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　平成　６年特許願第５０１４２５号「核酸を検出し識別する方法」拒絶査定不服審判事件〔平成　５年１２月２３日国際公開、ＷＯ９３／２５５６３、平成　６年１１月１０日国内公表、特表平　６−５０９９４６〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、１９９２年６月１７日を国際出願日とする特許出願であって、その請求項１乃至１１に係る発明は、平成１３年５月７日付け手続補正書により補正された明細書の特許請求の範囲に記載されたとおりのものと認められるところ、そのうちの請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、次のとおりである。
　
「３'部分および５'部分を有する対立遺伝子特異的プライマーであって、
その３'部分は、対立遺伝子特異的ヌクレオチドに隣接する標的配列に対して相補的であり、そして、
その５'部分は、前記標的配列とは異なる前もって選ばれそしてランダムに生成された核酸配列であって、固相支持体上の固定化され、前もって選ばれ、そしてランダムに生成された核酸配列のアレイ中の前もって選んだ場所に固定化されている核酸配列、に相補的であり、ここで前記固定化され前もって選んだ核酸配列のそれぞれにおけるその長さ、塩基組成そしてそれぞれの塩基のパーセントは、前記５'部分と前記前もって選んだ核酸配列との間でのハイブリダイゼーションを、前記固定化され前もって選んだ核酸配列のすべてに対して同一温度で行うことを可能にするために、実質的に同一である、
前記対立遺伝子特異的プライマー。」
　
２．引用例
（１）これに対して、原査定の拒絶の理由で引用された国際公開第９０／１１３７２号パンフレット（以下、「引用例１」という。）には、「多様なＤＮＡ診断的試験」と題し、以下の事項が記載されている。
（１−１）「本発明の一つの側面によると、被検サンプルＤＮＡは、被検ヌクレオチドに隣接するＤＮＡの第１の部位と対になることができる、本発明のオリゴヌクレオチドプライマーにより処置される。本発明のプライマーは、それが対を形成する場合に、被検ヌクレオチドとは反対の部位に別のヌクレオチドを含むものである。そして、プライマーとＤＮＡにより形成された対は、被検ヌクレオチドの位置において塩基対が一致する場合に、ＤＮＡの第２の部位に相補的な伸長産物の形成を可能とするが、前記塩基対が一致しない場合にはその形成が起こらない条件下に置かれる。その後、伸長産物の存在又は非存在を決定する。」（第３頁第８行〜第２１行）
（１−２）「好ましくは、伸長産物の存在又は非存在は、被検ＤＮＡとは非相補的である特異的な尾部配列が付加されたオリゴヌクレオチドプライマーを必要とする新規な方法により、決定される。伸長産物が形成された場合、当該産物は伸長部位、プライマー、そして非相補的で特異的な尾部配列を含んでいるはずである。当該伸長産物は、少なくとも一部が特異的な尾部配列と相補的であるオリゴヌクレオチドが担持されている支持体上に、当該支持体上の相補的なオリゴヌクレオチドに対して伸長産物における特異的な尾部配列がハイブリダイズすることが可能な条件下において、適用される。」（第４頁下から４行〜第５頁第１０行）
（１−３）「本発明は、単一の遺伝子座における複数のアレルについて、ＤＮＡの単一サンプルを同時に検査することにより遺伝子型を決定すること、あるいは、多くの遺伝子座における単一アレル又は複数のアレルを同時に検査すること、を可能にする。被検ＤＮＡは、各々が異なるアレルに対して相補的であり、相互に特異的な尾部配列を有する複数の異なったオリゴヌクレオチドプライマーにより処置される。」（第５頁下から９行〜下から２行）
