(57)【要約】  本発明は、部分的には、癌を有する患者から得られた血液または血清試料中のＰＩ３Ｋの変異の存在または非存在をアッセイすることに基づく、選択的癌処置レジームを対象とする。癌は、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンもしくはその塩酸塩、または（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）で処置される。
2018535997.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌を有する患者を処置する方法であって、前記患者がその循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）にＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択される治療有効量のＰＩ３Ｋ阻害剤を前記患者に投与することを含む方法。
【請求項２】
癌を有する患者を処置する方法であって、
前記患者がそのｃｔＤＮＡにＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択される治療有効量のＰＩ３Ｋ阻害剤を前記患者に投与すること、または
前記患者がそのｃｔＤＮＡにＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されていないことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤以外の治療有効量の治療薬を前記患者に投与すること
のいずれかを含む方法。
【請求項３】
５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤以外の前記治療薬が、フルベストラント、トラスツズマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、エルロチニブ、パクリタキセル、エベロリムス、メトトレキサート、フルオロウラシル、アナストロゾール、エキセメスタン、カペシタビン、シクロホスファミド、レトロゾール、トレミフェン、ゲムシタビン塩酸塩、ゴセレリン酢酸塩、パルボシクリブ、酢酸メゲストロール、タモキシフェン、パルボシクリブ、ペルツズマブ、またはビンブラスチン、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＰＩ３Ｋ阻害剤が、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩である、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＰＩ３Ｋ阻害剤が、（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）である、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記癌が、肺および気管支癌、前立腺癌、乳癌、膵臓癌、結腸および直腸癌、甲状腺癌、肝臓および肝内胆管癌、肝細胞癌、胃癌、神経膠腫／神経膠芽腫、子宮内膜癌、黒色腫、腎臓および腎盂癌、膀胱癌、子宮体部癌、子宮頸部癌、卵巣癌、頭頸部癌、多発性骨髄腫、食道癌、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄性白血病、脳癌、口腔および咽頭癌、喉頭癌、小腸癌、非ホジキンリンパ腫、黒色腫、ならびに絨毛結腸腺腫から選択される、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記癌が、乳癌および頭頸部癌から選択される、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記癌が乳癌である、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
癌を有する患者を、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤で処置する方法であって、
前記患者がその循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）にＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、前記ＰＩ３Ｋ阻害剤での処置のために前記患者を選択することと、
その後、治療有効量の前記ＰＩ３Ｋ阻害剤を前記患者に投与することと
を含む方法。
【請求項１０】
癌を有する患者を、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤で処置する方法であって、
ａ）乳癌を有する前記患者のｃｔＤＮＡを含む血液または血漿試料を、ｃｔＤＮＡにおけるＰＩＫ３ＣＡ変異の存在についてアッセイすることと、
ｂ）患者がＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、治療有効量の前記ＰＩ３Ｋ阻害剤を前記患者に投与することと
を含む方法。
【請求項１１】
前記ＰＩＫ３ＣＡ変異が、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のエクソン１、２、５、７、９、および／または２０における変異を含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＰＩＫ３ＣＡ変異が、次の変異、Ｒ２６３Ｑ、Ｒ２７７Ｗ、Ｒ２７８Ｗ、Ｋ３３１Ｅ、Ｋ３３３Ｎ、Ｋ３３３Ｎ、Ｇ３５３Ｄ、Ｅ１０９３Ｋ、Ｃ１２５８Ｒ、Ｅ１６２４Ｋ、Ｅ１６３３Ｋ、Ｅ１６３４Ｇ、Ｑ１６３６Ｋ、Ｈ３１４０Ｋ、Ｈ３１４０Ｒ、Ｈ３１４０Ｌ、および／またはＨ３１３９Ｙのうちの１つまたは複数を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ｃｔＤＮＡにおける前記ＰＩ３ＫＣＡ変異の存在が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎに基づくアッセイ、直接配列決定、またはＢｅａｍｉｎｇからなる群から選択される技術によって検出される、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＰＩ３Ｋ阻害剤が、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩である、請求項９から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＰＩ３Ｋ阻害剤が、（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）である、請求項９から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記投与ステップが、前記患者１人当たり約６０ｍｇ〜約１２０ｍｇを経口投与することを含む、請求項１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
患者がその循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）にＰＩＫ３ＣＡ変異を含むと判定されたことに基づいて、治療有効量の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩が前記患者に投与されることを特徴とする、癌の処置に使用するための５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩。
【請求項１８】
前記患者がＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１つまたは複数の変異Ｒ２６３Ｑ、Ｒ２７７Ｗ、Ｒ２７８Ｗ、Ｋ３３１Ｅ、Ｋ３３３Ｎ、Ｋ３３３Ｎ、Ｇ３５３Ｄ、Ｅ１０９３Ｋ、Ｃ１２５８Ｒ、Ｅ１６２４Ｋ、Ｅ１６３３Ｋ、Ｅ１６３４Ｇ、Ｑ１６３６Ｋ、Ｈ３１４０Ｋ、Ｈ３１４０Ｒ、Ｈ３１４０Ｌ、および／またはＨ３１３９Ｙを有することに基づいて、治療有効量の前記５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩が前記患者に投与されることを特徴とする、請求項１３に記載の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩。
【請求項１９】
癌を有する患者が、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤での処置に応答する見込みを予測する方法であって、前記患者から得られた腫瘍細胞を含む血液または血清試料をＰＩＫ３ＣＡ変異の存在についてアッセイすることを含み、
ａ）前記ＰＩＫ３ＣＡ変異の存在が、前記患者が前記ＰＩ３Ｋ阻害剤での処置に応答する見込みの増加を示し、
ｂ）前記ＰＩＫ３ＣＡ変異の非存在が、前記患者が前記ＰＩ３Ｋ阻害剤での処置に応答する見込みの減少を示す、方法。
【請求項２０】
前記腫瘍細胞が循環腫瘍細胞である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記試料が循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＰＩ３Ｋ阻害剤が、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩である、請求項１９から２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＰＩ３Ｋ阻害剤が、（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）である、請求項１９から２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記癌が、肺および気管支癌、前立腺癌、乳癌、膵臓癌、結腸および直腸癌、甲状腺癌、肝臓および肝内胆管癌、肝細胞癌、胃癌、神経膠腫／神経膠芽腫、子宮内膜癌、黒色腫、腎臓および腎盂癌、膀胱癌、子宮体部癌、子宮頸部癌、卵巣癌、頭頸部癌、多発性骨髄腫、食道癌、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄性白血病、脳癌、口腔および咽頭癌、喉頭癌、小腸癌、非ホジキンリンパ腫、黒色腫、ならびに絨毛結腸腺腫から選択される、請求項９から２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記癌が、乳癌および頭頸部癌から選択される、請求項９から２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記癌が乳癌である、請求項９から２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記乳癌が、ＨＲ＋、ＨＥＲ２陰性局所進行性、または転移性の乳癌である、請求項１から２６のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、癌を有する患者の処置における、新規の個別化療法、キット、送信可能形態の情報、および使用方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ（ＰＩ−３キナーゼまたはＰＩ３Ｋ）は、イノシトール脂質のＤ−３’位へのリン酸の移動を触媒して、ホスホイノシトール−３−リン酸（ＰＩＰ）、ホスホイノシトール−３，４−二リン酸（ＰＩＰ２）、およびホスホイノシトール−３，４，５−三リン酸（ＰＩＰ３）を生成する、脂質およびセリン／スレオニンキナーゼのファミリーを含む。