【手続補正書】
【提出日】平成22年5月17日(2010.5.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
a) 1つ以上の組織試料から少なくとも2つの切片を得る工程；
b) 少なくとも1つの切片を組織学的染色で標識して、組織学的に染色された切片を作製する工程；
c) 少なくとも1つの切片を蛍光標識試薬のパネルで標識して、蛍光標識された切片を作製する工程、ここでそれぞれの蛍光標識試薬がバイオマーカーに特異的であり、蛍光標識試薬のパネルが少なくとも4つの異なるバイオマーカーを検出し、バイオマーカーの検出が細胞システム生物プロフィールの1つ以上の特徴の読み出しである；
d) 組織学的に染色された切片を少なくとも第1の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第1の組のデータが作製される；
e) 蛍光標識された切片を少なくとも第2の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第2の組のデータが作製される；
f) 第1の組のデータおよび第2の組のデータを解析して5つ以上の特徴を同定する工程、ここで第1の組のデータおよび第2の組のデータのそれぞれで少なくとも1つの特徴が同定され、5つ以上の特徴が1つ以上の組織試料の創発性を特徴付ける、ならびに5つ以上の特徴の相互関係を計算する工程、ここで5つ以上の特徴の相互関係により1つ以上の組織試料の細胞システム生物プロフィールが生じる、
を含み、
それにより1つ以上の組織試料の創発性の細胞システム生物プロフィールを作製する方法が提供される、
1つ以上の組織試料の創発性の細胞システム生物プロフィールの作製方法。
【請求項２】
a) 1つ以上の組織試料から少なくとも1つの切片を得る工程；
b) 少なくとも1つの切片を蛍光標識試薬のパネルで標識して、蛍光標識された切片を作製する工程、ここでそれぞれの蛍光標識試薬がバイオマーカーに特異的であり、蛍光標識試薬のパネルが少なくとも4つの異なるバイオマーカーを検出し、バイオマーカーの検出が細胞システム生物プロフィールの1つ以上の特徴の読み出しである；
c) 蛍光標識された切片を少なくとも第1の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第1の組のデータが作製される；
d) 第1の組のデータを解析して5つ以上の特徴を同定する工程、ここで5つ以上の特徴が1つ以上の組織試料の創発性を特徴付ける、ならびに5つ以上の特徴の相互関係を計算する工程、ここで5つ以上の特徴の相互関係が1つ以上の組織試料の細胞システム生物プロフィールである、
を含み、
それにより1つ以上の組織試料の創発性の細胞システム生物プロフィールを作製する方法が提供される、1つ以上の組織試料の創発性の細胞システム生物プロフィールの作製方法。
【請求項３】
a) 1つ以上の組織試料から少なくとも2つの切片を得る工程；
b) 少なくとも1つの切片を組織学的染色で標識して、組織学的に染色された切片を作製する工程；
c) 少なくとも1つの切片を蛍光標識試薬のパネルで標識して、蛍光標識された切片を作製する工程、ここでそれぞれの蛍光標識試薬はバイオマーカーに特異的であり、蛍光標識試薬のパネルが
i) 少なくとも4種類の癌細胞バイオマーカーに特異的な一組の蛍光標識試薬；
ii) 少なくとも4種類の移動性免疫細胞バイオマーカーに特異的な一組の蛍光標識試薬；
iii)
A) 少なくとも3種類の癌細胞バイオマーカーに特異的な一組の蛍光標識試薬；および
B) 少なくとも3種類の移動性免疫細胞バイオマーカーに特異的な一組の蛍光標識試薬
の組み合わせ；ならびに
iv) それらの組み合わせ
からなる群より選択される蛍光標識試薬を含み、蛍光標識試薬のパネルが少なくとも4つの異なるバイオマーカーを検出し、バイオマーカーの検出が細胞システム生物プロフィールの1つ以上の特徴の読み出しである；
d) 組織学的に染色された切片を少なくとも第1の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第1の組のデータが作製される；
e) 蛍光標識された切片を少なくとも第2の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第2の組のデータが作製される；
f) 第1の組のデータおよび第2の組のデータを解析して5つ以上の特徴を同定する工程、ここで第1の組のデータおよび第2の組のデータのそれぞれで少なくとも1つの特徴が同定され、5つ以上の特徴が1つ以上の組織試料の創発性を特徴付ける、ならびに5つ以上の特徴の相互関係を計算する工程、ここで5つ以上の特徴の相互関係が1つ以上の組織試料の細胞システム生物プロフィールである、
を含み、
