(57)【要約】ホスファチジルセリン（ＰＳ）レセプターが、開示される。ＰＳレセプターとしては、ヒト、マウス、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ　ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒおよびＣａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ　ｅｌｅｇａｎｓ由来のＰＳレセプターが挙げられる。このようなレセプターのホモログ、このようなレセプターおよびそのホモログをコードする核酸、ならびにこのようなレセプターに特異的に結合しかつそのレセプターの活性化状態に影響するアゴニスト化合物およびアンタゴニスト化合物もまた、開示される。本発明に従うＰＳレセプターの好ましいアゴニストおよびアンタゴニストとしては、このようなレセプターに選択的に結合する、抗体、抗体フラグメント、および結合パートナーが挙げられる。このＰＳレセプター、そのホモログ、およびこのようなレセプターのアゴニスト化合物およびアンタゴニスト化合物を生成する方法および使用する方法もまた、開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、該タンパク質は、以下：
ａ．アミノ酸配列から本質的になる、タンパク質であって、該アミノ酸配列は以下：
ｉ．配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｉｉ．配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｉｉｉ．配列番号７のおよそ２０６位とおよそ２４３位との間から配列番号７のおよそ３４９位までに及ぶ、アミノ酸配列；および
ｉｖ．配列番号９のおよそ２５７位とおよそ２９４位との間から配列番号９のおよそ４０８位までに及ぶ、アミノ酸配列、
からなる群より選択される、タンパク質；ならびに
ｂ．該（ａ）のタンパク質のホモログであって、該ホモログは、該（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる、ホモログ；
からなる群より選択され、
ここで、該単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する、タンパク質。
【請求項２】
請求項１に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、該タンパク質は、以下：
ａ．配列番号３のおよそ２８９位から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｂ．配列番号５のおよそ２８９位から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｃ．配列番号７のおよそ２４３位から配列番号７のおよそ３４９位までに及ぶ、アミノ酸配列；および
ｄ．配列番号９のおよそ２９４位から配列番号９のおよそ４０８位までに及ぶ、アミノ酸配列；
からなる群より選択されるアミノ酸配列から本質的になる、タンパク質。
【請求項３】
請求項１に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記ホモログは、前記（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約８０％同一である、タンパク質。
【請求項４】
請求項１に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記ホモログは、前記（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約９０％同一である、タンパク質。
【請求項５】
請求項１に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記（ａ）のタンパク質は、配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶアミノ酸配列から本質的になる、タンパク質。
【請求項６】
請求項１に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記（ａ）のタンパク質は、配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶアミノ酸配列から本質的になる、タンパク質。
【請求項７】
融合タンパク質であって、異種タンパク質配列と作動可能に連結された請求項１に記載のタンパク質を含む、タンパク質。
【請求項８】
請求項１に記載のタンパク質に選択的に結合する、単離された抗体。
【請求項９】
請求項８に記載の単離された抗体であって、該抗体はタンパク質に選択的に結合し、該タンパク質は、配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ配列番号３のフラグメントから本質的になる、抗体。
【請求項１０】
請求項８に記載の単離された抗体であって、該抗体はタンパク質に選択的に結合し、該タンパク質は、配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ配列番号５のフラグメントから本質的になる、抗体。
【請求項１１】
請求項１に記載のタンパク質に選択的に結合する、単離された抗原結合フラグメント。
【請求項１２】
請求項１１に記載の単離された抗原結合フラグメントであって、該抗原結合フラグメントはタンパク質に選択的に結合し、該タンパク質は、配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ配列番号３のフラグメントから本質的になる、フラグメント。
【請求項１３】
請求項１１に記載の単離された抗原結合フラグメントであって、該抗原結合フラグメントはタンパク質に選択的に結合し、該タンパク質は、配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ配列番号５のフラグメントから本質的になる、フラグメント。
【請求項１４】
請求項１に記載のタンパク質に選択的に結合する、結合パートナー。
【請求項１５】
請求項１４に記載の結合パートナーであって、該結合パートナーはタンパク質に選択的に結合し、該タンパク質は、配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ配列番号３のフラグメントから本質的になる、結合パートナー。
【請求項１６】
請求項１４に記載の結合パートナーであって、該結合パートナーはタンパク質に選択的に結合し、該タンパク質は、配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ配列番号５のフラグメントから本質的になる、結合パートナー。
【請求項１７】
単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質を少なくとも約１μｇ含む組成物であって、該タンパク質は、以下：
ａ．配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、タンパク質；
ｂ．該（ａ）のタンパク質のホモログであって、該ホモログはアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、少なくとも３１６アミノ酸残基の長さでありかつ該（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一である、ホモログ；
ｃ．該（ａ）のタンパク質のフラグメントであって、該フラグメントは、以下：
ｉ．配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｉｉ．配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｉｉｉ．配列番号７のおよそ２０６位とおよそ２４３位との間から配列番号７のおよそ３４９位までに及ぶ、アミノ酸配列；および
ｉｖ．配列番号９のおよそ２５７位とおよそ２９４位との間から配列番号９のおよそ４０８位までに及ぶ、アミノ酸配列；
からなる群より選択されるアミノ酸配列から本質的なる、フラグメント；ならびに
ｄ．該（ｃ）のタンパク質のホモログであって、該ホモログは、該（ｃ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列から本質的なる、ホモログ；
からなる群より選択され、
ここで、該単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する、組成物。
【請求項１８】
請求項１７に記載の組成物であって、前記タンパク質はアミノ酸配列から本質的になり、該アミノ酸配列は、配列番号３の少なくとも約３１６アミノ酸のフラグメント、および配列番号３の２５２位と２８９位との間から配列番号３の４１４位までに及ぶ配列番号３のフラグメントからなる群より選択され、該タンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する、組成物。
【請求項１９】
請求項１７に記載の組成物であって、前記（ｂ）のホモログは、配列番号３と少なくとも約８０％同一である、組成物。
【請求項２０】
請求項１７に記載の組成物であって、前記（ｂ）のホモログは、配列番号３と少なくとも約９０％同一である、組成物。
【請求項２１】
請求項１７に記載の組成物であって、前記（ｂ）のホモログは、配列番号３のうちの少なくとも約２５個連続するアミノ酸残基を含む、組成物。
【請求項２２】
請求項１７に記載の組成物であって、前記（ｂ）のホモログは、配列番号３のうちの少なくとも約１００個連続するアミノ酸残基を含む、組成物。
【請求項２３】
請求項１７に記載の組成物であって、前記タンパク質は配列番号３を含む、組成物。
【請求項２４】
単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、該タンパク質は、以下：
ａ．配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、タンパク質；ならびに
ｂ．（ａ）のタンパク質のホモログであって、該ホモログはアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、少なくとも３１６アミノ酸残基の長さでありかつ該（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であり、ここで該ホモログは配列番号３ではない、ホモログ；
からなる群より選択され、
ここで該単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する、タンパク質。
【請求項２５】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、該タンパク質は、配列番号５、および配列番号５のホモログからなる群より選択され、ここで該ホモログはアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、少なくとも３１６アミノ酸残基の長さでありかつ配列番号５と少なくとも約７０％同一である、タンパク質。
【請求項２６】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、該タンパク質はアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、配列番号５、および配列番号５の少なくとも３１６アミノ酸のフラグメントからなる群より選択される、タンパク質。
【請求項２７】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、該タンパク質はアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択される、タンパク質。
【請求項２８】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記（ａ）のタンパク質は配列番号５を含む、タンパク質。
【請求項２９】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記（ａ）のタンパク質は配列番号７を含む、タンパク質。
【請求項３０】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記（ａ）のタンパク質は配列番号９を含む、タンパク質。
【請求項３１】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記（ｂ）のホモログは、前記（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約８０％同一である、タンパク質。
【請求項３２】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記（ｂ）のホモログは、前記（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約９０％同一である、タンパク質。
【請求項３３】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記（ｂ）のホモログは、前記（ａ）のアミノ酸配列のうちの少なくとも約２５個連続するアミノ酸残基を含む、タンパク質。
【請求項３４】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記（ｂ）のホモログは、前記（ａ）のアミノ酸配列のうちの少なくとも約１００個連続するアミノ酸残基を含む、タンパク質。
【請求項３５】
請求項２４に記載の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、前記レセプタータンパク質は、可溶性ホスファチジルセリンレセプターである、タンパク質。
【請求項３６】
融合タンパク質であって、異種タンパク質配列と作動可能に連結された請求項２４に記載のタンパク質を含む、タンパク質。
【請求項３７】
請求項２４に記載のタンパク質に選択的に結合する、単離された抗体。
【請求項３８】
請求項３７に記載の単離された抗体であって、該抗体は、アミノ酸配列を含むタンパク質に選択的に結合し、該アミノ酸配列は、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択される、抗体。
【請求項３９】
請求項２４に記載のタンパク質に選択的に結合する、単離された抗原結合フラグメント。
【請求項４０】
請求項３９に記載の単離された抗原結合フラグメントであって、該抗原結合フラグメントは、アミノ酸配列を含むタンパク質に選択的に結合し、該アミノ酸配列は、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択される、フラグメント。
【請求項４１】
請求項２４に記載のタンパク質に選択的に結合する、結合パートナー。
【請求項４２】
請求項４１に記載の結合パートナーであって、該結合パートナーは、アミノ酸配列を含むタンパク質に選択的に結合し、該アミノ酸配列は、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択される、結合パートナー。
【請求項４３】
単離されたホスファチジルセリンレセプターホモログであって、該ホモログはアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、
ａ．少なくとも３１６アミノ酸残基の長さであり；
ｂ．配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であり；そして
ｃ．該（ａ）のアミノ酸配列と１００％未満同一であり；
ここで該ホモログは、配列番号３ではなく；
ここで、該単離されたホスファチジルセリンレセプターホモログは、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する、ホモログ。
【請求項４４】
請求項４３の単離されたホスファチジルセリンレセプターホモログであって、該ホモログのアミノ酸配列は、前記（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも１つの改変によって異なり、該改変は、アミノ酸欠失、アミノ酸挿入、およびアミノ酸置換からなる群より選択される、ホモログ。
【請求項４５】
請求項４３の単離されたホスファチジルセリンレセプターホモログであって、該ホモログは、前記（ａ）のアミノ酸配列と約９５％未満と同一である、ホモログ。
【請求項４６】
請求項４３の単離されたホスファチジルセリンレセプターホモログであって、該ホモログは、アミノ酸配列と少なくとも約８０％同一であり、該アミノ酸配列は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択される、ホモログ。
【請求項４７】
請求項４３の単離されたホスファチジルセリンレセプターホモログであって、該ホモログは、アミノ酸配列と少なくとも約９０％同一であり、該アミノ酸配列は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択される、ホモログ。
【請求項４８】
単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子であって、以下：
ａ．アミノ酸配列をコードするヌクレオチドから本質的になる核酸配列であって、該アミノ酸配列は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択される、核酸配列；
ｂ．該（ａ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、該ホモログはアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、３１６アミノ酸残基と４１４アミノ酸残基との間の長さであり、かつ該（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一である、核酸配列；
ｃ．該（ａ）のアミノ酸配列のフラグメントから本質的になるタンパク質をコードする核酸配列であって、該フラグメントは、以下：
ｉ．配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ、フラグメント；
ｉｉ．配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ、フラグメント；
ｉｉｉ．配列番号７のおよそ２０６位とおよそ２４３位との間から配列番号７のおよそ３４９位までに及ぶ、フラグメント；および
ｉｖ．配列番号９のおよそ２５７位とおよそ２９４位との間から配列番号９のおよそ４０８位までに及ぶ、フラグメント；
からなる群より選択される、核酸配列；
ｄ．該（ｃ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、該ホモログは、該（ｃ）のアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる、核酸配列；ならびに
ｅ．該（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）の核酸配列と完全に相補的である、核酸配列、
からなる群より選択される、分子。
【請求項４９】
請求項４８に記載の単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子であって、前記核酸配列は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、および配列番号８からなる群より選択される、分子。
【請求項５０】
請求項４８に記載の単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子であって、前記核酸配列は配列番号２である、分子。
【請求項５１】
請求項４８に記載の単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子であって、前記核酸配列は、配列番号２のヌクレオチド７５６とヌクレオチド８６７との間から配列番号２のヌクレオチド１２４２までから本質的になる、分子。
【請求項５２】
組換え核酸分子であって、請求項４８に記載の単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子、および該単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子に対して異種である核酸配列からなる、分子。
【請求項５３】
請求項５２に記載の組換え核酸分子であって、前記異種核酸配列は発現ベクターである、分子。
【請求項５４】
請求項５２に記載の組換え核酸分子を発現する、組換え細胞。
【請求項５５】
単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子であって、以下：
ａ．アミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸配列であって、該アミノ酸配列は、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択される、核酸配列；
ｂ．該（ａ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、該ホモログはアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、少なくとも３１６アミノ酸残基の長さであり、かつ該（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であり、該ホモログは配列番号３ではない、核酸配列；
ｃ．該（ａ）のアミノ酸配列のフラグメントから本質的になるタンパク質をコードする核酸配列であって、該フラグメントは、以下：
ｉ．配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ、フラグメント；
ｉｉ．配列番号７のおよそ２０６位とおよそ２４３位との間から配列番号７のおよそ３４９位までに及ぶ、フラグメント；および
