【手続補正書】
【提出日】平成22年5月20日(2010.5.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
コンピューターに基板の上に置かれた試料内のプローブの存在を検出させるためのコンピュータープログラムメカニズムが内蔵された、コンピューター読取可能記憶媒体であって、該プローブは複数の空間的に配置された標識を含み、該コンピューター読取可能記憶媒体は：
複数の光イメージを記憶するためのコードであって、該複数の光イメージ中の各光イメージは、複数の異なる波長範囲におけるある波長範囲において該試料から受けた光についてのものである、コード；
該基板上の相互に対して近接した、該複数の光イメージにおける複数の標識を同定するためのコードであって、該複数の標識の空間的順序は該複数の標識のストリング配列を決定する、コード；および
該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列を含むか否かを決定するためのコード
を含み、
ここで、該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該複数の標識はプローブであると見なされ；そして
該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該複数の標識はプローブではないと見なされ；
ここで、該コンピューターは、該コンピューター読取可能記憶媒体上に含まれるコードを実行するためのプロセッサを備える、コンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２】
該複数の標識中の第一の標識は、該複数の異なる波長範囲における第一の波長範囲において光を発する基板上の第一の位置に関連し、該複数の標識における第二の標識は、該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する基板上の第二の位置に関連する請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３】
該第一の波長範囲の一部は該第二の波長範囲の一部に重複する請求項２記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４】
該第一の波長範囲が該第二の波長範囲と重複しない請求項２記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５】
該複数の標識における各標識は、該複数の光イメージにおける少なくとも１つの光イメージにおける光の閾値量よりも多くを発する基板上の位置に関連する請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項６】
該コンピューター読取可能記憶媒体は、さらに、複数の有効なレポーター配列を含む参照テーブルを定義するコードを含み、ここで、該決定するためのコードが、さらに、該複数の標識の該ストリング配列を該参照テーブル中の有効なレポーター配列と比較するためのコードを含む請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項７】
該参照テーブルが次元化され、４４までの異なる有効レポーター配列を保持するように構成された請求項６記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項８】
該参照テーブルが次元化され、７４までの異なる有効レポーター配列を保持するように構成された請求項６記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項９】
該参照テーブルが次元化され、８４を超える異なる有効レポーター配列を保持するように構成された請求項６記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１０】
該決定するためのコードが、さらに、有効レポーター配列として確認されない該複数の標識の該ストリング配列を記憶するためのコードを含む請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１１】
該記憶するためのコードが、さらに、該基板上に存在する複数の基点を用い、該複数の光イメージにおいて、第一の光イメージを第二の光イメージに整列させるためのコードを含む請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１２】
該基板上のプローブの位置がランダムである請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１３】
該プローブが単一分子よりなる請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１４】
該プローブが分子骨格を含み、ここで、該複数の標識における各標識は該分子骨格上の異なる位置を表す請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１５】
標識によって表される該分子骨格上の各位置はスペーサーによって骨格上の隣接位置から分離されている請求項１４記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１６】
該プローブが一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸骨格を含み、ここで、該複数の標識における各標識は、該骨格上の異なる位置にハイブリダイズする染料負荷一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸配列によって表される請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１７】
該プローブが第一の端部および第二の端部を有する分子骨格を含み；
標的特異的配列が該第一の端部に共有結合により付着しており；
バインダー配列が該第二の端部に共有結合により付着しており；そして
該プローブは（ｉ）基板の第一の位置に結合した第一の分子体への標的特異的配列の結合、および（ｉｉ）基板上の第二の位置に結合した第二の分子体へのバインダー配列の結合を介して基板上に直線上に配置された請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１８】
該第一の分子体が標的（一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸）−ビオチン複合体であって、
該第二の分子体が所定の（一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸）−ビオチン複合体である請求項１７記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項１９】
該同定するためのコードが、さらに、該複数の光イメージにおける複数の候補標識を同定するためのコードを含み、ここで、該複数の標識は、該同定するためのコードによって有効化された該複数の候補標識のサブセットである請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２０】
該複数の候補標識における各候補標識は、該複数の光イメージにおけるいずれか１つの光イメージにおいて光の閾値量よりも多くを発する基板上の位置に関連する請求項１９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２１】
該複数の標識が、該複数の異なる波長範囲における第一の波長範囲において光を発する基板上の第一の位置と関連する第一の候補標識、および該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する基板上の第二の位置に関連する第二の候補標識を含む請求項１９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２２】
該第一の波長範囲の一部が第二の波長範囲の一部と重複する請求項２１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２３】
該第一の波長範囲が第二の波長範囲と重複しない請求項２１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２４】
該複数の標識を同定するためのコードが、該複数の候補標識における第一の候補標識の重心と第二の候補標識の重心の間の第一の距離基準を適用する請求項１９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２５】
該第一の距離基準が、該プローブにおける第一の標識および第二の標識の間の計算された距離によって決定される請求項２４記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２６】
該複数の標識を同定するためのコードが、該複数の候補標識における、第二の候補標識の重心と第三の候補標識の重心の間の第二の距離基準を適用する請求項２４記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２７】
該第二の距離基準が、該プローブにおける第二の標識と第三の標識の間の計算された距離によって決定される請求項２６記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２８】
