(57)【要約】      （修正有）【課題】データベースに記載のＤＮＡに対応するｃＤＮＡクローンを容易に入手可能にするための、ＤＮＡとｃＤＮＡクローンの対応方法及びそれによって作製された表を提供すること。【解決手段】GeneChipデータベースの各ファイル内の塩基配列を用いて、ＦＡＮＴＯＭ  ＤＢに対し相同性検索を行う。相同性が検出されなかった塩基配列を用いて、第３のｃＤＮＡデータベースに対し相同性検索を行い、相同性が検出されたクローンの各塩基配列を用いて、ＦＡＮＴＯＭ  ＤＢに対し相同性検索を行う。いずれかの段階で相同性が検出されたＦＡＮＴＯＭ  ＤＢのファイルに対し、アミノ酸配列が含まれているかどうかを検索する。アミノ酸が検出されなかった各クローンを用い、第４のデータベースに対し、相同性検索を行い、相同性が検出されたクローンに対応するＦＡＮＴＯＭ  ＤＢのファイルにアミノ酸配列が含まれているかどうか、検索して、対応表を作製する。【選択図】  図２
2007041967.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、
第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、
第２のデータベース中に第１の塩基配列と相同性がある第２の塩基配列を含む第２のデータが見つかった場合、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べ、
第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させ、
第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、第１の塩基配列または第２の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第３のデータベース中に第１の塩基配列または第２の塩基配列と相同性がある第３の塩基配列を含んだデータが見つかった場合、第３のデータに第３の塩基配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第３のデータに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させる
ことを特徴とするデータ対応方法。
【請求項２】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、
第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、
第２のデータベース中に第１の塩基配列と相同性がある第２の塩基配列を含む第２のデータが見つかった場合、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べ、
第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させ、
第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、第１の塩基配列または第２の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第３のデータベース中に第１の塩基配列または第２の塩基配列と相同性がある第３の塩基配列を含んだデータが見つかった場合、第３のデータに第３の塩基配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第３のデータに該アミノ酸配列が含まれていなかった場合、第１の塩基配列、第２の塩基配列または第３の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第４のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第４のデータベース中に第１の塩基配列、第２の塩基配列、第３の塩基配列のいずれかに相同性がある第４の塩基配列を含む第４のデータが見つかった場合、第４のデータに少なくとも第４の塩基配列の一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第４のデータに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させる
ことを特徴とするデータ対応方法。
【請求項３】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、
第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、
第２のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある塩基配列を有するデータが見つからなかった場合、第１の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースに対し相同性検索を行い、
第５のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある第５の塩基配列を含む第５のデータが見つかった場合、第５の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行い、
第２のデータベース中に第５のデータに含まれる塩基配列に相同性がある第６の塩基配列を含む第６のデータが見つかった場合、第５のデータか第６のデータのいずれかにアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第５のデータか第６のデータのいずれかに第５の塩基配列または第２の塩基配列のいずれかの少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第６のデータを第１のデータに対応させる
ことを特徴とするデータ対応方法。
【請求項４】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、
第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、
第２のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある塩基配列を有するデータが見つからなかった場合、第１の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースに対し相同性検索を行い、
第５のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある第５の塩基配列を含む第５のデータが見つかった場合、第５の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行い、
第２のデータベース中に第５のデータに含まれる塩基配列に相同性がある塩基配列を含むデータが見つからなかった場合、第５の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第６のデータベースに対し相同性検索を行い、
第６のデータベース中に第５の塩基配列に相同性がある第７の塩基配列を含む第７のデータが見つかった場合、第７の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行い、
第２のデータベース中に第７の塩基配列に相同性がある第２の塩基配列を含む第８のデータが見つかった場合、第５のデータ、第７のデータ、第８のデータのいずれかに第５の塩基配列、第７の塩基配列、第８の塩基配列のいずれかの少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第５のデータ、第７のデータ、第８のデータのいずれかに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第７のデータを第１のデータに対応させる
ことを特徴とするデータ対応方法。
【請求項５】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、
第１のデータベースの第１のデータに含まれる塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、
（１）第２のデータベース中に第１の塩基配列と相同性がある第２の塩基配列を含む第２のデータが見つかった場合、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べ、
第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させ、
第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、第１の塩基配列または第２の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第３のデータベース中に第１の塩基配列または第２の塩基配列と相同性がある第３の塩基配列を含んだデータが見つかった場合、第３のデータに第３の塩基配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第３のデータに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させ、
