【事件の表示】
　特願２０１１−５０８８１９「ＭＳ／ＭＳデータ処理」拒絶査定不服審判事件〔平成２１年１１月１９日国際公開、ＷＯ２００９／１３８１７９、平成２３年　７月１４日国内公表、特表２０１１−５２０１２９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯 
　本願は、平成２１年５月４日（優先権主張：平成２０年５月１５日、英国）を国際出願日とする外国語特許出願であって、平成２４年１２月２８日付けで拒絶の理由が通知され、平成２５年７月１６日に意見書と手続補正書が提出されたが、同年８月１日付けで拒絶査定がなされ、その謄本は８月６日に請求人に送達された。これに対し、同年１２月５日に拒絶査定不服審判の請求がなされ、それと同時に手続補正書が提出されたものである。
 　 
第２　本願発明 
　本願の請求項１ないし３５に係る発明は、平成２５年１２月５日に提出された手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１ないし３５に記載された事項により特定されるものであって、そのうち請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりのものである。
「【請求項１】
　前駆体イオン種をそれらのフラグメントから同定する方法であって、
　（ａ）複数の前駆体イオン種の質量を示す量を求めるステップと、
　（ｂ）複数の前駆体イオンに由来する複数のフラグメントイオンを形成するために、複数の前駆体イオン種のイオンをフラグメント化するステップと、
　（ｃ）複数の前駆体イオン種に由来するフラグメントイオンを一緒に／同時に質量分析するステップと、
　（ｄ）複数のフラグメントイオン種の１つまたは複数の試料セットであって、含まれるフラグメントイオン種の、ステップ（ｃ）で求められた合算した質量を示す量が、特定の１つの前駆体試料イオン種に対応する１つまたは複数の試料セットをサーチし、サーチにより検出された１つまたは複数の試料セットを前記特定の１つの前駆体試料イオン種に割り当てるステップと、
　（ｅ）前駆体イオン種の１つまたは複数に関して、（ｉ）ステップ（ａ）で識別された特定の前駆体試料イオン種の質量を示す量と、（ｉｉ）前記特定の前駆体イオン種に割り当てられた前記１つまたは複数の試料セット中の複数のフラグメントイオン種の質量を示す量とを識別する試料データを比較手段に転送するステップであって、それにより、前駆体イオン種および割り当てられたフラグメントイオン種の質量を示す量を、それぞれ、基準フラグメントイオンデータおよび基準前駆体イオンデータの１つまたは複数の基準セット中のイオンの質量を示す量と比較するステップと、
　（ｆ）比較手段から、複数のフラグメント試料イオン種が割り当てられた前駆体イオン種を同定することを目的とした前記比較の結果を示す情報を受け取るステップと
を含む方法。」
　
第３　引用例の記載事項 
　本願の優先日前に国際公開がされた国際公開第２００８／００３６８４号（以下、「引用例」という。）には、つぎの事項が記載されている。（なお、記載内容及びその記載箇所については、対応する日本語特許出願の国内公表公報である特表２００９−５４１７６４号公報によるものである。）
　１　引用例に記載された事項
　（１）「【０００１】
  　本発明は、一般的には質量分光測定の分野に関する。
【０００２】
　質量分光測定（ＭＳ）は、その種類に関係なく、一般的には試料中に存在する分子を、これらの分子をイオン化して加速し、質量分析計の中に注入した後、これらの分子の質量を測定することにより同定する工程を包含するものであることが知られている。
【０００３】
　質量分析計は、分析する試料中に含まれる様々な分子の質量スペクトルを、発生するイオンの質量-対-電荷比（Ｍ／Ｑ、Ｍは質量であり、Ｑは電荷である)の値の関数として発生するが、このスペクトルは、イオンの質量-対-電荷比Ｆ（Ｍ／Ｑ）の関数に対して、イオン検出器により検出されたイオンの電流強度の形態にあり、この関数は、使用する質量スペクトルに特徴的であり、一般的に下記式：
を有する（式中、Ｇは使用する質量分析計のタイプによって異なる関数であり、イオンの質量と電荷の比とは無関係である）。」
　
　（２）「【００３０】
　特に、本発明の目的の一つは、一次質量選択を行わない、公知の質量分析計と相容性があり、多帯電一次イオンに対して、単一取得で、分析する試料中に存在する複数の異なった一次質量に対して解離スペクトルを同時に発生させることができ、親の一次イオンが低または高運動エネルギーで解離する、質量分光測定方法を提案することである。
【００３１】
