【手続補正書】
【提出日】平成21年12月7日(2009.12.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
疾患または状態を診断する方法であって：
患者からトランスクリプトームを得；
疾患または状態の指標である１もしくは複数の転写モジュールに基づきトランスクリプトームを分析し；そして
患者の疾患または状態を、トランスクリプトームの１もしくは複数の転写モジュール内の遺伝子の発現の存在、不存在またはレベルに基づき決定する
工程を含んでなる上記方法。
【請求項２】
転写モジュールが：
疾患または状態毎に合う各クラスターからそのモジュールについての遺伝子を選択し
；
選択した遺伝子を分析から除き；そして
疾患または状態のサブフラクション中にクラスターをなす遺伝子について、遺伝子発
現値を選択する工程を繰り返す、
ことにより１もしくは複数の転写モジュールに関する遺伝子発現を反復して選択し；そして
すべての遺伝子クラスターが使用し尽されるまで、各クラスターについてモジュールの作成を繰り返し反復する、
ことにより得られる請求項１に記載の方法。
【請求項３】
クラスターが発現値クラスター、キーワードクラスター、代謝クラスター、疾患クラスター、感染クラスター、移植クラスター、シグナル伝達クラスター、転写クラスター、複製クラスター、細胞サイクルクラスター、ｓｉＲＮＡクラスター、ｍｉＲＮＡクラスター、ミトコンドリアクラスター、Ｔ細胞クラスター、Ｂ細胞クラスター、サイトカインクラスター、リンホカインクラスター、熱ショッククラスターおよびその組み合わせから選択される請求項１に記載の方法。
【請求項４】
１もしくは複数の疾患または状態が１もしくは複数の以下の状態：全身型若年性特発性関節炎、全身性エリテマトーデス、Ｉ型糖尿病、肝移植受容者、黒色腫患者および大腸菌、黄色ブドウ球菌のようなバクテリアに感染している患者、インフルエンザＡのようなウイルスに感染している患者、およびそれらの組み合わせから選択される請求項１に記載の方法。
【請求項５】
１もしくは複数の疾患または状態がバイオテロ物質での選択された感染である請求項１に記載の方法。
【請求項６】
モジュールが自己免疫疾患、ウイルス感染バクテリア感染、ガンおよび移植拒絶の間を識別することができる請求項１に記載の方法。
【請求項７】
転写モジュールを同定する方法であって：
疾患または状態がある１もしくは複数の患者から得た細胞から個々の遺伝子発現レべルを得；
クラスターに分割されている表中の各遺伝子について発現値を記録し；
疾患または状態毎に合う各クラスターからそのモジュールについての遺伝子を選択し
；
選択した遺伝子を分析から除き；そして
疾患または状態の亜分画中に集まる遺伝子について遺伝子発現値を選択する工程を繰
り返す、
ことにより１もしくは複数の転写モジュールに関する遺伝子発現値を反復して選択し；そして
すべての遺伝子クラスターが使用し尽されるまで、各クラスターについてモジュールの作成を繰り返し反復する、
工程を含んでなる上記方法。
【請求項８】
クラスターが発現値クラスター、キーワードクラスター、代謝クラスター、疾患クラスター、感染クラスター、移植クラスター、シグナル伝達クラスター、転写クラスター、複製クラスター、細胞サイクルクラスター、ｓｉＲＮＡクラスター、ｍｉＲＮＡクラスター、ミトコンドリアクラスター、Ｔ細胞クラスター、Ｂ細胞クラスター、サイトカインクラスター、リンホカインクラスター、熱ショッククラスターおよびそれらの組み合わせから選択される請求項７に記載の方法。
【請求項９】
１もしくは複数の疾患または状態が１もしくは複数の以下の状態：全身型若年性特発性関節炎、全身性エリテマトーデス、Ｉ型糖尿病、肝移植受容者、黒色腫患者および大腸菌、黄色ブドウ球菌のようなバクテリアに感染している患者、インフルエンザＡのようなウイルスに感染している患者、およびそれらの組み合わせから選択される請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
１もしくは複数の疾患または状態が、バイオテロ物質での選択された感染である請求項７に記載の方法。
【請求項１１】
１もしくは複数の転写モジュールが：
【表１】
2009518040.tif 000001
【表２】
2009518040.tif 000002
ならびにそれらの組み合わせから選択され、ここでサンプル中の遺伝子の発現レベルが、疾患または状態を決定するためにモジュールに対してランク付けされる、請求項７に記載の方法。
【請求項１２】
疾患分析ツールであって；
【表３】
2009518040.tif 000003
【表４】
2009518040.tif 000004
