【事件の表示】
　特願２０１４−５３３６５２「デヒドロゲナーゼ変異体およびこれをコードするポリヌクレオチド」拒絶査定不服審判事件〔平成２５年　４月　４日国際公開、ＷＯ２０１３／０４９０７３、平成２６年１０月３０日国内公表、特表２０１４−５２８７２６〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯  
　本願は、平成２４年９月２５日（パリ条約による優先権主張　２０１１年９月３０日　米国）を国際出願日とする出願であって、 平成２８年９月２１日付け拒絶理由に対して、同年１２月２７日に意見書と同日付の手続補正書が提出され、平成２９年４月１０日付けで拒絶査定され、同年８月３１日に拒絶査定不服審判の請求がなさるとともに、同日付の手続補正書が提出されたものである。 
 　 
 　 
第２　平成２９年８月３１日付け手続補正についての補正却下の決定  
 ［結論］  
 　平成２９年８月３１日付け手続補正（以下、「本件補正」という。）を却下する。  
 　  
 ［理由］  
１．本件補正  
　本件補正は、補正前の特許請求の範囲の請求項９に、  
　「【請求項９】
　３−ＨＰＤＨ活性を有するポリペプチドであって、配列番号２、４、もしくは６に対して、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有し、かつ、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較して、ＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有する、ポリペプチド。」とあったものを、請求項３、４、６が削除されることにより繰り上がった補正後の請求項６において、　
  
　「【請求項６】
　３−ＨＰＤＨ活性を有するポリペプチドであって、配列番号２、４、もしくは６に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有し、かつ、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較して、ＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有する、ポリペプチド。」とする補正事項を含むものである。  
 　  
２．目的要件について  
　上記補正事項によって、ポリペプチドの配列番号２、４、もしくは６に対する配列同一性の下限が、補正前の請求項９の「少なくとも８５％」から、補正後の請求項６の「少なくとも９０％」に特定され、すなわち、配列同一性の下限がより限定された。
　したがって、上記補正事項は、補正前の発明の限定的減縮を目的とする補正に該当するから、補正後の請求項６に係る発明が、特許出願の際独立して特許を受けることができる（特許法第１７条の２第６項において準用する同法第１２６条第７項の規定に適合する）かについて以下検討する。  
 　 
３．独立特許要件について 
（１）本件補正発明 
　補正後の請求項６に係る発明（以下、「本件補正発明」という。）は、補正後の請求項６に記載される以下のとおりのものである。
　「【請求項６】
　３−ＨＰＤＨ活性を有するポリペプチドであって、配列番号２、４、もしくは６に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有し、かつ、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較して、ＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有する、ポリペプチド。」
  
（２）本件補正発明の解決しようとする課題 
　本件補正発明の解決しようとする課題は、補正後の請求項６の記載、及び本願明細書、特に段落【０００３】、【００５２】の記載からみて、配列番号２、４、もしくは６のアミノ酸配列を有する３−ヒドロキシプロピオン酸デヒドロゲナーゼ（３−ＨＰＤＨ）の変異体であって、３−ＨＰＤＨ活性を有し、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較して、ＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有する、ポリペプチドの提供であると認められる。
　
（３）本願明細書の記載
