(57)【要約】      （修正有）【課題】染色体１７のＢＲＣＡ１領域における１以上の突然変異を突き止め、高い危険性のある女性を早期に検出することによって、乳房および卵巣の癌の高い発生率および死亡率を低下し得る有望な手段を提供する。【解決手段】ＢＲＣＡ１遺伝子の３種コード配列、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ３）およびその発生頻度が、そのコードするタンパク質と共に提供される。また、遺伝子についての共通配列を決定する方法および、乳房および卵巣癌に対する増大した遺伝子感受性を有する個体を同定する。これらの個体はＢＲＣＡ１遺伝子における原因的突然変異を承継している。【選択図】図１
2012090627.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１に規定されたＢＲＣＡ１コード配列の単離された共通ＤＮＡ配列。
【請求項２】
配列番号２に規定されたＢＲＣＡ１タンパク質の共通タンパク質配列。
【請求項３】
下記を含む、疾患に関連しないＢＲＣＡ１コード配列のＢＲＣＡ１遺伝子を有する個体を同定する方法：
（a）遺伝子内配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーを用いて個体のＢＲＣＡ１コード配列のＤＮＡフラグメントを増幅する；
（b）該増幅ＤＮＡフラグメントをジデオキシ配列決定により配列決定する；
（c）該個体のＢＲＣＡ１コード配列が完全に配列決定されるまで工程（a）および（b）をくりかえす；
（d）該増幅ＤＮＡフラグメントの配列をＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）ＤＮＡ配列、配列番号１と比較する；
（e）該個体のＢＲＣＡ１コード配列における下記の多形性変異の各々の存在または不存在を決定する：
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ；
・２４３０位のＴＴＧおよびＣＴＧ；
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ；
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ；
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ；
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ；および
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴ；
（f）該個体のＢＲＣＡ１コード配列と配列番号１とのすべての配列相違を決定し、その相違において、該多形性の存在および２２０１、２４３０、２７３１、３２３２、３６６７、４４２７および４９５６位以外の変異の不存在は、ＢＲＣＡ１コード配列におけるＢＲＣＡ１突然変異による女性の乳癌または卵巣癌および男性の乳癌または前立腺癌に対する増大した遺伝子感受性の不存在と相関する。
【請求項４】
該オリゴヌクレオチドプライマーが放射ラベル、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベルまたは酵素ラベルでラベルされている、請求項３の方法。
【請求項５】
下記を含む、ＢＲＣＡ１コード配列の変異の存在による女性の乳癌および卵巣癌ならびに男性の乳癌および前立腺癌に対する増大した遺伝子感受性を検出する方法：
（a）遺伝子内配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーを用いて個体のＢＲＣＡ１コード配列のＤＮＡフラグメントを増幅する；
（b）該増幅ＤＮＡフラグメントをジデオキシ配列決定により配列決定する；
（c）該個体のＢＲＣＡ１コード配列が完全に配列決定されるまで工程（a）および（b）をくりかえす；
（d）該増幅ＤＮＡフラグメントの配列をＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）ＤＮＡ配列、配列番号１と比較する；
（e）該個体のＢＲＣＡ１コード配列と配列番号１との何らかの配列相違を測定し、該個体のＢＲＣＡ１コード配列における、下記のいずれでもない塩基変化の存在または不存在を決定する：
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴは、ＢＲＣＡ１コード配列におけるＢＲＣＡ１突然変異による女性の乳癌または卵巣癌および男性の乳癌または前立腺癌に対する増大した遺伝子感受性の強さと相関する。
【請求項６】
該オリゴヌクレオチドプライマーが放射ラベル、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベルまたは酵素ラベルでラベルされている、請求項５の方法。
【請求項７】
以下を含む、遺伝子治療の実施方法に使用するための医薬組成物の製造のための、配列番号１のＢＲＣＡ１コード配列で形質転換するためのベクターの使用：
ａ）該ベクターの効果量でインビボで癌細胞をトランスフェクトし、
ｂ）細胞にベクターを取り込みさせ、そして
ｃ）腫瘍生長の低下を測定する。
【請求項８】
以下を含む、タンパク質治療をの実施方法に使用するための医薬組成物の製造のための、配列番号２のＢＲＣＡ１腫瘍生長阻害タンパク質の使用：
ａ）該タンパク質の効果量を患者に注射し、
ｂ）細胞にタンパク質を取り込みさせ、そして
ｃ）腫瘍生長の低下を測定する。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の領域
本発明は、遺伝子に突然変異がみられる乳房および卵巣の癌に関連する遺伝子に関する。特に、本発明は、ヒトから分離されたＢＲＣＡ１の３種のコード配列、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）およびＢＲＣＡ１（ｏｍｉ３）に関する。
【背景技術】
【０００２】
発明の背景
乳癌の５−１０％が遺伝性のものであると考えられている。Ｒowell,S., et al., American Journal of Human Genetics 55:861-865(1994)。染色体１７に位置するＢＲＣＡ１は、乳房および卵巣の癌の危険性を増大するとして同定された最初の遺伝子である。Miki et al., Science 266:66-71(1994)。この“腫瘍抑圧”遺伝子は、遺伝性乳癌の約４５％、および乳房および卵巣の癌の早期発現の危険性が増加している家系の８０−９０％の原因となっていると考えられている。Easton et al., American Journal of Human Genetics 52:678-701(1993)。
【０００３】
染色体１７のＢＲＣＡ１領域における１以上の突然変異を突き止めることは、高い危険性のある女性を早期に検出することによって、乳房および卵巣の癌の高い発生率および死亡率を低下し得る有望な手段を提供する。このような女性は、一度認定されると、さらに高度な予防方法の対象とすることができる。スクリーニングは、核型認定、プローブ結合、ＤＮＡ配列決定を含む種々の方法によって実施される。
【０００４】
ＤＮＡ配列決定技術において、ゲノムＤＮＡは全血から抽出され、そしてＢＲＣＡ１遺伝子のコード配列が増幅される。コード配列は完全に配列決定されて、その結果が遺伝子のＤＮＡ配列と比較される。別法として、サンプル遺伝子のコード配列は、遺伝子を完全に配列決定して、それを遺伝子の正常配列と比較する前に、既知の突然変異パネルと比較することができる。
【０００５】
ＢＲＣＡ１コード配列において突然変異がみつかったら、その個人に対して遺伝子の増大した発現を遺伝子転移治療によって提供することが可能であろう。ＢＲＣＡ１コード配列の癌細胞への遺伝子転移が癌細胞の生長を阻害し、ヌードマウスにおけるヒト癌細胞の腫瘍発生を低下することが示されている。Jeffrey Holtおよびその協力者は、ＢＲＣＡ１発現の産生物が分泌腫瘍生長阻害剤であり、ＢＲＣＡ１が遺伝子治療研究のための理想的な遺伝子であると結論している。腫瘍細胞の低い％の形質導入でもすべての腫瘍細胞を阻害するのに充分な生長阻害剤を明らかに産生する。Arteaga, CL, and JT Holt Cancer Research 56:1098-1103(1996), Holt, JT et al.,Nature Genetics 12:298-302(1996) 。
Holtらの研究によると、ＢＲＣＡ１生長阻害剤は、腫瘍抑圧のために腫瘍部位に生長阻害剤を注入使用するのを可能にする分泌タンパク質である。
【０００６】
ＢＲＣＡ１遺伝子は２４の別個のエキソンに分類される。エキソン１および４は非暗号であって、最終機能的ＢＲＣＡ１タンパク質産生物の部分ではない。ＢＲＣＡ１コード配列は大略５６００塩基対（ｂｐ）に及ぶ。各エキソンは２００−４００ｂｐからなるが、エキソン１１のみが約３６００ｂｐである。ＢＲＣＡ１遺伝子のコード配列を決定するために、各エキソンは別個に増幅されて、得たＰＣＲ産生物が正および逆方向に配列される。エキソン１１がこのように大きいので、我々は、これを各々約３５０ｂｐの１２個の重複するＰＣＲフラグメントに分断した（ＢＲＣＡ１エキソン１１のセグメントＡからＬ）。
【０００７】
多くの突然変異および多形性がＢＲＣＡ１遺伝子について既に報告されている。乳癌感受性遺伝子における変化の検出および特性化を容易にするために、世界的な情報網がつくられている。このようなＢＲＣＡ１の突然変異は、http://www.nchgr.nih.gov/dir/lab transfer/bic.の乳癌情報機関を通じて情報を得ることができる。この情報機関は１９９５年１１月１日に一般に利用可能となった。Friend, S. et al., Nature Genetics 11:238,(1995)。
【０００８】
乳房／卵巣癌症候の遺伝は、低い浸透度の常染色体優性である。この意味を簡単に言うと、この症候は家系を通じて生じ、男女共に関与し（女性のみ発病し、男性は通過する）、すべての世代が乳房／卵巣または両者の疾患に、時々同じ個人がかかることがあり、時には、この遺伝子のある女性が発病する時間を得ないままに若くして死亡するか（子孫は遺伝子を持って）、あるいは乳房または卵巣癌になることなしに老齢で死亡する（後者の人々を、癌が発病することがないので、低い浸透度を有すると言う）。いかなる研究よりも前に血統的解析および遺伝学的検討が、適当な家系対策に絶対的に必須である。
【０００９】
現在のところ、ＢＲＣＡ１遺伝子の唯一のコード配列が患者サンプルと比較するのに使用可能である。この配列は、遺伝子銀行口座番号Ｕ１４６８０で利用できる。従って、多くの人々に見いだされるＢＲＣＡ１コード配列である“共通コード配列”ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１が利用されることに技術的必要性がある。共通コード配列は、真の突然変異を容易に同定し、または多形性と識別するのを可能にする。ＢＲＣＡ１遺伝子およびタンパク質の突然変異の同定は、遺伝性の乳房および卵巣癌を診断的にスクリーニングするのを現在可能な以上に広くできるようになすであろう。２つの追加のコード配列が単離されて、特徴が明らかにされた。ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５およびＢＲＣＡ１（ｏｍｉ３）配列番号３コード配列は、診断、遺伝子治療および治療的ＢＲＣＡ１タンパク質の製造に有用性がある。
【００１０】
ヒト遺伝子プールにおいて最も普通に生じるＢＲＣＡ１遺伝子のコード配列が提供される。最も普通に生じるコード配列は、ヒトで見いだされる最もあり得る配列をより正確に反映している。以前に公表されているＢＲＣＡ１配列よりもコード配列、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１の使用は、病的な“突然変異”（すなわち、個体に疾患を起こす、または個体に疾患が生じる高い危険性をもたらす）を有する個体群にみられる“配列変異”（すなわち多形性）の読み誤りやすさを減少せしめる。乳癌の素質試験において、読み誤りは特に問題である。すでに乳癌になっている者は、“私の病気は遺伝性の突然変異によるものですか”との医学的質問をする。乳癌の患者の家族は、“私は家族が有する突然変異の素質があるのですか、そうなら、私の危険性が増加しているなら、私ももっと高度の検査プログラムを受けねばならないのでしょうか”と尋ねる。
【発明の概要】
【００１１】
本発明の要約
本発明は、ヒトに見いだされるＢＲＣＡ１遺伝子の３種のコード配列を単離することに基づいている。