該第一の距離基準が、第二の距離基準と同一である請求項２６記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項２９】
該第一の距離基準が該第二の距離基準と異なる請求項２６記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３０】
該第一の距離基準の値および該第二の距離基準の値が、該複数の標識が該プローブであるか否かを決定するのに寄与する請求項２６記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３１】
該コンピューター読取可能記憶媒体が、さらに、複数の有効レポーター配列を含む参照テーブルを定義するコードを含み、ここで、該複数の有効レポーター配列における各有効レポーター配列が第一の標識の対の間の第一の距離、第二の標識の対の間の第二の距離を含み、該決定するためのコードが、さらに、該複数の標識のストリング配列、該第一の距離基準、および該第二の距離基準を参照テーブル中の有効レポーター配列と比較するためのコードを含む請求項２６記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３２】
該複数の標識を同定するためのコードが、該複数の候補標識における候補標識のトリプレットに対する角度基準を適用する請求項１９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３３】
該複数の標識を同定するためのコードが、該複数の候補標識における候補標識を選択するためのモデルを適用するためのコードを含む請求項１９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３４】
候補標識を選択するためのモデルを適用するためのコードが、線形回帰を適用して、候補標識を選択するコードを含む請求項３３記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３５】
該同定するためのコードが、さらに、該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足することを証明するためのコードを含む請求項１９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３６】
該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足することを証明するためのコードが、候補標識上で点広がり関数モデリングを行うためのコードを含む請求項３５記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３７】
該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足することを証明するためのコードが、スポットセグメント化アルゴリズムを候補標識に適用するためのコードを含む請求項３５記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３８】
該スポットセグメント化アルゴリズムが分岐点変換を含む請求項３７記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項３９】
該複数の標識を同定するためのコードが、該複数の候補標識における第一の末端候補標識の重心と第二の末端候補標識の重心の間の絶対距離基準を適用する請求項１９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４０】
該複数の標識を同定するためのコードが、該複数の候補標識における候補標識を選択した基板の一部の周りのバッファーゾーンを同定するためのコードを含み、ここで、該バッファーゾーンにおいて候補標識はない請求項１９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４１】
該複数の標識が基板上に直線状に配列された請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４２】
該複数の標識が同一の直線向きに基板上に直線状に配置された請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４３】
該複数の標識における各標識の直線状の向きが予め決定されている請求項４２記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４４】
該複数の標識における各標識の直線状の向きが該基板を横切っての電流の適用によって決定される請求項４３記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４５】
該複数の標識における各標識の直線状の向きが、該基板を横切っての流体の適用によって決定される請求項４３記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４６】
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおける光イメージでの各標識の画素化表示における４と２０の間の画素を占める請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４７】
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおける光イメージでの各標識の画素化表示における６と３０の間の画素を占める請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４８】
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおける光イメージでの各標識の画素化表示における１と３０の間の画素を占める請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項４９】
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおける光イメージでの各標識の画素化表示における４と１００の間の画素を占める請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５０】
該同定するためのコードが、さらに：
該複数の光イメージにおける第一の候補標識を同定するためのコード；および
第一の候補標識から所定の距離内にある該複数の光イメージにおける第二の候補標識を同定するためのコードを含み；
ここで、該複数の標識は第一の候補標識および第二の候補標識を含む請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５１】
該複数の異なる波長範囲が２つの異なる波長範囲と６つの異なる波長範囲の間よりなる請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５２】
該複数の異なる波長範囲が、２つの異なる波長範囲と２０の異なる波長範囲の間よりなる群から選択される請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５３】
該複数の標識が４つの標識を含む請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５４】
該複数の標識が５つの標識を含む請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５５】
該複数の標識が２つの標識と２０の標識の間よりなる請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５６】
該ストリング配列における標識の第一のサブセットが、該ストリング配列における標識の第二のサブセットにおける標識の同一性をエラーチェックする請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５７】
該ストリング配列における標識の第一のサブセットが、該ストリング配列における標識の第二のサブセットのためのチェックサムである請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５８】
該同定するためのコードが複数の標識を同定するための該コードを複数回反復するためのコードを含み、ここで、複数の標識を同定するための該コードが反復される毎に、基板上で相互に近接する異なる複数の標識が該複数の光イメージにおいて同定され；そして
ここで、該決定するためのコードは、該同定するためのコードによって同定された各該異なる複数の標識が有効なレポーター配列を含むか否かを決定し、ここで、各該異なる複数の標識について、該決定するためのコードは：
該異なる複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該異なる複数の標識がプローブであると見なし；そして
該異なる複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該異なる複数の標識がプローブでないと見なす請求項１記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項５９】
複数のプローブが同定される請求項５８記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項６０】
