【手続補正書】
【提出日】平成22年4月12日(2010.4.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標的リガンドに特異的に結合するための少なくとも６つのアミノ酸の環を含む内部拘束された環状オリゴペプチドであって、前記環は複数のアミノ酸ドメインを含み、各ドメインは、少なくとも２つのエピトープ形成アミノ酸、および１つ以上の環内会合を形成するように配置された２つ以上の会合性官能基を含み；それによって前記環状オリゴペプチドは単一の立体配置に拘束され、その結果前記エピトープ形成アミノ酸は各ドメインでエピトープを形成し、各エピトープは標的リガンドに特異的に結合し得る、環状オリゴペプチド。
【請求項２】
前記各ドメインは３つのエピトープ形成アミノ酸を含み、前記３つのエピトープ形成アミノ酸は交互の立体化学的配置を有する請求項１に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３】
前記アミノ酸は、天然に存在するアミノ酸、アミノ酸類縁体またはそれらのＤ型である請求項１または２に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項４】
前記会合性官能基の間の１つ以上の環内会合が、共有結合である請求項１〜３のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項５】
前記会合性官能基が、ジスルフィド架橋によって連結されるシステインによって提供される請求項４に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項６】
前記会合性官能基の間の１つ以上の環内会合が、非共有結合である請求項１〜３のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項７】
前記会合性官能基の間の１つ以上の環内会合が、疎水性である請求項６に記載の環状オゴペプチド。
【請求項８】
前記少なくとも１つの会合性官能基が、前記ドメインの間に配置される請求項１〜７のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項９】
会合性官能基に隣接する各エピトープ形成アミノ酸が、隣接する会合性官能基と同じ立体化学的配置を有する請求項８に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１０】
前記エピトープが同じものである請求項１〜９のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１１】
前記会合性官能基が、会合性のアミノ酸上に位置する請求項１〜１０のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１２】
前記会合性のアミノ酸が、脂質アミノ酸である請求項６〜１１のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１３】
前記脂質アミノ酸上に位置する少なくとも１つの前記会合性官能基が、Ｃ８−Ｃ２０直鎖炭化水素側鎖である請求項１２に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１４】
前記直鎖炭化水素側鎖が、Ｃ１０−Ｃ１６直鎖炭化水素側鎖である請求項１２に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１５】
下記の構造：
【化３】
2010504313.tif 000001
（ここで、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｘ、ＹおよびＺはエピトープ形成アミノ酸であり；ＡおよびＸはＤアミノ酸であり、Ｂ、Ｃ、ＹおよびＺはＬアミノ酸であるか、またはＡおよびＸはＬアミノ酸であり、Ｂ、Ｃ、ＹおよびＺはＤアミノ酸であり；１つのエピトープはドメインＣ−Ａ−Ｂから形成され、１つのエピトープはドメインＺ−Ｘ−Ｙから形成され；かつ各々のΣは会合性のアミノ酸である）を有する請求項１〜１４のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１６】
前記Ｚ−Ｘ−Ｙドメインおよび／またはＣ−Ａ−Ｂドメインが、アミノ酸配列ＲＦＳ、ＲＳＦ、ＦＳＲ、ＦＲＳ、ＳＲＦ、ＳＦＲ、ＱＬＳ、ＱＳＬ、ＳＱＬ、ＳＬＱ、ＬＱＳまたはＬＳＱから選択され、かつ各々のΣが、８〜２０個の炭素数の長さの炭化水素鎖を含む直鎖炭化水素側鎖の会合性官能基を有する脂質アミノ酸である請求項１５に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１７】
