【手続補正書】
【提出日】平成22年10月15日(2010.10.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の式：
【化１】
2010527580.tif 000001
｛式中、
Zは、O又はCH2であり；
Bは、少なくとも1つの同素環、少なくとも1つの複素環、少なくとも1つのアリール基、又はその組み合わせであり；
BGは、ブロッキング基であり；
R1は、H、OH、親水基、又は疎水基であり；
Xは、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体であり；
Nは、0より大きな整数であり；そして
以下：
【化２】
2010527580.tif 000002
は単結合又は二重結合を表す。｝
で表される2’-ターミネーター・ヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド。
【請求項２】
前記2’-ターミネーター・ヌクレオチドが、2’-モノホスフェート3’-ヒドロキシル・ヌクレオチドを含む、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド。
【請求項３】
前記2’-ターミネーター・ヌクレオチドが、以下：G46E E678G CS5 DNAポリメラーゼ、G46E L329A E678G CS5 DNAポリメラーゼ、G46E L329A D640G S671F CS5 DNAポリメラーゼ、G46E L329A D640G S671F E678G CS5 DNAポリメラーゼ、G46E E678G CS6 DNAポリメラーゼ、ΔZ05Rポリメラーゼ、E615G Taq DNAポリメラーゼ、サーマス・フラバス・ポリメラーゼ、TMA-25ポリメラーゼ、E678G TMA-25ポリメラーゼ、TMA-30ポリメラーゼ、E678G TMA-30ポリメラーゼ、Tth DNAポリメラーゼ、サーマス属SPS-17ポリメラーゼ、E615G Taqポリメラーゼ、サーマスZ05Rポリメラーゼ、T7 DNAポリメラーゼ、コーンバーグDNAポリメラーゼI、クレノウDNAポリメラーゼ、Taq DNAポリメラーゼ、ミクロコッカスDNAポリメラーゼ、αDNAポリメラーゼ、逆転写酵素、AMV逆転写酵素、M-MuLV逆転写酵素、DNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼ、E.コリRNAポリメラーゼ、SP6 RNAポリメラーゼ、T3 RNAポリメラーゼ、T4 DNAポリメラーゼ、T7 RNAポリメラーゼ、RNAポリメラーゼII、ターミナル・トランスフェラーゼ、ポリヌクレオチド・ホスホリラーゼ、及びリボヌクレオチド組み込みDNAポリメラーゼから成る群から選択される1種類以上のヌクレオチド組み込み生体触媒によって伸長不可能である、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド。
【請求項４】
前記Bが、以下：
a)
【化３】
2010527580.tif 000003
｛式中、
X1及びX2は、CR8及びNから独立に選択され；
R2は、H、OH、又はNR4R5であり；
R3は、H、OH、又はNR6R7であり；
R4、R5、R6、及びR7は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、及びその組み合わせから独立に選択され；そして
R8は、H、ハロ基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、アルキル・アルコール基、アルケニル・アルコール基、アルキニル・アルコール基、置換されていないポリエチレングリコール、又は置換されているポリエチレングリコールである。｝；
b)
【化４】
2010527580.tif 000004
｛式中、
X1及びX2は、CH及びNから独立に選択され；
R2は、O又はSであり；
R3は、H、OH、又はNR4R5であり；そして
R4及びR5は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、及びその組み合わせから独立に選択される。｝；
c)
【化５】
2010527580.tif 000005
｛式中、
R2は、H、OH、又はNR4R5であり；
R3は、H、OH、又はNR6R7であり；そして
R4、R5、R6、及びR7は、H、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、及びその組み合わせから独立に選択される。｝；
d)
【化６】
2010527580.tif 000006
｛式中、
X1及びX2は、CH及びNから独立に選択され；
R2は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、又はその組み合わせから選択され；そして
R3は、O又はSである。｝；
e)
【化７】
2010527580.tif 000007
｛式中、
R2及びR3は、O及びSから独立に選択され；そして
R4及びR5は、H、NH2、SH、OH、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基、及びその組み合わせから独立に選択される。｝；
f)
【化８】
2010527580.tif 000008
｛式中、
R2及びR3は、O及びSから独立に選択され；そして
R4は、H、NH2、SH、OH、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基、又はその組み合わせである。｝；
g)
【化９】
2010527580.tif 000009
｛式中、
R2及びR3は、O及びSから独立に選択される。｝；
h)
【化１０】
2010527580.tif 000010
｛式中、
R2及びR3は、O及びSから独立に選択され；そして
R4は、H、アルキル基、アルケニル基、又はアルキニル基である。｝；
