【事件の表示】
　特願２００８−５３７８５１「エンコードされたライブラリーを用いて興味のある化合物を同定する方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１９年　５月１０日国際公開、ＷＯ２００７／０５３３５８、平成２１年　４月　２日国内公表、特表２００９−５１３１３５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、２００６年１０月２３日（パリ条約による優先権主張外国庁受理２００５年１０月２８日　米国）を国際出願日とする出願であって、平成２５年３月８日付で拒絶査定がなされたところ、同年７月１２日に拒絶査定に対する審判の請求がなされるとともに、同日付で特許請求の範囲について手続補正がなされたものである。
　
第２　補正却下の決定
［補正却下の決定の結論］
　平成２５年７月１２日付の手続補正を却下する。
　
［理由］
１．補正の内容
　平成２５年７月１２日付の手続補正（以下、「本件補正」という）により、特許請求の範囲の請求項１〜３は、補正前の
「【請求項１】
　生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定する方法であって：
（Ａ）化合物のライブラリーを合成し（ここで、化合物は：
（ｉ）ｍのイニシエーター化合物を含む溶液を提供し（ここで、ｍは１以上の整数であり、イニシエーター化合物は、ｎのビルディングブロックを含む官能部分（ここで、ｎは１以上の整数である）であって、ｎのビルディングブロックを同定する初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合するものからなる）；
（ｉｉ）段階（ｉ）の溶液をｒの反応容器中に分割し（ここで、ｒは２以上の整数である）、これにより、溶液のｒのアリコートを作製し；
（ｉｉｉ）各反応容器中のイニシエーター化合物をｒのビルディングブロックの１つと反応させ、これにより、初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合したｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分からなる化合物を含むｒのアリコートを作製し；
（ｉｖ）各アリコート中の初期オリゴヌクレオチドを、ｒの独立した入力オリゴヌクレオチドの組の一つと、入力オリゴヌクレオチドおよび初期オリゴヌクレオチドを触媒する酵素の存在下、入力オリゴヌクレオチドおよび初期オリゴヌクレオチドの酵素結紮に適した条件下で反応させ；これにより、ｎ＋１のビルディングブロックをエンコードする伸長されたオリゴヌクレオチドと操作可能に結合したｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分からなる分子のｒのアリコートを作製する
ことにより官能部分の構造を特定する初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合する２以上のビルディングブロックを含む官能部分を含む）；
（Ｂ）生物学的標的を化合物のライブラリー、またはその一部と、化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーが標的と結合するために適した条件下で接触させ；
（Ｃ）標的と結合しないライブラリーメンバーを除去し；
（Ｄ）標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドを配列決定し；
（Ｅ）生物学的標的と結合する化合物のライブラリーのメンバー，の官能部分の構造を決定するために、段階（Ｄ）において決定された配列を使用し、これにより生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定することを含む方法。
【請求項２】
　標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドを増幅することをさらに含む請求項１記載の方法。
【請求項３】
　前記増幅段階が：
（ｉ）油中水エマルジョンを形成して、複数の水性ミクロリアクターを作製し（ここで、ミクロリアクターの少なくとも１つは、標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバー、標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドと結合できる１つのビーズ、および核酸増幅を行うために必要な試薬を含有する増幅反応溶液を含む）；
（ｉｉ）前記エンコーディングオリゴヌクレオチドの増幅されたコピーを形成するために、ミクロリアクター中でエンコーディングオリゴヌクレオチドを増幅し；
（ｉｉｉ）ミクロリアクター中のビーズにエンコーディングオリゴヌクレオチドの増幅されたコピーを結合させることを含む、請求項２記載の方法。」から、対応する補正後の請求項１である、
「【請求項１】
　生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定する方法であって、
（Ａ）化合物のライブラリーを合成し（ここで、化合物は、
