【手続補正書】
【提出日】平成22年9月22日(2010.9.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）患者から試料を採取する工程と、
（ｂ）ＳＬＣ４５Ａ３、ＨＥＲＶ-Ｋ_２２ｑｌｌ．２３、およびＣ１５ＯＲＦ２１からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有する遺伝子融合の、前記試料中での存在または非存在を検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在がその患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
【請求項２】
（ａ）患者から試料を採取する工程と、
（ｂ）ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有する遺伝子融合の、前記試料中での存在または非存在を検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在が患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
【請求項３】
前記ハウスキーピング遺伝子がＨＮＲＰ  Ａ２  Ｂ１である請求項２記載の方法。
【請求項４】
（ａ）患者から試料を採取する工程と、
（ｂ）アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＶ５由来の３´部分とを有する遺伝子融合の、前記試料中での存在または非存在を検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在が患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
【請求項５】
前記アンドロゲン制御遺伝子が、ＴＭＰＲＳＳ２とＳＬＣ４５Ａ３とからなる群より選ばれる、請求項４記載の方法。
【請求項６】
前記アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域が、アンドロゲン制御遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項１または４記載の方法。
【請求項７】
前記ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域が、ハウスキーピング遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項２記載の方法。
【請求項８】
ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子がＥＴＶ１である請求項１または２記載の方法。
【請求項９】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
前記工程（ｂ）が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項２記載の方法。
【請求項１１】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＶ５由来の３´部分とを有するゲノムＤＮＡの染色体再編成を検出することを含む、請求項４記載の方法。
【請求項１２】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の５´部分とＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
前記工程（ｂ）が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の５´部分と、ＥＴＳファミリーメンバー遺伝子由来の３´部分とを有するキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項２記載の方法。
【請求項１４】
前記工程（ｂ）が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来５´部分と、ＥＴＶ５由来の３´部分とを有するキメラｍＲＮＡ転写物を検出することを含む、請求項４記載の方法。
【請求項１５】
前記試料が、組織、血液、血漿、血清、尿、尿の上澄み、尿細胞ペレット、精液、前立腺分泌物、および前立腺細胞からなる群より選ばれる、請求項１、２、または４記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
本発明のさらなる実施形態は、以下の記述および例に示している。
[請求項101]
(a)患者から試料を採取する工程と、
(b)SLC45A3、HERV-K_22qll.23、およびC15ORF21からなる群より選ばれるアンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の5´部分と、ETSファミリーメンバー遺伝子由来の3´部分とを有する遺伝子融合の、前記試料中での存在または非存在を検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在がその患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
[請求項102]
前記アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域が、アンドロゲン制御遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項101記載の方法。
[請求項103]
ETSファミリーメンバー遺伝子がETV1である請求項101記載の方法。
[請求項104]
前記工程(b)が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来5´部分と、ETSファミリーメンバー遺伝子由来の3´部分とを有するゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項101記載の方法。
[請求項105]
前記工程(b)が、核酸配列決定法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項104記載の方法。
[請求項106]
前記工程(b)が、核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項104記載の方法。
[請求項107]
前記工程(b)が、インサイツハイブリダイゼーション(ISH)、マイクロアレイ、およびサザンブロットからなる群から選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項106記載の方法。
[請求項108]
前記工程(b)が、核酸増幅法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項104記載の方法。
[請求項109]
前記工程(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT‐PCR)、転写介在増幅(TMA)、リガーゼ連鎖反応(LCR)、鎖置換増幅(SDA)、および核酸配列ベース増幅(NASBA)からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項108記載の方法。
[請求項110]
前記工程(b)が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来の5´部分とETSファミリーメンバー遺伝子由来の3´部分とを有するキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項101記載の方法。
[請求項111]
前記工程(b)が、核酸配列決定法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項110記載の方法。
[請求項112]
前記工程(b)が、核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項110記載の方法。
[請求項113]
前記工程(b)が、インサイツハイブリダイゼーション(ISH)、マイクロアレイおよびノーザンブロット法からなる群より選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項112記載の方法。
[請求項114]
前記工程(b)が、核酸増幅法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項110記載の方法。
[請求項115]
前記工程(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT‐PCR)、転写介在増幅(TMA)、リガーゼ連鎖反応(LCR)、鎖置換増幅(SDA)、および核酸配列ベース増幅(NASBA)からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項114記載の方法。
[請求項116]
前記試料が、組織、血液、血漿、血清、尿、尿の上澄み、尿細胞ペレット、精液、前立腺分泌物、および前立腺細胞からなる群より選ばれる、請求項101記載の方法。
[請求項117]
(a)患者から試料を採取する工程と、
