(57)【要約】【課題】  本発明は、醸造特性と統計学的に有意な関係にあるビール酵母のＤＮＡマーカーを発見する方法、及び、該ＤＮＡマーカーを用いて適切な醸造特性を有するビール酵母菌株を選抜する方法を提供を目的とする。【解決手段】  酵母ゲノムＤＮＡ上の多型部位を含むＤＮＡ断片の増幅に用いるプライマーセットおよび該多型部位を検出するオリゴヌクレオチドならびにそれらを用いて所望の特性を有する酵母株を選別する方法。【選択図】  なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
酵母ゲノムＤＮＡ上の多型部位を含むＤＮＡ断片の増幅に用いる少なくとも一対のプライマーセットであって、ＤＮＡ多型部位が以下の（１）（ア）から（６４）（ア）の１４８個のＤＮＡ多型部位の少なくとも１つであって、プライマーが配列番号１から６４の塩基配列のうちの以下の（１）（ア）から（６４）（ア）のＤＮＡ多型部位のうちの少なくとも１つの多型部位の3’側および5’側に存在する１０から３０塩基からなる部分配列からなる、ＤＮＡ断片の増幅に用い得る一対のプライマーセット：
（１）配列番号１の、（ア）：
（ア）塩基番号４０２〜４１４の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３）配列番号３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４）配列番号４の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３５２から３５４の位置に存在する３塩基の欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（エ）塩基番号４７２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６）配列番号６の、（ア）：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（７）配列番号７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（８）配列番号８の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（９）配列番号９の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３８６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号５３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１０）配列番号１０の、（ア）：
（ア）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１１）配列番号１１の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１３）配列番号１３の、（ア）：
（ア）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６３から１６９の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号３０８から３１７の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１７）配列番号１７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１８）配列番号１８の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２０）配列番号２０の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２１）配列番号２１の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２２）配列番号２２の、（ア）：
（ア）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２３）配列番号２３の、（ア）から（ク）：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ク）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２４）配列番号２４の、（ア）：
（ア）塩基番号４０９から４２２の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号１６８から１７８の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位、
（イ）塩基番号２９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２９９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号３５５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２６）配列番号２６の、（ア）：
（ア）塩基番号４７３から４８４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（カ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号４３２から４４３の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（カ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（ク）：
（ア）塩基番号１０５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１０７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号４２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ク）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２９）配列番号２９の、（ア）：
（ア）塩基番号５１８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３０）配列番号３０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号５９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３１）配列番号３１の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３２）配列番号３２の、（ア）から（ケ）：
（ア）塩基番号７６から７７の位置に存在する塩基Ｃの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号１９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号２９１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（ケ）塩基番号３６７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３３）配列番号３３の、（ア）：
（ア）塩基番号１８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３４）配列番号３４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号４１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３５）配列番号３５の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（３６）配列番号３６の、（ア）：
（ア）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３７）配列番号３７の、（ア）：
（ア）塩基番号３１３から３２４の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（３８）配列番号３８の、（ア）：
（ア）塩基番号５６２から５７４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（３９）配列番号３９の、（ア）：
（ア）塩基番号３９３から４０８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（４０）配列番号４０の、（ア）：
（ア）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４１）配列番号４１の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４２）配列番号４２の、（ア）：
（ア）塩基番号３２３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４３）配列番号４３の、（ア）：
（ア）塩基番号３３２から３４２の位置に存在する塩基Ａの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（４４）配列番号４４の、（ア）：
（ア）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４５）配列番号４５の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３７７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４３７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４６）配列番号４６の、（ア）：
（ア）塩基番号５３８から５４９の位置に存在する塩基Ｔの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（４７）配列番号４７の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号９９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２４１の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４８）配列番号４８の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３０６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４９）配列番号４９の、（ア）：
（ア）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５０）配列番号５０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３０６から３１８の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（イ）塩基番号３９２から４０９の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位；
（５１）配列番号５１の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３９５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５２）配列番号５２の、（ア）：
（ア）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５３）配列番号５３の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９から１９９の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（５４）配列番号５４の、（ア）：
（ア）塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５５）配列番号５５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５６）配列番号５６の、（ア）：
（ア）塩基番号１１４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５７）配列番号５７の、（ア）：
（ア）塩基番号１６１から１７１の位置に存在する１から２個の塩基Ｔの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（５８）配列番号５８の、（ア）：
（ア）塩基番号１３７から１５２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（５９）配列番号５９の、（ア）：
（ア）塩基番号１５８から１６８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６０）配列番号６０の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９から２０４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６１）配列番号６１の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６６から１７１の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号２２７から２３２の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、及び
（ウ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６２）配列番号６２の、（ア）：
（ア）塩基番号２６１から２７２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６３）配列番号６３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号６５から７７の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（イ）塩基番号３３７から３４６の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位；
（６４）配列番号６４の、（ア）：
（ア）塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位。
【請求項２】
一対のプライマーセットが以下の（１）から（６４）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなる請求項１記載のプライマーセット：
（１）配列番号１の塩基番号４０２の5’側のプライマーおよび配列番号１の塩基番号４１４の3’側のプライマー；
（２）配列番号２の塩基番号５３の5’側のプライマーおよび配列番号２の塩基番号２９８の3’側のプライマー；
（３）配列番号３の塩基番号１０４の5’側のプライマーおよび配列番号３の塩基番号３２１の3’側のプライマー；
（４）配列番号４の塩基番号１２５の5’側のプライマーおよび配列番号４の塩基番号４７２の3’側のプライマー；
（５）配列番号５の塩基番号７４の5’側のプライマーおよび配列番号５の塩基番号４４６の3’側のプライマー；
（６）配列番号６の塩基番号４３１の5’側のプライマーおよび配列番号６の塩基番号４３１の3’側のプライマー；
（７）配列番号７の塩基番号４４４の5’側のプライマーおよび配列番号７の塩基番号４４４の3’側のプライマー；
（８）配列番号８の塩基番号４４１の5’側のプライマーおよび配列番号８の塩基番号４９３の3’側のプライマー；
（９）配列番号９の塩基番号３８６の5’側のプライマーおよび配列番号９の塩基番号５３９の3’側のプライマー；
（１０）配列番号１０の塩基番３４８の5’側のプライマーおよび配列番号１０の塩基番号３４８の3’側のプライマー；
（１１）配列番号１１の塩基番号１６１の5’側のプライマーおよび配列番号１１の塩基番号３０９の3’側のプライマー；
（１２）配列番号１２の塩基番号３１の5’側のプライマーおよび配列番号１２の塩基番号２６２の3’側のプライマー；
（１３）配列番号１３の塩基番号２４３の5’側のプライマーおよび配列番号１３の塩基番号２４３の3’側のプライマー；
（１４）配列番号１４の塩基番号１６３の5’側のプライマーおよび配列番号１４の塩基番号３５６の3’側のプライマー；
（１５）配列番号１５の塩基番号６９の5’側のプライマーおよび配列番号１５の塩基番号４２９の3’側のプライマー；
（１６）配列番号１６の塩基番号３２５の5’側のプライマーおよび配列番号１６の塩基番号４００の3’側のプライマー；
（１７）配列番号１７の塩基番号４４１の5’側のプライマーおよび配列番号１７の塩基番号４４１の3’側のプライマー；
（１８）配列番号１８の塩基番号１０４の5’側のプライマーおよび配列番号１８の塩基番号３４３の3’側のプライマー；
（１９）配列番号１９の塩基番号１９５の5’側のプライマーおよび配列番号１９の塩基番号３６９の3’側のプライマー；
（２０）配列番号２０の塩基番号１２６の5’側のプライマーおよび配列番号２０の塩基番号３９８の3’側のプライマー；
（２１）配列番号２１の塩基番号１８９の5’側のプライマーおよび配列番号２１の塩基番号１８９の3’側のプライマー；
（２２）配列番号２２の塩基番号１８８の5’側のプライマーおよび配列番号２２の塩基番号１９２の3’側のプライマー；
（２３）配列番号２３の塩基番号１３４の5’側のプライマーおよび配列番号２３の塩基番号３３２の3’側のプライマー；
（２４）配列番号２４の塩基番号４０９の5’側のプライマーおよび配列番号２４の塩基番号４２２の3’側のプライマー；
（２５）配列番号２５の塩基番号１６８の5’側のプライマーおよび配列番号２５の塩基番号３５５の3’側のプライマー；
（２６）配列番号２６の塩基番号４７３の5’側のプライマーおよび配列番号２６の塩基番号４８４の3’側のプライマー；
（２７）配列番号２７の塩基番号６５の5’側のプライマーおよび配列番号２７の塩基番 号４７４の3’側のプライマー；
（２８）配列番号２８の塩基番号１０５の5’側のプライマーおよび配列番号２８の塩基番号５１３の3’側のプライマー；
（２９）配列番号２９の塩基番号５１８の5’側のプライマーおよび配列番号２９の塩基番号５１８の3’側のプライマー；
（３０）配列番号３０の塩基番号５９の5’側のプライマーおよび配列番号３０の塩基番号２８７の3’側のプライマー；
（３１）配列番号３１の塩基番号９１の5’側のプライマーおよび配列番号３１の塩基番号１４０の3’側のプライマー；
（３２）配列番号３２の塩基番号７６の5’側のプライマーおよび配列番号３２の塩基番号３６７の3’側のプライマー；
（３３）配列番号３３の塩基番号１８２の5’側のプライマーおよび配列番号３３の塩基番号１８２の3’側のプライマー。
（３４）配列番号３４の塩基番号４１８の5’側のプライマーおよび配列番号３４の塩基番号４８５の3’側のプライマー。
（３５）配列番号３５の塩基番号２０９の5’側のプライマーおよび配列番号３５の塩基番号５５１の3’側のプライマー。
（３６）配列番号３６の塩基番号２２２の5’側のプライマーおよび配列番号３６の塩基番号２２２の3’側のプライマー。
（３７）配列番号３７の塩基番号３１３の5’側のプライマーおよび配列番号３７の塩基番号３２４の3’側のプライマー。
（３８）配列番号３８の塩基番号５６２の5’側のプライマーおよび配列番号３８の塩基番号５７４の3’側のプライマー。
（３９）配列番号３９の塩基番号３９３の5’側のプライマーおよび配列番号３９の塩基番号４０８の3’側のプライマー。
（４０）配列番号４０の塩基番号４００の5’側のプライマーおよび配列番号４０の塩基番号４００の3’側のプライマー。
（４１）配列番号４１の塩基番号２０４の5’側のプライマーおよび配列番号４１の塩基番号４４６の3’側のプライマー。
（４２）配列番号４２の塩基番号３２３の5’側のプライマーおよび配列番号４２の塩基番号３２３の3’側のプライマー。
（４３）配列番号４３の塩基番号３３２の5’側のプライマーおよび配列番号４３の塩基番号３４２の3’側のプライマー。
（４４）配列番号４４の塩基番号１６０の5’側のプライマーおよび配列番号４４の塩基番号１６０の3’側のプライマー。
（４５）配列番号４５の塩基番号２６０の5’側のプライマーおよび配列番号４５の塩基番号４３７の3’側のプライマー。
（４６）配列番号４６の塩基番号５３８の5’側のプライマーおよび配列番号４６の塩基番号５４９の3’側のプライマー。
（４７）配列番号４７の塩基番号９９の5’側のプライマーおよび配列番号４７の塩基番号３７８の3’側のプライマー。
（４８）配列番号４８の塩基番号２４９の5’側のプライマーおよび配列番号４８の塩基番号５１３の3’側のプライマー。
（４９）配列番号４９の塩基番号３０９の5’側のプライマーおよび配列番号４９の塩基番号３０９の3’側のプライマー。
（５０）配列番号５０の塩基番号３０６の5’側のプライマーおよび配列番号５０の塩基番号４０９の3’側のプライマー。
（５１）配列番号５１の塩基番号２２８の5’側のプライマーおよび配列番号５１の塩基番号３９６の3’側のプライマー。
（５２）配列番号５２の塩基番号２１６の5’側のプライマーおよび配列番号５２の塩基番号２１６の3’側のプライマー。
（５３）配列番号５３の塩基番号１８９の5’側のプライマーおよび配列番号５３の塩基番号１９９の3’側のプライマー。
（５４）配列番号５４の塩基番号１６２の5’側のプライマーおよび配列番号５４の塩基番号１６２の3’側のプライマー。
（５５）配列番号５５の塩基番号３４の5’側のプライマーおよび配列番号５５の塩基番号３３６の3’側のプライマー。
（５６）配列番号５６の塩基番号１１４の5’側のプライマーおよび配列番号５６の塩基番号１１４の3’側のプライマー。
（５７）配列番号５７の塩基番号１６１の5’側のプライマーおよび配列番号５７の塩基番号１７１の3’側のプライマー。
（５８）配列番号５８の塩基番号１３７の5’側のプライマーおよび配列番号５８の塩基番号１５２の3’側のプライマー。
（５９）配列番号５９の塩基番号１５８の5’側のプライマーおよび配列番号５９の塩基番号１６８の3’側のプライマー。
（６０）配列番号６０の塩基番号１８９の5’側のプライマーおよび配列番号６０の塩基番号２０４の3’側のプライマー。
（６１）配列番号６１の塩基番号１６６の5’側のプライマーおよび配列番号６１の塩基番号２８７の3’側のプライマー。
（６２）配列番号６２の塩基番号２６１の5’側のプライマーおよび配列番号６２の塩基番号２７２の3’側のプライマー。
（６３）配列番号６３の塩基番号６５の5’側のプライマーおよび配列番号６３の塩基番号３４６の3’側のプライマー。
（６４）配列番号６４の塩基番号３６１の5’側のプライマーおよび配列番号６４の塩基番号３６１の3’側のプライマー。
【請求項３】
一対のプライマーセットが、以下の（１）から（６４）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなる請求項２記載のプライマーセット：
（１）配列番号６５及び配列番号６６の組み合わせ；
（２）配列番号６７及び配列番号６８の組み合わせ；
（３）配列番号６９及び配列番号７０の組み合わせ；
（４）配列番号７１及び配列番号７２の組み合わせ；
（５）配列番号７３及び配列番号７４の組み合わせ；
（６）配列番号７５及び配列番号７６の組み合わせ；
（７）配列番号７７及び配列番号７８の組み合わせ；
（８）配列番号７９及び配列番号８０の組み合わせ；
（９）配列番号８１及び配列番号８２の組み合わせ；
（１０）配列番号８３及び配列番号８４の組み合わせ；
（１１）配列番号８５及び配列番号８６の組み合わせ；
（１２）配列番号８７及び配列番号８８の組み合わせ；
（１３）配列番号８９及び配列番号９０の組み合わせ；
（１４）配列番号９１及び配列番号９２の組み合わせ；
（１５）配列番号９３及び配列番号９４の組み合わせ；
（１６）配列番号９５及び配列番号９６の組み合わせ；
（１７）配列番号９７及び配列番号９８の組み合わせ；
（１８）配列番号９９及び配列番号１００の組み合わせ；
（１９）配列番号１０１及び配列番号１０２の組み合わせ；
（２０）配列番号１０３及び配列番号１０４の組み合わせ；
（２１）配列番号１０５及び配列番号１０６の組み合わせ；
（２２）配列番号１０７及び配列番号１０８の組み合わせ；
（２３）配列番号１０９及び配列番号１１０の組み合わせ；
（２４）配列番号１１１及び配列番号１１２の組み合わせ；
（２５）配列番号１１３及び配列番号１１４の組み合わせ；
（２６）配列番号１１５及び配列番号１１６の組み合わせ；
（２７）配列番号１１７及び配列番号１１８の組み合わせ；
（２８）配列番号１１９及び配列番号１２０の組み合わせ；
（２９）配列番号１２１及び配列番号１２２の組み合わせ；
（３０）配列番号１２３及び配列番号１２４の組み合わせ；
（３１）配列番号１２５及び配列番号１２６の組み合わせ；
（３２）配列番号１２７及び配列番号１２８の組み合わせ；
（３３）配列番号１２９及び配列番号１３０の組み合わせ；
（３４）配列番号１３１及び配列番号１３２の組み合わせ；
（３５）配列番号１３３及び配列番号１３４の組み合わせ；
（３６）配列番号１３５及び配列番号１３６の組み合わせ；
