【手続補正書】
【提出日】平成21年11月12日(2009.11.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
セリンプロテアーゼ活性を有するＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする核酸配列を含む単離されたＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）ポリヌクレオチドであって、該核酸配列は、配列番号１の３６位、５４位、１５５位、または１５６位に対応する少なくとも１つのコドン位置においてコドン変化を有し、そして該コドン変化は、３６位、５４位、１５５位または１５６位に対応する位置にある配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列の対応するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の３６位における該コドン変化は、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、配列番号１の１５５位における該コドン変化は、Ｋ、Ｔ、Ｓ、Ｉ、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５６位における該コドン変化は、ＳおよびＩからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、ポリヌクレオチド。
【請求項２】
前記核酸配列が、配列番号１の核酸配列の１位〜５４３位までの領域と少なくとも６０％の配列同一性を有する、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３】
前記核酸配列が、配列番号１の核酸配列の１位〜５４３位までの領域と少なくとも８０％の配列同一性を有する、請求項２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項４】
前記核酸配列が、配列番号１の核酸配列の１位〜５４３位までの領域と少なくとも９０％の配列同一性を有する、請求項３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項５】
セリンプロテアーゼ活性を有するＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを含む単離されたＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）改変体であって、該核酸配列は、配列番号１の３６位、５４位、１５５位、または１５６位に対応する少なくとも１つのコドン位置においてコドン変化を有し、そして該コドン変化は、３６位、５４位、１５５位または１５６位に対応する位置における配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列の対応するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の３６位における該コドン変化は、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、配列番号１の１５５位における該コドン変化は、Ｋ、Ｔ、Ｓ、Ｉ、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５６位における該コドン変化は、ＳおよびＩからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、ＨＣＶ改変体。
【請求項６】
セリンプロテアーゼ活性を有する単離されたＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）プロテアーゼであって、該プロテアーゼは核酸配列によってコードされ、該核酸配列は、配列番号１の３６位、５４位、１５５位、または１５６位に対応する少なくとも１つのコドン位置において、３６位、５４位、１５５位または１５６位に対応する位置における配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列のアミノ酸残基とは異なるコドン変化を有し、そして、配列番号１の３６位における該コドン変化は、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、配列番号１の１５５位における該コドン変化は、Ｋ、Ｔ、Ｓ、Ｉ、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５６位における該コドン変化は、ＳおよびＩからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、ＨＣＶプロテアーゼ。
【請求項７】
セリンプロテアーゼ活性を有するＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）ＮＳ３プロテアーゼに対して特異的な抗ＨＣＶプロテアーゼ抗体であって、該プロテアーゼは、３６位、５４位、１５５位、および１５６位からなる群より選択される位置に対応する少なくとも１つの位置における配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列のアミノ酸残基が、配列番号２の対応する各位置におけるアミノ酸残基と異なっているアミノ酸配列を含む、抗ＨＣＶプロテアーゼ抗体。
【請求項８】
請求項１に記載のＨＣＶポリヌクレオチドを含む発現系。
【請求項９】
請求項８に記載の発現系であって、ベクターを含み、該ベクターは、プロモーターに作動可能に連結した請求項１に記載のＨＣＶポリヌクレオチドを含む、発現系。
【請求項１０】
請求項９に記載のベクターでトランスフェクトされたか、形質転換されたか、または形質導入された宿主細胞。
【請求項１１】
ｍＲＮＡディスプレイ系である、請求項８に記載の発現系。
【請求項１２】
患者においてＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染のプロテアーゼインヒビターに対する薬物の耐性または感受性を評価するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）該ＨＣＶ感染患者から収集した生物学的サンプルが、セリンプロテアーゼ活性を有するＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする核酸配列を含むか否かを評価する工程であって、該核酸配列は、配列番号１の３６位、５４位、１５５位、および１５６位からなる群から選択される位置に対応する少なくとも１つのコドン位置においてコドン変化を有し、そして該コドン変化は、３６位、５４位、１５５位または１５６位に対応する位置における配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列の対応するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５５位における該コドン変化は、Ｋ、Ｔ、Ｓ、Ｉ、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５６位における該コドン変化は、ＳおよびＩからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、工程
を包含する方法。
【請求項１３】
患者におけるＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染を処置するための候補化合物を同定するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）セリンプロテアーゼ活性を有するＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを含むＨＣＶ改変体に感染したサンプルを提供する工程であって、該核酸配列は、配列番号１の３６位、５４位、１５５位または１５６位のコドン位置に対応する少なくとも１つの位置においてコドン変化を有し、そして該コドン変化は、３６位、５４位、１５５位または１５６位に対応する位置における配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列の対応するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５５位における該コドン変化は、Ｋ、Ｔ、Ｓ、Ｉ、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５６位における該コドン変化は、ＳおよびＩからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、工程；
ｂ）該サンプルにおける該ＨＣＶ改変体の活性を阻害する該候補化合物の能力をアッセイする工程
を包含する方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法であって、前記ＨＣＶ改変体の前記活性は、複製である、方法。
【請求項１５】