（２）第２のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある塩基配列を有するデータが見つからなかった場合、第１の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースに対し相同性検索を行い、
第５のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある第５の塩基配列を含む第５のデータが見つかった場合、第５の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行い、
第２のデータベース中に第５のデータに含まれる塩基配列に相同性がある第６の塩基配列を含む第６のデータが見つかった場合、第５のデータか第６のデータのいずれかに、第５の塩基配列または第６の塩基配列のいずれかの少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、該アミノ酸が含まれていた場合、第６のデータを第１のデータに対応させる
ことを特徴とするデータ対応方法。
【請求項６】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、
第１のデータベースの第１１のデータに含まれる第１１の塩基配列と相同性を有する第１２の塩基配列を含む、第２のデータベースの第１２のデータと、前記第１１のデータとを対応させる工程と、
第１のデータベースの第１３のデータに含まれる第１３の塩基配列と相同性を有する第１４の塩基配列を含み、第１４の塩基配列がコードするアミノ酸配列を含んでいない、第２のデータベースの第１４のデータであって、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースに、第１４の塩基配列と相同性を有する第１５の塩基配列と、第１５の塩基配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列を含んでいる第３のデータが存在するような第１４のデータと、前記第１３のデータとを対応させる工程と、
を包含し、
前記第１１のデータまたは第１２のデータが、少なくとも第１１の塩基配列または第１２の塩基配列の一部をコードするアミノ酸配列を含むことを特徴とするデータ対応方法。
【請求項７】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、
第１のデータベースの第１６のデータに含まれる第１６の塩基配列と相同性を有しない第２．３の塩基配列を含む、第２のデータベースの第１７のデータであって、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースの第５のデータに含まれ、第１６の塩基配列と相同性を有する第５の塩基配列と相同性を有する第１７の塩基配列を含む第１７のデータと、前記第１６のデータを、第１６のデータと第１７のデータのいずれかが第１６の核酸配列または第１７の核酸配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列を含んでいる場合、対応させる工程と、
を包含することを特徴とするデータ対応方法。
【請求項８】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、
第１のデータベースの第１１のデータに含まれる第１１の塩基配列と相同性を有する第１２の塩基配列を含む、第２のデータベースの１２のデータと、前記第１１のデータとを対応させる工程と、
第１のデータベースの第１３のデータに含まれる第１３の塩基配列と相同性を有する第１４の塩基配列を含み、第１４の塩基配列がコードするアミノ酸配列を含んでいない、第２のデータベースの第１４のデータであって、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースに、第１４の塩基配列と相同性を有する第１５の塩基配列と、第１５の塩基配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列を含んでいる第３のデータが存在するような第１４のデータと、前記第１３のデータを対応させる工程と、
第１のデータベースの第１６のデータに含まれる第１６の塩基配列と相同性を有しない第１７の塩基配列を含む、第２のデータベースの第１７のデータであって、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースの第５のデータに含まれ、第１６の塩基配列と相同性を有する第５の塩基配列と相同性を有する第１７の塩基配列を含む第１７のデータと、前記第１６のデータを、第１６のデータあるいは第１７のデータのいずれかが第１６の核酸配列あるいは第１．７の核酸配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列を含んでいる場合、対応させる工程と、
を包含し、
前記第１のデータまたは第２のデータが、少なくとも第１の塩基配列または第２の塩基配列の一部をコードするアミノ酸配列を含むことを特徴とする対応方法。することを特徴とするデータ対応方法。
【請求項９】
第１のデータベースに含まれる前記データに記載のＤＮＡがＤＮＡチップ上のＤＮＡプローブであることを特徴とする請求項１〜８のいずれかに記載のデータ対応方法。
【請求項１０】
第２のデータベースをＦＡＮＴＯＭ  ＤＢとすることを特徴とする請求項１〜９のいずれかに記載のデータ対応方法。
【請求項１１】
第１のデータベースのデータに含まれる第１の塩基配列が、第３のデータベースのデータに含まれる塩基配列と、異なる生物種由来であることを特徴とする請求項１または２に記載のデータ対応方法。
【請求項１２】
第１のデータベースのデータに含まれる塩基配列が、第４のデータベースのデータに含まれる塩基配列と、異なる生物種由来であることを特徴とする請求項２に記載のデータ対応方法。
【請求項１３】
第１のデータベースのデータに含まれる塩基配列が、第５のデータベースのデータに含まれる塩基配列と、異なる生物種由来であることを特徴とする請求項３または４に記載のデータ対応方法。
【請求項１４】
第１のデータベースのデータに含まれる塩基配列が、第６のデータベースのデータに含まれる塩基配列と、異なる生物種由来であることを特徴とする請求項４に記載のデータ対応方法。
【請求項１５】
コンピュータに、請求項１〜１４のいずれかに記載のデータ対応方法を実行させるプログラム。
【請求項１６】
請求項１５に記載のプログラムを記録した、コンピュータが読み取り可能な記録媒体。
【請求項１７】
各ＤＮＡプローブの塩基配列を含んだデータが第１のデータベースに集積されているＤＮＡチップ上の前記ＤＮＡプローブと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているｃＤＮＡライブラリーに含まれる前記ｃＤＮＡクローンを対応させるＤＮＡ対応方法であって、
請求項１〜１４のいずれかに記載のデータ対応方法によって、前記ＤＮＡプローブの塩基配列を含む、第１のデータベースの第１のデータと、前記ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含む、第２のデータベースの第２のデータとを対応させることにより、前記ＤＮＡプローブと前記ｃＤＮＡクローンとを対応させることを特徴とするＤＮＡ対応方法。
【請求項１８】
ＤＮＡと、ｃＤＮＡライブラリーに含まれるｃＤＮＡクローンとの対応表を作製する作製方法であって、
請求項１７に記載の方法によって、前記ＤＮＡと前記ｃＤＮＡクローンを対応させて作製することを特徴とする作製方法。
【請求項１９】
コンピュータに、請求項１８の作製方法を実行させるプログラム。
【請求項２０】
請求項１９に記載のプログラムを記録した、コンピュータが読み取り可能な記録媒体。
【請求項２１】
請求項１８に記載の対応表を記録した、コンピュータが読み取り可能な記録媒体。
【請求項２２】
請求項１７に記載の方法によって、前記ＤＮＡと前記ｃＤＮＡクローンを対応させる工程と、
対応した前記ＤＮＡと前記ｃＤＮＡクローンの対応表を記録した記録媒体を製造する工程と、
を包含する記録媒体製造方法。
【請求項２３】
請求項２２に記載の記録媒体。
【請求項２４】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれる前記ＤＮＡと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているｃＤＮＡライブラリーに含まれる前記ｃＤＮＡクローンとの対応表を記録した記録媒体。
【請求項２５】
第１のデータベースに含まれる前記ＤＮＡがＤＮＡチップ上のＤＮＡプローブであることを特徴とする請求項２４に記載の記録媒体。
【請求項２６】
コンピュータが読み取り可能であることを特徴とする請求項２３〜２５のいずれかに記載の記録媒体。
【請求項２７】
紙媒体であることを特徴とする請求項２３〜２５のいずれかに記載の記録媒体。
【請求項２８】
ＤＮＡチップと、前記ＤＮＡチップ上のプローブとｃＤＮＡライブラリーに含まれるｃＤＮＡクローンとを対応させた対応表を記録した記録媒体と、を含有したキット。
【請求項２９】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースを記憶した第１のユーザ端末、及びｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが集積されている第２のデータベースを記憶した第２のユーザ端末と通信可能に接続し、