本発明の目的は、ＢＲＣＡ１遺伝子の最も普通に生じるコード配列を提供することである。
本発明の別の目的は、ＢＲＣＡ１遺伝子の２種の他のコード配列を提供することである。
【００１２】
本発明の別の目的は、ＢＲＣＡ１遺伝子の３種のコード配列によってコードされる３種のタンパク質配列を提供することである。
本発明の他の目的は、ＢＲＣＡ１遺伝子上の７多形性ポイントの各々で生じるコドン対のリストを提供することである。
本発明の他の目的は、コドンについての発生比率を提供することである。
【００１３】
本発明の他の目的は、ＢＲＣＡ１またはその部分が１以上のオリゴヌクレオチドプライマーで増幅される方法を提供することである。
本発明の他の目的は、ＢＲＣＡ１コード配列の突然変異がなく、従って、ＢＲＣＡ１遺伝子に基づく乳房または卵巣の癌に対する遺伝子感受性が増加していない者を同定する方法を提供することである。
【００１４】
本発明の他の目的は、乳房または卵巣の癌に対する遺伝子感受性を増大せしめる突然変異を同定する方法を提供することである。
ＢＲＣＡ１遺伝子の配列およびＢＲＣＡ１のタンパク質配列、さらに配列上の多形性ポイントに生じるコドンの正確なリストについて技術上の必要性がある。
【００１５】
遺伝子感受性試験における当業者は、本発明が下記の事項に有用であることが分かるであろう。
ａ）突然変異をコードしないＢＲＣＡ１遺伝子を有する個体、従ってＢＲＣＡ１遺伝子からの乳房または卵巣癌の増大した遺伝子感受性を有するとは言えない個体を同定すること。
ｂ）ＢＲＣＡ１遺伝子にみられる多形性の読み誤りを回避すること。
ｃ）ＢＲＣＡ１遺伝子に今まで知られていない突然変異の存在を認定すること。
ｄ）乳房および卵巣癌に対する遺伝子感受性を増大せしめる突然変異を同定すること。
ｅ）ＢＲＣＡ１遺伝子のヒトのサンプルをプローブすること。
ｆ）遺伝子療法を行うこと。
ｇ）ＢＲＣＡ１ｏｍｉ遺伝子の１つでコードされた機能的腫瘍生長阻害タンパク質をつくるために用いること。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１】図１に示すように、染色体に沿った多形性（変異をおこす非−突然変異）部位における選択対立遺伝子は、ＢＲＣＡ１などの遺伝子内の“半数型”として表される。ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）半数型は図１で灰色で示される（ヌクレオチド部位２２０１、２４３０、２７３１、３２３２、３６６７、４４２７および４９５６にみられる選択対立遺伝子を含む）。比較のために、遺伝子銀行での半数型は白色のままである。図から分かるように、普通の“共通”半数型は、ＯＭＩシンボルでラベルされた５単離染色体において無傷である（左から右へ番号１−５）。２種の半数型（ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）およびＢＲＣＡ１（ｏｍｉ３））は、灰色と白色が混在している（左から右へ番号７および９）。全体として、ＢＲＣＡ１遺伝子に沿った１０半数体のうち７が独特である。
【発明を実施するための形態】
【００１７】
発明の詳細な説明
定義
下記の定義は本発明を理解する目的で提供される。
“乳房および卵巣癌”は、女性における乳房および卵巣癌、および男性における乳房および前立腺癌を含むと当業者に理解される。ＢＲＣＡ１は、女性における遺伝性の乳房および卵巣癌、および男性における遺伝性の乳房および前立腺癌に対する遺伝子感受性に関連している。従って、乳房および卵巣癌と記載されたものは、男性および女性における乳房、卵巣および前立腺癌を意味する。
【００１８】
“コード配列”または“ＤＮＡコード配列”は、一緒になってペプチド（タンパク質）をコードする、または核酸自体が機能する遺伝子の部分を意味する。
“タンパク質”または“ペプチド”は、機能する配列アミノ酸を意味する。
【００１９】
“ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）”とは、総合的に“ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）”、“ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）”および“ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ３）”コード配列を意味する。
“ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）は、配列番号１、ＢＲＣＡ１遺伝子のコード配列を意味する。コード配列は、乳房および卵巣癌の家族歴のない白人母集団から無作為に抽出した個体よりのＢＲＣＡ１対立遺伝子を端から端まで配列決定することにより見出された。配列決定された遺伝子は、いかなる突然変異も含まない。ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）は、配列決定されたサンプル対立遺伝子にコード配列が生じる頻度を測定することにより共通配列であることが決定された。
【００２０】
“ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）”および“ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ３）”は、夫々配列番号５および配列番号３を意味する。これらは、乳房および卵巣癌の家族歴のない白人母集団から無作為に抽出した個体より分離したＢＲＣＡ１遺伝子の２種の追加のコード配列である。
【００２１】
ここで用いられる“プライマー”は、ＢＲＣＡ１遺伝子の約２０以上のヌクレオチドを含む配列を意味する。
“遺伝子感受性”は、ＢＲＣＡ１遺伝子における突然変異の存在による乳房または卵巣の癌に対する感受性を意味する。
【００２２】
“標的ポリヌクレオチド”は、興味ある核酸配列、例えばＢＲＣＡ１をコードするポリヌクレオチドを意味する。プライマー・ハイブリダイゼイションに用い得る他のプライマーは、当業者に知られるか、または容易に確認されるであろう。  “共通”は、母集団で最も普通に生じるのを意味する。“共通ゲノム配列”は、標的遺伝子に関連する疾患の家族歴のない個体の集団において、最も頻繁に生じる標的遺伝子の対立遺伝子を意味する。
【００２３】
“実質的に相補性”は、対立遺伝子特異オリゴヌクレオチド・プローブまたはプライマーがそれらと相補的であるＢＲＣＡ１配列とハイブリダイズするように、ストリンジェントな条件で提供される配列および／またはＢＲＣＡ１配列との充分な相同性を有する配列とハイブリダイズするプローブまたはプライマー配列を意味する。
“半数型”は、染色体上の遺伝子内の対立遺伝子の１系統を意味する。
【００２４】
“単離された”は、他の核酸、タンパク質、炭水化物および結合し得る他の物質を実質的に含まないことを意味する。かかる結合は、細胞性材料および合成培地のいずれでも典型的である。
【００２５】
“突然変異”は、ＤＮＡ配列における塩基の変化、または塩基対の獲得または喪失を意味し、非機能性のタンパク質または実質的に低下あるいは変化した機能のタンパク質をコードするＤＮＡ配列をもたらす。
【００２６】
“多形性”は、既知の病理と関連しない塩基変化を意味する。
“腫瘍生長阻害タンパク質”は、ＢＲＣＡ１によりコードされたタンパク質を意味する。機能性タンパク質は乳房および卵巣腫瘍の生長を抑制すると考えられる。
【００２７】
本発明は、いくつかの実施態様において下記の事項を含む。
１．配列番号１に規定されたＢＲＣＡ１コード配列の単離された共通ＤＮＡ配列。
２．配列番号２に規定されたＢＲＣＡ１タンパク質の共通タンパク質配列。
３．配列番号３に規定されたＢＲＣＡ１遺伝子の単離されたコード配列。
４．配列番号４に規定されたＢＲＣＡ１タンパク質のタンパク質配列。
５．配列番号５に規定されたＢＲＣＡ１遺伝子の単離されたコード配列。
６．配列番号６に規定されたＢＲＣＡ１タンパク質のタンパク質配列。
７．２２０１位に夫々約３５−４５％および約５５−６５％の頻度で生じるＡＧＣおよびＡＧＴコドンの選択対を含む、乳房または卵巣癌に関連しないＢＲＣＡ１コード配列を有するＢＲＣＡ１遺伝子。
８．ＡＧＣが約４０％の頻度で生じる、請求項７のＢＲＣＡ１遺伝子。
【００２８】
９．乳房または卵巣癌に関連しないＢＲＣＡ１コード配列を有するＢＲＣＡ１遺伝子の多形性位置で生じ、コドン対が下記からなる群より選択される、少なくとも２の選択コドン対の組。
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ
・２４３０位のＴＴＧおよびＣＴＧ
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴ
【００２９】
１０．コドン対が疾患のない個体の母集団より夫々次の頻度で生じる、請求項９の少なくとも２の選択コドン対の組。
・２２０１位でＡＧＣおよびＡＧＴは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２４３０位でＴＴＧおよびＣＴＧは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２７３１位でＣＣＧおよびＣＴＧは夫々約２５−３５％から、および約６５−７５％からの頻度で生じる
・３２３２位でＧＡＡおよびＧＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・３６６７位でＡＡＡおよびＡＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・４４２７位でＴＣＴおよびＴＣＣは夫々約４５−５５％から、および約４５−５５％からの頻度で生じる
・４９５６位でＡＧＴおよびＧＧＴは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
【００３０】
１１．少なくとも３のコドン対である、請求項１０の組。
１２．少なくとも４のコドン対である、請求項１０の組。
１３．少なくとも５のコドン対である、請求項１０の組。
１４．少なくとも６のコドン対である、請求項１０の組。
１５．少なくとも７のコドン対である、請求項１０の組。
【００３１】
１６．下記を含む、疾患に関連しないＢＲＣＡ１コード配列のＢＲＣＡ１遺伝子を有する個体を同定する方法。
（a）遺伝子内配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーを用いて個体のＢＲＣＡ１コード配列のＤＮＡフラグメントを増幅する
（b）該増幅ＤＮＡフラグメントをジデオキシ配列決定により配列決定する
（c）該個体のＢＲＣＡ１コード配列が完全に配列決定されるまで工程（a）および（b）をくりかえす
（d）該増幅ＤＮＡフラグメントの配列をＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）ＤＮＡ配列、配列番号１、配列番号３または配列番号５と比較する
（e）該個体のＢＲＣＡ１コード配列における下記の多形性変異の各々の存在または不存在を決定する
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ
・２４３０位のＴＴＧおよびＣＴＧ
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴ
（f）該個体のＢＲＣＡ１コード配列と配列番号１、配列番号３または配列番号５とのすべての配列相違を決定し、その相違において、該多形性の存在および２２０１、２４３０、２７３１、３２３２、３６６７、４４２７および４９５６位以外の変異の不存在は、ＢＲＣＡ１コード配列におけるＢＲＣＡ１突然変異による乳房または卵巣癌に対する増大した遺伝子感受性の不存在と相関する
【００３２】
１７．コドン変異が疾患のない個体の母集団において次の頻度で夫々生じる、請求項１６の方法。
・２２０１位でＡＧＣおよびＡＧＴは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２４３０位でＴＴＧおよびＣＴＧは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２７３１位でＣＣＧおよびＣＴＧは夫々約２５−３５％から、および約６５−７５％からの頻度で生じる
・３２３２位でＧＡＡおよびＧＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・３６６７位でＡＡＡおよびＡＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・４４２７位でＴＣＴおよびＴＣＣは夫々約４５−５５％から、および約４５−５５％からの頻度で生じる
