【手続補正書】
【提出日】平成21年11月13日(2009.11.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト標的細胞を核型分析して、その標的細胞内の染色体不均衡を検出する方法であって、
（ａ）標的細胞の染色体にまたがって、密接に隣接する二対立遺伝子（biallelic）ＳＮＰを問い合わせる（interrogate）工程と、
（ｂ）父系および母系の染色体のＳＮＰハプロタイプと（ａ）の結果とを比較して、父系由来および母系由来の標的細胞染色体の概念上のハプロタイプをアセンブルする工程と、
（ｃ）父系由来および母系由来の標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハプロタイプを評価して、この標的細胞における染色体の異数性を検出する工程と
を含み、
父系由来および母系由来の標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハプロタイプが、工程（ｂ）において、以下
（ｉ）インフォーマティブな（informative）ＳＮＰ対立遺伝子であって、標的細胞中の染色体が由来するのは、４つの父系および母系の染色体のうちのどの１つであるかを肯定的に同定するか、または標的細胞における１対の染色体が由来するのはどの父系染色体、そしてどの母系染色体であるかを肯定的に同定する、前記インフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子を用いてアセンブルされる、前記方法。
【請求項２】
父系由来および母系由来の標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハプロタイプが、工程（ｂ）において、以下
（ｉ）インフォーマティブな（informative）ＳＮＰ対立遺伝子であって、標的細胞中の染色体が由来するのは、４つの父系および母系の染色体のうちのどの１つであるかを肯定的に同定するか、または標的細胞における１対の染色体が由来するのはどの父系染色体、そしてどの母系染色体であるかを肯定的に同定する、前記インフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子、ならびに、
（ｉｉ）セミインフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子であって、標的細胞における１対の染色体が由来するのは、父系および母系の染色体の４つの可能なペアワイズ組み合わせのうち２つの可能な組み合わせのどれであるかを肯定的に同定する、前記セミインフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子
を用いてアセンブルされる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
（ｉ）Ｘ、Ｙ、２２、２１、１８、１６および１３からなる群より選択される染色体のうち少なくとも２、３、４、５、６もしくは７が問い合わされるか、または
（ｉｉ）２４の全ての染色体が問い合わされる、
請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
標的細胞における染色体の異数性が、工程（ｃ）において以下
（ｃ１）父系由来および母系由来の標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハロタイプを評価し、それによって各々の染色体を、組み換え体または非組み換え体として、および／または０、１またはそれ以上のコピーが存在するとして割り当てる工程と、
（ｃ２）標的細胞における染色体の異数性を推定する工程であって、工程（ｃ１）が、父系由来および母系由来の染色体の不均衡を示す前記工程と、
によって検出される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
標的細胞における染色体が非組み換え体と同定され、その概念上のＳＮＰハプロタイプの結果が、以下
（ｉ）染色体の長さに沿って、２つの父系染色体のうちの１つの、または２つの母系染色体のうちの１つのＳＮＰ対立遺伝子に対して同一であるそのＳＮＰ対立遺伝子
（ｉｉ）２つの父系または母系の染色体のどちらかの（alternative）ＳＮＰ対立遺伝子の不在、
と一致し、
標的細胞における染色体が、組み換え体として同定され、その概念上のＳＮＰハプロタイプの結果が、２つの染色体の間の正常な組み換えと一致する１つまたはそれ以上の交互のセグメントにおいて２つの父系染色体の両方または２つの母系染色体の両方のＳＮＰ対立遺伝子に対応する、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハプロタイプが、２つの父系染色体の両方または２つの母系染色体の両方の存在を、２つの染色体の間の正常な組み換えと一致しないパターンおよび／または頻度で示し、前記細胞が、関連の染色体または染色体セグメントの全てまたは一部について三染色体性であると推定される、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
正常な組み換えとの一致が、第一の減数分裂の間の２つの父系染色体または２つの母系染色体の、特定の隣接するインフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子の間の正常な組み換えの統計的な尤度（likelihood）に基づいて評価され、
