(57)【要約】腎細胞癌を有するヒト対象が、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるかどうかを予測するバイオマーカーが提供される。本明細書に記載されるバイオマーカー、組成物、及び方法は、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある対象に適切な治療様式を選択し、治療するのに有用である。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対する、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象の応答を予測する方法であって、前記ヒト対象から得られた生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップを含み、
前記少なくとも１つのタンパク質の対照発現レベルと比較して低い、前記タンパク質のベースライン発現レベルが、前記ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測する、方法。
【請求項２】
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法を前記ヒト対象に投与するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を治療する方法であって、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法を前記ヒト対象に投与するステップを含み、前記ヒト対象が、前記ヒト対象から得られた生物学的試料中で、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の対照発現レベルよりも低い、前記少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベルを有する、方法。
【請求項４】
腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を治療する方法であって、
前記ヒト対象から得られた生物学的試料中で、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の対照発現レベルと比較して低い、前記少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップと、
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法を前記ヒト対象に投与するステップと
を含む、方法。
【請求項５】
前記生物学的試料が、血液試料、血清試料、又は血漿試料である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つのタンパク質の前記ベースライン発現レベルが、前記生物学的試料中の前記少なくとも１つのタンパク質の量を測定することによって決定される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つのタンパク質の前記ベースライン発現レベルが、前記生物学的試料中の前記少なくとも１つのタンパク質をコードするｍＲＮＡの量を測定することによって決定される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩が、レンバチニブメシル酸塩である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記腎細胞癌が、進行腎細胞癌又は転移性腎細胞癌である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対する、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象の応答を予測する方法であって、
前記ヒト対象から得られた生物学的試料中における、少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップと、
各タンパク質のスコアをそのベースライン発現レベルに基づいて決定するステップと、
前記スコアを合計して複合バイオマーカースコアを得るステップと、
前記複合バイオマーカースコアに基づいて、前記ヒト対象が前記併用療法に対して応答性であると決定するステップと
を含み、
前記少なくとも５つのタンパク質が、
（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、又は
（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８Ｐ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ
を含み、
（ａ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより大きく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより高い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測するか、又は
（ｂ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより小さく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより低い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測する、方法。
【請求項１１】
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法を前記ヒト対象に投与するステップをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を治療する方法であって、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法を前記ヒト対象に投与するステップを含み、
前記ヒト対象が、前記ヒト対象が前記併用療法に対して応答性であることを予測する複合バイオマーカースコアを有し、
前記複合バイオマーカースコアが、
前記ヒト対象から得られた生物学的試料を用意するステップと、
前記ヒト対象から得られた前記生物学的試料中における、少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップと、
各タンパク質のスコアをそのベースライン発現レベルに基づいて決定するステップと、
前記スコアを合計して複合バイオマーカースコアを得るステップと、
前記複合バイオマーカースコアを対照複合バイオマーカースコアと比較するステップと
によって得られ、
前記少なくとも５つのタンパク質が、
（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、又は
（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８Ｐ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａ
を含み、
（ａ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより大きく、前記対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより高い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測するか、又は
（ｂ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより小さく、前記対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより低い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測する、方法。
【請求項１３】
腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を治療する方法であって、
前記ヒト対象から得られた生物学的試料中における、少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップと、
各タンパク質のスコアをそのベースライン発現レベルに基づいて決定するステップと、
前記スコアを合計して複合バイオマーカースコアを得るステップと、
前記複合バイオマーカースコアに基づいて、前記ヒト対象が前記併用療法に対して応答性であると決定するステップと
を含み、
前記少なくとも５つのタンパク質が、
（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、又は
（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８Ｐ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ
を含み、
（ａ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより大きく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより高い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測するか、又は
（ｂ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより小さく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより低い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測する、方法。
【請求項１４】
前記対照複合バイオマーカースコアが、予め決められたカットオフ値である、請求項１０〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
各タンパク質の前記スコアが、前記タンパク質の各々の前記ベースライン発現レベルに基づく２進値である、請求項１０〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記２進値が０又は１である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記より良好な治療成績が、より長い全生存期間又はより長い無増悪生存期間である、請求項１０〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記生物学的試料が、血液試料、血清試料、又は血漿試料である、請求項１０〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記少なくとも５つのタンパク質の前記ベースライン発現レベルが、前記生物学的試料中の前記少なくとも５つのタンパク質の各々の量を測定することによって決定される、請求項１０〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記少なくとも５つのタンパク質の前記ベースライン発現レベルが、前記生物学的試料中の前記少なくとも５つのタンパク質の各々をコードするｍＲＮＡの量を測定することによって決定される、請求項１０〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記腎細胞癌が、進行腎細胞癌又は転移性腎細胞癌である、請求項１０〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記少なくとも５つのタンパク質が、ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２からなる、請求項１０〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも５つのタンパク質が、ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａからなる、請求項１０〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩が、レンバチニブメシル酸塩である、請求項１０〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対する、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象の応答を予測する方法であって、
前記ヒト対象から得られた生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップと、
各タンパク質のスコアをそのベースライン発現レベルに基づいて決定するか又は決定しているステップと、
前記スコアを合計すること又は合計したことで複合バイオマーカースコアを得るステップと
を含み、
（ａ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより大きく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより高い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測するか、又は
（ｂ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより小さく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより低い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測する、方法。
【請求項２６】
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法を前記ヒト対象に投与するステップをさらに含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を治療する方法であって、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法を前記ヒト対象に投与するステップを含み、
前記ヒト対象が、前記ヒト対象が前記併用療法に対して応答性であることを予測する複合バイオマーカースコアを有し、
前記複合バイオマーカースコアが、
前記ヒト対象から得られた生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップと、
各タンパク質のスコアをそのベースライン発現レベルに基づいて決定するか又は決定しているステップと、
前記スコアを合計すること又は合計したことで複合バイオマーカースコアを得るステップと
によって得られ、
（ａ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより大きく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより高い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測するか、又は
（ｂ）前記ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質のスコアはより小さく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより低い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測する、方法。
【請求項２８】
腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を治療する方法であって、
生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップと、
各タンパク質のスコアをそのベースライン発現レベルに基づいて決定するか又は決定しているステップと、
前記スコアを合計すること又は合計したことで複合バイオマーカースコアを得るステップと、
レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法を前記ヒト対象に投与するステップと
を含み、
（ａ）ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより大きく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより高い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測するか、又は
（ｂ）ベースライン発現レベルが、前記併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、各タンパク質の前記スコアはより小さく、対照複合バイオマーカースコアと等しいか若しくはそれより低い前記複合バイオマーカースコアは、前記ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む前記併用療法に対して応答性であることを予測する、方法。
【請求項２９】
前記対照複合バイオマーカースコアが、予め決められたカットオフ値である、請求項２５〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