前記Ｚ−Ｘ−Ｙドメインおよび／またはＣ−Ａ−Ｂドメインが、ＴＮＦ分泌を抑制し得るエピトープを形成する請求項１６に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１８】
前記会合性官能基が、前記環状オリゴペプチド内のペプチド結合の窒素原子上に位置する請求項１〜１１のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項１９】
以下の構造：
【化２】
2010504313.tif 000002
（ここで、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｘ、ＹおよびＺはエピトープ形成アミノ酸であり；１つのエピトープはドメインＣ−Ａ−Ｂから形成され、１つのエピトープはドメインＺ−Ｘ−Ｙから形成され；各ＮはＢ−Ｚ間およびＣ−Ｙ間のペプチド結合の窒素であり、各Φは窒素を介して結合した会合性官能基である）を有する請求項１８に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２０】
前記Ｚ−Ｘ−Ｙドメインおよび／またはＣ−Ａ−Ｂドメインが、アミノ酸配列ＲＦＳ、ＲＳＦ、ＦＳＲ、ＦＲＳ、ＳＲＦ、ＳＦＲ、ＱＬＳ、ＱＳＬ、ＳＱＬ、ＳＬＱ、ＬＱＳまたはＬＳＱから選択され、各々のΦが、８〜２０個の炭素数の長さの脂肪族炭化水素鎖である請求項１９に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２１】
Ｚ−Ｘ−ＹドメインがＲＦＳである請求項１６または請求項２０に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２２】
前記Ｚ−Ｘ−ＹドメインおよびＣ−Ａ−Ｂドメインがそれぞれ、ＴＮＦ分泌を抑制し得るエピトープを形成する請求項２０または請求項２１に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２３】
フェニルアラニンがＤ立体配置であり、セリンがＬ立体配置であり、アルギニンがＬ立体配置であり、各々の脂質アミノ酸がＬ立体配置である、請求項２１または請求項２２に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２４】
前記ドメインＣ−Ａ−Ｂが、ドメインＺ−Ｘ−Ｙと同じである請求項１５〜１７、または１９〜２３のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２５】
前記環状オリゴペプチドが２つのドメインを含み、エピトープが各ドメイン中の３つのエピトープ形成アミノ酸から形成される請求項１〜２４のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２６】
前記オリゴペプチドが、２つの会合性官能基を含む請求項２５に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２７】
前記環状オリゴペプチドが３つのドメインを含み、エピトープが各ドメイン中の３つのエピトープ形成アミノ酸から形成される請求項１〜１４または１８のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２８】
前記オリゴペプチドが、３つの会合性官能基を含む請求項２７に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項２９】
前記オリゴペプチドが２つのドメインを含み、エピトープが各ドメイン中の４つのエピトープ形成アミノ酸から形成される請求項１、３〜１４または１８のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３０】
以下の構造：
【化４】
2010504313.tif 000003
（ここで、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｗ、Ｘ、ＹおよびＺはエピトープ形成アミノ酸であり；１つのエピトープはドメインＤ−Ｃ−Ａ−Ｂから形成され、１つのエピトープはドメインＺ−Ｘ−Ｙ−Ｗから形成され；各々のΣは会合性のアミノ酸である）を有する請求項２９に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３１】
