(57)【要約】標的細胞型、例えば脳および肺における特異性増加およびウイルス形質導入の効率向上を示す指向性を有する組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）を含む組成物およびキットが、本明細書に記載される。本明細書に記載のｒＡＡＶ組成物はまた、標的外の細胞型、例えば肝臓における特異性減少およびウイルス形質導入の効率低下を示す指向性を有する。本明細書に記載のｒＡＡＶ組成物は、治療用核酸などの導入遺伝子をカプシド内封入する。対象への全身送達時に、ｒＡＡＶは、親または参照ＡＡＶと比較して標的細胞型への導入遺伝子の特異性を増加させることおよび形質導入を増加させることができる。
2022502046.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質の３回対称軸における７−ｍｅｒペプチド配列内に３個またはそれより多くのアミノ酸のアミノ酸置換を含むバリアントＡＡＶカプシドタンパク質を含むバリアントＡＡＶカプシドであって、前記７−ｍｅｒペプチド配列が、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５８に対応するアミノ酸位置にあり、前記アミノ酸置換が、ＩＬＧＴＧＴＳ（配列番号４５４７９）でも、ＱＳＳＱＴＰＲ（配列番号４５４７９）でも、ＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）でもない、バリアントＡＡＶカプシドと、
ｂ）遺伝子産物をコードするヌクレオチド配列を含む異種ポリヌクレオチドと
を含む組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）。
【請求項２】
前記バリアントＡＡＶカプシドが、対象において測定されたとき、前記対応する親ＡＡＶカプシドの指向性と比較して標的組織または標的細胞に対する指向性の増加を有する、請求項１に記載のｒＡＡＶ。
【請求項３】
前記標的組織または前記標的細胞が、中枢神経系（ＣＮＳ）もしくは末梢神経系（ＰＮＳ）またはこれらの組合せの組織または細胞を含む、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項４】
前記バリアントＡＡＶカプシドが、対象において測定されたとき、前記対応する親ＡＡＶカプシドの指向性と比較して、肝臓組織を含む標的外組織または肝臓細胞を含む標的外細胞に対する指向性の減少を有する、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項５】
前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、連続する３個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸が独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、または４５６〜４５８に対応する前記親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項６】
前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、連続する４個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸が独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、または４５５〜４５８に対応する前記親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項７】
３個またはそれより多くのアミノ酸が、連続する少なくとも５個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸が独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５６、４５３〜４５７、または４５４〜４５８に対応する前記親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項８】
前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、
ａ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、
ｂ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５３に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、
ｃ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５４に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、
ｄ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５５に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴ、
ｅ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５６に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴ、
ｆ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５７に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、ＴまたはＶ、および
ｇ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５８に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ
のうちの３個またはそれより多くを含む、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項９】
前記アミノ酸置換が、ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）、およびＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）から選択されるアミノ酸配列を含む、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項１０】
前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、
ａ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴ、
ｂ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５３に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓまたは、
ｃ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５４に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴ、
ｄ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５５に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴ、
ｅ）ＡＡＶ９  ＶＰ（配列番号１）のアミノ酸残基４５６に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、ＳまたはＴ、
ｆ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５７に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶ、および
ｇ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５８に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶ
のうちの３個またはそれより多くを含む、請求項４に記載のｒＡＡＶ。
【請求項１１】
前記アミノ酸置換が、ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）、ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）、ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）、ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）、ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）、ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）、ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）、ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）、ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）、ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）、ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）、ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）、ＫＧＰＧＱＭＧ（配列番号４５４７６）、およびＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項１２】
前記標的組織、または前記組織内の前記標的細胞が、肺、腸、腎臓、心臓および胃からなる群から選択される、請求項２〜１１のいずれか一項に記載のｒＡＡＶ。
【請求項１３】
前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸残基４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、または４５６〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する３個のアミノ酸を含み、
ａ）４５２が、Ｎ、Ｋ、ＲおよびＴからなる群から選択され、
ｂ）４５３が、Ｌ、Ｎ、ＰおよびＳからなる群から選択され、
ｃ）４５４が、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳおよびＴからなる群から選択され、
ｄ）４５５が、Ｌ、Ｐ、ＳおよびＴからなる群から選択され、
ｅ）４５６が、Ｐ、ＲおよびＳからなる群から選択され、
ｆ）４５７が、Ｇ、Ｎ、ＳおよびＴからなる群から選択され、および
ｇ）４５８が、Ｉ、ＬおよびＲからなる群から選択される、
前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項１４】
前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、
ａ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、または４５５〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する４個のアミノ酸、
ｂ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５６、４５３〜４５７、または４５３〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する５個のアミノ酸、
ｃ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５７または４５３〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する６個のアミノ酸、および
ｄ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する７個のアミノ酸
を含む、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項１５】
前記標的組織が肺であり、前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）、ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）、または図１３に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のｒＡＡＶ。
【請求項１６】
前記標的組織が腸であり、前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２６４７４）、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号２６５８４）、または図５に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のｒＡＡＶ。
【請求項１７】
前記組織が腎臓であり、前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）、ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号２７５３０）、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号２８５０９）、または図６に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のｒＡＡＶ。
【請求項１８】
前記組織が心臓であり、前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号２５６３３）、または図４に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のｒＡＡＶ。
【請求項１９】
前記組織が胃であり、前記３個またはそれより多くのアミノ酸が、ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号３１９０４）、または図１２の任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のｒＡＡＶ。
【請求項２０】
前記対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質が、ＡＡＶ９  ＶＰ１またはそのバリアントである、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項２１】
前記ＡＡＶ９  ＶＰ１バリアントが、配列番号１に対して９０％のまたはそれより高い配列同一性を有する、請求項２０に記載のｒＡＡＶ。
【請求項２２】
前記ＡＡＶ９  ＶＰ１バリアントが、配列番号１に対して９５％のまたはそれより高い配列同一性を有する、請求項２０に記載のｒＡＡＶ。
【請求項２３】
前記対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質が、前記ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）の５８８＿５８９に対応するアミノ酸位置におけるＴＬＡＸＰＦＫ（配列番号４６４２４）、ＴＬＡＸ（配列番号４６４２５）、ＬＡＶＸ（配列番号４６４２６）、ＡＶＰＸ（配列番号４６４２７）、およびＶＰＦＸ（配列番号４６４２８）からなる群から選択されるアミノ酸配列の挿入をさらに含み、Ｘが、Ｖ以外の任意のアミノ酸である、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項２４】
前記親ＡＡＶカプシドタンパク質が、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ＢまたはＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢからのものである、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項２５】
単離され、精製されている、前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶ。
【請求項２６】
前記請求項のいずれかに記載のｒＡＡＶおよび医薬賦形剤を含む医薬製剤。
【請求項２７】
静脈内、動脈内、鼻腔内、くも膜下腔内、大槽内または皮下注射用に製剤化されている、請求項２６に記載の医薬製剤。
【請求項２８】
対象における疾患または状態を処置する方法であって、請求項１〜２５のいずれか一項に記載のｒＡＡＶまたは請求項２６〜２７のいずれか一項に記載の医薬製剤の治療有効量を前記対象に投与するステップを含み、前記遺伝子産物が治療用遺伝子産物である、方法。
【請求項２９】
前記投与するステップが、静脈内、動脈内、鼻腔内、くも膜下腔内、大槽内または皮下注射による、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記疾患または前記状態が、肺線維症、サーファクタントタンパク質障害、ペルオキシソーム生合成障害、または慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）からなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
前記疾患または前記状態が、中枢神経系（ＣＮＳ）または末梢神経系（ＰＮＳ）障害である、請求項２８に記載の方法。
【請求項３２】
請求項１〜２５のいずれか一項に記載のｒＡＡＶを製造する方法であって、
ａ）細胞に、
ａ）５’および３’逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列で囲まれた治療用遺伝子発現産物をコードする第１の核酸配列と、
ｂ）５’ＩＴＲ配列、複製（Ｒｅｐ）遺伝子、カプシド（Ｃａｐ）遺伝子、および３’ＩＴＲを含むウイルスゲノムをコードし、前記Ｃａｐ遺伝子がｒＡＡＶカプシドタンパク質をコードする、第２の核酸配列と、
ｃ）Ｅ４ｏｒｆ６、Ｅ２ａおよびＶＡ  ＲＮＡからなる群から選択される第１のヘルパーウイルスタンパク質をコードし、必要に応じて、Ｅ１ａまたはＥ１ｂ５５ｋを含む第２のヘルパーウイルスタンパク質をコードする、第３の核酸配列と
を含む核酸を導入するステップ、
ｂ）前記細胞において前記ＡＡＶカプシドタンパク質を発現させるステップ、
ｃ）請求項１〜２３のいずれか一項に記載のｒＡＡＶを構築するステップ、および
ｄ）前記第１の核酸配列を前記ｒＡＡＶにパッケージングするステップ
を含む方法。
【請求項３３】
ａ）霊長類対象の肝臓において前記霊長類対象に静脈内送達されたときに測定される、配列番号１のＡＡＶカプシドタンパク質を有する対応する親ＡＡＶカプシドと比較して特異性減少および形質導入効率低下のうちの少なくとも一方、および
ｂ）前記霊長類対象の中枢神経系（ＣＮＳ）において前記霊長類対象に静脈内送達されたときに測定される、前記対応する親ＡＡＶカプシドと比較して特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方
を含むバリアントアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシド。
【請求項３４】
ａ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５８に対応するアミノ酸位置における７−ｍｅｒペプチド配列内の３個またはそれより多くのアミノ酸のアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むバリアントＡＡＶカプシドタンパク質、および
ｂ）対象の標的組織において前記対象に鼻腔内または静脈内送達されたときに測定される、配列番号１または配列番号２の対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質と比較して前記標的組織における特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方
を含み、前記標的組織が、肺、腸、腎臓、心臓および胃からなる群から選択される、
バリアントアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシド。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本願は、２０１８年９月２６日に出願した米国特許仮出願第６２／７３６，９０４号および２０１９年４月１１日に出願した米国特許仮出願第６２／８３２，８１２号の利益を主張するものであり、これらの仮出願の両方は、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
連邦政府による資金提供を受けた研究または開発の記載
本発明は、米国国立衛生研究所により与えられた助成金番号ＮＳ０８７９４９のもと、およびＤＡＲＰＡにより与えられた助成金番号Ｗ９１１ＮＦ−１７−２−００３６のもと、政府の支援を受けてなされたものである。政府は本発明に一定の権利を有する。
【０００３】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出した配列表を含み、この配列表は、その全体がこれにより参照により本明細書に組み込まれる。２０１９年９月２０日に作成した前記ＡＳＣＩＩコピーは、３８０７５−７３３＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔという名であり、サイズは１０，６５６，８３３バイトである。
【背景技術】
【０００４】
背景
組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）は、分裂細胞と非分裂細胞の両方に形質導入するそれらの能力、感染細胞内でのエピソームＤＮＡとしてのそれらの長期存続、およびそれらの低い免疫原性のため、基礎科学研究および治療への応用における遺伝子送達に使用されることが増えている。これらの特性のため、ｒＡＡＶは、基礎科学への応用にも、遺伝子療法などの診療の場への応用にも、魅力的なものである。多くの障害に対する現行の遺伝子療法手法は、形質導入効率を向上させるために、および罹患細胞型のみに発現を制限するために、直接送達に重点を置いている。しかし、この投与経路は、局所送達の適用範囲が限られているため、多くの臨床試験および疾患にわたって限られた成功にしか至っていない。
【０００５】
静脈内投与は、これらの制限に対処し、全身の組織および器官への非侵襲的方法での広範かつ効率的な利用を可能にする。残念ながら、天然に存在する血清型は、ある特定の細胞型および器官に対する形質導入に限定されており、他の細胞型および器官では非特異的な重複した指向性を有する。これは、遺伝子療法への応用の際にいくつかの厄介な問題をもたらし、そのような問題には、これらに限定されないが、影響を受けていない器官および細胞型（特に、肝臓）に対する形質導入に起因するオフターゲット効果、および目的の組織または器官において十分な治療レベルを達成するためのより多くのウイルス負荷量の必要性が挙げられる。加えて、全身送達を用いても、現行のｒＡＡＶ媒介遺伝子療法は、血液脳関門（ＢＢＢ）または上皮を横断するための特異性を欠いており、その結果、脳および器官（例えば、肺）の疾患および状態に対する治療的介入時にそれらの効果の及ぶ範囲が限定されることになる。
【０００６】
したがって、対象に全身（例えば、静脈内、鼻腔内）送達されたときに対象における特定の細胞型または器官を標的とするための高い特異性、および影響を受けていない（標的外の）器官および細胞型に対する低い特異性を達成することができるｒＡＡＶが、必要とされている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
概要
正および負の選択の反復的な繰り返しによって操作してカプシド構造に特異性を持たせたカプシドを含む組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）が、本明細書で開示される。この操作によって、ｒＡＡＶバリアントの元になった未改変親カプシドと比較してある特定の組織または器官に対する特異性が改変されたｒＡＡＶバリアントが得られる。一部の実施形態では、ｒＡＡＶバリアントは、ＡＡＶ９カプシドタンパク質ＶＰ１のアミノ酸４５２〜４５８に対応する残基における７−ｍｅｒペプチド置換を有するＡＡＶカプシドタンパク質を含む。ある特定の実施形態では、置換は、ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸４５２〜４５８の置換である。ある特定の他の実施形態では、置換は、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ  ＶＰ１のアミノ酸４５２〜４５８の置換である。さらに他の実施形態では、置換は、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ  ＶＰ１のアミノ酸４５２〜４５８の置換である。一部の実施形態では、置換は、細胞または組織に対するｒＡＡＶカプシドの指向性を減少させ、その結果、ｒＡＡＶバリアントによる治療用ウイルスの形質導入のオフターゲット効果の低下を可能することによって、より多いウイルス投与量の必要性をなくす。一部の実施形態では、置換は、細胞または組織に対するｒＡＡＶカプシドの指向性を増加させ、その結果、全身送達（例えば、静脈内注射）の際に対象における標的環境（例えば、標的細胞型または組織）へのｒＡＡＶバリアントによる幅広い形質導入の達成を可能にする。典型的に、７−ｍｅｒペプチド置換は、ＩＬＧＴＧＴＳ（配列番号４５４７９）でも、ＱＳＳＱＴＰＲ（配列番号４５４７９）でも、ＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）でもない。
本明細書に記載のｒＡＡＶは、Ｃｒｅ組換えに基づくＡＡＶ標的進化（ＣＲＥＡＴＥ）法の改良バージョンを使用して同定される。多重化ＣＲＥＡＴＥ（Ｍ−ＣＲＥＡＴＥ）法は、カプシドタンパク質配列への多様性の導入、偏りのないｉｎ  ｖｉｖｏ選択、および定義された細胞集団に移動し、細胞膜を横断し、核に移動し、それらの遺伝子ペイロードのパッケージングを解除し、それらの遺伝子ペイロードを発現するバリアントのみの回収により、増強された形質導入効率および／または特異性を生じさせる。最も望ましい指向性（例えば、特定のｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する増強された効率および特異性）を呈するバリアントカプシドが回収され、ディープシークエンシングにより同定される。偏りのない選択および分析のための戦略は、バリアントの富化スコアを（出発ウイルスライブラリーへの標的組織ライブラリーの正規化により）決定すること、および合成ライブラリー構築を通して繰り返しの選択間の（各バリアントが等しく提示される）偏りのない伝搬を判定することを含む。シークエンシングデータからの得られたライブラリーの詳細な特徴付けも本明細書に記載され、これにより、標的に対するバリアントの選択に関する有用な見通しが得られる。
【０００８】
ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸４５２〜４５８に対応する残基における７−ｍｅｒペプチド置換を有するＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシドライブラリーも、本明細書で開示される。一部の実施形態では、ライブラリーは、ＡＡＶ９バリアントＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢまたはＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂのアミノ酸４５２〜４５８における７−ｍｅｒペプチド置換を含むカプシドのライブラリーである。そのようなライブラリーは、ｉｎ  ｖｉｖｏでの異なる脳細胞型（例えば、内皮細胞、ニューロン、および星状膠細胞）にわたっての正の選択および肝臓にわたっての負の選択に特に使用され、そのようなライブラリーは、ＢＢＢを横断する能力が増強されたＡＡＶ９バリアントの大型プールを生じさせること、中枢神経系（ＣＮＳ）に広範に形質導入すること、および標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境、例えば肝臓を標的解除することが本明細書に示されているものである。他の実施形態では、ライブラリーは、ＡＡＶ９のアミノ酸４５２〜４５８における７−ｍｅｒペプチド置換を有するＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシドライブラリーである。そのようなライブラリーは、ｉｎ  ｖｉｖｏで脊髄、脳、肝臓、胃、腸、肺、心臓、精巣、脾臓、脂肪（adipose）（脂肪（fat））および筋肉などの種々の器官にわたっての選択に特に使用される。
【０００９】
治療用組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）粒子を産生するための方法およびキット、ならびに例えばそれを必要とする対象におけるＣＮＳ、ＰＮＳまたは標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境（例えば、肺）を罹患させる疾患または状態の処置のための方法およびｒＡＡＶ粒子を含む医薬組成物または製剤も、本明細書で開示される。
【００１０】
本明細書で開示される態様は、（ａ）対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質の３回対称軸における７−ｍｅｒペプチド配列内に３個またはそれより多くのアミノ酸のアミノ酸置換を含むバリアントＡＡＶカプシドタンパク質を含むバリアントＡＡＶカプシドであって、７−ｍｅｒペプチド配列が、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５８に対応するアミノ酸位置にあり、アミノ酸置換が、ＩＬＧＴＧＴＳ（配列番号４５４７９）でも、ＱＳＳＱＴＰＲ（配列番号４５４７９）でも、ＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）でもない、バリアントＡＡＶカプシドと、（ｂ）遺伝子産物をコードするヌクレオチド配列を含む異種ポリヌクレオチドとを含む、組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）を提供する。一部の実施形態では、バリアントＡＡＶカプシドは、対象において測定されたとき、対応する親ＡＡＶカプシドの指向性と比較して標的組織または標的細胞に対する指向性の増加を有する。一部の実施形態では、標的組織または標的細胞は、中枢神経系（ＣＮＳ）もしくは末梢神経系（ＰＮＳ）またはこれらの組合せの組織または細胞を含む。一部の実施形態では、バリアントＡＡＶカプシドは、対象において測定されたとき、対応する親ＡＡＶカプシドの指向性と比較して、肝臓組織を含む標的外組織または肝臓細胞を含む標的外細胞に対する指向性の減少を有する。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、連続する３個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、または４５６〜４５８に対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、連続する４個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、または４５５〜４５８に対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、連続する少なくとも５個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５６、４５３〜４５７、または４５４〜４５８に対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、（ａ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、（ｂ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５３に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、（ｃ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５４に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、Ｔま���はＶ、（ｄ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５５に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴ、（ｅ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５６に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴ、（ｆ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５７に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、ＴまたはＶ、および（ｇ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５８に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、のうちの３個またはそれより多くを含む。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、（ａ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、（ｂ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５３に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、（ｃ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５４に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、（ｄ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５５に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴ、（ｅ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５６に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴ、（ｆ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５７に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｇ、Ｈ、Ｌ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶ、および（ｇ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５８に対応するアミノ酸位置における置換されたＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶ、のうちの３個またはそれより多くを含む。一部の実施形態では、アミノ酸置換は、ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）、およびＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）から選択されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、（ａ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴ、（ｂ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５３に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｓまたは、（ｃ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５４に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴ、（ｄ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５５に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴ、（ｅ）ＡＡＶ９  ＶＰ（配列番号１）のアミノ酸残基４５６に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、ＳまたはＴ、（ｆ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５７に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶ、および（ｇ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５８に対応する位置におけるアミノ酸における置換されたＡ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶ、のうちの３個またはそれより多くを含む。一部の実施形態では、アミノ酸置換は、ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）、ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）、ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）、ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）、ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）、ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）、ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）、ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）、ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）、ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）、ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）、ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）、ＫＧＰＧＱＭＧ（配列番号４５４７６）、およびＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、標的組織、または組織内の標的細胞は、肺、腸、腎臓、心臓および胃からなる群から選択される。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸残基４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、または４５６〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する３個のアミノ酸を含み、（ａ）４５２は、Ｎ、Ｋ、ＲおよびＴからなる群から選択され、（ｂ）４５３は、Ｌ、Ｎ、ＰおよびＳからなる群から選択され、（ｃ）４５４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳおよびＴからなる群から選択され、（ｄ）４５５は、Ｌ、Ｐ、ＳおよびＴからなる群から選択され、（ｅ）４５６は、Ｐ、ＲおよびＳからなる群から選択され、（ｆ）４５７は、Ｇ、Ｎ、ＳおよびＴからなる群から選択され、および（ｇ）４５８は、Ｉ、ＬおよびＲからなる群から選択される。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、（ａ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、または４５５〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する４個のアミノ酸、（ｂ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５６、４５３〜４５７、または４５３〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する５個のアミノ酸、（ｃ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５７または４５３〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する６個のアミノ酸、および（ｄ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する７個のアミノ酸を含む。一部の実施形態では、標的組織は肺であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）、ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）、または図１３に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、標的組織は腸であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２６４７４）、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号２６５８４）、または図５に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、組織は腎臓であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）、ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号２７５３０）、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号２８５０９）、または図６に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、組織は心臓であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号２５６３３）、または図４に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、組織は胃であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号３１９０４）、または図１２の任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９  ＶＰ１またはそのバリアントである。一部の実施形態では、ＡＡＶ９  ＶＰ１バリアントは、配列番号１に対して９０％のまたはそれより高い配列同一性を有する。一部の実施形態では、ＡＡＶ９  ＶＰ１バリアントは、配列番号１に対して９５％のまたはそれより高い配列同一性を有する。一部の実施形態では、対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）の５８８＿５８９に対応するアミノ酸位置におけるＴＬＡＸＰＦＫ（配列番号４６４２４）、ＴＬＡＸ（配列番号４６４２５）、ＬＡＶＸ（配列番号４６４２６）、ＡＶＰＸ（配列番号４６４２７）、およびＶＰＦＸ（配列番号４６４２８）からなる群から選択されるアミノ酸配列の挿入をさらに含み、Ｘは、Ｖ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ＢまたはＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢからのものである。一部の実施形態では、ｒＡＡＶは、単離され、精製されている。
【００１１】
本明細書で開示される態様は、本開示のｒＡＡＶおよび医薬賦形剤を含む医薬製剤を提供する。一部の実施形態では、医薬製剤は、静脈内、動脈内、鼻腔内、くも膜下腔内、大槽内（intracisternae  magra）または皮下注射用に製剤化されている。
【００１２】
本明細書で開示される態様は、対象における疾患または状態を処置する方法であって、本開示のｒＡＡＶまたは本開示の医薬製剤の治療有効量を対象に投与するステップを含み、遺伝子産物が治療用遺伝子産物である、方法を提供する。一部の実施形態では、投与するステップは、静脈内、動脈内、鼻腔内、くも膜下腔内、大槽内または皮下注射による。一部の実施形態では、疾患または状態は、肺線維症、サーファクタントタンパク質障害、ペルオキシソーム生合成障害またはＣＯＰＤからなる群から選択される。一部の実施形態では、疾患または状態（the  disease  of  the  condition）は、中枢神経系（ＣＮＳ）末梢神経系（ＰＮＳ）障害である。
【００１３】
本開示のｒＡＡＶを製造する方法であって、（ａ）細胞に、（ｉ）５’および３’逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列で囲まれた治療用遺伝子発現産物をコードする第１の核酸配列と、（ｉｉ）５’ＩＴＲ配列、複製（Ｒｅｐ）遺伝子、カプシド（Ｃａｐ）遺伝子、および３’ＩＴＲを含むウイルスゲノムをコードし、Ｃａｐ遺伝子がｒＡＡＶカプシドタンパク質をコードする、第２の核酸配列と、（ｉｉｉ）Ｅ４ｏｒｆ６、Ｅ２ａおよびＶＡ  ＲＮＡからなる群から選択される第１のヘルパーウイルスタンパク質をコードし、必要に応じて、Ｅ１ａまたはＥ１ｂ５５ｋを含む第２のヘルパーウイルスタンパク質をコードする、第３の核酸配列とを含む核酸を導入するステップ、（ｂ）細胞においてＡＡＶカプシドタンパク質を発現させるステップ、（ｃ）本開示のｒＡＡＶを構築するステップ、および（ｄ）第１の核酸配列をｒＡＡＶにパッケージングするステップを含む方法。本明細書で開示される態様は、（ａ）霊長類対象の肝臓において霊長類対象に静脈内送達されたときに測定される、配列番号１のＡＡＶカプシドタンパク質を有する対応する親ＡＡＶカプシドと比較して特異性減少および形質導入効率低下のうちの少なくとも一方、および（ｂ）霊長類対象の中枢神経系（ＣＮＳ）において霊長類対象に静脈内送達されたときに測定される、対応する親ＡＡＶカプシドと比較して特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方を含むバリアントアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシドを提供する。一部の実施形態では、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５８に対応するアミノ酸位置における７−ｍｅｒペプチド配列内の３個またはそれより多くのアミノ酸のアミノ酸置換を含むバリアントＡＡＶカプシドタンパク質をさらに含む、バリアントＡＡＶカプシド。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、連続する３個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、または４５６〜４５８に対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の実施形態では、７−ｍｅｒペプチド配列は、ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）である。一部の実施形態では、バリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１のアミノ酸２１７〜アミノ酸７３６の間のアミノ酸配列と少なくとも９６％同一であるアミノ酸配列をさらに含む。一部の実施形態では、アミノ酸置換は、ＩＬＧＴＧＴＳ（配列番号４５４７９）でも、ＱＳＳＱＴＰＲ（配列番号４５４７９）でも、ＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）でもない。一部の実施形態では、バリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）の５８８＿５８９に対応するアミノ酸位置におけるＴＬＡＸＰＦＫ（配列番号４６４２４）、ＴＬＡＸ（配列番号４６４２５）、ＬＡＶＸ（配列番号４６４２６）、ＡＶＰＸ（配列番号４６４２７）、およびＶＰＦＸ（配列番号４６４２８）からなる群から選択されるアミノ酸配列の挿入をさらに含み、Ｘは、Ｖ以外の任意のアミノ酸��ある。本明細書で開示される態様は、（ａ）ＡＡＶ９  ＶＰ１（配列番号１）のアミノ酸残基４５２〜４５８に対応するアミノ酸位置における７−ｍｅｒペプチド配列内の３個またはそれより多くのアミノ酸のアミノ酸置換を有するアミノ酸配列を含むバリアントＡＡＶカプシドタンパク質と、（ｂ）対象の標的組織において前記対象に鼻腔内または静脈内送達されたときに測定される、配列番号１または配列番号２の対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質と比較して標的組織における特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方とを含み、標的組織が、肺、腸、腎臓、心臓および胃からなる群から選択される、バリアントアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）カプシドを提供する。一部の実施形態では、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸残基４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、または４５６〜４５８に対応するアミノ酸位置における連続する３個のアミノ酸を含み、（ａ）４５２は、Ｎ、Ｋ、ＲおよびＴからなる群から選択され、（ｂ）４５３は、Ｌ、Ｎ、ＰおよびＳからなる群から選択され、（ｃ）４５４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳおよびＴからなる群から選択され、（ｄ）４５５は、Ｌ、Ｐ、ＳおよびＴからなる群から選択され、（ｅ）４５６は、Ｐ、ＲおよびＳからなる群から選択され、（ｆ）４５７は、Ｇ、Ｎ、ＳおよびＴからなる群から選択され、および（ｇ）４５８は、Ｉ、ＬおよびＲからなる群から選択される。一部の実施形態では、標的組織は肺であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）、ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）、または図１３に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、標的組織は腸であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２６４７４）、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号２６５８４）、または図５に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、組織は腎臓であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）、ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号２７５３０）、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号２８５０９）、または図６に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、組織は心臓であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号２５６３３）、または図４に示される任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、組織は胃であり、３個またはそれより多くのアミノ酸は、ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号３１９０４）、または図１２の任意のアミノ酸配列を含むアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、バリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１のアミノ酸２１７〜アミノ酸７３６の間のアミノ酸配列と少なくとも９６％同一であるアミノ酸配列をさらに含む。一部の実施形態では、本開示のバリアントＡＡＶカプシドは、単離され、精製されている。一部の実施形態では、本開示のバリアントＡＡＶカプシドは、薬学的に許容される担体をさらに含む医薬製剤として製剤化される。一���の実施形態では、医薬製剤は、鼻腔内または静脈内投与用に製剤化される。
【００１４】
開示される態様は、対象における疾患または状態を処置する方法であって、本開示のｒＡＡＶまたは本開示の医薬製剤の治療有効量を対象に投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、疾患または状態は、肺線維症、サーファクタントタンパク質障害、ペルオキシソーム生合成障害、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、ＣＮＳ疾患または状態およびＰＮＳ疾患または状態からなる群から選択される。
【００１５】
本明細書で開示される態様は、バリアントＡＡＶカプシドタンパク質を含む組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）カプシドであって、霊長類対象の標的組織において測定されたとき、対応する親ＡＡＶカプシドと比較して特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方、および霊長類対象の標的外組織において測定されたとき、対応する親ＡＡＶカプシドと比較して特異性減少および形質導入効率低下のうちの少なくとも一方を有する、ｒＡＡＶカプシドを提供する。一部の事例では、特異性または形質導入効率は、対象へのｒＡＡＶカプシドの静脈内、動脈内、くも膜下腔内または皮下投与後に測定される。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシドは、キメラである。一部の事例では、ｒＡＡＶ、またはその中に含まれる（comprises  therein）バリアントＡＡＶタンパク質は、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、標的組織内へのｒＡＡＶの局在の増加をもたらす。
【００１６】
一部の事例では、バリアントＡＡＶカプシドタンパク質（およびｒＡＡＶカプシド）は、配列番号１に示されるＡＡＶ９  ＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列の残基４５２〜４５８のうちの１個または複数に対応する１つまたは複数のアミノ酸位置にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸へのアミノ酸置換を含む。一部の事例では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１中のアミノ酸２１７〜７３６に示される。一部の事例では、標的組織は、中枢神経系（ＣＮＳ）である。一部の事例では、ＣＮＳは、新皮質、基底核、海馬、視床、小脳、脳幹および脊髄から選択される領域を含む。一部の実施形態では、標的組織は、末梢神経系（ＰＮＳ）である。一部の事例では、ＰＮＳは、神経節を含む。一部の事例では、神経節は、三叉神経節または後根神経節を含む。一部の実施形態では、標的組織は、非分裂細胞である。一部の事例では、非分裂細胞は、ニューロン、星状膠細胞、ミクログリア細胞、乏突起膠細胞およびシュワン細胞からなる群から選択される。一部の事例では、標的外組織は、肝臓である。一部の事例では、ＡＡＶカプシドのＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３は、アミノ酸置換を含む。一部の事例では、アミノ酸置換は、対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質の三（３）回対称軸にある。一部の事例では、アミノ酸置換は、連続する少なくとも３個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列の残基４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、または４５６〜４５８に対応するアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の実施形態では、アミノ酸置換は、連続する少なくとも４個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列の残基４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、または４５５〜４５８に対応するアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の実施形態では、アミノ酸置換は、連続する少なくとも５個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９  ＶＰ１カプシドタンパク質のアミノ酸配列の残基４５２〜４５６、４５３〜４５７、または４５４〜４５８に対応するアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の事例では、対応する親ＡＡＶカプシド（またはＡＡＶカプシドタンパク質）は、天然ＡＡＶ９カプシドである。一部の事例では、対応する親ＡＡＶカプシドは、配列番号３〜６のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ＡＡＶ９のバリアントである。
【００１７】
一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５２に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｎ４５２Ａ、Ｎ４５２Ｄ、Ｎ４５２Ｅ、Ｎ４５２Ｇ、Ｎ４５２Ｈ、Ｎ４５２Ｍ、Ｎ４５２Ｎ、Ｎ４５２Ｑ、Ｎ４５２Ｓ、Ｎ４５２Ｔ、およびＮ４５２Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５３に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｇ４５３Ａ、Ｇ４５３Ｄ、Ｇ４５３Ｅ、Ｇ４５３Ｇ、Ｇ４５３Ｋ、Ｇ４５３Ｎ、Ｇ４５３Ｑ、Ｇ４５３Ｓ、Ｇ４５３Ｔ、およびＧ４５３Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５４に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｓ４５４Ａ、Ｓ４５４Ｄ、Ｓ４５４Ｅ、Ｓ４５４Ｇ、Ｓ４５４Ｋ、Ｓ４５４Ｎ、Ｓ４５４Ｑ、Ｓ４５４Ｓ、Ｓ４５４Ｔ、およびＳ４５４Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５５に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｇ４５５Ａ、Ｇ４５５Ｄ、Ｇ４５５Ｅ、Ｇ４５５Ｇ、Ｇ４５５Ｋ、Ｇ４５５Ｎ、Ｇ４５５Ｐ、Ｇ４５５Ｑ、Ｇ４５５Ｓ、およびＧ４５５Ｔからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５６に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｑ４５６Ａ、Ｑ４５６Ｄ、Ｑ４５６Ｅ、Ｑ４５６Ｇ、Ｑ４５６Ｈ、Ｑ４５６Ｋ、Ｑ４５６Ｎ、Ｑ４５６Ｐ、Ｑ４５６Ｑ、Ｑ４５６Ｓ、およびＱ４５６Ｔからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５７に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｎ４５７Ａ、Ｎ４５７Ｄ、Ｎ４５７Ｅ、Ｎ４５７Ｇ、Ｎ４５７Ｋ、Ｎ４５７Ｎ、Ｎ４５７Ｐ、Ｎ４５７Ｓ、Ｎ４５７Ｔ、およびＮ４５７Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５８に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｑ４５８Ａ、Ｑ４５８Ｅ、Ｑ４５８Ｇ、Ｑ４５８Ｈ、Ｑ４５８Ｋ、Ｑ４５８Ｌ、Ｑ４５８Ｎ、Ｑ４５８Ｑ、Ｑ４５８Ｓ、Ｑ４５８Ｔ、およびＱ４５８Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５２〜４５８に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）である。一部の事例では、アミノ酸置換は、図３もしくは表１またはこれらの組合せから選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１８】
一部の事例では、バリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸配列の残基５８８に対応する位置におけるアミノ酸の後に、ＴＬＡＸＰＦＫ（配列番号４６４２４）、ＴＬＡＸ（配列番号４６４２５）、ＬＡＶＸ（配列番号４６４２６）、ＡＶＰＸ（配列番号４６４２７）、およびＶＰＦＸ（配列番号４６４２８）からなる群から選択されるアミノ酸配列の挿入をさらに含み、Ｘは、Ｖ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、置換は、図３に示されるアミノ酸配列を含む。
【００１９】
一部の事例では、標的組織は脳であり、ｒＡＡＶカプシド、またはその中に含まれるバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ９）と比較して脳に対する特異性が増加する。一部の事例では、標的外組織は肝臓であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ９）と比較して肝臓に対する特異性が減少する。一部の事例では、標的組織は中枢神経系（ＣＮＳ）であり、ｒＡＡＶカプシド（rAAV  capsid  s）、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ９）と比較して、中枢神経系（ＣＮＳ）へのウイルス形質導入効率が少なくとも１２倍向上する。一部の事例では、標的組織は脊髄であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、脊髄へのウイルス形質導入効率が少なくとも２０倍向上する。一部の事例では、標的組織はニューロンあり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、ニューロンに対する特異性が増加する。一部の事例では、標的外組織は肝臓であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、肝臓へのウイルス形質導入効率が少なくとも５０分の１に低下する。一部の事例では、標的外組織はプルキンエ細胞であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、プルキンエ細胞へのウイルス形質導入効率が少なくとも４分の１に低下する。一部の事例では、標的外組織は肝臓であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、肝臓へのウイルス形質導入効率が少なくとも１００分の１に低下する。一部の事例では、ＡＡＶは、治療用遺伝子発現産物をコードする異種核酸をさらに含む。一部の事例では、ＡＡＶカプシドは、単離され、精製されている。一部の事例では、本明細書に記載のＡＡＶカプシドは、薬学的に許容される担体をさらに含む医薬製剤として製剤化される。一部の事例では、医薬製剤は、治療用遺伝子発現産物をコードする異種核酸をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、医薬賦形剤をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、ＣＮＳまたはＰＮＳの疾患または状態を処置するために静脈内、動脈内、くも膜下腔内または皮下投与用に製剤化される。
【００２０】
