【手続補正書】
【提出日】平成21年12月1日(2009.12.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫グロブリン重鎖可変ドメインを含んでなるポリペプチドであって、
(i) ＣＤＲＨ１は、カバット番号付けシステムに従ってＧが位置２６であり、Ｘ１が位置２８であり、このときＸ１がＳ及びＹから選択され、Ｘ２がＹ及びＳから選択され、Ｘ３がＹ及びＳから選択され、Ｘ４がＹ及びＳから選択され、そしてＸ５がＹ及びＳから選択される、アミノ酸配列Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｉ−Ｈ（配列番号：２２)を含み、
(ii) ＣＤＲＨ２は、カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置５０であり、このときＸ１がＹ及びＳから選択され、Ｘ２がＹ及びＳから選択され、Ｘ３がＹ及びＳから選択され、Ｘ４がＹ及びＳから選択され、Ｘ５がＹ及びＳから選択され、そしてＸ６がＹ及びＳから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｐ−Ｘ３−Ｘ４−Ｇ−Ｘ５−Ｔ−Ｘ６−Ｙ−Ａ−Ｄ−Ｓ−Ｖ−Ｋ−Ｇ（配列番号：２３)を含み、
(iii) ＣＤＲＨ３配列を含む、ポリペプチド。
【請求項２】
ＣＤＲＨ３配列が、
(a) カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置９５であり、このとき位置Ｘ１−Ｘ６のそれぞれのアミノ酸が５０％ Ｙ、２５％ Ｓ、及び２５％ Ｇのモル比のアミノ酸のプールから選択され、位置Ｘ７−Ｘ１７のそれぞれのアミノ酸が５０％ Ｙ、２５％ Ｓ及び２５％ Ｇのモル比のアミノ酸のプールから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１８がＧ及びＡから選択され、そして、Ｘ１９がＩ、Ｍ、Ｌ及びＦから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｘ１５−Ｘ１６−Ｘ１７−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｄ−Ｙ （配列番号：２４）、
(b) カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置９５であり、このとき位置Ｘ１−Ｘ６のそれぞれのアミノ酸が２５％ Ｙ、５０％ Ｓ、及び２５％ Ｒのモル比のアミノ酸のプールから選択され、位置Ｘ７−Ｘ１７のそれぞれのアミノ酸が２５％ Ｙ、５０％ Ｓ及び２５％ Ｒのモル比のアミノ酸のプールから選択されるかないしは存在せず、このときＸ１８がＧ及びＡから選択され、そして、Ｘ１９がＩ、Ｍ、Ｌ及びＦから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｘ１５−Ｘ１６−Ｘ１７−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｄ−Ｙ（配列番号：２６）、
(c) カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置９５であり、このとき位置Ｘ１−Ｘ６のそれぞれのアミノ酸が３８％ Ｙ、２５％ Ｓ、２５％ Ｇ及び１２％ Ｒのモル比のアミノ酸のプールから選択され、位置Ｘ７−Ｘ１７のそれぞれのアミノ酸が３８％ Ｙ、２５％ Ｓ、２５％ Ｇ及び１２％ Ｒのモル比のアミノ酸のプールから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１８がＧ及びＡから選択され、そして、Ｘ１９がＩ、Ｍ、Ｌ及びＦから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｘ１５−Ｘ１６−Ｘ１７−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｄ−Ｙ（配列番号：２７）、