（３７）配列番号１３７及び配列番号１３８の組み合わせ；
（３８）配列番号１３９及び配列番号１４０の組み合わせ；
（３９）配列番号１４１及び配列番号１４２の組み合わせ；
（４０）配列番号１４３及び配列番号１４４の組み合わせ；
（４１）配列番号１４５及び配列番号１４６の組み合わせ；
（４２）配列番号１４７及び配列番号１４８の組み合わせ；
（４３）配列番号１４９及び配列番号１５０の組み合わせ；
（４４）配列番号１５１及び配列番号１５２の組み合わせ；
（４５）配列番号１５３及び配列番号１５４の組み合わせ；
（４６）配列番号１５５及び配列番号１５６の組み合わせ；
（４７）配列番号１５７及び配列番号１５８の組み合わせ；
（４８）配列番号１５９及び配列番号１６０の組み合わせ；
（４９）配列番号１６１及び配列番号１６２の組み合わせ；
（５０）配列番号１６３及び配列番号１６４の組み合わせ；
（５１）配列番号１６５及び配列番号１６６の組み合わせ；
（５２）配列番号１６７及び配列番号１６８の組み合わせ；
（５３）配列番号１６９及び配列番号１７０の組み合わせ；
（５４）配列番号１７１及び配列番号１７２の組み合わせ；
（５５）配列番号１７３及び配列番号１７４の組み合わせ；
（５６）配列番号１７５及び配列番号１７６の組み合わせ；
（５７）配列番号１７７及び配列番号１７８の組み合わせ；
（５８）配列番号１７９及び配列番号１８０の組み合わせ；
（５９）配列番号１８１及び配列番号１８２の組み合わせ；
（６０）配列番号１８３及び配列番号１８４の組み合わせ；
（６１）配列番号１８５及び配列番号１８６の組み合わせ；
（６２）配列番号１８７及び配列番号１８８の組み合わせ；
（６３）配列番号１８９及び配列番号１９０の組み合わせ；
（６４）配列番号１９１及び配列番号１９２の組み合わせ。
【請求項４】
ＤＮＡ多型部位が下の（１）（ア）から（３）（ウ）の８個のＤＮＡ多型部位の少なくとも１つである請求項１記載のプライマーセット：
（１）配列番号１６の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２）配列番号１７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３）配列番号１９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位。
【請求項５】
一対のプライマーセットが以下の（１）から（３）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなる請求項４記載のプライマーセット：
（１）配列番号１６の塩基番号３２５の5’側のプライマーおよび配列番号１６の塩基番号４００の3’側のプライマー；
（２）配列番号１７の塩基番号４４１の5’側のプライマーおよび配列番号１７の塩基番号４４１の3’側のプライマー；
（３）配列番号１９の塩基番号１９５の5’側のプライマーおよび配列番号１９の塩基番号３６９の3’側のプライマー。
【請求項６】
一対のプライマーセットが以下の（１）から（３）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなる請求項５記載のプライマーセット：
（１）配列番号９５及び配列番号９６の組み合わせ；
（２）配列番号９７及び配列番号９８の組み合わせ；
（３）配列番号１０１及び配列番号１０２の組み合わせ。
【請求項７】
酵母ゲノムＤＮＡ上の多型部位を含むＤＮＡ断片からなるオリゴヌクレオチドまたはその標識物であって、ＤＮＡ多型部位が以下の（１）（ア）から（６４）（ア）の１４８個の多型部位の少なくとも１つであって、配列番号１から６４の塩基配列のうちの以下の（１）（ア）から（６４）（ア）のＤＮＡ多型部位のうちの少なくとも１つの多型部位を含む１０から３０塩基からなる部分配列またはその部分配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドまたはその標識物：
（１）配列番号１の、（ア）：
（ア）塩基番号４０２〜４１４の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３）配列番号３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４）配列番号４の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３５２から３５４の位置に存在する３塩基の欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（エ）塩基番号４７２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６）配列番号６の、（ア）：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（７）配列番号７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（８）配列番号８の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（９）配列番号９の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３８６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号５３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１０）配列番号１０の、（ア）：
（ア）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１１）配列番号１１の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１３）配列番号１３の、（ア）：
（ア）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６３から１６９の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号３０８から３１７の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１７）配列番号１７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１８）配列番号１８の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２０）配列番号２０の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２１）配列番号２１の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２２）配列番号２２の、（ア）：
（ア）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２３）配列番号２３の、（ア）から（ク）：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ク）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２４）配列番号２４の、（ア）：
（ア）塩基番号４０９から４２２の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号１６８から１７８の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位、
（イ）塩基番号２９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２９９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号３５５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２６）配列番号２６の、（ア）：
（ア）塩基番号４７３から４８４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（カ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号４３２から４４３の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（カ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（ク）：
（ア）塩基番号１０５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１０７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号４２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ク）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２９）配列番号２９の、（ア）：
（ア）塩基番号５１８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３０）配列番号３０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号５９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３１）配列番号３１の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３２）配列番号３２の、（ア）から（ケ）：
（ア）塩基番号７６から７７の位置に存在する塩基Ｃの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号１９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号２９１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（ケ）塩基番号３６７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３３）配列番号３３の、（ア）：
（ア）塩基番号１８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３４）配列番号３４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号４１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３５）配列番号３５の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（３６）配列番号３６の、（ア）：
（ア）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３７）配列番号３７の、（ア）：
（ア）塩基番号３１３から３２４の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（３８）配列番号３８の、（ア）：
（ア）塩基番号５６２から５７４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（３９）配列番号３９の、（ア）：
（ア）塩基番号３９３から４０８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（４０）配列番号４０の、（ア）：
（ア）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４１）配列番号４１の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４２）配列番号４２の、（ア）：
（ア）塩基番号３２３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４３）配列番号４３の、（ア）：
（ア）塩基番号３３２から３４２の位置に存在する塩基Ａの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（４４）配列番号４４の、（ア）：
（ア）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４５）配列番号４５の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３７７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４３７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４６）配列番号４６の、（ア）：
（ア）塩基番号５３８から５４９の位置に存在する塩基Ｔの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（４７）配列番号４７の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号９９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２４１の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４８）配列番号４８の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３０６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４９）配列番号４９の、（ア）：
（ア）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５０）配列番号５０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３０６から３１８の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（イ）塩基番号３９２から４０９の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位；
（５１）配列番号５１の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３９５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５２）配列番号５２の、（ア）：
（ア）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５３）配列番号５３の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９から１９９の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（５４）配列番号５４の、（ア）：
（ア）塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５５）配列番号５５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５６）配列番号５６の、（ア）：
（ア）塩基番号１１４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５７）配列番号５７の、（ア）：
（ア）塩基番号１６１から１７１の位置に存在する１から２個の塩基Ｔの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（５８）配列番号５８の、（ア）：
（ア）塩基番号１３７から１５２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（５９）配列番号５９の、（ア）：
（ア）塩基番号１５８から１６８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６０）配列番号６０の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９から２０４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６１）配列番号６１の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６６から１７１の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号２２７から２３２の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、及び
（ウ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６２）配列番号６２の、（ア）：
（ア）塩基番号２６１から２７２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６３）配列番号６３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号６５から７７の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（イ）塩基番号３３７から３４６の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位；
（６４）配列番号６４の、（ア）：
（ア）塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位。
【請求項８】
ＤＮＡ多型部位が下の（１）（ア）から（３）（ウ）の８個のＤＮＡ多型部位の少なくとも１つである請求項７記載のオリゴヌクレオチドまたはその標識物：
（１）配列番号１６の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２）配列番号１７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３）配列番号１９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位。
【請求項９】
プローブとして用いられる請求項７または８に記載のオリゴヌクレオチドまたはその標識物。
【請求項１０】
請求項７または８に記載のオリゴヌクレオチドまたはその標識物を固定化した固定化基板。
【請求項１１】
請求項１〜３のいずれか１項に記載のプライマーセット、請求項７記載のオリゴヌクレオチドもしくはその標識物または請求項１０記載の固定化基板を含む酵母選抜キット。
【請求項１２】
請求項４〜６のいずれか１項に記載のプライマーセット、請求項８記載のオリゴヌクレオチドもしくはその標識物または請求項１０記載の固定化基板を含む酵母選抜キット。
【請求項１３】
酵母のゲノムＤＮＡについて下記（１）から（６４）のいずれか、又は（１）から（６４）から複数個を選んだ組み合わせからなるアレルの検出を行い、その結果と、菌株の醸造特性の有意な関係を統計学的に導出することを特徴とする、ＤＮＡマーカーの発見方法：
（１）（ア）配列番号１の、塩基番号４０２〜４１４の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル； 
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３）配列番号３の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（４）配列番号４の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号３５２から３５４の位置に存在する３塩基の欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（エ）塩基番号４７２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（６）（ア）配列番号６の、塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（７）（ア）配列番号７の、塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（８）配列番号８の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（９）配列番号９の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３８６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、及び
（イ）塩基番号５３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１０）（ア）配列番号１０の、塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（１１）配列番号１１の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（１３）（ア）配列番号１３の、塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６３から１６９の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（イ）塩基番号３０８から３１７の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１７）（ア）配列番号１７の、塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１８）配列番号１８の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２０）配列番号２０の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２１）（ア）配列番号２１の、塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２２）（ア）配列番号２２の、塩基番号１８８から１９２の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（２３）配列番号２３の、（ア）から（ク）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（キ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ク）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２４）（ア）配列番号２４の、塩基番号４０９から４２２の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６８から１７８の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、
（イ）塩基番号２９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２９９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号３５５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２６）（ア）配列番号２６の、塩基番号４７３から４８４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（カ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号４３２から４４３の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（カ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（ク）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１０７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（キ）塩基番号４２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ク）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２９）（ア）配列番号２９の、塩基番号５１８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３０）配列番号３０の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（３１）配列番号３１の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３２）配列番号３２の、（ア）から（ケ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号７６から７７の位置に存在する塩基Ｃの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（イ）塩基番号１９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（キ）塩基番号２９１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ク）塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（ケ）塩基番号３６７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３３）（ア）配列番号３３の、塩基番号１８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３４）配列番号３４の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル；
