(57)【要約】コネクトロンと称される構造を形成する、２０塩基以上の４つのＤＮＡ配列を同定するアルゴリズムを開発した。２つの配列Ｃ１およびＣ２は、互いに隣接している。これらの配列は、多くの原核、古細菌および真核ゲノムにおいて、ある遺伝子の３’ＵＴＲ中のＲＮＡとして発現される。コネクトロンの他方の半分は、２つのＤＮＡ配列Ｔ１およびＴ２であり、これらは同一染色体上にあり、そして互いに約１ｋｂから１０５ｋｂの距離の範囲内にある。Ｃ１配列はＴ１配列と同一であり、そしてＣ２配列はＴ２配列と同一である。Ｃ１／Ｃ２およびＴ１−Ｔ２は、異なる染色体上にあることが可能である。遺伝子転写物のＣ１／Ｃ２　ＲＮＡ配列は、２つの二本鎖ＤＮＡ配列Ｔ１およびＴ２を見出す。その後、一本鎖ＲＮＡおよび二本鎖ＤＮＡが、ＲＮＡ／ＤＮＡ／ＤＮＡ種の三本鎖フーグスティーンらせんを形成する。Ｃ１配列はＣ２配列に隣接しているため、Ｔ１配列は、密集したＸ型構造中で、Ｔ２配列に空間的に隣接するようになる。クロマチン粒子は、Ｔ１およびＴ２間のＤＮＡ中で、密集した３０ｎｍアセンブリとして形成され、したがって介在する遺伝子がプロモーションされ、そして発現されるのを排除する。コネクトロンは、遺伝子セットが発現されるのを一掃し、そしてしたがって、多くの種類の細胞の振る舞いを変調する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノムにおいて遺伝子の異なるコレクションの発現を調節するＤＮＡ配列を同定する方法であって、ある遺伝子に隣接する、プロモーター、エクソンおよびイントロンを除く、選択されたＤＮＡ配列を検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項２】
遺伝子の異なるコレクションの発現を調節するＤＮＡ配列を同定する方法であって、２つのＲＮＡ配列に結合している、プロモーターを除く、非隣接ＤＮＡ配列の１以上の対で構成されるコネクトロンを、コンピュータによって検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項３】
ゲノムにおいて遺伝子の異なるコレクションの発現を調節するＤＮＡ配列を同定する方法であって、ゲノムにおけるコネクトロンの振る舞いの変化を検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項４】
ゲノムにおいて異なる遺伝子コレクションの発現を修飾する方法であって、外因性刺激の結果としての、コネクトロンの振る舞いの変化を検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項５】
宿主ゲノムのどこに、そしていつ、新規遺伝子が組み込まれているかを検出する方法であって、前記宿主ゲノムにおいて、コネクトロンを検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項６】
既定の組織体（ｂｏｄｙ）における異なる遺伝子コレクションの発現効果を検出する方法であって、その染色体間のコネクトロンの往復する流れを検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項７】
既定の組織体を修飾する方法であって、その中のコネクトロン編成を修飾することを含んでなる、前記方法。
【請求項８】
既定のゲノムにおいてコネクトロン調節および標的配列を検出する方法であって：
前記ゲノムの塩基組成を決定し、
調節配列編成の１以上の部位を決定し、そして
標的適用の１以上の部位を決定する
ことを含んでなる、前記方法。
【請求項９】
細胞の環境および／または遺伝子組成の変化に対する、いずれかの組織中の細胞の反応を決定する方法であって、生物に関する完全ゲノムＤＮＡ配列を提供し、そしてゲノムへの既定の外因性刺激の適用による、コネクトロンの変化の影響を決定することを含んでなる、前記方法。
【請求項１０】
原核生物、古細菌（ａｒｃｈｅａ）、単細胞真核生物および多細胞真核生物における、四つ組の関係、Ｔ１＝Ｃ１およびＴ２＝Ｃ２であって、Ｔ１およびＴ２は長さ２０塩基以上のＤＮＡ配列であり、Ｃ１配列はＣ２配列に隣接し、Ｔ１およびＴ２配列は同一染色体上にあり、そしてＣ１／Ｃ２配列はＴ１およびＴ２と同一染色体上にあるか、またはＣ１／Ｃ２配列はＴ１およびＴ２と異なる染色体上にあって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１１】
原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、多くの異なるＣ１／Ｃ２短ループが、１つのＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容し、そして前記Ｃ１／Ｃ２短ループが、該Ｔ１−Ｔ２長ループと同一染色体上または異なる染色体上にあることが可能である、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、５４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１２】
原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、多くのＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容し、該Ｃ１／Ｃ２短ループが、該Ｔ１−Ｔ２長ループと同一染色体上または異なる染色体上にあることが可能である、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１３】
原核生物およびそれらのプラスミド間のコネクトロン関係であって、前記コネクトロンが、それらから共生関係を形成することを可能にする、２ゲノム間の調節機構を実行し、そしてＤ．ラディオデュランス（Ｄ．　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ）の場合、該関係は対称でなく、そしてＤ．ラディオデュランスゲノムが、Ｃ１／Ｃ２短ループをＭＰ１プラスミドに送り：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１４】
植物およびより高次の動物に存在する、コネクトロン関係。
【請求項１５】
原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、Ｃ１／Ｃ２が３’ＵＴＲである遺伝子のもの以外のいかなる発現調節にもさらされることなく、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、１以上のＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
３’ＵＴＲ−ｍＲＮＡの非翻訳３’端は最後のエクソンの終端より先であり、ｍＲＮＡ中の停止コドンが、リボソームがｍＲＮＡをタンパク質に翻訳するのを停止させる
の、前記関係。
【請求項１６】
原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、Ｃ１／Ｃ２短ループが、それ自体、それを取り巻く別のＴ１−Ｔ２長ループによる発現調節にさらされるように、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、１以上のＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１７】
原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、それを取り巻くＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、５０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１８】
Ｔ１−Ｔ２長ループ内にいかなる遺伝子も持たない、コネクトロン関係であって：
Ｔ１配列は、Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれかである、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、そしてＴ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１９】
１つのＣ１／Ｃ２短ループが、多くの無遺伝子Ｔ１−Ｔ２長ループの存在を調節する、無遺伝子コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
関連出願への言及
本出願は、仮出願第６０／２０８，６５０号、２０００年６月２日提出、表題「遺伝子発現の高レベル制御のためのコネクトロンのアルゴリズム的決定」の対象である。
序論
ウイルスによって細胞内に導入されるＲＮＡは、転写後遺伝子サイレンシング（ＰＴＧＳ）として知られる細胞防御機構を誘発することが、現在、知られている。ウイルスＲＮＡ配列が、細胞のゲノム内の配列にマッチしていれば、関連する遺伝子はオフにされるか、またはサイレンシングされる。この現象はまた、「ＲＮＡ干渉」またはＲＮＡｉとも称される。一本鎖ＲＮＡは、別の一本鎖ＲＮＡ（アンチセンスＲＮＡとして知られる）と相互作用することが可能である。一本鎖ＲＮＡはまた、二本鎖ＤＮＡと三本鎖複合体を形成することも可能である。この三本鎖複合体は、フーグスティーンらせんとして知られる。本特許出願は、２つの特定の隣接ＲＮＡ一本鎖配列（Ｃ１およびＣ２と称される−調節配列１および調節配列２を表す）が、どのように、２つの離れた二本鎖ＤＮＡ配列（Ｔ１およびＴ２と称される−標的配列１および標的配列２を表す）と相互作用して、「コネクトロン」と称される四つ組の関係を形成するかを示す。２つの離れたＤＮＡ二本鎖配列（Ｔ１およびＴ２）は、ゲノムにおいて、同一染色体上になければならず、そしてこれらは、互いに約１ｋｂから１０５ｋｂの間になければならない。隣接する一本鎖ＲＮＡ配列（Ｃ１／Ｃ２）は、Ｔ１およびＴ２配列と同一または異なる染色体上にあることが可能である。Ｃ１配列は、Ｔ１配列と同一であり、そしてＣ２配列はＴ２配列と同一である。コネクトロンは、３０ｎｍのクロマチン粒子が形成されるのを可能にすることによって、二本鎖ＤＮＡを安定化するよう作用する。３０ｎｍのクロマチン粒子中で巻き上げられた、Ｔ１およびＴ２配列間に位置する遺伝子は、プロモーションおよび発現に対して開放されない。コネクトロン（すなわち、Ｔ１−Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間の四つ組の関係）は、ＰＴＧＳの一般的な解釈を提供する。コネクトロンは、ＲＮＡ配列、ＰＮＡ（ペプチド核酸）配列によって、またはＴ１およびＴ２配列に特異的なジンクフィンガーＤＮＡ結合タンパク質（ＤＢＰ）によって、実践することが可能である。
【０００２】
特徴的には、隣接するＣ１／Ｃ２配列は、遺伝子の３’ＵＴＲ中に位置する。Ｔ１およびＴ２配列は、いかなる遺伝子の翻訳される領域内にも位置しない。これらの配列は、１以上の遺伝子を「取り巻く」。しかし、いかなる遺伝子の３’ＵＴＲでもない１以上のＣ１／Ｃ２配列を取り巻く、Ｔ１およびＴ２配列対がある。これらは「無遺伝子コネクトロン」と称される。これらの３’ＵＴＲ配列の転写を引き起こすプロモーター配列があることが可能である。
いかなるゲノムのコネクトロン構造も決定するため、米国特許第６，２０５，４０４号で用いられるアルゴリズムに類似の、コンピュータに基づくアルゴリズムが開発されてきている。このアルゴリズムは、ゲノムＤＮＡにおけるすべてのコネクトロンの存在を決定する。コネクトロンは、原核生物、古細菌（ａｒｃｈｅａ）、単細胞真核生物、多細胞真核生物、植物およびより高次の動物に存在する。原核生物およびそれらのプラスミド間の、コネクトロン関係が存在する。無遺伝子コネクトロンは、細胞分化および組織発生の理解を生じるであろう、遺伝子発現調節の階層を形成するためのありうる機構を提供する。
【０００３】
各コネクトロンは、配列のユニークな四つ組である。各コネクトロンは、Ｔ１およびＴ２配列間の遺伝子の発現を変化させる。Ｃ１配列（Ｔ１配列に同等）およびＣ２配列（Ｔ２配列に同等）は、本特許出願に記載される本発明によって決定される。一般的に、コネクトロン配列の四つ組は、事項（ｍａｔｔｅｒ）の構造が知られており、そして特定の遺伝子発現変調の機能もまた知られているため、特許可能である。遺伝子発現修飾は、Ｃ１／Ｃ２　ＲＮＡ配列と相互作用するアンチセンスＲＮＡまたはＰＮＡ、あるいはＴ１およびＴ２配列と相互作用するジンクフィンガーＤＢＰを導入することによって、産生可能である。コネクトロンを用いると、非常に普遍的な方式で、細胞および組織の振る舞いを修飾することが可能であろう。
コネクトロンが完全に一般的であり、そして普遍的な概念であることを例示するため、異なるゲノムから例を提供する。
【０００４】
定義
二本鎖ＤＮＡ　−　ワトソンおよびクリックは、１９５３年に、ＤＮＡが天然に二本鎖らせんを形成することを示した。典型的な二本鎖配列は
【０００５】
【化１】
2004514414.tif 000002
である。
水素結合　−水素原子、および酸素（Ｏ）、窒素（Ｎ）、リン（Ｐ）、またはイオウ（Ｓ）などの別のより重い原子間の力。
プラス鎖　−プラス鎖は、通常、
【０００６】
【化２】
2004514414.tif 000003
におけるように、左から右に、５’から３’に走行して表される。
マイナス鎖　−マイナス鎖は、通常、
【０００７】
【化３】
2004514414.tif 000004
におけるように、右から左に、５’から３’に走行して表される。
一本鎖ＲＮＡ　−二本鎖ＤＮＡのプラスまたはマイナス鎖いずれかは、ポリメラーゼによって転写可能である。ＲＮＡにおいて、ＵはＴを置換する。
【０００８】
【化４】
2004514414.tif 000005
アンチセンスＲＮＡ　−ＲＮＡ配列いずれかのアンチセンス鎖は、相補配列である。
【０００９】
【化５】
2004514414.tif 000006
三本鎖らせん　−ＲＮＡ／ＤＮＡ三本鎖複合体のＲＮＡ配列は、ＤＮＡのプラス鎖と同一である。
【００１０】
【化６】
2004514414.tif 000007
プロモーター　−ポリメラーゼ転写機構に従事するタンパク質に結合するＤＮＡの領域いずれか。
ＴＡＴＡボックス　−配列ＴＡＴＡを含む、プロモーターの３’端近傍の領域。
ｍＲＮＡ　−転写の結果、ポリメラーゼによってＤＮＡから産生されるＲＮＡ。
転写開始　−ポリメラーゼ機構が、ＤＮＡをｍＲＮＡに転写し始める、プロモーターの３’端。
エクソン　−タンパク質をコードするのに用いられるｍＲＮＡの領域いずれか。
【００１１】
イントロン　−タンパク質をコードするのに用いられない、２つのエクソン間に位置するｍＲＮＡの領域いずれか。イントロンが初期ＲＮＡ転写物から削除されて、成熟ｍＲＮＡが形成される。
３’ＵＴＲ　−ｍＲＮＡの非翻訳３’端は最後のエクソンの終端より先である。ｍＲＮＡ中の停止コドンが、リボソームがｍＲＮＡをタンパク質に翻訳するのを停止させる。
翻訳終端　−最も３’端のエクソンの３’端。
翻訳される領域−エクソンおよびイントロンのコレクションいずれか。
遺伝子　−タンパク質をコードするＤＮＡ領域いずれか。イントロンは原核遺伝子には存在せず、そして真核遺伝子で、ときに存在しない。遺伝子の典型的なモデルは
【００１２】
【化７】
2004514414.tif 000008
である。
プラス鎖遺伝子　−特徴（ｆｅａｔｕｒｅ）がプラス鎖上を５’から３’に走行する遺伝子いずれか。
マイナス鎖遺伝子　−特徴がマイナス鎖上を５’から３’に走行する遺伝子いずれか。
Ｃ１配列　−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか。Ｃ２配列は、Ｃ１配列と同一染色体中に存在しなければならない。
Ｃ２配列　−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか。Ｃ１配列は、Ｃ２配列と同一染色体中に存在しなければならない。
Ｃ１／Ｃ２　−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか。
Ｔ１配列　−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか。Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない。
Ｔ２配列　−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか。Ｔ２およびＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない。
最終エクソンギャップまたはギャップ距離−　転写終端およびＣ１／Ｃ２配列の始めの間の塩基数。原核生物および単細胞真核生物では、このギャップは、０から５００塩基の範囲に渡る可能性がある。多細胞真核生物では、ギャップは、１０，０００塩基と同程度に大きい可能性がある。
ポリアデニル化シグナル　−いくつかのアデノシン（Ａ）塩基が、３’ＵＴＲの終端で、ｍＲＮＡに付加される。
【００１３】
ありうるコネクトロン　−Ｃ１配列がＴ１配列と同一であり、そしてＣ２配列がＴ２配列と同一であるような、Ｔ１、Ｔ２およびＣ１／Ｃ２配列セットいずれか。ある遺伝子のプロモーターは、遺伝子のｍＲＮＡが発現されるようにする。ｍＲＮＡは編集され、イントロンが除去される。３’ＵＴＲを含む全ｍＲＮＡは、細胞または細胞核内を動き回ることが可能である。３’ＵＴＲの一部であるＣ１／Ｃ２　ＲＮＡは、Ｔ１およびＴ２　ＤＮＡ配列に移動する。Ｃ１配列がＴ１配列と水素結合を形成し、そしてＣ２配列がＴ２配列と水素結合を形成するように、ＤＮＡおよびＲＮＡの三本鎖複合体が形成される。Ｃ１配列は、Ｃ２配列に隣接しているため、Ｔ１配列は、物理的に、Ｔ２配列の近くに持ってこられる。これによって、ＤＮＡ中に約１ｋｂから１０５ｋｂの間のループが生じる。ヒストンタンパク質は、２００塩基と結合することによって、ＤＮＡの長さを減少させる。ヒストン／ＤＮＡ複合体は、６倍対称クロマチンアセンブリを形成する。クロマチンアセンブリの直径は、およそ３０ｎｍである。
【００１４】
真のコネクトロン　−ある遺伝子のギャップ距離内にあるありうるコネクトロンいずれか。
同種（ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ）コネクトロン　−Ｔ１配列およびＴ２配列が、Ｃ１／Ｃ２配列と同一の染色体上にある。
異種（ｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓ）コネクトロン−Ｔ１配列およびＴ２配列が、Ｃ１／Ｃ２配列の染色体と異なる染色体上にある。
永久コネクトロン　−Ｔ１およびＴ２配列対いずれにも取り巻かれていない、ある遺伝子の３’ＵＴＲである、Ｃ１／Ｃ２配列いずれか。
一過的コネクトロン　−１以上のＴ１およびＴ２配列対に取り巻かれている、ある遺伝子の３’ＵＴＲである、Ｃ１／Ｃ２配列いずれか。
自己限定コネクトロン　−Ｃ１＝Ｔ１およびＣ２＝Ｔ２であるような、Ｔ１およびＴ２配列に取り巻かれている、ある遺伝子の３’ＵＴＲである、Ｃ１／Ｃ２配列いずれか。
無遺伝子コネクトロン　−ある遺伝子の３’ＵＴＲではないが、あるＴ１およびＴ２に取り巻かれている、Ｃ１／Ｃ２配列いずれか。プロモーターは、Ｃ１／Ｃ２配列の５’に位置することが可能である。
【００１５】
コネクトロン刺激の二方向性　−１つの鎖上のＣ１／Ｃ２短ループは、同一または相対する鎖上のＴ１−Ｔ２長ループ対を選択する。Ｃ１／Ｃ２短ループは、相対する鎖上に、相補的Ｃ１’／Ｃ２’配列を有する。同様に、Ｔ１−Ｔ２長ループ対は、相補的な長ループ対Ｔ１’−Ｔ２’を有する。Ｃ１／Ｃ２、Ｔ１−Ｔ２四つ組が存在するところではどこでも、相補的Ｃ１’／Ｃ２’、Ｔ１’−Ｔ２’四つ組がある。Ｃ１／Ｃ２短ループは、同一鎖上の遺伝子の３’ＵＴＲとして転写されることが可能である。Ｃ１／Ｃ２短ループに相対する鎖上のＣ１’／Ｃ２’短ループもまた、同一鎖上の遺伝子の３’ＵＴＲとして転写されることが可能である。作用の４つのありうるモデルがある。
【００１６】
【化８】
2004514414.tif 000009
【００１７】
もちろん、短ループおよび長ループは、同一染色体上になくてもよい。
コネクトロン作用の階層　−Ｃ１／Ｃ２は、発現されると、コネクトロンを形成することによって、Ｔ１−Ｔ２ループを形成する。Ｃ１／Ｃ２配列は、Ｔ１およびＴ２配列と同一染色体上になくてもよい。これは、染色体間の相互作用を引き起こす方法を提供する。Ｔ１−Ｔ２ループが形成されると、その３’ＵＴＲにおいてＣ１／Ｃ２配列を発現していた、ループ領域内のいかなる遺伝子も、Ｃ１／Ｃ２配列を発現するのを止める。これらのＣ１／Ｃ２配列に形成されるコネクトロンは、ある程度時間が経つと存在するのを止め、したがって各Ｔ１−Ｔ２ループ内部の遺伝子が開放されて発現するであろう。コネクトロン作用の階層は、抑制および発現間の代替物（ａｌｔｅｒｎａｔｅ）である。コネクトロン階層は、いかなる深さのものであってもよい。
【００１８】
１対多コネクトロン作用　−１つのＣ１／Ｃ２配列が、多くの異なる染色体上の多くの異なる場所で、コネクトロンを形成することが可能である。唯一の必要性は、Ｃ１＝Ｔ１およびＣ２＝Ｔ２である。これは、１つの発現事象が、異なる染色体上の多くの遺伝子の発現を調節することを可能にする。
多対１コネクトロン作用　−多くの異なる染色体上の多くの異なる場所からくるＣ１／Ｃ２が、特定のＴ１−Ｔ２配列対に関して、コネクトロンを形成することが可能である。唯一の必要性は、Ｃ１＝Ｔ１およびＣ２＝Ｔ２である。これは、多くの異なる発現事象が、特定の染色体上の１セットの遺伝子の発現を調節することを可能にする。
【００１９】
多対多コネクトロン作用　−染色体に渡る、Ｃ１／Ｃ２およびＴ１−Ｔ２の配置が、遺伝子発現調節関係の複雑な網を形成することが可能である。
コネクトロンに制御されるゲノムの割合−配列決定されたゲノムのコネクトロンは、計算可能であるため、コネクトロン制御に対して開放されているゲノムの割合を知ることが可能である。
発生特性　−ゲノムいずれかにおけるコネクトロンのネットワークは、ゲノムの完全なＤＮＡ配列の知識から明らかになる。Ｃ１／Ｃ２配列およびＴ１−Ｔ２配列両方が、ゲノム中のいかなる場所にあってもよいため、すべてのコネクトロンを決定することが可能になる前に、全ゲノム配列を知らなければならない。
【００２０】
パラダイムシフト　−ＤＮＡの二重らせんの性質が、ワトソンおよびクリックによって発現されて以来、過去５０年間、科学的発見を支配するパラダイムは、１つの遺伝子および細胞の振る舞いに対するその影響の研究であった。ゲノム配列決定および全ゲノムから明らかになるコネクトロンの本発明の出現によって、科学者が生物学的系を概観する方法、および実験を考案し、そして実行する方法にシフトが生じるであろう。コネクトロン間の多対多の関係は、遺伝子セットの発現を変調することが可能な多くの方法があることを意味する。調節経路の多様性は、生物学的系が、進化的時間の長期間に渡って安定であることを可能にする、系の安定性を生じることを意味する。科学的実験の考案に関わる思考を変化させ、本特許出願の適用および拡張に誘導されるであろう、理解の変化に対応しなければならないであろう。
【００２１】
ＤＮＡ構造化の階層　−細胞ゲノムのＤＮＡは、６つのレベルの階層で、構造化される。図１、２および３は、Ａｌｂｅｒｔｓ，　Ｂｒａｙ，　Ｌｅｗｉｓ，　Ｒａｆｆ，　ＲｏｂｅｒｔｓおよびＷａｔｓｏｎによるＴｈｅ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｃｅｌｌ［第３版、３５４、３４５および３４８ページ］から改作した。図１に示すように、二本鎖ＤＮＡはレベル１である。二本鎖ＤＮＡは、ヒストンタンパク質の周囲に巻かれ、クロマチン粒子を形成し、これが階層のレベル２である。レベル２は、図１において、「ひも上のビーズ（ｂｅａｄｓ−ｏｎ−ａ−ｓｔｒｉｎｇ）」と記載される。クロマチン粒子は、図２ａおよび図２ｂに示すように、６倍対称にパッキングされる。これらの６倍アセンブリは、３０ｎｍの直径を有する。各３０ｎｍアセンブリは、１８（すなわち６＊３）から３０（すなわち６＊５）のクロマチン粒子を含有する。３０ｎｍアセンブリは、長さにしてＤＮＡ５，０００塩基から１００，０００塩基の範囲にある、巨大ループに凝集する。図１に示すようなこれらの巨大ループの大きさは、およそ３００ｎｍである。これらの巨大ループは、構造化階層のレベル４を構成する。図１、ＤＮＡ構造化階層のレベル５に示すように、多くの巨大ループが凝縮して、直径およそ７００ｎｍの構造を形成する。階層のレベル６を構成する完全染色体は、レベル５のＤＮＡの２つの非常に長い部分で構成される。
クロマチン構造のモデル　−図１に示すようなＤＮＡのレベル４の構造は、長さにしてＤＮＡ５，０００から１０５，０００塩基の範囲にある。図３は、タンパク質が、３０ｎｍ粒子によって形成される長ループの部分を連結して、染色体軸を形成すると考えられることを示す。これらの凝縮された長ループは、Ｔｈｅ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｃｅｌｌにおいて、染色小粒と記載される。
【００２２】
先行技術
ＤＮＡ構造化の染色小粒モデルは、Ｎ．Ａ．　Ｒｅｓｎｉｋら［１］に提示され、そして電子顕微鏡データに基づく。電子顕微鏡を用いて、多様なゲノムを研究した、より最近の論文があるが、完全に配列決定されたゲノムに対しては、染色小粒の同等の研究は行われていない。
Ｔ．　Ｇｕｒａ［２］によるＮａｔｕｒｅの最近のＮｅｗｓ　Ｆｅａｔｕｒｅは、ウイルスＲＮＡが細胞の転写されたＲＮＡと相互作用し、遺伝子の発現をサイレンシングする、転写後遺伝子サイレンシングの発見を記載する。この論文は、ｍＲＮＡに相補的なＲＮＡを細胞に導入する、線虫（Ｃ．　ｅｌｅｇａｎｓ）およびキイロショウジョウバエ（Ｄ．　ｍｅｇａｌｏｍａｓｔｅｒ）の実験を記載する。この「アンチセンス」ＲＮＡは、１以上の遺伝子の発現をオフにする効果を有する。導入された相補的ＲＮＡは、ＲＮＡｉと称される「ＲＮＡ干渉」を生じる。
【００２３】
ドイツ・ミュンヘン、ＧｅｎｏｍａｔｉｘのＴｈｏｍａｓ　Ｗｅｒｎｅｒおよび同僚は、彼らが「マトリックス付着領域」（ＭＡＲ）と呼ぶものを理解するアプローチを開発してきている。図５は、遺伝子を取り巻くＤＮＡの構造の解釈を示す。ＭＡＲの以下の説明は、Ｇｅｎｏｍａｔｒｉｘウェブサイトからコピーしている。
「マトリックス付着領域（ＭＡＲ）　ＭＡＲは、核マトリックスまたは足場へのゲノムＤＮＡの付着に関与する配列領域である。転写は、絶対的に、核マトリックスへのゲノムＤＮＡの係留を必要とする。
ＭＡＲの機能的特徴：
核マトリックスへの、プロモーターおよびエンハンサーのような制御要素の係留。
クロマチンにおけるプロモーターおよびエンハンサーの長期活性の確保。
遮蔽、機能ドメインを位の影響に非感受性にすること。
Ｇｅｎｏｍａｔｉｘは、コンピュータ解析によって、ＭＡＲを定義し、そして検出する研究プロジェクトを行っている。」
【００２４】
発明の目的の簡単な説明
本発明の目的は、ゲノムにおいて遺伝子の異なるコレクションの発現を調節するＤＮＡ配列を同定する方法であって、ある遺伝子に隣接する、エクソンおよびイントロンを除く、選択されたＤＮＡ配列を検出することを含んでなる、前記方法を提供することである。
本発明の目的は、遺伝子の異なるコレクションの発現を調節するＤＮＡ配列を同定する方法であって、２つのＲＮＡ配列に結合している、非隣接ＤＮＡ配列の１以上の対を、コンピュータによって検出することを含んでなる、前記方法を提供することである。
【００２５】
本発明の目的は、ゲノムにおいて遺伝子の異なるコレクションの発現を調節するＤＮＡ配列を同定する方法であって、ゲノムにおけるコネクトロンの振る舞いの変化を検出することを含んでなる、前記方法を提供することである。
本発明の目的は、ゲノムにおいて異なる遺伝子コレクションの発現を修飾する方法であって、外因性刺激の結果としての、コネクトロンの振る舞いの変化を検出することを含んでなる、前記方法を提供することである。
本発明の目的は、宿主ゲノムのどこに、そしていつ、新規遺伝子が組み込まれているかを検出する方法であって、前記宿主ゲノムにおいて、コネクトロンを検出することを含んでなる、前記方法を提供することである。
本発明の目的は、既定の組織体（ｂｏｄｙ）における異なる遺伝子コレクションの発現効果を検出する方法であって、その染色体間のコネクトロンの往復する流れを検出することを含んでなる、前記方法を提供することである。
本発明の目的は、既定の組織体を修飾する方法であって、その中のコネクトロン編成を修飾することを含んでなる、前記方法を提供することである。
【００２６】
本発明の目的は、既定のゲノムにおいてコネクトロン調節および標的配列を検出する方法であって：
前記ゲノムの塩基組成を決定し、
調節配列編成の１以上の部位を決定し、そして／または
標的適用の１以上の部位を決定する
ことを含んでなる、前記方法を提供することである。
