【誤訳訂正書】
【提出日】平成22年7月30日(2010.7.30)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００５】
発明の概要
本発明の第１の態様において、被験体の生物学的状態を評価する方法であって、被験体からRNA類及び蛋白質類の少なくとも１つを有するサンプルを得ること；複数の構成要素を含む第１のプロファイルデータセットであって、各々の構成要素が、構成成分の測定が生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のRNA又は蛋白質構成成分の量の定量的測定値である、第１のプロファイルデータセットをサンプルから得ること；及びパネルに対する較正されたプロファイルデータセットであって、当該較正されたプロファイルデータセットの各々の構成要素が第１のプロファイルデータセットの対応する構成要素及びパネルに対する基準プロファイルデータセットの対応する構成要素の関数であり、較正されたプロファイルデータセットは被験体の生物学的状態の目安を提供する、パネルに対する較正されたプロファイルデータセットを作ること、を含む方法が提供される。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００６】
好ましい態様において、被験体の生物学的状態を評価する方法であって、被験体から液体、細胞、及び活性作用因子の少なくとも１つを有する第１のサンプルを得ること；第１のサンプル又はその一部を指標細胞の定義された集団に加えること；指標細胞からＲＮＡ類又は蛋白質類の少なくとも１つを含む第２のサンプルを得ること；複数の構成要素を含む第１のプロファイルデータセットであって、各々の構成要素が、構成成分の測定が生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のＲＮＡ又は蛋白質構成成分の量の定量的測定値である、第１のプロファイルデータセットを第２のサンプルから得ること；及びパネルに対する較正されたプロファイルデータセットであって、当該較正されたプロファイルデータセットの各々の構成要素は第１のプロファイルデータセットの対応する構成要素及びパネルに対する基準プロファイルデータセットの対応する構成要素の関数であり、較正されたプロファイルデータセットは被験体の生物学的状態の目安を提供する、パネルに対する較正されたプロファイルデータセットを作ること、を含む方法が提供される。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００７】
好ましい態様において、作用因子によって影響される生物学的状態を評価する方法であって、作用因子が投与されている細胞の標的集団から、ＲＮＡ類及び蛋白質類の少なくとも１つを有するサンプルを得ること；複数の構成要素を含む第１のプロファイルデータセットであって、各々の構成要素が、構成成分の測定が生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のＲＮＡ又は蛋白質構成成分の量の定量的測定値である、第１のプロファイルデータセットをサンプルから得ること；及びパネルに対する較正されたプロファイルデータセットであって、当該較正されたプロファイルデータセットの各々の構成要素は第１のプロファイルデータセットの対応する構成要素及びパネルに対する基準プロファイルデータセットの対応する構成要素の関数であり、較正されたプロファイルデータセットは作用因子によって影響される生物学的状態の目安を提供する、パネルに対する較正されたプロファイルデータセットを作ること、を含む方法が提供される。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００８】
好ましい態様において、第２の作用因子による影響に関連して第１の作用因子による生物学的状態に対する影響を評価する方法であって、第１及び第２の作用因子がそれぞれ投与されている第１及び第２の細胞の標的集団から、ＲＮＡ類及び蛋白質類の少なくとも１つを各々が有する第１及び第２のサンプルをそれぞれ得ること；第１のサンプルから第１のプロファイルデータセットをそして第２のサンプルから第２のプロファイルデータセットを得ること、ここで当該プロファイルデータセットの各々が複数の構成要素を含み、各々の構成要素が、構成成分の測定が生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のＲＮＡ又は蛋白質構成成分の量の定量的測定値であるものであること；及びパネルに対する第１の較正されたプロファイルデータセット及び第２のプロファイルデータセットを作ること、ここで( i )第１の較正されたプロファイルデータセットの各々の構成要素は第１のプロファイルデータセットの対応する構成要素及びパネルに対する第１の基準プロファイルデータセットの対応する構成要素の関数であり、そして（ii）第２の較正されたプロファイルデータセットの各々の構成要素は第２のプロファイルデータセットの対応する構成要素及びパネルに対する第２の基準プロファイルデータセットの対応する構成要素の関数であり、これらの較正されたプロファイルデータセットは、第２の作用因子による影響に関連して第１の作用因子による生物学的状態への影響の目安を提供すること、を含む方法が提供される。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１０】