（ｉ）ｍのイニシエーター化合物を含む溶液を提供し（ここで、ｍは１以上の整数であり、イニシエーター化合物は、ｎの
少なくとも１つの反応性基を含む
初期官能部分および初期オリゴヌクレオチドは二本鎖であり、結合部分は初期官能部分および初期オリゴヌクレオチドの２つのストランドと共有結合している
（ｉｉ）段階（Ａ）（ｉ）の溶液をｒの反応容器中に分割し（ここで、ｒは２以上の整数である）、これにより、溶液のｒのアリコートを作製し；
（ｉｉｉ）各反応容器中のイニシエーター化合物をｒのビルディングブロック（
ここで、ビルディングブロックは少なくとも１つの相補反応性基を含み、相補反応性基は、相補反応性基が共有結合を形成する反応に適当な条件下の段階（Ａ）（ｉ）の反応性基に相補的である
（ｉｖ）各アリコート中の初期オリゴヌクレオチドを、
段階（Ａ）（ｉｉｉ）のビルディングブロックに相当する
により官能部分の構造を同定するエンコーディングオリゴヌクレオチドと操作可能に結合する２以上のビルディングブロックを含む官能部分を含む）；
（Ｂ）生物学的標的を化合物のライブラリー、またはその一部と、化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーが標的と結合するために適した条件下で接触させ；
（Ｃ）標的と結合しないライブラリーメンバーを除去し；
（Ｄ）標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドを増幅し；
（Ｅ）標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドを配列決定し；
（Ｆ）生物学的標的と結合する化合物のライブラリーのメンバーの官能部分の構造を決定するために、段階（Ｅ）において決定された配列を使用し、これにより生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定し；
　前記増幅段階が、
（ｉ）油中水型エマルジョンを形成して、複数の水性ミクロリアクターを作製し（ここで、ミクロリアクターの少なくとも１つは、標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバー、標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドと結合できる１つのビーズ、および核酸増幅を行うために必要な試薬を含有する増幅反応溶液を含む）；
（ｉｉ）前記エンコーディングオリゴヌクレオチドの増幅されたコピーを形成するために、ミクロリアクター中でエンコーディングオリゴヌクレオチドを増幅し；
（ｉｉｉ）ミクロリアクター中のビーズにエンコーディングオリゴヌクレオチドの増幅されたコピーを結合させることを含む、方法。」へと補正された。（下線部は、補正前請求項１〜３に記載された発明特定事項に対し、本件補正により追加された事項である。）
　
　上記補正は、補正前の請求項１、２を削除して、補正前の請求項３を新たな請求項１とするとともに、補正前の請求項１に記載した「ｎのビルディングブロックを含む官能部分」を、「ｎの少なくとも１つの反応性基を含むビルディングブロックを含む官能部分」と限定し、以下同様に、「官能部分」及び「初期オリゴヌクレオチド」を備えた「イニシエーター化合物」について、「初期官能部分および初期オリゴヌクレオチドは二本鎖であり、結合部分は初期官能部分および初期オリゴヌクレオチドの２つのストランドと共有結合している）」と限定し、「ｒのビルディングブロック」を、「ｒのビルディングブロック（ここで、ビルディングブロックは少なくとも１つの相補反応性基を含み、相補反応性基は、相補反応性基が共有結合を形成する反応に適当な条件下の段階（Ａ）（ｉ）の反応性基に相補的である）」と限定し、さらに「ｒの独立した入力オリゴヌクレオチドの組の一つ」を、「段階（Ａ）（ｉｉｉ）のビルディングブロックに相当するｒの独立した入力オリゴヌクレオチドの組の一つ」と限定するものである。
　そして、補正前の請求項３に記載された発明とその補正後の当該請求項１に記載される発明の産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるから、本件補正は、平成１８年法律第５５号改正附則第３条第１項によりなお従前の例によるとされる同法による改正前の特許法（以下、「平成１８年改正前特許法」という）特許法第１７条の２第４項第２号の特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当する。 
　そこで、本件補正後の請求項１に係る発明（以下、「本願補正発明」という。）が特許出願の際、独立して特許を受けることができることができるものであるか（平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項において準用する同法第１２６条第５項の規定に適合するか）について以下に検討する。 
　
２．特許法第２９条第２項
（１）引用例１
　原査定の拒絶の理由で引用文献１として引用された本願優先日前に頒布された刊行物である国際公開２００５／０５８４７９号（以下、「引用例１」という。）には、以下の事項が記載されている。
