【手続補正書】
【提出日】平成21年12月7日(2009.12.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体が全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）であるかどうかを決定する方法であって：
患者のトランスクリプトームを得；
１もしくは複数の転写モジュールに基づきトランスクリプトームを採点（ｓｃｏｒｅ）し；そして
患者の疾患または状態を、ＳＬＥの表示である１もしくは複数の転写モジュールのトランスクリプトーム内の遺伝子の発現の存在、不存在またはレベルに基づき決定する、
工程を含んでなる上記方法。
【請求項２】
転写モジュールが：
疾患または状態毎に合う各クラスターからそのモジュールについての遺伝子を選択し
；
選択した遺伝子を分析から除き；そして
疾患または状態のサブフラクションにクラスターをなす遺伝子について、遺伝子発現
値を選択する工程を繰り返す、
ことにより１もしくは複数の転写モジュールに関する遺伝子発現値を反復して選択し；そして
すべての遺伝子クラスターが使用し尽されるまで、各クラスターについてモジュールの作成を繰り返し反復する、
ことにより得られる請求項１に記載の方法。
【請求項３】
クラスターが発現値クラスター、キーワードクラスター、代謝クラスター、疾患クラスター、感染クラスター、移植クラスター、シグナル伝達クラスター、転写クラスター、複製クラスター、細胞サイクルクラスター、ｓｉＲＮＡクラスター、ｍｉＲＮＡクラスター、ミトコンドリアクラスター、Ｔ細胞クラスター、Ｂ細胞クラスター、サイトカインクラスター、リンホカインクラスター、熱ショッククラスターおよびその組み合わせから選択される請求項２に記載の方法。
【請求項４】
患者がヒトＳＬＥ患者である請求項１に記載の方法。
【請求項５】
患者の自己免疫または慢性炎症疾患を診断またはモニタリングする方法であって、免疫グロブリン、好中球、インターフェロン、Ｔ細胞およびリボソームタンパク質から選択される遺伝子を含む２以上の遺伝子モジュールの発現レベルを検出することを含んでなる上記方法。
【請求項６】
１もしくは複数の遺伝子が：
Ｍ１．７    ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログ
ロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んで
なる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：
Ｍ２．２    ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性
増加タンパク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）
を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；
Ｍ２．４    ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ
）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる
１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：
Ｍ２．８    ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシン
ベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ，ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質
ｍａｌ，ＧＡＴＡ３およびＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細
胞表面マーカー遺伝子；
および
Ｍ３．１    抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２Ａ
Ｋ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０
）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ
）を含んでなる１もしくは複数のインターフェロン−誘導性遺伝子：
から選択される請求項５に記載の方法。
【請求項７】
疾患が全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を含んでなる請求項５に記載の方法。
【請求項８】