　このために、本発明は、第一態様により、分析すべきイオンの質量-対-電荷比の公知の特徴的な関数を有する質量分析計で使用するためのタンデム質量分光測定方法であって、
  （ａ）分析すべき一次イオン供給源を用意する工程、
  （ｂ）前記一次イオンの、一次イオンピーク出現を含む一次質量スペクトルを、解離を行わずに発生させる工程、
  （ｃ）前記一次質量ピークの少なくとも幾つかの極大における特徴的な関数値、およびそのピークに関連する電荷値から、前記一次質量ピークに対応する、問題とする親一次イオンの解離から生じる帯電フラグメントの多重組に対応する、特徴的な関数値の可能な全ての多重組が適合する必要がある相関法則を決定する工程、
  （ｄ）一次質量ピークに関連する問題とする一次イオンを同時に解離させ、前記親一次イオンのそれぞれから帯電フラグメントの多重組を得る工程、  （ｅ）前記解離フラグメントに対する特徴的な関数値を発生させる工程、  （ｆ）前記特徴的な関数値の全ての潜在的な多重組を形成する工程、
  （ｇ）前記潜在的な多重組の中から、該相関法則に対する近接基準に適合する多重組を確認し、前記親一次イオンに対応する帯電フラグメントの真の多重組を決定する工程、
  （ｈ）それぞれ問題とする親一次イオンに対応する、確認されたフラグメントの真の多重組に関連するピークを含んでなる、解離質量スペクトルを発生する工程
を含んでなる、方法を提供する。」
　（３）「【００３２】 前記相関法則を決定する工程が、下記の準工程、即ち
  （ｄ１）質量および電荷が既知であるイオンに対して一次質量スペクトルを発生すること、
  （ｄ２）前記スペクトルで一次質量ピークを選択すること、
  （ｄ３）選択された一次イオンを解離させ、特定の質量-対-電荷比（Ｍ／Ｑ）を求めること、
  （ｄ４）選択された一次イオンから来る解離フラグメントの解離質量スペクトルを発生すること、
  （ｄ５）解離質量スペクトル中で、帯電フラグメントの多重組への解離が起こることに対応するピークの多重組を確認すること、
  （ｄ６）確認された各多重組に属する各ピークの出現の極大に対応する特徴的な関数値(Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）)を決定すること、
  （ｄ７）それぞれの可能な電荷多重組に対して、この電荷多重組を満足し、質量-対-電荷比（Ｍ／Ｑ）に、一次電荷Ｑに、および選択された一次質量ピークに対する出現極大における特徴的な関数値(Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）)に対応する特徴的な関数値の確認された多重組との相関法則のそれぞれを決定すること、
  （ｄ８）工程（ｄ１）〜（ｄ７）を、既知分子の一次質量スペクトルの各選択された一次質量ピークに対して繰り返すことを包含する。
  本方法は、既知分子で得た相関法則に基づき、未知分子の一次質量ピークの相関法則を決定する工程をさらに含んでなる。・・・」
　
  （４）「【００３９】
　第一に、「多帯電したイオン」とは、正または負の電荷を有し、電荷の絶対値が２以上であり、解離した時、絶対値が１以上である正または負の電荷を有する帯電フラグメントの多重組を発生することができるイオンを意味する。
【００４０】
　特に図１に関して、本発明の方法は、好ましくは多帯電した一次イオンを、帯電フラグメントの対を含んでなるフラグメントの多重組、帯電フラグメントの三重組、または帯電フラグメントの対と質量が既知である中性フラグメントから構成されたフラグメントの三重組に解離させることを目的とする。しかし、より一般的には、本発明を、帯電フラグメントの対および帯電フラグメントの対と質量が既知である中性フラグメントを含んでなるフラグメントの三重組に加えて、少なくとも３個のフラグメントを含んでなる帯電フラグメントの多重組および少なくとも３個の帯電フラグメントと質量が既知である中性フラグメントを有する帯電フラグメントの多重組を含んでなるフラグメントの多重組を発生する、あらゆる解離チャネルで実行することが可能である。
【００４１】
　この実施方法では、分析すべきイオンに対する質量-対-電荷比の既知の特徴的な関数を有するどのような質量分析計で行っても、第一工程は、確認または研究すべき分子から得られる多帯電イオンに対する一次質量スペクトルを供給することを含んでなる。
・・・
【００４３】
　この一次質量スペクトルは、図１に例示する工程（ａ）および（ｂ）を実行することによっても得ることができる。
【００４４】
　工程（ａ）で、確認すべき分子を、多帯電イオンの供給源1中でイオン化し、実質的に一定の電場で加速し、一次イオン供給源を与える。
【００４５】
　次いで、工程（ｂ）で、一次イオンを質量分析計３の中に注入し、解離を行わずに、該一次イオンの一次質量スペクトルを発生させ、該スペクトルは、特徴的な関数値の測定に続いて得た一次イオンピーク出現を含む。