・４９５６位でＡＧＴおよびＧＧＴは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
【００３３】
１８．該オリゴヌクレオチドプライマーが放射ラベル、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベルまたは酵素ラベルでラベルされている、請求項１６の方法。
【００３４】
１９．下記を含む、ＢＲＣＡ１コード配列の変異の存在による個体の乳房および卵巣癌に対する増大した遺伝子感受性を検出する方法。
（a）遺伝子内配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーを用いて個体のＢＲＣＡ１コード配列のＤＮＡフラグメントを増幅する
（b）該増幅ＤＮＡフラグメントをジデオキシ配列決定により配列決定する
（c）該個体のＢＲＣＡ１コード配列が完全に配列決定されるまで工程（a）および（b）をくりかえす
（d）該増幅ＤＮＡフラグメントの配列をＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）ＤＮＡ配列、配列番号１、配列番号３および配列番号５と比較する
（e）該個体のＢＲＣＡ１コード配列と配列番号１、配列番号３または配列番号５との何らかの配列相違を測定し、該個体のＢＲＣＡ１コード配列における、下記のいずれでもない塩基変化の存在または不存在を決定する
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴは、ＢＲＣＡ１コード配列におけるＢＲＣＡ１突然変異による乳房または卵巣癌に対する増大した遺伝子感受性の強さと相関する
【００３５】
２０．コドン変異が疾患のない個体の母集団において次の頻度で夫々生じる、請求項１９の方法。
・２２０１位でＡＧＣおよびＡＧＴは夫々約４０％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２４３０位でＴＴＧおよびＣＴＧは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２７３１位でＣＣＧおよびＣＴＧは夫々約２５−３５％から、および約６５−７５％からの頻度で生じる
・３２３２位でＧＡＡおよびＧＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・３６６７位でＡＡＡおよびＡＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・４４２７位でＴＣＴおよびＴＣＣは夫々約４５−５５％から、および約４５−５５％からの頻度で生じる
・４９５６位でＡＧＴおよびＧＧＴは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
【００３６】
２１．該オリゴヌクレオチドプライマーが放射ラベル、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベルまたは酵素ラベルでラベルされている、請求項１９の方法。
【００３７】
２２．請求項１のＢＲＣＡ１コード配列を有するＢＲＣＡ１遺伝子における多形性位置で生じ、コドン対が下記の通りである、コドン対の組。
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ
・２４３０位のＴＴＧおよびＣＴＧ
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴ
【００３８】
２３．少なくとも２選択コドン対の組が下記の頻度で生じる、請求項２２の少なくとも２選択コドン対の組。
・２２０１位でＡＧＣおよびＡＧＴは夫々約４０％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２４３０位でＴＴＧおよびＣＴＧは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２７３１位でＣＣＧおよびＣＴＧは夫々約２５−３５％から、および約６５−７５％からの頻度で生じる
・３２３２位でＧＡＡおよびＧＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・３６６７位でＡＡＡおよびＡＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・４４２７位でＴＣＴおよびＴＣＣは夫々約４５−５５％から、および約４５−５５％からの頻度で生じる
・４９５６位でＡＧＴおよびＧＧＴは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
【００３９】
２４．コドン対が下記の頻度で生じる、請求項１のＢＲＣＡ１コード配列。
・２２０１位でＡＧＣおよびＡＧＴは夫々約４０％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２４３０位でＴＴＧおよびＣＴＧは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・２７３１位でＣＣＧおよびＣＴＧは夫々約２５−３５％から、および約６５−７５％からの頻度で生じる
・３２３２位でＧＡＡおよびＧＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・３６６７位でＡＡＡおよびＡＧＡは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
・４４２７位でＴＣＴおよびＴＣＣは夫々約４５−５５％から、および約４５−５５％からの頻度で生じる
・４９５６位でＡＧＴおよびＧＧＴは夫々約３５−４５％から、および約５５−６５％からの頻度で生じる
【００４０】
２５．下記を含み、標的遺伝子についての共通ゲノム配列または共通コード配列を測定する方法。
ａ）標的遺伝子についての正常な対立遺伝子の承継を示す家族歴のために母集団から一定数の個体をスクリーニングする
ｂ）標的遺伝子についての正常な対立遺伝子の承継を示す家族歴を有する個体から少なくとも１つの標的遺伝子の対立遺伝子を単離する
ｃ）各対立遺伝子を配列決定する
ｄ）ゲノム配列または標的遺伝子の各対立遺伝子のコード配列の核酸配列を比較して、核酸配列における同一および相違を決定する
ｅ）どの標的遺伝子の対立遺伝子が最も大きい頻度で生じるかを決定する
【００４１】
２６．下記を含む、遺伝子治療を行う方法。
ａ）配列番号１、配列番号３または配列番号５のＢＲＣＡ１コード配列で形質転換したベクターの効果量でインビボで癌細胞をトランスフェクトし、
ｂ）細胞にベクターを取り込みさせ、
ｃ）腫瘍生長の低下を測定する。
【００４２】
２７．下記を含む、タンパク質治療を行う方法。
ａ）配列番号２、配列番号４または配列番号６のＢＲＣＡ１腫瘍生長阻害タンパク質の効果量を患者に注射し、
ｂ）細胞にタンパク質を取り込みさせ、
ｃ）腫瘍生長の低下を測定する
【００４３】
配列決定
すべての核酸標本は、精製形態であろうと非精製形態であろうと、多形性座を含む特殊な核酸配列を含有するか、または含有するかも知れない限り、出発の核酸として用いることができる。メッセンジャーＲＮＡを含むＤＮＡまたはＲＮＡは増幅し得る。ＤＮＡまたはＲＮＡは一重鎖あるいは二重鎖であり得る。ＲＮＡが鋳型として用いられる場合は、鋳型をＤＮＡへ逆転写するための酵素および／または適当な条件が用いられるであろう。更に、各一重鎖を含むＤＮＡ−ＲＮＡハイブリドが用いられる。核酸の混合物も用いられ、あるいは同一または異なるプライマーを用いてあらかじめ増幅反応で産生された核酸が用いられる。参照、表２。増幅された特殊な配列、すなわち多形性座は、より大きい分子の断片であり得たり、または個々の分子として最初は存在し得て、特殊な配列が完全な核酸を構成する。増幅される配列が最初から純粋な形で存在することは必要でない。全ヒトＤＮＡ中に含まれるような複合混合物の小さい断片であり得る。
【００４４】
ここで用いられるＤＮＡは、血液、組織材料などの血液サンプルから（Ｍaniatis，et.al．in Ｍolecular Ｃloning：Ａ Laboratory Ｍanual，Ｃold Ｓpring Ｈarbor，ＮＹ，p.280-281，1982）に記載のような様々な方法により抽出され得る。抽出されたサンプルが純粋でなければ、増幅の前に、サンプルの細胞または動物細胞膜を開き、核酸の鎖を爆露および／または単離するのに効果的な試薬量で処置することができる。鎖を爆露または単離するこの溶菌および核酸変性工程は、増幅がより迅速に起きるのを可能にする。
【００４５】
デオキシリボヌクレオチドトリホスフェートdＡＴＰ、dＣＴＰ、dＧＴＰおよびdＴＴＰは、個々にまたはプライマーと共に、適当な量で、合成混合物に加えられ、得た溶液を約１−１０分間、好ましくは１−４分間、約９０−１００℃で加熱する。この加熱期間後、溶液を冷却し、これはプライマーハイブリデイションに好ましい。冷却した混合物にプライマー伸長反応を生じるのに適した薬剤（ここでは、“ポリメリゼイション剤”と呼ぶ）を加え、反応を当業者に知られた条件で生起せしめる。ポリメリゼイション剤も熱が安定すれば、他の反応剤と共に加えることができる。この合成（増幅）反応は、室温またはポリメリゼイション剤がもはや機能しない上記温度で生じ得る。例えば、ＤＮＡポリメラーゼが反応剤として用いられたときは、温度は一般的に４０℃より大きくはない。最も好都合には、反応は室温で生じる。
【００４６】
本発明の実施に用いられるプライマーは、ポリメリゼイションを開始するのに充分な長さと適当な配列のオリゴヌクレオチドを含む。合成を促進する環境条件は、ヌクレオチドトリホスフェート、ＤＮＡポリメラーゼなどのポリメリゼイション剤および適当な温度とpＨである。
【００４７】
プライマーは、増幅に最も効率的には単鎖であるが、二重鎖でもよい。二重鎖のときは、伸長生産物を製造するのに用いる前に、プライマーはその鎖を分離するためにまず処置される。プライマーは、ポリメリゼイションの促進剤の存在下に伸長生産物の合成を始めるのに充分長くなければならない。プライマーの厳密な長さは、温度、緩衝剤およびヌクレオチドの組成を含む多くの要因に依存する。オリゴヌクレオチドは、典型的には１２−２０以上のヌクレオチドを含むが、より少ないヌクレオチドのこともある。
【００４８】
本発明の実施に用いられるプライマーは、増幅されるべきゲノム座の各鎖に実質的に相補的であるように設計される。このことは、ポリメリゼイション剤が働く条件下で、各々の鎖にハイブリダイズするのに充分に相補的でなければならなことを意味する。換言すると、プライマーは突然変異を挟む５'および３'配列に充分に相補的であるべきで、それとハイブリダイズし、ゲノム座の増幅をもたらす。
【００４９】
本発明のオリゴヌクレオチドプライマーは、関与する反応段階数に比較して急増した量の多形性座を生産する酵素鎖反応である増幅過程において用いられる。典型的には、一つのプライマーが多形性座の負（−）鎖に相補的であり、他の一つが正（＋）鎖に相補的である。ＤＮＡポリメラーゼの大きいフラグメント（Ｋlenow）などの酵素で伸長による変性核酸およびヌクレオチドプライマーをアニーリングすることは、標的多形性座配列を含む新規合成の＋および−鎖をもたらす。これらの新規合成配列は鋳型であるので、変性のくりかえしサイクル、プライマーアニーリングおよび伸長は、プライマーで定義される領域（すなわち標的多形性剤配列）の急増的な産生をもたらす。鎖反応の生産物は、用いられる特殊なプライマーの末端に対応する終末を有する目立たない核酸２量体である。
【００５０】
本発明のオリゴヌクレオチドプライマーは、通常のホスホトリエステルおよびホスホジエステル方法またはその自動実施などの適当な方法を用いて調製される。一つのかかる自動実施において、ジエチルホスホルアミジットが出発物質として用いられ、Ｂeaucage，et al.，Ｔetrahedron Letters，２２：1859-1862，1981記載のように合成される。修正された固体支持体でのオリゴヌクレオチドの合成の一つの方法が米国特許第４,４５８,０６６に記載されている。
【００５１】
ポリメリゼイション剤は、酵素を含み、プライマー伸長産生物の合成を遂行する機能を有するいかなる化合物およびシステムであり得る。この目的のための適当な酵素としては、例えばＥ.coli ＤＮＡポリメラーゼのＫlenowフラグメント、ポリメラーゼミュテイン、逆トランスクリプターゼおよびＴaqポリメラーゼなどの熱安定性の酵素（すなわち、変性を起こすのに充分高い温度にかけた後にプライマー伸長をおこす酵素）を含む他の酵素がある。適当な酵素は、各多形性座核酸鎖に相補的であるプライマー伸長産生物を形成するのに適した状態で、ヌクレオチドの結合を容易にする。一般に、合成は各プライマーの３'末に始まり、鋳型鎖に沿って５'末の方向に進み、合成が終了するまで、相違する長さの分子を産生する。
