【手続補正書】
【提出日】平成22年3月5日(2010.3.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
(a)少なくとも1個のポリペプチドをコードする核酸であって、該核酸がcDNA、転写物(mRNA)もしくは遺伝子の少なくとも約20、30、40、50、75、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950、1000、1050、1100、1150個以上の残基の領域、もしくは完全長に渡って、配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号17、配列番号19、配列番号21、配列番号23、配列番号25、配列番号27、配列番号29、配列番号31、配列番号33、配列番号35、配列番号37、配列番号39、配列番号41、配列番号43、配列番号45、配列番号47、配列番号49、配列番号51、配列番号53、配列番号55、配列番号57、配列番号59、配列番号61、配列番号63、配列番号65、配列番号67、配列番号69、配列番号71、配列番号73、配列番号75、配列番号77、配列番号79、配列番号81、配列番号83、配列番号85、配列番号87、配列番号89、配列番号91、配列番号93、配列番号95、配列番号97、配列番号99、配列番号101、配列番号103、配列番号105、配列番号107、配列番号109、配列番号111、配列番号113、配列番号115、配列番号117、配列番号119、配列番号121、配列番号123、配列番号125、配列番号127、配列番号129、配列番号131、配列番号133、配列番号135、配列番号137、配列番号139、配列番号141、配列番号143、配列番号145、配列番号147、配列番号149、配列番号151、配列番号153、配列番号155、配列番号157、配列番号159、配列番号161、配列番号163、配列番号165、配列番号167、配列番号169、配列番号171、配列番号173、配列番号175、配列番号177、配列番号179、配列番号181、配列番号183、配列番号185、配列番号187、配列番号189、配列番号191、配列番号193、配列番号195、配列番号197、配列番号199、配列番号201、配列番号203、配列番号205、配列番号207、配列番号209、配列番号211、配列番号213、配列番号215、配列番号217、配列番号219、配列番号221、配列番号223、配列番号225、配列番号227、配列番号229、配列番号231、配列番号233、配列番号235、配列番号237、配列番号239、配列番号241、配列番号243、配列番号245、配列番号247、配列番号249、配列番号251、配列番号253、配列番号255、配列番号257、配列番号259、配列番号261、配列番号263、配列番号265、配列番号267、配列番号269、配列番号271、配列番号273、配列番号275、配列番号277、配列番号279、配列番号281、配列番号283、配列番号285、配列番号287、配列番号289、配列番号291、配列番号293、配列番号295、配列番号297、配列番号299、配列番号301、配列番号303、配列番号305、配列番号307、配列番号309、配列番号311、配列番号313、配列番号315、配列番号317、配列番号319、配列番号321、配列番号323、配列番号325、配列番号327、配列番号329、配列番号331、配列番号333、配列番号335、配列番号336、配列番号337、および／もしくは配列番号338の配列に対して、少なくとも80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％以上、もしくは100％の配列同一性を有する配列を含み、
該核酸が、アルドラーゼ活性を有する少なくとも1個のポリペプチドをコードするか、またはアルドラーゼ特異的抗体を生成することができるエピトープもしくは免疫原として作用するポリペプチドもしくはペプチドをコードする、前記核酸；
(b)少なくとも1個のポリペプチドをコードする核酸であって、該核酸が、(a)の配列を含む核酸の相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする配列を含み、
該核酸が、アルドラーゼ活性を有する少なくとも1個のポリペプチドをコードするか、またはアルドラーゼ特異的抗体を生成することができるエピトープもしくは免疫原として作用するポリペプチドもしくはペプチドをコードする、前記核酸；
