型肝炎インターフェロン−アルファおよびリバビリン療法に対する反応と関連する，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  １１００−４）。ＩＬ２８Ｂがコードするタンパク質は、ＩＩＩ型ＩＦＮ（ＩＦＮ−λ３）であり、そして同じ染色体領域のＩＬ２８ＡおよびＩＬ２９と、サイトカイン遺伝子クラスターを形成する。ＩＬ２８Ｂは、ウイルス感染によって誘導可能であり、そして抗ウイルス活性を有する。しかし、Ｐｅｇ−ＩＦＮで治療されたＣＨＢ患者においては、治療反応と、ＩＬ２８Ｂ領域周囲の特定のＳＮＰ（例えばｒｓ１２９８９７６０、ｒｓ８０９９９１７、ｒｓ１２９８０２７５）の関連に関して、限定され、そして幾分矛盾するデータがある（Ｌａｍｐｅｒｔｉｃｏ  Ｐ．，  Ｖｉｇａｎｏ  Ｍ．，  Ｃｈｅｒｏｎｉ  Ｃ．ら，  ＩＬ２８Ｂ多型における遺伝子変異は、インターフェロン・アルファで治療された遺伝子型Ｄ、ＨＢｅＡｇ陰性患者におけるＨＢｓＡｇクリアランスを予測可能である，  ＡＡＳＬＤ  ２０１０；  Ｍａｎｇｉａ  Ａ．，  Ｓａｎｔｏｒｏ  Ｒ．，  Ｍｏｔｔｏｌａら，  ＩＬ２８Ｂ変異体およびインターフェロン治療後のＨＢｓＡｇクリアランスの間の関連の欠如，  ＥＡＳＬ  ２０１１；  ｄｅ  Ｎｉｅｔ  Ａ．，  Ｔａｋｋｅｎｂｅｒｇ  Ｒ．Ｂ．，  Ｂｅｎａｙｅｄ  Ｒ．ら，  ＩＬ２８Ｂにおける遺伝子変��、ならびにＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａおよびアデフォビルで治療したＨＢｅＡｇ陽性および陰性慢性Ｂ型肝炎患者における治療転帰，  Ｓｃａｎｄ．  Ｊ．  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．  ２０１２，  ４７：  ４７５−８１；  Ｓｏｎｎｅｖｅｌｄ  Ｍ．Ｊ．，  Ｗｏｎｇ  Ｖ．Ｗ．，  Ｗｏｌｔｍａｎ  Ａ．Ｍ．ら，  慢性Ｂ型肝炎を伴うＨＢｅＡｇ陽性患者における、ＩＬ２８Ｂ近傍の多型およびＰＥＧインターフェロンに対する血清学的反応，  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２０１２；  １４２：  ５１３−５２０）。
【００１０】
ＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、慢性Ｃ型肝炎におけるＰＥＧ化インターフェロン（ｐｅｇ−ＩＦＮ）に基づく療法に対する反応を予測する。Ｈｏｌｍｅｓらは、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型が、主にアジア系であるＣＨＢコホートにおいて、ｐｅｇ−ＩＦＮ治療転帰と関連するかどうかを調べた。ＩＬ２８Ｂ遺伝子型を９６人の患者に関して決定した（Ｈｏｌｍｅｓら，  ＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、ＰＥＧ化インターフェロン−アルファで治療したアジア系慢性Ｂ型肝炎患者における治療転帰を予測するためには有用でない，  Ｊ．  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．  Ｈｅｐａｔｏｌ．，  ２０１３，  ２８（５）：  ８６１−６）。８８％がアジア系であり、６２％がＨＢｅＡｇ陽性であり、そして１３％がＭＥＴＡＶＩＲ段階Ｆ３−４であった。追跡調査期間中央値は３９．３ヶ月であった。大部分の患者は、ＣＣ  ＩＬ２８Ｂ遺伝子型を所持した（８４％）。ＩＬ２８Ｂ遺伝子型は、ＨＢｅＡｇ状態にしたがっては異ならなかった。一次エンドポイントは、ＨＢｅＡｇ陽性患者の２７％およびＨＢｅＡｇ陰性患者の６１％で達成された。ＩＬ−２８Ｂ遺伝子型および一次エンドポイントの間には、いずれの群でも関連はなかった。さらに、ＨＢｅＡｇ喪失のみ、ＨＢｓＡｇ喪失、ＡＬＴ正常化または治療中のＨＢＶ  ＤＮＡレベルには、ＩＬ２８Ｂ遺伝子型による相違はまったくなかった。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】Ｄｉｅｎｓｔａｇ  Ｊ．Ｌ．，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００８；  ３５９：  １４８６−１５００
【非特許文献２】ＷＨＯ概況報告書第２０４号；  ２００８年８月改訂
【非特許文献３】Ｍｕｌｌｅｒ  Ｕ．，  Ｓｔｅｉｎｈｏｆｆ  Ｕ．，  Ｒｅｉｓ  Ｌ．Ｆ．ら，  Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９９４；  ２６４：  １９１８−２１
【非特許文献４】Ｍａｒｃｅｌｌｉｎ  Ｐ．，  Ｌａｕ  Ｇ．Ｋ．，  Ｂｏｎｉｎｏ  Ｆ．ら，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００４；  ３５１：  １２０６−１７
【非特許文献５】Ｌａｕ  Ｇ．Ｋ．，  Ｐｉｒａｔｖｉｓｕｔｈ  Ｔ，．  Ｌｕｏ  Ｋ．Ｘ．ら，  Ｎ．  Ｅｎｇｌ．  Ｊ．  Ｍｅｄ．  ２００５；  ３５２：  ２６８２−９５
【非特許文献６】Ｌｉ  Ｗ．Ｃ．，  Ｗａｎｇ  Ｍ．Ｒ．，  Ｋｏｎｇ  Ｌ．Ｂ．ら，  ＢＭＣ  Ｉｎｆｅｃｔ．  Ｄｉｓ．  ２０１１；  １１：  １６５−１７７
【非特許文献７】Ｌｉａｗ  Ｙ．Ｆ．，  Ｊｉａ  Ｊ．Ｄ．，  Ｃｈａｎ  Ｈ．Ｌ．ら，，  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２０１１；  ５４：  １５９１−９
【非特許文献８】Ｋａｍａｔａｎｉ  Ｙ．，  Ｗａｔｔａｎａｐｏｋａｙａｋｉｔ  Ｓ．，  Ｏｃｈｉ  Ｈ．ら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  ５９１−５９５
【非特許文献９】Ｇｕｏ  Ｘ．，  Ｚｈａｎｇ  Ｙ．，  Ｌｉ  Ｊ．ら，  Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ  ２０１１；  ５３：  ４２２−８
【非特許文献１０】Ｎｉｓｈｉｄａ  Ｎ．，  Ｓａｗａｉ  Ｈ．，  Ｍａｔｓｕｕｒａ  Ｋ．ら，  ＰＬｏｓ  Ｏｎｅ  ２０１２；  ７：  ｅ３９１７５
【非特許文献１１】Ｍｂａｒｅｋ  Ｈ．，  Ｏｃｈｉ  Ｈ．，  Ｕｒａｂｅ  Ｙ．ら，  Ｈｕｍ．  Ｍｏｌ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２０１１；  ２０：  ３８８４−９２
【非特許文献１２】Ｇｅ  Ｄ．，  Ｆｅｌｌａｙ  Ｊ．，  Ｔｈｏｍｐｓｏｎ  Ａ．Ｊ．ら，  Ｎａｔｕｒｅ  ２００９；  ４６１：  ３９９−４０１
【非特許文献１３】Ｔａｎａｋａ  Ｙ．，  Ｎｉｓｈｉｄａ  Ｎ．，  Ｓｕｇｉｙａｍａ  Ｍ．ら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  １１０５−９
【非特許文献１４】Ｓｕｐｐｉａｈ  Ｖ．，  Ｍｏｌｄｏｖａｎ  Ｍ．，  Ａｈｌｅｎｓｔｉｅｌ  Ｇ．ら，  Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２００９；  ４１：  １１００−４
【非特許文献１５】Ｌａｍｐｅｒｔｉｃｏ  Ｐ．，  Ｖｉｇａｎｏ  Ｍ．，  Ｃｈｅｒｏｎｉ  Ｃ．ら，  ＡＡＳＬＤ  ２０１０
【非特許文献１６】Ｍａｎｇｉａ  Ａ．，  Ｓａｎｔｏｒｏ  Ｒ．，  Ｍｏｔｔｏｌａら，  ＥＡＳＬ  ２０１１
【非特許文献１７】ｄｅ  Ｎｉｅｔ  Ａ．，  Ｔａｋｋｅｎｂｅｒｇ  Ｒ．Ｂ．，  Ｂｅｎａｙｅｄ  Ｒ．ら，  Ｓｃａｎｄ．  Ｊ．  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．  ２０１２，  ４７：  ４７５−８１
【非特許文献１８】Ｓｏｎｎｅｖｅｌｄ  Ｍ．Ｊ．，  Ｗｏｎｇ  Ｖ．Ｗ．，  Ｗｏｌｔｍａｎ  Ａ．Ｍ．ら，  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  ２０１２；  １４２：  ５１３−５２０
【非特許文献１９】Ｈｏｌｍｅｓら，  Ｊ．  Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．  Ｈｅｐａｔｏｌ．，  ２０１３，  ２８（５）：  ８６１−６