該複数のプローブが３以上のプローブよりなる請求項５９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項６１】
該複数のプローブが１０以上のプローブよりなる請求項５９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項６２】
該複数のプローブが５０未満のプローブよりなる請求項５９記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項６３】
該決定するためのコードがさらに同定されたプローブの各タイプを記憶するためのコードを含む請求項５８記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項６４】
該決定するためのコードがさらに、有効なレポーター配列として確認されない各異なる複数の標識の各ストリング配列を記憶するためのコードを含む請求項５８記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項６５】
該決定するためのコードがさらに、有効なレポーター配列として確認される各異なる複数の標識の各ストリング配列を記憶するためのコードを含む請求項５８記載のコンピューター読取可能記憶媒体。
【請求項６６】
基板上に重ねられた試料内のプローブの存在を検出するためのシステムであって、該システムは：
複数の光イメージを測定する光測定メカニズムであって、該複数の光イメージにおける各光イメージは、複数の異なる波長範囲におけるある波長範囲において試料から受けた光についてのものである、光測定メカニズム；
該複数の光イメージを記憶するための指令を含むデータ記憶モジュール；
該基板上で相互に近接する該複数の光イメージにおける複数の標識を同定する標識同定メカニズムであって、ここで、該複数の標識の空間的順序は該複数の標識のストリング配列を決定する、標識同定メカニズム；および
該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列を含むか否かを決定するプローブ同定メカニズム
を含み、
ここで、該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該複数の標識はプローブであると見なされ；
該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該複数の標識はプローブではないと見なされるシステム。
【請求項６７】
該複数の標識における第一の標識が、該複数の異なる波長範囲における第一の波長範囲において光を発する基板上の第一の位置に関連し、および該複数の標識における第二の標識が、該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する基板上の第二の位置に関連する請求項６６記載のシステム。
【請求項６８】
該第一の波長範囲の一部が該第二の波長範囲の一部と重複する請求項６７記載のシステム。
【請求項６９】
該システムは、さらに、基板を照射する照射メカニズムを含む請求項６６記載のシステム。
【請求項７０】
該照射メカニズムが励起光源および複数の励起フィルターを含み、ここで、該複数の励起フィルターにおける各励起フィルターを、該複数の光イメージにおける対応する光イメージにおいて用いて、対応する光イメージが測定される場合、該光源を対応する異なるスペクトル範囲に制限する請求項６９記載のシステム。
【請求項７１】
該光測定メカニズムが複数の測定波長フィルターを含み、該複数の測定波長フィルターにおける各測定波長フィルターを、該複数の光イメージにおける対応する光イメージで用いて、対応するスペクトル範囲内にない光を拒絶する請求項６６記載のシステム。
【請求項７２】
該光測定メカニズムは、試料から発せられた光に応答して検出シグナルを形成する光ディテクターを含む請求項６６記載のシステム。
【請求項７３】
該光測定メカニズムは、該基板上に重ねられた試料から発せられた光を測定する検出シグナルによってアドレスされるディテクター回路を含み、該光測定メカニズムは、さらに、複数の標識位置を記憶するための電子メモリーを含み、ここで、該複数の標識位置における各標識位置は、標識を表し、そして該複数の標識位置における各標識位置は閾値量を超える光に由来する請求項６６記載のシステム。
【請求項７４】
該標識同定メカニズムが、電子メモリーに記憶された複数の標識位置内から相互に近接する複数の標識も同定する請求項６６記載のシステム。
【請求項７５】
該標識同定メカニズムが、該複数の光イメージにおける複数の候補標識を同定するための指令を含み、そしてここで、該複数の標識は該複数の候補標識のサブセットである請求項６６記載のシステム。
【請求項７６】
該複数の候補標識における各候補標識は、該複数の光イメージにおけるいずれか１つの光イメージにおいて閾値量を超える光を発する基板上の位置を含む請求項７５記載のシステム。
【請求項７７】
該複数の標識が、該複数の異なる波長範囲における第一の波長範囲において光を発する第一の候補標識、および該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する該複数の標識における第二の候補標識を含む請求項７５記載のシステム。
【請求項７８】
該複数の標識を同定する指令が、該複数の候補標識における、第一の候補標識の重心と第二の候補標識の重心の間の第一の距離基準を適用する請求項７５記載のシステム。
【請求項７９】
該第一の距離基準が、該プローブにおける、第一の標識と第二の標識の間の計算された距離によって決定される請求項７８記載のシステム。
【請求項８０】
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における、第二の候補標識の重心と第三の候補標識の重心の間の第二の距離基準を適用する請求項７９記載のシステム。
【請求項８１】
該第二の距離基準が、該プローブにおける第二の標識と第三の標識の間の計算された距離によって決定される請求項８０記載のシステム。
【請求項８２】
該第一の距離基準が第二の距離基準と同一である請求項８０記載のシステム。
【請求項８３】
該第一の距離基準が該第二の距離基準とは異なる請求項８０記載のシステム。
【請求項８４】
該第一の距離基準の値および該第二の距離基準の値が、該複数の標識が該プローブであるか否かの決定に寄与する請求項８０記載のシステム。
【請求項８５】
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識のトリプレットに対する角度基準を適用する請求項７５記載のシステム。
【請求項８６】
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識を選択するためのモデルを適用するための指令を含む請求項７５記載のシステム。
【請求項８７】
候補標識を選択するためのモデルを適用するための指令が、線形回帰を適用して、候補標識を選択するための指令を含む請求項８６記載のシステム。
【請求項８８】
該標識同定モジュールが、さらに、該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足することを証明するための指令を含む請求項７５記載のシステム。
【請求項８９】
該スポット形状基準が、該候補標識の観察されたスポット形状と候補標識の倍率によって決定される回折限定点光源の理論的点広がりの間のマッチである請求項８８記載のシステム。
【請求項９０】
該複数の候補標識における候補標識が該スポット形状基準を満足することを証明するための指令が、候補標識について点広がり関数モデリングを行うための指令を含む請求項８８記載のシステム。
【請求項９１】
該複数の候補標識における候補標識が、スポット形状基準を満足することを証明するための指令が、スポットセグメント化アルゴリズムを候補標識に適用するための指令を含む請求項８８記載のシステム。
【請求項９２】
該スポットセグメント化アルゴリズムが分岐点変換を含む請求項９１記載のシステム。
【請求項９３】
該複数の標識が基板上に直線状に配置された請求項６６記載のシステム。
【請求項９４】
該複数の標識の直線向きが予め決定された請求項９３記載のシステム。
【請求項９５】
該複数の標識の直線向きが、該基板を横切っての電流の適用によって決定される請求項９３記載のシステム。
【請求項９６】
該試料内のプローブが、該基板上のランダムな位置において該基板に重ねられた請求項９３記載のシステム。
【請求項９７】
基板上に重ねられた試料内のプローブの存在を検出するための方法であって、ここで、該プローブは複数の空間的に配置された標識を含み、該方法は：
複数の光イメージにおいて、基板上で相互に近接する複数の標識を同定することであって、ここで、該複数の標識の空間的順序が該複数の標識のストリング配列を決定し、ここで、該複数の光イメージにおける各光イメージは、複数の異なる波長範囲におけるある波長範囲において該試料から受けた光についてのものであることと；
該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列を含むか否かを決定することとを含み、
ここで、該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該複数の標識はプローブであると見なされ；そして
該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該複数の標識はプローブでないと見なされる方法。