それにより組織試料が癌の存在、癌の病期、癌の診断、癌の予後またはそれらの組み合わせの創発性のためにプロファイルされる、1つ以上の組織試料の創発性の細胞システム生物プロフィールを作製する方法が提供される、
組織試料が癌の存在、癌の病期、癌の診断、癌の予後またはそれらの組み合わせの創発性のためにプロファイルされる、請求項1記載の1つ以上の組織試料の創発性の細胞システム生物プロフィールの作製方法。
【請求項４】
a) 1つ以上の組織試料から少なくとも2つの切片を得る工程；
b) 少なくとも1つの切片を組織学的染色で標識して、組織学的に染色された切片を作製する工程；
c) 少なくとも1つの切片を蛍光標識試薬のパネルで標識して、蛍光標識された切片を作製する工程、ここでそれぞれの蛍光標識試薬がバイオマーカーに特異的であり、蛍光標識試薬のパネルが、
i) 細胞代謝バイオマーカーに特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
ii) DNA損傷バイオマーカーに特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
iii) 細胞形態バイオマーカーに特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
iv) DNA損傷バイオマーカーに特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
v) 細胞分化バイオマーカーに特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
vi) ストレス誘導型の転写活性または抑制バイオマーカーに特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
vii) ストレスキナーゼバイオマーカーのリン酸化状態に特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
viii) アポトーシスまたはネクローシスのバイオマーカーに特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
ix) 細胞骨格バイオマーカーに特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
x) オルガネラバイオマーカーに特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；
xi) 免疫細胞バイオマーカーの存在または活性化に特異的な1つ以上の蛍光標識試薬；および
xii) それらの組み合わせ
からなる群より選択された蛍光標識試薬の組を含み、蛍光標識試薬のパネルが少なくとも4つの異なるバイオマーカーを検出し、バイオマーカーの検出が細胞システム生物プロフィールの1つ以上の特徴の読み出しである；
d) 組織学的に染色された切片を少なくとも第1の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第1の組のデータが作製される；
e) 蛍光標識された切片を少なくとも第2の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第2の組のデータが作製される；
f) 第1の組データおよび第2の組のデータを解析して5つ以上の特徴を同定する工程、ここで第1の組のデータおよび第2の組のデータのそれぞれにおいて少なくとも1つの特徴が同定され、5つ以上の特徴が1つ以上の組織試料の創発性を特徴付ける、ならびに5つ以上の特徴の相互関係を計算する工程、ここで5つ以上の特徴の相互関係が1つ以上の組織試料の細胞システム生物プロフィールである、
を含み、
それにより組織試料が組織毒性の存在、重症度または非存在の創発性のためにプロファイルされる、1つ以上の組織試料の創発性の細胞システム生物プロフィールを作製する方法が提供される、
組織試料が組織毒性の存在、重症度または非存在の創発性のためにプロファイルされる、請求項1記載の1つ以上の組織試料の創発性の細胞システム生物プロフィールの作製方法。
【請求項５】
2つ以上の組織試料の細胞システム生物プロフィールを比較して、2つ以上の組織試料の類似性、相違またはその組み合わせを同定する工程をさらに含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項６】
2つ以上の組織試料が1つの組織被検物質由来の連続切片である、請求項5記載の方法。
【請求項７】
組織学的染色が、アルシアンブルー、フクシン、ヘマトキシリンおよびエオシン（H&E）、マッソン三色、トルイジンブルー、ライト/ギムザ染色、ならびにそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項1、3または4記載の方法。
【請求項８】