各タンパク質の前記スコアが、前記タンパク質の各々の前記ベースライン発現レベルに基づく２進値である、請求項２５〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記２進値が０又は１である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記より良好な治療成績が、より長い全生存期間又はより長い無増悪生存期間である、請求項３０又は３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記生物学的試料が、血液試料、血清試料、又は血漿試料である、請求項２５〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記タンパク質の各々の前記ベースライン発現レベルが、前記タンパク質の各々の量を測定することによって決定される、請求項２５〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記タンパク質の各々の前記ベースライン発現レベルが、前記タンパク質の各々をコードするｍＲＮＡの量を測定することによって決定される、請求項２５〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記腎細胞癌が、進行腎細胞癌又は転移性腎細胞癌である、請求項２５〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記少なくとも２つのタンパク質が、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２からなる、請求項２５〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩が、レンバチニブメシル酸塩である、請求項２５〜３７のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
[0001]本発明は、一般的にはバイオマーカー及び腎細胞癌に関する。
【背景技術】
【０００２】
[0002]腎細胞癌（ＲＣＣ）は、成人において最も一般的な種類の腎臓がんであり、診断される腎臓がんの約９０パーセントからなる。
【０００３】
[0003]レンバチニブメシル酸塩はレンビマ（ＬＥＮＶＩＭＡ）（登録商標）として、米国食品医薬品局により、局所再発性若しくは転移性、進行性、放射性ヨウ素不応性の分化甲状腺がん、切除不能の肝細胞癌を有する患者を治療するため、又はエベロリムスと併用して進行腎細胞癌患者を治療するために認可されている。
【０００４】
[0004]多くの抗腫瘍治療は、重度の悪心、嘔吐、又は重篤な疲労といった、望ましくない副作用に関連付けられている。そのような副作用は、特に複数の抗腫瘍剤が併用療法として使用される場合には、制御する必要がある。また、抗腫瘍治療は成功を収めているが、抗腫瘍治療を受けるすべての患者において著しい臨床応答をもたらすわけではなく、効果的でない治療に関連する望ましくない副作用、遅延、及びコストが生じる。したがって、特に抗腫瘍剤が併用療法で使用される場合に、抗腫瘍剤の投与前に、抗腫瘍剤に対する対象の応答を予測するために使用することのできるバイオマーカーが、大いに必要とされている。
【発明の概要】
【０００５】
[0005]本出願は、少なくとも部分的には、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性である腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を同定又は選択するために使用することのできる、バイオマーカーの同定に基づく。治療前のヒト対象から得られた生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の発現レベル（「ベースラインレベル」）は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性である腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象の有用な予測因子と同定される。さらに、治療前のヒト対象から得られた生物学的試料中における、（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、又は（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質の発現レベル（「ベースラインレベル」）に基づく複合バイオマーカーは、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性である腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象の有用な予測因子と同定される。さらに、治療前のヒト対象から得られた生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質の発現レベル（「ベースラインレベル」）に基づく複合バイオマーカーは、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性である腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象の有用な予測因子と同定される。したがって、本明細書に記載される複合バイオマーカースコアを含めたバイオマーカー及び組成物は、例えば、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法から利益を得ることができる腎細胞癌を有する患者又は患者のサブセットを同定、層別化、及び／又は選択するのに有用である。さらに、本明細書に記載される方法は、例えば、腎細胞癌を患っているか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある対象に適切な治療様式（例えば、レンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法、又は代替的な腎細胞癌療法）を選択するのに有用である。
【０００６】
[0006]一態様において、本開示は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性である腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を同定する方法を提供する。本方法は、併用療法の投与前に対象から得られた生物学的試料をアッセイするステップ、並びに、生物学的試料中におけるＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の発現レベルが、対照と比較して低いことを決定するステップを含む。生物学的試料中におけるＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の発現レベルが低い対象は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるものと同定される。代替的には、本方法は、併用療法の投与前に対象から得られた生物学的試料をアッセイするステップ、並びに、生物学的試料中における、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアが、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す範囲内にあることを決定するステップを含む。生物学的試料中でそのような複合バイオマーカースコアを有する対象は、併用療法に対して応答性であるものと同定される。ある特定の実施形態では、複合バイオマーカースコアは、生物学的試料中における、（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、又は（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される。一部の実施形態では、複合バイオマーカースコアは、生物学的試料中における、ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２を含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される。一部の実施形態では、複合バイオマーカースコアは、生物学的試料中における、ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される。他の実施形態では、複合バイオマーカースコアは、生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される。
【０００７】
[0007]第２の態様において、本開示は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法の投与のために、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を選択する方法を特徴とする。本方法は、ヒト対象から得られた生物学的試料を、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベルについてアッセイするステップを含む。生物学的試料中におけるＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベルが対照と比較して低いと決定された場合、対象は、併用療法の投与のために選択される。ある特定の実施形態では、本方法は、併用療法をヒト対象に投与するステップをさらに含む。代替的には、本方法は、ヒト対象から得られた生物学的試料を、生物学的試料中における、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルについてアッセイするステップを含む。複合バイオマーカースコアが、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象が併用療法に対して応答性であることを示す範囲内にあることが決定された場合、対象は、併用療法の投与のために選択される。ある特定の実施形態では、本方法は、併用療法をヒト対象に投与するステップをさらに含む。ある特定の実施形態では、本方法は、生物学的試料を、生物学的試料中における、（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、又は（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルについてアッセイするステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、生物学的試料を、生物学的試料中におけるＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２を含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルについてアッセイするステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、生物学的試料を、生物学的試料中におけるＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルについてアッセイするステップを含む。他の実施形態では、本方法は、生物学的試料を、生物学的試料中におけるＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質のベースライン発現レベルについてアッセイするステップを含む。
【０００８】
[0008]第３の態様において、本開示は、腎細胞癌を治療する方法を提供する。本方法は、治療前の腎細胞癌を有するヒト対象から得られた生物学的試料を用意するステップと、生物学的試料中で、対照と比較して低い、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の発現レベルを測定するステップと、治療有効量のレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスをヒト対象に投与するステップとを含む。代替的には、本方法は、治療前の腎細胞癌を有するヒト対象から得られた生物学的試料を用意するステップと、生物学的試料中における、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを測定するステップと、治療有効量のレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスをヒト対象に投与するステップとを含み、ここで、複合バイオマーカースコアは、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象が併用療法に対して応答性であることを示す。ある特定の実施形態では、複合バイオマーカースコアは、生物学的試料中における、（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、又は（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される。一部の実施形態では、複合バイオマーカースコアは、生物学的試料中における、ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２を含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される。一部の実施形態では、複合バイオマーカースコアは、生物学的試料中における、ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される。他の実施形態では、複合バイオマーカースコアは、生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される。
【０００９】
[0009]第４の態様において、本開示は、腎細胞癌を治療する方法を提供する。本方法は、腎細胞癌を有するヒト対象に、治療有効量のレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法を投与するステップを含み、ここで、ヒト対象は、対照と比較して低い、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の発現レベル、又は、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象がレンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す範囲内にある、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有するものと同定されている。ある特定の実施形態では、対象は、ヒト対象から得られた生物学的試料中で、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のより低い発現レベルを有するものと同定されている。ある特定の実施形態では、対象は、ヒト対象から得られた生物学的試料中における、（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、又は（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有するものと同定されており、ここで、ある範囲内の複合バイオマーカースコアは、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象が併用療法に対して応答性であることを示す。一部の実施形態では、対象は、ヒト対象から得られた生物学的試料中における、ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２を含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有するものと同定されており、ここで、ある範囲内の複合バイオマーカースコアは、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象が併用療法に対して応答性であることを示す。
【００１０】
[0010]一部の実施形態では、対象は、ヒト対象から得られた生物学的試料中における、ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有するものと同定されており、ここで、ある範囲内の複合バイオマーカースコアは、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象が併用療法に対して応答性であることを示す。一部の実施形態では、対象は、ヒト対象から得られた生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有するものと同定されており、ここで、ある範囲内の複合バイオマーカースコアは、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象が併用療法に対して応答性であることを示す。
【００１１】
