【手続補正書】
【提出日】平成22年9月3日(2010.9.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
（発明の簡潔な要旨）
ある特定の天然のｍＲＮＡが、代謝産物感受性の遺伝子スイッチとして働くことが発見されており、そのＲＮＡは、有機小分子に直接結合する。この結合プロセスは、そのｍＲＮＡの立体配座を変化させ、それによって、種々の様々なメカニズムにより遺伝子発現の変化が引き起こされる。その天然のスイッチは、抗生物質および他の小分子治療に対する標的である。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
遺伝子発現を阻害する方法であって、該方法は、
（ａ）化合物と細胞とを接触させる工程を包含し、
（ｂ）ここで、該化合物は、式Ｉ：
【化１１】
2010503619.tif 000001
の構造を有する化合物であるか、またはその薬学的に許容可能な塩、その生理学的に加水分解可能かつ許容可能なエステルもしくはその両方であり、
ここで、Ｒ１は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２またはＣＨ３であり、
Ｒ２は、ＮＨ−Ｒ６であり、Ｒ６は、Ｈ、ＣＨ３、Ｃ２Ｈ５、ｎ−プロピル、Ｃ（Ｏ）ＣＨ３、Ｃ（Ｏ）Ｃ２Ｈ５、Ｃ（Ｏ）ｎ−プロピル、Ｃ（Ｏ）イソ−プロピル、Ｃ（Ｏ）ＯＣＨ３、Ｃ（Ｏ）ＯＣ２Ｈ５、Ｃ（Ｏ）ＮＨ２またはＮＨ２であり、
Ｒ３は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２またはＣＨ３であり、
Ｒ４は、水素結合供与体であり、
Ｒ５は、水素結合受容体であり、
該化合物は、グルコサミン−６−リン酸ではなく、
該細胞は、ｇｌｍＳリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物は、該ｇｌｍＳリボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、方法。
（項目２）
Ｒ４が、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ２ＳＨ、ＣＨ（ＳＨ）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＳＨ、ＣＨ２ＮＨ２、ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ３、ＣＯ２Ｈ、ＣＯＮＨ２、ＣＯＮＨアルキル、＝ＮＨ、＝ＮＯＨ、＝ＮＳＨ、＝ＮＣＯ２Ｈ、＝ＣＨ２、ＣＨ＝ＮＨ、ＣＨ＝ＮＯＨ、ＣＨ＝ＮＳＨ、ＣＨ＝ＮＣＯ２Ｈ、ＯＣＨ２ＯＨ、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＰｈＯＨ、ＮＨアルキル、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨアルキル、ＮＨＣＯアルキル、ＮＨＣＯ２アルキル、ＮＨＣＯＮＨ２、ＮＨＳＯ２アルキルまたはＮＨＯアルキルである、項目１に記載の方法。
（項目３）
Ｒ１がＨまたはＯＨであるときＲ４はＯＨではなく、そしてＲ２はＮＨ２またはＮＨＣＨ３である、項目１または２のいずれかに記載の方法。
（項目４）
Ｒ５が、ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）２、ＯＰ（Ｓ）（ＯＨ）２、ＯＰ（Ｏ）ＯＨＳＨ、ＯＳ（Ｏ）２ＯＨまたはＯＳ（Ｏ）２ＳＨである、項目１〜３のいずれかに記載の方法。
（項目５）
Ｒ５が、ＯＳ（Ｏ）２ＯＨまたはＯＳ（Ｏ）２ＳＨである、項目１〜４のいずれかに記載の方法。
（項目６）
Ｒ５が、負に帯電している、項目１〜５のいずれかに記載の方法。
（項目７）
Ｒ５が、＝Ｏ、ＣＯ２Ｒ９、ＯＣＯ２Ｒ９、ＯＣＨ２ＯＲ９、ＯＣ２Ｈ５ＯＲ９、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＯＣＯＮＨＲ９、ＯＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＲ９、ＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＣＨ３ＯＣＨ３、ＣＯＮＨＳＯ２ＯＨ、ＣＯＮＨＳＯ２Ｒ９、ＳＯ２Ｒ９、ＳＯ３Ｈ、ＳＯ２ＮＨＲ９、ＳＯ２Ｎ（Ｒ９）２、ＰＯ（Ｒ９）２、ＰＯ２（Ｒ９）２、ＰＯ（ＯＲ９）２、ＰＯ２（ＯＨ）Ｒ９、ＰＯ２Ｒ９Ｎ（Ｒ９）２、ＮＨＣＨ（ＮＲ９）２、ＮＨＣＯＲ９、ＮＨＣＯ２Ｒ９、ＮＨＣＯＮＨＲ９、ＮＨＣＯＮ（Ｒ９）２、ＮＨＣＯＮＨＲ９、Ｎ（ＣＯＲ９）２、Ｎ（ＣＯ２Ｒ９）２、ＮＨＳＯ２Ｒ９、ＮＲ９ＳＯ２Ｒ９、ＮＨＳＯ２ＮＨＲ９、ＮＲ９ＳＯ２ＮＨ２、ＮＨＰＯ（Ｒ９）２、ＮＲ９ＰＯ（Ｒ９）２、ＮＨＰＯ２ＯＲ９またはＢ（ＯＨ２）２であり、
Ｒ９が、−Ｈ、−ＣＨ３、−Ｃ２Ｈ５、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＣＨ３）２、−（ＣＨ２）３ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３）２、−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２（ＣＨ３）、−Ｃ（ＣＨ３）３または−ＣＦ３である、
