(57)【要約】【課題】検体を特定する情報を、その増幅プロセス、特異的配列の検出プロセスに至るまで一貫して保持できる識別技術を提供することにある。【解決手段】検体に付与した個別コードをデコード可能な情報として組み込んだ塩基配列を増幅可能領域内に配置して識別子プローブを形成し、この識別子プローブを検体と一緒に増幅させて増幅産物中における識別子プローブの存在を検出することで、増幅産物中の検体の個別コードを認識することができ、増幅産物がどの検体に由来するかを容易に確認でき、更に、増幅が良好に行われたかどうかを同時に検査することもできる。【選択図】  図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
DNAまたはRNAからなる検体に付与した個別コードにデコード可能な情報が組み込まれている塩基配列を、前記検体の増幅のための２本のプライマーを用いて増幅可能な領域に有することを特徴とする識別子プローブ。
【請求項２】
前記個別コードが、数字、文字及び記号から選択された少なくとも１以上からなる文字列、あるいは塩基配列である請求項１記載の識別子プローブ。
【請求項３】
前記個別コードが暗号化され、デコード可能な情報として前記塩基配列に組み込まれている請求項１または２記載の識別子プローブ。
【請求項４】
前記個別コードが、前記検体に特有の塩基配列である請求項１〜３のいずれかに記載の識別子プローブ。
【請求項５】
前記検体に特有の塩基配列が、前記検体に固有の多型の１つを含む塩基配列、もしくはその多型の２以上の組み合わせ塩基配列である請求項１〜４のいずれかに記載の識別子プローブ。
【請求項６】
DNAまたはRNAからなる検体の所定部を増幅させるための２本のプライマーからなるプライマーセットにおいて、
請求項１〜５のいずれかに記載の識別子プローブを更に有することを特徴とするプライマーセット。
【請求項７】
DNAまたはRNAからなる検体を該検体に付与した個別コードで管理しつつ保管する方法において、
請求項１〜５のいずれかに記載の識別子プローブを前記検体とともに、同一のコンテナ内に収めて保管することを特徴とするDNAまたはRNA検体の保管方法。
【請求項８】
前記検体と前記識別子プローブとが混合された状態で保管される請求項７に記載の保管方法。
【請求項９】
前記識別子プローブは、前記検体と混合される前に前記コンテナに予め備蓄されているか、もしくは混合された後に前記コンテナに収められている請求項８に記載の保管方法
【請求項１０】
前記コンテナが、マイクロチューブ、マイクロタイタープレート、ウェルプレート、または分析用バイアルである請求項７〜９に記載の保管方法。
【請求項１１】
前記コンテナが、前記識別子プローブのデコードする個別コードと一致する識別コードを有する請求項７〜１０のいずれかに記載の保管方法。
【請求項１２】
前記コンテナの識別コードが、数字、文字及び記号から選択された少なくとも１以上からなる文字列、バーコードまたは２次元マトリックスコードとして書き込まれている請求項１１に記載の保管方法。
【請求項１３】
識別コードを有するコンテナ内にDNAまたはRNAからなる検体を保管する際に該検体に混合して用いられる検体保管用の識別子プローブであって、
前記検体に付与した個別コードにデコード可能な情報が組み込まれている塩基配列を、前記検体の増幅のための２本のプライマーを用いて増幅可能な領域に有し、かつ該個別コードが前記コンテナの識別コードと一致している
ことを特徴とする検体保管用の識別子プローブ。
【請求項１４】
前記コンテナの識別コードが、ラベル、バーコードまたは２次元マトリックスコードでの形態で前記コンテナに記録されている請求項１３に記載の検体保管用の識別子プローブ。
【請求項１５】
個別コードを付与した、所定の配列を有するDNAまたはRNAからなる検体の所定部分を２本のプライマーを用いて増幅する核酸増幅方法であって、
前記２本のプライマーを用いて増幅可能な識別子プローブの共存下で、前記検体の所定部分の増幅を行う工程を有し、