[0011]第５の態様において、本開示は、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象を治療する方法を特徴とする。本方法は、エベロリムス及びレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む併用療法をヒト対象に投与するステップを含み、ここで、ヒト対象は、対象から得られた生物学的試料中で、対照と比較して低い、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベルを有するか、又は、ヒト対象は、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す範囲内にある、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有する。ある特定の実施形態では、本方法は、エベロリムス及びレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む併用療法をヒト対象に投与するステップを含み、ここで、ヒト対象は、対象から得られた生物学的試料中で、対照と比較して低い、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベルを有する。一部の実施形態では、本方法は、エベロリムス及びレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む併用療法をヒト対象に投与するステップを含み、ここで、ヒト対象は、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す範囲内にある、（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、又は（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有する。一部の実施形態では、本方法は、エベロリムス及びレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む併用療法をヒト対象に投与するステップを含み、ここで、ヒト対象は、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す範囲内にある、ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２を含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有する。一部の実施形態では、本方法は、エベロリムス及びレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む併用療法をヒト対象に投与するステップを含み、ここで、ヒト対象は、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す範囲内にある、ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有する。他の実施形態では、本方法は、エベロリムス及びレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む併用療法をヒト対象に投与するステップを含み、ここで、ヒト対象は、対照複合マーカースコアと比較して、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す範囲内にある、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを有する。
【００１２】
[0012]上述の複合バイオマーカースコアは、
生物学的試料中における、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルを測定するステップと、
各タンパク質のスコアをそのベースライン発現レベルに基づいて決定するステップと、
スコアを合計して複合バイオマーカースコアを得るステップと
によって計算することができる。
【００１３】
[0013]一実施形態では、ベースライン発現レベルが、併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より大きな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられる場合があり、ここで、対照複合バイオマーカースコアと等しいか又はそれより高い複合バイオマーカースコアは、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測する。一実施形態では、ベースライン発現レベルが、併用療法に応答するより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より小さな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられる場合があり、ここで、対照複合バイオマーカースコアと等しいか又はそれより低い複合バイオマーカースコアは、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測する。
【００１４】
[0014]一実施形態では、各タンパク質のスコアは、タンパク質の各々のベースライン発現レベルに基づく２進値である。一実施形態では、２進値は０又は１である。
【００１５】
[0015]一実施形態では、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲は、タンパク質の各々について、ベースライン発現レベルを対照発現レベルと比較することによって決定される。
【００１６】
[0016]一実施形態では、少なくとも５つのタンパク質は、ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２を含む。別の実施形態では、少なくとも５つのタンパク質は、ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む。さらに別の実施形態では、少なくとも５つのタンパク質は、ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２からなる。さらに別の実施形態では、少なくとも５つのタンパク質は、ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａからなる。
【００１７】
[0017]一実施形態では、少なくとも２つのタンパク質は、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む。別の実施形態では、少なくとも２つのタンパク質は、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２からなる。
【００１８】
[0018]以下の実施形態は、上記態様のすべてについて想定される。
【００１９】
[0019]一実施形態では、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩は、レンバチニブメシル酸塩である。
【００２０】
[0020]一実施形態では、腎細胞癌は、進行腎細胞癌又は転移性腎細胞癌である。
【００２１】
[0021]一部の実施形態では、生物学的試料は、血液試料、血清試料、血漿試料、腎細胞癌アーカイブ腫瘍試料、及び腎細胞癌生検試料からなる群から選択される。
【００２２】
[0022]一部の実施形態では、対照又は対照発現レベルは、予め定められたカットオフ値である。一実施形態では、予め定められたカットオフ値は、カットオフなしと比較して高い陽性予測値で腫瘍応答を予測する受信者動作特性（ＲＯＣ）分析又はパーセンタイル分析に基づいて決定されるタンパク質の発現レベルであり、ここで、予め定められたカットオフ値と等しいか又はそれより高いタンパク質の発現レベルは、高発現レベルであり、予め定められたカットオフ値より低い値は、低発現レベルである。腫瘍応答は、奏効率（ＯＲＲ）、臨床的有効率（ＣＢＲ）、又は最大腫瘍縮小率である。別の実施形態では、予め定められたカットオフ値は、生存期間を予測するシミュレーションモデル又はパーセンタイル分析に基づいて決定されるタンパク質の発現レベルであり、ここで、予め定められたカットオフ値と等しいか又はそれより高いタンパク質の発現レベルは、タンパク質の高発現レベルであり、予め定められたカットオフ値より低い値は、タンパク質の低発現レベルである。この文脈において、生存期間は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）又は全生存期間（ＯＳ）である。一部の実施形態では、ＯＲＲ、ＣＢＲ、又はＰＦＳ及びＯＳは、Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ，Ｅ．Ａ．ら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ４５：２２８〜２４７（２００９）に記載されているＲＥＣＩＳＴ  １．１  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｃｒｉｔｅｒｉａによって定義される。
【００２３】
[0023]一部の実施形態では、対照複合バイオマーカースコアは、予め定められたカットオフ値である。一実施形態では、予め定められたカットオフ値は、複合バイオマーカースコアであり、ここで、各タンパク質のスコアは、カットオフなしと比較して高い陽性予測値で腫瘍応答を予測するＲＯＣ分析又はパーセンタイル分析に基づいて決定され、予め定められたカットオフ値と等しいか又はそれより高い複合バイオマーカースコアは、高い複合バイオマーカースコアであり、予め定められたカットオフ値より低い複合バイオマーカースコアは、低い複合バイオマーカースコアである。腫瘍応答は、ＯＲＲ、ＣＢＲ、又は最大腫瘍縮小率である。別の実施形態では、予め定められたカットオフ値は、生存期間を予測するシミュレーションモデル又はパーセンタイル分析に基づいて決定される複合バイオマーカースコアであり、ここで、予め定められたカットオフ値と等しいか又はそれより高い複合バイオマーカースコアは、高い複合バイオマーカースコアであり、予め定められたカットオフ値より低い複合バイオマーカースコアは、低い複合バイオマーカースコアである。この文脈において、生存期間は、ＰＦＳ又はＯＳである。
【００２４】
[0024]一部の実施形態では、本方法は、試験結果を対象の医療提供者に伝達するステップをさらに含む。ある特定の実施形態では、本方法は、対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるか応答性でないかを示すよう、対象の医療記録を修正するステップをさらに含む。特定の実施形態では、医療記録は、コンピュータ可読媒体で作成される。ある特定の実施形態では、本方法は、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現プロファイル、又は、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアが、対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を含む併用療法に対して応答性であることを予測する場合、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法を対象に処方するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現プロファイル、又は、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアが、対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む療法に対して応答性であることを予測する場合、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法を対象に投与するステップをさらに含む。
【００２５】
[0025]一実施形態では、タンパク質の発現レベルは、タンパク質の量を測定することによって決定される。一実施形態では、タンパク質の量は、免疫学的方法によって測定することができる。一部の実施形態では、免疫学的方法は、酵素イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、化学発光イムノアッセイ、電気化学発光イムノアッセイ、ラテックス比濁イムノアッセイ、ラテックス測光イムノアッセイ、免疫クロマトグラフィーアッセイ、及びウエスタンブロッティングからなる群から選択される。別の実施形態では、タンパク質の量は、酵素イムノアッセイによって測定される。
【００２６】
[0026]第６の態様において、本開示は、ヒト対象の腎細胞癌の治療においてエベロリムスと併用するためのレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩を提供し、ここで、ヒト対象は、上述の方法により、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性である対象と同定されている。一部の実施形態では、レンバチニブの薬学的に許容される塩は、レンバチニブメシル酸塩である。一実施形態では、腎細胞癌は、進行腎細胞癌又は転移性腎細胞癌である。
【００２７】
[0027]第７の態様において、本開示は、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象が、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測するのに使用される、タンパク質検出剤を提供する。一実施形態では、タンパク質検出剤は、タンパク質に結合する抗体である。一部の実施形態では、レンバチニブの薬学的に許容される塩は、レンバチニブメシル酸塩である。
【００２８】
[0028]第８の態様において、本開示は、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象が、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測するのに使用される、タンパク質検出剤を備える、キットを特徴とする。ある特定の実施形態では、タンパク質検出剤は、タンパク質に結合する抗体である。ある特定の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。他の実施形態では、抗体はポリクローナル抗体である。ある特定の実施形態では、抗体は、検出可能な薬剤とコンジュゲートされている。一実施形態では、検出可能な薬剤は、西洋ワサビペルオキシダーゼ、ビオチン、蛍光性部分、放射性部分、ヒスチジンタグ、又はペプチドタグである。一実施形態では、検出可能に標識された抗体が、マイクロプレート上にコーティングされている。ある特定の実施形態では、マイクロプレートは、９６ウェルマイクロプレートである。ある特定の実施形態では、キットは、任意選択で、１つ又は複数の濃縮標準、１つ又は複数の緩衝液（例えば、洗浄緩衝液）、１つ又は複数の希釈剤（例えば、アッセイ希釈剤及び／又は較正希釈剤）、及び対象から得られた生物学的試料中のタンパク質にタンパク質検出剤が特異的に結合するかどうかの検出を容易にする１つ又は複数の試薬（例えば、着色試薬、停止液）を含む。一部の実施形態では、レンバチニブの薬学的に許容される塩は、レンバチニブメシル酸塩である。
【００２９】
[0029]別途定義されない限り、本明細書において使用されるすべての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されているものと同じ意味を有する。本発明の実践又は試験においては、本明細書に記載される方法及び材料と類似又は同等の方法及び材料を使用することができるが、例示的な方法及び材料を以下に記載する。本明細書において引用されるすべての公開文献、特許出願、特許、及び他の参考文献は、全体として参照によって組み込まれる。矛盾のある場合には、本出願が定義を含めて優先する。材料、方法、及び例は単なる例示であり、限定を意図するものではない。
【００３０】
[0030]本発明の他の特徴及び利点は、以下の詳細な説明及び特許請求の範囲から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００３１】
【図１】ＣＢＳ分析（５バイオマーカー）における、ＬＥＮ／ＥＶＥアーム及びＥＶＥアームのＣＢＳ分類（０〜２対３〜５）によるＰＦＳのカプランマイヤー（Ｋ−Ｍ）プロットである。
【図２】ＣＢＳ分析（５バイオマーカー）における、ＬＥＮ／ＥＶＥアーム及びＥＶＥアームのＣＢＳ分類（０〜２対３〜５）によるＯＳのＫ−Ｍプロットである。
【図３】ＣＢＳ分析（２バイオマーカー）における、ＬＥＮ／ＥＶＥアーム及びＥＶＥアームのＣＢＳ分類（０対１〜２）によるＰＦＳのＫ−Ｍプロットである。
【図４】ＣＢＳ分析（２バイオマーカー）における、ＬＥＮ／ＥＶＥアーム及びＥＶＥアームのＣＢＳ分類（０対１〜２）によるＯＳのＫ−Ｍプロットである。
【発明を実施するための形態】
【００３２】
[0032]本開示は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性である腎細胞癌対象（例えばヒト患者）を同定する方法及びそのための組成物を提供する。本開示は、腎細胞癌（例えば、進行腎細胞癌又は転移性腎細胞癌）を有するか、腎細胞癌を有することが疑われるか、又は発症するリスクがあり、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法の投与が推奨される対象を同定するための予測バイオマーカーとしての、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベル、又は、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアを提供する。本明細書に記載される、複合バイオマーカースコアを含めたバイオマーカー、組成物、及び方法は、腎細胞癌を患っているか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある対象に適切な治療的様式（例えば、レンバチニブ若しくはその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法、又は代替的な腎細胞癌療法）を選択するのに有用である。さらに、本出願は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法から利益を得ることができる腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある患者を選択する方法、並びに治療の方法を提供する。
