【手続補正書】
【提出日】平成22年5月14日(2010.5.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトに感染する能力を有するインフルエンザＡ型ウイルスのヘマグルチニン（ＨＡ）に結合する中和抗体であって、前記抗体は、１つより多くのインフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの分離株および／または１つより多くの該インフルエンザＡ型ウイルスのサブタイプを中和する、中和抗体。
【請求項２】
インフルエンザＡ型ウイルスＨ１サブタイプの１つより多くの分離株を中和する、請求項１に記載の中和抗体。
【請求項３】
インフルエンザＡ型ウイルスＨ３サブタイプの１つより多くの分離株を中和する、請求項１に記載の中和抗体。
【請求項４】
インフルエンザＡ型ウイルスＨ１およびＨ３サブタイプを中和する、請求項１に記載の中和抗体。
【請求項５】
インフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの実質的にすべての分離株を中和する、請求項１に記載の中和抗体。
【請求項６】
前記サブタイプが、Ｈ５、Ｈ７およびＨ９サブタイプからなる群から選択される、請求項１または請求項５に記載の中和抗体。
【請求項７】
前記インフルエンザＡ型ウイルスのＨ５Ｎ１サブタイプを中和する、請求項１に記載の中和抗体。
【請求項８】
前記抗体がＨ５タンパク質に結合する、請求項１に記載の中和抗体。
【請求項９】
請求項１から８までのいずれか１項に記載の中和抗体を含む組成物。
【請求項１０】
被験体におけるインフルエンザＡ型ウイルス感染を予防および／または処置するための方法における使用のための、請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
インフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの１つより多くの分離株またはインフルエンザＡ型ウイルスの１つより多くのサブタイプを中和し得る抗体を同定する方法であって、
前記インフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの第１および第２の分離株の両方、または前記インフルエンザＡ型ウイルスの第１および第２のサブタイプと反応する抗体を、抗体ライブラリーにおいて同定すること、および
前記第１および第２の分離株、または前記第１および第２のサブタイプそれぞれに結合する抗体の能力に基づいて、同定した前記抗体に選択の連続的交互ラウンドを受けさせること
を含む、方法。
【請求項１２】
前記第１および第２の分離株が、前記インフルエンザＡ型ウイルスのＨ５Ｎ１サブタイプの異なる分離株である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
第１および第２のインフルエンザＡ型ウイルスサブタイプ分離株の両方と反応する前記抗体が、それぞれ、前記第１分離株および前記第２分離株と反応する抗体の少なくとも２ラウンドの別々の濃縮により同定され、同定された前記抗体を組み換える、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記第１および前記第２のインフルエンザＡ型サブタイプ分離株の両方と反応し得る前記抗体が、前記第１および第２の分離株それぞれに結合する抗体の能力に基づいて、選択の前記連続交互ラウンドを受ける前に突然変異誘発を受ける、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記インフルエンザＡ型ウイルスサブタイプがＨ５Ｎ１サブタイプである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記第１および第２の分離株に結合し得る前記抗体が、さらに、１つより多くのインフルエンザＡ型サブタイプに結合する前記抗体の能力に基づいて選択される、請求項１１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３７】
本発明は、さらに、この種のコレクションに存在する核酸の配列に連結されたか、または該配列に組み込まれる独特のバーコードで標識した核酸を含むコレクション中の核酸を独自に同定する方法に関する。
本発明はまた、以下の項目を提供する。
（項目１）
インフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの１つより多くの分離株および／または上記インフルエンザＡ型ウイルスの１つより多くのサブタイプを中和する中和抗体。
（項目２）
インフルエンザＡ型ウイルスＨ１サブタイプの１つより多くの分離株を中和する、項目１に記載の中和抗体。
（項目３）
インフルエンザＡ型ウイルスＨ３サブタイプの１つより多くの分離株を中和する、項目１に記載の中和抗体。
