【手続補正書】
【提出日】平成22年8月20日(2010.8.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患を検出する方法であって、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程を包含する、方法。
【請求項２】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームが、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程が、前記哺乳動物の体液又は組織の試料と前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する抗体とを接触させる工程、及び該抗体と該試料由来の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームとの結合を検出する工程を包含する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程が、該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームに対する１以上の自己抗体の存在を検出する工程を包含する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験する工程が、該１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームをコードする１以上のｍＲＮＡ転写物の存在を検出する工程を包含する、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項６】
配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドの発現について試験する工程をさらに包含する、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記哺乳動物中の１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現とコントロールとを比較する工程をさらに包含する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患が癌である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現を特徴とする疾患を検出する方法であって、疾患が存在しない場合にはＢＯＲＩＳアイソフォームを発現しない哺乳動物の組織又は体液中の、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を包含する、方法。
【請求項１０】
前記１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物が、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
配列番号４４のヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現について試験する工程を更に包含する、請求項９又は１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記哺乳動物のＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の発現をコントロールと比較する工程を更に含む、請求項９〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連している疾患が癌である、請求項９〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離又は精製されたポリペプチド。
【請求項１５】
配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含む、単離又は精製された核酸。
【請求項１６】
配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、単離又は精製された核酸。
【請求項１７】
請求項１５又は１６の核酸を含む、ベクター。
【請求項１８】
請求項１４のポリペプチドを含む、細胞。
【請求項１９】
必要に応じてベクターの形態で請求項１５又は１６の核酸を含む、細胞。
【請求項２０】
請求項１４のポリペプチドに結合する、抗体又は抗体断片。
【請求項２１】
請求項１４のポリペプチド及び担体を含有する、組成物。
【請求項２２】
必要に応じてベクターの形態の請求項１５又は１６の核酸、及び担体を含有する、組成物。
【請求項２３】
請求項２０の抗体又は抗体断片及び担体を含有する、組成物。
【請求項２４】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防するための低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）分子であって、該ｓｉＲＮＡ分子は、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与されるものであり、かつ、ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の断片に相補的な、少なくとも１０ヌクレオチドが連続する配列を含む、ｓｉＲＮＡ分子。
【請求項２５】
前記ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物が、配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項２４に記載のｓｉＲＮＡ分子。
【請求項２６】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患が癌である、請求項２４又は２５に記載のｓｉＲＮＡ分子。
【請求項２７】
哺乳動物中の異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患を治療又は予防するための抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体であって、該抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体は、異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患に罹患している哺乳動物に投与され、ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに選択的に結合するものである、抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体。
【請求項２８】
前記ＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドが、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２７に記載の抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体。
【請求項２９】
前記異常なＢＯＲＩＳ発現に関連する疾患が癌である、請求項２７又は２８に記載の抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体。
【請求項３０】
（ａ）（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチド、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択される核酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する１以上のプローブを含むプローブセット、及び
（ｂ）該プローブの検出を促進する試薬
を含む、哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現の検出のためのキット。
【請求項３１】
哺乳動物中のＢＯＲＩＳ発現の検出に有用なアレイであって、該アレイが、基材上に固定された１以上のプローブを含み、該プローブが、（ｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォーム、（ｉｉ）配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号１〜２４からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物、に結合する、アレイ。
【請求項３２】
前記プローブセットが、１以上の抗ＢＯＲＩＳアイソフォーム抗体又は抗体断片を含む、請求項３１に記載のアレイ。
【請求項３３】
前記プローブセットが、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォーム又はその免疫原性断片を含む、請求項３１に記載のアレイ。
【請求項３４】
前記プローブセットが１以上の核酸を含む、請求項３１に記載のアレイ。
【請求項３５】
（ｉ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチド、（ｉｉ）配列番号４３のアミノ酸配列を含むＢＯＲＩＳポリペプチドに対する自己抗体、又は（ｉｉｉ）配列番号４４のヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡ転写物、に結合するプローブを更に含む、請求項３１〜３４のいずれか１項に記載のアレイ。
【請求項３６】
１以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルを含むデータベースであって、患者のＢＯＲＩＳ発現プロファイルと１以上の異なる型の癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルとの比較を容易にする、データベース。
【請求項３７】
哺乳動物においてＢＯＲＩＳに対する免疫応答を誘導するための、配列番号２５〜４２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチド又はその免疫原性部分。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
（発明の詳細な説明）
Ｋｌｅｎｏｖａら、Ｓｅｍｉｎａｒｓ ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １２、３９９−４１４（２００２）に開示されたＢＯＲＩＳポリペプチドは、本明細書中で配列番号４３として提供されたアミノ酸配列を含み、本明細書中に配列番号４４として提供されたｍＲＮＡ配列によりコードされる。しかしながら、このＢＯＲＩＳポリペプチドは、ＢＯＲＩＳ遺伝子によりコードされるポリペプチドのファミリーの１つに過ぎない。ＢＯＲＩＳ及びＢＯＲＩＳアイソフォームをコードするＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡスプライスバリアント（１７の異なるＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドをコードするＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物の２４の具体例を含む）が本明細書中に記載される。例示的なＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物は、各々、配列番号１〜２４の核酸配列を含み、上記１７のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドは、配列番号２５〜４２のアミノ酸配列を含む。ＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物及びそれがコードするポリペプチドは、表１に記載される。特に、配列番号１、２及び３のヌクレオチド配列を含むＢＯＲＩＳアイソフォームｍＲＮＡ転写物は、以前に開示されたＢＯＲＩＳポリペプチド（例えば、配列番号４３）のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする。これらのｍＲＮＡ転写物は同一のＢＯＲＩＳポリペプチドをコードするが、このｍＲＮＡ転写物自体は以前に開示されたＢＯＲＩＳ ｍＲＮＡの選択的スプライスバリアントであり、従って、異なるヌクレオチド配列を含む。他のＢＯＲＩＳアイソフォームポリペプチドは、Ｋｌｅｎｏｖａら（前出）に以前に開示されたＢＯＲＩＳポリペプチドとは異なるアミノ酸配列を含む。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８２】
キットは、１以上の型の疾患又は癌に対応する、１以上のＢＯＲＩＳ発現プロファイル（例えば、１以上のＢＯＲＩＳアイソフォームの発現プロファイル）をさらに含み得る。所定の型の疾患又は癌のＢＯＲＩＳ発現プロファイルが、例えば、その疾患又は癌に罹患していることがわかっている哺乳動物又は哺乳動物の集団におけるＢＯＲＩＳアイソフォーム及び／又はＢＯＲＩＳポリペプチドの発現について試験することにより、或いは、特定の細胞株を代表する細胞株におけるＢＯＲＩＳアイソフォーム及び／又はＢＯＲＩＳポリペプチドの発現について試験することにより、生成され得る。好ましくは、ＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、哺乳動物から、又はより好ましくは特定の疾患に罹患していることがわかっている哺乳動物の集団から、生成される。ＢＯＲＩＳ発現プロファイルは、その哺乳動物が実際に疾患を有するか否か又は疾患を発症する傾向を有するか否かを決定するために、未知の疾患状態の所定の哺乳動物のＢＯＲＩＳ発現を比較するための、基準として役立ち得る。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９６】
ＲＴ−ＰＣＲを用いて、ＮＣＩ−６０細胞株の各々における６つの異なるＢＯＲＩＳアイソフォームの発現について試験した。ＮＣＩ−６０細胞株パネルは、ヒト癌の型の大多数に相当すると考えられる。結果を表２に示す。表中「＋」は正の発現を示し、空欄は発現がないことを示す。