【手続補正書】
【提出日】平成22年8月6日(2010.8.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
さらなる方法は、癌治療、例えばプロテアソーム阻害および／またはグルココルチコイド治療レジメンに対する長期または短期生存者について患者の予測マーカープロフィールを検討し、支払いを行うべきかどうかに関して決定を下すまたは助言することにより、癌、例えば血液癌（例えば多発性骨髄腫、白血病、リンパ腫等）または固形腫瘍由来の癌（例えば肺、乳房、前立腺、卵巣、結腸、腎臓または肝臓における）を治療するまたは治療の代金を支払うかどうかを評価するための方法を含む。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
癌を有する患者が、治療レジメンで治療されたとき短期生存または長期生存すると予測されるかどうかを判定するための方法であって、
ａ）患者の試料において予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｂ）該予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルが情報的発現レベルであるかどうかを判定するために、該予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを対照発現レベルと比較すること；および
ｃ）該予測マーカーまたは複数のマーカーが、表１および／または表２において同定される予測マーカーから選択され；および情報的発現レベルが、該患者が治療レジメンで治療されたとき短期生存者または長期生存者のいずれかであると予測されることを指示する、患者が短期生存者または長期生存者であると予測されるかどうかを判定すること
を含む、方法。
（項目２）
前記患者の試料が腫瘍由来の細胞を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記腫瘍が、骨髄腫、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンストレーム症候群、慢性リンパ性白血病および他の白血病から成る群より選択される、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記治療レジメンが、プロテアソーム阻害治療またはグルココルチコイド治療である、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記プロテアソーム阻害治療がボルテゾミブ治療である、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルがｍＲＮＡの検出によって測定される、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルがタンパク質の検出によって測定される、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記複数のマーカーが、表１および／または表２からの少なくとも５つの予測マーカーである、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記複数のマーカーが、表１および／または表２からの少なくとも２０の予測マーカーである、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記複数のマーカーが、表２からの少なくとも９５の予測マーカーである、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記情報的発現レベルが前記複数のマーカーの少なくとも５０％から組み合わされる、項目１に記載の方法。
（項目１２）
表１からの予測マーカーまたは複数のマーカーが各々、短期生存マーカーについては少なくとも１．３のハザード比、または長期生存マーカーについては０．８０以下のハザード比を有する、項目１に記載の方法。
（項目１３）
表２からの予測マーカーまたは複数のマーカーが各々、短期生存マーカーについては少なくとも２．２のＳｕｐｅｒＰＣスコア、または長期生存マーカーについては−２．３５以下のＳｕｐｅｒＰＣスコアを有する、項目１に記載の方法。
（項目１４）
表１および／または表２からの予測マーカーまたは複数のマーカーが生物学的カテゴリーに分類される、項目１に記載の方法。
（項目１５）
患者をプロテアソーム阻害剤で治療するかどうかを判定するための方法であって、該方法は、
ａ）患者の試料において予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｂ）該予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルが情報的発現レベルであるかどうかを判定するために、該予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを対照発現レベルと比較すること；
ｃ）該患者が、治療レジメンで治療されたとき短期生存者または長期生存者であると予測されるかどうかを判定すること；および
ｄ）該患者が長期生存者であると予測される場合、該患者をプロテアソーム阻害剤で治療することを決定すること
を含み、該予測マーカーまたは複数のマーカーが、表１および／または表２において同定される予測マーカーから選択され；および該情報的発現レベルが、該患者が短期生存者または長期生存者のいずれかであると予測されることを指示する、方法。
（項目１６）
治療レジメンで治療されたときの患者の短期または長期生存を予測するための予測マーカーまたは予測マーカーセットを同定するための方法であって、
ａ）試料中で、表１および／または表２において同定される予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｂ）応答性または非応答性に関連する特徴を選択するために、各マーカーの発現レベルに統計解析を適用すること；および
ｃ）選択した特徴を含むマーカーまたはマーカーセットを同定すること
を含む、方法。
（項目１７）
項目１６において同定されるマーカーを検出するための試薬を含むキット。
（項目１８）
患者において癌の治療を継続するかどうかを決定するための方法であって、該方法は、
ａ）治療の前に患者の試料において予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｂ）治療中の患者の試料において予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｃ）ａ）とｂ）の予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを比較すること；および
ｄ）該比較が長期生存を予測する場合は治療を継続すること、または該比較が短期生存を予測する場合は治療を中止することを決定すること
を含み、該予測マーカーまたは複数のマーカーが、表１および／または表２において同定される予測マーカーから選択される、方法。