（項目４）
インフルエンザＡ型ウイルスＨ１およびＨ３サブタイプを中和する、項目１に記載の中和抗体。
（項目５）
インフルエンザＡ型ウイルスＨ１および／またはＨ３サブタイプの１つより多くの分離株を中和する、項目４に記載の中和抗体。
（項目６）
インフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの実質的にすべての分離株を中和する、項目１に記載の中和抗体。
（項目７）
上記サブタイプが、Ｈ５、Ｈ７およびＨ９サブタイプからなる群から選択される、項目１または項目６に記載の中和抗体。
（項目８）
上記サブタイプが、上記Ｈ５サブタイプである、項目７に記載の中和抗体。
（項目９）
上記抗体が、インフルエンザＡ型ウイルスＨ５サブタイプの実質的にすべての分離株を中和する、項目８に記載の中和抗体。
（項目１０）
上記サブタイプが、上記Ｈ７サブタイプである、項目７に記載の中和抗体。
（項目１１）
上記抗体が、上記インフルエンザＡ型ウイルスＨ７サブタイプの実質的にすべての分離株を中和する、項目１０に記載の中和抗体。
（項目１２）
上記サブタイプが、上記Ｈ９サブタイプである、項目７に記載の中和抗体。
（項目１３）
上記抗体が、上記インフルエンザＡ型ウイルスＨ９サブタイプの実質的にすべての分離株を中和する、項目１２に記載の中和抗体。
（項目１４）
上記抗体が、さらに、インフルエンザＡ型ウイルスの追加のＨサブタイプを少なくとも１つ中和する、項目７に記載の中和抗体。
（項目１５）
上記追加Ｈサブタイプが、Ｈ１、Ｈ２およびＨ３サブタイプからなる群から選択される、項目１４に記載の中和抗体。
（項目１６）
上記インフルエンザＡ型ウイルスの追加Ｈサブタイプの１つより多くの分離株を中和する、項目１５に記載の中和抗体。
（項目１７）
上記インフルエンザＡ型ウイルスのＨ５Ｎ１サブタイプを中和する、項目１に記載の中和抗体。
（項目１８）
上記インフルエンザＡ型ウイルスのＨ５Ｎ１サブタイプの１つより多くの分離株を中和する、項目１７に記載の中和抗体。
（項目１９）
上記分離株の少なくとも１つがヒトに感染する能力を有する、項目１８に記載の中和抗体。
（項目２０）
上記分離株の少なくとも１つがヒト対象から得られた、項目１９に記載の中和抗体。
（項目２１）
上記ヒト対象が病気に罹患している、項目２０に記載の中和抗体。
（項目２２）
上記ヒト対象が上記インフルエンザＡ型ウイルスのＨ５Ｎ１サブタイプ感染から回復した、項目２０に記載の中和抗体。
（項目２３）
上記分離株の少なくとも１つがヒト以外の動物から得られた、項目１９に記載の中和抗体。
（項目２４）
上記ヒト以外の動物が鳥類である、項目２３に記載の中和抗体。
（項目２５）
上記ヒト以外の動物が野鳥である、項目２４に記載の中和抗体。
（項目２６）
上記ヒト以外の動物がニワトリである、項目２４に記載の中和抗体。
（項目２７）
上記インフルエンザＡ型ウイルスのＨ５Ｎ１サブタイプの実質的にすべての分離株を中和する、項目１８に記載の中和抗体。
（項目２８）
上記Ｈ５Ｎ１サブタイプおよびＨ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、およびＨ３Ｎ２サブタイプからなる群から選択された少なくとも１つの追加サブタイプを中和する、項目１７に記載の中和抗体。
（項目２９）
上記インフルエンザＡ型ウイルスのＨ５Ｎ１サブタイプのより多くの分離株を中和する、項目２８に記載の中和抗体。
（項目３０）
上記インフルエンザＡ型ウイルスのＨ５Ｎ１サブタイプの実質的にすべての分離株を中和する、項目２９に記載の中和抗体。
（項目３１）
上記追加サブタイプの１つより多くの分離株を中和する、項目３０に記載の中和抗体。
（項目３２）
上記追加サブタイプの実質的にすべての分離株を中和する、項目３１に記載の中和抗体。
（項目３３）
上記抗体がＨ５タンパク質に結合する、項目１に記載の中和抗体。
（項目３４）
上記抗体が上記Ｈ５タンパク質の１つより多くの改変体に結合する、項目３３に記載の中和抗体。
（項目３５）
上記抗体が上記Ｈ５タンパク質のすべての改変体に結合する、項目３４に記載の中和抗体。
（項目３６）
上記抗体が少なくとも１つの追加のＨタンパク質に結合する、項目３５に記載の中和抗体。
（項目３７）
上記追加のＨタンパク質が、Ｈ１、Ｈ２およびＨ３タンパク質からなる群から選択される、項目３６に記載の中和抗体。
（項目３８）
上記抗体が上記追加のＨタンパク質の１つより多くの改変体に結合する、項目３７に記載の中和抗体。
（項目３９）
上記抗体が上記追加のＨタンパク質の実質的にすべての改変体に結合する、項目３８に記載の中和抗体。
（項目４０）
項目１から３９までのいずれか１項に記載の中和抗体を含む組成物。
（項目４１）
インフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの１つより多くの分離株またはインフルエンザＡ型ウイルスの１つより多くのサブタイプを中和し得る抗体を同定する方法であって、
