【手続補正書】
【提出日】平成22年7月21日(2010.7.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体における常染色体優性多発性嚢胞腎疾患（ＡＤＰＫＤ）の発症を検出または予測する方法であって、前記個体から得られた核酸試料中の配列番号１または配列番号７のヌクレオチド配列を有するＰＫＤ１遺伝子内での１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の存在を検出するステップを含み、ここで前記１つまたは複数の改変は、配列番号１のヌクレオチド位置５５９〜５６３でのＴＴＴＡＡの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１１２４でのＣＴの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置２２９１でのＡ、Ｔ、Ｇ、もしくはＣの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置２２９７でのＡ、Ｔ、Ｇ、もしくはＣの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置５３６５でのＴの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置６６６６でのＧの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置６８８１でのＡの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置８７１３でのＴの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置９１３４でのＡ、Ｔ、Ｇ、もしくはＣの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置９５３６での５ヌクレオチドの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置１０２３９でのＴの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置４８３でのＣからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置４５１７でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置７００６でのＣからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８２６７でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８６３９でのＧからＴへの変化、配列番号７のヌクレオチド位置２０１６８でのＧからＡへの変化、配列番号７のヌクレオチド位置３１０２５でのＧからＴへの変化、配列番号７のヌクレオチド位置３３４１５でのＧからＣへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置５０８〜５１６の間のＣＡＡの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１８４８〜１８５０でのＴＧＧの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置８８９２〜８９００でのＣＣＡＡＣＴＣＣＧの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置９９０５〜９９０７でのＡＡＧの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１００７０〜１００７２でのＣＴＣの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１２５９７〜１２５９９でのＴＧＧの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１０２３でのＣからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置３８５でのＧからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１４７０でのＡからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置４２６２でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８８５５でのＴからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１７９４でのＡからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置６０３６でのＧからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置２０４２でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置３３５１でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置６７５６でのＡからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置５７９３でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置６７０７でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１０１８７でのＧからＣへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置７１１６でのＣからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１０３１１でのＡからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置７５５４でのＴからＣへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置７７５７でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８０６７でのＴからＣへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８１３８でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８５０９でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１００９６でのＣからＡへの変化、および配列番号１のヌクレオチド位置１２６５８でのＣからＴへの変化からなる群から選択され、
ここで前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の検出は前記個体がＡＤＰＫＤを有するかまたはＡＤＰＫＤを発症することになることを示す、方法。
【請求項２】
請求項１に挙げられる前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変以外の少なくとも１つのヌクレオチド配列の改変も配列番号１および配列番号４からなる群から選択される配列内で検出され、ここで前記少なくとも１つのヌクレオチド配列の改変はＡＤＰＫＤに関連性がある、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸配列内での前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の存在が、配列決定、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、変性高性能液体クロマトグラフィーおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される方法により検出される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変のＰＫＤ１遺伝子産物に対する効果を、前記ＰＫＤ１遺伝子産物の発現および前記ＰＫＤ１遺伝子産物の切断からなる群から選択される少なくとも１つの活性についてアッセイすることにより評価するステップをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
個体における常染色体優性多発性嚢胞腎疾患（ＡＤＰＫＤ）の発症を検出または予測する方法であって、前記個体から得られた核酸試料中の配列番号４のヌクレオチド配列を有するＰＫＤ２遺伝子内での１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の存在を検出するステップを含み、ここで前記１つまたは複数の改変は、配列番号４のヌクレオチド位置２２２６でのＡの挿入、配列番号４のヌクレオチド位置２４２２〜２４２３でのＡＧの欠失、配列番号４のヌクレオチド位置２６８０でのＣからＴへの変化、ＩＶＳ７−１Ｇ＞Ａ、ＩＶＳ８＋５Ｇ＞Ａ、配列番号４のヌクレオチド位置３７４〜３７６でのＴＧＧの欠失および配列番号４のヌクレオチド位置１８７６〜１８８１の間のＴＴＣの欠失からなる群から選択され、ここで前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の検出は、前記個体がＡＤＰＫＤを有するかまたはＡＤＰＫＤを発症することになることを示す、方法。