からなる群から選択される１もしくは複数の遺伝子モジュールを含んでなり、そして自己免疫疾患、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶間を識別するために十分である上記疾患分析ツール。
【請求項１３】
モジュールが、全身性エリテマトーデス、インフルエンザ感染、黒色腫および移植拒絶の間を識別するために使用される請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
選択されるモジュールが：
形質細胞：免疫グロブリン鎖（ＩＧＨＭ，ＩＧＪ，ＩＧＬＬ１，ＩＧＫＣ，ＩＧＨＤ）および形質細胞マーカーＣＤ３８をコードする遺伝子；および
血小板：血小板糖タンパク質（ＩＴＧＡ２Ｂ，ＩＴＧＢ３，ＧＰ６，ＧＰ１Ａ／Ｂ）、および血小板由来免疫メディエーターＰＰＰＢ（プロ−血小板塩基性タンパク質）およびＰＦ４（血小板因子４）をコードする遺伝子；
から選択され、そしてこのモジュールがこれら２つのモジュールに陽性ベクターを有することにより全身性エリテマトーデスを同定するために使用される請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
選択されるモジュールが：
形質細胞：免疫グロブリン鎖（ＩＧＨＭ，ＩＧＪ，ＩＧＬＬ１，ＩＧＫＣ，ＩＧＨＤ）および形質細胞マーカーＣＤ３８をコードする遺伝子；および
血小板：血小板糖タンパク質（ＩＴＧＡ２Ｂ，ＩＴＧＢ３，ＧＰ６，ＧＰ１Ａ／Ｂ）、および血小板由来免疫メディエーターＰＰＰＢ（プロ−血小板塩基性タンパク質）およびＰＦ４（血小板因子４）をコードする遺伝子；
から選択され、そしてこのモジュールがこれら２つのモジュールに陽性ベクターも陰性ベクターも持たないことによりインフルエンザ感染を同定するために使用される請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
選択されるモジュールが：
形質細胞：免疫グロブリン鎖（ＩＧＨＭ，ＩＧＪ，ＩＧＬＬ１，ＩＧＫＣ，ＩＧＨＤ）および形質細胞マーカーＣＤ３８をコードする遺伝子；および
血小板：血小板糖タンパク質（ＩＴＧＡ２Ｂ，ＩＴＧＢ３，ＧＰ６，ＧＰ１Ａ／Ｂ）、およびＰＰＰＢ（プロ−血小板塩基性タンパク質）およびＰＦ４（血小板因子４）のような血小板由来免疫メディエーターをコードする遺伝子；
から選択され、そしてこのモジュールが形質細胞マーカーに陰性ベクターを、そして血小板マーカーに陽性ベクターを有することにより黒色腫を同定するために使用される請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
選択されるモジュールが：
形質細胞：免疫グロブリン鎖（ＩＧＨＭ，ＩＧＪ，ＩＧＬＬ１，ＩＧＫＣ，ＩＧＨＤ）および形質細胞マーカーＣＤ３８をコードする遺伝子；および
血小板：血小板糖タンパク質（ＩＴＧＡ２Ｂ，ＩＴＧＢ３，ＧＰ６，ＧＰ１Ａ／Ｂ）、および血小板由来免疫メディエーターＰＰＰＢ（プロ−血小板塩基性タンパク質）およびＰＦ４（血小板因子４）をコードする遺伝子；
から選択され、そしてこのモジュールがこれら２つのモジュールに陰性ベクターを有することにより移植拒絶を同定するために使用される請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
選択されるモジュールが：
形質細胞：免疫グロブリン鎖（ＩＧＨＭ，ＩＧＪ，ＩＧＬＬ１，ＩＧＫＣ，ＩＧＨＤ）および形質細胞マーカーＣＤ３８をコードする遺伝子；および
血小板：血小板糖タンパク質（ＩＴＧＡ２Ｂ，ＩＴＧＢ３，ＧＰ６，ＧＰ１Ａ／Ｂ）、および血小板由来免疫メディエーターＰＰＰＢ（プロ−血小板塩基性タンパク質）およびＰＦ４（血小板因子４）をコードする遺伝子；
から選択され、そしてこのモジュールがこれら２つのモジュールに陰性ベクターを有することによりインフルエンザ感染を同定するために使用される請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
１もしくは複数の転写モジュールの代表である遺伝子の組み合わせを含んでなるカスタマイズされた遺伝子アレイを含んでなる予知遺伝子アレイであって、カスタマイズされた遺伝子アレイと接触する患者のトランスクリプトームが、転写モジュールに合った１もしくは複数の疾患または状態の予知である上記予知遺伝子アレイ。
【請求項２０】
疾患または状態に対する患者の免疫応答が、転写モジュールと特異的疾患または状態との相関に基づくトランスクリプトームの遺伝子発現の存在、不存在またはレベルに基づき決定される、請求項１９に記載のアレイ。
【請求項２１】
アレイが自己免疫疾患、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶の間を識別することができる、請求項１９に記載のアレイ。
