(57)【要約】ポリペプチドをコードする新規のヒト核酸配列が本明細書中に開示される。これらの核酸配列によってコードされるポリペプチド、およびこのポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体、ならびに前述のポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは抗体の誘導体、改変体、変異体あるいはフラグメントも開示される。本発明はさらに、これらの新規のヒト核酸およびタンパク質の任意の１つに関与する障害の診断、処置および予防のための治療方法、診断方法および研究方法を開示する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたポリペプチドであって、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体中のアミノ酸残基の１つ以上は、該成熟形態のアミノ酸配列とは異なり、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列とはアミノ酸残基の１５％以下が異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群より選択されるアミノ酸配列；ならびに
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで該改変体中のアミノ酸残基の１つ以上は、該成熟形態のアミノ酸配列とは異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列とはアミノ酸残基の１５％以下が異なる、改変体、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２】
請求項１に記載のポリペプチドであって、前記ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群より選択されるアミノ酸配列の天然に存在する対立遺伝子改変体のアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項３】
請求項２に記載のポリペプチドであって、ここで、前記対立形質改変体が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９からなる群から選択される核酸配列とは１つのヌクレオチドが異なる核酸配列の翻訳物であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項４】
請求項１に記載のポリペプチドであって、ここで前記改変体のアミノ酸配列が、保存的アミノ酸置換を含む、ポリペプチド。
【請求項５】
単離された核酸分子であって、該核酸分子が、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群から選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体中のアミノ酸残基の１つ以上は、該成熟形態のアミノ酸配列とは異なり、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列とはアミノ酸残基の１５％以下が異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群より選択されるアミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、該改変体中のアミノ酸残基の１つ以上は、該成熟形態中のアミノ酸配列とは異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列とはアミノ酸残基の１５％以下が異なる、改変体；
（ｅ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドまたは該ポリペプチドの改変体の、少なくとも一部をコードする核酸フラグメントであって、ここで、該改変体中のアミノ酸残基の１つ以上は、該成熟形態のアミノ酸配列とは異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列とはアミノ酸残基の１５％以下が異なる、改変体；ならびに
（ｆ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）または（ｅ）の相補体を含む核酸分子からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸配列を含む、核酸分子。
【請求項６】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、前記核酸分子が天然に存在する対立遺伝子核酸改変体のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項７】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、前記核酸分子が、天然に存在するポリペプチド改変体のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
【請求項８】
請求項５に記載の核酸分子であって、前記核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９からなる群より選択される核酸配列と１つのヌクレオチドが異なる核酸分子。
【請求項９】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が以下：
（ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９からなる群より選択されるヌクレオチド配列；
（ｂ）ヌクレオチド配列であって、該ヌクレオチド配列は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９からなる群より選択されるヌクレオチド配列とはヌクレオチドの１つ以上が異なり、ただし、該ヌクレオチドの２０％以下が該ヌクレオチド配列と異なる、ヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）の核酸フラグメント；ならびに
（ｄ）（ｂ）の核酸フラグメント；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１０】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで該核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９からなる群より選択されるヌクレオチド配列、または該ヌクレオチド配列の相補体に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、核酸分子。
【請求項１１】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、以下：
（ａ）前記アミノ酸配列をコードするコード配列とは、ヌクレオチド配列の１つ以上が異なるコード配列を含む第１のヌクレオチド配列であって、ただし、該第１のヌクレオチド配列の該コード配列中のヌクレオチドの２０％以下が、該コード配列とは異なる、ヌクレオチド配列；
（ｂ）該第１のポリヌクレオチドの相補体である単離された第２のポリヌクレオチド；ならびに
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の核酸フラグメント；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１２】
請求項１１に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項１３】
前記核酸分子に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項１２に記載のベクター。
【請求項１４】
請求項１２に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項１５】
請求項１に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する、抗体。
【請求項１６】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
前記抗体がヒト化抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１８】
サンプル中の請求項１に記載のポリペプチドの存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体と接触させる工程；および
（ｃ）該ポリペプチドに結合した抗体の存在または量を決定する工程、
を包含し、それによって該サンプル中のポリペプチドの存在または量を決定する、方法。
【請求項１９】
サンプル中の請求項５に記載の核酸分子の存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該核酸分子に結合するプローブに接触させる工程；および
（ｃ）該核酸分子に結合した該プローブの存在または量を決定する工程、
を包含し、それによって該サンプル中の該核酸分子の存在または量を決定する、方法。
【請求項２０】
前記核酸分子の存在または量が、細胞または組織の型についてのマーカーとして使用される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記細胞または組織の型が癌性である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
請求項１に記載のポリペプチドに結合する因子を同定する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリペプチドを該因子に接触する工程；および
（ｂ）該因子が該ポリペプチドに結合するか否かを決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２３】
前記因子が細胞レセプターまたは下流エフェクターである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
請求項１に記載のポリペプチドの発現または活性を調節する因子を同定するための方法であって、該方法が、以下：
（ａ）該ポリペプチドを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）該細胞を該因子と接触させる工程、および
（ｃ）該因子が該ポリペプチドの発現または活性を調節するか否かを決定する工程、
を包含し、それによって該ペプチドの発現または活性における変化が、該ポリペプチドの発現または活性を調節する該因子を示す、方法。
【請求項２５】
請求項１に記載のポリペプチドの活性を調節するための方法であって、該方法が、請求項１に記載の該ポリペプチドを発現する細胞サンプルを、該ポリペプチドの活性を調節するために十分な量で、該ポリペプチドに結合する化合物と接触させる工程を包含する、方法。
【請求項２６】
ＦＣＴＲＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法が、該処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＦＣＴＲＸ関連障害を処置または予防するのに十分な量で、請求項１に記載のポリペプチドを投与する工程を包含する、方法。
【請求項２７】
前記障害が、糖尿病、肥満に関連した代謝障害、代謝症候群Ｘ、食欲不振、慢性疾患に関連した消耗病、代謝障害、糖尿病、肥満、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪血症からなる群から選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記障害が、脂肪貯蔵、筋量、インスリン分泌、グルコース利用ならびにトリグリセリドおよびコレステロールを含む血清脂質レベルに影響を与える生物のエネルギー代謝に関連する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記被験体がヒトである、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
ＦＣＴＲＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法が、該処置または予防が所望される被験体に、該被験体の該ＦＣＴＲＸ関連障害を処置または予防するのに十分な量で、請求項５に記載の核酸を投与する工程を包含する、方法。
【請求項３１】
前記障害が、糖尿病、肥満に関連した代謝障害、代謝症候群Ｘ、食欲不振、慢性疾患に関連した消耗病、代謝障害、糖尿病、肥満、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪血症からなる群から選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記障害が、脂肪貯蔵、筋量、インスリン分泌、グルコース利用、ならびにトリグリセリドおよびコレステロールを含む血清脂質レベルに影響を与える生物のエネルギー代謝に関連する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記被験体がヒトである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
ＦＣＴＲＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法が、該処置または予防が所望される被験体に、該被験体の該ＦＣＴＲＸ関連障害を処置または予防するのに十分な量で、請求項１５に記載の抗体を投与する工程を包含する、方法。
【請求項３５】
前記障害が、糖尿病、肥満に関連した代謝障害、代謝症候群Ｘ、食欲不振、慢性疾患に関連した消耗病、代謝障害、糖尿病、肥満、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪血症からなる群から選択される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記障害が、脂肪貯蔵、筋量、インスリン分泌、グルコース利用、ならびにトリグリセリドおよびコレステロールを含む血清脂質レベルに影響を与える生物のエネルギー代謝に関連する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記被験体がヒトである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
請求項１に記載のポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３９】
請求項５に記載の核酸分子および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項４０】
請求項１５に記載の抗体および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項４１】
請求項３８に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項４２】
請求項３９に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項４３】
請求項４０に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項４４】
第１の哺乳動物被験体における請求項１に記載のポリペプチドの変化したレベルと関連する疾患の存在または素因を決定するための方法であって、該方法が、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該ポリペプチドの発現レベルを測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）の該サンプル中の該ポリペプチドの量を、該疾患を有さないことが既知であるかまたは該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該ポリペプチドの量と比較する工程、を包含し、
ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の該第１の被験体における該ポリペプチドの発現レベルにおける変化が、該疾患の存在または素因を示す、方法。
【請求項４５】
前記素因が癌に関する素因である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
第１の哺乳動物被験体における請求項５に記載の核酸分子の変化したレベルと関連する疾患の存在または素因を決定するための方法であって、該方法が、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該核酸の量を測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）の該サンプル中の該核酸の量を、該疾患を有さないことが既知であるかまたは該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該核酸の量と比較する工程、
を包含し、
ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の該第１の被験体における該核酸レベルにおける変化が、該疾患の存在または素因を示す、方法。
【請求項４７】
前記素因が癌に関する素因である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
哺乳動物において病理学的状態を処置する方法であって、該方法が、該病理状態を緩和するのに十分な量であるポリペプチドを該哺乳動物に投与する工程を包含し、ここで、該ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０またはそれらの生物学的に活性なフラグメントの少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドに少なくとも９５％同一なアミノ酸配列を有するポリペプチドである、方法。
【請求項４９】
哺乳動物において病理学的状態を処置する方法であって、該方法が、該病理学的状態を緩和するのに十分な量で請求項１５に記載の抗体を該哺乳動物に投与する工程を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、概して、核酸およびそれによってコードされるポリペプチドに関する。より詳細には、本発明は、新規なポリペプチドをコードする核酸、ならびにこれらの核酸およびポリペプチドを産生するためのベクター、宿主細胞、抗体および組換え方法に関する。
【０００２】
（発明の背景）
本発明は、新規なポリペプチドをコードする新規な核酸配列の発見に一部は基づく。本発明において開示されたポリペプチドをコードする核酸、ならびにその誘導体およびフラグメントは、本明細書においてこれ以降は、「ＦＣＴＲＸ」核酸または「ＦＣＴＲＸ」ポリペプチド配列と集合的に称される。
【０００３】
一つの局面において、本発明は、ＦＣＴＲＸポリペプチドをコードする単離されたＦＣＴＲＸ核酸分子を提供する。この核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９に開示される核酸と同一性を有する核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、このＦＣＴＲＸ核酸分子は、ＦＣＴＲＸ核酸配列のタンパク質コード配列を含む核酸分子に対して相補的な核酸配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得る。本発明はまた、ＦＣＴＲＸポリペプチド、またはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体をコードする単離された核酸を含む。例えば、この核酸は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも８０％同一性のポリペプチドをコードし得る。この核酸は、例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のいずれかの核酸配列を含むゲノムＤＮＡフラグメントまたはｃＤＮＡ分子であり得る。
【０００４】
また本発明に含まれるのは、例えば、ＦＣＴＲＸ核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９）の少なくとも６連続するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドまたはこのオリゴヌクレオチドの相補体である。
【０００５】
また本発明に含まれるのは、実質的に精製されたＦＣＴＲＸポリペプチド（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０）である。いくつかの実施形態において、このＦＣＴＲＸポリペプチドは、ヒトＦＣＴＲＸポリペプチドのアミノ酸配列に実質的に同一であるアミノ酸配列を含む。
【０００６】
本発明はまた、ＦＣＴＲＸポリペプチドに免疫選択的に結合する抗体を特徴とする。
【０００７】
別の局面において、本発明は、治療剤および薬学的に受容可能なキャリアの治療上または予防上有効な量を含む薬学的組成物を含む。この治療剤は、例えば、ＦＣＴＲＸ核酸、ＦＣＴＲＸポリペプチド、またはＦＣＴＲＸポリペプチドに特異的な抗体であり得る。さらなる局面において、本発明は、１つ以上の容器中に、この薬学的組成物の治療上または予防上有効な量を含む。
【０００８】
さらなる局面において、本発明は、ＦＣＴＲＸ核酸を含む細胞を、このＤＮＡによってコードされるＦＣＴＲＸポリペプチドの発現を可能にする条件下で培養することにより、このポリペプチドを産生する方法を包含する。所望の場合、次いで、ＦＣＴＲＸポリペプチドが回収され得る。
【０００９】
別の局面において、本発明は、サンプル中のＦＣＴＲＸポリペプチドの存在を検出するための方法を包含する。この方法では、このポリペプチドと化合物との間の複合体の形成を可能にする条件下で、このポリペプチドに選択的に結合する化合物とサンプルを接触させる。この複合体は（存在するならば）検出され、それによってサンプル内のＦＣＴＲＸポリペプチドを同定する。
【００１０】
本発明はまた、ＦＣＴＲＸの発現に基づき特定の細胞または組織型を同定するための方法を包含する。
【００１１】
また、本発明には、ＦＣＴＲＸ核酸プローブまたはプライマーとサンプルを接触させることによって、このサンプル中のＦＣＴＲＸ核酸分子の存在を検出する方法、および核酸プローブまたはプライマーが、このサンプル中のＦＣＴＲＸ核酸分子に結合したか否かを検出する方法が含まれる。
【００１２】
さらなる局面において、本発明は、ＦＣＴＲＸポリペプチドを含む細胞サンプルを、このポリペプチドの活性を調節するのに十分な量で、ＦＣＴＲＸポリペプチドに結合する化合物に接触させることにより、ＦＣＴＲＸポリペプチドの活性を調節するための方法を提供する。この化合物は、本明細書にさらに記載されるように、例えば、低分子（例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質、または他の有機物（炭素含有）、または無機分子）であり得る。
【００１３】
また本発明の範囲内であるのは、例えば、癌、神経変性性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害を含む障害または症候群を処置または予防するための医薬の製造における治療剤の使用である。この治療剤は、例えば、ＦＣＴＲＸ核酸、ＦＣＴＲＸポリペプチド、もしくはＦＣＴＲＸ特異的抗体、またはそれらの生物学的に活性な誘導体もしくはフラグメントであり得る。
【００１４】
本発明はさらに、例えば、癌、神経変性性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害を含む障害または症候群の調節因子（モジュレーター）をスクリーニングするための方法を包含する。この方法は、試験化合物をＦＣＴＲＸポリペプチドと接触させる工程、およびこの試験化合物がこのＦＣＴＲＸポリペプチドに結合するか否かを決定する工程を包含する。ＦＣＴＲＸポリペプチドに対する試験化合物の結合は、この試験化合物が活性の調節因子、または上述の障害もしくは症候群の潜伏もしくは素因の調節因子であることを示す。
【００１５】
また、本発明の範囲内であるのは、試験化合物を前述の障害または症候群の危険性の上昇した試験動物に投与することによって、例えば、癌、神経変性性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害を含む障害または症候群の活性、またはそれらの潜伏または素因の調節因子をスクリーニングするための方法である。この試験動物は、ＦＣＴＲＸ核酸によってコードされる組み換えポリペプチドを発現する。次いで、ＦＣＴＲＸポリペプチドの発現または活性を、コントロール動物（ＦＣＴＲＸポリペプチドを組み換え発現するが、障害または症候群の危険性が増大していない）におけるタンパク質の発現または活性と同様に、試験動物で測定する。次に、試験動物およびコントロール動物の両方におけるＦＣＴＲＸポリペプチドの発現を比較する。コントロール動物に対する試験動物におけるＦＣＴＲＸポリペプチドの活性における変化により、この試験化合物が、障害または症候群の潜伏の調節因子であることが示される。
【００１６】
なお別の局面において、本発明は、被験体（例えば、ヒト被験体）におけるＦＣＴＲＸポリペプチド、ＦＣＴＲＸ核酸またはその両方の変化したレベルに関連する疾患の存在またはこの疾患の素因を検出する方法を包含する。この方法は、被験体由来の試験サンプル中のＦＣＴＲＸポリペプチドの量を測定する工程、およびこの試験サンプル中のこのポリペプチドの量を、コントロールサンプル中に存在するＦＣＴＲＸポリペプチドの量と比較する工程、を包含する。コントロールサンプルに対する試験サンプル中のＦＣＴＲＸポリペプチドのレベルの変化により、この被験体における疾患の存在または素因が示される。好ましくは、素因としては、例えば、癌、神経変性性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害が挙げられる。または本発明の新しいポリペプチドの発現レベルは、種々の癌のスクリーニングのための方法において用いられ得る。
【００１７】
さらなる局面において、本発明は、被験体に対して、ＦＣＴＲＸ核酸、ＦＣＴＲＸポリペプチド、または被験体（例えば、ヒト被験体）に対するＦＣＴＲＸ特異的抗体、またはそれらの生物学的に活性な誘導体もしくはフラグメントを、病理学的状態を緩和または予防するのに十分な量で投与することによって、哺乳動物における障害に関連した病理学的状態を処置または予防する方法を包含する。好ましい実施形態において、この障害としては、例えば、癌、神経変性性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害が挙げられる。
【００１８】
なお別の局面において、本発明は、当該分野で通常使用される多数の技術のいずれか１つによって、本発明の細胞レセプターおよび下流エフェクターを同定する方法において用いられ得る。これらとしては、ツーハイブリッドシステム、アフィニティー精製、抗体または他の特異的に相互作用する分子での同時沈殿が挙げられるがこれらに限定されない。
【００１９】
他に規定しない限り、本明細書中で使用される全ての技術的用語および科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって共通して理解されるのと同じ意味を有する。本明細書中に記載される方法および材料と類似または等価な方法または材料が、本発明の実施または試験において使用され得るが、適切な方法および材料は以下に記載される。本明細書中で言及されるすべての刊行物、特許出願、特許、および他の文献は、その全体が参考として援用される。矛盾する場合には、定義を含む本明細書が優先される（ｃｏｎｔｒｏｌ）。さらに、材料、方法、および実施例は、例示のみであって限定することを意図しない。
【００２０】
本発明の他の特徴および他の利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかとなる。
【００２１】
（発明の詳細な説明）
本発明は、新規なポリペプチドをコードする新規な核酸配列の発見に一部は基づく。この新規な核酸およびそれらのコードするポリペプチドは、ＦＣＴＲ１、ＦＣＴＲ２、ＦＣＴＲ３、ＦＣＴＲ４、ＦＣＴＲ５、ＦＣＴＲ６、ＦＣＴＲ７、ＦＣＴＲ８、ＦＣＴＲ９、ＦＣＴＲ１０、ＦＣＴＲ１１、ＦＣＴＲ１２、ＦＣＴＲ１３、およびＦＣＴＲ１４として、個々に呼ばれる。この核酸およびそのコードするポリペプチドは、本明細書において、集合的に「ＦＣＴＲＸ」と呼ばれる。
【００２２】
本発明の新規なＦＣＴＲＸ核酸は、その配列が表１Ａ、２Ａ、３Ａ、４Ａ、５Ａ、６Ａ、７Ａ、８Ａ、９Ａ、１０Ａ、１１Ａ、１２Ａ、１３Ａおよび１４Ａ（包括的に（「表１Ａ〜１４Ａ」））に提供されている核酸、またはそのフラグメントを含む。本発明はまた、ＦＣＴＲＸ核酸の変異体もしくは改変体（その塩基のいずれかは、ＦＣＴＲＸタンパク質フラグメントの活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードしたままで、表１Ａ〜１４Ａに示される対応する塩基とは変化されているかもしれない）、またはそのような核酸のフラグメントを含む。本発明はさらに、核酸（その配列はちょうど記載されたものに相補的である）を含み、これには相補的核酸フラグメントを含む。本発明はさらに、核酸もしくは核酸フラグメント、またはその相補体（その構造は化学的改変を含む）を含む。このような改変の非限定的な例としては、改変塩基、およびその糖リン酸骨格が改変され誘導体化されている核酸が挙げられる。これらの改変は、少なくとも一部は、改変核酸の化学的安定性を増強するために実行され、その結果、それらは、例えば、被験体における治療適用においてアンチセンス結合核酸として用いられ得る。変異体または改変体核酸、およびそれらの相補体においては、塩基の２０％までまたはそれ以上がそのように変化されていてもよい。
【００２３】
本発明の新規なＦＣＴＲＸタンパク質は、タンパク質フラグメントであって、その配列が表１Ｂ、２Ｂ、３Ｂ、４Ｂ、５Ｂ、６Ｂ、７Ｂ、８Ｂ、９Ｂ、１０Ｂ、１１Ｂ、１２Ｂ、１３Ｂ、および１４Ｂ（包括的に（「表１Ｂ〜１４Ｂ」））に提供されているタンパク質フラグメントを含む。本発明はまた、ＦＣＴＲＸのタンパク質の変異体もしくは改変体（その残基のいずれかは、そのネイティブな活性および生理学的機能を維持するタンパク質をなおコードしたままで、表１Ｂ〜１４Ｂに示される対応する残基とは変化されていてもよい）、またはそれらの機能的なフラグメントを含む。変異体または改変体のＦＣＴＲＸタンパク質においては、残基の２０％までまたはそれ以上がそのように変化されていてもよい。本発明はさらに、本発明のＦＣＴＲＸタンパク質のいずれかに免疫特異的に結合する抗体および抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２）を包含する。
【００２４】
（ＦＣＴＲ１（ＡＬ０３１９４３＿Ａ））
新規なＦＣＴＲ１タンパク質のＣ末端フラグメントをコードする新規なＦＣＴＲ１核酸を表１Ａに示す。「ＴＡＡ」終止コドンを３’末端で示しており、これは、この配列がコード配列であることを示す。終止コドンを太字で示す。この配列は、染色体６に起源する。ＡＴＧ開始コドンは見出されておらず、このことはこのｃＤＮＡが表１Ａに開示された配列の５’に伸びることを示す。
【００２５】
【表１Ａ】
2004500068.tif 000002
コードされたタンパク質のコードされたＣ末端フラグメントは、表１Ｂの一文字コードを用いて示される。開示されたＣ末端フラグメントを含むタンパク質は、細胞外に分泌される可能性が高い。最も可能性のあるシグナルペプチドは、残基１９と２０との間（すなわち、アミノ酸配列ＬＬＧ−ＫＡＬ中のダッシュ記号）で切断される。
【００２６】
【表１Ｂ】
2004500068.tif 000003
配列データベースの検索では、発現された既知の核酸またはタンパク質のいずれに対しても類似性は見出されなかった。染色体６ｐ２４．１−２５．３上のクローンＲＰ１−２２３Ｂ１由来のヒトゲノムフラグメントＨＳ２２３Ｂ１を、表１Ｃに示されるように、ＦＣＴＲ１ヌクレオチド配列と整列させた。推定のイントロンおよびエキソンの情報は、この整列から構築され得る。
【００２７】
【表１Ｃ】
2004500068.tif 000004
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置において潜在的に有用である。
【００２８】
（ＦＣＴＲ２（ＡＬ０７８５９４＿Ａ））
新規のタンパク質Ｃ末端フラグメントをコードする新規の核酸は、表２Ａに示される。開始コドンは、５’末端であり、そして「ＴＡＧ」終止コドンは、３’末端で同定され、この配列がコード配列であることを示した。開始および終止コドンは、太字で示す。この配列は、クローンＲＰ１−２９３Ｌ８中のマップ位置ｑ２２．２〜２２．３３での第６染色体に源を発する。１００％の相同性は、この領域から得られるヒトゲノムクローンＨＳＤＪ２９３Ｌ８（ＹＲＰＷモチーフ２に関連するｈａｉｒｙ／ｅｎｈａｎｃｅｒ−ｏｆ−ｓｐｌｉｔ（心血管基礎らせん−ループ−らせん因子１（ｃａｒｄｉｏｖａｓｃｕｌａｒ　ｂａｓｉｃ　ｈｅｌｉｘ−ｌｏｏｐ−ｈｅｌｉｘ　ｆａｃｔｏｒ　１））に対するＨＥＹ２遺伝子、ＥＳＴ、ＳＴＳ、ＧＳＳおよび４つの推定ＣｐＧ島を含む）に対して示された。ＦＣＴＲ２ヌクレオチド領域１〜２１３、２１４〜３６７、および３６６〜５７０は、それぞれＨＳＤＪ２９３Ｌ８領域４９５０２〜４９７１４、５２７４５〜５２８９８、および５４４３２〜５４６３６に１００％対応する。
【００２９】
【表２Ａ】
2004500068.tif 000005
コードされるＦＣＴＲ２ポリペプチド配列は、表２Ｂにおいて１文字コードを使用して示される。タンパク質は、分泌の強い見込みを有していないようである。シグナルペプチドは、このタンパク質に対して予測されない。重要な一致は、ＦＣＴＲ２ポリペプチドに対するＢＬＡＳＴＰ探索において見出されなかった。
【００３０】
【表２Ｂ】
2004500068.tif 000006
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性疾患、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置において潜在的に有用である。
【００３１】
（ＦＣＴＲ３（ＡＬ０７８５９５＿Ａ）
新規のタンパク質Ｃ末端フラグメントをコードする新規の核酸は、表３Ａに示される。開始コドンは、５’末端であり、そしてＴＧＡ終止コドンは、３’末端で同定され、この配列がコード配列であることを示した。開始および終止コドンは、太字で示す。この配列は、染色体６ｑ１５〜１６．３上のクローンＲＰ３−３９９Ｊ４に源を発する。重要な一致は、ＦＣＴＲ３ヌクレオチド配列に対するＢＬＡＳＴＰ探索において見出されなかった。
【００３２】
【表３Ａ】
2004500068.tif 000007
コードされるタンパク質は、表３Ｂにおいて１文字コードを使用して示される。タンパク質は、細胞外分泌の強い見込みを有している。シグナルペプチドは、残基１６と１７との間（すなわち、アミノ酸配列ＰＬＡ−ＰＰＬにおけるダッシュ）に切断部位を有するこのタンパク質に対して予測される。重要な一致は、ＦＣＴＲ３ポリペプチドに対するＢＬＡＳＴＰ探索において見出されなかった。
【００３３】
【表３Ｂ】
2004500068.tif 000008
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性疾患、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置において潜在的に有用である。
【００３４】
（ＦＣＴＲ４（ＡＬ１０９６２７＿Ａ））
新規のタンパク質Ｃ末端フラグメントをコードする新規の核酸は、表４Ａに示される。開始コドンは、５’末端であり、そしてＴＧＡ終止コドンは、３’末端で同定され、この配列がコード配列であることを示した。この配列は、マッピング位置ｐ３６．１１〜３６．２３でクローンＲＰ４−７３３Ｍ１６由来の第１染色体に源を発する。
【００３５】
【表４Ａ】
2004500068.tif 000009
コードされるタンパク質は、表４Ｂにおいて１文字コードを使用して示される。タンパク質は、細胞質膜中に区分けする強い見込みを有している。シグナルペプチドは、このタンパク質に対して生じることが予測される。
【００３６】
【表４Ｂ】
2004500068.tif 000010
配列データベースの探索において、例えば、核酸配列が、表４Ｃに示されるようにヒトグアニンヌクレオチド交換因子Ｒａｃ−ＧＥＦ　ｃＤＮＡ（ｐａｔｎ：Ｖ９９８２８）（配列番号３６）に対して１７７２個の塩基のうち１１２０個（６３％）の同一を有することが見出された。
【００３７】
【表４Ｃ】
2004500068.tif 000011
2004500068.tif 000012
2004500068.tif 000013
