【事件の表示】
　特願２００９−５４４８７３「ライゲーション増幅」拒絶査定不服審判事件〔平成２０年　７月１７日国際公開、ＷＯ２００８／０８５６５２、平成２２年　５月１３日国内公表、特表２０１０−５１５４３３〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、平成１９年（２００７年）１２月１３日（パリ条約による優先権主張　２００７年１月８日　米国）を国際出願日とする出願であって、本願の請求項に係る発明は、平成２５年７月１日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１〜１４に記載された事項により特定されるとおりのものであるところ、その請求項１に係る発明は、以下のとおりのものである。
　
「【請求項１】
　（a）標的RNA配列を増幅して、増幅されたRNA配列を産生すること；そして
　（b）少なくとも1つの末端リン酸標識ヌクレオチドの存在下、増幅されたRNA配列を核酸ポリメラーゼと反応させて、標識されたポリリン酸を産生すること；
を含む、増幅されたRNA配列を使用して、標識されたポリリン酸を産生する方法であって；
　標的RNA配列の増幅が：
　ポリA以外の標的RNA配列を提供すること；
　RNAポリメラーゼに対するプロモーター配列を含む二本鎖領域、および、標的RNA配列にハイブリダイゼーションすることが可能な一本鎖3’末端領域を含む、1つまたはそれ以上の核酸配列を提供すること；
　標的RNA配列に核酸配列の一本鎖3’末端領域をハイブリダイゼーションすること；
　標的RNA配列の3’末端に、核酸配列の二本鎖領域の5’末端をライゲーションし、ライゲーションされた配列を形成すること；そして
　RNAポリメラーゼを用いてライゲーションされた配列を転写し、増幅されたアンチセンス、相補的RNA配列を形成すること；
を含む、前記方法。」（以下、「本願発明」という。）
　
２．引用例の記載
（１）原査定の拒絶の理由において引用文献１として引用された、本願優先日前の２００５年１月２０日に頒布された刊行物である特表２００５−５０１５６７号公報（以下、「引用例１」という。）には、以下の事項が記載されている（下線は当審で付与した。）。 
　
ア．「【請求項１】
核酸配列の存在を検出する
ａ)
 核酸ポリメラーゼ反応を実施し、当該反応がホスファターゼに実質的に無反応性である少なくとも一つのヌクレオチドおよび少なくとも一つの末端−ホスフェ−ト−標識ヌクレオチドの反応を含み、その反応は標識ポリホスフェ−トの生産をもたらす
ｂ)当該標識ポリホスフェ−トがホスファターゼと反応して、検出可能な種を生産することを許容すること；および
ｃ)当該検出可能な種の存在を検出すること：
の工程を含む、方法。
【請求項３】
当該核酸配列がＲＮＡ
【請求項１３】
当該ポリメラーゼ反応が少なくとも一つのＤＮＡもしくは
ＲＮＡポリメラーゼの存在下で核酸配列をインキュベートする工程をさらに含む
　
イ．「【００３３】
本発明の方法は、少なくとも一つのＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼの存在下でポリメラーゼ反応を実施することを含み得る。適当な核酸ポリメラーゼにはまた、プライマーゼ、テロメラーゼ、末端デオキシヌクレオチジル転移酵素および逆転転写酵素が含まれ得る。核酸鋳型が、ポリメラーゼ反応が起こるために必要とされ得て、ポリメラーゼ反応溶液に添加され得る。
本発明の検出方法における工程(ａ)、(ｂ)および(ｃ)の全ては、単一の均一な反応混合液を用いて同時に行い、
【００３４】
核酸ポリメラーゼ反応がポリメラーゼを利用する増幅方法を含み得ることは、本発明の意図内に十分ある。
　　
　上記ア．、イ．から、引用例１には、 以下の発明が記載されていると認められる。
「ＲＮＡを増幅すること；そして
　ホスファターゼに実質的に無反応性である少なくとも一つのヌクレオチドおよび少なくとも一つの末端−ホスフェ−ト−標識ヌクレオチドの存在下、増幅されたＲＮＡを核酸ポリメラーゼと反応させて、標識ポリホスフェ−トを産生すること；
