【手続補正書】
【提出日】平成22年7月7日(2010.7.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
HPVの株を検出するための、および／またはHPVの2つまたはそれより多い株を識別するためのビーズセットであって、
（a）それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット；または
（b）ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット；または
（c）該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセットを含み；かつここで、
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーまたはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的なHPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、ビーズセット。
【請求項２】
ビーズサイズが、3.0μm、3.5μm、4.1μm、5.0μm、5.6μm、および6.8μmからなる群より選択される、請求項1記載のビーズセット。
【請求項３】
ビーズサイズが、3.0μm、3.5μm、3.77μm、5.0μm、5.6μm、および6.8μmからなる群より選択される、請求項1記載のビーズセット。
【請求項４】
標識されたビーズが、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、カスケードブルー、ルシファーイエロー、NBD、フィクエリトリン(Phyccerythrin, PE)、PerCP、アロフィコシアニン、ヘキスト33342、DAP1、SYTOXブルー、ヘキスト33258、クロモマイシンA3、ミトラマイシン、YOYO-1、SYTOXグリーン、SYTOXオレンジ、7-AAD、アクリジンオレンジ、TOTO-1、To-PRO-1、チアゾールオレンジ、TOTO-3、TO-PRO-3、LDS 751、Alexa Fluro-350、Alexa Fluro-430、Alexa Fluro-488、Alexa Fluro-532、Alexa Fluro-546、Alexa Fluro-555、Alexa Fluro-556、Alexa Fluro-594、Alexa Fluro-633、Alexa Fluro-647、Alexa Fluro-660、Alexa Fluro-680、Alexa Fluro-700、およびAlexa Fluro-750、BoDipy 630/650およびBoDipy 650/665、CY色素Cy2、Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy5.5、およびCy7、6-FAM（フルオレセイン）、PE-Cy5、PE-Cy7、フルオレセインdT、ヘキサクロロフルオレセイン（Hex）、6-カルボキシ-4',5'-ジクロロ-2',7'-ジメトキシフルオレセイン（JOE）、オレゴングリーン色素488-Xおよび514、ローダミン色素X-ローダミン、リサミンローダミンB、ローダミングリーン、ローダミンレッド、およびROX、TRITC、テトラメチルローダミン（TMR）、カルボキシテトラメチルローダミン（TAMRA）、テトラクロロフルオレセイン（TET）、Red 6B、FluorX、BODIPY-FL、SYBRグリーンI色素、ならびにテキサスレッドからなる群より選択される蛍光色素によって標識されている、請求項1〜3のいずれか1項記載のビーズセット。
【請求項５】
標識されたビーズがTMRによって標識されている、請求項4記載のビーズセット。
【請求項６】
2〜17種類のビーズファミリーを含む、請求項1記載のビーズセット。
【請求項７】
17種類のビーズファミリーを含む、請求項1〜6のいずれか1項記載のビーズセット。
【請求項８】
2つまたはそれより多いHPV株が、株6、11、16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、および68より選択される、請求項1記載のビーズセット。
【請求項９】
核酸捕捉プローブが表2の配列表から選択される、請求項1記載のビーズセット。
【請求項１０】
HPV株の検出、および／または2つまたはそれより多いHPV株の識別において用いるためのビーズセットを調製する方法であって、
（a）それぞれのビーズサブセットが、少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット；または
（b）ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット；または
（c）該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を提供する工程を含む、サイズ、蛍光強度、または両方に基づいて複数のビーズファミリーまたはサブセットを選択する工程であって、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、工程；ならびに
フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーまたはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、特異的HPV株の特定を可能にするビーズセットを生成するために少なくとも2つのビーズファミリーまたは少なくとも2つのビーズサブセットを混合する工程
を含む、方法。
【請求項１１】
（i）HPVを含むと推定されるヒト被験体から得られた生物試料から核酸を単離する工程；
（ii）分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程；
（iii）任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程；
（iv）任意で、工程（ii）および／または（iii）に記載されたアンプリコンの標識を行う工程；
（v）反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含む、工程；ならびに
（vi）アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、ヒト被験体におけるHPV感染を検出するための方法であって、
特定の反応物とアンプリコンとの会合により、ヒト被験体におけるHPV感染が示される、方法。
【請求項１２】
（i）HPVを含むと推定されるヒト被験体から得られた生物試料から核酸を単離する工程；
（ii）分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程；
（iii）任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程；
（iv）任意で、工程（ii）および／または（iii）に記載されたアンプリコンの標識を行う工程；
（v）反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含む、工程；ならびに