【００４６】
　質量分光測定の当業者(限定するものではないが)により従来から使用されている提示グラフでは、一次質量スペクトルは、一般的に、特徴的な関数値が横軸に、対応する出現が縦軸にある２つの直交する軸で示される。」
　（５）「【００４７】
　ついで、工程（ｃ）で、この一次質量スペクトルを使用し、各一次質量ピークに対して、一次質量ピークの出現の極大における特徴的な関数値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）、一次質量-対-電荷比Ｍ／Ｑおよびイオンの一次電荷Ｑを決定する。  」
　（６）「【００５０】
　図３は、一次イオンの、質量-対-電荷比Ｍ１／Ｑ１、Ｍ２/Ｑ２およびＭ３/Ｑ３および一次質量ピークのそれぞれに対する出現の極大における特徴的な関数値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）をそれぞれ有する３個の一次質量ピークを含む一次質量スペクトルの例を示す。
【００５１】
　ピークに関連する特徴的な関数値および電荷値から、一次質量ピークに関連する一次イオンの解離から来そうな帯電フラグメントの多重組に対応する特徴的な関数値の全ての可能な多重組を与える相関法則が決定される。」
　（７）「【００５２】
  フラグメントの対に解離する多帯電一次イオンに対して、本発明の方法を実行することにより、ただ一つの解離チャネルを検出することができ、それは、一次イオンの、帯電フラグメント対への解離である。
【００５３】
　一次質量Ｍと、帯電フラグメントの可能な質量対ｍｉ、ｍｊとの間の関係は、 
                        Ｍ＝ｍｉ＋ｍｊ    　
である。         　
【００５４】
  一次電荷Ｑと、帯電フラグメントの可能な電荷対ｑｉ’、ｑｊ’との間の関係は  　
                        Ｑ＝ｑｉ’＋ｑｊ’  　
である。   　
【００５５】
　一次質量ピークあたりの相関法則の数は、解離した帯電フラグメント対の間に、一次イオンの一次電荷Ｑが分布する可能性の数に等しい。
【００５６】
　例えば、Ｑ１＝２ｅに対して、帯電フラグメントの対、即ち
                          ｑｉ’＝ｅ、ｑｊ’＝ｅ
の間に電荷が分布する可能性はただ一つである。
【００５７】
　Ｑ２＝３ｅでは、帯電フラグメントの対間に電荷が分布する二つの可能性、即ち
                 ｑｉ’＝ｅ、ｑｊ’＝２ｅ、および
                 ｑｉ’＝２ｅ、ｑｊ’＝ｅ
があり、従って、二つの対応する相関法則がある。
【００５８】
　Ｑ３＝４ｅでは、帯電フラグメントの対間に電荷が分布する三つの可能性、即ち
                 ｑｉ’＝ｅ、ｑｊ’＝３ｅ、
                 ｑｉ’＝３ｅ、ｑｊ’＝ｅ、および
                 ｑｉ’＝２ｅ、ｑｊ’＝２ｅ
があり、従って、三つの対応する相関法則がある。以下、同様である。」
　（８）「【００５９】
　低運動エネルギー解離（上記参照）の場合、解離帯電フラグメントの特徴的な関数は、解離フラグメントの質量-対-電荷比に依存するが、親一次イオンの質量-対-電荷比には依存せず、解離フラグメントの質量-対-電荷比に比例する。
【００６０】
　従って、同じ質量-対-電荷比Ｍ／Ｑを有し、帯電フラグメントの対に解離する一次イオンに関連する一次質量ピークのそれぞれの電荷ｑｉ’、ｑｊ’の各対に対応するそれぞれの相関法則は、常に、解析的に、下記式：
ここで、下記式
により表される。
【００６１】
　従って、一次質量スペクトルの一次質量ピークに対応する各相関法則は、本発明の方法により、一次電荷値および一次質量ピーク出現の極大における特徴的な関数値に基づいて決定することができる、即ち一次電荷Ｑの決定により、可能な電荷ｑｉ’、ｑｊ’の各多重組を決定することができ、出現の極大における特徴的な関数値の決定により、式(２)を使用し、各相関法則の各Ｆ(Ｍ／Ｑｉ’)値を決定することができる。 」
　（９）「【００７６】
　ここで、本発明の方法の実行に戻り、工程（ｄ）で、多帯電一次イオンを、解離装置２により解離させ、多帯電一次イオンのそれぞれに対して帯電フラグメントの多重組を得る。
【００７７】
　工程（ｅ）では、解離帯電フラグメントを質量分析計３の中に注入し、出現(またはイオン電流強度)に対する特徴的な関数値を、イオン検出器４により検出した解離帯電フラグメントに対して測定する。
【００７８】
