【誤訳訂正書】
【提出日】平成22年4月20日(2010.4.20)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】特許請求の範囲
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
シトシン５位のメチル化修飾とシトシンからチミンへの突然変異を識別する方法であって、以下の工程を含み：
a)  第一ゲノムＤＮＡ試料を準備する工程、
b)  前記第一ゲノムＤＮＡ試料と同一のゲノム試料である第二ゲノムＤＮＡ試料を準備する工程、
c)  前記第一ゲノムＤＮＡ試料はメチルトランスフェラーゼで処理せず、前記第二ゲノムＤＮＡ試料は、未処理の前記第二ゲノム試料の非メチル化シトシンが全てメチル化されるように、メチルトランスフェラーゼで処理する工程、
d)  第一ゲノムＤＮＡ試料と工程c)でメチルトランスフェラーゼ処理した第二ゲノムＤＮＡ試料を、亜硫酸塩又は重亜硫酸塩でそれぞれ化学処理することにより、メチル化シトシンは変換せずに、全ての非メチル化シトシンを変換する工程、
e)  工程d)で産生された第一及び第二ゲノムＤＮＡ試料中のシトシン位置を同一の分析方法により決定する工程、
f)  工程e)で決定した第一及び第二ゲノムＤＮＡ試料中のシトシン位置を標準的な遺伝子データベースから得られる標準ＤＮＡ配列と比較することにより、シトシンの５位のメチル化修飾とシトシンからチミンへの突然変異を識別する工程、
g)  ゲノムＤＮＡ中のシトシンからチミンへの単一ヌクレオチド多型（SNPs）又は点突然変異を検出する工程、
ここで該標準ＤＮＡ配列の対応するシトシン位置と比較して、（１）第一ゲノムＤＮＡ試料中の塩基がチミンとして第二ゲノムＤＮＡ試料中の塩基がシトシンとして検出される場合には非メチル化シトシン、（２）第一及び第二ゲノムＤＮＡ試料中の塩基がいずれもシトシンとして検出される場合にはメチル化シトシン、（３）第一及び第二ゲノムＤＮＡ試料中の塩基がいずれもチミンとして検出される場合にはシトシンからチミンへの単一ヌクレオチド多型（SNPs）又は点突然変異、として識別する方法。
【請求項２】
第一又は第二ゲノムＤＮＡ試料又はこれらの一部を、前記シトシン位置を決定する前に、ポリメラーゼ連鎖反応によって増幅することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
処理されたゲノムＤＮＡの１０以上の異なる断片が、一つの増幅バッチで作られることを特徴とする、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
遺伝子制御に重要ないわゆる共通配列又はそれに類する配列を含み、主として制御配列またはコード配列に結合するプライマーをゲノムＤＮＡ試料の増幅に用いることを特徴とする、請求項１〜３の何れか一項に記載の方法。
【請求項５】
シトシンを5'-CpG-3'特異的な配列において検出することを特徴とする、請求項１〜４の何れか一項に記載の方法。
【請求項６】
増幅において検出可能に標識されたヌクレオチド構成単位又はオリゴヌクレオチドを組み込むことによって、一又はそれ以上の検出可能に標識されたＤＮＡを備えることを特徴とする、請求項１〜５の何れか一項に記載の方法。
【請求項７】
標識を蛍光又は化学発光により検出することを特徴とする、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
シトシンを含む配列に特異的なオリゴマーでハイブリダイズすることによってシトシンが検出され、該オリゴマーが一又はそれ以上の固体表面に一定の配置で固定されている、請求項１〜７の何れか一項に記載の方法。
【請求項９】
配列特異的なシトシンの検出に関し、少なくとも１つの該配列に相補的なオリゴマーが固体表面に固定され、該オリゴマーは検出されるべきシトシンに相補的なグアニンを含み、及び他のオリゴマーが、検出されるシトシン位置で請求項１の工程d)による化学反応によって変換される非メチル化シトシンの塩基と相補的な塩基を含むことを特徴とする、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
シトシン位置を検出するために、固体表面に固定されたオリゴマーが、プラス鎖又はマイナス鎖の両方のメチル化又は非メチル化位置に特異的に結合すること、及び／又は増幅によりそれぞれに生成される相補鎖に特異的にハイブリダイズすることを特徴とする、請求項８又は９に記載の方法。
【請求項１１】
さらにオリゴマーが固体表面に固定されており、該オリゴマーがチミンを含む配列に特異的に結合し、及び／又は該オリゴマーが、シトシンと、請求項１の工程d)による化学処理で生成されるプラス鎖、マイナス鎖の塩基もしくは増幅により相補鎖を生成する鎖を検出する、請求項８〜１０の何れか一項に記載の方法。
