(57)【要約】【課題】解析対象の遺伝子が含まれるＤＮＡ断片をＰＣＲで増幅し電気泳動により検出する際にノイズシグナルから遺伝子型シグナルを判定した結果を評価する方法及びシステムを提供する。【解決手段】同一マーカーについて真のピークに対するStutterピークの高さの比及び真のピークに対する+Aピークの高さの比にはそれぞれ再現性があること、同一マーカーの同一アリルであればサイズ値が一定であると期待できることを利用して、遺伝子型判定結果のはずれ値を検出する。また、再現性に着目して、データベースを利用して同一マーカーや同一アリルで過去に処理した波形データを取得したり、はずれ値でなく妥当と判定した波形データをデータベースへ追加登録してデータベースを拡充し評価能力を向上させる。【選択図】図１１
2007259847.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
マイクロサテライトを含むＤＮＡ断片のＰＣＲ増幅産物について長さを分析した結果を表示するシステムであって、
前記ＰＣＲ増幅産物の検出シグナルを、検出シグナル強度及び断片長を軸にとってグラフ表示するグラフ表示処理部と、
前記ＰＣＲ増幅産物の検出シグナルにおいて、ＤＮＡ断片端に１つのアデニンが付加したＰＣＲ増幅産物の検出シグナルに対応する+Aピークと、+Aピーク以外のピークとを判定する第１の判定処理部と、
前記ＰＣＲ増幅産物の検出シグナルにおいて、前記ＤＮＡ断片のＰＣＲ増幅産物の検出シグナルに対応する真のピークと、マイクロサテライトの繰り返し配列が１単位以上増加又は減少したＰＣＲ増幅産物の検出シグナルに相当するStutterピークとを判定する第２の判定処理部と、
前記+Aピークと+Aピーク以外のピークとの判定結果、及び前記真のピークとStutterピークとの判定結果を前記グラフとともに表示する判定結果表示処理部とを有するシステムにおいて、
さらに、複数の個体について、マイクロサテライトを含むＤＮＡ断片のＰＣＲ増幅産物について長さを分析した結果を蓄積したデータベースを有しており、
前記第１の判定処理部及び第２の判定処理部による判定結果に対して、以下のうち少なくとも１つの判断基準に基づいて、判定結果の評価を行うことを特徴とするシステム。
（１）判定された真のピークとStutterピークとの高さ比は、前記データベースに蓄積された複数個体についての同比と著しく異なっていないか。
（２）判定された真のピークと+Aピークとの高さ比は、前記データベースに蓄積された複数個体についての同比と著しく異なっていないか。
（３）判定された真のピーク、Stutterピーク及び+Aピークの断片長は、前記データベースに蓄積された複数個体についての同長さと著しく異なっていないか。
【請求項２】
前記データベースは、さらに、個体ごとに前記分析結果とともに前記分析を行った際の実験プロトコルを蓄積しており、
前記判定結果の評価においては、前記データベースに蓄積されたデータのうち、判定対象と実験プロトコルが所定程度一致するデータのみを前記判断基準に用いることを特徴とする請求項１に記載の評価システム。
【請求項３】
前記判定結果の評価において判定結果が妥当であると評価された場合には、当該判定対象の分析結果を前記データベースに蓄積することを特徴とする請求項１又は２に記載の評価システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、生物の個体間の差異（姿形や病気への罹患性等の差異）に関与しているとされる遺伝子型を判定する解析作業に対する遺伝子型判定結果の評価方法及び評価システムに関し、特に、解析対象の遺伝子が含まれるＤＮＡ断片をＰＣＲで増幅し電気泳動により検出する際にノイズシグナルから遺伝子型シグナルを判定した結果を評価する方法及びシステムに関するものである。
【背景技術】
【０００２】
ヒトを含め様々な生物の全ゲノムの完全解読が進められている。既に解読が完了しているヒト等の生物については、ゲノムの全体や比較的広範囲にわたる領域についての遺伝子の解析研究が活発に行なわれている。特に医療研究において、疾患の有無、薬物に対する効果・副作用の有無などに関与する遺伝子を探索する上で、多数の遺伝子型を自動で判定する技術が注目されている。そして、個体毎に自動で判定された遺伝子型の評価技術はより判定精度を高めるために切望されている。
【０００３】
マイクロサテライト
通常、同種の生物の個体間のゲノム同士は多くの部分において全く同じ塩基配列を有しているが、いくつかの個所では異なった塩基配列を有していることが知られている。そのような個体間のゲノム上の塩基配列に差異が見られることを多型という。多型には幾つかの種類があることも知られており、一塩基の多型であるＳＮＰｓ（Single Nucleotide Polymorphisms）やマイクロサテライト（microsatellite）が特に解析研究への利用において注目されている。
【０００４】
マイクロサテライトは、２塩基から６塩基の短い配列パターンが数回〜数十回繰り返されて表れる配列のことをいい、ヒトゲノムの場合、数万箇所以上存在する。ゲノム上に現れるマイクロサテライトの例を図１８に示す。マイクロサテライトにおける繰り返し単位をunitと呼び、unitの塩基数をunit長と呼んでいる。例えば、図１８に示すＡＴＡＴＡＴＡＴ...というマイクロサテライトでは、unitは『ＡＴ』であり、unit長は２塩基である。図１８に示すように、マイクロサテライトは、unit及びunit長が同じであっても、その繰り返し回数において差異(多型)が見られる。
【０００５】
上記したようにＳＮＰｓ及びマイクロサテライトは多型性を持つためにゲノム上で他の塩基配列と区別がしやすい部分であり、実験的にも検出が容易である。また、生物種によっては、ゲノム上のＳＮＰｓ及びマイクロサテライトが存在するおおよその位置が判っているので、ゲノム上の位置を示す指標として用いることができる。このような性質から、ＳＮＰｓやマイクロサテライトのことをＤＮＡマーカーと呼んでいる。特に、マイクロサテライトは複数の塩基を含んでいるので、ＳＮＰｓよりも多くの情報量を有しており、ゲノムワイドな解析研究にＤＮＡマーカーとして頻繁に用いられている。
【０００６】
ところで、図１８に示すように、多くの生物の個体は、雌性配偶子と雄性配偶子に由来する１対のゲノム（相同染色体）を有している。１対のゲノム上の互いに対応する部位に存在する遺伝子を、それぞれ対立遺伝子（allele）と言い、これらの組み合わせを遺伝子型(genotype)と言う。上記したように、ゲノム上のＳＮＰｓやマイクロサテライトは、個体間で塩基配列が異なり得る部分であるので、一般的に、ＳＮＰｓには２つ又は３つの対立遺伝子が存在し、マイクロサテライトには数種類〜２０種類以上の対立遺伝子が存在する。
【０００７】