蛍光標識試薬のパネルが、蛍光標識抗体、蛍光標識ペプチド、蛍光標識タンパク質、蛍光標識アプタマー、蛍光標識オリゴヌクレオチド、蛍光標識化学物質、蛍光化学物質およびそれらの組み合わせからなる群より選択される、請求項1、2、3または4記載の方法。
【請求項９】
画像化が、広視野顕微鏡使用法または共焦点顕微鏡使用法を用いて行われる、請求項1または2記載の方法。
【請求項１０】
i) 少なくとも1つの末梢血試料から少なくとも1つの血液試料スメアを得る工程；
ii) 少なくとも1つの血液試料スメアを蛍光標識試薬のパネルで標識して、蛍光標識された血液試料スメアを作製する工程、ここでそれぞれの蛍光標識試薬がバイオマーカーに特異的であり、蛍光標識試薬のパネルが少なくとも4つの異なるバイオマーカーを検出し、バイオマーカーの検出が細胞システム生物プロフィールの1つ以上の特徴の読み出しである；
iii) 蛍光標識された血液試料スメアを少なくとも第3の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第3の組のデータが作製される；
iv) 第3の組のデータを解析して5つ以上の特徴を同定する工程、ここで5つ以上の特徴が少なくとも1つの血液試料の創発性を特徴付ける、ならびに5つ以上の特徴の相互関係を計算する工程、ここで5つ以上の特徴の相互関係が少なくとも1つの血液試料スメアの細胞システム生物プロフィールである、
を含み、
それにより1つ以上の組織試料と同じ供給源から得られた少なくとも1つの末梢血試料の創発性の細胞システム生物プロフィールが作製される、
1つ以上の組織試料と同じ供給源から得られた少なくとも1つの末梢血試料の創発性の細胞システム生物プロフィールを作製する工程をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項１１】
i) 1つ以上の末梢血試料から少なくとも2つの血液試料スメアを得る工程；
ii) 少なくとも1つの血液試料スメアを組織学的染色で標識して、組織学的に染色された血液試料スメアを作製する工程；
iii) 少なくとも1つの血液試料スメアを蛍光標識試薬のパネルで標識して、蛍光標識された血液試料スメアを作製する工程、ここでそれぞれの蛍光標識試薬がバイオマーカーに特異的であり、蛍光標識試薬のパネルが少なくとも4つの異なるバイオマーカーを検出し、バイオマーカーの検出が細胞システム生物プロフィールの1つ以上の特徴の読み出しである；
iv) 組織学的に染色された血液試料スメアを少なくとも第2の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第3の組のデータが作製される；
v) 蛍光標識された血液試料スメアを少なくとも第3の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第4の組のデータが作製される；
vi) 第3の組のデータおよび第4の組のデータを解析して、5つ以上の特徴を同定する工程、ここで第3の組のデータおよび第4の組のデータのそれぞれで少なくとも1つの特徴が同定され、5つ以上の特徴が1つ以上の組織試料の創発性を特徴付ける、ならびに5つ以上の特徴の相互関係を計算する工程、ここで5つ以上の特徴の相互関係が1つ以上の血液試料スメアの細胞システム生物プロフィールである、
を含み、
それにより1つ以上の組織試料と同じ供給源から得られた1つ以上の末梢血試料の創発性の細胞システム生物プロフィールが作製される、
1つ以上の組織試料と同じ供給源から得られた1つ以上の末梢血試料の創発性の細胞システム生物プロフィールを作製する工程をさらに含む、請求項2記載の方法。
【請求項１２】
i) 少なくとも1つの末梢血試料から少なくとも1つの血液試料スメアを得る工程；
ii) 少なくとも1つの血液試料スメアを蛍光標識試薬のパネルで標識して、蛍光標識された血液試料スメアを作製する工程、ここでそれぞれの蛍光標識試薬がバイオマーカーに特異的であり、蛍光標識試薬のパネルが少なくとも4つの異なるバイオマーカーを検出し、バイオマーカーの検出が細胞システム生物プロフィールの1つ以上の特徴の読み出しである；
iii) 蛍光標識された血液試料スメアを少なくとも第2の光学様式で画像化する工程、ここで画像化により第2の組のデータが作製される；
iv) 第2の組のデータを解析して5つ以上の特徴を同定する工程、ここで5つ以上の特徴が1つ以上の組織試料の創発性を特徴付ける、ならびに5つ以上の特徴の相互関係を計算する工程、ここで5つ以上の特徴の相互関係が少なくとも1つの血液試料スメアの細胞システム生物プロフィールである、
を含み、
それにより1つ以上の組織試料と同じ供給源から得られた少なくとも1つの末梢血試料の創発性の細胞システム生物プロフィールが作製される、
1つ以上の組織試料と同じ供給源から得られた少なくとも1つの末梢血試料の創発性の細胞システム生物プロフィールを作製する工程をさらに含む、請求項2記載の方法。