(57)【要約】【課題】  発現情報とパスウェイを比較する場合に主観的に、または、ある基準を持って人手で比較するのではなく、コンピュータを用いてより容易にユーザが発現情報とパスウェイとの比較を行うことができる分析方法を提供する。【解決手段】  タンパク質・遺伝子の発現情報をパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとに着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立て、組み立てた発現情報の組み立てをディスプレイに表示しつつこの発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する。【選択図】  図１
2007011996.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサが前記発現情報の組み立てをディスプレイに表示すると共に前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する表示工程とを含む発現情報の分析方法。
【請求項２】
プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサが全てのタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物毎にディスプレイに表示すると共に前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程を含む発現情報の分析方法。
【請求項３】
プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程を含む発現情報の解析方法。
【請求項４】
プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、ユーザの時点・化合物の指定に応じて、当該ユーザの指定した時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程とを含む発現情報の解析方法。
【請求項５】
プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、所定時間間隔で順次自動選択される時点・化合物に応じて、当該自動選択された時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程を含む発現情報の解析方法。
【請求項６】
プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、前記組立工程で組み立てた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の数に基づいてスコアを演算するスコア工程とを含む発現情報の解析方法。
【請求項７】
前記スコア工程でスコアを演算する場合に、前記発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の時点・化合物と着目するタンパク質・遺伝子の対象時点・化合物との差を加味してスコアを演算する
前記請求項６に記載の発現情報の解析方法。
【請求項８】
複数の時点・化合物をそれぞれ対象時点・化合物として前記組立工程及びスコア工程を実施し、プロセッサが前記発現情報の組み立て及び演算したスコアを対応付けてディスプレイに表示する工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示する工程と、ユーザがディスプレイに表示されているスコアを指定した場合にユーザの指定したスコアに対応付いた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報をパスウェイの表示で強調表示する
前記請求項６または７のいずれかに記載の発現情報の解析方法。
【請求項９】
プロセッサに着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索工程と、プロセッサが当該ルート探索工程で探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定し、最長路のルート上のタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の状態を既に決定したタンパク質・遺伝子の状態に基づきパスウェイから決定する仮想タンパク質・遺伝子状態決定工程とを含み、
前記組立工程においてプロセッサがパスウェイの代わりに前記仮想タンパク質・遺伝子状態決定工程で決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる
前記請求項１ないし８のいずれかに記載の発現情報の解析方法。
【請求項１０】
プロセッサに着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索工程と、プロセッサが当該ルート探索工程で探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定する仮想ルートタンパク質・遺伝子状態決定工程とを含み、
前記組立工程においてプロセッサがパスウェイの代わりに仮想ルートタンパク質・遺伝子状態決定工程で決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる
前記請求項１ないし８のいずれかに記載の発現情報の解析方法。
【請求項１１】
前記ルート探索工程においてユーザが指定したタンパク質・遺伝子を経由した最長路のルートを探索する
前記請求項９または１０に記載の発現情報の解析方法。
【請求項１２】
着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子を特定するタンパク質・遺伝子特定工程をさらに含み、
前記タンパク質・遺伝子特定工程で特定されたタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子に関して前記各工程を実施する
前記請求項１ないし１１のいずれかに記載の発現情報の解析方法。
【請求項１３】
対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立手段と、パスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、所定時間間隔で順次自動選択される時点・化合物に応じて、当該自動選択された時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する手段とを含む発現情報の解析システム。
【請求項１４】
対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立手段と、組み立てた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の数に基づいてスコアを演算するスコア手段とを含む発現情報の解析システム。
【請求項１５】
着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索手段と、探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定し、最長路のルート上のタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の状態を既に決定したタンパク質・遺伝子の状態に基づきパスウェイから決定する仮想タンパク質・遺伝子状態決定手段とを含み、
