(57)【要約】【課題】未知のｍｉＲＮＡの存在を効率的かつ高精度に予測してその標的分子の機能を類推することを容易にすること。【解決手段】ｍｉＲＮＡ検索装置２００では、取得部２０２は塩基配列ライブラリ２０１から任意のＩＤ：ｉの塩基配列データを抽出する。ステムループ構造抽出部２０３はステムループ構造抽出処理を実行する。決定部２０４はｍｉＲＮＡの塩基配列候補を決定する。組織特定部２０９はｍｉＲＮＡの塩基配列候補の塩基配列データの組織を特定し、検出部２１０は組織ごとの発現時期及び発現頻度を検出する。同一性判定部２０６はｍｉＲＮＡの塩基配列候補が既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列であるか否かを判定する。出力部２１１は判定結果を出力する。格納部２０７は非類似の塩基配列データを未知ｍｉＲＮＡの塩基配列データとして未知ｍｉＲＮＡＤＢ２０８に格納する。【選択図】図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物由来の核酸塩基配列データを取得する取得工程と、
前記取得工程によって取得された核酸塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出するステムループ構造抽出工程と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定する決定工程と、
を含んだことを特徴とするｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項２】
前記決定工程によって前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データである否かを判定する同一性判定工程と、
前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似と判定された塩基配列データを出力する出力工程と、
を含んだことを特徴とする請求項１に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項３】
前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似ではないと判定された塩基配列データを格納する格納工程を含んだことを特徴とする請求項１または２に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項４】
前記取得工程は、
相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データを取得することを特徴とする請求項１〜３のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項５】
前記取得工程は、
生物組織サンプル由来のｃＤＮＡの塩基配列データの集合の中から、任意のｃＤＮＡの塩基配列データを取得することを特徴とする請求項４に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項６】
前記ｃＤＮＡの塩基配列データは、
オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡの塩基配列データであることを特徴とする請求項４または５に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項７】
相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データを取得する取得工程と、
前記取得工程によって取得されたｃＤＮＡの塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出するステムループ構造抽出工程と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定する決定工程と、
前記決定工程によって決定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定する組織特定工程と、
前記組織特定工程によって特定された組織における前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の発現時期または／および発現頻度を検出する検出工程と、
前記検出工程によって検出された検出結果を出力する出力工程と、
を含んだことを特徴とするｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項８】
前記決定工程によって前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データである否かを判定する同一性判定工程を含み、
前記組織特定工程は、
前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データであると判定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定することを特徴とする請求項７に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項９】
前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似ではないと判定された塩基配列データを格納する格納工程を含んだことを特徴とする請求項８に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項１０】
前記ｃＤＮＡの塩基配列データは、
オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡの塩基配列データであることを特徴とする請求項７〜９のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【請求項１１】
生物由来の核酸塩基配列データを取得させる取得工程と、
前記取得工程によって取得された核酸塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出させるステムループ構造抽出工程と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定させる決定工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とするｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【請求項１２】
前記決定工程によって前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データである否かを判定させる同一性判定工程をコンピュータに実行させ、
前記出力工程は、
前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似と判定された塩基配列データを出力させることを特徴とする請求項１１に記載のｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【請求項１３】
相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データを取得させる取得工程と、
前記取得工程によって取得されたｃＤＮＡの塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出させるステムループ構造抽出工程と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定させる決定工程と、
前記決定工程によって決定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定させる組織特定工程と、
前記組織特定工程によって特定された組織における前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の発現時期または／および発現頻度を検出させる検出工程と、
前記検出工程によって検出された検出結果を出力させる出力工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とするｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【請求項１４】
前記決定工程によって前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データである否かを判定させる同一性判定工程をコンピュータに実行させ、
前記組織特定工程は、
前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データであると判定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定させることを特徴とする請求項１３に記載のｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【請求項１５】
前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似ではないと判定された塩基配列データを格納させる格納工程をコンピュータに実行させることを特徴とする請求項１４に記載のｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【請求項１６】
前記ｃＤＮＡの塩基配列データは、
オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡの塩基配列データであることを特徴とする請求項１３〜１５のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【請求項１７】
請求項１１〜１６のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索プログラムを記録したコンピュータに読み取り可能な記録媒体。
