(57)【要約】本発明は、ＡＢＣＡ１キャリアタンパク質をコードする単離された核酸に関し、当該核酸は、多型変異の配列、および、ヒトＡＢＣＡ１キャリアから誘導されたポリペプチドを含み、さらに、多型アミノ酸を含む。また、本発明は、前記多型部位もしくは位置をフランキングした領域、または、それを含む領域とハイブリダイズする、対立遺伝子に特異的なプライマーおよびプローブに関し、さらに、ＡＢＣＡ１遺伝子に影響を与える対立遺伝子変異を分析するための方法およびキットまたはセット、最後に、特に原形質コレステロール高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）の濃度に関連した病気、例えば、家族性ＨＤＬ欠陥（例えばタンジール病、心筋梗塞、アテローム性動脈硬化症）、ならびに他の心臓血管の病気またはそれに対する素因を診断するための、ヒトＡＢＣＡ１遺伝子の多型の使用に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチド、または、相補配列の核酸を含む核酸。
【請求項２】
配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチド、または、相補配列の核酸から誘導される核酸。
【請求項３】
配列番号２４〜１２６で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸からなる群より選択されるポリヌクレオチドの少なくとも９個の連続したヌクレオチドを含み、ｉ）ｓ−ｍ３９ｉ３、ｓ−５３ｅ５、ｓ−１１３ｅ６、ｓ−１３５ｅ８、ｓ−２４ｉ１３、ｓ−１４８ｅ１４、ｓ−８１ｉ１４、ｓ−１１５ｉ１４、ｓ−１９６ｅ１５、ｓ−１３６ｅ１６、ｓ−１８ｉ１９、ｓ−ｍ６５ｉ２２、ｓ−１４９ｅ２４、ｓ−４４ｅ２７、ｓ−７ｅ３０、ｓ−６２ｅ３４、ｓ−ｍ７４ｉ３４、ｓ−７７ｅ３６、ｓ−２８４３ｅ４９と指定されたＡ、ｉｉ）ｓ−２５ｉ４、ｓ−１２３ｅ８、ｓ−ｍ１３ｉ９、ｓ−１２６ｅ１２、ｓ−ｍ５９ｉ１３、ｓ−４ｅ１８、ｓ−４０ｅ１９、ｓ−ｍ１０ｉ１９、ｓ−１２３ｅ２２、ｓ−１４９ｉ２３、ｓ−ｍ５０ｉ２３、ｓ−１６６ｅ３０、ｓ−ｍ１４２ｉ３２、ｓ−ｍ１１９ｉ４０、ｓ−１１４ｅ４５、ｓ−ｍ３４ｉ４５、ｓ−８３３ｅ４９、ｓ−１５８０ｅ４９、ｓ−１７９１ｅ４９、ｓ−２０４９ｅ４９と指定されたＴ、ｉｉｉ）ｓ−３５ｅ１ａ、ｓ−１０８ｅ６、ｓ−ｍ８９ｉ８、ｓ−ｍ１０４ｉ９、ｓ−ｍ２９ｉ１２、ｓ−１０７ｅ１７、ｓ−ｍ６８ｉ１７、ｓ−９８ｅ２４、ｓ−３０ｉ３１、ｓ−２５１ｉ３９、ｓ−１３ｉ４７、ｓ−２０３４ｅ４９、ｓ−２４４９ｅ４９と指定されたＧ、ｉｖ）ｓ−７６ｅ１ｂ、ｓ−２７ｅ１７、ｓ−６０ｉ１７、ｓ−５４ｅ２３、ｓ−ｍ２６ｉ３２、ｓ−５５ｉ３６、ｓ−６４ｅ３８、ｓ−２５２ｉ３９、ｓ−ｍ６９ｉ４４、ｓ−８６ｉ４７、ｓ−３７７ｅ４９と指定されたＣ、ｖ）ｓ−ｍ４１ｉ９と指定された欠失、および、ｖｉ）ｓ−１６ｅ１ｂ、ｓ−ｍ１４ｉ７、ｓ−ｍ６１ｉ９、ｓ−ｍ１３０ｉ３２と指定された挿入からなる群より選択される多型を含む核酸。
【請求項４】
配列番号１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸からなる群より選択されるポリヌクレオチドの少なくとも９個の連続したヌクレオチドを含み、配列番号２３で示されるＡＢＣＡ１遺伝子のプロモーター配列に関して、ｉ）５０５、１６４２、２０９１の位置におけるＡ、ｉｉ）１０９３、１４９９、１６７７、１７９５、２３３０、２５９２、２８８０の位置におけるＴ、ｉｉｉ）１０８０、１２４２、１９５４の位置におけるＧ、ｉｖ）１３８８、２４８７、２６１６、２７９５の位置におけるＣ、ｖ）位置７１７でのＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧの挿入、位置１８５９でのＡＴ挿入、および、ｖｉ）位置２１１７でのＴＴＴＧの欠失、位置２１２１でのＴＴＴＧＴＴＴＧＴの欠失、ならびに、位置２６７１でのＣＡＣＣＣの欠失、からなる群より選択される多型を含む核酸。
【請求項５】
配列番号２４〜１２６で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸からなる群より選択されるポリヌクレオチドの少なくとも２１個の連続したヌクレオチドを含み、ｉ）ｓ−ｍ３９ｉ３、ｓ−５３ｅ５、ｓ−１１３ｅ６、ｓ−１３５ｅ８、ｓ−２４ｉ１３、ｓ−１４８ｅ１４、ｓ−８１ｉ１４、ｓ−１１５ｉ１４、ｓ−１９６ｅ１５、ｓ−１３６ｅ１６、ｓ−１８ｉ１９、ｓ−ｍ６５ｉ２２、ｓ−１４９ｅ２４、ｓ−４４ｅ２７、ｓ−７ｅ３０、ｓ−６２ｅ３４、ｓ−ｍ７４ｉ３４、ｓ−７７ｅ３６、ｓ−２８４３ｅ４９と指定されたＡ、ｉｉ）ｓ−２５ｉ４、ｓ−１２３ｅ８、ｓ−ｍ１３ｉ９、ｓ−１２６ｅ１２、ｓ−ｍ５９ｉ１３、ｓ−４ｅ１８、ｓ−４０ｅ１９、ｓ−ｍ１０ｉ１９、ｓ−１２３ｅ２２、ｓ−１４９ｉ２３、ｓ−ｍ５０ｉ２３、ｓ−１６６ｅ３０、ｓ−ｍ１４２ｉ３２、ｓ−ｍ１１９ｉ４０、ｓ−１１４ｅ４５、ｓ−ｍ３４ｉ４５、ｓ−８３３ｅ４９、ｓ−１５８０ｅ４９、ｓ−１７９１ｅ４９、ｓ−２０４９ｅ４９と指定されたＴ、ｉｉｉ）ｓ−３５ｅ１ａ、ｓ−１０８ｅ６、ｓ−ｍ８９ｉ８、ｓ−ｍ１０４ｉ９、ｓ−ｍ２９ｉ１２、ｓ−１０７ｅ１７、ｓ−ｍ６８ｉ１７、ｓ−９８ｅ２４、ｓ−３０ｉ３１、ｓ−２５１ｉ３９、ｓ−１３ｉ４７、ｓ−２０３４ｅ４９、ｓ−２４４９ｅ４９と指定されたＧ、ｉｖ）ｓ−７６ｅ１ｂ、ｓ−２７ｅ１７、ｓ−６０ｉ１７、ｓ−５４ｅ２３、ｓ−ｍ２６ｉ３２、ｓ−５５ｉ３６、ｓ−６４ｅ３８、ｓ−２５２ｉ３９、ｓ−ｍ６９ｉ４４、ｓ−８６ｉ４７、ｓ−３７７ｅ４９と指定されたＣ、ｖ）ｓ−ｍ４１ｉ９と指定された欠失、および、ｖｉ）ｓ−１６ｅ１ｂ、ｓ−ｍ１４ｉ７、ｓ−ｍ６１ｉ９、ｓ−ｍ１３０ｉ３２と指定された挿入、からなる群より選択される多型を含む核酸。
【請求項６】
配列番号１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸からなる群より選択されるポリヌクレオチドの少なくとも２１個の連続したヌクレオチドを含み、配列番号２３で示されるＡＢＣＡ１遺伝子のプロモーター配列に関して、ｉ）５０５、１６４２、２０９１の位置におけるＡ、ｉｉ）１０９３、１４９９、１６７７、１７９５、２３３０、２５９２、２８８０の位置におけるＴ、ｉｉｉ）１０８０、１２４２、１９５４の位置におけるＧ、ｉｖ）１３８８、２４８７、２６１６、２７９５の位置におけるＣ、ｖ）位置７１７でのＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧの挿入、位置１８５９でのＡＴ挿入、ならびに、ｖｉ）位置２１１７でのＴＴＴＧの欠失、位置２１２１でのＴＴＴＧＴＴＴＧＴの欠失、および、位置２６７１でのＣＡＣＣＣの欠失からなる群より選択される多型を含む核酸。
【請求項７】
配列番号２４〜１２６で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸からなる群より選択されるポリヌクレオチドの少なくとも２１個の連続したヌクレオチドを含み、２１個のヌクレオチド断片の中央に位置し、かつ、ｉ）ｓ−ｍ３９ｉ３、ｓ−５３ｅ５、ｓ−１１３ｅ６、ｓ−１３５ｅ８、ｓ−２４ｉ１３、ｓ−１４８ｅ１４、ｓ−８１ｉ１４、ｓ−１１５ｉ１４、ｓ−１９６ｅ１５、ｓ−１３６ｅ１６、ｓ−１８ｉ１９、ｓ−ｍ６５ｉ２２、ｓ−１４９ｅ２４、ｓ−４４ｅ２７、ｓ−７ｅ３０、ｓ−６２ｅ３４、ｓ−ｍ７４ｉ３４、ｓ−７７ｅ３６、ｓ−２８４３ｅ４９と指定されたＡ、ｉｉ）ｓ−２５ｉ４、ｓ−１２３ｅ８、ｓ−ｍ１３ｉ９、ｓ−１２６ｅ１２、ｓ−ｍ５９ｉ１３、ｓ−４ｅ１８、ｓ−４０ｅ１９、ｓ−ｍ１０ｉ１９、ｓ−１２３ｅ２２、ｓ−１４９ｉ２３、ｓ−ｍ５０ｉ２３、ｓ−１６６ｅ３０、ｓ−ｍ１４２ｉ３２、ｓ−ｍ１１９ｉ４０、ｓ−１１４ｅ４５、ｓ−ｍ３４ｉ４５、ｓ−８３３ｅ４９、ｓ−１５８０ｅ４９、ｓ−１７９１ｅ４９、ｓ−２０４９ｅ４９と指定されたＴ、ｉｉｉ）ｓ−３５ｅ１ａ、ｓ−１０８ｅ６、ｓ−ｍ８９ｉ８、ｓ−ｍ１０４ｉ９、ｓ−ｍ２９ｉ１２、ｓ−１０７ｅ１７、ｓ−ｍ６８ｉ１７、ｓ−９８ｅ２４、ｓ−１０ｉ３１、ｓ−２５１ｉ３９、ｓ−１３ｉ４７、ｓ−２０３４ｅ４９、ｓ−２４４９ｅ４９と指定されたＧ、ｉｖ）ｓ−７６ｅ１ｂ、ｓ−２７ｅ１７、ｓ−６０ｉ１７、ｓ−５４ｅ２３、ｓ−ｍ２６ｉ３２、ｓ−５５ｉ３６、ｓ−６４ｅ３８、ｓ−２５２ｉ３９、ｓ−ｍ６９ｉ４４、ｓ−８６ｉ４７、ｓ−３７７ｅ４９と指定されたＣ、ｖ）ｓ−ｍ４１ｉ９と指定された欠失、および、ｖｉ）ｓ−１６ｅ１ｂ、ｓ−ｍ１４ｉ７、ｓ−ｍ６１ｉ９、ｓ−ｍ１３０ｉ３２と指定された挿入からなる群より選択される多型塩基を含む核酸。
【請求項８】
配列番号１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸からなる群より選択されるポリヌクレオチドの少なくとも２１個の連続したヌクレオチドを含み、前記２１個のヌクレオチド断片の中央に位置し、かつ、配列番号２３で示されるＡＢＣＡ１遺伝子のプロモーター配列に関して、ｉ）５０５、１６４２、２０９１の位置におけるＡ、ｉｉ）１０９３、１４９９、１６７７、１７９５、２３３０、２５９２、２８８０の位置におけるＴ、ｉｉｉ）１０８０、１２４２、１９５４の位置におけるＧ、ｉｖ）１３８８、２４８７、２６１６、２７９５の位置におけるＣ、ｖ）位置７１７でのＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧの挿入、位置１８５９でのＡＴ挿入、ならびに、ｖｉ）位置２１１７でのＴＴＴＧの欠失、位置２１２１でのＴＴＴＧＴＴＴＧＴの欠失、および、位置２６７１でのＣＡＣＣＣの欠失からなる群より選択される多型塩基を含む核酸。
【請求項９】
配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチド、または、相補配列の核酸と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする核酸。
【請求項１０】
配列番号１２７〜１３６で示されるペプチド配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸。
【請求項１１】
ａ）配列番号１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドを含む核酸；および、
ｂ）所定のポリペプチドまたは核酸をコードするポリヌクレオチドを含む核酸。
【請求項１２】
配列番号１２７〜１３６で示されるアミノ酸配列のポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチドを含むことを特徴とする、多型ＡＢＣＡ１ポリペプチド。
【請求項１３】
請求項３〜９のいずれか一項に記載の核酸、または、相補配列の核酸を含む、ＡＢＣＡ１遺伝子に特異的なヌクレオチドプローブまたはプライマー。
【請求項１４】
ＡＢＣＡ１遺伝子、および、長さが少なくとも１５個のヌクレオチドにおける多型検出するのに有用な、請求項１３に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項１５】
ＡＢＣＡ１遺伝子、および、長さが少なくとも２１個のヌクレオチドにおける多型を検出するのに有用な、請求項１３に記載のヌクレオチドプローブまたはプライマー。
【請求項１６】
存在を検出することができる標識化合物を含むことを特徴とする、請求項１３〜１５のいずれか一項に記載のヌクレオチドプローブ。
【請求項１７】
３′末端の塩基が、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示される配列、または、それらの相補配列のいずれか一つの多型塩基の３′側に隣接して位置するヌクレオチドに相補的である、請求項１３〜１５のいずれか一項に記載のヌクレオチドプライマー。
【請求項１８】
３′末端の塩基が、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示される配列、または、それらの相補配列のいずれか一つの多型の位置から３′側に位置する２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個またはそれ以上のヌクレオチドに相補的である、請求項１７に記載のヌクレオチドプライマー。
【請求項１９】
請求項３〜９のいずれか一項に記載の核酸、または、相補配列の核酸を含む、遺伝子マーカー。
【請求項２０】
サンプル中で請求項１または２に記載の核酸を検出する方法であって、
ａ）増幅反応に必要な試薬の存在下で、標的核酸の存在が疑われるサンプルと、ヌクレオチドプライマー対とを接触させること、該ヌクレオチドプライマー対に関して、ハイブリダイゼーション位置は、請求項１または２に記載の核酸の増幅される標的の多型の位置のそれぞれ５′側および３′側に位置しており；そして、
ｂ）増幅された核酸を検出すること
からなる工程を含む、上記方法。
【請求項２１】
ヌクレオチドプライマーが、請求項１３〜１８のいずれか一項に記載のプライマーから選択されることを特徴とする、請求項２０に記載の検出方法。
【請求項２２】
ａ）ヌクレオチドプライマー対、該ヌクレオチドプライマー対に関して、ハイブリダイゼーション位置は、請求項１または２に記載の核酸の増幅される標的の多型の位置のそれぞれ５′側および３′側に位置し；
ｂ）必要に応じて、増幅反応に必要な試薬
を含む、請求項１または２に記載の核酸を検出するためのパック。
【請求項２３】
ヌクレオチドプライマーが、請求項１３〜１８のいずれか一項に記載のプライマーからなる群より選択されることを特徴とする、請求項２２に記載の核酸を増幅するためのパック。
【請求項２４】
ａ）請求項１３〜１８のいずれか一項に記載のヌクレオチドプライマーを用いて、試験される個体から得られた生体物質から、ＡＢＣＡ１遺伝子の全部または部分を配列解析すること；
ｂ）ａ）で得られたヌクレオチド配列と、配列番号１および３〜２３で示される配列からなる群より選択される配列とを並べること；
ｃ）試験される個体の生体物質から得られた配列解析されたポリヌクレオチドと、配列番号１および３〜２３で示される参照配列との間のヌクレオチドの違いを決定すること
からなる工程を含む、個体中で、ＡＢＣＡ１遺伝子の多型の存在を検出する方法。
【請求項２５】
請求項１または２に記載の核酸の多型の位置で、ＡＢＣＡ１遺伝子に対応する核酸全部または部分を配列解析するのに必要な手段を含む、個体中で、ＡＢＣＡ１遺伝子の多型の存在を検出するためのキットまたはパック。
【請求項２６】
ａ）請求項１３〜１６のいずれか一項に記載の１以上の核酸プローブと、試験される個体から得られたサンプルとを接触させること；
ｂ）上記プローブとサンプル中に存在する前記核酸との間で形成された可能性のある複合体を検出すること
からなる工程を含む、個体中で、ＡＢＣＡ１遺伝子の多型の存在を検出する方法。
【請求項２７】
プローブが支持体に固定されることを特徴とする、請求項２６に記載の検出方法。
【請求項２８】
ａ）請求項１３〜１６のいずれか一項に記載の１以上のヌクレオチドプローブ；
ｂ）必要に応じて、ハイブリダイゼーション反応に必要な試薬
を含む、サンプル中で、請求項１または２に記載の核酸の存在を検出するためのパック。
【請求項２９】
プローブが支持体に固定されることを特徴とする、請求項２８に記載の検出パック。
【請求項３０】
配列番号７２または１１５で示される配列のポリヌクレオチドを含み、配列番号１５で示される配列に関する位置５３８２での多型塩基Ａを含む核酸の個体での存在を、請求項２４、２６または２７のいずれか一項に記載の方法により検出することを含む、個体の心筋梗塞の危険を診断する方法。
【請求項３１】
配列番号７２または１１５で示される配列のポリヌクレオチドを含み、配列番号１５で示される配列に関する位置５３８２での多型塩基Ａを含む核酸の個体での存在を、請求項２４、２６または２７のいずれか一項に記載の方法により検出することを含む、個体の心臓血管疾患の危険を診断する方法。
【請求項３２】
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の核酸を含む、組換えクローニングおよび／または発現ベクター。
【請求項３３】
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の核酸、または、請求項３２に記載の組換えベクターで形質転換した、宿主細胞。
【請求項３４】
体細胞および／または生殖細胞が、請求項１〜１１に記載の核酸、または、請求項３２に記載の組換えベクターで形質転換された、非ヒトトランスジェニック哺乳動物。
【請求項３５】
請求項１２に記載の多型ＡＢＣＡ１ポリペプチド、または、そのペプチド断片に対して向けられた、抗体。
【請求項３６】
検出可能な化合物を含むことを特徴とする、請求項３５に記載の抗体。
【請求項３７】
ａ）サンプルと、請求項３５または３６に記載の抗体とを接触させること；
ｂ）形成された抗原／抗体複合体を検出すること