（３５）配列番号３５の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル；
（３６）（ア）配列番号３６の、塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３７）（ア）配列番号３７の、塩基番号３１３から３２４の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（３８）（ア）配列番号３８の、塩基番号５６２から５７４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（３９）（ア）配列番号３９の、塩基番号３９３から４０８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（４０）（ア）配列番号４０の、塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（４１）配列番号４１の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（４２）（ア）配列番号４２の、塩基番号３２３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（４３）（ア）配列番号４３の、塩基番号３３２から３４２の位置に存在する塩基Ａの挿入もしくは非挿入であるアレル；
（４４）（ア）配列番号４４の、塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（４５）配列番号４５の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号３７７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号４３７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（４６）（ア）配列番号４６の、塩基番号５３８から５４９の位置に存在する塩基Ｔの挿入もしくは非挿入であるアレル；
（４７）配列番号４７の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号９９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号２０５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２４１の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（４８）配列番号４８の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３０６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（４９）（ア）配列番号４９の、塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５０）配列番号５０の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３０６から３１８の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（イ）塩基番号３９２から４０９の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（５１）配列番号５１の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３９５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５２）（ア）配列番号５２の、塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５３）（ア）配列番号５３の、塩基番号１８９から１９９の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（５４）（ア）配列番号５４の、塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５５）配列番号５５の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５６）（ア）配列番号５６の、塩基番号１１４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５７）（ア）配列番号５７の、塩基番号１６１から１７１の位置に存在する１から２個の塩基Ｔの挿入もしくは非挿入であるアレル；
（５８）（ア）配列番号５８の、塩基番号１３７から１５２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（５９）（ア）配列番号５９の、塩基番号１５８から１６８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（６０）（ア）配列番号６０の、塩基番号１８９から２０４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（６１）配列番号６１の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６６から１７１の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（イ）塩基番号２２７から２３２の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル、及び
（ウ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（６２）（ア）配列番号６２の、塩基番号２６１から２７２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（６３）配列番号６３の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５から７７の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（イ）塩基番号３３７から３４６の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル；
（６４）（ア）配列番号６４の、塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル。
【請求項１４】
酵母の胞子形成を誘導し、得られた複数の減数分裂分離体に対して行なう、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
アレルの検出を請求項１〜３のいずれか１項に記載のプライマーセット、請求項７記載のオリゴヌクレオチドもしくはその標識物または請求項１０記載の固定化基板を用いて行う請求項１３または１４に記載の方法。
【請求項１６】
酵母のゲノムＤＮＡについて下記（１）から（６４）のいずれか、又は（１）から（６４）から複数個を選んだ組み合わせからなるアレルの検出を行い、その結果に基づいて酵母の菌株を選抜することを特徴とする、酵母の菌株の選抜方法：
（１）（ア）配列番号１の、塩基番号４０２〜４１４の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル； 
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３）配列番号３の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（４）配列番号４の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号３５２から３５４の位置に存在する３塩基の欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（エ）塩基番号４７２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（６）（ア）配列番号６の、塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（７）（ア）配列番号７の、塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（８）配列番号８の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（９）配列番号９の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３８６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、及び
（イ）塩基番号５３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１０）（ア）配列番号１０の、塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（１１）配列番号１１の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（１３）（ア）配列番号１３の、塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６３から１６９の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（イ）塩基番号３０８から３１７の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１７）（ア）配列番号１７の、塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１８）配列番号１８の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２０）配列番号２０の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２１）（ア）配列番号２１の、塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２２）（ア）配列番号２２の、塩基番号１８８から１９２の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（２３）配列番号２３の、（ア）から（ク）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（キ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ク）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２４）（ア）配列番号２４の、塩基番号４０９から４２２の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６８から１７８の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、
（イ）塩基番号２９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２９９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号３５５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２６）（ア）配列番号２６の、塩基番号４７３から４８４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（カ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号４３２から４４３の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（カ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（ク）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１０７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（キ）塩基番号４２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ク）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２９）（ア）配列番号２９の、塩基番号５１８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３０）配列番号３０の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（３１）配列番号３１の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３２）配列番号３２の、（ア）から（ケ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号７６から７７の位置に存在する塩基Ｃの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（イ）塩基番号１９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（キ）塩基番号２９１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ク）塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（ケ）塩基番号３６７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３３）（ア）配列番号３３の、塩基番号１８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３４）配列番号３４の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル；
（３５）配列番号３５の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル；
（３６）（ア）配列番号３６の、塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３７）（ア）配列番号３７の、塩基番号３１３から３２４の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（３８）（ア）配列番号３８の、塩基番号５６２から５７４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（３９）（ア）配列番号３９の、塩基番号３９３から４０８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（４０）（ア）配列番号４０の、塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（４１）配列番号４１の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（４２）（ア）配列番号４２の、塩基番号３２３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（４３）（ア）配列番号４３の、塩基番号３３２から３４２の位置に存在する塩基Ａの挿入もしくは非挿入であるアレル；
（４４）（ア）配列番号４４の、塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（４５）配列番号４５の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号３７７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号４３７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（４６）（ア）配列番号４６の、塩基番号５３８から５４９の位置に存在する塩基Ｔの挿入もしくは非挿入であるアレル；
（４７）配列番号４７の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号９９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号２０５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２４１の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（４８）配列番号４８の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３０６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（４９）（ア）配列番号４９の、塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５０）配列番号５０の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３０６から３１８の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（イ）塩基番号３９２から４０９の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（５１）配列番号５１の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３９５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５２）（ア）配列番号５２の、塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５３）（ア）配列番号５３の、塩基番号１８９から１９９の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（５４）（ア）配列番号５４の、塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５５）配列番号５５の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５６）（ア）配列番号５６の、塩基番号１１４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５７）（ア）配列番号５７の、塩基番号１６１から１７１の位置に存在する１から２個の塩基Ｔの挿入もしくは非挿入であるアレル；
（５８）（ア）配列番号５８の、塩基番号１３７から１５２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（５９）（ア）配列番号５９の、塩基番号１５８から１６８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（６０）（ア）配列番号６０の、塩基番号１８９から２０４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（６１）配列番号６１の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６６から１７１の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（イ）塩基番号２２７から２３２の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル、及び
（ウ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（６２）（ア）配列番号６２の、塩基番号２６１から２７２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（６３）配列番号６３の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５から７７の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（イ）塩基番号３３７から３４６の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル；
（６４）（ア）配列番号６４の、塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル。
【請求項１７】
酵母の胞子形成を誘導し、得られた複数の減数分裂分離体に対して行なう、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
アレルの検出を請求項１〜３のいずれか１項に記載のプライマーセット、請求項７記載のオリゴヌクレオチドもしくはその標識物または請求項１０記載の固定化基板を用いて行う請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
酵母のゲノムＤＮＡについて下記（１）から（３）の、少なくともいずれか１つのアレルの検出を行い、その結果に基づいて酵母を選抜する方法：
（１）配列番号１６の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２）（ア）配列番号１７の、塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３）配列番号１９の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル。
【請求項２０】
アレルの検出を請求項４〜６のいずれか１項に記載のプライマーセット、請求項８記載のオリゴヌクレオチドもしくはその標識物または請求項１０記載の固定化基板を用いて行う請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
選抜される酵母が、醸造特性として高い高級アルコール生成能を有することを特徴とする、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２２】
選抜される酵母が、醸造特性として低い高級アルコール生成能を有することを特徴とする、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２３】
選抜される酵母が、醸造特性として高い酢酸エステル生成能を有することを特徴とする、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２４】
選抜される酵母が、醸造特性として低い酢酸エステル生成能を有することを特徴とする、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２５】
酵母の菌種が、上面発酵酵母若しくは下面発酵酵母である、請求項１３〜２４のいずれか１項記載の方法。
【請求項２６】
検出が、ダイレクト・シーケンシング法、ＤＨＰＬＣ（Ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  Ｌｉｑｕｉｄ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ）法、Ｓｕｒｖｅｙｏｒ  Ｎｕｃｌｅａｓｅを用いる方法、ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ法、Ｉｎｖａｄｅｒ法、プライマー伸長法、ＳＳＣＰ（Ｓｉｎｇｌｅ  Ｓｔｒａｎｄ  Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｐｏｒｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法、及びＤＮＡチップを用いる方法からなる群より選ばれる一つまたは二つ以上の方法を用いて行われることを特徴とする、請求項１３〜２４のいずれか１項記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、求められる醸造特性と統計学的に相関関係のあるＤＮＡマーカーの選抜方法、及び、これを用いた優良ビール酵母菌株の選抜方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