本発明の目的は、細胞の環境および／または遺伝子組成の変化に対する、いずれかの組織中の細胞の反応を決定する方法であって、生物に関する完全ゲノムＤＮＡ配列を提供し、そしてゲノムへの既定の外因性刺激の適用による、コネクトロンの変化の影響を決定することを含んでなる、前記方法を提供することである。
【００２７】
本発明の目的は、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、四つ組の関係、Ｔ１＝Ｃ１およびＴ２＝Ｃ２を決定する方法であって、Ｔ１およびＴ２は長さ２０塩基以上のＤＮＡ配列であり、Ｃ１配列はＣ２配列に隣接し、Ｔ１およびＴ２配列は同一染色体上にあり、そしてＣ１／Ｃ２配列はＴ１およびＴ２と同一染色体上にあるか、またはＣ１／Ｃ２配列はＴ１およびＴ２と異なる染色体上にあって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記方法を提供することである。
【００２８】
本発明の目的は、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、多くの異なるＣ１／Ｃ２短ループが、１つのＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容し、そして前記Ｃ１／Ｃ２短ループが、該Ｔ１−Ｔ２長ループと同一染色体上または異なる染色体上にあることが可能である、コネクトロン関係を決定する方法であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記方法を提供することである。
【００２９】
本発明の目的は、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、多くのＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容し、該Ｃ１／Ｃ２短ループが、該Ｔ１−Ｔ２長ループと同一染色体上または異なる染色体上にあることが可能である、コネクトロン関係を決定する方法であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記方法を提供することである。
【００３０】
本発明の目的は、原核生物およびそれらのプラスミド間のコネクトロン関係を決定する方法であって、前記コネクトロンが、それらから共生関係を形成することを可能にする、２ゲノム間の調節機構を実行し、そしてＤ．ラディオデュランス（Ｄ．　ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ）の場合、該関係は対称でなく、そしてＤ．ラディオデュランスゲノムが、Ｃ１／Ｃ２短ループをＭＰ１プラスミドに送り：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記方法を提供することである。
【００３１】
本発明の目的は、植物およびより高次の動物に存在するコネクトロン関係を決定する方法を提供することである。
本発明の目的は、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、Ｃ１／Ｃ２が３’ＵＴＲである遺伝子のもの以外のいかなる発現調節にもさらされることなく、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、１以上のＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する、コネクトロン関係を決定する方法であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、５４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
３’ＵＴＲ−ｍＲＮＡの非翻訳３’端は最後のエクソンの終端より先であり、ｍＲＮＡ中の停止コドンが、リボソームがｍＲＮＡをタンパク質に翻訳するのを停止させる
の、前記方法を提供することである。
【００３２】
本発明の目的は、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、Ｃ１／Ｃ２短ループが、それ自体、それを取り巻く別のＴ１−Ｔ２長ループによる発現調節にさらされるように、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、１以上のＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する、コネクトロン関係を決定する方法であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、５４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記方法を提供することである。
【００３３】
本発明の目的は、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、それを取り巻くＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する、コネクトロン関係を決定する方法であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記方法を提供することである。
【００３４】
本発明の目的は、Ｔ１−Ｔ２長ループ内にいかなる遺伝子も持たない、コネクトロン関係を決定する方法であって：
Ｔ１配列は、Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれかである、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、そしてＴ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記方法を提供することである。
【００３５】
本発明の目的は、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、多くの無遺伝子Ｔ１−Ｔ２長ループの存在を調節する、無遺伝子コネクトロン関係を決定する方法であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記方法を提供することである。
【００３６】
本発明の上記のそして他の目的、利点および特徴は、以下の明細書、並びに付随する図および表と共に考慮すると、より明らかになるであろう。
図１　ＤＮＡは凝縮が増加する６つのレベルで構造化される。二本鎖ＤＮＡはレベル１である。レベル２で、ＤＮＡ２回転が各クロマチン粒子周囲に巻きつく。レベル３で、各々２００塩基対を含有するクロマチン粒子は３０ｎｍ粒子を形成する。レベル４で、３０ｎｍ粒子はおよそ３００ｎｍの寸法の巨大ループを形成する。レベル５で、中期染色体は、およそ７００ｎｍの寸法で凝縮された構造を形成する。レベル６で、全中期染色体は、およそ１４００ｎｍの幅を有する。ＤＮＡ構造化レベル４の巨大ループは、２０，０００（２０ｋｂ）および１００，０００（１００ｋｂ）の間の塩基対を有すると考えられる。
【００３７】
Ｔｈｅ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｃｅｌｌ，　Ａｌｂｅｒｔｓ，　Ｂｒａｙ，　Ｌｅｗｉｓ，　Ｒａｆｆ，　ＲｏｂｅｒｔｓおよびＷａｔｓｏｎ，　第３版，　Ｇａｒｌａｎｄ　Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，　Ｉｎｃ．，　ニューヨーク，　１９９４，　ｐ．３５４
【００３８】
図２　（ａ）クロマチンＤＮＡは６倍対称３０ｎｍ粒子を形成する。
（ｂ）６倍対称３０ｎｍ粒子は、多様な反復単位数の直鎖を形成する。
Ｔｈｅ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｃｅｌｌ，　Ａｌｂｅｒｔｓ，　Ｂｒａｙ，　Ｌｅｗｉｓ，　Ｒａｆｆ，　ＲｏｂｅｒｔｓおよびＷａｔｓｏｎ，　第３版，　Ｇａｒｌａｎｄ　Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，　Ｉｎｃ．，　ニューヨーク，　１９９４，　ｐ．３５４
【００３９】
図３　３０ｎｍ粒子の長ループは、タンパク質によって、ループの底で閉じられると考えられる。
Ｔｈｅ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｃｅｌｌ，　Ａｌｂｅｒｔｓ，　Ｂｒａｙ，　Ｌｅｗｉｓ，　Ｒａｆｆ，　ＲｏｂｅｒｔｓおよびＷａｔｓｏｎ，　第３版，　Ｇａｒｌａｎｄ　Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，　Ｉｎｃ．，　ニューヨーク，　１９９４，　ｐ．３５４
【００４０】
図４　（ａ）転写および編集。（ｂ）核中のＲＮＡの移動。（ｃ）コネクトロン形成
図５　典型的な、転写的に活性である染色体ループの図式的編成の概観。
ｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍａｔｉｘ．ｇｓｆ．ｄｅ／ｆｕｎｃ＿ｇｅｎｏｍｉｃｓ／ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ＿ｇｅｎｏｍｉｃｓ．ｈｔｍｌより
【００４１】
表１　原核、古細菌および真核ゲノムのコネクトロン特性
表２　酵母染色体間コネクトロン分布
【００４２】
発明の説明
コネクトロンは、４つのＤＮＡ配列の間の関係である。各配列は、少なくとも長さ２０塩基でなければならない。「長さ約２５」のＲＮＡ配列は、ＲＮＡｉの供給源として重要であるというＳｈａｒｐおよびＺａｍｏｒｅによる報告［３］がある。各配列の最少の長さとして、実際には２７塩基を用いた。Ｔ１配列は、ゲノムにおいて、ある染色体の一方の鎖上にある。Ｔ２配列は、Ｔ１配列と同一染色体の同一鎖上にある。Ｔ１およびＴ２配列（各々、少なくとも長さ２０塩基）は、互いに少なくとも５，０００塩基、離れていなくてはならないが、互いに１０５，０００塩基より多く離れていることはできない。Ｃ１配列およびＣ２配列（各々、少なくとも長さ２０塩基）は、ゲノムにおいて、ある染色体のある鎖上で、互いに隣接している。Ｃ１／Ｃ２配列−「短ループ」と称される−は、Ｔ１およびＴ２配列と同一鎖上にあることが可能であるし、または相対する鎖上にあることが可能である。短ループのＣ１／Ｃ２配列は、Ｔ１およびＴ２配列と同一染色体上にあることが可能であるが、また、ゲノムにおいて、異なる染色体上にあることも可能である。ゲノムがただ１つの染色体しか持たない場合、この論点は無意味である。もちろん、多くのゲノムはいくつかの染色体を有する。Ｃ１配列はＴ１配列と同一であり、そしてＣ２配列はＴ２配列と同一である。
【００４３】
Ｃ１／Ｃ２配列は、原核ゲノムでは、遺伝子に直接隣接している（すなわち０塩基のギャップ）か、または真核ゲノムでは、このとき、１０，０００塩基以内であるかいずれかで、遺伝子と同一鎖上になければならない。遺伝子の終端およびＣ１／Ｃ２配列の開始の間のギャップサイズは可変である。Ｃ１／Ｃ２短ループは、遺伝子の３’ＵＴＲ（非翻訳領域）として発現される。通常はイントロンを持たない原核遺伝子の場合、全ｍＲＮＡがコネクトロン形成の活性種になる。真核遺伝子の場合、転写物を編集してイントロンを除去した際に、全転写物が、コネクトロン形成の活性種である。その後、全転写物は、原核細胞では細胞質、また真核細胞では核内を動き回ることが可能である。Ｃ１配列はＴ１配列に同等であり、そしてＣ２配列はＴ２配列に同等であるため、Ｃ１　ＲＮＡは、二本鎖Ｔ１配列とフーグスティーン三本鎖ＲＮＡ／ＤＮＡ／ＤＮＡらせんを形成することが可能である。同様に、Ｃ２　ＲＮＡは、二本鎖Ｔ２配列とフーグスティーン三本鎖ＲＮＡ／ＤＮＡ／ＤＮＡらせんを形成することが可能である。Ｃ１配列およびＣ２配列は互いに隣接しているため、Ｃ１／Ｔ２　ＲＮＡ／ＤＮＡ／ＤＮＡフーグスティーン三重らせんは、Ｃ２／Ｔ２　ＲＮＡ／ＤＮＡ／ＤＮＡフーグスティーン三重らせんに物理的に隣接するようになる。ＲＮＡ／ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドらせんは、三重らせんの最も安定な型である。ＲＮＡ二重らせん、ＤＮＡ二重らせん、ＲＮＡ三重らせんおよびＤＮＡ三重らせんはすべて、ＲＮＡ／二本鎖ＤＮＡ三重らせんより、有意により安定でない。２つの三本鎖フーグスティーンらせんが安定して物理的に近接すると、その後、Ｔ１配列およびＴ２配列間の二本鎖ＤＮＡ長ループが、図１のレベル４に示すような３０ｎｍクロマチン粒子に構造化可能にされるのが確実になる。Ｔ１配列およびＴ２配列間のＤＮＡのどちらの鎖上の遺伝子も、３０ｎｍクロマチン粒子に構造化されると、プロモーションおよび発現に開放されない。
【００４４】
長ループを形成するＴ１およびＴ２配列、並びに短ループを形成するＣ１／Ｃ２配列間の四つ組の関係は、コネクトロンと称される。名称「コネクトロン」はトーソン大学（Ｔｏｗｓｏｎ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）のＪ．　Ｄａｖｉｄ　Ｒａｗｎ　Ｐｈ．Ｄ．により示唆された。コネクトロンは、Ｔ１、Ｔ２、Ｃ１およびＣ２配列が存在する場合に可能である。コネクトロンは、Ｃ１／Ｃ２短ループ配列が発現可能遺伝子に隣接している場合、真である。隣接遺伝子の発現が１以上のＴ１−Ｔ２長ループ内部であれば、このコネクトロンは、一過的であると言う。隣接遺伝子が、ありうるＴ１−Ｔ２長ループのいずれの内部にもない場合、コネクトロンは永久であると言う。コネクトロンが、同一配列を有する（すなわちＴ１がＣ１に真に等しく、そしてＴ２がＣ２に真に等しい）Ｔ１−Ｔ２長ループ内部にある場合、コネクトロンは自己限定であると言う。Ｃ１／Ｃ２配列がひとたび発現されると、これがＴ１−Ｔ２長ループを形成し、その後、Ｃ１／Ｃ２配列に隣接する遺伝子の発現を遮断するため、これは真実である。自己限定コネクトロンはまた、Ｃ１／Ｃ２短ループ配列の短期間のスパイクを生成するため、「スパイク」コネクトロンと称することも可能である。Ｔ１−Ｔ２長ループが、いかなる遺伝子も含有しないが、Ｃ１／Ｃ２短ループ配列を含有する場合、この種のコネクトロンは、無遺伝子であると言う。無遺伝子Ｔ１−Ｔ２長ループ内のＣ１／Ｃ２短ループは、もちろん、遺伝子の発現を調節することが可能である。
コネクトロンの物理的存在および寿命は、分子生物学的実験によって証明しなければならない。しかし、この物理的実験法は、１９９９年６月から２００１年５月までに行われていた計算的実験とは、論理的にまったく別個のものである。コネクトロンの存在に関する計算的検索は、非常に陽性であった。これらの計算は、原核生物に、古細菌に、原核生物およびそれらのプラスミド間に、単細胞真核生物に、多細胞真核生物に、植物に、より高次の動物に、そしてヒトに、コネクトロンが存在することを示してきた。これらの特徴および特性はすべて、本明細書の請求項節に記載する。
【００４５】
コネクトロン発明は非常に強力である。これは、配列同等性にのみ依存する。４つの配列の最少の長さは、約２０塩基であるようである。本特許出願に示す計算では、２７塩基を最少として用いている。Ｎａｔｕｒｅ　Ｎｅｗｓ　Ｆｅａｔｕｒｅ［１］は、他の科学者が、興味深い遺伝子サイレンシング特性を有する、長さ約２５のＲＮＡ配列を発見したと述べている。Ｎａｔｕｒｅの該論文は、いかなる機構も提供していない。私のアルゴリズムおよび多様なゲノムに対するその使用のため、本特許出願は、特定の機構がある可能性が非常に高い、計算的証明を提供する。コネクトロン発明は、単一の染色体で、それと共に、１より多い染色体を有するゲノムの染色体間で、どのようなコミュニケーションが生じるかの説明を提供する。各Ｔ１−Ｔ２長ループは、１以上の遺伝子を含有することが可能であるため、コネクトロン発明は、同時に遺伝子セットをオンにし、そしてオフにする機構を提供する。早晩、コネクトロン発明は、１つの細胞の振る舞いが、別の隣接する細胞の振る舞いとどのように異なるかの区別に関して、説明を提供するであろう。すでに、Ｓ．セレビシエ（Ｓ．　ｃｅｒｖｅｓｉａｅ）、線虫およびキイロショウジョウバエに対して行った計算的実験から、無遺伝子コネクトロンの数が、単細胞真核生物（すなわちＳ．セレビシエ）から１，０００細胞真核生物（すなわち線虫）、可視生物（すなわちキイロショウジョウバエ）に進化が進行するにつれて、劇的に増加することが明らかである。この進化的進行は、３つの染色体のみが配列決定されている植物（すなわちシロイヌナズナ（Ａ．　ｔｈａｌｉａｎｉａ））、および１つの染色体のみが完全に配列決定されているヒト（すなわちＨ．サピエンス（Ｈ．　ｓａｐｉｅｎｓ））に拡張される。完全なヒトゲノムが２００１年２月、ＮａｔｕｒｅおよびＳｃｉｅｎｃｅに公表されたが、ＮＩＨが資金援助したゲノム配列決定の結果は、全ゲノムの塩基の約１／３に関して入手可能である。Ｃｅｌｅｒａ　Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，　Ｉｎｃ．によって決定されたヒトゲノム配列は、会員契約によってのみ入手可能である。表１は、ゲノムサイズ、遺伝子数、遺伝子含有および無遺伝子コネクトロン数、並びに調節される遺伝子の割合が、どのように、多くの異なるゲノムで関連付けられるかを示す。
【００４６】
Ｃ１／Ｃ２短ループは、１つの染色体上に生じる。Ｔ１−Ｔ２長ループは、同一または異なる染色体上にあることが可能である。酵母（Ｓ．セレビシエ）に関する表２は、既定の染色体上のＣ１／Ｃ２短ループが、どのくらい多く送り出され、他の染色体上でＴ１−Ｔ２長ループを形成するかの正方行列である。この行列の対角は、多くの染色体がコネクトロンを自身に送り出すことを示す。この特定の表の驚くべき特徴は、染色体６が、染色体１２にしかコネクトロンを送り出さないが、染色体４、５、７、１０、１２、１３、１５および１６からコネクトロンを受け取ることである。
【００４７】
コネクトロン配列のいかなる四つ組（すなわちＴ１、Ｔ２、Ｃ１およびＣ２配列）も、それと共に、転写中の遺伝子にＣ１／Ｃ２短ループ配列が隣接するという事実も、事項の内容および有用性を正確に記載することが可能であるため、特許可能である。コネクトロンの有用性は、Ｔ１−Ｔ２長ループが、Ｔ１配列およびＴ２配列間に位置する遺伝子の発現を遮断することである。無遺伝子コネクトロンの場合、有用性は、より高次のレベルのものであり、より高次のレベルの無遺伝子Ｔ１−Ｔ２長ループに含有されるＣ１／Ｃ２短ループは、最終的に、他のより低次のレベルのＴ１−Ｔ２長ループを遺伝子セットの周囲に形成する。
コネクトロン発明は、生物学的発見において、特に重要なときに現れる。無遺伝子コネクトロンは、多対多階層性調節機構を可能にする。線虫およびキイロショウジョウバエに関するコネクトロンの決定から、遺伝子と同程度に多いかまたは遺伝子より多い無遺伝子コネクトロンがあることが、すでに明らかである。ゲノム中の遺伝子数は、ゲノムサイズに特に相関しないことが、しばらく前から明らかであった。図６は、ゲノムサイズが、コネクトロン数と、おおよそ直線的に相関していることを示す。
【００４８】
コネクトロン発明を用いて、いかなる細胞においても振る舞いのモデルを生成することが可能である。異なるゲノムにおけるコネクトロンの振る舞いの刺激は、別の特許出願の対象となろう。
コネクトロン発明は、無遺伝子コネクトロン、一過的コネクトロン、永久コネクトロン、自己限定コネクトロンおよび遺伝子発現間の関係の階層を形成することによって、生のゲノムＤＮＡ配列内に含有される情報の合理的活用を提供する。
【００４９】
発明の詳細な説明
ゲノムいずれかまたはゲノム断片いずれかにおけるコネクトロン決定のためのアルゴリズムを、以下のフローダイアグラムに示す。図８のレベル０のダイアグラムは、デジタルコンピュータにおける一般的な関係を示す。デジタルコンピュータの中央処理装置は、コンピュータプログラムを用いて、ゲノムディスクリプタ、ブロッキング断片のファイルおよびゲノムに関する最適コネクトロンのファイルを産生するためのゲノムＤＮＡ配列、並びに遺伝子特徴表を取り出す。プリンタは、ファイルおよび本特許出願のハードコピーを作成するよう働く。図９のレベル１のダイアグラムは、コネクトロン決定における３つの必須の工程を示す。ゲノムをまず、ブロッキング断片ファイルにプロセシングする。その後、ブロッキング断片を用いて、ゲノムに関してコネクトロンを計算する。最後に、潜在的なコネクトロンを解析して、Ｃ１／Ｃ２配列が遺伝子の３’ＵＴＲ内にあるかどうかを決定する。図１０のレベル２ａのダイアグラムは、ゲノムをブロッキング断片ファイルにプロセシングするのに必要な工程を示す。ゲノムＤＮＡ配列を、プラスおよびマイナス鎖両方に関して、２７塩基フレームに分解する。これらの断片を、未選別断片ファイルに書き込む。その後、断片ファイルを選別し、その後、読み取り、そして同等配列群を形成する。（．ｂｌｋ）ファイルは、配列および（．ｇｐｔｒ）ファイルに対するポインタを含有し、（．ｇｐｔｒ）ファイルは、ゲノム中の断片の位置に対するポインタを含有する。ゲノム中の位置には、染色体番号、染色体中の位および鎖（すなわちプラスおよびマイナス）が含まれる。これらのファイルの実例は、以下のとおりである。
Ｓ．セレビシエの（．ｂｌｋ）ファイルの実例
【００５０】
【化９】
2004514414.tif 000010
上述の断片において、１＝Ｇ、２＝Ｃ、３＝Ａ、４＝Ｔである。
Ｓ．セレビシエの（．ｇｐｔｒ）ファイルの実例
Ｓ．セレビシエには１６の染色体がある。
【００５１】
【化１０】
2004514414.tif 000011
上記方向列において、１＝プラス鎖、２＝マイナス鎖。
【００５２】
図１１のレベル２ｂのダイアグラムは、コネクトロンの計算を示す。ゲノムディスクリプタは、染色体の数および長さからなる。アルゴリズムは、ゲノム中の各塩基位に関するいくつかの事実に相当するアレイを用いる。図１３のレベル３ａのダイアグラムは、ゲノム使用メモリのセットアップを示す。遺伝子特徴を用いて、タンパク質をコードするゲノム領域が、コネクトロン配列（すなわちＴ１、Ｔ２、Ｃ１およびＣ２）に用いられるのを防ぐ。図１０のレベル２ａのダイアグラムでは、アルゴリズムは、各染色体を通じて、そして各染色体内で各塩基位を通じて、許容しうる２７塩基のＴ１ウインドウを探して、歩を進める。ブロッキング断片ファイル中に、この断片が２例以上あれば、Ｔ１ウインドウを用いて、コネクトロン関係を形成することが可能である。図１４のレベル３ｂのダイアグラムの計算は、Ｔ１ウインドウが許容しうるか否かを決定する。許容しうるＴ１ウインドウがひとたび見つかると、アルゴリズム（図１０のレベル２ａのダイアグラム）は、Ｔ１ウインドウから５，０００から１０５，０００塩基の間に位置する、許容しうるＴ２ウインドウ位を探す。許容しうるＴ２ウインドウ位を決定するための計算は、図１５のレベル３ｃのダイアグラムで行う。Ｔ１およびＴ２ウインドウ位の対がひとたび見つかると、アルゴリズムは、同一染色体上で、互いに２００塩基内に位置する、配列Ｃ１およびＣ２の対に関して、これらのＴ１およびＴ２配列の例を確認する。許容しうるＣ１／Ｃ２ウインドウを決定するための計算は、図１６のレベル３ｄのダイアグラムに示す。図１７のレベル３ｅのダイアグラムでは、ありうるコネクトロンに関して、ゲノム使用メモリをスキャンする。図１２のレベル２ｃのダイアグラムでは、ありうるコネクトロンをスキャンして、Ｃ１／Ｃ２配列が、プラスまたはマイナス鎖のいずれか上の遺伝子のギャップ距離内にあるかどうかを決定する。その後、請求節の説明を含む、いくつかの異なるファイルに、真のコネクトロンを書き出す。
【００５３】
【実施例】
最適コネクトロン決定のためのアルゴリズムを、いくつかの公的に入手可能な異なるゲノムに適用した。コネクトロンは、４つの配列要素−Ｔ１、Ｔ２、Ｃ１およびＣ２間の四つ組の関係である。この節に提示した請求は、図１２のフローダイアグラムレベル２ｃを実行するプログラム、ＮｅａｒＧｅｎｅによって書かれている。例は、均一な種類の英語で書かれている。各例は、以下の要素のいくつかまたはすべてを含有する。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【００５４】
ゲノム名称
Ｔ１の記述
Ｔ１−Ｔ２ループの長さ
該Ｔ１−Ｔ２ループが存在する染色体
該Ｔ１配列のゲノム内の識別子番号
該Ｔ１配列
Ｔ２の記述
該Ｔ２配列のゲノム内の識別子番号
該Ｔ２配列
発現が該Ｔ１−Ｔ２ループに調節される遺伝子のリスト
ＮＣＢＩ遺伝子特徴ファイル（．ｐｔｔ）から得られるような、遺伝子の一般的な名称
発現が該Ｔ１−Ｔ２ループに調節される、Ｃ１／Ｃ２短ループのリスト
該Ｃ１／Ｃ２短ループが存在する染色体
ＲＮＡとして該Ｃ１／Ｃ２短ループを発現する遺伝子の一般的な名称
該Ｃ１／Ｃ２短ループの配列
該Ｔ１−Ｔ２ループ形成を調節するＣ１／Ｃ２短ループのリスト
該Ｃ１／Ｃ２短ループが存在する染色体
ＲＮＡとして該Ｃ１／Ｃ２短ループを発現する遺伝子の一般的な名称
該Ｃ１／Ｃ２短ループの配列
該Ｃ１／Ｃ２配列および該Ｔ１配列間のマッチ
該Ｃ１／Ｃ２配列および該Ｔ２配列間のマッチ
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【００５５】
均質な記述は、各例の特質を迅速に理解するのを可能にする。
配列要素が非常に長い場合、配列群の始まりおよび終わりの間に、一連の４点を挿入している。可変数の塩基を欠失させている。
【００５６】
コネクトロン実例ページの索引
３９ページ
１．　コネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物で生じる。
５７ページ
２．　多くのコネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、１セットの遺伝子の発現を調節する。
８３ページ
３．　１つのコネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、多セットの遺伝子の発現を調節する。
【００５７】
１０７ページ
４．　コネクトロンが、原核生物およびそれらのプラスミド間で生じる。
１１７ページ
５．　コネクトロンが植物およびより高次の動物で生じる
１２６ページ
６．　永久コネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在する。
１３５ページ
７．　一過的コネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在する。
１５２ページ
８．　自己限定コネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物で生じる
１６４ページ
９．無遺伝子コネクトロンが、単細胞および多細胞真核生物に存在する
１７４ページ
１０．　１つのコネクトロンが、単細胞および多細胞真核生物において、多くの無遺伝子コネクトロンを調節する
【００５８】
１．　コネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物で生じる。
コネクトロンは、配列Ｔ１が配列Ｃ１に同等であり（Ｔ１＝Ｃ１と書く）、そして配列Ｔ２が配列Ｃ２に等しく（Ｔ２＝Ｃ２と書く）、Ｔ１およびＴ２が長さ２０塩基以上のＤＮＡ配列であり、Ｃ１配列がＣ２配列に隣接し、Ｔ１およびＴ２配列が同一染色体上にあり、そしてＣ１／Ｃ２配列がＴ１およびＴ２と同一染色体上にあるか、またはＣ１／Ｃ２配列がＴ１およびＴ２と異なる染色体上にある場合の四つ組の関係として存在する。コネクトロン関係は、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在することが見出されている。
原核生物コネクトロンの例−大腸菌（Ｅ．　ｃｏｌｉ）
本例では、Ｔ１−Ｔ２（３１９７−３３０８）長ループの存在は、３つのＣ１／Ｃ２短ループ（３３０７、３４３２および２２１８）によって調節される。該Ｔ１−Ｔ２長ループは、６つのＣ１／Ｃ２（３２０４、３２０６、３２２３、３２２８、３３０１および３３２７）短ループに加えて、染色体１上の６４遺伝子の発現を調節する。Ｃ１／Ｃ２短ループ３３２７は、Ｔ１−Ｔ２長ループ（３１９７−３３０８）の範囲外に位置するが、このＣ１／Ｃ２は、Ｔ１−Ｔ２長ループの範囲内にある遺伝子ｈｅｍＧの３’ＵＴＲとして発現される。
【００５９】
【化１１】
2004514414.tif 000012
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【００６０】
大腸菌ゲノムの染色体１に関するコネクトロン調節要素
染色体１上の長さ９３．５４２キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３１９７であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１２】
2004514414.tif 000013
を有する。
【００６１】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３３０８であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１３】
2004514414.tif 000014
を有する。