【請求項９８】
該決定工程は、該複数の標識のストリング配列を、参照テーブル中の有効なレポーター配列と比較することを含む請求項９７記載の方法。
【請求項９９】
該方法が、さらに、有効なレポーター配列と確認されない複数の標識のストリング配列を記憶する請求項９７記載の方法。
【請求項１００】
該方法が、さらに、該基板上に存在する複数の基点を用いて、第一の光イメージを、該複数の光イメージにおける第二の光イメージに対して整列させることを含む請求項９７記載の方法。
【請求項１０１】
複数の標識を同定するための工程が複数回反復され、ここで、複数の標識を同定する該工程が反復される毎に、該複数の光イメージにおいて、基板上で相互に近接する複数の異なる標識が同定され；該方法は、さらに：
各該異なる複数の標識が有効なレポーター配列を含むか否か決定することを含み、ここで、各該異なる複数の標識について、
該異なる複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該異なる複数の標識はプローブであると見なされ；そして
該異なる複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、異なる複数の標識はプローブでないと見なされる請求項９７記載の方法。
【請求項１０２】
複数のプローブが同定される請求項１０１記載の方法。
【請求項１０３】
該複数のプローブが３以上のプローブよりなる請求項１０１記載の方法。
【請求項１０４】
該複数のプローブが１０以上のプローブよりなる請求項１０１記載の方法。
【請求項１０５】
該方法が、さらに、同定されたプローブの各タイプを記憶することを含む請求項１０１記載の方法。
【請求項１０６】
有効なレポーター配列として確認されない各異なる複数の標識の各ストリング配列が記憶される請求項１０１記載の方法。
【請求項１０７】
有効なレポーター配列として確認される各異なる複数の標識の各ストリング配列が記憶される請求項１０１記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
（項目１）
コンピュータープログラム製品であって、該コンピュータープログラム製品はコンピューター読取可能記憶媒体およびその中に内蔵されたコンピュータープログラムメカニズムを含み、該コンピュータープログラムメカニズムは基板の上に置かれた試料内のプローブの存在を検出するためのものであり、ここに、該プローブは複数の空間的に配置された標識を含み、該コンピュータープログラムメカニズムは：
複数の光イメージを記憶するための指令を含むデータ記憶モジュールであって、該複数の光イメージ中の各光イメージは、複数の異なる波長範囲におけるある波長範囲において該試料から受けた光についてのものである、データ記憶モジュール；
該基板上の相互に対して近接した、該複数の光イメージにおける複数の標識を同定するための指令を含む標識同定モジュールを含み、ここに、該複数の標識の空間的順序は該複数の標識のストリング配列を決定する、標識同定モジュール；および
該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列を含むか否かを決定するための指令を含むプローブ同定モジュール
を含み、
ここに、該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該複数の標識はプローブであると見なされ；および
該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該複数の標識はプローブではないと見なされるコンピュータープログラム製品。
（項目２）
該複数の標識中の第一の標識は、該複数の異なる波長範囲における第一の波長範囲において光を発する基板上の第一の位置に関連し、該複数の標識における第二の標識は、該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する基板上の第二の位置に関連する項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３）
該第一の波長範囲の一部は該第二の波長範囲の一部に重複する項目２記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４）
該第一の波長範囲が該第二の波長範囲と重複しない項目２記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５）
該複数の標識における各標識は、該複数の光イメージにおける少なくとも１つの光イメージにおける光の閾値量よりも多くを発する基板上の位置に関連する項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目６）
該コンピュータープログラムメカニズムは、さらに、複数の有効なレポーター配列を含む参照テーブルを含み、ここに、該プローブ同定モジュールが、さらに、該複数の標識の該ストリング配列を該参照テーブル中の有効なレポーター配列と比較するための指令を含む項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目７）
該参照テーブルが次元化され、４４までの異なる有効レポーター配列を保持するように構成された項目６記載のコンピュータープログラム製品。
（項目８）
該参照テーブルが次元化され、７４までの異なる有効レポーター配列を保持するように構成された項目６記載のコンピュータープログラム製品。
（項目９）
該参照テーブルが次元化され、８４を超える異なる有効レポーター配列を保持するように構成された項目６記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１０）
該プローブ同定モジュールが、さらに、有効レポーター配列として確認されない該複数の標識の該ストリング配列を記憶するための指令を含む項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１１）
該データ記憶モジュールが、さらに、該基板上に存在する複数の基点を用い、該複数の光イメージにおいて、第一の光イメージを第二の光イメージに整列させるための指令を含む項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１２）
該基板上のプローブの位置がランダムである項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１３）
該プローブが単一分子よりなる項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１４）
該プローブが分子骨格を含み、ここに、該複数の標識における各標識は該分子骨格上の異なる位置を表す項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１５）
標識によって表される該分子骨格上の各位置はスペーサーによって骨格上の隣接位置から分離されている項目１４記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１６）
該プローブが一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸骨格を含み、ここに、該複数の標識における各標識は、該骨格上の異なる位置にハイブリダイズする染料負荷一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸配列によって表される項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１７）
該プローブが第一の端部および第二の端部を有する分子骨格を含み；
標的特異的配列が該第一の端部に共有結合により付着しており；
バインダー配列が該第二の端部に共有結合により付着しており；および
該プローブは（ｉ）基板の第一の位置に結合した第一の分子体への標的特異的配列の結合、および（ｉｉ）基板上の第二の位置に結合した第二の分子体へのバインダー配列の結合を介して基板上に直線上に配置された項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１８）
該第一の分子体が標的（一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸）−ビオチン複合体であって、
該第二の分子体が所定の（一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸）−ビオチン複合体である項目１７記載のコンピュータープログラム製品。
（項目１９）
該標識同定モジュールが、さらに、該複数の光イメージにおける複数の候補標識を同定するための指令を含み、ここに、該複数の標識は、標識同定モジュールによって有効化された該複数の候補標識のサブセットである項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２０）
該複数の候補標識における各候補標識は、該複数の光イメージにおけるいずれか１つの光イメージにおいて光の閾値量よりも多くを発する基板上の位置に関連する項目１９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２１）