i)
【化１１】
2010527580.tif 000011
｛式中、
R2は、O又はSであり；そして
R3及びR4は、H、NH2、SH、OH、COOH、COOCH3、COOCH2CH3、CHO、NO2、CN、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基、及びその組み合わせから独立に選択され；そして
R5は、アルキル基、アルケニル基、アリール基、ベンジル基、又はその組み合わせである。｝；
j)
【化１２】
2010527580.tif 000012
｛式中、
Xは、CH又はNであり；
R2及びR3は、H、OH、及びNHR4から独立に選択され；
R4は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、又はその組み合わせであり；そして
R5は、OH、NH2、SH、ハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はその組み合わせである。｝；及び
k)
【化１３】
2010527580.tif 000013
｛式中、
Xは、CH又はNであり；
R2は、O又はSであり；
R3は、H、OH、又はNHR4であり；
R4は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、又はその組み合わせであり；そして
R5は、OH、NH2、SH、ハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はその組み合わせである。｝
から成る群から選択される式を含む、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド。
【請求項５】
前記BGは、CN、NO2、N3、ハロ基、エーテル基、アルデヒド基、カルボン酸基、エステル基、アミノ基、OCH3、OCH2COOH、O-シリルエーテル基、ケト基、O-ラクトン基、O-アルキル基、O-環式アルキル基、O-アルケニル基、O-アルキニル基、カルバメート基、イミド基、アミド基、及びその組み合わせから成る群から選択される、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド。
【請求項６】
前記BGは、以下の式：
【化１４】
2010527580.tif 000014
｛式中、
Qは、O、S、又はNHであり；
Xは、H、OH、CH3、BH3、F、又はSeHであり；そして
Zは、O、S、又はSeである。｝；
【化１５】
2010527580.tif 000015
｛式中、
Qは、O、S、又はNHであり；
Xは、O、S、又はNHであり；
Zは、O、S、又はSeであり；そして
Rは、アルキル基、アルケニル基、又はアルキニル基である。｝；又は
【化１６】
2010527580.tif 000016
｛式中、
Qは、O、S、又はNHであり；
Xは、O、S、又はNHであり；
Zは、O、S、又はSeであり；
Lは、-CONH（CH2）nNH-、-CO（CH2）nNH-、又は-CONH（CH2CH2O）nCH2CH2NH-であり；
nは、0より大きな整数であり；そして
Rは、NH2、SH、COOH、クエンチャー部分、レポーター部分、ビオチン、又は親和性部分である。｝を含む、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド。
【請求項７】
オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドの製造法であって、以下のステップ：
（a）以下の式：
【化１７】
2010527580.tif 000017
｛式中、
Zは、O又はCH2であり；
Bは、少なくとも1つの同素環、少なくとも1つの複素環、少なくとも1つのアリール基、又はその組み合わせであり；
BGは、ブロッキング基であり；
Rは、O、NH、又はSであり；
PGは、保護基であり；
Xは、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体であり；
nは、0より大きな整数であり；そして
以下：
【化１８】
2010527580.tif 000018
は単結合又は二重結合を表す。｝
で表される2’-ターミネーター・ヌクレオチドを含む核酸合成試薬を準備し；そして
（b）上記核酸合成試薬からPGを取り外して、以下の式：
【化１９】
2010527580.tif 000019
｛式中、R1は、H、OH、親水基、又は疎水基である。｝
で表される2’-ターミネーター・ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを製造し、それによって、上記オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを製造すること、
を含む、前記製造法。
【請求項８】
前記2’-ターミネーター・ヌクレオチドが、2’-モノホスフェート3’-ヒドロキシル・ヌクレオチドを含む、請求項7に記載の方法。
【請求項９】
（b）の前に、核酸合成試薬又はその成分を、固体支持体に取り付けるステップを含む、請求項7に記載の方法。
【請求項１０】
前記Bが、以下：
a)
【化２０】
2010527580.tif 000020
｛式中、
X1及びX2は、CR8及びNから独立に選択され；
R2は、H、OH、又はNR4R5であり；
R3は、H、OH、又はNR6R7であり；
R4、R5、R6、及びR7は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、及びその組み合わせから独立に選択され；そして
R8は、H、ハロ基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、アルキル・アルコール基、アルケニル・アルコール基、アルキニル・アルコール基、置換されていないポリエチレングリコール、又は置換されているポリエチレングリコールである。｝；