項目１〜６のいずれかに記載の方法。
（項目８）
Ｒ５が、＝Ｏ、ＯＨ、ＯＲ９、ＣＯＲ９、ＣＮ、ＮＯ２、テトラゾール、ＳＯＲ９、Ｎ（Ｒ９）２、ＣＯ２Ｒ９、ＯＣＯ２Ｒ９、ＯＣＨ２ＯＲ９、ＯＣ２Ｈ５ＯＲ９、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＯＣＯＮＨＲ９、ＯＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＲ９、ＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＣＨ３ＯＣＨ３、ＣＯＮＨＳＯ２ＯＨ、ＣＯＮＨＳＯ２Ｒ９、ＳＯ２Ｒ９、ＳＯ３Ｈ、ＳＯ２ＮＨＲ９、ＳＯ２Ｎ（Ｒ９）２、ＰＯ（Ｒ９）２、ＰＯ２（Ｒ９）２、ＰＯ（ＯＲ９）２、ＰＯ２（ＯＨ）Ｒ９、ＰＯ２Ｒ９Ｎ（Ｒ９）２、ＮＨＣＨ（ＮＲ９）２、ＮＨＣＯＲ９、ＮＨＣＯ２Ｒ９、ＮＨＣＯＮＨＲ９、ＮＨＣＯＮ（Ｒ９）２、ＮＨＣＯＮＨＲ９、Ｎ（ＣＯＲ９）２、Ｎ（ＣＯ２Ｒ９）２、ＮＨＳＯ２Ｒ９、ＮＲ９ＳＯ２Ｒ９、ＮＨＳＯ２ＮＨＲ９、ＮＲ９ＳＯ２ＮＨ２、ＮＨＰＯ（Ｒ９）２、ＮＲ９ＰＯ（Ｒ９）２、ＮＨＰＯ２ＯＲ９またはＢ（ＯＨ２）２であり、
Ｒ９が、−Ｈ、−ＣＨ３、−Ｃ２Ｈ５、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＣＨ３）２、−（ＣＨ２）３ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３）２、−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２（ＣＨ３）、−Ｃ（ＣＨ３）３または−ＣＦ３である、
項目１〜７のいずれかに記載の方法。
（項目９）
Ｒ４が、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、項目１〜８のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
Ｒ４が、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、項目１〜９のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記細胞が、遺伝子発現が阻害される必要があると同定されている、項目１〜１０のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
前記細胞が、細菌細胞である、項目１〜１１のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
前記化合物が、前記細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、項目１〜１２のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記化合物と前記細胞とが、該化合物を対象に投与することによって接触する、項目１〜１３のいずれかに記載の方法。
（項目１５）
前記化合物が、基質としてグルコサミン−６−リン酸を有する前記対象の酵素に対する基質ではない、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
前記化合物が、グルコサミン−６−リン酸を変化させる前記対象の酵素に対する基質ではない、項目１４または１５のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
前記化合物が、グルコサミン−６−リン酸を代謝する前記対象の酵素に対する基質ではない、項目１４〜１６のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記化合物が、グルコサミン−６−リン酸を異化する前記対象の酵素に対する基質ではない、項目１４〜１７のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記細胞が、前記対象内の細菌細胞であり、前記化合物が、該細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、項目１４〜１８のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記対象が、細菌に感染している、項目１４〜１９のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
前記細胞が、ｇｌｍＳリボスイッチを含む、項目１〜２０のいずれかに記載の方法。
（項目２２）
前記細菌が、ＢａｃｉｌｌｕｓまたはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓである、項目１２、１３または１９〜２１のいずれかに記載の方法。
（項目２３）
前記化合物が、別の抗菌化合物と組み合わせて投与される、項目１４〜２２のいずれかに記載の方法。
（項目２４）
前記化合物が、バイオフィルムにおける細菌の成長を阻害する、項目１〜２３のいずれかに記載の方法。
（項目２５）
式Ｉ：
【化１２】