ビールの種類は、酵母の種類と発酵の方法により大きく３つに分けられる。醸造所に棲み付いた酵母や微生物を利用して発酵させる自然発酵ビール、Saccharomyces cerevisiaeに属する上面発酵酵母を用いて２０〜２５℃の温度で発酵し、その後の熟成期間を短くするエールタイプのビール、およびSaccharomyces pastorianus（サッカロマイセス パストリアヌス）に属する下面発酵酵母を用いて６〜１５℃の温度で発酵させ、その後低温熟成させるラガータイプのビールの３種類である。現在世界のビール生産量の９割以上はラガータイプのビールであり、従って、このラガータイプビールの醸造に使用されている下面発酵酵母は、ビール醸造において最も広く用いられている。
【０００３】
このような酵母を用いて生産するビール発酵生産においては、発酵プロセスを最適化すること、及び有用な菌株を選択・育種することが、生産性の向上及び生産物の品質向上にとって重要である。
【０００４】
ビール醸造プロセスの最適化には、エタノールや高級アルコール類、エステル、有機酸といった酵母の代謝物をモニタリングし、発酵温度や通気量、原料組成などを制御する方法が行われている。しかしながら、これらの制御は、ビール酵母の細胞内外への物質移送及び細胞内物質代謝をブラックボックスとして扱っており、極めて表面的な制御を行っているに過ぎない。また、例えば酒類に高い香味性を付与する等の目的から、ビール醸造中の酸素供給量を抑制するプロセス制御方法等が試みられているが、この方法では酸素不足によって酵母の増殖速度自体が低下し、発酵の遅延や品質の低下等の悪影響を引き起こす場合等がある。従って、発酵プロセスの最適化によるビールの生産性及び品質の向上には限界があった。
【０００５】
一方、有用なビール酵母を育種する方法として、これまでは遺伝資源プールからの優良菌株の選抜および菌株からの優良コロニーの選抜、すなわち、導入育種法および純系分離法の手法が広く用いられてきており、積極的に優良形質をもつビール酵母を育種した例は少なかった。
【０００６】
例えば積極的な育種方法として、薬剤や放射線による人為的な突然変異誘発を利用する方法があるが、醸造用酵母、とりわけビール醸造に広く用いられている下面発酵酵母は高次倍数体であり、かかる高次倍数体の酵母においては、起こしたい変異が劣性形質である場合、変異を起こしたい対立遺伝子の全てに変異を起こさないと目的の変異株が得られない。従って、望む変異を引き起こすことは、一倍体の実験室酵母で可能であっても、高次倍数体のビール酵母では実質的には不可能である。
【０００７】
最近では遺伝子工学的な手法を用いて、目的とする遺伝子を酵母に導入・発現させることが可能になり、遺伝子の機能解析や、機能解析された遺伝子を利用して、望ましい形質をもつ酵母を育種することが可能となった。このような手法で機能解析がなされた遺伝子に関しては、特許文献１「酵母に凝集性を付与する遺伝子及びその遺伝子産物」に凝集性に関与する遺伝子の記載がなされ、特許文献２「アルコ−ルアセチルトランスフエラ−ゼ遺伝子およびその利用」に酢酸エステル生成能に関与する遺伝子の記載がなされている。ところが、このような手法で機能解析が可能な遺伝子は、非連続的な効果を持つ質的形質に関わる遺伝子に限られている。しかしながら、醸造上重要な形質の多くは、質的形質ではなく、連続的な効果を持つ量的形質である。そして量的形質は複数の遺伝子が関与することが知られ（非特許文献１参照）、従来の遺伝子工学的な手法では、量的形質に関与する遺伝子の機能解析は不可能であった。
【０００８】
農業用作物育種の分野では、量的形質に関与する遺伝子の、ＤＮＡマーカーを利用した機能解析、すなわちＱＴＬ解析が行なわれてきている。特許文献３「植物の感光性遺伝子Ｈｄ１およびその利用」に、イネの量的形質である出穂期決定に関与する遺伝子のＱＴＬ解析に関する記載がある。しかしながら、ＱＴＬ解析を行なうためには、交雑および後代の解析を行なわなくてはならないが、高次倍数体であるビール酵母では、交雑も、後代にあたる胞子の形成も、頻度が著しく低く、ＱＴＬ解析は不可能と考えられてきた。
【０００９】
また、ＱＴＬ解析を行なうためには、多型の出現するＤＮＡマーカーも必要である。酵母の遺伝子解析にＤＮＡマーカーを用いた例として、ＡＦＬＰ（Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  Ｆｒａｇｍｅｎｔ  Ｌｅｎｇｔｈ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法を用いた文献があるが（例えば、非特許文献２参照）、遺伝的に非常に近いビール酵母菌株に関しては、多型は検出されていない。ＳＮＰ（Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ、一塩基多型）は、ＤＮＡレベルのわずかな違いを識別できるため、遺伝的に非常に近い酵母菌株間でも、多型の検出が可能と考えられる。しかしながら、ＳＮＰを利用した酵母の多型検出の方法は、まだない。
【００１０】
このような理由のため、醸造上重要な形質の多くを占めるビール酵母の量的形質について、それに関与する遺伝子の同定・解析法は、未だかつてなかったのである。
【００１１】
エステルは、酒類の香味の特徴を決定する特に重要な香気成分であり、酵母によって発酵中に生成される物質である。高級アルコール類は発酵中に酵母によって生成される物質であるが、この物質は酒類の香味に影響を与えるだけでなく、重要な香気成分であるエステル生成の前駆体となり、酒類の製品中の含有量は、製品の特性に直結する重要な要因である。従来、エステルや高級アルコール生成能の高い、若しくは、低い酵母菌株を選抜するためには、発酵試験を行なう必要があった。発酵試験は時間がかかり、培養条件の影響などにより、検査結果は必ずしも信頼に値するものではなかった。
【００１２】
【特許文献１】特許第３６４３４０４号公報
【特許文献２】特許第３３６３１９７号公報
【特許文献３】特許第３６６０９６７号公報
【非特許文献１】鵜飼保雄著、「ゲノムレベルの遺伝解析  ＭＡＰとＱＴＬ」、東京大学出版会、２０００年
【非特許文献２】Ｍ．  Ａｚｕｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｙｅａｓｔ」、Ｖｏｌ．１８、ｐ．１１４５〜１１５４、２００１
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１３】
ビールや発泡酒、その他の雑酒の醸造において酵母は、アルコール発酵を行なうのみならず、様々な香気成分を生成する。酵母の菌株と麦汁成分、発酵制御法の組み合わせによって、ビールや発泡酒、その他の雑酒の香味に特徴を持たせるので、適切な醸造特性を持ったビール酵母菌株を選抜し、使用することは、適切な醸造管理を行なう上で欠かせない技術である。本発明は、醸造特性と統計学的に有意な関係にあるビール酵母のＤＮＡマーカーを発見する方法、及び、該ＤＮＡマーカーを用いて適切な醸造特性を有するビール酵母菌株を選抜する方法を提供することを目的としてなされたものである。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
本発明者らは、上記課題を解決するため鋭意研究を行った結果、ビール酵母のゲノムＤＮＡにゲノムワイドに存在する６４遺伝子座の遺伝子型について、ヘテロ接合で存在するアレルを発見した。次いでビール酵母の胞子形成を誘導することによって減数分裂を経た菌株（以降、減数体と呼ぶ）を得、各減数体ＤＮＡにおいて各遺伝子座のアレルタイプが分離することを見出した。さらには、各減数体の醸造特性とアレルタイプの統計学的関係を調べることによって、特定の醸造特性と連鎖したアレルタイプを選抜することに成功した。本発明は、この成果に基づいて完成された。
【００１５】
すなわち、本発明は以下の通りである。
【００１６】
酵母のゲノムＤＮＡについて下記（１）から（６４）のいずれか、又は（１）から（６４）から複数個を選んだ組み合わせからなるアレルの検出を行い、その結果と、菌株の醸造特性の有意な関係を統計学的に導出することを特徴とする、ＤＮＡマーカーの発見方法、及び、その結果に基づいて酵母の菌株を選抜することを特徴とする、酵母の菌株の選抜方法：
（１）（ア）配列番号１の、塩基番号４０２〜４１４の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル； 
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３）配列番号３の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（４）配列番号４の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号３５２から３５４の位置に存在する３塩基の欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（エ）塩基番号４７２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（６）（ア）配列番号６の、塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（７）（ア）配列番号７の、塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（８）配列番号８の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（９）配列番号９の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３８６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、及び
（イ）塩基番号５３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１０）（ア）配列番号１０の、塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（１１）配列番号１１の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（１３）（ア）配列番号１３の、塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６３から１６９の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（イ）塩基番号３０８から３１７の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（１７）（ア）配列番号１７の、塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１８）配列番号１８の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２０）配列番号２０の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２１）（ア）配列番号２１の、塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２２）（ア）配列番号２２の、塩基番号１８８から１９２の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（２３）配列番号２３の、（ア）から（ク）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（キ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、及び
（ク）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２４）（ア）配列番号２４の、塩基番号４０９から４２２の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６８から１７８の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、
（イ）塩基番号２９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２９９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号３５５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２６）（ア）配列番号２６の、塩基番号４７３から４８４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（カ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号４３２から４４３の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（カ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（ク）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１０５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号１０７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（エ）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（オ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（キ）塩基番号４２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ク）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（２９）（ア）配列番号２９の、塩基番号５１８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３０）配列番号３０の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号５９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（３１）配列番号３１の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３２）配列番号３２の、（ア）から（ケ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号７６から７７の位置に存在する塩基Ｃの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（イ）塩基番号１９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（エ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（オ）塩基番号２３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（キ）塩基番号２９１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ク）塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（ケ）塩基番号３６７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３３）（ア）配列番号３３の、塩基番号１８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（３４）配列番号３４の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号４１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル；
（３５）配列番号３５の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル；
（３６）（ア）配列番号３６の、塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３７）（ア）配列番号３７の、塩基番号３１３から３２４の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（３８）（ア）配列番号３８の、塩基番号５６２から５７４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（３９）（ア）配列番号３９の、塩基番号３９３から４０８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（４０）（ア）配列番号４０の、塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（４１）配列番号４１の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル；
（４２）（ア）配列番号４２の、塩基番号３２３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（４３）（ア）配列番号４３の、塩基番号３３２から３４２の位置に存在する塩基Ａの挿入もしくは非挿入であるアレル；
（４４）（ア）配列番号４４の、塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（４５）配列番号４５の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号３７７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号４３７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（４６）（ア）配列番号４６の、塩基番号５３８から５４９の位置に存在する塩基Ｔの挿入もしくは非挿入であるアレル；
（４７）配列番号４７の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号９９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴであるアレル、
（イ）塩基番号２０５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（ウ）塩基番号２４１の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴであるアレル、及び
（エ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（４８）配列番号４８の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号２７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３０６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（４９）（ア）配列番号４９の、塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５０）配列番号５０の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３０６から３１８の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（イ）塩基番号３９２から４０９の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入であるアレル；
（５１）配列番号５１の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３９５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５２）（ア）配列番号５２の、塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５３）（ア）配列番号５３の、塩基番号１８９から１９９の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（５４）（ア）配列番号５４の、塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５５）配列番号５５の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（５６）（ア）配列番号５６の、塩基番号１１４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（５７）（ア）配列番号５７の、塩基番号１６１から１７１の位置に存在する１から２個の塩基Ｔの挿入もしくは非挿入であるアレル；
（５８）（ア）配列番号５８の、塩基番号１３７から１５２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（５９）（ア）配列番号５９の、塩基番号１５８から１６８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（６０）（ア）配列番号６０の、塩基番号１８９から２０４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（６１）配列番号６１の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１６６から１７１の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル、
（イ）塩基番号２２７から２３２の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入であるアレル、及び
（ウ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（６２）（ア）配列番号６２の、塩基番号２６１から２７２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失であるアレル；
（６３）配列番号６３の、（ア）及び（イ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号６５から７７の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル、及び
（イ）塩基番号３３７から３４６の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失であるアレル；
（６４）（ア）配列番号６４の、塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル。
【００１７】
酵母のゲノムＤＮＡについて下記（１）から（３）の、少なくとも１つアレルの検出を行い、その結果に基づいて、高級アルコール生成能の高い酵母、高級アルコール生成能の低い酵母、酢酸エステル生成能の高い酵母、酢酸エステル生成能の低い酵母の少なくとも１つを選抜する方法：
（１）配列番号１６の、（ア）から（エ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル；
（２）（ア）配列番号１７の、塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴであるアレル；
（３）配列番号１９の、（ア）から（ウ）の、少なくとも１つ：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣであるアレル、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧであるアレル。
【００１８】
上記の方法においては、酵母の菌株が、１つの菌株から胞子形成を経て得られた減数体であることが望ましい。また、上記の方法においては、酵母の菌株が、上面発酵酵母若しくは下面発酵酵母であることが望ましい。
【００１９】
また、上記の方法においては、ダイレクト・シーケンシング法、ＤＨＰＬＣ（Ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  Ｌｉｑｕｉｄ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ）法、Ｓｕｒｖｅｙｏｒ  Ｎｕｃｌｅａｓｅを用いる方法、ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ法、Ｉｎｖａｄｅｒ法、プライマー伸長法、ＳＳＣＰ（Ｓｉｎｇｌｅ  Ｓｔｒａｎｄ
Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｐｏｒｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法、及びＤＮＡチップを用いる方法からなる群より選ばれる一つまたは二つ以上の方法を用いて検出を行うことができる。
【００２０】
さらに本発明は上記のアレルの検出に用いるプライマー、オリゴヌクレオチド、プライマーもしくはオリゴヌクレオチドを含むキットである。
【発明の効果】
【００２１】
本発明は、非常にデリケートな量的形質である酵母の醸造特性に関して、統計学的に有意な相関関係を有するＤＮＡマーカーの発見を可能にする。本発明によれば、環境変動を受けやすい酵母の醸造特性を、迅速かつ高精度に判定することができ、優良酵母の選抜・育種を非常に効率よく進行することができるという著効が奏される。
