【事件の表示】
　特願２００９−５３３３７２「哺乳動物細胞中の蛋白質への非天然アミノ酸の遺伝的組込み」拒絶査定不服審判事件〔平成２０年　６月１９日国際公開、ＷＯ２００８／０７３１８４、平成２２年　３月　４日国内公表、特表２０１０−５０６５９１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯 
　本願は、２００７年１０月１７日（パリ条約による優先権主張　２００６年１０月１８日　米国、２００７年４月１２日、米国）を国際出願日とする出願であって、平成２５年２月１９日付けで特許請求の範囲の補正がされ、平成２５年８月３０日付けで拒絶査定がされたところ、平成２５年１２月２５日に拒絶査定不服審判の請求がなされるとともに、同日付けで手続補正書が提出されたものである。 
 　 
第２　補正却下の決定 
 ［補正却下の決定の結論］ 
 　平成２５年１２月２５日付けの手続補正を却下する。 
 　 
 ［理由］ 
１．補正の内容 
　平成２５年１２月２５日付けの手続補正（以下、「本件補正」という。）により、特許請求の範囲の請求項１は以下のように補正された。 
　補正前： 
 「【請求項１】
　直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）と直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）のコグネイト対を哺乳動物宿主細胞に提供する方法であって、
（ａ）１種以上の大腸菌アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼから誘導される候補Ｏ−ＲＳメンバーのライブラリーを１種以上の酵母宿主細胞で発現させる段階と；
（ｂ）前記酵母宿主細胞に対して直交性の第１のＯ−ｔＲＮＡを前記酵母宿主細胞で発現させる段階と；
（ｃ）非天然アミノ酸の存在下で前記酵母宿主細胞を培養する段階と；
（ｄ）前記第１のＯ−ｔＲＮＡを前記非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化する１個以上の活性Ｏ−ＲＳメンバーを前記ライブラリーから選択する段階と；
（ｅ）活性Ｏ−ＲＳメンバーの少なくとも１個を第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡと共に哺乳動物宿主細胞で発現させることにより、コグネイト対を提供する段階を含み、ここで、前記活性Ｏ−ＲＳメンバーをコードする配列と、前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡをコードする配列とは、前記哺乳動物宿主細胞中の単一の核酸分子上に提供され、前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡは前記哺乳動物宿主細胞を前記非天然アミノ酸の存在下で培養した場合に前記Ｏ−ＲＳにより前記非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化される前記方法。　」 
 　 
　補正後： 
 「【請求項１】 
 直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）と直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）のコグネイト対を哺乳動物宿主細胞に提供する方法であって、
（ａ）１種以上の大腸菌アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼから誘導される候補Ｏ−ＲＳメンバーのライブラリーを１種以上の酵母宿主細胞で発現させる段階と；
（ｂ）前記酵母宿主細胞に対して直交性の第１のＯ−ｔＲＮＡを前記酵母宿主細胞で発現させる段階と；
（ｃ）非天然アミノ酸の存在下で前記酵母宿主細胞を培養する段階と；
（ｄ）前記第１のＯ−ｔＲＮＡを前記非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化する１個以上の活性Ｏ−ＲＳメンバーを前記ライブラリーから選択する段階と；
（ｅ）活性Ｏ−ＲＳメンバーの少なくとも１個を第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡと共に哺乳動物宿主細胞で発現させることにより、コグネイト対を提供する段階を含み、ここで、
前記哺乳動物宿主細胞は、齧歯類宿主細胞又は霊長類宿主細胞であり、
前記非天然アミノ酸は、
ｉ）ｐ−メトキシフェニルアラニン（ｐＭｐａ）；
ii）ｐ−アセチルフェニルアラニン（ｐＡｐａ）；
iii）ｐ−ベンゾイルフェニルアラニン（ｐＢｐａ）；
iv）ｐ−ヨードフェニルアラニン（ｐＩｐａ）；
ｖ）ｐ−アジドフェニルアラニン（ｐＡｚｐａ）；及び
vi）ｐ−プロパルギルオキシフェニルアラニン（ｐＰｐａ）
からなる群から選択され、
前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡは、バチルス・ステアロサーモフィルス（bacillus stearothermophilus）Ｏ−ｔＲＮＡであると共に、配列番号３のポリヌクレオチド配列を含むか当該配列によりコードされ、