2010503619.tif 000002
の構造を有する化合物またはその薬学的に許容可能な塩、その生理学的に加水分解可能かつ許容可能なエステルまたはその両方であって、
ここで、Ｒ１は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２またはＣＨ３であり、
Ｒ２は、ＮＨ−Ｒ６であり、Ｒ６は、Ｈ、ＣＨ３、Ｃ２Ｈ５、ｎ−プロピル、Ｃ（Ｏ）ＣＨ３、Ｃ（Ｏ）Ｃ２Ｈ５、Ｃ（Ｏ）ｎ−プロピル、Ｃ（Ｏ）イソ−プロピル、Ｃ（Ｏ）ＯＣＨ３、Ｃ（Ｏ）ＯＣ２Ｈ５、Ｃ（Ｏ）ＮＨ２またはＮＨ２であり、
Ｒ３は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２またはＣＨ３であり、
Ｒ４は、水素結合供与体であり、
Ｒ５は、水素結合受容体であり、
該化合物は、グルコサミン−６−リン酸ではない、
化合物またはその薬学的に許容可能な塩、その生理学的に加水分解可能かつ許容可能なエステルまたはその両方。
（項目２６）
Ｒ４が、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ２ＳＨ、ＣＨ（ＳＨ）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＳＨ、ＣＨ２ＮＨ２、ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ３、ＣＯ２Ｈ、ＣＯＮＨ２、ＣＯＮＨアルキル、＝ＮＨ、＝ＮＯＨ、＝ＮＳＨ、＝ＮＣＯ２Ｈ、＝ＣＨ２、ＣＨ＝ＮＨ、ＣＨ＝ＮＯＨ、ＣＨ＝ＮＳＨ、ＣＨ＝ＮＣＯ２Ｈ、ＯＣＨ２ＯＨ、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＰｈＯＨ、ＮＨアルキル、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨアルキル、ＮＨＣＯアルキル、ＮＨＣＯ２アルキル、ＮＨＣＯＮＨ２、ＮＨＳＯ２アルキルまたはＮＨＯアルキルである、項目２５に記載の化合物。
（項目２７）
Ｒ１がＨまたはＯＨであるときＲ４はＯＨではなく、そしてＲ２がＮＨ２またはＮＨＣＨ３である、項目２５または２６のいずれかに記載の化合物。
（項目２８）
Ｒ５がＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）２、ＯＰ（Ｓ）（ＯＨ）２、ＯＰ（Ｏ）ＯＨＳＨ、ＯＳ（Ｏ）２ＯＨまたはＯＳ（Ｏ）２ＳＨである、項目２５〜２７のいずれかに記載の化合物。
（項目２９）
Ｒ５が、ＯＳ（Ｏ）２ＯＨまたはＯＳ（Ｏ）２ＳＨである、項目２５〜２８のいずれかに記載の化合物。
（項目３０）
Ｒ５が、負に帯電している、項目２５〜２９のいずれかに記載の化合物。
（項目３１）
Ｒ５が、＝Ｏ、ＣＯ２Ｒ９、ＯＣＯ２Ｒ９、ＯＣＨ２ＯＲ９、ＯＣ２Ｈ５ＯＲ９、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＯＣＯＮＨＲ９、ＯＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＲ９、ＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＣＨ３ＯＣＨ３、ＣＯＮＨＳＯ２ＯＨ、ＣＯＮＨＳＯ２Ｒ９、ＳＯ２Ｒ９、ＳＯ３Ｈ、ＳＯ２ＮＨＲ９、ＳＯ２Ｎ（Ｒ９）２、ＰＯ（Ｒ９）２、ＰＯ２（Ｒ９）２、ＰＯ（ＯＲ９）２、ＰＯ２（ＯＨ）Ｒ９、ＰＯ２Ｒ９Ｎ（Ｒ９）２、ＮＨＣＨ（ＮＲ９）２、ＮＨＣＯＲ９、ＮＨＣＯ２Ｒ９、ＮＨＣＯＮＨＲ９、ＮＨＣＯＮ（Ｒ９）２、ＮＨＣＯＮＨＲ９、Ｎ（ＣＯＲ９）２、Ｎ（ＣＯ２Ｒ９）２、ＮＨＳＯ２Ｒ９、ＮＲ９ＳＯ２Ｒ９、ＮＨＳＯ２ＮＨＲ９、ＮＲ９ＳＯ２ＮＨ２、ＮＨＰＯ（Ｒ９）２、ＮＲ９ＰＯ（Ｒ９）２、ＮＨＰＯ２ＯＲ９またはＢ（ＯＨ２）２であり、
Ｒ９が、−Ｈ、−ＣＨ３、−Ｃ２Ｈ５、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＣＨ３）２、−（ＣＨ２）３ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３）２、−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２（ＣＨ３）、−Ｃ（ＣＨ３）３または−ＣＦ３である、
項目２５〜３０のいずれかに記載の化合物。
（項目３２）
Ｒ５が、＝Ｏ、ＯＨ、ＯＲ９、ＣＯＲ９、ＣＮ、ＮＯ２、テトラゾール、ＳＯＲ９、Ｎ（Ｒ９）２、ＣＯ２Ｒ９、ＯＣＯ２Ｒ９、ＯＣＨ２ＯＲ９、ＯＣ２Ｈ５ＯＲ９、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＯＣＯＮＨＲ９、ＯＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＲ９、ＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＣＨ３ＯＣＨ３、ＣＯＮＨＳＯ２ＯＨ、ＣＯＮＨＳＯ２Ｒ９、ＳＯ２Ｒ９、ＳＯ３Ｈ、ＳＯ２ＮＨＲ９、ＳＯ２Ｎ（Ｒ９）２、ＰＯ（Ｒ９）２、ＰＯ２（Ｒ９）２、ＰＯ（ＯＲ９）２、ＰＯ２（ＯＨ）Ｒ９、ＰＯ２Ｒ９Ｎ（Ｒ９）２、ＮＨＣＨ（ＮＲ９）２、ＮＨＣＯＲ９、ＮＨＣＯ２Ｒ９、ＮＨＣＯＮＨＲ９、ＮＨＣＯＮ（Ｒ９）２、ＮＨＣＯＮＨＲ９、Ｎ（ＣＯＲ９）２、Ｎ（ＣＯ２Ｒ９）２、ＮＨＳＯ２Ｒ９、ＮＲ９ＳＯ２Ｒ９、ＮＨＳＯ２ＮＨＲ９、ＮＲ９ＳＯ２ＮＨ２、ＮＨＰＯ（Ｒ９）２、ＮＲ９ＰＯ（Ｒ９）２、ＮＨＰＯ２ＯＲ９またはＢ（ＯＨ２）２であり、
