【手続補正書】
【提出日】平成22年9月3日(2010.9.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
（発明の簡潔な要旨）
ある特定の天然のｍＲＮＡが、代謝産物感受性の遺伝子スイッチとして働くことが発見されており、そのＲＮＡは、有機小分子に直接結合する。この結合プロセスは、そのｍＲＮＡの立体配座を変化させ、それによって、種々の様々なメカニズムにより遺伝子発現の変化が引き起こされる。その天然のスイッチは、抗生物質および他の小分子治療に対する標的である。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
遺伝子発現を阻害する方法であって、該方法は、
（ａ）化合物と細胞とを接触させる工程を包含し、
（ｂ）ここで、該化合物は、式Ｉ：
【化６】
2010502752.tif 000001
の構造を有し、ここで、Ｒ２およびＲ３は、各々独立して正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ１は、負に帯電し、Ｒ４は、負に帯電しているか、またはＲ１およびＲ４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ１またはＲ４の少なくとも１つは、ＣＨ２、ＣＨ３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１４、ＣＨ−Ｒ１４またはＮ−Ｒ１４であり、ここで、Ｒ１４は、ＣＨ２、ＣＨ３、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−またはＳＨであり、
Ｒ９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ２は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１、４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ７は、Ｒ２＞Ｒ６＞Ｒ８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０およびＲ１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではなく、
該細胞は、リシン応答性リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、ここで該化合物は、該リシン応答性リボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
方法。
（項目２）
Ｒ３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得る、項目１に記載の方法。
（項目３）
Ｒ５が、帯電していない、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
Ｒ９が、Ｃ、ＯまたはＳである、項目１〜３のいずれかに記載の方法。
（項目５）
Ｒ３のｐＫａが、７以上である、項目１〜４のいずれかに記載の方法。
（項目６）
Ｒ１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方である、項目１〜５のいずれかに記載の方法。
（項目７）
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０およびＲ１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ２ではない、項目１〜６のいずれかに記載の方法。
（項目８）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、項目１〜７のいずれかに記載の方法。
（項目９）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ３＋およびＯではない、項目１〜８のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＣＯ２−、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋およびＨではない、項目１〜９のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＣ−ＣＯ２−ではない、項目１〜１０のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、項目１〜１１のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
Ｒ９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）である、項目１〜１２のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
Ｒ２が、ＮＨ２＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、項目１〜１３のいずれかに記載の方法。
（項目１５）
Ｒ３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しない、項目１〜１４のいずれかに記載の方法。
（項目１６）
Ｒ１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳである、項目１〜１５のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
Ｒ７が、ＣＨである、項目１〜１６のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記細胞が、遺伝子発現が阻害される必要があると同定されている、項目１〜１７のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記細胞が、細菌細胞である、項目１〜１８のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記化合物が、前記細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、項目１〜１９のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
前記化合物を対象に投与することによって、前記化合物と前記細胞とを接触させる、項目１〜２０のいずれかに記載の方法。
（項目２２）
前記化合物が、基質としてリシンを有する前記対象の酵素に対する基質ではない、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記化合物が、リシンを変化させる前記対象の酵素に対する基質ではない、項目２１または２２のいずれかに記載の方法。
（項目２４）
前記化合物が、リシンを代謝する前記対象の酵素に対する基質ではない、項目２１〜２３のいずれかに記載の方法。
（項目２５）
前記化合物が、リシンを異化する前記対象の酵素に対する基質ではない、項目２１〜２４のいずれかに記載の方法。
（項目２６）
前記細胞が、前記対象内の細菌細胞であり、前記化合物は、該細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、項目２１〜２５のいずれかに記載の方法。
