【手続補正書】
【提出日】平成21年11月19日(2009.11.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
５個から１０個のアミノ酸残基のヌクレオチド結合領域を含む、単離され、精製された亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ポリペプチドであって、該領域が式ＴＮＮの標的ヌクレオチドに優先的に結合し、Ｎが、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴである、亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ポリペプチド。
【請求項２】
前記標的ヌクレオチドが、式ＴＡＮ、ＴＣＮ、ＴＧＮ、ＴＴＮ、ＴＮＡ、ＴＮＣ、ＴＮＧ、またはＴＮＴを有する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項３】
前記標的ヌクレオチドが、式ＴＡＡ、ＴＡＣ、ＴＡＧ、ＴＡＴ、ＴＣＡ、ＴＣＣ、ＴＣＧ、ＴＣＴ、ＴＧＡ、ＴＧＣ、ＴＧＧ、ＴＧＴ、ＴＴＡ、ＴＴＣ、ＴＴＧ、またはＴＴＴを有する、請求項２に記載のポリペプチド。
【請求項４】
前記結合領域が、配列番号１から配列番号４１１のいずれかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項５】
前記結合領域が、配列番号１から配列番号４６のいずれかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列を有する、請求項４に記載のポリペプチド。
【請求項６】
前記結合領域が、配列番号１から配列番号６のいずれかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列を有する、請求項５に記載のポリペプチド。
【請求項７】
前記結合領域が、その中に配列番号１から配列番号４１１のいずれかを含むポリペプチドとの結合について競合する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項８】
前記結合領域が、その中に配列番号１から配列番号４６のいずれかを含むポリペプチドとの結合について競合する、請求項７に記載のポリペプチド。
【請求項９】
前記結合領域が、その中に配列番号１から配列番号６のいずれかを含むポリペプチドとの結合について競合する、請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項１０】
前記結合領域が、配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項１１】
前記結合領域が、配列番号１から配列番号４６のいずれかのアミノ酸配列を有する、請求項１０に記載のポリペプチド。
【請求項１２】
前記結合領域が、配列番号１から配列番号６のいずれかのアミノ酸配列を有する、請求項１１に記載のポリペプチド。
【請求項１３】
前記ヌクレオチド結合領域が７残基であり、α−ヘリックス構造を有する、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項１４】
前記結合領域が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、請求項１に記載のポリペプチド：
（ａ）配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列の結合領域；および
（ｂ）２つ以下の保存的アミノ酸置換によって配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列とは異なる結合領域であって、ここで、解離定数は、置換が行われる前のポリペプチドの解離定数の１２５％を超えず、そして保存的アミノ酸置換は以下の置換のうちの１つである：Ａｌａ／ＧｌｙもしくはＳｅｒ；Ａｒｇ／Ｌｙｓ；Ａｓｎ／ＧｌｎもしくはＨｉｓ；Ａｓｐ／Ｇｌｕ；Ｃｙｓ／Ｓｅｒ；Ｇｌｎ／Ａｓｎ；Ｇｌｙ／Ａｓｐ；Ｇｌｙ／ＡｌａもしくはＰｒｏ；Ｈｉｓ／ＡｓｎもしくはＧｌｎ；Ｉｌｅ／ＬｅｕもしくはＶａｌ；Ｌｅｕ／ＩｌｅもしくはＶａｌ；Ｌｙｓ／ＡｒｇもしくはＧｌｎもしくはＧｌｕ；Ｍｅｔ／ＬｅｕもしくはＴｙｒもしくはＩｌｅ；Ｐｈｅ／ＭｅｔもしくはＬｅｕもしくはＴｙｒ；Ｓｅｒ／Ｔｈｒ；Ｔｈｒ／Ｓｅｒ；Ｔｒｐ／Ｔｙｒ；Ｔｙｒ／ＴｒｐもしくはＰｈｅ；Ｖａｌ／ＩｌｅもしくはＬｅｕ。
【請求項１５】
前記結合領域が、わずかに１つの保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項１４に記載のポリペプチド。
【請求項１６】
前記結合領域が、２つ以下の保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号４６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項１４に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
前記結合領域が、わずかに１つの保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号４６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項１６に記載のポリペプチド。
【請求項１８】
前記結合領域が、２つ以下の保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項１４に記載のポリペプチド。
【請求項１９】
前記結合領域が、わずかに１つの保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項１８に記載のポリペプチド。
【請求項２０】
前記ヌクレオチド結合領域に７アミノ酸の亜鉛フィンガードメインが含まれており、ここで、該ドメインの７個のアミノ酸には−１から６の番号が付けられ、該ドメインは以下からなる群より選択される、請求項１に記載のポリペプチド：
（ａ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＡＡ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｑ、Ｎ、およびＳからなる群より選択される、ドメイン；
（ｂ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＡ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｓである、ドメイン；
