【事件の表示】
　特願２０１５−１７６４０７「標的ＤＮＡに特異的なガイドＲＮＡおよびＣＡＳタンパク質コード核酸またはＣＡＳタンパク質を含む、標的ＤＮＡを切断するための組成物、ならびにその使用」拒絶査定不服審判事件〔平成２８年　２月２５日出願公開、特開２０１６−　２７８０７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成２５年１０月２３日（パリ条約による優先権主張　２０１２年１０月２３日　米国、２０１３年３月２０日　米国、２０１３年６月２０日　米国）を国際出願日とする特許出願である特願２０１５−５３８０３３号の一部を、平成２７年９月８日に新たな特許出願としたものであって、その手続の経緯は以下のとおりである。
　平成２８年１０月２１日　　：手続補正書の提出
　平成２８年１２月１２日付け：拒絶理由通知書
　平成２９年　６月２０日　　：意見書、手続補正書、手続補足書（参考試
　　　　　　　　　　　　　　　料１−１７）の提出
　平成２９年　８月２２日付け：拒絶査定
　平成２９年１２月２８日　　：審判請求書、手続補正書の提出　
　平成３０年　２月１５日　　：審判請求書を対象とする手続補正書（方式
　　　　　　　　　　　　　　　）の提出
　平成３０年　２月１６日　　：手続補足書（参考資料１８−３３）の提出
第２　平成２９年１２月２８日にされた手続補正についての補正の却下の決定
［補正の却下の決定の結論］
　平成２９年１２月２８日にされた手続補正（以下「本件補正」という。）を却下する。
［理由］
１　本件補正について
（１）本件補正後の特許請求の範囲の記載
　本件補正により、特許請求の範囲の請求項１の記載は、次のとおり補正された。（下線部は、補正箇所である。）
「【請求項１】
　(i)標的DNAに特異的なガイドRNA、もしくはガイドRNAをコードするDNA、および
　(ii)Cas9タンパク質コード核酸もしくはCas9タンパク質
を含有する、真核細胞または真核生物中の標的DNAを切断するための組成物であって、ガイドRNAが
　(a)標的DNAとハイブリダイズするCRISPR RNA（crRNA）およびトランス活性化crRNA（tracrRNA）、または
　(b)tracrRNA配列に融合したcrRNA配列を含み、かつ標的DNAとハイブリダイズする一本鎖RNA（sgRNA）
を含み、標的DNAが真核細胞のDNAであ
り、切断が標的DNAにindelを誘発する
（２）本件補正前の特許請求の範囲
　本件補正前の、平成２９年６月２０日にされた手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１の記載は次のとおりである。
「【請求項１】
　(i)標的DNAに特異的なガイドRNA、もしくはガイドRNAをコードするDNA、および
　(ii)Cas9タンパク質コード核酸もしくはCas9タンパク質
を含有する、真核細胞または真核生物中の標的DNAを切断するための組成物であって、ガイドRNAが
　(a)標的DNAとハイブリダイズするCRISPR RNA（crRNA）およびトランス活性化crRNA（tracrRNA）、または
　(b)tracrRNA配列に融合したcrRNA配列を含み、かつ標的DNAとハイブリダイズする一本鎖RNA（sgRNA）
を含み、標的DNAが真核細胞のDNAである、上記組成物。」
２　補正の適否
　本件補正は、補正前の請求項１に記載された「標的ＤＮＡを切断するための組成物」に係る発明を特定するために必要な事項である「切断」について、上記のとおり限定を付加するものであって、補正前の請求項１に記載された発明と補正後の請求項１に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるから、特許法第１７条の２第５項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。 
　そこで、本件補正後の請求項１に記載される発明（以下「本件補正発明」という。）が同条第６項において準用する同法第１２６条第７項の規定に適合するか（特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか）について、以下、検討する。
（１）本件補正発明
　本件補正発明は、上記１（１）に記載したとおりのものである。
（２）引用文献の記載 
ア　引用文献１ 
　原査定で引用された、本願の第１優先日（２０１２年１０月２３日）前に頒布された刊行物である、引用文献１（Science, Aug 2012, Vol.337, p.816-821, Supplementary Materials）は、「細菌の獲得免疫におけるデュアルＲＮＡ誘導性のプログラム可能なＤＮＡエンドヌクレアーゼ」と題する学術論文であって、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。 
  