図１８に示す例では、個体Ａは『ＡＴ』というunitを３回繰り返したものと５回繰り返したものとを有しており、個体Ｂは『ＡＴ』というunitを６回繰り返したものと３回繰り返したものとを有している。また個体Ｃは、『ＡＴ』というunitを４回繰り返したものを２つ有している。個体Ａや個体Ｂのように異なる種類の対立遺伝子を１つずつ持っている状態をヘテロ接合といい、個体Ｃのように同じ種類の対立遺伝子を２つ持っている状態をホモ接合という。
【０００８】
ＰＣＲ及び電気泳動実験
ＤＮＡマーカーとしてマイクロサテライトを用いる場合、ゲノム上のマイクロサテライトが現れている箇所を抽出して検出するための実験としてＰＣＲ（Polymerase Chain Reaction）や電気泳動などの実験が行われる。ＰＣＲは、マイクロサテライトの両端においてプライマー配列と呼ばれる１対の塩基配列とＤＮＡ複製酵素を用いて反応させることで、1対のプライマー配列の間にはさまれるマイクロサテライト部分を含むＤＮＡ断片を繰り返し複製して増幅させ、一定収量のサンプルを取得する実験技術である。電気泳動には、ゲル電気泳動やキャピラリ電気泳動といった手法があり、増幅したＤＮＡ断片を荷電された泳動路で泳動させて、長さの異なるＤＮＡ断片を分子量や荷電性による泳動度の違いを利用して分離する実験技術である。図１９は、ＰＣＲ及びゲル電気泳動により、マイクロサテライト部分のＤＮＡ断片を増幅する実験手順を示す模式図である。まず、対象となるマイクロサテライトをはさむ1対のプライマー配列１９００及び１９０１を指定し、マイクロサテライト及びプライマー配列を含んだゲノム領域１９０２がＰＣＲ実験により増幅される。図１９に示す例では、２本の相同染色体上でのマイクロサテライトの繰り返し数が異なるヘテロ接合であり、それぞれマイクロサテライト部分の長さが異なるため、それぞれから長さの異なる２種類のＰＣＲ増幅産物すなわちＤＮＡ断片（５２塩基及び４８塩基）が得られる。これらをゲル上で一定時間電気泳動させると、上記２種類のＰＣＲ増幅産物はそのＤＮＡ断片の長さの違いによって分離される。あらかじめ各ＤＮＡ断片を蛍光色素で標識しておき、電気泳動後に各ＤＮＡ断片からの蛍光シグナルの強度及び位置を検出することで、図１９に示すように横軸にＤＮＡ断片の長さ（フラグメント・サイズ）、縦軸に蛍光シグナル強度（すなわちＤＮＡ断片の存在量）をプロットしたグラフが得られる。また、ＰＣＲ増幅産物とともに、長さがあらかじめ分かっているＤＮＡ断片（サイズマーカー）を同時に電気泳動させて蛍光シグナルを検出することで、サイズマーカーの検出位置を基準として各ＰＣＲ増幅産物の長さを知ることができる。
【０００９】
尚、上記ではゲル電気泳動を用いた実験手法について述べたが、キャピラリ電気泳動によっても同様のことを行うことができる。キャピラリ電気泳動では、サンプルにゲルを詰めた細い管の中を泳動させ、各種サンプルが一定距離（通常はキャピラリの終端まで）を泳動し終わるまでに要した時間を計測して、ＤＮＡ断片の長さを調べる手法である。キャピラリ電気泳動においては、ゲル中のサンプルからの蛍光シグナルをスキャンするのではなく、キャピラリ終端に備えた蛍光シグナル検出器によりサンプルを検出するのが一般的である。
【００１０】
ＰＣＲ及び電気泳動実験において生じるノイズ
上記の図１９に示したＰＣＲと電気泳動の結果のピークは、理想的な過程で行われた場合に得られるものであり、実際の実験においては様々なノイズのピークが生じることが多い。結果を解釈する上で主だったノイズピークとして、Stutterピークと+Aピークがある。
【００１１】
Stutterピークは、図２０に示したようにＰＣＲの際に複製対象の鋳型配列鎖がマイクロサテライトの連続した繰り返し配列のずれた位置で相補鎖を形成してしまい、鋳型鎖がヘアピンループ状の形状をしてしまう現象（slipped-strand mispairing）に起因して、複製対象のＤＮＡ断片のうちマイクロサテライト部分の繰り返し回数が増加又は減少し、蛍光シグナルにおいて繰り返し回数が増加又は減少したＤＮＡ断片がノイズピークとして観測されるものである。特にunit長の短いマイクロサテライトを増幅する場合に生じやすいことも知られている。Stutterピークは複製元のＤＮＡ断片と同じ長さのＤＮＡ断片のほかに、マイクロサテライトのunit長の整数倍だけ長さが増加又減少したＤＮＡ断片のピークとして観測される。
【００１２】
+Aピークは、ＰＣＲによりＤＮＡ断片を複製する際に、複製酵素の作用によりＤＮＡ断片に余分な塩基（通常はＡ）が１つ付加されてしまう現象に起因して、蛍光シグナルにおいて１塩基付加されたＤＮＡ断片長のノイズピークとして観測されるものである。このような１塩基の付加は、複製元のＤＮＡ断片に対してのみならず上述のStutterピークの元となる各ＤＮＡ断片に対しても起こるので、蛍光シグナルにおいて各Stutterピークの１塩基右に+Aピークが観測される。
【００１３】
図２１に、以上のStutterピークと+Aピークの観測される模式図を示す。図２１は、２つのアリルが存在するヘテロ接合の波形を示している。複製元のＤＮＡ断片長と同じ長さのアリルサイズに相当するピーク（以下、「真のピーク」と呼ぶ）を２つ含み、それぞれを中心とした２つのピーク群のかたまりからなっている。１つ目のピークのかたまりでは、真のピークの左２unit分の位置と左１unit分の位置、そして右１unit分の位置にStutterピークが存在し、真のピーク及びStutterピークのそれぞれに対応する+Aピークが存在している。２つ目のピークのかたまりでは、真のピークの左１unit分の位置と右１unit分の位置にStutterピークが存在し、真のピーク及びStutterピークのそれぞれに対応する+Aピークが存在している。以下において、ある+Aピークに対して、その+Aピークが生じる元となった１塩基付加されていないＤＮＡ断片に対応する真のピーク又はStutterピークのことを「元のピーク」と呼ぶ。
【００１４】
ＰＣＲ及び電気泳動の実験過程を通じて得られた蛍光シグナルの波形について、各個体毎に、ノイズが含まれる複数のピークの中から真のピークを判定する方法が既にいくつか報告されており、非特許文献１などに開示されている。
【００１５】
遺伝子型の判定結果について評価する方法についてもいくつか既に報告されている。
遺伝子型判定結果の評価方法について、特許文献１や非特許文献１などに開示されている。また、遺伝子型の判定結果を評価する機能を有するソフトウェアとして、Cybergenetics社のソフトウェア「TrueAllele」、ABI社のソフトウェア「GeneMapperID」などが知られている。
【００１６】
【特許文献１】特開２００６−１７４６１号公報
【非特許文献１】Matsumoto T et al., "Novel algorithm for automated genotyping of microsatellites", Nucleic Acids Research, Vol.32, No.20 (2004)p6069-6077
