(57)【要約】【課題】  塩基配列の断片の数が多くなっても、コンティグマップの全体が把握できるように表示する。【課題を解決するための手段】  コンティグマップ表示方法は、複数の塩基配列断片に含まれる塩基配列のうち同一又は類似の塩基配列が互いに横方向に同一位置に配置され且つ縦方向に沿って並ぶように、上記複数の塩基配列断片を並べるステップと、上記並べられた複数の塩基配列断片に含まれる各塩基の重複度を演算するステップと、上記重複度より上記複数の塩基配列断片における各塩基の出現度を演算するステップと、塩基の出現度と色の対応表を用いて、上記各塩基の出現度に対して所定の色を対応させるステップと、上記各塩基の出現度を色によって表示した１列のマップを作成し、それを表示装置に表示するステップと、を有する。【選択図】  図７
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
入力装置を介して複数の塩基配列断片を入力するステップと、
上記複数の塩基配列断片に含まれる塩基配列のうち同一又は類似の塩基配列が互いに横方向に同一位置に配置され且つ縦方向に沿って並ぶように、上記複数の塩基配列断片を並べるステップと、
上記並べられた複数の塩基配列断片に含まれる各塩基の重複度を演算するステップと、
上記重複度より上記複数の塩基配列断片における各塩基の出現度を演算するステップと、
塩基の出現度と色の対応表を用いて、上記各塩基の出現度に対して所定の色を対応させるステップと、
上記各塩基の出現度を色によって表示した１列のマップを作成し、それを表示装置に表示するステップと、
を有するコンティグマップ表示方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、コンティグマップの表示方法に関わり、特に、複数の塩基配列断片を表示するコンティグマップの表示方法に関する。
【０００２】
ＤＮＡシーケンサによって１本のＤＮＡの塩基配列を読み取ると、読み取った結果として、一本の塩基配列ではなく、複数の塩基配列の断片が得られる。従って、得られた複数の塩基配列の断片から、１本の塩基配列を合成する必要がある。そのために、複数の塩基配列の断片を、同一又は類似の配列が互いに横方向に同一位置に配置され且つ縦方向に沿って並ぶように、並べて配置する必要がある。こうして複数の塩基配列の断片を縦方向に沿って並べたコンティグマップが得られる。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】
従来のコンティグマップの表示方法では、複数の塩基配列断片を縦方向に沿って並べて配置するため、塩基配列断片数が大きくなると、コンティグマップの縦方向の寸法が大きくなる。従って、コンティグマップを表示装置に表示すると、１画面にコンティグマップの全体を表示することができない。そこで、コンティグマップの所望の部分を表示するためには、画面をスクロールしなければならない。
【０００４】
本発明の目的は、塩基配列の断片の数が多くなっても、コンティグマップの全体が把握できるように表示する方法を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本発明のコンティグマップ表示方法は、入力装置を介して複数の塩基配列断片を入力するステップと、
上記複数の塩基配列断片に含まれる塩基配列のうち同一又は類似の塩基配列が互いに横方向に同一位置に配置され且つ縦方向に沿って並ぶように、上記複数の塩基配列断片を並べるステップと、
上記並べられた複数の塩基配列断片に含まれる各塩基の重複度を演算するステップと、
上記重複度より上記複数の塩基配列断片における各塩基の出現度を演算するステップと、
塩基の出現度と色の対応表を用いて、上記各塩基の出現度に対して所定の色を対応させるステップと、
上記各塩基の出現度を色によって表示した１列のマップを作成し、それを表示装置に表示するステップと、
を有する。
【発明の効果】
【０００６】
本発明によると、塩基配列の断片の数が多くなっても、コンティグマップの全体が把握できるように表示することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【０００７】
以下、図に従い、本発明の実施例を説明する。図1は本実施例のコンティグマップ表示装置の構成例を示している。本例のコンティグマップ表示装置は、コンティグマップ等を作成する演算処理部1とコンティグマップ等を表示するディスプレイ装置2と入力装置3を有する。演算処理部1は、複数の塩基配列断片を並べてコンティグマップを作成するコンティグマップ作成プログラム101、コンティグマップに含まれる各塩基の重複度を演算する重複度演算プログラム102、各塩基の重複度から各塩基が現れる割合を演算する出現度演算プログラム103、出現度を色で表わしたコンティグマップを生成する色付コンティグマップ作成プログラム104、塩基配列断片のデータを格納する塩基配列断片データベース105、及び、出現度と色の関係を表わす色変換テーブルの格納する色変換テーブルデータベース106を有する。これらのプログラム及びデータベースは以下に詳細に説明する。
【０００８】
図２は塩基配列断片データベース105に格納されている塩基配列断片のデータの例を示す。塩基配列断片のデータは、塩基配列断片の名前201とそれに含まれる塩基配列202を含む。このデータは、１本のＤＮＡをシーケンサによって読み取ることによって得られたものである。ここでは、塩基配列断片データは４個の塩基配列断片を含むが、実際には多数の塩基配列断片を含む。
