【手続補正書】
【提出日】平成22年5月24日(2010.5.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ．  インフォマティクス、ゲノミクス、プロテオミクス、または免疫学的スクリーニングによりノボペプチドを同定し；および
ｂ．  該ノボペプチドが腫瘍細胞と正常細胞を区別する免疫応答を誘導することを決定する：
ことを含む、抗癌免疫応答をもたらすノボペプチドを特徴づけるための方法。
【請求項２】
正常細胞に対して腫瘍細胞中で選択的に発現されたノボペプチドを検出するために癌ゲノムおよび発現データベースを用いて、工程ａ）のノボペプチドを同定する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
該ノボペプチドをもたらすＤＮＡおよび／またはＲＮＡ中の変化を検出するために核酸シークエンシング方法を用いて、工程ａ）のノボペプチドを同定する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
腫瘍細胞表面上にあるノボペプチドを検出するために質量分析を用いて工程ａ）のノボペプチドを同定する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
該ノボペプチドに対する反応性を検出するためにヒト癌患者血清または動物腫瘍モデル血清の免疫アッセイを用いて、工程ｂ）のノボペプチドを決定する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
該ノボペプチドに対する反応性を検出するためにヒト癌患者末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）または動物腫瘍モデル（ＰＢＭＣ）の免疫アッセイを用いて、工程ｂ）のノボペプチドを決定する請求項１に記載の方法。
【請求項７】
該免疫アッセイが細胞溶解的アッセイである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
該細胞溶解的アッセイが５１Ｃｒ遊離アッセイである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
該免疫アッセイがノボペプチドに対する応答におけるサイトカイン産生を測定する、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
該免疫アッセイがＥＬＩＳＰＯＴ、ＥＬＩＳＡ、および細胞内サイトカイン染色からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
該免疫アッセイがノボペプチド特異的Ｔ細胞を同定するために二量体、三量体または四量体抗体を使用する、請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
予防的または治療的癌モデルにおいて、ヒトノボペプチドの非ヒト動物ホモログを非ヒト動物に投与し；  および癌の動物モデルにおいて該ノボペプチドの抗癌作用を測定することにより、該ノボペプチドの該抗癌免疫応答をさらに特徴づける、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
ヒト細胞をノボペプチドに曝露して、ヒト癌細胞および正常細胞に対する該曝露された細胞の反応性を決定し、ここで正常細胞と比較してヒト癌細胞に対してより強い反応性は癌特異的免疫応答を示す、腫瘍細胞と正常細胞を区別する免疫応答の誘導をさらに特徴づける、請求項２〜１０および１２のいずれか１つに記載の方法。
【請求項１４】
請求項１〜１３のいずれか１つに記載の方法により特徴づけられたノボペプチドまたはノボペプチドをコードする核酸を含む癌ワクチン。
【請求項１５】
遺伝子銃により、遺伝子ワクチン、ウイルスベクターとして、またはペプチドまたはタンパク質担体もしくは糖担体との融合ペプチドとして、送達されることを特徴とする、請求項１４に記載の癌ワクチン。
【請求項１６】
イヌ、ネコ、モルモット、マウス、ラット、ウサギ、ブタ、ウマ、ウシ、サル、チンパンジーまたは他の非ヒト霊長類からなる群から選択される非ヒト動物に癌を予防するために投与される、請求項１４に記載の癌ワクチン。
【請求項１７】
治療的癌ワクチンとして投与される、請求項１４に記載のワクチン。
【請求項１８】
非ヒト動物で治療的癌ワクチンとして投与される請求項１４に記載のワクチン。
【請求項１９】
ａ．  正常に対する腫瘍のオッズ比を比較するインフォマティクスによりノボペプチドを同定し；  
ｂ．  候補ＤＮＡまたはＲＮＡをシークエンシングし；  
ｃ．  腫瘍細胞および正常細胞のＭＨＣＩから溶出したペプチドについて質量分析を行い、および腫瘍細胞により発現されるペプチドを検出し；  および
ｄ．  該ノボペプチドに対して反応性であるＴ細胞が、ＭＨＣＩマッチした腫瘍細胞と反応するが正常細胞とはしないかどうかを決定する：
