【手続補正書】
【提出日】平成22年3月18日(2010.3.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ウイルス性ポリペプチドが結合する細胞性ポリペプチドを同定する方法であって、以下のステップ：
(a)  ウイルスのゲノムにおいて、バイオインフォマティックスを用いて、ウイルス性ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を同定すること、ただし、該ウイルス性ポリペプチドは少なくとも1つのビルレンス形質を示すものであること、
(b)  アフィニティタグと融合した該ウイルス性ポリペプチドを含む融合タンパク質を作製すること、ただし、該アフィニティタグが第1のポリペプチドタグと第2のポリペプチドタグを含むこと、
(c)  ステップ(b)に続いて、複数の細胞またはその画分もしくは上清と、ウイルス性ポリペプチドをアフィニティタグに融合させた融合タンパク質とを、融合タンパク質のウイルス性ポリペプチド部分が該複数の細胞またはその画分もしくは上清に随伴したポリペプチドと相互作用して融合タンパク質：細胞性ポリペプチド複合体をもたらすのに十分な条件下でかつ十分な時間にわたり接触させること、
(d)  タンデムアフィニティー精製により、融合タンパク質：細胞性ポリペプチド複合体を単離すること、および
(e)  細胞性ポリペプチドのアミノ酸配列、または少なくとも8アミノ酸を含む少なくとも1つの細胞性ポリペプチド断片のアミノ酸配列を決定し、それによりウイルス性ポリペプチドが結合する細胞性ポリペプチドを同定すること、
を含む、上記方法。
【請求項２】
前記ウイルス性ポリペプチドが、少なくとも20個のアミノ酸を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ウイルス性ポリペプチドが、少なくとも40個のアミノ酸を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
ステップ(e)が、(i)単離した細胞性ポリペプチドをプロテアーゼで切断して、細胞性ポリペプチドの複数のポリペプチド断片を生成させること、(ii)少なくとも8アミノ酸を含む少なくとも1つのポリペプチド断片のアミノ酸配列を決定すること、および(iii)少なくとも1つのポリペプチド断片のアミノ酸配列を既知の細胞性ポリペプチドのアミノ酸配列と比較し、それによりウイルス性ポリペプチドが結合する細胞性ポリペプチドを同定することを含む、請求項1〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
液体クロマトグラフィーおよび質量分析を含む方法によりアミノ酸配列を決定する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
少なくとも1つのビルレンス形質が、以下の形質：(a)前記ウイルスに感染した細胞における変異型ウイルス性ポリペプチドの発現が該ウイルスのビルレンスの低下と相関する、という形質；(b)該ウイルスに感染した細胞における前記ウイルス性ポリペプチドの発現不在が該ウイルスのビルレンスの低下と相関する、という形質；(c)ウイルスゲノム中の前記ポリヌクレオチド配列がウイルスビルレンス因子である少なくとも1つの他のウイルス性ポリペプチドをコードするゲノム領域に位置する、という形質；および(d)該ウイルス性ポリペプチドが該ウイルスに感染した細胞により分泌される、または該ウイルス性ポリペプチドが該ウイルスに感染した細胞の細胞膜に結合される、という形質から選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
(a)前記ウイルスがDNAゲノムを含み、かつポックスウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、もしくはB型肝炎ウイルスであるか、または(b)該ウイルスがRNAゲノムを含み、かつピコルナウイルス、レトロウイルス、出血熱ウイルス、もしくはC型肝炎ウイルスである、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
ステップ(d)の前に、前記複数の細胞を少なくとも1つの刺激にさらす、請求項1〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記複数の細胞が複数の免疫細胞であり、かつ少なくとも1つの刺激が、(a)該細胞により発現されるコグネイト抗原と特異的に結合する抗体、(b)ホルボールエステル、(c)コンカナバリンA、(d)サイトカイン、(e)ケモカイン、および(f)イオノマイシンから選択される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記複数の細胞の画分が細胞溶解物、細胞抽出物、または少なくとも1つの単離された細胞オルガネラから選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
アフィニティタグが検出可能な成分をさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
検出可能な成分がフルオロフォア、放射性核種、酵素、およびビオチンから選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
アフィニティタグが第3のポリペプチドタグをさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