（ア−１）「クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）系は、侵入する核酸の抑制を誘導するために、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）を利用するウイルスやプラスミドに対する獲得免疫を、細菌や古細菌に提供するものである。ここで私たちは、この系の一部分において、成熟ｃｒＲＮＡが、トランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）と塩基対を組むことで、標的ＤＮＡに二本鎖切断を導入するようにＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質Ｃａｓ９を誘導する２つのＲＮＡからなる構造を形成することを示す。・・・このデュアル−ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡは、一本鎖ＲＮＡキメラとして設計されたときも、配列特異的なＣａｓ９による二本鎖ＤＮＡ切断を誘導する。私たちの研究は、部位特異的ＤＮＡ切断のためにデュアル−ＲＮＡを使用するエンドヌクレアーゼのファミリーを明らかにし、ＲＮＡでプログラム可能なゲノム編集のためにこのシステムを利用する可能性を強調する。」（要約） 
  
（ア−２）「ここで私たちは、ＩＩ型の系において、Ｃａｓ９タンパク質が、標的二本鎖ＤＮＡを切断するために、活性化ｔｒａｃｒＲＮＡと標的指向ｃｒＲＮＡの間の塩基対構造を必要とする酵素ファミリーを構成するものであることを示す。位置特異的切断は、標的であるプロトスペーサーＤＮＡとｃｒＲＮＡの間の塩基対を形成する相補性と、標的ＤＮＡの領域に並置される短いモチーフ［プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）と呼ばれる］により定められる場所で生じる。」（第８１６頁中欄第２５行〜第３５行） 
 
（ア−３）「私たちは、成熟ｃｒＲＮＡ単独では、Ｃａｓ９に触媒されるプラスミドＤＮＡの切断を導けないことを発見した。・・・しかしながら、ｃｒＲＮＡのリピート配列と対を形成し、この系においてｃｒＲＮＡの成熟に必要不可欠であるｔｒａｃｒＲＮＡを追加することが、Ｃａｓ９がプラスミドＤＮＡを切断することの引き金となった。」（第８１６頁右欄第１９行〜第２５行）
 
（ア−４）「私たちは、標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含む２つのバージョンのキメラＲＮＡを設計した。・・・プラスミドＤＮＡを用いた切断アッセイにおいて、長い方のキメラＲＮＡは、切断ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体を用いた場合に観察された場合と同じような挙動でＣａｓ９によるＤＮＡ切断を誘導できることを観察によって確認した。」（第８２０頁左欄第５行〜第１８行） 
  
（ア−５）「図５　Ｃａｓ９は、ｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの特徴を組み合わせた単一のエンジニアリングされたＲＮＡ分子を使用して、プログラムすることができる。（Ａ）（上）ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムにおいて、Ｃａｓ９は、活性化しているｔｒａｃｒＲＮＡ及び標的化ｃｒＲＮＡにより形成される２つのＲＮＡ構造により誘導されて、部位特異的に標的となった二本鎖ＤＮＡを切断する。（下）ｃｒＲＮＡの３’末端をｔｒａｃｒＲＮＡの５’末端に融合することにより生成されたキメラＲＮＡ。　 
  
 」 
  
（ア−６）「ジンク−フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼは、ゲノムを操作するために設計された人工酵素として、大きな関心を集めた。私たちは、遺伝子ターゲティングとゲノム編集への応用に向けた大きな潜在能力をもたらし得るＲＮＡによりプログラムされたＣａｓ９に基づく代替的な手法を提案する。」（第８２０頁右欄第２行〜第９行）
  
（ア−７）「プラスミドＤＮＡ切断アッセイ 
 ・・・ 
未処理の、あるいは制限酵素処理により鎖状化されたプラスミドＤＮＡ（300ng（〜8nM））は、精製されたＣａｓ９タンパク質（50-500nM）とｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体（50-500nM, 1:1）とともに、Ｃａｓ９プラスミド切断緩衝液（20mM HEPES pH7.5, 150mM KCL, 0.5mM DTT, 0.1mM EDTA）中で、10mM MgCl2を加えて、あるいは加えずに、３７℃で６０分間インキュベートした。」（SUPPLEMENTARY MATERIALS AND METHODS） 
  
イ　周知例１ 
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、Gene Therapy, 2008, Vol.15, p.1463-1468は、ゲノム編集技術の１つであるジンク−フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）に関する総説であって、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。 
（イ−１）「ＺＦＮ誘導性切断は、２つの異なる様式の遺伝子編集に用いることができる。つまり、相同組換えと非相同末端結合（ＮＨＥＪ）である。ＮＨＥＪはしばしば不正確で、局所的な挿入や欠失を生じるものであるが、遺伝子を不活性化することが目的であるケースにおいては十分であり得る。」（第１４６３頁右欄下から１１行〜下から６行）
（イ−２）「公表された報告は、種々の生物の内因性染色体における、成功したＺＦＮ誘導性の１４遺伝子のターゲティングについて述べている。哺乳類細胞で６遺伝子、ゼブラフィッシュで３遺伝子、ショウジョウバエで３遺伝子、線虫と植物細胞で１遺伝子ずつである。」（第１４６４頁右欄第１行〜第５行） 
  