【００２２】
さらに本発明によれば、煩雑で不正確な発酵試験を行なわずにして、酢酸エステルや、高級アルコール生成能の高い若しくは低い酵母菌株の効率的な選抜が可能である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２３】
以下、本発明の実施の形態を説明する。本ＤＮＡマーカー発見・酵母選抜方法は、酵母の遺伝子試料におけるアレルタイプを判別し、また酵母の醸造特性を判別し、アレルタイプと醸造特性の統計学的解析を実施することによって、醸造特性のＤＮＡマーカーとして利用可能なアレルタイプを発見する方法であり、さらに判定されたアレルタイプから、酵母の菌株を選抜する方法である。
【００２４】
本発明において、アレルの検出もしくは判定またはアレルタイプの検出もしくは判定とは、本ＤＮＡマーカー発見・酵母選抜を行う酵母菌株のゲノムＤＮＡについて、ＤＮＡ多型を有するアレルを検出し、判定することをいう。この際、１対の染色体上の一方の染色体について検出する場合も両方の染色体について検出する場合も包含され、両方の染色体について検出する場合、ＤＮＡ多型部位においてホモ接合性かヘテロ接合性かの検出を含む。また、アレルの検出またはアレルタイプの検出とは、酵母菌株において、ＤＮＡ多型部位の塩基を検出、判定することでもある。
【００２５】
本発明において、ＤＮＡ多型とはＤＮＡ上の１つの塩基が他の塩基に置き換わっている場合（一塩基多型）、１つの塩基が欠失している場合、１つの塩基が挿入されている場合、複数の連続した塩基が欠失若しくは挿入されている場合を含む。
【００２６】
遺伝子試料とは、好適には、上面発酵酵母または下面発酵酵母の細胞の遺伝子（具体的には、ＤＮＡ）、またはこれを主成分として含む試料をいう。酵母細胞からの遺伝子試料の調製は、通常公知のＤＮＡの抽出・精製方法に従って行なうことが可能である。また、市販のＤＮＡの抽出・精製キットを用いて、遺伝子試料の調製を行なうことも可能である。
【００２７】
本識別方法において、酵母のアレルタイプは、配列番号１から６４までに示した配列を含む領域のＳＮＰを指標にして判別することが可能である。かかるアレルタイプの判別は、具体的には、下記の（１）から（６４）のいずれかで表される情報に基づき行なわれ得る。
【００２８】
（１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１で示される塩基配列のうち、４０２から４１４番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２で示される塩基配列のうち、５３番目、１７０番目、１８５番目、２３９番目、２９８番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３で示される塩基配列のうち、１０４番目、３２１番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４で示される塩基配列のうち、１２５番目、１４５番目、３５２から３５４番目、４７２番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（５）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５で示される塩基配列のうち、７４番目、４４６番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００２９】
（６）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号６で示される塩基配列のうち、４３１番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（７）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号７で示される塩基配列のうち、４４４番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（８）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号８で示される塩基配列のうち、４４１番目、４４４番目、４９３番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号８に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（９）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号９で示される塩基配列のうち、３８６番目、５３９番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（１０）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１０で示される塩基配列のうち、３４８番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１０に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３０】
（１１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１１で示される塩基配列のうち、１６１番目、３０９番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（１２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１２で示される塩基配列のうち、３１番目、６６番目、２２９番目、２６２番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（１３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１３で示される塩基配列のうち、２４３番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（１４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１４で示される塩基配列のうち、１６３番目から１６９番目、３０８番目から３１７番目、３５６番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（１５）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１５で示される塩基配列のうち、６９番目、４０８番目、４２９番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１５に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３１】
（１６）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１６で示される塩基配列のうち、３２５番目、３４０番目、３６８番目、４００番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（１７）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１７で示される塩基配列のうち、４４１番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（１８）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１８で示される塩基配列のうち、１０４番目、１５１番目、３４３番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１８に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（１９）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１９で示される塩基配列のうち、１９５番目、３５７番目、３６９番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２０）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２０で示される塩基配列のうち、１２６番目、２０１番目、３９８番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２０に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３２】
（２１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２１で示される塩基配列のうち、１８９番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２２で示される塩基配列のうち、１８８番目から１９２番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２３で示される塩基配列のうち、１３４番目、１３７番目、１４２番目、１６５番目、１８３番目、２１９番目、２３２番目、３３２番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２４で示される塩基配列のうち、４０９番目から４２２番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２５）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２５で示される塩基配列のうち、１６８番目から１７８番目、２９２番目、２９９番目、３５５番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２５に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３３】
（２６）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２６で示される塩基配列のうち、４７３番目から４８４番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２７）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２７で示される塩基配列のうち、６５番目、１５８番目、２３６番目、２５６番目、４３２番目から４４３番目、４７４番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２８）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２８で示される塩基配列のうち、１０５番目、１０７番目、１３２番目、２６１番目、２８２番目、３７１番目、４２５番目、５１３番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２８に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２９）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号２９で示される塩基配列のうち、５１８番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号２９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３０）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３０で示される塩基配列のうち、５９番目、２８７番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３０に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３４】
（３１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３１で示される塩基配列のうち、９１番目、１４０番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３２で示される塩基配列のうち、７６番目から７７番目、１９２番目、２１９番目、２２８番目、２３１番目、２３９番目、２９１番目、３５９番目から３６４番目、３６７番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３３で示される塩基配列のうち、１８２番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３４で示される塩基配列のうち、４１８番目、４２０番目、４８５番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３５）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３５で示される塩基配列のうち、２０９番目、３７９番目、５５１番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３５に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３５】
（３６）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３６で示される塩基配列のうち、２２２番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３７）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３７で示される塩基配列のうち、３１３番目から３２４番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３８）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３８で示される塩基配列のうち、５６２番目から５７４番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３８に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３９）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号３９で示される塩基配列のうち、３９３番目から４０８番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号３９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（４０）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４０で示される塩基配列のうち、４００番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４０に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３６】
（４１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４１で示される塩基配列のうち、２０４番目、２４９番目、３８９番目、４４６番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（４２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４２で示される塩基配列のうち、３２３番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（４３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４３で示される塩基配列のうち、３３２番目から３４２番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（４４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４４で示される塩基配列のうち、１６０番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（４５）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４５で示される塩基配列のうち、２６０番目、３７７番目、３９８番目、４３７番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４５に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３７】
（４６）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４６で示される塩基配列のうち、５３８番目から５４９番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（４７）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４７で示される塩基配列のうち、９９番目、２０５番目、２４１番目、３７８番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（４８）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４８で示される塩基配列のうち、２４９番目、２７１番目、３０６番目、５１３番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４８に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（４９）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号４９で示される塩基配列のうち、３０９番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号４９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（５０）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５０で示される塩基配列のうち、３０６番目から３１８番目、３９２番目から４０９番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５０に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３８】
（５１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５１で示される塩基配列のうち、２２８番目、３９５番目、３９６番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（５２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５２で示される塩基配列のうち、２１６番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（５３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５３で示される塩基配列のうち、１８９番目から１９９番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（５４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５４で示される塩基配列のうち、１６２番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（５５）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５５で示される塩基配列のうち、３４番目、３３６番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５５に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００３９】
（５６）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５６で示される塩基配列のうち、１１４番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（５７）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５７で示される塩基配列のうち、１６１番目から１７１番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（５８）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５８で示される塩基配列のうち、１３７番目から１５２番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５８に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（５９）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号５９で示される塩基配列のうち、１５８番目から１６８番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号５９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（６０）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号６０で示される塩基配列のうち、１８９番目から２０４番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号６０に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００４０】
（６１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号６１で示される塩基配列のうち、１６６番目から１７１番目、２２７番目から２３２番目、２８７番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号６１に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（６２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号６２で示される塩基配列のうち、２６１番目から２７２番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号６２に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（６３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号６３で示される塩基配列のうち、６５番目から７７番目、３３７番目から３４６番目のいずれかまたは複数の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号６３に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（６４）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号６４で示される塩基配列のうち、３６１番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号６４に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００４１】
【表１】
2007043908.tif 000002
【００４２】
