(57)【要約】本発明は、種々の微生物を含有する疑いがある環境水性媒体の微生物学的品質を管理する方法であって、次の工程：すなわち、少なくとも３種類の微生物からなり、微生物学的品質のレベルを一緒に又は別々に表す対照セットを選択し；前記３種類の微生物を特異的に及びそれぞれ同定する少なくとも３種類のプローブからなる微生物学的測定用キットを配置し；分析すべき前記媒体を処理した後に、前記微生物か又はそれから分析すべき媒体から誘導される任意の部分を前記の測定用キットと接触させ、それによって前記微生物の多重測定を行う（但し、前記の測定は前記媒体微生物学的品質のレベルを表すものである）ことからなる環境水性媒体の微生物学的品質を管理する方法に関する。また、本発明は前記の方法を実施するための適当な微生物学的検出用キットに関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
種々の微生物を含有する恐れがある環境水性媒体の微生物学的品質を管理する方法であって、
−  少なくとも３種類の微生物からなり、微生物学的品質のレベルを一緒に又は別々に表す対照セットを選択し、
−  前記３種類の微生物にそれぞれ特異的な少なくとも３種類の同定用プローブからなる微生物学的測定用キットを配置し、
−  分析すべき前記水性媒体を処理した後に、前記微生物又はそれから得られる任意の部分を前記の測定用キットと接触させ、その結果として前記微生物を多重測定する（但し、この測定は前記水性媒体の微生物学的品質のレベルを表すものである）ことを特徴とする水性環境媒体の微生物学的品質を管理する方法。
【請求項２】
微生物学的測定用キットが、細菌に特異的な少なくとも１種の同定用プローブと、寄生生物に特異的な少なくとも１種の同定用プローブと、ウイルスに特異的な少なくとも１種の同定用プローブとを含有してなるものであることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項３】
微生物学的測定用キットが、少なくとも４種類の細菌に特異的な少なくとも４種類の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項４】
微生物学的測定用キットが、少なくとも５種類のウイルスに特異的な少なくとも５種類の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項５】
微生物学的測定用キットが、少なくとも２種類の寄生生物に特異的な少なくとも２種類の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項６】
微生物学的測定用キットが細菌に特異的な少なくとも１種の同定用プローブと、少なくとも１種の寄生生物に特異的な少なくとも１種の同定用プローブとを含有してなるものであることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の細菌：すなわち、大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、３及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の細菌：すなわち大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、ウェルシェ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ） の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、３及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の細菌：すなわち大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｅｑｕｉｎｕｓ）、ウェルシェ菌、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｔｉｓ）、黄色ブドウ球菌、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）、バークホルデリア・グラジオリ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｇｌａｄｉｏｌｉ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ゼノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｒｄｏｎａｅ）、レジオネラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、サルモネラ属菌の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、３及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の微生物：すなわち、大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、クリプトスポリジウム属原虫の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、３、５及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の微生物：すなわち、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、３、５及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の微生物：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌；エンテロウイルス：すなわち ポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス；クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア（Ｇｉａｒｄｉａ）属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、３、５及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の微生物：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌；エンテロウイルス：すなわちポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルス、カリシウイルス：すなわちノーウォークウイルス及びサッポロウイルス、アデノウイルス、ロタウイルスの中から選択されるものであることを特徴とする請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の微生物：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌；エンテロウイルス：すなわちポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス；クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルス、カリシウイルス：すなわちノーウォークウイルス及びサッポロウイルス、アデノウイルス、ロタウイルス、緑膿菌、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、マイコバクテリウム属菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ゼノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｒｄｏｎａｅ）、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）、表皮ブドウ球菌、バークホルデリア・グラジオリ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｇｌａｄｉｏｌｉ）、 バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ
ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、アストロウイルスの中から選択されるものであることを特徴とする請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロウイルス、クリプトスポリジウム属原虫の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次のウイルス：すなわち
アデノウイルス、アデノウイルス４０、アデノウイルス４１ａ；
アストロウイルス、ＨＡｓｔＶ−１−２；
エンテロウイルス、例えばポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス；
ロタウイルス；
カリシウイルス：ノーウォークウイルス、サッポロウイルス及びＡ型肝炎ウイルス
の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２及び４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の寄生生物：すなわち、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム
（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア
（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） 及び微胞子虫類の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、５及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の細菌：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、サルモネラ属菌、緑膿菌、マイコバクテリウム属菌、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、黄色ブドウ球菌の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、３及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次のウイルス：すなわち、Ａ型肝炎ウイルス、エンテロウイルス、並びにカリシウイルス及びロタウイルスから選択される少なくとも１種のウイルスの中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２及び５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次のウイルス：すなわち、Ａ型肝炎ウイルス、エンテロウイルス、並びにノーウォークウイルス及びロタウイルスから選択される少なくとも１種のウイルスの中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２及び４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、次の寄生生物：すなわち、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、５及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、サルモネラ属菌、緑膿菌、マイコバクテリウム属菌、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、黄色ブドウ球菌、Ａ型肝炎ウイルス、エンテロウイルス、並びにカリシウイルス及びロタウイルスから選択される少なくとも１種のウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、３及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記の微生物学的測定用キットの微生物が、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、サルモネラ属菌、緑膿菌、マイコバクテリウム属菌、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、黄色ブドウ球菌、Ａ型肝炎ウイルス、エンテロウイルス並びにノーウォークウイルス及びロタウイルスから選択される少なくとも１種のウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）の中から選択されるものであることを特徴とする請求項１、２、３及び６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】
同定用プローブが、配列番号１〜１０４のうちの一つ及びその断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される配列を有するものであることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
同定用キットが、
配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブと；
配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブと；
配列番号５０〜配列番号６０、配列番号７０、配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの配列と；
を含有してなるものであることを特徴とする請求項２に記載の方法。
【請求項２６】
同定用キットが、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも４種類の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項３に記載の方法。
【請求項２７】
同定用キットが、配列番号５０〜配列番号６０、配列番号７０、配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも５種類の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項４に記載の方法。
【請求項２８】
同定用キットが、配列番号４０〜配列番号４９及び配列番号６３〜配列番号６５並びにこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも２種類の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項５に記載の方法。
【請求項２９】
同定用キットが、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブと、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）に含まれている少なくとも１種の配列とを含有してなるものであることを特徴とする請求項６に記載の方法。
【請求項３０】
同定用キットが、配列番号１４、配列番号６２、配列番号１５、配列番号２３、配列番号６６及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）を含有してなるものであることを特徴とする請求項７に記載の方法。
【請求項３１】
同定用キットが、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号１５、配列番号２３、配列番号２８、配列番号２９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項８に記載の方法。
【請求項３２】
同定用キットが、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号１５、配列番号２３、配列番号４０〜配列番号４４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１０に記載の方法。
【請求項３３】
同定用キットが、配列番号１５、配列番号２３、配列番号４６〜配列番号４９、配列番号６３、配列番号６４及び配列番号６５並びにこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１１に記載の方法。
【請求項３４】
同定用キットが、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号７０〜配列番号７５、配列番号４０〜配列番号４４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１６に記載の方法。
【請求項３５】
同定用キットが、配列番号１４、配列番号１５、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号６１〜配列番号７５並びにこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１２に記載の方法。
【請求項３６】