前記活性Ｏ−ＲＳメンバーをコードする配列と、前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡをコードする配列とは、前記哺乳動物宿主細胞中の単一の核酸分子上に提供され、前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡは前記哺乳動物宿主細胞を前記非天然アミノ酸の存在下で培養した場合に前記Ｏ−ＲＳにより前記非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化される前記方法。」（下線部は、補正箇所を表す。） 
 　 
２．補正の適否 
　請求項１において、「前記哺乳動物宿主細胞は、齧歯類宿主細胞又は霊長類宿主細胞であり、前記非天然アミノ酸は、
ｉ）ｐ−メトキシフェニルアラニン（ｐＭｐａ）；
ii）ｐ−アセチルフェニルアラニン（ｐＡｐａ）；
iii）ｐ−ベンゾイルフェニルアラニン（ｐＢｐａ）；
iv）ｐ−ヨードフェニルアラニン（ｐＩｐａ）；
ｖ）ｐ−アジドフェニルアラニン（ｐＡｚｐａ）；及び
vi）ｐ−プロパルギルオキシフェニルアラニン（ｐＰｐａ）
からなる群から選択され、
前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡは、バチルス・ステアロサーモフィルス（bacillus stearothermophilus）Ｏ−ｔＲＮＡであると共に、配列番号３のポリヌクレオチド配列を含むか当該配列によりコードされ」、とする補正は、補正前の請求項１の発明特定事項である「哺乳動物宿主細胞」、「非天然アミノ酸」、及び「第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡ」をそれぞれ限定するものであり、補正前後の請求項１に係る発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題は同一である。 
　よって、特許法第１７条の２第５項第２号に規定された特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。 
 　 
　そこで、本件補正後の上記請求項１に記載された発明（以下、「本願補正発明」という。）が、特許法第１７条の２第６項において準用する同法第１２６条第７項に規定する要件を満たすか（特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか）について以下に検討する。  
 　 
（１）本願補正発明 
 　本願補正発明は、上記１．に「補正後」として記載したとおりのものである。 
 　 
（２）引用例
　原査定の拒絶の理由で文献１として引用された、本願優先日前に頒布された刊行物であるAnnu. Rev. Biophys. Biomol. Struct.，２００６年　６月，Vol.35，p.225-249（以下、「引用例１」という。）には、以下の事項が記載されている（英語で記載されているため、当審による日本語訳で摘記する。下線は当審が付した。）。  
 　 
 ア「
非天然アミノ酸（大腸菌で使われるそれらと類似する）に特異的な合成酵素を酵母中で進化させるための、一般的な選択スキームを作成するために、２つの許容的なサイトのコドンがアンバー ナンセンス・コドンに変異され、転写活性化タンパク質GAL4を含むS. cerevisiaeの選択された株が作成された
（図3）
　
この選択スキームによって、10以上の非天然アミノ酸をタンパク質に取り込むのに用いられた、大腸菌の直交tRNA
Tyr
CUA
/TyrRS対を酵母中で進化させることができた
大腸菌TyrRSで5つの活性部位残基をランダム化することによって、合成酵素ライブラリー（サイズで108）が同じように構築された。いくつかの非天然アミノ酸をタンパク質に取り込む数ラウンドのポジティブとネガティブの選択の後、発現レベルが75mg/リットルまでの野生型タンパク質の20%〜40%の産生量に対応する、合成酵素変異体が特定された。
　現在低い産生量であるが、
哺乳動物細胞で選択的に非天然アミノ酸をタンパク質に挿入するために、酵母中で進化した（p-アジドフェニルアラニン、p-ベンゾイル-l-フェニルアラニン、p-ヨードフェニルアラニン、p-アセチルフェニルアラニンとp-メトキシフェニルアラニンを受け入れるように）これら同じアミノアシルtRNA合成酵素変異体がB. stearothermophilusアンバー サプレッサーtRNA
Tyr
CUA
と共に使われた
　
 イ「
　図３　
　
酵母中で非天然アミノ酸に特異的な合成酵素変異体を進化させるための一般的なポジティブとネガティブ選択スキーム
　（図３中の説明）
　ポジティブ選択（＋非天然アミノ酸）
　機能的なEcTyrRS変異体を含む細胞はGAL4を発現し、−URAかつ＋ 3-AT下で生存し、そして、X-GAL上で青である； 機能しないEcTyrRS変異体を含む細胞は、GAL4を発現せず、− URAまたは＋ 3-ATで死滅する（そして、X-GAL上で白である）。；−URA、かつ＋3-ATの生存株は、ネガティブ選択を受ける。
　
　ネガティブ選択（−非天然アミノ酸）
　内在性アミノ酸を取り入れる細胞は、5-FOAからの有毒な生成物を作り、死滅する。；非天然アミノ酸だけ（ここで利用できない）を取り入れる細胞は、5-FOAの上で生存する。　」（２３４頁）
　
