【手続補正書】
【提出日】平成21年12月2日(2009.12.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸分子を配列決定するためのプローブであって、
標的核酸分子に結合すること、および相補的ヌクレオチドが相補的核酸分子に組み込まれるように、伸長する前記相補的核酸分子の合成を促進することができる、活性部位を有する重合剤と、
前記重合剤上で離間している１つまたは複数の分子リンカーであって、前記リンカーのうちの１つ以上は、前記標的核酸分子内の相補的ヌクレオチドに特異的に結合することによって、前記リンカーから分離することなく、前記標的核酸分子に可逆的に結合することができる化学的部分を有しており、前記標的核酸分子内の相補的ヌクレオチドと前記リンカー上の前記化学的部分との特異的結合は、相補的ヌクレオチドと前記リンカー上の前記化学的部分との対合を示す特性シグナルの放出によって示される、１つまたは複数の分子リンカー
とを含む、プローブ。
【請求項２】
前記化学的部分がヌクレオチド類似体を含む、請求項１記載のプローブ。
【請求項３】
前記ヌクレオチド類似体が非加水分解性ヌクレオチド類似体を含む、請求項２記載のプローブ。
【請求項４】
前記非加水分解性ヌクレオチド類似体が、非加水分解性ヌクレオチド三リン酸類似体を含む、請求項２記載のプローブ。
【請求項５】
前記非加水分解性ヌクレオチド三リン酸類似体が、非加水分解性であるα−β結合を有する非加水分解性ヌクレオチド三リン酸類似体を含む、請求項４記載のプローブ。
【請求項６】
前記化学的部分がモノヌクレオチドである、請求項１記載のプローブ。
【請求項７】
前記モノヌクレオチドが、塩基、３’リボース炭素、２’リボース炭素、またはαリン酸上の前記リンカーに結合される、請求項６記載のプローブ。
【請求項８】
前記１つまたは複数の分子リンカーが、少なくとも４つの独立したリンカーを含み、それぞれが、前記標的核酸分子内の異なるヌクレオチドに特異的に結合することができる、異なるヌクレオチド類似体を有する、請求項２記載のプローブ。
【請求項９】
前記１つまたは複数の分子リンカーが分岐構造を形成し、それぞれの分岐が、前記標的核酸分子内の異なるヌクレオチドに特異的に結合することができる異なるヌクレオチド類似体を有する、請求項２記載のプローブ。
【請求項１０】
前記分岐構造が少なくとも４つの分岐を含み、それぞれの分岐が、前記標的核酸分子内の異なるヌクレオチドに特異的に結合することができる異なるヌクレオチド類似体を有する、請求項９記載のプローブ。
【請求項１１】
前記重合剤がタグに関連し、前記ヌクレオチド類似体のそれぞれが、前記リンカーが有する特定のヌクレオチド類似体を識別するタグに関連し、前記重合剤に関連する前記タグと、前記ヌクレオチド類似体に関連する前記タグとの相互作用が、前記標的核酸分子内の相補的ヌクレオチドとの前記リンカー上の前記ヌクレオチド類似体の対合を示す前記特性シグナルの放出を誘発する、請求項２記載のプローブ。
【請求項１２】
前記重合剤に関連する前記タグが、それぞれのヌクレオチド類似体に関連する前記タグにより供与体−受容体の対を形成し、それによって、前記供与体−受容体の対の相互作用が、前記特性シグナルの放出を刺激する、請求項１１記載のプローブ。
【請求項１３】
前記リンカーが有する特定のヌクレオチド類似体を識別する前記タグのそれぞれが、一意的な放出シグナルを放出する１つまたは複数のフルオロフォアを含む、請求項１１記載のプローブ。
【請求項１４】
前記１つまたは複数の分子リンカーが４つの分子リンカーを含み、それぞれが、前記リンカーから分離することなく前記標的核酸分子の鋳型鎖に可逆的に結合することができる異なる化学的部分と、それぞれの化学的部分に関連する受容体タグとを有し、ここで前記受容体タグが、前記リンカーが有する前記特定の化学的部分を識別し、前記重合剤が供与体タグに関連し、前記標的核酸分子への前記化学的部分の可逆的結合が、前記リンカーが有する前記化学的部分の識別性を示す前記受容体タグの特性シグナルの放出を誘発するように、前記供与体および受容体タグを十分に接近させる、請求項１記載のプローブ。
【請求項１５】
前記１つまたは複数の分子リンカーが、前記分子リンカーの絡み合いを抑制するために十分な距離をおいて前記重合剤の周囲に離間し、前記分子リンカーが、前記重合剤の前記活性部位に到達するほど十分に長い、請求項１記載のプローブ。
【請求項１６】
前記分子リンカーが線状ポリマーを含む、請求項１５記載のプローブ。
【請求項１７】
前記１つまたは複数の分子リンカーが、前記標的核酸分子の非存在下で、前記重合剤および前記化学的部分との実質上の絡み合いを回避するように、前記重合剤および前記化学的部分を互いに十分な距離をおいて維持する、請求項１記載のプローブ。
