【誤訳訂正書】
【提出日】平成22年5月7日(2010.5.7)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】特許請求の範囲
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  試験核酸配列と、１組の機能的にアラインメントされた核酸配列に対するプロフィルとの一致の数をコンピュータ処理する方法であって、
Ａ）前記プロフィルに対する第１の指標関数を構築するステップであって、前記指標関数は第１の塩基に対応し、かつ前記指標関数は、所定の位置における値を、特定の位置における前記第１の塩基の存在割合の関数として０と１との間で連続させたものであるステップ、
Ｂ）前記試験核酸配列に対する第２の指標関数を構築するステップであって、前記第２の指標関数は前記第１の塩基に対応するステップ、
Ｃ）前記指標関数のそれぞれのフーリエ変換をコンピュータ処理するステップ、
Ｄ）前記第２の指標関数のフーリエ変換を複素共役化するステップ、
Ｅ）前記第１の塩基の一致の数を示すフーリエ変換を得るために、前記第１の指標関数のフーリエ変換と前記第２の指標関数の複素共役化フーリエ変換とを乗じるステップ、
Ｆ）第２の塩基、第３の塩基および第４の塩基のそれぞれの一致の数を示すフーリエ変換を得るために、第２の塩基、第３の塩基および第４の塩基について上記のステップＡないしＥを繰り返すステップ、
Ｇ）総フーリエ変換を得るために、各塩基についてそれぞれ一致の数のフーリエ変換を求和するステップ、
Ｈ）複素系列を得るために総フーリエ変換の逆フーリエ変換をコンピュータ処理するステップ、および
Ｉ）前記試験配列に対する前記プロフィルのずれについて塩基一致の総数を決定するために前記系列の実数部を使用するステップ
を含む方法。
【請求項２】  核酸配列プロフィルがＤＮＡプロフィルである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  ＤＮＡプロフィルを得るために１組のタンパク質配列に対するタンパク質プロフィルを逆翻訳するステップをさらに含み、前記逆翻訳がコドン使用表を使用して行われ、かつ前記逆翻訳ステップがステップ（Ａ）の前に行われる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】  タンパク質配列は、疎水性残基のストレッチによって規定される膜貫通領域、親水性領域のストレッチによって規定される抗原性領域、カルシウム結合タンパ
ク質に存在するＥＦハンド、ＤＮＡ結合モチーフに存在するヘリックス−ターン−ヘリックスモチーフ、ＤＮＡ結合モチーフに存在する亜鉛フィンガー、および翻訳後のタンパク質修飾であるグリコシル化モチーフからなるタンパク質配列の群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】  タンパク質プロフィルは、アラインメント内の各残基位置における保存の程度によって重みが付けられる、請求項３に記載の方法。
【請求項６】  ＤＮＡプロフィルは、配列内の各位置における保存の程度によって重みが付けられる、請求項２に記載の方法。
【請求項７】  試験核酸配列は約１０キロベースから約１００キロベースまでの長さを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】  プロフィルは約５個から約３０個までのアミノ酸からなる、請求項３に記載の方法。
【請求項９】  ＤＮＡプロフィルは、プロモータおよびエンハンサからなるＤＮＡプロフィルの群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】  第１、第２、第３および第４の塩基がアデニン、グアニン、チミンおよびシトシンであり、前記１組のタンパク質配列に対するプロフィルを、コドン使用表を使用してＤＮＡプロフィルに逆翻訳するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】  機能的にアラインメントされたタンパク質配列の知られているブロックが試験核酸配列に存在することを、ＤＮＡプロフィルと試験配列との可能なずれの多様性に対する塩基一致の総数に基づいて検出するステップをさらに含み、前記検出ステップがステップ（Ｊ）の後に存在する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】  試験核酸配列と、１組の機能的にアラインメントされた核酸配列に対するプロフィルの逆翻訳配列との一致の数をコンピュータ処理する方法であって、