からなる工程を含む、サンプル中で、請求項１２に記載の多型ＡＢＣＡ１タンパク質の存在を検出する方法。
【請求項３８】
ａ）請求項３５または３６に記載の抗体；
ｂ）形成された抗原／抗体複合体の検出が可能な試薬
を含む、サンプル中で、請求項１２に記載のポリペプチドの存在を検出するための診断パック。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
本発明は、ヒトＡＢＣＡ１遺伝子の多型、および、対立遺伝子変異を示す様々な配列でコードされる新規のポリペプチド対立遺伝子に関する。また、本発明は、ヒトＡＢＣＡ１遺伝子における対立遺伝子変異を分析することを目的とした方法およびキット、および、心臓血管疾患、例えば心筋梗塞、アテローム性動脈硬化症またはタンジール病の危険を診断および治療するための、ＡＢＣＡ１多型の使用に関する。
【０００２】
ＡＢＣＡ１は、ペプチド、糖類、ビタミンまたはステロイドホルモンの輸送に関与するＡＢＣ（ＡＴＰ結合カセット）輸送体タンパク質のスーパーファミリーのメンバーである（Ｄｅａｎ ｅｔ ａｌ． Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｇｅｎｅｔ． ５ （１９９５） ７７９−７８５； Ｄｅｃｏｃｏｔｔｉｇｎｉｅｓ ｅｔ ａｌ． Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ． Ｄｅｖ．， １５ （１９９７） １３７−１４５； Ａｌｌｉｋｍｅｔｓ ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ． Ｍｏｌ． Ｇｅｎｅｔ．， ５ （１９９６） １６４９−１６５５）。
【０００３】
この輸送体ファミリーのメンバーは、第一に、細菌からヒトに至るまで進化の過程で高く保存されており、第二に、ＷａｌｋｅｒのＡおよびＢモチーフと２つの膜貫通ドメイン（各膜貫通ドメインは数種のヘリックスからなる）とを含む２つのヌクレオチド結合フォールド（またはＮＢＦ）を特徴とする共通の一般構造を有する。様々な輸送された分子に関するＡＢＣ輸送体の特異性は、膜貫通ドメインの構造により決定されるようであり、一方で、輸送活性に必要なエネルギーは、ＮＢＦフォールドにおけるＡＴＰ分解により供給される。
【０００４】
肝臓から組織へのコレステロール輸送、および、その反対のコレステロール輸送は、２種のリポタンパク質複合体、すなわち、ＬＤＬ（低密度リポタンパク質）およびＨＤＬ（高密度リポタンパク質）により、行われる。ＬＤＬは、組織にコレステロールを供給し、その一方で、ＨＤＬは、組織で形成された過量のコレステロールを肝臓に運ぶ。輸送中、酵素であるホスファチジルステロールアシルトランスフェラーゼ（ＬＣＡＴ）の作用を介してレシチン脂肪酸を転移させることにより、コレステロールをアシル化する。
【０００５】
現在、高いＬＤＬレベルにより、血管でのコレステロール蓄積や、冠状動脈不全が発症する可能性をもたらすことは、原形質のＨＤＬレベルが低い患者で明確に立証されている（Ｃａｓｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．， Ｊａｍａ （１９８６） ２５６（２０）， ２８３５−８）。特に、組織での過量のコレステロールの除去が遅いと、動脈プラークの形成が促進され、最終的には、心臓発作、狭心症または末梢動脈系の障害の危険をもたらす。
【０００６】
それゆえに、これらのリポタンパク質複合体、ＬＤＬおよびＨＤＬは、それぞれ肝臓から組織へ、またはその反対のコレステロール流入および流出メカニズムに関与しており、異なる密度の球状構造を有し、その球状構造は、本質的に、トリアシルグリセロールとコレステロールエステルとからなる無極の脂質のコア、および、アポリポタンパク質と両親媒性脂質とからなるクラウンで構成される。
【０００７】
通常、組織から肝臓へのコレステロールの流出は、２つの異なる異なる経路を介して行われるとみなされている。「受動の」経路と呼ばれる第一の経路は、細胞質膜からＨＤＬへのコレステロールの流出を促進し、一方で、第二の経路は、エネルギー依存性であり、おそらく、過量のコレステロールをＨＤＬ粒子へ移動させるように、細胞膜結合受容体を認識し、結合する原始型（ｎａｓｃｅｎｔ）ＨＤＬのアポリポタンパク質Ａ−Ｉ（Ａｐｏ−ＡＩ）を特に用いる（Ｒｏｔｈｂｌａｔ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｌｉｐｉｄ． Ｒｅｓ． （１９９９） ４０（５） ７８１−９６）。近年、特に、線維芽細胞およびマクロファージが、無脂質アポリポタンパク質（例えばＡｐｏＡ−Ｉ、ＡｐｏＡ−ＩＩおよびＡｐｏ−Ｅ）を用いたコレステロール移動の活性中心であることが、証明されている（Ｙｏｋｏｙａｍａ Ｓ．， Ｂｉｏｃｈｉｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． Ａｃｔａ （１９９８） １３９２（１）， １−１５； Ｔａｋａｈａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ （１９９９） ９６（２０）， １１３５８−６３）。
【０００８】
ＨＤＬ欠損、特に活性なコレステロール移動経路の欠乏に関連する様々な病気が説明されている。その病気とは、特に、タンジール病や家族性ＨＤＬ欠損（ＦＨＤ）である（Ｒｅｍａｌｅｙ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌ． Ｔｈｒｏｍｂ． Ｖａｓｃ． Ｂｉｏｌ． （１９９７） １７（９） １８１３−２１； Ｍａｒｃｉｌ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌ． Ｔｈｒｏｍｂ． Ｖａｓｃ． Ｂｉｏｌ． （１９９９） １９（１）， １５９−６９； Ｆｒａｎｃｉｓ ｅｔ ａｌ．， （１９９５） Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｉｎｖｅｓｔ． ９６（１）， ７８−８７）。
【０００９】
タンジール病は、特に、活性な細胞コレステロール移動経路における細胞の欠乏に関連するようであり、それによりＨＤＬ分解、および、リポタンパク質代謝障害を起こす。特に、末梢細胞からコレステロールを取り込んでおらず、正しく代謝されない粒子は、迅速に体から除去される。それゆえに、これらの患者の循環ＨＤＬの原形質濃度は極端に低いため、ＨＤＬはもはやコレステロールを確実に肝臓に戻すことができない。末梢細胞および組織で蓄積した過量のコレステロールは、例えば橙色の扁桃形成などの臨床徴候の原因となる（Ｓｅｒｆａｔｙ−Ｌａｃｒｏｓｎｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ．， （１９９４） Ａｔｈｅｒｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ １０７（１） ８５−９８）。
【００１０】
また、ＨＤＬ代謝に関連する家族性の障害は、低濃度のＨＤＬ粒子を特徴とし、冠状動脈の病気に罹った患者において最も一般的に検出される（Ｍａｒｃｉｌ ｅｔ ａｌ．， Ｔｈｅ Ｌａｎｃｅｔ （１９９９） ３５４（９１８７）， １３４１−６）。このＨＤＬの心臓を保護する効果は、おそらくは、その末梢組織から肝臓へのコレステロール輸送への関与により説明される（Ｂｒｕｃｅ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｎｕｔｒ． （１９９８） １８， ２９７−３１３０）。
【００１１】
ＡＢＣＡ１遺伝子産物は、細胞のコレステロール代謝の調節、および、逆のコレステロールおよびリン脂質輸送に影響を与えることができる。その観点において、近年、ＡＢＣＡ１遺伝子が、細胞からＨＤＬへの活性なコレステロール移動経路において重要な遺伝子であることが実証されている。逆のコレステロール輸送が影響を受けている患者において、特に、タンジール病と家族性ＨＤＬ欠損との両方に罹った患者において、ＡＢＣＡ１輸送体が変異していることが特に観察されている（Ｌａｗｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｉｎｖｅｓｔ． （１９９９） １０４（８） １２５−３１； Ｂｏｄｚｉｏｃｈ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ． （１９９９） ２２（４）， ３４７− ５１； Ｏｒｓｏ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔ． Ｇｅｎｅｔ． （２０００） ２４（２）， １９２−６）。
【００１２】
従って、ＡＢＣＡ１のヌクレオチド配列における変異または多型の存在は、原形質のＨＤＬ濃度と同様に、冠状動脈の障害を検出するのに有効な危険因子を構成するものと思われる。
【００１３】
先進国における主な死亡原因である冠状動脈の病気の多くの症例によれば、第一に、ＡＢＣＡ１遺伝子の対立遺伝子の多型を検出するための手段、および、冠状動脈に関する危険、また特に、狭心症、心筋梗塞、アテローム性動脈硬化症または家族性ＨＤＬ欠損（例えばタンジール病）を発症させる可能性のある循環ＨＤＬ欠損に関連する病気（その症状は上述のとおり）に対する素因診断することができる組成物、方法およびキットに対する必要性が明確に示される。
【００１４】
近年、ヒトＡＢＣＡ１遺伝子はクローニングされ、特徴付けされており、特に、出願ＰＣＴ／ＦＲ００／０１５９５およびＥＰ９９４０２６６８、ならびに、Ｓａｎｔａｍａｒｉｎａ−Ｆｏｊｏ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ （２０００） ９７（１４）， ７９８７− ７９９２）で説明される。ヒトＡＢＣＡ１遺伝子は、トータルサイズが１４９ｋｂであり、１．４５３ｋｂのプロモーター配列、１４６．５８１ｋｂのコーディングおよびイントロン配列、ならびに、１ｋｂの３′領域を含む。ヒトＡＢＣＡ１遺伝子は、５０個のエキソンと、それゆえに４９個イントロンとを含む。エキソン１は、翻訳されない５′末端（５′ＵＴＲ）をコードし、長さが２４．１５６ｋｂの大きいイントロンがその後に有し、さらに、エキソン２は、５′ＵＴＲ末端の残りの部分を含み、ＡＢＣＡ１タンパク質のＮ末端の第一の２１個のアミノ酸をコードする。ＡＢＣＡ１遺伝子は、２２６１個のアミノ酸からなるＡＢＣＡ１輸送体タンパク質をコードする。ヒトＡＢＣＡ１遺伝子の上流の調節配列を分析することにより、転写開始部位の３３ｂｐ上流のＴＡＴＡボックス（ＴＣＴＡＴＡＡＡＡＧ）、遍在する転写因子（例えばＳＰ１、ＮＦ−ｋＢ）およびアクチベータータンパク質（ＡＰ−１、−２、および−４）に関する多くの結合部位、および、３つのＥ−ボックスモチーフ（５′−ＣＡＮＮＴＧ−３′）、および、数種の肝細胞核因子（ＨＮＦ）−３β結合部位を同定することができた。
【００１５】
驚くべきことに、かつ意外なことに、本発明者等は、ＡＢＣＡ１輸送体をコードするヒト遺伝子において、特定数の多型を見出した。その上、本発明者等は、特定のＡＢＣＡ１遺伝子の対立遺伝子の多型の存在と、個体が冠状動脈に関する病状（例えば、特に心筋梗塞の危険）を発症する素因との間に統計的に有意な相関があることを見出した。
【００１６】
それゆえに、本発明の対象は、ヒトＡＢＣＡ１輸送体の多型変異体をコードする単離された核酸であり、当該核酸は、冠状動脈に関する危険、例えば、心筋梗塞、心臓血管疾患、または、より一般的には、ＨＤＬ欠損による全ての障害の危険に関連する可能性がある。
【００１７】
また、本発明の対象は、ヒトＡＢＣＡ１輸送体の多型ポリペプチド配列であり、当該多型ポリペプチド配列は、ＡＢＣＡ１の対立遺伝子形態から生産される。加えて、本発明の対象は、これらの核酸を含む組換えベクター、当該ベクターを含む細胞、および、これらのポリペプチドを発現させる条件下での細胞培養によって得られた変異ポリペプチドを生産する方法である。
【００１８】
他の観点に従って、本発明の対象は、冠状動脈に関する危険（例えば心筋梗塞の危険）、または、治療剤分子に対する特定の薬理的な応答に関連する、これらのヒトＡＢＣＡ１遺伝子の多型のいくつかに特異的な、プローブまたはプライマーを検出する適切な手段である。また、本発明は、ヒト個体のＡＢＣＡ１輸送体配列における多型の配列を検出することができる方法およびキットに関し、当該方法およびキットは、（ｉ）前記個体からＤＮＡサンプルを単離すること、（ｉｉ）ＡＢＣＡ１遺伝子を含む領域を増幅すること、（ｉｉｉ）増幅されたＤＮＡ領域における１以上の多型の存在または非存在を決定すること、からなる。このような多型は、代謝病または障害に対する素因に関連する多型プロファイルにおける他の多型に関連する可能性がある。
【００１９】
また、他の観点に従って、本発明は、患者における心臓血管疾患の危険を診断することができる方法に関する。当該方法は、２つの多型プロファイルを比較することからなる。第一のプロファイルは、試験が望まれる患者のプロファイルであり、第二のプロファイルは、所定の心臓血管または冠状動脈に関する危険（例えば心筋梗塞の危険）を有するコントロール個体の集団から得られた参照多型プロファイルである。試験とコントロール多型配列との比較は、ＡＢＣＡ１多型配列を有する個体の危険因子の良い指標を提供する。
【００２０】
全般的な定義
「核酸」または「ポリヌクレオチド」という用語は、プリンおよびピリミジン塩基を含むポリマーを意味する。これらは、ポリリボヌクレオチド、ポリデオキシリボヌクレオチド、または、ポリリボポリデオキシリボヌクレオチド混合ポリヌクレオチドである。核酸としては、一本鎖、ならびに、ＤＮＡ−ＤＮＡ、ＤＮＡ−ＲＮＡ、およびＲＮＡ型の二本鎖分子、または、塩基がアミノ酸主鎖へ結合することにより形成されるタンパク質核酸（ＰＮＡ）が挙げられる。また、核酸としては、改変された塩基、および、合成の類似ホスホジエステル結合（例えばホスホロチオエートおよびチオエステル）を含む分子が挙げられる。「核酸」という用語、特に、ＤＮＡおよびＲＮＡ分子は、分子の１次または２次構造のみを意味し、特定の３次構造に限定されない。従って、この用語は、二本鎖ＤＮＡを含み、特に、直鎖状または環状ＤＮＡ分子（制限断片）のなかでも、プラスミドおよび染色体が挙げられる。二本鎖ＤＮＡ分子の構造は、通常の方向、すなわち、ＤＮＡまたはセンス鎖（ｍＲＮＡと相同な配列を有する）の５′から３′への非転写鎖により記載される。組換えＤＮＡ分子は、分子生物学的な操作で処理されたＤＮＡ分子である。
【００２１】
本発明の目的において、「単離された」核酸またはポリペプチドという用語は、天然の起源の環境から分離された核酸またはポリペプチドを意味するものとする。単離された核酸またはポリペプチドは、約５０％未満、好ましくは７５％未満、さらにより好ましくは９０％未満の細胞性成分を含む。
誘導された核酸またはポリペプチド配列は、特定の指定配列の領域に対応し、核酸に関しては、同一配列または相補配列を含む。
【００２２】
本発明の目的において、「ヌクレオチド配列」という表現は、遍くポリヌクレオチドまたは核酸を指示するのに用いることができ、遺伝物質そのものを含むものであり、それゆえにその配列を含む情報に制限されない。
【００２３】
本発明の目的において、「オリゴヌクレオチド」という用語は、通常、少なくとも１０、好ましくは１５、より好ましくは少なくとも２０個のヌクレオチドを含み、ゲノムＤＮＡ分子、遺伝子をコードするｍＲＮＡ分子もしくはｃＤＮＡ、または所定の他の全ての分子にハイブリダイズすることができる核酸を意味する。当該オリゴヌクレオチドは、例えば、３２Ｐヌクレオチドもしくは共有結合により結合するヌクレオチド、蛍光標識、または、ビオチンのような標識で標識することができる。当該オリゴヌクレオチドは、核酸の存在検出することができるプローブであってもよい。あるいは、当該オリゴヌクレオチドは、ＰＣＲプライマーであってもよく、所定の遺伝子の完全長配列または断片をクローニングするのに用いることができる。また、当該オリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ分子上で、所定の二本鎖配列のトリプルヘリックスを形成することもできる。最終的に、所定の様々な多型を検出するために、オリゴヌクレオチドライブラリーを固体支持体に付着させることができる。通常、当該オリゴヌクレオチドは、合成オリゴヌクレオチドであり、ホスホジエステル結合またはチオエステル結合を含み得る。
【００２４】
プローブとは、標的核酸の配列を有するプローブの少なくとも一部分との相補性により、標的核酸上の配列とハイブリダイズできる核酸またはオリゴヌクレオチドを意味する。このプローブは、通常、ハイブリダイゼーション後に検出可能であるように標識される。
【００２５】