　次いで、この値に基づいて、一次質量選択を行わずに、一次質量スペクトルの親一次イオンの各解離スペクトルの全ての質量解離ピークを含んでなる解離質量スペクトル（ＭＳ−ＭＳ）を発生させる。
【００７９】
　従って、一次質量スペクトルの一次質量ピークに対応する幾つかの質量解離スペクトルの質量解離ピークは、一次質量選択を行わずに発生させた質量解離スペクトル中に混合されている。
【００８０】
この分野における専門家に対する従来のグラフ表示では、限定はしないが、各解離質量スペクトルを、確認された特徴的な関数値が横軸に、対応する出現が縦軸にある２つの直交する軸で示される。」
　（１０）「【００８５】
　図４の例に関して、解離スペクトルは、７対の解離ピークに対応する１４個の質量解離ピークを含んでなり、各解離ピーク対は、同じ質量-対-電荷比Ｍ／Ｑを有する同等の一次イオンの解離から来る帯電フラグメントの対に関連する。解離帯電フラグメントに対する極大Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）における１４個の特徴的な関数値の中の４個を示す。
【００８６】
  工程（ｆ）で、測定された、解離帯電フラグメントに対する極大における特徴的な関数値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）から、該特徴的な関数値の全ての潜在的な多重組が形成される。
【００８７】
  工程（ｇ）で、該値の潜在的な多重組の中から、解離帯電フラグメント(一次質量ピークのそれぞれに対して同じ質量-対-電荷比Ｍ／Ｑを有する同等の一次イオンの解離から来る)の多重組に関連する解離ピークの真の多重組に対応する、特徴的な関数値の真の多重組は、値の潜在的な多重組を、各一次質量ピークの相関法則により決定される値の可能な多重組と比較することにより、確認される。
【００８８】
  本発明により、この確認工程（ｇ）では、出現の極大における特徴的な関数値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）の潜在的な多重組の中から、可能な値の多重組に対する近接基準に適合する多重組を選択し、該多重組は、一次質量スペクトルの各一次質量ピークの相関法則により与えられる。
【００８９】
  近接基準精度は、一次イオンに対する極大における特徴的な関数値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）の精度、この精度は対応する特徴的な法則の精度を決定する、と少なくとも実質的に等しく、潜在的な真の多重組値の精度を決定する解離帯電フラグメントに対する極大における特徴的な関数値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）測定の精度に近い精度を決定する。
【００９０】
  一次イオンの極大Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）および帯電フラグメントの極大Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）における特徴的な関数値の精度は、対応する質量ピークの分解能によって異なる。
【００９１】
  最後に、工程（ｈ）で、親一次イオンのそれぞれに対応し、確認されたフラグメントの真の多重組に関連するピークを含んでなる各質量解離スペクトルを発生する。
【００９２】
  上記のように、本発明の好ましい実行方法により、工程（ｄ）から、分析すべき一次イオンの全てに対して、一次質量選択を行わずに、本方法を実行する。  」
　（１１）「【０１１５】
　図７は、本発明を制限しない例として、二次元的スペクトルの平面{Ｆｍａｘ(ｍｒ／ｑｒ’)、Ｆｍａｘ(ｍｓ／ｑｓ’)}を示し、そこでは、図３に示す一次質量スペクトルの３本の相関直線が位置しており、これらの相関直線は、二重帯電一次イオンの３個の一次質量ピークの相関法則に対応し、これらの二重帯電一次イオンは、それぞれＭ１／Ｑ１、Ｍ２／Ｑ２およびＭ３／Ｑ３に等しい質量-対-電荷比を有する単一帯電フラグメントの対に直接解離する。
【０１１６】
　この例示では、説明を簡単にするために、図４の１４個の解離ピークの中から、２個の真の対に対応する４個の値{Ｆｍａｘ(Ｍ１／Ｑ１’)、Ｆｍａｘ（Ｍ４／ｑ４’)}{Ｆｍａｘ(Ｍ２/Ｑ２’)、Ｆｍａｘ(Ｍ３/Ｑ３’)}だけを示す。（当審注：Ｆｍａｘｍ４／ｑ４’)は、Ｆｍａｘ（Ｍ４／ｑ４’)の誤記と認める。以下においても同様に誤記として当該記載は修正している。）
【０１１７】
　これらの４個の値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）は、図７の二次元的スペクトルの平面{Ｆｍａｘ(ｍｒ／ｑｒ’)、Ｆｍａｘ(ｍｓ／ｑｓ’)}における潜在的な対に対応する、交差点で表す１６個の異なった出現位置Ｐｒｓを決定する。
