(57)【要約】【課題】ハプロタイプブロックの同定結果およびハプロタイプタグＳＮＰｓの選出結果の信頼性の向上を図ること。【解決手段】リサンプリング処理（Ｓ５０２）は、ＤＮＡサンプルＤＢからの所定数ＮのＤＮＡサンプルＩＤを抽出する。所定数ＮのＤＮＡサンプルＩＤの中からの重複選択を許したＮ個のＤＮＡサンプルＩＤのリサンプリングを所定回数実行する。リサンプルパネル生成処理（Ｓ５０３）は、リサンプリングされたＤＮＡサンプルＩＤ群とそのＳＮＰ情報とを関連付けて、ＳＮＰごとにリサンプルパネルを生成する。連鎖不平衡解析処理（Ｓ５０４）は、リサンプルパネルを用いて連鎖不平衡解析を実行する。同定／選出処理（Ｓ５０５）は、連鎖不平衡マップからハプロタイプブロックおよびハプロタイプタグＳＮＰを特定し、遺伝子組み換え頻度およびハプロタイプタグＳＮＰの選出頻度を算出する。【選択図】図５
2007233485.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出させる抽出工程と、
前記抽出工程によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行させる再抽出工程と、
前記再抽出工程によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成させる生成工程と、
前記生成工程によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析させる解析工程と、
前記解析工程によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定させる特定工程と、
前記遺伝子上の物理的位置のうち前記特定工程によって特定されたハプロタイプブロック外の区間を前記リサンプリングごとに検出させるブロック外区間検出工程と、
前記ブロック外区間検出工程によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおける前記ＳＮＰに相当する塩基の組み換え頻度を算出させる算出工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とする遺伝子多型解析支援プログラム。
【請求項２】
母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出させる抽出工程と、
前記抽出工程によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行させる再抽出工程と、
前記再抽出工程によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成させる生成工程と、
前記生成工程によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析させる解析工程と、
前記解析工程によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定させる特定工程と、
前記解析結果と前記特定工程によって特定されたハプロタイプブロックとを用いて、前記ＳＮＰの中からハプロタイプタグＳＮＰ選出アルゴリズムにより選出されたハプロタイプタグＳＮＰの前記遺伝子上の物理的位置を、前記リサンプリングごとに検出させるハプロタイプタグＳＮＰ検出工程と、
前記ハプロタイプタグＳＮＰ検出工程によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおいて前記ＳＮＰがタグ化された頻度を算出させる算出工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とする遺伝子多型解析支援プログラム。
【請求項３】
請求項１または２に記載の遺伝子多型解析支援プログラムを記録したコンピュータに読み取り可能な記録媒体。
【請求項４】
母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出する抽出手段と、
前記抽出手段によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行する再抽出手段と、
前記再抽出手段によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成する生成手段と、
前記生成手段によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析する解析手段と、
前記解析手段によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定する特定手段と、
前記遺伝子上の物理的位置のうち前記特定手段によって特定されたハプロタイプブロック外の区間を前記リサンプリングごとに検出するブロック外区間検出手段と、
前記ブロック外区間検出手段によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおける前記ＳＮＰに相当する塩基の組み換え頻度を算出する算出手段と、
を備えることを特徴とする遺伝子多型解析支援装置。
【請求項５】
母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出する抽出工程と、
前記抽出工程によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行する再抽出工程と、
前記再抽出工程によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成する生成工程と、
前記生成工程によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析する解析工程と、
前記解析工程によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定する特定工程と、
前記遺伝子上の物理的位置のうち前記特定工程によって特定されたハプロタイプブロック外の区間を前記リサンプリングごとに検出するブロック外区間検出工程と、
前記ブロック外区間検出工程によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおける前記ＳＮＰに相当する塩基の組み換え頻度を算出する算出工程と、
を含んだことを特徴とする遺伝子多型解析支援方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
この発明は、疾患感受性座位探索を目的とした遺伝子多型解析実験を支援する遺伝子多型解析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子多型解析支援装置、および遺伝子多型解析支援方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
従来から、遺伝子多型を用いた相関解析を用いて、効率的に疾患感受性多型および遺伝子を同定する場合、ハプロタイプブロックとハプロタイプタグＳＮＰｓを同定することは、非常に良く取り組まれている。また、疾患感受性多型および遺伝子が既に得られている状態で、多型および遺伝子周辺を詳細に分析する際にも、これらの同定は非常に重要である。
【０００３】
同定する手法としては、ハプロタイプブロック同定アルゴリズムおよびハプロタイプタグＳＮＰｓ選出アルゴリズムなどの遺伝統計学アルゴリズムが、数多く報告されている（たとえば、下記非特許文献１〜４を参照。）。これらは、特定のサンプルパネルのみを言及しているものである。
【０００４】
たとえば、非特許文献２のハプロタイプブロック同定アルゴリズムに関しては、遺伝子の結びつきの強さをあらわす連鎖不平衡係数|Ｄ’|に関して、信頼区間を推定することによって、そのばらつきを元にハプロタイプブロックを同定しているが、これは特定のサンプルパネルに関してハプロタイプブロックを同定しているにすぎない。
【０００５】
【非特許文献１】Distribution of Recombination Crossovers and the Origin of Haplotype Blocks（ディストリビューション  オブ  リコンビネーション  クロスオバーズ  アンド  ジ  オリジン  オブ  ハプロタイプ  ブロックス）: The Interplay of Population History, Recombination, and Mutation, Am J Hum Genet（ジ  インタープレイ  オブ  ポピュレーション  ヒストリー）. 2002; 71: 1227-1234.
【非特許文献２】The Structure of Haplotype Blocks in the Human Genome（ザ  ハプロタイプ  ブロックス  イン  ザ  ヒューマン  ゲノム）, Science 2002; 296: 2225-2229