ハイブリダイゼーション溶液の適切な温度およびイオン強度の条件に従って、核酸分子の一本鎖形態が他の一本鎖核酸分子により安定化可能な場合、核酸分子は、核酸分子、例えばｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはＲＮＡにハイブリダイズする（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ． １９８９， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ， Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ： Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎｅｗ−Ｙｏｒｋ）。温度およびイオン強度の条件は、ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを決定する。
【００２６】
相同核酸の予備スクリーニングには、低いストリンジェンシー条件（温度は５５℃、０．１％ＳＤＳ、０．２５％ミルクを含み、ホルムアミドを含まないか、または３０％ホルムアミドを含む５×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳを含む５×ＳＳＣ）が用いられる。
【００２７】
中程度のハイブリダイゼーション条件には、より高い温度が用いられ、５０％ホルムアミド、および、５×ＳＳＣまたは６×ＳＳＣが用いられる。ハイブリダイゼーション反応において、核酸は相補的であることを必要とするが、塩基間のミスマッチがあってもよい。核酸のハイブリダイゼーションに適したストリンジェンシーは、核酸の長さ、および、相補性の程度に依存し、分子生物学において既知のように変化させることができる。２つのヌクレオチド配列間の類似性および相同性がより大きく、より高程度であれば、より高いハイブリダイゼーション温度を用いることができる。１００個のヌクレオチドを超過する大きさのハイブリダイゼーションには、ハイブリダイゼーション温度は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ等が説明する方程式を用いて計算される。大きさがより小さい核酸（例えばオリゴヌクレオチド）のハイブリダイゼーションには、ミスマッチ位置が重要であり、オリゴヌクレオチドの長さがその特異性を決定する。一般的に、このオリゴヌクレオチドの最小限の長さは、１０個のヌクレオチド、好ましくは少なくとも１５個のヌクレオチド、さらにより好ましくは２０個のヌクレオチドである。
高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件には、以下の条件が用いられる。
【００２８】
１−メンブレンの競合およびプレハイブリダイゼーション：
４０μｌのサケ精子ＤＮＡ（１０ｍｇ／ｍｌ）＋４０μｌのヒト胎盤ＤＮＡ（１０ｍｇ／ｍｌ）を混合する。
９６℃で５分間変性させ、次に、混合物を氷中に浸す。
２×ＳＳＣ緩衝液を除去し、４ｍｌのホルムアミドミックスを、メンブレンを含むハイブリダイゼーションチューブに注ぐ。
２種の変性ＤＮＡの混合物を加える。
回転させながら４２℃で５〜６時間、インキュベートする。
【００２９】
２−標識プローブの競合：
非特異的ハイブリダイゼーションの量に応じて１０〜５０μｌのＣｏｔ Ｉ ＤＮＡを、標識した精製プローブに加える。
９５℃で７〜１０分間変性させる。
６５℃で２〜５時間インキュベートする。
【００３０】
３−ハイブリダイゼーション：
プレハイブリダイゼーションミックスを除去する。
４０μｌのサケ精子ＤＮＡ＋４０μｌのヒト胎盤ＤＮＡを混合し、９６℃で５分間変性させ、次に氷中に浸す。
４ｍｌのホルムアミドミックスと、２種のＤＮＡの混合物と、標識プローブ／変性Ｃｏｔ Ｉ ＤＮＡとを、ハイブリダイゼーションチューブに加える。
回転させながら４２℃で１５〜２０時間インキュベートする。
【００３１】
４−洗浄：
室温で２×ＳＳＣで１回洗浄することにより、リンスする。
室温で、２×ＳＳＣで５分間、２回洗浄し、０．１％ＳＤＳで１５分間、２回洗浄し、６５℃で、０．１×ＳＳＣと０．１％ＳＤＳとで洗浄する。
サランラップでメンブレンを包み、露光する。
高ストリンジェンシー条件下での２０個のヌクレオチド〜数百個のヌクレオチドの範囲の長さの核酸分子のハイブリダイゼーションには、上述のハイブリダイゼーション条件が適切である。
【００３２】
適切なハイブリダイゼーション条件は、例えば、ＨＡＭＥＳやＨＩＧＧＩＮＳによる教本 （Ｅｄｓ．， （１９８５） Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ， ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ， ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ）、または、ＡＵＳＵＢＥＬ等による教本（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｇｒｅｅｎ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ， Ｎ．Ｙ．）に記載された教示に従って調整することができる。
遺伝子とは、ゲノムに存在する配列に対応する核酸配列を意味し、（ｉ）エキソン、イントロン、および、エキソンとイントロンとの接合部にある配列を含むコーディング領域、ならびに、（ｉｉ）コーディング領域の５′および３′にある調節配列、を含む。
【００３３】
「ＡＢＣＡｌ輸送体」という用語は、配列番号１で示されるヌクレオチド配列（図１）のｃＤＮＡを有するＡＢＣＡ１輸送体タンパク質と、配列番号２で示されるペプチド配列（図２）とを意味するものとする。加えて、ＡＢＣＡ１遺伝子の数種の部分的なゲノムヌクレオチド配列が単離され、特徴付けられており、これらのゲノム配列は、エキソン配列とイントロン配列との両方を含む。これらの部分的なゲノム配列のいくつかを下記の表１に示す。
【００３４】
【表１】
2004525611.tif 000002
【００３５】
「単一ヌクレオチド多型またはＳＮＰ」という表現は、数種の個体間での、遺伝子のヌクレオチド配列における単一ヌクレオチドの置換、挿入または欠失を意味するものとする。多型が挿入または欠失の形態である場合、遺伝子の一つの位置で、１以上のヌクレオチドが挿入または欠失している可能性がある。結果的に多型と同じ遺伝子の様々なヌクレオチド配列は、対立遺伝子である。
【００３６】
「多型の位置」とは、ＳＮＰを含む遺伝子配列における所定の位置である。特定の場合において、遺伝的な多型によりアミノ酸配列の変異が起こり、それゆえに、多型の位置から、ポリペプチド配列の所定の位置のアミノ酸配列に多型を発生させることができる。特定の多型に関する個々のホモ接合体（ｈｏｍｏｚｙｇｏｕｓ）は、２つの同じ遺伝子のコピーに、同じ位置の同じ多型配列を有する。特定の多型に関する個々のヘテロ接合体（ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｕｓ）は、２つの遺伝子コピーに、多型の位置が異なる配列を有する。
【００３７】
「多型プロファイル」という用語は、単一の遺伝子または複数の遺伝子の配列に存在し得る１以上の単一ヌクレオチド多型を意味するものとする。単一多型プロファイルは、個体の１または２の対立遺伝子の単一の位置にＳＮＰを含む（対立遺伝子の多型）。試験多型プロファイルは、例えば、ＡＢＣＡ１遺伝子欠陥に関連する病気、例えばＦＨＤ型の代謝不全、または、心臓血管疾患もしくは心筋梗塞の危険に対する素因を有する、診断される個体に特徴的な多型に対応する。参照またはコントロール多型プロファイルは、冠状動脈に関する危険を示す個体集団において統計的に有意なプロファイルの相関により決定した。
【００３８】
ＡＢＣＡ１遺伝子の多型
本発明は、ヒトＡＢＣＡ１遺伝子の配列における９０個の多型の発見に基づき、当該多型は、配列番号３〜２２で示される配列で示され、そのうち２２個のＳＮＰは、配列番号２３で示されるヒトＡＢＣＡ１遺伝子の上流にあるプロモーター配列において見出された。いくつかの本発明に係るＳＮＰは、配列番号２で示されるヒトＡＢＣＡ１輸送体タンパク質ポリペプチド配列に構造改変を起こす。
ＡＢＣＡ１多型ＤＮＡの同定および特徴付けのために、３つの異なる人種、すなわち、白人系集団、日本人系集団および／またはアフリカ系集団由来のヒトゲノムＤＮＡからのＡＢＣＡ１配列を増幅するために、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行った。そのＰＣＲ産物を配列解析し、その配列を、互いに比較し、さらに、配列番号３〜２３で示される参照配列と比較する。
【００３９】
表２に、本発明に係るヒトＡＢＣＡ１遺伝子のエキソンおよびイントロンにおける対立遺伝子の多型を示す。表２は、特に、参照エキソンの第一のヌクレオチドに対する各エキソンにおける多型の位置、および、３′末端もしくは最も近いエキソンの５′末端の上流に対する各イントロンにおける多型の位置、多型の位置のそれぞれの側の５′および３′配列、ならびに、試験された３つの集団（アフリカ系、白人系および日本人系）における多型の出現頻度を示す。これらの頻度が決定できなかった場合を、「ｎ．ｄ．」と示す。いくつかの多型は、ヒトＡＢＣＡ１輸送体タンパク質ペプチド配列に構造改変を起こし、より正確には、１つのアミノ酸が他のアミノ酸で置換される（ＭＩＳ）。エキソン配列における他の多型は、「サイレント」（ＳＩＬ）と称され、ＡＢＣＡ１タンパク質配列は未変化のままである。最終的に、多型がイントロンまたは非コーディングエキソンに位置する場合、多型配列は、「非コーディング」（ＮＣＤ）と称される。ＡＢＣＡ１遺伝子の様々なエキソンおよびイントロンで同定された多型を以下に詳細に説明する。
【００４０】
【表２】
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【表３】
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【表４】
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【表５】
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【表６】
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【００４１】
エキソン１ａにおける変異
変異ｓ−３５ｅ１ａは、エキソン１ａの位置３５での、すなわち、配列番号３で示される配列に関して位置２９２８での、シトシン（Ｃ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するエキソン１ａは、配列番号２４で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１ａにおける多型を有するｃＤＮＡは、配列番号９２で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００４２】
エキソン１ｂにおける変異
第一の変異は、ｓ−１６ｅ１ｂと指定され、エキソン１ｂの位置１６、すなわち、配列番号４で示される配列に関する位置１１５でのグアニン（Ｇ）の挿入を含む。この多型を有するエキソン１ｂは、配列番号２５で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１ｂに多型を有するｃＤＮＡは、配列番号９３で示されるヌクレオチド配列で示される。
第二の変異は、ｓ−７６ｅ１ｂと指定され、エキソン１ｂの位置７６、すなわち、配列番号４で示される配列に関する位置１７５でのグアニン（Ｇ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。この多型を有するエキソン１ｂは、配列番号２６で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１ｂに多型を有するｃＤＮＡは、配列番号９４で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００４３】
イントロン３における変異
変異ｓ−ｍ３９ｉ３は、イントロン３の３′末端の位置−３９、すなわち、配列番号５で示される配列に関して位置１０６４６での、シトシン（Ｃ）のアデニン（Ａ）への置換を含む。この多型を有するイントロン３のヌクレオチド配列は、配列番号２７で示される配列で示される。
【００４４】
イントロン４における変異
変異ｓ−２５ｉ４は、イントロン４の５′末端の位置２５、すなわち、配列番号５で示される配列に関しての位置１０８２８での、シトシン（Ｃ）のチミジン（Ｔ）への置換を含む。この多型を有するイントロン４の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号２８で示される配列で示される。
【００４５】
エキソン５における変異
変異ｓ−５３ｅ５は、エキソン５の位置５３、すなわち、配列番号６で示される配列に関する位置３０６での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）への置換を含む。この多型を有するエキソン５は、配列番号２９で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン５に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号９５で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００４６】
エキソン６における変異
変異ｓ−１０８ｅ６は、エキソン６の位置１０８で、すなわち、配列番号７で示される配列に関するの位置２６８での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）への置換を含む。この多型を有するエキソン６は、配列番号３０で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン６に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号９６で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−１１３ｅ６は、エキソン６の位置１１３、すなわち、配列番号７で示される配列に関するの位置２７３での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）への置換を含む。この多型を有するＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン６配列は、配列番号３１で示される配列のポリヌクレオチドである。エキソン６に多型を有する変異ｃＤＮＡは、配列番号９７で示されるヌクレオチド配列で示され、配列番号１２７で示される配列の長さ２２６１個のアミノ酸である、変異ＡＢＣＡ１ポリペプチドコードする。
【００４７】
イントロン７における変異
変異ｓ−ｍ１４ｉ７は、イントロン７の３′末端の上流の位置−１４、すなわち、配列番号８で示される配列に関しての位置５８９での、アデニン（Ａ）の挿入を含む。この多型を有するイントロン７の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号３２で示される配列で示される。
【００４８】
エキソン８における変異
変異ｓ−１２３ｅ８は、エキソン８の位置１２３、すなわち、配列番号８で示される配列に関して位置７２６での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン８は、配列番号３３で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン８に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号９８で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−１３５ｅ８は、エキソン８の位置１３５、すなわち、配列番号８で示される配列に関するの位置７３８での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン８は、配列番号３４で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン８に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号９９で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００４９】
イントロン８における変異
変異ｓ−ｍ８９ｉ８は、イントロン８の３′末端の上流の位置−８９、すなわち、配列番号９で示される配列に関する位置５２５での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するイントロン８の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号３５で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００５０】
