(57)【要約】  ブドウ糖耐性の被験体および不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善する方法を提供する。該方法は、該被験体にプロバイオティクス組成物または細菌種を特異的に低減させる薬剤を供給することを含むものである。【選択図】図10A
2018515564.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体に、表３により有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項２】
該被験体に、表３により有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項３】
該被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３により有益であるとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項４】
該被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３により有益でないとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項５】
表３により有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物。
【請求項６】
Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３により有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物。
【請求項７】
Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３により有益でないとカテゴリー分類された細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物。
【請求項８】
表３により有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の細菌数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物。
【請求項９】
該被験体に、表４により有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項１０】
該被験体に、表４により有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項１１】
該被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表４により有益であるとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項１２】
該被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表４により有益でないとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項１３】
表４により有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物。
【請求項１４】
Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表４により有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物。
【請求項１５】
Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表４により有益でないとカテゴリー分類された細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物。
【請求項１６】
表４により有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の細菌数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物。
【請求項１７】
該被験体に、表５により有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項１８】
該被験体に、表５により有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法。
【請求項１９】
表５により有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物。
【請求項２０】
表５により有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の細菌数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物。
【請求項２１】
ブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善する方法であって、該被験体に、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＡＲＴ５５／１ドラフト、ｖ乳酸産生菌ＳＳＣ／２、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ  ＸＢ６Ｂ４ドラフト、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  Ｖ１０Ｓｃ８ａドラフト、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ  ＤＳＭ  ２００８染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＳＲ１／５ドラフト、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ  Ｌ２−６３ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ  ＶＰＩ−５４８２染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ  ＡＴＣＣ  １５７０３染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ  Ａ２−１６２ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ  ＸＢ１Ａドラフト、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｕｃｃｉｎｉｆａｃｉｅｎｓ  ＤＳＭ  ２４８９染色体、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ  ＡＴＣＣ  ８４８２染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＨＳ１１２８６染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  ７０／３ドラフト、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ  ＢＧＮ４染色体、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ  ＡＴＣＣ  ３５０６１染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ  ＡＴＣＣ  ２７７５０染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ  Ｍ１０４／１ドラフト、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｈｙｐｅｒｍｅｇａｌｅ  ＡＲＴ１２／１ドラフト、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｍｉｎｉｓ  ＡＴＣＣ  ２７７８２染色体、大腸菌ＳＥ１５、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＭＧＡＳ２０９６染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｌｏｎｇｕｍ  Ｆ８ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＪＭ４５、大腸菌株「クローンＤ  ｉ２」染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  ＫＣＴＣ  １６８６染色体、Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｏｒｎｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃａ  Ｂ６、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｅｌｌａ  ｓｉｌｖｅｓｔｒｉｓ、Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ  ｃａｓｔｅｎｈｏｌｚｉｉおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｃｅｄｏｎｉｃｕｓからなる群より選択される少なくとも１種類の細菌種を含むプロバイオティクス組成物を供給し、該プロバイオティクス組成物は５０種より多くの細菌を含まず、それによりブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善することを含むものである、方法。
【請求項２２】
ブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善する方法であって、該被験体に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ  ＤＳＭ  １７２４２染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｉｌ１４０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ  ＵＣＣ２００３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ  ２００２０１７染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種である７Ｌ７６ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  Ｅ７１８染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＡＴＣＣ  １３０４７染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ  Ｕｏ５、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  Ｓｓ０４６染色体、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＧ  １８３１１染色体、大腸菌ＡＰＥＣ  Ｏ１染色体、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ  ４０９−０５染色体、大腸菌ＣＦＴ０７３染色体、大腸菌ＥＤ１ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ  ＥｃＷＳＵ１染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｓｂｕｒｉａｅ  ＬＦ７ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ株Ｓｙｍｂｉｏｆｌｏｒ  １、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を供給し、それによりブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善することを含む方法。
【請求項２３】
前記ブドウ糖不耐性の被験体が糖尿病の被験体または前糖尿病の被験体である、請求項２１または２２に記載の方法。
【請求項２４】
ブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持する方法であって、該被験体に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ  ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−８３５染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＭＧＨ  ７８５７８染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ＤＪＯ１０Ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＮＣＴＣ  ９３９４ドラフト、大腸菌株Ｋ−１２の亜株ＤＨ１０Ｂ染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＮＲＺ１０６６染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  ＳＬ３／３ドラフト、大腸菌Ｏ７：Ｋ１株ＣＥ１０染色体、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｅｌｌａ  ｓｉｌｖｅｓｔｒｉｓ、Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ  ｃａｓｔｅｎｈｏｌｚｉｉおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｃｅｄｏｎｉｃｕｓからなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を供給し、それによりブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持することを含む方法。
【請求項２５】
ブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持する方法であって、該被験体に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｖ９染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ  ＡＴＣＣ  ４９１５６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＭＮ−ＺＬＷ−００２染色体、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ  Ｌａ−１４、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される少なくとも１種類の細菌亜種を含むプロバイオティクス組成物を供給し、それによりブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持することを含み、該プロバイオティクス組成物は５０種より多くの細菌を含まないものである方法。
【請求項２６】
該被験体に細菌組成物を投与することを含む、被験体の健康を改善する方法であって、該組成物の細菌の大部分が、Ａｄｖｅｎｅｌｌａ、ＶｉｂｒｉｏおよびＢｒａｃｈｙｓｐｉｒａからなる群より選択される属のものである方法。
【請求項２７】
該被験体に、Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ、Ｆｅｒｒｉｍｏｎａｓ、Ｎａｕｔｉｌｉａ、ＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓおよびＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒからなる群より選択される属のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を投与することを含む、被験体の健康を改善する方法。
【請求項２８】
該被験体に、ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａおよびｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａからなる群より選択される門のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を投与することを含む、被験体の健康を改善する方法。
【請求項２９】
前記被験体が健常被験体である、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
前記被験体が代謝障害を有する、請求項２６〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記代謝障害が糖尿病または前糖尿病である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
プロバイオティクス組成物であって、該組成物の細菌の大部分がＡｄｖｅｎｅｌｌａ、Ｖｉｂｒｉｏおよび／またはＢｒａｃｈｙｓｐｉｒａ属の微生物であり、経直腸または経口投与のために製剤化されるプロバイオティクス組成物。
【請求項３３】
Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＡＲＴ５５／１ドラフト、ｖ乳酸産生菌ＳＳＣ／２、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ  ＸＢ６Ｂ４ドラフト、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  Ｖ１０Ｓｃ８ａドラフト、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ  ＤＳＭ  ２００８染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＳＲ１／５ドラフト、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ  Ｌ２−６３ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ  ＶＰＩ−５４８２染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ  ＡＴＣＣ  １５７０３染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ  Ａ２−１６２ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ  ＸＢ１Ａドラフト、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｕｃｃｉｎｉｆａｃｉｅｎｓ  ＤＳＭ  ２４８９染色体、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ  ＡＴＣＣ  ８４８２染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＨＳ１１２８６染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  ７０／３ドラフト、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ  ＢＧＮ４染色体、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ  ＡＴＣＣ  ３５０６１染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ  ＡＴＣＣ  ２７７５０染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ  Ｍ１０４／１ドラフト、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｈｙｐｅｒｍｅｇａｌｅ  ＡＲＴ１２／１ドラフト、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｍｉｎｉｓ  ＡＴＣＣ  ２７７８２染色体、大腸菌ＳＥ１５、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＭＧＡＳ２０９６染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｌｏｎｇｕｍ  Ｆ８ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＪＭ４５、大腸菌株「クローンＤ  ｉ２」染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  ＫＣＴＣ  １６８６染色体、Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｏｒｎｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃａ  Ｂ６、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される少なくとも２種類の微生物種を含み、５０種より多くの細菌を含むものでなく、経直腸または経口投与のために製剤化されるプロバイオティクス組成物。
【請求項３４】
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｖ９染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ  ＡＴＣＣ  ４９１５６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＭＮ−ＺＬＷ−００２染色体、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ  Ｌａ−１４、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される少なくとも２種類の細菌種を含み、５０種より多くの細菌を含むものでなく、経直腸または経口投与のために製剤化されるプロバイオティクス組成物。
【請求項３５】
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ  ＤＳＭ  １７２４２染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｉｌ１４０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ  ＵＣＣ２００３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ  ２００２０１７染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種である７Ｌ７６ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  Ｅ７１８染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＡＴＣＣ  １３０４７染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ  Ｕｏ５、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  Ｓｓ０４６染色体、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＧ  １８３１１染色体、大腸菌ＡＰＥＣ  Ｏ１染色体、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ  ４０９−０５染色体、大腸菌ＣＦＴ０７３染色体、大腸菌ＥＤ１ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ  ＥｃＷＳＵ１染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｓｂｕｒｉａｅ  ＬＦ７ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ株Ｓｙｍｂｉｏｆｌｏｒ  １、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される種からなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として、ならびに薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物。
