【事件の表示】
　上記当事者間の特許第４７７３６９５号発明「マイクロ波利用のペプチド合成」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結　論】
　請求のとおり訂正を認める。
　特許第４７７３６９５号の請求項１、３ないし９に係る発明についての特許を無効とする。
　特許第４７７３６９５号の請求項２、１０、１１に係る発明についての審判請求は、成り立たない。
　審判費用は、その１１分の３を請求人の負担とし、１１分の８を被請求人の負担とする。
【理　由】
第１．手続の経緯 
 　　 
　本件特許第４７７３６９５号に係る発明についての出願は、平成１６年６月２３日に特許出願（パリ条約による優先権主張　２００３年６月２３日　米国）され、平成２３年７月１日に特許の設定登録がなされたものである（請求項の数１１)。そして、請求人は、平成２４年５月３１日付で当該特許の請求項１〜１１に係る発明について、特許無効審判請求を行い、被請求人は、平成２４年９月２５日付で答弁書を提出するとともに訂正請求を行った。 
 　 
  
第２．訂正請求について 
 　 
１．訂正事項 
 　 
　被請求人は、平成２４年９月２４日付訂正請求書（平成２４年１０月５日付で補正）により、特許請求の範囲を訂正特許請求の範囲のとおり一群の請求項ごとに訂正することを求めた。 
 　 
　その内容は、訂正前の特許請求の範囲の請求項１に記載された発明である、 
「ペプチドの固相合成を促進する方法であって：  
　Ｎａ−９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）及びＮａ−ｔ−ブトキシカルボニル（Ｂｏｃ）からなる群から選択された組成物で保護され、固相樹脂粒子に結合された第一アミノ酸のα−アミノ基を、マイクロ波透過性容器において該保護され結合されたアミノ酸を脱保護性溶液と混合し、該混合したアミノ酸及び溶液にマイクロ波を照射することにより、脱保護する工程；  
　第二アミノ酸及び活性化溶液を該同一容器に添加し、該第二アミノ酸を活性化させる工程；  
　該同一容器中の組成物にマイクロ波を照射しながら、該第二アミノ酸を該第一アミノ酸にカップリングさせる工程；及び  
　サイクルとサイクルとの間に該同一のマイクロ波透過性容器からペプチドを取り出すことなく、該同一の容器において
複数のアミノ酸を連続的に脱保護し、活性化し、そしてカップリングしてペプチドを形成する工程
を含む方法。」 
 　 
について、  
 　 
「複数のアミノ酸を連続的に脱保護し、活性化し、そしてカップリングしてペプチドを形成する工程」を、 
 　 
「連続的に前記脱保護工程、活性化工程、およびカップリング工程を行い、複数のアミノ酸をカップリングしてペプチドを形成する工程」 
に訂正するものである。 　 
 　 
　また、この訂正により、請求項１を直接的又は間接的に引用する請求項２〜１１についても、同様の訂正がなされることになる。 
 　  
 　 
２．訂正事項についての判断 
 　 
　訂正前の請求項１の記載では、「複数のアミノ酸」に対して施す「脱保護」、「活性化」及び「カップリング」が、それ以前に記載される「脱保護する工程」、「活性化させる工程」及び「カップリングさせる工程」を指し示しているのかどうかが必ずしも明瞭でなく、「複数のアミノ酸」に対して施す「脱保護」、「活性化」及び「カップリング」におけるマイクロ波照射の有無が明確であったとはいえない。  
　したがって、「複数のアミノ酸を連続的に脱保護し、活性化し、そしてカップリングしてペプチドを形成する工程」とは、明瞭でない記載であり、上記の訂正は、当該３つの工程が「前記」したものであることを明確にするものであるから、明瞭でない記載の釈明を目的とするものであり、特許法第１３４条の２第１項ただし書き第３号に該当するものである。  
　そして、「連続的に前記脱保護工程、活性化工程、およびカップリング工程を行い、複数のアミノ酸をカップリングしてペプチドを形成する工程」は、訂正前明細書に記載されているから（例えば段落【００６３】、「実験」の項である段落【００７８】〜【００８８】）、この訂正は新規事項を追加するものでなく、特許法第１３４条の２第９項で準用する第１２６条第５項の要件を満たし、また、実質上特許請求の範囲を拡張又は変更するものでもないから、特許法第１３４条の２第９項で準用する同第１２６条第６項の要件を満たすものである。 
 　 
 　 
３．小括  
 　 
　以上のとおりであるから、本件訂正は、適法な訂正と認める。 
 　　 
 　 
第３．本件発明について 
 　 
　本件発明は、平成２４年９月２４日付訂正請求書（平成２４年１０月５日付で補正）で訂正された特許請求の範囲に記載された事項により特定されるものであって、その記載は、以下のとおりである。 
 　 
「【請求項１】 
　ペプチドの固相合成を促進する方法であって： 
　Ｎａ−９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）及びＮａ−ｔ−ブトキシカルボニル（Ｂｏｃ）からなる群から選択された組成物で保護され、固相樹脂粒子に結合された第一アミノ酸のα−アミノ基を、マイクロ波透過性容器において該保護され結合されたアミノ酸を脱保護性溶液と混合し、該混合したアミノ酸及び溶液にマイクロ波を照射することにより、脱保護する工程； 
　第二アミノ酸及び活性化溶液を該同一容器に添加し、該第二アミノ酸を活性化させる工程； 
　該同一容器中の組成物にマイクロ波を照射しながら、該第二アミノ酸を該第一アミノ酸にカップリングさせる工程；及び 
　サイクルとサイクルとの間に該同一のマイクロ波透過性容器からペプチドを取り出すことなく、該同一の容器において連続的に前記脱保護工程、活性化工程、およびカップリング工程を行い、複数のアミノ酸をカップリングしてペプチドを形成する工程、 
を含む方法。 
【請求項２】 
　脱保護工程、活性化工程、カップリング工程及び切断工程の任意の１つ以上の工程の間に容器を冷却して、マイクロ波エネルギーからの熱の蓄積により固相支持体又はペプチドが分解するのを防ぐ工程を含む、請求項１記載のペプチド合成方法。 
【請求項３】 
　３つ以上のアミノ酸に関して脱保護工程、活性化工程及びカップリング工程を連続して周期的に繰り返すことにより、所望のペプチドを合成することを含む、請求項１記載のペプチド合成方法。 
【請求項４】 
　複数の周期の間にペプチドを固相樹脂から又は容器から取り出すことなく、連続する脱保護工程、活性化工程、カップリング工程及び切断工程を単一反応器において実施することを含む、請求項１記載のペプチド合成方法。 
【請求項５】 
　更に、脱保護工程、活性化工程、カップリング工程及び切断工程の１つ以上の工程の間に、混合物を窒素気体により撹拌する工程を含む、請求項１記載のペプチド合成方法。 
【請求項６】 
　アミノ酸の側鎖を脱保護することを含む、請求項１記載のペプチド合成方法。 
【請求項７】 
　該アミノ酸の該側鎖を、ｔ−ブチルをベースとする側鎖保護基を除去するのに適する組成物で脱保護することを含む、請求項６記載のペプチド合成方法。 
【請求項８】 
更に、カルボジイミド型のカップリング試薬を用いて、第二アミノ酸をin situで活性化させカップリングさせることを含む、請求項１記載のペプチド合成方法。 
【請求項９】 
　該同一容器内の組成物にマイクロ波を照射しながら第一アミノ酸に第二アミノ酸をカップリングさせる、請求項１記載のペプチド合成方法。 
【請求項１０】 
　固相樹脂に結合されたペプチドを、該同一容器において切断性組成物と混合し、該組成物にマイクロ波を照射しながら、該結合ペプチドを該固相樹脂から切断する工程を含む、請求項１記載のペプチド合成方法。 
【請求項１１】 
　更に、トリフルオロ酢酸から成り、保護基及びリンカーから生ずる反応性カルボニウムイオンを消失させるための複数の掃去剤を含有する切断性組成物を用いることを含む、請求項１０記載のペプチド合成方法。」 
　 
　請求項１〜１１に係る発明を、以下、それぞれ「本件発明１」〜「本件発明１１」等という。 
 　 
 　 
第４．請求人の主張する無効理由 
 　 
１．無効理由について 
 　 
　請求人の主張する無効理由は、以下の無効理由１〜５、８、９である。 
　なお、平成２５年１月２２日の第１回口頭審理調書のとおり、請求人は、無効理由６及び７の主張を取り下げるとし、被請求人は、当該主張の取り下げに同意した。 
 　 
無効理由１ 
　本件発明１、３〜９は、甲第１号証、甲第２号証または甲第３号証、及び甲第４号証（以下、この項において「前記証拠」という）に記載された発明に基づいて、本件発明２は、前記証拠及び甲第５号証に記載された発明に基づいて、本件発明１０は、前記証拠及び甲第１０号証に記載された発明に基づいて、本件発明１１は、前記証拠及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
　したがって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるから、特許法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきである。 
 　 
無効理由２ 
　本件発明１〜１０は、甲第１号証及び甲第７号証に記載された発明に基づいて、本件発明１１は、甲第１号証、甲第７号証、及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　したがって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるから、特許法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきである。 
 　 
無効理由３ 
　本件発明１、３〜１０は、甲第１号証及び甲第８号証（以下、この項において「前記証拠」という）に記載された発明に基づいて、本件発明２は、前記証拠及び甲第５号証に記載された発明に基づいて、本件発明１１は、前記証拠及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
　したがって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるから、特許法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきである。 
 　 
無効理由４ 
　本件発明１、３〜１０は、甲第１号証、甲第９号証及び甲第２号証（以下、この項において「前記証拠」という）に記載された発明に基づいて、本件発明２は、前記証拠及び甲第５号証に記載された発明に基づいて、本件発明１１は、前記証拠及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
　したがって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるから、特許法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきである。 
 　 
無効理由５ 
　本件発明１、３〜１０は、甲第１号証、甲第９号証及び甲第１０号証（以下、この項において「前記証拠」という）に記載された発明に基づいて、本件発明２に係る発明は、前記証拠及び甲第５号証に記載された発明に基づいて、本件発明１１に係る発明は、前記証拠及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
　したがって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるから、特許法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきである。 
　　 
無効理由８ 
　本件発明１に関して、平成２２年８月５日に提出された手続補正書（甲第１５号証）によりなされた補正は、願書に最初に添付された明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内においてなされたものではない。　したがって、本件特許は、特許法第１７条の２第３項に規定する要件を満たしていない補正をした特許出願に対してされたものであるから、特許法第１２３条第１項第１号に該当し、無効とすべきである。 
 　 
無効理由９ 
　本件明細書の発明の詳細な説明には、本件発明１〜１１の課題が解決できることを確認した実験結果が示されておらず、これらの課題を解決できることが出願時の技術常識から推認可能であるともいえない。 
　したがって、本件発明１〜１１についての特許は、特許法第３６条第４項第１号および同条第６項第１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであるから、特許法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とすべきである。 