(b)ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来5´部分と、ETSファミリーメンバー遺伝子由来の3´部分とを有する遺伝子融合の、前記試料中での存在または非存在を検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在が患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
[請求項118]
前記ハウスキーピング遺伝子がHNRP A2 B1である請求項117記載の方法。
[請求項119]
前記ETSファミリーメンバー遺伝子がETV1である請求項117記載の方法。
[請求項120]
前記ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域が、ハウスキーピング遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項117記載の方法。
[請求項121]
前記工程(b)が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の5´部分と、ETSファミリーメンバー遺伝子由来の3´部分とを有するゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項117記載の方法。
[請求項122]
前記工程(b)が、核酸配列決定法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項121記載の方法。
[請求項123]
前記工程(b)が、核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項121記載の方法。
[請求項124]
前記工程(b)が、インサイツハイブリダイゼーション(ISH)、マイクロアレイ、およびサザンブロット法からなる群より選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項123記載の方法。
[請求項125]
前期工程(b)が、核酸増幅法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項121記載の方法。
[請求項126]
前記工程(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT‐PCR)、転写介在増幅(TMA)、リガーゼ連鎖反応(LCR)、鎖置換増幅(SDA)、および核酸配列ベース増幅(NASBA)からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項125記載の方法。
[請求項127]
前記工程(b)が、ハウスキーピング遺伝子の転写制御領域由来の5´部分と、ETSファミリーメンバー遺伝子由来の3´部分とを有するキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項117記載の方法。
[請求項128]
前記工程(b)が、核酸配列決定法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項127記載の方法。
[請求項129]
前記工程(b)が、核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項127記載の方法。
[請求項130]
前記工程(b)が、インサイツハイブリダイゼーション(ISH)、マイクロアレイおよびノーザンブロット法からなる群から選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項129記載の方法。
[請求項131]
前記工程(b)が、核酸増幅法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項127記載の方法。
[請求項132]
前記工程(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT‐PCR)、転写介在増幅(TMA)、リガーゼ連鎖反応(LCR)、鎖置換増幅(SDA)、および核酸配列ベース増幅(NASBA)からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項131記載の方法。
[請求項133]
前記試料が、組織、血液、血漿、血清、尿、尿の上澄み、尿細胞ペレット、精液、前立腺分泌物、および前立腺細胞からなる群より選ばれる、請求項117記載の方法。
[請求項134]
(a)患者から試料を採取する工程と、
(b)アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来5´部分と、ETV5由来の3´部分とを有する遺伝子融合の、前記試料中での存在または非存在を検出する工程と
を含み、試料中の遺伝子融合の存在が患者の前立腺癌を示す、患者の前立腺癌を診断する方法。
[請求項135]
前記アンドロゲン制御遺伝子が、TMPRSS2とSLC45A3とからなる群より選ばれる、請求項134記載の方法。
[請求項136]
前記アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域が、アンドロゲン制御遺伝子のプロモーター領域を含む、請求項134記載の方法。
[請求項137]
前記工程(b)が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来5´部分と、ETV5由来の3´部分とを有するゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項134記載の方法。
[請求項138]
前記工程(b)が、核酸配列決定法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項137記載の方法。
[請求項139]
前記工程(b)が、核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項137記載の方法。
[請求項140]
前記工程(b)が、インサイツハイブリダイゼーション(ISH)、マイクロアレイ、およびサザンブロットからなる群より選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項139記載の方法。
[請求項141]
前記工程(b)が、核酸増幅法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項137記載の方法。
[請求項142]
前記工程(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT‐PCR)、転写介在増幅(TMA)、リガーゼ連鎖反応(LCR)、鎖置換増幅(SDA)、および核酸配列ベース増幅(NASBA)からなる群より選ばれる核酸増幅法を利用してゲノムDNAの染色体再編成を検出することを含む、請求項141記載の方法。
[請求項143]
前記工程(b)が、アンドロゲン制御遺伝子の転写制御領域由来5´部分と、ETV5由来の3´部分とを有するキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項134記載の方法。
[請求項144]
前記工程(b)が、核酸配列決定法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項143記載の方法。
[請求項145]
前記工程(b)が、核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項143記載の方法。
[請求項146]
前記工程(b)が、インサイツハイブリダイゼーション(ISH)、マイクロアレイおよびノーザンブロット法からなる群より選ばれる核酸ハイブリッド形成法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項145記載の方法。
[請求項147]
前記工程(b)が、核酸増幅法を利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項143記載の方法。
[請求項148]
前記工程(b)が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT‐PCR)、転写介在増幅(TMA)、リガーゼ連鎖反応(LCR)、鎖置換増幅(SDA)、および核酸配列ベース増幅(NASBA)からなる群より選ばれる核酸増幅法利用してキメラmRNA転写物を検出することを含む、請求項147記載の方法。
[請求項149]
前記試料が、組織、血液、血漿、血清、尿、尿の上澄み、尿細胞ペレット、精液、前立腺分泌物、および前立腺細胞からなる群より選ばれる、請求項134記載の方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３７０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３７０】
結果：
（表１４）カバレージマップ（ＥＲＧ２）
注：Ｅ＊ＢＡＮＤ＊−＊は、ＥＲＧ１実験におけるＥＲＧ２ペプチドを意味する。
2010532663.tif 000001
2010532663.tif 000002
2010532663.tif 000003
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2010532663000001.app