（vi）アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、1つまたは複数のHPV株に関連する疾患を発症するヒト被験体のリスクを決定するための方法であって、
特定の疾患に関連するHPV株に対して相補的であるポリヌクレオチドを含む特定の反応物とアンプリコンとの会合により、被験体において該疾患のリスクが増加していることが示される、方法。
【請求項１３】
（i）HPVを含むと推定されるヒト被験体から得られた生物試料から核酸を単離する工程；
（ii）分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程；
（iii）任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程；
（iv）反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが少なくとも1つのシグナルオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程；および
（v）アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、ヒト被験体におけるHPV感染を検出するための方法であって、
特定の反応物とアンプリコンとの会合により、ヒト被験体におけるHPV感染が示される、方法。
【請求項１４】
反応物のビーズセットが、
（a）それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット；または
（b）ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット；または
（c）該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有する複数のビーズファミリー、または複数のビーズサブセットを含み、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的HPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、
請求項13記載の方法。
【請求項１５】
（i）HPVを含むと推定されるヒト被験体から得られた生物試料から核酸を単離する工程；
（ii）分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程；
（iii）任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程；
（iv）反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが少なくとも1つのシグナルオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程；および
（v）アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、1つまたは複数のHPV株に関連する疾患を発症するヒト被験体のリスクを決定するための方法であって、
特定の疾患に関連するHPV株に対して相補的であるポリヌクレオチドを含む特定の反応物とアンプリコンとの会合により、被験体において該疾患のリスクが増加していることが示される、方法。
【請求項１６】
反応物のビーズサブセットが、
（a）それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット；または
（b）ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット；または
（c）該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有する複数のビーズファミリーまたは複数のサブセットを含み、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的なHPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、
請求項15記載の方法。
【請求項１７】
（i）HPVを含むと推定されるヒト被験体から得られた生物試料から核酸を単離する工程；
（ii）分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程；
（iii）任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程；
（iv）任意で、工程（ii）および／または（iii）に記載されたアンプリコンの標識を行う工程；
（v）反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが、少なくとも1つのブロッキングオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程；および
（vi）アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、ヒト被験体におけるHPV感染を検出するための方法であって、
特定の反応物とアンプリコンとの会合により、ヒト被験体におけるHPV感染が示される、方法。
【請求項１８】
反応物のビーズセットが、
（a）それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット；または
（b）ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット；または
（c）該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセットを含み、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的HPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPV株の検出に関して特異的である、
請求項17記載の方法。
【請求項１９】
（i）HPVを含むと推定されるヒト被験体から得られた生物試料から核酸を単離する工程；
（ii）分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程；
（iii）任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程；
（iv）任意で、工程（ii）および／または（iii）に記載されたアンプリコンの標識を行う工程；
（v）反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが、少なくとも1つのブロッキングオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程；ならびに
（vi）アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、1つまたは複数のHPV株に関連する疾患を発症するヒト被験体のリスクを決定するための方法であって、