これらの生成物は次に、多くの場合は細胞膜において、プレクストリン相同ドメイン、ＦＹＶＥドメイン、Ｐｈｏｘドメイン、および他のリン脂質結合ドメインを含有するタンパク質をドッキングして種々のシグナル伝達複合体にすることにより、シグナル伝達カスケードにおいて二次メッセンジャーとして機能する（Vanhaesebroeck et al., Annu. Rev. Biochem 70:535 (2001)、Katso et al., Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17:615 (2001)）。２つのクラス１  ＰＩ３Ｋのうち、クラス１Ａ  ＰＩ３Ｋは、ｐ８５α、ｐ５５α、ｐ５０α、ｐ８５β、またはｐ５５γでありうる調節サブユニット構成的に会合した触媒的ｐ１１０サブユニット（α、β、δアイソフォーム）から構成されたヘテロ二量体である。クラス１Ｂのサブクラスは、２つの調節サブユニットｐ１０１またはｐ８４のうちの１つと会合した触媒的ｐ１１０γサブユニットから構成されたヘテロ二量体である、１つのファミリーメンバーを有する（Fruman et al., Annu Rev. Biochem. 67:481 (1998)、Suire et al., Curr. Biol. 15:566 (2005)）。ｐ８５／５５／５０サブユニットのモジュラードメインは、活性化受容体および細胞質チロシンキナーゼ上の特定の配列構成でホスホチロシン残基に結合し、クラス１Ａ  ＰＩ３Ｋの活性化および局在化をもたらすＳｒｃ相同（ＳＨ２）ドメインを含む。クラス１Ｂ  ＰＩ３Ｋは、ペプチドおよび非ペプチドリガンドの多様なレパートリーに結合するＧタンパク質共役受容体によって直接活性化される（Stephens et al., Cell 89:105 (1997))、Katso et al., Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 17:615-675 (2001)）。その結果、結果として生じるクラスＩ  ＰＩ３Ｋのリン脂質生成物は、上流の受容体を、増殖、生存、走化、細胞輸送、運動、代謝、炎症およびアレルギー反応、転写、ならびに翻訳を含む下流の細胞活動に関連付ける（Cantley et al., Cell 64:281 (1991)、Escobedo and Williams, Nature 335:85 (1988)、Fantl et al., Cell 69:413 (1992)）。
【０００３】
ＰＩ−３キナーゼ阻害剤は、ヒトにおける様々な状態を処置するための有用な治療化合物である。ＰＩ３Ｋの異常調節は、Ａｋｔ活性化を通じて生存期間を増加させることが多く、ヒト癌において最も広く認められる事象のうちの１つであり、複数のレベルで生じることが示されている。一部の腫瘍では、ｐ１１０αアイソフォームの遺伝子であるＰＩＫ３ＣＡが増幅され、一部のヒト癌では、その遺伝子産物のタンパク質発現の増加が示されている。他の腫瘍では、下流シグナル伝達経路を活性化させるＰＩＫ３ＣＡにおける体細胞ミスセンス変異が、多種多様なヒト癌において著しい頻度で記載されている（Kang et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:802 (2005)、Samuels et al., Science 304:554 (2004)、Samuels et al., Cancer Cell 7:561-573(2005)）。ホスホイノシトール−３キナーゼの調節解除は、ヒトの癌および増殖性疾患に関連する一般的な調節解除である。
【０００４】
特定の式（ＩＩ）のピリミジン誘導体化合物
【０００５】
【化１】
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およびその薬学的に許容される塩は、癌の処置に使用されうる汎ＰＩ３Ｋ阻害剤である。式（ＩＩ）の化合物は、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンの化学名を有する。この化合物およびその調製は、国際公開第２００７／０８４７８６号パンフレットに開示されている。そのようなピリミジン誘導体は、大規模な培養ヒト癌細胞株パネルに対して広範な活性を示す、有効なＰＩ３Ｋ阻害剤であることが証明されている（例えば、国際公開第２００７／０８４７８６号パンフレットおよびS. Maira et al, Molecular Cancer Therapeutics 11:317-328 (2012)）。
【発明の概要】
【０００６】
患者の遺伝子プロファイルが治療的処置に対する患者の応答性を決定しうることを示唆する一連の証拠が増加している。癌を有する個体に利用可能な多数の療法があるので、例えば特定の薬物への応答に影響する遺伝因子の決定が、個別化された処置レジームを患者に提供するために使用されうる。そのような個別化された処置レジームは、代替的で効果の低い処置レジームに関連付けられうる関係する副作用を最低限に抑えながら、患者への治療利益を最大化する可能性を提示する。したがって、患者が特定の治療的療法に応答する可能性が高いかどうかを予測するために使用することのできる因子を特定する必要性が存在する。
【０００７】
本発明は、癌患者の循環腫瘍ＤＮＡにおけるＰＩＫ３ＣＡ変異の存在が、そのような患者が、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤、特に５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩に応答する可能性がより高いことを示すという所見に基づく。
【０００８】
一態様において、本発明は、癌を有する患者を処置する方法であって、患者がその循環腫瘍ＤＮＡ（ctDNA）にＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択される治療有効量のＰＩ３Ｋ阻害剤を患者に投与することを含む方法を含む。一例では、本方法は、患者がそのｃｔＤＮＡにＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択される治療有効量のＰＩ３Ｋ阻害剤を患者に投与することか、あるいは、患者がそのｃｔＤＮＡにＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されていないことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤以外の治療有効量の治療薬を患者に投与することを含みうる。
【０００９】
５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤以外の治療薬の例は、フルベストラント、トラスツズマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、エルロチニブ、パクリタキセル、エベロリムス、メトトレキサート、フルオロウラシル、アナストロゾール、エキセメスタン、カペシタビン、シクロホスファミド、レトロゾール、トレミフェン、ゲムシタビン塩酸塩、ゴセレリン酢酸塩、パルボシクリブ、酢酸メゲストロール、タモキシフェン、パルボシクリブ、ペルツズマブ、またはビンブラスチン、およびそれらの組合せである。
【００１０】
本発明の方法は、肺および気管支癌、前立腺癌、乳癌、膵臓癌、結腸および直腸癌、甲状腺癌、肝臓および肝内胆管癌、肝細胞癌、胃癌、神経膠腫／神経膠芽腫、子宮内膜癌、黒色腫、腎臓および腎盂癌、膀胱癌、子宮体部癌、子宮頸部癌、卵巣癌、頭頸部癌、多発性骨髄腫、食道癌、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄性白血病、脳癌、口腔および咽頭癌、喉頭癌、小腸癌、非ホジキンリンパ腫、黒色腫、ならびに絨毛結腸腺腫を含む、任意の癌を処置するために使用されうる。一例では、癌は、乳癌および頭頸部癌から選択される。別の例では、癌は、乳癌、例えば転移性乳癌である。
【００１１】
別の態様において、本発明は、癌を有する患者を、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤で処置する方法であって、患者がその循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）にＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、前記ＰＩ３Ｋ阻害剤での処置のために患者を選択することと、その後、治療有効量の前記ＰＩ３Ｋ阻害剤を患者に投与することとを含む方法を含む。
【００１２】
さらに別の態様では、本発明は、癌を有する患者をＰＩ３Ｋ阻害剤で処置する方法であって、乳癌を有する患者のｃｔＤＮＡを含む血液または血漿試料を、ｃｔＤＮＡにおけるＰＩＫ３ＣＡ変異の存在についてアッセイすることと、患者がＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択される治療有効量のＰＩ３Ｋ阻害剤を患者に投与することとを含む方法を含む。
【００１３】
上述の方法は、任意のＰＩＫ３ＣＡ変異、例えばＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のエクソン１、２、５、７、９、および／または２０における変異の存在を判定することを含んでいてもよい。一例では、ＰＩＫ３ＣＡ変異は、次の変異、Ｒ２６３Ｑ、Ｒ２７７Ｗ、Ｒ２７８Ｗ、Ｋ３３１Ｅ、Ｋ３３３Ｎ、Ｋ３３３Ｎ、Ｇ３５３Ｄ、Ｅ１０９３Ｋ、Ｃ１２５８Ｒ、Ｅ１６２４Ｋ、Ｅ１６３３Ｋ、Ｅ１６３４Ｇ、Ｑ１６３６Ｋ、Ｈ３１４０Ｋ、Ｈ３１４０Ｒ、Ｈ３１４０Ｌ、および／またはＨ３１３９Ｙのうちの１つまたは複数を含む。
【００１４】
上述の方法は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎに基づくアッセイ、直接配列決定、またはＢｅａｍｉｎｇにより、ｃｔＤＮＡにおけるＰＩ３ＫＣＡ変異の存在を検出することによって行われてもよい。
【００１５】
一例では、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩は、前記患者に１日当たり約６０ｍｇ〜約１２０ｍｇ経口投与される。
【００１６】
別の態様において、本発明は、患者がその循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）にＰＩＫ３ＣＡ変異を含むと判定されたことに基づいて、治療有効量の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩が前記患者に投与されることを特徴とする、癌の処置に使用するための５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩を含む。治療有効量の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩は、患者がＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１つまたは複数の変異Ｒ２６３Ｑ、Ｒ２７７Ｗ、Ｒ２７８Ｗ、Ｋ３３１Ｅ、Ｋ３３３Ｎ、Ｋ３３３Ｎ、Ｇ３５３Ｄ、Ｅ１０９３Ｋ、Ｃ１２５８Ｒ、Ｅ１６２４Ｋ、Ｅ１６３３Ｋ、Ｅ１６３４Ｇ、Ｑ１６３６Ｋ、Ｈ３１４０Ｋ、Ｈ３１４０Ｒ、Ｈ３１４０Ｌ、およびＨ３１３９Ｙを有することに基づいて、前記患者に投与される。