(c)アルドラーゼ活性を有する少なくとも1個のポリペプチドをコードする核酸であって、該ポリペプチドが、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172、配列番号174、配列番号176、配列番号178、配列番号180、配列番号182、配列番号184、配列番号186、配列番号188、配列番号190、配列番号192、配列番号194、配列番号196、配列番号198、配列番号200、配列番号202、配列番号204、配列番号206、配列番号208、配列番号210、配列番号212、配列番号214、配列番号216、配列番号218、配列番号220、配列番号222、配列番号224、配列番号226、配列番号228、配列番号230、配列番号232、配列番号234、配列番号236、配列番号238、配列番号240、配列番号242、配列番号244、配列番号246、配列番号248、配列番号250、配列番号252、配列番号254、配列番号256、配列番号258、配列番号260、配列番号262、配列番号264、配列番号266、配列番号268、配列番号270、配列番号272、配列番号274、配列番号276、配列番号278、配列番号280、配列番号282、配列番号284、配列番号286、配列番号288、配列番号290、配列番号292、配列番号294、配列番号296、配列番号298、配列番号300、配列番号302、配列番号304、配列番号306、配列番号308、配列番号310、配列番号312、配列番号314、配列番号316、配列番号318、配列番号320、配列番号322、配列番号324、配列番号326、配列番号328、配列番号330、配列番号332、および／もしくは配列番号334の配列、またはその酵素的に活性な断片を含む、前記核酸；
(d)少なくとも1個の保存的アミノ酸置換を有し、そのアルドラーゼ活性を保持するポリペプチドをコードする(a)、(b)もしくは(c)の核酸；
(e)アルドラーゼ活性を有するが、シグナル配列を欠くポリペプチドをコードする(a)、(b)、(c)もしくは(d)の核酸；
(f)アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードし、異種配列をさらに含む(a)、(b)、(c)、(d)もしくは(e)の核酸；
(g)アルドラーゼ活性がピルビン酸、HMGもしくはKHGアルドラーゼ活性を含む、(a)、(b)、(c)、(d)、(e)もしくは(f)の核酸；または
(h)(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)もしくは(g)と相補的な核酸配列、
を含む、単離された、合成または組換え核酸。
【請求項２】
(a)請求項１に記載の配列もしくはそのサブ配列を含む核酸を増幅することができるか、または
(b)請求項１に記載の配列の最初(5'側)の10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個以上の残基の配列を有する第1のメンバー、および該第1のメンバーの相補鎖の最初(5'側)の10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個以上の残基の配列を有する第2のメンバーを含む、
増幅プライマー対であって、
必要に応じて、(a)の増幅プライマー配列対のメンバーが、該配列の少なくとも10〜50個の連続する塩基、もしくは該配列の約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35個以上の連続する塩基を含むオリゴヌクレオチドを含む、前記プライマー対。
【請求項３】
請求項１に記載の核酸を含む発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクルであって、必要に応じて、該クローニングビヒクルが、ウイルスベクター、プラスミド、ファージ、ファージミド、コスミド、フォスミド、バクテリオファージもしくは人工染色体を含み、必要に応じて、該ウイルスベクターが、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクターもしくはアデノ随伴ウイルスベクターを含むか、または該人工染色体が、細菌人工染色体(BAC)、バクテリオファージP1由来ベクター(PAC)、酵母人工染色体(YAC)もしくは哺乳動物人工染色体(MAC)を含む、前記発現カセット、ベクターまたはクローニングビヒクル。
【請求項４】
請求項１に記載の核酸を含むか、または請求項３に記載の発現カセット、ベクターもしくはクローニングビヒクルを含む形質転換細胞。
【請求項５】
請求項１に記載の核酸を含むか、または請求項３に記載の発現カセット、ベクターもしくはクローニングビヒクル、請求項４に記載の形質転換細胞を含むトランスジェニック非ヒト動物、植物、植物部分または種子。
【請求項６】
アルドラーゼ活性を有する単離された、合成または組換えポリペプチドもしくはペプチドであって、
(a)少なくとも20、25、30、35、40、45、50、55、60、75、100、150、200、250、300個以上の残基の領域に渡って、または該ポリペプチドもしくは酵素の完全長に渡って、配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号32、配列番号34、配列番号36、配列番号38、配列番号40、配列番号42、配列番号44、配列番号46、配列番号48、配列番号50、配列番号52、配列番号54、配列番号56、配列番号58、配列番号60、配列番号62、配列番号64、配列番号66、配列番号68、配列番号70、配列番号72、配列番号74、配列番号76、配列番号78、配列番号80、配列番号82、配列番号84、配列番号86、配列番号88、配列番号90、配列番号92、配列番号94、配列番号96、配列番号98