ｉｉｉ．配列番号９のおよそ２５７位とおよそ２９４位との間から配列番号９のおよそ４０８位までに及ぶ、フラグメント；
からなる群より選択される、核酸配列；
ｄ．該（ｃ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、該ホモログは、該（ｃ）のアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる、核酸配列；ならびに
ｅ．該（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）の核酸配列と完全に相補的である、核酸配列、
からなる群より選択される、分子。
【請求項５６】
請求項５５に記載の単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子であって、前記核酸配列は、配列番号４、配列番号６、および配列番号８からなる群より選択される、分子。
【請求項５７】
請求項５５に記載の単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子であって、前記核酸分子は配列番号４を含む、分子。
【請求項５８】
請求項５５に記載の単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子であって、前記核酸配列は、配列番号４のヌクレオチド７５６とヌクレオチド８６７との間から配列番号４のヌクレオチド１２０９までから本質的になる、分子。
【請求項５９】
組換え核酸分子であって、請求項５５に記載の単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子、および該単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子に対して異種である核酸配列を含む、分子。
【請求項６０】
請求項５９に記載の組換え核酸分子であって、前記異種核酸配列が発現ベクターである、分子。
【請求項６１】
請求項５９に記載の組換え核酸分子を発現する、組換え細胞。
【請求項６２】
ホスファチジルセリンレセプターの調節因子を同定するための方法であって、以下：
ａ．ホスファチジルセリンレセプタータンパク質を推定調節化合物と接触させる工程であって、該ホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、以下：
ｉ．配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、タンパク質；
ｉｉ．（ａ）のタンパク質のホモログであって、該ホモログはアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、少なくとも３１６アミノ酸残基の長さでありかつ該（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一である、ホモログ；
ｉｉｉ．該（ａ）のアミノ酸配列のフラグメントから本質的になるタンパク質であって、該フラグメントは、以下：
（１）配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ、フラグメント；
（２）配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ、フラグメント；
（３）配列番号７のおよそ２０６位とおよそ２４３位との間から配列番号７のおよそ３４９位までに及ぶ、フラグメント；および
（４）配列番号９のおよそ２５７位とおよそ２９４位との間から配列番号９のおよそ４０８位までに及ぶ、フラグメント；
からなる群より選択される、タンパク質；ならびに
ｉｖ．該（ｉｉｉ）のタンパク質のホモログであって、該ホモログは、該（ｉｉｉ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含む、ホモログ；
からなる群より選択され、該ホスファチジルセリンレセプタータンパク質はホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する、工程；
ｂ．該推定調節化合物が該レセプターに結合するか否かを検出する工程；ならびに
ｃ．該推定調節化合物が、該化合物との接触前と比較して、該レセプターの活性を増加させるかまたは減少させるか否かを検出する工程、
を包含し、ここで、該レセプターに結合する化合物であって、かつ該化合物の非存在下のレセプターと比較して該レセプターの活性を増加または減少させる、化合物は、該推定調節化合物は該ホスファチジルセリンレセプターの調節因子であることを示す、方法。
【請求項６３】
請求項６２に記載の方法であって、前記推定調節化合物が前記レセプターの活性化を増加させるまたは減少させるか否かを検出する工程は、　該レセプターを、該レセプターの刺激因子と接触させること、および
該レセプターの活性化が、該推定調節化合物の非存在下と比較して該推定調節化合物の存在下で増加または減少されるか否かを検出すること、
を包含する、方法。
【請求項６４】
請求項６２に記載の方法であって、該方法はさらに、
前記推定調節化合物が、前記レセプターを発現する細胞の生物学的活性を調節するか否かを検出する工程を包含し、
該生物学的活性は、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）生成、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）生成、腫瘍壊死因子α生成、ケモカイン生成、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）生成、インターロイキン−１（ＩＬ−１）生成、該レセプターのリン酸化、およびアポトーシス細胞の貪食作用からなる群より選択される、方法。
【請求項６５】
ホスファチジルセリンレセプターの活性を刺激するかまたは増加させるための方法であって、
ホスファチジルセリンレセプターを、該ホスファチジルセリンレセプターのアゴニストと接触させる工程、
を包含し、該アゴニストは、該ホスファチジルセリンレセプターの活性を増加させ、そして該レセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項６６】
請求項６５に記載の方法であって、前記アゴニストは、以下：
前記ホスファチジルセリンレセプターに選択的に結合しかつ該レセプターを活性化させる、抗体；
該ホスファチジルセリンレセプターに選択的に結合しかつ該レセプターを活性化させる、抗原結合フラグメント；
該ホスファチジルセリンレセプターに選択的に結合しかつ該レセプターを活性化させる、結合パートナー；
ホスファチジルセリン；および
薬物設計生成物であって、該生成物の非存在下と比較して、該レセプターの活性を増加させる、生成物、
からなる群より選択される、方法。
【請求項６７】
請求項６５に記載の方法であって、前記アゴニストは、前記レセプターに選択的に結合しかつ該レセプターを活性化させる、抗体である、方法。
【請求項６８】
請求項６５に記載の方法であって、前記アゴニストは、被験体中の細胞による因子の産生を増加させ、該因子は、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）およびプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）から群より選択される、方法。
【請求項６９】
請求項６５に記載の方法であって、前記アゴニストは、被験体中の細胞による因子の産生を減少させ、該因子は、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、ケモカイン、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、およびインターロイキン−１（ＩＬ−１）から群より選択される、方法。
【請求項７０】
請求項６５に記載の方法であって、前記ホスファチジルセリンレセプターは細胞により発現され、該細胞は、マクロファージ、線維芽細胞、樹状細胞、腫瘍細胞、上皮細胞および内皮細胞からなる群より選択される、方法。
【請求項７１】
請求項６５に記載の方法であって、前記アゴニストは、患者における炎症を減少させる、方法。
【請求項７２】
被験体中の細胞による炎症性サイトカインの産生を減少させるための方法であって、
ホスファチジルセリンレセプターを発現する該細胞を、ホスファチジルセリンレセプターのアゴニストと接触させる工程を包含し、
該アゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を増加させ、そして該レセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項７３】
移植された細胞または移植片の生存を促進するための方法であって、
ホスファチジルセリンレセプターのアゴニストを、移植レシピエントに投与する工程を包含し、
該アゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を増加させ、そして該レセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項７４】
自己免疫疾患を処置するための方法であって、
ホスファチジルセリンレセプターのアゴニストを、自己免疫疾患を有する被験体に投与する工程を包含し、
該アゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を増加させ、そして該レセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項７５】
ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させるための方法であって、
ホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストを、該ホスファチジルセリンレセプターと接触させる工程を包含し、
該アンタゴニストは、該ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そして該レセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項７６】
請求項７５に記載の方法であって、前記アンタゴニストは、以下：
前記レセプターの活性を減少させる、抗体；
該レセプターの活性を減少させる、抗原結合フラグメント；
該レセプターの活性を減少させる、結合パートナー；
該レセプターの生物学的活性を減少させる、薬物設計生成物；
該レセプターをコードする核酸分子に結合する、アンチセンス核酸分子；
ＰＳレセプターＲＮＡに特異的な、リボザイム；および
可溶性ホスファチジルセリンレセプター、
からなる群より選択される、方法。
【請求項７７】
請求項７５に記載の方法であって、前記アンタゴニストは抗体であり、該抗体は、前記レセプターに選択的に結合しかつ該レセプターの活性を減少させる、方法。
【請求項７８】
請求項７５に記載の方法であって、前記アンタゴニストは可溶性ホスファチジルセリンレセプターであり、該レセプターはアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、以下：
ａ．配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｂ．配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｃ．配列番号７のおよそ２０６位とおよそ２４３位との間から配列番号７のおよそ３４９位までに及ぶ、アミノ酸配列；および
ｄ．配列番号９のおよそ２５７位とおよそ２９４位との間から配列番号９のおよそ４０８位までに及ぶ、アミノ酸配列；ならびに
ｅ．該（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）のアミノ酸配列のホモログであるアミノ酸配列であって、該アミノ酸配列のホモログは、該（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる、アミノ酸配列；
からなる群より選択され、
該ホモログは、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する、方法。
【請求項７９】
バイスタンダー（ｂｙｓｔａｎｄｅｒ）腫瘍細胞、マクロファージまたは樹状細胞の表面上に発現されるホスファチジルセリンレセプターとアポトーシス性腫瘍細胞の結合を減少させるための方法であって、
患者の腫瘍細胞を、ホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと接触させる工程、
を包含し、該アンタゴニストは、該ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そして該ホスファチジルセリンレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項８０】
寄生生物による宿主細胞の感染を阻害するための方法であって、
ホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと該宿主細胞とを接触させる工程、
を包含し、該アンタゴニストは、該ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そして該ホスファチジルセリンレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項８１】
請求項８０に記載の方法であって、前記寄生生物は、トリパノソーマ属およびリーシュマニア属からなる群より選択される、方法。
【請求項８２】
宿主細胞のウイルス感染を阻害するための方法であって、
前記宿主細胞を、ホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと接触させる工程、
を包含し、該アンタゴニストは、該ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そして該ホスファチジルセリンレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、方法。
【請求項８３】
請求項８２に記載の方法であって、前記ウイルス感染はヘルペスウイルスによる、方法。
【請求項８４】
請求項８２に記載の方法であって、前記ウイルス感染はサイトメガロウイルスによる、方法。
【請求項８５】
単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質であって、配列番号１０の非Ｘａａ残基のうちの少なくとも５０％と１００％の同一性で整列するアミノ酸配列を含み、該タンパク質は、配列番号３でも、配列番号５でも、配列番号７でも、配列番号９でもない、タンパク質。
【請求項８６】
単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質を含む組成物であって、該タンパク質は、以下：
ａ．配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、タンパク質；
ｂ．該（ａ）のタンパク質のホモログであって、該ホモログはアミノ酸配列を含み、該アミノ酸配列は、少なくとも３１６アミノ酸残基の長さでありかつ該（ａ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一である、ホモログ；
ｃ．該（ａ）のタンパク質のフラグメントであって、該フラグメントはアミノ酸配列から本質的になり、該アミノ酸配列は、以下：
ｉ．配列番号３のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号３のおよそ４１４位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｉｉ．配列番号５のおよそ２５２位とおよそ２８９位との間から配列番号５のおよそ４０３位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｉｉｉ．配列番号７のおよそ２０６位とおよそ２４３位との間から配列番号７のおよそ３４９位までに及ぶ、アミノ酸配列；
ｉｖ．配列番号９のおよそ２５７位とおよそ２９４位との間から配列番号９のおよそ４０８位までに及ぶ、アミノ酸配列；
からなる群より選択される、フラグメント；ならびに
ｄ．該（ｃ）のタンパク質のホモログであって、該ホモログは、該（ｃ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる、ホモログ；
からなる群より選択され、
該単離され、実質的に精製されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有し；そして
該組成物中の総タンパク質のうちの少なくとも約８０％重量／重量は該単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質である、組成物。
【請求項８７】
請求項８６に記載の組成物であって、前記ホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、組成物。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、一般に、新規のホスファチジルセリン（ＰＳ）レセプター、そのホモログ、このようなレセプターおよびそのホモログをコードする核酸、このようなレセプターの活性化状態に特異的に関連および影響するアゴニストおよびアンタゴニスト化合物（抗体、抗体フラグメントおよびこのようなレセプターに選択的に結合する結合パートナーを含む）、そして、このようなレセプター、そのホモログ、ならびにこのようなレセプターのアゴニストおよびアンタゴニスト化合物を作製および使用する方法に関する。
【０００２】
（発明の背景）
インビボでのアポトーシスの極致は、細胞死骸の食作用である。多数の細胞が、アポトーシス体を認識および除去することが報告されており、マクロファージが、最も顕著である。アポトーシス細胞は、マクロファージによる認識および除去を可能にする細胞表面変化を表す。除去は、溶解の前に発生し、この溶解は、潜在的に毒性および免疫原性の細胞内含有物を、アポトーシス細胞から周囲の組織への放出を可能にする。従って、アポトーシスが進行中である胸腺のような組織において、正常な構造および機能が維持され、そして炎症が避けられる。アポトーシス細胞の除去はまた、炎症の回復において重要であるようである。炎症部位におけるアポトーシス細胞の食作用は、実験的および臨床的な疾患状態において、インビボで実証され、そして、アポトーシスの障害は、肺、腎臓および他の器官における慢性的な炎症状態の持続に寄与することが示唆されてきた（Ｇｒｉｇｇら、Ｌａｎｃｅｔ．３３８：７２０−７２２，１９９１；Ｃｏｘら、Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｅｌｌ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１２：２３２−２３７，１９９５；Ｈａｓｌｅｔｔら、Ｐｈｉｌ．Ｔｒａｎｓ．Ｒ．Ｓｏｃ．Ｌｏｎｄ．Ｂ．３４５：３２７−３３３，１９９４）。
【０００３】
アポトーシスの間、原形質膜リン脂質の非対称が失われ、ホスファチジルセリン（ＰＳ）を外部に曝露する（Ｆａｄｏｋら、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １４８：２２０７−２２１６（１９９２）；Ｍａｒｔｉｎら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １８２：１５４５−１５５６（１９９５）：Ｖｅｒｈｏｖｅｎら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ  １８２：１５９７−１６０１（１９９５）；ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｅｉｊｎｄｅら、Ａｐｏｐｔｏｓｉｓ  ３：９−１６（１９９８））。アポトーシス細胞の食作用は、他の陰イオン性リン脂質によってではなく、ＰＳおよびその構造アナログによって立体特異的に阻害され得、ＰＳが特異的に認識されることを示唆する（Ｆａｄｏｋら、同書；Ｆａｄｏｋら、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １４９：４０２９−４０３５（１９９２）；Ｆａｄｏｋら、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５１：４２７４−４２８５（１９９３）；Ｆａｄｏｋら、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６１：６２５０−６２５７（１９９８）；Ｐｒａｄｈａｎら、Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  Ｃｅｌｌ  ８：７６７−７７８（１９９７）；Ｂｅｎｎｅｔｔら、Ｃｉｒｃ  Ｒｅｓ  ７７：１１３６−１１４２（１９９５）；Ｓｈｉｒａｔｓｕｃｈｉら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７２：２３５４−２３５８（１９９７））。しかし、本発明の前に、ＰＳ認識を担う分子は、明確に同定されていない。
【０００４】
