【手続補正書】
【提出日】平成21年11月20日(2009.11.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
質量分析の方法であって、
（ａ）親または前駆体イオンを、電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
（ｂ）前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第１の動作モードにおいて動作させるステップであって、前記第１の動作モードにおいては、前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成するステップと、
（ｃ）前記フラグメントまたは娘イオンの質量スペクトルを第１の質量スペクトルとして記録するステップと、
（ｄ）前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを第２のモードにおいて動作するように切り換え、改変、または変更するステップであって、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされるステップと、
（ｅ）前記第２のモードにおいて動作する前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスから現れるか、またはそこを通って移送されてきたイオンの質量スペクトルを第２の質量スペクトルとして記録するステップと、
（ｆ）ステップ（ｂ）〜（ｅ）を複数回繰り返すステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記第１の動作モードにおいて、
（ｉ）前記電子は、（ｉ）＜１ｅＶ、（ｉｉ）１〜２ｅＶ、（ｉｉｉ）２〜３ｅＶ、（ｉｖ）３〜４ｅＶ、および（ｖ）４〜５ｅＶからなる群から選択されるエネルギーを有し；および／または
（ｉｉ）前記電子は、磁場によって閉じ込められ；および／または
前記方法は、電子源を準備するステップをさらに含み、
前記第１の動作モードにおいて、前記電子源は、前記親または前駆体イオンと相互作用するように構成される複数の電子を生成し、および／または
前記第２の動作モードにおいて、前記電子源は、ＯＦＦに切り換えられる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
質量分析の方法であって、
（ａ）親または前駆体イオンを、電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
（ｂ）前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第１の動作モードにおいて動作させるステップであって、前記第１の動作モードにおいては、前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成するステップと、
（ｃ）前記フラグメントまたは娘イオンの質量スペクトルを第１の質量スペクトルとして記録するステップと、
（ｄ）前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを第２のモードにおいて動作するように切り換え、改変、または変更するステップであって、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされるステップと、
（ｅ）前記第２のモードにおいて動作する前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスから現れるか、またはそこを通って移送されてきたイオンの質量スペクトルを第２の質量スペクトルとして記録するステップと、
（ｆ）ステップ（ｂ）〜（ｅ）を複数回繰り返すステップと
を含む方法。
【請求項４】
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを少なくとも前記第１のモードおよび前記第２のモードの間で、少なくとも０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０秒毎に１回、自動的に切り換え、改変、または変更するステップを含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
（ｉ）  第１の質量スペクトルを実質的に同時に得られた第２の質量スペクトルと比較するステップと、
前記第１の質量スペクトルに比べて前記第２の質量スペクトルにおいてより大きな強度を有するイオンを親または前駆体イオンとして認識するステップにより、
親または前駆体イオンを認識するステップ、および／または
（ｉｉ）  第１の質量スペクトルを実質的に同時に得られた第２の質量スペクトルと比較するステップと、
前記第２の質量スペクトルに比べて前記第１の質量スペクトルにおいてより大きな強度を有するイオンをフラグメント、生成物、娘または付加物イオンとして認識するステップにより、
フラグメント、生成物、娘または付加物イオンを認識するステップをさらに含む、先行する請求項のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
タンパク質を同定するステップをさらに含む先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記同定が、
（ｉ）同定するステップが、１つ以上の親または前駆体イオンの質量電荷比を決定することにより行われ、前記１つ以上の親または前駆体イオンは、前記タンパク質のペプチドを含み；および／または
（ｉｉ）同定するステップが、１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量電荷比を決定することにより行われ、前記１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンは、前記タンパク質のペプチドのフラグメントを含む、ステップをさらに含み；
前記方法は、データベースと突き合わせて前記１つ以上の親または前駆体イオンおよび／あるいは前記１つ以上のフラグメント、生成物、娘または付加物イオンの質量電荷比を検索するステップであって、前記データベースは、既知のタンパク質を含むステップをさらに含む方法。
【請求項７】
電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスは、第１の動作モードおよび第２の動作モードにおいて動作可能であり、前記第１の動作モードにおいては、前記親または前駆体イオンの少なくともいくつかが電子と相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２の動作モードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
前記電子捕獲解離フラグメンテーションデバイスを前記第１のおよび第２の動作モードの間で行ったり来たりするように繰り返し切り換え、改変または変更するように構成および適合される制御手段と
を含む質量分析計。
【請求項８】