　上記アの記載から、引用例１には、大腸菌（Ec)アミノアシルtRNA合成酵素（TyrRS）において5つの活性部位残基をランダム化することによって変異体ライブラリーを作成し、図３に記載される選択スキームにより、大腸菌の直交tRNATyrCUA/TyrRS対を含む酵母から、非天然アミノ酸をタンパク質に取り込む酵母を選択することによって、アミノアシルtRNA合成酵素変異体を酵母中で進化させ、次いで、哺乳動物細胞で選択的に非天然アミノ酸をタンパク質に挿入するために、酵母中で進化した特定のアミノアシルtRNA合成酵素変異体をB. stearothermophilusアンバー サプレッサーtRNATyrCUAと共に使うことが記載されていると認められる。
　
　そして、上記イの記載から、該選択スキームとは、EcTyrRS（大腸菌アミノアシルtRNA合成酵素）変異体ライブラリーを作成し、このEcTyrRS変異体ライブラリーの１メンバーの遺伝子と大腸菌tRNATyrCUA遺伝子とを組み込んだプラスミド（pEcTyrRS/tRNACTA）と、アンバーナンセンスコドンを含むGAL4遺伝子を組み込んだプラスミド（pGADGAL4xxTAG）とを酵母に導入して発現させ、２つのプラスミドを組み込んだ酵母を非天然アミノ酸存在下及び非存在下で培養し、生長した酵母株を選択するものであり、この選択スキームによって、GAL4タンパク質を産生できる株、つまり、当該非天然アミノ酸をタンパク質に取り込むことができる、特定の特異的なEcTyrRS変異体を有する株を選択できることが理解される。
　さらに、酵母中で進化した特定のアミノアシルtRNA合成酵素変異体をB. stearothermophilusアンバー サプレッサーtRNATyrCUAと共に使うこととは、上記選択スキームによって選択された株が有するEcTyrRS変異体遺伝子と、B.stearothermophilus tRNATyrCUA 遺伝子の対を、哺乳動物宿主細胞に導入してEcTyrRS/B.stearothermophilus tRNATyrCUA対を発現させることであり、哺乳動物宿主細胞で選択的に非天然アミノ酸をタンパク質に挿入するとは、この遺伝子の対を導入した哺乳動物宿主細胞を非天然アミノ酸の存在下で培養したときに、哺乳動物宿主細胞で非天然アミノ酸が挿入されたタンパク質が産生されることであると理解される。
　なお、引用例１には、哺乳動物細胞が産生する、非天然アミノ酸が挿入されたタンパク質が「現在低い産生量である」と記載されているが、少ないとしても、タンパク質が産生されると認められる。
　したがって、引用例１には、
　「EcTyrRS変異体ライブラリーの１メンバーの遺伝子と大腸菌tRNATyrCUA遺伝子からなる大腸菌の直交tRNATyrCUA/TyrRS対を組み込んだプラスミド（及びアンバーナンセンスコドンを含むGAL4遺伝子を組み込んだプラスミド）を酵母に導入して発現させる工程、
　酵母を非天然アミノ酸存在下（及び非存在下）で培養し、生長した酵母株を当該非天然アミノ酸をタンパク質に取り込むことができる特異的なEcTyrRS変異体を有する株として選択する工程、
　選択された株が有するEcTyrRS変異体遺伝子とB.stearothermophilusのtRNATyrCUA 遺伝子の対を哺乳動物宿主細胞に導入してEcTyrRS/B.stearothermophilus tRNATyrCUA対を発現させる工程、を含む方法であって、
　EcTyrRS変異体遺伝子とB.stearothermophilusのtRNATyrCUA 遺伝子の対を導入した哺乳動物宿主細胞を非天然アミノ酸の存在下で培養したときに、哺乳動物宿主細胞で非天然アミノ酸が挿入されたタンパク質が産生される方法。」の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
（３）対比
　本願補正発明と引用発明とを対比する。
（第１のＯ−ｔＲＮＡ）
　本願補正発明の酵母宿主細胞で発現させる「第１のＯ−ｔＲＮＡ」として、本願明細書には、配列番号２の「Ｏ−ｔＲＮＡ」が例示されており（段落【０１０１】）、図１６−１から、配列番号２の「Ｏ−ｔＲＮＡ」は大腸菌サプレッサーチロシルｔＲＮＡ（Ec-tRNATyr）であると認められるから、引用発明の大腸菌tRNATyrCUAは本願補正発明の「第１のＯ−ｔＲＮＡ」に相当する。
　
（第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡ）
　本願補正発明の哺乳動物宿主細胞で発現させる「第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡ」は、「バチルス・ステアロサーモフィルス（bacillus stearothermophilus）Ｏ−ｔＲＮＡであると共に、配列番号３のポリヌクレオチド配列を含むか当該配列によりコードされ」るものであり、これは本願明細書の記載（段落【０１０２】【０２４６】）から「ＢｓｔＲＮＡＴｙｒＣＵＡ」である。一方、引用発明のB.stearothermophilus tRNATyrCUAはこれと同じでものと認められ、そうすると、引用発明のB.stearothermophilus tRNATyrCUAは、本願補正発明の、バチルス・ステアロサーモフィルスＯ−ｔＲＮＡであって、配列番号３に示されるポリヌクレオチド配列を含む、第２のＯ−ｔＲＮＡに相当する。