上記インフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの第１および第２の分離株の両方、または上記インフルエンザＡ型ウイルスの第１および第２のサブタイプと反応する抗体を、抗体ライブラリーにおいて同定すること、および上記第１および第２の分離株、または上記第１および第２のサブタイプそれぞれに結合する抗体の能力に基づいて、同定した上記抗体に選択の連続的交互ラウンドを受けさせることを含む、方法。
（項目４２）
少なくとも２ラウンドの選択を含む、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
上記第１および第２の分離株が、上記インフルエンザＡ型ウイルスのＨ５Ｎ１サブタイプの異なる分離株である、項目４１に記載の方法。
（項目４４）
第１および第２のインフルエンザＡ型ウイルスサブタイプ分離株の両方と反応する上記抗体が、それぞれ、上記第１分離株および上記第２分離株と反応する抗体の少なくとも２ラウンドの別々の濃縮により同定され、同定された上記抗体を組み換える、項目４１に記載の方法。
（項目４５）
上記第１および上記第２のインフルエンザＡ型サブタイプ分離株の両方と反応し得る上記抗体が、上記第１および第２の分離株それぞれに結合する抗体の能力に基づいて、選択の上記連続交互ラウンドを受ける前に突然変異誘発を受ける、項目４１に記載の方法。
（項目４６）
上記抗体ライブラリーがファージディスプレイ・ライブラリーである、項目４１に記載の方法。
（項目４７）
選択がバイオパニングによってなされる、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
上記インフルエンザＡ型ウイルスサブタイプがＨ５Ｎ１サブタイプである、項目４１に記載の方法。
（項目４９）
上記第１分離株が上記Ｈ５Ｎ１ウイルスの２００６年のトルコ分離株である、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
上記第１分離株が上記Ｈ５Ｎ１ウイルスの２００３／２００４年のベトナム分離株である、項目４８に記載の方法。
（項目５１）
上記第２分離株が上記Ｈ５Ｎ１ウイルスの２００３／２００４年のベトナム分離株である、項目４８に記載の方法。
（項目５２）
上記第２分離株が上記Ｈ５Ｎ１ウイルスの１９９７年の香港分離株である、項目５０に記載の方法。
（項目５３）
上記第１および第２の分離株が異なる種に由来する、項目４８に記載の方法。
（項目５４）
上記種の少なくとも１つがヒトである、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
上記種の少なくとも１つが鳥類である、項目５３に記載の方法。
（項目５６）
上記第１および第２の分離株に結合し得る上記抗体が、さらに、１つより多くのインフルエンザＡ型サブタイプに結合する上記抗体の能力に基づいて選択される、項目４１に記載の方法。
（項目５７）
項目４１〜５６のいずれか１項に記載の方法により同定された上記中和抗体により共有される配列コレクション。
（項目５８）
配列コレクションであって、図１１、１２、１３、および１４Ａ−Ｄに示された独特の１つ以上の重鎖および／または軽鎖の配列、または上記配列に基づくコンセンサス配列または改変体配列を含む、コレクション。
（項目５９）
項目４１〜５６のいずれか１項に記載の方法により同定可能な中和抗体またはその断片。
（項目６０）
図１１、１２、１３、および１４Ａ−Ｄに示された独特の配列から選択された重鎖および／または軽鎖の配列、または上記配列に基づくコンセンサス配列または改変体配列またはこれらの断片を含む、項目５９に記載の中和抗体。
（項目６１）
インフルエンザＡ型ウイルス感染に対して鳥類または哺乳類の対象に受動免疫を与えることができる、項目５９または項目６０に記載の中和抗体または抗体断片。
（項目６２）
上記哺乳類の対象がヒトである、項目６１に記載の中和抗体または抗体断片。
（項目６３）
上記インフルエンザＡ型ウイルス感染が、Ｈ５Ｎ１、Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ２、およびＨ３Ｎ２サブタイプからなる群から選択されるウイルスにより引き起こされる、項目６２に記載の中和抗体または抗体断片。
（項目６４）
対象においてＡ型インフルエンザ感染を予防および／または処置する方法であって、上記対象に項目４０に記載の組成物を有効量投与することを含む、方法。
（項目６５）
対象のＡ型インフルエンザ感染を処置する方法であって、上記対象に項目５９に記載の中和抗体を有効量投与することを含む、方法。
（項目６６）
上記対象がヒトの患者である、項目６４または項目６５に記載の方法。
（項目６７）