分析されるモジュールがさらに、Ｍ１．１、Ｍ１．７、Ｍ２．１、Ｍ２．２、Ｍ２．３、Ｍ２．４、Ｍ２．５、Ｍ２．６、Ｍ２．７、Ｍ２．８および／またはＭ３．１として列挙されるモジュールでここに列挙される遺伝子を含んでなる請求項５に記載の方法。
【請求項９】
分析されるモジュールが以下の：
第１モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：Ｈｓ．４０６６８３；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．３７４５５３；Ｈｓ．４４８２２６；Ｈｓ．３８１１７２；Ｈｓ．５３４２５５；Ｈｓ．４０６６２０；Ｈｓ．５３４２５５；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．１３６９０５；Ｈｓ．５４６３９４；Ｈｓ．４１９４６３；Ｈｓ．５３０８；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．３８７８０４；Ｈｓ．５４６２８６；Ｈｓ．３００１４１；Ｈｓ．３５６３６６；Ｈｓ．４３３４２７；Ｈｓ．５３３６２４；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．３７０５０４；Ｈｓ．４３３７０１；Ｈｓ．１５３１７７；Ｈｓ．１５０５８０；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．３５６７９４；Ｈｓ．４１９４６３；Ｈｓ．４３３４２７；Ｈｓ．４６９４７３；Ｈｓ．３８０９５３；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．４２１２５７；Ｈｓ．４０８０５４；Ｈｓ．４３３５２９；Ｈｓ．４５８４７６；Ｈｓ．４３９５５２；Ｈｓ．１５６３６７；Ｈｓ．５４６２９１；Ｈｓ．５４６２９０；Ｈｓ．５１４５８１；Ｈｓ．１４４８３５；Ｈｓ．４３９５５２；Ｈｓ．３５６５０２；Ｈｓ．３９７６０９；Ｈｓ．４４６６２８；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．２６５１７４；Ｈｓ．４２５１２５；Ｈｓ．３７４５９６；Ｈｓ．３８１１２６；Ｈｓ．３８１０６１；Ｈｓ．４０６６２０；Ｈｓ．５３３９７７；Ｈｓ．４４７６００；Ｈｓ．１４８３４０；Ｈｓ．４２１９０７；Ｈｓ．４４８２２６；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４３３４２７；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．８１０２；Ｈｓ．４４６６２８；Ｈｓ．３５６５７２；Ｈｓ．３８１１２３；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．４０８０５４；Ｈｓ．４８３８７７；Ｈｓ．３８６３８４；Ｈｓ．３３７７６６；Ｈｓ．４０８０７３；Ｈｓ．５４６２８９；Ｈｓ．３７４５９６；Ｈｓ．５１２１９９；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４９９８３９；Ｈｓ．４４６５８８；Ｈｓ．３５６５７２；Ｈｓ．３９７６０９；Ｈｓ．３５６５７２；Ｈｓ．１４４８３５；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．５３４８３３；Ｈｓ．３７４５８８；Ｈｓ．１４４８３５；Ｈｓ．８０５４５；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．４００２９５；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４０８０７３；Ｈｓ．４１２３７０；
Ｈｓ．４０１９２９；Ｈｓ．４２５１２５；Ｈｓ．３７４５８８；Ｈｓ．３７４５８８；Ｈｓ．３５６３６６；Ｈｓ．１８６３５０；およびＨｓ．１８６３５０；および
第２モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：Ｈｓ．５１３７１１；Ｈｓ．３７５１０８；Ｈｓ．１７６６２６；Ｈｓ．２９６２；Ｈｓ．４１；Ｈｓ．９９８６３；Ｈｓ．５３００４９；Ｈｓ．５１１２０；Ｈｓ．４８００４２；Ｈｓ．３６９７７；Ｈｓ．２９４１７６；Ｈｓ．５２９０１９；Ｈｓ．２５８２；Ｈｓ．５５０８５３；Ｈｓ．５２９５１７；Ｈｓ．２０４２３８；および；
