(57)【要約】      （修正有）【課題】アクセッションの更新情報の取得に際して、ユーザの入力作業を軽減し、アクセッションの更新情報の一括取得を可能とする技術を提供する。【解決手段】アクセッションテーブルに相当する入力データに基づいて、サーバから更新データを取得できるようにそれぞれの入力データに基づくURLを作成する（６０２）。作成されたURLをサーバに送信し、データダウンロード用アプリケーション６０３ｂによりＵＲＬのデータのソースコードを取得する（６０３ｃ）。取得したファイルより受信データの整形処理６０４において、アクセッション番号の更新前と更新後とを対応付けがわかりやすいようにデータを整形する。全入力データに関する処理が終了すると、データ出力処理６０５で入力データ全てに対する記述したファイルを作成する。【選択図】図６
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
固有の識別子（以下「アクセッション」と称する。）により情報が管理されているデータベースにおける前記アクセッションの更新情報を取得する更新情報取得システムであって、クライアントと、該クライアントとネットワークを介して接続され前記データベースにおける更新情報を提供するウェブサーバと、を有し、
前記クライアントは、
更新情報を取得したいアクセッションに関する入力データを一括して受け付け可能な入力部と、
前記入力データに基づいて、ウェブサーバから更新データを取得できるように入力データに基づくURLを作成する入力データ整形部と、
該入力データ整形部により作成されたURLを前記ウェブサーバに送信し、得られた該URLに該当するデータのソースコードに前記入力データに関する更新情報がある場合には、該更新情報を受け取る送受信部と、
取得した更新情報に基づいて受信データと元の入力データを対応させた形式に整形する受信データ整形部と、
前記入力データとそれに対応する更新データとを出力するデータ出力部と
を有することを特徴とするアクセッション更新情報取得システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、GeneBankデータベースのアクセッション更新情報取得システムに関し、特にクライアントの任意のGeneBankアクセッション番号の更新・削除の情報をNCBI(National Center for Biotechnology Information)のWebサイトから取得するようなツールに適用して有効な技術に関するものである。
【背景技術】
【０００２】
例えば、分子生物分野において、ある特定の機能を有する遺伝子配列情報を管理するデータベースが広く公開されており、多くの研究者が利用可能となっている。データベースの利用方法は多岐にわたるが、個々の研究成果の遺伝子配列を既知の遺伝子配列情報と関連付けて管理するという手法は多くの研究で用いられている。例えば、研究者が独自に取得した遺伝子配列と既知の遺伝子配列との相同性を検証する技術として、BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）法が広く用いられている。
【０００３】
既知の遺伝子配列情報データベースのひとつとしてGenebankデータベース（以下「Genebank」と称する。）が存在する。Genebankの個々のデータは、アクセッションという固有のIDにより管理されている。Genebankは広く利用されており、従って、研究者の固有のデータをアクセッションと結びつけるという手法が取られる。また研究者同士の研究成果を比較する際にも、アクセッションを用いた関連付けが利用される等、この分野の発展に大きく貢献している。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
分子生物分野の近年の進捗は目覚ましく、Genebankデータも日々更新が行われている。従って、過去のアクセッションが新たなアクセッションに置き換えられるケースも多い。この場合には、過去に取得したアクセッションの更新情報の取得が必要となる。
【０００５】
アクセッションの更新情報の取得方法として、NCBIのWebサイト上で検索サービスが提供されている。図１は、NCBI上での検索サービスの一構成例を示す図ある。図１に示すように、クライアント端末１０１とホスト端末１０２とが、インターネットなどの公衆回線網１０３により接続されており、クライアント端末１０１から、あるアクセッションを入力することにより、アクセッションの更新情報を取得することができる。
【０００６】
しかしながら、上記のサービスは、Webサービスであるため、要求するアクセッションが複数である場合、ユーザはアクセッションに関して１つ１つ直接入力することが求められる。例えば、一度に大量のアクセッションの検索を行いたいケースにおいてはユーザの負荷が大きいという問題がある。
【０００７】
本発明の目的は、アクセッションの更新情報の取得に際して、ユーザの入力作業を軽減し、アクセッションの更新情報の一括取得を可能とする技術を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
上記目的を達成するために、本発明のGeneBankアクセッション更新ツールは、クライアントから要求されたGeneBankアクセッションのリストに対して、対応する更新情報をホストから受信し、提供をするGeneBankアクセッション更新ツールにおいて、ユーザの入力データをホストが受信可能な形式に整形し、データの送受信を行い、その受信データを整形し、ユーザにアクセッションの更新情報のリストを提供することを特徴とするGeneBankアクセッション更新ツールを設けたものである。
【発明の効果】
【０００９】
本発明によれば、アクセッションの更新情報の取得に際して、ユーザの入力作業を軽減することができる。また、アクセッションの更新情報の一括取得を可能にする手法をクライアントに提供することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１０】
以下に、本発明の一実施の形態によるアクセッション更新システムについて図面を参照しながら説明を行う。尚、以下においては、アクセッション更新ツールを例にして具体的な説明を行う。
【００１１】
前述の図１は、本発明の一実施の形態によるアクセッション更新情報取得システムの一構成例を示す図でもある。図１に示すように、クライアント端末１０１、ホスト端末１０２、公衆回線網１０３から構成されている。ホスト端末１０２は、例えばNCBIのWebサイト（以下「Web」と称する。）であり、分子生物分野における更新情報などの配信を行っている。