【請求項１８】
生物由来の核酸塩基配列データを取得する取得手段と、
前記取得手段によって取得された核酸塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出するステムループ構造抽出手段と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定する決定手段と、
を備えることを特徴とするｍｉＲＮＡ検索装置。
【請求項１９】
生物組織サンプル由来の相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データを記憶する記憶手段を備え、
前記取得手段は、前記記憶手段から任意のｃＤＮＡの塩基配列データを取得することを特徴とする請求項１８に記載のｍｉＲＮＡ検索装置。
【請求項２０】
前記記憶手段は、オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡの塩基配列データを記憶することを特徴とする請求項１９に記載のｍｉＲＮＡ検索装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
この発明は、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）を検索するｍｉＲＮＡ検索方法、ｍｉＲＮＡ検索プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、およびｍｉＲＮＡ検索装置に関する。
【背景技術】
【０００２】
生物の遺伝子の発現はさまざまな形で制御されているが、それらの形態は、（１）ゲノムＤＮＡからＲＮＡへ転写される前に行われるものと、（２）ＲＮＡが転写された後に行われるものとに分類される。転写前における発現制御は、これまでに多くの知見が得られており、たとえば、ゲノムＤＮＡのメチル化やクロマチンの構造変化などがかかわっていることが明らかになっている。一方、転写後における制御は、たとえば、アンチセンスやsmall interfering ＲＮＡ（以下「ｓｉＲＮＡ」）の核酸分子によってできることが知られている。
【０００３】
さらに、最近になって、内在性の２０塩基程度の小さなＲＮＡが転写された伝令ＲＮＡ（messenger ＲＮＡ、以下「ｍＲＮＡ」）に結合して翻訳を阻害することにより、遺伝子の発現を制御する例が報告されている。このように、遺伝子の発現を制御するＲＮＡはｍｉＲＮＡと呼ばれ、その報告例は数を増しているとともに、翻訳抑制の機構も徐々に明らかになってきている。
【０００４】
ｍｉＲＮＡに特徴的であるのは、その前駆体ＲＮＡがステムループ構造をもつことである。さらに、このステムループ構造がタンデムにつながって、クラスターを形成している場合もある。ｍｉＲＮＡはまず数十〜数百塩基の長い前駆体ＲＮＡとして転写される。つぎに、Droshaと呼ばれるヌクレアーゼによってステムループＲＮＡにプロセッシングされる。このうちステム部分の２本鎖ＲＮＡがDicerによってプロセシングを受け、短いＲＮＡとなる。
【０００５】
その後に、ｍｉＲＮＰと複合体を形成し、標的ｍＲＮＡ分子に結合して翻訳を阻害するが、その機構はいまだ十分に明らかになっていない。一方で、ｓｉＲＮＡと同様、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（RNA-induced silencing 複合体、以下「ＲＩＳＣ複合体」）と結合するｍｉＲＮＡも存在する可能性が示唆されており、この場合、標的ｍＲＮＡ分子は切断を受け分解される。
【０００６】
ｍｉＲＮＡの標的分子には、現在報告されているだけでもアポトーシス、脂肪代謝、造血細胞の分化、神経の対称性、葉の形成、花の形成などにかかわる遺伝子のｍＲＮＡなどがあり、多くの生命現象を制御している。生命現象システムを解明するにあたって、これらの全容を掌握することは大変に意義深い。
【０００７】
これまでに、いくつかのｍｉＲＮＡの存在が報告されているが、ｍｉＲＮＡの探索はいまだその途上にあり、これらを網羅的に効率的にかつ迅速に探索することができれば非常に有益であると考えられる。そのため、これまでにステムループ構造の存在を指標として、ｍｉＲＮＡの存在を予測する方法がいくつか報告されている。
【０００８】
そのなかで、アラビドプシスのｍｉＲＮＡ候補配列を非遺伝子コード領域からステムループ構造の存在を指標として探索して８３個の候補配列を抽出する手法が開示されている。この中で１８の候補配列についてＲＮＡの存在を検証したところ、１２個についてしか確認されていない（たとえば、下記非特許文献１を参照。）。
【０００９】
また、これまでに様々な生物種で全ゲノムＤＮＡ配列が解明され公開されている。これら入手可能なゲノムＤＮＡ配列を検索対象として、ステムループ構造の有無を指標にｍｉＲＮＡの存在の有無を予測する例も存在する。
【００１０】
【非特許文献１】Xiu-Jie Wang, Jose L Reyes, Nam-Hai Chua and Terry Gaasterland "Prediction and identification of Arabidopsis thaliana microRNAs and their mRNA targets" Geneme Biology 2004,5:R65  （シュー−ジェ・ワン，ホセ・エル・レイエス，ナン−ハイ・チュア，テリー・ガスタール著  「プレディクション  アンド  アイデンチフィケーション  オブ  アラビドプシス  ザリアナ  マイクロＲＮＡ  アンド  ゼア  ｍＲＮＡ  ターゲッツ」  ゲノム  バイオロジー  ２００４年  ５：Ｒ６５）
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
しかしながら、最近では、タンパク質がコードされたｍＲＮＡの非翻訳領域にｍｉＲＮＡ配列が存在することも知れられている。したがって、上述した非特許文献１のようにゲノム配列の非遺伝子コード領域のみを検索対象にしていると、遺伝子コード領域に存在する候補配列を看過することとなり、候補配列の抽出精度が低下するという問題があった。
【００１２】
一方、ゲノム配列の非遺伝子コード領域のみならず、ゲノムの全配列から抽出する場合、予測された配列が本当にｍｉＲＮＡとして存在するかどうかは、まずそれらの配列がＲＮＡに転写されて存在するかどうかという確認作業をしなければならなかった。このように、ゲノムの全配列を検索対象として検索すると、候補として得られる配列数は膨大となる。したがって、これらの膨大な配列数のデータに対して上記確認作業をおこなおうとすると、作業効率が非常に悪く、生命現象の解明に非常に時間がかかるという問題があった。
【００１３】
この発明は、上述した従来技術による問題点を解消するため、ｍｉＲＮＡを効率的かつ高精度に予測してその標的分子の機能の類推を容易にすることにより、未知なる生命現象の解明に貢献し、医療分野その他環境、農業などの各種分野の更なる進展に寄与することができるｍｉＲＮＡ検索方法、ｍｉＲＮＡ検索プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、およびｍｉＲＮＡ検索装置を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
上述した課題を解決し、目的を達成するため、この発明にかかるｍｉＲＮＡ検索方法、ｍｉＲＮＡ検索プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、およびｍｉＲＮＡ検索装置は、生物由来の核酸塩基配列データを取得し、取得された核酸塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出し、抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補となる塩基配列データを決定することを特徴とする。
【００１５】
この発明によれば、遺伝子発現の調節に関わる機能を持つと予測される塩基配列領域となるｍｉＲＮＡの塩基配列候補を、生物由来の核酸塩基配列内のステムループ構造を指標として抽出することができる。
【００１６】
また、上記発明において、取得された核酸塩基配列データの中から、任意の塩基配列データを抽出し、抽出された塩基配列データにおける両端部の塩基配列データの相補性を判定し、相補性ありと判定された塩基配列データを、前記ステムループ構造の塩基配列データとして抽出することとしてもよい。
【００１７】
この発明によれば、ステムループ構造の塩基配列データを効率的に抽出することができる。
【００１８】
また、上記発明において、前記ステムループ構造の塩基配列データに含まれている前記ステム部分の塩基配列データを、前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定することとしてもよい。
【００１９】
この発明によれば、ループ部分を除外することにより、検索速度の向上を図ることができる。
【００２０】
また、上記発明において、生物由来の核酸塩基配列データとして、ゲノムＤＮＡの塩基配列データ、伝令ＲＮＡ（messenger ＲＮＡ）の塩基配列データ、またはｃＤＮＡの塩基配列データを取得することとしてもよい。
【００２１】
この発明によれば、検索対象となる生物由来の核酸塩基配列データの適用範囲の拡大を図ることができる。さらに、これらの核酸塩基配列データが混在していても、ステムループ構造のみを指標としているため、検索対象の種類にかかわらず効率的にｍｉＲＮＡの塩基配列候補を抽出することができる。
【００２２】
また、上記発明において、ｃＤＮＡの塩基配列データについては、生物組織サンプル由来のｃＤＮＡの塩基配列データの集合の中から、任意のｃＤＮＡの塩基配列データを取得することとしてもよく、特に、オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡの塩基配列データであることが好ましい。
【００２３】