、配列番号100、配列番号102、配列番号104、配列番号106、配列番号108、配列番号110、配列番号112、配列番号114、配列番号116、配列番号118、配列番号120、配列番号122、配列番号124、配列番号126、配列番号128、配列番号130、配列番号132、配列番号134、配列番号136、配列番号138、配列番号140、配列番号142、配列番号144、配列番号146、配列番号148、配列番号150、配列番号152、配列番号154、配列番号156、配列番号158、配列番号160、配列番号162、配列番号164、配列番号166、配列番号168、配列番号170、配列番号172、配列番号174、配列番号176、配列番号178、配列番号180、配列番号182、配列番号184、配列番号186、配列番号188、配列番号190、配列番号192、配列番号194、配列番号196、配列番号198、配列番号200、配列番号202、配列番号204、配列番号206、配列番号208、配列番号210、配列番号212、配列番号214、配列番号216、配列番号218、配列番号220、配列番号222、配列番号224、配列番号226、配列番号228、配列番号230、配列番号232、配列番号234、配列番号236、配列番号238、配列番号240、配列番号242、配列番号244、配列番号246、配列番号248、配列番号250、配列番号252、配列番号254、配列番号256、配列番号258、配列番号260、配列番号262、配列番号264、配列番号266、配列番号268、配列番号270、配列番号272、配列番号274、配列番号276、配列番号278、配列番号280、配列番号282、配列番号284、配列番号286、配列番号288、配列番号290、配列番号292、配列番号294、配列番号296、配列番号298、配列番号300、配列番号302、配列番号304、配列番号306、配列番号308、配列番号310、配列番号312、配列番号314、配列番号316、配列番号318、配列番号320、配列番号322、配列番号324、配列番号326、配列番号328、配列番号330、配列番号332、および／もしくは配列番号334に対して、少なくとも80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％以上、もしくは100％の配列同一性を有するアミノ酸配列、および／またはその酵素的に活性な断片；
(b)ポリペプチドが、(i)アルドラーゼ活性を有するか、もしくは(ii)(a)の配列を有するポリペプチドに特異的に結合する抗体を生成することができる免疫原性活性を有する、請求項１に記載の核酸によりコードされるアミノ酸配列、および／またはその酵素的に活性な断片；
(c)少なくとも1個のアミノ酸残基の保存的置換を含み、アルドラーゼ活性を保持する、(a)もしくは(b)のアミノ酸配列、または請求項１に記載の核酸によりコードされるポリペプチド；
(d)アルドラーゼ活性を有するが、シグナル配列を欠く(a)、(b)、または(c)のポリペプチド；
(e)アルドラーゼ活性を有し、異種配列をさらに含む(a)、(b)、(c)、または(d)のポリペプチド；
(f)アルドラーゼ活性がピルビン酸、HMGもしくはKHGアルドラーゼ活性を含む、(a)、(b)、(c)、(d)もしくは(e)のポリペプチド；または
(g)ポリペプチドが少なくとも1個の糖鎖付加部位を含む、(a)、(b)、(c)、(d)、(e)もしくは(f)のポリペプチド、
を含む、前記ポリペプチドもしくはペプチド。
【請求項７】
請求項６に記載のポリペプチドに特異的に結合する、単離された、合成または組換え抗体。
【請求項８】
組換えポリペプチドを製造する方法であって、
(a)請求項１に記載の核酸を提供する工程；および
(b)ポリペプチドの発現を可能にする条件下で、工程(a)の核酸を発現させることにより、組換えポリペプチドを製造する工程、
を含み、
必要に応じて、宿主細胞を工程(a)の核酸を用いて形質転換した後、工程(a)の核酸を発現させることにより、形質転換細胞中で組換えポリペプチドを製造することをさらに含む、前記方法。
【請求項９】
アルドラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸の変異体を作製する方法であって、
(a)請求項１に記載の核酸を含む鋳型核酸を提供する工程；および
(b)鋳型配列中の1個以上のヌクレオチドを改変、欠失もしくは付加するか、またはその組合せを行って、鋳型核酸の変異体を作製する工程、
を含み、
必要に応じて、変異体アルドラーゼポリペプチドが、
(i)耐熱性であり、上昇した温度に曝露された後もいくらかの活性を保持するか；
(ii)鋳型核酸によりコードされたアルドラーゼと比較して、増加した糖鎖を有するか；または
(iii)高温下でアルドラーゼ活性を有し、鋳型核酸によりコードされたアルドラーゼが高温下で活性が低い、
前記方法。
【請求項１０】
アルドラーゼポリペプチドをコードする核酸中のコドンを改変するための方法である、請求項９に記載の方法であって、下記工程：
(a)請求項１に記載の核酸を提供する工程；および
(b)工程(a)の核酸中のコドンを同定し、それを、置換されるコドンと同じアミノ酸をコードする異なるコドンと置換し、それによってアルドラーゼをコードする核酸中のコドンを改変する工程、