ウ　周知例２ 
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、Methods, 2011, Vol.53, p.339-346には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。 
  
（ウ−１）「相同組換えのより高い効率が、ジンク−フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮｓ）に基づく技術を用いることにより達成される。ＺＦＮは、あらかじめ定められたゲノムの位置において、ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢｓ）を引き起こす分子はさみである。・・この酵素的に誘導されるＤＳＢは、短い挿入や欠失につながり、誤りが生じやすい非相同末端結合（ＮＨＥＪ）か、外因性ドナーＤＮＡと標的位置の間の相同組換えに基づく相同性指向修復（ＨＤＲ）により修復され得る。・・・典型的には、ＺＦＮ誘導性のＤＳＢは、相同組換えの効率を数千倍に高める。全体では、ＺＦＮテクノロジーは、ショウジョウバエ、植物、ゼブラフィッシュ、ラット、そして、マウスあるいはヒトの多能性幹細胞を含め１０以上の生物にうまく適用された。」（第３３９頁右欄最終段落〜第３４０頁左欄下から３行） 
  
エ　周知例３ 
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、Nature Biotechnology, 2011, Vol.29, p.143-148には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。 
  
（エ−１）「これらの結果は、ＴＡＬＥヌクレアーゼキメラ（ＴＡＬＥＮｓ）の選択的ゲノム切断のため位置特異的エンドヌクレアーゼとしての潜在的な利用に関する関心に拍車をかけた。ここでは私たちは、内因性遺伝子の効率的な修復を仲介できるＴＡＬＥＮの開発を報告する。まず、私たちは、標的とされたエピソーマルレポーターと内因性遺伝子の制御を通して、哺乳類の細胞の環境におけるＴＡＬＥ活性を示す」（第１４３頁右欄第８行〜第１３行） 
  
オ　周知例４ 
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、Nucleic Acids Research, 2011, Vol.39, e82には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。 
  
（オ−１）「結果として、ＴＡＬエフェクターは、ＤＮＡターゲティングツールとして大きな関心を集めた。特に、私たちと他のグループは、ゲノム編集のためにインビボにおけるＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢｓ）を生成するため、ＴＡＬエフェクターをＦｏｋＩヌクレアーゼの触媒ドメインと融合できることを示した。・・・ＤＳＢｓはほぼ全ての細胞において、しばしば短い挿入や欠失をもたらし遺伝子破壊に利用され得る非相同末端結合（ＮＨＥＪ）と、遺伝子の挿入や置換のために用いられ得る相同組換え（ＨＲ）という、高度に保存された２つの過程のうちのいずれかにより修復される。」（第２頁左欄第５行〜第１９行）  
（オ−２）「私たちは、このソフトウェアにより標的化されプラスミドを用いて組み立てたＴＡＬＥＮが酵母ＤＮＡ切断アッセイにおいて活性であり、ヒト細胞とシロイヌナズナのプロトプラストにおける遺伝子ターゲティングに効果的であることを示す。」（第２頁右欄第３５行〜第４０行） 
  
カ　周知例５ 
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、国際公開第２０１２／０１２７３８号には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから、訳文として当該刊行物の国内公表公報である特表２０１３−５３７４１０号公報の記載事項及び摘記箇所を示す。 
  
（カ−１）「【請求項１】 
 　細胞中の少なくとも１つの内因性染色体配列を編集する方法であって、 
 ａ）前記細胞内に、（ｉ）少なくとも１つの標的化エンドヌクレアーゼであって、前記染色体配列中の標的切断部位に二本鎖切断を導入することができる、標的化エンドヌクレアーゼ、または前記標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸、および（ｉｉ）前記標的切断部位の少なくとも１つの側の染色体配列に対する実質的な配列同一性を有する第１の部分を含む少なくとも１つの一本鎖核酸を導入すること；ならびに 
 ｂ）前記標的化エンドヌクレアーゼによって導入される前記二本鎖切断が、前記染色体配列が前記一本鎖核酸の配列と交換され、それによって前記染色体配列を編集する相同性指向プロセスによって修復される条件下に、前記細胞を維持すること 
 を含む、方法。 
 ・・・ 
【請求項１３】 
　前記標的化エンドヌクレアーゼが、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）ヌクレアーゼ、部位特異的ヌクレアーゼ、または人工標的ＤＮＡ二本鎖切断誘導剤である、請求項１に記載の方法。」 
  