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１７】
遺伝子型を自動で判定する手法において、その自動判定結果をさらに評価する手法が求められている。これは、実際に研究者が自動判定結果を解釈する時点では、自動で判定した結果にそれらを評価して得られる判定精度を併せることで初めて、目視で再度確認する必要がないのかどうか、自動で遺伝子型を判定した結果が有効かどうかを判断することができるからである。
【００１８】
また、真のピークを判定する上で、同一マーカーで用いる個体群でStutterピークと+Aピークの現れ方や特徴を計算して得た情報を利用する方法が特許文献１として既に考案されているが、１回の処理で十分な数の個体群を用いない場合にその判定精度が落ちることが懸念されている。同一マーカーに含まれる個体群でStutterピークと+Aピークの現れ方や特徴を計算して得た情報を利用する方法では、具体的には各個体の波形に含まれる真のピークを中心にunit長の倍数長の位置の元のピークと+Aピークの高さ比の各線形回帰直線が非特許文献１で述べられている内容と同様に計算される。その線形回帰直線を用いて、ある観察波形に含まれる各ピークが真のピークかStutterピークか+Aピークかどうかが判定される。しかし、線形回帰直線を計算することに用いる個体数が十分でない場合は、一部の個体の波形のぶれの影響が大きくなり、個体群を代表する線形回帰直線が計算することができず、それら線形回帰直線を用いた観察波形のピーク判定結果も正しくなくなることが懸念されている。とはいえ、１回の処理で用いる個体群の数は１回の実験で用いたサンプル数によるので、１回の処理で用いる個体数の数自体をコントロールすることは困難である。
【００１９】
本発明は、このような実情に鑑みてなされたものであり、あるマーカーの１回の処理で用いることができる個体群が少ない場合でもそのマーカーのStutterピークや+Aピークの特徴の十分な情報を得て、遺伝子型の自動判定結果を評価する方法及びシステムを提供しようとするものである。
【課題を解決するための手段】
【００２０】
本発明者は、特許文献１に開示されている発明の技術的思想を基礎として、さらに下記のような考察を行い、上記課題の解決手段に想到した。
まず、あるマーカーについて得られるStutterピークと+Aピークの高さ比および断片長に関する以下の特徴に着目した。
【００２１】
・特徴１  真のピークに対するStutterピークの高さの比には再現性がある。
蛍光シグナルのStutterピークについて、各ピークの高さの絶対値は実験プレート毎や実験機会毎に変動し再現性がないものの、以下に述べるように同じマーカーの同じアリルを考える場合には、真のピークに対するStutterピークの高さの比に再現性がある。Stutterピークは、それが生じるメカニズムが真のアリルのピークに相対的な現象によるため、同じマーカーで同じアリルの断片長のＤＮＡ断片を増幅する場合には真のアリルのピークに対して相対的に同じ程度に（同じ高さの比で）Stutterピークが生じる。例えば図１では、１個体目と２個体目の両方の波形において、２つ目のピークの塊での、真のピークに対する左１unit分の位置のStutterピークの高さ比（１００に対する１０１の高さ比と１０２に対する１０３の高さ比）はほぼ等しい。
【００２２】
・特徴２  真のピークに対する+Aピークの高さの比は、複製酵素の作用時間を含めた実験プロトコルが同一の場合には再現性がある。
+Aピークについても同様に、同じマーカーを考える場合には、真のピークに対する+Aピークの高さの比に再現性がある。+Aピークは、元のピーク（真のピークあるいはStutterピーク）に対して相対的に生じる点でStutterピークと同様であるが、+Aピークが生じる度合いに、複製酵素を作用させる時間の長さが強く影響することが知られている。同じマーカーの同じアリルに関するＤＮＡ断片を増幅する場合であれば、一般に実験プロトコルは固定されており、酵素を作用させる時間（失活させるまでの時間）は一定と考えられるので、+Aピークについてもやはり再現性を期待することができる。
【００２３】
例えば、図１では、１個体目と２個体目の両方の波形、１つ目と２つ目の両方のピークの塊において、真のピークに対する+Aピークの高さ比（１００に対する１０４の高さ比、１０５に対する１０６の高さ比、１０７に対する１０８の高さ比、および、１０２に対する１０９の高さ比）はほぼ等しい。
【００２４】
・特徴３  真のピーク、Stutterピークおよび+Aピークとしてありうる断片長は既知である場合が多い。
あるマーカーの遺伝子型判定を行なう場合、そのマーカーでありうるアリル型は十分に調べられて既知である場合が多い。従って、アリル型（真のピーク）としてありうる断片長を基準に左右にunit長の整数倍の断片長がStutterピークとしてありうる断片長であり、元のピーク（真のピーク又はStutterピーク）の断片長に１塩基足した断片長が+Aピークとしてありうる断片長である。例えば、unit長が２塩基のマーカーにおいて真のピークとして４４塩基がありうる場合、４４−２＝４２塩基や４４＋２＝４６塩基などがStutterピークとしてありうる断片長となり、４２＋１＝４３塩基、４４＋１＝４５塩基や４６＋１＝４７塩基などが+Aピークとしてありうる断片長となる。
【００２５】
そこで、本発明者は上記の３点の特徴に着目した上で、あるマーカーについて、たとえその１回の処理で用いる個体群が少ない場合でもそのマーカーのStutterピークや+Aピークの特徴に関する十分な情報を得る方法及びシステムを、以下のような機能で実現することに想到した。本システムの使用者・操作者を以下、「ユーザ」と呼ぶ。尚、遺伝子型を判定する手法としては、真のピークに対する高さ比やStutterピークと+Aピークの高さ比を、真のピークに対するStutterピークや+Aピークの現れ方の傾向を計算するために利用する手法を採用する。
【００２６】
機能１−１：真のピークに対するStutterピークの高さの比に関するデータベースの拡張機能
真のピークに対するStutterピークの高さ比の再現性を考慮すると、毎回の個体群の波形情報をデータベースに追加していくことで、あるマーカーについての処理を重ねるほど、より豊富な数の個体数のもとで、Stutterピークの現れ方や特徴としての高さ比の情報を統計的により安定した情報として利用できるシステムとなる。ただし、毎回の全ての個体群の全ての高さ比をそのまま追加登録するのではなく、その回の処理に用いた個体群の中でのはずれ値の検出、及びデータベースに格納されている全データに対するはずれ値の検出を行なって、追加登録するデータをフィルタリングしておくことが、統計的により安定したデータを蓄積したデータベースを構築する上で必要である。２通りの検証によるフィルタリングを行なう。