【００３３】
[0033]定義
「対象」という用語は、ヒト、チンパンジー、オランウータン、ゴリラ、ヒヒ、サル、マウス、ラット、ブタ、ウマ、イヌ、及びウシを含むがこれらに限定されない哺乳動物を意味する。
【００３４】
[0034]「併用療法」という用語は、２種以上の薬物を患者に同時に投与する療法を意味する。２種以上の薬物は、同時か、実質的に同時か、又は順次投与してもよい。いくつかの場合では、２種以上の薬物は、一緒に（例えば、１つの錠剤又はカプセルに）製剤することができる。他の場合では、２種以上の薬物は、共製剤されない（例えば、別々の錠剤又はカプセルとして投与される）。
【００３５】
[0035]「レンバチニブ」という用語は、４−（３−クロロ−４−（シクロプロピルアミノカルボニル）アミノフェノキシ）−７−メトキシ−６−キノリンカルボキサミドを意味する。この化合物は、米国特許第７，２５３，２８６号の実施例３６８（コラム２７０参照）に開示されている。米国特許第７，２５３，２８６号は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。「レンバチニブ化合物」という用語は、「レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩」を意味する。レンバチニブの薬学的に許容される塩の一例は、レンバチニブメシル酸塩である。レンバチニブメシル酸塩はＥ７０８０とも言う。レンバチニブメシル酸塩はレンビマ（登録商標）として、米国食品医薬品局により、局所再発性若しくは転移性、進行性、放射性ヨウ素不応性の分化甲状腺がん、切除不能の肝細胞癌を有する患者を治療するため、又はエベロリムスと併用して進行腎細胞癌患者を治療するために認可されている。
【００３６】
[0036]「薬学的に許容される塩」は、塩の種類に関して特に限定されるものではない。そのような塩の例としては、限定するものではないが、塩酸塩、硫酸塩、炭酸塩、重炭酸塩、臭化水素酸塩、及びヨウ化水素酸塩などの無機酸付加塩、酢酸塩、マレイン酸塩、乳酸塩、酒石酸塩、及びトリフルオロ酢酸塩などの有機カルボン酸付加塩、メタンスルホン酸塩、ヒドロキシメタンスルホン酸塩、ヒドロキシエタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、トルエンスルホン酸塩、及びタウリン塩などの有機スルホン酸付加塩、トリメチルアミン塩、トリエチルアミン塩、ピリジン塩、プロカイン塩、ピコリン塩、ジシクロヘキシルアミン塩、Ｎ，Ｎ’−ジベンジルエチレンジアミン塩、Ｎ−メチルグルカミン塩、ジエタノールアミン塩、トリエタノールアミン塩、トリス（ヒドロキシメチルアミノ）メタン塩、及びフェネチルベンジルアミン塩などのアミン付加塩、並びにアルギニン塩、リジン塩、セリン塩、グリシン塩、アスパラギン酸塩、及びグルタミン酸塩などのアミノ酸付加塩が挙げられる。一実施形態では、薬学的に許容される塩は、メタンスルホン酸塩（「メシル酸塩」）である。４−（３−クロロ−４−（シクロプロピルアミノカルボニル）アミノフェノキシ）−７−メトキシ−６−キノリンカルボキサミドのメタンスルホン酸塩形態（すなわち、メシル酸塩）は、全体として参照により本明細書に組み込まれる米国特許第７，６１２，２０８号に開示されている。
【００３７】
[0037]「エベロリムス」という用語は、（１Ｒ，９Ｓ，１２Ｓ，１５Ｒ，１６Ｅ，１８Ｒ，１９Ｒ，２１Ｒ，２３Ｓ，２４Ｅ，２６Ｅ，２８Ｅ，３０Ｓ，３２Ｓ，３５Ｒ）−１，１８−ジヒドロキシ−１２−｛（１Ｒ）−２−［（１Ｓ，３Ｒ，４Ｒ）−４−（２−ヒドロキシエトキシ）−３−メトキシシクロヘキシル］−１−メチルエチル｝−１９，３０−ジメトキシ−１５，１７，２１，２３，２９，３５−ヘキサメチル−１１，３６−ジオキサ−４−アザ−トリシクロ［３０．３．１．０４，９］ヘキサトリアコンタ−１６，２４，２６，２８−テトラエン−２，３，１０，１４，２０−ペンタオンを意味する。この化合物は、米国特許第５，６６５，７７２号に開示されている。米国特許第５，６６５，７７２号は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。エベロリムスは、アフィニトール（ＡＦＩＮＩＴＯＲ）（登録商標）として、米国食品医薬品局により、スニチニブ又はソラフェニブによる治療の不成功後の進行腎細胞癌といった様々な疾患の治療のために認可されている。
【００３８】
[0038]「タンパク質」という用語は、アミノ酸の任意のペプチド結合鎖を意味し、長さ又は翻訳後修飾にかかわらない。典型的には、本明細書に記載されるタンパク質は、調製物中の総タンパク質の少なくとも６０重量％、例えば、試料中の総タンパク質の６０重量％を構成する場合、「単離されている」。一部の実施形態では、本明細書に記載されるタンパク質は、調製物中の総タンパク質の少なくとも７５重量％、少なくとも９０重量％、又は少なくとも９９重量％からなる。
【００３９】
[0039]「ＶＥＧＦ標的療法」という用語は、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）受容体（複数可）に作用する抗腫瘍剤の投与を含む任意の療法を意味する。ＶＥＧＦ標的療法に使用される抗腫瘍剤の非限定的な例は、スニチニブ、ソラフェニブ、パゾパニブ、ベバシズマブ、アキシチニブ、バタラニブ及びチボザニブである。
【００４０】
[0040]「療法に応答する／応答性である」という用語は、療法を投与される対象が、提供される療法に対して正の応答を示すことを意味する。そのような正の応答の非限定的な例は、腫瘍サイズの減少、腫瘍転移の減弱、又は治療後の生存期間の延長である。併用療法に対して応答性であると予測される対象には、併用療法は、好ましい治療として推奨可能である。併用療法が好ましい治療として推奨可能である状況の非限定的な例は、２種の特定の薬物を含む併用療法が、２種の薬物を含み、そのうちの少なくとも１種が当該２種の特定の薬物とは異なる他の併用療法（複数可）よりも効果的であると予測される状況や、２種の特定の薬物を含む併用療法が、当該２種の薬物の一方又は各々を用いる単独療法よりも効果的であると予測される状況である。一実施形態では、この状況は、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスの併用療法が、エベロリムスの単独療法よりも効果的であると予測される場合であり、これらはいずれも、進行腎細胞癌の療法として米国食品医薬品局によって認可されている。
【００４１】
[0041]対象由来の試料中のタンパク質の「ベースラインレベル」という用語は、エベロリムス及びレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩の併用療法を対象に投与する前の試料中の当該タンパク質の量を意味する。
【００４２】
[0042]「単一バイオマーカー分析」という用語は、治療に対する患者の応答性の同定、予測、又は選択の決定が、単一のバイオマーカーの発現レベルによってなされる分析を意味する。１つより多くのバイオマーカーが分析される場合、決定は各タンパク質についてなされる。より詳細に述べると、本開示の単一バイオマーカー分析は、生物学的試料中におけるＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質を使用して、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象が、本明細書において開示されるレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるかどうかを同定又は予測する分析である。
【００４３】
[0043]「複合バイオマーカースコア分析」という用語は、治療に対する患者の応答性の同定、予測、又は選択の決定が、複数のタンパク質の発現レベルの総合的評価によってなされる分析を意味する。複合バイオマーカースコア分析に使用されるタンパク質は、所望の治療成績との関連性があるタンパク質から選択することができる。より詳細に述べると、本開示の複合バイオマーカースコア分析は、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合マーカースコアを使用して、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがあるヒト対象が、本明細書において開示されるレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるかどうかを同定又は予測する分析である。複合バイオマーカースコアは、
生物学的試料中における、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップと、
各タンパク質のスコアをそのベースライン発現レベルに基づいて決定するか又は決定しているステップと、
スコアを合計すること又は合計したことで複合バイオマーカースコアを得るステップと
によって計算することができる。
【００４４】
[0044]医師は、ベースライン発現レベルの測定、スコアの決定、若しくは複合バイオマーカースコアの計算を自身で行ってもよいし、又は他の医師若しくは医療提供者に依頼してもよい。
【００４５】
[0045]一実施形態では、ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より高いスコアが各タンパク質に割り当てられる場合がある。そのような場合、対照複合バイオマーカースコアと等しいか又はそれより高い複合バイオマーカースコアは、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測する。別の実施形態では、ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より低いスコアが各タンパク質に割り当てられる場合がある。そのような場合、対照複合バイオマーカースコアと等しいか又はそれより低い複合バイオマーカースコアは、ヒト対象がレンバチニブ又はその薬学的に許容される塩及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測する。
【００４６】
[0046]タンパク質の各々のベースライン発現レベルに基づくスコアは、２進値であり得る。２進値は、任意の値とすることができる。２進値は、ゼロ及び正数から選択することができる。２進値は、ゼロ及び正の整数から選択することもできる。２進値の一例は、０又は１である。より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲は、タンパク質の各々について、ベースライン発現レベルを対照発現レベルと比較することによって決定することができる。ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８、ＡＮＧ−２、ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、及びＶＥＧＦ−Ａについては、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲は、各タンパク質の対照発現レベルより低い数値範囲であり得る。複合バイオマーカースコア分析に使用されるタンパク質は、所望の治療成績との関連性（例えば強い関連性又は相関性）があるタンパク質から選択される。所望の治療成績との関連性があるタンパク質は、当該技術分野において公知の統計学的方法によって決定することができる。例えば、単変量コックス回帰分析及びログランク検定を使用した中央値カットオフポイントを用いる二分分析を行って、所望の治療成績との関連性がある候補バイオマーカーを同定することができ、最も強い関連性があるいくつかの候補バイオマーカーを、複合バイオマーカースコア分析のために選択することができる。「少なくとも５つのタンパク質」は、（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む５つより多くのタンパク質、又は（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａの５つのタンパク質であってもよい。「少なくとも２つのタンパク質」は、ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む２つより多くのタンパク質、又はＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２の２つのタンパク質であってもよい。複合バイオマーカースコア分析の方法の１つは、Ｖｏｓｓら、Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ．２０１６年３月１５日；１１４（６）：６４２〜９に記載されている。
【００４７】
[0047]ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の対照と比較して低いベースライン発現レベル（例えば、タンパク質又はｍＲＮＡの発現）は、対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す／予測する。例えば、療法による治療前の対象から得られた生物学的試料中におけるＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の（対照と比較して）低いベースライン発現レベルは、対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測する。
【００４８】
[0048]ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より大きな値が各タンパク質値のスコアとして割り当てられるとき、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合マーカースコアで、対照複合バイオマーカースコアと比較して高いスコアは、対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す／予測する。例えば、療法による治療前の対象から得られた生物学的試料中における、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合マーカースコアで、対照複合マーカースコアと比較して高いスコアは、対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測する。
【００４９】
[0049]ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より小さな値が各タンパク質値のスコアとして割り当てられるとき、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合マーカースコアで、対照複合バイオマーカースコアと比較して低いスコアは、対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを示す／予測する。例えば、療法による治療前の対象から得られた生物学的試料中における、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合マーカースコアで、対照複合マーカースコアと比較して低いスコアは、対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測する。
【００５０】
[0050]ある特定の実施形態では、対象が療法による治療後に部分奏効を示す場合、対象は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に応答すると決定される。「部分奏効」は、ベースライン最長径（ＬＤ）和を基準とした、標的病変のＬＤ和における少なくとも３０％の減少を意味する。一部の実施形態では、対象が療法による治療後に腫瘍縮小を示す場合、対象は、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に応答すると決定される。「最大腫瘍縮小率」（ＭＴＳ）は、ベースライン直径和を基準とした、標的病変の直径和の変化率を意味する。他の実施形態では、対象が全生存期間を示す場合、対象は、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に応答すると決定される。「全生存期間」（ＯＳ）とは、無作為化から、原因を問わない死亡までの時間を意味する。「無作為化」は、患者の療法計画を決定する際、患者を試験群又は対照群に無作為化することを意味する。一部の実施形態では、対象が全生存期間と腫瘍縮小の両方を示す場合、対象は、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に応答すると決定される。他の実施形態では、対象が無増悪生存期間を示す場合、対象は、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に応答すると決定される。「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）とは、無作為化の日から、疾患進行又は死亡のいずれか早い方の最初の記録日までの時間を意味する。一部の実施形態では、対象が無増悪生存期間と腫瘍縮小の両方を示す場合、対象は、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に応答すると決定される。
【００５１】
[0051]本開示は、エベロリムスのみを含む単独療法よりも、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法の後に延命効果（例えば、ＯＳ）を有する可能性が高い、腎細胞癌を有する対象を同定する方法を提供する。本方法では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法での治療前に得られた対象の生物学的試料をアッセイし、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の発現レベル、又は