（カ−２）「【００６４】 
（ｄ）細胞 
　本方法は、上記に記載の標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）を細胞内に導入することを含む。様々な細胞が、本方法における使用に適している。概して、細胞は、真核細胞または単細胞真核生物であろう。」 
（カ−３）「【００６８】
（ｅ）細胞への送達
　上記に記載の標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）は、様々な手段で細胞内に導入することができる。好適な送達手段には、微量注入、エレクトロポレーション、ソノポレーション、遺伝子銃、リン酸カルシウム媒介型トランスフェクション、陽イオン性トランスフェクション、リポソームトランスフェクション、デンドリマートランスフェクション、熱ショックトランスフェクション、ヌクレオフェクショントランスフェクション、マグネトフェクション、リポフェクション、インペールフェクション、光学トランスフェクション、専有の薬剤増強型の核酸取り込み、およびリポソーム、免疫リポソーム、ビロソーム、または人工ビリオンを介する送達が含まれる。一実施形態において、標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）は、ヌクレオフェクションによって細胞内に導入することができる。別の実施形態において、標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）は、微量注入によって細胞（例えば、１細胞胚）中に導入することができる。標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）は、細胞核または細胞質中に微量注入してもよい。」
キ　周知例６ 
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、特表２００１−５０３９７１号には、以下の事項が記載されている。 
  
（キ−１）「注目する遺伝子は大腸菌β-ガラクトシダーゼ・リポーター遺伝子からなり、その発現は、X-Gal（4−クロロ-5−ブロモ-3−インドリル-β-D−グラクトピラノシド）での染色により容易に検出できる。これは、その3'部分に真核細胞核局在シグナルをコードする配列を与える。組換えβ−ガラクトシダーゼの核局在により、Xgalによってもまた検出可能な宿主細胞の内生β-ガラクトシダーゼとの交差反応により生ずるバックグラウンドノイズの問題の排除が可能となり、それゆえに固定されたプラスミドからの酵素活性の特異的検出が可能となる。」（第２３頁下から２行〜第２４頁第６行） 
  
ク　周知例７ 
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、特開平１０−８０２７４号には、以下の事項が記載されている。 
  
（ク−１）「【請求項１】 核移行シグナル（ＮＬＳ）遺伝子およびテトラサイクリン・トランスアクチベーター（ｔＴＡ）遺伝子を含んでなる組み換え遺伝子。」 
  
ケ　周知例８ 
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、特表２００２−５３８８４２号には、以下の事項が記載されている。 
  