を含む、前記方法。
【請求項１１】
請求項６に記載のアミノ酸配列の、アミノ末端残基1〜14、1〜15、1〜16、1〜17、1〜18、1〜19、1〜20、1〜21、1〜22、1〜23、1〜24、1〜25、1〜26、1〜27、1〜28、1〜29、1〜30、1〜31、1〜32、1〜33、1〜34、1〜35、1〜36、1〜37、1〜38、1〜40、1〜41、1〜42、1〜43もしくは1〜44に記載のアミノ酸配列からなる単離された、合成もしくは組換えシグナルまたはリーダー配列。
【請求項１２】
組成物中の炭素-炭素結合を切断する方法であって、下記工程：
(a)請求項６に記載のポリペプチドもしくは請求項１に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)炭素-炭素結合を含む組成物を提供する工程；および
(c)アルドラーゼが該組成物中の炭素-炭素結合を切断する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の組成物と接触させる工程、
を含む、前記方法。
【請求項１３】
炭素-炭素結合を形成させる方法であって、下記工程：
(a)請求項６に記載のポリペプチドもしくは請求項１に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)供与体および受容体化合物を提供する工程；および
(c)アルドラーゼが炭素-炭素結合を形成する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の化合物と接触させる工程、
を含む、前記方法。
【請求項１４】
請求項６に記載のポリペプチドもしくは請求項１に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを含む組成物であって、
必要に応じて、アルドラーゼを、錠剤、ゲル、ピル、埋込み物、液体、スプレー、粉末、食品、飼料ペレットとして、もしくはカプセル化製剤として製剤化し、
必要に応じて、該組成物は、食品、飼料、飲料、食品添加物、飼料添加物、飲料添加物、栄養補助食品、パン生地もしくはパン製品であり、ならびに
必要に応じて、該組成物は燃料であり、必要に応じて、該燃料はエタノール、メタノール、プロパノール、ブタノールおよび／もしくはディーゼルである、
前記組成物。
【請求項１５】
請求項６に記載のポリペプチドもしくは請求項１に記載の核酸によりコードされるポリペプチドと、炭素-炭素結合を含有する化合物を含む組成物とを接触させることを含む、食品、飼料または飲料を作製する方法。
【請求項１６】
4-置換D-グルタミン酸を作製する方法であって、下記工程：
(a)請求項６に記載のポリペプチドもしくは請求項１に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)α-ケト酸受容体およびピルビン酸もしくはピルビン酸供与体を提供する工程；および
(c)アルドラーゼが、4-置換D-グルタミン酸の合成を触媒する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の化合物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有し、ならびに
必要に応じて、該方法がさらに、D-アミノトランスフェラーゼの使用を含む、
前記方法。
【請求項１７】
抗生物質としての請求項１６に記載の4-置換D-グルタミン酸の使用。
【請求項１８】
3,4-置換2-ケト-グルタル酸を作製する方法であって、下記工程：
(a)請求項６に記載のポリペプチドもしくは請求項１に記載の核酸によりコードされるポリペプチドを提供する工程；
(b)供与体および受容体化合物を提供する工程；および
(c)アルドラーゼが、3,4-置換2-ケト-グルタル酸の合成を触媒する条件下で、工程(a)のポリペプチドを工程(b)の化合物と接触させる工程、
を含み、
必要に応じて、該ポリペプチドが、ピルビン酸アルドラーゼ、HMGアルドラーゼおよび／もしくはKHGアルドラーゼ活性を有し、ならびに
必要に応じて、供与体および受容体が、ピルビン酸もしくはピルビン酸供与体ならびにα-ケト酸受容体、ケトンおよび／もしくはアルデヒドである、
前記方法。
【請求項１９】
バイオマスまたは任意のリグノセルロース材料を燃料に変換する方法であって、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を、請求項６に記載のポリペプチドもしくは請求項１に記載の核酸によりコードされるポリペプチドまたはその酵素的に活性な断片と接触させることを含み、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を予備処理した後、アルドラーゼと接触させ、
必要に応じて、該バイオマスまたはリグノセルロース材料を、セルロースおよび／もしくはヘミセルロース分解酵素と接触させた後、アルドラーゼと接触させ、ならびに
必要に応じて、該燃料が、エタノール、メタノール、プロパノール、ブタノールおよび／もしくはディーゼルである、
前記方法。