第３モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：  Ｈｓ．５１８８２７；Ｈｓ．８１０２；Ｈｓ．１９０９６８；Ｈｓ．５０８２６６；Ｈｓ．５２３９１３；Ｈｓ．４３７５９４；Ｈｓ．５１５５９８；Ｈｓ．５４７８０；Ｈｓ．５３４３８４；Ｈｓ．５２７１０５；Ｈｓ．５２２８８５；Ｈｓ．４６２３４１；Ｈｓ．１２７６１０；Ｈｓ．４０８０１８；Ｈｓ．３８１２１９；Ｈｓ．６９１７；Ｈｓ．１０９７９８；Ｈｓ．４９７５８１；Ｈｓ．３６９７２８；Ｈｓ．４３２４８５；Ｈｓ．３１４３５９；Ｈｓ．４０９１４０；Ｈｓ．５２９７９８；Ｈｓ．４７７０２８；Ｈｓ．１０７００３；Ｈｓ．５２８６６８；Ｈｓ．３１４３５９；Ｈｓ．６９１７；Ｈｓ．３３３１２０；Ｈｓ．５００８２２；Ｈｓ．１３１２５５；Ｈｓ．４６９９２５；Ｈｓ．４１０８１７；Ｈｓ．２７７５１７；Ｈｓ．５２９６３１；Ｈｓ．３６７９００；Ｈｓ．４０８０５４；Ｈｓ．４６７２８４；Ｈｓ．１１１０９９；Ｈｓ．３７８１０３；Ｈｓ．１０８３３２；Ｈｓ．３９７６０９；Ｈｓ．８０５４５；Ｈｓ．５２９６３１；Ｈｓ．４７２５５８；Ｈｓ．５１９４５２；Ｈｓ．５１６０２３；Ｈｓ．４３８４２９；Ｈｓ．５１５４７２；Ｈｓ．５１２６７５；Ｈｓ．４３８４２９；Ｈｓ．３１４３５９；Ｈｓ．７５０５６；Ｈｓ．４８２５２６；Ｈｓ．３３３３８８；Ｈｓ．４８３３０５；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．２８８８５６；Ｈｓ．５４６２８８；Ｈｓ．４８３３０５；Ｈｓ．５３４３４６；Ｈｓ．５２８４３５；Ｈｓ．３８１２１９；Ｈｓ．４６９９２５；Ｈｓ．１７２７９１；Ｈｓ．１９０９６８；Ｈｓ．１８２８２５；Ｈｓ．４９２５９９；Ｈｓ．４０６６２０；Ｈｓ．５４９１３０；Ｈｓ．５３２３５９；Ｈｓ．５３４３４６；Ｈｓ．４２１２５７；Ｈｓ．５１１８３１；Ｈｓ．３８０９２０；Ｈｓ．３１１６４０；Ｈｓ．５４６３５６；Ｈｓ．１１９５９８；Ｈｓ．４０５５９０；Ｈｓ．１７８５５１；Ｈｓ．４９９８３９；Ｈｓ．１４８３４０；Ｈｓ．４８３３０５；Ｈｓ．５０５７３５；Ｈｓ．３８１２１９；Ｈｓ．２９９００２；Ｈｓ．５３２３５９；Ｈｓ．５６６２；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．４０８０７３；Ｈｓ．５１５０７０；Ｈｓ．４４８２２６；Ｈｓ．５１５３２９；Ｈｓ．５１１５８２；Ｈｓ．４２１６０８；Ｈｓ．１８６３５０；Ｈｓ．５２９７９８；およびＨｓ．２９４０９４；および；
第４モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：Ｈｓ．３９７８９１；Ｈｓ．４３８８０１；Ｈｓ．１２５０３６；Ｈｓ．２１０８９１；Ｈｓ．２２０６２９；Ｈｓ．３７６２０８；Ｈｓ．３１６９３１；Ｈｓ．１９６９８１；Ｈｓ．２７１２７２；Ｈｓ．３９７８９１；Ｈｓ．７９４６；Ｈｓ．５０５３２６；Ｈｓ．３６９５８１；Ｈｓ．５８６８５；Ｈｓ．７２３６；Ｈｓ．１７１０９；Ｈｓ．４９１４３；Ｈｓ．５０５８０６；Ｈｓ．６０３３９；Ｈｓ．１３２６２；Ｈｓ．２２３８０；Ｈｓ．２３３０４４；Ｈｓ．１３３３９７；Ｈｓ．４４５４８９；Ｈｓ．６０３３９；Ｈｓ．４２８２１４；Ｈｓ．４３１４９８；Ｈｓ．５３３９９４；Ｈｓ．５３３９９４；Ｈｓ．４９８３１７；Ｈｓ．５３３９９４；Ｈｓ．５１７７１７；Ｈｓ．１７３１３５；Ｈｓ．５２２６７９；Ｈｓ．４４６１４９；Ｈｓ．５２５７００；Ｈｓ．５１９５８０；Ｈｓ．４８１７０４；Ｈｓ．３７９４１４；Ｈｓ．１２５０３６；Ｈｓ．４４０７７６；Ｈｓ．４７５６０２；Ｈｓ．１７３１３５；Ｈｓ．４８１７０４；Ｈｓ．１６７０８７；Ｈｓ．１４２０２３；Ｈｓ．５２４１３４；Ｈｓ．９８３０９；Ｈｓ．４３３７００；Ｈｓ．４８０８３７；Ｈｓ．５０１９；Ｈｓ．５２５７００；Ｈｓ．９４２２９；Ｈｓ．４４６１４９；Ｈｓ．５０２７１０；および
第５モジュールは以下の遺伝子または遺伝子断片の１もしくは複数を含む：：Ｈｓ．２７６９２５；Ｈｓ．９８２５９；Ｈｓ．４７８２７５；Ｈｓ．２７３３３０；Ｈｓ．１７
５１２０；Ｈｓ．１９０６２２；Ｈｓ．１７５１２０；Ｈｓ．４１５５３４；Ｈｓ．６２６６１；Ｈｓ．３４４８１２；Ｈｓ．１４５１５０；Ｈｓ．５１４８；Ｈｓ．３０２１２３；Ｈｓ．６５６４１；Ｈｓ．６２６６１；Ｈｓ．８６７２４；Ｈｓ．１２０３２３；Ｈｓ．３７０５１５；Ｈｓ．２９１０００；Ｈｓ．６２６６１；Ｈｓ．１１８１１０；Ｈｓ．１３１４３１；Ｈｓ．４６４４１９；Ｈｓ．６５６４１；Ｈｓ．１４５１５０；Ｈｓ．４１５５３４；Ｈｓ．５４４８３；Ｈｓ．５２０１０２；Ｈｓ．４１４５７９；Ｈｓ．１９０６２２；Ｈｓ．３７４９５０；Ｈｓ．４７８２７５；Ｈｓ．３６９０３９；Ｈｓ．２２９９８８；Ｈｓ．４５８４１４；Ｈｓ．４２５７７７；Ｈｓ．５３１３１４；Ｈｓ．３５２０１８；Ｈｓ．５２６４６４；Ｈｓ．４７０９４３；Ｈｓ．５１４５３５；Ｈｓ．４８７９３３；Ｈｓ．４８１１４３；Ｈｓ．２１７４８４；Ｈｓ．５２４１１７；Ｈｓ．