該複数の標識が、該複数の異なる波長範囲における第一の波長範囲において光を発する基板上の第一の位置と関連する第一の候補標識、および該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する基板上の第二の位置に関連する第二の候補標識を含む項目１９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２２）
該第一の波長範囲の一部が第二の波長範囲の一部と重複する項目２１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２３）
該第一の波長範囲が第二の波長範囲と重複しない項目２１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２４）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における第一の候補標識の重心と第二の候補標識の重心の間の第一の距離基準を適用する項目１９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２５）
該第一の距離基準が、該プローブにおける第一の標識および第二の標識の間の計算された距離によって決定される項目２４記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２６）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における、第二の候補標識の重心と第三の候補標識の重心の間の第二の距離基準を適用する項目２４記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２７）
該第二の距離基準が、該プローブにおける第二の標識と第三の標識の間の計算された距離によって決定される項目２６記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２８）
該第一の距離基準が、第二の距離基準と同一である項目２６記載のコンピュータープログラム製品。
（項目２９）
該第一の距離基準が該第二の距離基準と異なる項目２６記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３０）
該第一の距離基準の値および該第二の距離基準の値が、該複数の標識が該プローブであるか否かを決定するのに寄与する項目２６記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３１）
該コンピュータープログラムメカニズムが、さらに、複数の有効レポーター配列を含む参照テーブルを含み、ここに、該複数の有効レポーター配列における各有効レポーター配列が第一の標識の対の間の第一の距離、第二の標識の対の間の第二の距離を含み、該プローブ同定モジュールが、さらに、該複数の標識のストリング配列、該第一の距離基準、および該第二の距離基準を参照テーブル中の有効レポーター配列と比較するための指令を含む項目２６記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３２）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識のトリプレットに対する角度基準を適用する項目１９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３３）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識を選択するためのモデルを適用するための指令を含む項目１９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３４）
候補標識を選択するためのモデルを適用するための指令が、線形回帰を適用して、候補標識を選択する指令を含む項目３３記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３５）
該標識同定モジュールが、さらに、該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足することを証明するための指令を含む項目１９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３６）
該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足することを証明するための指令が、候補標識上で点広がり関数モデリングを行うための指令を含む項目３５記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３７）
該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足することを証明するための指令が、スポットセグメント化アルゴリズムを候補標識に適用するための指令を含む項目３５記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３８）
該スポットセグメント化アルゴリズムが分岐点変換を含む項目３７記載のコンピュータープログラム製品。
（項目３９）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における第一の末端候補標識の重心と第二の末端候補標識の重心の間の絶対距離基準を適用する項目１９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４０）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識を選択した基板の一部の周りのバッファーゾーンを同定するための指令を含み、ここに、該バッファーゾーンにおいて候補標識はない項目１９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４１）
該複数の標識が基板上に直線状に配列された項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４２）
該複数の標識が同一の直線向きに基板上に直線状に配置された項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４３）
該複数の標識における各標識の直線状の向きが予め決定されている項目４２記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４４）
該複数の標識における各標識の直線状の向きが該基板を横切っての電流の適用によって決定される項目４３記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４５）
該複数の標識における各標識の直線状の向きが、該基板を横切っての流体の適用によって決定される項目４３記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４６）
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおける光イメージでの各標識の画素化表示における４と２０の間の画素を占める項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４７）
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおける光イメージでの各標識の画素化表示における６と３０の間の画素を占める項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４８）
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおける光イメージでの各標識の画素化表示における１と３０の間の画素を占める項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目４９）
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおける光イメージでの各標識の画素化表示における４と１００の間の画素を占める項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５０）
該標識同定モジュールが、さらに：
該複数の光イメージにおける第一の候補標識を同定するための指令；および
第一の候補標識から所定の距離内にある該複数の光イメージにおける第二の候補標識を同定するための指令を含み；
ここに、該複数の標識は第一の候補標識および第二の候補標識を含む項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５１）
該複数の異なる波長範囲が２つの異なる波長範囲と６つの異なる波長範囲の間よりなる項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５２）
該複数の異なる波長範囲が、２つの異なる波長範囲と２０の異なる波長範囲の間よりなる群から選択される項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５３）
該複数の標識が４つの標識を含む項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５４）
該複数の標識が５つの標識を含む項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５５）
