【誤訳訂正書】
【提出日】平成22年2月25日(2010.2.25)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質の発現のためにヌクレオチド配列を、該タンパク質のアミノ酸配列に基づいて最適化する方法であって、該方法がコンピュータ上で実施される下記ステップ:
-  試験配列生成手段が、該タンパク質配列内のn個の連続するアミノ酸に対応するn個のコドンの第1試験配列を生成し(nは、該タンパク質配列におけるアミノ酸の数N以下の自然数である)、
-  試験配列における最適化位置を特定する手段が、該試験配列に関してコドンによる占有が最適化されるべきであるm個のコドンの位置に対応する該試験配列内のm個の最適化位置を特定し(m≦n及びm<N)、
-  試験配列生成手段が、m個の最適化位置のうちの1つ又は2つ以上の位置で、該第1試験配列のコドンを、同じアミノ酸を発現させる別のコドンによって置換することにより、該第1試験配列から1つ又は2つ以上の更なる試験配列を生成し、
-  評価手段が、品質関数で該試験配列のそれぞれを評価し、そして該品質関数に関連して最適である試験配列を突き止め、
-  結果コドン特定手段が、m個の最適化位置のうちの1つに配置された該最適試験配列のp個のコドンを、該試験配列内の前記p個のコドンの位置に対応する位置に最適化ヌクレオチド配列のコドンを形成する結果コドンとして特定し(pは自然数でありp≦mである)、
-  反復手段が、先行ステップを反復すること、ここで各反復ステップにおいて、
第1試験配列を生成するステップが、結果コドンが前の反復において特定されているアミノ酸配列におけるアミノ酸について、前に特定された結果コドンが選択される、ことを含み、
m個の最適化位置を特定するステップが、該最適化位置が、結果コドンが前の反復で特定されているタンパク質の前記アミノ酸配列におけるアミノ酸の位置と一致しないように選択することを含む、
を含むことを特徴とする、前記方法。
【請求項２】
1つ又は2つ以上の反復ステップにおいて、該試験配列の該m個の最適化位置が、該最適化ヌクレオチド配列の一部として特定された1つ又は2つ以上の結果コドンに直接的に続くことを特徴とする、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
1つ又は2つ以上の反復ステップにおいて、該最適化ヌクレオチド配列の結果コドンとして特定されたp個のコドンが、p個の連続的なコドンであることを特徴とする、請求項1又は2に記載の方法。
【請求項４】
1つの反復ステップにおいて、該m個の最適化位置に対応する全ての可能なコドン占有を有する試験配列が、該第1試験配列から生成され、そしてこれらの試験配列から該最適試験配列が突き止められることを特徴とする、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
【請求項５】
-  品質関数で各試験配列を評価し、
-  反復ステップにおいて生成された全ての部分配列に対して、該品質関数の値の中の極値を突き止め、
-  重み関数の極値に対応する該試験配列のp個のコドンを、好適な位置における結果コドンとして特定する(pは自然数でありp≦mである)
ことを特徴とする、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６】
該品質関数が、下記基準：
所定の生物に対応するコドン使用頻度、GC含量、反復配列、二次構造、逆相補配列反復及び配列モチーフ
のうちの1つ又は2つ以上を考慮に入れることを特徴とする、請求項5に記載の方法。
【請求項７】
該品質関数が、その都度下記基準リスト：
所定の生物に対応するコドン使用頻度、GC含量、配列モチーフ、反復配列、二次構造、逆相補配列反復
から1つの基準を評価する種々の単一項の関数であることを特徴とする、請求項6に記載の方法。
【請求項８】
該品質関数が、下記基準：
-  所定の生物のトランスクリプトームに対して20個のヌクレオチドを上回る逆相補配列同一性の排除、
-  所定のDNA配列に対して100塩基対を上回る相同領域の排除、
-  所定のDNA配列に対してヌクレオチド類似性が90%を上回る相同領域の排除
のうちの1つ又は2つ以上を考慮に入れることを特徴とする、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項９】
該最適化ヌクレオチド配列の合成ステップを含むことを特徴とする、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１０】
該最適化ヌクレオチド配列の合成ステップが、ヌクレオチド配列自動合成装置内で行われ、該装置が、ヌクレオチド配列を最適化するコンピュータによって制御される、請求項9に記載の方法。
