【手続補正書】
【提出日】平成22年4月5日(2010.4.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
好ましくない免疫応答の改善に有用な指向性配列ポリマー（DSP）を含む組成物の製造方法であって、
(1) 自己免疫疾患に関連のある抗原のエピトープのアミノ酸配列である、第1のベースペプチド配列を選択する工程、
(2) 固相ペプチド合成によりDSPの第1のカセットを合成する工程、指向性配列ポリマーの第1のカセットのそれぞれのアミノ酸位置について、アミノ酸がDSPに組み込まれ、かかるアミノ酸が：
(i) 前記第1のペプチド配列中の対応する位置に見られ、a0の相対モル濃度でプールに存在するアミノ酸；
(ii) 前記選択されたアミノ酸配列中の位置に見られ、アミノ酸類似性に従って規定され、a1の相対モル濃度で混合物中に存在する、アミノ酸の第1の置換；
(iii) 適用される場合、前記選択されたアミノ酸配列中の位置に見られ、アミノ酸類似性に従って規定され、a2の相対モル濃度で混合物中に存在する、アミノ酸の第2の置換；
(iv) 適用される場合、前記選択されたアミノ酸配列中の位置に見られ、第3のアミノ酸類似性に従って規定され、a3の相対モル濃度で混合物中に存在する、アミノ酸の第3の置換；および
(v) Aの固定相対モル濃度で混合物中に存在するA：アラニン
からなるアミノ酸の混合物からランダムに選択され、
混合物中のアミノ酸が互いに合成開始前に決定された固定モル入力比で存在し、
Aの相対モル量がDSP中の全アミノ酸濃度の50％より高く、a0およびa1のそれぞれが0.05〜50％の範囲内であり、a2およびa3のそれぞれが0〜50％の範囲内であり、a0+a1+a2+a3=100-Aである、  
(3) (a) 工程(2)を2〜15サイクル繰り返し、同じ条件下でDSPを伸長させること；
(b) 工程(2)を2〜15サイクル繰り返し、各サイクルについて、混合物中のアミノ酸の異なる入力比を用いてDSPを伸長させること；
(c) 工程(1)および(2)を2〜15サイクル繰り返し、1つよりも多いベースペプチドに基づくカセットを使用してDSPを伸長させること；  
(d) 工程(2)の1サイクルで合成された2〜15カセットを集合させること；または
(e) 2〜15カセット、工程(2)のある条件下で合成された第1のカセット、ならびに工程(2)の第2の条件下で合成された第2およびそれ以上のカセットを集合させることにより、DSPの長さを伸長させる工程、
(4) 任意に、工程(2)および(3)を2〜15サイクル繰り返すことによってDSPをさらに伸長させる工程、各サイクルについてDSPの新しいカセットが工程(2)の前のサイクルによって指定された前のカセットのいずれとも独立して設計される、を含み、
工程(3)および(4)で選択されるサイクル数を、DSPの最終的な長さが約25〜300アミノ酸残基となるように選択する、方法。
【請求項２】
エピトープのアミノ酸配列が表Iに示される配列番号：1〜189からなる群より選択される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
好ましくない免疫応答が移植された臓器の宿主の企図される拒絶に由来する、請求項1記載の方法。
【請求項４】
好ましくない免疫応答が自己免疫疾患である、請求項1記載の方法。
【請求項５】
自己免疫疾患が、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス、I型真性糖尿病、重症筋無力症、慢性関節リウマチ、および尋常性天疱瘡からなる群より選択される、請求項4記載の方法。
【請求項６】
エピトープのアミノ酸配列が、オステオポンチン、HLAタンパク質、ミエリンオリゴデンドライト糖タンパク質、ミエリン塩基性タンパク質（MBP）、プロテオリピドタンパク質、およびミエリン関連糖タンパク質、S100β、熱ショックタンパク質α、βクリスタリン、ミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質（MOBP）、2',3'サイクリックヌクレオチド3'-ホスホジエステラーゼ、hsp60、hsp70、Ro60、La、SmD、70-kDa U1RNP、グルタミン酸デカルボキシラーゼ（GAD65）、インスリノーマ抗原2（IA-2）、インシュリン、アセチルコリンレセプター（AChR）α-サブユニット、筋肉特異的レセプターチロシンキナーゼ（MuSK）、II型コラーゲン、ならびにデスモグレイン3（Dsg3）からなる群より選択されるタンパク質の部分配列である、請求項5記載の方法。
【請求項７】
エピトープのアミノ酸配列が配列番号：1〜140からなる群より選択される、請求項5記載の方法。
【請求項８】
アミノ酸類似性が図4に示される類似性の表に従って規定される、請求項1記載の方法。
【請求項９】
好ましくない免疫応答の改善に有用な指向性配列ポリマー（DSP）を含む組成物の製造方法であって、
(1) 自己免疫疾患に関連のある抗原のエピトープのアミノ酸配列である第1のベースペプチド配列を選択する工程、
(2) 固相ペプチド合成によりDSPの第1のカセットを合成する工程、指向性配列ポリマーの第1のカセットのそれぞれのアミノ酸位置について、アミノ酸がDSPに組み込まれ、かかるアミノ酸が：
(i) 前記第1のペプチド配列中の対応する位置に見られ、a0の相対モル濃度でプールに存在するアミノ酸；
(ii) 前記選択されたアミノ酸配列中の位置に見られ、最も有力な保存された置換であり、a1の相対モル濃度で混合物中に存在する、アミノ酸の第1の置換；
(iii) 適用される場合、前記選択されたアミノ酸配列中の位置に見られ、2番目に有力な保存された置換であり、a2の相対モル濃度で混合物中に存在する、アミノ酸の第2の置換；