前記Ｚ−Ｘ−Ｙ−Ｗドメインおよび／またはＤ−Ｃ−Ａ−Ｂドメインが、アミノ酸配列ＹＥＫＡ（配列番号１）、ＹＥＡＫ（配列番号２）、ＹＡＫＥ（配列番号３）、ＹＡＥＫ（配列番号４）、ＹＫＡＥ（配列番号５）、ＹＫＥＡ（配列番号６）、ＥＹＫＡ（配列番号７）、ＥＹＡＫ（配列番号８）、ＥＫＡＹ（配列番号９）、ＥＫＹＡ（配列番号１０）、ＥＡＫＹ（配列番号１１）、ＥＡＹＫ（配列番号１２）、ＫＡＹＥ（配列番号１３）、ＫＡＥＹ（配列番号１４）、ＫＹＡＥ（配列番号１５）、ＫＹＥＡ（配列番号１６）、ＫＥＡＹ（配列番号１７）、ＫＥＹＡ（配列番号１８）、ＡＫＥＹ（配列番号１９）、ＡＫＹＥ（配列番号２０）、ＡＹＥＫ（配列番号２１）、ＡＹＫＥ（配列番号２２）、ＡＥＹＫ（配列番号２３）またはＡＥＫＹ（配列番号２４）から選択され、かつ各々のΣが、８〜２０個の炭素数の長さの炭化水素鎖を含む直鎖炭化水素側鎖の会合性官能基を有する脂質アミノ酸である請求項３０に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３２】
前記Ｚ−Ｘ−Ｙ−ＷドメインがＹＥＫＡ（配列番号１）であり、前記Ｄ−Ｃ−Ａ−ＢドメインがＥＹＡＫ（配列番号８）である請求項３１に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３３】
前記Ｚ−Ｘ−Ｙ−Ｗドメインおよび／またはＤ−Ｃ−Ａ−Ｂドメインが、タンパク質分解活性を阻害し得るエピトープを形成する請求項３１または請求項３２に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３４】
以下の構造：
【化５】
2010504313.tif 000004
（ここで、Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｗ、Ｘ、ＹおよびＺはエピトープ形成アミノ酸であり；１つのエピトープはドメインＤ−Ｃ−Ａ−Ｂから形成され、１つのエピトープはドメインＺ−Ｘ−Ｙ−Ｗから形成され；各ＮはＢ−Ｚ間およびＤ−Ｗ間のペプチド結合の窒素であり、各々のΦは、窒素を介して結合した会合性官能基である）を有する請求項２９に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３５】
前記Ｚ−Ｘ−Ｙ−Ｗドメインおよび／またはＤ−Ｃ−Ａ−Ｂドメインが、アミノ酸配列ＹＥＫＡ（配列番号１）、ＹＥＡＫ（配列番号２）、ＹＡＫＥ（配列番号３）、ＹＡＥＫ（配列番号４）、ＹＫＡＥ（配列番号５）、ＹＫＥＡ（配列番号６）、ＥＹＫＡ（配列番号７）、ＥＹＡＫ（配列番号８）、ＥＫＡＹ（配列番号９）、ＥＫＹＡ（配列番号１０）、ＥＡＫＹ（配列番号１１）、ＥＡＹＫ（配列番号１２）、ＫＡＹＥ（配列番号１３）、ＫＡＥＹ（配列番号１４）、ＫＹＡＥ（配列番号１５）、ＫＹＥＡ（配列番号１６）、ＫＥＡＹ（配列番号１７）、ＫＥＹＡ（配列番号１８）、ＡＫＥＹ（配列番号１９）、ＡＫＹＥ（配列番号２０）、ＡＹＥＫ（配列番号２１）、ＡＹＫＥ（配列番号２２）、ＡＥＹＫ（配列番号２３）またはＡＥＫＹ（配列番号２４）から選択され、各々のΦが、８〜２０個の炭素数の長さの脂肪族炭化水素鎖である請求項３４に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３６】
前記Ｚ−Ｘ−Ｙ−ＷドメインがＹＥＫＡ（配列番号１）であり、Ｄ−Ｃ−Ａ−ＢドメインがＥＹＡＫ（配列番号８）である請求項３５に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３７】
前記Ｚ−Ｘ−Ｙ−Ｗドメインおよび前記Ｄ−Ｃ−Ａ−Ｂドメインがそれぞれ、タンパク質分解活性を阻害し得るエピトープを形成する請求項３５または請求項３６に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３８】
前記ドメインＤ−Ｃ−Ａ−Ｂが、ドメインＺ−Ｘ−Ｙ−Ｗと同じである請求項３０〜３７のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項３９】
医薬、予防薬または診断薬として使用するための請求項１〜３８のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド。
【請求項４０】
ＴＮＦが増悪因子である疾患を治療するための医薬を製造するための請求項１７または請求項２２に記載の環状オリゴペプチドの使用。
