【手続補正書】
【提出日】平成22年4月30日(2010.4.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
胎児を身ごもった妊娠女性において妊娠−関連障害を検出又はモニタリングする方法であって：
（ａ）女性から生物学的試料を得る工程であり、ここで試料は、全血、血清、血漿、尿又は唾液である工程；
（ｂ）試料中のＣｐＧ−含有ゲノム配列のメチル化状態を決定する工程であり、ここで胎児由来のゲノム配列及び女性由来のゲノム配列が、示差的にメチル化され、これにより試料中の女性由来のゲノム配列と胎児由来のゲノム配列を識別し、ここで該ゲノム配列は、長さが少なくとも１５個のヌクレオチドであり、少なくとも１個のシトシンを含み、そして第２１染色体上の領域内にあり、ここで、該領域は、（１）ＣＧＩ１３７、ホスホジエステラーゼ９Ａ（ＰＤＥ９Ａ）、ホモ・サピエンスタンパク質ホスファターゼ１、調節（阻害）サブユニット２偽遺伝子２（ＰＰＰ１Ｒ２Ｐ２）、Ｆｅｍ１Ａ（シーエレガンス）への類似、ＣＧＩ００９、カルボニルレダクターゼ１（ＣＢＲ１）、ダウン症細胞接着分子（ＤＳＣＡＭ）、及び第２１染色体オープンリーディングフレーム２９（Ｃ２１ｏｒｆ２９）、ホロカルボキシラーゼ合成酵素（ＨＬＣＳ）、及びＣＧＩ１３２からなる群より選択される、ゲノム遺伝子座；並びに、（２）この遺伝子座から１０ｋｂを超えない上流及び／又は下流のＤＮＡ配列：からなる、工程；
（ｃ）胎児由来のゲノム配列のレベルを決定する工程；並びに
（ｄ）胎児由来のゲノム配列のレベルを、標準対照と比較する工程であり、ここで標準対照からの増加又は減少は、妊娠−関連障害の存在又は進行を示す工程：を含む、方法。
【請求項２】
女性由来のゲノム配列がメチル化され、そして胎児由来のゲノム配列がメチル化されない、請求項１記載の方法。
【請求項３】
女性由来のゲノム配列がメチル化されず、そして胎児由来のゲノム配列がメチル化される、請求項１記載の方法。
【請求項４】
前記工程（ｂ）が、試料をメチル化された及びメチル化されないＤＮＡを示差的に修飾する試薬で処理することによって実行される、請求項１記載の方法。
【請求項５】
前記試薬が、亜硫酸水素塩を含む、請求項４記載の方法。
【請求項６】
前記試薬が、メチル化されたＤＮＡを優先的に切断する１種又は複数の酵素を含む、請求項４記載の方法。
【請求項７】
前記試薬が、メチル化されないＤＮＡを優先的に切断する１種又は複数の酵素を含む、請求項４記載の方法。
【請求項８】
前記工程（ｂ）が、メチル化−特異的ＰＣＲにより実行される、請求項１記載の方法。
【請求項９】
胎児を身ごもった妊娠女性において妊娠−関連障害を検出又はモニタリングする方法であり：
（ａ）女性由来の生物学的試料中のＤＮＡを得る工程であり、ここで試料は、全血、血清、血漿、尿又は唾液である工程；
（ｂ）工程（ａ）由来のＤＮＡを、亜硫酸水素塩で処理する工程；並びに
（ｃ）工程（ｂ）由来のＤＮＡ及び２種のプライマーを用いて増幅反応を実行し、ＣｐＧ−含有ゲノム配列を増幅する工程であり、ここで該ゲノム配列は、長さが少なくとも１５個のヌクレオチドであり、少なくとも１個のシトシンを含み、そして第２１染色体上の領域内にあり、ここで該領域は、（１）ＣＧＩ１３７、ホスホジエステラーゼ９Ａ（ＰＤＥ９Ａ）、ホモ・サピエンスタンパク質ホスファターゼ１、調節（阻害）サブユニット２偽遺伝子２（ＰＰＰ１Ｒ２Ｐ２）、Ｆｅｍ１Ａ（シーエレガンス）への類似、ＣＧＩ００９、カルボニルレダクターゼ１（ＣＢＲ１）、ダウン症細胞接着分子（ＤＳＣＡＭ）、第２１染色体オープンリーディングフレーム２９（Ｃ２１ｏｒｆ２９）、ホロカルボキシラーゼ合成酵素（ＨＬＣＳ）、及びＣＧＩ１３２からなる群より選択される、ゲノム遺伝子座；並びに、（２）この遺伝子座から１０ｋｂを超えない上流及び／又は下流のＤＮＡ配列：からなり；
