【事件の表示】
　特願２０１４−５４５２０６「関連するアクチノバクテリアの遺伝的形質転換のためのプラスミドとしての、アクチノプラネス属ＳＥ５０／１１０由来の新規な放線菌組込み接合エレメント」拒絶査定不服審判事件〔平成２５年　６月１３日国際公開、ＷＯ２０１３／０８３５６６、平成２７年　１月１９日国内公表、特表２０１５−５０１６４１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯、本願発明  
　本願は、平成２４年１２月４日（パリ条約による優先権主張　平成２３年１２月８日　欧州特許庁）を国際出願日とする出願であって、平成２９年５月１０日付けで拒絶査定がなされ、同年９月１４日に拒絶査定不服の審判請求がなされ、平成３０年７月３１日付けで当審より拒絶理由が通知され、平成３１年２月６日に意見書及び手続補正書が提出されたものである。
　
　そして、本願の請求項１〜４に係る発明は、平成３１年２月６日付け手続補正書の特許請求の範囲の請求項１〜４に記載されたものであり、そのうち請求項１、２に係る発明は次のとおりのものと認める。
「【請求項１】
　配列番号１の配列から成る異種ポリヌクレオチドで形質転換された宿主細胞。
【請求項２】
　アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ　ｓｐ．）である、請求項１に記載の宿主細胞。」
 　 
　 
第２　当審拒絶理由について
　平成３０年７月３１日付けの当審の拒絶理由通知は、この出願は、発明の詳細な説明の記載について、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしておらず、この出願は、特許請求の範囲の記載が特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、という理由を含むものである。  
　
第３　当審の判断
１．本願明細書の記載
　本願明細書には、以下の事項が記載されている。
（１）「【技術分野】
【０００１】
発明の説明
　
原核生物アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０
現在、この株のための遺伝子操作のためのツールは存在しておらず、菌株改良の過程を妨げている
【０００２】
　本発明は、放線菌組込み接合エレメント（ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅ  ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  ａｎｄ  ｃｏｎｊｕｇａｔｉｖｅ  ｅｌｅｍｅｎｔ）（ＡＩＣＥ）の構造に似た、アクチノプラネス属  ＳＥ５０／１１０の完全なゲノム配列内の生来のＤＮＡ配列を対象とする。関連するＡＩＣＥは、過去に他の細菌のための遺伝子操作ツールを確立するために用いられた。
本明細書において、我々は、全体として任意の他の既知のＡＩＣＥとは明らかに異なるが、他種由来の他の特徴づけられたＡＩＣＥと様々な配列類似性で小部分を共有する、アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０で発見された特定のＡＩＣＥの独自の特徴について記載する
（２）「【０００４】
　・・・シュードテトラサッカライドアカルボースは、現在、野生型微生物アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０に基づく、収率が最適化された株の工業的発酵により生産されている。従来の突然変異誘発による古典的な菌株最適化は、過去、アカルボースの生産を増加させる大成功した方法であったが、この戦略は今では限界に達しているようである。
さらに生産効率を高めるために、アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０のための機能的形質転換システムを必要とする、標的遺伝子工学的方法が適用されなければならない
以前の実験は、アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０およびアクチノプラネス・フリウリエンシス（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｆｒｉｕｌｉｅｎｓｉｓ）（ならびに、おそらく他のほとんどのアクチノプラネス属）が、行われてきた真剣な努力にもかかわらず、エレクトロポレーションまたはＰＥＧ媒介形質転換のような標準的な形質転換法を可能にしないことを明らかにした
放線菌組込み接合エレメント（ＡＩＣＥ）が、アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０ゲノム（ＧｅｎＢａｎｋ：ＣＰ００３１７０）上で同定されている