（原文は英語で記載されているため、日本語訳で摘記する。下線は、当審が付与した。）
　
（１−１）「【請求項２７】
　化合物のライブラリーを合成する方法であって、該化合物は、機能性部分の構造を同定する最初のオリゴヌクレオチドに操作可能に連結される、２つ以上のビルディングブロックを含む機能性部分を含み、該方法は、
  （ａ）ｍのイニシエーター化合物（ｍは１以上の整数である）を含む溶液を提供する工程であって、該
イニシエーター化合物は、ｎのビルディングブロック
を含む機能性部分からなり
  （ｂ）工程（ａ）の溶液をｒの反応容器（ｒは２以上の整数である）に分割し、それにより、該溶液のｒのアリコートを作製する工程；
  （ｃ）各反応容器における
該イニシエーター化合物をｒのビルディングブロックの１つと反応させ、それにより、該最初のオリゴヌクレオチドに操作可能に連結されたｎ＋１のビルディングブロックを含む機能性部分からなる化合物を含むｒのアリコートを作製する工程
  （ｄ）各アリコートにおける最初のオリゴヌクレオチドを、後続オリゴヌクレオチドと該最初のオリゴヌクレオチドとの酵素的連結のために適した条件下で、該後続オリゴヌクレオチドと該最初のオリゴヌクレオチドとの連結を触媒する酵素の存在下、ｒの異なる後続オリゴヌクレオチドの１組の中の１つと反応させる工程；
を包含し、
  それにより、ｎ＋１のビルディングブロックをコードする伸長したオリゴヌクレオチドに操作可能に連結されたｎ＋１のビルディングブロックを含む機能性部分からなる分子を含むｒ個のアリコートを作製する、方法。
・・・
【請求項１０５】
生物学的標的に結合する１個以上の化合物を同定するための方法であって、該方法は、
  （ａ）該生物学的標的を、請求項２７に記載の方法により調製される化合物ライブラリーの少なくとも１つのメンバーが該標的に結合するのに適した条件下で、該化合物ライブラリーと接触させる工程；
  （ｂ）該標的に結合しないライブラリーメンバーを除去する工程；
  （ｃ）該標的に結合する該化合物ライブラリーの少なくとも１つのメンバーのコードオリゴヌクレオチドを増幅する工程；
  （ｄ）工程（ｃ）の該コードオリゴヌクレオチドを配列決定する工程；および
  （ｅ）工程（ｄ）で決定された該配列を使用して、該生物学的標的に結合する該化合物ライブラリーのメンバーの機能性部分の構造を決定する工程
を包含し、
  それにより、該生物学的標的に結合する１個以上の化合物を同定する、方法。」（８８〜８９頁の請求項２７、９９頁の請求項１０５）
　
（１−２）「（発明の要旨）
  本発明は、コードオリゴヌクレオチドタグを含む分子のライブラリーを合成する方法を提供する。この方法では、コードオリゴヌクレオチドに連結された第１のビルディングブロックを含むイニシエーターを含む溶液を多数の画分に分割（「スプリット」）する「スプリット・アンド・プール」法が利用される。それぞれの画分において、イニシエーターが、第２の特有のビルディングブロックと、また、第２のビルディングブロックを特定する第２の特有のオリゴヌクレオチドと反応する。これらの反応は同時または逐次的であることが可能であり、逐次的である場合、いずれかの反応の前に、他方の反応を行うことができる。画分のそれぞれにおいて作製されたダイマー分子が一緒にされ（「プールされ」）、その後、再び多数の画分に分割される。その後、
これらの画分のそれぞれが、第３の特有の（画分特異的な）ビルディングブロック、および、ビルディングブロックをコードする第３の特有のオリゴヌクレオチドと反応させられる。
　
（１−３）「ビルディングブロックは、
相補的
相補的
　
（１−４）「ビルディングブロックは、機能性部分を形成させるために用いられる反応基（１つまたは複数）に加えて１つまたは複数の官能基を含むことができる。」（１２頁下から６行目〜５行目）
　
（１−５）「１つの実施形態において、
最初のオリゴヌクレオチドは二本鎖であり
結合部分が、２つの鎖と、機能性部分とを結合するために使用される。
　
（１−６）「本発明の方法の利点の１つは、本発明の方法を使用して、非常に多数の化合物を含むライブラリーを調製することができることである。ポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）などの知られている方法を使用してコードオリゴヌクレオチド配列を増幅することができることは、
比較的少ないコピー体が回収される場合でさえ、選択された分子を同定することができる
　
（１−７）「好ましい実施形態において、ライブラリーは約１０３コピー〜約１０１５コピーの各ライブラリー成分を含む。ライブラリー成分間の合成効率の違いを考えると、異なるライブラリー成分が任意の所与のライブラリーにおいて異なる数のコピー体を有することが考えられる。従って、ライブラリーにおいて理論的に存在する各成分のコピー体の数は同じあるかもしれないが、任意の所与のライブラリー成分のコピー体の実際の数は、任意の他の成分のコピー体の数とは無関係である。」（３３頁２１〜２７行）
　