本明細書で開示される態様は、ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸配列内の４５２〜４５８から選択される残基に対応するアミノ酸位置にＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択されるアミノ酸へのアミノ酸置換を有するバリアントＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶカプシドであって、ｒＡＡＶカプシド、およびバリアントＡＡＶカプシドタンパク質が、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して対象における標的外組織に対する特異性減少および形質導入効率低下のうちの少なくとも一方、および対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して対象における標的組織に対する特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方を有する、ｒＡＡＶカプシドを提供する。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシドは、キメラである。一部の事例では、アミノ酸置換は、ｒＡＡＶカプシドの三（３）回対称軸にある。一部の事例では、ｒＡＡＶ、またはその中に含まれるバリアントＡＡＶタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、標的組織内へのｒＡＡＶの局在の増加をもたらす。
【００２１】
一部の事例では、標的組織は、中枢神経系（ＣＮＳ）または末梢神経系（ＰＮＳ）である。一部の事例では、ＣＮＳは、新皮質、基底核、海馬、視床、小脳、脳幹および脊髄から選択される領域を含む。一部の事例では、ＰＮＳは、神経節を含む。一部の事例では、神経節は、三叉神経節または後根神経節を含む。一部の実施形態では、標的組織は、非分裂細胞である。一部の事例では、ＣＮＳは、ニューロン、脊髄、星状膠細胞、乏突起膠細胞およびシュワン細胞からなる群から選択される細胞を含む。一部の事例では、標的外組織は、肝臓である。
【００２２】
一部の事例では、アミノ酸置換は、連続する少なくとも３個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸配列の残基４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、または４５６〜４５８に対応するアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の事例では、アミノ酸置換は、連続する少なくとも４個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸配列の残基４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、または４５５〜４５８に対応するアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の事例では、アミノ酸置換は、連続する少なくとも５個のアミノ酸を含み、各々のアミノ酸は独立して、ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸配列の残基４５２〜４５６、４５３〜４５７、または４５４〜４５８に対応するアミノ酸位置におけるＡ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｐ、Ｌ  Ｑ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質である。
【００２３】
一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５２に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｎ４５２Ａ、Ｎ４５２Ｄ、Ｎ４５２Ｅ、Ｎ４５２Ｇ、Ｎ４５２Ｈ、Ｎ４５２Ｍ、Ｎ４５２Ｎ、Ｎ４５２Ｑ、Ｎ４５２Ｓ、Ｎ４５２Ｔ、およびＮ４５２Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５３に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｇ４５３Ａ、Ｇ４５３Ｄ、Ｇ４５３Ｅ、Ｇ４５３Ｇ、Ｇ４５３Ｋ、Ｇ４５３Ｎ、Ｇ４５３Ｑ、Ｇ４５３Ｓ、Ｇ４５３Ｔ、およびＧ４５３Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５４に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｓ４５４Ａ、Ｓ４５４Ｄ、Ｓ４５４Ｅ、Ｓ４５４Ｇ、Ｓ４５４Ｋ、Ｓ４５４Ｎ、Ｓ４５４Ｑ、Ｓ４５４Ｓ、Ｓ４５４Ｔ、およびＳ４５４Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５５に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｇ４５５Ａ、Ｇ４５５Ｄ、Ｇ４５５Ｅ、Ｇ４５５Ｇ、Ｇ４５５Ｋ、Ｇ４５５Ｎ、Ｇ４５５Ｐ、Ｇ４５５Ｑ、Ｇ４５５Ｓ、およびＧ４５５Ｔからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５６に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｑ４５６Ａ、Ｑ４５６Ｄ、Ｑ４５６Ｅ、Ｑ４５６Ｈ、Ｑ４５６Ｈ、Ｑ４５６Ｋ、Ｑ４５６Ｎ、Ｑ４５６Ｐ、Ｑ４５６Ｑ、Ｑ４５６Ｓ、およびＱ４５６Ｔからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５７に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｎ４５７Ａ、Ｎ４５７Ｄ、Ｎ４５７Ｅ、Ｎ４５７Ｇ、Ｎ４５７Ｋ、Ｎ４５７Ｎ、Ｎ４５７Ｐ、Ｎ４５７Ｓ、Ｎ４５７Ｔ、およびＮ４５７Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１の残基４５８に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸置換は、Ｑ４５８Ａ、Ｑ４５８Ｅ、Ｑ４５８Ｇ、Ｑ４５８Ｈ、Ｑ４５８Ｋ、Ｑ４５８Ｌ、Ｑ４５８Ｎ、Ｑ４５８Ｑ、Ｑ４５８Ｓ、Ｑ４５８Ｔ、およびＱ４５８Ｖからなる群から選択される。一部の事例では、アミノ酸置換は、ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）、ＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）、および表１に示されるアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列における連続する少なくとも３個のアミノ酸を含む。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸配列は、配列番号１に示される。一部の事例では、ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸配列は、配列番号１中のアミノ酸２１７〜７３６に示される。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質のＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３は、アミノ酸置換を含む。一部の事例では、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質は、天然ＡＡＶ９  ＶＰ１カプシドである。一部の事例では、天然ＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１に示されるアミノ酸配列を含む。一部の事例では、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質は、配列番号３〜６のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、ＡＡＶ９のバリアントである。
【００２４】
一部の事例では、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列内のアミノ酸５８８＿５８９位にＴＬＡＸＰＦＫ（配列番号４６４２４）、ＴＬＡＸ（配列番号４６４２５）、ＬＡＶＸ（配列番号４６４２６）、ＡＶＰＸ（配列番号４６４２７）、およびＶＰＦＸ（配列番号４６４２８）からなる群から選択されるアミノ酸配列の挿入をさらに含み、Ｘは、Ｖ以外の任意のアミノ酸である。
【００２５】
一部の事例では、標的組織は脳であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して脳に対する特異性が増加する。一部の事例では、標的外組織は肝臓であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して肝臓に対する特異性が減少する。一部の事例では、標的組織は中枢神経系（ＣＮＳ）であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、ＣＮＳへのウイルス形質導入効率が少なくとも１２倍向上する。一部の事例では、標的組織は脊髄であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、脊髄へのウイルス形質導入効率が少なくとも２０倍向上する。一部の事例では、標的組織はニューロンであり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、ニューロンに対する特異性が増加する。一部の事例では、標的外組織は肝臓であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、肝臓へのウイルス形質導入効率が少なくとも５０分の１に低下する。一部の事例では、標的外組織はプルキンエ細胞であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する（the  r  corresponding）親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、プルキンエ細胞へのウイルス形質導入効率が少なくとも４分の１に低下する。一部の事例では、標的外組織は肝臓であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、肝臓へのウイルス形質導入効率が少なくとも１００分の１に低下する。一部の事例では、本明細書に記載されたｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＶＶカプシドタンパク質は、単離され、精製されている。一部の事例では、本明細書に記載のｒＡＡＶカプシドまたはバリアントカプシドタンパク質は、薬学的に許容される担体をさらに含む医薬製剤として製剤化される。一部の事例では、医薬製剤は、治療用遺伝子発現産物をコードする異種核酸をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、医薬賦形剤をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、ＣＮＳまたはＰＮＳの疾患または状態を処置するために静脈内、動脈内、くも膜下腔内または皮下投与用に製剤化される。
【００２６】
本明細書で開示される態様は、対象における標的組織に対する特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方をもたらす、ＶＰ１番号付けに従ってＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸配列の４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、および４５５〜４５８からなる群から選択される残基に対応するアミノ酸位置に連続する少なくとも４個のアミノ酸を含むバリアントＡＡＶカプシドタンパク質を含む、組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）カプシドであって、（ａ）残基４５２に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸が、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳおよびＴからなる群から選択され、（ｂ）残基４５３に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸が、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳおよびＴからなる群から選択され、（ｃ）残基４５４に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸が、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳおよびＴからなる群から選択され、（ｄ）残基４５５に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸が、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳおよびＴからなる群から選択され、（ｅ）残基４５６に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸が、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、ＳおよびＴからなる群から選択され、（ｆ）残基４５７に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸が、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択され、および（ｇ）残基４５８に対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸が、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｓ、ＴおよびＶからなる群から選択される、ｒＡＡＶカプシドを提供する。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９  ＶＰ１の４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、および４５５〜４５８からなる群から選択される残基に対応するアミノ酸位置に、アミノ酸配列ＩＬＧＴＧＴＳ（配列番号４５４７９）も、ＱＳＳＱＴＰＲ（配列番号４５４７９）も、ＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）も含有しない。一部の事例では、アミノ酸置換は、ｒＡＡＶカプシドの三（３）回対称軸にある。一部の事例では、特異性または形質導入効率は、対象へのｒＡＡＶカプシドの全身投与（systemically  administration）後に測定される。一部の事例では、全身投与は、動脈内、静脈内、または皮下投与を含む。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシド、またはその中のバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９からのものである。一部の事例では、ｒＡＡＶ、またはその中に含まれるバリアントＡＡＶタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、標的組織内へのｒＡＡＶの局在の増加をもたらす。
【００２７】
一部の事例では、置換は、図３に示されるアミノ酸配列を含む。一部のそのような事例では、連続する少なくとも４個のアミノ酸は、ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）、ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）、ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）、ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）、ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）、ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）、およびＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）からなる群から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の事例では、置換は、図２に示されるアミノ酸配列を含む。一部のそのような事例では、連続する少なくとも４個のアミノ酸は、ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）、ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）、ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）、ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）、ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）、およびＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）からなる群から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、連続する少なくとも４個のアミノ酸は、ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）、ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）、ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）、ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）、ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）、ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）、ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）、ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）、ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）、ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）、ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）、ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）、およびＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）からなる群から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の事例では、連続する少なくとも４個のアミノ酸は、表２に示されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の事例では、標的組織は、中枢神経系（ＣＮＳ）である。一部の事例では、ＣＮＳは、新皮質、基底核、海馬、視床、小脳、脳幹および脊髄から選択される領域を含む。一部の事例では、標的組織は、末梢神経系（ＰＮＳ）である。一部の事例では、ＰＮＳは、神経節を含む。一部の事例では、神経節は、三叉神経節または後根神経節である。一部の事例では、標的組織は、非分裂細胞である。一部の事例では、ＣＮＳは、ニューロン、星状膠細胞、ミクログリア細胞、乏突起膠細胞およびシュワン細胞からなる群から選択される細胞を含む。一部の事例では、標的組織はＣＮＳであり、ＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドまたはＡＡＶカプシドタンパク質と比較して、ＣＮＳへのウイルス形質導入効率が少なくとも１２倍向上する。一部の事例では、標的組織は脳であり、ＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドまたはＡＡＶカプシドタンパク質と比較して脳に対する特異性が増加する。一部の事例では、標的組織は脊髄であり、ＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドまたはＡＡＶカプシドタンパク質と比較して、脊髄へのウイルス形質導入効率が少なくとも２０倍向上する。一部の事例では、標的組織はニューロンであり、ＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドまたはＡＡＶカプシドタンパク質と比較して、ニューロンに対する特異性が増加する。一部の事例では、本明細書に記載のｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、単離され、精製されている。一部の事例では、本明細書に記載のｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶタンパク質は、薬学的に許容される担体をさらに含む医薬製剤として製剤化される。一部の事例では、医薬製剤は、治療用遺伝子発現産物をコードする異種核酸をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、医薬賦形剤をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、ＣＮＳまたはＰＮＳの疾患または状態を処置するために静脈内、動脈内、くも膜下腔内または皮下投与用に製剤化される。
【００２８】
本明細書で開示される態様は、図２または表２に示されるアミノ酸配列からの連続する少なくとも４個のアミノ酸を、ＡＡＶ９  ＶＰ１の４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、および４５５〜４５８からなる群から選択される残基に対応するアミノ酸位置に含むＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶカプシドであって、対象における標的組織において測定されたとき、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方をもたらすｒＡＡＶカプシドを提供する。一部の事例では、連続する少なくとも４個のアミノ酸は、ｒＡＡＶカプシドの三（３）回対称軸にある。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９  ＶＰ１の４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、および４５５〜４５８からなる群から選択される残基に対応するアミノ酸位置に、アミノ酸配列ＩＬＧＴＧＴＳ（配列番号４５４７９）も、ＱＳＳＱＴＰＲ（配列番号４５４７９）も、ＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）も含有しない。一部の事例では、特異性または形質導入効率は、対象へのＡＡＶカプシドの全身投与後に測定される。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシドは、キメラである。一部の事例では、ｒＡＡＶ、またはその中に含まれるバリアントＡＡＶタンパク質は、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、標的組織内へのｒＡＡＶの局在の増加をもたらす。
【００２９】
一部の事例では、連続する少なくとも４個のアミノ酸は、ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）、ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）、ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）、ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）、ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）、ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）、ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）、ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）、ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）、ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）、ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）、ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）、およびＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）からなる群から選択されるアミノ酸配列における連続する少なくとも４、５、６または７個のアミノ酸を含む。
【００３０】
一部の事例では、標的組織は、中枢神経系（ＣＮＳ）である。一部の事例では、ＣＮＳは、新皮質、基底核、海馬、視床、小脳、脳幹および脊髄から選択される領域を含む。一部の実施形態では、標的組織は、末梢神経系（ＰＮＳ）である。一部の事例では、ＰＮＳは、神経節を含む。一部の事例では、神経節は、三叉神経節または後根神経節である。一部の事例では、標的組織は、非分裂細胞である。一部の事例では、ＣＮＳは、ニューロン、星状膠細胞、ミクログリア細胞、乏突起膠細胞およびシュワン細胞からなる群から選択される細胞を含む。
【００３１】
一部の事例では、ｒＡＡＶカプシド、またはその中に含まれるバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９  ＶＰ１のアミノ酸配列の残基５８８＿５８９に対応するアミノ酸位置におけるＴＬＡＸＰＦＫ（配列番号４６４２４）、ＴＬＡＸ（配列番号４６４２５）、ＬＡＶＸ（配列番号４６４２６）、ＡＶＰＸ（配列番号４６４２７）、およびＶＰＦＸ（配列番号４６４２８）からなる群から選択されるアミノ酸配列の挿入をさらに含み、Ｘは、Ｖ以外の任意のアミノ酸である。一部の事例では、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９である。一部の事例では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１に示される。一部の事例では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１中のアミノ酸２１７〜７３６に示される。
【００３２】
一部の事例では、標的組織は脳であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して脳に対する特異性が増加する。一部の事例では、標的組織はＣＮＳであり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、ＣＮＳへのウイルス形質導入効率が少なくとも１２倍向上する。一部の事例では、標的組織は脊髄であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、脊髄へのウイルス形質導入効率が少なくとも２０倍向上する。一部の事例では、標的組織はニューロンであり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、ニューロンに対する特異性が増加する。一部の事例では、本明細書に記載のｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、単離され、精製されている。一部の事例では、本明細書に記載のｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、薬学的に許容される担体をさらに含む医薬製剤として製剤化される。一部の事例では、医薬製剤は、治療用遺伝子発現産物をコードする異種核酸をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、医薬賦形剤をさらに含む。
【００３３】
本明細書で提供される態様は、バリアントＡＡＶカプシドタンパク質を含み、対象の標的組織において測定されたとき、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方を有する、ｒＡＡＶカプシドであって、ＡＡＶカプシドタンパク質が、ＡＡＶ９  ＶＰ１の４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、および４５６〜４５８からなる群から選択される残基に対応するアミノ酸位置に３個のアミノ酸（Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３）を含み、（ａ）Ｘ１が、Ｎ、Ｋ、Ｒ、ＬおよびＴからなる群から選択され、（ｂ）Ｘ２が、Ｎ、Ｓ、Ｌ、Ｅ、ＤおよびＰからなる群から選択され、（ｃ）Ｘ３が、Ｎ、Ｓ、Ａ、Ｄ、Ｇ、ＬおよびＴからなる群から選択される、ｒＡＡＶカプシドを提供する。一部の事例では、標的組織は、肺、心臓、腸、腎臓および胃からなる群から選択される。一部の事例では、標的組織は、非分裂細胞である。一部の事例では、組織は肺であり、アミノ酸配列は、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）、または図１３に示される任意のアミノ酸配列である。一部の事例では、組織は肺であり、アミノ酸配列は、ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）、または図１３に示される任意のアミノ酸配列である。一部の事例では、組織は腸であり、アミノ酸配列は、ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２９０６５）、または図５に示される任意のアミノ酸配列である。一部の事例では、組織は腎臓であり、アミノ酸配列は、ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）、または図６に示される任意のアミノ酸配列である。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質である。一部の事例では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質、配列番号１に示される。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、および４５５〜４５８からなる群から選択されるアミノ酸位置に４個のアミノ酸をさらに含み、Ｘ４は、Ｔ、Ｓ、ＰおよびＬからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、４５２〜４５６、４５３〜４５７、および４５３〜４５８からなる群から選択されるアミノ酸位置に５個のアミノ酸をさらに含み、Ｘ５は、Ｐ、ＲおよびＳからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、アミノ酸４５２〜４５７または４５３〜４５８位に６個のアミノ酸をさらに含み、Ｘ６は、Ｎ、Ｇ、ＳおよびＴからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、アミノ酸４５２〜４５８位に７個のアミノ酸をさらに含み、Ｘ７は、Ｒ、ＬおよびＩからなる群から選択される。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質のＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３は、アミノ酸配列を含む。一部の事例では、対応する親ＡＡＶカプシドは、天然ＡＡＶ９カプシドである。一部の事例では、天然ＡＡＶ９カプシドのＶＰ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１に示される。一部の事例では、対応する親ＡＡＶは、天然ＡＡＶ５カプシドである。一部の事例では、天然ＡＡＶ５カプシドのＶＰ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号２に示される。
【００３４】
一部の事例では、本明細書に記載のｒＡＡＶ、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、対象において測定されたとき、対応する親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して標的組織に対する特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方を有する（havie）。一部の事例では、標的組織は、肺胞ＩＩ型上皮（ＡＴＩＩ）細胞である肺細胞型であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、ＡＴＩＩ細胞へのウイルス形質導入効率が少なくとも６０倍向上する。一部の事例では、標的組織は、ＡＴＩＩ細胞である肺細胞型であり、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、ＡＴＩＩ細胞へのウイルス形質導入効率が少なくとも６０倍向上する。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、肺へのウイルス形質導入効率が少なくとも１５倍向上する。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、肺へのウイルス形質導入効率が少なくとも３０倍向上する。これらのＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシドも想定される。一部の事例では、本明細書に記載のｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドは、単離され、精製されている。一部の事例では、本明細書に記載のｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドは、薬学的に許容される担体をさらに含む医薬製剤として製剤化される。一部の事例では、医薬製剤は、治療用遺伝子発現産物をコードする異種核酸をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、医薬賦形剤をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、標的組織の疾患または状態を処置するために静脈内、動脈内、皮下、または鼻腔内投与用に製剤化される。
【００３５】
本明細書で開示される態様は、ＡＡＶ９  ＶＰ１の４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７、および４５６〜４５８からなる群から選択される残基に対応するアミノ酸位置に３個のアミノ酸を含むバリアントＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶカプシドであって、３個のアミノ酸が、図４〜図１４のうちの１つまたは複数において提供される（is  provided）アミノ酸配列内に備えられている、ｒＡＡＶカプシドを提供する。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシドまたはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、対象における標的組織において測定されたとき、特異性増加および形質導入効率向上のうちの少なくとも一方を有する。一部の事例では、標的組織は、肺、腸、肝臓、胃、心臓、筋肉、脂肪組織、脾臓、腎臓または生殖器（例えば、精巣、卵巣）からなる群から選択される。一部の事例では、標的組織は、非分裂細胞である。一部の事例では、アミノ酸配列は、図４に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図５に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図６に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図７に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図８に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図９に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図１０に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図１１に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図１２に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図１３に示される。一部の事例では、アミノ酸配列は、図１４に示される。一部の実施形態では、ｒＡＡＶ、またはその中に含まれるバリアントＡＡＶタンパク質は、親ＡＡＶカプシドまたはカプシドタンパク質と比較して、標的組織内へのｒＡＡＶの局在の増加をもたらす。
【００３６】
一部の事例では、親ＡＡＶカプシド、天然ＡＡＶ９。一部の事例では、天然ＡＡＶ９カプシドタンパク質のＶＰ１タンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１に示される。
【００３７】
一部の事例では、３個のアミノ酸は、アミノ酸配列が図４〜図１４のうちの１つまたは複数に示される、ＡＡＶ９  ＶＰ１の４５２〜４５５、４５３〜４５６、４５４〜４５７、および４５５〜４５８からなる群から選択される残基に対応するアミノ酸位置における４個のアミノ酸をさらに構成する。一部の事例では、３個のアミノ酸は、アミノ酸配列が図４〜図１４のうちの１つまたは複数に示される、ＡＡＶ９  ＶＰ１の４５２〜４５６、４５３〜４５７、および４５３〜４５８からなる群から選択される残基に対応するアミノ酸位置における５個のアミノ酸を構成する。一部の事例では、３個のアミノ酸は、アミノ酸配列が図４〜図１４のうちの１つまたは複数に示される、残基４５２〜４５７または４５３〜４５８に対応するアミノ酸位置における６個のアミノ酸をさらに構成する。一部の事例では、３個のアミノ酸は、アミノ酸配列が図４〜図１４のうちの１つまたは複数に示される、残基４５２〜４５８に対応するアミノ酸位置における７個のアミノ酸をさらに構成する。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシドのＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３は、アミノ酸配列を含む。一部の事例では、本明細書に記載のｒＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、単離され、精製されている。一部の事例では、本明細書に記載のＡＡＶカプシド、またはバリアントＡＡＶカプシドタンパク質は、薬学的に許容される担体をさらに含む医薬製剤として製剤化される。一部の事例では、医薬製剤は、治療用遺伝子発現産物をコードする異種核酸をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、医薬賦形剤をさらに含む。一部の事例では、医薬製剤は、標的組織の疾患または状態を処置するために静脈内、動脈内、皮下、または鼻腔内投与用に製剤化される。
【００３８】
本明細書で開示される態様は、対象における疾患または状態を処置する方法であって、本明細書で開示されるｒＡＡＶカプシドを含む組成物の治療有効量を対象に投与するステップを含み、ｒＡＡＶカプシドが治療用遺伝子発現産物をコードする核酸配列をカプシド内封入している、方法を提供する。一部の事例では、哺乳動物対象は、霊長類である。一部の事例では、哺乳動物対象は、非ヒト霊長類である。一部の事例では、哺乳動物対象は、ヒトである。一部の事例では、治療用遺伝子発現産物は、タンパク質である。他の事例では、治療用遺伝子発現産物は、ＲＮＡ、例えば、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、またはマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）である。一部の事例では、投与するステップは、静脈内または鼻腔内投与を含む。一部の事例では、疾患または状態は、中枢神経系または末梢神経系の疾患または状態である。一部の事例では、疾患または状態は、ＣＮＳまたはＰＮＳの疾患または状態である。一部の事例では、疾患または状態は、副腎白質ジストロフィー、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症、アンジェルマン症候群、毛細血管拡張性運動失調、シャルコー・マリー・トゥース症候群、古典的肢根点状軟骨異形成症（ＲＣＤＰ）、コケイン症候群、難聴、ドラベ症候群、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、てんかん、本態性振戦、脆弱Ｘ症候群、フリードライヒ運動失調症、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ゴーシェ病、神経膠芽腫、ハンチントン病、乳児レフサム病（ＩＲＤ）、レッシュ・ナイハン症候群、メープルシロップ尿症、メンケス症候群、筋強直性ジストロフィー、ナルコレプシー、神経線維腫症、ニーマン・ピック病、パーキンソン病、フェニルケトン尿症、プラダー・ウィリー症候群、レフサム病、レット症候群、脊髄性筋萎縮症、脊髄小脳失調症、タンジール病、テイ・サックス病、結節性硬化症、フォンヒッペル・リンドウ症候群、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、およびツェルベーガー症候群からなる群から選択される。一部の事例では、治療用遺伝子発現産物は、サルコグリカンアルファ（ＳＧＣＡ）、グルタミン酸デカルボキシラーゼ６５（ＧＡＤ６５）、グルタミン酸デカルボキシラーゼ６７（ＧＡＤ６７）、ＣＬＮ２、神経成長因子（ＮＧＦ）、生存運動ニューロン１、テロメア型（ＳＭＮ１）、第Ｘ因子（ＦＩＸ）、レチノイドイソメロヒドロラーゼ（ＲＰＥ６５）、筋小胞体／小胞体Ｃａ２＋−ＡＴＰａｓｅ（ＳＥＲＣＡ２ａ）、β−グルコセレブロシダーゼ（ＧＣａｓｅ）、フラタキシン（ＦＸＮ）、ハンチンチン（ＨＴＮ）、メチルＣｐＧ結合タンパク質２（ＭＥＣＰ２）、ペルオキシソーム生合成因子（ＰＥＸ）、プログラニュリン（ＧＲＮ）、抗チューブリン剤、銅−亜鉛スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ１）、グルコシルセラミダーゼベータ（ＧＢＡ）、ＮＰＣ細胞内コレステロール輸送体１（ＮＰＣ１）、およびＮＬＲＰ３インフラマソームからなる群から選択される、標的遺伝子または遺伝子発現産物の活性または発現をモジュレートするのに有効である。一部の事例では、治療用遺伝子発現産物は、遺伝子編集成分（gene  editing  component）を含む。一部の事例では、遺伝子編集成分は、人工部位特異的ＲＮ���エンドヌクレアーゼ（ＡＳＲＥ）、ジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓ酵素、およびＣＲＩＳＰＲ）／ＣａｓガイドＲＮＡからなる群から選択される。
【００３９】
本明細書で開示される態様は、本明細書に記載のＡＡＶカプシドをコードする核酸配列を含むプラスミドベクターを含む。一部の事例では、プラスミドベクターは、細菌性である。一部の事例では、プラスミドベクターは、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉに由来する。一部の事例では、核酸配列は、５’から３’の方向に、（１）５’逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列、（２）複製（Ｒｅｐ）遺伝子、（３）カプシド（Ｃａｐ）遺伝子および（４）３’ＩＴＲを含み、Ｃａｐ遺伝子が、本明細書に記載のＡＡＶカプシドタンパク質をコードする。一部の事例では、プラスミドベクターは、偽型ＡＡＶカプシドタンパク質をコードする。一部の事例では、Ｃａｐ遺伝子は、配列番号６〜１０のいずれか１つに示されるデオキシリボース核酸（ＤＮＡ）に由来する。一部の事例では、Ｃａｐ遺伝子を含む核酸配列は、配列番号４６３６４〜４６３８３に示されるＤＮＡ配列のいずれか１つと少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である。一部の事例では、５’ＩＴＲおよび３’ＩＴＲは、ＡＡＶ２血清型に由来する。一部の事例では、５’ＩＴＲおよび３’ＩＴＲは、ＡＡＶ５血清型に由来する。一部の事例では、５’ＩＴＲおよび３’ＩＴＲは、ＡＡＶ９血清型に由来する。
【００４０】
本明細書で開示される態様は、（ａ）細胞に、（ｉ）その５’および３’末端において逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列に挟まれている、治療用遺伝子発現産物をコードする第１の核酸配列と、（ｉｉ）５’ＩＴＲ配列、複製（Ｒｅｐ）遺伝子、カプシド（Ｃａｐ）遺伝子、および３’ＩＴＲを含むウイルスゲノムをコードし、Ｃａｐ遺伝子が、本明細書に記載のＡＡＶカプシドタンパク質をコードする、第２の核酸配列と、（ｉｉｉ）Ｅ４ｏｒｆ６、Ｅ２ａおよびＶＡ  ＲＮＡからなる群から選択される第１のヘルパーウイルスタンパク質をコードし、必要に応じて、Ｅ１ａまたはＥ１ｂ５５ｋを含む第２のヘルパーウイルスタンパク質をコードする、第３の核酸配列とを含む核酸を導入するステップ、（ｂ）細胞において本明細書に記載のＡＡＶカプシドタンパク質を発現させるステップ、（ｃ）本明細書で開示されるＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶ粒子を構築するステップ、および（ｄ）第１の核酸配列をＡＡＶ粒子にパッケージングするステップを含む、製造方法を提供する。一部の事例では、核酸はプラスミドに含まれ、細胞は、哺乳動物細胞である。一部の事例では、細胞は、不死化細胞である。一部の事例では、不死化細胞は、胚性幹細胞である。一部の事例では、胚性幹細胞は、ヒト胚性幹細胞である。ある特定の事例では、ヒト胚性幹細胞は、ヒト胎児腎臓２９３（ＨＥＫ−２９３）細胞である。他の事例では、核酸は、ウイルス、例えばバキュロウイルス、に含まれる。一部のそのような事例では、細胞は、昆虫細胞である。ある特定のそのような事例では、細胞は、ＳＦ９細胞である。一部の事例では、Ｃａｐ遺伝子は、配列番号６〜１０のいずれか１つに示されるデオキシリボース核酸（ＤＮＡ）に由来する。一部の事例では、Ｃａｐ遺伝子を含む核酸配列は、配列番号４６３６４〜４６３８３に示されるＤＮＡ配列のいずれか１つと少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である。一部の事例では、５’ＩＴＲおよび３’ＩＴＲは、ＡＡＶ２血清型に由来する。一部の事例では、５’ＩＴＲおよび３’ＩＴＲは、ＡＡＶ５血清型に由来する。一部の事例では、５’ＩＴＲおよび３’ＩＴＲは、ＡＡＶ９血清型に由来する。一部の事例では、第１の核酸配列（治療用遺伝子発現産物をコードする）および第２の核酸配列（ｃａｐ遺伝子をコードする）は、トランスの関係にある。一部の事例では、第１の核酸配列および第２の核酸配列は、シスの関係にある。一部の事例では、第１の核酸配列、第２の核酸配列および第３の核酸配列（ヘルパーウイルスをコードする）は、トランスの関係にある。
【００４１】
本明細書で開示される態様は、（ａ）５’から３’の方向に、（ｉ）５’逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列、（ｉｉ）複製（Ｒｅｐ）遺伝子、（ｉｉｉ）本明細書に記載のＡＡＶカプシドタンパク質をコードするカプシド（Ｃａｐ）遺伝子、および（ｉｖ）３’ＩＴＲを含む、ウイルスゲノムをコードする第１の核酸配列を含む第１のベクターと、（ｂ）必要に応じて、Ｅ４ｏｒｆ６、Ｅ２ａ、ＶＡ  ＲＮＡ、Ｅ１ａおよびＥ１ｂ５５ｋのうちの少なくとも１つを含むヘルパーウイルスタンパク質をコードする第２の核酸配列を含む第２のベクターとを含む、キットを提供する。一部の事例では、キットは、細胞をさらに含む。一部の事例では、細胞は、哺乳動物細胞である。一部の事例では、細胞は、不死化細胞である。一部の事例では、不死化細胞は、胚性幹細胞である。一部の事例では、胚性幹細胞は、ヒト胚性幹細胞である。一部の事例では、ヒト胚性幹細胞は、ヒト胎児腎臓２９３（ＨＥＫ−２９３）細胞である。一部の事例では、キットは、治療用遺伝子発現産物をコードする異種核酸を含むベクターをさらに含む。一部の事例では、ベクターは、エピソームである。
参照による組込み
【００４２】
本明細書で言及される全ての刊行物、特許および特許出願は、個々の刊行物、特許または特許出願各々が参照により組み込まれると具体的かつ個別に示されている場合と同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【００４３】
実施形態は、添付の特許請求の範囲内に具体的に示される。本発明の原理が利用される例示的実施形態を示す後続の詳細な説明、および添付の図面を参照することにより、本発明の特徴および利点のよりよい理解が得られる。本特許または出願ファイルは、カラーで作成された少なくとも１つの図面を含む。カラー図面（複数可）を伴う本特許または特許出願公開公報のコピーは、請求して必要料金を支払うと、米国特許商標庁によって提供される。一般慣行に従って図面の様々な特徴が正確な縮尺でないことを強調しておく。それどころか、様々な特徴の寸法が、明確にするために任意に拡大または縮小されている。図面には以下の図が含まれている：
【図面の簡単な説明】
【００４４】
【図１Ａ−Ｃ】図１Ａ〜１Ｄは、本実施形態によるウイルス操作の全体像を示す。図１Ａは、このライブラリーのアミノ酸４５２〜４５８に導入された７アミノ酸置換（赤色）、ならびに事前にＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢによりアミノ酸５８８〜５８９に導入された２アミノ酸置換および７アミノ酸挿入（緑色）の局在を例証する、ＡＡＶ９の３回対称（丸で囲まれている）を含む３つのモノマーの表面モデルを示す。図１Ｂは、ループの近接およびカプシド表面とのそれらの関係（ＡＡＶ内側が下方であり、外側が上方である）を示す、単一ＡＡＶ９モノマー内の２つのループの位置を示す。図１Ｃは、第２のモノマーの４９５ループ（中央）と相互作用して１つのＡＡＶ９モノマーの５８８ループ（左側）および４５５ループ（右側）により作出されるスパイクを示す。図１Ｄは、操作プロセスの概略図を示す（配列番号４５４９２〜４５４９３として開示される「ＴＡＴＴ  ＮＮＫＮＮＫ．．．ＮＮＫＮＮＫ  ＣＡＡＣ」および配列番号４５４９４〜４５４９５として開示される「ＴＡＴＴ  ＡＡＣＧＧＴ．．．ＡＡＴＣＡＡ  ＣＡＡＣ」）。ＰＣＲを使用して、ポリアデニル化配列を取り囲むＣｒｅ誘導性スイッチを内部に持つｒＡＡＶ９ゲノム内に９アミノ酸置換／挿入（ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ；緑色バンド）および／または置換（ＡＡ４５２〜４５８；赤色バンド）の形態で、多様性が導入される。ＤＮＡカプシドライブラリーがＨＥＫ−２９３Ｔ細胞にトランスフェクトされ、６０時間後に多様なウイルスカプシドライブラリーが採取される。ウイルスライブラリーが一群のＣｒｅ−トランスジェニック動物に全身注射される。３週間の発現後、組織が採取され、ＤＮＡが全ての器官から抽出される。ＰＣＲを使用して、配列が、それらのポリアデニル化配列を反転させるＣｒｅ＋細胞に形質導入されたカプシドのみから、選択的に回収される。回収された配列は、その後、特異的なＣｒｅ組織組合せ各々に一意の二重インデックスバーコードを付加させて、ＰＣＲによる次世代シークエンシング（ＮＧＳ）用に調製される。ＮＧＳ後、富化（注射したウイルスライブラリー内のそれらの存在に対して正規化された、他の配列と比較して特定の組織内の保有率増加）および特異性（他の組織または他の細胞型と比較して特定の組織または細胞型内の保有率増加）についての正および負の選択を使用してデータがマイニングされる。１〜２ラウンドの選択後、個々のバリアントは、それらの富化および特異性スコアに基づいて検定される。斜字体の配列は、ＡＡＶ９を表し、これは、肝臓（右側）内に高度に富化されるが、脳（左側）にはされない。
【図１Ｄ】図１Ａ〜１Ｄは、本実施形態によるウイルス操作の全体像を示す。図１Ａは、このライブラリーのアミノ酸４５２〜４５８に導入された７アミノ酸置換（赤色）、ならびに事前にＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢによりアミノ酸５８８〜５８９に導入された２アミノ酸置換および７アミノ酸挿入（緑色）の局在を例証する、ＡＡＶ９の３回対称（丸で囲まれている）を含む３つのモノマーの表面モデルを示す。図１Ｂは、ループの近接およびカプシド表面とのそれらの関係（ＡＡＶ内側が下方であり、外側が上方である）を示す、単一ＡＡＶ９モノマー内の２つのループの位置を示す。図１Ｃは、第２のモノマーの４９５ループ（中央）と相互作用して１つのＡＡＶ９モノマーの５８８ループ（左側）および４５５ループ（右側）により作出されるスパイクを示す。図１Ｄは、操作プロセスの概略図を示す（配列番号４５４９２〜４５４９３として開示される「ＴＡＴＴ  ＮＮＫＮＮＫ．．．ＮＮＫＮＮＫ  ＣＡＡＣ」および配列番号４５４９４〜４５４９５として開示される「ＴＡＴＴ  ＡＡＣＧＧＴ．．．ＡＡＴＣＡＡ  ＣＡＡＣ」）。ＰＣＲを使用して、ポリアデニル化配列を取り囲むＣｒｅ誘導性スイッチを内部に持つｒＡＡＶ９ゲノム内に９アミノ酸置換／挿入（ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ；緑色バンド）および／または置換（ＡＡ４５２〜４５８；赤色バンド）の形態で、多様性が導入される。ＤＮＡカプシドライブラリーがＨＥＫ−２９３Ｔ細胞にトランスフェクトされ、６０時間後に多様なウイルスカプシドライブラリーが採取される。ウイルスライブラリーが一群のＣｒｅ−トランスジェニック動物に全身注射される。３週間の発現後、組織が採取され、ＤＮＡが全ての器官から抽出される。ＰＣＲを使用して、配列が、それらのポリアデニル化配列を反転させるＣｒｅ＋細胞に形質導入されたカプシドのみから、選択的に回収される。回収された配列は、その後、特異的なＣｒｅ組織組合せ各々に一意の二重インデックスバーコードを付加させて、ＰＣＲによる次世代シークエンシング（ＮＧＳ）用に調製される。ＮＧＳ後、富化（注射したウイルスライブラリー内のそれらの存在に対して正規化された、他の配列と比較して特定の組織内の保有率増加）および特異性（他の組織または他の細胞型と比較して特定の組織または細胞型内の保有率増加）についての正および負の選択を使用してデータがマイニングされる。１〜２ラウンドの選択後、個々のバリアントは、それらの富化および特異性スコアに基づいて検定される。斜字体の配列は、ＡＡＶ９を表し、これは、肝臓（右側）内に高度に富化されるが、脳（左側）にはされない。
【００４５】
【図２−１】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−２】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−３】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−４】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−５】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−６】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−７】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−８】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−９】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１０】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１１】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１２】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１３】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１４】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１５】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１６】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１７】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１８】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図２−１９】図２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、中枢神経系（ＣＮＳ）に正に富化される７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００４６】
【図３−１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−９】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１０】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１４】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１５】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１６】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１７】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１８】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−１９】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２０】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２４】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２５】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２６】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２７】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２８】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−２９】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３０】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３４】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３５】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３６】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３７】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３８】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−３９】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４０】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４４】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４５】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４６】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４７】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４８】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−４９】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５０】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５４】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５５】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５６】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５７】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５８】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−５９】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６０】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６４】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６５】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６６】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６７】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６８】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−６９】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７０】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７４】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７５】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７６】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７７】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７８】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−７９】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８０】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８４】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８５】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８６】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８７】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８８】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−８９】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−９０】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−９１】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−９２】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【図３−９３】図３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、ＣＮＳに特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。「富化」は、トランスジェニック動物に投与されたウイルスライブラリー内のその保有率と比較した組織内の所与のバリアントの保有率である。１より高い富化スコアは、正の富化を示し、０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、バリアントを組織内で検出することができなかったことを示す。
