【事件の表示】
　特願２０１４−５４９５５２「滞留時間の決定または確認のための窓処理質量分析データの使用」拒絶査定不服審判事件〔平成２５年　７月　４日国際公開、ＷＯ２０１３／０９８６１８、平成２７年　２月　２日国内公表、特表２０１５−５０３７４６〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、２０１２年（平成２４年）１２月１５日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２０１１年１２月２９日、米国）を国際出願日とする出願であって、平成２８年８月１６日付けの拒絶理由が通知され、同年１１月２４日に意見書が提出されるとともに手続補正がなされ、平成２９年３月１日付けの拒絶理由が通知され、同年６月９日に意見書が提出されるとともに手続補正がなされ、同年１０月２３日付けで拒絶査定がなされたのに対し、平成３０年２月２２日に拒絶査定不服審判の請求がなされると同時に手続補正がなされたものであり、その後、当審において平成３０年１０月１５日付けの拒絶理由が通知され、平成３１年１月１６日に意見書が提出されるとともに手続補正がなされたものである。
第２　本願発明
　本願の請求項１〜１６に係る発明は、平成３１年１月１６日になされた手続補正（以下「本件補正」という。）によって補正された特許請求の範囲の請求項１〜１６に記載された事項により特定されるものと認められるところ、そのうち請求項１に係る発明（以下「本願発明」という。）は、以下のとおりのものである。
「【請求項１】
　質量スペクトル集合から、既知の着目化合物のピークをスコア化するためのシステムであって、前記システムは、
　１つ以上の化合物を試料混合物から分離して、分離する試料混合物をイオン化する分離デバイスであって、前記試料混合物は、既知の着目化合物を含む、分離デバイスと、
　質量範囲全体に及ぶために、１つ以上の順次質量窓幅を使用して、複数の時間間隔の各時間間隔において、前記分離する試料混合物に１回以上の質量分析走査を行うことにより、各順次質量窓幅に対する１つの質量スペクトルと、前記複数の時間間隔の各時間間隔に対する前記質量範囲全体に対する１つ以上の質量スペクトルと、前記複数の時間間隔に対する質量スペクトル集合とを生成する質量分析計と、
　プロセッサと
　を備え、
　前記プロセッサは、
　（ａ）前記既知の着目化合物の単一の断片イオンを選択することと、
　（ｂ）前記質量スペクトル集合から、前記選択された単一の断片イオンに対するイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を形成することであって、前記ＸＩＣは、前記複数の時間間隔の各時間間隔に対する前記選択された単一の断片イオンの強度を含む、ことと、
　（ｃ）固有の質量電荷比（ｍ／ｚ）を有する前記選択された単一の断片イオンに対応する２つ以上のＸＩＣピークが前記複数の時間間隔のうちの２つ以上の時間間隔において前記ＸＩＣ内に見出される場合、前記２つ以上の時間間隔のそれぞれに対して、前記質量スペクトル集合から前記質量範囲全体の質量スペクトルを取得して２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルを生成し、前記２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルの各質量範囲全体質量スペクトルにおける前記選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値と、前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し、前記比較の結果を前記選択された単一の断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすることであって、前記スコアは、それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す、ことと
　を行う、システム。」
　
第３　当審拒絶理由について
　平成３０年１０月１５日付けの当審が通知した拒絶理由（以下「当審拒絶理由」という。）は、次のとおりのものである。なお、当審拒絶理由における「本願発明」とは、本件補正前の独立項である請求項１、１０及び１１に係る発明をまとめていったものである。
１．（委任省令要件）この出願は、発明の詳細な説明の記載が下記の点で、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。 
２．（明確性）この出願は、特許請求の範囲の記載が下記の点で、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。 
３．（実施可能要件）この出願は、発明の詳細な説明の記載が下記の点で、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。 
理由１（委任省令要件）について 
（１）本願明細書の記載 
　本願発明には、「前記２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルの各質量範囲全体質量スペクトルにおける前記選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値と、前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し、前記比較の結果を前記選択された単一の断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすること」が特定されている。 
　これに対し、上記「スコア」について、本願明細書の発明の詳細な説明には、以下の記載がある。なお、下線は当審において付与した。 
「【０００５】 
　・・・。
種々の基準が
これらの基準に基づいて、各ピークおよび／または時間間隔が、スコア化される
「【００１７】 
　
スペクトル集合のピークのスコア化
　前述のように、
分離システムと連結された質量分析計は、試料から分離する
分離試料は、イオン化され、試料に対する一連の質量スペクトルが、規定された間隔において取得される
【００１８】 