b)
【化２１】
2010527580.tif 000021
｛式中、
X1及びX2は、CH及びNから独立に選択され；
R2は、O又はSであり；
R3は、H、OH、又はNR4R5であり；そして
R4及びR5は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、及びその組み合わせから独立に選択される。｝；
c)
【化２２】
2010527580.tif 000022
｛式中、
R2は、H、OH、又はNR4R5であり；
R3は、H、OH、又はNR6R7であり；そして
R4、R5、R6、及びR7は、H、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、及びその組み合わせから独立に選択される。｝；
d)
【化２３】
2010527580.tif 000023
｛式中、
X1及びX2は、CH及びNから独立に選択され；
R2は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、又はその組み合わせから選択され；そして
R3は、O又はSである。｝；
e)
【化２４】
2010527580.tif 000024
｛式中、
R2及びR3は、O及びSから独立に選択され；そして
R4及びR5は、H、NH2、SH、OH、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基、及びその組み合わせから独立に選択される。｝；
f)
【化２５】
2010527580.tif 000025
｛式中、
R2及びR3は、O及びSから独立に選択され；そして
R4は、H、NH2、SH、OH、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基、又はその組み合わせである。｝；
g)
【化２６】
2010527580.tif 000026
｛式中、
R2及びR3は、O及びSから独立に選択される。｝；
h)
【化２７】
2010527580.tif 000027
｛式中、
R2及びR3は、O及びSから独立に選択され；そして
R4は、H、アルキル基、アルケニル基、又はアルキニル基である。｝；
i)
【化２８】
2010527580.tif 000028
｛式中、
R2は、O又はSであり；そして
R3及びR4は、H、NH2、SH、OH、COOH、COOCH3、COOCH2CH3、CHO、NO2、CN、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、ベンジル基、アリール基、アリールオキシ基、アルコキシ基、ハロ基、及びその組み合わせから独立に選択され；そして
R5は、アルキル基、アルケニル基、アリール基、ベンジル基、又はその組み合わせである。｝；
j)
【化２９】
2010527580.tif 000029
｛式中、
Xは、CH又はNであり；
R2及びR3は、H、OH、及びNHR4から独立に選択され；
R4は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、又はその組み合わせであり；そして
R5は、OH、NH2、SH、ハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はその組み合わせである。｝；及び
k)
【化３０】
2010527580.tif 000030
｛式中、
Xは、CH又はNであり；
R2は、O又はSであり；
R3は、H、OH、又はNHR4であり；
R4は、H、アルキル基、アルケニル基、ベンジル基、アリール基、又はその組み合わせであり；そして
R5は、OH、NH2、SH、ハロ基、エーテル基、チオエーテル基、アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、アルキルアミン基、アルケニルアミン基、アルキニルアミン基、又はその組み合わせである。｝から成る群から選択される式を含む、請求項7に記載の方法。
【請求項１１】
前記BGが、CN、NO2、N3、ハロ基、エーテル基、アルデヒド基、カルボン酸基、エステル基、アミノ基、OCH3、OCH2COOH、O-シリルエーテル基、ケト基、O-ラクトン基、O-アルキル基、O-環式アルキル基、O-アルケニル基、O-アルキニル基、カルバメート基、イミド基、アミド基、及びその組み合わせから成る群から選択される、請求項7に記載の方法。
【請求項１２】
前記BGが、以下の式：
【化３１】
2010527580.tif 000031
｛式中、
Qは、O、S、又はNHであり；
Xは、H、OH、CH3、BH3、F、又はSeHであり；そして
Zは、O、S、又はSeである。｝；
【化３２】
2010527580.tif 000032
｛式中、
Qは、O、S、又はNHであり；
Xは、O、S、又はNHであり；
Zは、O、S、又はSeであり；そして
Rは、アルキル基、アルケニル基、又はアルキニル基である。｝；又は
【化３３】
2010527580.tif 000033
｛式中、
Qは、O、S、又はNHであり；
Xは、O、S、又はNHであり；
Zは、O、S、又はSeであり；
Lは、-CONH（CH2）nNH-、-CO（CH2）nNH-、又は-CONH（CH2CH2O）nCH2CH2NH-であり；
nは、0より大きな整数であり；そして
Rは、NH2、SH、COOH、クエンチャー部分、レポーター部分、ビオチン、又は親和性部分である。｝
を含む、請求項7に記載の方法。
【請求項１３】
以下：
（a）2’-ターミネーター・ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドを製造するための教示；又は
（b）2’-ターミネーター・ヌクレオチド’を含む少なくとも1つのオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチド、
の1つ以上を含むキット。