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　平成　９年特許願第５３１２８８号「モラクセラ菌のトランスフェリン受容体遺伝子」拒絶査定不服審判事件〔平成　９年　９月１２日国際公開、ＷＯ９７／３２９８０、平成１２年　４月　４日国内公表、特表２０００−５０３８５５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯
　本願は、１９９７年３月７日（パリ条約による優先権主張外国庁受理１９９６年３月８日、米国）を国際出願日とする出願であって、その請求項１〜２２に係る発明は、平成１３年１０月１０日付け手続補正書によって補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１〜２２に記載されたとおりのものと認められるところ、そのうちの請求項１に係る発明（以下、「本願発明１」という。）は次のとおりである。
　
「モラクセラ（Moraxella）菌株のトランスフェリン受容体タンパク質またはその免疫原性フラグメントをコードすることを特徴とする単離精製された核酸分子。」
　　
２．引用例の記載
（１）原審の拒絶理由に引用された引用例２（Mol.Microbiol.,Vol.19(1996),No.3,p.575-586）は、ヘモフィリス・インフルエンザのトランスフェリン受容体遺伝子のクローニングに関する文献であり、以下の事項が記載されている。
（ａ１）「ヘモフィリス・インフルエンザｂ型(Hib)の２つの菌株と分類不可能ヘモフィリス・インフルエンザ(NTHi）の２つの菌株由来のゲノミックトランスフェリン受容体遺伝子（tbpAとｐtbpB）がクローニングされ、配列決定された。」（要約）
（ａ２）「異なった宿主特異性を有するいくつかの細菌は、鉄を獲得するためにトランスフェリン受容体（TfR）を使用している。これらは、Actinobacillus pleuropneumonlae(Gerlach et al.,1992a,b)、Pasteurella haemolytica(Yu et al.,1992)、Haemophilus somnus(Yu et al.,1992)などの動物の病原菌と同じように、Nisseria meningitidis(Mickelson and Sparling,1981)、Nisseria gonorrhoeae(Mickelson and Sparling,1981)、H.influenzae(Schryvers,1988)、
Moraxella(Branhamella) catarrhalis
（ａ３）図２の脚註には、「H.influenzae菌株Eagan（MinnA配列と同一）、DL63、PAK12085、SB33、N. meningitidis菌株B16B6、M982(Legarain et al.,1993)、N.gonorrhoeae菌株FA19（Cornellssen et al.,1992）のＴｂｐ１アミノ酸配列の比較」と記載されている。（577頁）
（ａ４）「５つのH.influenzaeのＴｂｐ１配列がN.meningitidis菌株B16B6、M982（Legarain et al.,1993）と、N.gonorrhoeae菌株FA19（Cornellssen et al.,1992）のそれらと比較され、保存された配列の広がりは、主に分子のＮ末端、Ｃ末端にみられ、中央の領域には類似性がみられなかった（図２）。」（581頁右欄下５行〜582頁左欄2行）
（ａ５）図３の脚註には、「H.influenzae菌株Eagan（MinnA配列と同一）、DL63、PAK12085、SB12、SB29、SB30、SB32、N. meningitidis菌株B16B6、M982(Legarain et al.,1993)、N.gonorrhoeae菌株FA19（Anderson et al.,1994）、A.pleuropneumonlae菌株205及び37（Gerlach et al.,1992b）のＴｂｐ２アミノ酸配列の比較」と記載されている。（578頁〜579頁）
（ａ６）「ヒト病原菌のＴｂｐ２タンパク質において、たった３つの小さな半保存領域、Ｎ末端にＣＳ／ＬＧＧＧ（Ｇ）ＳＦＤ、
内部にＬＥ／ＳＧＧＦＹ／ＦＧＰ
　
