【手続補正書】
【提出日】平成22年9月27日(2010.9.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
化合物の感作性を測定する方法であって、
(a)  特異的細胞型の適切な細胞培養物を提供し、その試験サンプルおよび対照サンプルを提供する工程（ここに、該試験サンプルおよび該対照サンプルは同一である）、
(b)  該試験サンプルを溶媒中にて化合物に曝露し、該対照サンプルを該溶媒に一定時間曝露する工程、
(c)  配列番号1〜153に対応する遺伝子群から選択されるi=1〜nの遺伝子のサブセットについて試験サンプルおよび対照サンプルの遺伝子発現xiを測定する工程、
(d)  このサブセットのn遺伝子について１セットの対照および試験サンプルについての遺伝子発現xiをデータベースにて検索し、該試験サンプルを感作物質および非感作物質の両方を含む１セットの化学的感作モデル化合物に一定時間曝露する工程、
(e)  該データベースに基づき、n遺伝子の該サブセットについて遺伝子発現xiを用いて感作物質または非感作物質のいずれかとして化合物を分類するために訓練し最適化される統計分類モデルへのインプットとして工程(c)の該試験サンプルおよび該対照サンプルの遺伝子発現を用いる工程、および
(f)  該モデルにより試験化合物が感作物質のクラスまたは非感作物質のクラスに属するか否かを予測する工程を含む、方法。
【請求項２】
遺伝子群が配列番号1〜45に対応する、請求項１記載の化合物の感作性を測定する方法。
【請求項３】
化合物の感作性を測定する方法であって、
(a)  特異的細胞型の適切な細胞培養物を提供し、その試験サンプルおよび対照サンプルを提供する工程（ここに、該試験サンプルおよび該対照サンプルは同一である）、
(b)  該試験サンプルを溶媒中にて化合物に曝露し、該対照サンプルを該溶媒に一定時間曝露する工程、
(c)  配列番号1〜153に対応する遺伝子群から選択されるi=1〜nの遺伝子のサブセットについて試験サンプルおよび対照サンプルの遺伝子発現xiを測定する工程、
(d)  このサブセットのn遺伝子について１セットの対照および試験サンプルについての遺伝子発現xiをデータベースにて検索し、該試験サンプルを感作物質および非感作物質の両方を含む１セットの化学的感作モデル化合物に一定時間曝露する工程、
(e)  該データベースに基づき、n遺伝子の該サブセットについて遺伝子発現xiを用いて感作物質または非感作物質のいずれかとして化合物を分類するために訓練し最適化される統計分類モデルへのインプットとして工程(c)の該試験サンプルおよび該対照サンプルの遺伝子発現を用いる工程、および
(f)  該モデルにより試験化合物が感作物質のクラスまたは非感作物質のクラスに属するか否かを予測する工程を含む、方法。
【請求項４】
遺伝子群が配列番号1〜29および配列番号31〜45に対応する、請求項３記載の化合物の感作性を測定する方法。
【請求項５】
化合物の感作性を測定する方法であって、
(a)  特異的細胞型の適切な細胞培養物を提供し、その試験サンプルおよび対照サンプルを提供する工程（ここに、該試験サンプルおよび該対照サンプルは同一である）、
(b)  該試験サンプルを溶媒中にて化合物に曝露し、該対照サンプルを該溶媒に一定時間曝露する工程、
(c)  配列番号1〜125および配列番号127〜153に対応する遺伝子群から選択されるi=1〜nの遺伝子のサブセットについて試験サンプルおよび対照サンプルの遺伝子発現xiを測定する工程、
(d)  このサブセットのn遺伝子について１セットの対照および試験サンプルについての遺伝子発現xiをデータベースにて検索し、該試験サンプルを感作物質および非感作物質の両方を含む１セットの化学的感作モデル化合物に一定時間曝露する工程、
(e)  該データベースに基づき、n遺伝子の該サブセットについて遺伝子発現xiを用いて感作物質または非感作物質のいずれかとして化合物を分類するために訓練し最適化される統計分類モデルへのインプットとして工程(c)の該試験サンプルおよび該対照サンプルの遺伝子発現を用いる工程、および
(f)  該モデルにより試験化合物が感作物質のクラスまたは非感作物質のクラスに属するか否かを予測する工程を含む、方法。
【請求項６】
遺伝子群が配列番号1〜45に対応する、請求項５記載の化合物の感作性を測定する方法。
【請求項７】
化合物の感作性を測定する方法であって、
(g)  特異的細胞型の適切な細胞培養物を提供し、その試験サンプルおよび対照サンプルを提供する工程（ここに、該試験サンプルおよび該対照サンプルは同一である）、
(h)  該試験サンプルを溶媒中にて化合物に曝露し、該対照サンプルを該溶媒に一定時間曝露する工程、
(i)  配列番号1〜125および配列番号127〜153に対応する遺伝子群から選択されるi=1〜nの遺伝子のサブセットについて試験サンプルおよび対照サンプルの遺伝子発現xiを測定する工程、
(j)  このサブセットのn遺伝子について１セットの対照および試験サンプルについての遺伝子発現xiをデータベースにて検索し、該試験サンプルを感作物質および非感作物質の両方を含む１セットの化学的感作モデル化合物に一定時間曝露する工程、
(k)  該データベースに基づき、n遺伝子の該サブセットについて遺伝子発現xiを用いて感作物質または非感作物質のいずれかとして化合物を分類するために訓練し最適化される統計分類モデルへのインプットとして工程(c)の該試験サンプルおよび該対照サンプルの遺伝子発現を用いる工程、および