好ましい態様において、コンピューター読み取り可能な較正されたプロファイルデータセットが記憶されているデジタル記憶媒体であって、較正されたプロファイルデータセットが、作用因子が投与されている標的集団細胞から得られるＲＮＡ類及び蛋白質類の少なくとも１つを有するサンプルに関し；そして較正されたプロファイルデータセットが、第１の複数の構成要素を含み、各々の構成要素が、構成成分の測定が作用因子の投与によって影響される生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のＲＮＡ又は蛋白質構成成分の量の変化の定量的測定値である、デジタル記憶媒体が提供される。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１１】
好ましい態様において、被験体の集団に関する複数の記録Ｒｉが記憶されているデジタル記憶媒体であって、各々の記録Ｒｉは、コンピューター読み取り可能なプロファイルデータセットＰの各々の事実Ｐｉに対応し、ここで、プロファイルデータセットＰの各々の事実Ｐｉは被験体から得られる各々のサンプルに関係し、当該サンプルはＲＮＡ類及び蛋白質類の少なくとも１つを有し；プロファイルデータセットＰは複数の構成要素Ｍｊを含み、各々の構成要素Ｍｊは、構成成分の測定が生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のＲＮＡ又は蛋白質構成成分の量の定量的測定値であり、；各々の記録Ｒｉは、プロファイルデータセットＰの対応する各々の事実Ｐi  の各々の構成要素Ｍｉｊに関して、構成要素Ｍｉｊの値に対応する値を含み；及び各々の記録Ｒｉは、また、当該記録に関して被験体の特徴への参照を含み、当該特徴は、年齢グループ、性別、民族性、地理的位置、食餌、医学的不調、臨床的指標、投薬、身体活動、体重、及び環境への暴露の少なくとも１つである、デジタル記憶媒体が提供される。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１２】
好ましい態様において、多数のコンピューター読み取り可能なプロファイルデータセットが記憶されているデジタル記憶媒体であって、各々のプロファイルデータセットは、作用因子が投与されている標的細胞集団から得られるサンプルに関係し、当該サンプルはＲＮＡ類及び蛋白質類の少なくとも１つを有し；各々のプロファイルデータセットは複数の構成要素を含み、各々の構成要素は、構成成分の測定が生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のＲＮＡ又は蛋白質構成成分の量の定量的測定値であり、；及び当該パネルは全てのプロファイルデータセットに対して同じである、デジタル記憶媒体が提供される。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１３】
好ましい態様において、被験体からのサンプルに基づいて、被験体の生物学的状態を評価する方法であって、当該サンプルはＲＮＡ類及び蛋白質類の少なくとも１つを有し、当該方法は、複数の構成要素を含むプロファイルデータセットであって、各々の構成要素が、構成成分の測定が生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のＲＮＡ又は蛋白質構成成分の量の定量的測定値である、プロファイルデータセットの第１の事実をサンプルから得ること；及びパネルに対する較正されたプロファイルデータセットの第１の事実を作ること、ここで、較正されたプロファイルデータセットの１つの事実の各々の構成要素はプロファイルデータセットの１つの事実の対応する構成要素及びパネルに対する基準プロファイルデータセットの１つの事実の対応する構成要素の関数であり、較正されたプロファイルデータセットは被験体の生物学的状態の目安を提供すること；及び被験体の集団に関する複数の記録を有する状態データベースであって、各々の記録が較正されたプロファイルデータセットの各々の１つの事実に対応する状態データベース中のデータにアクセスすること；及び状態データベース中のデータに関連して較正されたプロファイルデータセットの第１の事実を評価すること、を含む方法が提供される。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１４】