同定用キットが、配列番号１〜配列番号４、配列番号９〜配列番号１１、配列番号１４〜配列番号２０、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号５１、配列番号５３〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１３に記載の方法。
【請求項３７】
同定用キットが、配列番号１〜配列番号６、配列番号９〜配列番号５５〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１４に記載の方法。
【請求項３８】
同定用キットが、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９、配列番号１５、配列番号５、配列番号６、配列番号３０、配列番号９〜配列番号１１、配列番号２３の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１８に記載の方法。
【請求項３９】
同定用キットが、配列番号５９、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号７５の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項１９に記載の方法。
【請求項４０】
同定用キットが、配列番号９８〜１０４、配列番号５９、配列番号９７、配列番号５６〜配列番号５８、配列番号７６〜配列番号９６の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項２０に記載の方法。
【請求項４１】
同定用キットが、配列番号４０〜配列番号４５、配列番号６５の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなるものであることを特徴とする請求項２１に記載の方法。
【請求項４２】
測定用キットと接触させる前に、少なくとも１つの溶解工程を行うことを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項４３】
前記溶解工程の後に増幅工程を行うことを特徴とする請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記試料を微生物を用いて富化する工程を、分析すべき媒体の前処理として行うことを特徴とする前記請求項のいずれか１項に記載の管理方法。
【請求項４５】
富化工程を濾過によって行うことを特徴とする請求項４４に記載の管理方法。
【請求項４６】
前記濾過を、フロンタル（ｆｒｏｎｔａｌ）方式で使用される中空繊維を使用して行うことを特徴とする請求項４５に記載の液体試料の管理方法。
【請求項４７】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブと；配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの配列と；配列番号５０〜配列番号６０、配列番号７０〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの配列とを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項４８】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも４種類の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項４９】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号５０〜配列番号６０、配列番号７０〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも５種類の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項５０】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項５１】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し 且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブと、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブとを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項５２】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号１５、配列番号２３及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項５４】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号１５、配列番号２３、配列番号２８、配列番号２９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項５５】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号１５、配列番号２３、配列番号４０〜配列番号４４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項５６】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号７０〜配列番号７５、配列番号４０〜配列番号４４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項５７】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１４、配列番号１５、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号６１〜配列番号７５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項５８】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１〜配列番号４、配列番号９〜配列番号１１、配列番号１４〜配列番号２０、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号５１、配列番号５３〜配列番号５６、配列番号５７〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項５９】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１〜配列番号６、配列番号９〜配列番号５５〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し 且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項６０】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９、配列番号１５、配列番号５、配列番号６、配列番号３０、配列番号９〜配列番号１１、配列番号２３及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項６１】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号５９、配列番号６０、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号９６、配列番号９８及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項６２】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号９８〜１０４、配列番号５９、配列番号５６〜配列番号５８、配列番号 ６０、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号９６及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項６３】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号４０〜配列番号４５、配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項６４】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９、配列番号１５、配列番号５、配列番号６、配列番号３０、配列番号９〜配列番号１１、配列番号２３、配列番号５９、配列番号６０、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号９６、配列番号９８〜配列番号１０４、配列番号４０〜配列番号４５、配列番号６５ 及び これらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項６５】
試料中に存在する微生物を測定する微生物学的測定用キットであって、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９、配列番号１５、配列番号５、配列番号６、配列番号３０、配列番号９〜配列番号１１、配列番号２３、配列番号９８〜１０４、配列番号５９、配列番号５６〜配列番号５８、配列番号６０、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号７５、配列番号７６〜配列番号９６、配列番号４０〜配列番号４５、配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される同定用プローブの少なくとも１種を含有してなることを特徴とする微生物学的測定用キット。
【請求項６６】
同定用プローブ又はその断片が固体支持体上に固定されているものであることを特徴とする請求項４７〜６４のいずれか１項に記載の微生物学的測定用キット。
【請求項６７】
同定用プローブ又はその断片が固体支持体上に固定されているものであり且つバイオチップを構成しているものであることを特徴とする請求項４７〜６５のいずれか１項に記載の微生物学的測定用キット。
【請求項６８】
液体を製造及び／又は消毒する方法であって、請求項４７〜６７のいずれか１項に記載の微生物学的測定用キットを使用して分析し、次いで前記の微生物学的測定用キットにより作成されたデータによって前記の製造及び／又は消毒する方法を制御することを可能にするデータを解釈するためのアルゴリズムを作成する工程からなることを特徴とする液体の製造及び／又は消毒方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
本発明は、微生物学的診断の分野、例えば水などの流体及び製品の中に存在する微生物を同定し、定量するための検出法の分野に入るものである。
【０００２】
また、本発明は、大容量の試料について微生物の同定及び定量を１日未満の時間内で行うことを可能にし、場合によってはこの検定結果により製造監視制御又は精製法及び製造法のサーボ制御さえも可能にする検定キット及び検定方法に関する。
【０００３】
従来の微生物学的同定方法は、選択した培地上で培養し、次いで一般的には、形態学的、生化学的 及び／又は 免疫学的特徴に従って同定する工程を必要とする。
【０００４】
これらの方法は、時間がかかり、成長の遅い細菌については１日〜数週間を要し、例えば、レジオネラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）属菌については１０日〜１２日、マイコバクテリアについては最大で１ヶ月を要し、比較的に非特異的であり、複雑な多菌性微生物試料（水、環境、食品）に適用した場合には比較的感受性が低い。また、これらの方法は、環境因子又は消毒処理によって抑制される細菌であって生存可能であるが培養できない（ＶＢＮＣ）細菌を検出することができず、しかも自動化に適していない。
【０００５】
１０年以上も前から、分子生物学的方法、特に試験管内（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）酵素増幅法（ＰＣＲ）及びオリゴヌクレオチドプローブの使用に基づく方法が、微生物学的診断に革命を起こしている。
【０００６】
分子生物学的方法は、その迅速性、感度 及び特異性により、水試料又は任意の試料中の特定のインジケーター（ｉｎｄｉｃａｔｏｒ）又は病原性微生物を検出する慣用の方法の代替法となり、環境中のかかる微生物の存在を検出することを可能にする。
【０００７】
特に水試料又は任意の試料中のインジケーター又は病原性微生物の検出に使用され、環境中のかかる微生物の存在を検出することを可能にする分子生物学的方法の中から、特に下記の方法を挙げ得る。
【０００８】
水の衛生管理において通常的に求められる糞便混入のインジケーター（全ての耐熱性大腸菌型、大腸菌）を検出するために、プローブを用いるＰＣＲ−ハイブリダイゼーションを基礎とした迅速検定法が飲料水試料用に開発されている。特に（Ａ．Ｋ． Ｂｅｊ ｅｔ ａｌ．， Ａｐｐｌ． Ｅｎｖｉｒｏｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， １９９０， Ｎｏ．５６， ｐ．３０７−３１４）（Ｅ．Ｊ． Ｆｒｉｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｌｅｔｔｅｒｓ ｉｎ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，  １９９４， Ｎｏ．１９、ｐ．４４−４６）を参照のこと。
【０００９】
しかしながら、糞便混入のこれらのインジケーターは、非糞便起源の混入細菌〔緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、レジオネラ属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）菌など〕又は非細菌性混入物（ウイルス及び寄生生物）の存在を予測することを可能にする。
【００１０】
従って、病原性微生物（細菌、ウイルス、寄生生物）を特異的に調べるためのＰＣＲ型分子検出法が開発されている。
【００１１】
細菌の検出の分野では、特に欧州特許出願公開第０ ４３８ １１５号明細書が挙げられ、これには、水性環境試料中の試験管内酵素増幅の工程を介してレジオネラ属病原性微生物及び糞便混入インジケーターを検出する方法が記載されている。
【００１２】
また、幾つかの文献には、水及び環境中のサルモネラ菌を検出するＰＣＲ検定法が記載され（Ｊ．Ｓ． Ｗａｙ ｅｔ ａｌ．， Ａｐｐｌ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， １９９３， Ｎｏ．５９， ｐ．１４７３−１４７９）（Ａ．Ｓ． Ｗａａｇｅ， ｅｔ ａｌ．， Ａｐｐｌ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， １９９９， Ｎｏ．８７， ｐ．４１８−４２８）、またレジオネラ属菌を検出するＰＣＲ検定法が記載されている（Ａ．Ｋ． Ｂｅｊ， Ａｐｐｌ． Ｅｎｖｉｒｏｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， １９９１， Ｎｏ．５７， ｐ．２４２９−２４３２）。
【００１３】
米国特許第５，２９８，３９２号明細書には、糞便混入物及び病原体のインジケーターの検出が記載されている。
【００１４】
ウイルス検出の分野では、ウイルスの存在は水の衛生管理において慣用的に求められている糞便混入のインジケーターの存在と関連がないので、迅速且つ効果的な分析方法が、特に水のウイルス混入を管理するために必要である。
【００１５】
水及び環境中のウイルスを検出するための慣用の方法は、動物細胞の培養工程を必要とし、その方法は長時間を要し、面倒で且つ限定され、数種のファミリーのウイルスに制限される。
【００１６】
水及び環境中の病原性ウイルスを調べることを目的として、酵素増幅の工程に基づく多数の方法が報告されている。例として、水試料中のエンテロウイルス、Ａ型肝炎ウイルス及びロタウイルスのＲＴ−ＰＣＲによる検出方法が挙げられる〔Ｍ． Ａｂｂａｓｚａｄｅｇａｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｐｐｌ． Ｅｎｖｉｒｏｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， １９９７， Ｎｏ．６３（１）， ｐ．３２４−３２８〕及び（Ｍ． Ｇｉｌｇｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｆｏｏｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， １９９７， Ｎｏ．３７， ｐ．１８９−１９９）。
【００１７】