【００２７】
１つ目のフィルタリングは、各回の個体群の高さ比全体の分散値について検証することで行なう。各回の個体群の高さ比全体の分散値について、ユーザは閾値を定義できるものとする。この閾値を用いて、その個体群の高さ比の分散値が閾値以下であるかどうかを検証する。分散値が閾値以下の場合にそれらの高さ比を全て追加登録するものとし、分散値が閾値より大きい場合はその旨を表示（後述する図６のステップ６０３）し、それらの高さ比を１つも追加登録しないものとする。（後述するように、図１４は、個体群の全ての高さ比の分散値が閾値より大きい旨の表示例である。）
【００２８】
また２つ目のフィルタリングは、各回の個体群の各個体の高さ比の平均値に着目し、各個体の高さ比の平均値が全データの標準偏差に対してどの範囲にあるかを検証することで行なう。ここでの全データとは、データベース内に格納されている全データに加え、この回の個体群を併せた全てを指し、全データの高さ比の平均値と標準偏差を求める（後述する図６のステップ６０２）。各個体の観察波形の高さ比の平均値が（全データの平均値）±２×（全データの標準偏差）の範囲にある場合のみ、その個体の高さ比を追加登録する。ある高さ比がその範囲外であれば、データベースへ追加登録しないものとする。
【００２９】
以上の２通りの検証によるフィルタリングにおいて、妥当とされたものはデータベースへ追加される。この機能により、妥当とされる判定結果のみを用いて高さ比のデータベースを拡充することが可能となる。
【００３０】
ここでは、観察波形がはずれ値であるかどうかを判定してフィルタリングするために全高さ比の平均値と標準偏差による９５％信頼区間を用いているが、判定方法の基準の取り方や統計量の選択の仕方は、この限りではない。
【００３１】
機能１−２：真のピークに対するStutterピークの高さの比に関する、はずれ値の検出機能
機能１−１において、１つ目または２つ目のフィルタリングにおいて妥当とされなかったものは、２通りの検証結果とともにはずれ値として警告を表示する。この機能により、各回の個体群の遺伝子型の判定結果が妥当かどうかを確認することが可能となる。
【００３２】
機能２−１：真のピークに対する+Aピークの高さの比に関する、データベースの拡張機能
真のピークに対する+Aピークの高さ比の再現性を考慮すると、毎回の個体群の波形情報をデータベースに追加していくことで、あるマーカーについての処理を重ねるほど、より豊富な数の個体数のもとで、+Aピークの現れ方や特徴としての高さ比の情報を統計的により安定した情報として利用できるシステムとなる。ただし、毎回の全ての個体群の全ての高さ比をそのまま追加登録するのではなく、その回の処理に用いた個体群の中でのはずれ値の検出、及びデータベースに格納されている全データに対するはずれ値の検出を行なって、追加登録するデータをフィルタリングしておくことが、統計的により安定したデータを蓄積したデータベースを構築する上で必要である。２通りの検証によるフィルタリングを行なう。
【００３３】
１つ目のフィルタリングは、各回の個体群の高さ比全体の分散値について検証することで行なう。各回の個体群の高さ比全体の分散値について、ユーザは閾値を定義できるものとする。この閾値を用いて、その個体群の高さ比の分散値が閾値以下であるかどうかを検証する。分散値が閾値以下の場合にそれらの高さ比を全て追加登録するものとし、分散値が閾値より大きい場合は、その旨を表示（後述する図７のステップ７０３）し、それらの高さ比を１つも追加登録しないものとする。（後述するように、図１５は、個体群の全ての高さ比の分散値が閾値より大きい旨の表示例である。）
【００３４】
また２つ目のフィルタリングは、各回の個体群の各個体の高さ比の平均値に着目し、各個体の観察波形の高さ比の平均値が全データの標準偏差に対してどの範囲にあるかを検証することで行なう。ここでの全データとは、データベース内に格納されている全データに加え、この回の個体群を併せた全てを指し、全データの高さ比の平均値と標準偏差を求める（後述する図７のステップ７０２）。各個体の高さ比の平均値が（全データの平均値）±２×（全データの標準偏差）の範囲にある場合のみ、その個体の高さ比を追加登録する。ある高さ比がその範囲外であれば、データベースへ追加登録しないものとする。
【００３５】
以上の２通りの検証によるフィルタリングにおいて、妥当とされたものはデータベースへ追加される。この機能により、妥当とされる判定結果のみを用いて高さ比のデータベースを拡充することが可能となる。
【００３６】
ここでは、観察波形がはずれ値であるかどうかを判定してフィルタリングするために全高さ比の平均値と標準偏差による９５％信頼区間を用いているが、判定方法の基準の取り方や統計量の選択の仕方は、この限りではない。
【００３７】
機能２−２：真のピークに対する+Aピークの高さの比に関する、はずれ値の検出機能
機能２−１において、１つ目または２つ目のフィルタリングにおいて妥当とされなかったものは、２通りの検証結果とともにはずれ値として警告を表示する。この機能により、各回の個体群の遺伝子型の判定結果が妥当かどうかを確認することが可能となる。
【００３８】
機能３−１：各回の個体群の断片長値情報の追加による、データベースの拡張機能
真のピーク、Stutterピークおよび+Aピークとしてありうる断片長は既知である場合が多いことを考慮すると、あるマーカーについて処理した個体群で検出されたピークの断片長値のうち妥当と判定されるものをデータベースに格納しておく。そうすれば、各回のある個体で検出したピークの断片長値が妥当かどうかを、データベースに格納されている同じマーカーにおいて検出されうるピークの断片長値の範囲内であるかどうかを調べることにより検証可能である（後述する図８のステップ８０６）。
【００３９】
各回のある個体（検証対象の個体）について得られたピーク情報とデータベース内に格納されているピーク情報との比較は、ユーザがあらかじめ定義したレコード数以上の同じアリルに関するデータがデータベース内に格納されている場合に行なうものとする。
【００４０】
最初に真のピークについて行なう。真のピークどうしが一致した場合、その左右のStutterピークや+Aピークについても検証する。あるStutterピーク又は+Aピークの断片長情報がデータベース内に格納されているが検証対象の個体には検出されない場合、逆に断片長情報がデータベース内に格納されていないが検証対象の個体には検出される場合、システムはユーザに対して警告を表示する。特にあるStutterピーク又は+Aピークの断片長情報がデータベース内に格納されていないが検証対象の個体には検出される場合には単にデータベース内に格納されていないという警告を表示するだけでなく、特徴３で述べた通り、そのマーカーのunit長と真のピークの断片長と比較して、それが「ピークの発生原因の知見」に照合して「ありうる」ピークの断片長値なのかどうかも検証し、その検証結果情報も警告表示に併せて表示する。ここでの「ピークの発生原因の知見」とは、Stutterピークは真のピークの断片長値を基準に左右にunit長の整数倍の断片長値に発生すること、+Aピークは元のピーク（真のピーク又はStutterピーク）の断片長値に1塩基足した断片長値に発生するという知見を指す。
