【手続補正書】
【提出日】平成22年6月4日(2010.6.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）または前立腺癌（PRC）を検査、予後診断、診断、またはその治療に対する応答をモニターする方法に使用するための、単離された核酸分子であって、
(i)  配列番号３の配列、
(ii)  ストリンジェントな条件下で配列番号３にハイブリダイズする配列、
(iii)  配列番号３に対して70％、75％、80％、90％、95％、もしくは99％の配列同一性を有する配列、または
(iv)  (i)、(ii)、もしくは(iii)の少なくとも20ヌクレオチドの断片またはその相補配列であって、ストリンジェントな条件下で、
（a）  (i)、(ii)、もしくは(iii)の核酸分子またはその相補配列、
（b）  (i)、(ii)、もしくは(iii)の核酸分子またはその相補配列に対応するcDNAの完全長コード配列、
（c）  （a）または（b）の逆相補配列、
とハイブリダイズする、前記断片またはその相補配列を含む前記単離された核酸分子。
【請求項２】
少なくとも30、少なくとも40、少なくとも50ヌクレオチド、少なくとも60ヌクレオチド、少なくとも70ヌクレオチド、少なくとも80ヌクレオチド、少なくとも90ヌクレオチド、または少なくとも100ヌクレオチド長である、請求項１記載の核酸分子。
【請求項３】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）または前立腺癌（PRC）を検査、予後診断、診断、またはその治療に対する応答をモニターする方法に使用するための、請求項１または２記載の核酸分子を含む遺伝子構築物。
【請求項４】
発現構築物である、請求項３に記載の遺伝子構築物。
【請求項５】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）または前立腺癌（PRC）を検査、予後診断、診断、またはその治療に対する応答をモニターする方法に使用するための、請求項４に記載の遺伝子構築物を含むベクター。
【請求項６】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）または前立腺癌（PRC）を検査、予後診断、診断、またはその治療に対する応答をモニターする方法に使用するための、請求項３〜５のいずれか一項に記載の遺伝子構築物またはベクターを含む宿主細胞。
【請求項７】
請求項１または２記載の核酸分子によってコードされる単離されたポリペプチド。
【請求項８】
少なくとも5アミノ酸長である、請求項７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項９】
（a）配列番号９、（b）配列番号１０、（c）配列番号１１、（d）配列番号１２、（e）配列番号１３、もしくは（f）配列番号１４の配列、または（a）、（b）、（c）、（d）、（e）もしくは（f）の機能上等価な変異体もしくは断片、あるいはストリンジェントな条件下で（a）、（b）、（c）、（d）、（e）もしくは（f）のいずれか１つのポリペプチドをコードする核酸配列にハイブリダイズする配列によってコードされたポリペプチド、を含む単離されたポリペプチド。
【請求項１０】
前記変異体が(a)配列番号９、（b）配列番号１０、（c）配列番号１１、（d）配列番号１２、（e）配列番号１３、もしくは（f）配列番号１４のポリペプチドに対して少なくとも70％、75％、80％、85％、90％、95％、または99％のアミノ酸同一性を有する請求項９記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１１】
請求項７〜１０のいずれか一項に記載のポリペプチドに特異的に結合し、場合により検出可能なマーカーにより標識されてもよい抗体。
【請求項１２】
ポリクローナル、モノクローナル、単鎖抗体もしくはヒト化抗体、または免疫学的に活性なその断片である、請求項１１に記載の抗体。
【請求項１３】
請求項７〜１０のいずれか一項に記載のポリペプチドを組換え生産する方法であって、以下のステップ：
（a）  請求項７〜１０のいずれか一項に記載のポリペプチドを発現可能な、請求項３または４に記載の遺伝子構築物を含む宿主細胞を培養するステップ、
（b）  本発明のポリペプチドを発現する細胞を選択するステップ、および
（c）  発現されたポリペプチドを細胞から分離するステップを含み、場合により
（d）  発現されたポリペプチドを精製するステップ
を含んでもよい、前記方法。
【請求項１４】
宿主細胞を構築物でトランスフェクトすることを事前ステップとして含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）または前立腺癌（PRC）を検査、診断、予後診断、またはその治療に対する応答をモニターする方法に使用するための、PSPU43（配列番号３）に結合する1種以上の核酸配列を含むアレイ。
【請求項１６】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）または前立腺癌（PRC）を検査、診断、予後診断、またはその治療に対する応答をモニターする方法に使用するための、請求項１または２記載の核酸分子を１種以上含むアレイ。
【請求項１７】
トランスゲリン1（配列番号７）、トランスゲリン2（配列番号８）、PCA3（配列番号６）および前立腺特異抗原（配列番号５）の１種以上をコードする核酸に結合する１種以上の核酸配列をさらに含む、請求項１５または１６に記載のアレイ。
【請求項１８】
核酸配列がRNAまたはDNAである、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載のアレイ。
【請求項１９】
(a) 患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）もしくは前立腺癌（PRC）またはPINもしくはPRCの易罹患性を検出する、
(b) 患者におけるPINもしくはPRCの治療コースをモニターする、または
(c) 患者におけるPINもしくはPRCの予後検出をする方法であって、
患者由来のサンプルからPINもしくはPRCの発現プロファイルを取得するステップ、ここで該発現プロファイルは請求項１または２の、好ましくはPSPU43（配列番号３）の核酸分子を含むマーカー発現のパターンを含むものであり、および
前記発現プロファイルを対象サンプルの発現プロファイルと比較するステップ
を含む前記方法。
【請求項２０】