【０００５】
　ＡＩＣＥは、切除／組込み、複製、接合伝達および調節のための機能的モジュールを有する、高度に保存された構造組織を保有する、可動性遺伝因子のクラスである（ｔｅ  Ｐｏｅｌｅ，  Ｂｏｌｈｕｉｓ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００８）。自律的に複製することができ、それらはまた、特定の環境条件下で宿主に選択的優位性を付与する、抵抗および代謝特性などの、機能をコードするさらなるモジュールの取得を媒介すると言われている（Ｂｕｒｒｕｓ  ａｎｄ  Ｗａｌｄｏｒ，  ２００４）。
ｐＡＣＰＬと呼ばれる、新規のＡＩＣＥが、アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０の完全なゲノム配列中で同定された（図１）。その１３．６ｋｂの大きさと構造的遺伝子構成は、ミクロモノスポラ・ロザリア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｒｏｓａｒｉｏ）、サリニスポラ・トロピカ（Ｓａｌｉｎｉｓｐｏｒａ  ｔｒｏｐｉｃａ）またはストレプトマイセス・セリカラー（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）のような近縁種の他の既知のＡＩＣＥに良く一致する
（３）「【０００７】
　
最も知られているＡＩＣＥは、それぞれ、ゲノム上に位置する付着部位（ａｔｔＢ）およびＡＩＣＥ（ａｔｔＰ）内の２つの短い同一の配列（ａｔｔ同一セグメント（ａｔｔ  ｉｄｅｎｔｉｔｙ  ｓｅｇｍｅｎｔｓ））の間の部位特異的組換えによるｔＲＮＡ遺伝子の３’末端への組込みにより、それらの宿主ゲノムにおいて存在する
ｐＡＣＰＬでは、ａｔｔ同一セグメントは大きさが４３ｎｔであり、ａｔｔＢはプロリンｔＲＮＡ遺伝子の３’末端に重複している
ａｔｔＰにおける同一セグメントは、２つのミスマッチを含有する２つの２１ｎｔの繰り返し：ＧＴＣＡＣＣＣＡＧＴＴＡＧＴ（Ｔ／Ｃ）ＡＣ（Ｃ／Ｔ）ＣＡＧによって隣接されている。これらはストレプトマイセス・アンボファシエンス（Ｓｔｒｅｐｏｍｙｃｅｓ  ａｍｂｏｆａｃｉｅｎｓ）由来のＡＩＣＥ  ｐＳＡＭ２で同定されたアーム型部位に高い類似性を示す。ｐＳＡＭ２については、インテグラーゼがこれらの繰り返しに結合し、かつ効率的な組換えのためにそれらが不可欠なことが示された
【０００８】
　プロリンｔＲＮＡゲノム組込み部位に加えて、ｐＡＣＰＬは、平均的なアクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０細胞における染色体外エレメントとして（Ｓｃｈｗｉｅｎｔｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，  ２０１２）、少なくとも１２コピーで存在することが示された（図２）。
ｐＡＣＰＬは２２個のタンパク質をコードする配列を有する
【０００９】
　
本発明の放線菌組込み接合エレメントは：
  ａ）配列番号１の配列を有するポリヌクレオチド
  ｂ）（ａ）で特定されるポリヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および
  ｃ）配列番号１の配列と少なくとも９０％同一性を有するポリヌクレオチドからなる群から選択される。」
（４）「【００１１】
ｐＡＣＰＬの２２個のタンパク質をコードする配列の詳細な説明
  
遺伝子ｉｎｔ
ストレプトマイセス・グリセオフラブス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｏｆｌａｖｕｓ）  Ｔｕ４０００のインテグラーゼ（ＧｅｎＢａｎｋ：ＥＦＬ４０１２０．１）に７４％の類似性を示す
該インテグラーゼは、２つの類似する、染色体上の付着部位ａｔｔＢおよびＡＩＣＥ上のａｔｔＰの間で生じる、部位特異的組換えによる、ｔＲＮＡ遺伝子内への組込みの原因である
【００１２】
　
遺伝子ｘｉｓ
ストレプトスポランギウム・ロセウム（Ｓｔｒｅｐｔｏｓｐｏｒａｎｇｉｕｍ  ｒｏｓｅｕｍ）  ＤＳＭ  ４３０２１由来の推定タンパク質Ｓｒｏｓ＿７０３６（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＣＺ８９７３５．１）に最も高い類似性を示す
【００１３】
　
遺伝子ｒｅｐＳＡ
ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）  ＡＴＣＣ２７０２９由来の推定プラスミド複製開始タンパク質に最も高い類似性を有する。該タンパク質は、ローリングサイクル複製機構を適用することが見出されたストレプトマイセス・アンボファシエンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｍｂｏｆａｃｉｅｎｓ）由来の十分に特徴付けられたＲｅｐＳＡタンパク質に似ている