【００４１】
以上の検証において、妥当とされたものはデータベースへ追加される。この機能により、妥当とされる判定結果のみを用いて断片長のデータベースを拡充することが可能となる。
【００４２】
機能３−２：各回の個体群の断片長値情報の追加によるはずれ値の検出機能
機能３−１において、妥当とされなかったものは、検証結果とともにはずれ値として警告を表示する。この機能により、各回の個体群の遺伝子型の判定結果が妥当かどうかを確認することが可能となる。
【００４３】
以上のような諸機能の実現形態として、本発明は、次のような遺伝子型判定結果の評価システムを提供するものである。
【００４４】
マイクロサテライトを含むＤＮＡ断片のＰＣＲ増幅産物について長さを分析した結果を表示するシステムであって、前記ＰＣＲ増幅産物の検出シグナルを、検出シグナル強度及び断片長を軸にとってグラフ表示するグラフ表示処理部と、前記ＰＣＲ増幅産物の検出シグナルにおいて、ＤＮＡ断片端に１つのアデニンが付加したＰＣＲ増幅産物の検出シグナルに対応する+Aピークと、+Aピーク以外のピークとを判定する第１の判定処理部と、前記ＰＣＲ増幅産物の検出シグナルにおいて、前記ＤＮＡ断片のＰＣＲ増幅産物の検出シグナルに対応する真のピークと、マイクロサテライトの繰り返し配列が１単位以上増加又は減少したＰＣＲ増幅産物の検出シグナルに相当するStutterピークとを判定する第２の判定処理部と、前記+Aピークと+Aピーク以外のピークとの判定結果、及び前記真のピークとStutterピークとの判定結果を前記グラフとともに表示する判定結果表示処理部とを有するシステムにおいて、さらに、複数の個体について、マイクロサテライトを含むＤＮＡ断片のＰＣＲ増幅産物について長さを分析した結果を蓄積したデータベースを有しており、前記第１の判定処理部及び第２の判定処理部による判定結果に対して、以下のうち少なくとも１つの判断基準に基づいて、判定結果の評価を行うことを特徴とするシステム。
【００４５】
（１）判定された真のピークとStutterピークとの高さ比は、前記データベースに蓄積された複数個体についての同比と著しく異なっていないか。
（２）判定された真のピークと+Aピークとの高さ比は、前記データベースに蓄積された複数個体についての同比と著しく異なっていないか。
（３）判定された真のピーク、Stutterピーク及び+Aピークの断片長は、前記データベースに蓄積された複数個体についての同長さと著しく異なっていないか。
【００４６】
本発明の遺伝子型判定結果の評価システムにおいて、前記データベースは、さらに、個体ごとに前記分析結果とともに前記分析を行った際の実験プロトコルを蓄積しており、前記判定結果の評価においては、前記データベースに蓄積されたデータのうち、判定対象と実験プロトコルが所定程度一致するデータのみを前記判断基準に用いることを特徴とする。
【００４７】
本発明の遺伝子型判定結果の評価システムにおいて、前記判定結果の評価において判定結果が妥当であると評価された場合には、当該判定対象の分析結果を前記データベースに蓄積することを特徴とする。
【発明の効果】
【００４８】
以上で説明したように、本発明の遺伝子型判定結果の評価方法及び評価システムによれば、ＰＣＲ増幅産物の蛍光分析結果を示すグラフについてStutterピークや+Aピークのノイズピークから真のピークを判定する処理において、過去に同マーカーの同アリルで処理したデータが十分ある場合には、ある１回の処理で用いる個体数が十分に多くない場合でもノイズピークの特徴の情報に関する質の高い情報を得ることができるとともに、その回の処理で用いた個体群及びその遺伝子型の判定結果が妥当か妥当でないか（はずれ値であるか）の情報も併せて得ることができる。これにより、各回の個体群に対する遺伝子型判定処理を、個体数が少なくても余計な実験・処理コストを加えることなしに精度高く行なうことが可能になる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００４９】
以下、添付図面を参照しながら、本発明の遺伝子型判定結果の評価方法及び評価システムを実施するための最良の形態を詳細に説明する。図２〜図１７は、本発明の実施の形態を例示する図であり、これらの図において、同一の符号を付した部分は同一物を表わし、基本的な構成及び動作は同様であるものとする。
【００５０】
システム構成
図２は、本発明の一実施形態として構築される遺伝子型判定結果の評価システムの内部構成を概略的に示す機能ブロック図である。この遺伝子型判定結果の評価システムは、各回のＰＣＲ及び電気泳動実験の後ＰＣＲ増幅産物を蛍光分析した結果得られる波形データ（対象個体群の波形データ）を保存した波形データＤＢ２００、波形データ及びその遺伝子型判定結果を表示するための表示装置２０１、表示された波形データや遺伝子型判定結果に対して個体やピークを選択するなどの操作を行うためのキーボード２０２とマウスなどのポインティングデバイス２０３、必要な演算処理、制御処理等を行う中央処理装置２０４、さらに過去に行なった処理で用いた波形データでの高さ比を格納したＤＢ２０５を備えている。
【００５１】
中央処理装置２０４は、波形データに現れるピークを遺伝子型判定処理の中で元のピークと+Aピークの対に組分けする+Aピーク分離処理部２０６と、遺伝子型判定処理の中で元のピークが真のピークであるかStutterピークであるかを判定する真のピーク分離処理部２０７と、上記の機能１、機能２または機能３において、妥当とされた個体をデータベースへ追加し、処理対象の個体群あるいは各個体が全データに対してはずれ値である旨を表示する警告表示処理部２０８を含んでいる。波形データＤＢ２００と、過去に行なった処理で用いた波形データでの高さ比を格納したＤＢ２０５とは、それぞれ、個体毎に波形データを保持する個体の波形データ２０９と、各波形データについてピークデータを保持するピークデータ２１０と、実験プロトコル入力データ２１１とを含んでいる。
【００５２】
図３は、波形データＤＢ２００や過去に行なった処理で用いた波形データでの高さ比を格納したＤＢ２０５に含まれる個体毎の波形データ構造群を示す図である。この波形データ構造群WaveFormData[]は、j個の個体群について、それぞれの個体が各個体を識別する個体ＩＤ３００、波形データ３０１（図４に示すデータ相当）、真のピークとその+Aピークの比のデータ３０２、実験プロトコル情報３０３を含んでいる。データ３０２に格納されている値は、波形データに関する計算がまだ行なわれていない時点ではNULL値である。