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
Ｐｅｇ−ＩＦＮで治療され、そして限定的な臨床転帰を有するＣＨＢ患者における全血試料収集で、宿主遺伝的因子が、治療反応およびＨＢＶ疾患生物学にどのように影響を及ぼすかが機構的に理解できれば、Ｐｅｇ−ＩＦＮ治療に反応する可能性が高い患者を同定する将来の臨床診療に、そして新規ＨＢＶ医薬の開発に、非常に有益であろうことが正当化される。
【課題を解決するための手段】
【００１３】
発明の概要
本発明は、抗ＨＢＶ剤、例えばインターフェロンでの抗ＨＢＶ治療に反応するであろう患者を同定するための方法を提供する。
【００１４】
本発明の１つの態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ療法での治療から利益を受ける可能性がある患者を同定する方法であって：患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療での治療から利益を受ける可能性があることを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００１５】
本発明のさらなる態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する方法であって：患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が抗ＨＢＶ治療での治療に反応性である可能性がより高いことを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００１６】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染した患者が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療による利益を示すであろう可能性を決定するための方法であって：患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００１７】
本発明のさらに別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の療法的有効性を最適化するための方法であって：患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００１８】
本発明のさらなる態様は、患者においてＨＢＶ感染を治療するための方法であって：（ｉ）患者から得た試料において、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおけるｒｓ７６３３７９６での少なくとも１つのＡアレルの存在を決定し、そして（ｉｉ）前記患者に、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の有効量を投与し、それによってＨＢＶ感染を治療する工程を含む、前記方法を提供する。
【００１９】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染したＨＢｅ陽性患者の、インターフェロン治療に対する、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）を予測するための方法であって：（ｉ）前記ヒト被験体由来の試料を提供し、３番染色体上の遺伝子ＣＡＤＰＳにおける一塩基多型の存在を検出し、そして（ｉｉ）ｒｓ７６３３７９６で少なくとも１つのＡアレルが存在する場合、前記患者が、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）として測定される、インターフェロン治療に対する高い反応率を有することを決定する工程を含む、前記方法を提供する。
【００２０】
本発明の別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ療法での治療から利益を受ける可能性がある患者を同定する方法であって：患者から得た試料において、１３番染色体上の遺伝子ＡＲＨＧＥＦ７における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１２５８４５５０での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療での治療から利益を受ける可能性があることを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００２１】
本発明のさらなる態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する方法であって：患者から得た試料において、１３番染色体上の遺伝子ＡＲＨＧＥＦ７における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１２５８４５５０での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が抗ＨＢＶ治療での治療に反応性である可能性がより高いことを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００２２】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染した患者が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療による利益を示すであろう可能性を決定するための方法であって：患者から得た試料において、１３番染色体上の遺伝子ＡＲＨＧＥＦ７における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１２５８４５５０での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００２３】
本発明のさらに別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の療法的有効性を最適化するための方法であって：患者から得た試料において、１３番染色体上の遺伝子ＡＲＨＧＥＦ７における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１２５８４５５０での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００２４】
本発明のさらなる態様は、患者においてＨＢＶ感染を治療するための方法であって：（ｉ）患者から得た試料において、１３番染色体上の遺伝子ＡＲＨＧＥＦ７におけるｒｓ１２５８４５５０での少なくとも１つのＡアレルの存在を決定し、そして（ｉｉ）前記患者に、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の有効量を投与し、それによってＨＢＶ感染を治療する工程を含む、前記方法を提供する。
【００２５】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染したＨＢｅ陽性患者の、インターフェロン治療に対する、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）を予測するための方法であって：（ｉ）前記ヒト被験体由来の試料を提供し、１３番染色体上の遺伝子ＡＲＨＧＥＦ７における一塩基多型の存在を検出し、そして（ｉｉ）ｒｓ１２５８４５５０で少なくとも１つのＡアレルが存在する場合、前記患者が、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）として測定される、インターフェロン治療に対する高い反応率を有することを決定する工程を含む、前記方法を提供する。
【００２６】
本発明の別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ療法での治療から利益を受ける可能性がある患者を同定する方法であって：患者から得た試料において、１０番染色体上の遺伝子ＤＯＣＫ１における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１０７６５１０１での少なくとも１つのＣアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療での治療から利益を受ける可能性があることを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００２７】