（１−４）「特定の伸長産物が存在する場合には、特異的な尾部と、その位置においてのみ見出される特異的であり相補的なオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションによって、その伸長産物は、ただ一つの位置において支持体と結合する。そして、特定のアレルの存在又は非存在は、支持体上の特定の位置における伸長産物の存在を検出することによって決定されるであろう。」（第６頁第１４行〜第２２行）
（１−５）「ポリメラーゼ及びヌクレオシド３リン酸が加えられ、その混合物はプライマーの末端ヌクレオチドとＤＮＡの被検ヌクレオチドの間における一致が存在する場合に伸長産物の合成が行われる条件下におかれる。」（第１７頁第１３行〜第１８行）
（１−６）「当業者によく知られた検出方法が、伸長産物の存在を決定するために採用されるであろう。例として、形成される伸長産物を標識するために、標識化ヌクレオシド３リン酸が、伸長産物が合成される際に用いられるであろう。」（第１７頁下から２行〜第１８頁第４行）
（１−７）「支持体は、相補鎖に対するハイブリダイゼーションにより結合された、標識化伸長産物の存在又は非存在の試験に供される。支持体上に標識が存在する場合、それは、伸長産物が合成されたからである。支持体上に標識が存在しない場合には、それは、伸長産物が合成されなかったからである。」（第１８頁第１０行〜第１６行）
（１−８）「遺伝子型は、特異的な尾部よりもむしろ、同一の尾部を有するプライマーを用いることによっても検査できたにちがいないことは、当業者に理解されるものであろう。これを成し得るためには、そのプライマー群は、被検ＤＮＡの別々のサンプルとともに、分けて処理されなければならない。しかしながら、本発明の利点は、特異的な尾部を使用することにより、多数のアレル又は座位を同時に検査できるであろうという点にある。したがって、異なる遺伝子についての検査、あるいは、異なる遺伝子における複数のアレルについての検査は、本発明により、同時に達成されるであろう。」（第２５頁下から２行〜第２６頁第９行）
（１−９）「支持体上の特定の位置における標識の存在は、１つの特定の位置においてオリゴヌクレオチドと相補的である、その特異的な尾部によって認識されるプライマーから合成された伸長産物を示している。したがって、様々な遺伝子及び複数のアレルのその各々の存在又は非存在は、被検ＤＮＡの単一試料を用いることで、同時に検査することが可能であろう。」（第２７頁第９行〜第１６行）
（１−１０）「実施例４　尾部を有するプライマーを用いた単一ヌクレオチドにより相違する特定アレルの存在についてのアッセイ　当該実施例は、実施例３において記載したものであって、配列［５'ＧＣＧＡＧＡＧＧＡＧＡＧＣＧ３'］ｎ（ｎは、１０より大きい）を有するオリゴヌクレオチド鎖をプライマー１の５'末端に尾部として追加、また、配列［５'ＧＣＧＴＧＴＧＧＴＧＴＧＣＧ３'］ｎ（ｎは上記で定義したとおり）を有するオリゴヌクレオチド鎖をプライマー２の５'末端に尾部として追加した、以外は同じものであるプライマーを使用した。」（第４８頁第１６行〜第４９頁第２行）
　
（２）原査定の拒絶の理由で引用された特開平３−２７２６８６号公報（以下、「引用例２」という。）には、「増幅方法」と題し、以下の事項が記載されている。
（２−１）「第１遺伝子座に関するプライマーのポリヌクレオチドテイルが他の単数又は複数の遺伝子座に関するポリヌクレオチドテイルから識別可能であるため、第１遺伝子座に関する増幅生成物が識別可能な第１固相上に捕捉され、他の単数又は複数の遺伝子座に関する増幅生成物が１個以上の他の固相上に捕捉される」（第２頁右上欄下から４行〜同頁左下欄第３行）
（２−２）「本発明の方法は適当な設計のポリヌクレオチド末端によって１回のテストでの１つ以上の増幅生成物の確認を可能にする。従って、例えば第１遺伝子座（locus）に関するプライマーのポリヌクレオチド末端は他の遺伝子座（複数の場合も）に関するポリヌクレオチド末端から識別可能であるので、第１座に関する増幅生成物は第１の識別可能な固相に捕捉可能であり、他の遺伝子座（複数の場合）に関する増幅生成物は相互に識別可能であることが好ましい、１つ以上の他の固相に捕捉される。」（第５頁右上欄第１０行〜末行）