【請求項１２】
未処理のゲノム試料における、メチル化、非メチル化、又は変異位置に特異的な信号が、固体表面の種々の位置のオリゴマーによって検出されることを特徴とする、請求項８〜１１の何れか一項に記載の方法。
【請求項１３】
メチル化の絶対度及び／又はホモ接合もしくはヘテロ接合の状態が、検出された信号の比較により決定されることを特徴とする、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
両試料の増幅断片が、固体表面に固定され、固体表面上において検出可能な標識を備える配列特異的なオリゴマーでハイブリダイズされることを特徴とする、請求項１〜７の何れか一項に記載の方法。
【請求項１５】
ハイブリダイズした配列特異的オリゴマーの分析を、MALDIを含む質量分析によって行なうことを特徴とする、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
ハイブリダイズした配列特異的オリゴマーの分析を、化学発光の蛍光によって行なうことを特徴とする、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
鋳型中のシトシン塩基に到達することにより特異的にポリメラーゼ反応が停止され、生成される断片長が測定される、ポリメラーゼ反応によって生成されたシトシンを検出することを特徴とする、請求項１〜７又は１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１８】
オリゴマーがプライマー依存性ポリメラーゼ反応の開始に利用され、異なる配列が固体表面の異なる部位に固定されており、ポリメラーゼ反応が当該固体表面上で行われることを特徴とする、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
オリゴマーがプライマー依存性ポリメラーゼ反応の開始に利用され、該オリゴマーが化学反応又は光によって固体表面から取り除かれることを特徴とする、請求項１７又は１８に記載の方法。
【請求項２０】
シトシンの位置で又は対応する相補鎖のグアニン位置でのポリメラーゼ反応の終結に、蛍光、化学発光又は抗体の結合を含む化学修飾により検出可能なヌクレオチド構成単位を使用することを特徴とする、請求項１７〜１９の何れか一項に記載の方法。
【請求項２１】
シトシン位置又は対応する相補鎖のグアニン位置でのポリメラーゼ反応の終結に関し、生成されたフラグメントの長さをゲル電気泳動又はキャピラリー電気泳動で測定することにより検出することを特徴とする、請求項１７〜２０の何れか一項に記載の方法。
【請求項２２】
生成断片長の測定に関し、MALDIを含む質量分析により行うことを特徴とする、請求項１７〜１９の何れか一項に記載の方法。
【請求項２３】
標準ＤＮＡ配列が、ヒトゲノムプロジェクトのデータベースに由来することを特徴とする、請求項１〜２２の何れか一項に記載の方法。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００３】
本発明では、特に突然変異とシトシンのメチル化を互いに区別することができるゲノムＤＮＡ試料のメチル化状態を検出する方法が記載されている。この方法は、点突然変異および単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰｓ）の発見にも利用することができる。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１０】
ＤＮＡの５-メチルシトシンを調べるために、その間に最もよく使われ且つ比較的新しい方法は、シトシンと重亜硫酸塩との特異的反応に基づく方法であり、シトシンは塩基対特性がチミジンに対応しているウラシル中で引き続きアルカリ性加水分解により転化される。一方、５-メチルシトシンはこの条件下では修飾されない。したがって、本来のＤＮＡは転化されるので、本来そのハイブリダイズ特性によりシトシンとは区別できないメチルシトシンは、今や唯一の残留シトシンとして“普通の”分子生物学的方法により、たとえば、増幅やハイブリダイズまたは配列決定により検出することができる。これらすべての方法は、今や完全に利用できる塩基対に基づいている。感度に関する周知技術のレベルは、研究対象のＤＮＡをアガロース・マトリックスに閉じこめ、ＤＮＡの拡散と復元（重亜硫酸塩は個々の鎖のＤＮＡとのみ反応する）を阻害し、すべての沈殿および精製ステップを迅速な透析により置き換える方法により規定できる（Olek, A.ら，Nucl. Acids Res. 24, 5064-5066）。この方法を用いると、個々の細胞について研究し、この方法の可能性について具体的に説明することができる。ただし、これまでは塩基対長さ約3000個までの個々の領域について調べられたが、メチル化による数千個の細胞に関する包括的な研究は不可能である。また、この方法では試料の量が少ない非常に小さなフラグメントについては信頼できる分析はできない。マトリックスにより拡散の防止が計られているにもかかわらず、このフラグメントは失われた状態になるからである。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１２】