前記組立手段においてパスウェイの代わりに前記仮想タンパク質・遺伝子状態決定手段により決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる
前記請求項１３または１４に記載の発現情報の解析システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、たんぱく質・遺伝子の発現情報とパスウェイとを比較する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
遺伝子発現プロファイルなどの時系列実験データはタイムコースグラフ（経時変化軸折れ線グラフ）や画像イメージ（発現比の色分けマップ）として固定表示している。
図１７では遺伝子発現プロファイルなどの時系列情報がタイムコースグラフなどで固定表示されている。タイムコースグラフの一本のラインが１つの遺伝子の発現比を示す。
また、図１８ではパスウェイ図のノードに遺伝子毎の発現情報が色分けして配置されている。
【０００３】
この他、本発明に関する背景技術となる遺伝子データ表示方法として、国際公開ＷＯ２００２／０２５４８９号パンフレットに開示されるものがある。この背景技術の遺伝子データ表示方法は、複数の遺伝子の発現パターンと、その発現パターンをクラスタ分析して得た樹状図とを対応付けて表示するステップと、注目する遺伝子の機能及び樹状図上での距離を指定するステップと、指定された機能を持つ遺伝子を含み、当該遺伝子と樹状図上での距離が指定された距離以下のノードをルートとする樹状図の部分木を強調表示するステップとを含む方法である。この背景技術の遺伝子データ表示方法によれば、複数の遺伝子発現パターンデータを視覚的に分かりやすく、そして遺伝子の機能・役割が推測しやすい形式によって表示するものであり、遺伝子の発現データをもとにクラスタリングした後、結果を表す樹状図中において、同じ機能を持つ遺伝子群とそれらに類似した発現パターンを持つ遺伝子群に対応する樹状図の枝を強調表示することで、樹状図全体でこれらの遺伝子がどこに位置しているのかを把握することができる。
【特許文献１】国際公開ＷＯ２００２／０２５４８９号パンフレット
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
前記タイムコースグラフ、パスウェイ図から遺伝子間相互作用の因果関係を推測することは難しいという課題を有する。また、パスウェイ図のノードに遺伝子毎の発現情報が配置されている場合でも、かかるパスウェイと発現情報をユーザが見てパスウェイデータの検証及び実験の検証を行うことは困難であるという課題を有する。
【０００５】
前記背景技術の遺伝子データ表示方法によれば遺伝子間相互作用の因果関係をユーザが推測することはできるものの、パスウェイと実験値との比較をすることはできず、パスウェイの検証及び実験の検証を行うことができないという課題は残存する。
【０００６】
本発明は前記課題を解決するためになされたものであり、発現情報とパスウェイを比較する場合に主観的に、または、ある基準を持って人手で比較するのではなく、コンピュータを用いてより容易にユーザが発現情報とパスウェイとの比較を行うことができる分析方法を提供することを目的としている。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
（１）本発明に係る発現情報の分析方法は、プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサが前記発現情報の組み立てをディスプレイに表示すると共に前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する表示工程とを含むものである。このように本発明において、タンパク質・遺伝子の発現情報をパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとに着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立て、組み立てた発現情報の組み立てをディスプレイに表示しつつこの発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示するので、このディスプレイの表示をユーザが見ることでパスウェイと実験値の比較を容易に行うことができる。例えば、組み立ての中で強調表示がなければパスウェイが誤っているか（パスウェイ自体の誤りの他、パスウェイ自体は正確でもパスウェイの適用が誤っている場合もある）、実験が誤っているかという判断を行え、また、強調表示されているタンパク質・遺伝子の発現情報を有する組み立てを見ることでどのような時間的経緯で遺伝子が他の遺伝子に影響を与えているかを把握することもできる。また、複数の時点・化合物を対象時点・化合物として前記工程を実施することもでき、着目するタンパク質・遺伝子の複数の時点・化合物に関してパスウェイと実験値の比較を行うこともできる。
【０００８】
ここで、タンパク質・遺伝子は、遺伝子またはタンパク質の造語である。タンパク質・遺伝子はパスウェイのノードに対応付いている。現状はパスウェイのノードとしては遺伝子、タンパク質であるが、今後パスウェイのノードとなるものもタンパク質・遺伝子に包含されることとする。また、時点・化合物は、時点または化合物の造語である。
【０００９】
（２）本発明に係る発現情報の分析方法は、プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサが全てのタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物毎にディスプレイに表示すると共に前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程を含むものである。このように本発明においては、さらに、タンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物毎にディスプレイに表示し、発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示するので、このディスプレイの表示をユーザが見ることでパスウェイと実験値の比較を特に時間的経緯に関して容易に行うことができる。たとえば、同一時点・化合物のタンパク質・遺伝子の発現情報が強調されている場合には、制御するタンパク質・遺伝子から制御されるタンパク質・遺伝子までの反応が早いということをユーザが把握することができる。
【００１０】
（３）本発明に係る発現情報の分析方法は、プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程を含むものである。このように本発明においては、さらに、パスウェイ図の各ノードに対応するタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に表示しつつ組立工程で組み立てられた発現情報の組み立てを構成するタンパク質・遺伝子の発現情報のうちパスウェイに合致したタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示しているので、パスウェイ図の表示でパスウェイが示すタンパク質・遺伝子の制御関係が明確になると共に、タンパク質・遺伝子の発現情報のうちタンパク質・遺伝子の制御関係に係るタンパク質・遺伝子の発現情報が強調表示により明確となりユーザがパスウェイと実験値を著しく容易に把握することができる。