【非特許文献３】Large-Scale Single-Nucleotide Polymorphism (SNP) and Haplotype Analyses, Using Dense SNP Maps, of 199 Drug-Related Genes in 752 Subjects（ラージ−スケール  シングル−ニュークリオタイド  ポリモーフィズム（ＳＮＰ）  アンド  ハプロタイプ  アナリシス，ユージング  デンス  ＳＮＰ  マップス，オブ  １９９  ドラッグ−リレイテッド  ジーンズ  イン  ７５２  サブジェクツ）: the Analysis of the Association between Uncommon SNPs within Haplotype Blocks and the Haplotypes Constructed with Haplotype-Tagging SNPs（ジ  アナリシス  オブ  ジ  アソシエーション  ビトウィーン  アンコモン  ＳＮＰｓ  ウィズイン  ハプロタイプ  ブロックス  アンド  ザ  ハプロタイプス  コンストラクテッド  ウィズ  ハプロタイプ−タギング  ＳＮＰｓ）, Am J Hum Genet（アン  ジェイ  ハム  ジェネット）. 2004; 75:190-203
【非特許文献４】Efficient selective screening of haplotype tag SNPs（エフィシエント  セレクティブ  スクリーニング  オブ  ハプロタイプ  タグ  ＳＮＰｓ）, Bioinformatics（バイオインフォマティクス） 2003; 19: 287-288
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
しかしながら、上述した非特許文献１〜４の遺伝統計学アルゴリズムでは、いずれも特定のサンプルパネルについて、遺伝統計学アルゴリズム上の条件を満たすという点にのみ言及しているものである。これら遺伝統計学アルゴリズムのように特定のサンプルパネルに基づいて、ハプロタイプブロックを同定、ハプロタイプタグＳＮＰｓを選出する場合は、このサンプルパネルが、母集団から高精度でサンプリングされている、ということが大前提である。
【０００７】
同人種（たとえば、日本人）を母集団として複数の研究機関が研究しているが、ある研究機関が３００人分のＤＮＡサンプルをサンプルパネルとし、他の研究機関が別の３００人分のＤＮＡサンプルをサンプルパネルとして、各研究機関がそれぞれのサンプルパネルを用いて同じゲノム領域を対象にする場合、サンプリングに偏りがあれば、同じ遺伝統計学アルゴリズムを用いても、同定されるハプロタイプブロックの境界およびハプロタイプタグＳＮＰｓが異なる場合がある。
【０００８】
このように、上述した非特許文献１〜４の遺伝統計学アルゴリズムでは、ＤＮＡサンプルの母集団を正確に反映しているとは言い切れないため、サンプリング精度という観点においては、不十分な結果を与えることとなる。
【０００９】
したがって、十分なＤＮＡサンプルの数が得られない場合やＤＮＡサンプル数をある程度確保できたとしてもサンプリング精度が高いとみなせない場合には、特定サンプルパネルを用いてハプロタイプブロックを同定し、ハプロタイプタグＳＮＰｓを選出したとしても、母集団からは揺らいだ結果となるため信頼性に問題があった。
【００１０】
一方、このようなサンプリングの偏りを解決するためには、ＤＮＡサンプルの数を増やすことが考えられるが、個別の研究機関が高精度を寄与する十分な数のＤＮＡサンプルを確保することは、各研究機関規模では非常に困難であるという問題があった。
【００１１】
この発明は、上述した従来技術による問題点を解消するため、必要最小限のＤＮＡサンプル数により、ＤＮＡサンプルのサンプリング精度の向上を図ることにより、ハプロタイプブロックの同定結果およびハプロタイプタグＳＮＰｓの選出結果の信頼性の向上を図ることができる遺伝子多型解析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子多型解析支援装置、および遺伝子多型解析支援方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
上述した課題を解決し、目的を達成するため、この発明にかかる遺伝子多型解析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子多型解析支援装置、および遺伝子多型解析支援方法は、母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出し、所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行し、リサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成し、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析し、解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定し、前記遺伝子上の物理的位置のうちハプロタイプブロック外の区間を前記リサンプリングごとに検出し、前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおける前記ＳＮＰに相当する塩基の組み換え頻度を算出することを特徴とする。
【００１３】
この発明によれば、必要最小限のＤＮＡサンプル数により、母集団の全ＤＮＡサンプルを反映してハプロタイプブロックを同定することができる。
【００１４】
また、この発明にかかる遺伝子多型解析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子多型解析支援装置、および遺伝子多型解析支援方法は、母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出し、所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行し、リサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成し、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析し、解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定し、前記解析結果とハプロタイプブロックとを用いて、前記ＳＮＰの中からハプロタイプタグＳＮＰ選出アルゴリズムにより選出されたハプロタイプタグＳＮＰの前記遺伝子上の物理的位置を、前記リサンプリングごとに検出し、前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおいて前記ＳＮＰがタグ化された頻度を算出することを特徴とする。
【００１５】
この発明によれば、必要最小限のＤＮＡサンプル数により、母集団の全ＤＮＡサンプルを反映してハプロタイプタグＳＮＰを選出することができる。
【００１６】
また、上記発明において、さらに、前記各ＳＮＰ対についてのハーディワインバーグ平衡の成立の有無に基づいて、前記リサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成することとしてもよい。
【００１７】
この発明によれば、連鎖不平衡の解析に先立って、ハプロタイプ頻度の推定精度が低くなるようなリサンプルパネルを解析対象外とすることができる。
【００１８】
また、上記発明において、さらに、前記各ＳＮＰ対についてのマイナーアレル頻度に基づいて、前記リサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成することとしてもよい。
【００１９】
この発明によれば、連鎖不平衡の解析に先立って、連鎖不平衡係数の精度が低くなるようなリサンプルパネルを解析対象外することができる。
【００２０】
また、上記発明においてさらに、前記各ＳＮＰ対を構成するＳＮＰ間距離に基づいて、前記リサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成することとしてもよい。
【００２１】
この発明によれば、連鎖不平衡の弱いＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを解析対象外とすることができる。
【００２２】
また、上記発明において、複数種類のハプロタイプ同定アルゴリズムを実行させることにより、前記ハプロタイプ同定アルゴリズムごとのハプロタイプブロックを、前記リサンプリングごとに特定し、前記遺伝子上の物理的位置のうち前記ハプロタイプ同定アルゴリズムごとのハプロタイプブロック外の区間を前記リサンプリングごとに検出することとしてもよい。
【００２３】
この発明によれば、複数種類のハプロタイプブロック同定アルゴリズムのブロック外区間を検出することで、特定のハプロタイプブロック同定アルゴリズムに隔たらないハプロタイプブロック同定結果を得ることができる。
【００２４】
また、上記発明において、複数種類のハプロタイプ同定アルゴリズムを実行させることにより、前記ハプロタイプ同定アルゴリズムごとのハプロタイプブロックを、前記リサンプリングごとに特定し、前記解析結果と前記ハプロタイプ同定アルゴリズムごとのハプロタイプブロックとを用いて、前記ＳＮＰの中からハプロタイプタグＳＮＰを前記リサンプリングごとに検出することとしてもよい。
【００２５】
この発明によれば、解析結果と、複数種類のハプロタイプブロック同定アルゴリズムから得られたハプロタイプブロックとを用いて、ハプロタイプタグＳＮＰを検出することで、特定のハプロタイプブロック同定アルゴリズムに隔たらないハプロタイプタグＳＮＰ選出結果を得ることができる。