 　 
 　 
２．証拠方法及び主な証拠方法の内容 
 　 
　請求人は、証拠方法として以下の甲第１〜２１号証を提出した。 
 　 
甲第１号証：CHAN and WHITE, Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach, Oxford University Press, 2000, Reprinted 2004,chapters 2 and 13 
 　  
甲第２号証：ERDELYI M. et al., Rapid Microwave-Assisted Solid Phase Peptide Synthesis, Synthesis, 2002 , No. 11, p.1592-1596 
 　 
甲第３号証：YU H-M et al., Enhanced Coupling Efficiency in Solid-Phase Peptide Synthesis by Microwave Irradiation, The Journal of Organic Chemistry, Vol. 57, No. 18, 1992, p. 4781-4784 
 　 
甲第４号証：DAGA M. C. et al., Rapid microwave- assisted deprotection of N-Cbz and N-Bn derivatives Tetrahedron Letters, 2001, UNITED KINGDOM, Vol. 42, No. 31, p. 5191-5194 
 　 
甲第５号証：米国特許第6,011,247号明細書 
 　 
甲第６号証：SCHNORRENBERG G. et al., FULLY AUTOMATIC SIMULTANEOUS MULTIPLE PEPTIDE SYNTHESIS IN MICROMOLAR SCALE - RAPID SYNTHESIS OF SERIES OF PEPTIDES FOR SCREENING IN BIOLOGICAL ASSAYS, Tetrahedron, 1989,Vol.45, No.24, p.7759-7764 
 　 
甲第７号証：特表平11-504210号公報 
 　 
甲第８号証：PIN and YUFEI, 化学通報, 2003, Vol. 66, w104 
 　 
甲第９号証：VARANDA and MIRANDA, Solid-phase peptide synthesis at elevated temperatures: a search for an optimized synthesis condition of unsulfated cholecystokinin-12, J. Peptide Res.,1997, Vol.50, p.102-108 
 　 
甲第１０号証：KAPPE O., Speeding up solid-phase chemistry by microwave irradiation: A tool for high-throughput synthesis, American Laboratory, May 2001, p.13-19 
 　 
甲第１１号証：米国特許出願10/604,022の出願時明細書及びクレーム　 
 　 
甲第１２号証：国際公開第2004/002617号 
 　　 
甲第１３号証：Jonathan M. COLLINS et al., Novel Method for Solid Phase Peptide Synthesis Using Microwave Energy, Presented at American Peptide Symposium, 22 July 2003,p.1-8 
 　 
甲第１４号証：本件特許の出願手続において出願人が平成２３年３月７日付で特許庁に提出した意見書 
 　 
甲第１５号証：本件特許の出願手続において出願人が平成２２年８月５日付で特許庁に提出した手続補正書 
 　 
甲第１６号証：本件特許公報（特許第4773695号公報） 
 　 
甲第１７号証：特表平11-506762号公報の第36〜38頁 
 　 
甲第１８号証：本件の出願（特願2004-184604号）において願書に最初に添付された明細書、特許請求の範囲及び図面 
 　 
甲第１９号証：CHAN and WHITE, Fmoc solid phase peptide synthesis: A Practical Approach, Oxford University Press, Oxford University Press, 2000,chapters 2 and 13 
 　 
甲第２０号証：P.H.Theng ,Master Thesis 
 　 
甲第２１号証：台湾の国立デジタル図書館の検索結果(National Digital Library of Theses and Dissertations in Taiwan) 
 　 
 　 
第５．被請求人の主張 
 　 
　これに対して、被請求人は、証拠方法として以下の乙第１〜７号証を提出し、本件審判請求は成り立たないと主張している。 
 　 
乙第１号証：PARK S. et al., An Efficient Approach for the Total Synthesis of Cyclotides by Microwave Assisted Fmoc-SPPS, Int J Pept Res Ther ,2010,Vol.16, p.167-176 
 　 
乙第２号証：RIZZOLO F. et al., Conventional and microwave-assisted SPPS approach: a comparative synthesis of PTHrP(1-34)NH2, J. Pept. Sci.,2011,Vol.17,p.708-714 
 　 
乙第３号証：S. A. PALASEK et al., Limiting racemization and aspartimide formation in microwave-enhanced Fmoc solid phase peptide synthesis, J. Pept. Sci.,2007,Vol.13, p.143-148 
 　 
乙第４号証：M. MERGLER et al., The Aspartimide Problem in Fmoc-based SPPS. Part I, J. Peptide Sci., 2003 ,Vol.9 , p.36-46  
 　 
乙第５号証：James P. TAM et al.,Cyclohexyl ester as a new protecting group for aspartyl peptides to minimize aspartimide formation in acidic and basic treatments, Tetrahedron Letters ,1979, No. 42, pp 4033-4036 
 　 
乙第６号証：HOZ and LOUPY, Microwaves in Organic Synthesis, Third, Completely Revised and Enlarged Edition, Volume 2, Wiley-VCH, Weinheim, Germany, 2012, chapter 20, pages 897-959 
 　 
乙第７号証：CHAN and WHITE, Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach, Oxford University Press, 2000, Reprinted 2004,p.118,119,222 
　
 　 
　　事案に鑑み、まず無効理由５について検討することとする。 
 　 
 　 
第６．無効理由５について 
 　　 
１．本件発明１について 
 　 
（１）甲第１号証について 
 　 
　甲第１号証は「Fmoc solid phase peptide synthesis」と題する文献の写しであって、その２頁目第１８行には、「Oxford University Press 2000」と記載されているものの、同第２１行に「Reprinted 2004」と記載されている。 
　しかし、請求人が、平成２５年１月８日付口頭審理陳述要領書に添付した甲第１９号証は、同じく「Fmoc solid phase peptide synthesis」と題する文献の写しであって、その３頁目左欄１６行に「Oxford University Press 2000」と記載されているが「Reprinted 2004」との記載がないことから、甲第１号証の「Reprinted」（再版）の基となる文献であると認められる。そして、甲第１号証と甲第１９号証とを比較すると、以下に摘記する記載事項は両者において同じと認められるから、甲第１号証の下記記載事項は、本願優先日(２００３年６月２３日）前に頒布された刊行物に記載された事項であると認める。 
 　 
　甲第１号証には、下記の事項が記載されている。 
 　 
ａ．「Fmocペプチド固相合成」（1頁目表題） 
 　 
ｂ．「標的ペプチドのC-末端アミノ酸残基を、カルボキシル基を介して不溶性担体に付着させる。アミノ酸側鎖の機能的な官能基は、ペプチド鎖集合時の反応条件の影響を受けない永久保護基で遮へいしなければならない。当初のレジンローディング時にα-アミノ基を遮へいしていた一時的保護基は除去する。第二のアミノ酸を過剰に導入する（このアミノ酸のカルボキシ基は、活性化エステルの産生によって、あるいはカップリング試薬との反応によって活性化させて、アミド結合を形成させる）。カップリングの後、過剰な試薬を洗浄によって除去し、保護基をジペプチドのN-末端から除去してから、第三のアミノ酸残基を付加する。所望のペプチド配列が得られるまで、この過程を反復して行う。最終段階では、ペプチドを担体から遊離させ、側鎖保護基を除去する。一般に、側鎖保護基とレジン結合は、保護基の除去と結合ペプチドの遊離が同一条件下で生じるように選択する。」（9頁第19行〜10頁4行） 
 　　　 
ｆ． 
 　 
  
 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（13頁） 
 　 
ｇ．「Fmoc/tBuアプローチ法の顕著な特徴を図3に要約した。C-末端残基をTFA不安定性結合剤に固定する。側鎖の官能基はTFA不安定性保護基で保護する。一時的Nα-Fmoc保護基は、20%ピペリジンDMF溶液で除去する。カップリングは一般に、事前に合成した活性エステルを利用して、又はベンゾトリアゾリルエステルをin situで生成する活性化試薬を利用して、DMF又はNMP溶液中で行う。ペプチドのレジンからの切断、及び全側鎖の脱保護は、95%TFA溶液で行う。」（13頁3〜10行） 
 　 
ｈ．「ペプチド５０μmol超を調製する場合、合成は通常ビーズレジンを用いて行う。」（第13頁下から2行〜最終行） 
 　 
ｌ．「１９６３年にメリフィールドによって提唱されたペプチド固相合成の概念は、高分子支持体上での２段階の繰り返し過程、つまり、Nα保護基の除去および次に入ってくるアミノ酸のカップリング、を通じたペプチド鎖の伸長を含んでいる。固相合成技術の２番目の特徴は、試薬が大過剰に添加され、大過剰の試薬は単純な濾過と洗浄によって除去できる点である。これらの操作は一つの反応容器内で生じるので、全てのプロセスは自動化に適している。」（277頁セクション1の1〜7行） 
 　　 
 　 
（２）甲第９号証の記載事項 
 　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第９号証には、下記の事項が記載されている。 
 　 
ａ．「高温でのペプチドの固相合成」（102頁タイトル） 
 　 
ｂ．「ペプチドの固相合成（ＳＰＰＳ）において、カップリングの速度を速めるために高い温度を用いることへの関心は新しいものではない（１−３）。しかしながら、合成の全工程を高い温度で行なうとの発想は極めて最近のものである（４，５）。この着想はペプチドを形成するのに要する時間を短縮することができるので興味深い。」（102頁の右欄第1〜6行） 
 　 
ｃ.「ペプチド合成．ペプチドは、湯浴サーキュレータ（ＰｏｌｙＳｃｉｅｎｃｅ　８００１）に接続された湯浴反応器において行なった。ｔ−Ｂｏｃ（６）およびＦｍｏｃ（１８）を用いた合成手順はスキーム１，２にしたがった。」（103頁の左欄下から2行目〜右欄3行） 
 　 
ｄ．「スキーム１ 
　従来からのSPPSの一般的なプロトコル（２７℃） 
初期洗浄 
・・・ 
カップリング／再カップリング、 
Boc- 又は Fmoc-aa(2.5倍 
過剰量)，60分 
・・・ 
カップリング洗浄、 
・・・ 
脱保護、 