（項目２７）
前記対象が、細菌に感染している、項目２１〜２６のいずれかに記載の方法。
（項目２８）
前記細胞が、リシンリボスイッチを含む、項目２１〜２７のいずれかに記載の方法。
（項目２９）
前記化合物が、別の抗菌化合物と組み合わせて投与される、項目２１〜２８のいずれかに記載の方法。
（項目３０）
前記化合物が、バイオフィルムにおける細菌の成長を阻害する、項目１〜２９のいずれかに記載の方法。
（項目３１）
式Ｉ：
【化７】
2010502752.tif 000002
の構造を有する化合物であって、ここで、Ｒ２およびＲ３は、各々独立して、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ１は、負に帯電し、Ｒ４は、負に帯電しているか、またはＲ１およびＲ４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ１またはＲ４の少なくとも１つは、ＣＨ２、ＣＨ３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１４、ＣＨ−Ｒ１４またはＮ−Ｒ１４であり、ここで、Ｒ１４は、ＣＨ２、ＣＨ３、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−またはＳＨであり、
Ｒ９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ２は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ７は、Ｒ２＞Ｒ６＞Ｒ８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０およびＲ１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではない、
化合物。
（項目３２）
Ｒ３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得る、項目３１に記載の化合物。
（項目３３）
Ｒ５が、帯電していない、項目３１または３２に記載の化合物。
（項目３４）
Ｒ９が、Ｃ、ＯまたはＳである、項目３１〜３３のいずれかに記載の化合物。
（項目３５）
Ｒ３のｐＫａが、７以上である、項目３１〜３４のいずれかに記載の化合物。
（項目３６）
Ｒ１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方である、項目３１〜３５のいずれかに記載の化合物。
（項目３７）
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０およびＲ１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ２ではない、項目３１〜３６のいずれかに記載の化合物。
（項目３８）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、項目３１〜３７のいずれかに記載の化合物。
（項目３９）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ３＋およびＯではない、項目３１〜３８のいずれかに記載の化合物。
（項目４０）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＣＯ２−、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋およびＨではない、項目３１〜３９のいずれかに記載の化合物。
（項目４１）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＣ−ＣＯ２−ではない、項目３１〜４０のいずれかに記載の化合物。
（項目４２）
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではない、項目３１〜４１のいずれかに記載の化合物。
（項目４３）
Ｒ９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）である、項目３１〜４２のいずれかに記載の化合物。
（項目４４）
Ｒ２が、ＮＨ２＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、項目３１〜４３のいずれかに記載の化合物。
（項目４５）
Ｒ３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しない、項目３１〜４４のいずれかに記載の化合物。
（項目４６）
Ｒ１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳである、項目３１〜４５のいずれかに記載の化合物。
（項目４７）
Ｒ７が、ＣＨである、項目３１〜４６のいずれかに記載の化合物。
（項目４８）
項目３１〜４７のいずれかに記載の化合物、およびコード領域に作動可能に連結されたリシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる制御可能な遺伝子発現構築物を含む組成物であって、ここで、該リシンリボスイッチは、該ＲＮＡの発現を調節し、該リシンリボスイッチとコード領域とは、異種性である、組成物。
（項目４９）
前記リシンリボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときにシグナルを生成する、項目４８に記載の組成物。
（項目５０）
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成する、項目４８または４９に記載の組成物。
（項目５１）
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化によって、該リボスイッチに連結されたコード領域の発現の変化がもたらされ、該発現の変化は、シグナルを生成する、項目４８〜５０のいずれかに記載の組成物。
（項目５２）
前記シグナルが、前記リボスイッチに連結されたコード領域から発現されるレポータータンパク質によって生成される、項目４９〜５１のいずれかに記載の組成物。
（項目５３）
（ａ）項目３１〜５２のいずれかに記載の化合物を、リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について試験する工程であって、ここで、該阻害は、該リシンリボスイッチを介するものである、工程、
（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程
を包含する方法であって、
ここで、該細胞は、該リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物は、該リシンリボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞内で遺伝子発現を阻害するための組成物であって、該組成物は、
式Ｉ：
【化６】
2010502752.tif 000003
