【事件の表示】
　平成　５年特許願第１１７２７２号「化合物パラメータ算出方法」拒絶査定に対する審判事件［平成　６年１２月　２日出願公開、特開平　６−３３２９９６］について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続きの経緯・本願発明
　本願は、平成５年５月１９日に出願したものであって、その請求項１に係る発明は、平成１３年１１月８日付けの手続補正及び平成１４年３月１８日付けの手続補正によって補正された明細書及び図面の記載からみて、特許請求の範囲の請求項１に記載されたとおりのものと認められるところ、請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、次のとおりのものである。
　
　「【請求項１】活性または物性が既知の化合物分子のパラメータと活性または物性が未知の化合物分子のパラメータに基づいて前記未知の化合物分子の活性または物性を求めるため前記既知及び未知の化合物分子のパラメータを算出する化合物パラメータ算出方法であって、
　同一グループに属する複数の既知の化合物分子と未知の化合物分子を夫々の３次元構造の同一部分が一致するよう互いに重ね合わせ、
　重ね合わせた化合物分子の全ての原子を内包する直方体を決定し、
　前記直方体を前記重ね合わせた既知の化合物分子数以下のブロックに分割し、
　分割されたブロック単位で、重ね合わせた化合物夫々の解析用のパラメータとしてトポロジカル情報、トポグラフィカル情報、電子情報、物性情報、存在情報、存在数情報、ボリューム情報、最大／最小情報を算出することを特徴とする化合物パラメータ算出方法。」
　
２．原査定の拒絶の理由
　原査定の拒絶の理由は、次のとおりである。
　『この出願の下記の請求項に係る発明は、下記の点で特許法第２９条第１項柱書に規定する要件を満たしていないので、特許を受けることができない。
　　　　　　　　　　　　　　　　記
　請求項１，２には、計算手順が記載されているにすぎず、自然法則を利用していないので、請求項１，２に係る「発明」は特許法第２条第１項において定義された発明に該当しない。』
　
３．原拒絶査定
　原拒絶査定は、次のとおりである。
　『この出願については、平成１３年　８月３０日付け拒絶理由通知書に記載した理由によって、拒絶をすべきものである。
　なお、意見書および手続補正書の内容を検討したが、拒絶理由を覆すに足りる根拠が見いだせない。
備考
　請求項１?２に記載された化合物パラメータ算出方法は、人為的取り決めそのものであり、依然として特許法第２条の「発明」に該当しない。
　本願発明は、未知の化合物分子のパラメータを算出する手法についてのものである。この化合物分子のパラメータについては、請求項１においては特定されていない。パラメータを求める際に、複数のブロックに分割しているが、ブロックの数は化合物分子の数以下という制約があるのみで、ブロックの数と自然法則との関連は無い（むしろ、重回帰分析との関連により決まると考えるべきであり、自然法則とは無関係であると言える）。直方体の大きさも、複数の化合物分子に含まれる原子を内包していさえすればよいのであるから、任意に決定しても（例えば１ｍ立方）良いことになり、自然法則とは関係がない。発明の詳細な説明において、重回帰分析により薬理活性、物性を推定する旨の記載があるが、重回帰分析では、関連があるか否か不明なファクターについて関連の度合いを推定するのであるから、推定に用いられるファクターと、活性、物性との間に必ずしも自然法則に基づいた因果関係が存在するとは限らない。
　また、請求項１に記載の化合物パラメータ算出方法は、既知の化合物分子数をｍ（＞０）、未知の化合物分子数をｎ（＞０）とすると、ブロック分割数ｐが、ｎ＋ｍ≧ｐ＞ｍのときを含んでいるが、発明の詳細な説明においては、ｍ≧ｐであり、当業者が発明を容易に理解し実施できる程度の説明が為されているとは認められない。
　なお、「分子を重ね合わせる」ことは物理的に不可能であるから、不適切な記載である。』
　
４．請求人の主張
　請求人は、平成１４年３月１８日付け手続補正書により特許請求の範囲の記載を補正するとともに、審判請求の理由において
　『「本願発明は、未知の化合物分子のパラメータを算出する手法についてのものである」という指摘について、本願発明は、「未知の化合物分子の活性または物性を求めるため前記既知及び未知の化合物分子のパラメータを算出する」もので