【００５２】
新規合成の鎖およびその相補的核酸鎖は、上記したハイブリダイズ条件で二重鎖分子を形成し、このハイブリドは続く工程に用いられる。次の工程において、新規合成二重鎖分子は、一重鎖分子を提供するために、上記手法のいずれかを用いて、変性条件の対象とされる。
【００５３】
変性、アニーリングおよび伸長産生物合成の工程は、標的多形性座核酸配列を検出に必要な程度にまで増幅するために、何度もくりかえされる。製造された特殊な核酸配列の量は急増して蓄積される。増幅については、ＰＣＲ.Ａ.Ｐractical Ａpproach，ＩＬＲ Ｐress，Ｅds.Ｍ.Ｊ.ＭcＰherson，Ｐ.Ｑurke，and Ｇ.Ｒ.Ｔaylor，1992．に記載されている。
【００５４】
増幅産生物は、サザンブロット法により放射活性プローブを用いずに、検出される。この方法において、例えば、多形性座の核酸配列の非常に低レベルを含有するＤＮＡの小サンプルは、増幅され、サザンブロット法あるいは類似的にドットブロット法を用いて、解析される。非放射活性プローブまたはラベルの使用は、増幅シグナルの高レベルによって容易となる。別法として、増幅産生物を検出するのに用いられるプローブは、例えば、放射性同位元素、蛍光化合物、生物発光化合物、化学発光化合物、金属キレート剤または酵素によって、直接的または間接的に検出可能なようにラベルされる。当業者は、プローブを結合する他の適当なラベルを知り、または通常実験で適当なラベルを確定することができるであろう。
【００５５】
本発明方法により増幅された配列は、ＰＣＲなどの特殊なＤＮＡ配列の検出に通常用いられる方法で、オリゴーマ制限（Ｓaiki，et.al.，Ｂio／Ｔechnology，3：1008-10102，1985)、対立遺伝子特異オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブ解析法(Ｃonner，et.al.，Ｐroc.Ｎatl.Ａcad.Ｓci．U.S.A.，80：278，1983)、オリゴヌクレオチド連結反応検定（Ｌandgren，et.al.，Ｓcience，241：1007，1988）などによって、溶液において、または固状支持体に結合された後に、さらに検討され、検定され、クローン化され、配列決定される。ＤＮＡ解析の分子的手法は総説されている（Landgren，et.al.，Ｓcience，242：229-237，1988)。
【００５６】
好ましくは、増幅方法は、本明細書記載のように、かつ当業者に普通使用されているように、ＰＣＲによるものである。増幅の他の方法は、記述されており、本発明のプライマーＰＣＲにより増幅されたＢＲＣＡ１座が同様に他の手段で増幅される限り、使用することができる。かかる他の増幅系には、制限するわけでないが、望むＲＮＡの短い配列およびＴ７プロモーターで始まる自己保持配列複製がある。逆トランスクリプターゼは、ＲＮＡをcＤＮＡに複写し、ＲＮＡを変性し、次いでＤＮＡの第２鎖をポリメリ化する。他の核酸増幅技術は、逆転写およびＴ７ ＲＮＡポリメラーゼを用い、２プライマーをそのサイクル標的とするように合体する核酸配列を基とする増幅（ＮＡＳＢＡ）である。ＮＡＳＢＡは、ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかで始まりいずれかで終わり、６０−９０分以内に１０８コピーに増幅する。他の方法として、核酸は連結反応活性転写（ＬＡＴ）により増幅することができる。ＬＡＴは、単鎖鋳型から、部分的に単鎖であり部分的に二重鎖である単一のプライマーに働く。増幅は、cＤＮＡをプロモーターオリゴヌクレオチドに連結することにより始まり、数時間で１０８−１０９となる。本発明方法で有用な他の増幅はＱＢレプリカーゼ系である。ＱＢレプリカーゼ系は、ＭＤＶ−１と呼ばれるＲＮＡ配列を望むＤＮＡ配列に相補的なＲＮＡに結合することにより、用いることができる。サンプルと混合するに際して、ハイブリドＲＮＡは、標本のmＲＮＡ中にその補体を見出し、望むタグ−アロング配列を複写するレプリカーゼを活性化して、結合する。他の核酸増幅技法であるリガーゼチェイン反応（ＬＣＲ）は、新しい標的を形成し、サンプル中の隣接配列の存在下にリガーゼにより共有結合された望む配列の２つの別個にラベルされた半分を用いる。修復チェイン反応（ＲＣＲ）核酸増幅技術は、標的配列を幾何的に増幅するために、２つの相補的かつ標的特異的オリゴヌクレオチドプローブ対、熱安定性ポリメラーゼおよびリガーゼ、およびＤＮＡヌクレオチドを用いる。Ａ２−ベースギャップは、オリゴヌクレオチドプローブ対を単離し、ＲＣＲは、ＤＮＡ修復を模倣してギャップを満たし結合せしめる。鎖置換活性化（ＳＤＡ）による核酸増幅は、標的ＤＮＡに結合する５'末上に短い張り出しを有するＨinkIIの認識部位を含む短いプライマーを利用する。ＤＮＡポリメラーゼは、硫黄含有アデニン類似体での張り出しの反対側のプライマーの部分を満たす。ＨinkIIは、加えられるが、非修飾のＤＮＡ鎖を切断するのみである。５'エクソヌクレアーゼ活性を欠くＤＮＡポリメラーゼは、ニックの部位に入り、そしてポリメリを開始し、最初のプライマー鎖を下流方向に置換し、よりプライマーとして働く新しいものを形成する。ＳＤＡは３７℃で２時間で１０７の以上の増幅を行う。ＲＣＲおよびＬＣＲと異なり、ＳＤＡは器具設置の温度サイクルを要しない。
【００５７】
他の方法は、精製されて、または核酸の混合物中に存在しているＤＮＡまたはＲＮＡ鋳型から核酸配列を増幅する方法である。得た核酸配列は鋳型の正確なコピーであり、また修飾し得る。この方法は、特殊な核酸配列を複写する信頼性を増大し、単一検定で特殊点の突然変異を効率的に検出するのを可能にすることにおいてＰＣＲより優れている。標的核酸は、鎖置換を回避しながら酵素的に増幅される。３プライマーが用いられる。第１のプライマーは標的の第１末端に相補的である。第２プライマーは標的の第２末端に相補的である。第３プライマーは、標的の第１末端に類似し、かつ第１プライマーの少なくとも一部に実質的に相補的であり、第３プライマーが第１プライマーとハイブリダイズしたときに、第１プライマーの５'末端の塩基に相補的な第３プライマーの位置が実質的に鎖置換を回避する修飾を含む。この方法は、Ｂhatnager et. al.,1997の米国特許第５,５９３,８４０に詳記されている。これらの他の方法は、ＰＣＲが本発明の望ましい方法であるが、本発明方法に記載したようにＢＲＣＡ１座を増幅のに用いることができる。
【００５８】
ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）ＤＮＡコード配列は、上記の方法により５人のＢＲＣＡ１対立遺伝子を端から端まで配列決定することにより得て、次いで得たデータを解析した。得たデータは、７つの以前に公表した多形性を評価し、選択コドンの発生頻度を確認し、必要とあれば訂正する機会を提供する。
【００５９】
遺伝子治療
コード配列は遺伝子治療に使用できる。様々な方法が遺伝子転移について知られているが、そのいずれも利用できるであろう。
【００６０】
インビボでの組換えＤＮＡの直接注入
１．“裸の”ＤＮＡをシリンジおよび針で特殊な組織に直接注入し、血管床を通して浸透し、またはカテーテルを通して内皮細胞に移行さす。
２．自工的脂質小胞に含まれるＤＮＡを直接注入する。
３．抗原などの標的組織を複合したＤＮＡを直接注入する。
４．ＤＮＡを金粒子上にコートし、細胞中に射入するものであり、粒子を爆撃的に直接注入する。
【００６１】
ヒト人工染色体
この新しい遺伝子運搬方法は、複製に基本的な要素および転移の望む遺伝子のみを含有するようにはがされたヒト染色体の使用を含む。
【００６２】
レセプター仲介遺伝子転移
ＤＮＡが特殊な細胞表面レセプターに結合する標的分子にリンクされ、ＤＮＡの哺乳動物細胞へのエンドサイト−シスおよび転移を誘発する。この技術の一つでは、アシアログリコタンパク質をＤＮＡにリンクするために、ポリ−Ｌ−リジンを用いる。アデノウイルスも複合体に加わって、リソソームをこわし、ＤＮＡの変性を回避し、その核への移動を可能にする。これらの粒子の静脈内注入は肝細胞への遺伝子転移をもたらす。
【００６３】
組替えウイルスベクター
いくつかのベクターが遺伝子治療で用いられている。それらには、モノロニイ・ネズミ白血病ウイルス（ＭoＭＬＶ）ベクター、アデノウイルスベクター、アデノ関連ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ベクター、ポックスウイルスベクター、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）ベクターがある。
【００６４】
遺伝子の置換および修復
遺伝性疾患の処置についての理想的遺伝子操作法は、欠陥遺伝子をその遺伝子の正常なコピーで置きかえることである。相同組換えは、ＤＮＡのセクションを切りかえ、新しいもので置換することを意味する用語である。この技術により、欠陥遺伝子を機能的ＢＲＣＡ１腫瘍生長阻害タンパク質発現の正常な遺伝子で置換することができる。遺伝子治療についての詳細な記載は、Ｇene Ｔherapy Ａ Ｐrimer Ｆor Ｐhysicians 2d Ｅd. by Ｋenneth Ｗ.Ｃulver，Ｍ.Ｄ. Ｐubl．Ｍary Ａnn Ｌiebert Ｉnc.(1996)にも記載されている。ＢＲＣＡ１について２種の遺伝子治療プロトコールがＪeffrey Ｔ.Ｈolt et al.組換えＤＮＡ諮問委員会で認められている。これらは、9602−148および9603−149としてリストされ、ＮＩＨから入手できる。単離されたＢＲＣＡ１は増幅生成物から合成または組み立てられて、ＬＸＳＮベクターなどのベクターに挿入される。
【００６５】
ＢＲＣＡ１アミノ酸および核酸配列は診断的プローブおよび抗体をつくるのに用いられる。ラベル診断プローブは、患者の血清あるいは細胞サスペンション、または固状表面細胞サンプル中のＢＲＣＡ１タンパク質レベルを測定するために、いかなるハイブリダイゼイションによっても使用され得る。
【００６６】
ＢＲＣＡ１アミノ酸配列は、乳房または卵巣癌の危険から患者の保護を行い、あるいは腫瘍の大きさを減少せしめるのに用いられ得る。タンパク質を作り、または抽出する方法はよく知られている。Ｉtakura et.al.の米国特許４,７０４,３６２、第５,２２１,６１９および第５,５８３,０１３号。ＢＲＣＡ１は分泌されることが示されている。Ｊensen，Ｒ.Ａ．et.al.,Ｎature Ｇenetics 12：303-308(1996)。
【実施例】
【００６７】
実施例１
５人の個体由来のＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）遺伝子のコード配列の決定
原料および方法
肉親 (すなわち、一等および二等の親族）が癌の経歴をもたない個体を同定するために約１５０人の志願者を審査した。各人に下記の表Ｉに示される『遺伝性癌を事前選別試験するためのアンケート』に答えてもらった。ＢＲＣＡ１遺伝子の全配列を決定するために、これらの中の５人を任意に選んだ。一等の親族は両親、兄弟、又は子である。二等の親族は、おば、おじ、祖父母、孫、めい、甥、又は半兄弟である。
【００６８】
表Ｉ
遺伝性癌を事前選別するためのアンケート
Ａ部：あなたの家族について以下の質問に答えて下さい
１．あなたの知る限りにおいて、あなたの家族の誰かが家族性大腸線腫症（ＦＡＰ）と呼ばれる大変特異な遺伝性大腸疾患と診断されたことが今までにありますか。
２．あなたの知る限りにおいて、あなた又はおばの誰かが３５才以前に乳癌にかかったことが今までにありますか。
３．あなたは７年間より長い期間、クローン病又は潰瘍性大腸炎と呼ばれる炎症性腸疾患にかかったことが今までにありますか。
【００６９】
Ｂ部：Ｂ部の質問についてのみ、あなたの返答のために、下記の癌の一覧表を参照して下さい
膀胱癌                肺癌                      膵臓癌
乳癌                  胃癌                      前立腺癌
大腸癌                悪性メラノーマ            腎臓癌
子宮癌                卵巣癌                    甲状腺
４．あなたの母親又は父親、あなたの兄弟姉妹、又はあなたの子供が、表で示された癌のいずれかに今までにかかったことがありますか。
５．あなたの母親の兄弟姉妹、又はあなたの母親の両親が、１つよりも多い上記の表で示された癌であると診断されたことが今までにありますか。