この発明によれば、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補となる塩基配列データが取得された生物組織を特定することができる。また、オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡは完全長のｃＤＮＡを多く含むため、タンパク質がコードされていない３´ＵＴＲ（untransrated reagion）または５´ＵＴＲに存在する可能性が高いステムループ構造になるｍｉＲＮＡを効率的に抽出することができる。
【００２４】
また、上記発明において、前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データであるか否かを判定し、前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似と判定された塩基配列データを出力することとしてもよい。
【００２５】
この発明によれば、生物由来の核酸塩基配列データの中から、既知ｍｉＲＮＡと同一つまたは類似の塩基配列データを検索することができ、当該塩基配列データの遺伝子発現に関わる機能を類推することができる。
【００２６】
また、上記発明において、前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似ではないと判定された塩基配列データを格納することとしてもよい。
【００２７】
この発明によれば、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと非類似の塩基配列データを未知ｍｉＲＮＡの塩基配列データとして保存することができる。
【００２８】
また、上記発明において、決定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定し、特定された組織における前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の発現時期または／および発現頻度を検出し、検出された検出結果を出力することとしてもよい。
【００２９】
この発明によれば、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の発現時期や発現頻度を組織ごとに特定することができる。
【発明の効果】
【００３０】
この発明にかかるｍｉＲＮＡ検索方法、ｍｉＲＮＡ検索プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、およびｍｉＲＮＡ検索装置によれば、未知のｍｉＲＮＡの存在を効率的かつ高精度に予測してその標的分子の機能を類推することを容易にすることにより、未知なる生命現象の解明に貢献し、医療分野その他環境、農業などの各種分野の更なる進展に寄与することができるという効果を奏する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００３１】
（ｍｉＲＮＡ検索装置のハードウェア構成）
まず、この発明の実施の形態にかかるｍｉＲＮＡ検索装置のハードウェア構成について説明する。図１は、この発明の実施の形態にかかるｍｉＲＮＡ検索装置のハードウェア構成を示すブロック図である。
【００３２】
図１において、ｍｉＲＮＡ検索装置は、ＣＰＵ１０１と、ＲＯＭ１０２と、ＲＡＭ１０３と、ＨＤＤ（ハードディスクドライブ）１０４と、ＨＤ（ハードディスク）１０５と、ＦＤＤ（フレキシブルディスクドライブ）１０６と、着脱可能な記録媒体の一例としてのＦＤ（フレキシブルディスク）１０７と、ディスプレイ１０８と、Ｉ／Ｆ（インターフェース）１０９と、キーボード１１０と、マウス１１１と、スキャナ１１２と、プリンタ１１３と、を備えている。また、各構成部はバス１００によってそれぞれ接続されている。
【００３３】
ここで、ＣＰＵ１０１は、ｍｉＲＮＡ検索装置の全体の制御を司る。ＲＯＭ１０２は、ブートプログラムなどのプログラムを記憶している。ＲＡＭ１０３は、ＣＰＵ１０１のワークエリアとして使用される。ＨＤＤ１０４は、ＣＰＵ１０１の制御にしたがってＨＤ１０５に対するデータのリード／ライトを制御する。ＨＤ１０５は、ＨＤＤ１０４の制御で書き込まれたデータを記憶する。
【００３４】
ＦＤＤ１０６は、ＣＰＵ１０１の制御にしたがってＦＤ１０７に対するデータのリード／ライトを制御する。ＦＤ１０７は、ＦＤＤ１０６の制御で書き込まれたデータを記憶したり、ＦＤ１０７に記憶されたデータをｍｉＲＮＡ検索装置に読み取らせたりする。
【００３５】
また、着脱可能な記録媒体として、ＦＤ１０７のほか、ＣＤ−ＲＯＭ（ＣＤ−Ｒ、ＣＤ−ＲＷ）、ＭＯ、ＤＶＤ（Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ  Ｄｉｓｋ）、メモリーカードなどであってもよい。ディスプレイ１０８は、カーソル、アイコンあるいはツールボックスをはじめ、文書、画像、機能情報などのデータを表示する。このディスプレイ１０８は、たとえば、ＣＲＴ、ＴＦＴ液晶ディスプレイ、プラズマディスプレイなどを採用することができる。
【００３６】
Ｉ／Ｆ１０９は、通信回線を通じてインターネットなどのネットワーク１１４に接続され、このネットワーク１１４を介して他の装置に接続される。そして、Ｉ／Ｆ１０９は、ネットワーク１１４と内部のインターフェースを司り、外部装置からのデータの入出力を制御する。Ｉ／Ｆ１０９には、たとえばモデムやＬＡＮアダプタなどを採用することができる。
【００３７】
キーボード１１０は、文字、数字、各種指示などの入力のためのキーを備え、データの入力をおこなう。また、タッチパネル式の入力パッドやテンキーなどであってもよい。マウス１１１は、カーソルの移動や範囲選択、あるいはウィンドウの移動やサイズの変更などをおこなう。ポインティングデバイスとして同様に機能を備えるものであれば、トラックボールやジョイスティックなどであってもよい。
【００３８】
スキャナ１１２は、画像を光学的に読み取り、ｍｉＲＮＡ検索装置内に画像データを取り込む。なお、スキャナ１１２は、ＯＣＲ機能を持たせてもよい。また、プリンタ１１３は、画像データや文書データを印刷する。プリンタ１１３には、たとえば、レーザプリンタやインクジェットプリンタを採用することができる。
【００３９】
（ｍｉＲＮＡ検索装置の機能的構成）
つぎに、この発明の実施の形態にかかるｍｉＲＮＡ検索装置の機能的構成について説明する。図２は、この発明の実施の形態にかかるｍｉＲＮＡ検索装置の機能的構成を示すブロック図である。図２において、ｍｉＲＮＡ検索装置２００は、塩基配列ライブラリ２０１と、取得部２０２と、ステムループ構造抽出部２０３と、決定部２０４と、既知ｍｉＲＮＡデータベース（ＤＢ）２０５と、同一性判定部２０６と、格納部２０７と、未知ｍｉＲＮＡデータベース（ＤＢ）２０８と、組織特定部２０９と、検出部２１０と、出力部２１１と、から構成されている。
【００４０】
まず、塩基配列ライブラリ２０１は、生物由来の核酸塩基配列を電子データ化した核酸塩基配列データを記憶する。ここで、生物とは、ヒト、哺乳類、爬虫類、両生類、魚類、虫などの動物、植物などの生命体である。また、検索対象となる生物由来の核酸塩基配列データには、上述した生命体のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データである。特に、ヒトの場合、ヒトの脳、肺、心臓、腎臓、肝臓、すい臓、脾臓、小腸、大腸、胃、食道、筋肉、など各種臓器（組織）のｃＤＮＡの塩基配列データを記憶している。
【００４１】
ここで、ｃＤＮＡは、ｍＲＮＡから逆転写酵素を用いた逆転写反応によってゲノムから転写された、ＲＮＡに相補的なＤＮＡであるため、その由来はＲＮＡである。したがって、ゲノムＤＮＡの塩基配列データを検索対象としたときのように得られる候補配列がＲＮＡとして存在するかどうかという疑いは発生せず、また、ｍＲＮＡ中に存在するｍｉＲＮＡがｃＤＮＡに必ず存在するため、検索対象としては最適である。
【００４２】
図３は、塩基配列ライブラリ２０１の一例を示す説明図である。ここでは、上述したヒトの組織から抽出されたｃＤＮＡの塩基配列データを例に挙げて説明する。図３において、塩基配列ライブラリ２０１は、ヒトの場合、クローンとして約６９万９千個の塩基配列データを有している。また、塩基配列ライブラリ２０１は、塩基配列ごとにＩＤ項目３０１と組織項目３０２と発現時期項目３０３と塩基配列データ項目３０４とを有している。
【００４３】
ＩＤ項目３０１には、各塩基配列を識別する固有のＩＤ（ＩＤ：１〜ｎ）が記憶されている。組織項目３０２には、各塩基配列によってあらわされるｃＤＮＡが抽出された組織名Ｔ１〜Ｔｍ（たとえば、ヒトの脳、肺、心臓、腎臓、肝臓、すい臓、脾臓、小腸、大腸、胃、食道、筋肉、など各種臓器）が記憶されている。
【００４４】
このように、塩基配列ごとにあらかじめ組織を記憶しておくことにより、当該塩基配列によって表されるｃＤＮＡの由来となったＲＮＡが、生物（ここではヒト）中のどの組織で発現していたかを特定できる。すなわち、ｃＤＮＡを作製する場合、その由来となるＲＮＡがどの組織から抽出されたものかを関連付けることができ、ｍｉＲＮＡの機能を推定する上で非常に有益な情報となる。
【００４５】
また、発現時期項目３０３には、各塩基配列によってあらわされるｃＤＮＡが抽出された発現時期が記憶されている。ここで、発現時期とは、ｃＤＮＡの抽出時における生物の特殊な時期を表す情報である。たとえば、発現時期が「胎児」である場合、抽出対象であるヒトが母胎内での発育中の幼体、ヒトの場合は受胎後八週間以降の時期に抽出されたｃＤＮＡであることを示している。また、「ガン発病後」の場合、抽出対象がガンを発病したヒトであり、ガンの発病後に抽出したｃＤＮＡであることを示している。また、このような特殊な時期でない場合（図３中「−」で表示）、通常のヒトから任意の時期に抽出されたｃＤＮＡであることを示している。
【００４６】
また、塩基配列データ項目３０４には、塩基配列ごとに塩基配列データが記憶されている。ここで、以下に、塩基配列データの一例を示す。この塩基配列データは、ＩＤ：ｉ、組織Ｔｊの塩基配列データであり、塩基数５６４個、アニン（Ａ）ＧＡ１５６個、シトシン（Ｃ）が１０６個、グアニン（Ｇ）が１３０個、チミン（Ｔ）が１７２個からなる塩基配列データである。