【００１４】
　
遺伝子ａｉｃｅ１
ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）  ＡＴＣＣ２７０２９由来の推定タンパク質Ｍｉｃａｕ＿５３６０（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＤＬ４８８６６．１）に６９％の類似性を示す
【００１５】
　
遺伝子ｓｐｄＡ
ＳｐｄＡはフランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ  ｓｐ．）  ＣｃＩ３由来の拡散タンパク質 （ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＢＤ１０２８９．１）に５４％の類似性を示す
【００１６】
　
遺伝子ｓｐｄＢ
アミノ酸４０−１３１の間で、ミクロモノスポラ・ロザリア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｒｏｓａｒｉａ）由来の拡散タンパク質 （ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＡＸ３８９９８．１）に８４％の類似性を示す
【００１７】
　
遺伝子ａｉｃｅ２
アミノ酸１２−８９の間で、ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）  ＡＴＣＣ２７０２９由来の推定タンパク質Ｍｉｃａｕ＿５３５８（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＤＬ４８８６４．１）に５７％の類似性を示す
【００１８】
　遺伝子ａｉｃｅ３（ゲノム遺伝子座タグ：ＡＣＰＬ＿６３０３）は、６１アミノ酸の長さを有する機能未知のタンパク質をコードする。それは、公開データベース中のいずれのタンパク質にも著しい類似性を示さなかった。
【００１９】
　
遺伝子ａｉｃｅ４
最後の１１３アミノ酸において、ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）  ＡＴＣＣ２７０２９由来の推定タンパク質Ｍｉｃａｕ＿５３５７（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＤＬ４８８６３．１）に６９％の類似性を示す
【００２０】
　
遺伝子ａｉｃｅ５
ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）  ＡＴＣＣ２７０２９由来の推定タンパク質Ｍｉｃａｕ＿５３５６（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＤＬ４８８６２．１）の完全アミノ酸配列に７９％の類似性を示す
【００２１】
　
遺伝子ａｉｃｅ６
ベルコシスポラ・マリス（Ｖｅｒｒｕｃｏｓｉｓｐｏｒａ  ｍａｒｉｓ）  ＡＢ−１８−０３２由来の推定タンパク質ＶＡＢ１８０３２＿０１６４５（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＥＢ４７４１３．１）の完全アミノ酸配列に５０％の類似性を示す
【００２２】
　遺伝子ａｉｃｅ７（ゲノム遺伝子座タグ：ＡＣＰＬ＿６２９９）は、６６アミノ酸の長さを有する機能未知のタンパク質をコードする。それは、公開データベース中のいずれのタンパク質にも類似性を示さなかった。Ａｉｃｅ７はアミノ酸９−３１の範囲に単一膜貫通ヘリックスを含有する。
【００２３】
　
遺伝子ｔｒａ
ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）  ＡＴＣＣ２７０２９由来の細胞分裂タンパク質（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＤＬ４８８５９．１）に７４％の類似性を示す
【００２４】
　
遺伝子ａｉｃｅ８
アミノ酸４４−１１６の間で、マイコバクテリウム・コロンビエンス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｌｏｍｂｉｅｎｓｅ）  ＣＥＣＴ  ３０３５由来のＦａｄＥ６タンパク質（ＧｅｎＢａｎｋ：ＥＧＴ８６７０１．１）の配列に４４％の類似性を示す
【００２５】
　
遺伝子ａｉｃｅ９
ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）  ＡＴＣＣ２７０２９由来の推定タンパク質Ｍｉｃａｕ＿５３５２（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＤＬ４８８５８．１）に６８％の類似性を示す
【００２６】
　遺伝子ａｉｃｅ１０（ゲノム遺伝子座タグ：ＡＣＰＬ＿６２９５）は、６９アミノ酸の長さを有する機能未知のタンパク質をコードする。それは、公開データベース中のいずれのタンパク質にも著しい類似性を示さなかった。
【００２７】
　
遺伝子ｐｒａ
ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）  ＡＴＣＣ２７０２９由来の推定タンパク質Ｍｉｃａｕ＿５３５２（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＤＬ４８８５７．１）に９０％の類似性を示す
【００２８】
　
遺伝子ｒｅｇ
ストレプトマイセス・カトレヤ（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃａｔｔｌｅｙａ）  ＮＲＲＬ８０５７由来の推定調節因子（ＧｅｎＢａｎｋ：ＣＣＢ７５９９９．１）に５０％の類似性を示す
【００２９】
　
遺伝子ｎｕｄ
ストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．）  ＡＡ４の推定タンパク質（ＧｅｎＢａｎｋ：  ＥＦＬ０９１３２．１）および近縁種由来の様々なＮＵＤＩＸヒドロラーゼに７２％の類似性を示す
アミノ酸２１−１０８の間で、ｐＳＡＭ２のＰｉｆタンパク質に４２％の類似性を示す
ｐＡＣＰＬにおけるＰｒａ、ＲｅｇおよびＮｕｄは、ｐＳＡＭ２についてＰｒａ、ＫｏｒＳＡおよびＰｉｆが行うような同様の調節メカニズムに似ている可能性が高い
【００３０】
　
遺伝子ｍｄｐ
フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ  ｓｐ．）  ＣｃＩ３由来の金属依存性ホスホヒドロラーゼ（ＧｅｎＢａｎｋ：ＡＢＤ１０５１３．１）に６６％の類似性を示す
【００３１】
　遺伝子ａｉｃｅ１１（ゲノム遺伝子座タグ：ＡＣＰＬ＿６２９０）は、２５６アミノ酸の長さを有する機能未知のタンパク質をコードする。それは、公開データベース中のいずれのタンパク質にも著しい類似性を示さなかった。
【００３２】
　遺伝子ａｉｃｅ１２（ゲノム遺伝子座タグ：ＡＣＰＬ＿６２８９）は、９３アミノ酸の長さを有する機能未知のタンパク質をコードする。それは、公開データベース中のいずれのタンパク質にも著しい類似性を示さなかった。」
　
２．特許法第３６条６項１号の要件（サポート要件）
（１）請求項１に係る発明の解決課題
　本願の請求項１に係る発明の解決しようとする課題は、配列番号１から成る異種ポリヌクレオチドで形質転換された宿主細胞の提供であると認められる。
　そして、請求項１にいう「異種ポリヌクレオチドで形質転換された宿主細胞」とは、異種ポリヌクレオチドによって形質転換された微生物を包含するものであり、形質転換される微生物が請求項２に記載される「アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ ｓｐ．）」の微生物である場合に加えて、「アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ ｓｐ．）」以外の任意の微生物である場合を広く包含するものと認められる。
　また、本願明細書の段落【０００１】、段落【０００４】のアクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ ｓｐ．）の微生物の形質転換法（遺伝子操作法）は知られていない旨の記載からみて、「形質転換された宿主細胞」とは、宿主細胞であるアクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ ｓｐ．）などの微生物に異種ポリヌクレオチドが単に導入されているだけでなく、該異種ポリヌクレオチドが当該微生物内で機能することで当該微生物の形質が転換されているもの、すなわち、配列番号１のポリペプチドにコードされる各種のタンパク質が当該微生物内で発現し、機能しているものを意味すると認められる。
　
（２）サポート要件についての判断
　上記２．（１）〜（４）の記載から、本願明細書には、アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０で新たに発見された放線菌組込み接合エレメント（ＡＩＣＥ）である、ｐＡＣＰＬ（配列番号１のポリヌクレオチド）が記載されていると認められるが、本願明細書に、何らかの微生物に対して配列番号１の異種ポリヌクレオチドが導入されたことや、微生物に導入された該異種ポリヌクレオチドの機能によって微生物の形質が転換されたことが記載されているとは認められない。