【０１１８】
　図４の１４個の解離ピークに対応する１４個の値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）を図７上に示す場合、１９６個の出現位置が決定されるであろう。
【０１１９】
　質量-対-電荷比Ｍ１／Ｑ１を有する一次イオンに対応する相関直線に最も近い潜在的な出現位置の対は対(Ｐ１４、Ｐ４１)であることが分かる。
【０１２０】
　これらの位置Ｐ１４、Ｐ４１は、事実、該相関線の上またはすぐ近くにある。
【０１２１】
　従って、位置の対(Ｐ１４、Ｐ４１)に対応する対{Ｆｍａｘ(Ｍ１／Ｑ１’)、Ｆｍａｘ（Ｍ４／ｑ４’)}は、図３の例における質量-対-電荷比Ｍ１／Ｑ１を有する一次質量ピークの解離ピークに属する解離ピークの対の一つであると確認される。
【０１２２】
　対照的に、潜在的な位置の他の対と、この相関線との間の距離は、決定された距離閾より大きいので、潜在的な位置の他の対は、質量-対-電荷比Ｍ１／Ｑ１を有する一次質量ピークの解離スペクトルの解離ピークの対からは来ないと考えられる。
【０１２３】
　ところで、質量-対-電荷比Ｍ２／Ｑ２を有する一次イオンに対応する相関直線に最も近い潜在的な出現位置の対は対(Ｐ２３、Ｐ３２)である。
【０１２４】
　従って、位置の対(Ｐ２３、Ｐ３２)に対応する対{Ｆｍａｘ(Ｍ２/Ｑ２’)、Ｆｍａｘ(Ｍ３/Ｑ３’)}は、図３の例における質量-対-電荷比Ｍ２／Ｑ２を有する一次質量ピークの解離スペクトルに属する解離ピークの対の一つであると確認される。
【０１２５】
　潜在的な位置の他の対と、相関線との間の距離は、決定された距離閾に対して重要過ぎるので、潜在的な位置の他の対は、質量-対-電荷比Ｍ１／Ｑ１、Ｍ２／Ｑ２またはＭ３／Ｑ３を有する一次イオンのどの解離からも来ないと考えられる。
【０１２６】
　確認される２個の真の出現対(Ｐ１４、Ｐ４１)および(Ｐ２３、Ｐ３２)を、図７で丸で囲んだ交差点により示す。
【０１２７】
　この説明を簡単にするために、図４および７に例示する上記の例は、帯電フラグメントの対に解離する親一次イオンの解離ピークだけを含んでなる。」
　（１２）「【０１２８】
　無論、実際には、質量選択を行わずに得られる解離スペクトルは、多帯電一次イオンの他の可能な解離チャネルから得られる確認できる、および確認できない解離ピークを与える質量ピーク、ならびに解離しなかった多帯電イオンの一次質量ピークも含む。これらの解離ピークは、説明を簡単にしない。
【０１２９】
　それにも関わらず、質量解離スペクトルの一次質量ピークは、一次質量スペクトルを使用することにより、実際に排除することができる。
【０１３０】
　さらに、解離ピークのセットは、事実上の潜在的な多重組をさらに発生する。これらのほとんどは、真の多重組の確認基準により排除されるが、それらの幾つかは、受け容れられ、誤認される多重組、従って、本発明の方法により発生した解離スペクトルにおける質量解離ピークの誤った多重組を発生ることがある。
　しかし、当業者は、既知のデータベースにより、誤った多重組の質量を、親イオンの測定した質量に対応する、理論的または実験的に可能な解離チャネルのフラグメントの多重組の質量と比較することにより、該誤った質量解離ピークを排除することができる。」
（１３）図７
  
　２　引用例に記載された発明
　（１）上記１の（１） 及び（２）によれば、引用例に記載の発明は、一次質量選択を行わない、単一取得で、分析する試料中に存在する複数の異なった一次試料に対して解離スペクトルを同時に発生させることができる質量分光測定方法を提案することをその目的の一つとするものであるし、引用例に記載の発明は、一般的には試料中に存在する分子をイオン化して加速し、質量分析計の中に注入した後、これらの分子の質量を測定することにより同定するためのものであるといえる。
　（２）上記１の（５）ないし（８）においては、工程（ｃ）について説明がされており、そこには、「（ｃ）前記一次質量ピークの少なくとも幾つかの極大における特徴的な関数値、およびそのピークに関連する電荷値から、前記一次質量ピークに対応する、問題とする親一次イオンの解離から生じる帯電フラグメントの多重組に対応する、特徴的な関数値の可能な全ての多重組が適合する必要がある相関法則を決定する工程」に関する説明として、当該工程（ｃ）で「一次質量スペクトルを使用し、各一次質量ピークに対して、一次質量ピークの出現の極大における特徴的な関数値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）、一次質量-対-電荷比Ｍ／Ｑおよびイオンの一次電荷Ｑを決定する」こと、そして、「ピークに関連する特徴的な関数値および電荷値から、一次質量ピークに関連する一次イオンの解離から来そうな帯電フラグメントの多重組に対応する特徴的な関数値の全ての可能な多重組を与える相関法則が決定され」ること、その相関法則は、親一次イオンの質量である一次質量Ｍとその解離から生じる各帯電フラグメントの質量の合計ｍｉ＋ｍｊが同じであるとともに、親一次イオンの電荷である一次電荷Ｑとその解離から生じる各帯電フラグメントの各電荷の合計ｑｉ’＋ｑｊ’が同じであるという関係により導き出されるものであり、一般式として、段落【００６０】の【数８】及び【数９】より、