【請求項４１】
前記疾患が、癌、肥満、心疾患、自己免疫疾患および炎症性疾患から選択される請求項４０に記載の使用。
【請求項４２】
前記疾患が、関節リウマチ、多発性硬化症およびクローン病から選択される自己免疫疾患である請求項４１に記載の使用。
【請求項４３】
プロテアーゼ活性が増悪因子である疾患を治療するための医薬を製造するための請求項３３または請求項３７に記載の環状オリゴペプチドの使用。
【請求項４４】
前記疾患が、循環器疾患、循環障害およびＨＩＶから選択される請求項４３に記載の使用。
【請求項４５】
請求項１〜３８のいずれか１項に記載の環状オリゴペプチド、および薬学的に受容可能な添加剤および／またはアジュバントを含む薬学的組成物。
【請求項４６】
前記添加剤が、トランスクトール、ポロキサマーブロックコポリマー、シクロデキストリン、非イオン性界面活性剤または胆汁酸塩から選択される請求項４５に記載の薬学的組成物。
【請求項４７】
前記非イオン性界面活性剤が、ポリエチレングリコールのアシルエステル、またはポリエチレングリコールの脂肪族エーテルから選択される請求項４５または請求項４６に記載の薬学的組成物。
【請求項４８】
請求項１〜３８のいずれか１項に定義される、標的リガンドに特異的に結合するための環状オリゴペプチドを製造するための方法であって：
ｉ）エピトープ形成アミノ酸を提供する工程と；
ｉｉ）エピトープ形成アミノ酸を組み込んだ環状オリゴペプチドを製造する工程と、
を包含する方法。
【請求項４９】
前記エピトープ形成アミノ酸を提供する工程が、
（ａ）結合体の１セットを選択する工程であって、各結合体は頭部基および尾部基を含み、頭部基の配列を伴い、各頭部基はアミノ酸を含む、工程と；
（ｂ）そこから非共有結合性の会合を形成する工程であって、尾部基が疎水的に凝集し、結合体が移動性である、工程と；
（ｃ）非共有結合性の会合と標的リガンドとの間の十分な相互作用をアッセイする工程と；
（ｄ）頭部基の修飾された配列との結合体の１セットを用いて、工程（ａ）〜（ｃ）を適宜繰り返す工程と；
（ｅ）工程（ｃ）において十分な相互作用を見出した際に、工程（ａ）におけるエピトープ形成アミノ酸として結合体の前記セットの頭部基のアミノ酸を選択する工程と、
を包含する請求項４８に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６９】
本発明のこの局面による環状オリゴペプチドの一例では、Ｚ−Ｘ−Ｙ−Ｗドメインおよび／またはＤ−Ｃ−Ａ−Ｂドメインは、アミノ酸配列ＹＥＫＡ（配列番号１）、ＹＥＡＫ（配列番号２）、ＹＡＫＥ（配列番号３）、ＹＡＥＫ（配列番号４）、ＹＫＡＥ（配列番号５）、ＹＫＥＡ（配列番号６）、ＥＹＫＡ（配列番号７）、ＥＹＡＫ（配列番号８）、ＥＫＡＹ（配列番号９）、ＥＫＹＡ（配列番号１０）、ＥＡＫＹ（配列番号１１）、ＥＡＹＫ（配列番号１２）、ＫＡＹＥ（配列番号１３）、ＫＡＥＹ（配列番号１４）、ＫＹＡＥ（配列番号１５）、ＫＹＥＡ（配列番号１６）、ＫＥＡＹ（配列番号１７）、ＫＥＹＡ（配列番号１８）、ＡＫＥＹ（配列番号１９）、ＡＫＹＥ（配列番号２０）、ＡＹＥＫ（配列番号２１）、ＡＹＫＥ（配列番号２２）、ＡＥＹＫ（配列番号２３）またはＡＥＫＹ（配列番号２４）から選択されてもよく、各々のΣは８〜２０の炭素数の長さをもつ炭化水素鎖を含む直鎖炭化水素側鎖の会合性官能基を有する脂質アミノ酸である。好ましくは、Ｚ−Ｘ−Ｙ−Ｗドメインは、ＹＥＫＡ（配列番号１）であり、Ｄ−Ｃ−Ａ−ＢドメインはＥＹＡＫ（配列番号８）である。好ましい実施形態では、上記の各々の配列から選択されるＺ−Ｘ−Ｙ−Ｗドメインおよび／またはＤ−Ｃ−Ａ−Ｂドメインは、タンパク質分解活性を阻害し得るエピトープを形成する。従って、これらの配列は、循環器疾患、循環障害およびＨＩＶなどの、プロテアーゼ活性が増悪因子である疾患を治療するために用いられ得る。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７５】
本発明はまた、循環器疾患、循環障害およびＨＩＶを含む、プロテアーゼ活性が増悪因子である疾患を治療するための医薬を製造するための、上記の環状オリゴペプチドまたは上記の組成物の使用を提供する。本発明の１つの特定の実施形態では、環状オリゴペプチド中の各々のドメインは、エピトープ形成アミノ酸ＳＲＥＲ（配列番号２５）、ＳＥＲＥ（配列番号２６）、ＥＹＫＡ（配列番号７）、ＹＥＡＫ（配列番号２）、ＳＦＲまたはＲＦＳを含み、これらは、実施例７でトロンビンタンパク質分解活性を阻害することが示された。