ＦＣＴＲ４は、表４Ｄに示されるように推定グアニンヌクレオチド調節タンパク質ＴＩＭ（配列番号３７；ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｑ１２７７４）に対してより高い相同性さえ有する。ＦＣＴＲ４タンパク質の全長アミノ酸配列は、ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｑ１２７７４由来の推定グアニンヌクレオチド調節タンパク質ＴＩＭ（癌遺伝子ＴＩＭ、Ｐ６０　ＴＩＭ、形質転換不朽化哺乳動物癌遺伝子）に対して５１７個の残基の内２７６個（５３％）の同一性、および５１７残基の内３５５個（６８％）の陽性を有することが見出された。ＴＩＭは、ＮＩＨ／３Ｔ３線維芽細胞において形質転換活性を有する。例えば、Ｃｈａｎら、１９９４．Ｏｎｃｏｇｅｎｅ　９：１０５７−１０６３を参照のこと。２．３ｋｂ　ＴＩＭ　ｃＤＮＡは、Ｄｂｌ−ｈｏｍｏｌｏｇｙ（ＤＨ）ドメインを含むの６０ｋＤの推定タンパク質をコードしていた。例えば、Ｏｎｌｉｎｅ　Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ　Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ　ｉｎ　Ｍａｎデータベース受託番号ＯＭＩＭ６００８８８を参照のこと。ＤＨモチーフは、小ＧＴＰ結合タンパク質の調節因子として影響を及ぼされるいくつかのシグナル形質導入分子によって分配される。ＯＭＩＭ６００８８８を参照のこと。従って、ＴＩＭ我に電子はまた、小ＧＴＰ結合タンパク質の調節を介する細胞骨格構成の制御に関与すると考えられる。例えば、Ｃｈａｎら、１９９４；ＯＭＩＭ６００８８８を参照のこと。
【００３８】
【表４Ｄ】
2004500068.tif 000014
ＡＬ１０９６２７　Ａに対する複数の配列アラインメントは、表４Ｅに与えられ、本発明のＦＣＴＲ４タンパク質は、２行目に示される。ＣｌｕｓｔａｌＷ分析において、本発明のタンパク質を関連するタンパク質配列と比較した。表４Ｅは、公開されているデータベース由来のタンパク質に対するＦＣＴＲ４のＣｌｕｓｔａｌＷアラインメントを描く。ヒト癌遺伝子ｐ６０　ＴＩＭ（配列番号３７；ＧｅｎＢａｎｋ受託番号Ｑ１２７７４）は、１行目であり、ＦＣＴＲ４（配列番号８）は、２行目であり、そして公知でないヒトポリペプチド（配列番号３８；受託番号Ｑ９９４３４）は、３行目である。このアラインメントに基づいて、黒色で囲まれたアミノ酸残基は、交換された配列の領域を示す（すなわち、構造または機能特性を保存することを必要とされ得る領域）；灰色のアミノ酸残基は、タンパク質構造または機能を変更することなく比較可能な立体化学的および／または化学的特性を有する残基に変異され得る（例えば、ＬからＶ、ＩまたはＭ）；強調されていないアミノ酸残基は、構造または機能を変更することなく潜在的にかなり広汎な広さに変異され得る。
【００３９】
【表４Ｅ】
2004500068.tif 000015
これらの分析から、ＦＣＴＲ４　ＡＬ１０９６２７＿Ａ核酸およびタンパク質は、ＴＩＭ癌遺伝子に対して同様であると考えられる。形質転換遺伝子（ＴＩＭを示す）は、Ｄｂｌ−Ｈｏｍｏｌｏｇｙ（ＤＨ）モチーフを含む６０ｋＤの推定タンパク質をコードしていた。このモチーフはまた、小ＧＴＰ結合タンパク質の調節因子として影響を及ぼされるＢｃｒ、Ｃｄｃ２４、Ｖａｖ。Ｒａｓ−ｇｒｆ、およびＥｃｔ２を含む他の成長調節分子において存在する。ＴＩＭ発現プラスミドでトランスフェクトされたＮＩＨ３Ｔ３細胞は、インビトロにおいて成長特性の変化を示し、そしてヌードマウスに注射される場合腫瘍形成性であった。ＴＩＭ遺伝子の６．５キロ塩基対（ｋｂ）転写物は、腎臓、肝臓、脾臓、肺、および胎盤において主に発現されることが見出された。
【００４０】
【表４Ｆ】
2004500068.tif 000016
2004500068.tif 000017
ＦＣＴＲ４は、表４Ｇに示されるドメインに対して高い相同性を有する見出された。
【００４１】
【表４Ｇ】
2004500068.tif 000018
本発明のＡＬ１０９６２７＿Ａ核酸およびタンパク質は、種々の癌、腫瘍および同様の新形成疾患に影響を及ぼす強力な治療適応において有用である。例えば、形質転換され不朽化された哺乳動物癌遺伝子様タンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そして形質転換され不朽化された哺乳動物癌遺伝子様タンパク質は、必要とする被験体に投与する場合、有用であり得る。本発明の形質転換され不朽化された哺乳動物癌遺伝子様タンパクをコードする新規な核酸、本発明の形質転換され不朽化された哺乳動物癌遺伝子様タンパク、またはそのフラグメントは、診断用途においてさらに有用であり得、ここで核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。これらの物質はさらに、治療的または診断的方法において使用するため、本発明の新規の物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において有用である。
【００４２】
（ＦＣＴＲ５（ＡＬ１０９９１３＿Ａ））
新規のＦＣＴＲ５タンパク質のＣ末端フラグメントをコードする新規のＦＣＴＲ５核酸を表５Ａに示す。この配列は、開始コドンを含まない。この配列がコード配列であることを示すＴＡＧ終止コドンが３’末端で同定された。終止コドンを太字で示す。この配列は、染色体Ｘ、クローンＲＰ１１−１８３Ｋ１４を起源とし、そして地図上の位置ｑ２６．３−２７．３で見出される。
【００４３】
【表５Ａ】
2004500068.tif 000019
コードされたタンパク質のコードされたＣ末端フラグメントを、表５Ｂに一文字コードを用いて示す。開示されるＣ末端フラグメントは、細胞外へ分泌される可能性が非常に高い。最もシグナルペプチドらしいものは、残基２８と２９との間（すなわち、アミノ酸配列ＣＤＳ−ＨＤＱ中のダッシュ）で切断される。
【００４４】
【表５Ｂ】
2004500068.tif 000020
配列データベースの調査において、近年開示された核酸またはタンパク質のいずれとも類似性が見出されなかった。
【００４５】
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置の際に大いに有用である。
【００４６】
（ＦＣＴＲ６（ＡＬ１０９９２８＿Ａ））
新規の膜貫通タンパク質をコードする新規の核酸を、表６Ａに示す。これは、地図上の位置ｑ１３．２−１３．３３の染色体２０クローンＲＰ４−５５１Ｄ２において同定された。開始コドンを配列の始めに示し、そしてこの配列がコード配列であることを示すＴＡＧ終止コドンを３’末端で同定した。これらを、表６において太字で示す。
【００４７】
【表６Ａ】
2004500068.tif 000021
コードされたタンパク質を、表６Ｂで一文字コードを用いて示す。このタンパク質は、細胞膜へ分類される可能性が高い。シグナルペプチドの切断は、残基２７と２８との間（すなわち、配列ＩＤＳ−ＶＱＱ中のダッシュ）で起こると予想される。
【００４８】
【表６Ｂ】
2004500068.tif 000022
配列データベースの調査において、例えば、この核酸配列がヒトカドヘリン−１３コード配列（ｐａｔｎ：Ｔ８５４０５）と３８１塩基中の２２５塩基（５９％）が同一性を有することが見出された（表６Ｃ）。
【００４９】
【表６Ｃ】
2004500068.tif 000023
このタンパク質の完全アミノ酸配列は、合計９０６アミノ酸残基を有するヒト神経カドヘリン前駆体（ｎ−カドヘリン）（ＳＷＩＳＳＰＲＯＴ−ＡＣＣ：Ｐ１９０２２）に対して４１３残基中の１５５残基（３７％）が同一性を有し、そして４１３残基中の２３３残基（５６％）がポジティブであることが見出された（表６Ｄ）。
【００５０】
【表６Ｄ】
2004500068.tif 000024
ＦＣＴＲ６　ＡＬ１０９９２８＿Ａについてのマルチ配列アラインメントは、本発明のタンパク質と関連のタンパク質配列とを比較するＣｌｕｓｔａｌＷ分析においてライン４に示される本発明のタンパク質を用いて表６Ｅに与えられる。本発明のタンパク質は、ライン４に示される。
【００５１】
【表６Ｅ】
2004500068.tif 000025
ＦＣＴＲ６ヌクレオチド配列は、１８０８ｂｐヒトカドヘリン様タンパク質ＶＲ２０　ｍＲＮＡ（ＶＲ２０）（ＧｅｎＢａｎｋ　ＡＦ１６９６９０）と同一性（１００％）の２つの領域（ヌクレオチド１３１５−１７５７および１８７５−２３０５）を有する。表６ＦはＦＣＴＲ６とＶＲ２０との部分的なＢｌａｓｔＮアラインメントを示す。
【００５２】
【表６Ｆ】
2004500068.tif 000026
2004500068.tif 000027
表６Ｇは、公開データベースで見出されるＦＣＴＲ６と関連のタンパク質とのＣｌｕｓｔａｌＷアラインメントを示す。ＦＣＴＲ６ポリペプチドはライン５、ヒトＣＡＤ２（配列番号４６）はライン１、ウシＣＡＤ２（配列番号４７）はライン２、マウスＣＡＤ２（配列番号４８）はライン３、そしてニワトリＣＡＤ２（配列番号４９）はライン４に示される。このアラインメントに基き、黒で囲まれたアミノ酸残基は、保存領域（すなわち、構造的または機能的特性を維持するために必要とされ得る領域）を示し；灰色で囲まれたアミノ酸残基は、タンパク質の構造または機能を変化させることなく、匹敵する立体構造的および／または化学的特性を有する残基で変異され得（例えば、ＬからＶ、Ｉ、またはＭ）；強調表示されていないアミノ酸残基は、潜在的に、構造または機能を変化させることなく、より広い範囲で変異され得る。
【００５３】
【表６Ｇ】
2004500068.tif 000028
2004500068.tif 000029
これらの分析から、ＦＣＴＲ６　ＡＬ１０９９２８＿Ａ核酸およびタンパク質は、神経カドヘリンにわずかに類似し、そしてヒトカドヘリン様ＶＲ２０とＦＣＴＲ６の一部は大いに類似することがわかる。カドヘリンは、カルシウム依存性細胞接着タンパク質である。連結している細胞において、これらは同種親和性の様式でこれら自身と優先的に相互作用し；したがって、カドヘリンは、異種細胞型の分類に寄与し得る。Ｎ−カドヘリンは、神経の認識機構に関与し得る。これらはＩ型膜タンパク質である。
【００５４】
最終的に、ＦＣＴＲ６は、表６Ｈで示されるドメインと高い相同性を有することが見出された。
【００５５】
【表６Ｈ】
2004500068.tif 000030
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置の際に大いに有用である。
【００５６】
（ＦＣＴＲ７（ＡＬ１０９９５３＿Ａ））
新規の分泌ＦＣＴＲ７タンパク質をコードする新規のＦＣＴＲ７核酸を、表７Ａ１に示す。この配列は、５’末端の開始コドンを含み、そしてこの配列がコード配列であることを示すＴＧＡ終止コドンは３’末端で同定された。新規の分泌タンパク質をコードする代替の新規のＦＣＴＲ７Ａ核酸を、表７Ａ２に示す。この配列は、５’末端に開始コドン、６１位にフレームシフト、そしてこの配列がコード配列であることを示すＴＡＡ終止コドンを含む。両方の配列の開始コドンおよび終止コドンを太文字で示す。これらの配列は、染色体２０クローンＲＰ４−７４６Ｈ２を起源とする。
【００５７】
【表７Ａ】
2004500068.tif 000031
コードされたＦＣＴＲ７タンパク質を、表７Ｂ１で一文字コードを用いて示す。このＦＣＴＲ７タンパク質は、細胞外へ分泌される可能性は低いが、最もシグナルペプチドらしいものは、残基１７と１８との間（すなわち、配列ＡＳＳ−ＳＳＷ中のダッシュ）で切断される。コードされたＦＣＴＲ７Ａタンパク質を、表７Ｂ２で一文字コードを用いて示す。
【００５８】
【表７Ｂ】
2004500068.tif 000032
配列データベースの調査において、公知の核酸またはタンパク質との類似性が見出されなかった。
【００５９】
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置の際に大いに有用である。
【００６０】
（ＦＣＴＲ８（ＡＬ１１０１１５＿Ａ））
新規の分泌タンパク質をコードする新規の核酸を、表８Ａに示す。この配列は、５’末端の開始コドンを含み、そしてこの配列がコード配列であることを示すＴＡＧ終止コドンは３’末端で同定された。この配列は、染色体２０クローンＲＰ３−３２４Ｏ１７を起源とする。
【００６１】
【表８Ａ】
2004500068.tif 000033
　コードされたタンパク質を、表８Ｂで一文字コードを用いて示す。このタンパク質は、細胞膜へ分類される可能性を中程度有する。最もシグナルペプチドらしいものは、残基４３と４４との間（すなわち、配列ＶＩＳ−ＶＥＣ中のダッシュ）で切断される。
【００６２】
【表８Ｂ】
2004500068.tif 000034
　配列データベースの調査において、ＢＬＡＳＴＮ比較は、（合計４１３塩基中の）１２９塩基中の９１塩基（７０％）が、同定されていないヒト分泌タンパク質と同一であることを明らかにした。アミノ酸レベルで有意な同一性は同定されなかった。
【００６３】
【表８Ｃ】
2004500068.tif 000035
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置の際に大いに有用である。
【００６４】
（ＦＣＴＲ９（ＡＬ１１７３３６＿Ａ））
新規の分泌タンパク質をコードする新規の核酸を、表９Ａに示す。この配列は、５’末端の開始コドンを含み、そして３’末端にこの配列がコード配列であることを示すＴＡＧ終止コドンが同定された。開始コドンおよび終止コドンは太字で示される。この配列は、染色体１０クローンＲＰ１１−３２４Ｉ１７を起源とする。
【００６５】
【表９Ａ】
2004500068.tif 000036
コードされたタンパク質を、表９Ｂで一文字コードを用いて示す。このタンパク質は、細胞膜へ分類される可能性を中程度有する。最もシグナルペプチドらしいものは、残基４３と４４との間（すなわち、アミノ酸配列ＧＣＴ−ＶＫＴ中のダッシュ）で切断される。
【００６６】
【表９Ｂ】
2004500068.tif 000037
　配列データベースの調査において、核酸またはアミノ酸のいずれかのレベルで有意な類似性は見出せなかった。
【００６７】
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置の際に大いに有用である。
【００６８】
（ＦＣＴＲ１０（ＡＬ１１８５０９＿Ａ））
新規の分泌タンパク質をコードする新規の核酸を、表１０Ａに示す。この配列は、５’末端に開始コドンを含み、そして３’末端でこの配列がコード配列であることを示すＴＡＧ終止コドンが同定された。開始コドンおよび終止コドンは太字で示される。この配列は、染色体２０クローンＲＰ４−７７０Ｃ２３を起源とする。
【００６９】
【表１０Ａ】
2004500068.tif 000038
コードされたタンパク質を、表１０Ｂで一文字コードを用いて示す。このタンパク質は、細胞外へ分泌される可能性が非常に高い。最もシグナルペプチドらしいものは、残基２７と２８との間（すなわち、配列ＴＶＧ−ＦＬＤ中のダッシュ）で切断される。
【００７０】
【表１０Ｂ】
2004500068.tif 000039
配列データベースの調査において、ＢＬＡＳＴＮ比較は（表１０Ｃを参照のこと）、染色体６ｑ２３．１−２４．３を起源とする大きなゲノムフラグメントにおいて、１１７塩基中の９０塩基（７６％）が、ＭＡＰ／ＲＥＫキナーゼキナーゼ５（分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ５）に対するＭＥＫＫ５（ＡＳＫ１、ＭＡＰＫＫＫ５）遺伝子、ならびにＥＳＴ、ＧＳＳおよびＣｐＧ島を含むヒトＤＮＡ配列と同一であることを明らかにした。アミノ酸レベルでの有意な類似性は同定されなかった。
【００７１】
【表１０Ｃ】
2004500068.tif 000040
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置の際に大いに有用である。
【００７２】
（ＦＣＴＲ１１（ＡＬ１１８５２２＿Ａ＿ＥＸＴ））
新規のＫ＋チャネル様タンパク質をコードする新規の核酸を表１１Ａに示す。この配列は、開始コドンを５’末端に含み、そしてこの配列がコード配列であることを示すＴＡＡ終止コドンが３’末端同定された。開始コドンおよび終止コドンは、太字で示され、推定３’ＵＴＲには下線が引かれている。この配列は、染色体２０を起源とし、そしてＦＣＴＲ１１　ＡＬ１１８５２２＿ｇｅｎｓｃａｎ＿２＋、ｅｓｔ：ｇｂ＿ＡＡ２８３２０４＋、ｅｓｔ：ｇｂ＿ＡＩ０９１６３１−、ｅｓｔ：ｇｂ＿ＡＩ０９７４５５＋、ｅｓｔ：ｇｂ＿ＡＩ６９０３２１＋、ｅｓｔ：ｇｂ＿ＡＩ７３９０９６、ｅｓｔ：ｇｂ＿ＡＩ９６８６０７＋、およびｅｓｔ：ｇｂ＿ＡＷ０７３１５５＋の８つの配列を用いてコンセンサスエクステンションとして構築した。
【００７３】
【表１１Ａ】
2004500068.tif 000041
コードされたタンパク質を、表１１Ｂで一文字コードを用いて示す。このタンパク質は、細胞膜へ分類される可能性が非常に高い。最もシグナルペプチドらしいものは、残基２３と２４との間（すなわち、配列ＶＧＡ−ＡＶＦ中のダッシュ）で切断される。
【００７４】
【表１１Ｂ】
2004500068.tif 000042
配列データベースの調査において、ＢＬＡＳＴＮ比較（表１１Ｃを参照のこと）は、２５９０塩基の完全なコード配列において、８５４塩基中の６４１塩基（７５％）がヒトｍＲＮＡがコードするＴＷＩＫ関連の酸感受性Ｋ＋チャネル（ＴＡＳＫ）（ＧｅｎＢａｎｋ　ＩＤ：ＡＦ００６８２３）と同一性であることを明らかにした。ＢＬＡＳＴＸ比較において、このタンパク質の完全なアミノ酸配列が、合計４０９アミノ酸残基を有するマウスＣＴＢＡＫ（ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ３５１１１）と、２５８塩基中の１６８塩基（６５％）の同一性を有し、２５８塩基中の２００塩基（７７％）がポジティブであることが見出された（表１１Ｄ）。
【００７５】
（表１１Ｃ．ＦＣＴＲ１１のＴＷＩＫとのＢＬＡＳＴＮ（配列番号５５））
【００７６】
【表１１Ｃ】
2004500068.tif 000043
2004500068.tif 000044
強い相同性が、表１１Ｄに示されるように、ＦＣＴＲ１１と２孔カリウムチャネルＫＴ３．３をコードするヒトｍＲＮＡとの間に見出された。ＦＣＴＲ１１核酸は、Ｌｉｎｅ１上であり、ＫＴ３．３　ｍＲＮＡ（ＧｅｎＢａｎｋ　ｇｉ｜１１６４１２７４｜ｒｅｆ｜｜ＮＭ＿０２２３５８．１　Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ　ｔｗｏ　ｐｏｒｅ　ｐｏｔａｓｓｉｕｍ　ｃｈａｎｎｅｌ　ＫＴ３．３（ＬＯＣ６４１８１）ｍＲＮＡ）は、Ｌｉｎｅ２上であり、そしてＫＴ３．３完全ｍＲＮＡ（ＧｅｎＢａｎｋ　ｇｉ｜１１２２８６８５｜ｇｂ｜ＡＦ２５７０８１．１｜ＡＦ２５７０８１　Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ　ｔｗｏ　ｐｏｒｅ　ｐｏｔａｓｓｉｕｍ　ｃｈａｎｎｅｌ　ＫＴ３．３　ｍＲＮＡ，ｃｏｍｐｌｅｔｅ）は、Ｌｉｎｅ３上である。
【００７７】
（表１１Ｄ．ヒトＫＴ３とのＦＣＴＲ１１ヌクレオチドのＢＬＡＳＴＮ）
【００７８】
【表１１Ｄ】
2004500068.tif 000045
2004500068.tif 000046
2004500068.tif 000047
ＦＣＴＲ１１タンパク質に対するＢｌａｓｔＰ検索はまた、表１１Ｅに示されるように、カリウムチャネルタンパク質ＴＡＳＫおよびＫＴ３．３に対して高い相同性を有するとしてＦＣＴＲ１１を同定した。Ｌｉｎｅ１は、ＦＣＴＲ１１ポリペプチド（配列番号２２）を示し、Ｌｉｎｅ２は、ヒトＴＡＳＫタンパク質（ｇｉ｜１０９４４２７５｜ｅｍｂ｜ＣＡＣ１４０６８．１｜（ＡＬ１１８５２２）ｄＪ７８１Ｂ１．１（Ａ　ｎｏｖｅｌ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ｓｉｍｉｌａｒ　ｔｏ　ｔｈｅ　ａｃｉｄ　ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ　ｐｏｔａｓｓｉｕｍ　ｃｈａｎｎｅｌ　ｐｒｏｔｅｉｎ　ＴＡＳＫ（ＫＣＮＫ３））［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］）（配列番号５８）であり、Ｌｉｎｅ３は、ヒトＫＴ３．３タンパク質（ｇｉ｜１１２２８６８６｜ｇｂ｜ＡＡＧ３３１２７．１｜ＡＦ２５７０８１＿１（ＡＦ２５７０８１）ｔｗｏ　ｐｏｒｅ　ｐｏｔａｓｓｉｕｍ　ｃｈａｎｎｅｌ　ＫＴ３．３［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］）（配列番号５９）であり、そしてＬｉｎｅ４は、モルモットＴＡＳＫ３タンパク質（ｇｉ｜７５４６８３９｜ｇｂ｜ＡＡＦ６３７０６．１｜ＡＦ２１２８２７＿１（ＡＦ２１２８２７）ｐｏｔａｓｓｉｕｍ　ｃｈａｎｎｅｌ　ＴＡＳＫ３［Ｃａｖｉａ　ｐｏｒｃｅｌｌｕｓ］）（配列番号６０）である。
【００７９】
（表１１Ｅ：ＦＣＴＲ１１タンパク質のＢｌａｓｔＰ検索）
【００８０】
【表１１Ｅ】
2004500068.tif 000048
（表１１Ｆ．ＣＴＢＡＫとのＦＣＴＲ１１ヌクレオチドのＢＬＡＳＴＸ）
【００８１】
【表１１Ｆ】
2004500068.tif 000049
カリウムチャネルは、多数の細胞型において膜電位を調節する、遍在複数サブユニット膜タンパク質である。哺乳動物Ｋ＋チャネルの１つのファミリーは、１サブユニット当たりの、４回膜貫通ドメインおよび２Ｐドメインの存在によって特徴付けられ；このファミリーとしては、ＴＡＳＫ、ＴＷＩＫ（ＫＣＮＫ１；ＯＭＩＭ　６０１７４５）およびＴＲＥＫ（ＫＣＮＫ２；ＯＭＩＭ　６０３２１９）が挙げられる。Ｄｕｐｒａｔら、１９９７　ＥＭＢＯ　Ｊ．１６：５４６４−５４７１を参照のこと。ＴＡＳＫと称されるヒトｃＤＮＡは、マウスオルソログ（ｏｒｔｈｏｌｏｇ）に対して８５％の同一性を有する３９４アミノ酸ポリペプチドをコードする。Ｄｕｐｒａｔら、１９９７を参照のこと。この配列は、Ｎ結合グリコシル化のコンセンサス部位、およびＣ末端にリン酸化のコンセンサス部位を含む。ノーザンブロット分析は、ＴＡＳＫが種々のヒト組織において発現され、膵臓および胎盤において最も高いレベルであったことを示した。Ｄｕｐｒａｔら、１９９７を参照のこと。ＴＡＳＫ　ｃＤＮＡの発現は、機能的タンパク質が、Ｋ（＋）選択的であり、瞬間的であり、そして不活性化ではない流れを作ることを明らかにした。ＯＭＩＭ　６０３２２０を参照のこと。これらの流れは、外部Ｋ＋が低かった場合、外側への整流を示したが、活性化および不活性化動力学が存在しないことならびに電圧独立性（いわゆる漏出またはバックグラウンドの伝導性の特徴である）を明らかにした。ＯＭＩＭ　６０３２２０を参照のこと。ＴＡＳＫの流れは、細胞外ｐＨにおける小さな変化に対して非常に感受性であった。これは、ＴＡＳＫが細胞外ｐＨにおける変化に対する細胞応答に役割を有することを示唆する。ＯＭＩＭ　６０３２２０を参照のこと。
【００８２】
最後に、ＦＣＴＲ１１は、表１１Ｇに示されるドメインに対して高い相同性を有することが見出された。
【００８３】
（表１１Ｇ．ＦＣＴＲ１１のＣＤドメイン分析）
【００８４】
【表１１Ｇ】
2004500068.tif 000050
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置において潜在的に有用である。
【００８５】
（ＦＣＴＲ１２（ＡＬ１２１５７４＿Ａ））
新規タンパク質Ｃ末端フラグメントをコードする新規核酸が、表１２Ａに示される。ＴＡＧ終止コドンが３’末端に同定され、これは、この配列が、コード配列であることを示す。この配列は、第６番染色体のクローンＲＰ３−４４１Ａ１２に由来する。
【００８６】
（表１２Ａ．ＦＣＴＲ１２（ＡＬ１２１５７４＿Ａ）ヌクレオチド配列（配列番号２３））
【００８７】
【表１２Ａ】
2004500068.tif 000051
コードされるタンパク質のコードされるＣ末端フラグメントは、表１２Ｂにおいて１文字コードを用いて示される。開示されるＣ末端フラグメントは、血漿膜に分類される可能性が非常に高い。シグナルペプチドに関する切断部位は、検出されなかった。
【００８８】
（表１２Ｂ．コードされるＦＣＴＲ１２タンパク質配列（配列番号２４））
【００８９】
【表１２Ｂ】
2004500068.tif 000052
配列データベースの検索において、既知核酸または既知タンパク質のいずれにも類似性は見出されなかった。
【００９０】
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置において潜在的に有用である。
【００９１】
（ＦＣＴＲ１３（ＡＬ１２１７２３＿Ａ））
新規分泌形態形成タンパク質をコードする新規核酸が、表１３Ａに示される。これは、第２０番染色体クローンＲＰ５−８５４Ｅ１６において同定された。開始コドンは、配列の最初に示され、そしてＴＧＡ終止コドンが３’末端に同定された。これは、この配列がコード配列であることを示す。これらは、図１３Ａに肉太活字で示される。
【００９２】
（表１３Ａ．ＦＣＴＲ１３（ＡＬ１２１７２３＿Ａ）のヌクレオチド配列（配列番号２５））
【００９３】
【表１３Ａ】
2004500068.tif 000053
コードされるタンパク質は、表１３Ｂにおいて１文字コードを用いて示される。このタンパク質は、細胞外に分泌される可能性が非常に高い。シグナルペプチドの切断は、残基２８と残基２９との間（すなわち、配列ＡＨＡ−ＱＥＳ中のダッシュ）に生じると推定される。
【００９４】
（表１３Ｂ．コードされるＦＣＴＲ１３タンパク質配列（配列番号２６））
【００９５】
【表１３Ｂ】
2004500068.tif 000054
配列データベースの検索において、例えば、この核酸配列は、３８８塩基の内の３５６塩基（９１％）がヒトシステインリッチ分泌タンパク質様Ｎ　ｃＤＮＡ（ｐａｔｎ：Ｖ０７９１０）に対して同一であることが、見出された（表１３Ｃ）。このタンパク質の全長アミノ酸配列は、総数２４２アミノ酸残基を有するヒトｄｉｃｋｋｏｐｆ−１（ｄｋｋ−１）に対して、２１８残基の内の１６６残基（７６％）が同一であり、そして２１８残基の内の１８１残基（８３％）が陽性であることが、見出された。このタンパク質（ｓｏｇｇｙ−１タンパク質）は、分泌タンパク質の新規ファミリーの１つのメンバーであり、Ｗｎｔシグナル伝達の強力なインヒビターとして作用して、Ｘｅｎｏｐｕｓ胚発生の間の頭部誘導において機能する。（ＴＲＥＭＢＬＮＥＷ−ＡＣＣ：ＡＡＦ０２６７８）（表１３Ｄ）。
【００９６】
（表１３Ｃ．ＧｅｎＢａｎｋ　Ｖ０７９１０とのＦＣＴＲ１３のＢＬＡＳＴＮ）
【００９７】
【表１３Ｃ】
2004500068.tif 000055
2004500068.tif 000056
　（表１３Ｄ．Ｓｏｇｇｙ−１とのＦＣＴＲ１３のＢＬＡＳＴＸ）
【００９８】
【表１３Ｄ】
2004500068.tif 000057
ＦＣＴＲ１３　ＡＬ１２１７２３＿Ａ　Ａに対する複数配列の整列が、表１３Ｅに提供され、ＣｌｕｓｔａｌＷ分析において本発明のタンパク質を関連タンパク質配列と比較する。ＦＣＴＲ１３ポリペプチドは、Ｌｉｎｅ１に示され、ヒトＳｏｇｇｙ−１タンパク質（ｇｉ｜７６５７５５４｜ｒｅｆ｜ＮＰ＿０５５２３４．１｜ｓｏｇｇｙ−１　ｇｅｎｅ［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］）（配列番号６８）は、Ｌｉｎｅ２に示され、マウスＳｏｇｇｙ−１タンパク質（ｇｉ｜１０６４４５６７｜ｇｂ｜ＡＡＧ２１３４０．１｜ＡＦ２７４３１２＿１（ＡＦ２７４３１２）ｓｏｇｇｙ　ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］）（配列番号６９）は、Ｌｉｎｅ３に示され、そしてマウスＳｏｇｇｙ−１タンパク質（ｇｉ｜１０６４４５６９｜ｇｂ｜ＡＡＧ２１３４１．１｜ＡＦ２７４３１３＿１（ＡＦ２７４３１３）ｓｏｇｇｙ　ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］）（配列番号７０）は、Ｌｉｎｅ４に示される。表１３Ｅは、公共のデータベース由来のタンパク質に対するＦＣＴＲ１３のＣｌｕｓｔａｌＷ整列を示す。この整列に基づいて、黒で輪郭を描いたアミノ酸残基は、保存配列の領域（すなわち、構造特性または機能特性を保存するために必要とされ得る領域）を示し；灰色のアミノ酸残基は、タンパク質構造または機能を変更することなく比較可能な立体特性および／または化学特性を有する残基に変異され得（例えば、ＬからＶ、ＩまたはＭ）；輪郭を描いていないアミノ酸残基は、構造または機能を変更することなくより広い範囲に潜在的に変異され得る。
【００９９】
（表１３Ｅ．ＦＣＴＲ１３のＣｌｕｓｔａｌＷ整列）
【０１００】
【表１３Ｅ】
2004500068.tif 000058
これらの分析から、このＦＣＴＲ１３　ＡＬ１２１７２３＿Ａ　Ａ核酸およびタンパク質は、ヒトｓｏｇｇｙ−１タンパク質と強い類似性を有することが見出された。
【０１０１】
本発明の核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置において潜在的に有用である。
【０１０２】
（ＦＣＴＲ１４（ＡＬ１２１７５６＿Ａ））
新規分泌タンパク質をコードする新規核酸が、表１４Ａに示される。この配列は、５’末端に開始コドンを含み、そしてＴＧＡ終止コドンが、３’末端に同定され、これは、この配列がコード配列であることを示す。開始コドンおよび終止コドンは、太字型で示される。この配列は、第２０番染色体クローンＲＰ４−７２６Ｃ３に由来する。
【０１０３】
（表１４Ａ．ＦＣＴＲ１４（ＡＬ１２１７５６＿Ａ）ヌクレオチド配列（配列番号２７））
【０１０４】
【表１４Ａ】
2004500068.tif 000059
コードされるタンパク質は、表１４Ｂに１文字コードを用いて示される。このタンパク質が血漿膜に分類される可能性は中程度である。最もありそうなシグナルペプチドは、残基１８と残基１９との間で（すなわち、アミノ酸配列ＴＲＡ−ＤＰＧ中のダッシュにおいて）切断される。
【０１０５】
（表１４Ｂ．コードされるＦＣＴＲ１４タンパク質配列（配列番号２８））
【０１０６】
【表１４Ｂ】
2004500068.tif 000060
ＦＣＴＲ１４核酸配列に対する配列データベースのＢＬＡＳＴＮ検索は、第２０番染色体上のクローンＲＰ４−７２６Ｃ３由来のヒトＤＮＡ配列から単離されたヒトゲノムクローンＨＳＤＪ７２６Ｃ３に対する有意な類似性を同定した。ＢＬＡＳＴＸ比較において、全長ＦＣＴＲ１４アミノ酸配列は、総数４０９アミノ酸残基を有するラットポテンシャルリガンド結合タンパク質ＲＹ２Ｇ５（ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ０５７０４）（配列番号７１）に対して、３９１残基のうちの１３０残基（３３％）が同一であり、そして３９１残基のうちの２２９残基（５８％）が陽性であることを見出された。ＢＬＡＳＴＸ整列は、表１４Ｃに示される。
【０１０７】
（表１４Ｃ．ＦＣＴＲ１４のＢＬＡＳＴＸ整列）
【０１０８】
【表１４Ｃ】
2004500068.tif 000061
ＦＣＴＲ１４　ＡＬ１２１７５６＿Ａに対する複数配列の整列は、表１４Ｄに提供され、本発明のタンパク質は、Ｌｉｎｅ３に示され、ＣｌｕｓｔａｌＷ分析において本発明のタンパク質を関連タンパク質配列と比較している。表１４Ｄは、ＦＣＴＲ１３と公共データベース由来のタンパク質とのＣｌｕｓｔａｌＷ整列を示す。整列は、Ｑ０５７０４−ＰＯＴＥＮＴＩＡＬ　ＬＩＧＡＮＤ−ＢＩＮＤＩＮＧ　ＰＲＯＴＥＩＮ　ＲＹ２Ｇ５（ＦＲＡＧＭＥＮＴ）（配列番号７１）およびＱ０５７０１−ＰＯＴＥＮＴＩＡＬ　ＬＩＧＡＮＤ−ＢＩＮＤＩＮＧ　ＰＲＯＴＥＩＮ　ＲＹＡ３（配列番号７２）に対して示される。この整列に基づいて、黒で輪郭を描いたアミノ酸残基は、保存配列の領域（すなわち、構造特性または機能特性を保存するために必要とされ得る領域）を示し；灰色のアミノ酸残基は、タンパク質構造または機能を変更することなく比較可能な立体特性および／または化学特性を有する残基に変異され得（例えば、ＬからＶ、ＩまたはＭ）；輪郭を描いていないアミノ酸残基は、構造または機能を変更することなくより広い範囲に潜在的に変異され得る。
【０１０９】
（表１４Ｄ．ＦＣＴＲ１４（ＡＬ１２１７５６＿Ａ）タンパク質のＣｌｕｓｔａｌＷ整列）
【０１１０】
【表１４Ｄ】
2004500068.tif 000062
最後に、ＦＣＴＲ１４は、表１４Ｄに示されるドメインに対して高い相同性を有することが見出された。
【０１１１】
（表１４Ｄ．ＦＣＴＲ１４のＣＤドメイン分析）
【０１１２】
【表１４Ｅ】
2004500068.tif 000063
本発明のＦＣＴＲ１４核酸およびタンパク質は、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害の処置において潜在的に有用である。
【０１１３】
（ＦＣＴＲＸ核酸およびポリペプチド）
本発明の１つの局面は、ＦＣＴＲＸポリペプチドまたはその生物学的に活性な部分をコードする単離された核酸分子に関する。また、ＦＣＴＲＸコード核酸（例えば、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡ）を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして使用するに十分な核酸フラグメント、およびＦＣＴＲＸ核酸分子の増幅および／または変異のためのＰＣＲプライマーとして使用するためのフラグメントが本発明に含まれる。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ヌクレオチドアナログ、ならびにその誘導体、フラグメントおよびホモログを使用して生成されるＤＮＡまたはＲＮＡのアナログを含むことを意図する。核酸分子は、一本鎖であっても二本鎖であってもよいが、好ましくは、二本鎖ＤＮＡを構成する。
【０１１４】
ＦＣＴＲＸ核酸は、成熟ＦＣＴＲＸポリペプチドをコードし得る。本明細書中に使用される場合、本発明に開示される「成熟」形態のポリペプチドまたはタンパク質は、天然に存在するポリペプチドまたは前駆体形態もしくはプロタンパク質の産物である。天然に存在するポリペプチド、前駆体またはプロタンパク質としては、非限定的な例として、対応する遺伝子によってコードされる全長の遺伝子産物が挙げられる。あるいは、これは、本明細書中に記載されるオープンリーディングフレームによってコードされる、ポリペプチド、前駆体、またはプロタンパク質として定義され得る。産物の「成熟」形態は、再び非限定的な例として、一つ以上の天然に存在するプロセシング工程の結果として生じる。なぜなら、このプロセシング工程は、遺伝子産物を生じる細胞（すなわち、宿主細胞）内で起こり得るからである。「成熟」形態のポリペプチドまたはタンパク質へと導くそのようなプロセシング工程の例としては、オープンリーディングフレームの開始コドンによってコードされるＮ末端メチオニン残基の切断、またはシグナルペプチドもしくはリーダー配列のタンパク質分解切断が挙げられる。従って、残基１〜Ｎ（ここで、残基１は、Ｎ末端メチオニンである）を有する、前駆体ポリペプチドまたは前駆体タンパク質から生じる成熟形態は、Ｎ末端メチオニンの除去後に残存する残基２〜Ｎを有する。あるいは、残基１〜Ｎ（ここで、残基１〜残基ＭのＮ末端シグナル配列が切断される）を有する、前駆体ポリペプチドまたは前駆体タンパク質から生じる成熟形態は、残存する残基Ｍ＋１〜残基Ｎの残基を有する。さらに、本明細書中に使用される場合、「成熟」形態のポリペプチドまたはタンパク質は、タンパク質分解切断事象以外の翻訳後修飾の工程から生じ得る。このようなさらなるプロセスとしては、非限定的な例として、グリコシル化、ミリスチル化またはリン酸化が挙げられる。一般的に、成熟ポリペプチドまたは成熟タンパク質は、これらのプロセスの内の１つのみの作用、またはこれらのいずれかの組み合わせの作用から生じ得る。
【０１１５】
用語「プローブ」とは、本明細書中で使用される場合、種々の長さの核酸配列をいい、好ましくは、特定の用途に依存して、少なくとも約１０ヌクレオチド（ｎｔ）、１００ｎｔ、または例えば、約６，０００ｎｔほどの大きさの間である。プローブは、同一、類似または相補的な核酸配列の検出において使用される。より長いプローブは、通常、天然供給源または組換え供給源から入手され、非常に特異的であり、そして長さの短いオリゴマープローブよりもはるかに遅くハイブリダイズする。プローブは、一本鎖または二本鎖であり得、そしてＰＣＲ、メンブレンベースのハイブリダイゼーション技術またはＥＬＩＳＡのような技術において特異性を有するように設計され得る。
【０１１６】
用語「単離された」核酸分子は、本明細書中で使用される場合、この核酸の天然の供給源中に存在する他の核酸分子から分離されているものである。好ましくは、「単離された」核酸は、この核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡ中でこの核酸に天然に隣接する配列（すなわち、この核酸の５’末端および３’末端に位置する配列）を含まない。例えば、種々の実施形態で、単離されたＦＣＴＲＸ核酸分子は、この核酸が由来する細胞／組織（例えば、脳、心臓、肝臓、脾臓など）のゲノムＤＮＡ中でこの核酸分子に天然で隣接する約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂ、または０．１ｋｂ未満のヌクレオチド配列を含み得る。さらに、「単離された」核酸分子、例えば、ｃＤＮＡ分子は、組換え技術により産生される場合、他の細胞物質も培養培地も実質的に含まないか、または化学的に合成される場合、化学物質前駆体も他の化学物質も実質的に含まないものであり得る。
【０１１７】
本発明の核酸分子、例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のヌクレオチド配列を有する核酸分子、またはこの上述のヌクレオチド配列の相補体は、標準的な分子生物学的技法および本明細書で提供される配列情報を用いて単離され得る。ハイブリダイゼーションプローブとして、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９の核酸配列の全部または一部を使用して、ＦＣＴＲＸ分子は、標準的なハイブリダイゼーションおよびクローニング技術（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（編）、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ　ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ　ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ　ＭＡＮＵＡＬ、第２版、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ、１９８９；およびＡｕｓｕｂｅｌら（編）、ＣＵＲＲＥＮＴ　ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ　ＩＮ　ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ　ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ、ＮＹ、１９９３に記載される）を使用して単離され得る。