第１のデータベース及び第２のデータベースを記憶し、
第１のユーザ端末から送信された、第１のデータベースに含まれる第１のデータのＩＤ番号を受信し、
第２のユーザ端末に、第２のデータベースに含まれる第２のデータのＩＤ番号を返信するｃＤＮＡ検索サービス提供サーバであって、
第１の前記ユーザ端末から送信されたＩＤ番号を有する第１のデータを、請求項１〜１４のいずれかに記載の対応方法によって第２のデータに対応させ、該第２のデータのＩＤ番号を、第２の前記ユーザ端末に返信することを特徴とするｃＤＮＡ検索サービス提供サーバ。
【請求項３０】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースを記憶した第１のユーザ端末、及びｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが集積されている第２のデータベースを記憶した第２のユーザ端末と通信可能に接続し、
第１のデータベース及び第２のデータベースを記憶しているｃＤＮＡ検索サービス提供サーバが、
第１の前記ユーザ端末から送信された、第１のデータベースに含まれる第１のデータのＩＤ番号を受信し、第２の前記ユーザ端末に、第２のデータベースに含まれる第２のデータのＩＤ番号を返信するｃＤＮＡ検索サービス提供方法であって、
第１の前記ユーザ端末から送信されたＩＤ番号を有する第１のデータに対し、請求項１〜１４のいずれかに記載の対応方法によって第２のデータに対応させ、該第２のデータのＩＤ番号を、第２のユーザ端末に返信することを特徴とするｃＤＮＡ検索サービス提供方法。
【請求項３１】
コンピュータに、請求項３０のｃＤＮＡ検索サービス提供方法を実行させるプログラム。
【請求項３２】
請求項３１に記載のプログラムを記録した、コンピュータが読み取り可能な記録媒体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、データベース間の対応方法、対応表作製方法、及びそれらの方法をコンピュータに実行させるプログラム、データベース間の対応表、及び対応表を記録した記録媒体、並びにｃＤＮＡ検索サービス提供方法及びｃＤＮＡ検索サービス提供サーバに関する。
【背景技術】
【０００２】
近年、多数のＤＮＡチップが開発されてきた。例えばＤＮＡチップの場合、チップ本体に多数のオリゴヌクレオチドあるいはｃＤＮＡなどのプローブが固定化されており、標識したＤＮＡやＲＮＡなどのターゲットをハイブリダイズさせ、ターゲットに結合した標識を検出することにより、ターゲットのプローブ特異的結合を特定することができる。
【０００３】
市販のＤＮＡチップには、各プローブの塩基配列を含んだデータベースが公開されているものがあり、プローブを特定すれば、その塩基配列はわかるようになっている。  
しかし、ＤＮＡチップ上のプローブの塩基配列が明らかになったところで、すぐにｃＤＮＡが得られるわけではない。対応するｃＤＮＡを単離するためには、例えば、その塩基配列を有するオリゴヌクレオチドプローブを用いて、ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングする手段が考えられる。
【０００４】
一方、最近では、各ｃＤＮＡの塩基配列が公開された大規模なｃＤＮＡライブラリー（例えば、特許文献１〜１２参照）が市販されている（例えば、ＤＮＡＦＯＲＭ社ＦＡＮＴＯＭ）。このようなライブラリーの塩基配列ベースに対し、特定されたプローブの塩基配列を用いて相同検索することにより、プローブに対応するｃＤＮＡクローンを入手することができる。
【特許文献１】公開特許公報  特開２００４−２２９６３９
【特許文献２】公開特許公報  特開２００４−２２９６４０
【特許文献３】公開特許公報  特開２００４−２２９６４１
【特許文献４】公開特許公報  特開２００４−２２９６４２
【特許文献５】公開特許公報  特開２００４−２２９６４３
【特許文献６】公開特許公報  特開２００４−２２９６４４
【特許文献７】公開特許公報  特開２００４−２２９６４６
【特許文献８】公開特許公報  特開２００４−２２９６４８
【特許文献９】公開特許公報  特開２００４−２２９６４９
【特許文献１０】公開特許公報  特開２００４−２２９６５０
【特許文献１１】公開特許公報  特開２００４−２２９６５１
【特許文献１２】公開特許公報  特開２００４−２２９６５２
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
しかしながら、ｃＤＮＡライブラリーの塩基配列ベースには、かなり配列の誤りがあり、そのためアミノ酸配列が決定されていなかったり、配列が部分的であるため、プローブと同じ遺伝子上にあるにもかかわらず、プローブと重なりが無かったりして、実際に特定されたプローブに対応するｃDNAを同定できなかったり、プローブがコードするタンパク質を同定できなかったりすることも多い。
【０００６】
そこで、本発明は、ＤＮＡチップ上のＤＮＡプローブのような、データベースに記載のＤＮＡに対応するｃＤＮＡクローンを容易に入手可能にするための、ＤＮＡとｃＤＮＡクローンの対応方法と、その対応方法を用いたデータ対応方法、ＤＮＡとｃＤＮＡクローンの対応表、対応表を記録した記録媒体、及びその対応表を効率よく作製する方法、並びにその方法を実行するプログラム、そのプログラムを記録した記録媒体を提供することを目的とする。また、そのデータ対応方法を利用したｃＤＮＡ検索サービス提供サーバ、ｃＤＮＡ検索サービス提供方法、その方法を実行するプログラム、及びそのプログラムを記録した記録媒体を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明の一つの実施態様にかかるデータ対応方法は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第２のデータベース中に第１の塩基配列と相同性がある第２の塩基配列を含む第２のデータが見つかった場合、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べ、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させ、第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、第１の塩基配列または第２の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第３のデータベース中に第１の塩基配列または第２の塩基配列と相同性がある第３の塩基配列を含んだデータが見つかった場合、第３のデータに第３の塩基配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第３のデータに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させることを特徴とするデータ対応方法である。
【０００８】
本発明の他の実施態様にかかるデータ対応方法は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第２のデータベース中に第１の塩基配列と相同性がある第２の塩基配列を含む第２のデータが見つかった場合、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べ、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させ、第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、第２の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第３のデータベース中に第２の塩基配列と相同性がある第３の塩基配列を含んだデータが見つかった場合、第３のデータに第３の塩基配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第３のデータに該アミノ酸配列が含まれていなかった場合、第１の塩基配列、第２の塩基配列または第３の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第４のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第４のデータベース中に第１の塩基配列、第２の塩基配列、第３の塩基配列のいずれかに相同性がある第４の塩基配列を含む第４のデータが見つかった場合、第４のデータに少なくとも第４の塩基配列の一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第４のデータに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させることを特徴とするデータ対応方法である。
【０００９】