寄生生物検出の分野では、特にジアルジア（Ｇｉａｒｄｉａ）属原虫及びクリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）原虫〔これら２種類は寄生生物であり、その被嚢した形態（オオシスト及びシスト）での水及び環境中での伝播は、これらを塩素化法などの慣用の消毒処理に対して特に抵抗性にする〕を検出するために、幾つかの慣用の標準化法（ＥＰＡ １６２２−１６２３ 及びＤＷＩ）が開発されている。これらの方法は、濾過工程、次いでオオシストの免疫磁気捕捉（ＩＭＳ）工程 及び免疫蛍光法（ＩＦＡ）による検出工程からなる。これらの方法は、長時間を要し、細心の注意が要求され、ヒトに対して病原性の種〔ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） 及びクリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）〕に特異性がなく、しかも検出された寄生生物の生存率（ｖｉａｂｉｌｉｔｙ）を調べることを可能にしない。
【００１８】
酵素増幅工程（ＰＣＲ）に基づいた迅速で、感受性で、特異性の分子生物学的方法が報告されている。
【００１９】
国際出願公開第ＷＯ９４／０２６３５号、同ＷＯ９７／０２２８１号及び米国特許第５，６９３，４７２号各明細書には、水性試料及び／又は生物学的試料中のクリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）種を検出するためのプライマー及びプローブが記載されている。
欧州特許出願公開第０ ４５３ ２９０号及び米国特許第５，５５８，９８９号各明細書には、１８Ｓ ｒＲＮＡの配列に対応する核酸（ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ）プローブの使用に基づく方法であって、ヒトの病原体であるジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）種を検出する方法が記載されている。欧州特許出願公開第０ ５５０ ８８３号明細書には、ジアルジア・ランブリア（Ｇ． ｌａｍｂｌｉａ）を調べるための試薬を用いたＰＣＲ検定法が記載されている。その感度は、オオシスト１〜５個／濃縮水１ｍｌである。
【００２０】
死んだ寄生生物と、生存及び／又は感染性寄生生物とを識別し、これらの寄生生物が水中に存在することによって生じる現実の衛生上の危険について、よりよい評価を得ることを可能にする分子生物学的方法が報告されている。
【００２１】
特に、生存している（熱ショックタンパク質ｈｓｐ ７０のｍＲＮＡを検出することによって検出）及び／又は感染性である（細胞培養及び酵素増幅）クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）属原虫及びジアルジア（Ｇｉａｒｄｉａ）属原虫の検出に関する国際出願公開第ＷＯ９７／４２３４９号明細書、及びＰＣＲ工程と試験管内（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）脱嚢工程との組み合わせによる生存クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）属原虫の検出方法に関する米国特許第５，５５６，７７４号明細書が挙げられるであろう。
【００２２】
混入インジケーター及び病原性微生物、例えば細菌、寄生生物及びウイルスを調べるための前記の主な分子生物学的方法は、迅速性、感度及び特異性の点から慣用の方法よりもはるかに効果的であるが、これらの方法は検定当たりにつき１種類の微生物を標的とするだけである。
【００２３】
従って、数種類のパラメーター（ｐａｒａｍｅｔｅｒ）を測定又は検出するためには、測定又は検出すべきパラメーターが多数存在することから多数の特異的検定行うことが必要であり、これは全体の微生物学的分析を極端に面倒にする。
【００２４】
幾つかの多重検出法（ｍｕｌｔｉｄｅｔｅｃｔｉｏｎ）が報告されているが、これらの方法は最大で３種類のインジケーターしか検出しないので、その多重検定能が低い。
【００２５】
特に、同じ試験菅内で数種類のＰＣＲ反応を行うことからなる多重ＰＣＲ法が挙げられる。
【００２６】
例として、［Ａ．Ｋ． Ｂｅｊ ｅｔ ａｌ．， Ａｐｐｌ． Ｅｎｖｉｒｏｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， １９９１， Ｎｏ．５７， ｐ． ５９７−７００］には、レジオネラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）属菌及びレジオネラ・ニューモフィラ（Ｌ． ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）の同時検出並びに大腸菌、サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）属菌及び赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）属の同時検出が記載されており、［Ａ．Ｋ． Ｂｅｊ ｅｔ ａｌ．， Ａｐｐｌ． Ｅｎｖｉｒｏｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， １９９１， Ｎｏ．５７， ｐ．２４２９−２４３２］ には全大腸菌群、大腸菌及び赤痢菌属の同時検出が記載されており、また欧州特許出願公開第０ ４３８ １１５号明細書には、レジオネラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）属菌及び糞便混入インジケーターの検出が記載されている。
【００２７】
２種類又は最大で３種類の蛍光プローブを用いて行われる蛍光 ｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）法は、数種類のパラメーターを同時に検出することを可能にし得るが、前記の酵素増幅方法よりも感度が低い。
【００２８】
刊行物 ［Ｍ． Ｅｇｇｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， Ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ａｔ ｔｈｅ ２７ｔｈ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ ｏｎ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｓｙｓｔｅｍｓ， １９９７］ には、水中及び空気中、空間中の複数の微生物を同時に検出する方法が記載されている。この方法は、固体支持体（９６穴マイクロプレート）上での１６Ｓ ｒＲＮＡの直接ハイブリダイゼーションにより、細菌だけ、例えば大腸菌及びビブリオ・プロテオリチカス（Ｖｉｂｒｉｏ ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）だけを標的とする。この方法は、酵素増幅工程が存在しないので、感度があまり高くなく、多重検出能は数種の微生物に限定されるが、バイオチップに関連した方法を使用する水及び空気での多重検出方法が報告されている。
【００２９】
説明を続ける前に、明確さ及びよりよい理解のために、本明細書の詳細な説明及び特許請求の範囲において使用した種々の用語を定義する必要がある。
【００３０】
“ヌクレオチド断片”又は“オリゴヌクレオチド”又は“ポリヌクレオチド”とは、リン酸エステル結合を介して一緒に組み立てられた複数のヌクレオチドモチーフからなる鎖であり、所定の条件下でヌクレオチド断片にハイブリダイズすできる中性の核酸の情報配列を特徴とする。この鎖は、種々の構造を有するモノマー（ｍｏｎｏｍｅｒ）を含有することができ且つ中性核酸分子から得ることができるし及び／又は遺伝子組み換えによって及び／又は化学合成によって得ることができる。
【００３１】
“ヌクレオチドモチーフ”とは、ある種のモノマーの誘導体であり、核酸の中性ヌクレオチドであってもよく、その構成要素は糖、リン酸基及び塩基である；ＤＮＡでは糖は２−デオキシリボースであり、ＲＮＡでは糖はリボースであり；ＤＮＡであるか又はＲＮＡであるかに応じて、窒素性塩基はアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン及びチミンの中から選択され；また前記モノマーは、前記の３つの構成要素の少なくとも１つが修飾されているヌクレオチドである；例として、前記の修飾は、塩基ついては、修飾塩基、例えば イノシン、５−メチルデオキシシチジン、デオキシウリジン、５−ジメチルアミノデオキシウリジン、２，６−ジアミノプリン、５−ブロモデオキシウリジン又はハイブリダイゼーションできるその他の修飾塩基を生じていてもよいし、あるいは糖については、例えば少なくとも１個のデオキシリボースのポリアミドによる置換［Ｐ．Ｅ． Ｎｉｅｌｓｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ， １９９１， Ｎｏ．２５４， ｐ．１４９７−１５００］を生じていてもよいし、あるいはリン酸基については、例えばエステル、特に二リン酸エステル、アルキル− 及びアリールリン酸エステル並びにホスホロチオエートの中から選択されるエステルによるリン酸基の置換を生じていてもよい。
【００３２】
“情報配列”という用語は、ヌクレオチド型のモチーフの規則正しい一並びを意味し、その化学的性質及びその関連方向での順序は、中性核酸の特性と同じ特性の情報を構成する。
【００３３】
“ハイブリダイゼーション”という用語は、十分に相補性の配列をもつ２つのヌクレオチド断片が、適当な条件下で、安定で特異的な水素結合により二重鎖を形成することができるプロセスを意味する。ポリヌクレオチドと“ハイブリダイズできる”ヌクレオチド断片は、公知の方法で決定することができるハイブリダイゼーション条件下で、前記ポリヌクレオチドとハイブリダイズできる断片である。このハイブリダイゼーション条件は、ストリンジェンシー（ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）、すなわち操作条件の厳密さによって決定される。ハイブリダイゼーションを行うストリンジェンシーが高ければ高いほど、よりいっそう特異的である。ストリンジェンシーは、特にプローブ／標的二重らせんの塩基の組成の関数として定義され、また２つの核酸同士の間の誤対合の程度によっても定義される。
【００３４】
また、ストリンジェンシーは、反応のパラメーター、例えばハイブリダイゼーション溶液に存在するイオン性種の濃度及び種類、変性剤の性質や濃度及び／又はハイブリダイゼーション温度にも依存し得る。ハイブリダイゼーション反応を行わなければならない条件のストリンジェンシーは、主として使用するプローブシに左右されるであろう。これらのデータは全て周知であり、適当な条件は当業者が決定することができる。
【００３５】
一般的に、使用するプローブの長さに応じて、ハイブリダイゼーション反応の温度は、約０．８〜１モルの濃度の塩溶液中で約２０〜６５℃、特に３５〜６５℃である。
【００３６】
“プローブ”とは、５〜１００個のモノマー、特に６〜３５個のモノマーからなるヌクレオチド断片であり、例えばリボソームＲＮＡ、該リボソームＲＮＡの逆転写によって得られるＤＮＡ、及び前記リボソームＲＮＡを転写によって生成するＤＮＡ（本明細書においてリボソームＤＮＡ又はｒＤＮＡという）に含まれるヌクレオチド配列を有するヌクレオチド断片とハイブリダイゼーション複合体を形成するように、所定の条件下でハイブリダイゼーションの特異性をもつ；プローブは診断用途に使用することができる（特に捕捉用プローブ又は検出用プローブ）。
【００３７】
捕捉用プローブは、固体支持体に適当な手段、すなわち例えば共有結合又は吸着によって直接的又は間接的に固定化されるか又は固定化されていたもよい。
【００３８】
検出用プローブは、放射性同位元素、酵素（特にペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼ、あるいは色素生成性、蛍光生成性又は発光性の基質をハイブリダイズすることができる酵素）、発色性化合物、色素生成性、蛍光生成性又は発光性の化合物、ヌクレオチド塩基類縁体、及びビオチンのような配位子の中から選択される標識を使用して標識し得る。
【００３９】
“プライマー”とは、ヌクレオチドモチーフを５〜１００個、好ましくは１０〜４０個有するプローブであって且つ例えばＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）などの増幅方法において、配列決定法において、逆転写法などにおいて酵素重合を開始する所定の条件下で、ハイブリダイゼーションの特異性をもつプローブである。
【００４０】
断片と対照配列との間の同一性（これは、前記断片と前記配列の間の同一性の程度を特徴とする）は、前記断片を前記配列上に一列に整列させ、次いで２つの配列同士の間で同一であるモノマーの個数を決定することによって測定される。
【００４１】
本発明のプローブ及びプライマーは、下記の（ａ）及び（ｂ）の中から選択される：
（ａ）本明細書に添付の配列表に示した配列、
（ｂ）上記の配列（ａ）の断片、両者は共に前記配列（ａ）のいずれか一つの配列に含まれる少なくとも５個の連続したモノマーを含有し且つ前記配列（ａ）と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する；例として、断片（ｂ）は１０個のヌクレオチドを含有し、その中の５個の連続したヌクレオチドは配列（ａ）に属し、残りの５個のヌクレオチドのうちの少なくとも２個のヌクレオチドはそれぞれ、整列させた後には対照配列中の２個の対応するヌクレオチドと同じである。
【００４２】
“同定用（ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ）配列”という用語は、検出及び／又は捕捉用プローブとして使用し得る前記の配列又は断片を示す。
【００４３】
“水性媒体の処理”という表現は、濾過及び／又は溶解（ｌｙｓｉｓ）及び／又は精製工程を意味する。
【００４４】
“溶解（ｌｙｓｉｓ）工程”という用語は、微生物のタンパク質及び／又は脂質エンベロープ（例えば、以後の反応を妨害する細胞砕片）に含まれる核酸を放出させることができる工程を意味する。例として、下記の本出願人の特許出願明細書に記載の溶解方法を使用し得る：
混成磁気及び機械的溶解に関する国際特許出願公開第ＷＯ００／０５３３８号明細書、
電気的溶解に関する国際特許出願公開第ＷＯ９９／５３３０４号明細書、及び
機械的溶解に関する国際特許出願公開第ＷＯ９９／１５３２１号明細書。
【００４５】
当業者は、その他の周知の溶解方法、例えば熱ショック又は浸透ショックあるいはグアニジウム塩のようなカオトロピック剤を用いた化学的溶解法（米国特許第５，２３４，８０９号明細書）を使用し得る。
【００４６】
“精製工程”という用語は、微生物の核酸と、溶解工程で放出された細胞内成分との分離を意味する。この工程は、一般に核酸を濃縮することを可能にする。例として、吸着又は共有結合によって（これに関しては、米国特許第４，６７２，０４０号明細書及び米国特許第５，７５０，３３８号明細書参照）オリゴヌクレオチドで被覆されていてもよい磁性粒子を使用することができ、このようにしてこれらの磁性粒子に結合している核酸を洗浄工程によって精製することができる。核酸のこの精製工程は、その後に前記核酸の増幅が所望される場合には、特に都合がよい。前記の磁性粒子の特に都合のよい態様は、下記の文献：国際出願公開第ＷＯ９７／４５２０２号及び同第ＷＯ９９／３５５００号として本出願人によって出願された特許出願明細書に記載されている。
【００４７】
これらの特許出願明細書のうちの後者の明細書において、磁性粒子は中間層で被覆された磁性の芯（コア）をもつ感熱性磁性粒子を含んでいる。この中間層それ自体は、少なくとも１種の生物学的分子と相互作用することができるポリマーを基材とした外層で被覆されており；この外側ポリマーは感熱性であり且つ１０〜１００℃、好ましくは２０〜６０℃の所定の低い臨界共溶温度（ＬＣＳＴ）を有する。この外層は、核酸を結合することができる能力をもつポリマーを生成する陽イオン性モノマーから合成される。この中間層は、これらの核酸を増幅する方法を阻害する問題を回避することを目的として、芯の磁性帯電を遊離する。
【００４８】
核酸を精製する方法の別の都合のよい例は、シリカの使用であって、カラム（例えば、Ｑｉａｇｅｎキット）の形態での使用、あるいは不活性粒子〔Ｒ． Ｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， １９９０、Ｎｏ．２８（３）、ｐ．４９５−５０３〕又は磁性粒子〔Ｍｅｒｃｋ社製：ＭａｇＰｒｅｐ（登録商標） Ｓｉｌｉｃａ、Ｐｒｏｍｅｇａ社製：ＭａｇｎｅＳｉｌ（登録商標） 常磁性粒子〕の形態での使用である。別の極めて幅広く使用される方法は、カラム（例えば、Ｑｉａｇｅｎキット） 又は常磁性粒状構成（Ｗｈａｔｍａｎ社製：ＤＥＡＥ−Ｍａｇａｒｏｓｅ） ［ＰＲ Ｌｅｖｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ， １９９８， ｐ．３３７−３４４］でのイオン交換樹脂に基づくものである。本発明に極めて関連した別の方法は、金属酸化物支持体〔Ｘｔｒａｎａ社製：Ｘｔｒａ−Ｂｉｎｄ（登録商標） マトリックス〕上での吸着の方法である。
【００４９】
“検出工程”という用語は、物理的方法による直接検出又は標識を使用する検出方法を意味する。
【００５０】