【００１７】
別の態様において、本発明は、癌を有する患者が、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤、好ましくは５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩での処置に応答する見込み(likelihood)を予測する方法であって、患者から得られた腫瘍細胞を含む血液または血清試料をＰＩＫ３ＣＡ変異の存在についてアッセイすることを含み、
ａ）ＰＩＫ３ＣＡ変異の存在が、患者が前記ＰＩ３Ｋ阻害剤での処置に応答する見込みの増加を示し、
ｂ）ＰＩＫ３ＣＡ変異の非存在が、患者が前記ＰＩ３Ｋ阻害剤での処置に応答する見込みの減少を示す、方法を含む。
【００１８】
一例では、腫瘍細胞は、循環腫瘍細胞または循環腫瘍ＤＮＡである。本発明の方法は、肺および気管支癌、前立腺癌、乳癌、膵臓癌、結腸および直腸癌、甲状腺癌、肝臓および肝内胆管癌、肝細胞癌、胃癌、神経膠腫／神経膠芽腫、子宮内膜癌、黒色腫、腎臓および腎盂癌、膀胱癌、子宮体部癌、子宮頸部癌、卵巣癌、頭頸部癌、多発性骨髄腫、食道癌、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄性白血病、脳癌、口腔および咽頭癌、喉頭癌、小腸癌、非ホジキンリンパ腫、黒色腫、ならびに絨毛結腸腺腫など、任意の癌を処置するために使用されてよい。一例では、癌は、乳癌および頭頸部癌から選択される。別の例では、癌は、乳癌、例えばＨＲ＋、ＨＥＲ２陰性局所進行性、または転移性の乳癌である。別の態様において、本発明は、転移性癌を有する患者を処置する方法であって、患者が、その循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）に、Ｒ２６３Ｑ、Ｒ２７７Ｗ、Ｒ２７８Ｗ、Ｋ３３１Ｅ、Ｋ３３３Ｎ、Ｋ３３３Ｎ、Ｇ３５３Ｄ、Ｅ１０９３Ｋ、Ｃ１２５８Ｒ、Ｅ１６２４Ｋ、Ｅ１６３３Ｋ、Ｅ１６３４Ｇ、Ｑ１６３６Ｋ、Ｈ３１４０Ｋ、Ｈ３１４０Ｒ、Ｈ３１４０Ｌ、およびＨ３１３９Ｙを含む１つまたは複数のＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択される治療有効量のＰＩ３Ｋ阻害剤、好ましくは５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩を患者に投与することを含む方法を含む。
【００１９】
「薬学的に許容される」という用語は、活性成分の生物学的活性の有効性を妨害しない無毒物質を意味する。
【００２０】
化合物に関する「投与すること」という用語は、例えば、任意の経路によって患者にその化合物を送達することを指すために使用される。
【００２１】
本明細書において使用される場合、「治療有効量」とは、患者（例えばヒト）に単回または複数回用量で投与すると、障害もしくは再発性障害の少なくとも１つの症状を処置するか、防止するか、その発症を防止するか、治癒するか、遅延させるか、その重症度を低減するか、改善するか、またはそのような処置の非存在下で予想される生存期間を超えて患者の生存期間を延長するために有効である、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤の量を指す。単独で投与される個々の活性成分（例えば、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩）に適用されるとき、この用語は、その成分単独を指す。
【００２２】
「処置」または「処置する」という用語は、疾患に罹患するリスクがあるかまたは疾患に罹患した疑いのある患者、ならびに病気である患者または疾患もしくは医学的状態を患っていると診断された患者の処置を含む、予防的または防止的な処置、ならびに治癒的または疾患修飾性の処置の両方を指し、臨床的再発の抑制を含む。処置は、障害もしくは再発性障害の１つもしくは複数の症状を防止するか、治癒するか、その発症を遅延させるか、その重症度を低減させるか、もしくは改善するため、または、そのような処置の非存在下で予想される生存期間を超えて患者の生存期間を延長するために、医学的障害を有しているかまたは障害を最終的に得る可能性のある患者に施されてもよい。「処置」または「処置する」という用語は、予防的処置のみを明確に指すために使用されてもよい。
【００２３】
「処置に応答する」という表現は、患者が、特定の処置、例えば、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンもしくはその塩酸塩または（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）を送達されると、前記処置からの臨床的に有意義な利益を示すことを意味するように使用される。乳癌の場合、そのような利益は、種々の基準によって測定されうる。例えば、実施例１の無増悪生存期間を参照されたい。そのような基準は全て、癌患者が所与の処置に応答しているかどうかの許容される尺度である。「処置に応答する」という表現は、絶対応答としてではなく、相対的に解釈されるよう意図される。例えば、ＰＩＫ３ＣＡ変異を有する患者は、ＰＩＫ３ＣＡ変異を有しない患者よりも、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩での処置から多くの利益を得ると予測される。
【００２４】
「データを受信すること」という表現は、任意の利用可能な手段、例えば、口頭、電子的（例えば、ディスケットまたは他の媒体にコードされた電子メールによって）、書面などにより、情報の所有権を得ることを意味するように使用される。
【００２５】
本明細書において使用される場合、患者に関連した「選択すること」および「選択された」とは、特定の患者が所定の基準を有すること、例えば、患者がＰＩＫ３ＣＡ変異を有しないこと、または患者がそのｃｔＤＮＡにＰＩＫ３ＣＡ変異を有することに基づいて（その理由により）、特定の患者がより大きな患者群から明確に選ばれることを意味するように使用される。同様に、「癌を有する患者を選択的に処置すること」とは、特定の患者が所定の基準を有すること、例えば、患者がＰＩＫ３ＣＡ変異を有しないこと、または患者がＰＩＫ３ＣＡ変異を有することに基づいて（その理由により）、より大きな患者群から明確に選ばれた癌患者、好ましくは乳癌患者に、処置を提供することを指す。同様に、「選択的に投与すること」とは、特定の患者が、所定の基準、例えばＰＩＫ３ＣＡ変異を有することに基づいて（その理由により）、より大きな患者群から明確に選ばれた癌患者に、薬物を投与することを指す。選択すること、選択的に処置すること、および選択的に投与することとは、患者が、特定の癌を有することのみに基づいて標準的な処置レジメンを施されるのではなく、患者の生物学に基づいて前記癌に対して個別化された療法を施されることを意味する。
【００２６】
本明細書において使用される場合、「予測すること」とは、特定の癌、好ましくは乳癌を有する個体が、ＰＩ３Ｋ阻害剤での処置に応答する、またはより良好に応答する見込みを、医療提供者が判定できるようにする情報を、本明細書に記載の方法が提供することを示す。これは、１００％の正確度で応答を予測する能力を指すものではない。むしろ、当業者であれば、それが確率(probability)の増加を指すことを理解するであろう。
【００２７】
本明細書において使用される場合、「見込み」および「可能性がある」とは、ある事象が起こる確率がどれだけ高いかの指標である。これは、「確率」と互換的に使用されてもよい。見込みとは、推測を超えるが確信には満たない確率を指す。したがって、ある事象は、妥当な者が常識、訓練、または経験を用い、所与の状況からある事象が起こる確率が高いと結論する場合に、可能性が高い。いくつかの実施形態では、見込みが確認されたら、患者は、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤で処置されても（または処置が継続されても、もしくは増加した投与量で処置が続行されても）よく、あるいは、患者は、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤で処置されなくても（または処置が中断されても、もしくは低下した用量で処置が続行されても）よい。
【００２８】
「見込みの増加」という表現は、ある事象が起こる確率の増加を指す。例えば、本明細書におけるいくつかの方法は、患者が、血液試料中、例えばそのｃｔＤＮＡ中にＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、その患者が、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤での処置に応答する見込みの増加を示すかどうかを予測することを可能にする。
【００２９】
「見込みの減少」という表現は、ある事象が起こる確率の減少を指す。例えば、本明細書における方法は、患者が、その血液試料中、例えばそのｃｔＤＮＡ中にＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されていないことに基づいて、その患者が、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤での処置に応答する見込みの減少を示すかどうかを予測することを可能にする。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
【図１】研究ＣＢＫＭ１２０Ｆ２３０２での、アーカイブ組織(Archival Tissue)由来のＰＩＫ３ＣＡｍｕｔおよびＰＩＫ３ＣＡＷＴ亜集団における、無増悪生存期間（PFS）のカプラン・マイヤープロットである。
【図２−１】図２は、研究ＣＢＫＭ１２０Ｆ２３０２での、ｃｔＤＮＡ由来の(by ctDNA)ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔおよびＰＩＫ３ＣＡＷＴ亜集団における、担当医判定に基づく(per investigator)無増悪生存期間（ＰＦＳ）のカプラン・マイヤープロットである。
【図２−２】上記と同じである。
【図３−１】図３は、研究ＣＢＫＭ１２０Ｆ２３０２での、ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜集団における、担当医判定に基づく、（ａ）ブパリシブ(buparlisib)＋フルベストラントの組合せおよび（ｂ）プラセボ＋フルベストラントの組合せに対する、最大直径の和のベースラインからの最大変化率を示すグラフである。
【図３−２】上記と同じである。
【図４−１】図４は、研究ＣＢＫＭ１２０Ｆ２３０２での、ｃｔＤＮＡ由来のＰＩＫ３ＣＡｍｕｔおよびＰＩＫ３ＣＡＷＴ亜集団における、全生存期間（OS）のカプラン・マイヤープロットである。
【図４−２】上記と同じである。
【発明を実施するための形態】
【００３１】