重亜硫酸塩法の研究には、これまではごくわずかに（たとえば、 Zeschnigk, M. ら，Eur. J. Hum. Gen. 5, 94-98 ; Kubota, T. ら，Nat. Genet. 16, 16-17）使われただけである。しかし、周知の遺伝子の短くて特異的な断片は重亜硫酸塩処理により増幅され、完全な配列決定（Olek, A. と Walter, J. Nat. Genet. 17, 275-276）または“プライマー拡張反応”（Gonzalgo, M.L. と Jones, P.A., Nucl. Acids. Res. 25, 2529-2531）または酵素断片（Xiong, Z. と Laird, P.W.， Nucl. Acids. Res. 25, 2532-2534）により個々のシトシンの位置が検出されるようになった。さらに、ハイブリダイズによる検出も知られている（Olekら，WO99 28498）。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１７】
固定されたＤＮＡ配列を走査する場合、種々の蛍光標識プローブが使われる。蛍光標識に特に適しているのは、それぞれのプローブの5'OHに単にCy3およびCy5の両色素を取り付ける方法である。ハイブリダイズされたプローブの蛍光の検出は、たとえば、共焦点顕微鏡により行われる。Cy3およびCy5両色素は商業的に入手できる。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１９】
周知の技術の場合と同様に、重亜硫酸塩処理，増幅およびそれに続く配列決定またはハイブリダイズだけでは、メチル化されたシトシンの位置を確実に検出することはできない。当該位置でシトシンの代わりにチミンが検出された場合は、引き合いに出された比較配列に対する突然変異およびゲノムＤＮＡ試料においてメチル化されないシトシンが問題であり、このシトシンはまずウラシル中で重亜硫酸塩処理、そして増幅の際に配列コンテクストにおいてチミンに転化される。本発明の課題はこの問題を解決することである。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２０】
この課題は、シトシン塩基の５-位置メチル化変性体とシトシンからチミンへの突然変異体とを識別し、且つ単一ヌクレオチド多型(ＳＮＰｓ)またはゲノムＤＮＡ中の点突然変異体を検出する方法を創り出すことにより解決され、この方法ではａ）ゲノムＤＮＡ試料を亜硫酸塩または重亜硫酸塩またはこの種のその他の化学物質で処理し、塩基の５-位置がメチル化されていないすべてのシトシン塩基を変性して、塩基対特性に従って種々の塩基を形成し、一方、５-位置にメチル化されたシトシンはそのまま残り、ｂ）同じゲノムＤＮＡ試料のアリコートはａ）による化学処理の前にSss1またはその他のメチルトランスフェラーゼを用いて定量的にメチル化し、ｃ）そのようにして処理した２つのＤＮＡ試料をシトシンが存在する場合と同じ分析方法により調べ、ｄ）得られたシトシン位置を標準ＤＮＡ配列と比較対照する。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２１】
本発明は、同じ試料のメチル化したアリコートを同じように処理し、得られた配列情報を標準ＤＮＡの配列と比較対照し、突然変異とシトシンメチル化の間の識別を可能にすることによってもこの課題を解決することができる。その上、この方法の枠内で新しい突然変異と多型、特にC-T突然変異を見つけることもできる。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２２】
本発明で好適な方法は、２つの異なる方法で処理した試料からの個々のシトシンの位置を標準配列と比較対照し；特定の位置でシトシンを検出できないかどうか；およびこの結果はゲノムＤＮＡのシトシンがメチル化されずに存在しているか、または突然変異または多型により変性されて存在し、したがってゲノムＤＮＡには存在しないことに基づいているかどうかを究明する方法である。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２３】