【０１１８】
本発明の核酸は、標準的なＰＣＲ増幅技法に従って、テンプレートとしてｃＤＮＡ、ｍＲＮＡあるいはゲノムＤＮＡ、および適切なオリゴヌクレオチドプライマーを用いて増幅され得る。このように増幅された核酸は、適切なベクター中にクローン化され得、そしてＤＮＡ配列分析により特徴付けられ得る。さらに、ＦＣＴＲＸヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドは、標準的な合成技術、例えば、自動化ＤＮＡ合成装置を用いることにより調製され得る。
【０１１９】
本明細書で用いられる用語「オリゴヌクレオチド」は、一連の連結されたヌクレオチド残基をいい、このオリゴヌクレオチドは、ＰＣＲ反応で用いられ得る十分な数のヌクレオチド塩基を有する。短いオリゴヌクレオチド配列は、ゲノム配列もしくはｃＤＮＡ配列に基づき得るか、またはそれらから設計され得、そして特定の細胞もしくは組織において、同一、類似もしくは相補的ＤＮＡまたはＲＮＡを増幅し、確認し、もしくはその存在を示すために用いられる。オリゴヌクレオチドは、約１０ｎｔ、５０ｎｔ、または１００ｎｔの長さ、好ましくは約１５ｎｔ〜３０ｎｔの長さを有する核酸配列の部分を含む。本発明の１つの実施形態では、１００ｎｔより短い長さの核酸分子を含むオリゴヌクレオチドは、さらに、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９の少なくとも６個連続するヌクレオチド、またはその相補体を含む。オリゴヌクレオチドは、化学的に合成され得、そしてプローブとしても用いられ得る。
【０１２０】
別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９に示されるヌクレオチド配列またはこのヌクレオチド配列の一部分の相補体である核酸分子を含む（例えば、プローブもしくはプライマーとして使用され得るフラグメント、またはＦＣＴＲＸポリペプチドの生物学的に活性な部分をコードするフラグメント）。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９に示されるヌクレオチド配列に相補的である核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９に示されるヌクレオチド配列に十分相補的である核酸分子であり、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９に示されるヌクレオチド配列に対しミスマッチがほとんどまたは全くなく水素結合し得、それによって安定な二本鎖を形成する。
【０１２１】
本明細書で用いる用語「相補的」は、核酸分子のヌクレオチド単位間のワトソン−クリックまたはフーグスティーン塩基対形成をいい、一方、用語「結合」は、２つのポリペプチドまたは化合物または関連ポリペプチドまたは化合物またはそれらの組合せ間の物理的または化学的相互作用を意味する。結合は、イオン性相互作用、非イオン性相互作用、ファンデルワールス性相互作用、疎水性相互作用などを含む。物理的相互作用は直接的または間接的のいずれかであり得る。間接的相互作用は、別のポリペプチドまたは化合物を介するか、またはその効果に起因し得る。直接的結合は、別のポリペプチドもしくは化合物を介して、またはその効果に起因して生じないがその代わり他の実質的な化学的中間体を伴わない相互作用をいう。
【０１２２】
本明細書中に提供されるフラグメントは、少なくとも６個の（連続する）核酸配列または少なくとも４個の（連続する）アミノ酸配列（それぞれ、核酸の場合には、特異的なハイブリダイゼーションを可能にし、またはアミノ酸の場合には、エピトープの特異的な認識を可能にするに十分な長さ）として規定され、そして全長配列未満のせいぜいいくらかの部分である。フラグメントは、選択された核酸配列またはアミノ酸配列の任意の連続する部分に由来し得る。誘導体は、直接的にかまたは改変もしくは部分的置換によってかのいずれかでネイティブな化合物から形成される核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、ネイティブな化合物に類似する構造を有する（しかし、同一ではない）が、特定の成分または側鎖に関してそれとは異なる核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、合成物であり得るか、または進化的に異なる起源に由来し得、そして野生型と比較して、類似の代謝活性または反対の代謝活性を有し得る。ホモログは、異なる種に由来する、特定の遺伝子の核酸配列またはアミノ酸配列である。
【０１２３】
誘導体およびアナログは、以下に記載のように、誘導体またはアナログが、修飾された核酸またはアミノ酸を含む場合、全長、または全長以外のものであり得る。本発明の核酸またはタンパク質の誘導体またはアナログは、種々の実施形態において、本発明の核酸もしくはタンパク質に、同一の大きさの核酸またはアミノ酸配列にわたって、または整列した配列と比較する場合（この整列は、当該分野で公知であるコンピューター相同性プログラムによって実施される）、少なくとも約７０％、８０％、または９５％の同一性（好ましい同一性は、８０〜９５％）で実質的に相同であるか、あるいはそのコードする核酸がストリンジェントな条件、中程度にストリンジェントな条件、または低いストリンジェントの条件下で上記のタンパク質をコードする配列の相補体にハイブリダイズし得る、領域を含む分子を包含するが、これらに限定されない。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、ＣＵＲＲＥＮＴ　ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ　ＩＮ　ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ　ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ、ＮＹ、１９９３、および以下を参照のこと。
【０１２４】
「相同な核酸配列」もしくは「相同なアミノ酸配列」、またはその改変体とは、上記で考察したように、ヌクレオチドレベルまたはアミノ酸レベルにおける相同性によって特徴付けられる配列をいう。相同なヌクレオチド配列は、ＦＣＴＲＸポリペプチドのアイソフォームをコードする配列をコードする。アイソフォームは、例えば、ＲＮＡの選択的スプライシングの結果として、同一の生物の異なる組織において発現され得る。あるいは、アイソフォームは、異なる遺伝子によってコードされ得る。本発明において、相同なヌクレオチド配列は、ヒト以外の種（脊椎動物が挙げられるが、これに限定されず、従って、例えば、カエル、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマおよび他の生物が挙げられ得る）のＦＣＴＲＸポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。相同なヌクレオチド配列はまた、天然に存在する対立遺伝子改変体および本明細書に記載されるヌクレオチド配列の変異体が挙げられるが、これらに限定されない。しかし、相同なヌクレオチド配列は、ヒトＦＣＴＲＸタンパク質をコードする正確なヌクレオチド配列を含まない。相同核酸配列は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０における保存的アミノ酸置換（以下を参照のこと）、およびＦＣＴＲＸ生物学的活性を有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む。ＦＣＴＲＸタンパク質の種々の生物学的活性は以下に記載される。
【０１２５】
ＦＣＴＲＸポリペプチドは、ＦＣＴＲＸ核酸のオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）によってコードされる。ＯＲＦは、潜在的にポリペプチドに翻訳され得るヌクレオチド配列に対応する。ＯＲＦを含む核酸のストレッチは、終止コドンにより中断されない。完全タンパク質のコード配列を示すＯＲＦは、ＡＴＧ「開始」コドンで始まり、そして３つの「終止」コドン、すなわち、ＴＡＡ、ＴＡＧ、またはＴＧＡの１つで停止する。本発明の目的には、ＯＲＦは、開始コドン、終止コドン、またはその両方をともなうか、またはそれらのないコード配列の任意の部分であり得る。真正の細胞タンパク質をコードするための良好な候補として考慮されるべきＯＲＦには、最小サイズの要件（例えば、５０アミノ酸またはそれ以上のタンパク質をコードするＤＮＡのストレッチ）がしばしば設定される。
【０１２６】
ヒトＦＣＴＲＸ遺伝子のクローニングから決定されたヌクレオチド配列は、他の細胞型（例えば、他の組織由来）におけるＦＣＴＲＸホモログ、ならびに他の脊椎動物由来のＦＣＴＲＸホモログを同定および／またはクローニングする際の使用のために設計されるプローブおよびプライマーの作製を可能にする。このプローブ／プライマーは、代表的には、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは、代表的に、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９の少なくとも約１２個、約２５個、約５０個、約１００個、約１５０個、約２００個、約２５０個、約３００個、約３５０個または約４００個の連続するセンス鎖ヌクレオチド配列、または配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列に対してストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域、あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９の天然に存在する変異体の領域を含む。
【０１２７】
ヒトＦＣＴＲＸヌクレオチド配列に基づくプローブは、同一または相同なタンパク質をコードする転写物またはゲノム配列を検出するために使用され得る。種々の実施形態において、このプローブはさらに、プローブに付着した標識基を含み、例えば、この標識基は放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であり得る。このようなプローブは、ＦＣＴＲＸタンパク質を不適切に発現（ｍｉｓ−ｅｘｐｒｅｓｓ）する細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として、例えば、被験体由来の細胞のサンプル中のＦＣＴＲＸをコードする核酸のレベルを測定すること（例えば、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡレベルを検出すること、またはゲノムＦＣＴＲＸ遺伝子が変異しているかまたは欠失しているかを決定すること）によって使用され得る。
【０１２８】
「ＦＣＴＲＸポリペプチドの生物学的に活性な部分を有するポリペプチド」は、本発明のポリペプチドの活性に類似するが必ずしも同一ではない活性を示すポリペプチドをいい、用量依存性の有無に関わらず、特定の生物学的アッセイにおいて測定されるような成熟形態を含む。「ＦＣＴＲＸの生物学的に活性な部分」をコードする核酸フラグメントは、ＦＣＴＲＸの生物学的活性（ＦＣＴＲＸタンパク質の生物学的活性は、以下に記載される）を有するポリペプチドをコードする、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９の一部を単離し、ＦＣＴＲＸタンパク質のコードされた部分を発現させ（例えば、インビトロでの組換え発現によって）、そしてＦＣＴＲＸのコードされた部分の活性を評価することによって調製され得る。
【０１２９】
（ＦＣＴＲＸ核酸およびポリペプチド改変体）
本発明はさらに、遺伝暗号の縮重に起因して、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９に示されるＦＣＴＲＸヌクレオチド配列とは異なる核酸分子を包含する。それにより、これらの核酸は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９に示されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同じＦＣＴＲＸタンパク質をコードし得る。別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に示されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。
【０１３０】
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９に示されるヒトＦＣＴＲＸヌクレオチド配列に加えて、ＦＣＴＲＸポリペプチドのアミノ酸配列における変化を導くＤＮＡ配列多型は、集団（例えば、ヒト集団）内に存在し得ることが、当業者によって理解される。ＦＣＴＲＸ遺伝子中のこのような遺伝的多型は、天然の対立遺伝子のバリエーションに起因して、集団内の個体間に存在し得る。本明細書中で使用される場合、用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」は、ＦＣＴＲＸタンパク質、好ましくは脊椎動物のＦＣＴＲＸタンパク質をコードするオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含む核酸分子をいう。このような天然の対立遺伝子のバリエーションは、代表的には、ＦＣＴＲＸ遺伝子のヌクレオチド配列において１〜５％の変動性を生じ得る。天然の対立遺伝子バリエーションの結果であり、そしてＦＣＴＲＸポリペプチドの機能的活性を変化させない、ＦＣＴＲＸポリペプチド内の任意および全てのこのようなヌクレオチドのバリエーションならびに得られるアミノ酸多型は、本発明の範囲内であると意図される。
【０１３１】
さらに、他の種由来のＦＣＴＲＸタンパク質をコードし、従って、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のヒト配列とは異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子は、本発明の範囲内にあることが意図される。本発明のＦＣＴＲＸのｃＤＮＡの天然の対立遺伝子改変体およびホモログに対応する核酸分子は、本明細書中に開示されるヒトＦＣＴＲＸ核酸に対するその相同性に基づいて、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、標準的なハイブリダイゼーション技術に従うハイブリダイゼーションプローブとしてヒトｃＤＮＡまたはその一部を用いて単離され得る。
【０１３２】
従って、別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも６ヌクレオチド長であり、そしてストリンジェントな条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズする。別の実施形態では、この核酸は、少なくとも１０、２５、５０、１００、２５０、５００、７５０、１０００、１５００、もしくは２０００、またはそれより長いヌクレオチド長である。なお別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、コード領域にハイブリダイズする。本明細書中で用いられる場合、用語「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄に関して、互いに少なくとも６０％相同なヌクレオチド配列が、代表的に、互いにハイブリダイズしたまま残存する条件を記載することを意図する。
【０１３３】
ホモログ（すなわち、ヒト以外の種由来のＦＣＴＲＸタンパク質をコードする核酸）または他の関連配列（例えば、パラログ（ｐａｒａｌｏｇｓ））は、特定のヒト配列の全てまたは一部をプローブとし、核酸ハイブリダイゼーションおよびクローニングに関して当該分野で周知の方法を使用して、低いストリンジェンシー、中程度のストリンジェンシー、または高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションによって獲得され得る。
【０１３４】
本明細書で用いられる場合、語句「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、その条件下で、プローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチドが、その標的配列にハイブリダイズするが、その他の配列にはハイブリダイズしない条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、そして異なる状況で異なる。より長い配列は、より短い配列より高い温度で特異的にハイブリダイズする。一般に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨで、特定の配列の熱融解点（Ｔｍ）より約５℃低いように選択される。このＴｍは、標的配列に相補的なプローブの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする（規定されたイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度下）温度である。標的配列は一般に過剰で存在するので、Ｔｍでは、５０％のプローブが平衡状態で占有されている。代表的には、ストリンジェントな条件は、ｐＨ７．０〜８．３で、塩濃度が約１．０Ｍナトリウムイオンより少なく、代表的には約０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン（またはその他の塩）、そして温度が短いプローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチド（例えば、１０ｎｔ〜５０ｎｔ）について少なくとも約３０℃、そしてより長いプローブ、プライマーおよびオリゴヌクレオチドについて少なくとも約６０℃であるような条件である。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドのような、脱安定化剤の添加で達成され得る。
【０１３５】
ストリンジェントな条件は、当業者に公知であり、そしてＡｕｓｕｂｅｌら（編）、Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６に見出され得る。好ましくは、これらの条件は、互いに少なくとも約６５％、約７０％、約７５％、約８５％、約９０％、約９５％、約９８％または約９９％相同な配列が、代表的には互いにハイブリダイズしたままであるような条件である。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、６×ＳＳＣ、５０ｍＭ　Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、１ｍＭ　ＥＤＴＡ、０．０２％　ＰＶＰ、０．０２％　Ｆｉｃｏｌｌ、０．０２％　ＢＳＡ、および５００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡを含む高塩緩衝液中での６５℃でのハイブリダイゼーションである。このハイブリダイゼーションに、０．２×ＳＳＣ、０．０１％　ＢＳＡ中での５０℃での１回以上の洗浄が続く。ストリンジェントな条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９の配列にハイブリダイズする、本発明の単離された核酸分子は、天然に存在する核酸分子に対応する。本明細書中で使用される場合、「天然に存在する」核酸分子とは、天然に存在する（例えば、天然のタンパク質をコードする）ヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子をいう。
【０１３６】
第２の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のヌクレオチド配列またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体を含む核酸分子に、中程度のストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸配列が提供される。中程度のストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、５５℃での６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％　ＳＤＳおよび１００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡ中でのハイブリダイゼーション、続いて１×ＳＳＣ、０．１％　ＳＤＳ中での３７℃での１回以上の洗浄である。用いられ得る中程度のストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ，ＮＹおよびＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０，Ｇｅｎｅ　Ｔｒａｎｓｆｅｒ　ａｎｄ　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ　Ｐｒｅｓｓ，ＮＹを参照のこと。
【０１３７】
第３の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のヌクレオチド配列、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体を含む核酸分子に、低ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸が提供される。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、３５％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０　ｍＭ　Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、５ｍＭ　ＥＤＴＡ、０．０２％　ＰＶＰ、０．０２％　Ｆｉｃｏｌｌ、０．２％　ＢＳＡ、１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、１０％（重量／容量）デキストラン硫酸中での４０℃でのハイブリダイゼーション、続いて２×ＳＳＣ、２５ｍＭ　Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．４）、５ｍＭ　ＥＤＴＡおよび０．１％　ＳＤＳ中での５０℃での１回以上の洗浄である。用いられ得る低ストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である（例えば、種交差ハイブリダイゼーションについて用いられるように）。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ，ＮＹならびにＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０，Ｇｅｎｅ　Ｔｒａｎｓｆｅｒ　ａｎｄ　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ　Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ；ＳｈｉｌｏおよびＷｅｉｎｂｅｒｇ，１９８１，Ｐｒｏｃ　Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ　Ｓｃｉ　ＵＳＡ　７８：６７８９−６７９２を参照のこと。
【０１３８】
（保存的変異）
集団中に存在し得る、ＦＣＴＲＸ配列の天然に存在する対立遺伝子改変体に加えて、当業者は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のヌクレオチド配列への変異によって変化が導入され得、それによって、ＦＣＴＲＸタンパク質の機能的能力を変更することなく、そのコードされるＦＣＴＲＸタンパク質のアミノ酸配列に変化がもたらされることをさらに理解する。例えば、「非必須」アミノ酸残基にてアミノ酸置換をもたらすヌクレオチド置換は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０の配列において行われ得る。「非必須」アミノ酸残基は、生物学的活性を変更することなく、ＦＣＴＲＸタンパク質の野生型配列から変更され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、生物学的活性に必要とされる。例えば、本発明のＦＣＴＲＸタンパク質の間で保存されているアミノ酸残基は、特に変更を受け入れ難いと予測される。保存的置換がなされ得るアミノ酸は、当該分野で周知である。
【０１３９】
本発明の別の局面は、活性に必須ではないアミノ酸残基における変化を含む、ＦＣＴＲＸタンパク質をコードする核酸分子に関する。このようなＦＣＴＲＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０とはアミノ酸配列で異なるが、生物学的活性をなお保持する。１つの実施形態では、この単離された核酸分子は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、ここで、このタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０のアミノ酸配列に少なくとも約４５％の相同性であるアミノ酸配列を含む。好ましくは、この核酸分子によってコードされるタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に少なくとも約６０％相同性であり、より好ましくは配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に少なくとも約７０％相同性であり；なおより好ましくは配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に少なくとも約８０％相同性であり；さらにより好ましくは配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に少なくとも約９０％相同性であり；そして最も好ましくは配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に少なくとも約９５相同性である。
【０１４０】
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０のタンパク質に相同なＦＣＴＲＸポリペプチドをコードする単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のヌクレオチド配列に１以上のヌクレオチド置換、付加または欠失を導入することにより作製され得、その結果、１以上のアミノ酸の置換、付加または欠失が、そのコードされるタンパク質に導入される。
【０１４１】
変異は、標準技術（例えば、部位特異的変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発）によって配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に導入され得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換が、１以上の推定非必須アミノ酸残基にて作製される。「保存的アミノ酸置換」は、そのアミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換される、アミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該分野で定義されている。これらのファミリーとしては、以下が挙げられる：塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アルパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）。従って、ＦＣＴＲＸタンパク質中の推定された非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖のファミリー由来の別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態では、変異は、ＦＣＴＲＸコード配列の全てまたは一部に沿って（例えば、飽和変異誘発（ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ　ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）によって）ランダムに導入され得、そして得られる変異体を、ＦＣＴＲＸの生物学的活性についてスクリーニングして、活性を維持する変異体を同定し得る。配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０の変異誘発に続いて、そのコードされるタンパク質が、当該分野で公知の任意の組換え技術によって発現され得、そしてこのタンパク質の活性が決定され得る。
【０１４２】
アミノ酸ファミリーの関連性はまた、側鎖の相互作用に基づいて決定され得る。置換されたアミノ酸は、完全に保存された「強い」残基であり得るか、または完全に保存された「弱い」残基であり得る。「強い」グループの保存的アミノ酸残基は、ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷのグループのうちの任意の１つであり得、ここで、これらの一文字アミノ酸コードは、互いに置換され得るアミノ酸によってグループ化されている。同様に、「弱い」グループの保存的残基は、ＣＳＡ、ＡＴＶ、ＳＡＧ、ＳＴＮＫ、ＳＴＰＡ、ＳＧＮＤ、ＳＮＤＥＱＫ、ＮＤＥＱＨＫ、ＮＥＱＨＲＫ、ＶＬＩＭ、ＨＦＹのうちの任意の１つであり得、ここで、各グループのこれらの文字は、一文字アミノ酸コードを表す。
【０１４３】
１つの実施形態では、変異ＦＣＴＲＸタンパク質は、以下についてアッセイされ得る：（ｉ）他のＦＣＴＲＸタンパク質、他の細胞表面タンパク質、または生物学的に活性なそれらの部分と、タンパク質：タンパク質相互作用を形成する能力、（ｉｉ）変異ＦＣＴＲＸタンパク質とＦＣＴＲＸリガンドとの間の複合体形成；（ｉｉｉ）変異ＦＣＴＲＸタンパク質が細胞内標的タンパク質またはその生物学的に活性な部分に結合する能力；（例えば、アビジンタンパク質）。
【０１４４】
なお別の実施形態において、変異ＦＣＴＲＸタンパク質は、特定の生物学的機能を調節する能力（例えば、インスリン放出の調節）についてアッセイされ得る。
【０１４５】
（アンチセンス核酸）
本発明の別の局面は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のヌクレオチド配列またはそのフラグメント、アナログもしくは誘導体を含む核酸分子に、ハイブリダイズし得るかまたは相補的である単離されたアンチセンス核酸分子に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的であるヌクレオチド配列（例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード配列に相補的であるか、またはｍＲＮＡ配列に相補的であるヌクレオチド配列）を含む。特定の局面では、ＦＣＴＲＸコード鎖の少なくとも約１０、２５、５０、１００、２５０もしくは５００ヌクレオチドまたはＦＣＴＲＸコード鎖全体に相補的かまたはその一部分にのみ相補的な配列を含む、アンチセンス核酸分子が提供される。配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０のＦＣＴＲＸタンパク質のフラグメント、ホモログ、誘導体およびアナログをコードする核酸分子；または配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のＦＣＴＲＸ核酸配列に相補的なアンチセンス核酸が、さらに提供される。
【０１４６】
１つの実施形態では、アンチセンス核酸分子は、ＦＣＴＲＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「コード領域」に対するアンチセンスである。用語「コード領域」は、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含むヌクレオチド配列の領域をいう。別の実施形態では、このアンチセンス核酸分子は、ＦＣＴＲＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対するアンチセンスである。用語「非コード領域」は、アミノ酸に翻訳されない、コード領域に隣接する５’および３’配列をいう（すなわち、５’および３’非翻訳領域ともいう）。
【０１４７】
本明細書に開示されるＦＣＴＲＸタンパク質をコードするコード鎖配列を考慮して、本発明のアンチセンス核酸は、ＷａｔｓｏｎおよびＣｒｉｃｋまたはＨｏｏｇｓｔｅｅｎ塩基対合の規則に従って設計され得る。このアンチセンス核酸分子は、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡのコード領域全体に相補的であり得るが、より好ましくは、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部分に対してのみアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、このアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡの翻訳開始部位の周辺領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さが約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０ヌクレオチドであり得る。本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を用いる化学的合成または酵素的連結反応を用いて構築され得る。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチドまたは分子の生物学的安定性を増大するためにかもしくはアンチセンス核酸とセンス核酸との間に形成される二本鎖の物理的安定性を増大するために設計された種々に改変されたヌクレオチド（例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換されたヌクレオチドが用いられ得る）を用いて、化学的に合成され得る。
【０１４８】
アンチセンス核酸を生成するために用いられ得る改変されたヌクレオチドの例は：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルケオシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルケオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ヴィブトキソシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、プソイドウラシル、ケオシン（ｑｕｅｏｓｉｎｅ）、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、および２，６−ジアミノプリンを含む。あるいは、このアンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス方向にサブクローン化された発現ベクターを用いて生物学的に産生され得る（すなわち、挿入された核酸から転写されたＲＮＡは、以下のサブセクションでさらに記載されるように、目的の標的核酸に対してアンチセンス配向である）。
【０１４９】
代表的には、本発明のアンチセンス核酸分子は、これらがＦＣＴＲＸタンパク質をコードする細胞ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするかまたはそれらに結合するように、被験体に投与されるかまたはインサイチュで生成され、それによって、タンパク質の発現を阻害する（例えば、転写および／または翻訳を阻害することによって）。このハイブリダイゼーションは、安定な二本鎖を形成する従来のヌクレオチド相補性によるものであり得るか、または、例えば、ＤＮＡ二重鎖に結合するアンチセンス核酸分子の場合、二重らせんの主溝における特異的相互作用を介するものであり得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例は、組織部位における直接注入を含む。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的化するように改変され、次いで全身的に投与され得る。例えば、全身投与のためには、アンチセンス分子は、それらが選択された細胞表面上に発現されたレセプターまたは抗原に特異的に結合するように改変され得る（例えば、このアンチセンス核酸分子を、細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に連結することによる）。このアンチセンス核酸分子はまた、本明細書に記載のベクターを用いて細胞に送達され得る。十分な核酸分子を達成するために、アンチセンス核酸分子が強力なｐｏｌ　ＩＩまたはｐｏｌ　ＩＩＩプロモーターの制御下に配置されるベクター構築物が好適である。
【０１５０】