該複数の標識が２つの標識と２０の標識の間よりなる項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５６）
該ストリング配列における標識の第一のサブセットが、該ストリング配列における標識の第二のサブセットにおける標識の同一性をエラーチェックする項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５７）
該ストリング配列における標識の第一のサブセットが、該ストリング配列における標識の第二のサブセットのためのチェックサムである項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５８）
該標識同定モジュールが複数の標識を同定するための該指令を複数回反復するための指令を含み、ここに、複数の標識を同定するための該指令が反復される毎に、基板上で相互に近接する異なる複数の標識が該複数の光イメージにおいて同定され；および
ここに、該プローブ同定モジュールは、該標識同定モジュールによって同定された各該異なる複数の標識が有効なレポーター配列を含むか否かを決定し、ここに、各該異なる複数の標識について、該プローブ同定モジュールは：
該異なる複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該異なる複数の標識がプローブであると見なし；および
該異なる複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該異なる複数の標識がプローブでないと見なす項目１記載のコンピュータープログラム製品。
（項目５９）
複数のプローブが同定される項目５８記載のコンピュータープログラム製品。
（項目６０）
該複数のプローブが３以上のプローブよりなる項目５９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目６１）
該複数のプローブが１０以上のプローブよりなる項目５９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目６２）
該複数のプローブが５０未満のプローブよりなる項目５９記載のコンピュータープログラム製品。
（項目６３）
該プローブ同定モジュールが同定されたプローブの各タイプを記憶する項目５８記載のコンピュータープログラム製品。
（項目６４）
該プローブ同定モデルが、有効なレポーター配列として確認されない各異なる複数の標識の各ストリング配列を記憶する項目５８記載のコンピュータープログラム製品。
（項目６５）
該プローブ同定モデルが、有効なレポーター配列として確認される各異なる複数の標識の各ストリング配列を記憶する項目５８記載のコンピュータープログラム製品。
（項目６６）
基板上に重ねられた試料内のプローブの存在を検出するためのコンピューターシステムであって、ここに、該プローブは複数の空間的に配列された標識を含み、該コンピューターシステムは：
中央プロセッシングユニット；および
該中央プロセッシングユニットに接続されたメモリー
を含み、該メモリーは：
複数の光イメージを記憶するための指令を含むデータ記憶モジュールであって、該複数の光イメージにおける各光イメージは複数の異なる波長範囲におけるある波長範囲において試料から受ける光についてのものである、データ記憶モジュール；
該複数の光イメージにおいて、基板上で相互に近接する複数の標識を同定するための指令を含む標識同定モジュールであって、ここに、該複数の標識の空間的順序は該複数の標識のストリング配列を決定する、標識同定モジュール；および
該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列を含むか否かを決定するための指令を含むプローブ同定モジュール
を含み；
該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該複数の標識がプローブであると見なされ；
該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該複数の標識はプローブではないと見なされるコンピューターシステム。
（項目６７）
該複数の標識における第一の標識は、該複数の異なる波長範囲における第一の波長範囲において光を発する基板上の第一の位置に関連し、該複数の標識における第二の標識は、該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する基板上の第二の位置に関連する項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目６８）
該第一の波長範囲の一部が該第二の波長範囲の一部に重複する項目６７記載のコンピューターシステム。
（項目６９）
該第一の波長範囲が該第二の波長範囲と重複しない項目６７記載のコンピューターシステム。
（項目７０）
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおけるいずれか１つの光イメージにおいて閾値量を超えた光を発する基板上の位置に関連する項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目７１）
該メモリーが、さらに、複数の有効レポーター配列を含む参照テーブルを記憶し、およびここに、該プローブ同一モジュールは、さらに、該複数の標識のストリング配列を該参照テーブル中の有効なレポーター配列と比較するための指令を含む項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目７２）
該参照テーブルが次元化され、かつ４４までの異なる有効レポーター配列を保持するように構成された項目７１記載のコンピューターシステム。
（項目７３）
該参照テーブルが次元化され、かつ２０２０までの異なる有効なレポーター配列を保持するように構成された項目７１記載のコンピューターシステム。
（項目７４）
該プローブ同定モジュールが、さらに、有効なレポーター配列として確認されない該複数の標識のストリング配列を記憶するための指令を含む項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目７５）
該データ記憶モジュールが、さらに、該基板上に存在する複数の基点を用いて、第一の光イメージを、該複数の光イメージにおける第二の光イメージに対して整列させるための指令を含む項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目７６）
該基板上のプローブの位置がランダムである項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目７７）
該プローブが単一分子からなる項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目７８）
該プローブが分子骨格を含み、該複数の標識における各標識が該分子骨格上の異なる位置を表す項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目７９）
標識によって表される該分子骨格上の各位置が、スペーサーによって骨格上の隣接位置から分離された項目７８記載のコンピューターシステム。
（項目８０）
該プローブが単一鎖デオキシ核酸またはリボ核酸骨格を含み、該複数の標識における各標識は、骨格上の異なる位置にハイブリダイズする染料負荷一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸配列によって表される項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目８１）
該プローブが第一の端部および第二の端部を有する分子骨格を含み；
標的特異的配列が該第一の端部に共有結合により付着され；
バインダー配列が該第二の端部に共有結合により付着され：および
該プローブが（ｉ）該標的特異的配列の、該基板の第一の位置に結合した第一の分子体への結合、および（ｉｉ）該バインダー配列の、該基板上の第二の位置に結合した第二の分子体への結合を介して基板上に直線状に配置された項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目８２）
該第一の分子体が標的（一本鎖核酸またはリボ核酸）−ビオチン複合体であり、および
該第二の分子体が所定の（一本鎖デオキシ核酸またはリボ核酸）−ビオチン複合体である項目８１記載のコンピューターシステム。
（項目８３）
該標識同定モジュールが、さらに、該複数の光イメージにおける複数の候補標識を同定するための指令を含み、ここに、該複数の標識は、該標識同定モジュールによって確証された該複数の候補標識のサブセットである項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目８４）
該複数の候補標識における各候補標識が、該複数の光イメージにおけるいずれか１つの光イメージにおける閾値を超える量の光を発する基板上の位置に関連する項目８３記載のコンピューターシステム。
（項目８５）
該複数の標識が、該複数の異なる波長における第一の波長範囲において光を発する基板上の第一の位置に関連する第一候補標識を有し、および、該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する基板上の第二の位置に関連する第二の候補標識を有する項目８３記載のコンピューターシステム。
（項目８６）