さらに、発明に適った方法には、塩基を検出する前に両ＤＮＡ試料またはこれらのＤＮＡ試料の一部を、循環プロセス、すなわち、ポリメラーゼ連鎖反応またはこれに匹敵するプロセスを用いてシトシンを増幅することを特徴とする方法がある。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２５】
さらに、ゲノムＤＮＡ試料の増幅には、遺伝子制御にとって重要ないわゆる共通配列またはそのような配列を含むプライマーを用い、そしてこのような配列を主として制御配列またはコード配列に結合するのが好ましい。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２７】
さらに、検出可能な標識を備えたヌクレオチド構成単位，オリゴヌクレオチドの組み込みによりＤＮＡを増幅する場合、全部で一つか複数の検出可能な標識を備えていることが好ましい。
【誤訳訂正１３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２８】
標識の検出を蛍光または化学発光により行うことが特に好ましい。
【誤訳訂正１４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２９】
さらに、本発明の方法では、“配列コンテクスト-シトシン-配列コンテクスト”にとって特異的なオリゴマーを用いてハイブリダイズしたシトシンを検出することが好ましい。なお、このオリゴマーは限定された配列において一つ以上の表面に固定されている。
【誤訳訂正１５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３１】
さらにこの場合、検出され得るシトシン位置にそのようなオリゴマーが固定され、オリゴマーはそれぞれメチル化された位置とメチル化されていない位置においてプラスとマイナスの両鎖に特異的に結合するか、および/またはそれぞれ増幅により生成した相補的な鎖において特異的にハイブリダイズされることが好ましい。
【誤訳訂正１６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３３】
さらに、本発明では、表面の点におけるオリゴマーからの信号を検出することが好ましい。この信号はオリジナルのゲノム試料においてメチル化，または非メチル化または突然変異化された試料に対して特異的である。
【誤訳訂正１７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３５】
さらに、本発明に好適な方法は、両試料の増幅されたフラグメントをそれぞれ表面に固定し、検出可能な標識を備えた配列特異的オリゴマーをこの表面でハイブリダイズする方法である。
【誤訳訂正１８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３６】
ハイブリダイズされた配列特異的オリゴマーの分析を、質量分析法、好適にはMALDI質量分光計により行うのが好ましい。
【誤訳訂正１９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３７】
さらに、ハイブリダイズされた配列特異的オリゴマーの分析を蛍光または化学発光により行うのが好ましい。
【誤訳訂正２０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４２】
その他、シトシンまたは向かい側の鎖のグアニンの位置における終結の検出は、ゲル電気泳動、特にキャピラリー電気泳動による生成フラグメントの長さ測定を介して行うことが好ましい。
【誤訳訂正２１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４６】
ここに記載されたゲノムＤＮＡの５-メチルシトシンの位置と点突然変異および/または多形性の識別に用いる方法は、点突然変異および/または多型の発見や検出にも使える。図１には、任意の配列１を例にしてこの方法の概要を示している。
【誤訳訂正２２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４７】
本発明の方法を実施するために次のようなステップが行われる。すなわち、ゲノムＤＮＡ試料は、５-位置をメチル化されていないシトシン塩基がすべて変えられ、塩基対特性に従って種々の塩基が生成し、一方、５-位置をメチル化されているシトシンはそのまま変わらないように、化学的に処理される。このステップでは、重亜硫酸塩（＝亜硫酸水素塩，ジ亜硫酸塩）による処理と引き続いてアルカリ性加水分解が行われるのが好ましい。これらの処理によりウラシル中の非メチル化シトシン塩基が転化し、その塩基対特性は、当該位置が増幅によっても失われるチミンに対応している。
【誤訳訂正２３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４８】