（１−８）「図６に示される実施形態では、いずれかの選択ラウンドの後で残っている化合物の増幅（そのような化合物のより多くのコピー体の合成）は行われない。そのような増幅は、選択後に残っている化合物の相対的な量と一致しない化合物の混合物をもたらし得る。この不一致は、特定の化合物が他の化合物よりも容易に合成されることがあり、従って、選択後のそれらの存在に比例しない様式で増幅されることがあるという事実に起因する。例えば、化合物２が化合物１よりも容易に合成されるならば、ラウンド２の後に残っている分子の増幅は、化合物１に対して化合物２の不釣り合いな増幅をもたらし、化合物２に対して化合物１の（生じるならば）はるかに低下した濃縮を伴う化合物の混合物をもたらす。」（３４頁１７〜２７行）
　
　記載事項（１−１）の請求項２７（ａ）及び（ｃ）、（１−３）、並びに、（１−４）より、ビルディングブロックが少なくとも１つの相補的反応基を含み、該相補的反応基は、イニシエーター化合物を構成する機能性部分の反応基と反応し共有結合を形成することが記載されており、記載事項（１−２）より、先行して反応させたビルディングブロックに
相当する
　
　よって、引用例１には、
「生物学的標的に結合する１個以上の化合物を同定するための方法であって、
  （Ａ）該生物学的標的を、以下の方法により調製される化合物ライブラリーの少なくとも１つのメンバーが該標的に結合するのに適した条件下で、該化合物ライブラリーと接触させる工程；
  （Ｂ）該標的に結合しないライブラリーメンバーを除去する工程；
  （Ｃ）該標的に結合する該化合物ライブラリーの少なくとも１つのメンバーのコードオリゴヌクレオチドを増幅する工程；
  （Ｄ）工程（Ｃ）の該コードオリゴヌクレオチドを配列決定する工程；および
  （Ｅ）工程（Ｄ）で決定された該配列を使用して、該生物学的標的に結合する該化合物ライブラリーのメンバーの機能性部分の構造を決定する工程
を包含し、
  それにより、該生物学的標的に結合する１個以上の化合物を同定する、方法であって、
　
　前記化合物ライブラリーを調製する方法は、
　該化合物が、機能性部分の構造を同定する最初のオリゴヌクレオチドに操作可能に連結される、２つ以上のビルディングブロックを含む機能性部分を含み、
  （ａ）ｍのイニシエーター化合物（ｍは１以上の整数である）を含む溶液を提供する工程であって、該イニシエーター化合物は、ｎの
少なくとも１つの反応基を含む
最初のオリゴヌクレオチドは二本鎖であり、結合部分は初期機能性部分および最初のオリゴヌクレオチドの２つのストランドと共有結合している、
  （ｂ）工程（ａ）の溶液をｒの反応容器（ｒは２以上の整数である）に分割し、それにより、該溶液のｒのアリコートを作製する工程；
  （ｃ）各反応容器における該イニシエーター化合物をｒのビルディングブロック
（ここで、ビルディングブロックは少なくとも１つの相補的反応基を含み、相補的反応基は、相補的反応基が共有結合を形成する反応に適当な条件下の前記機能性部分の反応基に相補的である）
  （ｄ）各アリコートにおける最初のオリゴヌクレオチドを、
前記段階（ｃ）のビルディングブロックに相当する
を包含し、
  それにより、ｎ＋１のビルディングブロックをコードする伸長したオリゴヌクレオチドに操作可能に連結されたｎ＋１のビルディングブロックを含む機能性部分からなる分子を含むｒのアリコートを作製する、方法である、
　                             
化合物を同定するための方法」の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。
　
（２）引用例２
　原査定の拒絶の理由で引用文献２として引用された本願優先日前に頒布された刊行物である国際公開２００４／０６９８４９号（以下、「引用例２」という）には、下記の事項が記載されている。（原文は、英語であるため、日本語訳で摘記する。下線は、当審が付与した。）
　
（２−１）「 (a) 油中水型エマルジョンを形成して、複数の水性マイクロリアクターを作製する段階であって、マイクロリアクターの少なくとも1つが単一の核酸鋳型、核酸に結合できる単一のビーズ、および核酸増幅を行なうために必要な試薬を含む増幅反応溶液を含む段階；
  (b) マイクロリアクター中で核酸を増幅して、核酸の増幅されたコピーを形成する段階；および
  (c) 増幅されたコピーをマイクロリアクター中のビーズに結合させる段階
を含む、1つまたは複数の核酸の増幅方法。」（４１頁の請求項１）
　
（２−２）「発明の分野
  本発明は、ビーズのような固体支持体上で、少ないコピー数の核酸鋳型を、配列決定に適した量まで増幅する方法に関する。」（１頁１５〜１７行）
　
（２−３）「本発明の1つの利点は、マイクロリアクターを用いることにより、増幅された産物もしくは試薬の間の相互汚染、または
1つの特定の鋳型または鋳型セットが優勢になる（例えば、PCRバイアス）ことなく
増幅することができる
　
（３）対比
　本願補正発明と引用発明とを対比する。
　引用発明の「機能性部分」、「最初のオリゴヌクレオチド」及び「後続オリゴヌクレオチド」は、本願補正発明の「官能部分」、「初期オリゴヌクレオチド」及び「入力オリゴヌクレオチド」にそれぞれ相当する。
　また、引用発明の工程（ａ）、（ｂ）、（ｃ）及び（ｄ）は、それぞれ、本願補正発明の（Ａ）（ｉ）、（Ａ）（ｉｉ）、（Ａ）（ｉｉｉ）、及び、（Ａ）（ｉｖ）の「各アリコート中の・・・ライゲーションに適した条件下で反応させ」る工程に相当する。