１３７００７；Ｈｓ．４５８４１４；Ｈｓ．３７４６５０；Ｈｓ．４７０９４３；Ｈｓ．５０８４２；Ｈｓ．１１８６３３；Ｈｓ．１３０７５９；Ｈｓ．３８４５９８；Ｈｓ．５２４７６０；Ｈｓ．４４１９７５；Ｈｓ．５３０５９５；Ｈｓ．５４６４６７；Ｈｓ．５２９３１７；Ｈｓ．１７５６８７；Ｈｓ．１１２４２０；Ｈｓ．１７０６；Ｈｓ．５２３８４７；Ｈｓ．３８８７３３；Ｈｓ．１６３１７３；Ｈｓ．４７０９４３；Ｈｓ．４８１１４１；Ｈｓ．１７１４２６；Ｈｓ．１７４１９５；Ｈｓ．５１８２０１；Ｈｓ．１１８６３３；Ｈｓ．４８９１１８；Ｈｓ．４８９１１８；Ｈｓ．１９３８４２；Ｈｓ．５５１５１６；Ｈｓ．５１８２０３；Ｈｓ．３７１７９４；Ｈｓ．５２９３１７；Ｈｓ．１９５６４２；Ｈｓ．１２３４１；Ｈｓ．４１４３３２；Ｈｓ．５２４７６０；Ｈｓ．４７９２６４；Ｈｓ．５０１７７８；Ｈｓ．４１４３３２；Ｈｓ．１２６４６；Ｈｓ．５１８２００；Ｈｓ．４４１９７５；Ｈｓ．４４１９７５；Ｈｓ．４３７６０９；Ｈｓ．１３０７５９；Ｈｓ．８２３１６；Ｈｓ．５１８２００；Ｈｓ．４５８４８５；Ｈｓ．３１８６９；Ｈｓ．１６６１２０；Ｈｓ．５４９０４１；Ｈｓ．１７５１８；Ｈｓ．５４６４６７；Ｈｓ．５１７３０７；Ｈｓ．５４９０４１；Ｈｓ．５２８６３４；Ｈｓ．３８９７２４；Ｈｓ．５４６５２３；Ｈｓ．８２３１６；Ｈｓ．７１５５；Ｈｓ．５２１９０３；Ｈｓ．２６６６３；Ｈｓ．１２０３２３；およびＨｓ．９２６の各々から選択される１もしくは複数の遺伝子を含んでなる、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んでなる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：
ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性増加タンパク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；
ＲＰＬｓ、ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：
ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシンベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ，ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質ｍａｌ，ＧＡＴＡ３およびＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細胞表面マーカー遺伝子；および
抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２ＡＫ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ）を含んでなる１もしくは複数のインターフェロン−誘導性遺伝子：
からなる群から選択される１もしくは複数の遺伝子プローブを含んでなり、自己免疫疾患、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶の間を識別するために十分な疾患分析ツール。
【請求項１１】
１もしくは複数の転写モジュールの代表である遺伝子の組み合わせを含んでなるカスタマイズされた遺伝子アレイを含んでなり、カスタマイズされた遺伝子アレイと接触する患者のトランスクリプトームがＳＬＥの予知となる予知遺伝子アレイ。
【請求項１２】
ＳＬＥに関する治療に対する患者の応答がモニタリングされる、請求項１１に記載のアレイ。
【請求項１３】
アレイが自己免疫疾患、ウイルス感染バクテリア感染、癌および移植拒絶の間を識別できる請求項１１に記載のアレイ。
【請求項１４】
アレイが２以上の転写モジュールに組織化されている請求項１１に記載のアレイ。
【請求項１５】
アレイが：
【表１】
2009518041.tif 000001
【表２】
2009518041.tif 000002
【表３】
2009518041.tif 000003
から選択される１もしくは複数のサブモジュールを含んでなる３以上の転写モジュールに組織化され、ここで１もしくは複数の遺伝子に特異的に結合するプローブが、３以上のモジュール内から選択され、そして全身性エリテマトーデスの表示である請求項１１に記載のアレイ。
【請求項１６】
臨床試験の患者を選択するための方法であって：
予想される患者のトランスクリプトームを得；
トランスクリプトームを、臨床試験で処置される疾患または状態の表示となる１もしくは複数の転写モジュールに対して比較し；そして
