【手続補正書】
【提出日】平成22年1月25日(2010.1.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つまたは複数のポリヌクレオチドをシーケンシングするシステムであって、
（ａ）１つまたは複数のポリヌクレオチドが結合される固体基材と、
（ｂ）上記ポリヌクレオチドに接触させるように、１つまたは複数の蛍光標識された試薬を制御可能に移動させる流体誘導システムと、
（ｃ）上記基材および上記試薬の少なくとも一つの温度を調節する温度制御システムと、
（ｄ）内部全反射（ＴＩＲ）を介して上記蛍光標識を励起させる照射システムと、
（ｅ）上記基材に近接して配置され、上記ＴＩＲ照射システムによる上記蛍光標識の励起から生じる蛍光を検出する検出器要素と、
（ｆ）上記検出器に作動可能に接続され、上記検出器から蛍光画像を得るための指示セットを含むコンピュータシステムと、
を備えるシステム。
【請求項２】
上記温度制御システムが上記基材の温度を調節するために、上記検出器の遠位に上記基材を動かすことができることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
上記固体基材が、上記ポリヌクレオチドが結合される１つまたは複数の流体チャネルを有するフローセルを含むことを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項４】
上記基材が、ガラス、ケイ素またはプラスチックからなることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
上記固体基材が、ビードのアレイであることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項６】
上記試薬が、上記１つまたは複数のポリヌクレオチドに相補的な第２のシーケンスを伸長させる成分を含むことを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
上記試薬が蛍光標識されたヌクレオチド三リン酸であることを特徴とする請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
上記試薬が蛍光標識されたオリゴヌクレオチドであることを特徴とする請求項６に記載のシステム。
【請求項９】
上記照射システムが、光ファイバを介して結合された少なくとも１つの励起用レーザを備えることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項１０】
一様な照射フットプリントを得るように、上記ファイバが物理的に変形されることを特徴とする請求項９に記載のシステム。
【請求項１１】
上記物理的な変形が圧搾によることを特徴とする請求項１０に記載のシステム。
【請求項１２】
上記物理的な変形が振動によることを特徴とする請求項１０に記載のシステム。
【請求項１３】
上記検出器がＣＣＤカメラからなることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項１４】
上記検出器が２台のＣＣＤカメラからなることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項１５】
上記検出器が４台のＣＣＤカメラからなることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項１６】
上記検出器が、上記蛍光標識された試薬からの蛍光発光と、上記レーザからの１つまたは複数の光の波長と、に適当な１つまたは複数の光学フィルタをさらに備えることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項１７】
上記検出器要素が、自動焦点メカニズムを備えることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項１８】
２つのフローセルに同時に作用する２つの流体ステーションを備えることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項１９】
上記照射システムは、光ファイバデバイスを介して結合された２つの励起用レーザを備え、これらのレーザが少なくとも部分的に同じ領域を照射することを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項２０】
上記試薬は、互いに異なる蛍光標識を有する４種類の試薬を含み、上記検出器が、上記蛍光標識された４種類の試薬からの蛍光発光と、上記レーザからの光の波長と、に適当な４種類の光学フィルタをさらに備えることを特徴とする請求項１６に記載のシステム。
【請求項２１】
上記レーザが、５３２ｎｍおよび６６０ｎｍの波長で放射されることを特徴とする請求項１９に記載のシステム。
【請求項２２】
上記フローセルが、チャネル層と、このチャネル層上に重ねられた保護層と、を含み、上記チャネル層は、流体チャネルを含み、上記保護層には、上記流体チャネルへのアクセスを提供する貫通孔が形成されていることを特徴とする請求項３に記載のシステム。
【請求項２３】
上記チャネル層が感光ガラスからなることを特徴とする請求項２２に記載のシステム。
【請求項２４】
上記流体チャネルが、該流体チャネルの第１の端部における１つまたは複数の入口ポートと、該流体チャネルの第２の端部における１つまたは複数の出口ポートと、を有し、これらの入口ポートおよび出口ポートは、該流体チャネルを通流する液体の均一な流れを維持するように、互いに配置されていることを特徴とする請求項３に記載のシステム。
【請求項２５】
上記ファイバが、ほぼ矩形の断面形状を有するコアを含むことを特徴とする請求項９に記載のシステム。
【請求項２６】
上記照射システムが、上記検出器によって検出される自動焦点スポットを提供するように構成され、上記コンピュータシステムが、上記自動焦点スポットを使用して上記検出器の焦点を合わせることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項２７】
上記ポリヌクレオチドがＤＮＡクラスタを含み、上記試薬は、蛍光標識を有する塩基を含み、各ＤＮＡクラスタは、共通のシーケンスを有する複数の単一鎖ＤＮＡ断片を含み、さらに、
上記流体誘導システム、温度制御システム、照射システム、検出器要素およびコンピュータシステムは、協働して、
（ｉ）上記ＤＮＡクラスタのＤＮＡ断片に少なくとも１つの塩基を組み込むステップと、
（ｉｉ）上記ＤＮＡクラスタに照射し、上記塩基の蛍光標識を励起させるステップと、
（ｉｉｉ）上記ＤＮＡクラスタから発光された蛍光の像を捕捉するステップと、
（ｉｖ）上記ＤＮＡクラスタから発光された蛍光に基づいて、上記ＤＮＡクラスタのＤＮＡ断片に組み込まれた塩基を特定するステップと、
（ｖ）上記塩基から上記蛍光標識を除去するステップと、
を含むＤＮＡシーケンシングサイクルを実行することを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項２８】
上記塩基は、互いに異なる蛍光標識を有する４種類の塩基のうちの１つであることを特徴とする請求項２７に記載のシステム。
【請求項２９】
上記ＤＮＡ断片のシーケンスを決定するために、ステップ（ｉ）〜（ｖ）を繰り返し行うことを特徴とする請求項２７に記載のシステム。
【請求項３０】
上記試薬は、互いに異なる蛍光標識を有する４種類の塩基を含み、上記照射システムは、第１のレーザおよび第２のレーザを含み、この第１のレーザおよび第２のレーザによって上記４種類の蛍光標識が励起されるように、第１のレーザおよび第２のレーザの各々は、上記４種類の蛍光標識のうちの２種類の蛍光標識を励起させることを特徴とする請求項１に記載のシステム。
【請求項３１】
上記蛍光発光の選別に用いる４種類の光学フィルタをさらに備え、この４種類のフィルタのうちの２種類のフィルタが他の２種類のフィルタよりも狭い帯域幅を有することを特徴とする請求項３０に記載のシステム。
【請求項３２】
上記流体誘導システムは、上記フローセルの下流に配置されたポンプを備え、このポンプによって、上記フローセル内に試薬が引き込まれることを特徴とする請求項３に記載のシステム。
【請求項３３】
上記検出器がＣＣＤカメラであり、このＣＣＤカメラで記録されるＤＮＡクラスタの密度が、百万ピクセル当たり約５，０００〜５０，０００クラスタであることを特徴とする請求項２７に記載のシステム。