【００４７】
【図４−１】図４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、心臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図４−２】図４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、心臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図４−３】図４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、心臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図４−４】図４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、心臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図４−５】図４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、心臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図４−６】図４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、心臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図４−７】図４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、心臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００４８】
【図５−１】図５は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腸に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図５−２】図５は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腸に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図５−３】図５は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腸に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図５−４】図５は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腸に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図５−５】図５は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腸に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図５−６】図５は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腸に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図５−７】図５は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腸に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００４９】
【図６−１】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−２】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−３】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−４】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−５】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−６】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−７】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−８】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−９】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１０】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１１】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１２】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１３】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１４】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１５】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１６】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１７】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１８】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−１９】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−２０】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−２１】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−２２】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−２３】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−２４】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−２５】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−２６】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図６−２７】図６は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００５０】
【図７−１】図７は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肝臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図７−２】図７は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肝臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００５１】
【図８−１】図８は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、筋肉に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図８−２】図８は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、筋肉に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図８−３】図８は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、筋肉に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図８−４】図８は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、筋肉に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図８−５】図８は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、筋肉に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００５２】
【図９】図９は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、膵臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００５３】
【図１０−１】図１０は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脾臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１０−２】図１０は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脾臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１０−３】図１０は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脾臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１０−４】図１０は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脾臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００５４】
【図１１−１】図１１は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、胃に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１１−２】図１１は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、胃に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００５５】
【図１２−１】図１２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、精巣に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１２−２】図１２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、精巣に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１２−３】図１２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、精巣に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１２−４】図１２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、精巣に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００５６】
【図１３−１】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−２】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−３】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−４】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−５】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−６】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−７】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−８】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−９】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−１０】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−１１】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１３−１２】図１３は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００５７】
【図１４−１】図１４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１４−２】図１４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１４−３】図１４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１４−４】図１４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１４−５】図１４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１４−６】図１４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１４−７】図１４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１４−８】図１４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【図１４−９】図１４は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【００５８】
【図１５Ａ−Ｂ】図１５Ａ〜１５Ｂは、候補バリアントの次世代シークエンシングデータおよびｉｎ  ｖｉｖｏ形質導入効率を示す。図１５Ａは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ１４という２つの候補バリアント、ならびにランダムに選択されたバリアントについての相対存在量をｌｏｇ富化で示す。ＮＧＳデータは、肺におけるＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４の有意な富化と、いくつかの末梢器官における負の富化を示す。逆に、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ１４は、胃および腸内のニューロンに富化され、肺のような他の器官では負に富化される。図１５Ｂは、５×１０１１ｖｇのｒＡＡＶ：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎの全身投与の２週間後のｉｎ  ｖｉｖｏ形質導入が、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４がＡＡＶ９と比較して肺に強く形質導入し、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ１４が胃および腸内のニューロンに強く形質導入することで、２ＡからのＮＧＳデータを裏付けることを示す。誤解を避けるために、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４は、配列番号３２５３８（肺内への富化）、配列番号２５６３３（心臓内への富化）、配列番号２６５８４（腸内への富化）および配列番号２８５０９（腎臓内への富化）に示される、ＫＤＮＴＰＧＲである。ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ１４は、配列番号２６４７４（腸内への富化）、配列番号２９０６５（腎臓内への富化）および配列番号３１９０４（胃内への富化）に示される、ＲＥＳＳＰＳＬである。
【００５９】
【図１６Ａ−Ｂ】図１６Ａ〜１６Ｄは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４の指向性が肺内の粘膜下層細胞に強く富化されることを示す。ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰ、ｓｓＡＡＶ５：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰまたはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰを１×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射した。３週間の発現後にＧＦＰ蛍光を評価した。図１６Ａは、その親カプシドＡＡＶ９と比較した、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４により形質導入された細胞の総数の比較を提供する。図１６Ｂは、ＥＧＦＰ発現により評価した全体的な形質導入が、ＡＡＶ５およびＡＡＶ９と比較して１５〜３０倍増加することを示す。図１６Ｃは、ＥＧＦＰシグナルと抗体染色の共局在確認により評価した細胞型特異的定量を提供し、ＡＴＩＩ細胞へのＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４形質導入が、ＡＡＶ５およびＡＡＶ９と比較して（それぞれ）３０〜６０倍増加することを示す。ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４により形質導入された有意な数の細胞が、肺胞ＩＩ型肺胞上皮細胞である。図１６Ｄは、細胞型特異性の定量を示し、肺内の形質導入された細胞の６０％がＡＴＩＩ細胞と同定された。定量について：ＡＡＶ９、ＡＡＶ５およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４について１群当たりマウスｎ＝３、平均±ＳＥ、一元配置ＡＮＯＶＡ（＊Ｐ≦０．０５；ｎ．ｓ．、Ｐ≧０．０５）。スケールバーは、５０μｍである。
【図１６Ｃ−Ｄ】図１６Ａ〜１６Ｄは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４の指向性が肺内の粘膜下層細胞に強く富化されることを示す。ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰ、ｓｓＡＡＶ５：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰまたはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰを１×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射した。３週間の発現後にＧＦＰ蛍光を評価した。図１６Ａは、その親カプシドＡＡＶ９と比較した、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４により形質導入された細胞の総数の比較を提供する。図１６Ｂは、ＥＧＦＰ発現により評価した全体的な形質導入が、ＡＡＶ５およびＡＡＶ９と比較して１５〜３０倍増加することを示す。図１６Ｃは、ＥＧＦＰシグナルと抗体染色の共局在確認により評価した細胞型特異的定量を提供し、ＡＴＩＩ細胞へのＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４形質導入が、ＡＡＶ５およびＡＡＶ９と比較して（それぞれ）３０〜６０倍増加することを示す。ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４により形質導入された有意な数の細胞が、肺胞ＩＩ型肺胞上皮細胞である。図１６Ｄは、細胞型特異性の定量を示し、肺内の形質導入された細胞の６０％がＡＴＩＩ細胞と同定された。定量について：ＡＡＶ９、ＡＡＶ５およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４について１群当たりマウスｎ＝３、平均±ＳＥ、一元配置ＡＮＯＶＡ（＊Ｐ≦０．０５；ｎ．ｓ．、Ｐ≧０．０５）。スケールバーは、５０μｍである。
【００６０】
【図１７Ａ】図１７Ａ〜１７Ｅは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸（ＡＡ）置換ライブラリーの特徴付けを示す。図１７Ａは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸置換の分布を示すものであり、ＤＮＡライブラリーのＰＣＲ生成およびウイルスカプシドライブラリーのパッケージング後、比較的均一な分布（注目に値する例外がいくつかあり）、停止コドンの低い保有率、および野生型（ＷＴ）ＡＡＶ９配列（ＮＧＳＧＱＮＱ（配列番号５４５））への偏りなしを示している。図１７Ｂは、２ラウンドの正および負の選択から得られた最高性能バリアント（配列番号４５４９６〜４５５１３）のサブセットをそれぞれ出現順に）示すものであり、ＷＴ  ＡＡＶ９配列との強い相違を示している。ＴＩ：４５０〜４５１位に存在するトレオニンおよびイソロイシン残基、ＱＴ：４５９〜４６０位に存在するグルタミンおよびトレオニン残基。図１７Ｃは、最高性能のサブセットのｌｏｇ−富化スコアをプロットするヒートマップを示すものであり、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢがすでに偏っている標的である、ニューロン集団に対する特異性およびニューロン集団内への富化を実証する。図１７Ｄは、ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＬＱＴＳＳＰＧ；配列番号２９３３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＱＧＫＱＳＶ；配列番号７９）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＩＮＴＫＴＮ；配列番号４５４７５）、およびｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＮＧＴＫＱＴ；配列番号４４２）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｅは、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＳＧＫＴＡＡ；配列番号８８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＭＧＤＫＰＴＲ；配列番号２４６６）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＡＡＴＫＮ；配列番号３９４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＰＳＧＧＮＴ；配列番号２６７２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＥＲＧＡＮＴＫ；配列番号５１９２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ６：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＴＴＧＧＨＳＳ；配列番号２７４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＴＫＴＳＥ；配列番号３０６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＧＴＳＶＬ；配列番号１１９５８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＮＱＳＧＴＫＧ；配列番号７８０）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＱＳＳＫＳ；配列番号２７６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２３：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＫＧＰＧＱＭＧ；配列番号４５４７６）、またはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２５：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＰＳＫＡＧ；配列番号２７４１）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｄおよび図１７Ｅでは、最高性能バリアントの形質導入プロファイルの直接比較は、検証された指向性とＮＧＳデータにより予測されたものとの強い相関を示す。スケールバーは、２ｍｍである。
【図１７Ｂ】図１７Ａ〜１７Ｅは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸（ＡＡ）置換ライブラリーの特徴付けを示す。図１７Ａは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸置換の分布を示すものであり、ＤＮＡライブラリーのＰＣＲ生成およびウイルスカプシドライブラリーのパッケージング後、比較的均一な分布（注目に値する例外がいくつかあり）、停止コドンの低い保有率、および野生型（ＷＴ）ＡＡＶ９配列（ＮＧＳＧＱＮＱ（配列番号５４５））への偏りなしを示している。図１７Ｂは、２ラウンドの正および負の選択から得られた最高性能バリアント（配列番号４５４９６〜４５５１３）のサブセットをそれぞれ出現順に）示すものであり、ＷＴ  ＡＡＶ９配列との強い相違を示している。ＴＩ：４５０〜４５１位に存在するトレオニンおよびイソロイシン残基、ＱＴ：４５９〜４６０位に存在するグルタミンおよびトレオニン残基。図１７Ｃは、最高性能のサブセットのｌｏｇ−富化スコアをプロットするヒートマップを示すものであり、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢがすでに偏っている標的である、ニューロン集団に対する特異性およびニューロン集団内への富化を実証する。図１７Ｄは、ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＬＱＴＳＳＰＧ；配列番号２９３３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＱＧＫＱＳＶ；配列番号７９）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＩＮＴＫＴＮ；配列番号４５４７５）、およびｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＮＧＴＫＱＴ；配列番号４４２）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｅは、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＳＧＫＴＡＡ；配列番号８８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＭＧＤＫＰＴＲ；配列番号２４６６）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＡＡＴＫＮ；配列番号３９４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＰＳＧＧＮＴ；配列番号２６７２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＥＲＧＡＮＴＫ；配列番号５１９２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ６：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＴＴＧＧＨＳＳ；配列番号２７４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＴＫＴＳＥ；配列番号３０６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＧＴＳＶＬ；配列番号１１９５８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＮＱＳＧＴＫＧ；配列番号７８０）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＱＳＳＫＳ；配列番号２７６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２３：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＫＧＰＧＱＭＧ；配列番号４５４７６）、またはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２５：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＰＳＫＡＧ；配列番号２７４１）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｄおよび図１７Ｅでは、最高性能バリアントの形質導入プロファイルの直接比較は、検証された指向性とＮＧＳデータにより予測されたものとの強い相関を示す。スケールバーは、２ｍｍである。
【図１７Ｃ】図１７Ａ〜１７Ｅは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸（ＡＡ）置換ライブラリーの特徴付けを示す。図１７Ａは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸置換の分布を示すものであり、ＤＮＡライブラリーのＰＣＲ生成およびウイルスカプシドライブラリーのパッケージング後、比較的均一な分布（注目に値する例外がいくつかあり）、停止コドンの低い保有率、および野生型（ＷＴ）ＡＡＶ９配列（ＮＧＳＧＱＮＱ（配列番号５４５））への偏りなしを示している。図１７Ｂは、２ラウンドの正および負の選択から得られた最高性能バリアント（配列番号４５４９６〜４５５１３）のサブセットをそれぞれ出現順に）示すものであり、ＷＴ  ＡＡＶ９配列との強い相違を示している。ＴＩ：４５０〜４５１位に存在するトレオニンおよびイソロイシン残基、ＱＴ：４５９〜４６０位に存在するグルタミンおよびトレオニン残基。図１７Ｃは、最高性能のサブセットのｌｏｇ−富化スコアをプロットするヒートマップを示すものであり、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢがすでに偏っている標的である、ニューロン集団に対する特異性およびニューロン集団内への富化を実証する。図１７Ｄは、ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＬＱＴＳＳＰＧ；配列番号２９３３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＱＧＫＱＳＶ；配列番号７９）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＩＮＴＫＴＮ；配列番号４５４７５）、およびｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＮＧＴＫＱＴ；配列番号４４２）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｅは、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＳＧＫＴＡＡ；配列番号８８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＭＧＤＫＰＴＲ；配列番号２４６６）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＡＡＴＫＮ；配列番号３９４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＰＳＧＧＮＴ；配列番号２６７２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＥＲＧＡＮＴＫ；配列番号５１９２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ６：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＴＴＧＧＨＳＳ；配列番号２７４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＴＫＴＳＥ；配列番号３０６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＧＴＳＶＬ；配列番号１１９５８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＮＱＳＧＴＫＧ；配列番号７８０）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＱＳＳＫＳ；配列番号２７６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２３：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＫＧＰＧＱＭＧ；配列番号４５４７６）、またはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２５：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＰＳＫＡＧ；配列番号２７４１）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｄおよび図１７Ｅでは、最高性能バリアントの形質導入プロファイルの直接比較は、検証された指向性とＮＧＳデータにより予測されたものとの強い相関を示す。スケールバーは、２ｍｍである。
【図１７Ｄ】図１７Ａ〜１７Ｅは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸（ＡＡ）置換ライブラリーの特徴付けを示す。図１７Ａは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸置換の分布を示すものであり、ＤＮＡライブラリーのＰＣＲ生成およびウイルスカプシドライブラリーのパッケージング後、比較的均一な分布（注目に値する例外がいくつかあり）、停止コドンの低い保有率、および野生型（ＷＴ）ＡＡＶ９配列（ＮＧＳＧＱＮＱ（配列番号５４５））への偏りなしを示している。図１７Ｂは、２ラウンドの正および負の選択から得られた最高性能バリアント（配列番号４５４９６〜４５５１３）のサブセットをそれぞれ出現順に）示すものであり、ＷＴ  ＡＡＶ９配列との強い相違を示している。ＴＩ：４５０〜４５１位に存在するトレオニンおよびイソロイシン残基、ＱＴ：４５９〜４６０位に存在するグルタミンおよびトレオニン残基。図１７Ｃは、最高性能のサブセットのｌｏｇ−富化スコアをプロットするヒートマップを示すものであり、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢがすでに偏っている標的である、ニューロン集団に対する特異性およびニューロン集団内への富化を実証する。図１７Ｄは、ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＬＱＴＳＳＰＧ；配列番号２９３３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＱＧＫＱＳＶ；配列番号７９）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＩＮＴＫＴＮ；配列番号４５４７５）、およびｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＮＧＴＫＱＴ；配列番号４４２）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｅは、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＳＧＫＴＡＡ；配列番号８８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＭＧＤＫＰＴＲ；配列番号２４６６）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＡＡＴＫＮ；配列番号３９４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＰＳＧＧＮＴ；配列番号２６７２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＥＲＧＡＮＴＫ；配列番号５１９２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ６：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＴＴＧＧＨＳＳ；配列番号２７４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＴＫＴＳＥ；配列番号３０６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＧＴＳＶＬ；配列番号１１９５８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＮＱＳＧＴＫＧ；配列番号７８０）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＱＳＳＫＳ；配列番号２７６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２３：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＫＧＰＧＱＭＧ；配列番号４５４７６）、またはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２５：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＰＳＫＡＧ；配列番号２７４１）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｄおよび図１７Ｅでは、最高性能バリアントの形質導入プロファイルの直接比較は、検証された指向性とＮＧＳデータにより予測されたものとの強い相関を示す。スケールバーは、２ｍｍである。
【図１７Ｅ】図１７Ａ〜１７Ｅは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸（ＡＡ）置換ライブラリーの特徴付けを示す。図１７Ａは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおける７アミノ酸置換の分布を示すものであり、ＤＮＡライブラリーのＰＣＲ生成およびウイルスカプシドライブラリーのパッケージング後、比較的均一な分布（注目に値する例外がいくつかあり）、停止コドンの低い保有率、および野生型（ＷＴ）ＡＡＶ９配列（ＮＧＳＧＱＮＱ（配列番号５４５））への偏りなしを示している。図１７Ｂは、２ラウンドの正および負の選択から得られた最高性能バリアント（配列番号４５４９６〜４５５１３）のサブセットをそれぞれ出現順に）示すものであり、ＷＴ  ＡＡＶ９配列との強い相違を示している。ＴＩ：４５０〜４５１位に存在するトレオニンおよびイソロイシン残基、ＱＴ：４５９〜４６０位に存在するグルタミンおよびトレオニン残基。図１７Ｃは、最高性能のサブセットのｌｏｇ−富化スコアをプロットするヒートマップを示すものであり、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢがすでに偏っている標的である、ニューロン集団に対する特異性およびニューロン集団内への富化を実証する。図１７Ｄは、ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＬＱＴＳＳＰＧ；配列番号２９３３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＱＧＫＱＳＶ；配列番号７９）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＩＮＴＫＴＮ；配列番号４５４７５）、およびｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＳＮＧＴＫＱＴ；配列番号４４２）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｅは、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＳＧＫＴＡＡ；配列番号８８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＭＧＤＫＰＴＲ；配列番号２４６６）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＡＡＴＫＮ；配列番号３９４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１１：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＱＰＳＧＧＮＴ；配列番号２６７２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１４：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＥＲＧＡＮＴＫ；配列番号５１９２）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ６：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＴＴＧＧＨＳＳ；配列番号２７４３）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ７：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＴＫＴＳＥ；配列番号３０６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１８：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＧＴＳＶＬ；配列番号１１９５８）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂｌ９：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＮＱＳＧＴＫＧ；配列番号７８０）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＤＧＱＳＳＫＳ；配列番号２７６４）、ｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２３：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＫＧＰＧＱＭＧ；配列番号４５４７６）、またはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２５：ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ（ＧＴＰＳＫＡＧ；配列番号２７４１）を、５×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射し、２週間後にｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ蛍光を評価したことを示す。図１７Ｄおよび図１７Ｅでは、最高性能バリアントの形質導入プロファイルの直接比較は、検証された指向性とＮＧＳデータにより予測されたものとの強い相関を示す。スケールバーは、２ｍｍである。
【００６１】
【図１８Ａ−Ｂ】図１８Ａ〜１８Ｄは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０の指向性が、有意な肝臓標的解除で、脳に強く偏っていることを示す。ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰ、ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰまたはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰを１×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射した。３週間の発現後にＧＦＰ蛍光を評価した。図１８Ａは、ＡＡＶ９、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢおよびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０におけるＢＢＢ横断と脳への形質導入との比較を示すものであり、ＷＴカプシドの反復操作後の脳への形質導入効率の漸進的向上を示している。図１８Ｂは、肝臓における同じ比較を示すものであり、形質導入効率の漸進的低下を示している。図１８Ｃは、脳内の形質導入された細胞の総数の定量を提供し、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０について全形質導入に有意な増加がなく、これらの両方が、ＡＡＶ９と比較して有意に増加することを示す。１細胞当たりの平均輝度の比較は、ＡＡＶ９に対してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０の有意な増加を示すが、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢに対してその有意な増加を示さない。図１８Ｄは、肝臓内の形質導入された細胞の総数の定量を提供し、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０をＡＡＶ９およびＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ両方と比較して有意な減少を示す。１細胞当たりの輝度も、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０とＡＡＶ９を比較して有意に減少し、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢとの有意差は観察されなかった。定量について：１群当たりマウスｎ＝６、平均±ＳＥ、形質導入についてはブラウン・フォーサイスおよびウェルチＡＮＯＶＡ検定、ならびに輝度についてはクラスカル・ウォリス検定（＊Ｐ≦０．０５；ｎ．ｓ．、Ｐ≧０．０５）。スケールバーは、１ｍｍである。
【図１８Ｃ−Ｄ】図１８Ａ〜１８Ｄは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０の指向性が、有意な肝臓標的解除で、脳に強く偏っていることを示す。ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰ、ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰまたはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰを１×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射した。３週間の発現後にＧＦＰ蛍光を評価した。図１８Ａは、ＡＡＶ９、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢおよびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０におけるＢＢＢ横断と脳への形質導入との比較を示すものであり、ＷＴカプシドの反復操作後の脳への形質導入効率の漸進的向上を示している。図１８Ｂは、肝臓における同じ比較を示すものであり、形質導入効率の漸進的低下を示している。図１８Ｃは、脳内の形質導入された細胞の総数の定量を提供し、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０について全形質導入に有意な増加がなく、これらの両方が、ＡＡＶ９と比較して有意に増加することを示す。１細胞当たりの平均輝度の比較は、ＡＡＶ９に対してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０の有意な増加を示すが、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢに対してその有意な増加を示さない。図１８Ｄは、肝臓内の形質導入された細胞の総数の定量を提供し、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０をＡＡＶ９およびＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ両方と比較して有意な減少を示す。１細胞当たりの輝度も、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０とＡＡＶ９を比較して有意に減少し、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢとの有意差は観察されなかった。定量について：１群当たりマウスｎ＝６、平均±ＳＥ、形質導入についてはブラウン・フォーサイスおよびウェルチＡＮＯＶＡ検定、ならびに輝度についてはクラスカル・ウォリス検定（＊Ｐ≦０．０５；ｎ．ｓ．、Ｐ≧０．０５）。スケールバーは、１ｍｍである。
【００６２】
【図１９Ａ−Ｂ】図１９Ａ〜Ｆは、脳内でＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０がニューロンに強く偏っていることを示す。ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰまたはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−ＢＢ１０：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰを１×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射した。３週間の発現後にＧＦＰ蛍光を評価した。図１９Ａ〜１９Ｂは、複数の脳領域にわたってＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して形質導入されたニューロンの総数の有意な増加がないことを示したことを示す。図１９Ｃ〜１９Ｄは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、定量された全ての脳領域にわたってＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して星状膠細胞への形質導入の有意な低減を示すことを示す。図１９Ｅ〜１９Ｆは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、定量された全ての脳領域にわたってＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して乏突起膠細胞への形質導入の有意な低減を示すことを示す。定量について：１群当たりマウスｎ＝６、平均±ＳＥ、マン・ホイットニー検定（＊Ｐ≦０．０５；ｎ．ｓ．、Ｐ≧０．０５）。スケールバーは、２００μｍである。
【図１９Ｃ−Ｄ】図１９Ａ〜Ｆは、脳内でＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０がニューロンに強く偏っていることを示す。ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰまたはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−ＢＢ１０：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰを１×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射した。３週間の発現後にＧＦＰ蛍光を評価した。図１９Ａ〜１９Ｂは、複数の脳領域にわたってＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して形質導入されたニューロンの総数の有意な増加がないことを示したことを示す。図１９Ｃ〜１９Ｄは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、定量された全ての脳領域にわたってＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して星状膠細胞への形質導入の有意な低減を示すことを示す。図１９Ｅ〜１９Ｆは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、定量された全ての脳領域にわたってＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して乏突起膠細胞への形質導入の有意な低減を示すことを示す。定量について：１群当たりマウスｎ＝６、平均±ＳＥ、マン・ホイットニー検定（＊Ｐ≦０．０５；ｎ．ｓ．、Ｐ≧０．０５）。スケールバーは、２００μｍである。
【図１９Ｅ−Ｆ】図１９Ａ〜Ｆは、脳内でＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０がニューロンに強く偏っていることを示す。ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰまたはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−ＢＢ１０：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰを１×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射した。３週間の発現後にＧＦＰ蛍光を評価した。図１９Ａ〜１９Ｂは、複数の脳領域にわたってＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して形質導入されたニューロンの総数の有意な増加がないことを示したことを示す。図１９Ｃ〜１９Ｄは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、定量された全ての脳領域にわたってＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して星状膠細胞への形質導入の有意な低減を示すことを示す。図１９Ｅ〜１９Ｆは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、定量された全ての脳領域にわたってＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して乏突起膠細胞への形質導入の有意な低減を示すことを示す。定量について：１群当たりマウスｎ＝６、平均±ＳＥ、マン・ホイットニー検定（＊Ｐ≦０．０５；ｎ．ｓ．、Ｐ≧０．０５）。スケールバーは、２００μｍである。
【００６３】
【図２０Ａ】図２０Ａ〜２０Ｃは、脳内に富化されかつ肝臓から標的解除されるバリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。図２０Ａは、脳内に富化されるバリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。図２０Ｂは、肝臓から負に富化される（標的解除される）バリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。図２０Ｃは、脳内に富化され、肝臓から負に富化される（標的解除される）バリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。ｈＳｙｎ−Ｃｒｅ動物の脳内への富化が最も高度である１０００のバリアント、Ｔｅｋ−Ｃｒｅ動物の肝臓内への富化が最も低度である１０００のバリアント、ならびに脳内への正の富化および肝臓内への負の富化を有する全てのバリアントを分析した。全てのアミノ酸の各位置でのｚスコアがプロットされている。
【図２０Ｂ】図２０Ａ〜２０Ｃは、脳内に富化されかつ肝臓から標的解除されるバリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。図２０Ａは、脳内に富化されるバリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。図２０Ｂは、肝臓から負に富化される（標的解除される）バリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。図２０Ｃは、脳内に富化され、肝臓から負に富化される（標的解除される）バリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。ｈＳｙｎ−Ｃｒｅ動物の脳内への富化が最も高度である１０００のバリアント、Ｔｅｋ−Ｃｒｅ動物の肝臓内への富化が最も低度である１０００のバリアント、ならびに脳内への正の富化および肝臓内への負の富化を有する全てのバリアントを分析した。全てのアミノ酸の各位置でのｚスコアがプロットされている。
【図２０Ｃ】図２０Ａ〜２０Ｃは、脳内に富化されかつ肝臓から標的解除されるバリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。図２０Ａは、脳内に富化されるバリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。図２０Ｂは、肝臓から負に富化される（標的解除される）バリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。図２０Ｃは、脳内に富化され、肝臓から負に富化される（標的解除される）バリアントへの７−ｍｅｒ置換にわたってのアミノ酸寄与を示す。ｈＳｙｎ−Ｃｒｅ動物の脳内への富化が最も高度である１０００のバリアント、Ｔｅｋ−Ｃｒｅ動物の肝臓内への富化が最も低度である１０００のバリアント、ならびに脳内への正の富化および肝臓内への負の富化を有する全てのバリアントを分析した。全てのアミノ酸の各位置でのｚスコアがプロットされている。
【００６４】
【図２１】図２１は、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が末梢器官から標的解除されることを示す。ｓｓＡＡＶ９：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰ、ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰまたはｓｓＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰを１×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射した。３週間の発現後にＧＦＰ蛍光を評価した。末梢組織への形質導入効率は、ＡＡＶ９またはＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０についての脊髄形質導入の有意な増加および減少をそれぞれ示す。ＤＲＧでは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は、ＡＡＶ９と比較して有意に減少し、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して有意には減少しない。腸の腸筋神経叢および粘膜下神経叢では、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は、ＡＡＶ９と比較して有意に減少し、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して有意には減少しない。肺では、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は、ＡＡＶ．ＰＨＰ．ｅＢと比較して有意に減少し、ＡＡＶ９と比較して有意には減少しない。腎臓、脾臓、膵臓および精巣では、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は、ＡＡＶ９と比較して有意に減少し、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較して有意には減少しない。定量について：脊髄およびＤＲＧ（これらの場合、ＡＡＶ９およびＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢについてはマウスｎ＝３であり、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０についてはマウスｎ＝５である）を除いて、１群当たりマウスｎ＝６、平均±ＳＥ、脊髄についてはＡＮＯＶＡ、腸筋神経叢および膵臓についてはブラウン・フォーサイスおよびウェルチＡＮＯＶＡ検定、ＤＲＧ、粘膜下神経叢、肺、腎臓、脾臓および精巣についてはクラスカル・ウォリス検定（＊Ｐ≦０．０５；ｎ．ｓ．、Ｐ≧０．０５）。
【００６５】
【図２２Ａ−Ｂ】図２２Ａ〜２２Ｂは、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が小脳におけるプルキンエ細胞から有意に標的解除されることを示す。ｓｓＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰまたはｓｓＡＡＶＣＡＰ−Ｂ１０：ＣＡＧ−ＮＬＳｘ２−ＥＧＦＰを１×１０１１ｖｇ／マウスで雄成体マウスに静脈内注射した。３週間の発現後にＧＦＰ蛍光を評価した。図２２Ａは、小脳切片における免疫蛍光を示す。図２２Ｂは、小脳におけるプルキンエ細胞への形質導入の定量を示し、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢと比較してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０により形質導入された有意に少ないプルキンエ細胞を示す。定量について：１群当たりマウスｎ＝６、平均±ＳＥ、マン・ホイットニー検定（＊Ｐ≦０．０５；ｎ．ｓ．、Ｐ≧０．０５）。スケールバーは、２００μｍである。
【００６６】
【図２３Ａ−Ｄ】図２３Ａ〜２３Ｆは、非ヒト霊長類におけるプール発現（pooled  expression）の特徴付けを示す。図２３Ａは、新規バリアントＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ８、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１８およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２ならびに対照ＡＡＶ９およびＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢのプール注射についての実験パラダイムを示す。ＨＡタグに融合したヒトＦＸＮが、ユビキタスＣＡＧプロモーターの制御下で各バリアントにパッケージングされ、５’ＵＴＲにおける一意の１２ｂｐ  ＲＮＡバーコードによって各バリアントが区別される。２匹のマーモセットに１．２×１０１４ｖｇ／ｋｇの用量で注射し、このうちの１／８にプール内の各バリアントが寄与した。図２３Ｂは、マーモセットの脳の前後軸を通して区分された６つの断面と小脳とを示す。ＦＸＮ導入遺伝子上のＨＡタグについての対比染色は、バリアントのプールのＩＶ投与後の脳全体にわたって分布したロバストな発現を示す。図２３Ｃは、２匹のマーモセットからのプール内の８つのバリアント各々のＲＮＡバーコード発現についてのＮＧＳ定量を示すものであり、ＡＡＶ９と比較してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２のＲＮＡレベルの＞１２倍増加およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０についての＞５倍増加を含む、いくつかのバリアントについての劇的増加を示している。図２３Ｄは、様々な皮質領域および皮質下領域からの拡大撮影枠が、皮質、海馬および小脳を含むほとんどの脳領域にわたって有意かつ広範な形質導入を示すことを示す。図２３Ｅは、肝臓におけるＨＡタグについての対比染色を示すものであり、ウイルスプールからの少ない全体的な形質導入を明示している。ＮＧＳ定量は、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２がＡＡＶ９と同様のＲＮＡレベルに寄与し、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０の寄与が１／５未満である、肝臓からの相対的標的解除を示す。図２３Ｆは、心臓への形質導入が、バリアントのうちのいくつかについてＡＡＶ９から増加し、比較するとＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２がほぼ５倍多いＲＮＡに寄与することを示す。バリアントによる副腎皮質への形質導入は、ＡＡＶ９と比較して様々であった。肝臓形質導入についての分析のために２匹の動物から、および心臓および副腎皮質形質導入のために１匹の動物から、ＲＮＡを採取した。