本発明のさらなる態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する方法であって：患者から得た試料において、１０番染色体上の遺伝子ＤＯＣＫ１における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１０７６５１０１での少なくとも１つのＣアレルの存在は、患者が抗ＨＢＶ治療での治療に反応性である可能性がより高いことを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００２８】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染した患者が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療による利益を示すであろう可能性を決定するための方法であって：患者から得た試料において、１０番染色体上の遺伝子ＤＯＣＫ１における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１０７６５１０１での少なくとも１つのＣアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００２９】
本発明のさらに別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の療法的有効性を最適化するための方法であって：患者から得た試料において、１０番染色体上の遺伝子ＤＯＣＫ１における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１０７６５１０１での少なくとも１つのＣアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００３０】
本発明のさらなる態様は、患者においてＨＢＶ感染を治療するための方法であって：（ｉ）患者から得た試料において、１０番染色体上の遺伝子ＤＯＣＫ１におけるｒｓ１０７６５１０１での少なくとも１つのＣアレルの存在を決定し、そして（ｉｉ）前記患者に、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の有効量を投与し、それによってＨＢＶ感染を治療する工程を含む、前記方法を提供する。
【００３１】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染したＨＢｅ陽性患者の、インターフェロン治療に対する、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）を予測するための方法であって：（ｉ）前記ヒト被験体由来の試料を提供し、１０番染色体上の遺伝子ＤＯＣＫ１における一塩基多型の存在を検出し、そして（ｉｉ）ｒｓ１０７６５１０１で少なくとも１つのＣアレルが存在する場合、前記患者が、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）として測定される、インターフェロン治療に対する高い反応率を有することを決定する工程を含む、前記方法を提供する。
【００３２】
本発明の別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ療法での治療から利益を受ける可能性がある患者を同定する方法であって：患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＹＮＪ１における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１０４７０１６５での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療での治療から利益を受ける可能性があることを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００３３】
本発明のさらなる態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する方法であって：患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＹＮＪ１における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１０４７０１６５での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が抗ＨＢＶ治療での治療に反応性である可能性がより高いことを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００３４】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染した患者が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療による利益を示すであろう可能性を決定するための方法であって：患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＹＮＪ１における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１０４７０１６５での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００３５】
本発明のさらに別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の療法的有効性を最適化するための方法であって：患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＹＮＪ１における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ１０４７０１６５での少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００３６】
本発明のさらなる態様は、患者においてＨＢＶ感染を治療するための方法であって：（ｉ）患者から得た試料において、２１番染色体上の遺伝子ＳＹＮＪ１におけるｒｓ１０４７０１６５での少なくとも１つのＧアレルの存在を決定し、そして（ｉｉ）前記患者に、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の有効量を投与し、それによってＨＢＶ感染を治療する工程を含む、前記方法を提供する。
【００３７】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染したＨＢｅ陽性患者の、インターフェロン治療に対する、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）を予測するための方法であって：（ｉ）前記ヒト被験体由来の試料を提供し、２１番染色体上の遺伝子ＳＹＮＪ１における一塩基多型の存在を検出し、そして（ｉｉ）ｒｓ１０４７０１６５で少なくとも１つのＧアレルが存在する場合、前記患者が、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）として測定される、インターフェロン治療に対する高い反応率を有することを決定する工程を含む、前記方法を提供する。
【００３８】
本発明の別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ療法での治療から利益を受ける可能性がある患者を同定する方法であって：患者から得た試料において、７番染色体上の遺伝子ＥＧＦＲにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ８４５５６２での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療での治療から利益を受ける可能性があることを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００３９】