　スペクトル集合内で見出されるピークは、試料中の着目化合物を同定または特性評価するために使用される。しかしながら、複合試料では、干渉ピークおよび着目化合物の滞留時間に関する概算または無情報が、着目化合物を同定または特性評価することを困難にし得る。 
【００１９】 
　従来の分離連結質量分析システムでは、既知の着目化合物の断片イオンが、分析のために選択される。
質量分析走査は、次いで、分離の各間隔において、断片イオンを含む質量範囲に対して行われる
【００２０】 
　単純試料混合物に対して、例えば、断片イオンを表す単一ピークは、典型的には、既知の化合物の予期される滞留時間において、ＸＩＣ内で見出される。しかしながら、
より複雑な混合物に対しては、断片イオンを表す２つ以上のピークが、着目化合物の予期される滞留時間に加え、スペクトル集合内の１つ以上の付加的時間間隔内で特定される。言い換えると、断片イオンに対するＸＩＣは、２つ以上のピークを有し得る
【００２１】 
　より複雑な混合物中の着目化合物を同定する従来の方法の１つは、既知の化合物の断片イオンの２つ以上がピークを有する、時間間隔を特定するものであった。本方法は、例えば、既知の配列のペプチドが定量化されるとき、プロテオミクスにおいて使用される。 
【００２２】 
　典型的複数の反応監視（ＭＲＭ）方法では、２つ以上のＭＲＭ遷移が、監視され、それぞれ、ペプチドの異なる断片に対応する。以前の発見データが利用可能である場合、これらの遷移は、データ内で観察される最大断片に基づく。そうでなければ、これらの遷移は、例えば、予測されるｙ−イオンに基づく。ＸＩＣは、これらの２つ以上のＭＲＭ遷移に対して分析される。全遷移に対するピークが存在する時間が、着目化合物を特性評価するために使用される。 
【００２３】 
　複合試料に対して、特に、予期される滞留時間が、正確に既知ではない場合、スペクトル集合内に曖昧性が存在し得る。例えば、２つ以上の滞留時間または２つ以上のＭＲＭ遷移のそれぞれに対してピークが存在する時間間隔が、存在し得る。 
【００２４】 
　複合試料によって導入される曖昧性に対処するための付加的情報は、ほとんど利用不可能である。従来の分離連結質量分析システムでは、各時間間隔における各断片イオンに対する各質量分析走査は、典型的には、狭質量窓幅を使用して行われる。その結果、データ取得後に利用可能な各断片イオンに対する特定の時間間隔における質量スペクトルは、ほとんど付加的洞察をもたらす可能性がない。 
【００２５】 
　プロテオミクス実施例に戻ると、複合試料は、２つ以上の抽出された親／娘イオンの組み合わせのそれぞれに対してピークが存在する、２つ以上の時間間隔を有し得る。言い換えると、ペプチドを表すピーク群は、２つ以上の時間間隔において見出され得る。種々の実施形態では、２つ以上の時間間隔のそれぞれに対して収集された各質量範囲全体に対する質量スペクトルが、検査される。 
【００２６】 
　例えば、
予期される質量のうちの１つ以上に対する質量精度が、不良である場合、これは、スペクトル集合内のピークが、予期される着目断片に対応せず、本候補が、排除され得る、または、実際は、そのスコアを減少させ得ることの指標である。本スコア化は、２つ以上の初期の予期される質量だけではなく、ペプチドに対する他の予期される配列イオンにも基づくことができる
【００２７】 
　本技法は、可能性の高い配列イオンが、予測され得るが、また、初期断片スペクトルが利用可能であることを前提として、小分子にも非常に適用可能であるため、ペプチドに対して有力である。この場合、可能性として、スペクトルの最大観察断片集合が同定されが、任意の他の有意な観察断片を使用して、スコア化も行われるであろう。
そのようなピーク群スコア化の付加的使用の１つは、スペクトル集合内で同定された初期質量に対してだけではなく、また、付加的予期または予測断片も考慮して、最も特異的断片質量または複数の質量を判定することであり得る
「【００３３】 
　ステップ３では、プロセッサ２３０は、１つ以上のピークの各ピークをスコア化する。プロセッサ２３０は、スペクトル集合から、各ピークの各間隔の間の質量範囲全体の質量スペクトルを読み出す。プロセッサ２３０は、
各ピークに対応する質量スペクトル内の質量電荷比ピークの１つ以上のイオン特性の値を、断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較する。最後に、プロセッサ２３０は、比較の結果を各ピークのスコアの基礎とする
【００３４】 
　種々の実施形態では、１つ以上のイオン特性として、限定ではないが、電荷状態、等方性状態、質量精度、または既知の化合物の既知の断片化プロファイルと関連付けられ１つ以上の質量差が挙げられる。 
【００３５】 
　種々の実施形態では、プロセッサ２３０はさらに、
１つ以上のピークのスコアに基づいて、既知の化合物の分離間隔を同定する
最高スコアを伴う１つ以上のピークのピークの間隔として、既知の化合物の分離間隔を同定する
【００３６】 
　種々の実施形態では、プロセッサ２３０はさらに、既知の化合物の１つ以上の付加的断片イオンに対して、ステップ１−３を行う。その結果、プロセッサ２３０は、
既知の化合物の２つ以上の断片イオンの各ピークに対して、スコアを生成する
２つ以上の異なる間隔のそれぞれにおける２つ以上の断片イオンからのピークのスコアを組み合わせ、２つ以上の間隔のそれぞれの間の組み合わせられたスコアを生成する
既知の化合物に対する分離間隔として、最高スコアを伴う２つ以上の異なる間隔の間隔を同定する
「【００４２】 
　ステップ３４０では、１つ以上のピークの各ピークが、スペクトル集合から、各ピークの各間隔に対する質量範囲全体の質量スペクトルを取得し、
各ピークに対応する質量スペクトル内の質量電荷比ピークの１つ以上のイオン特性の値を、断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較し比較の結果を各ピークのスコアの基礎とすることによって、スコア化される
「【００４６】 
　分析モジュール４２０は、既知の化合物の断片イオンを選択する。
分析モジュール４２０は、スペクトル集合内の複数の間隔の１つ以上の異なる間隔において、断片イオンに対して、１つ以上のピークを同定する。最後に、分析モジュール４２０は、１つ以上のピークの各ピークをスコア化する
  