Ｑ×Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）
　＝ｑｉ’×Ｆｍａｘ（ｍｉ／ｑｉ’）＋ｑｊ’×Ｆｍａｘ（ｍｊ／ｑｊ’）
が一対の帯電フラグメントに解離する場合の関係式として決定されるものであることが示されている。
　（３）そして、上記１の（１０）には、当該相関法則を用いて、帯電フラグメントの対を確定する方法について説明がされており、そこでは、工程（ｆ）で測定された、解離帯電フラグメントに対する極大における特徴的な関数値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）から潜在的な多重組が形成されること、工程（ｇ）で、潜在的な多重組の中から、解離帯電フラグメントの多重組に関連する解離ピークの真の多重組に対応する、特徴的な関数値の真の多重組は、値の潜在的な多重組を、各親一次イオンの質量ピークの相関法則により決定される値の可能な多重組と比較することにより確認されることが示されており、上記１の（１１）において、具体的に、その手順が、例えば、各親一次イオンから解離する帯電フラグメントが２つの対となる場合について、図７に示されている二次元的スペクトルの平面上に、各親一次イオンの特徴的な関数値を上記（２）の一般式に適用して導き出される特性直線と工程（ｆ）で得られた各解離帯電フラグメントの極大における特徴的な関数値を表示し、各解離帯電フラグメントの極大における特徴的な関数値の交点が特性直線と近接するところを、真の多重組であると判断することができることが示されている。
　（４）してみると、引用例には、
 「分析すべきイオンの質量-対-電荷比の公知の特徴的な関数を有する質量分析計で使用するためのタンデム質量分光測定方法であって、
  （ａ）分析すべき一次イオン供給源を用意する工程、
  （ｂ）前記一次イオンの、一次イオンピーク出現を含む一次質量スペクトルを、解離を行わずに発生させる工程、
  （ｃ）前記一次質量ピークの少なくとも幾つかの極大における特徴的な関数値、およびそのピークに関連する電荷値から、前記一次質量ピークに対応する、問題とする親一次イオンの解離から生じる帯電フラグメントの多重組に対応する、特徴的な関数値の可能な全ての多重組が適合する必要がある相関法則を、親一次イオンの質量である一次質量Ｍとその解離から生じる各帯電フラグメントの質量の合計ｍｉ＋ｍｊが同じであるとともに、親一次イオンの電荷である一次電荷Ｑとその解離から生じる各帯電フラグメントの各電荷の合計ｑｉ’＋ｑｊ’が同じであるという関係により決定する工程、
  （ｄ）一次質量ピークに関連する問題とする一次イオンを同時に解離させ、前記親一次イオンのそれぞれから帯電フラグメントの多重組を得る工程、
  （ｅ）前記解離フラグメントに対する特徴的な関数値を発生させる工程、
  （ｆ）前記特徴的な関数値の全ての潜在的な多重組を形成する工程、
  （ｇ）前記潜在的な多重組の中から、該相関法則に対する近接基準に適合する多重組を確認し、前記親一次イオンに対応する帯電フラグメントの真の多重組を決定する工程であって、各親一次イオンから解離する帯電フラグメントが２つの対となる場合に、二次元的スペクトルの平面上に、各親一次イオンの特徴的な関数値を上記（ｃ）の関係式に適用して導き出される特性直線と工程（ｆ）で得られた各解離帯電フラグメントの極大における特徴的な関数値を表示し、各解離帯電フラグメントの極大における特徴的な関数値の交点が特性直線と近接するところを、真の多重組であると判断する工程、
  （ｈ）それぞれ問題とする親一次イオンに対応する、確認されたフラグメントの真の多重組に関連するピークを含んでなる、解離質量スペクトルを発生する工程
を含んでなる、方法」の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されているものと認められる。
　２　本願発明と引用発明との対比
　（１）引用発明の「分析すべき一次イオン」は、「帯電フラグメント」は、本願発明の「前駆体イオン種」、「フラグメントイオン」にそれぞれ相当する。