本発明のさらなる態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する方法であって：患者から得た試料において、７番染色体上の遺伝子ＥＧＦＲにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ８４５５６２での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が抗ＨＢＶ治療での治療に反応性である可能性がより高いことを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００４０】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染した患者が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療による利益を示すであろう可能性を決定するための方法であって：患者から得た試料において、７番染色体上の遺伝子ＥＧＦＲにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ８４５５６２での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００４１】
本発明のさらに別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の療法的有効性を最適化するための方法であって：患者から得た試料において、７番染色体上の遺伝子ＥＧＦＲにおける一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ８４５５６２での少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００４２】
本発明のさらなる態様は、患者においてＨＢＶ感染を治療するための方法であって：（ｉ）患者から得た試料において、７番染色体上の遺伝子ＥＧＦＲにおけるｒｓ８４５５６２での少なくとも１つのＡアレルの存在を決定し、そして（ｉｉ）前記患者に、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の有効量を投与し、それによってＨＢＶ感染を治療する工程を含む、前記方法を提供する。
【００４３】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染したＨＢｅ陽性患者の、インターフェロン治療に対する、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）を予測するための方法であって：（ｉ）前記ヒト被験体由来の試料を提供し、７番染色体上の遺伝子ＥＧＦＲにおける一塩基多型の存在を検出し、そして（ｉｉ）ｒｓ８４５５６２で少なくとも１つのＡアレルが存在する場合、前記患者が、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）として測定される、インターフェロン治療に対する高い反応率を有することを決定する工程を含む、前記方法を提供する。
【００４４】
本発明の別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ療法での治療から利益を受ける可能性がある患者を同定する方法であって：患者から得た試料において、１番染色体上の遺伝子ＨＳＰＧ２における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ４６５４７７１での少なくとも１つのＧアレル（主要アレル）の存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療での治療から利益を受ける可能性があることを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００４５】
本発明のさらなる態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する方法であって：患者から得た試料において、１番染色体上の遺伝子ＨＳＰＧ２における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ４６５４７７１での少なくとも１つのＧアレル（主要アレル）の存在は、患者が抗ＨＢＶ治療での治療に反応性である可能性がより高いことを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００４６】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染した患者が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療による利益を示すであろう可能性を決定するための方法であって：患者から得た試料において、１番染色体上の遺伝子ＨＳＰＧ２における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ４６５４７７１での少なくとも１つのＧアレル（主要アレル）の存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００４７】
本発明のさらに別の態様は、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の療法的有効性を最適化するための方法であって：患者から得た試料において、１番染色体上の遺伝子ＨＳＰＧ２における一塩基多型の存在を決定する、ここで、ｒｓ４６５４７７１での少なくとも１つのＧアレル（主要アレル）の存在は、患者が、抗ＨＢＶ治療による利益の増加した可能性を有することを示す工程を含む、前記方法を提供する。
【００４８】
本発明のさらなる態様は、患者においてＨＢＶ感染を治療するための方法であって：（ｉ）患者から得た試料において、１番染色体上の遺伝子ＨＳＰＧ２におけるｒｓ４６５４７７１での少なくとも１つのＧアレル（主要アレル）の存在を決定し、そして（ｉｉ）前記患者に、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療の有効量を投与し、それによってＨＢＶ感染を治療する工程を含む、前記方法を提供する。
【００４９】
本発明のさらに別の態様は、ＨＢＶに感染したＨＢｅ陽性患者の、インターフェロン治療に対する、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）を予測するための方法であって：（ｉ）前記ヒト被験体由来の試料を提供し、１番染色体上の遺伝子ＨＳＰＧ２における一塩基多型の存在を検出し、そして（ｉｉ）ｒｓ４６５４７７１で少なくとも１つのＧアレル（主要アレル）が存在する場合、前記患者が、治療の＞＝２４週追跡調査でのＨＢｅＡｇ血清変換およびＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ（反応者対非反応者）として測定される、インターフェロン治療に対する高い反応率を有することを決定する工程を含む、前記方法を提供する。
【００５０】
本発明の別の態様は、インターフェロンを含む、抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する多型シグネチャーであって、以下の一塩基多型（ＳＮＰ）、ｒｓ２９７０４７１、ｒｓ４１４２７３４、ｒｓ１０８２４８７５、ｒｓ９５６７８６７、ｒｓ２５４２９４３、ｒｓ６０４２４１、ｒｓ４８９９１５０、ｒｓ５０８６３６、ｒｓ１２６２６２４２、ｒｓ７６３３７９６、ｒｓ７９４７９５０、ｒｓ１２５８４５５０、ｒｓ１０７６５１０１、ｒｓ１２４３５９０８、ｒｓ８４５０２３、ｒｓ１２６２７４７８、ｒｓ１０４７０１６５、ｒｓ１８６７４７５、ｒｓ９８５６２９６、ｒｓ６７７６７０９、ｒｓ４６８４１７５、ｒｓ４６８５０６０、ｒｓ４５３９３４８、ｒｓ１３２９７１４４、ｒｓ１１０７２４７８、ｒｓ２６００１０、ｒｓ１３３９５９２５、ｒｓ８４５５６２、ｒｓ１２５６８５５９、ｒｓ１０１９３１２８、ｅｘｍ６８０２５１、ｒｓ４８４０９４６、ｒｓ４８４０９４７、ｅｘｍ６８０２０７、ｒｓ９２８８６８５、ｒｓ９３２２４６７、ｒｓ６７３３３５２、ｒｓ７６３３１４７、ｒｓ９４３１７２、ｒｓ４３４８７２３、ｒｓ６４２８６７７、ｒｓ４６５４７７１、ｒｓ２５００４９９、ｒｓ４８４０９３９、ｒｓ１０４９４３２３、ｅｘｍ−ｒｓ４１３３２８９、ｅｘｍ−ｒｓ１０４８９８４９、ｅｘｍ１１４２９７、ｒｓ１０４８９８４９、ｒｓ１７４０３６９２、ｒｓ２６６２６０５、ｒｓ１７０９４４３０、ｒｓ１１１１０９８２、ｒｓ１１１７７６７３、およびｒｓ７３６４５２の少なくとも１つの存在または非存在を決定する工程を含み、これらのＳＮＰの少なくとも１つの存在が、インターフェロンを含む抗ＨＢＶ治療での治療に対する、ＨＢＶ感染を患う患者の反応性を予測する、前記シグネチャーを提供する。