50% TFA/DCM ＋ 1% アニソール， 
20分　又は20%　ピペリジン/ 
NMP,10分　 
・・・ 
脱保護洗浄 
・・・」（103頁右欄スキーム１） 
 　 
ｅ．「スキーム２ 
　高温でのＳＰＰＳの一般的なプロトコル 
初期洗浄 
・・・ 
カップリング／再カップリング 
Boc- or Fmoc-aa(2.5倍 
過剰量)， 
25% DMSO/トルエン 又は 
 NMP, 20分 
・・・ 
カップリング洗浄 
・・・ 
脱保護 
 50% 
 TFA/トルエン ＋　1% 
アニソール，10分　又は 20% 
ピペリジン／トルエン，3分 
・・・ 
脱保護洗浄 
・・・」（104頁左欄スキーム2） 
 　 
ｆ．「ＡＣＰ65-74（ＶＱＡＡＩＳＹＩＮＧ）合成 
　最初に、我々は、t-Boc化学及びDIC/HOBt(1:1)をカップリング剤として用いてBoc-Gly-PAM上に形成される粗ACP65-74の、回収（ペプチドのミリグラム／切断されるペプチジル化樹脂のミリグラム）と質（純度パーセント）に関する温度の影響を研究した。２７℃（通常のＳＰＰＳ、スキーム１）、４５℃、６０℃および７５℃（高い温度でのＳＰＰＳ、スキーム２）で合成を行なった。４５℃では２０分のカップリング時間は十分ではなく、再カップリングがしばしば必要であった。図１（Ａ）は、６０℃が最も適した高い温度であることを示しているが、その理由は、２７℃での通常のＳＰＰＳと比較して、同等の収率でより純度の高い粗ペプチドが迅速に得られたからである。」（104頁の右欄下から8行〜105頁の左欄7行） 
 　  
ｇ．「t-Boc 及びFmocストラテジーによる27℃（従来からのSPPS)及び60℃におけるACP65-74の合成 
 　　　　　　　　　　　　　　純度（％） 
温度（℃）　　　　t-Boc　　　　　　　　　　　Fmoc 
27　　　　　　　　　58　　　　　　　　　　　　36 
60　　　　　　　　　61　　　　　　　　　　　　37　　　」(106頁左欄) 
 　 
 　 
（３）甲第１０号証の記載事項 
 　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第１０号証には、以下の事項が記載されている。 
 　 
ａ．「マイクロ波照射により固相合成の速度向上」（13頁タイトル） 
 　 
ｂ． 「
 
  
 」（15頁） 
 　 
ｃ．「固相合成に関連した反応時間が比較的長いことから、数年前にマイクロ波支援ペプチド合成の適用例が報告されたときにも特に驚きはなかった。・・・（中略）・・・実際、報告された実験のほとんどが、反応が密閉容器であっても開放容器であっても、標準的な加熱プロトコルと比べて速度の有意な増加が観測されていた。」（15頁の左欄7行〜中央欄11行） 
 　 
ｄ．「 
  
 」（16頁） 
 　 
 　 
（４）引用発明・対比 
 　 
ア．甲第１号証に記載された発明（引用発明）について 
 　 
　まず、第６．１（１）で指摘した甲第１号証の記載事項を検討する。 
 　 
　記載事項ｆには、α位のNがFmoc で保護され、C末端側が固相粒子に結合した第一のアミノ酸を、「ピペリジン／DMF」によりそのFmocを脱保護する工程、続いて、脱保護により得られたNH2残基が、「Fmoc-Ala-OH/HBTU/DIPEA」により、Fmoc-Ala-OHと縮合することで、新たなアミド結合を形成してN末端方向に１アミノ酸（Fmoc-Ala)伸長する工程、これらの工程を「反復施行」することによりペプチドを合成する方法が記載されている。 
　また、記載事項ｈには、合成は通常ビーズレジンを用いて行うと記載されていることから、固相粒子がビーズレジンであることは明らかである。 
　さらに、記載事項ｂには、過剰に導入された第二のアミノ酸のカルボキシ基を、カップリング試薬との反応によって活性化させて、アミド結合を形成させると記載され、かつ、記載事項ｇには、カップリング反応が、ベンゾトリアゾリルエステルをin situで生成する活性化試薬を利用して、DMF又はNMP溶液中で行うと記載されているので、活性化試薬を含む溶液を用いることが記載されているに等しいといえる。 
　さらに、記載事項ｌには、Nα保護基の除去および次に入ってくるアミノ酸のカップリングを通じたペプチド鎖の伸長を含むペプチド固相合成に関し、操作が一つの反応容器内で生じるので、全てのプロセスは自動化に適していることが記載されているから、Nα保護基の除去工程、次のアミノ酸の活性化工程及びカップリング工程を有するペプチド鎖の伸長が、サイクルとサイクルとの間にペプチドを取り出すことなく同一の容器で行われることが記載されているといえる。 
 　 
　したがって、甲第１号証には、 
 　 
「ペプチドの固相合成方法であって： 
　α位のNがＦｍｏｃで保護され、固相ビーズレジンに結合された第一アミノ酸のα−アミノ基を、容器において該保護され結合されたアミノ酸をピペリジン／ＤＭＦと混合し、脱保護する工程； 
　第二のアミノ酸及び活性化試薬を含有する溶液を同一容器に添加し、該第二アミノ酸を活性化させる工程； 
　該第二アミノ酸を該第一アミノ酸にカップリングさせる工程；及び 
　サイクルとサイクルとの間に該同一の容器からペプチドを取り出すことなく、該同一の容器において連続的に前記脱保護工程、活性化工程、およびカップリング工程を行い、複数のアミノ酸をカップリングしてペプチドを形成する工程、 
を含む方法。」の発明が記載されている（以下、「引用発明１」という）。 
 　 
 　 
イ．対比 
 　 
　本件発明１と引用発明１とを対比する。 
 　 
　引用発明１の「固相ビーズレジン」は本件発明１の「固相樹脂粒子」に相当するから、引用発明１の「α位のNがＦｍｏｃで保護され、固相ビーズレジンに結合された第一アミノ酸」は、本件発明１の 「Ｎａ−９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）の組成物で保護され、固相樹脂粒子に結合された第一アミノ酸」に相当する。そして、引用発明１の「ピペリジン／ＤＭＦ」は、本件発明１の「脱保護性溶液」に相当する。また、引用発明１の「活性化試薬を含有する溶液」は、本件発明１の「活性化溶液」に相当する。 
 　　 
　したがって、両者は、 
 　 
「ペプチドの固相合成方法であって： 
　Ｎａ−９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）の組成物で保護され、固相樹脂粒子に結合された第一アミノ酸のα−アミノ基を、容器において該保護され結合されたアミノ酸を脱保護性溶液と混合し、脱保護する工程； 
　第二アミノ酸及び活性化溶液を該同一容器に添加し、該第二アミノ酸を活性化させる工程； 
　該第二アミノ酸を該第一アミノ酸にカップリングさせる工程；及び 
　サイクルとサイクルとの間に該同一の容器からペプチドを取り出すことなく、該同一の容器において連続的に前記脱保護工程、活性化工程、およびカップリング工程を行い、複数のアミノ酸をカップリングしてペプチドを形成する工程、 
を含む方法。」という点で一致する。 
 　 
　そして、本件発明１は、脱保護工程及びカップリング工程において、マイクロ波透過性容器中の組成物に対してマイクロ波を照射し、ペプチドの合成を促進することが特定されているのに対し、引用発明１では、そのような特定がなされていない点で相違する（相違点１）。 
 　 
 　 
（５）判断 
 　 
　甲第９号証は、「高温でのペプチドの固相合成」というタイトルの（記載事項ａ参照）、Fmoc又はt-Bocを保護基として用いたペプチドの固相合成（SPPS）に関する文献であって（記載事項ｃ〜ｅ等参照）、合成の全工程を高い温度で行うという着想が、ペプチドの形成に要する時間を短縮することができることが記載され（記載事項ｂ）、そして、従来からのSPPSの一般的なプロトコル（27℃）を示したスキーム１と高温でのSPPSの一般的なプロトコルを示したスキーム２（記載事項ｄ、ｅ）を比較すると、脱保護工程の反応時間が、２７℃で２０分（50% TFA/DCM +1% アニソール)又は１０分(20%ピペリジン/NMP)、高温下では１０分（50% TFA/トルエン+1%アニソール)又は３分（20%ピペリジン／トルエン）であり、また、カップリング工程の反応時間が、２７℃で６０分、高温下で２０分であることがわかり、よって、２７℃を高温とすることで、脱保護工程及びカップリング工程のいずれについても、反応時間を短縮したことが確認できる。 
　具体的には 、t-Bocを保護基とした１０アミノ酸からなるペプチドであるＡＣＰ65-74の合成に関し、４５℃、６０℃及び７５℃で合成を行ったところ、４５℃では２０分のカップリング時間が十分でないこと、及び、６０℃が、２７℃での通常のSPPSと比較して、同等の収率でより純度の高いペプチドが迅速に得られたことから、６０℃が最も適した高い温度であることが記載されている（記載事項ｆ）。さらに、その後の実験では、Fmoc保護基を用いた合成及びt-Boc保護基を用いた合成に関し、２７℃と６０℃との比較がなされている（記載事項ｇ）。 
 　 
　一方、「マイクロ波照射による固相合成の速度向上」という表題の（記載事項ａ）甲第１０号証は、本件優先日（２００３年）よりも２年も前に頒布された総説であって、固相を用いた各種の化学合成反応において、マイクロ波照射を用いた実験がそれ以前になされていたことがレビューされている（記載事項ｂ、ｄ）。そして、固相合成においては反応時間が比較的長いことから、マイクロ波支援ペプチド合成の適用が報告されたこと、標準的な加熱プロトコルと比較した場合に、マイクロ波照射によると反応速度の有意な増加が観測されたことが記載されている（記載事項ｃ）。その一例として、Fmoc保護基アミノ酸を固相上のアミノ酸にマイクロ波照射をしながら合成した例も記載されている（記載事項ｂ）。 
 　 
　以上のことから、引用発明１と同じく、Fmoc保護基を有する固相上のアミノ酸を脱保護し、続いて、新たなFmoc保護基を有するアミノ酸とカップリングする工程を備えたペプチドの固相合成方法に係る甲第９号証に接した当業者であれば、ペプチドの固相合成の脱保護工程及びカップリング工程の反応時間が、２７℃よりも温度を高めた場合に短縮されることを認識する。
　一方、総説である甲第１０号証からは、マイクロ波照射が、ペプチド合成におけるFmoc保護基を有するアミノ酸を固相上のアミノ酸に付加する反応を含む種々の固相合成反応において利用できる当業者の周知の手段であること、マイクロ波照射が標準的な加熱プロトコルと比べて反応速度の有意な増加をもたらすことが理解できる。 
　ここで、引用発明１、甲第９号証及び甲第１０号証は、いずれも、Fmoc保護基で保護されたアミノ酸を用いた、ペプチドの固相合成という点で共通するものであるところ、固相合成の反応時間が長く、これを短縮することは当業者に自明の課題である（甲第２号証、甲第３号証、甲第９号証、甲第１０号証等参照。）。 
　したがって、甲第９号証より、Fmoc保護基を用いたカップリングによるペプチドの化学合成において、反応温度を高めることで脱保護工程及びカップリング工程の反応時間が短縮されることを認識した当業者であれば、引用発明１においても、脱保護工程及びカップリング工程の反応時間を短縮すべく、反応温度を高めるための手段として、甲第１０号証に標準的な加熱プロトコルと比較して反応速度の増加が有意であることが示されるマイクロ波照射を用いて所望の温度とすることは、容易になし得る事項である。また、その際に引用発明１における容器をマイクロ波透過性のものとすることは当然行うことにすぎない。 
　そして、本件発明１の奏する効果は、マイクロ波照射によるペプチド合成の促進、すなわち、反応時間の短縮であって、これは、引用発明１、甲第９号証及び甲第１０号証から、予測し得る範囲のものにすぎない。 
 　 
　したがって、本件発明１は、引用発明１、甲第９号証及び甲第１０号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
 　 
 　 
（６）被請求人の主張 
 　 
　被請求人は、平成２４年９月２４日付答弁書、平成２５年１月２２日付上申書及び平成２５年７月１８日付上申書において下記の点を主張している。 
 　 
ア）甲第１０号証には、保護されたアミノ酸の脱保護工程においてマイクロ波を照射することについては開示されておらず、また、甲第９号証と甲第１０号証は、具体的な技術内容については大きく異なるものであるので、これらを組み合わせることは困難である。（答弁書１９頁１４〜１８行） 
 　 
イ）本件発明１の構成を採用することにより、高温自体による欠点を生じることを回避しつつ、効率的なペプチドの合成方法を提供することが可能となったという効果は予測できるものではない。（答弁書１９頁２３〜２６行） 
 　 