ことを含む、癌に対する保護的な免疫応答を誘導するノボペプチドを特徴づけるための方法。
【請求項２０】
腫瘍ＭＨＣＩから溶出したペプチドをヒトプロテオームからの全ての可能性あるノボペプチドのデータベースと比較することをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
ノボペプチドに対して産生された抗体が、該ノボペプチドを発現する腫瘍細胞と反応するが正常細胞とは反応しないかどうかを決定することをさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
ａ．  正常に対する腫瘍のオッズ比を比較するインフォマティクスによりノボペプチドを同定し；  
ｂ．  候補ＤＮＡまたはＲＮＡをシークエンシングし；  
ｃ．  腫瘍細胞および正常細胞のＭＨＣＩから溶出したペプチドについて質量分析を行い、および腫瘍細胞により発現されるペプチドを検出し；  および
ｄ．  該ノボペプチドに対して産生された抗体が、該ノボペプチドを発現する腫瘍細胞と反応するが正常細胞とは反応しないかどうかを決定する：
ことを特徴とする、癌に対する保護的な免疫応答を誘導するノボペプチドを特徴づけるための方法。
【請求項２３】
腫瘍細胞を入手し、該細胞からＲＮＡを抽出し、およびフレームシフトについてアッセイすることを特徴とする、腫瘍特異的な抗原についてのスクリーニング方法。
【請求項２４】
工程ｂで決定される、腫瘍細胞と正常細胞を区別する免疫応答を誘導するノボペプチドがペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
工程ｂで決定される、腫瘍細胞と正常細胞を区別する免疫応答を誘導するノボペプチドが腫瘍形成と関係がない遺伝子によってコードされている、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
該ノボペプチドが、それをコードする遺伝子のバイスタンダーフレームシフトの結果である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
該腫瘍細胞が、ホジキンズリンパ腫、非ホジキンズリンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、白血病、骨髄性白血病、癌、固形組織の癌、扁平上皮癌、口、咽喉、喉頭、および肺の扁平上皮癌、腺癌、肉腫、神経膠腫、高悪性度神経膠腫、芽細胞腫、神経芽細胞腫、形質細胞腫、組織球腫、メラノーマ、アデノーマ、低酸素腫瘍、骨髄腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫または肉腫、転移性癌、菌状息肉腫、膀胱癌、脳腫瘍、神経系癌、肺癌（たとえば小細胞肺癌および非小細胞肺癌）、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肝癌、結腸癌、子宮頚癌、子宮頚癌、乳房癌、および上皮癌、腎臓の癌、尿生殖器癌、食道癌、頭頸部癌、大腸癌、造血癌、および精巣癌からなる癌の群から選択された癌細胞に由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
ノボペプチドを含み、該ノボペプチドは腫瘍−特異抗原であり、および該抗原は非発癌性遺伝子のフレームシフトミューテイションに由来する、癌のためのワクチン。
【請求項２９】
該ノボペプチドが配列番号：２に記載の配列を含む、請求項２８に記載のワクチン。
【請求項３０】
該ノボペプチドが配列番号：４に記載の配列を含む、請求項２８に記載のワクチン。
【請求項３１】
該ノボペプチドが配列番号：６に記載の配列を含む、請求項２８に記載のワクチン。
【請求項３２】
該ノボペプチドがＳＭＣ１遺伝子のフレームシフトを含む、請求項２８に記載のワクチン。
【請求項３３】
該ノボペプチドが配列番号：８に記載の配列を含む、請求項３２に記載のワクチン。
【請求項３４】
該癌がホジキンズリンパ腫、非ホジキンズリンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、白血病、骨髄性白血病、癌、固形組織の癌、扁平上皮癌、口、咽喉、喉頭、および肺の扁平上皮癌、腺癌、肉腫、神経膠腫、高悪性度神経膠腫、芽細胞腫、神経芽細胞腫、形質細胞腫、組織球腫、メラノーマ、アデノーマ、低酸素腫瘍、骨髄腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫または肉腫、転移性癌、菌状息肉腫、膀胱癌、脳腫瘍、神経系癌、肺癌（たとえば小細胞肺癌および非小細胞肺癌）、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肝癌、結腸癌、子宮頚癌、子宮頚癌、乳房癌、および上皮癌、腎臓の癌、尿生殖器癌、食道癌、頭頸部癌、大腸癌、造血癌、および精巣癌からなる癌の群から選択される、請求項２８に記載のワクチン。
【請求項３５】
