【手続補正書】
【提出日】平成22年3月12日(2010.3.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
目的の分子を基板上に選択的に固定化する方法であって、
異なる表面特性を有する第１の表面成分および第２の表面成分を有する基板を提供するステップであって、前記第１の表面成分がＳｉＯ２を含み、かつ前記第２の表面成分が金属もしくは金属酸化物を含む前記ステップと、
前記基板を、前記第１の表面成分と選択的に結合する第１の組成物と接触させると共に前記目的の分子を前記第１の組成物に連結させることにより、前記第１の表面成分の前記表面特性と前記第２の表面成分の前記表面特性の間の差異に基づき、前記目的の分子を前記第１の表面成分に選択的に連結させるステップと、
前記基板を、前記第２の表面成分に選択的に結合する第２の組成物と接触させるステップと、
を含む、方法。
【請求項２】
前記基板が前記第１の表面成分層上に前記第２の表面成分層を含み、かつここで前記基板は、前記第２の表面成分層を通して前記第１の表面成分層に対して配置されたゼロモード導波路を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の組成物が第１の連結基を含み、かつここで前記目的の分子を前記第１の表面成分に選択的に連結させるステップが、前記目的の分子を前記第１の連結基に連結させるステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記第１の連結基がビオチンを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記第１の組成物がシラン、ビオチン−ＰＥＧ−シラン、リン脂質、ポリ（Ｌ−リジン）−ポリ（エチレングリコール）またはポリ（Ｌ−リジン）−ポリ（エチレングリコール）−ビオチンを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第２の組成物が高分子電解質、高分子電解質−ＰＥＧ共重合体、１つもしくは複数のホスホン酸基を含む化合物、ポリビニルホスホン酸、２−カルボキシエチルホスホン酸；アミノトリ（メチレンホスホン酸）；１−ヒドロキシエチリデン−１，１，−ジホスホン酸；ヘキサメチレンジアミンテトラ（メチレンホスホン酸）；ジエチレントリアミンペンタ（メチレンホスホン酸）；エチレンジアミンテトラ（メチレンホスホン酸）；ビス（ヘキサメチレントリアミンペンタ（メチレンホスホン酸））；２−ホスホノブタン−１，２，４−トリカルボキシル酸；およびモノエタノールアミンジホスホン酸、１つもしくは複数のリン酸基を含む化合物、アルキルリン酸塩、アルキルホスホン酸塩、オクチルホスホン酸、デシルホスホン酸、ドデシルホスホン酸、ヘキサデシルホスホン酸、オクタデシルホスホン酸、ドコシルホスホン酸、ヒドロキシ−ドデシルホスホン酸、ヒドロキシ−ウンデセニル−ホスホン酸、デカンジイルビス（ホスホン酸）、ドデシルリン酸、およびヒドロキシ−ドデシルリン酸、
【化１】
2009532032.tif 000001
【化２】
2009532032.tif 000002
または
【化３】
2009532032.tif 000003
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記第２の表面成分上に高分子電解質多層を堆積させるステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記第２の組成物が第２の連結基を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記第１の組成物がシランを含み、前記第２の組成物が、１つもしくは複数のホスホン酸基を含む化合物、または１つもしくは複数のリン酸基を含む化合物を含む請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
選択的に活性な領域を上部に有する基板を作製する方法であって、
上部に画成された複数のナノ構造を有する基板を提供するステップであって、ここで前記ナノ構造の各々によって、第１の活性化制御物質の、前記基板の表面の選択された部分上に活性な化学基を提供する能力が制限される、ステップと、
前記基板の前記表面の前記選択された部分上に活性な化学基を選択的に提供するように、前記基板を少なくとも前記第１の活性化制御物質に暴露するステップと
を含む方法。
【請求項１１】
選択された活性領域を上部に有する分析用基板を製造する方法であって、
基板の選択された領域に対する改良された光学的アクセスをもたらす、上部に配置された光学的分析構造を有する基板を提供するステップと、
第１の電磁放射により活性化または非活性化可能な表面官能基を提供するステップと、