の構造を有する化合物を含み、ここで、Ｒ２およびＲ３は、各々独立して正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ１は、負に帯電し、Ｒ４は、負に帯電しているか、またはＲ１およびＲ４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ１またはＲ４の少なくとも１つは、ＣＨ２、ＣＨ３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１４、ＣＨ−Ｒ１４またはＮ−Ｒ１４であり、ここで、Ｒ１４は、ＣＨ２、ＣＨ３、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−またはＳＨであり、
Ｒ９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ２は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１、４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ７は、Ｒ２＞Ｒ６＞Ｒ８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０およびＲ１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではなく、
該細胞は、リシン応答性リボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、ここで該化合物は、該リシン応答性リボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
組成物。
【請求項２】
Ｒ３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得るか；あるいは
Ｒ５が、帯電していないか；あるいは
Ｒ９が、Ｃ、ＯまたはＳであるか；あるいは
Ｒ３のｐＫａが、７以上であるか；あるいは
Ｒ１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であるか；あるいは
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０およびＲ１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ２ではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ３＋およびＯではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＣＯ２−、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋およびＨではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＣ−ＣＯ２−ではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではないか；あるいは
Ｒ９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であるか；あるいは
Ｒ２が、ＮＨ２＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであるか；あるいは
Ｒ３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しないか；あるいは
Ｒ１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであるか；あるいは
Ｒ７が、ＣＨである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記細胞が、遺伝子発現を阻害される必要がある、請求項１〜２のいずれかに記載の組成物。
【請求項４】
前記細胞が、細菌細胞である、請求項１〜３のいずれかに記載の組成物。
【請求項５】
前記遺伝子発現の阻害が、前記細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、請求項１〜４に記載の組成物。
【請求項６】
前記組成物は、対象に投与されることを特徴とする、請求項１〜５のいずれかに記載の組成物。
【請求項７】
前記化合物が、基質としてリシンを有する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
前記化合物が、リシンを変化させる前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項６または７のいずれかに記載の組成物。
【請求項９】
前記化合物が、リシンを代謝する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項６〜８のいずれかに記載の組成物。
【請求項１０】
前記化合物が、リシンを異化する前記対象の酵素に対する基質ではない、請求項６〜９４のいずれかに記載の組成物。
【請求項１１】
前記細胞が、前記対象内の細菌細胞であり、前記遺伝子発現の阻害は、該細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、請求項６〜１０のいずれかに記載の組成物。
【請求項１２】
前記対象が、細菌に感染している、請求項６〜１１のいずれかに記載の組成物。
【請求項１３】
前記細胞が、リシンリボスイッチを含む、請求項６〜１２のいずれかに記載の組成物。
【請求項１４】
前記組成物が、別の抗菌化合物と組み合わせて投与されることを特徴とする、請求項６〜１３のいずれかに記載の組成物。
【請求項１５】
前記化合物が、バイオフィルムにおける細菌の成長を阻害する、請求項１〜１４のいずれかに記載の組成物。
【請求項１６】
式Ｉ：
【化７】
2010502752.tif 000004
の構造を有する化合物であって、ここで、Ｒ２およびＲ３は、各々独立して、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であり、
Ｒ１は、負に帯電し、Ｒ４は、負に帯電しているか、またはＲ１およびＲ４は、正味の負電荷を有する共鳴混成体であり、
Ｒ１またはＲ４の少なくとも１つは、ＣＨ２、ＣＨ３、ＮＨ、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１４、ＣＨ−Ｒ１４またはＮ−Ｒ１４であり、ここで、Ｒ１４は、ＣＨ２、ＣＨ３、Ｏ、Ｏ−、ＯＨ、Ｓ、Ｓ−またはＳＨであり、
Ｒ９は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であり、
Ｒ２は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであり、
Ｒ３は、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在せず、
Ｒ７は、Ｒ２＞Ｒ６＞Ｒ８の優先順位に基づいてＳ配置を有し、
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ１０およびＲ１１は、各々独立して、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであり、
−−−−−−は、各々独立して、単結合または二重結合を表し、
該化合物は、リシンではない、
化合物。
【請求項１７】
Ｒ３が、正に帯電していて、水素結合供与体として機能し得るか；あるいは
Ｒ５が、帯電していないか；あるいは