本発明は、癌、好ましくは乳癌を有する患者の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）におけるＰＩＫ３ＣＡ変異の存在または非存在を使用して、ＰＩ３Ｋ阻害剤化合物での療法に対する患者の応答の見込みを判定することができるという所見に基づく。明確に述べると、ｃｔＤＮＡにおけるＰＩＫ３ＣＡ変異、例えばエクソン９（Ｅ５４５Ｋ）またはエクソン２０（Ｈ１０４７Ｒ／Ｌ）における変異が、ＰＩ３Ｋ阻害剤である５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩での処置に応答する可能性がより高いことが見出された。対照的に、バリアントをコードする変異を、そのｃｔＤＮＡ中に、例えば５４５位または１０４７位に有しない患者の試料の核酸配列は、ＰＩ３Ｋ阻害剤化合物である５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩での処置に応答する可能性がより低い。そのような患者は、代替的な癌療法、例えば化学療法薬または異なるＰＩ３Ｋ阻害剤（本明細書において使用される場合、異なるタイプのＰＩ３Ｋ阻害剤は、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩ではない阻害剤であるべきである）で処置されるべきであり、化学療法薬または代替的なＰＩ３Ｋ阻害剤を用いた処置であってもよいが、これに限定されない。
【００３２】
本発明の方法のいくつかの実施形態では、ｃｔＤＮＡにおけるＰＩＫ３ＣＡ変異の存在または非存在は、ゲノム配列または核酸産物についてアッセイすることによって検出されうる。
【００３３】
ＰＩ３Ｋ阻害剤
本明細書に開示される方法を使用して評価される患者は、ＰＩ３Ｋ阻害剤を用いた処置のために検討されているものである。本発明によれば、ｃｔＤＮＡにＰＩＫ３ＣＡ変異を有する患者は、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択されるＰＩ３Ｋ阻害剤、特に、ＰＩ３Ｋ阻害剤の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミン（別称ＢＫＭ１２０、または式（ＩＩ）の化合物、またはブパリシブ）またはその塩酸塩での処置に応答する可能性がより高い。
【００３４】
ＰＩ３キナーゼ阻害剤としては、４−［２−（１Ｈ−インダゾール−４−イル）−６−［［４−（メチルスルホニル）ピペラジン−１−イル］メチル］チエノ［３，２−ｄ］ピリミジン−４−イル］モルホリン（別称ＧＤＣ  ０９４１、ＰＣＴ国際公開第０９／０３６０８２号パンフレットおよび同第０９／０５５７３０号パンフレットに記載されている）、２−メチル−２−［４−［３−メチル−２−オキソ−８−（キノリン−３−イル）−２，３−ジヒドロイミダゾ［４，５−ｃ］キノリン−１−イル］フェニル］プロピオニトリル（別称ＢＥＺ  ２３５またはＮＶＰ−ＢＥＺ  ２３５、ＰＣＴ国際公開第０６／１２２８０６号パンフレットに記載されている）、ＢＫＭ１２０、および（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）（別称ＢＹＬ７１９）を挙げることができるが、これらに限定されない。
【００３５】
一実施形態において、ＰＩ３Ｋ阻害剤は、式（Ｉ）の化合物、
【００３６】
【化２】
2018535997.tif 000004
（式中、
Ｗは、ＣＲｗまたはＮであり、ここで、
Ｒｗは、
（１）水素、
（２）シアノ、
（３）ハロゲン、
（４）メチル、
（５）トリフルオロメチル、
（６）スルホンアミド
からなる群から選択され、
Ｒ１は、
（１）水素、
（２）シアノ、
（３）ニトロ、
（４）ハロゲン、
（５）置換および未置換のアルキル、
（６）置換および未置換のアルケニル、
（７）置換および未置換のアルキニル、
（８）置換および未置換のアリール、
（９）置換および未置換のヘテロアリール、
（１０）置換および未置換のヘテロシクリル、
（１１）置換および未置換のシクロアルキル、
（１２）−ＣＯＲ１ａ、
（１３）−ＣＯ２Ｒ１ａ、
（１４）−ＣＯＮＲ１ａＲ１ｂ、
（１５）−ＮＲ１ａＲ１ｂ、
（１６）−ＮＲ１ａＣＯＲ１ｂ、
（１７）−ＮＲ１ａＳＯ２Ｒ１ｂ、
（１８）−ＯＣＯＲ１ａ、
（１９）−ＯＲ１ａ、
（２０）−ＳＲ１ａ、
（２１）−ＳＯＲ１ａ、
（２３）−ＳＯ２ＮＲｌａＲ１ｂ
からなる群から選択され、ここで、
Ｒ１ａおよびＲ１ｂは、独立して、
（ａ）水素、
（ｂ）置換または未置換のアルキル、
（ｃ）置換および未置換のアリール、
（ｄ）置換および未置換のヘテロアリール、
（ｅ）置換および未置換のヘテロシクリル、および
（ｆ）置換および未置換のシクロアルキル
からなる群から選択され、
Ｒ２は、
（１）水素、
（２）シアノ、
（３）ニトロ、
（４）ハロゲン、
（５）ヒドロキシ、
（６）アミノ、
（７）置換および未置換のアルキル、
（８）−ＣＯＲ２ａ、および
（９）−ＮＲ２ａＣＯＲ２ｂ
からなる群から選択され、ここで、
Ｒ２ａおよびＲ２ｂは、独立して、
（ａ）水素、および
（ｂ）置換または未置換のアルキル
からなる群から選択され、
Ｒ３は、
（１）水素、
（２）シアノ、
（３）ニトロ、
（４）ハロゲン、
（５）置換および未置換のアルキル、
（６）置換および未置換のアルケニル、
（７）置換および未置換のアルキニル、
（８）置換および未置換のアリール、
（９）置換および未置換のヘテロアリール、
（１０）置換および未置換のヘテロシクリル、
（１１）置換および未置換のシクロアルキル、
（１２）−ＣＯＲ３ａ、
（１４）−ＮＲ３ａＲ３ｂ、
（１３）−ＮＲ３ａＣＯＲ３ｂ、
（１５）−ＮＲ３ａＳＯ２Ｒ３ｂ、
（１６）−ＯＲ３ａ、
（１７）−ＳＲ３ａ、
（１８）−ＳＯＲ３ａ、
（１９）−ＳＯ２Ｒ３ａ
からなる群から選択され、ここで、
Ｒ３ａおよびＲ３ｂは、独立して、
（ａ）水素、
（ｂ）置換または未置換のアルキル、
（ｃ）置換および未置換のアリール、
（ｄ）置換および未置換のヘテロアリール、
（ｅ）置換および未置換のヘテロシクリル、および
（ｆ）置換および未置換のシクロアルキル
からなる群から選択され、
Ｒ４は、
（１）水素、および
（２）ハロゲン
からなる群から選択される）
またはその薬学的に許容される塩からなる群から選択される。
【００３７】
式（Ｉ）の化合物の定義において使用されるラジカルおよび記号は、国際公開第０７／０８４７８６号パンフレットに開示されている意味を有し、この公報は、参照によりその全体が本出願に組み込まれる。
【００３８】
式（Ｉ）のＰＩ３Ｋ阻害剤化合物は、遊離塩基またはその薬学的に許容される塩の形態で存在してもよい。式（Ｉ）の化合物の好適な塩としては、限定されないが、次のものが挙げられる：酢酸塩、アジピン酸塩、アルギン酸塩、クエン酸塩、アスパラギン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、重硫酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、ジグルコン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、グルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、フマル酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、２ヒドロキシエタンスルホン酸塩、乳酸塩、マレイン酸塩、メタンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、２ナフタレンスルホン酸塩、シュウ酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩（pectinate）、過硫酸塩、３フェニルプロピオン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐトルエンスルホン酸塩、およびウンデカン酸塩。また、塩基性窒素含有基は、ハロゲン化アルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、およびブチルの塩化物、臭化物、およびヨウ化物、硫酸ジアルキル、例えば硫酸ジメチル、硫酸ジエチル、硫酸ジブチル、および硫酸ジアミル、長鎖ハロゲン化物、例えばデシル、ラウリル、ミリスチル、およびステアリルの塩化物、臭化物、およびヨウ化物、ハロゲン化アラルキル、例えば臭化ベンジルおよび臭化フェネチルなどの薬剤で四級化されてもよい。
【００３９】
式（Ｉ）の化合物の好適な塩としては、ナトリウム塩、リチウム塩、カリウム塩、カルシウム塩、マグネシウム塩、アルミニウム塩などのアルカリおよびアルカリ土類金属に基づくカチオン、ならびに、アンモニウム、テトラメチルアンモニウム、テトラエチルアンモニウム、メチルアミン、ジメチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミン、エチルアミンなどを含むがこれらに限定されない、無毒性アンモニウム、四級アンモニウム、およびアミンカチオンがさらに挙げられるが、これらに限定されない。塩基付加塩の形成に有用な他の代表的な有機アミンとしては、ジエチルアミン、エチレンジアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、ピペラジン、ピリジン、ピコリン、トリエタノールアミンなど、ならびにアルギニン、リジン、およびオルニチンなどの塩基性アミノ酸が挙げられる。
【００４０】
本発明の好ましい式（Ｉ）の化合物は、ＰＩ３Ｋ阻害剤の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミン（別称ＢＫＭ１２０）またはその塩酸塩である。この化合物の合成は、国際公開第２００７／０８４７８６号パンフレットに実施例１０として記載されており、その内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
【００４１】
別の実施形態では、国際公開第２０１０／０２９０８２号パンフレットに開示されている他のＰＩ３Ｋ阻害剤を使用してもよい。国際公開第２０１０／０２９０８２号パンフレットには、ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）のアルファ−アイソフォームに対して高度に選択的な阻害活性を有することが見出されている、特定の２−カルボキサミドシクロアミノ尿素誘導体が記載されている。本発明に好適なＰＩ３Ｋ阻害剤は、次式（ＩＩＩ）を有する化合物
【００４２】
【化３】
2018535997.tif 000005
（以降、「式（ＩＩＩ）の化合物」）およびその薬学的に許容される塩である。式（ＩＩＩ）の化合物は、（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）の化学化合物としても知られている。式（ＩＩＩ）の化合物、その薬学的に許容される塩、および好適な製剤は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＰＣＴ出願第ＷＯ２０１０／０２９０８２号パンフレットに記載されており、その調製の方法は、例えば、当該出願の実施例１５に記載されている。式（ＩＩＩ）の化合物は、遊離塩基またはその任意の薬学的に許容される塩の形態で存在してもよい。好ましくは、式（ＩＩＩ）の化合物は、その遊離塩基の形態である。
【００４３】
本発明のＰＩ３Ｋ阻害剤は、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンおよびその塩酸塩ならびに（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）からなる群から選択される。
