(57)【要約】本明細書に開示される本発明は、一般に、被験体におけるマイクロサテライト不安定性を評価する方法に関する。態様では、本開示は、被験体のマイクロサテライト不安定性を評価するコンピュータ実装方法であって、被験体の血液サンプルから複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得すること；前記複数の定量的測度を処理して、前記複数の定量的測度の統計的偏差測度を取得すること；および前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出すること、または前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出することを含む方法を提供する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体のマイクロサテライト不安定性を評価するためのコンピュータ実装方法であって、
被験体の血液サンプルから複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得すること；
前記複数の定量的測度を処理して、前記複数の定量的測度の統計的偏差測度を取得すること；および
前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出すること、または
前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出すること
を含む、方法。
【請求項２】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントの前記定量的測度が、前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおける平均長、所定のサイズ範囲内の長さを有する前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントの数または割合、および前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記被験体が癌と診断されている、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記複数の定量的測度が、複数の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）分子から測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記複数の定量的測度が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子中の前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおけるシークエンシングリードのセットから測定される、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記複数のｃｆＤＮＡ分子をシークエンシングして前記シークエンシングリードのセットを生成することをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記シークエンシングが全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）を含む、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記シークエンシングが、約１０倍を超えない深度で実施される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記シークエンシングが、約８倍を超えない深度で実施される、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記シークエンシングが、約６倍を超えない深度で実施される、請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数の定量的測度の測定が、前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおける前記複数のｃｆＤＮＡ分子の結合測定を実施することを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項１２】
前記被験体のマイクロサテライト不安定性の前記検出された存在または非存在に基づいて、前記被験体のための処置を識別すること、または治療有効量の処置を前記被験体に投与することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記処置が、化学療法、放射線療法および免疫療法からなる群より選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記処置が免疫療法を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記免疫療法がペンブロリズマブを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントの少なくともサブセットについて前記複数のｃｆＤＮＡ分子を富化することをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項１７】
前記富化が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子を増幅することを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記増幅が選択的増幅を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記増幅がユニバーサル増幅を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記富化が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子の少なくとも一部を選択的に単離することを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
前記少なくとも一部がモノヌクレオチドを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
前記少なくとも一部がジヌクレオチドを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２３】
前記統計的偏差測度が平均ｚスコアである、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記統計的偏差測度が、参照血液サンプルに対する平均ｚスコアである、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記参照血液サンプルが、マイクロサテライト不安定性を有する被験体から得られる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記参照血液サンプルが、マイクロサテライト不安定性を有しない被験体から得られる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記所定の基準が、所定の数よりも大きい平均ｚスコアの絶対値である、請求項２３または２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記所定の数が約３である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、モノヌクレオチドまたはジヌクレオチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、モノヌクレオチドおよびジヌクレオチドを含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約１００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約５００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約１０００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約２０００万の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９０％の感度で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９５％の感度で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９９％の感度で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項３８】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記非存在が、少なくとも約９０％の特異度で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項３９】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記非存在が、少なくとも約９５％の特異度で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項４０】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記非存在が、少なくとも約９９％の特異度で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項４１】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在または非存在が、少なくとも約０．９０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項４３】
前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の存在を検出することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４４】
システムであって、１つまたはそれを超えるコンピュータプロセッサにより実行されると、被験体のマイクロサテライト不安定性を評価するための方法を実施する機械実行可能命令を含む非一時的コンピュータ可読媒体を含むかまたはそれにアクセスすることができるコントローラを含み、前記方法が、
被験体の血液サンプルから複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得すること；
前記複数の定量的測度を処理して、前記複数の定量的測度の統計的偏差測度を取得すること；および
前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出すること、または
前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出すること
を含む、システム。
【請求項４５】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントの前記定量的測度が、前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおける平均長、所定のサイズ範囲内の長さを有する前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントの数または割合、および前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長からなる群より選択される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項４６】
前記被験体が癌と診断される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項４７】
前記複数の定量的測度が、複数の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）分子から測定される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項４８】
前記複数の定量的測度が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子中の前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおけるシークエンシングリードのセットから測定される、請求項４７に記載のシステム。
【請求項４９】
前記方法が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子をシークエンシングして前記シークエンシングリードのセットを生成することをさらに含む、請求項４８に記載のシステム。
【請求項５０】
前記シークエンシングが全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）を含む、請求項４８または４９に記載のシステム。
【請求項５１】
前記シークエンシングが、約１０倍を超えない深度で実施される、請求項５０に記載のシステム。
【請求項５２】
前記シークエンシングが、約８倍を超えない深度で実施される、請求項５０に記載のシステム。
【請求項５３】
前記シークエンシングが、約６倍を超えない深度で実施される、請求項５０に記載のシステム。
【請求項５４】
前記複数の定量的測度の測定が、前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおける前記複数のｃｆＤＮＡ分子の結合測定を実施することを含む、請求項４７に記載のシステム。
【請求項５５】
前記方法が、前記被験体のマイクロサテライト不安定性の前記検出された存在または非存在に基づいて、前記被験体のための処置、または前記被験体に投与すべき処置の治療有効量を識別することをさらに含む、請求項４４に記載のシステム。
【請求項５６】
前記処置が、化学療法、放射線療法および免疫療法からなる群より選択される、請求項５５に記載のシステム。
【請求項５７】
前記処置が免疫療法を含む、請求項５６に記載のシステム。
【請求項５８】
前記免疫療法がペンブロリズマブを含む、請求項５７に記載のシステム。
【請求項５９】
前記方法が、前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントの少なくともサブセットについて前記複数のｃｆＤＮＡ分子の富化を指示することをさらに含む、請求項４７に記載のシステム。
【請求項６０】
前記富化が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子を増幅することを含む、請求項５９に記載のシステム。
【請求項６１】
前記増幅が選択的増幅を含む、請求項６０に記載のシステム。
【請求項６２】
前記増幅がユニバーサル増幅を含む、請求項６０に記載のシステム。
【請求項６３】
前記富化が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子の少なくとも一部を選択的に単離することを含む、請求項５９に記載のシステム。
【請求項６４】
前記少なくとも一部がモノヌクレオチドを含む、請求項５９に記載のシステム。
【請求項６５】
前記少なくとも一部がジヌクレオチドを含む、請求項５９に記載のシステム。
【請求項６６】
前記統計的偏差測度が平均ｚスコアである、請求項４４に記載のシステム。
【請求項６７】
前記統計的偏差測度が、参照血液サンプルに対する平均ｚスコアである、請求項４４に記載のシステム。
【請求項６８】
前記参照血液サンプルが、マイクロサテライト不安定性を有する被験体から得られる、請求項６７に記載のシステム。
【請求項６９】
前記参照血液サンプルが、マイクロサテライト不安定性を有しない被験体から得られる、請求項６７に記載のシステム。
【請求項７０】
前記所定の基準が、所定の数よりも大きい平均ｚスコアの絶対値である、請求項６６または６７に記載のシステム。
【請求項７１】
前記所定の数が約３である、請求項７０に記載のシステム。
【請求項７２】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、モノヌクレオチドまたはジヌクレオチドを含む、請求項４４に記載のシステム。
【請求項７３】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、モノヌクレオチドおよびジヌクレオチドを含む、請求項７２に記載のシステム。
【請求項７４】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約１００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項４４に記載のシステム。
【請求項７５】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約５００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項４４に記載のシステム。
【請求項７６】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約１０００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項４４に記載のシステム。
【請求項７７】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約２０００万の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項４４に記載のシステム。