上記（１）から（６４）の方法は、ＳＮＰの存在に感受性が認められる手段を駆使することにより得ることができる。具体的には、ダイレクト・シーケンシング法、ＤＨＰＬＣ（Ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  Ｌｉｑｕｉｄ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ）法、Ｓｕｒｖｅｙｏｒ  Ｎｕｃｌｅａｓｅを用いる方法、ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ法、Ｉｎｖａｄｅｒ法、プライマー伸長法、ＳＳＣＰ（Ｓｉｎｇｌｅ  Ｓｔｒａｎｄ  Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｐｏｒｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）法、ＤＮＡチップを用いる方法等を例示することができる。ＤＨＰＬＣ法及びＳｕｒｖｅｙｏｒ  Ｎｕｃｌｅａｓｅを用いる方法については、Ｔｒａｎｓｇｅｎｏｍｉｃ社（ＵＳＡ）の製品を用い、そのプロトコールに従って行なうことができる。ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ法及びＩｎｖａｄｅｒ法に関しては、例えば「ＳＮＰ  遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．９４〜１０５の記載に従って、またプライマー伸長法に関しては、例えば「ＳＮＰ  遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．１０６〜１１７の記載に従って、それぞれ行なうことができる。ＳＳＣＰ法に関しては、例えばＢｉｏ  Ｒａｄ社（ＵＳＡ）のＤＣｏｄｅシステムを用いて、そのプロトコールに従って行なうことができる。ＤＮＡチップを用いる方法に関しては、例えば「ＳＮＰ  遺伝子多型の戦略」（編集：中村祐輔、中山書店）ｐ．１２８〜１３５の記載に従って行なうことができる。その際、ＤＮＡチップに貼り付けるオリゴヌクレオチドプローブとしては、後述のＳＮＰの存在する塩基を含む５〜５０ヌクレオチドを用いることができる。最も典型的、かつ、好適な手段として、配列番号（１）から（６４）のいずれかを含む領域を後述の増幅可能な遺伝子増幅用プライマーを用いて増幅し、ＢｉｇＤｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  ｖ３．１  Ｃｙｃｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｋｉｔ（アプライドバイオシステムズ）及びＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲシステム９７００（アプライドバイオシステムズ）を用いて、定法に従って遺伝子増幅産物のＤＮＡ塩基配列をダイレクト・シーケンシング法により決定し、所望するアレルタイプの判別方法として用いる方法が挙げられる。
【００４３】
酵母の胞子形成誘導および減数体取得は、例えばＹ．Ｔａｍａｉの記載した方法によって実施することができる（Y. Tamai, K. Tanaka, Y. Kaneko & S. Harashima, 2001, HO gene polymorphism in Saccharomyces industrial yeasts and application of novel HO genes to convert homothallism to heterothallism in combination with the mating-type detection cassette, Appl. Microbiol. Biotechnol., 55, 333-340）。
【００４４】
酵母の醸造特性評価は、実際に酵母を用いて麦汁を発酵させることによって実施することができる。例えば、酵母によるイソアミルアルコール、イソブタノール、n-プロパノールなどの高級アルコール類や、酢酸エチル、酢酸イソアミルなどの酢酸エステル類、アセトアルデヒド生成能は、発酵後の発酵液から、ガスクロマトグラフィーを用いて、ヘッドスペース法によって実施することができる。その際の測定条件は、例えば、特許第３３６３１９８号公報「エステル香味の低減した酒類の製造」に記載された方法を採用することができる。
【００４５】
菌株のアレルタイプと醸造特性の統計学的解析には、各アレルタイプの菌株の醸造特性の差の検定を行なえる方法、例えば、スチューデントのｔ検定、ワルド・ウォルフォヴィッツの連の検定、マン・ホイットニーのＵ検定、コルモゴロフ・スミルノフの検定を用いることができる。これらの検定は、例えばＳＴＡＴＩＳＴＩＣＡ等の市販の統計ソフトウエアを用いて、容易に行なうことができる。最も典型的、かつ、好適な手段として、（１）から（６４）の中の複数のアレル情報について、各アレルタイプの醸造特性の評価値に関して、ＳＴＡＴＩＳＴＩＣＡを用いてスチューデントのt検定を行なう方法を挙げることができる。
【００４６】
酢酸エステル生成能や高級アルコール生成能に関する酵母の選抜には、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１９のいずれか少なくとも１つに示した配列を含む領域のＤＮＡ多型を指標にして、判別することが可能である。かかるアレルタイプの判別は、具体的には、下記の（１）から（３）のいずれか少なくとも１つに表される情報に基づき行なわれ得る。以下のアレルタイプについての判定を行うことにより、酵母菌株の酢酸エステル生成能や高級アルコール生成能に関する特性を予測することができ、所望の特性を有する酵母菌株を選抜することができる。所望の特性としては、酢酸エステル生成能が高いという特性または低いという特性や、高級アルコール生成能が高いという特性または低いという特性が挙げられる。
【００４７】
（１）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１６で示される塩基配列のうち、３２５番目、３４０番目、３６８番目、４００番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１６に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（２）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１７で示される塩基配列のうち、４４１番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１７に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
（３）遺伝子試料に含まれる核酸が、配列番号１９で示される塩基配列のうち、１９５番目、３５７番目、３６９番目の塩基を含む塩基配列が、表１に示されるいずれのアレルタイプの塩基配列を保有する核酸であるかについての情報（配列番号１９に示した配列を含む領域に関するアレルタイプの判別情報）。
【００４８】
以上、サッカロマイセス・セレビシエに属する上面発酵酵母、サッカロマイセス・パストリアヌスに属する下面発酵酵母を例にとって、そのＤＮＡマーカー発見・酵母選抜方法を説明したが、本発明においては、酵母は、サッカロマイセス・セレビシエ、またはサッカロマイセス・パストリアヌスに属する酵母であれば、すべての酵母が使用可能である。例えば本発明は、上面発酵酵母や下面発酵酵母の実用酵母に使用できるほか、清酒酵母、ワイン酵母、焼酎酵母、ウイスキー酵母にも適用できる。
【００４９】
本発明は上記のアレルを判別し、その結果と菌株の醸造特性の有意な関係を統計学的に導出することによってＤＮＡマーカーを発見し、また、酵母を選別するのに用いるプライマーを包含する。
【００５０】
プライマーは、特定のＤＮＡ多型を含むDNAを増幅するのに用いられ、該ＤＮＡ多型部
位の5’側の塩基配列からなるプライマーおよび3’側の塩基配列からなるプライマーの一対のプライマーセットとして設計することができる。プライマーを構成する塩基の数は５〜５０、好ましくは１０〜３０、さらに好ましくは１５〜２５である。増幅させる塩基配列の長さは限定されない。本発明のＤＮＡ多型部位は、酵母ゲノムＤＮＡの６４の領域中に存在しその総計は１４８部位である。プライマーは、１４８のＤＮＡ多型部位の少なくとも１つの部位を含む塩基配列を増幅することができればよい。また、近傍に存在するＤＮＡ多型部位の場合は、１対のプライマーで複数のＤＮＡ多型部位を含む塩基配列を増幅してもよい。プライマーを用いたＤＮＡの増幅は、公知の手法で行うことができる。
【００５１】
本発明のプライマーセットとして、例えば以下のプライマーセットが挙げられる。
【００５２】
酵母ゲノムＤＮＡ上の多型部位を含むＤＮＡ断片の増幅に用いる少なくとも一対のプライマーセットであって、多型部位が以下の（１）（ア）から（６４）（ア）の１４８個のＤＮＡ多型部位の少なくとも１つであって、プライマーが配列番号１から６４の塩基配列のうちの以下の（１）（ア）から（６４）（ア）のＤＮＡ多型部位のうちの少なくとも１つの多型部位の3’側および5’側に存在する１０から３０塩基からなる部分配列からなる、ＤＮＡ断片の増幅に用い得る一対のプライマーセット：
（１）配列番号１の、（ア）：
（ア）塩基番号４０２〜４１４の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３）配列番号３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４）配列番号４の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３５２から３５４の位置に存在する３塩基の欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（エ）塩基番号４７２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６）配列番号６の、（ア）：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（７）配列番号７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（８）配列番号８の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（９）配列番号９の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３８６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号５３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１０）配列番号１０の、（ア）：
（ア）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１１）配列番号１１の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１３）配列番号１３の、（ア）：
（ア）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６３から１６９の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号３０８から３１７の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１７）配列番号１７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１８）配列番号１８の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２０）配列番号２０の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２１）配列番号２１の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２２）配列番号２２の、（ア）：
（ア）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２３）配列番号２３の、（ア）から（ク）：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ク）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２４）配列番号２４の、（ア）：
（ア）塩基番号４０９から４２２の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号１６８から１７８の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位、
（イ）塩基番号２９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２９９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号３５５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２６）配列番号２６の、（ア）：
（ア）塩基番号４７３から４８４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（カ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号４３２から４４３の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（カ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（ク）：
（ア）塩基番号１０５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１０７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号４２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ク）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２９）配列番号２９の、（ア）：
（ア）塩基番号５１８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３０）配列番号３０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号５９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３１）配列番号３１の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３２）配列番号３２の、（ア）から（ケ）：
（ア）塩基番号７６から７７の位置に存在する塩基Ｃの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号１９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号２９１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（ケ）塩基番号３６７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３３）配列番号３３の、（ア）：
（ア）塩基番号１８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３４）配列番号３４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号４１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３５）配列番号３５の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（３６）配列番号３６の、（ア）：
（ア）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３７）配列番号３７の、（ア）：
（ア）塩基番号３１３から３２４の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（３８）配列番号３８の、（ア）：
（ア）塩基番号５６２から５７４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（３９）配列番号３９の、（ア）：
（ア）塩基番号３９３から４０８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（４０）配列番号４０の、（ア）：
（ア）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４１）配列番号４１の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４２）配列番号４２の、（ア）：
（ア）塩基番号３２３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４３）配列番号４３の、（ア）：
（ア）塩基番号３３２から３４２の位置に存在する塩基Ａの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（４４）配列番号４４の、（ア）：
（ア）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４５）配列番号４５の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３７７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４３７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４６）配列番号４６の、（ア）：
（ア）塩基番号５３８から５４９の位置に存在する塩基Ｔの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（４７）配列番号４７の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号９９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２４１の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４８）配列番号４８の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３０６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４９）配列番号４９の、（ア）：
（ア）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５０）配列番号５０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３０６から３１８の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（イ）塩基番号３９２から４０９の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位；
（５１）配列番号５１の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３９５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５２）配列番号５２の、（ア）：
（ア）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５３）配列番号５３の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９から１９９の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（５４）配列番号５４の、（ア）：
（ア）塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５５）配列番号５５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５６）配列番号５６の、（ア）：
（ア）塩基番号１１４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５７）配列番号５７の、（ア）：
（ア）塩基番号１６１から１７１の位置に存在する１から２個の塩基Ｔの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（５８）配列番号５８の、（ア）：
（ア）塩基番号１３７から１５２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（５９）配列番号５９の、（ア）：
（ア）塩基番号１５８から１６８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６０）配列番号６０の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９から２０４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６１）配列番号６１の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６６から１７１の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号２２７から２３２の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、及び
（ウ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６２）配列番号６２の、（ア）：
（ア）塩基番号２６１から２７２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６３）配列番号６３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号６５から７７の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（イ）塩基番号３３７から３４６の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位；
（６４）配列番号６４の、（ア）：
（ア）塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位。
【００５３】
さらに、一度に配列番号１から６４に示す塩基配列に含まれるＤＮＡ多型部位の全部を含む配列を増幅し得るプライマーセットも含まれ、そのようなプライマーセットとして、例えば以下のプライマーセットが挙げられる。
【００５４】
一対のプライマーセットが以下の（１）から（６４）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなるプライマーセット：
（１）配列番号１の塩基番号４０２の5’側のプライマーおよび配列番号１の塩基番号４１４の3’側のプライマー；
（２）配列番号２の塩基番号５３の5’側のプライマーおよび配列番号２の塩基番号２９８の3’側のプライマー；
（３）配列番号３の塩基番号１０４の5’側のプライマーおよび配列番号３の塩基番号３２１の3’側のプライマー；
（４）配列番号４の塩基番号１２５の5’側のプライマーおよび配列番号４の塩基番号４７２の3’側のプライマー；
（５）配列番号５の塩基番号７４の5’側のプライマーおよび配列番号５の塩基番号４４６の3’側のプライマー；
（６）配列番号６の塩基番号４３１の5’側のプライマーおよび配列番号６の塩基番号４３１の3’側のプライマー；
（７）配列番号７の塩基番号４４４の5’側のプライマーおよび配列番号７の塩基番号４４４の3’側のプライマー；
（８）配列番号８の塩基番号４４１の5’側のプライマーおよび配列番号８の塩基番号４９３の3’側のプライマー；
（９）配列番号９の塩基番号３８６の5’側のプライマーおよび配列番号９の塩基番号５３９の3’側のプライマー；
（１０）配列番号１０の塩基番３４８の5’側のプライマーおよび配列番号１０の塩基番号３４８の3’側のプライマー；
（１１）配列番号１１の塩基番号１６１の5’側のプライマーおよび配列番号１１の塩基番号３０９の3’側のプライマー；
（１２）配列番号１２の塩基番号３１の5’側のプライマーおよび配列番号１２の塩基番号２６２の3’側のプライマー；
（１３）配列番号１３の塩基番号２４３の5’側のプライマーおよび配列番号１３の塩基番号２４３の3’側のプライマー；
（１４）配列番号１４の塩基番号１６３の5’側のプライマーおよび配列番号１４の塩基番号３５６の3’側のプライマー；
（１５）配列番号１５の塩基番号６９の5’側のプライマーおよび配列番号１５の塩基番号４２９の3’側のプライマー；
（１６）配列番号１６の塩基番号３２５の5’側のプライマーおよび配列番号１６の塩基番号４００の3’側のプライマー；
（１７）配列番号１７の塩基番号４４１の5’側のプライマーおよび配列番号１７の塩基番号４４１の3’側のプライマー；
（１８）配列番号１８の塩基番号１０４の5’側のプライマーおよび配列番号１８の塩基番号３４３の3’側のプライマー；
（１９）配列番号１９の塩基番号１９５の5’側のプライマーおよび配列番号１９の塩基番号３６９の3’側のプライマー；
（２０）配列番号２０の塩基番号１２６の5’側のプライマーおよび配列番号２０の塩基番号３９８の3’側のプライマー；
（２１）配列番号２１の塩基番号１８９の5’側のプライマーおよび配列番号２１の塩基番号１８９の3’側のプライマー；
（２２）配列番号２２の塩基番号１８８の5’側のプライマーおよび配列番号２２の塩基番号１９２の3’側のプライマー；
（２３）配列番号２３の塩基番号１３４の5’側のプライマーおよび配列番号２３の塩基番号３３２の3’側のプライマー；
（２４）配列番号２４の塩基番号４０９の5’側のプライマーおよび配列番号２４の塩基番号４２２の3’側のプライマー；
（２５）配列番号２５の塩基番号１６８の5’側のプライマーおよび配列番号２５の塩基番号３５５の3’側のプライマー；
（２６）配列番号２６の塩基番号４７３の5’側のプライマーおよび配列番号２６の塩基番号４８４の3’側のプライマー；