該識別子プロ−ブは、前記２本のプライマーを用いた増幅によって増幅可能な領域にある所定の塩基配列が前記個別コードと関連付けられたものであることを特徴とする核酸増幅方法。
【請求項１６】
請求項１５に記載の核酸増幅方法によって得られた増幅産物中の前記識別子プローブに由来する増幅産物の有無の検出若しくは該増幅産物の検出及び定量を行う工程を有することを特徴とする増幅結果の検査方法。
【請求項１７】
前記プローブ由来の増幅産物の検出または定量が、該増幅産物に標識を取り込ませ、該増幅産物に特異的に結合する相補配列を有する識別子プローブ捕獲用プローブへの該増幅産物のハイブリダイゼーションを該標識を利用して検出することにより行なわれる請求項１６に記載の検査方法。
【請求項１８】
前記識別子プローブ由来の増幅産物と前記識別子プローブ捕獲用プローブとのハイブリダイゼーションが未検出の場合に検体の増幅に失敗したことを示すエラー情報とする請求項１６または１７に記載の検査方法。
【請求項１９】
前記検体とそれに対応する識別子プローブのセットが複数あり、各識別子プローブの捕獲用プローブを用意しておき、１つの検体とそれに対応する識別子プローブとから得られた増幅産物を各識別子プローブの捕獲用プローブと反応させた際に、少なくとも２つの識別子プローブ捕獲用プローブとの反応が得られた際に、増幅エラーや検体の汚染を示すエラー情報とする請求項１６〜１８のいずれかに記載の検査方法。
【請求項２０】
前記識別子プローブの捕獲用プローブを固相担体に固定して前記識別子プローブ由来の増幅産物と反応させる請求項１６〜１９のいずれかに記載の検査方法。
【請求項２１】
前記固相担体に、前記識別子プローブの捕獲用プローブを固定した識別用の領域と、前記検体分析用のプローブが固定された検出用の領域とが互いに区分されて配置されている請求項２０に記載の検査方法。
【請求項２２】
前記識別用の領域におけるハイブリダイゼーションの有無を画像として取り込み、検出用の領域におけるハイブリダイゼーションの有無を画像として取り込み、これらの画像に基づいて検体の個別コードと検体の分析データを関連づけて処理する請求項２１に記載の検査方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、検体の所定部分を増幅して分析等を行う際に検体の識別を容易とする検体とは別個に作製された識別子プローブ及びそれを用いたプライマーセットに関する。本発明はまた、この識別子プローブを用いた検体保管方法、核酸増幅方法及び増幅結果の検査方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
ゲノムDNA試料の確認方法として、ショートタンデムリピートやミニサテライト等の特定繰り返し配列を指標とした確認手法が知られている（特許文献１参照）。また、検体処理プロセスの中でシステマティックに検体番号を管理する方法もプロセスを自動化することで実現されていた（特許文献２参照）。
【０００３】
たとえば、最近ファーマコゲノミクスのターゲットにした疾患関連遺伝子、薬物代謝関連遺伝子の検査においてシングルヌクレオチドポルモルフィズム（SNPs）を検定するジェノタイピング技術が注目されている。ここでは、多型を含む一部配列の増幅し、その多型を含む配列と相補的なプローブとをハイブリダイゼーションさせその成否を確認する手法や、多型部位への一塩基伸長反応を利用した多型のジェノタイピングが主流になっている。したがって、検体としてゲノムDNA自体を管理するためには、一部配列の増幅や遺伝子を決定する最終検査プロセスまで一貫した、管理コードを常に保持している必要がある。更に、検体DNAの一部を増幅してそれを検定する場合、検体から、いつも同様の箇所が増幅するとは限らず、また、所望とする部分の増幅に成功しない場合もあり、所望の増幅が得られたかどうかを常に確認する必要もあった。
【特許文献１】特開平6-205700号公報
【特許文献２】特開平5-288754号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
