【手続補正書】
【提出日】平成21年12月25日(2009.12.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
それぞれの標的核酸の少なくとも一つの標的部分と相互作用しうる第一核酸のセットを解析して、互いに協同して一つまたはそれ以上の生物学的機能に影響を及ぼす可能性がある第一核酸の少なくとも一つのクラスターを同定するコンピュータ実行方法であって：
該第一核酸の各々について、第一核酸がそれぞれ該標的核酸の各々と相互作用するかどうかを決定し（該第一核酸および該標的核酸は異なる核酸ファミリーからのものである）；
各相互作用について、その相互作用の標的核酸とリンクした一つまたはそれ以上の生物学データを同定し；
該第一核酸の各々について、その第一核酸と相互作用する標的核酸とリンクした生物学データの少なくとも一部を、その第一核酸と関連させ；
同定された生物学データの各々が該第一核酸の各々と関連しているかどうかを示す相関行列を作成し；
該相関行列に基づいて、該第一核酸の各ペア間の距離を定義することで距離行列を作成し；
該距離行列に基づいて、該第一核酸をクラスタリングし；
生物学的機能のセットを、クラスターの第一核酸と関連している生物学データとリンクさせ；並びに
該クラスターの第一核酸に該生物学的機能の一部を割り当てることを特徴とする方法。
【請求項２】
該クラスターの第一核酸に割り当てられる生物学的機能の一部が、該クラスターの第一核酸によって共有される生物学データと対応する、請求項１の方法。
【請求項３】
該共有される生物学データとリンクした標的核酸を、該クラスターの第一核酸の真の標的として同定することをさらに特徴とする、請求項２の方法。
【請求項４】
該第一核酸および該標的核酸が、それぞれＲＮＡ核酸ファミリーからのものであり、該第一核酸がマイクロＲＮＡであり、該標的核酸がメッセンジャーＲＮＡであり、並びに該標的部分がメッセンジャーＲＮＡの３’ＵＴＲ領域にある、請求項１の方法。
【請求項５】
該生物学データが各標的核酸の名前であるか、または該生物学データに機能アノテーションが含まれる、請求項１の方法。
【請求項６】
該第一核酸のクラスタリングに樹状図の作成が含まれる、請求項１の方法。
【請求項７】
該第一核酸のクラスタリングが：
該第一核酸のセットによって共有される生物学データの第一の量を計算し；および
該第一の量が少なくとも所定量である場合に該第一核酸のクラスターを作成することを特徴とする、請求項１の方法。
【請求項８】
該所定量が、該クラスターの第一核酸と関連している生物学データの総数に基づくパーセンテージである、請求項７の方法。
【請求項９】
該第一核酸のクラスタリングが：
第一核酸のセットに関する深さを同定し；および
該深さが所定値を下回る場合にクラスターを作成することを特徴とする、請求項１の方法。
【請求項１０】
距離の定義が、ペアの第一核酸の生物学データの各々についての対応する相関行列の要素間の差を取ることを含むことを特徴とする、請求項１の方法。
【請求項１１】
該相互作用の標的核酸とリンクしたすべての生物学データの完全リストを作成し；
各第一核酸について、その第一核酸と相互作用する標的核酸とリンクした生物学データの特定リストを作成することを特徴とし、
その第一核酸と相互作用する標的核酸とリンクした生物学データの少なくとも一部を、第一核酸と関連させることが：
該第一核酸についての特定リストを該完全リストと比較して、該第一核酸と関連させる生物学データの一部を決定することを含むことをさらに特徴とする、請求項１の方法。
【請求項１２】
比較が、該特定リストにおける生物学データの各々の有意値を計算する統計的手法を用いることを特徴とし、その中で、所定範囲内の有意値を有する生物学データのみが、該第一核酸と関連している生物学データの一部に含まれる、請求項１１の方法。
【請求項１３】
その第一核酸がそれぞれ、該標的核酸の各々と相互作用するかどうかを決定することが：
該標的核酸の標的部分において、
該第一分子（Ｍ）との相補性における途切れが許されない第一領域；および
該第一領域に隣接した、該第一核酸との相補性における一つもしくはそれ以上の途切れが許される第二領域
を同定し；並びに
該第一および第二領域の相互作用のエネルギーを決定することを特徴とする、請求項１の方法。
【請求項１４】
該標的部分における第一領域が、空間的に延長された核（Ｎｕ）に対応する、請求項１３の方法。
【請求項１５】
それぞれの標的核酸の少なくとも一つの標的部分と相互作用しうる第一核酸のセットを解析して、互いに協同して一つまたはそれ以上の生物学的機能に影響を及ぼす可能性がある第一核酸の少なくとも一つのクラスターを同定するコンピュータシステムの操作を制御するためのプログラムコードで符号化されるコンピュータ可読媒体を含むコンピュータプログラム製品であって、該プログラムコードが：
該第一核酸の各々について、第一核酸がそれぞれ該標的核酸の各々と相互作用するかどうかを決定するためのプログラムコード（該第一核酸および該標的核酸は異なる核酸ファミリーからのものである）；
各相互作用について、その相互作用の標的核酸とリンクした一つまたはそれ以上の生物学データを同定するためのプログラムコード；
該第一核酸の各々について、その第一核酸と相互作用する標的核酸とリンクした生物学データの少なくとも一部を、該第一核酸の各々と関連させるためのプログラムコード；
同定された生物学データの各々が該第一核酸の各々と関連しているかどうかを示す相関行列を作成するためのプログラムコード；
該相関行列に基づいて、該第一核酸の各ペア間の距離を定義することで距離行列を作成するためのプログラムコード；
該距離行列に基づいて、該第一核酸をクラスタリングするためのプログラムコード；
生物学的機能のセットを、クラスターの第一核酸と関連している生物学データとリンクさせるためのプログラムコード；並びに
クラスターの第一核酸に該生物学的機能の一部を割り当てるためのプログラムコードを含むコンピュータプログラム製品。
【請求項１６】
それぞれの標的核酸の少なくとも一つの標的部分と相互作用しうる第一核酸のセットを解析して、どの標的核酸が該第一核酸のどれによって制御されるかを同定する方法であって：
該第一核酸の各々について：
その第一核酸がそれぞれ該標的核酸の各々と相互作用するかどうかを決定し；
その第一核酸と相互作用する標的核酸のそれぞれのセットを同定し；
少なくとも二つの該第一核酸に対応するそれぞれのセットの共通部分を計算し；
該共通部分における標的核酸の数が所定量よりも多いかどうかを決定し；
該共通部分における標的核酸の数が該所定量よりも多い場合に、該少なくとも二つの第一核酸のクラスターを作成し；および
該共通部分の中に含まれる標的核酸を、該クラスターの第一核酸の真の標的として同定することを特徴とする方法。
【請求項１７】
該所定量がパーセンテージである、請求項１の方法。
【請求項１８】
該少なくとも二つの第一核酸の各々について：
該共通部分における標的核酸の数を、その第一核酸と相互作用する標的核酸のそれぞれのセットにおける標的核酸の総数で割ることによってパーセンテージを計算し；および
該パーセンテージを該所定量と比較することを特徴とする、該共通部分における標的核酸の数が所定量よりも多いかどうかを決定する、請求項１７の方法。
【請求項１９】
該パーセンテージが２５％である、請求項１７の方法。