さらに、他の実施態様にかかるデータ対応方法は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第２のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある塩基配列を有するデータが見つからなかった場合、第１の塩基配列または第２の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースに対し相同性検索を行い、第５のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある第５の塩基配列を含む第５のデータが見つかった場合、第５の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行い、第２のデータベース中に第５のデータに含まれる塩基配列に相同性がある第６の塩基配列を含む第６のデータが見つかった場合、第５のデータか第６のデータのいずれかにアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第５のデータか第６のデータのいずれかに第５の塩基配列または第６の塩基配列のいずれかの少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第６のデータを第１のデータに対応させることを特徴とするデータ対応方法である。
【００１０】
ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第２のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある塩基配列を有するデータが見つからなかった場合、第１の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースに対し相同性検索を行い、第５のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある第５の塩基配列を含む第５のデータが見つかった場合、第５の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行い、第２のデータベース中に第５のデータに含まれる塩基配列に相同性がある塩基配列を含むデータが見つからなかった場合、第５の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第６のデータベースに対し相同性検索を行い、第６のデータベース中に第５の塩基配列に相同性がある第７の塩基配列を含む第７のデータが見つかった場合、第７の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行い、第２のデータベース中に第７の塩基配列に相同性がある第８の塩基配列を含む第８のデータが見つかった場合、第５のデータ、第７のデータ、第８のデータのいずれかに第５の塩基配列、第７の塩基配列、または第８の塩基配列のいずれかの少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第５のデータ、第７のデータ、第８のデータのいずれかに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第７のデータを第１のデータに対応させることを特徴とするデータ対応方法である。
【００１１】
さらに、他の実施態様にかかる対応方法は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、第１のデータベースの第１のデータに含まれる塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、
（１）第２のデータベース中に第１の塩基配列と相同性がある第２の塩基配列を含む第２のデータが見つかった場合、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べ、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させ、第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、第２の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行い、第３のデータベース中に第２の塩基配列と相同性がある第３の塩基配列を含んだデータが見つかった場合、第３のデータに第３の塩基配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第３のデータに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させ、
（２）第２のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある塩基配列を有するデータが見つからなかった場合、第１の塩基配列または第２の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースに対し相同性検索を行い、第５のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある第５の塩基配列を含む第５のデータが見つかった場合、第５の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行い、第２のデータベース中に第５のデータに含まれる塩基配列に相同性がある第６の塩基配列を含む第６のデータが見つかった場合、第５のデータか第６のデータのいずれかにアミノ酸配列が含まれているかどうか調べて、第５のデータか第６のデータのいずれかに第５の塩基配列または第６の塩基配列のいずれかの少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第６のデータを第１のデータに対応させることを特徴とするデータ対応方法である。
【００１２】
さらに、他の実施形態にかかる対応方法は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、第１のデータベースの第１１のデータに含まれる第１１の塩基配列と相同性を有する第１２の塩基配列と、第１２の塩基配列がコードするアミノ酸配列とを含んでいる、第２のデータベースの第１２のデータと、前記第１１のデータとを対応させる工程と、第１のデータベースの第１３のデータに含まれる第１３の塩基配列と相同性を有する第１４の塩基配列を含み、第１４の塩基配列がコードするアミノ酸配列を含んでいない、第２のデータベースの第１４のデータであって、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースに、第１４の塩基配列と相同性を有する第１５の塩基配列と、第１５の塩基配列をコードするアミノ酸配列を含んでいる第１５のデータが存在するような第１４のデータと、前記第１３のデータを対応させる工程と、を包含することを特徴とするデータ対応方法である。
【００１３】
さらに、他の実施態様にかかる対応方法は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、第１のデータベースの第１６のデータに含まれる第１６の塩基配列と相同性を有しない第１７の塩基配列を含む、第２のデータベースの第１７のデータであって、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースの第１８のデータに含まれ、第１６の塩基配列と相同性を有する第１８の塩基配列と相同性を有する第１７の塩基配列を含む第１７のデータと、前記第１６のデータを、第１６のデータあるいは第１７のデータのいずれかが第１６の核酸配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列あるいは第１７の核酸配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列を含んでいる場合、対応させる工程と、を包含することを特徴とするデータ対応方法である。
【００１４】
さらに、他の実施態様にかかる対応方法は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれるデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているデータを対応させるデータ対応方法であって、第１のデータベースの第１１のデータに含まれる第１１の塩基配列と相同性を有する第１２の塩基配列と、第１２の塩基配列がコードするアミノ酸配列とを含んでいる、第２のデータベースの第１２のデータと、前記第１１のデータとを対応させる工程と、第１のデータベースの第１３のデータに含まれる第１３の塩基配列と相同性を有する第１４の塩基配列を含み、第１４の塩基配列がコードするアミノ酸配列を含んでいない、第２のデータベースの第１４のデータであって、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースに、第１４の塩基配列と相同性を有する第１５の塩基配列と、第１５の塩基配列をコードするアミノ酸配列を含んでいる第１５のデータが存在するような第１４のデータと、前記第１３のデータを対応させる工程と、第１のデータベースの第１６のデータに含まれる第１６の塩基配列と相同性を有しない第１７の塩基配列を含む、第２のデータベースの第１７のデータであって、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースの第１８のデータに含まれ、第１６の塩基配列と相同性を有する第１８の塩基配列と相同性を有する第１７の塩基配列を含む第１７のデータと、前記第１６のデータを、第１６のデータあるいは第１７のデータのいずれかが第１６の核酸配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列あるいは第１７の核酸配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列を含んでいる場合、対応させる工程と、を包含することを特徴とするデータ対応方法である。