核酸を検出するために多数の検出方法が存在する〔例えば、Ｋｒｉｃｋａ ｅｔ ａｌ．， Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， １９９９， Ｎｏ．４５（４）， ｐ．４５３−４５８ 又は Ｇ．Ｈ． Ｋｅｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， ＤＮＡ ｐｒｏｂｅｓ， ２ｎｄ Ｅｄ．， Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ， １９９３， ｓｅｃｔｉｏｎｓ ５ ａｎｄ ６， ｐ．１７３−２４９参照〕。本発明の第一の態様においては、特異的プローブを用いたハイブリダイゼーションの方法を検出工程に使用する。この特定の態様は、検出すべき微生物の核酸（これは増幅されていてもよいし又は増幅されていなくてもよい）を、固体支持体に結合され且つ前記核酸と特異的にハイブリダイズすることができる捕捉用プローブと接触させ；次いで公知の方法に従って、固体支持体に結合された核酸の可能な存在を、特に少なくとも一つの捕捉用プローブによって示すことからなる。
【００５１】
“標識”という用語は、信号を生じることができるトレーサーを意味する。これらのトレーサーのリスト（それに限定されない）は、例えば比色法、蛍光又は発光によって検出可能な信号を生じる酵素、例えばセイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ又はグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ；発色団、例えば蛍光化合物、発光化合物又は染料化合物；電子顕微鏡によって又は導電性のような電子的性質によって、電流測定法又は電圧測定法によって、あるいはインピーダンス測定装置によって検出可能な高電子密度の基； 回折、表面プラズモン共鳴又は接触角変化などの光学的方法によって、あるいは原子力分光法、トンネル効果などの物理的方法によって検出可能な基；３２Ｐ、３５Ｓ又は１２５Ｉなどの放射性分子からなる。
【００５２】
第一に、ポリヌクレオチドは、酵素増幅工程中に、例えば増幅反応用の標識化ヌクレオチド三リン酸を使用することによって標識し得る。標識されたヌクレオチドは、ＤＮＡを生成する増幅系、例えばＰＣＲにおけるデオキシリボヌクレオチドであるか、又はＤＮＡを生成する増幅系、例えばＴＭＡ法又はＮＡＳＢＡ法におけるリボヌクレオチドである。
【００５３】
また、前記ポリヌクレオチドは、増幅工程の後に、標識されたプローブを国際特許出願公開第ＷＯ９１／１９８１２号明細書に記載のサンドイッチハイブリダイゼーション法に従ってハイブリダイズすることによって標識し得る。
【００５４】
核酸を標識する別の具体的な好ましい方法は、本出願人のフランス国特許出願ＦＲ−Ａ−２ ７８０ ０５９号明細書に記載されている。別の好ましい検出方法は、Ｐ．Ｍ． Ｈｏｌｌａｎｄ， ＰＮＡＳ （１９９１） ｐ．７２７６−７２８０に記載されているようなポリメラーゼの５´〜３´エキソヌクレアーゼ活性を使用する。
【００５５】
信号増幅系は、国際特許出願公開第ＷＯ９５／０８０００号明細書に記載されているようにして使用でき、この場合には、予備的な酵素増幅反応は必ずしも必要でないかもしれない。
【００５６】
“酵素増幅”という用語は、特定のヌクレオチド断片の多重コピーを特定のプライマーを使用して少なくとも１種の酵素の作用によって生成させる方法を意味する。従って、核酸を増幅するには、特に下記の方法がある：
−  米国特許第４，６８３，１９５号、米国特許第４，６８３，２０２号及び米国特許第４，８００，１５９号各明細書に記載のＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）、
−  例えば、欧州特許出願公開第ＥＰ０ ２０１ １８４号明細書に報告されているＬＣＲ （リガーゼ連鎖反応）、
−  国際特許出願公開第ＷＯ９０／０１０６９号明細書に記載のＲＣＲ（修復連鎖反応）、
−  国際特許出願公開第ＷＯ９０／０６９９５号明細書を用いた３ＳＲ（Ｓｅｌｆ Ｓｕｓｔａｉｎｅｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）、
−  国際特許出願公開第ＷＯ９１／０２８１８号明細書を用いたＮＡＳＢＡ（核酸配列に基づく増幅）、及び
−  米国特許第５，３９９，４９１号明細書を用いたＴＭＡ（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）。
【００５７】
次いで、“アンプリコン”という用語は、酵素増幅法によって生成させたポリヌクレオチドを示すのに使用する。
【００５８】
本明細書で使用する“固体支持体”という用語は、核酸を固定化し得る材料全てを包含する。化学的に修飾されていてもよい合成材料又は天然材料、特に多糖類、例えばセルロース基材の材料、例えば紙、酢酸セルロース及びニトロセルロースのようなセルロース誘導体、又はデキストラン；重合体、共重合体、特にスチレン型単量体を基材とした重合体、共重合体、綿のような天然繊維及びナイロンのような合成繊維；無機材料、例えばシリカ、水晶、ガラス、セラミック；ラテックス；磁性粒子；金属誘導体、ゲルなどを、固体支持体として使用し得る。固体支持体は、マイクロタイタープレート、国際特許出願公開第ＷＯ９４／１２６７０号明細書に記載の膜、粒子又はバイオチップの形態であってもよい。
【００５９】
“バイオチップ”という用語は、小さいサイズの固体支持体であってその上に所定の位置に多数の捕捉用プローブが結合されている固体支持体を意味する。
【００６０】
例えば、これらのバイオチップの具体例は下記の文献：〔Ｇ． Ｒａｍｓａｙ， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， １９９８， Ｎｏ．１６， ｐ．４０−４４； Ｆ． Ｇｉｎｏｔ， Ｈｕｍａｎ Ｍｕｔａｔｉｏｎ， １９９７， Ｎｏ．１０， ｐ．１−１０； Ｊ． Ｃｈｅｎｇ ｅｔ ａｌ， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｉａｇｎｏｓｉｓ， １９９６， Ｎｏ．１（３）， ｐ．１８３−２００ ； Ｔ． Ｌｉｖａｃｈｅ ｅｔ ａｌ， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， １９９４， Ｎｏ．２２（１５）， ｐ． ２９１５−２９２１； Ｊ． Ｃｈｅｎｇ ｅｔ ａｌ， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， １９９８， Ｎｏ． １６， ｐ．５４１−５４６〕又は米国特許第４，９８１，７８３号、同第５，７００，６３７号、同第５，４４５，９３４号、同第５，７４４，３０５号及び同第５，８０７，５２２号各明細書に示されている。
【００６１】
固体支持体の主な特性は、同時に検出方法のバックグランドノイズを最小限にしながら、捕捉用プローブの核酸へのハイブリダイゼーションの特性を保存するというものであるべきである。バイオチップの利点は、それが多数の捕捉用プローブの使用を簡素化し、同時に検出すべき微生物の多型性を考慮に入れながら、検出すべき微生物の多重検出を可能にすることである。
【００６２】
以下に説明する本発明は、感度、特異性及び多重検出能の点から、従来の方法が有する問題点を解決することを可能にし、同時に迅速であり、しかも実施し易い。
【００６３】
本発明の第一の要旨は、種々の微生物を含有する恐れがある環境水性媒体の微生物学的品質を管理する方法であって、
−  少なくとも３種類の微生物からなり、微生物学的品質のレベルを一緒に又は別々に表す対照セットを選択し、
−  前記３種類の微生物にそれぞれ特異的な少なくとも３種類の同定用プローブからなる微生物学的測定用キットを配置し、
−  分析すべき前記媒体を処理した後に、前記微生物又はそれから得られる任意の部分を前記の測定用キットと接触させ、その結果として前記微生物を多重測定する（但し、この測定は前記媒体微生物学的品質のレベルを表すものである）ことを特徴とする環境水性媒体の微生物学的品質を管理する方法である。
【００６４】
また、本発明は、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物の同定用プローブの混合物からなる微生物学的測定用キットであって、前記の同定用プローブそれぞれが検定すべき液体試料中に存在する恐れがある細菌、ウイルス又は寄生生物の種又は少なくとも一つの属に特異的である微生物学的測定用キットに関する。
【００６５】
本発明によれば、キットとは、検定手段を実施するための手動、半自動又は自動方法を表し、“検定する”という用語は、生存率（ｖｉａｂｉｌｉｔｙ）及び／又は定量化の同定及び／又は測定を意味する。これら３つのパラメーターのそれぞれは配列において決定されるか又は次の組み合わせ、すなわち：同定のみ；同定と定量；同定と生存率；同定、定量及び生存率 に従って決定される。
【００６６】
また、本発明は、多数の微生物学的パラメーター、例えば種々の法律（米国、フランス、欧州）で要求される混入インジケーター及び病原性微生物、例えば細菌、ウイルス及び寄生生物について調べるための特定のバイオチップ法を使用する多重検定方法に関する。
【００６７】
１回の実施において、試料の完全な微生物学的分析は、迅速に、例えば約４時間内で実施でき、しかも極めて高い感度で、例えば酵素増幅工程によって１マイクロの標的／１０リットル〜１００リットルのオーダーで実施できる。
【００６８】
この多重検出方法は、プローブとして それぞれの種の同定用配列と呼ばれる配列を使用することにより探索される種に特異的であり、例えばｒＲＮＡ及び／又はｍＲＮＡなどの生存率指標（マーカー）を検出することによって微生物の生存率を測定することを可能にし得る。
【００６９】
この多重検出方法の迅速性、感度及び特異性は、環境水性媒体、すなわち体液を除く水性媒体に等しく適用することを可能にする。特に、この方法は、人間が消費する水、工業用上水、都会及び工業用の廃水、農業食品工業から出る水及び加工から出る水、並びに流体又は製品に適用する。
【００７０】
この１回の工程での多重特異的増幅製品の同時検出は、固体支持体を、特に所定の位置に多重捕捉用プローブが取り付けられている小さいサイズの固体支持体の形態で、すなわち“バイオチップ”の形態で使用することによって可能であり、これらの捕捉用プローブは、探索される微生物用の同定用配列と呼ばれる特異的ヌクレオチド配列の一組の断片又は全体からなる。
【００７１】
これらの同定用配列又はこれらの断片は、公知のハイブリダイゼーション法、例えばＤＯＴ−ＢＬＯＴ法〔Ｍａｎｉａｔｉｓ ｅｔ ａｌ， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，１９８２〕、サザンブロット法〔Ｅ． Ｍ． Ｓｏｕｔｈｅｒｎ， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， １９７５， ９８， ５０３〕、ノーザンブロット法、又はサンドイッチ法〔Ａ．Ｒ． Ｄｕｎｎ ｅｔ ａｌ． Ｃｅｌｌ， １９７７， １２，２３〕においても使用することができる。
【００７２】
探索される微生物の中から、例として下記の微生物が挙げられる：すなわち、
細菌の中から、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｅｑｕｉｎｕｓ）、ウェルシェ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｔｉｓ）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）、バークホルデリア・グラジオリ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｇｌａｄｉｏｌｉ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ゼノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｒｄｏｎａｅ）、レジオネラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、サルモネラ属菌が挙げられ、
ウイルスの中から、特にアデノウイルスの中から、アデノウイルス、アデノウイルス４０、アデノウイルス４１ａ；
アストロウイルス、ＨＡｓｔＶ−１−２；
エンテロウイルス、例えばポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス；
ロタウイルス、
カリシウイルス、例えばノーウォークウイルス、サッポロウイルス及び肝炎ウイルス例えばＡ型肝炎ウイルスが挙げられ、
寄生生物の中から、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） 及び微胞子虫類が挙げられる。
【００７３】
前記の微生物は、それらが属する属のレベルで、より低い分類学的レベルで、すなわち種のレベル又は血清型及び亜型（サブタイプ）レベルで且つ疫学によって探索し得る：例えばレジオネラ属菌については、測定は、属レベルで調べるためには、配列番号９の同定用配列を用いて及び細菌レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）に特異的な同定用配列を用いる測定用には配列番号１０及び配列番号１１を用いて行い得る。
【００７４】
バイオチップ上で生成された配列であって、探索される種に対応する同定用配列と呼ばれる配列は、配列番号１〜配列番号１０４の配列（そのリストは添付書類として添付した）の中から選択される。
【００７５】
本発明の方法の実施の態様を以下に示す。
【００７６】
水性媒体の微生物に暴露される微生物学的測定用キットは、下記の一つに対応することが都合がよい：
前記キットを構成する３種類の同定用プローブは、配列番号１〜１０４の一つ及びその断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの配列を有する。
【００７７】
前記キットは、細菌に特異的な少なくとも１種の同定用プローブと、寄生生物に特異的な少なくとも１種の同定用プローブと、ウイルスに特異的な少なくとも１種の同定用プローブとからなり；前記キットは、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブと；
配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブと；
配列番号５０〜配列番号６０、配列番号７０〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの配列と；
を含有するものであることが好ましい。
【００７８】
前記キットは、少なくとも４種類の細菌に特異的な少なくとも４種類の同定用プローブを含有するものであり；該プローブは配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されるものであることが好ましい。
【００７９】
前記キットは、少なくとも５種類のウイルスに特異的な少なくとも５種類の同定用プローブを含有するものであり；該プローブは配列番号５０〜配列番号６０、配列番号７０〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されるものであることが好ましい。
【００８０】
前記の微生物学的測定用キットは、少なくとも２種類の寄生生物に特異的な少なくとも２種類の同定用プローブを含有するものであり；該プローブは、配列番号４０〜配列番号４９及び配列番号６３〜配列番号６５並びにこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されるものであることが好ましい。
【００８１】
前記の微生物学的測定用キットは、細菌に特異的な少なくとも１種の同定用プローブと、少なくとも１種の寄生生物に特異的な少なくとも１種の同定用プローブとを含有してなる。前記キットは、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６７〜配列番号６９、及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブと、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブとを含有してなるものであることが好ましい。