（２）判断 
ア　スコアの定義 
　本願明細書には、スコアについて、「種々の基準」「に基づいて、各ピークおよび／または時間間隔が、スコア化される」、「各ピークに対応する質量スペクトル内の質量電荷比ピークの１つ以上のイオン特性の値を、断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較する。最後に、プロセッサ２３０は、比較の結果を各ピークのスコアの基礎とする。」、「各ピークに対応する質量スペクトル内の質量電荷比ピークの１つ以上のイオン特性の値を、断片イオンに対する１つ以上の既知の値と比較し比較の結果を各ピークのスコアの基礎とすることによって、スコア化される。」と記載されているものの、「スコア」（値）を求めた実施例が記載されておらず、具体的にどのような定義（計算式等）として表されるものであるのか明かではない。特に、「比較の結果を各ピークのスコアの基礎とする」との記載では、結果を基礎とするだけであり、スコアがどのような定義の値であるのか不明である。 
  
イ　スコアを求める必要性（解決しようとする課題） 
　本願明細書に「分離システムと連結された質量分析計は、試料から分離する」「分離試料は、イオン化され、試料に対する一連の質量スペクトルが、規定された間隔において取得される。」、「質量分析走査は、次いで、分離の各間隔において、断片イオンを含む質量範囲に対して行われる。」と記載されているとおり、クロマトにより経時的に試料を分離し、それら分離されたもの毎に（経時的に）質量分析を行うものであるから、経時的に行った質量スペクトルにおいて、同等な質量電荷比ピークをもつものが現れる場合があるにせよ、その場合においても、クロマトにより経時的に分離され、評価できるものである。してみれば、上記アで説示したとおり、「スコア」の定義は不明であるものの、本願発明のようなスコアを導入することの必要性が不明であり、スコアによりどのような課題が解決できるのか明かではない。
  