【請求項７８】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９０％の感度で検出される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項７９】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９５％の感度で検出される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項８０】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９９％の感度で検出される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項８１】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記非存在が、少なくとも約９０％の特異度で検出される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項８２】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記非存在が、少なくとも約９５％の特異度で検出される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項８３】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記非存在が、少なくとも約９９％の特異度で検出される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項８４】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項８５】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在または非存在が、少なくとも約０．９０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される、請求項４４に記載のシステム。
【請求項８６】
前記方法が、前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の存在を検出すること、または前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の非存在を検出することをさらに含む、請求項４４に記載のシステム。
【請求項８７】
非一時的コンピュータ可読媒体であって、１つまたはそれを超えるコンピュータプロセッサにより実行されると、被験体のマイクロサテライト不安定性を評価するための方法を実装する機械実行可能コードを含み、前記方法が、
被験体の血液サンプルから複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得すること；
前記複数の定量的測度を処理して、前記複数の定量的測度の統計的偏差測度を取得すること；および
前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出すること、または
前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出すること
を含む、非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項８８】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントの前記定量的測度が、前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおける平均長、所定のサイズ範囲内の長さを有する前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントの数または割合、および前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長からなる群より選択される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項８９】
前記被験体が癌と診断される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９０】
前記複数の定量的測度が、複数の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）分子から測定される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９１】
前記複数の定量的測度が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子中の前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおけるシークエンシングリードのセットから測定される、請求項９０に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９２】
前記方法が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子をシークエンシングして前記シークエンシングリードのセットを生成することをさらに含む、請求項９１に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９３】
前記シークエンシングが全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）を含む、請求項９１または９２に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９４】
前記シークエンシングが、約１０倍を超えない深度で実施される、請求項９３に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９５】
前記シークエンシングが、約８倍を超えない深度で実施される、請求項９３に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９６】
前記シークエンシングが、約６倍を超えない深度で実施される、請求項９３に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９７】
前記複数の定量的測度の測定が、前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおける前記複数のｃｆＤＮＡ分子の結合測定を実施することを含む、請求項９０に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９８】
前記方法が、前記被験体のマイクロサテライト不安定性の前記検出された存在または非存在に基づいて、前記被験体のための処置、または前記被験体に投与すべき処置の治療有効量を識別することをさらに含む、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項９９】
前記処置が、化学療法、放射線療法および免疫療法からなる群より選択される、請求項９８に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１００】
前記処置が免疫療法を含む、請求項９９に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０１】
前記免疫療法がペンブロリズマブを含む、請求項１００に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０２】
前記方法が、前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントの少なくともサブセットについて前記複数のｃｆＤＮＡ分子の富化を指示することをさらに含む、請求項９０に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０３】
前記富化が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子を増幅することを含む、請求項１０２に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０４】
前記増幅が選択的増幅を含む、請求項１０３に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０５】
前記増幅がユニバーサル増幅を含む、請求項１０３に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０６】
前記富化が、前記複数のｃｆＤＮＡ分子の少なくとも一部を選択的に単離することを含む、請求項１０２に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０７】
前記少なくとも一部がモノヌクレオチドを含む、請求項１０２に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０８】
前記少なくとも一部がジヌクレオチドを含む、請求項１０２に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１０９】
前記統計的偏差測度が平均ｚスコアである、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１０】
前記統計的偏差測度が、参照血液サンプルに対する平均ｚスコアである、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１１】
前記参照血液サンプルが、マイクロサテライト不安定性を有する被験体から得られる、請求項１１０に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１２】
前記参照血液サンプルが、マイクロサテライト不安定性を有しない被験体から得られる、請求項１１０に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１３】
前記所定の基準が、所定の数よりも大きい平均ｚスコアの絶対値である、請求項１０９または１１０に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１４】
前記所定の数が約３である、請求項１１３に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１５】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、モノヌクレオチドまたはジヌクレオチドを含む、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１６】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、モノヌクレオチドおよびジヌクレオチドを含む、請求項１１５に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１７】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約１００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１８】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約５００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１１９】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約１０００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２０】
前記複数のマイクロサテライトリピートエレメントが、少なくとも約２０００万の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２１】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９０％の感度で検出される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２２】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９５％の感度で検出される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２３】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９９％の感度で検出される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２４】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記非存在が、少なくとも約９０％の特異度で検出される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２５】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記非存在が、少なくとも約９５％の特異度で検出される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２６】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記非存在が、少なくとも約９９％の特異度で検出される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２７】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在が、少なくとも約９０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２８】
前記被験体の前記マイクロサテライト不安定性の前記存在または非存在が、少なくとも約０．９０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項１２９】
前記方法が、前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の存在を検出すること、または前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の非存在を検出することをさらに含む、請求項８７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１８年９月１４日に出願された米国仮特許出願第６２／７３１，７１８号（これは、参照により本明細書に完全に組み込まれる）の利益を主張する。
【背景技術】
【０００２】
背景
マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）は、一般に、被験体におけるＤＮＡミスマッチ修復（ＭＭＲ）の障害に起因し得る突然変異の遺伝的素因の状態を指す。ＭＳＩを有する被験体では、異常に機能するＭＭＲを有する細胞は、ＤＮＡ複製中にエラーを蓄積し、マイクロサテライト断片の突然変異またはＤＮＡ配列の繰り返しをもたらし得る。ＭＳＩは、多くのタイプの癌、例えば結腸癌、胃癌、子宮内膜癌、卵巣癌、肝胆道癌、尿路癌、脳癌および皮膚癌において重要な役割を果たし得る。例えば、ＭＳＩは、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌（ＨＮＰＣＣ）またはリンチ症候群（結腸癌および他のタイプの癌の高いリスクを有する常染色体優性遺伝症状）の検出のための優れたマーカーである。加えて、マイクロサテライト状態は、癌処置について被験体の予後を示し得る。例えば、結腸癌患者におけるＭＳＩ研究は、ＭＳＩ−ｈｉｇｈ患者（ＭＳＩ−Ｈ）の予後が、ＭＳＩ−ｌｏｗ（ＭＳＩ−Ｌ）またはマイクロサテライト安定（ＭＳＳ）腫瘍を有する患者と比較して良好であることを示した。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
要旨
被験体の血液サンプルを分析することにより、癌を有する患者などの被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）を評価するための方法、システムおよび媒体が本明細書で提供される。マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）は、モノヌクレオチドおよびジヌクレオチドを含むマイクロサテライトに対応する複数の遺伝子座における被験体のサンプル由来の腫瘍ＤＮＡ（例えば、無細胞ＤＮＡ）を分析し、腫瘍ＤＮＡの分析に基づいて被験体の血液サンプル由来の複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれの平均長を測定することにより評価および／またはモニタリングされ得る。例えば、被験体のＭＳＩは、被験体におけるＭＳＩの存在または非存在を識別することにより評価され得る。ＭＳＩ状態は、例えば、参照ゲノムもしくは患者特異的参照長のいずれかに対するマイクロサテライトリピートエレメントの測定された平均挿入もしくは欠失（ｉｎｄｅｌ）長、２つのリピート単位の欠失などの特定のサイズを超える挿入もしくは欠失（ｉｎｄｅｌ）を含有するマイクロサテライトリピートエレメントのセットの割合、または各マイクロサテライト遺伝子座におけるシークエンシングデータにおけるマイクロサテライト長の平均数に基づいて、リピートエレメントの選択セットから生成され得る。被験体のＭＳＩ状態は、被験体の診断、予後または処置選択を示し得る。
