【手続補正書】
【提出日】平成22年2月23日(2010.2.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料中のマイコプラズマ・ジェニタリウム核酸の検出方法であって：
（ｉ）配列番号１のフラグメントを含む核酸配列を増幅させる工程であって、該配列番号１のフラグメントが、配列番号１の少なくとも２５個連続したヌクレオチドである、工程、および
（ｉｉ）該増幅した核酸配列を検出する工程、
を含む、方法。
【請求項２】
前記増幅工程が、前記試料とフォワードオリゴヌクレオチドプライマーおよびリバースオリゴヌクレオチドプライマーとを接触させる工程を含み、該プライマーが、マイコプラズマ・ジェニタリウム核酸中の標的部位と、前記配列番号１のフラグメントを含む前記核酸配列の増幅を促進するのに適切な条件下で結合する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記フォワードオリゴヌクレオチドプライマーおよびリバースオリゴヌクレオチドプライマーが、少なくとも５個のヌクレオチド長、好ましくは少なくとも１０個のヌクレオチド長、より好ましくは少なくとも２０個のヌクレオチド長であり、そして、好ましくは５０個以下のヌクレオチド長、より好ましくは４０個以下のヌクレオチド長、最も好ましくは３０個以下のヌクレオチド長である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記検出工程が、
（ｉ）前記増幅した核酸配列とプローブとを接触させる工程であって、該プローブが、該増幅した核酸配列またはその相補体内の標的部位と結合する、工程；および
（ｉｉ）該プローブと該増幅した核酸配列との結合を検出する工程、
を含む、請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
前記プローブ標的部位が、
（ａ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基５０〜１００から；
（ｂ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１から、ヌクレオチド残基４４７、４４０、４２０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１００または５０まで；または
（ｃ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１０、１５、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０または４００から、配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基４４７まで；
（ｄ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１０、１５または２５から、ヌクレオチド５０、１００または１５０まで；
（ｅ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基５０、７５または１００から、ヌクレオチド１５０、２００または２５０まで；
（ｆ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１５０または２００から、ヌクレオチド３００または３５０まで；
（ｇ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド２５０または３００から、ヌクレオチド３５０または４００まで、
に位置する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
試料中のマイコプラズマ・ジェニタリウム核酸を検出する方法であって：
（ｉ）該試料とオリゴヌクレオチドプローブとを接触させる工程であって、該プローブが、配列番号１またはその相補体内の標的部位と結合する、工程；および
（ｉｉ）該プローブと該標的部位との結合を検出する工程、
を含み、該標的部位が、
（ａ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基５０〜１００から；
（ｂ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１から、ヌクレオチド残基４４７、４４０、４２０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１００または５０まで；または
（ｃ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１０、１５、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０または４００から、配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基４４７まで；