　さらに、引用発明の、工程（ｄ）後の「ｎ＋１のビルディングブロックをコードする伸長したオリゴヌクレオチド」は、本願補正発明（ｉｖ）の「ｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分の構造を同定するエンコーディングオリゴヌクレオチド」に相当する。
　また、引用発明の工程（ａ）前の「機能性部分の構造を同定する最初のオリゴヌクレオチド」は、本願補正発明の工程（Ａ）（ｉｖ）最後の「官能部分の構造を同定するエンコーディングオリゴヌクレオチド」に相当する。
　そして、引用発明の工程（Ａ）、（Ｂ）、（Ｃ）、（Ｄ）及び（Ｅ）は、それぞれ、本願補正発明の（Ｂ）、（Ｃ）、（Ｄ）、（Ｅ）及び（Ｆ）に相当する。
　
　よって、両者の、一致点・相違点は以下のとおりとなる。
一致点：「生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定する方法であって、
（Ａ）化合物のライブラリーを合成し（ここで、化合物は、
（ｉ）ｍのイニシエーター化合物を含む溶液を提供し（ここで、ｍは１以上の整数であり、イニシエーター化合物は、ｎの少なくとも１つの反応性基を含むビルディングブロックを含む官能部分（ここで、ｎは１以上の整数である）であって、ｎのビルディングブロックを同定する初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合するものからなり、初期官能部分および初期オリゴヌクレオチドは二本鎖であり、結合部分は初期官能部分および初期オリゴヌクレオチドの２つのストランドと共有結合している）；
（ｉｉ）段階（Ａ）（ｉ）の溶液をｒの反応容器中に分割し（ここで、ｒは２以上の整数である）、これにより、溶液のｒのアリコートを作製し；
（ｉｉｉ）各反応容器中のイニシエーター化合物をｒのビルディングブロック（ここで、ビルディングブロックは少なくとも１つの相補反応性基を含み、相補反応性基は、相補反応性基が共有結合を形成する反応に適当な条件下の段階（Ａ）（ｉ）の反応性基に相補的である）の１つと反応させ、これにより、初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合したｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分からなる化合物を含むｒのアリコートを作製し；
（ｉｖ）各アリコート中の初期オリゴヌクレオチドを、段階（Ａ）（ｉｉｉ）のビルディングブロックに相当するｒの独立した入力オリゴヌクレオチドの組の一つと、入力オリゴヌクレオチドおよび初期オリゴヌクレオチドを触媒する酵素の存在下、入力オリゴヌクレオチドおよび初期オリゴヌクレオチドの酵素ライゲーションに適した条件下で反応させ、これにより、ｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分の構造を同定するエンコーディングオリゴヌクレオチドと操作可能に結合したｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分からなる分子のｒのアリコートを作製すること
により官能部分の構造を同定するエンコーディングオリゴヌクレオチドと操作可能に結合する２以上のビルディングブロックを含む官能部分を含む）；
（Ｂ）生物学的標的を化合物のライブラリー、またはその一部と、化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーが標的と結合するために適した条件下で接触させ；
（Ｃ）標的と結合しないライブラリーメンバーを除去し；
（Ｄ）標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドを増幅し；
（Ｅ）標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドを配列決定し；
（Ｆ）生物学的標的と結合する化合物のライブラリーのメンバーの官能部分の構造を決定するために、段階（Ｅ）において決定された配列を使用し、これにより生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定することを含む、方法。」である点。
　
相違点：本願補正発明は、
「前記増幅段階が、
（ｉ）油中水型エマルジョンを形成して、複数の水性ミクロリアクターを作製し（ここで、ミクロリアクターの少なくとも１つは、標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバー、標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドと結合できる１つのビーズ、および核酸増幅を行うために必要な試薬を含有する増幅反応溶液を含む）；
（ｉｉ）前記エンコーディングオリゴヌクレオチドの増幅されたコピーを形成するために、ミクロリアクター中でエンコーディングオリゴヌクレオチドを増幅し；