【発明の効果】
【００２６】
この発明にかかる遺伝子多型解析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子多型解析支援装置、および遺伝子多型解析支援方法によれば、必要最小限のＤＮＡサンプル数により、ＤＮＡサンプルのサンプリング精度の向上を図ることにより、ハプロタイプブロックの同定結果およびハプロタイプタグＳＮＰｓの選出結果の信頼性の向上を図ることができるという効果を奏する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２７】
以下に添付図面を参照して、この発明にかかる遺伝子多型解析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子多型解析支援装置、および遺伝子多型解析支援方法の好適な実施の形態を詳細に説明する。
【００２８】
（遺伝子多型解析支援装置のハードウェア構成）
まず、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置のハードウェア構成について説明する。図１は、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置のハードウェア構成を示すブロック図である。
【００２９】
図１において、遺伝子多型解析支援装置は、ＣＰＵ１０１と、ＲＯＭ１０２と、ＲＡＭ１０３と、ＨＤＤ（ハードディスクドライブ）１０４と、ＨＤ（ハードディスク）１０５と、ＦＤＤ（フレキシブルディスクドライブ）１０６と、着脱可能な記録媒体の一例としてのＦＤ（フレキシブルディスク）１０７と、ディスプレイ１０８と、Ｉ／Ｆ（インターフェース）１０９と、キーボード１１０と、マウス１１１と、スキャナ１１２と、プリンタ１１３と、を備えている。また、各構成部はバス１００によってそれぞれ接続されている。
【００３０】
ここで、ＣＰＵ１０１は、遺伝子多型解析支援装置の全体の制御を司る。ＲＯＭ１０２は、ブートプログラムなどのプログラムを記憶している。ＲＡＭ１０３は、ＣＰＵ１０１のワークエリアとして使用される。ＨＤＤ１０４は、ＣＰＵ１０１の制御にしたがってＨＤ１０５に対するデータのリード／ライトを制御する。ＨＤ１０５は、ＨＤＤ１０４の制御で書き込まれたデータを記憶する。
【００３１】
ＦＤＤ１０６は、ＣＰＵ１０１の制御にしたがってＦＤ１０７に対するデータのリード／ライトを制御する。ＦＤ１０７は、ＦＤＤ１０６の制御で書き込まれたデータを記憶したり、ＦＤ１０７に記憶されたデータを遺伝子多型解析支援装置に読み取らせたりする。
【００３２】
また、着脱可能な記録媒体として、ＦＤ１０７のほか、ＣＤ−ＲＯＭ（ＣＤ−Ｒ、ＣＤ−ＲＷ）、ＭＯ、ＤＶＤ（Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ  Ｄｉｓｋ）、メモリーカードなどであってもよい。ディスプレイ１０８は、カーソル、アイコンあるいはツールボックスをはじめ、文書、画像、機能情報などのデータを表示する。このディスプレイ１０８は、たとえば、ＣＲＴ、ＴＦＴ液晶ディスプレイ、プラズマディスプレイなどを採用することができる。
【００３３】
Ｉ／Ｆ１０９は、通信回線を通じてインターネットなどのネットワーク１１４に接続され、このネットワーク１１４を介して他の装置に接続される。そして、Ｉ／Ｆ１０９は、ネットワーク１１４と内部のインターフェースを司り、外部装置からのデータの入出力を制御する。Ｉ／Ｆ１０９には、たとえばモデムやＬＡＮアダプタなどを採用することができる。
【００３４】
キーボード１１０は、文字、数字、各種指示などの入力のためのキーを備え、データの入力をおこなう。また、タッチパネル式の入力パッドやテンキーなどであってもよい。マウス１１１は、カーソルの移動や範囲選択、あるいはウィンドウの移動やサイズの変更などをおこなう。ポインティングデバイスとして同様に機能を備えるものであれば、トラックボールやジョイスティックなどであってもよい。
【００３５】
スキャナ１１２は、画像を光学的に読み取り、遺伝子多型解析支援装置内に画像データを取り込む。なお、スキャナ１１２は、ＯＣＲ機能を持たせてもよい。また、プリンタ１１３は、画像データや文書データを印刷する。プリンタ１１３には、たとえば、レーザプリンタやインクジェットプリンタを採用することができる。
【００３６】
（ＤＮＡサンプルデータベース（ＤＢ）の記憶内容）
つぎに、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置のＤＮＡサンプルＤＢについて説明する。図２は、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置のＤＮＡサンプルＤＢの記憶内容を示す説明図である。このＤＮＡサンプルＤＢ３００は、ある特定の遺伝子疾患病（たとえば、糖尿病）に関するＤＮＡサンプルのデータベースである。ＤＮＡサンプルＤＢ３００は、たとえば、図１に示したＲＯＭ１０２、ＲＡＭ１０３、ＨＤ１０５などの記録媒体によってその機能を実現する。
【００３７】
図２において、「ＤＮＡサンプルＩＤ」は、ＤＮＡサンプルを特定する固有の識別情報である。「状態」は、ＤＮＡサンプルの状態を示している。すなわち、“Ｃｏｎｔｏｒｏｌ”とは健常者を指し、“Ｃａｓｅ”とは患者を指し、“ｎｏｔａｖａｉｌａｂｌｅ”とは、当該ＤＮＡサンプルの利用不可を指している。
【００３８】
また、ＤＮＡサンプルＤＢ３００には、ＤＮＡサンプルＩＤごとにＳＮＰ情報を有している。ＳＮＰ情報とは、当該ＤＮＡサンプルの遺伝子に存在するＳＮＰに該当する塩基に関する情報であり、ＳＮＰＩＤ、遺伝子位置情報、対立遺伝子情報を有している。
【００３９】
「ＳＮＰＩＤ」とは、各ＳＮＰを特定する固有の識別情報である。以降、ＳＮＰＩＤ：ｉ（ｉ＝１〜ｍ）のＳＮＰを、「ＳＮＰ−ｉ」と標記する。「遺伝子位置情報」とは、ＳＮＰに該当する塩基の遺伝子上の物理的位置である。遺伝子位置情報は、公的または民間の研究機関によって値が異なるため、研究機関ごと（図２では、２つの研究機関Ｐａ，Ｐｂ）に記憶されている。
【００４０】
また、「対立遺伝子情報」とは、ＳＮＰに該当する塩基の対立遺伝子および遺伝子型により、ＳＮＰ−ｉの対立遺伝子の塩基を特定する情報である。対立遺伝子はＸ／Ｙ（Ｘ＝Ａ，Ｔ，Ｃ，Ｇ、Ｙ＝Ａ，Ｔ，Ｃ，Ｇ、ただし、Ｘ≠Ｙ）であらわされる。また、遺伝子型（ｇｅｎｏｔｙｐｅ：ジェノタイプ）には、“Ａｌｌｅｌｅ１”、“Ａｌｌｅｌｅ２”、“Ｂｏｔｈ”がある。
【００４１】
“Ａｌｌｅｌｅ１”の場合、対立遺伝子はＸ／Ｘとなる。“Ａｌｌｅｌｅ２”の場合、対立遺伝子はＹ／Ｙとなる。“Ｂｏｔｈ” の場合、対立遺伝子はＸ／Ｙとなる。ここで、ＤＮＡサンプルＩＤ：ｓのＳＮＰ−１〜ＳＮＰ−３により特定されるハプロタイプを示す。図３は、ハプロタイプの一例を示す説明図である。
【００４２】
（設定ファイルの内容）
つぎに、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置に用いられる設定ファイルについて説明する。図４は、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置に用いられる設定ファイルを示す説明図である。設定ファイル４００は、遺伝子多型解析支援装置に読み込まれる電子データであり、各種設定情報を有している。これら情報は、ユーザが設定する。
【００４３】
ここで、「最大リサンプル回数」は、リサンプル回数の上限値ｒｍａｘのことである。これにより、遺伝子多型解析支援装置は、ＤＮＡサンプル、具体的には、ＤＮＡサンプルＩＤのリサンプリングを、ｒｍａｘ回実行する。
【００４４】
「ＤＮＡサンプルＩＤ抽出数」は、母集団となるＤＮＡサンプルＩＤの集合からのＤＮＡサンプルＩＤの抽出数Ｎのことである。これにより、遺伝子多型解析支援装置は、ＤＮＡサンプルＤＢ３００に記憶されているｎ個のＤＮＡサンプルＩＤの中からＮ個のＤＮＡサンプルを抽出する。
【００４５】
「状態」とは、ＤＮＡサンプルＤＢ３００と同様、抽出対象となるＤＮＡサンプルの状態を示している。“Ｃｏｎｔｏｒｏｌ”および“Ｃａｓｅ”はＤＮＡサンプルＤＢ３００における説明と同様であるため省略する。“Ｂｏｔｈ”は健常者と患者の両者を指す。
【００４６】
したがって、設定ファイル４００において“Ｃｏｎｔｏｒｏｌ”と設定した場合には、ＤＮＡサンプルＤＢ３００の中から健常者のＤＮＡサンプルＩＤのみをＮ個抽出する。同様に、“Ｃａｓｅ”と設定した場合には、ＤＮＡサンプルＤＢ３００の中から患者のＤＮＡサンプルＩＤのみをＮ個抽出する。一方、“Ｂｏｔｈ”と設定した場合には、ＤＮＡサンプルＤＢ３００の中から健常者または患者が混在したＤＮＡサンプルＩＤをＮ個抽出する。
【００４７】
また、「使用遺伝子位置情報種」とは、遺伝子多型解析に使用するＤＮＡサンプルにおける遺伝子位置情報の種類を示している。これにより、遺伝子多型解析支援装置では、設定された使用遺伝子位置情報種Ｐｘ（ｘ＝ａ，ｂ）の遺伝子位置情報を、ＤＮＡサンプルＤＢ３００から読み出す。
【００４８】
なお、設定ファイル４００には、このほか、ハプロタイプブロック同定処理に使用するハプロタイプブロック同定アルゴリズムやその数に関する設定情報（不図示）なども設定してもよい。
【００４９】
（遺伝子多型解析支援処理手順）