患者におけるＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染を処置または予防するための候補化合物を同定するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）セリンプロテアーゼ活性を有するＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドを含むレプリコンＲＮＡを提供する工程であって、該核酸配列は、配列番号１の３６位、５４位、１５５位または１５６位のコドン位置に対応する少なくとも１つの位置においてコドン変化を有し、そして該コドン変化は、３６位、５４位、１５５位または１５６位に対応する位置における配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列の対応するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５５位における該コドン変化は、Ｋ、Ｔ、Ｓ、Ｉ、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５６位における該コドン変化は、ＳおよびＩからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、工程；
ｂ）該候補化合物が、ａ）の該レプリコンＲＮＡの複製を阻害するか否かを決定する工程を包含する方法。
【請求項１６】
患者におけるＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染を処置するための候補化合物を同定する方法であって、該方法は、以下：
ａ）セリンプロテアーゼ活性を有する単離されたＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼおよびプロテアーゼ基質を提供する工程であって、該プロテアーゼは１位〜５４３位までの核酸配列によってコードされ、該核酸配列は、配列番号１の３６位、５４位、１５５位または１５６位のコドン位置に対応する少なくとも１つの位置においてコドン変化を有し、そして該コドン変化は、３６位、５４位、１５５位または１５６位に対応する位置における配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列の対応するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５５位における該コドン変化は、Ｋ、Ｔ、Ｓ、Ｉ、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５６位における該コドン変化は、ＳおよびＩからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、該プロテアーゼおよび該基質は、細胞ベースの系または無細胞系の中に存在する、工程；
ｂ）該ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼを該候補化合物と、該基質の存在下で接触させる工程；および
ｃ）該ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼの活性が低下するか否かを決定する工程
を包含する方法。
【請求項１７】
患者におけるＣ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染を処置するための候補化合物を評価するための方法であって、該方法は、以下：
ａ）セリンプロテアーゼ活性を有するＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする核酸配列を含むポリヌクレオチドおよびインジケーターをコードする指示遺伝子を含むベクターを、宿主細胞に導入する工程であって、該核酸配列は、配列番号１の３６位、５４位、１５５位または１５６位のコドン位置に対応する少なくとも１つの位置においてコドン変化を有し、そして該コドン変化は、３６位、５４位、１５５位または１５６位に対応する位置における配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列の対応するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５５位における該コドン変化は、Ｋ、Ｔ、Ｓ、Ｉ、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５６位における該コドン変化は、ＳおよびＩからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、工程；
ｂ）該宿主細胞を培養する工程；および
ｃ）該インジケーターを、該候補化合物の存在下および該候補化合物の非存在下で測定する工程
を包含する方法。
【請求項１８】
Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染患者から収集した生物学的サンプルまたは医療用装置もしくは研究室装置のＨＣＶ汚染を除去するかまたは減少させる方法であって、該生物学的サンプルまたは該医療用装置もしくは該研究室装置を、請求項１３〜１７のいずれか１項に記載の化合物と接触させる工程を包含する方法。
【請求項１９】
Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）感染患者から収集した生物学的サンプル中のＨＣＶ改変体の存在を検出するための方法であって、該生物学的サンプル中のポリヌクレオチドの存在を検出する工程を包含し、該ポリヌクレオチドは、セリンプロテアーゼ活性を有するＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする核酸配列を含み、該核酸配列は、配列番号１の３６位、５４位、１５５位または１５６位のコドン位置に対応する少なくとも１つの位置においてコドン変化を有し、そして該コドン変化は、３６位、５４位、１５５位または１５６位に対応する位置における配列番号２のＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼアミノ酸配列の対応するアミノ酸残基とは異なるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５５位における該コドン変化は、Ｋ、Ｔ、Ｓ、Ｉ、Ｍ、ＬおよびＧからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じ、そして、配列番号１の１５６位における該コドン変化は、ＳおよびＩからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、方法。
【請求項２０】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の３６位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２１】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の５４位に対応するコドン位置においてコドン変化を有し、該コドン変化が、ＡおよびＳからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２２】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の１５５位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２３】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の１５６位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２４】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の３６位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項５に記載の単離されたＨＣＶ改変体。
【請求項２５】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の５４位に対応するコドン位置においてコドン変化を有し、該コドン変化が、ＡおよびＳからなる群から選択されるアミノ酸残基をコードする核酸配列を生じる、請求項５に記載の単離されたＨＣＶ改変体。
【請求項２６】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の１５５位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項５に記載の単離されたＨＣＶ改変体。
【請求項２７】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の１５６位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項５に記載の単離されたＨＣＶ改変体。
【請求項２８】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の３６位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項６に記載の単離されたＨＣＶプロテアーゼ。
【請求項２９】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の５４位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項６に記載の単離されたＨＣＶプロテアーゼ。
【請求項３０】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の１５５位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項６に記載の単離されたＨＣＶプロテアーゼ。
【請求項３１】
ＨＣＶ  ＮＳ３プロテアーゼをコードする前記核酸配列が配列番号１の１５６位に対応するコドン位置においてコドン変化を有する、請求項６に記載の単離されたＨＣＶプロテアーゼ。