【事件の表示】
　特願２０００−５４３５０３「モラキセラ（ＭＯＲＡＸＥＬＬＡ）のトランスフェリン受容体遺伝子」拒絶査定不服審判事件〔平成１１年１０月２１日国際公開、ＷＯ９９／５２９４７、平成１４年　４月１６日国内公表、特表２００２−５１１４９０〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯
　本願は、１９９９年４月１２日（パリ条約による優先権主張外国庁受理１９９８年４月１４日、米国）を国際出願日とする出願であって、その請求項１〜１３に係る発明は、平成１６年１月３０日受付けの手続補正書によって補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１〜１３に記載された事項により特定されるとおりのものであるところ、そのうちの請求項１に係る発明（以下、「本願発明１」という。）は次のとおりである。
　
「Ｍｏｒａｘｅｌｌａ　ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ　Ｍ３５株由来のＴｂｐ２蛋白質をコードする、精製、分離された核酸分子であって、
（ａ）図２（配列番号：１）に示したＤＮＡ配列、またはそれに対して相補的なＤＮＡ配列、あるいは、
（ｂ）図２（配列番号：２）に示したアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列、またはそれに対して相補的なＤＮＡ配列、
からなる群から選択されるＤＮＡ配列を有する前記の核酸分子。」
　
２．当審の判断
（１）引用例記載の発明
　原査定の拒絶の理由に引用された引用例１「国際公開第９７／３２９８０号パンフレット」には、モラクセラ・カタラリス４２２３菌株由来のＴｂｐ２蛋白質をコードする、精製、分離された核酸分子が記載されており（請求項１、３、５、６）、そのＤＮＡ配列が配列番号４に記載されている（第10頁20行〜26行及び図６）。また、モラクセラ・カタラリスQ8菌株及びR1菌株由来のＴｂｐ２蛋白質をコードする核酸分子が記載されており（請求項５、６）、Q8菌株のＴｂｐ１及びＴｂｐ２をコードする核酸分子を含むフラグメントのクローニング方法として、4223菌株由来のＴｂｐ１の内部配列IRDLTRYDPGを基礎にしたプローブ「４２３６−ＲＤ」、「４２３７−ＲＤ」を使用してQ8菌株の染色体ライブラリーをスクリーニングすることが記載されており（第14頁32行〜第15頁11行及び例４）、モラクセラ・カタラリス4223菌株のＴｂｐ２をコードする核酸分子のサブクローニング方法として、多数のナイセリア菌とヘモフィリス菌内のＴｂｐ２タンパク質に保存されているEGGFYGPをコードしている配列に対応するような縮重オリゴヌクレオチドプローブを使用して、スクリーニングを行うことが記載されている（第42頁4行〜第43頁11行、例７）。
　
（２）対比・判断
　本願発明１と引用例１に記載された発明を対比すると、両者は、モラクセラ・カタラリス由来のＴｂｐ２蛋白質をコードする精製、分離された核酸分子である点で一致し、該核酸分子のＤＮＡ配列が、本願発明１は、請求項１の（ａ）あるいは（ｂ）に規定したＤＮＡ配列からなる群から選択されるものであるのに対し、引用例１に記載された発明は、配列番号４のＤＮＡ配列からなるものである点で相違する。
　
　ここで、本願発明１に含まれるものである、請求項１の（ａ）の「図２（配列番号１）のＤＮＡ配列」と、引用例１の「配列番号４のＤＮＡ配列」を比較すると、両者の相同性は９２％であり、すなわち、両者は、全体にわたって塩基の９２％が一致しているが、８％は塩基が異なっている点で相違するといえる。
　
　以下に、「図２（配列番号１）のＤＮＡ配列を有する核酸分子」を取得することが当業者にとって容易であったか否かについて検討する。
　