【図２３Ｅ−Ｆ】図２３Ａ〜２３Ｆは、非ヒト霊長類におけるプール発現（pooled  expression）の特徴付けを示す。図２３Ａは、新規バリアントＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ８、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１８およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２ならびに対照ＡＡＶ９およびＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢのプール注射についての実験パラダイムを示す。ＨＡタグに融合したヒトＦＸＮが、ユビキタスＣＡＧプロモーターの制御下で各バリアントにパッケージングされ、５’ＵＴＲにおける一意の１２ｂｐ  ＲＮＡバーコードによって各バリアントが区別される。２匹のマーモセットに１．２×１０１４ｖｇ／ｋｇの用量で注射し、このうちの１／８にプール内の各バリアントが寄与した。図２３Ｂは、マーモセットの脳の前後軸を通して区分された６つの断面と小脳とを示す。ＦＸＮ導入遺伝子上のＨＡタグについての対比染色は、バリアントのプールのＩＶ投与後の脳全体にわたって分布したロバストな発現を示す。図２３Ｃは、２匹のマーモセットからのプール内の８つのバリアント各々のＲＮＡバーコード発現についてのＮＧＳ定量を示すものであり、ＡＡＶ９と比較してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２のＲＮＡレベルの＞１２倍増加およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０についての＞５倍増加を含む、いくつかのバリアントについての劇的増加を示している。図２３Ｄは、様々な皮質領域および皮質下領域からの拡大撮影枠が、皮質、海馬および小脳を含むほとんどの脳領域にわたって有意かつ広範な形質導入を示すことを示す。図２３Ｅは、肝臓におけるＨＡタグについての対比染色を示すものであり、ウイルスプールからの少ない全体的な形質導入を明示している。ＮＧＳ定量は、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２がＡＡＶ９と同様のＲＮＡレベルに寄与し、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０の寄与が１／５未満である、肝臓からの相対的標的解除を示す。図２３Ｆは、心臓への形質導入が、バリアントのうちのいくつかについてＡＡＶ９から増加し、比較するとＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２がほぼ５倍多いＲＮＡに寄与することを示す。バリアントによる副腎皮質への形質導入は、ＡＡＶ９と比較して様々であった。肝臓形質導入についての分析のために２匹の動物から、および心臓および副腎皮質形質導入のために１匹の動物から、ＲＮＡを採取した。
【発明を実施するための形態】
【００６７】
開示の詳細な説明
対象に投与されたとき対象における標的細胞または環境（例えば、細胞型もしくは組織）への導入遺伝子の組込みに有用である、改変アデノ随伴（ＡＡＶ）ウイルスカプシドタンパク質組成物が、本明細書で提供される。本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質は、対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質におけるアミノ酸についての少なくとも１つの挿入または置換であって、参照ＡＡＶカプシドタンパク質、例えば対応する未改変親カプシドタンパク質、と比較して特異性の増加もしくは減少、または参照ＡＡＶカプシドタンパク質、例えば対応する未改変親カプシドタンパク質、と比較して導入遺伝子形質導入効率の向上もしくは低下などの、所望の指向性をもたらす、挿入または置換を含む。
【００６８】
ＡＡＶの最も一般的な操作ループは、それがＡＡＶ２のヘパラン硫酸結合部位であることおよびペプチド提示に適していることから、５８８ループである。ＡＡＶ９の唯一公知の受容体は、Ｎ結合型末端ガラクトースであるが、多くのことが、他のものが存在することを示唆している。ＡＡＶ９  ５８８ループの改変は、齧歯動物モデルにおいて対応する（correspond）親ＡＡＶカプシドタンパク質と比較して標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に関して特異性の増加および形質導入効率の向上をもたらすことが示されているが、これらの所望の指向性は、非ヒト霊長類モデルではそうとは言えず、その結果、ヒト疾患を処置するためのそれらの有用性は限られたものとなる。改変ＡＡＶカプシドタンパク質の非限定的な例としては、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ＳおよびＡＡＶ−ＰＨＰが挙げられる。
【００６９】
所望の指向性がヒト疾患の齧歯動物モデルと非ヒト霊長類モデルの両方において観察される、改変ＡＡＶカプシドタンパク質であって、対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質と比較して少なくとも１個のアミノ酸の挿入または置換を含み、挿入または置換が、ＡＡＶ９のアミノ酸４５５ループ（ＡＡ４５５ループ）に対応するループ内に存在する、改変ＡＡＶカプシドタンパク質が、本明細書で開示される。ＡＡ４５５ループは、カプシドの表面からの最も遠くへの突出であり、中和抗体結合に関係付けられている。ＡＡ４５５ループは、自然に、または５８８ループとの相互作用によるかのいずれかで、細胞表面受容体結合に有意な役割を果たすと考えられている。一部の場合には、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ５、ＡＡＶ９、または改変済みのＡＡＶ５もしくはＡＡＶ９（例えば、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂなど）である。
【００７０】
ＡＡＶ媒介導入遺伝子送達の最も一般的な方法は、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への直接注射による方法であり、これは、傷害または死亡のリスク、疼痛、ならびに侵襲性のより低い方法と比較してより高い費用をはじめとする多くの理由のため不利である。静脈内投与による以前のＡＡＶ媒介送達は、直接注射の必要がないが、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する特異性減少および導入効率低下という欠点があり、したがって、標的外形質導入事象が生じる結果となり、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境において十分な治療レベルに達するためにより多くのウイルス負荷量が必要となる。これは、ＡＡＶが、中枢神経系（ＣＮＳ）および肺の疾患または状態を処置するためになど、血液脳関門（ＢＢＢ）または上皮内層を横断して標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に到達しなければならない場合、特に明らかである。
【００７１】
導入遺伝子（例えば、治療用核酸）を含むウイルスベクターをカプシド内封入する本開示の改変ＡＡＶカプシドであって、参照ＡＡＶカプシドタンパク質、例えば対応する親カプシドタンパク質、と比較して特異性が増加し、形質導入効率が向上した改変ＡＡＶカプシドを全身投与するステップを含む方法が、本明細書で開示される。本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質は、齧歯動物モデルと非ヒト霊長類モデルの両方においてＢＢＢを横断することおよび特定の標的細胞型（例えば、ニューロン）に導入遺伝子を形質導入することができる。加えて、本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質は、一部の場合には、参照ＡＡＶカプシドタンパク質、例えば対応する親カプシドタンパク質、と比較して導入遺伝子形質導入効率が６０倍向上したことで、肺の細胞型（例えば、ＩＩ型上皮（ＡＴＩＩ）細胞）を標的とすることができる。本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質は、一部の場合には参照ＡＡＶカプシドタンパク質、例えば対応する親カプシドタンパク質、と比較して導入遺伝子形質導入効率が１００分の１に低下したことより、肝臓などの標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境を標的解除することができる。したがって、本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質は、ヒト疾患を処置するための導入遺伝子療法に好適である。
【００７２】
組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）ベクターに含有される導入遺伝子、および本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質によりカプシド内封入される導入遺伝子が、本明細書で開示される。本明細書で開示される導入遺伝子は、様々な目的のために、例えば、対象における疾患または状態を処置するために、対象に送達される。導入遺伝子は、標的遺伝子または遺伝子発現産物の活性または発現をモジュレートする遺伝子編集成分であり得る。あるいは、導入遺伝子は、それ自体の、別の標的遺伝子または遺伝子発現産物の、活性または発現のモジュレーションに有効である、治療用遺伝子発現産物をコードする遺伝子である。
【００７３】
改変ＡＡＶカプシドタンパク質と治療用核酸をコードする異種ポリヌクレオチドとを含むＡＡＶカプシドを含む組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）ビリオン、すなわちｒＡＡＶ粒子、を産生する方法も、提供される。改変カプシドタンパク質は、導入遺伝子をコードする（例えば、治療用核酸を含有する）異種ポリヌクレオチドと、改変ＡＡＶカプシドタンパク質を有するＡＡＶゲノムをコードする第１のプラスミドベクターと、改変カプシド構造の構築および改変カプシド内への導入遺伝子のパッケージングに必要とされる、ヘルパーウイルスタンパク質をコードする第２のプラスミドベクターとを、細胞（例えば、不死化幹細胞）に導入することによって産生される。構築されたｒＡＡＶ粒子を、当技術分野において公知の好適な方法を使用して細胞から単離および精製することができる。
【００７４】
本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質をコードする核酸配列を含むベクターも、本明細書で提供される。例えば、本開示のベクターは、２つのＡＡＶウイルス遺伝子、Ｒｅｐ（複製）、Ｃａｐ（カプシド）、をコードする核酸配列を含み、ウイルスカプシドタンパク質ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３をコードするＣａｐ遺伝子は、本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質を産生するように改変される。ベクターは、１つもしくは複数のＡＡＶ血清型（例えば、ＡＡＶ５、ＡＡＶ９）、またはバリアントＡＡＶ血清型（例えば、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂなど）からの、ウイルスゲノムを含み得る。
大要
【００７５】
組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）媒介遺伝子送達は、エピソーム異種核酸（例えば、導入遺伝子、治療用核酸）の核発現のためにＡＡＶウイルス形質導入機序を利用する。宿主ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に送達されると、ｒＡＡＶは、（１）標的細胞上の細胞表面受容体に結合または付着し、（２）エンドサイトーシスを受け、（３）核に輸送され、（４）ウイルスの外被が除去されてカプシド内封入された異種核酸を放出し、（５）核内での転写のための鋳型としての異種核酸を一本鎖から二本鎖ＤＮＡに変換し、（６）宿主細胞の核内でエピソーム異種核酸を転写（「形質導入」）する。特異性（標的細胞上の細胞表面受容体への結合）の増加および形質導入効率（宿主細胞内でのエピソーム異種核酸の転写）の向上を有するように操作されたｒＡＡＶは、遺伝子療法への応用に望ましい。
【００７６】
ＡＡＶカプシドは、ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３という３つのカプシドタンパク質モノマーで構成されている。これら３つのＶＰタンパク質の６０のコピーが比率１：１：１０で相互作用してウイルスカプシドを形成する。ＶＰ１は、約１３７アミノ酸Ｎ末端領域（ＶＰ１ｕ）に加えてＶＰ２タンパク質全体を包含し、ＶＰ２は、約６５アミノ酸Ｎ末端領域（ＶＰ１／２共通領域）に加えてＶＰ３全体を包含する。３つのカプシドタンパク質は、一部の場合にはアミノ酸２１７位で始まる領域（例えば、ＡＡ２１７〜７３６）である、ＶＰ３の保存アミノ酸配列を共有する。
【００７７】
ＡＡＶ  ＶＰ３構造は、全ての血清型に共通である高保存領域と、コア八本鎖β−バレルモチーフ（βＢ−βＩ）と、小さいα−ヘリックス（αＡ）とを含有する。β鎖間に挿入されたループ領域は、β鎖Ｈ〜Ｉ間の特徴的なＨＩループと、β鎖Ｄ〜Ｅ間のＤＥループと、ループの頂部を形成する９つの可変領域（ＶＲ）とからなる。これらのＶＲは、カプシド表面に見られ、受容体結合、形質導入および抗原特異性をはじめとするＡＡＶ生活環における特定の機能的役割に関連し得る。例えば、ＡＡ４５５ループは、カプシドの表面からの最も遠くへの突出であり、中和抗体結合に関係付けられており、自然に、または５８８ループとの相互作用によるかのいずれかで、細胞表面受容体結合に有意な役割を果たすと考えられている。
【００７８】
特定の細胞型、例えば脳細胞型、への導入についてより高い効率および特異性を特徴とする所望の指向性をもたらす改変ＡＡＶカプシドタンパク質をＡＡ４５５ループに含むＡＡＶカプシドを有する組換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）が、本明細書で開示される。特に、本明細書で開示される改変ＡＡＶカプシドは、異種遺伝子（例えば、導入遺伝子）のｒＡＡＶ媒介形質導入を可能にし、その上、他のものを標的解除することによって、肝臓などの末梢器官における標的外形質導入事象を防止する。特定の器官または環境、例えば、肺、腸、胃、心臓、筋肉、脂肪組織、脾臓、腎臓または生殖器（例えば、精巣もしくは卵巣）、への形質導入についてのより高い効率および特異性を特徴とする指向性をもたらす改変ＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶカプシドを有するｒＡＡＶも、本明細書で開示される。本明細書に記載のｒＡＡＶは、疾患の処置を含むがこれに限定されない広範な応用に有用である。
組成物
【００７９】
ｒＡＡＶカプシドおよびバリアントＡＡＶカプシドタンパク質
【００８０】
改変カプシドタンパク質（例えば、ＶＰ１、ＶＰ２、ＶＰ３）を用いて操作されるバリアントカプシドタンパク質（例えば、ｒＡＡＶカプシドタンパク質）を有する組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）が、本明細書で開示される。一部の実施形態では、本開示のｒＡＡＶカプシドタンパク質は、本開示の方法（例えば、Ｍ−ＣＲＥＡＴＥ）を使用して生成される。一部の実施形態では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、治療用核酸（例えば、導入遺伝子）を対象に送達する方法において使用される。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、それらをある特定の治療応用に、例えば、本明細書で開示されるものなどの対象における疾患または障害の処置に特に好適なものにする、所望のＡＡＶ指向性を有する。
【００８１】
ｒＡＡＶカプシドタンパク質、例えば表３〜４に示されるものは、対象へのｒＡＡＶの全身投与時に対象の血液脳関門（ＢＢＢ）へのおよびＢＢＢ経由の最適化侵入のために操作される。脳への治療用導入遺伝子の以前のＡＡＶ媒介送達方法は、頭蓋内注射を必要とした。頭蓋内注射は、対象を不快にさせ、一部の場合には対象に苦痛を与える、侵襲的手技である。例えば、頭蓋内注射は、脳の出血を引き起こすこともある。加えて、頭蓋内送達は、あまり拡散せず、非常に不均一である。表３〜４に示されるｒＡＡＶカプシドタンパク質は、頭蓋内注射の必要をなくす指向性を有し、その上、カプシド内封入された導入遺伝子の広範囲の効率的な形質導入も達成するように操作されている。特に、指向性は、対応する親ＡＡＶまたは参照ＡＡＶと比較して、対象の中枢神経系（ＣＮＳ）および／または対象の末梢神経系（ＰＮＳ）に関する特異性増加および効率（例えば、ウイルス形質導入の効率）向上のうちの少なくとも１つを含む。表１に示されるものなどの、本明細書で開示されるｒＡＡＶはまた、ある特定の末梢器官（例えば、肝臓）を標的解除することによって、標的外ウイルス形質導入を回避することができる。
【００８２】
対象体内の特定の器官または組織への標的化用に最適化されている操作されたカプシドタンパク質を有するｒＡＡＶも、本明細書で開示される。一部の実施形態では、器官は、心臓である。一部の実施形態では、器官は、肺である。一部の実施形態では、器官は、肝臓である。一部の実施形態では、器官は、腸である。一部の実施形態では、器官は、胃である。一部の実施形態では、器官は、脾臓である。一部の実施形態では、器官は、腎臓である。一部の実施形態では、組織は、脂肪（fat）（脂肪（adipose））である。一部の実施形態では、組織は、筋肉である。筋肉は、心筋であり得る。筋肉は、骨格筋であり得る。一部の実施形態では、器官は、膵臓である。一部の実施形態では、器官は、生殖器、例えば、精巣または卵巣である。さらなる実施形態では、本明細書で開示されるｒＡＡＶはまた、ある特定の末梢器官を標的解除することによって、標的外ウイルス形質導入を低減または回避することができる。非限定的な例では、本実施形態のｒＡＡＶ、表１は、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９）と比較して、脳（例えば、標的環境）に関しては特異性および形質導入の増加を有し、肝臓（例えば、標的外環境）に関しては非常に低い形質導入効率を有し、特異性を有さない。
【００８３】
本明細書に記載の操作されたＡＡＶカプシドタンパク質は、一部の場合には、挿入または置換のアミノ酸位置で親ＡＡＶカプシドタンパク質にとって異種であるアミノ酸の挿入または置換を有する。一部の実施形態では、アミノ酸は、挿入または置換のアミノ酸位置で親ＡＡＶカプシドタンパク質にとって内因性でない。アミノ酸は、異なるＡＡＶカプシドタンパク質における挿入または置換（the  insertion  of  the  substitution）と同じまたは同等のアミノ酸位置に天然に存在するアミノ酸であることもある。
【００８４】
一般に、挿入または置換は、親ＡＡＶカプシドタンパク質の４５５ループおいて挿入または置換される、５、６または７アミノ酸ポリマー（それぞれ、５−ｍｅｒ、６−ｍｅｒ、または７−ｍｅｒ）を含む。７個のアミノ酸の各々がデオキシリボース核酸（ＤＮＡ）配列Ｎ−Ｎ−Ｋによりコードされる、本明細書に記載の７−ｍｅｒは、縮重プライマーを用いてポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して有利に生成された。「Ｎ」は、４個のＤＮＡヌクレオチドのいずれかであり、Ｋは、グアニン（Ｇ）またはチミン（Ｔ）である。ランダム７−ｍｅｒアミノ酸配列を生成するこの方法は、タンパク質レベルで１２億８０００万の可能な組合せを可能にする。生じる７−ｍｅｒはランダムであるので、７−ｍｅｒ中の一部のアミノ酸は、ＡＡＣカプシドタンパク質のアミノ酸位置に天然に存在することがあり、その一方で他のアミノ酸は異なることがある。
【００８５】
各々が、特有の７−ｍｅｒを４５５ループに有し、各々が、複数のトランスジェニック動物に全身投与されたときにトランスジェニック動物の標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境にレポーター遺伝子を有効に形質導入する配列の選択的増幅および回収を可能にするレポーター遺伝子をカプシド内封入している、組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）を生成した。標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境（例えば、中枢神経系、肺）において正の富化が見出され、標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境（例えば、肝臓）において負の富化が見出された７−ｍｅｒが、本明細書で提供される。「富化」は、トランスジェニック動物に投与したウイルスライブラリー内のその保有率と比較したｉｎ  ｖｉｖｏ環境の組織内の所与の７−ｍｅｒの保有率である。０より高い富化スコアは、正の富化を示す。０未満の富化スコアは、負の富化を示す。０の富化スコアは、そのバリアントが組織内に存在しないことを示す。所望の富化プロファイルを有するｒＡＡＶのサブセットをｉｎ  ｖｉｖｏで個々に試験して、正確な全身的発現（例えば、特異性および形質導入効率）を判定した。特異性の増加および一部の場合には形質導入効率の向上を含む、所望の指向性を呈するこのサブセットからのｒＡＡＶは、多種多様な目的（例えば、治療、診断、科学的発見）に有用な、標的化ｒＡＡＶ媒介導入遺伝子送達に比類なく適していると考えられる。
【００８６】
本明細書に記載の７−ｍｅｒ挿入または置換を有するｒＡＡＶ粒子は、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境（例えば、組織または細胞型）への形質導入効率の向上を有する。一部の事例では、形質導入効率の向上は、参照ＡＡＶ、例えば、対応する親カプシドタンパク質と比較して、１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２１倍、２２倍、２３倍、２４倍、２５倍、２６倍、２７倍、２８倍、２９倍、３０倍、３１倍、３２倍、３３倍、３４倍、３５倍、３６倍、３７倍、３８倍、３９倍、４０倍、４１倍、４２倍、４３倍、４４倍、４５倍、４６倍、４７倍、４８倍、４９倍、５０倍、７５倍もしくは１００倍またはそれを超える向上を含む。一部の事例では、形質導入効率の向上は、少なくとも３０倍である。一部の事例では、形質導入効率の向上は、少なくとも４０倍である。一部の事例では、形質導入効率の向上は、少なくとも５０倍である。一部の事例では、形質導入効率の向上は、少なくとも６０倍である。一部の事例では、形質導入効率の向上は、少なくとも８０倍である。一部の事例では、形質導入効率の向上は、少なくとも９０倍である。一部の事例では、形質導入効率の向上は、少なくとも１００倍である。
【００８７】
本明細書に記載の７−ｍｅｒ挿入または置換を有するｒＡＡＶ粒子は、標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境（例えば、組織または細胞型）への形質導入効率の低下を有する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、参照ＡＡＶ、例えば、対応する親カプシドタンパク質と比較して、１分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、１１分の１、１２分の１、１３分の１、１４分の１、１５分の１、１６分の１、１７分の１、１８分の１、１９分の１、２０分の１、２１分の１、２２分の１、２３分の１、２４分の１、２５分の１、２６分の１、２７分の１、２８分の１、２９分の１、３０分の１、３１分の１、３２分の１、３３分の１、３４分の１、３５分の１、３６分の１、３７分の１、３８分の１、３９分の１、４０分の１、４１分の１、４２分の１、４３分の１、４４分の１、４５分の１、４６分の１、４７分の１、４８分の１、４９分の１、５０分の１、７５分の１もしくは１００分の１またはそれ未満に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも２０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも３０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも４０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、５０分の１以下に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも６０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも８０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも９０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも１００分の１に低下する。
【００８８】
本明細書に記載の７−ｍｅｒ挿入または置換を有するｒＡＡＶ粒子は、参照ＡＡＶ、例えば、対応する親カプシドタンパク質と比較して、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境（例えば、組織または細胞型）に関して特異性の増加または減少を有する。ｒＡＡＶが、参照ＡＡＶよりも標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対して大きい特異性を有するのか、小さい特異性を有するのかを検出することは、対象における標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境から得られた組織試料中のｒＡＡＶによりカプシド内封入された異種核酸から発現された遺伝子発現産物（例えば、ＲＮＡまたはタンパク質）のレベルを測定すること、および測定されたレベルを参照レベル（例えば、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９）によりカプシド内封入された異種核酸から発現された遺伝子発現産物）と比較することを含む。遺伝子発現産物の発現の測定に好適な方法：ルシフェラーゼレポーターアッセイおよび定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）。
【００８９】
特異性の増加は、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境における富化の増加と相関し、この富化は、一部の場合には本明細書の図２〜１４に示される富化スコアで表される。非限定的な例として、参照ＡＡＶ９と比較して脳では正に富化されること（おおよそ０．９５０の富化スコア）および肝臓では富化されないこと（約０の富化スコア）が本明細書で示されるＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０（配列番号３９４３；ＤＧＡＡＴＫＮ）はまた、参照ＡＡＶ９と比較して脳ではレポーター遺伝子発現（例えば、ルシフェラーゼレポーターアッセイにより測定される）の増加を呈し、肝臓では示さなかった。特定の理論により拘束されるものではないが、本開示の発明者は、本明細書で開示される全てのｒＡＡＶについてこの相関が見られると予想し、さらに、富化スコアは（負であろうと、正であろうと）、有意性が高いほど、ｉｎ  ｖｉｖｏ環境（複数可）での遺伝子発現産物の測定レベルにより示されるｉｎ  ｖｉｖｏ環境（複数可）に対する有意性の高い特異性と相関し得ると予想するはずである。
【００９０】
本明細書で開示される場合の形質導入効率は、（１）本明細書で開示される改変ＡＡＶカプシドタンパク質によりカプシド内封入された異種核酸を発現する標的ｉｎ  ｖｉｖｏまたは標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境内の細胞の数、および（２）単一細胞内の異種核酸の発現の量の少なくとも一方により測定され得る。参照ＡＡＶと比較して、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境へのｒＡＡＶ媒介形質導入についての存在またはレベルの増加が観察された場合、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する特異性が推測され得る。参照ＡＡＶと比較して、標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境へのｒＡＡＶ媒介形質導入についての非存在またはレベルの低下が観察された場合、標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する特異性の欠如または低減が推測され得る。
【００９１】
天然ＡＡＶ血清型は、様々な組織および器官に対して明確に区別できる指向性を呈することが示されている。本開示のｒＡＡＶ粒子は、改変（例えば、キメラ）ＡＡＶ９カプシドを含む。ＡＡＶ９は、ＡＡＶ血清型１〜８と比較して中枢神経系（ＣＮＳ）、肺、心臓、肝臓、筋肉および精巣に対して強い指向性を呈することが示されている。マウスにおいて尾静脈注射によって静脈内投与されたＡＡＶ血清型１〜９の直接比較では、ＡＡＶ９は、ＡＡＶ血清型１〜８と比較して肝臓、肺、筋肉、脳、精巣および心臓に対するウイルス形質導入について特異性の増加を呈する。加えて、ＡＡＶ９は、ＡＡＶ血清型１〜８と比較して肝臓、筋肉、脳および心臓への高い形質導入効率レベルを呈する。しかし、本明細書で開示される７−ｍｅｒは、ＡＡＶ９以外のＡＡＶ血清型、例えばＡＡＶ２またはＡＡＶ８、からのカプシドタンパク質に組み込むことができる。
【００９２】
肝臓に対して特異的な指向性を有する、ＡＡＶ９などの天然ＡＡＶ血清型からのＡＡＶカプシドタンパク質は、自然免疫応答を活性化し、これは、一部の場合には（which  is  come  cases）、対象において多臓器不全につながることもある重篤な炎症応答を引き起こす。標的ｉｎ  ｖｉｖｏ組織（例えば、脳）に対する天然ＡＡＶ血清型の形質導入効率を改善し、肝臓に対するＡＡＶカプシドタンパク質の特異性を減少させることにより、本開示のｒＡＡＶ粒子は、ＡＡＶ媒介導入遺伝子送達の免疫原性の特性を低下させ、自然免疫応答の活性化を防止する。
【００９３】
ｒＡＡＶは、キメラＡＡＶカプシドを含み得る。「キメラ」ＡＡＶカプシドは、外因性アミノ酸またはアミノ酸配列（例えば、７−ｍｅｒ置換）を有するカプシドを指す。ｒＡＡＶは、モザイクＡＡＶカプシドを含み得る。「モザイク」ＡＡＶカプシドは、異なるＡＡＶ血清型に各々が由来する２つまたはそれより多くのカプシドタンパク質またはポリペプチドで構成されているカプシドを指す。ｒＡＡＶは、カプシド転換の結果であることもあり、カプシド転換は、一部の場合には第１の血清型からの逆方向末端反復（ＩＴＲ）の第２の血清型のカプシドへのパッケージングを指し、この場合の第１の血清型と第２の血清型は同じでない。一部の場合には、親ＡＡＶ血清型のカプシド遺伝子は偽型であり、これは、第１のＡＡＶ血清型（例えば、ＡＡＶ２）からのＩＴＲが第２のＡＡＶ血清型（例えば、ＡＡＶ９）からのカプシド内で使用されていることを意味し、この場合の第１のＡＡＶ血清型と第２のＡＡＶ血清型は同じでない。非限定的な例として、ＡＡＶ２  ＩＴＲとＡＡＶ９カプシドタンパク質とを含む偽型ＡＡＶ血清型は、ＡＡＶ２／９と示されることもある。ｒＡＡＶは、外因性リガンド結合部分（例えば、受容体）または改変されている天然受容体を発現するように操作されたカプシドを、加えてまたは代替的に、含み得る。例えば、本明細書に記載の７−ｍｅｒ置換は、特定の細胞表面抗原に対する特異性増加をもたらすように親ＡＡＶのリガンド結合機能を変更することができる。
【００９４】
一部の場合には、本明細書で開示される参照ＡＡＶは、ＣＮＳ、肺、心臓、肝臓、筋肉および精巣に対して強い指向性を有する天然ＡＡＶの最良の比較を提供するので、ＡＡＶ９である。しかし、参照ＡＡＶは、いずれの血清型であってもよく、例えば、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、またはそのバリアントからなる群から選択される血清型であってもよい。例えば、参照ＡＡＶは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ、およびＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｓからなる群から選択される血清型を有することができる。多くの事例では、参照ＡＡＶは、親ＡＡＶ、例えば、対応する未改変ＡＡＶであってバリアントＡＡＶがそれから操作された対応する未改変ＡＡＶである。
【００９５】
本開示のｒＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列における１個または複数のアミノ酸の置換を含む。ＡＡＶカプシドタンパク質であって、本開示の操作されたＡＡＶカプシドタンパク質がそれから産生されるＡＡＶカプシドタンパク質は、「親」ＡＡＶカプシドタンパク質、または「対応する未改変カプシドタンパク質」と呼ばれる。一部の場合には、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ｒＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１およびＡＡＶ１２からなる群から選択される血清型を有する。ＡＡＶ−１の完全ゲノムは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＣ＿００２０７７に示されており、ＡＡＶ−２の完全ゲノムは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＣ＿００１４０１およびSrivastava  et  al.,  J.  Virol.,  45:  555-564  (1983)に示されており、ＡＡＶ−３の完全ゲノムは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＣ＿１８２９に示されており、ＡＡＶ−４の完全ゲノムは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＣ＿００１８２９に示されており、ＡＡＶ−５ゲノムは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＦ０８５７１６に示されており、ＡＡＶ−６の完全ゲノムは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＣ＿００  １８６２に示されており、ＡＡＶ−７およびＡＡＶ−８ゲノムの少なくとも部分は、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＸ７５３２４６およびＡＸ７５３２４９でそれぞれ提供されており、ＡＡＶ−９ゲノムは、Gao  et  al.,  J.  Virol.,  78:  6381-6388  (2004)に示されており、ＡＡＶ−１０ゲノムは、Mol.  Ther.,  13(1):  67-76  (2006)に示されており、ＡＡＶ−１１ゲノムは、Virology,  330(2):  375-383  (2004)に示されており、ＡＡＶ−１２ゲノムの部分は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＤＱ８１３６４７に示されており、ＡＡＶ−１３ゲノムの部分は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＥＵ２８５５６２に示されている。
【００９６】
一部の場合には、親ＡＡＶは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１およびＡＡＶ１２からなる群から選択される血清型を有するＡＡＶに由来する。言い換えれば、親ＡＡＶは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１またはＡＡＶ１２のバリアントである。ＡＡＶバリアントとは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１またはＡＡＶ１２に対して７０％のまたはそれより高い配列同一性、例えば、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１およびＡＡＶ１２に対して８０％、８５％もしくは９０％のまたはそれより高い、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％のまたはそれより高い、一部の事例では９６％、９７％、９８％または９９％の配列同一性を有する、ＡＡＶを意味する。バリアントは、例えば、ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列内に異種アミノ酸または異種アミノ酸配列を含むＡＡＶを含み得る。異種アミノ酸は、異なるＡＡＶカプシドタンパク質中に天然に存在することもある。一部の事例では、親ＡＡＶカプシドは、ＵＳ２０１９／００５５５７８、ＵＳ２０１８／０２３０４８９、ＵＳ２０１７／００６７９０８、ＵＳ２０１９／００４８０４１、ＵＳ９５８５９７１、またはＵＳ２０１７／０１６６９２６に記載されており、これらの特許文献の全ては、それら全体が本明細書に組み込まれる。
【００９７】
一部の事例では、親ＡＡＶは、ＡＡＶ９である。一部の事例では、ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号１を含む。一部の事例では、親ＡＡＶカプシドタンパク質配列は、配列番号１と、または配列番号１の一部と、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％相同である。一部の事例では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１に示される全ＶＰ１領域（例えば、アミノ酸１〜７３６）を含む。一部の事例では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３  ＡＡＶ９カプシドタンパク質に見出される共通領域である、配列番号１のアミノ酸２１７〜７３６を含む。一部の事例では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＶＰ１およびＶＰ２に見出される共通領域である、配列番号１のアミノ酸６４〜７３６を含む。親ＡＡＶカプシドタンパク質配列は、配列番号１からの１〜７３６、１０〜７３６、２０〜７３６、３０〜７３６、４０〜７３６、５０〜７３６、６０〜７３６、７０〜７３６、８０〜７３６、９０〜７３６、１００〜７３６、１１０〜７３６、１２０〜７３６、１３０〜７３６、１４０〜７３６、１５０〜７３６、１６０〜７３６、１７０〜７３６、１８０〜７３６、１９０〜７３６、２００〜７３６、２１０〜７３６、２２０〜７３６、２３０〜７３６、２４０〜７３６、２５０〜７３６、２６０〜７３６、２７０〜７３６、２８０〜７３６、２９０〜７３６、３００〜７３６、３１０〜７３６、３２０〜７３６、３３０〜７３６、３４０〜７３６、３５０〜７３６、３６０〜７３６、３７０〜７３６、３８０〜７３６、３９０〜７３６、４００〜７３６、４１０〜７３６、４２０〜７３６、４３０〜７３６、４４０〜７３６、および４５０〜７３６からなる群から選択されるアミノ酸を含み得る。
【００９８】
一部の事例では、親ＡＡＶは、ＡＡＶ５である。一部の事例では、ＡＡＶ５カプシドタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号２を含む。一部の事例では、親ＡＡＶカプシドタンパク質配列は、配列番号２と、または配列番号２の一部と、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％相同である。親ＡＡＶカプシドタンパク質配列は、配列番号２の１〜７２４、１０〜７２４、２０〜７２４、３０〜７２４、４０〜７２４、５０〜７２４、６０〜７２４、７０〜７２４、８０〜７２４、９０〜７２４、１００〜７２４、１１０〜７２４、１２０〜７２４、１３０〜７２４、１４０〜７２４、１５０〜７２４、１６０〜７２４、１７０〜７２４、１８０〜７２４、１９０〜７２４、２００〜７２４、２１０〜７２４、２２０〜７２４、２３０〜７２４、２４０〜７２４、２５０〜７２４、２６０〜７２４、２７０〜７２４、２８０〜７２４、２９０〜７２４、３００〜７２４、３１０〜７２４、３２０〜７２４、３３０〜７２４、３４０〜７２４、３５０〜７２４、３６０〜７２４、３７０〜７２４、３８０〜７２４、３９０〜７２４、４００〜７２４、４１０〜７２４、４２０〜７２４、４３０〜７２４、４４０〜７２４、および４５０〜７２４からなる群から選択されるアミノ酸を含み得る。
【００９９】
一部の事例では、親ＡＡＶは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂである。一部の事例では、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂカプシドタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号３を含む。一部の事例では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号３と、または配列番号３の一部と、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％相同である。親ＡＡＶカプシドタンパク質配列は、配列番号３の１〜７４３、１０〜７４３、２０〜７４３、３０〜７４３、４０〜７４３、５０〜７４３、６０〜７４３、７０〜７４３、８０〜７４３、９０〜７４３、１００〜７４３、１１０〜７４３、１２０〜７４３、１３０〜７４３、１４０〜７４３、１５０〜７４３、１６０〜７４３、１７０〜７４３、１８０〜７４３、１９０〜７４３、２００〜７４３、２１０〜７４３、２２０〜７４３、２３０〜７４３、２４０〜７４３、２５０〜７４３、２６０〜７４３、２７０〜７４３、２８０〜７４３、２９０〜７４３、３００〜７４３、３１０〜７４３、３２０〜７４３、３３０〜７４３、３４０〜７４３、３５０〜７４３、３６０〜７４３、３７０〜７４３、３８０〜７４３、３９０〜７４３、４００〜７４３、４１０〜７４３、４２０〜７４３、４３０〜７４３、４４０〜７４３、および４５０〜７４３からなる群から選択されるアミノ酸を含み得る。
【０１００】
一部の事例では、親ＡＡＶは、ＡＡＶ．ＰＨＰ．Ｓである。一部の事例では、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｓカプシドタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号４を含む。一部の事例では、親カプシドタンパクは、配列番号４と、または配列番号４の一部と、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％相同である。親ＡＡＶカプシドタンパク質配列は、配列番号４の１〜７４３、１０〜７４３、２０〜７４３、３０〜７４３、４０〜７４３、５０〜７４３、６０〜７４３、７０〜７４３、８０〜７４３、９０〜７４３、１００〜７４３、１１０〜７４３、１２０〜７４３、１３０〜７４３、１４０〜７４３、１５０〜７４３、１６０〜７４３、１７０〜７４３、１８０〜７４３、１９０〜７４３、２００〜７４３、２１０〜７４３、２２０〜７４３、２３０〜７４３、２４０〜７４３、２５０〜７４３、２６０〜７４３、２７０〜７４３、２８０〜７４３、２９０〜７４３、３００〜７４３、３１０〜７４３、３２０〜７４３、３３０〜７４３、３４０〜７４３、３５０〜７４３、３６０〜７４３、３７０〜７４３、３８０〜７４３、３９０〜７４３、４００〜７４３、４１０〜７４３、４２０〜７４３、４３０〜７４３、４４０〜７４３、および４５０〜７４３からなる群から選択されるアミノ酸を含み得る。
【０１０１】
一部の事例では、親ＡＡＶは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢである。一部の事例では、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢカプシドタンパク質のアミノ酸配列は、配列番号５を含む。一部の事例では、ＡＡＶ親カプシドタンパク質は、配列番号５と、または配列番号５の一部と、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％相同である。親ＡＡＶカプシドタンパク質配列は、配列番号５の１〜７４３、１０〜７４３、２０〜７４３、３０〜７４３、４０〜７４３、５０〜７４３、６０〜７４３、７０〜７４３、８０〜７４３、９０〜７４３、１００〜７４３、１１０〜７４３、１２０〜７４３、１３０〜７４３、１４０〜７４３、１５０〜７４３、１６０〜７４３、１７０〜７４３、１８０〜７４３、１９０〜７４３、２００〜７４３、２１０〜７４３、２２０〜７４３、２３０〜７４３、２４０〜７４３、２５０〜７４３、２６０〜７４３、２７０〜７４３、２８０〜７４３、２９０〜７４３、３００〜７４３、３１０〜７４３、３２０〜７４３、３３０〜７４３、３４０〜７４３、３５０〜７４３、３６０〜７４３、３７０〜７４３、３８０〜７４３、３９０〜７４３、４００〜７４３、４１０〜７４３、４２０〜７４３、４３０〜７４３、４４０〜７４３、および４５０〜７４３からなる群から選択されるアミノ酸を含み得る。
【０１０２】
一部の事例では、挿入は、ＡＡＶ９内の４５２〜４５８（ＶＰ１番号付け）から選択されるいずれか１つのアミノ酸位置、またはそのバリアント中の同等のアミノ酸位置の後に導入される。ＡＡＶ９（ＶＰ１）のアミノ酸配列は、配列番号１に示される。一部の事例では、置換は、ＡＡＶ９内の４５２〜４５８（ＶＰ１番号付け）から選択されるいずれか１つのアミノ酸位置、またはそのバリアント中の同等のアミノ酸位置におけるアミノ酸の置換である。一部の事例では、置換は、アミノ酸４５２位におけるアミノ酸の置換である。一部の事例では、置換は、アミノ酸４５３位におけるアミノ酸の置換である。一部の事例では、置換は、アミノ酸４５４位におけるアミノ酸の置換である。一部の事例では、置換は、アミノ酸４５５位におけるアミノ酸の置換である。一部の事例では、置換は、アミノ酸４５６位におけるアミノ酸の置換である。一部の事例では、置換は、アミノ酸４５７位におけるアミノ酸の置換である。一部の事例では、置換は、アミノ酸４５８位におけるアミノ酸の置換である。一部の事例では、置換は、１個のアミノ酸の置換を含む。一部の事例では、置換は、２個のアミノ酸の置換を含む。一部の事例では、置換は、３個のアミノ酸の置換を含む。一部の事例では、置換は、４個のアミノ酸の置換を含む。一部の事例では、置換は、５個のアミノ酸の置換を含む。一部の事例では、置換は、６個のアミノ酸の置換を含む。一部の事例では、置換は、７個のアミノ酸の置換を含む。２個またはそれより多くのアミノ酸の置換または挿入は、連続していることがある。２個またはそれより多くのアミノ酸の置換または挿入は、連続していないことがある。
【０１０３】
配列番号１（ＡＡＶ９）、配列番号３（ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ）、配列番号４（ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｓ）および配列番号５（ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ）内のＶＰ１番号付けに従って４５２〜４５８位におけるアミノ酸は、「ＮＧＳＧＱＮＱ」（配列番号５４５）と示される。一部の事例では、配列番号２（ＡＡＶ５）内の４５２〜４５８位におけるアミノ酸は、「ＮＬＡＧＲＹＡ」（配列番号４５４７８）により示される。一部の事例では、置換は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸位置Ｎ４５２、Ｇ４５３、Ｓ４５４、Ｇ４５５、Ｑ４５６、Ｎ４５７もしくはＱ４５８またはこれらの組合せにある。一部の事例では、置換は、ＡＡＶ５カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸位置Ｎ４５２、Ｌ４５３、Ａ４５４、Ｇ４５５、Ｇ４５５、Ｒ４５６、Ｙ４５７もしくはＡ４５８またはこれらの組合せである。一部の事例では、置換されるアミノ酸（複数可）は、アミノ酸４５２〜４５３に位置し、４５２および４５３位の置換アミノ酸を含み得る。一部の事例では、２個のアミノ酸が、４５２〜４５３、４５３〜４５５、４５５〜４５６、４５６〜４５７および４５７〜４５８からなる群から選択されるアミノ酸位置において置換されている。一部の事例では、３個のアミノ酸が、４５２〜４５４、４５３〜４５５、４５４〜４５６、４５５〜４５７および４５６〜４５８からなる群から選択されるアミノ酸位置において置換されている。一部の事例では、４個のアミノ酸が、４５２〜４５５、４５２〜４５６、４５３〜４５７、４５４〜４５８からなる群から選択されるアミノ酸位置において置換されている。一部の事例では、５個のアミノ酸が、４５２〜４５６、４５３〜４５７および４５４〜４５８からなる群から選択されるアミノ酸位置において置換されている。一部の事例では、６個のアミノ酸が、アミノ酸４５２〜４５７または４５３〜４５８位において置換されている。一部の事例では、７個のアミノ酸が、アミノ酸４５２〜４５８位において置換されている。
【０１０４】
本明細書に記載のｒＡＡＶカプシドタンパク質を単離および精製することができる。ＡＡＶは、当技術分野において標準的な方法により、例えば、カラムクロマトグラフィーまたは塩化セシウム勾配により単離および精製することができる。ヘルパーウイルスからＡＡＶを精製する方法は、当技術分野において公知であり、例えば、Clark  et  al.,  Hum.  Gene  Ther.,  10(6):  1031-1039  (1999)；Schenpp  and  Clark,  Methods  Mol.  Med.,  69:  427-443  (2002)；米国特許第６，５６６，１１８号およびＷＯ９８／０９６５７において開示されている方法を含み得る。
【０１０５】
ｒＡＡＶカプシドタンパク質をナノ粒子、第２の分子、またはウイルスカプシドタンパク質にコンジュゲートすることができる。一部の場合には、ナノ粒子またはウイルスカプシドタンパク質は、本明細書に記載の治療用核酸をカプシド内封入する。一部の事例では、第２の分子は、治療剤、例えば、小分子、抗体、抗原結合性断片、ペプチドまたはタンパク質、例えば本明細書に記載のものである。一部の事例では、第２の分子は、検出可能な部分である。例えば、検出可能な部分にコンジュゲートされた改変ＡＡＶカプシドタンパク質は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏでの生物医学研究への応用に使用することができ、検出可能な部分を使用して改変カプシドタンパク質を可視化することができる。検出可能な部分にコンジュゲートされた改変ＡＡＶカプシドタンパク質を診断目的で使用することもできる。
【０１０６】
中枢神経系を標的とするｒＡＡＶカプシドタンパク質
【０１０７】
対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質中の上記のアミノ酸位置における少なくとも１個のアミノ酸の置換または挿入を特徴とする所望の指向性を有するバリアントカプシドタンパク質を有する組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）が、本明細書で開示される。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、対象における標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する特異性増加をはじめとする所望の指向性を有する。一部の事例では、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、中枢神経系（ＣＮＳ）または末梢神経系（ＰＮＳ）を含む。本明細書に記載のｒＡＡＶカプシドタンパク質の指向性の多くの利点のうちの１つは、ＣＮＳを標的とし、血液脳関門（ＢＢＢ）を透過するそれらの能力である。一部の事例では、所望の指向性は、対応する親ＡＡＶカプシドタンパク質の指向性と比較して、標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する特異性減少をさらに含む。一部の事例では、標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、肝臓などの末梢器官を含む。本明細書に記載のｒＡＡＶカプシドタンパク質のもう１つの利点は、肝臓における異種核酸の発現を回避するそれらの能力であり、それによって肝臓毒性、および治療有効性に必要とされるウイルス投与量が低減される。
【０１０８】
ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、細胞であり得る。細胞は、中枢神経系（ＣＮＳ）細胞および末梢神経系（ＰＮＳ）細胞からなる群から選択される細胞型であり得る。ＣＮＳ細胞の非限定的な例としては、ニューロンおよびグリア細胞が挙げられる。グリア細胞は、乏突起膠細胞、上衣細胞および星状膠細胞からなる群から選択することができる。ＰＮＳ細胞の非限定的な例としては、ニューロンおよびグリア細胞が挙げられる。グリア細胞は、シュワン細胞、衛星細胞および腸管グリア細胞からなる群から選択することができる。
【０１０９】
ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、組織、例えば、器官または器官系からの組織であり得る。器官は、脳または脊髄であり得る。組織は、例えば、大脳、小脳、脳幹、皮質、線条体、視床、側脳室、被殻、視床下部、髄質、橋、海馬、扁桃体、運動皮質、またはこれらの組合せなどの、器官の領域であり得る。
【０１１０】
参照ＡＡＶと比較して対象のＣＮＳまたはＰＮＳに対する特異性増加および／または形質導入効率向上をもたらすアミノ酸配列を含むｒＡＡＶカプシドタンパク質が、本明細書で開示される。一部の事例では、アミノ酸配列はまた、参照ＡＡＶと比較して、末梢器官（例えば、肝臓）に対する特異性減少または形質導入効率低下をもたらす。アミノ酸配列は、一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、親ＡＡＶ）のアミノ酸配列の４５２、４５３、４５４、４５５、４５６、４５７および４５８からなる群から選択されるアミノ酸位置に少なくとも１個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、親ＡＡＶは、ＡＡＶ９またはそのバリアントである。
【０１１１】
参照ＡＡＶと比較してＣＮＳまたはＰＮＳに対する特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶカプシドタンパク質であって、アミノ酸（Ｘ１）を含み、Ｘ１がＡ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴである、ｒＡＡＶカプシドタンパク質が、本明細書で提供される。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、少なくとも２個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、少なくとも３個のアミノを含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、少なくとも４個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ  Ｑ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、少なくとも５個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ  Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ５は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、少なくとも６個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ  Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ５は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ６は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶである。ｒＡＡＶは、少なくとも７個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ  Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ５は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ６は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ７は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶである。
【０１１２】
参照ＡＡＶと比較してＣＮＳまたはＰＮＳに対する特異性増加および／または形質導入効率向上、ならびに参照ＡＡＶと比較して末梢器官（例えば、肝臓）に対する特異性減少および／または形質導入効率低下を有する、ｒＡＡＶカプシドタンパク質が、本明細書で提供される。ｒＡＡＶは、一部の場合には、アミノ酸（Ｘ１）を含み、Ｘ１は、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｎ、Ｓ、Ｈ、Ｌ、ＥまたはＱである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、少なくとも２個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｎ、Ｓ、Ｈ、Ｌ、ＥまたはＱであり、Ｘ２は、Ａ、Ｉ、Ｔ、Ｐ、Ｎ、Ｒ、Ｔ、Ｇ、Ｓ、Ｋ、ＨまたはＱである。ｒＡＡＶは、少なくとも３個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｎ、Ｓ、Ｈ、Ｌ、ＥまたはＱであり、Ｘ２は、Ａ、Ｉ、Ｔ、Ｐ、Ｎ、Ｒ、Ｔ、Ｇ、Ｓ、Ｋ、ＨまたはＱであり、Ｘ３は、Ｓ、Ｎ、Ｄ、Ａ、Ｔ、Ｈ、Ｋ、Ｑである。ｒＡＡＶは、少なくとも４個のアミノ酸を含むことができる。一部の実施形態では、Ｘ１は、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｎ、Ｓ、Ｈ、Ｌ、ＥまたはＱであり、Ｘ２は、Ａ、Ｉ、Ｔ、Ｐ、Ｎ、Ｒ、Ｔ、Ｇ、Ｓ、Ｋ、ＨまたはＱであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｄ、Ａ、Ｔ、Ｈ、Ｋ、Ｑであり、Ｘ４は、Ｎ、Ｇ、Ｔ、Ｓ、Ｄ、Ｐ、Ｒ、ＴまたはＱである。ｒＡＡＶは、少なくとも５個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｎ、Ｓ、Ｈ、Ｌ、ＥまたはＱであり、Ｘ２は、Ａ、Ｉ、Ｔ、Ｐ、Ｎ、Ｒ、Ｔ、Ｇ、Ｓ、Ｋ、ＨまたはＱであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｄ、Ａ、Ｔ、Ｈ、Ｋ、Ｑであり、Ｘ４は、Ｎ、Ｇ、Ｔ、Ｓ、Ｄ、Ｐ、Ｒ、ＴまたはＱであり、Ｘ５は、Ｓ、Ｋ、Ｐ、Ｔ、Ｇ、Ｄ、Ｐ、ＮまたはＶである。ｒＡＡＶは、少なくとも６個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｎ、Ｓ、Ｈ、Ｌ、ＥまたはＱであり、Ｘ２は、Ａ、Ｉ、Ｔ、Ｐ、Ｎ、Ｒ、Ｔ、Ｇ、Ｓ、Ｋ、ＨまたはＱであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｄ、Ａ、Ｔ、Ｈ、Ｋ、Ｑであり、Ｘ４は、Ｎ、Ｇ、Ｔ、Ｓ、Ｄ、Ｐ、Ｒ、ＴまたはＱであり、Ｘ５は、Ｓ、Ｋ、Ｐ、Ｔ、Ｇ、Ｄ、Ｐ、ＮまたはＶであり、Ｘ６は、Ｔ、Ａ、Ｒ、Ｓ、Ｎ、Ｇ、Ｄ、ＰまたはＶである。ｒＡＡＶは、少なくとも７個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ｇ、Ａ、Ｖ、Ｎ、Ｓ、Ｈ、Ｌ、ＥまたはＱであり、Ｘ２は、Ａ、Ｉ、Ｔ、Ｐ、Ｎ、Ｒ、Ｔ、Ｇ、Ｓ、Ｋ、ＨまたはＱであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｄ、Ａ、Ｔ、Ｈ、Ｋ、Ｑであり、Ｘ４は、Ｎ、Ｇ、Ｔ、Ｓ、Ｄ、Ｐ、Ｒ、ＴまたはＱであり、Ｘ５は、Ｓ、Ｋ、Ｐ、Ｔ、Ｇ、Ｄ、Ｐ、ＮまたはＶであり、Ｘ６は、Ｔ、Ａ、Ｒ、Ｓ、Ｎ、Ｇ、Ｄ、ＰまたはＶであり、Ｘ７は、Ｇ、Ｎ、Ｓ、Ｌ、Ａ、Ｅ、ＫまたはＱである。
【０１１３】
一部の場合、ｒＡＡＶは、一部の場合にはアミノ酸（Ｘ１）を含み、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶである。ｒＡＡＶは、少なくとも２個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ２は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶである。ｒＡＡＶは、少なくとも３個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ２は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶである。ｒＡＡＶは、少なくとも４個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ２は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、少なくとも５個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ２は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ５は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、少なくとも６個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ２は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ５は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、ＴまたはＶである。ｒＡＡＶは、少なくとも７個のアミノ酸を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｍ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ２は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ５は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ６は、Ａ、Ｄ、Ｅ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ７は、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、Ｓ、ＴまたはＶである。
【０１１４】