【００５１】
いくつかの態様において、インターフェロンは、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａ、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ｂ、インターフェロン・アルファ−２ａおよびインターフェロン・アルファ−２ｂの群より選択される。
【００５２】
いくつかの態様において、インターフェロンは、式：
【００５３】
【化１】
2018500903.tif 000002
【００５４】
式中、ＲおよびＲ’はメチルであり、ＸはＮＨであり、そしてｎおよびｎ’は個々にまたはともに４２０または５２０のいずれかである
を有する、ＰＥＧインターフェロン・アルファ−２ａコンジュゲートである。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】ＧＷＡＳマーカーセット中の染色体によるマーカー数の棒グラフ。９２５，３７１マーカーのうち、１，００３マーカーは、ゲノム位置が未知であるため、プロットされなかった。
【図２】祖先分析のためのスクリープロット。
【図３】ＨａｐＭａｐ個体のみに関する祖先の最初の２つの主成分。集団コードは表３に列挙する通りである。
【図４】ＨａｐＭａｐ個体に関する祖先の最初の２つの主成分；集団群にしたがって着色（表３）。重ね合わせたのは、ＰＧｘ−ＣＮ−中間１に取り込まれるであろう患者（黒十字）およびＰＧｘ−非ＣＮ−中間１に取り込まれるであろう患者（灰色の十字）である。
【図５】エンドポイント１に関するマンハッタンプロット。
【図６】エンドポイント１に関するＱＱプロット。
【図７】エンドポイント２に関するマンハッタンプロット。
【図８】エンドポイント２に関するＱＱプロット。
【図９】エンドポイント３に関するマンハッタンプロット。
【図１０】エンドポイント３に関するＱＱプロット。
【図１１】エンドポイント４に関するマンハッタンプロット。
【図１２】エンドポイント４に関するＱＱプロット。
【図１３】エンドポイント５に関するマンハッタンプロット。
【図１４】エンドポイント５に関するＱＱプロット。
【図１５】エンドポイント６に関するマンハッタンプロット。
【図１６】エンドポイント６に関するＱＱプロット。
【図１７】Ｐｅｇａｓｙｓに反応して示唆的レベルで関連する遺伝子間の相互作用。
【発明を実施するための形態】
【００５６】
発明の詳細な説明
定義
本発明の理解を容易にするため、いくつかの用語を以下に定義する。本明細書に定義する用語は、本発明が関連する分野の一般的な当業者によって一般的に理解されるような意味を有する。「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」のような用語は、単数形の実体のみを指すようには意図されず、特定の例を例示のために使用可能な一般的なクラスを含む。本明細書の用語を用いて、本発明の特定の態様を記載するが、その使用は、請求項に概略されるようなものを除いて、本発明の限界を定めない。
【００５７】
用語「試料」または「生物学的試料」は、限定されるわけではないが、例えば、組織生検、血漿、血清、全血、脊髄液、リンパ液、皮膚の外部部分、呼吸管、腸管および泌尿生殖器管、涙、唾液、ミルク、血球、腫瘍、臓器を含む、個体から単離される組織または体液の試料を指す。やはり含まれるのは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞培養構成要素の試料（限定されるわけではないが、培地中の細胞増殖から生じる馴化培地、ウイルスに感染したと推定される細胞、組換え細胞、および細胞構成要素を含む）である。
【００５８】
用語「インターフェロン」および「インターフェロン−アルファ」は、本明細書において交換可能に用いられ、そしてウイルス複製および細胞増殖を阻害し、そして免疫反応を調節する、非常に相同な種特異的タンパク質のファミリーを指す。典型的な適切なインターフェロンには、限定されるわけではないが、組換えインターフェロン・アルファ−２ｂ、例えばＳｃｈｅｒｉｎｇ社、ニュージャージー州ケニルワースから入手可能なＩｎｔｒｏｎ（登録商標）Ａインターフェロン、組換えインターフェロン・アルファ−２ａ、例えばＨｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ  Ｒｏｃｈｅ、ニュージャージー州ナットレーより入手可能なＲｏｆｅｒｏｎ（登録商標）−Ａインターフェロン、組換えインターフェロン・アルファ−２Ｃ、例えばＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒ  Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ，  Ｉｎｃ．、コネチカット州リッジフィールドより入手可能なＢｅｒｏｆｏｒ（登録商標）アルファ２インターフェロン、天然アルファ・インターフェロンの精製ブレンドであるインターフェロン・アルファ−ｎ１、例えば住友、日本より入手可能なＳｕｍｉｆｅｒｏｎ（登録商標）またはＧｌａｘｏ−Ｗｅｌｌｃｏｍｅ  Ｌｔｄ．、英国ロンドンより入手可能なＷｅｌｌｆｅｒｏｎ（登録商標）インターフェロン・アルファ−ｎ１（ＩＮＳ）、あるいはコンセンサス・アルファ・インターフェロン、例えば米国特許第４，８９７，４７１号および第４，６９５，６２３号（特にその実施例７、８または９）に記載されるもの、ならびにＡｍｇｅｎ，  Ｉｎｃ．、カリフォルニア州ニューベリーパークから入手可能な特定の産物、あるいはインターフェロン・アルファ−ｎ３、Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓによって作製され、そしてＡｌｆｅｒｏｎの商標名の下にＰｕｒｄｕｅ  Ｆｒｅｄｅｒｉｃｋ  Ｃｏ．、コネチカット州ノーウォークより入手可能な天然アルファ・インターフェロンの混合物が含まれる。インターフェロン・アルファ−２ａまたはアルファ−２ｂの使用が好ましい。インターフェロンには、以下に定義するようなＰＥＧ化インターフェロンが含まれることも可能である。
【００５９】
用語「ＰＥＧ化インターフェロン」、「ＰＥＧ化インターフェロン・アルファ」および「ＰＥＧインターフェロン」は、本明細書において交換可能に用いられ、そしてインターフェロン・アルファ、好ましくはインターフェロン・アルファ−２ａおよびアルファ−２ｂのポリエチレングリコール修飾コンジュゲートを意味する。典型的な適切なＰＥＧ化インターフェロン・アルファには、限定されるわけではないが、Ｐｅｇａｓｙｓ（登録商標）およびＰｅｇ−Ｉｎｔｒｏｎ（登録商標）が含まれる。
【００６０】
本明細書において、用語「アレル」および「アレル変異体」は、イントロン、エクソン、イントロン／エクソン接合部を含む遺伝子、ならびに遺伝子またはその部分に関連する３’および／または５’非翻訳領域の代替型を指す。一般的に、アレルは、相同染色体上の同じ遺伝子座または位を占める。被験体が遺伝子の２つの同一のアレルを有する場合、被験体は、遺伝子またはアレルに関してホモ接合性であると言われる。被験体が遺伝子の２つの異なるアレルを有する場合、被験体は、遺伝子に関してヘテロ接合性であると言われる。特定の遺伝子のアレルは、単一ヌクレオチド、または数ヌクレオチドで互いに異なることも可能であり、そしてヌクレオチドの置換、欠失、および挿入を含むことも可能である。
【００６１】
本明細書において、用語「多型」は、エクソンおよびイントロン、またはその部分（例えばアレル変異体）を含む、核酸の１つより多い型の共存を指す。少なくとも２つの異なる型、すなわち２つの異なるヌクレオチド配列がある遺伝子の部分は、遺伝子の多型領域と称される。多型領域は、単一ヌクレオチド、すなわち「一塩基多型」または「ＳＮＰ」であってもよく、その同一性は異なるアレルで異なる。多型領域はまた、数ヌクレオチドの長さであってもよい。
【００６２】