なお別の実施形態では、本発明のアンチセンス核酸分子は、αアノマー核酸分子である。αアノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成し、ここでは、通常のβユニットとは反対に、これらの鎖は、互いに平行に並列する。例えば、Ｇａｕｌｔｉｅｒら、（１９８７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１を参照のこと。このアンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（例えば、Ｉｎｏｕｅら（１９８７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．１５：６１３１−６１４８を参照のこと）、またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（例えば、Ｉｎｏｕｅら、（１９８７）ＦＥＢＳ　Ｌｅｔｔ．２１５：３２７−３３０を参照のこと）を含み得る。
【０１５１】
（リボザイムおよびＰＮＡ成分）
核酸改変としては、非制限的な例として、改変された塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化されている核酸が挙げられる。これらの改変は、改変された核酸の化学的安定性を増大するために少なくとも一部分で実施され、その結果、これらは、例えば、被験体の治療的適用におけるアンチセンス結合性核酸として用いられ得る。
【０１５２】
１つの実施形態において、本発明のアンチセンス核酸はリボザイムである。リボザイムは、それらに対してリボザイムが相補的領域を有する一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ）を切断し得るリボヌクレアーゼ活性をもつ触媒的ＲＮＡ分子である。従って、リボザイム（例えば、ハンマーヘッドリボザイム（ＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ　３３４：５８５−５９１に記載されている））は、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断し、それによってＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡの翻訳を阻害するために用いられ得る。ＦＣＴＲＸコード核酸に特異性を有するリボザイムは、本明細書に開示のＦＣＴＲＸ　ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（すなわち、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７または２９）に基づいて設計され得る。例えば、その活性部位のヌクレオチド配列が、ＦＣＴＲＸコードｍＲＮＡにおいて切断されるヌクレオチド配列に相補的である、Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ　Ｌ−１９　ＩＶＳ　ＲＮＡの誘導体が構築され得る。例えば、Ｃｅｃｈらに対する米国特許第４，９８７，０７１号およびＣｅｃｈらに対する米国特許第５，１１６，７４２号を参照のこと。あるいは、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡは、ＲＮＡ分子のプールから特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒的ＲＮＡを選択するために用いられ得る。例えば、Ｂａｒｔｅｌら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２６１：１４１１−１４１８を参照のこと。
【０１５３】
あるいは、ＦＣＴＲＸ遺伝子発現は、ＦＣＴＲＸ核酸の調節領域（例えば、ＦＣＴＲＸプロモーターおよび／またはエンハンサー）に相補的であるヌクレオチド配列を標的化し、標的細胞中のＦＣＴＲＸ遺伝子の転写を妨害する三重らせん構造を形成することによって阻害され得る。例えば、Ｈｅｌｅｎｅ、１９９１、Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ　Ｄｒｕｇ　Ｄｅｓ．６：５６９−８４；Ｈｅｌｅｎｅら、１９９２、Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；およびＭａｈｅｒ、１９９２、Ｂｉｏａｓｓａｙｓ　１４：８０７−１５を参照のこと。
【０１５４】
種々の実施形態において、ＦＣＴＲＸの核酸は、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格で改変され、例えば、その分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは溶解度を改善し得る。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を改変して、ペプチド核酸を生成し得る（例えば、Ｈｙｒｕｐら（１９９６）Ｂｉｏｏｒｇ　Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４：５〜２３を参照のこと）。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」は、デオキシリボースリン酸骨格が偽ペプチド骨格によって置換され、そして４つの天然の核塩基（ｎｕｃｌｅｏｂａｓｅ）のみが保持されている核酸模倣物（例えば、ＤＮＡ模倣物）をいう。ＰＮＡの中性の骨格は、低いイオン強度の条件下でＤＮＡおよびＲＮＡに対する特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、上記のＨｙｒｕｐら（１９９６）上記；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら（１９９６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　９３：１４６７０〜１４６７５において記載されるような標準的固相ペプチド合成プロトコルを用いて行われ得る。
【０１５５】
ＦＣＴＲＸのＰＮＡは、治療的適用および診断的適用において使用され得る。例えば、ＰＮＡは、例えば転写もしくは翻訳の停止を誘導することまたは複製を阻害することによる、遺伝子発現の配列特異的調節のためのアンチセンスまたは抗遺伝子因子として使用され得る。ＦＣＴＲＸのＰＮＡはまた、例えばＰＮＡ指向性ＰＣＲクランピングによる遺伝子における一塩基対変異の分析において；他の酵素（例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ）と組み合わせて使用される場合の人工制限酵素として（Ｈｙｒｕｐ（１９９６）上記を参照のこと）；またはＤＮＡ配列およびハイブリダイゼーションのプローブもしくはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐら（１９９６）上記；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅ（１９９６）、上記を参照のこと）、使用され得る。
【０１５６】
別の実施形態において、ＦＣＴＲＸのＰＮＡは、例えば、それらの安定性または細胞性取り込みを増強するために、ＰＮＡに親油性基または他のヘルパー基を結合することによって、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの形成によって、またはリポソームもしくは当該分野において公知の薬物送達の他の技術の使用によって改変され得る。例えば、ＰＮＡおよびＤＮＡの有利な特性を組合せ得る、ＦＣＴＲＸのＰＮＡ−ＤＮＡキメラが生成され得る。ＰＮＡ部分が高い結合親和性および特異性を提供する一方で、そのようなキメラは、ＤＮＡ認識酵素（例えば、ＲＮａｓｅ　ＨおよびＤＮＡポリメラーゼ）がＤＮＡ部分と相互作用するのを可能にする。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基のスタッキング、核塩基間の結合数および方向を考慮して選択される適切な長さのリンカーを使用して連結され得る（Ｈｙｒｕｐ（１９９６）上記を参照のこと）。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Ｈｙｒｕｐ（１９９６）上記およびＦｉｎｎら、１９９６、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．２４：３３５７〜３３６３において記載されるように行われ得る。例えば、ＤＮＡ鎖は、標準的なホスホルアミダイトカップリング化学を用いて固体支持体上で合成され得、そして改変されたヌクレオシドアナログ（例えば、５’−（４−メトキシトリチル）アミノ−５’−デオキシ−チミジンホスホルアミダイト）が、ＰＮＡとＤＮＡの５’末端との間に使用され得る（例えば、Ｍａｇら（１９８９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ　Ｒｅｓ．１７：５９７３〜５９８８を参照のこと）。次いで、ＰＮＡモノマーが段階様式でカップリングされ、５’ＰＮＡセグメントおよび３’ＤＮＡセグメントを有するキメラ分子を生成する（例えば、Ｆｉｎｎら（１９９６）上記を参照のこと）。あるいは、５’ＤＮＡセグメントおよび３’ＰＮＡセグメントを用いて、キメラ分子が合成され得る。例えば、Ｐｅｔｅｒｓｅｎら（１９７５）Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．５：１１１９〜１１１２４を参照のこと。
【０１５７】
他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、以下のような他の付属の基を含み得る：ペプチド（例えば、インビボで宿主細胞レセプターを標的化するため）、または細胞膜を横切る輸送を容易にする因子（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８６：６５５３〜６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら、１９８７、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：６４８〜６５２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０を参照のこと）、または血液脳関門（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４を参照のこと）。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発切断剤（例えば、Ｋｒｏｌら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ　６：９５８〜９７６を参照のこと）、またはインターカレーター剤（例えば、Ｚｏｎ，１９８８、Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９〜５４９を参照のこと）で改変され得る。この目的のために、オリゴヌクレオチドは、別の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発切断剤など）に結合され得る。
【０１５８】
（ＦＣＴＲＸポリペプチド）
本発明のＦＣＴＲＸポリペプチドは、その配列が配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に提供されるＦＣＴＲＸポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。本発明はまた、なおそのＦＣＴＲＸ活性および生理学的機能を維持するタンパク質、またはその機能的フラグメントをコードするが、その任意の残基が配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に示される対応する残基から変化し得る、変異体または改変体タンパク質を含む。
【０１５９】
一般に、ＦＣＴＲＸ様機能を保持するＦＣＴＲＸ改変体は、配列中の特定位置の残基が他のアミノ酸により置換された任意の改変体を含み、そしてさらに、親タンパク質の２つの残基間にさらなる残基を挿入する可能性、および親配列から１つ以上の残基を欠失する可能性を含む。任意のアミノ酸置換、挿入または欠失が、本発明に包含される。好適な状況では、この置換は、上記で定義されるような保存的置換である。
【０１６０】
本発明の１つの局面は、単離されたＦＣＴＲＸタンパク質、およびその生物学的に活性な部分、またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログに関する。抗ＦＣＴＲＸ抗体を惹起するための免疫原としての使用に適するポリペプチドフラグメントもまた提供される。１つの実施形態では、ネイティブなＦＣＴＲＸタンパク質が、標準的なタンパク質精製技法を用いる適切な精製スキームにより、細胞または組織供給源から単離され得る。別の実施形態では、ＦＣＴＲＸタンパク質は、組換えＤＮＡ技法により生産される。組換え発現の代替として、ＦＣＴＲＸタンパク質またはポリペプチドは、標準的なペプチド合成技法を用いて化学的に合成され得る。
【０１６１】
「単離された」または「精製された」ポリペプチドまたはタンパク質またはその生物学的に活性な部分は、ＦＣＴＲＸタンパク質の由来する細胞または組織供給源由来の細胞性物質または他の夾雑タンパク質を実質的に含まないか、あるいは化学合成される場合に化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、ＦＣＴＲＸタンパク質が単離または組換え産生される細胞の細胞性成分から、ＦＣＴＲＸタンパク質が分離されている、ＦＣＴＲＸタンパク質の調製物を含む。１つの実施形態において、用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、非ＦＣＴＲＸタンパク質（本明細書中において「夾雑タンパク質」とも呼ばれる）を約３０％未満（乾燥重量にて）、より好ましくは非ＦＣＴＲＸタンパク質を約２０％未満、なおより好ましくは非ＦＣＴＲＸタンパク質を約１０％未満、そして最も好ましくは非ＦＣＴＲＸタンパク質を約５％未満有する、ＦＣＴＲＸタンパク質の調製物を含む。ＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分が組換え産生される場合、好ましくは、調製物はまた培養培地を実質的に含まない。すなわち、培養培地は、ＦＣＴＲＸタンパク質調製物の容量の約２０％未満、より好ましくは約１０％未満、そして最も好ましくは約５％未満に相当する。
【０１６２】
用語「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、タンパク質が、そのタンパク質の合成に関与する化学前駆体または他の化学物質から分離されているＦＣＴＲＸタンパク質の調製物を含む。１つの実施形態において、用語「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、化学前駆体または非ＦＣＴＲＸの化学物質を約３０％未満（乾燥重量にて）、より好ましくは化学前駆体または非ＦＣＴＲＸ化学物質を約２０％未満、なおより好ましくは化学前駆体または非ＦＣＴＲＸ化学物質を約１０％未満、そして最も好ましくは化学前駆体または非ＦＣＴＲＸ化学物質を約５％未満有する、ＦＣＴＲＸタンパク質の調製物を含む。
【０１６３】
ＦＣＴＲＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、全長ＦＣＴＲＸタンパク質より少ないアミノ酸を含み、そしてＦＣＴＲＸタンパク質の少なくとも１つの活性を示す、ＦＣＴＲＸタンパク質のアミノ酸配列（例えば、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に示されるアミノ酸配列）に十分に相同なアミノ酸配列、またはＦＣＴＲＸタンパク質のアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列を含むペプチドを含む。代表的には、生物学的に活性な部分は、ＦＣＴＲＸタンパク質の少なくとも１つの活性を有するドメインまたはモチーフを含む。ＦＣＴＲＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、長さが１０、２５、５０、１００またはそれより多いアミノ酸残基であるポリペプチドであり得る。
【０１６４】
さらに、タンパク質の他の領域が欠失している他の生物学的に活性な部分は、組換え技術によって調製され得、そしてネイティブなＦＣＴＲＸタンパク質の機能的活性のうちの１つ以上について評価され得る。
【０１６５】
１つの実施形態において、ＦＣＴＲＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、ＦＣＴＲＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０に実質的に相同であり、そして以下に詳細に議論されるように、天然の対立遺伝子改変または変異誘発に起因してアミノ酸配列が異なるが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０のタンパク質の機能的活性を保持する。従って、別の実施形態において、ＦＣＴＲＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同なアミノ酸配列を含み、そして、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０のＦＣＴＲＸタンパク質の機能的活性を保持するタンパク質である。
【０１６６】
（２つ以上の配列間の相同性の決定）
２つのアミノ酸配列または２つの核酸の相同性の百分率を決定するために、配列は、至適な比較の目的のために整列される（例えば、第２のアミノ酸または核酸の配列との最適な整列のために、ギャップが、第１のアミノ酸または核酸配列の配列に導入され得る）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置でのアミノ酸残基またはヌクレオチドが比較される。第１の配列中の位置が、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、これらの分子はその位置で相同である（すなわち、本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「相同性」は、アミノ酸または核酸の「同一性」と等価である）。
【０１６７】
核酸配列の相同性は、２つの配列間の同一性の程度として決定され得る。相同性は、当該分野において公知のコンピュータープログラム（例えば、ＧＣＧプログラムパッケージにおいて提供されるＧＡＰソフトウェア）を用いて決定され得る。ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ　１９７０．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３〜４５３を参照のこと。核酸配列比較のための以下の設定（ＧＡＰ作製ペナルティー、５．０、およびＧＡＰ伸長ペナルティー、０．３）を用いてＧＣＧ　ＧＡＰソフトウェアを使用すると、上記で言及される類似の核酸配列のコード領域は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、および２９に示されるＤＮＡ配列のＣＤＳ（コード）部分と、好ましくは少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の同一性の程度を示す。
【０１６８】
用語「配列同一性」は、２つのポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列が、特定の比較領域にわたって、残基毎を基準として同一である程度をいう。用語「配列同一性のパーセンテージ」は、以下により算出される：この比較領域にわたって最適に整列された２つの配列を比較すること、両方の配列において同一の核酸塩基（例えば、核酸の場合にはＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、またはＩ）が存在する位置の数を決定し、一致した位置の数を導くこと、この一致した位置の数を、比較領域の内の位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で除算すること、およびその結果を１００で乗算して、配列同一性のパーセンテージを導くこと。用語「実質的な同一性」は、本明細書中で使用される場合、ポリヌクレオチド配列の特徴を示し、ここでこのポリヌクレオチドは、比較領域にわたり参照配列と比較して、少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８５％の配列同一性、そして頻繁には９０〜９５％の配列同一性、より通常には少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
【０１６９】
（キメラタンパク質および融合タンパク質）
本発明はまた、ＦＣＴＲＸキメラタンパク質または融合タンパク質を提供する。本明細書中で使用される場合、ＦＣＴＲＸ「キメラタンパク質」またはＦＣＴＲＸ「融合タンパク質」は、非ＦＣＴＲＸポリペプチドに作動可能に連結された、ＦＣＴＲＸポリペプチドを含む。「ＦＣＴＲＸポリペプチド」は、ＦＣＴＲＸタンパク質（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいうが、「非ＦＣＴＲＸポリペプチド」は、ＦＣＴＲＸタンパク質に対して実質的に相同ではないタンパク質（例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質とは異なり、かつ同一かまたは異なる生物体に由来するタンパク質）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいう。ＦＣＴＲＸ融合タンパク質において、このＦＣＴＲＸポリペプチドは、ＦＣＴＲＸタンパク質のすべてまたは一部分に対応し得る。１つの実施形態では、ＦＣＴＲＸ融合タンパク質は、ＦＣＴＲＸタンパク質の少なくとも１つの生物学的に活性な部分を含む。別の実施形態では、ＦＣＴＲＸ融合タンパク質は、ＦＣＴＲＸタンパク質の少なくとも２つの生物学的に活性な部分を含む。なお別の実施形態では、ＦＣＴＲＸ融合タンパク質は、ＦＣＴＲＸタンパク質の少なくとも３つの生物学的に活性な部分を含む。融合タンパク質において、用語「作動可能に連結された」は、ＦＣＴＲＸポリペプチドおよび非ＦＣＴＲＸポリペプチドが、インフレームで互いに融合されていることを示すことが意図される。非ＦＣＴＲＸポリペプチドは、ＦＣＴＲＸポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合され得る。
【０１７０】
１つの実施形態においては、この融合タンパク質は、ＦＣＴＲＸ配列がＧＳＴ（グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ）配列のＣ末端に融合される、ＧＳＴ−ＦＣＴＲＸ融合タンパク質である。このような融合タンパク質は、組換えＦＣＴＲＸポリペプチドの精製を容易にし得る。
【０１７１】
別の実施形態では、この融合タンパク質は、そのＮ末端に異種シグナル配列を含むＦＣＴＲＸタンパク質である。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物宿主細胞）では、ＦＣＴＲＸの発現および／または分泌を、異種シグナル配列の使用を通して増加させ得る。
【０１７２】
なお別の実施形態においては、この融合タンパク質は、ＦＣＴＲＸ配列が免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合される、ＦＣＴＲＸ−免疫グロブリン融合タンパク質である。本発明のこのＦＣＴＲＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、薬学的組成物中に取り込まれ、そして被験体に投与されて、細胞の表面上でＦＣＴＲＸリガントとＦＣＴＲＸタンパク質との間の相互作用を阻害し、それによってインビボのＦＣＴＲＸ媒介信号伝達を抑制し得る。このＦＣＴＲＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を用い、ＦＣＴＲＸ同族リガンドの生体利用性に影響を与え得る。ＦＣＴＲＸリガンド／ＦＣＴＲＸ相互作用の阻害は、増殖障害および分化障害の処置、ならびに細胞生存を調節（例えば、促進または阻害）することの両方に、治療的に有用であり得る。さらに、本発明のこのＦＣＴＲＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、被験体中で抗ＦＣＴＲＸ抗体を産生するための免疫原として、ＦＣＴＲＸリガンドを精製するため、およびＦＣＴＲＸリガンドとのＦＣＴＲＸの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイで用いられ得る。
【０１７３】
本発明のＦＣＴＲＸキメラまたは融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技法により産生され得る。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡフラグメントを、従来の技法に従って、例えば、連結のための平滑末端または粘着（ｓｔａｇｇｅｒ）末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じて粘着（ｃｏｈｅｓｉｖｅ）末端のフィルイン、所望しない連結を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的連結を採用することにより、インフレームで一緒に連結する。別の実施形態では、融合遺伝子を、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来技法により合成し得る。あるいは、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅を、キメラ遺伝子配列を生成するために次いでアニールおよび再増幅され得る、２つの連続遺伝子フラグメント間の相補的オーバハングを生じるアンカープライマーを用いて実施し得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編）ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、１９９２を参照のこと）。さらに、融合部分（例えば、ＧＳＴポリペプチド）をすでにコードした多くの発現ベクターが市販されている。ＦＣＴＲＸをコードする核酸は、この融合部分がＦＣＴＲＸタンパク質にインフレーム連結されるように、このような発現ベクター中にクローン化され得る。
【０１７４】
（ＦＣＴＲＸアゴニストおよびアンタゴニスト）
本発明はまた、ＦＣＴＲＸアゴニスト（模倣物）として、またはＦＣＴＲＸアンタゴニストとしてのいずれかで機能するＦＣＴＲＸタンパク質の改変体に関する。ＦＣＴＲＸタンパク質の改変体が、変異誘発（例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質の離散した点変異または短縮）により生成され得る。ＦＣＴＲＸタンパク質のアゴニストは、天然に存在する形態のＦＣＴＲＸタンパク質と実質的に同じ生物学的活性、またはその生物学的活性のサブセットを保持し得る。ＦＣＴＲＸタンパク質のアンタゴニストは、天然に存在する形態のＦＣＴＲＸタンパク質の１つ以上の活性を、例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質を含む細胞シグナル伝達カスケードの下流または上流メンバーに競合的に結合することにより阻害し得る。従って、特異的生物学的効果が、限られた機能の改変体を用いた処理により惹起され得る。１つの実施形態では、このタンパク質の天然に存在する形態の生物学活性のサブセットを有する改変体を用いた被験体の処置は、ＦＣＴＲＸタンパク質の天然に存在する形態を用いた処置に対して被験体におけるより少ない副作用を有する。
【０１７５】
ＦＣＴＲＸアゴニスト（すなわち、模倣物）として、またはＦＣＴＲＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＦＣＴＲＸタンパク質の改変体は、ＦＣＴＲＸタンパク質アゴニストまたはアンタゴニスト活性のためのＦＣＴＲＸタンパク質の変異体（例えば短縮型変異体）のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより同定され得る。１つの実施形態では、ＦＣＴＲＸ改変体の多彩なライブラリーは、核酸レベルのコンビナトリアル変異誘発により生成され、そして多彩な遺伝子ライブラリーによりコードされる。ＦＣＴＲＸ改変体の多彩なライブラリーは、例えば、合成オリゴヌクレオチドの混合物を、潜在的なＦＣＴＲＸ配列の縮重セットが、個々のポリペプチドとして、あるいは、その中にＦＣＴＲＸ配列のセットを含む（例えば、ファージディスプレイのための）より大きな融合タンパク質のセットとして発現可能であるように、遺伝子配列に酵素的に連結することにより産生され得る。縮重オリゴヌクレオチド配列から潜在的なＦＣＴＲＸ改変体のライブラリーを産生するために用いられ得る種々の方法がある。縮重遺伝子配列の化学的合成は、自動化ＤＮＡ合成機中で実施され得、次いでこの合成遺伝子は、適切な発現ベクター中に連結される。遺伝子の縮重セットの使用は、１つの混合物において、潜在的なＦＣＴＲＸ配列の所望のセットをコードする配列のすべての供給を可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当該分野で周知である。例えば、Ｎａｒａｎｇ，１９８３．Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３９：３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９８：１０５６；Ｉｋｅら，１９８３．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１１：４７７を参照のこと。
【０１７６】
（ポリペプチドライブラリー）
さらに、ＦＣＴＲＸタンパク質コード配列のフラグメントのライブラリーを用いて、ＦＣＴＲＸタンパク質の改変体のスクリーニングおよび引き続く選択のためのＦＣＴＲＸフラグメントの多彩な集団を生成し得る。１つの実施形態では、コード配列フラグメントのライブラリーは、ＦＣＴＲＸコード配列の二本鎖ＰＣＲフラグメントを、１分子あたり約１つのみのニックが生じる条件下、ヌクレアーゼで処理すること、二本鎖ＤＮＡを変性させること、異なるニック産物からのセンス／アンチセンス対を含み得る二本鎖ＤＮＡを形成するためにこのＤＮＡを再生すること、Ｓ１ヌクレアーゼを用いた処理により再形成された二本鎖から一本鎖部分を除去すること、および得られるフラグメントライブラリーを発現ベクター中に連結することにより生成し得る。この方法により、ＦＣＴＲＸタンパク質の種々のサイズのＮ末端および内部フラグメントをコードする発現ライブラリーが派生し得る。
【０１７７】
点変異または短縮により作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするため、選択された性質を有する遺伝子産物のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための種々の技術が当該分野で公知である。このような技法を、ＦＣＴＲＸタンパク質のコンビナトリアル変異誘発により生成された遺伝子ライブラリーの迅速スクリーニングに適用可能である。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするための、高スループット分析に適した最も広く用いられる技法は、代表的には、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクター中にクローニングすること、得られるライブラリーのベクターで適切な細胞を形質転換すること、およびこのコンビナトリアル遺伝子を、所望の活性の検出が、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離を容易にする条件下で発現することを含む。ライブラリー中の機能的変異体の頻度を増大する新規技法であるリクルーシブエンセブル変異誘発（ＲＥＭ）を、スクリーニングアッセイと組み合わせて用い、ＦＣＴＲＸ改変体を同定し得る。例えば、ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｒｖａｎ，１９９２．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅら，１９９３．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ６：３２７−３３１を参照のこと。
【０１７８】
（抗ＦＣＴＲＸ抗体）
本発明は、本発明の任意のＦＣＴＲＸポリペプチドに免疫特異的に結合する、Ｆａｂまたは（Ｆａｂ）２のような抗体または抗体フラグメントを包含する。
【０１７９】
単離されたＦＣＴＲＸタンパク質、またはその部分もしくはフラグメントは、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体調製のための標準的な技術を用いて、ＦＣＴＲＸポリペプチドに結合する抗体を産生するための免疫原として用いられ得る。完全長のＦＣＴＲＸタンパク質が用いられ得るが、あるいは、本発明は、免疫原としての使用のためのＦＣＴＲＸタンパク質の抗原性ペプチドフラグメントを提供する。抗原性ＦＣＴＲＸペプチドは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０で示されるアミノ酸配列の少なくとも４アミノ酸残基を含み、そしてこのペプチドに対して惹起された抗体がＦＣＴＲＸと特異的な免疫複合体を形成するように、ＦＣＴＲＸのエピトープを含む。好ましくは、この抗原性ペプチドは、少なくとも６、８、１０、１５、２０、または３０個のアミノ酸残基を含む。より長い抗原性ペプチドが、用途に依存して、そして当業者に周知の方法に従い、より短い抗原性ペプチドよりもしばしば好適である。
【０１８０】
本発明の特定の実施形態では、抗原性ペプチドに含まれる少なくとも１つのエピトープは、タンパク質の表面上に位置するＦＣＴＲＸの領域（例えば、親水性領域）である。抗体産生を標的にする手段として、親水性および疎水性の領域を示すヒドロパシープロットを、例えば、フーリエ変換を伴うかまたは伴わない、Ｋｙｔｅ　ＤｏｏｌｉｔｔｌｅまたはＨｏｐｐ　Ｗｏｏｄｓ法を含む、当該分野で周知の任意の方法により生成し得る（例えば、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、１９８１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　７８：３８２４−３８２８；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ　１９８２、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１４２を参照のこと。この各々が、それらの全体において、本明細書中で参考として援用される）。
【０１８１】
本明細書で開示されるように、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０のＦＣＴＲＸタンパク質配列、またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログを、これらのタンパク質成分に免疫特異的に結合する抗体の産生における免疫原として利用し得る。本明細書で用いる用語「抗体」は、免疫グロブリン分子、および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、ＦＣＴＲＸのような抗原に特異的に結合（免疫反応）する抗原結合部位を含む分子をいう。このような抗体は、制限されずに、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、単鎖抗体、ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２フラグメント、およびＦａｂ発現ライブラリーを含む。特定の実施形態では、ヒトＦＣＴＲＸタンパク質に対する抗体が開示される。当該分野で公知の種々の手順が、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８および３０のＦＣＴＲＸタンパク質配列、またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログに対するポリクローナルまたはモノクローナル抗体の産生のために用いられ得る。これらのタンパク質のいくつかを以下で論議する。
【０１８２】
ポリクローナル抗体の産生のために、種々の適切な宿主動物（例えば、ウサギ、ヤギ、マウスまたはその他の哺乳動物）が、ネイティプタンパク質、またはその合成改変体、または前述の誘導体での注射により免疫され得る。適切な免疫原性調製物は、例えば、組換えにより発現されたＦＣＴＲＸタンパク質または化学的に合成されたＦＣＴＲＸポリペプチドを含有し得る。この調製物は、アジュバントをさらに含み得る。免疫学的応答を増大するために用いられる種々のアジュバントとしては、制限されずに、フロイントの完全および不完全アジュバント、ミネラルゲル（例えば、水酸化アルミニウム）、界面活性物質（例えば、リゾレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、オイルエマルジョン、ジニトロフェノールなど）、Ｂａｃｉｌｌｅ　Ｃａｌｍｅｔｔｅ−ＧｕｅｒｉｎおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ　ｐａｒｖｕｍのようなヒトアジュバント、または類似の免疫刺激剤が挙げられる。所望であれば、ＦＣＴＲＸに対して惹起された抗体分子は、哺乳動物（例えば、血液）から単離され、そしてさらに、ＩｇＧ画分を得るために、プロテインＡクロマトグラフィーのような、周知の技術により精製され得る。