　また、引用発明の「親一次イオン」、「帯電フラグメント」に関して求められる特徴的な関数値は、Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）、すなわち質量／電荷比のことであるところ、本願発明の「前駆体イオン」、「フラグメントイオン」に関して「求め」られる「質量を示す量」は、本願の請求項２７において「質量電荷比」であることが特定されていることや、発明の詳細な説明の段落【００２５】において用語の定義として「質量及び他の量を包含するものとして広く解釈すべきである」と記載され、「質量電荷比ｍ／ｚ」が例示されていることから、引用発明の「親一次イオン」、「帯電フラグメント」に関して求められる特徴的な関数値Ｆｍａｘ（Ｍ／Ｑ）は、本願発明の「前駆体イオン」、「フラグメントイオン」に関して「求め」られる「質量を示す量」に相当するものであり、これらの量は質量分析により求められるものである。
　したがって、引用発明の「（ａ）分析すべき一次イオン供給源を用意する工程、及び（ｂ）前記一次イオンの、一次イオンピーク出現を含む一次質量スペクトルを、解離を行わずに発生させる工程」は、本願発明の「（ａ）複数の前駆体イオン種の質量を示す量を求めるステップ」に相当し、引用発明の「（ｄ）一次質量ピークに関連する問題とする一次イオンを同時に解離させ、前記親一次イオンのそれぞれから帯電フラグメントの多重組を得る工程」は、本願発明の「（ｂ）複数の前駆体イオンに由来する複数のフラグメントイオンを形成するために、複数の前駆体イオン種のイオンをフラグメント化するステップ」に相当し、引用発明の「（ｅ）前記解離フラグメントに対する特徴的な関数値を発生させる工程」は、本願発明の（ｃ）複数の前駆体イオン種に由来するフラグメントイオンを一緒に／同時に質量分析するステップ」に相当するものといえる。
　（２）引用発明の「（ｃ）前記一次質量ピークの少なくとも幾つかの極大における特徴的な関数値、およびそのピークに関連する電荷値から、前記一次質量ピークに対応する、問題とする親一次イオンの解離から生じる帯電フラグメントの多重組に対応する、特徴的な関数値の可能な全ての多重組が適合する必要がある相関法則を親一次イオンの質量である一次質量Ｍとその解離から生じる各帯電フラグメントの質量の合計ｍｉ＋ｍｊが同じであるとともに、親一次イオンの電荷である一次電荷Ｑとその解離から生じる各帯電フラグメントの各電荷の合計ｑｉ’＋ｑｊ’が同じであるという関係により決定する工程」は、特定の親一次イオンの解離から生じる帯電フラグメントの多重組のそれぞれの帯電フラグメントの特徴的な関数値の合計が、親一次イオンの特徴関数と同じとなる組み合わせを特定するためのものであって、例えば、複数の帯電フラグメントイオンから成り立つ２つの帯電フラグメントイオンの組みあわせのうち、それぞれの２つの帯電フラグメントイオンの組において合算した「特徴的な関数値」が、「特定の親一次イオンの特徴関数」に対応するものを特定するためのものであるといえる。
　そして、引用発明の工程（ｇ）は「（ｇ）前記潜在的な多重組の中から、該相関法則に対する近接基準に適合する多重組を確認し、前記親一次イオンに対応する帯電フラグメントの真の多重組を決定する工程」であって、引用例に具体例として示されているものは、「各親一次イオンから解離する帯電フラグメントが２つの対となる場合に、図７に示されている二次元的スペクトルの平面上に、各親一次イオンの特徴的な関数値を上記２（２）の一般式に適用して導き出される特性直線と工程（ｆ）で得られた各解離帯電フラグメントの極大における特徴的な関数値を表示し、各解離帯電フラグメントの極大における特徴的な関数値の交点が特性直線と近接するところを、真の多重組であると判断する」ものである。
　してみると、引用発明の「工程（ｃ）」及び「工程（ｇ）」は、本願発明の「（ｄ）複数のフラグメントイオン種の１つまたは複数の試料セットであって、含まれるフラグメントイオン種の、ステップ（ｃ）で求められた合算した質量を示す量が、特定の１つの前駆体試料イオン種に対応する１つまたは複数の試料セットをサーチし、サーチにより検出された１つまたは複数の試料セットを前記特定の１つの前駆体試料イオン種に割り当てるステップ」に相当するものといえる。
　（３）また、上記２（１）に摘示した記載から、引用発明の「分析すべきイオンの質量-対-電荷比の公知の特徴的な関数を有する質量分析計で使用するためのタンデム質量分光測定方法」は、一般的には試料中に存在する分子を、これらの分子をイオン化して加速し、質量分析計の中に注入した後、これらの分子の質量を測定することにより同定するための方法を含むものであることは明らかであるから、本願発明の「前駆体イオン種をそれらのフラグメントから同定する方法」に相当する。