　本願明細書の実施例１〜４には、配列番号２のアミノ酸配列を有する、大腸菌に由来する３−ＨＰＤＨを親３−ＨＰＤＨとし、これの変異体として、段落【０２５１】の表１、段落【０２５５】の表２に、特定のアミノ酸変更を有する３−ＨＰＤＨ変異体であるＭｕｔ１〜Ｍｕｔ２５が示され、これらＭｕｔ１〜Ｍｕｔ２５の、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較したＮＡＤ（Ｈ）に対する特異性が、段落【０２６０】の表３、段落【０２６３】の表４に示されている。ここで、Ｍｕｔ１〜Ｍｕｔ２５は、表１及び表２の「アミノ酸変更」の欄の記載から理解されるとおり、配列番号２の９、１０、３１〜３６位の特定のアミノ酸への置換ないし欠失といった、特定の変異を組み合わせた、相当程度似通ったものであって、本件補正発明の「配列番号２、４、もしくは６に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有し」に含まれる多数の変異体のうちのごく限られた一部分であるといえる。
　そして、表１、２に示される、配列番号２の９位にＧｌｙ、３１位にＡｓｐ、及び３２位にＬｅｕを含み、親３−ＨＰＤＨのアミノ酸配列と高い配列同一性を有する、３−ＨＰＤＨ変異体のいくつか（Ｍｕｔ４、Ｍｕｔ６、Ｍｕｔ１２〜１９、Ｍｕｔ２２）は、表３、４に示されるように、［NADP+］または［NADPH]欄の数値と比較して、［NAD+］または［NADH]欄の数値が大きいことから、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較して、ＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有していることが認められる。
　しかし、表１に示されるＭｕｔ１、Ｍｕｔ５は、配列番号２の９位にＧｌｙ、３１位にＡｓｐ、及び３２位にＬｅｕという特定の３つのアミノ酸変更を含み、親３−ＨＰＤＨと高い配列同一性を有する３−ＨＰＤＨ変異体であるが、表３、４の［NADP+］または[NADPH]欄の数値と比較して、［NAD+］または［NADH]欄の数値が小さく、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較したＮＡＤ（Ｈ）に対する特異性が増大しているとは認められない。
　なお、表１〜４には、上記特定の３つのアミノ酸変更ではない、他のアミノ酸変更を含む３−ＨＰＤＨ変異体のいくつか（Ｍｕｔ２、Ｍｕｔ２１など）について、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較したＮＡＤ（Ｈ）に対する特異性が増大していることも示されている。
　
　また、本願明細書の実施例５〜７には、配列番号４のアミノ酸配列を有する、イサタケンキア・オリエンタス由来の３−ＨＰＤＨを親３−ＨＰＤＨとし、これの変異体を作成したことが記載され、図３には、イサタケンキア・オリエンタス由来の３−ＨＰＤＨ変異体である特定のアミノ酸変更を有するＭｕｔ２６、Ｍｕｔ２７が示され、このうちＭｕｔ２７は、実施例６の記載からみて、配列番号２の９位に対応する位置にＧｌｙ、３１位に対応する位置にＡｓｐ、及び３２位に対応する位置にＬｅｕという、特定の３つのアミノ酸変更を含むものと認められ、段落【０２７８】の表５には、このＭｕｔ２７は、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較したＮＡＤ（Ｈ）に対する特異性が増大したものであることが示されていると認められる。
　しかし、本願明細書には、Ｍｕｔ２６の特異性に関するデータは記載されておらず、Ｍｕｔ２７以外のイサタケンキア・オリエンタス由来の３−ＨＰＤＨの変異体であって、配列番号４と高い配列同一性を有し、上記特定の３つのアミノ酸変更を含む変異体は記載されていない。
（４）当審の判断
　本件補正発明は、３−ＨＰＤＨ活性を有するポリペプチドであって、配列番号２、４、もしくは６に対して、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有することを特定しており、したがって、本件補正発明は、親３−ＨＰＤＨとして大腸菌由来の３−ＨＰＤＨ（配列番号２）、イサタケンキア・オリエンタス由来の３−ＨＰＤＨ（配列番号４）、もしくはサッカロマイセス・セレビシエ由来の３−ＨＰＤＨ（配列番号６）を特定し、これらの親３−ＨＰＤＨと高い配列同一性を有する、３−ＨＰＤＨ変異体のポリペプチドを特定していると認められるが、本件補正発明は、ポリペプチドが含む具体的な変異については何ら特定してしない。
　これに対して、上記（３）のとおり、本願明細書には、大腸菌由来の３−ＨＰＤＨ（配列番号２）及びイサタケンキア・オリエンタス由来の３−ＨＰＤＨ（配列番号４）を親３−ＨＰＤＨとする３−ＨＰＤＨ変異体であって、配列番号２の９位に対応する位置にＧｌｙ、３１位に対応する位置にＡｓｐ、及び３２位に対応する位置にＬｅｕという、特定の３つのアミノ酸変更を含み、親３−ＨＰＤＨのアミノ酸配列と高い配列同一性（少なくとも９０％）を有する３−ＨＰＤＨ変異体の、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較したＮＡＤ（Ｈ）に対する特異性について記載されている。