特定の疾患に関連するHPV株に対して相補的であるポリヌクレオチドを含む特定の反応物とアンプリコンとの会合により、被験体において該疾患のリスクが増加していることが示される、方法。
【請求項２０】
反応物のビーズセットが、
（a）それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット；または
（b）ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット；または
（c）該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセットを含み、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的なHPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、
請求項19記載の方法。
【請求項２１】
（i）HPVを含むと推定されるヒト被験体から得られた生物試料から核酸を単離する工程；
（ii）分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程；
（iii）任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程；
（iv）反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが、少なくとも1つのシグナルオリゴヌクレオチド配列および少なくとも1つのブロッキングオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程；ならびに
（v）アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、ヒト被験体におけるHPV感染を検出するための方法であって、
特定の反応物とアンプリコンとの会合により、ヒト被験体におけるHPV感染が示される、方法。
【請求項２２】
反応物のビーズセットが、
（a）それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット；または
（b）ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット；または
（c）該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセット、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的HPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPV株の検出に関して特異的である、
請求項13記載の方法。
【請求項２３】
（i）HPVを含むと推定されるヒト被験体から得られた生物試料から核酸を単離する工程；
（ii）分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程；
（iii）任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程；
（iv）反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが、少なくとも1つのシグナルオリゴヌクレオチド配列および少なくとも1つのブロッキングオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程；ならびに
（v）アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、1つまたは複数のHPV株に関連する疾患を発症するヒト被験体のリスクを決定するための方法であって、
特定の疾患に関連するHPV株に対して相補的であるポリヌクレオチドを含む特定の反応物とアンプリコンとの会合により、被験体において該疾患のリスクが増加していることが示される、方法。
【請求項２４】
反応物のビーズセットが、
（a）それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット；または
（b）ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット；または
（c）該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセット、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的なHPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPV株の検出に関して特異的である、
請求項13記載の方法。
【請求項２５】
プライマー対のフォワードプライマーが以下からなる群より選択され：
2010523114.tif 000001
かつプライマー対のリバースプライマーが以下からなる群より選択され：
2010523114.tif 000002
フォワードおよびリバースプライマーがそれぞれ、任意でプライマーの5'末端でヒールにコンジュゲートしている、腫瘍形成性HPVをターゲティングするためのオリゴヌクレオチド増幅プライマー対。
【請求項２６】
フォワードおよびリバースプライマーの少なくとも1つがプライマーの5'末端でヒールにコンジュゲートしている、請求項25記載のプライマー対。
【請求項２７】
フォワードプライマーヒールが、以下からなる群より選択される、請求項25記載のプライマー対：
2010523114.tif 000003
。
【請求項２８】
リバースプライマーヒールが、以下からなる群より選択される、請求項25記載のプライマー対：
2010523114.tif 000004
。
【請求項２９】
プライマー対のフォワードプライマーが、
プライマーの5'末端にコンジュゲートした
2010523114.tif 000005
を任意で有する
2010523114.tif 000006
およびプライマーの5'末端にコンジュゲートした
2010523114.tif 000007
を任意で有する
2010523114.tif 000008
からなる群より選択される、任意のヒール核酸配列を含有する、
請求項25記載のオリゴヌクレオチド増幅プライマー対。
【請求項３０】
プライマー対のリバースプライマーが、
プライマーの5'末端にコンジュゲートした
2010523114.tif 000009
を任意で有する
2010523114.tif 000010
、およびプライマーの5'末端にコンジュゲートした
2010523114.tif 000011
を任意で有する
2010523114.tif 000012
からなる群より選択される、任意のヒール核酸配列を含有する、
請求項25記載のオリゴヌクレオチド増幅プライマー対。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３３】
他の態様において、対照配列は、ヌクレオチド配列
2010523114.tif 000013
を含むプライマーmlcl_95f、および配列
5' AAT TCT AAT ACG ACT CAC TAT AGG GTA AGT TGA AGA GGT GAA GAA 3'