つぎに、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援処理手順について説明する。図５は、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援処理手順を示すフローチャートである。
【００５０】
図５において、まず、図４に示した設定ファイル４００を読み込み（ステップＳ５０１）、リサンプリング処理（ステップＳ５０２）、リサンプルパネル生成処理（ステップＳ５０３）、連鎖不平衡解析処理（ステップＳ５０４）、同定／選出処理（ステップＳ５０５）を実行する。
【００５１】
ここで、リサンプリング処理（ステップＳ５０２）は、ＤＮＡサンプルＤＢ３００からの所定数ＮのＤＮＡサンプルＩＤ（重複不可）を抽出する。また、所定数ＮのＤＮＡサンプルＩＤの中からの重複選択を許したＮ個のＤＮＡサンプルＩＤ（重複可）のリサンプリングをｒｍａｘ回実行する。
【００５２】
リサンプルパネル生成処理（ステップＳ５０３）は、リサンプリングされたＤＮＡサンプルＩＤ群とそのＳＮＰ情報とを関連付けて、ＳＮＰごとにリサンプルパネルを生成する。連鎖不平衡解析処理（ステップＳ５０４）は、リサンプルパネルを用いて連鎖不平衡解析を実行し、リサンプル回数ごとに連鎖不平衡マップを作成する。
【００５３】
同定／選出処理（ステップＳ５０５）は、連鎖不平衡マップからハプロタイプブロックおよびハプロタイプタグＳＮＰを特定し、遺伝子組み換え頻度およびハプロタイプタグＳＮＰの選出頻度を算出する。
【００５４】
（リサンプリング処理手順）
つぎに、上述したリサンプリング処理（ステップＳ５０２）の手順について説明する。図６は、リサンプリング処理手順を示すフローチャートである。図６において、まず、リサンプル回数ｒをｒ＝０とし（ステップＳ６０１）、設定ファイル４００の設定情報にしたがって、ＤＮＡサンプルＤＢ３００からＮ個のＤＮＡサンプルＩＤを抽出する（ステップＳ６０２）。この抽出はＤＮＡサンプルＩＤの重複は許されない。
【００５５】
そして、リサンプル回数ｒのＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓｒをメモリ（たとえば、図１に示したＲＡＭ１０３またはＨＤ１０５）に保持する（ステップＳ６０３）。リサンプル回数ｒ（ｒ＝０）の場合のＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓ０は、まだリサンプルの実行により得られたＤＮＡサンプルＩＤ群ではなく、リサンプル元となる初期ＤＮＡサンプルＩＤ群となる。
【００５６】
つぎに、リサンプル回数ｒをインクリメントし（ステップＳ６０４）、リサンプル回数ｒが最大リサンプル回数ｒｍａｘより大きいか否かを判断する（ステップＳ６０５）。リサンプル回数ｒが最大リサンプル回数ｒｍａｘより大きい場合（ステップＳ６０５：Ｙｅｓ）、ステップＳ５０３に移行する。
【００５７】
一方、リサンプル回数ｒが最大リサンプル回数ｒｍａｘ以下である場合（ステップＳ６０５：Ｎｏ）、初期ＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓ０の中から、ＤＮＡサンプルＩＤを、当該ＤＮＡサンプルＩＤの重複選択を許してＮ個抽出し（ステップＳ６０６）、ステップＳ６０３に戻る。このループがリサンプリング処理となる。
【００５８】
このリサンプリング処理では、bootstrap法を用いて繰り返しランダムサンプリングをおこなっている。ランダムサンプリングには、高速かつ高精度に乱数を発生させるMersenne Twister法による擬似乱数発生方法を用いるのが好ましい。これにより、この複数回分の結果のばらつきを、母集団からサンプリングした結果のばらつきとみなすことができる。
【００５９】
（リサンプルパネル生成処理手順）
つぎに、上述したリサンプルパネル生成処理（ステップＳ５０３）の手順について説明する。図７は、リサンプルパネル生成処理手順を示すフローチャートである。図７において、まず、リサンプル回数ｒをｒ＝０とし（ステップＳ７０１）、メモリからリサンプル回数ｒのＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓｒを抽出する（ステップＳ７０２）。
【００６０】
ここで、一対のＳＮＰ（ＳＮＰ−ｉとＳＮＰ−ｊ（ｊ≠ｉ）、以下、「ＳＮＰ対」と称す。）のインデックスとなるＳＮＰ対ＩＤ：ｋをｋ＝０とし（ステップＳ７０３）、未選択のＳＮＰ対があるか否かを判断する（ステップＳ７０４）。
【００６１】
未選択のＳＮＰ対がある場合（ステップＳ７０４：Ｙｅｓ）、ＳＮＰ対ＩＤ：ｋをインクリメントし（ステップＳ７０５）、当該ＳＮＰ対Ｃｋを決定する（ステップＳ７０６）。そして、ＤＮＡサンプルＤＢ３００からＳＮＰ対Ｃｋの遺伝子位置情報を抽出する（ステップＳ７０７）。
【００６２】
このあと、ＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓｒ内の各ＤＮＡサンプルＩＤに連番となる固有のリサンプルＩＤ：ｔ（ｔ＝１〜Ｎ）を割り振って、リサンプルＩＤ：ｔ＝１とする（ステップＳ７０８）。そして、リサンプルＩＤ：ｔについて、ＤＮＡサンプルＤＢ３００の中からＳＮＰ対Ｃｋの対立遺伝子情報を抽出する（ステップＳ７０９）。
【００６３】
そして、リサンプルＩＤ：ｔをインクリメントして（ステップＳ７１０）、リサンプルＩＤ：ｔがＮより大きいか否かを判断する（ステップＳ７１１）。ｔ＞Ｎでない場合には（ステップＳ７１１：Ｎｏ）、ステップＳ７０９に戻る。
【００６４】
一方、ｔ＞Ｎである場合には（ステップＳ７１１：Ｙｅｓ）、ＤＮＡサンプルＩＤ、リサンプルＩＤ、およびＳＮＰ対Ｃｋの対立遺伝子情報が関連付けられたリサンプルパネルＲＰｒｋを生成してメモリに保持し（ステップＳ７１２）、ステップＳ７０４に戻る。これにより、ＳＮＰ対Ｃｋごとに、リサンプルパネルＲＰｒｋを生成することができる。図８は、リサンプルパネルＲＰｒｋの一例を示す説明図である。
【００６５】
また、ステップＳ７０４において、未選択のＳＮＰ対がない場合（ステップＳ７０４：Ｎｏ）、リサンプル回数ｒをインクリメントして（ステップＳ７１３）、リサンプル回数ｒが最大リサンプル回数ｒｍａｘより大きいか否かを判断する（ステップＳ７１４）。ｒ＞ｒｍａｘでない場合（ステップＳ７１４：Ｎｏ）、ステップＳ７０２に戻って、リサンプル回数ｒのＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓｒを抽出する。これにより、ＳＮＰ対ごとのリサンプルパネルＲＰｒｋを、リサンプル回数ごとに生成することができる。
【００６６】
一方、ｒ＞ｒｍａｘである場合（ステップＳ７１４：Ｙｅｓ）、フィルタリング処理を実行し（ステップＳ７１５）、ステップＳ５０４へ移行する。フィルタリング処理とは、リサンプルパネルＲＰｒｋを絞り込む処理である。このあとに実行される連鎖不平衡解析処理（ステップＳ５０４）では、ハプロタイプ頻度を推定する際に、ハーディワインバーグ平衡が成立している必要があり、また連鎖不平衡係数の精度を高めるためには、マイナーアレル頻度が高いＳＮＰ対のみを使用することが好ましい、と考えられている。
【００６７】
したがって、解析対象として選択した各ＳＮＰ対のリサンプルパネルＲＰｒｋについて、ハーディワインバーグ検定P-valueとマイナーアレル頻度とを算出し、これらが一定のしきい値を満たさないリサンプルパネルＲＰｒｋに関しては、解析対象となるリサンプルパネル群ＲＰｒから削除する。
【００６８】
なお、ハーディワインバーグ検定P-valueのしきい値やマイナーアレル頻度のしきい値は、設定ファイル４００において動的に設定することができる。ハーディワインバーグ検定P-valueを用いてフィルタリング処理を実行する場合には、そのしきい値を０より大きい値に設定すればよく、用いない場合にはしきい値を０に設定すればよい。同様に、マイナーアレル頻度の両方を用いてフィルタリング処理を実行する場合も、そのしきい値を０より大きい値に設定すればよく、用いない場合にはしきい値を０に設定すればよい。
【００６９】
また、フィルタリング処理においては、ＳＮＰ対Ｃｋを構成する１対のＳＮＰ−ｉ，ｊ間の距離に基づいて、フィルタリング処理を実行することもできる。たとえば、ＳＮＰ−ｉ，ｊ間の距離が所定距離以上であれば、強い連鎖不平衡が得られる見込みが低くなるため、そのＳＮＰ対Ｃｋのリサンプルパネルを削除することで、連鎖不平衡解析の対象外とすることができる。これにより、解析対象となるリサンプルパネル数を削減して、計算処理の高速化を図ることができる。
【００７０】
（連鎖不平衡解析処理手順）
つぎに、上述した連鎖不平衡解析処理（ステップＳ５０４）の手順について説明する。図９は、連鎖不平衡解析処理手順を示すフローチャートである。図９において、まず、リサンプル回数ｒをｒ＝０とし、ＳＮＰ対ＩＤ：ｋをｋ＝１とする（ステップＳ９０１）。そして、リサンプルパネル群ＲＰｒの中に、リサンプルパネルＲＰｒｋがあるか否かを判断する（ステップＳ９０２）。リサンプルパネルＲＰｒｋがない場合（ステップＳ９０２：Ｎｏ）、たとえば、上述したフィルタリング処理により削除されている場合には、リサンプルパネルＲＰｒｋが存在しないこととなるため、ステップＳ９０５に移行する。
【００７１】