（２）原審の拒絶理由に引用された引用例４（Infect.Immun.,Vol.63(1995),No.4,p. 1201-1210）は、ヘモフィリス・インフルエンザのトランスフェリン結合タンパク質遺伝子のクローニングに関する文献であり、以下の事項が記載されている。
（ｂ１）「ヘモフィリス・インフルエンザのＴｂｐ１とＴｂｐ２をコードする遺伝子フラグメントの単離と特徴付け　　　ヘモフィリス・インフルエンザ染色体DNAランダムフラグメントを含むラムダZAPII発現ライブラリーを大腸菌SUREにプレートし、プラークをウサギ
抗Ｔｂｐポリクローナル抗血清でスクリーニング
　
（３）原審の拒絶理由に引用された引用例５（Gene,Vol.130(1993),No.1,p.73-80）は、Nisseria meningitidisのトランスフェリン結合タンパク質遺伝子のクローニングに関する文献であり、以下の事項が記載されている。
（ｃ１）「ｔｂｐ１とｔｂｐ２のクローニング　　N.meningitidis菌株B16B6の染色体ライブラリーは、λZAPベクターにおいて構築された（Short et al.,1988）。このライブラリーは、同時精製された
Ｔｂｐ１とＴｂｐ２に対する抗体を使用してスクリーニング
　
（４）原審の拒絶理由に引用された引用例１（Microb.Pathog.,Vol.15(1993),No.6,p.433-445）には、以下の事項が記載されている。
（ｄ１）「アフィニティリガンドとしてＮｃ−ローブまたはＣ−ローブを使用したとき、
Ｔｂｐ１だけがモラクセラ・カタル球菌抽出物から単離された
（ｄ２）「直接結合実験において、そのままの鉄飽和トランスフェリンのみが効率的に
モラクセラ・カタル球菌のＴｂｐ２
（ｄ３）「
抗血清
精製されたＴｂｐ１又は精製されたＴｂｐ２
　
３．当審の判断
（３−１）対比
　本願発明１と引用例２に記載された発明を対比すると、両者は、「トランスフェリン受容体タンパク質をコードする単離精製された核酸分子」である点で一致し、本願発明１はトランスフェリン受容体タンパク質が、モラクセラ菌株由来であるのに対し、引用例２に記載された発明は、ヘモフィリス・インフルエンザ由来である点で相違する。
　
（３−２）判断
　本願発明１の核酸分子をクローニングする具体的な手法について、本願明細書をみると、モラクセラ・カタル球菌4223菌株由来のｔｂｐＡ遺伝子のクローニング方法として、カタル球菌染色体DNAを制限酵素Sau3Aで消化して作成した染色体ライブラリーを、カタル球菌4223菌株Ｔｂｐ１抗血清でスクリーニングして、13.2kb断片を含む陽性クローンLEM3-24を得て、Ｔｂｐ１保存アミノ酸配列（配列番号17,18）を基礎に調製したプライマーで増幅し、300塩基対の増幅産物を得て、これをプローブとして、クローンLEM3-24の制限酵素断片をスクリーニングし、フラグメントを得て、該フラグメントの塩基配列を決定し、さらにｔｂｐＡ遺伝子の３’末端の配列決定のため、サブクローニングすることが記載されている（明細書10頁下２行〜11頁下3行及び実例２〜６）。
　また、モラクセラ・カタル球菌4223菌株由来のｔｂｐＢ遺伝子のクローニング方法として、Ｔｂｐ２タンパク質において保存されているアミノ酸配列（配列番号30）を基礎にしてプローブを調製し、クローンLEM3-24の制限酵素断片をスクリーニングすることが記載されている（12頁下11行〜13頁1行及び実例７）。
　ところで、あるタンパク質をコードする遺伝子をクローニングする方法は種々知られているが、特に、該タンパク質に対する抗体が得られている場合は、該タンパク質を産生している生物の発現ライブラリーを該抗体によりスクリーニングすることは周知技術であり、引用例４、５においても、ナイセリア属又はヘモフィリス属に属する菌株由来のトランスフェリン受容体をコードする遺伝子のクローニングは、まず最初に、ナイセリア属又はヘモフィリス属に属する菌株の染色体ライブラリーを抗体によりスクリーニングすることが行われている。
　また、遺伝子クローニングの別の手法として、異なる生物種に由来する同種タンパク質のアミノ酸配列が既に複数知られている場合は、その保存配列を基にプライマーを調製して目的の遺伝子を増幅する手法や、該保存配列を基にプローブを調製して、目的の遺伝子をスクリーニングする手法も、本願の優先日における周知技術である。
　
（３−２−１）Ｔｂｐ１をコードする遺伝子のクローニングについて　