PINもしくはPRCの発現プロファイルがPCA3（配列番号６）、トランスゲリン1（配列番号７）、トランスゲリン2（配列番号８）およびPSA（配列番号５）から選択される１種以上のマーカーをさらに含む、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）もしくは前立腺癌（PRC）を検査、予後診断、診断、またはその治療に対する応答をモニターする方法に使用するための、アッセイ方法であって、サンプル中の請求項１または２に記載の、好ましくはPSPU43（配列番号３）の核酸分子の存在を検出することを含み、かつ、以下のステップ、
（a）  ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、請求項１または２に記載の核酸配列にハイブリダイズするヌクレオチドプローブとサンプルとを接触させること、および
（b）  サンプル中のハイブリダイゼーション複合体の存在を検出すること
を含む前記アッセイ方法。
【請求項２２】
プローブが標識されたプローブ、好ましくは蛍光標識されているプローブである、請求項２１に記載のアッセイ方法。
【請求項２３】
プローブが配列番号３の相補配列である、請求項２１または２２に記載のアッセイ方法。
【請求項２４】
患者サンプル中の請求項１または２に記載の、好ましくはPSPU43（配列番号３）の核酸分子の発現レベルを決定する方法であって、
（ｉ）  該核酸分子を直接的または間接的に測定すること、または
(ii)  該核酸分子もしくはその相補配列のDNAまたはcDNA配列を増幅し、該サンプル中の1種以上のDNA、cDNAまたはRNAのレベルを測定すること
を含む方法。
【請求項２５】
核酸分子をin situハイブリダイゼーションまたはRT-PCR解析に用いる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
PCRを使用してDNAまたはcDNAを増幅する、請求項２４記載の方法。
【請求項２７】
電気泳動を使用してサンプル中のDNA、cDNA、またはRNAのレベルを測定する、請求項２４、２５または２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
患者サンプルにおける、請求項７〜１０のいずれか一項記載のポリペプチドの存在を検出するためのアッセイ方法であって、以下のステップ、
（a）  請求項１１または１２に記載の抗体とサンプルとを接触させること、ここで該抗体は場合により検出可能に標識されていてもよい、および
（b）  サンプル中の結合ポリペプチドの存在を検出すること
を含む前記アッセイ方法。
【請求項２９】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）もしくは前立腺癌（PRC）またはPINもしくはPRCの発生の素因を検出する方法であって、患者サンプル中の請求項１記載の、好ましくはPSPU43（配列番号３）の核酸分子の発現レベルを決定することを含み、前記核酸分子のコントロールレベルと比較した当該核酸分子の発現レベルの変化が、該患者がPIN、PRCを有するかまたはPINもしくはPRCを発生するリスクを有することを示す、前記方法。
【請求項３０】
変化が発現レベルの増加である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
発現レベルの増加が正常なコントロールレベルを少なくとも10％上回ることである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
コントロールレベルが正常な前立腺由来のサンプル中で測定されたものである、請求項２９〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）もしくは前立腺癌（PRC）の治療に対する応答をモニターする方法であって、患者サンプル中の請求項１または２に記載の、好ましくはPSPU43（配列番号３）の核酸分子の発現レベルを決定すること、および該核酸分子のレベルをコントロールレベルと比較することを含み、コントロールレベルからの測定レベルの統計学的に有意な変化が、治療に対する応答を示す、前記方法。
【請求項３４】
PINまたはPRCの1種以上の追加のマーカーのレベルを決定することおよび該レベルとコントロール由来のマーカーレベルとを比較することをさらに含み、コントロールレベルからの該レベルの有意な偏差、およびそれと併せた請求項１または２に記載の、好ましくはPSPU43（配列番号３）の核酸分子のレベルの統計学的に有意な増加が、PRCもしくはPINを示し、またはPINもしくはPRC状態をモニターするために使用することができる、請求項２９〜３３のいずれか一項記載の方法。
【請求項３５】
追加のマーカーが、トランスゲリン1（配列番号７）、前立腺特異抗原（配列番号５）、およびPCA3（配列番号６）からなる群から選択される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
サンプルが、尿、リンパ液、血液、血漿、精液、前立腺マッサージ液、または前立腺組織サンプルである、請求項２９〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
トランスゲリン2（配列番号８）を参照マーカーとして使用する、請求項２９〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
サンプル中の請求項１または２に記載の、好ましくはPSPU43（配列番号３）の核酸分子の存在を検出することにより、患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）または前立腺癌（PRC）を検査、予後診断、診断、またはその治療に対する応答をモニターする方法に使用するためのキットであって、請求項１または２に記載の核酸分子および該核酸分子を検出するための1種以上の試薬を含む少なくとも1つの容器を含む、キット。
【請求項３９】
患者における前立腺上皮内腫瘍（PIN）または前立腺癌（PRC）を検査、予後診断、診断、またはその治療に対する応答をモニターする方法に使用するためのキットであって、請求項１もしくは２に記載の、好ましくはPSPU43（配列番号３）の核酸分子、または該核酸分子によってコードされるポリペプチドに結合する、1種以上の検出試薬を含むキット。
【請求項４０】
請求項３８または３９に記載のキットであって、以下のもの、
（a）  トランスゲリン1をコードする核酸分子（配列番号７）またはその相補配列、
（b）  トランスゲリン2をコードする核酸分子（配列番号８）またはその相補配列、
（c）  PCA3をコードする核酸分子（配列番号６）またはその相補配列、
（d）  PSAをコードする核酸分子（配列番号５）またはその相補配列、および
（e）  上記（a）〜（d）のすべて
のうち1種以上をさらに含むキット。