一部の場合には、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７は、連続している（Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７）。あるいは、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７は、連続していない。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか２個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか３個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか４個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか５個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか６個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか７個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５２位にある。一部の実施形態では、Ｘ２は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５３位にある。一部の実施形態では、Ｘ３は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５４位にある。一部の実施形態では、Ｘ４は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５５位にある。一部の実施形態では、Ｘ５は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５６位にある。一部の実施形態では、Ｘ６は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５７位にある。一部の実施形態では、Ｘ７は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５８位にある。一部の実施形態では、ｒＡＡＶのアミノ酸配列は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントにおけるアミノ酸４５２〜４５８がアミノ酸配列ＩＬＧＴＧＴＳ（配列番号４５４７９）からも、ＱＳＳＱＴＰＲ（配列番号４５４７９）からも構成されない。
【０１１５】
配列番号１１〜１２７３９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列の１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含むｒＡＡＶカプシドタンパク質が、本明細書で開示される。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１１〜１２７３９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列の２個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１１〜１２７３９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列の３個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１１〜１２７３９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列の４個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１１〜１２７３９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列の５個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１１〜１２７３９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列の６個のアミノ酸の置換を含む。
【０１１６】
中枢神経系（ＣＮＳ）または末梢神経系（ＰＮＳ）に対する特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶカプシドタンパク質が、本明細書で開示される。例示的な置換としては、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸配列におけるＮ４５２Ｄ、Ｎ４５２Ａ、Ｎ４５２Ｇ、Ｎ４５２Ｌ、Ｎ４５２Ｑ、Ｎ４５２Ｓ、Ｎ４５２Ｔ、Ｇ４５３Ｉ、Ｇ４５３Ｎ、Ｇ４５３Ｓ、Ｇ４５３Ｐ、Ｇ４５３Ｒ、Ｇ４５３Ｔ、Ｓ４５４Ａ、Ｓ４５４Ｑ、Ｓ４５４Ｄ、Ｓ４５４Ｇ、Ｓ４５４Ｎ、Ｓ４５４Ｔ、Ｇ４５５Ａ、Ｇ４５５Ｓ、Ｇ４５５Ｄ、Ｇ４５５Ｋ、Ｇ４５５Ｎ、Ｇ４５５Ｐ、Ｇ４５５Ｑ、Ｇ４５５Ｔ、Ｑ４５６Ｔ、Ｑ４５６Ｓ、Ｑ４５６Ａ、Ｑ４５６Ｇ、Ｑ４５６Ｋ、Ｑ４５６Ｎ、Ｑ４５６Ｒ、Ｑ４５６Ｐ、Ｎ４５７Ｋ、Ｎ４５７Ａ、Ｎ４５７Ｇ、Ｎ４５７Ｐ、Ｎ４５７Ｒ、Ｎ４５７Ｓ、Ｎ４５７Ｔ、Ｎ４５７Ｖ、Ｑ４５８Ｎ、Ｑ４５８Ａ、Ｑ４５８Ｇ、Ｑ４５８Ｋ、Ｑ４５８Ｌ、Ｑ４５８Ｒ、Ｑ４５８Ｓ、Ｑ４５８ＴまたはＱ４５８Ｖが挙げられる。一部の実施形態では、置換は、アミノ酸配列ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）の少なくともまたは約１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＫＧＰＧＱＭＧ（配列番号４５４７６）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）である。
【０１１７】
ＣＮＳおよびＰＮＳに対する特異性増加および／または形質導入効率向上、ならびに肝臓などの標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する特異性の減少および／または形質導入効率の低下を有するｒＡＡＶカプシドタンパク質も、本明細書で提供される。例示的な置換としては、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸配列におけるＮ４５２Ｄ、Ｎ４５２Ｇ、Ｎ４５２Ａ、Ｎ４５２Ｖ、Ｎ４５２Ｓ、Ｎ４５２Ｈ、Ｎ４５２Ｌ、Ｎ４５２Ｅ、Ｎ４５２Ｑ、Ｇ４５２Ａ、Ｇ４５２Ｉ、Ｇ４５２Ｔ、Ｇ４５２Ｐ、Ｇ４５２Ｒ、Ｇ４５２Ｔ、Ｇ４５２Ｓ、Ｇ４５２Ｋ、Ｇ４５２Ｈ、Ｓ４５４Ａ、Ｓ４５４Ｎ、Ｓ４５４Ｄ、Ｓ４５４Ｇ、Ｓ４５４Ｔ、Ｓ４５４Ｈ、Ｓ４５４Ｋ、Ｓ４５４Ｑ、Ｇ４５５Ａ、Ｇ４５５Ｎ、Ｇ４５５Ｔ、Ｇ４５５Ｓ、Ｇ４５５Ｄ、Ｇ４５５Ｐ、Ｇ４５５Ｒ、Ｇ４５５Ｑ、Ｑ４５６Ｔ、Ｑ４５６Ｓ、Ｑ４５６Ｋ、Ｑ４５６Ｐ、Ｑ４５６Ｇ、Ｑ４５６Ｄ、Ｑ４５６Ｖ、Ｑ４５６Ａ、Ｑ４５６Ｎ、Ｎ４５７Ｋ、Ｎ４５７Ｔ、Ｎ４５７Ａ、Ｎ４５７Ｒ、Ｎ４５７Ｓ、Ｎ４５７Ｇ、Ｎ４５７Ｄ、Ｎ４５７Ｐ、Ｎ４５７Ｖ、Ｑ４５８Ｎ、Ｑ４５８Ｇ、Ｑ４５８Ｓ、Ｑ４５８Ｌ、Ｑ４５８Ａ、Ｑ４５８ＥおよびＱ４５８Ｋが挙げられる。追加の例示的な置換としては、Ｎ４５２Ａ、Ｎ４５２Ｄ、Ｎ４５２Ｅ、Ｎ４５２Ｇ、Ｎ４５２Ｈ、Ｎ４５２Ｍ、Ｎ４５２Ｎ、Ｎ４５２Ｑ、Ｎ４５２Ｓ、Ｎ４５２Ｔ、Ｎ４５２Ｖ、Ｇ４５３Ａ、Ｇ４５３Ｄ、Ｇ４５３Ｅ、Ｇ４５３Ｇ、Ｇ４５３Ｋ、Ｇ４５３Ｎ、Ｇ４５３Ｑ、Ｇ４５３Ｓ、Ｇ４５３Ｔ、Ｇ４５３Ｖ、Ｓ４５４Ａ、Ｓ４５４Ｄ、Ｓ４５４Ｅ、Ｓ４５４Ｇ、Ｓ４５４Ｋ、Ｓ４５４Ｎ、Ｓ４５４Ｑ、Ｓ４５４Ｓ、Ｓ４５４Ｔ、Ｓ４５４Ｖ、Ｇ４５５Ａ、Ｇ４５５Ｄ、Ｇ４５５Ｅ、Ｇ４５５Ｇ、Ｇ４５５Ｋ、Ｇ４５５Ｎ、Ｇ４５５Ｐ、Ｇ４５５Ｑ、Ｇ４５５Ｓ、Ｇ４５５Ｔ、Ｑ４５６Ａ、Ｑ４５６Ｄ、Ｑ４５６Ｅ、Ｑ４５６Ｈ、Ｑ４５６Ｈ、Ｑ４５６Ｋ、Ｑ４５６Ｎ、Ｑ４５６Ｐ、Ｑ４５６Ｑ、Ｑ４５６Ｓ、Ｑ４５６Ｔ、Ｎ４５７Ａ、Ｎ４５７Ｄ、Ｎ４５７Ｅ、Ｎ４５７Ｇ、Ｎ４５７Ｋ、Ｎ４５７Ｎ、Ｎ４５７Ｐ、Ｎ４５７Ｓ、Ｎ４５７Ｔ、Ｎ４５７Ｖ、Ｑ４５８Ａ、Ｑ４５８Ｅ、Ｑ４５８Ｇ、Ｑ４５８Ｈ、Ｑ４５８Ｋ、Ｑ４５８Ｌ、Ｑ４５８Ｎ、Ｑ４５８Ｑ、Ｑ４５８Ｓ、Ｑ４５８ＴおよびＱ４５８Ｖが挙げられる。追加の例示的な置換としては、Ｎ４５２Ａ、Ｎ４５２Ｄ、Ｎ４５２Ｅ、Ｎ４５２Ｇ、Ｎ４５２Ｈ、Ｎ４５２Ｋ、Ｎ４５２Ｌ、Ｎ４５２Ｍ、Ｎ４５２Ｎ、Ｎ４５２Ｑ、Ｎ４５２Ｓ、Ｎ４５２Ｔ、Ｎ４５２Ｖ、Ｇ４５３Ａ、Ｇ４５３Ｄ、Ｇ４５３Ｇ、Ｇ４５３Ｈ、Ｇ４５３Ｍ、Ｇ４５３Ｎ、Ｇ４５３Ｐ、Ｇ４５３Ｑ、Ｇ４５３Ｓ、Ｇ４５３Ｔ、Ｇ４５３Ｖ、Ｓ４５４Ａ、Ｓ４５４Ｄ、Ｓ４５４Ｅ、Ｓ４５４Ｇ、Ｓ４５４Ｋ、Ｓ４５４Ｎ、Ｓ４５４Ｑ、Ｓ４５４Ｓ、Ｓ４５４Ｔ、Ｓ４５４Ｖ、Ｇ４５５Ａ、Ｇ４５５Ｄ、Ｇ４５５Ｅ、Ｇ４５５Ｇ、Ｇ４５５Ｋ、Ｇ４５５Ｎ、Ｇ４５５Ｐ、Ｇ４５５Ｑ、Ｇ４５５Ｓ、Ｇ４５５Ｔ、Ｑ４５６Ａ、Ｑ４５６Ｄ、Ｑ４５６Ｇ、Ｑ４５６Ｋ、Ｑ４５６Ｎ、Ｑ４５６Ｐ、Ｑ４５６Ｑ、Ｑ４５６Ｓ、Ｑ４５６Ｔ、Ｎ４５７Ａ、Ｎ４５７Ｇ、Ｎ４５７Ｈ、Ｎ４５７Ｌ、Ｎ４５７Ｍ、Ｎ４５７Ｎ、Ｎ４５７Ｐ、Ｎ４５７Ｑ、Ｎ４５７Ｓ、Ｎ���５７Ｔ、Ｎ４５７Ｖ、Ｑ４５８Ａ、Ｑ４５８Ｄ、Ｑ４５８Ｅ、Ｑ４５８Ｇ、Ｑ４５８Ｈ、Ｑ４５８Ｉ、Ｑ４５８Ｋ、Ｑ４５８Ｌ、Ｑ４５８Ｎ、Ｑ４５８Ｑ、Ｑ４５８Ｒ、Ｑ４５８Ｓ、Ｑ４５８ＴおよびＱ４５８Ｖが挙げられる。一部の実施形態では、置換は、アミノ酸配列ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）の少なくともまたは約１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換である。一部の実施形態では、置換は、アミノ酸配列ＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）の少なくともまたは約１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換である。
【０１１８】
一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶ９またはそのバリアントのカプシドアミノ酸配列の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、配列番号１に示されるカプシドアミノ酸配列の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶ５またはそのバリアントのカプシドアミノ酸配列の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、配列番号２に示されるカプシドアミノ酸配列の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶＶ−ＰＨＰ．Ｂカプシドタンパク質配列（配列番号３）の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｓカプシドタンパク質配列（配列番号４）の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢカプシドタンパク質配列（配列番号５）の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の実施形態では、本開示のｒＡＡＶは、親ＡＡＶカプシドタンパク質の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置におけるアミノ酸の置換、および親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるアミノ酸またはアミノ酸配列の挿入を含む。
【０１１９】
本開示のｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位におけるアミノ酸配列の挿入も有し得る。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＸ１ＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４８１）を含み、Ｘ１は、Ｔ、ＳまたはＮ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＸ１Ｘ２ＡＶＰＦＫ（配列番号４５４８２）を含み、Ｘ２は、ＬまたはＶ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＸ１Ｘ２Ｘ３ＶＰＦＫ（配列番号４５４８３）を含み、Ｘ３は、Ａ、Ｓ、Ｑ、ＰおよびＴ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４ＰＦＫ（配列番号４５４８４）を含み、Ｘ４は、Ｖ、Ｔ、Ｑ、Ｎ、ＬおよびＭ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＸ４ＰＦＫ（配列番号４５４８５）を含み、Ｘは、Ｖ、Ｔ、Ｑ、Ｎ、ＬおよびＭ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、ｒＡＡＶは、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８７位におけるアミノ酸の置換をさらに含む。一部の実施形態では、置換は、Ａ５８７Ｄである。一部の実施形態では、置換は、Ｄ以外のアミノ酸での置換である。一部の実施形態では、ｒＡＡＶは、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８位におけるアミノ酸の置換をさらに含む。一部の実施形態では、置換は、Ｑ５８８Ｇである。一部の実施形態では、置換は、Ｇ以外のアミノ酸での置換である。
【０１２０】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む、バリアントＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、ｒＡＡＶカプシドタンパク質）を有する。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３８６に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１２１】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３８７に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１２２】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３６８に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１２３】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１により表される親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号３または配列番号５により表される親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３８９に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１２４】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１により表される親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号３または配列番号５により表される親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９０に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１２５】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１により表される親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号３または配列番号５により表される親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９１に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１２６】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号１により表される親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号３または配列番号５により表される親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３８４に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１２７】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９２に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１２８】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９３に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１２９】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９４に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１３０】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９５に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１３１】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９６に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１３２】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸を含むアミノ酸配列の挿入。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９７に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１３３】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３８５に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１３４】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＫＧＰＧＱＭＧ（配列番号４５４７６）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＫＧＰＧＱＭＧ（配列番号４５４７６）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＫＧＰＧＱＭＧ（配列番号４５４７６）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９８に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１３５】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸を含むアミノ酸配列の挿入。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４７７）を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３９９に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１３６】
表１は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の脳における正の富化および肝臓における負の富化（negative  enriched）に基づいて順位付けして、最も性能のよいｒＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列、ならびにそれらをコードするＤＮＡ配列を提供する。表２は、２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後の脳における富化のみに基づいて順位付けして、最も性能のよいｒＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列、および対応するＤＮＡ配列を提供する。富化スコアを計算した方法についての詳細は、実施例３により提供される。ＡＡＶバリアントは、組織におけるその富化スコアが０未満であったかまたは０に等しかった場合、その組織を標的解除すると判定された。
【表１−１】
2022502046.tif 000003
【表１−２】
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【表２−１】
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【表２−２】
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【０１３７】
器官または組織を標的とする改変ＡＡＶカプシドタンパク質
【０１３８】
親ＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、ＡＡＶ５またはＡＡＶ９）の上記のアミノ酸位置における少なくとも１個のアミノ酸の置換または挿入を特徴とする所望の指向性を有する組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）カプシドタンパク質が、本明細書で開示される。本開示のＡＡＶカプシドタンパク質は、器官または器官系などの、対象における標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する特異性増加を含む所望の指向性を有するように操作される。本明細書に記載のｒＡＡＶカプシドタンパク質の指向性の多くの利点のうちの１つは、器官または器官系において異種核酸を選択的かつ効率的に発現するが標的外の器官における異種核酸の発現を回避することによって、毒性、および治療有効性に必要とされるウイルス投与量を低減させる、それらの能力である。
【０１３９】
ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、組織または細胞であり得る。ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、組織、例えば、器官または器官系からの組織であり得る。器官または器官系の非限定的な例としては、肝臓、腸、心臓、肺、生殖器、筋肉、脂肪、膵臓、脳および脾臓が挙げられる。生殖器の非限定的な例としては、卵巣および精巣が挙げられる。ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、細胞であり得る。細胞は、中枢神経系（ＣＮＳ）細胞、末梢神経系（ＰＮＳ）細胞、肝臓細胞、腸細胞、肺細胞、心臓細胞、脂肪細胞、筋肉細胞、腎臓細胞、筋肉細胞、膵臓細胞、脾臓細胞、生殖器細胞、および胃細胞からなる群から選択される細胞型であり得る。ＣＮＳ細胞は、ニューロンまたはグリア細胞であり得る。グリア細胞は、乏突起膠細胞、上衣細胞および星状膠細胞からなる群から選択することができる。ＰＮＳ細胞は、ニューロンまたはグリア細胞であり得る。グリア細胞は、シュワン細胞、衛星細胞および腸管グリア細胞からなる群から選択することができる。肝臓細胞は、肝細胞であり得る。腸細胞は、エンテロサイト、ゴブレット細胞、腸内分泌細胞、杯細胞（cup  cell）、タフト細胞およびパネート細胞からなる群から選択することができる。肺細胞（lung  cell）は、肺胞Ｉ型上皮細胞、肺胞ＩＩ型上皮細胞、肺胞Ｉ型肺胞上皮細胞、肺胞ＩＩ型肺胞上皮細胞、毛細血管内皮細胞および肺胞マクロファージからなる群から選択することができる。心臓細胞は、心筋細胞であり得る。胃細胞は、粘液細胞、壁細胞、主細胞およびＧ細胞からなる群から選択することができる。筋肉細胞は、筋細胞であり得る。
【０１４０】
対象体内の特定の器官または組織への標的化用に最適化されている本開示のｒＡＡＶは、配列番号２５４６９〜３５４７１に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、心臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号２５４６９〜２６２０５に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、肺への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３２５３７〜３４１９８に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、肝臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３０７２０〜３０９２３に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、腸への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号２６２０６〜２６８７３に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、胃への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３１８７３〜３２０６０に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、脾臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３１４６８〜３１８７２に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、腎臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号２６８７４〜３０７１９に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、脂肪（fat）（脂肪（adipose））への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３４１９９〜３５４７１に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、筋肉への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３０９２４〜３１４５１に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。筋肉は、心筋であり得る。筋肉は、骨格筋であり得る。一部の実施形態では、膵臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３１４５２〜３１４６７に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、精巣などの生殖器への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３２０６１〜３２５３６に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を含む。一部の事例では、生殖器は、卵巣である。
【０１４１】
親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸配列の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置における少なくとも１個のアミノ酸の置換を特徴とする所望の指向性を有するｒＡＡＶカプシドタンパク質が、本明細書で開示される。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも１個のアミノ酸の置換を含むことがある。一部の事例では、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも２個のアミノ酸の置換または挿入を含むことがあり、その場合、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも３個のアミノ酸の置換または挿入を含むことがあり、その場合、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも４個のアミノ酸の置換または挿入を含むことがあり、その場合、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｓ、ＰまたはＬである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも５個のアミノ酸の置換または挿入を含むことがあり、その場合、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｓ、ＰまたはＬであり、Ｘ５は、Ｐ、ＲまたはＳである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも６個のアミノ酸の置換または挿入を含むことがあり、その場合、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｓ、ＰまたはＬであり、Ｘ５は、Ｐ、ＲまたはＳであり、Ｘ６は、Ｇ、Ｓ、ＮまたはＴである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも７個のアミノ酸の置換または挿入を含むことがあり、その場合、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰであり、ＩＸ４は、Ｔ、Ｓ、ＰまたはＬであり、Ｘ５は、Ｐ、ＲまたはＳであり、Ｘ６は、Ｇ、Ｓ、ＮまたはＴであり、Ｘ７は、Ｒ、ＬまたはＩである。
【０１４２】
一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７は、連続している（Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７）。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか２個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか３個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか４個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか５個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか６個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか７個は、連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７は、連続していない。一部の実施形態では、Ｘ１は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５２位にある。一部の実施形態では、Ｘ２は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５３位にある。一部の実施形態では、Ｘ３は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５４位にある。一部の実施形態では、Ｘ４は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５５位にある。一部の実施形態では、Ｘ５は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５６位にある。一部の実施形態では、Ｘ６は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５７位にある。一部の実施形態では、Ｘ７は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５８位にある。
【０１４３】
配列番号２５４６９〜３５４７１のいずれか１つに示される少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含むｒＡＡＶカプシドタンパク質が、本明細書で開示される。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号２５４６９〜２６２０５から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号２６２０６〜２６８７３から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号２６８７４〜３０７１９から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号３０７２０〜３０９２３から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号３０９２４〜３１４５１から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号３１４５２〜３１４６７から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号３１４６８〜３１８７２から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号３１８７３〜３２０６０から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号３２０６１〜３２５３６から選択されるアミノ酸配列内に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号３２５３７〜３４１９８から選択されるアミノ酸配列に備えられている。一部の実施形態では、少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸は、配列番号３４１９９〜３５４７１から選択されるアミノ酸配列に備えられている。一部の実施形態では、置換は、Ｎ４５２Ｋ、Ｎ４５２Ｒ、Ｎ４５２Ｔ、Ｇ４５３Ｄ、Ｇ４５３Ｌ、Ｇ４５３Ｅ、Ｇ４５３Ｖ、Ｇ４５３Ｎ、Ｇ４５３Ｓ、Ｇ４５３Ｌ、Ｇ４５３Ｐ、Ｓ４５４Ｌ、Ｓ４５４Ｐ、Ｓ４５４Ａ、Ｓ４５４Ｄ、Ｓ４５４Ｇ、Ｓ４５４Ｔ、Ｇ４５５Ｔ、Ｇ４５５Ｓ、Ｇ４５５Ｐ、Ｇ４５５Ｌ、Ｑ４５６Ｐ、Ｑ４５６Ｒ、Ｑ４５６Ｓ、Ｎ４５７Ｇ、Ｎ４５７Ｓ、Ｎ４５７Ｔ、Ｑ４５８Ｒ、Ｑ４５８ＬもしくはＱ４５８Ｉ、またはこれらの組合せを含む。
【０１４４】
本明細書で提供されるアミノ酸配列の少なくともまたは約１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含むｒＡＡＶカプシドタンパク質が、本明細書で開示される。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２９０６５）である。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）である。
【０１４５】
一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶ９またはそのバリアントのカプシドアミノ酸配列の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、配列番号１に示されるカプシドアミノ酸配列の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶ５またはそのバリアントのカプシドアミノ酸配列の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、配列番号２に示されるカプシドアミノ酸配列の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶＶ−ＰＨＰ．Ｂカプシドタンパク質配列（配列番号３）の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｓカプシドタンパク質配列（配列番号４）の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の事例では、アミノ酸の置換は、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢカプシドタンパク質配列（配列番号５）の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置にある。一部の実施形態では、本開示のｒＡＡＶは、親ＡＡＶカプシドタンパク質の４５２〜４５８から選択されるアミノ酸位置におけるアミノ酸の置換、および親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるアミノ酸またはアミノ酸配列の挿入を含む。
【０１４６】
本開示のｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９もしくはＡＡＶ５カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８位におけるアミノ酸配列の挿入も有し得る。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９  ＡＡＶ５カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＸ１ＬＡＶＰＦＫ（配列番号４５４８１）を含み、Ｘ１は、Ｔ、ＳまたはＮ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９またはＡＡＶ５カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＸ１Ｘ２ＡＶＰＦＫ（配列番号４５４８２）を含み、Ｘ２は、ＬまたはＶ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９またはＡＡＶ５カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＸ１Ｘ２Ｘ３ＶＰＦＫ（配列番号４５４８３）を含み、Ｘ３は、Ａ、Ｓ、Ｑ、ＰおよびＴ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９またはＡＡＶ５カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４ＰＦＫ（配列番号４５４８４）を含み、Ｘ４は、Ｖ、Ｔ、Ｑ、Ｎ、ＬおよびＭ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸配列の挿入は、親ＡＡＶ９またはＡＡＶ５カプシドタンパク質のアミノ酸５８８〜５８９位におけるＴＬＡＸ４ＰＦＫ（配列番号４５４８５）を含み、Ｘは、Ｖ、Ｔ、Ｑ、Ｎ、ＬおよびＭ以外の任意のアミノ酸である。一部の実施形態では、ｒＡＡＶは、親ＡＡＶ９もしくはＡＡＶ５カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８７位におけるアミノ酸の置換をさらに含む。一部の実施形態では、置換は、Ａ５８７Ｄである。一部の実施形態では、置換は、Ｄ以外のアミノ酸での置換である。一部の実施形態では、ｒＡＡＶは、親ＡＡＶ９もしくはＡＡＶ５カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８位におけるアミノ酸の置換をさらに含む。一部の実施形態では、置換は、Ｑ５８８Ｇである。一部の実施形態では、置換は、Ｇ以外のアミノ酸での置換である。
【０１４７】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ５カプシドタンパク質（配列番号２）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ５バリアントカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６４００に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１４８】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ５カプシドタンパク質（配列番号２）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ５バリアントカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６４０１に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１４９】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２９０６５）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２９０６５）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２９０６５）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ５カプシドタンパク質（配列番号２）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２９０６５）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ５バリアントカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２９０６５）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６４０２に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１５０】
一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質（配列番号１）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号３）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質（配列番号５）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ５カプシドタンパク質（配列番号２）のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ５バリアントカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸５８８〜５８９位における少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入を含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６４０３に示されるアミノ酸配列を含む。
【０１５１】
異種核酸
【０１５２】
本明細書で開示される疾患もしくは状態、または疾患もしくは状態の症状、の処置または予防に有用な治療用核酸を含む異種核酸が、本明細書で開示される。一部の実施形態では、治療用核酸は、治療用遺伝子発現産物をコードする。遺伝子発現産物の非限定的な例としては、疾患もしくは障害、または疾患もしくは障害の症状、の処置、予防および／または改善に使用するための、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、酵素、抗体、抗原結合性断片、核酸（ＲＮＡ、ＤＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡなど）、および遺伝子編集成分が挙げられる。一部の事例では、治療用核酸は、本明細書で開示されるものなどのｒＡＡＶによって対象の生体、細胞、組織または器官に入れる。
【０１５３】
ウイルスゲノム（例えば、一本鎖ＤＮＡ分子（ｓｓＤＮＡ））を各々が含むｒＡＡＶが、本明細書で開示される。一部の事例では、ウイルスベクターは、異種核酸または導入遺伝子に隣接している、各々約１４５塩基である、２つの逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列を含む。一部の実施形態では、導入遺伝子は、治療用核酸を含み、一部の事例では、オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）内で治療用核酸とシスの関係にあるプロモーターを含む。プロモーターは、標的細胞の核内で治療用核酸の転写を開始させることができる。ＩＴＲ配列は、いずれのＡＡＶ血清型からのものであってもよい。ＡＡＶ血清型の非限定的な例としては、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１およびＡＡＶ１２が挙げられる。一部の場合には、ＩＴＲは、ＡＡＶ２からのものである。一部の場合には、ＩＴＲは、ＡＡＶ９からのものである。
【０１５４】
任意の数のヌクレオチドを含むことができる導入遺伝子が、本明細書で開示される。一部の場合には、導入遺伝子は、約１００個未満のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約１００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約２００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約３００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約４００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約５００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約１０００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約５０００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約１０，０００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約２０，０００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約３０，０００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約４０，０００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、少なくとも約５０，０００個のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、約５００〜約５０００個の間のヌクレオチドを含むことができる。一部の場合には、導入遺伝子は、約５０００〜約１０，０００個の間のヌクレオチドを含むことができる。本明細書で開示されるいずれの場合も、導入遺伝子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡとＲＮＡのハイブリッドを含み得る。一部の場合には、導入遺伝子は、一本鎖であり得る。一部の場合には、導入遺伝子は、二本鎖であり得る。
【０１５５】
標的遺伝子またはその遺伝子発現産物の発現または活性をモジュレートするのに有用な導入遺伝子が、本明細書で開示される。一部の事例では、導入遺伝子は、本明細書に記載のｒＡＡＶ粒子のｒＡＡＶカプシドタンパク質によりカプシド内封入される。一部の事例では、ｒＡＡＶ粒子は、対象における本明細書で開示される疾患または状態を処置するために対象に送達される。一部の事例では、送達は、全身（例えば、静脈内、鼻腔内）送達である。
【０１５６】
本明細書で開示される導入遺伝子は、健常または正常個体のものと同様のレベルで内因性遺伝子を発現させるのに有用である。これは、遺伝子発現産物の過少発現または発現の欠如に関連する疾患または状態の処置に特に有用である。一部の実施形態では、本明細書で開示される導入遺伝子は、内因性遺伝子の発現レベルが健常または正常個体の発現レベルより高くなるように内因性遺伝子を過剰発現させるのに有用である。加えて、導入遺伝子を使用して、外因性遺伝子（例えば、活性剤、例えば、抗体、ペプチド、核酸または遺伝子編集成分）を発現させることができる。一部の実施形態では、治療用遺伝子発現産物は、細胞における１つまたは複数の内因性生物学的プロセスの活性を変更すること、増強すること、増加させることまたは誘導することができる。一部の実施形態では、本明細書で開示される導入遺伝子は、例えばドミナントネガティブ遺伝子などの内因性遺伝子の発現を低減させるのに有用である。一部の実施形態では、治療用遺伝子発現産物は、細胞における１つまたは複数の内因性生物学的プロセスの活性を変更すること、阻害すること、低減させること、防止すること、消失させることまたは損なわせることができる。一部の態様では、遺伝子発現の増加は、少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％および１００％の増加を指す。一態様では、標的遺伝子のタンパク質産物を少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％および１００％増加させることができる。一部の態様では、遺伝子発現の減少は、少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％および１００％の増加を指す。一態様では、標的遺伝子のタンパク質産物を少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％および１００％減少させることができる。
【０１５７】
内因性配列（内因性または導入遺伝子の一部）が導入遺伝子とともに発現される場合、内因性配列は、完全長配列（野生型もしくは変異体）であることもあり、または部分配列であることもある。内因性配列は、機能性であり得る。これらの完全長または部分配列の機能の非限定的な例としては、導入遺伝子（例えば、治療用遺伝子）により発現されるポリペプチドの血清半減期を延長することおよび／または担体として作用することが挙げられる。
【０１５８】
内因性遺伝子の全てが発現されるように、内因性遺伝子の一部が発現されるように、またはいずれの内因性遺伝子も発現されないように、導入遺伝子を内因性遺伝子に挿入することができる。例えば、内因性配列の一部（導入遺伝子のＮ末端側および／もしくはＣ末端側）が、例えば導入遺伝子との融合体として、発現されるように、またはいずれの内在性配列も、例えば導入遺伝子との融合体として、発現されないように、本明細書に記載のような導入遺伝子を内因性遺伝子座に挿入することができる。他の場合には、導入遺伝子（例えば、追加のコード配列、例えば、内在性遺伝子についての追加のコード配列、を有するまたは有さない）が、任意の内因性遺伝子座、例えば、セーフハーバー遺伝子座に組み込まれる。例えば、フラタキシン（ＦＸＮ）導入遺伝子を内因性ＦＸＮ遺伝子に挿入することができる。導入遺伝子を、任意の遺伝子、例えば本明細書に記載のような遺伝子、に挿入することができる。
【０１５９】
本開示の少なくとも１つの利点は、事実上任意の治療用核酸を、任意の遺伝子発現産物を発現させるために使用することができることである。一部の事例では、治療用遺伝子発現産物は、治療用タンパク質またはペプチド（例えば、抗体、抗原結合性断片、ペプチド、またはタンパク質）である。一実施形態では、治療用核酸によりコードされるタンパク質は、５０〜５０００アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、５０〜２０００アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、５０〜１０００アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、５０〜１５００アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、５０〜８００アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、５０〜６００アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、５０〜４００アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、５０〜２００アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、５０〜１００アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるペプチドは、４〜５０アミノ酸の間の長さである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、テトラペプチド、ペンタペプチド、ヘキサペプチド、ヘプタペプチド、オクタペプチド、ノナペプチドまたはデカペプチドである。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、２〜３０アミノ酸、例えば、５〜３０、１０〜３０、２〜２５、５〜２５、１０〜２５、または１０〜２０アミノ酸のペプチドを含む。一部の実施形態では、コードされるタンパク質は、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１７、２０、２５もしくは３０アミノ酸のペプチド、または５０アミノ酸以下、例えば、３５、３０、２５、２０、１７、１５、１４、１３、１２、１１もしくは１０アミノ酸以下であるペプチドを含む。
【０１６０】
治療用タンパク質またはペプチドの非限定的な例としては、アドレナリン作動性アゴニスト、抗アポトーシス因子、アポトーシス阻害剤、サイトカイン受容体、サイトカイン、細胞毒素、赤血球生成剤、グルタミン酸デカルボキシラーゼ、糖タンパク質、成長因子、成長因子受容体、ホルモン、ホルモン受容体、インターフェロン、インターロイキン、インターロイキン受容体、キナーゼ、キナーゼ阻害剤、神経成長因子、ネトリン、神経活性ペプチド、神経活性ペプチド受容体、神経原性因子、神経原性因子受容体、ニューロピリン、神経栄養因子、ニューロトロフィン、ニューロトロフィン受容体、Ｎ−メチル−Ｄ−アスパラギン酸アンタゴニスト、プレキシン、プロテアーゼ、プロテアーゼ阻害剤、タンパク質デカルボキシラーゼ、プロテインキナーゼ、プロテインキナーゼ阻害剤、タンパク質分解性タンパク質、タンパク質分解性タンパク質阻害剤、セマフォリン（semaphoring）、セマフォリン受容体、セロトニン輸送タンパク質、セロトニン取込み阻害剤、セロトニン受容体、セルピン、セルピン受容体、および腫瘍抑制因子が挙げられる。ある特定の実施形態では、治療用タンパク質またはペプチドは、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、マクロファージコロニー刺激因子（ＣＳＦ）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、線維芽細胞成長因子（ＦＧＦ）、性腺刺激ホルモン、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ）、インスリン様成長因子１（ＩＦＧ−１）、神経成長因子（ＮＧＦ）、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、色素上皮由来因子（ＰＥＤＦ）、トランスフォーミング成長因子（ＴＧＦ）、トランスフォーミング成長因子−ベータ（ＴＧＦ−Ｂ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、プロラクチン、ソマトトロピン、Ｘ連鎖アポトーシス抑制タンパク質１（ＸＩＡＰ１）、インターロイキン１（ＩＬ−１）、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１０、ウイルスＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２、ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、およびＩＬ−１８からなる群から選択される。
【０１６１】
治療用遺伝子発現産物は、遺伝子編集成分を含み得る。遺伝子編集成分の非限定的な例としては、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、人工部位特異的ＲＮＡエンドヌクレアーゼ（ＡＳＲＥ）、ジンクフィンガーエンドヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、および転写因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）に必要とされるものが挙げられる。非限定的な例では、ハンチントン病を有する対象が同定される。その場合、ハンチンチン（ＨＴＴ）遺伝子の転写を抑制するように操作されたＺＦＮをコードするウイルスベクターをカプシド内封入しているｒＡＡＶの第１の量が対象に全身投与される。一部の事例では、投与経路は、静脈内経路である。ｒＡＡＶは、神経系へのＺＦＮの適切な標的化と同時に肝臓などの標的外器官の再標的化を可能にするために、表１〜２または配列番号１１〜１２７３９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む改変ＡＡＶカプシドタンパク質を含む。必要な場合、ｒＡＡＶの第２または第３の用量が、ＺＦＮの治療有効量が対象の神経系に発現されるまで、対象に投与される。別の非限定的な例では、嚢胞性線維症を有する対象が同定される。その場合、嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）遺伝子の転写を抑制するように操作されたＺＦＮをコードする導入遺伝子をカプシド内封入しているｒＡＡＶの第１の量が対象に全身投与される。一部の事例では、投与経路は、鼻腔内経路（例えば、鼻腔内スプレー）である。ｒＡＡＶは、肺へのＺＦＮの適切な標的化を可能にするために、配列番号３２５３７〜３４１９８のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む改変ＡＡＶカプシドタンパク質を含む。必要な場合、ｒＡＡＶの第２または第３の用量が、ＺＦＮの治療有効量が対象の肺に発現されるまで、対象に投与される。
【０１６２】
治療用核酸は、非タンパク質コード遺伝子、例えば、アンチセンスＲＮＡ、ＲＮＡｉ、ｓｈＲＮＡおよびマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｍｉＲＮＡスポンジまたはデコイをコードする配列を含むことができ、条件付き遺伝子欠失のためのリコンビナーゼの送達、条件付き（リコンビナーゼ依存性）発現は、本明細書に記載の遺伝子編集成分に必要とされるものを含む。非タンパク質コード遺伝子は、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔｍＲＮＡ、ｐｉＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡおよび／または長い非コードＲＮＡ（ＩｎｃＲＮＡ）をコードすることもある。一部の場合には、非タンパク質コード遺伝子は、標的遺伝子または遺伝子発現産物．非タンパク質コード遺伝子の発現または活性をモジュレートすることができる。例えば、本明細書に記載のＲＮＡを使用して、標的細胞、例えば中枢神経系（ＣＮＳ）または末梢器官（例えば、肺）の細胞、における遺伝子発現を阻害することができる。一部の場合には、遺伝子発現の阻害は、少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％および１００％の阻害を指す。一部の場合には、標的遺伝子のタンパク質産物を少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％および１００％阻害することができる。遺伝子は、野生型遺伝子であることもあり、または少なくとも１つの変異を有する遺伝子であることもある。標的タンパク質は、野生型タンパク質であることもあり、または少なくとも１つの変異を有するタンパク質であることもある。
【０１６３】
治療用核酸は、脳の疾患または障害に関与する遺伝子またはその遺伝子から発現される遺伝子発現産物の発現または活性をモジュレートすることができる。例えば、治療用核酸は、一部の場合には、本明細書に記載の遺伝子またはその遺伝子の改変バージョンである。別の例では、治療用核酸は、エフェクター遺伝子発現産物、例えば、その中の遺伝子を標的化することに特異的な遺伝子編集成分を含む。遺伝子の非限定的な例としては、サルコグリカンアルファ（ＳＧＣＡ）、グルタミン酸デカルボキシラーゼ６５（ＧＡＤ６５）、グルタミン酸デカルボキシラーゼ６７（ＧＡＤ６７）、ＣＬＮ２遺伝子、神経成長因子（ＮＧＦ）、グリア細胞由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）、ニュールツリン、生存運動ニューロン１、テロメア型（ＳＭＮ１）、β−グルコセレブロシダーゼ（ＧＣａｓｅ）、フラタキシン（ＦＸＮ）、ハンチンチン（ＨＴＮ）、メチルＣｐＧ結合タンパク質２（ＭＥＣＰ２）、ペルオキシソーム生合成因子（ＰＥＸ）、プログラニュリン（ＧＲＮ）、抗チューブリン剤、銅−亜鉛スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ１）、グルコシルセラミダーゼベータ（ＧＢＡ）、ＮＰＣ細胞内コレステロール輸送体１（ＮＰＣ１）、およびＮＰＳ３が挙げられる。一部の実施形態では、ペルオキシソーム生合成因子（ＰＥＸ）は、ＰＥＸ１、ＰＥＸ２、ＰＥＸ３、ＰＥＸ４、ＰＥＸ５、ＰＥＸ６、ＰＥＸ７、ＰＥＸ１０、ＰＥＸ１１β、ＰＥＸ１２、ＰＥＸ１３、ＰＥＸ１４、ＰＥＸ１６、ＰＥＸ１９、およびＰＥＸ２６からなる群から選択される。一部の事例では、遺伝子または遺伝子発現産物は、阻害される。一部の事例では、遺伝子または遺伝子発現産物は、増強される。
【０１６４】
治療用核酸は、特定の器官（例えば、肺、心臓、肝臓、筋肉、眼）の疾患または障害に関与する遺伝子またはその遺伝子から発現される遺伝子発現産物の発現または活性をモジュレートする。遺伝子の非限定的な例としては、嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）、第Ｘ因子（ＦＩＸ）、ＲＰＥ６５、レチノイドイソメロヒドロラーゼ（ＲＰＥ６５）、サルコグリカンアルファ（ＳＧＣＡ）、および筋小胞体／小胞体Ｃａ２＋−ＡＴＰａｓｅ（ＳＥＲＣＡ２ａ）が挙げられる。一部の実施形態では、治療用遺伝子発現産物は、ヒト、ネズミ、トリ、ブタ、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、ウマ、エピン（epine）、ヤギ、オオカミ、または霊長類に由来するものである。一部の事例では、遺伝子または遺伝子発現産物は、阻害される。一部の事例では、遺伝子または遺伝子発現産物は、増強される。
【０１６５】
ウイルスパッケージングによってｒＡＡＶへと組み立てられる遺伝子情報（例えば、異種核酸）を含む改変ウイルスゲノムが、本明細書で開示される。一部の事例では、ウイルスゲノムは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１およびＡＡＶ１２からなる群から選択されるＡＡＶ血清型からのものである。一部の事例では、ウイルスゲノムは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ、およびＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｓからなる群から選択される改変ＡＡＶ血清型からのものである。
【０１６６】
本明細書に記載のものなどのウイルスゲノムは、一部の場合には異種遺伝子発現産物（例えば、治療用遺伝子発現産物、組換えカプシドタンパク質など）をコードする、導入遺伝子を含むことができる。導入遺伝子は、導入遺伝子に隣接する２つの逆方向末端反復（ＩＴＲ）とシスの関係にある。導入遺伝子は、治療用遺伝子発現産物をコードする治療用核酸を含み得る。ｒＡＡＶの限られたパッケージング容量（約２．５ｋＢ）のため、一部の場合には、より長い導入遺伝子は、３’スプライスドナーを有する第１のＡＡＶベクターおよび５’スプライスアクセプターを有する第２のＡＡＶベクターである２つのＡＡＶベクター間で分割され得る。細胞への共感染の際にコンカテマーが形成し、これらが一緒にスプライシングされて完全長導入遺伝子を発現する。
【０１６７】
一部の事例では、ウイルスゲノムは、導入遺伝子を含む一本鎖ウイルスＤＮＡである。ＡＡＶベクターは、エピソーム型であることもある。一部の事例では、ウイルスゲノムは、コンカテマーである。エピソームウイルスゲノムは、標的細胞のゲノムに組み込まれないクロマチン様構造を標的細胞内で生じさせることができる。非分裂細胞に感染させると、標的細胞内のエピソームウイルスゲノムの安定性によって長期導入遺伝子発現が可能になる。あるいは、ＡＡＶベクターは、導入遺伝子を標的細胞のゲノムの主として特異的部位（例えば、ヒト第１９染色体上のＡＡＶＳ１）に組み込む。
【０１６８】