【０１８３】
本明細書で用いられる用語「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」は、ＦＣＴＲＸの特定のエピトープと免疫反応し得る、１種類の抗原結合部位のみを含む抗体分子の集団をいう。従って、代表的には、モノクローナル抗体組成物は、それと免疫反応する特定のＦＣＴＲＸタンパク質に対し、単一の結合親和性を示す。特定のＦＣＴＲＸタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログに対して惹起されたモノクローナル抗体の調製には、継続的な細胞株培養による抗体分子の産生を提供する任意の技術が利用され得る。このような技術としては、制限されずに、ハイブリドーマ技術（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ＆Ｍｉｌｓｔｅｉｎ、１９７５　Ｎａｔｕｒｅ　２５６：４９５−４９７を参照のこと）；トリオーマ（ｔｒｉｏｍａ）技術；ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（例えば、Ｋｏｚｂｏｒら、１９８３　Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ　４：７２）およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのＥＢＶハイブリドーマ技術（例えば、Ｃｏｌｅら、１９８５　ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ　ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ　ＡＮＤ　ＣＡＮＣＥＲ　ＴＨＥＲＡＰＹ、Ａｌａｎ　Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．７７−９６頁を参照のこと）を含む。ヒトモノクローナル抗体を、本発明の実施において利用し得、そしてヒトハイブリドーマを用いることによるか（例えば、Ｃｏｔｅら、１９８３．Ｐｒｏｃ　Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ　Ｓｃｉ　ＵＳＡ　８０：２０２６−２０３０を参照のこと）、またはインビトロでヒトＢ細胞をエプスタイン−バーウイルスで形質転換することにより（例えば、Ｃｏｌｅら、１９８５　ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ　ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ　ＡＮＤ　ＣＡＮＣＥＲ　ＴＨＥＲＡＰＹ、Ａｌａｎ　Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．７７−９６頁を参照のこと）産生し得る。上記の引用の各々は、それらの全体が参考として本明細書に援用される。
【０１８４】
本発明によれば、技術は、ＦＣＴＲＸタンパク質に特異的な単鎖抗体の産生のために適合され得る（例えば、米国特許第４，９４６，７７８号を参照のこと）。さらに、方法は、Ｆａｂ発現ライブラリーの構築のために適合されて（例えば、Ｈｕｓｅら、１９８９　Ｓｃｉｅｎｃｅ　２４６：１２７５−１２８１を参照のこと）、ＦＣＴＲＸタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログに対する所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂフラグメントの迅速かつ有効な同定を可能にし得る。非ヒト抗体は、当該分野で周知の技術により「ヒト化」され得る。例えば、米国特許第５，２２５，５３９号を参照のこと。ＦＣＴＲＸタンパク質に対するイディオタイプを含む抗体フラグメントを、当該分野で公知の技術により産生し得、これには、制限されないで：（ｉ）抗体分子のペプシン消化により産生されるＦ（ａｂ’）２フラグメント；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメントのジスルフィド架橋を還元することにより産生されるＦａｂフラグメント；（ｉｉｉ）抗体分子のパパインおよび還元剤での処理により産生されるＦａｂフラグメント；ならびに（ｉｖ）Ｆｖフラグメントが含まれる。
【０１８５】
さらに、ヒトおよび非ヒト部分の両方を含むキメラ抗体およびヒト化モノクローナル抗体のような、組換え抗ＦＣＴＲＸ抗体（これらは、標準的な組換えＤＮＡ技術を用いて作製され得る）は、本発明の範囲内である。このようなキメラ抗体およびヒト化モノクローナル抗体は、当該分野で公知の組換えＤＮＡ技術により産生され得る。この技術は例えば、以下に記載の方法を用いる：国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ８６／０２２６９；欧州特許出願番号１８４，１８７号；欧州特許出願番号１７１，４９６；欧州特許出願番号１７３，４９４；ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ　８６／０１５３３；米国特許第４，８１６，５６７号；米国特許第５，２２５，５３９号；欧州特許出願番号１２５，０２３号；Ｂｅｔｔｅｒら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２４０：１０４１〜１０４３；Ｌｉｕら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　８４：３４３９〜３４４３；Ｌｉｕら（１９８７）Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：３５２１〜３５２６；Ｓｕｎら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　８４：２１４〜２１８；Ｎｉｓｈｉｍｕｒａら（１９８７）Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ　４７：９９９〜１００５；Ｗｏｏｄら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ　３１４：４４６〜４４９；Ｓｈａｗら（１９８８）Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ　Ｉｎｓｔ．８０：１５５３〜１５５９）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２２９：１２０２〜１２０７；Ｏｉら（１９８６）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ　４：２１４；Ｊｏｎｅｓら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ　３２１：５５２〜５２５；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２３９：１５３４；ならびにＢｅｉｄｌｅｒら（１９８８）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４１：４０５３〜４０６０。上記引用の各々は、それらの全体において参考として本明細書中に援用される。
【０１８６】
１つの実施形態において、所望の特異性を保有する抗体のスクリーニングのための方法は、当該分野内で公知の酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ）および他の免疫学的に媒介された技術を含むが、これに限定されない。特定の実施形態において、ＦＣＴＲＸタンパク質の特定のドメインに対して特異的である抗体の選抜は、このようなドメインを所有しているＦＣＴＲＸタンパク質のフラグメントに結合するハイブリドーマの生成により容易にされる。従って、ＦＣＴＲＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログまたはホモログ内の所望のドメインについて特異的である抗体がまた、本明細書において提供される。
【０１８７】
抗ＦＣＴＲＸ抗体は、ＦＣＴＲＸタンパク質の局在化および／または定量化に関する当該分野で公知の方法において用いられ得る（例えば、適切な生理学的なサンプル中のＦＣＴＲＸタンパク質のレベルを測定する使用のために、診断的方法における使用のために、タンパク質の画像化における使用のために、など）。所定の実施形態において、ＦＣＴＲＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログまたはホモログについての抗体（抗体由来の結合ドメインを含む）は、薬理学的に活性な化合物（本明細書中、以降において「治療剤」）として利用される。
【０１８８】
抗ＦＣＴＲＸ抗体（例えば、モノクローナル抗体）は、標準的技術（例えばアフィニティークロマトグラフィまたは免疫沈降）によって、ＦＣＴＲＸポリペプチドを単離するために用いられ得る。抗ＦＣＴＲＸ抗体は、細胞からの天然のＦＣＴＲＸポリペプチド、そして宿主細胞において発現される組換え的に産生されたＦＣＴＲＸポリペプチドの精製を容易にし得る。さらに、抗ＦＣＴＲＸ抗体が、（例えば、細胞の溶解産物または細胞上清における）ＦＣＴＲＸタンパク質を検出するために用いられて、ＦＣＴＲＸタンパク質の存在量および発現のパターンを評価し得る。抗ＦＣＴＲＸ抗体は、例えば、所定の処置レジメンの効力を決定するために、臨床試験の手順の一部として、組織におけるタンパク質レベルを診断的にモニターするために用いられ得る。検出は、抗体を検出可能物質に結合する（すなわち、物理的に連結する）ことにより容易にされ得る。検出可能物質の例としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質および放射性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられる；適切な補欠分子族複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられる；適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ）フルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられる；発光物質の例としては、ルミノールが挙げられる；生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられる；そして、適切な放射性物質の例としては１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０１８９】
（ＦＣＴＲＸ組換え発現ベクターおよび宿主細胞）
本発明の別の局面は、ＦＣＴＲＸタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログをコードする核酸を含む、ベクター、好ましくは、発現ベクターに関する。本明細書において使用する場合、用語「ベクター」は、連結された別の核酸を輸送し得る核酸分子をいう。１つの型のベクターは、「プラスミド」である。これはさらなるＤＮＡセグメントが連結され得る環状の二本鎖ＤＮＡループをいう。他の型のベクターは、ウイルス性ベクターであり、ここでは、さらなるＤＮＡセグメントが、ウイルスゲノムに連結され得る。特定のベクターは、ベクターが導入される宿主細胞中で自律複製し得る（例えば、細菌性の複製起点を有する細菌ベクター、およびエピソーム性哺乳動物ベクター）。他のベクター（例えば、非エピソーム性哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入の際、宿主細胞のゲノムに組み込まれ、そして、これにより宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターは、それらが作動可能に連結される遺伝子の発現を指示し得る。このようなベクターは、本明細書において「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしばプラスミドの形態である。本明細書において、「プラスミド」および「ベクター」は、プラスミドが最も一般的に用いられる形態のベクターであるので、交換可能に使用され得る。しかし、本発明は、等価の機能を果たす、ウイルス性ベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ随伴ウイルス）のような、このような他の形態の発現ベクターを含むことを意図する。
【０１９０】
本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞における核酸の発現に適切な形態の本発明の核酸を含む。これは、組換え発現ベクターが、発現されるべき核酸配列に作動可能に連結されている、発現に用いられる宿主細胞に基づいて選択された１つ以上の調節配列を含むことを意味する。組換え発現ベクターにおいて、「作動可能に連結する」とは、目的のヌクレオチド配列が、（例えば、インビトロの転写／翻訳系において、またはベクターが宿主細胞に導入される場合は、宿主細胞において）ヌクレオチド配列の発現を可能にする様式で調節配列に連結されることを意味することを意図する。
【０１９１】
用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含むことを意図する。このような調節配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ；ＧＥＮＥ　ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ　ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ　ＩＮ　ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ　１８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）に記載されている。調節配列は、多くの型の宿主細胞においてヌクレオチド配列の構成的発現を指示する配列、および特定の宿主細胞のみにおいてヌクレオチド配列の発現を指示する配列（例えば、組織特異的調節配列）を含む。発現ベクターの設計が形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現のレベルなどのような因子に依存し得ることは当業者には明白である。本発明の発現ベクターは、宿主細胞に導入され得、それにより、本明細書に記載される核酸によってコードされるタンパク質またはペプチド（融合タンパク質またはペプチドを含む）（例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質、ＦＣＴＲＸタンパク質の変異形態、融合タンパク質など）を産生し得る。
【０１９２】
本発明の組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における、ＦＣＴＲＸタンパク質発現のために設計され得る。例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ　ｃｏｌｉ）、昆虫細胞（バキュロウイルス発現ベクターを用いる）、酵母細胞または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、Ｇｏｅｄｄｅｌ；ＧＥＮＥ　ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ　ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ　ＩＮ　ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ　１８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）にさらに考察されている。あるいは、組換え型発現ベクターは、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いて、インビトロで転写および翻訳され得る。
【０１９３】
原核生物におけるタンパク質の発現は、最も頻繁には、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを有するＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ．ｃｏｌｉにおいて実行される。融合ベクターは、そこにコードされるタンパク質に、通常、組換えタンパク質のアミノ末端に、多数のアミノ酸を付加する。このような融合ベクターは、代表的には、以下の３つの目的のために役立つ：（ｉ）組換えタンパク質の発現を増加させること；（ｉｉ）組換えタンパク質の溶解度を増加させること；および（ｉｉｉ）親和性精製においてリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製の際に補助すること。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解の切断部位が、融合部分の結合部に導入され、そして融合タンパク質の精製の後に、組換えタンパク質が組換えタンパク質の融合部分から分離されることを可能にする。このような酵素、およびその同族の認識配列は、第Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼを含む。代表的な融合発現ベクターとしては、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡを、それぞれ、標的の組換えタンパク質に融合するｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ　Ｂｉｏｔｅｃｈ　Ｉｎｃ；Ｓｍｉｔｈ　ａｎｄ　Ｊｏｈｎｓｏｎ（１９８８）Ｇｅｎｅ　６７：３１−４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ　Ｅｎｇｌａｎｄ　Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，Ｍａｓｓ．）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）が挙げられる。
【０１９４】
適切な誘導性非融合Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターの例としては、ｐＴｒｃ（Ａｍｒａｎｎら（１９８８）Ｇｅｎｅ　６９：３０１−３１５）およびｐＥＴ　１１ｄ（Ｓｔｕｄｉｅｒら、ＧＥＮＥ　ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ　ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ　ＩＮ　ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ　１８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）６０−８９）が挙げられる。
【０１９５】
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組換えタンパク質発現を最大化するための１つのストラテジーは、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力が損なわれた宿主細菌中でタンパク質を発現させることである。例えば、Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，ＧＥＮＥ　ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ　ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ　ＩＮ　ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ　１８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）１１９−１２８を参照のこと。別のストラテジーは、各アミノ酸についての個々のコドンが、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて優先的に利用されるように、発現ベクターに挿入される核酸の核酸配列を変更することである（例えば、Ｗａｄａら（１９９２）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８を参照のこと）。本発明の核酸配列のこのような変更は、標準的なＤＮＡ合成技術によって実行され得る。
【０１９６】
別の実施形態において、ＦＣＴＲＸ発現ベクターは、酵母発現ベクターである。酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ．ｃｅｒｉｖｉｓａｅにおける発現のためのベクターの例には、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉら、（１９８７）ＥＭＢＯ　Ｊ　６：２２９−２３４）、ｐＭＦａ（ＫｕｒｊａｎおよびＨｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、（１９８２）Ｃｅｌｌ　３０：９３３−９４３）、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚら、（１９８７）Ｇｅｎｅ　５４：１１３−１２３）、ｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ　Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、およびｐｉｃＺ（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ　Ｃｏｒｐ．，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）が挙げられる。
【０１９７】
あるいは、ＦＣＴＲＸは、バキュロウイルス発現ベクターを使用して、昆虫細胞中で発現され得る。培養された昆虫細胞（例えば、ＳＦ９細胞）中でタンパク質の発現のために利用可能なバキュロウイルスベクターには、ｐＡｃシリーズ（Ｓｍｉｔｈら（１９８３）Ｍｏｌ　Ｃｅｌｌ　Ｂｉｏｌ　３：２１５６−２１６５）およびｐＶＬシリーズ（ＬｕｃｋｌｏｗおよびＳｕｍｍｅｒｓ（１９８９）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ　１７０：３１−３９）が挙げられる。
【０１９８】
なお別の実施形態において、本発明の核酸は、哺乳動物発現ベクターを使用して、哺乳動物細胞中で発現される。哺乳動物発現ベクターの例には、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ　３２９：８４０）およびｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎら（１９８７）ＥＭＢＯ　Ｊ　６：１８７−１９５）が挙げられる。哺乳動物細胞中で使用される場合、発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウイルスの調節エレメントによって提供される。例えば、一般に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、およびシミアンウイルス４０に由来する。原核生物細胞および真核生物細胞の両方のための他の適切な発現系については、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ　ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ　ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ　ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９の第１６章および第１７章を参照のこと。
【０１９９】
別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型（例えば、組織特異的調節エレメントを使用して核酸を発現する）中で優先的に核酸の発現を指向し得る。組織特異的調節エレメントは、当該分野で公知である。適切な組織特異的プロモーターの非限定的な例としては、アルブミンプロモーター（肝臓特異的；Ｐｉｎｋｅｒｔら（１９８７）Ｇｅｎｅｓ　Ｄｅｖ　１：２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（ＣａｌａｍｅおよびＥａｔｏｎ（１９８８）Ａｄｖ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　４３：２３５−２７５）、特に、Ｔ細胞レセプタープロモーター（ＷｉｎｏｔｏおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８９）ＥＭＢＯ　Ｊ　８：７２９−７３３）および免疫グロブリン（Ｂａｎｅｒｊｉら（１９８３）Ｃｅｌｌ　３３：７２９−７４０；ＱｕｅｅｎおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８３）Ｃｅｌｌ　３３：７４１−７４８）のプロモーター、ニューロン特異的プロモーター（例えば、ニューロフィラメントプロモーター；ＢｙｒｎｅおよびＲｕｄｄｌｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２３０：９１２−９１６）、および乳腺特異的プロモーター（例えば、ミルク乳清プロモーター；米国特許第４，８７３，３１６号および欧州出願公開第２６４，１６６号）が挙げられる。発生的に調節されるプロモーターもまた含まれる（例えば、マウスホックス（ｍｕｒｉｎｅ　ｈｏｘ）プロモーター（ＫｅｓｓｅｌおよびＧｒｕｓｓ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２４９：３７４−３７９）およびα−フェトプロテインプロモーター（ＣａｍｐｅｓおよびＴｉｌｇｈｍａｎ（１９８９）Ｇｅｎｅｓ　Ｄｅｖ　３：５３７−５４６）。
【０２００】
本発明はさらに、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む組換え発現ベクターを提供する。すなわち、そのＤＮＡ分子は、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現（ＤＮＡ分子の転写によって）を可能にする様式で調節配列に作動可能に連結される。種々の細胞型におけるアンチセンスＲＮＡ分子の連続的な発現を指向する、アンチセンス方向でクローニングされた核酸に作動可能に連結される調節配列が選択され得る。例えば、アンチセンスＲＮＡの構成的発現、組織特異的発現、または細胞型特異的発現を指向する、ウイルスプロモーターおよび／もしくはエンハンサー、または調節配列が選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化されたウイルスの形態であり得、ここではアンチセンス核酸は、高効率調節領域の制御下で産生され、その活性は、ベクターが導入される細胞型によって決定され得る。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節の議論については、例えば、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ　ＲＮＡ　ａｓ　ａ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｔｏｏｌ　ｆｏｒ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ａｎａｌｙｓｉｓ」、Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ　ｉｎ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１巻（１）１９８６を参照のこと。
【０２０１】
本発明の別の局面は、本発明の組換え発現べクターが導入された宿主細胞に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で、交換可能に使用される。このような用語は、特定の対象の細胞をいうのみでなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をいうことが理解される。変異または環境的影響のいずれかに起因して、特定の改変は次の世代において存在し得るので、このような子孫は、実際、親の細胞と同一でないかもしれないが、なお、本明細書中で使用されるような用語の範囲内に含まれる。
【０２０２】
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞（例えば、ヒトチャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）またはＣＯＳ細胞）で発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０２０３】
ベクターＤＮＡは、従来的な形質転換またはトランスフェクション技術を介して原核生物細胞または真核生物細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞中に導入するための当該分野で認識される種々の技術をいうことを意図し、これらには、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが含まれる。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトするための適切な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ　ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ　ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ　ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９）および他の実験室マニュアルに見出され得る。
【０２０４】
哺乳動物細胞の安定なトランスフェクションについては、使用される発現ベクターおよびトランスフェクション技術に依存して、細胞のほんの一部のみが外来ＤＮＡをそのゲノム中に組み込み得ることが知られている。これらの要素を同定および選択するために、選択マーカー（例えば、抗生物質に対する耐性）をコードする遺伝子が、一般的には目的の遺伝子とともに宿主細胞に導入される。種々の選択マーカーには、薬物に対する耐性を付与するマーカー（例えば、Ｇ４１８、ハイグロマイシン、およびメトトレキセート）が含まれる。選択マーカーをコードする核酸は、ＦＣＴＲＸをコードするベクターと同じベクター上で宿主細胞に導入され得るか、あるいは別々のベクター上で導入され得る。導入された核酸とともに安定にトランスフェクトされる細胞は、薬物選択によって同定され得る（例えば、選択マーカー遺伝子を取り込んだ細胞は生存するが、他の細胞は死滅する）。
【０２０５】
本発明の宿主細胞（例えば、培養中の原核生物宿主細胞および真核生物宿主細胞）は、ＦＣＴＲＸタンパク質を産生（すなわち、発現）するために使用され得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して、ＦＣＴＲＸタンパク質を産生するための方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＦＣＴＲＸタンパク質が産生されるような適切な培地中で、本発明の宿主細胞（ここに、ＦＣＴＲＸタンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている）を培養する工程を包含する。別の実施形態において、この方法はさらに、培地または宿主細胞からＦＣＴＲＸを単離する工程を包含する。
【０２０６】
（トランスジェニックＦＣＴＲＸ動物）
本発明の宿主細胞はまた、非ヒトトランスジェニック動物を作製するために使用され得る。例えば、１つの実施形態において、本発明の宿主細胞は、ＦＣＴＲＸタンパク質コード配列が導入される、受精した卵母細胞または胚性幹細胞である。次いで、このような宿主細胞は、非ヒトトランスジェニック動物を作製するために使用され得、ここで外因性のＦＣＴＲＸ配列は、それらのゲノムまたは相同組換え動物（ここで内因性のＦＣＴＲＸ配列が変更されている）に導入される。このような動物は、ＦＣＴＲＸタンパク質の機能および／または活性を研究するため、およびＦＣＴＲＸタンパク質の活性のモジュレーターを同定および／または評価するために有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」とは、非ヒト動物、好ましくは哺乳動物であり、より好ましくは、ラットまたはマウスのような齧歯動物であり、ここでこれらの動物の１つ以上の細胞は、導入遺伝子を含む。トランスジェニック動物の他の例には、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などを含む。導入遺伝子は、細胞のゲノムに組み込まれ（この細胞からトランスジェニック動物が発生する）、そして成熟動物のゲノムに残存する外因性のＤＮＡであり、それによって、このトランスジェニック動物の１つ以上の細胞型または組織においてコード遺伝子産物の発現を指向する。本明細書中で使用される場合、「相同組換え動物」とは、非ヒト動物であり、好ましくは哺乳動物、より好ましくはマウスであり、ここで、内因性ＦＣＴＲＸ遺伝子は、この内因性の遺伝子と、動物の発生の前に動物の細胞（例えば、動物の胚細胞）に導入された外因性ＤＮＡ分子との間の相同組換えによって、変更されている。
【０２０７】
本発明のトランスジェニック動物は、ＦＣＴＲＸをコードする核酸を、（受精した卵母細胞の雄性前核に導入することによって例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染によって）、およびこの卵母細胞が偽妊娠雌性フォスター動物（ｆｏｓｔｅｒ　ａｎｉｍａｌ）中で発生することを可能にすることによって作製され得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９のＦＣＴＲＸ　ｃＤＮＡ配列は、非ヒト動物のゲノムに導入遺伝子として導入され得る。あるいは、ヒトＦＣＴＲＸ遺伝子の非ヒトホモログ（例えば、マウスＦＣＴＲＸ遺伝子）は、ヒトＦＣＴＲＸ　ｃＤＮＡに対するハイブリダイゼーションに基づいて単離され得（上述にさらに記載される）、そして導入遺伝子として使用され得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた導入遺伝子中に含まれ、その導入遺伝子の発現の効率を増大させ得る。組織特異的調節配列（単数または複数）は、特定の細胞に対して、ＦＣＴＲＸタンパク質の発現を指向するために、ＦＣＴＲＸ導入遺伝子に作動可能に連結される。胚の操作およびマイクロインジェクションを介するトランスジェニック動物（特に、マウスのような動物）を生成するための方法は、当該分野で従来的になっており、そして例えば、米国特許第４，７３６，８６６号；同第４，８７０，００９号；および同第４，８７３，１９１号；ならびにＨｏｇａｎ　１９８６、ＭＡＮＩＰＵＬＡＴＩＮＧ　ＴＨＥ　ＭＯＵＳＥ　ＥＭＢＲＹＯ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。同様の方法は、他のトランスジェニック動物の作製のために使用される。トランスジェニック初代動物は、そのゲノムにおけるＦＣＴＲＸ導入遺伝子の存在および／またはその動物の組織または細胞中のＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡの発現に基づいて同定され得る。次いで、トランスジェニック初代動物は、導入遺伝子を有するさらなる動物を繁殖させるために使用され得る。さらに、ＦＣＴＲＸタンパク質をコードする導入遺伝子を有するトランスジェニック動物は、さらに、他の導入遺伝子を有する他のトランスジェニック動物へと繁殖させ得る。
【０２０８】
相同組換え動物を作製するために、欠失、付加、または置換が導入されて、それによってＦＣＴＲＸ遺伝子が変化（例えば、機能的に破壊）されている、少なくとも、ＦＣＴＲＸ遺伝子の一部を含むベクターを調製する。ＦＣＴＲＸ遺伝子は、ヒト遺伝子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、および２９のＤＮＡ）であり得るが、より好ましくは、ヒトＦＣＴＲＸ遺伝子の非ヒトホモログである。例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、および２９のヒトＦＣＴＲＸ遺伝子のマウスホモログは、マウスゲノムにおいて内因性ＦＣＴＲＸ遺伝子を変更するのに適切な相同組換えベクターを構築するために使用され得る。１つの実施形態において、そのベクターは、相同組換えに際して、内因性ＦＣＴＲＸ遺伝子が、機能的に破壊される（すなわち、機能的タンパク質をもはやコードしない；「ノックアウト」ベクターともいわれる）ように設計される。
【０２０９】