を含む、増幅されたＲＮＡを使用して、標識ポリホスフェ−トを産生する方法」（以下、「引用発明」という。） 
　
（２）原査定の拒絶の理由において引用文献２として引用された、本願の優先日前の２００６年７月６日に頒布された刊行物である国際公開第２００６／０７１７７６号（以下、「引用例２」という。）には、以下の事項が記載されている（英語で記載されているため、日本語訳で摘記する。下線は当審で付与した。）。 
　
ウ．「１．連結核酸分子の調製方法であって、
ａ）
ポリＡ以外のＲＮＡを供給し、
ｂ）二本鎖領域と一本鎖３′末端領域とを有する１以上の核酸を供給し、
ｃ）ＲＮＡに核酸配列の一本鎖３′端末領域をハイブリダイズさせ、ＲＮＡの３′末端に対して核酸の二本鎖領域の５′末端を酵素的手段によってライゲーションする
ことを含んでなる方法。
８．
標的ＲＮＡ配列の増幅方法であって、
ａ）一本鎖の形態のＲＮＡを供給し、
ｂ）ＲＮＡポリメラーゼのプロモータ配列を含む二本鎖領域と、標的ＲＮＡにハイブリダイズする一本鎖領域とを含むＤＮＡ配列を添加し、
ｃ）酵素的手段によってＲＮＡの３′末端にＤＮＡ配列をライゲーションしてＤＮＡ−ＲＮＡを調製し、
ｄ）ＲＮＡポリメラーゼによってＤＮＡ−ＲＮＡを転写してアンチセンス相補ＲＮＡ（ｃＲＮＡ）を調製する
ことを含んでなる増幅方法。
エ．「本発明は、
新規な核酸の増幅法、
検出法
　
３．対比 
　本願発明と引用発明とを対比する。
　ホスフェートとはリン酸のことであるから、引用発明の「少なくとも一つの末端−ホスフェ−ト−標識ヌクレオチド」、「標識ポリホスフェ−ト」は、本願発明の「少なくとも1つの末端リン酸標識ヌクレオチド」、「標識されたポリリン酸」に相当する。
　そうすると、両者の一致点、相違点は以下のとおりである。
一致点：
「標的RNA配列を増幅して、増幅されたRNA配列を産生すること；そして
　少なくとも1つの末端リン酸標識ヌクレオチドの存在下、増幅されたRNA配列を核酸ポリメラーゼと反応させて、標識されたポリリン酸を産生すること；
を含む、増幅されたRNA配列を使用して、標識されたポリリン酸を産生する方法。」である点で一致する。　
　
相違点： 
（１）核酸ポリメラーゼ反応が、本願発明では、少なくとも一つの末端−ホスフェ−ト−標識ヌクレオチドの存在下で行われるのに対して、引用発明ではホスファターゼに実質的に無反応性である少なくとも一つのヌクレオチドおよび少なくとも一つの末端−ホスフェ−ト−標識ヌクレオチドの存在下で行われる点、
（２）標的RNA配列の増幅方法が、本願発明では、「ポリA以外の標的RNA配列を提供すること；
　RNAポリメラーゼに対するプロモーター配列を含む二本鎖領域、および、標的RNA配列にハイブリダイゼーションすることが可能な一本鎖3’末端領域を含む、1つまたはそれ以上の核酸配列を提供すること；
　標的RNA配列に核酸配列の一本鎖3’末端領域をハイブリダイゼーションすること；
　標的RNA配列の3’末端に、核酸配列の二本鎖領域の5’末端をライゲーションし、ライゲーションされた配列を形成すること；そして
　RNAポリメラーゼを用いてライゲーションされた配列を転写し、増幅されたアンチセンス、相補的RNA配列を形成すること」と特定されているのに対して、引用発明では、そのような特定がなされていない点、で相違する。
４．相違点についての検討 
相違点（１）について
　本願発明は、核酸ポリメラーゼ反応が、ホスファターゼに実質的に無反応性である少なくとも一つのヌクレオチドの存在下で行われることは記載されていないが、ホスファターゼに実質的に無反応性である少なくとも一つのヌクレオチドおよび少なくとも一つの末端−ホスフェ−ト−標識ヌクレオチドの存在下で行われることを包含する発明であるから（本願の請求項５、７参照）、実質的な相違とはいえない。
　
相違点（２）について