（２−３）「第１プライマーと任意に増幅プライマーは標的結合ヌクレオチド部分（前記で定義）とポリヌクレオチド末端とを有し、任意に重合ブロツキング部分を有する。ポリヌクレオチド末端は次の条件：
（１）一定の厳しい条件下で実質的に相補的な配列と安定なハイブリツドを形成するために充分な長さである；および
（２）（ａ）標的ヌクレオチド配列とポリヌクレオチド末端との間、および
      （ｂ）ポリヌクレオチド末端と標的結合ヌクレオチド部分との間
の有意なハイブリツド形成を避けるために、標的結合ヌクレオチド部分から充分に異なる
を備えた特定の配列である。」（第９頁右上欄第７行〜末行）
（２−４）「ポリヌクレオチド末端は特定の遺伝子産物（gene product or products）をコードするものであつても、全くコードしないものでもいずれでもよい。従って、構造遺伝子またはその一部をポリヌクレオチド末端として用いることができる。しかし、好ましい配列は特定の遺伝子をコードしない配列である、このようなコーデイング性（coding）は分析物中に存在する相補的遺伝子配列と交差ハイブリツド化するからである。従って、非コーデイング性（non−coding）であり、例えばポリデオキシＧ、ポリデオキシＡ、ポリデオキシGA、ポリデオキシGAT、ポリデオキシGTAを含む配列または他の低相補性（反復）配列またはランダムに発生した配列のような、分析物中の配列に対して相補的であるとは考えられないようなポリヌクレオチド配列を選択することが好ましい。このような（ランダムに発生した）配列を適当なヌクレオチド配列データベースに対してチエツクして、ランダムに発生した配列と標的配列との間に結合が生ずるとは確実に考えられないようにすることができる。」（第９頁左下欄第４行〜同頁右下欄第４行）
　
（３）原査定の拒絶の理由で引用された国際公開第８９／１０４１４号パンフレット（以下、「引用例３」という。）には、「増幅された配列の多様性（ＡＳＰｓ）」と題し、以下の事項が記載されている。
（３−１）「本発明の別の重要な点は、ＰＣＲ増幅された標的配列におけるアレルの多様性の検出のためのアレル特異的プライマー伸長（ＡＳ−ＰＥ）に関連する。」（第１３頁第８行〜第１０行）
（３−２）「図３において示されるように、ＡＳＰ−Ａはβ−グロブリン遺伝子のアンチセンス鎖に対して相補的な１９ヌクレオチド鎖長のプライマーである。そのプライマーは、その３'部位、及び、鎌状赤血球症アレルのＡ−＞Ｔトランスバージョン変異に関連したヌクレオチドの隣接部位とで、β−グロブリン遺伝子配列と２本鎖形成を行う。単一のα−［３２Ｐ］ｄＮＴＰのみが添加されるプライマー伸長反応において、βＡアレルはｄＡＴＰの取り込みを、βＳアレルはｄＴＴＰの取り込みを促す。よって、プライマー伸長反応は、アレル特異的に、プライマーよりも一塩基分だけ長い標識化されたオリゴヌクレオチドを生じさせる。」（第１３頁第１７行〜第１４頁第４行）
（３−３）「プライマー伸長反応に使用するオリゴヌクレオチドの鎖長は、鋳型のヌクレオチドによりいっそう相補的である、あるいは、鋳型に対する相補性の程度は維持されていると同時に、プライマーの５'末端に対して鋳型とは無関係の付加的な相補的ヌクレオチドが付加されている、といったことにより様々なものであり得る。後者の場合においては、単一のゲルにおいて、複数のＡＳ−ＰＥ反応の解析が可能となる。複数かつ個々に独立のものであるＡＳ−ＰＥ伸長であっても、１回の反応により達成できる。」（第１４頁第５行〜第１３行）
　
３．当審の判断
（１）対比