（ｃ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＧ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｒ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｓ、Ｔ、およびＩからなる群より選択される、ドメイン；
（ｄ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＧ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、２と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＤである、ドメイン；
（ｅ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＴ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｒ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｓ、Ｔ、Ａ、およびＣからなる群より選択される、ドメイン；
（ｆ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＣ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｑ、Ｎ、Ｓ、Ｇ、Ｈ、およびＤからなる群より選択される、ドメイン；
（ｇ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＡＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｈ、Ｎ、Ｇ、Ｖ、Ｐ、Ｉ、およびＫからなる群より選択される、ドメイン；
（ｈ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｔ、Ｄ、Ｈ、Ｋ、Ｒ、およびＮからなる群より選択される、ドメイン；
（ｉ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＣ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｎ、Ｈ、Ｓ、Ｄ、Ｔ、Ｑ、およびＧからなる群より選択される、ドメイン；
（ｊ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＧ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｔ、Ｈ、Ｓ、Ｄ、Ｎ、Ｑ、およびＧからなる群より選択される、ドメイン；
（ｋ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＧＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＨである、ドメイン；
（ｌ）５’−（ＴＧＧ）−３’および５’−（ＴＧＴ）−３’からなる群より選択されるヌクレオチド配列に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｓ、Ｄ、Ｔ、Ｎ、Ｑ、Ｇ、およびＨからなる群より選択される、ドメイン；
（ｍ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＧＣ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｗ、Ｔ、およびＨからなる群より選択される、ドメイン；
（ｎ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＧＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＨである、ドメイン；
（ｏ）５’−（ＴＴＡ）−３’および５’−（ＴＴＧ）−３’からなる群より選択されるヌクレオチド配列に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、ＳおよびＡからなる群より選択される、ドメイン；
（ｐ）５’−（ＴＴＣ）−３’および５’−（ＴＴＴ）−３’からなる群より選択されるヌクレオチド配列に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＨである、ドメイン；
（ｑ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＡ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＲである、ドメイン；
（ｒ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＴ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｓ、Ｔ、およびＨからなる群より選択される、ドメイン；ならびに、
（ｓ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、４と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｌ、Ｖ、Ｉ、およびＣからなる群より選択される、ドメイン。
【請求項２１】
ヌクレオチド結合領域が、分子モデリングによって配列番号１から配列番号４１１のいずれかであるヌクレオチド結合領域から導かれ、その結果、水素結合パターンが、配列番号１から配列番号４１１の少なくとも１つに実質的に類似しているポリペプチドに由来する請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項２２】
式ＡＮＮ、ＣＮＮ、またはＧＮＮの標的ヌクレオチドに優先的に結合する少なくとも１つの他の亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ポリペプチドに対して動作可能であるように連結されている、請求項１に記載のポリペプチドであって、式中、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴである、ポリペプチド。
【請求項２３】
１つ以上の転写調節因子に動作可能であるように連結された、請求項２２に記載のポリペプチド。
【請求項２４】
請求項１に記載の複数のポリペプチドが含まれるポリペプチド組成物であって、該ポリペプチドが互いに動作可能であるように連結されている、ポリペプチド組成物。
【請求項２５】
前記ポリペプチドが、５から１５個のアミノ酸残基の可撓性ペプチドリンカーによって動作可能であるように連結されている、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項２６】
前記リンカーが、配列番号４１２、配列番号４１４、配列番号４１６、配列番号４１７、配列番号４１８、配列番号４１９、配列番号４２０、配列番号４２１、および配列番号４２２からなる群より選択される配列を有する、請求項２５に記載のポリペプチド組成物。