【０００９】
図３はコンティグマップ作成プログラム101によって作成されたコンティグマップ302を示す。尚、このようなコンティグマップ302の作成方法は既知であり、ここでは詳細に説明しない。
【００１０】
コンティグマップ302は、図２の塩基配列断片データを並べることによって形成される。各塩基配列断片に含まれる共通の塩基配列が互いに横方向に同一位置に配置され且つ縦方向に沿って並ぶように、全ての塩基配列断片を並べる。ここで、共通の塩基配列とは、少なくとも２つの塩基配列断片において、同一又は類似の塩基配列を言う。従って、共通の塩基配列では、少なくとも２つの塩基配列断片が重複する。図示のように、最上段の塩基配列断片の塩基に沿って、丸付き番号301を付する。ここでは、塩基配列断片ａが最上段に配置され、その下に、塩基配列断片ｂ、ｃ、ｄが順に配置されている。
【００１１】
図４は、図３のコンティグマップにおいて、各塩基配列断片の開始位置の番号を示す表である。この表は、塩基配列断片の名前401と開始位置の番号402を含む。塩基配列断片ａの開始位置は番号１である。塩基配列断片ａは最上段の塩基配列断片であり、上述のように、丸付き番号１，２，３…は、この塩基配列断片ａに沿って付したものである。塩基配列断片ｂの開始位置は番号７、塩基配列断片ｃの開始位置は番号９、塩基配列断片ｄの開始位置は番号１０である。
【００１２】
図５は、重複度演算プログラム102によって作成された塩基の重複度を表わす表を示す。この表は、丸付き番号501とそれに対応する重複度502を有する。重複度502は、図３のコンティグマップにおいて、各塩基配列断片に含まれる塩基を縦方向に積算することにより得られる。重複度502が大きいほど、その番号の塩基は、塩基配列断片にて重複していると言える。例えば、番号１〜６及び番号１８〜２６では、重複度が１であり、これらの塩基配列は、１つの塩基配列断片にのみに現れる。番号７〜８及び番号１６〜１７では、重複度が２であり、これらの塩基配列は、２つの塩基配列断片に現れる。番号９及び番号１４〜１５では、重複度が３であり、これらの塩基配列は、３つの塩基配列断片に現れる。番号１０〜１３では、重複度が４であり、これらの塩基配列は、４つの塩基配列断片に現れる。この表は、図３のコンティグマップを縦方向に圧縮したものであると言える。
【００１３】
図６は、色変換テーブルデータベース106に格納された色変換テーブルの例を示す。色変換テーブルは、各塩基の出現度602とその色601の関係を示す。各塩基の出現度602は、出現度演算プログラム103によって演算され、各塩基の重複度を全塩基配列断片数で除算することにより得られる。本例では、全塩基配列断片数は４である。従って、例えば、番号１〜６及び番号１８〜２６の塩基の出現度は、（１／４）×１００％＝２５％である。従って、番号１〜６及び番号１８〜２６の塩基の色は青色となる。番号７〜８及び番号１６〜１７の塩基の出現度は、（２／４）×１００％＝５０％である。従って、番号７〜８及び番号１６〜１７の塩基の色は水色となる。番号９及び番号１４〜１５の塩基の出現度は、（３／４）×１００％＝７５％である。従って、番号９及び番号１４〜１５の塩基の色は緑色となる。番号１０〜１３の塩基の出現度は、（４／４）×１００％＝１００％である。従って、番号１０〜１３の塩基の色は赤色となる。
【００１４】
図７は、色付コンティグマップ作成プログラム104によって作成された色付コンティグマップ701の例を示す。この色付コンティグマップは、図５の圧縮したコンティグマップを、図６の色変換テーブルを用いて着色したものである。
【００１５】
以上、本発明の例を説明したが、本発明は上述の例に限定されるものではなく、特許請求の範囲に記載された発明の範囲にて様々な変更が可能であることは当業者に理解されよう。
【図面の簡単な説明】
【００１６】
【図１】本発明によるコンティグマップ表示装置の構成を示す図である。
【図２】塩基配列断片データの例を示す図である。
【図３】コンティグマップの例を示す図である。
【図４】コンティグマップにおいて、各塩基配列断片の開始位置を示す図である。
【図５】圧縮したコンティグマップの例を示す図である。
【図６】色変換テーブルの例を示す図である。
【図７】色付コンティグマップの例を示す図である。
【符号の説明】
【００１７】
1…演算処理装置、2…ディスプレイ装置、101…コンティグマップ作成プログラム、102…重複度演算プログラム、103…出現度演算プログラム、104…色付コンティグマップ作成プログラム、105…塩基配列断片データベース、106…色変換テーブルデータベース、201…塩基配列断片の名前、202…塩基配列、301…番号、302…コンティグマップ、501…番号、502…重複度、601…色、602…出現度、701…色付コンティグマップ
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【手続補正書】
【提出日】平成18年3月27日(2006.3.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
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