一方、リサンプルパネルＲＰｒｋがある場合（ステップＳ９０２：Ｙｅｓ）、メモリからリサンプルパネルＲＰｒｋを抽出する（ステップＳ９０３）。そして、あるＳＮＰ対ＣｋについてのリサンプルパネルＲＰｒｋを用いて、リサンプル回数ｒにおけるＳＮＰ対Ｃｋの連鎖不平衡係数ＬＤｒｋを算出する（ステップＳ９０４）。連鎖不平衡係数ＬＤｒｋはメモリに保持される。なお、連鎖不平衡係数ＬＤｒｋの算出は周知であるため、ここではその説明を省略する。
【００７２】
そして、ステップＳ９０５においてＳＮＰ対ＩＤ：ｋをインクリメントし、ＳＮＰ対ＩＤ：ｋが解析対象の遺伝子に存在するＳＮＰ対Ｃｋの総数Ｋより大きいか否かを判断する（ステップＳ９０６）。ｋ＞Ｋでない場合（ステップＳ９０６：Ｎｏ）、ステップＳ９０２に戻る。一方、ｋ＞Ｋである場合（ステップＳ９０６：Ｙｅｓ）、ステップＳ９０４において算出された連鎖不平衡係数ＬＤｒｋに基づいて、連鎖不平衡マップＭｒの描画処理を実行する（ステップＳ９０７）。この描画処理については後述する。
【００７３】
そして、リサンプル回数ｒをインクリメントし（ステップＳ９０８）、リサンプル回数ｒが最大リサンプル回数ｒｍａｘより大きいか否かを判断する（ステップＳ９０９）。ｒ＞ｒｍａｘでない場合（ステップＳ９０９：Ｎｏ）、ステップＳ９０２に戻る。一方、ｒ＞ｒｍａｘである場合（ステップＳ９０９：Ｙｅｓ）、ステップＳ５０５に移行する。
【００７４】
つぎに、連鎖不平衡マップの描画処理（ステップＳ９０７）について具体的に説明する。図１０は、連鎖不平衡マップの描画処理（ステップＳ９０７）の説明図である。図１０では、説明の簡略化のため４つのＳＮＰ−１〜ＳＮＰ−４を用いて説明する。（ａ）において、横軸１０００は遺伝子の物理的位置を示している。そして、ＳＮＰ対Ｃ１（ＳＮＰ−１およびＳＮＰ−２）について、連鎖平衡係数ＬＤｒ１を算出する。
【００７５】
設定ファイル４００には、連鎖不平衡係数（０≦ＬＤｒｋ≦１）の大きさに応じた描画色の濃度が設定されており、（ｂ）において、ＳＮＰ対Ｃ１（ＳＮＰ−１およびＳＮＰ−２）を頂点とする図形Ｆ１２を作成して、図形Ｆ１２の内部に、連鎖平衡係数ＬＤｒ１に応じた色を描画する。
【００７６】
このような処理を各ＳＮＰ対Ｃｋについてもおこなう。すなわち、（ｃ）において、ＳＮＰ対Ｃ２（ＳＮＰ−２およびＳＮＰ−３）を頂点とする図形Ｆ２３を作成して、図形Ｆ２３の内部に、連鎖平衡係数ＬＤｒ２に応じた色を描画する。
【００７７】
同様に、ＳＮＰ対Ｃ３（ＳＮＰ−３およびＳＮＰ−４）を頂点とする図形Ｆ３４を作成して、図形Ｆ３４の内部に、連鎖平衡係数ＬＤｒ３に応じた色を描画する。また、ＳＮＰ対Ｃ４（ＳＮＰ−１およびＳＮＰ−３）を頂点とする図形Ｆ１３を作成して、図形Ｆ１３の内部に、連鎖平衡係数ＬＤｒ４に応じた色を描画する。
【００７８】
同様に、（ｄ）においても、ＳＮＰ対Ｃ５（ＳＮＰ−２およびＳＮＰ−４）を頂点とする図形Ｆ２４を作成して、図形Ｆ２４の内部に、連鎖平衡係数ＬＤｒ５に応じた色を描画する。また、ＳＮＰ対Ｃ６（ＳＮＰ−１およびＳＮＰ−４）を頂点とする図形Ｆ１４を作成して、図形Ｆ１４の内部に、連鎖平衡係数ＬＤｒ６に応じた色を描画する。
【００７９】
つぎに、連鎖不平衡マップについて説明する。連鎖不平衡マップは、図１０に示した処理を繰り返すことにより作成される。図１１は、連鎖不平衡マップＭｒを示す説明図である。図１１において、符号１１００は、ゲノム領域の物理地図であり、符号１１０１は物理地図１１００を構成する遺伝子情報であり、符号１１０２は、物理地図１１００を構成する距離軸（図１０の横軸１０００に相当）である。距離軸１１０２は、遺伝子上のＳＮＰに相当する塩基の物理的位置を特定する。また、距離軸１１０２上の縦線は、ＳＮＰに相当する塩基の物理的位置（ＤＮＡサンプルＤＢ３００の遺伝子位置情報に相当）をあらわしている。
【００８０】
（同定／選出処理手順）
つぎに、上述した同定／選出処理（ステップＳ５０５）の手順について説明する。同定／選出処理（ステップＳ５０５）においては、複数種類のハプロタイプブロック同定アルゴリズム（以下、単に「ブロックアルゴリズム」と称す。）、たとえば、Four-Gamete Test、Gabriel's Method、Kamatani's Methodを使用することができる。使用するブロックアルゴリズムの設定は、図４に示した設定ファイル４００によりおこなう。以下、図１２では、複数種類のブロックアルゴリズムを使用する場合について説明する。
【００８１】
図１２は、同定／選出処理手順を示すフローチャートである。図１２において、まず、未選択のブロックアルゴリズムがあるか否かを判断する（ステップＳ１２０１）。未選択のブロックアルゴリズムがある場合（ステップＳ１２０１：Ｙｅｓ）、ブロックアルゴリズムを選択する（ステップＳ１２０２）。今回選択されたブロックアルゴリズムを選択ブロックアルゴリズムと称す。
【００８２】
つぎに、リサンプル回数ｒをｒ＝０とし（ステップＳ１２０３）、連鎖不平衡係数群ＬＤｒ（ＬＤｒ１〜ＬＤｒＫの集合）をメモリから抽出する（ステップＳ１２０４）。そして、連鎖不平衡係数群ＬＤｒを入力パラメータとして選択ブロックアルゴリズムを実行させる（ステップＳ１２０５）。この実行により、連鎖不平衡マップＭｒにハプロタイプブロックを特定する（ステップＳ１２０６）。
【００８３】
図１３−１〜図１３−３は、ハプロタイプブロックが特定された連鎖不平衡マップＭｒを示す説明図である。図１３−１は、選択ブロックアルゴリズムがFour-Gamete Testである場合の連鎖不平衡マップＭｒであり、ハプロタイプブロックＨＢ１１，ＨＢ１２が特定されている。図１３−２は、選択ブロックアルゴリズムがGabriel’s Methodである場合の連鎖不平衡マップＭｒであり、ハプロタイプブロックＨＢ２１，ＨＢ２２が特定されている。
【００８４】
図１３−３は、選択ブロックアルゴリズムがKamatani's Methodである場合の連鎖不平衡マップＭｒであり、ハプロタイプブロックＨＢ３１が特定されている。以下、各ハプロタイプブロックＨＢ１１，ＨＢ１２，ＨＢ２１，ＨＢ２２，ＨＢ３１を総称してハプロタイプブロックＨＢとする。
【００８５】
ハプロタイプブロックＨＢ内の図形（ひし形または三角形）に対応するＳＮＰ対Ｃｋは、連鎖不平衡係数ＬＤｒｋが選択ブロックアルゴリズムで設定されたしきい値よりも高いため、塩基（遺伝子）の組み換えがほとんど発生しない。一方、遺伝子上の物理的位置のうち、ハプロタイプブロックから外れた区間（ブロック外区間）におけるＳＮＰでは塩基（遺伝子）の組み換えの発生確率が高い。
【００８６】
たとえば、図１３−１ではブロック外区間ｄ１１，ｄ１２、図１３−２ではブロック外区間ｄ２１，ｄ２２、図１３−３ではブロック外区間ｄ３１，ｄ３２におけるＳＮＰでは塩基（遺伝子）の組み換えの発生確率が高い。以下、各ブロック外区間ｄ１１，ｄ１２，ｄ２１，ｄ２２，ｄ３１，ｄ３２を総称してブロック外区間ｄとする。
【００８７】
したがって、図１２において、ハプロタイプブロックＨＢが特定された連鎖不平衡マップＭｒにおいて、遺伝子上の物理的位置のうち、ハプロタイプブロックＨＢから外れたブロック外区間ｄを検出して、当該ブロック外区間ｄに対してポイントを計数する（ステップＳ）。
【００８８】
図１４は、ブロック外区間ｄとポイントとの関係を示す説明図である。図１４において、連鎖不平衡マップＭｒでは、ブロック外区間ｄとしてｄ１，ｄ２についてポイントが計数される。連鎖不平衡マップＭｒの下のグラフは、横軸が遺伝子上の物理的位置を示す距離軸であり、縦軸がポイント数である。
【００８９】
図１４では、ブロック外区間ｄ１，ｄ２に対してポイントが計数されている。なお、このあとリサンプル回数ｒがインクリメント（ステップＳ１２１１）される度に、あらたに連鎖不平衡マップＭｒが作成されるため、ポイント数は各連鎖不平衡マップＭｒから得られるブロック外区間ｄに応じて累計されることとなる。
【００９０】
また、図１２において、連鎖不平衡係数群ＬＤｒを入力パラメータとして、ハプロタイプタグＳＮＰ選出アルゴリズムを実行させる（ステップＳ１２０８）。そして、ＳＮＰの中からハプロタイプタグＳＮＰを選出する（ステップＳ１２０９）。
【００９１】
図１５−１〜図１５−３は、ハプロタイプタグＳＮＰが選出された連鎖不平衡マップＭｒを示す説明図である。図１５−１は、選択ブロックアルゴリズムがFour-Gamete Testである場合の連鎖不平衡マップＭｒである。図１５−２は、選択ブロックアルゴリズムがGabriel’s Methodである場合の連鎖不平衡マップＭｒである。図１５−３は、選択ブロックアルゴリズムがKamatani's Methodである場合の連鎖不平衡マップＭｒである。
【００９２】
また、図１５−１〜図１５−３中、距離軸１１０２上の下向き三角マークがハプロタイプタグＳＮＰに相当する塩基の遺伝子上の物理的位置を示している。なお、ハプロタイプブロックＨＢの底辺上の上向き三角マークは、上述した下向き三角マークに対応している。
【００９３】
ハプロタイプタグＳＮＰが選出されると、図１２において、ハプロタイプタグＳＮＰに該当する塩基の遺伝子上の物理的位置を検出して、当該物理的位置に対してポイントを計数する（ステップＳ１２１０）。
【００９４】
図１６は、ハプロタイプタグＳＮＰの検出位置とポイントとの関係を示す説明図である。図１６において、連鎖不平衡マップＭｒでは、距離軸１１０２において、ハプロタイプタグＳＮＰが検出されている（図１６中、三角マーク）。連鎖不平衡マップＭｒの下のグラフは、横軸が遺伝子上の物理的位置を示す距離軸であり、縦軸がポイント数である。このポイント数はハプロタイプタグＳＮＰの数をあらわしている。
【００９５】