（ｄ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１０、１５または２５から、ヌクレオチド５０、１００または１５０まで；
（ｅ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基５０、７５または１００から、ヌクレオチド１５０、２００または２５０まで；
（ｆ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１５０または２００から、ヌクレオチド３００または３５０まで；
（ｇ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド２５０または３００から、ヌクレオチド３５０または４００まで、
に位置する、
方法。
【請求項７】
前記プローブが、配列番号１と相補的な核酸鎖のヌクレオチド残基５０から１００までの、好ましくは配列番号１と相補的な核酸鎖のヌクレオチド残基６０から８５までの、より好ましくは配列番号１と相補的な核酸鎖のヌクレオチド６６から８２までの標的部位と結合する、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記プローブが、少なくとも１５個のヌクレオチド長であり、そして５０個までのヌクレオチド長、好ましくは４０個までのヌクレオチド長、より好ましくは３０個までのヌクレオチド長である、請求項４から７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
前記プローブが、配列番号３の核酸配列、または少なくとも１５個のヌクレオチドを有するそのフラグメント、またはそれと少なくとも７５％の配列同一性を有するその変異体を含む（および好ましくはからなる）、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
目的の試料中のマイコプラズマ・ジェニタリウム病原体負荷のインビトロでの定量方法であって、
（ａ）該目的の試料で、請求項１から９のいずれかに記載の方法を実施する工程；および
（ｂ）所定の既知のマイコプラズマ・ジェニタリウム病原体負荷の試験試料で、請求項１から９のいずれかに記載の方法を実施する工程；および
（ｃ）該目的の試料から検出されたシグナルを、該試験試料から検出されたシグナルと比較する工程；
を含み、そしてそれによって、該目的の試料中のマイコプラズマ・ジェニタリウム病原体負荷を定量する、
方法。
【請求項１１】
薬物治療期間の経過にわたる薬物効果のインビトロでの決定方法であって、
（ａ）該薬物治療期間内または前の最初の時点に得た第１の試料で、請求項１から９のいずれかに記載の方法を実施する工程；
（ｂ）該薬物治療期間内の１以上の後の時点の試料で、請求項１から９のいずれかに記載の方法を実施する工程；および
（ｃ）該第１の試料から検出されたシグナルを、該１以上の後の試料から検出されたシグナルと比較する工程；
を含み、そしてそれによって、該薬物治療期間の経過にわたる薬物効果を決定する、
方法。
【請求項１２】
マイコプラズマ・ジェニタリウムの薬物に対する耐性の発達のインビトロでの検出および／またはモニタリング方法であって、
（ａ）該マイコプラズマ・ジェニタリウムの該薬物への曝露の間またはその前の最初の時点に得た第１の試料で、請求項１から９のいずれかに記載の方法を実施する工程；
（ｂ）該マイコプラズマ・ジェニタリウムの該薬物への曝露後の１以上の後の時点の試料で、請求項１から９のいずれかに記載の方法を実施する工程；および
（ｃ）該第１の試料から検出されたシグナルを、該１以上の後の試料から検出されたシグナルと比較する工程；
を含み、該シグナルの減少がないことまたは該シグナルの増加が、該マイコプラズマ・ジェニタリウムが該薬物に対する耐性を発達させたことを示す、
方法。
【請求項１３】
前記いずれかの請求項に記載の方法で用いるオリゴヌクレオチドプローブであって、１５から２５ヌクレオチド長であり、そして、
（ａ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基５０〜１００から；
（ｂ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１から、ヌクレオチド残基４４７、４４０、４２０、４００、３５０、３００、２５０、２００、１５０、１００または５０まで；
（ｃ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１０、１５、２５、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０または４００から、配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基４４７まで；
（ｄ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１０、１５または２５から、ヌクレオチド５０、１００または１５０まで；
（ｅ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基５０、７５または１００から、ヌクレオチド１５０、２００または２５０まで；