　そして、親３−ＨＰＤＨが大腸菌由来の３−ＨＰＤＨ（配列番号２）の場合、上記特定の３つのアミノ酸変更を含み、親３−ＨＰＤＨと高い配列同一性を有する３−ＨＰＤＨ変異体のいくつかが上記課題を解決できたことが記載されていると認められるが、一方で、上記特定の３つのアミノ酸変更を含み、親３−ＨＰＤＨと高い配列同一性を有する３−ＨＰＤＨ変異体であっても、上記課題が解決できないものが存在することが認められる。
　また、親３−ＨＰＤＨがイサタケンキア・オリエンタス由来の３−ＨＰＤＨ（配列番号４）の場合、本願明細書には、Ｍｕｔ２７以外の上記特定の３つのアミノ酸変更を含む変異体は記載されていない。
　そして、３−ＨＰＤＨのような酵素の特異性は、アミノ酸配列のわずかな違いによっても大な影響を受ける場合があることが技術常識である。例えば、本願明細書には、配列番号１０で表されるＭｕｔ４と、配列番号１１で表されるＭｕｔ５とが記載されており、両者は、Ａ１０＊の有無のみが異なるポリペプチドであるが（表１）、ＮＡＤ＋／ＮＡＤＰ＋の値は、Ｍｕｔ４は１０．７０である一方、Ｍｕｔ５は０．６６である（表３）ように、ただ１つの変異の有無でさえ、ＮＡＤＨ／ＮＡＤＰＨの特異性に大きな影響を与えることが記載されている。
　そうすると、本願明細書の記載から、配列番号４の親３−ＨＰＤＨのアミノ酸配列において、上記特定の３つのアミノ酸変更を含む変異体であって、配列番号４アミノ酸配列と高い配列同一性を有する３−ＨＰＤＨ変異体でありさえすれば、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較したＮＡＤ（Ｈ）に対する特異性が増大することを合理的に読み取ることはできない。まして、上述のとおり、本願明細書では、配列番号２の９、１０、３１〜３６位（配列番号４については、配列番号２の９、１０、３１〜３６位に対応する位置）におけるごく限られた変異体の特異性しか検証していないから、それ以外の位置における変異が特異性にどのような影響を与え、どのような変異体が本願補正発明に含まれるかについては全く不明である。
　さらに、親３−ＨＰＤＨがサッカロマイセス・セレビシエ由来の３−ＨＰＤＨ（配列番号６）の場合については、本願明細書に具体的な３−ＨＰＤＨ変異体は記載されていない。図２に照らせば、大腸菌、イサタケンキア・オリエンタス及びサッカロマイセス・セレビシエの３種に由来する３−ＨＰＤＨはアミノ酸配列の相同性が高いわけではなく、大腸菌由来及びイサタケンキア・オリエンタス由来のものについて特異性の変更が検証された位置に対応するアミノ酸残基が上記３種において保存されているわけでもないから、本願明細書に具体的に記載された大腸菌由来及びイサタケンキア・オリエンタス由来の変異体の結果から、サッカロマイセス・セレビシエ由来変異体について類推できるとも認められない。
　したがって、本願明細書の記載からは、配列番号２、４、６（親３−ＨＰＤＨ）のアミノ酸配列と高い配列同一性を有し、上記特定の３つのアミノ酸変更を含む３−ＨＰＤＨ変異体であっても、上記課題が解決できないものが存在することが理解される。
　また、上記特定の３つのアミノ酸変更を含むことなく、上記課題が解決できたと認められるのは、他の特定のアミノ酸変更を含むＭｕｔ２、Ｍｕｔ２１などのような限られた変異体のみであることを考慮すると、親３−ＨＰＤＨと高い配列同一性を有する３−ＨＰＤＨ変異体でありさえすれば、上記課題が解決できるとはいえない。
　そうすると、本件補正発明は、発明の詳細な説明において発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えていると認められる。
　したがって、本件補正発明は、発明の詳細な説明に記載したものとはいえないから、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、特許を受けることができない。
　
（５）審判請求人の主張について 
　審判請求人は、審判請求書において、概ね以下の点を主張している。 
　配列番号２の９位に対応する位置にＧｌｙを含み、配列番号２の３１位に対応する位置にＡｓｐを含み、かつ配列番号２の３２位に対応する位置にＬｅｕを含む、３−ＨＰＤＨ変異体」は、例えば、配列番号７（Ｍｕｔ１）、１０（Ｍｕｔ４）、１２（Ｍｕｔ６）、２０（Ｍｕｔ１２）、２１（Ｍｕｔ１３）、２２（Ｍｕｔ１４）、２３（Ｍｕｔ１５）、２４（Ｍｕｔ１６）、２５（Ｍｕｔ１７）、２６（Ｍｕｔ１８）、２７（Ｍｕｔ１９）、３０（Ｍｕｔ２２）、８１（Ｍｕｔ２７）で表される変異体であり（本願明細書の段落［０２５１］の表１、段落［０２５５］の表２）、いずれも、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較して、補因子ＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有することが本願明細書において実際に確認されている（段落［０２６３］の表４、実施例７）。
