(57)【要約】表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドおよびポリヌクレオチドならびにかかるポリペプチドを組換え技法により産生する方法を開示する。また、表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドおよびポリヌクレオチドを診断アッセイに利用する方法も開示する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）表Ｉに示される配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる単離ポリペプチド；
（ｂ）表Ｉに示されるポリペプチド配列を含む単離ポリペプチド；および
（ｃ）表Ｉに示される遺伝子のポリペプチド配列
からなる群から選択される単離ポリペプチド。
【請求項２】
（ａ）表Ｉに示されるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド；
（ｂ）表Ｉに示される遺伝子の単離ポリヌクレオチド；
（ｃ）表Ｉに示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド；
（ｄ）表Ｉに示されるポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド；
（ｅ）（ａ）ないし（ｄ）のポリヌクレオチドのＲＮＡ均等物であるポリヌクレオチド；
または上記した単離ポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌクレオチド配列
からなる群から選択される単離ポリヌクレオチド。
【請求項３】
適合する宿主細胞中に存在する場合に請求項１のポリペプチドの産生能を有するポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
【請求項４】
適当な培養条件下で宿主細胞が請求項１のポリペプチドを産生するように、上記したポリペプチドの産生能を有するポリヌクレオチドを含む発現ベクターを細胞に導入することを含む、組換え宿主細胞の産生方法。
【請求項５】
請求項４の方法により産生される、組換え宿主細胞。
【請求項６】
上記したポリペプチドを発現する、請求項５の組換え宿主細胞の膜。
【請求項７】
ポリペプチドの産生方法であって、該ポリペプチドの産生に十分な条件下で請求項５の宿主細胞を培養し、該培養物から該ポリペプチドを回収することを含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
（技術分野）
本発明は、新たに同定されたポリペプチドおよびかかるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、診断におけるそれらの使用、および治療において潜在的に有用なアゴニスト、アンタゴニストである可能性のある化合物の同定におけるそれらの使用、ならびにかかるポリペプチドおよびポリヌクレオチドの製造に関する。本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドはまた、シグナル配列を細胞外に分泌させるか、または膜結合させる、かかるシグナル配列を有する蛋白に関する（以下、包括的に分泌蛋白または分泌ポリペプチドということも多い）。
【０００２】
（背景技術）
創薬プロセスは、「機能ゲノミクス」、すなわち、ハイスループットなゲノムまたは遺伝子に基づく生物学を包含するため、このプロセスは現在抜本的な改革を受けている。「ポジショナルクローニング」に基づく初期の方法は、治療標的としての遺伝子および遺伝子産物を同定する手段としてのこの方法に速やかに取って代わられつつある。表現型、すなわち、生物学的機能または遺伝病が同定され、次いで、原因遺伝子がその遺伝子地図位置に基づいて追求される。
【０００３】
機能ゲノミクスは、現在利用できる多くの分子生物学のデータベースから目的とする可能性のある遺伝子配列を同定するのに、ハイスループットＤＮＡ配列決定技法および種々の生物情報学の手段に大きく依存している。創薬の標的として、さらなる遺伝子およびその関連するポリペプチド／蛋白の同定および特徴付けがなおも必要とされている。
【０００４】
血液、リンパ液および他の体液中に自然に分泌されるか、または細胞膜に分泌される蛋白およびポリペプチドは、医薬品の研究および開発のために主に関心を呼ぶものである。この関心の理由は、蛋白治療物質をその作用の場所（体液または細胞膜）に向けることが比較的容易だからである。蛋白を細胞外空間に分泌するための自然経路は、真核生物においては小胞体であり、原核生物においては内膜である（Ｐａｌａｄｅ， １９７５， Ｓｃｉｅｎｃｅ １８９， ３４７；Ｍｉｌｓｔｅｉｎ， Ｂｒｏｗｎｌｅｅ， Ｈａｒｒｉｓｏｎ ａｎｄ Ｍａｔｈｅｗｓ， １９７２， Ｎａｔｕｒｅ Ｎｅｗ Ｂｉｏｌ．， ２３９， １１７；Ｂｌｏｂｅｌ ａｎｄ Ｄｏｂｂｅｒｓｔｅｉｎ， １９７５， Ｊ． Ｃｅｌｌ． Ｂｉｏｌ．， ６７， ８３５）。他方、（ヘビ毒トキシンの細胞中への侵入メカニズムである飲作用を除いて）蛋白を細胞の外部から細胞質ゾルへ搬出する自然経路は知られていない。したがって、蛋白治療物質を細胞に向けることは極めて困難である。
【０００５】
分泌蛋白および膜結合蛋白としては、全てのペプチドホルモンおよびその受容体（インスリン、成長ホルモン、ケモカイン、サイトカイン、ニューロペプチド、インテグリン、カリクレイン、ラミン、メラニン、ナトリウム排泄増加ホルモン、ニューロプシン、ニューロトロピン、下垂体ホルモン、プレイオトロピン、プロスタグランジン、セクレトグラニン、セレクチン、トロンボグロブリン、チモシンを包含するが、これらに限定されない）、乳癌および大腸癌遺伝子産物、レプチン、肥満遺伝子蛋白およびその受容体、血清アルブミン、スーパーオキシドジスムターゼ、スプライセオソーム蛋白、７ＴＭ（膜貫通）蛋白（Ｇ蛋白結合受容体とも称される）、イムノグロブリン、セリンプロテイナーゼの数種のファミリー（血液凝固カスケードの蛋白、消化酵素を包含するが、これらに限定されない）、デオキシリボヌクレアーゼＩなどが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【０００６】
ＦＤＡまたは外国の機関により承認された分泌蛋白または膜結合蛋白に基づく治療物質としては、インスリン、グルカゴン、成長ホルモン、絨毛性ゴナドトロピン、卵胞刺激ホルモン、黄体化ホルモン、カルシトニン、副腎皮質刺激ホルモン（ＡＣＴＨ）、バソプレシン、インターロイキン、インターフェロン、イムノグロブリン、ラクトフェリン（数社により市販されている様々な製品）、組織型プラスミノゲンアクチベーター（ジェネンテック（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）のアルテプラーゼ（Ａｌｔｅｐｌａｓｅ））、ヒアルロニダーゼ（ワイス−エアスト（Ｗｙｅｔｈ−Ａｙｅｒｓｔ）のワイダーゼ（Ｗｙｄａｓｅ））、ドルナーゼアルファ（ジェネンテックのプルモザイム（Ｐｕｌｍｏｚｙｍｅ））、キモジアクチン（Ｃｈｙｍｏｄｉａｃｔｉｎ）（ノウル（Ｋｎｏｌｌ）のキモパパイン）、アルグルセラーゼ（ジェンザイム（Ｇｅｎｚｙｍｅ）のセレダーゼ（Ｃｅｒｅｄａｓｅ））、ストレプトキナーゼ（ファルマシア（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）のカビキナーゼ（Ｋａｂｉｋｉｎａｓｅ））（アストラ（Ａｓｔｒａ）のストレプターゼ（Ｓｔｒｅｐｔａｓｅ））などが挙げられるが、これらに限定されるものではない。このことは、分泌蛋白および膜結合蛋白が、治療薬標的として確立され、立証された歴史を有することを意味する。明らかに、糖尿病、乳癌、前立腺癌、大腸癌および他の悪性腫瘍、高血圧、低血圧、肥満、過食症、食欲不振、成長異常、喘息、躁鬱病、痴呆、譫妄、精神遅滞、ハンチントン病、ツレット症候群、統合失調症、成長的、精神的または性的発達障害、脳卒中に至るものを含む血液カスケード系の機能不全を包含するがこれらに限定されない機能不全または疾患を防止、改善または矯正することにおいて一の役割を果たし得るさらなる分泌蛋白または膜結合蛋白の同定および特徴付けが必要とされている。シグナル配列を含む本発明の蛋白はまた、現時点で完全に理解されていない蛋白輸送のメカニズムを解明するのに有用であり、かくして研究手段として用いることができる。
【０００７】
（発明の開示）
本発明は、組換え物質を含む、表Ｉに列挙される遺伝子の個々のポリペプチドおよびポリヌクレオチド、ならびにそれらの製法に関する。かかるポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、表ＩＩＩおよびＶに列挙した疾患（以下、「本発明の疾患」という）を含むがこれらに限定されるものではないある種の疾患の治療法との関連で興味があるものである。さらなる態様において、本発明は、該発明により得られる該物質を用いてアゴニストおよびアンタゴニスト（例えば、阻害剤）を同定するための方法、および表Ｉに列挙された遺伝子のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの不均衡に付随する症状を同定された化合物で治療するための方法に関する。さらにもう一つ別の態様において、本発明は、表Ｉに列挙した遺伝子の不当な活性またはレベルに付随する疾患を検出するための診断アッセイに関する。本発明のもう一つ別の態様は、配列表に挙げたいずれかのヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドおよび該ヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドを含むポリペプチドに関する。もう一つ別の態様において、本発明は配列表に挙げたいずれかのポリペプチド配列を含むポリペプチドおよび組換え物質ならびにその製法に関する。本発明のもう一つ別の態様はかかるポリペプチドおよびポリヌクレオチドを使用する方法に関する。かかる使用としては、本発明の遺伝子の異常な発現、産生、機能および／または代謝により引き起こされる疾患、異常および障害（以下、単に疾患という）の治療が挙げられ、そのような疾患は添付した各配列について開示されている他の蛋白との相同性から当業者であれば容易に理解できる。さらにもう一つ別の態様において、本発明は、該発明により得られる該物質を用いてアゴニストおよびアンタゴニストを同定する方法、および不均衡に伴う症状をその同定された化合物で治療する方法に関する。本発明のさらにもう一つ別の態様は、本発明の分泌蛋白の不当な活性またはレベルに伴う疾患を検出するための診断アッセイに関する。
【０００８】
（発明を実施するための最良の形態）
第１の態様において、本発明は、表Ｉに列挙した遺伝子のポリペプチドに関する。かかるポリペプチドは：
（ａ）配列表に示される配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる単離ポリペプチド（本明細書中、配列表のポリヌクレオチドまたはポリペプチドに言及する場合、その配列表に言及される配列表をも参考とする）；
（ｂ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有するポリペプチド配列を含む単離ポリペプチド；
（ｃ）配列表に示されるポリペプチド配列を含む単離ポリペプチド；
（ｄ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有する単離ポリペプチド；
（ｅ）配列表に示されるポリペプチド配列；および
（ｆ）配列表に示されるポリペプチド配列と比較して０．９５、０．９６、０．９７、０．９８または０．９９の同一性指数を有するポリペプチド配列を有するかまたは含む単離ポリペプチド；
（ｇ）（ａ）ないし（ｆ）のポリペプチドのフラグメントおよび変種
を包含する。
【０００９】