（２７）配列番号２７の塩基番号６５の5’側のプライマーおよび配列番号２７の塩基番 号４７４の3’側のプライマー；
（２８）配列番号２８の塩基番号１０５の5’側のプライマーおよび配列番号２８の塩基番号５１３の3’側のプライマー；
（２９）配列番号２９の塩基番号５１８の5’側のプライマーおよび配列番号２９の塩基番号５１８の3’側のプライマー；
（３０）配列番号３０の塩基番号５９の5’側のプライマーおよび配列番号３０の塩基番号２８７の3’側のプライマー；
（３１）配列番号３１の塩基番号９１の5’側のプライマーおよび配列番号３１の塩基番号１４０の3’側のプライマー；
（３２）配列番号３２の塩基番号７６の5’側のプライマーおよび配列番号３２の塩基番号３６７の3’側のプライマー；
（３３）配列番号３３の塩基番号１８２の5’側のプライマーおよび配列番号３３の塩基番号１８２の3’側のプライマー。
（３４）配列番号３４の塩基番号４１８の5’側のプライマーおよび配列番号３４の塩基番号４８５の3’側のプライマー。
（３５）配列番号３５の塩基番号２０９の5’側のプライマーおよび配列番号３５の塩基番号５５１の3’側のプライマー。
（３６）配列番号３６の塩基番号２２２の5’側のプライマーおよび配列番号３６の塩基番号２２２の3’側のプライマー。
（３７）配列番号３７の塩基番号３１３の5’側のプライマーおよび配列番号３７の塩基番号３２４の3’側のプライマー。
（３８）配列番号３８の塩基番号５６２の5’側のプライマーおよび配列番号３８の塩基番号５７４の3’側のプライマー。
（３９）配列番号３９の塩基番号３９３の5’側のプライマーおよび配列番号３９の塩基番号４０８の3’側のプライマー。
（４０）配列番号４０の塩基番号４００の5’側のプライマーおよび配列番号４０の塩基番号４００の3’側のプライマー。
（４１）配列番号４１の塩基番号２０４の5’側のプライマーおよび配列番号４１の塩基番号４４６の3’側のプライマー。
（４２）配列番号４２の塩基番号３２３の5’側のプライマーおよび配列番号４２の塩基番号３２３の3’側のプライマー。
（４３）配列番号４３の塩基番号３３２の5’側のプライマーおよび配列番号４３の塩基番号３４２の3’側のプライマー。
（４４）配列番号４４の塩基番号１６０の5’側のプライマーおよび配列番号４４の塩基番号１６０の3’側のプライマー。
（４５）配列番号４５の塩基番号２６０の5’側のプライマーおよび配列番号４５の塩基番号４３７の3’側のプライマー。
（４６）配列番号４６の塩基番号５３８の5’側のプライマーおよび配列番号４６の塩基番号５４９の3’側のプライマー。
（４７）配列番号４７の塩基番号９９の5’側のプライマーおよび配列番号４７の塩基番号３７８の3’側のプライマー。
（４８）配列番号４８の塩基番号２４９の5’側のプライマーおよび配列番号４８の塩基番号５１３の3’側のプライマー。
（４９）配列番号４９の塩基番号３０９の5’側のプライマーおよび配列番号４９の塩基番号３０９の3’側のプライマー。
（５０）配列番号５０の塩基番号３０６の5’側のプライマーおよび配列番号５０の塩基番号４０９の3’側のプライマー。
（５１）配列番号５１の塩基番号２２８の5’側のプライマーおよび配列番号５１の塩基番号３９６の3’側のプライマー。
（５２）配列番号５２の塩基番号２１６の5’側のプライマーおよび配列番号５２の塩基番号２１６の3’側のプライマー。
（５３）配列番号５３の塩基番号１８９の5’側のプライマーおよび配列番号５３の塩基番号１９９の3’側のプライマー。
（５４）配列番号５４の塩基番号１６２の5’側のプライマーおよび配列番号５４の塩基番号１６２の3’側のプライマー。
（５５）配列番号５５の塩基番号３４の5’側のプライマーおよび配列番号５５の塩基番号３３６の3’側のプライマー。
（５６）配列番号５６の塩基番号１１４の5’側のプライマーおよび配列番号５６の塩基番号１１４の3’側のプライマー。
（５７）配列番号５７の塩基番号１６１の5’側のプライマーおよび配列番号５７の塩基番号１７１の3’側のプライマー。
（５８）配列番号５８の塩基番号１３７の5’側のプライマーおよび配列番号５８の塩基番号１５２の3’側のプライマー。
（５９）配列番号５９の塩基番号１５８の5’側のプライマーおよび配列番号５９の塩基番号１６８の3’側のプライマー。
（６０）配列番号６０の塩基番号１８９の5’側のプライマーおよび配列番号６０の塩基番号２０４の3’側のプライマー。
（６１）配列番号６１の塩基番号１６６の5’側のプライマーおよび配列番号６１の塩基番号２８７の3’側のプライマー。
（６２）配列番号６２の塩基番号２６１の5’側のプライマーおよび配列番号６２の塩基番号２７２の3’側のプライマー。
（６３）配列番号６３の塩基番号６５の5’側のプライマーおよび配列番号６３の塩基番号３４６の3’側のプライマー。
（６４）配列番号６４の塩基番号３６１の5’側のプライマーおよび配列番号６４の塩基番号３６１の3’側のプライマー。
【００５５】
上記プライマーセットの一例として配列番号１から６４のそれぞれの配列全てを増幅し得える配列が挙げられ、以下に示す配列の組合せである。
【００５６】
一対のプライマーセットが、以下の（１）から（６４）の組合せのうちの少なくとも１つの組み合わせからなるプライマーセット：
（１）配列番号６５及び配列番号６６の組み合わせ；
（２）配列番号６７及び配列番号６８の組み合わせ；
（３）配列番号６９及び配列番号７０の組み合わせ；
（４）配列番号７１及び配列番号７２の組み合わせ；
（５）配列番号７３及び配列番号７４の組み合わせ；
（６）配列番号７５及び配列番号７６の組み合わせ；
（７）配列番号７７及び配列番号７８の組み合わせ；
（８）配列番号７９及び配列番号８０の組み合わせ；
（９）配列番号８１及び配列番号８２の組み合わせ；
（１０）配列番号８３及び配列番号８４の組み合わせ；
（１１）配列番号８５及び配列番号８６の組み合わせ；
（１２）配列番号８７及び配列番号８８の組み合わせ；
（１３）配列番号８９及び配列番号９０の組み合わせ；
（１４）配列番号９１及び配列番号９２の組み合わせ；
（１５）配列番号９３及び配列番号９４の組み合わせ；
（１６）配列番号９５及び配列番号９６の組み合わせ；
（１７）配列番号９７及び配列番号９８の組み合わせ；
（１８）配列番号９９及び配列番号１００の組み合わせ；
（１９）配列番号１０１及び配列番号１０２の組み合わせ；
（２０）配列番号１０３及び配列番号１０４の組み合わせ；
（２１）配列番号１０５及び配列番号１０６の組み合わせ；
（２２）配列番号１０７及び配列番号１０８の組み合わせ；
（２３）配列番号１０９及び配列番号１１０の組み合わせ；
（２４）配列番号１１１及び配列番号１１２の組み合わせ；
（２５）配列番号１１３及び配列番号１１４の組み合わせ；
（２６）配列番号１１５及び配列番号１１６の組み合わせ；
（２７）配列番号１１７及び配列番号１１８の組み合わせ；
（２８）配列番号１１９及び配列番号１２０の組み合わせ；
（２９）配列番号１２１及び配列番号１２２の組み合わせ；
（３０）配列番号１２３及び配列番号１２４の組み合わせ；
（３１）配列番号１２５及び配列番号１２６の組み合わせ；
（３２）配列番号１２７及び配列番号１２８の組み合わせ；
（３３）配列番号１２９及び配列番号１３０の組み合わせ；
（３４）配列番号１３１及び配列番号１３２の組み合わせ；
（３５）配列番号１３３及び配列番号１３４の組み合わせ；
（３６）配列番号１３５及び配列番号１３６の組み合わせ；
（３７）配列番号１３７及び配列番号１３８の組み合わせ；
（３８）配列番号１３９及び配列番号１４０の組み合わせ；
（３９）配列番号１４１及び配列番号１４２の組み合わせ；
（４０）配列番号１４３及び配列番号１４４の組み合わせ；
（４１）配列番号１４５及び配列番号１４６の組み合わせ；
（４２）配列番号１４７及び配列番号１４８の組み合わせ；
（４３）配列番号１４９及び配列番号１５０の組み合わせ；
（４４）配列番号１５１及び配列番号１５２の組み合わせ；
（４５）配列番号１５３及び配列番号１５４の組み合わせ；
（４６）配列番号１５５及び配列番号１５６の組み合わせ；
（４７）配列番号１５７及び配列番号１５８の組み合わせ；
（４８）配列番号１５９及び配列番号１６０の組み合わせ；
（４９）配列番号１６１及び配列番号１６２の組み合わせ；
（５０）配列番号１６３及び配列番号１６４の組み合わせ；
（５１）配列番号１６５及び配列番号１６６の組み合わせ；
（５２）配列番号１６７及び配列番号１６８の組み合わせ；
（５３）配列番号１６９及び配列番号１７０の組み合わせ；
（５４）配列番号１７１及び配列番号１７２の組み合わせ；
（５５）配列番号１７３及び配列番号１７４の組み合わせ；
（５６）配列番号１７５及び配列番号１７６の組み合わせ；
（５７）配列番号１７７及び配列番号１７８の組み合わせ；
（５８）配列番号１７９及び配列番号１８０の組み合わせ；
（５９）配列番号１８１及び配列番号１８２の組み合わせ；
（６０）配列番号１８３及び配列番号１８４の組み合わせ；
（６１）配列番号１８５及び配列番号１８６の組み合わせ；
（６２）配列番号１８７及び配列番号１８８の組み合わせ；
（６３）配列番号１８９及び配列番号１９０の組み合わせ；
（６４）配列番号１９１及び配列番号１９２の組み合わせ。
【００５７】
さらに、本発明は上記のアレルを検出、判別し、その結果と菌株の醸造特性の有意な関係を統計学的に導出することによってＤＮＡマーカーを発見し、また、酵母を選別するのに用いる用いるオリゴヌクレオチドまたはその標識物を包含する。オリゴヌクレオチドは、酵母の一塩基多型部位を含む塩基配列または該塩基配列に相補的な塩基配列からなるＤＮＡ断片からなる。該オリゴヌクレオチドはＤＮＡ多型を検出するためのプローブとして利用できる。アレルの検出、判別に用いるオリゴヌクレオチドを構成する塩基の数は５〜５０、好ましくは１０〜３０、さらに好ましくは１５〜２５である。アレルの判別は該プローブを用いたハイブリダイゼーションアッセイにより行うことができる。本発明のオリゴヌクレオチドは化学合成により作製することもできるし、上記プライマーを用いてPCRにより遺伝子を増幅させた増幅産物として作製することもできる。本発明のプローブは、検出のために蛍光物質、酵素、放射性同位体、化学発光物質等で標識されていてもよい。標識に用いる標識物質は、公知のものを用い、公知の方法で標識することができる。蛍光物質としては、例えば、Cy3、Cy5、ローダミン、フルオレセイン等が挙げられる。
【００５８】
本発明のオリゴヌクレオチドとして例えば以下のオリゴヌクレオチドが挙げられる。
【００５９】
酵母ゲノムＤＮＡ上の多型部位を含むＤＮＡ断片からなるオリゴヌクレオチドまたはその標識物であって、ＤＮＡ多型部位が以下の（１）（ア）から（６４）（ア）の１４８個のＤＮＡ多型部位の少なくとも１つであって、配列番号１から６４の塩基配列のうちの以下の（１）（ア）から（６４）（ア）のＤＮＡ多型部位のうちの少なくとも１つの多型部位を含む１０から３０塩基からなる部分配列またはその部分配列に相補的な配列からなるオリゴヌクレオチドまたはその標識物：
（１）配列番号１の、（ア）：
（ア）塩基番号４０２〜４１４の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２）配列番号２の、（ア）から（オ）：
（ア）塩基番号５３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１７０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１８５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（オ）塩基番号２９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３）配列番号３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３２１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４）配列番号４の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号１２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１４５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３５２から３５４の位置に存在する３塩基の欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（エ）塩基番号４７２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５）配列番号５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６）配列番号６の、（ア）：
（ア）塩基番号４３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（７）配列番号７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（８）配列番号８の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４４４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４９３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（９）配列番号９の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３８６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号５３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１０）配列番号１０の、（ア）：
（ア）塩基番号３４８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１１）配列番号１１の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号１６１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１２）配列番号１２の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号６６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２２９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号２６２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１３）配列番号１３の、（ア）：
（ア）塩基番号２４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１４）配列番号１４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６３から１６９の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号３０８から３１７の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位、及び
（ウ）塩基番号３５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（１５）配列番号１５の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４０８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４２９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１６）配列番号１６の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号３２５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３６８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（１７）配列番号１７の、（ア）：
（ア）塩基番号４４１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１８）配列番号１８の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３４３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（１９）配列番号１９の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１９５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３５７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３６９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２０）配列番号２０の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１２６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（２１）配列番号２１の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２２）配列番号２２の、（ア）：
（ア）塩基番号１８８から１９２の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２３）配列番号２３の、（ア）から（ク）：
（ア）塩基番号１３４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１３７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１４２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号１６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号１８３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号２３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ク）塩基番号３３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２４）配列番号２４の、（ア）：
（ア）塩基番号４０９から４２２の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（２５）配列番号２５の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号１６８から１７８の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位、
（イ）塩基番号２９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２９９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号３５５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２６）配列番号２６の、（ア）：
（ア）塩基番号４７３から４８４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位；
（２７）配列番号２７の、（ア）から（カ）：
（ア）塩基番号６５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１５８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２３６の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２５６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号４３２から４４３の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（カ）塩基番号４７４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２８）配列番号２８の、（ア）から（ク）：
（ア）塩基番号１０５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号１０７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号１３２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２８２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号３７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号４２５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ク）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（２９）配列番号２９の、（ア）：
（ア）塩基番号５１８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３０）配列番号３０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号５９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３１）配列番号３１の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号９１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号１４０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３２）配列番号３２の、（ア）から（ケ）：
（ア）塩基番号７６から７７の位置に存在する塩基Ｃの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号１９２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２１９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（エ）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（オ）塩基番号２３１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（カ）塩基番号２３９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（キ）塩基番号２９１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ク）塩基番号３５９から３６４の位置に存在する塩基Ａの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（ケ）塩基番号３６７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３３）配列番号３３の、（ア）：
（ア）塩基番号１８２の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３４）配列番号３４の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号４１８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号４２０の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号４８５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位；
（３５）配列番号３５の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号２０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３７９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号５５１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＣである一塩基多型部位；
（３６）配列番号３６の、（ア）：
（ア）塩基番号２２２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（３７）配列番号３７の、（ア）：
（ア）塩基番号３１３から３２４の位置に存在する１から３個の塩基Ａの挿入若しくは非挿入である多型部位；
（３８）配列番号３８の、（ア）：
（ア）塩基番号５６２から５７４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（３９）配列番号３９の、（ア）：