Ａ型インフルエンザ感染を予防する方法であって、Ａ型インフルエンザ感染を発症するリスクのある対象に項目４０に記載の組成物を有効量投与することを含む、方法。
（項目６８）
Ａ型インフルエンザ感染を予防する方法であって、Ａ型インフルエンザ感染を発症するリスクのある対象に項目５９に記載の中和抗体を有効量投与することを含む、方法。
（項目６９）
上記対象がヒトの患者である、項目６７または項目６８に記載の方法。
（項目７０）
多様な多機能性抗体コレクションを作る方法であって、
（ａ）少なくとも２つの機能が異なる抗体のＣＤＲ配列を整列させ、（ｂ）上記整列させられたＣＤＲ配列の間に保存されたアミノ酸残基を同定し、（ｃ）上記整列させられたＣＤＲ配列の複数の改変体を産生するために、突然変異誘発された非保存位置における機能が異なる抗体に存在する少なくとも上記アミノ酸残基をコードする縮重オリゴヌクレオチドプローブを用いて、上記整列させられたＣＤＲ配列の少なくとも１つの配列において複数の非保存アミノ酸残基の突然変異誘発を行い、そして、望ましいならば、上記抗体コレクションが望ましい程度の多様性またはサイズに達するまで上記改変体の１つ以上を用いてステップ（ｂ）および（ｃ）を反復することを含む、方法。
（項目７１）
上記整列させられたＣＤＲ配列が同じ長さを有する、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
ステップ（ｃ）において産生された上記突然変異誘発された改変体が、上記整列させられたＣＤＲ配列の少なくとも２つに存在する保存されたすべての残基を保持する、項目７０に記載の方法。
（項目７３）
ステップ（ｃ）において産生された上記突然変異誘発された改変体が、上記整列させられたＣＤＲ配列のすべてに存在する保存されたすべての残基を保持する、項目７０に記載の方法。
（項目７４）
上記機能的に異なる抗体が標的抗原上で異なるエピトープに結合する、項目７０に記載の方法。
（項目７５）
上記機能的に異なる抗体が異なる標的抗原に結合する、項目７０に記載の方法。
（項目７６）
上記異なる標的抗原が上記同じ抗原の改変体である、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
上記機能的に異なる抗体が異なる結合親和性を有する、項目７０に記載の方法。
（項目７８）
上記機能的に異なる抗体が異なる生物学的特性を有する、項目７０に記載の方法。
（項目７９）
上記機能的に異なる抗体がインフルエンザＡ型ウイルスに結合する、項目７０に記載の方法。
（項目８０）
上記機能的に異なる抗体の少なくとも２つが同じインフルエンザＡ型ウイルスについて異なるエピトープに結合する、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
上記機能的に異なる抗体が異なるインフルエンザＡ型ウイルスサブタイプに結合する、項目７９に記載の方法。
（項目８２）
上記機能的に異なる抗体の少なくとも２つが同じインフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの異なる分離株に結合する、項目７９に記載の方法。
（項目８３）
上記機能的に異なる抗体の少なくとも２つが同じインフルエンザＡ型ウイルスサブタイプの異なる分離株および異なるインフルエンザＡ型ウイルスサブタイプに結合する、項目７９に記載の方法。
（項目８４）
上記機能的に異なる抗体の少なくとも２つが異なる親和性を有する、項目７０〜８３のいずれか１項に記載の方法。
（項目８５）
上記機能的に異なる抗体の少なくとも２つは、これらが結合するインフルエンザＡ型ウイルスを中和する能力に違いがある、項目７０〜８３のいずれか１項に記載の方法。
（項目８６）
少なくとも１つの特性が互いに異なる複数の中和抗体を含む、抗体コレクション。
（項目８７）
少なくとも約１００の中和抗体を含む、項目８６に記載の抗体コレクション。
（項目８８）
項目７０〜８３のいずれか１項に記載の方法により調製された項目８７に記載の抗体コレクション。
（項目８９）
コレクション中の核酸を独自に同定する方法であって、上記コレクション中に存在する核酸配列に連結または上記配列に組み込まれる独特のバーコードで上記核酸を標識することを含む、方法。
（項目９０）
上記バーコードが、１〜約２４個のヌクレオチド長の非コードヌクレオチド配列である、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
上記非コードヌクレオチド配列が、標識された上記核酸配列の３’非コード領域に連結される、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
上記バーコードが、標識された上記核酸配列内に組み込まれる１つ以上のサイレント突然変異のコード配列である、項目８９に記載の方法。
（項目９３）
上記バーコードが、ペプチドまたはポリペプチドの配列である、項目８９に記載の方法。