【誤訳訂正書】
【提出日】平成22年8月25日(2010.8.25)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物試料中のマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ヒト型結核菌））の特異的検出のための方法であって、
核酸増幅法が配列ＩＤ番号：１で示される配列に由来するＤＮＡ断片を増幅するのに適したプライマーを用いて実施され、その配列がｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの領域に由来する断片を含み、そのＤＮＡ断片がｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位を含む
およびその場合に、ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位に、ヒト型結核菌に特異的な多型が検出される方法。
【請求項２】
核酸増幅がＰＣＲ、ＮＡＳＢＡ、ＳＤＡまたはＬＣＲによって行われる点で特徴づけられる請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＰＣＲがリアルタイムＰＣＲである点で特徴づけられる請求項２に記載の方法。
【請求項４】
ヒト型結核菌に特異的な多型の検出が１つまたはいくつかのプローブの特異的ハイブリダイゼーションによって実施される点で特徴づけられる請求項１から３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
増幅されたＤＮＡ断片が最大５００ヌクレオチドの長さを有する点で特徴づけられる請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
増幅されたＤＮＡ断片が最大３００ヌクレオチドの長さを有する点で特徴づけられる請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
増幅されたＤＮＡ断片が最大１５５ヌクレオチドの長さを有する点で特徴づけられる請求項１から４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
プライマー対が配列ＩＤ番号：２および配列ＩＤ番号：３を有する配列のうち少なくとも１つを有する点で特徴づけられる請求項１から７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
ヒト型結核菌に特異的な多型の検出が、標識化ハイブリダイゼーションプローブの少なくとも１つの対を用いて行われ、一方のプローブは３'末端で、および他方のプローブは５'末端で標識化され、およびプローブは、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）が可能になるような方法で特異的に増幅物と結合する点で特徴づけられる請求項１から８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
プローブ対が配列ＩＤ番号：４および５またはそれらの相補配列を有する配列、および／または配列ＩＤ番号：４および６またはそれらの相補配列を有する配列を持つ点で特徴づけられる請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
試料が唾液、気管支洗浄液、胃液、尿、糞便、髄液、骨髄、血液および生検から成る臨床試料の群から選択される点で特徴づけられる請求項１から１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの部分に由来する断片を含む配列ＩＤ番号：１に示される配列に由来するＤＮＡ断片の増幅に適し、そのＤＮＡ断片はｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位を含む点で特徴づけられるプライマー対。
【請求項１３】
少なくとも１つのプライマーが配列ＩＤ番号：２に示される配列を示す点で特徴づけられる請求項１２に記載のプライマー対。
【請求項１４】
少なくとも１つのプライマーが配列ＩＤ番号：３に示される配列を示す点で特徴づけられる請求項１２に記載のプライマー対。
【請求項１５】
プライマーが配列ＩＤ番号：２に示される配列および配列ＩＤ番号：３に示される配列を示す点で特徴づけられる請求項１２に記載のプライマー対。
【請求項１６】
ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位を含むＤＮＡ断片の増幅に使用するためのプライマーであって、配列ＩＤ番号：２に示される配列を示す点で特徴づけられるプライマー。
【請求項１７】
ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位を含むＤＮＡ断片の増幅に使用するためのプライマーであって、配列ＩＤ番号：３に示される配列を示す点で特徴づけられるプライマー。
【請求項１８】
請求項１６もしくは１７に記載のプライマー、または請求項１２から１５のいずれか１項に記載のプライマー対の、ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位に位置するヒト型結核菌に特異的な多型の特異的検出のための使用。
【請求項１９】
ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位に位置するヒト型結核菌に特異的な多型の特異的検出に適している点で特徴づけられるハイブリダイゼーションプローブ。
【請求項２０】
ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位に位置するヒト型結核菌に特異的な多型の特異的検出に用いるためのハイブリダイゼーションプローブ対であって、narGHJI硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５’から３’方向において−２１５位を含むヒト型結核菌特異的プロモーター領域にハイブリダイズするプローブと配列ＩＤ番号：４に示される配列またはその相補配列からなるプローブとからなり、前記検出は、前記両プローブの間で生じる蛍光共鳴エネルギー移動を利用することにより達成されることを特徴とするハイブリダイゼーションプローブ対。