ＣＤ３６、ＣＤ６８、ＣＤ１４、およびＬＯＸ−１を含む、アポトーシス細胞上のＰＳの認識についてのいくつかの潜在的な候補が示されている（Ｓａｖｉｌｌら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｉｎｖｅｓｔ  ９０：１５１３−１５２２（１９９２）；Ｓａｍｂｒａｎｏら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９２：１３９６−１４００（１９９５）；Ｄｅｖｉｔｔら、Ｎａｔｕｒｅ  ３９２：５０５−５０９（１９９８）；Ｏｋａら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９５：９５３５−９５４０（１９９８））。さらに、β２ＧＰ１は、アポトーシス細胞上のＰＳを、マクロファージ上のレセプターにもたらすことによって、取り込みを強化し得る（Ｂａｌａｓｕｂｒａｍａｎｉａｎら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７２：３１１１３−３１１１７（１９９７））。しかし、いくつかの観察は、これらのスカベンジャー／パターン認識分子以外のレセプターが存在しなければならないことを示唆する。これらの分子は、ＰＳとホスファチジルイノシトール（ＰＩ）を含む他の陰イオン性リン脂質との間を区別しないようであるが（Ｏｋａら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ９５：９５３５−９５４０（１９９８）；Ｒｉｇｏｔｔｉら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７０：１６２２１−１６２２４（１９９５）；Ｗａｎｇら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７３：２４３０９−２４３１３（１９９８）；Ｒｙｅｏｍら、Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｓｃｉ  １０９：３８７−３９５（１９９６）；Ｓｈｉｒａｔｓｕｃｈｉら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２７４：５９０１−５９０８（１９９９））、ＰＳ認識マクロファージによるアポトーシス細胞の取り込みは、ホスファチジルイノシトール（ＰＩ）または他の陰イオン性リン脂質によってブロックされなかった（Ｆａｄｏｋら、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １４８：２２０７−２２１６（１９９２）；Ｆａｄｏｋら、Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６１：６２５０−６２５７（１９９８））。
【０００５】
アポトーシス細胞の除去は、正常な組織構造および機能に対して重要である。さらに、食菌される場合のアポトーシス細胞の重要な機能の１つは、マクロファージの炎症誘発性機能を積極的に抑制することである。炎症応答の性質および期間は、炎症誘発性取り込み機構と抗炎症性取り込み機構との間の競合によって、大部分決定される。マクロファージによるアポトーシス細胞に対する取り込みまたは応答のいずれかにおける障害は、慢性的な炎症に寄与し得る。さらに、理論によって制限されることなく、いくつかの病原性微生物およびウイルスが、宿主細胞への侵入を得るためのホスファチジルセリン認識経路を使用し得ると本発明者らは考える。また理論によって制限されることなく、ホスファチジルセリン認識は、腫瘍細胞が、免疫応答を避ける能力において役割を果たし得る。従って、ホスファチジルセリン認識によって媒介される細胞相互作用を制御する能力は、多数の治療上の利益を有する。従って、当該分野で、このホスファチジルセリンレセプターを同定および特徴付ける必要性が存在する。
【０００６】
（発明の要旨）
本発明は、一般に、単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質、核酸分子、そのホモログ、このようなレセプターの活性化状態に特異的に関連および影響するアゴニストおよびアンタゴニスト化合物、そして、このようなレセプター、そのホモログ、ならびにこのようなレセプターのアゴニストおよびアンタゴニスト化合物を作製および使用する方法に関する。
【０００７】
本発明の１つの実施形態は、以下の群から選択される単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質に関する：（ａ）以下からなる群から選択されるアミノ酸から本質的になるタンパク質：（ｉ）配列番号３の約２５２位と２８９位との間から配列番号３の約４１４位にわたるアミノ酸配列；（ｉｉ）配列番号５の約２５２位と２８９位との間から配列番号５の約４０３位にわたるアミノ酸配列；（ｉｉｉ）配列番号７の約２０６位と２４３位との間から配列番号７の約３４９位にわたるアミノ酸配列；（ｉｖ）配列番号９の約２５７位と２９４位との間から配列番号９の約４０８位にわたるアミノ酸配列；ならびに（ｂ）（ａ）のタンパク質のホモログであって、ここで、このホモログは、（ａ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一、より好ましくは、少なくとも約８０％同一、およびより好ましくは少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる。単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的な活性を有する。好ましくは、このようなタンパク質は、以下の群から選択される単離されたアミノ酸配列から本質的になる：（ａ）配列番号３の約２８９位から配列番号３の４１４位の間にわたるアミノ酸配列；（ｂ）配列番号５の約２８９位から配列番号５の４０３位の間にわたるアミノ酸配列；（ｃ）配列番号７の約２４３位から配列番号７の３４９位の間にわたるアミノ酸配列；および（ｄ）配列番号９の約２９４位から配列番号９の４０８位の間にわたるアミノ酸配列。この実施形態における特に好ましいホスファチジルセリンレセプタータンパク質としては、配列番号３の約２５２位と２８９位との間から配列番号３の約４１４位にわたるアミノ酸配列から本質的になるタンパク質；ならびに配列番号５の約２５２位と２８９位との間から配列番号５の約４０３位にわたるアミノ酸配列から本質的になるタンパク質が挙げられる。
【０００８】
本発明の別の実施形態は、以下からなる群から選択される単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質に関する：（ａ）配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質；ならびに（ｂ）（ａ）のタンパク質のホモログであって、ここで、このホモログは、少なくとも３１６アミノ酸残基長であり、かつ（ａ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一、より好ましくは、少なくとも約８０％同一、およびより好ましくは少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を含み、ここで、このホモログは、配列番号３ではない。単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的な活性を有する。好ましい実施形態において、このタンパク質は、以下からなる群から選択される単離される：配列番号５および配列番号５のホモログであって、ここで、このホモログは、少なくとも３１６アミノ酸残基長であり、そして配列番号５に少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含む。特に好ましい実施形態において、このタンパク質は、配列番号５および配列番号５の少なくとも約３１６アミノ酸のフラグメントからなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。１つの局面において、このタンパク質は、配列番号５、配列番号７、または配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。１つの実施形態において、このホモログは、（ａ）のアミノ酸配列の少なくとも約２５個連続したアミノ酸残基、そしてより好ましくは、少なくとも約１００個連続するアミノ酸残基を含む。特に好ましい実施形態において、このレセプタータンパク質は、可溶性ホスファチジルセリンレセプターである。
【０００９】
本発明の別の実施形態は、単離されたホスファチジルセリンレセプターホモログに関し、ここで、このホモログは、以下であるアミノ酸配列を含む：（ａ）少なくとも３１６アミノ酸長である；（ｂ）配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも約７０％同一である；そして、（ｃ）（ａ）のアミノ酸配列に１００％未満同一である。この実施形態において、このホモログは、配列番号３ではなく、そして、このホモログは、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的な活性を有する。好ましくは、このホモログのアミノ酸配列は、アミノ酸欠失、アミノ酸挿入、およびアミノ酸置換からなる群から選択される少なくとも１つの改変によって、（ａ）のアミノ酸配列と異なる。本発明の別の局面において、このホモログは、（ａ）のアミノ酸配列に約９５％未満同一である。この実施形態の別の局面において、ホモログは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列に、少なくとも約８０％同一、およびより好ましくは、少なくとも約９０％同一である。
【００１０】
本発明のなお別の実施形態は、配列番号１０の非Ｘａａ残基の少なくとも５０％で、１００％の同一性を有して整列するアミノ酸配列を含む単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質に関し、ここで、このタンパク質は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、または配列番号９ではない。
【００１１】
異種タンパク質配列に作動可能に連結されている上記のホスファチジルセリンレセプタータンパク質（そのホモログを含む）のいずれかを含む融合タンパク質もまた、本発明に含まれる。
【００１２】
本発明の別の実施形態は、単離された抗体、このような抗体の抗原結合フラグメント、または結合パートナー（これらは、上記ホスファチジルセリンレセプタータンパク質（そのホモログを含む）のいずれかに選択的に結合する）に関する。好ましい実施形態において、抗体、抗原結合フラグメント、または結合パートナーは、配列番号３の約２５２位と２８９位との間から配列番号３の約４１４位にわたる配列番号３のフラグメントから本質的になるタンパク質に選択的に結合する。別の好ましい実施形態において、抗体、抗原結合フラグメント、または結合パートナーは、配列番号５の約２５２位と２８９位との間から配列番号５の約４０３位にわたる配列番号５のフラグメントから本質的になるタンパク質に選択的に結合する。
【００１３】
本発明のなお別の実施形態は、少なくとも約１μｇの本発明の単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質を含む組成物に関する。このタンパク質は、以下からなる群から選択される：（ａ）配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質；（ｂ）（ａ）のタンパク質のホモログであって、ここで、このホモログは、少なくとも３１６アミノ酸残基長であって、かつ（ａ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一、より好ましくは、少なくとも約８０％同一、およびより好ましくは少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を含む；（ｃ）以下からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる（ａ）のタンパク質のフラグメント：（ｉ）配列番号３の約２５２位と２８９位との間から配列番号３の約４１４位にわたるアミノ酸配列；（ｉｉ）配列番号５の約２５２位と２８９位との間から配列番号５の約４０３位にわたるアミノ酸配列；（ｉｉｉ）配列番号７の約２０６位と２４３位との間から配列番号７の約３４９位にわたるアミノ酸配列；（ｉｖ）配列番号９の約２５７位と２９４位との間から配列番号９の約４０８位にわたるアミノ酸配列；ならびに（ｄ）（ｃ）のタンパク質のホモログであって、ここで、このホモログは、（ｃ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一、およびより好ましくは、少なくとも約８０％同一、およびより好ましくは少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる。単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的な活性を有する。この実施形態の好ましい局面において、このタンパク質は、以下からなる群から選択されるアミノ酸から本質的になる：配列番号３の少なくとも約３１６アミノ酸のフラグメント、および配列番号３の２５２位と２８９位との間から配列番号３の４１４位にわたる配列番号３のフラグメントであって、ここで、このタンパク質は、ホスファチジルセリンの生物学的活性を有する。１つの局面において、（ｂ）のホモログは、配列番号３の少なくとも約２５個連続したアミノ酸残基を含む。別の局面において、（ｂ）のホモログは、配列番号３の少なくとも約１００個連続したアミノ酸残基を含む。好ましい実施形態において、このタンパク質は、配列番号３を含む。
【００１４】
本発明のなお別の実施形態は、以下からなる群から選択される単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質を含む組成物に関する：（ａ）配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質；（ｂ）（ａ）のタンパク質のホモログであって、ここで、このホモログは、少なくとも３１６アミノ酸残基長であって、かつ（ａ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含む；（ｃ）以下からなる群から選択されるアミノ酸配列から本質的になる（ａ）のタンパク質のフラグメント：（ｉ）配列番号３の約２５２位と２８９位との間から配列番号３の約４１４位にわたるアミノ酸配列；（ｉｉ）配列番号５の約２５２位と２８９位との間から配列番号５の約４０３位にわたるアミノ酸配列；（ｉｉｉ）配列番号７の約２０６位と２４３位との間から配列番号７の約３４９位にわたるアミノ酸配列；（ｉｖ）配列番号９の約２５７位と２９４位との間から配列番号９の約４０８位にわたるアミノ酸配列；ならびに（ｄ）（ｃ）のタンパク質のホモログであって、ここで、このホモログは、（ｃ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる。単離された実質的に精製されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的な活性を有する。この組成物において、組成物中の総タンパク質の少なくとも約８０％重量／重量が、単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質である。好ましくは、ホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１５】
本発明の別の実施形態は、以下からなる群から選択される単離されたｃＤＮＡまたはＲＮＡ分子に関する：（ａ）配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチドから本質的になる核酸配列；（ｂ）（ａ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、ここで、このホモログは、３１６アミノ酸残基長と４１４アミノ酸残基長の間であり、かつ（ａ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含む；（ｃ）以下からなる群から選択される（ａ）のアミノ酸配列のフラグメントから本質的になるタンパク質をコードする核酸配列：（ｉ）配列番号３の約２５２位と２８９位との間から配列番号３の約４１４位にわたるフラグメント；（ｉｉ）配列番号５の約２５２位と２８９位との間から配列番号５の約４０３位にわたるフラグメント；（ｉｉｉ）配列番号７の約２０６位と２４３位との間から配列番号７の約３４９位にわたるフラグメント；（ｉｖ）配列番号９の約２５７位と２９４位との間から配列番号９の約４０８位にわたるフラグメント；（ｄ）（ｃ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、ここで、このホモログは、（ｃ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる；ならびに（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）の核酸配列に十分に相補的である核酸配列。この実施形態において、核酸配列は、好ましくは、配列番号２、配列番号４、配列番号６および配列番号８からなる群から選択される。特に好ましい実施形態において、この核酸配列は、配列番号２である。別の局面において、核酸配列は、配列番号２のヌクレオチド７５６とヌクレオチド８６７との間から配列番号２のヌクレオチド１２４２から本質的になる。
【００１６】
本発明のなお別の実施形態は、以下の群から選択される単離されたｃＤＮＡまたはＲＮＡ分子に関する：（ａ）配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸配列；（ｂ）（ａ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、ここで、このホモログは、少なくとも３１６アミノ酸残基長であり、そして（ａ）のアミノ酸配列に少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含み、ここで、このホモログは、配列番号３ではない；（ｃ）以下からなる群から選択される（ａ）のアミノ酸配列のフラグメントから本質的になるタンパク質をコードする核酸配列：（ｉ）配列番号５の約２５２位と２８９位との間から配列番号５の約４０３位にわたるフラグメント；（ｉｉ）配列番号７の約２０６位と２４３位との間から配列番号７の３４９位にわたるフラグメント；および（ｉｉｉ）配列番号９の約２５７位と２９４位との間から配列番号９の４０８位にわたるフラグメント；（ｄ）（ｃ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、ここで、このホモログは、（ｃ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列から本質的になる；ならびに（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）の核酸配列に十分に相補的である核酸配列。１つの局面において、核酸配列は、配列番号４、配列番号６および配列番号８からなる群から選択される。特に好ましい実施形態において、核酸配列は、配列番号４を含む。別の実施形態において、核酸配列は、配列番号４のヌクレオチド７５６とヌクレオチド８６７との間から配列番号４のヌクレオチド１２０９から本質的になる。
【００１７】
上記の単離されたｃＤＮＡまたはＲＮＡ分子のいずれか、およびこの単離されたｃＤＮＡまたはＲＮＡ分子に対して異種である核酸配列からなる組換え核酸分子もまた、本発明に含まれる。１つの局面において、異種核酸配列は、発現ベクターである。本発明の別の実施形態は、本明細書中に記載の組換え核酸分子のいずれかを発現する組換え細胞に関する。
【００１８】
本発明のなお別の実施形態は、ホスファチジルセリンレセプターの調節因子を同定する方法に関する。このような方法は、以下の第１の工程を包含する：（ａ）ホスファチジルセリンレセプタータンパク質と推定調節化合物とを接触させる工程であって、ここで、ホスファチジルセリンレセプタータンパク質が、以下からなる群から選択される：（ｉ）配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質；（ｉｉ）（ａ）のタンパク質のホモログであって、ここで、このホモログは、少なくとも３１６アミノ酸残基長であり、そして（ａ）のアミノ酸配列に、少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含む；（ｉｉｉ）以下からなる群から選択される（ａ）のアミノ酸配列のフラグメントから本質的になるタンパク質：（１）配列番号３の約２５２位と２８９位との間から配列番号３の約４１４位にわたるフラグメント；（２）配列番号５の約２５２位と２８９位との間から配列番号５の約４０３位にわたるフラグメント；（３）配列番号７の約２０６位と２４３位との間から配列番号７の約３４９位にわたるフラグメント；および（４）配列番号９の約２５７位と２９４位との間から配列番号９の４０８位にわたるフラグメント；ならびに（ｉｖ）（ｉｉｉ）のタンパク質のホモログであって、ここで、このホモログは、（ｉｉｉ）のアミノ酸配列に少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含む。このホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する。このような方法は、以下の工程をさらに包含する：（ｂ）推定調節化合物がレセプターに結合するか否かを検出する工程；および（ｃ）推定調節化合物が、化合物との接触の前と比較して、レセプターの活性を増加するかまたは減少するかを検出する工程。レセプターに結合し、そして化合物の非存在下におけるレセプターと比較して、レセプターの活性を増加または減少する化合物は、推定調節化合物が、ホスファチジルレセプターの調節因子であることを示す。
【００１９】
この実施形態において、推定調節化合物が、レセプターの活性化を増加するかまたは減少するかを決定する工程としては、このレセプターとレセプターの刺激因子とを接触させる工程、および推定調節化合物の非存在下と比較して、推定調節化合物の存在下で、レセプターの活性化が、増加するかまたは減少するかを決定する工程が挙げられ得るが、これらに限定されない。１つの局面において、本方法は、推定調節化合物が、レセプターを発現する細胞の生物学的活性を調節するか否かを検出する工程をさらに包含し、この生物学的活性は、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）産生、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）産生、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）産生、ケモカイン産生、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）産生、インターロイキン−１（ＩＬ−１）産生、レセプターのリン酸化、およびアポトーシス細胞の食作用からなる群から選択される。