ジェノタイピング等を行うために、検体ゲノムDNAから多型を含む断片をその後の処理過程（たとえば増幅、精製、検出プロセス）で処理する際には、この断片の供給元としての元検体がどれであったかを常に確認しておく必要がある。また、菌に感染した検体を検査するために菌種を判別のために菌ゲノムDNAに特有の断片を同様の処理過程で処理する必要があるが元検体（感染元）がどれであったかを確定することは特に重要である。この確認のためには、元検体の識別用コードを、プロセス単位で引き継いで管理しなくてはならない。ところが、複数の検体を同時に検査するような場合には、元検体コードの混同というリスクをはらんでいて、最終プロセス後にその信頼性を保証することは困難な場合があった。
【０００５】
背景技術にあるように指標となる一部塩基配列等すべてのゲノムの塩基配列を管理する
ことは実用的ではないし、自動化したとしても検体自体の逐次検査ではないので増幅の成否までは確認できない問題があった。一般的には、検体を識別する手法と、検体の一部増幅を確認する手法とは別物である。前者の検体の識別は、検体ゲノムDNAの有するユニークな配列部位を識別用のコードとして利用するにより行うことができる。
【０００６】
後者の検体の一部増幅確認には、厳密には標準検体を使用した増幅検査を必要とする。簡易法では、対象物が適度に増幅したかどうかを確認する程度とし、たとえば、適切なプライマーが使用されなかった、または、プライマーを投入し損なった等の人為的なミスの有無を確認する。この確認には、ゲル電気泳動による方法、増幅時に標識化し、たとえば蛍光標識化された増幅後の産物をレーザーで確認する方法が利用されている。しかしながら、すべての検体について増幅を確認するこれらの手法は、検査効率の向上を図る上ではなお課題を有するものであった。
【０００７】
本発明の目的は、検体を特定する情報を、その増幅プロセス、特異的配列の検出プロセスに至るまで一貫して保持できる識別技術を提供することにある。本発明の他の目的は、増幅プロセスにおいて所望の増幅が行われたことも併せて確認できる技術を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明の識別子プローブは、DNAまたはRNAからなる検体に付与した個別コードにデコード可能な情報が組み込まれている塩基配列を、前記検体の増幅のための２本のプライマーを用いて増幅可能な領域に有することを特徴とする識別子プローブである。
【０００９】
本発明のプライマーセットは、DNAまたはRNAからなる検体の所定部を増幅させるための２本のプライマーからなるプライマーセットにおいて、上記構成の識別子プローブを更に
有することを特徴とするプライマーセットである。
【００１０】
本発明のDNAまたはRNA検体の保管方法は、DNAまたはRNAからなる検体を該検体に付与した個別コードで管理しつつ保管する方法において、請求項１〜５のいずれかに記載の識別子プローブを前記検体とともに、同一のコンテナ内に収めて保管することを特徴とするDNAまたはRNA検体の保管方法である。
【００１１】
本発明の検体保管用の識別子プローブは、識別コードを有するコンテナ内にDNAまたはRNAからなる検体を保管する際に該検体に混合して用いられる検体保管用の識別子プローブであって、前記検体に付与した個別コードにデコード可能な情報が組み込まれている塩基配列を、前記検体の増幅のための２本のプライマーを用いて増幅可能な領域に有し、かつ該個別コードが前記コンテナの識別コードと一致していることを特徴とする検体保管用の識別子プローブである。
【００１２】
本発明の核酸増幅方法は、個別コードを付与した、所定の配列を有するDNAまたはRNAからなる検体の所定部分を２本のプライマーを用いて増幅する核酸増幅方法であって、前記２本のプライマーを用いて増幅可能な識別子プローブの共存下で、前記検体の所定部分の増幅を行う工程を有し、該識別子プロ−ブは、前記２本のプライマーを用いた増幅によって増幅可能な領域にある所定の塩基配列が前記個別コードと関連付けられたものであることを特徴とする核酸増幅方法である。
【００１３】