第２のステップでは、同じゲノムＤＮＡ試料のアリコートは、上述の化学処理の前に、Sss1またはその他のメチルトランスフェラーゼを用いてメチル化される。このメチル化により、ＤＮＡ試料の配列コンテクストCGのすべてのシトシン塩基またはその他のメチルトランスフェラーゼによりＤＮＡ試料のすべてのシトシン塩基が５-メチルシトシンに転化され、したがって、化学処理ではもはやチミンへの転化は起きない。この方法の特に好ましい変形態様では、両ＤＮＡ試料は前述の前処理ステップの後に増幅され、この増幅はPCRにより行われるのが好ましい。
【誤訳訂正２４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４９】
この方法の第３ステップでは、処理済みの両ＤＮＡ試料について、同じ分析方法によりシトシンの存在を調べる。得られたシトシンの位置は標準ＤＮＡ配列と比較対照される。この標準ＤＮＡ配列は任意に選択することができるが、調べる試料と同一であってはならない。標準配列は、たとえば、現在ヒトゲノム・プロジェクトの枠内でできているものや既に存在するものなど、データバンクに由来するものが好ましい。標準ＤＮＡとの比較対照により、試料中の所定の位置についてそれぞれ検出されたシトシン塩基は次のような結果に導かれる。すなわち、メチル化された試料でも、また非メチル化された試料でも、シトシンが検出されれば、これらのシトシンはメチル化されたゲノムＤＮＡに存在する。メチル化された試料でのみシトシンが検出され、非メチル化試料ではチミンが検出されれば、ゲノムＤＮＡには非メチル化シトシンが存在する。一方、両試料でチミンが検出されるが、標準配列の同じ位置にシトシンが存在すれば、C-T点突然変異か“単一ヌクレオチド多型”(SNP)が存在する。
【誤訳訂正２５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５０】
この方法の好適な変形態様では、第２のステップで増幅が行われるので、増幅プロセスでは10個以上の様々なフラグメントが生じる。この増幅は好適にはプライマーを用いて行うことができる。なお、プライマーは遺伝子制御に重要ないわゆる共通配列またはそのような配列を含み、且つ主として制御配列またはコード配列に結合している。この増幅では、生成物は検出可能な標識を備えたヌクレオチド構成単位またはオリゴヌクレオチド(たとえば、プライマー)を組み込み、全体として一つ以上の検出可能な標識を備えるのが好ましく、その場合、標識の検出は蛍光または化学発光により行うのが特に好ましい。
【誤訳訂正２６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５１】
シトシンの位置の調査は、この方法の特に好適な変形態様では、シトシンはもっぱら特異的コンテクストである5'-CpG-3' において検出されるように行われる。これは、“配列コンテクスト-シトシン-配列コンテクスト”に特異的なオリゴマーを用いたハイブリダイズを介したシトシンの検出により好適に行うことができる。なお、このオリゴマーは限定された配列において一つ以上の表面に固定されている。この方法の特に好適な変形態様では、その配列特異的コンテクストにおいて検出し得るシトシンの各々について、配列コンテクストに相補的な少なくとも一つのオリゴマーが表面に固定され、そのオリゴマーには検出し得るシトシンに対して相補的なグアニンおよび別のオリゴマーが含まれ、別のオリゴマーは検出し得るシトシンの部位に塩基が含まれ、このシトシンはこの塩基に相補的で、ここでは非メチル化シトシンが化学処理により転化されている。この方法の特に好適な変形態様では、重亜硫酸塩処理が行われた場合チミンに相補的な塩基であるアデニンが重要である。
【誤訳訂正２７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５２】
この方法の特に好適な別の変形態様では、検出され得るシトシンの位置について下記のようなオリゴマーが表面に固定される。すなわち、このオリゴマーは、メチル化および非メチル化の両シトシンの位置それぞれに、プラスとマイナスの両鎖に特異的に結合するか、および/または増幅によりそれぞれ生成する相補的な鎖に特異的にハイブリダイズするオリゴマーである。
【誤訳訂正２８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５４】
この方法の特に好適な別の変形態様では、オリゴマーが固定されている表面の点において信号が検出される。この信号は最初のゲノム試料においてメチル化または非メチル化または突然変異試料に特異的である。この方法の好適な変形態様では、検出された信号は定量的であるから、メチル化の絶対的度合いおよび/またはホモもしくはヘテロ両接合体を求めることができる。
【誤訳訂正２９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５５】