図１６では、ハプロタイプタグＳＮＰの検出位置に対してポイントが計数されている。なお、このあとリサンプル回数ｒがインクリメント（ステップＳ１２１１）される度に、あらたに連鎖不平衡マップＭｒが作成されるため、ポイント数は各連鎖不平衡マップＭｒから得られるハプロタイプタグＳＮＰの検出位置に応じて累計されることとなる。
【００９６】
また、図１２において、ステップＳ１２１０のあと、リサンプル回数ｒをインクリメントして（ステップＳ１２１１）、リサンプル回数ｒが最大リサンプル回数ｒｍａｘより大きいか否かを判断する（ステップＳ１２１２）。ｒ＞ｒｍａｘでない場合（ステップＳ１２１２：Ｎｏ）、ステップＳ１２０４に戻って、つぎの連鎖不平衡計数群ＬＤｒを抽出する。
【００９７】
一方、ｒ＞ｒｍａｘである場合（ステップＳ１２１２：Ｙｅｓ）、ステップＳ１２０１に戻って、未選択のブロックアルゴリズムがあるか否かを判断する。そして、未選択のブロックアルゴリズムがない場合（ステップＳ１２０１：Ｎｏ）、同定結果および選出結果を表示する（ステップＳ１２１３）。これにより、一連の処理を終了する。
【００９８】
図１７は、同定結果を示すグラフである。図１７のグラフにおいて、横軸は遺伝子上の物理的位置を示す距離軸であり、縦軸は組み換えと同定された割合である。ステップＳ１２０７（図１４を参照）では、ブロック外区間ｄに対してポイント数を計数したが、図１７では、組み換えと同定された割合で示している。この割合は、ポイント数をリサンプル回数で割った値である。なお、図１４に示したように、縦軸は累計ポイント数であらわしてもよい。
【００９９】
図１８は、選出結果を示すグラフである。図１８のグラフにおいて、横軸は遺伝子上の物理的位置を示す距離軸であり、縦軸はタグ化された割合である。ステップＳ１２１０（図１６を参照）では、ハプロタイプタグＳＮＰの検出位置に対してポイント数を計数したが、図１８では、タグ化された割合で示している。この割合は、ポイント数をリサンプル回数で割った値である。なお、図１６に示したように、縦軸は累計ポイント数であらわしてもよい。
【０１００】
（遺伝子多型解析支援装置の機能的構成）
つぎに、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置の機能的構成について説明する。図１９は、この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置の機能的構成を示すブロック図である。
【０１０１】
図１９において、遺伝子多型解析支援装置１９００は、ＤＮＡサンプルＤＢ３００と、抽出部１９０１と、再抽出部１９０２と、生成部１９０３と、解析部１９０４と、特定部１９０５と、ブロック外区間検出部１９０６と、ハプロタイプタグＳＮＰ検出部１９０７と、算出部１９０８と、表示部１９０９と、から構成されている。
【０１０２】
まず、抽出部１９０１は、母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出する。ここで、識別情報とは、ＤＮＡサンプルを特定する電子情報であり、たとえば、ＤＮＡサンプルＤＢ３００に記憶されている全ＤＮＡサンプルのＤＮＡサンプルＩＤである。したがって、抽出部１９０１は、ＤＮＡサンプルＤＢ３００に記憶されている全ＤＮＡサンプルのＤＮＡサンプルＩＤの中から、所定数ＮのＤＮＡサンプルＩＤを抽出する。なお、この抽出部１９０１の機能は、図６に示したステップＳ６０２の処理に相当する。
【０１０３】
また、再抽出部１９０２は、抽出部１９０１によって抽出された所定数の識別情報（ＤＮＡサンプルＩＤ）の中から重複選択を許して識別情報（ＤＮＡサンプルＩＤ）を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行する。ここで、リサンプリングは、上述したように、bootstrap法を用いており、特に、高速かつ高精度に乱数を発生させるMersenne Twister法による擬似乱数発生方法を用いるのが好ましい。これにより、この複数回分の結果のばらつきを、母集団からサンプリングした結果のばらつきとみなすことができる。
【０１０４】
また、リサンプリングの回数は、上述した設定ファイル４００の最大リサンプル回数ｒｍａｘである。ｒ（１≦ｒ≦ｒｍａｘ）回目に抽出された識別情報群は、上述したＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓｒとなる。なお、この再抽出部１９０２の機能は、図６に示したステップＳ６０３〜ステップＳ６０６の処理に相当する。
【０１０５】
また、生成部１９０３は、再抽出部１９０２によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、遺伝子のＳＮＰの中から選ばれたＳＮＰ対についてのＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルをリサンプリングごとに生成する。
【０１０６】
ここで、リサンプリングにより抽出された識別情報群とは、上述したＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓｒに相当する。また、遺伝子型に関する情報とは、ＤＮＡサンプルＤＢ３００に記憶されている各ＳＮＰの対立遺伝子情報（対立遺伝子および遺伝子型）に相当する。したがって、生成部１９０３は、ＤＮＡサンプル群Ｓｒに、ＳＮＰ対Ｃｋの対立遺伝子情報を関連付けることにより、図８に示したＳＮＰ対ＣｋのリサンプルパネルＲＰｒｋを生成することができる。なお、この生成部１９０３の機能は、図７に示したステップＳ７０１〜ステップＳ７１４の処理に相当する。
【０１０７】
また、生成部１９０３は、さらに、各ＳＮＰ対についてのハーディワインバーグ平衡の成立の有無に基づいて、リサンプルパネルをリサンプリングごとに生成することができる。同様に、各ＳＮＰ対についてのマイナーアレル頻度に基づいて、リサンプルパネルをリサンプリングごとに生成させることができる。生成部１９０３のこの機能は、図７に示したステップＳ７１５に相当する。
【０１０８】
また、解析部１９０４は、生成部１９０３によって生成された各ＳＮＰ対Ｃｋに関するリサンプルパネルＲＰｒｋに基づいて、遺伝子の連鎖不平衡をリサンプリングごとに解析する。すなわち、ＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓｒのリサンプルパネル群ＲＰｒにより、ＤＮＡサンプルＩＤ群Ｓｒにおける連鎖不平衡係数群ＬＤｒ（ＬＤｒ１〜ＬＤｒＫ）を算出する。なお、この解析部１９０４の機能は、図５に示した連鎖不平衡解析処理（ステップＳ５０４）に相当する。
【０１０９】
また、特定部１９０５は、解析部１９０４によって解析された解析結果を用いて、遺伝子のハプロタイプブロックをリサンプリングごとに特定する。具体的には、ブロックアルゴリズム（Four-Gamete Test、Gabriel's Method、Kamatani's Method）を用いて、ブロックアルゴリズムごとにハプロタイプブロックＨＢを特定する。特定結果は、たとえば、図１３−１〜図１３−３に示したとおりである。なお、この特定部１９０５の機能は、図１２に示したステップＳ１２０１〜ステップＳ１２０６に相当する。
【０１１０】
また、ブロック外区間検出部１９０６は、遺伝子上の物理的位置のうち特定部１９０５によって特定されたハプロタイプブロック外の区間（ブロック外区間）をリサンプリングごとに検出する。ブロック外区間ｄは、たとえば、図１３−１〜図１３−３に示したとおりである。なお、このブロック外区間検出部１９０６の機能は、図１２に示したステップＳ１２０７に相当する。
【０１１１】
また、ハプロタイプタグＳＮＰ検出部１９０７は、解析部１９０４による解析結果と特定部１９０５によって特定されたハプロタイプブロックとを用いて、ＳＮＰの中からハプロタイプタグＳＮＰ選出アルゴリズムにより選出されたハプロタイプタグＳＮＰの遺伝子上の物理的位置を、リサンプリングごとに検出する。なお、このハプロタイプタグＳＮＰ検出部１９０７の機能は、図１２に示したステップＳ１２０８，Ｓ１２０９に相当する。
【０１１２】
また、算出部１９０８は、ブロック外区間検出部１９０６によって検出されたリサンプリングごとの検出結果に基づいて、全ＤＮＡサンプルにおけるＳＮＰに相当する塩基の組み換え頻度を算出する。この検出結果は、上述したポイント数である。このポイント数の累計または割合が組み換え頻度となる。算出過程は、図１４に示したとおりである。算出部１９０８におけるこの機能は、図１２に示したステップＳ１２０７に相当する。
【０１１３】
また、算出部１９０８は、ハプロタイプタグＳＮＰ検出部１９０７によって検出されたリサンプリングごとの検出結果に基づいて、全ＤＮＡサンプルにおいてＳＮＰがタグ化された頻度を算出する。この検出結果は、上述した遺伝子上の物理的位置ごとのハプロタイプタグＳＮＰのポイント（検出数）である。算出過程は、図１６に示したとおりである。算出部１９０８におけるこの機能は、図１２に示したステップＳ１２１０に相当する。
【０１１４】
また、表示部１９０９は、算出部１９０８によって算出された算出結果を表示画面に表示する。算出結果とは、図１７および図１８に示したとおりである。なお、この表示部１９０９は、図１２に示したステップＳ１２１３に相当する。
【０１１５】