（ｉｉｉ）ミクロリアクター中のビーズにエンコーディングオリゴヌクレオチドの増幅されたコピーを結合させることを含む」と特定されているのに対し、引用発明は、そのような特定はなされていない点。
　
（４）当審の判断
　引用発明は、配列決定前に、標的に結合する化合物中のオリゴヌクレオチドを増幅する工程を備えた化合物の同定方法に係るものであるところ、増幅工程を備えることで、少ないコピー数であっても、選択された化合物の同定を可能とするという利点が記載される一方（記載事項（１−６））、ライブラリー成分は、それぞれ合成効率が異なることが記載され（記載事項（１−７））、ある実施形態においては、増幅した場合、選択後に残っている化合物の相対的な量と一致しない化合物の混合物をもたらすこと、すなわち、不均一な増幅がなされるという課題が記載されている（記載事項（１−８））。
　一方、核酸増幅の技術分野に属する引用例２には、少ないコピー数の核酸鋳型を、配列決定に適した量まで増幅する方法に関する発明として（記載事項（２−２））、「 (a) 油中水型エマルジョンを形成して、複数の水性マイクロリアクターを作製する段階であって、マイクロリアクターの少なくとも1つが単一の核酸鋳型、核酸に結合できる単一のビーズ、および核酸増幅を行なうために必要な試薬を含む増幅反応溶液を含む段階；
  (b) マイクロリアクター中で核酸を増幅して、核酸の増幅されたコピーを形成する段階；および
  (c) 増幅されたコピーをマイクロリアクター中のビーズに結合させる段階
を含む、1つまたは複数の核酸の増幅方法。」という、本願補正発明の増幅段階に対応する工程を備えた方法が記載されており、その利点として、1つの特定の鋳型または鋳型セットが優勢になる（例えば、PCRバイアス）ことなく増幅できること、すなわち、不均一な増幅がなされないことも記載されている（記載事項（２−３））。
　してみれば、引用発明と同じく、少ないコピー数の核酸に対し、配列決定前に核酸増幅を行う方法に係る発明であり、かつ、引用例１に記載される、不均一な増幅という課題を解決可能なことが記載される引用例２に記載の核酸増幅方法を用いて、引用発明の標的に結合する化合物ライブラリーのメンバーのコードオリゴヌクレオチドを増幅することは、当業者であれば容易に想到し得たことである。
　そして、本願補正発明が、引用例１、２から予測できない格別な効果を奏するとも認められない。
　したがって、本願補正発明は、引用例１、２に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　
（５）請求人の主張
　審判請求人は、平成２５年８月１９日付で提出した審判請求書の手続補正書において、以下の点イ．〜ハ．を主張している。
　
イ．引用例１に記載の、短いオリゴヌクレオチド配列の増幅法と、引用例２に記載の長いセグメントであるゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーを作製するために用いられる増幅法とを、組み合わせるということを動機付けるとは考えられない。
　
ロ．本願の化合物で行われるＰＣＲ反応に影響を及ぼすことが予測されうる潜在的な種々の要件によって、当業者が引用例１、２を組み合わせることは妨げられ、予期される結果をもたらすことまたは過度の実験を行うことなく成功することは期待され得ない。
　
ハ．引用例２に記載のエマルジョンは、本願の合成中にオリゴヌクレオチドで標識するエマルジョンではないから、引用例１、２を組み合わせても、本願の発明を実施することは容易になし得るものではない。したがって、ＰＣＲ増幅などの核酸増幅により導入される偏りを排除するという本願の発明の効果もまた容易に想到され得ない。
　
　請求人の主張について検討する。
　
イ．について
　引用例２には、核酸の増幅方法が記載されているのであって（請求項１等）、ゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーの作製のみに適用可能な方法が記載されているわけではない。
　
ロ．について
　請求人のいう潜在的な種々の要件とは、具体的にどのような要件であるのか不明であり、また、引用例１、２をみても、両者を組み合わせることが妨げられるような要件が存在するとは認められない。そして、所期の結果が得られることを期待して、引用例１、２を組み合わせることは当業者が容易になし得たことである。
　
ハ．について　
　引用例１に記載される発明（引用発明）に対し、引用例２に記載の発明を組み合わせると思い至った当業者が、引用例２に記載の「単一の核酸鋳型」として、引用発明の「標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバー」を用いることは当然である。また、核酸増幅により偏りを排除するという効果については、引用例２の記載事項（２−３）より予測される範囲内のものであるし、そもそも、本願明細書において、油中水型エマルジョンを用いた増幅工程を備えた方法の実験結果は全く記載されておらず、本願補正発明の効果が容易に想到され得ないという請求人の主張は根拠がない。
　
　よって、請求人の主張は、いずれも採用できない。
　
（６）小括 
 　以上のように、本願補正発明は、引用例１、２に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により、独立して特許を受けることができない。 