Ａ）前記プロフィルに対する第１の指標関数を構築するステップであって、前記指標関数は第１の塩基に対応し、かつ前記指標関数は、所定の位置における値を、特定の位置における前記第１の塩基の存在割合の関数として０と１との間で連続させたものであるステップ、
Ｂ）前記試験核酸配列に対する第２の指標関数を構築するステップであって、前記第２の指標関数は前記第１の塩基に対応するステップ、
Ｃ）前記指標関数のそれぞれのフーリエ変換をコンピュータ処理するステップ、
Ｄ）前記第１の塩基の一致の数を示すフーリエ変換を得るために、前記第１の指標関数のフーリエ変換と前記第２の指標関数のフーリエ変換とを乗じるステップ、
Ｅ）第２の塩基、第３の塩基および第４の塩基のそれぞれの一致の数を示すフーリエ変換を得るために、第２の塩基、第３の塩基および第４の塩基について上記のステップＡないしＤを繰り返すステップ、
Ｆ）総フーリエ変換を得るために、各塩基についてそれぞれ一致の数のフーリエ変換を求和するステップ、
Ｇ）複素系列を得るために総フーリエ変換の逆フーリエ変換をコンピュータ処理するステップ、および
Ｈ）前記試験配列に対する前記プロフィルの逆翻訳配列の可能なずれの多様性について塩基一致の総数を決定するために前記系列の実数部を使用するステップ
を含む方法。
【請求項１３】  試験核酸配列と、１組の機能的にアラインメントされた核酸配列に対するプロフィルとの一致の数をコンピュータ処理するためのシステムであって、
指示を実行するために構成された中央処理ユニット、
下記を含むメモリユニット：
オペレーティングシステム指示セット
前記プロフィルに対する４つの第１の指標関数を構築することを指示するのに適合した第１の指標構築指示セットであって、前記指標関数は、アデニン、グアニン、チミンお
よびシトシンに対応し、かつ前記指標関数は、所定の位置における値を、特定の位置における各塩基の存在割合の関数として０と１との間で連続させたものである第１の指標構築指示セット、
前記試験核酸配列に対する４つの第２の指標関数を構築することを指示するのに適合した第２の指標構築指示セットであって、前記第２の指標関数は、アデニン、グアニン、チミンおよびシトシンに対応する第２の指標構築指示セット、
前記指標関数のそれぞれのフーリエ変換をコンピュータ処理することを指示するのに適合したフーリエ変換指示セット、
前記４つの第２の指標関数のフーリエ変換の複素共役化を指示するのに適合した複素共役化指示セット、
アデニン、グアニン、チミンおよびシトシンの各一致に対するフーリエ変換を得るために、前記塩基についてそれぞれ、前記第１の指標関数のフーリエ変換と前記第２の指標関数の共役化フーリエ変換とを乗ずることを指示するのに適合した乗算指示セット、
総フーリエ変換を得るために、各塩基についてそれぞれ一致の数のフーリエ変換を求和することを指示するのに適合した求和指示セット、および
複素系列を得るために総フーリエ変換の逆フーリエ変換をコンピュータ処理し、かつ前記試験配列に対する前記プロフィルの可能なずれの多様性について塩基一致の総数を決定するために前記系列の実数部を採用することを指示するのに適合したコンピュータ処理指示セット、ならびに
システムの各部を連絡させ、かつ前記中央処理ユニットが前記メモリユニット内の各モジュールを実行させるために前記中央処理ユニットおよび前記メモリを連結させる電気的接続体
を含むシステム。
【請求項１４】  既知の核酸プロフィルに対する第１の指標であって、第１の塩基に対応し、かつ前記プロフィル内の関連する位置における前記第１の塩基の存在頻度に関連する値を含む第１の指標を提供すること、
試験核酸配列に対する第２の指標であって、前記第１の塩基に対応する第２の指標を提供すること、
前記指標のそれぞれのフーリエ変換をコンピュータ処理すること、
前記プロフィルと前記試験配列との塩基一致の数を決定するために前記指標のそれぞれのフーリエ変換を使用すること
を含む方法。