　（４）してみると、本願発明と引用発明とは、つぎの一致点において一致し、つぎの相違点において相違する。
  ＜一致点＞
 「 前駆体イオン種をそれらのフラグメントから同定する方法であって、
　（ａ）複数の前駆体イオン種の質量を示す量を求めるステップと、
　（ｂ）複数の前駆体イオンに由来する複数のフラグメントイオンを形成するために、複数の前駆体イオン種のイオンをフラグメント化するステップと、
　（ｃ）複数の前駆体イオン種に由来するフラグメントイオンを一緒に／同時に質量分析するステップと、
　（ｄ）複数のフラグメントイオン種の１つまたは複数の試料セットであって、含まれるフラグメントイオン種の、ステップ（ｃ）で求められた合算した質量を示す量が、特定の１つの前駆体試料イオン種に対応する１つまたは複数の試料セットをサーチし、サーチにより検出された１つまたは複数の試料セットを前記特定の１つの前駆体試料イオン種に割り当てるステップと、
を含む方法。」である点
＜相違点＞
  本願発明が「（ｅ）前駆体イオン種の１つまたは複数に関して、（ｉ）ステップ（ａ）で識別された特定の前駆体試料イオン種の質量を示す量と、（ｉｉ）前記特定の前駆体イオン種に割り当てられた前記１つまたは複数の試料セット中の複数のフラグメントイオン種の質量を示す量とを識別する試料データを比較手段に転送するステップであって、それにより、前駆体イオン種および割り当てられたフラグメントイオン種の質量を示す量を、それぞれ、基準フラグメントイオンデータおよび基準前駆体イオンデータの１つまたは複数の基準セット中のイオンの質量を示す量と比較するステップと、
　（ｆ）比較手段から、複数のフラグメント試料イオン種が割り当てられた前駆体イオン種を同定することを目的とした前記比較の結果を示す情報を受け取るステップと」を備えるものであるのに対して、引用発明は、そのような工程を備えるか否かについて明記がされていない点
　３　当審の判断
　（１）引用例には、上記１（１２）に説示したように、引用発明の方法により、真の「帯電フラグメント」の多重組の確認基準により、ほとんど潜在的な多重組は排除されるものの、そのうちの幾つかは受け入れら、誤認される多重組を発生することがあること、及び、親イオンの測定した質量に対応する理論的または実験的に可能な解離フラグメントの多重組の質量と比較することにより誤った多重組が排除することができることが記載されている。
　（２）そして、質量分析装置により分析対象イオンを同定するものにおいて、多数の化合物についての化合物の情報とフラグメントイオンの質量数と強度の照合表を予めデータライブラリとして用意し、スペクトルの各ピークの質量数とデータライブラリとを照合することによりピーク質量に対応するイオン種の候補を抽出し、蓋然性の高い順にその候補を表示する手法は、例えば特開平８−１２４５１９号公報（段落【０００４】及び段落【００１５】参照）に記載されているように従来周知の技術である。
　（３）以上のことからすれば、引用発明において、排除されることができなかった潜在的な多重組を排除するために、周知の技術を適用して、問題となる親一次イオンと帯電フラグメントイオンの多重組を識別するための質量数と強度の「試料データ」を、データライブラリとして予め用意されている「化合物の情報とフラグメントイオンの質量数と強度の照合表」、すなわち、「基準前駆体イオン種」及び「基準フラグメントイオン種」と比較して、「帯電フラグメントイオン」の多重組が割り当てられた「親一次イオン」の候補を抽出して蓋然性の高い順に表示するようにすること、すなわち、「帯電フラグメントイオン」の多重組が割り当てられた親一次イオンを同定することを目的とした比較の結果を示す情報を得るようにして、上記相違点に係る本願発明の発明特定事項を得ることは、当業者が容易に想到し得ることであるといえる。
　（４）そして、本願発明の効果は、引用例及び周知技術に基づいて当業者が予測し得る程度のことであって格別のものとはいえない。
　４　小括
　したがって、本願発明は、引用発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。 
第５　むすび 
 　以上のとおり、本願発明は、本願優先権主張日前に頒布された上記引用例に記載された発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであって特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから、その他の請求項に係る発明について論及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。
　 
 　よって、結論のとおり審決する。