本発明のポリペプチドは、表ＩＩに示される遺伝子ファミリーのメンバーであると考えられる。したがって、それらのポリペプチドは表ＩＩＩおよびＶに示される理由から治療的および診断的に関心のあるものである。表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドおよびポリヌクレオチドの生物学的特性を、以下、表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドおよびポリヌクレオチドの「生物学的活性」という。好ましくは、本発明のポリペプチドは表Ｉに示される遺伝子の少なくとも１つの生物学的活性を示す。
【００１０】
本発明のポリペプチドはまた、あらゆる対立遺伝子の形態およびスプライス変種を含む、上記したポリペプチドの変種を包含する。かかるポリペプチドは、挿入、欠失、および保存的もしくは非保存的であってよい置換、またはそれらのいずれかの組み合わせにより対照ポリペプチドと異なっている。特に好ましい変種は、数個、例えば、５０ないし３０個、３０ないし２０個、２０ないし１０個、１０ないし５個、５ないし３個、３ないし２個、２ないし１個、または１個のアミノ酸の挿入、置換または欠失をいずれかの組み合わせで含むものである。
【００１１】
本発明のポリペプチドの好ましいフラグメントは、配列表に示されるアミノ酸配列から由来の少なくとも３０個、５０個もしくは１００個の連続したアミノ酸を有するアミノ酸配列を含む単離ポリペプチド、または配列表に示されるアミノ酸配列から少なくとも３０個、５０個もしくは１００個の連続したアミノ酸を末端切断または欠失したアミノ酸配列を含む単離ポリペプチドを包含する。好ましいフラグメントは、類似活性もしくは改良された活性を有するもの、または望ましくない活性の減少したものを含め、表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドおよびポリヌクレオチドの生物学的活性を媒介する生物学的に活性なフラグメントである。動物、特にヒトにおいて抗原的または免疫学的である、フラグメントも好ましい。
【００１２】
本発明のポリペプチドのフラグメントは、ペプチド合成により対応する全長ポリペプチドを産生するのに利用することができる；したがって、これらの変種を本発明の全長ポリペプチドを産生するための中間体として用いてもよい。本発明のポリペプチドは「成熟」蛋白の形態であってもよく、または前駆体もしくは融合蛋白などのより長い蛋白の一部であってもよい。分泌もしくはリーダー配列、プロ配列、精製を助ける配列、例えば、複数のヒスチジン残基、または組換え体の産生の間に安定性を付与するための付加的な配列を含有する付加的なアミノ酸配列を含むことが有利であることが多い。
【００１３】
本発明のポリペプチドは、適当な方法、例えば、天然に存在する供給源から、もしくは発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞（下記参照）からの単離により、または自動式ペプチド合成装置などを用いる化学合成法により、またはかかる方法の組み合わせにより調製することができる。かかるポリペプチドを調製する方法は、当該分野にて十分に理解されている。
【００１４】
さらなる態様において、本発明は表Ｉに示される遺伝子のポリヌクレオチドに関する。かかるポリヌクレオチドは：
（ａ）配列表に示されるポリヌクレオチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド；
（ｂ）配列表に示されるポリヌクレオチドを含む単離ポリヌクレオチド；
（ｃ）配列表に示されるポリヌクレオチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有する単離ポリヌクレオチド；
（ｄ）配列表に示される単離ポリヌクレオチド；
（ｅ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有するポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド；
（ｆ）配列表に示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド；
（ｇ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有するポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を有する単離ポリヌクレオチド；
（ｈ）配列表に示されるポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド；
（ｉ）配列表に示されるポリヌクレオチド配列と比較して０．９５、０．９６、０．９７、０．９８または０．９９の同一性指数を有するポリヌクレオチド配列を有するかまたは含む単離ポリヌクレオチド；
（ｊ）配列表に示されるポリペプチド配列と比較して０．９５、０．９６、０．９７、０．９８または０．９９の同一性指数を有するポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を有するかまたは含む単離ポリヌクレオチド；および
上記したポリヌクレオチドのフラグメントおよび変種であるポリヌクレオチド、またはその全長にわたって上記したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチド
を包含する。
【００１５】
本発明のポリヌクレオチドの好ましいフラグメントは、配列表に示された配列から由来の少なくとも１５、３０、５０もしくは１００個の連続したヌクレオチドを有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド、または配列表に示される配列から少なくとも３０個、５０個もしくは１００個の連続したヌクレオチドを末端切断または欠失した配列を含む単離ポリヌクレオチドを包含する。
【００１６】
本発明のポリヌクレオチドの好ましい変種は、スプライス変種、対立遺伝子変種、および１またはそれ以上の一塩基多型（ＳＮＰ）を有するポリヌクレオチドを含む多型種を包含する。
【００１７】
本発明のポリヌクレオチドはまた、配列表に示されるアミノ酸配列を含み、かつ、数個、例えば、５０ないし３０個、３０ないし２０個、２０ないし１０個、１０ないし５個、５ないし３個、３ないし２個、２ないし１個、または１個のアミノ酸残基の置換、欠失または付加をいずれかの組み合わせで含むポリペプチド変種をコードするポリヌクレオチドを包含する。
【００１８】
さらなる態様において、本発明は、本発明のＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物であるポリヌクレオチドを提供する。したがって、
（ａ）配列表に示されるポリペプチドをコードするＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物を含むＲＮＡポリヌクレオチド；
（ｂ）配列表に示されるポリペプチドをコードするＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物であるＲＮＡポリヌクレオチド；
（ｃ）配列表に示されるＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物を含むＲＮＡポリヌクレオチド；または
（ｄ）配列表に示されるＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物であるＲＮＡポリヌクレオチド；
およびそれらと相補的であるＲＮＡポリヌクレオチドが提供される。
【００１９】
配列表に示されるポリヌクレオチド配列は、表ＩＩに示されるポリヌクレオチド配列と相同性を示す。配列表に示されるポリヌクレオチド配列は、配列表に示されるポリペプチドをコードするｃＤＮＡ配列である。配列表に示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列は、配列表に示されるポリペプチドコード配列と同一であってもよく、または遺伝コードの重複（縮重）の結果として配列表に示されるポリペプチドをコードする配列表に示される配列以外の配列であってもよい。配列表に示される配列のポリペプチドは、表ＩＩに示されるポリペプチドと相同性および／または構造類似性を有する表ＩＩに示される遺伝子ファミリーの他の蛋白と関連している。本発明の好ましいポリペプチドまたはポリヌクレオチドは、とりわけ、それらの相同ポリペプチドおよびポリヌクレオチドと類似する生物学的機能／特性を有すると考えられる。さらにまた、本発明の好ましいポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、表Ｉに示される遺伝子の少なくとも１つの活性を有する。
【００２０】
本発明のポリヌクレオチドは、表ＩＶに示される組織のｍＲＮＡから由来のｃＤＮＡライブラリーより標準的なクローニングおよびスクリーニング技法を用いて得ることができる（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、２ｎｄ Ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ． （１９８９） を参照のこと）。本発明のポリヌクレオチドはまた、ゲノムＤＮＡライブラリーのような天然源から得ることもでき、または周知で商業的に入手可能な技法を用いて合成することもできる。
【００２１】
本発明のポリヌクレオチドを本発明のポリペプチドの組換え生産に用いる場合、ポリヌクレオチドは、成熟ポリペプチドのコーディング配列だけを含むものであってもよく、またはリーダーもしくは分泌配列、プレ、プロ、もしくはプレプロ蛋白配列をコードするコーディング配列、または他の融合ペプチド部分などの他のコーディング配列と一緒に読み枠中に成熟ポリペプチドのコーディング配列を含むものであってもよい。例えば、融合ポリペプチドの精製を促進するマーカー配列をコードすることもできる。本発明のこの態様のある種の好ましい具体例において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター（キアジェン・インコーポレーテッド（Ｑｉａｇｅｎ， Ｉｎｃ．））にて得られ、Ｇｅｎｔｚ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ， ８６：８２１−８２４ （１９８９） に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジンペプチドであるか、またはＨＡタグである。ポリヌクレオチドはまた、非コーディング５’および３’配列、例えば、転写された非翻訳配列、スプライシングおよびポリアデニル化シグナル、リボソーム結合部位およびｍＲＮＡを安定化する配列などを含有していてもよい。
【００２２】
配列表に示されるポリヌクレオチド配列と同一であるか、または十分な同一性を有するポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーションプローブとして、または核酸増幅反応（例えば、ＰＣＲ）用のプライマーとして用いることができる。かかるプローブおよびプライマーを用いて本発明のポリペプチドをコードする全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離することができ、配列表に示される配列と高い配列類似性、典型的には、少なくとも９５％の同一性を有する他の遺伝子（ヒトから由来のパラログならびにそれ以外の種から由来のオルソログおよびパラログをコードする遺伝子を含む）のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離することができる。好ましいプローブおよびプライマーは、一般に、少なくとも１５個のヌクレオチド、好ましくは、少なくとも３０個のヌクレオチドを含み、少なくとも１００個のヌクレオチドまではないとしても、少なくとも５０個のヌクレオチドを含んでいてもよい。特に好ましいプローブは３０個ないし５０個のヌクレオチドを有するであろう。特に好ましいプライマーは２０ないし２５個のヌクレオチドを有するであろう。
【００２３】