を含むT7amlcl_275r（ヒールMLCR）を用いてヒト被験体のゲノムから増幅される。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３３】
本明細書において以下の変化形を用いる：
「K」は、GまたはTに関する変化形であり；
「H」は、ヌクレオチドT、A、またはCに関する変化形であり；
「M」は、ヌクレオチドA、またはCに関する変化形であり；
「Y」は、ヌクレオチドT、またはCに関する変化形であり；
「R」は、ヌクレオチドA、またはGに関する変数であり；
「W」は、ヌクレオチドA、またはTに関する変化形であり；
「D」は、ヌクレオチドA、T、またはGに関する変化形であり；
3Phosは、3'リン酸基であり；
5Phosは、5'リン酸基であり；および
5AmMC6は、リン酸基を通して付着した5'H2N-(CH2)6-基である。
[請求項101]
HPVの株を検出するための、および/またはHPVの2つまたはそれより多い株を識別するためのビーズセットであって、
(a)それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット;または
(b)ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット;または
(c)該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセットを含み;かつここで、
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーまたはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的なHPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、ビーズセット。
[請求項102]
ビーズサイズが、3.0μm、3.5μm、4.1μm、5.0μm、5.6μm、および6.8μmからなる群より選択される、請求項101記載のビーズセット。
[請求項103]
ビーズサイズが、3.0μm、3.5μm、3.77μm、5.0μm、5.6μm、および6.8μmからなる群より選択される、請求項101記載のビーズセット。
[請求項104]
標識されたビーズが、ヒドロキシクマリン、アミノクマリン、メトキシクマリン、カスケードブルー、ルシファーイエロー、NBD、フィクエリトリン(Phyccerythrin, PE)、PerCP、アロフィコシアニン、ヘキスト33342、DAP1、SYTOXブルー、ヘキスト33258、クロモマイシンA3、ミトラマイシン、YOYO-1、SYTOXグリーン、SYTOXオレンジ、7-AAD、アクリジンオレンジ、TOTO-1、To-PRO-1、チアゾールオレンジ、TOTO-3、TO-PRO-3、LDS 751、Alexa Fluro-350、Alexa Fluro-430、Alexa Fluro-488、Alexa Fluro-532、Alexa Fluro-546、Alexa Fluro-555、Alexa Fluro-556、Alexa Fluro-594、Alexa Fluro-633、Alexa Fluro-647、Alexa Fluro-660、Alexa Fluro-680、Alexa Fluro-700、およびAlexa Fluro-750、BoDipy 630/650およびBoDipy 650/665、CY色素Cy2、Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy5.5、およびCy7、6-FAM(フルオレセイン)、PE-Cy5、PE-Cy7、フルオレセインdT、ヘキサクロロフルオレセイン(Hex)、6-カルボキシ-4',5'-ジクロロ-2',7'-ジメトキシフルオレセイン(JOE)、オレゴングリーン色素488-Xおよび514、ローダミン色素X-ローダミン、リサミンローダミンB、ローダミングリーン、ローダミンレッド、およびROX、TRITC、テトラメチルローダミン(TMR)、カルボキシテトラメチルローダミン(TAMRA)、テトラクロロフルオレセイン(TET)、Red 6B、FluorX、BODIPY-FL、SYBRグリーンI色素、ならびにテキサスレッドからなる群より選択される蛍光色素によって標識されている、請求項101〜103のいずれか1項記載のビーズセット。
[請求項105]
標識されたビーズがTMRによって標識されている、請求項104記載のビーズセット。
[請求項106]
2〜17種類のビーズファミリーを含む、請求項101記載のビーズセット。
[請求項107]
17種類のビーズファミリーを含む、請求項101〜106のいずれか1項記載のビーズセット。
[請求項108]
2つまたはそれより多いHPV株が、株6、11、16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66、および68より選択される、請求項101記載のビーズセット。
[請求項109]
核酸捕捉プローブが表2の配列表から選択される、請求項101記載のビーズセット。
[請求項110]
HPV株の検出、および/または2つまたはそれより多いHPV株の識別において用いるためのビーズセットを調製する方法であって、
(a)それぞれのビーズサブセットが、少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット;または
(b)ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット;または
(c)該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を提供する工程を含む、サイズ、蛍光強度、または両方に基づいて複数のビーズファミリーまたはサブセットを選択する工程であって、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、工程;ならびに
フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーまたはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、特異的HPV株の特定を可能にするビーズセットを生成するために少なくとも2つのビーズファミリーまたは少なくとも2つのビーズサブセットを混合する工程
を含む、方法。
[請求項111]
(i)HPVを含むと推定されるヒト被験体から生物試料を得る工程;
(ii)該試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)任意で、工程(iii)および/または(iv)に記載されたアンプリコンの標識を行う工程;
(vi)反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含む、工程;ならびに
(vii)アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、ヒト被験体におけるHPV感染を診断するための方法であって、
特定の反応物とアンプリコンとの会合により、ヒト被験体におけるHPV感染が示される、方法。
[請求項112]
(i)HPVを含むと推定されるヒト被験体から生物試料を得る工程;