(d) カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置９５であり、このとき位置Ｘ１−Ｘ６のそれぞれのアミノ酸が２０％ Ｙ、２６％ Ｓ、２６％ Ｇ、１３％ Ｒ、１％ Ａ、１％ Ｄ、１％ Ｅ、１％ Ｆ、１％ Ｈ、１％ Ｉ、１％ Ｋ、１％ Ｌ、１％ Ｍ、１％ Ｎ、１％ Ｐ、１％ Ｑ、１％ Ｔ、１％ Ｖ及び１％ Ｗのモル比のアミノ酸のプールから選択され、位置Ｘ７−Ｘ１７のそれぞれのアミノ酸が２０％ Ｙ、２６％ Ｓ、２６％ Ｇ、１３％ Ｒ、１％ Ａ、１％ Ｄ、１％ Ｅ、１％ Ｆ、１％ Ｈ、１％ Ｉ、１％ Ｋ、１％ Ｌ、１％ Ｍ、１％ Ｎ、１％ Ｐ、１％ Ｑ、１％ Ｔ、１％ Ｖ及び１％ Ｗのモル比のアミノ酸のプールから選択されされるかないしは存在せず、Ｘ１８がＧ及びＡから選択され、そして、Ｘ１９がＩ、Ｍ、Ｌ及びＦから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｘ１５−Ｘ１６−Ｘ１７−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｄ−Ｙ（配列番号：２８）、
(e) アミノ酸配列Ｘ１−Ｒ−Ｓ−Ｙ−Ｒ−Ｙ−Ｇ−Ｓ−Ｙ−Ｘ１０−Ｇ−Ｓ−Ｙ−Ｘ１４−Ｆ−Ｄ−Ｙ（配列番号：５７５）、
(f) カバット番号付けに従ってＸ１が位置９５にあって、Ｙ及びＲから選択され、Ｘ２がＹ、Ｓ及びＲから選択され、Ｘ３がＳ、Ｇ、Ｙ及びＨから選択され、Ｘ４がＳ、Ｇ、Ｙ及びＲから選択され、Ｘ５がＧ及びＡから選択され、Ｘ６がＦ、Ｍ、Ｌ及びＡから選択され、そして、Ｘ７がＦ、Ｍ及びＬから選択されるかないしは欠失している、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｄ−Ｙ（配列番号：５８２）、
(g) カバット番号付けに従ってＸ１がアミノ酸位９５にあって、Ｙ、Ｓ及びＧから選択され、Ｘ２がＹ、Ｓ、Ｇ、Ｒ、Ａ及びＭから選択され、Ｘ３がＧ、Ｙ、Ｓ及びＲから選択され、Ｘ４がＧ、Ｙ及びＦから選択され、Ｘ５がＹ、Ｓ、Ｎ及びＧから選択され、Ｘ６がＹ、Ｒ、Ｈ及びＷから選択され、Ｘ７がＧ及びＡから選択され、そして、Ｘ８がＦ、Ｍ、Ｌ及びＩから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｄ−Ｙ（配列番号：５８３）、
(h) Ｘ１がアミノ酸位９５であって、Ｙ、Ｓ、Ｒ、Ｇ及びＥから選択され、Ｘ２がＹ、Ｓ、Ｒ及びＧから選択され、Ｘ３がＳ、Ｙ、Ｇ及びＷから選択され、Ｘ４がＳ、Ｙ、Ｇ及びＱから選択され、Ｘ５がＧ、Ｙ及びＳから選択され、Ｘ６がＧ、Ｙ、Ｓ、Ｒ及びＶから選択され、Ｘ７がＳ、Ｙ、Ｇ及びＲから選択され、Ｘ８がＹ、Ｓ、Ｇ、Ｒ、Ｐ及びＶから選択され、Ｘ９がＧ、Ａ，Ｙ、Ｓ及びＲから選択され、Ｘ１０がＭ、Ｆ、Ｇ、Ｙ、Ｓ及びＲから選択され、Ｘ１１がＡ、Ｙ、Ｓ、Ｇ及びＲから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１２がＩ、Ｍ、Ｆ、Ｌ、Ａ、Ｇ、Ｓ、Ｙ、Ｒ及びＴから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１３がＦ、Ｍ、Ｌ、Ｇ、Ａ、Ｙ、Ｔ及びＳから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１４がＬ、Ｍ、Ｆ、Ｉ、Ｇ、Ｙ、Ａ及びＴから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１５がＭ、Ｌ、Ｙ、Ｇ及びＲから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１６がＹ及びＧから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１７がＲ、Ｍ及びＧから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１８がＰ及びＡから選択されるかないしは存在せず、そして、Ｘ１８がＬであるかないしは存在しない、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｘ１５−Ｘ１６−Ｘ１７−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｄ−Ｙ （配列番号：５８４）、又は
(i) カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置９５であって、位置Ｘ１−Ｘ１７のそれぞれのアミノ酸がＳと、Ａ、Ｃ、Ｆ、Ｇ、Ｉ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｔ、Ｗ又はＹのいずれか一とから選択されるかないしは存在せず、このときＸ１８がＧ及びＡから選択され、そして、Ｘ１９がＦ、Ｌ、Ｉ及びＭから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｘ１５−Ｘ１６−Ｘ１７−Ｘ１８−Ｘ１９