本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、他の種からの相同体を含め、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下、配列表に示される配列、またはそのフラグメント、好ましくは、少なくとも１５個のヌクレオチドのフラグメントを有する標識プローブで一のライブラリーをスクリーニングする工程；および配列表に示されるポリヌクレオチド配列を含有する全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離する工程を含む方法により得ることができる。このようなハイブリダイゼーション技法は当業者に周知である。好ましいストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭ リン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５ｘデンハート溶液、１０％デキストラン硫酸塩および２０μｇ／ｍｌの変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一夜インキュベートし、次いで、フィルターを約６５℃の０．１ｘＳＳＣ中にて洗浄することを含む。かくして、本発明はまた、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下、配列表に示される配列、またはそのフラグメント、好ましくは、少なくとも１５個のヌクレオチドのフラグメントを有する標識プローブで一のライブラリーをスクリーニングすることにより得られる、好ましくは、少なくとも１００個のヌクレオチド配列を有する単離ポリヌクレオチドを包含する。
【００２４】
多くの場合、ポリペプチドをコードする領域が５’末端までどこでも伸長するわけではないという点で、単離ｃＤＮＡ配列が不完全であることは当業者に明らかであろう。これは、逆転写酵素、すなわち、「プロセシビティ」（重合反応の間に酵素が鋳型に付着しつづける能力の尺度）が本質的に低い酵素の結果であり、第一鎖ｃＤＮＡ合成の間にｍＲＮＡ鋳型のＤＮＡコピーを完成することができない。
【００２５】
全長ｃＤＮＡを得るのに、または短いｃＤＮＡを伸長するのに当業者に利用可能、かつ、周知のいくつかの方法、例えば、ｃＤＮＡ末端の高速増幅法（ＲＡＣＥ）に基づく方法がある（例えば、Ｆｒｏｈｍａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ Ｎａｔ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ ８５， ８９９８−９００２， １９８８ を参照のこと）。例えば、マラソン（Ｍａｒａｔｈｏｎ）（登録商標）法（クローンテク・ラボラトリーズ・インコーポレイテッド（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ Ｉｎｃ．））により例示される最近の変法は、例えば、長いｃＤＮＡの検索を有意に簡素化した。マラソン（登録商標）法においては、選択された組織から抽出したｍＲＮＡおよび各末端にライゲートした「アダプター」配列からｃＤＮＡを調製する。次いで、遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプライマーおよびアダプター特異的オリゴヌクレオチドプライマーを組み合わせて用いて核酸増幅（ＰＣＲ）を行ってそのｃＤＮＡの「欠損」５’末端を増幅させる。次いで、「ネステッド」プライマー、すなわち、その増幅産物内でアニールするように設計されたプライマー（典型的には、アダプター配列の３’にさらにアニールするアダプター特異的プライマーおよび既知の遺伝子配列の５’にさらにアニールする遺伝子特異的プライマー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。次いで、この反応の産物をＤＮＡ配列決定により分析し、該産物を現存するｃＤＮＡに直接結合させて完全な配列を得るか、または５’プライマーの設計のための新規な配列情報を用いて別個の全長ＰＣＲを行うかのいずれかにより全長ｃＤＮＡを構築する。
【００２６】
本発明の組換えポリペプチドは、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞から当該分野にて周知の方法により製造することができる。したがって、さらなる態様において、本発明は、本発明のポリヌクレオチド（複数でも可）を含む発現系、かかる発現系で遺伝子操作されている宿主細胞、および組換え技法による本発明のポリペプチドの産生に関する。無細胞翻訳系を利用し、本発明のＤＮＡ構築物から由来のＲＮＡを用いてかかる蛋白を製造することもできる。
【００２７】
組換え体を製造するには、宿主細胞を遺伝子操作して、本発明のポリヌクレオチドについての発現系もしくはそれらの一部を組み入れることができる。ポリヌクレオチドは、Ｄａｖｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｂａｓｉｃ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ （１９８６）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（前掲）のような、多くの標準的な実験マニュアルに記載される方法により宿主細胞に導入することができる。ポリヌクレオチドを宿主細胞に導入する好ましい方法は、例えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーション、トランスダクション、スクレープローディング、バリスティックイントロダクションまたはインフェクションを包含する。
【００２８】
適当な宿主の代表例としては、細菌細胞、例えば連鎖球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ）、ブドウ球菌属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、ストレプトミセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）および枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）細胞；真菌細胞、例えば、酵母細胞およびアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）細胞；昆虫細胞、例えば、ドロソフィラＳ２（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ Ｓ２）およびスポドプテラＳｆ９（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ Ｓｆ９）細胞；動物細胞、例えば、ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、ＨＥＫ２９３およびボウズ（Ｂｏｗｅｓ）黒色腫細胞；ならびに植物細胞が挙げられる。
【００２９】
多種多様の発現系、例えば、染色体、エピソームおよびウイルス由来系、例えば、細菌プラスミドから由来のベクター、バクテリオファージから由来のベクター、トランスポゾンから由来のベクター、酵母エピソームから由来のベクター、挿入エレメントから由来のベクター、酵母染色体エレメントから由来のベクター、バキュロウイルス、ＳＶ４０のようなパポバウイルス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスなどのウイルスから由来のベクター、ならびにコスミドおよびファージミドのようなプラスミドおよびバクテリオファージ遺伝因子から由来のもののようなその組み合わせから由来のベクターを用いることができる。発現系は発現を制御および惹起する調節領域を含有していてもよい。一般に、ポリヌクレオチドを維持、伸長または発現させて、宿主にてポリペプチドを産生することができる系またはベクターを使用できる。種々の周知かつ慣用的な技法、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｌ ｅｔ ａｌ．（前掲）に記載されている技法により、適当なポリヌクレオチド配列を発現系に挿入できる。適当な分泌シグナルを所望のポリペプチドに組み入れて、翻訳された蛋白を小胞体内腔、細胞周辺腔または細胞外環境の中に分泌させることもできる。これらのシグナルはポリペプチドに固有のものであってもよく、または異種性のシグナルであってもよい。
【００３０】
本発明のポリペプチドをスクリーニングアッセイにて用いるために発現させる場合、一般に、該ポリペプチドを細胞表面で生成させることが好ましい。この場合、スクリーニングアッセイに使用する前に細胞を集めてもよい。該ポリペプチドが培地中に分泌されるならば、培地を回収してポリペプチドを回収し精製することができる。細胞内で生成されるならば、ポリペプチドを回収する前に、まず細胞を溶解しなければならない。
【００３１】
本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水的相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフィーを含む周知の方法により組換え細胞培養物から回収し精製することができる。高速液体クロマトグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペプチドが細胞内合成、単離および／または精製中に変性する場合、蛋白をリフォールディングするための周知方法を用いて、活性なコンホメーションを再生することができる。
【００３２】
本発明のポリヌクレオチドは、関連遺伝子における変異を検出することを介して、診断薬として用いることができる。機能不全に伴う、変異形態の遺伝子の検出は、ｃＤＮＡまたはゲノム配列における配列表に示されるポリヌクレオチドにより特徴付けられる。遺伝子の過少発現、過剰発現または空間的または時間的発現の変化によりもたらされる疾患または疾患に対する感受性の診断に加えることができるか、またはそれらを特定することのできる診断手段が提供される。遺伝子に変異のある個体は、当該分野にて周知の種々の方法によりＤＮＡレベルで検出できる。
【００３３】
診断に供する核酸は、対象の細胞、例えば、血液、尿、唾液、組織生検または剖検材料から得ることができる。ゲノムＤＮＡは、直接、検出に使用してもよく、または分析の前にＰＣＲ、好ましくはＲＴ−ＰＣＲもしくはその他の増幅法を用いることにより酵素的に増幅させてもよい。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ方法で用いることができる。正常な遺伝子型と比較した増幅産物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを表Ｉに示される遺伝子の標識ヌクレオチド配列とハイブリダイズさせることにより同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮａｓｅ消化により、または融解温度の差異により、ミスマッチ二重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の差異はまた、変性剤と一緒にまたはなしで、ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度の変化により、または直接的ＤＮＡ配列決定法により検出できる（例えば、Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ （１９８５） ２３０：１２４２ を参照のこと）。特異的な位置での配列の変化はまた、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮａｓｅおよびＳ１保護または化学的切断法によっても明らかにすることができる（Ｃｏｔｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ， ８５： ４３９７−４４０１ （１９８５） を参照のこと）。
【００３４】