　引用例１に記載されるように、モラクセラ・カタラリスには、4223、Q8、R1等の複数の菌株が存在していたことが本願優先日前に知られており、それらについて、Ｔｂｐ１及びＴｂｐ２をコードする核酸分子がクローニングされていたのであるから、さらに、モラクセラ・カタラリスに属する他の菌株から同様に、Ｔｂｐ１及びＴｂｐ２をコードする核酸分子をクローニングすることは、当業者にとって自明の課題である。
　そして、引用例１の記載に接した当業者であれば、モラクセラ・カタラリスに属する他の菌株を対象として、実際に引用例１に記載された方法と、そこに記載されたＴｂｐ１及びＴｂｐ２をコードするＤＮＡの配列情報を用いて、他の菌株のＴｂｐ１及びＴｂｐ２をコードする核酸分子をクローニングしようとすることは、当然考えることである。
　そして、本願発明１の「図２（配列番号１）に示したＤＮＡ配列」は、モラクセラ・カタラリスに属する菌株M35からクローニングされたＴｂｐ２をコードする核酸分子の塩基配列であり、引用例１に記載される「配列番号４のＤＮＡ配列」、すなわち、モラクセラ・カタラリスに属する菌株4223からクローニングされたＴｂｐ２をコードする核酸分子の塩基配列と比較して、全体で９２％が一致しており、このような高い相同性を有するＤＮＡであれば、引用例１に記載されたQ8菌株を対象としたクローニング方法と同様の手法により容易にクローニングし得たものであると認められる。そして、このようにして得られた核酸分子のＤＮＡ配列を決定することは、当業者にとっては常套手段を用いて容易に行うことができることである。
  本願発明１の「図２（配列番号１）に示したＤＮＡ配列を有する核酸分子」は、そのような手法で得られたものであり、上記の相違点は、当業者が容易に行うことができた別のモラクセラ・カタラリス菌株M35由来のＴｂｐ２をコードするＤＮＡのクローニングの結果として生じた相違に過ぎない。
　また、得られた本願発明１の「図２（配列番号１）に示したＤＮＡ配列を有する核酸分子」の効果についても、本願明細書には、具体的に記載されておらず、別の菌株由来のＴｂｐ２をコードするＤＮＡをクローニングして配列を決定した域を超える開示があるわけでもない。
　したがって、本願発明１の「図２（配列番号１）に示したＤＮＡ配列を有する核酸分子」が格別顕著な効果を奏するということもできない。
　
（３）審判請求人の主張
　なお、審判請求人は、平成１６年５月２５日付け手続補正書によって補正された審判請求書の審判請求の理由において、近縁及び同属の生物由来の同種タンパク質の保存配列を基に設計したプローブ又はプライマーを用いるクローニングの容易性について、モラクセラ・カタラリスM35株は、引用例１、２には開示されていないため、M35株がどのような性質を有する菌株であるかを推定することは困難であるとして、具体的な点として下記の事項（ａ）〜（ｄ）を主張している。
　
（ａ）引用例１は、各菌株の染色体ＤＮＡを抽出後、制限酵素Sau3Aを用いて、染色体ＤＮＡライブラリーを作成しており、4223株、Q8株は、いずれもｔｂｐＡ遺伝子（Ｔｂｐ１をコードする遺伝子。以下同じ。）とｔｂｐＢ遺伝子（Ｔｂｐ２をコードする遺伝子。以下同じ。）は、同一のＤＮＡ断片内に含まれている。換言するならば、4223株及びQ8株のｔｂｐＡとｔｂｐＢの間には、「幸運なことに」Sau3A切断部位がなかった。モラクセラ・カタラリスM35株においても、4223株やQ8株と同様に、ｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子との間に制限酵素Sau3Aによる切断部位が存在していないという「共通する特徴」があるか否かを合理的に予測する根拠は存在しない。
　
（ｂ）引用例１では、4223株由来のｔｂｐＢ遺伝子をサブ・クローニングする工程において、ヘモフィリス属、ならびにナイセリア属の菌株由来のＴｂｐ２において保存されている部分アミノ酸配列「EGGFYGP」をコードする塩基配列に相当する縮退型プローブを利用している。確かに、引用文献１の図２８に示される、解析された4223、Q8、R1株に由来するＴｂｐ２蛋白質のアミノ酸配列の対比では、「