統計的な尤度が、以下の基準
（ｉ）特定の父系または母系の染色体についての組み換え事象の平均数、
（ｉｉ）各々の染色体アーム上の明白な組み換え事象間の距離、並びに互いに対する、セントロメアに対するおよびテロメアに対する前記組み換え事象の位置のうちの１つまたはそれ以上に基づいて評価される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハプロタイプが、
（ｉ）父系由来の１染色体および母系由来の１染色体の存在を示し、前記細胞が、関連の染色体に関して正常な二倍体であると推定される、または
（ｉｉ）父系由来および母系由来の任意の染色体または染色体セグメントの不在を示し、前記細胞が、関連の染色体または染色体セグメントについて零染色体性（nullsomic）であると推定される、または
（ｉｉｉ）父系由来または母系由来のいずれか由来であるがただし両方由来ではない染色体または染色体セグメントの不在を示し、前記細胞が、関連の染色体または染色体セグメントについて一染色体性であると推定される、
請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
問い合わされたＳＮＰの間の平均距離が、０．１、０．２、０．３、０．４または０．５ｋｂ未満であるか、あるいは０．１、０．２、０．３、０．４または０．５ｃＭ未満である、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
問い合わされたＳＮＰ対立遺伝子の定量化の工程をさらに含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
（ｉ）標的細胞の概念上のＳＮＰハプロタイプと、父系染色体および母系染色体のＳＮＰ対立遺伝子および１つまたはそれ以上の罹患した兄弟姉妹（affected siblings）とを比較して、標的細胞における疾患を連鎖によって診断することによって、標的細胞における遺伝性の遺伝子疾患の存在を診断する工程、および／または
（ｉｉ）標的細胞における一般的な疾患またはガンに対する感受性を、概念上のＳＮＰハロタイプと前記疾患が関連していることが公知のハロタイプとを比較することによって診断する工程
をさらに含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
父系および母系の染色体のＳＮＰハロタイプが、全ゲノム増幅後の体外受精（ＩＶＦ）後に兄弟姉妹（sibling）の受精胚から取り出された細胞のＳＮＰハロタイプの分析に由来するか、または全ゲノム増幅後の複数の単一の親ハプロイド配偶子の分析に由来する、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
標的細胞が、哺乳動物胚から提供されている、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
哺乳動物胚がＩＶＦから生じている、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
胚が着床前の胚（pre-implantation embryo）である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
１、２、３、４もしくは５つ、または少なくとも１、２、３、４もしくは５つの標的細胞が提供され、かつ試験される、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ＳＮＰ問い合わせの前に全ゲノム増幅が先行する、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
ＳＮＰ問い合わせが、オリゴヌクレオチドチップの手段によって行われる、請求項１から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
コンピュータ使用可能な媒体であって、コンピュータが、請求項１から１８のいずれかに記載の方法を実行して標的細胞における異数性または染色体組み換えを決定するようにさせるために、その媒体上に記憶されたコンピュータ読み取り可能なプログラムコードを有する、前記媒体。
【請求項２０】
コンピュータ使用可能な媒体であって、コンピュータが、ある方法を実行して標的細胞における異数性または染色体組み換えを決定するようにさせるために、その媒体上に記憶されたコンピュータ読み取り可能なプログラムコードを有し、前記方法が、
（ａ）標的細胞の染色体に存在する複数の密接に隣接する二対立遺伝子のＳＮＰ遺伝子座から得られる遺伝子型データを含むデータベースにアクセスする工程と、
（ｂ）対応する父系および母系の染色体のＳＮＰハプロタイプデータを含むデータベースにアクセスする工程と、
（ｃ）工程（ａ）のデータベース由来の標的細胞ＳＮＰデータと、工程（ｂ）のデータベース由来のＳＮＰハプロタイプデータとを比較して、父系由来および母系由来の標的細胞染色体の概念上のハプロタイプ領域をアセンブルする工程と、
（ｄ）父系由来および母系由来の標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハプロタイプを評価して、標的細胞における染色体の異数性または染色体組み換えを決定する工程と、
を含む、前記媒体。