ウ）脱保護工程はアミド結合の切断反応をともなうものであり、ペプチド結合自体の切断や副反応を回避する観点から、当業者であれば、加熱などの強い条件を避けることは当業者の技術常識である。例えば、甲第２号証、甲第３号証、甲第２０号証は、脱保護工程は室温で行われていることから、脱保護工程におけるマイクロ波の使用を避けていたことは明らかである。（平成２５年１月２２日付上申書５頁３行〜１４行、平成２５年７月１８日付上申書３頁１４行〜４頁２行） 
 　 
エ）ペプチド合成における脱保護反応について、アスパラチミド形成等の副反応が問題となるが、副反応を避けるためには、当業者であれば、低温条件下で反応を行うことを選択する。よって、脱保護反応をマイクロ波照射下で行うことについて動機付けを有し得ない。（平成２５年１月２２日付上申書５頁下から４行〜６頁１５行） 
 　 
オ）甲第９号証のＡＣＰ６５−７４の合成結果の収率及び純度は低いものであるので、甲第９号証はＳＰＰＳの改良を試みる当業者に考慮されるに足るものではない。（平成２５年７月１８日付上申書３頁３行〜１３行）
　 
カ）甲第９号証の記載より、高温とすることで反応時間が短縮されたことを確認することができないので、「２７℃を高温とすることで、脱保護工程及びカップリング工程のいずれについても、反応時間を短縮したことが確認できる。」とした第６．１．（５）の認定は誤りである。（平成２５年７月１８日付上申書４頁３行〜下から５行）
　　
キ）甲第９号証の、スキーム１及びスキーム２の条件は、反応温度のみならず反応溶媒などの他の反応条件に相違があるので、高い反応温度がカップリング工程や脱保護工程に有益であるということを導くことはできない。（平成２５年７月１８日付上申書５頁１２行〜７頁１９行）
　
ク）本件実施例では、アスパルチミド形成が可能な二つの部分を有するペプチドを、アスパルチミド形成を防止するための保護基を用いることなく、マイクロ波照射下で製造できているが、このような本件発明の効果は、従来技術から予期できるものではない。（平成２５年７月１８日付上申書９頁下から８行〜１０頁下から３行）
　乙第２号証の表３にマイクロ波照射を適用することにより、生成物を高い純度、短い時間で得られたことが示されるように、本件発明の効果が顕著であることは明らかである。（平成２５年７月１８日付上申書１０頁下から２行〜１１頁最終行）
　
　　
　上記被請求人の主張について検討する。 
 　 
ア）について 
　甲第９号証には、ペプチドの固相合成の脱保護工程及びカップリング工程の反応時間が、温度を高めた場合に短縮されることが示され、また、甲第１０号証には、固相合成における各種の化学反応において、標準的な加熱と比べて有利なものとしてマイクロ波照射を利用することが示されているのだから（記載事項ｂ、ｄ）、マイクロ波照射をFmoc保護基の脱保護工程にも適用することは、当業者が容易になし得たことである。 
 　 
イ）について 
　本件発明１には、高温自体による欠点を生じることを回避できることを可能とする構成が含まれているとは認められない。 
 　 
ウ）について 
　脱保護工程を加温して実施することは甲第９号証に具体的に記載されているから、脱保護工程で加熱を避けることが技術常識であったとはいえない。また、甲第２号証、甲第３号証及び甲第２０号証は、カップリング工程にマイクロ波照射を施すことに着目した文献であると認められるから、これらの証拠において脱保護工程にマイクロ波照射を施すことが行われていないことをもって、当業者が脱保護工程におけるマイクロ波の使用を避けていたとはいえない。 
 　 
エ）について 
　乙第４、５号証はいずれも、アスパルチミドという、隣り合う特定のアミノ酸配列で発生する副生成物に関する文献であり、当該副生成物が特定の隣り合うアミノ酸配列で発生することも、その発生を防止するために適当な保護基で保護するという手法も当業者の技術常識であったと認められる（甲第１号証32〜35頁の「3.9 Side reactions」の項参照）。 
　そうすると、特定のアミノ酸配列でアスパルチミド形成が発生することは当業者の想定内であって、アスパルチミド形成がおきやすい特定のアミノ酸配列が目的とするペプチドにあるときには、これを当業者の常套手段である適当な保護基の利用により防止すればよく、乙第４、５号証において、アスパルチミドを形成しやすいアミノ酸配列では低温条件下の方がアスパルチミド形成が少ないことが示されていることをもって、反応速度を高める点で有利であるマイクロ波照射の適用を当業者が断念するとはいえない。 
　 
オ）について
　甲第９号証の、Ｆｍｏｃ保護基を用いた固相ペプチド合成の結果である図３、図５には、６０℃の条件下、５０％前後の純度かつ相当程度の収率で目的のペプチドが得られたことが示されており、そこに示されている収率及び純度は、当業者が甲第９号証を考慮することを阻害する程に低いとはいえない。むしろ、甲第９号証からは、反応温度を高めることで反応時間が短縮されることが認識されるのだから、甲第９号証は、当業者が考慮するに足るものである。
　 
カ）について
　甲第９号証のスキーム１、２は、高温下での反応時間を２７℃における反応時間より短く設定したものであるが、このように設定された反応時間で目的のペプチドが合成されたことが、図３、５に示されているから、２７℃を高温とすることで、脱保護工程及びカップリング工程のいずれについても、反応時間を短縮したことが確認できるといえる。さらにいえば、甲第９号証には、「CCKのより長い分子型（CCK-22，-39及び-58）を、従来からのSPPSに比して短い時間で調製するために、温度を高めたSPPSの利用の可能性を開くものであるので、これらの結果は、非常に有望である。」（108頁左欄1〜5行）と記載されているように、甲第９号証には、温度を高めることで、従来に比して、反応時間を短くすることが可能となることの記載もあることからも、上記の認定に誤りはない。
　
キ）について
　甲第９号証のスキーム１及びスキーム２の条件は、温度条件が相違することに加えて、詳細に比較すると反応溶媒等の温度条件以外の条件にも相違があるものの、甲第９号証が、高温でのペプチド合成がペプチド形成に要する時間を短縮することを念頭においた論文であると認められること（記載事項ａ、ｂ）及び上記「カ）について」で指摘した甲第９号証の108頁左欄1〜5行の記載を考慮すれば、スキーム１及びスキーム２の条件の相違のうち、高い反応温度が、カップリング工程や脱保護工程において、反応速度の短縮という観点で有益であることは明らかである。
　
ク）について
　本件実施例についてみると、「Ａｓｎ−Ｇｌｙ−Ｖａｌ」という３アミノ酸からなるペプチドの合成に関し、その実験条件は「このペプチドにおけるすべての反応に関して、マイクロ波出力は、はじめに５０Ｗに設定し、次いで６０℃未満の温度に保たれるように調節した。」と記載され、また、「Ｇｌｙ−Ａｓｎ−Ｉｌｅ−Ｔｙｒ−Ａｓｐ−Ｉｌｅ−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｇｌｎ−Ｖａｌ」というペプチドの合成については、「脱保護は、２５Ｗのマイクロ波出力中で３０秒間行い、次いでそのマイクロ波中で１：００分間新しい脱保護溶液を用いて繰り返した。
  ・・・。カップリング反応は、１５秒間オン及び４５秒間オフを交互に繰り返す出力でマイクロ波中において５：００分間行った。出力の第一サイクルは２５Ｗであり、残りの４サイクルは各々２０Ｗであった。」と記載されており、マイクロ波照射の条件が、相当程度制御されていることが理解される。
　また、乙第２号証の実験条件をみると、「MW-assisted SPPS」（マイクロ波アシストSPPS）の実験条件は、第１脱保護、第２脱保護、及びカップリング全てにおいて、温度条件が「７５℃」であることが読み取れる。さらに、Arg,Hisのカップリング工程は、室温によるステップ１及び特定条件のマイクロ波照射によるステップ２により実施されたことがわかる（710頁左欄9〜16行、712頁表２）。
　これらの記載から、マイクロ波照射による温度条件や照射条件を相当程度制御することで、純度の良いポリペプチドが合成されたことは把握できる。
　そうすると、本件実施例及び乙第２号証に示される純度の結果は、特定のマイクロ波照射による温度条件や照射条件を設定することにより得られると理解される。
　
　ここで、本件発明１は、脱保護工程及びカップリング工程において施す「マイクロ波照射」の条件が何ら特定されていない。
　一方、総説である甲第１０号証の記載事項ｄをみると、マイクロ波照射による固相合成反応が200℃、120℃であることが記載され、また、マイクロ波照射を用いたSPPSの技術分野に属する甲第２号証によれば（1592頁右欄表参照）、マイクロ波照射によるカップリング反応が110℃、130℃で実施されたことがわかるから、マイクロ波照射を利用した固相合成反応では、１１０〜２００℃程度の反応温度を含むと理解される。
　したがって、本件発明１は、実施例や乙第２号証の温度をはるかに超える高温域でのマイクロ波照射も幅広く含んでいるのであって、このようなマイクロ波照射の条件を特定していない本件発明１全般が、極めて制御されたマイクロ波照射等の条件により達成された純度と同等の効果が得られると推認することはできない。
　したがって、本件発明１全般が、予測し得ない顕著な効果を奏するとはいえない。
　
　
　よって、被請求人の主張はいずれについても採用できない。 
 　　 
 　 
２．本件発明２について 
 　 
（１）甲第５号証の記載事項 
　
　本件特許の優先日前頒布された刊行物である甲第５号証には、以下の事項が記載されている。 
 　 
ａ．「開放容器および密閉容器のマイクロ波化学のシステム」(第1欄1〜2行) 
 　 
ｂ．「発明の属する技術分野 
 本発明は、分解、乾燥、蒸発、抽出、加水分解、ケルダール法、合成および実施に際してある程度の加熱を要するその他の工程のようなマイクロ波化学に用いられる方法および装置に関する。」（第１欄6〜11行） 
 　 
ｃ．「典型的な手順では、開放容器３のサンプルは、マイクロ波オーブン１で加熱される。・・・（中略）・・・加熱手順の間に試料は、開放容器３のそれぞれにおいて、沸騰または蒸発し始め、漏出しようとするが、漏出が続くと要素の損失をもたらすことになるであろう。このことは、冷却した薄膜状の液体のチャンネル１７（一実施形態では開放容器３のネック部分の周囲に設けられたジャケットであってもよい）によって防ぐことができる。蒸気は液体冷却チャンネル１７と接触し、凝縮し、解放容器３の底に流れて戻る。・・・（中略）・・・液体冷却チャンネル１７は、冷却チャネル１７の中の液体により、マイクロ波の吸収を最小限にするとともに、試料からの熱を効率的に吸収できるように設計されている。それゆえに、液体は、マイクロ波透過性であることにより、マイクロ波加熱システムの効率を大きく低減させることなく、開放容器３のサンプルからの熱を効果的に吸収し、サンプルの蒸発と損失を防ぐ。」(第3欄14〜57行) 
 　 
（２）対比 
　本件発明２と第６．１．（４）アで述べた引用発明１とを対比すると、第６．１．（４）イで述べたとおりの点で一致し、相違点１で相違する。 
　さらに、本件発明２においては、「脱保護工程、活性化工程、カップリング工程及び切断工程の任意の１つ以上の工程の間に容器を冷却して、マイクロ波エネルギーからの熱の蓄積により固相支持体又はペプチドが分解するのを防ぐ工程を含む」ものであるのに対し、引用発明１においては、そのような冷却により分解を防ぐ工程が設けられていない点でも相違する（相違点２）。 
 　 
（３）判断 
　相違点２について検討する。 
　甲第５号証には、合成等の実施に際してマイクロ波を施す場合に、開放容器において沸騰または蒸発により試料が漏出することを防ぐことを目的として、冷却した薄膜上の液体チャンネルを設けることが記載されている。 
　確かに、甲第５号証は、マイクロ波照射を用いた合成等の化学的操作において、温度上昇に起因した望まない状況を回避するために冷却する手段を設けるものではあるものの、その目的は容器内の試料の漏出の防止であって、相違点２に係る「マイクロ波エネルギーからの熱の蓄積により固相支持体又はペプチドが分解するのを防ぐ」という目的とは顕著に異なるものである。 
　よって、引用発明１に対して、甲第５号証に記載される発明を組み合わせても、本件発明２の相違点２に係る構成を導き出すことはできない。 
　したがって、本件発明２は、引用発明１、甲第９号証、甲第１０号証及び甲第５号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものではない。 
 　 
 　 
３．本件発明３について 
 　 
（１）甲第１号証の記載事項 
　甲第１号証には、下記の事項も記載されている。 
 　 
ｃ．「表１　最終生成物の収率に対する累積誤差の影響 
　反応数　　　　各反応の収率（％） 
　１０　　　　　 
　２０　 
　３０　　　　　　　　（省略） 
　４０ 
　５０　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」（10頁） 
 　 
（２）対比 