を含む、請求項１に記載のポリペプチド。  
【請求項３】
ポリペプチドがヒトのＤＲ５に結合する、請求項１から２のいずれか一に記載のポリペプチド。
【請求項４】
ポリペプチドが抗体である、請求項３に記載のポリペプチド。
【請求項５】
さらに、軽鎖可変ドメインを含んでなり、このとき
(i) ＣＤＲＬ３が、Ｘ１が位置９１にあって、Ｙ、Ｈ及びＳから選択され、Ｘ２がＹ及びＳから選択され、Ｘ３がＹ、Ｓ及びＴから選択され、Ｘ４がＹ、Ｓ及びＴから選択され、そして、Ｘ５がＳ、Ｐ及びＹから選択される、アミノ酸配列Ｑ−Ｑ−Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｐ−Ｘ５−Ｔ （配列番号：２５）を含むか、又は、
位置Ｘ１−Ｘ５のそれぞれのアミノ酸がＳと、Ｙ、Ｗ、Ｒ又はＦのいずれか一とから選択される、請求項１から４のいずれか一に記載のポリペプチド。
【請求項６】
免疫グロブリン重鎖可変ドメインを含んでなるポリペプチドであって、
(i) ＣＤＲＨ１は、カバット番号付けシステムに従ってＧが位置２６であり、Ｘ１が位置２８であり、このときＸ１−Ｘ５がシステイン以外の天然に生じるアミノ酸である、アミノ酸配列Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｉ−Ｈを含み、 
(ii) ＣＤＲＨ２は、カバット番号付けシステムに従ってＸ６が位置５０であり、このときＸ６−Ｘ１１がシステイン以外の天然に生じるアミノ酸である、アミノ酸配列Ｘ６−Ｉ−Ｘ７−Ｐ−Ｘ８−Ｘ９−Ｇ−Ｘ１０−Ｔ−Ｘ１１−Ｙ−Ａ−Ｄ−Ｓ−Ｖ−Ｋ−Ｇを含み、
(iii) ＣＤＲＨ３は、カバット番号付けシステムに従ってＸ１２が位置９５であって、このときｎが重鎖可変ドメインの機能的活性を保持しうる適切な数であり、Ｘ１２−Ｘ１９がシステイン以外の天然に生じるアミノ酸である、アミノ酸配列Ｘ１２−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｘ１５−Ｘ１６−（Ｘ１７）ｎ−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｄ−Ｙを含む、ポリペプチド。
【請求項７】
免疫グロブリン重鎖可変ドメインを含んでなるポリペプチドであって、
(i) ＣＤＲＨ１は、カバット番号付けシステムに従ってＧが位置２６であり、Ｘ１が位置２８であり、このとき位置Ｘ１−Ｘ５のそれぞれのアミノ酸がＳと、Ｙ、Ｗ、Ｒ又はＦのいずれか一とから選択される、アミノ酸配列Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｉ−Ｈを含み、
(ii) ＣＤＲＨ２は、カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置５０であり、このとき位置Ｘ１−Ｘ６のそれぞれのアミノ酸がＳと、Ｙ、Ｗ、Ｒ又はＦのいずれか一とから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｐ−Ｘ３−Ｘ４−Ｇ−Ｘ５−Ｔ−Ｘ６−Ｙ−Ａ−Ｄ−Ｓ−Ｖ−Ｋ−Ｇを含み、
(iii) ＣＤＲＨ３は、カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置９５であって、このとき位置Ｘ１−Ｘ１９のそれぞれのアミノ酸がＳと、Ｙ、Ｗ、Ｒ又はＦのいずれか一とから選択されるかないしは存在せず、このときＸ１８がＧ及びＡから選択され、そして、Ｘ１９がＦ、Ｌ、Ｉ及びＭから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｘ１５−Ｘ１６−Ｘ１７−Ｘ１８−Ｘ１９を含む、ポリペプチド。  
【請求項８】
ポリペプチドがヒトのＨＥＲ-２を結合する、請求項１から７のいずれか一に記載のポリペプチド。
【請求項９】
さらに、変異体ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３及び／又はＣＤＲＬ３に対応するポリペプチド可変ドメインについてフレームワーク領域ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及び／又はＦＲ４を含んでなり、該フレームワーク領域が単一ポリペプチド鋳型から得られる、請求項１から８のいずれか一に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