【００２０】
本発明の別の実施形態は、ホスファチジルセリンレセプターの活性を刺激または増加させる方法に関する。このような方法は、ホスファチジルセリンレセプターとホスファチジルセリンレセプターのアゴニストとを接触させる工程（ここで、このアゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を増加させ、そしてこのレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む）を包含する。好ましくは、アゴニストは、以下からなる群より選択される：ホスファチジルセリンレセプターに選択的に結合し、このレセプターを活性化させる抗体、ホスファチジルセリンレセプターに選択的に結合し、このレセプターを活性化させる抗原結合フラグメント、ホスファチジルセリンレセプターに選択的に結合し、このレセプターを活性化させる結合パートナー、ホスファチジルセリン、および生産物の非存在下の場合と比較して、このレセプターの活性を増加させる薬物設計の生産物。１つの局面において、アゴニストは、そしてこのレセプターに選択的に結合し、このレセプターを活性化させる抗体である。別の局面において、アゴニストは、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）およびプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）からなる群より選択される因子の、被験体における細胞による産生を増加させる。別の局面において、アゴニストは、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、ケモカイン、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、およびインターロイキン−１（ＩＬ−１）からなる群より選択される因子の、被験体における細胞による産生を減少させる。好ましくは、ホスファチジルセリンレセプターは、マクロファージ、繊維芽細胞、樹状細胞、腫瘍細胞、上皮細胞、および内皮細胞からなる群より選択される細胞により発現される。１つの局面において、アゴニストは、患者において炎症を減少させる。
【００２１】
本発明の別の実施形態は、被験体における細胞による炎症性ケモカインの産生を減少させる方法に関する。この方法は、ホスファチジルセリンレセプターを発現する細胞を、ホスファチジルセリンレセプターのアゴニストと接触させる工程（ここで、このアゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を増加させ、そしてこのレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む）を包含する。
【００２２】
本発明のさらに別の実施形態は、移植された細胞または移植片の生存性を促進する方法に関する。この方法は、移植レシピエントにホスファチジルセリンレセプターのアゴニストを投与する工程（ここで、このアゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を増加させ、そしてこのレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む）を包含する。
【００２３】
本発明の別の実施形態は、自己免疫疾患を処置する方法に関する。この方法は、自己免疫疾患を有する被験体に、ホスファチジルセリンレセプターのアゴニストを投与する工程（ここで、このアゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を増加させ、そしてこのレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む）を包含する。
【００２４】
本発明のさらに別の実施形態は、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させる方法に関する。この方法は、ホスファチジルセリンレセプターをホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと接触させる工程（ここで、このアンタゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そしてこのレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む）を包含する。好ましくは、アンタゴニストは、以下からなる群より選択される：このレセプターの活性を減少させる抗体、このレセプターの活性を減少させる抗原結合フラグメント、このレセプターの活性を減少させる結合パートナー、このレセプターの生物学的活性を減少させる薬物設計の生産物、このレセプターをコードする核酸分子に結合するアンチセンス核酸分子、ＰＳレセプターＲＮＡに特異的なリボザイム、および可溶性ホスファチジルセリンレセプター。好ましい実施形態において、アンタゴニストは、このレセプターに選択的に結合し、そしてこのレセプターの活性を減少させる抗体である。１つの実施形態において、アンタゴニストは、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む可溶性ホスファチジルセリンレセプターである：（ａ）およそ配列番号３の２５２位と２８９位との間から配列番号３の４１４位まで広がるアミノ酸配列；（ｂ）およそ配列番号５の２５２位と２８９位との間から配列番号５の４０３位まで広がるアミノ酸配列；（ｃ）およそ配列番号７の２０６位と２４３位との間から配列番号７の３４９位まで広がるアミノ酸配列；（ｄ）およそ配列番号９の２５７位と２９４位との間から配列番号９の４０８位まで広がるアミノ酸配列；および（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）のアミノ酸配列のホモログであるアミノ酸配列（ここで、ホモログは、本質的に、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、または（ｄ）のアミノ酸配列と少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列からなる）。このホモログは、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する。
【００２５】
本発明の別の実施形態は、傍観腫瘍細胞（ｂｙｓｔａｎｄｅｒ  ｔｕｍｏｒ  ｃｅｌｌ）、マクロファージ、または樹状細胞の表面で発現されるホスファチジルセリンレセプターとアポトーシス性腫瘍細胞との結合を減少させる方法である。この方法は、患者の腫瘍細胞をホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと接触させる工程（ここで、このアンタゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そしてこのホスファチジルセリンレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む）を包含する。
【００２６】
本発明のさらに別の実施形態は、寄生生物による宿主細胞の感染を阻害する方法である。この方法は、この宿主細胞をホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと接触させる工程（ここで、このアンタゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そしてこのホスファチジルセリンレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む）を包含する。好ましくは、寄生生物は、トリパノソーマ類およびリーシュマニア属からなる群より選択される。
【００２７】
本発明の別の実施形態は、宿主細胞のウイルス感染を阻害する方法に関する。この方法は、この宿主細胞をホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと接触させる工程（ここで、このアンタゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そしてこのホスファチジルセリンレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む）を包含する。好ましくは、ウイルス感染は、ヘルペスウイルスによる感染、なおより好ましくはサイトメガロウイルスによる感染である。
【００２８】
（発明の詳細な説明）
本発明者らは、アポトーシス細胞においてホスファチジルセリン（ＰＳ）を認識する新規タンパク質をコードする遺伝子を、ファージディスプレイにより同定およびクローニングした。この遺伝子は、Ｂリンパ球およびＴリンパ球にトランスフェクトされた場合、それらがＰＳ特異的な様式でアポトーシス細胞を認識および飲み込むことを可能にすることが、本明細書で実証されている。新しいモノクローナル抗体を用いたフローサイトメトリー分析は、このタンパク質が、マクロファージ、繊維芽細胞、上皮細胞、樹状細胞、内皮細胞および黒色腫細胞の表面上で発現されることを示した。ＰＳリポソームのように、この抗体は、アポトーシス細胞の貪食を阻害し、そしてマクロファージにおいて、抗炎症状態を誘導した。本発明者らはまた、本発明のＰＳレセプターが、Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓおよびＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒにおいて未知の機能の遺伝子に高度に相同であることを発見した。このことは、それらの遺伝子産物の機能を始めて示唆し、そして重要なことに、貪食細胞によるそれらの除去の間のアポトーシス細胞のＰＳ認識は、系統発生の全体にわたって高度に保存されていることを示唆する。まとめると、本発明者らは、ＰＳレセプターが存在し、そしてインビボで活性であることを本明細書で実証する。このレセプターが刺激される場合、マクロファージ、繊維芽細胞、上皮細胞、樹状細胞、内皮細胞、および黒色腫細胞は、他の因子の中でもＴＧＦβを迅速に放出し、炎症性サイトカイン産生のダウンレギュレーションを引き起こす。
【００２９】
本発明の１つの実施形態は、単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質に関する。このようなタンパク質は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的な活性を有すると特徴付けられる（後述する）。本発明に従って、このようなタンパク質は、以下の群より選択される：
（ａ）配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号１０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むか、本質的にそれらからなるか、またはそれらからなるタンパク質；
（ｂ）（ａ）のタンパク質のホモログ。ここで、このホモログは、少なくとも約３１６アミノ酸長、好ましくは３１６と４１４との間のアミノ酸残基長であり、そして（ａ）のアミノ酸配列に少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含むか、本質的にそれらからなるか、またはそれらからなる。
【００３０】
（ｃ）以下の群より選択される（ａ）のアミノ酸配列のフラグメントを含むか、本質的にそれらからなるか、またはそれらからなるタンパク質：（ｉ）およそ配列番号３の２５２位と２８９位との間から配列番号３の４１４位まで広がるフラグメント；（ｉｉ）およそ配列番号５の２５２位と２８９位との間から配列番号５の４０３位まで広がるフラグメント；（ｉｉｉ）およそ配列番号７の２０６位と２４３位との間から配列番号７の３４９位まで広がるフラグメント；（ｉｖ）およそ配列番号９の２５７位と２９４位との間から配列番号９の４０８位まで広がるフラグメント；ならびに（ｖ）およそ配列番号１０の２５２位と２８９位との間から配列番号１０の４１４位まで広がるフラグメント；ならびに
（ｄ）（ｃ）のタンパク質のホモログ。ここで、このホモログは、約１０６〜約１６６アミノ酸長であり、そして（ｃ）のアミノ酸配列に少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含むか、本質的にそれらからなるか、またはそれらからなる。
【００３１】
本発明によると、ホスファチジルセリン（ＰＳ）レセプターは、ＰＳレセプターの生物学的な活性を有するタンパク質であり、全長ＰＳレセプタータンパク質、可溶性ＰＳレセプタータンパク質、ＰＳレセプタータンパク質の他の生物学的に活性なフラグメント、融合タンパク質、または天然に存在するＰＳレセプターの任意のホモログを含む（以下に詳述する）。ＰＳレセプターのホモログは、少なくとも１つまたは数個（しかし、１つまたは数個に限定されない）のアミノ酸が欠失（例えば、ペプチドまたはフラグメントのようなこのタンパク質の短縮バージョン）、挿入、反転、置換、および／または誘導体化（例えば、グリコシル化、リン酸化、アセチル化、ミリストイル化、プレニル化、パルミチン酸化、アミド化、および／またはグリコシルホスファチジルイノシトールの付加による誘導体化）された、天然に存在するＰＳレセプターと異なるタンパク質を含む。天然に存在するＰＳレセプターの好ましいホモログは以下に詳細に記載される。
【００３２】
本発明によると、単離されたＰＳレセプタータンパク質は、その天然の環境から取り除かれたタンパク質（すなわち、ヒトの操作に供されたタンパク質）であり、そして例えばこの単離されたタンパク質は、精製されたタンパク質、部分的に精製されたタンパク質、組換え的に生成されたタンパク質、および合成的に生成されたタンパク質を含み得る。このように、「単離された」は、このタンパク質が精製されている程度を反映しない。好ましくは、本発明の単離されたＰＳレセプタータンパク質は、組換え生成される。「ヒトＰＳレセプター」のような特定の生物由来のＰＳレセプターに対する参照は、例示目的で、ヒト由来のＰＳレセプター（天然に存在するＰＳレセプターのホモログを含む）か、またはそうでなければヒト由来の天然に存在するＰＳレセプターの構造の知識（例えば、配列）から生成されたＰＳレセプターについていう。言い換えると、ヒトＰＳレセプターは、ヒト由来の天然に存在するＰＳレセプターの構造および機能を有するか、またはヒトＰＳレセプターに十分類似する構造および機能を有し、その結果そのＰＳレセプターがヒト由来の天然に存在するＰＳレセプターの生物学的に活性なホモログである（すなわち、生物学的活性を有する）任意のＰＳレセプターを含む。このように、ヒトＰＳレセプターは、精製されたタンパク質、部分的に精製されたタンパク質、組換えタンパク質、変異／改変されたタンパク質、および合成タンパク質を含み得る。
【００３３】
一般に、タンパク質の生物学的活性または生物学的作用は、インビボ（すなわち、そのタンパク質の天然の生理的環境において）またはインビトロ（すなわち、研究室の条件下において）で測定または観察されるような、そのタンパク質の天然に存在する形態に基づくタンパク質により示されるかまたは実施される任意の機能をいう。例えば、ＰＳレセプターの生物学的活性は、ＰＳレセプターの生物学的活性を含む。タンパク質の修飾物（例えば、ホモログまたは模倣物（以下で議論する））は、天然に存在するタンパク質と同じ生物学的活性を有するタンパク質、または天然に存在するタンパク質と比較して、減少または増加した生物学的活性を有するタンパク質を生じ得る。タンパク質発現における減少またはそのタンパク質の活性における減少を生じる改変は、不活性化（完全な不活性化または部分的な不活性化）、ダウンレギュレーション、またはタンパク質の減少した作用について言及され得る。同様に、タンパク質発現における増加またはそのタンパク質の活性における増加を生じる改変は、増幅、過剰産生、活性化、増強、アップレギュレーション、またはタンパク質の増加した作用について言及され得る。
【００３４】
本明細書で使用される場合、「ＰＳレセプターの生物学的活性」を有するかまたは「ＰＳレセプター」として言及されるタンパク質は、以下の特徴のいずれか１つ（好ましくは、１つより多く）を含み得る活性を有するタンパク質をいう：（ａ）ホスファチジルセリンに結合する特徴；（ｂ）このようなレセプターを発現する細胞によるトランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）産生および／またはプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）産生の誘導により、ホスファチジルセリンおよび／またはアゴニストの接触に応答する特徴（例えば、刺激）；（ｃ）このようなレセプターを発現する細胞が、ホスファチジルセリン特異的な様式でアポトーシス細胞を認識することを可能にする特徴；（ｄ）このようなレセプターを発現する細胞が、ホスファチジルセリン特異的な様式でアポトーシス細胞を飲み込むことを可能にする特徴；（ｅ）このようなレセプターを発現する細胞による炎症性サイトカインの産生（例えば、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、ケモカイン産生、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）産生、インターロイキン−１（ＩＬ−１））のダウンレギュレーションにより、ホスファチジルセリンおよび／またはアゴニストの接触に応答する特徴；ならびに（ｆ）脂質対称赤血球、ＰＳ含有リポソーム、寄生生物、ウイルス、および他の微生物を含むがこれらに限定されないホスファチジルセリン発現粒子に結合し、そして／またはそれらの飲み込みを可能にする特徴。１つの実施形態において、ＰＳレセプター活性は、このＰＳレセプターが刺激される場合、ＰＳレセプターを発現する樹状細胞による抗原提示の阻害を含み得る。ＰＳレセプターの生物学的活性は、当業者により任意の適切なインビトロまたはインビボアッセイにより評価され得る。例えば、このようなアッセイは、実施例の節に記載される。例えば、本発明のヒトＰＳレセプターは、本発明のＰＳレセプター特異的抗体（例えば、実施例１に記載されるｍＡｂ２１７およびｍＡｂ２８４）により選択的に結合されるその能力により同定され得る。あるいは、本発明のＰＳレセプターは、ホスファチジルセリンに結合するその能力（例えば、任意の標準的な結合アッセイにおいて）により同定され得る。本発明のＰＳレセプターはまた、ホスファチジルセリン特異的な様式でアポトーシス細胞に結合し、そしてそれらを貪食するその能力により同定され得る。このようなアッセイは、例えば、実施例１およびＦａｄｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １４８：２２０７−２２１６（１９９２）；Ｆａｄｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １４９：４０２９−４０３５（１９９２）；Ｆｕｄｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ１５１：４２７４−４２８５（１９９３）；Ｆｕｄｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  １６１：６２５０−６２５７（１９９８）に記載される。これらの各刊行物は、本明細書中でその全体において参考として援用される。さらに、現在２つの哺乳動物ＰＳレセプターの一次構造および無脊椎動物種由来の哺乳動物ＰＳレセプターの２つのホモログが本発明により同定されており、ＰＳレセプターは、本明細書に記載されるそれらのＰＳレセプターまたはホモログの１つに対するその構造��似性により同定され得る。
【００３５】
本発明の１つの実施形態において、ＰＳレセプターは、以下のアミノ酸配列の１つを含むか、本質的にそれらからなるか、またはそれらからなるアミノ酸配列を有する：配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号１０。配列番号３は、（配列番号２の核酸配列によりコードされる）本発明のヒトＰＳレセプターを示し；配列番号５は、（配列番号４の核酸配列によりコードされる）本発明のマウスＰＳレセプターを示し；配列番号７は、（配列番号６の核酸配列によりコードされる）Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ由来のＰＳレセプターホモログを示し；配列番号９は、（配列番号８の核酸配列によりコードされる）Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ由来のＰＳレセプターホモログを示し；そして配列番号１０は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、および配列番号９の配列を整列させ、そして比較することにより、本発明者らにより決定されたＰＳレセプターのコンセンサス配列を示す（図３を参照のこと）。
【００３６】