【請求項２７】
前記組成物に２個から１８個のポリペプチドが含まれる、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項２８】
前記組成物に２個から１２個のポリペプチドが含まれる、請求項２７に記載のポリペプチド組成物。
【請求項２９】
前記組成物が、式５’−（ＴＮＮ）ｎ−３’の配列を含むヌクレオチド配列に結合する、請求項２８に記載のポリペプチド組成物であって、式中、Ｎは、Ａ，Ｃ、Ｇ、またはＴであり、ｎは２から１２である、ポリペプチド組成物。
【請求項３０】
前記組成物に、２個から６個のポリペプチドが含まれる、請求項２８に記載のポリペプチド組成物。
【請求項３１】
前記組成物が、式５’−（ＴＮＮ）ｎ−３’の配列を含むヌクレオチド配列に結合する、請求項３０に記載のポリペプチド組成物であって、式中、Ｎは、Ａ，Ｃ、Ｇ、またはＴであり、ｎは２から６である、ポリペプチド組成物。
【請求項３２】
前記組成物に、さらに、配列５’−（ＡＮＮ）−３’、５’−（ＣＮＮ）−３’、または５’−（ＧＮＮ）−３’のヌクレオチドサブサイトに結合する結合領域を含む少なくとも１つのポリペプチドが含まれる、請求項２７に記載のポリペプチド組成物。
【請求項３３】
各々のポリペプチドの結合領域に、配列番号１から配列番号４１１のいずれかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列が含まれる、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項３４】
各々のポリペプチドの結合領域に、配列番号１から配列番号４６のいずれかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列が含まれる、請求項３３に記載のポリペプチド組成物。
【請求項３５】
各々のポリペプチドの結合領域に、配列番号１から配列番号６のいずれかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列が含まれる、請求項３４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項３６】
各々のポリペプチドの結合領域が、その中に配列番号１から配列番号４１１のいずれかを含むポリペプチドとの結合について競合する、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項３７】
各々のポリペプチドの結合領域が、その中に配列番号１から配列番号４６のいずれかを含むポリペプチドとの結合について競合する、請求項３６に記載のポリペプチド組成物。
【請求項３８】
各々のポリペプチドの結合領域が、その中に配列番号１から配列番号６のいずれかを含むポリペプチドとの結合について競合する、請求項３７に記載のポリペプチド組成物。
【請求項３９】
各々のポリペプチドの結合領域が、配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列を有する、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項４０】
各々のポリペプチドの結合領域が、配列番号１から配列番号４６のいずれかのアミノ酸配列を有する、請求項３９に記載のポリペプチド組成物。
【請求項４１】
各々のポリペプチドの結合領域が、配列番号１から配列番号６のいずれかのアミノ酸配列を有する、請求項４０に記載のポリペプチド組成物。
【請求項４２】
各々のポリペプチドのヌクレオチド結合領域が７残基であり、α−ヘリックス構造を有する、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項４３】
各々のポリペプチドの結合領域が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、請求項２４に記載のポリペプチド組成物：
（ａ）配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列の結合領域；および
（ｂ）２つ以下の保存的アミノ酸置換によって配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列とは異なる結合領域であって、ここで、解離定数は、置換が行われる前のポリペプチドの解離定数の１２５％を超えず、そして保存的アミノ酸置換は以下の置換のうちの１つである：Ａｌａ／ＧｌｙもしくはＳｅｒ；Ａｒｇ／Ｌｙｓ；Ａｓｎ／ＧｌｎもしくはＨｉｓ；Ａｓｐ／Ｇｌｕ；Ｃｙｓ／Ｓｅｒ；Ｇｌｎ／Ａｓｎ；Ｇｌｙ／Ａｓｐ；Ｇｌｙ／ＡｌａもしくはＰｒｏ；Ｈｉｓ／ＡｓｎもしくはＧｌｎ；Ｉｌｅ／ＬｅｕもしくはＶａｌ；Ｌｅｕ／ＩｌｅもしくはＶａｌ；Ｌｙｓ／ＡｒｇもしくはＧｌｎもしくはＧｌｕ；Ｍｅｔ／ＬｅｕもしくはＴｙｒもしくはＩｌｅ；Ｐｈｅ／ＭｅｔもしくはＬｅｕもしくはＴｙｒ；Ｓｅｒ／Ｔｈｒ；Ｔｈｒ／Ｓｅｒ；Ｔｒｐ／Ｔｙｒ；Ｔｙｒ／ＴｒｐもしくはＰｈｅ；Ｖａｌ／ＩｌｅもしくはＬｅｕ。
【請求項４４】
各々のポリペプチドの結合領域が、わずかに１つの保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項４３に記載のポリペプチド組成物。
【請求項４５】
各々のポリペプチドの結合領域が、２つ以下の保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号４６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項４６】
各々のポリペプチドの結合領域が、わずかに１つの保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号４６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項４５に記載のポリペプチド組成物。
【請求項４７】
各々のポリペプチドの結合領域が、２つ以下の保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項４８】
各々のポリペプチドの結合領域が、わずかに１つの保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項４７に記載のポリペプチド組成物。
【請求項４９】
各々のポリペプチドのヌクレオチド結合領域に７アミノ酸の亜鉛フィンガードメインが含まれており、ここで、該ドメインの７個のアミノ酸には−１から６の番号が付けられ、該ドメインは以下からなる群より選択される、請求項２４に記載のポリペプチド組成物：
（ａ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＡＡ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｑ、Ｎ、およびＳからなる群より選択される、ドメイン；