本発明の好ましい態様において、生物学的状態の測定に関係する定量的遺伝子発現分析データを表示する方法であって、複数の構成要素を含む、遺伝子発現分析データに関係する第１のプロファイルデータセットであって、各々の構成要素が、構成成分の測定が生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のＲＮＡ又は蛋白質構成成分の量の定量的測定値である、第１のプロファイルデータセットを識別すること、パネルに対する較正されたプロファイルデータセットを作ること、ここで、較正されたプロファイルデータセットの各々の構成要素は第１のプロファイルデータセットの対応する構成要素及びパネルに対する基準プロファイルデータセットの対応する構成要素の関数であり、較正されたプロファイルデータセットは被験体の生物学的状態の目安を提供すること、及び較正されたプロファイルデータセットを図形形式で表示すること、を含む方法が提供される。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２３】
好ましい態様において、被験体の生物学的状態を評価するため又は作用因子の使用に起因する生物学的状態を評価するためのコンピュータープログラム製品であって、コンピューター読み取り可能なプログラムコードを有するコンピューター使用可能な媒体を含み、当該コンピュータープログラムコードが、識別可能な記録のための被験体又は作用因子からのサンプルを分類するためのプログラムコード、第１のデータセットを取り出すためのプログラムコードであって、第１のプロファイルデータセットが複数の構成要素を含み、各々の構成要素が、構成成分の測定が生物学的状態の測定を可能にするように選択された構成成分のパネル中の各々のRNA又は蛋白質構成成分の量の定量的測定値であり；プロファイルデータセットが記録中に貯蔵される、プログラムコード、及び記録中に貯蔵するための、パネルについての較正されたプロファイルデータセットを所望により作るためのプログラムコードであって、構成されたプロファイルデータセットの各々の構成要素が第１のプロファイルデータセットの対応する構成要素及びパネルについての基準プロファイルデータセットの対応する構成要素の関数であり、較正されたプロファイルデータセットが被験体の生物学的状態の目安を提供する、プログラムコード、を含む、コンピュータープログラム製品が提供される。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４７】
構成成分のパネル中の「各々の(ｄｉｓｔｉｎｃｔ)ＲＮＡ又は蛋白質構成成分」は、ＲＮＡ及び蛋白質の少なくとも１つを含むパネルであり、パネルの各々の 構成成分は別個である。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００６０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００６０】
遺伝子発現
試料中の特定のRNA量を測定するため、本発明者等は、パネルの構成成分に対し試料から転写されたRNAを抽出し定量化する当業者に知られた方法を用いた。RNAは、組織、体液、又は被験体の集団が成長し得る培地媒体のような試料から抽出される。例えば、細胞は崩壊し、RNAはＤＮアーゼ反応を行うための適当な溶液内に抽出し得る。最初の鎖合成は逆転写酵素を用いて行われ得る。遺伝子増幅、とりわけ定量PCRアッセイが行われ、興味あるサイズの遺伝子が185rRNAのようなマーカーに対し較正される（Ｈｉｒａｙａｍａ等、Ｂｌｏｏｄ  ９２、１９９８年、４６−５２頁）。試料は、複数通り（例えば、4回反復）で測定される。ｍＲＮＡの相対量は、サイズマーカーと興味ある遺伝子間の閾値サイクルの相違で決定される。本発明の態様によると、定量ＰＣＲは、増幅を用いて、ＰＥ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（フォスター市、カリフォルニア州）により商業的に支給されるような作用因子及び機器を報告して行われる。標的転写の増幅の明確な効率が与えられ、増幅された標的テンプレートからのシグナルが検出できる点（例えば、サイクル数）が、測定された試料中の特定のメッセージ転写の量に直接関係づけられ得る。同様に、蛍光、酵素活性、1分間あたりの分解、吸収等のような、量で表される他のシグナルは、標的テンプレートの既知の濃度に関係づけられ（例えば、引用標準曲線）又は限定された変異性で標準に規格化された時に、未知試料中の標的テンプレートの数を定量化するのに用いられ得る。