【００６２】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化１４】
2004514414.tif 000015
【００６３】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
識別子が３２０４である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｓＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１５】
2004514414.tif 000016
を有する。
【００６４】
識別子が３２０６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｓＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１６】
2004514414.tif 000017
を有する。
【００６５】
識別子が３２２３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｌＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１７】
2004514414.tif 000018
を有する。
【００６６】
識別子が３２２５である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｌＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１８】
2004514414.tif 000019
を有する。
【００６７】
識別子が３２２８である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｆＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１９】
2004514414.tif 000020
を有する。
【００６８】
識別子が３３０１である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｕｂｉＢの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２０】
2004514414.tif 000021
を有する。
【００６９】
識別子が３３０７である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｆａｄＡの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２１】
2004514414.tif 000022
を有する。
【００７０】
識別子が３３２７である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｈｅｍＧの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２２】
2004514414.tif 000023
を有する。
【００７１】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が３３０７である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｈｅｍＧの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２３】
2004514414.tif 000024
を有する。
【００７２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２４】
2004514414.tif 000025
である。
【００７３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２５】
2004514414.tif 000026
である。
【００７４】
識別子が３４３２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｂｔｕＢの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２６】
2004514414.tif 000027
を有する。
【００７５】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２７】
2004514414.tif 000028
である。
【００７６】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２８】
2004514414.tif 000029
である。
【００７７】
識別子が２２１８である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｃｌｐＢの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２９】
2004514414.tif 000030
を有する。
【００７８】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３０】
2004514414.tif 000031
である。
【００７９】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３１】
2004514414.tif 000032
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【００８０】
古細菌コネクトロンの例−ピロリ菌（Ｈ．　ｐｙｌｏｒｉ）
本例では、Ｔ１−Ｔ２（８１２−８８２）長ループの存在は、３つのＣ１／Ｃ２短ループ（８８１、８１３および１２１４）によって調節される。該Ｔ１−Ｔ２長ループは、１つのＣ１／Ｃ２（８４３）短ループに加えて、染色体１上の５４遺伝子の発現を調節する。
【００８１】
【化３２】
2004514414.tif 000033
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【００８２】
ピロリ菌ゲノムの染色体１に関するコネクトロン調節要素
染色体１上の長さ９６．３８５キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が８１２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３３】
2004514414.tif 000034
を有する。
【００８３】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が８８２であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３４】
2004514414.tif 000035
を有する。
【００８４】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３５】
2004514414.tif 000036
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【００８５】
識別子が８１３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＨＰ０９９８の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３６】
2004514414.tif 000037
を有する。
【００８６】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が８８１である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＨＰ１０９６の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３７】
2004514414.tif 000038
を有する。
【００８７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３８】
2004514414.tif 000039
である。
【００８８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３９】
2004514414.tif 000040
である。
【００８９】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が８１３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＨＰ０９９８の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４０】
2004514414.tif 000041
を有する。
【００９０】
識別子が８８１である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＨＰ１０９６の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４１】
2004514414.tif 000042
を有する。
【００９１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４２】
2004514414.tif 000043
である。
【００９２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４３】
2004514414.tif 000044
である。
【００９３】
識別子が１２４１である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＨＰ１５３５の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４４】
2004514414.tif 000045
を有する。
【００９４】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４５】
2004514414.tif 000046
である。
【００９５】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４６】
2004514414.tif 000047
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【００９６】
単細胞コネクトロンの例−Ｓ．セレビシエ
本例では、染色体４上のＴ１−Ｔ２（１３５２−１４１６）長ループの存在は、染色体１０上の１つのＣ１／Ｃ２短ループ（４２１３）によって調節される。該Ｔ１−Ｔ２長ループは、１つのＣ１／Ｃ２（１３５６）短ループに加えて、染色体４上の３４遺伝子の発現を調節する。
【化４７】
2004514414.tif 000048
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【００９７】
Ｓ．セレビシエゲノムの染色体１に関するコネクトロン調節要素
染色体４上の長さ６８．９０８キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１３５２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４８】
2004514414.tif 000049
を有する。
【００９８】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１４１６であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４９】
2004514414.tif 000050
を有する。
【００９９】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化５０】
2004514414.tif 000051
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０１００】
識別子が１３５６である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＤＲ１７０Ｗ−Ａの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化５１】
2004514414.tif 000052
を有する。
【０１０１】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が４２１３である、染色体１０上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＪＲ０２９Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化５２】
2004514414.tif 000053
を有する。
【０１０２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化５３】
2004514414.tif 000054
である。
【０１０３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化５４】
2004514414.tif 000055
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０１０４】
多細胞コネクトロンの例−線虫
本例では、染色体１上のＴ１−Ｔ２（９−１３８）長ループの存在は、染色体５上の３つのＣ１／Ｃ２短ループ（２１７１９、２１９４９および２１６５５）によって調節される。該Ｔ１−Ｔ２長ループは、７つのＣ１／Ｃ２（１１９、１２２、１２５、１３０、１３２、１３４および１３６）短ループに加えて、染色体１上の４遺伝子の発現を調節する。
【化５５】
2004514414.tif 000056
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０１０５】
染色体１上の長さ４１．９７８キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が９５であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化５６】
2004514414.tif 000057
を有する。
【０１０６】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１３８であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化５７】
2004514414.tif 000058
を有する。
【０１０７】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化５８】
2004514414.tif 000059
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０１０８】
識別子が１１９である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＣ１２３．３の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化５９】
2004514414.tif 000060
を有する。
【０１０９】
識別子が１２２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＣ１２３．３の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化６０】
2004514414.tif 000061
を有する。
【０１１０】
識別子が１２５である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＣ１２３．３の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化６１】
2004514414.tif 000062
を有する。
【０１１１】
識別子が１３０である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＣ１２３．２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化６２】
2004514414.tif 000063
を有する。
【０１１２】
識別子が１３２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＣ１２３．２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化６３】
2004514414.tif 000064
を有する。
【０１１３】
識別子が１３４である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＣ１２３．２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化６４】
2004514414.tif 000065
を有する。
【０１１４】
識別子が１３６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＣ１２３．２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化６５】
2004514414.tif 000066
を有する。
【０１１５】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が２１７１９である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｃ３９Ｆ７．５の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化６６】
2004514414.tif 000067
を有する。
【０１１６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化６７】
2004514414.tif 000068
である。
【０１１７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化６８】
2004514414.tif 000069
である。
【０１１８】
識別子が２１９４９である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｆ１６Ｂ４．４の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化６９】
2004514414.tif 000070
を有する。
【０１１９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化７０】
2004514414.tif 000071
である。
【０１２０】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化７１】
2004514414.tif 000072
である。
【０１２１】
識別子が２１６５５である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｃ３９Ｆ７．３の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化７２】
2004514414.tif 000073
を有する。
【０１２２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化７３】
2004514414.tif 000074
である。
【０１２３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化７４】
2004514414.tif 000075
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０１２４】
２．　多くのコネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、１セットの遺伝子の発現を調節する。
多くの異なるＣ１／Ｃ２短ループが、１つのＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節することが可能である。Ｃ１／Ｃ２短ループは、Ｔ１−Ｔ２長ループと同一染色体上または異なる染色体上にあることが可能である。この関係を「多対１」と記載する。この関係は、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在する。
【０１２５】
原核生物における多対１コネクトロンの例−大腸菌
本例では、Ｔ１−Ｔ２（３１９７−３３０８）長ループの存在は、３つのＣ１／Ｃ２短ループ（３３０７、３４３２および２２１８）によって調節される。
【化７５】
2004514414.tif 000076
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０１２６】
染色体１上の長さ９３．５４２キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３１９７であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化７６】
2004514414.tif 000077
を有する。
【０１２７】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３３０８であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化７７】
2004514414.tif 000078
を有する。
【０１２８】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化７８】
2004514414.tif 000079
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０１２９】
識別子が３３０７である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｈｅｍＧの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化７９】
2004514414.tif 000080
を有する。
【０１３０】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化８０】
2004514414.tif 000081
である。
【０１３１】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化８１】
2004514414.tif 000082
である。
【０１３２】
識別子が３４３２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｂｔｕＢの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化８２】
2004514414.tif 000083
を有する。
【０１３３】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化８３】
2004514414.tif 000084
である。
【０１３４】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化８４】
2004514414.tif 000085
である。
【０１３５】
識別子が２２１８である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｃｌｐＢの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化８５】
2004514414.tif 000086
を有する。
【０１３６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化８６】
2004514414.tif 000087
である。
【０１３７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化８７】
2004514414.tif 000088
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０１３８】
古細菌における多対１コネクトロンの例−メタン生成菌（Ｍ．　ｊａｎｎａｓｃｈｉｉ）
本例では、Ｔ１−Ｔ２（１６３０−１６４３）長ループの存在は、４つのＣ１／Ｃ２短ループ（１６２９、１６４２、１２４および１５３３）によって調節される。
【化８８】
2004514414.tif 000089
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０１３９】
染色体１上の長さ４．９９８キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１６３０であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化８９】
2004514414.tif 000090
を有する。
【０１４０】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１６４３であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化９０】
2004514414.tif 000091
を有する。
【０１４１】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化９１】
2004514414.tif 000092
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０１４２】
識別子が１６２９である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１５９７の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化９２】
2004514414.tif 000093
を有する。
【０１４３】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化９３】
2004514414.tif 000094
である。
【０１４４】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化９４】
2004514414.tif 000095
である。
【０１４５】
識別子が１６４２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１６０２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化９５】
2004514414.tif 000096
を有する。
【０１４６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化９６】
2004514414.tif 000097
である。
【０１４７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化９７】
2004514414.tif 000098
である。
【０１４８】
識別子が１２４である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ０１１２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化９８】
2004514414.tif 000099
を有する。
【０１４９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化９９】
2004514414.tif 000100
である。
【０１５０】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１００】
2004514414.tif 000101
である。
【０１５１】
識別子が１５３３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１４８６の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１０１】
2004514414.tif 000102
を有する。
【０１５２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１０２】
