【手続補正書】
【提出日】平成21年11月26日(2009.11.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中のNIPA-1遺伝子配列変異の存在または非存在を検出することを含む、遺伝性痙性対麻痺の存在または非存在の診断法。
【請求項２】
遺伝子配列変異が、NIPA-1遺伝子のコード領域内にある、請求項1記載の方法。
【請求項３】
遺伝子配列変異が、SEQ ID NO:5の159位でのCからGへの変化である、請求項2記載の方法。
【請求項４】
遺伝子配列変異が、SEQ ID NO:5の159位でのCからGへの変化との連鎖不均衡にある、請求項1記載の方法。
【請求項５】
検出が、試料からの核酸におけるNIPA-1コード配列変異を検出することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
試料がDNAである、請求項5記載の方法。
【請求項７】
試料がRNAである、請求項5記載の方法。
【請求項８】
検出が、多型タンパク質を検出することを含む、請求項1記載の方法。
【請求項９】
多型タンパク質の検出が、抗体によって生じる、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
多型タンパク質が、SEQ ID NO:4の45位でのトレオニンからアルギニンへのアミノ酸変化を含む、請求項8記載の方法。
【請求項１１】
SEQ ID NO:4を含むタンパク質をコードする、単離および精製された核酸配列を含有する組成物。
【請求項１２】
配列が異種プロモーターに機能的に連結されている、請求項11記載の組成物。
【請求項１３】
配列がベクター内に含まれている、請求項11記載の組成物。
【請求項１４】
ベクターが宿主細胞内にある、請求項13記載の組成物。
【請求項１５】
SEQ ID NO:6の断片およびSEQ ID NO:6と少なくとも80％同一であり、かつ159位にCからGへの変化を含むそれらの変種を含有する組成物。
【請求項１６】
断片がSEQ ID NO:6と少なくとも90％同一である、請求項15記載の組成物。
【請求項１７】
断片がSEQ ID NO:6と少なくとも95％同一である、請求項16記載の組成物。
【請求項１８】
以下の工程を含む、NIPA-1の変種を作製する方法：
a)SEQ ID NO:1、2、5、および6からなる群より選択される核酸配列を提供する工程；
b)該核酸配列の変異を誘発する工程；および
c)該変種をNIPA-1活性についてスクリーニングする工程。
【請求項１９】
以下の工程を含む、化合物のNIPA-1活性を変更する能力についてスクリーニングする方法：
a)i)NIPA-1の少なくとも一部を含むポリペプチド配列；
ii)1つまたは複数の被験化合物を提供する工程；
b)任意の順番で、NIPA-1の少なくとも一部を含む該ポリペプチド配列、および1つまたは複数の該被験化合物を、該ポリペプチド配列および該被験化合物が相互作用するような条件下で混合する工程；ならびに
c)NIPA-1活性を測定する工程。
【請求項２０】
以下の工程を含む、遺伝性痙性対麻痺の治療に有用な薬剤を同定する方法：
a.i.NIPA-1ポリペプチドを含む標的細胞；
ii.候補薬剤を提供する工程；および
b.該標的細胞を該候補薬剤に曝す工程；
c.該標的細胞の該NIPA-1ポリペプチドの活性を測定する工程；
d.該NIPA-1ポリペプチド活性を阻害する候補薬剤を選択する工程。
【請求項２１】
NIPA-1遺伝子の遺伝子配列変異をコードする異種配列を含む、トランスジェニック非ヒト哺乳動物。
【請求項２２】
以下の工程を含む、その多型がHSPに関連しているNIPA-1遺伝子における多型の存在または非存在を検出する方法：
a)NIPA-1遺伝子中の少なくとも1つの多型についてNIPA-1遺伝子を含有する核酸被験試料を分析する工程；
b)工程a)の被験試料の分析結果と、野生型NIPA-1遺伝子を含む対照核酸試料の分析結果とを比較する工程；および
c)被験試料のNIPA-1遺伝子におけるHSPに関連した少なくとも1つの多型の存在または非存在を決定する工程。
【請求項２３】
核酸試料がDNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