(iv) 適用される場合、前記選択されたアミノ酸配列中の位置に見られ、3番目に有力な保存された置換であり、a3の相対モル濃度で混合物中に存在する、アミノ酸の第3の置換；および
(v) Aの固定相対モル濃度で混合物中に存在するA：アラニン
からなるアミノ酸の混合物からランダムに選択され、
混合物中のアミノ酸が互いに合成開始前に決定された固定モル入力比で存在し、
Aの相対モル量がDSP中の全アミノ酸濃度の50％より高く、a0およびa1のそれぞれが0.05〜50％の範囲内であり、a2およびa3のそれぞれが0〜50％の範囲内であり、a0+a1+a2+a3=100-Aである、  
(3) (a) 工程(2)を2〜15サイクル繰り返し、同じ条件下でDSPを伸長させること；
(b) 工程(2)を2〜15サイクル繰り返し、各サイクルについて、混合物中のアミノ酸の異なる入力比を使用してDSPを伸長させること；
(c) 工程(1)および(2)を2〜15サイクル繰り返し、1つより多いベースペプチドに基づくカセットを使用してDSPを伸長させること；  
(d) 工程(2)の1サイクルで合成された2〜15カセットを集合させること；または
(e) 2〜15カセット、工程(2)のある条件下で合成された第1のカセット、ならびに工程(2)の第2の条件下で合成された第2およびそれ以上のカセットを集合させることにより、DSPの長さを伸長させる工程、
(4) 任意に、工程(2)および(3)を2〜15サイクル繰り返してDSPをさらに伸長させる工程、各サイクルについてDSPの新しいカセットが工程(2)の前のサイクルにより指定された前のカセットのいずれとも独立して設計される、を含み、
工程(3)および(4)で選択されるサイクル数を、DSPの最終的な長さが約25〜300アミノ酸残基となるように選択し、保存された置換をエピトープの公知のバリアントの実験データに基づいて決定する、方法。
【請求項１０】
請求項1記載の方法により製造された指向性配列ポリマー（DSP）を含む組成物。
【請求項１１】
約25〜300アミノ酸の長さを有する指向性配列ポリマー（DSP）を含む組成物であって、かかるDSPのそれぞれが2〜15のカセットを含み、各ブロックが8〜30アミノ酸を含み、
各カセットが第1のベースペプチド配列由来であり、配列が自己免疫疾患に関連する抗原のエピトープのアミノ酸配列であり、カセットの各位置のアミノ酸が：
(i) 第1のベースペプチド配列の対応する位置に見られるアミノ酸a0；
(ii) 適用される場合、前記選択されたアミノ酸配列中の位置に見られ、アミノ酸類似性に従って規定される、アミノ酸a1の第1の置換：
(iii) 適用される場合、前記選択されたアミノ酸配列中の位置に見られ、アミノ酸類似性に従って規定される、アミノ酸a3の第2の置換；
(iv) 適用される場合、前記選択されたアミノ酸配列中の位置に見られ、アミノ酸類似性に従って規定される、アミノ酸a4の第3の置換；および
(v) A：アラニン；
からなる群より選択され、
混合物中のアミノ酸が互いに固定モル比で存在し、
Aの相対モル量がDSPを含む全アミノ酸の少なくとも20％である、組成物。
【請求項１２】
前記DSPがカセットを含み、カセットが第1のベースペプチド配列に由来するアミノ酸配列を含む、請求項11記載の組成物。
【請求項１３】
前記DSPが1つ以上のカセットを含み、カセットが第1のベースペプチド配列由来のアミノ酸配列を有する1つ以上のカセットおよび第2のエピトープの第2のベースペプチド配列由来のアミノ酸配列を有する1つ以上のカセットを含む、請求項11記載の組成物。
【請求項１４】
第1のベースペプチド配列が配列番号：1〜189から選択される、請求項11記載の組成物。
【請求項１５】
自己免疫疾患が、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス、I型真性糖尿病、重症筋無力症、慢性関節リウマチおよび尋常性天疱瘡からなる群より選択される、請求項11記載の組成物。
【請求項１６】
第1のベースペプチド配列のアミノ酸配列が：
(a) オステオポンチン、HLAタンパク質、ミエリンオリゴデンドライト糖タンパク質、ミエリン塩基性タンパク質（MBP）、プロテオリピドタンパク質、およびミエリン関連糖タンパク質、S100β、熱ショックタンパク質α、βクリスタリン、ミエリン関連オリゴデンドロサイト塩基性タンパク質（MOBP）、2',3'サイクリックヌクレオチド3'-ホスホジエステラーゼ；
(b) hsp60、hsp70、Ro60、La、SmD、および70-kDa U1RNP；
(c) グルタミン酸デカルボキシラーゼ（GAD65）、インスリノーマ抗原2（IA-2）、インシュリン；
(d) アセチルコリンレセプター（AChR）α-サブユニットおよび筋肉特異的レセプターチロシンキナーゼ（MuSK）；
(e) II型コラーゲン；ならびに
(f) デスモグレイン3（Dsg3）
からなる群より選択されるタンパク質の部分配列である、請求項11記載の組成物。
【請求項１７】
アミノ酸類似性が、図4に示される類似性の表に従って規定される、請求項11記載の組成物。
【請求項１８】
アミノ酸類似性が、エピトープの公知のバリアントの実験データに基づいて決定される、請求項11記載の組成物。
【請求項１９】
請求項10〜18のいずれかから選択される、自己免疫疾患の治療のための組成物。
【請求項２０】
自己免疫疾患が、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス、I型真性糖尿病、重症筋無力症、慢性関節リウマチおよび尋常性天疱瘡からなる群より選択される、請求項19記載の組成物。
【請求項２１】
自己免疫疾患の治療のための医薬の製造のための、請求項10〜18いずれか記載の組成物の使用。