(l)  該モデルにより試験化合物が感作物質のクラスまたは非感作物質のクラスに属するか否かを予測する工程を含む、方法。
【請求項８】
遺伝子群が配列番号1〜29および配列番号31〜45に対応する、請求項３記載の化合物の感作性を測定する方法。
【請求項９】
データベースが配列番号1〜153に対応する全遺伝子についての遺伝子発現xiを含む、請求項１〜８のいずれか記載の方法。
【請求項１０】
モデルが事実上判別的であるか、または事実上確率的である、請求項１〜９のいずれか記載の方法。
【請求項１１】
モデルが一次または二次の判別モデル、ロジスティック判別モデル、ツリーモデル、最近接モデル、ニューラルネットワークおよびサポートベクターマシンからなる群から選択される、請求項１〜１０のいずれか記載の方法。
【請求項１２】
データベースが時間における動的存在である、請求項１〜１１のいずれか記載の方法。
【請求項１３】
上記サブセット中のn遺伝子が化学的感作物質および非感作物質を区別する可能性に基づき選択される、請求項１〜１２のいずれか記載の方法。
【請求項１４】
モデルの最適化がモデルをよく調節し、n遺伝子の最終サブセットを選択するために用いられる反復工程である、請求項１〜１３のいずれか記載の方法。
【請求項１５】
nが少なくとも1である、請求項１〜１４のいずれか記載の方法。
【請求項１６】
nが少なくとも2である、請求項１〜１４のいずれか記載の方法。
【請求項１７】
nが少なくとも5である、請求項１〜１４のいずれか記載の方法。
【請求項１８】
nが少なくとも10である、請求項１〜１４のいずれか記載の方法。
【請求項１９】
曝露時間が15分〜48時間である、請求項１〜１８のいずれか記載の方法。
【請求項２０】
曝露時間が3〜24時間である、請求項１〜１８のいずれか記載の方法。
【請求項２１】
試験化合物および／または化学的感作モデル化合物についての遺伝子発現が時間窓内の1〜3の曝露時間について測定される、請求項１２記載の方法。
【請求項２２】
データベースが1〜3の濃度の化学的感作モデル化合物について遺伝子発現xiを含む、請求項１〜２１のいずれか記載の方法。
【請求項２３】
濃度が化合物に曝露される細胞中の0%〜40%の細胞死を引き起こす濃度に対応する、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
濃度がその溶媒における化合物の最大可溶用量およびその1、2または3倍希釈に対応する、請求項２２記載の方法。
【請求項２５】
データベースが1〜5の非関連繰り返し実験について遺伝子発現xiを含む、請求項１〜２４のいずれか記載の方法。
【請求項２６】
非感作物質が刺激物質である、請求項１〜２５のいずれか記載の方法。
【請求項２７】
試験および対照サンプルの遺伝子発現が対数倍数変化の形態にて発現する、請求項１〜２６のいずれか記載の方法。
【請求項２８】
適切な細胞培養がCD34-DC細胞培養またはDC様代替細胞モデルまたは他の任意の抗原提示細胞モデルである、請求項１〜２７のいずれか記載の方法。
【請求項２９】
適切な細胞培養がCD34-DC細胞培養、CD14+単球由来DC、MUTZ-3細胞系、MUTZ-3由来DC、THP-1細胞系またはU937細胞系などのDC様代替細胞モデルである、請求項１〜２８のいずれか記載の方法。
【請求項３０】
遺伝子発現を測定する工程がcDNAまたはmRNAマイクロアレイ、マルチプレックスリアルタイムRT-PCR、マルチプルシングルプレックスリアルタイムRT-PCR、競合RT-PCR、RNase保護アッセイ、ノーザンブロッティングおよびタンパク質専用（マイクロ）アレイ、Luminex系、Elisa、FACS、レポーターアッセイまたはウェスタンブロッティングによるマルチプレックスタンパク質分析からなる群から選択される方法からなる工程を含む、請求項１〜２９のいずれか記載の方法。
【請求項３１】
アレルギー性接触皮膚炎についての化合物の感作性を予測する、請求項１〜３０のいずれか記載の方法。
【請求項３２】
呼吸アレルギー、喘息、アレルギー性鼻炎、アレルギー性結膜炎および食物アレルギーからなる群から選択されるアレルギー反応についての化合物の感作性を予測する、請求項１〜３１のいずれか記載の方法。
【請求項３３】
生物系としての化合物に一定時間曝露される配列番号1〜153の適切な細胞培養物（に対応するもの）からなる群から選択される少なくとも5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150または153遺伝子のサブセットの発現を測定するために配置された手段および媒体を含む、試験キットまたはアッセイ。
【請求項３４】
請求項１〜３２のいずれか記載の方法を用いて化合物の感作性を試験するために配置された手段および媒体を含む、試験キットまたはアッセイ。
【請求項３５】
コンピュータプログラムを含む、請求項３３または３４記載の試験キット。
【請求項３６】
cDNAまたはmRNAマイクロアレイ、マルチプレックスリアルタイムRT-PCR、マルチプルシングルプレックスリアルタイムRT-PCR、競合RT-PCR、RNアーゼ保護アッセイ、ノーザンブロッティングおよびタンパク質専用（マイクロ）アレイ、Luminex系、Elisa、FACSまたはウェスタンブロッティングによるマルチプレックスタンパク質分析からなる群から選択される発現検出系を含む、請求項３３〜３５のいずれか記載の試験キット。