【００１１】
（４）本発明に係る発現情報の分析方法は、プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、ユーザの時点・化合物の指定に応じて、当該ユーザの指定した時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程とを含むものである。このように本発明においては、さらに、組立工程を複数の時点・化合物を対象時点・化合物として実施し、各時点・化合物についてパスウェイに合致する発現情報の組み立てが求まり、パスウェイ図の各ノードに対応するタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に表示しつつユーザの指定した時点・化合物について組立工程で組み立てた発現情報の組み立てを構成するタンパク質・遺伝子の発現情報のうちパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示しているので、ユーザが指定することにより各時点・化合物におけるパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報が強調表示されており、タンパク質・遺伝子の他のタンパク質・遺伝子に与える影響の移り変わりを把握することができる。
【００１２】
（５）本発明に係る発現情報の分析方法は、プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、所定時間間隔で順次自動選択される時点・化合物に応じて、当該自動選択された時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程を含むものである。このように本発明においては、組立工程を複数の時点・化合物を対象時点・化合物として実施して、各時点・化合物についてパスウェイに合致する発現情報の組み立てを求め、パスウェイ図の各ノードに対応するタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に表示しつつ順次自動選択された時点・化合物についてパスウェイに合致する発現情報の組み立てを構成するタンパク質・遺伝子の発現情報のうちパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示しているので、各時点・化合物におけるパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報が順次所定間隔で強調表示されており、タンパク質・遺伝子の他のタンパク質・遺伝子に与える影響の移り変わりをさらに容易に把握することができる。
【００１３】
（６）本発明に係る発現情報の分析方法は、プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、前記組立工程で組み立てた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の数に基づいてスコアを演算するスコア工程とを含むものである。このように本発明においては、組立工程を実施し、発現情報の組み立てに対して構成するタンパク質・遺伝子の発現情報のうちパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の数に基づきスコアを演算するので、どの程度パスウェイに合致している発現情報の組み立てであるかをスコアにてユーザが把握することができる。複数の時点・化合物を対象時点・化合物として発現情報の組み立て毎にスコアを求めることで、どの対象時点・化合物で一番パスウェイに合致するかをユーザが判断することができる。
【００１４】
（７）本発明に係る発現情報の分析方法は必要に応じて、前記スコア工程でスコアを演算する場合に、前記発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の時点・化合物と着目するタンパク質・遺伝子の対象時点・化合物との差を加味してスコアを演算するものである。このように本発明においては、パスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の数だけでなく、対象時点・化合物とパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の時点・化合物との差を加味してスコアを演算するので、着目するタンパク質・遺伝子に特に関係する発現情報の組み合せをユーザが把握することができる。
【００１５】
（８）本発明に係る発現情報の分析方法は必要に応じて、複数の時点・化合物をそれぞれ対象時点・化合物として前記組立工程及びスコア工程を実施し、プロセッサが前記発現情報の組み立て及び演算したスコアを対応付けてディスプレイに表示する工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示する工程と、ユーザがディスプレイに表示されているスコアを指定した場合にユーザの指定したスコアに対応付いた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報をパスウェイの表示で強調表示するものである。このように本発明においては、複数の時点・化合物を対象時点・化合物として前記組立工程及びスコア工程を実施し、求めた発現情報の組み立て及びスコアを例えば表形式に対応付けてディスプレイに表示し、ユーザがディスプレイに表示されているスコアを指定した場合にディスプレイに表示されているパスウェイ上で当該スコアに対応付いた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示するので、ユーザがスコアの高い発現情報の組み立てをパスウェイ図で容易に確認することができる。
【００１６】
（９）本発明に係る発現情報の分析方法は必要に応じて、プロセッサに着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索工程と、プロセッサが当該ルート探索工程で探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定し、最長路のルート上のタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の状態を既に決定したタンパク質・遺伝子の状態に基づきパスウェイから決定する仮想タンパク質・遺伝子状態決定工程とを含み、前記組立工程においてプロセッサがパスウェイの代わりに前記仮想タンパク質・遺伝子状態決定工程で決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てるものである。このように本発明においては、着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子の中で着目するタンパク質・遺伝子を通る最長路のルートを検索し、最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定した後に、最長路のルート外のタンパク質・遺伝子の状態を既に決定したタンパク質・遺伝子の状態に基づきパスウェイから決定し、当該決定したタンパク質・遺伝子の状態と合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てるので、もっとも長いルートを基準にタンパク質・遺伝子の状態を迅速に決定することができる。着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子は、着目するタンパク質・遺伝子から直接的及び間接的に制御されるタンパク質・遺伝子、着目するタンパク質・遺伝子を直接的及び間接的に制御するタンパク質・遺伝子である。すなわち、パスウェイ上で着目するタンパク質・遺伝子となんらかの直接的又は間接的な制御関係を有するタンパク質・遺伝子である。