（ｆ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド残基１５０または２００から、ヌクレオチド３００または３５０まで；
（ｇ）配列番号１またはその相補体のヌクレオチド２５０または３００から、ヌクレオチド３５０または４００まで、
に位置する標的配列と結合する、プローブ。
【請求項１４】
請求項１から１２のいずれかに記載の方法で用いるオリゴヌクレオチドプローブであって、
（ａ）該プローブが、配列番号３の核酸配列、またはそれと少なくとも９５％の配列同一性を有するその変異体を含むか；または
（ｂ）該プローブが、配列番号３の核酸配列、または少なくとも１５個連続したヌクレオチドを有するそのフラグメント、またはそれと少なくとも７５％の配列同一性を有するその変異体からなる、
プローブ。
【請求項１５】
請求項１から１２のいずれかに記載の方法で用いるフォワードプライマーであって、該フォワードプライマーが、１５〜６０ヌクレオチド長であり、そして、マイコプラズマ・ジェニタリウムアクセッション番号NC_000908の完全ゲノムを参照して、配列番号１と相補的な核酸鎖のヌクレオチド−８０から＋４５０の間に位置する標的部位と結合する、フォワードプライマー。
【請求項１６】
請求項１から１２のいずれかに記載の方法で用いるフォワードプライマーであって、該フォワードプライマーが、
（ａ）マイコプラズマ・ジェニタリウムアクセッション番号NC_000908の完全ゲノムを参照して、配列番号１と相補的な核酸鎖のヌクレオチド−８０から−１０まで；
（ｂ）配列番号１と相補的な核酸鎖のヌクレオチド２５から１００まで；または
（ｃ）マイコプラズマ・ジェニタリウムアクセッション番号NC_000908の完全ゲノムを参照して、配列番号１と相補的な核酸鎖のヌクレオチド１５１から＋４５０まで、
の間に位置する標的部位と結合する、フォワードプライマー。
【請求項１７】
請求項１から１２のいずれかに記載の方法で用いるフォワードプライマーであって、該フォワードプライマーが、
（ａ）配列番号９、１０、１１、１２、１４、１５、１６、１７、１８、１９または３１、またはそのフラグメント、またはそれと少なくとも７５％の配列同一性を有するその変異体；
（ｂ）配列番号４または８、または少なくとも２０個連続したそのヌクレオチドを有するそのフラグメント、またはそれと少なくとも７５％の配列同一性を有するその変異体；
（ｃ）配列番号１３、または少なくとも３０個連続したそのヌクレオチドを有するそのフラグメント、またはそれと少なくとも７５％の配列同一性を有するその変異体、
から選択される核酸配列を含む、フォワードプライマー。
【請求項１８】
請求項１から１２のいずれかに記載の方法で用いるリバースプライマーであって、該リバースプライマーが、１５〜６０ヌクレオチド長であり、そして、
（ａ）マイコプラズマ・ジェニタリウムアクセッション番号NC_000908の完全ゲノムを参照して、配列番号１のヌクレオチド残基−５から２４７まで；または
（ｂ）マイコプラズマ・ジェニタリウムアクセッション番号NC_000908の完全ゲノムを参照して、配列番号１のヌクレオチド残基２９８から＋５２５まで、
の間に位置する標的部位と結合する、リバースプライマー。
【請求項１９】
請求項１から１２のいずれかに記載の方法で用いるリバースプライマーであって、該リバースプライマーが、
（ａ）マイコプラズマ・ジェニタリウムアクセッション番号NC_000908の完全ゲノムを参照して、配列番号１のヌクレオチド残基−５から１９７まで；または
（ｂ）マイコプラズマ・ジェニタリウムアクセッション番号NC_000908の完全ゲノムを参照して、配列番号１のヌクレオチド残基２９８から＋５２５まで、
の間に位置する標的部位と結合する、リバースプライマー。
【請求項２０】
請求項１から１２のいずれかに記載の方法で用いるリバースプライマーであって、該リバースプライマーが、
（ａ）配列番号２０、２１、２２、２３、２４、２６、２７、２９または３０、またはそのフラグメント、またはそれと少なくとも７５％の配列同一性を有するその変異体；
（ｂ）配列番号２５、または少なくとも３０個連続したそのヌクレオチドを有するそのフラグメント、またはそれと少なくとも７５％の配列同一性を有するその変異体；または
（ｃ）配列番号５、または少なくとも２０個連続したそのヌクレオチドを有するそのフラグメント、またはそれと少なくとも７５％の配列同一性を有するその変異体、
から選択される核酸配列を含む、リバースプライマー。
【請求項２１】
請求項１５から１７のいずれかに記載のフォワードプライマーおよび請求項１８から２０のいずれかに記載のリバースプライマーを含む、１対のオリゴヌクレオチドプライマー対。
【請求項２２】
請求項１３または１４に記載のプローブを含む、マイコプラズマ・ジェニタリウム核酸の検出のためのキット。
【請求項２３】
請求項１５から１７のいずれかに記載のフォワードプライマー、および／または請求項１８から２０のいずれかに記載のリバースプライマーをさらに含む、請求項２２に記載のキット。