【手続補正書】
【提出日】平成21年12月15日(2009.12.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細菌の合成細胞を作成するための方法であって、該方法は、
ゲノムのインストールのための標的細胞又は細胞様システムを調製するステップ；
細菌細胞から共有結合で閉じられた環状の二本鎖ゲノムを抽出するステップ、このステップで該抽出された細菌ゲノムはアガロースに懸濁される；及び
該抽出された細菌ゲノムを当該標的細胞又は細胞様システムに導入するステップ、
を含み、ここで：
当該抽出された細菌ゲノムは人造ゲノムを含み、ここで、当該導入された細菌ゲノムは自己複製し、当該標的細胞又は細胞様システムのゲノムと非組換えであり、
これを受けて、当該標的細胞又は細胞様システムは当該導入された細菌ゲノムによってプログラムされた表現型を呈し、それによって、当該標的細胞又は細胞様システムのゲノムを含有しない、細菌の合成細胞を生成する。
【請求項２】
前記抽出ステップはさらに、
（a）溶解したアガロース構成成分に前記細菌細胞を再懸濁するステップ；
（b）前記細菌細胞を溶解するために効果的な溶解混合液（lysis mixture）で当該再懸濁された細菌細胞を消化するステップ、ここで、該溶解混合液はタンパク質分解酵素及び界面活性剤を含む；
（c）当該溶解したアガロース構成成分の当該細菌ゲノムの懸濁液を形成するために当該ライシスされた細菌細胞を洗浄するステップ；及び
（d）任意で、当該細菌ゲノムから線形DNA分子、RNA及びペプチドを分離するステップ、
を含む、請求項１の方法。
【請求項３】
前記導入ステップはさらに、
（a）任意に、前記細菌ゲノムの懸濁液の前記アガロースを除去、消化又は溶解するステップ；及び
（b）カチオン性リポソームの存在下で前記細菌ゲノムに前記標的細胞又は細胞様システムを組合せるステップ、
を含む、請求項１または２の方法。
【請求項４】
前記導入ステップはさらに、
（a）任意に、前記細菌ゲノムの懸濁液の前記アガロースを除去、消化又は溶解するステップ；及び
（b）ポリエチレングリコールの存在下で前記細菌ゲノムに前記標的細胞又は細胞様システムを組合せるステップ、
を含む、請求項１または２の方法。
【請求項５】
前記標的細胞又は細胞様システムは哺乳類の赤血球細胞である、請求項１〜４の何れかの方法。
【請求項６】
前記標的細胞又は細胞様システムはゴースト細胞（ghost cell）である、請求項１〜４の何れかの方法。
【請求項７】
前記細菌細胞はマイコプラズマ・ミコイデス（M.mycoides）であり、前記標的細胞又は細胞様システムはマイコプラズマ・カプリコラム（M.capricolum）から生成される、請求項１〜４及び６の何れかの方法。
【請求項８】
前記細菌細胞はマイコプラズマ・ゲニタリウム（M.genitalium）であり、前記標的細胞又は細胞様システムはマイコプラズマ・ニューモニエ（M.pneumoniae）であるか、またはマイコプラズマ・ニューモニエから生成される、請求項１〜４及び６の何れかの方法。
【請求項９】
前記標的細胞又は細胞様システムは膜に境界付けられた容量（membrane-bound volume）を含む細胞様システムである、請求項１〜８の何れかの方法。
【請求項１０】
前記標的細胞又は細胞様システムは脂質小胞を含む細胞様システムである、請求項１〜９の何れかの方法。
【請求項１１】
前記人造ゲノムは、一以上の自然に生じる構成成分と、一以上の人造的な構成成分とを含んでいるハイブリッドゲノムを含む、請求項１〜１０の何れかの方法。
【請求項１２】
前記人造ゲノムは最小限のゲノムである、請求項１〜１１の何れかの方法。
【請求項１３】
前記細菌細胞はマイコプラズマ・ミコイデスであり、前記標的細胞はマイコプラズマ・カプリコラムである、請求項１の方法。
【請求項１４】
前記細菌細胞はマイコプラズマ・ゲニタリウムであり、前記標的細胞はマイコプラズマ・ニューモニエである、請求項１の方法。
【請求項１５】
前記標的細胞又は細胞様システムの前記ゲノムは、前記抽出した細菌ゲノムの導入に先立って除去される、請求項１〜１４の何れかの方法。
【請求項１６】
前記標的細胞又は細胞様システムの前記ゲノムは、前記細菌ゲノムの導入時の細胞に一時的に存在し、次いで、細菌の合成細胞を成すために細胞分裂によって除去される、請求項１〜１４の何れかの方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００６】