６．あなたの父親の兄弟姉妹、又はあなたの父親の両親が、１つよりも多い上記の表で示された癌であると診断されたことが今までにありますか。
【００７０】
Ｃ部：Ｃ部の質問についてのみ、あなたの返答のために、下記の親族の一覧表を参照して下さい
あなた                   あなたの母親
あなたの兄弟姉妹         あなたの母親の兄弟姉妹(母方のおばおじ）
あなたの子供             あなたの母親の両親(母方の祖父母)
７．これらの親族の中で、同種の癌を２つ以上診断されたことが今までにありますか。
基底細胞皮膚癌又は偏平上皮細胞皮膚癌とも呼ばれる『単純』皮膚癌は、数えないで下さい。
８．上の表で示した親族の中に、『単純』皮膚癌以外のなんらかの癌が合計して４つ以上ありますか。
【００７１】
Ｄ部：Ｄ部の質問についてのみ、あなたの返答のために、下記の親族の一覧表を参照して下さい
あなた                   あなたの父親
あなたの兄弟姉妹         あなたの父親の兄弟姉妹（父方のおばおじ）
あなたの子供             あなたの父親の両親（父方の祖父母）
９．これらの親族の中で、同種の癌を２つ以上診断されたことがありますか。
基底細胞皮膚癌又は偏平上皮細胞皮膚癌とも呼ばれる『単純』皮膚癌は、数えないで下さい。
１０．上記した表で示した親族中に、『単純』皮膚癌以外のなんらかの癌が合計して４つ以上ありますか。
【００７２】
上記の質問に対する返答を解析して選んだ５個体の白血球細胞から、ゲノムＤＮＡを単離した。ジデオキシ配列解析をポリメラーゼ連鎖反応増幅後に行った。
ＢＲＣＡ１遺伝子の全てのエクソンは、このＤＮＡサンプルから増幅した一本鎖産物を生ぜしめるために、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて不斉増幅することによる、直接ジデオキシ配列解析の対象とした。Shuldiner、et al.、Handbook of Techniques in Endocrine Research、p.457-486、DePablo、F.、Scanes、C.、監修、Academic Press、Inc.、1993。Taq Dye Terminator（登録商標）Kit（Perkin-Elmer 商品番号 401628）を用いて、自動配列決定するために蛍光色素を結合させた。ＤＮＡ配列決定は、Applied Biosystems、Inc.（ABI）自動モデル３７７（登録商標）シークエンサーの正および逆の両方向で行った。得られたデータの解析に使用したソフトウェアは、ＡＢＩから購入したシークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアであった。
【００７３】
１．ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅
ゲノムＤＮＡ（１００ｎｇ）を５個体の白血球細胞から抽出した。５個のサンプルの各々を端から端まで配列決定した。各サンプルを、１μｌ（１００ｎｇ）ゲノムＤＮＡ、２.５μｌ １０×ＰＣＲ緩衝液（１００ｍＭＴｒｉｓ、ｐＨ８.３、５００ｍＭＫＣｌ、１.２ｍＭＭｇＣｌ２）、２.５μｌ １０×ｄＮＴＰ混合（２ｍＭ各ヌクレオチド）、２.５μｌ正のプライマー、２.５μｌ負のプライマー、および１μｌＴａｑポリメラーゼ（５単位）、および１３μｌ水を含む最終容量２５μｌで増幅した。
【００７４】
下の表IIのプライマーを使用して、様々な分画のＢＲＣＡ１遺伝子のサンプルを増幅した。プライマーは、ＤＮＡ／ＲＮＡモデル３９４（登録商標）シンセサイザーで合成した。
【００７５】
【表１】
2012090627.tif 000003
【表２】
2012090627.tif 000004
【００７６】
３５サイクルを行い、各々は、変性（９５℃；３０秒）、アニーリング（５５℃；１分）、および伸長（７２℃；９０秒）から構成され、ただし、始めのサイクルでは変性時間を５分に増やし、最後のサイクルでは伸長時間を５分に増やした。
ＰＣＲ産物は、Qia-quick（登録商標）ＰＣＲ精製キット（Qiagen 商品番号28104；Chatsworth、CA）を用いて精製した。ＰＣＲ産物の収率および純度は、ベックマンＤＵ６５０分光光度計においてＯＤ２６０で分光光度的に測定した。
【００７７】
２．ジデオキシ配列解析
Taq Dye Terminator（登録商標）Kit（Perkin-Elmer 商品番号 401628）を用いて、自動配列決定するために蛍光色素をＰＣＲ産物に結合させた。ＤＮＡ配列決定は、Applied Biosystems、Inc.（ABI）Foster City、CA.、自動モデル３７７（登録商標）シークエンサーを用いて正および逆の両方向で行った。得られたデータの解析に使用したソフトウェアは、ＡＢＩから購入した『シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェア』であった。
【００７８】
３．結果
５個体由来の１０個の対立遺伝子の核酸における差異が、遺伝子上の７カ所でみられた。変化およびその位置を下記の表IIIに示す。
【表３】
2012090627.tif 000005
【００７９】
表３および表４は、本発明の１つの態様である少なくとも２つの別のコドン対の組（ここで、コドン対はそれぞれ、疾病を患っていない個体の集合において以下の頻度であらわれる）を示す。
・２２０１位において、ＡＧＣおよびＡＧＴはそれぞれ、約３５−４５％および５５−６５％の頻度でおこる；
・２４３０位において、ＴＴＧおよびＣＴＧはそれぞれ、約３５−４５％および５５−６５％の頻度でおこる；
・２７３１位において、ＣＣＧおよびＣＴＧはそれぞれ、約２５−３５％および６５−７５％の頻度でおこる；
・３２３２位において、ＧＡＡおよびＧＧＡはそれぞれ、約３５−４５％および５５−６５％の頻度でおこる；
・３６６７位において、ＡＡＡおよびＡＧＡはそれぞれ、約３５−４５％および５５−６５％の頻度でおこる；
・４４２７位において、ＴＣＴおよびＴＣＣはそれぞれ、約４５−５５％および４５−５５％の頻度でおこる；
・４９５６位において、ＡＧＴおよびＧＧＴはそれぞれ、約３５−４５％および５５−６５％の頻度でおこる；
【００８０】
データは各サンプルについてのものである。ＢＲＣＡ１遺伝子は７つの多形性の領域を除き同一である。これらの多形性領域（その位置と共に）、各コドンのアミノ酸残基、あらわれる頻度および各コドンによりコードされているアミノ酸を、下の表IVに示す。
【表４】
2012090627.tif 000006
２参照番号は、後述の参考文献の表に対応する。
【００８１】
実施例２
ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）および参考としての７つの多形性を用いた個体の決定
遺伝子感受性試験の当業者は、本発明が以下事項に有用であることがわかるであろう：
ａ）ＢＲＣＡ１突然変異により乳房又は卵巣癌に対する遺伝子感受性が増大していない、すなわち、ＢＲＣＡ１遺伝子を有する個体の同定；
ｂ）ＢＲＣＡ１遺伝子にみられる多形性を読み誤ることの回避；
配列決定は、問題となっている患者の血液を用いて実施例１のように行う。しかしながら、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）配列を参考のために使用し、多形性部位は、各多形性部位のコドンについて上記した核酸配列と比較する。サンプルは、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）配列と比較し、各多形性部位でおこる塩基変化の１つを含むものである。各多形性部位であらわれるコドンは、ここで対で参考として示す。
【００８２】
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ、
・２４３０位のＴＴＧおよびＣＴＧ、
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ、
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ、
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ、
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ、および
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴ。
【００８３】
これらの多形性対を使用すると、当業者が、突然変異を多形性変異と間違えることなく正しく多形性変異を解釈できることが一層確かになる。
【００８４】
ＢＲＣＡ１遺伝子のエキソン１１は、このＤＮＡサンプルから増幅した一本鎖産物を得るために、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて不斉増幅し、直接ジデオキシ配列解析に供する。Shuldiner、et al.、Handbook of Techniques in Endocrine Research、p.457-486、DePablo、F.、Scanes、C.、監修、Academic Press、Inc.、1993。Taq Dye Terminator（登録商標）Kit（Perkin-Elmer 商品番号 401628）を用いて、自動配列決定するために蛍光色素を結合させた。ＤＮＡ配列決定は、Applied Biosystems、Inc.（ABI）自動モデル３７７（登録商標）シークエンサーの正および逆の両方向で行った。得られたデータの解析に使用したソフトウェアは、ＡＢＩから購入した『シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェア』である。
【００８５】
１．ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅
該体の白血球から抽出したゲノムＤＮＡ（１００ｎｇ）は、１μｌ（１００ｎｇ）ゲノムＤＮＡ、２.５μｌ １０×ＰＣＲ緩衝液（１００ｍＭＴｒｉｓ、ｐＨ８.３、５００ｍＭＫＣｌ、１.２ｍＭＭｇＣｌ２）、２.５μｌ １０×ｄＮＴＰ混合（２ｍＭ各ヌクレオチド）、２.５μｌ正のプライマー（ＢＲＣＡ１−１１Ｋ−Ｆ、１０μＭ溶液）、２.５μｌ負のプライマー（ＢＲＣＡ１−１１Ｋ−Ｒ、１０μＭ溶液）、および１μｌＴａｑポリメラーゼ（５単位）、および１３μｌ水を含む最終容量２５μｌにおいて増幅する。
【００８６】
患者のサンプルであるＢＲＣＡ１遺伝子を増幅するために使用するＰＣＲプライマーを表IIに示す。プライマーをＤＮＡ／ＲＮＡモデル３９４（登録商標）シンセサイザーで合成した。３５サイクルで増幅し、各々は、変性（９５℃；３０秒）、アニーリング（５５℃；１分）、および伸長（７２℃；９０秒）から構成され、ただし、始めのサイクルでは変性時間を５分に増やし、最後のサイクルで伸長時間を５分に増やす。
【００８７】
ＰＣＲ産物をQia-quick（登録商標）ＰＣＲ精製キット（Qiagen、商品番号28104；Chatsworth、CA）を用いて精製する。ＰＣＲ産物の収率および純度は、ベックマンＤＵ６５０分光光度計においてＯＤ２６０で分光光度的に測定した。
【００８８】
２．ジデオキシ配列解析
Taq Dye Terminator（登録商標）Kit（Perkin-ELmer 商品番号 401628）を用いて、自動配列決定するために蛍光色素をＰＣＲ産物に結合させる。ＤＮＡ配列決定は、Applied Biosystems、Inc.（ABI）Foster City、CA.、自動モデル３７７（登録商標）シークエンサーの正および逆の両方向で行う。得られたデータの解析に使用したソフトウェアは、ＡＢＩから購入した『シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェア』である。ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１配列を比較の標準物としてシークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアに入れる。シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアは、１塩基ごとにサンプル配列をＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１標準物と比較する。シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアは、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１ＤＮＡ配列と患者のサンプルの配列との間の全ての相違を明らかにする。