【請求項６】
請求項５に挙げられる前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変以外の少なくとも１つのヌクレオチド配列の改変も配列番号１および配列番号４からなる群から選択される配列内で検出され、ここで前記少なくとも１つのヌクレオチド配列の改変はＡＤＰＫＤに関連性がある、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記核酸配列内での前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の存在が、配列決定、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、変性高性能液体クロマトグラフィーおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される方法により検出される、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変のＰＫＤ２遺伝子産物に対する効果を、前記ＰＫＤ２遺伝子産物の発現についてアッセイすることにより評価するステップをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
個体における変異ＰＫＤ遺伝子の存在または不在を検出する方法であって、
前記個体から得られた核酸試料中のＰＫＤ１またはＰＫＤ２遺伝子内での１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の存在または不在を検出するステップを含み、ここで前記１つまたは複数の改変は、配列番号１のヌクレオチド位置５５９〜５６３でのＴＴＴＡＡの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１１２４でのＣＴの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置２２９１でのＡ、Ｔ、Ｇ、もしくはＣの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置２２９７でのＡ、Ｔ、Ｇ、もしくはＣの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置５３６５でのＴの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置６６６６でのＧの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置６８８１でのＡの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置８７１３でのＴの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置９１３４でのＡ、Ｔ、Ｇ、もしくはＣの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置９５３６での５ヌクレオチドの挿入、配列番号１のヌクレオチド位置１０２３９でのＴの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置４８３でのＣからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置４５１７でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置７００６でのＣからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８２６７でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８６３９でのＧからＴへの変化、配列番号７のヌクレオチド位置２０１６８でのＧからＡへの変化、配列番号７のヌクレオチド位置３１０２５でのＧからＴへの変化、配列番号７のヌクレオチド位置３３４１５でのＧからＣへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置５０８〜５１６の間のＣＡＡの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１８４８〜１８５０でのＴＧＧの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置８８９２〜８９００でのＣＣＡＡＣＴＣＣＧの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置９９０５〜９９０７でのＡＡＧの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１００７０〜１００７２でのＣＴＣの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１２５９７〜１２５９９でのＴＧＧの欠失、配列番号１のヌクレオチド位置１０２３でのＣからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置３８５でのＧからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１４７０でのＡからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置４２６２でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８８５５でのＴからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１７９４でのＡからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置６０３６でのＧからＡへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置２０４２でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置３３５１でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置６７５６でのＡからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置５７９３でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置６７０７でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１０１８７でのＧからＣへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置７１１６でのＣからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１０３１１でのＡからＧへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置７５５４でのＴからＣへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置７７５７でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８０６７でのＴからＣへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８１３８でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置８５０９でのＣからＴへの変化、配列番号１のヌクレオチド位置１００９６でのＣからＡへの変化および配列番号１のヌクレオチド位置１２６５８でのＣからＴへの変化、配列番号４のヌクレオチド位置２２２６でのＡの挿入、配列番号４のヌクレオチド位置２４２２〜２４２３でのＡＧの欠失、配列番号４のヌクレオチド位置２６８０でのＣからＴへの変化、ＩＶＳ７−１Ｇ＞Ａ、ＩＶＳ８＋５Ｇ＞Ａ、配列番号４のヌクレオチド位置３７４〜３７６でのＴＧＧの欠失、および配列番号４のヌクレオチド位置１８７６〜１８８１の間のＴＴＣの欠失からなる群から選択され、
ここで前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の検出は変異ＰＫＤ遺伝子について示す、方法。
【請求項１０】
前記個体の前記ＰＫＤ１またはＰＫＤ２遺伝子の１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の存在が、前記個体が常染色体優性多発性嚢胞腎疾患（ＡＤＰＫＤ）を有するかまたはＡＤＰＫＤを発症しうることを示す、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記核酸配列内での前記１つまたは複数のヌクレオチド配列の改変の存在または不在が、配列決定、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、変性高性能液体クロマトグラフィーおよびそれらの組み合わせからなる群から選択される方法により検出される、請求項１０に記載の方法。