表Ｉに示される遺伝子のポリヌクレオチド配列またはそのフラグメントを含むオリゴヌクレオチドプローブのアレイを構築して、例えば、遺伝的変異の効果的なスクリーニングを行うことができる。かかるアレイは高密度アレイまたはグリッドであることが好ましい。アレイ技法は周知であり、汎用的適用性があって、それを用いて、遺伝子発現、遺伝的連鎖および遺伝学的変化を含む、分子遺伝学における種々の問題を解決することができる（例えば、Ｍ．Ｃｈｅｅら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７４、６１０−６１３（１９９６）およびその中に引用される別の文献を参照のこと）。
【００３５】
ポリペプチドまたはｍＲＮＡ発現の異常に減少または増加したレベルの検出もまた、対象の本発明の疾患に対する感受性を診断または測定するのに用いることができる。発現の減少または増加は、例えば、核酸増幅などのポリヌクレオチドの定量法として当該分野で周知の方法、例えば、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護、ノーザンブロッティングおよび他のハイブリダイゼーション法を用いてＲＮＡレベルで測定できる。宿主から由来の試料中の本発明のポリペプチドなどの蛋白のレベルを決定するために用いることができるアッセイ法は、当業者に周知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。
【００３６】
かくして、もう一つ別の態様において、本発明は、
（ａ）本発明のポリヌクレオチド、好ましくは、配列表に示されるヌクレオチド配列、またはそのフラグメントもしくはＲＮＡ転写物；
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列；
（ｃ）本発明のポリペプチド、好ましくは、配列表に示されるポリペプチドまたはそのフラグメント；または
（ｄ）本発明のポリペプチド、好ましくは、配列表に示されるポリペプチドに対する抗体
を含む診断用キットに関する。
【００３７】
かかるキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）が実質的な成分を含んでいてもよいことが理解されよう。かかるキットは、疾患または疾患の罹患率、とりわけ、本発明の疾患を診断するのに有用であろう。
【００３８】
本発明のポリヌクレオチド配列は染色体位置実験に役立つ。配列表に示される配列は、具体的には、個々のヒト染色体上の特定の位置を標的とし、それとハイブリダイズすることができる。本発明に従って染色体と関連する配列をマッピングすることは、これらの配列を遺伝子関連疾患と関連付けるための重要な第１工程である。配列が正確な染色体位置にマッピングされれば、該配列の染色体上での物理的位置を遺伝的地図データと相関させることができる。そのようなデータは、例えば、Ｖ． ＭｃＫｕｓｉｃｋ， Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｉｎ Ｍａｎ（ジョン・ホプキンス・ユニバーシティ・ウェルチ・メディカル・ライブラリー（Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｗｅｌｃｈ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｌｉｂｒａｌｙ）を介してオンラインで利用可能）において見られる。次いで、同じ染色体領域に地図作成された遺伝子と疾患の間の関係を連鎖分析（物理的に隣接する遺伝子の同時遺伝）を介して同定する。ゲノム配列（遺伝子フラグメントなど）についての正確なヒト染色体位置はラディエーション・ハイブリッド（ＲＨ）マッピングを用いて測定することができる（Ｗａｌｔｅｒ， Ｍ．， Ｓｐｉｌｌｅｔｔ， Ｄ．， Ｔｈｏｍａｓ， Ｐ．， Ｗｅｉｓｓｅｎｂａｃｈ， Ｊ． ａｎｄ Ｇｏｏｄｆｅｌｌｏｗ， Ｐ． （１９９４） Ａ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ ｒａｄｉａｔｉｏｎ ｈｙｂｒｉｄ ｍａｐｓ ｏｆ ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅｓ， Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ７， ２２−２８）。多くのＲＨパネルがリサーチ・ジェネティックス（Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）（米国アラバマ州ハンツヴィル）から入手可能である；例えば、ＧｅｎｅＢｒｉｄｇｅ４ ＲＨパネル（Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ １９９６ Ｍａｒ； ５（３）：３３９−４６ Ａ ｒａｄｉａｔｉｏｎ ｈｙｂｒｉｄ ｍａｐ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ．　Ｇｙａｐａｙ Ｇ， Ｓｃｈｍｉｔｔ Ｋ， Ｆｉｚａｍｅｓ Ｃ， Ｊｏｎｅｓ Ｈ， Ｖｅｇａ−Ｃｚａｒｎｙ Ｎ， Ｓｐｉｌｌｅｔｔ Ｄ， Ｍｕｓｅｌｅｔ Ｄ， Ｐｒｕｄ’Ｈｏｍｍｅ ＪＦ， Ｄｉｂ Ｃ， Ａｕｆｆｒａｙ Ｃ， Ｍｏｒｉｓｓｅｔｔｅ Ｊ， Ｗｅｉｓｓｅｎｂａｃｈ Ｊ， Ｇｏｏｄｆｅｌｌｏｗ ＰＮ）。このパネルを用いて遺伝子の染色体位置を測定するために、ＲＨ ＤＮＡ上の目的遺伝子から設計したプライマーを用いて９３回のＰＣＲを行う。これらのＤＮＡは、各々、ハムスターバックグラウンド（ヒト／ハムスターのハイブリッド細胞系）に維持されているランダムなヒトゲノムフラグメントを含有する。これらのＰＣＲにより、目的遺伝子のＰＣＲ産物の有無を示す９３個のスコアを得る。これらのスコアをＰＣＲ産物を用いて既知の位置のゲノム配列から得られたスコアと比較する。この比較をｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｏｍｅ．ｗｉ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／で行う。
【００３９】
本発明のポリヌクレオチド配列はまた、組織発現の研究のための価値のある手段でもある。かかる研究により、本発明のポリヌクレオチドの発現パターンを決定すること、すなわち、ポリペプチドをコードするｍＲＮＡを検出することにより組織中のコード化ポリペプチドの発現パターンについての適応を得ることができる。使用される方法は当該分野にて周知であり、ｃＤＮＡマイクロアレイハイブリダイゼーションのようなグリッド上に配置されたクローンについてのインサイチュハイブリダイゼーション法（Ｓｃｈｅｎａ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２７０， ４６７−４７０， １９９５ および Ｓｈａｌｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ， ６， ６３９−６４５， １９９６）およびＰＣＲのようなヌクレオチド増幅法を包含する。好ましい方法はパーキン・エルマー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）社から入手可能なＴＡＱＭＡＮ（登録商標）技法を使用する。これらの研究の結果より、生物におけるポリペプチドの正常な機能の適応を知ることができる。加えて、ｍＲＮＡの正常な発現パターンと同一遺伝子の別の形態（例えば、ポリペプチドのコーディングにて変化する可能性のあるもの、または調節的変異を有するもの）によってコードされたｍＲＮＡの発現パターンとを比較する研究により、疾患における本発明のポリペプチドの役割、またはその不適当な発現の役割を鋭く洞察することができる。かかる不適当な発現は、空間的、時間的または単に量的な性質のものである可能性もある。
【００４０】
本発明のさらなる態様は抗体に関する。本発明のポリペプチドもしくはそれらのフラグメントまたはそれらを発現する細胞を免疫原として用いて、本発明のポリペプチドに対して免疫特異的な抗体を得ることができる。「免疫特異的」なる語は、抗体が従来技術における他の関連ポリペプチドに対してよりも、本発明のポリペプチドに対しての方が実質的により大きなアフィニティーを有することを意味する。
【００４１】
本発明のポリペプチドに拮抗して生じる抗体は、ポリペプチドもしくはエピトープ担持フラグメントまたは細胞を、動物、好ましくは、非ヒト動物に、通常のプロトコルを用いて投与することにより得ることができる。モノクローナル抗体の産生には、連続的セルライン培養により得られる抗体を提供するいずれの方法も用いることができる。例えば、ハイブリドーマ法（Ｋｏｈｌｅｒ， Ｇ． ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ， Ｃ．， Ｎａｔｕｒｅ （１９７５） ２５６：４９５−４９７）、トリオーマ法、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ法（Ｋｏｚｂｏｒ ｅｔ ａｌ．， Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｔｏｄａｙ （１９８３） ４：７２）およびＥＢＶ−ハイブリドーマ法（Ｃｏｌｅ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ， ７７−９６， Ａｌａｎ Ｒ． Ｌｉｓｓ， Ｉｎｃ． （１９８５））が挙げられる。
【００４２】
米国特許第４，９４６，７７８号に記載される方法のような、一本鎖抗体の産生技法も適用して、本発明のポリペプチドに対する一本鎖抗体を産生できる。また、トランスジェニックマウスまたは他の哺乳動物を含む他の生物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができる。
【００４３】
上記した抗体を用いて、ポリペプチドを発現するクローンを単離または同定してもよく、またはアフィニティークロマトグラフィーによりポリペプチドを精製してもよい。また、本発明のポリペプチドに対する抗体を利用して、とりわけ、本発明の疾患を治療することもできる。
【００４４】
本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドはまた、ワクチンとして用いることもできる。したがって、さらなる態様において、本発明は、哺乳動物における免疫学的応答を誘起する方法であって、例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞を含む、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせるのに適当な本発明のポリペプチドを哺乳動物に接種し、該動物を（疾患が個体内ですでに確立されていようとも確立されていまいとも）疾患から保護することを含む方法に関する。哺乳動物における免疫学的応答はまた、かかる免疫学的応答を誘発して抗体を産生し、かかる動物を本発明の疾患から保護するように、ポリヌクレオチドの発現およびインビボでのポリペプチドのコード化を指令するベクターを介して本発明のポリペプチドをデリバリーすることを含む方法により誘導することもできる。ベクターを投与する一の方法は、粒子上でのコーティングないしは他の方法のようにそれを所望の細胞中に加速することによる。かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。ワクチンとして用いる場合、ポリペプチドまたは核酸ベクターは、通常、ワクチン処方物（組成物）として提供されるであろう。該処方物は、さらに、適当な担体を含んでいてもよい。ポリペプチドは胃で分解される可能性があるため、非経口的に投与（例えば、皮下注射、筋肉注射、静脈注射、皮内注射）することが好ましい。非経口投与に適する処方物は、抗酸化剤、バッファー、静菌剤および処方物を患者の血液と等張にする溶質を含有してもよい水性および非水性滅菌注射用液剤；ならびに懸濁化剤または増粘剤を含んでいてもよい水性および非水性滅菌懸濁剤を包含する。処方物を１回投与または複数回投与用容器、例えば、密封アンプルおよびバイアルに入れて提供してもよく、使用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥状態にて貯蔵してもよい。またワクチン処方物は、水中油系および当該分野で知られた他の系などの処方の免疫原性を高めるためのアジュバント系を含んでいてもよい。用量は、ワクチンの比活性に依存しており、通常の実験により容易に決定することができる。