本発明の増幅結果の検査方法は、上記の核酸増幅方法によって得られた増幅産物中の前記識別子プローブに由来する増幅産物の有無の検出若しくは該増幅産物の検出及び定量を行う工程を有することを特徴とする増幅結果の検査方法である。
【発明の効果】
【００１４】
本発明にかかる識別子プローブは、ゲノムDNA等の検体の管理手法として、検体の個別コードをデコード可能な情報として組み込んだ塩基配列を検体増幅用の２本のプライマー（ユニバーサルプライマー）で増幅可能な領域内に有するものである。この識別子プローブを検体と混合し同一のコンテナに保管し、２本のプライマーを用いて増幅させた際に、増幅産物中にこの識別子プローブの有する検体個別コードに関する情報を含む塩基配列の存在を確認することで増幅産物の元になった検体の特定を行うことができる。更に、コンテナにも検体個別コードを付与しておくことで、検体の供給元であるコンテナを容易に特定することが可能となる。これにより、検体の取り違えなどの人為的なミスによる分析結果のエラーを最小限にする効果を期待できる。また、識別子プローブを検体もしくは検体の一部を同一のユニバーサルプライマーで増幅することが出来ることは、識別子プローブを検出できるか否かで、増幅の成否を確認する指標になる。検体の遺伝子分析において検体の個別コードと、その識別子プローブが十分に検出出来ることを確認することは、大量に用意された検体とその分析結果の関連づけにおいてデータの信頼性を得るに効果的な手法である。
【００１５】
また、検体の処理プロセスにおいて他の検体とコンタミネーションを引き起こした場合には、その両者の識別子プローブを検出するために、問題を引き起こしたことを検出時に確認できるために、検体の分析データの信憑性においてその裏づけをとることができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１６】
本発明は、検体個別コードを取り込んだ識別子プローブに関し、識別子プローブと検体とを混合し同一コンテナで保管管理することによって該混合物を同時増幅、同時ハイブリダイゼーションすることでその検体と工程を管理できるようにしたものである。識別子プローブの有するデコード可能な情報を含む塩基配列の部分は、化学合成されたものでも、常在菌ゲノム、ヒトゲノムからユニークな配列を切り出して得たものでもよい。
【００１７】
以下に本発明の実施形態について説明する。
〔第１の実施形態〕
本発明の第１の実施形態を図１〜図３を用いて以下に説明する。この実施態様は、検体を識別する個別コードをデコード可能な情報として書き込んだ塩基配列を有する識別子プローブをデザインすることに関する。また、この実施態様は、検体と識別子プローブを同一コンテナ（容器）内に一緒に、好ましくは混合して保管管理する検体保管方法も含む。
【００１８】
識別子プローブは、検体を識別のために付与した個別コードをデコード（読み替え）可能な情報として組み込んだ塩基配列を有する。すなわち、この塩基配列をデコードする（読み替える）ことで検体の個別コードを得ることができる。この識別子プローブは、検体に対してユニークに予め定義された塩基配列を有しており、検体もしくは検体の一部を増幅する上で必要な一対のプライマーと同一のプライマーで同時に増幅できるようにデザインされる。識別子プローブは、検体検出のためのプローブとは別個の識別子プローブ捕獲用のプローブとハイブリダイゼーションさせることで識別子プローブの有する検体個別コードに関する情報を特定して、それをデコードし検体個別コードを確認することができる。
【００１９】
一般的には、検体検出用のプローブや識別子プローブ捕獲用のプローブは、ガラス、プラスチック、ビーズ等の固相担体上に固定して上述したハイブリダイゼーションに用いる。基板上に多種の検体検出用のプローブや識別子プローブ捕獲用のプローブを配置したマイクロアレイの形態で用いることもできる。
【００２０】
各プローブの固相担体への固定方法、各プローブの合成方法、固相担体へのスポッティング方法、これらの方法に用いる製造装置は公知のものが利用できる。ハイブリダイゼーションの有無の検出方法としては、蛍光法、ラジオアイソトープ（RI）法、電気・化学的法、表面プラズモン共鳴法、水晶振動子法、その多岐にわたる公知の方法から目的に応じて選択された方法を利用することができる。以下、一般的な蛍光検出法を用いる場合についての実施形態を説明する。