【請求項３６】
Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ  ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−８３５染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＭＧＨ  ７８５７８染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ＤＪＯ１０Ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＮＣＴＣ  ９３９４ドラフト、大腸菌株Ｋ−１２の亜株ＤＨ１０Ｂ染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＮＲＺ１０６６染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  ＳＬ３／３ドラフト、大腸菌Ｏ７：Ｋ１株ＣＥ１０染色体、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｅｌｌａ  ｓｉｌｖｅｓｔｒｉｓ、Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ  ｃａｓｔｅｎｈｏｌｚｉｉおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｃｅｄｏｎｉｃｕｓからなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として、ならびに薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物。
【請求項３７】
Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ、Ｆｅｒｒｉｍｏｎａｓ、Ｎａｕｔｉｌｉａ、ＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓおよびＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒからなる群より選択される属のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として、ならびに薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物。
【請求項３８】
ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａおよびｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａからなる群より選択される門のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として、ならびに薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野および背景
本発明は、その一部の実施形態において、健常被験体および疾患被験体の両方における健康増進のためのプロバイオティクス組成物およびアンチバイオティクス組成物に関する。
【背景技術】
【０００２】
成人、小児および少年少女における肥満の広がりは、ここ３０年間で急速に増加し、増え続けている。肥満は、古典的には体脂肪割合または、より最近では、体重（Ｋｇ）を伸長（単位：メートル）の二乗で割り算した比と定義されるボディマス指数（ＢＭＩ）に基づいて規定される。
【０００３】
太りすぎおよび肥満は、多くの慢性老化疾患の発病リスクの増大と関連する。かかる共存症としては、２型の真性糖尿病、高血圧、冠状動脈性心臓疾患ならびに脂質異常症、胆石および胆嚢摘出、変形性関節症、がん（乳房、結腸、子宮内膜、前立腺および胆嚢の）ならびに睡眠時無呼吸が挙げられる。該疾患の重症度を低下させるカギは有効な減量であることが認識されている。約３０〜４０％が減量しようとしている、または減量を維持しようとしていると自称しているが、現在使用されている治療法は効果がないようである。加えて、食事制限、薬理学的管理および極端な場合は手術が、太りすぎや肥満の患者を処置するための補助療法として許可されている。薬物は副作用を有し、手術は、有効ではあるが思い切った措置であり、病的な肥満のために残しておく。
【０００４】
背景技術は、Ｉｖｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ  ６８，４４７−４５２（Ａｐｒｉｌ  ２０１４）に示されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ｉｖｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ  ６８，４４７−４５２（Ａｐｒｉｌ  ２０１４）
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
発明の概要
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、表３によると有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【０００７】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、表３によると有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【０００８】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３によると有益であるとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【０００９】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３によると有益でないとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【００１０】
本発明の一部の実施形態の一態様により、表３によると有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物を提供する。
【００１１】
本発明の一部の実施形態の一態様により、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３によると有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物を提供する。
【００１２】
本発明の一部の実施形態の一態様により、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３によると有益でないとカテゴリー分類された細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物を提供する。
【００１３】
本発明の一部の実施形態の一態様により、表３によると有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の細菌数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物を提供する。
【００１４】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、表４によると有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【００１５】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、表４によると有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【００１６】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表４によると有益であるとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【００１７】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表４によると有益でないとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【００１８】
本発明の一部の実施形態の一態様により、表４によると有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物を提供する。
【００１９】
本発明の一部の実施形態の一態様により、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表４によると有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物を提供する。
【００２０】
本発明の一部の実施形態の一態様により、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表４によると有益でないとカテゴリー分類された細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物を提供する。
【００２１】
本発明の一部の実施形態の一態様により、表４によると有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の細菌数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物を提供する。
【００２２】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、表５によると有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【００２３】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、表５によると有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【００２４】
本発明の一部の実施形態の一態様により、表５によると有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌のうちの少なくとも２種類の細菌を含むプロバイオティクス組成物を提供する。
【００２５】
本発明の一部の実施形態の一態様により、表５によると有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の細菌数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として含む医薬組成物を提供する。
【００２６】
本発明の一部の実施形態の一態様により、ブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善する方法であって、該被験体に、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＡＲＴ５５／１ドラフト（ｄｒａｆｔ）、ｖ乳酸（Ｂｕｔｙｒａｔｅ）産生菌ＳＳＣ／２、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ  ＸＢ６Ｂ４ドラフト、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  Ｖ１０Ｓｃ８ａドラフト、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ  ＤＳＭ  ２００８染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＳＲ１／５ドラフト、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ  Ｌ２−６３ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ  ＶＰＩ−５４８２染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ  ＡＴＣＣ  １５７０３染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ  Ａ２−１６２ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ  ＸＢ１Ａドラフト、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｕｃｃｉｎｉｆａｃｉｅｎｓ  ＤＳＭ  ２４８９染色体、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ  ＡＴＣＣ  ８４８２染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＨＳ１１２８６染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  ７０／３ドラフト、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ  ＢＧＮ４染色体、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ  ＡＴＣＣ  ３５０６１染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ  ＡＴＣＣ  ２７７５０染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ  Ｍ１０４／１ドラフト、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｈｙｐｅｒｍｅｇａｌｅ  ＡＲＴ１２／１ドラフト、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｍｉｎｉｓ  ＡＴＣＣ  ２７７８２染色体、大腸菌ＳＥ１５、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＭＧＡＳ２０９６染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｌｏｎｇｕｍ  Ｆ８ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＪＭ４５、大腸菌株「クローンＤ  ｉ２」染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  ＫＣＴＣ  １６８６染色体、Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｏｒｎｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃａ  Ｂ６、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｅｌｌａ  ｓｉｌｖｅｓｔｒｉｓ、Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ  ｃａｓｔｅｎｈｏｌｚｉｉおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｃｅｄｏｎｉｃｕｓからなる群より選択される少なくとも１種類の細菌種を含むプロバイオティクス組成物を供給し、該プロバイオティクス組成物は５０種より多くの細菌を含まず、それによりブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善することを含むものである方法を提供する。
【００２７】
本発明の一部の実施形態の一態様により、ブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善する方法であって、該被験体に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ  ＤＳＭ  １７２４２染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｉｌ１４０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ  ＵＣＣ２００３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ  ２００２０１７染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種である７Ｌ７６ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  Ｅ７１８染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＡＴＣＣ  １３０４７染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ  Ｕｏ５、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  Ｓｓ０４６染色体、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＧ  １８３１１染色体、大腸菌ＡＰＥＣ  Ｏ１染色体、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ  ４０９−０５染色体、大腸菌ＣＦＴ０７３染色体、大腸菌ＥＤ１ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ  ＥｃＷＳＵ１染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｓｂｕｒｉａｅ  ＬＦ７ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ株Ｓｙｍｂｉｏｆｌｏｒ  １、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を供給し、それによりブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善することを含む方法を提供する。
【００２８】
本発明の一部の実施形態の一態様により、ブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持する方法であって、該被験体に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ  ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−８３５染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＭＧＨ  ７８５７８染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ＤＪＯ１０Ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＮＣＴＣ  ９３９４ドラフト、大腸菌株Ｋ−１２の亜株ＤＨ１０Ｂ染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＮＲＺ１０６６染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  ＳＬ３／３ドラフト、大腸菌Ｏ７：Ｋ１株ＣＥ１０染色体、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｅｌｌａ  ｓｉｌｖｅｓｔｒｉｓ、Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ  ｃａｓｔｅｎｈｏｌｚｉｉおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｃｅｄｏｎｉｃｕｓからなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を供給し、それによりブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持することを含む方法を提供する。
【００２９】
本発明の一部の実施形態の一態様により、ブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持する方法であって、該被験体に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｖ９染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ  ＡＴＣＣ  ４９１５６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＭＮ−ＺＬＷ−００２染色体、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ  Ｌａ−１４、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される少なくとも１種類の細菌亜種を含むプロバイオティクス組成物を供給し、それによりブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持することを含み、該プロバイオティクス組成物は５０種より多くの細菌を含まないものである方法を提供する。
【００３０】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に細菌組成物を投与することを含む、被験体の健康を改善する方法であって、該組成物の細菌の大部分が、Ａｄｖｅｎｅｌｌａ、ＶｉｂｒｉｏおよびＢｒａｃｈｙｓｐｉｒａからなる群より選択される属のものである方法を提供する。
【００３１】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ、Ｆｅｒｒｉｍｏｎａｓ、Ｎａｕｔｉｌｉａ、ＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓおよびＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒからなる群より選択される属のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を投与することを含む、被験体の健康を改善する方法を提供する。
【００３２】
本発明の一部の実施形態の一態様により、被験体に、ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａおよびｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａからなる群より選択される門のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を投与することを含む、被験体の健康を改善する方法を提供する。
【００３３】
本発明の一部の実施形態の一態様により、プロバイオティクス組成物であって、該組成物の細菌の大部分がＡｄｖｅｎｅｌｌａ、Ｖｉｂｒｉｏおよび／またはＢｒａｃｈｙｓｐｉｒａ属の微生物であり、経直腸または経口投与のために製剤化されるプロバイオティクス組成物を提供する。
【００３４】