【００１２】
図２は、本実施の形態によるクライアント端末１０１内におけるクライアントシステムのシステム構成例を示す図である。適宜、図１も参照して説明を行う。図２に示すように、クライアントシステムは、データ入力部２０１と、入力データ整形部２０２と、送受信部２０３と、受信データ整形部２０４と、データ出力部２０５と、を有している。
【００１３】
ユーザが入力したデータは、データ入力部２０１から入力データ整形部２０２へ渡される。入力データ整形部２０２は入力されたデータを、ホスト端末１０２が受信できるフォーマットに整形し、送受信部２０３に整形したデータを渡す。送受信部２０３においては、整形された入力データを、公衆回線網１０３を介してホスト端末１０２に送信する。ホスト端末１０２からのデータを再び公衆回線網１０３を介して受信し、受信データを受信データ整形部２０４へ渡す。受信データ整形部２０４は受信データを出力用フォーマットに整形し、データ出力部２０５より出力してユーザが認識できるようなデータを提供する。
【００１４】
図３は、データ入力部２０１に入力されるアクセッションデータテーブルの一例を示す図である。図３に示すように、アクセッションデータテーブルは、検索対象となるアクセッションの羅列により構成されている。
【００１５】
図６はアクセッションデータテーブルに基づいて更新結果を入手するための過程を模式的に示す図である。図６に示すように、上記アクセッションテーブルに相当する入力データを受け付ける（６０１）。入力データは、例えば、アクセッション番号を登録したテキストファイル群である（ＡＡＡＡ、ＢＢＢＢ…）。この入力データに基づいて、送信データの整形処理６０２において、サーバから更新データを取得できるようにそれぞれの入力データに基づくURLを作成する。
【００１６】
次いで、データの送受信処理６０３に示すように、整形処理６０２で作成されたURLをサーバに送信し、データダウンロード用アプリケーション６０３ｂによりＵＲＬのデータのソースコードを取得する（６０３ｃ）。例えば、ソースコードに、「AAAA」が「ZZZZ」に置き換えられたことが表示されている場合は（６０３ｄ）、「AAAA」が「ZZZZ」に置き換えられた旨の情報をソースコードから取得する。
【００１７】
次いで、取得したファイルより受信データの整形処理６０４において図に示すように「AAAA:ZZZZ」としてアクセッション番号の更新前と更新後とを対応付けがわかりやすいようにデータを整形する（６０４）。次の入力データに同様の処理を行う、全入力データに関する処理が終了すると、データ出力処理６０５で入力データ全てに対する記述したファイルを作成する（６０５）。尚、ｒｅｐｌａｃｅなどの表示が取得できないケースとしては、更新がない場合、アクセッション番号自体が元々存在しない場合、或いは当該アクセッション番号が廃番となっている場合がある。更新がない場合には、後述の通り入力データは更新されずにそのまま残される。
【００１８】
図４は、このようにして得られ、データ出力部２０５が出力する結果データの一例を示す図である。データ構成は、ユーザの入力したアクセッション番号４０１とホスト端末から受信したReplaced（更新された）アクセッション番号の２つを含んで構成されている。前述のように、アクセッション番号４０1が現在も使用されている場合は、Replacedアクセッション番号４０２は同値となる。尚、更新された場合には更新された直近の日時を図４に合わせて記載しておき、次の更新の際の入力データ候補にするかどうかの参考にしても良い。このようにすれば、最近更新したばかりのアクセッション番号は入力データ候補から外して更新されている可能性の高いアクセッションに関する情報を優先的に入力したり、逆に、更新日時がかなり古いアクセッションは、優先的に上記の処理を行うことで「ｒｅｐｌａｃｅ」の画面さえも消えてしまうことにより何の情報も得られなくなることを防止できる。
【００１９】
図５は、クライアントシステムにおける処理の流れの概要を示すフローチャート図である。まず、入力データの受付５０１において、図３に示す形式で記載されクライアントが例えば定期的に要求するアクセッション３０１を受け取り、送信用データ整形処理５０２へ進む。
【００２０】
送信用データ整形処理５０２では、要求されたアクセッション３０１をホスト端末が処理可能な形式に変換し、データの送受信処理５０３へ進む。データの送受信処理５０３では、送信用データ整形処理５０２から渡されたデータをホスト端末に送信し、ホスト端末からの応答を待つ。ホスト端末の応答があったかどうかは、受信データの存在判定５０４により判定し、応答がない場合は（Ｎ）データの送受信処理５０３を繰り返す。何回も応答がない場合は、その旨を記録して次の入力データに関する処理に進む。応答があった場合は（Ｙ）、受信データ整形処理５０５に進む。
【００２１】
受信データ整形処理５０５では、ホスト端末から受信したデータを図４に記載された形式に変換し、データ出力処理５０６に進む。データ出力処理５０６では、図４に記載された形式に整形された出力データをクライアントへ提供する。
【００２２】
クライアントは、図４に示すデータにより、アクセッションの更新情報を一括して取得することができる。このアクセッション更新情報を利用して、例えば、上記Genebankの個々のデータを、更新したアクセッションに基づいてクライアントの固有のデータと結びつけたりする過程が簡単になるという利点がある。
【産業上の利用可能性】
【００２３】
本発明は、データベースへのアクセッション更新情報を取得する際に利用可能である。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１】本発明の一実施の形態によるアクセッション更新情報取得システムの一構成例を示す図である。
【図２】本実施の形態によるクライアントシステムの構成例を示す図である。
【図３】クライアントシステムに入力されるデータの構成例を示す図である。
【図４】クライアントシステム内データ出力部が出力するデータの構成例を示す図である。
【図５】本実施の形態によるクライアントシステムの流れの概要を示すフローチャート図である。
【図６】本実施の形態によるクライアントの処理の具体例を示す図である。
【符号の説明】
【００２５】
１０１…クライアント端末、１０２…ホスト端末、１０３…公衆回線網、
２０１…データ入力部、２０２…入力データ整形部、２０３…送受信部、
２０４…受信データ整形部、２０５…データ出力部。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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