イントロン９における変異
変異ｓ−ｍ１０４ｉ９は、イントロン９の３′末端の上流の位置−１０４、すなわち、配列番号９で示される配列に関する位置９８１での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するイントロン９の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号３６で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−ｍ６１ｉ９は、イントロン９の３′末端の上流の位置−６１、すなわち、配列番号９で示される配列に関する位置１０２３での、グアニン（Ｇ）の挿入を含む。この多型を有するイントロン９の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号３７で示される配列で示される。
【００５１】
変異ｓ−ｍ４１ｉ９は、イントロン９の位置−４１のヌクレオチド〜３′末端の上流の位置−４３のヌクレオチド、すなわち、配列番号９で示される配列に関するの位置１０４２〜４０４４での、３つのヌクレオチド「ＣＴＣ」断片の欠失を含む。この多型を有するイントロン９の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号３８で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−ｍ１３ｉ９は、イントロン９の３′末端の上流の位置−１３、すなわち、配列番号９で示される配列に関する位置１０７２での、イントロン９の３′末端の上流の位置−１３、すなわち、配列番号９で示される配列に関する位置１０７２での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するイントロン９の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号３９で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００５２】
エキソン１２における変異
変異ｓ−１２６ｅ１２は、エキソン１２の位置１２６、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置７６５での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）への置換を含む。この多型を有するエキソン１２は、配列番号４０で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１２で多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１００で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００５３】
イントロン１２における変異
変異ｓ−ｍ２９ｉ１２は、イントロン１２の３′末端の上流の位置−２９、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置１３３７での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するイントロン１２のヌクレオチド配列は、配列番号４１で示される配列で示される。
【００５４】
イントロン１３における変異
変異ｓ−２４ｉ１３は、イントロン１３の５′末端の位置２４、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置１５６６での、チミン（Ｔ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するイントロン１３のヌクレオチド配列は、配列番号４２で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−ｍ５９ｉ１３は、イントロン１３の３′末端の上流の位置−５９、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置３２７０での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するイントロン１３のヌクレオチド配列は、配列番号４３で示される配列を有する。
【００５５】
エキソン１４における変異
変異ｓ−１４８ｅ１４は、エキソン１４の位置１４８、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置３４７６での、シトシン（Ｃ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン１４は、配列番号４４で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１４に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１０１で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００５６】
イントロン１４における変異
変異ｓ−８１ｉ１４は、イントロン１４の５′末端の位置８１、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置３６３２での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するイントロン１４のヌクレオチド配列は、配列番号４５で示される配列で示される。
変異ｓ−１１５ｉ１４は、イントロン１４の５′末端の位置１１５、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置３６６６での、シトシン（Ｃ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するイントロン１４は、配列番号４６で示されるヌクレオチド配列を有する。
【００５７】
エキソン１５における変異
変異ｓ−１９６ｅ１５は、エキソン１５の位置１９６、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置５４９２での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン１５は、配列番号４７で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１５に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１０２で示されるヌクレオチド配列で示され、位置７７１でバリン（Ｖ）がメチオニン（Ｍ）で置換された変異ＡＢＣＡ１タンパク質配列番号１２８をコードする。
【００５８】
エキソン１６における変異
変異ｓ−１３６ｅ１６は、エキソン１６の位置１３６、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置６７１４での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン１６は、配列番号４８で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１６に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１０３で示されるヌクレオチド配列で示され、この配列は、配列番号１２９で示される配列変異ＡＢＣＡ１タンパク質をコードし、位置８２５でバリン（Ｖ）がイソロイシン（Ｉ）に置換されている。
【００５９】
エキソン１７における変異
変異ｓ−２７ｅ１７は、エキソン１７の位置２７、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置７９１４での、チミン（Ｔ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。この多型を有するエキソン１７は、配列番号４９で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１７に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１０４で示されるヌクレオチド配列で示され、位置８５７でチロシン（Ｙ）がプロリン（Ｐ）で置換されている変異ＡＢＣＡ１タンパク質配列番号１３０をコードする。
変異ｓ−１０７ｅ１７は、エキソン１７の位置１０７、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置７９９４での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するエキソン１７は、配列番号５０で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１７に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１０５で示されるヌクレオチド配列で示され、位置８８３でイソロイシン（Ｉ）がメチオニン（Ｍ）で置換された変異ＡＢＣＡ１タンパク質配列番号１３１をコードする。
【００６０】
イントロン１７における変異
変異ｓ−６０ｉ１７は、イントロン１７の５′末端の位置６０、すなわち、配列番号１０で示される配列に関する位置８０６１での、チミン（Ｔ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。この多型を有するイントロン１７の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号５１で示される配列で示される。
変異ｓ−ｍ６８ｉ１７は、イントロン１７の３′末端の上流の位置−６８、すなわち、配列番号１１で示される配列に関する位置３１９での、シトシン（Ｃ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するイントロン１７の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号５２で示される配列で示される。
【００６１】
エキソン１８における変異
変異ｓ−４ｅ１８は、エキソン１８の位置４、すなわち、配列番号１１で示される配列に関する位置３９０での、グアニン（Ｇ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン１８は、配列番号５３で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１８に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１０６で示されるヌクレオチド配列で示され、位置８８７でシステイン（Ｃ）がフェニルアラニン（Ｆ）で置換された変異ＡＢＣＡ１タンパク質配列番号１３２をコードする。
変異ｓ−４０ｅ１９は、エキソン１９の位置４０、すなわち、配列番号１２で示される配列に関する位置９４３での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン１９は、配列番号５４で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン１９に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１０７で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００６２】
イントロン１９における変異
変異ｓ−１８ｉ１９は、イントロン１９の５′末端の位置１８、すなわち、配列番号１２で示される配列に関する位置１０５３での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するイントロン１９の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号５５で示される配列で示される。
変異ｓ−ｍ１０ｉ１９は、イントロン１９の３′末端の上流の位置、すなわち、配列番号１３で示される配列に関する位置２７４での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するイントロン１９の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号５６で示される配列で示される。
【００６３】
エキソン２２における変異
変異ｓ−１２３ｅ２２は、エキソン２２の位置１２３、すなわち、配列番号１３で示される配列に関する位置１５９２での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン２２は、配列番号５７で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン２２に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１０８で示されるヌクレオチド配列で示され、位置１１２２でロイシン（Ｌ）がシステイン（Ｃ）で置換された配列番号１３３の変異ＡＢＣＡ１タンパク質をコードする。
【００６４】
イントロン２２における変異
変異ｓ−ｍ６５ｉ２２は、イントロン２２の３′末端の上流の位置−６５、すなわち、配列番号１３で示される配列に関する位置２８８４での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するイントロン２２のヌクレオチド配列は、配列番号５８で示される配列で示される。
【００６５】
エキソン２３における変異
変異ｓ−５４ｅ２３は、エキソン２３の位置５４、すなわち、配列番号１３で示される配列に関する位置３００２での、グアニン（Ｇ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。この多型を有するエキソン２３は、配列番号５９で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン２３に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１０９で示されるヌクレオチド配列で示される、位置１１７２でグルタミン酸（Ｅ）がアスパラギン酸（Ｄ）で置換された配列番号１３４の変異ＡＢＣＡ１タンパク質をコードする。
【００６６】
イントロン２３における変異
変異ｓ−１４９ｉ２３は、イントロン２３の５′末端の位置１４９、すなわち、配列番号１３で示される配列に関する位置３１７０での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するイントロン２３のヌクレオチド配列は、配列番号６０で示される配列で示される。
変異ｓ−ｍ５０ｉ２３は、イントロン２３の３′末端の上流の位置−５０、すなわち、配列番号１３で示される配列に関する位置３９５８での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するイントロン２３の配列は、配列番号６１で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００６７】
エキソン２４における変異
変異ｓ−９８ｅ２４は、エキソン２４の位置９８、すなわち、配列番号１３で示される配列に関する位置４１０５での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するエキソン２４は、配列番号６２で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子の変異エキソン２４に対応するｃＤＮＡは、配列番号１１０で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−１４９ｅ２４は、エキソン２４の位置１４９、すなわち、配列番号１３で示される配列に関する位置４１５６での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン２４は、配列番号６３で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン２４に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１１１で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００６８】
エキソン２７における変異