　本件発明３は、「３つ以上のアミノ酸に関して脱保護工程、活性化工程及びカップリング工程を連続して周期的に繰り返すことにより、所望のペプチドを合成することを含む、請求項１記載のペプチド合成方法。」である。 
　甲第１号証には、反応数が１０、２０、３０、４０、及び５０であること（記載事項ｃ）、所望のペプチド配列が得られるまで反復して行うこと（記載事項ｂ、ｆ）も記載されているから、「３つ以上のアミノ酸に関して脱保護工程、活性化工程及びカップリング工程を連続して周期的に繰り返すことにより、所望のペプチドを合成すること」が記載されているといえる。 
　したがって、本件発明３と甲第１号証に記載の発明とを対比すると、第６．１．（４）イで述べたとおりの点で一致することに加え、「３つ以上のアミノ酸に関して脱保護工程、活性化工程及びカップリング工程を連続して周期的に繰り返すことにより、所望のペプチドを合成することを含む」点でも一致し、相違点１で相違する。 
 　 
（３）判断 
　第６．１（５）で述べたのと同様、本件発明３は、甲第１号証、甲第９号証及び甲第１０号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
 　 
 　 
４．本件発明４について 
 　 
（１）対比 
　本件発明４は、「複数の周期の間にペプチドを固相樹脂から又は容器から取り出すことなく、連続する脱保護工程、活性化工程、カップリング工程及び切断工程を単一反応器において実施することを含む、請求項１記載のペプチド合成方法。」である。 
　甲第１号証には、「Nα保護基の除去および次に入ってくるアミノ酸のカップリング、を通じたペプチド鎖の伸長を含んでいる。固相合成技術の２番目の特徴は、試薬が大過剰に添加され、大過剰の試薬は単純な濾過と洗浄によって除去できる点である。これらの操作は一つの反応容器内で生じるので、全てのプロセスは自動化に適している。」（記載事項ｌ）と記載され、かつ、脱保護工程とカップリング工程の間に活性化工程があることも記載されている（記載事項ｆ）。さらに、活性化工程をin situで行うことも記載されているから（記載事項ｇ）、「複数の周期の間にペプチドを固相樹脂から又は容器から取り出すことなく、連続する脱保護工程、活性化工程及びカップリング工程を単一反応器において実施することを含む」ことが記載されているといえる。 
　したがって、本件発明４と、甲第１号証に記載の発明とを対比すると、両者は、第６．１．（４）イで述べた点で一致することに加え、「複数の周期の間にペプチドを固相樹脂から又は容器から取り出すことなく、連続する脱保護工程、活性化工程及びカップリング工程を単一反応器において実施することを含む」点でも一致し、相違点１で相違する。 
　さらに、本件発明４は単一反応器において実施される工程として、「切断工程」をも含むのに対し、甲第１号証に記載の発明は、切断工程をも単一反応器において実施することについて、記載されていない点でも相違する（相違点３）。 
　 
（２）判断 
　相違点３について検討する。 
　甲第１号証の「これらの操作は一つの反応容器内で生じるので、全てのプロセスは自動化に適している。」（記載事項ｌ）という記載及びFmocのSPPSと題された図３（記載事項ｆ）に接した当業者であれば、脱保護工程やカップリング工程のみならず、それに続く切断工程についても、そのままの容器で実施することは容易に想到し得たことである。 
　したがって、本件発明４は、甲第１号証、甲第９号証及び甲第１０号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
 　 
 　 
５．本件発明５について 
 　 
（１）甲第１号証の記載事項 
 　 
　甲第１号証には、下記の事項も記載されている。 
 　　 
ｍ．「反応容器を揺する、ボルテックスする、逆さにする、または不活性ガスを反応容器の底からバブリングさせることにより、固相支持体を攪拌する。」（279頁下から9行目〜7行目) 
 　 
（２）対比 
　本件発明５は、「更に、脱保護工程、活性化工程、カップリング工程及び切断工程の１つ以上の工程の間に、混合物を窒素気体により撹拌する工程を含む、請求項１記載のペプチド合成方法。」である。 
 　甲第１号証には、不活性ガスを反応容器の底からバブリングすることにより、固相支持体を撹拌することが記載されている（記載事項ｍ）。ここで、バブリングされる固相支持体とは、混合物であることは技術的に明らかである。 
　よって、本件発明５と、甲第１号証に記載の発明とを対比すると、両者は、第６．１．（４）イで述べたとおりの点で一致することに加え、「更に、脱保護工程、活性化工程及びカップリング工程の１つ以上の工程の間に、混合物を不活性ガスにより撹拌する工程を含む」点でも一致する。 
 　一方、上記の相違点１で相違するのに加え、両者は、本件発明５が不活性ガスが「窒素気体」であるのに対し、甲第１号証に記載の発明は、それより上位概念である「不活性ガス」である点でも一応相違する（相違点４）。 
 　 
（３）判断 
　相違点４について検討する。 
　「不活性ガス」といえば、窒素気体は当業者が直ちに想起するものの一つであるから、この点は、実質的な相違点ではない。 
　例え相違点であったとしても、不活性ガスとして窒素気体を選択することは、当業者が適宜行う事項にすぎず、窒素気体を選択したことで、予想外の効果が奏されるとも認められない。 
　したがって、本件発明５は、甲第１号証、甲第９号証及び甲第１０号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
 　 
６．本件発明６〜９について 
 　 
（１）甲第１号証の記載事項 
 　 
　甲第１号証には、以下の事項も記載されている。 
 　 
ｅ．「実際には、t-ブチル及びトリチルをベースとした側鎖保護基、及びアルコキシベンジルをベースとしたリンカーが使用されている。その理由は、これらはTFAによって除去できるからである。TFAはペプチド用溶媒として優れており、標準的な実験用ガラス製品内で使用可能であり、また揮発性であるため、蒸発によって容易に除去できる。」（12頁4〜8行） 
 　 
ｋ．「表　５．Fmoc/tBu SPPS で利用されるカップリング法 
カップリング試薬　　　添加物　　　　　　　活性種 
 　　・・・ 
DIC（又はDCC）　　　　HOBt　　　　　ベンゾトリアゾリルエステル 
・・・」(28頁表5) 
 　 
（２）対比 
　本件発明６〜９は、それぞれ、 
「アミノ酸の側鎖を脱保護することを含む、請求項１記載のペプチド合成方法。」（本件発明６）、 
「該アミノ酸の該側鎖を、ｔ−ブチルをベースとする側鎖保護基を除去するのに適する組成物で脱保護することを含む、請求項６記載のペプチド合成方法。」（本件発明７）、 
「更に、カルボジイミド型のカップリング試薬を用いて、第二アミノ酸をin situで活性化させカップリングさせることを含む、請求項１記載のペプチド合成方法。」（本件発明８）、及び、 
「該同一容器内の組成物にマイクロ波を照射しながら第一アミノ酸に第二アミノ酸をカップリングさせる、請求項１記載のペプチド合成方法。」（本件発明９） 
である。 
 　 
　甲第１号証の記載事項ｅには、ｔ−ブチルを側鎖保護基として使用すること、及びそれをＴＦＡによって除去することが記載されているから、本件発明６、７と、甲第１号証に記載の発明とを対比すると、両者は、「アミノ酸の側鎖を脱保護することを含む」点、「該アミノ酸の該側鎖を、ｔ−ブチルをベースとする側鎖保護基を除去するのに適する組成物で脱保護することを含む」点でも一致する。 
 　 
　次に、甲第１号証の記載事項ｇには、ベンゾトリアゾルエステルを in situ で生成する活性化試薬を利用してカップリングを行うことが記載され、記載事項ｋには、ベンゾトリアゾルエステルを活性種とするカップリング試薬として、DIC（＝ジイソプロピルカルボジイミド）が記載されているから、本件発明８と甲第１号証に記載の発明とを対比すると、両者は、「更に、カルボジイミド型のカップリング試薬を用いて、第二アミノ酸をin situで活性化させカップリングさせることを含む」点でも一致する。 
 　 
　さらに、本件発明９の「該同一容器内の組成物にマイクロ波を照射しながら第一アミノ酸に第二アミノ酸をカップリングさせる、請求項１記載のペプチド合成方法。」という発明特定事項は、既に本件発明１で有しているものである。 
　よって、本件発明６〜９と、甲第１号証に記載の発明とは、上記の相違点１のみで相違する。 
 　 
（３）判断 
　相違点１については、第６．１（５）で述べたとおりであるから、本件発明６〜９は、甲第１号証、甲第９号証及び甲第１０号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 
 　 
 　 
７．本件発明１０、１１について 
 　 
（１）甲第６号証の記載事項 
 　 
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第６号証には、以下の事項が記載されている。 
 　 
ａ．「全自動でマイクロモル量の複数のペプチドを同時に合成する方法」（7759頁タイトル） 
 　 
ｂ．「樹脂からの切断はマイクロプレートの液相装置を用いて手動で行なわれる。樹脂はジクロロメタンで５回洗浄され、デシケータ内で減圧下のもと乾燥させ、トリフルオロ酢酸／５％のアニソールを３００μＬ用いた１０分間の処理が２回行われる。」(7764頁表３の下1〜4行) 
 　 
（２）甲第９号証の記載事項 
 　 
　甲第９号証には、下記の事項も記載されている。 
 　 
ｉ．「最終的な脱保護及び切断 
・・・（略） 
　Fmoc法においては、ペプチドか樹脂はReagent Kを室温で２時間（ACP65-74）又は６時間（非硫酸化CCKs)で処置された。」（103頁右欄4〜15行） 
  
（３）対比 
　本件発明１０は、「固相樹脂に結合されたペプチドを、該同一容器において切断性組成物と混合し、該組成物にマイクロ波を照射しながら、該結合ペプチドを該固相樹脂から切断する工程を含む、請求項１記載のペプチド合成方法。」であり、本件発明１１は、「更に、トリフルオロ酢酸から成り、保護基及びリンカーから生ずる反応性カルボニウムイオンを消失させるための複数の掃去剤を含有する切断性組成物を用いることを含む、請求項１０記載のペプチド合成方法。」である。 
 　 
　本件発明１０と、甲第１号証に記載の発明とを対比すると、両者は、上記の相違点１に加え、本件発明１０は「固相樹脂に結合されたペプチドを、該同一容器において切断性組成物と混合し、該組成物にマイクロ波を照射しながら、該結合ペプチドを該固相樹脂から切断する工程を含む」ものであるのに対し、甲第１号証には、そのようなマイクロ波を照射しながらペプチドを固相樹脂から切断する工程の記載がない点でも相違する（相違点５）。 
 　 
（４）判断 
　相違点５について検討する。 
　甲第９号証は、高温でのペプチド合成に係る文献であり、「カップリング工程」、「脱保護工程」及び「洗浄工程」を高い温度で行うことが記載されているものの（記載事項ｅ）、最終段階の樹脂からの切断については、「室温」で行うものである（記載事項ｉ）。 
　そうすると、甲第９号証より把握される事項は、脱保護工程及びカップリング工程は高温で実施し、かつ、最後の切断工程は室温で実施することであるから、甲第１号証に記載の切断工程にまで、甲第１０号証のマイクロ波照射を施すことの動機付けがあるとはいえない。 
　したがって、相違点５は、甲第１号証、甲第９号証及び甲第１０号証より、当業者が容易になし得たものではない。 
 　 
　そして、本件発明１１は、本件発明１を引用する方法に係る発明であって、かつ、上述のとおり、当業者が容易になし得ない本件発明１０を引用するものである。そして、甲第６号証によっても、相違点５に係る構成を導くことが容易であるとはいえないから、同様に、当業者が容易に発明をすることができたものではない。 
 　 
　したがって、本件発明１０は、甲第１号証、甲第９号証及び甲第１０号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。また、本件発明１１は、甲第１号証、甲第９号証、甲第１０号証及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものではない。 
 　 
 　 
８．小括 
 　 
　したがって、本件発明１、３〜９は、甲第１号証、甲第９号証、及び甲第１０号証（以下、この項において「前記証拠」という）に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものである。 
 　 
　また、本件発明２は、前記証拠及び甲第５号証に記載された発明に基づいて、本件発明１０は、前記証拠に記載された発明に基づいて、本件発明１１は、前記証拠及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。よって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるとはいえない。 