【０００４】
いくつかの実施形態では、ＭＳＩ状態は、ある期間にわたって（例えば、２つまたはそれを超える異なる時点にわたって）変動（例えば、増加または減少）し得る。いくつかの実施形態では、この期間は、例えば、被験体の癌の処置過程または（例えば、被験体における腫瘍の再発を検出するための）外科的切除もしくは他の腫瘍処置後のモニタリング期間に対応し得る。いくつかの実施形態では、ＭＳＩ状態の生成は、マイクロサテライトに対応する複数の遺伝子座のそれぞれのｃｆＤＮＡシークエンシングリードの定量的測度を生成することを含み得る。複数の遺伝子座は、マイクロサテライト、例えばヒト参照ゲノムにおけるマイクロサテライトリピートの全セット（またはそのサブセット）、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）データにおけるノイズを最小化するように最適化されたマイクロサテライトリピートのセット（またはそのサブセット）、すべてが同じクラスのマイクロサテライトリピート（例えば、そのリピート単位が長さ１のものであるすべてのリピート）のセット（またはそのサブセット）、特定の範囲のサイズ（例えば、長さ）内のマイクロサテライトのリピート単位のセット、シークエンシングデータが交絡生殖系列挿入もしくは欠失（ｉｎｄｅｌ）の欠如を示すマイクロサテライトリピートのセット（またはそのサブセット）、トレーニングデータのセットが与えられたアルゴリズムの性能を最大化するように最適化されたマイクロサテライトリピートのセット（またはそのサブセット）、またはそれらの組み合わせの和集合もしくは共通集合を含み得る。いくつかの場合では、ｃｆＤＮＡの定量的測度（例えば、シークエンシングリード）は、複数の遺伝子座のそれぞれとアライメントするシークエンシングリードのカウントを含み得る。あるいは、ｃｆＤＮＡの定量的測度の取得は、複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおける複数のｃｆＤＮＡ分子の結合測定を実施することを含み得る。いくつかの実施形態では、ＭＳＩ状態の生成は、ｃｆＤＮＡの定量的測度（例えば、シークエンシングリード）の比較（例えば、差または比）を生成することを含み得る。マイクロサテライトに対応する遺伝子座の異なるセットにわたってシークエンシングリードのカウントの比較を評価することにより、本明細書で提供される方法は、非侵襲的実験室試験（例えば、血液ベースの試験）を介した被験体の診断、予後または処置選択に有用であり得るＭＳＩ状態の生成を可能にし得る。
【０００５】
一態様では、本開示は、被験体のマイクロサテライト不安定性を評価するコンピュータ実装方法であって、被験体の血液サンプルから複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得すること；前記複数の定量的測度を処理して、前記複数の定量的測度の統計的偏差測度を取得すること；および前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出すること、または前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出することを含む方法を提供する。
【０００６】
いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度は、複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）のそれぞれにおける平均長、所定のサイズ範囲内に入る長さを有する複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）の数、頻度または割合、および複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）のそれぞれの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、被験体は癌と診断される。いくつかの実施形態では、被験体は、癌について無症候性である。いくつかの実施形態では、被験体は、１つまたはそれを超える癌リスク因子（例えば、年齢、性別、人種、民族、家族歴、タバコまたはアルコール使用の履歴、遺伝的変異体の存在または他の臨床的健康特徴）を有する。いくつかの実施形態では、複数の定量的測度は、複数の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）分子から測定される。いくつかの実施形態では、複数の定量的測度は、複数のｃｆＤＮＡ分子中の複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおけるシークエンシングリードのセットから測定される。いくつかの実施形態では、前記方法は、複数のｃｆＤＮＡ分子をシークエンシングしてシークエンシングリードのセットを生成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）を含む。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約５０倍を超えない、約４８倍を超えない、約４６倍を超えない、約４４倍を超えない、約４２倍を超えない、約４０倍を超えない、約３８倍を超えない、約３６倍を超えない、約３４倍を超えない、約３２倍を超えない、約３０倍を超えない、約２８倍を超えない、約２４倍を超えない、約２２倍を超えない、約２０倍を超えない、約１８倍を超えない、約１６倍を超えない、約１４倍を超えないまたは約１２倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約１０倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約８倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約６倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約５倍を超えない、約４倍を超えない、約３倍を超えない、約２倍を超えないまたは約１倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、複数の定量的測度の測定は、複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）のそれぞれにおける複数のｃｆＤＮＡ分子の結合測定を実施することを含む。
【０００７】
いくつかの実施形態では、前記方法は、被験体のマイクロサテライト不安定性の検出された存在または非存在に基づいて、被験体のための処置を識別すること、および／または治療有効量の処置を被験体に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、処置は、化学療法、放射線療法および免疫療法からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、処置は免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法はペンブロリズマブを含む。いくつかの実施形態では、前記方法は、複数のマイクロサテライトリピートエレメントの少なくともサブセットについて複数のｃｆＤＮＡ分子を富化することをさらに含む。いくつかの実施形態では、富化は、複数のｃｆＤＮＡ分子を増幅することを含む。いくつかの実施形態では、増幅は、選択的増幅（例えば、標的ＰＣＲ、または標的富化とそれに続くユニバーサルまたは標的ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、増幅は、ユニバーサル増幅（例えば、ユニバーサルＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、富化は、複数のｃｆＤＮＡ分子の少なくとも一部を選択的に単離することを含む（例えば、標的富化）。いくつかの実施形態では、少なくとも一部はモノヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも一部はジヌクレオチドを含む。
【０００８】
いくつかの実施形態では、統計的偏差測度は平均ｚスコアである。いくつかの実施形態では、統計的偏差測度は、参照血液サンプルに対する平均ｚスコアである。いくつかの実施形態では、参照血液サンプルは、マイクロサテライト不安定性を有する被験体（例えば、ＭＳＩ陽性被験体）から得られる。いくつかの実施形態では、参照血液サンプルは、マイクロサテライト不安定性を有しない被験体（例えば、ＭＳＩ陰性またはＭＳＳ被験体）から得られる。いくつかの実施形態では、所定の基準は、所定の数よりも大きい平均ｚスコアの絶対値である。いくつかの実施形態では、所定の数は約１である。いくつかの実施形態では、所定の数は約２である。いくつかの実施形態では、所定の数は約３である。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、モノヌクレオチドまたはジヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、モノヌクレオチドおよびジヌクレオチドを含む。
【０００９】
いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約１００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約５００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約１０００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約２０００万の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。
【００１０】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約７０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約８０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９５％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９９％の感度で検出される。
【００１１】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約７０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約８０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９５％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９９％の特異度で検出される。
【００１２】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約７０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約８０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９５％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９９％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。
【００１３】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約７０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約８０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９５％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９９％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。
【００１４】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．７０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．８０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９５の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９６、少なくとも約０．９７または少なくとも約０．９８の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９９の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。
【００１５】
いくつかの実施形態では、前記方法は、複数の定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たさない場合、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の存在を検出すること、または複数の定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の非存在を検出することをさらに含む。
【００１６】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約７０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約８０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約９０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約９５％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約９９％の感度で検出される。
【００１７】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約７０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約８０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約９０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約９５％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約９９％の特異度で検出される。
【００１８】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約７０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約８０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約９０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約９５％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在は、少なくとも約９９％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。
【００１９】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約７０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約８０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約９０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約９５％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の非存在は、少なくとも約９９％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。
【００２０】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．７０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．８０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９５の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９６、少なくとも約０．９７または少なくとも約０．９８の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９９の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。
【００２１】
別の態様では、本開示は、システムであって、１つまたはそれを超えるコンピュータプロセッサにより実行されると、被験体のマイクロサテライト不安定性を評価するための方法を実施する機械実行可能命令を含む非一時的コンピュータ可読媒体を含むかまたはそれにアクセスすることができるコントローラを含み、前記方法が、被験体の血液サンプルから複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得すること；前記複数の定量的測度を処理して、前記複数の定量的測度の統計的偏差測度を取得すること；および前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出すること、または前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出することを含むシステムを提供する。