　
（コグネイト対、活性Ｏ−ＲＳメンバー／第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡ）
　本願補正発明の「直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）と直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）のコグネイト対」は哺乳動物宿主細胞に提供されるものであるから、これは、（ｅ）段階に特定される「活性Ｏ−ＲＳメンバーの少なくとも１個を第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡと共に哺乳動物宿主細胞で発現させること」によって哺乳動物宿主細胞に提供される「コグネイト対」と同じものを指していると認められる。また、コグネイト対を哺乳動物宿主細胞に「提供する」とは、本願明細書の段落【０２４７】、【０２５４】等の記載から、コグネイト対の遺伝子を発現ベクターを用いて哺乳動物宿主細胞に導入し、哺乳動物宿主細胞でコグネイト対を発現させることを意味すると認められる。
　そして、本願補正発明の「コグネイト」の用語は、本願明細書の段落【００３３】に、「
コグネイト
　
　本願補正発明の「コグネイト対」を構成する「活性Ｏ−ＲＳメンバー」について、本願明細書には、「本発明で使用されるＯ−ＲＳは一般に野生型大腸菌ロイシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＥｃＬｅｕＲＳ；配列番号４に記載のアミノ酸配列、及び配列番号５に記載のポリヌクレオチド配列）や野生型大腸菌チロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＥｃＴｙｒＲＳ；配列番号６に記載のアミノ酸配列、及び配列番号７に記載のポリヌクレオチド配列）等の大腸菌アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼから誘導される。本発明で使用される突然変異体Ｏ−ＲＳ種（例えば配列番号４又は６から誘導されるシンテターゼ）は出芽酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）酵母宿主細胞系で先ず進化及び選択される。」（段落【００９６】）と記載され、野生型大腸菌チロシルｔＲＮＡシンテターゼ（ＥｃＴｙｒＲＳ）等の大腸菌アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼから誘導される突然変異体Ｏ−ＲＳ種を酵母宿主細胞で進化・選択することによって得ることが記載されていることから、引用発明の選択された株が有する特異的なEcTyrRS変異体は、この「活性Ｏ−ＲＳメンバー」に相当すると認められる。また、本願補正発明の「コグネイト対」を構成する「第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡ」は、上記したとおり「ＢｓｔＲＮＡＴｙｒＣＵＡ」であり、引用発明のB.stearothermophilus tRNATyrCUAと同じである。
　そして、引用発明のEcTyrRS/B.stearothermophilus tRNATyrCUA対は、非天然アミノ酸が挿入されたタンパク質の産生において共働する成分であると認められるから、この対は「コグネイト」であると認められる。
　そうすると、引用発明のEcTyrRS/B.stearothermophilus tRNATyrCUA対は、本願補正発明の「コグネイト対」と同じく、哺乳動物宿主細胞で発現されてコグネイト対を形成するといえる。
　
（（ａ）〜（ｄ）段階について）
　本願補正発明の、（ｃ）段階（酵母の培養）と（ｄ）段階（酵母の選択）の関係について検討する。本願明細書の段落【００９６】には、酵母の選択に関して、「本発明で使用される突然変異体Ｏ−ＲＳ種（例えば配列番号４又は６から誘導されるシンテターゼ）は出芽酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）酵母宿主細胞系で先ず進化及び選択される。」と記載されており、酵母宿主細胞の「進化及び選択」を行うためには、技術的にみて酵母を培養することが必要であると考えられる。そして、段落【００９７】には、「本発明で使用される多数のこのようなＯ−ＲＳ種が当分野で公知である。出芽酵母において、対応する大腸菌ｔＲＮＡＴｙｒ／ＴｙｒＲＳ及びｔＲＮＡＬｅｕ／ロイシルｔＲＮＡシンテターゼ対から機能的ｔＲＮＡＣＵＡ／ＲＳ対を誘導するのに成功した。例えば、Ｃｈｉｎら，“Ａｎ  Ｅｘｐａｎｄｅｄ  Ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｃｏｄｅ，”Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０１，９６４−９６７（２００３）；・・・」と記載されており、ここで、この「Ｃｈｉｎら，“Ａｎ  Ｅｘｐａｎｄｅｄ  Ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｃｏｄｅ，”Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０１，９６４−９６７（２００３）」の文献は、段落【００１１】において、その開示内容を本明細書に援用する刊行物として記載され、その著者に本願の発明者、「ピーター・ジー．・シュルツ」を含むものであるから、本願に係る発明の先行技術に関すると認められるところ、該文献の図２．Ｃをみると、酵母の選択の段階は、酵母の培養と酵母の選択とを繰り返す工程を含んでいることが理解される。そうすると、本願明細書の上記記載、及び該文献の記載からみて、（ｃ）段階（酵母の培養）と（ｄ）段階（酵母の選択）とは、全く別の段階ではなく、一連の工程として繰り返し行われるものであると認められる。