【請求項１８】
前記分子リンカーが、テザー（ｔｅｔｈｅｒ）、分子ロッド、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１記載のプローブ。
【請求項１９】
前記分子ロッドが、少なくとも１０ヌクレオチドの二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）を含む、請求項１８記載のプローブ。
【請求項２０】
十分な剛性を有する前記分子リンカーが、分子ロッドによって連結される少なくとも２つのテザーを含む、請求項１９記載のプローブ。
【請求項２１】
前記テザーが長さが１８７Å未満である、請求項１８記載のプローブ。
【請求項２２】
前記重合剤が、ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼ、リボソーム、または逆転写酵素を含む、請求項１記載のプローブ。
【請求項２３】
標的核酸分子に結合すること、および相補的ヌクレオチドが相補的核酸分子に組み込まれるように、伸長する前記相補的核酸分子の合成を促進することができる活性部位と、
絡み合いを抑制するために前記重合剤上で離間している１つまたは複数の分子リンカーであって、それぞれのリンカーが、前記標的核酸分子内の相補的ヌクレオチドに特異的に結合することによって、前記リンカーから分離することなく核酸分子の前記鋳型鎖に可逆的に結合することができる異なる非加水分解性ヌクレオチド類似体を有している、１つまたは複数の分子リンカーと、
核酸分子の前記鋳型鎖に可逆的に結合することができる前記リンカーが有する前記非加水分解性ヌクレオチド類似体を識別するそれぞれの非加水分解性ヌクレオチド類似体に関連するタグと、
前記リンカーが有する前記非加水分解性ヌクレオチド類似体を識別する特性シグナルを放出するために、前記非加水分解性ヌクレオチド類似体に関連する前記タグと相互に作用する前記ポリメラーゼに関連するタグ
とを含む、重合剤。
【請求項２４】
標的核酸分子の核酸配列を決定する方法であって、
オリゴヌクレオチドプライマーと、前記標的核酸分子内の相補的ヌクレオチドとハイブリダイズし、前記鋳型核酸分子に可逆的に結合する前記化学的部分を置換することによって、伸長している核酸分子に組み込むことができる加水分解性ヌクレオチドの混合物との存在下で、前記標的核酸分子を請求項１記載のプローブに曝露する工程と、
相補的ヌクレオチドと前記分子リンカー上の前記化学的部分との対合を示す複数の前記特性シグナルの放出を含む、一連のシグナルの放出を検出する工程
とを含む、方法。
【請求項２５】
前記重合剤がタグに関連し、前記化学的部分のそれぞれもまた、前記リンカーが有する特定の化学的部分を識別するタグに関連し、前記重合剤に関連する前記タグと、前記化学的部分に関連する前記タグとの相互作用が、相補的ヌクレオチドと前記リンカー上の前記化学的部分との対合を示す前記特性シグナルの放出を誘発する、請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
一連のシグナルの前記放出が核酸配列に変換される、請求項２４記載の方法。
【請求項２７】
前記プローブが基板に固定されている、請求項２４記載の方法。
【請求項２８】
前記標的核酸分子または前記オリゴヌクレオチドプライマーが基板に固定されている、請求項２４記載の方法。
【請求項２９】
実質上同時に複数の配列決定反応を行う工程と、前記複数の配列決定反応から一連のシグナルを検出する工程とを含む、請求項２４記載の方法。
【請求項３０】
複数の重合剤、標的核酸分子、またはオリゴヌクレオチドプライマーが、所定のパターンで前記基板に直接的または間接的に固定され、一連のシグナルを検出する工程が、そのようなパターン内の所定の位置に対応する核酸分子と前記シグナルとを相関させる工程をさらに含む、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
前記重合剤、標的核酸分子、またはオリゴヌクレオチドプライマーが、規則的なアレイにエッチングされたチャネル内で、前記所定のパターンで前記基板に固定される、請求項３０記載の方法。
【請求項３２】
前記標的核酸分子が、対象から取得された生体試料に存在している、請求項２４記載の方法。
【請求項３３】
高ストリンジェンシー条件下で前記標的核酸配列に特異的にハイブリダイズするプライマーをさらに含むプローブであって、前記プライマーが、分子リンカーを介して前記重合剤に結合される、請求項１記載のプローブ。
【請求項３４】
前記ヌクレオチド類似体に関連する前記タグが、エラーの検出および修正を可能にする、コード化したフルオロフォアの集まりである、請求項１１記載のプローブ。