　すなわち、上記２．（１）〜（３）のとおり、本願明細書には、このｐＡＣＰＬについて、「全体として任意の他の既知のＡＩＣＥとは明らかに異なるが、他種由来の他の特徴づけられたＡＩＣＥと様々な配列類似性で小部分を共有する」こと、「１３．６ｋｂの大きさと構造的遺伝子構成」が「近縁種の他の既知のＡＩＣＥに良く一致する」ことが記載されている。
　また、既知のＡＩＣＥについて「最も知られているＡＩＣＥは、それぞれ、ゲノム上に位置する付着部位（ａｔｔＢ）およびＡＩＣＥ（ａｔｔＰ）内の２つの短い同一の配列（ａｔｔ同一セグメント（ａｔｔ  ｉｄｅｎｔｉｔｙ  ｓｅｇｍｅｎｔｓ））の間の部位特異的組換えによるｔＲＮＡ遺伝子の３’末端への組込みにより、それらの宿主ゲノムにおいて存在する」ことを説明し、これに対してｐＡＣＰＬについて「ｐＡＣＰＬでは、ａｔｔ同一セグメントは大きさが４３ｎｔであり、ａｔｔＢはプロリンｔＲＮＡ遺伝子の３’末端に重複している。さらにまた、ａｔｔＰにおける同一セグメントは、２つのミスマッチを含有する２つの２１ｎｔの繰り返し：ＧＴＣＡＣＣＣＡＧＴＴＡＧＴ（Ｔ／Ｃ）ＡＣ（Ｃ／Ｔ）ＣＡＧによって隣接されている。これらはストレプトマイセス・アンボファシエンス（Ｓｔｒｅｐｏｍｙｃｅｓ  ａｍｂｏｆａｃｉｅｎｓ）由来のＡＩＣＥ  ｐＳＡＭ２で同定されたアーム型部位に高い類似性を示す。」と、ｐＡＣＰＬもａｔｔＰを有することが記載されている。
　さらに、上記２．（４）には、ｐＡＣＰＬは２２個のタンパク質をコードすることが記載され、２２個のタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列と既知のタンパク質をコードするポリヌクレオチド配列との同一性について記載されていると認められる。
　したがって、本願明細書の記載から、アクチノプラネス属  ＳＥ５０／１１０で新たに発見されたｐＡＣＰＬ（配列番号１）は、既知の放線菌組込み接合エレメント（ＡＩＣＥ）に構造的に似通っていることが理解される。
　しかし、本願明細書には「現在、この株のための遺伝子操作のためのツールは存在しておらず、菌株改良の過程を妨げている。」（上記２．（１））、「以前の実験は、アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０およびアクチノプラネス・フリウリエンシス（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｆｒｉｕｌｉｅｎｓｉｓ）（ならびに、おそらく他のほとんどのアクチノプラネス属）が、行われてきた真剣な努力にもかかわらず、エレクトロポレーションまたはＰＥＧ媒介形質転換のような標準的な形質転換法を可能にしないことを明らかにした（Ｈｅｉｎｚｅｌｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３）。」（上記２．（２））と記載されており、本願出願前にアクチノプラネス属の微生物を形質転換する方法は知られておらず、アクチノプラネス属の微生物の形質転換は困難であることが記載されていると認められから、アクチノプラネス属の微生物において形質転換ができたことを明らかにするためには、具体的な成功例が必要であるといえる。
　また、本願明細書で［ｔｅ  Ｐｏｅｌｅ，  Ｂｏｌｈｕｉｓ，  ｅｔ  ａｌ．，  ２００８］として引用されている文献Ａ（Antonie van Leeuwenhowk (2008) 94:127-143）には、ＡＩＣＥが宿主ゲノム多様性のモジュレーターとして作用し、水平遺伝子伝達による二次代謝物クラスターおよび外来遺伝子の獲得にも関与していることは記載されている（要約）が、ある細胞に由来するＡＩＣＥを該細胞とは異なる種の細胞に導入できたことが記載されているとは認められない。
　そうすると、本願明細書の記載から、上記課題が解決できたこと、すなわち、アクチノプラネス属の微生物を含め、任意の微生物に対して配列番号１の配列を有する異種ポリヌクレオチド導入した、形質転換された宿主細胞が提供できたことを合理的に理解することはできない。
　
　そこで、本願出願日当時の技術常識に基づいて、上記課題が解決できることを当業者が合理的に理解できるかどうかを検討するために、本願出願日当時の技術水準について検討する。 
　まず、本願出願日前の刊行物である文献１（ＰＬｏＳ　ＯＮＥ，２０１１年１１月，Ｖｏｌ．６，Ｉｓｓｕｅ１１，ｅ２７８４６）には、ＡＩＣＥを遺伝子操作ツールとすることが示唆されていると認められるものの、実際にＡＩＣＥで宿主細胞を形質転換できたことは記載されていない。 