【００８２】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の細菌：すなわち大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌の中から選択される。前記キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号９：６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号１５、配列番号２３及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００８３】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の細菌：すなわち大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、ウェルシェ菌の中から選択される。前記キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号１５、配列番号２３、配列番号２８、配列番号２９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００８４】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の微生物：すなわち大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、クリプトスポリジウム属原虫の中から選択される。前記キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号１５、配列番号２３、配列番号４０〜配列番号４４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００８５】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の微生物：すなわちサルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）の中から選択される。前記キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１５、配列番号２３、配列番号４６〜配列番号４９、配列番号６３、配列番号６４及び配列番号６５並びにこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００８６】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の微生物：すなわち大腸菌、エンテロウイルス属、クリプトスポリジウム属原虫の中から選択される。前記キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号７０〜配列番号７５、配列番号４０〜配列番号４４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００８７】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の微生物：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌；エンテロウイルス：すなわち、ポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス；クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） の中から選択される。前記キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１４、配列番号１５、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号６１〜配列番号７５ 並びにこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００８８】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の微生物：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌；エンテロウイルス：すなわちポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルス、カリシウイルス：すなわちノーウォークウイルス及びサッポロウイルス、アデノウイルス、ロタウイルスの中から選択される。前記キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１〜配列番号４、配列番号９〜配列番号１１、配列番号１４〜配列番号２０、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号５１、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号５６〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００８９】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の微生物：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌；エンテロウイルス：すなわちポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス；クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルス、カリシウイルス：すなわちノーウォークウイルス及びサッポロウイルス、アデノウイルス、ロタウイルス、緑膿菌、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、マイコバクテリウム属菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ゼノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｒｄｏｎａｅ）、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）、表皮ブドウ球菌、バークホルデリア・グラジオリ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｇｌａｄｉｏｌｉ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、アストロウイルスの中から選択される。前記キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１〜配列番号６、配列番号９〜配列番号５５、配列番号５６〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００９０】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の微生物：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、表皮ブドウ球菌、黄色ブドウ球菌、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、緑膿菌、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）、バークホルデリア・グラジオリ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｇｌａｄｉｏｌｉ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、マイコバクテリウム属菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ゼノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｒｄｏｎａｅ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、サルモネラ属菌の中から選択される。
【００９１】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次のウイルス：すなわち、
アデノウイルス、例えばアデノウイルス４０、アデノウイルス４１ａ；
アストロウイルス、ＨＡｓｔＶ−１−２；
エンテロウイルス、例えばポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス；
ロタウイルス；
カリシウイルス：ノーウォークウイルス、サッポロウイルス及びＡ型肝炎ウイルス
の中から選択される。
【００９２】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の寄生生物：すなわち、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） 及び微胞子虫類の中から選択される。
【００９３】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の微生物：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌；エンテロウイルス：すなわちポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス；クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルスの中から選択される。前記のキットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１〜配列番号４、配列番号９〜配列番号１１、配列番号１４〜配列番号２０、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号５１、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号５６〜配列番号７５、配列番号９７及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００９４】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌；エンテロウイルス：すなわちポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス；クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルスの中から選択される。前記キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１〜配列番号４、配列番号９〜配列番号１１、配列番号１４〜配列番号２０、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号５１、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号５６〜配列番号６８、配列番号７０〜配列番号７５、配列番号９７及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００９５】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の細菌：すなわち大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、サルモネラ属菌、緑膿菌、マイコバクテリウム属菌、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、黄色ブドウ球菌の中から選択される。前記の測定用キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９、配列番号１５、配列番号５、配列番号６、配列番号３０、配列番号９〜配列番号１１、配列番号２３及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００９６】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次のウイルス：すなわちＡ型肝炎ウイルス、エンテロウイルス、並びにカリシウイルス及びロタウイルスの中から選択される少なくとも１種のウイルスの中から選択される。前記の測定用キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号５９、配列番号６０、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号９６、配列番号９８〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００９７】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次のウイルス：すなわちＡ型肝炎ウイルス、エンテロウイルス、及びノーウォークウイルス及びロタウイルスの中から選択される少なくとも１種のウイルスの中から選択される。前記の測定用キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号９８〜１０４、配列番号５９、配列番号５６〜配列番号５８、配列番号６０、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号７５、配列番号７６〜配列番号９６及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００９８】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、次の寄生生物：すなわち、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） の中から選択される。前記の測定用キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号４０〜配列番号４５、配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【００９９】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、サルモネラ属菌、緑膿菌、マイコバクテリウム属菌、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、黄色ブドウ球菌、Ａ型肝炎ウイルス、エンテロウイルス、並びにカリシウイルス及びロタウイルスの中から選択される少なくとも１種のウイルス、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） の中から選択され；前記測定用キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９、配列番号１５、配列番号５、配列番号６、配列番号３０、配列番号９〜配列番号１１、配列番号２３、配列番号５９、配列番号６０、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号９６、配列番号９８、配列番号４０〜配列番号４５、配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましいし、あるいは
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、サルモネラ属菌、緑膿菌、マイコバクテリウム属菌、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、黄色ブドウ球菌、Ａ型肝炎ウイルス、エンテロウイルス、及びノーウォークウイルス及びロタウイルスから選択される少なくとも１種のウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア属原虫、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） の中から選択され；前記測定用キットの少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９、配列番号１５、配列番号５、配列番号６、配列番号３０、配列番号９〜配列番号１１、配列番号２３、配列番号９８〜１０４、配列番号５９、配列番号５６〜配列番号５８、配列番号６０、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号７５、配列番号７６〜配列番号９６、配列番号４０〜配列番号４５、配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択されることが好ましい。
【０１００】
前記の微生物学的測定用キットの微生物は、ノーウォークウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、エンテロウイルスの中から選択される。前記の少なくとも１種の同定用プローブは、配列番号５９、配列番号６０、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号７５の中から選択されることが好ましい。
【０１０１】
捕捉用プローブは、塩基を少なくとも１０個、好ましくは少なくとも１３個、さらに好ましくは少なくとも１５個、場合によっては少なくとも１７個 及び／又は 多くて３５個、好ましくは多くて２５個、さらに好ましくは多くて２０個を含有することが都合がよい。例えば、捕捉用プローブは、塩基を１０〜３５個、都合よくは塩基を１７〜２０個含有し、配列の３´末端に対して第１２番目の位置で、公知の配列の中心領域に配置された少なくとも１つの調べる（ｉｎｔｅｒｒｏｇａｔｉｏｎ）位置を有する。大腸菌及びエンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）種については、塩基１７個からなる捕捉用プローブであって、２つの調べる位置を有し、その一つが第１０番目の位置にあり、他の一つが第８番目の位置にある捕捉用プローブが存在することが好ましい。これらの捕捉用プローブは、場合に応じてヌクレオチド１０個〜２５個の長さである。この場合、前記の調べる位置は、捕捉用プローブの長さの関数として変化する。
【０１０２】