【００２２】
いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度は、複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）のそれぞれにおける平均長、所定のサイズ範囲内に入る長さを有する複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）の数、頻度または割合、および複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）のそれぞれの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、被験体は癌と診断される。いくつかの実施形態では、被験体は、癌について無症候性である。いくつかの実施形態では、被験体は、１つまたはそれを超える癌リスク因子（例えば、年齢、性別、人種、民族、家族歴、タバコまたはアルコール使用の履歴、遺伝的変異体の存在または他の臨床的健康特徴）を有する。いくつかの実施形態では、複数の定量的測度は、複数の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）分子から測定される。いくつかの実施形態では、複数の定量的測度は、複数のｃｆＤＮＡ分子中の複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおけるシークエンシングリードのセットから測定される。いくつかの実施形態では、前記システムの前記方法は、複数のｃｆＤＮＡ分子をシークエンシングしてシークエンシングリードのセットを生成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）を含む。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約５０倍を超えない、約４８倍を超えない、約４６倍を超えない、約４４倍を超えない、約４２倍を超えない、約４０倍を超えない、約３８倍を超えない、約３６倍を超えない、約３４倍を超えない、約３２倍を超えない、約３０倍を超えない、約２８倍を超えない、約２４倍を超えない、約２２倍を超えない、約２０倍を超えない、約１８倍を超えない、約１６倍を超えない、約１４倍を超えないまたは約１２倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約１０倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約８倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約６倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約５倍を超えない、約４倍を超えない、約３倍を超えない、約２倍を超えないまたは約１倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、複数の定量的測度の測定は、複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）のそれぞれにおける複数のｃｆＤＮＡ分子の結合測定を実施することを含む。
【００２３】
いくつかの実施形態では、前記システムの前記方法は、被験体のマイクロサテライト不安定性の検出された存在または非存在に基づいて、被験体のための処置、または被験体に投与すべき処置の治療有効量を識別することをさらに含む。いくつかの実施形態では、処置は、化学療法、放射線療法および免疫療法からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、処置は免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法はペンブロリズマブを含む。いくつかの実施形態では、前記システムの前記方法は、複数のマイクロサテライトリピートエレメントの少なくともサブセットについて複数のｃｆＤＮＡ分子の富化を指示することをさらに含む。いくつかの実施形態では、富化は、複数のｃｆＤＮＡ分子を増幅することを含む。いくつかの実施形態では、増幅は、選択的増幅（例えば、標的ＰＣＲ、または標的富化とそれに続くユニバーサルまたは標的ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、増幅は、ユニバーサル増幅（例えば、ユニバーサルＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、富化は、複数のｃｆＤＮＡ分子の少なくとも一部を選択的に単離することを含む（例えば、標的富化）。いくつかの実施形態では、少なくとも一部はモノヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも一部はジヌクレオチドを含む。
【００２４】
いくつかの実施形態では、統計的偏差測度は平均ｚスコアである。いくつかの実施形態では、統計的偏差測度は、参照血液サンプルに対する平均ｚスコアである。いくつかの実施形態では、参照血液サンプルは、マイクロサテライト不安定性を有する被験体（例えば、ＭＳＩ陽性被験体）から得られる。いくつかの実施形態では、参照血液サンプルは、マイクロサテライト不安定性を有しない被験体（例えば、ＭＳＩ陰性またはＭＳＳ被験体）から得られる。いくつかの実施形態では、所定の基準は、所定の数よりも大きい平均ｚスコアの絶対値である。いくつかの実施形態では、所定の数は約１である。いくつかの実施形態では、所定の数は約２である。いくつかの実施形態では、所定の数は約３である。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、モノヌクレオチドまたはジヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、モノヌクレオチドおよびジヌクレオチドを含む。
【００２５】
いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約１００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約５００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約１０００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約２０００万の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。
【００２６】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約７０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約８０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９５％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９９％の感度で検出される。
【００２７】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約７０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約８０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９５％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９９％の特異度で検出される。
【００２８】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約７０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約８０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９５％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９９％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。
【００２９】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約７０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約８０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９５％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９９％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。
【００３０】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．７０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．８０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９５の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９６、少なくとも約０．９７または少なくとも約０．９８の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９９の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。
【００３１】
いくつかの実施形態では、前記システムの前記方法は、複数の定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たさない場合、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の存在を検出すること、または複数の定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の非存在を検出することをさらに含む。
【００３２】
別の態様では、本開示は、非一時的コンピュータ可読媒体であって、１つまたはそれを超えるコンピュータプロセッサにより実行されると、被験体のマイクロサテライト不安定性を評価するための方法を実装する機械実行可能コードを含み、前記方法が、被験体の血液サンプルから複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得すること；前記複数の定量的測度を処理して、前記複数の定量的測度の統計的偏差測度を取得すること；および前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出すること、または前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出することを含む非一時的コンピュータ可読媒体を提供する。
【００３３】
いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度は、複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）のそれぞれにおける平均長、所定のサイズ範囲内に入る長さを有する複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）の数、頻度または割合、および複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）のそれぞれの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、被験体は癌と診断される。いくつかの実施形態では、被験体は、癌について無症候性である。いくつかの実施形態では、被験体は、１つまたはそれを超える癌リスク因子（例えば、年齢、性別、人種、民族、家族歴、タバコまたはアルコール使用の履歴、遺伝的変異体の存在または他の臨床的健康特徴）を有する。いくつかの実施形態では、複数の定量的測度は、複数の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）分子から測定される。いくつかの実施形態では、複数の定量的測度は、複数のｃｆＤＮＡ分子中の複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおけるシークエンシングリードのセットから測定される。いくつかの実施形態では、前記非一時的コンピュータ可読媒体の前記方法は、複数のｃｆＤＮＡ分子をシークエンシングしてシークエンシングリードのセットを生成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）を含む。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約５０倍を超えない、約４８倍を超えない、約４６倍を超えない、約４４倍を超えない、約４２倍を超えない、約４０倍を超えない、約３８倍を超えない、約３６倍を超えない、約３４倍を超えない、約３２倍を超えない、約３０倍を超えない、約２８倍を超えない、約２４倍を超えない、約２２倍を超えない、約２０倍を超えない、約１８倍を超えない、約１６倍を超えない、約１４倍を超えないまたは約１２倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約１０倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約８倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約６倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、約５倍を超えない、約４倍を超えない、約３倍を超えない、約２倍を超えないまたは約１倍を超えない深度で実施される。いくつかの実施形態では、複数の定量的測度の測定は、複数のマイクロサテライトリピートエレメント（またはそのサブセット）のそれぞれにおける複数のｃｆＤＮＡ分子の結合測定を実施することを含む。
【００３４】
いくつかの実施形態では、前記非一時的コンピュータ可読媒体の前記方法は、被験体のマイクロサテライト不安定性の検出された存在または非存在に基づいて、被験体のための処置、または被験体に投与すべき治療有効量の処置を識別することをさらに含む。いくつかの実施形態では、処置は、化学療法、放射線療法および免疫療法からなる群より選択される。いくつかの実施形態では、処置は免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法はペンブロリズマブを含む。いくつかの実施形態では、前記非一時的コンピュータ可読媒体の前記方法は、複数のマイクロサテライトリピートエレメントの少なくともサブセットについて複数のｃｆＤＮＡ分子の富化を指示することをさらに含む。いくつかの実施形態では、富化は、複数のｃｆＤＮＡ分子を増幅することを含む。いくつかの実施形態では、増幅は、選択的増幅（例えば、標的ＰＣＲ、または標的富化とそれに続くユニバーサルまたは標的ＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、増幅は、ユニバーサル増幅（例えば、ユニバーサルＰＣＲ）を含む。いくつかの実施形態では、富化は、複数のｃｆＤＮＡ分子の少なくとも一部を選択的に単離することを含む（例えば、標的富化）。いくつかの実施形態では、少なくとも一部はモノヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも一部はジヌクレオチドを含む。
【００３５】
いくつかの実施形態では、統計的偏差測度は平均ｚスコアである。いくつかの実施形態では、統計的偏差測度は、参照血液サンプルに対する平均ｚスコアである。いくつかの実施形態では、参照血液サンプルは、マイクロサテライト不安定性を有する被験体（例えば、ＭＳＩ陽性被験体）から得られる。いくつかの実施形態では、参照血液サンプルは、マイクロサテライト不安定性を有しない被験体（例えば、ＭＳＩ陰性またはＭＳＳ被験体）から得られる。いくつかの実施形態では、所定の基準は、所定の数よりも大きい平均ｚスコアの絶対値である。いくつかの実施形態では、所定の数は約１である。いくつかの実施形態では、所定の数は約２である。いくつかの実施形態では、所定の数は約３である。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、モノヌクレオチドまたはジヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、モノヌクレオチドおよびジヌクレオチドを含む。
【００３６】
いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約１００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約５００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約１０００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約２０００万の別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含む。