　引用例１には、核酸配列のアレイについては明記されていないが、前記記載事項（１−８）及び（１−９）からみて、複数のアレルを同時検出するためには、支持体上に複数の核酸配列を配列又は整列させる、すなわちアレイを形成する必要があることは、当業者には自明であり、この点は、実質的に記載されているものと認められる。
　したがって、本願発明と引用例１に記載された発明とを比較すると、両者は、
「３'部分および５'部分を有する対立遺伝子特異的プライマーであって、
その３'部分は、標的配列に対して相補的であり、そして、
その５'部分は、前記標的配列とは異なる前もって選ばれた核酸配列であって、固相支持体上の固定化され、前もって選ばれた核酸配列のアレイ中の前もって選んだ場所に固定化されている核酸配列、に相補的である、
前記対立遺伝子特異的プライマー。」である点で一致するが、
（i）その３'部分が、前者においては、対立遺伝子特異的ヌクレオチドに隣接する標的核酸配列に対して相補的であって、対立遺伝子特異的ヌクレオチドに対応する部分のヌクレオチドは含んでいないのに対して、後者においては、検出対象である対立遺伝子特異的ヌクレオチドに対応する部分をも末端に含むものである点、
（ii）その５'部分が、前者においては、ランダムに生成された核酸配列であるのに対して、後者においては、特にそのように生成されるものとは特定されていない点、
（iii）前者においては、固定化され前もって選んだ核酸配列のそれぞれにおけるその長さ、塩基組成そしてそれぞれの塩基のパーセントは、その５'部分と前記前もって選んだ核酸配列との間でのハイブリダイゼーションを、前記固定化され前もって選んだ核酸配列のすべてに対して同一温度で行うことを可能にするために実質的に同一であるのに対して、後者では特にそのような特定がされていない点、
で相違する。
　
（２）本願発明の構成を想到することの容易性
　上記相違点について判断する。
●相違点（i）について
　引用例３には、その３'部分が、対立遺伝子特異的ヌクレオチドに隣接する標的核酸配列に対して相補的な核酸配列、すなわち対立遺伝子特異的ヌクレオチドに対応する部分のヌクレオチドを含まない核酸配列、からなるプライマーを用いて、いずれか１種のα−［３２Ｐ］ｄＮＴＰを用いて伸長反応を行うことにより、対立遺伝子特異的ヌクレオチドを同定することが記載されている。
　引用例１記載の発明及び引用例３記載の発明は、いずれも、標的核酸配列を鋳型とするプライマーの伸長反応を利用して、対立遺伝子特異的ヌクレオチドを同定するものであって、同一の技術分野に属するものである。したがって、対立遺伝子特異的ヌクレオチドの同定のために、引用例１に記載されたプライマーの３'部分として、引用例３に記載された対立遺伝子特異的ヌクレオチドに対応する部分のヌクレオチドを含まない前記プライマーを採用することは、当業者が容易に想到し得たことである。
　
　本件請求人は、前記プライマーを用いて得られる伸長産物を検出するために、引用例３においては、固相支持体ではなく、もっぱらゲル電気泳動を使用することのみを企図しており、また、前記プライマーの５'側にさらに核酸配列を連結して、その部分におけるハイブリダイゼーションを利用してそのプライマー伸長産物を検出するという技術思想についても、想定も示唆もしていないため、引用例３に記載されたプライマーにさらに核酸配列からなる尾部を付加するという構成を想到するための動機付けが何ら存在していない旨主張する。
　しかし、引用例３の記載からは、最終的な検出を固相支持体を用いて行うか、ゲル電気泳動を用いて行うかに関わりなく、引用例１と同様に、オリゴヌクレオチドの相補的な配列に対するハイブリダイゼーションを利用して、対立遺伝子特異的ヌクレオチドを同定するための方法に関する技術思想が把握できるものと認められる。そして、引用例３の前記プライマーやそれを用いる標識化の手法が、引用例１における同定方法には転用ができないという技術的困難性も特に認められない。