本発明の一部の実施形態の一態様により、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＡＲＴ５５／１ドラフト、ｖ乳酸産生菌ＳＳＣ／２、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ  ＸＢ６Ｂ４ドラフト、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  Ｖ１０Ｓｃ８ａドラフト、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ  ＤＳＭ  ２００８染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＳＲ１／５ドラフト、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ  Ｌ２−６３ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ  ＶＰＩ−５４８２染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ  ＡＴＣＣ  １５７０３染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ  Ａ２−１６２ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ  ＸＢ１Ａドラフト、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｕｃｃｉｎｉｆａｃｉｅｎｓ  ＤＳＭ  ２４８９染色体、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ  ＡＴＣＣ  ８４８２染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＨＳ１１２８６染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  ７０／３ドラフト、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ  ＢＧＮ４染色体、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ  ＡＴＣＣ  ３５０６１染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ  ＡＴＣＣ  ２７７５０染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ  Ｍ１０４／１ドラフト、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｈｙｐｅｒｍｅｇａｌｅ  ＡＲＴ１２／１ドラフト、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｍｉｎｉｓ  ＡＴＣＣ  ２７７８２染色体、大腸菌ＳＥ１５、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＭＧＡＳ２０９６染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｌｏｎｇｕｍ  Ｆ８ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＪＭ４５、大腸菌株「クローンＤ  ｉ２」染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  ＫＣＴＣ  １６８６染色体、Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｏｒｎｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃａ  Ｂ６、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される少なくとも２種類の微生物種を含み、５０種より多くの細菌を含むものでなく、経直腸または経口投与のために製剤化されるプロバイオティクス組成物を提供する。
【００３５】
本発明の一部の実施形態の一態様により、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｖ９染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ  ＡＴＣＣ  ４９１５６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＭＮ−ＺＬＷ−００２染色体、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ  Ｌａ−１４、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される少なくとも２種類の細菌種を含み、５０種より多くの細菌を含むものでなく、経直腸または経口投与のために製剤化されるプロバイオティクス組成物を提供する。
【００３６】
本発明の一部の実施形態の一態様により、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ  ＤＳＭ  １７２４２染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｉｌ１４０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ  ＵＣＣ２００３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ  ２００２０１７染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種である７Ｌ７６ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  Ｅ７１８染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＡＴＣＣ  １３０４７染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ  Ｕｏ５、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  Ｓｓ０４６染色体、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＧ  １８３１１染色体、大腸菌ＡＰＥＣ  Ｏ１染色体、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ  ４０９−０５染色体、大腸菌ＣＦＴ０７３染色体、大腸菌ＥＤ１ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ  ＥｃＷＳＵ１染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｓｂｕｒｉａｅ  ＬＦ７ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ株Ｓｙｍｂｉｏｆｌｏｒ  １、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される種からなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として、ならびに薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物を提供する。
【００３７】
本発明の一部の実施形態の一態様により、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ  ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−８３５染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＭＧＨ  ７８５７８染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ＤＪＯ１０Ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＮＣＴＣ  ９３９４ドラフト、大腸菌株Ｋ−１２の亜株ＤＨ１０Ｂ染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＮＲＺ１０６６染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  ＳＬ３／３ドラフト、大腸菌Ｏ７：Ｋ１株ＣＥ１０染色体、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｅｌｌａ  ｓｉｌｖｅｓｔｒｉｓ、Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ  ｃａｓｔｅｎｈｏｌｚｉｉおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｃｅｄｏｎｉｃｕｓからなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として、ならびに薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物を提供する。
【００３８】
本発明の一部の実施形態の一態様により、Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ、Ｆｅｒｒｉｍｏｎａｓ、Ｎａｕｔｉｌｉａ、ＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓおよびＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒからなる群より選択される属のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として、ならびに薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物を提供する。
【００３９】
本発明の一部の実施形態の一態様により、ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａおよびｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａからなる群より選択される門のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を活性薬剤として、ならびに薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物を提供する。
【００４０】
本発明の一部の実施形態によれば、ブドウ糖不耐性の被験体は糖尿病の被験体または前糖尿病の被験体である。
【００４１】
本発明の一部の実施形態によれば、被験体は健常被験体である。
【００４２】
本発明の一部の実施形態によれば、被験体は代謝障害を有する。
【００４３】
本発明の一部の実施形態によれば、代謝障害は糖尿病または前糖尿病である。
【００４４】
特に定義していない限り、本明細書で用いる科学用語および／または技術用語はすべて、本発明が関する技術分野の当業者に一般的に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと同様または同等の方法および材料が、本発明の実施形態の実施または試験において使用され得るが、例示的な方法および／または材料を以下に説明する。矛盾する場合は、本特許出願明細書（定義を含む）に支配される。また、材料、方法および実施例は例示にすぎず、必ずしも限定的であることを意図するものではない。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
図面のいくつかの図の簡単な説明
本発明の一部の実施形態を本明細書において、単なる一例として、添付の図面を参照して説明している。次に、図面に関して具体的に言及するが、図示した具体的事項は一例であり、本発明の実施形態の実例の論考の目的のためのものであることを強調しておく。これに関して、本説明を図面を伴って解釈すると、当業者には、どのようにして本発明の実施形態が実施され得るかが自明となろう。
図面において：
【図１】図１は、良週間における平均血糖応答が悪週間と比べて低いことを示す棒グラフである。良（緑色）週間および悪（赤色）週間における１６名の参加者の平均ｉＡＵＣｍｅｄレベル。ｉＡＵＣｍｅｄは、食事を摂る１５分前でブドウ糖中央値レベルより上の曲線下面積（ＡＵＣ）の増分である。参加者のｉＡＵＣｍｅｄレベルは朝食、昼食および夕食すべての平均ｉＡＵＣｍｅｄである。ｘ軸において、ＩＧはブドウ糖異常の参加者を表し、Ｈは健常参加者を表す。記号ＩＧ／Ｈの後の括弧内の最初の数値は６日間の実験での平均起床時ブドウ糖レベルであり、括弧内の２番目の数値は実験開始時のＨｂＡ１Ｃである）。
【図２】図２Ａ〜Ｂは、Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｓ  ｔｈｅｈａｉｔａｏｍｉｃｒｏｎ  ＶＰＩ−５４８２の存在度が異なる食事内容中において変化することを示す図表である。表示した週の順番は混合週間の後に悪週間、そして良週間を最後に示しているが、良週間と悪週間の順番は参加者について無作為に選択した。図２Ａ：時系列で良食事内容の後に悪食事内容を摂食した参加者、図２Ｂ：時系列で悪食事内容の後に良食事内容摂食した参加者。説明ＰＤはブドウ糖異常の参加者を表し、Ｎは健常参加者を表す。
【図３】図３Ａ〜Ｂは、４例の個体についての食事の内容の糖質の量（単位：グラム）の関数として参加者の食事のブドウ糖応答（ｙ軸）を示すグラフである。
【図４】図４は、血中ブドウ糖レベルおよび糖質感受性と関連している異なる門の細菌の存在度を示すヒートマップである。
【図５】図５は、血中ブドウ糖レベルおよび糖質感受性と関連している異なる属の細菌の存在度を示すヒートマップである。
【図６】図６は、血中ブドウ糖レベルおよび糖質感受性と関連している異なる種の細菌の存在度を示すヒートマップである。
【図７】図７は、参加者の規定食ＰＰＧＲと参加者の臨床データおよび微生物叢データ間の統計学的に有意な連関（Ｐ＜０．０５，ＦＤＲ補正済）のヒートマップ（サブセット）である。
【図８】図８Ａ〜Ｇは、食後血糖応答（ＰＰＧＲ）の予測の基礎となる因子を示す。（Ａ）各食事糖質量（ｘ軸）での予測ＰＰＧＲに対する食事の糖質含有量の限界寄与を示す部分従属プロット（ＰＤＰ）（ｙ軸，任意単位）。赤色および緑色は、それぞれ、ゼロ寄与より上および下を示す（数値は食事を示す）。ボックスプロット（下）は、コホートにおける全食事の寄与の異なるパーセンタイル（１０、２５、５０、７５および９０）が存在する糖質含有量を示す。ＰＤＰの説明を参照のこと。（Ｂ）糖質含有量と全食事のＰＰＧＲ間の線形回帰の勾配（参加者ごとにコンピュータ登録）のヒスとグラム。また、小さい勾配を有するある参加者および大きい勾配を有する別の参加者の一例も示す。（Ｃ）食事の脂肪／糖質比ＰＤＰ。（Ｄ）１つはＰＰＧＲと食事の糖質含有量間、もう１つは脂肪を加えた場合の糖質＊脂肪含有量での２つの線形回帰モデル間のピアソンＲ相関性の差（参加者ごとにコンピュータ登録）のヒストグラム。また、比較的小さいＲ差を有する（糖質単独がＰＰＧＲと充分に相関している）ある参加者および比較的大きな差を有する（高脂肪含有量の食事が低ＰＰＧＲを有する）別の参加者の全食事の糖質と脂肪含有量の一例も示す。点の色とサイズは食事のＰＰＧＲに対応する。（Ｅ）さらなるＰＤＰ。（Ｆ）微生物叢のＰＤＰ。微生物叢フィーチャーが検出されなかった参加者の数を示す（左，ｎ．ｄ．）。検出された値のみに基づいたボックスプロット（ボックス，ＩＱＲ；ヒゲは１０〜９０パーセンタイル）。（Ｇ）有益（緑色）または有益でない（赤色）と称される微生物叢フィーチャーといくつかのリスクファクターおよびブドウ糖パラメータ間の統計学的に有意な相関性（ピアソン）のヒートマップ。
【図９】図９は、食後血糖応答の予測の基礎となるさらなるフィーチャーの部分従属プロット（ＰＤＰ，図８Ａ〜Ｇの場合と同様）である。
【図１０】図１０Ａ〜Ｅは、食事療法介入により腸内微生物叢組成物の一貫した改変が誘導されることを示す。（Ａ）上：「悪」食事内容（左）週間および「良」食事内容（右）週間の両方でのエキスパート群の参加者の持続ブドウ糖測定値。下：「悪」（左）週間または「良」（右）週間および同じ週の０〜３日目の毎日のタクソンの相対存在度（ＲＡ）の倍数変化。全参加者の最初のプロファイリング週間（介入なし）での変化に由来する変化がない帰無仮説と比べて統計学的に有意な変化を示すタクソンのみを示す。（Ｂ）（Ａ）の場合と同様、予測値群の参加者。また、全参加者の変化については表５も参照のこと。（Ｃ）「良」介入週間と「悪」介入週間間でＲＡの変化の反対の傾向を有するタクソンのヒートマップ（これは、参加者において一貫しており、統計学的に有意であった（「良」週間と「悪」週間間の変化のマン・ホイットニーＵ検定，Ｐ＜０．０５，ＦＤＲ補正済））。左列および右列のブロックは、それぞれ、「良」食事内容後、および逆に「悪」食事内容後のＲＡにおける細菌の増加および減少を示す。色付きのエントリーは、各参加者における（ｙ軸）４〜７日目と０〜３日目間のタクソン（ｘ軸）のＲＡの（ｌｏｇ）倍数変化を表す。（Ｄ）Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓについて（これは、「良」食事内容介入後、有意に減少した（パネルＣ参照））、「良」週間の０〜３日目と比べた「良」（上）食事内容週間の毎日の全参加者の（ｌｏｇ）倍数変化の平均および標準偏差を示す。Ｂ．ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓが有意に増加する（パネルＣ参照）「悪」食事内容週間（下）についても同じ。灰色のラインは、個々の参加者における倍数変化（ｌｏｇ）を示す。（Ｅ）（Ｄ）の場合と同様、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓについて。
【発明を実施するための形態】
【００４６】
本発明の具体的な実施形態の説明
本発明は、その一部の実施形態において、健常被験体および疾患被験体の両方における健康増進のためのプロバイオティクス組成物およびアンチバイオティクス組成物に関する。
【００４７】
本発明の少なくとも１つの実施形態を詳細に説明する前に、本発明は必ずしも、その適用において、以下の説明に示された、または本実施例に例示された詳細事項に限定されないことを理解されたい。本発明は、他の実施形態が可能である、または種々の様式で実施可能もしくは実行可能である。
【００４８】
腸内微生物叢は絶え間なく変化しており、その微生物の組成は、食物摂取、アンチバイオティクスの摂取および疾患などの外部刺激に応答して継続的に変化する。そのため、微生物叢の系統発生的組成は個体ごとに異なる。かかる違いは、結腸がんおよび炎症性腸疾患などの疾患、肥満になり易さ、自閉スペクトラム症の重症度ならびに医療処置に対する応答の差と関連している。
【００４９】
腸内微生物叢の細菌内容は摂取された食物の型に応じて変化することが知られている。本発明者らは、高ブドウ糖応答または低ブドウ糖応答を増進させるために予備選択した食物に曝露した前糖尿病被験体および健常被験体の腸内微生物叢を分析した。本発明者らは、高ブドウ糖応答の食物に応答する被験体の微生物叢と比べて、低ブドウ糖応答の食物に応答する被験体の微生物叢では特定の細菌が高含有であるが、低ブドウ糖応答の食物に応答する被験体の微生物叢では他の細菌が枯渇していることを見出した。
【００５０】
本発明者らは、このような食事内容の各々の摂取後の微生物叢の細菌組成の知識を、健康および良好な状態を増進させるためのプロバイオティクス組成物またはアンチバイオティクス組成物の製剤化に利用することを提案する。
【００５１】
さらに本発明の実施化にあたり、本発明者らは、健常被験体および前糖尿病の被験体における全体的な血中ブドウ糖応答ならびに糖質摂取に対する感受性をプロファイリングした。本発明者らは、高血中ブドウ糖応答または低血中ブドウ糖応答を有すると分類された被験体の群ならびに血中ブドウ糖レベルによる測定時、糖質に対していくぶん感受性であると分類された被験体の微生物叢の組成を分析した。これらの群の各々の微生物叢内容の細菌内容の分析により、本発明者らは、低い血中ブドウ糖応答および／または糖質に対する感受性と相関しているさらなる細菌群を提案することが可能になった。
【００５２】
本開示の組成物は、糖尿病もしくは前糖尿病などの代謝病の発病リスクを低下させるため、または該疾患の発症を遅延させるために使用され得る。本発明の組成物は、付随する合併症の発病リスクを低下させるため、および／またはかかる合併症の発症を遅延させるために使用され得る。
【００５３】
したがって、本発明の第１の態様により、被験体に、表３〜５のいずれか１つによると有益であるとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【００５４】
本発明のさらに別の態様により、被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３または４のいずれか１つによると有益であるとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【００５５】
本明細書で用いる場合、用語「プロバイオティクス」は、宿主生物体における健康上の有益性および／または宿主生物体における疾患、障害、病状もしくは事象のリスクおよび／または症状の低減と関連している任意の微生物型をいう。一部の実施形態では、プロバイオティクスは食物製品、機能性食品または栄養補助食品に製剤化される。一部の実施形態では、プロバイオティクスは細菌型である。
【００５６】
糖尿病状態には、例えば、１型糖尿病、２型糖尿病、妊娠糖尿病、前糖尿病、遅発性（ｓｌｏｗ  ｏｎｓｅｔ）自己免疫性１型糖尿病（ＬＡＤＡ）、高血糖およびメタボリックシンドロームが包含される。糖尿病は、明白な診断された糖尿病（例えば２型糖尿病）であっても、前糖尿病状態であってもよい。
【００５７】
真性糖尿病（本明細書では一般的に「糖尿病」と称する）は、ブドウ糖調節能異常を特徴とする疾患である。糖尿病は、膵臓が充分なインスリンを生成できない場合、または生成されたインスリンを体が有効に利用できず、高い血中ブドウ糖濃度（高血糖）がもたらされる場合に起こる慢性疾患である。糖尿病状態は、１型糖尿病（インスリン依存性、若年性もしくは小児期発症糖尿病）、２型糖尿病（非インスリン依存性もしくは成人発症糖尿病）、ＬＡＤＡ糖尿病（成人後期（ｌａｔｅ）自己免疫性糖尿病）または妊娠糖尿病に分類され得る。さらに、耐糖能異常および空腹時血糖異常などの中間状態は、２型糖尿病に進行するリスクが高いことが示されている病状と認識されている。
【００５８】
１型糖尿病では、膵β細胞の自己免疫性破壊のためインスリン生成がない。体液および組織において検出可能なこの自己免疫性破壊のマーカーがいくつかあり、島細胞自己抗体、インスリン自己抗体、グルタミン酸デカルボキシラーゼ自己抗体およびチロシンホスファターゼＩＣＡ５１２／ＩＡ−２自己抗体が挙げられる。２型糖尿病（世界中で糖尿病の９０％を構成している）では、インスリン分泌は不充分であり得るが、末梢インスリン抵抗性が主な欠陥と考えられている。２型糖尿病は一般的に、常にではないが、インスリン抵抗性の原因である肥満と関連している。
【００５９】
２型糖尿病の前には、多くの場合、血中ブドウ糖レベルは正常より高いが糖尿病と診断されるにはまだ充分に高くない前糖尿病が起こる。
【００６０】
用語「前糖尿病」は、本明細書で用いる場合、用語「耐糖能異常」または「空腹時血糖異常」（これらは、血中ブドウ糖レベルを測定するために使用される試験を示す用語である）と互換的である。
【００６１】
糖尿病における慢性的高血糖は、微細血管系および／または大血管系に影響を及ぼす多くの、主に血管系の合併症と関連している。このような長期合併症としては、網膜症（焦点がぼやける、網膜剥離および視界の一部または全部の欠損に至る）、腎症（腎不全に至る）、神経障害（疼痛、しびれ感、および四肢の感覚喪失に至り、場合によっては足部の潰瘍形成および／または切断となる）、心筋症（心不全に至る）および感染リスクの増大が挙げられる。２型または非インスリン依存性の真性糖尿病（ＮＩＤＤＭ）は、インスリンの生理作用に対する脂肪組織、筋肉および肝臓などのブドウ糖利用組織の抵抗性と関連している。ＮＩＤＤＭと関連している慢性的に高い血中ブドウ糖は、衰弱性の合併症、例えば、腎症（多くの場合、透析または腎移植が必要である）；末梢神経障害；網膜症（失明に至る）；下肢の潰瘍形成および壊死（切断に至る）；脂肪性肝疾患（これは肝硬変に進行し得る）；ならびに冠動脈疾患および心筋梗塞に対する易罹患性に至る場合があり得る。