電子移動解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスは、第１の動作モードおよび第２の動作モードにおいて動作可能であり、前記第１の動作モードにおいては、前記親または前駆体イオンの少なくともいくつかが試薬イオンと相互作用する際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２の動作モードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
前記電子移動解離フラグメンテーションデバイスを前記第１のおよび第２の動作モードの間で行ったり来たりするように繰り返し切り換え、改変または変更するように構成および適合される制御手段と
を含む質量分析計。
【請求項９】
（ａ）（ｉ）エレクトロスプレーイオン化（「ＥＳＩ」）イオン源、（ｉｉ）大気圧光イオン化（「ＡＰＰＩ」）イオン源、（ｉｉｉ）大気圧化学イオン化（「ＡＰＣＩ」）イオン源、（ｉｖ）マトリックス支援レーザ脱離イオン化（「ＭＡＬＤＩ」）イオン源、（ｖ）レーザ脱離イオン化（「ＬＤＩ」）イオン源、（ｖｉ）大気圧イオン化（「ＡＰＩ」）イオン源、（ｖｉｉ）シリコンを用いた脱離イオン化（「ＤＩＯＳ」）イオン源、（ｖｉｉｉ）電子衝突（「ＥＩ」）イオン源、（ｉｘ）化学イオン化（「ＣＩ」）イオン源、（ｘ）電界イオン化（「ＦＩ」）イオン源、（ｘｉ）電界脱離（「ＦＤ」）イオン源、（ｘｉｉ）誘導結合プラズマ（「ＩＣＰ」）イオン源、（ｘｉｉｉ）高速原子衝撃（「ＦＡＢ」）イオン源、（ｘｉｖ）液体二次イオン質量分析（「ＬＳＩＭＳ」）イオン源、（ｘｖ）脱離エレクトロスプレーイオン化（「ＤＥＳＩ」）イオン源、（ｘｖｉ）ニッケル−６３放射性イオン源、（ｘｖｉｉ）大気圧マトリックス支援レーザ脱離イオン化イオン源、および（ｘｖｉｉｉ）熱スプレーイオン源からなる群から選択されるイオン源；および／または
（ｂ）前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流に配置される質量フィルタであり、四重極ロッドセット質量フィルタを含む質量フィルタ；および／または
（ｃ）前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスの上流および／または下流に配置されるイオントラップまたはイオンガイドであり、
前記イオントラップまたはイオンガイドは、
（ｉ）四重極ロッドセット、六重極ロッドセット、八重極ロッドセットまたは８個より多くのロッドを含むロッドセットを含む多重極ロッドセットまたはセグメント化多重極ロッドセットイオントラップまたはイオンガイド、
（ｉｉ）開口を有する複数の電極または少なくとも２、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０もしくは１００個の電極を含むイオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイドであって、使用時にイオンは、前記開口を通って移送され、前記電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、実質的に同じサイズまたは面積の開口を有するか、またはサイズまたは面積が順次より大きくおよび／またはより小さくなる開口を有する、イオントンネルまたはイオンファネルイオントラップまたはイオンガイド、
（ｉｉｉ）平面、プレートまたはメッシュ電極のスタックまたはアレイであって、前記平面、プレートまたはメッシュ電極のスタックまたはアレイは、複数のまたは少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９もしくは２０個の平面、プレートまたはメッシュ電極を含み、前記平面、プレートまたはメッシュ電極のうちの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％は、使用時に概してイオンが走行する平面内に配置される、平面、プレートまたはメッシュ電極のスタックまたはアレイ、および
（ｉｖ）イオントラップまたはイオンガイドの長さに沿って軸方向に配置される複数のグループの電極を含むイオントラップまたはイオンガイドであって、各グループの電極は、（ａ）第１および第２の電極ならびにイオンを前記イオンガイド内に第１の半径方向に閉じ込めるためにＤＣ電圧またはポテンシャルを前記第１および第２の電極に印加するための手段、および（ｂ）第３および第４の電極ならびにイオンを前記イオンガイド内に第２の半径方向に閉じ込めるためにＡＣまたはＲＦ電圧を前記第３および第４の電極に印加するための手段を含む、イオントラップまたはイオンガイド
からなる群から選択されるイオントラップまたはイオンガイド；
をさらに含む請求項７〜８のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１０】
前記イオン源は、パルス化または連続イオン源を含み；および／または
前記イオン源には、所定期間にわたり溶離剤が提供され、前記溶離剤は、液体クロマトグラフィもしくはキャピラリー電気泳動によって、またはガスクロマトグラフィによって混合物から分離されてきたものである請求項９に記載の質量分析計。
【請求項１１】
前記質量分析器は、（ｉ）四重極質量分析器、（ｉｉ）２Ｄまたは直線四重極質量分析器、（ｉｉｉ）ポールまたは３Ｄ四重極質量分析器、（ｉｖ）ペニングトラップ質量分析器、（ｖ）イオントラップ質量分析器、（ｖｉ）扇形磁場質量分析器、（ｖｉｉ）イオンサイクロトロン共鳴（「ＩＣＲ」）質量分析器、（ｖｉｉｉ）フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（「ＦＴＩＣＲ」）質量分析器、（ｉｘ）静電またはオービトラップ質量分析器、（ｘ）フーリエ変換静電またはオービトラップ質量分析器、（ｘｉ）フーリエ変換質量分析器、（ｘｉｉ）飛行時間質量分析器、（ｘｉｉｉ）直交加速飛行時間質量分析器、（ｘｉｖ）軸方向加速飛行時間質量分析器、および（ｘｖ）四重極ロッドセット質量フィルタまたは質量分析器からなる群から選択される、請求項７〜１０のいずれかに記載の質量分析計。
【請求項１２】
質量分析の方法であって、
（ａ）親または前駆体イオンを、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
（ｂ）前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第１の動作モードにおいて動作させるステップであって、前記第１の動作モードにおいては、前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応され、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成するステップと、
（ｃ）前記フラグメント、娘、生成物または付加物イオンの質量スペクトルを第１の質量スペクトルとして記録するステップと、
（ｄ）前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを第２のモードにおいて動作するように切り換え、改変、または変更するステップであって、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応されるステップと、