【００１５】
上記いずれのデータ対応方法においても、第１のデータベースに含まれる前記データに記載のＤＮＡがＤＮＡチップ上のＤＮＡプローブであってもよい。また、第２のデータベースをＦＡＮＴＯＭ（ＤＮＡＦＯＲＭ社）クローンのデータベース（以下、ＦＡＮＴＯＭ  ＤＢと表記）としてもよい。また、上記対応方法において、第１のデータベースのデータに含まれる第１の塩基配列が、第３ないし６のデータベースのデータに含まれる塩基配列と、異なる生物種由来であってもよい。
【００１６】
本発明にかかるプログラムは、コンピュータに、上記いずれかのデータ対応方法を実行させるプログラムである。また、本発明にかかるコンピュータが読み取り可能な記録媒体は、このプログラムを記録した記録媒体である。
【００１７】
本発明にかかるＤＮＡ対応方法は、各ＤＮＡプローブの塩基配列を含んだデータが第１のデータベースに集積されているＤＮＡチップ上の前記ＤＮＡプローブと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているｃＤＮＡライブラリーに含まれる前記ｃＤＮＡクローンを対応させるＤＮＡ対応方法であって、上記いずれかに記載のデータ対応方法によって、前記ＤＮＡプローブの塩基配列を含む、第１のデータベースの第１のデータと、前記ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含む、第２のデータベースの第２のデータとを対応させることにより、前記ＤＮＡプローブと前記ｃＤＮＡクローンとを対応させることを特徴とするＤＮＡ対応方法である。
【００１８】
本発明にかかる対応表作製方法は、ＤＮＡと、ｃＤＮＡライブラリーに含まれるｃＤＮＡクローンとの対応表を作製する作製方法であって、上記ＤＮＡ対応方法によって、前記プローブと前記ｃＤＮＡクローンを対応させて作製することを特徴とする作製方法である。前記ＤＮＡがＤＮＡチップ上のＤＮＡプローブであってもよい。本発明にかかるプログラムは、コンピュータに、この作製方法を実行させるプログラムである。また、本発明にかかるコンピュータが読み取り可能な記録媒体は、このプログラムまたは対応表を記録した記録媒体である。
【００１９】
本発明にかかる記録媒体製造方法は、上記いずれかの方法によって、前記ＤＮＡと前記ｃＤＮＡクローンを対応させる工程と、対応した前記ＤＮＡと前記ｃＤＮＡクローンの対応表を記録した記録媒体を製造する工程と、を包含する記録媒体製造方法である。また、本発明の記録媒体は、この対応した前記ＤＮＡと前記ｃＤＮＡクローンの対応表を記録した記録媒体である。前記ＤＮＡがＤＮＡチップ上のＤＮＡプローブであってもよい。
【００２０】
本発明にかかる記録媒体は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれる前記ＤＮＡと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているｃＤＮＡライブラリーに含まれる前記ｃＤＮＡクローンとの対応表を記録した記録媒体である。この記録媒体は、コンピュータが読み取り可能であっても、紙媒体であってもよい。前記ＤＮＡがＤＮＡチップ上のＤＮＡプローブであってもよい。
【００２１】
本発明にかかるキットは、ＤＮＡチップと、前記ＤＮＡチップ上のプローブとｃＤＮＡライブラリーに含まれるｃＤＮＡクローンとを対応させた対応表を記録した記録媒体と、を含有したキットである。
【００２２】
さらに、本発明にかかるデータ対応方法は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースに含まれる第１のデータと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されている第２のデータとを対応させるデータ対応方法であって、上記いずれかに記載の前記ＤＮＡと前記ｃＤＮＡクローンの対応方法によって、前記第１のデータに含まれている塩基配列を有するＤＮＡと、前記第２のデータに含まれている塩基配列を有するｃＤＮＡクローンを対応させることにより、前記第１のデータと前記第２のデータを対応させることを特徴とする。
【００２３】
また、本発明にかかるｃＤＮＡ検索サービス提供サーバは、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースを記憶した第１のユーザ端末、及びｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが集積されている第２のデータベースを記憶した第２のユーザ端末と通信可能に接続し、第１のデータベース及び第２のデータベースを記憶し、第１のユーザ端末から送信された、第１のデータベースに含まれる第１のデータのＩＤ番号を受信し、第２のユーザ端末に、第２のデータベースに含まれる第２のデータのＩＤ番号を返信するｃＤＮＡ検索サービス提供サーバであって、第１の前記ユーザ端末から送信されたＩＤ番号を有する第１のデータを、上記いずれかのデータ対応方法によって第２のデータに対応させ、該第２のデータのＩＤ番号を、第２の前記ユーザ端末に返信することを特徴とする。
【００２４】
また、本発明にかかるｃＤＮＡ検索サービス提供方法は、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースを記憶した第１のユーザ端末、及びｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが集積されている第２のデータベースを記憶した第２のユーザ端末と通信可能に接続し、第１のデータベース及び第２のデータベースを記憶しているｃＤＮＡ検索サービス提供サーバが、第１の前記ユーザ端末から送信された、第１のデータベースに含まれる第１のデータのＩＤ番号を受信し、第２の前記ユーザ端末に、第２のデータベースに含まれる第２のデータのＩＤ番号を返信するｃＤＮＡ検索サービス提供方法であって、第１の前記ユーザ端末から送信されたＩＤ番号を有する第１のデータに対し、上記いずれかのデータ対応方法によって第２のデータに対応させ、該第２のデータのＩＤ番号を、第２のユーザ端末に返信することを特徴とする。さらに、本発明にかかるプログラムは、コンピュータに、上記ｃＤＮＡ検索サービス提供方法を実行させる。また、本発明にかかる記録媒体は、このプログラムを記録した、コンピュータが読み取り可能な記録媒体である。
【発明の効果】
【００２５】
本発明によって、データベースに記載のＤＮＡに対応するｃＤＮＡクローンを容易に入手可能にするための、ＤＮＡとｃＤＮＡクローンの対応方法と、その対応方法を用いたデータ対応方法、ＤＮＡとｃＤＮＡクローンの対応表、対応表を記録した記録媒体、及びその対応表を効率よく作製する方法、並びにその方法を実行するプログラム、そのプログラムを記録した記録媒体を提供できる。また、そのデータ対応方法を利用したｃＤＮＡ検索サービス提供サーバ、ｃＤＮＡ検索サービス提供方法、その方法を実行するプログラム、及びそのプログラムを記録した記録媒体を提供できる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２６】
＝＝データベースに関して＝＝
本発明の一実施形態は、データベースに含まれる塩基配列を有するＤＮＡとｃＤＮＡライブラリー中のｃＤＮＡクローンとを対応付ける対応方法である。
【００２７】
以下、ＤＮＡがＤＮＡチップ上のＤＮＡプローブであって、このデータベースが、そのＤＮＡプローブに関するデータを集積したものである場合を例にして説明するが、それはデータベースの一例であって、このデータベースは、例えば組織特異的に発現しているＤＮＡの塩基配列を含むデータを集積したデータベースなど、特に限定されない。
【００２８】
例えば、実験に用いるＤＮＡチップに対して、チップ上に固定化されている各ＤＮＡプローブに対する、その塩基配列、そのＤＮＡプローブがコードするアミノ酸配列、アミノ酸配列から推測されるタンパク質データ（タンパク質の名称、性質、など）などのデータが集積された第１のデータベースをあらかじめ用意する。このようなＤＮＡチップは、本発明を実施する者が作製してもよく、データベースが付属した市販のＤＮＡチップを利用してもよい。多くのＤＮＡプローブに対し、塩基配列が得られたチップであればどのようなものでもよく、ＤＮＡプローブの種類にはかかわらない。例えば固定化されたＤＮＡがオリゴヌクレオチドであっても、ｃＤＮＡであってもよい。また、ＤＮＡの由来は、どんな生物種であってもよく、人工的配列でもよい。例えば、市販のものとして、GeneChip（アフィメトリクス社の登録商標）、オリゴＤＮＡマイクロアレイ（Agilent technokogy社）、CodeLinkTM Bioarray（Amersham Bioscience社）、Ace Gene（ＤＮＡチップ研究所）などが入手可能である。
【００２９】