(ii)該試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)任意で、工程(iii)および/または(iv)に記載されたアンプリコンの標識を行う工程;
(vi)反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含む、工程;ならびに
(vii)アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、1つまたは複数のHPV株に関連する疾患を発症するヒト被験体のリスクを決定するための方法であって、
特定の疾患に関連するHPV株に対して相補的であるポリヌクレオチドを含む特定の反応物とアンプリコンとの会合により、被験体において該疾患のリスクが増加していることが示される、方法。
[請求項113]
(i)HPVを含むと推定されるヒト被験体から生物試料を得る工程;
(ii)該試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが少なくとも1つのシグナルオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程;および
(vi)アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、ヒト被験体におけるHPV感染を診断するための方法であって、
特定の反応物とアンプリコンとの会合により、ヒト被験体におけるHPV感染が示される、方法。
[請求項114]
反応物のビーズセットが、
(a)それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット;または
(b)ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット;または
(c)該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有する複数のビーズファミリー、または複数のビーズサブセットを含み、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的HPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、
請求項113記載の方法。
[請求項115]
(i)HPVを含むと推定されるヒト被験体から生物試料を得る工程;
(ii)該試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが少なくとも1つのシグナルオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程;および
(vi)アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、1つまたは複数のHPV株に関連する疾患を発症するヒト被験体のリスクを決定するための方法であって、
特定の疾患に関連するHPV株に対して相補的であるポリヌクレオチドを含む特定の反応物とアンプリコンとの会合により、被験体において該疾患のリスクが増加していることが示される、方法。
[請求項116]
反応物のビーズサブセットが、
(a)それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット;または
(b)ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット;または
(c)該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有する複数のビーズファミリーまたは複数のサブセットを含み、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的なHPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、
請求項115記載の方法。
[請求項117]
(i)HPVを含むと推定されるヒト被験体から生物試料を得る工程;
(ii)該試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)任意で、工程(iii)および/または(iv)に記載されたアンプリコンの標識を行う工程;
(vi)反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが、少なくとも1つのブロッキングオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程;および
(vii)アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、ヒト被験体におけるHPV感染を診断するための方法であって、
特定の反応物とアンプリコンとの会合により、ヒト被験体におけるHPV感染が示される、方法。
[請求項118]
反応物のビーズセットが、
(a)それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット;または
(b)ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット;または
(c)該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセットを含み、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的HPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPV株の検出に関して特異的である、
請求項117記載の方法。
[請求項119]
(i)HPVを含むことが推定されるヒト被験体から生物試料を得る工程;
(ii)該試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)任意で、工程(iii)および/または(iv)に記載されたアンプリコンの標識を行う工程;
(vi)反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが、少なくとも1つのブロッキングオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程;ならびに
(vii)アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、1つまたは複数のHPV株に関連する疾患を発症するヒト被験体のリスクを決定するための方法であって、
特定の疾患に関連するHPV株に対して相補的であるポリヌクレオチドを含む特定の反応物とアンプリコンとの会合により、被験体において該疾患のリスクが増加していることが示される、方法。
[請求項120]
反応物のビーズセットが、
(a)それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット;または
(b)ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット;または