（ｂ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＡ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｓである、ドメイン；
（ｃ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＧ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｒ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｓ、Ｔ、およびＩからなる群より選択される、ドメイン；
（ｄ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＧ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、２と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＤである、ドメイン；
（ｅ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＴ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｒ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｓ、Ｔ、Ａ、およびＣからなる群より選択される、ドメイン；
（ｆ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＣ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｑ、Ｎ、Ｓ、Ｇ、Ｈ、およびＤからなる群より選択される、ドメイン；
（ｇ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＡＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｈ、Ｎ、Ｇ、Ｖ、Ｐ、Ｉ、およびＫからなる群より選択される、ドメイン；
（ｈ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｔ、Ｄ、Ｈ、Ｋ、Ｒ、およびＮからなる群より選択される、ドメイン；
（ｉ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＣ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｎ、Ｈ、Ｓ、Ｄ、Ｔ、Ｑ、およびＧからなる群より選択される、ドメイン；
（ｊ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＧ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｔ、Ｈ、Ｓ、Ｄ、Ｎ、Ｑ、およびＧからなる群より選択される、ドメイン；
（ｋ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＧＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＨである、ドメイン；
（ｌ）５’−（ＴＧＧ）−３’および５’−（ＴＧＴ）−３’からなる群より選択されるヌクレオチド配列に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｓ、Ｄ、Ｔ、Ｎ、Ｑ、Ｇ、およびＨからなる群より選択される、ドメイン；
（ｍ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＧＣ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｗ、Ｔ、およびＨからなる群より選択される、ドメイン；
（ｎ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＧＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＨである、ドメイン；
（ｏ）５’−（ＴＴＡ）−３’および５’−（ＴＴＧ）−３’からなる群より選択されるヌクレオチド配列に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、ＳおよびＡからなる群より選択される、ドメイン；
（ｐ）５’−（ＴＴＣ）−３’および５’−（ＴＴＴ）−３’からなる群より選択されるヌクレオチド配列に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、３と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＨである、ドメイン；
（ｑ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＡ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基はＲである、ドメイン；
（ｒ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＴ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｓ、Ｔ、およびＨからなる群より選択される、ドメイン；ならびに、
（ｓ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＮ）−３’に特異的に結合する亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、４と番号が付けられる該ドメインのアミノ酸残基は、Ｌ、Ｖ、Ｉ、およびＣからなる群より選択される、ドメイン。
【請求項５０】
各々のポリペプチドのヌクレオチド結合領域が、分子モデリングによって配列番号１から配列番号４１１のいずれかであるヌクレオチド結合領域から導かれ、その結果、水素結合パターンが、配列番号１から配列番号４１１の少なくとも１つに実質的に類似しているポリペプチド組成物に由来する請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項５１】
前記ポリペプチド組成物に、２つの半分の部分が含まれる二重特異的亜鉛フィンガータンパク質が含まれており、それぞれの半分の部分には６個の亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ドメインが含まれる、請求項２４に記載のポリペプチド組成物であって、ここで、該半分の部分の少なくとも一方に、５’−（ＴＮＮ）−３’型の標的ヌクレオチド配列に結合する少なくとも１つのドメインが含まれ、その結果、該二重特異的亜鉛フィンガーの２つの半分の部分は独立して作動することができる、ポリペプチド組成物。