【００８９】
一番目の技術者が、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１標準物を患者のサンプルと視覚的に比較することによりコンピューター化された結果を調べ、再び標準物とサンプルの間のあらゆる差異を明白にする。次いで、一番目の技術者が、配列に沿って各位置における配列の変化を読む。各配列変異のクロマトグラムは、シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアにより作成され、カラープリンターに印刷される。ピークは、一番目の技術者および二番目の技術者がよむ。次いで、二番目の技術者はクロマトグラムを再試験する。最後に、結果を遺伝学者がよむ。各々の場合において、変異は、位置および塩基変化が既知である多形性と比較される。もし、既知の多形性の変異のみを伴う、サンプルＢＲＣＡ１配列がＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１標準物と適合すれば、それは遺伝子配列として翻訳される。
【００９０】
実施例３
ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）および参考としての７つの多形性を用いたＢＲＣＡ１遺伝子における突然変異の非存在の決定
遺伝子感受性試験の当業者は、本発明がＢＲＣＡ１遺伝子において、既知であるか又は前以て知られていない突然変異の存在を決定するのに有用である。ＢＲＣＡ１の突然変異の一覧表は乳癌情報機関のhttp://www.nchgr.nih.gov/dir/lab_transfer/bic.で公共的に入手できる。この情報機関は１９９５年１１月１日に公共的に使用できるようになった。Friend、S.et al.Nature Genetics 11:238、(1995)。
【００９１】
問題となっている患者の血液サンプルを用いて実施例１のようにして配列決定を行う。しかしながら、ＢＲＣＡ1（ｏｍｉ）を参考として使用し、多形性部位を各多形性部位のコドンについて上記した核酸配列と比較する。サンプルは、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５の配列と比較し、各多形性部位でおこる塩基変化の１つを含むものである。各多形性部位であらわれるコドンをここで対で参照する。
【００９２】
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ、
・２４３０位のＴＴＧおよびＣＴＧ、
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ、
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ、
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ、
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ、および
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴ。
【００９３】
これらの多形性対を使用すると、当業者が、突然変異を多形性変異と間違えることなく正しく多形性変異を解釈できることが一層確かになる。
【００９４】
ＢＲＣＡ１遺伝子のエキソン１１は、このＤＮＡサンプルから増幅した一本鎖産物を得るために、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて不斉増幅し、直接ジデオキシ配列決定する。Shuldiner、et al.、Handbook of Techniques in Endocrine Research、p.457-486、DePablo、F.、Scanes、C.、監修、Academic Press、Inc.、1993。Taq Dye Terminator（登録商標）Kit（Perkin-Elmer 商品番号 401628）を用いて、自動配列決定するために蛍光色素を結合させた。ＤＮＡ配列決定は、Applied Biosystems、Inc.（ABI）自動モデル３７７（登録商標）シークエンサーの正および逆の両方向で行った。得られたデータの解析に使用したソフトウェアは、ＡＢＩから購入した『シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェア』である。
【００９５】
１．ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅
該体の白血球から抽出したゲノムＤＮＡ（１００ｎｇ）は、１μｌ（１００ｎｇ）ゲノムＤＮＡ、２.５μｌ １０×ＰＣＲ緩衝液（１００ｍＭＴｒｉｓ、ｐＨ８.３、５００ｍＭＫＣｌ、１.２ｍＭＭｇＣｌ２）、２.５μｌ １０×ｄＮＴＰ混合（２ｍＭ各ヌクレオチド）、２.５μｌ正のプライマー（ＢＲＣＡ１−１１Ｋ−Ｆ、１０μＭ溶液）、２.５μｌ負のプライマー（ＢＲＣＡ１−１１Ｋ−Ｒ、１０μＭ溶液）、および１μｌＴａｑポリメラーゼ（５単位）、および１３μｌ水を含む最終容量２５μｌにおいて増幅する。
【００９６】
患者のサンプルであるＢＲＣＡ１遺伝子を増幅するために使用するＰＣＲプライマーを表IIに示す。プライマーをＤＮＡ／ＲＮＡモデル３９４（登録商標）シンセサイザーで合成した。３５サイクルで増幅し、各々は変性（９５℃；３０秒）、アニーリング（５５℃；１分）、および伸長（７２℃；９０秒）から構成され、ただし、始めのサイクルでは変性時間を５分に増やし、最後のサイクルで伸長時間を５分に増やす。
【００９７】
ＰＣＲ産物をQia-quick（登録商標）ＰＣＲ精製キット（Qiagen、商品番号28104；Chatsworth、CA）を用いて精製する。ＰＣＲ産物の収率および純度は、ベックマンＤＵ６５０分光光度計においてＯＤ２６０で分光光度的に測定した。
【００９８】
２．ジデオキシ配列解析
Taq Dye Terminator（登録商標）Kit（Perkin-ELmer 商品番号 401628）を用いて、自動配列決定するために蛍光色素をＰＣＲ産物に結合させる。ＤＮＡ配列決定は、Applied Biosystems、Inc.（ABI）Foster City、CA.、自動モデル３７７（登録商標）シークエンサーの正および逆の両方向で行う。得られたデータの解析に使用したソフトウェアは、ＡＢＩから購入した『シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェア』である。ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５配列を比較の標準物としてシークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアに入れる。シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアは、１塩基ごとにサンプル配列をＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５標準物と比較する。シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアは、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５ＤＮＡ配列と患者のサンプルの配列との間の全ての相違を明らかにする。
【００９９】
一番目の技術者が、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５標準物を患者のサンプルと視覚的に比較することによりコンピューター化された結果を調べ、再び標準物とサンプルの間のあらゆる差異を明白にする。次いで、一番目の技術者が、配列に沿って各位置における配列の変化を読む。各配列変異のクロマトグラムは、シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアにより作成され、カラープリンターに印刷される。ピークは、一番目の技術者および二番目の技術者がよむ。次いで、二番目の技術者はクロマトグラムを再試験する。最後に、結果を遺伝学者がよむ。各々の場合において、変異は、位置および塩基変化が既知である多形性と比較される。もし、既知の多形性の変異のみを伴う、サンプルＢＲＣＡ１配列がＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５標準物と適合すれば、それは遺伝子配列として翻訳される。
【０１００】
実施例４
ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）および参考のための７つの多形性を用いたＢＲＣＡ１遺伝子における突然変異の存在の決定
遺伝子感受性試験の当業者は、本発明がＢＲＣＡ１遺伝子内の、既知であるか又は前以て知られていない突然変異の存在を決定するのに有用であることが分かるだろう。ＢＲＣＡ１の突然変異の一覧表は乳癌情報機構のhttp://www.nchgr.nih.gov/dir/lab_transfer/bic.で公共的に入手できる。この情報機構は１９９５年１１月１日に公共的に使用できるようになった。Friend、S.et al.Nature Genetics 11:238、(1995)。本実施例では、エキソン１１における突然変異は、突然変異の領域に適合するプライマーで突然変異の領域を増幅することにより特徴づけられる。
【０１０１】
ＢＲＣＡ１遺伝子のエキソン１１は、このＤＮＡサンプルから増幅した一本鎖産物を得るために、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて不斉増幅し、直接ジデオキシ配列決定する。Shuldiner、et al.、Handbook of Techniques in Endocrine Research、p.457-486、DePablo、F.、Scanes、C.、監修、Academic Press、Inc.、1993。Taq Dye Terminator（登録商標）Kit（Perkin-Elmer 商品番号 401628）を用いて、自動配列決定するために蛍光色素を結合させた。ＤＮＡ配列決定は、Applied Biosystems、Inc.（ABI）自動モデル３７７（登録商標）シークエンサーの正および逆の両方向で行った。得られたデータの解析に使用したソフトウェアは、ＡＢＩから購入した『シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェア』である。
【０１０２】
１．ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅
該体の白血球から抽出したゲノムＤＮＡ（１００ｎｇ）は、１μｌ（１００ｎｇ）ゲノムＤＮＡ、２.５μｌ １０×ＰＣＲ緩衝液（１００ｍＭＴｒｉｓ、ｐＨ８.３、５００ｍＭＫＣｌ、１.２ｍＭＭｇＣｌ２）、２.５μｌ １０×ｄＮＴＰ混合（２ｍＭ各ヌクレオチド）、２.５μｌ正のプライマー（ＢＲＣＡ１−１１Ｋ−Ｆ、１０μＭ溶液）、２.５μｌ負のプライマー（ＢＲＣＡ１−１１Ｋ−Ｒ、１０μＭ溶液）、および１μｌＴａｑポリメラーゼ（５単位）、および１３μｌ水を含む最終容量２５μｌにおいて増幅する。
【０１０３】
エキソン１１の分節（セグメント）Ｋ（ここに突然変異がみられる）を増幅するために使用するＰＣＲプライマーは以下の通りである：
ＢＲＣＡ１−１１Ｋ−Ｆ：５'−ＧＣＡ  ＡＡＡ  ＧＣＧ  ＴＣＣ  ＡＧＡ  
ＡＡＧ  ＧＡ−３'配列番号６９
ＢＲＣＡ１−１１Ｋ−Ｒ：５'−ＡＧＴ  ＣＴＴ  ＣＣＡ  ＡＴＴ  ＣＡＣ  
ＴＧＣ  ＡＣ−３'配列番号７０
プライマーをＤＮＡ／ＲＮＡモデル３９４（登録商標）シンセサイザーで合成した。３５サイクルで増幅し、各々は変性（９５℃；３０秒）、アニーリング（５５℃；１分）、および伸長（７２℃；９０秒）から構成され、ただし、始めのサイクルでは変性時間を５分に増やし、最後のサイクルで伸長時間を５分に増やす。  ＰＣＲ産物をQia-quick（登録商標）ＰＣＲ精製キット（Qiagen、商品番号28104；Chatsworth、CA）を用いて精製する。ＰＣＲ産物の収率および純度は、ベックマンＤＵ６５０分光光度計においてＯＤ２６０で分光光度的に測定した。
【０１０４】
２．ジデオキシ配列解析