【００２１】
図１は、検体に特別に付与した個別コードをデコード可能な情報として組み込んだ塩基配列を中央領域に配置した識別子プローブの構成の一例を模式的に示す図である。この識別子プローブ１０１は、その中央領域に塩基配列「ＧＡＡＴＧＣＣ」を有し、更にその３’及び５’末端領域に増幅用プライマーの結合領域S-Primer域及びA-Primer域を有する。図１に示したヌクレオチド鎖１０２は、識別子プローブ１０１に対する相補鎖であり、ヌクレオチド鎖１０３及び１０４は識別子プローブ１０１を鋳型としてプライマーを起点に伸長したヌクレオチド鎖を示す。識別子プローブ１０１の５’、３’側のプライマー領域に挟まれた中央部はコード領域と定義する。このコード領域に、検体個別コードがデコード可能な情報として組み込まれている。
【００２２】
識別子プローブ１０１の３’末端領域にアンチセンス方向のプライマー（A-Primer）をアニールし、識別子プローブ１０１を鋳型としてDNAポリメラーゼによりヌクレオチド鎖を伸長させることで、識別子プローブ１０１の相補鎖１０４が得られる。この相補鎖１０４の３’側の領域にセンス方向のプライマー（S-Primer）をアニールさせて、この相補鎖１０４を鋳型としてDNAポリメラーゼによりヌクレオチド鎖を伸長させることで、識別子プローブ１０１のコピー１０３が得られる。更に、このコピー１０３の３’側にプライマー（A-Primer）をアニールし、コピー１０３を鋳型としてDNAポリメラーゼによりヌクレオチド鎖を伸長させることで、識別子プローブ１０１の相補鎖のコピー１０２が得られる。以上の２本のプライマーを用いた伸長反応を繰り返すことで識別子プローブ１０１のコピーを大量に得ることができる。すなわち、識別子プローブ１０１のコード領域が指数的に増幅する。この増幅工程は、PCR（ポリメラーゼチェインリアクション）のプロセスを検体の個別コードにデコード可能な情報を有する識別子プローブに応用したもので、プライマー領域を検体増幅用と統一しておけば同一の増幅プロセスで検体の増幅対象領域と識別子プローブを同時に増やすことが可能である。
【００２３】
本実施形態では、表１のような検体、および識別子プローブを用いて実験を行った。
【００２４】
【表１】
2007074967.tif 000003
【００２５】
Primerは5’末端にCy3を標識したものを用いた。
検体を増幅する1対のプライマーにより識別子プローブも増幅できて中央小文字表記の識別コードgaatgccを含む領域を増幅できることを確認した。
ここでは、反応を高速化するためにLightCycler2.0（Roche Diagnostics）を使い、下記の表２のプロトコルに従って40サイクルのPCR（ポリメラーゼチェインリアクション）反応を行った。酵素（DNAポリメラーゼ）と基質はFastStart DNA MasterHybridization Probes（Roche Diagnostics）を使用した。
【００２６】
【表２】
2007074967.tif 000004
【００２７】
図１に提示した識別コード「ＧＡＡＴＧＣＣ」を中央に塩基配列として保持する識別子プローブで検体の増幅プライマと同一のプライマで増幅できるできるように構成されている。
【００２８】
図２は、識別子プローブの検体個別コード領域のデコード例を示す。この例は、検体にその個別コードとして１４桁のコード「10111100100101」を付与した場合について、Ａ（アデニン）、Ｇ（グアニン）、Ｃ（シトシン）、Ｔ（チミン）の塩基を順に11、10、01、00と4ビットのコードに置換するだけのシンプルなデコード方式であり、検体個別コードをデコード可能な情報として塩基配列に置き換える場合を示したものである。すなわち、識別子プローブ１０１のコード領域に配置した「GAATGCC」の配列が上記の増幅により得られた増幅産物に確認された場合に、この塩基配列をデコードすることで検体に特別に付与した個別コード「10111100100101」を認識可能となり、識別子プローブ１０１が増幅したことを確認できる。この検体個別コードは上記のような数字の配列に限定されず、数字、文字（日本語の文字やアルファベット等）及び記号から選択された１以上からなる文字列が利用できる。