（ケ−１）「 【０１４７】 
　（核局在化シグナルの導入はｔｅｔＲ媒介抑制を促進する） 
　ｔｅｔＲ分布が主に細胞質で観察されたので、核局在シグナル（ＮＬＳ）をｔｅｔＲ遺伝子の３’末端に導入し、核への導入を促進し、そして結果的にｔｅｔＲ媒介の転写抑制を強化した。」 
コ　周知例９
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、国際公開第２０１１／１３０３４６号には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから、訳文として当該刊行物の国内公表公報である特表２０１３−５２３１８１号公報の記載事項及び摘記箇所を示す。 
（コ−１）「【０１０４】
（ｃ）細胞への送達
　本方法は、標的エンドヌクレアーゼまたは標的エンドヌクレアーゼをコードする核酸およびドナーポリヌクレオチドを、細胞内に導入することを含む。適した細胞は上記（Ｉ）（ｃ）節に詳述される。
【０１０５】
　適した送達方法には、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、ソノポレーション、微粒子銃（ｂｉｏｌｉｓｔｉｃｓ）、リン酸カルシウム介在トランスフェクション（ｃａｌｃｉｕｍ  ｐｈｏｓｐｈａｔｅ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ）、陽イオントランスフェクション、リポソームトランスフェクション、デンドリマートランスフェクション、熱ショックトランスフェクション、ヌクレオフェクショントランスフェクション、マグネトフェクション、リポフェクション、インペールフェクション（ｉｍｐａｌｅｆｅｃｔｉｏｎ）、オプティカルトランスフェクション（ｏｐｔｉｃａｌ  ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ）、専売薬剤（ｐｒｏｐｒｉｅｔａｒｙ  ａｇｅｎｔ）で促進された核酸の取り込み、およびリポソーム、免疫リポソーム、ビロソーム、あるいは人工ビリオンを介する送達、が挙げられる。一つの実施形態では、分子はヌクレオフェクションにより細胞内に導入することができる。別の実施形態では、分子はマイクロインジェクションにより細胞内に導入することができる。分子は、細胞の核内あるいは細胞質内にマイクロインジェクションすることができる。」
（３）引用発明 
　上記（ア−１）〜（ア−５）、（ア−７）（特に、図５Ａ）のとおり、引用文献１では、ｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡのデュアルＲＮＡとＣａｓ９タンパク質を用いたＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系、及び、ｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡに基づいて設計されたキメラＲＮＡとＣａｓ９タンパク質を用いたＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系により、緩衝液中でｃｒＲＮＡと塩基対を形成する標的ＤＮＡが開裂されることが実験により確認されているから、引用文献１には、以下の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。 
 　 
「Ｃａｓ９タンパク質を含有する、緩衝液中の標的ＤＮＡを切断するための組成物であって、さらに、
　(a)標的ＤＮＡとハイブリダイズするｃｒＲＮＡとｔｒａｃｒＲＮＡのデュアルＲＮＡ、または
　(b)ｔｒａｃｒＲＮＡ配列に融合したｃｒＲＮＡ配列を含み、かつ標的ＤＮＡとハイブリダイズするキメラＲＮＡ
を含み、標的ＤＮＡがプラスミドＤＮＡである、上記組成物。」
（４）対比 
　本件補正発明と引用発明を対比すると、引用発明の「(a)標的ＤＮＡとハイブリダイズするｃｒＲＮＡとｔｒａｃｒＲＮＡのデュアルＲＮＡ」は、本件補正発明の「(a)標的ＤＮＡとハイブリダイズするＣＲＩＳＰＲ　ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）およびトランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）」を含む「標的ＤＮＡに特異的なガイドＲＮＡ」に相当し、引用発明の「(b)ｔｒａｃｒＲＮＡ配列に融合したｃｒＲＮＡ配列を含み、かつ標的ＤＮＡとハイブリダイズするキメラＲＮＡ」は、本件補正発明の「(b) ｔｒａｃｒＲＮＡ配列に融合したｃｒＲＮＡ配列を含み、かつ標的ＤＮＡとハイブリダイズする一本鎖ＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）」を含む「標的ＤＮＡに特異的なガイドＲＮＡ」に相当する。
　他方、本件補正発明は、「切断が標的ＤＮＡにｉｎｄｅｌを誘発する」と特定されているところ、本願明細書【０１１５】段落には、「ＲＧＥＮを含む人工ヌクレアーゼは、ヌクレアーゼによって引き起こされるＤＳＢがエラーを起こしやすい非相同末端結合（ＮＨＥＪ）によって修復される際に、標的部位に小さな挿入または欠失（ｉｎｄｅｌ）を誘発する」（当審注：「ＲＧＥＮ」は、「ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ」を意味し、「ＤＳＢ」は「二本鎖切断」を意味する。）と記載されている。ここで、「非相同末端結合（ＮＨＥＪ）」とは、広く細胞が有しているＤＮＡ修復機構の１つであり、細胞が有するゲノムＤＮＡに二本鎖切断が生じた場合に、細胞に内在する酵素等により、それを修復するものである（生化学事典, 第４版, ２００７年, 第１０６６頁）ところ、引用発明においては、標的ＤＮＡの切断は緩衝液中で生じていることから、標的ＤＮＡにｉｎｄｅｌは誘発されないと認められる。
　以上のことから、本件補正発明と引用発明の一致点と相違点は、次のとおりである。 
  
 【一致点】 
「(i)標的ＤＮＡに特異的なガイドＲＮＡ、および
　(ii)Ｃａｓ９タンパク質
を含有する、標的ＤＮＡを切断するための組成物であって、ガイドＲＮＡが
　(a)標的ＤＮＡとハイブリダイズするＣＲＩＳＰＲ　ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）およびトランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）、または
　(b) ｔｒａｃｒＲＮＡ配列に融合したｃｒＲＮＡ配列を含み、かつ標的ＤＮＡとハイブリダイズする一本鎖ＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）
を含む、上記組成物。」
【相違点１】 
　本件補正発明は、「真核細胞または真核生物中」の標的ＤＮＡを切断するための組成物であり、その標的ＤＮＡが「真核細胞」のＤＮＡであるのに対して、引用発明は、「緩衝液中」の標的ＤＮＡを切断するための組成物であり、その標的ＤＮＡが「プラスミド」ＤＮＡである点。
【相違点２】
　本件補正発明は、「切断が標的ＤＮＡにｉｎｄｅｌを誘発する」のに対して、引用発明は、切断が標的ＤＮＡにｉｎｄｅｌを誘発しない点。
（５）判断
ア　相違点１について 
　上記（ア−１）、（ア−６）のとおり、引用文献１には、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系が遺伝子ターゲティングとゲノム編集への応用に向けた大きな潜在能力をもたらし得ることに加えて、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系に基づく手法が、ゲノムを操作するために設計された人工酵素であるジンク−フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼの代替方法となり得ることも記載されている。 
　ここで、上記（イ−２）、（ウ−１）、（エ−１）、（オ−２）、（カ−１）、（カ−２）のとおり、本願第１優先日当時、ゲノム編集の主たる対象は真核細胞であって、ジンク−フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼが真核細胞中の標的ＤＮＡ、すなわち、核内のゲノムを切断するものであることは周知であるから、引用発明の組成物も真核細胞や真核生物中のゲノムに対して機能させようと試みることは当業者にとって、ごく自然な発想にすぎない。 
　そして、タンパク質や核酸を真核細胞中の核へ送達する各種手段が周知であったこと（例えば、上記（カ−３）、（キ−１）、（ク−１）、（ケ−１）、（コ−１）参照）に照らせば、当業者が前述のごく自然な発想を抱くことを妨げる特段の事情があったとも認められない。 
　したがって、引用発明の組成物を真核細胞や真核生物中の標的ＤＮＡの切断に用いることは、当業者が容易に想到し得ることといえる。
イ　相違点２について
　上記（イ−１）、（ウ−１）、（オ−１）にもあるように、細胞内でヌクレアーゼによるＤＮＡの二本鎖切断が生じた場合、非相同末端結合による修復が起こり、その際に、標的部位に短い挿入や欠失、すなわちｉｎｄｅｌが生じることは、本願第１優先日前に周知であった。
　ここで、上記アで述べたとおり、引用発明の組成物を真核細胞や真核生物中の標的ＤＮＡの切断に用いることは、当業者が容易に想到し得ることといえるところ、当該周知事項に照らすと、引用発明の組成物を用いて真核細胞中の標的ＤＮＡを切断すれば、自ずと細胞内在性の酵素等によりｉｎｄｅｌは誘発されるといえるのである。
ウ　よって、本件補正発明は、引用文献１に記載された発明及び本願優先日前の周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
 