 　　 
３．むすび 
　したがって、本件補正は、平成１８年改正前特許法第１７条の２第５項において準用する同法１２６条第５項の規定に違反するので、第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下すべきものである。 
　
　
第３　本願発明について
１．本願発明
　平成２５年７月１２日付手続補正は上記のとおり却下されたので、本願発明は、平成２０年６月３０日付国際出願翻訳文提出書の特許請求の範囲の請求項１〜４７に記載された発明特定事項により特定されるものであるところ、その請求項１に係る発明は、以下に記載したとおりのものである。
　
「生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定する方法であって：
（Ａ）化合物のライブラリーを合成し（ここで、化合物は：
（ｉ）ｍのイニシエーター化合物を含む溶液を提供し（ここで、ｍは１以上の整数であり、イニシエーター化合物は、ｎのビルディングブロックを含む官能部分（ここで、ｎは１以上の整数である）であって、ｎのビルディングブロックを同定する初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合するものからなる）；
（ｉｉ）段階（ｉ）の溶液をｒの反応容器中に分割し（ここで、ｒは２以上の整数である）、これにより、溶液のｒのアリコートを作製し；
（ｉｉｉ）各反応容器中のイニシエーター化合物をｒのビルディングブロックの１つと反応させ、これにより、初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合したｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分からなる化合物を含むｒのアリコートを作製し；
（ｉｖ）各アリコート中の初期オリゴヌクレオチドを、ｒの独立した入力オリゴヌクレオチドの組の一つと、入力オリゴヌクレオチドおよび初期オリゴヌクレオチドを触媒する酵素の存在下、入力オリゴヌクレオチドおよび初期オリゴヌクレオチドの酵素結紮に適した条件下で反応させ；これにより、ｎ＋１のビルディングブロックをエンコードする伸長されたオリゴヌクレオチドと操作可能に結合したｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分からなる分子のｒのアリコートを作製する
ことにより官能部分の構造を特定する初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合する２以上のビルディングブロックを含む官能部分を含む）；
（Ｂ）生物学的標的を化合物のライブラリー、またはその一部と、化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーが標的と結合するために適した条件下で接触させ；
（Ｃ）標的と結合しないライブラリーメンバーを除去し；
（Ｄ）標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドを配列決定し；
（Ｅ）生物学的標的と結合する化合物のライブラリーのメンバー，の官能部分の構造を決定するために、段階（Ｄ）において決定された配列を使用し、これにより生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定することを含む方法。」（以下、「本願発明」という。）
　
２．引用例１
　引用例１には、上記第２　２．（１）で摘記した記載事項（１−１）、（１−８）が記載されており、記載事項（１−１）より、引用例１には、
「生物学的標的に結合する１個以上の化合物を同定するための方法であって、
  （Ａ）該生物学的標的を、以下の方法により調製される化合物ライブラリーの少なくとも１つのメンバーが該標的に結合するのに適した条件下で、該化合物ライブラリーと接触させる工程；
  （Ｂ）該標的に結合しないライブラリーメンバーを除去する工程；
  （Ｃ）該標的に結合する該化合物ライブラリーの少なくとも１つのメンバーのコードオリゴヌクレオチドを増幅する工程；
  （Ｄ）工程（Ｃ）の該コードオリゴヌクレオチドを配列決定する工程；および
  （Ｅ）工程（Ｄ）で決定された該配列を使用して、該生物学的標的に結合する該化合物ライブラリーのメンバーの機能性部分の構造を決定する工程
を包含し、
  それにより、該生物学的標的に結合する１個以上の化合物を同定する、方法であって、
　
　前記化合物ライブラリーを調製する方法は、
　該化合物が、機能性部分の構造を同定する最初のオリゴヌクレオチドに操作可能に連結される、２つ以上のビルディングブロックを含む機能性部分を含み、
  （ａ）ｍのイニシエーター化合物（ｍは１以上の整数である）を含む溶液を提供する工程であって、該イニシエーター化合物は、ｎのビルディングブロック（ｎは１以上の整数である）を含む機能性部分からなり、該機能性部分は、該ｎのビルディングブロックを同定する最初のオリゴヌクレオチドに操作可能に結合される、工程；