　引用例２には、モラクセラ・カタル球菌はトランスフェリン受容体タンパク質を産生している旨記載されているのであるから（記載事項（ａ２））、当業者であれば、モラクセラ・カタル球菌のトランスフェリン受容体をコードする遺伝子をクローニングしようとするのは自然なことである。そして、引用例１には、モラクセラ・カタル球菌由来のトランスフェリン受容体タンパク質Ｔｂｐ１に対する抗血清、すなわち抗体が記載されている（記載事項（ｄ３））から、上記した抗体スクリーニングに関する周知技術を考慮して、まず、モラクセラ・カタル球菌の染色体ライブラリーをＴｂｐ１に対する抗体によりスクリーニングすることは、当業者が容易に想到することである。それにより適切な大きさのクローンが得られたのであれば、該クローンの核酸配列を決定することもできるが、本願明細書の実例６のモラクセラ・カタル球菌4223菌株のｔｂｐＡ遺伝子の場合のように、得られた断片が大きい場合は、さらに、上記した、保存配列を基に調製されたプライマーによる増幅に関する周知技術を適用して、引用例２に記載されたナイセリア属及びヘモフィリス属に属する各種の菌株由来のＴｂｐ１タンパク質の保存アミノ酸配列を基にプライマーを調製して、Ｔｂｐ１タンパク質をコードする断片を増幅し、それをプローブとして、抗体スクリーニングにより得られた断片をさらに制限酵素で切断した断片をスクリーニングして、Ｔｂｐ１又はその免疫原性フラグメントをコードする遺伝子を得ることは、格別な困難性を有することとは認められない。
　そして、本願明細書におけるプライマー調製の基礎となった保存配列の設定について検討すると、引用例２の図２において、ヘモフィリス属及びナイセリア属に属する７つの菌株のＴｂｐ１のアミノ酸配列において、７菌株のすべてにおいて、数個のアミノ酸が連続して保存されている領域は数領域ほどしかないが、そのうちの６５位〜７１位の領域、および１５０位〜１５６位の領域は、まさに本願明細書の実施例で使用されたプライマー調製の基礎となった保存アミノ酸配列（配列番号17、18）と完全に一致するものであり、本願明細書におけるプライマー調製の基礎となる保存アミノ酸配列の選択にも、格別な困難があるものとも認められない。
　
（３−２−２）Ｔｂｐ２をコードする遺伝子のクローニングについて
　引用例２には、ナイセリア属、ヘモフィリス属及びアクチノバチルス属に属する菌株由来のＴｂｐ２タンパク質における３つの保存アミノ酸配列のうちの１つであり、その中でもトランスフェリンとの結合に関与している可能性の高い配列として、「Ｌ Ｅ／Ｓ ＧＧＦ Ｙ／Ｆ ＧＰ」が記載されているが（記載事項（ａ６）参照）、これはまさに、本願明細書の実施例７で用いたプローブの調製の基礎となった保存配列ＥＧＧＦＹＧＰ（配列番号30）を含むものである。当業者であれば、モラクセラ・カタル球菌由来のＴｂｐ２タンパク質をコードする遺伝子のクローニングを目的として、該保存配列を基にプローブを調製し、前記の抗体スクリーニングにより得られた大きな断片をさらに制限酵素で切断して適切な大きさの断片を得て、該断片をスクリーニングしてＴｂｐ２又はその免疫原性フラグメントをコードする遺伝子を得ることもまた、格別な困難性を有するものとも認められない。
　
（３−３）審判請求人の主張　
　なお、審判請求人は、平成１５年２月７日付け手続補正書によって補正された審判請求書の審判請求の理由において、近縁生物由来の同種タンパク質の保存配列を基に設計したプローブ又はプライマーを用いるクローニングの容易性について、下記の点を主張している。
（１）保存配列に基づくプローブが本願発明の遺伝子にも有効であるかどうかは、引用文献の記載から不明である。
（２）保存された配列自体が、各種の配列の対比から選択された共通配列であるため、特定種に対する特異性が低く、より多くの断片を選択する可能性が高くなり本願発明で所望とする配列への特異性が低くなる傾向があり、保存配列に基づくプローブでのスクリーニングで本願発明にかかる遺伝子を含む断片を確実に選択できるかどうか全く不明である。