【００４７】
ATTCCTCTGGCTCCTAAGCACAACGTGATTGTGAAATTATTGTTTTTGTGATTAACGTAGTAGGAAGTTTCTGCAGTTGGCAATATTGTAAGAGCATATTGCAGTTTCTGCTCATAATTTCTTTCCTATGGAGTGTTAGACTTTGTTATTTATGTGTATAAATACTAGCTGGACACAGTGGTGCCTGTGGTCCCCAGCTACTCTGGAGGCTAAGGCAGGAGAACACTTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGCTCAAGTGTTTCAGCAAGAATCACACGATTTTTAAAAGACATGGCAGATCCTGTGTCTTTAAAAAAAAATCAAAACCTTGTAAATAGTGGTTGAGGTCTATCCCGATGGGGCTTTTCCTGTAGCCTGCACATCGTTGGAAACGCCTCATAGAGTAACTCTGTGGTTTTACTTTACTCACAGGACTATTGTTAGATCTGTGGGAAGGAATTACAAGACAGTTGCTAAAAGTTTGAAAAAGACGGTTGCTAAACGTTATGAAAAACCA
【００４８】
また、この塩基配列ライブラリ２０１に記憶されている生物由来の核酸塩基配列データは、クローンの塩基配列データの集合である。ある生物種のある組織を由来とする塩基配列ライブラリ２０１に含まれる塩基配列全体を検索対象とすれば、その組織について網羅的に検索し候補配列を抽出することができる。さらに、その塩基配列ライブラリ２０１が均質化されていない場合、候補配列が出現する頻度が発現強度を示す情報となる。
【００４９】
また、このｃＤＮＡは、オリゴキャッピング法（またはオリゴキャップ法）によって作製されたｃＤＮＡを用いるのが好ましい。オリゴキャッピング法とは１９９５年に菅野らによって開発された方法で、完全長ｃＤＮＡを効率的に取得する有効な方法として知られている。
【００５０】
真核生物のｍＲＮＡはその５´末端にキャップ構造を有するが、オリゴキャッピング法では、酵素を用いてそのキャップ構造をオリゴＲＮＡに変換する。そして、ｄＴプライマーを用いて第１鎖ｃＤＮＡを合成した後、そのオリゴＲＮＡの配列特異的プライマーで第２鎖ｃＤＮＡを合成し、さらにはその配列に含まれる制限酵素サイトを用いてクローニングすることにより、キャップ構造をもつｍＲＮＡ分子を特異的にｃＤＮＡとして得ることができる。
【００５１】
従来、ＲＮＡは分解を受けやすいため、生物由来物質から抽出されたｍＲＮＡは５´末端を欠損した分子を多く含むが、このようにオリゴキャッピング法で取得されたｃＤＮＡは分解を受けていないｍＲＮＡを鋳型に作製されるため、完全長ｃＤＮＡを多く含む。ステムループ構造になるｍｉＲＮＡは、タンパク質がコードされていない３´ＵＴＲ（untransrated region）または５´ＵＴＲに存在する可能性が高い。
【００５２】
具体的には、ｍｉＲＮＡの前駆体は、遺伝子をコードしていない、すなわちＯＲＦを持たないと考えられていたが、これまでに報告されている既知ｍｉＲＮＡのうちいくつかは、ＯＲＦをもつｍＲＮＡのＵＴＲにコードされている。したがって、完全長ｃＤＮＡを検索対象とすることにより、そのような３´ＵＴＲまたは５´ＵＴＲに存在するｍｉＲＮＡも検索することができ、検索精度の向上を図ることができる。
【００５３】
また、図２において、取得部２０２は、生物由来の核酸塩基配列データを取得する。具体的には、上述した塩基配列ライブラリ２０１から任意の核酸塩基配列データ、たとえば、ｃＤＮＡの塩基配列データを取得する。
【００５４】
また、ステムループ構造抽出部２０３は、取得部２０２によって取得された核酸塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出する。ステムループ構造とは、核酸配列がある領域（ループ）をはさんで互いに相補的な配列を有している構造であり、遺伝子発現の調節にかかわる機能を持つと予測される配列領域の転写産物中に存在する。
【００５５】
ステムループ構造は、適切な条件下では、相補的な配列の部分が２本鎖を形成しヘアピンのような形をとる。この２本鎖の部分をステムと呼ばれ、ステム部分の相補性は、生理的条件下で２本鎖を形成できるものであれば特に限定されないが、好ましくは８０％以上である。この相補的２本鎖においては、相補的でない部分として、ワトソン−クリック塩基対（ＤＮＡで表記した場合、Ａ−ＴまたはＣ−Ｇ）以外の塩基の組み合わせ、１塩基またはそれ以上のバルジ構造が許される。
【００５６】
また、ステムループ構造抽出部２０３は、具体的には、塩基配列抽出部２１２と、相補性判定部２１３と、から構成されている。塩基配列抽出部２１２は、取得部２０２によって取得された核酸塩基配列データの中から、任意の塩基配列データを抽出する。抽出される塩基配列データは、ステム部分と予想される両端部の塩基配列（以下、「仮ステム」と称す。）の塩基数である仮ステム長を２０塩基から１００塩基ずつ、また、ループ部分と予想される中途部の塩基配列（以下、「仮ループ」と称す。）の塩基数である仮ループ長を２塩基から５０塩基とする。
【００５７】
ｍｉＲＮＡは、その前駆体がDroshaによりステムループ構造として切り出され、Dicerによりプロセッシングを受け、ｍｉＲＮＰと複合体を形成する。ステムループ構造のステム長（ｄｓＲＮＡの長さ）は、これまで報告されている例ではｓｉＲＮＡも含めて２０塩基から１００塩基、その中でも２０塩基から５０塩基がほとんどである。したがって、上述した仮ステム長は、２０塩基から５０塩基とするのが好ましい。
【００５８】
また、これまで報告されているｍｉＲＮＡの前駆体のループ長は、２塩基から５０塩基、その中でも５塩基から３０塩基がほとんどである。したがって、上述した仮ループ長は、５塩基から３０塩基とするのが好ましい。なお、塩基配列抽出部２１２による具体的な抽出法については後述する。
【００５９】
また、相補性判定部２１３は、塩基配列抽出部２１２によって抽出された塩基配列データにおける両端部（仮ステム）の塩基配列データの相補性を判定する。具体的には、仮ステム部分の一方の塩基配列データと他方の塩基配列データの対向する塩基対が、ワトソン−クリック塩基対（ＤＮＡで表記した場合、Ａ−ＴまたはＣ−Ｇ）であるか否かにより相補性ありか否かを判定する。対向する塩基対が８０％以上ワトソン−クリック塩基対を満たせば、相補性ありとすることができる。
【００６０】
相補性ありと判定された場合、仮ステム部分である両端部の塩基配列データは、ステム部分の塩基配列データとなり、仮ループ部分である中途部の塩基配列データは、ループ部分の塩基配列データとなる。なお、完全一致、すなわち１００％の場合、ｓｉＲＮＡと重複する場合もあるため、１００％は除外することとしてもよい。
【００６１】
これにより、ステムループ構造抽出部２０３は、相補性判定部２１３によって相補性ありと判定された場合、塩基配列抽出部２１２によって抽出された塩基配列データを、ステムループ構造の塩基配列データとして抽出することができる。
【００６２】
以下に、上述したＩＤ：ｉ、組織：Ｔｊの塩基配列データから得られたステムループ構造の塩基配列データを示す。このＩＤ：ｉ、組織：Ｔｊの塩基配列データから、１０個のステムループ構造の塩基配列データが抽出された。なお、以下において、上から「Start」は開始点となる塩基の位置、「stem」はステム部分の一本分の塩基数、「loop」はループ部分の塩基数、「threshold」はステム部分の相補性に関するしきい値、「match」はステム部分の塩基の一致数（ステムループ構造と判定されているため、しきい値以上の値となる。）、「seq」はステムループ構造の塩基配列（シークエンス）、「loop」はループ部分の塩基配列（シークエンス）、「head」はステム部分の一方の塩基配列（シークエンス）、「tail」はステム部分の一方の塩基配列（シークエンス）である。また、「5'」は５´末端、「3'」は３´末端を示す。
【００６３】
Start: 223   stem: 30   loop: 25   threshold: 26   match: 27
seq : ACACTTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGCTCAAGTGT
loop: 5' TGAGATGTGATCCTGCCACATCTCG 3'
head: 5' ACACTTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAG 3'
tail: 3' TGTGAACTCGGGTCCCCAAGCTACGATGTC 5'
【００６４】
Start: 224   stem: 30   loop: 23   threshold: 26   match: 26
seq : CACTTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGCTCAAGTG
loop: 5' GAGATGTGATCCTGCCACATCTC 3'
head: 5' CACTTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGT 3'
tail: 3' GTGAACTCGGGTCCCCAAGCTACGATGTCG 5'
【００６５】
Start: 225   stem: 30   loop: 21   threshold: 26   match: 26
seq : ACTTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGCTCAAGT
loop: 5' AGATGTGATCCTGCCACATCT 3'
head: 5' ACTTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTG 3'