　また、本願補正発明の、（ａ）段階（Ｏ−ＲＳの発現）と（ｂ）段階（Ｏ−ｔＲＮＡの発現）の関係については、（ｂ）段階の「前記酵母宿主細胞」の記載から、両段階の酵母宿主細胞は同じものであると認められる。本願明細書には、（ａ）段階、（ｂ）段階についての具体的な定義や説明などはないが、本願に係る発明の先行技術に関すると認められる上記文献の図２．Ａをみると、Ｏ−ＲＳ（EcTysRSライブラリー）遺伝子とＯ−ｔＲＮＡ（Ec tRNACUA)遺伝子とを同じプラスミドで酵母に導入して、Ｏ−ＲＳとＯ−ｔＲＮＡを一緒に発現させることが記載されていると認められるから、本願補正発明は、（ａ）段階と（ｂ）段階とを区別することなく、同じ酵母宿主細胞においてＯ−ＲＳとＯ−ｔＲＮＡを一緒に発現させる態様を包含していると認められる。
　
　したがって、引用発明の「EcTyrRS変異体ライブラリーの１メンバーの遺伝子と大腸菌tRNATyrCUA遺伝子からなる大腸菌の直交tRNATyrCUA/TyrRS対を組み込んだプラスミドを酵母に導入して発現させる工程」は、本願発明の「（ａ）１種以上の大腸菌アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼから誘導される候補Ｏ−ＲＳメンバーのライブラリーを１種以上の酵母宿主細胞で発現させる段階」、及び「（ｂ）前記酵母宿主細胞に対して直交性の第１のＯ−ｔＲＮＡを前記酵母宿主細胞で発現させる段階」に相当する。
　また、引用発明の「酵母を非天然アミノ酸存在下で培養し、生長した酵母株を当該非天然アミノ酸をタンパク質に取り込むことができる特異的なEcTyrRS変異体を有する株として選択する工程」のうち、「酵母を非天然アミノ酸存在下で培養し、」は、本願補正発明の「（ｃ）非天然アミノ酸の存在下で前記酵母宿主細胞を培養する段階」に相当し、引用発明の「生長した酵母株を特異的なEcTyrRS変異体を有する株として選択する工程」は、本願補正発明の（ｄ）段階における「１個以上の活性Ｏ−ＲＳメンバーを前記ライブラリーから選択する」ことと共通する。
　
（（ｅ）段階について）
　引用発明の、「選択された株が有するEcTyrRS変異体遺伝子とB.stearothermophilusのtRNATyrCUA 遺伝子の対を哺乳動物宿主細胞に導入してEcTyrRS/B.stearothermophilus tRNATyrCUA対を発現させる工程」は、本願補正発明における、「（ｅ）活性Ｏ−ＲＳメンバーの少なくとも１個を第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡと共に哺乳動物宿主細胞で発現させることにより、コグネイト対を提供する段階」に相当し、そして、上記したとおり、コグネイト対を哺乳動物宿主細胞に「提供する」とは、コグネイト対を哺乳動物宿主細胞で発現させることを意味するから、この工程を含む引用発明の方法は、「直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）と直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）のコグネイト対を哺乳動物宿主細胞に提供する方法」に相当する。
　　
（対比）
　したがって、本願補正発明と引用発明を対比すると、両者は、
「直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）と直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）のコグネイト対を哺乳動物宿主細胞に提供する方法であって、
（ａ）１種以上の大腸菌アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼから誘導される候補Ｏ−ＲＳメンバーのライブラリーを１種以上の酵母宿主細胞で発現させる段階と；
（ｂ）前記酵母宿主細胞に対して直交性の第１のＯ−ｔＲＮＡを前記酵母宿主細胞で発現させる段階と；
（ｃ）非天然アミノ酸の存在下で前記酵母宿主細胞を培養する段階と；
（ｄ）１個以上の活性Ｏ−ＲＳメンバーを前記ライブラリーから選択する段階と；
（ｅ）活性Ｏ−ＲＳメンバーの少なくとも１個を第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡと共に哺乳動物宿主細胞で発現させることにより、コグネイト対を提供する段階を含み、前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡは、バチルス・ステアロサーモフィルス（bacillus stearothermophilus）Ｏ−ｔＲＮＡであると共に、配列番号３のポリヌクレオチド配列を含むか当該配列によりコードされる、前記方法。」である点で一致し、以下の点で相違すると認められる。