【請求項２１】
前記narGHJI硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５’から３’方向において−２１５位を含むヒト型結核菌特異的プロモーター領域にハイブリダイズするプローブが配列ＩＤ番号：５に示される配列またはその相補配列を示す点で特徴づけられる請求項２０に記載のハイブリダイゼーションプローブ対。
【請求項２２】
前記narGHJI硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５’から３’方向において−２１５位を含むヒト型結核菌特異的プロモーター領域にハイブリダイズするプローブが配列ＩＤ番号：６に示される配列またはその相補配列を示す点で特徴づけられる請求項２０に記載のハイブリダイゼーションプローブ対。
【請求項２３】
narGHJI硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５’から３’方向において−２１５位に位置するヒト型結核菌に特異的なＤＮＡ多型の検出に用いるためのハイブリダイゼーションプローブであって、前記検出は、当該プローブと前記−２１５位を含むヒト型結核菌特異的プロモーター領域にハイブリダイズするプローブとの間で生じる蛍光共鳴エネルギー移動を利用することにより達成される、配列ＩＤ番号：４に示される配列またはその相補配列を示す点で特徴づけられるハイブリダイゼーションプローブ。
【請求項２４】
配列ＩＤ番号：５に示される配列またはその相補配列を示す点で特徴づけられるハイブリダイゼーションプローブ。
【請求項２５】
配列ＩＤ番号６に示される配列またはその相補配列を示す点で特徴づけられるハイブリダイゼーションプローブ。
【請求項２６】
ヒト型結核菌の特異的検出のための請求項２３から２５のいずれか１項に記載のハイブリダイゼーションプローブまたは請求項２０から２２のいずれか１項に記載のハイブリダイゼーションプローブ対の使用。
【請求項２７】
請求項１から１１のいずれか１項に記載の方法を実施するためのキットにおいて、
ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの部分に由来する断片を含む配列ＩＤ番号：１に示される配列に由来するＤＮＡ断片の増幅に適するプライマー対であって、そのＤＮＡ断片はｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位を含む、少なくとも１つのプライマー対を含み、および
ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５'から３'方向において−２１５位に位置するヒト型結核菌に特異的な多型の特異的検出のための、少なくとも１つのハイブリダイゼーションプローブまたはハイブリダイゼーションプローブ対を含む、キット。
【請求項２８】
プライマー対が請求項１５に記載のプライマー対である点で特徴づけられる請求項２７に記載のキット。
【請求項２９】
ハイブリダイゼーションプローブ対が請求項２１に記載のプローブ対および／または請求項２２に記載のプローブ対である点で特徴づけられる請求項２７に記載のキット。
【請求項３０】
プライマー対が請求項１５に記載のプライマー対である点で特徴づけられる請求項２９に記載のキット。
【請求項３１】
核酸増幅および／または検出反応を実施するのに必要なまたは有用な、他の試薬および／または補助物質を含む点で特徴づけられる請求項２７から３０のいずれか１項に記載のキット。
【請求項３２】
ａ）微生物ＤＮＡの臨床材料からの抽出、
ｂ）抽出されたＤＮＡに由来する、narGHJI硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５’から３’方向において−２１５位に位置するヒト型結核菌に特異的なＤＮＡ多型を含む、抗酸菌のｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンのプロモーター領域の少なくとも１つのＤＮＡ断片の増幅、
ｃ）配列ＩＤ番号：５、配列ＩＤ番号：５に対する相補配列、配列ＩＤ番号：６、および配列ＩＤ番号：６に対する相補配列から成る群から選択されるヌクレオチド配列を含む少なくとも１つのハイブリダイゼーションプローブとの、増幅されたＤＮＡ断片の特異的ハイブリダイゼーションの検出、
ｄ）融解曲線分析によって行われる、ウシ型結核菌、弱毒化ウシ型結核菌、アフリカ型結核菌およびネズミ型結核菌に対するヒト型結核菌の特異的検出
の段階を含む、臨床材料中のマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ヒト型結核菌））の特異的検出のための方法。
【請求項３３】
増幅が段階ｂ）において配列ＩＤ番号：２のヌクレオチド配列を含むプライマー及び配列ＩＤ番号：３のヌクレオチド配列を含むプライマーによって行われる、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
特異的ハイブリダイゼーションが段階ｃ）において、
配列ＩＤ番号：４のヌクレオチド配列またはその相補配列を含む標識化ハイブリダイゼーションプローブと配列ＩＤ番号：５のヌクレオチド配列またはその相補配列を含む標識化ハイブリダイゼーションプローブとの対、および
配列ＩＤ番号：４のヌクレオチド配列またはその相補配列を含む標識化ハイブリダイゼーションプローブと配列ＩＤ番号：６のヌクレオチド配列またはその相補配列を含む標識化ハイブリダイゼーションプローブとの対
を含む標識化ハイブリダイゼーションプローブの少なくとも１つの対を用いて行われる、請求項３２又は３３に記載の方法。
【請求項３５】
ＤＮＡ断片のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による増加がリアルタイムＰＣＲとして実施される、請求項３２から３４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