【請求項１５】  第１の指標は、前記プロフィルにおける各位置に対する前記第１の塩基の存在頻度に関連する少なくとも３つの異なる値を含むようにされている、請求項１４に記載に方法。
【請求項１６】  第１の指標は、０から１（１を含む）まで変化する値を含むようにされている、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】  使用には、前記第２の指標のフーリエ変換を複素共役化すること、そして前記プロフィルおよび前記試験配列における前記第１の塩基の一致の数を示す前記第１の塩基に対するフーリエ変換を得るために、前記第１の指標のフーリエ変換と前記第２の指標の複素共役化フーリエ変換とを乗ずることが含まれ、さらに少なくとも第２の塩基について、前記第１および第２の指標の提供、前記コンピュータ処理、前記複素共役化および前記乗算処理を繰り返すことを含む請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】  総フーリエ変換を得るために、各塩基についてそれぞれ一致の数のフーリエ変換を求和すること、
実数部および虚数部を有する複素系列を得るために総フーリエ変換の逆フーリエ変換をコンピュータ処理すること、および
試験配列に対するプロフィルの可能なずれについて塩基一致の総数を決定するために前記複素系列の実数部を使用すること
をさらに含み、
塩基一致の総数の増大が、前記試験配列におけるプロフィルの存在可能性の増大を示す、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】  第１の指標の値は、プロフィルの各位置における各塩基間の存在頻度に基づくものである、請求項１７に記載の方法。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００４】
【発明の概要】
本発明は、機能的にアラインメントされたタンパク質配列の知られているブロックを、試験核酸配列内において、例えば、特徴付けられていないＥＳＴ内において検出するための方法に関する。本発明の１つの実施形態は下記のステップを提供する：Ａ）１組の機能的にアラインメントされたタンパク質配列を、コドン使用表を使用して、１組の機能的にアラインメントされた核酸配列に逆翻訳し、そしてその１組の機能的にアラインメントされた核酸配列からＤＮＡプロフィルを作製するステップ。Ｂ）前記ＤＮＡプロフィルに対する第１の指標関数を構築するステップ。この第１の指標関数はアデニンに対応する。この第１の指標関数は、所定の位置における値を、特定の位置におけるアデニンの存在割合の関数として０と１との間で連続させたものである。すなわち、アデニンが１００個の配列のうちの２５個において特定の位置に存在する場合、アデニンの指標関数は、ＤＮＡプロフィル内のその位置について０.２５を示す。Ｃ）試験核酸配列に対する第２の指標関数を構築するステップ。この第２の指標関数もまたアデニンに対応する。Ｄ）これらの指標関数のそれぞれのフーリエ変換をコンピュータ処理するステップ。Ｅ）第２の指標関数のフーリエ変換を複素共役化するステップ。Ｆ）アデニン塩基の一致の数のフーリエ変換を得るために、第１の指標関数のフーリエ変換と第２の指標関数の複素共役化フーリエ変換とを乗じるステップ。Ｇ）グアニン、チミンおよびシトシンについて上記のステップＢないしＦを繰り返すステップ。Ｈ）総フーリエ変換を得るために各塩基についてそれぞれ一致の数のフーリエ変換を求和するステップ。Ｉ）複素系列を得るために総フーリエ変換の逆フーリエ変換をコンピュータ処理するステップ。Ｊ）試験配列に対する前記ＤＮＡプロフィルの可能なずれの多様性について塩基一致の総数を決定するために前記系列の実数部を採用するステップ。そのとき、この方法により、機能的にアラインメントされたタンパク質配列の知られているブロックの試験核酸配列内での存在が、試験配列に対する前記プロフィルの可能なずれの多様性に対する塩基一致の総数の関数として検出され得る。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００５】