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質の発現レベルを測定する。ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の、対照と比較して低いベースライン発現は、対象が、エベロリムスのみを含む単独療法よりも、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法の後に延命効果（例えば、ＯＳ）を有する可能性が高いことを示す。ベースライン発現レベルが該数値範囲に入る場合に、より大きな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられる場合には、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合マーカースコアで、対照複合バイオマーカースコアと比較して高いスコアは、対象が、エベロリムスのみを含む単独療法よりも、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法の後に延命効果を有する可能性が高いことを示す。ベースライン発現レベルが該数値範囲に入る場合に、より小さな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられる場合には、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合マーカースコアで、対照複合バイオマーカースコアと比較して低いスコアは、対象が、エベロリムスのみを含む単独療法よりも、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法の後に延命効果（例えば、ＯＳ）を有する可能性が高いことを示す。
【００５２】
[0052]ある特定の実施形態では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を、本発明の対象に、１２、１８又は２４ｍｇ（レンバチニブ遊離塩基として各々計算される）の経口投与量で１日１回投与することができる。
【００５３】
[0053]ある特定の実施形態では、エベロリムスを、本発明の対象に、５又は１０ｍｇの経口投与量で１日１回投与することができる。
【００５４】
[0054]ある特定の実施形態では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を、本発明の対象に、１８ｍｇの経口投与量で１日１回、エベロリムス１日１回経口５ｍｇと共に投与することができる。ある特定の実施形態では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を、本発明の対象に、１２ｍｇの経口投与量で１日１回、エベロリムス１日１回経口５ｍｇと共に投与することができる。ある特定の実施形態では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を、本発明の対象に、２４ｍｇの経口投与量で１日１回、エベロリムス１日１回経口５ｍｇと共に投与することができる。ある特定の実施形態では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を、本発明の対象に、１８ｍｇの経口投与量で１日１回、エベロリムス１日１回経口１０ｍｇと共に投与することができる。ある特定の実施形態では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を、本発明の対象に、１２ｍｇの経口投与量で１日１回、エベロリムス１日１回経口１０ｍｇと共に投与することができる。ある特定の実施形態では、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を、本発明の対象に、２４ｍｇの経口投与量で１日１回、エベロリムス１日１回経口１０ｍｇと共に投与することができる。
【００５５】
[0055]タンパク質の量は、免疫学的アッセイなど、当該技術分野において公知の任意の方法を使用して測定することができる。そのような方法の非限定的な例としては、酵素イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、化学発光イムノアッセイ、電気化学発光イムノアッセイ、ラテックス比濁イムノアッセイ、ラテックス測光イムノアッセイ、免疫クロマトグラフィーアッセイ、及びウエスタンブロッティングが挙げられる。ある特定の実施形態では、タンパク質の量は、酵素イムノアッセイによって測定される。
【００５６】
[0056]対照
上述のように、本発明の方法は、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある対象由来の生物学的試料中におけるタンパク質のベースライン発現レベルを測定するか又は測定しているステップを含む場合があり、ここで、対照と比較したタンパク質の発現レベルは、対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用治療に対して応答性である（又は併用治療から利益を得る）ことを予測するか、又は、対照と比較したタンパク質の発現レベルは、複合マーカースコアを計算するために使用される。ある特定の実施形態では、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある対象由来の生物学的試料中における、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベルが、対照よりも低い場合、対象は、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるものと同定される。複合バイオマーカースコア分析を使用するある特定の実施形態では、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
の各タンパク質のベースライン発現レベルが、対照と比較して、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、特定のスコアが割り当てられる。一実施形態では、ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より大きな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられる場合がある。別の実施形態では、ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より小さな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられる場合がある。
【００５７】
[0057]この文脈において、「対照」という用語は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でない対象から得られた試料（例えば、同じ組織のもの）を含む。そのような、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でない対象には、併用療法に応答すると予測されるが、併用療法に対するその応答が、エベロリムスによる単独療法に対する予測される応答と比べて著しく良好ではない対象が含まれ得る。また、「対照」という用語には、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でないことが分かっている対象から過去に得られ、併用療法の必要性を予測しようとする対象から採取される試験試料と将来比較するための参照として使用される試料（例えば、同じ組織のもの）も含まれる。
【００５８】
[0058]一部の実施形態では、「陽性対照」が「対照」の代わりに使用される場合がある。特定の細胞型又は組織における「陽性対照」発現レベルは、代替的には、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるものと同定されている１体又は複数の対象の分析によって、予め定められていてもよい。この予め定められた参照値（併用療法に対して応答性であるものと同定されている複数の対象から得られた発現レベルの平均又は中央値であり得る）を、次いで、試験試料との比較において、「陽性対照」発現レベルとして使用してもよい。そのような比較において、分析されているＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質の発現レベルが、予め定められた陽性対照参照と同じか、又は比較可能である場合、対象は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であると予測される。複合バイオマーカースコア分析を適用する実施形態では、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
の各バイオマーカーのベースライン発現レベルが、予め定められた陽性対照参照と同じか、又は比較可能である場合、ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入るため、特定のスコアが割り当てられる。一部の実施形態では、ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より大きな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられる場合がある。他の実施形態では、ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より小さな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられる場合がある。
【００５９】
[0059]ある特定の実施形態では、「対照」は、予め決められたカットオフ値である。
【００６０】
[0060]対照バイオマーカースコア
上述のように、複合バイオマーカースコア分析を使用する本発明の方法は、スコアを合計することによって複合バイオマーカースコアを決定するステップを含む場合があり、合計されるスコアの各々は、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある対象由来の生物学的試料中における、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて決定され、ここで、対照複合バイオマーカースコアと比較した複合バイオマーカースコアは、対象がレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用治療に対して応答性である（又は併用治療から利益を得る）ことを予測する。ある特定の実施形態では、ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より大きな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられ、かつ、複合バイオマーカースコアが対照と等しいか又はそれより高いとき、対象は、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるものと同定される。ある特定の実施形態では、ベースライン発現レベルが、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲に入る場合に、より小さな値が各タンパク質のスコアとして割り当てられ、かつ、複合バイオマーカースコアが対照と等しいか又はそれより低いとき、対象は、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるものと同定される。この文脈において、「対照複合バイオマーカースコア」という用語は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でない対象から得られた試料（例えば、同じ組織のもの）の複合バイオマーカースコアを含む。そのような、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でない対象には、併用療法に応答すると予測されるが、併用療法に対するその応答が、エベロリムスによる単独療法に対する予測される応答と比べて著しく良好ではない対象が含まれ得る。また、「対照複合バイオマーカースコア」という用語には、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でないことが分かっている対象から過去に得られ、併用療法に対する応答性を予測しようとする対象から採取される試験試料と将来比較するための参照として使用される試料（例えば、同じ組織のもの）の複合バイオマーカースコアも含まれる。
【００６１】
[0061]一部の実施形態では、「陽性対照複合バイオマーカースコア」が「対照複合バイオマーカースコア」の代わりに使用される場合がある。特定の細胞型又は組織の「陽性対照複合バイオマーカースコア」は、代替的には、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるものと同定されている１体又は複数の対象の分析によって、予め定められていてもよい。この予め定められた参照値（併用療法に対して応答性であるものと同定されている複数の対象から得られた複合バイオマーカースコアの平均又は中央値であり得る）を、次いで、試験試料との比較において、「陽性対照複合バイオマーカースコア」として使用してもよい。そのような比較において、分析されている、
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
の発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアが、予め定められた参照陽性対照複合バイオマーカースコアと同じか、又は比較可能である場合、対象は、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であると予測される。
【００６２】
[0062]ある特定の実施形態では、「対照複合バイオマーカースコア」は、予め決められたカットオフ値である。
【００６３】
[0063]カットオフ値
一部の実施形態では、本明細書に記載される方法は、タンパク質の発現レベルが、予め決められたカットオフ値を上回るか又は下回るかを決定するステップを含む。
【００６４】
[0064]本明細書に記載される単一バイオマーカー分析を使用する方法及び組成物によれば、タンパク質の参照ベースライン発現レベルは、カットオフ値として同定され、このカットオフ値を上回るか又は下回るかが、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法の必要性を予測する。さらに、複合バイオマーカースコア分析を使用する方法及び組成物によれば、タンパク質の参照ベースライン発現レベルは、カットオフ値として同定され、このカットオフ値を上回るか又は下回るかが、各バイオマーカータンパク質についての、より良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲を定義する。いくつかのカットオフ値は、臨床的相関性が、カットオフのいずれの側の数値範囲においても有意性を維持し得るという点で絶対的なものではないが、特定の試料種類について、タンパク質の発現レベルの最適なカットオフ値を選択すること（例えば、Ｈ−スコアを変化させて）は可能である。本明細書に記載される方法で使用するために決定されるカットオフ値は、例えば、発現レベルの公表されている範囲と比較してもよいが、使用される方法論及び患者集団に対して個別化することもできる。最適なカットオフ値の改良は、使用される統計学的方法の洗練、並びに異なる試料種類の参照レベル値を決定するために使用される試料の数及び供給源に応じて決定され得ることが理解される。したがって、確立されたカットオフ値は、定期的な再評価又は方法論若しくは集団分布の変化に基づき、上方に調整することもでき、下方に調整することもできる。
【００６５】
[0065]タンパク質の参照発現レベルは、種々の方法によって決定することができる。参照レベルは、例えば、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であるか、又はレンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でない、対象（例えば、患者）の集団における、目的のタンパク質の発現レベルの比較によって決定することができる。これは例えば、患者コホート全体がグラフ表示され、第１の軸がタンパク質の発現レベルを表し、第２の軸が、タンパク質の１つ又は複数の発現レベルが試料に含まれるコホート内の対象の数を表す、ヒストグラム分析によって達成することができる。次いで、これらの個別の群を最もよく識別する発現レベルに基づき、タンパク質の参照発現レベルの決定を行うことができる。参照レベルは、あらゆる対象に等しく適用可能な単一の数の場合もあり、又は参照レベルは、対象の特定の分集団に応じて変化する場合もある。例えば、老齢の対象は、同じがんについて、若齢の対象とは異なる参照レベルを有し得る。さらに、より進行した疾患（例えば、進行腎細胞癌又は転移性腎細胞癌）を有する対象は、軽度の形態の疾患を有する対象とは異なる参照値を有し得る。
【００６６】