2004514414.tif 000103
である。
【０１５３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１０３】
2004514414.tif 000104
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０１５４】
単細胞真核生物における多対１コネクトロンの例−Ｓ．セレビシエ
本例では、染色体１２上のＴ１−Ｔ２（５５１５−５５３３）長ループの存在は、１７のＣ１／Ｃ２短ループ（５５１６、５５３２、１９３９、２３２３、１９４２、３２８６、３６４９，４７６４、４７５１、５５３６、６１０２、８０２３、７３５６、３２９３、３２９１、３２８９および１４６）によって調節される。
【化１０４】
2004514414.tif 000105
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０１５５】
染色体１２上の長さ６．４６６キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が５５１５であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１０５】
2004514414.tif 000106
を有する。
【０１５６】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が５５３３であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１０６】
2004514414.tif 000107
を有する。
【０１５７】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化１０７】
2004514414.tif 000108
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０１５８】
識別子が５５１６である、染色体１２上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＬＲ４６４Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１０８】
2004514414.tif 000109
を有する。
【０１５９】
識別子が５５３２である、染色体１２上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＬＲ４６７Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１０９】
2004514414.tif 000110
を有する。
【０１６０】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１９３９である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＤＲ５４５Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１１０】
2004514414.tif 000111
を有する。
【０１６１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１１１】
2004514414.tif 000112
である。
【０１６２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１１２】
2004514414.tif 000113
である。
【０１６３】
識別子が２３２３である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＥＲ１８９Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１１３】
2004514414.tif 000114
を有する。
【０１６４】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１１４】
2004514414.tif 000115
である。
【０１６５】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１１５】
2004514414.tif 000116
である。
【０１６６】
識別子が１９４２である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＥＬ０７７Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１１６】
2004514414.tif 000117
を有する。
【０１６７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１１７】
2004514414.tif 000118
である。
【０１６８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１１８】
2004514414.tif 000119
である。
【０１６９】
識別子が３２８６である、染色体７上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＧＲ２９６Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１１９】
2004514414.tif 000120
を有する。
【０１７０】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１２０】
2004514414.tif 000121
である。
【０１７１】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１２１】
2004514414.tif 000122
である。
【０１７２】
識別子が３６４９である、染色体８上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＨＲ２１９Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１２２】
2004514414.tif 000123
を有する。
【０１７３】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１２３】
2004514414.tif 000124
である。
【０１７４】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１２４】
2004514414.tif 000125
である。
【０１７５】
識別子が４７６４である、染色体１２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＬＬ０６６Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１２５】
2004514414.tif 000126
を有する。
【０１７６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１２６】
2004514414.tif 000127
である。
【０１７７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１２７】
2004514414.tif 000128
である。
【０１７８】
識別子が４７５１である、染色体１２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＬＬ０６７Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１２８】
2004514414.tif 000129
を有する。
【０１７９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１２９】
2004514414.tif 000130
である。
【０１８０】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１３０】
2004514414.tif 000131
である。
【０１８１】
識別子が５５３６である、染色体１３上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＭＬ１３３Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１３１】
2004514414.tif 000132
を有する。
【０１８２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１３２】
2004514414.tif 000133
である。
【０１８３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１３３】
2004514414.tif 000134
である。
【０１８４】
識別子が６１０２である、染色体１４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＮＬ３３９Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１３４】
2004514414.tif 000135
を有する。
【０１８５】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１３５】
2004514414.tif 000136
である。
【０１８６】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１３６】
2004514414.tif 000137
である。
【０１８７】
識別子が８０２３である、染色体１６上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＰＲ２０４Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１３７】
2004514414.tif 000138
を有する。
【０１８８】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１３８】
2004514414.tif 000139
である。
【０１８９】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１３９】
2004514414.tif 000140
である。
【０１９０】
識別子が７３５６である、染色体１６上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＰＬ２８３Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１４０】
2004514414.tif 000141
を有する。
【０１９１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１４１】
2004514414.tif 000142
である。
【０１９２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１４２】
2004514414.tif 000143
である。
【０１９３】
識別子が３２９３である、染色体８上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＨＬ０５０Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１４３】
2004514414.tif 000144
を有する。
【０１９４】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１４４】
2004514414.tif 000145
である。
【０１９５】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１４５】
2004514414.tif 000146
である。
【０１９６】
識別子が３２９１である、染色体８上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＨＬ０５０Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１４６】
2004514414.tif 000147
を有する。
【０１９７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１４７】
2004514414.tif 000148
である。
【０１９８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１４８】
2004514414.tif 000149
である。
【０１９９】
識別子が１４５である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＢＬ１１３Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１４９】
2004514414.tif 000150
を有する。
【０２００】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１５０】
2004514414.tif 000151
である。
【０２０１】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１５１】
2004514414.tif 000152
である。
【０２０２】
識別子が３２８９である、染色体８上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＨＬ０５０Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１５２】
2004514414.tif 000153
を有する。
【０２０３】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１５３】
2004514414.tif 000154
である。
【０２０４】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１５４】
2004514414.tif 000155
である。
【０２０５】
識別子が１４６である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＢＬ１１３Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１５５】
2004514414.tif 000156
を有する。
【０２０６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１５６】
2004514414.tif 000157
である。
【０２０７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１５７】
2004514414.tif 000158
である。
【０２０８】
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
多細胞真核生物における多対１コネクトロンの例−線虫
本例では、染色体５上のＴ１−Ｔ２（３１９７−３３０８）長ループの存在は、３つのＣ１／Ｃ２短ループ（４３８２、４３７５および２８６３３）によって調節される。
【化１５８】
2004514414.tif 000159
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２０９】
染色体５上の長さ５８．４５１キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２８６３２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１５９】
2004514414.tif 000160
を有する。
【０２１０】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が２８６９７であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１６０】
2004514414.tif 000161
を有する。
【０２１１】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化１６１】
2004514414.tif 000162
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２１２】
識別子が４３８２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｙ４３Ｆ８Ｂ．１０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１６２】
2004514414.tif 000163
を有する。
【０２１３】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１６３】
2004514414.tif 000164
である。
【０２１４】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１６４】
2004514414.tif 000165
である。
【０２１５】
識別子が４３７５である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｙ４３Ｆ８Ｂ．１０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１６５】
2004514414.tif 000166
を有する。
【０２１６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１６６】
2004514414.tif 000167
である。
【０２１７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１６７】
2004514414.tif 000168
である。
【０２１８】
識別子が２８６３３である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｍ１６２．５の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１６８】
2004514414.tif 000169
を有する。
【０２１９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１６９】
2004514414.tif 000170
である。
【０２２０】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１７０】
2004514414.tif 000171
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２２１】
３．　１つのコネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、多セットの遺伝子の発現を調節する。
１つのＣ１／Ｃ２短ループが、多くのＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節することが可能である。該Ｃ１／Ｃ２短ループは、Ｔ１−Ｔ２長ループと同一染色体上または異なる染色体上にあってもよい。この関係を「１対多」と記載する。この関係は、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在する。
原核生物における１対多コネクトロンの例−大腸菌
本例では、Ｔ１−Ｔ２（３２０８−３３１５、３４３６−３４７６、３４３９−３４７８および３４４１−３４７９）長ループの存在は、１つのＣ１／Ｃ２短ループ（３２０６）によって調節される。
【化１７１】
2004514414.tif 000172
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２２２】
染色体１上の長さ９３．３７７キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３２０８であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１７２】
2004514414.tif 000173
を有する。
【０２２３】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３３１５であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１７３】
2004514414.tif 000174
を有する。
【０２２４】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化１７４】
2004514414.tif 000175
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２２５】
識別子が３２０６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｓＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１７５】
2004514414.tif 000176
を有する。
【０２２６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１７６】
2004514414.tif 000177
である。
【０２２７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１７７】
2004514414.tif 000178
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２２８】
染色体１上の長さ４１．２７９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３４３６であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１７８】
2004514414.tif 000179
を有する。
【０２２９】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３４７６であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１７９】
2004514414.tif 000180
を有する。
【０２３０】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化１８０】
2004514414.tif 000181
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０２３１】
識別子が３２０６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｓＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１８１】
2004514414.tif 000182
を有する。
【０２３２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１８２】
2004514414.tif 000183
である。
【０２３３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１８３】
2004514414.tif 000184
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２３４】
染色体１上の長さ４１．３３６キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３４３９であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１８４】
2004514414.tif 000185
を有する。
【０２３５】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３４７８であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１８５】
2004514414.tif 000186
を有する。
【０２３６】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化１８６】
2004514414.tif 000187
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２３７】
識別子が３２０６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｓＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１８７】
2004514414.tif 000188
を有する。
【０２３８】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１８８】
2004514414.tif 000189
である。
【０２３９】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１８９】
2004514414.tif 000190
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２４０】
染色体１上の長さ３８．２８５キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３４４１であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１９０】
2004514414.tif 000191
を有する。
【０２４１】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３４７９であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１９１】
2004514414.tif 000192
を有する。
【０２４２】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化１９２】
2004514414.tif 000193
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２４３】
識別子が３２０６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｓＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化１９３】
2004514414.tif 000194
を有する。
【０２４４】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１９４】
2004514414.tif 000195
である。
【０２４５】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化１９５】
2004514414.tif 000196
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２４６】
古細菌における１対多コネクトロンの例−メタン生成菌
本例では、Ｔ１−Ｔ２（５３４−６１１、１１３９−１１５９、および１６３０−１６４３）長ループの存在は、１つのＣ１／Ｃ２短ループ（１６４２）によって調節される。
【化１９６】
2004514414.tif 000197
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２４７】
染色体１上の長さ７２．８８６キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が５３４であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１９７】
2004514414.tif 000198
を有する。
【０２４８】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が６１１であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化１９８】