あるいは、このベクターは、相同組換えの際に、内因性ＦＣＴＲＸ遺伝子が変異されるか、あるいはさもなければ、変更されるが、なお機能性タンパク質をコードするように設計される（例えば、上流の調節領域を変更して、それによって内因性ＦＣＴＲＸタンパク質の発現を変更し得る）。相同組換えベクターにおいて、ＦＣＴＲＸ遺伝子の変更された部分は、ＦＣＴＲＸ遺伝子のさらなる核酸によって、その５’末端および３’末端で隣接され、相同組換えが、ベクターによって運ばれる外因性ＦＣＴＲＸ遺伝子と胚幹細胞中の内因性ＦＣＴＲＸ遺伝子との間で起こることを可能にする。さらなる隣接するＦＣＴＲＸ核酸は、内因性遺伝子との首尾よい相同組換えに十分な長さである。代表的に、数キロベースの隣接するＤＮＡ（５’末端および３’末端の両方）が、ベクターに含まれる。例えば、相同組換えベクターの記載について、Ｔｈｏｍａｓら（１９８７）Ｃｅｌｌ　５１：５０３を参照のこと。このベクターは、胚幹細胞株に導入され（例えば、エレクトロポレーションによって）、この導入されたＦＣＴＲＸ遺伝子が、内因性ＦＣＴＲＸ遺伝子と相同組換えされた細胞が、選択される（例えば、Ｌｉら（１９９２）Ｃｅｌｌ　６９：９１５を参照のこと）。
【０２１０】
次いで、この選択された細胞を、動物（例えば、マウス）の胚盤胞へ注入して、凝集キメラを形成する。例えば、Ｂｒａｄｌｅｙ（１９８７）のＴＥＲＡＴＯＣＡＲＣＩＮＯＭＡＳ　ＡＮＤ　ＥＭＢＲＹＯＮＩＣ　ＳＴＥＭ　ＣＥＬＬＳ：Ａ　ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ　ＡＰＰＲＯＡＣＨ、Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ編、ＩＲＬ、Ｏｘｆｏｒｄ　１１３頁〜１５２頁を参照のこと。次いで、キメラ胚を、適切な偽妊娠雌性フォスター動物に移植し得、そしてこの胚を、一定期間置く。それらの胚芽細胞中に相同組換えＤＮＡを保有する子孫を使用して、動物を繁殖し得、ここで、この動物の全ての細胞は、導入遺伝子の生殖系列伝達によって、この相同組換えＤＮＡを含む。相同的組換えベクターおよび相同的組換え動物を構築するための方法が、さらに以下に記載される；Ｂｒａｄｌｅｙ（１９９１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２：８２３−８２９；ＰＣＴ国際公開番号：ＷＯ９０／１１３５４；ＷＯ９１／０１１４０；ＷＯ９２／０９６８；およびＷＯ９３／０４１６９。
【０２１１】
別の実施形態において、導入遺伝子の調節された発現を可能にする選択された系を含む、非ヒトトランスジェニック動物が産生され得る。このような系の１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系である。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系の記載については、例えば、Ｌａｋｓｏら、１９９２、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　８９：６２３２−６２３６を参照のこと。リコンビナーゼ系の別の例は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ　ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼ系である（Ｏ’Ｇｏｒｍａｎら、１９９１、Ｓｃｉｅｎｃｅ　２５１：１３５１−１３５５を参照のこと）。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系が導入遺伝子の発現を調節するために使用される場合、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が、必要となる。このような動物は、例えば、２種のトランスジェニック動物（一方は選択されたタンパク質をコードした導入遺伝子を含み、他方はリコンビナーゼをコードした導入遺伝子を含む）を交配することによる、「二重の」トランスジェニック動物の構築によって提供され得る。
【０２１２】
本明細書中に記載されるトランスジェニック非ヒト動物のクローンがまた、Ｗｉｌｍｕｔら、１９９７、Ｎａｔｕｒｅ　３８５：８１０−８１３に記載される方法に従って、産生され得る。簡単には、トランスジェニック動物由来の細胞（例えば、体細胞）を、単離および誘導し、増殖サイクルから出し、そしてＧ０期に入らせ得る。次いで、この静止細胞を、例えば、電気パルスの使用により、静止細胞が単離される同種動物由来の、摘出された卵母細胞へ融合し得る。次いで、この再構築された卵母細胞を培養し、これにより、これは桑実胚または未分化胚芽細胞に発達し、次いで、偽妊娠雌性フォスター動物に移される。この雌性フォスター動物の産生子孫は、この細胞（例えば、体細胞）が単離される動物のクローンである。
【０２１３】
（薬学的組成物）
本発明のＦＣＴＲＸ核酸分子、ＦＣＴＲＸタンパク質、および抗ＦＣＴＲＸ抗体（これはまた、本明細書中で「活性化合物」といわれる）、ならびにそれらの誘導体、フラグメント、アナログ、およびホモログが、投与に適した薬学的組成物に組み込まれ得る。このような組成物は、代表的に、核酸分子、タンパク質または抗体、および薬学的に受容可能なキャリアを含む。本明細書中で使用される場合、「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的な投与に適合した、任意および全ての溶媒、分散液、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤（ｄｅｌａｙｉｎｇ　ａｇｅｎｔ）などを含むことが意図される。適切なキャリアは、当該分野における標準的な参考書である、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ　Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓの最新版（本明細書中で参考として援用される）に記載される。このようなキャリアまたは賦形薬の好ましい例としては、水、生理食塩水、フィンガー溶液、デキストロース溶液、および５％ヒト血清アルブミンを含むが、これらに限定されない。リポソームおよび非水性ビヒクル（例えば、不揮発性油）はまた、使用され得る。薬学的に活性物質である、このような媒体および薬剤の使用は、当該分野で周知である。この活性化合物と不適合性である任意の従来の媒体または薬剤の範囲を除いて、組成物におけるその使用は、意図される。補足的な活性化合物はまた、この組成物に組み込まれ得る。
【０２１４】
本発明の薬学的組成物は、その意図される投与の経路と適合可能に処方される。投与経路の例としては、非経口（例えば、静脈内、皮内、皮下）、経口（例えば、吸入）、経皮的（すなわち、局所的）、粘膜を越えて、および直腸投与が挙げられる。非経口、皮内、または皮下適用のために使用される溶液または懸濁液としては、以下の成分が挙げられ得る：滅菌賦形薬（注射のための水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒）；抗菌性剤（例えば、ベンジルアルコールまたはメチルパラベン）；抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸または重亜硫酸ナトリウム）；キレート剤（例えば、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ））；緩衝液（例えば、アセテート、シトラートまたはホスフェート）；および張度の調整のための薬剤（例えば、塩化ナトリウムまたはデキストロース）。ｐＨは、酸または塩基（例えば、塩酸または水酸化ナトリウム）を用いて調整され得る。非経口調製物は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジまたは複数用量バイアルに封入され得る。
【０２１５】
注射使用に適した薬学的組成物は、滅菌の水溶液（ここで、水溶性）または分散液および滅菌注射可能な溶液または分散液の即席調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与について、適切なキャリアには、生理食塩水、静菌性水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ　ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）またはリン酸塩緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。全ての場合において、組成物は、滅菌性であるべきであり、そして容易な注入性（ｓｙｒｉｎｇｅａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度に流動的であるべきである。これは、製造および保存の条件下で安定でなければならず、そして、細菌および真菌などの微生物の汚染作用に対して維持されるべきである。このキャリアは、例えば、以下を含む溶媒または分散媒体であり得る：例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）ならびにそれらの適切な混合物。適切な流動性が、例えば、レシチンなどのコーティングの使用によって、分散に関しては、要求される粒子サイズを維持することによって、および界面活性剤を使用することによって維持され得る。微生物の作用の予防は、種々の抗菌および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）によって達成され得る。多くの場合、組成物中に等張剤（例えば、糖、マンニトール（ｍａｎｉｔｏｌ）、ソルビトールなどのポリアルコール、塩化ナトリウム）を含むことが好ましい。注射可能組成物の長期の吸収は、吸収を遅らせる薬剤（例えば、アルミニウムモノステアレートおよびゼラチン）を組成物に含ませることによってもたらされ得る。
【０２１６】
滅菌注射可能溶液は、必要量のこの活性化合物（例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質あるいは抗ＦＣＴＲＸ抗体）を、適切な溶媒中に、上記で列挙される成分の１つまたは組み合わせと共に組み込み、必要な場合、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般的に、分散液は、活性化合物を、基本分散媒体および上記で列挙される成分から必要とされる他の成分を含む滅菌ビヒクル中へ組み込むことによって調製される。滅菌注射可能溶液の調製のための滅菌粉末の場合において、調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これにより、活性成分および予め滅菌濾過されたその溶液からの任意のさらなる所望の成分の粉末を得る。
【０２１７】
経口組成物は、一般的に、不活性希釈剤または食用キャリアを含む。これらは、ゼラチンカプセルに封入され得るか、または錠剤へ圧縮され得る。経口治療投与の目的のために、この活性化合物は、賦形剤とともに組み込まれ得、そして錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤の形態で使用され得る。経口組成物はまた、マウスウォッシュ（ｍｏｕｔｈｗａｓｈ）としての使用のために流体キャリアを使用して調製され得、ここで、この流体キャリア中のこの化合物は、経口的に適用され、そして素早く動かされ（スイッシュ）（ｓｗｉｓｈ）、そして吐き出されるか、または飲み込まれる。薬学的に適合性の結合剤、および／またはアジュバント材料が、この組成物の一部として含まれ得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などが、以下のいずれかの成分または同様の性質を有する化合物を含み得る：結合剤（例えば、微結晶セルロース、ガムトラガントまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、デンプンまたはラクトース）、崩壊剤（例えば、アルギン酸）、Ｐｒｉｍｏｇｅｌ、またはコーンスターチ；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｓ）；グライダント（ｇｌｉｄａｎｔ）（例えば、コロイド状二酸化ケイ素）；甘味剤（例えば、スクロースまたはサッカリン）；あるいは香味剤（例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジフレーバー）。
【０２１８】
吸入による投与について、この化合物は、適切な噴霧剤（例えば、二酸化炭素のような気体）を含む圧縮容器またはディスペンサー、あるいは噴霧器から、エアロゾルスプレーの形態で送達される。
【０２１９】
全身的投与はまた、経粘膜手段または経皮手段により得る。経粘膜投与または経皮投与について、浸透されるバリアに対して適切な浸透剤が、処方において使用される。このような浸透剤は、一般的に、当該分野で公知であり、そして、例えば、経粘膜投与については、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、鼻スプレーまたは坐剤によって達成され得る。経皮投与については、この活性化合物は、当該分野で一般的に公知である軟膏剤、軟膏、ゲル、またはクリーム剤へ処方される。
【０２２０】
この化合物はまた、直腸送達のための坐剤の使用（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドのような従来の坐剤ベースと共に）または保持浣腸の形態で調製され得る。
【０２２１】
１つの実施形態において、この活性化合物は、身体からの迅速な排出に対してこの化合物を保護するキャリアを用いて調製され（例えば、制御放出処方物）、これには、移植片およびマイクロカプセル化された送達系が挙げられる。酢酸エチレンビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸のような、生分解性、生体適合性ポリマーが使用され得る。このような処方物の調製のための方法は、当該業者には明らかである。これらの材料はまた、Ａｌｚａ　Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｎｏｖａ　Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業的に入手可能である。リポソーム懸濁液（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を含む、感染させた細胞へ標的化されるリポソームを含む）がまた、薬学的に受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０２２２】
投与の容易さおよび投薬量の均一性のために、投薬単位形態で、経口組成物または非経口組成物を処方することが、特に有益である。本明細書で使用される投薬単位形態は、処置される被験体のための単位投薬量として適切な、物理的に個々の単位をいい；各単位は、必要とされる薬学的キャリアと関連して、所望の治療的効果を生じるように計算された所定量の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての詳細は、この活性化合物の固有の特性、および達成される特定の治療効果、ならびに個体の処置のためのこのような活性化合物を調合する当該分野に固有の制限によって決定されるか、あるいはこれらに直接依存する。
【０２２３】
本発明の核酸分子は、ベクターに挿入され得、そして遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、被験体へ、例えば、静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）または定位注射（例えば、Ｃｈｅｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．９１：３０５４−３０５７を参照のこと）によって送達され得る。遺伝子治療ベクターの薬学的調製物には、受容可能な希釈剤中の遺伝子治療ベクターが挙げられ得、または遺伝子送達ビヒクルが組み込まれる徐放性マトリックスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが、組換え細胞からインタクトで産生され得（例えば、レトロウイルスベクター）、この薬学的調製物は、遺伝子送達系を産生する１以上の細胞を含み得る。
【０２２４】
薬学的組成物は、投与のための使用説明書をとともに、容器、包装、またはディスペンサーに含まれ得る。
【０２２５】
（スクリーニング方法および検出方法）
本発明の単離された核酸分子は、ＦＣＴＲＸタンパク質を発現するために（例えば、遺伝子治療適用の際に宿主細胞における組み換え発現ベクターを介して）使用され、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡ（例えば、生物学的サンプルにおける）またはＦＣＴＲＸ遺伝子における遺伝的病変を検出し得、かつ以下にさらに記載されるようなＦＣＴＲＸ活性を調節し得る。さらに、ＦＣＴＲＸタンパク質は、ＦＣＴＲＸタンパク質活性または発現を調節する薬物または化合物をスクリーニングし、ならびにＦＣＴＲＸタンパク質の不十分かもしくは過剰な産生またはＦＣＴＲＸタンパク質形態の産生の減少またはＦＣＴＲＸ野生型タンパク質と比較して異常な活性によって特徴づけられる障害を処置するために使用され得る。さらに、本発明の抗ＦＣＴＲＸ抗体は、ＦＣＴＲＸタンパク質を検出および単離し、ならびにＦＣＴＲＸ活性を調節するために使用され得る。例えば、ＦＣＴＲＸ活性は、成長および分化、抗体産生、および腫瘍増殖を含む。
【０２２６】
本発明は、さらに、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される新規の薬剤および上記される処置のためのそれらの使用に関する。
【０２２７】
（スクリーニングアッセイ）
本発明は、調節因子、すなわち、ＦＣＴＲＸタンパク質に結合するか、あるいは例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質発現またはＦＣＴＲＸタンパク質活性に対して刺激効果または阻害効果を有する、候補化合物または候補薬剤、あるいは試験化合物または試験薬剤（例えば、ペプチド、ペプチド模倣物、低分子または他の薬物）を同定するための方法（本明細書中において「スクリーニングアッセイ」とも称される）を提供する。本発明はまた、本明細書中で記載されるスクリーニングアッセイにおいて同定される化合物を含む。
【０２２８】
１つの実施形態において、本発明は、ＦＣＴＲＸのタンパク質またはポリペプチド、あるいはその生物学的に活性な部分の膜結合形態に結合するか、またはそれら膜結合形態の活性を調節する、候補化合物もしくは試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物は、当該分野において公知のコンビナトリアルライブラリー法における任意の多数のアプローチを使用して得られ得、これらのライブラリーには、以下が挙げられる：生物学的ライブラリー；空間的にアクセス可能な平行固相もしくは溶液相ライブラリー；逆重畳を要する合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリー法。生物学的ライブラリーアプローチはペプチドライブラリーに限定されるが、他の４つのアプローチは、ペプチド、非ペプチドオリゴマーもしくは化合物の低分子ライブラリーに適用可能である（Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ　Ｄｒｕｇ　Ｄｅｓｉｇｎ　１２：１４５）。
【０２２９】
本明細書中で使用される場合、「低分子」とは、約５ｋＤ未満の分子量、最も好ましくは約４ｋＤ未満の分子量を有する組成物をいうように意味される。低分子は、例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣体、糖、脂質または他の有機分子もしくは無機分子であり得る。化学的および／または生物学的混合物（例えば、真菌、細菌または藻類抽出物）のライブラリーは、当該分野で公知であり、そして本発明のアッセイのいずれかを用いてスクリーニングされ得る。
【０２３０】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、当該分野において、例えば以下に見出され得る：ＤｅＷｉｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ　Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ　Ｓｃｉ　Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６９０９；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ　Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ　Ｓｃｉ　Ｕ．Ｓ．Ａ．９１：１１４２２；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）Ｊ　Ｍｅｄ　Ｃｈｅｍ　３７：２６７８；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ　Ｃｈｅｍ　Ｉｎｔ　Ｅｄ　Ｅｎｇｌ　３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ　Ｃｈｅｍ　Ｉｎｔ　Ｅｄ　Ｅｎｇｌ　３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ　Ｍｅｄ　Ｃｈｅｍ　３７：１２３３。
【０２３１】
化合物のライブラリーは、溶液中で（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ　１３：４１２〜４２１）、あるいはビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ　３５４：８２〜８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ　３６４：５５５〜５５６）、細菌（Ｌａｄｎｅｒ　米国特許第５，２２３，４０９号）、胞子（Ｌａｄｎｅｒ　米国特許第５，２３３，４０９号）、プラスミド（Ｃｕｌｌら（１９９２）Ｐｒｏｃ　Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ　Ｓｃｉ　ＵＳＡ　８９：１８６５〜１８６９）またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２４９：３８６〜３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２４９：４０４〜４０６；Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ　Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ　Ｓｃｉ　Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：６３７８〜６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ　２２２：３０１〜３１０；Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２３３，４０９号）において示され得る。
【０２３２】
１つの実施形態において、アッセイは細胞ベースのアッセイであり、ここで、膜結合形態のＦＣＴＲＸタンパク質、またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上に発現する細胞が、試験化合物と接触され、そしてこの試験化合物が、ＦＣＴＲＸタンパク質に結合する能力が、決定される。例えば、細胞は、哺乳動物起源または酵母細胞であり得る。この試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質に結合する能力の決定は、例えば、その試験化合物を放射性同位体標識または酵素標識とカップリングさせて、その結果、この試験化合物のＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に対する結合が、複合体におけるその標識化合物を検出することによって決定され得ることによって達成され得る。例えば、試験化合物は、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈで直接的または間接的のいずれかで標識され得、そしてその放射性同位体が、放射線放射の直接の計数により、またはシンチレーション計数により、検出され得る。あるいは、試験化合物は、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素的に標識され得、そしてこの酵素的標識が、適切な基質の生成物への転換を決定することにより、検出され得る。１つの実施形態において、このアッセイは、膜結合形態のＦＣＴＲＸタンパク質、またはその生物学的に活性な部分をその細胞表面上に発現する細胞を、ＦＣＴＲＸと結合する公知の化合物と接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物に試験化合物を接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程が、この試験化合物が、公知の化合物と比較して、ＦＣＴＲＸまたはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０２３３】
別の実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、これは、膜結合形態のＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上で発現する細胞を、試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物が、ＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物が、ＦＣＴＲＸまたはその生物学的に活性な部分の活性を調節する能力の決定は、例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質が、ＦＣＴＲＸ標的分子に結合またはこれら標的分子と相互作用する能力を決定することによって、達成され得る。本明細書中において使用する場合には、「標的分子」とは、ＦＣＴＲＸタンパク質が自然に結合または相互作用する分子であり、例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質を発現する細胞表面上の分子、第二の細胞表面上の分子、細胞外環境中の分子、細胞膜の内部表面と会合する分子、または細胞質分子である。ＦＣＴＲＸ標的分子は、非ＦＣＴＲＸ分子あるいは本発明のＦＣＴＲＸタンパク質またはポリペプチドである。１つの実施形態において、ＦＣＴＲＸ標的分子は、シグナル伝達経路の構成要素であり、これは、細胞膜を通って細胞内への細胞外シグナル（例えば、化合物が膜結合ＦＣＴＲＸ分子に結合することにより発生するシグナル）の伝達を促進する。その標的は、例えば、触媒活性を有する第二の細胞内タンパク質、または下流シグナル分子のＦＣＴＲＸとの会合を容易にするタンパク質であり得る。
【０２３４】
ＦＣＴＲＸタンパク質がＦＣＴＲＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、直接的結合を決定するための上記方法の１つにより、達成され得る。１つの実施形態において、ＦＣＴＲＸタンパク質がＦＣＴＲＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、その標的分子の活性を決定することにより、達成され得る。例えば、この標的分子の活性は、その標的の細胞セカンドメッセンジャー（すなわち、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３など）の誘導を検出すること、適切な基質への標的の触媒活性／酵素活性を検出すること、レポーター遺伝子（検出可能なマーカー（例えば、ルシフェラーゼ）をコードする核酸に作動的に連結されたＦＣＴＲＸ応答性調節エレメントを含む）の誘導を検出すること、または細胞応答（例えば、細胞生存度、細胞分化、または細胞増殖）を検出することにより、決定され得る。
【０２３５】
なお別の実施形態において、本発明のアッセイは、無細胞アッセイであり、ＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と結合する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物の、ＦＣＴＲＸタンパク質への結合は、上記のように、直接的または間接的にのいずれかで決定され得る。１つのこのような実施形態において、このアッセイは、ＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＦＣＴＲＸを結合する公知の化合物に接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、この試験化合物が、公知の化合物と比較して、ＦＣＴＲＸ、またはその生物学的に活性な部分と優先的に相互作用する能力を決定する工程を包含する。
【０２３６】
さらに別の実施形態において、アッセイは、無細胞アッセイであり、ＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触させる工程、ならびにその試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。この試験化合物がＦＣＴＲＸの活性を調節する能力の決定は、例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質が、ＦＣＴＲＸ標的分子に結合する能力を、直接的結合の決定のための上記方法の１つによって決定することにより、達成され得る。代替の実施形態において、この試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質の活性を調節する能力の決定は、ＦＣＴＲＸタンパク質が、ＦＣＴＲＸ標的分子をさらに調節する能力を決定することにより、達成され得る。例えば、この標的分子の適切な基質に対する触媒活性／酵素活性は、上記のように決定され得る。
【０２３７】
さらに別の実施形態において、無細胞アッセイは、ＦＣＴＲＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＦＣＴＲＸタンパク質を結合する既知の化合物に接触させてアッセイ混合物を形成する工程、このアッセイ混合物を試験化合物と接触させる工程、ならびにこの試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、この試験化合物がＦＣＴＲＸタンパク質と相互作用する能力の決定は、ＦＣＴＲＸタンパク質が、ＦＣＴＲＸ標的分子と優先的に結合するか、またはその標的分子の活性を調節する能力を決定する工程を包含する。
【０２３８】
本発明の無細胞アッセイは、ＦＣＴＲＸタンパク質の、可溶性の形態または膜結合形態の両方の使用に受け入れられる。膜結合形態のＦＣＴＲＸタンパク質を含む無細胞アッセイの場合には、ＦＣＴＲＸタンパク質の膜結合形態が溶液中に維持されるように、可溶化剤を利用することが所望され得る。このような可溶化剤の例には、非イオン性界面活性剤が挙げられ、例えば、ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ（Ｉｓｏｔｒｉｄｅｃｙｐｏｌｙ（ｅｔｈｙｌｅｎｅ　ｇｌｙｃｏｌ　ｅｔｈｅｒ）ｎ）、Ｎ−ドデシル−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネート、３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−１−プロパンスルホネート（３−（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏｌ−１−ｐｒｏｐａｎｅ　ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳ）、または３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（３−（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏｌ−２−ｈｙｄｒｏｘｙ−１−ｐｒｏｐａｎｅ　ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳＯ）である。
【０２３９】
本発明の上記アッセイ方法の１つより多い実施形態において、ＦＣＴＲＸタンパク質またはその標的分子のいずれかを固定して、そのタンパク質の一方または両方の非複合形態からの複合形態の分離を促進し、そしてそのアッセイの自動化に適合させることが所望され得る。試験化合物の、ＦＣＴＲＸタンパク質への結合、または候補化合物の存在下および非存在下での、ＦＣＴＲＸタンパク質の標的分子との相互作用は、これらの反応物を収容するために適切な任意の容器内で達成され得る。このような容器の例には、マイクロタイタープレート、試験管、および微小遠心管が挙げられる。１実施形態において、そのタンパク質の一方または両方がマトリックスに結合することを可能にするドメインを付加する融合タンパク質が、提供され得る。例えば、ＧＳＴ−ＦＣＴＲＸ融合タンパク質またはＧＳＴ標的融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ　Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、次いでこれらは、試験化合物と合わせられるか、あるいは試験化合物および未吸着標的タンパク質またはＦＣＴＲＸタンパク質のいずれかと合わせられ、そしてこの混合物が、複合体形成を誘導する条件下（例えば、塩およびｐＨに関して生理学的条件）でインキュベートされる。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレートウェルを洗浄して、結合していないあらゆる成分を除去し、ビーズの場合にはマトリックスを固定し、例えば上記のように、複合体を直接的または間接的のいずれかで決定する。あるいは、複合体がマトリックスから解離され得、そしてＦＣＴＲＸタンパク質の結合レベルまたは活性レベルを、標準的な技術を使用して決定し得る。
【０２４０】
タンパク質をマトリックスに固定するための他の技術もまた、本発明のスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。例えば、ＦＣＴＲＸタンパク質、またはその標的分子のいずれかが、ビオチンとストレプトアビジンとの結合を利用して、固定され得る。ビオチン化ＦＣＴＲＸタンパク質、または標的分子は、当該分野において周知の技術を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）から調製され得（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ　Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．）、そしてストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルのプレート（Ｐｉｅｒｃｅ　Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェルに固定され得る。あるいは、ＦＣＴＲＸタンパク質、または標的分子と反応性であるがＦＣＴＲＸタンパク質のその標的分子への結合を妨害しない抗体が、そのプレートのウェルに誘導体化され得、そして結合していない標的またはＦＣＴＲＸタンパク質が、抗体の結合によってウェル内に捕捉され得る。このような複合体を検出するための方法には、ＧＳＴ固定複合体に関しての上記で述べた方法に加えて、ＦＣＴＲＸタンパク質または標的分子と反応性の抗体を使用する、複合体の免疫検出、ならびにＦＣＴＲＸタンパク質、または標的分子に関する酵素活性の検出に依存する酵素結合アッセイが挙げられる。
【０２４１】
別の実施形態において、ＦＣＴＲＸタンパク質発現のモジュレーターは、細胞を候補化合物と接触させ、そして細胞中のＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を決定する方法において同定される。候補化合物の存在下でのＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルは、候補化合物の非存在下でのＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づいて、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質発現のモジュレーターとして同定され得る。例えば、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が候補化合物の非存在下より、その存在下における方が大きい（すなわち、統計的に有意に大きい）場合、この候補化合物は、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現の刺激物質として同定される。あるいは、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が候補化合物の非存在下よりその存在下の方が少ない（統計的に有意に少ない）場合、この候補化合物は、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のインヒビターとして同定される。細胞中のＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルは、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡまたはタンパク質を検出するための本明細書中に記載の方法によって決定され得る。