[0066]予め定められたカットオフ値は、ＲＯＣ分析に基づいて決定されるタンパク質発現レベル又は複合バイオマーカースコアであり得る。ＲＯＣ曲線は、臨床試験のカットオフ値を決定するために使用される。２つの患者群があり、確立された標準技術を使用することにより、一方の群が、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であると分かっており、他方の群が、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でないと分かっている状況を考慮されたい。２群の全メンバーの生物学的試料を使用した測定が、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法の必要性を試験するために使用される。
【００６７】
[0067]本開示の単一バイオマーカー分析では、試験により、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性である対象のすべてではなく、一部が見出される。試験によって見出された、併用療法に対して応答性である対象の、併用療法に対して応答性である（確立された標準技術によって分かっている）対象の総数に対する比が、真陽性率である（感度としても知られる）。本開示の単一バイオマーカー分析では、試験により、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でない対象のすべてではなく、一部が見出される。試験によって見出された、併用療法に対して応答性でない対象の、併用療法に対して応答性でない（確立された標準技術によって分かっている）対象の総数に対する比が、真陰性率である（特異度としても知られる）。期待されるのは、上記試験のＲＯＣ曲線分析により、偽陽性及び偽陰性の数を最小限に抑えるカットオフ値が見出されることである。
【００６８】
[0068]本開示の複合バイオマーカースコア分析では、試験により、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法のより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲にタンパク質発現レベルが入る対象のすべてではなく、一部が見出される。試験によって見出された、より良好な治療成績を有する対象の、より良好な治療成績を有する（確立された標準技術によって分かっている）対象の総数に対する比が、真陽性率である（感度としても知られる）。本開示の複合バイオマーカースコア分析では、試験により、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法のより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関する数値範囲にタンパク質発現レベルが入らない対象のすべてではなく、一部が見出される。試験によって見出された、より良好な治療成績を有しない対象の、併用療法によるより良好な治療成績を有しない（確立された標準技術によって分かっている）対象の総数に対する比が、真陰性率である（特異度としても知られる）。期待されるのは、上記試験のＲＯＣ曲線分析により、偽陽性及び偽陰性の数を最小限に抑えるカットオフ値が見出されることである。
【００６９】
[0069]本開示の複合バイオマーカースコア分析では、試験により、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性である対象のすべてではなく、一部が見出される。試験によって見出された、併用療法に対して応答性である対象の、併用療法に対して応答性である（確立された標準技術によって分かっている）対象の総数に対する比が、真陽性率である（感度としても知られる）。本開示の複合バイオマーカースコア分析では、試験により、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性でない対象のすべてではなく、一部が見出される。試験によって見出された、併用療法に対して応答性でない対象の、併用療法に対して応答性でない（確立された標準技術によって分かっている）対象の総数に対する比が、真陰性率である（特異度としても知られる）。期待されるのは、上記試験のＲＯＣ曲線分析により、偽陽性及び偽陰性の数を最小限に抑えるカットオフ値が見出されることである。
【００７０】
[0070]ＲＯＣは、識別閾値を変化させた際の、バイナリークラス層別システムの性能を示すプロット図である。ＲＯＣは、様々な閾値設定のもとで、陽性のうちの真陽性の割合を、陰性のうちの偽陽性の割合に対してプロットすることによって作成される。
【００７１】
[0071]一実施形態では、タンパク質の発現レベルは、ある陽性予測値で腫瘍応答を予測するＲＯＣ分析に基づいて決定され、ここで、予め定められたカットオフ値と等しいか又はそれより高いタンパク質の発現レベルは、タンパク質の高発現レベルであり、予め定められたカットオフ値より低い値は、タンパク質の低発現レベルである。陽性予測値は、真陽性である陽性試験結果の割合であり、試験対象である基礎状態を陽性試験が反映する確率を反映する。ＲＯＣ曲線を構築し、陽性予測値を決定する方法は、当該技術分野において周知である。ある特定の実施形態では、腫瘍応答は、ＯＲＲ、ＣＢＲ、又は最大腫瘍縮小率である。
【００７２】
[0072]同様に、複合バイオマーカースコアは、ＲＯＣ分析に基づいて決定される。
【００７３】
[0073]別の実施形態では、予め定められたカットオフ値は、生存期間を予測するシミュレーションモデルに基づいて決定されるタンパク質の発現レベルであってもよく、ここで、予め定められたカットオフ値と等しいか又はそれより高いタンパク質の発現レベルは、タンパク質の高発現レベルであり、予め定められたカットオフ値より低い値は、タンパク質の低発現レベルである。一部の実施形態では、生存期間はＰＦＳである。他の実施形態では、生存期間はＯＳである。
【００７４】
[0074]別の実施形態では、予め定められたカットオフ値は、生存期間を予測するシミュレーションモデルに基づいて決定される複合バイオマーカースコアであってもよく、ここで、予め定められたカットオフ値と等しいか又はそれより高い複合バイオマーカースコアは、高い複合バイオマーカースコアであり、予め定められたカットオフ値より低い値は、低い複合バイオマーカースコアである。一部の実施形態では、生存期間はＰＦＳである。他の実施形態では、生存期間はＯＳである。
【００７５】
[0075]ある特定の実施形態では、予め定められたカットオフ値は、対象集団の２０ｔｈパーセンタイル〜８０ｔｈパーセンタイルの範囲内である。一部の実施形態では、予め定められたカットオフ値は、対象集団の２０ｔｈパーセンタイル〜７５ｔｈパーセンタイル、２５ｔｈパーセンタイル〜８０ｔｈパーセンタイル、又は２５ｔｈパーセンタイル〜７５ｔｈパーセンタイルの範囲内である。一部の実施形態では、予め定められたカットオフ値は、対象集団の中央値、第１三分位値、第２三分位値、第１分位値、第３分位値、第１五分位値、第２五分位値、第３五分位値、又は第４五分位値である。
【００７６】
[0076]生物学的試料
本明細書に記載される方法において好適な生物学的試料には、測定しようとするタンパク質を含む、任意の生体液、細胞、組織、又はそれらの画分が含まれる。生物学的試料は、例えば、ヒト対象から得られた検体であってもよいし、又はそのような対象に由来してもよい。例えば、試料は、生検によって得られた組織切片、アーカイブ腫瘍組織、又は組織培養下にあるか若しくは組織培養に適合させた細胞であり得る。また、生物学的試料は、血液、血漿、血清などの生体液、又は基質（例えば、ガラス、ポリマー、紙）に吸収させた試料であってもよい。生物学的試料は、腎細胞癌組織試料を含む場合もある。特定の実施形態では、生物学的試料は、対象において腫瘍又は前癌性病変を含むことが疑われる領域から得られた腫瘍細胞（複数可）又は腫瘍組織である。例えば、生物学的試料は、腎細胞癌腫瘍試料であり得る。所望の場合、生物学的試料をさらに分画して、特定の細胞型を含む画分にしてもよい。例えば、血液試料を分画して、血清にするか、又は赤血球細胞若しくは白血球細胞（白血球）などの特定の種類の血液細胞を含む画分にしてもよい。所望の場合、試料は、組織と流体試料の組合せなど、対象由来の試料の組合せであってもよい。
【００７７】
[0077]生物学的試料は、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある対象から得ることができる。ある特定の実施形態では、対象は、進行腎細胞癌又は転移性腎細胞癌を有する。一部の実施形態では、対象は、再発性腎細胞癌を有する。他の実施形態では、対象は、切除不能の進行腎細胞癌又は転移性腎細胞癌を有する。他の実施形態では、対象は、ステージＩＩＩ腎細胞癌を有する。ある特定の実施形態では、対象は、ステージＩＶ腎細胞癌を有する。
【００７８】
[0078]生物学的試料を得るためには任意の好適な方法を用いてよいが、例示的な方法としては、例えば、静脈切開術、細針吸引生検法が挙げられる。試料は、例えば、顕微解剖（例えば、レーザーキャプチャー顕微解剖（ＬＣＭ）又はレーザー顕微解剖（ＬＭＤ））によって収集することもできる。
【００７９】
[0079]試料中の分子（例えば、核酸又はタンパク質）の活性又は完全性を保存する試料を得る方法及び／又は試料を保管する方法は、当業者には周知である。例えば、生物学的試料を、試料中の分子（例えば、核酸又はタンパク質）を保存するか、又は分子の変化を最小限に抑える、緩衝液及び／又は阻害剤、例えばヌクレアーゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、及びホスファターゼ阻害剤のうちの１つ若しくは複数などの１つ又は複数の追加の薬剤とさらに接触させてもよい。そのような阻害剤には、例えば、エチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）、エチレングリコールビス（Ｐ−アミノエチルエーテル）Ｎ，Ｎ，Ｎ１，Ｎ１−テトラ酢酸（ＥＧＴＡ）などのキレート剤、フェニルメチルスルホニルフルオライド（ＰＭＳＦ）、アプロチニン、ロイペプチン、アンチパインなどのプロテアーゼ阻害剤、及びリン酸塩、フッ化ナトリウム、バナジン酸塩などのホスファターゼ阻害剤が含まれる。分子を単離するために好適な緩衝液及び条件は、当業者には周知であり、例えば、特性評価しようとする試料中の分子の種類に応じて異なり得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（付録４７）、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９９９）；Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９８８）；Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ、Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ（１９９９）；Ｔｉｅｔｚ  Ｔｅｘｔｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第３版、Ｂｕｒｔｉｓ及びＡｓｈｗｏｏｄ編、Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（１９９９）を参照されたい）。試料は、妨害物質の存在を排除するか又は最小限に抑えるために処理してもよい。例えば、生物学的試料を分画又は精製して、目的外の１つ又は複数の材料を除去してもよい。生物学的試料を分画又は精製する方法としては、限定するものではないが、液体クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、又はアフィニティークロマトグラフィーなどのクロマトグラフィー法が挙げられる。本明細書に記載される方法で使用する場合、試料は、種々の物理的状態にあってよい。例えば、試料は、液体若しくは固体であってもよく、液体に溶解若しくは懸濁していてもよく、エマルション若しくはゲル中にあってもよく、又は材料に吸収されていてもよい。
【００８０】
[0080]タンパク質の発現レベルの決定
タンパク質の発現レベルは、タンパク質自体、又はタンパク質をコードするｍＲＮＡを測定することによって決定することができる。
【００８１】
[0081]一実施形態では、タンパク質の発現は、タンパク質の量又は濃度を測定することによって決定することができる。タンパク質の量又は濃度を決定する方法は、当該技術分野において周知である。一般的に使用されている方法は、目的の標的タンパク質に特異的な抗体の使用を含む。例えば、タンパク質発現を決定する方法としては、限定するものではないが、ウエスタンブロット又はドットブロット分析、免疫組織化学（例えば、定量的免疫組織化学）、免疫細胞化学、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫吸着スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ；Ｃｏｌｉｇａｎ，Ｊ．Ｅ．ら編（１９９５）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．Ｗｉｌｅｙ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、ラジオイムノアッセイ、化学発光イムノアッセイ、電気化学発光イムノアッセイ、ラテックス比濁イムノアッセイ、ラテックス測光イムノアッセイ、免疫クロマトグラフィーアッセイ、及び抗体アレイ分析が挙げられる（例えば、各々の開示内容が全体として参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２００３００１３２０８号及び同第２００４１７１０６８号を参照されたい）。タンパク質発現を検出するための上記方法及び追加の方法の多くに関するさらなる詳細は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（上掲）に見出すことができる。
【００８２】
[0082]一例において、タンパク質の発現レベルは、ウエスタンブロッティング技術を使用して決定することができる。例えば、ライセートを生物学的試料から調製してもよいし、又は、生物学的試料自体をＬａｅｍｍｌｉ緩衝液と接触させ、ドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）に供してもよい。サイズにより分離された、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分離後のタンパク質を、次いで、フィルター膜（例えば、ニトロセルロース）に移し、そのタンパク質に特異的な、検出可能に標識された抗体を使用した、イムノブロッティング技術に供してもよい。検出可能に標識された抗体の結合量は、生物学的試料中のタンパク質の量を示す。
【００８３】
[0083]別の例では、イムノアッセイを使用してタンパク質発現レベルを測定することができる。上記のように、イムノアッセイは、検出部分（例えば、蛍光剤又は酵素）を有する抗体を用いて行うことができる。生物学的試料由来のタンパク質は、固相基質（例えば、マルチウェルアッセイプレート、ニトロセルロース、アガロース、セファロース、コード化粒子、又は磁気ビーズ）に直接コンジュゲートしてもよいし、又は、特異的結合ペアの第１のメンバー（例えば、ビオチン又はストレプトアビジン）にコンジュゲートして、特異的結合ペアの第２のメンバー（例えば、ストレプトアビジン又はビオチン）に結合すると固相基質に結合するようにしてもよい。このように固相基質に結合することにより、タンパク質を、検出抗体と接触させる前に、生物学的試料の他の妨害成分又は無関係の成分から分けて精製することができ、またその後には、未結合の抗体を洗浄することもできる。この場合も上記と同様に、検出可能に標識された抗体の結合量は、生物学的試料中のタンパク質の量を示す。
【００８４】
[0084]抗体の形態に関して特に制限はなく、本開示は、モノクローナル抗体だけでなくポリクローナル抗体も含む。ウサギなどの動物をタンパク質又はタンパク質の断片で免疫化することによって得られる抗血清、並びにあらゆるクラスのポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体、ヒト抗体、及び遺伝的組換えによって生成されたヒト化抗体も含まれる。
【００８５】
[0085]インタクトタンパク質又はインタクトタンパク質の部分ペプチドを、免疫化のための抗原として使用してもよい。タンパク質の部分ペプチド、例えば、タンパク質のアミノ（Ｎ）末端断片及びカルボキシ（Ｃ）末端断片を用いてもよい。
【００８６】
[0086]発現させようとするタンパク質又はタンパク質の断片（例えば、免疫学的断片）をコードする遺伝子を、既知の発現ベクターに挿入し、本明細書に記載されるベクターで宿主細胞を形質転換することにより、標準的方法を使用して、所望のタンパク質又はタンパク質の断片が宿主細胞の外部又は内部から回収される。このタンパク質を感作抗原として使用することができる。また、本発明のタンパク質を発現する細胞、細胞ライセート、又は化学合成されたタンパク質を感作抗原として使用してもよい。
【００８７】
[0087]感作抗原によって免疫化される哺乳動物は制限されないが、細胞融合に使用される親細胞との適合性を考慮して動物を選択することが好ましい。一般的に、げっ歯目、ウサギ目、又は霊長目に属する動物が使用される。使用することのできる、げっ歯目に属する動物の例としては、例えば、マウス、ラット、及びハムスターが挙げられる。使用することのできる、ウサギ目に属する動物の例としては、例えば、ウサギが挙げられる。使用することのできる、霊長目に属する動物の例としては、例えば、サルが挙げられる。使用されるサルの例としては、狭鼻下目（旧世界ザル）、例えば、カニクイザル（Ｍａｃａｃａ  ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ）、アカゲザル、マントヒヒ、及びチンパンジーが挙げられる。
【００８８】