 　 
 　 
第７．無効理由１について 
 　
１．本件発明１について
　
（１）甲第２号証の記載事項
　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第２号証には、下記の事項が記載されている。
　
ａ．「マイクロ波照射支援高速固相ペプチド合成」（1592頁タイトル）
　
ｂ．「マイクロ波加熱の利用は、種々の有機反応において利点となることが示されている。」(1592頁左欄6〜8行)
　
ｃ．「Rinkアミド結合剤を用いてポリスチレン樹脂に固定されたFmoc保護アミノ酸のカップリングを行なった。固相支持体の分解は観察されなかった。最初のFmoc脱保護ステップ（15分）は室温で行われ、そしてカップリングステップはマイクロ波照射の下で行われた。」(1592頁右欄9〜14行)
　
ｄ．「アゾベンゾトリアゾール誘導体は、１１０℃まで温度の上昇にしたがってカップリング効率が増大した。高温では、反応混合物の色の変化により試薬の分解が示された。完了までに二度または三度のカップリングステップを要する通常のSPPSと比較して、マイクロ波照射下では、一度目のカップリングステップの後、数分以内にカップリングは既に完了していた。」(1592頁右欄19〜27行)
　　
　
（２）甲第３号証の記載事項
　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第３号証には、下記の事項が記載されている。
　
ａ．「マイクロ波照射によるペプチド固相合成におけるカップリングの高効率化」(4781頁タイトル)
　
ｂ．「アシルキャリアタンパク質の断片６５−７４（６５−７４Ａｃｐ、スキーム１に記載の配列）、・・・（中略）・・・、がＤＭＦ中において予め形成された活性エステルを用いて合成されたが、各カップリングステップは４分間のマイクロ波照射を含んでいた。６５−７４Ａｃｐは、アミノ酸誘導体を段階的にカップリングすることにより合成された。」(4782頁右欄2行〜4783頁左欄4行)。
　
ｃ．「マイクロ波を照射することにより、ペプチド結合の形成は４分以内に完了した。マイクロ波を照射しない室温での反応は３０分を要し、相対的に遅いといえる。」(4783頁の左欄9〜13行)
　
　
（３）甲第４号証の記載事項
　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第４号証には、下記の事項が記載されている。
　
ａ．「マイクロ波照射により支援されたN-CbzおよびN-Bn誘導体の高速脱保護」(5191頁タイトル)
　
ｂ．「マイクロ波照射条件下でのイソプロパノール中における触媒移動水素化により、N-CbzおよびN-Bn誘導体は高速に脱保護された。この方法は、短いペプチドの合成に特に適しており、支持された分子においても利用できる。」（5191頁要旨の項）
　
ｃ．「N-Fmocが存在する場合（リジン８のように二重に保護されている場合のように）、我々の観察では、Cbzは完全に除去され、Fmocは脱保護されなかった。しかしながら、N-FmocProOMeを１０サイクルの照射に供し静置させた時は、１０％の脱保護が観察された。」(5193頁左欄21〜27行)
　
ｄ．「最後に、脱保護はＭｅＯ−ＰＥＧ（ＭＷ５０００）１２、およびWang樹脂１３に支持された基材に対してもうまく適用することができる。」(5193頁左欄31〜33行)
　
ｅ．「
」、
「　
」（5192頁表１） 
　
ｆ．「
」（5191頁 スキーム1）
　 
（４）対比
　
　本件発明１と第６．１．（４）アで述べた引用発明１とを対比すると、同イで述べたとおりの点で一致し、相違点１で相違する。
　
　
（５）判断
　
ア．相違点１について
　
　甲第４号証は、「マイクロ波照射により支援されたN-CbzおよびN-Bn誘導体の高速脱保護」（記載事項ａ）とタイトルにあるように、アミノ基がベンジルカーバメート（Ｃｂｚ）又はベンジル（Ｂｎ）で保護された化合物の当該保護基の除去にマイクロ波を使用することを主に開示しているものであって、Ｆｍｏｃ保護基を脱保護する技術を主に研究した報告に関するものではない。
  また、甲第４号証の記載事項ｂにおいて、短いペプチドの合成に特に適しており、支持された分子においても利用できると記載されているのは、Fmoc保護基の脱保護工程を備えたペプチド合成ではなく、N-CbzおよびN-Bn誘導体の脱保護工程を備えたペプチド合成である。
　そして、甲第４号証の記載事項ｄには、Wang樹脂１３に支持された基材に対してもうまく適用することができると記載されているものの、Wang樹脂１３とは、記載事項ｅに示されるように、保護基としてCbzのみを有しているものであって、Fmoc基を有しているものではない。また、アミノ酸であるプロリンのNをFmocで保護した化合物であるN-FmocProOMeは、固相に結合されたアミノ酸ではないし、樹脂の担体に結合した化合物として認識される化合物は、記載事項ｅの化合物１２及び１３のみであるが、これらはPEGあるいは樹脂に結合した化合物の「Ｃｂｚ」を保護基として有するものであって、Fmocを保護基として有するものではない。
　さらに、引用発明１は、脱保護剤としてピペリジンを用いて、Fmoc基を脱保護するものであるのに対し、甲第４証記載の発明は、脱保護工程においてPd/C触媒、すなわち、パラジウム炭素触媒を用いる方法である（記載事項ｆ参照）。化学反応において、反応系を構成する触媒等の成分が非常に重要であることは当業者の技術常識であるところ、引用発明１記載の脱保護工程と、甲第４号証に記載の脱保護工程とは、その反応系の構成が全く異なるものである。
　したがって、甲第４号証に記載された方法は、引用発明１のように固相担体に結合し、かつFmoc保護基で保護されたアミノ酸の脱保護でないこと、引用発明１とは反応系の構成が全く異なることから、引用発明１と甲第４号証に記載された発明とは、脱保護の前提が異なるものである。
　また、甲第４号証の記載事項ｃには、「N-Fmocが存在する場合（リジン８のように二重に保護されている場合のように）、我々の観察では、Cbzは完全に除去され、Fmocは脱保護されなかった。しかしながら、N-FmocProOMeを１０サイクルの照射に供し静置させた時は、１０％の脱保護が観察された。」と記載されているが、これは、Cbz及びFmoc保護基の両者を有する化合物８（記載事項ｅ参照）においては、マイクロ波の照射によりCbzは完全に除去されるにもかかわらず、Fmocは脱保護されなかったこと、及び、N-FmocProOMeに対し、１０サイクル（表１に示される他の化合物に対しては、３〜８サイクル）もの多サイクルのマイクロ波照射を施した場合であっても、わずか１０％の脱保護（表１に示される他の化合物では、９０〜９５％）が観察されたことが記載されているのであって、この記載から当業者は、多サイクルのマイクロ波照射を施しても、９０％は脱保護されなかったことを把握するといえる。
　したがって、甲第４号証の記載から、当業者は、マイクロ波照射により、Cbz基は完全に除去されうるのに対し、Fmoc基は脱保護が非常にされにくいと認識するのであって、Fmocで保護されているアミノ酸を脱保護するためにマイクロ波を照射する技術が有効であると認識するとはいえないから、引用発明１に対して、甲第４号証におけるマイクロ波照射による脱保護を適用する動機付けがあったとは認められない。
　
　以上のとおり、主として、N-CbzおよびN-Bn誘導体のマイクロ波照射による高速脱保護を開示しており、引用発明１とは脱保護の前提が異なる技術を開示している甲第４号証における、固相に結合されていないN-FmocProOMeに対し、マイクロ波照射を施した場合に１０％の脱保護が観察された、すなわち、９０％が脱保護されなかったという記載を見た当業者が、Fmoc保護基の脱保護工程を有するペプチドの固相合成方法に関する引用発明１において、Fmoc保護基の脱保護にマイクロ波照射を利用するとするとは考えにくく、引用発明１に対し、甲第４号証に記載されるマイクロ波照射による脱保護の技術を組み合わせる動機付けがあるとはいえない。
　
　また、甲第２号証及び甲第３号証に記載の発明は、いずれも、固相樹脂に結合したアミノ酸を、他のアミノ酸とカップリングする工程を含むペプチドの固相合成に係るものであり、カップリング工程をマイクロ波照射のもとで行うと、カップリング時間が短縮されたことが記載されているが（甲第２号証記載事項ｄ、甲第３号証の記載事項ｃ）、脱保護工程にマイクロ波照射することについては記載されていない。
　したがって、相違点１は、引用発明１、甲第２号証または甲第３号証、及び甲第４号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に想到し得なかったものである。
　
　よって、本件発明１は、引用発明１、甲第２号証または甲第３号証、及び甲第４号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものではない。
　
２．本件発明２〜１１について
　本件発明２〜１１は、いずれも、本件発明１を引用する方法に係る発明であって、かつ、当業者が容易になし得ないと第７．１．（５）アで判断した引用発明１との相違点１である、「脱保護工程及びカップリング工程において、マイクロ波透過性容器中の組成物に対してマイクロ波を照射し、ペプチドの合成を促進する」という発明特定事項を含むものである。
　そして、甲第５号証、甲第６号証、及び甲第１０号証は、いずれも、当該発明特定事項を導くための証拠として提出されたものではない。
　よって、本件発明１と同様に、本件発明２〜１１についても、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
３．小括
　本件発明１、３〜９は、甲第１号証、甲第２号証または甲第３号証、及び甲第４号証（以下、この項において「前記証拠」という）に記載された発明に基づいて、本件発明２は、前記証拠及び甲第５号証に記載された発明に基づいて、本件発明１０は、前記証拠及び甲第１０号証に記載された発明に基づいて、本件発明１１は、前記証拠及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　よって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるとはいえない。 
　
　
第８．無効理由２について
　
１．本件発明１について
　
（１）甲第７号証の記載事項
　
　本件特許の優先日前に頒布された刊行物である甲第７号証には、以下の事項が記載されている。
　
ａ．「発明の分野
本発明は全般的には、組み合わせ合成に関し、詳細には、既知の組成の化学ライブラリを生成する方法および装置に関する。」（16頁3〜5行）
　
ｂ．「そのようなリガンドを生成する一般的な方法は、固相樹脂上のリガンドのライブラリを合成することである。ペプチドを固相合成する技法はたとえば、ＡｔｈｅｒｔｏｎおよびＳｈｅｐｐａｒｄ著「Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach」（ＩＲＬ　Ｐｒｅｓｓ　ａｔ　Ｏｘｆｏｒｄ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　Ｐｒｅｓｓ、英国オックスフォード、１９８９年）に記載されている。」（第16頁下から2〜7行）
　
ｃ．「組み合わせ化学ライブラリの生成を助けるために、そのようなライブラリを生成するのに必要な多数のステップまたはすべてのステップを自動的に実行できる科学機器が生産されている。自動組み合わせ化学ライブラリシンセサイザの一例として、ケンタッキー州ルイズビルのアドバンストケムテック社（Ａｄｖａｎｃｅｄ　ＣｈｅｍＴｅｃｈ，　Ｉｎｃ．（「ＡＣＴ」））によって製造されているモデル（Ｍｏｄｅｌ）３９６ＭＰＳ全自動複数ペプチドシンセサイザが挙げられる。モデル３９６ＭＰＳは、単一のランで最大９６個の異なるペプチドまたはその他の小さな分子を生成することができる。合成は同時に行われ、一つのアミノ酸が、成長する各ポリペプチド鎖に添加され、その後、次の連続アミノ酸が任意のポリペプチド鎖に添加される。」（20頁20行〜21頁3行）
　
ｄ．「各反応ブロック１４０は、４８個の反応チャンバ１１０（たとえば、第４図を参照されたい）からなるアレイを含む。・・・反応チャンバ１１０は、ポリプロピレンなど、射出成形または押し出し成形されたポリマーで構成することが好ましい。ただし、ポリエチレンや、テフロンや、ガラスや、反応チャンバ１１０がさらされる温度環境、圧力環境、化学環境に耐えることができるその他の不活性材料を使用することもできる。」（27頁17行〜27行）
　