【００３７】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約７０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約８０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９０％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９５％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の感度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９９％の感度で検出される。
【００３８】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約７０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約８０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９０％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９５％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の特異度で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９９％の特異度で検出される。
【００３９】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約７０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約８０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９０％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９５％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在は、少なくとも約９９％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。
【００４０】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約７０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約８０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９０％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９５％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％または少なくとも約９８％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の非存在は、少なくとも約９９％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。
【００４１】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．７０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．８０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９０の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９５の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９６、少なくとも約０．９７または少なくとも約０．９８の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性の存在または非存在は、少なくとも約０．９９の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。
【００４２】
いくつかの実施形態では、前記非一時的コンピュータ可読媒体の前記方法は、複数の定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たさない場合、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の存在を検出すること、または複数の定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の非存在を検出することをさらに含む。
【００４３】
本開示の別の態様は、非一時的コンピュータ可読媒体であって、１つまたはそれを超えるコンピュータプロセッサにより実行されると、上記または本明細書の他の箇所の方法のいずれかを実装する機械実行可能コードを含む非一時的コンピュータ可読媒体を提供する。
【００４４】
本開示の別の態様は、システムであって、１つまたはそれを超えるコンピュータプロセッサと、それに結合されたコンピュータメモリとを含むシステムを提供する。コンピュータメモリは、１つまたはそれを超えるコンピュータプロセッサにより実行されると、上記または本明細書の他の箇所の方法のいずれかを実装する機械実行可能コードを含む。
【００４５】
本開示のさらなる態様および利点は、本開示の単に例示的な実施形態が示され記載されている以下の詳細な説明から当業者に容易に明らかになるであろう。理解されるように、本開示は他のおよび異なる実施形態が可能であり、そのいくつかの詳細は、様々な明白な点で改変が可能であり、これらはすべて、本開示から逸脱するものではない。したがって、図面および説明は、限定的ではなく例示的な性質のものであるとみなされるべきである。
【００４６】
参照による援用
本明細書で言及されるすべての刊行物、特許および特許出願は、個々の刊行物、特許または特許出願がそれぞれ、参照により組み込まれると具体的かつ個々に示されているのと同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。参照により組み込まれる刊行物および特許または特許出願が、本明細書に含まれる本開示と矛盾する程度において、本明細書は、いかなるこのような矛盾材料にも優先しおよび／またはその上位にあることを意図する。
【図面の簡単な説明】
【００４７】
特許または出願ファイルは、カラーで実行された少なくとも１つの図面を含有する。この特許または特許出願公報とカラー図面のコピーは、申請および必要な料金の支払いにより庁から提供される。
【００４８】
本発明の新規の特徴は、添付の特許請求の範囲に具体的に記載されている。本発明の特徴および利点のより良い理解は、本発明の原理が利用される例示的な実施形態を説明する以下の詳細な説明および添付の図面（さらに本明細書の「図（Ｆｉｇｕｒｅ）」および「図（ＦＩＧ．）」）を参照することにより得られるであろう。
【００４９】
【図１】図１は、いくつかの実施形態による、被験体におけるマイクロサテライト不安定性を評価する例示的な方法を示す。
【００５０】
【図２】図２は、４つの異なる患者コホート：腫瘍ＴＣＧＡ−Ａ６−Ａ５６６−０１Ａ−１１Ｄ−Ａ２８Ｇ、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）（左上）；腫瘍ＴＣＧＡ−Ａ６−Ａ５６６−０１Ａ−１１Ｄ−Ａ２８Ｇ、マイクロサテライト高不安定性（ＭＳＩ−Ｈ）（右上）；腫瘍ＴＣＧＡ−Ｄ７−５５、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）（左下）；および腫瘍ＴＣＧＡ−Ｄ７−５５、マイクロサテライト高不安定性（ＭＳＩ−Ｈ）（右下）のそれぞれについて、累積密度関数（ＣＤＦ、ｙ軸）対マイクロサテライトの挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長（ｘ軸）のプロットを示す。
【００５１】
【図３】図３は、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）患者（左、青色）およびマイクロサテライト高不安定性（ＭＳＩ−Ｈ）患者（右、赤色）からアッセイしたマイクロサテライトのセットの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長を示す箱ひげ図を示す。
【００５２】
【図４】図４は、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）患者（左、青色）およびマイクロサテライト高不安定性（ＭＳＩ−Ｈ）患者（右、赤色）からアッセイしたマイクロサテライトのセットの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長を示す箱ひげ図を示す。
【００５３】
【図５】図５は、本明細書で提供される方法を実装するようにプログラムされたかまたは別様に構成されたコンピュータシステムを示す。
【発明を実施するための形態】
【００５４】
詳細な説明
本発明の様々な実施形態が本明細書に示され記載されているが、このような実施形態がほんの一例として提供されていることは当業者には明らかであろう。本発明から逸脱せずに多数の変形、変更および置換が当業者に起こり得る。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代替物が用いられ得ることを理解すべきである。
【００５５】
本明細書および特許請求の範囲で使用される場合、「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」という単数形は、文脈上特に明確な指示がない限り、複数の言及を含む。例えば、「核酸」という用語は、それらの混合物を含む複数の核酸を含む。
【００５６】
本明細書で使用される場合、「核酸」または「ポリヌクレオチド」という用語は、一般に、１つまたはそれを超える核酸サブユニットまたはヌクレオチドを含む分子を指す。核酸は、アデノシン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）およびウラシル（Ｕ）またはそれらの変異体から選択される１つまたはそれを超えるヌクレオチドを含み得る。ヌクレオチドは、一般に、ヌクレオシドおよび少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個またはそれを超えるリン酸（ＰＯ３）基を含む。ヌクレオチドは、個々にまたは組み合わせて核酸塩基、五炭糖（リボースまたはデオキシリボースのいずれか）および１つまたはそれを超えるリン酸基を含み得る。
【００５７】
リボヌクレオチドは、糖がリボースであるヌクレオチドである。デオキシリボヌクレオチドは、糖がデオキシリボースであるヌクレオチドである。ヌクレオチドは、ヌクレオシド一リン酸またはヌクレオシドポリリン酸であり得る。ヌクレオチドは、容易に組み込まれる形態、例えばデオキシリボヌクレオシドポリリン酸、例えば、デオキシアデノシン三リン酸（ｄＡＴＰ）、デオキシシチジン三リン酸（ｄＣＴＰ）、デオキシグアノシン三リン酸（ｄＧＴＰ）、ウリジン三リン酸（ｄＵＴＰ）およびデオキシチミジン三リン酸（ｄＴＴＰ）ｄＮＴＰから選択され得るデオキシリボヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）などであり得、これらは、検出可能なタグ、例えば発光タグまたはマーカー（例えば、フルオロフォア）を含む。ヌクレオチドは、成長中の核酸鎖に組み込まれ得る任意のサブユニットを含み得る。このようなサブユニットは、Ａ、Ｃ、Ｇ、ＴもしくはＵであり得るか、または１つもしくはそれを超える相補的Ａ、Ｃ、Ｇ、ＴもしくはＵに特異的な、もしくはプリン（例えば、ＡもしくはＧまたはそれらの変異体）もしくはピリミジン（例えば、Ｃ、ＴもしくはＵまたはそれらの変異体）に相補的な任意の他のサブユニットであり得る。いくつかの例では、核酸は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）またはそれらの誘導体もしくは変異体である。核酸は、一本鎖または二本鎖であり得る。核酸分子は、線状、曲線状または環状またはそれらの任意の組み合わせであり得る。
【００５８】
本明細書で使用される場合、「核酸分子」、「核酸配列」、「核酸断片」、「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」という用語は、一般に、様々な長さを有し得るポリヌクレオチド、例えばデオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチド（ＲＮＡ）のいずれかまたはそれらの類似体を指す。核酸分子は、少なくとも約５塩基、１０塩基、２０塩基、３０塩基、４０塩基、５０塩基、６０塩基、７０塩基、８０塩基、９０、１００塩基、１１０塩基、１２０塩基、１３０塩基、１４０塩基、１５０塩基、１６０塩基、１７０塩基、１８０塩基、１９０塩基、２００塩基、３００塩基、４００塩基、５００塩基、１キロ塩基（ｋｂ）、２ｋｂ、３ｋｂ、４ｋｂ、５ｋｂ、１０ｋｂもしくは５０ｋｂの長さを有し得るか、またはそれは、前述の値の任意の２つの間の任意の数の塩基を有し得る。オリゴヌクレオチドは、典型的には、４つのヌクレオチド塩基：アデニン（Ａ）；シトシン（Ｃ）；グアニン（Ｇ）；およびチミン（Ｔ）（ポリヌクレオチドがＲＮＡである場合のチミン（Ｔ）についてはウラシル（Ｕ））の特定の配列から構成される。したがって、「核酸分子」、「核酸配列」、「核酸断片」、「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」という用語は、ポリヌクレオチド分子のアルファベット表記であることを少なくとも部分的に意図する。あるいは、この用語は、ポリヌクレオチド分子それ自体に適用され得る。このアルファベット表記は、中央処理装置を有するコンピュータ中のデータベースにインプットされ得、バイオインフォマティクス用途、例えば機能的ゲノミクスおよび相同性検索に使用され得る。オリゴヌクレオチドは、１つまたはそれを超える非標準ヌクレオチド、ヌクレオチド類似体および／または改変ヌクレオチドを含み得る。
【００５９】
本明細書で使用される場合、「サンプル」という用語は、一般に、生物学的サンプルを指す。生物学的サンプルの例としては、核酸分子、アミノ酸、ポリペプチド、タンパク質、炭水化物、脂肪またはウイルスが挙げられる。例では、生物学的サンプルは、１つまたはそれを超える核酸分子を含む核酸サンプルである。核酸分子は無細胞的であり得るか、または無細胞核酸分子、例えば無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）もしくは無細胞ＲＮＡ（ｃｆＲＮＡ）であり得る。核酸分子は、ヒト、哺乳動物、非ヒト哺乳動物、類人猿、サル、チンパンジー、爬虫類、両生類または鳥類供給源を含む様々な供給源に由来し得る。さらに、サンプルは、限定されないが、血液、血清、血漿、硝子体、痰、尿、涙、汗、唾液、精液、粘膜排泄物、粘液、髄液、羊水、リンパ液などを含む、無細胞配列を含有する様々な動物液から抽出され得る。無細胞ポリヌクレオチド（例えば、ｃｆＤＮＡ）は、（妊娠被験体から採取された液体を介して）胎児起源であり得るか、または被験体それ自体の組織に由来し得る。
【００６０】
本明細書で使用される場合、「被験体」という用語は、一般に、処理または分析を受けている生物学的サンプルを有する個体を指す。被験体は、動物または植物であり得る。被験体は、哺乳動物、例えばヒト、イヌ、ネコ、ウマ、ブタまたは齧歯類であり得る。被験体は、例えば、１つもしくはそれを超える癌（例えば、脳癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胃癌、肝胆道癌、白血病、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、卵巣癌、膵臓癌、皮膚癌、尿路癌）、１つもしくはそれを超える感染症、１つもしくはそれを超える遺伝的障害または１つもしくはそれを超える腫瘍またはそれらの任意の組み合わせなどの疾患を有するまたは有すると疑われる患者であり得る。１つまたはそれを超える腫瘍を有するまたは有すると疑われる被験体について、腫瘍は、１つまたはそれを超えるタイプのものであり得る。
【００６１】
本明細書で使用される場合、「全血」という用語は、一般に、（例えば、遠心分離により）小成分に分離されていない血液サンプルを指す。血液サンプルの全血は、ｃｆＤＮＡおよび／または生殖系列ＤＮＡを含有し得る。（ｃｆＤＮＡおよび／または生殖系列ＤＮＡを含有し得る）全血ＤＮＡは、血液サンプルから抽出され得る。（ｃｆＤＮＡシークエンシングリードおよび／または生殖系列ＤＮＡシークエンシングリードを含有し得る）全血ＤＮＡシークエンシングリードは、全血ＤＮＡから抽出され得る。
【００６２】
マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）は、一般に、被験体におけるＤＮＡミスマッチ修復（ＭＭＲ）の障害に起因し得る突然変異の遺伝的素因の状態を指し得る。このような被験体では、異常に機能するＭＭＲを有する細胞は、ＤＮＡ複製中にエラーを蓄積し、マイクロサテライト断片の突然変異またはＤＮＡ配列の繰り返しをもたらし得る。ＭＳＩは、多くのタイプの癌、例えば結腸癌、胃癌、子宮内膜癌、卵巣癌、肝胆道癌、尿路癌、脳癌および皮膚癌において重要な役割を果たし得る。例えば、ＭＳＩは、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌（ＨＮＰＣＣ）またはリンチ症候群（結腸癌および他のタイプの癌の高いリスクを有する常染色体優性遺伝症状）の検出のための優れたマーカーである。加えて、マイクロサテライト状態は、癌処置について被験体の予後を示し得る。例えば、結腸癌患者におけるＭＳＩ研究は、ＭＳＩ−ｈｉｇｈ患者（ＭＳＩ−Ｈ）の予後が、ＭＳＩ−ｌｏｗ（ＭＳＩ−Ｌ）またはマイクロサテライト安定（ＭＳＳ）腫瘍を有する患者と比較して良好であることを示した。