このようなチップに対し、様々な目的でアッセイが行われ、各実験者の目的に沿ったプローブが特定される。このプローブの由来となる遺伝子のｃＤＮＡを得るためのｃＤＮＡライブラリーについては、各クローンに対する、その塩基配列、そのクローンがコードするアミノ酸配列、アミノ酸配列から推測されるタンパク質データ（タンパク質の名称、性質、など）などのデータが集積された第２のデータベースが用意される。このようなｃＤＮＡライブラリーは、本発明を実施する者が作製してもよく、市販のｃＤＮＡライブラリーを利用してもよい。例えば、ＦＡＮＴＯＭ、ResGenTM（InVitrogen社）、I.M.A.G.E.Consortium cDNAなどが利用できる。
【００３０】
第１のデータベースや第２のデータベースに含まれる塩基配列、アミノ酸配列、タンパク質データなどは、現実的に、不完全であることが多い。それは、そのデータに対応するＤＮＡやタンパク質が新規であったり、塩基配列に読み間違いがあったり、ＤＮＡが人工的なオリゴヌクレオチドであったりするからである。本実施形態では、例えば、第２のデータベースのデータに含まれる核酸配列に誤りがあり、アミノ酸配列が特定されていないような場合であっても、第１のデータベースのデータに対応する第２のデータベースのデータと共に、アミノ酸配列やタンパク質の性状も特定可能になる。
【００３１】
このようなデータベースに含まれる塩基配列を有するＤＮＡとｃＤＮＡライブラリー中のｃＤＮＡクローンとを対応付けるために、以下のような方法を行うプログラムを作成し、コンピュータに実行させる。
【００３２】
なお、以下のプログラムに関し、相同性検索などの部分プログラムは、プログラムに検索プログラムを備えてもよく、インターネット上にある検索プログラムにアクセスして、それを利用するようにしてもよい。後者の場合、検索能力の点でblastを用いるのが好ましい。
【００３３】
＝＝データ対応方法の一例＝＝
まず、第１のデータベースに含まれる塩基配列を有するＤＮＡに関するデータとｃＤＮＡクローンに関するデータを対応させるデータ対応方法の一例を、図１のフローチャートを用いて詳細に説明する。
【００３４】
（１）第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行う（S102）。相同性のレベルは、特に限定されず、例えば、対応させたいもの同士が同一遺伝子の場合、相同性レベルを１００％近くにすればよく、異なる種で対応させたいときは、相同性レベルを下げてもよい。
【００３５】
（２）（１）において第２のデータベース中に第１の塩基配列と相同性がある第２の塩基配列を含む第２のデータが見つかった場合、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べる（S104）。
【００３６】
（３）（２）において第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させる（S106）。この時、第１のデータまたは第２のデータから完全長ｃＤＮＡが得られ、完全なアミノ酸配列が得られるのが最も好ましいが、ｃＤＮＡは部分配列でも構わないし、アミノ酸配列も部分的であっても構わない。
【００３７】
（４）（２）において第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、第１の塩基配列または第２の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第３のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行う（S108）。第３のデータベースを検索する目的の一つは、例えば第１の塩基配列及び／または第２の塩基配列に誤りがあり、アミノ酸配列が特定できないような場合、他のデータベースを検索することにより、正しい塩基配列とアミノ酸配列が記載されたデータを見つけることができ、それにより、実際にはタンパク質をコードしている遺伝子の一部であるＤＮＡプローブが、第１のデータベース及び第２のデータベース中にアミノ酸配列が見つからないからといって、見落とされてしまう危険性を減少させることができる。ここで、第３のデータベースは、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積したデータベースであれば、限定されない。ｃＤＮＡの由来になる生物種も限定されず、第１のデータベースが作成されている生物種と同じでも構わないが、第１のデータベースと異なる生物種のデータベースを用いることにより、第１のデータベースが作成されている生物種ではクローニングされていないような遺伝子も扱うことができ、より広い範囲の検索をすることができるようになる。
【００３８】
（５）（４）において第３のデータベース中に第１の塩基配列または第２の塩基配列と相同性がある第３の塩基配列を含んだデータが見つかった場合、第３のデータに第３の塩基配列の少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べる（S110）。
【００３９】
（６）（５）において第３のデータに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させる（S106）。このようにして、第１のデータ及び第２のデータ中にアミノ酸配列が見つからなくても、第３のデータベースから、それらのデータに対応するアミノ酸配列を得ることが可能になる。
【００４０】
（７）（５）において第３のデータに該アミノ酸配列が含まれていなかった場合、第１の塩基配列、第２の塩基配列、あるいは第３の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第４のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行う（S112）。第４のデータベースも、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積したデータベースであれば、限定されない。ｃＤＮＡの由来になる生物種も限定されず、第１のデータベースや第３のデータベースが作成されている生物種と同じでも異なっていても構わないが、例えば、第３のデータベースとして第１のデータベースと同じ生物種のデータベースを用い、第４のデータベースとして第１のデータベースと異なる生物種のデータベースを用いることにより、第１の塩基配列や第２の塩基配列を相同性のある塩基配列を、より広範に検索をすることができるようになる。
【００４１】
（８）（７）において第４のデータベース中に第１の塩基配列、第２の塩基配列、第３の塩基配列のいずれかに相同性がある第４の塩基配列を含む第４のデータが見つかった場合、第４のデータに少なくとも第４の塩基配列の一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べる（S114）。
【００４２】
（９）（８）において第４のデータに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させる（S106）。このようにして、第１のデータ及び第２のデータ及び第３のデータ中にアミノ酸配列が見つからなくても、第４のデータベースから、それらのデータに対応するアミノ酸配列を得ることが可能になる。
【００４３】
（１０）（１）において第２のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある塩基配列を有するデータが見つからなかった場合、第１の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第５のデータベースに対し相同性検索を行う(S116)。これは、例えば、第１のデータベースと第２のデータベースに同じ遺伝子由来のＤＮＡ断片があり、それらがたまたま重なっていないために同じ遺伝子由来であることが認識されなかった場合、それらの断片にまたがるＤＮＡ断片を、他のデータベース（ここでは、第５のデータベース）から探すこと等を目的としている。
【００４４】
（１１）（１０）において第５のデータベース中に第１の塩基配列に相同性がある第５の塩基配列を含む第５のデータが見つかった場合、第５の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行う(S118)。
【００４５】
（１２）（１１）において第２のデータベース中に第５のデータに含まれる塩基配列に相同性がある第６の塩基配列を含む第６のデータが見つかった場合、第１のデータ、第５のデータ、第６のデータのいずれかにアミノ酸配列が含まれているかどうか調べる（S120）。
【００４６】
（１３）（１２）において第５のデータか第６のデータのいずれかに第５の塩基配列または第６の塩基配列のいずれかの少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第６のデータを第１のデータに対応させる（S122）。このようにして、第２のデータベースに、第１のデータに対して相同性のあるデータが見つからなくても、第５のデータを介在させることにより、第１のデータと第２のデータベースのデータ（ここでは、第６のデータ）とを対応させることができる。
【００４７】
（１４）（１１）において第２のデータベース中に第５のデータに含まれる塩基配列に相同性がある塩基配列を含むデータが見つからなかった場合、第５の塩基配列を用いて、ｃＤＮＡの塩基配列を含んだデータを集積した第６のデータベースに対し相同性検索を行う（S124）。
【００４８】