本発明による第２の実施形態は下記のステップを含む。Ａ）機能的にアラインメントされたタンパク質配列の知られているブロックに対応するプロフィルに対する第１の指標関数を構築するステップ。この第１の指標関数はアデニンに対応する。この第１の指標関数は、所定の位置における値を、特定の位置におけるアデニンの存在割合の関数として０と１との間で連続させたものである。Ｂ）試験核酸配列に対する第２の指標関数を構築するステップ。この第２の指標関数もまたアデニンに対応する。Ｃ）これらの指標関数のそれぞれのフーリエ変換をコンピュータ処理するステップ。Ｄ）第２の指標関数のフーリエ変換を複素共役化するステップ。Ｅ）アデニン塩基の一致の数のフーリエ変換を得るために、第１の指標関数のフーリエ変換と第２の指標関数の複素共役化フーリエ変換とを乗じるステップ。Ｆ）グアニン、チミンおよびシトシンについて上記のステップＡないしＥを繰
り返すステップ。Ｇ）総フーリエ変換を得るために、各塩基についてそれぞれ一致の数のフーリエ変換を求和するステップ。Ｈ）複素系列を得るために総フーリエ変換の逆フーリエ変換をコンピュータ処理するステップ。Ｉ）試験配列に対する前記プロフィルの可能なずれの多様性について塩基一致の総数を決定するために前記系列の実数部を採用するステップ。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００６】
本発明による第３の実施形態により、試験核酸配列と、１組の機能的にアラインメントされた核酸配列に対するプロフィルとの一致の数をコンピュータ処理するためのシステムが提供される。このシステムは、指示を実行するための中央処理ユニットと、メモリユニットと、システムの各部を連絡させ、かつ中央処理ユニットがメモリユニット内の各モジュールを実行させるために前記中央処理ユニットおよび前記メモリを連結させる伝導性相互接続体とを含む。メモリユニットは、オペレーティングシステムと、いくつかのモジュールとを含む。第１の指標構築モジュールにより、プロフィルに対する４つの第１の指標関数が構築される。これらの指標関数は、アデニン、グアニン、チミンおよびシトシンに対応する。これらの指標関数は、所定の位置における値を、特定の位置における各塩基の存在割合の関数として０と１との間で連続させたものである。第２の指標構築モジュールにより、試験核酸配列に対する４つの第２の指標関数が構築される。これらの第２の指標関数は、アデニン、グアニン、チミンおよびシトシンに対応する。フーリエ変換モジュールにより、これらの指標関数のそれぞれのフーリエ変換がコンピュータ処理される。複素共役化モジュールにより、４つの第２の指標関数のフーリエ変換が複素共役化される。乗算モジュールにより、アデニン、グアニン、チミンおよびシトシンの各一致に対するフーリエ変換を得るために、前記塩基のそれぞれについてそれぞれ第１の指標関数のフーリエ変換と第２の指標関数の複素共役化フーリエ変換とが乗算される。求和モジュールにより、総フーリエ変換を得るために、各塩基についてそれぞれ一致の数のフーリエ変換が求和される。コンピュータ処理モジュールにより、複素系列を得るために総フーリエ変換の逆フーリエ変換がコンピュータ処理される。このコンピュータ処理モジュールはまた、試験配列に対する前記プロフィルの可能なずれの多様性について塩基一致の総数を決定するために前記系列の実数部を採用する。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３１】
フーリエ変換は線形変換であるので、和の変換は変換の和である。このことは、４ヌクレオチドのどれが一致しているかに関わらず、一致の全体的な数だけが注目される場合、次式を得るために４つのＷを合計することができる。
【数４】
Ｗj＝Ｗj(A)＋Ｗj(C)＋Ｗj(G)＋Ｗj(T)              （４）
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３６】
本発明の実施形態が検索し得るタンパク質モチーフの例には、疎水性残基のストレッチによって定義される膜貫通領域、親水性領域のストレッチによって定義される抗原性領域、カルシウム結合タンパク質に存在するＥＦハンド、ＤＮＡ結合モチーフに存在するヘリックス−ターン−ヘリックスモチーフ、ＤＮＡ結合モチーフに存在する亜鉛フィンガー、および翻訳後のタンパク質修飾であるグリコシル化モチーフが含まれる。本発明の実施形態が検索し得るＤＮＡプロフィルの例には、プロモータおよびエンハンサが含まれる。