【００６３】
ＭＳＩ状態は、国立癌研究所（ＮＣＩ）により確立された方法であって、ＭＳＩの兆候の５つのマイクロサテライトマーカー：２つのモノヌクレオチド（ＢＡＴ２５およびＢＡＴ２６）および３つのジヌクレオチドリピート（Ｄ２Ｓ１２３、Ｄ５Ｓ３４６およびＤ１７Ｓ２５０）を使用し得る方法にしたがって決定され得る。ＭＳＩ−Ｈ腫瘍は、約３０％超のＭＳＩが不安定ＭＳＩバイオマーカーであるものとして識別され得、ＭＳＩ−Ｌ腫瘍は、約３０％未満のＭＳＩが不安定ＭＳＩバイオマーカーであるものとして識別され得る。
【００６４】
ＭＳＩ−Ｌ腫瘍は、別の病因の腫瘍として分類され得る。研究は、ＭＳＩ−Ｈ患者が化学療法および手術よりも手術のみに最も良好に反応することを示唆し得る。ＭＳＩ−Ｈ状態の正確な識別は、化学療法などの潜在的に有効でない処置が患者に処方および投与されることを防止し得る。
【００６５】
加えて、癌処置は、少なくとも部分的には患者におけるＭＳＩの識別に基づいて、患者に処方および投与され得る。例えば、高いマイクロサテライト不安定性またはミスマッチ修復欠損を特徴とする切除不能または転移性固形腫瘍を有する成人および小児患者が代替薬で回復した後、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）は、このような患者についてＫｅｙｔｒｕｄａ（商標）（ペンブロリズマブ）に迅速な承認を与えた。ＭＳＩ状態の正確な識別は、正確な臨床的意思決定、例えば患者へのＫｅｙｔｒｕｄａ（商標）（ペンブロリズマブ）などの標的療法の処方および投与を可能にし得る。
【００６６】
患者におけるＭＳＩ状態を決定する方法は、組織分析を含み得る。例えば、遺伝子座のセット（例えば、５つのＮＣＩ推奨遺伝子座の標準セット）のそれぞれにおいて一組の正常および腫瘍組織サンプルのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）および断片分析を実施して、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）を決定し得る。組織分析は、報告される陽性試験結果を（少なくとも２つのマーカーが不安定であることを示す）ＭＳＩ−ｈｉｇｈとして出し得るか、または報告される陰性試験結果を（１つのマーカーが不安定であることを示す）ＭＳＩ−ｌｏｗとして出し得る。ＭＳＩ状態決定のこのような方法は、分析のために腫瘍組織のアベイラビリティを必要とし得る。いくつかの場合では、腫瘍組織のアベイラビリティは難題をもたらし得る。組織は回収に時間および費用がかかる可能性があり、病理学者との協調を必要とし得る。生検組織は、入手不可能ではないにしても困難であり得、費用がかかる可能性があり、痛みを伴う手順を伴い得、癌ゲノム進化の可能性により低〜中程度の臨床的関連性をもたらし得る。いくつかの場合では、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（商標）（ペンブロリズマブ）に対する患者の適格性は、初回癌診断後数年間まで決定されなくてもよい。したがって、ＭＳＩ状態を決定するための液体生検試験は、より早くより低侵襲性およびより低費用の腫瘍生検の代替手段の利点を提供し得る。
【００６７】
被験体からのＤＮＡ配列データにおけるマイクロサテライト不安定性の評価
マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）状態の評価は、被験体から採取されたサンプルのかなりの部分（例えば、約５０％超、約６０％、約７０％、約８０％または約９０％）が腫瘍細胞から生じたかまたはそれに由来する場合、比較的簡単であり得る。しかしながら、血液サンプル由来の被験体の血漿からの無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）調製物では、ｃｆＤＮＡからの腫瘍ＤＮＡの検出およびそれからのマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）状態の評価は、低感度でノイズの多いプロセスであり得る。このような低感度なおよび／またはノイズの多いシグナルからの腫瘍ＤＮＡの検出およびマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）状態の評価は、非腫瘍ＤＮＡからの（例えば、腫瘍由来ではない生殖系列細胞由来の生殖系列ＤＮＡからの）圧倒的なシグナルにより困難であり得る。本開示は、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）配列データ（例えば、ｃｆＤＮＡシークエンシングリード）または被験体のサンプル由来のｃｆＤＮＡ分子の結合測定からマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）状態を評価するための方法、システムおよび媒体を提供する。被験体由来のサンプルの分析からｃｆＤＮＡ配列データを受け取ったら、１つまたはそれを超えるバイオインフォマティクスプロセスを使用して、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）状態を評価し得る。
【００６８】
一態様では、本開示は、被験体のマイクロサテライト不安定性を評価するためのコンピュータ実装方法であって、被験体の血液サンプルから複数のマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得すること；前記複数の定量的測度を処理して、前記複数の定量的測度の統計的偏差測度を取得すること；および前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出すること、または前記複数の定量的測度の前記統計的偏差測度が前記所定の基準を満たさない場合、前記被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出することを含む方法を提供する。
【００６９】
図１は、いくつかの実施形態による、被験体におけるマイクロサテライト不安定性を評価する例示的な方法を示す。いくつかの実施形態では、定量的測度（例えば、複数の平均長）は、（１０５のように）複数の無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）分子から測定される。いくつかの実施形態では、複数の平均長の測定は、複数のｃｆＤＮＡ分子をシークエンシングして、（１１０のように）複数のｃｆＤＮＡ分子中の複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおけるシークエンシングリードを生成することを含む。
【００７０】
例えば、シークエンシングリードは、任意の適切なシークエンシング法を使用して、ｃｆＤＮＡから生成され得る。シークエンシング法は、第１世代シークエンシング法、例えばマクサム・ギルバートもしくはサンガーシークエンシングまたはハイスループットシークエンシング（例えば、次世代シークエンシングまたはＮＧＳ）法であり得る。ハイスループットシークエンシング法は、少なくとも約１０，０００、約１００，０００、約１００万、約１０００万、約１億、約１０億個または約１０億個を超えるポリヌクレオチド分子を同時に（または実質的に同時に）シークエンシングし得る。シークエンシング方法としては、限定されないが、パイロシークエンシング、合成によるシークエンシング、単一分子シークエンシング、ナノポアシークエンシング、半導体シークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、デジタル遺伝子発現（Ｈｅｌｉｃｏｓ）、大規模並列シークエンシング、例えばＨｅｌｉｃｏｓ，Ｃｌｏｎａｌ  Ｓｉｎｇｌｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌｅ  Ａｒｒａｙ（Ｓｏｌｅｘａ／Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、ＰａｃＢｉｏ、ＳＯＬｉＤ、Ｉｏｎ  ＴｏｒｒｅｎｔまたはＮａｎｏｐｏｒｅプラットフォームを使用したシークエンシングが挙げられ得る。
【００７１】
いくつかの実施形態では、シークエンシングは、全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）を含む。シークエンシングは、所望の性能（例えば、精度、感度、特異度、陽性適中率（ＰＰＶ）、陰性適中率（ＮＰＶ）または受信者動作特性（ＲＯＣ）の曲線下面積（ＡＵＣ））を有する被験体におけるマイクロサテライト不安定性を評価するために十分な深度で実施され得る。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、「ローパス」方式で、例えば、約１２倍を超えない、約１１倍を超えない、約１０倍を超えない、約９倍を超えない、約８倍を超えない、約７倍を超えない、約６倍を超えない、約５倍を超えない、約４倍を超えない、約３倍を超えないまたは約２倍を超えない深度で実施される。
【００７２】
いくつかの実施形態では、被験体におけるマイクロサテライト不安定性の評価は、ｃｆＤＮＡシークエンシングリードを参照ゲノムにアライメントすることを含み得る。参照ゲノムは、ゲノム（例えば、ヒトゲノム）の少なくとも一部を含み得る。参照ゲノムは、全ゲノム（例えば、全ヒトゲノム）を含み得る。参照ゲノムは、ゲノムのコードおよび／または非コードゲノム領域に対応する複数のゲノム領域を含むデータベースを含み得る。データベースは、ゲノムの癌関連（または腫瘍関連）コードおよび／または非コードゲノム領域、例えば癌駆動突然変異（例えば、一塩基多型（ＳＮＶ）、コピー数多型（ＣＮＶ）、挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）、融合遺伝子およびマイクロサテライトリピートエレメント（例えば、モノヌクレオチドおよび／またはジヌクレオチドなど））に対応する複数のゲノム領域を含み得る。例えば、アラインメントは、バローズ・ホイーラーアルゴリズムまたは他の適切なアラインメントアルゴリズムを使用して実施され得る。
【００７３】
いくつかの実施形態では、被験体におけるマイクロサテライト不安定性の評価は、複数の遺伝子座のそれぞれについてｃｆＤＮＡシークエンシングリードの定量的測度を生成することを含み得る。ｃｆＤＮＡシークエンシングリードの定量的測度、例えば所定の遺伝子座（例えば、マイクロサテライトリピートエレメント）とアライメントされたＤＮＡシークエンシングリードのカウントが生成され得る。所定のマイクロサテライトリピートエレメントとアライメントするシークエンシングリードの一部または全部を有するｃｆＤＮＡシークエンシングリードは、そのマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度に対してカウントされ得る。
【００７４】
いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、ヒト参照ゲノムにおけるマイクロサテライトリピートの全セット（またはそのサブセット）、ＭＳＳデータにおけるノイズを最小化するように最適化されたマイクロサテライトリピートのセット（またはそのサブセット）、すべてが同じクラスのマイクロサテライトリピート、例えばそのリピート単位が長さ１のものであるすべてのリピートのセット、特定の範囲のサイズ（例えば、長さ）内のマイクロサテライトのリピート単位のセット、シークエンシングデータが交絡生殖系列ｉｎｄｅｌの欠如を示すマイクロサテライトリピートのセット、トレーニングデータのセットが与えられたアルゴリズムの性能を最大化するように最適化されたマイクロサテライトリピートのセット（またはそのサブセット）、またはそれらの組み合わせの和集合もしくは共通集合からなる群より選択される。特異的および非特異的マイクロサテライトリピートエレメントのパターンは、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）状態またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態を示し得る。マイクロサテライトリピートエレメントのこれらのパターンの経時的変化は、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）状態またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態の変化を示し得る。
【００７５】
いくつかの実施形態では、複数の平均長の測定は、複数のマイクロサテライトリピートエレメントのそれぞれにおける複数のｃｆＤＮＡ分子の結合測定を実施することを含む。いくつかの実施形態では、結合測定の実施は、複数のｃｆＤＮＡ分子中の複数のマイクロサテライトリピートエレメントの少なくとも一部に選択的なプローブを使用して、複数のｃｆＤＮＡ分子をアッセイすることを含む。いくつかの実施形態では、プローブは、複数のマイクロサテライトリピートエレメントの核酸配列との配列相補性を有する核酸分子である。いくつかの実施形態では、核酸分子は、プライマーまたは富化配列である。いくつかの実施形態では、アッセイは、アレイハイブリダイゼーションまたはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）または核酸シークエンシングの使用を含む。
【００７６】
いくつかの実施形態では、前記方法は、複数のマイクロサテライトリピートエレメントの少なくとも一部について複数のｃｆＤＮＡ分子を富化することをさらに含む。いくつかの実施形態では、富化は、複数のｃｆＤＮＡ分子を増幅することを含む。例えば、複数のｃｆＤＮＡ分子は、選択的増幅により（例えば、複数のマイクロサテライトリピートエレメントの核酸配列との配列相補性を有する核酸分子を含むプライマーまたはプローブのセットを使用することにより）増幅され得る。あるいはまたは組み合わせて、複数のｃｆＤＮＡ分子は、ユニバーサル増幅により（例えば、ユニバーサルプライマーを使用することにより）増幅され得る。いくつかの実施形態では、富化は、複数のｃｆＤＮＡ分子の少なくとも一部（例えば、モノヌクレオチドおよび／またはジヌクレオチド）を選択的に単離することを含む。
【００７７】
いくつかの実施形態では、被験体におけるマイクロサテライト不安定性を評価する方法は、複数の平均長を処理して、（１１５のように）平均長の偏差の定量的測度（例えば、統計的測度）を取得することを含む。いくつかの実施形態では、統計的偏差測度は、１つまたはそれを超える参照血液サンプルに対する平均ｚスコアである。参照血液サンプルは、マイクロサテライト不安定性を有する被験体から、および／またはマイクロサテライト不安定性を有しない被験体から得られ得る。参照血液サンプルは、癌タイプを有する被験体からまたは癌タイプを有しない被験体から（例えば、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胃癌、肝胆道癌、白血病、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、卵巣癌、膵臓癌、皮膚癌、尿路癌）から得られ得る。
【００７８】
いくつかの実施形態では、被験体におけるマイクロサテライト不安定性を評価する方法は、（１２０のように）平均長の統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）を決定することをさらに含む。統計的偏差測度は、平均ｚスコア、または参照サンプルもしくは参照値に対する平均ｚスコアであり得る。いくつかの実施形態では、所定の基準は、所定の数よりも大きい平均ｚスコアの絶対値である。所定の数は、約０．１、約０．２、約０．３、約０．４、約０．５、約０．６、約０．７、約０．８、約０．９、約１、約１．５、約２、約２．５、約３、約３．５、約４、約４．５、約５または約５超であり得る。
【００７９】
いくつかの実施形態では、複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、モノヌクレオチドおよび／またはジヌクレオチドを含む。複数のマイクロサテライトリピートエレメントは、少なくとも約１０個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約５０個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約１００個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約５００個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約１０００個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約５０００個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約１万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約５万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約１０万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約５０万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約１００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約２００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約３００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約４００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約５００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約１０００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約１５００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約２０００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約２５００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメント、少なくとも約３０００万個の別個のマイクロサテライトリピートエレメントまたは３０００万個を超える別個のマイクロサテライトリピートエレメントを含み得る。