多型の検出のための多くの方法が知られ、そして本発明と組み合わせて使用可能である。一般的に、これらには、根底にある核酸配列中の１またはそれより多い突然変異を、直接（例えばｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）または間接的に（二次分子、例えばタンパク質配列またはタンパク質結合に対する変化を同定する）のいずれかで同定する工程が含まれる。
【００６３】
多型を検出するための１つの周知の方法は、突然変異または多型部位と重複し、そして突然変異または多型領域周囲の約５、１０、２０、２５、または３０ヌクレオチドを有するプローブを用いた、アレル特異的ハイブリダイゼーションである。キットにおいて使用するため、例えばアレル変異体、例えば一塩基多型に特異的にハイブリダイズ可能ないくつかのプローブを、ユーザーのために提供するか、あるいはさらに、固体支持体、例えばビーズまたはチップに付着させる。
【００６４】
略語
【００６５】
【表１−１】
2018500903.tif 000003
【実施例】
【００６６】
目的およびエンドポイント
目的は、慢性Ｂ型肝炎患者において、ＰＥＧＡＳＹＳ含有措置での治療に対する反応と関連する遺伝的変異体を決定することであった。
【００６７】
以下の主要エンドポイントを考慮した。
１．  ＨＢｅ陽性患者：＞＝２４週追跡調査でのＥ血清変換またはＳ喪失
２．  ＨＢｅ陽性患者：＞＝２４週追跡調査での（Ｅ血清変換に加えてＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ）またはＳ喪失
３．  ＨＢｅ陰性患者：＞＝２４週追跡調査でのＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌまたはＳ喪失
４．  ＨＢｅ陽性である場合、＞＝２４週追跡調査でのＥ血清変換またはＳ喪失、およびＨＢｅ陰性である場合、＞＝２４週追跡調査でのＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌまたはＳ喪失（１および３）
５．  ＨＢｅ陽性である場合、＞＝２４週追跡調査での（Ｅ血清変換に加えてＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ）またはＳ喪失、およびＨＢｅ陰性である場合、＞＝２４週追跡調査でのＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌまたはＳ喪失（２および３）
６．  ＞＝２４週追跡調査でのＳ喪失。すべてのエンドポイントおよびすべてのマーカーに関して、遺伝子型およびエンドポイントの間に関連がないとするヌル仮説を、関連が存在するという両側代替物に対して試験した。
【００６８】
研究設計
会社が出資した臨床試験由来のデータ、および一般診療ケアにおける患者由来のデータの累積メタ分析が進行中である。併せたデータは、最終分析で、少なくとも２４週間、Ｐｅｇａｓｙｓで、ヌクレオチド／ヌクレオシド類似体を伴いまたは伴わずに治療され、そして２４週間の追跡調査データが入手可能である最大１５００人の患者を含むであろう。
【００６９】
以下の試験／患者供給源を包含に関して考慮した：
・ＲＧＴ（ＭＬ２２２６６）
・Ｓ−Ｃｏｌｌａｔｅ（ＭＶ２２００９）
・ＳｏＮ（ＭＶ２２４３０）
・Ｓｗｉｔｃｈ（ＭＬ２２２６５）
・Ｃｏｍｂｏ
・Ｎｅｗ  Ｓｗｉｔｃｈ（ＭＬ２７９２８）
・ＮＥＥＤ
・ＰＥＧ．Ｂｅ．Ｌｉｖｅｒのイタリアコホート
・Ｔｅｅｒｈａ教授（タイ）：臨床診療患者および何人かのレガシーＰｈ３患者
・Ｈｏｎｇｆｅｉ  Ｚｈａｎｇ教授（中国・北京）：臨床診療患者および何人かのレガシーＰｈ３患者
・Ｙａｏ  Ｘｉｅ教授（中国・北京）：臨床診療患者
・Ｘｉｎ  Ｙｕｅ  Ｃｈｅｎ教授（中国・北京）：臨床診療患者
慢性Ｂ型肝炎を有する成人患者（男性または女性患者、≧１８歳）は、研究エントリーのため、以下の基準を満たさなければならない：
・Ｒｏｃｈｅ研究に以前登録され、そして慢性Ｂ型肝炎に関して、少なくとも２４週間、Ｐｅｇ−ＩＦＮ±ヌクレオシド類似体（ラミブジンまたはエンタカビル）またはＰｅｇ−ＩＦＮ±ヌクレオチド類似体（アデフォビル）で治療され、≧２４週間治療後追跡調査を伴う、あるいは；
・標準治療にしたがって、そして現在の製品概要（ＳＰＣ）／ローカルラベルにしたがって、慢性Ｂ型肝炎に関して一般診療においてＰｅｇ−ＩＦＮで治療され、ローカルラベルにより、Ｐｅｇ−ＩＦＮ療法に対する禁忌を持たず、そしてＰｅｇ−ＩＦＮで少なくとも２４週間治療されており、そして血液収集の時点で、≧２４週治療後反応が入手可能である。
【００７０】
・患者はＨＡＶ、ＨＣＶ、またはＨＩＶに感染していない
・患者の以下の医学的記録が入手可能でなければならない（病歴／進行中の研究データベースから、あるいは医学的診療ノートからのいずれか）：
・人口統計学データ（例えば年齢、性別、民族的起源）
・治療前ＨＢｅＡｇ状態、既知のまたは未知のＨＢＶ遺伝子型
・長期に渡る（例えば、ベースライン、治療中：１２週および２４週、治療後：２４週）、ＩＵ／ｍｌでのＰＣＲ試験による定量的ＨＢＶ  ＤＮＡ
・長期に渡る（例えば、ベースライン、治療中：１２週および２４週、治療後：２４週）定量的ＨＢｓＡｇ試験（入手不能な場合、定性的ＨＢｓＡｇ試験）および抗ＨＢｓ
・長期に渡る（例えば、ベースライン、治療中：１２週および２４週、治療後：２４週）血清ＡＬＴ
すべての患者は能動的措置を受けるであろうことが注目される。
【００７１】
分析集団
患者の大部分は中国出身であろう。統計分析の目的のため、４つの分析集団を以下のように定義した。
【００７２】
・ＰＧｘ−ＦＡＳは、少なくとも１つの遺伝子型を持つすべての患者である。
・ＰＧｘ−ＧＴは、その遺伝子データが品質検査を通過したＰＧｘ−ＦＡＳのサブセットである。
【００７３】
・ＰＧｘ−ＣＮは、これらが、ＨａｐＭａｐバージョン３由来のＣＨＢおよびＣＨＤ参照被験体とクラスター形成するという意味で、共通の遺伝的バックグラウンドを共有する、ＰＧｘ−ＧＴのサブセットである（以下を参照されたい）。
【００７４】
・ＰＧｘ−非ＣＮは、ＰＧｘ−ＣＮ内に属さない、ＰＧｘ−ＧＴの残りである。
分析の段階にしたがって、それぞれ、ＨＢｅ陽性およびＨＢｅ陰性サブセットを表すＨＢｅ陽性またはＨＢｅ陰性のように、そして中間１、・・・中間３、および最終のように、さらなる接尾辞が付随する。
【００７５】
遺伝子マーカー
ＧＷＡＳマーカーパネルは、７５０，０００  ＳＮＰマーカーより多く、そして２５０，０００エクソンマーカーより多くからなる、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＯｍｎｉＥｘｐｒｅｓｓＥｘｏｍｅマイクロアレイ（ｗｗｗ．ｉｌｌｕｍｉｎａ．ｃｏｍ）であった。品質検査を通過したマーカー群をＧＷＡＳマーカーセットと称する。
【００７６】
データ分析に関する一般的な配慮
ＧＷＡＳは仮説を含まない。補正されないｐ＜５ｘ１０−８を持つマーカーは、全ゲノムで有意であると見なされた。統計的検出力に関心があるため、多数のエンドポイントまたは多数の分析周期に関して、補正は行わなかった。
【００７７】
人口統計およびベースライン特性
以下の表１は、ＰＧｘ−ＦＡＳ−中間１における１３７人の患者の、そして別個に、現在のＰＧｘ−ＦＡＳ−中間２における６５３人の患者のベースラインおよび人口統計特性の簡単な要約を示す。現在の中間のメンバーは、年齢がより高齢である傾向があり、そして「東洋系」と自己申告する可能性ははるかに低いが、かなりの数が、現在、「アジア系」と自己申告することが注目された。
【００７８】
【表１−２】
2018500903.tif 000004
【００７９】
遺伝的データの分析
患者による品質検査
方法
任意の自己申告人種の６５３人の患者において、フィルタリングされていないＧＷＡＳデータに基づいて、以下の基準を評価した（ＰＧｘ−ＦＡＳ−中間２）。
【００８０】
・＜３０％ヘテロ接合性全ゲノム
・＜５％遺伝子型データ喪失
・Ｘ染色体データと一致する報告される性別
・別の試料との＜３０％遺伝子型一致
結果
すべての患者は、＜３０％の全ゲノムヘテロ接合性を示した。３人の患者、すなわち４３６０、８５２９および８０７６は、５％またはそれよりより多い遺伝子型喪失を有した。５０７６および８５５４に起因する２つの試料は、女性であると予期されたが、高レベルのＸ染色体ホモ接合性を示した。２つの対、すなわち６４５４および９８５０、ならびに９１１４および９１８０は、各対に関して、一等親血縁者であることが示され、喪失遺伝子型データがより高レベルである患者を考慮から排除した。