ウ　スコアに関するピーク 
　本願発明は、断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの値と、その単一の断片イオンに対する既知のピークの値とを比較し、比較の結果を、その単一の断片イオンの２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピーク（クロマトのピーク）のスコアの基礎とするものであるが、質量電荷比（ｍ／ｚ）のピークと、滞留時間の違いにより分離するクロマトのピークとは、物理化学的に全く異なるものであり、質量電荷比（ｍ／ｚ）のピークをＸＩＣピークのスコアの基礎とできる物理化学的根拠が発明の詳細な説明に記載されていない。
  
エ　スコアの利用 
　本願明細書に「予期される質量のうちの１つ以上に対する質量精度が、不良である場合、これは、スペクトル集合内のピークが、予期される着目断片に対応せず、本候補が、排除され得る、または、実際は、そのスコアを減少させ得ることの指標である。本スコア化は、２つ以上の初期の予期される質量だけではなく、ペプチドに対する他の予期される配列イオンにも基づくことができる。」、「そのようなピーク群スコア化の付加的使用の１つは、スペクトル集合内で同定された初期質量に対してだけではなく、また、付加的予期または予測断片も考慮して、最も特異的断片質量または複数の質量を判定することであり得る。」、「１つ以上のピークのスコアに基づいて、既知の化合物の分離間隔を同定する。プロセッサ２３０は、例えば、最高スコアを伴う１つ以上のピークのピークの間隔として、既知の化合物の分離間隔を同定する。」、「既知の化合物に対する分離間隔として、最高スコアを伴う２つ以上の異なる間隔の間隔を同定する。」と記載され、一応、スコアが、質量精度が不良である場合の指標、特異的断片質量または複数の質量の判定、既知の化合物の分離間隔の同定に利用できるようではあるが、これら３つの技術的関係が不明であり、そもそも上記アで説示したとおり「スコア」の定義自体が不明であることもあり、それらの指標、判定、同定が、スコアとどのように関連づけられるのかも不明であるから、本願発明でいうところの「スコア」を求めて、技術的にどのように利用するのか明かではない。 
  
オ　スコアの技術的意義のまとめ 
　上記ア〜エで説示したとおり、スコアの定義、ピーク、必要性及び利用等について、本願明細書を参照しても技術的に明かではないことから、発明の詳細な説明の記載によって、スコアの技術的意義を理解することはできない。 
  