【請求項５２】
前記二重特異的亜鉛フィンガータンパク質の前記２つの半分の部分がリンカーによって連結されている、請求項５１に記載のポリペプチド組成物。
【請求項５３】
前記リンカーが、アミノ酸残基配列ＴＧＧＧＧＳＧＧＧＧＴＧＥＫＰ（配列番号４１４）を有する、請求項５２に記載のポリペプチド組成物。
【請求項５４】
前記ポリペプチド組成物に、さらに、ＦｏｋＩのヌクレアーゼ触媒ドメインが含まれており、その結果、該ポリペプチド組成物は、選択されたゲノム標的での部位特異的切断を指示する、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項５５】
式ＡＮＮ、ＣＮＮ、またはＧＮＮの標的ヌクレオチドに優先的に結合する少なくとも１つの他の亜鉛フィンガーヌクレオチド結合ポリペプチドに対して動作可能であるように連結されており、式中、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴである、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項５６】
１つ以上の転写因子に動作可能であるように連結された、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項５７】
α−ヘリックス構造を有しており、式ＴＮＮの標的ヌクレオチドに優先的に結合する、単離されたヘプタペプチドであって、式中、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴである、ヘプタペプチド。
【請求項５８】
前記標的ヌクレオチドが、式ＴＡＮ、ＴＣＮ、ＴＧＮ、ＴＴＮ、ＴＮＡ、ＴＮＣ、ＴＮＧ、またはＴＮＴを有する、請求項５７に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項５９】
前記標的ヌクレオチドが、式ＴＡＡ、ＴＡＣ、ＴＡＧ、ＴＡＴ、ＴＣＡ、ＴＣＣ、ＴＣＧ、ＴＣＴ、ＴＧＡ、ＴＧＣ、ＴＧＧ、ＴＧＴ、ＴＴＡ、ＴＴＣ、ＴＴＧ、またはＴＴＴを有する、請求項５８に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６０】
前記ヘプタペプチドが、配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列を有する、請求項５７に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６１】
前記ヘプタペプチドが、配列番号１から配列番号４６のいずれかのアミノ酸配列を有する、請求項６０に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６２】
前記ヘプタペプチドが、配列番号１から配列番号６のいずれかのアミノ酸配列を有する、請求項６１に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６３】
前記ヘプタペプチドが、配列番号１から配列番号４１１のいずれかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列を有する、請求項５７に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６４】
前記ヘプタペプチドが、配列番号１から配列番号４６のいずれかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列を有する、請求項６３に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６５】
前記ヘプタペプチドが、配列番号１から配列番号６のいずれかと同じヌクレオチド結合特性を有するアミノ酸配列を有する、請求項６４に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６６】
前記ヘプタペプチドが、その中に配列番号１から配列番号４１１のいずれかを含むポリペプチドとの結合について競合する、請求項５７に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６７】
前記ヘプタペプチドが、その中に配列番号１から配列番号４６のいずれかを含むポリペプチドとの結合について競合する、請求項６６に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６８】
前記ヘプタペプチドが、その中に配列番号１から配列番号６のいずれかを含むポリペプチドとの結合について競合する、請求項６７に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項６９】
前記ヘプタペプチドが、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、請求項５７に記載の単離されたヘプタペプチド：
（ａ）配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列の結合領域；および
（ｂ）２つ以下の保存的アミノ酸置換によって配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列とは異なる結合領域であって、ここで、解離定数は、置換が行われる前のヘプタペプチドの解離定数の１２５％を超えず、そして保存的アミノ酸置換は以下の置換のうちの１つである：Ａｌａ／ＧｌｙもしくはＳｅｒ；Ａｒｇ／Ｌｙｓ；Ａｓｎ／ＧｌｎもしくはＨｉｓ；Ａｓｐ／Ｇｌｕ；Ｃｙｓ／Ｓｅｒ；Ｇｌｎ／Ａｓｎ；Ｇｌｙ／Ａｓｐ；Ｇｌｙ／ＡｌａもしくはＰｒｏ；Ｈｉｓ／ＡｓｎもしくはＧｌｎ；Ｉｌｅ／ＬｅｕもしくはＶａｌ；Ｌｅｕ／ＩｌｅもしくはＶａｌ；Ｌｙｓ／ＡｒｇもしくはＧｌｎもしくはＧｌｕ；Ｍｅｔ／ＬｅｕもしくはＴｙｒもしくはＩｌｅ；Ｐｈｅ／ＭｅｔもしくはＬｅｕもしくはＴｙｒ；Ｓｅｒ／Ｔｈｒ；Ｔｈｒ／Ｓｅｒ；Ｔｒｐ／Ｔｙｒ；Ｔｙｒ／ＴｒｐもしくはＰｈｅ；Ｖａｌ／ＩｌｅもしくはＬｅｕ。
【請求項７０】
前記結合領域が、わずかに１つの保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号４１１のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項６９に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項７１】
前記結合領域が、２つ以下の保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号４６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項６９に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項７２】