【００４５】
本発明のポリペプチドは、１またはそれ以上の病態、特に、上記した本発明の疾患に関連する１またはそれ以上の生物学的機能を有する。したがって、当該ポリペプチドの機能またはレベルを刺激または阻害する化合物を同定することが有用である。したがって、本発明は、さらなる態様において、ポリペプチドの機能またはレベルを刺激または阻害する化合物を同定するための化合物のスクリーニング法を提供する。かかる方法は、上記した本発明の疾患について治療目的または予防目的に用いることができるアゴニストまたはアンタゴニストを同定する。化合物は、種々の供給源、例えば、細胞、無細胞調製物、化学ライブラリー、化合物の集合体、および天然産物の混合物から同定することができる。そうして同定されたかかるアゴニストまたはアンタゴニストは、場合によっては、ポリペプチドの天然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素など；その構造的または機能的模倣物（Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １ （２）： Ｃｈａｐｔｅｒ ５ （１９９１） を参照のこと）または小分子であってもよい。かかる小分子は、好ましくは、２，０００ダルトンより小さい、より好ましくは、３００ないし１，０００ダルトン、最も好ましくは、４００ないし７００ダルトンの分子量を有する。これらの小分子は有機分子であることが好ましい。
【００４６】
スクリーニング方法は、候補化合物と直接的または間接的に結合した標識により、候補化合物の、ポリペプチドへの、または該ポリペプチドもしくはその融合蛋白を有する細胞または膜への、結合を簡単に測定できる。別法として、スクリーニング方法は、候補化合物のポリペプチドへの、標識された競争物質（例えば、アゴニストまたはアンタゴニスト）に対する競争結合を（定性的または定量的に）測定または検出することを含んでもよい。さらには、これらのスクリーニング方法は、候補化合物がポリペプチドの活性化または阻害により発生するシグナルを生じるかどうかを、該ポリペプチドを有する細胞に適した検出系を用いて試験することもできる。活性化の阻害剤は、一般に、既知アゴニストの存在下でアッセイされ、候補化合物の存在がアゴニストによる活性化に及ぼす作用を観察する。さらには、スクリーニング方法は、単に、候補化合物を本発明のポリペプチドを含有する溶液と混合して混合物を形成し、その混合物中の表Ｉに示される遺伝子の活性を測定し、表Ｉに示される遺伝子の混合物の活性を候補化合物を含まない対照混合物の活性と比較する工程を含むものであってもよい。
【００４７】
本発明のポリペプチドは従来の低容量スクリーニング方法にて利用することもでき、また、ハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）フォーマットにて利用することもできる。かかるＨＴＳフォーマットとしては、十分に確立された９６−ウェルの使用、および、最近では、３８４−ウェルのマイクロタイタープレートの使用だけでなく、Ｓｃｈｕｌｌｅｋ ｅｔ ａｌ．， Ａｎａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ．， ２４６： ２０−２９ （１９９７） に記載されているナノウェル（ｎａｎｏｗｅｌｌ）方法のようなエマージング（ｅｍｅｒｇｉｎｇ）方法が挙げられる。
【００４８】
上記したように、Ｆｃ部と表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドとから形成されるような融合蛋白をハイスループットスクリーニングアッセイに用いて、本発明のポリペプチドに対するアンタゴニストを同定することもできる（Ｄ． Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ， ８： ５２−５８ （１９９５）；および Ｋ． Ｊｏｈａｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ．， ２７０ （１６）：９４５９−９４７１ （１９９５） を参照のこと）。
【００４９】
ポリヌクレオチド、ポリペプチド、および本発明の該ポリペプチドに対する抗体を用いて、添加した化合物の細胞中でのｍＲＮＡおよびポリペプチドの産生に対する効果を検出するスクリーニング方法を形成することもできる。例えば、当該分野にて公知の標準的方法によりモノクローナル抗体およびポリクローナル抗体を用いてポリペプチドの分泌レベルまたは細胞結合レベルを測定するためにＥＬＩＳＡアッセイを構築してもよい。これを用いて適宜操作した細胞または組織からポリペプチドの産生を阻害することができる物質または増強することができる物質（各々、アンタゴニストまたはアゴニストとも称される）を見出すことができる。
【００５０】
本発明のポリペプチドを用いて、当該分野において公知の標準的な受容体結合法を介して、もしあれば膜結合または可溶性受容体を同定できる。これらの方法としては、ポリペプチドを放射性同位体（例えば１２５Ｉ）で標識するか、化学的に修飾（例えば、ビオチン化）するか、または検出もしくは精製に適したペプチド配列に融合し、推定上の受容体の供給源（例えば、細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、体液）と一緒にインキュベートするリガンド結合およびクロスリンキングアッセイが挙げられるが、これらに限定されない。他の方法としては、表面プラスモン共鳴および分光分析法が挙げられる。これらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプチドの、もしあればその受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴニストおよびアンタゴニストを同定することもできる。かかるアッセイを行うための標準的方法は当該分野においてよく理解されている。
【００５１】
本発明のポリペプチドのアンタゴニストの例としては、抗体、または、ある場合には、場合によってはポリペプチドのリガンド、基質、受容体、酵素などと密接に関係するオリゴヌクレオチドまたは蛋白、例えば、リガンド、基質、受容体、酵素などのフラグメント；または応答を惹起しないが本発明のポリペプチドに結合して該ポリペプチドの活性を妨げる小分子が挙げられる。
【００５２】
スクリーニング方法はまた、トランスジェニック技法および表Ｉに示される遺伝子の使用を含む。トランスジェニック動物を構築する技術は十分に確立されている。例えば、表Ｉに示される遺伝子を、受精させた卵母細胞の雄性前核へのマイクロインジェクション、着床前もしくは後の胚へのレトロウイルストランスファー、または、エレクトロポレーションなどにより遺伝学的に修飾された胚性幹細胞の宿主胚盤胞へのインジェクションを介して導入してもよい。特に有用なトランスジェニック動物は、動物遺伝子がその動物のゲノム中でヒト均等物により置き換えられている、いわゆる、「ノック−イン」動物である。ノック−イントランスジェニック動物は、化合物がヒト標的に対して特異的である場合、標的確証のために、創薬プロセスにおいて有用である。別の有用なトランスジェニック動物は、本発明のポリペプチドの、細胞内にて内的ＤＮＡ配列によりコードされる動物オルソログの発現が部分的または完全に無効とされる、いわゆる、「ノック−アウト」動物である。遺伝子ノック−アウトは、動物の、特定の細胞または組織を標的とすることができるか、技法を限定した結果として特定の細胞または組織においてだけ生じさせることができるか、または、全てもしくは実質的に全ての細胞で生じさせることができる。トランスジェニック動物技法はまた、導入された遺伝子を発現させて本発明の多量のポリペプチドを得る全動物発現クローニング系を提供する。
【００５３】
上記した方法にて用いるためのスクリーニングキットは本発明のさらなる態様を形成する。かかるスクリーニングキットは：
（ａ）本発明のポリペプチド；
（ｂ）本発明のポリペプチドを発現する組換え細胞；
（ｃ）本発明のポリペプチドを発現する細胞膜；または
（ｄ）本発明のポリペプチドに対する抗体
を含み、ここで、ポリペプチドは配列表に示されるものが好ましい。
【００５４】
かかるキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は実質的な成分を含んでいてもよいことが理解されるであろう。
【００５５】
用語説明
以下の定義は、上記にて頻繁に使用された特定の用語の理解を容易にするために提供される。
【００５６】
本明細書中に用いる「抗体」とは、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体、キメラ、一本鎖およびヒト化抗体、ならびにＦａｂまたは他の免疫グロブリン発現ライブラリーの産物を含むＦａｂフラグメントを包含する。
【００５７】
「単離」とは、「人間の手により」その自然の状態から改変されたこと、すなわち、それが天然に生じるならば、その本来の環境から変えられるか、もしくは取り出されるか、またはその両方であることを意味する。例えば、生きている生物中に天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単離」されていないが、その天然状態の共存する物質から分取された同ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされている。さらにまた、形質転換、遺伝的操作、または、いずれかの他の組換え技法により生物中に導入されているポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、たとえ、それが、生物（該生物は生きていても生きていなくてもよい）中にあるとしても、「単離」されている。
【００５８】
「分泌蛋白活性または分泌ポリペプチド活性」または「分泌蛋白または分泌ポリペプチドの生物学的活性」とは、類似活性もしくは改良活性、または望ましくない副作用を減少させたこれらの活性を含む、分泌蛋白の代謝的または物理的機能をいう。該分泌蛋白の抗原的および免疫原的活性も包含される。
【００５９】
「分泌蛋白遺伝子」とは、結合したヌクレオチド配列またはその対立遺伝子変種および／またはそれらの補体を含むポリヌクレオチドをいう。
【００６０】
「ポリヌクレオチド」とは、一般に、ポリリボヌクレオチド（ＲＮＡ）またはポリデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）をいい、それは非修飾ＲＮＡもしくはＤＮＡであっても、または修飾ＲＮＡもしくはＤＮＡであってもよい。「ポリヌクレオチド」としては、一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖領域と二本鎖領域との混合物であるＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡ、一本鎖領域と二本鎖領域との混合物であるＲＮＡ、または、一本鎖もしくはより典型的には二本鎖、または一本鎖領域と二本鎖領域との混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子が挙げられるが、これらに限定されるものではない。加えて、「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡとの両方を含む三本鎖領域をいう。「ポリヌクレオチド」なる語はまた、一つまたはそれ以上の修飾された塩基を含有するＤＮＡまたはＲＮＡ、および安定性または他の理由のために修飾された骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。「修飾された」塩基は、例えば、トリチル化された塩基およびイノシンなどの通常でない塩基を包含する。種々の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡに対してなされていてもよい；かくして、「ポリヌクレオチド」は、典型的には天然において見いだされるような化学的、酵素的または代謝的に修飾された形態のポリヌクレオチド、ならびにウイルスおよび細胞に特徴的な化学的形態のＤＮＡおよびＲＮＡを包含する。また、「ポリヌクレオチド」は、オリゴヌクレオチドと称されることも多い、比較的短いポリヌクレオチドも包含する。