Ｒ９が、−Ｈ、−ＣＨ３、−Ｃ２Ｈ５、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＣＨ３）２、−（ＣＨ２）３ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３）２、−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２（ＣＨ３）、−Ｃ（ＣＨ３）３または−ＣＦ３である、
項目２５〜３１のいずれかに記載の化合物。
（項目３３）
Ｒ４が、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、項目２５〜３２のいずれかに記載の化合物。
（項目３４）
Ｒ４が、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、項目２５〜３３のいずれかに記載の化合物。
（項目３５）
前記化合物が、ｇｌｍＳリボスイッチに結合する、項目２５〜３４のいずれかに記載の化合物。
（項目３６）
前記化合物が、ｇｌｍＳリボスイッチを活性化する、項目２５〜３５のいずれかに記載の化合物。
（項目３７）
前記化合物が、ｇｌｍＳリボスイッチに結合されている、項目２５〜３６のいずれかに記載の化合物。
（項目３８）
項目２５〜３７のいずれかに記載の化合物、およびコード領域に作動可能に連結されたｇｌｍＳリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる調節可能な遺伝子発現構築物を含む組成物であって、ここで、該ｇｌｍＳリボスイッチは、該ＲＮＡの発現を調節し、該ｇｌｍＳリボスイッチおよびコード領域は、異種性である、組成物。
（項目３９）
前記ｇｌｍＳリボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときにシグナルを生成する、項目３８に記載の組成物。
（項目４０）
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成する、項目３８または３９のいずれかに記載の組成物。
（項目４１）
前記リボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化が、該リボスイッチに連結されたコード領域の発現の変化を引き起こし、該発現の変化が、シグナルを生成する、項目３８〜４０のいずれかに記載の組成物。
（項目４２）
前記シグナルが、前記リボスイッチに連結されたコード領域から発現されるレポータータンパク質によって生成される、項目３８〜４０のいずれかに記載の組成物。
（項目４３）
（ａ）項目２５〜４２のいずれかに記載の化合物を、ｇｌｍＳリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について試験する工程であって、該阻害は、該ｇｌｍＳリボスイッチを介するものである工程、
（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程
を包含する方法であって、
ここで、該細胞は、該ｇｌｍＳリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物は、該ｇｌｍＳリボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、方法。
（項目４４）
表２に列挙される原子座標を含む原子構造を含む天然のｇｌｍＳ応答性リボスイッチの原子構造。
（項目４５）
結合ポケット原子構造を含む原子構造を含む天然のｇｌｍＳ応答性リボスイッチの原子構造。
（項目４６）
リボスイッチと相互作用する化合物を同定する方法であって：
（ａ）試験化合物を用いて項目４４または４５のいずれかに記載の原子構造をモデル化する工程；および
（ｂ）該試験化合物が該リボスイッチと相互作用するかを判定する工程
を包含する、方法。
（項目４７）
前記試験化合物が前記リボスイッチと相互作用するかを判定する工程が、該リボスイッチのモデルにおいて該試験化合物に対する、予測される最小の相互作用エネルギー、予測される結合定数、予測される解離定数または組み合わせを決定する工程を包含する、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記試験化合物が前記リボスイッチと相互作用するかを判定する工程が、該リボスイッチのモデルを用いて、該試験化合物の、１つ以上の予測される結合、１つ以上の予測される相互作用または組み合わせを測定する工程を包含する、項目４６または４７のいずれかに記載の方法。
（項目４９）
原子の接触が工程（ｂ）において判定されることによって、前記試験化合物と前記リボスイッチとの相互作用を判定する、項目４６〜４８のいずれかに記載の方法。
（項目５０）
（ｃ）前記試験化合物のアナログを同定する工程；