変異ｓ−４４ｅ２７は、エキソン２７の位置４４、すなわち、配列番号１４で示される配列に関する位置６０４での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン２７は、配列番号６４で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン２７に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１１２で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００６９】
エキソン３０における変異
変異ｓ−７ｅ３０は、エキソン３０の位置７、すなわち、配列番号１４で示される配列に関する位置６８５４での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン３０は、配列番号６５で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン３０に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１１３で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−１６６ｅ３０は、エキソン３０の位置１６６、すなわち、配列番号１４で示される配列に関する位置７０１３での、グアニン（Ｇ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン３０は、配列番号６６で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン３０における変異に対応するｃＤＮＡは、配列番号１１４で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００７０】
イントロン３１における変異
変異ｓ−３０ｉ３１は、イントロン３１の５′末端の位置３０、すなわち、配列番号１５で示される配列に関する位置１３０７での、チミン（Ｔ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するイントロン３１のヌクレオチド配列は、配列番号６７で示される配列で示される。
【００７１】
イントロン３２における変異
変異ｓ−ｍ１４２ｉ３２は、イントロン３２の３′末端の上流の位置−１４２、すなわち、配列番号１５で示される配列に関するの位置３６００での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するイントロン３２のヌクレオチド配列は、配列番号６８で示される配列で示される。
変異ｓ−ｍ１３０ｉ３２は、イントロン３２の３′末端の上流の位置−１３０、すなわち、配列番号１５で示される配列に関する位置３６１１での、２つのヌクレオチドの挿入を含む。この多型を有するイントロン３２のヌクレオチド配列は、配列番号６９で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−ｍ２６ｉ３２は、イントロン３２の３′末端の上流の位置−２６、すなわち、配列番号１５で示される配列に関する位置３７１６での、グアニン（Ｇ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。この多型を有するイントロン３２のヌクレオチド配列は、配列番号７０で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００７２】
イントロン３３における変異
変異ｓ−ｍ７４ｉ３３は、イントロン３３の３′末端の上流の位置−７４、すなわち、配列番号１５で示される配列に関する位置５２４７での、チミン（Ｔ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するイントロン３３のヌクレオチド配列は、配列番号７１で示される配列で示される。
【００７３】
エキソン３４における変異
変異ｓ−６２ｅ３４は、エキソン３４の位置６２、すなわち、配列番号１５で示される配列に関する位置５３８２での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン３４は、配列番号７２で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン３４に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１１５で示されるヌクレオチド配列で示され、位置１５８７でアルギニン（Ｒ）がリシン（Ｋ）で置換された配列番号１３５の変異ＡＢＣＡ１タンパク質をコードする。
【００７４】
ＣＣＳＭＩ（心筋梗塞のケースコントロールスタディ）集団におけるこの多型の分析は、心筋梗塞で死ななかった患者、および、白人系のコントロール被験者の研究を含み（Ｐａｒｒａ ｅｔ ａｌ．， Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒｏｓｉｓ ａｎｄ Ｔｈｒｏｍｂｏｓｉｓ， （１９９２） １２（６）， ７０１−７０７）、それによれば、この多型は、より低いアポリポタンパク質Ａ−ＩおよびＡ−ＩＩのＨＤＬ、ならびにコレステロールの平均レベルに関連することを示す。より正確には、この多型は、アポリポタンパク質Ａ−Ｉレベルにおける約５ｍｇ／ｄｌの減少（Ｆ＝１８．６＜０．０００１）に顕著に関連する。
本発明に係る多型ｓ−６２ｅ３４は、ＡＢＣＡ１タンパク質の位置１５８７でのアルギニン（Ｒ）のリシン（Ｋ）での置換を起こし、ＨＤＬコレステロール、アポリポタンパク質Ａ−Ｉおよびアポリポタンパク質Ａ−ＩＩレベルに影響を与える機能的な変異を構成するものであり、心臓血管の危険の素因を与える。
【００７５】
エキソン３６における変異
変異ｓ−７７ｅ３６は、エキソン３６の位置７７、すなわち、配列番号１６で示される配列に関する位置１０６４での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン３６は、配列番号７３で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン３６に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１１６で示されるヌクレオチド配列で示され、位置１６７４でバリン（Ｖ）がイソロイシン（Ｉ）で置換された配列番号１３６の変異ＡＢＣＡ１タンパク質をコードする。
【００７６】
イントロン３６における変異
変異ｓ−５５ｉ３６は、イントロン３６の５′末端の位置５５、すなわち、配列番号１６で示される配列に関する位置１２２０での、チミン（Ｔ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。この多型を有するイントロン３６は、配列番号７４で示される部分的なヌクレオチド配列を有する。
【００７７】
エキソン３８における変異
変異ｓ−６４ｅ３８は、エキソン３８の位置６４、すなわち、配列番号１７で示される配列に関する位置８３５での、チミン（Ｔ）のシトシン（Ｃ）への置換を含む。この多型を有するエキソン３８は、配列番号７５で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン３８に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１１７で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００７８】
イントロン３９における変異
変異ｓ−２５１ｉ３９は、イントロン３９の５′末端の位置２５１、すなわち、配列番号１８で示される配列に関する位置３７５での、チミン（Ｔ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するイントロン３９の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号７６で示される配列で示される。
変異ｓ−２５２ｉ３９は、イントロン３９の５′末端の位置２５２、すなわち、配列番号１８で示される配列に関する位置３７６での、チミン（Ｔ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。この多型を有するイントロン３９の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号７７で示される配列で示される。
【００７９】
イントロン４０における変異
変異ｓ−ｍ１１９ｉ４０は、イントロン４０の３′末端の上流の位置−１１９、すなわち、配列番号１９で示される配列に関する位置７１０での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）への置換を含む。この多型を有するイントロン４０のヌクレオチド配列は、配列番号７８で示される配列で示される。
【００８０】
イントロン４４における変異
変異ｓ−ｍ６９ｉ４４は、イントロン４４の３′末端の上流の位置−６９、すなわち、配列番号２０で示される配列に関する位置１０８での、シトシン（Ｃ）でのチミン（Ｔ）の置換を含む。この多型を有するイントロン４４の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号７９で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００８１】
エキソン４５における変異
変異ｓ−１１４ｅ４５は、エキソン４５の位置１１４、すなわち、配列番号２０で示される配列に関する位置２９０での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン４５は、配列番号８０で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン４５に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１１８で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００８２】
イントロン４５における変異
変異ｓ−ｍ３４ｉ４５は、イントロン４５の３′末端の上流の位置−３４、すなわち、配列番号２１で示される配列に関する位置３４３での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するイントロン４５の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号８１で示される配列で示される。
【００８３】
イントロン４７における変異
変異ｓ−１３ｉ４７は、イントロン４７の５′末端の位置１３、すなわち、配列番号２１で示される配列に関する位置１０６８での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するイントロン４７の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号８２で示される配列で示される。
変異ｓ−８６ｉ４７は、イントロン４７の５′末端の位置８６、すなわち、配列番号２１で示される配列に関する位置１１４１での、アデニン（Ａ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。この多型を有するイントロン４７の部分的なヌクレオチド配列は、配列番号８３で示される配列で示される。
【００８４】
エキソン４９における変異
変異ｓ−３７７ｅ４９は、エキソン４９の位置３７７、すなわち、配列番号２２で示される配列に関する位置５７１での、チミン（Ｔ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。この多型を有するエキソン４９は、配列番号８４で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン４９に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１１９で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−８３３ｅ４９は、エキソン４９の位置８３３、すなわち、配列番号２２で示される配列に関する位置１０２７での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン４９は、配列番号８５で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン４９に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１２０で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００８５】
変異ｓ−１５８０ｅ４９は、エキソン４９の位置１５８０、すなわち、配列番号２２で示される配列に関する位置１７７３での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン４９は、配列番号８６で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン４９に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１２１で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−１７９１ｅ４９は、エキソン４９の位置１７９１、すなわち、配列番号２２で示される配列に関する位置１９８５での、アデニン（Ａ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン４９は、配列番号８７で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン４９に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１２２で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００８６】
変異ｓ−２０３４ｅ４９は、エキソン４９の位置２０３４、すなわち、配列番号２２で示される配列に関する位置２２２８での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するエキソン４９は、配列番号８８で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン４９に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１２３で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−２０４９ｅ４９は、エキソン４９の位置２０４９、すなわち、配列番号２２で示される配列に関する位置２２４３での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。この多型を有するエキソン４９は、配列番号８９で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン４９に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１２４で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００８７】
変異ｓ−２４４９ｅ４９は、エキソン４９の位置２４４９、すなわち、配列番号２２で示される配列に関する位置２６４３での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。この多型を有するエキソン４９は、配列番号９０で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン４９に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１２５で示されるヌクレオチド配列で示される。
変異ｓ−２８４３ｅ４９は、エキソン４９の位置２８４３、すなわち、配列番号２２で示される配列に関する位置３０３７での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。この多型を有するエキソン４９は、配列番号９１で示されるヌクレオチド配列を有する。ＡＢＣＡ１遺伝子のエキソン４９に多型を有するｃＤＮＡは、配列番号１２６で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００８８】
コーディング領域で見出された特定の多型は、本質的に、ＡＢＣＡ１のオープンリーディングフレームのコドンの第三の塩基に位置する単一ヌクレオチドの置換に対応しており、ヒトにおける当業者周知の遺伝的同義性のルールに従って、コードされたアミノ酸の性質に関する改変は起こさない。しかしながら、アミノ酸配列を改変しない多型は、重要な生物学的な機能を有する可能性があり、循環ＨＤＬの濃度、それゆえにアポリポタンパク質Ａ−ＩまたはＡ−ＩＩの濃度に影響を与えることができる。このような多型は、例えば、ｍＲＮＡの安定性、スプライシング、転写および翻訳のレベル、ならびに、翻訳の精度への作用によって、例えば転写または翻訳の調節に作用させることができる。