さらに、重鎖ポリペプチド可変ドメインのＣ末端領域に連結される二量体化ドメインを含んでなる、請求項１から９のいずれか一に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
ポリペプチド可変ドメインがウイルスコートタンパク質の少なくとも一部に融合される、請求項１から１０のいずれか一に記載のポリペプチドを含んでなる融合ポリペプチド。
【請求項１２】
請求項１から１１のいずれか一に記載のポリペプチドと担体を含んでなる組成物。
【請求項１３】
請求項１から１１のいずれか一に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項１４】
ポリペプチドの産生に適切な条件下で請求項１３に記載のポリヌクレオチドを含むベクターを含む宿主細胞を培養して、ポリペプチド又はその抗原結合断片を回収することを含んでなる、ポリペプチドの製造方法。 
【請求項１５】
少なくとも１×１０４の異なる抗体可変ドメイン配列を有する、請求項１から１１のいずれか一に記載のポリペプチドの複数を含んでなるライブラリ。
【請求項１６】
複数のポリペプチドを含んでなる組成物の製造方法であって、
(a) (i) ＣＤＲＨ１は、カバット番号付けシステムに従ってＧが位置２６であり、Ｘ１が位置２８であり、このときＸ１がＹ及びＳから選択され、Ｘ２がＹ及びＳから選択され、Ｘ３がＹ及びＳから選択され、Ｘ４がＹ及びＳから選択され、そしてＸ５がＹ及びＳから選択される、アミノ酸配列Ｇ−Ｆ−Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｉ−Ｈを含み、
(ii) ＣＤＲＨ２は、カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置５０であり、このときＸ１がＹ及びＳから選択され、Ｘ２がＹ及びＳから選択され、Ｘ３がＹ及びＳから選択され、Ｘ４がＹ及びＳから選択され、Ｘ５がＹ及びＳから選択され、そしてＸ６がＹ及びＳから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｉ−Ｘ２−Ｐ−Ｘ３−Ｘ４−Ｇ−Ｘ５−Ｔ−Ｘ６−Ｙ−Ａ−Ｄ−Ｓ−Ｖ−Ｋ−Ｇを含み、
(iii) ＣＤＲＨ３は、カバット番号付けシステムに従ってＸ１が位置９５であり、このとき位置Ｘ１−Ｘ６のそれぞれのアミノ酸が５０％ Ｙ、２５％ Ｓ、及び２５％ Ｇのモル比のアミノ酸のプールから選択され、位置Ｘ７−Ｘ１７のそれぞれのアミノ酸が５０％ Ｙ、２５％ Ｓ及び２５％ Ｇのモル比のアミノ酸のプールから選択されるかないしは存在せず、Ｘ１８がＧ及びＡから選択され、そしてＸ１９がＩ、Ｍ、Ｌ及びＦから選択される、アミノ酸配列Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７−Ｘ８−Ｘ９−Ｘ１０−Ｘ１１−Ｘ１２−Ｘ１３−Ｘ１４−Ｘ１５−Ｘ１６−Ｘ１７−Ｘ１８−Ｘ１９−Ｄ−Ｙを含む、複数のポリペプチドを製造することを含んでなる方法。
【請求項１７】
ポリペプチドのライブラリから標的抗原に結合するポリペプチドを選別する方法であって、
(a) 請求項１から１１のいずれか一に記載のポリペプチドを複数含むライブラリに固定した標的抗原を結合に適した条件下で接触させることによって標的抗原に特異的に結合する一又は複数のポリペプチドを単離し、
(b) 標的抗原に特異的に結合しないポリペプチドから標的抗原に特異的に結合する一又は複数のポリペプチドを分離し、標的抗原に特異的に結合する一又は複数のポリペプチドを回収し、標的抗原に特異的に結合する一又は複数のポリペプチドについて濃縮されたサブ集団を得て、そして、
(c) 場合によって、前の選別ラウンドから得られた標的抗原に特異的に結合する一又は複数のポリペプチドについて濃縮されたサブ集団を用いて(a)−(b)の工程を少なくとも２度繰り返す、
ことを含んでなる方法。
【請求項１８】
請求項１から１１のいずれか一に記載のポリペプチドを含有してなる、哺乳動物の癌を治療するための医薬。
【請求項１９】
請求項１から１１のいずれか一に記載のポリペプチドを含有してなる、炎症性又は免疫性の疾患に罹患しているか又は該疾患を発達させるリスクにある哺乳動物を治療するための医薬。
【請求項２０】
ポリペプチドが抗ＤＲ５抗体である、請求項１８又は１９に記載の医薬。