ゲノムを細胞又は細胞様システムにインストールする（installing）ための方法が提供される。（本発明により）インストールないし導入されるゲノムは、自然に生じるものでよく、自動化の有無に拘らずに人造的であるか、又は、自然のもの（ゲノム）と人造物質のハイブリッドでもあり得る。繊細なゲノムは、最小の損傷で細胞外から得られる。ゲノムを安定させるか、又は、レシピエント細胞若しくは細胞様システム（例えば、タンパク質、RNA、ポリカチオン、若しくは、遺伝子翻訳システムにおけるようなシステムも）に移動するようにさせる物質は、ゲノムを伴うことができる。ゲノムの幾つかのDNAヌクレオチドはメチル化されるか、あるいは、ゲノムを天然の染色体に一層類似するように修飾されることができる。ゲノムは緩和（relaxed）されてもよく、スーパーコイルとなることもでき、又は、通常の形態が環状であれば、線形でもありうる。ゲノムは、自然の細胞に導入されるか、又は、人造的な細胞様システム（脂質小胞若しくは自然のゲノムが抑制されるか除去されたゴーストセル（ghost cell）など）に導入される。細胞様システム又は（本発明により）提供される方法の実施から生じる合成細胞は、設計されることができ、所望のタンパク質などの遺伝子発現産物を産出するよう、用いられるか、又は、新規な人造の細菌種（その設計されたゲノムは、いかなる天然細胞によっても実行されない、特別な活性を可能にできる（例えば、標準的な２０のアミノ酸以外から構成されるペプチドの合成など））を生じるよう、用いられることができる。物質（materials）及び膜のタイプ（複数）を伴い、広汎で様々なゲノムを含む細胞又は細胞様システムの合成を可能にすることによって、（本発明により）提供される方法は、従来方法を用いて可能である場合より拡い分野の実験及び生物工学を可能にする。
なお、ここに、まとめとして、本発明の好ましい実施の形態（形態シリーズI及び形態シリーズII）を示す。
形態シリーズI
（形態１）
合成細胞を作成するための方法であって、該方法は、
細胞内でないゲノムを得るステップと、
該ゲノムを細胞又は細胞様システムに導入するステップとを含む、方法。
（形態２）
前記ゲノムを導入するステップは、ゲノムを含んでいる細胞に前記ゲノムを導入するステップをさらに含み、前記細胞を親細胞の自然に生じるゲノムを有する娘細胞と、前記導入されたゲノムを有する合成の娘細胞とに分割するようにするステップをさらに含む、形態１の方法。
（形態３）
前記ゲノムを導入するステップは、一つの種の細胞からのゲノムを異なる種の細胞に導入するステップをさらに含む、形態１の方法。
（形態４）
前記ゲノムは、裸のDNA（naked DNA）を含む、形態１の方法。
（形態５）
前記ゲノムは、自然に生じるゲノムを含む、形態１の方法。
（形態６）
前記ゲノムは、人造ゲノムを含む、形態１の方法。
（形態７）
前記ゲノムは、一以上の自然に生じる構成成分と、一以上の人造的な構成成分とを含んでいるハイブリッドゲノムを含む、形態１の方法。
（形態８）
前記ゲノムは、遺伝子配列以外の一以上の特徴を提供する一以上の核酸配列を含む、形態１の方法。
（形態９）
前記ゲノムは、最小のゲノムを含む、形態１の方法。
（形態１０）
前記ゲノムは部分ゲノムであり、一以上の染色体又は染色体断片を含んでいる、形態１の方法。
（形態１１）
前記細胞様システムは、膜に境界付けられた容量（membrane-bound volume）を含む、形態１の方法。
（形態１２）
前記細胞様システムは、脂質小胞を含む、形態１の方法。
（形態１３）
前記細胞様システムは、一以上の細胞内構成成分が取り除かれた細胞を含む、形態１の方法。
（形態１４）
前記細胞様システムは、ゲノムが取り除かれた細胞を含む、形態１の方法。
（形態１５）
関心のある産物を生成する方法であって、該関心のある産物を生成するための効果的な条件下で、形態１の方法によって生成される、一以上の合成細胞を培養するステップを含んでいる、方法。
（形態１６）
細胞内でないゲノムを得るステップと、該ゲノムを細胞又は細胞様システムに導入するステップとによって生成される、合成細胞。
（形態１７）