【００８０】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在は、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％の感度で検出される。
【００８１】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在は、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％の特異度で検出される。
【００８２】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在は、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。
【００８３】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在は、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。
【００８４】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）は、少なくとも約０．５０、少なくとも約０．５５、少なくとも約０．６０、少なくとも約０．６５、少なくとも約０．７０、少なくとも約０．７５、少なくとも約０．８０、少なくとも約０．８５、少なくとも約０．９０、少なくとも約０．９５、少なくとも約０．９６、少なくとも約０．９７、少なくとも約０．９８または少なくとも約０．９９の受信者動作特性（ＲＯＣ）の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。
【００８５】
いくつかの実施形態では、被験体におけるマイクロサテライト不安定性を評価する方法は、平均長の統計的偏差測度が所定の基準を満たさない場合、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の存在を決定すること、または平均長の統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の非存在を決定することをさらに含む。
【００８６】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の存在は、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％の感度で検出される。
【００８７】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の非存在は、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％の特異度で検出される。
【００８８】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の存在は、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％の陽性適中率（ＰＰＶ）で検出される。
【００８９】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の非存在は、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％の陰性適中率（ＮＰＶ）で検出される。
【００９０】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の非存在は、少なくとも約０．５０、少なくとも約０．５５、少なくとも約０．６０、少なくとも約０．６５、少なくとも約０．７０、少なくとも約０．７５、少なくとも約０．８０、少なくとも約０．８５、少なくとも約０．９０、少なくとも約０．９５、少なくとも約０．９６、少なくとも約０．９７、少なくとも約０．９８または少なくとも約０．９９の受信者動作特性（ＲＯＣ）の曲線下面積（ＡＵＣ）で検出される。
【００９１】
いくつかの実施形態では、被験体は癌と診断される。例えば、癌は、脳癌、乳癌、子宮頸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、食道癌、胃癌、肝胆道癌、白血病、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、卵巣癌、膵臓癌、皮膚癌または尿路癌を含む１つまたはそれを超えるタイプであり得る。
【００９２】
いくつかの実施形態では、前記方法は、被験体のマイクロサテライト不安定性の決定された存在または非存在に基づいて、治療有効量の処置を投与すること、および／または被験体のマイクロサテライト不安定性を処置するための処置を識別することをさらに含む。いくつかの実施形態では、処置は、化学療法、放射線療法または免疫療法を含む。いくつかの実施形態では、処置は、免疫療法、例えばＫｅｙｔｒｕｄａ（商標）（ペンブロリズマブ）を含み得る。
【００９３】
被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）を評価して、被験体における癌の診断、癌の予後、または腫瘍の進行もしくは退縮の兆候を決定し得る。加えて、１つまたはそれを超える臨床転帰は、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）評価またはモニタリング（例えば、２つまたはそれを超える時点間のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態の差異）に基づいて割り当てられ得る。このような臨床転帰は、１つまたはそれを超えるタイプの腫瘍を含む癌を有する被験体の診断、１つまたはそれを超えるタイプおよびステージの腫瘍を含む癌を有する被験体の診断、癌を有する被験体の予後予測（例えば、被験体のための処置（例えば、手術、化学療法、放射線療法、免疫療法または他の処置）の臨床経過を示すこと、行動（例えば、処置なし、所定の時間間隔ベースなどによる継続的なモニタリング、現在の処置の停止、別の処置への切り替え）の別の臨床経過を示すこと、または被験体の予想生存期間を示すこと）を含み得る。
【００９４】
いくつかの実施形態では、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）を評価する方法は、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）が所定の閾値よりも大きいかを決定することをさらに含む。所定の閾値は、１つまたはそれを超える対照被験体（例えば、特定の腫瘍タイプを有することが公知の患者、特定のステージの特定の腫瘍タイプを有することが公知の患者、またはいかなる癌も示さない健常被験体）由来の１つまたはそれを超えるサンプルに対してマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）評価を実施すること、および対照サンプルのマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）評価に基づいて適切な所定の閾値を識別することにより生成され得る。
【００９５】
所定の閾値は、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態を評価する所望の感度、特異度、陽性適中率（ＰＰＶ）、陰性適中率（ＮＰＶ）または精度に基づいて調整され得る。例えば、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態を評価する高い感度が望まれる場合、所定の閾値はより低くなるように調整され得る。あるいは、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態を評価する高い特異度が望まれる場合、所定の閾値はより高くなるように調整され得る。所定の閾値は、対照被験体から得られた対照サンプルの受信者動作特性（ＲＯＣ）の曲線下面積（ＡＵＣ）を最大化するように調整され得る。所定の閾値は、１つまたはそれを超えるタイプの腫瘍を含む癌のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の評価における偽陽性（ＦＰ）と偽陰性（ＦＮ）との間の所望のバランスを達成するように調整され得る。
【００９６】
いくつかの実施形態では、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）を評価する方法は、第２のその後の時点において評価を繰り返すことをさらに含む。第２の時点は、第１の時点と比べたマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）評価の適切な比較のために選択され得る。第２の時点の例は、外科的切除後の時間、処置の効率をモニタリングするためには、被験体における癌を処置する処置投与中もしくは処置投与後の時間、または被験体における残存疾患もしくは癌再発をモニタリングするためには、処置後の被験体において癌が検出不可能になった後の時間に対応し得る。
【００９７】
いくつかの実施形態では、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）を評価する方法は、第１のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態と第２のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態との間の差異を決定することをさらに含み、この差異は、被験体の腫瘍の進行または退縮を示す。あるいはまたは組み合わせて、前記方法は、コンピュータプロセッサにより、第１の時点および第２の時点の関数として第１のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態および第２のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態のプロットを生成することをさらに含み得、このプロットは、被験体の腫瘍の進行または退縮を示す。例えば、コンピュータプロセッサは、ｘ軸上の２つまたはそれを超えるマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態に対応するデータの収集時間に対応する時間に対して、ｙ軸上の２つまたはそれを超えるマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態のプロットを生成し得る。
【００９８】
第１のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態と第２のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態との間の決定された差異または差異を示すプロットは、被験体の腫瘍の進行または退縮を示し得る。第２のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態が、第１のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態よりも大きい場合、その差異は、例えば、腫瘍の進行、被験体における腫瘍に対する処置の非効率性、進行中の処置に対する腫瘍の耐性、被験体における他の部位への腫瘍の転移、または被験体における残存疾患もしくは癌再発を示し得る。第２のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態が、第１のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態よりも小さい場合、その差異は、例えば、腫瘍退縮、被験体における腫瘍の外科的切除の有効性、被験体における腫瘍に対する処置の有効性、または被験体における残存疾患もしくは癌再発の欠如を示し得る。
【００９９】
マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態を評価および／またはモニタリングした後、１つまたはそれを超える臨床転帰は、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態評価またはモニタリング（例えば、２つまたはそれを超える時点間のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）状態の差異）に基づいて割り当てられ得る。このような臨床転帰は、１つまたはそれを超えるタイプの腫瘍を含む癌を有する被験体の診断、１つまたはそれを超えるタイプおよびステージの腫瘍を含む癌を有する被験体の診断、癌を有する被験体の予後予測（例えば、被験体のための処置（例えば、手術、化学療法、放射線療法、免疫療法または他の処置）の臨床経過を示すこと、行動（例えば、処置なし、所定の時間間隔ベースなどによる継続的なモニタリング、現在の処置の停止、別の処置への切り替え）の別の臨床経過を示すこと、または被験体の予想生存期間を示すこと）を含み得る。
【実施例】
【０１００】
実施例１：患者腫瘍−正常ペアサンプルからの全ゲノムシークエンシングによるＭＳＩ決定
癌患者である被験体から得られた約５００セットの腫瘍−正常ペア組織サンプルから、全ゲノムシークエンシングデータを収集した。評価したマイクロサテライトに対応する１３０万個の遺伝子座のセットを、短いリピート単位（例えば、モノヌクレオチドおよびジヌクレオチド）について富化した。ＭＳＩ−Ｈ腫瘍では、モノヌクレオチドリピートが豊富でありより頻繁に突然変異され得る。各マイクロサテライトについて、腫瘍−正常ペア組織サンプルのそれぞれの平均長を測定し、平均長の差異を計算した。ＭＳＩ−Ｈ腫瘍−正常ペアはマイクロサテライトの多くの欠失を有するが、マイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）腫瘍は有しないので、腫瘍−正常ペアの各マイクロサテライトの測定した平均長を分析して、被験体のＭＳＩ状態を決定した。
【０１０１】
図２は、４つの異なる患者コホート：腫瘍ＴＣＧＡ−Ａ６−Ａ５６６−０１Ａ−１１Ｄ−Ａ２８Ｇ、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）（左上）；腫瘍ＴＣＧＡ−Ａ６−Ａ５６６−０１Ａ−１１Ｄ−Ａ２８Ｇ、マイクロサテライト高不安定性（ＭＳＩ−Ｈ）（右上）；腫瘍ＴＣＧＡ−Ｄ７−５５、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）（左下）；および腫瘍ＴＣＧＡ−Ｄ７−５５、マイクロサテライト高不安定性（ＭＳＩ−Ｈ）（右下）のそれぞれについて、累積密度関数（ＣＤＦ、ｙ軸）対マイクロサテライトの挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長（ｘ軸）のプロットを示す。図２に示されているように、ＭＳＳ状態を有する患者の２つのコホートについて、測定した累積密度関数（ＣＤＦ）は、測定したマイクロサテライトの大部分が、アッセイした腫瘍および正常組織サンプルの両方の全体で約ゼロのｉｎｄｅｌ長を有していたことを示した。この結果は、ＭＳＳ腫瘍−正常ペアが実質的に同一のマイクロサテライト長を有していたことを示した。対照的に、ＭＳＩ−Ｈ状態を有する患者の２つのコホートについて、測定した累積密度関数（ＣＤＦ）は、測定したマイクロサテライトの大部分が、アッセイした腫瘍組織サンプル全体で約ゼロの負のｉｎｄｅｌ長（約−６〜約０の範囲）を有していたことを示した。この結果は、ＭＳＩ−Ｈ腫瘍−正常ペアが、異なるマイクロサテライト長を有する統計的に有意な割合のマイクロサテライトを有していたことを示している。
【０１０２】
図３は、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）患者（左、青色）およびマイクロサテライト高不安定性（ＭＳＩ−Ｈ）患者（右、赤色）からアッセイしたマイクロサテライトのセットの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長を示す箱ひげ図を示す。図３に示されているように、ＭＳＳ状態を有する患者について、測定した平均ｉｎｄｅｌ長は、約ゼロの中央値を中心とする分布を有し、標準偏差は小さかった。対照的に、ＭＳＩ−Ｈ状態を有する患者について、測定した平均ｉｎｄｅｌ長は、約０．５の中央値を中心とする分布を有し、標準偏差は有意に大きかった。特に、ほぼすべての平均ｉｎｄｅｌ長は、ゼロよりも有意に大きい絶対値を有していた。平均ｉｎｄｅｌ長が約−３未満のｚスコアを有する場合（例えば、約３の所定の閾値よりも大きい絶対値を有する場合）、サンプルをＭＳＩ−Ｈとみなした。組織の全ゲノムシークエンシング（ＷＧＳ）により得られた次世代シークエンシング（ＮＧＳ）データに基づいて、約９８．９％の高い感度および９３．１％の高い特異度で、患者のＭＳＩ状態を決定した。