【００４４】
好ましいある実施形態において、本発明のＰＩ３Ｋ阻害剤は、ＰＩ３Ｋ阻害剤の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミン（別称ＢＫＭ１２０）またはその塩酸塩である。
【００４５】
ＰＩ３Ｋ変異
本発明は、患者の血液試料（例えば、血清または血漿）などの流体試料中のＰＩＫ３ＣＡ変異の存在を検出または判定する方法を含む。ＰＩＫ３ＣＡ変異は、当該技術分野において公知である（Mukohara, PI3K mutations in breast cancer: prognostic and therapeutic implications, Breast Cancer: Targets and Therapy, 2015:7 111-123、特定の変異は、米国特許第８，０２６，０５３号明細書に開示されている）。一実施形態において、本発明の方法は、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のエクソン１、２、５、７、９、および／または２０における任意のＰＩＫ３ＣＡ変異の存在を検出または判定することを含みうる。例えば、ＰＩＫ３ＣＡ変異は、次の変異、Ｒ２６３Ｑ、Ｒ２７７Ｗ、Ｒ２７８Ｗ、Ｋ３３１Ｅ、Ｋ３３３Ｎ、Ｋ３３３Ｎ、Ｇ３５３Ｄ、Ｅ１０９３Ｋ、Ｃ１２５８Ｒ、Ｅ１６２４Ｋ、Ｅ１６３３Ｋ、Ｅ１６３４Ｇ、Ｑ１６３６Ｋ、Ｈ３１４０Ｋ、Ｈ３１４０Ｒ、Ｈ３１４０Ｌ、および／またはＨ３１３９Ｙのうちの１つまたは複数を含みうる。
【００４６】
一例では、表１に示される変異のうちの１つまたは複数が検出されうる。
【００４７】
【表１】
2018535997.tif 000006
【００４８】
試料の調製
本発明の方法は、患者の血液（例えば、血清または血漿）などの腫瘍細胞を含む体液中のＰＩＫ３ＣＡ変異を検出することを含む。本明細書において使用される場合、「患者」とは、あらゆる哺乳動物、例えば霊長類（特に高等霊長類）を含む、ヒトまたは動物を指す。好ましいある実施形態では、患者はヒトである。体液試料は、当該技術分野において公知の方法のうちのいずれを使用して対象から得られてもよい。細胞ＤＮＡを体液試料から抽出するための方法も、当該技術分野において周知である。典型的には、細胞を洗浄剤で溶解させる。細胞溶解後、様々なプロテアーゼを使用して、タンパク質をＤＮＡから除去する。
【００４９】
検出
試料中のｃｔＤＮＡの量は極めて少ないため、ｃｔＤＮＡ中のＰＩＫ３ＣＡ変異の存在を判定するためには、高感度の測定手段が所望される。本発明の方法は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎに基づくアッセイ、直接配列決定、またはＢｅａｍｉｎｇにより、ｃｔＤＮＡにおけるＰＩ３ＫＣＡ変異の存在を検出することによって行われてもよい。
【００５０】
一例では、測定には、ＢＥＡＭｉｎｇとして知られる測定を使用した、乳剤中のビーズでの増幅が用いられる。ＢＥＡＭｉｎｇは、その構成要素であるビーズ、乳剤、増幅、および磁気にちなんで名付けられ、本質的に、単一のＤＮＡ鋳型分子を、鋳型の数万個の正確なコピーを含有する単一のビーズに変換するものである（Dressman et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003; 100:8817-22、米国特許第１０／５６２，８４０号明細書、Diehl et al., NATURE METHODS, VOL.3 NO.7, JULY 2006、およびLi et al., NATURE METHODS, VOL.3 NO.2, FEBRUARY 2006）。明確に述べると、Ｂｅａｍｉｎｇ法は、油乳剤中でＰＣＲ反応を行って、１つの分子に由来するＰＣＲ産物を１つのナノ粒子上に固定化することを含む。正常型および変異型の塩基が、蛍光色素を含む部位で標識され、次に検出される。次に、フローサイトメトリを使用して、血漿または血清中に存在する変異体ＰＩＫ３ＣＡ  ＤＮＡのレベルを定量することができる（例えば、Higgins et al. (2012) Clin Cancer Res 18: 3462-3469を参照されたい）。
【００５１】
本発明による方法では、各分子に関するＤＮＡを定量的に判定することができる限り、いかなる定量分析を使用してもよい。例えば、リアルタイムＰＣＲまたは次世代配列決定装置を含む、多種多様な分子生物学技術を使用することができる。塩基配列をリアルタイムで判定するために、１つのＤＮＡ分子を鋳型として使用してＤＮＡポリメラーゼを用いたＤＮＡ合成を行い、各塩基の反応に関する蛍光、放出光などを検出することができる限り、いかなるタイプの次世代配列決定装置を使用してもよく、また、次世代配列決定装置には、いかなる塩基認識方法、リード長、試薬などを使用してもよい。
【００５２】
投与および薬学的組成物
本発明によれば、本発明のＰＩ３Ｋ阻害剤は、ｃｔＤＮＡにＰＩＫ３ＣＡ変異を有する患者の癌を処置するために使用することができる。「癌」という用語は、例えば、肺および気管支癌、前立腺癌、乳癌、膵臓癌、結腸および直腸癌、甲状腺癌、肝臓および肝内胆管癌、肝細胞癌、胃癌、神経膠腫／神経膠芽腫、子宮内膜癌、黒色腫、腎臓および腎盂癌、膀胱癌、子宮体部癌、子宮頸部癌、卵巣癌、頭頸部癌、多発性骨髄腫、食道癌、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄性白血病、脳癌、口腔および咽頭癌、喉頭癌、小腸癌、非ホジキンリンパ腫、黒色腫、ならびに絨毛結腸腺腫を含む、ＰＩ３Ｋの阻害によって有益に処置されうる癌疾患を指す。
【００５３】
一実施形態において、式（Ｉ）の化合物またはその薬学的に許容される塩は、乳癌および頭頸部癌から選択される癌を処置するために使用されてもよい。
【００５４】
好ましいある実施形態では、式（Ｉ）の化合物またはその薬学的に許容される塩は、乳癌である癌を処置するために使用されてもよい。
【００５５】
さらに好ましいある実施形態では、式（Ｉ）の化合物またはその薬学的に許容される塩は、乳癌である癌を処置するために使用されてもよく、ここで、乳癌は、ＨＲ＋、ＨＥＲ２陰性局所進行性、または転移性の乳癌である。
【００５６】
式（Ｉ）のＰＩ３Ｋ阻害剤化合物またはその薬学的に許容される塩は、好ましくは、１日に約０．００１〜１０００ｍｇ／ｋｇ体重、より好ましくは１．０〜３０ｍｇ／ｋｇ体重の範囲内の用量で毎日経口投与される。一実施形態において、式（Ｉ）の化合物の投与量は、１日につき１人当たり約１０ｍｇ〜約２０００ｍｇの範囲内である。一例では、１．０〜３０ｍｇ／ｋｇ体重である。好ましい一実施形態では、式（Ｉ）の化合物の投与量は、温血動物が成人ヒトである場合は特に、約６０ｍｇ／日〜約１２０ｍｇ／日の範囲内である。好ましくは、式（Ｉ）の化合物の投与量は、成人ヒトでは約６０ｍｇ／日〜約１００ｍｇ／日の範囲内である。本発明のＰＩ３Ｋ阻害剤は、成人ヒトに、１日１回継続的に（毎日）、または間欠的に（例えば、７日中５日）、好適な投与量で経口投与されてよい。例えば、ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ阻害剤の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩は、約６０ｍｇ／日〜約１２０ｍｇ／日の範囲内の投与量で成人ヒトに経口投与される。
【００５７】
一実施形態において、式（ＩＩＩ）の化合物またはその薬学的に許容される塩は、乳癌から選択される癌を処置するために使用されてもよい。
【００５８】
好ましいある実施形態では、式（ＩＩＩ）の化合物またはその薬学的に許容される塩は、乳癌である癌を処置するために使用されてもよい。
【００５９】
さらに好ましいある実施形態では、式（ＩＩＩ）の化合物またはその薬学的に許容される塩は、乳癌である癌を処置するために使用されてもよく、ここで、乳癌は、ＨＲ＋、ＨＥＲ２陰性局所進行性、または転移性の乳癌である。
【００６０】
式（ＩＩＩ）のＰＩ３Ｋ阻害剤化合物またはその薬学的に許容される塩は、好ましくは、成人または小児で約１〜６．５ｍｇ／ｋｇの有効一日投与量で経口投与される。体重７０ｋｇの成人患者では、式（ＩＩＩ）の化合物またはその薬学的に許容される塩は、約７０ｍｇ〜４５５ｍｇの一日投与量で経口投与される。
【００６１】
特定の患者のための治療剤の有効量は、処置されている状態、疾患の進行度、患者の全体的健康、年齢、体重、性別、および食事、投与の方法、経路、および用量、ならびに副作用の重症度などの要因に応じて様々でありうる（例えば、Maynard et al., (1996) A Handbook of SOPs for Good Clinical Practice, Interpharm Press, Boca Raton, Fla.、Dent (2001) Good Laboratory and Good Clinical Practice, Urch Publ., London, UKを参照されたい）。最適な有効投与量は、当該技術分野において周知である日常的な試験および手順を使用して確立されうる。
【００６２】
データ
実行の際、ＰＩＫ３ＣＡ核酸変異の存在または非存在の判定を必要とする、本明細書に記載の方法のうちのいずれを使用してもよく、医師、または遺伝子カウンセラー、または患者、または他の研究者に、結果が通知されてもよい。明確に述べると、結果は、他の研究者、または医師、または遺伝子カウンセラー、または患者に通信または送信されうる、送信可能形態の情報でキャストされてもよい。そのような形態は様々であってよく、有形であっても無形であってもよい。結果は、記述文、図、写真、チャート、画像、または任意の他の視覚的形態で体現されてもよい。例えば、結果を説明する際に、ＰＣＲ産物のゲル電気泳動画像を使用してもよい。バリアントの存在または非存在を示す図も、試験結果を示す際に有用である。これらの記述および視覚的形態は、有形媒体、例えば紙、コンピュータ可読媒体、例えばフロッピーディスク、コンパクトディスクなど、または無形媒体、例えば、インターネットもしくはイントラネット上の電子メールまたはウェブサイトの形態の電子媒体に記録されてもよい。加えて、結果はまた、音声形態で記録され、任意の好適な媒体、例えば、アナログまたはデジタルのケーブルライン、光ファイバーケーブルなどを通じて、電話、ファクシミリ、無線携帯電話、インターネット電話などを介して送信されてもよい。そのような全ての形態（有形および無形）が、「送信可能形態の情報」に相当する。したがって、試験結果に関する情報およびデータは、世界中どこでも作成され、異なる場所に送信されうる。例えば、遺伝子型判定アッセイが海外で実施されるとき、試験結果に関する情報およびデータが、上述の送信可能形態で生成およびキャストされうる。こうして、送信可能形態の試験結果は、米国にインポートされうる。したがって、本開示は、個体において変異が生じるかどうかに関するデータを含む送信可能形態の情報を作成する方法も包含する。この形態の情報は、ＰＩ３Ｋ阻害剤での処置に対する患者の応答性を予測するため、その情報に基づいて処置の過程を選択するため、また、その情報に基づいて患者を選択的に処置するために有用である。
【００６３】
キット