Taq Dye Terminator（登録商標）Kit（Perkin-ELmer 商品番号 401628）を用いて、自動配列決定するために蛍光色素をＰＣＲ産物に結合させる。ＤＮＡ配列決定は、Applied Biosystems、Inc.（ABI）Foster City、CA.、自動モデル３７７（登録商標）シークエンサーの正および逆の両方向で行う。得られたデータの解析に使用したソフトウェアは、ＡＢＩから購入した『シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェア』である。ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５配列を比較の標準物としてシークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアに入れる。シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアは、１塩基ごとにサンプル配列をＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５標準物と比較する。シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアは、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５ＤＮＡ配列と患者のサンプルの配列との間の全ての相違を明らかにする。
【０１０５】
一番目の技術者が、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５標準物を患者のサンプルと視覚的に比較することによりコンピューター化された結果を調べ、再び標準物とサンプルの間のあらゆる差異を明白にする。次いで、一番目の技術者が、配列に沿って各位置における配列の変化を読む。各配列変異のクロマトグラムは、シークエンスナビゲーター（登録商標）ソフトウェアにより作成され、カラープリンターに印刷される。ピークは、一番目の技術者および二番目の技術者がよむ。次いで、二番目の技術者はクロマトグラムを再試験する。最後に、結果を遺伝学者がよむ。各々の場合において、変異は、位置および塩基変化が既知である多形性と比較される。突然変異を非適合変異の長さにより表す。このような長い非適合パターンは欠失および置換によりおこる。
【０１０６】
３．結果
上記のＰＣＲ増幅および標準蛍光配列決定法を用いて、３８８８ｄｅｌＧＡ突然変異を発見し得る。３８８８ｄｅｌＧＡ突然変異ＢＲＣＡ１遺伝子はエキソン１１の分節『Ｋ』に存在する。ＤＮＡ配列決定の結果により、公表されているＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）配列の３８８８および３８８９ヌクレオチドで２つの塩基対が欠失していることが実証される。この突然変異はＢＲＣＡ１の転写産物のリーディングフレームを阻害し、その結果、コドン１２６５位でインフレームターミネーター（ＴＡＧ）が現れる。それ故、この突然変異により、短くなった、最もあり得ることは、機能しないタンパク質となる。突然変異の正式名は３８８８ｄｅｌＧＡである。この突然変異は、突然変異の命名に提案されている命名法、Baudet、A et al.、Ｈuman Mutation 2:245-248、(1993)に従って命名される。
【０１０７】
実施例５
ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）遺伝子治療の使用
ＢＲＣＡ１遺伝子の発現を増加することにより、卵巣癌、乳癌又は前立腺癌の成長を抑制し得る。この遺伝子の不十分な発現は遺伝性の卵巣癌、乳癌および前立腺癌をもたらす。ＢＲＣＡ１を癌細胞にトランスフェクションさせると、その成長を阻害し、腫瘍発生を減少させることが実証された。腫瘍サイズを減少させるために患者に遺伝子治療を行う。ＬＸＳＮベクターをＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ２）配列番号５、又はＢＲＣＡ１（ｏｍｉ３）配列番号３コーディング領域のいずれかで形質転換を起こさせる。
【０１０８】
ベクター
ＬＸＳＮベクターを野生型ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１コード配列で形質転換させる。ＬＸＳＮ−ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）レトロウイルス発現ベクターは、ＳａｌＩ連結ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）ｃＤＮＡ（ヌクレオチド１−５７１１）をベクターＬＸＳＮのＸｈｏＩサイトにクローン化することにより構築される。構築物をＤＮＡ配列決定により確認する。Holt et al.Nature Genetics 12:298-302(1996)。
【０１０９】
レトロウイルスベクターは、血清およびフェノールレッドが含まれていない条件を用いて、ウイルス産生細胞から調製し、標準的解析法により、不稔性、特定の病原体の非存在、および複製能を有するレトロウイルスの存在について試験する。レトロウイルスは試験を行う分割単位で凍結させて保存する。
【０１１０】
患者は、全体の健康を測定するために、完全な物理的検査、血液検査、および尿検査を受ける。彼らはまた、腫瘍段階を評定するために、胸部Ｘ線、心電図、および適当な放射線測定を受ける。
【０１１１】
転移性卵巣癌の患者は、薬剤単位形あたり１０９および１０１０の間のウイルス粒子で、腫瘍を含む腹膜部位に組換えＬＸＳＮ−ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）レトロウイルスベクターを注入することによる、レトロウイルス遺伝子治療を用いて処置する。血液サンプルを毎日採取し、感度の良いポリメラーゼ連鎖（ＰＣＲ）を基礎とした解析により、レトロウイルスベクターの存在を試験する。取り除いた液体を回析して以下を決定する：
１．組換えＬＸＳＮ−ＢＲＢＡ１（ｏｍｉ）レトロウイルスベクターの組み合わせを取り込んだ癌細胞のパーセンテージ。ＢＲＣＡ１遺伝子が癌細胞にうまく取り込まれたことは、ＲＴ−ＰＣＲ解析およびin situでのハイブリダイゼーションにより示される。
ＲＴ−ＰＣＲは、ＢＲＣＡ１（ｏｍｉ１）配列番号１由来のプライマーを用いて、Thompson et al.Nature Genetics 9:444-450(1995)の方法により行われる。Jensen et al.Nature Genetics 12:303-308(1996)およびJensen et al.Biochemistry 31:10887-10892(1992)の方法により、細胞溶解物を調製し、イムノブロットを行う。
【０１１２】
２．ApoTAG（登録商標）in situアポトーシス検知キット（Oncor、Inc.、Gaithersburg、メリーランド）およびＤＮＡ解析を用いたプログラムされた細胞死の存在。
３．スライド免疫蛍光法又はウエスタンブロットによるＢＲＣＡ１遺伝子発現の測定。
測定可能な疾病の患者をまた、ＬＸＳＮ−ＢＲＣＡ１に対する臨床応答について検査し、特にレトロウイルスベクター治療後すぐに通常の処置はしないで患者を検査する。流動細胞診、腹部の周囲、腹部のＣＴスキャンおよび局所徴候を検査する。
【０１１３】
その他の部位の疾病については、以下のような慣用的な評価基準を使用する:
１．完全反応（ＣＲ）、少なくとも４週間、疾患の全ての測定可能な病巣および全ての徴候および症状の完全な消失
２．部分反応（ＰＲ）、４週間以内に２人の観察者により決定された全ての測定可能な病巣の最も大きい２つの垂線の直径の産物の合計が少なくとも５０％減少。ＰＲを続けると、この間に全く新しい病巣は現れず、またどの病巣もサイズが増大しない。
３．安定な疾病、前回の測定から腫瘍容積が２５％以下の変化。
４．進行性疾病、前回の測定から腫瘍測定が２５％以上の増加。
用量は処置に対する反応に影響される。
【０１１４】
この遺伝子療法の試みに関連するさらに詳しい情報は、『卵巣癌のＢＲＣＡ１レトロウイルス遺伝子治療』a Human Gene Transfer Protocol:NIH ORDA登録番号9603-149Jeffrey Holt、JT、M.D.およびCarlos L.Arteaga、M.D.を参照。
【０１１５】
参考文献の表
【表５】
2012090627.tif 000007
【０１１６】
『乳房および卵巣の癌』は、当業者により、女性における乳房および卵巣の癌、およびまた男性における乳房および前立腺の癌を含むと理解される。ＢＲＣＡ１は、女性における遺伝性乳房および卵巣の癌およびまた男性における乳房および前立腺の癌に対して、関連した遺伝子感受性がある。それ故、乳癌および／又は卵巣がんを記載したこの文書の請求の範囲は、女性および男性における、乳房、卵巣および前立腺の癌を意味する。本発明は現在の最も好ましい態様について記載しているが、数多くの修飾が本発明の精神からそれることなく可能なことを理解されたい。従って、本発明は以下の請求の範囲によりのみ制限される。
【０１１７】
【表６】
2012090627.tif 000008
【表７】
2012090627.tif 000009
【表８】
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【表９】
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【表１０】
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【表１１】
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【表１２】
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【表１３】
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【表１４】
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【表１５】
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【表１６】
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【表１７】
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【表１８】
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【表１９】
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【表２０】
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【表２１】
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【表２２】
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【表２３】
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【表２４】
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【表２５】
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【表２６】
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【表２７】
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【表２８】
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【表２９】
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【表３０】
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【表３１】
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【表３２】
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【表３３】
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【表３４】
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【表３５】
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【表３６】