【００６１】
「ポリペプチド」は、ペプチド結合または修飾されたペプチド結合により互いに結合している２個またはそれ以上のアミノ酸を有してなるポリペプチド、すなわち、ペプチドアイソスターをいう。「ポリペプチド」は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたはオリゴマーと称される短鎖、および一般に蛋白と称される長鎖の両方をいう。ポリペプチドは遺伝子によりコードされた２０種のアミノ酸以外のアミノ酸を含有してもよい。「ポリペプチド」は、翻訳後プロセッシングのような自然プロセスまたは当該分野において周知の化学修飾技法のいずれかにより修飾されたアミノ酸配列を含む。このような修飾は基本書およびさらに詳細な研究論文、ならびに膨大な研究文献において十分に記載されている。修飾は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖およびアミノまたはカルボキシル末端を含むポリペプチドのどこででも起こり得る。同一の型の修飾が所定のポリペプチドの幾つかの部位で、同一または異なる程度に存在し得ることは理解されよう。また、所定のポリペプチドは多くの型の修飾を含んでいてもよい。ポリペプチドはユビキチネーションの結果として分枝していてもよく、それは、分枝を伴うかまたは伴わない環状であってもよい。環状ポリペプチド、分枝ポリペプチドおよび分枝環状ポリペプチドは翻訳後の自然プロセスにより生じたものであってもよく、または合成法により調製されたものであってもよい。修飾としては、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド化、ビオチニル化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、架橋、環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有架橋形成、シスチン形成、ピログルタメート形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨウ素化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化のようなトランスファーＲＮＡ媒介したアミノ酸の蛋白への付加、およびユビキチネーションが挙げられる（例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ， ２ｎｄ Ｅｄ．， Ｔ． Ｅ． Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ， Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９９３；Ｗｏｌｄ， Ｆ．， Ｐｏｓｔ−ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ： Ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｓｐｅｃｔｓ， １−１２， ｉｎ Ｐｏｓｔ−ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｖａｌｅｎｔ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ， Ｂ． Ｃ． Ｊｏｈｎｓｏｎ Ｅｄ．， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９８３；Ｓｅｉｆｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ａｎａｌｙｓｉｓ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｎｏｎｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｆａｃｔｏｒｓ”， Ｍｅｔｈ Ｅｎｚｙｍｏｌ， １８２： ６２６−６４６， １９９０ および Ｒａｔｔａｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ｐｏｓｔ−ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔ���ｏｎｓ ａｎｄ Ａｇｉｎｇ”， Ａｎｎ Ｎ Ｙ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ６６３， ４８−６２， １９９２ を参照のこと）。
【００６２】
ポリペプチド配列の「フラグメント」とは、対照配列よりも短いが、対照ポリペプチドと本質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペプチド配列をいう。ポリヌクレオチド配列の「フラグメント」とは、配列表に示される対照配列よりも短いポリヌクレオチド配列をいう。
【００６３】
「変種」とは、対照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは異なるが、その本質的な特性を保持しているポリヌクレオチドまたはポリペプチドをいう。ポリヌクレオチドの典型的な変種はヌクレオチド配列が対照ポリヌクレオチドと異なる。変種のヌクレオチド配列における変化は、対照ポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列を変えても変えなくてもよい。ヌクレオチドの変化は、以下に記載するように、対照配列によりコードされるポリペプチドにおいてアミノ酸置換、付加、欠失、融合および末端切断をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種はアミノ酸配列が対照ポリペプチドとは異なる。一般に、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、全体的に極めて類似しており、多くの領域で同一であるように限定される。変種および対照ポリペプチドは、アミノ酸配列が１またはそれ以上の置換、挿入、欠失のいずれかの組み合わせにより異なっていてもよい。置換または挿入されたアミノ酸残基は、遺伝暗号によりコードされていてもいなくてもよい。典型的な保存的置換は、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｌｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；およびＰｈｅとＴｙｒを包含する。ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変種は、対立遺伝子のように自然に発生するものであってもよく、または自然に発生することが知られていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、変異誘発技術により、または直接的合成により製造できる。１またはそれ以上の翻訳後修飾、例えば、糖鎖形成、リン酸化、メチル化、ＡＤＰリボシル化などを有するポリペプチドも変種として包含される。例えば、Ｎ−末端アミノ酸のメチル化、セリンおよびトレオニンのリン酸化およびＣ−末端グリシンの修飾が挙げられる。
【００６４】
「対立遺伝子」とは、ゲノム中の所定の遺伝子座で生じる２またはそれ以上の異なった形態の遺伝子の一つをいう。
【００６５】
「多型」とは、一の集団中のゲノムでの所定の位置にあるヌクレオチド配列（関連する場合には、コードされたポリペプチド配列）の違いをいう。
【００６６】
「一塩基型多型」（ＳＮＰ）とは、一の集団中のゲノムにおける単一のヌクレオチド位置でのヌクレオチド変異性の発生をいう。ＳＮＰは一の遺伝子中で生じてもよく、またはゲノムの遺伝子内領域中で生じてもよい。ＳＮＰは対立遺伝子特異的増幅法（ＡＳＡ）を用いてアッセイすることができる。この方法には、少なくとも３個のプライマーが必要である。共通プライマーはアッセイされる多型に対する逆方向相補で用いられる。この共通プライマーは多型性塩基から５０ないし１５００塩基対の間にあり得る。他の２つ（またはそれ以上）のプライマーは、最終３’塩基が多型を形成する２つ（またはそれ以上）の対立遺伝子の一つと対合するようにゆらいでいることを除いて、互いに同一である。次いで、２つ（またはそれ以上）のＰＣＲ反応を、試料ＤＮＡ上で、各々、共通プライマーおよび対立遺伝子特異的プライマーの１つを用いて行う。
【００６７】
本明細書中で使用する「スプライス変種」とは、同じゲノムＤＮＡ配列から最初に転写された選択的ＲＮＡスプライシングを受けたＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子をいう。第１のＲＮＡ転写物が、一般にイントロンの除去のための、スプライシングを受けると、選択的ＲＮＡスプライシングが生じ、その結果として、各々が異なるアミノ酸配列をコードすることができる１以上のｍＲＮＡ分子を産生する。スプライス変種なる用語はまた、上記ｃＤＮＡ分子によりコードされる蛋白をもいう。
【００６８】
「同一性」は、配列を比較することにより決定される、２もしくはそれ以上のポリペプチド配列の間、または２もしくはそれ以上のポリヌクレオチド配列の間の関係を反映する。一般に、同一性は、比較される配列の全長にわたって、２つのポリヌクレオチドまたは２つのポリペプチド配列の、各々、正確なヌクレオチド対ヌクレオチドまたはアミノ酸対アミノ酸の一致をいう。
【００６９】
「％同一性」については、正確な一致がない配列については、「％同一性」が決定される。一般に、比較する２つの配列を、それら配列間で最大の相関性が得られるように並べる。これは、その整列の度合いを高めるために、一方または両方の配列に「ギャップ」を挿入することを含む。％同一性は、同じ長さまたはほとんど同じ長さの配列に特に適している比較する各配列の全長にわたって（いわゆる、グローバルアライメント）、または異なる長さの配列に適している短い限定された長さにわたって（いわゆる、ローカルアライメント）測定してもよい。
【００７０】
「類似性」は、２つのポリペプチド配列間の関係をさらにより高度に測定したものである。一般に、「類似性」は、残基ごとに基づいて、２つのポリペプチド鎖のアミノ酸の間の比較を意味し、比較される配列の各々からの残基の対の間の正確な一致（同一性に関するもの）を考慮するだけでなく、正確な一致がない場合には進化的な根拠に基づいて１の残基が他の残基の可能な代用物であるかをも考慮している。この可能性は関連した「スコア」を有し、それにより２つの配列の「％類似性」を決定することができる。
【００７１】
２つまたはそれ以上の配列の同一性および類似性を比較する方法は当該分野においてよく知られている。例えば、ウィスコンシン・シーケンス・アナリシス・パッケージ・バージョン９．１（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ Ｊ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ， １２， ３８７−３９５， １９８４、アメリカ合衆国ウィスコシンシ州マディソンのジェネティクス・コンピューター・グループ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ）から入手可能）にて利用可能なプログラム、例えば、プログラムＢＥＳＴＦＩＴおよびＧＡＰを用いて２つのポリヌクレオチド間の％同一性ならびに２つのポリペプチド配列間の％同一性および％類似性を決定してもよい。ＢＥＳＴＦＩＴはスミス・アンド・ウォーターマン（Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ）（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ， １４７， １９５−１９７， １９８１， Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈｅｍａｔｉｃｓ， ２， ４８２−４８９， １９８１）の「ローカルホモロジー」アルゴリズムを用い、２つの配列間で最高の類似性を有する１つの領域を見出すものである。ＢＥＳＴＦＩＴは、長さが同様でない２つのポリヌクレオチドまたは２つのポリペプチド配列の比較に適したものであり、該プログラムは、短い配列が長い配列の一部であると仮定するものである。これと比較して、ＧＡＰは２つの配列を並べ、ニードルマン・アンド・ウォンシュ（Ｎｅｄｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ）のアルゴリズム（Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ， ４８， ４４３−４５３， １９７０）に従って「最大類似性」を見出すものである。ＧＡＰはほぼ同じ長さの配列の比較に適したものであり、アライメントは全長にわたると考えられる。好ましくは、各プログラムに使用されるパラメーター「ギャップ・ウエイト」および「レングス・ウエイト」は、ポリヌクレオチド配列では、各々、５０および３であり、ポリペプチド配列では、各々、１２および４である。好ましくは、比較される２つの配列が最適に並べられる場合に、％同一性および類似性を決定する。