（ｄ）該試験化合物の該アナログが前記リボスイッチと相互作用するかを判定する工程をさらに包含する、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
細菌を殺滅するか、または細菌の成長を阻害する方法であって、該細菌と、項目５０に記載の方法によって同定されたアナログとを接触させる工程を包含する、方法。
（項目５２）
細菌を殺滅するか、または細菌の成長を阻害する方法であって、該細菌と、項目４６〜５１のいずれかに記載の方法によって同定された化合物とを接触させる工程を包含する、方法。
（項目５３）
前記試験化合物が前記リボスイッチと相互作用するかを判定するためにゲルベースのアッセイが使用される、項目４６〜５２のいずれかに記載の方法。
（項目５４）
前記試験化合物が前記リボスイッチと相互作用するかを判定するためにチップベースのアッセイが使用される、項目４６〜５３のいずれかに記載の方法。
（項目５５）
前記試験化合物が、ファンデルワールス相互作用、水素結合、静電相互作用、疎水性相互作用または組み合わせを介して相互作用する、項目４６〜５４のいずれかに記載の方法。
（項目５６）
前記リボスイッチが、ＲＮＡ切断リボザイムを含む、項目４６〜５５のいずれかに記載の方法。
（項目５７）
クエンチング部分を含む核酸が切断されたときに、蛍光シグナルが生成される、項目４６〜５６のいずれかに記載の方法。
（項目５８）
前記蛍光シグナルを生成するために分子ビーコン技術が使用される、項目４６〜５７のいずれかに記載の方法。
（項目５９）
前記方法が、ハイスループットスクリーニングを使用して行われる、項目４６〜５８のいずれかに記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞内で遺伝子発現を阻害するための組成物であって、該組成物は、
式Ｉ：
【化１１】
2010503619.tif 000003
の構造を有する化合物、またはその薬学的に許容可能な塩、その生理学的に加水分解可能かつ許容可能なエステルもしくはそれらの両方を含み、
ここで、Ｒ１は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２またはＣＨ３であり、
Ｒ２は、ＮＨ−Ｒ６であり、Ｒ６は、Ｈ、ＣＨ３、Ｃ２Ｈ５、ｎ−プロピル、Ｃ（Ｏ）ＣＨ３、Ｃ（Ｏ）Ｃ２Ｈ５、Ｃ（Ｏ）ｎ−プロピル、Ｃ（Ｏ）イソ−プロピル、Ｃ（Ｏ）ＯＣＨ３、Ｃ（Ｏ）ＯＣ２Ｈ５、Ｃ（Ｏ）ＮＨ２またはＮＨ２であり、
Ｒ３は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２またはＣＨ３であり、
Ｒ４は、水素結合供与体であり、
Ｒ５は、水素結合受容体であり、
該化合物は、グルコサミン−６−リン酸ではなく、
該細胞は、ｇｌｍＳリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物は、該ｇｌｍＳリボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、組成物。
【請求項２】
Ｒ４が、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ２ＳＨ、ＣＨ（ＳＨ）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＳＨ、ＣＨ２ＮＨ２、ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ３、ＣＯ２Ｈ、ＣＯＮＨ２、ＣＯＮＨアルキル、＝ＮＨ、＝ＮＯＨ、＝ＮＳＨ、＝ＮＣＯ２Ｈ、＝ＣＨ２、ＣＨ＝ＮＨ、ＣＨ＝ＮＯＨ、ＣＨ＝ＮＳＨ、ＣＨ＝ＮＣＯ２Ｈ、ＯＣＨ２ＯＨ、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＰｈＯＨ、ＮＨアルキル、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨアルキル、ＮＨＣＯアルキル、ＮＨＣＯ２アルキル、ＮＨＣＯＮＨ２、ＮＨＳＯ２アルキルまたはＮＨＯアルキルであるか；あるいは
Ｒ１がＨまたはＯＨであるときＲ４はＯＨではなく、そしてＲ２はＮＨ２またはＮＨＣＨ３であるか；あるいは
Ｒ５が、ＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）２、ＯＰ（Ｓ）（ＯＨ）２、ＯＰ（Ｏ）ＯＨＳＨ、ＯＳ（Ｏ）２ＯＨまたはＯＳ（Ｏ）２ＳＨであるか；あるいは
Ｒ５が、ＯＳ（Ｏ）２ＯＨまたはＯＳ（Ｏ）２ＳＨであるか；あるいは
Ｒ５が、負に帯電しているか；あるいは
Ｒ５が、＝Ｏ、ＣＯ２Ｒ９、ＯＣＯ２Ｒ９、ＯＣＨ２ＯＲ９、ＯＣ２Ｈ５ＯＲ９、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＯＣＯＮＨＲ９、ＯＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＲ９、ＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＣＨ３ＯＣＨ３、ＣＯＮＨＳＯ２ＯＨ、ＣＯＮＨＳＯ２Ｒ９、ＳＯ２Ｒ９、ＳＯ３Ｈ、ＳＯ２ＮＨＲ９、ＳＯ２Ｎ（Ｒ９）２、ＰＯ（Ｒ９）２、ＰＯ２（Ｒ９）２、ＰＯ（ＯＲ９）２、ＰＯ２（ＯＨ）Ｒ９、ＰＯ２Ｒ９Ｎ（Ｒ９）２、ＮＨＣＨ（ＮＲ９）２、ＮＨＣＯＲ９、ＮＨＣＯ２Ｒ９、ＮＨＣＯＮＨＲ９、ＮＨＣＯＮ（Ｒ９）２、ＮＨＣＯＮＨＲ９、Ｎ（ＣＯＲ９）２、Ｎ（ＣＯ２Ｒ９）２、ＮＨＳＯ２Ｒ９、ＮＲ９ＳＯ２Ｒ９、ＮＨＳＯ２ＮＨＲ９、ＮＲ９ＳＯ２ＮＨ２、ＮＨＰＯ（Ｒ９）２、ＮＲ９ＰＯ（Ｒ９）２、ＮＨＰＯ２ＯＲ９またはＢ（ＯＨ２）２であり、