（ア）塩基番号３９３から４０８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（４０）配列番号４０の、（ア）：
（ア）塩基番号４００の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４１）配列番号４１の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２０４の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３８９の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４４６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４２）配列番号４２の、（ア）：
（ア）塩基番号３２３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４３）配列番号４３の、（ア）：
（ア）塩基番号３３２から３４２の位置に存在する塩基Ａの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（４４）配列番号４４の、（ア）：
（ア）塩基番号１６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４５）配列番号４５の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２６０の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３７７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３９８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号４３７の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４６）配列番号４６の、（ア）：
（ア）塩基番号５３８から５４９の位置に存在する塩基Ｔの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（４７）配列番号４７の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号９９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＴである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２０５の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号２４１の位置に存在する塩基Ｇ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号３７８の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（４８）配列番号４８の、（ア）から（エ）：
（ア）塩基番号２４９の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号２７１の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、
（ウ）塩基番号３０６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、及び
（エ）塩基番号５１３の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（４９）配列番号４９の、（ア）：
（ア）塩基番号３０９の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５０）配列番号５０の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３０６から３１８の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（イ）塩基番号３９２から４０９の位置に存在する塩基Ａの挿入若しくは非挿入である一塩基多型部位；
（５１）配列番号５１の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号２２８の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位、
（イ）塩基番号３９５の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（ウ）塩基番号３９６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５２）配列番号５２の、（ア）：
（ア）塩基番号２１６の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５３）配列番号５３の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９から１９９の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（５４）配列番号５４の、（ア）：
（ア）塩基番号１６２の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５５）配列番号５５の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号３４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位、及び
（イ）塩基番号３３６の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位；
（５６）配列番号５６の、（ア）：
（ア）塩基番号１１４の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（５７）配列番号５７の、（ア）：
（ア）塩基番号１６１から１７１の位置に存在する１から２個の塩基Ｔの挿入もしくは非挿入である多型部位；
（５８）配列番号５８の、（ア）：
（ア）塩基番号１３７から１５２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（５９）配列番号５９の、（ア）：
（ア）塩基番号１５８から１６８の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６０）配列番号６０の、（ア）：
（ア）塩基番号１８９から２０４の位置に存在する塩基Ａの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６１）配列番号６１の、（ア）から（ウ）：
（ア）塩基番号１６６から１７１の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、
（イ）塩基番号２２７から２３２の位置に存在する塩基Ｔの挿入若しくは非挿入である多型部位、及び
（ウ）塩基番号２８７の位置に存在する塩基Ｃ若しくはＴである一塩基多型部位；
（６２）配列番号６２の、（ア）：
（ア）塩基番号２６１から２７２の位置に存在する塩基Ｔの欠失もしくは非欠失である多型部位；
（６３）配列番号６３の、（ア）及び（イ）：
（ア）塩基番号６５から７７の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位、及び
（イ）塩基番号３３７から３４６の位置に存在する塩基Ｔの欠失若しくは非欠失である多型部位；
（６４）配列番号６４の、（ア）：
（ア）塩基番号３６１の位置に存在する塩基Ａ若しくはＧである一塩基多型部位。
【００６０】
上記のオリゴヌクレオチドまたはその標識物は、上記ＤＮＡ多型部位の複数を含んでいてもよい。この場合、該オリゴヌクレオチドまたはその標識物は配列番号１から６４の塩基配列の部分配列であって、その配列に含まれる複数のＤＮＡ多型部位を含む配列である。
【００６１】
さらに、本発明は上記オリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板を含む。オリゴヌクレオチドを固定化する基板としては、スライドガラス、ニトロセルロース膜、マイクロビーズ等種々のものを用いることができる。固定化基板上に複数のオリゴヌクレオチドを整列固定化した場合、該固定化基板は、ＤＮＡマイクロアレイまたはＤＮＡチップとして用いることができる。また、オリゴヌクレオチドは基板上で合成してもよいし、また合成したオリゴヌクレオチドを基板上に固定化してもよい。基板上への固定化は、例えば市販のスポッターやアレイヤーを用いて行うことができ、オリゴヌクレオチドの固定化は吸着や共有結合を介した結合により行うことができ、共有結合を介した結合により固定化する場合は、基板表面およびオリゴヌクレオチドに共有結合用のアミノ基、SH基等の官能基を導入すればよい。
【００６２】
オリゴヌクレオチドを固定化した固定化基板を用いるアレルの検出は公知の方法で行うことができる。
【実施例】
【００６３】
本発明を以下の実施例によって具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例によって限定されるものではない。
【００６４】
プライマーの設計
プライマーの設計は以下に述べるように行なった。
まず、下面発酵酵母ＫＢＹ０１１株より、大嶋らの記載した方法（蛋白質核酸酵素、１９９０、Ｖｏｌ．３５、Ｎｏ．１４、ｐ２５２３〜ｐ２５４１）に従ってゲノムＤＮＡを抽出し、制限酵素Ｓａｕ３ＡＩ（ロシュ・ダイアグノスティクス）で部分的に分解し、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  第３版（ＳａｍｂｒｏｏｋとＲｕｓｓｅｌｌ著、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ）の２．８０〜２．８３に記された方法に従ってショ糖密度勾配遠心分離を行ない、約１０００塩基対の大きさのＤＮＡ断片を回収した。回収されたＤＮＡは、制限酵素ＢａｍＨＩで完全分解し、脱リン酸化処理を行なったｐＵＣ１１８（タカラバイオ）のＢａｍＨＩ部位に、ＤＮＡ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ  Ｖｅｒ２．１（タカラバイオ）を用いて連結した。得られた反応生成物で、大腸菌Ｃｏｍｐｅｔｅｎｔ  Ｈｉｇｈ  ＤＨ５α（東洋紡績）の形質転換を、添付されたプロトコールに従って行なった。得られた形質転換体について、定法に従って培養後、マルチスクリーン−ＦＢプレート（ミリポア）を用いてプラスミドの回収を行ない、ＢｉｇＤｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  ｖ３．１  Ｃｙｃｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｋｉｔ（アプライドバイオシステムズ）を用い、ＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲシステム９７００（アプライドバイオシステムズ）を用いてＤＮＡシーケンシング反応を行なった。その際のプライマーには、Ｍ１３  Ｐｒｉｍｅｒ  Ｍ１及びＭ１３  Ｐｒｉｍｅｒ  ＲＶ（ともにタカラバイオ）を用いた。シーケンシング反応は、キットのプロトコールに従った。得られた反応性生物は、Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−５０  Ｓｕｐｅｒｆｉｎｅ（アマシャム）を充填したマルチスクリーン−ＨＶプレート（ミリポア）を用いて未反応蛍光色素を除去し、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ３７００  ＤＮＡ  Ａｎａｌｙｚｅｒ（アプライドバイオシステムズ）を用いて、ＤＮＡ塩基配列決定を行なった。このようにして、約６０００個の形質転換体のＤＮＡ塩基配列を得た。得られたＤＮＡ塩基配列の結果は、既知のサッカロマイセス・セレビシエの配列との相同性比較を行ない、染色体上の遺伝子座の位置確認を行なった。
【００６５】
得られた塩基配列から、染色体地図上の適当な間隔ごとに、異質倍数体である下面発酵酵母のゲノムを構成する２種のサブゲノム、すなわち、Ｓｃ型ゲノム及びＬｇ型ゲノムからそれぞれ１１４ヶ所及び１２３ヶ所、全ゲノムから合計で２３７ヶ所の染色体上の位置（以降、遺伝子座）を設定し、それぞれの遺伝子座について、約５００塩基対の、主として非コード領域が増幅されるようなプライマー設計を行なった。
【００６６】
また、Ｓｃ型ゲノムに関してはサッカロマイセス・セレビシエの配列とほぼ一致していることから、既知のサッカロマイセス・セレビシエの配列から、染色体地図上の適当な間隔ごとに６５ヶ所の遺伝子座を設定し、それぞれの遺伝子座について、約５００塩基対のＳｃ型ゲノムの、主として非コード領域が増幅されるようなプライマー設計を行なった。このようにして、全部でＳｃ型ゲノムから１７９ヶ所、Ｌｇ型ゲノムから１２３ヶ所、合計で３０２ヶ所の遺伝子座について、主として非コード領域を増幅するためのプライマー設計を行なった。プライマーとなるオリゴヌクレオチドは、シグマアルドリッチジャパンに、合成を依頼して入手した。
【００６７】
ＳＮＰが存在する遺伝子座の探索
ＳＮＰが存在する遺伝子座の探索は、以下に述べるとおりに実施した。
発酵酵母ＫＢＹ０１１株より、大嶋らの記載した方法（蛋白質核酸酵素、１９９０、Ｖｏｌ．３５、Ｎｏ．１４、ｐ２５２３〜ｐ２５４１）に従ってゲノムＤＮＡを抽出した。得られたゲノムＤＮＡは、１０ｎｇ／μｌの濃度に調整した。得られたゲノムＤＮＡを鋳型として、上述の３０２組み合わせのプライマー対、及び、Ｅｘ−Ｔａｑ（タカラバイオ）を用いて、ＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲシステム９７００（アプライドバイオシステムズ）によって遺伝子増幅を行なった。反応は、各プライマーの濃度２μＭ、鋳型ＤＮＡの濃度３ｎｇ／μｌ、１チューブあたり１０μｌのスケールで行なった。ＰＣＲ条件は、９４℃５分間の後、９４℃３０秒間、５８℃３０秒間、７２℃３０秒間を４５サイクル繰り返し、最後に７２℃７分間保温した。反応を終えた試料に、３０μｌの滅菌水を加えて希釈し、その一部を取り出し、１％アガロースゲルを用いた電気泳動によって、反応の確認を行なった。
【００６８】
上述のＰＣＲ生成物を鋳型として、ＢｉｇＤｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  ｖ３．１  Ｃｙｃｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｋｉｔ（アプライドバイオシステムズ）を用い、ＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲシステム９７００（アプライドバイオシステムズ）を用いてＤＮＡシーケンシング反応を行なった。プライマーは、鋳型を得るためのＰＣＲで用いたプライマーのいずれか片方を、２．４４μＭの濃度で用いた。シーケンシング反応は、キットのプロトコールに従った。反応を終えた試料は、Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−５０  Ｓｕｐｅｒｆｉｎｅ（アマシャム）を充填したマルチスクリーン−ＨＶプレート（ミリポア）を用いて未反応の蛍光色素を除去し、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ３７００  ＤＮＡ  Ａｎａｌｙｚｅｒ（アプライドバイオシステムズ）を用いて、ＤＮＡ塩基配列決定を行なった。各遺伝子座について得られた塩基配列データを、ＡＴＧＣ  Ｖｅｒ．４（ゼネティックス）によって解析し、ＤＮＡ多型の有無を確認した。その際、得られたＤＮＡ塩基配列の波形データにも注目し、ヘテロ接合となっている遺伝子座を選び出した（図１）。
【００６９】
このようにして下面発酵酵母ＫＢＹ０１１株の３０２ヶ所の遺伝子座のＤＮＡ塩基配列を調査することによって、６４ヶ所のヘテロ接合となっていることが示唆される遺伝子座を選定した。６４ヶ所の遺伝子座の領域をＰＣＲで増幅するために必要なプライマーの組み合わせ、及びそのプライマーの組み合わせで得られる代表的な配列を、以下の１から６４に示す：
１．プライマー組み合わせ：配列番号６５及び６６、増幅される配列：配列番号１；
２．プライマー組み合わせ：配列番号６７及び６８、増幅される配列：配列番号２；
３．プライマー組み合わせ：配列番号６９及び７０、増幅される配列：配列番号３；
４．プライマー組み合わせ：配列番号７１及び７２、増幅される配列：配列番号４；
５．プライマー組み合わせ：配列番号７３及び７４、増幅される配列：配列番号５；
６．プライマー組み合わせ：配列番号７５及び７６、増幅される配列：配列番号６；
７．プライマー組み合わせ：配列番号７７及び７８、増幅される配列：配列番号７；
８．プライマー組み合わせ：配列番号７９及び８０、増幅される配列：配列番号８；
９．プライマー組み合わせ：配列番号８１及び８２、増幅される配列：配列番号９；
１０．プライマー組み合わせ：配列番号８３及び８４、増幅される配列：配列番号１０；
１１．プライマー組み合わせ：配列番号８５及び８６、増幅される配列：配列番号１１；
１２．プライマー組み合わせ：配列番号８７及び８８、増幅される配列：配列番号１２；
１３．プライマー組み合わせ：配列番号８９及び９０、増幅される配列：配列番号１３；
１４．プライマー組み合わせ：配列番号９１及び９２、増幅される配列：配列番号１４；
１５．プライマー組み合わせ：配列番号９３及び９４、増幅される配列：配列番号１５；
１６．プライマー組み合わせ：配列番号９５及び９６、増幅される配列：配列番号１６；
１７．プライマー組み合わせ：配列番号９７及び９８、増幅される配列：配列番号１７；
１８．プライマー組み合わせ：配列番号９９及び１００、増幅される配列：配列番号１８；
１９．プライマー組み合わせ：配列番号１０１及び１０２、増幅される配列：配列番号１９；
２０．プライマー組み合わせ：配列番号１０３及び１０４、増幅される配列：配列番号２０；
２１．プライマー組み合わせ：配列番号１０５及び１０６、増幅される配列：配列番号２１；
２２．プライマー組み合わせ：配列番号１０７及び１０８、増幅される配列：配列番号２２；
２３．プライマー組み合わせ：配列番号１０９及び１１０、増幅される配列：配列番号２３；
２４．プライマー組み合わせ：配列番号１１１及び１１２、増幅される配列：配列番号２４；
２５．プライマー組み合わせ：配列番号１１３及び１１４、増幅される配列：配列番号２５；
２６．プライマー組み合わせ：配列番号１１５及び１１６、増幅される配列：配列番号２６；
２７．プライマー組み合わせ：配列番号１１７及び１１８、増幅される配列：配列番号２７；
２８．プライマー組み合わせ：配列番号１１９及び１２０、増幅される配列：配列番号２８；
２９．プライマー組み合わせ：配列番号１２１及び１２２、増幅される配列：配列番号２９；
３０．プライマー組み合わせ：配列番号１２３及び１２４、増幅される配列：配列番号３０；
３１．プライマー組み合わせ：配列番号１２５及び１２６、増幅される配列：配列番号３１；
３２．プライマー組み合わせ：配列番号１２７及び１２８、増幅される配列：配列番号３２；
３３．プライマー組み合わせ：配列番号１２９及び１３０、増幅される配列：配列番号３３；
３４．プライマー組み合わせ：配列番号１３１及び１３２、増幅される配列：配列番号３４；
３５．プライマー組み合わせ：配列番号１３３及び１３４、増幅される配列：配列番号３５；
３６．プライマー組み合わせ：配列番号１３５及び１３６、増幅される配列：配列番号３６；
３７．プライマー組み合わせ：配列番号１３７及び１３８、増幅される配列：配列番号３７；
３８．プライマー組み合わせ：配列番号１３９及び１４０、増幅される配列：配列番号３８；
３９．プライマー組み合わせ：配列番号１４１及び１４２、増幅される配列：配列番号３９；
４０．プライマー組み合わせ：配列番号１４３及び１４４、増幅される配列：配列番号４０；
４１．プライマー組み合わせ：配列番号１４５及び１４６、増幅される配列：配列番号４１；
４２．プライマー組み合わせ：配列番号１４７及び１４８、増幅される配列：配列番号４２；
４３．プライマー組み合わせ：配列番号１４９及び１５０、増幅される配列：配列番号４３；
４４．プライマー組み合わせ：配列番号１５１及び１５２、増幅される配列：配列番号４４；
４５．プライマー組み合わせ：配列番号１５３及び１５４、増幅される配列：配列番号４５；
４６．プライマー組み合わせ：配列番号１５５及び１５６、増幅される配列：配列番号４６；
４７．プライマー組み合わせ：配列番号１５７及び１５８、増幅される配列：配列番号４７；
４８．プライマー組み合わせ：配列番号１５９及び１６０、増幅される配列：配列番号４８；
４９．プライマー組み合わせ：配列番号１６１及び１６２、増幅される配列：配列番号４９；
５０．プライマー組み合わせ：配列番号１６３及び１６４、増幅される配列：配列番号５０；
５１．プライマー組み合わせ：配列番号１６５及び１６６、増幅される配列：配列番号５１；
５２．プライマー組み合わせ：配列番号１６７及び１６８、増幅される配列：配列番号５２；
５３．プライマー組み合わせ：配列番号１６９及び１７０、増幅される配列：配列番号５３；
５４．プライマー組み合わせ：配列番号１７１及び１７２、増幅される配列：配列番号５４；
５５．プライマー組み合わせ：配列番号１７３及び１７４、増幅される配列：配列番号５５；
５６．プライマー組み合わせ：配列番号１７５及び１７６、増幅される配列：配列番号５６；
５７．プライマー組み合わせ：配列番号１７７及び１７８、増幅される配列：配列番号５７；
５８．プライマー組み合わせ：配列番号１７９及び１８０、増幅される配列：配列番号５８；
５９．プライマー組み合わせ：配列番号１８１及び１８２、増幅される配列：配列番号５９；
６０．プライマー組み合わせ：配列番号１８３及び１８４、増幅される配列：配列番号６０；
６１．プライマー組み合わせ：配列番号１８５及び１８６、増幅される配列：配列番号６１；
６２．プライマー組み合わせ：配列番号１８７及び１８８、増幅される配列：配列番号６２；
６３．プライマー組み合わせ：配列番号１８９及び１９０、増幅される配列：配列番号６３；
６４．プライマー組み合わせ：配列番号１９１及び１９２、増幅される配列：配列番号６４；
【００７０】
酵母ＫＢＹ０１１株の由来減数体群の取得と、アレルタイプ、醸造特性の統計学的解析
酵母ＫＢＹ０１１からの胞子形成誘導および減数体取得は、Ｙ．Ｔａｍａｉの記載した方法によって実施した（Y. Tamai, K. Tanaka, Y. Kaneko & S. Harashima, 2001, HO gene polymorphism in Saccharomyces industrial yeasts and application of novel HO genes to convert homothallism to heterothallism in combination with the mating-type detection cassette, Appl. Microbiol. Biotechnol., 55, 333-340）。得られた減数体群の中から、表２に示す４４株を無作為に選択した。
【００７１】
選択した４４株について、選定された６４個所のＤＮＡ多型の見られた遺伝子座に関して、上記の方法と同様にして、ＤＮＡ塩基配列を決定した。また選定された４４株について、麦汁を用いて９℃で嫌気的に発酵させ、７日経過後の発酵液をヘッドスペース法のガスクロマトグラフィーに供試した。その結果、これらの４４株の配列番号１６、１７、１９のアレルタイプは表２に示すとおりであった。また、例えば配列番号１６の塩基番号３２５の位置に存在する塩基がGを含むアレルタイプかどうか、すなわちＧホモもしくはＡ／Ｇヘテロか、あるいはＡホモかどうかと、イソアミルアルコール生成量や酢酸イソアミル生成量との間には、スチューデントのｔ検定によってそれぞれ５％および１％水準で有意な統計学的関係が見出された。アレルタイプ別の各減数体株のイソアミルアルコール生成量および酢酸イソアミル生成量を、それぞれ図２および図３に示す。また、表２に示すように配列番号１６の塩基番号３２５と連鎖関係にある配列番号１６の塩基番号３４０、３６８、４００、配列番号１７、１９に関するアレルタイプとも、これらの醸造形質との間にも、有意な統計学的関係が見出された。
【００７２】
【表２】
2007043908.tif 000003
【００７３】
従って、酵母株の配列番号１６の塩基番号３２５、３４０、３６８および４００の塩基、ならびに配列番号１７および１９の塩基多型を検出することにより、その酵母がイソアミルアルコールおよび酢酸イソアミル生成量についてどのような特性を有しているかを予測することができ、所望の酵母株選択の判断基準となり得る。
【図面の簡単な説明】
【００７４】
【図１】酵母株のDNA塩基配列波形データを示す図である。
【図２】配列番号１６の塩基番号３２５の位置のアレルタイプとイソアミルアルコール生成能の関係を示す図である。
【図３】配列番号１６の塩基番号３２５の位置のアレルタイプと酢酸イソアミル生成能の関係を示す図である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【配列表】
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