一般に、導入遺伝子は、その発現が、組込み部位の内因性プロモーター、すなわち、導入遺伝子が挿入される内因性遺伝子の発現を駆動するプロモーターに、よって駆動されるように挿入される。一部の事例では、導入遺伝子は、プロモーターおよび／またはエンハンサー、例えば、構成的プロモーターまたは誘導性もしくは組織／細胞特異的プロモーターを含む。非限定的な例として、プロモーターは、ＣＭＶプロモーター、ＣＭＶ−β−アクチン−イントロン−β−グロビンハイブリッドプロモーター（ＣＡＧ）、ＣＢＡプロモーター、ＦＲＤＡもしくはＦＸＮプロモーター、ＵＢＣプロモーター、ＧＵＳＢプロモーター、ＮＳＥプロモーター、シナプシンプロモーター、ＭｅＣＰ２プロモーター、ＧＦＡＰプロモーター、Ｈ１プロモーター、Ｕ６プロモーター、ＮＦＬプロモーター、ＮＦＨプロモーター、ＳＣＮ８Ａプロモーター、またはＰＧＫプロモーターであり得る。非限定的な例として、プロモーターは、ヒト伸長因子１α−サブユニット（ＥＦ１α）、最初期サイトメガロウイルスプロモーター（ＣＭＶ）、ニワトリβ−アクチン（ＣＢＡ）およびその誘導体ＣＡＧ、βグルクロニダーゼ（ＧＵＳＢ）、ならびにユビキチンＣ（ＵＢＣ）を含むがこれらに限定されない、組織特異的発現エレメントであり得る。導入遺伝子は、ニューロンのための組織特異的発現エレメント、例えば、これに限定されないが、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、血小板由来成長因子Ｂ−鎖（ＰＤＧＦ−β）、シナプシン（Ｓｙｎ）、メチルＣｐＧ結合タンパク質２（ＭｅＣＰ２）、Ｃａ２＋／カルモジュリン依存性プロテインキナーゼＩＩ（ＣａＭＫＩＩ）、代謝型グルタミン酸受容体２（ｍＧｌｕＲ２）、ＮＦＬ、ＮＦＨ、ｎｐ３２、ＰＰＥ、ＥｎｋおよびＥＡＡＴ２プロモーターを含むこともある。導入遺伝子は、星状膠細胞のための組織特異的発現エレメント、例えば、これらに限定されないが、グリア線維性酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）およびＥＡＡＴ２プロモーターを含むこともある。導入遺伝子は、乏突起膠細胞のための組織特異的発現エレメント、例えば、これに限定されないが、ミエリン塩基性タンパク質（ＭＢＰ）プロモーターを含むこともある。一実施形態では、導入遺伝子は、コードされた治療用核酸の第１のエクソンのおおよそ約５ｋｂ上流に位置する領域を含み、より具体的には、ＦＲＤＡプロモーターによる発現を可能にするために、コードされたフラタキシン遺伝子の第１エクソンのおおよそ４．９ｋｂ上流に位置する１７ｂｐ領域がある（例えば、Puspasari  et  al.    Long  Range  Regulation  of  Human  FXN  Gene  Expression,  PLOS  ONE,  2011を参照されたく、この内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）。
【０１６９】
一部の実施形態では、プロモーターは、１ｋｂ未満である。プロモーターは、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００、６１０、６２０、６３０、６４０、６５０、６６０、６７０、６８０、６９０、７００、７１０、７２０、７３０、７４０、７５０、７６０、７７０、７８０、７９０、８００の、または８００より長い長さを有し得る。プロモーターは、２００〜３００、２００〜４００、２００〜５００、２００〜６００、２００〜７００、２００〜８００、３００〜４００、３００〜５００、３００〜６００、３００〜７００、３００〜８００、４００〜５００、４００〜６００、４００〜７００、４００〜８００、５００〜６００、５００〜７００、５００〜８００、６００〜７００、６００〜８００または７００〜８００の間の長さを有し得る。プロモーターは、標的組織、例えば、これらに限定されないが、中枢神経系および末梢器官（例えば、肺）において、ある時間にわたって治療用遺伝子発現産物の発現をもたらすことができる。治療用遺伝子発現産物の発現は、例えば、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週間、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、２週間、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、３週間、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１年、１３ヶ月、１４ヶ月、１５ヶ月、１６ヶ月、１７ヶ月、１８ヶ月、１９ヶ月、２０ヶ月、２１ヶ月、２２ヶ月、２３ヶ月、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年、１３年、１４年、１５年、１６年、１７年、１８年、１９年、２０年、２１年、２２年、２３年、２４年、２５年、２６年、２７年、２８年、２９年、３０年、３１年、３２年、３３年、３４年、３５年、３６年、３７年、３８年、３９年、４０年、４１年、４２年、４３年、４４年、４５年、４６年、４７年、４８年、４９年、５０年、５５年、６０年、６５年の期間または６５年より長い期間にわたることがある。ペイロードの発現は、１〜５時間、１〜１２時間、１〜２日間、１〜５日間、１〜２週間、１〜３週間、１〜４週間、１〜２ヶ月間、１〜４ヶ月間、１〜６ヶ月間、２〜６ヶ月間、３〜６ヶ月間、３〜９ヶ月間、４〜８ヶ月間、６〜１２ヶ月間、１〜２年間、１〜５年間、２〜５年間、３〜６年間、３〜８年間、４〜８年間、または５〜１０年間、または１０〜１５年間、または１５〜２０年間、または２０〜２５年間、または２５〜３０年間、または３０〜３５年間、または３５〜４０年間、または４０〜４５年間、または４５〜５０年間、または５０〜５５年間、または５５〜６０年間、または６０〜６５年間にわたることがある。
【０１７０】
本実施形態の異種核酸および導入遺伝子は、プラスミドベクターを含むこともある。プラスミドベクターは、本明細書に記載の組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）粒子の生成に有用である。ＡＡＶベクターは、ヘルパーウイルスのゲノムを含むことができる。ヘルパーウイルスタンパク質は、組換えｒＡＡＶの構築、および異種核酸を含有する導入遺伝子のｒＡＡＶへのパッケージングに必要とされる。ヘルパーウイルス遺伝子は、細胞に発現されたときにＡＡＶ複製を支援するアデノウイルス遺伝子Ｅ４、Ｅ２ａおよびＶＡである。一部の実施形態では、ＡＡＶベクターは、Ｅ２を含む。一部の実施形態では、ＡＡＶベクターは、Ｅ４を含む。一部の実施形態では、ＡＡＶベクターは、ＶＡを含む。一部の事例では、ＡＡＶベクターは、ヘルパーウイルスタンパク質のうちの１つ、またはそれらの任意の組合せを含む。
【０１７１】
プラスミドベクターは、本明細書に記載の組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）カプシドタンパク質をコードする核酸を含むウイルスゲノムを含むことができる。ウイルスゲノムは、Ｒｅｐタンパク質をコードする複製（Ｒｅｐ）遺伝子と、第１のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ１）内にＡａｐタンパク質をコードする、または第２のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ２）内にＣａｐタンパク質をコードする、カプシド（Ｃａｐ）遺伝子とを含むことができる。Ｒｅｐタンパク質は、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２およびＲｅｐ４０からなる群から選択される。一部の事例では、Ｃａｐ遺伝子は、本明細書に記載の改変ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするように改変される。野生型Ｃａｐ遺伝子は、ＶＰ１、ＶＰ２およびＶＰ３という３つのタンパク質をコードする。一部の場合には、ＶＰ１が改変される。一部の場合には、ＶＰ２が改変される。一部の場合には、ＶＰ３が改変される。一部の場合には、ＶＰ１〜ＶＰ３の３つ全てが改変される。ＡＡＶベクターは、野生型Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２、Ｒｅｐ４０およびＡａｐタンパク質をコードする核酸を含むことができる。
【０１７２】
一部の事例では、プラスミドベクターは、細菌性である。一部の事例では、プラスミドベクターは、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉに由来する。一部の事例では、核酸配列は、５’から３’の方向に、（１）５’逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列、（２）複製（Ｒｅｐ）遺伝子、（３）カプシド（Ｃａｐ）遺伝子および（４）３’ＩＴＲを含み、Ｃａｐ遺伝子が、本明細書に記載のＡＡＶカプシドタンパク質をコードする。一部の事例では、プラスミドベクターは、偽型ＡＡＶカプシドタンパク質をコードする。一部の事例では、Ｃａｐ遺伝子は、配列番号６〜１０のいずれか１つに示されるデオキシリボース核酸（ＤＮＡ）に由来する。
【０１７３】
一部の事例では、５’ＩＴＲおよび３’ＩＴＲは、ＡＡＶ２血清型に由来する。一部の事例では、５’ＩＴＲおよび３’ＩＴＲは、ＡＡＶ５血清型に由来する。一部の事例では、５’ＩＴＲおよび３’ＩＴＲは、ＡＡＶ９血清型に由来する。
【０１７４】
本開示のｒＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＤＮＡ配列である配列番号１２７４０〜２５４６８および３５４７２〜４５４７４のいずれか１つを含むプラスミドベクターが、本明細書で開示される。一部の事例では、プラスミドベクターは、配列番号４６４０４〜４６４２３に示されるＤＮＡ配列のいずれか１つと少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一であるＣａｐ遺伝子を含む。本開示のプラスミドベクターは、配列番号６〜１０のいずれか１つを含むＶＰ１  Ｃａｐ遺伝子を含むことができる。ＡＡＶベクターは、配列番号６〜１０のいずれか１つの７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％を含むことができる。
【０１７５】
本開示のバリアントＡＡＶカプシドタンパク質（例えば、ｒＡＡＶカプシドタンパク質）を含むｒＡＡＶカプシドをコードする核酸も開示される。一部の事例では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、アミノ酸４５２〜４５８位の７−ｍｅｒが置換されている完全長ＶＰ１タンパク質をコードする、配列番号４６４０４〜４６４２３のいずれか１つに示されるＤＮＡ配列を含む。一部の場合には、７−ｍｅｒは、配列番号４６３６４〜４６３８３のいずれか１つに示されるＤＮＡ配列によりコードされる。
【０１７６】
（ａ）図２〜１４のいずれか１つに示される７−ｍｅｒアミノ酸配列をコードする核酸配列と（ｂ）配列番号６〜１０のいずれか１つの７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％である核酸配列とを含む本開示のｒＡＡＶカプシドタンパク質をコードするプラスミドベクターが、本明細書で提供される。一部の事例では、ＡＡＶ９（配列番号６）は、配列番号１２７４０〜２５４６８および３５４７２〜４５４７４のいずれか１つを含むように改変される。一部の事例では、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ（配列番号１０）は、配列番号１２７４０〜２５４６８および３５４７２〜４５４７４のいずれか１つを含むように改変される。一部の事例では、ＡＡＶ５（配列番号７）は、配列番号３５４７２〜４５４７４のいずれか１つを含むように改変される。一部の事例では、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ（配列番号８）は、配列番号配列番号１２７４０〜２５４６８および３５４７２〜４５４７４のいずれか１つを含むように改変される。一部の事例では、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｓ  ＶＰ１（配列番号９）は、配列番号１２７４０〜２５４６８および３５４７２〜４５４７４のいずれか１つを含むように改変される。本明細書に記載のＡＡＶベクターは、本明細書に記載の方法によりバリアントＡＡＶカプシドを産生するために使用され得る。
方法
【０１７７】
ｒＡＡＶを産生する方法
【０１７８】
組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）を産生する方法が本明細書で開示される。一部の事例では、標的細胞（例えば、ＨＥＫ２９３細胞）におけるＡＡＶ産生に必要とされる全てのエレメントが、当技術分野において公知の好適な方法を使用して標的細胞に一過的にトランスフェクトされる。例えば、本開示のｒＡＡＶは、導入遺伝子（例えば、治療用核酸）を保有するＩＴＲ含有プラスミドを有する第１のベクター、ＡＡＶ  ＲｅｐおよびＣａｐ遺伝子を有する第２のベクター、および（３）アデノウイルスから単離されたヘルパー遺伝子を提供する第３のベクターである、３つのプラスミドベクターをコトランスフェクトすることにより、産生することができる。本明細書に記載の方法は、アデノウイルス不含である高力価ＡＡＶベクターを生成する。本明細書で開示されるＣａｐ遺伝子は、本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＤＮＡ配列である配列番号１２７４０〜２５４６８および３５４７２〜４５４７４のいずれか１つを含む。一部の場合には、本開示のｒＡＡＶは、Challis,  R.  C.  et  al.  Systemic  AAV  vectors  for  widespread  and  targeted  gene  delivery  in  rodents.  Nat.  Protoc.  14,  379  (2019)に記載されている方法を使用して生成され、前記参考文献は、これによりその全体が参照により本明細書に組み込まれる。手短に述べると、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）を使用するＨＥＫ２９３Ｔ細胞（ＡＴＣＣ）のトリプルトランスフェクションが行われ、１２０時間後に細胞溶解物と培地の両方からウイルスが回収され、イオジキサノールを用いて精製される。
【０１７９】
（ａ）細胞に、（ｉ）５’および３’逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列で囲まれた治療用遺伝子発現産物をコードする第１の核酸配列と、（ｉｉ）５’ＩＴＲ配列、複製（Ｒｅｐ）遺伝子、カプシド（Ｃａｐ）遺伝子、および３’ＩＴＲを含むウイルスゲノムをコードし、Ｃａｐ遺伝子が本明細書に記載のＡＡＶカプシドタンパク質をコードする、第２の核酸配列と、（ｉｉｉ）Ｅ４ｏｒｆ６、Ｅ２ａおよびＶＡ  ＲＮＡからなる群から選択される第１のヘルパーウイルスタンパク質をコードし、必要に応じて、Ｅ１ａまたはＥ１ｂ５５ｋを含む第２のヘルパーウイルスタンパク質をコードする、第３の核酸配列とを含む核酸を導入するステップ、（ｂ）細胞において本明細書に記載のＡＡＶカプシドタンパク質を発現させるステップ、（ｃ）本明細書で開示されるＡＡＶカプシドタンパク質を含むＡＡＶ粒子を構築するステップ、および（ｄ）第１の核酸配列をＡＡＶ粒子にパッケージングするステップを含む製造方法が、本明細書で開示される。一部の事例では、ＡＡＶ粒子は、参照ＡＡＶカプシドと比較して、対象の標的組織（例えば、ＣＮＳ、ＰＮＳ、肺）で測定されたときには特異性増加、および標的外組織（例えば、肝臓）で測定されたときには特異性が減少する、ｒＡＡＶカプシドである。一部の事例では、方法は、治療用遺伝子発現産物をコードする第１の核酸配列を、それがｒＡＡＶカプシドタンパク質によりカプシド内封入されるようにパッキングするステップをさらに含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶ粒子が単離され、濃縮され、本明細書に記載のものなどの好適なウイルス精製法を使用して精製される。
【０１８０】
非限定的な例では、ｒＡＡＶは、標準的なトランスフェクションプロトコール（例えば、ＰＥＩを用いる）を使用する前駆細胞（例えば、ＨＥＫ２９３Ｔ）細胞のトリプルトランスフェクションにより生成される。ウイルス粒子は、ある時間の後（例えば、トランスフェクションの７２時間後）に培地から採取され、より後の時点（例えば、トランスフェクションの１２０時間後）に細胞および培地から回収される。培地中に存在するウイルスは、８％ポリ（エチレングリコール）および５００ｍＭ塩化ナトリウムでの沈殿により濃縮され、沈殿したウイルスが、回収された細胞から調製された溶解物に添加される。ウイルスは、イオジキサノール（Ｏｐｔｉｐｒｅｐ、Ｓｉｇｍａ）の段階的勾配（１５％、２５％、４０％および６０％）を用いて精製される。ウイルスは濃縮され、ＰＢＳ中で製剤化される。ウイルス力価は、ｑＰＣＲと対照としての線状化ゲノムプラスミドとを使用してＤＮａｓｅＩ耐性ベクターゲノムコピー（ＶＧ）の数を測定することにより決定される。
【０１８１】
Ｒｅｐタンパク質は、Ｒｅｐ７８、Ｒｅｐ６８、Ｒｅｐ５２およびＲｅｐ４０からなる群から選択することができる。ＡＡＶヘルパーウイルスのゲノムは、Ｅ２、Ｅ４およびＶＡからなる群から選択されるＡＡＶヘルパー遺伝子を含む。一部の事例では、第１の核酸配列および第２の核酸配列は、トランスの関係にある。一部の事例では、第１の核酸配列および第２の核酸配列は、シスの関係にある。一部の事例では、第１の核酸配列、第２の核酸配列および第３の核酸配列は、トランスの関係にある。
【０１８２】
細胞は、ヒト、霊長類、ネズミ、ネコ、イヌ、ブタ、ヒツジ、ウシ、ウマ、エピン、ヤギおよびオオカミ宿主細胞からなる群から選択することができる。一部の事例では、細胞は、幹細胞などの、前駆体または前駆細胞である。一部の事例では、幹細胞は、間葉細胞、胚性幹細胞、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）、線維芽細胞または他の組織特異的幹細胞である。細胞は、不死化細胞であることもある。一部の事例では、胚性幹細胞は、ヒト胚性幹細胞である。一部の事例では、ヒト胚性幹細胞は、ヒト胎児腎臓２９３（ＨＥＫ−２９３）細胞である。一部の事例では、細胞は、分化細胞である。提供される本開示に基づいて、この系を、目的の標的細胞型においてリコンビナーゼを発現する任意のトランスジェニック系と併用して、より効率的にその標的細胞集団に形質導入するＡＡＶカプシドを開発することができると予想される。
【０１８３】
異種核酸のｒＡＡＶ媒介送達方法
【０１８４】
それを必要とする対象に異種核酸（例えば、本明細書で開示される治療用核酸または導入遺伝子）を送達する方法が、本明細書で開示される。導入遺伝子は、本明細書に記載のものなどの組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）カプシドタンパク質またはｒＡＡＶ粒子によりカプシド内封入され得る。
【０１８５】
方法はｅｘ  ｖｉｖｏ、例えば、科学的研究を目的とする、または養子細胞療法を生み出すためのものであり得る。対象は、ヒト初代細胞もしくは成熟細胞、または細胞株であり得る。対象は、サル、ハムスターまたはマウスからの細胞であり得る。いずれにせよ、送達は、組成物を細胞または細胞株と接触させることを含み得る。
【０１８６】
方法はｉｎ  ｖｉｖｏ、例えば、それを必要とする対象における疾患または状態を処置することであり得る。一部の事例では、対象は、哺乳動物、例えば、ヒトまたは非ヒト霊長類であり得、この場合、組成物の送達が対象に組成物を投与することを含み得る。一部の実施形態では、異種核酸の送達は、本明細書に記載の投与経路のいずれか１つを使用して組成物を対象に投与することを含む。非限定的な例では、芳香族Ｌ−アミノ酸デカルボキシラーゼ欠損（ＡＡＤＣ）遺伝子をカプシド内封入しているｒＡＡＶが、ＡＡＤＣ欠損症を処置するために対象に静脈内投与され得る。
【０１８７】
一部の実施形態では、標的ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏ組織への異種核酸の形質導入を増加させる方法は、本明細書に記載のｒＡＡＶ粒子を送達するステップであって、ｒＡＡＶが、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境（例えば、組織または細胞型）への形質導入効率向上を有するように操作されたものである、ステップを含む。一部の事例では、形質導入効率向上は、参照ＡＡＶと比較して１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、１１倍、１２倍、１３倍、１４倍、１５倍、１６倍、１７倍、１８倍、１９倍、２０倍、２１倍、２２倍、２３倍、２４倍、２５倍、２６倍、２７倍、２８倍、２９倍、３０倍、３１倍、３２倍、３３倍、３４倍、３５倍、３６倍、３７倍、３８倍、３９倍、４０倍、４１倍、４２倍、４３倍、４４倍、４５倍、４６倍、４７倍、４８倍、４９倍、５０倍、７５倍もしくは１００倍またはそれを超える向上を含む。一部の事例では、形質導入効率向上は、少なくとも３０倍である。一部の事例では、形質導入効率向上は、少なくとも４０倍である。一部の事例では、形質導入効率向上は、少なくとも５０倍である。一部の事例では、形質導入効率向上は、少なくとも６０倍である。一部の事例では、形質導入効率向上は、少なくとも８０倍である。一部の事例では、形質導入効率向上は、少なくとも９０倍である。一部の事例では、形質導入効率向上は、少なくとも１００倍である。
【０１８８】
一部の実施形態では、標的外ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏ組織への異種核酸の形質導入を減少させる方法は、本明細書に記載のｒＡＡＶ粒子を送達するステップであって、該ｒＡＡＶが、参照ＡＡＶと比較して１分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、６分の１、７分の１、８分の１、９分の１、１０分の１、１１分の１、１２分の１、１３分の１、１４分の１、１５分の１、１６分の１、１７分の１、１８分の１、１９分の１、２０分の１、２１分の１、２２分の１、２３分の１、２４分の１、２５分の１、２６分の１、２７分の１、２８分の１、２９分の１、３０分の１、３１分の１、３２分の１、３３分の１、３４分の１、３５分の１、３６分の１、３７分の１、３８分の１、３９分の１、４０分の１、４１分の１、４２分の１、４３分の１、４４分の１、４５分の１、４６分の１、４７分の１、４８分の１、４９分の１、５０分の１、７５分の１もしくは１００分の１またはそれ未満に低下した形質導入効率を有するように操作されたものである、ステップを含む。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも２０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも３０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも４０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも５０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも６０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも８０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも９０分の１に低下する。一部の事例では、標的外遺伝子移入は、少なくとも１００分の１に低下する。
【０１８９】
標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に異種核酸を送達する方法であって、参照ＡＡＶと比較して標的ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏ組織（例えば、器官または細胞型）に関する特異性が増加するように操作された本明細書に記載のｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む方法も、本明細書で提供される。一部の実施形態では、ｒＡＡＶ粒子は、標的外ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏ組織に対する特異性が減少するように操作されたものである。方法は、一部の場合には、ｒＡＡＶが参照ＡＡＶよりも標的ｉｎ  ｖｉｖｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏ組織に対して大きい特異性を有するかどうかを検出するステップであって、対象における標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境から得られた組織試料中のｒＡＡＶによりカプシド内封入された異種核酸から発現された遺伝子発現産物（例えば、ＲＮＡまたはタンパク質）のレベルを測定すること、および測定されたレベルを対照レベル（例えば、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９）によりカプシド内封入された異種核酸から発現された遺伝子発現産物についてのレベルなど）と比較することを含むステップを含む。遺伝子発現産物の発現の測定に好適な方法：ルシフェラーゼレポーターアッセイおよび定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）。
【０１９０】
一部の事例では、参照ＡＡＶは、ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、ＡＡＶ９、ＡＡＶ１０、ＡＡＶ１１、ＡＡＶ１２、またはそのバリアントからなる群から選択される血清型を有する。例えば、参照ＡＡＶは、ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ、およびＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｓからなる群から選択される血清型を有することができる。
【０１９１】
中枢または末梢神経系への送達
【０１９２】
標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に異種核酸を送達する方法であって、対象における中枢神経系（ＣＮＳ）および末梢神経系（ＰＮＳ）からなる群から選択される標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に組成物を送達するステップを含み、組成物が、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を有するｒＡＡＶ粒子を含み、ｒＡＡＶカプシドタンパク質が、異種核酸（例えば、治療用核酸）をコードするウイルスベクターをカプシド内封入するものである、方法が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、異種核酸をカプシド内封入しているｒＡＡＶ粒子は、操作されたｒＡＡＶカプシドタンパク質を含み、対象に全身投与された場合でも、参照ＡＡＶと比較して、対象のＣＮＳまたはＰＮＳに対する特異性の増加および一部の場合には形質導入効率の向上を有するものである。
【０１９３】
方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して対象におけるＣＮＳまたはＰＮＳに対する特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、一部の場合には、末梢器官（例えば、肝臓）に対する特異性減少および／または形質導入効率低下を有する。一部の事例では、送達は、全身送達である。あるいは、送達は、直接（例えば、ＣＮＳまたはＰＮＳの患部への）送達である。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶのアミノ酸配列におけるアミノ酸配列の少なくとも１個のアミノ酸の置換を含むことがあり、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶのアミノ酸配列における少なくとも２個のアミノ酸の置換を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、親ＡＡＶのアミノ酸配列における少なくとも３個のアミノ酸の置換を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、親ＡＡＶのアミノ酸配列における少なくとも４個のアミノ酸の置換を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ  Ｑ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、親ＡＡＶのアミノ酸配列における少なくとも５個のアミノ酸の置換を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ  Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ５は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、ＳまたはＴである。ｒＡＡＶは、親ＡＡＶのアミノ酸配列における少なくとも６個のアミノ酸の置換を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ  Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ５は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ６は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶである。ｒＡＡＶは、親ＡＡＶのアミノ酸配列における少なくとも７個のアミノ酸の置換を含むことができ、Ｘ１は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｌ、Ｎ、Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ２は、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ３は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、ＳまたはＴであり、Ｘ４は、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ  Ｑ、ＳまたはＴであり、Ｘ５は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、ＳまたはＴであり、Ｘ６は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶであり、Ｘ７は、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｒ、Ｓ、ＴまたはＶである。
【０１９４】
Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７は、一部の場合には連続している（Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７）。Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか２、３、４、５、６または７個が連続していることもある。一部の実施形態では、Ｘ１は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５２位にある。一部の実施形態では、Ｘ２は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５３位にある。一部の実施形態では、Ｘ３は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５４位にある。一部の実施形態では、Ｘ４は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５５位にある。一部の実施形態では、Ｘ５は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５６位にある。一部の実施形態では、Ｘ６は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５７位にある。一部の実施形態では、Ｘ７は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント中のアミノ酸４５８位にある。
【０１９５】
本明細書で開示される方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含み、参照ＡＡＶと比較して対象におけるＣＮＳまたはＰＮＳに対する特異性増加および／または形質導入効率向上を有し、置換が、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（ＶＰ１番号付け）のアミノ酸配列、そのバリアント、または異なるＡＡＶ血清型の同等のアミノ酸位置におけるＮ４５２Ｄ、Ｎ４５２Ａ、Ｎ４５２Ｇ、Ｎ４５２Ｌ、Ｎ４５２Ｑ、Ｎ４５２Ｓ、Ｎ４５２Ｔ、Ｇ４５３Ｉ、Ｇ４５３Ｎ、Ｇ４５３Ｓ、Ｇ４５３Ｐ、Ｇ４５３Ｒ、Ｇ４５３Ｔ、Ｓ４５４Ａ、Ｓ４５４Ｑ、Ｓ４５４Ｄ、Ｓ４５４Ｇ、Ｓ４５４Ｎ、Ｓ４５４Ｔ、Ｇ４５５Ａ、Ｇ４５５Ｓ、Ｇ４５５Ｄ、Ｇ４５５Ｋ、Ｇ４５５Ｎ、Ｇ４５５Ｐ、Ｇ４５５Ｑ、Ｇ４５５Ｔ、Ｑ４５６Ｔ、Ｑ４５６Ｓ、Ｑ４５６Ａ、Ｑ４５６Ｇ、Ｑ４５６Ｋ、Ｑ４５６Ｎ、Ｑ４５６Ｒ、Ｑ４５６Ｐ、Ｎ４５７Ｋ、Ｎ４５７Ａ、Ｎ４５７Ｇ、Ｎ４５７Ｐ、Ｎ４５７Ｒ、Ｎ４５７Ｓ、Ｎ４５７Ｔ、Ｎ４５７Ｖ、Ｑ４５８Ｎ、Ｑ４５８Ａ、Ｑ４５８Ｇ、Ｑ４５８Ｋ、Ｑ４５８Ｌ、Ｑ４５８Ｒ、Ｑ４５８Ｓ、Ｑ４５８ＴまたはＱ４５８Ｖを含む、ｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、配列番号１１〜１２７３９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列における１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含むｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む方法。置換は、ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）、ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）、ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）、ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）、ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）、ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）、ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）、ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）、ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）、ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）、ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）、ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）、ＫＧＰＧＱＭＧ（配列番号４５４７６）、ＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）、および表１または表２に示される任意のアミノ酸配列からなる群から選択されるアミノ酸配列からの少なくとも１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸を含むことができる。一部の実施形態では、対象のＣＮＳまたはＰＮＳへの異種核酸の送達に好適なｒＡＡＶカプシドタンパク質はまた、アミノ酸５８８位（ＡＡＶ９  ＶＰ１番号付け）におけるアミノ酸配列の挿入を有することがある。一部の場合には、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、肝臓に対する特異性減少および／または形質導入効率低下を有する。一部の実施形態では、置換は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸４５２〜４５８におけるアミノ酸配列ＩＬＧＴＧＴＳ（配列番号４５４７９）からも、ＱＳＳＱＴＰＲ（配列番号４５４８０）からもならない。一部の実施形態では、対象のＣＮＳまたはＰＮＳへの異種核酸の送達に好適なｒＡＡＶカプシドタンパク質はまた、アミノ酸５８８位（ＡＡＶ９  ＶＰ１番号付け）におけるアミノ酸配列の挿入も有することがある。
【０１９６】
異種核酸をカプシド内封入しているｒＡＡＶ粒子を対象におけるＣＮＳまたはＰＮＳに送達するステップを含む方法であって、ｒＡＡＶ粒子が、（ｉ）ＣＮＳまたはＰＮＳに対する異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上、および（ｉｉ）肝臓に対する異種核酸の特異性減少および／または形質導入効率低下を含み、ｒＡＡＶ粒子が、ＡＡＶ９カプシドタンパク質のアミノ酸配列、またはそのバリアント、または異なるＡＡＶ血清型の同等のアミノ酸位置におけるＮ４５２Ｄ、Ｎ４５２Ｇ、Ｎ４５２Ａ、Ｎ４５２Ｖ、Ｎ４５２Ｓ、Ｎ４５２Ｈ、Ｎ４５２Ｌ、Ｎ４５２Ｅ、Ｎ４５２Ｑ、Ｇ４５２Ａ、Ｇ４５２Ｉ、Ｇ４５２Ｔ、Ｇ４５２Ｐ、Ｇ４５２Ｒ、Ｇ４５２Ｔ、Ｇ４５２Ｓ、Ｇ４５２Ｋ、Ｇ４５２Ｈ、Ｓ４５４Ａ、Ｓ４５４Ｎ、Ｓ４５４Ｄ、Ｓ４５４Ｇ、Ｓ４５４Ｔ、Ｓ４５４Ｈ、Ｓ４５４Ｋ、Ｓ４５４Ｑ、Ｇ４５５Ａ、Ｇ４５５Ｎ、Ｇ４５５Ｔ、Ｇ４５５Ｓ、Ｇ４５５Ｄ、Ｇ４５５Ｐ、Ｇ４５５Ｒ、Ｇ４５５Ｑ、Ｑ４５６Ｔ、Ｑ４５６Ｓ、Ｑ４５６Ｋ、Ｑ４５６Ｐ、Ｑ４５６Ｇ、Ｑ４５６Ｄ、Ｑ４５６Ｖ、Ｑ４５６Ａ、Ｑ４５６Ｎ、Ｎ４５７Ｋ、Ｎ４５７Ｔ、Ｎ４５７Ａ、Ｎ４５７Ｒ、Ｎ４５７Ｓ、Ｎ４５７Ｇ、Ｎ４５７Ｄ、Ｎ４５７Ｐ、Ｎ４５７Ｖ、Ｑ４５８Ｎ、Ｑ４５８Ｇ、Ｑ４５８Ｓ、Ｑ４５８Ｌ、Ｑ４５８Ａ、Ｑ４５８ＥおよびＱ４５８Ｋからなる群から選択される置換を含むｒＡＡＶカプシドタンパク質を有する、方法が、本明細書で開示される。一部の場合には、置換は、アミノ酸配列ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）の少なくともまたは約１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換である。一部の場合には、置換は、アミノ酸配列ＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）の少なくともまたは約１、２、３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換である。一部の場合には、置換は、表１または表２に示される任意のアミノ酸配列である。一部の実施形態では、送達は、全身送達である。一部の実施形態では、送達は、直接送達である（例えば、ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に注射される）。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（例えば、配列番号１に示されるものについての）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ（配列番号３）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ（配列番号５）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶのアミノ酸配列のアミノ酸５８８〜５８９位（ＡＡＶ９  ＶＰ１番号付け）におけるアミノ酸についての少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入をさらに含む。一部の実施形態では、送達は、参照ＡＡＶ、例えばＡＡＶ９、による異種核酸の送達よりも特異的である。一部の実施形態では、方法は、肝臓などの標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への異種核酸の送達を低減または消失させるステップをさらに含む。一部の実施形態では、送達は、参照ＡＡＶのＣＮＳまたはＰＮＳへの形質導入効率と比べてＣＮＳまたはＰＮＳへの形質導入（例えば、異種核酸の）の効率の増加を特徴とする。一部の実施形態では、送達は、全身（例えば、静脈内）送達である。一部の実施形態では、対象は、ヒトまたは非ヒト霊長類である。
【０１９７】
標的器官または組織への送達
【０１９８】
一部の場合には、異種核酸を送達する方法は、対象における標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に組成物を送達するステップを含み、組成物は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を有するｒＡＡＶ粒子を含み、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、異種核酸（例えば、治療用核酸）をコードするウイルスベクターをカプシド内封入するものである。一部の場合には、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、肝臓、腸、心臓、肺、生殖器、筋肉、脂肪、膵臓、脳または脾臓である。一部の実施形態では、異種核酸をカプシド内封入しているｒＡＡＶ粒子は、操作されたｒＡＡＶカプシドタンパク質を含み、対象に全身投与された場合でも、対象の標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する特異性増加および一部の場合には形質導入効率向上を有する。
【０１９９】
異種核酸をカプシド内封入しているｒＡＡＶ粒子を対象に送達するステップを含む方法であって、ｒＡＡＶが、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含み、対象の心臓において測定されたとき、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有する、方法が、本明細書で開示される。一部の実施形態では、心臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号２５４６９〜２６２０５に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、対象の肺において測定されたとき、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、肺への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３２５３７〜３４１９８に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、対象の肝臓において測定されたとき、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、肝臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３０７２０〜３０９２３に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、対象の腸において測定されたとき、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、腸への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号２６２０６〜２６８７３に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、対象の胃において測定されたとき、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、胃への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３１８７３〜３２０６０に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、対象の脾臓において測定されたとき、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、脾臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３１４６８〜３１８７２に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、対象の腎臓において測定されたとき、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、腎臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号２６８７４〜３０７１９に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、対象の脂肪において測定されたとき、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、脂肪（fat）（脂肪（adipose））の標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３４１９９〜３５４７１に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。
【０２００】
対象にｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む方法であって、ｒＡＡＶが、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含み、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して対象の筋肉に対する異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有する、方法が、本明細書で提供される。一部の実施形態では、筋肉への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３０９２４〜３１４５１に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。筋肉は、心筋であり得る。筋肉は、骨格筋であり得る。一部の実施形態では、方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して対象の膵臓に対する異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、膵臓への標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３１４５２〜３１４６７に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有する。一部の実施形態では、方法は、ｒＡＡＶカプシドタンパク質を含むｒＡＡＶ粒子であって、参照ＡＡＶ（例えば、ＡＡＶ９、ＡＡＶ５）と比較して対象の生殖器（複数可）に対する異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を有するｒＡＡＶ粒子を送達するステップを含む。一部の実施形態では、精巣などの生殖器の標的化用に最適化されたｒＡＡＶは、配列番号３２０６１〜３２５３６に示されるアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を含む。一部の事例では、生殖器は、卵巣である。
【０２０１】
肝臓、腸、心臓、肺、生殖器、筋肉、脂肪、膵臓、脳または脾臓への異種核酸の送達に好適なｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも１個のアミノ酸の置換を含むことができる。一部の実施形態では、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも２個のアミノ酸の置換または挿入を含むことができる。一部の実施形態では、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも３個のアミノ酸の置換または挿入を含むことができる。一部の実施形態では、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも４個のアミノ酸の置換または挿入を含むことができる。一部の実施形態では、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｓ、ＰまたはＬである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも５個のアミノ酸の置換または挿入を含むことができる。一部の実施形態では、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｓ、ＰまたはＬであり、Ｘ５は、Ｐ、ＲまたはＳである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも６個のアミノ酸の置換または挿入を含むことができる。一部の実施形態では、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰであり、Ｘ４は、Ｔ、Ｓ、ＰまたはＬであり、Ｘ５は、Ｐ、ＲまたはＳであり、Ｘ６は、Ｇ、Ｓ、ＮまたはＴである。ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶカプシドタンパク質における少なくとも７個のアミノ酸の置換または挿入を含むことができる。一部の実施形態では、Ｘ１は、Ｋ、Ｒ、ＮまたはＴであり、Ｘ２は、Ｄ、Ｅ、ＮまたはＶであり、Ｘ３は、Ｎ、Ｓ、ＬまたはＰであり、ＩＸ４は、Ｔ、Ｓ、ＰまたはＬであり、Ｘ５は、Ｐ、ＲまたはＳであり、Ｘ６は、Ｇ、Ｓ、ＮまたはＴであり、Ｘ７は、Ｒ、ＬまたはＩである。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７は、連続している（Ｘ１−Ｘ２−Ｘ３−Ｘ４−Ｘ５−Ｘ６−Ｘ７）。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７のうちのいずれか２、３、４、５、６または７個が連続している。一部の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６およびＸ７は、連続していない。一部の実施形態では、Ｘ１は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５２位にある。一部の実施形態では、Ｘ２は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５３位にある。一部の実施形態では、Ｘ３は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５４位にある。一部の実施形態では、Ｘ４は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５５位にある。一部の実施形態では、Ｘ５は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５６位にある。一部の実施形態では、Ｘ６は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５７位にある。一部の実施形態では、Ｘ７は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアント内のアミノ酸４５８位にある。一部の実施形態では、置換は、親ＡＡＶ９カプシドタンパク質またはそのバリアントのアミノ酸４５２〜４５８におけるアミノ酸配列ＩＬＧＴＧＴＳ（配列番号４５４７９）からも、ＱＳＳＱＴＰＲ（配列番号４５４８０）からもならない。一部の実施形態では、対象の標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への異種核酸の送達に好適なｒＡＡＶカプシドタンパク質はまた、アミノ酸５８８位（ＡＡＶ９  ＶＰ１番号付け）にアミノ酸配列の挿入を有することがある。
【０２０２】
異種核酸をカプシド内封入しているｒＡＡＶ粒子を、対象の肝臓、腸、心臓、肺、生殖器、筋肉、脂肪、膵臓、脳および脾臓からなる群から選択される標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に送達するステップを含む方法であって、ｒＡＡＶ粒子が、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する異種核酸の特異性増加および／または形質導入効率向上を含み、ｒＡＡＶ粒子が、親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）、ＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）、ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２９０６５）またはＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含むｒＡＡＶカプシドタンパク質を有する、方法が、本明細書で開示される。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（例えば、配列番号１に示されるものについての）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ５カプシドタンパク質（例えば、配列番号２に示されるものについての）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ（配列番号３）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ（配列番号５）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶのアミノ酸配列のアミノ酸５８８〜５８９位（ＡＡＶ９  ＶＰ１番号付け）におけるアミノ酸についての少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入をさらに含む。一部の実施形態では、送達は、参照ＡＡＶ、例えばＡＡＶ９、による異種核酸の送達よりも特異的である。一部の実施形態では、方法は、参照ＡＡＶと比較して、肝臓などの標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への異種核酸の送達を低減させるまたは消失させるステップをさらに含む。一部の実施形態では、送達は、参照ＡＡＶの標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への形質導入効率と比べて標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への形質導入（例えば、異種核酸の）の効率の向上を特徴とする。一部の実施形態では、送達は、全身（例えば、静脈内）送達である。一部の実施形態では、対象は、ヒトまたは非ヒト霊長類である。
【０２０３】
処置方法
【０２０４】
対象における疾患もしくは障害、または疾患もしくは障害の症状、を処置する方法であって、本明細書で開示される１つまたは複数の組成物（例えば、ｒＡＡＶ粒子、ＡＡＶベクター、医薬製剤および組成物）の治療有効量を対象に投与するステップを含む方法が、本明細書で開示される。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載のｒＡＡＶカプシドタンパク質である。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の、単離され、精製されたｒＡＡＶカプシドタンパク質である。一部の実施形態では、ｒＡＡＶ粒子は、導入遺伝子を含む異種核酸（例えば、治療用核酸）をカプシド内封入している。一部の実施形態では、組成物は、本明細書で開示される治療剤とコンジュゲートした本明細書に記載のｒＡＡＶカプシドタンパク質である。一部の実施形態では、組成物は、ｒＡＡＶ粒子と薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物である。一部の実施形態では、１つまたは複数の組成物は、単独で対象に投与される（例えば、独立型療法）。一部の実施形態では、１つまたは複数の組成物は、追加の薬剤と組み合わせて投与される。一部の実施形態では、組成物は、疾患または状態の第一選択療法である。一部の実施形態では、組成物は、疾患または状態の第二選択、第三選択または第四選択療法である。
【０２０５】
対象における疾患もしくは状態、または疾患もしくは状態の症状を処置する方法であって、（ａ）疾患または状態が標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境を冒していると対象を診断するステップ、および（ｂ）本明細書で開示される組成物（例えば、ｒＡＡＶ粒子、ＡＡＶベクター、医薬組成物）の治療有効量を対象に投与することにより疾患または状態を処置するステップを含み、組成物が、操作され、標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に対する特異性が増加する、方法が、本明細書で提供される。一部の場合には、組成物は、操作され、標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境、例えば肝臓、に対する特異性が減少する。
【０２０６】
対象における標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境を冒す疾患もしくは状態、または疾患もしくは状態の症状を処置する方法であって、（ａ）対象に組成物（例えば、ｒＡＡＶ粒子、ＡＡＶベクター、医薬組成物）を投与するステップ、および（ｂ）対象における標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境内に参照ＡＡＶと比較して増加した特異性および／または向上した形質導入効率で治療用核酸を発現させるステップを含む方法が、本明細書で開示される。一部の場合には、参照ＡＡＶは、ＡＡＶ９もしくはＡＡＶ５、またはそのバリアントである。
【０２０７】
中枢神経系（ＣＮＳ）または末梢神経系（ＰＮＳ）を罹患させる疾患または状態を処置する方法は、ｒＡＡＶ粒子を対象に投与するステップであって、ｒＡＡＶ粒子が、親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位におけるアミノ酸配列ＤＧＡＡＴＫＮ（配列番号３９４３）またはＤＧＱＳＳＫＳ（配列番号２７６４）、ＬＱＴＳＳＰＧ（配列番号２９３３）、ＱＱＧＫＱＳＶ（配列番号７９）、ＳＩＮＴＫＴＮ（配列番号４５４７５）、ＳＮＧＴＫＱＴ（配列番号４４２）、ＧＳＧＫＴＡＡ（配列番号８８）、ＭＧＤＫＰＴＲ（配列番号２４６６）、ＱＰＳＧＧＮＴ（配列番号２６７２）、ＥＲＧＡＮＴＫ（配列番号５１９２）、ＴＴＧＧＨＳＳ（配列番号２７４３）、ＧＴＴＫＴＳＥ（配列番号３０６４）、ＧＴＧＴＳＶＬ（配列番号１１９５８）、ＮＱＳＧＴＫＧ（配列番号７８０）、ＫＧＰＧＱＭＧ（配列番号４５４７６）、ＧＴＰＳＫＡＧ（配列番号２７４１）、および表１、表２、図２または図３に示される任意のアミノ酸配列についての、少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含むｒＡＡＶカプシドタンパク質を含む、ステップを含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６３８４〜４６３９９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む。
【０２０８】
一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（例えば、配列番号１に示されるものについての）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ（配列番号３）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ（配列番号５）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶのアミノ酸配列のアミノ酸５８８〜５８９位（ＡＡＶ９  ＶＰ１番号付け）におけるアミノ酸についての少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入をさらに含む。一部の実施形態では、送達は、参照ＡＡＶ、例えばＡＡＶ９、による異種核酸の送達よりも特異的である。一部の実施形態では、方法は、肝臓などの標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への異種核酸の送達を低減または消失させるステップをさらに含む。一部の実施形態では、送達は、参照ＡＡＶのＣＮＳまたはＰＮＳへの形質導入効率と比べてＣＮＳまたはＰＮＳへの形質導入（例えば、異種核酸の）の効率向上を特徴とする。一部の実施形態では、送達は、全身（例えば、静脈内）送達である。一部の実施形態では、対象は、ヒトまたは非ヒト霊長類である。
【０２０９】
肝臓、腸、心臓、肺、生殖器、筋肉、脂肪、膵臓、脳または脾臓からなる群から選択される標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境を冒す疾患または状態を処置する方法は、図４〜１４のいずれか１つに示されるアミノ酸を含むｒＡＡＶ粒子を対象に投与するステップであって、ｒＡＡＶ粒子が、配列番号２５４６９〜２６２０５のいずれか１つに示されるアミノ酸配列についての少なくともまたは約３、４、５、６または７個のアミノ酸の置換を含むｒＡＡＶカプシドタンパク質を含む、ステップを含む。一部の実施形態では、方法は、親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位にアミノ酸配列ＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８）またはＮＮＬＰＲＮＬ（配列番号３２８６７）を含むｒＡＡＶ粒子を送達することによって、肺を標的とするステップを含む。一部の実施形態では、方法は、親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位にアミノ酸配列ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２６４７４）を含むｒＡＡＶ粒子を送達することによって、腸を標的とするステップを含む。一部の実施形態では、方法は、親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位にアミノ酸配列ＲＶＰＬＳＴＩ（配列番号２６９３３）またはＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号２９０６５）を含むｒＡＡＶ粒子を送達することによって、腎臓を標的とするステップを含む。一部の実施形態では、方法は、親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸４５２〜４５８位にアミノ酸配列ＲＥＳＳＰＳＬ（配列番号３１９０４）を含むｒＡＡＶ粒子を送達することによって、胃を標的とするステップを含む。一部の実施形態では、ｒＡＡＶカプシドタンパク質は、配列番号４６４００〜４６４０３のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９カプシドタンパク質（例えば、配列番号１に示されるものについての）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ５カプシドタンパク質（例えば、配列番号２に示されるものについての）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質ＡＡＶ−ＰＨＰ．Ｂ（配列番号３）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、ＡＡＶ９バリアントカプシドタンパク質ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ（配列番号５）である。一部の実施形態では、親ＡＡＶカプシドタンパク質は、親ＡＡＶのアミノ酸配列のアミノ酸５８８〜５８９位（ＡＡＶ９  ＶＰ１番号付け）におけるアミノ酸についての少なくともまたは約３、４、５、６、７、８、９、１０または１１個のアミノ酸の挿入をさらに含む。一部の実施形態では、送達は、参照ＡＡＶ、例えばＡＡＶ９、による異種核酸の送達よりも特異的である。一部の実施形態では、方法は、肝臓などの標的外ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への異種核酸の送達を低減または消失させるステップをさらに含む。一部の実施形態では、送達は、参照ＡＡＶの標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への形質導入効率と比べて標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境への形質導入（例えば、異種核酸の）の効率向上を特徴とする。一部の実施形態では、送達は、全身（例えば、静脈内、鼻腔内）送達である。一部の実施形態では、対象は、ヒトまたは非ヒト霊長類である。
【０２１０】
標的遺伝子発現産物をモジュレートする方法であって、それを必要とする対象に、本明細書で開示される組成物（例えば、ｒＡＡＶ粒子、ＡＡＶベクター、医薬組成物）を投与するステップを含む方法も提供される。例えば、本明細書で提供される方法は、標的遺伝子発現産物の発現または活性をモジュレートする異種核酸を含むウイルスベクターをカプシド内封入するｒＡＡＶカプシドタンパク質を有するｒＡＡＶを対象に投与するステップを含む。一部の実施形態では、疾患または状態は、正常個体と比較して、遺伝子またはその遺伝子発現産物の発現または活性の増加または増強を特徴とする。一部の場合には、組成物の治療有効量を投与するステップは、遺伝子またはその遺伝子発現産物の発現または活性を、正常個体において典型的であるレベルに回復させる。用語「正常個体」は、非罹患個体、すなわち、遺伝子またはその遺伝子発現産物の発現または活性の変動を特徴とする疾患にも状態にも冒されていない個体を指す。