【００１７】
（１０）本発明に係る発現情報の分析方法は必要に応じて、プロセッサに着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索工程と、プロセッサが当該ルート探索工程で探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定する仮想ルートタンパク質・遺伝子状態決定工程とを含み、前記組立工程においてプロセッサがパスウェイの代わりに仮想ルートタンパク質・遺伝子状態決定工程で決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てるものである。このように本発明においては、着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子の中で着目するタンパク質・遺伝子を通る最長路のルートを検索し、最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定し、最長路のルート外のタンパク質・遺伝子に関してはタンパク質・遺伝子の状態を決定せず、決定したルート上のタンパク質・遺伝子の状態と合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てるので、決定するタンパク質・遺伝子の状態を少なくし、比較するタンパク質・遺伝子の発現情報も少なくなり全体として速いレスポンスを実現することができる。
【００１８】
（１１）本発明に係る発現情報の分析方法は必要に応じて、前記ルート探索工程においてユーザが指定したタンパク質・遺伝子を経由した最長路のルートを探索するものである。このように本発明においては、ユーザが指定したタンパク質・遺伝子を経由する最長路のルートを探索するので、ユーザが特に把握したタンパク質・遺伝子を基準としてタンパク質・遺伝子の状態が決定され、タンパク質・遺伝子の状態を迅速に決定するができる。
【００１９】
（１２）本発明に係る発現情報の分析方法は必要に応じて、着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子を特定するタンパク質・遺伝子特定工程をさらに含み、前記タンパク質・遺伝子特定工程で特定されたタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子に関して前記各工程を実施するものである。このように本発明においては、全てのタンパク質・遺伝子の中から着目するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子に関係する遺伝子の範囲で前記各工程を実施するため、範囲外の遺伝子について必要ない演算を回避することができる。
【００２０】
（１３）本発明に係る発現情報の分析システムは、対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立手段と、パスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、所定時間間隔で順次自動選択される時点・化合物に応じて、当該自動選択された時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する手段とを含むものである。
【００２１】
（１４）本発明に係る発現情報の分析システムは、対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立手段と、組み立てた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の数に基づいてスコアを演算するスコア手段とを含むものである。
【００２２】
（１５）本発明に係る発現情報の分析システムは必要に応じて、着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索手段と、探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定し、最長路のルート上のタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の状態を既に決定したタンパク質・遺伝子の状態に基づきパスウェイから決定する仮想タンパク質・遺伝子状態決定手段とを含み、前記組立手段においてパスウェイの代わりに前記仮想タンパク質・遺伝子状態決定手段により決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てるものである。
これら前記の発明の概要は、本発明に必須となる特徴を列挙したものではなく、これら複数の特徴のサブコンビネーションも発明となり得る。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２３】
ここで、本発明は多くの異なる形態で実施可能である。したがって、下記の実施形態の記載内容のみで解釈すべきではない。
実施形態では、主に方法について説明するが、所謂当業者であれば明らかな通り、本発明はコンピュータで使用可能なシステム及びプログラムとしても実施できる。また、本発明は、ハードウェア、ソフトウェア、または、ソフトウェア及びハードウェアの実施形態で実施可能である。プログラムは、ハードディスク、CD-ROM、DVD-ROM、光記憶装置または磁気記憶装置等の任意のコンピュータ可読媒体に記録できる。さらに、プログラムはネットワークを介した他のコンピュータに記録することができる。
また、実施形態では遺伝子・タンパク質のうち遺伝子のみについて説明するが、タンパク質であっても同様に実現できる。
【００２４】
図１は本発明の実施形態に係る方法の概要説明図を示す。発現情報はたとえば既に公知技術となっているマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析方法を用いることで取得することができる。一般的には、まず、プローブDNAを調製し、スライドガラスへスポットする。次に、ターゲットDNAを調製して蛍光標識する。さらに、ハイブリダイゼーションと洗浄を行って、蛍光シグナルを前記検出器で検出し、コンピュータで数値化して発現情報を取得する。取得した遺伝子発現情報をデータベースに格納する。
【００２５】
一方、遺伝子の関係情報となるパスウェイは、論文等に記載されている断片的なパスウェイを収集することで得ることができる。また、既にいくつかの著名なデータベース（EcoCyc,MetaCyc,KEGG,TRANSPATH,CSNDB）がインターネットに接続しており、かかる著名なデータベースからもパスウェイを取得することができる。これらの取得したパスウェイをデータベースに格納する。