tail: 3' TGAACTCGGGTCCCCAAGCTACGATGTCGC 5'
【００６６】
Start: 226   stem: 30   loop: 19   threshold: 26   match: 26
seq : CTTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGCTCAAG
loop: 5' GATGTGATCCTGCCACATC 3'
head: 5' CTTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGA 3'
tail: 3' GAACTCGGGTCCCCAAGCTACGATGTCGCT 5'
【００６７】
Start: 227   stem: 30   loop: 17   threshold: 26   match: 26
seq : TTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGCTCAA
loop: 5' ATGTGATCCTGCCACAT 3'
head: 5' TTGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAG 3'
tail: 3' AACTCGGGTCCCCAAGCTACGATGTCGCTC 5'
【００６８】
Start: 228   stem: 30   loop: 15   threshold: 26   match: 26
seq : TGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGCTCA
loop: 5' TGTGATCCTGCCACA 3'
head: 5' TGAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGA 3'
tail: 3' ACTCGGGTCCCCAAGCTACGATGTCGCTCT 5'
【００６９】
Start: 229   stem: 30   loop: 13   threshold: 26   match: 26
seq : GAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGCTC
loop: 5' GTGATCCTGCCAC 3'
head: 5' GAGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGAT 3'
tail: 3' CTCGGGTCCCCAAGCTACGATGTCGCTCTA 5'
【００７０】
Start: 230   stem: 30   loop: 11   threshold: 26   match: 26
seq : AGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGCT
loop: 5' TGATCCTGCCA 3'
head: 5' AGCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATG 3'
tail: 3' TCGGGTCCCCAAGCTACGATGTCGCTCTAC 5'
【００７１】
Start: 231   stem: 30   loop: 9   threshold: 26   match: 26
seq : GCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGGC
loop: 5' GATCCTGCC 3'
head: 5' GCCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGT 3'
tail: 3' CGGGTCCCCAAGCTACGATGTCGCTCTACA 5'
【００７２】
Start: 232   stem: 30   loop: 7   threshold: 26   match: 26
seq : CCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTGATCCTGCCACATCTCGCTGTAGCATCGAACCCCTGGG
loop: 5' ATCCTGC 3'
head: 5' CCCAGCGGTTTGAGGCTACAGTGAGATGTG 3'
tail: 3' GGGTCCCCAAGCTACGATGTCGCTCTACAC 5'
【００７３】
また、決定部２０４は、ステムループ構造抽出部２０３によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補となる塩基配列データを決定する。具体的には、たとえば、ステムループ構造の塩基配列データそのものを、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補となる塩基配列データに決定する。また、ステムループ構造の塩基配列データに含まれているステム部分の塩基配列データを、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定することもできる。さらに、ステムループ構造の塩基配列データに含まれているループ部分の塩基配列データを、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定することもできる。
【００７４】
また、ｍｉＲＮＡ検索装置２００は、既知ｍｉＲＮＡＤＢ２０５を有している。図４は、既知ｍｉＲＮＡＤＢ２０５の一例を示す説明図である。図４において、既知ｍｉＲＮＡＤＢ２０５では、これまでに報告されている既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと、この既知ｍｉＲＮＡにより遺伝子発現が制御される標的分子データとが関連付けられている。
【００７５】
また、同一性判定部２０６は、決定部２０４によってｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データであるか否かを判定する。具体的には、既知ｍｉＲＮＡＤＢ２０５に記憶されている既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データとの同一・類似判定をおこなう。
【００７６】
たとえば、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、ステムループ構造の塩基配列データである場合、当該塩基配列データと既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データとの同一・類似を判定する。また、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、ステム部分の塩基配列データである場合、当該塩基配列データと既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データの両端部の塩基配列データとの同一・類似を判定する。さらに、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、ループ部分の塩基配列データである場合、当該塩基配列データと既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データの中途部の塩基配列データとの同一・類似を判定する。
【００７７】
また、同一性判定部２０６による同一・類似判定において、同一と判定される場合とは、同一性の判定対象となる両塩基配列データが完全一致する場合が該当する。たとえば、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、ステムループ構造の塩基配列データである場合、当該塩基配列データと既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データとが完全に一致する場合、同一であると判定する。
【００７８】
また、同一性判定部２０６による同一・類似判定において、類似と判定される場合とは、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データに対し、少なくともステム部分の塩基配列データが一致している場合が該当する。たとえば、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、ステムループ構造の塩基配列データである場合、当該塩基配列データのステム部分の塩基配列データと、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データの両端部の塩基配列データとが完全に一致し、ステムループ構造のループ部分の塩基配列データと、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データの中途部の塩基配列データとが不一致であるとき、類似すると判定する。
【００７９】
また、格納部２０７は、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、同一性判定部２０６によって既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似ではないと判定された塩基配列データを、未知ｍｉＲＮＡとして未知ｍｉＲＮＡＤＢ２０８に格納する。このように、未知ｍｉＲＮＡＤＢ２０８に未知ｍｉＲＮＡの塩基配列データとして格納しておくことにより、研究対象となる未知ｍｉＲＮＡを特定することが容易となる。また、実験の結果、未知ｍｉＲＮＡＤＢ２０８内の塩基配列データから、遺伝子発現の調節機能があらたに発見された場合、当該基塩基配列データをその標的分子データとともに、既知ｍｉＲＮＡに格納することで、同一性判定部２０６による判定精度の向上を図ることができる。
【００８０】