本発明は、表１に示されるＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の特定の位置に変異が存在するかどうかを判定するためのキットをさらに提供する。好ましいある実施形態では、本キットは、ＰＩ３Ｋ阻害剤の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩での処置から明確に利益を得る患者を選択するために有用である。キットは、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の変異を検出するのに有用なプライマーおよび／プローブを含んでいてもよい。キットは、核酸対照、緩衝液、および使用説明書をさらに含んでいてもよい。
【００６４】
ある代替的な実施形態では、本キットは、ＰＩ３Ｋ阻害剤化合物の（Ｓ）−ピロリジン−１，２−ジカルボン酸２−アミド１−（｛４−メチル−５−［２−（２，２，２−トリフルオロ−１，１−ジメチル−エチル）−ピリジン−４−イル］−チアゾール−２−イル｝−アミド）またはその薬学的に許容される塩での処置から明確に利益を得る患者を選択するために有用である。
【００６５】
本発明の他の特徴、目的、および利点は、記載および図面から、ならびに特許請求の範囲および以下の列挙された実施形態から明らかになるであろう。明確に述べると、本開示は、次の態様、有利な特徴、および特定の実施形態を、次の列挙された実施形態に列記されるように、それぞれ単独または組合せにおいて提供する。
１．  癌を有する患者を処置する方法であって、患者がその循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）にＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、治療有効量の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩を患者に投与することを含む方法。
２．  癌を有する患者を処置する方法であって、
患者がそのｃｔＤＮＡにＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、治療有効量の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩を患者に投与すること、または
患者がそのｃｔＤＮＡにＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されていないことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩以外の治療有効量の治療薬を患者に投与すること
のいずれかを含む方法。
３．  ５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩以外の治療薬が、フルベストラント、トラスツズマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、エルロチニブ、パクリタキセル、エベロリムス、メトトレキサート、フルオロウラシル、アナストロゾール、エキセメスタン、カペシタビン、シクロホスファミド、レトロゾール、トレミフェン、ゲムシタビン塩酸塩、ゴセレリン酢酸塩、パルボシクリブ、酢酸メゲストロール、タモキシフェン、パルボシクリブ、ペルツズマブ、またはビンブラスチン、およびそれらの組合せからなる群から選択される、上記の列挙された実施形態のいずれかに記載の方法。
４．  癌が、肺および気管支癌、前立腺癌、乳癌、膵臓癌、結腸および直腸癌、甲状腺癌、肝臓および肝内胆管癌、肝細胞癌、胃癌、神経膠腫／神経膠芽腫、子宮内膜癌、黒色腫、腎臓および腎盂癌、膀胱癌、子宮体部癌、子宮頸部癌、卵巣癌、頭頸部癌、多発性骨髄腫、食道癌、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄性白血病、脳癌、口腔および咽頭癌、喉頭癌、小腸癌、非ホジキンリンパ腫、黒色腫、ならびに絨毛結腸腺腫から選択される、上記の列挙された実施形態のいずれかに記載の方法。
５．  癌が、乳癌および頭頸部癌から選択される、上記の列挙された実施形態のいずれかに記載の方法。
６．  癌が乳癌である、上記の列挙された実施形態のいずれかに記載の方法。
７．  癌を有する患者をＰＩ３Ｋ阻害剤で処置する方法であって、
患者がその循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）にＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩での処置のために患者を選択することと、
その後、治療有効量の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩を患者に投与することと
を含む方法。
８．  癌を有する患者をＰＩ３Ｋ阻害剤で処置する方法であって、
ａ）乳癌を有する患者のｃｔＤＮＡを含む血液または血漿試料を、ｃｔＤＮＡにおけるＰＩＫ３ＣＡ変異の存在についてアッセイすることと、
ｂ）患者がＰＩＫ３ＣＡ変異を有すると判定されたことに基づいて、治療有効量の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩を患者に投与することと
を含む方法。
９．  ＰＩＫ３ＣＡ変異が、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のエクソン１、２、５、７、９、および／または２０における変異を含む、上記の列挙された実施形態のいずれかに記載の方法。
１０．  ＰＩＫ３ＣＡ変異が、次の変異、Ｒ２６３Ｑ、Ｒ２７７Ｗ、Ｒ２７８Ｗ、Ｋ３３１Ｅ、Ｋ３３３Ｎ、Ｋ３３３Ｎ、Ｇ３５３Ｄ、Ｅ１０９３Ｋ、Ｃ１２５８Ｒ、Ｅ１６２４Ｋ、Ｅ１６３３Ｋ、Ｅ１６３４Ｇ、Ｑ１６３６Ｋ、Ｈ３１４０Ｋ、Ｈ３１４０Ｒ、Ｈ３１４０Ｌ、および／またはＨ３１３９Ｙのうちの１つまたは複数を含む、列挙された実施形態９に記載の方法。
１１．  ｃｔＤＮＡにおけるＰＩ３ＫＣＡ変異の存在が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎに基づくアッセイ、直接配列決定、またはＢｅａｍｉｎｇからなる群から選択される技術によって検出される、上記の列挙された実施形態のいずれかに記載の方法。
１２．  投与ステップが、前記患者１人当たり約６０ｍｇ〜約１２０ｍｇを経口投与することを含む、列挙された実施形態８に記載の方法。
１３．  患者がその循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）にＰＩＫ３ＣＡ変異を含むと判定されたことに基づいて、治療有効量の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩が前記患者に投与されることを特徴とする、癌の処置に使用するための５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩。
１４．  患者がＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における１つまたは複数の変異Ｒ２６３Ｑ、Ｒ２７７Ｗ、Ｒ２７８Ｗ、Ｋ３３１Ｅ、Ｋ３３３Ｎ、Ｋ３３３Ｎ、Ｇ３５３Ｄ、Ｅ１０９３Ｋ、Ｃ１２５８Ｒ、Ｅ１６２４Ｋ、Ｅ１６３３Ｋ、Ｅ１６３４Ｇ、Ｑ１６３６Ｋ、Ｈ３１４０Ｋ、Ｈ３１４０Ｒ、Ｈ３１４０Ｌ、および／またはＨ３１３９Ｙを有することに基づいて、治療有効量の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩が前記患者に投与されることを特徴とする、列挙された実施形態１０に記載の５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩。
１５．  癌を有する患者が、５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩での処置に応答する見込みを予測する方法であって、患者から得られた腫瘍細胞を含む血液または血清試料をＰＩＫ３ＣＡ変異の存在についてアッセイすることを含み、
ａ）ＰＩＫ３ＣＡ変異の存在が、患者が５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩での処置に応答する見込みの増加を示し、
ｂ）ＰＩＫ３ＣＡ変異の非存在が、患者が５−（２，６−ジ−モルホリン−４−イル−ピリミジン−４−イル）−４−トリフルオロメチル−ピリジン−２−イルアミンまたはその塩酸塩での処置に応答する見込みの減少を示す、方法。
１６．  腫瘍細胞が循環腫瘍細胞である、列挙された実施形態１５に記載の方法。
１７．  試料が循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む、列挙された実施形態１６に記載の方法。
１８．  癌が、肺および気管支癌、前立腺癌、乳癌、膵臓癌、結腸および直腸癌、甲状腺癌、肝臓および肝内胆管癌、肝細胞癌、胃癌、神経膠腫／神経膠芽腫、子宮内膜癌、黒色腫、腎臓および腎盂癌、膀胱癌、子宮体部癌、子宮頸部癌、卵巣癌、頭頸部癌、多発性骨髄腫、食道癌、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ性白血病、骨髄性白血病、脳癌、口腔および咽頭癌、喉頭癌、小腸癌、非ホジキンリンパ腫、黒色腫、ならびに絨毛結腸腺腫から選択される、列挙された実施形態７から１７のいずれか１つに記載の方法。
１９．  癌が、乳癌および頭頸部癌から選択される、列挙された実施形態７から１７のいずれか１つに記載の方法。
２０．  癌が乳癌である、列挙された実施形態７から１７のいずれか１つに記載の方法。
２１．  乳癌が、ＨＲ＋、ＨＥＲ２陰性局所進行性、または転移性の乳癌である、前述の列挙された実施形態のいずれか１つに記載の方法。
【００６６】
当業者であれば、本発明の実践において使用することのできる、本明細書に記載のものと同様または均等な多くの方法および材料を認識するであろう。実際に、本発明は、記載される方法および材料にいかようにも限定されない。本発明の目的において、次の用語は以下のように定義される。
【実施例】
【００６７】
＜実施例１＞
研究ＣＢＫＭ１２０Ｆ２３０２は、ＡＩ療法中または後に疾患が進行した、ＨＲ＋、ＨＥＲ２陰性局所進行性、または転移性の乳癌を有する閉経後女性における、プラセボ＋フルベストラントに対するブパリシブ＋フルベストラントでの処置の効力および安全性を判定するために設計された、多施設ランダム化二重盲検プラセボ対照第ＩＩＩ相治験であった。
【００６８】
この研究では、次の組み入れ基準および除外基準に従って患者を選択した。
組み入れ基準：
−  局所進行性または転移性の乳癌
−  ＨＥＲ２陰性およびホルモン受容体陽性ステータス（一般的な乳癌の分類試験）
−  閉経後女性
−  腫瘍試料がバイオマーカー（ＰＩ３Ｋ活性化ステータス）の特定のためにＮｏｖａｒｔｉｓ指定実験室に輸送されなければならない
−  アロマターゼ阻害剤処置中または後の乳癌の進行または再発
−  固形腫瘍の応答評価基準（Responce Evaluation Criteria in Solid Tumors）１．１による、測定可能な疾患、または測定可能な疾患の非存在下での測定不可能な疾患の骨病変
−  臨床検査値によって定義される十分な骨髄および臓器機能
除外基準：
−  ＰＩ３Ｋ阻害剤、ＡＫＴ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、またはフルベストラントでの以前の処置