【０１０３】
実施例２：患者血液サンプルからの全ゲノムシークエンシングによるＭＳＩ決定
癌患者である被験体から得られた約セットの血液サンプルから、全ゲノムシークエンシングデータを収集する。マイクロサテライト不安定性状態について循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）をアッセイする無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）の分析のために、患者から血液サンプルを収集する。評価したマイクロサテライトに対応する１３０万個の遺伝子座のセットを、短いリピート単位（例えば、モノヌクレオチドおよびジヌクレオチド）について富化する。ＭＳＩ−Ｈ腫瘍では、モノヌクレオチドリピートが豊富でありより頻繁に突然変異され得る。各マイクロサテライトについて、血液サンプルのそれぞれの平均長を測定する。ＭＳＩ−Ｈ腫瘍−正常ペアはマイクロサテライトの多くの欠失を有するが、マイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）腫瘍は有しないので、血液サンプルの各マイクロサテライトの測定した平均長を分析して、被験体のＭＳＩ状態を決定し得る。
【０１０４】
患者から得られた血液サンプルの次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を実施することにより得られた全ゲノムシークエンシングデータを、腫瘍組織から得られたシークエンシングリードの１％を患者一致正常バックグラウンドリード（例えば、被験体の腫瘍−正常ペアサンプルの正常組織から得られたシークエンシングリード）にインシリコでスパイクすることによりシミュレートした。低い腫瘍割合であってもマイクロサテライト長の差異が観察されたが（例えば、血液で観察される傾向があるものなど）、それは、被験体においてＭＳＩ−ＨおよびＭＳＳ状態を区別することを可能にしている。
【０１０５】
図４は、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）患者（左、青色）およびマイクロサテライト高不安定性（ＭＳＩ−Ｈ）患者（右、赤色）からアッセイしたマイクロサテライトのセットの平均挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）長を示す箱ひげ図を示す。図４に示されているように、ＭＳＳ状態を有する患者について、測定した平均ｉｎｄｅｌ長は、約ゼロの中央値を中心とする分布を有し、標準偏差は小さかった。対照的に、ＭＳＩ−Ｈ状態を有する患者について、測定した平均ｉｎｄｅｌ長は、約０．０１の中央値を中心とする分布を有し、標準偏差は有意に大きかった。特に、ほぼすべての平均ｉｎｄｅｌ長は、ゼロよりも有意に大きい絶対値を有していた。平均ｉｎｄｅｌ長が、所定の閾値よりも大きい絶対値を有するｚスコアを有する場合、サンプルをＭＳＩ−Ｈとみなした。１％の低い腫瘍割合を有する血液サンプルから測定したインシリコシミュレートシークエンシングデータに基づいて、９５．７％の高い感度、９９．１％の高い特異度および１．７の分類ギャップで、患者のＭＳＩ状態を決定した。
【０１０６】
コンピュータシステム
本開示は、本開示の方法を実装するようにプログラムされたコンピュータシステムを提供する。図５は、例えば、被験体の血液サンプルからマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得し、定量的測度を処理して定量的測度の統計的偏差測度を取得し、定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出するか、または複数の定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たさない場合、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出するようにプログラムされたかまたは別様に構成されたコンピュータシステム５０１を示す。コンピュータシステム５０１は、本開示の分析、計算および生成の様々な態様を調節し得、例えば、被験体の血液サンプルからマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得し、定量的測度を処理して定量的測度の統計的偏差測度を取得し、定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出するか、または複数の定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たさない場合、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出する。コンピュータシステム５０１は、ユーザの電子デバイス、または電子デバイスに対して遠隔に配置されたコンピュータシステムであり得る。電子デバイスは、モバイル電子デバイスであり得る。
【０１０７】
コンピュータシステム５０１は、シングルコアもしくはマルチコアプロセッサ、または並列処理のための複数のプロセッサであり得る中央処理装置（ＣＰＵ、また本明細書では「プロセッサ」および「コンピュータプロセッサ」）５０５を含み得る。コンピュータシステム５０１はまた、メモリまたはメモリ位置５１０（例えば、ランダムアクセスメモリ、読み取り専用メモリ、フラッシュメモリ）と、電子記憶装置５１５（例えば、ハードディスク）と、１つまたはそれを超える他のシステムと通信するための通信インターフェース５２０（例えば、ネットワークアダプター）と、周辺機器５２５、例えばキャッシュ、他のメモリ、データストレージおよび／または電子ディスプレイアダプターとを含む。メモリ５１０、記憶装置５１５、インターフェース５２０および周辺機器５２５は、マザーボードなどの通信バス（実線）を介してＣＰＵ  ５０５と通信する。記憶装置５１５は、データを格納するためのデータ記憶装置（またはデータリポジトリ）であり得る。コンピュータシステム５０１は、通信インターフェース５２０の支援により、コンピュータネットワーク（「ネットワーク」）５３０に作動可能に結合され得る。ネットワーク５３０は、インターネット、インターネットおよび／もしくはエクストラネット、またはインターネットと通信するイントラネットおよび／もしくはエクストラネットであり得る。いくつかの場合では、ネットワーク５３０は、電気通信および／またはデータネットワークである。ネットワーク５３０は、クラウドコンピューティングなどの分散コンピューティングを可能にし得る１つまたはそれを超えるコンピュータサーバを含み得る。例えば、１つまたはそれを超えるコンピュータサーバは、ネットワーク５３０を通じたクラウドコンピューティング（「クラウド」）が本開示の分析、計算および生成の様々な態様を実施すること、例えば、被験体の血液サンプルからマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得し、定量的測度を処理して定量的測度の統計的偏差測度を取得し、定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、被験体のマイクロサテライト不安定性を決定することを可能にし得る。このようなクラウドコンピューティングは、例えば、Ａｍａｚｏｎ  Ｗｅｂ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ（ＡＷＳ）、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ａｚｕｒｅ、Ｇｏｏｇｌｅ  Ｃｌｏｕｄ  ＰｌａｔｆｏｒｍおよびＩＢＭ  ｃｌｏｕｄなどのクラウドコンピューティングプラットフォームにより提供され得る。いくつかの場合では、ネットワーク５３０は、コンピュータシステム５０１の支援により、コンピュータシステム５０１に結合されたデバイスがクライアントまたはサーバとして動作することを可能にし得るピアツーピアネットワークを実装し得る。
【０１０８】
ＣＰＵ  ５０５は、プログラムまたはソフトウェアで具体化され得る一連の機械可読命令を実行し得る。命令は、メモリ５１０などのメモリ位置に格納され得る。命令は、ＣＰＵ  ５０５に指示され得、続いて、これは、本開示の方法を実装するようにＣＰＵ  ５０５をプログラムまたは別様に構成し得る。ＣＰＵ  ５０５により実施される操作の例は、フェッチ、デコード、実行およびライトバックを含み得る。
【０１０９】
ＣＰＵ  ５０５は、集積回路などの回路の一部であり得る。システム５０１の１つまたはそれを超える他の構成要素が回路に含められ得る。いくつかの場合では、回路は、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）である。
【０１１０】
記憶装置５１５は、ファイル、例えばドライバ、ライブラリーおよび保存プログラムを格納し得る。記憶装置５１５は、ユーザデータ、例えばユーザ選択およびユーザプログラムを格納し得る。いくつかの場合では、コンピュータシステム５０１は、コンピュータシステム５０１の外部にある、例えばイントラネットまたはインターネットを介してコンピュータシステム５０１と通信するリモートサーバ上に位置する１つまたはそれを超えるさらなるデータ記憶装置を含み得る。
【０１１１】
コンピュータシステム５０１は、ネットワーク５３０を介して１つまたはそれを超えるリモートコンピュータシステムと通信し得る。例えば、コンピュータシステム５０１は、ユーザ（例えば、医師、看護師、介護師、患者または被験体）のリモートコンピュータシステムと通信し得る。リモートコンピュータシステムの例としては、パーソナルコンピュータ（例えば、ポータブルＰＣ）、スレートまたはタブレットＰＣ（例えば、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ｉＰａｄ（登録商標）、Ｓａｍｓｕｎｇ（登録商標）Ｇａｌａｘｙ  Ｔａｂ）、電話、スマートフォン（例えば、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ｉＰｈｏｎｅ（登録商標）、Ａｎｄｒｏｉｄ対応デバイス、Ｂｌａｃｋｂｅｒｒｙ（登録商標））またはパーソナルデジタルアシスタントが挙げられる。ユーザは、ネットワーク５３０を介してコンピュータシステム５０１にアクセスし得る。
【０１１２】
本明細書に記載される方法は、例えば、コンピュータシステム５０１の電子記憶位置に、例えばメモリ５１０または電子記憶装置５１５などに格納された機械（例えば、コンピュータプロセッサ）実行可能コードにより実装され得る。機械実行可能または機械可読コードは、ソフトウェアの形式で提供され得る。使用中、コードは、プロセッサ５０５により実行され得る。いくつかの場合では、コードは記憶装置５１５から取り出され得、プロセッサ５０５による容易なアクセスのためにメモリ５１０に格納され得る。いくつかの場合では、電子記憶装置５１５は除外され得、機械実行可能命令はメモリ５１０に格納される。
【０１１３】
コードは、コードを実行するように適合されたプロセッサを有する機械と共に使用するためにプリコンパイルおよび構成され得るか、またはランタイム中にコンパイルされ得る。コードは、プリコンパイルまたはコンパイル方式でコードを実行することを可能にするように選択され得るプログラミング言語で供給され得る。
【０１１４】
コンピュータシステム５０１などの本明細書で提供されるシステムおよび方法の態様は、プログラミングで具体化され得る。技術の様々な態様は、典型的には、機械可読媒体のタイプで行われるまたは具体化される機械（またはプロセッサ）実行可能コードおよび／または関連データの形式の「プロダクト」または「製品」と考えられ得る。機械実行可能コードは、電子記憶装置、例えばメモリ（例えば、読み取り専用メモリ、ランダムアクセスメモリ、フラッシュメモリ）またはハードディスクに格納され得る。「記憶」タイプ媒体は、コンピュータ、プロセッサなどの有形メモリ、またはソフトウェアプログラミングのためにいつでも非一時的記憶域を提供し得るそれらの関連モジュール、例えば様々な半導体メモリ、テープドライブ、ディスクドライブなどのいずれかまたはすべてを含み得る。ソフトウェアの全部または一部は、インターネットまたは様々な他の電気通信ネットワークを介して通信され得る。このような通信は、例えば、あるコンピュータまたはプロセッサから別のものへの、例えば、管理サーバまたはホストコンピュータからアプリケーションサーバのコンピュータプラットフォームへのソフトウェアのロードを可能にし得る。したがって、ソフトウェア要素を保持し得る別のタイプの媒体は、例えば、ローカルデバイス間の物理的インターフェースを越えて、有線および光固定電話ネットワークを通じて、ならびに様々なエアリンクにわたって使用される光波、電波および電磁波を含む。例えば、有線または無線リンク、光リンクなどのこのような波を運搬する物理的要素もまた、ソフトウェアを保持する媒体と考えられ得る。本明細書で使用される場合、非一時的有形「記憶」媒体に限定されない限り、コンピュータまたは機械「可読媒体」などの用語は、実行のためにプロセッサへの命令の提供に関与する任意の媒体を指す。
【０１１５】
したがって、コンピュータ実行可能コードなどの機械可読媒体は、限定されないが、有形記憶媒体、搬送波媒体または物理的伝送媒体を含む多くの形態をとり得る。不揮発性記憶媒体としては、例えば、光学または磁気ディスク、例えば図面に示されているデータベースなどを実装するために使用され得る任意のコンピュータ中の記憶機器のいずれかが挙げられる。揮発性記憶媒体としては、このようなコンピュータプラットフォームのダイナミックメモリ、例えばメインメモリが挙げられる。有形伝送媒体としては、同軸ケーブル；コンピュータシステム内にバスを含むワイヤを含む銅線および光ファイバーが挙げられる。搬送波伝送媒体は、電気信号もしくは電磁信号または音響波または光波、例えば無線周波数（ＲＦ）および赤外線（ＩＲ）データ通信中に生成されるものの形態をとり得る。したがって、コンピュータ可読媒体の一般的な形態としては、例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、任意の他の磁気媒体、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤもしくはＤＶＤ−ＲＯＭ、任意の他の光学媒体、穿孔カード紙テープ、孔パターンを有する任意の他の物理記憶媒体、ＲＡＭ、ＲＯＭ、ＰＲＯＭおよびＥＰＲＯＭ、ＦＬＡＳＨ−ＥＰＲＯＭ、任意の他のメモリチップもしくはカートリッジ、データまたは命令を転送する搬送波、このような搬送波を転送するケーブルもしくはリンク、またはコンピュータがプログラミングコードおよび／もしくはデータを読み取り得る任意の他の媒体が挙げられる。これらの形態のコンピュータ可読媒体の多くは、実行のために１つまたはそれを超える命令の１つまたはそれを超えるシークエンスをプロセッサに運搬することに関与し得る。
【０１１６】
コンピュータシステム５０１は、例えば、被験体の血液サンプル由来のマイクロサテライトリピートエレメントの測定された平均長、平均長の統計的偏差測度、および被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）またはマイクロサテライト安定性（ＭＳＳ）の検出された存在または非存在を提供するためのユーザインターフェース（ＵＩ）５４０を含む電子ディスプレイ５３５を含み得るかまたはそれと通信し得る。ＵＩの例としては、限定されないが、グラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）およびＷｅｂベースのユーザインターフェースが挙げられる。
【０１１７】
本開示の方法、システムおよび媒体は、１つまたはそれを超えるアルゴリズムにより実装され得る。アルゴリズムは、中央処理装置５０５による実行時にソフトウェアにより実装され得る。アルゴリズムは、例えば、被験体の血液サンプルからマイクロサテライトリピートエレメントの定量的測度を取得し、定量的測度を処理して定量的測度の統計的偏差測度を取得し、定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たす場合、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の存在を検出し得るか、または複数の定量的測度の統計的偏差測度が所定の基準を満たさない場合、被験体のマイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）の非存在を検出し得る。
【０１１８】
本発明の好ましい実施形態を本明細書に示して説明したが、このような実施形態はほんの一例として提供されていることは当業者には明らかであろう。本発明は、本明細書内で提供される特定の実施例により限定されることを意図しない。上記本明細書を参照して本発明を説明したが、本明細書の実施形態の説明および例示は、限定的な意味で解釈されることを意図しない。本発明から逸脱せずに多数の変形、変更および置換が当業者に生じるであろう。さらに、本発明のすべての態様は、様々な条件および変数に依存する本明細書に記載される特定の描写、構成または相対的比率に限定されないことが理解されよう。本発明の実施では、本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代替物が用いられ得ることを理解すべきである。したがって、本発明はまた、このような代替物、改変物、変形物または均等物をカバーすることが企図される。以下の特許請求の範囲は本発明の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物は、それによりカバーされることを意図する。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【国際調査報告】
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