【００７２】
配列の間の同一性および／または類似性を決定するための他のプログラム、例えば、ＢＬＡＳＴファミリーのプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ Ｓ Ｆ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ， ２１５， ４０３−４１０， １９９０、Ａｌｔｃｓｈｕｌ Ｓ Ｆ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， ２５： ３８９−３４０２， １９９７、アメリカ合衆国メリーランド州ベセスダのザ・ナショナル・センター・フォー・バイオテクノロジー・インフォメーション（ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）（ＮＣＢＩ）から入手可能であり、ＮＣＢＩのホームページｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを介してアクセス可能）およびＦＡＳＴＡ（Ｐｅａｒｓｏｎ Ｗ Ｒ， Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ， １８３， ６３−９９， １９９０；Ｐｅａｒｓｏｎ Ｗ Ｒ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ Ｄ Ｊ， Ｐｒｏｃ Ｎａｔ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ， ８５， ２４４４−２４４８， １９８８、ウイスコンシン・シーケンス・アナリシス・パッケージの一部として入手可能）も当該分野において知られている。
【００７３】
好ましくは、ポリペプチド配列の比較に、比較する前にヌクレオチド配列を先ずアミノ酸配列に翻訳することを含む、ＢＬＯＳＵＭ６２アミノ酸置換マトリックス（Ｈｅｎｉｋｏｆｆ Ｓ ａｎｄ Ｈｅｎｉｋｏｆｆ Ｊ Ｇ， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８９， １０９１５−１０９１９， １９９２）を使用する。
【００７４】
好ましくは、プログラムＢＥＳＴＦＩＴを用いて、対照ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列に対するクエリーポリヌクレオチドまたはポリペプチドの％同一性を決定する。クエリー配列と対照配列とを最適に並べ、上記したプログラムのパラメーターをデフォールト値にセットする。
【００７５】
「同一性指数」は配列関連性の尺度であり、これを用いて候補配列（ポリヌクレオチドまたはポリペプチド）と対照配列とを比較してもよい。かくして、例えば、対照ポリヌクレオチド配列と比較して同一性指数０．９５を有する候補ポリヌクレオチド配列は、候補ポリヌクレオチド配列が対照配列の各１００個のヌクレオチドにつき平均して５個までの差異を含んでいてもよいこと以外は、対照配列と同一である。かかる差異は少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換（トランジションおよびトランスバージョンを含む）または挿入からなる群から選択される。これらの差異は対照ポリヌクレオチド配列の５’もしくは３’末端位置で生じてもよく、またはこれらの末端位置間のどこにでも生じてよく、対照配列中にのヌクレオチド間に個々に散在してもよく、または対照配列中の１もしくはそれ以上の連続した群にて散剤してもよい。換言すれば、対照ポリヌクレオチド配列と比較して同一性指数０．９５を有するポリヌクレオチド配列を得るには、上記のごとく、対照配列中のヌクレオチド１００個ごとに平均５個までのヌクレオチドの欠失、置換もしくは挿入、またはそれらの組み合わせを行ってもよい。他の同一性指数、例えば０．９６、０．９７、０．９８および０．９９についても必要な変更を加えてこれを適用する。
【００７６】
同様に、対照ポリペプチド配列と比較して、例えば、同一性指数０．９５を有する候補ポリペプチド配列は、ポリペプチド配列が対照配列の各１００個のアミノ酸につき平均して５個までの差異を含んでいてもよいこと以外は、対照配列と同一である。かかる差異は少なくとも１個のアミノ酸の欠失、置換（保存的置換および非保存的置換を含む）または挿入からなる群から選択される。これらの差異は対照ポリペプチド配列のアミノもしくはカルボキシ末端位置で生じてもよく、またはこれらの末端位置間のどこにでも生じてよく、対照配列中のアミノ酸の間に個々に散在してもよく、または対照配列中の１もしくはそれ以上の連続した群として散在してもよい。換言すれば、対照ポリペプチド配列と比較して同一性指数０．９５を有するポリペプチド配列を得るには、上記のごとく、対照配列中のアミノ酸１００個ごとに平均５個までのアミノ酸の欠失、置換もしくは挿入、またはそれらの組み合わせを行ってもよい。他の同一性指数、例えば０．９６、０．９７、０．９８および０．９９についても必要な変更を加えてこれを適用する。
【００７７】
ヌクレオチドまたはアミノ酸の差異の数と同一性指数との間の関係を、下記方程式で表してもよい：
ｎａ＜ｘａ−（ｘａ・Ｉ）
式中：
ｎａはヌクレオチドまたはアミノ酸の差異の数であり、
ｘａは配列表に示される配列のヌクレオチドまたはアミノ酸の総数であり、
Ｉは同一性指数であり、
・は積の演算子の記号であり、
ｘａとＩとの整数でない積は切り捨てにより最も近い整数にして、その数をｘａから差し引く。
【００７８】
「ホモログ」は、対照配列に対する高度な配列関連性を有するポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を示すために当該分野において用いられる一般的用語である。上記にて定義した２つの配列間の同一性および／または類似性の程度を決定することによりかかる関連性を定量化してもよい。「オルソログ」および「パラログ」なる語はこの一般的用語に包含される。「オルソログ」は、別の種のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの機能的等価物であるポリヌクレオチドまたはポリペプチドをいう。「パラログ」は、同じ種中にある機能的に類似するポリヌクレオチドまたはポリペプチドをいう。
【００７９】
「融合蛋白」は、２種の、しばしば関係のない、融合遺伝子またはそのフラグメントによりコードされた蛋白をいう。一例において、ＥＰ−Ａ−０ ４６４ ５３３−Ａには、別のヒト蛋白またはその一部と一緒になった免疫グロブリン分子の定常部の種々の部分を含む融合蛋白が開示されている。多くの場合、融合蛋白の一部分として免疫グロブリンのＦｃ領域を用いることは治療および診断における使用に有利であり、例えば、改善された薬物動態学的特性が得られる（例えば、ＥＰ−Ａ ０ ２３２ ２６２を参照のこと）。他方、いくつかの用途には、融合蛋白を発現、検出および精製した後、Ｆｃ部分を欠失できることが望ましいであろう。
【００８０】
本明細書にて引用した特許および特許出願を包含するがこれらに限定されない全ての刊行物および文献は、個々の刊行物および文献が十分に開示されているかの如く具体的かつ個別的に出典明示により本明細書の一部とすることが明示されているかのように、全体として出典明示により本明細書の一部とする。
本願が優先権を主張している特許出願もまた、刊行物および文献について上記したように、全体として出典明示により本明細書の一部とする。
【００８１】
【表１】
2004500869.tif 000002
【００８２】
【表２】
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【表３】
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【表４】
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【表５】
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【表６】
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【表７】
2004500869.tif 000008
【００８３】
【表８】
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【表９】
2004500869.tif 000010
【表１０】
2004500869.tif 000011
【表１１】
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【表１２】
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【表１３】
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【表１４】
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【表１５】
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【００８４】
表ＩＶ　ＳｙｂｒＭａｎを用いて検出される定量的かつ組織特異的なｍＲＮＡの発現
遺伝子の定量的かつ組織特異的なｍＲＮＡの発現パターンをＳＹＢＲ−Ｇｒｅｅｎ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ＰＣＲ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ， Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡ；Ｓｃｈｍｉｔｔｇｅｎ Ｔ．Ｄ． ｅｔ ａｌ．， Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２８５：１９４−２０４， ２０００を参照のこと）および種々のヒト組織から調製したヒトｃＤＮＡを用いて測定した。各遺伝子に関して配列表に列挙される第１の核酸配列を用いて遺伝子特異的ＰＣＲプライマーを設計した。結果を各組織由来の１ｎｇのｍＲＮＡプールにて検出される各々の特異的遺伝子のｍＲＮＡのコピー数として表す。ｍＲＮＡの２回反復測定値を各々の組織ＲＮＡから求めた。
【表１６】
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【００８５】
表ＩＶ（続き）
各遺伝子の第１のサブセットの表において、同定の遺伝子（ＧＯＩ）ｍＲＮＡの２回反復測定物を種々のヒト組織から測定した（カラム２および３）。２回反復試験の平均ＧＯＩｍＲＮＡコピー数を各組織ＲＮＡから求めた（カラム４）。各組織ＲＮＡから得た１８Ｓ ｒＲＮＡの平均値を測定し（カラム５）、規準化に用いた。１８Ｓ ｒＲＮＡ ５０ｎｇと同量の各組織を調製するために、５０ｎｇを各組織から測定した１８Ｓ ｒＲＮＡの量（カラム５）で割ることにより規準化因子（カラム６）を算出した。各ＧＯＩ規準化因子と平均ｍＲＮＡコピー数とを積算することにより全ＲＮＡ ５０ｎｇ当たりのｍＲＮＡコピー数を得た（カラム７）。