また、組織特定部２０９は、決定部２０４によって決定されたｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定する。具体的には、検索対象である塩基配列ライブラリ２０１が図３に示したｃＤＮＡの塩基配列データを記憶している場合、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補となる塩基配列データのＩＤを手掛かりとして、当該塩基配列データの組織を特定する。たとえば、ＩＤ：ｉの塩基配列データがｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された場合、このＩＤ：ｉを手掛かりとして、組織：Ｔｊを特定することができる。
【００８１】
また、検出部２１０は、組織特定部２０９によって特定された組織におけるｍｉＲＮＡの塩基配列候補の発現時期または／および発現頻度を検出する。具体的には、検索対象である塩基配列ライブラリ２０１が図３に示したｃＤＮＡの塩基配列データを記憶している場合、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補となる塩基配列データのＩＤを手掛かりとして、発現時期または／および発現頻度を検出する。
【００８２】
たとえば、発現時期については、ＩＤ：ｉの塩基配列データがｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された場合、このＩＤ：ｉを手掛かりとして、発現時期『ガン発病後』を検出することができる。
【００８３】
また、発現頻度については、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の中における、同一ＩＤの塩基配列データの出現数を発現頻度とすることができる。たとえば、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の中にＩＤ：ｉの塩基配列データが１２個ある場合、その個数を発現頻度とすることができる。ここで、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補における組織ごとの発現時期および発現頻度の一例を示す。図５は、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補における組織ごとの発現時期および発現頻度の一例を示す図表である。
【００８４】
また、出力部２１１は、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データ（段落番号［００６３］〜［００７２］を参照。）を出力する。また、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、同一性判定部２０６によって既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似と判定された場合、当該塩基配列データや、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データの標的分子データを出力する。また、検出部２１０によって検出された検出結果（図５を参照。）を出力する。具体的には、図１に示したディスプレイ１０８に表示したり、プリンタ１１３に印刷出力する。
【００８５】
なお、上述した塩基配列ライブラリ２０１、既知ｍｉＲＮＡＤＢ２０５および未知ｍｉＲＮＡＤＢ２０８は、具体的には、たとえば、図１に示したＲＯＭ１０２、ＲＡＭ１０３、ＨＤ１０５などの記録媒体によって、その機能を実現する。また、取得部２０２、ステムループ構造抽出部２０３、決定部２０４、同一性判定部２０６、格納部２０７、組織特定部２０９、検出部２１０、および出力部２１１は、具体的には、たとえば、図１に示したＲＯＭ１０２、ＲＡＭ１０３、ＨＤ１０５などの記録媒体に記録されたプログラムを、ＣＰＵ１０１が実行することによって、またはＩ／Ｆ１０９によって、その機能を実現する。
【００８６】
つぎに、上述したステムループ構造抽出部２０３によるステムループ構造の塩基配列データの抽出法の一例について説明する。図６は、ステムループ構造抽出部２０３によるステムループ構造の塩基配列データの抽出法の一例を示す説明図である。図６において、符号６００は、取得部２０２によって取得されたｃＤＮＡの塩基配列データである。ｃＤＮＡの塩基配列データ６００の左端から、塩基の位置番号を１、２，３、…とし、右端の塩基の位置番号をＥとする。Ｓは、塩基配列抽出部２１２による塩基配列データの抽出を開始する開始点である。開始点Ｓは、左端（塩基の位置番号１）から抽出を開始する。
【００８７】
また、符号６０１〜６０３は、任意の開始点Ｓから抽出された塩基配列データ群である。また、塩基配列データ群６０１〜６０３中、ハッチングで示した箇所は仮ステム部分の塩基配列データ６１１であり、黒く塗りつぶした箇所は仮ループ部分の塩基配列データ６１２である。
【００８８】
具体的には、仮ステム長ＳＬを２０塩基に固定し、仮ループ長ＬＬを５塩基から２５塩基に変更させた塩基配列データの集合が、塩基配列データ群６０１である。また、仮ステム長ＳＬを２５塩基に固定し、仮ループ長ＬＬを５塩基から２５塩基に変更させた塩基配列データの集合が、塩基配列データ群６０２である。仮ステム長ＳＬを３０塩基に固定し、仮ループ長ＬＬを５塩基から２５塩基に変更させた塩基配列データの集合が、塩基配列データ群６０３である。なお、仮ステム長ＳＬは、２０塩基、２５塩基、および３０塩基を例に挙げたが、実際には、２０塩基〜３０塩基まで変化させている。
【００８９】
（ｍｉＲＮＡ検索処理手順）
つぎに、この発明の実施の形態にかかるｍｉＲＮＡ検索装置２００のｍｉＲＮＡ検索処理手順について説明する。図７は、この発明の実施の形態にかかるｍｉＲＮＡ検索装置２００のｍｉＲＮＡ検索処理手順を示すフローチャートである。図７において、まず、ＩＤをｉ＝１に初期設定し（ステップＳ７０１）、取得部２０２により、塩基配列ライブラリ２０１からＩＤ：１の塩基配列データを抽出する（ステップＳ７０２）。そして、ステムループ構造抽出部２０３により、図６に示したステムループ構造抽出処理を実行する（ステップＳ７０３）。この処理については後述する（図８を参照。）。
【００９０】
つぎに、決定部２０４により、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補を決定する（ステップＳ７０４）。そして、ＩＤ：ｉがｉ＞ｎでない場合（ステップＳ７０５：Ｎｏ）、ＩＤ：ｉをインクリメントし（ステップＳ７０６）、ステップＳ７０２に戻る。これにより、つぎのＩＤの塩基配列データを抽出することができる。
【００９１】
一方、ステップＳ７０５において、ＩＤ：ｉがｉ＞ｎである場合（ステップＳ７０５：Ｙｅｓ）、組織特定部２０９により、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の塩基配列データの組織を特定し（ステップＳ７０７）、検出部２１０により組織ごとの発現時期および発現頻度を検出する（ステップＳ７０８）。
【００９２】
このあと、同一性判定部２０６により、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列であるか否かを判定する（ステップＳ７０９）。そして、同一または類似と判定された場合（ステップＳ７０９：Ｙｅｓ）、出力部２１１により、判定結果として、同一または類似と判定された塩基配列データと、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データの標的分子データとを出力する（ステップＳ７１０）。そして、既知ｍｉＲＮＡＤＢ２０５に、同一または類似と判定された塩基配列データを、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データの標的分子データに関連付けて記憶する（ステップＳ７１１）。
【００９３】
一方、ステップＳ７０９において、非類似と判定された場合（ステップＳ７０９：Ｎｏ）、未知ｍｉＲＮＡの塩基配列データとして未知ｍｉＲＮＡＤＢ２０８に格納する（ステップＳ７１２）。このあと、ステップＳ７０９の同一性判定処理において未判定の塩基配列候補がある場合（ステップＳ７１３：Ｙｅｓ）、ステップＳ７０９に戻る。一方、未判定の塩基配列候補がない場合（ステップＳ７１３：Ｎｏ）、一連の処理を終了する。
【００９４】
つぎに、ステップＳ７０３で示したステムループ構造抽出処理の具体的な処理手順について説明する。図８は、ステップＳ７０３で示したステムループ構造抽出処理の具体的な処理手順を示すフローチャートである。図８において、開始点Ｓの塩基の位置をＳ＝１、末端塩基位置をＥとし（ステップＳ８０１）、仮ステム長ＳＬを２０塩基に設定し（ステップＳ８０２）、仮ループ長ＬＬを５塩基に設定する（ステップＳ８０３）。
【００９５】
つぎに、開始点Ｓからの塩基配列長を算出する（ステップＳ８０４）。塩基配列長ＳＱＬは、下記式（１）により算出される。
塩基配列長ＳＱＬ＝２×ＳＬ＋ＬＬ・・・（１）
【００９６】
そして、算出された塩基配列長ＳＱＬが、末端塩基の位置Ｅを越えたか否か判断する（ステップＳ８０５）。超えた場合（ステップＳ８０５：Ｙｅｓ）、ステップＳ８１１に移行する。一方、越えなかった場合（ステップＳ８０５：Ｎｏ）、塩基配列抽出部２１２により、開始点Ｓからの塩基配列長ＳＱＬの塩基配列データを抽出する（ステップＳ８０６）。
【００９７】
つぎに、相補性判定部２１３により、両端部（仮ステム部分）の塩基配列データに相補性があるか否かを判定する（ステップＳ８０７）。相補性なしと判定された場合（ステップＳ８０７：Ｎｏ）、ステップＳ８０９に移行する。一方、相補性ありと判定された場合（ステップＳ８０７：Ｙｅｓ）、ステップＳ８０６で抽出された塩基配列データを、ステムループ構造の塩基配列データとして保持する（ステップＳ８０８）。
【００９８】
このあと、仮ループ長ＬＬを１塩基分インクリメントし（ステップＳ８０９）、仮ループ長ＬＬが２５塩基より大きいか否かを判断する（ステップＳ８１０）。仮ループ長ＬＬが２５塩基以下の場合（ステップＳ８１０：Ｎｏ）、ステップＳ８０４に戻り、開始点Ｓから塩基配列長ＳＱＬを算出する。一方、仮ループ長ＬＬが２５塩基より大きい場合（ステップＳ８１０：Ｙｅｓ）、仮ステム長ＳＬを１塩基分インクリメントし（ステップＳ８１１）、仮ステム長ＳＬが３０塩基より大きいか否かを判断する（ステップＳ８１２）。