【００２６】
着目する遺伝子をユーザが選択する。選択された遺伝子は制御のスタートポイントになる。ユーザが遺伝子を特定する情報を入力又は選択する他、ディスプレイに表示されているパスウェイ図（選択だけであるので本発明の方法を用いることなく従来のパスウェイ図の表示でもよい）中のノードを選択してもよい（ノードを選択することで対応付いている遺伝子が特定される）。ここで、本実施形態では遺伝子について説明するが、タンパク質等であってもよい。
【００２７】
プロセッサが選択された遺伝子の発現Up及びDown時のパスウェイ図上の他の遺伝子の状態をパスウェイから演算する。演算結果をパスウェイシミュレーション情報とする。
プロセッサがパスウェイ上全てのノードをキーに時系列の遺伝子発現情報をデータベースから読み出す。
プロセッサが読み出した時系列の遺伝子の発現情報をパスウェイにマッピングする。
プロセッサが時系列の遺伝子発現情報を探索して前記求めたパスウェイシミュレーション情報と合致する遺伝子の発現情報を選択された遺伝子の各時点に関して特定する。
【００２８】
プロセッサがパスウェイに基づきエッジをディスプレイに表示すると共に、プロセッサがノード位置に対応する遺伝子の発現情報を時点順に配置して表示する。さらに、プロセッサが各ノード位置に対応する遺伝子の現時点の発現情報を配置して表示し、プロセッサが配置された発現情報のうち現時点の前記特定された遺伝子発現情報を強調表示する。
プロセッサが選択された遺伝子の各時点に関して特定された遺伝子の発現情報からパスウェイシミュレーション情報に基づきスコアを演算する。さらに、プロセッサが演算したスコアを合計する。
【００２９】
そうすることで、パスウェイ図の各ノードに対応する遺伝子の発現情報が時点順に表示され、パスウェイに合致する遺伝子の発現情報が強調表示され、発現情報の組み立てに対してスコアも表示されることになり、パスウェイと実験値の検証を容易に行うことができる。従来ではパスウェイに遺伝子の発現情報が配置されて表示されているに過ぎずに、パスウェイに沿った実験値であるか否かをユーザが確認する必要があり負担が大きく、また、実験が新たになされ遺伝子の発現情報が追加された場合には再びユーザが確認する必要がありその負担は過大であった。
【００３０】
図２は本発明の実施形態に係る方法に用いるシステム構成図の一例である。本実施形態では、各種情報を記録するデータベースを構築している大型コンピュータ１０と、データベースから情報を読み出して本発明の方法の大部分を実施するパーソナルコンピュータである分析コンピュータ２０と、有線ケーブルで検出器（スキャナー）と接続し、検出器３１で蛍光シグナルを検出し蛍光シグナルの強度を数値化して各遺伝子の発現情報を取得するパーソナルコンピュータである検出コンピュータ３０とからなる。
【００３１】
図３は分析コンピュータ２０のハードウェア構成の一例である。本実施形態では、CPU(Central Processing Unit)２１、メインメモリ２２、ハードディスク（HD:Hard Disk）２３、CD-ROMドライブ２４、ディスプレイ２５、キーボード２６、マウス２７及びLANカード２８をハードウェア構成とする一般的なパーソナルコンピュータを用いている。
【００３２】
図４は本発明の実施形態に係る方法に用いるデータ構造と処理フローである。パスウェイは、ノード属性情報、エッジ制御情報、図形・座標情報からなる。このパスウェイの中のエッジ制御情報からCPU２１がルート検索してパス探索情報（順方向パス）を求める。CPU２１が求めたパス探索情報からパスウェイシュミレーション情報を求める。一方、前記マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析方法を用いてある遺伝子の発現情報を取得する。この場合に、マイクロアレイを用いた場合に、どの位置にどの遺伝子が配置されているかを示すアレイ設計情報を有する。CPU２１が遺伝子をキーとしてアレイ設計情報とパスウェイのうちのノード属性情報を結合して遺伝子マップ情報を求める。CPU２１がパスウェイのうちの図形・座標情報、遺伝子マップ情報及び実験値である発現情報からパスウェイ図を生成する。このままパスウェイ図を発現比に対応して着色してディスプレイ２５に表示することもできるが、さらに本発明では、CPU２１が実験データとパスウェイシュミレーション情報を比較し、求めたパスウェイ図に遺伝子の状態が一致した遺伝子の発現情報にマーキングを施してディスプレイ２５に表示する。パスウェイのイメージデータ属性とは、図４中右下のパスウェイ図のノードの形状（六角形）、ノードの配色、ノードのマーキング等である。
【００３３】
図５は本発明の実施形態に係る方法に用いるパスウェイ論理制御値情報の生成の具体説明図である。図６、図７は図５を明瞭にし拡大した図である。パスウェイを構成するノード属性情報は、ID、表示名、属性、名称を要素とする。パスウェイを構成するエッジ制御情報は、ID、エッジ名、FromID、ToID、制御を要素とする。パスウェイを構成する図形・座標情報は形状情報及びノード座標情報からなる。形状情報は分類、種別、形状を要素とする。ノード座標情報はID、座標を要素とする。
【００３４】
CPU２１がエッジ制御情報からパス探索情報を求める場合に、ルートを求める各種アルゴリズムを用いることができる。図５では説明の便宜上パスウェイが簡易であって２つのルートしかなく容易に求めることができる。ノードが多数になり分岐が大きければルートは無数に求まることになるが、この場合には最長路のルートを求める（ルート探索工程）ことが望ましい。そうすることで、パス検索情報のルート数を抑えることができる。最長路ルートは様々な求め方を適用することができるが、例えば、到達可能なルートを単純に求めていき、行き詰ったら分岐部分に戻って再びルートを検索する方法を取り、全てのルートが検索された後に、最長のルートを選び出す構成にすることもできる（例えば経由したノードの数により最長路のルートを決定する）。CPU２１がAを起点として求めたパス探索情報の各ルートのノード間に対応するエッジ及び制御をエッジ制御情報から求める。CPU２１がAを起点としているためルートID「１」のルートとルートID「２」のルートを図５（ｆ）上表及び中表のようにすることができる。同様に、A以外のB、C、D、Eを起点として求めることで図５（ｆ）下表の論理制御情報を求めることができる（仮想タンパク質・遺伝子（遺伝子）状態決定工程）。この論理制御情報はある遺伝子の状態が決定された場合の他の遺伝子の状態を示す。たとえば、Aの遺伝子が活性状態であれば、Bの遺伝子、Cの遺伝子が活性状態であり、Dの遺伝子、Eの遺伝子が不活性状態であることが分かる。ここでは、遺伝子の状態が２状態であり、二項関係と捉えることができる。したがって、Aの遺伝子が不活性状態であれば、Bの遺伝子、Cの遺伝子が不活性状態であり、Dの遺伝子、Eの遺伝子が活性状態であることも分かる。このような論理制御情報は、パスウェイがあれば求めることができるので、予めデータベース１０で求めるおくことが望ましい。
【００３５】