　引用例２には、上記３．対比の相違点：（２）に記載した本願発明の標的RNA配列の増幅方法と同じ標的ＲＮＡ配列の増幅方法が記載されており（上記２．ウ．）、引用例１と引用例２は、共に標的ＲＮＡ配列を増幅して、検出するという共通の技術分野に属するものであるから（上記２．ア．、イ．及びエ．）、引用発明における標的ＲＮＡ配列の増幅方法として、引用例２に記載のライゲーションを伴う標的ＲＮＡ増幅方法を採用することは当業者が容易に想到することである。
　そして、本願明細書をみても、本願発明が、引用例１、引用例２から当業者が予想できる程度を超える顕著な効果を奏すると認めることはできない。
５．審判請求人の主張について
　審判請求人は、平成２５年１１月２５日付けの審判請求書中で、
（ア）しかしながら、引用文献２にはＲＮＡの増幅について一般的な記載は含まれておりますが、具体的な製造例などは一切記載されておりません。また、引用文献２（引用文献１の誤記と思われる。）の段落番号［０００５］には「ＤＮＡおよびＲＮＡポリメラーゼは、トリホスフェ−ト部分のガンマ位置におけるかもしくは代わりに修飾を持つヌクレオシドを認識して、利用することができることが知られている。種々のポリメラーゼがガンマ−修飾ヌクレオチド三ホスフェート(ＮＴＰの)を認識して、利用する能力は、ガンマホスフェ−トに付加した部分に依存して変わるように見えることがさらに公知である。一般に、ＲＮＡポリメラーゼは、ＤＮＡポリメラーゼよりさらに無差別である。」と記載されております。このような記載に触れた当業者が引用文献２を引用文献１に組み合わせて本願発明に到達する動機付けをもつとは考えられません、
（イ）補正後の本願発明に係る方法では、１つの反応容器において同時にＲＮＡ増幅と検出を行うことが可能となります。例えば、本願明細書の実施例４では二本鎖ＤＮＡとｍＲＮＡのライゲーションと増幅を同時に行っております。反応後の試料中の生成物についての分析結果が宇５に示されております。図５のレーン１および３は、１塩基鋳型非依存的ヌクレオチド付加、並びに、ラン・オフ転写物と不完全な転写物の両方を示しております。レーン３（表６、反応２）における、ゲル上部のＲＮＡスメアと、レーン１（表６、反応１）と比較したときラン・オフ転写物の強度が比較的に減少していることは、二本鎖ＤＮＡ　ＲＮＡＰプロモーターとｍＲＮＡがアニールし、ライゲーションすること、および、ＤＮＡ：ｍＲＮＡハイブリッドから相補的ＲＮを転写することの両方の、この系（表６、反応２）の可能性を示唆する結果となっております。さらに実施例７では、末端リン酸標識ヌクレオチドを使用する、１つの反応容器中での同時のＲＮＡ増幅および検出を実施しております、と主張するが、以下のとおり、いずれも採用し得ない。
（ア）について
　引用例２には、「ゲルを実施例１と同様のパラメータを用いてスキャンした。予想されるライゲーション産物はそれぞれ反応２及び４において観察された。反応２と４の一部及びＭＥＧＡｓｃｒｉｐｔ（商標）  Ｔ７キット（Ａｍｂｉｏｎ社）を用いて、表４で概説するように
増幅を行った
相補ＲＮＡを転写する能力のいずれをも有することを示唆する。
（イ）について
　審判請求人が主張する「１つの反応容器において同時にＲＮＡ増幅と検出を行うことが可能」との効果は、本願発明において「１つの反応容器の中で、（a）及び（b）を同時に行う」場合の効果である。しかし、本願発明においてこの点は特定されていないから、審判請求人の主張は、本願発明の特定に基づくものではない。
　また仮に、審判請求人が主張する効果を考慮するとしても、上記２．イ．の記載や「対照的に、本発明は、これらの生成物を検出できる前に出発原料からポリメラーゼ反応の生成物を分離する必要を除外する。」（引用例１の１７頁２２〜２３行）との記載は、ＲＮＡ増幅の後、精製工程などを経ずにＲＮＡの検出ができることを示唆するものであるから、その様な効果は当業者にとって予測可能なものにすぎない。
６．まとめ 
　以上検討したところによれば、本願の請求項１に係る発明は、引用例１及び引用例２の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。 
　したがって、その余の請求項について論及するまでもなく、拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。