【００８９】
他の多型
本発明に従って、他の多型が、ヒトＡＢＣＡ１遺伝子の上流のプロモーター領域において見出された。その多型の位置を図３に示し、そこでは、配列番号２３で示される配列、野生型ヒトＡＢＣＡ１遺伝子のプロモーターの配列上のヌクレオチドは、太字で示した（さらに、それらが挿入を組み入れた塩基である場合、下線で示した）。
その上、表３には、本発明に係るプロモーターヒトＡＢＣＡ１遺伝子の配列における対立遺伝子多型を示す。名称、野生型および変異対立遺伝子、多型の位置、および、２つの集団のグループ（白人系集団および日本人系集団）における対立遺伝子多型の出現頻度を示す。
【００９０】
【表７】
2004525611.tif 000008
【表８】
2004525611.tif 000009
【００９１】
多型Ｓ−２３８９ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置５０５、または、転写開始部位の＋１に対して位置−２３８９での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−２３８９ｐを含む核酸は、配列番号１３７で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型Ｓｉｎｓ−２１７６−２１７７ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置７１７、または、転写開始部位に関する位置−２１７６での、配列ＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧの挿入を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓｉｎｓ−２１７６−２１７７ｐを含む核酸は、配列番号１３８で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００９２】
多型Ｓ−１８１４ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１０８０、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１８１４での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−１８１４ｐを含む核酸は、配列番号１３９で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型Ｓ−１８０１ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１０９３、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１８０１での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−１８０１ｐを含む核酸は、配列番号１４０で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００９３】
多型Ｓ−１６５２ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１２４２、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１６５２での、アデニン（Ａ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−１６５２ｐを含む核酸は、配列番号１４１で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型Ｓ−１５０６ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１３８８、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１５０６での、グアニン（Ｇ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−１５０６ｐを含む核酸は、配列番号１４２で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００９４】
多型Ｓ−１３９５ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１４９９、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１３９５での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−１３９５ｐを含む核酸は、配列番号１４３で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型Ｓ−１２５２ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１６４２、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１２５２での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−１２５２ｐを含む核酸は、配列番号１４４で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００９５】
多型Ｓ−１２１７ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１６７７、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１２１７での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−１２１７ｐを含む核酸は、配列番号１４５で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型Ｓ−１０９９ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１７９５、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１０９９での、グアニン（Ｇ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−１０９９ｐを含む核酸は、配列番号１４６で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００９６】
多型Ｓｉｎｓ−１０３４−１０３５ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１８５９、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１０３４での、アデニンおよびチミン（ＡＴ）の挿入を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓｉｎｓ−１０３４−１０３５ｐを含む核酸は、配列番号１４７で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型Ｓ−９４０ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置１９５４、または、転写開始部位の＋１に対して位置−９４０での、チミン（Ｔ）のグアニン（Ｇ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に核酸多型Ｓ−９４０ｐを含む核酸は、配列番号１４８で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００９７】
多型Ｓ−８０３ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２０９１、または、転写開始部位の＋１に対して位置−８０３での、グアニン（Ｇ）のアデニン（Ａ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−８０３ｐを含む核酸は、配列番号１４９で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型ＳΔ−７７７−７７４ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２１１７、または、転写開始部位の＋１に対して位置−７７４での、４つのヌクレオチド、ＴＴＴＧ断片の欠失を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型ＳΔ−７７７−７７４ｐを含む核酸は、配列番号１５０で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００９８】
多型ＳΔ−７７３−７６５ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２１２１、または、転写開始部位の＋１に対して位置−７６５での、９つのヌクレオチド、ＴＴＴＧＴＴＴＧＴ断片の欠失を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型ＳΔ−７７３−７６５ｐを含む核酸は、配列番号１５１で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型Ｓ−５６４ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２３３０、または、転写開始部位の＋１に対して位置−５６４での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−５６４ｐを含む核酸は、配列番号１５２で示されるヌクレオチド配列で示される。
【００９９】
多型Ｓ−４０７ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２４８７、または、転写開始部位の＋１に対して位置−４０７での、グアニン（Ｇ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−４０７ｐを含む核酸は、配列番号１５３で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型Ｓ−３０２ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２５９２、または、転写開始部位の＋１に対して位置−３０２での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−３０２ｐを含む核酸は、配列番号１５４で示されるヌクレオチド配列で示される。
【０１００】
多型Ｓ−２７８ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２６１６、または、転写開始部位の＋１に対して位置−２７８での、グアニン（Ｇ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−２７８ｐを含む核酸は、配列番号１５５で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型ＳΔ−２２３−２１９ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２６７１、または、転写開始部位の＋１に対して位置−２１９での、５つのヌクレオチド、ＣＡＣＣＣ断片の欠失を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型ＳΔ−２２３−２１９ｐを含む核酸は、配列番号１５６で示されるヌクレオチド配列で示される。
【０１０１】
多型Ｓ−９９ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２７９５、または、転写開始部位の＋１に対して位置−９９での、グアニン（Ｇ）のシトシン（Ｃ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−９９ｐを含む核酸は、配列番号１５７で示されるヌクレオチド配列で示される。
多型Ｓ−１４ｐは、配列番号２３で示される配列の第一のヌクレオチドの位置２８８０、または、転写開始部位の＋１に対して位置−１４での、シトシン（Ｃ）のチミン（Ｔ）での置換を含む。ＡＢＣＡ１遺伝子の調節配列に多型Ｓ−１４ｐを含む核酸は、配列番号１５８で示されるヌクレオチド配列で示される。
【０１０２】
第一の観点に従って、本発明はまた、ＡＢＣＡ１遺伝子のヌクレオチド配列に関し、当該配列は、上述の少なくとも１つの二対立遺伝子（ｂｉａｌｌｅｌｉｃ）の多型を含む。
【０１０３】
従って、本発明の主題は、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドをを含む核酸の核酸である。
【０１０４】
また、本発明は、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドの核酸と、高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする核酸に関する。
また、本発明は、多型塩基を含む、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドの、少なくとも９個の連続したヌクレオチドを有する核酸に関する。
また、本発明は、多型塩基を含む、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドの、少なくとも２１個の連続したヌクレオチドを有する核酸に関する。
【０１０５】
また、本発明の主題は、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドの、少なくとも２１個の連続したヌクレオチドを有する核酸であり、多型塩基が、２１塩基のヌクレオチド断片の中に位置する。
また、本発明は、多型配列を含む、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸からなる群より選択されるポリヌクレオチドから誘導される核酸に関し、当該核酸は、多型の位置のそれぞれの側に位置する少なくとも２つのヌクレオチドとを含む。
【０１０６】
本発明の他の主題は、配列番号１２７〜１３６で示されるアミノ酸配列からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸に関する。
また、本発明は、配列番号１２７〜１３６で示される配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドに関する。
【０１０７】
また、本発明の主題は、多型ＡＢＣＡ１ポリペプチドに対して向けられた抗体であって、当該抗体は、配列番号１２７〜１３６で示される配列からなる群より選択されるアミノ酸配列、または、そのペプチド断片を含む。好ましくは、本発明に係る抗体は、検出可能な化合物を含む。
また、本発明の主題は、配列番号１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドに機能的に関連する所定のポリペプチドまたは核酸をコードするポリヌクレオチドを含む核酸である。
【０１０８】
本発明の主題は、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドと、上述の少なくとも１つの多型を含む核酸とを有する組換えクローニングおよび／または発現ベクターである。また、本発明の主題は、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドと、上述の少なくとも１つの多型とを含む核酸で形質転換した宿主細胞、または、上述の組換えベクターで形質転換した宿主細胞に関する。また、本発明の主題は、体細胞および／または生殖細胞が、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドと、上述の少なくとも１つの多型とを含む核酸で、または、上述の組換えベクターで形質転換された、非ヒトトランスジェニック哺乳動物を含む。
【０１０９】
第二の観点に従って、本発明の主題は、少なくとも１つの多型の位置を含む配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示される配列の核酸、または、相補配列の核酸とハイブリダイズすることができるヌクレオチドプローブまたはプライマーである。