【００９９】
そして、仮ステム長ＳＬが３０塩基以下の場合（ステップＳ８１２：Ｎｏ）、ステップＳ８０３に戻って、仮ループ長ＬＬを５塩基に設定する。一方、仮ステム長ＳＬが３０塩基より大きい場合（ステップＳ８１２：Ｙｅｓ）、開始点Ｓの延期の位置を１塩基分インクリメントする（ステップＳ８１３）。そして、開始点Ｓが下記式（２）を満たすか否かを判断する（ステップＳ８１４）。
【０１００】
Ｓ＞Ｅ−４５・・・（２）
【０１０１】
ステップＳ８０４で算出される塩基配列長ＳＱＬは最短で４５塩基であるから、この式（２）を満たす場合は（ステップＳ８１４：Ｙｅｓ）、あらたに塩基配列データを抽出することができる。したがって、ステップＳ８０２に戻る。一方、上記式（２）を満たさない場合（ステップＳ８１４：Ｎｏ）、ステップＳ７０２で抽出されたＩＤ：ｉの塩基配列データからのステムループ構造の塩基配列データの抽出が終了したこととなり、ステップＳ７０４に移行する。
【０１０２】
上述した処理手順において、オリゴキャップ法で作製されたヒト組織由来のｃＤＮＡのクローン塩基配列の塩基配列データを検索対象とした場合、約６９万９千個の塩基配列データが検索対象となる。そして、検索パラメータとして、仮ステム長ＳＬを２０塩基〜３０塩基とし、仮ループ長ＬＬを５塩基から２５塩基とし、ステムの相補性を８０＆以上とし、ステムループ構造の有無を指標としてｍｉＲＮＡの塩基配列候補の検索をおこなうと、約５６００個の塩基配列候補を得ることができた。
【０１０３】
このように、この発明の実施の形態によれば、生物由来の核酸塩基配列データから、ステムループ構造の塩基配列データを抽出することにより、遺伝子発現の調節にかかわる機能を持つと予測される塩基配列データを特定することができる。また、ｃＤＮＡのクローン塩基配列データを検索対象とすることにより、より確度の高いｍｉＲＮＡの塩基配列候補を検索することができ、ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に関連付けられている生物組織や、発現時期および発現頻度を特定するとともに、標的分子やその機能を容易に特定することができる。
【０１０４】
以上説明したように、ｍｉＲＮＡ検索方法、ｍｉＲＮＡ検索プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、およびｍｉＲＮＡ検索装置によれば、未知のｍｉＲＮＡの存在を効率的かつ高精度に予測してその標的分子の機能を類推することを容易にすることにより、未知なる生命現象の解明に貢献し、医療分野その他環境、農業などの各種分野の更なる進展に寄与することができる。
【０１０５】
なお、本実施の形態で説明したｍｉＲＮＡ検索方法は、予め用意されたプログラムをパーソナル・コンピュータやワークステーション等のコンピュータで実行することにより実現することができる。このプログラムは、ハードディスク、フレキシブルディスク、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ等のコンピュータで読み取り可能な記録媒体に記録され、コンピュータによって記録媒体から読み出されることによって実行される。またこのプログラムは、インターネット等のネットワークを介して配布することが可能な伝送媒体であってもよい。
【０１０６】
（付記１）生物由来の核酸塩基配列データを取得する取得工程と、
前記取得工程によって取得された核酸塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出するステムループ構造抽出工程と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定する決定工程と、
を含んだことを特徴とするｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１０７】
（付記２）前記ステムループ構造抽出工程は、
前記取得工程によって取得された核酸塩基配列データの中から、任意の塩基配列データを抽出する塩基配列抽出工程と、
前記塩基配列抽出工程によって抽出された塩基配列データにおける両端部の塩基配列データの相補性を判定する相補性判定工程と、を含み、
前記相補性判定工程によって相補性ありと判定された塩基配列データを、前記ステムループ構造の塩基配列データとして抽出することを特徴とする付記１に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１０８】
（付記３）前記決定工程は、
前記ステムループ構造の塩基配列データに含まれている前記ステム部分の塩基配列データを、前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定することを特徴とする付記１または２に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１０９】
（付記４）前記決定工程によって前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データである否かを判定する同一性判定工程と、
前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似と判定された塩基配列データを出力する出力工程と、
を含んだことを特徴とする付記１〜３のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１０】
（付記５）前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似ではないと判定された塩基配列データを格納する格納工程を含んだことを特徴とする付記１〜４のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１１】
（付記６）前記取得工程は、
ゲノムＤＮＡの塩基配列データを取得することを特徴とする付記１〜５のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１２】
（付記７）前記取得工程は、
伝令ＲＮＡ（messenger ＲＮＡ）の塩基配列データを取得することを特徴とする付記１〜５のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１３】
（付記８）前記取得工程は、
相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データを取得することを特徴とする付記１〜５のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１４】
（付記９）前記取得工程は、
生物組織サンプル由来のｃＤＮＡの塩基配列データの集合の中から、任意のｃＤＮＡの塩基配列データを取得することを特徴とする付記８に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１５】
（付記１０）前記ｃＤＮＡの塩基配列データは、
オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡの塩基配列データであることを特徴とする付記８または９に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１６】
（付記１１）相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データを取得する取得工程と、
前記取得工程によって取得されたｃＤＮＡの塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出するステムループ構造抽出工程と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定する決定工程と、
前記決定工程によって決定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定する組織特定工程と、
前記組織特定工程によって特定された組織における前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の発現時期または／および発現頻度を検出する検出工程と、
前記検出工程によって検出された検出結果を出力する出力工程と、
を含んだことを特徴とするｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１７】
（付記１２）前記決定工程によって前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データである否かを判定する同一性判定工程を含み、
前記組織特定工程は、
前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データであると判定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定することを特徴とする付記１１に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１８】
（付記１３）前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似ではないと判定された塩基配列データを格納する格納工程を含んだことを特徴とする付記１２に記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１１９】
（付記１４）前記ｃＤＮＡの塩基配列データは、
オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡの塩基配列データであることを特徴とする付記１１〜１３のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索方法。