【０２４２】
本発明のなお別の局面において、ＦＣＴＲＸタンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイにおいて「餌（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用されて（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら、１９９３．Ｃｅｌｌ　７２：２２３−２３２；Ｍａｄｕｒａら、１９９３　Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６−１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら、１９９３．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ　１４：９２０−９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら、１９９３．Ｏｎｃｏｇｅｎｅ　８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ　ＷＯ９４／１０３００を参照のこと）、ＦＣＴＲＸ（「ＦＣＴＲＸ結合タンパク質」または「ＦＣＴＲＸ−ｂｐ」）に結合するか、またはこれと相互作用し、そしてＦＣＴＲＸ活性を調節する他のタンパク質を同定し得る。このようなＦＣＴＲＸ結合タンパク質はまた、例えば、ＦＣＴＲＸ経路の上流または下流エレメントとしてＦＣＴＲＸタンパク質によるシグナル伝達に関与する可能性がある。
【０２４３】
ツーハイブリッドシステムは、分離可能なＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインからなる、大部分の転写因子のモジュール的性質に基づく。簡潔には、このアッセイは、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。一方の構築物においては、ＦＣＴＲＸをコードする遺伝子が既知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他方の構築物においては、ＤＮＡ配列のライブラリー由来の、未同定タンパク質（「餌食（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列が、既知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「餌」および「餌食」タンパク質がインビボで相互作用して、ＦＣＴＲＸ依存性複合体を形成し得る場合、この転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、非常に近くにある。近位にあることにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結されたレポーター遺伝子（例えば、ＬａｃＺ）の転写が可能となる。レポーター遺伝子の発現が検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーが単離され得、そしてＦＣＴＲＸと相互作用するタンパク質をコードするクローニングされた遺伝子を得るために使用され得る。
【０２４４】
本発明はさらに、上記のスクリーニングアッセイにより同定される新規な薬剤および本明細書中に記載されるような処置のためのこの薬剤の使用に関する。
【０２４５】
（検出アッセイ）
本明細書中で同定されるｃＤＮＡ配列の一部またはフラグメント（および対応する完全な遺伝子配列）は、ポリヌクレオチド試薬として多くの方法で使用され得る。例えば、これらの配列を使用して、（ｉ）染色体上にそれぞれの遺伝子をマッピングし得；従って遺伝病と関連する遺伝子領域を位置決定し得る；（ｉｉ）微量の生物学的サンプルから個体を同定し得る（組織型決定）；および（ｉｉｉ）生物学的サンプルの法医学的識別を助け得るが、これに限定されない。これらの適用のいくつかは、以下の節において記載される。
【０２４６】
（染色体マッピング）
一旦、遺伝子の配列（または配列の一部分）が単離されると、この配列を用いて染色体上に遺伝子の位置をマッピングし得る。このプロセスは、染色体マッピングとよばれる。従って、ＦＣＴＲＸ配列の一部またはフラグメント、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９、またはそのフラグメントもしくは誘導体を用いて、それぞれ、ＦＣＴＲＸ遺伝子の位置を染色体上にマッピングし得る。ＦＣＴＲＸ配列を染色体にマッピングすることは、これらの配列と、疾患と関連する遺伝子とを相関付ける際の重要な第一歩である。
【０２４７】
簡潔には、ＦＣＴＲＸ遺伝子は、ＦＣＴＲＸ配列からＰＣＲプライマー（好ましくは、１５〜２５ｂｐの長さ）を調製することにより染色体にマッピングし得る。ＦＣＴＲＸ配列のコンピューター分析を用いて、ゲノムＤＮＡにおける１つを超えるエキソンにまたがらないプライマーを迅速に選択し得、従って、増幅プロセスを複雑にし得る。次いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングのために使用され得る。ＦＣＴＲＸ配列に対応するヒト遺伝子を含むハイブリッドのみが、増幅されたフラグメントを生じる。
【０２４８】
体細胞ハイブリッドは、異なる哺乳動物由来の体細胞（例えば、ヒトおよびマウス細胞）を融合することにより調製される。ヒトおよびマウス細胞のハイブリッドが増殖および分裂するにつれ、それらは、無作為な順序で徐々にヒト染色体を失うが、マウス染色体を維持する。マウス細胞は増殖できないが、ヒト細胞は増殖できる培地を使用することにより、それらは特定の酵素を失うので、必要な酵素をコードする遺伝子を含む１つのヒト染色体が維持される。種々の培地を使用することによって、ハイブリッド細胞株のパネルが確立され得る。パネルにおける各細胞株は、単一のヒト染色体または少数のヒト染色体いずれか、およびマウス染色体の完全なセットを含み、これにより、個々の遺伝子を特定のヒト染色体にマッピングすることが容易に可能になる。Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏら、１９８３．Ｓｃｉｅｎｃｅ　２２０：９１９−９２４を参照のこと。ヒト染色体のフラグメントのみを含む体細胞ハイブリッドはまた、転座および欠失を伴うヒト染色体を使用することにより生成され得る。
【０２４９】
体細胞ハイブリッドのＰＣＲマッピングは、特定の染色体に特定の配列を割り当てるための迅速な手順である。１つのサーマルサイクラーを用いて一日に３つ以上の配列が割り当てられ得る。ＦＣＴＲＸ配列を使用して、オリゴヌクレオチドプライマーを設計すると、下位位置決定（ｓｕｂｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ）は、特定の染色体由来のフラグメントのパネルを用いて達成され得る。
【０２５０】
中期染色体スプレッドに対するＤＮＡ配列の蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）をさらに使用して、一工程で正確な染色体位置を提供し得る。染色体スプレッドは、コルセミド（紡錘体を破壊する）のような化学物質により分裂が中期においてブロックされた細胞を使用して行われ得る。この染色体は、トリプシンで短時間処理され得、次いで、ギームザ染色され得る。薄いバンドおよび濃いバンドのパターンが各染色体で発生し、その結果、この染色体は、個々に同定され得る。ＦＩＳＨ技術は、５００または６００塩基ほどの短さのＤＮＡ配列と共に使用され得る。しかし、１，０００塩基より大きなクローンは、簡単な検出に十分なシグナル強度で、独特の染色体位置に結合する可能性がより高い。好ましくは、１，０００塩基、そしてより好ましくは、２，０００塩基が妥当な時間量で良好な結果を得るために十分である。この技術の総説については、Ｖｅｒｍａら、ＨＵＭＡＮ　ＣＨＲＯＭＯＳＯＭＥＳ：Ａ　ＭＡＮＵＡＬ　ＯＦ　ＢＡＳＩＣ　ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ（Ｐｅｒｇａｍｏｎ　Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ　１９８８）を参照のこと。
【０２５１】
染色体マッピングの試薬が、単一の染色体またはその染色体上の単一部位を印付けするために個々に使用され得るか、または試薬のパネルが、複数部位および／または複数染色体を印付けするために使用され得る。遺伝子の非コード領域に対応する試薬は、実際に、マッピング目的のために好ましい。コード配列は、遺伝子ファミリー内に保存されており、従って、染色体マッピングの間に交差ハイブリダイゼーションの機会が増大する可能性が高い。
【０２５２】
一旦、配列が正確な染色体位置にマッピングされると、その配列の染色体上の物理的位置は、遺伝子マップデータと相関し得る。このようなデータは、例えば、ＭｃＫｕｓｉｃｋ，ＭＥＮＤＥＬＩＡＮ　ＩＮＨＥＲＩＴＡＮＣＥ　ＩＮ　ＭＡＮ（Ｊｏｈｎｓ　Ｈｏｐｋｉｎｓ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　Ｗｅｌｃｈ　Ｍｅｄｉｃａｌ　Ｌｉｂｒａｒｙを通じてオンラインで入手可能）において見いだされる。次いで、同じ染色体領域にマッピングされる遺伝子と疾患との間の関係は、例えば、Ｅｇｅｌａｎｄら，１９８７．Ｎａｔｕｒｅ，３２５：７８３−７８７に記載される連鎖分析（物理的に隣接する遺伝子の同時遺伝）によって同定され得る。
【０２５３】
さらに、ＦＣＴＲＸ遺伝子と関連する疾患に罹患した個体と、この疾患に罹患していない個体との間のＤＮＡ配列における差異が決定され得る。罹患した個体のいくらかまたは全てにおいて変異が認められるが、非罹患個体のいずれにおいても認められない場合、この変異は特定の疾患の候補因子である可能性が高い。罹患個体と非罹患個体の比較は、一般に、染色体における構造的変化（例えば、染色体スプレッドから可視であるか、またはそのＤＮＡ配列に基づいたＰＣＲを用いて検出可能な欠失または転座）を最初に探すことを包含する。最終的に、いくらかの個体に由来する遺伝子の完全な配列決定を行って、変異の存在を確認し、かつ多型に由来する変異を区別し得る。
【０２５４】
（組織型決定（ｔｉｓｓｕｅ　ｔｙｐｉｎｇ））
本発明のＦＣＴＲＸ配列はまた、わずかな生物学的サンプルから個体を識別するために使用され得る。この技術において、個体のゲノムＤＮＡは、１つ以上の制限酵素で消化され、そして同定のために独特のバンドを生成するためにサザンブロット上でプローブされる。本発明の配列は、ＲＦＬＰ（米国特許第５，２７２，０５７号に記載の「制限フラグメント長多型」）のためのさらなるＤＮＡマーカーとして有用である。
【０２５５】
さらに、本発明の配列を用いて、個体のゲノムの選択された部分について実際の塩基ごとにＤＮＡ配列を決定する代替的技術を提供し得る。従って、本明細書中に記載のＦＣＴＲＸ配列を用いて、配列の５’末端および３’末端から２つのＰＣＲプライマーを調製し得る。次いで、これらのプライマーを使用して、個体のＤＮＡを増幅し得、引き続いて、配列決定し得る。
【０２５６】
このように調製された個体由来の対応するＤＮＡ配列のパネルは、各個体が、対立遺伝子差異に起因するこのようなＤＮＡ配列の独特のセットを有するので、独特の個体識別を提供し得る。本発明の配列は、個体由来および組織由来のこのような識別配列を得るために使用され得る。本発明のＦＣＴＲＸ配列は、ヒトゲノムの部分を独特に表す。対立遺伝子変異は、これらの配列のコード領域においてある程度生じ、そして非コード領域においてより大きな程度に生じる。個々のヒト間での対立遺伝子変異は、各５００塩基につき約１回の頻度で生じると見積もられる。対立遺伝子変異の多さは、制限フラグメント長多型（ＲＦＬＰ）を含む単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）に起因する。
【０２５７】
本明細書中で記載の配列の各々は、ある程度、標準物質（これに対して個体由来のＤＮＡが識別の目的で比較され得る）として使用され得る。より多くの多型が非コード領域で生じるので、個体を区別するために、それほど多くの配列が必要であるわけではない。非コード配列は、おそらく１０〜１，０００プライマーのパネルを用いてポジティブな個体識別を不自由なく提供し得る。これらのプライマーは、各々が１００塩基の増幅された非コード配列を生じる。推定コード配列（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９における配列）が使用される場合、ポジティブな個体識別に関するプライマーのより適切な数は、５００〜２，０００である。
【０２５８】
（予測医療）
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイ、薬物ゲノム（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ）およびモニタリング臨床試験が、予後（予測）の目的に使用され、これによって個体を予防的に処置する、予測医療の分野に関する。従って、本発明の１つの局面は、ＦＣＴＲＸタンパク質および／または核酸の発現、ならびにＦＣＴＲＸの活性を、生物学的サンプル（例えば、血液、血清、細胞、組織）の状況で決定するための診断アッセイに関し、これによって、異常なＦＣＴＲＸの発現または活性に関連して、個体が疾患または障害に罹患するかどうか、あるいは障害を発症するリスクがあるかどうかを決定する。この障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の胃脂肪血症、肥満に関連する代謝障害、代謝症候群Ｘ、ならびに慢性疾患および種々の癌に関連する萎縮障害が挙げられる。本発明はまた、個体が、ＦＣＴＲＸのタンパク質、核酸の発現または活性と関連した障害を発症するリスクがあるかどうかを決定するための予後的（または予測的）アッセイを提供する。例えば、ＦＣＴＲＸの遺伝子における変異が、生物学的サンプルにおいてアッセイされ得る。このようなアッセイは、予後的または予測的な目的に使用され得、これによってＦＣＴＲＸのタンパク質、核酸の発現または生物学的活性によって特徴付けられるかまたは関連した障害の発病の前に個体を予防的に処置する。
【０２５９】
本発明の別の局面は、個体におけるＦＣＴＲＸのタンパク質、核酸の発現あるいは活性を決定するための方法を提供し、これによって、その個体についての適切な治療的または予防的試薬（本明細書において「薬物ゲノム」とよばれる）を選択する。薬物ゲノムは、個体の遺伝型（例えば、特定の試薬に対して応答する個体の能力を決定するために試験された個体の遺伝型）に基づいて個体の治療的または予防的処置のための試薬（例えば、薬物）の選択を可能にする。
【０２６０】
本発明のなお別の局面は、臨床試験におけるＦＣＴＲＸの発現または活性に対する試薬（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることに関する。
【０２６１】
これらおよび他の試薬は、以下の節でさらに詳細に記載される。
【０２６２】
（診断アッセイ）
生物学的サンプルにおけるＦＣＴＲＸの存在または非存在を検出するための例示的な方法は、試験被験体から生物学的サンプルを得る工程、およびその生物学的サンプルをＦＣＴＲＸのタンパク質またはＦＣＴＲＸタンパク質をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）を検出し得る化合物もしくは薬剤とを接触させ、その結果、ＦＣＴＲＸの存在が、その生物学的サンプルにおいて検出される、工程を包含する。ＦＣＴＲＸのｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出するための薬剤は、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡにハイブリダイズし得る、標識された核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、全長のＦＣＴＲＸの核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７および２９の核酸またはそれらの一部）（例えば、少なくとも、１５、３０、５０、１００、２５０もしくは５００ヌクレオチド長であり、そしてストリンジェントな条件下でＦＣＴＲＸのｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡと特異的にハイブリダイズするに十分であるオリゴヌクレオチド）であり得る。本発明の診断アッセイにおける使用のための他の適切なプローブは、本明細書において記載されている。
【０２６３】
ＦＣＴＲＸのタンパク質を検出するための薬剤は、ＦＣＴＲＸタンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナルであり得るか、またはより好ましくはモノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）が使用され得る。用語「標識（された）」とは、プローブまたは抗体に関して、検出可能な物質をそのプローブもしくは抗体にカップリングさせる（すなわち、物理的に連結する）ことによってそのプローブまたは抗体を直接標識すること、ならびに、直接標識された別の試薬との反応性によってそのプローブもしくは抗体の間接的な標識をすることを包含することが意図される。間接的な標識の例としては、蛍光標識された二次抗体を用いた一次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンを用いて検出され得るような、ビオチンを用いたＤＮＡプローブの末端標識が挙げられる。用語「生物学的サンプル」とは、被験体から単離された、組織、細胞および生物学的流体ならびに被験体に存在する組織、細胞および流体を含むことが意図される。すなわち、本発明の検出方法を用いて、ＦＣＴＲＸのｍＲＮＡ、タンパク質またはゲノムＤＮＡを、生物学的サンプル中で、インビトロおよびインビボで検出し得る。例えば、ＦＣＴＲＸ　ｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノーザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。ＦＣＴＲＸタンパク質の検出のためのインビトロ技術としては、酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光が挙げられる。ＦＣＴＲＸゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、ＦＣＴＲＸのタンパク質の検出のためのインビボ技術としては、標識された抗ＦＣＴＲＸ抗体を被験体に導入することが挙げられる。例えば、その抗体は、放射性マーカーを用いて標識され得る。被験体における放射性マーカーの存在および位置は、標準的な画像化技術によって検出され得る。
【０２６４】
１つの実施形態において、この生物学的サンプルは、その試験被験体からのタンパク質分子を含む。あるいは、その生物学的サンプルは、その試験被験体からのｍＲＮＡ分子またはその試験被験体からのゲノムＤＮＡ分子を含み得る。好ましい生物学的サンプルは、被験体から従来の手段によって単離された末梢血白血球サンプルである。
【０２６５】
別の実施形態において、本発明の方法はさらに、コントロール被験体からコントロール生物学的サンプルを得る工程、そのコントロールサンプルを、ＦＣＴＲＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出し得る化合物もしくは薬剤と接触させ、その結果、ＦＣＴＲＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在がその生物学的サンプルにおいて検出される、工程、およびそのコントロールサンプルにおけるＦＣＴＲＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在と、その試験サンプルにおけるＦＣＴＲＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在とを比較する工程を包含する。
【０２６６】
本発明はまた、生物学的サンプルにおけるＦＣＴＲＸの存在を検出するためのキットを包含する。例えば、このキットは、以下を備え得る：生物学的サンプルにおいてＦＣＴＲＸのタンパク質またはｍＲＮＡを検出し得る、標識された化合物もしくは薬剤；そのサンプルにおいてＦＣＴＲＸの量を決定するための手段；およびそのサンプルにおいて、標準と、ＦＣＴＲＸの量とを比較するための手段。この化合物または薬剤は、適切な容器内に包装され得る。このキットは、さらに、ＦＣＴＲＸのタンパク質または核酸を検出するためにそのキットを用いるための指示書を備え得る。
【０２６７】
（予後アッセイ）
本明細書において記載された診断方法をさらに利用して、ＦＣＴＲＸの異常発現または異常活性に関連した疾患もしくは障害を有するかまたはその発症の危険性を有する、被験体を同定し得る。例えば、本明細書に記載されるアッセイ（例えば、上述の診断アッセイまたは下記のアッセイ）を利用して、ＦＣＴＲＸのタンパク質、核酸の発現または活性に関連する障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。あるいは、この予後アッセイを利用して、疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。従って、本発明は、ＦＣＴＲＸの異常発現または異常活性に関連する疾患もしくは障害を同定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルは、被験体から得られ、そしてＦＣＴＲＸのタンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）が検出され、ここで、ＦＣＴＲＸのタンパク質または核酸の存在は、ＦＣＴＲＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体についての診断指標である。本明細書において使用される場合「試験サンプル」とは、目的の被験体から得られた生物学的サンプルをいう。例えば、試験サンプルは、生物学的流体（例えば、血清）、細胞サンプル、または組織であり得る。
【０２６８】
さらに、本明細書に記載される予後アッセイを使用して、被験体に薬剤（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の薬物候補）を投与してＦＣＴＲＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を処置し得るか否かを、決定し得る。例えば、このような方法を使用して、被験体が障害のための薬剤で有効に処置され得るか否かを決定し得る。従って、本発明は、ＦＣＴＲＸの異常発現または異常活性に関連する障害についての薬剤を用いて、被験体が有効に処置され得るか否かを決定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルが得られ、そしてＦＣＴＲＸのタンパク質または核酸が検出される（例えば、ここで、ＦＣＴＲＸのタンパク質または核酸の存在は、この薬剤が投与されてＦＣＴＲＸの異常発現または異常活性に関連する障害が処置され得る被験体についての、診断指標である）。
【０２６９】
本発明の方法はまた、ＦＣＴＲＸ遺伝子における遺伝的損傷を検出し、それによって、その損傷遺伝子を有する被験体が異常な細胞増殖および／または分化によって特徴付けられる障害についての危険性を有するか否かを決定するためにも使用され得る。種々の実施形態において、この方法は、その被験体からの細胞のサンプルにおいて、ＦＣＴＲＸタンパク質をコードする遺伝子の完全性に影響を与える少なくとも１つの変更によって特徴付けられる遺伝的損傷の存在または非存在を検出するか、あるいはＦＣＴＲＸ遺伝子の誤発現を検出する、工程を包含する。例えば、そのような遺伝的損傷は、以下の少なくとも１つの存在を確認することによって検出され得る：（ｉ）ＦＣＴＲＸ遺伝子からの１つ以上のヌクレオチドの欠失；（ｉｉ）ＦＣＴＲＸ遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの付加；（ｉｉｉ）ＦＣＴＲＸ遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換、（ｉｖ）ＦＣＴＲＸ遺伝子の染色体再配列；（ｖ）ＦＣＴＲＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルにおける変更、（ｖｉ）ＦＣＴＲＸ遺伝子の異常改変（例えば、ゲノムＤＮＡのメチル化パターンの異常改変）、（ｖｉｉ）ＦＣＴＲＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、（ｖｉｉｉ）ＦＣＴＲＸタンパク質の非野生型レベル、（ｉｘ）ＦＣＴＲＸ遺伝子の対立遺伝子の欠失、ならびに（ｘ）ＦＣＴＲＸタンパク質の不適切な翻訳後修飾。本明細書において記載されるように、当該分野において、ＦＣＴＲＸ遺伝子における損傷を検出するために使用され得る、多数の公知のアッセイ技術が存在する。好ましい生物学的サンプルは、従来手段によって被験体から単離された末梢血白血球サンプルである。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプルが使用され得、これには、例えば、頬粘膜細胞が挙げられる。
【０２７０】
特定の実施形態において、損傷の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号を参照のこと）（例えば、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ　ＰＣＲ）、あるいは、連結連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２４１：１０７７−１０８０；およびＮａｋａｚａｗａら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｉｃ．ＵＳＡ　９１：３６０−３６４を参照のこと）におけるプローブ／プライマーの使用を包含する。後者は、ＦＣＴＲＸ遺伝子における点変異を検出するために特に有用であり得る）（Ａｂｒａｖａｙａら，１９９５　Ｎｕｃｌ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ　２３：６７５−６８２を参照のこと）。この方法は、患者から細胞のサンプルを収集する工程、核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたはその両方）をそのサンプルの細胞から単離する工程、ＦＣＴＲＸの遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーとその核酸サンプルとを、（存在する場合に）ＦＣＴＲＸ遺伝子のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で接触させる工程、ならびに増幅産物の存在もしくは非存在を検出する工程、またはその増幅産物のサイズを検出する工程およびその長さをコントロールサンプルと比較する工程を包含し得る。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書中に記載される変異を検出するために使用される技術のいずれかとともに予備的増幅工程として使用されることが望ましくあり得ることが予想される。
【０２７１】
代替的な増幅方法としては、以下が挙げられる：当業者に周知な技術を用いた、その増幅された分子の検出の前に行われる、自己維持配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、１９９０、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　８７：１８７４−１８７８を参照のこと）、転写増幅系（Ｋｗｏｈら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　８６：１１７３−１１７７を参照のこと）、Ｑβレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　６：１１９７を参照のこと）、または他の任意の核酸増幅方法。これらの検出スキームは、核酸分子が非常に極少数で存在する場合に、そのような核酸分子の検出のために特に有用である。
【０２７２】
代替の実施形態において、サンプル細胞からのＦＣＴＲＸ遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変更によって同定され得る。例えば、サンプルおよびコントロールのＤＮＡが単離され、（必要に応じて）増幅され、１つ以上の制限エンドヌクレアーゼを用いて消化され、そしてフラグメント長の大きさがゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルＤＮＡとコントロールＤＮＡとの間のフラグメント長の大きさにおける差異は、そのサンプルＤＮＡにおける変異を示す。さらに、配列特異的なリボザイムの使用（例えば、米国特許第５，４９３，５３１号を参照のこと）を使用して、リボザイム切断部位の発生または喪失によって特定の変異の存在についてスコア付けし得る。
【０２７３】
他の実施形態において、ＦＣＴＲＸにおける遺伝子変異は、サンプル核酸およびコントロール核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイに対してハイブリダイズさせることによって同定され得る（例えば、Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）Ｈｕｍａｎ　Ｍｕｔａｔｉｏｎ　７：２４４−２５５；Ｋｏｚａｌら（１９９６）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２：７５３−７５９を参照のこと）。例えば、ＦＣＴＲＸにおける遺伝子変異は、Ｃｒｏｎｉｎら（前出）に記載されるように光生成ＤＮＡプローブを含む二次元アレイにおいて同定され得る。手短かには、プローブの第一ハイブリダイゼーションアレイを用いて、サンプルおよびコントロールにおける長いストレッチのＤＮＡにわたって走査し、連続的に重複するプローブの線状アレイを作成することによって、その配列間の塩基変化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程に第二のハイブリダイゼーションアレイが続き、これは、検出される全ての改変体または変異体に相補的な、より小さな特化されたプローブアレイを用いることによる特定の変異の特徴付けを可能にする。各変異アレイは、一方が野生型遺伝子に対して相補的であり、そして他方が変異遺伝子に対して相補である並行プローブセットから構成される。
【０２７４】
なお別の実施形態において、当該分野で公知の種々の配列決定反応のいずれかを使用して、ＦＣＴＲＸ遺伝子を直接配列決定し得、そしてサンプルＦＣＴＲＸ配列と対応する野生型（コントロール）配列とを比較することによって、変異を検出し得る。配列決定反応の例としては、ＭａｘｉｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｉｃ．ＵＳＡ　７４：５６０またはＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｉｃ．ＵＳＡ　７４：５４６３によって開発された技術に基づくものが挙げられる。診断アッセイを実施する場合、種々の自動化配列決定手順のいずれかを利用し得ることもまた意図される（例えば、Ｎａｅｖｅら（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ　１９：４４８を参照のこと）。これらには、質量分析法による配列決定法（例えば、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ　９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ　３６：１２７−１６２；およびＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８．：１４７−１５９を参照のこと）が含まれる。
【０２７５】
ＦＣＴＲＸ遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断剤からの保護を使用して、ＲＮＡ／ＲＮＡヘテロ二重鎖もしくはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖におけるミスマッチ塩基を検出する方法が挙げられる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２３０：１２４２を参照のこと。一般に、「ミスマッチ切断」の当該分野の技術は、野生型のＦＣＴＲＸ配列を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織サンプルから得られた潜在的な変異体ＲＮＡまたは潜在的な変異体ＤＮＡとハイブリダイズさせることによって形成されるヘテロ二重鎖を提供する工程によって始まる。この二本鎖の二重鎖を、二重鎖の一本鎖領域（例えば、そのコントロール鎖とサンプル鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在するもの）を切断する薬剤を用いて処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖を、ＲＮａｓｅを用いて処理し得、そしてＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを、そのミスマッチ領域を酵素的に消化することに対して、Ｓ１ヌクレアーゼを用いて処理し得る。他の実施形態において、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡのいずれかの二重鎖を、ミスマッチ領域を消化するために、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウム、およびピペリジンを用いて処理し得る。そのミスマッチ領域の消化後、次いで、得られた物質を変性ポリアクリルアミドゲル上で、大きさにより分離して、変異の部位を決定する。例えば、Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照のこと。１つの実施形態において、コントロールのＤＮＡまたはＲＮＡは、検出のために標識され得る。
【０２７６】
なお別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、二本鎖ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を、細胞のサンプルから得られたＦＣＴＲＸ　ｃＤＮＡにおける点変異を検出およびマッピングするために規定された系において使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチでＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞からのチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチでＴを切断する。例えば、Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ　１５：１６５７〜１６６２を参照のこと。例示的な実施形態に従って、ＦＣＴＲＸ配列（例えば、野生型ＦＣＴＲＸ配列）に基づくプローブは、試験細胞由来のｃＤＮＡ産物または他のＤＮＡ産物にハイブリダイズされる。二重鎖は、ＤＮＡミスマッチ修復酵素を用いて処理され、そしてその切断産物は（もしあれば）、電気泳動プロトコルなどから検出され得る。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。
【０２７７】
他の実施形態において、電気泳動の移動度における変化は、ＦＣＴＲＸ遺伝子における変異を同定するために使用される。例えば、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）は、変異体核酸と野生型核酸との間の電気泳動の移動度における差異を検出するために使用され得る。例えば、Ｏｒｉｔａら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ：８６：２７６６；Ｃｏｔｔｏｎ、１９９３、Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５〜１４４；Ｈａｙａｓｈｉ、１９９２、Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３〜７９を参照のこと。サンプルＦＣＴＲＸ核酸およびコントロールＦＣＴＲＸ核酸の一本鎖ＤＮＡフラグメントは、変性され、そして再生される。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変化し、電気泳動の移動度において得られる変化は、１つの塩基変化の検出さえも可能にする。そのＤＮＡフラグメントは、標識され得るか、または標識されたプローブを用いて検出され得る。アッセイの感度は、ＤＮＡよりもむしろ、二次構造が配列中の変化に対してより感受的であるＲＮＡを使用することによって増強され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動の移動度における変化に基づいて二本鎖のヘテロ二重鎖分子を分離する。例えば、Ｋｅｅｎら、１９９１、Ｔｒｅｎｄｓ　Ｇｅｎｅｔ．７：５を参照のこと。
【０２７８】