す。
　「この化合物分子のパラメータについては、請求項１においては特定されていない」という指摘について、平成１４年　３月１８日付けの手続補正書における請求項１で「化合物分子のパラメータ」が「トポロジカル情報、トポグラフィカ
ル情報、電子情報、物性情報、存在情報、存在数情報、ボリューム情報、最大／最小情報」であることを明確に致しました。
　「直方体の大きさも、複数の化合物分子に含まれる原子を内包していさえすればよいのであるから、任意に決定しても（例えば１ｍ立方）良いことになり、自然法則とは関係がない」という指摘について、一般的に化合物の動き回る範囲は最大で化合物の大きさの約２倍が常識であり、従って、実際には重ね合わせた化合物分子の全ての原子を内包する最小の直方体の各辺の２倍以下の大きさである直方体を決定します。
　「重回帰分析では、関連があるか否か不明なファクターについて関連の度合いを推定するのであるから、推定に用いられるファクターと、活性、物性との間に必ずしも自然法則に基づいた因果関係が存在するとは限らない」という指摘について、重回帰分析では目的変数と説明変数との間で相関関係を求めるものであるが、重回帰分析で相関が高いという結果がでた場合には目的変数（即ち活性、物性）と重回帰分析の式中に存在する説明変数（化合物分子のパラメータ）には明確な相関があることは事実である。この場合の目的変数が薬理活性や物性といった自然法則に関与するパラレータである限り、重回帰分析で示された目的変数と説明変数間に存在する相関関係は、自然法則に基づいた因果関係であると考えるのが自然であり、現在行われている構造?活性相関分野の解析では、この事実を前提として構造（即ちパラメータ）?活性相関の解析が行われている。
　また、「必ずしも自然法則に基づいた因果関係が存在するとは限らない」という指摘は、前処理過程（即ち特徴抽出過程）での状況を述べているにすぎない。この特徴抽出過程では、目的変数と説明変数間に高い相関を見いだすことは難しく、指摘の如く、「推定に用いられるファクターと、活性、物性との間に必ずしも自然法則に基づいた因果関係が存在するとは限らない」ことは確かである。むしろ、低い相関しか得られないときの目的変数と説明変数間には相関がないということを、重回帰分析手法を用いて積極的に証明している。そして、相関の低いパラメータは解析過程で目的変数（即ち活性、物性）とは関係のないと認識されて取り除かれる。
　一般的に重回帰分析でデータ解析する過程は、重回帰分析で最終的に得られた相関係数値Ｒが高い（例えばＲ＞０．９）場合と、相関係数値Ｒが低い（例えばＲ＜０．６）場合とに分けて考えるべきである。相関係数値が低い場合は因果関係が積極的に拒否されたと考えるべきであり、指摘のあった「推定に用いられるファクターと、活性、物性との間に必ずしも自然法則に基づいた因果関係が存在するとは限らない」場合に相当する。しかし、これとは逆に、相関係数値が高い場合は「自然法則に基づいた因果関係が存在する」ことを解析的に証明されたことになる。この種の解析は、高い相関係数値を持つ回帰式を求めることが目的であり、高い相関係数値が得られない場合は解析に失敗した、即ち自然法則に基づいた因果関係を発見できなかったことになります。
　つまり、「重回帰分析により薬理活性、物性を推定する」とは、高い相関係数値が得られたときを意味し、低い相関係数値が得られたときを意味するものではない。重回帰分析に限らず、多変量解析のような解析手法を一般的に論じるときは、解析手法が成功したときに何ができるかを前提として述べており、解析手法が失敗したときのことについて述べるものではない。重回帰分析では高い相関係数値が求められていることが前提であり、このとき、目的変数（即ち活性、物性）と説明変数（化合物分子のパラメータ）との間に高い相関があることが解析手法の特性として示されていることになります。
　「既知の化合物分子数をｍ（＞０）、未知の化合物分子数をｎ（＞０）とすると、ブロック分割数ｐが、ｎ＋ｍ≧ｐ＞ｍのときを含んでいるが、発明の詳細な説明においては、ｍ≧ｐであり」という指摘について、平成１４年　３月１８日付けの手続補正書における請求項１で、「前記直方体を前記重ね合わせた既知の化合物分子数以下のブロックに分割し」と正して、ｍ≧ｐであることを明確にしています。