E
Y
S
F
　
（ｃ）引用文献１に記載される、Q8株由来の遺伝子ｔｂｐＢを選別する手法を、M35株由来の遺伝子ｔｂｐＢの選別に適用して、成功が得られるとは、引用例１の記載のみから、合理的に結論できるものでないと考える。引用例１に記載される、幾つかのヘモフィリス属ならびにナイセリア属の菌株由来のＴｂｐ１蛋白質と4223株、Q8株由来のＴｂｐ１蛋白質と対比において、部分アミノ酸配列「IRDLTRYDPG」のアミノ酸配列は、共通するアミノ酸配列である点は示されているが、M35菌株のＴｂｐ１においても「IRDLTRYDPG」のアミノ酸配列が保存されているか否かは不明である。M35株由来のＴｂｐ１蛋白質においても、これらのアミノ酸配列が完全に保存されているか否かに関しては、引用例１の記載から、合理的に予測できない。 
　また、M35株由来のＴｂｐ１蛋白質においても、「IRDLTRYDPG」のアミノ酸配列が保存されているとしても、その塩基配列としては、コドンの縮退を考慮すると、多数の可能性が存在する。一方、利用するプローブは、二種のプローブ 
 ４２３６−ＲＤ： 
 ＡＴＴ　ＣＧＡ　ＧＡＣ　ＴＴＡ　ＡＣＡ　ＣＧＣ　ＴＡＴ　ＧＡＣ　ＣＣＴ　ＧＧＣ 
 ４２３７−ＲＤ： 
 ＡＴＴ　ＣＧＴ　ＧＡＴ　ＴＴＡ　ＡＣＴ　ＣＧＣ　ＴＡＴ　ＧＡＣ　ＣＣＴ　ＧＧＴ 
のみであり、Ｍ３５株由来の遺伝子ｔｂｐＡ中における塩基配列とは、相当数のミスフィット塩基を有する可能性がある。 
  
（ｄ）M35株由来のｔｂｐＢ遺伝子が、引用例１に記載される、R1株に由来するｔｂｐＢ遺伝子の取得に用いられる方法、すなわち、4223株由来のｔｂｐＢ遺伝子の翻訳開始点の上流、約274bpに位置する塩基配列：センス・プライマー（４９４０）、ならびに、終止点（終止コドン）の下流、約１１ｂｐに位置する塩基配列：アンチセンス・プライマー（４９６７）に基づき作製された、二種のプライマーを用いて、染色体ＤＮＡを鋳型とした、ＰＣＲ増幅産物として、直接取得可能か否かに関しては、全く不明である。具体的には、M35株由来の遺伝子ｔｂｐＢの翻訳開始点の上流、ならびに、終止点の下流に存在する非翻訳領域の塩基配列に関して、類似する菌株間において、その塩基配列に類似性を示すか否かは、合理的に予測することは不可能である。 
　
主張（ａ）について
　制限酵素切断部位Sau3Aがモラクセラ・カタラリスM35菌株のｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子との間に存在する可能性がないとはいえないが、特にM35株において、他の菌株と異なり、この領域にSau3A切断部位が存在する可能性が高いとする根拠はない。また、もし、仮に、4223、Q8及びR1株とは異なってM35株のｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子との間に切断部位Sau3Aがあったとしても、その場合は染色体ライブラリーの中に、ｔｂｐＡ遺伝子を含むフラグメントと、ｔｂｐＢ遺伝子を含むフラグメントが別に存在することになるだけであって、その場合であっても、ｔｂｐＢ遺伝子をクローニングするためには、引用例１に記載されるように、Ｔｂｐ２において保存されたアミノ酸配列を基に調製したプローブを使用して染色体ライブラリーから直接ｔｂｐＢ遺伝子を含むフラグメントをクローニングすることも当業者が容易に想到しうることである。
　つまり、ｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子間に切断部位Sau3Aがあるかないかにかかわらず、当業者であれば、引用例１の記載に基づいて、Ｔｂｐ２をコードする遺伝子を容易にクローニングし得るのであり、請求人が主張する可能性は、モラクセラ・カタラリスM35株由来のＴｂｐ１又はＴｂｐ２をコードする遺伝子をクローニングしようとする動機付けを阻害するほどのものではない。
　