Ｒ９が、−Ｈ、−ＣＨ３、−Ｃ２Ｈ５、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＣＨ３）２、−（ＣＨ２）３ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３）２、−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２（ＣＨ３）、−Ｃ（ＣＨ３）３または−ＣＦ３であるか；あるいは
Ｒ５が、＝Ｏ、ＯＨ、ＯＲ９、ＣＯＲ９、ＣＮ、ＮＯ２、テトラゾール、ＳＯＲ９、Ｎ（Ｒ９）２、ＣＯ２Ｒ９、ＯＣＯ２Ｒ９、ＯＣＨ２ＯＲ９、ＯＣ２Ｈ５ＯＲ９、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＯＣＯＮＨＲ９、ＯＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＲ９、ＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＣＨ３ＯＣＨ３、ＣＯＮＨＳＯ２ＯＨ、ＣＯＮＨＳＯ２Ｒ９、ＳＯ２Ｒ９、ＳＯ３Ｈ、ＳＯ２ＮＨＲ９、ＳＯ２Ｎ（Ｒ９）２、ＰＯ（Ｒ９）２、ＰＯ２（Ｒ９）２、ＰＯ（ＯＲ９）２、ＰＯ２（ＯＨ）Ｒ９、ＰＯ２Ｒ９Ｎ（Ｒ９）２、ＮＨＣＨ（ＮＲ９）２、ＮＨＣＯＲ９、ＮＨＣＯ２Ｒ９、ＮＨＣＯＮＨＲ９、ＮＨＣＯＮ（Ｒ９）２、ＮＨＣＯＮＨＲ９、Ｎ（ＣＯＲ９）２、Ｎ（ＣＯ２Ｒ９）２、ＮＨＳＯ２Ｒ９、ＮＲ９ＳＯ２Ｒ９、ＮＨＳＯ２ＮＨＲ９、ＮＲ９ＳＯ２ＮＨ２、ＮＨＰＯ（Ｒ９）２、ＮＲ９ＰＯ（Ｒ９）２、ＮＨＰＯ２ＯＲ９またはＢ（ＯＨ２）２であり、
Ｒ９が、−Ｈ、−ＣＨ３、−Ｃ２Ｈ５、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＣＨ３）２、−（ＣＨ２）３ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３）２、−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２（ＣＨ３）、−Ｃ（ＣＨ３）３または−ＣＦ３であるるか；あるいは
Ｒ４が、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであるるか；あるいは
Ｒ４が、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記細胞が、遺伝子発現を阻害される必要があるか；または、
前記細胞が、細菌細胞である、請求項１および２に記載の組成物。
【請求項４】
前記細胞が、細菌細胞であり、前記遺伝子の阻害は、該細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害する、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
前記組成物は、対象に投与されることを特徴とする、請求項１〜４のいずれかに記載の組成物。
【請求項６】
前記化合物が、基質としてグルコサミン−６−リン酸を有する前記対象の酵素に対する基質ではないか；あるいは
該化合物が、グルコサミン−６−リン酸を変化させる該対象の酵素に対する基質ではないか；あるいは
該化合物が、グルコサミン−６−リン酸を代謝する該対象の酵素に対する基質ではないか；あるいは
該化合物が、グルコサミン−６−リン酸を異化する該対象の酵素に対する基質ではないか；あるいは
前記細胞が、該対象内の細菌細胞であり、前記遺伝子の阻害が、該細菌細胞を殺滅するか、または該細菌細胞の成長を阻害するか；あるいは
該対象が、細菌に感染しているか；あるいは
該細胞が、ｇｌｍＳリボスイッチを含むか；あるいは
該細胞が、細菌細胞であり、該細菌が、ＢａｃｉｌｌｕｓまたはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓである、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
前記組成物は、別の抗菌化合物と組み合わせて投与されることを特徴とする、請求項５〜６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８】
前記化合物が、バイオフィルムにおける細菌の成長を阻害する、請求項１〜７のいずれかに記載の組成物。
【請求項９】
式Ｉ：
【化１２】
2010503619.tif 000004
の構造を有する化合物またはその薬学的に許容可能な塩、その生理学的に加水分解可能かつ許容可能なエステルもしくはそれらの両方であって、
ここで、Ｒ１は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２またはＣＨ３であり、
Ｒ２は、ＮＨ−Ｒ６であり、Ｒ６は、Ｈ、ＣＨ３、Ｃ２Ｈ５、ｎ−プロピル、Ｃ（Ｏ）ＣＨ３、Ｃ（Ｏ）Ｃ２Ｈ５、Ｃ（Ｏ）ｎ−プロピル、Ｃ（Ｏ）イソ−プロピル、Ｃ（Ｏ）ＯＣＨ３、Ｃ（Ｏ）ＯＣ２Ｈ５、Ｃ（Ｏ）ＮＨ２またはＮＨ２であり、