同定用配列と呼ばれる特異的配列は、コンピューター選別法によって選択され、それぞれの配列は分類学的に近い属同士及び／又は同じ属の種同士を識別することを可能し且つ交差ハイブリダイゼーションの現象を回避するために、１つの種及び／又は多数の種に対して十分に特異的である。
【０１０３】
本発明の一つの態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、少なくとも４種類の細菌に特異的な少なくとも４種類の同定用プローブを含有してなる。
【０１０４】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、少なくとも５種類のウイルスに特異的な少なくとも５種類の同定用プローブを含有してなる。
【０１０５】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、寄生生物に特異的な少なくとも２種類の同定用プローブを含有してなる。
【０１０６】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、細菌に特異的な少なくとも１種の同定用プローブと、寄生生物に特異的な少なくとも１種の同定用プローブとをしてなる。
【０１０７】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、細菌に特異的なプローブは、次の細菌：すなわち大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌に特異的なプローブの中から選択される。
【０１０８】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、細菌に特異的なプローブは、次の細菌：すなわち大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、ウェルシェ菌に特異的なプローブの中から選択される。
【０１０９】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、細菌に特異的なプローブは、次の細菌：すなわち大腸菌、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌の中から選択される。
【０１１０】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、細菌に特異的なプローブは、次の細菌：すなわち、大腸菌、大腸菌血清型Ｏ１５７：Ｈ７、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、表皮ブドウ球菌、黄色ブドウ球菌、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、緑膿菌、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）、バークホルデリア・グラジオリ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｇｌａｄｉｏｌｉ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、マイコバクテリウム属菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ゼノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｒｄｏｎａｅ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、サルモネラ属菌の中から選択される。
【０１１１】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、次の微生物：すなわち、大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）属原虫の中から選択される細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなる。
【０１１２】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、次の微生物：すなわち、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）の中から選択される細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなる。
【０１１３】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、次の微生物：すなわち大腸菌、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、エンテロウイルス：ポリオウイルス、クコクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）の中から選択される細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなる。
【０１１４】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、エンテロウイルス：ポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルス、カリシウイルス：ノーウォークウイルス及びサッポロウイルス、アデノウイルス、ロタウイルスの中から選択される細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなる。
【０１１５】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、エンテロウイルス：ポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルス、カリシウイルス：ノーウォークウイルス及びサッポロウイルス、アデノウイルス、ロタウイルス、緑膿菌、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、マイコバクテリウム属菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ゼノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｒｄｏｎａｅ）、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）、表皮ブドウ球菌、バークホルデリア・グラジオリ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｇｌａｄｉｏｌｉ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、アストロウイルスの中から選択される細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなる。
【０１１６】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロウイルス、クリプトスポリジウム属原虫の中から選択される細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなる。
【０１１７】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、ウイルスに特異的な同定用プローブは次のウイルス：すなわち、
アデノウイルス、例えばアデノウイルス４０、アデノウイルス４１ａ；
アストロウイルス、ＨａｓｔＶ−１−２；
エンテロウイルス、例えばポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス、
ロタウイルス，
カリシウイルス、例えばノーウォークウイルス、サッポロウイルス及び
肝炎ウイルス、例えばＡ型肝炎ウイルス
に特異的である。
【０１１８】
本発明の別の態様において、微生物学的測定用キットは、細菌用の同定用プローブ及び／又はウイルス用の同定用プローブ及び／又は寄生生物用の同定用プローブの混合物を含有してなり、寄生生物に特異的な同定用プローブは次の寄生生物：すなわち、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） 及び微胞子虫類の中から選択される。
【０１１９】
本発明によれば、一つの態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの同定用プローブと；配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの同定用プローブと；配列番号５０〜配列番号６０、配列番号７０〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの配列とを含有してなる。
【０１２０】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも４種類の同定用プローブを含有してなる。
【０１２１】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットであって、配列番号５０〜配列番号６０、配列番号７０〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも５種類の同定用プローブを含有してなる。
【０１２２】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種類の同定用プローブを含有する。
【０１２３】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号１〜配列番号３９、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種類の同定用プローブと、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号６３〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種類の同定用プローブとを含有してなる。
【０１２４】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号１５、配列番号２３、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有する。
【０１２５】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットであって、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号１５、配列番号２３、配列番号２８、配列番号２９及びこれらの断片（該断片は、前記の配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなる。
【０１２６】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号１５、配列番号２３、配列番号４０〜配列番号４４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなる。
【０１２７】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６、配列番号６８、配列番号６９、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号７０〜配列番号７５、配列番号４０〜配列番号４４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなる。
【０１２８】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号１４、配列番号１５、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号４９、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号６１〜配列番号７５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなる。
【０１２９】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号１〜配列番号４、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１４〜配列番号２０、配列番号２３、配列番号２５〜配列番号２９、配列番号４０〜配列番号５１、配列番号５３〜配列番号５５、配列番号５６〜配列番号５９、配列番号６０〜配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１種の同定用プローブを含有してなる。
【０１３０】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号１〜配列番号６、配列番号９〜配列番号２２、配列番号２３〜配列番号５５、配列番号５６〜配列番号１０４及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中に含まれる少なくとも１つの配列を含有してなる。
【０１３１】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用は、配列番号１４、配列番号６２、配列番号６６〜配列番号６９、配列番号１５、配列番号５、配列番号６、配列番号３０、配列番号９〜配列番号１１、配列番号２３及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの配列を含有してなる。
【０１３２】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号５９、配列番号９７、配列番号７０〜配列番号７５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つ配列を含有してなる。
【０１３３】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用キットは、配列番号９８〜１０４、配列番号５９、配列番号９８、配列番号５６〜配列番号５８、配列番号７６〜配列番号９６及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの配列をしてなる。
【０１３４】
本発明によれば、一つの異なる態様において、試料中に存在する微生物の微生物学的測定用は、配列番号４０〜配列番号４５、配列番号６５及びこれらの断片（該断片は、前記配列のいずれか一つに含まれる少なくとも５個の隣接したモノマーを含有し且つ前記配列と少なくとも７０％の同一性を示す配列を有する）の中から選択される少なくとも１つの配列をしてなる。
【０１３５】
本発明の同定用配列と呼ばれるこれらのヌクレオチド断片は、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、エンテロウイルス：ポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルス、カリシウイルス：ノーウォークウイルス及びサッポロウイルス、アデノウイルス、ロタウイルス、緑膿菌、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、マイコバクテリウム属菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ゼノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｒｄｏｎａｅ）、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）、表皮ブドウ球菌、バークホルデリア・グラジオリ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｇｌａｄｉｏｌｉ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、アストロウイルス、
アデノウイルス、例えばアデノウイルス ４０、アデノウイルス ４１ａ；
アストロウイルス、ＨａｓｔＶ−１−２；
エンテロウイルス、例えばポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルス、
ロタウイルス、
カリシウイルス、例えばノーウォークウイルス ウイルス、サッポロウイルス及び
肝炎ウイルス、例えばＡ型肝炎ウイルス、
クリプトスポリジウム属原虫、例えばクリプトスポリジウム・パルブム
（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ） 及び 微胞子虫類
の中から選択される少なくとも２種類の微生物の存在下でその他の微生物を選択的に検定することを可能にする。
【０１３６】
別の態様においては、本発明の前記の同定用配列は、次の微生物：すなわち、大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌の中から選択される少なくとも２種類の微生物の存在下で微生物を選択的に検定することを可能にする。
【０１３７】