【００６２】
本発明のこの態様のプロバイオティクス組成物は、表３、表４および／または表５において有益であるとカテゴリー分類された細菌門、網、目、科、属または種のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９，２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３５、４０、４５、５０種類またはすべてを含むものであり得る。
【００６３】
一実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、２種類より多くの細菌種、５種類の細菌種、１０種類の細菌種、１５種類の細菌種、２０種類の細菌種、２５種類の細菌種、３０種類の細菌種、３５種類の細菌種、４０種類の細菌種、４５種類の細菌種、５０種類の細菌種、５５種類の細菌種、６０種類の細菌種、６５種類の細菌種、７０種類の細菌種、７５種類の細菌種、８０種類の細菌種、８５種類の細菌種、９０種類の細菌種、９５種類の細菌種、１００種類の細菌種、１５０種類の細菌種、２００種類の細菌種、２５０種類の細菌種または３００種類の細菌種を含まないものである。
【００６４】
他の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、表３、表４および／または表５によると有益でないとカテゴリー分類された２種類より多くの細菌種、５種類の細菌種、１０種類の細菌種、１５種類の細菌種、２０種類の細菌種、２５種類の細菌種、３０種類の細菌種、３５種類の細菌種、４０種類の細菌種、４５種類の細菌種、５０種類の細菌種、５５種類の細菌種、６０種類の細菌種、６５種類の細菌種、７０種類の細菌種、７５種類の細菌種、８０種類の細菌種、８５種類の細菌種、９０種類の細菌種、９５種類の細菌種、１００種類の細菌種、１５０種類の細菌種、２００種類の細菌種、２５０種類の細菌種または３００種類の細菌種を含まないものである。
【００６５】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、２種類より多くの細菌門、５種類の細菌門または１０種類より多くの細菌門を含まないものである。
【００６６】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、表３、表４および／または表５によると有益でないとカテゴリー分類された２種類より多くの細菌門、５種類の細菌門または１０種類より多くの細菌門を含まないものである。
【００６７】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、２種類より多くの細菌網、５種類の細菌網または１０種類より多くの細菌網を含まないものである。
【００６８】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、表３、表４および／または表５によると有益でないとカテゴリー分類された２種類より多くの細菌網、５種類の細菌網または１０種類より多くの細菌網を含まないものである。
【００６９】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、２種類より多くの細菌目、５種類の細菌目または１０種類より多くの細菌目を含まないものである。
【００７０】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、表３、表４および／または表５によると有益でないとカテゴリー分類された２種類より多くの細菌目、５種類の細菌目または１０種類より多くの細菌目を含まないものである。
【００７１】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、２種類より多くの細菌属、５種類の細菌属または１０種類より多くの細菌属を含まないものである。
【００７２】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、表３、表４および／または表５によると有益でないとカテゴリー分類された２種類より多くの細菌属、５種類の細菌属または１０種類より多くの細菌属を含まないものである。
【００７３】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、２種類より多くの細菌科、５種類の細菌科または１０種類より多くの細菌科を含まないものである。
【００７４】
別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、表３、表４および／または表５によると有益でないとカテゴリー分類された２種類より多くの細菌科、５種類の細菌科または１０種類より多くの細菌科を含まないものである。
【００７５】
さらに別の実施形態によれば、プロバイオティクス組成物中の細菌の少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％が、表３および／または表４に示されたＫＥＧＧパスウェイまたはモジュールを有するものである。
【００７６】
表３〜５の細菌群間で矛盾または不一致がある場合、表５のデータが優先されるべきであることは認識されよう。
【００７７】
本発明のさらに別の態様により、ブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善する方法であって、該被験体に、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＡＲＴ５５／１ドラフト、ｖ乳酸産生菌ＳＳＣ／２、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ  ＸＢ６Ｂ４ドラフト、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  Ｖ１０Ｓｃ８ａドラフト、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ  ＤＳＭ  ２００８染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ属の種であるＳＲ１／５ドラフト、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ  Ｌ２−６３ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ  ＶＰＩ−５４８２染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ  ＡＴＣＣ  １５７０３染色体、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ  Ａ２−１６２ドラフト、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ  ＸＢ１Ａドラフト、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｕｃｃｉｎｉｆａｃｉｅｎｓ  ＤＳＭ  ２４８９染色体、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ  ＡＴＣＣ  ８４８２染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＨＳ１１２８６染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ  ７０／３ドラフト、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ  ＢＧＮ４染色体、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ  ＡＴＣＣ  ３５０６１染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ  ＡＴＣＣ  ２７７５０染色体、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ  Ｍ１０４／１ドラフト、Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｈｙｐｅｒｍｅｇａｌｅ  ＡＲＴ１２／１ドラフト、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｍｉｎｉｓ  ＡＴＣＣ  ２７７８２染色体、大腸菌ＳＥ１５、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＭＧＡＳ２０９６染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｌｏｎｇｕｍ  Ｆ８ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＪＭ４５、大腸菌株「クローンＤ  ｉ２」染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  ＫＣＴＣ  １６８６染色体、Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｏｒｎｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃａ  Ｂ６、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｅｌｌａ  ｓｉｌｖｅｓｔｒｉｓ、Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ  ｃａｓｔｅｎｈｏｌｚｉｉおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｃｅｄｏｎｉｃｕｓからなる群より選択される少なくとも１種類の細菌種を含むプロバイオティクス組成物を供給し、該プロバイオティクス組成物は５０種より多くの細菌を含まず、それによりブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善することを含むものである方法を提供する。
【００７８】
上記に開示したものと表３〜５に開示したものの細菌群間で矛盾または不一致がある場合、表３〜５のデータが優先されるべきであり、より好ましくは表５のデータが優先されるべきであることは認識されよう。
【００７９】
本明細書で用いる場合、用語「ブドウ糖不耐性の被験体」は、閾値の１００ｍｇ／ｄｌより高い空腹時血漿中ブドウ糖（ＦＰＧ）および／または閾値の１４０ｍｇ／ｄｌより高い２時間の経口ブドウ糖負荷試験（ＯＧＴＴ）ブドウ糖レベルを有する被験体をいう。
【００８０】
用語「種」は、本明細書で用いる場合、種および亜種の両方をいう。
【００８１】
一実施形態によれば、被験体は、糖尿病または前糖尿病などの代謝性の病状を有している。
【００８２】
本発明のこの態様のプロバイオティクス組成物は、列挙した細菌種のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９，２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１種類または全部を含むものであり得る。
【００８３】
一実施形態によれば、プロバイオティクス組成物は、２種類より多くの細菌種、５種類の細菌種、１０種類の細菌種、１５種類の細菌種、２０種類の細菌種、２５種類の細菌種、３０種類の細菌種、３５種類の細菌種、４０種類の細菌種、４５種類の細菌種、５０種類の細菌種、５５種類の細菌種、６０種類の細菌種、６５種類の細菌種、７０種類の細菌種、７５種類の細菌種、８０種類の細菌種、８５種類の細菌種、９０種類の細菌種、９５種類の細菌種、１００種類の細菌種、１５０種類の細菌種、２００種類の細菌種、２５０種類の細菌種または３００種類の細菌種を含まないものである。
【００８４】
本発明の別の態様により、ブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持する（または糖尿病を予防する）方法であって、該被験体に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＤ−９、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｖ９染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  Ｌ２−６、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ  ＡＴＣＣ  ４９１５６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＭＮ−ＺＬＷ−００２染色体、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ  Ｌａ−１４、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される少なくとも１種類の細菌種を含むプロバイオティクス組成物を供給し、それによりブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持することを含み、該プロバイオティクス組成物は５０種より多くの細菌を含まないものである方法を提供する。
【００８５】
用語「ブドウ糖耐性の」被験体は、閾値の１００ｍｇ／ｄｌより低い空腹時血漿中ブドウ糖（ＦＰＧ）および／または閾値の１４０ｍｇ／ｄｌより低い２時間の経口ブドウ糖負荷試験（ＯＧＴＴ）ブドウ糖レベルを有する被験体をいう。
【００８６】
本発明のこの態様のプロバイオティクス組成物は、列挙した細菌種のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１種類または全部を含むものであり得る。
【００８７】
一実施形態によれば、本発明のこの態様のプロバイオティクス組成物は、２種類より多くの細菌種、５種類の細菌種、１０種類の細菌種、１５種類の細菌種、２０種類の細菌種、２５種類の細菌種、３０種類の細菌種、３５種類の細菌種、４０種類の細菌種、４５種類の細菌種、５０種類の細菌種、５５種類の細菌種、６０種類の細菌種、６５種類の細菌種、７０種類の細菌種、７５種類の細菌種、８０種類の細菌種、８５種類の細菌種、９０種類の細菌種、９５種類の細菌種、１００種類の細菌種、１５０種類の細菌種、２００種類の細菌種、２５０種類の細菌種または３００種類の細菌種を含まないものである。
【００８８】
本発明のさらに別の態様により、被験体に細菌組成物を投与することを含む、被験体の健康を改善する方法であって、該組成物の細菌の大部分が、Ａｄｖｅｎｅｌｌａ、ＶｉｂｒｉｏおよびＢｒａｃｈｙｓｐｉｒａからなる群より選択される属のものである方法を提供する。
【００８９】
本発明のこの態様によれば、被験体は健常な被験体であり得るか、または疾患を有する被験体であり得る。被験体はブドウ糖耐性であってもブドウ糖不耐性であってもよい。
【００９０】
特定の一実施形態によれば、被験体は、疾患、例えば、糖尿病、高脂質血症（ｈｙｐｅｒｌｉｐｉｄｅｍｉａ）（高リポタンパク血症または“ｈｙｐｅｒｌｉｐｉｄａｅｍｉａ（高脂質血症）”とも称される）、肝臓の疾患または障害、例えば、肝炎、肝硬変、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）（非アルコール性脂肪性肝疾患−ＮＡＦＬＤとしても知られている）、肝毒性および慢性肝臓疾患を有する被験体である。
【００９１】
本発明のこの態様の組成物は、Ａｄｖｅｎｅｌｌａ、Ｖｉｂｒｉｏおよび／またはＢｒａｃｈｙｓｐｉｒａ属に属する１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０，２０、３０、４０、５０またはそれ以上の種を含むものであり得る。
【００９２】
一実施形態では、該組成物が完全にＡｄｖｅｎｅｌｌａ属、Ｖｉｂｒｉｏ属および／またはＢｒａｃｈｙｓｐｉｒａ属に属する細菌からなるものであり得る。
【００９３】
さらに別の実施形態によれば、本発明の任意の態様の微生物組成物は、糞便物質（例えば、繊維）がない（または微量にしか含まない）ものである。
【００９４】
プロバイオティクス菌は任意の適当な形態、例えば、粉末化された乾燥形態であり得る。また、プロバイオティクス微生物は、その生存を高めるために加工処理がなされたものであってもよい。例えば、微生物は、多糖、脂肪、デンプン、タンパク質または糖マトリックスでコーティングまたはカプセル封入され得る。当該技術分野で知られた標準的なカプセル封入手法を使用することができる。例えば、米国特許第６，１９０，５９１号（これは、引用によりその全体が本明細書に組み込まれる）に論考された手法が使用され得る。
【００９５】
特定の一実施形態によれば、プロバイオティクス微生物組成物は食物製品、機能性食品または栄養補助食品に製剤化される。
【００９６】
一部の実施形態では、食物製品、機能性食品または栄養補助食品は乳製品であるか、または乳製品を含むものである。一部の実施形態では、乳製品はヨーグルト製品であるか、またはヨーグルト製品を含むものである。一部の実施形態では、乳製品はミルク製品であるか、またはミルク製品を含むものである。
【００９７】
一部の実施形態では、乳製品はチーズ製品であるか、またはチーズ製品を含むものである。一部の実施形態では、食物製品、機能性食品または栄養補助食品はジュースもしくは果実に由来する他の製品であるか、またはジュースもしくは果実に由来する他の製品を含むものである。一部の実施形態では、食物製品、機能性食品または栄養補助食品は野菜に由来する製品であるか、または野菜に由来する製品を含むものである。一部の実施形態では、食物製品、機能性食品または栄養補助食品は穀物製品、例えば限定されないが、シリアル、クラッカー、パンおよび／またはオートミールであるか、あるいは穀物製品、例えば限定されないが、シリアル、クラッカー、パンおよび／またはオートミールを含むものである。一部の実施形態では、食物製品、機能性食品または栄養補助食品は米製品であるか、または米製品を含むものである。一部の実施形態では、食物製品、機能性食品または栄養補助食品は肉製品であるか、または肉製品を含むものである。
【００９８】
投与前に、被験体を微生物叢内の天然に存在する微生物の数を低減させる薬剤で（例えば、抗生物質処置によって）前処置してもよい。特定の一実施形態によれば、該処置により、天然に存在する腸内細菌叢が少なくとも２０％、３０％  ４０％、５０％、６０％、７０％、８０％またはさらには９０％有意に消去される。
【００９９】
プロバイオティクス組成物と同様、本発明者らはまた、特定の細菌の数を特異的に低減させる薬剤の使用も提案する。
【０１００】
したがって、本発明のまた別の態様により、被験体に、表３〜５のいずれか１つによると有益でないとカテゴリー分類された門、網、目、科、属または種の細菌の少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【０１０１】
本発明のさらに別の態様により、被験体に、Ｋｅｇｇパスウェイまたはモジュールを有し、表３または４のいずれか１つによると有益でないとカテゴリー分類された少なくとも１種類の細菌を特異的に低減させる薬剤を投与し、それにより該被験体の糖尿病または前糖尿病を予防することを含む、被験体の糖尿病または前糖尿病を予防する方法を提供する。
【０１０２】
本発明のまた別の態様により、ブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善する方法であって、該被験体に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＮＤ０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍの亜種ｉｎｆａｎｔｉｓ  １５７Ｆ染色体、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ  ＤＳＭ  １７２４２染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓの亜種ｌａｃｔｉｓ  Ｉｌ１４０３染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ  ＵＣＣ２００３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ  ２００２０１７染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ属の種である７Ｌ７６ドラフト、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ  Ｅ７１８染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＡＴＣＣ  １３０４７染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ  Ｕｏ５、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  Ｓｓ０４６染色体、大腸菌ＪＪ１８８６、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＬＭＧ  １８３１１染色体、大腸菌ＡＰＥＣ  Ｏ１染色体、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ  ４０９−０５染色体、大腸菌ＣＦＴ０７３染色体、大腸菌ＥＤ１ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ  ＥｃＷＳＵ１染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｓｂｕｒｉａｅ  ＬＦ７ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ株Ｓｙｍｂｉｏｆｌｏｒ  １、Ｇｒａｎｕｌｉｃｅｌｌａ  ｍａｌｌｅｎｓｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉおよびＡｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓからなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を供給し、それによりブドウ糖不耐性の被験体のブドウ糖応答を改善することを含む方法を提供する。
【０１０３】
本発明の別の態様により、ブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持する方法であって、該被験体に、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ＣＣＨＳＳ３、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ  ５３Ｇ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ  ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−８３５染色体、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅの亜種ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ  ＭＧＨ  ７８５７８染色体、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ＤＪＯ１０Ａ染色体、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅの亜種ｃｌｏａｃａｅ  ＮＣＴＣ  ９３９４ドラフト、大腸菌株Ｋ−１２の亜株ＤＨ１０Ｂ染色体、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  ＣＮＲＺ１０６６染色体、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ  ＳＬ３／３ドラフト、大腸菌Ｏ７：Ｋ１株ＣＥ１０染色体、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｅｌｌａ  ｓｉｌｖｅｓｔｒｉｓ、Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ  ｃａｓｔｅｎｈｏｌｚｉｉおよびＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｃｅｄｏｎｉｃｕｓからなる群より選択される種の細菌の数を特異的に低減させる薬剤を供給し、それによりブドウ糖耐性の被験体のブドウ糖応答を維持することを含む方法を提供する。