【０１１０】
当該ヌクレオチドプローブおよびプライマーは、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示される配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列、または、相補配列のポリヌクレオチドを含み、当該ヌクレオチドプローブおよびプライマーは、本発明に係る多型塩基のいずれか一つを含む。
好ましくは、本発明に係るヌクレオチドプローブは、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示される配列からなる群より選択され、少なくとも１つの多型塩基を含むヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸のポリヌクレオチドの、長さが１５、１６、１９〜２５、３５、４０、５０、７０、８０、１００、２００、５００、１０００、１５００個の連続したヌクレオチドを有する。
【０１１１】
さらにより好ましくは、当該ヌクレオチドプローブは、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドの、少なくとも２１個の連続したヌクレオチドを含む核酸からなる。好ましくは、上記多型塩基は、２１塩基のヌクレオチド断片の中に位置する。
好ましくは、本発明に係るヌクレオチドプライマーは、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示される配列からなる群より選択され、少なくとも１つの多型塩基を含むヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸のポリヌクレオチドの、長さが８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５〜４０個の連続したヌクレオチドを有する。
【０１１２】
好ましくは、これらのプライマーの３′末端の塩基は、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示される配列および／またはそれらの相補配列のいずれか一つに存在する本発明に係る多型の位置から３′側に位置する２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個またはそれ以上のヌクレオチドに相補的である。
それゆえに、本発明に係るヌクレオチドプローブおよびプライマーの定義は、上述の少なくとも１つの多型を含む、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示される配列、または、その相補配列から選択される核酸と、上述の高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む。
【０１１３】
ＡＢＣＡ１遺伝子の様々な領域を増幅することができるプライマーおよびプライマー対の例を以下に示す。
例えば、配列番号１５９（ＡＣＣＧＡＡＧＴＡＡＧＧＡＧＴＴＧＣＴＣ）で示される配列のプライマー、および、配列番号１６０（ＡＣＴＧＴＴＴＣＡＣＴＡＡＴＡＣＴＴＡＣＴＧ）で示される配列のプライマーで示されるプライマー対が挙げられる。
【０１１４】
本発明に係るヌクレオチドプライマーまたはプローブは、適切な当業者周知の方法によって調製することができ、当該方法として例えば、クローニングや制限酵素作用、またあるいは、例えばＮａｒａｎｇ等（Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ （１９７９） ６８， ９０−９８）またはＢｒｏｗｎ等（Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ （１９７９） ６８， １０９−１５１）のホスホジエステル方法、Ｂｅａｕｃａｇｅ等（Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ． （１９８１） ２２， １８５９−１８６２）のジエチルホスホルアミデート方法などの技術による直接的な化学合成、または、欧州特許第ＥＰ０７０７５９２号で説明された固体支持体技術がある。
【０１１５】
一例として、適当な本発明に係るヌクレオチドプライマーとしては、例えば、３′末端の塩基が、多型を含む断片の多型塩基の３′側に隣接して位置する塩基とハイブリダイズするプライマーがある。プライマーの特異的ハイブリダイゼーション工程の後、例えば２種の異なる蛍光団で標識された、前記多型の多型塩基に相補的な２つのジデオキシヌクレオチドの混合物を用いた伸長工程、続いて、得られた蛍光シグナルの検出工程により、２種の異なって標識された蛍光性のジデオキシヌクレオチドのどちらが取り込まれたかを決定し、多型塩基の性質を推測することができる。
【０１１６】
上述のオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーを含む本発明に係る核酸のいずれかも、必要に応じて、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的または化学的手段によって検出可能な標識を含ませることによって、標識することができる。
例えば、このような標識としては、放射性アイソトープ（３２Ｐ、３３Ｐ、３Ｈ、３５Ｓ）、蛍光性分子（５−ブロモデオキシウリジン、フルオレセイン、アセチルアミノフルオレン、ジゴキシゲニン）、または、ビオチンのようなリガンドが挙げられる。
【０１１７】
プローブの標識付けは、好ましくは、標識した分子を、プライマー伸長または５′または３′末端への付加によりポリヌクレオチドに取り込ませることによってなされる。
核酸断片の非放射性標識付けの例は、特に、フランス国特許第ＦＲ７８１０９７５号またはＵｒｄｅａ等の論文（Ｎｕｃｌ． Ａｃ． Ｒｅｓ． （１９８８） １１， ４９３７−４９５７）またはＳａｎｃｈｅｚ−ｐｅｓｃａｄｏｒ等の論文（Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． （１９８８） ２６ （１０） １９３４−１９３８）で説明されている。
【０１１８】
ジデオキシヌクレオチドの標識付けおよび検出には、他の方法を用いてもよい。ＦＲＥＴ（蛍光共鳴エネルギー移動）に基づく均一相法（ｈｏｍｏｇｅｎｏｕｓ ｐｈａｓｅ ｍｅｔｈｏｄ）が、特に、ＣｈｅｎおよびＫｗｏｋ（Ｎｕｃｌ Ａｃ Ｒｅｓ， ２５ （１９９７） ３４７−３５３）により説明されている。この方法によれば、多型を含む可能性のある増幅ゲノムＤＮＡ断片を、５′末端をフルオレセインで標識したプライマーと、蛍光性のジデオキシヌクレオチド三リン酸と改変Ｔａｑポリメラーゼとのの存在下でインキュベートする。標識されたプライマーは、相補ゲノムＤＮＡ配列に存在する対立遺伝子に特異的な標識されたジデオキシヌクレオチドを取り込みながら、１塩基ずつ伸長する。この伸長反応の結果、標識したジデオキシヌクレオチドの２種の標識化合物に関する蛍光強度を、分離または精製しないで直接分析する。これらの２種の蛍光の割合により、伸長の最中にポリメラーゼによって使用されたヌクレオチドを決定し、多型塩基の性質を推測することができる。この一連の工程は、同じチューブで行うことができ、蛍光の改変をリアルタイムでモニターできる。あるいは、伸長プライマーは、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦマススペクトロメトリーで分析することができる。多型の位置に位置する塩基は、マイクロシーケンシングプライマーに付加された質量を測定することによって同定できる（Ｈａｆｆ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎ Ｒｅｓ， ７ （１９９７） ３７８−３８８）。
【０１１９】
有利に、本発明に係るプローブは、Ｕｒｄｅａ等（Ｎｕｃｌ． Ａｃｉｄ． ＳｙｍｐＳｅｒ． （１９９１） ２４， １９７−２００）または欧州特許第ＥＰ−０，２２５，８０７号（ＣＨＩＲＯＮ）で説明されたプローブのように、シグナル増幅が可能である。
【０１２０】
本発明に係るオリゴヌクレオチドプローブは、特に、ゲノムＤＮＡ向けのサザン型ハイブリダイゼーションまたはＲＮＡ向けのノーザン型ハイブリダイゼーションに用いることができる。
特にＡＢＣＡ１の変異配列とハイブリダイズするプローブの形態、または、上述の多型を有するＡＢＣＡ１遺伝子領域を選択的に増幅することを可能にするプライマー対の形態で、サンプル中で、ＡＢＣＡ１の変異配列を検出する手段を提供するために、正常な配列とＡＢＣＡ１の変異配列（ゲノム配列、メッセンジャーＲＮＡ、ｃＤＮＡ）とを識別することを可能にする構造的特徴が開発される。これらの変異の存在の検出は、特に、上述の特異的プローブを用いた増幅された断片のハイブリダイゼーション、または、これらの増幅された断片直接的な配列解析により、増幅された核酸断片の長さを識別することによって行うことができる。
【０１２１】
このようなヌクレオチドプライマーは、例えば、支持体に固定することができる。加えて、例えば規則的な方法で、複数の特異的プライマー、例えば、本発明に係るＡＢＣＡ１遺伝子の多型の一つを検出するのに適した上述のこれらプライマーのいずれかを支持体に固定することができる。
【０１２２】
本発明の第三の観点に従って、本発明に係るＡＢＣＡ１遺伝子の多型は、個体中での所定の対立遺伝子の存在と、所定の病状および／または治療剤分子への所定の応答に対するこの個体の素因との関連の遺伝薬理学的な研究に照らした研究において、特に遺伝子マーカーとして有用である。
それゆえに、本発明の主題は、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸からなる群より選択される核酸の全部または部分を含み、本発明に係る多型のいずれか一つを含む遺伝子マーカーである。
【０１２３】
本発明の遺伝子マーカーは、本発明に係る多型の所定の対立遺伝子と、原形質ＨＤＬコレステロール、アポリポタンパク質Ａ−Ｉおよびアポリポタンパク質Ａ−ＩＩの患者におけるレベルとの関連を研究するのに有利に用いられる。
【０１２４】
好ましくは、当該遺伝子マーカーは、以下の多型、ｓ−３５ｅ１ａ、ｓ−１６ｅ１ｂ、ｓ−７６ｅ１ｂ、ｓ−５３ｅ５、ｓ−１０８ｅ６、ｓ−１１３ｅ６、ｓ−１２３ｅ８、ｓ−１５３ｅ８、ｓ−１２６ｅ１２、ｓ−１４８ｅ１４、ｓ−１９６ｅ１５、ｓ−１３６ｅ１６、ｓ−２７ｅ１７、ｓ−ｌ０ｅ１７、ｓ−４ｅ１８、ｓ−４０ｅ１９、ｓ−１２３ｅ２２、ｓ−５４ｅ２３、ｓ−９８ｅ２４、ｓ−１４９ｅ２４、ｓ−４４ｅ２７、ｓ−７ｅ３０、ｓ−１６６ｅ３０、ｓ−６２ｅ３４、ｓ−７７ｅ３６、ｓ−６４ｅ３８、ｓ−１１４ｅ４５、ｓ−３７７ｅ４９、ｓ−８３３ｅ４９、ｓ−１５８０ｅ４９、ｓ−１７９１ｅ４９、ｓ−２０３４ｅ４９、ｓ−２０４９ｅ４９、ｓ−２４４９ｅ４９、および、ｓ−２８４３ｅ４９と、原形質ＨＤＬコレステロール、アポリポタンパク質Ａ−Ｉおよびアポリポタンパク質Ａ−ＩＩの患者におけるレベルとの関連を研究するのに用いられる。
【０１２５】
さらにより好ましくは、遺伝子マーカーは、以下の多型、ｓ−１１３ｅ６、ｓ−１９６ｅ１５、ｓ−１３６ｅ１６、ｓ−２７ｅ１７、ｓ−ｌ０７ｅ１７、ｓ−４ｅ１８、ｓ−１２３ｅ２２、ｓ−５４ｅ２３、ｓ−６２ｅ３４、および、ｓ−７７ｅ３６と、原形質ＨＤＬコレステロール、アポリポタンパク質Ａ−Ｉおよびアポリポタンパク質Ａ−ＩＩの患者におけるレベルとの関連を研究するのに用いられる。
【０１２６】
特に、本発明は、上述の多型と、患者における心臓血管の危険、より特定には心筋梗塞の危険との関連を研究するための、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列、または、相補配列の核酸からなる群より選択される核酸の全部または部分を含む遺伝子マーカーに関する。
【０１２７】
複合体の特性（表現型）の遺伝学的に分析するための、様々なタイプの方法がある（Ｌａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ． Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２６５ （１９９４） ２０３７−２０４８）。一般的に、統計的に有意な遺伝型と表現型との相関を実証する目的の従来技術において説明されたいずれの方法でも、本発明に係る二対立遺伝子の多型が有用である。当該二対立遺伝子の多型は、連鎖分析および対立遺伝子共有法に用いることができる。好ましくは、本発明に係る二対立遺伝子の多型は、関連の研究により検出することができる特徴（表現型）と関連する遺伝子を同定するのに用いられ、この方法は、その特徴の影響を受けるファミリーを用いる必要がなく、また、複合体および散在性の特徴に関連する遺伝子の同定が可能である。
【０１２８】
本発明に係る二対立遺伝子の多型を用いた他の統計的な方法としては、例えば、Ｆｏｒｓｅｌｌ等（Ｂｉｏｌ Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ ４２ （１９９７） ８９８−９０３）、Ｘｉｏｎｇ等（Ａｎｎ Ｊ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ ６４ （１９９９） ６２９−６４０）、Ｈｏｒｖａｔｈ等（Ａｍ Ｊ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ ６３ （１９９８） １８８６−１８９７）、Ｓｈａｍ等（Ａｎｎ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ ５９ （１９９５） ３２３−３３６）またはＮｉｃｋｅｒｓｏｎ等（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ， １２ （１９９２） ３７７−３８７）で説明される方法がある。好ましくは、二対立遺伝子の多型は、表現型に関連する遺伝子を同定するに用いられる。
【０１２９】
第四の観点に従って、本発明の目的は、個体のＡＢＣＡ１遺伝子のヌクレオチド配列の上述の多型のいずれか一つを検出する方法である。
【０１３０】
本発明に係る方法は、本発明の多型の位置のいずれか一つで、前記個体におけるＡＢＣＡ１遺伝子の全部または部分のヌクレオチド配列を決定すること、および、分析された位置で、ＳＮＰ（単一ヌクレオチド多型）の存在または非存在を同定することを含む。
【０１３１】
好ましくは、本発明に係る検出方法は、エキソン６の多型の位置１１３におけるＧまたはＡの存在、エキソン１５の多型の位置１９６におけるＧまたはＡの存在、エキソン１６の多型の位置１３６におけるＧまたはＡの存在、エキソン１７の多型の位置１０７におけるＡまたはＧの存在、エキソン１７の多型の位置２７におけるＴまたはＣの存在、エキソン１８の多型の位置４におけるＧまたはＴの存在、エキソン２２の多型の位置１２３におけるＣまたはＴの存在、エキソン２３の多型の位置５４におけるＧまたはＣの存在、エキソン３４の多型の位置６２におけるＣまたはＴの存在、エキソン３６の多型の位置７７におけるＧまたはＡの存在を決定することを含む。
【０１３２】
さらにより好ましくは、本発明に係る検出方法は、エキソン３４のの位置６２におけるＡＢＣＡ１遺伝子のヌクレオチド配列と、ＣまたはＴの存在に対応するＳＮＰとを決定することを含む。
【０１３３】
本発明の方法の第一の実施態様に従って、少なくとも１つの上述のＳＮＰの存在は、多型の位置で、個体のＡＢＣＡ１遺伝子の全部または部分を配列解析することにより同定される。
プライマーの増幅および配列解析は、配列番号２４〜１２６および配列番号１３７〜１５８で示される配列、または、相補配列を含む配列からなる群より選択され、少なくとも１つの多型の位置を含む配列の所定の領域とハイブリダイズするように構築することができる。このようなプライマーの配列解析は、好ましくは、本発明に係る多型の少なくとも１つの位置を含む約２５０〜約５００個のヌクレオチドの断片を増幅するように構築することができる。
【０１３４】
次に、試験される個体から得られた生物学的サンプルに含まれるＤＮＡから増幅された配列において１以上のヌクレオチドの欠失、付加または置換が見出されたかどうかを決定するために、例えばＰＣＲ法によって増幅された断片を配列解析し、得られた配列と配列番号２４〜９１および１３７〜１５８で示される参照配列とを比較する。
【０１３５】
本発明の方法は、少なくとも１つの本発明の多型を含む核酸を増幅させ、以下の工程：
ａ）増幅反応に必要な試薬の存在下で、ＡＢＣＡ１核酸の存在が疑われるサンプルと、ハイブリダイゼーション位置がそれぞれ増幅が望まれる標的核酸の領域の一方の鎖の５′側およびその相補鎖の３′側に位置するヌクレオチドプライマー対とを接触させること；および、
ｂ）増幅された核酸を検出すること
を含む。
【０１３６】
上述の増幅方法を行うために、上述の基準に従って定義されたヌクレオチドプライマーのいずれか一つを有利に利用することができる。
【０１３７】