カ　意見書における説明 
　請求人は、平成２９年６月９日付け意見書で、以下のような説明をしている。 
「＜参考図３＞ 
補正後の請求項１に規定されるように、プロセッサは、断片イオンのｍ／ｚピークの１つ以上のイオン特性の値と断片イオンに対する既知の値とを比較します。例えば、補正後の請求項２に規定されるように、１つ以上のイオン特性は、＜参考図３＞に示されるｍ／ｚピーク１およびｍ／ｚピーク２の質量精度であり得ます。ｍ／ｚピーク１およびｍ／ｚピーク２の質量またはｍ／ｚは、ｍ／ｚ比４３１を有する断片イオンの既知の精確な質量値と比較されます。例えば、ｍ／ｚ比４３１を有する断片イオンに対する既知の精確な質量またはｍ／ｚは、４３１．０３４５であり、質量スペクトル１におけるｍ／ｚピーク１の測定された質量は、４３１．０３４４であり、質量スペクトル２におけるｍ／ｚピーク２の測定された質量は、４３１．１２８です。  
　最終的には、プロセッサは、ｍ／ｚピークと既知のイオン特性の値との比較結果を各ＸＩＣピークのスコアの基礎とします。例えば、上述した例の質量精度では、ｍ／ｚピーク１は、ｍ／ｚピーク２よりもｍ／ｚ４３１を有する断片イオンの既知の精確な質量により近い質量を有しています。ＸＩＣピーク１に与えられるスコア１のスコアは、ＸＩＣピーク２に与えられるスコアよりも高くなります（以下に示す＜参考図４＞を参照）。」 
　当該説明が本願明細書のどこの記載に基づくものか不明であり、本願明細書に基づかない説明により、上記ア〜オで指摘した理由１が解消されるものではない。 
　仮に、上記意見書における説明を参酌しても、ＸＩＣピーク１、ＸＩＣピーク２は、クロマトとしてのピークであり、質量分析した際のピーク（ｍ／ｚ）ではないことから、質量分析した際の、質量スペクトル１のｍ／ｚが４３１．０３４４、質量スペクトル２のｍ／ｚが４３１．１２８であるとしても、これらの質量スペクトルのｍ／ｚの値が、クロマトのピークとしてのＸＩＣピークを左右するものではない。参考図３から理解できることは、質量分析した際の質量スペクトルｍ／ｚの値が同じようなものでも、クロマトにより別の断片イオンとして区別できるということであり、意見書の上記説明によってスコア化することの技術的意義が理解できるものではない。 
  
（３）小括 
　よって、発明の詳細な説明は、特にスコアについて、当業者が発明の技術上の意義を理解するために必要な事項が記載されているとはいえないことから、経済産業省令で定めるところにより記載されたものでない。 
  
理由２（明確性）について 
（１）上記理由１で述べたとおり、本願明細書を参照しても、「スコア」の技術的意義が不明であるから、本願発明における「前記２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルの各質量範囲全体質量スペクトルにおける前記選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値と、前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し、前記比較の結果を前記選択された単一の断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすること」が、技術的に何を特定しようとしているのか不明確である。 
 　 
（２）本願発明の「前記質量スペクトル集合から、前記選択された単一の断片イオンに対する抽出されたイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を計算すること」と特定されているが、「質量スペクトル集合」とは、各時間間隔ごとにとった質量範囲全体における質量スペクトル（ｍ／ｚ）の集合であるから、質量スペクトル（ｍ／ｚ）からイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を計算することは、上記理由１の（２）ウで述べたとおり、質量スペクトルのピークとクロマトのピークとは物理化学的に全く異なるものであり、どのような「計算」であるのか技術的に明確なものではない。 
  
（３）小括 
　よって、本願発明及びそれに従属する請求項の記載は、不明確である。 
  
理由３（実施可能要件）について 
（１）上記理由１で述べたとおり、発明の詳細な説明には、スコア（値）を求めた実施例が記載されておらず、具体的にどのような定義（計算式等）として表されるものであるのか明かではないことから、発明の詳細な説明は、当業者が本願発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものともいえない。
 
（２）上記理由２（２）で述べたとおり、本願発明の「前記質量スペクトル集合から、前記選択された単一の断片イオンに対する抽出されたイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を計算すること」は不明確であり、この点、発明の詳細な説明には、計算した例も記載されておらず、具体的にどのような計算であるのか明かではないことから、発明の詳細な説明は、当業者が本願発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものともいえない。
 