前記基板に前記第１の電磁放射を誘導するステップであって、それにより前記光学的分析構造が前記電磁放射を誘導し、前記基板の前記選択された領域内で前記表面官能基を選択的に活性化または非活性化し、前記基板の活性領域を選択的に提供する、ステップと
を含む、方法。
【請求項１２】
実質的に導波路の底部に活性な化学的表面を有するゼロモード導波路を提供する方法であって、
基板内に配置されたゼロモード導波路を提供するステップと、
前記ゼロモード導波路の表面上に化学官能基を提供するステップと、
前記ゼロモード導波路の前記表面の第２の部分ではなく第１の部分を、前記第１の部分上の前記化学官能基を選択的に活性化または非活性化する活性化制御物質に暴露し、実質的に前記ゼロモード導波路の底部に活性な化学的表面を提供するステップと、
を含む、方法。
【請求項１３】
ゼロモード導波路アレイであって、
クラッド層内に配置された複数のゼロモード導波路コアであって、各コアが底面を有するコアと、
実質的に前記コア内に限られる化学的に活性な表面と、
を含む、ゼロモード導波路アレイ。
【請求項１４】
上部に配置された選択された活性領域を有する基板を提供する方法であって、
上部に画成された光学的改良構造を有する基板を提供するステップであって、ここで前記光学的改良構造は電磁放射を誘導し、前記基板表面の選択された領域の近傍に捕捉力を生成するのに十分な増強された電磁界を、前記基板表面の選択された領域の近傍に提供することが可能である、ステップと、
前記基板において電磁放射を誘導するステップであって、前記選択された領域の近傍の活性分子に対して捕捉力を生成するのに十分な前記増強された電磁界を、前記選択された領域に提供する、ステップと、
前記活性分子を前記選択された領域に連結するステップと、
を含む、方法。
【請求項１５】
上部に配置された選択された活性領域を有する基板を作製する方法であって、
化学官能基からなる表面を有する基板およびその上に画成された複数の分離したナノスケールの反応領域を提供するステップと、
１つもしくは複数の化学官能基または活性化制御物質を選択された領域内の前記表面上にパターニングし、実質的に前記分離したナノスケールの反応領域内に限られる活性のある化学的な機能領域を提供するステップと、
を含む、方法。
【請求項１６】
核酸分子の配列を同定する方法であって、
基板上の分離した観察領域内に複数の核酸ポリメラーゼ／鋳型／プライマー複合体を提供するステップと、鋳型依存性の方法でヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体の連続的付加を検出し、前記複数の観察領域内での前記ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体の取り込まれた配列を同定するステップと、を含み、
ここで、前記基板が前記観察領域外部の領域内でポリメラーゼ活性、ポリメラーゼの存在、鋳型の存在およびプライマーの存在のうちの１つもしくは複数を実質的に低減するように製造されている、方法。
【請求項１７】
核酸分子の配列を同定する方法であって、
基板表面上の分離した観察領域内に複数の核酸ポリメラーゼ／鋳型／プライマー複合体を提供するステップと、鋳型依存性の方法でヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体の連続的付加を検出し、前記複数の観察領域内での前記ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体の取り込まれた配列を同定するステップと、
少なくとも第１および第２の分離した観察領域の間の前記基板表面上に観察領域内バリアを提供し、１つもしくは複数の反応物または生成物の観察領域内での拡散を実質的に阻止するステップと、
を含む、方法。
【請求項１８】
基板上に配置される光閉じ込め内に所望の分子を優先的に局在化する方法であって、
前記所望の分子を前記基板の前記表面上部に堆積させるステップと、
前記所望の分子を前記光閉じ込め内でない前記基板の前記表面から選択的に除去するステップと、
を含む、方法。
【請求項１９】
基板上に配置される光閉じ込め内に分子を局在化する方法であって、
前記光閉じ込め内部を含む前記基板の前記表面に光活性化された連結基を提供するステップと、
前記基板に活性化放射を誘導するステップであって、ここで前記光閉じ込めによって、活性化放射が前記光閉じ込め内部にのみ入射される、ステップと、
前記分子を前記光活性化された連結基に連結させるステップと、
を含む、方法。
【請求項２０】
目的の分子を基板の選択された領域上に選択的に堆積する方法であって、
導電材料を含む第１の成分および絶縁体を含む第２の成分を有する基板を提供するステップと、
目的の分子と前記第１の成分の表面との結合を増大または低下させるように電位を前記第１の成分に印加するステップと、
を含む、方法。