前記結合領域が、わずかに１つの保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号４６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項７１に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項７３】
前記結合領域が、２つ以下の保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項７１に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項７４】
前記結合領域が、わずかに１つの保存的アミノ酸置換によって、配列番号１から配列番号６のいずれかのアミノ酸配列とは異なる、請求項７３に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項７５】
前記ヘプタペプチドが以下からなる群より選択される、請求項５７に記載の単離されたヘプタペプチド：
（ａ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＡＡ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、−１と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｑ、Ｎ、およびＳからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｂ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＡ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、−１と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｓである、ヘプタペプチド；
（ｃ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＧ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｒ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｓ、Ｔ、およびＩからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｄ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＧ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、２と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基はＤである、ヘプタペプチド；
（ｅ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＴ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｒ、Ｎ、Ｑ、Ｈ、Ｓ、Ｔ、Ａ、およびＣからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｆ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＣ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｑ、Ｎ、Ｓ、Ｇ、Ｈ、およびＤからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｇ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＡＮ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｈ、Ｎ、Ｇ、Ｖ、Ｐ、Ｉ、およびＫからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｈ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＮ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｔ、Ｄ、Ｈ、Ｋ、Ｒ、およびＮからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｉ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＣ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｎ、Ｈ、Ｓ、Ｄ、Ｔ、Ｑ、およびＧからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｊ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＣＧ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｔ、Ｈ、Ｓ、Ｄ、Ｎ、Ｑ、およびＧからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｋ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＧＮ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基はＨである、ヘプタペプチド；
（ｌ）５’−（ＴＧＧ）−３’および５’−（ＴＧＴ）−３’からなる群より選択されるヌクレオチド配列に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｓ、Ｄ、Ｔ、Ｎ、Ｑ、Ｇ、およびＨからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｍ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＧＣ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｗ、Ｔ、およびＨからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｎ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＧＮ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基はＨである、ヘプタペプチド；