並びに、ここで２種のプライマーの少なくとも１種は、胎児由来のゲノム配列へ示差的に結合する工程；並びに
（ｄ）工程（ｃ）由来のゲノム配列の増幅された部分のレベルを、標準対照と比較する工程であり、ここで標準対照からの増加又は減少は、妊娠−関連障害の存在又は進行を示す工程：を含む、方法。
【請求項１０】
前記増幅反応が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、メチル化−特異的ＰＣＲ、核酸配列に基づく増幅、鎖置換反応、又は分枝ＤＮＡ増幅反応のいずれかである、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
妊娠−関連障害が、子癇前症、早期分娩、妊娠悪阻、異所性妊娠、染色体異数性、トリソミー２１、又は子宮内発育遅延のいずれかである、請求項１又は９記載の方法。
【請求項１２】
妊娠−関連障害を検出及びモニタリングする方法であり：
（ａ）女性由来の生物学的試料中のＤＮＡを得る工程であり、ここで試料は、全血、血清、血漿、尿又は唾液である工程；
（ｂ）工程（ａ）由来のＤＮＡを、メチル化された及びメチル化されないＤＮＡを示差的に修飾する試薬で処理する工程；
（ｃ）工程（ｂ）由来のＣｐＧ−含有ゲノム配列ヌクレオチド配列を決定する工程であり、ここでゲノム配列は、長さが少なくとも１５個のヌクレオチドであり、少なくとも１個のシトシンを含み、そして第２１染色体上の領域内にあり、ここで該領域は、（１）ＣＧＩ１３７、ホスホジエステラーゼ９Ａ（ＰＤＥ９Ａ）、ホモ・サピエンスタンパク質ホスファターゼ１、調節（阻害）サブユニット２偽遺伝子２（ＰＰＰ１Ｒ２Ｐ２）、Ｆｅｍ１Ａ（シーエレガンス）への類似、ＣＧＩ００９、カルボニルレダクターゼ１（ＣＢＲ１）、ダウン症細胞接着分子（ＤＳＣＡＭ）、及び第２１染色体オープンリーディングフレーム２９（Ｃ２１ｏｒｆ２９）、ホロカルボキシラーゼ合成酵素（ＨＬＣＳ）、及びＣＧＩ１３２からなる群より選択される、ゲノム遺伝子座；並びに、（２）この遺伝子座から１０ｋｂを超えない上流及び／又は下流のＤＮＡ配列：からなる、工程；並びに
（ｄ）工程（ｃ）由来のヌクレオチド配列のプロファイルを、標準対照と比較する工程であり、ここで標準対照からのプロファイルの変化は、妊娠−関連障害の存在又は進行を示す工程：を含む、方法。
【請求項１３】
前記試薬が、亜硫酸水素塩を含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
前記試薬が、メチル化されたＤＮＡを優先的に切断する１種又は複数の酵素を含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１５】
前記試薬が、メチル化されないＤＮＡを優先的に切断する１種又は複数の酵素を含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１６】