別の態様においては、本発明の前記の同定用配列は、次の微生物：すなわち、大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、ウェルシェ菌の中から選択される少なくとも２種類の微生物の存在下でその他の微生物を選択的に検定することを可能にする。
【０１３８】
別の態様においては、本発明の前記の同定用配列は、次の微生物：すなわち、大腸菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、クリプトスポリジウム属原虫の中から選択される少なくとも２種類の微生物の存在下でその他の微生物を選択的に検定することを可能にする。
【０１３９】
別の態様においては、本発明の前記の同定用配列は、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロウイルス及びクリプトスポリジウム属原虫の中から選択される少なくとも２種類の微生物の存在下でその他の微生物を選択的に検定することを可能にする。
【０１４０】
別の態様においては、本発明の前記の同定用配列は、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、エンテロウイルス：ポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）の中から選択される少なくとも２種類の微生物の存在下でその他の微生物を選択的に検定することを可能にする。
【０１４１】
別の態様においては、本発明の前記の同定用配列は、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、エンテロウイルス：ポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルス、カリシウイルス：ノーウォークウイルス及びサッポロウイルス、アデノウイルス、ロタウイルスの中から選択される少なくとも２種類の微生物の存在下で微生物を選択的に検定することを可能にする。
【０１４２】
別の態様においては、本発明の前記の同定用配列は、次の微生物：すなわち、大腸菌、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｈｉｒａｅ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏｖｉｓ）、陽性連鎖球菌、ウェルシェ菌、サルモネラ属菌、黄色ブドウ球菌、エンテロウイルス：ポリオウイルス、コクサッキーウイルスＡ及びＢ、エコーウイルス、クリプトスポリジウム属原虫、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ ｌａｍｂｌｉａ）、レジオネラ属菌、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・キャビエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・ソブリア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｏｂｒｉａ）、カンピロバクター・コリー（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊｕｎｉ）、Ａ型肝炎ウイルス、カリシウイルス：ノーウォークウイルス及びサッポロウイルス、アデノウイルス、ロタウイルス、緑膿菌、ビブリオ・コレラ（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）、マイコバクテリウム属菌、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・シミアエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｉｍｉａｅ）、マイコバクテリウム・カンサシ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ゼノピ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｘｅｎｏｐｉ）、マイコバクテリウム・マリヌム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ゴルドナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｏｒｄｏｎａｅ）、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）、表皮ブドウ球菌、バークホルデリア・グラジオリ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｇｌａｄｉｏｌｉ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｃｅｐａｃｉａ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、アストロウイルスの中から選択される少なくとも２種類の微生物の存在下でその他の微生物を選択的に検定することを可能にする。
【０１４３】
また、血清型及び亜型（ｓｕｂｔｙｐｅ）レベルで且つ疫学により微生物を同定するための同定用配列を含有する本発明の微生物学的測定用キットも、設計し、使用し得る。
【０１４４】
本発明の、少なくとも１種の細菌、寄生生物及び／又はウイルスを含有している恐れがある試料を分析する方法は、試料中に存在している恐れがある細菌、ウイルス及び／又は寄生生物の血清型、亜型、種又は少なくとも１種の属に特異的な同定用プローブとして複数のヌクレオチド配列の混合物を使用する。
【０１４５】
本発明の試料を分析する方法は、前記の微生物学的測定用キットを使用することからなる検出工程に特徴がある。
【０１４６】
好ましい態様においては、検出工程に先立って、少なくとも１種の溶解（ｌｙｓｉｓ）工程を実施してもよい。
【０１４７】
別の態様においては、この溶解工程に続いて、増幅工程が実施される。
【０１４８】
また、本発明は、検出工程に先立って、液体試料中の微生物の富化工程を実施する液体試料を管理する方法に関する。
【０１４９】
この富化工程は、濾過、特に中空繊維を含有し且つフロンタルモード（ｆｏｒｎｔａｌ ｍｏｄｅ）で使用される濾過手段を使用することによって実施してもよく、限られた時間内で多量及び所定の容量の出発液体試料から、十分に少量の分析すべき試料を得ることを可能にし、同時にこの場合に分析方法、特に本発明の多重検出法を実施し得るように微生物の生存率を保証する。
【０１５０】
この濾過手段はフロンタルモードで中空繊維を用いる限外濾過法に基づく。
【０１５１】
“接線方向モード（ｔａｎｇｅｎｔｉａｌ ｍｏｄｅ）”に対する“フロンタルモード（ｆｒｏｎｔａｌ ｍｏｄｅ）”という用語は、出発液体試料を濾過手段に１回通し、同じ試料の少なくとも一部を前記濾過手段の入り口に再循環させないことを意味する。
【０１５２】
この 限外濾過手段をフロンタルモードで 使用すると、少ない容量の濃厚物を得ることを可能にし、１回の通送でほぼ１時間程度の時間目盛り以内で試料の濃縮を行うことを可能にし、同時に微生物の生存率、多重回収、及び１００％の収率を保障する。
【０１５３】
“多重回収”という用語は、最終試料において、出発試料中に存在する種々の種又は属の微生物の実質的に全部を回収する可能性を意味する。
【０１５４】
これらの高収率は、例えば他の装置について、付属配管、例えば再循環用の付属配管の存在により、及び中空繊維の全長にわたる多孔性の信頼度によって無駄容積（ｄｅａｄ ｖｏｌｕｍｅ）と呼ばれる容量が存在しないことを考慮して得られる。
【０１５５】
本発明の管理方法は、このように、場合によって濾過によって得られてもよい１ｍｌ〜１００リットルの容量の試料に適用される。
【０１５６】
微生物の溶解工程は、前記のように機械的溶解又は化学的溶解によって行う。
【０１５７】
精製工程は、必要に応じて、磁性粒子に固定されたオリゴヌクレオチドによる捕捉の方法を使用して、あるいはシリカカラム、シリカ粒子（不活性粒子又は磁性粒子）、イオン交換樹脂、又は前記の他の方法を使用して適用される。
【０１５８】
酵素増幅工程は、必要に応じて、ＴＭＡ、ＮＡＳＢＡなどの転写方法を使用して、特にＰＣＲ法及びＲＴ−ＰＣＲ法を使用して適用される。
【０１５９】
アンプリコン標識工程は、好ましくは蛍光標識を使用して適用される。
【０１６０】
次いで、ハイブリダイゼーション工程は、好ましくは固体支持体に固定された特異的同定用プローブ又はその断片を使用して、特にバイオチップを使用して適用される。
【０１６１】
これらの特異的配列を使用する本発明の管理方法及び微生物学的測定用キットは、１回の最終多重工程で設定パネル（ｓｅｔ ｐａｎｅｌ）から細菌及び／又はウイルス及び／又は寄生生物を同時に検出することを可能にする。
【０１６２】
微生物の設定パネルは、分析すべき液体の関数として容易に規定し得る。
【０１６３】
本発明の別の要旨は、請求項３５〜４８のいずれか１項に記載の微生物学的測定用キットを使用して分析し、前記の製造及び／又は消毒する方法を、前記の微生物学的測定用キットにより作成されたデータによってサーボ制御することを可能にするデータを解釈するためのアルゴリズムを作成する工程からなることを特徴とする液体の製造及び／又は消毒方法である。
【０１６４】
本発明の利点及び使用する方法を実施例及び添付の図面によって例証するが、これらに限定されるものではない。
【０１６５】
図１は、大腸菌及びアシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）それぞれに特異的なプローブそれぞれに関する塩基率（ｂａｓｅ−ｃａｌｌ）の変化を増幅前に加えられた相手のそれぞれのｒＲＮＡの個数の関数として表す。
【０１６６】
グラフの箱型の領域は大腸菌／アシネトバクター・バーマニー（Ａ． ｂａｕｍａｎｉｉ）の割合を表し、これからチップを用いて標的大腸菌が解釈される。
【０１６７】
図２は、大腸菌、サルモネラ・チフィムリウム（Ｓ． ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）及びアシネトバクター・バーマニー（Ａ． ｂａｕｍａｎｉｉ）に特異的なプローブそれぞれに関する塩基要求率の変化を３種類の菌を表す標識転写物のコピーの個数の割合の関数として表す。
【０１６８】
以下の実施例において、使用した菌株は次の通りである：
大腸菌 ＡＴＣＣ １１７７５
エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ） １９４３３Ｔ
ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ） ＡＰＩ ９８１００５９
アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ） ＡＴＣＣ １９６０６
実施例１：培地での１回の細菌細胞の検出及び同定：大腸菌（グラム陰性）及びエンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）（グラム陽性）の場合
ａ）培地の調製
大腸菌又はエンテロコッカス・フェカーリス（Ｅ． ｆａｅｃａｌｉｓ）の菌株を、Ｌｕｒｉａ Ｂｅｒｔａｎｉブロス２ｍｌ中で３７℃で培養した。培養物が６２０ナノメータで光学密度０．２に達したときに、その１ｍｌ（細菌１０８個／ｍｌ）を取り出した。細胞０．１個／μｌの濃度が得られるまで、連続希釈した。
【０１６９】
ｂ）核酸の抽出及び精製
１．微生物の溶解
１μｌ当たり細胞０．１個の懸濁液から、その１０μｌ（細胞１個）を取り出した。この懸濁液に、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、１ｍＭ ＥＤＴＡ （ＳＩＧＭＡ社から市販されている１００Ｘ ＴＥ溶液の希釈液、ｒｅｆ．Ｔ−９２８５）及びリゾチーム（Ｓｉｇｍａ社製、ｒｅｆ．Ｌ−６８７６）を含有する溶解用緩衝液１００μｌ〔その濃度は、細菌のグラム数に応じて異なる：エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）については３ｍｇ／ｍｌ、大腸菌については４００μｇ／ｍｌである〕を加えた。細菌懸濁液を入れた管を前記溶解用緩衝液と周囲温度で１０分間接触させることにより、細菌を溶解した。
２．核酸の抽出及び精製
この工程は、Ｑｉａｇｅｎ社から市販されているＲｎｅａｓｙミニキット（ｒｅｆ． ７４１０４）を使用して、細菌の全ＲＮＡの抽出及び精製について推奨されている方法に従って行った。
【０１７０】
ｃ）ＲＴ−ＰＣＲ
ＲＴとＰＣＲの２つの工程は、管内でＡＣＣＥＳＳキット（ｒｅｆ Ａ１２５０、Ｐｒｏｍｅｇａ製）を使用して一方の工程を行った後に、他方の工程を行う。
このために、５Ｘ ＡＭＶ／Ｔｆｌ緩衝液、１ｍＭ ＭｇＳＯ４、２００μＭ ｄＮＴＰ類（デオキシリボヌクレオシド三リン酸類）、５Ｕ ＡＭＶ ＲＴポリメラーゼ、５Ｕ Ｔｆｌポリメラーゼ、５Ｕ ＲＮアシン（Ｐｒａｎｅｇａ製、ｒｅｆ． ＮＺＩＩＩ）、０．５μＭ真性細菌プライマー Ａ１．１及びＳ９Ｔ７：
2004533204.tif 000002
を、全ＲＮＡ懸濁液２５μｌに加えて、最終反応容量５０μｌを得た。
ＲＴ工程については、得られた混合物を４８℃で４５分インキュベートし、次いで９４℃で５分間インキュベートした。ＰＣＲ工程については、次いで次の３工程：９４℃で１分間インキュベートする工程；５５℃で１分間インキュベートする工程；６８℃で１分間インキュベートする工程からなるサイクルを３５サイクル行った。次いで、最後に６８℃で７分間の鎖延長を行った。
【０１７１】
ｄ）増幅の検証
増幅生成物（アンプリコン）５μｌを、ＥＤＴＡ Ｔｒｉｓ ｂｏｒａｔｅに溶解した１．５％アガロースゲル上に装填した。２００Ｖで２０分間移動させた後に、増幅帯域をエチジウムブロミドによる染色及びＵＶ照射により肉眼で見た。増幅は、予測した大きさ（４５０塩基対）をもつ帯域の存在により陽性であることを示した。
【０１７２】
ｅ）ＤＮＡチップ〔Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社（米国Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ所在）製〕上でのアンプリコンの同定
バイオチップを、次の変異体：すなわち、同定用配列の再配列決定を行うチップ上で合成したオリゴヌクレオチドを用いて、ガラス製の固体支持体上で、国際特許出願第ＷＯ９５／１１９９５号明細書（Ａｆｆｙｍａｘ社、Ｃｈｅｅら）に記載の再配列決定法を使用する米国特許第５，７４４，３０５号（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社、Ｆｏｄｏｒら）に記載の方法に従って及び Ａ ＴｒｏｅｓｃｈによってＪ． Ｃｌｉｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．， ｖｏｌ．３７（１）， ｐ４９−５５， １９９９ に報告された方法に従って合成した。この方法は、合成されたオリゴヌクレオチドの総数を減らすことを可能にし、従って製造コストの点で及びこれらの同定用配列配列の選択により種々の微生物の同定の質に関して妥協することなく相当な利点を有する。前記オリゴヌクレオチドは２０個の塩基からなり、配列の３´末端に対して第１２番目の位置に調べる（ｉｎｔｅｒｒｏｇａｔｉｏｎ）位置を有する。大腸菌及びエンテロコッカス・フェカーリス（Ｅ． ｆａｅｃａｌｉｓ）については、１７個の塩基からなる複数のオリゴヌクレオチドも存在し、２つの調べる位置：すなわち、一つは第１０番目の位置及び他の一つは第８番目の位置を有する。他のオリゴヌクレオチドはヌクレオチドが１０〜２５個の長さである。この場合、調べる位置はオリゴヌクレオチドの長さの関数として変化する。
【０１７３】
この分析は、完全なＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）装置〔ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ９００２２８、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社（米国カリフォルニア州サンタクララ所在）製〕を用いて行った。該装置は、ＧｅｎｅＡｒｒａｙ（登録商標）読取装置、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）ハイブリダイゼーションオーブン、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標） リキッドステーション及び ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）分析ソフトウエアからなる。
１．アンプリコンの転写及び標識
アンチセンスプライマーＳ９Ｔ７により、増幅生成物は全てＴ７ ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを有する。次いで、これらのアンプリコンを転写反応用のマトリックスとして使用する。前記の反応中に蛍光リボヌクレオチドが組み込まれる。
陽性の増幅生成物５０μｌからアリコート（２〜１２μｌ）を取り出し、Ａｍｂｉｏｎ社製Ｍｅｇａｓｃｒｉｐｔ Ｔ７ キット（ｒｅｆ．１３３４）の諸成分及びフルオレセイン−１２−ＵＴＰ （Ｒｏｃｈｅ社製、ｒｅｆ．１４２７８５７）を含有する転写混合物に加えた。得られた最終的反応混合物を２０μｌに調製し、転写反応を３７℃で２時間行った。