【０１０４】
さらに別の態様により、被験体に、Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ、Ｆｅｒｒｉｍｏｎａｓ、Ｎａｕｔｉｌｉａ、ＣｕｐｒｉａｖｉｄｕｓおよびＨｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒからなる群より選択される属のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を投与することを含む、被験体の健康を改善する方法を提供する。
【０１０５】
さらに別の態様により、被験体に、ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａおよびｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａからなる群より選択される門のものである細菌の数を特異的に低減させる薬剤を投与することを含む、被験体の健康を改善する方法を提供する。
【０１０６】
本明細書で用いる場合、語句「特異的に低減させる」は、被験体の微生物叢のある細菌を、該叢内の別の細菌と比べて少なくとも（ｌｅａｓｔ）２倍低減させる能力をいう。特定の一実施形態によれば、該薬剤は微生物叢の特定の細菌を、該叢内のその他の細菌と比べて少なくとも５倍、１０倍またはそれ以上低減させるものである。
【０１０７】
本明細書で用いる場合、用語「微生物叢」は、規定の環境内の微生物（細菌、真菌類（ｆｕｎｇａｅ）、原生生物）全体、その遺伝要素（ゲノム）をいう。
【０１０８】
微生物叢は腸内微生物叢、口腔内微生物叢、気管支内微生物叢、皮膚微生物叢または膣内微生物叢であり得る。
【０１０９】
特定の一実施形態によれば、微生物叢は腸内（“ｇｕｔ”）微生物叢（すなわち、腸内の（“ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ”）微生物叢）である。
【０１１０】
一実施形態によれば、該薬剤は、微生物叢内に存在する細菌の該種を、該叢内の同じ属に属する細菌の異なる種と比べて少なくとも２倍低減させるものである。
【０１１１】
特定の一実施形態によれば、該薬剤は、微生物叢内に存在する細菌の該種を、該叢内の同じ属に属する細菌の別の種と比べて少なくとも５倍、１０倍またはそれ以上低減させるものである。
【０１１２】
一実施形態によれば、該薬剤は、微生物叢内に存在する細菌の該属を、該叢内の同じ科に属する異なる属の細菌と比べて少なくとも２倍低減させるものである。
【０１１３】
特定の一実施形態によれば、該薬剤は、微生物叢内に存在する細菌の該属を、該叢内の同じ科に属する別の属の細菌と比べて少なくとも５倍、１０倍またはそれ以上低減させるものである。
【０１１４】
一実施形態によれば、該薬剤は、微生物叢内に存在する細菌の該門を、該叢内の同じ界に属する異なる門の細菌と比べて少なくとも２倍低減させるものである。
【０１１５】
特定の一実施形態によれば、該薬剤は、微生物叢内に存在する細菌の該門を、該叢内の同じ界に属する別の門の細菌と比べて少なくとも５倍、１０倍またはそれ以上低減させるものである。
【０１１６】
特定の細菌種を特異的に低減させる薬剤は当該技術分野で知られており、ポリヌクレオチドサイレンシング剤が挙げられる。
【０１１７】
好ましくは、本発明のこの態様のポリヌクレオチドサイレンシング剤は、細菌の必須遺伝子（すなわち、生存に適合性のもの）をコードしている配列を標的化するものである。標的化される配列は、下方調節が所望される具体的な細菌種／門または属に特異的でなければならない。かかる遺伝子としては、リボソームＲＮＡ遺伝子（１６Ｓおよび２３Ｓ）、リボソームタンパク質の遺伝子、ｔＲＮＡ−シンセターゼ、ならびに必須であることが示されているさらなる遺伝子、例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓの亜種ａｕｒｅｕｓ株ＮｅｗｍａｎのｄｎａＢ、ｆａｂＩ、ｆｏｌＡ、ｇｙｒＢ、ｍｕｒＡ、ｐｙｔＨ、ｍｅｔＧおよびｔｕｆＡ（Ｂ）ＮＣ＿００９６４１ならびにＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ  ＭＧＡＳ８２３２のＮＣ＿００３４８５が挙げられる（ＤｅＶｉｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２０，４７８−４８３（２００２））。
【０１１８】
本発明の一実施形態によれば、ポリヌクレオチドサイレンシング剤は、標的ＲＮＡに特異的であり、標的遺伝子と９９％以下の全体的相同性、例えば、標的遺伝子と９８％未満、９７％、９６％、９５％、９４％、９３％、９２％、９１％、９０％、８９％、８８％、８７％、８６％、８５％、８４％、８３％、８２％、８１％の全体的相同性を示す（ＰＣＲ、ウエスタンブロット、免疫組織化学検査および／またはフローサイトメトリーによる測定時）他の標的またはスプライスバリアントを交差的に（ｃｒｏｓｓ）阻害またはサイレンシングしないものである。
【０１１９】
ＲＮＡ干渉は、動物において低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）によって媒介される配列特異的転写後遺伝子サイレンシング過程をいう。
【０１２０】
以下は、本発明の具体的な実施形態に従って使用され得るＲＮＡサイレンシング剤に関する詳細説明である。
【０１２１】
ｍｉＲＮＡおよびｍｉＲＮＡ模倣物−用語「マイクロＲＮＡ」、「ｍｉＲＮＡ」および「ｍｉＲ」は同義的であり、遺伝子発現を調節する一群の約１９〜２８ヌクレオチド長の一本鎖の非コードＲＮＡ分子をいう。ｍｉＲＮＡは広範な生物体（ウイルスからヒトに至るまで（．ｆｗｄａｒｗ．））においてみられ、発生、ホメオスタシスおよび疾患の病因において、ある役割を果たしていることが示されている。
【０１２２】
以下は、ｍｉＲＮＡ活性の機構の簡単な説明である。
【０１２３】
ｍｉＲＮＡをコードしている遺伝子が転写されると、プリｍｉＲＮＡとして知られるｍｉＲＮＡ前駆体の生成がもたらされる。プリｍｉＲＮＡは、典型的には、複数のプリｍｉＲＮＡで構成されたポリシストロン性ＲＮＡの一部である。プリｍｉＲＮＡは、ステムとループを有するヘアピン型を形成していてもよい。ステムは、ミスマッチ塩基を含むものであってもよい。
【０１２４】
プリｍｉＲＮＡのヘアピン構造は、ＲＮａｓｅ  ＩＩＩエンドヌクレアーゼであるドローシャによって認識される。ドローシャは典型的には、プリｍｉＲＮＡの末端ループを認識し、およそ２つのらせんターン部をステムに切断して、プレｍｉＲＮＡとして知られる６０〜７０ヌクレオチドの前駆体を生成させる。ドローシャは、プリｍｉＲＮＡをＲＮａｓｅ  ＩＩＩエンドヌクレアーゼに典型的な段違いの切断により切断し、５’リン酸基と約２個のヌクレオチド３’突出端を有するプレｍｉＲＮＡステムループをもたらす。ドローシャ切断部位を超えて延在するステムのおよそ１つのらせんターン部（約１０個のヌクレオチド）が効率的なプロセッシングに必須であると推定されている。次いで、プレｍｉＲＮＡは、Ｒａｎ−ＧＴＰおよび輸送受容体Ｅｘ−ｐｏｒｔｉｎ−５によって核から細胞質に活発に輸送される。
【０１２５】
次いで、プレｍｉＲＮＡの二本鎖ステムが、同様にＲＮａｓｅ  ＩＩＩエンドヌクレアーゼであるダイサーによって認識される。ダイサーはまた、ステムループの基部の５’リン酸基と３’突出端を認識し得る。次いで、ダイサーは、末端ループの２つのらせんターン部をステムループの基部から切り離し、さらなる５’リン酸基と約２つのヌクレオチド３’突出端をもたらす。得られるｓｉＲＮＡ様二本鎖（これはミスマッチを含むものであってもよい）は、成熟ｍｉＲＮＡとｍｉＲＮＡ＊として知られる同様のサイズの断片を含むものである。ｍｉＲＮＡとｍｉＲＮＡ＊は、プリｍｉＲＮＡおよびプレｍｉＲＮＡの反対側のアームの反対のアームに由来するものであってもよい。ｍｉＲＮＡ＊配列は、クローン化ｍｉＲＮＡのライブラリー内にみられ得るが、典型的にはｍｉＲＮＡより低頻度である。
【０１２６】
最初はｍｉＲＮＡ＊を伴う二本鎖種として存在するが、ｍｉＲＮＡは最終的には一本鎖ＲＮＡとして、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）として知られるリボヌクレオタンパク質複合体に組み込まれた状態になる。種々のタンパク質がＲＩＳＣを構成することができ、これにより、ｍｉＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ＊二本鎖に対する特異性、標的遺伝子の結合部位、ｍｉＲＮＡの活性（抑制するか、活性化するか）、およびｍｉＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ＊二本鎖のどの鎖がＲＩＳＣ内に含まれるかにおける多様性がもたらされ得る。
【０１２７】
ｍｉＲＮＡ：ｍｉＲＮＡ＊二本鎖のｍｉＲＮＡ鎖がＲＩＳＣ内に含まれる場合、ｍｉＲＮＡ＊は除去され、分解される。ｍｉＲＮＡ：ｍｉＲＮＡ＊二本鎖のうちのＲＩＳＣ内に含められる鎖は、その５’末端の対合があまり強固でない鎖である。ｍｉＲＮＡ：ｍｉＲＮＡ＊の両末端がほぼ同等の５’対合を有する場合、ｍｉＲＮＡとｍｉＲＮＡ＊の両方が遺伝子サイレンシング活性を有し得る。
【０１２８】
ＲＩＳＣは標的核酸を、ｍｉＲＮＡとｍＲＮＡ間の高い相補性レベルに基づいて、特に、ｍｉＲＮＡのヌクレオチド２〜７によって同定する。
【０１２９】
いくつかの研究により、翻訳の効率的な阻害が行なわれるためのｍｉＲＮＡとそのｍＲＮＡ標的間の塩基対合要件が調べられている（Ｂａｒｔｅｌ  ２００４，Ｃｅｌｌ  １１６−２８１に概説）。哺乳動物細胞では、ｍｉＲＮＡの最初の８個のヌクレオチドが重要であり得る（Ｄｏｅｎｃｈ  ＆  Ｓｈａｒｐ  ２００４  ＧｅｎｅｓＤｅｖ  ２００４−５０４）。しかしながら、マイクロＲＮＡの他の部分もまたｍＲＮＡ結合に関与し得る。さらに、３’における充分な塩基対合によって５’における不充分な対合が代償され得る（Ｂｒｅｎｎｅｃｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００５  ＰＬｏＳ  ３−ｅ８５）。全ゲノムにおけるｍｉＲＮＡ結合を解析するコンピューテーション研究により、標的結合におけるｍｉＲＮＡの５’の塩基２〜７の特定の役割が示唆されているが、通常「Ａ」であることが確認される最初のヌクレオチドの役割もまた認められた（Ｌｅｗｉｓ  ｅｔ  ａｔ  ２００５  Ｃｅｌｌ  １２０−１５）。同様に、Ｋｒｅｋ  ｅｔ  ａｌ．は、標的を同定し、確認するためにヌクレオチド１〜７または２〜８を使用した（２００５，Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３７−４９５）。
【０１３０】
ｍＲＮＡ内の標的部位は５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ内またはコード領域内であり得る。興味深いことに、複数のｍｉＲＮＡが、同じ部位または複数の部位を認識することにより同じｍＲＮＡ標的を調節する場合があり得る。遺伝子が同定されているほとんどの標的における複数のｍｉＲＮＡ結合部位の存在は、複数のＲＩＳＣの協調的作用によって最も効率的な翻訳阻害がもたらされることを示し得る。
【０１３１】
ｍｉＲＮＡは、２つの機構：ｍＲＮＡ切断または翻訳抑制のうちのいずれかによって、ＲＩＳＣが遺伝子発現を下方調節するように指令し得る。ｍｉＲＮＡは、ｍＲＮＡが該ｍｉＲＮＡと特定の相補性度合を有する場合、ｍＲＮＡの切断を指定し得る。ｍｉＲＮＡによって切断がガイドされる場合、切断は典型的には、ｍｉＲＮＡの残基１０および１１とのヌクレオチド対合間である。あるいはまた、ｍｉＲＮＡは、該ｍｉＲＮＡがｍｉＲＮＡとの必要な相補性度合を有していない場合、翻訳を抑制し得る。翻訳の抑制は動物の方がより多くみられ得る。それは、動物が有するｍｉＲＮＡと結合部位間の相補性度合の方が低いものであり得るからである。
【０１３２】
任意のｍｉＲＮＡとｍｉＲＮＡ＊のペアの５’末端および３’末端には多様性が存在し得ることに注意されたい。この多様性は、切断部位に対するドローシャおよびダイサーの酵素的プロセッシングにおける多様性によるものであり得る。また、ｍｉＲＮＡとｍｉＲＮＡ＊の５’末端および３’末端における多様性は、プリｍｉＲＮＡおよびプレｍｉＲＮＡのステム構造内のミスマッチによるものであり得る。ステム鎖のミスマッチにより一群の異なるヘアピン構造がもたらされ得る。また、ステム構造における多様性により、ドローシャおよびダイサーによる切断の産物における多様性がもたらされ得る。
【０１３３】
用語「マイクロＲＮＡ模倣物」または「ｍｉＲＮＡ模倣物」は、ＲＮＡｉ経路内に進入して遺伝子発現を調節し得る合成の非コードＲＮＡをいう。ｍｉＲＮＡ模倣物は内在性ｍｉＲＮＡの機能を模倣し、成熟型の二本鎖分子または模倣性前駆体（もしくは例えばプレｍｉＲＮＡ）として設計され得る。ｍｉＲＮＡ模倣物は、修飾もしくは非修飾のＲＮＡ、ＤＮＡ、ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリッドで構成されていてもよく、別の核酸化学物質（例えば、ＬＮＡもしくは２’−Ｏ，４’−Ｃ−エチレン架橋型核酸（ＥＮＡ））で構成されていてもよい。成熟型の二本鎖ｍｉＲＮＡ模倣物では、二本鎖領域の長さは１３〜３３、１８〜２４または２１〜２３個のヌクレオチドとさまざまであり得る。また、ｍｉＲＮＡは、合計で少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９，２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９または４０個のヌクレオチドを含むものであり得る。ｍｉＲＮＡの配列は、プレｍｉＲＮＡの最初の１３〜３３個のヌクレオチドであり得る。また、ｍｉＲＮＡの配列は、プレｍｉＲＮＡの最後の１３〜３３個のヌクレオチドであり得る。
【０１３４】
ｍｉＲＮＡ模倣物の調製は、当該技術分野で知られた任意の方法、例えば、化学合成法または組換え法によって行なわれ得る。
【０１３５】
本明細書に示す上記の説明から、細胞とｍｉＲＮＡとの接触は、細胞を、例えば成熟二本鎖ｍｉＲＮＡ、プレｍｉＲＮＡまたはプリｍｉＲＮＡでトランスフェクトすることにより行なわれ得ることは認識されよう。
【０１３６】
プレｍｉＲＮＡ配列は４５〜９０、６０〜８０または６０〜７０個のヌクレオチドを含むものであり得る。
【０１３７】
プリｍｉＲＮＡ配列は４５〜３０，０００、５０〜２５，０００、１００〜２０，０００、１，０００〜１，５００または８０〜１００個のヌクレオチドを含むものであり得る。
【０１３８】
アンチセンス−アンチセンスは、遺伝子の発現を、そのｍＲＮＡと特異的にハイブリダイズさせることによって抑制または阻害するように設計された一本鎖ＲＮＡである。細菌の下方調節は、細菌遺伝子をコードしているｍＲＮＡ転写物と特異的にハイブリダイズし得るアンチセンスポリヌクレオチドを用いて行なわれ得る。
【０１３９】
細菌に特異的な特定の配列を効率的に下方調節するために使用され得るアンチセンス分子の設計は、アンチセンスアプローチに重要な２つの側面を考慮しながら行なわれなければならない。第１の側面は、適切な細胞の細胞質内へのオリゴヌクレオチドの送達であり、一方、第２の側面は、細胞内の指定されたｍＲＮＡにその翻訳を阻害する様式で特異的に結合するオリゴヌクレオチドの設計である。
【０１４０】
先行技術において、オリゴヌクレオチドを多種多様な細胞型に効率的に送達するために使用され得るいくつかの送達ストラテジーが教示されている［例えば、Ｊａｅａｅｓｋｅｌａｅｉｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  Ｌｅｔｔ．（２００２）７（２）：２３６−７；Ｇａｉｔ，Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ．（２００３）６０（５）：８４４−５３；Ｍａｒｔｉｎｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２００９）２００９：４１０２６０；Ｇｒｉｊａｌｖｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ  Ｔｈｅｒ  Ｐａｔ．（２０１４）２４（７）：８０１−１９；Ｆａｌｚａｒａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｔｈｅｒ．（２０１４）２４（１）：８７−１００；Ｓｈｉｌａｋａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｍｅｄ  Ｒｅｓ  Ｉｎｔ．（２０１４）２０１４：５２６３９１；Ｐｒａｋａｓｈ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．（２０１４）４２（１３）：８７９６−８０７およびＡｓｓｅｌｉｎｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｇｅｎｅ  Ｍｅｄ．（２０１４）１６（７−８）：１５７−６５参照］。
【０１４１】
また、標的ｍＲＮＡおよび該オリゴヌクレオチドの両方における構造的改変のエネルギー特性を説明する熱力学サイクルに基づいて、標的ｍＲＮＡに対して最も高いと予測される結合親和性を有する配列を同定するためのアルゴリズムも利用可能である［例えば、Ｗａｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  Ｂｉｏｅｎｇ  ６５：１−９（１９９９）参照］。かかるアルゴリズムは、細胞においてアンチセンスアプローチを実施するために成功裡に使用されている。
【０１４２】
また、インビトロシステムを用いて特定のオリゴヌクレオチドを設計し、その効率を予測するためのいくつかのアプローチも公表された（Ｍａｔｖｅｅｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １６：１３７４−１３７５（１９９８）］。
【０１４３】
したがって、非常に精密なアンチセンス設計アルゴリズムおよび多種多様なオリゴヌクレオチド送達系の作製により、当業者が、過度な試行錯誤の実験手法に頼る必要なく、既知配列の発現を下方調節するのに適したアンチセンスアプローチを設計および実施することが可能になる。
【０１４４】
細菌の必須遺伝子を下方調節し得る別の薬剤は、該遺伝子をコードしているｍＲＮＡ転写物を特異的に切断し得るリボザイム分子である。リボザイムは、目的のタンパク質をコードしているｍＲＮＡの切断による遺伝子発現の配列特異的阻害のために、ますます使用されてきている［Ｗｅｌｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．９：４８６−９６（１９９８）］。任意の特定の標的ＲＮＡを切断するためのリボザイムが設計可能なことにより、これが基礎研究および治療用途の両方において有益なツールとなっている。治療薬の分野では、リボザイムは、感染性疾患ではウイルスＲＮＡを、がんでは優性癌遺伝子を、および遺伝的障害では特定の体細胞変異を標的化するために利用されている［Ｗｅｌｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｄｉａｇｎ  Ｖｉｒｏｌ．１０：１６３−７１（１９９８）］。最も著名なものとして、ＨＩＶ患者に対するいくつかのリボザイム遺伝子療法プロトコルが既にフェーズ１の治験でなされている。さらに最近では、リボザイムが、トランスジェニック動物の研究、遺伝子標的の検証および経路の解明に使用されている。いくつかのリボザイムが種々の臨床試験段階である。ＡＮＧＩＯＺＹＭＥが、ヒト臨床試験での試験対象となった最初の化学合成リボザイムであった。ＡＮＧＩＯＺＹＭＥは、血管新生経路のカギとなる成分であるＶＥＧＦ−ｒ（血管内皮細胞増殖因子受容体）の形成を特異的に阻害する。Ｒｉｂｏｚｙｍｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．ならびに他の企業により、抗血管新生療法の重要性が動物モデルにおいて実証されている。ＨＥＰＴＡＺＹＭＥは、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）ＲＮＡを選択的に破壊するために設計されたリボザイムであり、これは、Ｃ型肝炎ウイルスＲＮＡの低減に有効であることが細胞培養アッセイにおいてわかった（Ｒｉｂｏｚｙｍｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ−ＷＥＢホームページ）。
【０１４５】
細菌の必須遺伝子を下方調節し得る別の薬剤はＲＮＡガイド型エンドヌクレアーゼ技術、例えばＣＲＩＳＰＲシステムである。
【０１４６】
本明細書で用いる場合、用語「ＣＲＩＳＰＲシステム」は、Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  Ｓｈｏｒｔ  Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  Ｒｅｐｅａｔｓ（クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート）としても知られており、集合的に、ＣＲＩＳＰＲ関連遺伝子の発現またはその活性の指令に関与している転写物および他のエレメント、例えば、Ｃａｓ遺伝子（例えば、ＣＲＩＳＰＲ関連エンドヌクレアーゼ９）をコードしている配列、ｔｒａｃｒ（トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ）配列（例えば、ｔｒａｃｒＲＮＡもしくは活性な部分ｔｒａｃｒＲＮＡ）、ｔｒａｃｒ−ｍａｔｅ配列（「直列反復配列」およびｔｒａｃｒＲＮＡプロセッシング型部分直列反復配列を包含している）またはガイド配列（「スペーサー」とも称される）、例えば限定されないが、ｃｒＲＮＡ配列（すなわち、標的特異性を付与するがｔｒａｃｒＲＮＡがＣａｓに結合することを要する内在性細菌ＲＮＡ）もしくはｓｇＲＮＡ配列（すなわち、単一のガイドＲＮＡ）をいう。
【０１４７】
一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲシステムの１つ以上のエレメントがＩ型、ＩＩ型またはＩＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムに由来するものである。一部の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲシステムの１つ以上のエレメント（例えば、Ｃａｓ）が、内在性ＣＲＩＳＰＲシステムを含む特定の生物体、例えば、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓまたはＴｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａに由来するものである。
【０１４８】
一般に、ＣＲＩＳＰＲシステムは、標的配列部位（内在性ＣＲＩＳＰＲシステムとの関連においてプロトスペーサーとも称される）でのＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を増進させるエレメントを特徴とする。
【０１４９】
ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成との関連において、「標的配列」は、ガイド配列（すなわち、ガイドＲＮＡ、例えば、ｓｇＲＮＡまたはｃｒＲＮＡ）が相補性を有するように設計される対象の配列をいい、この場合、標的配列とガイド配列間のハイブリダイゼーションによりＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が増進される。必ずしも完全な相補性は必要とされないが、ハイブリダイゼーションが引き起こされ、ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が増進されるのに充分な相補性が存在しているものとする。したがって、一部の実施形態によれば、標的配列との全体的相同性は５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または９９％であり得る。標的配列は、任意のポリヌクレオチド、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡポリヌクレオチドを含むものであり得る。一部の実施形態では、標的配列は細胞の核内または細胞質内に存在している。