（６）審判請求人の主張について 
　審判請求人が平成３０年２月１５日に提出した手続補正書（方式）による補正後の審判請求書においてする主張と、それに対する合議体の判断は次のとおりである。 
ア　審判請求人の主張 
（ア）引用文献１の開示について 
　引用文献１には、試験管内で、高濃度の精製した成分を使用し、真核細胞には存在しない条件下で行った実験が開示されており、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核細胞中で標的ＤＮＡを切断することを開示も示唆もしていない。ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）は真核生物転写因子由来のＤＮＡ結合ドメインを含むタンパク質であり、転写活性化様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）は真核細胞のクロマチン中のＤＮＡを認識して結合するように天然で進化したものであるのに対して、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系は、天然では原核生物においてのみ機能するものであるため、ＺＦＮ／ＴＡＬＥＮの真核細胞での使用から、真核細胞においてＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を使用して標的ＤＮＡを切断し、標的ＤＮＡにｉｎｄｅｌを誘発することが成功することを合理的に予測することはできなかった。 
  
（イ）成功の合理的な予測ができない理由について 
　真核細胞と原核細胞は、ゲノムサイズ、細胞内の区画化、クロマチンの存在、リボヌクレアーゼの存在、インターフェロン応答、分子シャペロンタンパク質、マグネシウム濃度等の点で相違していること、リボスイッチ及びグループＩＩイントロン等の原核生物のＲＮＡベースのシステムを真核生物に移そうとする試みの失敗の経験等から、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９の真核細胞中での使用に成功するという合理的な予測をもつことはできなかった。 
  