【０２１１】
中枢神経系（ＣＮＳ）疾患または障害に関与する遺伝子の非限定的な例としては、サルコグリカンアルファ（ＳＧＣＡ）、グルタミン酸デカルボキシラーゼ６５（ＧＡＤ６５）、グルタミン酸デカルボキシラーゼ６７（ＧＡＤ６７）、ＣＬＮ２遺伝子、神経成長因子（ＮＧＦ）、グリア細胞由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）、ニュールツリン、生存運動ニューロン１、テロメア型（ＳＭＮ１）、β−グルコセレブロシダーゼ（ＧＣａｓｅ）、フラタキシン（ＦＸＮ）、ハンチンチン（ＨＴＮ）、メチルＣｐＧ結合タンパク質２（ＭＥＣＰ２）、ペルオキシソーム生合成因子（ＰＥＸ）、プログラニュリン（ＧＲＮ）、抗チューブリン剤、銅−亜鉛スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ１）、グルコシルセラミダーゼベータ（ＧＢＡ）、ＮＰＣ細胞内コレステロール輸送体１（ＮＰＣ１）、およびＮＰＳ３が挙げられる。一部の実施形態では、ペルオキシソーム生合成因子（ＰＥＸ）は、ＰＥＸ１、ＰＥＸ２、ＰＥＸ３、ＰＥＸ４、ＰＥＸ５、ＰＥＸ６、ＰＥＸ７、ＰＥＸ１０、ＰＥＸ１１β、ＰＥＸ１２、ＰＥＸ１３、ＰＥＸ１４、ＰＥＸ１６、ＰＥＸ１９、およびＰＥＸ２６からなる群から選択される。特定の器官（例えば、肺、心臓、肝臓、筋肉、眼）の疾患または障害に関与する遺伝子の非限定的な例としては、嚢胞性線維症膜貫通コンダクタンス調節因子（ＣＦＴＲ）、第Ｘ因子（ＦＩＸ）、ＲＰＥ６５、レチノイドイソメロヒドロラーゼ（ＲＰＥ６５）、サルコグリカンアルファ（ＳＧＣＡ）、および筋小胞体／小胞体Ｃａ２＋−ＡＴＰａｓｅ（ＳＥＲＣＡ２ａ）が挙げられる。一部の事例では、遺伝子の発現、または遺伝子発現産物の発現もしくは活性は、対象への組成物の投与により阻害される。一部の事例では、遺伝子の発現、または遺伝子発現産物の発現もしくは活性は、対象への組成物の投与により増強される。
【０２１２】
一部の場合には、組成物は、所望の治療効果を得るために、１日１回または複数回、１日当たり対象の体重に対して約０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．００５ｍｇ／ｋｇ〜約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約０．００５ｍｇ／ｋｇ、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ〜約２５ｍｇ／ｋｇを送達するのに十分な投薬レベルで投与される。
【０２１３】
一部の場合には、投与される組成物のウイルスゲノム（ｖｇ）濃度は、１キログラム（ｋｇ）あたり１．０×１０１１ｖｇ〜１．０×１０１６ｖｇ／ｋｇの間である。一部の場合には、少なくともまたは約１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、１０１５、１０１６または１０１７の感染粒子の濃度。一部の場合には、感染粒子の濃度は、２×１０７、２×１０８、２×１０９、２×１０１０、２×１０１１、２×１０１２、２×１０１３、２×１０１４、２×１０１５、２×１０１６、または２×１０１７である。一部の場合には、感染粒子の濃度３×１０７、３×１０８、３×１０９、３×１０１０、３×１０１１、３×１０１２、３×１０１３、３×１０１４、３×１０１５、３×１０１６、または３×１０１７。一部の場合には、感染粒子の濃度４×１０７、４×１０８、４×１０９、４×１０１０、４×１０１１、４×１０１２、４×１０１３、４×１０１４、４×１０１５、４×１０１６、または４×１０１７。一部の場合には、感染粒子の濃度５×１０７、５×１０８、５×１０９、５×１０１０、５×１０１１、５×１０１２、５×１０１３、５×１０１４、５×１０１５、５×１０１６、または５×１０１７。一部の場合には、感染粒子の濃度６×１０７、６×１０８、６×１０９、６×１０１０、６×１０１１、６×１０１２、６×１０１３、６×１０１４、６×１０１５、６×１０１６、または６×１０１７。一部の場合には、感染粒子の濃度７×１０７、７×１０８、７×１０９、７×１０１０、７×１０１１、７×１０１２、７×１０１３、７×１０１４、７×１０１５、７×１０１６、または７×１０１７。一部の場合には、感染粒子の濃度８×１０７、８×１０８、８×１０９、８×１０１０、８×１０１１、８×１０１２、８×１０１３、８×１０１４、８×１０１５、８×１０１６、または８×１０１７。一部の場合には、感染粒子の濃度９×１０７、９×１０８、９×１０９、９×１０１０、９×１０１１、９×１０１２、９×１０１３、９×１０１４、９×１０１５、９×１０１６、または９×１０１７。
【０２１４】
一部の実施形態では、ステップの投与するステップ（administrating  of  step）は、１回行われる。あるいは、ステップの投与するステップは、少なくとも２回反復される。ステップの投与するステップは、毎日１回行われることがある。一部の場合には、ステップの投与するステップは、静脈内投与を含む。一部の場合には、投与するステップは、肺投与を含む。一部の場合には、投与するステップは、鼻腔内投与（例えば、スプレー）を含む。一部の場合には、ステップの投与するステップは、組成物を標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に注射することを含む。一部の場合には、ステップの投与するステップは、組成物を標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境に注射することを含まない。
【０２１５】
対象
【０２１６】
対象に、例えば、対象における疾患または状態を処置または予防するために、ＡＡＶ粒子およびウイルスベクターの少なくとも一方を送達する方法が、本明細書で開示される。対象は、一部の場合には、哺乳動物である。哺乳動物の非限定的な例としては、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、チンパンジーまたは農場動物が挙げられる。一部の事例では、哺乳動物は、非ヒト霊長類である。一部の事例では、対象は、ヒトである。本開示の対象は、疾患であるとも状態であるとも診断されないこともある。あるいは、対象は、疾患もしくは障害であると診断される、または疾患もしくは障害を有する疑いがある、患者であることもある。
【０２１７】
疾患または状態
【０２１８】
本明細書で開示されるものなどのｒＡＡＶを含む組成物を投与することにより対象における疾患または状態を処置する方法が、本明細書で開示される。本明細書で開示されるｒＡＡＶの少なくとも１つの利点は、脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、パーキンソン病、ポンペ病、ハンチントン病、アルツハイマー病、バッテン病、リソソーム蓄積障害、多形神経膠芽腫、レット症候群、レーバー先天性黒内障、遅発型乳児神経セロイドリポフスチン沈着症（ＬＩＮＣＬ）、慢性疼痛、脳卒中、脊髄損傷、外傷性脳損傷およびリソソーム蓄積障害を含むがこれらに限定されない、導入遺伝子療法の恩恵を受けるはずである事実上あらゆる疾患または状態を、ｒＡＡＶを使用して処置することができることである。
【０２１９】
疾患または状態は、一部の実施形態では、正常個体と比較して遺伝子またはその遺伝子発現産物の発現または活性の低減または消失を特徴とし得る。一部の実施形態では、正常個体と比較して遺伝子またはその遺伝子発現産物の発現または活性の増加または増強を特徴とする。
【０２２０】
一部の場合には、疾患または状態は、対象における特定のｉｎ  ｖｉｖｏ環境、例えば、脳または肺に局在する。本開示の組成物は、疾患または状態の病因または病変に関わる標的遺伝子発現産物の活性または発現をモジュレートするように操作された治療用核酸をｉｎ  ｖｉｖｏ環境を特異的に標的とし、送達するため、本明細書に記載の疾患または状態の処置に特に有用である。
【０２２１】
一部の事例では、疾患または状態は、中枢神経系（ＣＮＳ）の疾患または状態を含む。ＣＮＳの疾患の非限定的な例としては、透明中隔欠損、酸性リパーゼ病、酸性マルターゼ欠損症、後天性てんかん性失語症、急性散在性脳脊髄炎、注意欠陥・多動性障害（ＡＤＨＤ）、アディー瞳孔、アディー症候群、副腎白質ジストロフィー、脳梁欠損症、失認、アイカルディ症候群、アイカルディ・グティーエール症候群障害、ＡＩＤＳ−神経学的合併症、アレキサンダー病、アルパース病、交代性片麻痺、アルツハイマー病、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、無脳症、動脈瘤、アンジェルマン症候群、血管腫症、無酸素症、抗リン脂質症候群、失語症、失行症、くも膜嚢胞、くも膜炎、アーノルド・キアリ奇形、動静脈奇形、アスペルガー症候群、運動失調、毛細血管拡張性運動失調、運動失調および小脳または脊髄小脳変性症、心房細動および脳卒中、注意欠陥・多動性障害、自閉症スペクトラム障害、自律神経機能不全、背部痛、バース症候群、バッテン病、ベッカー型筋硬直、ベーチェット病、ベル麻痺、良性本態性眼瞼痙攣、良性限局性筋萎縮症、良性頭蓋内圧亢進症、ベルンハルト・ロート症候群、ビンスワンガー病、眼瞼痙攣、ブロッホ・サルツバーガー症候群、分娩時腕神経叢損傷、腕神経叢損傷、ブラッドベリー・エッグルストン症候群、脳および脊椎腫瘍、脳動脈瘤、脳損傷、ブラウン・セカール症候群、球脊髄性筋萎縮症、皮質下梗塞と白質脳症を伴う常染色体優性脳動脈症（ＣＡＤＡＳＩＬ）、カナバン病、手根管症候群、カウザルギー、カベルノーマ、海綿状血管腫、海綿状血管奇形、中心性頸髄症候群、中心性脊髄症候群、中枢性疼痛症候群、橋中心髄鞘崩壊症、頭の障害、セラミダーゼ欠損症、小脳変性症、小脳形成不全、脳動脈瘤、脳動脈硬化症、脳萎縮、脳性脚気、脳海綿状血管奇形（cerebral  cavemous  malformation）、脳性巨人症、脳低酸素症、脳性麻痺、脳・眼・顔・骨格症候群（ＣＯＦＳ）、シャルコー・マリー・トゥース病、シャルコー・マリー・トゥース症候群、古典的肢根点状軟骨異形成症（ＲＣＤＰ）、キアリ奇形、コレステロールエステル蓄積症、舞踏病、有棘赤血球舞踏病（choreoacanthocytosis）、慢性炎症性脱髄性多発神経炎（ＣＩＤＰ）、慢性起立性調節障害、慢性疼痛、コケイン症候群ＩＩ型、コフィン・ローリー症候群、コルポセファリー、昏睡、複合性局所疼痛症候群、先天性顔面両側麻痺、先天性筋無力症、先天性ミオパチー、先天性海綿状血管奇形、大脳皮質基底核変性症、頭蓋動脈炎、頭蓋骨癒合症、クリー脳炎、クロイツフェルト・ヤコブ病、累積外傷性障害、クッシング症候群、巨細胞封入体病、サイトメガロウイルス感染症、ダンシングアイズ・ダンシングフィート症候群、ダンディー・ウォーカー症候群、ドーソン病、難聴、ドモルシア症候群、デジュリン・クルンプケ麻痺、認知症、多発脳梗塞性認知症、意味性認知症、皮質下認知症、レビー小体型認知症、歯状小脳性運動失調（dentate  cerebellar  ataxia）、歯状核赤核萎縮、皮膚筋炎、発達性失行、デビック症候群、糖尿病性ニューロパチー、びまん性硬化症、ドラベ症候群、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、自律神経障害、書字障害、失読症、嚥下障害、運動障害、ミオクローヌス性小脳性共同運動障害、進行性小��性共同運動障害、ジストニア、早期乳児てんかん性脳症、エンプティセラ症候群、脳炎、嗜眠性脳炎、脳ヘルニア、脳症、脳症（家族性新生児）、脳三叉神経領域血管腫症、てんかん、てんかん性片麻痺、エルブ型麻痺、エルブ・デュシェンヌおよびデジュリン・クルンプケ麻痺、本態性振戦、橋外髄鞘崩壊症、ファブリー病、ファール症候群、失神、家族性自律神経失調症、家族性血管腫、家族性特発性基底核石灰化症、家族性周期性麻痺、家族性痙性麻痺、ファーバー病、熱性痙攣、線維筋性異形成、フィッシャー症候群、筋緊張低下児症候群、下垂足、フリードライヒ運動失調症、前頭側頭型認知症、ゴーシェ病、全身性ガングリオシドーシス、ゲルストマン症候群、ゲルストマン・ストロイスラー・シャインカー病、巨大軸索ニューロパチー、巨細胞動脈炎、巨細胞封入体病、神経膠芽腫、グロボイド細胞白質ジストロフィー、舌咽神経痛、糖原病、ギラン・バレー症候群、ハラーフォルデン・シュパッツ病、頭部損傷、頭痛、持続性片側頭痛、片側顔面痙攣、交代性片麻痺（Hemiplegia  Alterans）、遺伝性ニューロパチー、遺伝性痙性対麻痺、多発神経炎型遺伝性失調症、帯状疱疹、耳帯状疱疹、平山症候群、ホームズ・アディー症候群、全前脳胞症、ＨＴＬＶ−１関連脊髄症、ヒューズ症候群、ハンチントン病、水頭無脳症、水頭症、正常圧水頭症、水脊髄症、副腎皮質機能亢進、過眠、筋緊張亢進、筋緊張低下、低酸素症、免疫介在性脳脊髄炎、封入体筋炎、色素失調症、小児筋緊張低下、乳児神経軸索ジストロフィー、乳児フィタン酸蓄積症、乳児レフサム病、小児痙攣、炎症性ミオパチー、後頭孔脳脱出症、腸性脂肪異栄養症、頭蓋内嚢胞、頭蓋内圧亢進症、アイザックス症候群、ジュベール症候群、カーンズ・セイヤー症候群、ケネディー病、キンスボーン症候群、クライン・レビン症候群、クリッペル・フェイル症候群、クリッペル・トレノネー症候群（ＫＴＳ）、クリューバー・ビューシー症候群（Kliiver-Bucy  Syndrome）、コルサコフ健忘症候群、クラッベ病、クーゲルベルグ・ウェランダー病、クールー病、ランバート・イートン筋無力症候群、ランドウ・クレフナー症候群、外側大腿皮神経絞扼、延髄外側症候群、学習障害、リー病、レノックス・ガストー症候群、レッシュ・ナイハン症候群、白質ジストロフィー、レビン・クリチリー症候群、レビー小体認知症、脂質蓄積症、リポイドタンパク症、滑脳症、閉じ込め症候群、ルー・ゲーリック病、ループス−神経学的後遺症、ライム病−神経学的合併症、マチャド・ジョセフ病、大脳症（macrencephaly）、巨脳症、メルカーソン・ローゼンタール症候群、髄膜炎、髄膜炎および脳炎、メンケス病、異常感覚性大腿神経痛、異染性白質ジストロフィー、小頭症、偏頭痛、ミラー・フィッシャー症候群、軽度の脳卒中、ミトコンドリアミオパチー、メビウス症候群、一側性筋萎縮症、運動ニューロン疾患、もやもや病、ムコリピドーシス、ムコ多糖症、多発脳梗塞性認知症、多巣性運動ニューロパチー、多発性硬化症、多系統萎縮症、起立性低血圧を伴う多系統萎縮症、筋ジストロフィー、先天性筋無力症、重症筋無力症、骨髄破壊性びまん性硬化症、乳児期ミオクロニー脳症、ミオクローヌス、ミオパチー、先天性ミオパチー、甲状腺中毒性ミオパチー、筋緊張症���先天性筋緊張症、ナルコレプシー、神経有棘赤血球症、脳内鉄沈着を伴う神経変性症、神経線維腫症、神経遮断薬悪性症候群、ＡＩＤＳの神経学的合併症、ライム病の神経学的合併症、サイトメガロウイルス感染症の神経学的転帰、ポンペ病の神経症状、ループスの神経学的後遺症、視神経脊髄炎、神経性筋緊張症、神経セロイドリポフスチン症、神経細胞移動障害、遺伝性ニューロパチー、神経サルコイドーシス、神経梅毒、神経毒性、海綿状母斑、ニーマン・ピック病、オサリバン・マクラウド症候群、後頭神経痛、大田原症候群、オリーブ橋小脳萎縮症、オプソクローヌス・ミオクローヌス、起立性低血圧、過用症候群、慢性疼痛、パントテン酸キナーゼ関連神経変性症、腫瘍随伴症候群、異常知覚、パーキンソン病、発作性舞踏アテトーゼ、発作性片側頭痛、パリー・ロンバーグ、ペリツェウス・メルツバッハー病、ペナ・ショッカー症候群ＩＩ型、神経根嚢胞、周期性麻痺、末梢性ニューロパチー、脳室周囲白質軟化症、遷延性植物状態、広汎性発達障害、フィタン酸蓄積症、ピック病、神経圧迫（pinched  nerve）、梨状筋症候群、下垂体腫瘍、多発性筋炎、ポンペ病、孔脳症、ポリオ後症候群、帯状疱疹後神経痛、感染後脳脊髄炎、体位性低血圧症、体位性起立性頻脈症候群、体位性頻脈症候群、原発性歯状核萎縮症、原発性側索硬化症、原発性進行性失語症、プリオン病、進行性顔面片側萎縮、進行性歩行運動失調、進行性多巣性白質脳症、進行性硬化性ポリオジストロフィー、進行性核上性麻痺、相貌失認（prosopagnosia）、偽トーチ症候群、偽性トキソプラズマ症候群、偽脳腫瘍、心因性運動、ラムゼイ・ハント症候群Ｉ型、ラムゼイ・ハント症候群ＩＩ型、ラスムッセン脳炎、反射性交感神経ジストロフィー症候群、レフサム病、乳児型レフサム病、反復動作障害、反復性ストレス障害、下肢静止不能症候群、レトロウイルス関連ミエロパチー、レット症候群、ライ症候群、リウマチ性脳炎、ライリー・デイ症候群、仙骨神経根嚢腫、聖ヴィトゥス舞踏病、唾液腺疾患、サンドホフ病、シルダー病、裂脳症、ザイテルベルガー病、発作性障害、意味性認知症、中隔視神経形成異常症、乳児重症ミオクロニーてんかん（ＳＭＥＩ）、乳幼児揺さぶられ症候群、帯状疱疹、シャイ・ドレーガー症候群、シェーグレン症候群、睡眠時無呼吸、睡眠病、ソトス症候群、痙攣、二分脊椎、脊髄梗塞、脊髄損傷、脊髄腫瘍、脊髄性筋萎縮症、脊髄小脳萎縮症、脊髄小脳変性症、スティール・リチャードソン・オルゼウスキー症候群、スティッフパーソン症候群、線条体黒質変性症、脳卒中、スタージ・ウェーバー症候群、亜急性硬化性全脳炎、皮質下動脈硬化性脳症、短時間持続性片側神経痛様（ＳＵＮＣＴ）頭痛、嚥下障害、シデナム舞踏病、失神、梅毒性脊髄硬化症、脊髄水空洞症（syringohydromyelia）、脊髄空洞症、全身性エリテマトーデス、脊髄ろう、遅発性ジスキネジア、タルロブ嚢胞、テイ・サックス病、側頭動脈炎、脊髄係留症候群、トムゼン筋緊張症、胸郭出口症候群、甲状腺中毒性ミオパチー、疼痛性チック、トッド麻痺、トゥレット症候群、一過性脳虚血発作、伝達性海綿状脳症、横断性脊髄炎、外傷性脳損傷、振戦、三叉神経痛、熱帯性痙性不全対麻痺、トロイヤー症候群、結節性硬化症、血管性勃起性腫瘍、���枢および末梢神経系の血管炎症候群、フォン・エコノモ病、フォンヒッペル・リンダウ病（ＶＨＬ）、フォン・レックリングハウゼン病、ワレンベルク症候群、ウェルドニッヒ・ホフマン病、ウェルニッケ・コルサコフ症候群、ウエスト症候群、むち打ち症、ウィップル病、ウィリアムズ症候群、ウィルソン病、ウォルマン病、およびＸ連鎖性球脊髄性筋萎縮症が挙げられる。
【０２２２】
一部の事例では、疾患または状態は、肝臓疾患もしくは障害を含むか、または肝臓疾患もしくは障害に関連している。非限定的な例としては、胆汁酸合成異常（例えば、ウィルソン病、進行性家族性肝内胆汁うっ滞症３型）、炭水化物（carbohydrate）代謝障害（例えば、遺伝性果糖不耐症、糖原病ＩＶ型）、アミノ酸代謝異常（例えば、チロシン血症Ｉ型）、尿素サイクル障害（例えば、アルギニノコハク酸リアーゼ欠損症、シトリン欠損症（ＣＴＬＮ２、ＮＩＣＣＤ））、脂質代謝障害（例えば、コレステリルエステル蓄積症）ならびに、これらに限定されないがアルファ−１抗トリプシン欠損症、嚢胞性線維症、遺伝性ヘモクロマトーシス、アルストレム症候群および先天性肝線維症を含む、他のものが挙げられる。
【０２２３】
一部の事例では、疾患または状態は、肺疾患または障害（肺の）である。一部の事例では、肺疾患または障害は、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、肺線維症（ＰＦ）、およびプラズマローゲン欠乏症からなる群から選択される。
【０２２４】
標的遺伝子またはその遺伝子発現産物の異常な発現または活性に関連する疾患または状態を処置する方法であって、本開示の異種核酸をカプシド内封入しているｒＡＡＶを投与することにより対象における標的遺伝子または遺伝子発現産物の発現または活性をモジュレートするステップを含む方法が、本明細書で提供される。一部の事例では、投与は、全身投与である。一部の事例では、標的遺伝子または遺伝子発現産物の発現または活性は、正常（非罹病）個体におけるものと比較して減少しており、対象にｒＡＡＶを投与することは、標的遺伝子または遺伝子発現産物の活性の発現を正常個体のそれへと増加させるのに十分である。一部の事例では、遺伝子または遺伝子発現産物の発現または活性は、正常個体におけるものと比較して増加しており、対象にｒＡＡＶを投与することは、標的遺伝子または遺伝子発現産物の発現または活性を減少させるのに十分である。非限定的な例では、一部の場合にはプレセニリン１および／またはプレセニリン２（遺伝子ＰＳＥＮ１およびＰＳＥＮ２によりそれぞれコードされる）の機能獲得により引き起こされる、アルツハイマー病であると診断された対象に、サイレンシングＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）であるかまたはＰＳＥＮ１  ｍＲＮＡに対する機能喪失効果を有する他のＲＮＡｉである、治療用核酸をカプシド内封入している本明細書で開示されるｒＡＡＶが投与される。
【０２２５】
製剤、投与量、および投与経路
【０２２６】
一般に、本明細書で開示される方法は、全身投与により治療用ｒＡＡＶ組成物を投与するステップを含む。一部の事例では、方法は、経口投与により治療用ｒＡＡＶ組成物を投与するステップを含む。一部の事例では、方法は、腹腔内投与により治療用ｒＡＡＶ組成物を投与するステップを含む。一部の事例では、方法は、肛門座薬の形態で治療用ｒＡＡＶ組成物を投与するステップを含む。一部の事例では、方法は、静脈内（「ｉ．ｖ．」）投与により治療用ｒＡＡＶ組成物を投与するステップを含む。本明細書で開示される治療用ｒＡＡＶ組成物を他の経路、例えば、皮下注射、筋肉内注射、皮内注射、経皮（transdermal）注射、経皮（percutaneous）投与、鼻腔内投与、リンパ内注射、直腸投与、胃内投与、眼内投与、脳室内（intracerebroventricularl）投与、くも膜下腔内に、または任意の他の好適な非経口投与によって投与することもできることが考えられる。一部の事例では、方法は、治療用ｒＡＡＶ組成物を局所投与により、例えば、ｒＡＡＶ組成物を対象の領域（例えば、鼓膜、膀胱）にブラシでこすりつけるかまたは別様に接触させることなどにより、投与するステップを含む。一部の実施形態では、傷害または炎症部位により近い局所送達経路のほうが全身経路より好ましい。治療薬の投与の経路、投与量、時点および継続期間は、調整することができる。一部の実施形態では、治療薬の投与は、疾患または状態の急性または慢性症状のどちらかまたは両方の開始の前または後である。
【０２２７】
本明細書で開示される疾患または状態を予防または処置するための医薬組成物の有効用量および投与量は、疾患もしくは状態、または疾患もしくは状態の症状、に関して観察される有益な応答により定義される。有益な応答は、疾患もしくは状態、または疾患もしくは状態の症状、の予防、軽減、抑止または治癒を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、バイオマーカーの存在、レベルもしくは活性、トランスクリプトームのリスクプロファイル、または対象体内の腸管微生物叢の、測定可能な改善を検出することにより測定され得る。本明細書で使用される場合の「改善」は、正常個体（例えば、疾患にも状態にも罹患していない個体）において観察される存在、レベルまたは活性への、存在、レベルまたは活性のシフトを指す。治療用ｒＡＡＶ組成物が、治療に有効でない、あるいは疾患もしくは状態、または疾患もしくは状態の症状、の十分な軽減をもたらさない場合には、投与量および／または投与経路を変えることができ、または追加の薬剤を治療用ｒＡＡＶ組成物とともに対象に投与することができる。一部の実施形態では、患者は、治療用ｒＡＡＶ組成物のレジメンが開始されると、患者はまた、第２の処置レジメンから離脱（例えば、用量の段階的減少）させられる。
【０２２８】
一部の実施形態では、本開示による医薬組成物は、所望の治療、診断または予防効果を得るために、１日１回または複数回、１日当たり対象の体重に対して約０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．００５ｍｇ／ｋｇ〜約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．００１ｍｇ／ｋｇ〜約０．００５ｍｇ／ｋｇ、約０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ〜約２５ｍｇ／ｋｇを送達するのに十分な投与量レベルで投与され得る。上記投与濃度が、当業者によってｋｇ当たりのｖｇもしくはウイルスゲノムにまたは投与される全ウイルスゲノムに換算され得ることは、理解される。
【０２２９】
一部の場合には、医薬組成物の用量は、少なくともまたは約１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、１０１５、１０１６、または１０１７の濃度の感染粒子を含み得る。一部の場合には感染粒子の濃度は、２×１０７、２×１０８、２×１０９、２×１０１０、２×１０１１、２×１０１２、２×１０１３、２×１０１４、２×１０１５、２×１０１６、または２×１０１７である。一部の場合には感染粒子の濃度は、３×１０７、３×１０８、３×１０９、３×１０１０、３×１０１１、３×１０１２、３×１０１３、３×１０１４、３×１０１５、３×１０１６、または３×１０１７である。一部の場合には感染粒子の濃度は、４×１０７、４×１０８、４×１０９、４×１０１０、４×１０１１、４×１０１２、４×１０１３、４×１０１４、４×１０１５、４×１０１６、または４×１０１７である。一部の場合には感染粒子の濃度は、５×１０７、５×１０８、５×１０９、５×１０１０、５×１０１１、５×１０１２、５×１０１３、５×１０１４、５×１０１５、５×１０１６、または５×１０１７である。一部の場合には感染粒子の濃度は、６×１０７、６×１０８、６×１０９、６×１０１０、６×１０１１、６×１０１２、６×１０１３、６×１０１４、６×１０１５、６×１０１６、または６×１０１７である。一部の場合には感染粒子の濃度は、７×１０７、７×１０８、７×１０９、７×１０１０、７×１０１１、７×１０１２、７×１０１３、７×１０１４、７×１０１５、７×１０１６、または７×１０１７である。一部の場合には感染粒子の濃度は、８×１０７、８×１０８、８×１０９、８×１０１０、８×１０１１、８×１０１２、８×１０１３、８×１０１４、８×１０１５、８×１０１６、または８×１０１７である。一部の場合には感染粒子の濃度は、９×１０７、９×１０８、９×１０９、９×１０１０、９×１０１１、９×１０１２、９×１０１３、９×１０１４、９×１０１５、９×１０１６、または９×１０１７である。
【０２３０】
一部の実施形態では、本明細書に記載のｒＡＡＶ組成物の送達に好適な薬学的に許容される賦形剤および担体溶液の製剤、ならびに本明細書に記載の特定の組成物の様々な処置レジメンでの使用に好適な投与および処置レジメンが、本明細書で開示される。一部の実施形態では、治療に有用な組成物各々における治療用遺伝子発現産物の量を、好適な投与量が化合物の任意の所与の単位用量で得られるように調製することができる。溶解度、バイオアベイラビリティ、生物学的半減期、投与経路、製品の有効期間、および他の薬理学的考慮事項などの因子が、そのような医薬製剤を調製する当業者によって意図され、それ故、様々な投与量および処置レジメンが望ましい場合がある。一部の事例では、ｒＡＡＶ組成物は、眼内送達、硝子体内送達、非経口送達、皮下送達、静脈内送達、脳室内送達、筋肉内送達、くも膜下腔内送達、経口送達、腹腔内送達、経口もしくは鼻孔吸入による送達、または直接注射による１つもしくは複数の細胞、組織もしくは器官への直接注射による送達、いずれかのために適切に製剤化された本明細書に記載の医薬組成物である。
【０２３１】
一部の実施形態では、注射剤としての使用に好適なＡＡＶに基づくウイルス組成物の医薬品形態は、滅菌水性液剤または分散液剤、および無菌注射用液剤または分散液剤の即時調製のための無菌粉剤・散剤（powder）を含む。担体は、例えば水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコールおよび液体ポリエチレングリコールなど）、これらの好適な混合物、および／または植物油を含有する、溶媒または分散媒であり得る。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング剤の使用により、分散液剤の場合は必要粒径の維持により、および界面活性剤の使用により、維持することができる。微生物の作用の防止は、様々な抗菌剤および（ad）抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサールなどによってもたらすことができる。多くの場合、等張剤、例えば糖および塩化ナトリウム、を含めるほうが望ましい。注射用組成物の持続的吸収は、吸収を遅らせる剤、例えばモノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン、を組成物に使用することによってもたらすことができる。
【０２３２】
一部の場合には、注射用水性液剤の投与のために、例えば、液剤を必要な場合適切に緩衝し、液体希釈剤を最初に十分な食塩水またはグルコースで等張性にすることができる。これらの特定の水性液剤は、静脈内、筋肉内、皮下および腹腔内投与に特に好適である。処置されている対象の状態に依存して、投与量の多少の変動が必然的に生じる。いずれにせよ、投与の責任者が個々の対象に適切な用量を決定する。さらに、ヒトへの投与ために、調製物は、ＦＤＡ  Ｏｆｆｉｃｅ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ  Ｓｔａｎｄａｒｄｓにより要求される無菌性、発熱性、ならびに一般安全性および純度基準を満たさなければならない。
【０２３３】
本明細書で開示されるｒＡＡＶ組成物を含む無菌注射用液剤であって、上に列挙された他の成分（ingredient）のうちのいくつかを必要であれば含有する適切な溶媒に本明細書で開示されるｒＡＡＶ組成物を必要量で組み入れ、その後、濾過滅菌することによって調製される、無菌注射用液剤が、本明細書で開示される。一般に、分散液剤は、基礎分散媒と上に列挙されたものからの他の必要成分とを含有する無菌媒体に様々な滅菌活性成分を組み入れることによって調製される。無菌注射用液剤の調製のための無菌粉剤・散剤の場合、好ましい調製方法は、活性成分および任意の追加の所望成分の粉末を、前以て滅菌濾過したその溶液から生じさせる、真空乾燥および凍結乾燥技法である。注射用液剤は、例えば静脈内投与による、全身投与に有利であり得る。
【０２３４】
中性または塩形態の製剤も本明細書で提供される。薬学的に許容される塩は、酸付加塩（タンパク質の遊離アミノ基とで形成される）、および例えば塩酸もしくはリン酸などの無機酸とで形成される、または酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸などのような有機酸とで形成される、酸付加塩を含む。遊離カルボキシル基とで形成される塩は、例えばナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウムもしくは水酸化第二鉄などの無機塩基から得ることもでき、またはイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジンもしくはプロカインなどのような有機塩基から得ることもできる。製剤化されると、液剤は、投与用製剤に適合する方法で、治療に有効であるような量で投与される。製剤は、注射用液剤、薬物放出カプセル剤などのような様々な剤形で容易に投与される。
【０２３５】
肺投与は、頬側投与によって有利に果たすことができる。一部の実施形態では、製剤は、活性成分を含む乾燥粒子を含み得る。そのような実施形態では、乾燥粒子は、約０．５ｎｍ〜約７ｎｍまたは約１ｎｍ〜約６ｎｍの範囲の直径を有し得る。一部の実施形態では、製剤は、乾燥粉剤・散剤を分散するように噴射剤の流れを方向付けることができる乾燥粉末リザーバーを備えているデバイスを使用して投与するための乾燥粉剤・散剤の形態であり得る。一部の実施形態では、自己噴射式の溶媒／粉末分配容器が使用されることがある。そのような実施形態では、活性成分は、密封容器内の低沸点噴射剤に溶解および／または懸濁され得る。そのような粉剤・散剤は、重量で粒子の少なくとも９８％が０．５ｎｍより大きい直径を有し、数で粒子の少なくとも９５％が７ｎｍ未満の直径を有する、粒子を含み得る。あるいは、重量で粒子の少なくとも９５％は、１ｎｍより大きい直径を有し、数で粒子の少なくとも９０％は、６ｎｍ未満の直径を有する。乾燥粉剤・散剤組成物は、糖などの固体微粉末希釈剤を含むこともあり、単位用量形態で慣習的にに提供される。低沸点噴射剤は、一般に、大気圧で６５°Ｆ未満の沸点を有する液体噴射剤を含む。一般に、噴射剤は、組成物の５０％〜９９．９％（ｗ／ｗ）を構成してよく、活性成分は、組成物の０．１％〜２０％（ｗ／ｗ）を構成してよい。噴射剤は、追加の成分、例えば、液体非イオン性および／もしくは固体アニオン性界面活性剤ならびに／または固体希釈剤（活性成分を含む粒子と同じオーダーの粒径を有し得る）をさらに含んでよい。
【０２３６】
肺送達用に製剤化された医薬組成物は、液剤および／または懸濁剤の液滴の形態で活性成分を提供することができる。そのような製剤を、活性成分を含む、必要に応じて無菌の、水性および／もしくは希薄アルコールの液剤ならびに／または懸濁剤として、調製、包装ならびに／または販売することができ、任意の噴霧化および／または霧化デバイスを使用して慣習的に投与することができる。そのような製剤は、着香剤、例えばサッカリンナトリウム、揮発油、緩衝剤、界面活性剤、および／または保存剤、例えばヒドロキシ安息香酸メチル、を含むがこれらに限定されない、１つまたは複数の追加の成分をさらに含むこともある。この投与経路で提供される液滴は、約０．１ｎｍ〜約２００ｎｍの範囲の平均直径を有し得る。肺送達に有用な本明細書に記載の製剤は、鼻腔内送達にも有用であり得る。一部の実施形態では、鼻腔内投与用の製剤は、活性成分を含み、約０．２μｍ〜５００μｍの平均粒径を有する、粗粉剤・散剤を含む。そのような製剤は、嗅ぎ薬が摂取される方法で、例えば、鼻の近くに保持された粉剤・散剤の容器からの鼻腔経由での急速吸入により、投与される。
【０２３７】
経鼻投与に好適な製剤は、例えば、約０．１％（ｗ／ｗ）ほども少量から１００％（ｗ／ｗ）ほども多量の活性成分を含むことがあり、本明細書に記載の追加の成分の１つまたは複数を含むこともある。医薬組成物を、頬側投与に好適な製剤で調製、包装および／または販売することができる。そのような製剤は、例えば、従来の方法を使用して作製された錠剤および／またはトローチ剤の形態であることもあり、例えば、０．１％〜２０％（ｗ／ｗ）活性成分を含むことがあり、残部は、経口溶解性および／または分解性組成物と、必要に応じて、本明細書に記載の追加の成分のうちの１つまたは複数とを含む。あるいは、頬側投与に好適な製剤は、活性成分を含む粉剤・散剤ならびに／またはエアロゾル化および／もしくは霧化された液剤および／もしくは懸濁剤を含むことがある。そのような粉末状の、エアロゾル化されたおよび／または霧化された製剤は、分散されたとき、約０．１ｎｍ〜約２００ｎｍの範囲の平均粒径および／または液滴径を有することがあり、さらに、本明細書に記載の任意の追加の成分のうちの１つまたは複数を含むこともある。
【０２３８】
対象に投与される好適な用量および投与量は、特定の治療用ｒＡＡＶ組成物、病状およびその重症度、処置を必要とする対象の実体（例えば、体重、性別、年齢）を含むがこれらに限定されない因子により決定され、例えば、投与されている具体的な薬剤、投与経路、処置されている状態、および処置されている対象または宿主を含む、その症例を巡る特定の状況に従って決定され得る。
【０２３９】
ＡＡＶ組成物の量およびそのような組成物の投与の回数は、本教示の恩恵にあずかる当業者の理解の範囲内である。しかし、開示される組成物の治療有効量の投与を、例えば、そのような処置を受ける患者に治療利益をもたらすのに十分な数の感染粒子の単回注射などの、単回投与により果たすことができる可能性がある。このことは、少なくとも一部は、ある特定の標的細胞（例えば、ニューロン）が分裂せず、そのため複数回の投与または慢性投与の必要がないという事実により、可能になる。
【０２４０】
あるいは、一部の状況では、ＡＡＶベクター組成物の複数回投与または逐次的投与を、そのような組成物の投与を監督する医療実務者によって決定され得るように、比較的短い期間または比較的長い期間のいずれかにわたって提供することが望ましいこともある。例えば、哺乳動物に投与される感染粒子の数は、１ｍｌあたり感染粒子約１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３個またはさらにはそれより多い個数の程度であり得、これが、処置されている特定の疾患または障害の治療を果たすために必要に応じて単回用量としてまたは２回もしくはそれより多い回数の投与に分けて与えられる。実際には、ある特定の実施形態では、特定の治療レジメンの所望の効果を達成するために、単独でまたは１つもしくは複数の他の治療薬と組み合わせて２つまたはそれより多くの異なるＡＡＶベクター組成物を投与することが望ましいことがある。様々な実施形態では、毎日のまたは単位投与量は、使用される治療用ｒＡＡＶ組成物の活性、処置される疾患または状態、投与方法、個々の対象の要件、処置されている疾患または状態の重症度、および実務者の判断を含むがこれらに限定されない、多数の可変要素に依存して変更される。
【０２４１】
一部の実施形態では、治療用ｒＡＡＶ組成物の投与は、毎時、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１年、２年、３年、４年、５年または１０年毎に１回である。有効投与量範囲を、処置に対する対象の応答に基づいて調整することができる。一部の投与経路は、他の経路よりも高濃度の治療有効量を必要とする。
【０２４２】
本開示の利点を考えると予想されないが、患者の状態が改善されないある特定の実施形態では、医者の自由裁量により、治療用ｒＡＡＶ組成物の投与は、患者の疾患または状態の症状を改善するまたは別様に制御もしくは制限するために慢性的に、すなわち、患者の生涯を通してを含む長期間にわたって、投与される。患者の状態が改善しないある特定の実施形態では、投与されている治療用ｒＡＡＶ組成物の用量は、ある特定の期間、一時的に低減または一時的に中止されることがある（すなわち、「休薬期間」）。特定の実施形態では、休薬期間の長さは、２日〜１年の間であり、これは、単に例として、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１０日、１２日、１５日、２０日、２８日、または２８日より長い期間を含む。休薬期間中の用量低減は、単なる例として、１０％〜１００％の低減であり、これは、単なる例として、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％および１００％の低減を含む。ある特定の実施形態では、投与されている薬物の用量は、ある特定の期間、一時的に低減または一時的に中止されることがある（すなわち、「薬物流用（drug  diversion）」）。特定の実施形態では、休薬流用の長さは、２日〜１年の間であり、これは、単に例として、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１０日、１２日、１５日、２０日、２８日、または２８日より長い日数を含む。薬物流用中の用量低減は、単なる例として、１０％〜１００％の低減であり、これは、単なる例として、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％および１００％の低減を含む。好適な期間の後、必要に応じて通常の投与スケジュールが再開される。
【０２４３】
一部の実施形態では、患者の状態の改善が起こったら、必要に応じて維持用量が投与される。その後、特定の実施形態では、投与量もしくは投与の頻度または両方は、症状に応じて、改善された疾患、障害または状態が保持されるレベルへと低減される。しかし、ある特定の実施形態では、患者は、症状のいずれかの再発に基づいて長期的に間欠的処置を必要とする。
【０２４４】
そのような治療レジメンの毒性および治療有効性は、細胞培養物または実験動物において、ＬＤ５０およびＥＤ５０の判定を含むがこれらに限定されない、標準的な医薬手順により判定される。毒性効果と治療効果の用量比が治療指数であり、これはＬＤ５０とＥＤ５０間の比として表される。ある特定の実施形態では、細胞培養アッセイおよび動物研究から得られたデータは、ヒトを含む哺乳動物において使用するための治療に有効な１日投与量範囲および／または治療に有効な単位投与量を処方するのに使用される。一部の実施形態では、本明細書に記載の治療用ｒＡＡＶ組成物の投与量は、最小の毒性でのＥＤ５０を含む循環濃度の範囲内にある。ある特定の実施形態では、１日投与量範囲および／または単位投与量は、利用される剤形および利用される投与経路に依存してこの範囲内で変動する。
キット
【０２４５】
本明細書で開示される組成物を含むキットが、本明細書で開示される。中枢神経系（ＣＮＳ）、末梢神経系（ＰＮＳ）、または標的器官もしくは環境（例えば、肺、心臓、肝臓）の疾患または状態の処置または予防のためのキットも、本明細書で開示される。一部の事例では、疾患または状態は、がん、病原体感染、肺疾患もしくは状態、神経疾患、筋肉疾患、または免疫障害、例えば、本明細書に記載のものである。一実施形態では、キットは、治療用核酸（例えば、治療用核酸）と本開示の組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）カプシドタンパク質とを含む、異種核酸をカプシド内封入しているｒＡＡＶ粒子の組成物の有効量を含有する治療用または予防用組成物を含むことができる。別の実施形態では、キットは、本明細書に記載のｒＡＡＶにより改変された細胞（「改変細胞」）の有効量を含有する治療用または予防用組成物を、治療用核酸を発現する単位剤形で含むことができる。一部の実施形態では、キットは、治療用組成物を収容することができる滅菌容器を含み、そのような容器は、箱、アンプル、瓶、バイアル、管、バッグ、ポーチ、ブリスターパック、または当技術分野において公知の他の好適な容器形態であり得る。そのような容器は、プラスチック、ガラス、ラミネート紙、金属ホイル、または医薬を保持するのに好適な他の材料で製造されたものであり得る。
【０２４６】
一部の場合には、ｒＡＡＶは、疾患もしくは状態（例えば、ＣＮＳ、ＰＮＳ、肝臓などの疾患）を有する対象またはそれを発症するリスクがある対象にｒＡＡＶを投与するための指示と一緒に提供される。指示は、一般に、疾患または状態の処置または予防のための組成物の使用についての情報を含むことができる。
【０２４７】
一部の場合には、キットは、同種異系細胞を含むことができる。一部の場合には、キットは、ゲノム改変を含み得る細胞を含むことができる。一部の場合には、キットは、「既製の」細胞を含むことができる。一部の場合には、キットは、臨床使用のために拡大することができる細胞を含むことができる。一部の場合には、キットは、研究用のコンテンツを含有することができる。
【０２４８】
一部の場合には、指示は、次のうちの少なくとも１つを含む：治療用ｒＡＡＶ組成物の説明；本明細書で開示される疾患もしくは状態の処置もしくは予防のための投与量スケジュールおよび投与；使用上の注意；警告；適応症；禁忌症；過剰投与情報；有害反応；動物薬理学；臨床研究；および／または参考文献。指示は、容器（存在する場合）に直接印刷されることもあり、または容器に貼り付けられるラベルとして存在することもあり、または容器内にまたは容器とともに供給される別のシート、パンフレット、カードもしくはホルダーとして存在することもある。一部の場合には、指示は、対象にｒＡＡＶを単独で投与するための手順を提供する。一部の場合には、指示は、本明細書で開示される追加の治療剤の投与の少なくとも約１時間（ｈｒ）、２ｈｒ、３ｈｒ、４ｈｒ、５ｈｒ、６ｈｒ、７ｈｒ、８ｈｒ、９ｈｒ、１０ｈｒ、１１ｈｒ、１２ｈｒ、１３ｈｒ、１４ｈｒ、１５ｈｒ、１６ｈｒ、１７ｈｒ、１８ｈｒ、１９ｈｒ、２０ｈｒ、２１ｈｒ、２２ｈｒ、２３ｈｒ、２４ｈｒ、２５ｈｒ、２６ｈｒ、２７ｈｒ、２８ｈｒ、２９ｈｒ、３０ｈｒ後もしくは前に、またはその投与から最大２日、３日、４日、５日、６日もしくは７日後もしくは前に、ｒＡＡＶを対象に投与するための手順を提供する。一部の事例では、指示は、ｒＡＡＶが静脈内注射用に製剤化されることを規定する。一部の事例では、指示は、ｒＡＡＶが鼻腔内投与用に製剤化されることを規定する。
定義
【０２４９】
本明細書で使用される用語法は、特定の事例を説明することのみを目的にしたものであり、限定するように意図されていない。本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈による別段の明確な指示がない限り、複数形も含むように意図されている。さらに、用語「含む（including）」、「含む（includes）」、「有する（having）」、「有する（has）」、「伴う」、またはこれらの異表記が、発明を実施するための形態および／または特許請求の範囲のどちらかで使用される場合には、このような用語は、用語「含む（comprising）」と同様に包括的であるように意図されている。
【０２５０】
用語「約」または「おおよそ」は、当業者により決定される特定の値について許容される誤差範囲内であることを意味し、この許容される誤差範囲は、値が測定または決定される方法、例えば、測定システムの制約に一部依存する。例えば、「約」は、所与の値に関して慣例に従って１以内のまたは１を超える標準偏差を意味し得る。特定の値が本願または特許請求の範囲に記載される場合、別段の記述がない限り、用語「約」は、特定の値の許容される誤差範囲を意味すると想定されたい。
【０２５１】
本明細書で使用される場合、組成物および方法を定義するために使用されるときの「から本質的になる」は、述べられている目的のために組合せにとってのあらゆる本質的に有意なもの以外の要素を除外することを意味するものとする。したがって、本明細書で定義される要素から本質的になる組成物は、ざ瘡、湿疹、乾癬および酒さのような皮膚障害を処置するための組成物などの、特許請求の範囲に記載の開示の基本的で新規の特徴（複数可）に実質的に影響を与えない他の材料やステップを除外しないはずである。
【０２５２】
用語「相同（の）」、「相同性」または「相同性パーセント」は、参照配列と同じまたは同様の配列を有するアミノ酸配列または核酸配列を一般に意味するように本明細書で使用される。配列の相同性パーセントは、本願の出願日の時点でのＢＬＡＳＴの最新バージョンを使用して決定することができる。
【０２５３】
用語「増加した」または「増加（する）」は、統計的に有意な量、増加することを一般に意味するように本明細書で使用される。一部の実施形態では、用語「増加した」または「増加（する）」は、参照レベルと比較して少なくとも１０％の増加、例えば、参照レベル、標準または対照と比較して少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、または少なくとも約３０％、または少なくとも約４０％、または少なくとも約５０％、または少なくとも約６０％、または少なくとも約７０％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％の増加、または１００％までのおよび１００％を含む増加、または１０〜１００％の間の任意の増加を意味する。「増加（する）」の他の例は、参照レベルと比較して少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも１０００倍の、またはそれより大きい増加を含む。
【０２５４】
用語「減少した」または「減少（する）」は、統計的に有意な量、減少することを一般に意味するように本明細書で使用される。一部の実施形態では、用語「減少した」または「減少（する）」は、参照レベルと比較して少なくとも１０％の低下、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約２０％、または少なくとも約３０％、または少なくとも約４０％、または少なくとも約５０％、または少なくとも約６０％、または少なくとも約７０％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％の減少、または１００％までのおよび１００％を含む減少（例えば、参照レベルと比較して消失したレベルまたは検出不能のレベル）、または１０〜１００％の間の任意の減少を意味する。マーカーまたは症状に関して、これらの用語は、そのようなレベルの統計的に有意な減少を意味する。減少は、例えば、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％またはそれより大幅であることがあり、好ましくは、所与の疾患を有さない個体にとっての正常な範囲内と認められるレベルに下がる。
【０２５５】
用語「対象」は、任意の生物である。一部の事例では、生物は、哺乳動物である。哺乳動物の非限定的な例としては、哺乳動物綱の任意のメンバー：ヒト、非ヒト霊長類、例えば、チンパンジー、ならびに他の類人猿およびサル種；農場動物、例えば、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタ；飼育動物、例えば、ウサギ、イヌおよびネコ；ラット、マウスおよびモルモットなどの齧歯動物を含む実験動物などが挙げられる。一態様では、哺乳動物はヒトである。用語「動物」は、本明細書で使用される場合、人間および非ヒト動物を含む。一実施形態では、「非ヒト動物」は、哺乳動物、例えば、齧歯動物、例えばラットまたはマウスである。一部の事例では、対象は患者であり、本明細書で使用される場合、患者は、特定の疾患または障害であると診断された対象を指し得る。
【０２５６】
用語「遺伝子」は、本明細書で使用される場合、個々のタンパク質またはＲＮＡをコードする核酸のセグメント（「コード配列」または「コード領域」とも呼ばれる）を、必要に応じて、コード配列の上流または下流に位置し得る関連調節領域、例えばプロモーター、オペレーター、ターミネータなどとともに、指す。
【０２５７】
用語「アデノ随伴ウイルス」または「ＡＡＶ」は、本明細書で使用される場合、アデノ随伴ウイルスまたはそれらの誘導体を指す。ＡＡＶの非限定的な例としては、ＡＡＶ  １型（ＡＡＶ１）、ＡＡＶ  ２型（ＡＡＶ２）、ＡＡＶ  ３型（ＡＡＶ３）、ＡＡＶ  ４型（ＡＡＶ４）、ＡＡＶ  ５型（ＡＡＶ５）、ＡＡＶ  ６型（ＡＡＶ６）、ＡＡＶ  ７型（ＡＡＶ７）、ＡＡＶ  ８型（ＡＡＶ８）、ＡＡＶ  ９型（ＡＡＶ９）、ＡＡＶ  １０型（ＡＡＶ１０）、ＡＡＶ  １１型（ＡＡＶ１１）、ＡＡＶ  １２型（ＡＡＶ１２）、トリＡＡＶ、ウシＡＡＶ、イヌＡＡＶ、ウマＡＡＶ、霊長類ＡＡＶ、非霊長類ＡＡＶ、およびヒツジＡＡＶが挙げられる。一部の事例では、ＡＡＶは「霊長類ＡＡＶ」と記載され、霊長類ＡＡＶは、霊長類に感染するＡＡＶを指す。同様に、ＡＡＶは、ウシ亜科の動物に感染し得る（例えば、「ウシＡＡＶ」など）。一部の事例では、ＡＡＶは、野生型ＡＡＶまたは天然に存在するＡＡＶである。一部の事例では、ＡＡＶは、組換えＡＡＶである。
【０２５８】
用語「ＡＡＶカプシド」は、本明細書で使用される場合、アデノ随伴ウイルスのカプシドタンパク質またはペプチドを指す。一部の事例では、ＡＡＶカプシドタンパク質は、遺伝情報（例えば、導入遺伝子、治療用核酸、ウイルスゲノム）をカプシド内封入するように構成される。一部の事例では、本開示のＡＡＶカプシドは、バリアントＡＡＶカプシドであり、一部の事例では、バリアントＡＡＶカプシドは、親ＡＡＶカプシドタンパク質のアミノ酸配列が改変された、親ＡＡＶカプシドであることを意味する。
【０２５９】
用語「指向性」は、本明細書で使用される場合、第２のｉｎ  ｖｉｖｏ環境と比較してｉｎ  ｖｉｖｏ環境におけるものへのカプシド内封入遺伝情報の発現に対する特異性および／または発現の効率の向上もしくは低下を含み得る、ＡＡＶカプシドの質または特徴を指す。ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、一部の事例では細胞型である。ｉｎ  ｖｉｖｏ環境は、一部の事例では組織、器官、または器官系である。
【０２６０】
用語「ＡＡＶゲノム」は、本明細書で使用される場合、ウイルスに関する遺伝情報をコードする核酸ポリヌクレオチドを指す。ゲノムは、一部の事例では、ＡＡＶ逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列に挟まれている核酸配列を含む。ＡＡＶゲノムは、組換え遺伝学法を使用して生成された組換えＡＡＶゲノムであることがあり、この組換えＡＡＶゲノムは、ＩＴＲ配列に挟まれている異種核酸（例えば、導入遺伝子）を含むことができる。
【０２６１】
本明細書で同義的に使用されるような用語「ＡＡＶ粒子」または「ＡＡＶベクター」は、ＡＡＶ逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列に挟まれている核酸配列を含む異種ＤＮＡポリヌクレオチド、すなわち「ゲノム」、が内部にパッケージングされているＡＡＶカプシドを含むＡＡＶウイルスまたはビリオンを指す。一部の場合には、ＡＡＶ粒子は、親ＡＡＶ粒子と比較して改変されている。
【０２６２】
「遺伝子発現産物」または（of）「遺伝子産物」という用語は、例えば、ポリペプチド、ペプチド、タンパク質、またはこれらに限定されないが干渉ＲＮＡ（例えば、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ）およびメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）を含む、ＲＮＡなどについての、ポリヌクレオチド配列の発現産物を指す。
【０２６３】
用語「機能的に連結している」または「作動可能に連結している」は、互いにシスの関係にある、および一部の場合には互いに隣り合っている、２つまたはそれより多くのエレメント（例えば、遺伝子エレメント、例えば、プロモーター、エンハンサー、末端シグナル配列、ポリアデニル化配列など）の配置であって、これらの２つまたはそれより多くのエレメント間の機能的な関係を可能にする配置を指す。１つの非限定的な例では、コード領域に機能的に連結しているプロモーターは、コード配列の転写の開始を可能にする。
【０２６４】
用語「異種」は、本明細書で使用される場合、それが比較されている実体の残部のものとは遺伝子型で区別可能な実体に由来する遺伝子エレメント（例えば、コード配列）または遺伝子発現産物（例えば、ＲＮＡ、タンパク質）を指す。
【０２６５】
用語「内因性」は、本明細書で使用される場合、生物にまたはその生物体内の特定の細胞に天然に存在するまたは付随する遺伝子エレメント（例えば、コード配列）または遺伝子発現産物（例えば、ＲＮＡ、タンパク質）を指す。
【０２６６】
「検出可能な部分」は、本明細書で使用される場合、化合物または生体分子に共有結合で付着または非共有結合で付着することができる部分であって、例えば当技術分野において公知の技法を使用して、検出することができる部分を指す。実施形態では、検出可能な部分は、共有結合される。検出可能な部分は、結合した化合物または生体分子のイメージングを提供することができる。検出可能な部分は、２つの化合物間の接触を示すことができる。例示的な検出可能な部分は、フルオロフォア、抗体、反応性色素、放射標識部分、磁性造影剤、および量子ドットである。例示的なフルオロフォアとしては、フルオレセイン、ローダミン、ＧＦＰ、クマリン、ＦＩＴＣ、Ａｌｅｘａ  ｆｌｕｏｒ、Ｃｙ３、Ｃｙ５、ＢＯＤＩＰＹ、およびシアニン色素が挙げられる。例示的な放射性核種としては、フッ素−１８、ガリウム−６８および銅−６４が挙げられる。例示的な磁性造影剤としては、ガドリニウム、酸化鉄および鉄白金、およびマンガンが挙げられる。
【０２６７】
用語「処置する」、「処置すること」および「処置」は、本明細書で使用される場合、障害、疾患もしくは状態を、または障害、疾患もしくは状態に関連する症状の１つもしくは複数を軽減または抑制すること、あるいは障害、疾患または状態それ自体の原因を軽減または根絶することを指す。処置の望ましい効果としては、疾患の発生または再発を防止すること、症状を軽減すること、疾患の任意の直接的または間接的病理学的帰結を減少させること、転移を防止すること、疾患進行速度を低下させること、病状を改善または緩和すること、および寛解、または予後改善を挙げることができるが、これらに限定されない。
【０２６８】
用語「治療有効量」は、投与されたときに障害の症状、疾患の症状、もしくは疾患の状態の症状のうちの１つもしくは複数の発生を防止するのに十分であるまたは前記１つもしくは複数をある程度軽減するのに十分である、化合物または治療の量、あるいは研究者、獣医、医師または臨床家により探求されている、細胞、組織、系、動物またはヒトの生物学的または医学的応答を惹起するのに十分である化合物の量を指す。
【０２６９】
用語「薬学的に許容される担体」、「薬学的に許容される賦形剤」、「生理的に許容される担体」または「生理的に許容される賦形剤」は、薬学的に許容される材料、組成物または媒体、例えば、液体または固体充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、または封入材料を指す。成分（component）は、医薬製剤の他の成分（ingredient）と適合性であるという意味で、「薬学的に許容され」得る。それはまた、ヒトまたは動物の組織もしくは器官と接触する使用に好適であり得、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、免疫原性または他の問題もしくは合併症を伴わず、妥当なリスク便益比に見合っている。Remington:  The  Science  and  Practice  of  Pharmacy,  2lst  Edition；Lippincott  Williams  &  Wilkins:  Philadelphia,  PA,  2005;  Handbook  of  Pharmaceutical  Excipients,  5th  Edition；Rowe  et  al.,  Eds.,  The  Pharmaceutical  Press  and  the  American  Pharmaceutical  Association:  2005；およびHandbook  of  Pharmaceutical  Additives,  3rd  Edition;  Ash  and  Ash  Eds.,  Gower  Publishing  Company:  2007；  Pharmaceutical  Preformulation  and  Formulation,  Gibson  Ed.,  CRC  Press  LLC:  Boca  Raton,  FL,  2004)を参照されたい。
【０２７０】
用語「医薬組成物」は、本明細書で開示される成分と希釈剤または担体などの他の化学成分との混合物を指す。医薬組成物は、生物への化合物の投与を容易にすることができる。化合物を投与する複数の技法が当技術分野に存在し、そのような技法は、経口、注射、エアロゾル、非経口および局所投与を含むがこれらに限定されない。
【０２７１】
「試料」の非限定的な例は、核酸および／またはタンパク質を得ることができる任意の材料を含む。非限定的な例として、これらは、全血、末梢血、血漿、血清、唾液、粘液、尿、精液、リンパ液、糞抽出物、頬スワブ、細胞または他の体液もしくは組織（外科生検もしくは外科的切除によって得られる組織を含むがこれに限定されない）を含む。一部の実施形態では、試料は、対象から直接得られる。あるいは、試料は、患者由来の初代細胞株から得ることができ、または保存試料の形式のアーカイブされた患者試料であることもあり、または新鮮凍結試料であることもある。
【実施例】
【０２７２】
（実施例１）
ｒＡＡＶを産生する方法
【０２７３】
組換えＡＡＶ（ｒＡＡＶ）を産生する。標準的なトランスフェクションプロトコール（例えば、ＰＥＩを用いる）を使用して、３つのプラスミドベクターを不死化ＨＥＫ２９３細胞にトリプルトランスフェクトする。第１のベクターは、親ＡＡＶウイルスからの逆方向末端反復（ＩＴＲ）配列に挟まれている導入遺伝子カセットを含有する。導入遺伝子カセットは、プロモーター配列を有し、それが標的細胞の核内での異種核酸の転写を駆動する。第２のベクターは、ＡＡＶ  Ｒｅｐ遺伝子と、改変Ｃａｐ遺伝子とをコードする核酸（例えば、ＡＡＶ２／９  ＲＥＰ−ＡＡＰ−ΔＣａｐ）を含有する。改変Ｃａｐ遺伝子は、本開示の改変ＡＡＶカプシドタンパク質をコードするＤＮＡ配列である、配列番号１２７４０〜２５４６８、３５４７２〜４５４７４、および４６３６４〜４６３８３のいずれか１つを含む。一部の場合には、改変Ｃａｐ遺伝子は、アミノ酸４５２〜４５８位に７−ｍｅｒ置換（substitute）を有する完全長ＶＰ１タンパク質をコードするＤＮＡ配列である、配列番号４６４０４〜４６４２３のいずれか１つを含む。第３のベクターは、ウイルス構築におよび改変カプシド構造への異種核酸のパッケージングに必要とされるヘルパーウイルスタンパク質をコードする核酸を含有する。
【０２７４】
ウイルス粒子を、トランスフェクションの７２時間後に培地から採取し、トランスフェクションの１２０時間後に細胞および培地から採取する。培地中に存在するウイルスを８％ポリ（エチレングリコール）および５００ｍＭ塩化ナトリウムでの沈殿により濃縮し、沈殿したウイルスを、回収した細胞から調製し溶解物に添加する。イオジキサノール（Ｏｐｔｉｐｒｅｐ、Ｓｉｇｍａ）の段階的勾配（１５％、２５％、４０％および６０％）を用いてウイルスを精製する。ウイルスを濃縮し、ＰＢＳ中で製剤化する。ｑＰＣＲと対照としての線状化ゲノムプラスミドとを使用してＤＮａｓｅＩ耐性ベクターゲノムコピー（ＶＧ）の数を測定することにより、ウイルス力価を決定する。
【０２７５】
（実施例２）
改変カプシドタンパク質を同定する方法
【０２７６】
プラスミド。
【０２７７】
あらゆる可能なバリエーションでアミノ酸４５２〜４５８を置換するためにＮＮＫ縮重プライマー（Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ＤＮＡ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．、ＩＤＴ）を使用してＡＡＶ９−ＰＨＰ．ｅＢカプシドゲノムのアミノ酸４５０〜５９９の間の区画を増幅することにより、第１ラウンドウイルスＤＮＡライブラリーを生成した。次いで、得られたライブラリーインサートを、以前に記載されたようなギブソンアセンブリによってｒＡＡＶ−ΔＣａｐ−ｉｎ−ｃｉｓ−Ｌｏｘプラスミドに導入した。ｒＡＡＶ−Ｃａｐ−ｉｎ−ｃｉｓ−Ｌｏｘである、得られたカプシドＤＮＡライブラリーは、アミノ酸レベルで約１２億８０００万バリアントの多様性を有した。第２ラウンドウイルスＤＮＡライブラリーを第１ラウンドと同様に生成したが、選択したバリアントのみを生成するために、４５２〜４５８位置でＮＮＫ縮重プライマーの代わりに合成オリゴプール（Ｔｗｉｓｔ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用した。この第２ラウンドＤＮＡライブラリーは、アミノ酸レベルで約８２，０００バリアントの多様性を有した。
【０２７８】
ライブラリーウイルス産生のためにＨＥＫ２９３Ｔ細胞にトランスフェクトしたＡＡＶ２／９  ＲＥＰ−ＡＡＰ−ΔＣａｐプラスミドは、以前に使用したＡＡＶ２／９  ＲＥＰ−ＡＡＰプラスミドから４５０〜５９２の間のアミノ酸を欠失させることによって改変した。この改変は、ウイルスライブラリー産生中、コトランスフェクトされたこのプラスミドとライブラリーインサートを含有するｒＡＡＶ−ΔＣａｐ−ｉｎ−ｃｉｓ−Ｌｏｘとの間の妥当と思われる組換え事象後の、ＡＡＶ９カプシドの産生を防止する。
【０２７９】
２つのｒＡＡＶゲノムをこの研究では使用した。第１のもの、ｐＡＡＶ−ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎは、ユビキタスＣＭＶ−β−アクチン−イントロン−β−グロビンハイブリッドプロモーター（ＣＡＧ）の制御下の蛍光タンパク質ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎを含有する一本鎖（ｓｓ）ｒＡＡＶゲノムを利用する。第２のもの、ｐＡＡＶ−ＣＡＧ−ＮＬＳ−ＧＦＰ（Ａｄｄｇｅｎｅ＃１０４０６１）は、ＣＡＧプロモーターの制御下の、２つの核局在部位に挟まれている蛍光タンパク質ＥＧＦＰを含有するｓｓＡＡＶゲノム、ＰＫＫＫＲＫＶ（配列番号４５４８６）、を利用する。
【０２８０】
ウイルス産生
【０２８１】
組換えＡＡＶは、Challis,  R.  C.  et  al.  Systemic  AAV  vectors  for  widespread  and  targeted  gene  delivery  in  rodents.  Nat.  Protoc.  14,  379  (2019）に記載された。手短に述べると、ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）を使用するＨＥＫ２９３Ｔ細胞（ＡＴＣＣ）のトリプルトランスフェクションを行い、１２０時間後に細胞溶解物と培地の両方からウイルスを回収し、イオジキサノール（Ｏｐｔｉｐｒｅｐ、Ｓｉｇｍａ）を用いて精製した。
【０２８２】
改良プロトコールをウイルスライブラリーのトランスフェクションおよび精製に使用した。第１に、モザイクカプシド形成を防止するために、わずか１０ｎｇのｒＡＡＶ−Ｃａｐ−ｉｎ−ｃｉｓ−ＬｏｘライブラリーＤＮＡをトランスフェクトして（１５０ｍｍプレート当たり）、複数のＤＮＡライブラリーが同じ細胞に侵入する尤度を低下させた。第２に、産生細胞の二次形質導入を制限するためにウイルスを１２０ではなく６０時間後に回収した。最後に、標準的なプロトコールで行った場合の培地からのウイルス粒子のＰＥＧ沈殿の代わりに、イオジキサノールへと負荷するために培地を＞６０倍濃縮した。このステップは、ＰＥＧ沈殿中に気づくことがある凝集およびウイルス多様性喪失を防止するために行った。
【０２８３】
動物
【０２８４】
全ての齧歯動物手順は、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙのＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｕｓｅ  ａｎｄ  Ｃａｒｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ（ＩＡＣＵＣ）により承認された。様々な細胞型特異的プロモーターの制御下でＣｒｅを発現するトランスジェニック動物、およびＣ５７Ｂｌ／６Ｊ  ＷＴマウス（０００６６４）は、Ｊａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＪＡＸ）から購入した。トランスジェニックマウスは、Ｓｙｎ１−Ｃｒｅ（３９６６）、ＧＦＡＰ−Ｃｒｅ（０１２８８６）およびＴｅｋ−Ｃｒｅ（８８６３）を含んだ。ウイルスライブラリーのラウンド１およびラウンド２選択のために、各々がトランスジェニック系統である、８〜１２週齢のマウス雄１匹および雌１匹を使用し、単一の雄Ｃ５７Ｂｌ／６Ｊも使用した。個々のウイルスバリアントの検証のために、６〜８週齢の雄Ｃ５７Ｂｌ／６Ｊマウスを使用した。ｒＡＡＶベクターの静脈内投与を後眼窩洞への注射によって行った。