ゲノム配列を増幅するために、工程（ｂ）由来のＤＮＡ及び２種のプライマーを用いる増幅工程を更に含む、請求項１２記載の方法。
【請求項１７】
前記増幅工程が、ＰＣＲ又はメチル化−特異的ＰＣＲにより実行される、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
前記工程（ｃ）が、質量分析、プライマー伸長、ポリヌクレオチドハイブリダイゼーション、リアル−タイムＰＣＲ、又は電気泳動のいずれかにより実行される、請求項１２記載の方法。
【請求項１９】
妊婦内の胎児においてトリソミー２１を検出する方法であり：
（ａ）女性から生物学的試料を得る工程であり、ここで試料は、全血、血清、血漿、尿又は唾液である工程；
（ｂ）工程（ａ）由来の試料を、メチル化された及びメチル化されないＤＮＡを示差的に修飾する試薬で処理する工程；
（ｃ）ＣｐＧ−含有ゲノム配列の対立遺伝子を分析する工程であり、ここでゲノム配列は、長さが少なくとも１５個のヌクレオチドであり、少なくとも１個のシトシンを含み、そして第２１染色体上の領域内にあり、ここで該領域は、（１）ＣＧＩ１３７、ホスホジエステラーゼ９Ａ（ＰＤＥ９Ａ）、ホモ・サピエンスタンパク質ホスファターゼ１、調節（阻害）サブユニット２偽遺伝子２（ＰＰＰ１Ｒ２Ｐ２）、Ｆｅｍ１Ａ（シーエレガンス）への類似、ＣＧＩ００９、カルボニルレダクターゼ１（ＣＢＲ１）、ダウン症細胞接着分子（ＤＳＣＡＭ）、及び第２１染色体オープンリーディングフレーム２９（Ｃ２１ｏｒｆ２９）、ホロカルボキシラーゼ合成酵素（ＨＬＣＳ）、及びＣＧＩ１３２からなる群より選択される、ゲノム遺伝子座；並びに、（２）この遺伝子座から１０ｋｂを超えない上流及び／又は下流のＤＮＡ配列：からなる、工程；並びに
（ｄ）これらの対立遺伝子の比を決定する工程であり、ここでトリソミー２１を有さない胎児を身ごもっている女性の比からの偏差は、その胎児のトリソミー２１を示す工程：を含む、方法。
【請求項２０】
前記試薬が、亜硫酸水素塩を含む、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
前記試薬が、メチル化されたＤＮＡを優先的に切断する１種又は複数の酵素を含む、請求項１９記載の方法。
【請求項２２】
前記試薬が、メチル化されないＤＮＡを優先的に切断する１種又は複数の酵素を含む、請求項１９記載の方法。
【請求項２３】
メチル化された又はメチル化されないゲノム配列を増幅するために、工程（ｂ）の後に増幅工程を更に含む、請求項１９記載の方法。
【請求項２４】
前記増幅工程が、ＰＣＲ又はメチル化−特異的ＰＣＲにより実行される、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】
前記工程（ｃ）が、質量分析、プライマー伸長アッセイ、リアル−タイムＰＣＲ、ポリヌクレオチドハイブリダイゼーション、又は電気泳動のいずれかにより実行される、請求項１９記載の方法。
【請求項２６】
胎児由来のゲノム配列の２つの異なる対立遺伝子が、一塩基多型、挿入−欠失多型、又は単純な縦列反復配列多型を含む、請求項１９記載の方法。
【請求項２７】
胎児を身ごもった妊娠女性における妊娠−関連障害を検出又はモニタリングする方法であり：
（ａ）女性から生物学的試料を得る工程であり、ここで試料は、全血、血清、血漿、尿又は唾液である工程；