本発明の好ましい実施形態は、本明細書で議論される任意のＰＳレセプタータンパク質またはそのホモログのいずれかを含む単離されたホスファチジルセリンレセプタータンパク質の、少なくとも約５００ｎｇ、好ましくは少なくとも約１μｇ、より好ましくは少なくとも約５μｇ、より好ましくは少なくとも約１０μｇ、より好ましくは少なくとも約２５μｇ、より好ましくは少なくとも約５０μｇ、より好ましくは少なくとも約７５μｇ、より好ましくは少なくとも約１００μｇ、より好ましくは少なくとも約２５０μｇ、より好ましくは少なくとも約５００μｇ、より好ましくは少なくとも約７５０μｇ、より好ましくは少なくとも約１ｍｇ、そしてより好ましくは少なくとも約５ｍｇを含む組成物に関する。特定の好ましい実施形態において、このような組成物は、以下を含むＰＳレセプタータンパク質の、少なくとも約１μｇを含む：（ａ）配列番号３；（ｂ）配列番号３のホモログ（ここで、このホモログは、少なくとも約３１６アミノ酸残基長であり、そして配列番号３に対して少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含む）；（ｃ）配列番号３の２５２位と２８９位の間から配列番号３の４１４位まで広がる配列番号３のフラグメント；および（ｄ）（ｃ）のタンパク質のホモログ（ここで、このホモログは本質的に、約１０６〜１６６アミノ酸長であり、（ｃ）のアミノ酸配列に対して少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列からなる）。このようなタンパク質の各々は、ホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する。本発明の組成物は、任意のキャリアを含み、タンパク質は、タンパク質調製方法、タンパク質精製方法、または本発明によるインビトロ、エキソビボ、またはインビボ法での使用のためのタンパク質の調製により、このキャリアと結合される。例えば、このようなキャリアとして、任意の適切な賦形剤、緩衝液および／またはタンパク質が本発明によりインビトロ、エキソビボ、またはインビボで使用され得るように、本発明のＰＳレセプターと組合せるのに適している送達ビヒクル（例えば、薬学的に受容可能なキャリア（以下で議論される））を含み得る。例えば、本発明のＰＳレセプタータンパク質（ホモログを含む）は、本明細書に記載されているインビトロアッセイ（薬物設計方法を含む）、およびインビボ治療方法ならびに抗体生成方法を含むがこれらに限定されない方法（本明細書の他の箇所に全て記載されている）において使用され得る。
【００３７】
本発明はまた、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号１０のいずれかのホモログを含む（ここで、このホモログは、本明細書で前述されるようなホスファチジルセリンレセプターの生物学的活性を有する）。上記のように、ＰＳレセプターのホモログは、少なくとも１つかまたは数個（しかし、１つかまたは数個に限定されない）のアミノ酸が、欠失（例えば、ペプチドまたはフラグメントのようなタンパク質の短縮バージョン）、挿入、反転、置換、および／または誘導体化されている点で、天然に存在するＰＳレセプターと異なるタンパク質を含み得る。１つの局面において、ＰＳレセプターのホモログは、少なくとも約３１６アミノ酸長、好ましくは３６１アミノ酸長と４１４アミノ酸長との間であり、そして配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、または配列番号１０のいずれかに対して、このホモログの長さと少なくとも同じである配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号１０にわたって（すなわち、少なくとも３１６アミノ酸、より好ましくは少なくとも約３２５アミノ酸、より好ましくは少なくとも約３５０アミノ酸、より好ましくは少なくとも約３７５アミノ酸、より好ましくは少なくとも約４００アミノ酸にわたって、そしてさらにより好ましくは、天然に存在するＰＳレセプターアミノ酸配列の全長にわたって）少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を有する。より好ましくは、本発明のＰＳレセプターホモログは、少なくとも約３１６アミノ酸長、より好ましくは３１６アミノ酸長と４１４アミノ酸長との間であり、そして配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、または配列番号１０のいずれかに対して、上記のようなホモログの長さと少なくとも同じである配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、または配列番号１０の長さにわたって、少なくとも約７５％同一、より好ましくは少なくとも約８０％同一、さらにより好ましくは少なくとも約８５％同一、さらにより好ましくは少なくとも約９０％同一、さらにより好ましくは少なくとも約９５％同一、さらにより好ましくは少なくとも約９６％同一、さらに好ましくは少なくとも約９７％同一、さらに好ましくは少なくとも約９８％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９９％同一であるアミノ酸配列を有する。
【００３８】
別の局面において、本発明のＰＳレセプターは、本明細書中に記載されるように天然に存在するＰＳレセプター配列の以下のフラグメントのうちの１つのアミノ酸の配列を含むか、本質的にアミノ酸の配列からなるか、またはアミノ酸の配列からなるタンパク質を含み得る：（ｉ）配列番号３の約２５３位と約２８９位との間から配列番号３の約４１４位までにわたるフラグメント（すなわち、一方のフラグメントの末端は、２５２位〜２８９位から１つにあり、そして他方のフラグメントの末端は、４１４位にある）；（ｉｉ）配列番号５の約２５２位と約２８９位との間から配列番号５の約４０３位までにわたるフラグメント；（ｉｉｉ）配列番号７の約２０６位と約２４３位との間から配列番号７の約３４９位までにわたるフラグメント；（ｉｖ）配列番号９の約２５７位と約２９４位との間から配列番号９の約４０８位までにわたるフラグメント；および（ｖ）配列番号１０の約２５２位と約２８９位との間から配列番号１０の約４１４位までにわたるフラグメント。このようなＰＳレセプタータンパク質は、フラグメントの全長にわたって全長タンパク質と構造的な相同性があるので、ＰＳレセプターの生物学的活性を有し、そしてこれらは、ホスファチジルセリンに結合する。これらのフラグメントは、本発明の可溶性ＰＳを示す。好ましくは、これらのフラグメントは、約１０６アミノ酸長から約１６６アミノ酸長までであるが、中間の長さのフラグメントおよび１０６個のアミノ酸より短いフラグメント、または１６６個のアミノ酸のよりも長いフラグメント（しかし、可溶性ＰＳレセプターのホスファチジルセリン活性を保持する）はまた、本発明に含まれる。当業者は、約１０６個から約１６６個のアミノ酸の範囲にある、種々のサイズの可溶性ＰＳレセプターが産生され得ることを理解する。本発明に従って、可溶性ＰＳレセプターは、（ＰＳレセプターホモログのフラグメントを含む）本発明のＰＳレセプタータンパク質のフラグメントであり、ここで正常の生理学的な条件下において（例えば、生理学的ｐＨにおける溶液または緩衝液）、少なくとも約３０％、そしてさらに好ましくは少なくとも約４０％、そしてさらに好ましくは少なくとも約５０％、そしてさらに好ましくは少なくとも約６０％、そしてさらに好ましくは約７０％、そしてさらに好ましくは少なくとも約８０％、そしてさらに好ましくは少なくとも約９０％、そしてさらに好ましくは少なくとも約９５％の、ＰＳレセプターフラグメントは、（溶液中において）可溶性である。
【００３９】
本発明はまた、本発明の上で同定された可溶性ＰＳレセプタータンパク質のいずれかのホモログを含み、ここでこのホモログは、可溶性ＰＳレセプターに関して上記されるようなＰＳレセプター生物学的活性を有する。１つの局面において、可溶性ＰＳレセプターのホモログは、少なくとも約１０６アミノ酸長から約１６６アミノ酸長であるアミノ酸配列を有し（この配列は、ＰＳレセプターホモログが、可溶性のままであり、そして天然に存在するＰＳレセプター全長タンパク質の有意な膜構造を与えないことをさらに提供される）、そしてこれは、ホモログの長さと少なくとも同じである配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のこのようなフラグメントの長さに対して（すなわち、可溶性ＰＳレセプターアミノ酸配列の少なくとも約１０６個のアミノ酸に対して、そしてより好ましくは少なくとも約１１０個のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１１５個のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１２０個のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１２５個のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１３０のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１３５のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１４０のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１４５のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１５０のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１５５のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１６０のアミノ酸に対して、そしてさらに好ましくは少なくとも約１６６のアミノ酸に対して）、上記される配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の可溶性ＰＳレセプターフラグメントのいずれかと少なくとも約７０％の同一性がある。さらに好ましくは、本発明のＰＳレセプターホモログは、少なくとも約１０６アミノ酸長から約１６６アミノ酸長であり、そして上記される、ホモログの長さと少なくとも同じである配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のこのようなフラグメントの長さに対して、上記される配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の可溶性ＰＳレセプターフラグメントのいずれかと少なくとも約７５％の同一性、そしてさらに好ましくは少なくとも約８０％の同一性、そしてなおさらに好ましくは少なくとも約８５％の同一性、そしてなおさらに好ましくは少なくとも約９０％の同一性、そしてなおさらに好ましくは少なくとも約９５％の同一性、そしてなおさらに好ましくは少なくとも約９６％の同一性、そしてなおさらに好ましくは少なくとも約９７％の同一性、そしてなおさらに好ましくは少なくとも約９８％の同一性、そしてなおさらに好ましくは少なくとも約９９％の同一性があるアミノ酸配列を有する。１つの局面において、可溶性ＰＳレセプターおよびそれらのホモログは、１０６個よりも少ないアミノ酸であり得（例えば、９５、９０、８５、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０アミノ酸長）、ここで、このタンパク質は、上記される可溶性ＰＳレセプター生物学的活性を保持する。
【００４０】
本発明の１つの実施形態は、単離されたホスファチジルセリンレセプターホモログに関し、ここでこのホモログは、以下のアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号１０からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約７０％の同一性であるアミノ酸配列；および（ｂ）（ａ）のアミノ酸配列に１００％未満の同一性であるアミノ酸配列。この単離されたホスファチジルセリンレセプターホモログは、ホスファチジルセリンレセプター生物学的活性を有する。好ましくは、このホモログは、（ａ）のアミノ酸配列と約９５％未満の同一性である。１つの実施形態において、このホモログは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号１０からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも約８０％の同一性、そしてさらに好ましくは少なくとも約９０％の同一性である。
【００４１】
本明細書中において使用されるように、別の記載がないかぎり、パーセント（％）同一性に対する言及は、ＢＬＡＳＴホモロジー検索を使用して実行するホモロジーの評価を言う。ＢＬＡＳＴホモロジー検索は、ＢＬＡＳＴデータベースおよびソフトウェアを使用して実行され得、これは以下の検索プログラムを提供する：（１）標準デフォルトパラメーターを有するアミノ酸検索に関するｂｌａｓｔｐおよび核酸検索に関するｂｌａｓｔｎを使用するＢＬＡＳＴ  ２．０  Ｂａｓｉｃ  ＢＬＡＳＴ  ホモロジー検索（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ）、ここで問い合わせ配列は、デフォルトによって低複雑性領域に関してフィルターにかけられる（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．，Ｍａｄｄｅｎ，Ｔ．Ｌ．，Ｓｃｈａａｆｆｅｒ，Ａ．Ａ．，Ｚｈａｎｇ，Ｊ．，Ｚｈａｎｇ，Ｚ．，Ｍｉｌｌｅｒ，Ｗ．＆Ｌｉｐｍａｎ，Ｄ．Ｊ．（１９９７）「Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ  ａｎｄ  ＰＳＩ  ＢＬＡＳＴ：ａ  ｎｅｗ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｐｒｏｇｒａｍｓ．」Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２に記載される（これは全体が参照として援用される））；（２）ＢＬＡＳＴ２整列（以下に記載されるパラメーターを使用して）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗ．ｎｅｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ）；（３）および／または標準デフォルトパラメーターを用いるＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ（部位特異的Ｉｔｅｒａｔｅｄ  ＢＬＡＳＴ；（ｈｔｔｐ：／／ｗｗ．ｎｅｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ）。ＢＬＡＳＴ  ２．０  Ｂａｓｉｃ  ＢＬＡＳＴとＢＬＡＳＴ  ２との間の標準パラメータにおける同じいくつかの差異に起因して、２つの特異的な配列は、ＢＬＡＳＴ２プログラムを使用して有意なホモロジーを有するように認識されるので、問い合わせ配列として配列の１つを使用するＢＬＡＳＴ２．０  Ｂａｓｉｃ  ＢＬＡＳＴにおいて実施される検索は、トップマッチにおいて第２の配列を同定し得ないことに留意される。
【００４２】
２つの特異的な配列は、ＴａｔｕｓｏｖａおよびＭａｄｄｅｎ，（１９９９），「Ｂｌａｓｔ  ２  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ−ａ  ｎｅｗ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｃｏｍｐａｒｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｎｄ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」，  ＦＥＭＳＭｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｌｅｔｔ．１７４：２４７−２５０（これは全体が参照として援用される）に記載されるようにＢＬＡＳＴ２配列を使用して互いに整列され得る。ＢＬＡＳＴ２配列整列は、得られた整列におけるギャップ（欠失および挿入）の導入を可能にする２つの配列間においてギャップＢＬＡＳＴ検索（ＢＬＡＳＴ２．０）を実施するためにＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムを使用してｂｌａｓｔｐまたはｂｌａｓｔｎにおいて実施される。本明細書中で明瞭にする目的のために、ＢＬＡＳＴ２整列は、以下の標準デフォルトパラメーターを使用して実施される。
【００４３】
ｂｌａｓｔｎに関して、０  ＢＬＯＳＵＭ６２  マトリクス（ｍａｔｒｉｘ）を使用する：
Ｒｅｗａｒｄ  ｆｏｒ  ｍａｔｃｈ（リワード  フォー  マッチ）＝１
Ｐｅｎａｌｔｙ  ｆｏｒ  ｍｉｓｍａｔｃｈ（ペナルティー  フォー  ミスマッチ）＝−２
Ｏｐｅｎ  ｇａｐ（オープン  ギャップ）（５）およびｅｘｔｅｎｓｉｏｎ  ｇａｐ（イクステンション  ギャップ）（２）ｐｅｎａｌｔｉｅｓ（ペナルティー）
ｇａｐ  ｘ（ギャップ  Ｘ）＿ｄｒｏｐｏｆｆ（ドロップオフ）（５０）ｅｘｐｅｃｔ（期待値）（１０）ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ（ワードサイズ）（１１）ｆｉｌｔｅｒ（フィルター）（ｏｎ）（オン）
ｂｌａｓｔｐに関して、０  ＢＬＯＳＵＭ６２  ｍａｔｒｉｘを使用して：
Ｏｐｅｎ  ｇａｐ（オープン  ギャップ）（１１）およびｅｘｔｅｎｓｉｏｎ  ｇａｐ（イクステンション  ギャップ）（１）  ｐｅｎａｌｔｉｅｓ（ペナルティー）
ｇａｐ  ｘ（ギャップ  Ｘ）＿ｄｒｏｐｏｆｆ（ドロップオフ）（５０）ｅｘｐｅｃｔ（期待値）（１０）ｗｏｒｄ  ｓｉｚｅ（ワードサイズ）（３）ｆｉｌｔｅｒ（フィルター）（ｏｎ）（オン）。
【００４４】
さらに、ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴは、自動化、取り扱いやすい、「プロフィール」検索のバージョンを提供する。これは、配列ホモログを探す高感度な方法である。このプログラムは、まずギャップＢＬＡＳＴデータベース検索を実施する。ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴプログラムは、位置特異的なスコアマトリクスを構築するためにリターンされた任意の有意な整列からの情報を使用する。これは、データベース検索の次のラウンドのために問い合わせ配列と置き換える。従って、同一性パーセントが、これらのプログラムの１つのいずれかを使用することによって決定され得るが、２つの配列の直接的な比較に関して、ＢＬＡＳＴ２が好ましいことが理解される。
【００４５】
本発明の天然に存在するホスファチジルセリンレセプターのホモログ（例えば、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９）は、１つほどに少ないアミノ酸欠失、挿入または置換によって、このような天然に存在する配列とは異なり得る。１つの実施形態において、ホモログは、１個と１２５個との間の任意の全数のアミノ酸の欠失、挿入または置換、およびさらに好ましくは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００または１２０個のアミノ酸の欠失、挿入または置換によって、配列番号３、配列番号５、配列番号７または配列番号９とは異なる。ここで、ホモログは、ホスファチジルセリンレセプター生物学的活性を有する。
【００４６】
１つの実施形態において、本発明の単離されたホスファチジルセリンレセプターは、配列番号１０によって表されるコンセンサス配列を有するアミノ酸配列を含む。別の実施形態において、単離されたホスファチジルセリンレセプターは、整列プログラムを使用して配列番号１０によって表されるコンセンサス配列で整列するアミノ酸配列を含み、ここで、このアミノ酸配列におけるアミノ酸残基は、配列番号１０における同定されたコンセンサス残基（すなわち、非Ｘａａ残基）の少なくとも約５０％、そして好ましくは少なくとも約６０％、そしてさらに好ましくは少なくとも約７０％、そしてさらに好ましくは少なくとも７５％、そしてさらに好ましくは少なくとも８０％、そしてさらに好ましくは少なくとも８５％、そしてさらに好ましくは少なくとも９０％、そしてさらに好ましくは少なくとも９５％、そしてさらに好ましくは少なくとも１００％を用いて、１００％の相同性を整列化する。配列は、上記されるＢＬＡＳＴ２またはＰＳＩ−ＢＬＡＳＴプログラムを使用して整列化され得る。あるいは、配列は、ＣＬＵＳＴＡＬプログラムを使用して整列化され得る。ＣＬＵＳＴＡＬ整列プログラム（例えば、ＣＬＵＳＴＡＬ、ＣＬＵＳＡＴＬ  Ｖ、ＣＬＵＳＡＴＬ  Ｗ）はまた、少なくともＤＮＡＳＴＡＲプログラム内のモジュールとして利用可能であり、以下のパラメータと共に使用され得、また、ＣＬＵＳＴＡＬ標準デフォルトパラメーターとして本明細書中で称される：
多重整列パラメーター（すなわち、２より多い配列に関する）：
（１）Ｇａｐ  ｐｅｎａｌｔｙ（ギャップ  ペナルティー）＝１０；
（２）Ｇａｐ  ｌｅｎｇｔｈ  ｐｅｎａｌｔｙ（ギャップ  レングス  ペナルティー＝１０；
２組整列パラメータ（Ｐａｉｒｗｉｓｅ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ）（すなわち、２つの配列に関する）：
（１）Ｋｔｕｐｌｅ（ケータプル）＝１；
（２）Ｇａｐ  ｐｅｎａｌｔｙ（ギャップ  ペナルティー）＝３；
（３）Ｗｉｎｄｏｗ（ウインドウ）＝５；
（４）Ｄｉａｇｏｎａｌｓ  ｓａｖｅｄ（ダイアゴナルサーブド）＝５。
【００４７】
ＰＳレセプターのホモログはまた、少なくとも約３１６アミノ酸長のタンパク質、および好ましくは３１６アミノ酸と４１４アミノ酸の間のアミノ酸長のタンパク質を含む。ここでホモログは、ＰＳレセプター生物学的活性を有し、そして配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の少なくとも２５個連続するアミノ酸残基（すなわち、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のいずれかの２５個連続するアミノ酸と１００％の同一性を有する２５個連続するアミノ酸残基）を含むアミノ酸配列を有する。好ましい実施形態において、本発明のＰＳレセプターのホモログは、および配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のいずれかの、少なくとも５０個、そしてさらに好ましくは約７５個、そしてさらに好ましくは約１００個、そしてさらに好ましくは約１１５個、そしてさらに好ましくは約１３０個、そしてさらに好ましくは約１５０個、そしてさらに好ましくは約２００個、そしてさらに好ましくは約２５０個、そしてさらに好ましくは約３００個、そしてさらに好ましくは約３５０個、そしてさらに好ましくは約４００個連続するアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を有する、少なくとも約３１６アミノ酸長のタンパク質、好ましくは３１６アミノ酸と４１４アミノ酸の間のアミノ酸長のタンパク質を含む。１つの局面において、このような構造的特徴は、上記されるＰＳレセプターホモログをさらに規定し得る（すなわち、天然に存在するＰＳレセプターに同一性パーセントの基礎に基づいて規定されるホモログ）。