[0088]さらに、本開示の抗体は、測定しようとするタンパク質に結合する限り、抗体断片又は修飾抗体であってもよい。例えば、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、又はＨ鎖Ｆｖ及びＬ鎖Ｆｖがリンカーによって好適に結合している一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（Ｈｕｓｔｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８５：５８７９〜５８８３、（１９８８））を、抗体断片として用いてもよい。
【００８９】
[0089]抗体は、蛍光物質、放射性物質、及び発光物質などの様々な分子にコンジュゲートされていてもよい。そのような部分を抗体に結合させる方法は、当該技術分野において既に確立されており、常法となっている（例えば、米国特許第５，０５７，３１３号及び同第５，１５６，８４０号を参照されたい）。
【００９０】
[0090]抗体の抗原結合活性をアッセイする方法の例としては、例えば、吸光度測定、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、及び／又は免疫蛍光法が挙げられる。例えば、ＥＬＩＳＡを使用する場合、本発明のバイオマーカーによってコードされるタンパク質を、本開示の抗体でコーティングしたプレートに加え、次いで、抗体試料、例えば、抗体産生細胞の培養上清、又は精製された抗体を加える。次いで、アルカリホスファターゼなどの酵素で標識された、一次抗体を認識する二次抗体を加え、プレートをインキュベートし、洗浄し、ｐ−ニトロフェニルホスフェートなどの酵素基質を加えた後の抗原結合活性を評価するために、吸光度を測定する。タンパク質として、タンパク質断片、例えば、Ｃ末端を含む断片、又はＮ末端を含む断片を使用してもよい。本発明の抗体の活性を評価するには、ＢＩＡｃｏｒｅ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用してもよい。
【００９１】
[0091]これらの方法を使用することにより、本発明の抗体と、測定しようとするタンパク質を含むと推定される試料とが接触し、上述の抗体とタンパク質との間で形成された免疫複合体を検出又はアッセイすることにより、タンパク質が検出又はアッセイされる。
【００９２】
[0092]質量分析に基づく定量化アッセイ法、例えば、限定するものではないが、安定同位体で標識された内部標準と組み合わせた多重反応モニタリング（ＭＲＭ）に基づく手法は、タンパク質を定量的に測定するためのイムノアッセイに代わる方法である。これらの手法は抗体の使用を必要としないため、費用効率よく、かつ時間効率よく分析を行うことができる（例えば、Ａｄｄｏｎａら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、２７：６３３〜６４１、２００９；Ｋｕｚｙｋら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、８：１８６０〜１８７７、２００９；Ｐａｕｌｏｖｉｃｈら、Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  Ｃｌｉｎ．Ａｐｐｌ．、２：１３８６〜１４０２、２００８を参照されたい）。さらに、ＭＲＭには優れたマルチプレックス能力があるため、多数のタンパク質の定量化を並行して同時に行うことができる。これらの方法の基礎理論は確固たるものになっており、薬物代謝、及び低分子の薬物動態分析に広く利用されている。
【００９３】
[0093]種々の好適な方法を用いて、遺伝子のｍＲＮＡ発現の検出及び／又は遺伝子のｍＲＮＡ発現のレベルの測定を行うことができる。例えば、ｍＲＮＡ発現は、ノーザンブロット若しくはドットブロット分析、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ；例えば、定量ＲＴ−ＰＣＲ）、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（例えば、定量的ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）、又は核酸アレイ（例えば、オリゴヌクレオチドアレイ又は遺伝子チップ）分析を使用して決定することができる。そのような方法の詳細は、以下に記載され、また例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ第１巻、第２巻、及び第３巻、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ：Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＵＳＡ、１９８９年１１月；Ｇｉｂｓｏｎら（１９９９）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．、６（１０）：９９５〜１００ｉ；及びＺｈａｎｇら（２００５）Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｓｃｉ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．、３９（８）：２７７７〜２７８５；米国特許出願公開第２００４０８６９１５号；欧州特許第０５４３９４２号；及び米国特許第７，１０１，６６３号に記載されており、これらの各々の開示内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
【００９４】
[0094]一実施形態では、生物学的試料中のｍＲＮＡ集団の各集団の存在又は量は、全ｍＲＮＡを生物学的試料から単離し（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（上掲）及び米国特許第６，８１２，３４１号を参照されたい）、単離したｍＲＮＡをアガロースゲル電気泳動に供して、ｍＲＮＡをサイズにより分離することによって決定することができる。サイズにより分離されたｍＲＮＡを、次いで、ニトロセルロース膜などの固体支持体に移す（例えば、拡散させる）。次いで、目的のｍＲＮＡ配列に相補的で、対応するｍＲＮＡ集団に結合することでｍＲＮＡ集団を検出可能にする、１つ又は複数の検出可能に標識されたポリヌクレオチドプローブを使用して、生物学的試料中のｍＲＮＡ集団の存在又は量を決定することができる。検出可能な標識としては、例えば、蛍光標識（例えば、ウンベリフェロン、フルオレセイン、イソチオシアン酸フルオレセイン、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、塩化ダンシル、アロフィコシアニン（ＡＰＣ）、又はフィコエリトリン）、発光標識（例えば、ユウロピウム、テルビウム、Ｑｕａｎｔｕｍ  Ｄｏｔ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ、ＣＡの供給によるキュードット（Ｑｄｏｔ）（商標）ナノ粒子）、放射性標識（例えば、１２５１、１３１１、３５Ｓ、３２Ｐ、３３Ｐ、又は３Ｈ）、及び酵素標識（西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ、又はアセチルコリンエステラーゼ）が挙げられる。
【００９５】
[0095]別の実施形態では、生物学的試料中のｍＲＮＡの各集団の存在又は量は、核酸（又はオリゴヌクレオチド）アレイ（例えば、以下の「アレイ及びキット」に記載するアレイ）を使用して決定することができる。例えば、生物学的試料から単離したｍＲＮＡを、例えば、ランダムヘキサマー又はオリゴ（ｄＴ）プライマーによる第１鎖合成を用いるＲＴ−ＰＣＲを使用して、増殖させることができる。アンプリコンは、短いセグメントに断片化することができる。ＲＴ−ＰＣＲステップを使用してアンプリコンを検出可能に標識してもよいし、又は、任意選択で、ＲＴ−ＰＣＲステップの後にアンプリコンを検出可能に標識してもよい。例えば、種々の好適な技術（例えば、上掲のＳａｍｂｒｏｏｋら参照）のうちのいずれかを使用して、検出可能な標識を酵素的に（例えば、ニックトランスレーション、又はＴ４ポリヌクレオチドキナーゼなどのキナーゼによって）、又は化学的に、アンプリコンにコンジュゲートしてもよい。次いで、検出可能に標識されたアンプリコンを、複数のポリヌクレオチドプローブセットと接触させ、ここで、各セットは、対応するアンプリコンに特異的な（かつ結合可能な）１つ又は複数のポリヌクレオチド（例えば、オリゴヌクレオチド）プローブを含み、複数のポリヌクレオチドプローブセットは、各々が異なるアンプリコンに対応する多くのプローブセットを含む。
【００９６】
[0096]一般的に、プローブセットは、固体支持体に結合しており、各プローブセットの位置は、固体支持体において予め決められている。検出可能に標識されたアンプリコンが、プローブセットのうち対応するプローブに結合することにより、生物学的試料中の標的ｍＲＮＡの存在又は量が示される。核酸アレイを使用してｍＲＮＡ発現を検出する追加の方法は、例えば、米国特許第５，４４５，９３４号、同第６，０２７，８８０号、同第６，０５７，１００号、同第６，１５６，５０１号、同第６，２６１，７７６号、及び同第６，５７６，４２４号に記載されており、これらの開示内容は、全体として参照により本明細書に組み込まれる。
【００９７】
[0097]検出可能な標識を検出及び／又は定量化する方法は、標識の性質に左右される。適切な酵素（検出可能な標識が酵素である場合；上記参照）によって触媒される反応の生成物は、限定するものではないが、蛍光性、発光性、若しくは放射性である場合もあれば、又は可視光若しくは紫外光を吸収する場合もある。そのような検出可能な標識を検出するのに好適な検出器の例としては、限定するものではないが、ｘ線フィルム、放射能カウンター、シンチレーションカウンター、分光光度計、比色計、蛍光光度計、ルミノメーター、及びデンシトメーターが挙げられる。
【００９８】
[0098]応答プロファイルの作成
本明細書に記載される方法は、腎細胞癌を有する対象の、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対する応答プロファイルを生成するために使用することもできる。応答プロファイルには、例えば、レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩による治療の前に測定することが必要なタンパク質のベースライン発現レベルを示す情報、及び／又は任意の腎細胞癌の組織学的分析が含まれ得る。結果として得られる情報（レンバチニブ療法応答プロファイル）は、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある対象（例えば、ヒト患者）が、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対して応答性であることを予測するために使用され得る。
【００９９】
[0099]レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）の応答プロファイルは、電子形態（例えば、コンピュータ、又はＤＶＤ、ＣＤ、若しくはフロッピーディスクなどの他の電子式（コンピュータ可読）媒体に記憶された患者電子記録）であっても書面形態であってもよいことが理解される。レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）の応答プロファイルは、数体の（例えば、２、３、４、５、１０、２０、３０、５０、又は１００体以上の）対象（例えば、ヒト患者）に関する情報を含む場合もある。そのような複数対象の応答プロファイルは、例えば、対象コホートの特定の特徴の分析（例えば、統計学的分析）に使用することができる。
【０１００】
[0100]レンバチニブ又はその薬学的に許容される塩（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に対する対象の応答性は、いくつかの方法で分類することができ、分類は、対象の疾患、疾患の重症度、及び対象に投与される特定の薬物に左右される。ごく簡単に言えば、応答性は、治療前と比較した病状のあらゆる減弱であり、非応答性は、治療前と比較して病状の変化がまったくないことである。腎細胞癌を有する対象（例えば、ヒト）の応答性は、限定するものではないが、腫瘍サイズ、臨床的有用性（ＣＢ）、ＰＦＳ、ＯＳ、最大腫瘍縮小率ＭＴＳ、又はＯＲＲなど、いくつかの客観的臨床証拠のうちの１つ又は複数に基づいて分類することができる。
【０１０１】
[0101]「臨床的有用性」は、次の状態、すなわち完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、又は６か月以上のＰＦＳを伴う安定疾患（ＳＤ）のうちの１つがあることを意味する。「完全奏効」は、すべての標的病変の完全な消失を意味する。「部分奏効」は、ベースラインＬＤ和を基準とした、標的病変のＬＤ和における少なくとも３０％の減少を意味する。「進行性疾患」（ＰＤ）は、治療開始以降に記録された最小のＬＤ和を基準とした、標的病変のＬＤ和における少なくとも２０％の増加か、又は１つ若しくは複数の新たな病変の出現を意味する。「安定疾患」は、治療開始以降で最小のＬＤ和を基準として、ＰＲに適格とするのに十分な標的病変の縮小も、ＰＤに適格とするのに十分な増加もないことを意味する。
【０１０２】
[0102]「全生存期間」（ＯＳ）は、無作為化から、原因を問わない死亡までの時間と定義される。「無作為化」は、患者の療法計画を決定する際、患者を試験群又は対照群に無作為化することを意味する。
【０１０３】
[0103]「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）とは、無作為化の日から、疾患進行又は死亡のいずれか早い方の最初の記録日までの時間を意味する。
【０１０４】
[0104]「最大腫瘍縮小率」（ＭＴＳ）は、ベースライン直径和を基準とした、標的病変の直径和の変化率を意味する。
【０１０５】
[0105]「奏効率」（ＯＲＲ）は、ＣＲ又はＰＲのいずれかを有する対象を、ＳＤ又はＰＤのいずれかを有する対象と比較するものである。
【０１０６】
[0106]「より良好な治療成績」は、腫瘍サイズ、ＣＢ、ＰＦＳ、ＯＳ、ＭＴＳ率、又はＯＲＲに基づいて評価することができる。一実施形態では、より良好な治療成績は、より長いＰＦＳ又はより長いＯＳである。
【０１０７】
[0107]キット
本出願は、キットも提供する。ある特定の実施形態では、キットは、測定が必要なタンパク質又はその濃度若しくは発現レベルを検出するために使用することができる、１つ又は複数の抗体を含み得る。キット中の抗体は、モノクローナル抗体であってもポリクローナル抗体であってもよく、検出可能な標識にさらにコンジュゲートされていてもよい。キットは、任意選択で、生物学的試料中における測定が必要なタンパク質の検出及び／又は濃度測定のための説明を含んでいてもよい。
【０１０８】
[0108]キットは、任意選択で、例えば、対照（例えば、測定が必要なタンパク質の濃度標準）を含んでいてもよい。場合により、対照は、単一バイオマーカー分析の場合はレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法の必要性を予測するタンパク質の発現レベル若しくは発現レベル範囲、又は複合分析の場合はより良好な治療成績を有するヒト対象集団と相関するタンパク質の発現レベル若しくは発現レベル範囲を含む、付属物（例えば、付属書類、又はＣＤ、ＤＶＤ、若しくはフロッピーディスクなどの電子媒体）であってもよい。複合分析のためのキットは、任意選択で、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法の必要性を予測する対照複合バイオマーカースコア値又は範囲を含む付属物を含み得る。
【０１０９】
[0109]一部の実施形態では、キットは、生物学的試料を処理するための１つ又は複数の試薬（例えば、較正試薬、緩衝液、希釈剤、着色試薬、反応停止用試薬）を含み得る。例えば、キットは、生物学的試料からタンパク質を単離するための試薬、及び／又は生物学的試料中の測定が必要なタンパク質の存在及び／又は量を検出するための試薬（例えば、タンパク質に結合する抗体及び／又はタンパク質に結合する抗体に結合する抗体）を含み得る。
【０１１０】
[0110]ある特定の実施形態では、キットは、少なくとも１つのマイクロプレート（例えば、９６ウェルプレート；すなわち、８ウェル１２列）を含む。マイクロプレートは、対応するプレートカバーを備えていてもよい。マイクロプレートは、ポリスチレン又は任意の他の好適な材料でできていてもよい。マイクロプレートは、測定しようとするタンパク質の存在を同定するために使用される抗体が、各ウェル内部にコーティングされていてもよい。抗体は、検出可能な標識にコンジュゲートされていてもよい。キットはまた、少なくとも１つの接着剤ストリップを含んでいてもよい。
【０１１１】
[0111]一部の実施形態では、キットは、例えば、発現プロファイル又はマイクロアレイ分析の結果を分析するためのソフトウェアパッケージを含んでいてもよい。
【０１１２】
[0112]本明細書に記載されるキットはまた、任意選択で、レンバチニブ化合物及びエベロリムスを含む併用療法を投与するための説明を含んでいてもよく、ここで、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＣＡＭ−１、ＦＧＦ−２１及びＭ−ＣＳＦからなる群から選択される少なくとも１つのタンパク質のベースライン発現レベル、又は
（Ａ）（ｉ）ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８及びＡＮＧ−２、若しくは（ｉｉ）ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２及びＶＥＧＦ−Ａを含む少なくとも５つのタンパク質、又は
（Ｂ）ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２を含む少なくとも２つのタンパク質