−  転移性疾患のための２回以上の化学療法歴
−  症候性脳転移
−  コルチコステロイドまたは別の免疫抑制剤での処置の増加または慢性化（＞５日）
−  プロトコルで定義されるような活動性心臓病（心疾患）
−  不安（有害事象共通用語基準グレード＞３）または鬱もしくは他の気分障害の病歴／証拠
−  ＧＡＤ−７（7-item Generalized Anxiety Disorder）気分スケールスコア≧１５、ＰＨＱ−９（9-item Patient Health Questionaire）スコア≧１２、または自殺念慮に関するＰＨＱ−９の質問９に対する肯定的な応答
【００６９】
およそ１２００人の患者を１：１比でランダム化することにした。活性化ＰＩ３Ｋ経路ステータスを有する≧３３４人の患者を含め、最低で８４２人の患者が主要コホートにランダム化されるまで、登録を継続することにした。ランダム化された患者は、次の２つのコホートのうちの１つに含めた。
−  主要コホート：ＰＩ３Ｋ経路活性化ステータスが既知（活性化または非活性化）の患者からなる
−  ＰＩ３Ｋ未知コホート：ＰＩ３Ｋ経路ステータスが未知の患者から構成される
【００７０】
プロトコルの改正２に従い、研究参加時に必須の血液採取をプロトコルの改正２の一部として２０１３年６月に実行した。ｃｔＤＮＡの試験は、ビーズ・乳化・増幅・磁気（BEAMing）技術を使用し、エクソン１、５、７、９、および２０におけるＰＩＫ３ＣＡホットスポット変異の存在を評価するように設計した。加えて、ｃｔＤＮＡによるＰＩＫ３ＣＡ変異ステータスに基づく事前に指定された探索的ＰＦＳ分析を、統計分析計画に詳述した。
【００７１】
プロトコルの改正３に従い、全集団は、主要コホートおよびＰＩ３Ｋ未知コホートの両方を含むものと定義され、ＨＲ＋、ＨＥＲ２陰性乳癌集団全体を代表するものであった。
【００７２】
サイクル１の第１日に単独で投与されたフルベストラント５００ｍｇからなる１４日間の導入処置期の後、サイクル１の第１５日に、ブパリシブ＋フルベストラントまたはプラセボ＋フルベストラントの２つの処置アームのうちの１つに患者をランダム化（１：１）した。ランダム化は、ＰＩ３Ｋ経路活性化ステータス（活性化、非活性化、または未知）および内臓疾患ステータス（存在または非存在）に従って層別化した。内臓疾患の非存在は、骨および／または皮膚、および／または節、および／または乳房、および／または軟部組織にのみ病変を有するものと定義し、内臓疾患の存在は、他のいずれかの場所における病変と定義した。
【００７３】
治験の第一目的は、ブパリシブ＋フルベストラントでの処置が、次の集団において、現地の放射線学審査による無増悪生存期間（ＰＦＳ）を、プラセボ＋フルベストラントと比べて延長したかどうかを判定することであった。
−  全集団：ＰＩ３Ｋ経路活性化ステータス（すなわち、活性化、非活性化、または未知）にかかわらず、ランダム化された全ての患者
−  主要コホート：ＰＩ３Ｋ経路活性化ステータスが既知（活性化または非活性化のいずれか）であるランダム化された全ての患者
−  活性化ＰＩ３Ｋ経路亜集団：活性化ＰＩ３Ｋ経路ステータスを有するランダム化された全ての患者
【００７４】
ＰＩ３Ｋ経路活性化ステータスは、アーカイブ腫瘍試料の分析に基づいて、次のように定義した。
−  サンガー配列決定によって評価した場合に、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子のエクソン１、７、９、もしくは２０のうちの１つもしくは複数にある変異、および／または
−  ホスホテンシン（phosphotensin）ホモログ（ＰＴＥＮ）発現の損失（免疫組織化学的検査［ＩＨＣ］によって１＋レベルでＰＴＥＮを発現する腫瘍細胞が＜１０％であり、強度＞１＋の腫瘍細胞染色がないこと）
【００７５】
研究への登録は２０１２年９月に開始され、２０１４年７月に終了した。ブパリシブ（１日に１００ｍｇ）＋フルベストラント（５００ｍｇ）（ｎ＝５７６）またはプラセボ＋フルベストラント（５００ｍｇ）（ｎ＝５７１）のいずれかの処置を受けるように、合計１１４７人の患者をランダムに割り当てた（１：１）。主要コホートには８５１人の患者がランダム化された［ブパリシブ＋フルベストラント：ｎ＝４２７、プラセボ＋フルベストラント：ｎ＝４２４］［活性化：ｎ＝３７２（４３．７％）および非活性化：ｎ＝４７９（５６．２％）］。この一次分析のカットオフ日は、２０１５年４月２９日であった。
【００７６】
腫瘍評価は、ランダム化日の６週間後、またその後疾患進行まで８週間毎に行った。処置中および追跡期に腫瘍評価のために使用した画像データを集中的に収集し、盲検化した独立審査委員会により、前もって（prospectively）審査を行った。
【００７７】
全ての患者の生存ステータスを、患者の処置中断の理由にかかわらず、３か月毎に追跡した（同意が撤回された場合、患者が生存追跡を拒否した場合、または患者が追跡不能となった場合を除く）。安全性または規制の要件を満たすために生存の更新情報が必要な場合は、３か月の追跡スケジュール外の追加の生存評価が許可された。
【００７８】
独立データ監視委員会（IDMC）が、研究参加者の安全性、ブパリシブのＰＫ、および効力（ＰＦＳに基づく無益性の理由による早期中止の評価基準）の監視を担い、治験が最高の科学的および倫理的水準で実施されることを保証し、報告されたデータに基づいて適切な勧告を行った。
【００７９】
プロトコルに従った治験管理の透明性を保証するため、研究指揮委員会（SSC）を設立した。
【００８０】
事前に指定された事象数に達した後（２０１５年４月２９日のデータカットオフに対応）、最終的なＰＦＳ分析を２０１５年６月に行った。
【００８１】
全集団における結果
全集団では、主な所見は次のとおりである。
−  全集団のベースライン特性は、２つの処置アーム間で概ね均衡しており、ＡＩを含む過去の療法が失敗した後の進行性ＨＲ＋乳癌患者集団と一致していた。
−  患者内訳：疾患の進行が処置中断の最も一般的な理由であった（ブパリシブ＋フルベストラントアームにおいて患者の５４．３％、プラセボ＋フルベストラントアームにおいて７３％）。プラセボ＋フルベストラントアームにおいて１．８％の患者に対し、ブパリシブ＋フルベストラントアームにおいて１３．２％の患者で、有害事象（AE）が処置中断の主な理由として報告された（表１−１、患者内訳（全分析セット−全集団））。
【００８２】
【表２】
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【００８３】
この研究は、全集団および主要コホートの両方でＰＦＳに関するその主な目的を満たし、また、統計的有意性には達しなかったものの、アーカイブ腫瘍組織に基づく活性化ＰＩ３Ｋ経路亜集団におけるＰＦＳの延長に関して、ブパリシブ＋フルベストラントアームに有利な傾向が存在した（表１−２）。
【００８４】
【表３】
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【００８５】
活性化ＰＩ３Ｋ経路亜集団におけるＰＦＳの増加は、片側ｐ値に基づくと統計的に有意ではなかった。スクリーニング時に提供されたアーカイブ腫瘍組織において、ＰＩ３Ｋ経路の活性化を評価し、サンガー配列決定によるＰＩＫ３ＣＡ変異（エクソン１、７、９、または２０における指定された変異）および／または免疫組織化学的検査によるＰＴＥＮ発現の損失（＜１０％の細胞における≦１＋の発現）と定義した。図１は、ＰＩ３Ｋ活性化群（アーカイブ組織）におけるプラセボ＋フルベストラントアームに対するブパリシブ＋フルベストラントアームのＰＦＳ生存確率（％）を示す。
【００８６】
全集団および主要コホートの両方で、およそ２か月のＰＦＳ中央値の一貫した向上が、プラセボ＋フルベストラントアームに対してブパリシブ＋フルベストラントアームにおいて観察された。活性化ＰＩ３Ｋ経路亜集団では、２．８か月の向上が観察された。ＰＦＳの向上は、画像の現地審査と独立中央審査との間で一貫していた。
【００８７】
また、全奏効率（ORR）および臨床利益率（CBR）の両方が、ブパリシブ＋フルベストラントに有利な向上を示唆した（表１−３）。
【００８８】
【表４】
2018535997.tif 000009
−  ブパリシブの全体的な安全性および忍容性プロファイルは、単一アームおよび併用研究における過去の経験ならびにＰＩ３Ｋ阻害剤のクラス効果と一致しており、報告された有害事象（ＡＥ）は、概ね管理可能であった（プロトコルで提供される指針に基づく）。
【００８９】
ＰＩＫ３ＣＡ  ｃｔＤＮＡ集団における結果
循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）に基づく前もって定義された分析において、臨床的に意義のある処置効果が観察された。処置をランダムに割り当てられた１１４７人中５８７人の患者（５１．２％）において、循環腫瘍ＤＮＡを首尾よく収集し、分析した（表１−４）。収集した全５８７個の血漿試料が、適合するアーカイブ腫瘍組織試料を有した。ｃｔＤＮＡ分析は事前に計画し、研究データベースロックの前にデータを生成した。ｃｔＤＮＡを抽出し、ＢＥＡＭｉｎｇ技術を使用してエクソン１、７、９、および２０における機能的ホットスポットを含む１５個のホットスポットＰＩＫ３ＣＡ変異について分析する特定の目的のために、試料を適切に収集し、輸送および保管の準備をした。ＢＥＡＭｉｎｇ技術は、ＰＩＫ３ＣＡ変異を有するさらに１８．５％の試料を検出する能力をもたらした。
【００９０】
これら５８７人の患者のうち、２００人はｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔであり、３８７人はｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｗｔであった。ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔを有する２００人の患者のうち、８７人（４３．５％）はブパリシブ＋フルベストラントでの処置を受け、１１３人（５６．５％）はプラセボ＋フルベストラント療法を受けた。ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡＷＴを有する３８７人の患者のうち、１９９人（５１．４％）はブパリシブ＋フルベストラントでの処置を受け、１８８人（４８．６％）はプラセボ＋フルベストラントを受けた。２０１５年４月２９日のデータカットオフ時点では、ｃｔＤＮＡデータが入手可能な患者のおよそ２０％が研究継続中であった。
【００９１】
【表５】
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【００９２】
ｃｔＤＮＡ亜集団におけるベースライン人口統計および疾患特性は、全集団と一致しており、ＡＩ療法に対して不応性のＨＲ＋、ＨＥＲ２陰性乳癌を有する患者集団を反映した。
【００９３】
患者内訳：データカットオフ時点で、ｃｔＤＮＡデータが入手可能な患者のおよそ２０％が研究継続中であり、ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ集団ではより大きな割合の患者がブパリシブ処置レジメンの療法を継続して受けていた。ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ集団では、疾患の進行が処置中断の最も一般的な理由であった（ブパリシブ＋フルベストラントアームにおいて患者の４９．４％、プラセボ＋フルベストラントアームにおいて７３．５％）（表１−５）。