（１５）（１４）において第６のデータベース中に第５の塩基配列に相同性がある第７の塩基配列を含む第７のデータが見つかった場合、第７の塩基配列を用いて、第２のデータベースに対して相同性検索を行う（S126）。
【００４９】
（１６）（１５）において第２のデータベース中に第７の塩基配列に相同性がある第８の塩基配列を含む第８のデータが見つかった場合、第１のデータ、第５のデータ、第７のデータ、第８のデータのいずれかに第１のデータ、第５の塩基配列、第７の塩基配列、または第８の塩基配列のいずれかの少なくとも一部をコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べる（S128）。
【００５０】
（１７）（１６）において第１のデータ、第５のデータ、第７のデータ、第８のデータのいずれかに該アミノ酸配列が含まれていた場合、第８のデータを第１のデータに対応させる（S130）。このようにして、第２のデータベースに、第１のデータに対して相同性のあるデータが見つからなくても、第５のデータ及び第６のデータを介在させることにより、第１のデータと第２のデータベースのデータ（ここでは、第８のデータ）とを対応させることができる。
【００５１】
＝＝一般的なデータ対応方法＝＝
以上に説明したデータ対応方法の一例においては、例えば、（１７）において第５のデータ、第７のデータ、第８のデータのいずれかに該アミノ酸配列が含まれていなかった場合など、フローが切れている全ての場面においては、処理を中止し、その際に用いられた第１のデータに対応する、第２のデータベースのデータは存在しないものとして処理することになる。
【００５２】
しかしながら、そのような場合、さらに他のデータベースを用いて、検索する範囲を広げることも可能である。そのようにして、上記の処理を一般化したフローチャートを図２に示す。なお、データベースなど、本実施形態における構成要素の意味・内容は、上記例と同じである。
【００５３】
（１）まず、第１のデータベースの第１のデータに含まれる第１の塩基配列を用いて、第２のデータベースのデータに含まれる塩基配列に対し相同性検索を行う（S202）。
【００５４】
（２）（１）において第２のデータベース中に第１の塩基配列と相同性がある第２の塩基配列を含む第２のデータが見つかった場合、第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べる（S204）。
【００５５】
（３）（２）において第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させる（S206）。
【００５６】
（４）（１）において第２のデータベース中に第１の塩基配列と相同性がある第２の塩基配列を含む第２のデータが見つからなった場合、基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列を用いて、他のデータベースに対し相同性検索を行う（S208）。ここで、基準となるデータベースとは、直前の相同性検索で用いたデータベースのことであり、他のデータベースとは、それまでに相同性検索に一度も用いられていないデータベースのことである。
【００５７】
（５）（４）において他のデータベース中に基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列と相同性がある塩基配列を含むデータが見つかった場合、他のデータベースのデータに含まれる塩基配列を用いて、第２のデータベースに相同性検索を行う（S210）。
【００５８】
（６）他のデータベース中に基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列と相同性がある塩基配列を含むデータが見つらなかった場合、再び基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列を用いて、他のデータベースに相同性検索を行い（S208）、（４）以下の処理を繰り返す。
【００５９】
（７）（５）において第２のデータベース中に他のデータベースのデータに含まれる塩基配列と相同性がある塩基配列を含むデータが見つかった場合、それまでに相同性のあることが見つかってきた塩基配列が含まれるデータに、そのいずれかの塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べる（S204）。
【００６０】
（８）第２のデータベース中に他のデータベースのデータに含まれる塩基配列と相同性がある塩基配列を含むデータが見つからなかった場合、再び基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列を用いて、他のデータベースに相同性検索を行い（S208）、（４）以下の処理を繰り返す。
【００６１】
（９）（７）においてそれまでに相同性のある塩基配列が見つかってきたデータに、そのいずれかの塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させる（S206）。
【００６２】
（１０）それまでに相同性のある塩基配列が見つかってきたデータに、そのいずれかの塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列を用いて、他のデータベースに相同性検索を行う（S212）。ここで、基準となるデータベースとは、相同性が検出された塩基配列が含まれるいずれかのデータベースのことであり、複数のデータベースでも構わない。また、他のデータベースとは、それまでに一度も用いられていないデータベースのことである。
【００６３】
（１１）（２）において第１のデータまたは第２のデータに第１の塩基配列または第２の塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列を用いて、他のデータベースに相同性検索を行う（S212）。
【００６４】
（１２）（１０）及び（１１）において他のデータベース中に基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列と相同性がある塩基配列を含むデータが見つかった場合、それまでに相同性のある塩基配列が見つかってきたデータに、そのいずれかの塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれているかどうか調べる（S214）。
【００６５】
（１３）（１０）及び（１１）において他のデータベース中に基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列と相同性がある塩基配列を含むデータが見つからなかった場合、再び基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列を用いて、他のデータベースに相同性検索を行い（S212）、（１１）以下の処理を繰り返す。
【００６６】
（１４）（１２）においてそれまでに相同性のある塩基配列が見つかってきたデータに、そのいずれかの塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていた場合、第２のデータを第１のデータに対応させる（S206）。
【００６７】
（１５）（１２）においてそれまでに相同性のある塩基配列が見つかってきたデータに、そのいずれかの塩基配列の少なくとも一部がコードするアミノ酸配列が含まれていなかった場合、再び基準となるデータベースのデータに含まれる塩基配列を用いて、他のデータベースに相同性検索を行い（S212）、（１１）以下の処理を繰り返す。
【００６８】
（１６）以上のように、次々と別のデータベースを用いることにより、検索範囲を広げていくことが可能である。しかし、実際に第１のデータに対応するデータが第２のデータベースに存在しないとき、このフローは終了しないことになってしまう。あるいは、データベースの数によって、繰り返し処理の回数が制限される。従って、例えばS208やS212において、繰り返し処理をした回数をカウントするカウンターを設け、一定回数繰り返し処理を行うと、フローを終了させるステップを設けるのが好ましい。
【００６９】
＝＝ＤＮＡとｃＤＮＡの対応方法＝＝
以上の工程を、第１のデータベースの全データに対して行い、対応する第２のデータベース中のデータが存在する限り、第１のデータベース中のデータと第２のデータベース中のデータを対応させていく。それにより、データベースに含まれる塩基配列を有するＤＮＡと、第２のデータに対応するｃＤＮＡクローンが対応することになり、そのＤＮＡが特定されると、直ちにｃＤＮＡクローンが得られるようになる。
【００７０】
＝＝コードするタンパク質の機能同定＝＝
本発明の対応方法によると、第１のデータベース中のデータと第２のデータベース中のデータが対応するとともに、これらのデータに含まれる塩基配列を有するｃＤＮＡがコードしているアミノ酸配列が同時に明らかになる。そこで、このアミノ酸配列に対し、構造解析やモチーフ解析のできるプログラムを用いることにより、このｃＤＮＡがコードしているタンパク質の構造上の機能（例えば、膜タンパク質、核タンパク質、転写因子、酵素、構造タンパク質など）を明らかにすることができる。例えば、機能解析プログラムとしては、SMART、PredictProtein server、RPS-BLASTなど、公知のものや市販のものを用いることができる。
【００７１】
＝＝対応表を記録した記録媒体作製方法＝＝