【００５３】
図４は、波形データＤＢ２００や過去に行なった処理で用いた波形データでの高さ比を格納したＤＢ２０５に含まれる波形データのピークデータ構造群を示す図である。このデータ構造群PeakData[]は、k個のピークについて、各ピークの断片長４００、各ピークの高さ４０１、各ピークが真のピークか真のピークの+Aピークか、それ以外のStutterピークか+Aピークかを表わすラベル４０２のデータを含んでいる。データ４０２には、真のピークの場合は“Selected”が、真のピークの+Aピークの場合は“Selected +A”が、真のピークでないStutterピークの場合は“Stutter”が、真のピークでないStutterピークに対する+Aピークの場合は“+A”が格納されている。
【００５４】
システムによる処理手順
次に、この遺伝子型判定結果の評価システムにおいて行われる処理の流れについて、図５、図６、図７、図８に示すフローチャートを参照しながら説明する。
【００５５】
まず、波形データＤＢ２００から、各個体の波形データが読み込まれる（ステップ５００）。ここでは、波形データＤＢ２００に記憶されている対象マイクロサテライトマーカーについての全個体の波形データが読み込まれ、波形データＤＢ２００や過去に行なった処理で用いた波形データでの高さ比を格納したＤＢ２０５において個体の波形データ２０９及びピークデータ２１０として保持されることとなる。また実験プロトコルの入力データが読み込まれ、波形データＤＢ２００や過去に行なった処理で用いた波形データでの高さ比を格納したＤＢ２０５において実験プロトコルの入力データ２１１として保持されることになる。次に、それぞれの個体について、+Aピークと元のピークとを組分けする（ステップ５０１）。この処理は、中央処理装置２０４の+Aピーク分離処理部２０６により実行されるものであり、ピークの判定方法は従来技術を利用したものである。+Aピークと判断されたピークについてはピークデータ２１０のピークラベル４０２に+Aピークであることを示す値が書き込まれ、また、元のピークと判断されたピークについてはピークデータ２１０のピークラベル４０２に真のピークまたはStutterピークであることを示す値が書き込まれる。また、組分けされた各組の元のピークとその+Aピークの高さの比がピークデータ２１０のデータ３０２に書き込まれる。さらに実験プロトコルの入力データがデータ３０３に書き込まれる。
【００５６】
このようにして各個体の波形データに含まれるピークを元のピークとその+Aピークとに組分けした結果は、図９に示すように波形として表示される（ステップ５０２）。図９に示す表示画面には、ある個体の波形データについて各ピークを元のピークと+Aピークとに組分けした結果９００と、各ピークの組の断片長及び高さ比を示したテーブル９０１と、最も高いピークを+Aピークとしない場合／する場合のそれぞれの組分け方法による各高さ比の分散値の計算結果９０２とが表示されている。
【００５７】
続いて、ステップ５０１において+Aピーク以外のピーク（元のピーク）であると判定されたピークのそれぞれについて、真のピークであるかStutterピークであるかが判定される（ステップ５０３）。この処理は、中央処理装置２０４の真のピーク分離処理部２０７により実行されるものであり、ピークの判定方法は従来技術を利用したものである。各ピークの判定結果は、ピークデータ２１０のピークラベル４０２に書き込まれる。また、各個体について真のピークとその+Aピークとの高さ比が算出され、個体の波形データ２０９のデータ３０２の各要素値として順次追加される。
【００５８】
このようにして各個体の波形データに含まれる元のピークを真のピークとStutterピークとに判定した結果は、図１０に示すようにしてグラフ表示される。図１０に示す表示画面には、ある個体の波形データについて各ピークを+Aピークと真のピークとStutterピークとに判定した結果１０００と、各ピークの組の断片長及び高さ比を示したテーブル１００１と、最も高いピークを+Aピークとしない場合／する場合のそれぞれの組分け方法による各高さ比の分散値の計算結果１００２と、真のピークと各+Aピークとの高さ比１００３とが表示されている。
【００５９】
続くステップ５０４の真のピークと各Stutterピークの高さの比が妥当かどうかの確認処理（図６に示す、後に説明する処理）において、真のピークと各Stutterピークの高さの比がＤＢ２０５に格納されている対応する値と比較して大きく外れている（妥当でない）と判定する場合には、中央処理装置２０４の警告表示処理部２０８により、所定の警告が表示される（図６のステップ６１０における処理）。この場合の警告表示画面の例を図１１に示す。図１１に示す警告表示画面には、ある個体の波形データについて各ピークを+Aピークと真のピークとStutterピークとに判定した結果１１００と、各ピークの組の断片長及び高さ比を示したテーブル１１０１と、最も高いピークを+Aピークとしない場合／する場合のそれぞれの組分け方法による各高さ比の分散値の計算結果１１０２と、真のピークと各+Aピークとの高さ比１１０３と、この個体及び他の個体における真のピークと各Stutterピークとの高さ比のヒストグラムと所定の警告表示１１０４とが表示されている。
【００６０】
続くステップ５０５の真のピークと各+Aピークの高さの比が妥当かどうかの確認処理（図７に示す、後に説明する処理）において、真のピークと各+Aピークの高さの比がＤＢ２０５に格納されている対応する値と比較して大きく外れている（妥当でない）と判定する場合には、中央処理装置２０４の警告表示処理部２０８により、所定の警告が表示される（図７のステップ７１０における処理）。この場合の警告表示画面の例を図１２に示す。図１２に示す警告表示画面には、ある個体の波形データについて各ピークを+Aピークと真のピークとStutterピークとに判定した結果１２００と、各ピークの組の断片長及び高さ比を示したテーブル１２０１と、最も高いピークを+Aピークとしない場合／する場合のそれぞれの組分け方法による各高さ比の分散値の計算結果１２０２と、真のピークと各+Aピークとの高さ比１２０３と、この個体及び他の個体における真のピークと各+Aピークとの高さ比のヒストグラムと所定の警告表示１２０４とが表示されている。
【００６１】