　
（相違点１）
　本願補正発明では、（ｄ）段階のＯ−ＲＳメンバーの選択について、（ｃ）段階の培養を行ったときに、「前記第１のＯ−ｔＲＮＡを前記非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化する」メンバーを選択することが特定されているのに対して、引用発明では、「生長した酵母株を当該非天然アミノ酸をタンパク質に取り込むことができる特異的なEcTyrRS変異体を有する株として選択する」点。
（相違点２）
　本願補正発明では、哺乳動物宿主細胞は、「齧歯類宿主細胞又は霊長類宿主細胞」と特定されているのに対し、引用発明では特定されていない点。
（相違点３）
　本願補正発明では、「前記活性Ｏ−ＲＳメンバーをコードする配列と、前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡをコードする配列とは、前記哺乳動物宿主細胞中の単一の核酸分子上に提供され」と特定されているのに対し、引用発明では、哺乳動物宿主細胞に活性Ｏ−ＲＳメンバーをコードする配列と、第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡをコードする配列とを導入するものの、単一の核酸分子上に提供されることは特定されていない点。
（相違点４）
　本願補正発明では「前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡは前記哺乳動物宿主細胞を前記非天然アミノ酸の存在下で培養した場合に前記Ｏ−ＲＳにより前記非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化される」と特定されているのに対し、引用発明は、「EcTyrRS変異体遺伝子とB.stearothermophilusのtRNATyrCUA 遺伝子の対を導入した哺乳動物宿主細胞を非天然アミノ酸の存在下で培養したときに、哺乳動物宿主細胞で非天然アミノ酸が挿入されたタンパク質が産生される」ものである点。
（相違点５）
　本願補正発明では、非天然アミノ酸は、
「ｉ）ｐ−メトキシフェニルアラニン（ｐＭｐａ）；
ii）ｐ−アセチルフェニルアラニン（ｐＡｐａ）；
iii）ｐ−ベンゾイルフェニルアラニン（ｐＢｐａ）；
iv）ｐ−ヨードフェニルアラニン（ｐＩｐａ）；
ｖ）ｐ−アジドフェニルアラニン（ｐＡｚｐａ）；及び
vi）ｐ−プロパルギルオキシフェニルアラニン（ｐＰｐａ）
からなる群から選択され」と特定されているのに対し、引用発明では特定されていない点。
　
（４）判断 
（４−１）相違点１について
　 細胞中でアミノ酸を取り込んでタンパク質が合成される際に、ｔＲＮＡがアミノ酸でアミノアシル化されるという機序が働くことは技術常識である。
　引用発明の「生長した酵母株を当該非天然アミノ酸をタンパク質に取り込むことができる特異的なEcTyrRS変異体を有する株として選択する」とは、酵母株に含まれる特異的なEcTyrRS変異体を、非天然アミノ酸のタンパク質への取り込みという観点から選択することであるが、酵母株において非天然アミノ酸が取り込まれてタンパク質が合成される際に、上記機序が働いていることは、当業者であれば明らかであるから、酵母株に含まれるEcTyrRS変異体を上記機序によって選択しても、同様に特異的なEcTyrRS変異体が選択できることは、当業者が容易に理解することである。
　したがって、Ｏ−ＲＳメンバーの選択について、引用発明における非天然アミノ酸のタンパク質への取り込みという観点からの選択に代えて、tRNATyrCUAの非天然アミノ酸によるアミノアシル化という機序の観点からの選択、すなわち、第１のＯ−ｔＲＮＡを非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化するものを選択することを特定することは、当業者が容易になし得ることである。
　
（４−２）相違点２について
　遺伝子工学の技術分野において、異種遺伝子が導入される哺乳動物宿主細胞として、「齧歯類宿主細胞又は霊長類宿主細胞」は周知であり、引用発明において、哺乳動物宿主細胞としてこれらを特定することに、格別の困難性はない。
 　 
（４−３）相違点３について 
 　引用例１の図３には、EcTyrRSライブラリーを含むプラスミドpEcTyrRS/tRNACTAが記載され、これは、tRNATyrCUA/TyrRS対が同じプラスミド上にあるものであり、すなわち、Ｏ−ＲＳメンバーをコードする配列と第１のＯ−ｔＲＮＡをコードする配列とが単一の核酸分子上に提供されて、酵母宿主細胞に導入されることが示されているから、哺乳動物宿主細胞に、Ｏ−ＲＳメンバーをコードする配列と第２のＯ−ｔＲＮＡをコードする配列とを導入する際に、同様に単一の核酸分子上に提供することは、当業者が容易になし得ることである。
　
（４−４）相違点４について
　引用発明の「EcTyrRS変異体遺伝子とB.stearothermophilusのtRNATyrCUA 遺伝子の対を導入した哺乳動物宿主細胞を非天然アミノ酸の存在下で培養したとき」とは、本願補正発明の「前記哺乳動物宿主細胞を前記非天然アミノ酸の存在下で培養した場合」に相当する。