Ｒ３は、Ｈ、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２またはＣＨ３であり、
Ｒ４は、水素結合供与体であり、
Ｒ５は、水素結合受容体であり、
該化合物は、グルコサミン−６−リン酸ではない、
化合物またはその薬学的に許容可能な塩、その生理学的に加水分解可能かつ許容可能なエステルもしくはそれらの両方。
【請求項１０】
Ｒ４が、ＯＨ、ＳＨ、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＣＨ２ＳＨ、ＣＨ（ＳＨ）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＳＨ、ＣＨ２ＮＨ２、ＣＨ（ＮＨ２）ＣＨ３、ＣＨ２ＣＨ２ＮＨ３、ＣＯ２Ｈ、ＣＯＮＨ２、ＣＯＮＨアルキル、＝ＮＨ、＝ＮＯＨ、＝ＮＳＨ、＝ＮＣＯ２Ｈ、＝ＣＨ２、ＣＨ＝ＮＨ、ＣＨ＝ＮＯＨ、ＣＨ＝ＮＳＨ、ＣＨ＝ＮＣＯ２Ｈ、ＯＣＨ２ＯＨ、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＰｈＯＨ、ＮＨアルキル、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨアルキル、ＮＨＣＯアルキル、ＮＨＣＯ２アルキル、ＮＨＣＯＮＨ２、ＮＨＳＯ２アルキルまたはＮＨＯアルキルであるか；あるいは
Ｒ１がＨまたはＯＨであるときＲ４はＯＨではなく、そしてＲ２がＮＨ２またはＮＨＣＨ３であるか；あるいは
Ｒ５がＯＰ（Ｏ）（ＯＨ）２、ＯＰ（Ｓ）（ＯＨ）２、ＯＰ（Ｏ）ＯＨＳＨ、ＯＳ（Ｏ）２ＯＨまたはＯＳ（Ｏ）２ＳＨであるか；あるいは
Ｒ５が、ＯＳ（Ｏ）２ＯＨまたはＯＳ（Ｏ）２ＳＨであるか；あるいは
Ｒ５が、負に帯電しているか；あるいは
Ｒ５が、＝Ｏ、ＣＯ２Ｒ９、ＯＣＯ２Ｒ９、ＯＣＨ２ＯＲ９、ＯＣ２Ｈ５ＯＲ９、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＯＣＯＮＨＲ９、ＯＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＲ９、ＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＣＨ３ＯＣＨ３、ＣＯＮＨＳＯ２ＯＨ、ＣＯＮＨＳＯ２Ｒ９、ＳＯ２Ｒ９、ＳＯ３Ｈ、ＳＯ２ＮＨＲ９、ＳＯ２Ｎ（Ｒ９）２、ＰＯ（Ｒ９）２、ＰＯ２（Ｒ９）２、ＰＯ（ＯＲ９）２、ＰＯ２（ＯＨ）Ｒ９、ＰＯ２Ｒ９Ｎ（Ｒ９）２、ＮＨＣＨ（ＮＲ９）２、ＮＨＣＯＲ９、ＮＨＣＯ２Ｒ９、ＮＨＣＯＮＨＲ９、ＮＨＣＯＮ（Ｒ９）２、ＮＨＣＯＮＨＲ９、Ｎ（ＣＯＲ９）２、Ｎ（ＣＯ２Ｒ９）２、ＮＨＳＯ２Ｒ９、ＮＲ９ＳＯ２Ｒ９、ＮＨＳＯ２ＮＨＲ９、ＮＲ９ＳＯ２ＮＨ２、ＮＨＰＯ（Ｒ９）２、ＮＲ９ＰＯ（Ｒ９）２、ＮＨＰＯ２ＯＲ９またはＢ（ＯＨ２）２であり、
Ｒ９が、−Ｈ、−ＣＨ３、−Ｃ２Ｈ５、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＣＨ３）２、−（ＣＨ２）３ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３）２、−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２（ＣＨ３）、−Ｃ（ＣＨ３）３または−ＣＦ３であるか；あるいは
Ｒ５が、＝Ｏ、ＯＨ、ＯＲ９、ＣＯＲ９、ＣＮ、ＮＯ２、テトラゾール、ＳＯＲ９、Ｎ（Ｒ９）２、ＣＯ２Ｒ９、ＯＣＯ２Ｒ９、ＯＣＨ２ＯＲ９、ＯＣ２Ｈ５ＯＲ９、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＨ、ＯＣＯＮＨＲ９、ＯＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＲ９、ＣＯＮ（Ｒ９）２、ＣＯＮＨＣＨ３ＯＣＨ３、ＣＯＮＨＳＯ２ＯＨ、ＣＯＮＨＳＯ２Ｒ９、ＳＯ２Ｒ９、ＳＯ３Ｈ、ＳＯ２ＮＨＲ９、ＳＯ２Ｎ（Ｒ９）２、ＰＯ（Ｒ９）２、ＰＯ２（Ｒ９）２、ＰＯ（ＯＲ９）２、ＰＯ２（ＯＨ）Ｒ９、ＰＯ２Ｒ９Ｎ（Ｒ９）２、ＮＨＣＨ（ＮＲ９）２、ＮＨＣＯＲ９、ＮＨＣＯ２Ｒ９、ＮＨＣＯＮＨＲ９、ＮＨＣＯＮ（Ｒ９）２、ＮＨＣＯＮＨＲ９、Ｎ（ＣＯＲ９）２、Ｎ（ＣＯ２Ｒ９）２、ＮＨＳＯ２Ｒ９、ＮＲ９ＳＯ２Ｒ９、ＮＨＳＯ２ＮＨＲ９、ＮＲ９ＳＯ２ＮＨ２、ＮＨＰＯ（Ｒ９）２、ＮＲ９ＰＯ（Ｒ９）２、ＮＨＰＯ２ＯＲ９またはＢ（ＯＨ２）２であり、
Ｒ９が、−Ｈ、−ＣＨ３、−Ｃ２Ｈ５、−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ３、−ＣＨ（ＣＨ３）２、−（ＣＨ２）３ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ（ＣＨ３）２、−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２（ＣＨ３）、−Ｃ（ＣＨ３）３または−ＣＦ３であるか；あるいは
Ｒ４が、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＯＨ、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムであるか；あるいは