該第一の波長範囲の一部が第二の波長範囲の一部と重複する項目８５記載のコンピューターシステム。
（項目８７）
該第一の波長範囲が第二の波長範囲と重複しない項目８５記載のコンピューターシステム。
（項目８８）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における、第一の候補標識の重心と第二の候補標識の重心の間の第一の距離基準を適用する項目８３記載のコンピューターシステム。
（項目８９）
該第一の距離基準が、該プローブにおける第一の標識と第二の標識の間の計算された距離によって決定される項目８８記載のコンピューターシステム。
（項目９０）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における、第二の候補標識の重心と第三の候補標識の重心の間の第二の距離基準を適用する項目８８記載のコンピューターシステム。
（項目９１）
該第二の距離基準が、該プローブにおける第二の標識と第三の標識の間の計算された距離によって決定される項目９０記載のコンピューターシステム。
（項目９２）
該第一の距離基準値および該第二の距離基準値が、該複数の標識が該プローブであるか否かの決定に寄与する項目９０記載のコンピューターシステム。
（項目９３）
該コンピュータープログラムメカニズムが、さらに、複数の有効レポーター配列を含む参照テーブルを含み、ここに、該複数の有効レポーター配列における各有効レポーター配列が、標識の第一の対の間の第一の距離、および第二の標識の対の間の第二の距離を含み、ここに、該プローブ同定モジュールが、さらに、該複数の標識のストリング配列、該第一の距離基準、および該第二の距離基準を、該参照テーブルにおける有効レポーター配列と比較するための指令を含む項目９０記載のコンピューターシステム。
（項目９４）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識のトリプレットに対する角度基準を適用する項目８３記載のコンピューターシステム。
（項目９５）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識を選択するためのモデルを適用するための指令を含む項目８３記載のコンピューターシステム。
（項目９６）
候補標識を選択するためのモデルを適用するための該指令が、線形回帰を適用して、候補標識を選択するための指令を含む項目９５記載のコンピューターシステム。
（項目９７）
該標識同定モジュールが、さらに、該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足することを証明するための指令を含む項目９５記載のコンピューターシステム。
（項目９８）
該スポット形状基準が、該候補標識の観察されたスポット形状と候補標識の倍率によって決定される回折制限点光源の理論的点広がりの間のマッチである項目９７記載のコンピューターシステム。
（項目９９）
該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足していることを証明するための指令が、候補標識上で点広がり関数モデリングを行うための指令を含む項目９７記載のコンピューターシステム。
（項目１００）
該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足していることを証明するための指令が、スポットセグメント化アルゴリズムを候補標識に適用するための指令を含む項目９７記載のコンピューターシステム。
（項目１０１）
該スポットセグメント化アルゴリズムが分岐点変換を含む項目１００記載のコンピューターシステム。
（項目１０２）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における、第一の末端候補標識の重心と第二の末端候補標識の重心の間の絶対距離基準を適用する項目８３記載のコンピューターシステム。
（項目１０３）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識を選択した基板上の一部の周りのバッファーゾーンを同定するための指令を含み、ここに、該バッファーゾーンにおいて候補標識はない項目８３記載のコンピューターシステム。
（項目１０４）
該複数の標識が基板上に直線状に配置された項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目１０５）
該複数の標識が同一直線向きに基板上に直線状に配置された項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目１０６）
該複数の標識における各標識が、該複数の光イメージにおける光イメージでの各標識の画素化表示における４と２０の間の画素を占める項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目１０７）
該標識同定モジュールが、さらに：
該複数の光イメージにおける第一の候補標識を同定するための指令；および
該第一の候補標識から所定の距離内にある該複数の光イメージにおける第二の候補標識を同定するための指令を含み；
ここに、該複数の標識は第一の候補標識および第二の候補標識を含む項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目１０８）
該複数の異なる波長範囲が、２つの異なる波長範囲と２０の異なる波長範囲の間よりなる項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目１０９）
該複数の標識が２つの標識と２０の標識の間よりなる項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目１１０）
該ストリング配列における標識の第一のサブセットが、該ストリング配列における標識の第二のサブセットにおける標識の同一性をエラーチェックする項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目１１１）
該ストリング配列における標識の第一のサブセットが、該ストリング配列における標識の第二のサブセットのためのチェックサムである項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目１１２）
該標識同定モジュールが、複数の標識を同定するための該指令を複数回反復するための指令を含み、ここに、複数の標識を同定するための該指令を反復される毎に、基板上で相互に近接する、該複数の光イメージにおける、異なる複数の標識が同定され；および
該プローブ同定モジュールは、該標識同定モジュールによって同定された各該異なる複数の標識が有効レポーター配列を含むか否かを決定し、ここに、各該異なる複数の標識について、該プローブ同定モジュールは：
該異なる複数の標識のストリング配列が有効レポーター配列として確認される場合、該異なる複数の標識をプローブであると見なし；および
該異なる複数の標識のストリング配列が有効レポーター配列として確認されない場合、該異なる複数の標識がプローブではないと見なす項目６６記載のコンピューターシステム。
（項目１１３）
複数のプローブが同定される項目１１２記載のコンピューターシステム。
（項目１１４）
該複数のプローブが３以上のプローブを含む項目１１３記載のコンピューターシステム。
（項目１１５）
該プローブ同定モデルが、有効なレポーター配列として確認されない各異なる複数の標識の各ストリング配列を記憶する項目１１２記載のコンピューターシステム。
（項目１１６）
該プローブ同定モデルが、有効なレポーター配列として確認される各異なる複数の標識の各ストリング配列を記憶する項目１１２記載のコンピューターシステム。
（項目１１７）
基板上に重ねられた試料内のプローブの存在を検出するためのシステムであって、該システムは：
複数の光イメージを測定する光測定メカニズムであって、該複数の光イメージにおける各光イメージは、複数の異なる波長範囲におけるある波長範囲において試料から受けた光についてのものである、光測定メカニズム；
該複数の光イメージを記憶するための指令を含むデータ記憶モジュール；
該基板上で相互に近接する該複数の光イメージにおける複数の標識を同定する標識同定メカニズムであって、ここに、該複数の標識の空間的順序は該複数の標識のストリング配列を決定する、標識同定メカニズム；および
該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列を含むか否かを決定するプローブ同定メカニズム
を含み、
ここに、該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該複数の標識はプローブであると見なされ；
該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該複数の標識はプローブではないと見なされるシステム。
（項目１１８）
該複数の標識における第一の標識が、該複数の異なる波長範囲における第一の波長範囲において光を発する基板上の第一の位置に関連し、および該複数の標識における第二の標識が、該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する基板上の第二の位置に関連する項目１１７記載のシステム。
（項目１１９）
該第一の波長範囲の一部が該第二の波長範囲の一部と重複する項目１１８記載のシステム。
（項目１２０）
該システムは、さらに、基板を照射する照射メカニズムを含む項目１１７記載のシステム。
（項目１２１）