【００４８】
上記される可溶性ＰＳレセプターのホモログはまた、可溶性ＰＳレセプターの生物学的活性を有する、少なくとも約１０６個のアミノ酸長から少なくとも約１６６個のアミノ酸長のタンパク質、そして上記の配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の可溶性ＰＳレセプターフラグメントのいずれかも少なくとも２５個連続するアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を有するタンパク質を含む。好ましくは上記の可溶性ＰＳレセプターのホモログはまた、可溶性ＰＳレセプターの生物学的活性を有する、少なくとも１０６個のアミノ酸長から１６６個のアミノ酸長のタンパク質、および上記の配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の可溶性ＰＳレセプターフラグメントのいずれかの、少なくとも５０、そしてさらに好ましくは少なくとも７５、そしてさらに好ましくは少なくとも１００、そしてさらに好ましくは少なくとも１２５、そしてさらに好ましくは少なくとも１５０連続するアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を有するタンパク質を含む。
【００４９】
本発明に従って、本明細書中に記載される核酸またはアミノ酸に関して、用語「連続（ｃｏｎｔｉｇｕｏｕｓ）」または「連続（ｃｏｎｓｅｃｕｔｉｖｅ）」は、壊れていない配列に連結されることを意味する。例えば、第２の配列の３０個の連続アミノ酸を含むような第１の配列は、第２の配列における３０個のアミノ酸残基の壊れていない配列に１００％同一性である３０個のアミノ酸残基の壊れていない配列を含む。同様に、第２の配列と「１００％同一性」を有するような第１の配列に関しては、第１の配列が、ヌクレオチドとアミノ酸との間にギャップを有しない第２の配列と正確に一致することを意味する。
【００５０】
別の実施形態において、単離されたＰＳレセプターホモログを含む、本発明の単離されたＰＳレセプターは、天然に存在するＰＳレセプターアミノ酸配列に十分に類似しているアミノ酸配列を有するタンパク質を含み、天然に存在するＰＳレセプターアミノ酸配列は、ホモログをコードする核酸配列が、中程度か、高いか、または非常に高いストリンジェンシー条件下（以下に記載される）で、天然に存在するＰＳレセプターをコードする核酸分子（すなわち、天然に存在するＰＳレセプターアミノ酸配列をコードする核酸鎖の相補体に）に（すなわち、核酸分子と）ハイブリダイズし得る。好ましくは、（ホモログを含む）ＰＳレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０によって表されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸配列の相補体に、中程度か、高いかまたは非常に高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズし得る核酸配列によってコードされ、ここで、ＰＳレセプターコード核酸配列は、９４８ヌクレオチド長と１２４２ヌクレオチド長の間にある。なおさらに好ましくは、本発明のＰＳレセプタータンパク質は、配列番号２、配列番号４、配列番号６または配列番号８の相補体に、中程度か、高いかまたは非常に高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする核酸配列によってコードされ、ここで、ＰＳレセプターコード核酸配列は、９４８ヌクレオチド長と１２４２ヌクレオチド長の間にある。１つの局面において、ＰＳレセプターは、上記の配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の可溶性ＰＳレセプターフラグメントによって表されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸配列の相補体に、中程度か、高いかまたは非常に高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする核酸配列によってコードされ、ここで、ＰＳレセプターコード核酸配列は、９４８ヌクレオチド長と１２４２ヌクレオチド長の間にある。なお別の局面において、本発明のＰＳレセプタータンパク質は、配列番号２の７５６と８６７の間から１２４２までのヌクレオチド、配列番号４の７５６と８６７の間から１２０９までのヌクレオチド、配列番号６の６１８と７２９の間から１０４７までのヌクレオチドまたは配列番号８の７７１と８８２の間から１２２４までのヌクレオチドの相補体に、中程度か、高いかまたは非常に高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする核酸配列によってコードされ、ここで、ＰＳレセプターコード核酸配列は、１０６ヌクレオチド長と１６６ヌクレオチド長の間にある。このようなハイブリダイゼージョン条件は、以下に詳細に記載される。本発明のＰＳレセプターをコードする核酸配列の核酸配列相補体は、ＰＳレセプターをコードする鎖に相補的である核酸鎖の核酸配列と称する。所定のアミノ酸配列をコードする二重鎖ＤＮＡが、単鎖ＤＮＡおよびその単鎖ＤＮＡに相補的である配列を有する相補鎖を含むことは明白である。例えば、本発明の核酸分子は、二重鎖か、または一重鎖かのいずれかであり得、そしてアミノ酸配列の配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０をコードする核酸配列と、および／またはこのようなアミノ酸配列のいずれかをコードする核酸配列の相補体と、ストリンジェントなハイブリダイゼージョン条件下で、安定なハイブリダズを形成するこれらの核酸分子を含む。相補体配列を推論する方法は、当業者に公知である。アミノ酸配列決定技術および核酸配列決定技術は、完全に誤りがないわけではないので、せいぜい、本明細書中に示される配列が、本発明のＰＳレセプターの明白な配列を示すとは限らないことを留意すべきである。
【００５１】
１つの実施形態において、ＰＳレセプターホモログは、天然の対立遺伝子変異または天然の変異の結果であり得る。１つの実施形態において、ＰＳレセプターホモログは、本明細書中に記載される（すなわち、ヒトおよびマウス由来の）哺乳動物ＰＳレセプタータンパク質に構造的にか、そしてまたは機能的に高い相同性があるが、異なる生物体由来の天然に存在するタンパク質（例えば、本発明者らによって同定されたＣ．ｅｌｅｇａｎｓおよびＤｒｏｓｏｐｈｉｌａのＰＳレセプタータンパク質）であるタンパク質であり得る。本発明のＰＳレセプターホモログとしてはまた、以下に挙げられるがこれらに限定されない当該分野で公知の技術を使用して産生され得る：タンパク質への直接的な修飾、または例えば、ランダムまたは標的化突然変異誘発をもたらす古典的か、または組換えＤＮＡ技術を使用するタンパク質をコードする遺伝子への修飾。ＰＳレセプターをコードする核酸の天然に存在する対立遺伝子変異体は、本明細書中に記載されるＰＳレセプターアミノ酸配列をコードする遺伝子のようなゲノム中の実質的に同じ座（単数または複数）に存在するが、例えば、変異または組換えによって起こされる天然の変異のために、類似であるが、同一ではない遺伝子である。天然の対立遺伝子変異体は、典型的に、それらが比較される遺伝子によってコードされるタンパク質の活性と類似の活性を有するタンパク質をコードする。対立遺伝子変異体の１つのクラスは、同じタンパク質をコードするが、遺伝子コードの縮重のために異なる核酸配列を有する。対立遺伝子変異体はまた、遺伝子の５’または３’の非転写領域（すなわち、調節制御領域）における改変を含む。対立遺伝子変異体は、当業者に周知である。
【００５２】
本発明のＰＳレセプターはまた、遺伝子融合（可溶性、活性形態の組換えタンパク質を過剰発現するために使用される）の発現産物、変異誘発された遺伝子（例えば、遺伝子転写および翻訳を増強するためにコドン改変を有する遺伝子）の発現産物および短縮型遺伝子（例えば、可溶性形態の膜タンパク質の産生のために膜結合ドメインを取り除かれた遺伝子または特に組換え宿主においてわずかに耐性であるシグナル配列を取り除かれた遺伝子）の発現産物を含む。
【００５３】
本発明のＰＳレセプタータンパク質および／またはホモログの最小サイズは、ＰＳレセプター生物学的活性（例えば、ホスファチジルセリンに結合する）を有するのに十分なサイズである。好ましくは、本発明のタンパク質は、少なくとも約５０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約６０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約７０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約８０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約９０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約１００アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約１０６アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約１１０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約１２０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約１３０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約１４０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約１５０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約１７５アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約２００アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約２２５アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約２５０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約２７５アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約３００アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約３２５アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約３５０アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約３７５アミノ酸長、そしてさらに好ましくは少なくとも約４００アミノ酸長である。タンパク質は、所望される場合、ＰＳタンパク質の一部分または全長ＰＳレセプターおよびさらなる配列（例えば、融合タンパク質配列または相同配列）を含み得るという点で、このようなタンパク質の最大サイズに対して、実施の限定以外は、限定は存在しない。
【００５４】
本発明はまた、１つ以上の融合フラグメントに結合されるＰＳレセプター含有ドメイン（すなわち、ＰＳレセプターフラグメントまたは他のホモログを含む、本発明に従うＰＳレセプターに関するアミノ酸配列）を含む融合タンパク質を含む。本発明と共に使用するための適切な融合セグメントとしては、以下に挙げられるが、これらに限定されない：タンパク質の安定性を増大し得るセグメント；他の所望の生物学的活性を提供し得るセグメント；および／またはＰＳレセプターの精製を補助し得るセグメント（例えば、アフィニティークロマトグラフィーによって）。適切な融合セグメントは、所望の機能（増大した安定性、可溶性、作用および／または生物学的活性を与える；および／またはタンパク質の精製を単純化する）を有する任意のサイズのドメインであり得る。融合セグメントは、タンパク質のＰＳレセプター含有ドメインにアミノ末端および／またはカルボキシ末端に加えられ得、そしてＰＳレセプターの直接的に修復を可能にするために開裂されやすい可能性がある。融合タンパク質は、好ましくはＰＳレセプター含有ドメインのカルボキシ末端かおよび／またはアミノ末端かのいずれかに結合される融合セグメントを含むタンパク質をコードする融合核酸分子を用いてトランスフェクトされた組換え細胞を培養することによって産生される。
【００５５】
本発明は、ＰＳレセプターの模倣物である。本明細書中に使用される場合、用語「模倣物」は、しばしば、模倣物が、天然に存在するペプチドの基礎構造を模倣した基礎構造を、および／または天然に存在するペプチドの顕著な生物学的性質を有するので、天然に存在するペプチドの生物学的な作用を模倣し得る任意のペプチドまたは非ペプチド化合物を称するために使用される。模倣物としては以下が挙げられるがこれらに限定されない：天然に存在するペプチドと側鎖の類似性がないような原型からの実質的な改変（例えば、分解されやさを減少し得る、修飾のような）を有するペプチド；抗イディオタイプおよび／または触媒抗体、またはそれらのフラグメント；単離されたタンパク質の非タンパク質部分（例えば、糖質構造）；または合成または天然の有機分子（例えば、コンビナトリアル化学を通して同定された核酸および薬剤を含む）。このような模倣物は、当該分野で公知の種々の方法（例えば、本発明のＰＳレセプターのアゴニストおよびアンタゴニストに関して以下に記載される方法）を使用して設計、選択および／または、さもなければ同定され得る。
【００５６】
本発明の１つの実施形態において、任意の上記のＰＳレセプタータンパク質（ＰＳレセプターホモログを含む）は、ＰＳレセプタータンパク質のＣ末端および／またはＮ末端の各々に隣接する、少なくとも１個かつ約２０個までのさらなる異種アミノ酸から生成され得る。このようなタンパク質は、所与のＰＳレセプターのアミノ酸配列「から実質的になる」といわれ得る。本発明に従って、この異種アミノ酸は、ＰＳレセプター配列に隣接する、天然には見出されない（すなわち、天然にはインビボで見出されない）アミノ酸の配列であるか、または、この遺伝子中に存在するような天然に存在するＰＳレセプターの核酸配列に隣接するヌクレオチドによってコードされない（天然に存在する配列中のこのようなヌクレオチドが、このＰＳレセプターが由来する生体に対する標準的なコドンの用法を使用して翻訳される場合）。同様に、本明細書中で核酸配列に関して使用される場合、成句「から実質的になる」は、ＰＳレセプターをコードする核酸配列の５’末端および／または３’末端の各々で、少なくとも１個かつ約６０個までのさらなる異種ヌクレオチドによって隣接され得るＰＳレセプター（フラグメント／ホモログを含む）をコードする核酸配列をいう。このヌクレオチドは、天然には見出されず（すなわち、天然にはインビボで見出されない）、天然の遺伝子中に存在するようなＰＳレセプターコード配列に隣接する。
【００５７】
本発明のさらなる実施形態は、ＰＳレセプタータンパク質またはそのホモログをコードする核酸分子を含む。本発明の核酸分子としては、上記の単離されたＰＳレセプタータンパク質（ＰＳレセプターホモログを含む）のいずれかをコードする核酸配列を含む核酸分子が挙げられる。本発明の１つの実施形態は、以下からなる群から選択される、単離されたｃＤＮＡ分子またはＲＮＡ分子（一般的に単離された核酸分子または単離されたヌクレオチドという）に関する：
（ａ）配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号１０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる、ホスファチジルセリンレセプタータンパク質をコードする核酸配列；
（ｂ）（ａ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、ここで、このホモログは、少なくとも３１６アミノ酸の長さ、そして好ましくは３１６アミノ酸残基と４１４アミノ酸残基との間の長さであり、そして（ａ）のアミノ酸配列に少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる；
（ｃ）以下からなる群より選択される、（ａ）のアミノ酸配列のフラグメントを含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなるタンパク質をコードする核酸配列：（ｉ）配列番号３のおよそ２５２位と２８９位との間から配列番号３の４１４位にわたるフラグメント；（ｉｉ）配列番号５のおよそ２５２位と２８９位との間から配列番号５の４０３位にわたるフラグメント；（ｉｉｉ）配列番号７のおよそ２０６位と２４３位との間から配列番号７の３４９位にわたるフラグメント；（ｉｖ）配列番号９のおよそ２５７位と２９４位との間から配列番号９の４０８位にわたるフラグメント；および（ｖ）配列番号１０のおよそ２５２位と２８９位との間から配列番号１０の４１４位にわたるフラグメント；
（ｄ）（ｃ）のタンパク質のホモログをコードする核酸配列であって、ここで、このホモログは、長さが１０６アミノ酸から１６６アミノ酸であり、そして（ｃ）のアミノ酸配列に少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる；ならびに
（ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）の核酸配列に完全に相補的な核酸配列。
【００５８】
１つの実施形態において、単離された核酸分子は、以下のアミノ酸配列：配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号１０の１つをコードする核酸配列からなる。好ましい実施形態において、この核酸配列は、配列番号２、配列番号４、配列番号６および配列番号８の群より選択される。
【００５９】
１つの局面において、本発明の核酸分子は、少なくとも３１６アミノ酸の長さ、そして好ましくは３１６アミノ酸と４１４アミノ酸との間の長さであり、そして参照される核酸配列（すなわち、天然に存在するＰＳレセプターのアミノ酸配列の少なくとも３１６アミノ酸を超え、そしてより好ましくは少なくとも約３２５アミノ酸を超え、そしてより好ましくは少なくとも約３５０アミノ酸を超え、そしてより好ましくは少なくとも約３７５アミノ酸を超え、そしてより好ましくは少なくとも約４００アミノ酸を超え、そしてさらにより好ましくは全長を超える）によってコードされるタンパク質の長さと少なくとも同じ長さの、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の長さにわたって、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のいずれかに対して少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる。より好ましくは、このような核酸配列は、長さが３１６アミノ酸と４１４アミノ酸の間であり、そして上記のような参照される核酸配列によってコードされるタンパク質の長さと少なくとも同じ長さの、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の長さにわたって、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のいずれかに対して少なくとも７５％同一、そしてより好ましくは少なくとも約８０％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約８５％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９０％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９５％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９６％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９７％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９８％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９９％同一である、アミノ酸配列をコードする。
【００６０】
１つの実施形態において、ＰＳレセプターホモログをコードする本発明の単離された核酸分子は、少なくとも約９４８ヌクレオチドの長さ、そして好ましくは９４８ヌクレオチドと１２４２ヌクレオチドの間の長さであり、そしてＰＳレセプターホモログをコードする核酸配列の長さと少なくとも同じ長さの配列番号２、配列番号４、配列番号６または配列番号８の長さにわたって、配列番号２、配列番号４、配列番号６または配列番号８の群より選択される核酸配列に対して少なくとも約７０％同一である核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる。より好ましくは、このような核酸配列は、ＰＳレセプターホモログをコードする核酸配列の長さと少なくとも同じ長さの配列番号２、配列番号４、配列番号６または配列番号８の長さにわたって、配列番号２、配列番号４、配列番号６または配列番号８のいずれかに対して少なくとも約７５％同一、そしてより好ましくは少なくとも約８０％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約８５％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９０％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９５％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９６％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９７％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９８％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９９％同一である。