2004514414.tif 000199
を有する。
【０２４９】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化１９９】
2004514414.tif 000200
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２５０】
識別子が１６４２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１６０２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２００】
2004514414.tif 000201
を有する。
【０２５１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２０１】
2004514414.tif 000202
である。
【０２５２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２０２】
2004514414.tif 000203
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２５３】
染色体１上の長さ１４．５０９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１１３９であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２０３】
2004514414.tif 000204
を有する。
【０２５４】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１１５９であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２０４】
2004514414.tif 000205
を有する。
【０２５５】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２０５】
2004514414.tif 000206
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２５６】
識別子が１６４２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１６０２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２０６】
2004514414.tif 000207
を有する。
【０２５７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２０７】
2004514414.tif 000208
である。
【０２５８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２０８】
2004514414.tif 000209
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２５９】
染色体１上の長さ４．９９８キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１６３０であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２０９】
2004514414.tif 000210
を有する。
【０２６０】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１６４３であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２１０】
2004514414.tif 000211
を有する。
【０２６１】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２１１】
2004514414.tif 000212
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２６２】
識別子が１６４２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１６０２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２１２】
2004514414.tif 000213
を有する。
【０２６３】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２１３】
2004514414.tif 000214
である。
【０２６４】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２１４】
2004514414.tif 000215
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２６５】
単細胞真核生物における１対多コネクトロンの例−Ｓ．セレビシエ
本例では、Ｔ１−Ｔ２（１５８−１７１、２９３−３１７、４２９５−４３０８および５９１６−５９２３）長ループの存在は、１つのＣ１／Ｃ２短ループ（８６）によって調節される。
【化２１５】
2004514414.tif 000216
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２６６】
染色体２上の長さ２０．３９１キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１５８であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２１６】
2004514414.tif 000217
を有する。
【０２６７】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１７１であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２１７】
2004514414.tif 000218
を有する。
【０２６８】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２１８】
2004514414.tif 000219
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２６９】
識別子が８６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＡＲ００９Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２１９】
2004514414.tif 000220
を有する。
【０２７０】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２２０】
2004514414.tif 000221
である。
【０２７１】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２２１】
2004514414.tif 000222
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２７２】
染色体２上の長さ３８．４７０キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２９３であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２２２】
2004514414.tif 000223
を有する。
【０２７３】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３１７であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２２３】
2004514414.tif 000224
を有する。
【０２７４】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２２４】
2004514414.tif 000225
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２７５】
識別子が８６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＡＲ００９Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２２５】
2004514414.tif 000226
を有する。
【０２７６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２２６】
2004514414.tif 000227
である。
【０２７７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２２７】
2004514414.tif 000228
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２７８】
染色体１０上の長さ１１．０２０キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が４２９５であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２２８】
2004514414.tif 000229
を有する。
【０２７９】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が４３０８であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２２９】
2004514414.tif 000230
を有する。
【０２８０】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２３０】
2004514414.tif 000231
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２８１】
識別子が８７である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＡＲ００９Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２３１】
2004514414.tif 000232
を有する。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２８２】
染色体１３上の長さ５．４６２キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が５９１６であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２３２】
2004514414.tif 000233
を有する。
【０２８３】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が５９２３であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２３３】
2004514414.tif 000234
を有する。
【０２８４】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２３４】
2004514414.tif 000235
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２８５】
識別子が８７である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＡＲ００９Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２３５】
2004514414.tif 000236
を有する。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２８６】
多細胞真核生物における１対多コネクトロンの例−線虫
本例では、Ｔ１−Ｔ２（１６５５４−１６６６１および２１５６５−２１５９０）長ループの存在は、１つのＣ１／Ｃ２短ループ（２１５９１）によって調節される。
【化２３６】
2004514414.tif 000237
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２８７】
染色体４上の長さ５０．１５９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１６５５４であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２３７】
2004514414.tif 000238
を有する。
【０２８８】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１６６６１であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２３８】
2004514414.tif 000239
を有する。
【０２８９】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２３９】
2004514414.tif 000240
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２９０】
識別子が２１５９１である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｆ２５Ａ２．１の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２４０】
2004514414.tif 000241
を有する。
【０２９１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２４１】
2004514414.tif 000242
である。
【０２９２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２４２】
2004514414.tif 000243
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２９３】
染色体５上の長さ１８．１４２キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２１５６５であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２４３】
2004514414.tif 000244
を有する。
【０２９４】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が２１５９０であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２４４】
2004514414.tif 000245
を有する。
【０２９５】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２４５】
2004514414.tif 000246
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０２９６】
識別子が２１５９１である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｆ２５Ａ２．１の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２４６】
2004514414.tif 000247
を有する。
【０２９７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２４７】
2004514414.tif 000248
である。
【０２９８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２４８】
2004514414.tif 000249
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２９９】
４．　コネクトロンが、原核生物およびそれらのプラスミド間で生じる。
コネクトロン関係は、原核生物およびプラスミド間に存在する。これらのコネクトロンは、２つのゲノムが共生関係を形成することが可能であるように、これらのゲノム間の調節機構を実行する。Ｄ．ラディオデュランスの場合、該関係は対称ではない。Ｄ．ラディオデュランスゲノムは、Ｃ１／Ｃ２短ループをＭＰ１プラスミドに送る。
【０３００】
原核生物／プラスミドコネクトロンの例−Ｄ．ラディオデュランス
本例では、プラスミドＭＰ１である、染色体３中のＴ１−Ｔ２（２６５４−２６９４および２６９２−２７４９）長ループの存在は、染色体１中の１つのＣ１／Ｃ２短ループ（１６）によって調節される。
【化２４９】
2004514414.tif 000250
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３０１】
染色体３（プラスミドＭＰ１）上の長さ４６．９０３キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２６５４であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２５０】
2004514414.tif 000251
を有する。
【０３０２】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が２６９４であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２５１】
2004514414.tif 000252
を有する。
【０３０３】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２５２】
2004514414.tif 000253
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０３０４】
識別子が２６９３である、染色体３（プラスミドＭＰ１）上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲＢ００５７の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２５３】
2004514414.tif 000254
を有する。
【０３０５】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲ０００９の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２５４】
2004514414.tif 000255
を有する。
【０３０６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２５５】
2004514414.tif 000256
である。
【０３０７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２５６】
2004514414.tif 000257
である。
【０３０８】
識別子が２７６８である、染色体３（プラスミドＭＰ１）上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲＢ０１３３の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２５７】
2004514414.tif 000258
を有する。
【０３０９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２５８】
2004514414.tif 000259
である。
【０３１０】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２５９】
2004514414.tif 000260
である。
識別子が２６５３である、染色体３（プラスミドＭＰ１）上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲＢ００１７の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２６０】
2004514414.tif 000261
を有する。
【０３１１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２６１】
2004514414.tif 000262
である。
【０３１２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２６２】
2004514414.tif 000263
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３１３】
染色体３（プラスミドＭＰ１）上の長さ６８．６１２キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２６９２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２６３】
2004514414.tif 000264
を有する。
【０３１４】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が２７４９であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２６４】
2004514414.tif 000265
を有する。
【０３１５】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２６５】
2004514414.tif 000266
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０３１６】
識別子が２６９３である、染色体３（プラスミドＭＰ１）上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲＢ００５７の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２６６】
2004514414.tif 000267
を有する。
【０３１７】
識別子が２６９５である、染色体３（プラスミドＭＰ１）上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲＢ００５７の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２６７】
2004514414.tif 000268
を有する。
【０３１８】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲ０００９の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２６８】
2004514414.tif 000269
を有する。
【０３１９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２６９】
2004514414.tif 000270
である。
【０３２０】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２７０】
2004514414.tif 000271
である。
【０３２１】
識別子が２７６８である、染色体３（プラスミドＭＰ１）上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲＢ０１３３の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２７１】
2004514414.tif 000272
を有する。
【０３２２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２７２】
2004514414.tif 000273
である。
【０３２３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２７３】
2004514414.tif 000274
である。
【０３２４】
識別子が２６９３である、染色体３（プラスミドＭＰ１）上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲＢ００５７の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２７４】
2004514414.tif 000275
を有する。
【０３２５】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２７５】
2004514414.tif 000276
である。
【０３２６】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２７６】
2004514414.tif 000277
である。
【０３２７】
識別子が２６５３である、染色体３（プラスミドＭＰ１）上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＤＲＢ００１７の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２７７】
2004514414.tif 000278
を有する。
【０３２８】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２７８】
2004514414.tif 000279
である。
【０３２９】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２７９】
2004514414.tif 000280
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３３０】
５．　コネクトロンが植物およびより高次の動物で生じる
コネクトロン関係は、植物およびより高次の動物に存在する。
植物コネクトロンの例−シロイヌナズナ
本例では、Ｔ１−Ｔ２（４２３−４６９）長ループの存在は、６つのＣ１／Ｃ２短ループ（９７２、２１３９６、４２２、２１７６２、２１８１３および１０８８２）によって調節される。Ｔ１−Ｔ２長ループは、２つのＣ１／Ｃ２（４２６および４３０）短ループに加えて、染色体２上の６遺伝子の発現を調節する。
【化２８０】
2004514414.tif 000281
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３３１】
染色体２上の長さ４２．２８５キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が４２３であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２８１】
2004514414.tif 000282
を有する。
【０３３２】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が４６９であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化２８２】
2004514414.tif 000283
を有する。
【０３３３】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化２８３】
2004514414.tif 000284
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０３３４】
識別子が４２６である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ａｔ２ｇ０２０６０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２８４】
2004514414.tif 000285
を有する。
【０３３５】
識別子が４３０である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ａｔ２ｇ０２０６０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２８５】
2004514414.tif 000286
を有する。