（ｂ）試料中のＣｐＧ−含有ゲノム配列のレベルを決定する工程であり、ここで該ゲノム配列は、長さが少なくとも１５個のヌクレオチドであり、少なくとも１個のメチル化されないシトシンを含み、そして第２１染色体上の領域内にあり、ここで該領域は、（１）ＣＧＩ１３７、ホスホジエステラーゼ９Ａ（ＰＤＥ９Ａ）、ホモ・サピエンスタンパク質ホスファターゼ１、調節（阻害）サブユニット２偽遺伝子２（ＰＰＰ１Ｒ２Ｐ２）、Ｆｅｍ１Ａ（シーエレガンス）への類似からなる群より選択される、ゲノム遺伝子座；並びに、（２）この遺伝子座から１０ｋｂを超えない上流及び／又は下流のＤＮＡ配列：からなる、工程；並びに
（ｃ）このゲノム配列のレベルを、標準対照と比較する工程であり、ここで標準対照からの増加又は減少は、妊娠−関連障害の存在又は進行を示す工程：を含む、方法。
【請求項２８】
胎児を身ごもった妊娠女性における妊娠−関連障害を検出又はモニタリングする方法であり：
（ａ）女性から生物学的試料を得る工程であり、ここで試料は、全血、血清、血漿、尿又は唾液である工程；
（ｂ）試料中のＣｐＧ−含有ゲノム配列のレベルを決定する工程であり、ここで該ゲノム配列は、長さが少なくとも１５個のヌクレオチドであり、少なくとも１個のメチル化されたシトシンを含み、そして第２１染色体上の領域内にあり、ここで該領域は、（１）ＣＧＩ００９、カルボニルレダクターゼ１（ＣＢＲ１）、ダウン症細胞接着分子（ＤＳＣＡＭ）、第２１染色体オープンリーディングフレーム２９（Ｃ２１ｏｒｆ２９）、ホロカルボキシラーゼ合成酵素（ＨＬＣＳ）、及びＣＧＩ１３２からなる群より選択される、ゲノム遺伝子座；並びに、（２）この遺伝子座から１０ｋｂを超えない上流及び／又は下流のＤＮＡ配列：からなる、工程；並びに
（ｃ）このゲノム配列のレベルを、標準対照と比較する工程であり、ここで標準対照からの増加又は減少は、妊娠−関連障害の存在又は進行を示す工程：を含む、方法。
【請求項２９】
前記工程（ｂ）が、血液試料中に存在するＤＮＡを、メチル化された及びメチル化されないシトシンを示差的に修飾する試薬で処理する工程を含む、請求項２７又は２８記載の方法。
【請求項３０】
前記試薬が、亜硫酸水素塩を含む、請求項２９記載の方法。
【請求項３１】
前記試薬が、メチル化されたシトシンを含むＤＮＡを優先的に切断する１種又は複数の酵素を含む、請求項２９記載の方法。
【請求項３２】
前記試薬が、メチル化されないシトシンを含むＤＮＡを優先的に切断する１種又は複数の酵素を含む、請求項２９記載の方法。
【請求項３３】
前記工程（ｂ）が、増幅反応を含む、請求項２７又は２８記載の方法。
【請求項３４】
前記増幅反応が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）である、請求項３３記載の方法。
【請求項３５】
前記ＰＣＲが、メチル化−特異的ＰＣＲである、請求項３４記載の方法。
【請求項３６】
前記増幅反応が、核酸配列ベースの増幅、鎖置換反応、又は分枝ＤＮＡ増幅反応のいずれかである、請求項３３記載の方法。
【請求項３７】
ゲノムＤＮＡ配列のレベルが、電気泳動又はポリヌクレオチドハイブリダイゼーションにより決定される、請求項２７又は２８記載の方法。
【請求項３８】
妊娠−関連障害が、子癇前症、早期分娩、妊娠悪阻、異所性妊娠、トリソミー２１、又は子宮内発育遅延のいずれかである、請求項２７又は２８記載の方法。
【請求項３９】
ゲノム配列が、ＣｐＧアイランドである、請求項１、９、１２、１９、２７又は２８記載の方法。