各遺伝子の第２のサブセット表にて示したフォールドチェンジは、正常なカウンターパートを有する疾患組織についてのみ算出した。カウンターパートを有しない全ての試料についてのフォールドチェンジのカラムはブランクになっている。加えて、フォールドチェンジの計算値は、正常な試料に対する疾患試料におけるフォールドチェンジである。したがって、正常な試料の次にはフォールドチェンジの計算値はない。患者適合癌対（大腸、肺および乳房）について、各腫瘍をその特定の正常なカウンターパートと比較する。患者適合正常／疾患対が存在しない場合、各疾患試料を同一の組織タイプの全ての正常試料の平均と比較し直した。例えば、アルツハイマーの脳を提供した同一患者からの正常な脳は適用できない。３つの正常な脳試料および４つのアルツハイマーの脳試料をフォールドチェンジにおいて用いる。３つの正常な試料の平均値を取り、アルツハイマーの試料の各々をその平均値と比較し直した。
略語
ＡＬＺ　 アルツハイマー病
ＣＴ　　ＣＬＯＮＴＥＣＨ （１０２０ Ｅａｓｔ Ｍｅａｄｏｗ Ｃｉｒｃｌｅ Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ， ＣＡ ９４３０３−４２３０， ＵＳＡ）
ＫＣ　　ＧＳＫ研究者が調製した試料
ＣＯＰＤ　慢性閉塞性肺疾患
ｅｎｄｏ　内皮
ＶＥＧＦ　血管内皮成長因子
ｂＦＧＦ　塩基性線維芽細胞成長因子
ＢＭ　　骨髄
ｏｓｔｅｏ 骨芽細胞
ＯＡ　　変形性関節症
ＲＡ　　慢性関節リウマチ
ＰＢＬ　 末梢血リンパ球
ＰＢＭＮＣ 末梢血単核細胞
ＨＩＶ　 ヒト免疫不全ウイルス
ＨＳＶ　 単純ヘルペスウイルス
ＨＰＶ　 ヒトパピローマウイルス
【００８６】
遺伝子名　ｓｂｇ３８９６８６ＷＮＴ１５ａ
脳および樹状細胞において強い発現。脳発現は、グリア細胞の存在によるものである。樹状細胞に加えてＲＡおよびＯＡ滑膜における発現は、これらの疾患におけるこの蛋白に関する役割を示唆している。虚血性および拡張型心臓におけるダウンレギュレーションは、蛋白の置換が治療力があることを示している。
【表１７】
2004500869.tif 000018
【表１８】
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【表１９】
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【表２０】
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【００８７】
遺伝子名　ｓｂｇ２３６０１５ＬＩＰＡＳＥ
好中球および好酸球において強く発現し、免疫系機能を示唆する。さらなる発現がＲＡおよびＯＡ滑膜および１／３ ＯＡ骨試料において見られる。このことは、ＲＡおよびＯＡにおける２３６０１５の関与を示唆している。好中球および好酸球における発現と一緒にした場合に皮膚における高い発現は、皮膚の免疫病理、すなわち、好酸球増加症、乾癬および湿疹に関与する可能性があることを示唆している。好酸球における発現はまた、アレルギー反応への関与を示唆している。好中球における発現は抗感染における役割を示唆している。
【表２１】
2004500869.tif 000022
【表２２】
2004500869.tif 000023
【表２３】
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【表２４】
2004500869.tif 000025
【００８８】
遺伝子名　ｓｂｇ４１７００５ＬＡＭＩＮＩＮ
ＲＡ／ＯＡ試料および喘息の肺（１／４）における発現を裏付けるアデノイド、扁桃腺およびＢ細胞における発現は、これらの疾患への関与を示唆している。アルツハイマー病における過剰発現を伴う脳における強い発現は、ＡＤにおける役割を示している。ＨＳＶ感染細胞におけるダウンレギュレーションは、宿主細胞因子の可能性を示唆している。正常な組織における発現を裏付けない大腸および肺の正常／腫瘍対における発現は、免疫細胞浸潤を示唆している。
【表２５】
2004500869.tif 000026
【表２６】
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【表２７】
2004500869.tif 000028
【表２８】
2004500869.tif 000029
【表２９】
2004500869.tif 000030
【表３０】
2004500869.tif 000031
【００８９】
遺伝子名　ｓｂｇ４２５６４９ＫＩＮＡＳＥａ
好中球および好酸球において強く発現しており、アレルギー反応および抗感染への関与のような免疫系における機能を示唆している。Ｔ細胞においては低発現。２／３ ＯＡ骨試料における発現は、ＯＡにおける役割を示している。直腸および骨格筋において強く発現するが機能は知られていない。
【表３１】
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【表３２】
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【表３３】
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【表３４】
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【００９０】
遺伝子名　ｓｂｇ４１９５８２ＰＲＯＴＯＣＡＤＨＥＲＩＮ
脳特異的発現。アルツハイマー病との相関関係はない。ＲＡおよびＯＡ滑膜において低い発現があるが免疫細胞における発現を裏付けてはいない。心臓疾患においてわずかにアップレギュレートした。肺腫瘍（１／４）および乳房腫瘍（１／４）において過剰発現。
【表３５】
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【表３６】
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【表３７】
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【表３８】
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【００９１】
遺伝子名　ｓｂｇ４５３９１５ＴＥＣＴＯＲＩＮａ
全体的に非常に低い発現。雌性生殖組織における発現はこれらの組織型により分泌されるタンパク質を示唆している。
【表３９】
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【表４０】
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【表４１】
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【表４２】
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【００９２】
遺伝子名　ＳＢｈ３８５６３０．ａｎｔｉｉｎｆｌａｍ
免疫系における役割を示唆するアデノイド、扁桃腺およびＴ細胞におけるある程度の発現。ＧＩ組織における発現は、消化系における役割、およびＩＢＤのようなＧＩ系の疾患における潜在的な役割を示唆している。肺癌および大腸癌における役割を示唆する肺腫瘍（１／４）および大腸腫瘍（１／４）における過剰発現。心肥大と一致する心臓血管疾患における役割を示す虚血性心臓試料および拡張型心臓試料における発現の増加。全脳においては発現するが、視床下部、小脳または皮質には局在化しない。
【表４３】
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【表４４】
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【表４５】
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【表４６】
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【００９３】
遺伝子名　ｓｂｇ４７１００５ｎＡＣｈＲ
免疫細胞において発現し、ＯＡおよびＲＡ滑膜における発現を裏付け、この疾患における役割を示唆する。全脳において高く発現するが、皮質、小脳または視床下部においては存在せず、局在化脳発現を示唆する。
【表４７】
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【表４８】
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【表４９】
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【表５０】
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【００９４】
遺伝子名　ｓｂｇ４４２４４５ＰＲＯａ
Ｂ細胞における強い発現および他の免疫細胞型における発現は免疫系における機能を示している。ＲＡおよびＯＡ試料における発現を裏付けることにより疾患における役割が示される。ＨＩＶに感染した細胞における２倍増は、ＨＩＶ感染におけるマーカーの可能性を示唆している。全脳において発現するが、皮質または小脳においては発現せず、脳における局在化発現を示唆している。
【表５１】
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【表５２】
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【表５３】
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【表５４】
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【００９５】
遺伝子名　ｓｂｇ４５６５４８ＣｙｔｏＲａ
アデノイド／扁桃腺および樹状細胞において強い発現。刺激された骨髄において過剰発現。まとめて、これらのデータは、免疫機能における役割を示唆している。ＧＩ管における発現は、ＩＢＤ、クローン病などのようなＧＩ系の疾患における役割の可能性を示唆している。
【表５５】
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【表５６】
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【表５７】
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【表５８】
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【００９６】
遺伝子名　ｓｂｇ４４２３５８ＰＲＯａ
複数の免疫細胞型ならびに刺激された骨髄および胸腺における発現は、免疫系における機能を示唆している。乳房腫瘍（１／４）において過剰発現。免疫細胞における発現を裏付けるＲＡおよびＯＡにおける発現は、これらの疾患における役割を示唆している。心臓疾患における過剰発現は、ＣＶ疾患における役割を示唆している。ＨＳＶ感染細胞においてダウンレギュレートし、宿主細胞因子の可能性を示唆している。
【表５９】
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【表６０】
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【表６１】
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【表６２】
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【００９７】
【表６３】
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【国際公開パンフレット】
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【国際調査報告】
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