【００６１】
別の局面において、本発明の単離された核酸分子は、本明細書中で記載されるような天然に存在するＰＳレセプター配列の以下のフラグメントのうちの１つのアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる：（ｉ）配列番号３のおよそ２５２位と２８９位との間から配列番号３の４１４位にわたるフラグメント；（ｉｉ）配列番号５のおよそ２５２位と２８９位との間から配列番号５の４０３位にわたるフラグメント；（ｉｉｉ）配列番号７のおよそ２０６位と２４３位との間から配列番号７の３４９位にわたるフラグメント；（ｉｖ）配列番号９のおよそ２５７位と２９４位との間から配列番号９の４０８位にわたるフラグメント；および（ｖ）配列番号１０のおよそ２５２位と２８９位との間から配列番号１０の４１４位にわたるフラグメント。このようなＰＳレセプタータンパク質は、これらがこのフラグメントの長さを超える全長タンパク質に構造的に相同でありかつホスファチジルセリンに結合する点で、ＰＳレセプターの生物学的活性を有する。１つの実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、（ｉ）配列番号２のおよそヌクレオチド７５６と８６７との間から配列番号２のヌクレオチド１２４２にわたるフラグメント；（ｉｉ）配列番号４のおよそヌクレオチド７５６と８６７との間から配列番号４のヌクレオチド１２０９にわたるフラグメント；（ｉｉｉ）配列番号６のおよそヌクレオチド６１８と７２９との間から配列番号６のヌクレオチド１０４７にわたるフラグメント；または（ｉｖ）配列番号８のおよそヌクレオチド７７１と８８２との間から配列番号８のヌクレオチド１２２４にわたるフラグメントからなる群より選択される核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる。
【００６２】
本発明はまた、上記で同定された本発明の可溶性ＰＳレセプタータンパク質のいずれかのホモログをコードする核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる、単離された核酸分子を含む。ここで、このホモログは、可溶性ＰＳレセプターについて上記されたようなＰＳレセプターの生物学的活性を有する。１つの局面において、このような核酸配列は、少なくとも約１０６アミノ酸から約１６６アミノ酸の長さであり、そしてホモログの長さと少なくとも同じ長さ（すなわち、可溶性ＰＳレセプターのアミノ酸配列の少なくとも１０６アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１１０アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１１５アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１２０アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１２５アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１３０アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１３５アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１４０アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１４５アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１５０アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１５５アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１６０アミノ酸を超える、そしてより好ましくは少なくとも約１６６アミノ酸を超える）の配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のこのようなフラグメントの長さにわたって、上記の配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の可溶性ＰＳレセプターフラグメントのいずれかと少なくとも約７０％同一であるアミノ酸配列を、コードする。より好ましくは、このような核酸配列は、少なくとも約１０６アミノ酸から約１６６アミノ酸の間の長さであり、そして上記のように、ホモログの長さと少なくとも同じ長さの配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のこのようなフラグメントの長さにわたって、上記の配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０の可溶性ＰＳレセプターフラグメントのいずれかに対して少なくとも約７５％同一、そしてより好ましくは少なくとも約８０％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約８５％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９０％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９５％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９６％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９７％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９８％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９９％同一であるアミノ酸配列をコードする。１つの局面において、このような核酸配列は、１０６アミノ酸未満（例えば、９５、９０、８５、８０、７５、７０、６５、６０、５５、５０アミノ酸の長さ）の可溶性ＰＳレセプターおよびそのホモログをコードし、ここで、これらのタンパク質は、上記のように可溶性ＰＳレセプターの生物学的活性を保持する。
【００６３】
別の局面において、このような核酸配列としては、長さが少なくとも約３１８ヌクレオチドから約４９８ヌクレオチドであり、参照配列の長さと少なくとも同じ長さ（すなわち、可溶性ＰＳレセプターのアミノ酸配列をコードする、上記で同定されたヌクレオチドフラグメントの少なくとも３１８ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約３３０ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約３４５ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約３６０ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約３７５ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約３９０ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約４０５ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約４２０ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約４３５ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約４５０ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約４６５ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約４８０ヌクレオチドを超える、そしてより好ましくは少なくとも約４９８ヌクレオチドを超える）であるこのようなフラグメントの長さにわたって、（ｉ）配列番号２のおよそヌクレオチド７５６と８６７との間から配列番号２のヌクレオチド１２４２にわたるフラグメント；（ｉｉ）配列番号４のおよそヌクレオチド７５６と８６７との間から配列番号４のヌクレオチド１２０９にわたるフラグメント；（ｉｉｉ）配列番号６のおよそヌクレオチド６１８と７２９との間から配列番号６のヌクレオチド１０４７にわたるフラグメント；または（ｉｖ）配列番号８のおよそヌクレオチド７７１と８８２との間から配列番号８のヌクレオチド１２２４にわたるフラグメントの群より選択される核酸配列に対して少なくとも約７０％同一である配列が挙げられる。より好ましくは、このような核酸配列は、少なくとも約３１８ヌクレオチドから約４９８ヌクレオチドの長さであり、そして可溶性ＰＳレセプターのアミノ酸配列をコードする、上記で同定されたヌクレオチドフラグメントのいずれかに対して少なくとも約７５％同一、そしてより好ましくは少なくとも約８０％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約８５％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９０％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９５％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９６％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９７％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９８％同一、そしてさらにより好ましくは少なくとも約９９％同一であるアミノ酸配列をコードする。
【００６４】
別の局面において、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも９４８ヌクレオチドの長さであり、そして好ましくは９４８ヌクレオチドと１２４２ヌクレオチドとの間の長さである、ＰＳレセプターの生物学的活性を有するＰＳレセプターのホモログをコードする核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる。ここで、ＰＳレセプターホモログのアミノ酸配列は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のいずれかの、少なくとも２５の連続するアミノ酸残基を含む。好ましい実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも９４８ヌクレオチドの長さであり、そして好ましくは９４８ヌクレオチドと１２４２ヌクレオチドの間の長さである、ＰＳレセプターの生物学的活性を有するＰＳレセプターのホモログをコードする核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる。ここで、ＰＳレセプターホモログのアミノ酸配列は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０のいずれかの、少なくとも５０、そしてより好ましくは少なくとも７５、そしてより好ましくは少なくとも１００、そしてより好ましくは少なくとも１１５、そしてより好ましくは少なくとも１３０、そしてより好ましくは少なくとも１５０、そしてより好ましくは少なくとも２００、そしてより好ましくは少なくとも２５０、そしてより好ましくは少なくとも３００、そしてより好ましくは少なくとも３５０、そしてより好ましくは少なくとも４００の連続するアミノ酸残基を含む。別の局面において、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも９４８ヌクレオチドの長さであり、そして好ましくは９４８ヌクレオチドと１２４２ヌクレオチドの間の長さである、ＰＳレセプターの生物学的活性を有するＰＳレセプターのホモログをコードする核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる。ここで、ＰＳレセプターホモログのアミノ酸配列は、少なくとも７５、そしてより好ましくは少なくとも１５０、そしてより好ましくは少なくとも２２５、そしてより好ましくは少なくとも３００、そしてより好ましくは少なくとも３４５、そしてより好ましくは少なくとも３９０、そしてより好ましくは少なくとも４５０、そしてより好ましくは少なくとも６００、そしてより好ましくは少なくとも７５０、そしてより好ましくは少なくとも９００、そしてより好ましくは少なくとも１０５０、そしてより好ましくは少なくとも１２００の、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８の群より選択される核酸配列の連続するヌクレオチドを含む。
【００６５】
１つの実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、低いストリンジェンシー条件下で、そしてより好ましくは中程度のストリンジェンシー条件下で、そしてさらにより好ましくは高いストリンジェンシー条件下で、そしてさらにより好ましくは非常に高いストリンジェンシー条件下で、天然に存在するＰＳレセプターをコードする核酸配列（すなわち、ＰＳレセプターをコードする、天然に存在する対立遺伝子改変体およびフラグメントを含む）の相補体とハイブリダイズする単離された核酸分子を含む。好ましくは、本発明のＰＳレセプタータンパク質（ＰＳレセプターホモログを含む）をコードする単離された核酸分子は、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９または配列番号１０によって示されるアミノ酸配列あるいはこの機能的フラグメントからなるＰＳレセプタータンパク質をコードする核酸配列の相補体と、低いか、中程度か、高いかまたは非常に高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる。１つの実施形態において、単離された核酸分子は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８によって示される核酸配列、あるいは機能的ＰＳレセプター（例えば、可溶性ＰＳレセプター）をコードするこのフラグメントの相補体と、低いか、中程度か、高いかまたは非常に高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする核酸配列を含むか、これらから実質的になるか、またはこれらからなる。
【００６６】
本明細書中で使用される場合、ハイブリダイゼーション条件とは、この条件下で核酸分子が類似の核酸分子を同定するために使用される、標準的なハイブリダイゼーション条件をいう。このような標準的な条件は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｓ  Ｐｒｅｓｓ、１９８９において開示される。Ｓａｍｂｒｏｏｋらの同書は、その全体が本明細書中で参考として援用される（具体的には、９．３１−９．６２頁を参照のこと）。さらに、ヌクレオチドの種々の程度の誤対合を可能にするハイブリダイゼーションを達成するための適切なハイブリダイゼーション条件および洗浄条件を算定する式は、例えば、Ｍｅｉｎｋｏｔｈら、１９８４、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１３８、２６７−２８４に開示される；Ｍｅｉｎｋｏｔｈらの同書は、その全体が本明細書中で参考として援用される。
【００６７】
より詳細には、本明細書中でいう場合、低いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件および洗浄条件とは、このハイブリダイゼーション反応においてプローブに使用されている核酸分子に対して少なくとも約５０％の核酸配列同一性を有する核酸分子の単離を可能にする条件をいう（すなわち、約５０％以下のヌクレオチドの誤対合を可能にする条件）。本明細書中でいう場合、中程度のストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件および洗浄条件とは、このハイブリダイゼーション反応においてプローブに使用されている核酸分子に対して少なくとも約７０％の核酸配列同一性を有する核酸分子の単離を可能にする条件をいう（すなわち、約３０％以下のヌクレオチドの誤対合を可能にする条件）。本明細書中でいう場合、高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件および洗浄条件とは、このハイブリダイゼーション反応においてプローブに使用されている核酸分子に対して少なくとも約８０％の核酸配列同一性を有する核酸分子の単離を可能にする条件をいう（すなわち、約２０％以下のヌクレオチドの誤対合を可能にする条件）。本明細書中でいう場合、非常に高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件および洗浄条件とは、このハイブリダイゼーション反応においてプローブに使用されている核酸分子に対して少なくとも約９０％の核酸配列同一性を有する核酸分子の単離を可能にする条件をいう（すなわち、約１０％以下のヌクレオチドの誤対合を可能にする条件）。上記のように、当業者は、Ｍｅｉｎｋｏｔｈらの同書の式を使用して、これらの特定のレベルのヌクレオチド誤対合を達成するための適切なハイブリダイゼーション条件および洗浄条件を算定し得る。このような条件は、ＤＮＡ：ＲＮＡハイブリッドまたはＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドが形成されているか否かに依存して異なる。ＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドについて算定された融解温度は、ＤＮＡ：ＲＮＡハイブリッドについての融解温度より１０℃低い。特定の実施形態において、ＤＮＡ：ＤＮＡハイブリッドについてのストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、イオン強度６×ＳＳＣ（０．９ＭのＮａ＋）で、約２０℃と約３５℃との間、より好ましくは約２８℃と約４０℃との間、そしてさらにより好ましくは約３５℃と約４５℃との間の温度でのハイブリダイゼーションを含む。特定の実施形態において、ＤＮＡ：ＲＮＡハイブリッドについてのストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、イオン強度６×ＳＳＣ（０．９ＭのＮａ＋）で、約３０℃と約４５℃との間、より好ましくは約３８℃と約５０℃との間、そしてさらにより好ましくは約４５℃と約５５℃との間の温度でのハイブリダイゼーションを含む。これらの値は、約１００ヌクレオチドより大きい分子、０％ホルムアミドおよび約４０％のＧ＋Ｃ含量についての融解温度の算定に基づく。あるいは、Ｔｍは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（上出）９．３１−９．６２頁に示されるように、実験的に算定され得る。
【００６８】
本発明に従って、単離された核酸分子は、その天然の環境から除去された（すなわち、ヒトの操作に供されている）核酸分子であり、その天然の環境は、この核酸分子が天然に見出されるゲノムまたは染色体である。このように、「単離された」は、この核酸分子がどの程度精製されたかを必ずしも反映しないが、この核酸分子が天然に見出されるゲノム全体または染色体全体をこの分子が含まないことを示す。単離された核酸分子は、遺伝子を含み得る。遺伝子を含む単離された核酸分子は、このような遺伝子を含む染色体のフラグメントではないが、むしろこの遺伝子に関するが同じ染色体上に天然に見出されるさらなる遺伝子ではないコード領域および調節領域を含む。単離された核酸分子はまた、正常には天然の特定の核酸配列に隣接しないさらなる核酸（すなわち、異種の配列）が隣接する（すなわち、この配列の５’末端および／または３’末端で）特定の核酸配列を含み得る。単離された核酸分子としては、ＤＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）またはＤＮＡもしくはＲＮＡのいずれかの誘導体（例えば、ｃＤＮＡ）が挙げられ得る。句「核酸分子」は主に、物理的な核酸分子をいい、そして句「核酸配列」は主に、この核酸分子上のヌクレオチドの配列をいうが、これら２つの句は、相互転換可能に、特にタンパク質をコードし得る核酸分子または核酸配列について使用され得る。
【００６９】
好ましくは、本発明の単離された核酸分子は、組換えＤＮＡ技術（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅、クローニング）または化学合成を使用して、生成される。単離された核酸分子としては、天然の核酸分子およびそのホモログ（天然の対立遺伝子改変体、および、改変がＰＳレセプターの生物学的活性に所望の効果を提供するような様式でヌクレオチドが挿入され、欠失され、置換されそして／または転位された、改変された核酸分子を含むが、これらに限定されない）が挙げられる。対立遺伝子改変体およびタンパク質ホモログ（例えば、核酸ホモログによってコードされるタンパク質）は、上記で詳細に議論されている。
【００７０】