【請求項２１】
工程（ｂ）におけるデータベースの「ｘ」ＳＮＰの各々のＳＮＰ遺伝子座が、４つの親ＳＮＰ対立遺伝子の１６の組み合わせのうちどれがその遺伝子座に存在するかに従って、「ｎ」の値を割り当てられ、かつ工程（ｃ）が、その遺伝子座で概念上のハプロタイプを、
（ｉ）工程（ａ）のデータベース由来のその遺伝子座における二対立遺伝子ＳＮＰについての遺伝子型データおよび
（ｉｉ）工程（ｂ）のデータベース由来のその遺伝子座における「ｎ」の値と、
（ｉｉｉ）染色体に由来する表と
を比較することによってアセンブルする工程、
およびそれによって標的細胞染色体の遺伝子座を父系または母系の染色体に由来するように割り当てる工程を含む、請求項２０に記載のコンピュータ使用可能な媒体。
【請求項２２】
父系由来および母系由来の標的細胞染色体の領域の概念上のＳＮＰハプロタイプが、工程（ｂ）におけるデータベース由来の「ｘ」ＳＮＰ遺伝子座のサブセットを用いてアセンブルされ、このサブセットが以下
（ｉ）インフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子であって、標的細胞中の染色体が由来するのは、４つの父系および母系の染色体のうちのどの１つであるかを肯定的に同定するか、または標的細胞中における１対の染色体が由来するのは、どの父系染色体、そしてどの母系染色体であるかを肯定的に同定する、前記インフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子、
からなり、
肯定的および否定的なインフォーマティブなＳＮＰの閾値数が設定され、かつこの数が超えられる場合にのみ核型が決定される、請求項２０または２１に記載のコンピュータ使用可能な媒体。
【請求項２３】
サブセットが以下
（ｉ）インフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子であって、標的細胞中の染色体が由来するのは、４つの父系および母系の染色体のうちのどの１つであるかを肯定的に同定するか、または標的細胞中における１対の染色体が由来するのは、どの父系染色体、そしてどの母系染色体であるかを肯定的に同定する、前記インフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子、ならびに、
（ｉｉ）セミインフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子であって、標的細胞における１対の染色体が由来するのは、父系および母系の染色体の４つの可能なペアワイズ組み合わせのうち２つの可能な組み合わせのどれであるかを肯定的に同定する、前記セミインフォーマティブなＳＮＰ対立遺伝子
からなる、請求項２２に記載のコンピュータ使用可能な媒体。
【請求項２４】
肯定的および否定的なインフォーマティブおよびセミインフォーマティブなＳＮＰの閾値数が設定され、かつこの数が超えられる場合にのみ核型が決定される、請求項２２に記載のコンピュータ使用可能な媒体。
【請求項２５】
標的細胞における染色体は、その概念上のＳＮＰハプロタイプの結果が、以下
（ｉ）染色体の長さに沿って、２つの父系染色体のうちの１つの、または２つの母系染色体のうちの１つのＳＮＰ対立遺伝子に対して同一であるそのＳＮＰ対立遺伝子、および
（ｉｉ）２つの父系または母系の染色体のどちらかの（alternative）ＳＮＰ対立遺伝子の不在、
と一致する場合、非組み換え体と同定され、
標的細胞における染色体は、その概念上のＳＮＰハプロタイプの結果が、２つの染色体の間の正常な組み換えと一致する１つまたはそれ以上の交互のセグメントにおいて２つの父系染色体の両方または２つの母系染色体の両方のＳＮＰ対立遺伝子に対応する場合、組み換え体として同定される、請求項２０から２４のいずれか一項に記載のコンピュータ使用可能な媒体。
【請求項２６】
（ｉ）２つの父系染色体の両方または２つの母系染色体の両方の存在を、２つの染色体の間の正常な組み換えと一致しないパターンおよび／または頻度で、標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハプロタイプが示している場合、標的細胞の染色体が、染色体について三染色体性であると同定される、
（ｉｉ）標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハプロタイプが父系由来および母系由来の両方の染色体またはそのセグメントの不在を示している場合、標的細胞における染色体がその染色体について零染色体性として同定される、
（ｉｉｉ）標的細胞染色体の概念上のＳＮＰハプロタイプが父系由来および母系由来だが両方ではない染色体またはそのセグメントの不在を示している場合、標的細胞における染色体がその染色体について一染色体性として同定される、請求項２０から２５のいずれか一項に記載のコンピュータ読み取り可能な媒体。
【請求項２７】
標的細胞を核型分析して、その中の染色体不均衡を検出するためのシステムであって、
以下
（ｉ）標的細胞の染色体にまたがって、密接に隣接する二対立遺伝子ＳＮＰを問い合わせるための手段であって、該手段がオリゴヌクレオチドチップである手段と、
（ｉｉ）請求項１から１８のいずれかに記載の方法を実行するようにプログラムされるか、または請求項１９から２６のいずれか一項に記載のコンピュータ使用可能な媒体でプログラムされる、コンピュータとを含む、前記システム。