ｅ．「反応ブロック１４０は、適当な金属、またはエンジニアリングプラスチック、または充填プラスチック、または結晶プラスチック、またはセラミックス、または機械加工可能なセラミックス、または反応ブロック１４０がさらされる温度環境、圧力環境、化学環境に耐えることができるその他の材料を機械加工または成形して製作することもできる。非金属材料を使用する場合、マイクロ波を印加することによって生成物の反応を高めることができる。」（30頁3〜8行）
　
ｆ．「通常の操作では、反応チャンバ１１０内の各フリット１２４上に固相樹脂などの合成担体を堆積させる。・・・次いで、ピペッティング作業ステーション２５０が、コンピュータ制御の下で、試薬の選択された組合せを反応チャンバ１１０に供給するように動作する。・・・反応ブロック１４０は、ステーション３０６Ａに取り付けられているときはいつでも、前述のように、加熱または冷却することも、あるいは不活性気体で加圧することも、あるいは渦流させることもできる。・・・所望の生成物の合成が完了した後、適当な試薬を使用して生成物を合成担体からクリーブすることができる。」（38頁15行〜39頁12行）
　
（２）対比
　
　本件発明１と第６．１．（４）アで述べた引用発明１とを対比すると、同イで述べたとおりの点で一致し、相違点１で相違する。
　
（３）当審の判断
　
ア．相違点１について
　
　甲第７号証は、「既知の組成の化学ライブラリを生成する方法および装置」に関して記載されており（記載事項ａ）、具体的には、固相樹脂などの合成担体を堆積させた反応チャンバ１１０内に、試薬を添加し、所望の生成物の合成が完了した後、適当な試薬を使用して生成物を合成担体からクリーブすることが記載されている（記載事項ｆ）。かかる発明の背景、すなわち、適用される化学ライブラリ生成の一例として、ペプチド合成（記載事項ｂ、ｃ）が挙げられており、特に記載事項ｂには、SPPSによりペプチドを固相合成することも記載されている。
　さらに、「反応ブロック１４０は、・・・非金属材料を使用する場合、マイクロ波を印加することによって生成物の反応を高めることができる。」と記載され（記載事項ｅ）、反応チャンバ１１０の素材として、ポリプロピレン、ガラスなどが例示されている（記載事項ｄ）。
　
　しかしながら、これらの記載は、プラスチックやガラスなどの非金属材料から構成される反応ブロックで、ライブラリを作成するために化学反応を実施する際に、マイクロ波を印加することによって反応を高めることが可能であるという一般的な開示に過ぎない。そもそも、甲第７号証は、特にその特許請求の範囲や図面に示されるように、化学ライブラリを生成するための装置構成に特徴を有する発明に係る文献であって、本件発明１や引用発明１のような、Ｆｍｏｃ保護基の脱保護、アミノ酸の活性化及びカップリング工程を備えた特定の化学反応工程に関する記載はない。
　
　したがって、甲第７号証には、化学ライブラリを合成するために、反応チャンバとしてマイクロ波透過性のポリプロピレン、ガラスなどの容器を用い、生成物の反応を高めるために、マイクロ波を印加することは開示され、その一例としてSPPSによるペプチド合成は挙げられているといえるものの、マイクロ波照射を適用する反応が、Ｆｍｏｃ保護基の脱保護、アミノ酸の活性化及びカップリング工程を備えた特定のペプチド合成であることは具体的に記載されておらず、さらにいえば、この３工程のうちの、特に脱保護工程及びカップリング工程の両者にマイクロ波照射を行うことは、何ら示されていない。
　
　してみれば、引用発明１と甲第７号証に記載の発明とは、技術分野が共通あるいは密接に関連しているとはいえず、Ｆｍｏｃ保護基の脱保護、アミノ酸の活性化及びカップリング工程を備えた特定のペプチド合成に係る引用発明１に対して、甲第７号証に記載される、装置構成に特徴のある発明における、マイクロ波印加に関する一般的な記載を参酌してこれらを組み合わせるとはいえない。
　
　よって、Fmoc基の脱保護、第二アミノ酸の活性化及びカップリング工程を備えたペプチドの合成法におけるマイクロ波照射に係る相違点である相違点１は、当業者が容易になし得たものとはいえない。
　
　したがって、相違点１は、当業者が容易になし得たものではないから、本件発明１は、引用発明１及び甲第７号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたとはいえない。
　
　
２．本件発明２〜１１について
　
　本件発明２〜１１は、いずれも、本件発明１を引用する方法に係る発明であって、かつ、当業者が容易になし得ないと第８．１．（３）アで判断した引用発明１との相違点１を、発明特定事項として含むものである。
　そして、甲第６号証は、当該相違点を導くための証拠として提出されたものではない。
　よって、本件発明１と同様に、本件発明２〜１１についても、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
　
３．小括
　
　したがって、本件発明１〜１０は、甲第１号証及び甲第７号証に記載された発明に基づいて、本件発明１１は、甲第１号証、甲第７号証、及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　よって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるとはいえない。
　
　
第９．無効理由３について
　
１．本件発明１〜１１について
　
　甲第８号証として提出された証拠は、請求人が平成２５年１月８日付口頭審理陳述要領書（３−２）ａ）において認めるように、本件特許の優先日である２００３年６月２３日の前に頒布されたものとは認められない。
　したがって、審判請求時に主張された、甲第８号証が本願優先日前に頒布されたものであることを前提とした、無効理由３の主張は認められない。　
　
　なお、平成２５年１月８日付の請求人による口頭審理陳述要領書の第７頁第１９行から第９頁第１１行における無効理由３についての主張は、請求の理由の要旨を変更するものであるから、特許法第１３１条の２第１項及び第２項の規定により許可しない（平成２５年１月２２日付第１回口頭審理調書）。
　
２．小括
　
　したがって、本件発明１、３〜１０は、甲第１号証及び甲第８号証（以下、この項において、「前記証拠」という）に記載された発明に基づいて、本件発明２は、前記証拠及び甲第５号証に記載された発明に基づいて、本件発明１１は、前記証拠及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　よって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるとはいえない。
　
　
第１０．無効理由４について
　　
１．本件発明１について
　
（１）対比
　
　本件発明１と第６．１．（４）アで述べた引用発明１とを対比すると、同イで述べたとおりの点で一致し、相違点１で相違する。
　
（２）当審の判断
　
ア．相違点１について
　
　甲第２号証は、引用発明１及び甲第９号証と、Ｆｍｏｃを保護基として用いた、カップリング反応によるポリペプチドの固相合成方法という点では共通するものの、甲第２号証に記載されるマイクロ波照射は、カップリング工程に施されることに留まるものである（第７　１．（１）参照）。また、甲第９号証に記載されるカップリング工程及び脱保護工程における反応温度上昇のための手段として、甲第２号証に記載されるマイクロ波照射が有利である等の、甲第２号証のマイクロ波照射という温度上昇手段を積極的に用いることの示唆はない。
　そうすると、固相ペプチド合成を促進するために、甲第９号証において、脱保護工程にも加温がなされていても、当該工程にまでマイクロ波照射を用いる動機付けがあるとまではいえない。
　よって、相違点１は、当業者が容易になし得たものではないから、本件発明１は、引用発明１、甲第９号証及び甲第２号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたとはいえない。
　
　
２．本件発明２〜１１について
　　
　本件発明２〜１１は、いずれも、本件発明１を引用する方法に係る発明であって、かつ、当業者が容易になし得ないと第１０．１．（２）アで判断した引用発明１との相違点１を、発明特定事項として含むものである。
　そして、甲第５号証及び甲第６号証は、当該相違点を導くための証拠として提出されたものではない。
　よって、本件発明１と同様に、本件発明２〜１１についても、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。
　
　
３．小括
　
　したがって、本件発明１、３〜１０は、甲第１号証、甲第９号証及び甲第２号証（以下、この項において「前記証拠」という）に記載された発明に基づいて、本件発明２は、前記証拠及び甲第５号証に記載された発明に基づいて、本件発明１１は、前記証拠及び甲第６号証に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　よって、これらの発明についての特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してなされたものであるとはいえない。
　
　
第１１．無効理由８について
　
１．審判請求人の主張の内容
　
（１）平成２２年８月５日に提出された手続補正書（甲第１５号証）による補正により請求項１において追加された「サイクルとサイクルとの間に該一つのマイクロ波透過性の容器からペプチドを取り出すことなく、該一つの容器において複数のアミノ酸を連続的に脱保護し、活性化し、そしてカップリングしてペプチドを形成すること」との構成要件Ｅは、マイクロ波照射について言及がないから、連続して行なう脱保護工程、カップリング工程について、マイクロ波照射を行なわない態様が含まれる。しかしながら、明細書の段落[００１７]（甲第１８号証−ａ）には、「（ｄ）マイクロ波のエネルギーを施用して、脱保護、活性化及びカップリングのサイクルを促進する工程を含む方法である」と記載されており、構成要件Ｅに含まれると解されるマイクロ波を照射せずに連続する脱保護工程、活性化工程およびカップリング工程を行なう態様は、出願時の明細書に記載がない。（審判請求書７８〜８１頁）
　
（２）追加された構成要件Ｅにおいて、「サイクルとサイクルとの間に該一つのマイクロ波透過性の容器からペプチドを取り出すことなく」との点が限定されているが、サイクルとサイクルとの間にマイクロ波透過性容器からペプチドが取り出されないようにするための手段（構成要件Ｅ）は出願時の明細書に記載されていないから、当該手段は、願書に最初に添付された明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項ではない。（審判請求書７８〜８１頁）
　
　
２．当審の判断
　　　
（１）について
　
　第２．において、適法と判断した訂正請求により、構成要件Ｅに、マイクロ波を照射せずに連続的に脱保護工程、活性化工程およびカップリング工程を行う態様が含まれないことが明確となったため、請求人の主張する理由（１）は、成り立たない。
　
（２）について
　
　請求人の指摘する「サイクルとサイクルとの間に該一つのマイクロ波透過性の容器からペプチドを取り出すことなく」という記載は、訂正特許請求の範囲の請求項１における「サイクルとサイクルとの間に該同一のマイクロ波透過性容器からペプチドを取り出すことなく」に相当するが、当該記載は、そうするための特定の手段を特定するものではないから、サイクルとサイクルとの間にマイクロ波透過性容器からペプチドが取り出されないようにするための手段が当初明細書に記載されていないとする請求人の主張は失当である。
　さらに、本件の当初明細書には、「特に好ましい態様において、本方法は、サイクルとサイクルとの間に、固相樹脂からペプチドを取り出すことなく、単一の容器において複数のアミノ酸を連続的に脱保護し、活性化し、そしてカップリングさせてペプチドにすることを含む。」（段落番号【００６６】）や「本発明の特定の態様においては、サイクルとサイクルの間に固相樹脂又は容器からペプチドを取り出すことなく、単一の反応容器中で脱保護、活性化、カップリング及びプリーディングの連続工程を実施する。」（段落番号【００７７】）との記載があるから、「サイクルとサイクルとの間に容器から取り出すことなく」行うことは記載されているといえ、かつ、「更に別の側面において、本発明は、ペプチドの固相合成を促進するための方法であって：固相樹脂に対して結合された保護第一アミノ酸をマイクロ波透過性容器において脱保護性溶液と混合しながら、該混合アミノ酸及び溶液にマイクロ波を照射することにより、該保護結合アミノ酸を脱保護する工程；第二アミノ酸及び活性化溶液を該同一容器に添加しながら、該容器にマイクロ波を照射することにより、該第二アミノ酸を活性化させる工程；該同一容器中の組成物にマイクロ波を照射しながら、該第二アミノ酸を該第一アミノ酸にカップリングさせる工程；及び、結合されたペプチドを該同一容器において切断性組成物と混合しながら、該組成物にマイクロ波を照射することにより、該結合ペプチドを該固相樹脂から切断する工程を含む方法である。」（段落【００２０】）等の記載から、「マイクロ波透過性容器」の使用に関しても記載されている。