（ｏ）５’−（ＴＴＡ）−３’および５’−（ＴＴＧ）−３’からなる群より選択されるヌクレオチド配列に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、ＳおよびＡからなる群より選択される、ヘプタペプチド；
（ｐ）５’−（ＴＴＣ）−３’および５’−（ＴＴＴ）−３’からなる群より選択されるヌクレオチド配列に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、３と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基はＨである、ヘプタペプチド；
（ｑ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＡ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基はＲである、ヘプタペプチド；
（ｒ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＴ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、−１と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｓ、Ｔ、およびＨからなる群より選択される、ヘプタペプチド；ならびに、
（ｓ）ヌクレオチド配列５’−（ＴＮＮ）−３’に特異的に結合するヘプタペプチドであって、ここで、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴのいずれかであり、４と番号が付けられる該ヘプタペプチドのアミノ酸残基は、Ｌ、Ｖ、Ｉ、およびＣからなる群より選択される、ヘプタペプチド。
【請求項７６】
ヘプタペプチドの配列が、分子モデリングによって配列番号１から配列番号４１１のいずれかであるヌクレオチド結合領域から導かれ、その結果、水素結合パターンが、配列番号１から配列番号４１１の少なくとも１つに実質的に類似している、ヘプタペプチドに由来する請求項５７に記載の単離されたヘプタペプチド。
【請求項７７】
１つ以上の転写調節因子に動作可能であるように連結された、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項７８】
前記転写調節因子が転写のリプレッサーである、請求項７７に記載のポリペプチド。
【請求項７９】
前記転写調節因子が転写の活性化因子である、請求項７７に記載のポリペプチド。
【請求項８０】
前記転写調節因子が、ヒストンデアセチラーゼ、およびヒストンデアセチラーゼの発現の調節因子からなる群より選択される、請求項７７に記載のポリペプチド。
【請求項８１】
１つ以上の転写調節因子に動作可能であるように連結された、請求項２４に記載のポリペプチド組成物。
【請求項８２】
前記転写調節因子が転写のリプレッサーである、請求項８１に記載のポリペプチド組成物。
【請求項８３】
前記転写調節因子が転写の活性化因子である、請求項８１に記載のポリペプチド組成物。
【請求項８４】
前記転写因子が、ヒストンデアセチラーゼ、およびヒストンデアセチラーゼの発現の調節因子からなる群より選択される、請求項８１に記載のポリペプチド組成物。
【請求項８５】
前記ポリペプチドは、ＨＩＶ−１  ｔＲＮＡプライマー結合部位の少なくとも一部に結合する人工的な転写因子である、請求項７７に記載のポリペプチド。
【請求項８６】
前記人工的な転写因子が、６個の亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインを有しており、そして式ＴＮＮの標的ヌクレオチドに優先的に結合する１つの亜鉛フィンガーＤＮＡ結合ドメインを有する、請求項８５に記載のポリペプチドであって、式中、Ｎは、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴである、ポリペプチド。
【請求項８７】
前記人工的な転写因子が、Ｓｐ１Ｃ亜鉛フィンガー足場に集合される、請求項８５に記載のポリペプチド。
【請求項８８】
前記人工的な転写因子に、少なくとも１つのＫＲＡＢ抑制ドメインが含まれる、請求項８５に記載のポリペプチド。
【請求項８９】
請求項１に記載のポリペプチドをコードする、単離され、精製されたポリヌクレオチド。
【請求項９０】
請求項２４に記載のポリペプチド組成物をコードする、単離され、精製されたポリヌクレオチド。
【請求項９１】
請求項５７に記載の単離されたヘプタペプチドをコードする、単離され、精製されたポリヌクレオチド。
【請求項９２】
請求項８９に記載の単離され、精製されたポリヌクレオチドが含まれるベクター。
【請求項９３】
請求項９０に記載の単離され、精製されたポリヌクレオチドが含まれるベクター。
【請求項９４】
請求項９１に記載の単離され、精製されたポリヌクレオチドが含まれるベクター。
【請求項９５】
請求項９２に記載のベクターで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項９６】
真核生物である、請求項９５に記載の宿主細胞。
【請求項９７】
原核生物である、請求項９５に記載の宿主細胞。
【請求項９８】
請求項９３に記載のベクターで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項９９】
真核生物である、請求項９８に記載の宿主細胞。
【請求項１００】
原核生物である、請求項９８に記載の宿主細胞。
【請求項１０１】
請求項９４に記載のベクターで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項１０２】
真核生物である、請求項１０１に記載の宿主細胞。
【請求項１０３】
原核生物である、請求項１０１に記載の宿主細胞。
【請求項１０４】
請求項９５に記載のポリヌクレオチドで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項１０５】
真核生物である、請求項１０４に記載の宿主細胞。
【請求項１０６】
原核生物である、請求項１０４に記載の宿主細胞。
【請求項１０７】
請求項９０に記載のポリヌクレオチドで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項１０８】
真核生物である、請求項１０７に記載の宿主細胞。
【請求項１０９】
原核生物である、請求項１０７に記載の宿主細胞。
【請求項１１０】
請求項９１に記載のポリヌクレオチドで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項１１１】
真核生物である、請求項１１０に記載の宿主細胞。
【請求項１１２】
原核生物である、請求項１１０に記載の宿主細胞。
【請求項１１３】
以下からなる群より選択される、単離され、精製されたポリヌクレオチド：