　「分子を重ね合わせることは物理的に不可能であるから、不適切な記載である」という指摘について、シミュレーションで図２に示すような複数の既知の化合物分子の３次元構造と未知の化合物の分子３次元構造を、夫々の３次元構造の同一部分が一致するよう互いに重ね合わせることは一般的であります。』と主張している。
　
５．当審の判断
　本願発明は、活性または物性が既知及び未知の化合物分子のパラメータを算出する方法発明であって、その手順は、既知と未知の化合物分子を互いに重ね合わせ、内包する直方体を決定し、直方体を複数のブロックに分割し、そして各ブロック毎に化合物パラメータを算出するというものであり、
　本願発明は、ブロック数を既知の化合物分子数以下にしているが、これは純粋に数学的な解析手法である回帰分析により化合物パラメータを求めるためであるから、自然法則とは無関係であり、この点において、本願発明は、自然法則を利用しているとはいえない。
　本願発明は、重ね合わせた化合物分子群についてブロック単位で化合物パラメータを算出しようとしているが、その手法をみてみるに、請求項１には、「算出する」と記載されているのみであり、化合物パラメータを算出する具体的手法または手段が全く記載されていないから、本願発明は、自然法則を利用しているとはいえない。
　したがって、本願発明は、化合物分子のパラメータを算出するための人為的取り決めに係るものであり、自然法則を利用するものではないから、特許法第２９条第１項柱書きに規定する要件を満たす発明ではない。
　　
　なお、自然法則を利用する発明は、使用するアルゴリズム或いは手法を具体的に記載していなければならないが、本願発明がこの条件を満たすか否かについて以下に検討する。
　「１．同一グループに属する複数の既知の化合物分子と未知の化合物分子をそれぞれの３次元構造の同一部分が一致するように重ね合わせる」ことについて、
　３次元構造を有する化合物分子は、それを構成する原子相互間の位相的構造、すなわち原子と原子とのつながり方が確定していたとしても、原子同士は相対的に回転したり変位したりしており、このような３次元構造を有する不定な対象物を如何なるアルゴリズム及び如何なる手順で互いに重ね合わせるのか、その具体的手法が記載されていない。
　「２．重ね合わせた化合物分子の全ての原子を内包する直方体を決定する」ことについて、
　重ね合わせた化合物分子が、具体的にはどのような化合物分子であり、また、それらがどれだけの数になるのか、そして如何なる方法で内包する直方体を決定するのか、その具体的手法が十分に記載されていない。
　「３．前記直方体を前記重ね合わせた既知の化合物分子数以下のブロックに分割する」ことについて、
　既知の化合物分子がどのようなものか、またそれらがどれだけの数あるのか不明である以上、「既知の化合物分子数以下」という限定が意味をなさない。また、既知の化合物分子数以下のブロックに分割する具体的手段が十分に記載されていない。
　「４．分割されたブロック単位で、重ね合わせた化合物夫々のパラメータとしてトポロジカル情報、トポグラフィカル情報、電子情報、物性情報、存在情報、ボリューム情報、最大／最小情報を算出する」ことについて、
　最後の手順で得られる情報は、どのブロックにどの原子が何個所属するかという情報のみであり、この情報に基づいてどのように算出すれば、化合物のパラメータ、例えば「トポロジカル情報」、「トポグラフィカル情報」、「電子情報」、物性情報」等が算出できるのか、そのパラメータの算出方法が具体的に記載されていない。
　
　審判請求人は、２つの化合物分子の３次元構造に同一部分がある場合、それらの化合物分子の性質に類似点すなわち相関があるとし、それを利用するから、自然法則を利用するものに該当すると考えているように思われるが、方法の発明においては、各過程すなわち「重ね合わせる過程」、「決定する過程」、及び「算出する過程」の間に少なくとも一つ自然法則を積極的に利用していなければ、審査基準にいう自然法則を利用した発明とはいえない。
　
　上述したとおり、本願発明は、ハードウエア資源の利用性、ソフトウエアのアルゴリズムの明確性、及び各工程における自然法則の具体的利用性を欠くものであるから、本願発明は、特許法第２条でいう発明に該当しない。
　
６．むすび
　以上のとおり、本願発明は、特許法第２９条第１項の柱書きに規定する要件を満たしていないので、本願は、原査定の理由によって拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。