　したがって、「サイクルとサイクルとの間に該同一のマイクロ波透過性の容器からペプチドを取り出すことなく」との記載は、当初明細書の記載の範囲内のものである。
　
　
３．小括
　
　したがって、本件の特許請求の範囲の請求項１に関して、平成２２年８月５日に提出された手続補正書によりなされた補正は、願書に最初に添付された明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内においてなされたものではないとはいえない。
　よって、本件特許は、特許法第１７条の２第３項に規定する要件を満たしていない補正をした特許出願に対してされたものとはいえない。
　
　
第１２．無効理由９について
　
１．審判請求人の主張の内容
　
　請求人は、審判請求書において、下記（１）の点を主張し、その具体的内容として、口頭審理陳述要領書で下記（２）〜（４）の点、及び、平成２５年３月５日付上申書で下記（５）の点を主張している。
　
（１）本件発明は、ペプチド合成に必要な時間が長いこと、及びペプチド配列の凝集を解決することを課題としているものと解されるが、本件明細書には、これまでの合成方法と比較した実験結果が示されておらず、本件明細書の記載から上記課題が解決されたことを読み取ることはできない。また、当業者にとって、課題が解決されることが明確となるように発明の詳細が記載されていない。（審判請求書８２頁１〜１２行）
　
（２）本願明細書の段落[００１５]には、従来のＳＰＰＳにおいて、最も時間を要している工程は切断工程であることが記載されており、本件発明１は少なくともこの工程を構成要件として含まないものであるので、明細書の記載に基づいても、従来法による時間の長さより顕著に短いことを理解することはできない。（口頭審理陳述要領書５頁最終行〜６頁４行）
　
（３）本願明細書の段落[００１５]には、「マイクロ波による加熱は、マイクロ波は組成物又は溶媒と即座に直接相互作用する傾向があることから、有機合成を含む多様な化学反応において有利である。初期の研究者は、キッチン型の電子レンジにおける単純なカップリング工程（完全なペプチド合成ではない）を報告している。」と記載されており、ここで記載されているマイクロ波による加熱を従来法とすると、本件明細書には、本件発明１におけるマイクロ波照射と、従来法におけるマイクロ波による加熱との違い（照射条件、照射時間等）が記載されていないので、本件発明１の方法は従来法より短縮されていることを理解することはできない。なお、マイクロ波照射について詳細な条件が規定されていない本件発明１について、従来法におけるマイクロ波による加熱と比較した効果の違いを主張することは認められない。（口頭審理陳述要領書６頁５〜１６行）
　
（４）本願明細書の段落[００１６]には、「現在の技術の別の問題は、ペプチド配列の凝集である。凝集とは、成長ペプチドがそれ自体の上に折り畳まれてループを形成し、水素結合によってくっつく傾向をいう。これは、更なる鎖の伸長に関して明らかな問題を生む。理論的には、温度が高くなると水素結合が減少するので、折り畳みの問題が少なくなるが、そのように温度が高いと、熱に敏感なペプチドカップリング試薬に悪影響が及ぼされることがあるので、高温自体による欠点が生じることがある。」と記載されており、高温にすることにより凝集の問題が解決されることが示されているものの、明細書の記載の全体を通しても、本件発明１によりペプチドの凝集が解決されているのか不明である。（口頭審理陳述要領書６頁１７〜２６行）
　
（５）本件発明の方法が「凝集」という課題を解決できることは、当業者が理解することができないという主張に関し、参考資料２（Nature Biotechnology, October 2004,Vol.22,p.1302-1306）で説明されるプログラムであるＴＡＮＧＯにより計算すると、参考資料３に示されるように、本件明細書で用いられた１０残基のペプチド配列「Ｇｌｙ−Ａｓｎ−Ｉｌｅ−Ｔｙｒ−Ａｓｐ−Ｉｌｅ−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｇｌｎ−Ｖａｌ」は、凝集傾向を示す指標（ＡＧＧ）が０であって、凝集傾向がないものである。したがって、本件明細書の実施例において、図９に示されるように不完全なカップリングに対応するピークが観察されなかったのは、そもそも凝集しにくい配列のペプチドを合成していることによるものと推認され、本件発明の方法により合成したことによるものと理解することはできない。（上申書３〜５頁「（１）無効理由９について」の項）
　
２．当審の判断
　
（１）について
　特許請求の範囲の記載が特許法第３６条第６項第１号に規定する要件（サポート要件）を満たしているといえるためには、特許請求の範囲の記載が、発明の詳細な説明において、発明の課題を解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えていないことを必要とする。
　ここで、発明の詳細な説明から把握できる課題の全てが解決されると認識できなければ、サポート要件を満たさないとすることは相当でない（知財高判平成２４年１０月２９日（平成２４年（行ケ）１００７６号））から、サポート要件の判断における「発明の課題」とは、発明の詳細な説明から把握されるいずれかの課題であると解するのが相当である。
　
　ここで、本件明細書の発明の詳細な説明には、記載事項アにあるように、「時間の長さ」という課題が記載され、また、記載事項イにあるように、「ペプチド配列の凝集」という課題が記載されている。
　
　そこで、本件発明の「時間の長さ」という課題について検討することとする。
　段落【００１５】には、現在のＳＰＰＳ技術の第１の欠点（すなわち課題）が、合成するのに必要な時間の長さであること、この問題を解決するためにペプチド合成及びカップリングの代替的な方法をマイクロ波技術を用いて試みたと記載され、マイクロ波による加熱は有機合成を含む多様な化学反応において有利であると記載されている。さらに、マイクロ波を用いてカップリング速度を速めることが報告されたことも記載されている。
　ここで、化学反応において、熱を加えれば通常反応速度が高まることは当業者の技術常識であるから、上記の発明の詳細な説明の記載から、本件発明１で特定されるように脱保護工程及びカップリング工程にマイクロ波照射を用いることで、各々の工程の反応速度が高まることを当業者は認識できるといえる。
　よって、本件発明の課題として記載される「時間の長さ」を解決できることは、発明の詳細な説明の記載に具体的な実験結果が示されていなくとも、上記発明の詳細な説明【００１５】の記載及び技術常識から当業者が認識することができるといえる。
　
　したがって、発明の詳細な説明の記載から、少なくとも、「時間の長さ」という課題を解決できることを当業者は認識することができるといえ、特許請求の範囲の記載は、発明の詳細な説明において上記課題を解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えるものではないから、請求人の主張は採用できない。
　
（２）について
　本件特許明細書の段落【００１５】には、「現在のＳＰＰＳ技術に関しては２つの明確な欠点が存在する。第一は、所与のペプチドを合成するのに必要な時間の長さである。脱保護工程は３０分以上かかることがある。上記のように各々のアミノ酸をアミノ酸鎖にカップリングさせるには、約４５分必要であり、各々のアミノ酸の活性化工程は１５〜２０分必要とし、切断工程では２〜４時間必要とする。」（記載事項ア）と記載されている。
　しかし、切断工程が他の工程に比較して長い時間を要するとしても、脱保護工程及びカップリング工程の反応時間が、マイクロ波照射を施すことにより、マイクロ波照射を施さない従来法よりも短いことを理解できることは、（１）で述べたとおりであり、そうであれば、ペプチド合成の反応時間全体がマイクロ波照射を施すことにより従来法より短いことも当然理解できる。
　
（３）について
　審判請求人が指摘した【００１５】の記載の直後には、「しかしながら、そのような結果の再現は、放射線源として家庭用電子レンジでは限界があり、出力制御ができず、また電子レンジごとに再現性の問題があることから容易ではない。」とあり、キッチン型の電子レンジの利用は、再現性に問題があることが記載されているのであって、本件発明の課題である「時間の短縮」の比較対照となる従来法をキッチン型の電子レンジであるとしてサポート要件への適合性を論じることは、妥当ではない。
　
（４）（５）について
　（１）で述べたとおり、発明の詳細な説明の記載から、「時間の長さ」という課題を解決できることを当業者は認識することができるといえ、「ペプチドの凝集」という課題を解決できることを認識することができないとしても、そのことをもって、特許請求の範囲の記載が、サポート要件を満たしていないとまではいえない。
　
　なお、上述のとおり、特許請求の範囲の記載がサポート要件を満たすためには、発明の詳細な説明の記載から、「ペプチドの凝集」という課題までもが解決できると当業者が認識できることを要するものではないが、両者において、この点について争いがあるので、念のため、「ペプチド凝集」という課題を解決できることが発明の詳細な説明の記載から当業者が認識することができるかどうかについても以下に検討することとする。
　
　発明の詳細な説明の段落【００１６】には、「凝集とは、成長ペプチドがそれ自体の上に折り畳まれてループを形成し、水素結合によってくっつく傾向をいう。これは、更なる鎖の伸長に関して明らかな問題を生む。理論的には、温度が高くなると水素結合が減少するので、折り畳みの問題が少なくなるが、そのように温度が高いと、熱に敏感なペプチドカップリング試薬に悪影響が及ぼされることがあるので、高温自体による欠点が生じることがある。」（記載事項イ）と記載されていることから、凝集とは、成長ペプチド分子内の水素結合によってくっつく傾向を意味するものであって、温度が高くなれば水素結合が減少することに伴い、凝集そのものも減少することが理解される。そうすると、温度を高める効果を本質的に有するものであるマイクロ波照射を備えた本件発明は、凝集という課題を解決することができるものと理解される。
　
　ここで、請求人は、上記（５）で述べるように、参考資料２、３を示しながら、本件実験で用いられた１０アミノ酸からなるペプチドが、そもそも凝集しにくい配列のものであると主張している。
　しかし、参考資料２は本願出願日後に公知となった論文であり、本願出願日前の技術常識を示す証拠としての適格性を欠くものである。しかも、参考資料２に記載される特定のアルゴリズムが、本件発明のような、Ｆｍｏｃを保護基として用い、脱保護工程、及びカップリング工程を備えたペプチドの合成における、凝集の傾向の評価に適当であることは読み取ることができない。
　一方、Ｆｍｏｃを保護基として用い、脱保護工程、及びカップリング工程を備えたペプチドの合成に係る甲第１号証の「３．７凝集」の項には、「アラニン、バリン、イソロイシン、アスパラギン、グルタミン残基が高率に含まれているアミノ酸配列は、特に凝集する傾向にある。」（３０頁２０〜２３行）と記載されており、この記載を参酌すれば、本件明細書の第２の実験で用いられた１０アミノ酸からなるペプチドは、１０アミノ酸中７アミノ酸が、ここで挙げられたアミノ酸に含まれるのであるから、むしろ、凝集する傾向にあるペプチドであると推認される。
　
　以上のとおりであるから、発明の詳細な説明の記載から、ペプチドの凝集という課題も解決できることを当業者が認識できるといえ、よって、この点でもサポート要件を満たしていない、とはいえない。　
　
　
３．小括
　
　以上のとおり、特許法第３６条第６項第１号に関する主張は理由がない。
　
　また、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしてないことに関しては、何ら具体的な主張はなされていない。
　
　よって、本件発明１〜１１についての特許は、特許法第３６条第４項第１号および同条第６項第１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであるとはいえない。
　　
　
第１３．むすび
 
　以上のとおりであるから、本件特許の請求項１、３〜９に係る発明についての特許は無効理由５によって無効とすべきものである。また、請求人の主張及び証拠方法によっては、請求項２、１０、１１に係る発明についての特許は無効とすることができない。 
　　
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項で準用する民事訴訟法第６１条の規定により、請求人が１１分の３を、被請求人が１１分の８を負担すべきものとする。  
　よって、結論のとおり審決する。