  （ｂ）工程（ａ）の溶液をｒの反応容器（ｒは２以上の整数である）に分割し、それにより、該溶液のｒのアリコートを作製する工程；
  （ｃ）各反応容器における該イニシエーター化合物をｒのビルディングブロックの１つと反応させ、それにより、該最初のオリゴヌクレオチドに操作可能に連結されたｎ＋１のビルディングブロックを含む機能性部分からなる化合物を含むｒのアリコートを作製する工程；および
  （ｄ）各アリコートにおける最初のオリゴヌクレオチドを、後続オリゴヌクレオチドと該最初のオリゴヌクレオチドとの酵素的連結のために適した条件下で、該後続オリゴヌクレオチドと該最初のオリゴヌクレオチドとの連結を触媒する酵素の存在下、ｒの異なる後続オリゴヌクレオチドの１組の中の１つと反応させる工程；
を包含し、
  それにより、ｎ＋１のビルディングブロックをコードする伸長したオリゴヌクレオチドに操作可能に連結されたｎ＋１のビルディングブロックを含む機能性部分からなる分子を含むｒのアリコートを作製する、方法である、
　
化合物を同定するための方法」の発明（以下、「引用発明’」という。）が記載されていると認められる。
　　
３．対比・判断
　本願発明と引用発明’とを対比する。
　引用発明’の「機能性部分」、「最初のオリゴヌクレオチド」及び「後続オリゴヌクレオチド」は、本願発明の「官能部分」、「初期オリゴヌクレオチド」及び「入力オリゴヌクレオチド」にそれぞれ相当する。
　また、引用発明’の工程（ａ）、（ｂ）、（ｃ）及び（ｄ）は、それぞれ、本願発明の（Ａ）（ｉ）、（Ａ）（ｉｉ）、（Ａ）（ｉｉｉ）、及び、（Ａ）（ｉｖ）の「各アリコート中の・・・結紮に適した条件下で反応させ」る工程に相当する。
　そして、引用発明’の工程（Ａ）、（Ｂ）、（Ｄ）及び（Ｅ）は、それぞれ、本願発明の（Ｂ）、（Ｃ）、（Ｄ）及び（Ｅ）に相当する。
　
　よって、両者は、
「生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定する方法であって：
（Ａ）化合物のライブラリーを合成し（ここで、化合物は：
（ｉ）ｍのイニシエーター化合物を含む溶液を提供し（ここで、ｍは１以上の整数であり、イニシエーター化合物は、ｎのビルディングブロックを含む官能部分（ここで、ｎは１以上の整数である）であって、ｎのビルディングブロックを同定する初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合するものからなる）；
（ｉｉ）段階（ｉ）の溶液をｒの反応容器中に分割し（ここで、ｒは２以上の整数である）、これにより、溶液のｒのアリコートを作製し；
（ｉｉｉ）各反応容器中のイニシエーター化合物をｒのビルディングブロックの１つと反応させ、これにより、初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合したｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分からなる化合物を含むｒのアリコートを作製し；
（ｉｖ）各アリコート中の初期オリゴヌクレオチドを、ｒの独立した入力オリゴヌクレオチドの組の一つと、入力オリゴヌクレオチドおよび初期オリゴヌクレオチドを触媒する酵素の存在下、入力オリゴヌクレオチドおよび初期オリゴヌクレオチドの酵素結紮に適した条件下で反応させ；これにより、ｎ＋１のビルディングブロックをエンコードする伸長されたオリゴヌクレオチドと操作可能に結合したｎ＋１のビルディングブロックを含む官能部分からなる分子のｒのアリコートを作製する
ことにより官能部分の構造を特定する初期オリゴヌクレオチドと操作可能に結合する２以上のビルディングブロックを含む官能部分を含む）；
（Ｂ）生物学的標的を化合物のライブラリー、またはその一部と、化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーが標的と結合するために適した条件下で接触させ；
（Ｃ）標的と結合しないライブラリーメンバーを除去し；
（Ｄ）標的と結合する化合物のライブラリーの少なくとも１つのメンバーのエンコーディングオリゴヌクレオチドを配列決定し；
（Ｅ）生物学的標的と結合する化合物のライブラリーのメンバー，の官能部分の構造を決定するために、段階（Ｄ）において決定された配列を使用し、これにより生物学的標的と結合する１以上の化合物を同定することを含む方法。」である点で一致する。
　
　一方、本願発明は、増幅工程を備えていないのに対し、引用発明’は、「（Ｃ）該標的に結合する該化合物ライブラリーの少なくとも１つのメンバーのコードオリゴヌクレオチドを増幅する工程」を備えている点で一応相違する。
　
　しかしながら、本願発明は、「・・・同定することを
含む
　　　
　したがって、本願発明は、引用例１に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない。 
　 
第４　まとめ 
　以上のとおり、本願の請求項１に係る発明は、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができないから、その余の請求項について言及するまでもなく、拒絶すべきものである。 
　よって、結論のとおり審決する。