【０１５０】
したがって、ＣＲＩＳＰＲシステムは、２つの相違する成分、標的配列にハイブリダイズするガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）と、ヌクレアーゼ（例えば、Ｔｙｐｅ−ＩＩ  Ｃａｓ９タンパク質）とを含むものであり、ここで、ｇＲＮＡが標的配列を標的化し、ヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９タンパク質）が該標的配列を切断する。ガイドＲＮＡは、内在性細菌ｃｒＲＮＡとｔｒａｃｒＲＮＡの組合せを含むものであってもよい、すなわち、ｇＲＮＡがｃｒＲＮＡの標的化特異性とｔｒａｃｒＲＮＡの足場特性（Ｃａｓ９結合に必要とされる）とを兼ね備えている。あるいはまた、ガイドＲＮＡは、Ｃａｓに直接結合し得る単一のガイドＲＮＡであってもよい。
【０１５１】
典型的には、内在性ＣＲＩＳＰＲシステムとの関連において、ＣＲＩＳＰＲ複合体（標的配列にハイブリダイズし、１種類以上のＣａｓタンパク質と複合体形成するガイド配列を含む）の形成により、標的配列内で、または標的配列付近（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０塩基対もしくはそれ以上の塩基対以内）で一方または両方の鎖の切断がもたらされる。理論に拘束されることを望まないが、ｔｒａｃｒ配列（これは、野生型ｔｒａｃｒ配列の全部または一部（例えば、野生型ｔｒａｃｒ配列の約２０、２６、３２、４５、４８、５４、６３、６７、８５個もしくはそれ以上のヌクレオチドもしくはこれらの個数より多くのヌクレオチド）を含むもの、あるいは該配列の全部または一部からなるものであり得る）はまた、例えば、ｔｒａｃｒ配列の少なくとも一部分に沿った、ガイド配列に作動可能に連結されたｔｒａｃｒ  ｍａｔｅ配列の全部または一部とのハイブリダイゼーションにより、ＣＲＩＳＰＲ複合体の一部を形成していてもよい。
【０１５２】
一部の実施形態では、ｔｒａｃｒ配列はｔｒａｃｒ  ｍａｔｅ配列と、ハイブリダイズしてＣＲＩＳＰＲ複合体の形成に関与するのに充分な相補性を有するものである。標的配列の場合と同様、完全な相補性は必要ないが、機能的であるのに充分であるものとする。一部の実施形態では、ｔｒａｃｒ配列は、最適にアラインメントした場合、ｔｒａｃｒ  ｍａｔｅ配列の長さに沿って少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または９９％の配列相補性を有するものである。
【０１５３】
細胞内へのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓの導入はＣＲＩＳＰＲシステムの１つ以上のエレメントの１種類以上のベクターによる駆動発現を用いて、ＣＲＩＳＰＲシステムの該エレメントの発現によって１つ以上の標的部位においてＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が指令されるように行なわれ得る。例えば、Ｃａｓ酵素、ｔｒａｃｒ−ｍａｔｅ配列に連結されたガイド配列およびｔｒａｃｒ配列が各々、別個のベクター上の別個の調節エレメントに作動可能に連結され得る。あるいはまた、同じまたは異なる調節エレメントから発現されるエレメントのうちの２つ以上を単一のベクター内に合わせてもよく、１種類以上のさらなるベクターによって、第１のベクターに含まれていないＣＲＩＳＰＲシステムの任意の成分を提供してもよい。単一のベクター内に合わせたＣＲＩＳＰＲシステムのエレメントを任意の適当な向きに配置してもよい（例えば、第１のエレメントを第２のエレメントの５’側（「上流」側）または３’側（「下流」側）に存在させる）。第１のエレメントのコード配列を第２のエレメントのコード配列の同じ鎖上に存在させてもよく、反対の鎖上に存在させてもよく、同じ向きにしても反対の向きにしてもよい。単一のプロモーターによってＣＲＩＳＰＲ酵素をコードしている転写物の発現を駆動してもよく、ガイド配列、ｔｒａｃｒ  ｍａｔｅ配列（任意選択で、該ガイド配列に作動可能に連結させる）およびｔｒａｃｒ配列のうちの１つ以上を１つ以上のイントロン配列内に組み入れてもよい（例えば、各々を異なるイントロン内に、２つ以上を少なくとも１つのイントロン内に、または全部を単一のイントロン内に）。
【０１５４】
細菌の必須遺伝子の発現を調節するさらなる方法は、三重鎖形成オリゴヌクレオチド（ＴＦＯ）によるものである。最近の研究により、二本鎖らせんＤＮＡ内のポリプリン／ポリピリミジン領域を配列特異的様式で認識して結合することができるＴＦＯを設計することができることが示されている。このような認識規則は、Ｍａｈｅｒ  ＩＩＩ，Ｌ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９８９；２４５：７２５−７３０；Ｍｏｓｅｒ，Ｈ．Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９８７；２３８：６４５−６３０；Ｂｅａｌ，Ｐ．Ａ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９２；２５１：１３６０−１３６３；Ｃｏｏｎｅｙ，Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９８８；２４１：４５６−４５９；およびＨｏｇａｎ，Ｍ．Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．，ＥＰ特許出願公開公報第３７５４０８号に概要が示されている。オリゴヌクレオチドの修飾、例えば、インターカレーターの導入および主鎖の置換ならびに結合条件（ｐＨおよびカチオン濃度）の最適化は、ＴＦＯ活性に対する固有の障害物、例えば、電荷の反発力および不安定性の解決の一助となっており、最近、合成オリゴヌクレオチドを特定の配列に標的化することができることが示された（最近の概説については、Ｓｅｉｄｍａｎ  ａｎｄ  Ｇｌａｚｅｒ，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ２００３；１１２：４８７−９４を参照のこと）。
【０１５５】
一般に、三重鎖形成オリゴヌクレオチドは配列対応：
オリゴ    ３’−−Ａ  Ｇ  Ｇ  Ｔ
二本鎖    ５’−−Ａ  Ｇ  Ｃ  Ｔ
二本鎖    ３’−−Ｔ  Ｃ  Ｇ  Ａ
を有する。
【０１５６】
しかしながら、Ａ−ＡＴおよびＧ−ＧＣトリプレットが最も大きな三重らせん安定性を有することが示されている（Ｒｅｉｔｈｅｒ  ａｎｄ  Ｊｅｌｔｓｃｈ，ＢＭＣ  Ｂｉｏｃｈｅｍ，２００２，Ｓｅｐｔ１２，Ｅｐｕｂ）。同じ著者らにより、Ａ−ＡＴおよびＧ−ＧＣ規則に従って設計されたＴＦＯは非特異的三重鎖を形成せず、三重鎖形成が実際に配列特異的であることを示すことが実証されている。
【０１５７】
したがって、調節領域内の任意の所与の配列に対して三重鎖形成配列が考案され得る。三重鎖形成オリゴヌクレオチドは好ましくは少なくとも１５、より好ましくは２５、さらにより好ましくは３０またはそれ以上のヌクレオチド長であって、５０または１００ｂｐまでである。
【０１５８】
ＴＦＯを用いた細胞のトランスフェクション（例えば、カチオン性リポソームによる）および標的ＤＮＡとの三重らせん構造の形成により立体構造および機能の変化が誘導され、転写の開始および伸長がブロックされ、内在性ＤＮＡ内への所望の配列変更の導入が可能になり、遺伝子発現の特異的下方調節がもたらされる。ＴＦＯで処理した細胞におけるかかる遺伝子発現の抑制の例としては、哺乳動物細胞におけるエピソームｓｕｐＦＧ１および内在性ＨＰＲＴ遺伝子のノックアウト（Ｖａｓｑｕｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１９９９；２７：１１７６−８１およびＰｕｒｉ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２００１；２７６：２８９９１−９８）、ならびに前立腺がんの病因に重要なＥｔｓ２転写因子の発現の配列特異的および標的特異的下方調節（Ｃａｒｂｏｎｅ，ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ．２００３；３１：８３３−４３）、ならびに炎症促進性ＩＣＡＭ−１遺伝子（Ｂｅｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２００２；２７７：３２４７３−７９）の発現の配列特異的および標的特異的下方調節が挙げられる。また、ＶｕｙｉｓｉｃｈおよびＢｅａｌにより、最近、配列特異的ＴＦＯはｄｓＲＮＡに結合して、ｄｓＲＮＡ依存性酵素、例えばＲＮＡ依存性キナーゼの活性を阻害し得ることが示されている（Ｖｕｙｉｓｉｃｈ  ａｎｄ  Ｂｅａｌ，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２０００；２８：２３６９−７４）。
【０１５９】
さらに、上記の原則に従って設計されたＴＦＯは、ＤＮＡ修復を行ない得る特異的変異誘発を誘導し、したがって、内在性遺伝子の発現の下方調節と上方調節の両方をもたらし得る（Ｓｅｉｄｍａｎ  ａｎｄ  Ｇｌａｚｅｒ，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ２００３；１１２：４８７−９４）。有効なＴＦＯの設計、合成および投与の詳細な説明は、Ｆｒｏｅｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．の米国特許出願公開第２００３０１７０６８号および同第２００３０９６９８０号ならびにＥｍａｎｕｅｌｅ  ｅｔ  ａｌ．の同第２０００１２８２１８号および同第２００２０１２３４７６号ならびにＬａｗｎに対する米国特許第５，７２１，１３８号をみるとよい。
【０１６０】
一部の実施形態では、投与は、有効な（例えば、治療に有効な）量またはその他の様式で望ましい量の組成物を個体に投与する任意の手段を含む。一部の実施形態では、組成物の投与は、任意の経路、例えば腸管外経路および非腸管外経路の投与などによる投与を含む。腸管外経路としては、例えば、動脈内、脳室内、頭蓋内、筋肉内、腹腔内、胸腔内、門脈内、脊髄内、髄腔内、静脈内、皮下または他の経路の注射が挙げられる。非腸管外経路としては、例えば、口腔内、経鼻、経眼、経口、経肺、経直腸、経皮または経膣が挙げられる。また、投与は連続輸注、局所投与、埋入物（ゲル、膜など）からの徐放および／または静脈内注射によるものであってもよい。
【０１６１】
一部の実施形態では、組成物は、具体的な所望の転帰（例えば、特定の細菌種の下方調節）と相関する量で、および／または該転帰と相関する投与レジメンに従って投与される。
【０１６２】
本発明に従って投与される具体的な用量または量は、例えば、所望の転帰の性質および／または程度、投与の経路および／またはタイミングの詳細および／または１つ以上の特性（例えば、体重、年齢、個人歴、遺伝的特質、ライフスタイルパラメータ、糖尿病の重症度および／または糖尿病のリスクレベルなど、あるいはその組合せ）に応じて異なり得る。かかる用量または量は当業者によって決定され得る。一部の実施形態では、適切な用量または量は、標準的な臨床手法に従って決定される。択一的または付加的に、一部の実施形態では、適切な用量または量は、投与される望ましいまたは最適な投薬量範囲または量の特定を補助する１つ以上のインビトロまたはインビボアッセイの使用によって決定される。
【０１６３】
一部の特定の実施形態では、投与される適切な用量または量は、インビトロ試験系または動物モデル試験系で作成した用量応答曲線から外挿され得る。具体的な個体に投与される有効な用量または量は、該個体の必要に応じて経時的に変更（例えば、増加または減少）してもよい。一部の実施形態では、細菌を投与する場合、適切な投薬量は、少なくとも約１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００個またはそれ以上の細菌細胞を含むものである。一部の実施形態では、本発明は、約１０００個またはそれ以上より多い数の細菌細胞（例えば、約１５００、２０００、２５００、３０００、３５０００、４０００、４５００、５０００、５５００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，０００、１５，０００、２０，０００、２５，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、７５，０００、１００，０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、６００，０００、７００，０００、８００，０００、９００，０００、１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３またはそれ以上より多くの細菌）を供給することにより、より大きな有益性が得られ得るという認識を包含している。
【０１６４】
別の実施形態によれば、特定の細菌を特異的に低減し得る薬剤は抗生物質である。
【０１６５】
本明細書で用いる場合、用語「抗生剤」は、天然の供給源から単離されたか、または天然の供給源から単離された抗生剤から誘導したものであって、細菌および他の微生物を破壊するか、またはその増殖を阻害する能力を有し、主に感染性疾患の処置に使用される一群の化学物質をいう。抗生剤の例としては、限定されないが；アミカシン；アモキシシリン；アンピシリン；アジスロマイシン；アズロシリン；アズトレオナム；アズトレオナム；カルベニシリン；セファクロル；セフェピム；セフェタメト；セフィネタゾール（Ｃｅｆｉｎｅｔａｚｏｌｅ）；セフィキシム；セフォニシド；セフォペラゾン；セフォタキシム；セフォテタン；セフォキシチン；セフポドキシム；セフプロジル；セフスロジン；セフタジジム；セフチゾキシム；セフトリアキソン；セフウロキシム；セファレキシン；セファロチン；セスロマイシン；クロラムフェニコール；シノキサシン；シプロフロキサシン；クラリスロマイシン；クリンダマイシン；クロキサシリン；コ−アモキシクラブアネート（Ｃｏ−ａｍｏｘｉｃｌａｖｕａｎａｔｅ）；ダルババンシン；ダプトマイシン；ジクロキサシリン；ドキシサイクリン；エノキサシン；エリスロマイシンエストレート；エリスロマイシンエチルコハク酸エステル；エリスロマイシングルコヘプトネート；エリスロマイシンラクトビオネート；エリスロマイシンステアレート；エリスロマイシン；フィダキソマイシン；フレロキサシン；ゲンタマイシン；イミペネム；カナマイシン；ロメフロキサシン；ロラカルベフ；メチシリン；メトロニダゾール；メズロシリン；ミノサイクリン；ムピロシン；ナフシリン；ナリジクス酸；ネチルマイシン；ニトロフラントイン；ノルフロキサシン；オフロキサシン；オキサシリン；ペニシリンＧ；ピペラシリン；レタパムリン；リファキシミン、リファンピン；ロキシスロマイシン；ストレプトマイシン；スルファメトキサゾール；テイコプラニン；テトラサイクリン；チカルシリン；チゲサイクリン；トブラマイシン；トリメトプリム；バンコマイシン；ピペラシリンとタゾバクタムの組合せ；およびこれらの種々の塩、酸、塩基および他の誘導体が挙げられる。抗菌性抗生剤としては、限定されないが、アミノグリコシド、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、セファマイシン、フルオロキノロン、グリコペプチド、リンコサミド、マクロライド、モノバクタム、ペニシリン、キノロン、スルホンアミドおよびテトラサイクリンが挙げられる。
【０１６６】
また、抗菌剤としては抗菌性ペプチドも挙げられる。例としては、限定されないが、アバエシン（ａｂａｅｃｉｎ）；アンドロピン（ａｎｄｒｏｐｉｎ）；アピダエシン（ａｐｉｄａｅｃｉｎ）；ボンビニン（ｂｏｍｂｉｎｉｎ）；ブレビニン（ｂｒｅｖｉｎｉｎ）；ブホリン（ｂｕｆｏｒｉｎ）ＩＩ；ＣＡＰ１８；セクロピン；セラトトキシン（ｃｅｒａｔｏｔｏｘｉｎ）；ディフェンシン；デルマセプチン（ｄｅｒｍａｓｅｐｔｉｎ）；デルムシジン（ｄｅｒｍｃｉｄｉｎ）；ドロソマイシン（ｄｒｏｓｏｍｙｃｉｎ）；エスクレンチン（ｅｓｃｕｌｅｎｔｉｎ）；インドリシジン；ＬＬ３７；マガイニン；マキシマム（ｍａｘｉｍｕｍ）Ｈ５；メリチン；モリシン（ｍｏｒｉｃｉｎ）；プロフェニン（ｐｒｏｐｈｅｎｉｎ）；プロテグリン（ｐｒｏｔｅｇｒｉｎ）；およびまたはタキプレシンが挙げられる。
【０１６７】
特定の一実施形態によれば、抗生物質は非吸収性抗生物質である。
【０１６８】
本出願から成立する特許の存続期間中に、多くの関連抗生物質が開発されることが予測され、抗生物質という用語の範囲は、かかるあらゆる新技術を先験的に包含していることを意図する。
【０１６９】
本明細書で用いる場合、用語「約」は±１０％をいう。
【０１７０】
用語“ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ（〜を含む）”、“ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（〜を含む）”、“ｉｎｃｌｕｄｅｓ（〜を含む）”、“ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（〜を含む）”、“ｈａｖｉｎｇ（〜を有する）”およびこれらの活用形は“ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  ｂｕｔ  ｎｏｔ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｔｏ（〜を含むが、それ（ら）に限定されない）”を意味する。
【０１７１】
用語“ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ（からなる）”は“ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  ａｎｄ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｔｏ（〜を含み、それ（ら）に限定される）”を意味する。
【０１７２】
用語“ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ（本質的に〜からなる）”は、組成物、方法または構造がさらなる成分、工程および／または部分を含んでいてもよいが、該さらなる成分、工程および／または部分が、請求項に記載の組成物、方法または構造の基本的特徴および新規な特徴を実質的に改変しない場合に限ることを意味する。
【０１７３】
本明細書で用いる場合、単数系“ａ”、“ａｎ”および“ｔｈｅ”は、本文中にそうでないことが明示されていない限り、複数の指示対象物を包含している。例えば、用語“ａ  ｃｏｍｐｏｕｎｄ（化合物）”または“ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｏｎｅ  ｃｏｍｐｏｕｎｄ（少なくとも１種類の化合物）”には複数の化合物（その混合物を含む）が包含され得る。
【０１７４】
本出願全体を通して、本発明の種々の実施形態を範囲形式で示している場合があり得る。範囲形式での説明は、便宜上、略したものにすぎないことを理解されたく、本発明の範囲に対する柔軟性のない限定であると解釈されるべきでない。したがって、範囲の説明は、考えられ得る部分的範囲ならびに該範囲内の個々の数値のすべてが具体的に開示されているとみなされたい。例えば、１〜６などの範囲の説明は、例えば、１〜３、１〜４、１〜５、２〜４、２〜６、３〜６などの部分的範囲ならびに該範囲内の個々の数値、例えば、１、２、３、４、５および６が具体的に開示されているとみなされたい。これは、範囲の幅に関係なく適用される。
【０１７５】
本明細書で用いる場合、用語「方法」は、所与のタスクを遂行するための様式、手段、手法および手順、例えば限定されないが、化学、薬理学、生物学、生化学および医学の分野の当業者に既知であるか、または該当業者よって既知の様式、手段、手法および手順から容易に開発されるかのいずれかである様式、手段、手法および手順をいう。
【０１７６】
本明細書で用いる場合、用語「処置する」には、病状の進行を消去、実質的に抑止、低速化もしくは逆転させること、病状の臨床的もしくは美容的症状を実質的に改善すること、または病状の臨床的もしくは美容的症状の出現を実質的に予防することが包含される。
【０１７７】
明瞭性重視のため、別々の実施形態との関連において記載している本発明の特定の特色はまた、単一の実施形態において組み合わせて提供してもよいことは認識されよう。逆に、簡潔性重視のため、単一の実施形態との関連において記載している本発明の種々の特色はまた、別々に、または任意の適当な下位の組合せで、もしくは本発明の記載の任意の他の実施形態において適するものとして提供してもよい。種々の実施形態との関連において記載した特定の特色は、このような要素なしでは該実施形態が実施不可である場合を除き、該実施形態の必須の特色であるとみなされるべきでない。
【０１７８】
本明細書において上記に詳述し、以下の特許請求の範囲のセクションにおいて請求項に記載する本発明の種々の実施形態および態様は、以下の実施例において、実験による裏付けが見出されよう。
【０１７９】
実施例
次に、以下の実施例について言及する。この実施例は上記の説明と一緒に、本発明の一部の実施形態を非限定的な様式で例示するものである。
【０１８０】