第４　当審の判断
１　理由１（委任省令要件）について
（１）スコアの定義について
ア　本件補正により「選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値と、前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し、前記比較の結果を前記選択された単一の断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすること」が、「選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値と、前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し、前記比較の結果を前記選択された単一の断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすること
であって、前記スコアは、それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す、こと
　しかしながら、本願明細書を参照しても、「スコア」（値）を求めた実施例が記載されておらず、具体的にどのような定義（計算式等）として表されるものであるのか明かではないことは先の当審拒絶理由で指摘したとおりであり、「スコア」が「それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す」ものと補正されたが、スコアを求めるための計算式等が明らかになるものでもなく、それがどのような値であるのかも不明であるから、依然としてスコアの定義は不明なままである。
イ　そもそも、上記第３の理由１（２）カで摘記した＜参考図３＞を参照して理解されるとおり、クロマトの滞留時間Ｔ１、Ｔ２で分離されるＸＩＣピーク１、ＸＩＣピーク２で表される化合物は、それらの化合物を構成するフラグメントイオン（断片イオン）の質量スペクトル１と質量スペクトル２が異なっていることから、異なる化合物を示していることは明かである。また、通常のクロマトグラフィと質量分析を合わせたシステムにおいては、クロマトグラフィにおいて化合物を分離し、その化合物についてフラグメントイオンの質量分析を行いその化合物を決定していることに鑑みても、クロマトの滞留時間Ｔ１、Ｔ２で分離されるＸＩＣピーク１、ＸＩＣピーク２で表される化合物は異なるものである。
　してみれば、フラグメントイオンの質量分析を行うことで化合物が決定できるＸＩＣピーク１、ＸＩＣピーク２で表される異なる化合物に対して、「それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す」ことを行う意義が不明であり、さらに、そのために「選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピーク」の「イオン特性の値」と「前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し」、その「比較の結果」を「各ＸＩＣピークのスコアの基礎とする」との「スコア」（これにより特定されるスコアの定義自体が不明であることは上記アで述べたとおりである）を用いることの技術的意義も不明である。
ウ　請求人の主張について
　請求人は、平成３１年１月１６日に提出の意見書（以下「意見書」という。）において、「スコアの特定のタイプの値は、設計的選択事項にすぎません。また、スコアの値は、そのスコアの値がそのピークが着目化合物をどれくらい正確に表すかを示すものである限り、解決されるべき課題を解決するための重要ではありません。また、どのようにしてこのようなスコアの値を取得するかは、２つ以上の質量範囲全体質量スペクトルの各質量範囲全体質量スペクトルにおける選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値と、選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較した場合、当業者によって容易に導き出されるものです。」と主張するにとどまり、具体的なスコアの定義については明らかにしてない。
エ　小括
  よって、当審拒絶理由の理由１（２）ア「スコアの定義」で指摘した事項について、解消されたとはいえない。
（２）スコアを求める必要性（解決しようとする課題）
ア　上記（１）アで記載したとおり、本件補正により「選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値と、前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し、前記比較の結果を前記選択された単一の断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすること
であって、前記スコアは、それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す、こと
　してみれば、フラグメントイオンの質量分析を行うことで化合物が決定できるＸＩＣピーク１、ＸＩＣピーク２で表される異なる化合物に対して、「それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す」ことを行う必要はなく、そのために「選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピーク」の「イオン特性の値」と「前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し」、その「比較の結果」を「各ＸＩＣピークのスコアの基礎とする」との「スコア」（これにより特定されるスコアの定義自体が不明であることは上記（１）アで述べたとおりである）を導入する必要も認められない。
　したがって、「スコア」が「それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す」ものと特定されたが、「スコア」自体の定義も不明であり、「それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す」必要性があるとはいえないことから、依然として、「スコア」を求める必要性が不明である。
イ　請求人の主張について
　請求人は、意見書で「本願の請求項に係る発明によって解決されるべき課題は、２つ以上のＸＩＣピークのうち、着目化合物を最もよく表すＸＩＣピークを同定することです。特に、複合混合物において１つ以上のＸＩＣピークがある場合には、どのＸＩＣピークが着目化合物を正確に表すのかが明確ではありません。本願の請求項に係る発明は、どのＸＩＣピークが着目化合物を最もよく表すのかを決定するために「スコア」を用いています。」と説明しているが、ＸＩＣピーク１、ＸＩＣピーク２で表される異なる化合物に対して、フラグメントイオンの質量分析を行うことでそれらの化合物を決定できるのであるから、「スコア」により「着目化合物を最もよく表すＸＩＣピークを同定する」必要性があるとはいえない。
ウ　小括