それゆえに、この第一の実施態様に従って、本発明は、個体のＡＢＣＡ１遺伝子で本発明に係る多型のいずれか一つを検出する方法に関し、当該方法は、以下の工程：
ａ）本発明に係る配列番号２４〜９１で示される配列、または、配列番号１３７〜１５８で示される配列から選択された配列とハイブリダイズする少なくとも１つのヌクレオチドプライマーを用いて、試験される個体から得られた生体物質からの核酸断片を配列解析すること；
ｂ）ａ）で得られた配列と、配列番号２４〜９１で示される配列、または、配列番号１３７〜１５８で示される配列から選択された増幅された配列に対応する配列とを並べること；
ｃ）  配列番号２４〜９１で示される参照配列、または、配列番号１３７〜１５８で示される参照配列に関する核酸断片の配列における多型の存在を決定すること
を含む。
【０１３８】
また、個体中で、ＡＢＣＡ１遺伝子の多型の存在を検出する方法は、
ａ）試験される個体から得られた生体物質から、配列番号２４〜９１または配列番号１３７〜１５８で示される配列から選択される配列とハイブリダイズするヌクレオチドプライマーを用いて、ＡＢＣＡ１遺伝子の全部または部分を配列解析すること；
ｂ）ａ）で得られたヌクレオチド配列と、配列番号１および３〜２３で示される配列からなる群より選択される配列とを並べること；
ｃ）試験される個体の生体物質から得られた配列解析されたポリヌクレオチドと、配列番号１および３〜２３で示される参照配列との間のヌクレオチドの違いを決定すること
からなる工程を含む。
【０１３９】
本発明に係る方法の第二の実施態様に従って、当該方法は、上述のオリゴヌクレオチドプローブを用いており、当該オリゴヌクレオチドプローブは、個体から得られたサンプル中に、１以上の本発明に係る多型の存在を検出することを目的として、特に、配列番号２４〜９１で示される配列のいずれか一つの対応する領域、または、配列番号１３７〜１５８で示される配列のいずれか一つの対応する領域とハイブリダイズでき、上述の本発明に係る多型の少なくとも１つ塩基を含む。
【０１４０】
好ましくは、当該ヌクレオチドプローブは、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるポリヌクレオチドの、少なくとも２１個の連続したヌクレオチドを含む核酸を含み、多型塩基は、２１塩基のヌクレオチド断片の中に位置する。
【０１４１】
好ましくは、本発明のこの実施態様に係るヌクレオチドプローブは、固体支持体に固定される。このような固体支持体は、当業者に周知であり、ポリスチレンベッド、磁気性ベッド、ニトロセルロースストリップまたは微粒子（例えばラテックス粒子）で被覆されたマイクロタイトレーションプレートウェルの表面を有する。
【０１４２】
従って、本発明はまた、サンプル中で上述の核酸の存在を検出する方法に関し、前記方法は、
１）本発明に係る１以上のヌクレオチドプローブと、試験されるサンプルとを接触させること；
２）前記プローブとサンプル中に存在する前記核酸との間で形成された可能性のある複合体を検出すること
からなる工程を含む。
【０１４３】
好ましくは、当該オリゴヌクレオチドプローブは、支持体に固定され、さらにより好ましくは、当該オリゴヌクレオチドプローブは、検出可能な標識を含む。
【０１４４】
本発明の第五の観点に従って、上述の多型を検出する方法は、関連の研究の後、個体の特定の病状を発症させる素因を診断すること、または、遺伝薬理学的な研究の後、患者の所定の分子への薬理的な応答を予測することに用いられる。
より特定には、当該方法は、本発明に係る多型の少なくとも１つの所定の対立遺伝子を有することが検出された個体中での、ＡＢＣＡ１輸送体の欠陥に関連する病的な危険、または、所定の治療剤分子への無応答もしくは望ましくない応答を診断することを可能にする。
【０１４５】
本発明に係る方法は、冠状動脈または心臓血管に関する危険（例えば心筋梗塞の危険またはアテローム性動脈硬化症の危険）を示す個体の素因を診断するのに、特に有用である。
【０１４６】
本発明に係る方法は、個体が、コレステロール代謝の欠陥、特に逆のコレステロール輸送に関連する病状を発症させる危険、家族性ＨＤＬ欠損（例えばタンジール病）、またより一般的には、心臓血管に関する病気もしくは冠状動脈の障害（例えば心筋梗塞の危険、または、アテローム性動脈硬化症の危険）を発症させる危険を示すかどうかを決定することを可能にする。
【０１４７】
このような方法は、配列番号３〜２２で示される配列のヒトＡＢＣＡ１遺伝子の配列中の、表２に記載された本発明に係る多型のいずれか一つの所定の対立遺伝子の存在または非存在を、試験される個体から得られる生物学的サンプルからの細胞において検出することを含む。
【０１４８】
また、本発明に係る方法は、ＡＢＣＡ１プロモーターにより発現が調節される遺伝子の発現を改変することを特徴とするＡＢＣＡ１遺伝子の上流の配列番号２３で示される調節配列中の、表３に記載された本発明に係る多型のいずれか一つの所定の対立遺伝子の存在または非存在を、試験される個体から得られる生物学的サンプルからの細胞において検出することを可能にする。
【０１４９】
本発明の主題は、ＡＢＣＡ１輸送体の欠陥に関連する病状を診断する方法であり、当該方法は、上述の検出方法のいずれか一つに従って、個体中で、本発明の多型のいずれか一つの所定の対立遺伝子の存在を検出することを含む。
好ましくは、本発明の方法は、心臓血管に関する病気、例えば心筋梗塞を発症させる個体の素因を診断することを可能にする。
【０１５０】
さらにより好ましくは、本発明の目的は、個体中で、心筋梗塞の危険または心臓血管疾患の危険を診断するための方法およびキットであり、当該方法およびキットは、前記個体において、配列番号７２または１１５で示され、エキソン３４の位置６２、すなわち、配列番号１５で示される配列に関する位置５３８２での多型塩基Ａを含む配列のポリヌクレオチドを含む核酸の存在を検出することを含む。
【０１５１】
本発明の主題は、ＡＢＣＡ１輸送体またはその調節の変化（ｖａｒｉａｔｉｏｎ）に関連する薬理的な応答を診断する方法であり、当該方法は、上述の検出方法のいずれか一つに従って、個体中で、少なくとも１つの本発明の多型の所定の対立遺伝子の存在を検出することを含む。
【０１５２】
一例として、このようなＳＮＰ多型は、配列番号３〜２２で示される配列のＡＢＣＡ１遺伝子に対応する核酸の配列、および／または、配列番号２３で示される配列のＡＢＣＡ１遺伝子の上流の調節配列におけるヌクレオチドの置換の存在、または、配列番号３〜２２または配列番号２３で示される前記配列における、１以上のヌクレオチドの付加もしくは１以上のヌクレオチドの欠失の存在を決定するために検出することができる。
【０１５３】
また、本発明の主題は、個体中で、逆のコレステロール輸送における欠陥に関連する病状、例えば心筋梗塞、アテローム性動脈硬化症またはタンジール病、またより一般的には、心臓血管疾患の発症の素因を診断する目的、または、個体の所定の治療剤分子への薬理的な応答を予測する目的のための、オリゴヌクレオチドプローブの使用であり、当該オリゴヌクレオチドプローブは、特に配列番号２４〜１２６で示される配列のいずれか一つの対応する領域、または、配列番号１３７〜１５８で示される配列のいずれか一つの対応する領域とハイブリダイズし、上述の本発明に係る多型の少なくとも１つ塩基を含む。
【０１５４】
本発明に係る診断方法は、ＡＢＣＡ１輸送体の欠陥に関連する障害の治療における治療用製品の効能を評価するために有利に用いることができる。
ＡＢＣＡ１遺伝子の対立遺伝子の多型のキャリアーである個体は、例えば、一般に測定される様々な脂質の変動濃度（例えばＨＤＬコレステロール、トリグリセリド、アポリポタンパク質Ａ−ＩおよびＡ−ＩＩ、もしくは、Ａ−ＩおよびＡ−ＩＩリポタンパク質粒子のレベル）における差異、または、上記タンパク質の生合成の調節における差異を有し得る。対立遺伝子変異体の存在により個体中で観察された差異は、特定の治療剤が前記個体に投与すると、改変される可能性がある。それゆえに、本発明に係る方法は、治療用物質の臨床的効果を決定すること、および、投与される治療剤用量を決定することに関して有用であり得る。
【０１５５】
最後の観点に従って、本発明の目的は、個体中で、ＡＢＣＡ１遺伝子における上述の多型のいずれか一つの存在を検出するためのキットまたはパックであり、前記パックは、
ａ）配列番号２４〜１２６で示される配列、または、配列番号１３７〜１５８で示される配列から選択された領域とハイブリダイズする１または２以上のプライマー；
ｂ）必要に応じて、本発明の少なくとも１つの多型の位置に関して増幅反応を行うのに必要な手段。
【０１５６】
また、本発明の主題は、個体中で、ＡＢＣＡ１遺伝子における本発明の多型のいずれか一つを検出するためのキットまたはパックであって、当該キットまたはパックは、
ａ）上述の１または２以上のオリゴヌクレオチドプローブ；
ｂ）必要に応じて、ハイブリダイゼーション反応を行うのに必要な試薬
を含む。
【０１５７】
それゆえに、本発明の多型のいずれか一つを含む配列番号２４〜１２６で示されるヌクレオチド配列のいずれか一つから誘導された核酸断片は、サンプル中で、ＡＢＣＡ１遺伝子における少なくとも一つの多型の対立遺伝子の存在を検出するのに有用である。
【０１５８】
また、本発明に係るプローブは、ＰＣＲ増幅産物を検出すること、または、ミスマッチを検出するのにも用いることができる。
好ましくは、上記検出パックまたはキットは、前記プローブが支持体に固定されることを特徴とする。
【０１５９】
第二の実施態様に従って、上記検出パックまたはキットは、そのオリゴヌクレオチドプローブが検出可能なラベルを含むことを特徴とする。
上述の検出キットの特定の一実施態様に従って、このようなキットは、本発明に係る複数のオリゴヌクレオチドプローブを含んでもよく、所定の標的配列を検出すること、あるいは、本発明に係る核酸、より特定には、配列番号１および３〜２３で示される配列の核酸もしくは相補配列の核酸のコーディング領域または非コーディング領域における変異を検出するのに用いることができる。
【０１６０】
従って、本発明に係る支持体に固定されたプローブは、「ＤＮＡチップ」のようなマトリックスに編成させることができる。このように並べられたマトリックスは、特に、米国特許第５，１４３，８５４号、ならびに、出願ＷＯ ９０／１５０７０およびＷＯ ９２／１００９２で説明されている。
高密度でオリゴヌクレオチドプローブが固定された支持体マトリックスとしては、例えば、米国特許第５，４１２，０８７号およびＰＣＴ出願ＷＯ９５／１１９９５で説明される。
【０１６１】
本発明に係るヌクレオチドプライマーは、本発明に係る核酸のいずれか一つ、より特定には、配列番号２４〜１２６および１３７〜１５８で示される配列の核酸の全部または部分を増幅するのに用いることができる。
また、本発明の主題は、本発明に係る核酸、より特定には、配列番号１および３〜２３で示される配列の核酸の全部または部分を増幅するための、パックまたはキットであり、前記パックまたはキットは、ａ）ハイブリダイゼーション位置がそれぞれ増幅が望まれる標的核酸の５′側および３′側に位置する、本発明に係るヌクレオチドプライマー対；ｂ）必要に応じて、増幅反応に必要な試薬を含む。このような増幅パックまたはキットは、上述の少なくとも１つのヌクレオチドプライマー対を有利に含み得る。
【０１６２】
その上、本発明の主題は、サンプル中で、多型ＡＢＣＡ１遺伝子の存在を検出する方法であり、当該方法は、以下の工程、ａ）サンプルと、上述の抗体とを接触させること；および、ｂ）形成された抗原／抗体複合体を検出することを含む。
さらに本発明を説明するが、下記の図面および実施例に限定されることはない。
【０１６３】
実施例１：ＡＢＣＡ１の多型の同定
転写配列、または、ＡＢＣＡ１遺伝子のゲノム配列における多型の検出は、様々なプロトコールに従って、行うことができる。選択の方法は、直接的な配列解析である。
【０１６４】
対応する遺伝子が未知または部分的に既知の構造に関する転写の場合、そのイントロン−エキソン構造および上記対応する遺伝子のゲノム配列を正確に決定することが必要である。それゆえに、第一に、研究される転写に対応するゲノムＤＮＡのＢＡＣクローンを単離すること、対応するクローンのインサートを配列解析すること、および、ｃＤＮＡ配列と、得られたゲノムＤＮＡの配列とを比較することにより、そのイントロン−エキソン構造を決定することが含まれる。
【０１６５】
直接的な配列解析により多型を決定する技術は、試験される集団（白人系、アフリカ系および日本人系）それぞれからの少なくとも３２個の個体から得られたＡＢＣＡ１遺伝子のゲノム配列を比較することを含む。配列における相違は、多型を構成する。より特定には実施例２で説明されるケース／コントロールの関連の研究において、野生型タンパク質のアミノ酸配列を改変する全ての多型は、考察することに興味が持たれる前記タンパク質の機能に影響を与える可能性のある変異である。
【０１６６】
個体のＤＮＡを増幅するためのプライマーを、増幅された断片において、イントロン／エキソン連結部の増幅、および、ＲＮＡスプライシング工程の際の２次構造形成に必須な塩基の増幅が誘導されるように、ＡＢＣ１遺伝子のイントロンＤＮＡの非反復配列に基づき設計した。
【０１６７】
ＱｉａｇｅｎのＳｔａｒ  Ｔａｑ（登録商標）キット（Ｑｉａｇｅｎ， Ｖａｌｅｎｃｉａ， ＣＡ）またはＳｕｐｅｒｔａｑ（登録商標）キット（Ａｍｂｉｏｎ， Ａｕｓｔｉｎ， ＴＸ）を用いて、製造者推奨のハイブリダイゼーション条件および増幅サイクル条件を用いて、上記個体のゲノムＤＮＡを上述のプライマーの補助で増幅した。
キアゲン社により販売されているキットを用いて、増幅されたＰＣＲ産物を精製し、続いて、ＡＢＩ３７００シーケンサー（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ， Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ， ＣＡ）を用いたＢｉｇ  Ｄｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ法により配列解析した。
【０１６８】
実施例２：ＡＢＣＡ１遺伝子の多型の分析
心筋梗塞（ＣＣＳＭＩ）のケースコントロールスタディとは、北アイルランド、イングランドおよびフランスから得られた、心筋梗塞に罹った患者およびコントロール個体（全て白人系）の研究である。
【０１６９】
当該研究は、コントロールおよび患者における、エキソンの多型、例えば、ｓ−１６ｅ１ｂ、ｓ−１１３ｅ６、ｓ−１３５ｅ８、ｓ−１４８ｅ１４、ｓ−１３６ｅ１６、ｓ−１０１ｅ１７、ｓ−５４ｅ２３、ｓ−７ｅ３０、ｓ−６２ｅ３４、ｓ−８３３ｅ４９、および、ｓ−２０３４ｅ４９と、原形質ＨＤＬコレステロール、ＡｐｏＡ−ＩおよびＡｐｏＡ−ＩＩのレベルとの可能な関連を同定するために行われた。
【０１７０】
個体のゲノムＤＮＡを、特に、所定のエキソンと、対応するイントロン−エキソン連結部とを増幅することができる上述のプライマーの補助により、例えば、ＱｉａｇｅｎのＳｔａｒ  Ｔａｑ（登録商標）キット（Ｑｉａｇｅｎ， Ｖａｌｅｎｃｉａ， ＣＡ）またはＳｕｐｅｒｔａｑ（登録商標）キット（Ａｍｂｉｏｎ， Ａｕｓｔｉｎ， ＴＸ）を用いて、製造業者推奨のハイブリダイゼーション条件および増幅サイクル条件で増幅した。選択されたそれぞれの多型に関するこれらの増幅産物に対して、ミニシーケンス反応を行った。従って、それぞれのコントロールおよび患者の遺伝型は、それぞれの多型に関して決定することができた。
【０１７１】
これらのデータをＳＡＳソフトウェアを用いて分析した。１ｄｆを用いたχ２試験によりハーディ−ワインベルク平衡を試験した。χ２試験を用いたグループ間で遺伝子型頻度および対立遺伝子頻度を比較した。ＡＮＯＶＡ分散分析により、遺伝型間の様々な表現型パラメーターを比較した。
【図面の簡単な説明】
【図１Ａ】
ヒトＡＢＣＡ１遺伝子の転写のヌクレオチド配列に対応する、配列番号１で示される配列を説明する。
【図１Ｂ】
ヒトＡＢＣＡ１遺伝子の転写のヌクレオチド配列に対応する、配列番号１で示される配列を説明する。
【図１Ｃ】
ヒトＡＢＣＡ１遺伝子の転写のヌクレオチド配列に対応する、配列番号１で示される配列を説明する。
【図２】
ＡＢＣＡ１輸送体タンパク質のペプチド配列に対応する、配列番号２で示されるアミノ酸配列を説明する。
【図３】
ヒトＡＢＣＡ１遺伝子の上流の配列番号２３で示される調節配列を説明しており、様々な多型の位置を太字で示す。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図２】
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【図３】
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【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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