（３）ｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子を含む断片は、長大な遺伝子間領域を挟んでこれらを含むものであるし、また、本願発明にかかるｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子の両方を含む断片が長く、これらの遺伝子の配置がナイセリアやヘモフィルスのものと異なっていることから、ｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子の両方を含む断片が取れたとしても、引用文献１〜５の情報から、それのどの位置にｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子が配置されているかを分析することは容易ではなく、これら引用文献におけるｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子の逆の配置を参考とした場合、本願発明にかかるｔｂｐＡ遺伝子とｔｂｐＢ遺伝子の位置確認が困難である。
　
主張（１）（２）について
　上記３．（３−２）で述べたように、あるタンパク質をコードする遺伝子をクローニングする方法として、異なる生物種に由来する同種タンパク質のアミノ酸配列が既に複数知られている場合は、その保存配列を基にプライマーを調製して目的の遺伝子を増幅する手法や、該保存配列を基にプローブを調製して、目的の遺伝子をスクリーニングする手法は、本願の優先日における周知技術である。
　引用例２に記載されるモラクセラ・カタル球菌由来のトランスフェリン受容体タンパク質のクローニングに、引用例２に記載されたナイセリア属及びヘモフィリス属に属する各種の菌株由来のＴｂｐ１又はＴｂｐ２タンパク質の保存アミノ酸配列を基に調製したプライマー又はプローブを利用することは、当業者であれば容易に想起することである。
　そして、上記（３−２−１）及び（３−２−２）において述べたように、モラクセラ・カタル球菌染色体ライブラリーを抗体によりスクリーニングして得られたクローンが大きい場合は、さらにＴｂｐ１における保存アミノ酸配列を基に調製されたプライマーにより増幅すること、又は、Ｔｂｐ２における保存アミノ酸配列を基に調製されたプローブによりスクリーニングすることは、当業者が容易になし得ることである。この場合におけるプライマーによる増幅工程は、モラクセラ・カタル球菌由来の大きな断片中に存在するＴｂｐ１をコードする遺伝子の一部を増幅することを期待して行うものであるし、プローブによるスクリーニング工程は、モラクセラ・カタル球菌由来の大きな断片中に存在するＴｂｐ２をコードする遺伝子の一部をつり上げることを期待して行うものであって、プライマーにより増幅される鋳型の断片及び、スクリーニングの対象となる断片はモラクセラ・カタル球菌由来のものであるから、プライマー又はプローブがモラクセラ属のＴｂｐ１又はＴｂｐ２をコードする遺伝子に特異性を有するものである必要はなく、審判請求人が主張するように雑多な配列を増幅してしまう可能性は極めて少ない。
　ナイセリア属とヘモフィリス属に属する菌株のＴｂｐ１又はＴｂｐ２において保存されたアミノ酸配列がモラクセラ・カタル球菌のそれにおいては保存されていないという可能性がないとはいえないが、配列が保存されているということは、その部分が遺伝子の機能にとって重要であることを意味すると考えられるから、このような可能性は非常に低いといわざるを得ない。すなわち、このような可能性は、モラクセラ・カタル球菌Ｔｂｐ１又はＴｂｐ２をコードする遺伝子をクローニングしようとする動機付けを阻害するほどのものではなく、むしろ、保存されたアミノ酸配列が知られていれば、当業者であれば、まずそれを用いて他の生物種の相当タンパク質をコードする遺伝子をクローニングしようとすることは当然のことであるといえる。
　
主張（３）について
　上記（３−２−２）において述べたように、モラクセラ・カタル球菌染色体ライブラリーを抗体によりスクリーニングして得られたクローンが大きい場合は、該クローンを制限酵素により適当な大きさに切断し、それをＴｂｐ２における保存アミノ酸配列を基に調製されたプローブによりスクリーニングすることは、当業者が容易になし得ることである。この場合のプローブによるスクリーニング工程は、ｔｂｐＢ遺伝子を含む断片をつり上げるためのものであり、その困難性は、ｔｂｐＢ遺伝子とｔｂｐＡ遺伝子の位置関係、及び、その間に入る配列の長さに左右されるものではない。
　
４．むすび
　以上のとおり、本願発明１は、引用例１、２、４及び５に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから、その余の本願請求項に係る発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。
　
　よって、結論のとおり審決する。