【０３３６】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が９７２である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ａｔ２ｇ０４２４０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２８６】
2004514414.tif 000287
を有する。
【０３３７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２８７】
2004514414.tif 000288
である。
【０３３８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２８８】
2004514414.tif 000289
である。
【０３３９】
識別子が２１３９６である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＡＴ４ｇ１５３００の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２８９】
2004514414.tif 000290
を有する。
【０３４０】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２９０】
2004514414.tif 000291
である。
【０３４１】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２９１】
2004514414.tif 000292
である。
【０３４２】
識別子が４２２である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ａｔ２ｇ０２０６０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２９２】
2004514414.tif 000293
を有する。
【０３４３】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２９３】
2004514414.tif 000294
である。
【０３４４】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２９４】
2004514414.tif 000295
である。
【０３４５】
識別子が２１７６２である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＡＴ４ｇ１７５１０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２９５】
2004514414.tif 000296
を有する。
【０３４６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２９６】
2004514414.tif 000297
である。
【０３４７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２９７】
2004514414.tif 000298
である。
【０３４８】
識別子が２１８１３である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＡＴ４ｇ１７６８０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化２９８】
2004514414.tif 000299
を有する。
【０３４９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化２９９】
2004514414.tif 000300
である。
【０３５０】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３００】
2004514414.tif 000301
である。
【０３５１】
識別子が１０８８２である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ａｔ２ｇ２６５４０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３０１】
2004514414.tif 000302
を有する。
【０３５２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３０２】
2004514414.tif 000303
である。
【０３５３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３０３】
2004514414.tif 000304
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３５４】
動物コネクトロンの例−キイロショウジョウバエ
染色体４上の長さ８８．１５９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３３４０であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３０４】
2004514414.tif 000305
を有する。
【０３５５】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３３７２であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３０５】
2004514414.tif 000306
を有する。
【０３５６】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
［以下の遺伝子名のいくつかは、まだ決定されていない］
【化３０６】
2004514414.tif 000307
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０３５７】
識別子が３３６２である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＸＸＸの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３０７】
2004514414.tif 000308
を有する。
【０３５８】
識別子が３３６４である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＸＸＸの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３０８】
2004514414.tif 000309
を有する。
【０３５９】
識別子が３３６６である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＸＸＸの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３０９】
2004514414.tif 000310
を有する。
【０３６０】
識別子が３３６９である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＸＸＸの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３１０】
2004514414.tif 000311
を有する。
【０３６１】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０３６２】
識別子が３３７３である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＸＸＸの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３１１】
2004514414.tif 000312
を有する。
【０３６３】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３１２】
2004514414.tif 000313
である。
【０３６４】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３１３】
2004514414.tif 000314
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３６５】
動物コネクトロンの例−Ｈ．サピエンス
ＮＩＨが主導する世界的配列決定プロジェクトおよびＣｅｌｅｒａ　Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，　Ｉｎｃ．プロジェクトの両方によって、ヒトゲノムはすべて、完全に配列決定されている。この染色体の遺伝子ディスクリプタは、いまだ存在しない。遺伝子の位および方向なしには、ありうるコネクトロンの中から選択して、真のコネクトロンを決定することは不可能である。
ヒト染色体２２は、プロセシングされ、そして３１，０００のありうるコネクトロンがある。
ヒトゲノムのすべての染色体に関する遺伝子ディスクリプタは、年内に入手可能になるはずである。
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【０３６６】
６．　永久コネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在する。
Ｃ１／Ｃ２短ループは、通常、ある遺伝子の３’ＵＴＲとして発現される。Ｃ１／Ｃ２が３’ＵＴＲである遺伝子のもの以外のいかなる発現調節にもさらされることなく、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、１以上のＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する種類のコネクトロン関係が存在する。これらのコネクトロン関係を「永久」と記載する。永久コネクトロンは、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在する。
原核生物永久コネクトロンの例−大腸菌
本例では、Ｔ１−Ｔ２（３２００−３２１０）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２短ループ（３４３２）によって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、遺伝子ｂｔｕＢによってのみ調節される。
【化３１４】
2004514414.tif 000315
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３６７】
染色体１上の長さ９３．３３９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３２００であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３１５】
2004514414.tif 000316
を有する。
【０３６８】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３３１０であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３１６】
2004514414.tif 000317
を有する。
【０３６９】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３１７】
2004514414.tif 000318
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０３７０】
識別子が３４３２である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｂｔｕＢの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３１８】
2004514414.tif 000319
を有する。
【０３７１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３１９】
2004514414.tif 000320
である。
【０３７２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３２０】
2004514414.tif 000321
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３７３】
古細菌永久コネクトロンの例−ピロリ菌
本例では、Ｔ１−Ｔ２（８１２−８８２）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２短ループ（１２４１）によって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、遺伝子ＨＰ１５３５によってのみ調節される。
【化３２１】
2004514414.tif 000322
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３７４】
染色体１上の長さ９６．３８５キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が８１２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３２２】
2004514414.tif 000323
を有する。
【０３７５】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が８８２であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３２３】
2004514414.tif 000324
を有する。
【０３７６】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３２４】
2004514414.tif 000325
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０３７７】
識別子が１２４１である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＨＰ１５３５の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３２５】
2004514414.tif 000326
を有する。
【０３７８】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３２６】
2004514414.tif 000327
である。
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３２７】
2004514414.tif 000328
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３７９】
単細胞永久コネクトロンの例−Ｓ．セレビシエ
本例では、Ｔ１−Ｔ２（５５１５−５５３３）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２短ループ（６１０２）によって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、遺伝子ＹＮＬ３３９Ｃによってのみ調節される。
【化３２８】
2004514414.tif 000329
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３８０】
染色体１２上の長さ６．４６６キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が５５１５であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３２９】
2004514414.tif 000330
を有する。
【０３８１】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が５５３３であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３３０】
2004514414.tif 000331
を有する。
【０３８２】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３３１】
2004514414.tif 000332
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０３８３】
識別子が６１０２である、染色体１４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＮＬ３３９Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３３２】
2004514414.tif 000333
を有する。
【０３８４】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３３３】
2004514414.tif 000334
である。
【０３８５】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３３４】
2004514414.tif 000335
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３８６】
多細胞永久コネクトロンの例−線虫
本例では、Ｔ１−Ｔ２（５５１５−５５３３）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２短ループ（６１０２）によって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、遺伝子ＹＮＬ３３９Ｃによってのみ調節される。
【化３３５】
2004514414.tif 000336
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３８７】
染色体１上の長さ３０．６０６キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が５６９であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３３６】
2004514414.tif 000337
を有する。
【０３８８】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が５９６であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３３７】
2004514414.tif 000338
を有する。
【０３８９】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０３９０】
識別子が２４４４２である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｆ２０Ｄ６．４の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３３８】
2004514414.tif 000339
を有する。
【０３９１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３３９】
2004514414.tif 000340
である。
【０３９２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３４０】
2004514414.tif 000341
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３９３】
７．　一過的コネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在する。
Ｃ１／Ｃ２短ループが、それ自体、それを取り巻く別のＴ１−Ｔ２長ループによる発現調節にさらされるように、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、１以上のＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する種類のコネクトロン関係が存在する。これらのコネクトロン関係を「一過的」と記載する。一過的コネクトロンは、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在する。
【０３９４】
原核生物一過的コネクトロンの例−大腸菌
本例では、Ｔ１−Ｔ２（３２２７−３２２９）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（３２２５）短ループによって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（３２１６−３２２４）長ループの存在によって調節される。このＴ１−Ｔ２長ループの存在はそれ自体、Ｃ１／Ｃ２（３２２３）短ループの発現によって決定される。Ｃ１／Ｃ２（３２２５）短ループは、一過的コネクトロンである。
【化３４１】
2004514414.tif 000342
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３９５】
染色体１上の長さ９３．４６４キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３２１６であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３４２】
2004514414.tif 000343
を有する。
【０３９６】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３３２４であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３４３】
2004514414.tif 000344
を有する。
【０３９７】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３４４】
2004514414.tif 000345
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０３９８】
識別子が３２２５である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｌＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３４５】
2004514414.tif 000346
を有する。
【０３９９】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０４００】
識別子が３３２３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｌＡの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３４６】
2004514414.tif 000347
を有する。
【０４０１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３４７】
2004514414.tif 000348
である。
【０４０２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３４８】
2004514414.tif 000349
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４０３】
染色体１上の長さ９３．７４９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３２２７であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３４９】
2004514414.tif 000350
を有する。
【０４０４】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３３２９であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３５０】
2004514414.tif 000351
を有する。
【０４０５】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３５１】
2004514414.tif 000352
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０４０６】
識別子が３２２５である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ｒｒｌＣの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３５２】
2004514414.tif 000353
を有する。
【０４０７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３５３】
2004514414.tif 000354
である。
【０４０８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３５４】
2004514414.tif 000355
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４０９】
古細菌一過的コネクトロンの例−メタン生成菌
本例では、Ｔ１−Ｔ２（１１３９−１１５９）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（５３３）短ループによって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（５３２−６２２）長ループの存在によって調節される。このＴ１−Ｔ２長ループの存在はそれ自体、Ｃ１／Ｃ２（１６２９）短ループの発現によって決定される。Ｃ１／Ｃ２（５３３）短ループは、一過的コネクトロンである。
【化３５５】
2004514414.tif 000356
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４１０】
染色体１上の長さ７８．６７２キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が５３２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３５６】
2004514414.tif 000357
を有する。
【０４１１】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が６２２であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３５７】
2004514414.tif 000358
を有する。
【０４１２】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３５８】
2004514414.tif 000359
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０４１３】
識別子が５３３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ０４８５の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３５９】
2004514414.tif 000360
を有する。
【０４１４】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１６２９である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１５９７の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３６０】
2004514414.tif 000361
を有する。
【０４１５】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３６１】
2004514414.tif 000362
である。
【０４１６】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３６２】
2004514414.tif 000363
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４１７】