（ｅ）前記第２のモードにおいて動作する衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスから現れるか、またはそこを通って移送されてきたイオンの質量スペクトルを第２の質量スペクトルとして記録するステップと、
（ｆ）ステップ（ｂ）〜（ｅ）を複数回繰り返すステップと
を含む方法。
【請求項１３】
衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、第１の動作モードおよび第２の動作モードにおいて動作可能であり、前記第１の動作モードにおいては、前記親または前駆体イオンの少なくともいくつかがフラグメンテーションまたは反応されて、フラグメント、娘、生成物または付加物イオンを生成し、前記第２の動作モードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションまたは反応される、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスを前記第１のおよび第２の動作モードの間で行ったり来たりするように繰り返し切り換え、改変または変更するように構成および適合される制御手段と
を含む質量分析計であって、
前記衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスは、（ｉ）電子衝突または衝撃解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｉ）光誘起解離（「ＰＩＤ」）フラグメンテーションデバイス、（ｉｉｉ）レーザ誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｖ）赤外放射誘起解離デバイス、（ｖ）紫外放射誘起解離デバイス、（ｖｉ）ノズル−スキマ間インターフェースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉ）インソースフラグメンテーションデバイス、（ｖｉｉｉ）イオン源衝突誘起解離フラグメンテーションデバイス、（ｉｘ）熱または温度源フラグメンテーションデバイス、（ｘ）電界誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉ）磁場誘起フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉ）酵素消化または酵素分解フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｉｉ）イオン−イオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｖ）イオン−分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖ）イオン−原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉ）イオン−メタステーブルイオン反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉ）イオン−メタステーブル分子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｖｉｉｉ）イオン−メタステーブル原子反応フラグメンテーションデバイス、（ｘｉｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−イオン反応デバイス、（ｘｘ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−分子反応デバイス、（ｘｘｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−原子反応デバイス、（ｘｘｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブルイオン反応デバイス、（ｘｘｉｉｉ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル分子反応デバイス、および（ｘｘｉｖ）イオンを反応させて付加物または生成物イオンを形成するためのイオン−メタステーブル原子反応デバイスからなる群から選択される、
質量分析計。
【請求項１４】
質量分析の方法であって、
（ａ）親または前駆体イオンを、表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスへ渡すステップと、
（ｂ）前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第１の動作モードにおいて動作させるステップであって、前記第１の動作モードにおいては、前記親または前駆体イオンのうちの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレート上に当たる際にフラグメンテーションされるステップと、
（ｃ）前記フラグメントまたは娘イオンの質量スペクトルを第１の質量スペクトルとして記録するステップと、
（ｄ）前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを第２のモードにおいて動作するように切り換え、改変、または変更するステップであって、前記第２のモードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされるステップと、
（ｅ）前記第２のモードにおいて動作する前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスから現れるか、またはそこを通って移送されてきたイオンの質量スペクトルを第２の質量スペクトルとして記録するステップと、
（ｆ）ステップ（ｂ）〜（ｅ）を複数回繰り返すステップと
を含む方法。
【請求項１５】
表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを含む衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスであって、前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスは、第１の動作モードおよび第２の動作モードにおいて動作可能であり、前記第１の動作モードにおいては、前記親または前駆体イオンの少なくともいくつかが表面またはターゲットプレートに当たる際にフラグメンテーションされて、フラグメントまたは娘イオンを生成し、前記第２の動作モードにおいては、実質的に少数の親または前駆体イオンがフラグメンテーションされる、衝突、フラグメンテーションまたは反応デバイスと、
質量分析器と、
前記表面誘起解離フラグメンテーションデバイスを前記第１のおよび第２の動作モードの間で行ったり来たりするように繰り返し切り換え、改変または変更するように構成および適合される制御手段と
を含む質量分析計。