最後のステップ５０６の元のピークと+Aピークの断片長値が妥当かどうかの確認処理（図８に示す、後に説明する処理）の結果、元のピークまたは+Aピークの断片長値がＤＢ２０５に格納されている対応する値と比較して大きく外れている（妥当でない）と判定する場合には、中央処理装置２０４の警告表示処理部２０８により、所定の警告が表示される（図８のステップ８１０における処理）。この場合の警告表示画面の例を図１３に示す。図１３に示す警告表示画面には、ある個体の波形データについて各ピークを+Aピークと真のピークとStutterピークとに判定した結果１３００と、各ピークの組の断片長及び高さ比を示したテーブル１３０１と、最も高いピークを+Aピークとしない場合／する場合のそれぞれの組分け方法による各高さ比の分散値の計算結果１３０２と、真のピークと各+Aピークとの高さ比１３０３と、この個体及び他の個体におけるあるピークの断片長値（この例では真のピークの断片長値）のヒストグラムと所定の警告表示１３０４とが表示されている。
【００６２】
図６は、図５のステップ５０４における真のピークと各Stutterピークの高さ比の妥当性確認処理を詳細に示すフローチャートである。このフローチャートでは全個体分の処理を示している。まず、全個体に含まれる全ての高さ比の分散Ｖallを計算する（ステップ６００）。そして、全ての高さ比の分散Ｖallがユーザが定義した値Ｖdef以下かどうかを判定する（ステップ６０１）。ステップ６０１での判定結果がNoであれば、個体群の全ての高さ比の分散値がはずれ値であることを表示する（ステップ６０３）。図１４はステップ６０３で表示するダイアログの例を示し、警告メッセージとOKボタンを含む１４００からなる。ステップ６０１での判定結果がYesであれば、個体群及びＤＢ２０５に格納されている対応する全ての高さ比の平均値Ａall及び標準偏差Ｓallを計算する（ステップ６０２）。
【００６３】
続いて、全個体について以下に説明する処理をループして行なう（ステップ６０４とステップ６０９の間に含まれる処理）。まず、各個体についてその波形での高さ比の平均値Ａthisを計算する（ステップ６０５）。そして、Ａthisが先にステップ６０２にて計算済みのＡall及びＳallについてＡall±２×Ｓallの範囲内であるかどうかを判定する（ステップ６０６）。判定結果がNoであればはずれ値の波形データとして蓄積し（ステップ６０８）、判定結果がYesであればＤＢ２０５に追加登録する妥当な波形データとして蓄積する（ステップ６０７）。以上を全個体分ループして行ない、はずれ値の波形データ群とＤＢ２０５に追加登録する妥当な波形データ群をそれぞれ蓄積する。最後に、はずれ値の波形データの情報を表示する（ステップ６１０）とともに、妥当と判定された波形データ群をＤＢ２０５に追加登録する（ステップ６１１）。ステップ６１０で表示する画面は、ステップ５０４で述べたとおり図１１に示す画面であり、この処理は機能１−２に該当する。また、ステップ６１１は機能１−１に該当する。
【００６４】
ここでは、観察波形がはずれ値であるかどうかを判定するために全高さ比の平均値と標準偏差による９５％信頼区間を用いているが、判定方法の基準の取り方や統計量の選択の仕方は、この限りではない。
【００６５】
図７は、図５のステップ５０５における真のピークと各+Aピークの高さ比の妥当性確認処理を詳細に示すフローチャートである。このフローチャートでは全個体分の処理を示している。まず、全個体に含まれる全ての高さ比の分散Ｖallを計算する（ステップ７００）。そして、全ての高さ比の分散Ｖallがユーザが定義した値Ｖdef以下かどうかを判定する（ステップ７０１）。ステップ７０１での判定結果がNoであれば、個体群の全ての高さ比の分散値がはずれ値であることを表示する（ステップ７０３）。図１５はステップ７０３で表示するダイアログの例を示し、警告メッセージとOKボタンを含む１５００からなる。ステップ７０１での判定結果がYesであれば、個体群及びＤＢ２０５に格納されている対応する全ての高さ比の平均値Ａall及び標準偏差Ｓallを計算する（ステップ７０２）。
【００６６】
続いて、全個体について以下に説明する処理をループして行なう（ステップ７０４とステップ７０９の間に含まれる処理）。まず、各個体についてその波形での高さ比の平均値Ａthisを計算する（ステップ７０５）。そして、Ａthisが先にステップ７０２にて計算済みのＡall及びＳallについてＡall±２×Ｓallの範囲内であるかどうかを判定する（ステップ７０６）。ステップ７０６での判定結果がNoであればはずれ値の波形データとして蓄積し（ステップ７０８）、ステップ７０６での判定結果がYesであればＤＢ２０５に追加登録する妥当な波形データとして蓄積する（ステップ７０７）。以上を全個体分ループして行ない、はずれ値の波形データ群をＤＢ２０５に追加登録する妥当な波形データ群をそれぞれ蓄積する。最後に、はずれ値の波形データの情報を表示する（ステップ７１０）とともに、妥当と判定された波形データ群をＤＢ２０５に追加登録する（ステップ７１１）。ステップ７１０で表示する画面は、ステップ５０５で述べたとおり図１２に示す画面であり、この処理は機能２−２に該当する。また、ステップ７１１は機能２−１に該当する。
【００６７】
図８は、図５のステップ５０６におけるそれぞれの元のピークまたは+Aピークの断片長値の妥当性確認処理を詳細に示すフローチャートである。このフローチャートでは全個体分の処理を示している。以下に説明する処理をループして行なう（ステップ８００とステップ８０９の間に含まれる処理）。まず、ＤＢ２０５に登録済みの対応する同マーカー、同アリルの波形データ数（断片長値データ数）がユーザ定義値Ｎdef以上かどうかを判定する（ステップ８０１）。ステップ８０１での判定結果がNoであれば、ＤＢ２０５に登録済みの対応する波形データ数が定義値Ｎdef未満である旨のメッセージと波形を表示する（ステップ８０２）。図１６は、ステップ８０２の表示画面の例を示し、波形データ表示部１６００と警告メッセージ表示部１６０１を含む。同時に、観察波形データをＤＢ２０５に追加登録するかどうかのユーザへの確認ダイアログを表示する（ステップ８０３）。図１７はステップ８０２で表示する確認ダイアログの例を示し、この確認ダイアログは確認メッセージとYesボタン、Noボタンを含む１７００からなる。ステップ８０３で表示する確認ダイアログで、ユーザが追加登録すること（Yes）を選択した場合には観察波形をデータベースへ格納する波形データとして蓄積する（ステップ８０４）。
【００６８】
一方、ステップ８０１での判定結果がYesであれば、観察波形の各ピークをＤＢ２０５に登録済みの対応する波形データの各ピークとの間で比較する（ステップ８０５）。そして観察波形とＤＢ２０５に登録済みの対応する波形データの各ピークの断片長値が合致するかを判定する。この際には、一方にしか存在しないピークもありうるので、その場合には、機能３−１で述べたとおり、そのピークがStutterピークか+Aピークかに応じてピーク発生原因の知見に照合してピークの妥当性を踏まえた上で判定する（ステップ８０６）。判定結果がNoであれば、観察波形の波形データをはずれ値の波形データとしてその判定内容情報と併せて蓄積する（ステップ８０８）。判定結果がYesであれば、観察波形データをＤＢ２０５に追加登録する波形データとして蓄積する（ステップ８０７）。以上を全個体分ループして行ない、はずれ値の波形データ群とＤＢ２０５に追加登録する妥当な波形データ群をそれぞれ蓄積する。最後に、はずれ値の波形データの情報を表示する（ステップ８１０）とともに、妥当と判定された波形データ群をＤＢ２０５に追加登録する（ステップ８１１）。ステップ８１０は機能３−２に該当する。また、ステップ８１１は機能３−１に該当する。