　また、引用例３に記載されたと同様の、対立遺伝子特異的ヌクレオチドに対応する部分のヌクレオチドを含まないプライマーと固相支持体を用いて対立遺伝子特異的ヌクレオチドを同定することは、周知技術でもある（参考文献１：GENOMICS, Vol.12, No.3, March 1992, p.590-595の特に図１、参考文献２：CLIN. CHEM., Vol.38, No.1, January 1992, p.39-43の特に図１を参照）。
　
●相違点（ii）について
　引用例１と同様に、標的核酸配列を鋳型とするプライマーの伸長反応を利用して対立遺伝子特異的ヌクレオチドを同定するための方法に関する技術を記載している引用例２には、ポリヌクレオチド末端を識別可能な固相に捕捉させるために、そのポリヌクレオチド配列として、ランダムに発生した配列のような、対立遺伝子特異的プライマーの分析物中の配列に対して相補的であるとは考えられないような配列を選択することが記載されている。したがって、引用例１に記載された対立遺伝子特異的プライマーにおける、固相支持体上に固定された核酸配列とハイブリダイズする５'部分の配列を、引用例２に記載されたものと同様に、ランダムに生成されたものとする程度のことは、当業者が容易に想到しうることである。
　
●相違点（iii）について
対立遺伝子特異的ヌクレオチドの同定方法は可能な限り簡便であって、その工程数もできるだけ少ない方が好ましいことは当業者にとり明らかである。そして、引用例１に記載されたように複数のアレルを同時に検査する際には、プライマーと固相支持体上に固定された相補的な核酸配列との間のハイブリダイゼーションを、同一温度条件下における１回の反応を行うだけで成し得るためには、ハイブリダイゼーションに影響を与える要素として周知のものである、核酸配列の長さ、塩基組成そしてそれぞれの塩基のパーセントが実質的に同一であるべきということも当業者には自明のものである。そして、そのような核酸配列の設計が本願優先日当時に、困難であったという事実も特段見出せないから、この点は、当業者の通常の創作能力の発揮にすぎない。
　
　なお、前もって選んだ複数の配列同士をハイブリダイズする際に、その配列として特に長さの相違するものをわざわざ選択する必要性はなく、実質的に同一の塩基長のものを選択することは、この点からも当業者にとってきわめて自然なことである。
　また、塩基組成及び塩基のパーセント（これは、本願明細書の実施例４の記載によれば、Ｇ＋Ｃ塩基含量を意味するものと認められる）については、Ｇ＋Ｃ塩基含量がハイブリダイゼーションにおける温度条件等に影響することは、本願優先日前に周知のことであり、プライマーの設計条件としてＧ＋Ｃ塩基含量を４５〜５５％程度の範囲とすることも知られていた（参考文献３：Nucleic Acids Res., Vol.18, No.7, April 1990, p.1757-1761の第1758頁左欄第１２行〜第１３行）。したがって、プライマーの５'部分の配列のＧ＋Ｃ塩基含量をなるべく揃えようとすることは、当業者であれば容易に想到しうることである。
　これらのことからも、プライマーに相補的な固相支持体上に固定された核酸配列のそれぞれにおけるその長さ、塩基組成そしてそれぞれの塩基のパーセントを実質的に同一とすることは、当業者が容易に行うことができたことと言わざるをえない。
　
（３）総合的判断
　また、本願発明が奏する効果は、引用例１乃至３及び周知技術から予測しうる程度のものにすぎない。
　したがって、本願発明は、引用例１乃至３に記載された発明及び周知技術に基づき、当業者が容易に発明をすることができたものである。
４．むすび
　以上のとおりであるから、本願の請求項１に係る発明は、引用例１乃至３に記載された発明及び本願優先日当時の周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。