　なお、本願明細書をみると、引用例１と全く同一のプローブ「４２３６−ＲＤ」及び「４２３７−ＲＤ」を使用して同一の手法により、M35菌株由来のｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子を含むフラグメントをクローニングしており、切断部位Sua3Aが保存されているかどうか予測できないことについて、格別な工夫をしたものとも認められない。
　
主張（ｂ）及び（ｃ）について
　ナイセリア属とヘモフィリス属に属する菌株及びモラクセラ・カタラリス4223株、Q8株のＴｂｐ１又はＴｂｐ２において保存されたアミノ酸配列が、モラクセラ・カタラリスM35株のそれにおいては保存されていないという可能性がないとはいえないが、近縁及び同属種の複数の菌株においてアミノ酸配列が保存されているということは、その部分が遺伝子の機能にとって重要であることを意味すると考えられるから、このような可能性は低いといわざるを得ない。また、M982株とFA19株という特定の２菌株において、当該保存配列EGGFYGPの一部が異なるアミノ酸に置換されていたとしても、この保存配列については、引用例１において「多数のナイセリア菌とヘモフィリス菌内のＴｂｐ２蛋白質に保存されている」（第42頁17行〜21行）と記載されており、しかも、M982株は髄膜炎菌（Nisseria meningitidis）、FA19菌株は淋菌（Nisseria gonorrhoeae）であり、4223、Q8、R1菌株とは属が異なる（第11頁11行〜13行）のに対し、M35株は同じ属種であり、該配列が保存されている確率はより高い。したがって、このような可能性は、モラクセラ・カタラリスＴｂｐ１又はＴｂｐ２をコードする遺伝子をクローニングしようとする動機付けを阻害するほどのものではなく、むしろ、複数のしかも同一種内の菌株間において保存されたアミノ酸配列が知られていれば、当業者であれば、まずそれを用いてモラクセラ・カタラリスの他の菌株の相当タンパク質をコードする遺伝子をクローニングしようとすることは当然のことであるといえる。
　また、縮退型プローブの設計において、特定の生物種において頻繁に使用されているコドンを選択することにより、実際の塩基配列を予測してプローブを設計することは、本願優先日における周知技術である。そして、引用例１に記載されるように、モラクセラ・カタラリスに属する複数の菌株のＴｂｐ１及びＴｂｐ２をコードする核酸分子の塩基配列が既に決定されているのであるから、それらの塩基配列も考慮して、縮退型プローブの候補数を絞り込むことは、当業者が適宜なし得ることである。
　実際、本願明細書におけるクローニングにおいて使用した縮退プローブ「４２３６−ＲＤ」及び「４２３７−ＲＤ」は、引用例１において、「Q8株由来のＴｂｐ１及びＴｂｐ２蛋白質をコードする核酸分子」のクローニングにおいて使用したプローブと全く同一のものであって、本願明細書におけるプローブの設計において格別な工夫をしたものとも認められない。
　
主張（ｄ）について
　同一種内のきわめて近縁の関係にある菌株間では、一般に非翻訳領域においても、配列間に類似性が認められることは、技術常識である。また、本願明細書においては、M35菌株のＴｂｐ２蛋白質をコードする核酸分子のクローニング方法として、非翻訳領域の配列に基づき作製されたプライマーを用いたＰＣＲによる手法は用いておらず、引用例１に記載されたQ8株に適用された手法を用いている。したがって、仮に、ＰＣＲ法によるクローニングが実際には困難であったとしても、それによって、本願発明１の進歩性の判断が左右されることにはならない。
　　
３．むすび
　以上のとおりであるから、本願発明１は、引用例１に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから、その余の本願請求項に係る発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。
　
　よって、結論のとおり審決する。