【００６９】
以上、本発明の遺伝子型判定結果の評価方法及び評価システムについて、具体的な実施の形態を示して説明したが、本発明はこれらに限定されるものではない。当業者であれば、本発明の要旨を逸脱しない範囲内において、上記各実施形態又は他の実施形態にかかる発明の構成及び機能に様々な変更・改良を加えることが可能である。
【産業上の利用可能性】
【００７０】
本発明の遺伝子型判定結果の評価システムは、真のピークに対する高さ比やStutterピークと+Aピークの高さ比を、真のピークに対するStutterピークや+Aピークの現れ方の傾向を利用して遺伝子型を判定するシステムに付随して、例えば実験データ解析システムとして用いられるパーソナルコンピュータなどに実装されて利用され得るものである。
【図面の簡単な説明】
【００７１】
【図１】真のピークに対するStutterピークの高さの比、真のピークに対する+Aピークの高さの比に再現性があることを示す図である。
【図２】本発明の一実施形態として構築される遺伝子型判定結果の評価システムの内部構成を概略的に示す機能ブロック図である。
【図３】図２に示す遺伝子情報表示システムの波形データＤＢ２００や過去に行なった処理で用いた波形データでの高さ比を格納したＤＢ２０５に含まれる個体の波形データ２０９のデータ構造を示す図である。
【図４】図２に示す遺伝子情報表示システムの波形データＤＢ２００や過去に行なった処理で用いた波形データでの高さ比を格納したＤＢ２０５に含まれるピークデータ２１０のデータ構造を示す図である。
【図５】図２に示す遺伝子型判定結果の評価システムにおいて行われる処理の流れを示すフローチャートである。
【図６】図５のステップ５０４における真のピークと各Stutterピークの高さ比の妥当性確認処理を詳細に示すフローチャートである。
【図７】図５のステップ５０５における真のピークと各+Aピークの高さ比の妥当性確認処理を詳細に示すフローチャートである。
【図８】図５のステップ５０６における断片長値の妥当性確認処理を詳細に示すフローチャートである。
【図９】+Aピーク分離処理部により各個体の波形データについて各ピークを+Aピークと元のピークとに組分けした結果をグラフ表示する画面を示す図である。
【図１０】真のピーク分離処理部により各個体の波形データに含まれる元のピークを真のピークとStutterピークとに判定した結果をグラフ表示する画面を示す図である。
【図１１】真のピークと各Stutterピークとの高さ比がＤＢ２０５に格納されている対応する値と比較して大きく外れている（妥当でない）場合に、警告表示処理部により所定の警告を表示する画面の例を示す図である。
【図１２】真のピークと各+Aピークとの高さ比がＤＢ２０５に格納されている対応する値と比較して大きく外れている（妥当でない）場合に、警告表示処理部により所定の警告を表示する画面の例を示す図である。
【図１３】元のピークまたは+Aピークの断片長値がＤＢ２０５に格納されている対応する値と比較して大きく外れている（妥当でない）場合に、警告表示処理部により所定の警告を表示する画面の例を示す図である。
【図１４】個体群に含まれる全ての真のピークとStutterピークの高さの比の分散値がはずれ値であることを表示するダイアログの例を示す図である。
【図１５】個体群に含まれる全ての真のピークと+Aピークの高さの比の分散値がはずれ値であることを表示するダイアログの例を示す図である。
【図１６】観察波形に対応するデータベース内の波形データ数がユーザ定義値未満であることを表示する画面の例を示す図である。
【図１７】観察波形に対応するデータベース内の波形データ数がユーザ定義値未満である場合に、観察波形データをデータベースへ登録するかどうかを確認するダイアログの例を示す図である。
【図１８】個体毎、相同染色体毎にマイクロサテライトの繰り返し数に多型性が見られることを示す図である。
【図１９】ＰＣＲ及び電気泳動により、マイクロサテライト部分のＤＮＡ断片を抽出し増幅する実験手順を模式的に示す図である。
【図２０】Stutterピークの発生原因としてのＰＣＲでのslippage現象を示す図である。
【図２１】一般的な波形について、真のピークとその左右にunit長分ずつ離れた位置のStutterピーク、また真のピーク及びStutterピークのそれぞれの1塩基右位置の+Aピークについて示す図である。この図では、個体の波形が２つの真のピークについて２つのピークの塊として観察される場合の例を示している。
【符号の説明】
【００７２】
２００  対象個体群毎の波形データを格納したＤＢ
２０１  表示装置
２０２  キーボード
２０３  ポインティングデバイス
２０４  中央処理装置
２０５  過去に処理した波形データを格納したＤＢ
２０６  +Aピーク分離処理部
２０７  真のピーク分離処理部
２０８  警告表示処理部
２０９  個体の波形データ
２１０  ピークデータ
２１１  実験プロトコル入力データ
【図１】
2007259847.tif 000003
【図２】
2007259847.tif 000004
【図３】
2007259847.tif 000005
【図４】
2007259847.tif 000006
【図５】
2007259847.tif 000007
【図６】
2007259847.tif 000008
【図７】
2007259847.tif 000009
【図８】
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【図９】
2007259847.tif 000011
【図１０】
2007259847.tif 000012
【図１１】
2007259847.tif 000013
【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
2007259847.tif 000018
【図１７】
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【図１８】
2007259847.tif 000020
【図１９】
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【図２０】
2007259847.tif 000022
【図２１】
2007259847.tif 000023
【配列表】
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