【００８１】
こうして、７人の患者がさらなる分析から排除され；彼らの詳細を以下の表２に提供する。遺伝的データが上記基準を満たす、残りの６４６人の患者を、ＰＧｘ−ＧＴ−中間２セットに取り込んだ。
【００８２】
【表２】
2018500903.tif 000005
【００８３】
マーカーによる品質検査
方法
喪失データに関してマーカーを評価した。５％より多い喪失データを持つものを、さらなる分析から排除した。
【００８４】
結果
第一の中間データのすべて、および第二の中間データのサブセットが、Ｈｕｍａｎ  Ｏｍｎｉ  Ｅｘｐｒｅｓｓ  Ｅｘｏｍｅ  ８ｖ１Ｂに由来し、一方、第二の中間データの大部分が、Ｈｕｍａｎ  Ｏｍｎｉ  Ｅｘｐｒｅｓｓ  Ｅｘｏｍｅ  ８ｖ１．２Ａに由来することが注目された。
【００８５】
メタ分析を実行するため、全体で＜５％喪失である、９２５，３７１マーカーの重複セットを、ＧＷＡＳマーカーセットに取り込んだ。染色体による分布を図１に示す。
現在の中間分析において、５％の頻度閾値を用いて、マーカーを稀または非稀と分類した。この方式で、総数３２３７８２のマーカーが稀と見なされ；６０１，５８９が非稀と見なされた。
【００８６】
祖先の多変数分析
主成分分析（ＰＣＡ）は、データセットの次元性を減少させるための技術である。これは、変数セットを、元来のセット中の情報の大部分に相当する無相関変数のより小さいセットに線形変換する（Ｄｕｎｔｅｍａｎ、１９８９）。現在の研究において、マーカー変数を、自己申告民族群分けに比較する主成分に変換した。目的は、関連試験のための準備において、相同遺伝子バックグラウンドを共有する個体クラスターを決定することであった。
【００８７】
中間分析１に関する統計報告に記載するように、祖先分析に適切な１３４，５７５のマーカーセットを得た。このセットのうち、中間２データにおいて、１３１，９２４が少なくとも５％の頻度を有した。したがって、１３１，９２４のマーカーを用いて、ＰＣＡを適用し、６４６人の研究個体および９８８人のＨａｐＭａｐ参照個体に渡って遺伝子型決定した（表３）。
【００８８】
【表３】
2018500903.tif 000006
【００８９】
図２は、分析のスクリープロットを示す。最高の固有値によって示される、情報の大部分は、祖先の最初の２つの主成分から得られ、続く成分からわずかな情報の獲得があった。
【００９０】
図３は、ＨａｐＭａｐ参照データのみに関するＰＣＡの結果を示す。この二次元提示において、４つのクラスターが可視である。上部左から時計回りに読むと、これらは：アフリカ起源（青／橙／桃／えび茶）、東南アジア（黄／青／緑）、メキシコ（深緑）および南アジア起源（灰色）、ならびに北欧および西欧（青／赤）である。
【００９１】
図４は、研究参加者を十字として重ね合わせた同じデータを示す。ＰＧｘ−ＣＮ−中間２に含まれる患者を黒十字で示し；ＰＧｘ−非ＣＮ−中間２に含まれる患者を灰色の十字で示す。最初の中間分析において観察されるように、ＰＧｘ−ＣＮ−中間２研究参加者は、参照セットよりも、個体の遺伝的により多様な群に相当する。研究参加者は、東南アジアの異なる国から集められたようである。
【００９２】
遺伝的分析目的のため、ＰＧｘ−ＣＮ−中間２は、したがって、中国および日本参照個体の周りのクラスターに属する３９０人の患者で構成された。プロットされた祖先がこのクラスターから明らかに離れている総数２５６の患者が、ＰＧｘ−非ＣＮ−中間２を構成した。
【００９３】
計画された各分析における患者の数を以下の表４に示す。先に言及したように、６つのエンドポイントは以下のように番号付けされる。
１．  ＨＢｅ陽性患者：＞＝２４週追跡調査でのＥ血清変換またはＳ喪失
２．  ＨＢｅ陽性患者：＞＝２４週追跡調査での（Ｅ血清変換に加えてＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ）またはＳ喪失
３．  ＨＢｅ陰性患者：＞＝２４週追跡調査でのＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌまたはＳ喪失
４．  ＨＢｅ陽性である場合、＞＝２４週追跡調査でのＥ血清変換またはＳ喪失、およびＨＢｅ陰性である場合、＞＝２４週追跡調査でのＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌまたはＳ喪失（１および３）
５．  ＨＢｅ陽性である場合、＞＝２４週追跡調査での（Ｅ血清変換に加えてＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌ）またはＳ喪失、およびＨＢｅ陰性である場合、＞＝２４週追跡調査でのＨＢＶ  ＤＮＡ＜２０００ＩＵ／ｍｌまたはＳ喪失（２および３）
６．  ＞＝２４週追跡調査でのＳ喪失。
【００９４】
２４人の患者がＨＢｅデータを持たず、したがってエンドポイント１〜５によって定義されるような反応は決定不能であったことが注目される。さらに、分析のうち６つ（各々は、遺伝の２つの仮定される様式の元に行われる）が、３０人の患者より少ない、少なくとも１つの群を含有し、そしてしたがって、情報的価値があるとは期待されなかった。
【００９５】
【表４】
2018500903.tif 000007
【００９６】
共変数の評価
全ゲノム関連分析のための共変数を決定するため、後退型段階的回帰を用いて、一連の変数を各エンドポイントとの関連に関して試験した。計画した関連分析にしたがって、エンドポイント１、および２に関する被験体セットはＰＧｘ−ＧＴ−ＨＢｅ陽性−中間２（ｎ＝３９１）であり；エンドポイント３に関する被験体セットはＰＧｘ−ＧＴ−ＨＢｅ−陰性−中間２（ｎ＝２３１）であり、そしてエンドポイント４、５および６に関する被験体セットは、ＰＧｘ−ＧＴ−中間２（ｎ＝６４６）のすべてのメンバーであった。赤池情報量規準（ＡＩＣ）に基づいて、後退型段階を行った。
【００９７】
完全モデルの共変数は以下の通りであった：年齢、性別、ベースラインＨＢＶ  ＤＮＡ、ベースラインＡＬＴ、ＨＢＶ遺伝子型、ヌクレオチド／ヌクレオシド類似体の同時使用、および研究。ＨＢｅ陽性およびＨＢｅ陰性群両方を含み、それとともに、妥当な反応者数を持つため、エンドポイント４および５に関して祖先の主成分を含めた。ベースラインＨＢＶおよびベースラインＡＬＴの両方を、対称性を改善するため、対数変換した。
【００９８】
表５〜１０は、エンドポイント１〜６に関して選択した共変数を示す。ベースラインＨＢＶ  ＤＮＡおよびベースラインＡＬＴは各々、６つのモデルのうち、５つで選択されたことがわかる。
【００９９】
【表５】
2018500903.tif 000008
【０１００】
【表６】
2018500903.tif 000009
【０１０１】
【表７】
2018500903.tif 000010
【０１０２】
【表８】
2018500903.tif 000011
【０１０３】
【表９】
2018500903.tif 000012
【０１０４】
【表１０】
2018500903.tif 000013
【０１０５】
単変数関連分析
方法
現在の中間分析が中程度の群数であったため、５％未満の頻度を有する場合、単一点関連分析からマーカーを排除した。残りの６０１，５８９マーカーを、以下のように２つの方法でコード化した。まず、マイナーアレルの計数によって提供される相加モデルにしたがってこれらをコード化した。次に、マイナーアレルの保因に基づき、遺伝の優性モデルにしたがってこれらをコード化した。
【０１０６】
３つの患者セットおよび６つのエンドポイントがあったため、各々２つの遺伝様式下で、３６周期の関連分析を行った。多変数ロジスティック回帰を用いて、以下のモデルが適合した：
エンドポイント＝切片＋［共変数］＋マーカー
上で選択するように、共変数を適用した（セクション８．４）。さらに、すべての分析において研究のための調整を適用し、そして祖先の最初の２つの主成分に関する調整を、ＰＧｘ−ＧＴ−中間２およびＰＧｘ−非ＣＮ−中間２のサブセットの分析に適用した。
【０１０７】
ｔ検定を用いて、各マーカーの有意性を決定した。各ＧＷＡＳ分析に関してゲノム対照ラムダを計算し、そしてＱＱープロットを調べたが、試験統計インフレーションの明らかな証拠はまったく見出されなかった（ＤｅｖｌｉｎおよびＲｏｅｄｅｒ  １９９９）。最大ラムダは１．０６であった。
【０１０８】