  よって、当審拒絶理由の理由１（２）イ「スコアを求める必要性（解決しようとする課題）」で指摘した事項について、解消されたとはいえない。
（３）スコアに関するピーク 
ア　本願発明は「選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピーク」の「イオン特性の値」と「前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し」その「比較の結果」を「各ＸＩＣピークのスコアの基礎とする」もので、質量電荷比（ｍ／ｚ）のピークによって、滞留時間の違いにより分離するクロマトのピークを評価しているともいえるが、両者は、それらを求める原理が異なり、物理化学的に全く異なるものであるが、質量電荷比（ｍ／ｚ）のピークをＸＩＣピークのスコアの基礎とできる物理化学的根拠が依然として不明である。
イ　請求人の主張について
　請求人は、意見書で「断片イオンを選択することは、（ｍ／ｚ）軸を、選択された断片イオンに対して特定の（ｍ／ｚ）比に固定することに必然的に対応しています。次に、各ＸＩＣピーク（固定された（ｍ／ｚ）比において時間軸に沿った複数のピーク）に対して、全質量スペクトル（対応する時間に対する質量スペクトル）が取得され、既知の化合物と比較されます。これに基づいて着目化合物（既知の化合物）を表すための所与の時間における質量スペクトルの正確さが（上記の見解に照らして）決定されることが明らかです。質量スペクトルは、経時的に同定されていますから、
質量スペクトルはＸＩＣピークに相当し
ウ　小括
  よって、当審拒絶理由の理由１（２）ウ「スコアに関するピーク」で指摘した事項について、解消されたとはいえない。
（４）スコアの利用
ア　上記（１）アで記載したとおり、本件補正により「選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値と、前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し、前記比較の結果を前記選択された単一の断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすること
であって、前記スコアは、それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す、こと
　しかしながら、下記３で述べる実施可能要件とも関連するが、本願発明でいうところの「スコア」（スコアの定義自体が不明であることは上記（１）アで述べたとおりである）を求めて、技術的にどのように「それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すか」に利用できるのか明かではない。
イ　請求人の主張について
　請求人は、意見書で「単純混合物は、予期される滞留時間において単一のＸＩＣピークのみを有することが可能です。しかしながら、より複雑な混合物に対しては、異なる時間において１つ以上のＸＩＣピークが存在することが可能であり、どの時間が滞留時間であるのかが明確ではありません。従って、スコアに基づいてどのＸＩＣピークが着目化合物を最もよく表すかが既知となった後に、滞留時間もまた明確にされることが可能です。」と説明しているが、上記（１）イで述べたとおり、上記第３の理由１（２）カで摘記した＜参考図３＞を参照するに、クロマトの滞留時間Ｔ１、Ｔ２で分離されるＸＩＣピーク１、ＸＩＣピーク２で表される化合物は、それらの化合物を構成するフラグメントイオンの質量スペクトル１と質量スペクトル２が異なっていることから異なる化合物を示しているおり、それらは質量分析を行うことによりフラグメントイオンの質量スペクトルが得られ、その質量スペクトルにより化合物が決定できるのであるから、複雑な混合物で異なる時間において１つ以上のＸＩＣピークが存在する場合でも、それら各ＸＩＣピークに対して質量分析を行うことにより、そのＸＩＣピークを示した化合物が決定できるのであるから、上記（２）で述べた「スコア」を求める必要性があるとはいえないと同時に、「スコア」を「既知の着目化合物をどれくらい正確に表すか」にどのように利用するのか明かではない。
ウ　小括
　よって、当審拒絶理由の理由１（２）エ「スコアの利用」で指摘した事項について、解消されたとはいえない。
（５）平成２９年６月９日付け意見書について
　上記第３の理由１の（１）で摘記したように、本願明細書は「スコア」の技術上の意義を理解できるように記載されていないことから、上記第３の当審拒絶理由の判断においては、平成２９年６月９日付け意見書の説明を参照したのであるが、本来、発明の詳細な説明は、当業者が発明の技術上の意義を理解するため必要な事項が記載されなければならず、意見書のみに記載されている事項から本願発明を理解することは適切なことではない。
　そうすると、上記第３の理由１の（１）で摘記した意見書の内容は、本願明細書のどこの記載に基づくものか不明であることから、意見書を参照して本願発明を理解すべきではないが、仮に、その内容を参照しても、クロマトの滞留時間Ｔ１、Ｔ２で分離されるＸＩＣピーク１、ＸＩＣピーク２で表される化合物は、それらの化合物を構成するフラグメントイオンの質量スペクトル１と質量スペクトル２が異なっていることから異なる化合物を示しており、質量スペクトル１と質量スペクトル２において、ｍ／ｚが４３１付近のそれぞれのｍ／ｚのピークの値を既知のｍ／ｚと比較して「スコア」（スコアの定義自体が不明であることは上記（１）アで述べたとおりである）を求めても、それが「それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示」していることは理解できない。
（３）まとめ 
　よって、発明の詳細な説明は、特にスコアについて、当業者が発明の技術上の意義を理解するため必要な事項が記載されているとはいえないことから、経済産業省令で定めるところにより記載されたものでなく、発明の詳細な説明の記載は特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。
２　理由２（明確性）について
（１）上記１（１）アで記載したとおり、本件補正により「選択された単一の断片イオンの質量電荷比（ｍ／ｚ）ピークの１つ以上のイオン特性の値と、前記選択された単一の断片イオンに対する１つ以上の既知の値とを比較し、前記比較の結果を前記選択された単一の断片イオンの前記２つ以上のＸＩＣピークの各ＸＩＣピークのスコアの基礎とすること
であって、前記スコアは、それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示す、こと
 　 
（２）本件補正により「前記質量スペクトル集合から、前記選択された単一の断片イオンに対する抽出されたイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を計算すること」が「前記質量スペクトル集合から、前記選択された単一の断片イオンに対するイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を
形成する
  