（ウ）技術者の当時の記述について 
　以下の証拠は、当業者が成功する合理的な予測が存在しなかったことを示す。  
（ウ−ａ）「これらの知見から、Ｃａｓ９：ｓｇＲＮＡ複合体が、部位特異的ゲノム編集を容易にし得るＤＳＢ（二本鎖ＤＮＡ切断）を生成するための簡単で用途の広いＲＮＡ指向型システムを構成できるかも知れないという刺激的な可能性が示唆された。しかしながら、このような細菌システムが真核細胞において機能するか否かはわからなかった。」（参考資料１５／eLife, 2013, Vol.2, e00471, p.1-9）。
（ウ−ｂ）「我々の２０１２年の論文（引用文献１）は大きな成功であったが、問題があった。我々には、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核生物−植物及び動物細胞で機能するか否か確かではなかった。」（参考資料１６／Catalyst Magazine, 2014, Vol.9, p.18-20）
（ウ−ｃ）Doudna博士（当審注：引用文献１の著者の一人）は、ヒト細胞内でＣＲＩＳＰＲを機能させる経験での「多くの挫折」をレポーターと共有することで、この分野に存在した予測不可能性を強調し、もし成功したら、ＣＲＩＳＰＲは「非常に大きな発見（profound discovery）」であるということを彼女が知っていたことを明らかにしている（参考資料２１／Pandika, January 2014, Rising Stars）。
（ウ−ｄ）ゲノム編集ツールの権威であるGeorge Churchは、細菌から真核細胞、ヒト細胞へのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムの進歩を「大きな飛躍（huge jump）」としている（参考資料２２／The Augmented Human Being, 2016, Edge. org.）。
（ウ−ｅ）「・・・Ｃａｓ９がクロマチン標的に対して効果的に作用すること、又は必要なＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドがこの状況で安定化され得ることについて何の保証もない。・・・真核生物におけるシステムに適用する試みのみが、これらの懸念事項に対処することになるであろう。」（参考資料１４／Molecular Therapy, 2012, Vol.20, p.1658-1660）
（エ）驚くべき結果について
　ＺＦＮのオフターゲット事象とＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓのオフターゲット事象とを比較すると、ＣＲＩＳＰＲ／ＣａｓがＺＦＮよりも特異的であること（実施例１−３）、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して真核細胞における標的ＤＮＡを切断しｉｎｄｅｌを誘導できることは、引用文献から予測できるものではなかった。
イ　判断 
（ア）審判請求人の主張（ア）、（イ）について 
　審判請求人の主張は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９の真核細胞への適用が成功するという合理的な予測がなかったという点にとどまるものである。上記（５）で述べたとおり、引用発明の組成物を真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることに十分な動機付けがある以上、単にその成功に合理的な予測がなかったという点のみをもって、当業者がそのような試みを行うことを妨げるような阻害要因があったということはできない。そして、それを使用するにあたって、エンドヌクレアーゼや核酸を細胞に送達するための周知技術を適用したり、常套手段である核局在化シグナルをＣａｓ９タンパク質に付与したりすることは、当業者が特段の創意工夫なくなし得ることであり（例えば、上記（カ−３）、（キ−１）、（ク−１）、（ケ−１）、（コ−１）参照）、実際にそのような周知技術を適用するに際し格別の技術的困難性があったと認めるに足る根拠は見いだせない。 
  
（イ）審判請求人の主張（ウ）について 
　上記（ウ−ｂ）については、参考資料１６の第４頁左欄第３段落（審判請求人の指摘箇所の次の段落）には、「Doudnaは『私の研究室は、どのようにすればＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核細胞において適切に機能するかについて探索を始めた』と述べた。『その間、ハーバードのGeorge ChurchやMITのFeng Zhangの研究グループもまた、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核細胞において機能し得るか否かを確認するため、懸命に作業を行っていた』」（訳文は当審が作成した。）と記載されている。当該記載からみれば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核生物で機能するか否かは確かではなかったものの、多くの研究グループが同時に、ＣＲＩＰＳＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に適用するための研究を行っていたといえ、このことは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に適用しようとすることに十分な動機付けがあったことを示唆している。
　上記（ウ−ｃ）については、参考資料２１において、審判請求人が挙げた点に関して、Doudna博士が、もし成功したら、ＣＲＩＳＰＲは「非常に大きな発見（profound discovery）」であると認識していたのであれば、それはむしろ、成功の合理的な予測がなかったとしても、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９の真核細胞への適用を試みることに動機付けがあったことを示唆しているといえる。
　上記（ウ−ｄ）については、参考資料２２の第３頁下から２段落には「２０１３年の１月、私たちが最初にそれを細菌から人間に移した−大きな飛躍（huge jump）−。そして、私たちを含めて多くの他の研究室が、それを他の生物に適用した」（訳文は当審が作成した。）と記載されている。すなわち、当該資料において「大きな飛躍」と述べられているのは、２０１３年１月にGeorge Churchが示した研究成果のことであり、本件補正発明を「大きな飛躍」と述べているとは認められない。また、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９の真核細胞への適用について、「成功する合理的な予測が存在しなかった」ことを示しているとも認められない。
　上記（ウ−ｅ）については、参考資料１４の最終段落には「ＣＲＩＳＰＲ系が次の次の標的切断試薬を提供するかはまだ分からないが、試してみる価値が明らかにある」（訳文は当審が作成した。）と記載されている。当該記載は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に適用しようとすることに動機付けがあることを示しているといえる。
　また、上記（ウ−ａ）の参考資料１６の記載についても、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核生物において機能するかはわからなかったと述べるにとどまっている。
　以上のように、審判請求人が当時の記述として挙げる参考資料の中には、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に適用しようとすることに動機付けがあったことを示唆するものが含まれており、仮にそうでなくとも、いずれの参考資料での指摘も、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系が真核細胞中のゲノムで機能するか否かは予測できなかったという指摘にとどまるものである。
　そして、上記（ア）でも述べたとおり、引用発明の組成物を真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることに十分な動機付けがある以上、単にその成功に合理的な予測がなかったという点のみをもって、当業者がそのような試みを行うことを妨げるような阻害要因があったということはできない。
  