この方法の別の好適な変形態様では、メチル化および非メチル化両試料の増幅されたフラグメントは、それぞれ表面に固定され、そして検出可能な標識を備えた配列特異的オリゴマーがこの表面で両試料においてハイブリダイズされる。この方法の特に好適な変形態様では、ハイブリダイズされた配列特異的オリゴマーは、質量分析法，好適にはMALDI質量分光法により検出される。この方法の別の特に好適な変形態様では、ハイブリダイズされた配列特異的オリゴマーの分析は、その蛍光または化学発光により行われる。
【誤訳訂正３０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５８】
本発明の方法を添付図面を用いて説明する。
図１では、シトシンのチミンへの点突然変異が、重亜硫酸塩処理と増幅したＤＮＡでも、メチル化する前に重亜硫酸塩処理と増幅したＤＮＡでも、チミンとして検出される。メチル化されたシトシンは両方の場合にシトシンとして検出され、一方、非メチル化シトシンはメチル化されていない試料でのみＴとして、メチル化された試料ではＣとして検出される。
【誤訳訂正３１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７１】
を用いて行われる。この場合、それぞれのプライマー対の両方またはただ一つのプライマーがCy5を用いて標識される。
【誤訳訂正３２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７７】
を用いて行われる。この場合、それぞれのプライマー対の両方またはただ一つのプライマーがCy5を用いて標識される。
【誤訳訂正３３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７８】
PCR配合物（20μＬ）：
１μＬのＤＮＡ(10 ng)，それぞれ２μＬ(4x25mM)のdNTPs，0.2μＬ(1ユニット)のTaq(Hot Star Taq[登録商標], Qiagen)，２μＬのPCRバッファー(10x, Qiagen)，それぞれ１μＬのCy5標識・プライマー(6.25 pmoL/μＬ)。それによりＢ）に示す２つのＤＮＡフラグメントが増幅された。
【誤訳訂正３４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７９】
Ｉ）に示すCGまたはTGジヌクレオチドの分析では、配列TTTAAGGGCGTGTGGTATおよびTTTAAGGGTGTGTGGTATを含むオリゴヌクレオチドがガラス表面に固定された。別の実験では、非メチル化重亜硫酸塩処理ＤＮＡから増幅されたＤＮＡフラグメント１およびメチル化重亜硫酸塩処理ＤＮＡから増幅されたＤＮＡフラグメント１および/または非メチル化重亜硫酸塩処理ＤＮＡから増幅されたＤＮＡフラグメント２およびメチル化重亜硫酸塩処理ＤＮＡから増幅されたＤＮＡフラグメント２を有するガラスキャリアが本来周知の方法でハイブリダイズされた。この方法は完全に自動化されている。
【誤訳訂正３５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８０】
ゲノム配列CTGGTGGGTTTAAGGGC/TGTGTGGTATCTCから出発して、CGジヌクレオチドにおいてメチル化状態または点突然変異を検出できるハイブリダイズの結果について次のようなことが考えられる：
非メチル化ＤＮＡ（重亜硫酸塩処理）
ケース １）CTGGTGGGTTTAAGGGCGTGTGGTATCTC メチル化Ｃ
ケース ２）TTGGTGGGTTTAAGGGTGTGTGGTATTTT 非メチル化Ｃ
ケース ３）TTGGTGGGTTTAAGGGTGTGTGGTATTTT 点突然変異/SNP
メチル化ＤＮＡ（重亜硫酸塩処理）
ケース １）CTGGTGGGTTTAAGGGCGTGTGGTATCTC メチル化Ｃ
ケース ２）TTGGTGGGTTTAAGGGCGTGTGGTATTTT 非メチル化Ｃ
ケース ３）TTGGTGGGTTTAAGGGTGTGTGGTATTTT 点突然変異/SNP 
【誤訳訂正３６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】図面の簡単な説明
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【図面の簡単な説明】
【図１】 図１では、シトシンのチミンへの点突然変異が、重亜硫酸塩処理と増幅したＤＮＡでも、メチル化する前に重亜硫酸塩処理と増幅したＤＮＡでも、チミンとして検出される。メチル化されたシトシンは両方の場合にシトシンとして検出され、一方、非メチル化シトシンはメチル化されていない試料でのみＴとして、メチル化された試料ではＣとして検出される。