図８は本発明の実施形態に係る方法に用いるパスウェイ論理制御情報と実験値（遺伝子発現情報）との比較の具体説明図である。図９、図１０は図８を明瞭にし拡大した図である。遺伝子の発現情報は、スポット座標、時点１の発現比、時点２の発現比、時点３の発現比、時点４の発現比からなる（例示であり、より多くの時点、遺伝子の発現情報であってもよい）。図８（ａ）の下表は変動条件の判定に基づいて説明の便宜上色づけしたものである。図８（ｂ）に示すようにマイクロアレイ設計情報は、スポット座標、遺伝子名の要素からなる。CPU２１が遺伝子発現情報とノード属性情報をマイクロアレイ設計情報を元に結合することで図８（ｄ）となる。図８（ｅ）は既に求めた図５（ｆ）のパスシュミレーション情報である。着目した遺伝子をAとし現時点を時点１とすると、Aの遺伝子の時点１の発現比をもとにパスシュミレーション情報に合致するようにBの遺伝子、Cの遺伝子、Dの遺伝子、Eの遺伝子の時点１以降の発現比を組み立てる（組立工程）。正確には、制御する遺伝子の時点より制御される遺伝子の時点が前の時点である組み合せは生成しない。なぜなら、制御される遺伝子は制御する遺伝子により制御されて遺伝子の状態が決定されるため、制御する遺伝子と制御される遺伝子が同じ時点があったとしても、制御される遺伝子の時点が制御する遺伝子の時点より前であることは通常ないからである。仮にあるとすれば前記生成しないとした組み合せを生成すればよい。
同様に、着目したAの遺伝子の時点２、時点３、時点４についても組み立てる。そうすることで、図８（ｆ）の表内のAないしEまでの列が決定される。
【００３６】
各組み立てのスコアは、以下の式で求める（スコア工程）。合致する発現比がない場合には1.0とする。また、現時点と発見時点とが同じ時点であれば0となる。すなわち、合致する発現比の数だけでなく、対象時点と着目する遺伝子以外の遺伝子の時点との差を加味してスコアを算出することになる。そうすることで、時点の差の少ない早期に影響を受け制御される遺伝子の場合に低いスコアとなる。
【００３７】
ノードスコア＝｜時点距離（現時点−発見時点）｜÷時点数
この式より着目したAの遺伝子の時点１のスコアは、Bの遺伝子のスコアが0.25、Cの遺伝子のスコアが0.25、Dの遺伝子のスコアが0.75、Eの遺伝子のスコアが1.0となって2.25となる。同様に、時点２のスコア、時点３のスコア、時点４のスコアを求める。そうすることで図８（ｆ）のスコアの列が決定される。図８（ｆ）の最後の列は制御ケースであり、各組み合せとパスシュミレーション情報を比較した場合に図８（ｅ）の上下のどちらを適用したか、または、適用しなかったかを示す。
【００３８】
図１１は本発明の実施形態に係る方法によるパスウェイグラフの表示の具体例である。図１２は図１１を明瞭化した図である。CPU２１がパスウェイ図の各ノードに対して時点毎の発現比に基づいて発現比の範囲を基準として枠内を色づけした六角形を時系列順で時点順に時点４の六角形から時点１までの六角形を若干ずらして重ねて表示すると共に、各ノードの先頭には各ノードに対して現時点の発現比を表示している。また、対象時点に関して特定された組み合せで特定された発現比に係る六角形を他の六角形と区別可能に大きく形成するとともに枠線の色を枠内の色と変えて表示している（表示工程）。図１３は本発明の実施形態に係る方法Aを起点とした場合の各時点のパスウェイグラフの表示の具体例である。
【００３９】
［エッジの種類と発現量変化、活性状態変化の対応］  図１４はエッジの種類と発現量変化、活性状態変化の対応表である。
・遺伝子（たんぱく質）の状態として、発現量up,down,nochangeが存在する。
・更に活性up,down,nochangeの状態が存在する。
・遺伝子の状態はエッジの種類（結果）によって決められる。
・選択された遺伝子からの距離が同じで、upとdown、両方の制御を受けている遺伝子は、nochangeの状態とする。
・入力されたパスウェイ全ての制御情報を基に状態が決まる。
【００４０】
［エッジの種類、制御方式とエッジ形状］  図１５はエッジの種類、制御方式とエッジ形状の説明図である。発現量が多いと、基本的にタンパク質の結合や、リン酸化等の反応が起こりやすいという理由から、発現量が多いと反応が起きると仮定した。逆に発現量が少ないと反応が起きにくいと仮定した。この仮定から、制御する側の発現量がupでエッジの種類がActibationならば、制御を受ける側の遺伝子の状態は活性upというルールとした。
【００４１】
［対象遺伝子の決定］  着目する遺伝子はユーザにより指定された場合、着目する遺伝子（図５（ａ）でいえばA）から制御される遺伝子（図５（ａ）でいえばB、C）を直接的に制御される遺伝子とし、この制御される遺伝子から制御される遺伝子（図５（ａ）でいえばD）を間接的に制御される遺伝子とする。以下、直接的に制御される遺伝子、間接的に制御される遺伝子から直接的又は間接的に制御される遺伝子（図５（ａ）でいえばE）も間接的に制御される遺伝子とする。すなわち、元を辿れば着目する遺伝子にいきつく遺伝子を直接的に又は間接的に制御される遺伝子とする。この場合、着目する遺伝子、直接的に制御される遺伝子、間接的に制御される遺伝子に対してのみ、組立処理、表示処理及びスコア処理を施すことにし、その他の遺伝子に対してはこれらの処理を施さないことにより、必要ない処理をすることなく迅速に表示を行うことができる。ここで、その他の遺伝子に対しては、パスウェイ図上でノードに発現情報を時点順で表示する処理のみを行う。さらに、ユーザに対して着目する遺伝子を指定した場合に、まず、着目する遺伝子、直接的に制御される遺伝子、間接的に制御される遺伝子を提示し、必要な遺伝子又は不必要な遺伝子を選択可能にすることもでき、ユーザが検証対象とする遺伝子のみに組立処理、表示処理及びスコア処理を施すことで、処理が早く施されるだけでなく、必要ない表示がなくなりユーザが検証をより円滑に進めることができる。
【００４２】
また、着目する遺伝子に関係する遺伝子のみに対して組立処理、表示処理及びスコア処理を施すことにし、その他の遺伝子に対してはこれらの処理を施さないことにより、必要ない処理をすることなく迅速に表示を行うことができ、また、スコア値から関係ないデータによる不必要なノイズを除去することが可能となる。着目する遺伝子に関係する遺伝子とは、着目する遺伝子から直接的及び間接的に制御される遺伝子、着目する遺伝子を直接的及び間接的に制御する遺伝子である。図１６では、本実施形態で用いたノードA、B、C、D、Eの他、S、T、U、V、W、X、Yのノードを加えている。この場合に、着目するノードAに関係するノードは、U、X、Yを除くノードであるS、T、V、W、B、C、D、Eとする。UとAにも関係はあるが、この場合の関係は対象にしない場合とする。図１４、図１５に示すように複数の関係があるため、ユーザが対象とする関係を指定してもよい。また、点線は着目する遺伝子のノード及び関係する遺伝子のノードを明示するものであり、パスウェイ図をディスプレイに表示する場合もかかる点線等を表示して関係を明示することで容易にユーザが理解することができる。
【００４３】
［指定遺伝子を通るルート検索］  着目する遺伝子以外に検証対象とする遺伝子をユーザが指定することもでき、この指定によりルート検索を行う場合に着目する遺伝子を通るだけでなく指定された遺伝子も含めたルートを求め、まず、ルート上の遺伝子の状態が決定され、ルート外の遺伝子の状態が既に決定されている遺伝子の状態に基づいて決定されるため、ユーザが指定した遺伝子を基準に他の遺伝子の状態が決定されることとなり、ユーザが指定した遺伝子を中心とした検証をすることができる。
【００４４】