（ウ）審判請求人の主張（エ）について
（ａ）オフターゲットについて
　本願明細書の段落【０１０１】には、「これらの結果は、３つの要因、すなわち、ガイドＲＮＡコードプラスミドではなく合成ガイドＲＮＡの使用、ｓｇＲＮＡではなくデュアルＲＮＡの使用、およびＧＸ１９ｓｇＲＮＡではなくＧＧＸ２０ｓｇＲＮＡの使用が、オフターゲット部位の識別に対して累積効果を有することを示唆する」と記載されているところ、審判請求人がＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系がＺＦＮよりも特異的であることの根拠として挙げる本願明細書の実施例１−３では、ガイドＲＮＡとして、それをコードプラスミドではなく、in vitro転写した合成ＲＮＡを使用し、さらにその５’末端にはグアニン２個が付加されている。
　したがって、本願明細書には、ガイドＲＮＡとして合成ＲＮＡを使用しなかった場合や、その５’末端にはグアニンを２個付加しなかった場合に、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系がＺＦＮよりも高い特異性を維持すると認めるに足る根拠は示されていない。
　そして、本件補正発明においては、ガイドＲＮＡが合成ガイドＲＮＡに特定されていないし、その５’末端にはグアニンを２個付加することも特定されていないのであるから、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系がＺＦＮよりも高い特異性を維持するという効果を、本件補正発明全体が奏するとは認められない。
（ｂ）ｉｎｄｅｌの誘導について
　上記（５）イで検討したとおり、真核細胞における標的ＤＮＡが切断され、ｉｎｄｅｌが誘導されることをもって、本件補正発明の進歩性を肯定することはできない。
（エ）以下に示す参考文献１−３は、発行日は本願第１優先日より後ではあるものの、その投稿日が本願第１優先日より前、あるいはほぼ同時期であり、本願発明者ら以外の独立した複数の研究グループが投稿した論文である。そして、これらの論文には、核局在化シグナルを付加したＣａｓ９タンパク質を用いたＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系により、真核細胞の核内で標的配列の切断を行ったことが記載されている。このことは、引用発明の組成物を真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることに十分な動機付けがあり、仮に、本願第１優先日前に、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系が真核生物において機能することを合理的に予測することができなかったとしても、それが阻害要因となるものではないことを示すものといえる。そして、本件補正発明に、それを超える格別の創意工夫が見いだせない以上、進歩性を否定するよりほかない。 
  
参考文献１：Science, Vol.339, p.819-823（投稿日：2012年10月5日、 
　　　　　　発行日：2013年1月3日） 
参考文献２：Science, Vol.339, p.823-826（投稿日：2012年10月26日、 
　　　　　　発行日：2013年1月3日） 
参考文献３：eLife, Vol.2, e00471, p.1-9（投稿日：2012年12月15日、 
　　　　　　発行日：2013年1月29日）
 
（オ）上記（ア）〜（エ）のとおりであるから、審判請求人の主張は採用することができない。 
  
（７）まとめ 
　よって、審判請求人の主張はいずれも採用できず、本件補正発明は、引用文献１に記載された発明及び本願第１優先日前の周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により、特許出願の際独立して特許を受けることができないものである。
３　小括
　以上のとおり、本件補正は、特許法第１７条の２第６項において準用する同法１２６条第７項の規定に違反するので、同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。
　よって、上記補正却下の決定の結論のとおり決定する。
第３　本願発明
　平成２９年１２月２８日にされた手続補正は、上記第２のとおり却下されたので、本願の請求項１−４０に係る発明は、平成２９年６月２０日に提出された手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１−４０に記載された事項により特定されるものであるところ、その請求項１に係る発明（以下「本願発明」という。）は、その請求項１に記載された事項により特定される、前記第２［理由］１（２）に記載のとおりのものである。
第４　原査定の拒絶の理由
　原査定の拒絶の理由１は、この出願の請求項１−４０に係る発明は、本願の優先日前に頒布された刊行物である下記の引用文献１に記載された発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、というものである。
引用文献１：Science, Aug 2012, Vol.337, p.816-821, Supplementary 
　　　　　　Materials
第５　理由１（特許法第２９条第２項）について
１　引用文献
　原査定の拒絶の理由で引用された引用文献１の記載事項は、前記第２［理由］２（２）アに記載したとおりである。
２　対比・判断
　そうすると、本願発明の発明特定事項を全て含み、さらに他の事項を付加したものに相当する本件補正発明が、前記第２の［理由］２に記載したとおり、引用文献１に記載された発明及び本願第１優先日前の周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、本願発明も、引用文献１に記載された発明及び本願第１優先日前の周知技術に基づいて、、当業者が容易に発明をすることができたものである。　
  
第６　むすび 
　以上のとおり、本願発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶されるべきものである。 
  
　よって、結論のとおり審決する。