（項目１９）
前記治療がボルテゾミブ治療である、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
表１および／または表２からの少なくとも５つの予測マーカーを含む分類器。
（項目２１）
項目２０の分類器において予測マーカーの発現を評価するための試薬、および使用のための指示書を含むキット。
（項目２２）
癌の治療のための代金を支払うかどうかを決定する方法であって、
ａ）該患者が、治療レジメンで治療されたとき短期生存または長期生存すると予測されるかどうかを項目１の方法によって判定すること；および
ｄ）該患者が、該治療レジメンで治療されたとき長期生存者であると予測される場合に支払いを許可すること
を含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
癌を有する患者が、プロテアソーム阻害治療またはグルココルチコイド治療で治療されたとき短期生存または長期生存すると予測されるかどうかの判定を補助する方法であって、
ａ）患者の試料において予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｂ）該予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルが情報的発現レベルであるかどうかを判定するために、該予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを対照発現レベルと比較すること；および
ｃ）情報的発現レベルが、該患者がプロテアソーム阻害治療またはグルココルチコイド治療で治療されたとき短期生存者または長期生存者のいずれかであると予測されることを指示する、患者が短期生存者または長期生存者であると予測されるかどうかを判定すること
を含む、方法。
【請求項２】
前記予測マーカーまたは複数の予測マーカーが各々、短期生存マーカーについては少なくとも１．３のハザード比、または長期生存マーカーについては０．８０以下のハザード比を有するか；あるいは、各々、短期生存マーカーについては少なくとも２．２のＳｕｐｅｒＰＣスコア、または長期生存マーカーについては−２．３５以下のＳｕｐｅｒＰＣスコアを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記患者の試料が腫瘍由来の細胞を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記腫瘍は、液体腫瘍である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記腫瘍が、骨髄腫、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、Ｂ細胞リンパ腫、ワルデンストレーム症候群、慢性リンパ性白血病および他の白血病から成る群より選択される、請求項３または４に記載の方法。
【請求項６】
前記プロテアソーム阻害治療がボルテゾミブ治療である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルが、（Ｉ）ｍＲＮＡまたは（ＩＩ）タンパク質の検出によって測定される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記複数のマーカーが、少なくとも５つの予測マーカーであり；必要に応じて前記複数のマーカーは少なくとも２０の予測マーカーであり；必要に応じて前記複数のマーカーは少なくとも９５の予測マーカーである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記情報的発現レベルが前記複数のマーカーの少なくとも５０％から組み合わされる、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記予測マーカーまたは複数のマーカーが生物学的カテゴリーに分類される、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記予測マーカーまたは複数の予測マーカーが表１または表２に示されるマーカーから選択される、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
患者をプロテアソーム阻害剤で治療するかどうかの判定を補助する方法であって、該方法は、
ａ）患者の試料において予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｂ）該予測マーカーまたは複数のマーカーのそれぞれの発現のレベルが情報的発現レベルであるかどうかを判定するために、該予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを対照発現レベルと比較すること；
ｃ）該患者が、治療レジメンで治療されたとき短期生存者または長期生存者であると予測されるかどうかを判定すること；および
ｄ）該患者が長期生存者であると予測される場合、該患者をプロテアソーム阻害剤で治療することを判定すること
を含み、情報的発現レベルが、該患者が短期生存者または長期生存者のいずれかであると予測されることを指示する、方法。
【請求項１３】
前記予測マーカーまたは複数のマーカーが、表１および／または表２において同定される予測マーカーから選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
治療レジメンで治療されたときの患者の短期または長期生存を予測するための予測マーカーまたは予測マーカーセットを同定するための方法であって、
ａ）試料中で、予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｂ）短期生存または長期生存に関連する特徴を選択するために、各マーカーの発現レベルに統計解析を適用すること；および
ｃ）選択した特徴を含むマーカーまたはマーカーセットを同定すること
を含む、方法。
【請求項１５】
請求項１４において同定されるマーカーを検出するための試薬を含むキット。
【請求項１６】
患者において癌の治療を継続するかどうかの判定を補助する方法であって、該方法は、
ａ）治療の前に患者の試料において予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｂ）治療中の患者の試料において予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを測定すること；
ｃ）ａ）とｂ）の予測マーカーまたは複数のマーカーの発現のレベルを比較すること；および
ｄ）該比較が長期生存を予測する場合は治療を継続すること、または該比較が短期生存を予測する場合は治療を中止することを判定すること
を含み、必要に応じて該治療はボルテゾミブ治療である、方法。
【請求項１７】
表１および／または表２からの少なくとも５つの予測マーカーを含む分類器。
【請求項１８】
請求項１７の分類器において予測マーカーの発現を評価するための試薬、および使用のための指示書を含むキット。