　また、上記したとおり、本願明細書で［ｔｅ Ｐｏｅｌｅ， Ｂｏｌｈｕｉｓ， ｅｔ ａｌ．， ２００８］として引用されている文献Ａ（Antonie van Leeuwenhoek (2008) 94:127-143）には、ＡＩＣＥが宿主ゲノム多様性のモジュレーターとして作用し、水平遺伝子伝達による二次代謝物クラスターおよび外来遺伝子の獲得にも関与していることは記載されている（要約）が、この文献には、水平遺伝子伝達ではない、ある細胞に由来するＡＩＣＥを該細胞とは異なる細胞に導入できたことは記載されていない。むしろ、この文献の末尾には、「・・・・ＡＩＣＥはそのような遺伝的ツールの開発のためのすばらしい要素を提供する。これらの総合的および共役的要素ならびにそれらの生理学的および進化的役割に関するさらなる詳細情報が緊急に必要とされている。」（１４１頁左欄）と記載され、遺伝的ツールとして用いるためには、さらなる情報が必要であることが述べられている。 
　文献Ａと共通する著者による、本願の優先日後、出願日前の２０１２年３月１日に頒布された文献Ｂ（Mobile Genetic Elements (2012) 2:2,119-124）にも、放線菌が有する組込み接合エレメントであるＩＣＥとＡＩＣＥについて記載されており、ＩＣＥとＡＩＣＥとは、接合伝達メカニズムが根本的に異なることが記載され、該メカニズムについて図示されている（図１）が、文献Ｂの参照文献4、11等を参酌しても、文献ＢにＡＩＣＥの接合伝達メカニズムを利用して、実際に宿主細胞を形質転換できたことが記載されているとは認められない。 
　さらに、本願明細書で［Ｂｕｒｒｕｓ　ａｎｄ　Ｗａｌｄｏｒ，２００４］として引用されている文献は、放線菌のＡＩＣＥではなく、ＩＣＥに関する文献であり、ＩＣＥとＡＩＣＥとは、接合伝達メカニズムが根本的に異なるから（文献Ｂ参照）、この文献にＡＩＣＥを宿主細胞に形質転換に用いることに関して記載されているとはいえない。 
　加えて、［Ｈｏｓｔｅｄ　ｅｔ　ａｌ．，２００５］（なお、この文献について、審判請求人は審判請求書において「関連する別種に関するＨｏｓｔｅｄ　ｅｔ　ａｌ．，２００５を参照することで、この新規なＡＩＣＥがアクチノプラネス属を形質転換し、アカルボースの産生を増加し得ることを明示している。」と主張している。）に該当すると認められる文献Ｃ、Plasmid,15 Jul 2005,54(3):249-258)をみると、M.carbonaceaのrpsLプロモーターと、Micromonospora rosaria のpMR2（ＡＩＣＥ、１１．４１ｋｂ）のatt/int-OPT領域を含むpSPRX740（５．５７ｋｂ）を Micromonospora halophytica var. nigra に導入したことが記載されている（図３）と認められるが、pSPRX740はpMR2の一部を含むものに過ぎず、pMR2全体を導入したことは記載されていない。したがって、文献Ｃに記載されるpSPRX740が導入できたことをもって、pMR2全体が導入できるとすることはできない。さらに、pSPRX740 が導入されたのは、pMR2が由来するMicromonospora rosaria と同じMicromonospora 科に属する菌であるから、Micromonospora halophytica var. nigra の結果から、広く様々な菌に導入できるとすることはできない。 
　なお、文献ＣにおけるpSPRX740の導入は、文献Ｃの参照文献［Alexander et.al.2003］の記載を参酌すると、化学的な導入またはエレクトロポレーションであると認められるが、本願明細書の記載（段落【０００４】）からみて、宿主細胞がアクチノプラネス属の場合、化学的な導入やエレクトロポレーションは成功しないと考えられる。 
 　また、文献ＣはＡＩＣＥ特有の接合伝達メカニズムを利用した形質転換を記載するものとは認められないから、請求項１に係る発明の形質転換がＡＩＣＥ特有の接合伝達メカニズムによる形質転換である場合には、文献Ｃはそのような形質転換が可能であることを示す文献とはいえない。 
　以上のとおりであるから、本願出願日当時、ＡＩＣＥをアクチノプラネス属微生物に形質転換できることが技術常識であったとは認められない。 
  なお、本願に対応する論文と認められる、本願出願後の文献Ｄ（BMC Genomics (2012)13:112）には、本願明細書と同様の事項が記載されていると認められるが、文献Ｄにも、配列番号１のＡＩＣＥを用いて実際に宿主細胞を形質転換したことや、アカルボースの産生を増大できたことなどは記載されていない。 
　
　したがって、本願出願日当時の技術常識を考慮しても、本願明細書の記載から、上記課題が解決できたこと、すなわち、アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ　ｓｐ．）の微生物のみならず任意の微生物に対して、配列番号１の配列から成る異種ポリヌクレオチドを導入して形質転換した宿主細胞が提供できたことを合理的に理解することはできない。 