なお、上述した抽出部１９０１、再抽出部１９０２、生成部１９０３、解析部１９０４、特定部１９０５、ブロック外区間検出部１９０６、ハプロタイプタグＳＮＰ検出部１９０７、算出部１９０８、および表示部１９０９は、具体的には、たとえば、図１に示したＲＯＭ１０２，ＲＡＭ１０３，ＨＤ１０５などの記録媒体に記録されているプログラムを、ＣＰＵ１０１に実行させることによって、またはＩ／Ｆ１０９によって、その機能を実現する。
【０１１６】
このように、この発明の実施の形態によれば、十分なＤＮＡサンプル数が得られない場合においても、サンプリングの偏りの影響を排除した同定を経験的に試みることができる。すなわち、bootstrap法により、重複選択を許可したリサンプリングを複数回行い、各回のリサンプリングパネルにおいて、ハプロタイプブロックＨＢの同定、ハプロタイプタグＳＮＰの選出をおこない、複数回分のリサンプルパネルＲＰｒｋでの結果を比較する。
【０１１７】
ハプロタイプブロックＨＢに関しては、全リサンプリング回数ｒｍａｘのうち、各ＳＮＰ区間が、ブロック外区間ｄとなる頻度（割合）を計算することにより評価する。ハプロタイプタグＳＮＰに関しては、全リサンプリング回数ｒｍａｘのうち、各ＳＮＰがハプロタイプタグＳＮＰとして検出される頻度（割合）を計算することにより評価する。
【０１１８】
このように計算された各割合を、ＳＮＰの物理的位置に対して、グラフ上にプロットし、ハプロタイプブロックＨＢおよびハプロタイプタグＳＮＰを二次元にビジュアライズする。これにより、個別のサンプルパネルでの結果だけでなく、経験的な評価結果を元に、サンプリングの偏りを排除した、ハプロタイプブロックＨＢおよびタグＳＮＰを決定することが可能になる。
【０１１９】
このように、特定のサンプルパネルに関して、既知アルゴリズムによってハプロタイプブロックＨＢを同定するのみでは、サンプリングの偏りによる影響を受け易いため、リサンプリングによる経験的な評価手法は、ハプロタイプブロック同定研究に関して、非常に有用である。
【０１２０】
以上説明したように、遺伝子多型解析支援プログラム、該プログラムを記録した記録媒体、遺伝子多型解析支援装置、および遺伝子多型解析支援方法によれば、必要最小限のＤＮＡサンプル数により、ＤＮＡサンプルのサンプリング精度の向上を図ることにより、ハプロタイプブロックの同定結果およびハプロタイプタグＳＮＰｓの選出結果の信頼性の向上を図ることができるという効果を奏する。
【０１２１】
なお、本実施の形態で説明した遺伝子多型解析支援方法は、予め用意されたプログラムをパーソナル・コンピュータやワークステーション等のコンピュータで実行することにより実現することができる。このプログラムは、ハードディスク、フレキシブルディスク、ＣＤ−ＲＯＭ、ＭＯ、ＤＶＤ等のコンピュータで読み取り可能な記録媒体に記録され、コンピュータによって記録媒体から読み出されることによって実行される。またこのプログラムは、インターネット等のネットワークを介して配布することが可能な伝送媒体であってもよい。
【０１２２】
（付記１）母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出させる抽出工程と、
前記抽出工程によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行させる再抽出工程と、
前記再抽出工程によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成させる生成工程と、
前記生成工程によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析させる解析工程と、
前記解析工程によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定させる特定工程と、
前記遺伝子上の物理的位置のうち前記特定工程によって特定されたハプロタイプブロック外の区間を前記リサンプリングごとに検出させるブロック外区間検出工程と、
前記ブロック外区間検出工程によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおける前記ＳＮＰに相当する塩基の組み換え頻度を算出させる算出工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とする遺伝子多型解析支援プログラム。
【０１２３】
（付記２）母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出させる抽出工程と、
前記抽出工程によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行させる再抽出工程と、
前記再抽出工程によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成させる生成工程と、
前記生成工程によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析させる解析工程と、
前記解析工程によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定させる特定工程と、
前記解析結果と前記特定工程によって特定されたハプロタイプブロックとを用いて、前記ＳＮＰの中からハプロタイプタグＳＮＰ選出アルゴリズムにより選出されたハプロタイプタグＳＮＰの前記遺伝子上の物理的位置を、前記リサンプリングごとに検出させるハプロタイプタグＳＮＰ検出工程と、
前記ハプロタイプタグＳＮＰ検出工程によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおいて前記ＳＮＰがタグ化された頻度を算出させる算出工程と、
をコンピュータに実行させることを特徴とする遺伝子多型解析支援プログラム。
【０１２４】
（付記３）前記生成工程は、
さらに、前記各ＳＮＰ対についてのハーディワインバーグ平衡の成立の有無に基づいて、前記リサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成させることを特徴とする付記１または２に記載の遺伝子多型解析支援プログラム。
【０１２５】
（付記４）前記生成工程は、
さらに、前記各ＳＮＰ対についてのマイナーアレル頻度に基づいて、前記リサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成させることを特徴とする付記１〜３のいずれか一つに記載の遺伝子多型解析支援プログラム。
【０１２６】
（付記５）前記生成工程は、
さらに、前記各ＳＮＰ対を構成するＳＮＰ間距離に基づいて、前記リサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成させることを特徴とする付記１〜４のいずれか一つに記載の遺伝子多型解析支援プログラム。
【０１２７】
（付記６）前記特定工程は、
複数種類のハプロタイプ同定アルゴリズムを実行させることにより、前記ハプロタイプ同定アルゴリズムごとのハプロタイプブロックを、前記リサンプリングごとに特定させ、
前記ブロック外区間検出工程は、
前記遺伝子上の物理的位置のうち前記特定工程によって特定された前記ハプロタイプ同定アルゴリズムごとのハプロタイプブロック外の区間を前記リサンプリングごとに検出させることを特徴とする付記１に記載の遺伝子多型解析支援プログラム。
【０１２８】
（付記７）前記特定工程は、
複数種類のハプロタイプ同定アルゴリズムを実行させることにより、前記ハプロタイプ同定アルゴリズムごとのハプロタイプブロックを、前記リサンプリングごとに特定させ、
前記ハプロタイプタグＳＮＰ検出工程は、
前記解析結果と前記特定工程によって特定された前記ハプロタイプ同定アルゴリズムごとのハプロタイプブロックとを用いて、前記ＳＮＰの中からハプロタイプタグＳＮＰを前記リサンプリングごとに検出させることを特徴とする付記２に記載の遺伝子多型解析支援プログラム。
【０１２９】
（付記８）前記算出工程によって算出された算出結果を表示させる表示工程を前記コンピュータに実行させることを特徴とする付記１〜７のいずれか一つに記載の遺伝子多型解析支援プログラム。
【０１３０】
（付記９）付記１〜付記８のいずれか一つに記載の遺伝子多型解析支援プログラムを記録したコンピュータに読み取り可能な記録媒体。
【０１３１】
（付記１０）母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出する抽出手段と、
前記抽出手段によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行する再抽出手段と、
前記再抽出手段によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成する生成手段と、
前記生成手段によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析する解析手段と、
前記解析手段によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定する特定手段と、
前記遺伝子上の物理的位置のうち前記特定手段によって特定されたハプロタイプブロック外の区間を前記リサンプリングごとに検出するブロック外区間検出手段と、
前記ブロック外区間検出手段によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおける前記ＳＮＰに相当する塩基の組み換え頻度を算出する算出手段と、