NIPA-1遺伝子がSEQ ID NO:1、2、5、または6を含む、請求項22記載の方法。
【請求項２５】
核酸試料が分析前に増幅される、請求項22記載の方法。
【請求項２６】
多型がNIPA-1遺伝子のコード領域にある、請求項22記載の方法。
【請求項２７】
多型が、SEQ ID NO:5を含むNIPA-1遺伝子の159位のCからGへの変化である、請求項22記載の方法。
【請求項２８】
分析が、配列分析；断片多型アッセイ；ハイブリダイゼーションアッセイおよびコンピュータに基づくデータ解析からなる群より選択される、請求項22記載の方法。
【請求項２９】
以下の工程を含む、NIPA-1遺伝子中のHSPに関連している多型の存在または非存在を検出する方法：
a)NIPA-1遺伝子を含有する核酸試料と、オリゴヌクレオチドプライマー対とを、試料中に含まれる核酸とプライマー対とのハイブリダイゼーションを可能にする条件下で接触させる工程であって、ここでプライマーは、NIPA-1遺伝子の対象となる領域を特異的に増幅する工程；
b)NIPA-1遺伝子の対象となる領域を増幅し、増幅された核酸を作製する工程；および
c)NIPA-1遺伝子の159位の多型の存在または非存在を検出し、HSPに関連したNIPa-1遺伝子中の多型の存在を検出する工程。
【請求項３０】
HSPに関連する多型について遺伝子を分析することを含む、個体から得たNIPA-1遺伝子を含む核酸被験試料を分析することを含む、個体にHSP発症のリスクがあるかどうかを決定する方法。
【請求項３１】
核酸試料がDNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項30記載の方法。
【請求項３２】
NIPA-1遺伝子がSEQ ID NO:1、2、5、または6を含む、請求項30記載の方法。
【請求項３３】
核酸試料が分析前に増幅される、請求項30記載の方法。
【請求項３４】
多型が、NIPA-1遺伝子のコード領域にある、請求項30記載の方法。
【請求項３５】
多型がSEQ ID NO:5を含むNIPA-1遺伝子の159位のCからGへの変化である、請求項30記載の方法。
【請求項３６】
分析が、配列分析；断片多型アッセイ；ハイブリダイゼーションアッセイおよびコンピュータに基づくデータ解析からなる群より選択される、請求項30記載の方法。
【請求項３７】
以下の工程を含む、NIPA-1遺伝子の多型に関連する個体におけるHSPの存在または非存在を検出する方法：
a)NIPA-1遺伝子の少なくとも1つの多型について、個体から得たNIPA-1遺伝子を含む核酸被験試料を分析する工程；
b)工程a)の被験試料の分析結果と、野生型NIPA-1遺伝子を含む対照核酸試料の分析結果とを比較する工程；および
c)被験試料のNIPA-1遺伝子におけるHSPに関連した少なくとも1つの多型の存在または非存在を決定する工程であって、ここでHSPに関連した多型の存在が、個体がHSPを有することの指標であり、多型の非存在が、個体がHSPを有さないことの指標である工程。
【請求項３８】
核酸試料がDNAおよびRNAからなる群より選択される、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
NIPA-1遺伝子がSEQ ID NO:1、2、5、または6を含む、請求項37記載の方法。
【請求項４０】
核酸試料が分析前に増幅される、請求項37記載の方法。
【請求項４１】
多型がNIPA-1遺伝子のコード領域にある、請求項37記載の方法。
【請求項４２】
多型がSEQ ID NO:5を含むNIPA-1遺伝子の159位のCからGへの変化である、請求項37記載の方法。
【請求項４３】
分析が、配列分析；断片多型アッセイ；ハイブリダイゼーションアッセイおよびコンピュータに基づくデータ解析からなる群より選択される、請求項37記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