患者が臨床試験の良い候補となる見込を、臨床試験での成功と相関する１もしくは複数の転写モジュール内の患者のトランスクリプトームで発現される１もしくは複数の遺伝子の存在、不存在またはレベルに基づき決定する、
工程を含んでなる上記方法。
【請求項１７】
各モジュールがサンプル中の転写産物の比率の和と相関するベクターを含んでなる、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
各モジュールがベクターを含んでなり、そして１もしくは複数の疾患または状態がこの１もしくは複数のベクターと関連する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
各モジュールが、各モジュール内の１もしくは複数の遺伝子の発現レベルと相関するベクターを含んでなる、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
各モジュールがベクターを含んでなり、そして選択されるモジュールが：  
転写モジュール
ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んでなる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：
ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性増加タンパク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；
ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：
ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシンベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ，ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質ｍａｌ，ＧＡＴＡ３およびＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細胞表面マーカー遺伝子；
抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２ＡＫ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ）を含んでなる１もしくは複数のインターフェロン−誘導性遺伝子：
およびその組み合わせであり、転写モジュールがＳＬＥ患者を他の患者と区別するために使用される、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
固体支持体上に固定化された核酸プローブのアレイであり、１もしくは複数の疾患の間を識別するために差次的に発現する遺伝子を十分な比率で提供する１もしくは複数のモジュールから十分なプローブを含んでなり、プローブが表４から選択される上記アレイ。
【請求項２２】
ＳＬＥの予知となるプローブの組み合わせを含んでなり、そしてプローブが：
転写モジュール
ＭＨＣクラスＩ分子：ＨＬＡ−Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｇ，Ｅ）＋ベータ２−ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、リボゾームタンパク質：ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓを含んでなる１もしくは複数のＭＨＣ／リボゾーム遺伝子：
ラクトトランスフェリン：ＬＴＦ、デフェンシン：ＤＥＡＦ１、細菌透過性増加タンパ
ク質（ＢＰＩ）、カセリシジン抗微生物タンパク質（ＣＡＭＰ）を含んでなる１もしくは複数の好中球遺伝子；
ＲＰＬｓ，ＲＰＳｓ、真核生物翻訳伸長因子ファミリーメンバー（ＥＥＦｓ）、核小体タンパク質：ＮＰＭ１，ＮＯＡＬ２，ＮＡＰ１Ｌ１を含んでなる１もしくは複数のリボゾームタンパク質遺伝子：
ＣＤ５，ＣＤ６，ＣＤ７，ＣＤ２６，ＣＤ２８，ＣＤ９６、リンホトキシンベータ、ＩＬ２−誘導性Ｔ細胞キナーゼ，ＴＣＦ７，Ｔ細胞分化タンパク質ｍａｌ，ＧＡＴＡ３およびＳＴＡＴ５Ｂを含んでなる１もしくは複数のＴ細胞表面マーカー遺伝子；
抗ウイルス分子（ＯＡＳ１／２／３／Ｌ，ＧＢＰ１，Ｇ１Ｐ２，ＥＩＦ２ＡＫ２／ＰＫＲ，ＭＸ１，ＰＭＬ）、ケモカイン（ＣＸＣＬ１０／ＩＰ−１０）、シグナル伝達分子（ＳＴＡＴ１，ＳＴＡｔ２，ＩＲＦ７，ＩＳＧＦ３Ｇ）を含んでなる１もしくは複数のインターフェロン−誘導性遺伝子：
から選択されるカスタマイズされた遺伝子アレイを含んでなる予知遺伝子アレイ。