【００９４】
【表６】
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【００９５】
ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜集団の効力分析は、次のことを示した。
−  プラセボ＋フルベストラントアームと比較して、ブパリシブ＋フルベストラント処置アームにおける進行または死亡のリスクの臨床的に有意義な４４％の低減（ＨＲ０．５６、９５％ＣＩ：０．３９，０．８０）、およびＰＦＳ中央値の３．２か月から７．０か月への３．８か月の延長（表１−６）。このようなＰＦＳ利益はｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡＷＴ亜集団では認められず（ＨＲ１．０５、９５％ＣＩ：０．８２，１．３４）、ＰＦＳ中央値は両処置アームで６．８か月であった。
【００９６】
【表７】
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【００９７】
これは、図２に示されている。
−  ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔであるとみなされた２００個の試料で不一致が認められ、ここで、アーカイブ組織におけるＰＩＫ３ＣＡステータスは、サンガー配列決定によると、９９個が変異体であり、６４個が野生型であり、３６個が未知であった。ＰＦＳ利益は、サンガー配列決定変異ステータスにかかわらず、ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜集団で、３つ全てのサンガー亜群において維持されている。サンガーＰＩＫ３ＣＡ野生型を有した６４人の患者では、ＰＦＳ中央値が１．５か月に対して４．６か月と、約３か月の臨床的に有意義な向上があり（ＨＲ＝０．５８）、ブパリシブアームが有利であった（表１−７）。
【００９８】
【表８−１】
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【００９９】
【表８−２】
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−  全奏効率および臨床利益率：ブパリシブ＋フルベストラント処置アームのＯＲＲは、プラセボ＋フルベストラントアームの３．５％と比較して１８．４％であり、それぞれのＣＢＲは、４７．１％対３１．９％であった。ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜集団における奏効期間中央値は、ブパリシブ対対照アームで７．５か月対４．５か月であった（表１−８）。
【０１００】
【表９】
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−  ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔステータスに基づくウォーターフォールプロットは、プラセボ＋フルベストラントを受けた患者と比較して、ブパリシブ＋フルベストラントで処置されたより多くの患者が、腫瘍縮小を経験したことを示した（図３）。
−  ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜集団のＯＳにおいてブパリシブ＋フルベストラントアームに有利な傾向（ＨＲ０．６２、９５％ＣＩ：０．３６，１．０５）（図４）。ただし、これらのデータは現時点では未熟である（データカットオフ日時点では、ブパリシブ＋フルベストラントおよびプラセボ＋フルベストラントアームで、それぞれ２１件および３７件の死亡が報告されている）。
【０１０１】
ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡＷＴ亜集団の効力分析は、次のことを示した。
−  ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡＷＴと分類された患者にはＰＦＳ利益がなかった（両アームのＰＦＳ中央値は６．８か月であった）（ＨＲ１．０５、９５％ＣＩ：０．８２，１．３４）（表１−６）。
−  ＰＩＫ３ＣＡ変異を有する２７６人の患者に基づいてＰＦＳを分析したとき、サンガー配列決定を使用したアーカイブ腫瘍組織におけるサンガー配列決定によって判定した場合に、ＰＦＳ中央値の３．８か月の延長は観察されなかった。ＰＦＳ中央値は、プラセボ＋フルベストラントアームで４．７か月に対し、ブパリシブ＋フルベストラントアームで５．３か月であった（ＨＲ０．８１、９５％ＣＩ：０．６０，１．０８）。
−  ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡＷＴ亜集団の２つの処置アーム間のＯＳの差は、現時点では観察されていない（図４）。
−  腫瘍組織におけるｃｔＤＮＡ対サンガー配列決定によるＰＩＫ３ＣＡ変異ステータス評価の間に不一致が観察された。表１−７に示されるように、ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔを有する２００個の試料のうち、９９個は変異を有し、６４個はＰＩＫ３ＣＡ野生型であり、３６個はアーカイブ腫瘍組織中のＰＩＫ３ＣＡのステータスが未知であった。ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡＷＴであるとみなされた３８７個の試料でも不一致が認められ、ここで、アーカイブ腫瘍組織におけるＰＩＫ３ＣＡステータスは、サンガー配列決定によると、２４３個が野生型であり、４０個が変異体であり、１００個が未知であった。
−  ＰＦＳ利益は、サンガー配列決定による変異ステータスにかかわらず、ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜群において維持された（表１−７）。
【０１０２】
次の表１−９は、この研究におけるアーカイブ腫瘍組織中のＰＩＫ３ＣＡ変異ステータスに基づく処置レジメンの効力の比較を提供する。
【０１０３】
【表１０】
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【０１０４】
データのロバスト性
全体として、ｃｔＤＮＡ亜集団は、患者および疾患の特性ならびに過去の療法という点で、全集団と一致していた。しかしながら、いくつかの不均衡の可能性が２つの処置アーム間で認められ、これらが処置利益の評価に影響したと仮定されうる。
【０１０５】
ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡＷＴ亜集団に対してｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜集団で観察された処置効果のロバスト性をさらに調査するため、追加の補助分析を行った。
【０１０６】
多変量分析
ｃｔＤＮＡ由来のｃｔＤＮＡ  ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔおよびｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡＷＴの亜集団全体でのベースライン特性の遡及的評価は、次の関連性のある不均衡の可能性を特定した。
−  ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜集団（ブパリシブ＋フルベストラント対プラセボ＋フルベストラント）：
−  初期診断から研究参加までの時間の中央値：７３．８対５１．３か月
−  内臓疾患：患者の６０．９％対６８．１％（主に、同様の割合の患者［３％対３６．３％］が肝臓転移を報告したことによる、肺転移を有する患者の割合の差［２７．６％対３７．２％］に起因する）
−  ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡＷＴ亜集団：
−  初期診断から研究参加までの時間の中央値：７８．５対６３．７か月
−  転移状況における化学療法：２０．１％対２９．８％
【０１０７】
初期診断後の進行までの時間の中央値は、ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔおよびＰＩＫ３ＣＡＷＴ亜集団の両方で、ブパリシブ＋フルベストラント処置アームにおいて、より高かった（したがって、潜在的により低悪性度の疾患を示しうる）。しかしながら、初期診断から研究参加までの時間で観察された差は、次の理由から大部分が否定された。
ａ．  全集団および全亜群で同様の差が認められたが、これらは同じ重要性の臨床利益に結びつかなかった。
ｂ．  この差は、初期診断から最初の再発までの時間でほぼ完全に説明された。後の処置成果に関する疾患予後（または疾患の経過）は、最初の再発後の全患者で同様であるように思われる。
ｃ．  直近の療法での進行までの時間の中央値は両処置アームで同様であり、ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜集団の研究参加時点での比較可能な病状（ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ集団におけるわずかな差、すなわち１５．９対１３．６か月）を示唆する。
【０１０８】
これらの不均衡があったので、多変量コックス回帰分析を行い、共変量調整した処置効果の推定値、すなわち調整ハザード比を得た。これらの調整ハザード比は、一次ハザード比のロバスト性、およびｃｔＤＮＡ亜集団において不均衡であった潜在的なベースライン予後因子に対するその感度の評価を可能にする。採用した手法は次のとおりであった。
−  次の因子：処置、共変量：内臓疾患、診断から最初の再発までの時間≧２４か月、最後の処置から進行までの時間≧６か月を用いた多変量コックス回帰モデルに基づいて、変量調整した処置効果の推定値を得た。
−  内臓疾患、診断から最初の再発までの時間≧２４か月、および最後の処置から進行までの時間≧６か月について、共変量相互作用による処置を調査した。各共変量について、処置、共変量、および共変量相互作用による処置を含むモデルを考慮した。
【０１０９】
処置−共変量の相互作用項が統計的に有意でなかったため、多変量コックス分析からの結果は、処置および内臓疾患、最後の処置から進行までの時間、または診断から最初の再発までの時間の間の相互作用の証拠を示さなかった。ｃｔＤＮＡ由来ＰＩＫ３ＣＡｍｕｔ亜集団における共変量調整した処置効果の推定値は、未調整ハザード比（ＨＲ０．５６、９５％ＣＩ：０．３９，０．８１）と一致した。
【０１１０】
結論として、これらのデータは、ベースライン特性に観察された不均衡が処置効果の推定値に影響しかなったことを示唆する。
【図１】
2018535997.tif 000017
【図２−１】
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【図２−２】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【国際調査報告】
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2018535997.tif 000026
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