一般的に、本明細書で用いている命名法および本明細書で用いている実験室的手順は、分子的、生化学的、微生物学的および組換えＤＮＡ手法を含む。かかる手法は文献に充分に説明されている。例えば、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，（１９８９）；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＩＩ  Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｒ．Ｍ．編（１９９４）；Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ（１９８９）；Ｐｅｒｂａｌ，“Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ”，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８８）；Ｗａｔｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＤＮＡ”，Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｂｏｏｋｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；Ｂｉｒｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（編）“Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  Ｓｅｒｉｅｓ”，Ｖｏｌｓ．１−４，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９８）；米国特許第４，６６６，８２８号；同第４，６８３，２０２号；同第４，８０１，５３１号；同第５，１９２，６５９号；および同第５，２７２，０５７号；“Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ”，Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＩＩ  Ｃｅｌｌｉｓ，Ｊ．Ｅ．編（１９９４）；“Ｃｕｌｔｕｒｅ  ｏｆ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌｓ  −  Ａ  Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｂａｓｉｃ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ”（Ｆｒｅｓｈｎｅｙによる），Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ，Ｎ．Ｙ．（１９９４），Ｔｈｉｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＩＩ  Ｃｏｌｉｇａｎ  Ｊ．Ｅ．編（１９９４）；Ｓｔｉｔｅｓ  ｅｔ  ａｌ．（編），“Ｂａｓｉｃ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”（８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ），Ａｐｐｌｅｔｏｎ  ＆  Ｌａｎｇｅ，Ｎｏｒｗａｌｋ，ＣＴ（１９９４）；Ｍｉｓｈｅｌｌ  ａｎｄ  Ｓｈｉｉｇｉ（編），“Ｓｅｌｅｃｔｅｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８０）に示された方法論を参照のこと；利用可能なイムノアッセイは特許および科学文献に広く説明されており、例えば、米国特許第３，７９１，９３２号；同第３，８３９，１５３号；同第３，８５０，７５２号；同第３，８５０，５７８号；同第３，８５３，９８７号；同第３，８６７，５１７号；同第３，８７９，２６２号；同第３，９０１，６５４号；同第３，９３５，０７４号；同第３，９８４，５３３号；同第３，９９６，３４５号；同第４，０３４，０７４号；同第４，０９８，８７６号；同第４，８７９，２１９号；同第５，０１１，７７１号および同第５，２８１，５２１号；“Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅ���ｉｓ”Ｇａｉｔ，Ｍ．Ｊ．編（１９８４）；“Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ”Ｈａｍｅｓ，Ｂ．Ｄ．，ａｎｄ  Ｈｉｇｇｉｎｓ  Ｓ．Ｊ．編（１９８５）；“Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ”Ｈａｍｅｓ，Ｂ．Ｄ．，ａｎｄ  Ｈｉｇｇｉｎｓ  Ｓ．Ｊ．編（１９８４）；“Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ”Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，Ｒ．Ｉ．編（１９８６）；“Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ”ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，（１９８６）；“Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ”Ｐｅｒｂａｌ，Ｂ．，（１９８４）ａｎｄ“Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”Ｖｏｌ．１−３１７，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ；“ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  Ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ（１９９０）；Ｍａｒｓｈａｋ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  −  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｃｏｕｒｓｅ  Ｍａｎｕａｌ”ＣＳＨＬ  Ｐｒｅｓｓ（１９９６）を参照のこと；これらはすべて、引用により、あたかも本明細書に完全に示されているかのごとく組み込まれる。他の一般的な参考文献も本文書の至る箇所に示している。該参考文献に記載の手順は、当該技術分野でよく知られていると思われ、読み手に対する便宜のために示している。該参考文献に含まれた情報はすべて、引用により本明細書に組み込まれる。
【実施例１】
【０１８１】
実施例１
細菌群に対する食事内容の効果
材料および方法
１６名の血糖応答異常および健常な参加者が、食事内容介入の３週間の実験に参加した。最初の週はプロファイリング週間とし、ここでは、２つの個別化試験食内容：（１）１つは、１週間を通して、「良」（低）食後血中ブドウ糖応答を有することが予測される個別化食事内容；および（２）１つは、１週間を通して、「悪」（高）食後血中ブドウ糖応答を有することが予測される個別化食事内容をコンピュータ登録した。本発明者らは「良」の個別化食事内容の週では「悪」の個別化食事内容を与えた週と比べて低い血中ブドウ糖応答が実際に誘導されるかどうかを評価した。
【０１８２】
実験の前に、栄養士が、個人別に調整した６日分の食事内容を以下のとおりに計画した：各参加者は、１日あたりどれだけ多くの食事およびカロリーを摂取するかを決めた。６日間の食事はすべて異なり、毎日、同じ回数の食事とカロリーを摂り、次の食事まで少なくとも３時間空けた。食事の内容は、参加者が、自身の味覚と通常の食事内容と合うように決めた。例えば、参加者は、以下のような：３００カロリーの朝食、２００カロリーのブランチ、５００カロリーの昼食（ｌａｕｎｃｈ）、２００カロリーの軽食および８００カロリーの夕食の１日５回の食事カテゴリーで摂食することを選択し得る。参加者は、各食事カテゴリー（本実施例では５回の食事カテゴリー：朝食、ブランチ、昼食、軽食および夕食）について、すべての朝食が最大偏差１０％で等カロリーとなることが確実になるように、栄養士の助けを伴って６つの異なる選択肢から決める。
【０１８３】
実験は、参加者から血液試料および人体計測の測定値を採取することから始め、参加者を持続ブドウ糖モニターに接続し、６日間の食事内容を開始するとともに、試験期間中に摂食された食事をすべて記録した。実験の７日目、参加者に標準的な（５０ｇ）経口ブドウ糖負荷試験を実施した後、その日は１日を通して通常どおりに摂食した。最初の週を「混合週間」と称し、参加者をさまざまな食物に曝露し、その後、どの食事が比較的「良」および「悪」であるか、すなわち、どの食事で、それぞれ低ブドウ糖応答および高ブドウ糖応答がもたらされるかを判定した。血中ブドウ糖レベルを、持続ブドウ糖モニター（Ｍｅｄｔｒｏｎｉｃ  ｉＰｒｏ２）を用いて、５分間の高時間的分解能でモニタリングした。ブドウ糖値の上昇およびブドウ糖増分の曲線下面積（ＡＵＣ）を各食事のたびに測定した。食事カテゴリーごとに最良と最悪の２つの食事を選択したときに低応答から高応答になる食事が選択された場合、良食事および悪食事を記録した。
【０１８４】
良食事と悪食事を選択した後、参加者は、さらに２週間の実験を継続し、これを試験週間とした。「良週間」は良食事のみで構成し、「悪週間」は「悪」（高）血中ブドウ糖応答が誘導されることが予測される食事のみで構成した。１週間は、上記のとおりの６日間の食事内容と１日の５０グラムのブドウ糖負荷試験で構成した。これらの週の順序は無作為に選択し、参加者にも栄養士にもこれらの週の順序は公表しなかった。３週間後、週間同士のブドウ糖レベルを比較した。
【０１８５】
これまでに、１６例の個体が実験を終了し、そのうち１０例が血糖応答異常を有し、６例が健常であった。
【０１８６】
細菌試料：細菌試料を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＮｅｘｔＳｅｑ  ５００シーケンサーを使用し、試料１つあたり少なくとも１００万リードで１００ｂｐペアエンド（ｐａｉｒｅｄ−ｅｎｄ）シーケンシングを行なった。リードを完全ゲノムのＮＣＢＩの非重複データベースにＧＥＭマッピング装置を用いてマッピングし、次いで、細菌の相対存在度をコンピュータ登録した。任意の試料の少なくとも０．１％の相対存在度でみられた細菌をモニタリングした。
【０１８７】
結果
「良」食事と「悪」食事を正しくカテゴリー分類した：２つの試験週間で試験した食事の圧倒的多数が予測（低／高）どおりのブドウ糖応答を示すことがわかった。
【０１８８】
「良」週間の食事後、「悪」週間と比べて平均ＡＵＣの有意な改善が観察された。この結果は、健常個体および耐糖能異常個体の両方についてあてはまり、このとき、後者の群の方が「良」週間と「悪」週間の差が大きかった（図１）。
【０１８９】
「良」週間後または「悪」週間後のいずれかで相対存在度が有意に変化する８０種類の細菌が同定された。これらの細菌は、以下のとおりの介入の標的候補を表す：有益細菌は、存在度が良週間中に有意に増大するか、または悪週間中に有意に低下するものであり；有害細菌は、存在度が悪週間中に有意に増大するか、または良週間中に有意に低下するものである。前糖尿病の被験体において変化した細菌を、本明細書において以下の表１にまとめる。
【０１９０】
【表１】
2018515564.tif 000003
2018515564.tif 000004
2018515564.tif 000005
2018515564.tif 000006
2018515564.tif 000007
2018515564.tif 000008
【０１９１】
健常被験体において変化した細菌を、本明細書において以下の表２にまとめる。
【０１９２】
【表２】
2018515564.tif 000009
2018515564.tif 000010
【０１９３】
表１および２の２列目と３列目には、それぞれ、良週間中および悪週間中の存在度の変化（ｌｏｇ＿１０）を示している。４列目と５列目は、これらの存在度の変化のｐ値を表す。
【０１９４】
食事内容介入週間中に有意に変化することを本発明者らがみつけた８０種類の細菌のうち、ほとんどは、細菌−宿主関係と関連していることが以前に示されているものであった。例えば、通常は消化が悪い食事多糖類の加水分解に有益で重要な細菌とみなされている細菌Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎは、ブドウ糖応答異常を有する個体において、悪週間中は相対存在度が低下し、良週間中は増大する（図２Ａ〜Ｂ）。
【実施例２】
【０１９５】
実施例２
細菌は、食物に対する高血中ブドウ糖応答と有意に関連している
１８２名の参加者をプロファイリングして、全体的な血中ブドウ糖応答（「ブドウ糖中央値」）ならびに糖質摂取に対する感受性（「糖質応答」）を比較した。ブドウ糖中央値を、全週における血中ブドウ糖レベルの中央値としてコンピュータ登録し、この間、参加者には持続ブドウ糖モニターを接続した。糖質応答は、全週において摂取された全食事に対する参加者のブドウ糖応答を食事に含まれる糖質の量（単位：グラム）と関連付けたグラフの線形勾配となった。大きい勾配は、食事に含まれる糖質の量に対する個体のブドウ糖応答の高い感受性を示し、小さい勾配は糖質摂取に対する低い感受性を示す（図３Ａ〜Ｂ）。
【０１９６】
これらのフィーチャー（ブドウ糖中央値および糖質応答）の各々について、該フィーチャーと複数の異なる微生物叢シグネチャーとの連関をコンピュータ登録した。
【０１９７】
各試験を、異なる型の統計的検定（ｔ検定、マン・ホイットニー、ピアソンおよびスピアマン相関）を用いて実施し、多重仮説検定のためにＦＤＲを用いて補正した。図４〜６は、種々のフィーチャーと有意に関連している一群の細菌を示す。赤色は、そのフィーチャーとの有意な正の連関を示し、青色は有意な負の連関を示す。連関は、門、属、種レベルで実施し、また、ＫＥＧＧ代謝のパスウェイおよびモジュールレベルでも実施した。
【実施例３】
【０１９８】
実施例３
食後応答、臨床データおよび腸内微生物叢の測定
材料および方法
試験計画：試験参加者はインフォームドコンセントが得られ、血糖値測定器を操作できる年齢が１８〜７０歳の健常個体であった。試験前、参加者は、病気、生活様式および栄養に関する質問票に回答した。接続週間の開始時、人体計測、血圧および心拍数の測定をＣＲＡまたは有資格看護師が行なうとともに、血液検査も行なった。ブドウ糖の測定は、ＥｎｌｉｔｅＴＭセンサーを有するｉＰｒｏ２ＴＭ  ＣＧＭ（Ｍｅｄｔｒｏｎｉｃ，ＭＮ，ＵＳＡ）（必要に応じて、ＣｏｎｔｏｕｒＴＭ  ＢＧＭ（Ｂａｙｅｒ  ＡＧ，Ｌｅｖｅｒｋｕｓｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて独立して較正）を用いて７日間行なった。この週の間、参加者は、食事および規定食を含む１日の生活動作をすべて、リアルタイムで自身のスマートフォンを用いて記録するように指示され；食事は厳密な成分と重量で記録した。
【０１９９】
規定食．参加者は、５０ｇの利用可能糖質を有するように計算された規定食（ブドウ糖、パン、パンとバター、パンとチョコレートと果糖）を摂取した。参加者は、このような食事を、夜間絶食の直後に摂るように、食事を修正しないように、および摂食前と摂食後２時間は食べることと激しい身体活動を行なうことを控えるように指示された。
【０２００】
便試料の採取．参加者から、印刷された詳細な使用説明書を用いて便試料を採取した。試料採取は、同じ人に対してスワブ（Ｎ＝７７６）またはスワブとＯＭＮＩｇｅｎｅ−ＧＵＴ（ＯＭＲ−２００；ＤＮＡ  Ｇｅｎｏｔｅｋ）便採取キットの両方（Ｎ＝４１３，相対存在度（ＲＡ）を用いて行なった。スワブとＯＭＮＩｇｅｎｅ−ＧＵＴ採取法）間の相関性は高い（Ｒ＝０．９９  Ｐ＜１０−１０）。採取した試料を即座に家庭用フリーザー（−２０℃）内に保存し、提供された保冷容器に入れて検査施設に移し、ここで、ＤＮＡ抽出まで−８０℃（ＯＭＮＩＩｇｅｎｅ−ＧＵＴキットは−２０℃）で保存した。試料はすべて、接続週間開始の３日以内に採取した。
【０２０１】
ゲノムＤＮＡの抽出およびフィルタリング．ゲノムＤＮＡを、Ｔｅｃａｎ自動化プラットフォームのために最適化したＰｏｗｅｒＭａｇ  Ｓｏｉｌ  ＤＮＡ単離キット（ＭｏＢｉｏ）を用いて精製した。ショットガンシーケンシングのため、１００ｎｇの精製ＤＮＡを、Ｃｏｖａｒｉｓ  Ｅ２２０Ｘ超音波装置を用いて剪断した。Ｉｌｌｕｍｉｎａコンパチブルライブラリーを、記載の通りに調製した（Ｓｕｅｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングのため、５１５Ｆ／８０６Ｒ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子プライマーを用いたＶ３／４領域のＰＣＲ増幅を行ない、続いて、５００ｂｐペアエンドシーケンシング（Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ）を行なった。
【０２０２】
微生物の分析．本発明者らは、ＵＳｅａｒｃｈ８．０（Ｅｄｇａｒ，２０１３）を用いて１６Ｓ  ｒＲＮＡリードからＲＡを得た。本発明者らは、Ｉｌｌｕｍｉｎａアダプターを含むメタゲノムリードをフィルタリングし、低質リードをフィルタリングし、低質リード端をトリミングした。本発明者らはＧＥＭ（Ｍａｒｃｏ−Ｓｏｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）を用いて、包括パラメータを有するヒトゲノムにマッピングすることにより宿主ＤＮＡを検出し、該リードを除外した。本発明者らは、メタゲノムシーケンシングからＲＡを、ＭｅｔａＰｈｌＡｎ２（Ｔｒｕｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）によりデフォルトパラメータを用いて得た。本発明者らは、長さ標準化ＲＡの遺伝子（ＧＥＭを用いて（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）の参照カタログへの同様のマッピングによって得た）を、ＫＥＧＧ  Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙ（ＫＯ）エントリー（Ｋａｎｅｈｉｓａ  ａｎｄ  Ｇｏｔｏ，２０００）に割り当て、次いで、これを合計１に正規化した。本発明者らは、ＫＥＧＧのモジュールおよびパスウェイのＲＡを、合計することによって計算した。本発明者らは、＞１０Ｋリードの１６Ｓ  ｒＲＮＡおよび＞１０Ｍのメタゲノムリード（食事内容介入コホートにおける毎日の試料では＞１．５Ｍ）の試料のみを考慮した。
【０２０３】
ＰＰＧＲとリスクファクターおよび微生物叢プロファイルとの連関．本発明者らは、少なくとも４回の規定食を摂った各参加者について、規定食に対するＰＰＧＲ中央値を計算し、これを臨床パラメータと相関させた（ピアソン）。また、本発明者らは、各規定食の反復（実施された場合）の平均ＰＰＧＲも計算し、その値を（ａ）血液検査；（ｂ）人体計測の測定値；（ｃ）種から門レベルでの１６Ｓ  ｒＲＮＡ  ＲＡ；（ｄ）ＭｅｔａＰｈｌＡｎタグレベルＲＡ；および（ｅ）ＫＥＧＧ遺伝子のＲＡと相関させた（ピアソン）。本発明者らは、最低１ｅ−４（１６Ｓ  ｒＲＮＡ）、１ｅ−５（ＭｅｔａＰｈｌＡｎ）および２ｅ−７（ＫＥＧＧ遺伝子）でＲＡをキャッピングした。１６Ｓ  ｒＲＮＡ分析では、本発明者らは、参加者の２０％未満に存在するタクソンを除外した。ＲＡに関する相関を対数間隔で実施した。
【０２０４】
高い系統発生的レベル（ｄ）およびＫＥＧＧのパスウェイとモジュール（ｅ）のエンリッチメント解析を、高位群に含まれるタグまたは遺伝子の上記の相関性（ｄ，ｅ）の−ｌｏｇ（Ｐ値）＊ｓｉｇｎ（Ｒ）と、残りのタグまたは遺伝子の相関性の−ｌｏｇ（Ｐ値）＊ｓｉｇｎ（Ｒ）間のマン・ホイットニーＵ検定によって実施した。
【０２０５】
ＦＤＲ補正．ＦＤＲは、図７の解析の連関試験（例えば、血液検査との）で；図１０Ａ〜Ｅの系統発生的レベルで、試験変数（例えば、ブドウ糖規定ＰＰＧＲ）ごとに０．１５の割合を使用した。
【０２０６】
食事の前処理．本発明者らは、離れた間隔が３０分未満に記録された食事は一緒とし、他の食事の９０分以内に記録された食事は除外した。本発明者らは、非常に多い（＞１ｋｇ）食事および非常に少ない（＜１５ｇおよび＜７０カロリー）食事、記録が不完全な食事、ならびに接続週間の最初と最後の１２時間に摂られた食事も除外した。
【０２０７】
ＰＰＧＲ予測値．微生物叢由来のフィーチャーを、推定値の数に従って、これを訓練データでのさらなる予測実行に用いて選択した。本発明者らは、確率論的勾配ブースティング回帰を用いてＰＰＧＲを予測し、各推定値に対して試料の８０％とフィーチャーの４０％を無作為にサンプリングされるようにした。各推定値での木の深さは限定されないが、葉は少なくとも６０回の場合（食事）を有するように制限した。本発明者らは４０００個の推定値を使用し、学習率は０．００２であった。
【０２０８】
微生物叢は食事療法介入中に変化する．本発明者らは、各参加者の有意に変化するタクソンを、変化なしの帰無仮説に対して各介入週間の初めと終わりでのＲＡの倍数変化のＺ検定によって調べ、標準偏差を、同様の初期ＲＡを有する全参加者の対応タクソンの最初のプロファイリング週間（介入なし）での少なくとも２５倍の変化から計算した。本発明者らは、変化が各タクソンのコホートにおいて一貫しているかどうかを、全参加者において「良」介入週間と「悪」介入週間のＺ統計量のマン・ホイットニーＵ検定を実施することにより確認した。
【０２０９】
結果
食後（食事の後）血糖応答（ＰＰＧＲ）を包括的に特性評価するため、これまでにＴＩＩＤＭと診断されていない年齢１８〜７０歳の８００例の個体を集めた。コホートは、代表的な成人の非糖尿病イスラエル人集団（Ｉｓｒａｅｌｉ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ，２０１４）であり、５４％が太りすぎ（ＢＭＩ≧２５ｋｇ／ｍ２）、２２％が肥満の（ＢＭＩ≧３０ｋｇ／ｍ２）である。また、これらの特性は、西洋人の成人の非糖尿病集団にも特徴的である（Ｗｏｒｌｄ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ，２００８）。
【０２１０】
各参加者に持続ブドウ糖モニター（ＣＧＭ）（これは、間質液中のブドウ糖を５分毎に全７日間（「接続週間」）、皮下センサーを用いて測定する）を接続した。ＣＧＭに接続中、参加者は、食物摂取、運動および睡眠を含む自身の生活動作をリアルタイムで記録するように指示された。食事毎に含まれた各食物品目を重量とともに記録し（全栄養価が示されたイスラエル保健省のデータベースに基づいて６，４０１種類の食物のデータベースから選択することにより）、本発明らは、このデータベースに認定情報源による品目を加えてさらに改善し、拡張した。接続週間中、参加者は、毎日の最初の食事（これには、各々、５０ｇの利用可能糖質からなる４つの異なる型の規定食のうちの１つが提供される）以外は、自身の通常の日課および食生活に従うように求められた。各食事のＰＰＧＲを、報告された食事時間とＣＧＭデータを合わせ、食事後２時間のブドウ糖曲線下面積の増分をコンピュータ処理することによって計算した。
【０２１１】
ＣＧＭ接続前、食物摂取頻度、生活様式および医学的背景の質問；人体計測の測定値（例えば、身長、腰回り）；一群の血液検査値；ならびに１回分の便試料を含む包括的プロファイルを各参加者から収集し、１６Ｓ  ｒＲＮＡおよびメタゲノムシーケンシングの両方による微生物叢プロファイリングに使用した。
【０２１２】
食後血糖応答は複数のリスクファクターと関連している
本データは、規定食ＰＰＧＲ中央値がいくつかの既知のリスクファクター、例えば、ＢＭＩ（Ｒ＝０．２４，Ｐ＜１０−１０）、糖化ヘモグロビン（ＨｂＡ１ｃ％，Ｒ＝０．４９，Ｐ＜１０−１０）、起床時ブドウ糖（Ｒ＝０．４７，Ｐ＜１０−１０）および年齢（Ｒ＝０．４２，Ｐ＜１０−１０）と有意に相関していたため、ＰＰＧＲとリスクファクターとの既知の連関を再現している。このような連関は極値に限定されず、ＰＰＧＲ値の全範囲にわたって存在し、リスクファクターのレベル低下は全食後値において持続的であり、低値は、正常値範囲内であっても低リスクファクターレベルと関連していることを示唆している。
【０２１３】
同一の食事に対する食後応答における高い個人間の多様性
次に、本発明者らは、同じ食物に対するＰＰＧＲの個人内および個人間の多様性を調べた。まず、本発明者らは、どの参加者にも２回与えた３つの型の規定食に対するＰＰＧＲの程度が同じ人において再現可能であるかを評価した。実際、二連において高い一致が示され（ブドウ糖でＲ＝０．７７、パンとバターでＲ＝０．７７、パンでＲ＝０．７１，すべての場合でＰ＜１０−１０）、同一の食事に対するＰＰＧＲは同じ人において再現可能であること、および本実験システムでは、この再現性が信頼性高く測定されることが示された。しかしながら、同じ食事に対する異なる人のＰＰＧＲを比較した場合、高い個人間の多様性がみられ、食事型ごと（果糖以外）のＰＰＧＲはコホート内の測定されたＰＰＧＲの全範囲に及んだ。
【０２１４】
次に、本発明者らは、参加者によって報告された複数の実生活の食事に対するＰＰＧＲの多様性を調べた。実生活の食事は量が異なり得、各々、含有されるいくつかの食物成分が異なり得るため、２０〜４０ｇの糖質を含有し、単独で糖質含有量が食事の糖質含有量の５０％を超える主要食物成分を有する食事のみを調べた。少なくとも２０回の食事の場合を有した得られた主要食物を、群平均血糖ＰＰＧＲによってランキングした。公表された血糖指数を有する食物については、本群平均ＰＰＧＲが公表値と一致し（Ｒ＝０．６９，Ｐ＜０．０００５）、さらにデータが裏付けられた。
【０２１５】
食後多様性は、臨床プロファイルおよび微生物叢プロファイルと関連している
参加者の規定食ＰＰＧＲと臨床データおよび腸内微生物叢データの両方との複数の有意な連関（図７および表３）。注目すべきことには、ＴＩＩＤＭおよびメタボリックシンドロームのリスクファクターであるＨｂＡ１ｃ％、ＢＭＩ、収縮期血圧およびアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）活性はすべて、すべての型の規定食に対するＰＰＧＲと正に関連しており、ＰＰＧＲの医学的関与度が強調される。ほとんどの規定食では、ＰＰＧＲはまた、炎症に応答してレベルが上昇するＣＲＰとも正の相関性を示す（図７）。
【０２１６】
【表３】
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【０２１７】
微生物叢フィーチャーに関して、系統発生的に関連しているＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａとＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅはともに、いくつかの規定食ＰＰＧＲと正の連関を示す（図７）。これらのタクソンは、血糖コントロール不良ならびにメタボリックシンドロームの構成要素、例えば肥満、インスリン抵抗性および脂質プロファイル異常との連関が報告されている（Ｘｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ＡｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａのＲＡはブドウ糖およびパンの両方に対するＰＰＧＲと正に関連しており、この門では高いレベルが高脂肪低繊維食事内容と関連していると報告されていた（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）ため、これは興味深い。