本発明は、試料中のNIPA-1遺伝子に関連する多型の存在または非存在を検出することを含む、遺伝性痙性対麻痺を診断する方法も提供する。いくつかの態様において、多型は該NIPA-1遺伝子のコード領域に存在する。更なる態様において、多型はSEQ ID NO:5の159位のCからGへの変化である。より更なる態様において、多型はSEQ ID NO:5の159位でのCからGへの変化を伴う連鎖不均衡である。別の態様において、多型タンパク質は追加のNIPA-1核酸変化を含む。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２５】
更なる態様において、検出は多型タンパク質の検出を含む。より更なる態様において、多型タンパク質の検出は抗体により生じる。更に別の態様において、多型タンパク質はSEQ ID NO:1の45位(またはSEQ ID NO:5の52位)のトレオニンのアルギニンへのアミノ酸変化を含む。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２９】
更なる態様において、検出は多型タンパク質の検出を含む。より更なる態様において、多型タンパク質の検出は抗体により生じる。更に別の態様において、多型タンパク質は、SEQ ID NO:1の45位(またはSEQ ID NO:5の52位)のトレオニンのアルギニンへのアミノ酸変化を含む。別の態様において、多型タンパク質は追加のNIPA-1アミノ酸変化を含む。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２６】
【表１】
2007517494.tif 000001
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３２２】
考察
種間で保存された、アミノ酸を破壊し、かつ対照の被検体(N=105)には存在しない、無関係な2つのADHSP家系における同一NIPA-1遺伝子変異(159 C＞G(SEQ ID NO:6)；T52R(SEQ ID NO:9))(134 C＜G(SEQ ID NO:2)；T45R(SEQ ID NO:4))に関する知見は、NIPA T52R(SEQ ID NO:9)/T45R(SEQ ID NO:4)ミスセンス変異の病原性の重要性を示している。SPG6に連関した、HSPの原因としてのNIPA1変異の発見は、HSPを診断しおよび遺伝子カウンセリングを提供する能力を示している。本発明は、特定の機構に限定されるものではない。実際、機構の理解は本発明の実践には必要ではない。しかしながら、SPG6は、変更されたシグナル伝達および／または膜を通る小分子輸送から生じることが企図される。NIPA-1およびそのリガンドは、SPG6および他の痙性対麻痺における治療的介入の魅力的な標的である。NIPA-1細胞および亜細胞の局在、機能およびリガンドの同定は、HSPにおける軸索変性の理解を助け、重要な治療的意味合いを有するであろう。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図面の簡単な説明
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図面の簡単な説明】
【０３２４】
【図１】代表的NIPA1エキソン1配列(SEQ ID NO:5(ADHSP罹患被検体);SEQ ID NO:6(対照被検体))を示す。
【図２】cDNA SEQ ID NO:5の159位にNIPA1配列を示す、ADHSP家系を示す。
【図３】プラダー-ヴィリ(PWS)およびアンゲルマン症候群(AS)において欠失した領域におけるSPG6発生を示す。
【図４】NIPA1の二次構造を示す。
【図５】ノーザンブロット分析によるNIPA1の発現を示す。
【図６】開始コドンで始まるNIPA-1の核酸配列(SEQ ID NO:1)を示す。
【図７】開始コドンで始まるNIPA-1の変種核酸配列(SEQ ID NO:2)を示す。
【図８】NIPA-1のアミノ酸配列(SEQ ID NO:3)を示す。
【図９】NIPA-1の変種アミノ酸配列(SEQ ID NO:4)を示す。
【図１０】NIPA-1の核酸配列(SEQ ID NO:5)を示す。
【図１１】NIPA-1の変種核酸配列(SEQ ID NO:6)を示す。
【図１２】野生型NIPA-1のアミノ酸配列(SEQ ID NO:7)を示す。
【図１３】変異体NIPA-1の変種アミノ酸配列(SEQ ID NO:8)を示す。