を備えることを特徴とする遺伝子多型解析支援装置。
【０１３２】
（付記１１）母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出する抽出手段と、
前記抽出手段によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行する再抽出手段と、
前記再抽出手段によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成する生成手段と、
前記生成手段によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析する解析手段と、
前記解析手段によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定する特定手段と、
前記解析結果と前記特定手段によって特定されたハプロタイプブロックとを用いて、前記ＳＮＰの中からハプロタイプタグＳＮＰ選出アルゴリズムにより選出されたハプロタイプタグＳＮＰの前記遺伝子上の物理的位置を、前記リサンプリングごとに検出するハプロタイプタグＳＮＰ検出手段と、
前記ハプロタイプタグＳＮＰ検出手段によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおいて前記ＳＮＰがタグ化された頻度を算出する算出手段と、
を備えることを特徴とする遺伝子多型解析支援装置。
【０１３３】
（付記１２）母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出する抽出工程と、
前記抽出工程によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行する再抽出工程と、
前記再抽出工程によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成する生成工程と、
前記生成工程によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析する解析工程と、
前記解析工程によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定する特定工程と、
前記遺伝子上の物理的位置のうち前記特定工程によって特定されたハプロタイプブロック外の区間を前記リサンプリングごとに検出するブロック外区間検出工程と、
前記ブロック外区間検出工程によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおける前記ＳＮＰに相当する塩基の組み換え頻度を算出する算出工程と、
を含んだことを特徴とする遺伝子多型解析支援方法。
【０１３４】
（付記１３）母集団となる遺伝子の全ＤＮＡサンプルに固有な識別情報の中から、リサンプリング対象となる所定数の識別情報を抽出する抽出工程と、
前記抽出工程によって抽出された所定数の識別情報の中から重複選択を許して前記識別情報を複数個抽出するリサンプリングを、複数回実行する再抽出工程と、
前記再抽出工程によって実行されたリサンプリングにより抽出された識別情報群に、前記遺伝子のＳＮＰの中から選ばれた一対のＳＮＰ（以下、「ＳＮＰ対」という）についての前記ＤＮＡサンプルごとの遺伝子型に関する情報を関連付けることにより、前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルを前記リサンプリングごとに生成する生成工程と、
前記生成工程によって生成された前記各ＳＮＰ対に関するリサンプルパネルに基づいて、前記遺伝子の連鎖不平衡を前記リサンプリングごとに解析する解析工程と、
前記解析工程によって解析された解析結果を用いて、前記遺伝子のハプロタイプブロックを前記リサンプリングごとに特定する特定工程と、
前記解析結果と前記特定工程によって特定されたハプロタイプブロックとを用いて、前記ＳＮＰの中からハプロタイプタグＳＮＰ選出アルゴリズムにより選出されたハプロタイプタグＳＮＰの前記遺伝子上の物理的位置を、前記リサンプリングごとに検出するハプロタイプタグＳＮＰ検出工程と、
前記ハプロタイプタグＳＮＰ検出工程によって検出された前記リサンプリングごとの検出結果に基づいて、前記全ＤＮＡサンプルにおいて前記ＳＮＰがタグ化された頻度を算出する算出工程と、
を含んだことを特徴とする遺伝子多型解析支援方法。
【産業上の利用可能性】
【０１３５】
以上のように、本発明にかかる遺伝子多型解析支援装置、遺伝子多型解析支援方法、および遺伝子多型解析支援プログラムは、疾患感受性座位探索を目的とした遺伝子多型解析実験の支援に有用であり、特に、ハプロタイプブロックの同定とハプロタイプタグＳＮＰの選出に有用である。
【図面の簡単な説明】
【０１３６】
【図１】この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置のハードウェア構成を示すブロック図である。
【図２】この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置のＤＮＡサンプルＤＢの記憶内容を示す説明図である。
【図３】ハプロタイプの一例を示す説明図である。
【図４】この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置に用いられる設定ファイルを示す説明図である。
【図５】この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援処理手順を示すフローチャートである。
【図６】リサンプリング処理手順を示すフローチャートである。
【図７】リサンプルパネル生成処理手順を示すフローチャートである。
【図８】リサンプルパネルの一例を示す説明図である。
【図９】連鎖不平衡解析処理手順を示すフローチャートである。
【図１０】連鎖不平衡マップの描画処理（ステップＳ９０７）の説明図である。
【図１１】連鎖不平衡マップを示す説明図である。
【図１２】同定／選出処理手順を示すフローチャートである。
【図１３−１】ハプロタイプブロックが特定された連鎖不平衡マップＭｒを示す説明図（その１）である。
【図１３−２】ハプロタイプブロックが特定された連鎖不平衡マップＭｒを示す説明図（その２）である。
【図１３−３】ハプロタイプブロックが特定された連鎖不平衡マップＭｒを示す説明図（その３）である。
【図１４】ブロック外区間とポイントとの関係を示す説明図である。
【図１５−１】ハプロタイプタグＳＮＰが選出された連鎖不平衡マップＭｒを示す説明図（その１）である。
【図１５−２】ハプロタイプタグＳＮＰが選出された連鎖不平衡マップＭｒを示す説明図（その２）である。
【図１５−３】ハプロタイプタグＳＮＰが選出された連鎖不平衡マップＭｒを示す説明図（その３）である。
【図１６】ハプロタイプタグＳＮＰの検出位置とポイントとの関係を示す説明図である。
【図１７】同定結果を示すグラフである。
【図１８】選出結果を示すグラフである。
【図１９】この発明の実施の形態にかかる遺伝子多型解析支援装置の機能的構成を示すブロック図である。
【符号の説明】
【０１３７】
３００    ＤＮＡサンプルＤＢ
４００    設定ファイル
１９００  遺伝子多型解析支援装置
１９０１  抽出部
１９０２  再抽出部
１９０３  生成部
１９０４  解析部
１９０５  特定部
１９０６  ブロック外区間検出部
１９０７  ハプロタイプタグＳＮＰ検出部
１９０８  算出部
１９０９  表示部
Ｃｋ      ＳＮＰ対
ｄ        ブロック外区間
ＨＢ      ハプロタイプブロック
ＬＤｒ    連鎖不平衡係数群
ＬＤｒｋ  連鎖不平衡係数
Ｍｒ      連鎖不平衡マップ
ｒ        リサンプル回数
ｒｍａｘ  最大リサンプル回数
ＲＰｒ    リサンプルパネル群
ＲＰｒｋ  リサンプルパネル
【図１】
2007233485.tif 000003
【図２】
2007233485.tif 000004
【図３】
2007233485.tif 000005
【図４】
2007233485.tif 000006
【図５】
2007233485.tif 000007
【図６】
2007233485.tif 000008
【図７】
2007233485.tif 000009
【図８】
2007233485.tif 000010
【図９】
2007233485.tif 000011
【図１０】
2007233485.tif 000012
【図１１】
2007233485.tif 000013
【図１２】
2007233485.tif 000014
【図１３−１】
2007233485.tif 000015
【図１３−２】
2007233485.tif 000016
【図１３−３】
2007233485.tif 000017
【図１４】
2007233485.tif 000018
【図１５−１】
2007233485.tif 000019
【図１５−２】
2007233485.tif 000020
【図１５−３】
2007233485.tif 000021
【図１６】
2007233485.tif 000022
【図１７】
2007233485.tif 000023
【図１８】
2007233485.tif 000024
【図１９】
2007233485.tif 000025