【００２９】
識別子プローブ１０１の塩基長として50bpであれば、100ビットの個別コードを定義できることを意味し、検体識別の個別コードを冗長に暗号化することも技術的に可能である。
暗号化技術は、セキュリティ強化のためのコンピュータコードの暗号化に関するもの、画像等のデータを圧縮するためのコードシュリンクに関するものなどを適用できる。
【００３０】
図３に、検体個別コードに関する情報を有する識別子プローブの利用方法の一例を図示する。検体試料を保管するコンテナ、ここでは、マイクロチューブやマイクロタイタープレートのウェルのような容器内に、検体とその個別コードに関する情報を有する識別子プローブを混合して配置しておく。識別子プローブは、予めコンテナ内に仕込んであってもよいし検体投入時に同時に識別子プローブを投入してこれらを混合してもよい。
【００３１】
この検体と識別子プローブの混合時に、コンテナに検体個別コードを付与しておくことで、確実な保管管理が可能となる。例えば、コンテナの検体投入容器に検知個別コードをラベル、バーコード、２次元コードなどの形態で記録しておく。また、コンテナの識別コードについても検体個別コードと同様に暗号化しておいてもよい。
【００３２】
次に、この検体個別コードで特定された容器内にこの検体個別コードに関する情報を有する識別子プローブとこの個別コードを有する検体との混合物を調製する。このように、検体とコンテナのコードの関連づけを記録しておくことで、提供元のコンテナの特定及びその混合物にどの検体が含まれているかの確認を確実に行うことができる。例えば、この混合物が、以降の各種プロセスにおいて、初期のコンテナから離れてもこれらが混合物として処理される限りは、提供元のコンテナと関連付けて検体に付与した個別コードで検体の管理を確実に行うことができる。この場合、検体と識別子プローブが特異的にアニールしその後の反応に影響を与えないように、識別子プローブの配列を選択しておくことが必要となる。図示する検体３０１と識別子プローブ３０２は、初期状態では混合された状態で保管されている。検体の遺伝子検査をするために検体もしくはその一部配列を増幅する。増幅用のプライマーとして、検体３０１の増幅部位の増幅と識別子プライマーの増幅に共通して使用できるユニバーサルプライマーが用いられる。こうすることで、プライマーの投入ミスや増幅プロセスに問題がある場合には識別子プローブを検出できるか否かでその確証を得ることが出来る。すなわち、識別子プローブは増幅検査用プローブとして用いることもできる。
【００３３】
識別子プローブの検出は、その配列が予めデザインされたものであるため、その相補鎖プローブとのハイブリダイゼーション法を適用することで容易に行うことが出来る。複数の検体を検査する際には、各検体に対応する識別子プローブ捕獲用のプローブを固相担体上に配列固定しておくと検査効率の向上を図ることができる。多種の検体に対応した識別子プローブを用いて検査を行う場合には、マイクロアレイのようなプローブ固定形態が好適である。
【００３４】
識別子プローブ捕獲用のプローブを固定した領域を、検体の遺伝子検査に用いられる担体に設けてもよい。この場合、検体とその解析結果が、同一担体上の識別子プローブの個別コードとともに検出できるために、検体の取り違えや分析データの登録ミスなどのヒューマンエラーを回避する効果も期待できる。図４は、マイクロアレイとして固相担体を模式的に図示したものである。検体検査用のプローブの配置された分析エリア４０１と検体の個別コードに関する情報を含む識別子プローブ捕獲用のプローブを検体管理数だけ配置した識別コードエリア４０２からなる。この２つのエリアは別個の固相担体に用意しても本発明の適用範囲内であるが、同一担体上に設計する方が検体のデータ管理上より望ましいのは言うまでもない。
【００３５】