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【表３７】
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【表３８】
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【表３９】
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【表４０】
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【表４１】
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【表４２】
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【表４３】
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【表４４】
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【表４５】
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【表４６】
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【表４７】
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【表４８】
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【表４９】
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【表５０】
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【表５１】
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【表５２】
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【表５３】
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【表５４】
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【表５５】
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【表５６】
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【表５７】
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【表５８】
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【表５９】
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【表６０】
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【表６１】
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【表６２】
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【表６３】
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【表６４】
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【表６５】
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【表６６】
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【表６７】
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【表６８】
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【表６９】
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【表７０】
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【表７１】
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【表７２】
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【表７３】
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【表７４】
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【表７５】
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【表７６】
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【表７７】
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【表７８】
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【表７９】
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【表８０】
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【表８１】
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【表８２】
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【表８３】
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【表８４】
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【表８５】
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【図１】
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【手続補正書】
【提出日】平成24年1月11日(2012.1.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成24年1月17日(2012.1.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号１に規定されたＢＲＣＡ１コード配列の単離された共通ＤＮＡ配列。
【請求項２】
配列番号２に規定されたＢＲＣＡ１タンパク質の共通タンパク質配列。
【請求項３】
下記を含む、疾患に関連しないＢＲＣＡ１コード配列のＢＲＣＡ１遺伝子を有する個体を同定する方法：
（a）遺伝子内配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーを用いて個体のＢＲＣＡ１コード配列のＤＮＡフラグメントを増幅する；
（b）該増幅ＤＮＡフラグメントをジデオキシ配列決定により配列決定する；
（c）該個体のＢＲＣＡ１コード配列が完全に配列決定されるまで工程（a）および（b）をくりかえす；
（d）該増幅ＤＮＡフラグメントの配列をＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）ＤＮＡ配列、配列番号１と比較する；
（e）該個体のＢＲＣＡ１コード配列における下記の多形性変異の各々の存在または不存在を決定する：
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ；
・２４３０位のＴＴＧおよびＣＴＧ；
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ；
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ；
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ；
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ；および
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴ；
（f）該個体のＢＲＣＡ１コード配列と配列番号１とのすべての配列相違を決定し、その相違において、該多形性の存在および２２０１、２４３０、２７３１、３２３２、３６６７、４４２７および４９５６位以外の変異の不存在は、ＢＲＣＡ１コード配列におけるＢＲＣＡ１突然変異による女性の乳癌または卵巣癌および男性の乳癌または前立腺癌に対する増大した遺伝子感受性の不存在と相関する。
【請求項４】
該オリゴヌクレオチドプライマーが放射ラベル、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベルまたは酵素ラベルでラベルされている、請求項３の方法。
【請求項５】
下記を含む、ＢＲＣＡ１コード配列の変異の存在による女性の乳癌および卵巣癌ならびに男性の乳癌および前立腺癌に対する増大した遺伝子感受性を検出する方法：
（a）遺伝子内配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプライマーを用いて個体のＢＲＣＡ１コード配列のＤＮＡフラグメントを増幅する；
（b）該増幅ＤＮＡフラグメントをジデオキシ配列決定により配列決定する；
（c）該個体のＢＲＣＡ１コード配列が完全に配列決定されるまで工程（a）および（b）をくりかえす；
（d）該増幅ＤＮＡフラグメントの配列をＢＲＣＡ１（ｏｍｉ）ＤＮＡ配列、配列番号１と比較する；
（e）該個体のＢＲＣＡ１コード配列と配列番号１との何らかの配列相違を測定し、該個体のＢＲＣＡ１コード配列における、下記のいずれでもない塩基変化の存在または不存在を決定する：
・２２０１位のＡＧＣおよびＡＧＴ
・２７３１位のＣＣＧおよびＣＴＧ
・３２３２位のＧＡＡおよびＧＧＡ
・３６６７位のＡＡＡおよびＡＧＡ
・４４２７位のＴＣＴおよびＴＣＣ
・４９５６位のＡＧＴおよびＧＧＴは、ＢＲＣＡ１コード配列におけるＢＲＣＡ１突然変異による女性の乳癌または卵巣癌および男性の乳癌または前立腺癌に対する増大した遺伝子感受性の強さと相関する。
【請求項６】
該オリゴヌクレオチドプライマーが放射ラベル、蛍光ラベル、生物発光ラベル、化学発光ラベルまたは酵素ラベルでラベルされている、請求項５の方法。
【請求項７】
以下を含む、遺伝子治療の実施方法に使用するための医薬組成物の製造のための、配列番号１のＢＲＣＡ１コード配列で形質転換するためのベクターの使用：
ａ）該ベクターの効果量でインビボで癌細胞をトランスフェクトし、
ｂ）細胞にベクターを取り込みさせ、そして
ｃ）腫瘍生長の低下を測定する。
【請求項８】
以下を含む、タンパク質治療の実施方法に使用するための医薬組成物の製造のための、配列番号２のＢＲＣＡ１腫瘍生長阻害タンパク質の使用：
ａ）該タンパク質の効果量を患者に注射し、
ｂ）細胞にタンパク質を取り込みさせ、そして
ｃ）腫瘍生長の低下を測定する。
【請求項９】
個体のＢＲＣＡ１遺伝子の
(ａ)配列番号１のヌクレオチド２２０１位に対応する位置にチミン、
(ｂ)配列番号１のヌクレオチド２４３０位に対応する位置にシトシン、
(ｃ)配列番号１のヌクレオチド２７３１位に対応する位置にチミン、
(ｄ)配列番号１のヌクレオチド３２３２位に対応する位置にグアニン、
(ｅ)配列番号１のヌクレオチド３６６７位に対応する位置にグアニン、
(ｆ)配列番号１のヌクレオチド４４２７位に対応する位置にチミン、および
(ｇ)配列番号１のヌクレオチド４９５６位に対応する位置にグアニン
を検出し、該検出されたヌクレオチドが該ヌクレオチドによる乳癌の遺伝的感受性がないことを示すものであることを特徴とする、乳癌に関連しないコード配列を有する正常なＢＲＣＡ１遺伝子を有する個体を同定する方法。
【外国語明細書】
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