染色体１上の長さ１４．５０９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１１３９であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３６３】
2004514414.tif 000364
を有する。
【０４１８】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１１５９であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３６４】
2004514414.tif 000365
を有する。
【０４１９】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３６５】
2004514414.tif 000366
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
【０４２０】
識別子が５３３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ０４８５の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３６６】
2004514414.tif 000367
を有する。
【０４２１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３６７】
2004514414.tif 000368
である。
【０４２２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３６８】
2004514414.tif 000369
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４２３】
単細胞一過的コネクトロンの例−Ｓ．セレビシエ
本例では、Ｔ１−Ｔ２（２８４０−２８５９）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（２９８）短ループによって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（２９３−３２０）長ループの存在によって調節される。このＴ１−Ｔ２長ループの存在はそれ自体、Ｃ１／Ｃ２（８６）短ループの発現によって決定される。Ｃ１／Ｃ２（２９８）短ループは、一過的コネクトロンである。
【化３６９】
2004514414.tif 000370
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４２４】
染色体２上の長さ３８．４７０キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２９３であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３７０】
2004514414.tif 000371
を有する。
【０４２５】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３２０であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３７１】
2004514414.tif 000372
を有する。
【０４２６】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３７２】
2004514414.tif 000373
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０４２７】
識別子が２９８である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＢＬ００５Ｗ−Ｂの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３７３】
2004514414.tif 000374
を有する。
【０４２８】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が８６である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＡＲ００９Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３７４】
2004514414.tif 000375
を有する。
【０４２９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３７５】
2004514414.tif 000376
である。
【０４３０】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３７６】
2004514414.tif 000377
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４３１】
染色体７上の長さ５．３０２キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２８４０であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３７７】
2004514414.tif 000378
を有する。
【０４３２】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が２８５９であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３７８】
2004514414.tif 000379
を有する。
【０４３３】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が２９８である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＢＬ００５Ｗ−Ｂの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３７９】
2004514414.tif 000380
を有する。
【０４３４】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３８０】
2004514414.tif 000381
である。
【０４３５】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３８１】
2004514414.tif 000382
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４３６】
多細胞一過的コネクトロンの例−線虫
本例では、Ｔ１−Ｔ２（２２０７２−２２１０８）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（１２５）短ループによって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（１１０−１２９）長ループの存在によって調節される。このＴ１−Ｔ２長ループの存在はそれ自体、Ｃ１／Ｃ２（１６８５９）短ループの発現によって決定される。Ｃ１／Ｃ２（１２５）短ループは、一過的コネクトロンである。
【化３８２】
2004514414.tif 000383
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４３７】
染色体１上の長さ１８．８５５キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１１０であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３８３】
2004514414.tif 000384
を有する。
【０４３８】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１２９であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３８４】
2004514414.tif 000385
を有する。
【０４３９】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３８５】
2004514414.tif 000386
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０４４０】
識別子が１２５である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＣ１２３．３の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３８６】
2004514414.tif 000387
を有する。
【０４４１】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１６８５９である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｆ５８Ｅ２．７の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３８７】
2004514414.tif 000388
を有する。
【０４４２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３８８】
2004514414.tif 000389
である。
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３８９】
2004514414.tif 000390
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４４３】
染色体５上の長さ５１．０３１キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２２０７２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３９０】
2004514414.tif 000391
を有する。
【０４４４】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が２２１０８であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３９１】
2004514414.tif 000392
を有する。
【０４４５】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３９２】
2004514414.tif 000393
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって変調される。
【０４４６】
識別子が１２５である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＣ１２３．３の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化３９３】
2004514414.tif 000394
を有する。
【０４４７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３９４】
2004514414.tif 000395
である。
【０４４８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化３９５】
2004514414.tif 000396
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４４９】
８．　自己限定コネクトロンが、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物で生じる
１つのＣ１／Ｃ２短ループが、それを取り巻くＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する種類のコネクトロン関係が存在する。これらのコネクトロン関係を「自己限定」と記載する。自己限定コネクトロンは、原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物に存在する。
原核生物自己限定コネクトロンの例−大腸菌
本例では、Ｔ１−Ｔ２（１７０４−１７１８）長ループの存在は、２つのＣ１／Ｃ２（１７０５および１７１３）短ループによって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（１７０４−１７１８）長ループの存在によって調節される。このＴ１−Ｔ２長ループの存在はそれ自体、２つのＣ１／Ｃ２（１７０５および１７１３）短ループの発現によって決定される。Ｃ１／Ｃ２（１７０５および１７１３）短ループは、自己限定コネクトロンである。
【化３９６】
2004514414.tif 000397
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４５０】
染色体１上の長さ１５．２５９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１７０４であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３９７】
2004514414.tif 000398
を有する。
【０４５１】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１７１８であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化３９８】
2004514414.tif 000399
を有する。
【０４５２】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化３９９】
2004514414.tif 000400
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０４５３】
識別子が１７０５である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４００】
2004514414.tif 000401
を有する。
【０４５４】
識別子が１７１３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ａｓｎＷの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４０１】
2004514414.tif 000402
を有する。
【０４５５】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１７０５である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４０２】
2004514414.tif 000403
を有する。
【０４５６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４０３】
2004514414.tif 000404
である。
【０４５７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４０４】
2004514414.tif 000405
である。
識別子が１７１３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ａｓｎＷの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４０５】
2004514414.tif 000406
を有する。
【０４５８】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４０６】
2004514414.tif 000407
である。
【０４５９】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４０７】
2004514414.tif 000408
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４６０】
古細菌自己限定コネクトロンの例−メタン生成菌
本例では、Ｔ１−Ｔ２（１４４７−１４７１）長ループの存在は、２つのＣ１／Ｃ２（１４４８および１４７０）短ループによって調節される。これらのＣ１／Ｃ２短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（１４４７−１４７１）長ループの存在によって調節される。このＴ１−Ｔ２長ループの存在はそれ自体、２つのＣ１／Ｃ２（１７０５および１７１３）短ループの発現によって決定される。Ｃ１／Ｃ２（１４４８および１４７０）短ループは、自己限定コネクトロンである。
【化４０８】
2004514414.tif 000409
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４６１】
染色体１上の長さ２２．６７５キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１４４７であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４０９】
2004514414.tif 000410
を有する。
【０４６２】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１４７１であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４１０】
2004514414.tif 000411
を有する。
【０４６３】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化４１１】
2004514414.tif 000412
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０４６４】
識別子が１４４８である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１４０１の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４１２】
2004514414.tif 000413
を有する。
【０４６５】
識別子が１４７０である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１４２０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４１３】
2004514414.tif 000414
を有する。
【０４６６】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１４７０である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１４２０の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４１４】
2004514414.tif 000415
を有する。
【０４６７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４１５】
2004514414.tif 000416
である。
【０４６８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４１６】
2004514414.tif 000417
である。
【０４６９】
識別子が１４４８である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＭＪ１４０１の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４１７】
2004514414.tif 000418
を有する。
【０４７０】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４１８】
2004514414.tif 000419
である。
【０４７１】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４１９】
2004514414.tif 000420
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４７２】
単細胞自己限定コネクトロンの例−Ｓ．セレビシエ
本例では、Ｔ１−Ｔ２（２９３−３２０）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（２９８）短ループによって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（２９３−３２０）長ループの存在によって調節される。このＴ１−Ｔ２長ループの存在はそれ自体、Ｃ１／Ｃ２（２９８）短ループの発現によって決定される。Ｃ１／Ｃ２（２９８）短ループは、自己限定コネクトロンである。
【化４２０】
2004514414.tif 000421
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４７３】
染色体２上の長さ３８．４７０キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２９３であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４２１】
2004514414.tif 000422
を有する。
【０４７４】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３２０であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４２２】
2004514414.tif 000423
を有する。
【０４７５】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化４２３】
2004514414.tif 000424
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０４７６】
識別子が２９８である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＢＬ００５Ｗ−Ｂの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４２４】
2004514414.tif 000425
を有する。
【０４７７】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が２９８である、染色体２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＢＬ００５Ｗ−Ｂの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４２５】
2004514414.tif 000426
を有する。
【０４７８】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４２６】
2004514414.tif 000427
である。
【０４７９】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４２７】
2004514414.tif 000428
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４８０】
多細胞自己限定コネクトロンの例−線虫
本例では、Ｔ１−Ｔ２（２９３−３２０）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（２９８）短ループによって調節される。このＣ１／Ｃ２短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（２９３−３２０）長ループの存在によって調節される。このＴ１−Ｔ２長ループの存在はそれ自体、Ｃ１／Ｃ２（２９８）短ループの発現によって決定される。Ｃ１／Ｃ２（２９８）短ループは、自己限定コネクトロンである。
【化４２８】
2004514414.tif 000429
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４８１】
染色体４上の長さ８９．９１９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１７１５４であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４２９】
2004514414.tif 000430
を有する。
【０４８２】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１７１９０であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４３０】
2004514414.tif 000431
を有する。
【０４８３】
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下の遺伝子の発現を変調する。
【化４３１】
2004514414.tif 000432
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０４８４】
識別子が１７１５５である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｒ０８Ｃ７．１の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４３２】
2004514414.tif 000433
を有する。
【０４８５】
識別子が１７１７１である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＺＫ１８０．２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４３３】
2004514414.tif 000434
を有する。
【０４８６】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１７１５５である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｒ０８Ｃ７．１の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４３４】
2004514414.tif 000435
を有する。
【０４８７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４３５】
2004514414.tif 000436
である。
【０４８８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４３６】
2004514414.tif 000437
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０４８９】
９．無遺伝子コネクトロンが、単細胞および多細胞真核生物に存在する
通常、Ｔ１−Ｔ２長ループは、その発現が該長ループの存在によって制御される遺伝子を含有する。Ｔ１−Ｔ２長ループがいかなる遺伝子も含有しない場合、これを「無遺伝子」と記載する。Ｔ１−Ｔ２長ループの存在はそれ自体、同一または異なる染色体上にあることが可能な、１以上のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。無遺伝子Ｔ１−Ｔ２長ループは、１以上のＣ１／Ｃ２短ループを含有しなければならない。
【０４９０】
単細胞無遺伝子コネクトロンの例−Ｓ．セレビシエ
本例では、Ｔ１−Ｔ２（１５３７−１５５９）長ループの存在は、３つのＣ１／Ｃ２（３７８９、５２８９および５７５３）短ループによって調節される。２１のＣ１／Ｃ２（１５３８から１５５８）短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（１５３７−１５５９）長ループの存在によって調節される。
【化４３７】
2004514414.tif 000438
【０４９１】
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
染色体４上の長さ４．８２５キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１５３７であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４３８】