　よって、本願の請求項１に係る発明は、発明の詳細な説明において発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されたものとはいえず、本願の請求項１に係る発明は、発明の詳細な説明に記載したものでない。
３．特許法第３６条第４項第１号の要件（実施可能要件）
　上記２．に記載した理由と同様の理由から、この出願の発明の詳細な説明は、当業者が請求項１に係る発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものでない。
　
４．審判請求人の主張について
　審判請求人は平成３１年２月６日付け意見書において、
「当業者は、放線菌の形質転換に例えばＵＳ５３９３６６５（１９９５年２月２８日登録）に要約される方法やその後に公表されたいずれかの方法を用いることができます。
　ＵＳ５３９３６６５には、様々なベクターを用いたＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓその他の放線菌や大腸菌の形質転換、融合又は形質導入を介した一本鎖ＤＮＡ仲介遺伝子伝達系の方法が記載されています。例えば、プロトプラストのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）誘導プラスミド形質転換によって、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ及びその関連属の数種類に対する遺伝子クローニング手順の開発が可能となりました。」と主張している。
　
　しかし、ＵＳ５３９３６６５に記載されているのはストレプトマイセス属の微生物の形質転換であって、アクチノプラネス属の微生物については記載されていない。
　アクチノプラネス属の微生物は、文献１（ＰＬｏＳ　ＯＮＥ，２０１１年１１月，Ｖｏｌ．６，Ｉｓｓｕｅ１１，ｅ２７８４６）の図３Ｂにおいて「Micromonosporineae」に分類されると認められ、ストレプトマイセス属が属する「Streptomycineae」に分類されるものではない。本願明細書の記載からアクチノプラネス属の微生物の形質転換は困難であると認められるところ、アクチノプラネス属とストレプトマイセス属とが類似しているとはいえないから、ストレプトマイセス属の微生物の形質転換手法をアクチノプラネス属の微生物に直ちに適用できるとは認められない。なお、意見書の２．(Ｃ)には「最も関連性が高い１１のＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ株」と記載されているが、アクチノプラネス属の微生物が分類されるのは「Actinomycineae」ではなく「Micromonosporineae」であると認められる。
　また、本願明細書には「以前の実験は、アクチノプラネス属（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｓｐ．）  ＳＥ５０／１１０およびアクチノプラネス・フリウリエンシス（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｆｒｉｕｌｉｅｎｓｉｓ）（ならびに、おそらく他のほとんどのアクチノプラネス属）が、行われてきた真剣な努力にもかかわらず、エレクトロポレーションまたはＰＥＧ媒介形質転換のような標準的な形質転換法を可能にしないことを明らかにした（Ｈｅｉｎｚｅｌｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，  ２００３）。」（上記（２）イ）と記載されており、審判請求人が利用可能としている「プロトプラストのポリエチレングリコール（ＰＥＧ）誘導プラスミド形質転換」とは、ここに記載される「ＰＥＧ媒介形質転換」に該当するものと認められるから、アクチノプラネス属の微生物をこの方法で形質転換できるとの主張は本願明細書の記載と矛盾する。
　したがって、審判請求人の主張は採用することができない。
　
　
　第４　むすび 
　以上のとおり、この出願は、発明の詳細な説明の記載について特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしておらず、また、この出願の請求項１に係る発明は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明について言及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。  
　よって、結論のとおり審決する。