アフィニティタグが少なくとも1つのプロテアーゼ認識配列をさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
第1のポリペプチドタグ、第2のポリペプチドタグ、および第3のポリペプチドタグが、赤血球凝集素ペプチド、カルモジュリン結合ポリペプチド、ストレプトアビジン結合ペプチド、免疫グロブリンFcポリペプチド、免疫グロブリンムテインFcポリペプチド、プロテインCタグ、少なくとも1つの免疫グロブリン結合性の黄色ブドウ球菌プロテインAドメイン、および配列番号１１のアミノ酸配列を含むペプチド(SoftagTM)からそれぞれ独立に選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
(a)第1のポリペプチドタグが赤血球凝集素ペプチドであり、第2のポリペプチドタグがプロテインCタグであり、そして第3のポリペプチドタグが配列番号１１のアミノ酸配列を含むペプチド(SoftagTM)であるか、または(b)第1のポリペプチドタグが赤血球凝集素ペプチドであり、第2のポリペプチドタグがプロテインCタグであり、そして第3のポリペプチドタグがストレプトアビジン結合タンパク質である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
アフィニティタグが第4のポリペプチドタグをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
第4のポリペプチドタグが第1、第2、または第3のポリペプチドタグと同じものである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
第1のポリペプチドタグが赤血球凝集素ポリペプチドであり、第2のポリペプチドタグがプロテインCタグであり、第3のポリペプチドタグがストレプトアビジン結合ペプチドであり、そして第4のポリペプチドタグが第3のポリペプチドタグの繰り返しである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
アフィニティタグが第2のプロテアーゼ認識配列をさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項２１】
融合タンパク質がシグナルペプチド配列をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
シグナルペプチド配列がアミノ酸配列MATGSRTSLLLAFGLLCLPWLQEGSA (配列番号12)を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
下記のステップ：
(i)  融合タンパク質と、複数の細胞を含む生物学的サンプルとを、融合タンパク質のウイルス性ポリペプチド部分が該細胞と相互作用するのに十分な条件下でかつ十分な時間にわたり接触させること、
(ii)  融合タンパク質が細胞に結合するか否かを確認すること、
(iii)  融合タンパク質が結合する細胞を単離すること、
(iv)  該細胞の特性解析を行い、そこからウイルス性ポリペプチドが結合する細胞性ポリペプチドを含む細胞タイプを決定すること、
を含んでなる、ウイルス性ポリペプチドが結合する細胞性ポリペプチドを含む細胞タイプを同定することをさらに含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
免疫学的疾患または障害を治療するための薬剤を同定する方法であって、
(a)  請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法に従ってウイルス性ポリペプチドが結合する細胞性ポリペプチドを同定すること、ただし、細胞性ポリペプチドとウイルス性ポリペプチドとの相互作用によって免疫細胞の免疫応答性が改変されること、
(b)  (i)細胞性ポリペプチドもしくは該細胞性ポリペプチドを含む細胞、(ii)ウイルス性ポリペプチド、および(iii)候補薬剤を、該細胞性ポリペプチドと該ウイルス性ポリペプチドが相互作用するのに十分な条件下でかつ十分な時間にわたり接触させること、
(c)  候補薬剤の非存在下での該ウイルス性ポリペプチドの該細胞性ポリペプチドへの結合レベルと比較して、候補薬剤の存在下での該ウイルス性ポリペプチドの該細胞性ポリペプチドへの結合レベルを測定し、その際、候補薬剤の非存在下での該ウイルス性ポリペプチドの該細胞性ポリペプチドへの結合レベルと比較して、候補薬剤の存在下での該ウイルス性ポリペプチドの該細胞性ポリペプチドへの結合レベルが低下していれば、その候補薬剤を、免疫学的疾患または障害を治療するための薬剤として同定すること、
を含んでなる、上記方法。
【請求項２５】
前記薬剤が(a)抗体またはその抗原結合フラグメント、(b)ウイルス性ポリペプチド/Fcポリペプチド融合タンパク質、(c)ペプチド/Fcポリペプチド融合タンパク質、(d)小分子、(e)低分子干渉RNA（siRNA）、(f)アンチセンスポリヌクレオチド、および(g)アプタマーから選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
疾患または障害を治療するための、請求項２４または２５に記載の方法により同定された薬剤の使用であって、該疾患または障害が免疫学的疾患または障害、心血管疾患または障害、代謝性疾患または障害、あるいは増殖性疾患または障害である、上記使用。
【請求項２７】
前記薬剤が抗体またはその抗原結合フラグメントである、請求項２６に記載の使用。