マイクロアレイ上に配置した識別コードエリア４０２には、検査対象の検体の数に応じた数の識別子プローブ捕獲用のプローブが各プローブ毎にプロットされている。この識別子プローブ捕獲用のプローブに識別子プローブ（増幅産物）がハイブリダイズした状態を蛍光標識を利用して検出する。蛍光標識は、識別子プローブの増幅時に増幅産物中に取り込まれるようにしておく。識別子プローブが識別コードエリア４０２に固定された識別子プローブ捕獲用プローブに結合していれば、そこに励起光を照射することで蛍光を得ることができる。この蛍光を、蛍光検出装置、蛍光スポットの解析装置などによって検出する。
本実施形態で増幅した検体及び識別子プローブは前記のマイクロアレイとハイブリ後、GenePix4000（Inter Medical Co.,ltd.）を用いてCy3標識の検体及び識別子プローブを検出した。検体を混合したか否かで分析エリア４０１と識別コードエリア４０２の該当スポットが検出できるか否かを判定した。
【００３６】
【表３】
2007074967.tif 000005
【００３７】
識別子プローブは、前記載のように合成されたオリゴヌクレオチドであり、1対の増幅プライマと酵素DNAポリメラーゼおよび基質があれば表３のように輝度を確認できる。これは検体の増幅状態には依存しない。これは、識別コードエリア４０２にある識別子捕獲プローブの輝度で確認できる。表３で（２）増幅候補物Aのみの場合、分析エリアが表４のようになっていると想定する。
【００３８】
【表４】
2007074967.tif 000006
【００３９】
例１では、識別子は確認できるが増幅物を確認できないため、増幅に失敗していることを示し、例２では、想定通り増幅物Aが確認できていることを示す、例３、４では、増幅物Bがコンタミネーションしていることを示している。
【００４０】
蛍光が検出された箇所に固定された識別子プローブ捕獲用のプローブの配列からそこに結合した識別子プローブの配列を特定し、増幅産物中に含まれる検体の個別コードをデコードすることができる。すなわち、蛍光の測定により、検体の個別コードを表示し、その検体の増幅に問題がないことを通知することが可能になる。識別コードエリアでの蛍光の検出とその解析、結果の通知処理は、検出装置、画像解析装置のROM／RAM上に記録されたプログラムコードによって制御することができる。更に、蛍光強度等を用いて識別子プローブの増幅量を測定することで、検体の増幅量を見積もることも可能である。
【００４１】
また、画像を取り込めるマイクロプロセッサ搭載の情報処理装置に、励起光を照射して蛍光が得られる状態となっている識別コードエリア４０２全体を蛍光画像として取り込ませて、この画像データを予め組み込まれたプログラムに処理させることで上記の判定を行なわせることもできる。この場合、プログラムコードは、ハードディスク、フラッシュメモリ、CD、DVD、FD等の外部記録メディアに保存されていてもよい。解析後のエラーは、例えばPCの表示装置に検体のコード表示として検体試料調整失敗・判読不明等を出力することで注意を喚起してもよい。本発明は、検体の管理システムとして、その識別子プローブの検出データからそれを検体のIDコードとして採用することも可能である。すなわち、検体の分析データに識別子プローブの解析結果を含めておけば、検体IDとその分析結果のデータをリンクして、例えばデータベースシステムに直接記録することができる。検体の調製、増幅、精製、分析、結果抽出、分析データの登録と一貫したプロセスを自動化するのにも役立つ。このとき、検体の登録ミス、調整ミス等のヒューマンエラーを最小限にするシステムを構築することができる。
【００４２】
この実施形態においては、検体個別データを付したコンテナ内に、この個別データに関する情報を有する識別子プローブを配置した検体検査用のキットを提供することができる。更には、このキットにおいてコンテナ内に検体とそれに対応する識別子プローブを混合しておくことで個別コードで管理された検体のライブラリを作製することも可能である。更に、このキットには、識別子プローブ捕獲用のプローブを固相担体に固定した識別子プローブ検出用の担体を追加してもよい。更に、この識別子プローブ検出用の担体に検体検査用のプローブを固定した固相担体をそれぞれン別部品として、あるいは一体型として提供してもよい。