なお別の実施形態において、一定勾配の変性剤を含有するポリアクリルアミドゲルにおける変異体フラグメントまたは野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ　３１３：４９５を参照のこと。ＤＧＧＥが分析の方法として使用される場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲにより約４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを付加することによって、完全には変性されないことを確実するように改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールおよびサンプルＤＮＡの移動度における差異を同定するために、変性剤勾配の代わりに使用される。例えば、ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ、１９８７、Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３を参照のこと。
【０２７９】
点変異を検出するための他の技術の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーは、既知の変異が中心的に配置されるように調製され得、次いで、完全な一致が見出される場合にのみハイブリダイゼーションを許容する条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズされる。例えば、Ｓａｉｋｉら、１９８６、Ｎａｔｕｒｅ　３２４：１６３）；Ｓａｉｋｉら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　８６：６２３０を参照のこと。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイズ膜に付着され、そして標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズされた場合に、ＰＣＲ増幅された標的ＤＮＡまたは多くの異なる変異にハイブリダイズされる。
【０２８０】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術が、本発明と合わせて使用され得る。特異的増幅についてのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心において（その結果、増幅は、差次的ハイブリダイゼーションに依存する）（Ｇｉｂｂｓら、１９８９、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．１７：２４３７〜２４４８）か、あるいは適切な条件下でミスマッチがポリメラーゼ伸長を妨げられ得るかまたは減少し得る、１つのプライマーの３’の最末端で、目的の変異を保有し得る（例えば、Ｐｒｏｓｓｎｅｒ、１９９３、Ｔｉｂｔｅｃｈ　１１：２３８を参照のこと）。さらに、切断に基づく検出を行うために、変異領域に新規な制限部位を導入することは、望ましくあり得る。例えば、Ｇａｓｐａｒｉｎｉら、１９９２、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ　Ｐｒｏｂｅｓ　６：１を参照のこと。特定の実施形態において、増幅はまた、増幅用Ｔａｑリガーゼを使用して実施され得ることが予測される。例えば、Ｂａｒａｎｙ、１９９１、Ｐｒｏｃ　Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ　Ｓｃｉ　ＵＳＡ　８８：１８９を参照のこと。このような場合において、連結は、５’配列の３’末端に完全な一致が存在する場合にのみ生じ、増幅の存在または非存在を探索することによって、特定の部位における既知の変異の存在を検出することを可能にする。
【０２８１】
本明細書中に記載される方法は、例えば、本明細書中に記載される少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含む、予めパッケージングされた診断キットを利用することによって実施され得、これは、例えば、ＦＣＴＲＸ遺伝子を含む疾患または疾病の症状または家族病歴を示す患者を診断するための臨床的設定において簡便に使用され得る。
【０２８２】
さらに、ＦＣＴＲＸが発現される任意の細胞型または組織（好ましくは、末梢血白血球）は、本明細書中に記載される予後アッセイにおいて利用され得る。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプル（例えば、頬粘膜細胞を含む）が、使用され得る。
【０２８３】
（薬理ゲノム学（Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ））
ＦＣＴＲＸ活性（例えば、ＦＣＴＲＸ遺伝子発現）に対する刺激性または阻害性の影響を有する因子、すなわちモジュレーターは、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定されるように、障害（この障害は、代謝障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異脂肪血症、肥満に関連する代謝障害、代謝症候群Ｘおよび慢性疾患と種々の癌に関連する消耗障害を含む）を処置（予防的または治療的に）するために個体に投与され得る。このような処置と合わせて、個体の薬理ゲノム学（すなわち、個体の遺伝子型と外来化合物または薬物に対するその個体の応答との間の関係についての研究）が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血中濃度との間の関係を変更することによって、重篤な毒性または治療の失敗を導き得る。従って、個体の薬理ゲノム学は、個体の遺伝子型の考慮に基づく予防的または治療的処置のために有効な薬剤（例えば、薬物）の選択を許容する。このような薬理ゲノム学は、さらに、適切な投薬量および治療レジメンを決定するために使用され得る。従って、ＦＣＴＲＸタンパク質の活性、ＦＣＴＲＸ核酸の発現、あるいは個体におけるＦＣＴＲＸ遺伝子の変異含量が決定されて、それによって個体の治療的または予防的処置のために適切な薬剤を選択し得る。
【０２８４】
薬理ゲノム学は、罹患された人おける変更された薬物の性質および異常な作用に起因して、薬物に応答する臨床的に有意な遺伝性変更を扱う。例えば、Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ、１９９６、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．，２３：９８３〜９８５およびＬｉｎｄｅｒ、１９９７、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．，４３：２５４〜２６６を参照のこと。一般に、２つの型の薬理ゲノム学状態が、区別され得る。薬物が身体に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物作用）、または身体が薬物に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物代謝）。これらの薬理ゲノム学状態は、稀な欠損としてか、または多型としてのいずれかで生じ得る。例えば、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）欠損は、一般的な遺伝性酵素病であり、この主な臨床的合併症は、酸化剤薬物（抗マラリア剤、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）の摂取およびソラマメの消費後の溶血である。
【０２８５】
例示的な実施形態として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強度および持続期間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素（例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２（ＮＡＴ２）およびシトクロムＰ４５０酵素ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９）の遺伝的多型の発見は、幾人かの患者が予期される薬物効果を得ないか、または標準的かつ安全な用量の薬物を摂取した後に過大な薬物応答および深刻な毒性を示すことに関しての説明を提供した。これらの多型は、集団において２つの表現型（高い代謝能を持つ人（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ　ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＥＭ）および低い代謝能を持つ人（ｐｏｏｒ　ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＰＭ））で表現される。ＰＭの有病率は、異なる集団の間で異なる。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードする遺伝子は高度に多型であり、そしていくらかの変異がＰＭにおいて同定されており、この全ては機能的ＣＹＰ２Ｄ６の非存在に至る。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の低い代謝能を持つ人は、彼らが標準的な用量を受ける場合に、かなり頻繁に過大な薬物応答および副作用を経験する。代謝産物が活性な治療剤的部分である場合、そのＣＹＰ２Ｄ６形成代謝産物であるモルヒネによって媒介されるコデインの鎮痛効果について実証されるように、ＰＭは治療的応答を示さない。他の極端なものは、標準的な用量に応答しない、いわゆる超迅速な代謝能を持つ人である。最近、超迅速な代謝の基準となる分子は、ＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅に起因していることが同定されている。
【０２８６】
従って、ＦＣＴＲＸのタンパク質の活性、ＦＣＴＲＸの核酸の発現、あるいは個体におけるＦＣＴＲＸの遺伝子の変異内容を決定して、それによって、その個体の治療的または予防的処置のために適切な薬剤を選択し得る。さらに、薬理ゲノム学の研究を使用して、個体の薬物応答性の表現型の同定に対して薬物代謝酵素をコードする多型対立遺伝子の遺伝子型を適用し得る。この知見は、用量決定または薬物選択に適用される場合、有害な反応または治療の失敗を回避し得、従って、被験体をＦＣＴＲＸの調節因子（例えば、本明細書中に記載される例示的なスクリーニングアッセイの１つによって同定される調節因子）を用いて処置する場合に治療的または予防的効率を増強し得る。
【０２８７】
（臨床試験中の効果のモニタリング）
ＦＣＴＲＸの発現または活性（例えば、異常な細胞増殖および／または分化を調節する能力）に対する薬剤（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることは、基本的な薬物スクリーニングおよび臨床試験に適用され得る。例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイによって決定される、ＦＣＴＲＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを増加するため、またはＦＣＴＲＸ活性をアップレギュレートする薬剤の効力は、減少したＦＣＴＲＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートしたＦＣＴＲＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。あるいは、スクリーニングアッセイによって決定される、ＦＣＴＲＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを減少、またはＦＣＴＲＸの活性をダウンレギュレートする薬剤の効力は、増加したＦＣＴＲＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはアップレギュレートしたＦＣＴＲＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。このような臨床試験において、ＦＣＴＲＸの発現または活性、および好ましくは、例えば、細胞増殖または神経障害に関与するような他の遺伝子が、「リードアウト（読み出し）（ｒｅａｄ　ｏｕｔ）」、すなわち、特定の細胞の応答性のマーカーとして使用され得る。
【０２８８】
例であって、限定ではないが、ＦＣＴＲＸを含む遺伝子（これは、ＦＣＴＲＸ活性（例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイにおいて同定される）を調節する薬剤（例えば、化合物、薬物または低分子）を用いる処置によって、細胞内で調節される）が、同定され得る。従って、細胞性増殖障害に対する薬剤の効果を研究するために、例えば、臨床試験において、細胞が単離され得、そしてＲＮＡが調製され得、そしてＦＣＴＲＸおよびこの障害に関与する他の遺伝子の発現のレベルについて分析され得る。遺伝子発現のレベル（すなわち、遺伝子発現パターン）は、本明細書中に記載されるように、ノーザンブロット分析もしくはＲＴ−ＰＣＲによるか、あるいは産生されるタンパク質の量を測定することによるか、本明細書中に記載されるような方法の１つによるか、あるいはＦＣＴＲＸまたは他の遺伝子の活性のレベルを測定することによって、定量され得る。この様式で、この遺伝子発現パターンは、この薬剤に対する細胞の生理学的応答の指標であるマーカーとして作用し得る。従って、この応答状態は、この薬剤を用いる個体の処置の前、および処置の間の種々の時点で、決定され得る。
【０２８９】
１つの実施形態において、本発明は、薬剤（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、核酸、低分子、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される他の薬物候補物）を用いる、被験体の処置の効力をモニタリングするための方法を提供し、これは、以下の工程を包含する：（ｉ）薬剤の投与の前に、被験体から投与前サンプルを得る工程；（ｉｉ）この投与前サンプルにおいて、ＦＣＴＲＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現のレベルを検出する工程；（ｉｉｉ）この被験体から１つ以上の投与後サンプルを得る工程；（ｉｖ）この投与後サンプルにおいて、ＦＣＴＲＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを検出する工程；（ｖ）この投与前サンプルにおけるＦＣＴＲＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを、この投与後サンプルにおけるＦＣＴＲＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルと比較する工程；ならびに（ｖｉ）従って、この被験体に対する薬剤の投与を変更する工程。例えば、この薬剤の増加した投与は、検出されるよりも高いレベルにＦＣＴＲＸの発現または活性を増加することが（すなわち、この薬剤の効力を増加すること）望ましくあり得る。あるいは、この薬剤の減少した投与は、検出されるよりも低いレベルにＦＣＴＲＸの発現または活性を減少することが（すなわち、この薬剤の効力を減少すること）望ましくあり得る。
【０２９０】
（処置の方法）
本発明は、異常なＦＣＴＲＸの発現または活性に関連する障害の危険性のある（または感受性）か、またはこの障害を有する被験体を処置する予防的および治療的の両方の方法を提供する。この障害は、代謝障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異脂肪血症、肥満に関連する代謝障害、代謝症候群Ｘおよび慢性疾患と種々の癌に関連する消耗障害を含む。これらの治療方法は、以下により詳細に記載される。
【０２９１】
（疾患および障害）
（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）増加したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられる疾患および障害は、活性を拮抗する（すなわち、低減または阻害する）治療剤を用いて処置され得る。活性を拮抗する治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：（ｉ）上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；（ｉｉ）上記ペプチドに対する抗体；（ｉｉｉ）上記ペプチドをコードする核酸；（ｉｖ）相同組換えによって上記ペプチドの内因性機能を「ノックアウトする」ために利用される、アンチセンス核酸および「機能不全性」である（すなわち、上記ペプチドに対するコード配列のコード配列内の異種挿入に起因する）核酸の投与、（例えば、Ｃａｐｅｃｃｈｉ、１９８９、Ｓｃｉｅｎｃｅ　２４４：１２８８〜１２９２を参照のこと）；または（ｖ）上記ペプチドとその結合パートナーとの間の相互作用を変化させる、調節因子（すなわち、インヒビター、アゴニストおよびアンタゴニスト（本発明のさらなるペプチド模倣物または本発明のペプチドに対して特異的な抗体を含む））。
【０２９２】
（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）減少したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられる疾患および障害は、活性を増加させる（すなわち、活性に対するアゴニストである）治療剤を用いて処置され得る。活性をアップレギュレートする治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；あるいはバイオアベイラビリティーを増加させるアゴニスト。
【０２９３】
増加したレベルまたは減少したレベルは、ペプチドおよび／またはＲＮＡを定量することによって、容易に検出され得る。この定量は、患者の組織サンプルを（例えば、生検組織から）入手し、そしてそのサンプルを、その発現したペプチド（または上記ペプチドのｍＲＮＡ）のＲＮＡレベルまたはペプチドレベル、構造および／または活性をインビトロでアッセイすることによる。当該分野において周知の方法としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：イムノアッセイ（例えば、ウェスタンブロット分析、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）ポリアクリルアミドゲル電気泳動が後に続く免疫沈降、免疫細胞化学などによる）および／またはｍＲＮＡの発現を検出するためのハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、ノーザンアッセイ、ドットブロット、インサイチュハイブリダイゼーションなど）。
【０２９４】
（予防的方法）
１つの局面において、本発明は、被験体において異常なＦＣＴＲＸの発現または活性と関連する疾患または状態を、ＦＣＴＲＸの発現または少なくとも１つのＦＣＴＲＸ活性を調節する薬剤をこの被験体に投与することによって予防するための方法を提供する。異常なＦＣＴＲＸの発現または活性によって引き起こされるかまたはこれらに起因する、疾患にかかる危険がある被験体は、例えば、本明細書中に記載の診断アッセイまたは予後アッセイのいずれか、またはそれらの組み合わせによって、同定され得る。予防薬剤の投与は、疾患または障害が予防されるか、あるいはその進行を遅らせられるように、このＦＣＴＲＸ異常の特徴である症状の発現の前に行い得る。このＦＣＴＲＸ異常の型に依存して、例えば、ＦＣＴＲＸアゴニスト薬剤またはＦＣＴＲＸアンタゴニスト薬剤が、その被験体を処置するために使用され得る。その適切な薬剤は、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。本発明の予防方法は、以下の節において、さらに議論される。
【０２９５】
（治療方法）
本発明の別の局面は、治療目的のためにＦＣＴＲＸの発現または活性を調節する方法に関する。本発明の調節方法は、細胞を、その細胞に関するＦＣＴＲＸタンパク質活性の活性のうちの１つ以上を調節する薬剤と接触させる工程を包含する。ＦＣＴＲＸタンパク質活性を調節する薬剤は、核酸またはタンパク質、ＦＣＴＲＸタンパク質の天然に存在する同族リガンド、ペプチド、ＦＣＴＲＸペプチド模倣物、または他の低分子のような、本明細書中に記載されるような薬剤であり得る。１つの実施形態において、この薬剤は、１以上のＦＣＴＲＸタンパク質を刺激する。このような刺激薬剤の例としては、活性なＦＣＴＲＸタンパク質、およびその細胞に導入されたＦＣＴＲＸをコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、この薬剤は、１以上のＦＣＴＲＸタンパク質活性を阻害する。このような阻害薬剤の例としては、アンチセンスＦＣＴＲＸ核酸分子、および抗ＦＣＴＲＸ抗体が挙げられる。これらの調節方法は、インビトロで（例えば、その薬剤とともにその細胞を培養することによって）、あるいはインビボで（例えば、被験体にその薬剤を投与することによって）実施され得る。このように、本発明は、ＦＣＴＲＸのタンパク質または核酸分子の、異常な発現または異常な活性によって特徴付けられる、疾患または障害に罹患した個体を処置する方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＦＣＴＲＸの発現または活性を調節する（例えば、アップレギュレートまたはダウンレギュレートする）薬剤（例えば、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される薬剤）あるいはそのような薬剤の組み合わせを投与する工程を包含する。別の実施形態において、この方法は、ＦＣＴＲＸのタンパク質または核酸分子を、低減したかまたは異常な、ＦＣＴＲＸの発現または活性を補償するための治療として、投与する工程を包含する。
【０２９６】
ＦＣＴＲＸ活性の刺激は、ＦＣＴＲＸが異常にダウンレギュレートされている状況、および／またはＦＣＴＲＸ活性の増加が有益な効果を有するようである状況において、望ましい。このような状況の１つの例は、被験体が、異常な細胞増殖および／または細胞分化によって特徴付けられる障害（例えば、癌または免疫関連障害）を有する場合である。このような状況の別の例は、被験体が妊娠疾患（例えば、子かん前症（ｐｒｅｃｌａｍｐｓｉａ））を有する場合である。
【０２９７】
（治療剤の生物学的効果の決定）
本発明の種々の実施形態において、適切なインビトロまたはインビボアッセイを行って、特定の治療剤の効果およびその投与が罹患組織の処置を示すか否かを決定する。
【０２９８】
種々の特定の実施形態において、インビトロアッセイが患者の障害に関与する代表的な細胞型で行われ、所定の治療剤がこの細胞型に対して所望の効果を発揮するか否かを決定し得る。治療において使用する化合物は、ヒト被験体において試験する前に適切な動物モデル系において試験され得る。これらの動物モデル系としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギなど。同様に、インビボ試験については、当該分野で公知の任意の動物モデル系が、ヒト被験体に対する投与の前に使用され得る。
【０２９９】
（本発明の組成物の予防的および治療的使用）
本発明のＦＣＴＲＸ核酸およびタンパク質は、以下を含むがこれらに限定されない種々の障害に関係する潜在的な予防的および治療適用において有用であり得る：代謝障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、癌関連癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異脂肪血症、肥満に関連する代謝障害、代謝症候群Ｘおよび慢性疾患と種々の癌に関連する消耗障害。
【０３００】
例として、本発明のＦＣＴＲＸタンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてこのタンパク質は、その必要性のある患者に投与される場合に有用であり得る。非限定的な例により、本発明の組成物は、以下を罹患する患者の処置に対する効力を有する：代謝障害、糖尿病、肥満、感染性疾患、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異脂肪血症。
【０３０１】
ＦＣＴＲＸタンパク質をコードする新規な核酸、ならびに本発明のＦＣＴＲＸタンパク質またはそのフラグメントの両方はまた、診断適用において有用であり、ここで、核酸またはタンパク質の存在または量が、評価される。さらなる用途は、抗菌分子としてであり得る（すなわち、いくつかのペプチドは、抗菌特性を有することが見出されている）。これらの物質は、さらに、治療または診断方法における使用のための本発明の新規な物質に免疫特異的に結合する抗体の生成において、有用である。
【０３０２】
（実施例）
以下の実施例は、非制限的な例によって、本発明の種々の局面を例示する。
【０３０３】
（実施例１；核酸を同定する方法）
本発明の新規の核酸は、ＧｅｎＢａｎｋによって入手可能なＧｅｎｏｍｉｃ　Ｄａｉｌｙ　Ｆｉｌｅｓに対して実行し、ＣｕｒｅＧｅｎ　Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎの配列ファイルを使用して、ＴｂｌａｓｔＮによって同定した。エキソンの選択を含む、核酸分子をプログラムＧｅｎＳｃａｎＴＭによってさらに推定した。これらは、ＢＬＡＳＴサーチを使用して類似性の手段によってさらに改変した。次いで、配列を明らかな不一致について手動で訂正し、それにより、全長タンパク質をコードする配列を獲得した。
【０３０４】
（実施例２．種々の細胞および組織におけるＦＣＴＲ２の発現の定量発現分析）
クローンＡＬ０７８５９４　Ａ（ＦＣＴＲ２）の定量的な発現を、Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ　ＡＢＩ　ＰＲＩＳＭ（登録商標）７７００　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ　Ｓｙｓｔｅｍで行われたリアルタイム定量ＰＣＲ（ＴＡＱＭＡＮ（登録商標））によって、大量の正常サンプル細胞および細胞株ならびに腫瘍サンプル細胞および細胞株（パネル１）、そして外科的組織サンプル（パネル２）において評価した。
【０３０５】
初めに、９６のＲＮＡサンプルを、βアクチンおよびＧＡＰＤＨに対して正規化した。ＲＮＡ（約５０ｎｇの合計または約１ｎｇのポリＡ＋）を、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）Ｒｅｖｅｒｓｅ　Ｔｒｉａｓｃｒｉｐｔｉｏｎ　Ｒｅａｇｅｎｔｓ　Ｋｉｔ（ＰＥ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；Ｆｏｓｔｅｒ　Ｃｉｔｙ、ＣＡ；カタログ番号Ｎ８０８−０２３４）を使用し、かつ製造者のプロトコルに従ってランダムヘキサマーを使用してｃＤＮＡに転換した。反応を、２０μＬで行い、そして３０分間４８℃でインキュベートした。次いで、ｃＤＮＡ（５μｌ）を、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）反応のために、−アクチンおよびＧＡＰＤＨ　ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）Ａｓｓａｙ　Ｒｅａｇｅｎｔｓ（ＰＥ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３１０８８１Ｅおよび４３１０８８４Ｅ）ならびにＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ユニバーサルＰＣＲ　Ｍａｓｔｅｒ　Ｍｉｘ（ＰＥ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３０４４４７）を使用して、製造者のプロトコルに従って、分離プレートに移した。２５μｌで、以下のパラメーターを使用して反応を行った：２分間５０℃；１０分間９５℃；および１５秒間９５℃／１分間６０℃（合計４０サイクルで）。結果を、ログスケールを使用してＣＴ値（すなわち、所定のサンプルが、蛍光の閾値レベルで交差するサイクル）として記録した。ここで、所定のサンプルと最も低いＣＴ値を有するサンプルとの間のＲＮＡ濃度の差は、ΔＣＴのべき乗に対して２として示された。次いで、このＲＮＡの差の逆数をとり、そして１００で掛けることによって相対発現パーセントを得た。βアクチンおよびＧＡＰＤＨから得られた平均のＣＴ値を、ＲＮＡサンプルを正規化するために使用した。最も高いＣＴ値を産生するＲＮＡサンプルは、さらなる希釈を必要としないが、他のサンプルを、それらのβアクチン／ＧＡＰＤＨ平均ＣＴ値に従って、このサンプルと比較して希釈した。
【０３０６】
正規化ＲＮＡ（５μｌ）を、ｃＤＮＡに転換し、そしてＯｎｅ−Ｓｔｅｐ　ＲＴ−ＰＣＲ　Ｍａｓｔｅｒ　Ｍｉｘ　Ｒｅａｇｅｎｔｓ（ＰＥ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；Ｆｏｓｔｅｒ　Ｃｉｔｙ，ＣＡ；カタログ番号４３０９１６９）および遺伝子特異的プライマーを使用して、製造者の指示に従って、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）を通じて分析した。プローブおよびプライマーを、入力として標的配列を使用するＰｅｒｋｉｎ　Ｅｌｍｅｒ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ’ｓ　Ｐｒｉｍｅｒ　Ｅｘｐｒｅｓｓ　Ｓｏｆｔｗａｒｅパッケージ（Ａｐｐｌｅ　Ｃｏｍｐｕｔｅｒ’ｓ　Ｍａｃｉｎｔｏｓｈ　ＰＣのためのＶｅｒｓｉｏｎＩ）に従って各アッセイおよび類似のアルゴリズムについて設計した。デフォルトの設定を、反応条件のために使用し、そして以下のパラメーターをプライマーの選択の前に確立した：プライマー濃度＝２５０ｎＭ；プライマー溶解温度（Ｔｍ）範囲＝５８°〜６０℃；プライマー至適Ｔｍ＝５９℃；最大プライマー差異＝２℃；プローブは、５’末端Ｇを有さない；プローブＴｍは、プライマーＴｍよりも１０℃より高くないといけない；そしてアンプリコンのサイズは、７５ｂｐ〜１００ｂｐでないといけない。選択されるプローブおよびプライマー（以下を参照のこと）は、Ｓｙｎｔｈｅｇｅｎ（Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ，ＵＳＡ）によって合成された。プローブを、結合していない色素を除去するためにＨＰＬＣによって二回精製し、そしてそれぞれプローブの５’末端および３’末端に対するレポーターとクエンチャー色素の結合を確認するために質量分析によって評価した。最終濃度は、以下であった：それぞれ順方向および逆方向プライマー＝９００ｎＭ；およびプローブ＝２００ｎＭ。
【０３０７】
プライマー−プローブセットＡｇ２５９を用いて発現をプローブした。順方向プライマー配列は、５’−ＧＧＡＧＡＧＧＣＴＣＴＧＡＡＧＣＴＡＣＡＣＡＡ−３’（配列番号３１）；プローブプライマー配列は、ＴＥＴ−５’−ＴＣＡＧＣＴＧＣＡＣＡＡＧＣＣＣＣＣＴＧＣＴ−３’−ＴＡＭＲＡ（配列番号３２）；および逆方向プライマー配列は、５’−ＧＣＡＧＴＧＧＴＴＧＧＡＧＣＴＧＧＡＡ−３’（配列番号３３）。表１５は、プライマーがＦＣＴＲ２核酸配列内に位置することを示す。
【０３０８】
（表１５．プライマー−プローブセットＡｇ２５９）
【０３０９】
【表１５】
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ＰＣＲ条件：各組織および各細胞株由来の正規化されたＲＮＡを、９６ウェルのＰＣＲプレート（Ｐｅｒｋｉｎ　Ｅｌｍｅｒ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の各ウェルにスポットした。ＰＣＲ反応混合物（２つのプローブ（標的クローン特異的プローブおよび標的プローブで多重化された別の遺伝子特異的プローブ）を含む）をＰＥ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ　７７００のための１Ｘ　ＴａｑＭａｎＴＭＰＣＲ　Ｍａｓｔｅｒ　ＭＩＸを使用して調製した。この混合物は、以下を含んだ：５ｍＭ　ＭｇＣｌ２；ｄＮＴＰ（ｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＣＴＰ、およびｄＵＴＰを１：１：１：２の比で）；０．２５Ｕ／ｍｌ　ＡｍｐｌｉＴａｑ　ＧｏｌｄＴＭ（ＰＥ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；Ｆｏｓｔｅｒ　Ｃｉｔｙ、ＣＡ）；０．４Ｕ／μｌ　ＲＮａｓｅインヒビター；および０．２５Ｕ／μｌ逆転写酵素。次いで、逆転写を４８℃で３０分間行い、続いて、以下のようなＰＣＲ媒介性増幅サイクルを行った：９５℃で１０分間；９５℃で１５秒間および６０°で１分間の４０サイクル。
【０３１０】
パネル１を構成する種々の細胞および細胞株についての結果を表１６に示す。表１６において、以下の略語が使用される：ｃａ．＝癌（Ｃａｒｃｉｎｏｍａ）；＊＝転移から定着した（Ｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄ　ｆｒｏｍ　Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）；ｍｅｔ＝転移（Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）；ｓ　ｃｅｌｌ　ｖａｒ＝小細胞変異体（Ｓｍａｌｌ　Ｃｅｌｌ　Ｖａｒｉａｎｔ）；ｎｏｎ−ｓ＝非小（Ｎｏｎ−Ｓｍａｌｌ）；ｓｑｕａｍ＝鱗状（Ｓｑｕａｍｏｕｓ）；ｐｌ．ｅｆｆ＝胸水（Ｐｌｅｕｒａｌ　Ｅｆｆｕｓｉｏｎ）；ｇｌｉｏ＝神経膠腫（Ｇｌｉｏｍａ）；ａｓｔｒｏ＝星状細胞腫（Ａｓｔｒｏｃｙｔｏｍａ）；およびｎｅｕｒｏ＝神経芽細胞腫（Ｎｅｕｒｏｂｌａｓｔｏｍａ）。
【０３１１】
【表１６】
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いくつかの卵巣癌細胞株において見出される配列ＡＬ０７８５９４　Ａの高い発現が存在し、そして正常な脂肪組織において非常に高い発現が存在することが、表１６から理解される。
【０３１２】
（パネル２）
パネル２は、国立癌研究所の共同ヒト組織ネットワーク（ＣＨＴＮ）または国立疾病研究所（ＮＤＲＩ）と密接に協力した外科医の作業によって獲得されたヒト組織から単離されたＲＮＡ／ｃＤＮＡを含む９６ウェルプレート（２つのコントロールウェル、９４の試験サンプル）からなる。獲得された組織は、ヒト悪性腫瘍に由来し、そして、この場合に多数の悪性組織が「調和したマージン（ｍａｔｃｈｅｄ　ｍａｒｇｉｎｓ）」を有することを示した。この腫瘍組織および「調和したマージン」は、２人の独立した病理学者（外科的病理学者および再びＮＤＲＩまたはＣＨＴＮの病理学者）によって評価された。この分析は、腫瘍分化グレードの全体の組織病理学的評価を提供する。しかし、多くのサンプルは、患者の臨床学的段階に関する情報を提供する本来の外科的病理学報告を含む。これらの調和したマージンは、手術区域の周囲の組織（すなわち、すぐに近接）から採取される（正常な隣接組織について、表７において、「ＮＡＴ」と命名される）。さらに、ＲＮＡ／ｃＤＮＡを、死亡した高齢者または急死した犠牲者（事故など）に対して行なわれたヒト剖検由来の種々のヒト組織から獲得した。これらの組織が疾患のないことを確認した。ならびにＣｌｏｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．、Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、およびＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎのような種々の高品質の販売元から購入した。
【０３１３】
すべてのサンプルからのＲＮＡ完全性は、ガイドとしての２８ｓおよび１８ｓリボソームＲＮＡ染色強度比率（２：１〜２．５：１　２８ｓ：１８ｓ）および変性産物の指標となる低分子量ＲＮＡの非存在を確認するアガロースゲル電気泳動の視覚的評価によって、品質について制御される。単一のエキソンの長さにわたって増幅するように設計されたプローブおよびプライマーセットを使用して、逆転写酵素の非存在下で、反応物の泳動によってゲノムＤＮＡ混入について、サンプルを品質制御した。
【０３１４】
【表１７】
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正常な隣接する乳癌組織および乳癌組織において見出された配列ＡＬ０７８５９４　Ａの高い発現が存在する。パネル２は、２つのみの卵巣癌サンプルを含み、このどちらもこの配列を発現する。
【０３１５】
従って、クローンＡＬ０７８５９４　ＡのＦＣＴＲ２タンパク質は、特定の卵巣癌における診断アッセイについての標的として、そして、卵巣癌のこのサブセットについておよびおそらく乳癌についての潜在的な治療標的として、役立ち得る。
【０３１６】
本明細書中の任意の参考文献の引用は、このような参考文献は、本発明の先行技術として利用可能であるという許可としてみなされるべきではない。
【０３１７】
（等価物）
特定の実施形態が、本明細書中で詳細に開示されたが、これは例示目的のためのみに例としてなされ、そして上記の添付した特許請求の範囲に関して制限することを意図されない。特に、種々の置換、変更、および改変が、特許請求の範囲によって規定される本発明の精神および範囲から逸脱することなく本発明に対してなされ得ることは、本発明者らによって意図される。核酸開始物質、目的のクローン、またはライブラリー型の選択は、本明細書中に記載される実施形態の見識を有する当業者に慣用的事象であるとみなされる。他の局面、利点、および改変は、前述の特許請求の範囲内であると考えられる。
【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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