【請求項２２】
アレイが２以上の転写モジュールに組織化される請求項１９に記載のアレイ。
【請求項２３】
アレイが：
【表５】
2009518040.tif 000005
【表６】
2009518040.tif 000006
【表７】
2009518040.tif 000007
から選択される１もしくは複数のサブモジュールを含んでなる３つの転写モジュールに組織化され、そしてモジュールの１もしくは複数の遺伝子に特異的に結合するプローブを含んでる、請求項１９に記載のアレイ。
【請求項２４】
遺伝子分析ツールであって：
【表８】
2009518040.tif 000008
【表９】
2009518040.tif 000009
を含んでなる左カラムから選択される１グループ、および右カラムから選択される１グループの組み合わせから選択される１もしくは複数の遺伝子モジュール、およびその組み合わせを含んでなり、ここで疾患または状態を診断するためにサンプル中のモジュールの遺伝子発現レベルが表示される上記遺伝子分析ツール。
【請求項２５】
臨床試験の患者を選択するための方法であって：
予想される患者のトランスクリプトームを得；
トランスクリプトームを、臨床試験で処置される疾患または状態の指標となる１もしくは複数の転写モジュールに対して比較し；そして
患者が臨床試験の良い候補となる見込を、臨床試験での成功と相関する１もしくは複数の転写モジュール内の患者のトランスクリプトームで発現される１もしくは複数の遺伝子の存在、不存在またはレベルに基づき決定する、
工程を含んでなる上記方法。
【請求項２６】
各モジュールがサンプル中の転写産物の比率の和と相関するベクターを含んでなる、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
各モジュールがベクターを含んでなり、そして１もしくは複数の疾患または状態がこの１もしくは複数のベクターと関連する、請求項２５に記載の方法。
【請求項２８】
各モジュールが、各モジュール内の１もしくは複数の遺伝子の発現レベルと相関するベクターを含んでなる、請求項２５に記載の方法。
【請求項２９】
各モジュールが、ベクターを含んでなり、そして選択されるモジュールが：
形質細胞：免疫グロブリン鎖（ＩＧＨＭ，ＩＧＪ，ＩＧＬＬ１，ＩＧＫＣ，ＩＧＨＤ）および形質細胞マーカーＣＤ３８をコードする遺伝子；および
血小板：血小板糖タンパク質（ＩＴＧＡ２Ｂ，ＩＴＧＢ３，ＧＰ６，ＧＰ１Ａ／Ｂ）、およびＰＰＰＢ（プロ−血小板塩基性タンパク質）およびＰＦ４（血小板因子４）のような血小板由来免疫メディエーターをコードする遺伝子であり、
そしてモジュールがこれら２つのモジュールに陽性ベクターを有することにより全身性エリテマトーデスを；これら２つのモジュールに陽性ベクターも陰性ベクターも持たないことによりインフルエンザ感染を；形質細胞マーカーに陰性ベクターを、そして血小板マーカーに陽性ベクターを有することにより黒色腫を；識別するために、これら２つのモジュールに陰性ベクターを有することにより移植拒絶を同定するために使用される請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
１もしくは複数の疾患の間を識別するために、差次的に発現する遺伝子を十分な比率で提供する１もしくは複数のモジュールから十分なプローブを含んでなる固体支持体上に固定化され、プローブが表１、２、３またはそれらの組み合わせから選択される核酸プローブのアレイ。
【請求項３１】
固体支持体上に固定化された核酸プローブと接触したサンプルから得たデータが：
【表１０】
2009518040.tif 000010
【表１１】
2009518040.tif 000011
から選択されるモジュールにより分類され、第１組のプローブが、１もしくは複数の疾患にそれぞれ対応する１もしくは複数の質問位置を有する請求項３０に記載のアレイ。
【請求項３２】
アレイが１００から１００，０００個の間のプローブを有する請求項３０に記載のアレイ。
【請求項３３】
各プローブが９〜２１ヌクレオチドである請求項３０に記載のアレイ。
【請求項３４】
第２、３および４組のプローブが質問されるように配置された請求項３０に記載のアレイ。
【請求項３５】
固体支持体に固定化された核酸プローブのアレイであって、アレイが少なくとも１対の第１および第２プローブ群を含んでなり、各群が表１、２、３またはその組み合わせにより定められる１もしくは複数のプローブを含んでなる上記アレイ。
【請求項３６】
群がマイクロアレイ平板全体に一貫した複合転写マーカーベクターを提供する、請求項３５に記載のアレイ。
【請求項３７】
群がマイクロアレイ平板全体に一貫しており、そして調節承認に関する要約で表示される複合転写マーカーベクターを提供する、請求項３５に記載のアレイ。