(c)該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセットを含み、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的なHPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPVの株の検出に関して特異的である、
請求項119記載の方法。
[請求項121]
(i)HPVを含むことが推定されるヒト被験体から生物試料を得る工程;
(ii)該試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが、少なくとも1つのシグナルオリゴヌクレオチド配列および少なくとも1つのブロッキングオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程;ならびに
(vi)アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、ヒト被験体におけるHPV感染を診断するための方法であって、
特定の反応物とアンプリコンとの会合により、ヒト被験体におけるHPV感染が示される、方法。
[請求項122]
反応物のビーズセットが、
(a)それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット;または
(b)ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット;または
(c)該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセット、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的HPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPV株の検出に関して特異的である、
請求項113記載の方法。
[請求項123]
(i)HPVを含むことが推定されるヒト被験体から生物試料を得る工程;
(ii)該試料から核酸を単離する工程;
(iii)分析物または分析物の特定の株に特異なアンプリコンを産生するプライマーを用いて該試料から核酸を増幅する工程;
(iv)任意で、ヒト被験体のゲノムDNAから対照核酸配列を増幅する工程;
(v)反応物のビーズセットに、標識されたアンプリコンをハイブリダイズさせる工程であって、ビーズセットのそれぞれのメンバーが、生理化学的に区別可能な基体に結合またはそうでなければ会合した、HPVもしくはHPVの特定の株のヌクレオチド配列または対照ヌクレオチド配列に対して相補性を有する核酸分子を含み、かつハイブリダイズが、少なくとも1つのシグナルオリゴヌクレオチド配列および少なくとも1つのブロッキングオリゴヌクレオチド配列の存在下で起こる、工程;ならびに
(vi)アンプリコンがどの反応物に結合したかを決定する工程
を含む、1つまたは複数のHPV株に関連する疾患を発症するヒト被験体のリスクを決定するための方法であって、
特定の疾患に関連するHPV株に対して相補的であるポリヌクレオチドを含む特定の反応物とアンプリコンとの会合により、被験体において該疾患のリスクが増加していることが示される、方法。
[請求項124]
反応物のビーズセットが、
(a)それぞれのビーズサブセットが少なくともサイズに基づいて他の任意のビーズサブセットと生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのビーズサブセット;または
(b)ビーズサブセットの中のビーズが、互いに関してサイズが均一であり、かつそれぞれが含有する標識レベルに基づいて2つもしくはそれより多くのビーズファミリーに生理化学的に区別可能である、少なくとも2つのファミリーを有する少なくとも1つのビーズサブセット;または
(c)該ビーズファミリーと該ビーズサブセットの組み合わせ
を有するビーズの複数のファミリーまたは複数のサブセット、かつここで
任意の核酸捕捉プローブまたは対照核酸配列が、ビーズサブセットにおける他の標識された捕捉プローブまたは対照核酸配列と同じ標識によって標識され、かつ任意の1つのビーズサブセットの中で、そのそれぞれのビーズファミリーが異なる蛍光強度を有することを条件として、サブセットのそれぞれのビーズファミリーの中のビーズが、HPVゲノムのHPV株特異的領域に結合することができる任意で標識された核酸捕捉プローブ、または任意で少なくとも1つの対照核酸配列にそれぞれ連結しており、かつ
ビーズセットが、フローサイトメトリーを用いた、少なくとも1つのビーズファミリーもしくはビーズサブセットのビーズサイズの分析、蛍光強度、または配列判別を通して、1つまたは複数の特異的なHPV株を特定することができる、それぞれのビーズファミリーが、ビーズセットにおける他の任意のビーズファミリーとは異なるHPV株の検出に関して特異的である、
請求項113記載の方法。
[請求項125]
プライマー対のフォワードプライマーが以下からなる群より選択され:
2010523114.tif 000014
かつプライマー対のリバースプライマーが以下からなる群より選択され:
2010523114.tif 000015
フォワードおよびリバースプライマーがそれぞれ、任意でプライマーの5'末端でヒールにコンジュゲートしている、腫瘍形成性HPVをターゲティングするためのオリゴヌクレオチド増幅プライマー対。
[請求項126]
フォワードおよびリバースプライマーの少なくとも1つがプライマーの5'末端でヒールにコンジュゲートしている、請求項125記載のプライマー対。
[請求項127]
フォワードプライマーヒールが、以下からなる群より選択される、請求項125記載のプライマー対:
2010523114.tif 000016
。
[請求項128]
リバースプライマーヒールが、以下からなる群より選択される、請求項125記載のプライマー対:
2010523114.tif 000017
。
[請求項129]
プライマー対のフォワードプライマーが、
プライマーの5'末端にコンジュゲートした
2010523114.tif 000018
を任意で有する
2010523114.tif 000019
およびプライマーの5'末端にコンジュゲートした
2010523114.tif 000020
を任意で有する
2010523114.tif 000021
からなる群より選択される、任意のヒール核酸配列を含有する、
請求項125記載のオリゴヌクレオチド増幅プライマー対。
[請求項130]
プライマー対のリバースプライマーが、
プライマーの5'末端にコンジュゲートした
2010523114.tif 000022
を任意で有する
2010523114.tif 000023
、プライマーの5'末端にコンジュゲートした
2010523114.tif 000024
を任意で有する
2010523114.tif 000025
、およびプライマーの5'末端にコンジュゲートした
2010523114.tif 000026
を任意で有する
2010523114.tif 000027
からなる群より選択される、任意のヒール核酸配列を含有する、
請求項125記載のオリゴヌクレオチド増幅プライマー対。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2010523114000001.app