　そして、上記（４−１）のとおり、細胞中でアミノ酸を取り込んでタンパク質が合成される際に、ｔＲＮＡがアミノ酸でアミノアシル化されるという機序が働くことは技術常識であるから、当業者であれば、引用発明の「哺乳動物宿主細胞で非天然アミノ酸が挿入されたタンパク質が産生される」際には、該細胞でEcTyrRS/B.stearothermophilus tRNATyrCUA対が発現され、EcTyrRS変異体によって、B.stearothermophilus tRNATyrCUAが非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化されるという機序が働いていることを理解できる。
　したがって、引用発明の「哺乳動物宿主細胞で非天然アミノ酸が挿入されたタンパク質が産生される」という産生物の観点からの記載に代えて、「第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡは、Ｏ−ＲＳにより非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化される」と、機序の観点から記載することは、当業者が容易になし得ることである。
 　 
（４−５）相違点５について
　上記（２）アのとおり、引用例１には、酵母株の選択（酵母中での進化）工程で用いられる非天然アミノ酸として、p-アジドフェニルアラニン、p-ベンゾイル-l-フェニルアラニン、p-ヨードフェニルアラニン、p-アセチルフェニルアラニンとp-メトキシフェニルアラニンが記載されている。
　したがって、非天然アミノ酸としてこれらを特定することに、格別の困難性はない。
　
（４−６）効果について 
　本願補正発明の効果は、引用例１に記載された事項から当業者が予測し得るものであって、格別顕著なものとはいえない。 
　
（４−７）審判請求人の主張について
　審判請求人は、平成２６年１１月１０日付け回答書において、本願補正発明の方法は、非天然アミノ酸を含む哺乳類タンパク質が高い選択性と収率で得られる方法であることを主張し、そのために行った改変として、
１）変異大腸菌（E. coli）ｔＲＮＡシンセターゼ（Ｏ−ＲＳ）を酵母内で、そのｔＲＮＡを所望の非天然アミノ酸で選択的にアミノアシル化するように進化させること。
２）当該変異大腸菌（E. coli）Ｏ−ＲＳと共に使用し得るバチルス・ステアロサーモフィルス由来の具体的なアンバーサプレッサーＯ−ｔＲＮＡを同定すること。
３）当該Ｏ−ｔＲＮＡを発現するプラスミドとして、ヒトｔＲＮＡＴｙｒの５’フランキング配列及びＢｓ（B. stearothermophilus）ｔＲＮＡＣＵＡＴｙｒ遺伝子の３つのタンデムリピートを、ｐＵＣ１８プラスミドに付加すること。
４）当該Ｏ−ＲＳを発現するプラスミドが、哺乳類系内でのＥｃ（E. coli）ＴｙｒＲＳの異種発現により生じ得る毒性を、誘導性発現系（テトラサイクリン調節型ＣＭＶプロモーター）を用いて低減すること（本願明細書の段落０２４６〜０２４７参照）。 
を挙げている。
　まず、選択性について検討すると、選択性は哺乳動物宿主細胞に提供される、すなわち哺乳動物宿主細胞で発現される「直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）と直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）のコグネイト対」による影響が大きいことが推認される（なお、本願明細書の段落【０２４９】には、「どちらの細胞株でも全長ＧＦＰの発現はＢｓｔＲＮＡＴｙｒＣＵＡ遺伝子とＥｃＴｙｒＲＳ遺伝子の両者に依存する（図１３Ａ及び１３Ｂ参照）。」と記載されており、このような推認に沿う内容であると認められる。）。そして、哺乳動物宿主細胞で発現されるコグネイト対は、引用発明では「EcTyrRS/B.stearothermophilus tRNATyrCUA対」、本願補正発明では「ＥｃＴｙｒＲＳ／Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓのｔＲＮＡＴｙｒＣＵＡ対」であるが、両者のＥｃＴｙｒＲＳは、いずれもＥｃＴｙｒＲＳ変異体ライブラリーから、酵母宿主細胞を用い、非天然アミノ酸の存在下で培養することによって選択されたものであるから、選択性において相違するとは認められず、また、両者のｔＲＮＡＴｙｒＣＵＡも同じものと認められることから、結局、本願補正発明と引用発明とは、哺乳動物宿主細胞で発現される「コグネイト対」が選択性において相違するとはいえない。したがって、産生されるタンパク質の選択性において、本願補正発明が引用発明と格別相違するとはいえない。
　
　次に、収率については、本願明細書の記載をみても、本願補正発明の方法が引用発明の方法などと比較した場合に、収率が高い方法であることについては記載されていない。なお、審判請求人が指摘する、段落【００１３】、【００７７】、【０２５５】、【０２６０】に記載されている、細胞当たりの蛋白質の量の値が、収率が高いことを示すか否かは不明である。