（３）小括 
　よって、本願発明及びそれに従属する請求項の記載は、依然として不明確であることことから、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。 
  
３　理由３（実施可能要件）について 
（１）上記理由１で述べたとおり、発明の詳細な説明には、スコア（値）を求めた実施例が記載されておらず、具体的にどのような定義（計算式等）として表されるものであるのか明かではないことから、発明の詳細な説明は、当業者が本願発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものともいえない。
 
（２）上記理由２（２）で述べたとおり、本願発明の「前記質量スペクトル集合から、前記選択された単一の断片イオンに対する抽出されたイオンクロマトグラム（ＸＩＣ）を形成すること」は不明確であり、この点、発明の詳細な説明には、実施例も記載されておらず、具体的にどのように形成するのか明かではないことから、発明の詳細な説明は、当業者が本願発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものともいえない。
（３）請求人の主張について
　請求人は、理由３について、意見書で「上述した補正および上述した見解により、発明の詳細な説明は、当業者が補正後の請求項１〜１６に係る発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されやものであるというべきです。」と記載するのみで、具体的に「スコア」を求め、それにより「それぞれのＸＩＣピークが前記既知の着目化合物をどれくらい正確に表すかを示」した例等も挙げておらず、意見書を参照しても、上記（１）及び（２）が解消されるものではない。
（４）小括
　よって、発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。
第５　むすび
　以上のことから、本願は、発明の詳細な説明の記載が特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしておらず、特許請求の範囲の記載が特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていないことから、本願は拒絶されるべきものである。 
　よって、結論のとおり、審決する。