［対象時点のユーザ指定による表示］  対象時点をユーザが指定することで、指定された対象時点に係るパスウェイ図のマーキング表示、スコア表示とすることで、ユーザが検証対象とした対象時点での表示の切り替えを実現することができる。この場合には、予め全ての時点を対象時点として求めていてもよいし、随時必要に応じて求める構成であってもよい。たとえば、図１１の時点の循環が示されている部分がディスプレイに表示されている場合に、ユーザが時点を選択することで選択された時点を対象時点として表示工程を実施する構成にすることができる。
【００４５】
［対象時点の自動順次指定によるアニメーション表示］  ユーザが対象時点を指定することなく、自動的に対象時点が所定間隔て指定される構成にすることもでき、それにより、順次パスウェイ図のマーキング表示、スコア表示が描画されるアニメーション表示を実現することができる。時系列にアニメーション表示がなされることで、ユーザがより容易に検証を行うことができる。
【００４６】
［スコア指定による表示］  スコアをユーザが指定することで、指定されたスコアが対応付いている発現情報の組み立てに関してマーキング表示することもでき、スコア値が高いものからユーザが選択してパスウェイ図を見ることで検証を容易に進めることができる。
【００４７】
［時点でなく化合物］  本実施形態では時点に関して説明したが、時点の代わりに遺伝子に加える化合物毎の発現情報を収集してデータベースに格納し、対象時点の代わりに対象化合物とし、各化合物に対してマーキング表示のための処理、スコアを求める処理を施す構成にすることもできる。さらに、化合物の各時点の化合物毎の発現情報を収集してデータベースに格納し、対象時点、対象化合物どちらも取り扱い可能に、各化合物及び各時点に対してマーキング表示のための処理、スコアを求める処理を施す構成にすることもできる。
【００４８】
［バッチによるログ出力］  本実施形態ではAを着目する遺伝子として例示したが、予めAないしEの全ての遺伝子に対して組立工程及びスコア工程をバッチ処理してログをディスプレイに表示する構成にすることもできる。そうすることで、例えば、高いスコアを有する発現情報の組み立てを選択し、パスウェイと実験値の検証を容易に行うことができる。
【００４９】
以上の前記各実施形態により本発明を説明したが、本発明の技術的範囲は実施形態に記載の範囲には限定されず、これら各実施形態に多様な変更又は改良を加えることが可能である。そして、かような変更又は改良を加えた実施の形態も本発明の技術的範囲に含まれる。このことは、特許請求の範囲及び課題を解決する手段からも明らかなことである。
【００５０】
上記実施例を含む実施形態に関し、更に以下の付記を開示する。
（付記１）  プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサが前記発現情報の組み立てをディスプレイに表示すると共に前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する表示工程とを含む発現情報の分析方法。
【００５１】
（付記２）  プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサが全てのタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物毎にディスプレイに表示すると共に前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程を含む発現情報の分析方法。
【００５２】
（付記３）  プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程を含む発現情報の解析方法。
【００５３】
（付記４）  プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、ユーザの時点・化合物の指定に応じて、当該ユーザの指定した時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程とを含む発現情報の解析方法。
【００５４】
（付記５）  プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、所定時間間隔で順次自動選択される時点・化合物に応じて、当該自動選択された時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する工程とを含む発現情報の解析方法。
【００５５】
（付記６）  プロセッサが対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立工程と、組み立てた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の数に基づいてスコアを演算するスコア工程とを含む発現情報の解析方法。
【００５６】
（付記７）  前記スコア工程でスコアを演算する場合に、前記発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の時点・化合物と着目するタンパク質・遺伝子の対象時点・化合物との差を加味してスコアを演算する
前記付記６に記載の発現情報の解析方法。
【００５７】
（付記８）  複数の時点・化合物をそれぞれ対象時点・化合物として前記組立工程及びスコア工程を実施し、プロセッサが前記発現情報の組み立て及び演算したスコアを対応付けてディスプレイに表示する工程と、プロセッサがパスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示する工程と、ユーザがディスプレイに表示されているスコアを指定した場合にユーザの指定したスコアに対応付いた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報をパスウェイの表示で強調表示する
前記付記６または７のいずれかに記載の発現情報の解析方法。
【００５８】
（付記９）  プロセッサに着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索工程と、プロセッサが当該ルート探索工程で探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定し、最長路のルート上のタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の状態を既に決定したタンパク質・遺伝子の状態に基づきパスウェイから決定する仮想タンパク質・遺伝子状態決定工程とを含み、
前記組立工程においてプロセッサがパスウェイの代わりに前記仮想タンパク質・遺伝子状態決定工程で決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる
前記付記１ないし８のいずれかに記載の発現情報の解析方法。
【００５９】
（付記１０）  プロセッサに着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索工程と、プロセッサが当該ルート探索工程で探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定する仮想ルートタンパク質・遺伝子状態決定工程とを含み、
前記組立工程においてプロセッサがパスウェイの代わりに仮想ルートタンパク質・遺伝子状態決定工程で決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる
前記付記１ないし８のいずれかに記載の発現情報の解析方法。
【００６０】
（付記１１）  前記ルート探索工程においてユーザが指定したタンパク質・遺伝子を経由した最長路のルートを探索する
前記付記９または１０に記載の発現情報の解析方法。
【００６１】
（付記１２）  着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子を特定するタンパク質・遺伝子特定工程をさらに含み、
前記タンパク質・遺伝子特定工程で特定されたタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子に関して前記各工程を実施する
前記付記１ないし１１のいずれかに記載の発現情報の解析方法。
【００６２】
（付記１３）  対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立手段と、パスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、所定時間間隔で順次自動選択される時点・化合物に応じて、当該自動選択された時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する手段とを含む発現情報の解析システム。
【００６３】
（付記１４）  対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立手段と、組み立てた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の数に基づいてスコアを演算するスコア手段とを含む発現情報の解析システム。
【００６４】
（付記１５）  着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索手段と、探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定し、最長路のルート上のタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の状態を既に決定したタンパク質・遺伝子の状態に基づきパスウェイから決定する仮想タンパク質・遺伝子状態決定手段とを含み、
前記組立手段においてパスウェイの代わりに前記仮想タンパク質・遺伝子状態決定手段により決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる
前記付記１３または１４に記載の発現情報の解析システム。
【００６５】
（付記１６）  コンピュータに、対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立手順と、パスウェイ及びタンパク質・遺伝子の発現情報からタンパク質・遺伝子が対応付いているノードにタンパク質・遺伝子の発現情報を時点・化合物順に対応付けてディスプレイに表示すると共に、所定時間間隔で順次自動選択される時点・化合物に応じて、当該自動選択された時点・化合物に関して前記発現情報の組み立ての中でパスウェイと合致するタンパク質・遺伝子の発現情報を強調表示する手順を実行させるための発現情報の解析プログラム。
【００６６】
（付記１７）  コンピュータに、対象時点・化合物の着目するタンパク質・遺伝子の発現情報をもとにパスウェイに合致するように着目するタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てる組立手順と、組み立てた発現情報の組み立ての中でパスウェイに合致するタンパク質・遺伝子の発現情報の数に基づいてスコアを演算するスコア手順を実行させるための発現情報の解析プログラム。
【００６７】
（付記１８）  コンピュータに、着目するタンパク質・遺伝子に関係するタンパク質・遺伝子及び着目するタンパク質・遺伝子内のルートのうち最長路のルートを探索するルート探索手順と、探索された最長路のルート上のタンパク質・遺伝子の状態をパスウェイから決定し、最長路のルート上のタンパク質・遺伝子以外のタンパク質・遺伝子の状態を既に決定したタンパク質・遺伝子の状態に基づきパスウェイから決定する仮想タンパク質・遺伝子状態決定手順を実行させ、
前記組立工程はプロセッサがパスウェイの代わりに前記仮想タンパク質・遺伝子状態決定工程で決定したタンパク質・遺伝子の状態に合致するようにタンパク質・遺伝子の発現情報を組み立てることによる
前記付記１６または１７に記載の発現情報の解析プログラム。
【図面の簡単な説明】
【００６８】
【図１】本発明の実施形態に係る分析方法の概要説明図である。
【図２】本発明の実施形態に係る分析方法に用いるシステム構成図の一例である。
【図３】本発明の実施形態に係るハードウェア構成の一例である。
【図４】本発明の実施形態に係る分析方法に用いるデータ構造と処理フローである。
【図５】本発明の実施形態に係る分析方法に用いるパスウェイ論理制御値情報の生成の具体説明図である。
【図６】図５(a)(b)(c)(d)の拡大図である。
【図７】図５(e)(f)の拡大図である。
【図８】本発明の実施形態に係る分析方法に用いるパスウェイ論理制御情報と実験値（遺伝子発現情報）との比較の具体説明図である。
【図９】図８(a)(b)(c)の拡大図である。
【図１０】図８(d)(e)(f)の拡大図である。
【図１１】本発明の実施形態に係る分析方法によるパスウェイグラフの表示の具体例である。
【図１２】図１１を明瞭化した図である。
【図１３】本発明の実施形態に係る分析方法のAを起点とした場合の各時点のパスウェイグラフの表示の具体例である。
【図１４】本発明の実施形態に係るエッジの種類と発現量変化、活性状態変化の対応表である。
【図１５】本発明の実施形態に係るエッジの種類、制御方式とエッジ形状の説明図である。
【図１６】本発明の実施形態に係る方法の処理対象の遺伝子の説明図である。
【図１７】従来のタイムコースグラムによる表示である。
【図１８】従来のパスウェイ図による表示である。
【符号の説明】
【００６９】
１０  データベースを構築している大型コンピュータ
２０  分析コンピュータ
２１  CPU
２２  メインメモリ
２３  ハードディスク
２４  CD-ROMドライブ
２５  ディスプレイ
２６  キーボード
２７  マウス
２８  LANカード
３０  検出コンピュータ
【図１】
2007011996.tif 000003
【図２】
2007011996.tif 000004
【図３】
2007011996.tif 000005
【図４】
2007011996.tif 000006
【図５】
2007011996.tif 000007
【図６】
2007011996.tif 000008
【図７】
2007011996.tif 000009
【図８】
2007011996.tif 000010
【図９】
2007011996.tif 000011
【図１０】
2007011996.tif 000012
【図１１】
2007011996.tif 000013
【図１２】
2007011996.tif 000014
【図１３】
2007011996.tif 000015
【図１４】
2007011996.tif 000016
【図１５】
2007011996.tif 000017
【図１６】
2007011996.tif 000018
【図１７】
2007011996.tif 000019
【図１８】
2007011996.tif 000020