　また、審判請求人が本願補正発明で行われた改変として挙げた１）〜４）のうち、１）及び２）は、引用発明でも採用されている。一方、３）及び４）、すなわち、哺乳動物宿主細胞にコグネイト対を導入するプラスミドを構築する際に、Ｂｓｔ−ｔＲＮＡＴｙｒＣＵＡ遺伝子にヒトｔＲＮＡＴｙｒの５’フランキング配列を付加すること、Ｂｓｔ−ｔＲＮＡＴｙｒＣＵＡ遺伝子の３個のタンデム反復を含む遺伝子クラスターを構築すること、及び特定のプロモーターを用いることは、タンパク質の収率に影響を与えると認められるが、これらは本願補正発明には特定されていない改変である。したがって、仮に高い収率が得られたとしても、それは、本願補正発明には特定されていない事項に基づくものであるといえる。
　
　したがって、請求人の主張は、採用することができない。
 　 
３．むすび 
　以上のとおり、本願補正発明は、引用例１に記載された発明に基づいて当業者が容易に想到することができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許出願の際独立して特許を受けることができないものである。 
　よって、本件補正は、特許法第１７条の２第６項において準用する同法第１２６条第７項の規定に違反するので、同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。 
 　 
第３　本願発明について 
１．本願発明 
　平成２５年１２月２５日付けの手続補正は上記のとおり却下されたので、本願の請求項１〜６に係る発明は、平成２５年２月１９日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１〜６に記載されたとおりのものであり、そのうち請求項１に係る発明は、請求項１に記載された事項により特定される、以下のとおりのものである。 
 　 
 「【請求項１】 
　直交アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼ（Ｏ−ＲＳ）と直交ｔＲＮＡ（Ｏ−ｔＲＮＡ）のコグネイト対を哺乳動物宿主細胞に提供する方法であって、
（ａ）１種以上の大腸菌アミノアシルｔＲＮＡシンテターゼから誘導される候補Ｏ−ＲＳメンバーのライブラリーを１種以上の酵母宿主細胞で発現させる段階と；
（ｂ）前記酵母宿主細胞に対して直交性の第１のＯ−ｔＲＮＡを前記酵母宿主細胞で発現させる段階と；
（ｃ）非天然アミノ酸の存在下で前記酵母宿主細胞を培養する段階と；
（ｄ）前記第１のＯ−ｔＲＮＡを前記非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化する１個以上の活性Ｏ−ＲＳメンバーを前記ライブラリーから選択する段階と；
（ｅ）活性Ｏ−ＲＳメンバーの少なくとも１個を第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡと共に哺乳動物宿主細胞で発現させることにより、コグネイト対を提供する段階を含み、ここで、前記活性Ｏ−ＲＳメンバーをコードする配列と、前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡをコードする配列とは、前記哺乳動物宿主細胞中の単一の核酸分子上に提供され、前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡは前記哺乳動物宿主細胞を前記非天然アミノ酸の存在下で培養した場合に前記Ｏ−ＲＳにより前記非天然アミノ酸で優先的にアミノアシル化される前記方法。」（以下、「本願発明」という。） 
 　 
２．引用例 
　引用例１の記載事項、及び引用発明は、上記第２　２．（２）に記載したとおりである。 
 　 
３．対比・判断 
　本願補正発明は、補正前の本願発明を特定する事項のすべてを含み、さらに本願発明の「哺乳動物宿主細胞」、「非天然アミノ酸」、及び「第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡ」について、「前記哺乳動物宿主細胞は、齧歯類宿主細胞又は霊長類宿主細胞であり、
前記非天然アミノ酸は、
ｉ）ｐ−メトキシフェニルアラニン（ｐＭｐａ）；
ii）ｐ−アセチルフェニルアラニン（ｐＡｐａ）；
iii）ｐ−ベンゾイルフェニルアラニン（ｐＢｐａ）；
iv）ｐ−ヨードフェニルアラニン（ｐＩｐａ）；
ｖ）ｐ−アジドフェニルアラニン（ｐＡｚｐａ）；及び
vi）ｐ−プロパルギルオキシフェニルアラニン（ｐＰｐａ）
からなる群から選択され、
前記第２の真正細菌Ｏ−ｔＲＮＡは、バチルス・ステアロサーモフィルス（bacillus stearothermophilus）Ｏ−ｔＲＮＡであると共に、配列番号３のポリヌクレオチド配列を含むか当該配列によりコードされ」という限定をしたものに相当する。
　そして、上記第２　２．で検討したとおり、本願補正発明は、引用発明から当業者が容易に発明をすることができたものといえ、したがって、補正前の本願発明も、本願補正発明と同様の理由により、当業者が引用発明から容易に発明をすることができたといえるから、特許を受けることができない。
　 　 
 ４．むすび  
　よって、本願発明は、引用例１に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。  
 　 
 第４　まとめ  
　以上のとおり、本願の請求項１に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。  
　したがって、他の請求項について論及するまでもなく、本願は拒絶をすべきものである。  
 　 
 　よって、結論のとおり審決する。