さらに、このようにして得られた第１のデータベース中のデータに対応するＤＮＡと、第２のデータベース中のデータに対応するｃＤＮＡクローンの対応に関し、対応表を記録した記録媒体を作製する。対応表には、例えば、ＤＮＡがＤＮＡチップ上のＤＮＡプローブであった場合、プローブ番号などプローブを特定するもの（プローブ番号など）、ｃＤＮＡクローンを特定するもの（クローン番号など）、各データに存在する塩基配列、アミノ酸配列、タンパク質の名前、タンパク質の性状、予測したタンパク質の構造上の機能などを記載するが、このうち全てが記載される必要はなく、適宜取捨選択されてもよい。図３に対応表の一例を示す。
【００７２】
こうして、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積された第１のデータベースに含まれるＤＮＡと、各ｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが第２のデータベースに集積されているｃＤＮＡライブラリーに含まれるｃＤＮＡクローンとの対応表を記録した記録媒体を作製できる。この場合の記録媒体は、何でもよく、例えば紙媒体でもコンピュータ読みとり可能な記録媒体でもよい。このようにして作製された記録媒体は、上記チップと共に、キットにして販売してもよい。
【００７３】
＝＝ｃＤＮＡ検索サービス＝＝
上記データ対応方法を用いて、ＤＮＡの塩基配列を含んだデータが集積されている第１のデータベースを記憶した第１のユーザ端末、及びｃＤＮＡクローンの塩基配列を含んだデータが集積されている第２のデータベースを記憶した第２のユーザ端末に対し、ｃＤＮＡ検索サービスを行うことができる。例えば、これらのユーザ端末とインターネットなどを通じて通信可能に接続し、第１のデータベース及び第２のデータベースを記憶させたｃＤＮＡ検索サービス提供サーバを設ける。このサーバは、第１のユーザ端末から送信された、第１のデータベースに含まれる第１のデータのＩＤ番号を受信し、上記データ対応方法を用いて、第１のデータに対する第２のデータベースの第２のデータを選択し、第２のユーザ端末に、第２のデータのＩＤ番号を返信する。第１のデータに対応するデータが見つからないときは、「なし」と返信してもよい。なお、ここで、第１のユーザ端末と第２のユーザ端末とは同一の端末でもよい。また、第１のユーザ端末から送信されるデータは、複数同時でもよく、各データに対応する第２のデータベースのデータを取得し、複数同時に第２のユーザ端末に返信してもよい。
【００７４】
このサービスにより、例えば、ＤＮＡチップ上で目的のプローブを得た研究者は、サーバにアクセスし、プローブのＩＤ番号をインプットすることにより、直ちにＦＡＮＴＯＭなどのｃＤＮＡライブラリーのｃＤＮＡ番号を得ることができる。そして、ｃＤＮＡクローンを容易に入手できるだけでなく、そのプローブがコードするタンパク質の性状も知ることが可能になる。
【実施例】
【００７５】
本実施例において用いたＤＮＡチップは、U74（アフィメトリクス社）であり、マウスにおける基地の遺伝子配列約６０００クローンと未知の遺伝子約３０００クローンがスポットされたＤＮＡアレイである。このGeneChip上のプローブは３５８１３個であり、ＤＤＢＪ（DNA Data Bank of Japan）エントリーファイル（http://getentruy.ddbj.nig.ac.jp/ ）から各プローブに対するファイルを得ることができる。このファイルには、各プローブの塩基配列だけでなく、Gene definitionが記載されている。
【００７６】
このGeneChip上のプローブに対応させるｃＤＮＡライブラリーとして、ＦＡＮＴＯＭクローンのライブラリーを用いた。ＦＡＮＴＯＭは６０７７０個のクローンを有し、すべてのｃＤＮＡに対する塩基配列が明らかにされ、ＦＡＮＴＯＭ  ＤＢ２．０＆２．１に収められている。
【００７７】
以下、GeneChipのプローブ（ＧＣプローブ）に対し、ＦＡＮＴＯＭｃＤＮＡを対応させる。その際のフローチャートを図４に示す。まず、ＤＤＢＪから、アクセション番号を有し、各プローブに対するファイル３５８１３個を得た。各ファイル内の塩基配列を抽出し、ウエブ上のBLAST searchを用いて、ＦＡＮＴＯＭ  ＤＢに対し相同性検索を行った（S402）ところ、２７５３３個のクローンに相同性が検出され、このＦＡＮＴＯＭ  ＤＢのファイルを得た。
【００７８】
一方、ＦＡＮＴＯＭ  ＤＢに対しBLASTを用いて行われた相同性検索（S402）で、相同性が検出されなかった８２８０個の各クローンを用いて、げっ歯類ｃＤＮＡデータベース（このデータベースの詳細をご教示ください）に対し再びウエブ上のBLAST searchを用いて相同性検索を行った（S404）ところ、７５８９個のクローンに相同性が検出された。これらのクローンの各塩基配列を用いて、ウエブ上のBLAST searchを用いて、ＦＡＮＴＯＭ  ＤＢに対し相同性検索を行った（S406）ところ、２４５８個の相同性を有するクローンを得ることができた。この２４５８個のクローンに対応するＦＡＮＴＯＭ    ＤＢのファイルと、既に得ている２７５３３個のＦＡＮＴＯＭ  ＤＢのファイルに対し、アミノ酸配列が含まれているかどうか、検索した（S408）ところ、１７４８７個のクローンにおいて、アミノ酸配列が検出された。ここで、アミノ酸が検出されなかった各クローンを用い、げっ歯類データベース（ここでは、International Nucleotide Sequence Database (INSD)に登録されている塩基配列のデータで、flat file に記載されているSOURCEあるいはORGANISMがげっ歯類であるものを用いた）に対し、ウエブ上のBLAST searchを用いて、相同性検索を行った（S410）ところ、１１３５９個のクローンに相同性が検出された。これらの１１３５９個のクローンに対応するげっ歯類データベースのファイルにアミノ酸配列が含まれているかどうか、検索した（S412）ところ、５１８７個のクローンにおいて、アミノ酸配列が検出された。この５１８７個のクローンに対応するＦＡＮＴＯＭ    ＤＢのファイルと、既に得ている１７４８７個のクローンに対応するＦＡＮＴＯＭ    ＤＢのファイルについて、GeneChipのプローブとＦＡＮＴＯＭ    ＤＢのｃＤＮＡを対応させることができた（S414）。
【００７９】
次に、対応させたＦＡＮＴＯＭ  ＤＢのファイルに存在するアミノ酸配列に対し、ウエブ上のiPSORT predictor（http://psort.nibb.ac.jp）を用いてＮ端にシグナルペプチドが存在するかどうか検定したところ、４４８５個のクローンが検出された。また、TMHMM（htpp://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/）を用いて、膜貫通領域が存在するかどうか検定したところ、４８４１個のクローンが検出された。これらは膜タンパクであるか、分泌タンパクであるかのいずれかであると考えられた。
【００８０】
これらの結果に基づき、図５に示したように、これらのクローンの対応表を作製した。この対応表には、GeneChipのアクセション番号（GeneChipAcc）、GeneChipのデータによって特定された遺伝子（definition(G)）、GeneChipとげっ歯類データベースの間のBLASTsearchで得られたscore(D1)とe_value(D1)、げっ歯類データベースのデータによって特定された遺伝子（definition(D1)）、GeneChipとＦＡＮＴＯＭの間のBLASTsearch、またはげっ歯類データベースとＦＡＮＴＯＭの間のBLASTsearchで得られたscore(F1)とe_value(F1)、ＦＡＮＴＯＭアクセション番号（FABTOMAccs）、ＦＡＮＴＯＭのデータによって特定された遺伝子（definition(F1)）、タンパク情報（Protein Info 1）が記載されている。
【００８１】
この対応表を用いることによって、GeneChip上の特定のクローンを同定すると、直ちにｃＤＮＡが得られるかどうか、得られる場合、ｃＤＮＡライブラリーのどのクローンであるか、このクローンがタンパク質としてどのような構造上の機能を有するか、などの情報を直ちに得ることができる。
【図面の簡単な説明】
【００８２】
【図１】本発明の一実施形態において、プローブに関するデータとｃＤＮＡクローンに関するデータを対応させるデータ対応方法の一例を示したフローチャートである。
【図２】本発明の一実施形態において、プローブに関するデータとｃＤＮＡクローンに関するデータを対応させる、より一般的なデータ対応方法の一例を示したフローチャートである。
【図３】本発明の一実施形態において、第１のデータに対応するチップ上のプローブと、第２のデータに対応するｃＤＮＡクローンの対応表の一例を示す図である。
【図４】本発明の一実施例において、GeneChipのプローブとＦＡＮＴＯＭｃＤＮＡを対応させる対応方法の一例を示したフローチャートである。
【図５】本発明の一実施例において、GeneChipのプローブとＦＡＮＴＯＭｃＤＮＡとの対応表の一例を示した図である。
【図１】
2007041967.tif 000003
【図２】
2007041967.tif 000004
【図３】
2007041967.tif 000005
【図４】
2007041967.tif 000006
【図５】
2007041967.tif 000007