【００４３】
上記した識別子プローブを用いて検体の識別と増幅検査を行う方法は、ゲノムライブラリーなどの多数の保管検体の品質のチェックにも利用できる。例えば、定期的に識別子プローブと混合状態にある検体の一部をサンプリングして、これを増幅させて識別子プローブ由来の増幅産物のみが検出されるという結果を得ることで、検体が他の検体に汚染されずに良好に保管されていることを確認できる。
【００４４】
〔第２の実施形態〕
本発明の第２実施形態を図５を用いて以下に説明する。本実施形態は、検体にユニークな（固有の）塩基配列を抽出しそれを個別コードとして採用して、識別子プローブをデザインすることに関する。
【００４５】
検体にユニークな塩基配列とは、ゲノムにある特異的な反復配列、たとえばショートタンデムリピートやミニサテライトのようなものがある。サンプルコードとしてこれらの情報を使用するゲノムの確認方法は公知である（特開平6-205700号公報）。ここでは、それらのゲノムの反復領域や多型領域を検体から抽出し、増幅用プライマーに対応する配列のプローブとライゲーションさせて識別子プローブをデザインすることを述べる。
【００４６】
図５は、検体ゲノムの多型部位を抽出し識別子プローブを合成する工程を模式的に示す図である。ゲノムとは検体自体のヒトゲノムであっても、常在菌のゲノムであってもよい。ここではヒトゲノム検体のユニークな多型部位を増幅後抽出し検体の分析用プライマーと相補鎖になっている配列を有するアダプタを両端にライゲーションして識別子プローブを合成するプロセスを示す。この場合、検体の個別コードに関する情報を有する領域として、特定の任意の配列を選択することはできないが、検体の分析領域とはクロス配列していない箇所を意図的にセレクトできる利点がある。多型部位としてユニークな配列を複数種抽出し対応する識別子プローブを複数本作製してもよい。
【００４７】
この実施態様の場合には、検体の多型を含む領域から検体個別コードとして利用可能な配列をその都度選択して識別子プローブを合成するので、検体個別コードを予め固定しておくことができない。そこで、識別子プローブとハイブリだゼーションさせるマイクロアレイ上の識別子捕獲用のプローブを、識別子プローブを合成するたびにライブラリに追加する必要がある。
【図面の簡単な説明】
【００４８】
【図１】本発明の識別子プローブの構造とその増幅プロセスを模式的に説明する図である。
【図２】本発明の識別子プローブにおける検体個別コードに関する情報が書き込まれた塩基配列の一例とそのデコードデータを示す図である。
【図３】本発明の識別子プローブの利用方法の一例を示した図である。
【図４】本発明の識別子プローブ及び検体（もしくはその一部）とのハイブリダイゼーションを行う検出側のプローブを搭載した固相担体の一例を模式的に示す平面図である。
【図５】本発明の第２の実施態様におけるゲノムの多型部位を抽出する工程を模式的に示す図である。
【符号の説明】
【００４９】
１０１：識別子プローブ
１０２：識別子相補鎖プローブ
１０３：識別子相補鎖プローブの３’側にプライマーを配しコピーする識別子プローブ
１０４：識別子プローブの３’側にプライマーを配しコピーする識別子相補鎖プローブ
３０１：検体または検体の特定部位
３０２：識別子プローブ
４０１：マイクロアレイの検体分析エリア
４０２：マイクロアレイの検体の個別コードエリア
５０１：検体の多型部位抽出・増幅用プライマー（センス方向のプライマー）
５０２：検体の多型部位抽出・増幅用プライマー（アンチセンス方向のプライマー）
５０３：識別子プローブ増幅用プライマー（センス方向のプライマー）
５０４：識別子プローブ増幅用プライマー（アンチセンス方向のプライマー）
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【配列表】
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