２．標識転写物の断片化
前記のハイブリダイゼーション条件を改善するために、標識転写物をヌクレオチド約２０個の断片に切断した。このために、標識転写物２０μｌに３０ｍＭイミダゾール（ＳＩＧＭＡ社製）及び３０ｍＭ塩化マグネシウム（Ｍｅｒｃｋ社製）を、６５℃で３０分間作用させた。
３．調査用チップ上でのハイブリダイゼーション
標識し、断片化した転写物２０μｌからアリコート５μｌを取り出し、ハイブリダイゼーション用緩衝液７００μｌに加えた。該緩衝液の組成は、６Ｘ ＳＳＰＥ （Ｅｕｒｏｂｉｏ社製）、５ｍＭ ＤＴＡＢ（Ｓｉｇｍａ社製）、０．５％Ｔｒｉｔｏｎ（Ｍｅｒｃｋ ｅｕｒｏｌａｂ製）である。この混合物を調査用チップ上で、次の条件で：すなわち４５℃で４０分間ハイブリダイズさせた。前記チップを洗浄した後に、走査し、次いで得られたハイブリダイゼーション画像をＧｅｎｅｃｈｉｐ（著作権）ソフトウエア〔Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社（米国カリフォルニア州サンタクララ所在）製〕を使用して分析した。得られたハイブリダイゼーションスポットは、アンプリコンの配列の再構成を可能にした。次いでチップの対照配列と比較した。アンプリコンの配列と最も高い相同性（塩基要求率、％）を示す配列（従って、それに対応する種）を、同定用に選別した。
４．結果の解釈
塩基４５０個の配列の一部分だけを分析した。これは、バイオチップ上に示された同定用プローブの全部又は一部分に相当した。解釈の限界、すなわち同定のレベルは、同定用配列に関して少なくとも７０％の塩基要求率で設定された。この限界値以下では、標的は同定されなかった。
【０１７４】
結果
１個の細菌細胞〔大腸菌又はエンテロコッカス・フェカーリス（Ｅ． ｆａｅｃａｌｉｓ）〕から抽出されたＲＮＡは、増幅生成物を生じ、次いでバイオチップ上で正確な同定を生じた。
【０１７５】
実施例２：２種類の細菌種の混合物の識別
本実施例では、真性細菌ＲＴ−ＰＣＲを適用して標的を合成した；すなわち、これらの標的は増幅、次いで１６ＳリボソームＤＮＡ全体の転写により生じた。これらの標的は、試験管内（ｉｎ ｖｉｔｒｏ）転写物と呼ばれる。本実施例では、該標的は細菌種として大腸菌及びアシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）を代表する試験管内転写物の混合物である。前記標的をＲＴ−ＰＣＲ管に加える場合には、細菌の個数の点で、しかし試験管内転写物のコピーの個数の点で及びこの場合には細菌均等物の個数の点で、次の前提：細菌１個は１６ＳリボソームＲＮＡのコピー１０４ 個に相当するという前提から出発して、もはや説明はいらない。
このためには、転写物をコピー１０１１個／μｌで力価測定した（ｔｉｔｅｒｅｄ）。アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）については、コピー１０８個／μｌの希釈液を調製した。大腸菌については、１０３個／μｌ、１０４個／μｌ、１０５個／μｌ及び１０６個／μｌの希釈液を調製した。ＲＴ−ＰＣＲ用の反応混合物の条件は、標的容量がもはや全ＲＮＡ懸濁液２５μｌではなく、下記の割合の細菌種それぞれを表す転写物の各希釈液１μｌからなる混合物２μｌである以外は、実施例１、パラグラフｃ）に記載の条件と同じであった。
2004533204.tif 000003
次いで、得られた１個のアンプリコンを実施例１の工程ｅ）に従って処理した。
【０１７６】
結果
図１は、１６Ｓ ｒＲＮＡの個数を細菌の個数に戻して関連させることによって、従ってＤＮＡチップを使用して、アシネトバクター・バーマニー（Ａ． ｂａｕｍａｎｉｉ）１０４個の存在下で大腸菌１個の相当物、すなわち０．０１％の割合で検出することができることを示す。
【０１７７】
実施例３：３種類の細菌種の混合物の識別
３種類の細菌種〔大腸菌、ネズミチフス菌、アシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）〕の標識転写物を、実施例１の方法ｅ）に従って得た。次いで、これらの標識転写物をＲｎｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ社製、ｒｅｆ．７４１０４）を使用して、試験管内転写物の精製に適した方法に従って精製した。標識した転写物を、ハイブリダイゼーション混合物中に導入された標的（又はコピー）の個数を測定するように力価測定（分光光度計で２６０ｎｍでの読み取り値）。ハイブリダイゼーション混合物中のコピーの総数は、コピー１０１３ 個に設定した。
大腸菌に相当する転写物のコピーの個数は、ネズミチフス菌種に相当する転写物のコピーの個数と同じであった。これらの転写物を、下記のようにしてアシネトバクター・バーマニー（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ）に対して加えた。
2004533204.tif 000004
結果
図２は、大腸菌の検出はネズミチフス菌の検出（１０％）よりも低い割合（１％）で生じることを示す。この結果は、チップ上で３種類の細菌種を検出できることを示している。
【０１７８】
実施例４：大腸菌、黄色ブドウ球菌及び腸炎菌の同時検出
ａ） 細菌懸濁液の調製
供試菌株：
大腸菌 ＡＴＣＣ １１７７５Ｔ
黄色ブドウ球菌 ＡＴＣＣ １２６００Ｔ
腸炎菌 ＡＴＣＣ １３０７６
前記の菌株を、トリプチケースソイブロス中で３７℃で培養した。培養物が光学密度０．２〜０．３（細菌数１０８個／ｍｌ）に達した際に、細菌数１００個／ｍｌが得られるまで１０倍連続希釈物を調製した。
【０１７９】
ｂ） 細菌の混合
前記の３種類の細菌種を上記のａ）で製造した懸濁物を使用して、大腸菌、黄色ブドウ球菌１００個及び腸炎菌１００個が得られるように混合した。
【０１８０】
ｃ） 全ＲＮＡの取得
１． 微生物の溶解
最終容量は１００μｌである。緩衝液１００Ｘ ＴＥ（Ｓｉｇｍａ社製、ｒｅｆ Ｔ−９２８５）１μｌを加え、次いで１００ｍｇ／ｍｌのリゾチーム（Ｓｉｇｍａ社製、Ｒｅｆ．Ｌ−６８７６）を加え、最終濃度を １０ｍｇ／ｍｌにした。次いで、水（Ｓｉｇｍａ社製、ｒｅｆ．Ｗ−４５０２）で容量を１００μｌにした。インキュベーションを２５℃で３０分間行った。
２． 核酸の精製
この場合には、細菌についてＲｎｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ社製、ｒｅｆ．７４１０４）を使用して、Ｑｉａｇｅｎ社が推奨している方法を適用した。
【０１８１】
ｄ） ＲＴ−ＰＣＲ
ＲＴ−ＰＣＲを、ＡＣＣＥＳＳキット（Ｐｒｏｍｅｇａ社製、ｒｅｆ．Ａ１２５０）を使用して実施例１、ｃ）に示した方法に従って行った。
【０１８２】
ｅ） 増幅の検証
実施例１、ｄ）に示した方法に従って行った。
【０１８３】
ｆ） バイオチップ上での分析
１． アンプリコンの転写及び標識
実施例１、ｅ）−１に示した方法に従って行った。
２． 標識した転写物の断片化
実施例１、ｅ）−２に示した方法に従って行った。
３． チップ上でのハイブリダイゼーション
実施例１、ｅ）−３に示した方法に従って行った。
４． 結果の解釈
前記の分類群のそれぞれに相当する同定用配列について塩基要求率は９０％よりも大きくなければならない。この値以下では、標的は同定されない。
【０１８４】
結果
2004533204.tif 000005
結論
対応する同定用配列を用いたハイブリダイゼーションによる３種類の細菌の同時検出が得られた。
【０１８５】
実施例５：大腸菌、黄色ブドウ球菌、腸炎菌及び緑膿菌の同時検出
ａ） 細菌懸濁液の調製
供試細菌株：
大腸菌ＡＴＣＣ １１７７５Ｔ
黄色ブドウ球菌ＡＴＣＣ １２６００Ｔ
腸炎菌ＡＴＣＣ １３０７６
緑膿菌ＡＴＣＣ １０１４５Ｔ
実施例１、ａ）に示した方法に従って、細菌懸濁液を調製した。
ｂ） 細菌の混合
前記ａ）で調製した細菌懸濁液を使用して、４種類の細菌を、大腸菌１００個、黄色ブドウ球菌１００、腸炎菌１００個及び緑膿菌１００個になるように混合した。
【０１８６】
ｃ） 全ＲＮＡの取得
実施例４、ｃ）に示した方法に従って行った。
ｄ） ＲＴ−ＰＣＲ
ＲＴ−ＰＣＲを、ＡＣＣＥＳＳキット（Ｐｒｏｍｅｇａ社製、ｒｅｆ．Ａ１２５０）を使用して実施例１、ｃ）に示した方法に従って行った。
【０１８７】
ｅ） 増幅の検証
実施例１、ｄ）に示した方法に従って行った。
【０１８８】
ｆ） バイオチップ上での分析
１． アンプリコンの転写及び標識
実施例１、ｅ）−１に示した方法に従って行った。
２． 標識した転写物の断片化
実施例１、ｅ）−２に示した方法に従って行った。
３． チップ上でのハイブリダイゼーション
実施例１、ｅ）−３に示した方法に従って行った。
４． 結果の解釈
前記の分類群のそれぞれに相当する同定用配列について塩基要求率は９０％よりも大きくなければならない。この値以下では、標的は同定されない。
【０１８９】
結果
2004533204.tif 000006
結論
対応する同定用配列を用いたハイブリダイゼーションにより４種類の細菌の同時検出が得られた。
【０１９０】
実施例６：大腸菌、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）及びポリオウイルスＳａｂｉｎ３型の同時検出
ａ） 懸濁液の調製．
大腸菌については、希釈液を実施例４、ａ）に記載のようにして調製した。◎
クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）については、Ｗａｔｅｒｂｏｎｅ Ｉｎｃ．社（米国セントルイス所在）から市販されている１０７／ｍｌの力価をもつオオシスト懸濁液から連続希釈液を調製した。
ポリオウイルスＳａｂｉｎ３型については、１０９ＰＦＵ／ｍｌの力価をもつ懸濁液を使用した。
【０１９１】
ｂ） 微生物の混合
大腸菌３０００個、クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃ． ｐａｒｖｕｍ）３０００個及びポリオウイルス３０００ｃｆｕを混合して、最終容量３００μｌを得た。
【０１９２】
ｃ） 核酸の調製
ＲＮＡの抽出及び精製について３つの別々のプロセスを行うという理由から、前記容量３００μｌをそれぞれ１００μｌ×３として調製した。
１． 大腸菌
全ＲＮＡの調製を実施例４、ｃ）に示した方法に従って行った。
２． クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）
Ｒｎｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ社製、ｒｅｆ．７４１０４）を部分改変法に従って使用した。このためには、前記の１００μｌに、ＲＮｅａｓｙキットからＲＬＴ溶解用緩衝液３５０μｌと、１９ｍｇ／ｍｌ（これは１ｍｇ／ｍｌに低下する）のプロテアーゼＫ（Ｒｏｃｈｅ社製、ｒｅｆ．１９６４３７２）２５μｌを加えた。これを６５℃で３０分間作用させた。
次いで、細菌についてＲｎｅａｓｙミニキットプロトコールに従って操作を続けた。
３． ポリウイルスＳａｂｉｎ３型について
前記の１００μｌに水（Ｓｉｇｍａ社製、ｒｅｆ．Ｗ−４５０２） ４０μｌを加え、Ｑｉａｍｐ Ｖｉｒａｌ ＲＮＡ ミニキット（Ｑｉａｇｅｎ社製、ｒｅｆ．５２９０６）を供給業者の指示に従って使用した。
【０１９３】
ｄ） ＲＴ−ＰＣＲによる増幅
１． 大腸菌
ＲＴ−ＰＣＲを、ＡＣＣＥＳＳキット（Ｐｒｏｍｅｇａ社製、ｒｅｆ．Ａ１２５０）を使用して実施例１、ｃ）に示した方法に従って行った。
２． クリプトスポリジウム・パルブム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ ｐａｒｖｕｍ）
ＲＴ−ＰＣＲを、ＡＣＣＥＳＳキット（Ｐｒｏｍｅｇａ社製、ｒｅｆ．Ａ１２５０）を使用して行った。これについては、前記の工程ｂ）、２で得られた全ＲＮＡ ２５μｌに反応混合物２５μｌを、最終５０μｌにおいて：１Ｘ ＡＭＶ／Ｔｆｌ緩衝液、２．５ｍＭ ＭｇＳＯ４、２００μＭ ｄＮＴＰ類、５Ｕ Ｔｆｌ、５Ｕ ＡＭＶ、５Ｕ ＲＮアシン（Ｐｒｏｍｅｇａ社製、ｒｅｆ．Ｎ２１１１）、及びプライマーＸＩＡ２Ｆ及びＸＩＡ２Ｒ ２００ｐＭになるように加えた。
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ＸｉａｏらのＡｐｐｌｉｅｄ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， １９９９の報告から採用（ボルドー体：Ｔ７ポリメラーゼのＴ７プロモーター、これは転写に使用される）。
【０１９４】
ＲＴ工程については、前記混合物を４８℃で４５分間インキュベートした。ＰＣＲ工程については、インキュベーションを９４℃で５分間行い、次いで次の３工程：９４℃で４５秒間加熱する工程；５５℃で４５秒間加熱する工程；及び６８℃で１分間加熱する工程からなるサイクルを３０サイクル行った。次いで、最終的伸長を６８℃で７分間行った。
３． ポリオＳａｂｉｎ３型
ＲＴ−ＰＣＲを、ＡＣＣＥＳＳキット（Ｐｒｏｍｅｇａ社製、ｒｅｆ．Ａ１２５０）を使用して行った。
これについては、前記の工程ｂ）、２で得られた全ＲＮＡ ２５μｌに、反応混合物２５μｌを加えて、最終５０μｌにおいて：１Ｘ ＡＭＶ／Ｔｆｌ緩衝液、２ｍＭ ＭｇＳＯ４、３００μＭ ｄＮＴＰ類、５Ｕ Ｔｆｌ、５Ｕ ＡＭＶ、５Ｕ ＲＮアシン（Ｐｒｏｍｅｇａ社製、ｒｅｆ．Ｎ２１１１）、及び２００ｐＭ特異的プライマー類になるようにした。ＲＴ工程については、前記混合物を４８℃で４５分間インキュベートした。ＰＣＲ工程については、インキュベーションを９４℃で２分間行い、次いで次の３工程：９４℃で４５秒間加熱する工程；５５℃で３０秒間加熱する工程；及び６８℃で１分間加熱する工程からなるサイクルを４０サイクル行った。次いで、最終的伸長を６８℃で７分間行った。
【０１９５】
ｅ） 増幅の検証
実施例１、ｄ）に示した方法に従って行った。
【０１９６】
ｆ） バイオチップ上での分析
１． アンプリコンの転写及び標識
実施例１、ｅ）−１に示した方法に従って行った。
２． 標識した転写物の精製
転写物２０μｌを入れた管３本をプールし、精製をＲｎｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ社製、ｒｅｆ．７４１０４）を使用して、試験管内転写物の精製法に従って行った。転写物２０μｌが得られた。
【０１９７】
３． 標識及び精製転写物の断片化
実施例１、ｅ）−２に示した方法に従って行った。
３． チップ上でのハイブリダイゼーション
実施例１、ｅ）−３に示した方法に従って行った。
４． 結果の解釈
大腸菌及びクリプトスポリジウム・パルブム（Ｃ． ｐａｒｖｕｍ）のシグナル配列について塩基要求率は９０％よりも大きくなければならない。ポリオウイルス３については、配列多型性により、検出限界は８５％以上である。
【０１９８】
結果
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結論
対応する同定用配列を用いたハイブリダイゼーションにより３種類のパラメーターの同時検出が得られた。
【０１９９】
実施例７：エンテロウイルス（コクサッキーウイルスＡ９）及びＡ型肝炎ウイルスの同時検出
１ − 考慮した標的：
７ＴＣＩＤ５０／μＬのコクサッキーウイルス株Ａ９〔Ｑｉａｇｅｎ社から市販されているＱｉａｍｐウイルスＲＮＡキット（ｒｅｆ．５２９０４）を使用して、供給業者の指示に従って核酸を抽出〕
１７．５ＤＩＣＣ５０／μＬのＡ型肝炎ウイルスのワクチン株〔Ｑｉａｇｅｎ社から市販されているＱｉａｍｐウイルスＲＮＡキット（ｒｅｆ．５２９０４）を使用して、供給業者の指示に従って核酸を抽出〕
２ − 多重ＲＴ−ＰＣＲ
ＲＴ−ＰＣＲを、ＡＣＣＥＳＳキット（Ｐｒｏｍｅｇａ社製、ｒｅｆ．Ａ１２５０）を使用して行った。これについては、各ウイルス株１μＬと反応混合物４８μＬを次のように加えた。
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逆転写工程については、前記混合物を４８℃で４５分間インキュベートした。変性工程を９４℃で２分間行った後に、得られた相補的ＤＮＡ類を次の方法に従って増幅させた。［９４℃で１５秒間加熱、５５℃で３０秒間加熱、６８℃で４５秒間加熱］を４５サイクル行い、伸長工程を７分間行う。
【０２００】
３ − 増幅の検証
ＲＴ−ＰＣＲ生成物８μＬを、ＥＤＴＡ Ｔｒｉｓ ｂｏｒａｔｅに溶解した１．５％アガロースゲル上に装填した。１００Ｖで２０分間移動させた後に、ゲルをエチジウムブロミドで染色し、次いでＵＶ照射することにより増幅生成物を肉眼で観察した。約５００ｂｐのバンド（エンテロウイルス）と２４９ｂｐの別のバンド（ＨＡＶ）の肉眼観察により増幅が有効であることが明らかになった。
【０２０１】
バイオチップ上での分析
増幅生成物を国際特許出願公開ＷＯ９９／６５９２６号明細書に従って標識した。
【０２０２】
結果の解釈及び結論
各ウイルスに相当する配列の塩基要求率は、９５％よりも大きくなければならない。この限界値以下では、標的は同定されない。
【０２０３】
下記の結果が得られた。
【０２０４】
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結論
対応する同定用配列を用いたハイブリダイゼーションにより２種類のウイルス株の同時検出が得られた。
【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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