のベースライン発現レベルに基づいて計算される複合バイオマーカースコアは、腎細胞癌を有するか、有することが疑われるか、又は発症するリスクがある対象が、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びエベロリムスを含む併用療法に応答性であることを予測する。
【実施例】
【０１１３】
[0113]実施例１：レンバチニブ及び／又はエベロリムスによる治療を受けた患者におけるバイオマーカー発現レベルの測定
[0114]レンバチニブのフェーズ２試験を、ＶＥＧＦ標的療法後の転移性腎細胞癌（ＲＣＣ）患者において行った。ＶＥＧＦ標的療法の既往がある転移性腎細胞癌患者に、疾患進行又は管理できない毒性の発現まで、レンバチニブメシル酸塩（「レンバチニブ」）、エベロリムス、又はこれらの併用を供与した。合計１５３名の対象を、次の投与を受ける３つの治療アームに無作為化した：
１）レンバチニブ１８ｍｇ／日（レンバチニブ遊離塩基として；以下同様とする）＋エベロリムス５ｍｇ／日（アームＡ［ＬＥＮ／ＥＶＥ治療アーム］、Ｎ＝５１）、
２）レンバチニブ２４ｍｇ／日（アームＢ［ＬＥＮ治療アーム］、Ｎ＝５２）、又は
３）エベロリムス１０ｍｇ／日（アームＣ［ＥＶＥ治療アーム］、Ｎ＝５０）。
【０１１４】
各サイクルは、４週間（２８日間）からなった。
【０１１５】
[0115]バイオマーカー評価のための血液試料を、サイクル１第１日（治療前）に、３つすべての治療アームの対象から収集した（ＬＥＮ／ＥＶＥ、Ｎ＝４９；ＬＥＮ、Ｎ＝５１；ＥＶＥ、Ｎ＝４７；合計、Ｎ＝１４７）。１４５名の対象の試料（すべての治療意図［ＩＴＴ］集団の９４．８％；ＬＥＮ／ＥＶＥ、Ｎ＝４９；ＬＥＮ、Ｎ＝５０；ＥＶＥ、Ｎ＝４６）中、表１に示す４０の候補バイオマーカーを、１９の予め構成されたＣｕｓｔｏｍＭＡＰイムノアッセイパネルを使用してアッセイし、Ｍｙｒｉａｄ  ＲＢＭ（Ａｕｓｔｉｎ、ＴＸ、ＵＳＡ）において、メーカーによるマルチプレックスフローサイトメトリーに基づくプラットフォーム（Ｍｕｌｔｉ−Ａｎａｌｙｔｅ  Ｐｒｏｆｉｌｅ（ＭＡＰ））によって測定した。以下の実施例に記載する相関分析で結果をさらに分析した。
【０１１６】
[0116]
【表１】
2022502662.tif 000002
【０１１７】
[0117]実施例２：ＰＦＳ及びＯＳの単一バイオマーカー分析
【０１１８】
[0118]各血清バイオマーカーのベースラインレベルについて、３つのアームの各々で、単変量コックス回帰を使用して、ＰＦＳとの相関分析を行った。連続値をとるバイオマーカーのハザード比（ＨＲ）は、１標準偏差での測定値間のハザードの比（標準偏差当たりのＨＲ）として計算した。血清ＩＬ−１８ＢＰのベースラインレベルは、ＬＥＮ／ＥＶＥアームにおいてＰＦＳと関連していた（表２）。以下の表において、ＦＤＲは偽発見率を意味し、ＭＳＴは生存時間中央値を意味し、ＣＩは信頼区間を意味する。
【０１１９】
[0119]
【表２】
2022502662.tif 000003
【０１２０】
[0120]ＩＬ−１８ＢＰについて、二分分析を行って、低レベル及び高レベルの対象における血清バイオマーカーのベースラインレベルを、３つのアームにおけるＰＦＳと相関させた。カットオフポイントは、中央値、第１三分位値、第２三分位値、第１四分位値、又は第３四分位値であった。選択されたカットオフポイントの各々を用い、単変量コックス回帰及びログランク検定を使用して、各群とＰＦＳとの間の関連性を探索した。第２三分位値カットオフポイントにおいて、ＬＥＮ／ＥＶＥアームでは、高ＩＬ−１８ＢＰ群のＰＦＳ中央値（５．６か月）は、低群のＰＦＳ中央値（１７．５か月）より短かった（表３）。治療アーム、ベースラインレベル、及びＰＦＳを用いる多変量コックス回帰分析は、ＥＶＥアームと比較して、第２三分位値カットオフポイントでの交互作用を示した（交互作用Ｐ値＝０．０３８９）。これらの結果は、低いＩＬ−１８ＢＰレベルが、ＥＶＥアームのＰＦＳと比較して長いＬＥＮ／ＥＶＥアームのＰＦＳを予測する役割を果たした可能性があることを示唆した。
【０１２１】
[0121]
【表３】
2022502662.tif 000004
【０１２２】
[0122]各血清バイオマーカーのベースラインレベルについて、３つのアームの各々で、単変量コックス回帰を使用して、ＯＳとの相関分析を行った。連続値をとるバイオマーカーのハザード比（ＨＲ）は、１標準偏差での測定値間のハザードの比（標準偏差当たりのＨＲ）として計算した。血清ＦＧＦ−２１、ＩＣＡＭ−１、及びＭ−ＣＳＦのベースラインレベルは、ＬＥＮ／ＥＶＥアームにおいてＯＳと関連していた（表４）。
【０１２３】
[0123]
【表４】
2022502662.tif 000005
【０１２４】
[0124]ＦＧＦ−２１、ＩＣＡＭ−１、及びＭ−ＣＳＦについては、単変量コックス回帰及びログランク検定を使用し、中央値カットオフポイントで二分分析を行って、低レベル及び高レベルの対象における血清バイオマーカーのベースラインレベルを、３つのアームにおけるＯＳと相関させた。ＦＧＦ−２１、ＩＣＡＭ−１、及びＭ−ＣＳＦの低いベースラインレベルは、ＬＥＮ／ＥＶＥアームにおいてより長いＯＳと関連していた（表５）。治療アーム、ベースラインレベル、及びＯＳを用いる多変量コックス回帰分析は、ＥＶＥアームと比較して、中央値カットオフポイントでの交互作用を示した（ＦＧＦ−２１、ＩＣＡＭ−１、及びＭ−ＣＳＦのそれぞれの交互作用Ｐ値＝０．０２２３、０．００３９、及び０．０３６２）。これらの結果は、低いＦＧＦ−２１、ＩＣＡＭ−１、及びＭ−ＣＳＦのレベルが、ＥＶＥアームのＯＳと比較して長いＬＥＮ／ＥＶＥアームのＯＳを予測する役割を果たした可能性があることを示唆した。
【０１２５】
[0125]
【表５】
2022502662.tif 000006
【０１２６】
[0126]実施例３：ＰＦＳの複合バイオマーカースコア分析（５マーカー）
【０１２７】
[0127]２０１６年のＶｏｓｓら（Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ．２０１６年３月１５日；１１４（６）：６４２〜９）に従い、中央値によるカットオフ分析においてベースラインレベルがＬＥＮ／ＥＶＥアームのＰＦＳと最も強い関連性を示した、５つの選択されたバイオマーカー（ＨＧＦ、ＭＩＧ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＩＬ−１８、及びＡＮＧ−２）を使用し、複合バイオマーカースコア（ＣＢＳ）分析を行った（表６）。
【０１２８】
[0128]
【表６】
2022502662.tif 000007
【０１２９】
[0129]ＣＢＳに統合される各バイオマーカーについて、それぞれのベースラインのバイオマーカーレベルが、単一バイオマーカーカットオフ分析でより長い生存期間に関連することが決定されている範囲に入る場合には、１の値を割り当て、それぞれのベースラインのバイオマーカーレベルが、より短い生存期間に関連する範囲に分類された場合には、０の値を割り当てた。個々の値（５つのバイオマーカーの各々で０対１）の和を、各対象のＣＢＳ（０〜５の範囲）として算出した。次いで、患者をＣＢＳによって低群及び高群（０対１〜５、０〜１対２〜５、０〜２対３〜５、０〜３対４〜５、及び０〜４対５）に二分した。各治療アームにおける選択された二分点の各々を用い、単変量コックス回帰及びログランク検定を使用して、各群とＰＦＳとの間の関連性を探索した。治療アーム、ベースラインレベル、及びＰＦＳを用いる多変量コックス回帰分析により、交互作用Ｐ値を推定した。また、各群と奏効率（ＯＲＲ）との間の関連性を、フィッシャーの正確検定を使用して探索した。
【０１３０】
[0130]ＬＥＮ／ＥＶＥアームでは、ＣＢＳ低群とＣＢＳ高群との間でＰＦＳに有意差があったが、ＥＶＥアームでは、ＣＢＳ低群とＣＢＳ高群との間でＰＦＳに有意差はなかった（図１）。ＬＥＮ／ＥＶＥアームでは、ＰＦＳは、高いＣＢＳスコア（３〜５）を有する患者において、低いＣＢＳスコア（０〜２）を有する患者よりも長かった（ｍＰＦＳ：高ＣＢＳで２０．１か月、低ＣＢＳで５．６か月、ＨＲ：０．２７９、Ｐ値：０．００２２）。高いＣＢＳスコア（３〜５）を有する患者では、ＰＦＳは、ＬＥＮ／ＥＶＥアームにおいて、ＥＶＥアームよりも長かった（ｍＰＦＳ：ＬＥＮ／ＥＶＥで２０．１か月、ＥＶＥで３．６か月、ＨＲ：０．１８６、Ｐ値：＜０．０００１、表７）。
【０１３１】
[0131]多変量コックス回帰分析は、ＬＥＮ＋ＥＶＥ対ＥＶＥのＰＦＳとＣＢＳ群との間の有意な交互作用を示した（Ｐ＝０．０１５４）。
【０１３２】
[0132]高いＣＢＳスコア（３〜５）を有する患者では、ＯＲＲは、ＬＥＮ／ＥＶＥ（５７．１％）において、ＥＶＥアーム（５．０％）よりも高かった（Ｐ値＝０．０００２、表７）。
【０１３３】
[0133]
【表７】
2022502662.tif 000008
【０１３４】
[0134]これらのデータの示すところによれば、高いＣＢＳは、ＰＦＳの利益と相関し、このスコアを使用して、ＥＶＥ単独療法と比較して併用療法から明らかに利益を得る患者を同定することができる。
【０１３５】
[0135]実施例４：ＯＳの複合バイオマーカースコア分析（５マーカー）
【０１３６】
[0136]実施例３と同様に、ベースラインレベルが中央値によるカットオフ分析においてＬＥＮ／ＥＶＥアームのＯＳとの最も強い関連性を示した、５つの選択されたバイオマーカー（ＴＩＭＰ−１、Ｍ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８ＢＰ、ＡＮＧ−２、及びＶＥＧＦ−Ａ）を使用し、ＣＢＳ分析を行った（表８）。
【０１３７】
[0137]
【表８】
2022502662.tif 000009
【０１３８】
[0138]ＣＢＳに統合される各バイオマーカーについて、それぞれのベースラインのバイオマーカーレベルが、単一バイオマーカーカットオフ分析でより長い生存期間に関連することが以前に決定されている範囲に入る場合には、１の値を割り当て、それぞれのベースラインのバイオマーカーレベルが、より短い生存期間に関連する範囲に分類された場合には、０の値を割り当てた。個々の値（５つのバイオマーカーの各々で０対１）の和を、各対象のＣＢＳ（０〜５の範囲；高＝好ましい生存期間）として算出した。次いで、患者をＣＢＳによって低群及び高群に二分した（０対１〜５、０〜１対２〜５、０〜２対３〜５、０〜３対４〜５、及び０〜４対５）。各治療アームにおける選択された二分点の各々を用い、単変量コックス回帰及びログランク検定を使用して、各群とＯＳとの間の関連性を探索した。治療アーム、ベースラインレベル、及びＯＳを用いる多変量コックス回帰分析により、交互作用Ｐ値を推定した。また、各群と奏効率（ＯＲＲ）との間の関連性を、フィッシャーの正確検定を使用して探索した。
【０１３９】
[0139]ＬＥＮ／ＥＶＥアームでは、ＣＢＳ低群とＣＢＳ高群との間でＯＳに有意差があったが、ＥＶＥアームでは、ＣＢＳ低群とＣＢＳ高群との間でＯＳに有意差はなかった（図２）。ＬＥＮ／ＥＶＥアームでは、ＯＳは、高いＣＢＳスコア（３〜５）を有する患者において、低いＣＢＳスコア（０〜２）を有する患者よりも長かった（ＯＳ中央値（ｍＯＳ）：高ＣＢＳで評価不可能（ＮＥ）、低ＣＢＳで１２．６か月、ＨＲ＝０．１５０、Ｐ値＜０．０００１）。高いＣＢＳスコア（３〜５）を有する患者では、ＯＳは、ＬＥＮ／ＥＶＥアームにおいて、ＥＶＥアームよりも長かった（ｍＯＳ：ＬＥＮ／ＥＶＥでＮＥ、ＥＶＥで１７．４か月、ＨＲ：０．３３１、Ｐ値：０．００７９、表９）。
【０１４０】
[0140]多変量コックス回帰分析は、ＬＥＮ＋ＥＶＥ対ＥＶＥのＰＦＳとＣＢＳ群との間の有意な交互作用を示した（Ｐ＝０．０１２５）。
【０１４１】
[0141]高いＣＢＳスコア（３〜５）を有する患者では、ＯＲＲは、ＬＥＮ／ＥＶＥ（６３．０％）において、ＥＶＥアーム（５．３％）よりも高かった（Ｐ値＜０．０００１、表９）。
【０１４２】
[0142]
【表９】
2022502662.tif 000010
【０１４３】
[0143]これらのデータの示すところによれば、高いＣＢＳは、ＯＳの利益と相関し、このスコアを使用して、ＥＶＥ単独療法と比較して併用療法から明らかに利益を得る患者を同定することができる。
【０１４４】
[0144]実施例５：ＰＦＳの複合バイオマーカースコア分析（２マーカー）
【０１４５】
[0145]ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２は、実施例３及び４において、ＰＦＳ及びＯＳのＣＢＳ分析のために選択したバイオマーカーに共通していた。これら２つのバイオマーカーを使用して、ＰＦＳのＣＢＳ分析（２マーカー）を行った。
【０１４６】
[0146]ＣＢＳに統合される各バイオマーカーについて、それぞれのベースラインのバイオマーカーレベルが、単一バイオマーカーカットオフ分析でより長い生存期間に関連することが決定されている範囲に入る場合には、１の値を割り当て、それぞれのベースラインのバイオマーカーレベルが、より短い生存期間に関連する範囲に分類された場合には、０の値を割り当てた。個々の値（２つのバイオマーカーの各々で０対１）の和を、各対象のＣＢＳ（０〜２の範囲）として算出した。次いで、患者をＣＢＳによって低群及び高群（０対１〜２及び０〜１対２）に二分した。各治療アームにおける選択された二分点の各々を用い、単変量コックス回帰及びログランク検定を使用して、各群とＰＦＳとの間の関連性を探索した。治療アーム、ベースラインレベル、及びＰＦＳを用いる多変量コックス回帰分析により、交互作用Ｐ値を推定した。また、各群と奏効率（ＯＲＲ）との間の関連性を、フィッシャーの正確検定を使用して探索した。
【０１４７】
[0147]ＬＥＮ／ＥＶＥアームでは、ＣＢＳ低群とＣＢＳ高群との間でＰＦＳに有意差があったが、ＥＶＥアームでは、ＣＢＳ低群とＣＢＳ高群との間でＰＦＳに有意差はなかった（図３）。ＬＥＮ／ＥＶＥアームでは、ＰＦＳは、高いＣＢＳスコア（１〜２）を有する患者において、低いＣＢＳスコア（０）を有する患者よりも長かった（ｍＰＦＳ：高ＣＢＳで１７．５か月、低ＣＢＳで５．６か月、ＨＲ＝０．３６４、Ｐ値＝０．０１３０）。高いＣＢＳスコア（１〜２）を有する患者では、ＰＦＳは、ＬＥＮ／ＥＶＥアームにおいて、ＥＶＥアームよりも長かった（ｍＰＦＳ：ＬＥＮ／ＥＶＥで１７．５か月、ＥＶＥで５．５か月、ＨＲ：０．２５４、Ｐ値：＜０．０００１、表１０）。
【０１４８】
[0148]多変量コックス回帰分析は、ＬＥＮ＋ＥＶＥ対ＥＶＥのＰＦＳとＣＢＳ群との間の有意な交互作用を示さなかった（Ｐ＝０．２２９７）。
【０１４９】
[0149]高いＣＢＳスコア（１〜２）を有する患者では、ＯＲＲは、ＬＥＮ／ＥＶＥ（５４．３％）において、ＥＶＥアーム（６．９％）よりも高かった（Ｐ値＜０．０００１、表１０）。
【０１５０】
[0150]
【表１０】
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【０１５１】
[0151]実施例６：ＯＳの複合バイオマーカースコア分析（２マーカー）
【０１５２】
[0152]ＩＬ−１８ＢＰ及びＡＮＧ−２は、実施例３及び４において、ＰＦＳ及びＯＳのＣＢＳ分析のために選択したバイオマーカーに共通していた。これら２つのバイオマーカーを使用して、ＯＳのＣＢＳ分析（２マーカー）を行った。
【０１５３】
[0153]ＣＢＳに統合される各バイオマーカーについて、それぞれのベースラインのバイオマーカーレベルが、単一バイオマーカーカットオフ分析でより長い生存期間に関連することが決定されている範囲に入る場合には、１の値を割り当て、それぞれのベースラインのバイオマーカーレベルが、より短い生存期間に関連する範囲に分類された場合には、０の値を割り当てた。個々の値（２つのバイオマーカーの各々で０対１）の和を、各対象のＣＢＳ（０〜２の範囲）として算出した。次いで、患者をＣＢＳによって低群及び高群（０対１〜２及び０〜１対２）に二分した。各治療アームにおける選択された二分点の各々を用い、単変量コックス回帰及びログランク検定を使用して、各群とＯＳとの間の関連性を探索した。治療アーム、ベースラインレベル、及びＯＳを用いる多変量コックス回帰分析により、交互作用Ｐ値を推定した。
【０１５４】
[0154]ＬＥＮ／ＥＶＥアーム及びＥＶＥアームにおいて、ＣＢＳ低群とＣＢＳ高群との間でＯＳに有意差があった（図４）。ＬＥＮ／ＥＶＥアームでは、ＯＳは、高いＣＢＳスコア（１〜２）を有する患者において、低いＣＢＳスコア（０）を有する患者よりも長かった（ｍＯＳ：高ＣＢＳで３２．１か月、低ＣＢＳで１１．９か月、ＨＲ＝０．２１３、Ｐ値＜０．０００１）。ＥＶＥアームでは、ＯＳは、高いＣＢＳスコア（１〜２）を有する患者において、低いＣＢＳスコア（０）を有する患者よりも長かった（ｍＯＳ：高ＣＢＳで１７．５か月、低ＣＢＳで１１．４か月、ＨＲ＝０．４６１、Ｐ値＝０．０２９４）。高いＣＢＳスコア（１〜２）を有する患者では、ＯＳは、ＬＥＮ／ＥＶＥアームにおいて、ＥＶＥアームよりも長かった（ｍＯＳ：ＬＥＮ／ＥＶＥで３２．１か月、ＥＶＥで１７．５か月、ＨＲ：０．５０４、Ｐ値：０．０３５９、表１１）。
【０１５５】
[0155]多変量コックス回帰分析は、ＬＥＮ＋ＥＶＥ対ＥＶＥのＯＳとＣＢＳ群との間の有意な交互作用を示さなかった（Ｐ＝０．２１２５）。
【０１５６】
[0156]
【表１１】
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【０１５７】
[0157]他の実施形態
本発明をその詳細な説明と併せて説明したが、前述の説明は本発明の範囲を例示することを意図しており、限定するものではなく、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲によって定義される。他の態様、利点、及び改変形態は、続く特許請求の範囲内にある。
【図１】
2022502662.tif 000013
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【国際調査報告】
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