2004514414.tif 000439
を有する。
【０４９２】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１５５９であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４３９】
2004514414.tif 000440
を有する。
【０４９３】
このＴ１／Ｔ２ループに調節される遺伝子はない。
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
識別子が１５３８である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４４０】
2004514414.tif 000441
を有する。
【０４９４】
このＴ１−Ｔ２ループはまた、１５３９から１５５７と番号付けられるＣ１／Ｃ２短ループも変調する。
識別子が１５５８である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４４１】
2004514414.tif 000442
を有する。
【０４９５】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が３７８９である、染色体９上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＩＬ０５９Ｃの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４４２】
2004514414.tif 000443
を有する。
【０４９６】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４４３】
2004514414.tif 000444
である。
【０４９７】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４４４】
2004514414.tif 000445
である。
【０４９８】
識別子が５２８９である、染色体１２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＬＲ３０１Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４４５】
2004514414.tif 000446
を有する。
【０４９９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４４６】
2004514414.tif 000447
である。
【０５００】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４４７】
2004514414.tif 000448
である。
【０５０１】
識別子が５７５３である、染色体１３上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＭＲ０４４Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４４８】
2004514414.tif 000449
を有する。
【０５０２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４４９】
2004514414.tif 000450
である。
【０５０３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４５０】
2004514414.tif 000451
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５０４】
多細胞無遺伝子コネクトロンの２つの例−線虫
第一の例では、Ｔ１−Ｔ２（２３４２−２３４４）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（２４１１４）短ループによって調節される。１つのＣ１／Ｃ２（２３４３）短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（２３４２−２３４４）長ループの存在によって調節される。
【化４５１】
2004514414.tif 000452
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５０５】
第二の例では、Ｔ１−Ｔ２（２９２２１−２９２６２）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（２４１１４）短ループによって調節される。１つのＣ１／Ｃ２（２３４３）短ループの発現は、Ｔ１−Ｔ２（２３４２−２３４４）長ループの存在によって調節される。
【化４５２】
2004514414.tif 000453
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
染色体１上の長さ６７．０５９キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２３４２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４５３】
2004514414.tif 000454
を有する。
【０５０６】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が２３４４であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４５４】
2004514414.tif 000455
を有する。
【０５０７】
このＴ１／Ｔ２ループに調節される遺伝子はない。
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
【０５０８】
識別子が２３４３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４５５】
2004514414.tif 000456
を有する。
【０５０９】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が２４１１４である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｃ１３Ｆ１０．５の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４５６】
2004514414.tif 000457
を有する。
【０５１０】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４５７】
2004514414.tif 000458
である。
【０５１１】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４５８】
2004514414.tif 000459
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５１２】
染色体５上の長さ４１．２９７キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が２９２２１であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４５９】
2004514414.tif 000460
を有する。
【０５１３】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が２９２６２であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４６０】
2004514414.tif 000461
を有する。
【０５１４】
このＴ１／Ｔ２ループに調節される遺伝子はない。
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
識別子が２９２２２である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４６１】
2004514414.tif 000462
を有する。
【０５１５】
このＴ１−Ｔ２ループはまた、２９２２３から２９２６０と番号付けられるＣ１／Ｃ２短ループも変調する。
識別子が２９２６１である、染色体５上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４６２】
2004514414.tif 000463
を有する。
【０５１６】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が４２９１である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｙ４３Ｆ８Ｃ．５の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４６３】
2004514414.tif 000464
を有する。
【０５１７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４６４】
2004514414.tif 000465
である。
【０５１８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４６５】
2004514414.tif 000466
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５１９】
１０．　１つのコネクトロンが、単細胞および多細胞真核生物において、多くの無遺伝子コネクトロンを調節する。
１つのＣ１／Ｃ２短ループが、多くの無遺伝子Ｔ１−Ｔ２長ループの存在を調節することが可能である。
単細胞無遺伝子コネクトロンの例−Ｓ．セレビシエ
本例では、３つのＴ１−Ｔ２（１１４２−１１５６、１２４２−１２７２および７１０２−７１１７）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（５２８９）短ループによって調節される。
【化４６６】
2004514414.tif 000467
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５２０】
染色体４上の長さ５．３３７キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１１４２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４６７】
2004514414.tif 000468
を有する。
【０５２１】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１１５６であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４６８】
2004514414.tif 000469
を有する。
【０５２２】
このＴ１／Ｔ２ループに調節される遺伝子はない。
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
識別子が１１４３である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４６９】
2004514414.tif 000470
を有する。
【０５２３】
このＴ１−Ｔ２ループはまた、１１４４から１１５４と番号付けられるＣ１／Ｃ２短ループも変調する。
識別子が１１５５である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４７０】
2004514414.tif 000471
を有する。
【０５２４】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が５２８９である、染色体１２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＬＲ３０１Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４７１】
2004514414.tif 000472
を有する。
【０５２５】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４７２】
2004514414.tif 000473
である。
【０５２６】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４７３】
2004514414.tif 000474
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５２７】
染色体４上の長さ５．２５１キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１２４３であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４７４】
2004514414.tif 000475
を有する。
【０５２８】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１２７２であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４７５】
2004514414.tif 000476
を有する。
【０５２９】
このＴ１／Ｔ２ループに調節される遺伝子はない。
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
識別子が１２４４である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４７６】
2004514414.tif 000477
を有する。
【０５３０】
このＴ１−Ｔ２ループはまた、１２４５から１２７０と番号付けられるＣ１／Ｃ２短ループも変調する。
識別子が１２７１である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４７７】
2004514414.tif 000478
を有する。
【０５３１】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が５２８９である、染色体１２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＬＲ３０１Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４７８】
2004514414.tif 000479
を有する。
【０５３２】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４７９】
2004514414.tif 000480
である。
【０５３３】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４８０】
2004514414.tif 000481
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５３４】
染色体１５上の長さ５．２９６キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が７１０２であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４８１】
2004514414.tif 000482
を有する。
【０５３５】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が７１１７であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４８２】
2004514414.tif 000483
を有する。
【０５３６】
このＴ１／Ｔ２ループに調節される遺伝子はない。
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
識別子が７１０３である、染色体１５上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４８３】
2004514414.tif 000484
を有する。
【０５３７】
このＴ１−Ｔ２ループはまた、７１０４から７１１５と番号付けられるＣ１／Ｃ２短ループも変調する。
識別子が７１１６である、染色体１５上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４８４】
2004514414.tif 000485
を有する。
【０５３８】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が５２８９である、染色体１２上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子ＹＬＲ３０１Ｗの３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４８５】
2004514414.tif 000486
を有する。
【０５３９】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４８６】
2004514414.tif 000487
である。
【０５４０】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４８７】
2004514414.tif 000488
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５４１】
多細胞無遺伝子コネクトロンの例−線虫
本例では、３つのＴ１−Ｔ２（１１４２−１１５６、１４８４０−１５０４２および１５３６５−１５６２７）長ループの存在は、Ｃ１／Ｃ２（１６７６０）短ループによって調節される。
【化４８８】
2004514414.tif 000489
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５４２】
染色体１上の長さ１５．８９４キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が３１０１であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４８９】
2004514414.tif 000490
を有する。
【０５４３】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が３１２０であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４９０】
2004514414.tif 000491
を有する。
【０５４４】
このＴ１／Ｔ２ループに調節される遺伝子はない。
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
識別子が３１０３である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４９１】
2004514414.tif 000492
を有する。
【０５４５】
このＴ１−Ｔ２ループはまた、３１０４から３１１８と番号付けられるＣ１／Ｃ２短ループも変調する。
識別子が３１１９である、染色体１上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４９２】
2004514414.tif 000493
を有する。
【０５４６】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１６７６０である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｔ２３Ｅ１．２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化４９３】
2004514414.tif 000494
を有する。
【０５４７】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４９４】
2004514414.tif 000495
である。
【０５４８】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化４９５】
2004514414.tif 000496
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５４９】
染色体３上の長さ８６．９７７キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１４８４０であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４９６】
2004514414.tif 000497
を有する。
【０５５０】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１５０４２であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化４９７】
2004514414.tif 000498
を有する。
【０５５１】
このＴ１／Ｔ２ループに調節される遺伝子はない。
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
識別子が１４８４１である、染色体３上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４９８】
2004514414.tif 000499
を有する。
【０５５２】
このＴ１−Ｔ２ループはまた、１４８４２から１５０４０と番号付けられるＣ１／Ｃ２短ループも変調する。
識別子が１５０４１である、染色体３上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化４９９】
2004514414.tif 000500
を有する。
【０５５３】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１６７６０である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｔ２３Ｅ１．２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化５００】
2004514414.tif 000501
を有する。
【０５５４】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化５０１】
2004514414.tif 000502
である。
【０５５５】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化５０２】
2004514414.tif 000503
である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０５５６】
染色体３上の長さ９８．４８８キロ塩基の二本鎖ＤＮＡループの左には、識別子が１５３６５であるＴ１配列が結合する。このＴ１調節要素は、ＤＮＡ配列
【化５０３】
2004514414.tif 000504
を有する。
【０５５７】
この二本鎖ＤＮＡループの右には、識別子が１５６２７であるＴ２調節要素が結合する。このＴ２調節要素は、ＤＮＡ配列
【化５０４】
2004514414.tif 000505
を有する。
【０５５８】
このＴ１／Ｔ２ループに調節される遺伝子はない。
この長Ｔ１／Ｔ２二本鎖ＤＮＡループは、以下のＣ１／Ｃ２短ループの発現を変調する。
識別子が１５３６６である、染色体３上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化５０５】
2004514414.tif 000506
を有する。
【０５５９】
このＴ１−Ｔ２ループはまた、１５３６６から１５６２４と番号付けられるＣ１／Ｃ２短ループも変調する。
識別子が１５６２５である、染色体３上のＣ１／Ｃ２短ループは、１以上の他のＴ１／Ｔ２長ループの遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、ＤＮＡ配列
【化５０６】
2004514414.tif 000507
を有する。
【０５６０】
このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現は、以下のＣ１／Ｃ２短ループによって調節される。
識別子が１６７６０である、染色体４上のＣ１／Ｃ２短ループは、このＴ１／Ｔ２長ループ中の遺伝子の発現を調節する。このＣ１／Ｃ２短ループは、遺伝子Ｔ２３Ｅ１．２の３’ＵＴＲであるＲＮＡ一本鎖として発現され、そしてＤＮＡ配列
【化５０７】
2004514414.tif 000508
を有する。
【０５６１】
Ｔ１配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化５０８】
2004514414.tif 000509
である。
【０５６２】
Ｔ２配列およびＣ１／Ｃ２配列間のマッチは
【化５０９】
2004514414.tif 000510
である。
【図面の簡単な説明】
【図１】
図１は、ＤＮＡの凝縮が増加する６つのレベルを示す。
【図２】
図２において、（ａ）クロマチンＤＮＡが６倍対称３０ｎｍ粒子を形成する図を示し、（ｂ）６倍対称３０ｎｍ粒子は、多様な反復単位数の直鎖を形成する図を示す。
【図３】
図３は、タンパク質によって、ループの底で閉じられると考えられる３０ｎｍ粒子の長ループを示す。
【図４】
図４において、（ａ）転写および編集、（ｂ）核中のＲＮＡの移動、（ｃ）コネクトロン形成を示す。
【図５】
図５は、典型的な、転写的に活性である染色体ループの図式的編成の概観を示す。
【図６】
図６は、コネクトロン数の対数−対数関数としてプロットしたゲノムサイズを示す。
【図７】
図７は、断片数の関数としてプロットした配列例の数を示す。
【図８】
図８は、レベル０−アルゴリズムの全体の概観を示す。
【図９】
図９は、レベル１−アルゴリズムのプロセスフローを示す。
【図１０】
図１０は、レベル２ａ−２ページ−ゲノムからブロッキング断片ファイルへのプロセシングを示す。
【図１１】
図１１は、レベル２ｂ−２ページ−ゲノムに関するコネクトロンの計算を示す。
【図１２】
図１２は、レベル２ｃ−２ページ−ありうるコネクトロンの解析を示す。
【図１３】
図１３は、レベル３ａ−ゲノム使用メモリのセットアップを示す。
【図１４】
図１４は、レベル３ｂ−Ｔ１ウインドウに関するＤＢＰサイズブロッキングファイルの発見を示す。
【図１５】
図１５は、レベル１−Ｔ２ウインドウに関するＤＢＰサイズブロッキングファイルの発見を示す。
【図１６】
図１６は、レベル２ａ−２ページ−Ｃ１／Ｃ２エントリの発見を示す。
【図１７】
図１７は、レベル２ｂ−２ページ−潜在的なコネクトロンに関するゲノム使用メモリのスキャンを示す。
【図１】
2004514414.tif 000511
【図２】
2004514414.tif 000512
【図３】
2004514414.tif 000513
【図４】
2004514414.tif 000514
【図５】
2004514414.tif 000515
2004514414.tif 000516
2004514414.tif 000517
2004514414.tif 000518
【図６】
2004514414.tif 000519
【図７】
2004514414.tif 000520
【図８】
2004514414.tif 000521
【図９】
2004514414.tif 000522
【図１０】
2004514414.tif 000523
2004514414.tif 000524
【図１１】
2004514414.tif 000525
2004514414.tif 000526
2004514414.tif 000527
【図１２】
2004514414.tif 000528
2004514414.tif 000529
【図１３】
2004514414.tif 000530
【図１４】
2004514414.tif 000531
【図１５】
2004514414.tif 000532
【図１６】
2004514414.tif 000533
2004514414.tif 000534
【図１７】
2004514414.tif 000535
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【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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