Ｒ４が、ＮＨ２、ＮＨ３＋、ＳＨ、ＮＯＨ、ＮＨＮＨ２、ＮＨＮＨ３＋、ＣＯ２Ｈ、ＳＯ２ＯＨ、Ｂ（ＯＨ）２またはイミダゾリウムである、請求項９に記載の化合物。
【請求項１１】
前記化合物が、ｇｌｍＳリボスイッチに結合するか；または
該化合物が、ｇｌｍＳリボスイッチを活性化するか；または
該化合物が、ｇｌｍＳリボスイッチに結合されている、請求項９〜１０のいずれかに記載の化合物。
【請求項１２】
請求項９〜１１のいずれかに記載の化合物、およびコード領域に作動可能に連結されたｇｌｍＳリボスイッチを含むＲＮＡをコードする核酸分子を含んでいる調節可能な遺伝子発現構築物を含む組成物であって、ここで、該ｇｌｍＳリボスイッチは、該ＲＮＡの発現を調節し、該ｇｌｍＳリボスイッチおよびコード領域は、異種性である、組成物。
【請求項１３】
前記ｇｌｍＳリボスイッチが、前記化合物によって活性化されたときにシグナルを生成するか；あるいは
該リボスイッチが、該化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化は、立体配座依存性標識を介してシグナルを生成するか；あるいは
該リボスイッチが、該化合物によって活性化されたときに立体配座を変化させ、該立体配座の変化が、該リボスイッチに連結されたコード領域の発現の変化を引き起こし、該発現の変化が、シグナルを生成する、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１４】
前記シグナルが、前記リボスイッチに連結されたコード領域から発現されるレポータータンパク質によって生成される、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
（ａ）請求項９〜１４のいずれかに記載の化合物を、ｇｌｍＳリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子の遺伝子発現の阻害について試験する工程であって、該阻害は、該ｇｌｍＳリボスイッチを介するものである工程、
（ｂ）細胞と、工程（ａ）において遺伝子発現を阻害した化合物とを接触させることによって遺伝子発現を阻害する工程
を包含するインビトロの方法であって、
ここで、該細胞は、該ｇｌｍＳリボスイッチを含むＲＮＡをコードする遺伝子を含み、該化合物は、該ｇｌｍＳリボスイッチに結合することによって該遺伝子の発現を阻害する、方法。
【請求項１６】
表２に列挙される原子座標を含む原子構造を含む天然のｇｌｍＳ応答性リボスイッチの原子構造。
【請求項１７】
結合ポケット原子構造を含む原子構造を含む天然のｇｌｍＳ応答性リボスイッチの原子構造。
【請求項１８】
リボスイッチと相互作用する化合物を同定する方法であって：
（ａ）試験化合物を用いて請求項１６または１７のいずれかに記載の原子構造をモデル化する工程；および
（ｂ）該試験化合物が該リボスイッチと相互作用するかを判定する工程
を包含する、方法。
【請求項１９】
前記試験化合物が前記リボスイッチと相互作用するかを判定する工程が、該リボスイッチのモデルにおいて該試験化合物に対する、予測される最小の相互作用エネルギー、予測される結合定数、予測される解離定数または組み合わせを決定する工程を包含するか；あるいは
前記試験化合物が前記リボスイッチと相互作用するかを判定する工程が、該リボスイッチのモデルを用いて、該試験化合物の、１つ以上の予測される結合、１つ以上の予測される相互作用または組み合わせを測定する工程を包含するか；あるいは
原子の接触が工程（ｂ）において判定されることによって、前記試験化合物と前記リボスイッチとの相互作用を判定する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
（ｃ）前記試験化合物のアナログを同定する工程；
（ｄ）該試験化合物の該アナログが前記リボスイッチと相互作用するかを判定する工程をさらに包含する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
細菌を殺滅するか、または細菌の成長を阻害するための組成物であって、請求項２０に記載の方法によって同定されたアナログを含む、組成物。
【請求項２２】
前記試験化合物が前記リボスイッチと相互作用するかを判定するためにゲルベースのアッセイが使用されるか；あるいは
前記試験化合物が前記リボスイッチと相互作用するかを判定するためにチップベースのアッセイが使用されるか；あるいは
前記試験化合物が、ファンデルワールス相互作用、水素結合、静電相互作用、疎水性相互作用または組み合わせを介して相互作用するか；あるいは
前記リボスイッチが、ＲＮＡ切断リボザイムを含むか；あるいは
クエンチング部分を含む核酸が切断されたときに、蛍光シグナルが生成されるか；あるいは
前記蛍光シグナルを生成するために分子ビーコン技術が使用されるか；あるいは
前記方法が、ハイスループットスクリーニングを使用して行われる、請求項１８〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
細菌を殺滅するか、または細菌の成長を阻害するための組成物であって、請求項１８〜２０および２２に記載の方法によって同定された化合物を含む、組成物。