【請求項１１】
タンパク質の発現のためにヌクレオチド配列を、該タンパク質のアミノ酸配列に基づいて最適化する装置であって、該装置が、
-  該タンパク質配列内のn個の連続するアミノ酸に対応するn個のコドンの第1試験配列を生成するための、試験配列生成手段(nは、該タンパク質配列におけるアミノ酸の数N以下の自然数である)、
-  該試験配列に関してコドンによる占有が最適化されるべきであるm個のコドンの位置に対応する該試験配列内のm個の最適化位置を特定するための、試験配列における最適化位置を特定する手段(m≦n及びm<N)、
-  m個の最適化位置のうちの1つ又は2つ以上の位置で、該第1試験配列のコドンを、同じアミノ酸を発現させる別のコドンによって置換することにより、該第1試験配列から1つ又は2つ以上の更なる試験配列を生成するための、試験配列生成手段、
-  品質関数で該試験配列のそれぞれを評価し、そして該品質関数に関連して最適である試験配列を突き止めるための、評価手段、
-  m個の最適化位置のうちの1つに配置された該最適試験配列のp個のコドンを、該試験配列内の前記p個のコドンの位置に対応する位置に最適化ヌクレオチド配列のコドンを形成する結果コドンとして特定するための、結果コドン特定手段(pは自然数でありp≦mである)、
-  複数の試験関数の生成ステップ、試験配列の評価ステップ、及び結果コドンの特定ステップを反復するための、反復手段であって、各反復ステップにおいて、
第1試験配列を生成するステップが、結果コドンが前の反復において特定されているアミノ酸配列におけるアミノ酸について、前に特定された結果コドンが選択される、ことを含み、
m個の最適化位置を特定するステップが、該最適化位置が、結果コドンが前の反復で特定されているタンパク質の前記アミノ酸配列におけるアミノ酸の位置と一致しないように選択することを含む、
を含むコンピュータ手段を有していることを特徴とする、前記装置。
【請求項１２】
ヌクレオチド配列自動合成装置を有しており、該装置が、最適化ヌクレオチド配列を合成するようにコンピュータによって制御される、請求項11に記載の装置。
【請求項１３】
コンピュータにより実行可能なプログラム・コードを含むコンピュータ・プログラムであって、該プログラム・コードは、コンピュータ上で実行されると、該コンピュータに請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法を実施させる、コンピュータ・プログラム。
【請求項１４】
該プログラム・コードが、コンピュータ上で実行されると、ヌクレオチド配列自動合成装置に該最適化ヌクレオチド配列を調製させることができる、請求項13に記載のコンピュータ・プログラム。
【請求項１５】
コンピュータ読み出し可能なデータ媒体であって、該媒体上に、請求項13又は14に記載のプログラムがコンピュータ読み出し可能な形で記憶されている、コンピュータ読み出し可能なデータ媒体。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８０】
本発明は、タンパク質の発現のためにヌクレオチド配列を、該タンパク質のアミノ酸配列に基づいて最適化する装置であって、該装置が、
-  該タンパク質配列内のn個の連続するアミノ酸に対応するn個のコドンの第1試験配列を生成するための手段(nは、該タンパク質配列におけるアミノ酸の数N以下の自然数である)、
-  該試験配列に関してコドンによる占有が最適化されるべきであるm個のコドンの位置に対応する該試験配列内のm個の最適化位置を特定するための手段(m≦n及びm<N)、
-  m個の最適化位置のうちの1つ又は2つ以上の位置で、該第1試験配列のコドンを、同じアミノ酸を発現させる別のコドンによって置換することにより、該第1試験配列から1つ又は2つ以上の更なる試験配列を生成するための手段、
-  品質関数で該試験配列のそれぞれを評価し、そして該品質関数に関連して最適である試験配列を突き止めるための手段、
-  m個の最適化位置のうちの1つに配置された該最適試験配列のp個のコドンを、該試験配列内の前記p個のコドンの位置に対応する位置に最適化ヌクレオチド配列のコドンを形成する結果コドンとして特定するための手段(pは自然数でありp≦mである)、
-  好ましくは最適化ヌクレオチド配列のコドン全てが特定されるまで行われる、複数の試験関数の生成ステップ、試験配列の評価ステップ、及び、結果コドンの特定ステップを反復するための手段であって、各反復ステップにおいて、該試験配列が、該最適化ヌクレオチド配列内の特定された結果コドンの位置に対応する位置に好適な結果コドンを含み、そして該最適化位置が結果コドンの位置とは異なる手段
を含むコンピュータ手段を有している、前記装置を提供する。