【０１２０】
（付記１５）生物由来の核酸塩基配列データを取得させる取得工程と、
前記取得工程によって取得された核酸塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出させるステムループ構造抽出工程と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定させる決定工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とするｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【０１２１】
（付記１６）前記決定工程によって前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データである否かを判定させる同一性判定工程をコンピュータに実行させ、
前記出力工程は、
前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似と判定された塩基配列データを出力させることを特徴とする付記１５に記載のｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【０１２２】
（付記１７）相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データを取得させる取得工程と、
前記取得工程によって取得されたｃＤＮＡの塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出させるステムループ構造抽出工程と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定させる決定工程と、
前記決定工程によって決定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定させる組織特定工程と、
前記組織特定工程によって特定された組織における前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の発現時期または／および発現頻度を検出させる検出工程と、
前記検出工程によって検出された検出結果を出力させる出力工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とするｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【０１２３】
（付記１８）前記決定工程によって前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データである否かを判定させる同一性判定工程をコンピュータに実行させ、
前記組織特定工程は、
前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データであると判定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定させることを特徴とする付記１７に記載のｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【０１２４】
（付記１９）前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データの中から、前記同一性判定工程によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似ではないと判定された塩基配列データを格納させる格納工程をコンピュータに実行させることを特徴とする付記１８に記載のｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【０１２５】
（付記２０）前記ｃＤＮＡの塩基配列データは、
オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡの塩基配列データであることを特徴とする付記１７〜１９のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索プログラム。
【０１２６】
（付記２１）付記１５〜１９のいずれか一つに記載のｍｉＲＮＡ検索プログラムを記録したコンピュータに読み取り可能な記録媒体。
【０１２７】
（付記２２）生物由来の核酸塩基配列データを取得する取得手段と、
前記取得手段によって取得された核酸塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出するステムループ構造抽出手段と、
前記ステムループ構造抽出工程によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定する決定手段と、
を備えることを特徴とするｍｉＲＮＡ検索装置。
【０１２８】
（付記２３）前記ステムループ構造抽出手段は、
前記取得手段によって取得された核酸塩基配列データの中から、任意の塩基配列データを抽出する塩基配列抽出手段と、
前記塩基配列抽出手段によって抽出された塩基配列データにおける両端部の塩基配列データの相補性を判定する相補性判定手段と、を備え、
前記相補性判定手段によって相補性ありと判定された塩基配列データを、前記ステムループ構造の塩基配列データとして抽出することを特徴とする付記２２に記載のｍｉＲＮＡ検索装置。
【０１２９】
（付記２４）生物組織サンプル由来の相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データを記憶する記憶手段を備え、
前記取得手段は、前記記憶手段から任意のｃＤＮＡの塩基配列データを取得することを特徴とする付記２２または２３に記載のｍｉＲＮＡ検索装置。
【０１３０】
（付記２５）前記記憶手段は、オリゴキャッピング法により作製されたｃＤＮＡの塩基配列データを記憶することを特徴とする付記２４に記載のｍｉＲＮＡ検索装置。
【０１３１】
（付記２６）相補的ＤＮＡ（complementary ＤＮＡ、以下「ｃＤＮＡ」）の塩基配列データを取得する取得手段と、
前記取得手段によって取得されたｃＤＮＡの塩基配列データの中から、ステムループ構造の塩基配列データを抽出するステムループ構造抽出手段と、
前記ステムループ構造抽出手段によって抽出されたステムループ構造の塩基配列データの中から、マイクロＲＮＡ（micro ＲＮＡ、以下「ｍｉＲＮＡ」）の塩基配列候補となる塩基配列データを決定する決定手段と、
前記決定手段によって決定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定する組織特定手段と、
前記組織特定手段によって特定された組織における前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補の発現時期または／および発現頻度を検出する検出手段と、
前記検出手段によって検出された検出結果を出力する出力手段と、
を備えることを特徴とするｍｉＲＮＡ検索装置。
【０１３２】
（付記２７）前記決定手段によって前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補に決定された塩基配列データが、既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データである否かを判定する同一性判定手段を備え、
前記組織特定手段は、
前記同一性判定手段によって前記既知ｍｉＲＮＡの塩基配列データと同一または類似の塩基配列データであると判定された前記ｍｉＲＮＡの塩基配列候補が含まれているｃＤＮＡの組織を特定することを特徴とする付記２６に記載のｍｉＲＮＡ検索装置。
【産業上の利用可能性】
【０１３３】
以上のように、本発明にかかるｍｉＲＮＡ検索方法、ｍｉＲＮＡ検索プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、およびｍｉＲＮＡ検索装置は、未知なる生命現象の解明に有用であり、特に、医療分野その他環境、農業などの各種分野に適している。
【図面の簡単な説明】
【０１３４】
【図１】この発明の実施の形態にかかるｍｉＲＮＡ検索装置のハードウェア構成を示すブロック図である。
【図２】この発明の実施の形態にかかるｍｉＲＮＡ検索装置の機能的構成を示すブロック図である。
【図３】塩基配列ライブラリの一例を示す説明図である。
【図４】既知ｍｉＲＮＡＤＢの一例を示す説明図である。
【図５】ｍｉＲＮＡの塩基配列候補における組織ごとの発現時期および発現頻度の一例を示す図表である。
【図６】ステムループ構造抽出部によるステムループ構造の塩基配列データの抽出法の一例を示す説明図である。
【図７】この発明の実施の形態にかかるｍｉＲＮＡ検索装置のｍｉＲＮＡ検索処理手順を示すフローチャートである。
【図８】ステップＳ７０３で示したステムループ構造抽出処理の具体的な処理手順を示すフローチャートである。
【符号の説明】
【０１３５】
２００  ｍｉＲＮＡ検索装置
２０１  塩基配列ライブラリ
２０２  取得部
２０３  ステムループ構造抽出部
２０４  決定部
２０６  同一性判定部
２０７  格納部
２０９  組織特定部
２１０  検出部
２１１  出力部
２１２  塩基配列抽出部
２１３  相補性判定部
【図１】
2007179274.tif 000003
【図２】
2007179274.tif 000004
【図３】
2007179274.tif 000005
【図４】
2007179274.tif 000006
【図５】
2007179274.tif 000007
【図６】
2007179274.tif 000008
【図７】
2007179274.tif 000009
【図８】
2007179274.tif 000010
【手続補正書】
【提出日】平成18年9月7日(2006.9.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2007179274000001.app