【０２８５】
ウイルスライブラリー回収およびシークエンシング
【０２８６】
ラウンド１およびラウンド２ウイルスライブラリーをＣ５７Ｂｌ／６ＪおよびＣｒｅ−トランスジェニック動物に８×１０１０ｖｇ／動物の用量で注射し、注射の２週間後にｒＡＡＶゲノムを回収した。マウスを安楽死させ、ほとんどの主要器官を回収し、ドライアイスで急速凍結させ、−８０℃で長期保管した。組織は、脳、脊髄、ＤＲＧ、肝臓、肺、心臓、胃、腸、腎臓、脾臓、膵臓、骨格筋および脂肪組織を含んだ。１００ｍｇの各組織（脳半球については約２５０ｍｇ、ＤＲＧについては＜１００ｍｇ）を、ＢｅａｄＢｕｇ（Ｂｅｎｃｈｍａｒｋ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｄ１０３６）を使用してＴｒｉｚｏｌ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、１５５９６）で均質化し、製造業者の推奨プロトコールに従ってウイルスＤＮＡを単離した。回収したウイルスＤＮＡをＲＮａｓｅで処理し、ＰＣＲによるその後のｒＡＡＶゲノム回収を向上させるためにＳｍａＩ（ＩＴＲ内に見出される）での制限消化に付し、Ｚｙｍｏ  ＤＮＡ  Ｃｌｅａｎ  ａｎｄ  Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｏｒキット（Ｄ４０３３）で精製した。抽出された全ウイルスＤＮＡの５０％を鋳型として用いて５つの２５μｌ反応物においてＱ５  ＤＮＡポリメラーゼを使用して、９８℃１０秒間、６０℃１５秒間および７２℃４０秒間の２５サイクルの後、次のプライマー：５’−ＣＴＴＣＣＡＧＴＴＣＡＧＣＴＡＣＧＡＧＴＴＴＧＡＧＡＡＣ−３’（配列番号４５４８７）および５’−ＣＡＡＧＴＡＡＡＡＣＣＴＣＴＡＣＡＡＡＴＧＴＧＧＴＡＡＡＡＴＣＧ−３’（配列番号４５４８８）を使用して、選択トランスジェニック系統においてＣｒｅ−リコンビナーゼにより反転された（または野生型動物においてすでに反転している）ウイルスゲノムを選択的に回収した。
【０２８７】
Ｚｙｍｏ  ＤＮＡ精製後、ＷＴ  Ｃ５７Ｂｌ／６Ｊ動物からの試料を１：１０〜１：１０，０００の間で段階希釈し、各希釈物のライブラリー可変領域を中心にしてさらに増幅した。この増幅を、プライマー：５’−ＡＣＧＣＴＣＴＴＣＣＧＡＴＣＴＡＡＴＡＣＴＴＧＴＡＣＴＡＴＣＴＣＴＣＴＡＧＡＡＣＴＡＴＴ−３’（配列番号４５４８９）および５’−ＴＧＴＧＣＴＣＴＴＣＣＧＡＴＣＴＣＡＣＡＣＴＧＡＡＴＴＴＴＡＧＣＧＴＴＴＧ−３’（配列番号４５４９０）と、９８℃１０秒間、６１℃１５秒間および７２℃２０秒間の１０サイクルとを使用して行って、２１ｂｐ可変領域を中心にして、この領域を含む７３ｂｐのウイルスゲノムを回収し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ次世代シークエンシングのためのアダプターを付加させた。ＰＣＲクリーンアップ後、これらの産物を、９８℃１０秒間、６０℃１５秒間および７２℃２０秒間の１０サイクル後、Ｉｌｌｕｍｉｎａシークエンシング用のＮＥＢＮｅｘｔ  Ｄｕａｌ  Ｉｎｄｅｘ  Ｐｒｉｍｅｒ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｅ７６００）を使用してさらに増幅した。増幅産物を、２１０ｂｐバンドのより良好な分離および回収のために２％低融点アガロースゲル（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、１６２０５０）で泳動させた。希釈系列を各ＷＴ組織について分析し、いずれの産物ももたらさなかった最高濃度希釈を、トランスジェニック動物組織からのウイルスＤＮＡのさらなる増幅に選択した。このプロセスは、パッケージング前に反転しているまたは動物体内のＣｒｅに起因して反転したウイルスゲノム間の違いを見極めるために行った。すでに反転しているウイルスゲノムは、ＮＧＳシークエンシング結果の偽陽性を最小限に抑えるために避けるべきである。
【０２８８】
すでに反転しているウイルスゲノムを含有しない産物をもたらす希釈物を使用してトランスジェニック動物組織からの全てのＣｒｅ反転ウイルスゲノムを同様に増幅して、Ｉｌｌｕｍｉｎａシークエンシングアダプターを付加させ、その後、インデックス標識した。各動物からの各組織についての一意のインデックスを今や含有する増幅産物を低融点アガロースゲルで泳動させ、正しいバンドを抽出し、Ｚｙｍｏｃｌｅａｎ  Ｇｅｌ  ＤＮＡ  Ｒｅｃｏｖｅｒｙキットで精製した。
【０２８９】
パッケージングされたウイルスライブラリーＤＮＡを、ウイルスカプシドの消化、および含有ｓｓＤＮＡの精製により、注射したウイルスライブラリーから単離した。組織から抽出したウイルスＤＮＡと同様に、これらのウイルスゲノムを２ステップのＰＣＲ増幅ステップにより増幅してＩｌｌｕｍｉｎａアダプター、そしてその後、インデックスを付加し、ゲル電気泳動後に抽出し、精製した。このウイルスライブラリーＤＮＡを、組織から抽出したウイルスＤＮＡとともに、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑ  ２５００  Ｓｙｓｔｅｍを使用するディープシークエンシング（Ｍｉｌｌａｒｄ  ａｎｄ  Ｍｕｒｉｅｌ  Ｊａｃｏｂｓ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｃａｌｔｅｃｈ）のために送った。
【０２９０】
ＮＧＳデータのアラインメントおよび処理
【０２９１】
ＡＡ４５２〜４５８間の２１ｂｐ多様化領域を含有するＡＡＶ９鋳型ＤＮＡ断片とデータをアラインメントする特注品を用いて、ＮＧＳ実行からの生ｆａｓｔｑファイルを処理した。これらのデータセットを処理するためのパイプラインは、各配列についての品質スコアを利用する、低品質リードを除去するためのフィルター処理、およびＰＣＲ誘導変異または高いＧＣ含量からのバイアスの排除を含んだ。次いで、フィルター処理されたデータを完全文字列照合アルゴリズムによってアラインメントし、トリミングしてアラインメント品質を向上させた。次いで、各配列のリードカウントを取り出し、それらの富化スコアとともに表示し、富化スコアは、特定の組織内に見られる配列の、注射したウイルスライブラリー内のその配列の相対的非存在に対する、相対的存在量と定義した。
【０２９２】
富化の定量。標的組織内への特定のバリアントの富化を、その組織内の全ライブラリーに対して計算し、注射したウイルスライブラリー内のバリアントに関する保有率に対して正規化した標的組織内のバリアントの保有率と定義した。
【数１】
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ＡＡＶバリアントが、注射したウイルスライブラリー内よりも組織内に高頻度に見られる場合、正の富化スコアを獲得し、ＡＡＶバリアントがより低頻度に見られる場合、負の富化スコアを獲得する。０の富化スコアは、バリアントが、組織内および注射したウイルスライブラリー内に全く同じ保有率で見られたこと、または特定のバリアントのリードカウントが標的組織にはなかった、すなわち、バリアントをその組織で検出することができなかったこと、どちらかを意味する。前者の可能性は低いので、０の富化スコアは、バリアントが組織内に存在しないことを意味すると解釈される。したがって、その組織におけるその富化スコアが０未満であったかまたは０に等しかった場合、ＡＡＶバリアントをその組織を標的解除する判定した。０の富化スコアを有する多数のＡＡＶバリアントからのｉｎ  ｖｉｖｏでの肝臓形質導入をそれらの親ＡＡＶベクターＡＡＶ９と比較して特徴付けることにより、この解釈は正確であることが検証された（例えば、図１７Ｄ、Ｅを参照されたい）。
【０２９３】
組織の調製および免疫組織化学的検査
【０２９４】
マウスをＥｕｔｈａｓｏｌで安楽死させ、氷冷１×ＰＢＳで、次いで、１×ＰＢＳ中の調製したての氷冷４％パラホルムアルデヒド（ＰＦＡ）で経心腔的灌流を行った。全ての器官を切除し、４°で４８時間、４％ＰＦＡで後固定し、次いで、ビブラトームにより切片を作製した。浮遊切片を用いて、１０％ロバ血清と０．１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００とを含有するＰＢＳ中の一次および二次抗体で、ＩＨＣを行った。使用した一次抗体は、ウサギ抗ＮｅｕＮ（１：２００、Ａｂｃａｍ、１７７４８７）、ウサギ抗Ｓ１００（１：２００、Ａｂｃａｍ、８６８）、ウサギ抗Ｏｌｉｇ２（１：２００、Ａｂｃａｍ、１０９１８６）およびウサギ抗カルビンディン（１：２００、Ａｂｃａｍ、２５０８５）であった。一次抗体インキュベーションを１６〜２０時間、室温（ＲＴ）で行った。次いで、切片を洗浄し、二次Ａｌｅｘａ−６４７コンジュゲート抗ウサギＦＡＢ断片抗体（１：２００、Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．、７１１−６０７−００３）とともに６〜８時間、ＲＴでインキュベートした。核染色のために、浮遊切片を、０．２％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００とＤＡＰＩ（１：１０００、Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ、１０２３６２７６００１）とを含有するＰＢＳ中で６〜８時間インキュベートし、次いで洗浄した。次いで、染色された切片をＰｒｏＬｏｎｇ  Ｄｉａｍｏｎｄ  Ａｎｔｉｆａｄｅ  Ｍｏｕｎｔａｎｔ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｐ３６９７０）にマウントした。
【０２９５】
イメージングおよび定量
【０２９６】
全てのＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎ発現組織を、同じ組織の全ての試料にわたってレーザー出力、ゲインおよびガンマを一致させて、Ｆｌｕａｒ  ５ｘ  ０．２５  Ｍ２７対物レンズを使用してＺｅｉｓｓ  ＬＳＭ  ８８０共焦点顕微鏡でイメージングした。取得画像をＺｅｎ  Ｂｌａｃｋ  ２．３  ＳＰ１（Ｚｅｉｓｓ）で処理した。
【０２９７】
全てのＣＡＧ−ＮＬＳ−ＧＦＰ発現組織を、次の対物レンズ：ＰｌａｎＡｐｏ−λ  ２０ｘ／０／７５（作動距離１ｍｍ）またはＰｌａｎＡｐｏ−λ  １０ｘ／０．４５（作動距離４ｍｍ）を用いて、解像度４８ビットで、Ｋｅｙｅｎｃｅ  ＢＺ−Ｘオールインワン蛍光顕微鏡でイメージングした。抗体染色に対するＧＦＰ発現の共局化に関して、一部の場合には、過飽和を避けつつ高および低発現細胞のイメージングを容易にするために緑色（ＧＦＰ）チャネルの露光時間を調整した。蛍光強度を試料間で比較した全ての場合、露光設定およびガンマ変換またはコントラストを画像全体にわたって維持した。バイアスを最小にするために、脳領域および末梢器官ごとに複数の視野を各試料について取得した。脳領域については、視野を試料間で一致させ、ＧＦＰシグナルではなく抗体染色に基づいて視野を選択した。末梢組織については、観察者バイアスを除外するためにＤＡＰＩまたは抗体染色に基づいて視野を選択した。
【０２９８】
全ての画像処理をＫｅｙｅｎｃｅ  ＢＺ−Ｘアナライザーで行った。データ解析は、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｅｘｃｅｌ  ２０１８およびＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ  ７で行った。ＧＦＰシグナルと抗体またはＤＡＰＩ染色との間の共局在確認は、ハイブリッド細胞計数自動プラグインによるＫｅｙｅｎｃｅ  ＢＺ−Ｘアナライザーを使用して行った。自動計数値を検証し、手動の手作業による計数値との比較により定期的にモニターし、自動計数値は、手動計数値の許容誤差未満であることが判明した。
【０２９９】
脳全体にわたっての総細胞計数値および蛍光強度を試料間で比較するために、正中線から１２００μＭに位置する矢状断全体を、Ｋｅｙｅｎｃｅ  ＢＺ−Ｘ自動ＸＹステッチングモジュールを用いて一致した露光条件を使用してイメージングした。次いで、ステッチングされた画像をＫｅｙｅｎｃｅ  ＢＺ−Ｘアナライザースイートで記録し、ハイブリッド細胞計数自動プラグインによって実行して矢状断全体の細胞の総数を計数した。矢状断全体にわたって全てのＧＦＰ陽性細胞のマスクを生成し、そのマスクの積分画素強度を測定することにより、平均蛍光強度を計算した。総積分画素強度を総細胞計数値で割って、細胞分量（cell  measure）あたりの蛍光強度を得た。蛍光強度の直接比較を行った全ての場合、露光設定および処理後のコントラスト調整を試料間で一致させた。
【０３００】
統計
【０３０１】
Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｅｘｃｅｌ  ２０１８およびＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ  ７を統計解析およびデータ表示に使用した。別段の断り書きがない限り、全ての実験群は、ｎ＝６であり、予備データおよび実験検出力分析を使用して全ての実験群を判定した。統計解析およびそれらのグラフについて、単一データ点を、可能な場合には切片ごとに複数の技術的反復で動物１匹当たり２つの組織切片と定義した。技術的反復は、目的の領域または組織各々について以下の数である、１切片当たりの複数の視野と定義する：小脳＝３、皮質＝４、海馬＝３、中脳＝１、線条体＝３、視床＝４、肝臓＝４、脾臓＝２、精巣（testi）＝２、腎臓＝２、肺＝２、脊椎＝１、ＤＲＧ＝１、矢状断全体＝１。
【０３０２】
（実施例２）
ウイルスライブラリーのＣｒｅ依存性正および負の選択の大要
【０３０３】
全身投与後に特定の器官に向かい、他の臓器を外して高い効率を有するＡＡＶを操作するという明確な目的のため、ウイルスバリアントの大型ライブラリーのｉｎ  ｖｉｖｏでの選択を可能にするＣＲＥＡＴＥスクリーニング法（Ｍ−ＣＲＥＡＴＥ）の最新版を使用した。図１は、使用したＭ−ＣＲＥＡＴＥ法の概略図を示す。ＣＲＥＡＴＥを用いて、特定の位置に変異を有するＡＡＶカプシドのライブラリーを、縮重プライマーを用いるＰＣＲにより生成し、Ｃｒｅ／Ｌｏｘ部位に挟まれているポリアデニル化部位を有するそれら自体のゲノムの複製不能バージョンをパッケージングするウイルスをＨＥＫ２９３細胞において産生し、特定の細胞集団にＣｒｅを発現するトランスジェニック動物にウイルスライブラリーを注射した。Ｃｒｅを発現する細胞へのライブラリーのバリアントの形質導入が成功した場合、それらのゲノムが反転されるためそれらのバリアントの配列をＣｒｅ依存的に回収することができる。
【０３０４】
異なる細胞集団にＣｒｅを発現する複数のトランスジェニックマウス系統におけるバリアントの選択：全身の内皮細胞についてはＴｅｋ−Ｃｒｅ、ＣＮＳおよびＰＮＳのニューロンについてはｈＳｙｎ１−Ｃｒｅ、ならびに星状膠細胞についてはＧＦＡＰ−Ｃｒｅを実行した。複数のトランスジェニック系統において並行して選択を実行することにより、正の選択と負の選択の両方を適用することができ、それによって目的の特定の組織から標的配列を回収し、その他の組織からはそれを回収しなかった。次に、目的の組織から回収したウイルスＤＮＡをシークエンシングし、インデックスを付加させた。次いで、目的の標的環境または細胞型における保有率に基づいて配列をランク付けした。ラウンド１からの最高性能配列のみを含有する第２ラウンドライブラリーを合成した。
【０３０５】
ＡＡＶ９のＡＡ４５５ループは、カプシドの表面からの最も遠くへの突出であり、以前に中和抗体結合に関係付けられている。ＡＡＶの最も一般的な操作ループは、それがＡＡＶ２のヘパラン硫酸結合部位であることおよびペプチド提示に適していることから、ＡＡ５８８ループである。ＡＡＶ９の唯一公知の受容体は、Ｎ結合型末端ガラクトースであるが、多くの指標は、他のものが存在することを示している。
【０３０６】
いずれかの特定の理論により拘束されることを望まないが、ＡＡ４５５ループは、自然に、またはＡＡ５８８ループとの相互作用によるかのいずれかで、細胞表面受容体結合にも役割を果たし得る。ＡＡ４５５ループのバリアントアミノ酸配列が所望のＡＡＶ指向性に寄与するかどうかを決定するために、ｒＡＡＶを操作し、Ｍ−ＣＲＥＡＴＥ法を使用して、４５５ループの７アミノ酸置換ライブラリーについて、ＢＢＢを横断する効率向上のためにＡＡ５８８ループを事前に操作したＡＡＶ９のバリアントであるＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢにおけるＡＡ４５２〜４５８（図１Ａ〜１Ｂ）間の選択ラウンドを行った。
【０３０７】
（実施例３）
齧歯動物における肺に対して順方向および肝臓に対して逆方向の指向性の偏りがあるＡＡＶカプシドバリアント
【０３０８】
ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４は強い肺特異的形質導入を呈する
【０３０９】
多数の標的に対する非常に富化されるバリアントを２ラウンドのｉｎ  ｖｉｖｏ選択後に発見した。肺内富化についての第２ラウンドの選択からの結果からいくつかの候補バリアントが得られ、それらの１つは、肺への有意な富化と、いくつかの末梢器官についての標的解除を示した。
【０３１０】
ランダムに選択したバリアント（図１５Ａ）、および特に腸ニューロン内に富化されることが判明したこのスクリーニングから浮上した第２の新規カプシドを、比較として提供する。形質導入効率を直接評価するために、候補バリアントのカプシド配列をＡＡＶ９骨格にクローニングし、ユビキタス合成プロモーターＣＡＧにより駆動される蛍光レポーターであるｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎをパッケージングする各バリアントについてウイルスを産生した。この構築物は、ベクターにより形質導入される全ての細胞型において蛍光プロモーターの強い発現を駆動し、それによって、細胞および組織型にわたっての各バリアントの形質導入についての視覚的読み出しが得られる。精製後、対照としてのＡＡＶ９を含む、各バリアントの５×１０１１ベクターゲノム（ｖｇ）を２匹の雄のｃ５７ｂｌ／６マウスに注射した。２週間の発現後、動物を屠殺し、灌流固定し、一群の器官の切片を作製し、蛍光についてイメージングした（図１５Ｂ）。発現パターンは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）結果を裏付け、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４（ＡＡＣＡＡＣＣＴＣＣＣＣＡＧＡＡＡＣＣＴＣ（配列番号４６４２９）によりコードされるＫＤＮＴＰＧＲ（配列番号３２５３８））は、肺全体にわたって形質導入増加を示す。比較として、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ１４は、腸および胃内のニューロンにおける発現増加を示し、これはＮＧＳ結果と一致する。
【０３１１】
ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４が肺について形質導入増加を示すことを確認した後、対照としてのＡＡＶ９およびＡＡＶ５とともに、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４の形質導入効率を、低用量全身注射後の臨床的に意義のある細胞型において経時的に定量した。これらの実験のために、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４、ＡＡＶ５およびＡＡＶ９を、年齢を合わせた雄マウスに注射し、３週間（ｎ＝３）または６ヶ月（ｎ＝３）にわたって発現させた。加えて、核局在配列（ＮＬＳ）をＣＡＧ−ＧＦＰ発現カセットにクローニングして、蛍光レポーターの発現を核に制限した。これは、特異的抗体染色との共局在確認に役立つ。組織調製後、バリアントの各々からの肺の連番付き切片を、線毛気道上皮細胞、クララ細胞、および肺胞上皮ＩＩ型（ＡＴＩＩ）細胞について抗体で染色した（図１６Ａ）。定量は、全身注射したＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４が、ＡＡＶ９より約１５倍高いおよびＡＡＶ５より約３０倍高い効率で粘膜下層細胞に形質導入することを示す（図１６Ｂ）。同様に、ＡＴＩＩ細胞についての形質導入は、ＡＡＶ９より約３０倍高く、ＡＡＶ５より約６０倍高い（図１６Ｃ）。ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４により形質導入された細胞の総数のうち、それらのおおよそ６０％は、ＡＴＩＩ細胞であり、他の４０％は、未知の粘膜下層細胞型である（図３Ｄ）。これらの結果は、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ａ４が、単独でまたは気道への直接送達と併用でＣＦ疾患進行を緩和するのに十分なＣＦＴＲ機能化をもたらし得る全身投与後に、肺の粘膜下層細胞への前例のない非侵襲的遺伝学的アクセスを提供することを実証する。
【０３１２】
図４は、心臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図５は、腸に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図６は、腎臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図７は、肝臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図８は、筋肉に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図９は、膵臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図１０は、脾臓に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図１１は、胃に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図１２は、精巣に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図１３は、肺に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図１４は、脂肪組織に特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【０３１３】
（実施例４）
齧歯動物における中枢および末梢神経系に対して順方向および肝臓に対して逆方向の指向性の偏りがあるＡＡＶカプシドバリアント
【０３１４】
末梢発現を避けるＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢの操作
【０３１５】
第１ラウンドの選択後、回収した配列を解析した。末梢器官と比較して脳内に富化されたおおよそ８２，０００の特有のバリアントを含有する第２ラウンドを合成した。最高性能バリアントを絞り込んで数桁減少させた第２ラウンドの選択後、脳について高い富化レベルならびに肝臓および他の末梢器官について負の富化を呈した（図１７Ｃ）、検定のための配列の小さいサブセットを選択した（図４ｂ）。このサブセットを、ＣＡＧ−ｍＮｅｏｎＧｒｅｅｎをパッケージングする５×１０１１ウイルスゲノムを注射して２週間発現させた野生型マウスにおいて、個々に試験した。脳および肝臓において得られた発現（図１７Ｄ）は、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）富化と極めて緊密に相関し、バリアントＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は、ＰＨＰ．ｅＢより高い脳内での蛍光および無視できるほどの肝臓形質導入を呈したので卓越していた。
【０３１６】
上記結果は、脳と末梢の両方についてＮＧＳ富化の所見と一致する。この場合、ＰＨＰ．ｅＢを作製するためのＡＡ５８８ループにおける挿入／置換は脳表現型を付与するようであるが、ＡＡ４５５における置換は、その表現型を肝臓および他の末梢器官から標的解除する。第２ラウンドの選択を構成した８２，０００バリアントのうち、およそ３９，０００は、脳内への正の富化および肝臓内への負の富化を呈した。これらの結果は、ＮＧＳ結果をｉｎ  ｖｉｖｏ性能の正確なプロキシとして使用することができる検証として役立つ。
【０３１７】
脳内富化および肝臓標的解除を呈した約３９，０００の配列について、この表現型をもたらすアミノ酸構成を解析した。７−ｍｅｒ置換全体にわたってアミノ酸が選択される頻度を解析し、特定の位置において富化されるアミノ酸のヒートマップとして平均値からのそれらの偏差をプロットした。これらの正に富化されるアミノ酸は、ＣＮＳ内富化を保持しつつ、カプシドを肝臓から標的解除する。
【０３１８】
ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０はＣＮＳ特異的形質導入を呈する
【０３１９】
ＡＡＶ９およびＰＨＰ．ｅＢと比較してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０の性能を十分に特徴付けるために、核局在ＣＡＧ−ＥＧＦＰをパッケージングし、１×１０１１ウイルスゲノムを動物に注射した。３週間後に発現を測定した。脳への全身送達を利用する以前の実験についてのこの用量を、平均用量として選択した。結果は、脳内の形質導入された細胞の平均数の増加、ならびにＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０とＰＨＰ．ｅＢの間の１細胞当たりの平均発現レベル、さらに、両方がＡＡＶ９よりも非常に有意に高いことを示す（図１８Ａ〜５Ｃ）。脊髄では、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は、ＰＨＰ．ｅＢの効率のおよそ６０％で機能するが、それでもＡＡＶ９よりほぼ２０倍高い効率で機能する。逆に、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は、ＰＨＰ．ｅＢ（約５０倍）およびＡＡＶ９（＞１００倍）と比較して肝臓では非常に有意に低減され、ＰＨＰ．ｅＢと比較して輝度／細胞がわずかに、しかし非有意だがより薄暗く、さらに両方がＡＡＶ９（約１０倍）よりも有意により薄暗い（図１８Ｂ〜１８Ｄ）。末梢のその他の部分では、結果は、同じ傾向に沿うものであり、ＰＨＰ．ｅＢは、ＡＡＶ９よりも低く、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は、ＰＨＰ．ｅＢの数分の１である（図１８Ｄ）。
【０３２０】
ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は強いニューロンへの偏りを呈する
【０３２１】
ＰＨＰ．ｅＢと比較してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０についての脳内での発現がどのように見えるかをさらに特徴付けるために、ニューロン、星状膠細胞および乏突起膠細胞を染色し、脳の様々な領域におけるそれらの細胞型を標的化する点でのウイルスの効率について定量した。ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０およびＰＨＰ．ｅＢは、脳領域にわたって同様の効率でニューロンに形質導入した（図１９Ａ〜１９Ｂ）が、星状膠細胞および乏突起膠細胞は、脳全体にわたってＰＨＰ．ｅＢと比較しておよそ１／４〜１／５のレベルでＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０により標的とされた（図１９Ｃ、１９Ｄ、１９Ｅ、１９Ｆ）。この結果は、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０変異によりもたらされる他の細胞型と比較してニューロンへの偏りを示し、これは、脳内の星状膠細胞に主として標的とするＡＡＶ９からの興味深い逸脱である。ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０についてのＮＧＳデータ（図１５Ｃ）からの興味深い表示は、小脳内へのバリアントの負の富化であった。ＰＨＰ．ｅＢと比較してＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０の小脳における発現を特徴付けると、実際、プルキンエ細胞に対する形質導入の有意な、およそ１／４への、減少があった（図２２）。
【０３２２】
図３は、中枢神経系（ＣＮＳ）に特異的な指向性を有し、肝臓を標的解除する、７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。図２は、ＣＮＳに特異的な指向性を有する７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列、および７−ｍｅｒバリアントＡＡＶカプシドアミノ酸配列をコードするＤＮＡ配列を示す。
【０３２３】
（実施例５）
非ヒト霊長類における中枢および末梢神経系に対して順方向および肝臓に対して逆方向の指向性の偏りがあるＡＡＶカプシドバリアント
【０３２４】
齧歯動物における操作されたバリアントの治療適用の可能性についての一番の関心事であるのは、それらの形質導入プロファイルが非ヒト霊長類（ＮＨＰ）にどれほどよく変換されるかである。したがって、齧歯動物において検証されたバリアントのサブセットのＮＨＰ形質導入プロファイルを、対照としてのＡＡＶ９およびＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢとともに特徴付けた。各々が、ユビキタスＣＡＧプロモーターの制御下でＨＡタグ付きフラタキシンをパッケージングする、ＡＡＶ９、ＡＡＶ−ＰＨＰ．ｅＢ、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ８、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１８およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２という８つのウイルスのプールを産生した。フラタキシンの使用は、それが全身にわたって発現される内因性タンパク質であるので、ならびに天然に存在する血清型および操作された血清型のＮＨＰ形質導入を特徴付けるための以前の取り組みにより、ＧＦＰのような外因性導入遺伝子のパッケージングに起因する可能性がある有害な結果が見出されたので、選択した。パッケージングされたＦＸＮ各々は、シークエンシング後に１つのウイルスの寄与を残りのものと区別するための別個の１２塩基ＲＮＡバーコードを含有した。８つのウイルスを等比でプールし、合計１．２×１０１４ｖｇ／ｋｇを２匹の成体マーモセットに注射した。６週間の発現後、脳および肝臓を回収し、冠状切片をＲＮＡシークエンシングおよび免疫組織化学的検査に使った。
【０３２５】
ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０は、ＡＡＶ９と比較して脳におけるＲＮＡレベルの６倍を超える増加および肝臓ＲＮＡレベルの１／５倍未満への低下を示した。選択したもう１つのバリアントであるＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２は、脳ＲＮＡレベルの１２倍を超える増加を示したが、肝臓ＲＮＡレベルの有意な差を示さなかった。いずれか特定の理論により拘束されるものではないが、これらの結果は、ＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０が、脳のヒト疾患の処置に有望なバリアンドカプシドであることを示す。選択した数のバリアントを本実施例で試験したが、これらの発見はまた、任意の標的ｉｎ  ｖｉｖｏ環境においてＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ２２およびＡＡＶ．ＣＡＰ−Ｂ１０の場合と等しいまたはそれより高い富化スコアを有する本明細書に記載の他の改変ＡＡＶカプシドタンパク質も、ヒト疾患の有望な治療的解決策をもたらすことを示唆している。
【０３２６】
（実施例６）
第１Ａ相臨床試験（ハンチントン病）
【０３２７】
配列番号２９３３、８８、２４６６、３９４３、２６７２、２７４３、３０６４、１１９５８、７８０、２７６４および２７４１のいずれか１つに示されるアミノ酸配列または表３〜４もしくは図２〜３に示されるアミノ酸配列のいずれかを有する改変ＡＡＶカプシドタンパク質を含むウイルスベクターを含む試験組成物の１回静脈内注射についての安全性、忍容性、薬物動態および薬力学を、後期ハンチントン病（ＨＤ）を有する対象において評価するために、第１Ａ相臨床試験を行う。適格対象は、年齢２１〜６５歳の間の男性および女性である。
【０３２８】
組み入れ基準：適格対象は、年齢２１〜６５歳の間の男性および女性である。（１）国際生活機能分類（ＩＣＦ）に署名し、日付を記入する対象、（２）≧２１歳かつ６５歳≦である男性または女性参加者、（３）４０より多いか４０に等しく、かつ５０未満であるか５０に等しい、一群のＣＡＧリピートを第４染色体上に有するハンチントン病の証拠となる医学報告書（ＰＣＲ）を提出する参加者（参加者が検査を行っていなかった場合、および／または彼が利用可能な報告書を有さない場合、新たな検査を行うべきである）、（４）登録時点で運動評価ＵＨＤＲＳ尺度（ハンチントン病統一評価尺度）に関して５点またはそれより高いスコア、（５）登録時点でＵＨＤＲＳ尺度の機能的能力に関して８〜１１点の間のスコア。
【０３２９】
除外基準：（１）研究に登録すると対象にリスクがあると医学研究により判断されるあらゆる医学的観察データ（臨床的および身体的）、（２）研究に登録すると対象にリスクがあると医学研究により判断されるあらゆる臨床検査データ、（３）てんかんの病歴、（４）主要認知障害の診断、（５）活動性非代償性精神疾患、（６）新生物の現病歴および既往歴、（７）胃腸、肝臓、腎臓、内分泌、肺、血液学的、免疫、代謝性病変または重症の管理されていない心血管疾患の現病歴、（８）ウイルス性、細菌性、真菌性である、または別の病原体により引き起こされた、あらゆる活動性感染症の診断、（９）この研究で行われる試験のいずれかを受けることが禁忌である参加者、例えば、ペースメーカーまたは外科用クリップを有する参加者、（１０）アルコール依存症または非合法薬物の乱用者の病歴、（１１）来院Ｖ−４の前の２年間に１回または複数回の自殺エピソードの前歴、（１２）能動喫煙者または禁煙してから登録まで６ヶ月未満、（１３）血清学的検査：ＨＩＶ１および２（抗ＨＩＶ−１、２）、ＨＴＬＶ  ＩおよびＩＩ、ＨＢＶ（ＨＢｓＡｇ、抗ＨＢｃ）、ＨＣＶ（抗ＨＣＶ−Ａｂ）およびＶＤＲＬ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ）のうちの少なくとも１つについての検査結果陽性、（１４）イメージング用の造影剤、またはウシ由来の製品を含む、薬物アレルギーの病歴、（１５）免疫抑制薬もしくは禁止薬を使用している、または治験薬の初回投与後の最初の３ヶ月間にその使用が予想される、（１６）参加者の登録にとってリスクと医学研究者により解釈される、あらゆる臨床的変化。
【０３３０】
実験：
【０３３１】
プラセボ。０週目にプラセボの注射１回。
【０３３２】
高用量試験。０週目に試験組成物２×１０１０ｖｇの注射１回。
【０３３３】
中等度用量試験。０週目に試験組成物６×１０９ｖｇの注射１回。
【０３３４】
低用量試験。０週目に試験組成物２×１０９ｖｇの注射１回。
【０３３５】
最低用量試験。０週目に試験組成物２×１０８ｖｇの注射１回。
【０３３６】
主要評価項目：有害事象、バイタルサイン、臨床検査、ＥＣＧ、ならびに良性および悪性新生物の発生の変化を定期的にモニターすることによる試験組成物の安全性［時間枠：５年］。定期的評価から、（１）有害事象、例えば、タイプ、頻度、強度、重篤度、重症度、および治験薬研究に関連して取られる行動など、（２）バイタルサイン（ＢＰ、ＨＲ、腋窩温）、身体検査および健康診断（ＢＭＩ、体重、身長、神経学的評価などに重点を置いて病状−心血管、肺、消化器系、骨格筋および末梢）、（３）血液学的、生化学的、泌尿器学的および血清学的分析を含んだ臨床検査、（４）１２誘導の心電図（ＥＣＧ）、および（５）臨床検査、磁気共鳴画像法、コンピュータ断層撮影法および超音波検査による次の器官／系：ＣＮＳ、肺、肝臓、脾臓、膵臓、前立腺、精巣、泌尿器系、血管系および骨格系における良性および悪性新生物の発生および分類についての、モニタリング変化を熟考して、治験薬の安全性を詳細に評価する。
【０３３７】
副次評価項目：全体的な臨床応答によるＣｅｌｌａｖｉｔａ  ＨＤ（ＣＩＢＩＳ）およびＵＨＤＲＳ改善［時間枠：５年］の予備的有効性を、ＵＨＤＲＳ尺度の構成要素：運動、認知および行動の各々の結果についての統計的比較により評価する。全体的な臨床応答を、Ｃｅｌｌａｖｉｔａ  ＨＤ処置の前と後に治験責任医師により観察されるベースラインスコア間の統計的比較によって評価する。炎症マーカーの比較によるＣｅｌｌａｖｉｔａ  ＨＤの予備的有効性［時間枠：１年］を、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−１０（インターロイキンＩＬ）およびＴＮＦ−アルファ（腫瘍壊死因子アルファ）を含んだ炎症マーカーの統計的比較により評価する。Ｃｅｌｌａｖｉｔａ  ＨＤの免疫学的応答［時間枠：１年］。Ｃｅｌｌａｖｉｔａ  ＨＤにより誘導される免疫学的応答を、ＣＤ４＋およびＣＤ８＋増殖のベースライン結果と他の評価時点のものとの間の統計的比較により評価する。ＣＮＳ評価の比較によるＣｅｌｌａｖｉｔａ  ＨＤの予備的有効性［時間枠：１年］。皮質厚計測時の磁気共鳴画像によるＣＮＳ評価の統計的比較により、種々の脳構造、特に基底核、の体積を、陽子分光測定で同定される尾状核および代謝変化に特に注意して評価する。ハミルトンうつ病評価尺度（ＨＤＲＳ）による自殺念慮のリスク［時間枠：５年］を自殺ドメインにより評価する。句読点による分類は、軽度うつ病（スコア：８〜１３）、中等度うつ病（スコア：１９〜２２）および重度うつ病（スコア：＞２３）に対応し得る。
【０３３８】
本実施例の好ましい実施形態を本明細書で示し、説明したが、このような実施形態を単なる例としてのみ提供することは、当業者には明らかである。本開示から逸脱することなく、非常に多くの変形形態、変更形態および置換形態がここで当業者に想起される。本明細書に記載の本開示の実施形態の様々な代替形態を本開示の実施の際に利用することができることは、理解されるはずである。下記の特許請求の範囲が本開示の範囲を定義すること、およびこれらの特許請求の範囲の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物が、これらの特許請求の範囲に包含されることを意図している。
【図１Ａ−Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図２−１】
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【図２−２】
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【図２−３】
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【図２−４】
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【図２−５】
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【図２−６】
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【図２−７】
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【図２−８】
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【図２−９】
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【図２−１０】
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【図２−１１】
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【図２−１２】
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【図２−１３】
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【図２−１４】
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【図２−１５】
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【図２−１６】
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【図２−１７】
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【図２−１８】
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【図２−１９】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図３−３】
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【図３−４】
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【図３−５】
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【図３−６】
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【図３−７】
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【図３−８】
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【図３−９】
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【図３−１０】
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【図３−１１】
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【図３−１２】
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【図３−１３】
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【図３−１４】
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【図３−１５】
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【図３−１６】
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【図３−１７】
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【図３−１８】
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【図３−１９】
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【図３−２０】
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【図３−２１】
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【図３−２２】
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【図３−２３】
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【図３−２４】
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【図３−２５】
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【図３−２６】
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【図３−２７】
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【図３−２８】
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【図３−２９】
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【図３−３０】
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【図３−３１】
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【図３−３２】
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【図３−３３】
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【図３−３４】
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【図３−３５】
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【図３−３６】
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【図３−３７】
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【図３−３８】
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【図３−３９】
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【図３−４０】
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【図３−４１】
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【図３−４２】
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【図３−４３】
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【図３−４４】
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【図３−４５】
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【図３−４６】
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【図３−４７】
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【図３−４８】
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【図３−４９】
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【図３−５０】
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【図３−５１】
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【図３−５２】
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【図３−５３】
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【図３−５５】
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【図３−５６】
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【図３−５７】
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【図３−５８】
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【図３−５９】
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【図３−６０】
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【図３−６１】
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【図３−６２】
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【図３−６３】
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【図３−６４】
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【図３−６５】
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【図３−６６】
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【図３−６７】
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【図３−６８】
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【図３−６９】
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【図３−７０】
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【図３−７１】
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【図３−７２】
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【図３−７３】
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【図３−７４】
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【図３−７５】
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【図３−７６】
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【図３−７７】
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【図３−７８】
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【図３−７９】
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【図３−８０】
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【図３−８１】
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【図３−８２】
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【図３−８３】
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【図３−８４】
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【図３−８５】
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【図３−８６】
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【図３−８７】
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【図３−８８】
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【図３−８９】
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【図３−９０】
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【図３−９１】
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【図３−９２】
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【図３−９３】
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【図４−１】
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【図４−２】
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【図４−３】
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【図４−４】
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【図４−５】
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【図４−６】
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【図４−７】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図５−３】
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【図５−４】
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【図５−５】
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【図５−６】
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【図５−７】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図６−３】
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【図６−４】
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【図６−５】
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【図６−６】
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【図６−７】
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【図６−８】
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【図６−９】
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【図６−１０】
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【図６−１１】
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【図６−１２】
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【図６−１３】
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【図６−１４】
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【図６−１５】
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【図６−１６】
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【図６−１７】
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【図６−１８】
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【図６−１９】
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【図６−２０】
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【図６−２１】
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【図６−２２】
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【図６−２３】
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【図６−２４】
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【図６−２５】
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【図６−２６】
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【図６−２７】
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【図７−１】
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【図７−２】
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【図８−１】
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【図８−２】
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【図８−３】
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【図８−４】
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【図８−５】
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【図９】
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【図１０−１】
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【図１０−２】
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【図１０−３】
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【図１０−４】
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【図１１−１】
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【図１１−２】
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【図１２−１】
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【図１２−２】
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【図１２−３】
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【図１２−４】
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【図１３−１】
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【図１３−２】
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【図１３−３】
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【図１３−４】
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【図１３−５】
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【図１３−６】
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【図１３−７】
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【図１３−８】
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【図１３−９】
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【図１３−１０】
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【図１３−１１】
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【図１３−１２】
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【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１４−３】
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【図１４−４】
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【図１４−５】
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【図１４−６】
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【図１４−７】
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【図１４−８】
2022502046.tif 000200
【図１４−９】
2022502046.tif 000201
【図１５Ａ−Ｂ】
2022502046.tif 000202
【図１６Ａ−Ｂ】
2022502046.tif 000203
【図１６Ｃ−Ｄ】
2022502046.tif 000204
【図１７Ａ】
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【図１７Ｂ】
2022502046.tif 000206
【図１７Ｃ】
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【図１７Ｄ】
2022502046.tif 000208
【図１７Ｅ】
2022502046.tif 000209
【図１８Ａ−Ｂ】
2022502046.tif 000210
【図１８Ｃ−Ｄ】
2022502046.tif 000211
【図１９Ａ−Ｂ】
2022502046.tif 000212
【図１９Ｃ−Ｄ】
2022502046.tif 000213
【図１９Ｅ−Ｆ】
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【図２０Ａ】
2022502046.tif 000215
【図２０Ｂ】
2022502046.tif 000216
【図２０Ｃ】
2022502046.tif 000217
【図２１】
2022502046.tif 000218
【図２２Ａ−Ｂ】
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【図２３Ａ−Ｄ】
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【図２３Ｅ−Ｆ】
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【手続補正書】
【提出日】令和3年9月21日(2021.9.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2022502046000001.app
【国際調査報告】
2022502046.tif 000222
2022502046.tif 000223