該照射メカニズムが励起光源および複数の励起フィルターを含み、ここに、該複数の励起フィルターにおける各励起フィルターを、該複数の光イメージにおける対応する光イメージにおいて用いて、対応する光イメージが測定される場合、該光源を対応する異なるスペクトル範囲に制限する項目１２０記載のシステム。
（項目１２２）
該光測定メカニズムが複数の測定波長フィルターを含み、該複数の測定波長フィルターにおける各測定波長フィルターを、該複数の光イメージにおける対応する光イメージで用いて、対応するスペクトル範囲内にない光を拒絶する項目１１７記載のシステム。
（項目１２３）
該光測定メカニズムは、試料から発せられた光に応答して検出シグナルを形成する光ディテクターを含む項目１１７記載のシステム。
（項目１２４）
該光測定メカニズムは、該基板上に重ねられた試料から発せられた光を測定する検出シグナルによってアドレスされるディテクター回路を含み、該光測定メカニズムは、さらに、複数の標識位置を記憶するための電子メモリーを含み、ここに、該複数の標識位置における各標識位置は、標識を表し、および該複数の標識位置における各標識位置は閾値量を超える光に由来する項目１１７記載のシステム。
（項目１２５）
該標識同定メカニズムが、電子メモリーに記憶された複数の標識位置内から相互に近接する複数の標識も同定する項目１１７記載のシステム。
（項目１２６）
該標識同定メカニズムが、該複数の光イメージにおける複数の候補標識を同定するための指令を含み、およびここに、該複数の標識は該複数の候補標識のサブセットである項目１１７記載のシステム。
（項目１２７）
該複数の候補標識における各候補標識は、該複数の光イメージにおけるいずれか１つの光イメージにおいて閾値量を超える光を発する基板上の位置を含む項目１２６記載のシステム。
（項目１２８）
該複数の標識が、該複数の異なる波長範囲における第一の波長範囲において光を発する第一の候補標識、および該複数の異なる波長範囲における第二の波長範囲において光を発する該複数の標識における第二の候補標識を含む項目１２６記載のシステム。
（項目１２９）
該複数の標識を同定する指令が、該複数の候補標識における、第一の候補標識の重心と第二の候補標識の重心の間の第一の距離基準を適用する項目１２６記載のシステム。
（項目１３０）
該第一の距離基準が、該プローブにおける、第一の標識と第二の標識の間の計算された距離によって決定される項目１２９記載のシステム。
（項目１３１）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における、第二の候補標識の重心と第三の候補標識の重心の間の第二の距離基準を適用する項目１３０記載のシステム。
（項目１３２）
該第二の距離基準が、該プローブにおける第二の標識と第三の標識の間の計算された距離によって決定される項目１３１記載のシステム。
（項目１３３）
該第一の距離基準が第二の距離基準と同一である項目１３１記載のシステム。
（項目１３４）
該第一の距離基準が該第二の距離基準とは異なる項目１３１記載のシステム。
（項目１３５）
該第一の距離基準の値および該第二の距離基準の値が、該複数の標識が該プローブであるか否かの決定に寄与する項目１３１記載のシステム。
（項目１３６）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識のトリプレットに対する角度基準を適用する項目１２６記載のシステム。
（項目１３７）
該複数の標識を同定するための指令が、該複数の候補標識における候補標識を選択するためのモデルを適用するための指令を含む項目１２６記載のシステム。
（項目１３８）
候補標識を選択するためのモデルを適用するための指令が、線形回帰を適用して、候補標識を選択するための指令を含む項目１３７記載のシステム。
（項目１３９）
該標識同定モジュールが、さらに、該複数の候補標識における候補標識がスポット形状基準を満足することを証明するための指令を含む項目１２６記載のシステム。
（項目１４０）
該スポット形状基準が、該候補標識の観察されたスポット形状と候補標識の倍率によって決定される回折限定点光源の理論的点広がりの間のマッチである項目１３９記載のシステム。
（項目１４１）
該複数の候補標識における候補標識が該スポット形状基準を満足することを証明するための指令が、候補標識について点広がり関数モデリングを行うための指令を含む項目１３９記載のシステム。
（項目１４２）
該複数の候補標識における候補標識が、スポット形状基準を満足することを証明するための指令が、スポットセグメント化アルゴリズムを候補標識に適用するための指令を含む項目１３９記載のシステム。
（項目１４３）
該スポットセグメント化アルゴリズムが分岐点変換を含む項目１４２記載のシステム。
（項目１４４）
該複数の標識が基板上に直線状に配置された項目１１７記載のシステム。
（項目１４５）
該複数の標識の直線向きが予め決定された項目１４４記載のシステム。
（項目１４６）
該複数の標識の直線向きが、該基板を横切っての電流の適用によって決定される項目１４４記載のシステム。
（項目１４７）
該試料内のプローブが、該基板上のランダムな位置において該基板に重ねられた項目１４４記載のシステム。
（項目１４８）
基板上に重ねられた試料内のプローブの存在を検出するための方法であって、ここに、該プローブは複数の空間的に配置された標識を含み、該方法は：
複数の光イメージにおいて、基板上で相互に近接する複数の標識を同定することであって、ここに、該複数の標識の空間的順序が該複数の標識のストリング配列を決定し、ここに、該複数の光イメージにおける各光イメージは、複数の異なる波長範囲におけるある波長範囲において該試料から受けた光についてのものであることと；
該複数の標識の該ストリング配列が有効なレポーター配列を含むか否かを決定することとを含み、
ここに、該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該複数の標識はプローブであると見なされ；および
該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該複数の標識はプローブでないと見なされる方法。
（項目１４９）
該決定工程は、該複数の標識のストリング配列を、参照テーブル中の有効なレポーター配列と比較することを含む項目１４８記載の方法。
（項目１５０）
該方法が、さらに、有効なレポーター配列と確認されない複数の標識のストリング配列を記憶する項目１４８記載の方法。
（項目１５１）
該方法が、さらに、該基板上に存在する複数の基点を用いて、第一の光イメージを、該複数の光イメージにおける第二の光イメージに対して整列させることを含む項目１４８記載の方法。
（項目１５２）
複数の標識を同定するための工程が複数回反復され、ここに、複数の標識を同定する該工程が反復される毎に、該複数の光イメージにおいて、基板上で相互に近接する複数の異なる標識が同定され；該方法は、さらに：
各該異なる複数の標識が有効なレポーター配列を含むか否か決定することを含み、ここに、各該異なる複数の標識について、
該異なる複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該異なる複数の標識はプローブであると見なされ；および
該異なる複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、異なる複数の標識はプローブでないと見なされる項目１４８記載の方法。
（項目１５３）
複数のプローブが同定される項目１５２記載の方法。
（項目１５４）
該複数のプローブが３以上のプローブよりなる項目１５２記載の方法。
（項目１５５）
該複数のプローブが１０以上のプローブよりなる項目１５２記載の方法。
（項目１５６）
該方法が、さらに、同定されたプローブの各タイプを記憶することを含む項目１５２記載の方法。
（項目１５７）
有効なレポーター配列として確認されない各異なる複数の標識の各ストリング配列が記憶される項目１５２記載の方法。
（項目１５８）
有効なレポーター配列として確認される各異なる複数の標識の各ストリング配列が記憶される項目１５２記載の方法。
（発明の要旨）
本発明の１つの態様は、コンピューター読取り可能記憶媒体およびその中に内蔵されたコンピュータープログラムメカニズムを含むコンピュータープログラム製品を提供する。該コンピュータープログラムメカニズムは、基板上に重ねられた試料内のプローブの存在を検出するためのものである。該プローブは複数の空間的に配置された標識を含む。該コンピュータープログラムメカニズムはデータ記憶モジュール、標識同定モジュール、およびプローブ同定モジュールを含む。該データ記憶モジュールは、複数の光イメージを記憶するための指令を含む。該複数の光イメージにおける各光イメージは、複数の異なる波長範囲におけるある波長範囲において試料から受けた光についてのものである。該標識同定モジュールは、該複数の光イメージにおいて、基板上で相互に近接する複数の標識を同定するための指令を含む。該複数の標識の空間的順序は、該複数の標識のストリング配列を決定する。該プローブ同定モジュールは、該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列を含むか否かを決定するための指令を含む。該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認される場合、該複数の標識はプローブであると見なされる。該複数の標識のストリング配列が有効なレポーター配列として確認されない場合、該複数の標識はプローブではないと見なされる。