　特定の置換を有し、かつ配列番号２、４又は６の配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する変異体であれば、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較してＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有する蓋然性が高い。
　
　そこで、上記主張について検討する。
　本件補正発明には、親３−ＨＰＤＨ（配列番号２、４又は６）のアミノ酸配列と高い配列同一性を有することは特定されているものの、「配列番号２の９位に対応する位置にＧｌｙを含み、配列番号２の３１位に対応する位置にＡｓｐを含み、かつ配列番号２の３２位に対応する位置にＬｅｕを含む」という「特定の置換」を有することは特定されていないから、審判請求人の主張は本件補正発明の特定に基づくものではない。
　そして、上記第２で述べたとおり、配列番号２の９位に対応する位置にＧｌｙ、３１位に対応する位置にＡｓｐ、及び３２位に対応する位置にＬｅｕを含み、親３−ＨＰＤＨと高い配列同一性を有する３−ＨＰＤＨ変異体であっても、上記課題が解決できないものが存在する。例えば、審判請求人が挙げた変異体のうち、配列番号７（Ｍｕｔ１）は、表３、４に示されるように、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較してＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有するものとは認められない。
　したがって、審判請求人の主張は採用できない。
　　
４．小括  
 　以上のとおり、上記の補正事項を含む本件補正は、特許法第１７条の２第６項の規定に違反するものであるから、同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。　 
 　  
第３　本願発明について  
１．本願発明  
　本件補正は上記のとおり却下されたので、この出願の請求項１〜２１に係る発明は、平成２８年１２月２７日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１〜２１に記載の事項により特定される発明であり、そのうち、請求項９に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりのものと認める。  
　「【請求項９】
　３−ＨＰＤＨ活性を有するポリペプチドであって、配列番号２、４、もしくは６に対して、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有し、かつ、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較して、ＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有する、ポリペプチド。」  
  
２．原査定の理由
　平成２９年４月１０日付け拒絶査定（原査定）は、本願の請求項１〜２１に係る発明は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、特許を受けることができない、という理由を含むものである。
　
３．当審の判断 
　本願発明の解決しようとする課題は、請求項９及び本願明細書の記載からみて、配列番号２、４、もしくは６のアミノ酸配列を有する３−ヒドロキシプロピオン酸デヒドロゲナーゼ（３−ＨＰＤＨ）の変異体ポリペプチドであって、３−ＨＰＤＨ活性を有し、ＮＡＤＰ（Ｈ）と比較して、ＮＡＤ（Ｈ）に対する増大した特異性を有する、ポリペプチドの提供であると認められる。
　そして、本願発明は、上記第２の３．において検討した本件補正発明と同様に、親３−ＨＰＤＨと比較的高い配列同一性（少なくとも８５％）を有することは特定しているものの、ポリペプチドが含む具体的な変異については何ら特定してしない。
　したがって、上記第２の３．と同様に、本願発明は、発明の詳細な説明において発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えていると認められる。
　よって、本願発明は、発明の詳細な説明に記載したものとはいえないから、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、特許を受けることができない。
 　 
　
第４　むすび  
　以上のとおり、この出願の請求項９に係る発明は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明について言及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。  
　よって、結論のとおり審決する。