前記（細胞内でないゲノムを得るステップにより）得られたゲノムは、部分ゲノムであり、一以上の染色体又は染色体断片を含んでいる、形態１６の合成細胞。
（形態１８）
前記ゲノムは、一つの種の細胞から得られ、別の種の細胞に導入される、形態１６の合成細胞。
形態シリーズII
（形態１）
細菌の合成細胞を作成するための方法であって、該方法は、
ゲノムのインストールのための標的細胞又は細胞様システムを調製するステップ；
細菌細胞から共有結合で閉じられた環状の二本鎖ゲノムを抽出するステップ、このステップで該抽出された細菌ゲノムはアガロースに懸濁される；及び
該抽出された細菌ゲノムを当該標的細胞又は細胞様システムに導入するステップ、
を含み、ここで：
当該抽出された細菌ゲノムは人造ゲノムを含み、ここで、当該導入された細菌ゲノムは自己複製し、当該標的細胞又は細胞様システムのゲノムと非組換えであり、
これを受けて、当該標的細胞又は細胞様システムは当該導入された細菌ゲノムによってプログラムされた表現型を呈し、それによって、当該標的細胞又は細胞様システムのゲノムを含有しない、細菌の合成細胞を生成する。
（形態２）
前記抽出ステップはさらに、
（a）溶解したアガロース構成成分に前記細菌細胞を再懸濁するステップ；
（b）前記細菌細胞を溶解するために効果的な溶解混合液（lysis mixture）で当該再懸濁された細菌細胞を消化するステップ、ここで、該溶解混合液はタンパク質分解酵素及び界面活性剤を含む；
（c）当該溶解したアガロース構成成分の当該細菌ゲノムの懸濁液を形成するために当該ライシスされた細菌細胞を洗浄するステップ；及び
（d）任意で、当該細菌ゲノムから線形DNA分子、RNA及びペプチドを分離するステップ、
を含む、形態１の方法。
（形態３）
前記導入ステップはさらに、
（a）任意に、前記細菌ゲノムの懸濁液の前記アガロースを除去、消化又は溶解するステップ；及び
（b）カチオン性リポソームの存在下で前記細菌ゲノムに前記標的細胞又は細胞様システムを組合せるステップ、
を含む、形態１または２の方法。
（形態４）
前記導入ステップはさらに、
（a）任意に、前記細菌ゲノムの懸濁液の前記アガロースを除去、消化又は溶解するステップ；及び
（b）ポリエチレングリコールの存在下で前記細菌ゲノムに前記標的細胞又は細胞様システムを組合せるステップ、
を含む、形態１または２の方法。
（形態５）
前記標的細胞又は細胞様システムは哺乳類の赤血球細胞である、形態１〜４の何れかの方法。
（形態６）
前記標的細胞又は細胞様システムはゴースト細胞（ghost cell）である、形態１〜４の何れかの方法。
（形態７）
前記細菌細胞はマイコプラズマ・ミコイデス（M.mycoides）であり、前記標的細胞又は細胞様システムはマイコプラズマ・カプリコラム（M.capricolum）から生成される、形態１〜４及び６の何れかの方法。
（形態８）
前記細菌細胞はマイコプラズマ・ゲニタリウム（M.genitalium）であり、前記標的細胞又は細胞様システムはマイコプラズマ・ニューモニエ（M.pneumoniae）であるか、またはマイコプラズマ・ニューモニエから生成される、形態１〜４及び６の何れかの方法。
（形態９）
前記標的細胞又は細胞様システムは膜に境界付けられた容量（membrane-bound volume）を含む細胞様システムである、形態１〜８の何れかの方法。
（形態１０）
前記標的細胞又は細胞様システムは脂質小胞を含む細胞様システムである、形態１〜９の何れかの方法。
（形態１１）
前記人造ゲノムは、一以上の自然に生じる構成成分と、一以上の人造的な構成成分とを含んでいるハイブリッドゲノムを含む、形態１〜１０の何れかの方法。
（形態１２）
前記人造ゲノムは最小のゲノムである、形態１〜１１の何れかの方法。
（形態１３）
前記細菌細胞はマイコプラズマ・ミコイデスであり、前記標的細胞はマイコプラズマ・カプリコラムである、形態１の方法。
（形態１４）
前記細菌細胞はマイコプラズマ・ゲニタリウムであり、前記標的細胞はマイコプラズマ・ニューモニエである、形態１の方法。
（形態１５）
前記標的細胞又は細胞様システムの前記ゲノムは、前記抽出した細菌ゲノムの導入に先立って除去される、形態１〜１４の何れかの方法。
（形態１６）
前記標的細胞又は細胞様システムの前記ゲノムは、前記細菌ゲノムの導入時の細胞に一時的に存在し、次いで、細菌の合成細胞を成すために細胞分裂によって除去される、形態１〜１４の何れかの方法。