対象に請求項２８に記載のワクチンを投与することを特徴とする、非ヒト哺乳類における癌の治療方法。
【請求項３６】
該癌が、リンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、白血病、骨髄性白血病、癌、固形組織の癌、扁平上皮癌、口、咽喉、喉頭、および肺の扁平上皮癌、腺癌、肉腫、神経膠腫、高悪性度神経膠腫、芽細胞腫、神経芽細胞腫、形質細胞腫、組織球腫、メラノーマ、アデノーマ、低酸素腫瘍、骨髄腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫または肉腫、転移性癌、菌状息肉腫、膀胱癌、脳腫瘍、神経系癌、肺癌（たとえば小細胞肺癌および非小細胞肺癌）、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肝癌、結腸癌、子宮頚癌、子宮頚癌、乳房癌、および上皮癌、腎臓の癌、尿生殖器癌、食道癌、頭頸部癌、大腸癌、造血癌、および精巣癌からなる癌の群から選択される請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
該哺乳類が、チンパンジー、サル、ウシ、ウマ、ブタ、イヌ、ネコ、ラット、モルモット、およびマウスからなる群から選択される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
そのリスクのある非ヒト哺乳類対象に請求項２８に記載のワクチンを投与することを特徴とする、癌の予防方法。
【請求項３９】
該癌がリンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、Ｔ細胞リンパ腫、白血病、骨髄性白血病、癌、固形組織の癌、扁平上皮癌、口、咽喉、喉頭、および肺の扁平上皮癌、腺癌、肉腫、神経膠腫、高悪性度神経膠腫、芽細胞腫、神経芽細胞腫、形質細胞腫、組織球腫、メラノーマ、アデノーマ、低酸素腫瘍、骨髄腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫または肉腫、転移性癌、菌状息肉腫、膀胱癌、脳腫瘍、神経系癌、肺癌（たとえば小細胞肺癌および非小細胞肺癌）、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、肝癌、結腸癌、子宮頚癌、子宮頚癌、乳房癌、および上皮癌、腎臓の癌、尿生殖器癌、食道癌、頭頸部癌、大腸癌、造血癌、および精巣癌からなる癌の群から選択される、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
該哺乳類がチンパンジー、サル、ウシ、ウマ、ブタ、イヌ、ネコ、ラット、モルモット、およびマウスからなる群から選択される、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
腫瘍特異的な抗原に対する治療的抗体であって、該抗原が、
ａ．  インフォマティクス、ゲノミクス、プロテオミクス、または免疫学的スクリーニングによりノボペプチドを同定し；および
ｂ．  該ノボペプチドが腫瘍細胞と正常細胞を区別する免疫応答を誘導することを決定する：
ことを含む工程により特徴づけられたノボペプチドである、治療的抗体。
【請求項４２】
推定上の治療薬をフレームシフトミューテイションを含むノボペプチドと接触させ、その際該ノボペプチドと結合するものが治療薬であると認定することを特徴とする、癌治療薬のスクリーニングの方法。
【請求項４３】
対象の組織サンプル中のノボペプチドを同定するための診断テストであって、該サンプル中のノボペプチドの存在について免疫測定法によってスクリーニングすることを含み、該ノボペプチドはフレームシフトミューテイションを含むことを特徴とする、診断テスト。
【請求項４４】
該免疫測定法が抗体応答を検出する、請求項４３に記載の診断テスト。
【請求項４５】
該免疫測定法がＴ細胞応答を検出する、請求項４３に記載の診断テスト。
【請求項４６】
該Ｔ細胞応答がＣＤ８  Ｔ細胞応答である、請求項４５に記載の診断テスト。
【請求項４７】
該Ｔ細胞応答がＣＤ４  Ｔ細胞応答である、請求項４５に記載の診断テスト。
【請求項４８】
該Ｔ細胞応答がＴ制御性細胞応答である、請求項４５に記載の診断テスト。
【請求項４９】
該フレームシフトミューテイションが配列番号：２に記載の配列を含むことを特徴とする、請求項４３に記載の診断テスト。
【請求項５０】
該フレームシフトミューテイションが配列番号：４に記載の配列を含むことを特徴とする、請求項４３に記載の診断テスト。
【請求項５１】
該フレームシフトミューテイションが配列番号：６に記載の配列を含むことを特徴とする、請求項４３に記載の診断テスト。
【請求項５２】
該フレームシフトミューテイションがＳＭＣ１遺伝子のフレームシフトである、請求項４３に記載の診断テスト。
【請求項５３】
該フレームシフトミューテイションが配列番号：８に記載の配列を含むことを特徴とする、請求項４３に記載の診断テスト。