（ａ）請求項１に記載のポリペプチドをコードする、単離され、精製されたポリヌクレオチド；および
（ｂ）核酸配列が、特異的核酸結合活性を備える請求項１に記載のポリペプチドの活性を有するポリペプチドに翻訳されるとの条件で、（ａ）の配列と少なくとも９５％同一である核酸配列。
【請求項１１４】
以下からなる群より選択される、単離され、精製されたポリヌクレオチド：
（ａ）請求項２４に記載のポリペプチド組成物をコードする、単離され、精製されたポリヌクレオチド；および
（ｂ）核酸配列が、特異的核酸結合活性を備える請求項１９に記載のポリペプチド組成物の活性を有するポリペプチドに翻訳されるとの条件で、（ａ）の配列と少なくとも９５％同一である核酸配列。
【請求項１１５】
以下からなる群より選択される、単離され、精製されたポリヌクレオチド：
（ａ）請求項５７に記載のヘプタペプチドをコードする、単離され、精製されたポリヌクレオチド；および
（ｂ）核酸配列が、特異的核酸結合活性を備える請求項５０に記載のヘプタペプチドの活性を有するポリペプチドに翻訳されるとの条件で、（ａ）の配列と少なくとも９５％同一である核酸配列。
【請求項１１６】
配列５’−（ＴＮＮ）ｎ−３’を含むヌクレオチド配列の発現を調節するための組成物であって、式中、ｎは２から１２であり、該組成物は、請求項２４に記載のポリペプチド組成物の有効量を含む、組成物。
【請求項１１７】
前記配列５’−（ＴＮＮ）−３’が５’−（ＴＮＮ）ｎ−３’配列の中に配置されている、請求項１１６に記載の組成物。
【請求項１１８】
前記配列５’−（ＴＮＮ）ｎ−３’が、前記ヌクレオチド配列の転写される領域の中に配置されている、請求項１１６に記載の組成物。
【請求項１１９】
前記配列５’−（ＴＮＮ）ｎ−３’が、前記ヌクレオチド配列のプロモーター領域の中に配置されている、請求項１１６に記載の組成物。
【請求項１２０】
前記配列５’−（ＴＮＮ）ｎ−３’が発現される配列タグの中に配置されている、請求項１１６に記載の組成物。
【請求項１２１】
前記ポリペプチド組成物が、１つ以上の転写調節因子に動作可能であるように連結させられる、請求項１１６に記載の組成物。
【請求項１２２】
前記転写調節因子が転写のリプレッサーである、請求項１２１に記載の組成物。
【請求項１２３】
前記転写調節因子が転写の活性化因子である、請求項１２１に記載の組成物。
【請求項１２４】
前記転写調節因子が、ヒストンデアセチラーゼ、およびヒストンデアセチラーゼの発現の調節因子からなる群より選択される、請求項１２１に記載の組成物。
【請求項１２５】
前記ヌクレオチド配列が遺伝子である、請求項１１６に記載の組成物。
【請求項１２６】
前記遺伝子が真核生物の遺伝子である、請求項１２５に記載の組成物。
【請求項１２７】
前記遺伝子が原核生物の遺伝子である、請求項１２５に記載の組成物。
【請求項１２８】
前記遺伝子がウイルス遺伝子である、請求項１２５に記載の組成物。
【請求項１２９】
前記真核生物の遺伝子が哺乳動物の遺伝子である、請求項１２６に記載の組成物。
【請求項１３０】
前記哺乳動物の遺伝子がヒトの遺伝子である、請求項１２９に記載の組成物。
【請求項１３１】
前記真核生物の遺伝子が植物の遺伝子である、請求項１２６に記載の組成物。
【請求項１３２】
前記原核生物の遺伝子が細菌の遺伝子である、請求項１２７に記載の組成物。
【請求項１３３】
ＨＩＶ−１ウイルスに感染した個体におけるＨＩＶ−１ウイルスの複製を阻害するための組成物であって、ＨＩＶ−１の複製が阻害されるに十分な量の、ｔＲＮＡプライマー結合部位に結合することができる請求項８５に記載の人工的な転写因子を含む、組成物。
【請求項１３４】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項１に記載のポリペプチドの治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１３５】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項２４に記載のポリペプチド組成物の治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１３６】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項５７に記載のヘプタペプチドの治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１３７】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項８５に記載の人工的な転写因子の治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１３８】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項８９に記載のポリヌクレオチドの治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１３９】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項９０に記載のポリヌクレオチドの治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１４０】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項９１に記載のポリヌクレオチドの治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１４１】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項１１３に記載のポリヌクレオチドの治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１４２】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項１１４に記載のポリヌクレオチドの治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１４３】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項１１５に記載のポリヌクレオチドの治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１４４】
以下を含む薬学的組成物：
（ａ）請求項８５に記載の人工的な転写因子をコードするポリヌクレオチドの治療有効量；および
（ｂ）薬学的に許容される担体。
【請求項１４５】
ＨＩＶ−１ウイルスに感染した個体におけるＨＩＶ−１ウイルスの複製を阻害するための組成物であって、ＨＩＶ−１の複製が阻害されるに十分な量の、請求項８５に記載の人工的な転写因子をコードするポリヌクレオチドを含む、組成物。