ＰＧｘ−ＧＴ−中間２、ＰＧｘ−非ＣＮ−中間２およびＰＧｘ−ＣＮ−中間２において、カイ二乗検定を用いて、ハーディ−ワインベルグ平衡（ＨＷＥ）からの逸脱に関して、すべてのマーカーを試験した。結果を用いて関連分析出力の解釈を補助した。以下の表にした結果において、マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）およびハーディー−ワインベルグ結果の両方を、祖先が定義された適切な患者群に関して示す。
【０１０９】
エンドポイント１に関する結果
図５および６は、それぞれ、エンドポイント１に関するマンハッタンプロットおよびＱＱプロットを示す。最初の４つのＱＱプロットは、４５度の線を辿り、ｐ値の分布がほぼ偶然によって予期される通りであることを示す。ＰＧｘ−非ＣＮ−ＨＢｅ−陽性−中間２に関するＱＱプロットはどちらも、４５度の線よりも下に沈み、統計的検出力が減少していることを示し；最後の２つのマンハッタンプロットは、対応して平坦である。これらの最後の２つの分析においては、わずか１２の反応者しかいないことが注目された。
【０１１０】
ｐ＜１０−５のマーカーの詳細を表１１〜１４に示す。ＰＧｘ−非ＣＮ−ＨＢｅ−陽性−中間２においては、どちらの遺伝様式下でも、ｐ＜１０−５を有するマーカーはなかった。
【０１１１】
【表１１】
2018500903.tif 000014
【０１１２】
【表１２】
2018500903.tif 000015
【０１１３】
【表１３】
2018500903.tif 000016
【０１１４】
【表１４】
2018500903.tif 000017
【０１１５】
エンドポイント２に関する結果
図７および８は、それぞれ、エンドポイント２に関するマンハッタンプロットおよびＱＱプロットを示す。ｐ＜１０−５を有するマーカーの詳細を表１５〜１８に示す。しかし、ＰＧｘ−非ＣＮ−ＨＢｅ−陽性−中間２においては、どちらの遺伝様式下でも、ｐ＜１０−５を有するマーカーはなく、この群では１１人の反応者しかいなかった。ＱＱプロットは、下方に曲がることが示され、そしてマンハッタンプロットは低下していた。
【０１１６】
【表１５】
2018500903.tif 000018
【０１１７】
【表１６】
2018500903.tif 000019
【０１１８】
【表１７】
2018500903.tif 000020
【０１１９】
【表１８】
2018500903.tif 000021
【０１２０】
エンドポイント３に関する結果
図９および１０は、それぞれ、エンドポイント３に関するマンハッタンプロットおよびＱＱプロットを示す。ｐ＜１０−５を有するマーカーの詳細を表１９〜２２に示す。しかし、ＰＧｘ−ＣＮ−ＨＢｅ−陰性−中間２においては、どちらの遺伝様式下でも、ｐ＜１０−５を有するマーカーはなく、この群では１６人の反応者しかいなかった。ＱＱプロットは、下方に曲がることが示され、そしてマンハッタンプロットは低下していた。
【０１２１】
【表１９】
2018500903.tif 000022
【０１２２】
【表２０】
2018500903.tif 000023
【０１２３】
【表２１】
2018500903.tif 000024
【０１２４】
【表２２】
2018500903.tif 000025
【０１２５】
エンドポイント４に関する結果
図１１および１２は、それぞれ、エンドポイント４に関するマンハッタンプロットおよびＱＱプロットを示す。ｐ＜１０−５を有するマーカーの詳細を表２３〜２８に示す。
【０１２６】
【表２３】
2018500903.tif 000026
【０１２７】
【表２４】
2018500903.tif 000027
【０１２８】
【表２５】
2018500903.tif 000028
【０１２９】
【表２６】
2018500903.tif 000029
【０１３０】
【表２７】
2018500903.tif 000030
【０１３１】
【表２８】
2018500903.tif 000031
【０１３２】
エンドポイント５に関する結果
図１３および１４は、それぞれ、エンドポイント５に関するマンハッタンプロットおよびＱＱプロットを示す。ｐ＜１０−５を有するマーカーの詳細を表２９〜３３に示す。
【０１３３】
【表２９】
2018500903.tif 000032
【０１３４】
【表３０】
2018500903.tif 000033
【０１３５】
【表３１】
2018500903.tif 000034
【０１３６】
【表３２】
2018500903.tif 000035
【０１３７】
【表３３】
2018500903.tif 000036
【０１３８】
エンドポイント６に関する結果
図１５および１６は、それぞれ、エンドポイント６に関するマンハッタンプロットおよびＱＱプロットを示す。ｐ＜１０−５を有するマーカーの詳細を表３４〜３７に示す。
【０１３９】
【表３４】
2018500903.tif 000037
【０１４０】
【表３５】
2018500903.tif 000038
【０１４１】
【表３６】
2018500903.tif 000039
【０１４２】
【表３７】
2018500903.tif 000040
【０１４３】
総数２３の遺伝子が示唆的レベルで関連付けられた（ｐ＜１０−５）。これらのうち、５つが、互いに緊密に、そしてグアニンと相互作用する（図１７）。問題の遺伝子は、ＡＲＨＧＥＦ７（Ｒｈｏグアニンヌクレオチド交換因子７）、ＤＯＣＫ１（サイトキネシス・デディケーター１）、ＨＳＰＧ２（ヘパラン硫酸プロテオグリカン２）、ＳＹＮＪ１（シナプトジャニン１）、およびＥＧＦＲ（上皮増殖因子）である。Ｂ型肝炎の治療において研究下にあるグアニンヌクレオシド類似体（Ｒｉｖｋｉｎ、２００７）およびＥＧＦＲが、Ｂ型肝炎ウイルスと相互作用することが示されていることが注目される（Ｍｅｎｚｏら、１９９３）。
【０１４４】
ソフトウェア
特注のパール・スクリプト（Ｗａｌｌら、１９９６）を用いて、データを再フォーマットし、祖先分析のためのマーカーを選択し、そして表を作成した。ＰＬＩＮＫバージョン１．０７（Ｐｕｒｃｅｌｌら、２００７）を用いて、遺伝的ＱＣ分析を行い、ＨａｐＭａｐデータと研究データを合併し、そして関連分析を行った。ＰＣＡのため、ＥＩＧＥＮＳＯＦＴ  ４．０（Ｐａｔｔｅｒｓｏｎら、２００６；Ｐｒｉｃｅら、２００６）を用いた。図の作成には、Ｒ、バージョン２．１５．２（Ｒ  Ｃｏｒｅ  Ｔｅａｍ、２０１２）を用いた。
【０１４５】
参考文献
【０１４６】
【化２−１】
2018500903.tif 000041
【０１４７】
【化２−２】
2018500903.tif 000042
【０１４８】
【化２−３】
2018500903.tif 000043
【０１４９】
本明細書に開示し、そして請求する組成物および／または方法はすべて、本開示を考慮して、過度の実験を伴わずに作製し、そして実行することが可能である。本発明の組成物および方法は、好ましい態様に関して記載されてきているが、当業者には、本発明の概念、精神および範囲から逸脱することなく、本明細書記載の組成物および／または方法に、そして方法の工程に、または工程順序に、変動を適用することも可能であることが明らかであろう。当業者に明らかであるすべてのこうした類似の置換および修飾は、付随する請求項に定義されるような、本発明の精神、範囲および概念内であると見なされる。
【図１】
2018500903.tif 000045
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
2018500903.tif 000049
【図６】
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【図７】
2018500903.tif 000051
【図８】
2018500903.tif 000052
【図９】
2018500903.tif 000053
【図１０】
2018500903.tif 000054
【図１１】
2018500903.tif 000055
【図１２】
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【図１３】
2018500903.tif 000057
【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
2018500903.tif 000061
【国際調査報告】
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