【０２１８】
機能レベルでは、細菌化学走性および鞭毛アセンブリのＫＥＧＧパスウェイは、高脂肪食事内容摂取マウスにおいて増大し、プレバイオティクス投与すると低下すると報告されており（Ｅｖｅｒａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、これはいくつかの規定食ＰＰＧＲとの正の連関を示す（図７）。ＡＢＣトランスポーターのＫＥＧＧパスウェイはＴＩＩＤＭ（Ｋａｒｌｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）および西洋の高脂肪／高糖分食事内容（Ｔｕｒｎｂａｕｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）と正に関連していると報告されており、これもまた、いくつかの規定食ＰＰＧＲとの正の連関を示す（図７）。細菌感染およびクオラムセンシングにおいて有用である２型および３型分泌システムを含むいくつかの細菌分泌システム（Ｓａｎｄｋｖｉｓｔ，２００１）は、ほとんどの規定食ＰＰＧＲと正に関連している（図７）。最後に、正電荷を有するアミノ酸リシンおよびアルギニンの輸送のためのＫＥＧＧモジュールは、規定食物に対する高いＰＰＧＲと関連しているが、負の電荷を有するアミノ酸グルタミン酸の輸送は、このような食物に対する低いＰＰＧＲと関連している。
【０２１９】
総合すると、このような結果は、ＰＰＧＲは異なる人では大きく異なり、複数の個人特異的臨床因子および微生物叢因子と関連していることを示す。
【０２２０】
個別化食後血糖応答の予測
本発明者らは、次に、臨床因子および微生物叢因子を、個別ＰＰＧＲを予測するアルゴリズムに組み込むことができるかどうかを考えた。この目的のため、二期アプローチを使用した。第１の発見期では、８００名の参加者の主要コホートにおいてアルゴリズムを開発し、成績を、標準的な１個抜き交差検証（ｌｅａｖｅ−ｏｎｅ−ｏｕｔ  ｃｒｏｓｓ  ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ）スキームを用いて評価し、このとき、各参加者のＰＰＧＲを他のすべての参加者のデータで訓練したモデルを用いて予測した。第２の検証期では、１００名の参加者の独立コホートを集め、プロファイリングし、そのＰＰＧＲを、主要コホートのみに対して訓練したモデルを用いて予測した。
【０２２１】
ＰＰＧＲと種々の因子間の非線形関係を考慮し、本発明者らは、勾配ブースティング回帰に基づいたモデルを考案した（Ｆｒｉｅｄｍａｎ，２００１）。このモデルにより、ＰＰＧＲが、数千の異なる決定木の和を用いて予測される。木は、逐次推測され、各木は先の残りのすべての木において訓練し、全体予測に対して少数寄与を行なう。各木におけるフィーチャーを推論手順によって、食事内容（例えば、エネルギー、主要栄養素、微量栄養素）；毎日の活動（例えば、食事、運動、睡眠時間）；血液パラメータ（例えば、ＨｂＡ１ｃ％、ＨＤＬコレステロール）；ＣＧＭ由来のフィーチャー；質問票；ならびに微生物叢フィーチャー（１６Ｓ  ｒＲＮＡおよびメタゲノムＲＡ、ＫＥＧＧパスウェイおよびモジュールのＲＡおよび細菌増殖力学−ＰＴＲ  Ｋｏｒｅｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）を表す１３７個のフィーチャープールから選択した。
【０２２２】
ベースライン参照として、ＰＰＧＲの予測のための現在のゴールドスタンダードであるため、「糖質カウント」モデルを使用した（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｄｉａｂｅｔｅｓ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ．，２０１５ｂ；Ｂａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。本データにおいて、食事の糖質量を表す単一の説明変数からなるこのモデルでは、控え目だが統計学的に有意なＰＰＧＲとの相関性が得られる（Ｒ＝０．３８，Ｐ＜１０−１０）。食事のカロリー含有量のみを用いたモデルでは、成績は悪くなる（Ｒ＝０．３３，Ｐ＜１０−１０）。上記の個人特異的因子を組み込んだここに開発した予測値により、有意に高い相関性を伴って個体の要求（ｈｅｌｄ−ｏｕｔ）ＰＰＧＲが予測される（Ｒ＝０．６８，Ｐ＜１０−１０）。この相関性は、同じ人のＰＰＧＲと二連の同じ規定食との間で観察された０．７１〜０．７７の相関性によって設定される推定上限値に近い。
【０２２３】
独立コホートでの個別化食後血糖応答予測の検証
モデルを、別途に集めた１００例の個体の独立コホートにおいて検証した。
【０２２４】
注目すべきことには、８００名の参加者の主要コホートのみを用いて誘導したアルゴリズムで、１００名の参加者の検証コホートにおいて同様の成績が得られた（主要コホートおよび検証コホートで、それぞれＲ＝０．６８およびＲ＝０．７０）。参照糖質カウントモデルでは主要コホートの場合と同じ成績が得られた（Ｒ＝０．３８）。この結果により、個別化ＰＰＧＲ予測を得るためのこのアルゴリズムの能力がさらに裏付けられる。
【０２２５】
個別化食後応答の基礎となる因子
アルゴリズムの予測における種々のフィーチャーの寄与に関する洞察を得るため、部分従属プロット（ＰＤＰ）を調べた。これは、勾配ブースティングリグレッサーなどの予測値に使用されるフィーチャーと転帰間の関数関係を試験するために一般的に使用される（本発明らの場合はＰＰＧＲ；Ｈａｓｔｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。ＰＤＰにより、他のすべてのフィーチャーの平均効果を考慮した後の予測転帰に対する所与のフィーチャーの限界効果がグラフにより視覚化される。
【０２２６】
予測どおり、糖質のＰＤＰ（図８Ａ）は、食事の糖質含有量が高くなるにつれて、アルゴリズムにより、平均して高ＰＰＧＲが予測されることを示す。高い予測ＰＰＧＲとフィーチャー値の増大とのこの関係は有益でないと称され得（予測に関して）、反対の、低い予測ＰＰＧＲとフィーチャー値の増大との関係は有益と称され得る（同様に予測に関して；図８Ａ〜ＧのＰＤＰの説明参照）。しかしながら、ＰＤＰは、全コホートにおける各フィーチャーの全体的寄与を示すものであるため、本発明者らは、糖質量とＰＰＧＲ間の関係が人同士で異なるかどうかを考えた。この目的のため、各参加者に対して、ＰＰＧＲと食事の糖質量間の線形回帰の勾配をコンピュータ登録した。予測どおり、この勾配は、ほぼすべて（９５．１％）の参加者で正であり、高糖質食事における高ＰＰＧＲを反映した。しかしながら、この勾配の大きさは、コホート間で大きく異なり、一部の人のＰＰＧＲは糖質含有量とよく相関しており（すなわち、糖質「感受性」）、他の一部の人のＰＰＧＲは等しく高いＰＰＧＲを示したが、糖質の量との関係はほとんどなかった（糖質「非感受性」；図８Ｂ）。この結果は、糖質感受性は個人特異的でもあることを示唆する。
【０２２７】
脂肪のＰＤＰは脂肪に対する有益な効果を示す。それは、本アルゴリズムにより、食事の糖質に対する脂肪の比（図８Ｃ）または全脂肪含有量（図９）が増大するにつれて、平均して低ＰＰＧＲが予測されるからであり、これは、食事に脂肪を加えるとＰＰＧＲが低下し得ることを示す研究と整合している（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ  ａｎｄ  Ｒｅａｄ，１９８９）。しかしながら、ここでもまた、脂肪の効果が人同士で異なることがわかった。本発明者らは、各参加者のＰＰＧＲと食事糖質間の線形回帰の説明乗を、脂肪と糖質の両方を用いた回帰のものと比較した。次いで、本発明者らは、２つのモデル間のピアソン差Ｒを付加的脂肪寄与の定量的測度として使用した（図８Ｄ）。一部の参加者では、脂肪の添加によりＰＰＧＲの低下が観察されたが、別の一部の参加者では、食事の脂肪含有量により、食事の糖質含有量のみに基づいたリグレッサーの説明乗に対する大きな付加はなかった（図８Ｄ）。
【０２２８】
興味深いことに、食事中の食物繊維によって予測ＰＰＧＲは増大するとともに、食事の２４時間前に大量の繊維を摂取すると予測ＰＰＧＲが低下するため、その長期効果は有益である（図８Ｅ）。食事のナトリウム含有量、先の睡眠からの経過時間および人のコレステロールレベルまたは年齢はすべて、有益でないＰＤＰを示すが、食事のアルコール含有量および食事に含まれる水分量のＰＤＰはすべて、有益な効果を示す（図８Ｅ，９）。予測どおり、ＨｂＡ１ｃ％のＰＤＰは有益でない効果を示し、高いＨｂＡ１ｃ％値でＰＰＧＲが高い；興味深いことに、前糖尿病閾値の５．７％に非常に近い約５．５％より上のＨｂＡ１ｃ％を有する個体では平均して高ＰＰＧＲが予測される。
【０２２９】
個別化応答予測値の結果から誘導される有益な細菌および有益でない細菌の完全な一覧を、本明細書において以下の表４に示す。
【０２３０】
【表４】
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【０２３１】
予測値に使用した微生物叢ベースフィーチャーの７２個のＰＤＰは、微生物叢フィーチャーの関数として、ほとんどが低下、増大またはどちらでもないという点で、有益（２１個の因子）、有益でない（２８）または決定不能（２３）のいずれかであった。得られたＰＤＰは、いくつかの興味深い傾向を有した。例えば、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅの増殖は、Ｅ．ｒｅｃｔａｌｅの増殖に関して高い推測を有した（これは低ＰＰＧＲと関連している）４３０名の参加者の場合と同様、ほとんど有益であった（図８Ｆおよび本明細書において上記の表４）。Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓのＲＡは、予測値により有益でないことがわかった（図８Ｆおよび本明細書において上記の表４）。別の例として、細胞分裂輸送システムのＫＥＧＧモジュール（Ｍ００２５６）は有益でなく、これに対して最高レベルを有する１６４名の参加者において、これは高ＰＰＧＲと関連している（図８Ｆおよび本明細書において上記の表４）。Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎは有益でなく（本明細書において上記の表４）、これは肥満と関連していた。Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓおよびＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門の場合、予測値が両方に割り当てられる有益でないという分類は、肥満と負に関連していることがわかった先の研究と整合しない（Ｒｉｄａｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｔｕｒｎｂａｕｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）。
【０２３２】
微生物叢ベースＰＤＰの臨床関与度を評価するため、本発明者らは、いくつかのリスクファクターと全ブドウ糖パラメータ間、および全８００人コホートにおける有益なＰＤＰを有する因子と有益でないＰＤＰを有する因子間の相関性をコンピュータ登録した。２０個の統計学的に有意な相関性（Ｐ＜０．０５，ＦＤＲ補正済）において、有益でないと称される微生物叢因子はリスクファクターと相関し、有益と称されるものは反相関性を示した（図８Ｇおよび本明細書において上記の表４）。例えば、高レベルの有益なメチオニン分解ＫＥＧＧモジュール（Ｍ０００３５）では、本発明者らのアルゴリズムにおいて低ＰＰＧＲがもたらされたが、コホートにおいては、この細菌は収縮期血圧およびＢＭＩと反相関する（図８Ｇおよび本明細書において上記の表４）。同様に、接続週間におけるブドウ糖レベルの変動は、ともに有益でないと称された硝酸呼吸二成分調節システム（Ｍ００４７２）およびラクトシルセラミド生合成（Ｍ０００６６）と相関する。また、ブドウ糖の変動は、ともに有益と称されたテトラチオン酸呼吸二成分調節システム（Ｍ００５１４）のレベルおよびＡｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉのＲＡとも反相関する（図８Ｇおよび本明細書において上記の表４）。１４例の他の場合では、有益なＰＤＰを有する因子または有益でないＰＤＰを有する因子は、それぞれ、リスクファクターと相関し、反相関した。
【０２３３】
このような結果は、ＰＰＧＲが、食事の内容と無関連の因子を含む複数の多様な因子と関連していることを示唆する。
【０２３４】
個別調整した食事療法介入により食後応答が改善する
次に、本発明者らは、該アルゴリズムに基づいて個別調整した食事療法介入によってＰＰＧＲが改善され得るかどうかを考えた。２群盲検無作為化対照比較治験をデザインし、２６名の新たな参加者を集めた。臨床栄養士が各参加者に会い、各型の食事（朝食、昼食、夕食および２回までの間食）に対して、参加者の通常の食事内容、食嗜好および食事上の制約に適合する４〜６つの相違する等カロリー選択肢を編成した。次いで、参加者は、８００人の主要コホートと同じ１週間のプロファイリングを受け（栄養士によって編成された食事を摂ったこと以外）、かくして、ＰＰＧＲの予測のためにアルゴリズムに必要とされる入力情報（微生物叢、血液パラメータ、ＣＧＭなど）を得た。
【０２３５】
次いで、参加者を盲検的に２つの群のうちの１つに割り当てた。第１の「予測群」では、１個抜きスキームのアルゴリズムを、プロファイリング週間において各参加者の食事ごとのランク付けに適用した（すなわち、各予測食事に対するＰＰＧＲを予測値から隠した）。次いで、このランキングを用いて、２つの１週間の食事内容：（１）アルゴリズムによって低いＰＰＧＲを有すると予測される食事で構成された食事内容（「良」食事内容）；および（２）高い予測ＰＰＧＲを有する食事で構成された食事内容（「悪」食事内容）をデザインした。次いで、どの参加者も、一方の週全体を通して２つの食事内容の各々に従い、この間、参加者にはＣＧＭを接続し、便試料を毎日採取した（入手可能な場合）。２つの食事内容週間の順番は各参加者で無作為化し、介入週間の特定（すなわち、「良」か「悪」か）はＣＲＡ、栄養士および参加者に盲検的のままにした。
【０２３６】
第２の「エキスパート群」は、比較のためのゴールドスタンダードとして使用した。この群の参加者は「良」食事内容および「悪」食事内容を選択するために予測値を使用する代わりに、ＣＧＭデータ解析に熟練した臨床栄養士および研究者（集合的に「エキスパート」と称する）がプロファイリング週間中に測定された全食事に対するＰＰＧＲに基づいて食事内容を選択したこと以外、予測群と同じプロセスを受けた。具体的には、プロファイリング週間におけるエキスパートによるＣＧＭの解析によると低いＰＰＧＲおよび高いＰＰＧＲを有する食事をそれぞれ、「良」食事内容および「悪」食事内容に選択した。したがって、同じ人においてＰＰＧＲが再現可能である範囲で、このエキスパートベース群では、介入週間における食事の選択がＣＧＭデータに基づいているため、「良」食事内容と「悪」食事内容間で最大の差がもたらされるはずである。
【０２３７】
注目すべきことには、予測値ベース群の１２名の参加者のうち１０名で、「悪」食事内容でのＰＰＧＲが「良」食事内容より有意に高かった（Ｐ＜０．０５）。また、２つの食事内容の差は、１週間にわたる未加工ＣＧＭデータでブドウ糖の急上昇が少ないこと、および変動が少ないことにおいても明白である。この予測値の好成績は「悪」食事内容に対して「良」食事内容で有意に低いＰＰＧＲが１４名の参加者のうち８名で観察された（Ｐ＜０．０５，１４名の参加者のうち１１名ではＰ＜０．１）エキスパートベース群のものと同等であった。
【０２３８】
全参加者のデータを合わせると、「良」食事内容は「悪」食事内容より有意に低いＰＰＧＲを有する（Ｐ＜０．０５）とともに、両試験群において血中ブドウ糖代謝の他の測定値の改善、具体的には、ＣＧＭ接続週間におけるブドウ糖レベルの変動の減少（Ｐ＜０．０５）および「良」食事内容における最大ＰＰＧＲの低下（Ｐ＜０．０５）がみられた。
【０２３９】
両試験群は、個別化栄養介入を構成しており、したがって、ＰＰＧＲの低下におけるこのアプローチの有効性を示す。しかしながら、予測値ベースアプローチの方がより広い適用可能性を有する。それは、これは目の前にない随意の食事に対するＰＰＧＲを予測することができるが、「エキスパート」ベースアプローチでは常に処方される食事のＣＧＭ測定値が必要とされるためである。
【０２４０】
処方された食事内容のポストホック検査により、一部の参加者の「良」食事内容において処方された複数の主要食物成分が「悪」食事内容にも処方されたという点において両群における食事内容の個別化態様が明らかになった。これは、成分により参加者において反対のＣＧＭ測定ＰＰＧＲが誘導された場合（エキスパート群）または反対のＰＰＧＲを有すると予測された場合（予測値群）に起こる。
【０２４１】
プロファイリング週間中に測定された食事のＰＰＧＲと食事療法介入中の同じ食事の平均ＣＧＭ測定ＰＰＧＲ間の相関性は０．７０であり、これは、規定食で観察された再現性と同様である（Ｒ＝０．７１〜０．７７）。したがって、規定食の場合と同様、プロファイリング週間中の食事のＰＰＧＲは、食事療法介入週間におけるそのＰＰＧＲと同一ではなかった。注目すべきことには、各参加者の最初のプロファイリング週間のデータのみを使用すると、本発明者らのアルゴリズムでは、さらに高い相関性を有する食事療法介入週間における食事の平均ＰＰＧＲが予測された（Ｒ＝０．８０）。予測値にはまた、コンテキスト特異的因子（例えば、先の食事の内容、睡眠以降の時間）も組み込まれているため、この結果はまた、かかる因子がＰＰＧＲの重要な決定因子であり得ることも示唆している。
【０２４２】
総合すると、このような結果は、短期介入期間でＰＰＧＲを改善するための個別調整した食事療法介入の有用性およびかかる介入を考案するための本アルゴリズムの能力を示す。
【０２４３】
個別調整した食事療法介入後の腸内微生物叢の改変
最後に、介入週間中、毎日採取した微生物叢試料を使用し、介入によって腸内微生物叢の有意な変化が誘導されるかどうかを考えた。先の研究では、数日間の短期の食事療法介入であっても腸内微生物叢が有意に改変され得ることが示された（Ｄａｖｉｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｋｏｒｅｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２４４】
本発明者らは、全参加者において、最初の週（この場合、介入はない）に由来する変化がない帰無仮説と比べて有意である食事療法介入後の変化を検出した（図１０Ａ，Ｂ）。このような有意な変化の多くは個人特異的であったが、いくつかのタクソンは、ほとんどの参加者において一貫して変化した（Ｐ＜０．０５，ＦＤＲ補正済，図１０Ｃ，本明細書において以下の表５）。さらに、文献において一貫して変化するタクソンで連関が報告されたほとんどの場合で、「良」食事内容後のＲＡの変化の方向は報告された有益な連関と整合していた。例えば、低レベルのＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓは大きな体重減少と関連していると報告されており（Ｓａｎｔａｃｒｕｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、これは概ね、「良」食事内容後ではＲＡが低下し、「悪」食事内容後では増大する（図１０Ｃ〜Ｄ）。同様に、ＴＩＩＤＭは低レベルのＲｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ（Ｑｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）（図１０Ｅ）、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ（Ｋａｒｌｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ（Ｒｉｄａｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）と関連しており、これらの細菌はすべて、「良」食事内容後では増加し、「悪」食事内容後では減少する（図１０Ｃ）。低レベルが肥満および高い空腹時ブドウ糖と関連している（Ｔｕｒｎｂａｕｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門は「良」食事内容後では増加し、「悪」食事内容後では減少する（図１０Ｃ）。低レベルのＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓはマウスにおける耐糖能の改善および血漿トリグリセリドレベルの低下と関連しており（Ｅｖｅｒａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）、実際、この細菌は「良」食事内容後では減少し、「悪」食事内容後では増加する（図１０Ｃ）。最後に、低レベルのＡｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓは肥満と相関しており（Ｒｉｄａｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、この細菌は「良」食事内容後、増加した（図１０Ｃ）。
【０２４５】
このような所見は、ベースライン微生物叢組成および個別化食事療法介入はどちらも個体間で異なるが、ＰＰＧＲに対して一貫性のある効果を有する食事療法介入により、いくつかの一貫した微生物の変化が誘導され得ることを示す。
【０２４６】
【表５】
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(参考文献)
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【０２４７】
本発明を、その具体的な実施形態との関連において説明したが、多くの変更、修正および変形が当業者に自明であることは明らかである。したがって、本発明は、添付の特許請求の範囲の趣旨および広い範囲の範囲に含まれるかかるすべての変更、修正および変形を包含していることを意図する。
【０２４８】
本明細書において挙げた刊行物、特許および特許出願はすべて、引用により、個々の各刊行物、特許または特許出願が、あたかも具体的に個々に引用により本明細書に組み込まれて示されているのと同程度に、その全体が本明細書に組み込まれる。また、本出願書類における任意の参考文献の引用または特定は、かかる参考文献が本発明の先行技術として利用可能であるという是認と解釈されるべきでない。セクションの見出しを使用している点において、これは、必ずしも限定していると解釈されるべきでない。
【図１】
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【図２Ａ−Ｂ】
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【図３Ａ−Ｂ】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８Ａ−Ｄ】
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【図８Ｅ】
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【図８Ｆ】
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【図８Ｇ】
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【図９】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１０Ｃ】
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【図１０Ｄ】
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【図１０Ｅ】
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【国際調査報告】
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