ＤＮＡ断片のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）による増加がライトサイクラー（ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ）（登録商標）システムを用いて実施される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
特異的ハイブリダイゼーションの段階がＤＮＡ断片の増幅中または増幅後に行われる、請求項３２から３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
特異的ハイブリダイゼーションおよびその検出がリアルタイムＰＣＲで行われる、請求項３２から３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
特異的ハイブリダイゼーションおよびその検出がライトサイクラー（ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ）（登録商標）システムで行われる、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
特異的ハイブリダイゼーションの検出が蛍光検出によって実施され、および標識化ハイブリダイゼーションプローブ対が蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ）対として形成される、請求項３４から３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
臨床材料が、唾液、気管支洗浄液、胃液、尿、糞便、髄液、骨髄、血液および生検から成る臨床試料の群から選択される、請求項３２から４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
ｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素遺伝子のヒト型結核菌特異的プロモーター領域のＤＮＡ断片の増幅のための、配列ＩＤ番号：２のヌクレオチド配列を含むプライマーと配列ＩＤ番号：３のヌクレオチド配列を含むプライマーとを含むオリゴヌクレオチドプライマー対。
【請求項４３】
配列ＩＤ番号：５のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンのヒト型結核菌特異的プロモーター領域と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド。
【請求項４４】
配列ＩＤ番号：６のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンのヒト型結核菌特異的プロモーター領域と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド。
【請求項４５】
配列ＩＤ番号：４のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むオリゴヌクレオチドと配列ＩＤ番号：５のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むオリゴヌクレオチドとの対を含むオリゴヌクレオチド対。
【請求項４６】
配列ＩＤ番号：４のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むオリゴヌクレオチドと配列ＩＤ番号：６のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むオリゴヌクレオチドとの対を含むオリゴヌクレオチド対。
【請求項４７】
ａ）配列ＩＤ番号：２のヌクレオチド配列を含むプライマーと配列ＩＤ番号：３のヌクレオチド配列を含むプライマーとを含む少なくとも１つのプライマー対および
ｂ）配列ＩＤ番号：４のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むハイブリダイゼーションプローブと配列ＩＤ番号：５のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むハイブリダイゼーションプローブとの対、及び
配列ＩＤ番号：４のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むハイブリダイゼーションプローブと配列ＩＤ番号：６のヌクレオチド配列またはその相補配列を含むハイブリダイゼーションプローブとの対を含む少なくとも１つのハイブリダイゼーションプローブ対
を含む、マイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ（ヒト型結核菌））の特異的検出のためのキット。
【請求項４８】
ヒト型結核菌による感染の特異的検出のための、配列ＩＤ番号：６で示される核酸配列またはその相補配列を含む抗酸菌のｎａｒＧＨＪＩ硝酸還元酵素オペロンのプロモーター領域中の、narGHJI硝酸還元酵素オペロンの翻訳開始コドンＧＴＧの読み上流の５’から３’方向において−２１５位に位置するヒト型結核菌特異的ＤＮＡ多型の使用。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３５】
本発明に関連して、臨床材料は本質的に臨床試料、すなわち唾液、気管支洗浄液、胃液、尿、糞便、髄液、骨髄、血液といった患者材料、しかしまた生検、特にたとえば頚部のリンパ節からといった吸引生検を意味すると解する。しかし、臨床材料はまた、たとえば液体培養からの、特に患者材料由来の、酸耐性桿細胞の選択培養のための液体培養からの、特に培養単離物も意味すると解する。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３７】
好ましくは、本発明に記載の試料は、唾液、気管支洗浄液、胃液、尿糞便、髄液、骨髄、血液および生検から成る選択された臨床試料の群から選択される。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７３】
実施例１：ＤＮＡ単離
ａ）臨床材料から
微生物ＤＮＡは、唾液、気管支洗浄液、胃液、尿、糞便、髄液、骨髄、血液または吸引生検から成る臨床試料から、既知の方法で、たとえばキアンプ（ＱｌＡｍｐ）（登録商標）ＤＮＡミニキット（キアゲン社（Ｑｉａｇｅｎ）、ドイツ、ヒルデン（Ｈｉｌｌｄｅｎ））を用いて精製、すなわち抽出する。