Ｒ９が、Ｃ、ＯまたはＳであるか；あるいは
Ｒ３のｐＫａが、７以上であるか；あるいは
Ｒ１３が、正に帯電しているか、水素結合供与体として機能し得るか、またはその両方であるか；あるいは
Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１０およびＲ１１が、すべて同時にＣ、ＣＨまたはＣＨ２ではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＯ、Ｈ、ＮＨ３＋およびＯではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ９が、同時にそれぞれＣＯ２−、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋およびＨではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ１１が、同時にそれぞれＯ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＣ−ＣＯ２−ではないか；あるいは
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３およびＲ４が、同時にそれぞれＮＨＯＨ、ＮＨ３＋、ＮＨ３＋、ＯおよびＳではないか；あるいは
Ｒ９が、ＮＨ、Ｏ、Ｓ、Ｃ−Ｒ５、ＣＨ−Ｒ５またはＮ−Ｒ５であり、ここで、Ｒ５は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、シクロプロピル、ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ｓｅｃ−ブチル、イソ−ブチル、シクロブチル、エテニル、３−プロペニル、１−プロペニル、イソプロペニル、３−ブテニル、４−ブテニル、３−プロピニル、３−ブチニル、４−ブチニル、ジアジリニル、アジリジニル、ウラゾリル、アゼチジニル、ピラゾリジニル、イミダゾリジニル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリニル、イソオキサゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリニル、オキサチアゾリジノニル、オキサゾリジノニル、ヒダントイニル、テトラヒドロフラニル、ピロリジニル、モルホリニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ジヒドロピラニル、テトラヒドロピラニルまたはピペリジン−２−オニル（バレロラクタム）であるか；あるいは
Ｒ２が、ＮＨ２＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであるか；あるいは
Ｒ３が、Ｎ、ＮＨ、ＮＨ２＋、Ｏ、ＯＨ、Ｓ、ＳＨ、Ｃ−Ｒ１３、ＣＨ−Ｒ１３、Ｎ−Ｒ１３、ＮＨ−Ｒ１３、Ｏ−Ｒ１３またはＳ−Ｒ１３であり、ここで、Ｒ１３は、ＮＨ２＋、ＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、Ｂ（ＯＨ）２、ＣＨ（ＮＨ２）２、Ｃ（ＮＨ２）２＋、ＣＮＨ２ＮＨ３＋、Ｃ（ＮＨ３＋）３、ヒドロキシメチル、１−ヒドロキシエチル、２−ヒドロキシエチル、１，２−ジヒドロキシエチル、２−ヒドロキシ−１−メチルエチル、１−ヒドロキシプロピル、２−ヒドロキシプロピル、３−ヒドロキシプロピル、１，３−ジヒドロキシプロピル、２，３−ジヒドロキシプロピル、１−ヒドロキシブチル、２−ヒドロキシブチル、３−ヒドロキシブチル、４−ヒドロキシブチル、１，４ジヒドロキシブチル、２，４−ジヒドロキシブチル、１−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、２−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、３−ヒドロキシ−２−メチルプロピル、１−ヒドロキシメチル−１−メチルエチル、トリスヒドロキシメチルメチル、チオールメチル、１−チオールエチル、２−チオールエチル、１，２−ジチオールエチル、２−チオール−１−メチルエチル、１−チオールプロピル、２−チオールプロピル、３−チオールプロピル、１，３−ジチオールプロピル、２，３−ジチオールプロピル、１−チオールブチル、２−チオールブチル、３−チオールブチル、４−チオールブチル、１，４ジチオールブチル、２，４−ジチオールブチル、１−チオール−２−メチルプロピル、２−チオール−２−メチルプロピル、３−チオール−２−メチルプロピル、１−チオールメチル−１−メチルエチル、トリスチオールメチルメチル、アミノメチル、１−アミノエチル、２−アミノエチル、１，２−ジアミノエチル、２−アミノ−１−メチルエチル、１−アミノプロピル、２−アミノプロピル、３−アミノプロピル、１，３−ジアミノプロピル、２，３−ジアミノプロピル、１−アミノブチル、２−アミノブチル、３−アミノブチル、４−アミノブチル、１，４ジアミノブチル、２，４−ジアミノブチル、１−アミノ−２−メチルプロピル、２−アミノ−２−メチルプロピル、３−アミノ−２−メチルプロピル、１−アミノメチル−１−メチルエチル、トリスアミノメチルメチルであるか、または存在しないか；あるいは
Ｒ１０が、Ｎ、ＮＨ、ＯまたはＳであるか；あるいは
Ｒ７が、ＣＨである、請求項１６に記載の化合物。
【請求項１８】
請求項１６〜１７のいずれかに記載の化合物、およびコード領域に作動可能に連結されたリシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる制御可能な遺伝子発現構築物を含む組成物であって、ここで、該リシンリボスイッチは、該ＲＮＡの発現を調節し、該リシンリボスイッチとコード領域とは、異種性である、組成物。
【請求項１９】
前記リシンリボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときにシグナルを生成する、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成する、請求項１８または１９に記載の組成物。
【請求項２１】
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化によって、該リボスイッチに連結されたコード領域の発現の変化がもたらされ、該発現の変化は、シグナルを生成する、請求項１８〜２０のいずれかに記載の組成物。
【請求項２２】
前記シグナルが、前記リボスイッチに連結されたコード領域から発現されるレポータータンパク質によって生成される、請求項１９〜２１のいずれかに記載の組成物。
【請求項２３】
（ａ）請求項１６〜２２のいずれかに記載の化合物を、リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について試験する工程であって、ここで、該阻害は、該リシンリボスイッチを介するものである、工程、
（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程
を包含するインビトロの方法であって、
ここで、該細胞は、該リシンリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物は、該リシンリボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、
方法。