核酸分子ホモログは、当業者に公知の多くの方法を使用して生成され得る（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋらの同書を参照のこと）。例えば、核酸分子は、種々の技術（古典的な変異誘発技術および組換えＤＮＡ技術（例えば、部位特異的変異誘発、変異を誘発するための核酸分子の化学的処理、核酸フラグメントの制限酵素切断、核酸フラグメントの連結、核酸配列の選択された領域のＰＣＲ増幅および／または変異誘発、オリゴヌクレオチド混合物の合成および核酸分子の混合物を「構築」するための混合物群の連結、ならびにこれらの組み合わせ）を含むが、これらに限定されない）を使用して改変され得る。核酸分子ホモログは、この核酸によってコードされるタンパク質の機能についてスクリーニングすることによって、および／または野生型遺伝子とのハイブリダイゼーションによって、改変された核酸の混合物から選択され得る。
【００７１】
本発明の核酸分子の最小サイズは、所望の生物学的活性を有するＰＳレセプタータンパク質をコードするのに十分なサイズであるか、または天然のタンパク質をコードする核酸分子の相補配列と安定なハイブリッドを形成し得る（例えば、中程度、高度、または非常に高度なストリンジェント条件下で）プローブまたはオリゴヌクレオチドプライマーを形成するのに十分なサイズである。従って、このようなタンパク質をコードする核酸分子のサイズは、核酸組成ならびにこの核酸分子と相補配列との間の相同性または同一性の割合、ならびにハイブリダイゼーション条件それ自体（例えば、温度、塩濃度、およびホルムアミド濃度）に依存し得る。オリゴヌクレオチドプライマーまたはプローブとして使用される核酸分子の最小サイズは、代表的に、その核酸分子がＧＣリッチである場合、少なくとも約１２〜約１５ヌクレオチド長であり、そしてこれらがＡＴリッチである場合、少なくとも約１５〜約１８塩基長である。この核酸分子はタンパク質コード配列（例えば、ＰＳレセプターコード配列）の一部または全長タンパク質をコードする核酸配列を含み得るという点で、本発明の核酸分子の最大サイズに、実施上の制限以外は、制限がない。核酸配列およびこのような配列によってコードされるＰＳレセプタータンパク質の好ましい長さは、本明細書中に以前に記載されている。
【００７２】
本発明の１つの実施形態は、本発明の単離された核酸分子を含む組換え核酸分子である。本発明に従って、組換え核酸分子は、異種核酸配列に連結した少なくとも１つの本発明の単離された核酸分子を含む。このような異種核酸配列は、代表的に、組換え核酸ベクター（例えば、組換えベクター）である。この組換え核酸ベクターは、クローニング、配列決定、および／または核酸分子の別の操作（例えば、核酸分子を発現させそして／またはこの核酸分子を宿主細胞に送達して組換え細胞を形成することによる）に適している。このようなベクターは、天然に本発明の核酸配列に隣接して見出されない核酸分子である異種核酸配列を含むが、このベクターはまた、天然に本発明の核酸分子に隣接して見出される調節核酸配列（例えば、プロモーター、非翻訳領域）を含み得る（以下に詳細に議論される）。ベクターは、ＲＮＡまたはＤＮＡのいずれかであり得、原核生物または真核生物のいずれかであり得、そして代表的に、ウイルスまたはプラスミドである。このベクターは、染色体外エレメント（例えば、プラスミド）として維持され得るか、またはこのベクターは、染色体に組み込まれ得る。ベクター全体は、宿主細胞内に配置されたままであり得るか、または特定の条件下で、このプラスミドＤＮＡは、本発明の核酸分子を残して欠失され得る。組込まれた核酸分子は、染色体プロモーターの制御下、ネイティブプロモーターもしくはプラスミドプロモーターの制御下、またはいくつかのプロモーターの組み合わせの制御下であり得る。核酸分子の単一コピーまたは複数コピーは、染色体に組み込まれ得る。本明細書中に使用される場合、句「組換え核酸分子」は、主に、クローン化され、操作され、宿主細胞に形質転換される核酸配列（すなわち、インサート）が連結された組換えベクターをいうために使用される。
【００７３】
１つの実施形態において、本発明の組換えベクターは、核酸分子をベクターに挿入することによって産生される組換え核酸分子がこの核酸分子インサートによってコードされるタンパク質を発現または産生するために使用され得るような、発現ベクターである。本明細書中に使用される場合、句「発現ベクター」は、コードされる産物（例えば、目的のタンパク質）の産生に適したベクターをいうために使用される。より詳細には、産生される産物（例えば、ＰＳレセプター）をコードする核酸配列は、組換え核酸分子を産生するための組換えベクターに挿入される。産生されるタンパク質をコードする核酸配列は、この核酸配列がベクターの調節配列に作動可能に連結される様式でベクターに挿入され、このベクターは、組換え分子が宿主細胞に導入された場合、この核酸配列の転写および翻訳を可能にする。
【００７４】
本発明に従って、句「作動可能に連結された」は、核酸分子が宿主細胞にトランスフェクトされた場合（すなわち、形質転換、形質導入、トランスフェクト、結合体化また誘導された場合）に発現され得るような様式で、転写制御配列にこの核酸分子を連結させることをいう。転写制御配列は、転写の開始、伸長、または終結を制御する配列である。特に重要な転写制御配列は、転写開始を制御する配列（例えば、プロモーター配列、エンハンサー配列、オペレーター配列およびリプレッサー配列）である。適切な転写制御配列は、本発明のＰＳレセプタータンパク質を発現するのに有用な組換え細胞のうちの少なくとも１つにおいて機能し得る任意の転写制御配列を含む。種々のこのような転写制御配列は、当業者に公知である。好ましい転写制御配列としては、細菌細胞、真菌細胞（例えば、酵母）、昆虫細胞、植物細胞または動物細胞、そして特に、哺乳動物細胞（単球またはマクロファージを含むがこれらに限定されない）において機能する配列が挙げられる。
【００７５】
本発明の組換え分子（ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかであり得る）はまた、さらなる調節配列（例えば、翻訳調節配列、複製起点、およびその組換え細胞と適合性である他の調節配列）を含み得る。１つの実施形態において、本発明の組換え分子（宿主細胞染色体に組込まれるものを含む）はまた、分泌シグナル（すなわち、シグナルセグメント核酸配列）を含み、発現されたＰＳレセプタータンパク質がこのタンパク質を産生する細胞から分泌されることを可能にする。適切なシグナルセグメントとしては、本発明のＰＳレセプタータンパク質と天然に結合する単一セグメントまたは本発明に従うＰＳレセプタータンパク質の分泌を指向し得る任意の異種シグナルセグメントが挙げられる。別の実施形態において、本発明の組換え分子は、リーダー配列を含み、発現されたＰＳレセプタータンパク質が宿主細胞の膜に送達され挿入されることを可能にする。適切なリーダー配列としては、本発明のＰＳレセプタータンパク質と天然に結合するリーダー配列、またはこのＰＳレセプタータンパク質の細胞膜への送達および挿入を指向し得る任意の異種リーダー配列が挙げられる。
【００７６】
本発明の１つ以上の組換え分子は、本発明のコードされる産物（例えば、ＰＳレセプタータンパク質）を産生するために使用され得る。１つの実施形態において、コードされる産物は、このタンパク質を産生するのに効果的な条件下で本明細書中に記載されるような核酸分子を発現することによって産生される。コードされるタンパク質を産生するための好ましい方法は、宿主細胞を１つ以上の組換え分子でトランスフェクトして、組換え細胞を形成することによる。トランスフェクトされる適切な宿主細胞としては、トランスフェクトされ得る任意の細菌細胞、真菌細胞（例えば、酵母）、昆虫細胞、植物細胞または動物細胞が挙げられるが、これらに限定されない。宿主細胞は、トランスフェクトされていない細胞、または少なくとも１つの核酸分子で既にトランスフェクトされた細胞のいずれかであり得る。
【００７７】
本発明に従って、用語「トランスフェクション」は、外来核酸分子（すなわち、組換え核酸分子）が細胞に挿入され得る任意の方法をいうために使用される。用語「トランスフォーメーション」は、このような用語が、微生物細胞（例えば、細菌および酵母）への核酸分子の導入をいうために使用される場合、用語「トランスフェクション（形質転換）」と交換可能に使用され得る。微生物系において、用語「トランスフォーメーション（形質転換）」は、微生物による外来核酸の獲得に起因した遺伝変化を記載するために使用され、用語「トランスフェクション」と本質的に同義語である。しかし、動物細胞において、トランスフォーメーションは、第２の意味を持ち、例えば、この細胞が癌性になった後の培養中の細胞の増殖特性における変化を言及し得る。従って、混乱を避けるために、用語「トランスフェクション」は、好ましくは、外来核酸の動物細胞への導入に関して使用され、そして用語「トランスフェクション」は、概して、この用語が外来核酸の細胞への導入に関する範囲まで、動物細胞のトランスフェクションおよび微生物細胞のトランスフォーメーション（形質転換）の両方を含むために本明細書中において使用される。従って、トランスフェクション技術としては、トランスフォーメーション（形質転換）、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、吸着、感染およびプロトプラスト融合が挙げられるが、これらに限定されない。
【００７８】
１つの実施形態において、本発明の単離されたＰＳレセプタータンパク質は、このタンパク質を発現する細胞をこのタンパク質を産生するのに効果的な条件下で培養し、そしてこのタンパク質を回収することによって産生される。培養のための好ましい細胞は、本発明の組換え細胞である。効果的な培養条件としては、タンパク質産生を可能にする効果的な培地、バイオリアクター、温度、ｐＨおよび酸素条件が挙げられるがこれらに限定されない。効果的な培地は、細胞が本発明のＰＳレセプタータンパク質を産生するために培養される任意の培地をいう。このような培地は代表的に、同化性の炭素、窒素、およびリン酸供給源、ならびに適切な塩、無機物、金属および他の栄養素（例えば、ビタミン）を有する水性の培地を含む。適切な培地および培養条件の例は、実施例の節に詳細に議論される。本発明の細胞は、従来の発酵バイオリアクター、振盪フラスコ、試験管、マイクロタイターディッシュ、およびペトリプレート中で培養され得る。培養は、組換え細胞に適した温度、ｐＨおよび酸素条件で実行され得る。このような培養条件は、当業者の専門技術内である。
【００７９】
産生に使用されるベクターおよび宿主系に依存して、得られる本発明のタンパク質は、組換え細胞の中に残ったままか；培養培地に分泌されるか；２つの細胞膜間の空間（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉの細胞周辺腔）に分泌されるか；または、細胞膜もしくはウイルス膜の外表面上に保持されるかのいずれかであり得る。句「タンパク質の回収」は、タンパク質を含む全培養培地を収集することをいい、分離または精製のさらなる工程を含意する必要はない。本発明のタンパク質は、種々の標準的なタンパク質精製技術（例えば、アフィニティークロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、濾過、電気泳動、疎水性相互作用クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラフィー、逆相クロマトグラフィー、コンカナバリンＡクロマトグラフィー、等電点電気泳動および示差的可溶化が挙げられるが、これらに制限されない）を用いて精製され得る。
【００８０】
本発明のタンパク質は、好ましくは、「実質的に純粋な」形態で回収され、獲得され、そして／または使用される。本明細書中に使用される場合、「実質的に純粋な」は、本発明に従うインビトロ、エキソビボ、またはインビボにおけるタンパク質の効果的な使用を可能にする純度をいう。本発明に従うインビトロ方法、エキソビボ方法、またはインビボ方法に有用であるタンパク質に関して、「実質的に純粋な」タンパク質は、本発明によって開示される方法におけるその使用をおそらく妨げるかもしくは妨げる夾雑物、他のタンパク質および／または化学物質、あるいは本発明によって開示される方法において使用される場合にＰＳレセプタータンパク質との包含に少なくとも望ましくない夾雑物、他のタンパク質および／または化学物質を実質的に含まない。このような方法は、抗体産生、アゴニスト／アンタゴニスト同定アッセイ、治療組成物の調製、治療組成物の投与、ならびに本明細書中に開示される全ての他の方法を含む。好ましくは、「実質的に純粋な」タンパク質は、本明細書中に参照される場合、任意の方法によって（すなわち、天然の供給源からの直接的な精製によってか、組換え的にか、または合成的に）産生され得、そして他のタンパク質成分から精製されたタンパク質であり、その結果、このホスファチジルセリンレセプタータンパク質は、所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも約８０％重量／重量（例えば、ＰＳレセプターは、溶液／組成物／緩衝液中のタンパク質の約８０％である）、より好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも約８５％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも約９０％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも約９１％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも９２％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも９３％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも９４％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも９５％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも９６％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも９７％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも９８％重量／重量、そしてより好ましくは所定の組成物中の総タンパク質の少なくとも９９％重量／重量を含む。
【００８１】
本発明の１つの実施形態は、本発明のＰＳレセプターに選択的に結合する抗体または抗原結合フラグメントに関する。このような抗体は、本明細書中に記載されるＰＳレセプタータンパク質（このようなレセプターのフラグメントおよび他のホモログを含む）のうちのいずれかに選択的に結合し得る。本発明に従って、句「選択的に結合する」は、特定されたタンパク質（例えば、本発明のＰＳレセプター）に優先的に結合する本発明の抗体、抗原結合フラグメントまたは結合パートナーの能力をいう。より詳細には、句「選択的に結合する」は、１つのタンパク質の別のものへの（例えば、抗体、そのフラグメント、または結合パートナーの抗原への）特異的な結合をいい、ここで、任意の標準的なアッセイ（例えば、イムノアッセイ）によって測定される場合、結合レベルは、このアッセイのバックグラウンドコントロールよりも統計学的に有意に高い。例えば、イムノアッセイを実施する場合、コントロールは、代表的に、抗体または抗原結合フラグメント単独（すなわち、抗原がない）を含む反応ウェル／チューブを含み、ここで、抗原の非存在下での抗体またはその抗原結合フラグメントによる反応性の量（例えば、ウェルに対する非特異的な結合）は、バックグラウンドとみなされる。結合は、当該分野で標準的な種々の方法（酵素イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、イムノブロットアッセイなどを含む）を用いて測定され得る。
【００８２】
抗体は、これらが免疫グロブリンドメインを含む点で特徴付けられ、従って、これらは、免疫グロブリンスーパーファミリーのタンパク質のメンバーである。一般的に、抗体分子は、２つの型の鎖を含む。１つ目の型の鎖は、重鎖またはＨ鎖といわれ、そして他方の鎖は、軽鎖またはＬ鎖といわれる。２つの鎖は、等モル比で存在し、各抗体分子は、代表的に、２つのＨ鎖および２つのＬ鎖を有する。この２つのＨ鎖は、ジスルフィド結合によって一緒に連結され、そして各Ｈ鎖は、ジスルフィド結合によってＬ鎖に連結される。Ｌ鎖は、ラムダ（λ）鎖およびカッパ（κ）鎖と称される２つの型のみが存在する。Ｈ鎖は、対照的に、アイソタイプと称される５つの主要なクラスが存在する。この５つのクラスとしては、免疫グロブリンＭ（ＩｇＭまたはμ）、免疫グロブリンＤ（ＩｇＤまたはδ）、免疫グロブリンＧ（ＩｇＧまたはλ）、免疫グロブリンＡ（ＩｇＡまたはα）、および免疫グロブリンＥ（ＩｇＥまたはε）が挙げられる。このようなアイソタイプ間の特有の特徴は、免疫グロブリンの定常領域によって規定され、そして以下により詳細に議論される。ヒト免疫グロブリン分子は、９つのアイソタイプ（ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧの４つのサブクラス（ＩｇＧ１（γ１）、ＩｇＧ２（γ２）、ＩｇＧ３（γ３）およびＩｇＧ４（γ４）を含む）、およびＩｇＡの２つのサブクラス（ＩｇＡ１（α１）およびＩｇＡ２（α２）を含む））を含む。
【００８３】
免疫グロブリン分子のＨ鎖またはＬ鎖の各々は、Ｌ鎖可変ドメイン（ＶＬドメイン）およびＬ鎖定常ドメイン（ＣＬドメイン）、ならびにＨ鎖可変ドメイン（ＶＨドメイン）およびＨ鎖定常ドメイン（ＣＨドメイン）と称される２つの領域を含む。完全なＣＨドメインは、３つのサブドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３）およびヒンジ領域を含む。あわせると、１つのＨ鎖および１つのＬ鎖は、免疫グロブリン可変領域を有する免疫グロブリン分子のアームを形成し得る。完全免疫グロブリン分子は、２つの結合した（例えば、ジスルフィド連結した）アームを含む。従って、全免疫グロブリンの各アームは、ＶＨ＋Ｌ領域およびＣＨ＋Ｌ領域を含む。本明細書中に使用される場合、用語「可変領域」または「Ｖ領域」は、ＶＨ＋Ｌ領域（Ｆｖフラグメントとしても公知）、ＶＬ領域またはＶＨ領域をいう。また本明細書中に使用される場合、用語「定常領域」または「Ｃ領域」は、ＣＨ＋Ｌ領域、ＣＬ領域、ＣＨ領域をいう。
【００８４】
プロテアーゼを用いた免疫グロブリンの制限消化は、２つのフラグメントを生成し得る。抗原結合フラグメントは、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、またはＦ（ａｂ’）２フラグメントといわれる。抗原に結合する能力を欠くフラグメントは、Ｆｃフラグメントといわれる。Ｆａｂフラグメントは、ＶＨ領域と対になったＬ鎖（ＶＬ＋ＣＬドメイン）およびＣＨ領域の一部（ＣＨ１ドメイン）を含む免疫グロブリン分子の１つのアームを含む。Ｆａｂ’フラグメントは、ＣＨ１ドメインに結合したヒンジ領域の一部を有するＦａｂフラグメントに対応する。Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは、代表的にヒンジ領域において通常ジスルフィド結合を介して互いに共有結合した２つのＦａｂ’フラグメントに対応する。
【００８５】
ＣＨドメインは、免疫グロブリンのアイソタイプを規定し、そのアイソタイプに依存して異なる機能的特徴を与える。例えば、μ定常領域は、ＩｇＭ分子の５量体凝集体の形成を可能にし、そしてα定常領域は、２量体の形成を可能にする。
【００８６】
免疫グロブリン分子の抗原特異性は、可変領域（すなわち、Ｖ領域）のアミノ酸配列によって与えられる。従って、異なる免疫グロブリン分子のＶ領域は、その抗原特異性に有意に依存して変化し得る。Ｖ領域の特定の部分は、他よりも保存されており、そしてフレームワーク領域（ＦＷ領域）といわれる。対照的に、Ｖ領域の特定の部分は、非常に可変であり、超可変領域を示される。ＶＬおよびＶＨドメインが免疫グロブリン分子内で対になる場合、各ドメイン由来の超可変領域は、結合して、抗原結合部位を形成する超可変ループを作製する。従って、超可変ループは、免疫グロブリンの特異性を決定し、そしてこれらの表面は抗原に相補的なので相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される。
【００８７】
Ｖ領域のさらなる可変性は、免疫グロブリンＶ領域をコードする遺伝子セグメントの組合わせの可変性によって提供される。免疫グロブリン遺伝子は、複数の生殖遺伝子セグメントを含み、このセグメントは、体細胞的に再配置されて、免疫グロブリン分子をコードする再配置された免疫グロブリン遺伝子を形成する。ＶＬ領域は、Ｌ鎖Ｖ遺伝子セグメントおよびＪ遺伝子セグメント（連結セグメント）によってコードされる。ＶＨ領域は、Ｈ鎖Ｖ遺伝子セグメント、Ｄ遺伝子セグメント（多様性セグメント）およびＪ遺伝子セグメント（連結セグメント）によってコードされる。
【００８８】
Ｌ鎖およびＨ鎖のＶ遺伝子セグメントの両方は、重要なアミノ酸配列可変性の３つの領域を含む。このような領域は、それぞれ、Ｌ鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびにＨ鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３といわれる。Ｌ鎖ＣＤＲ１の長さは、異なるＶＬ領域間で実質的に変化し得る。例えば、ＣＤＲ１の長さは、約７アミノ酸〜約１７アミノ酸で変化し得る。対照的に、Ｌ鎖ＣＤＲ２およびＣＤＲ３の長さは、代表的に、異なるＶＬ領域間で変化しない。Ｈ鎖ＣＤＲ３の長さは、異なるＶＨ領域間で実質的に変化し得る。例えば、ＣＤＲ３の長さは、約１アミノ酸〜約２０アミノ酸で変化し得る。各Ｈ鎖ＣＤＲ領域およびＬ鎖ＣＤＲ領域は、ＦＷ領域が隣接する。
【００８９】
免疫グロブリン分子の他の機能的な局面としては、免疫グロブリン分子の結合価、免疫グロブリン分子の親和性、および免疫グロブリン分子のアビディティーが挙げられる。本明細書中に使用される場合、親和性は、免疫グロブリン分子が免疫グロブリン分子上の単一部位で抗原に結合する強度をいう（すなわち、一価抗原に結合する一価Ｆａｂフラグメント）。親和性は、アビディティーと異なる。このアビディティーは、免疫グロブリンが抗原に結合する強度の総和をいう。免疫グロブリン結合親和性は、当該分野で標準的な技術（例えば、競合結合技術、平衡透析またはＢＩＡｃｏｒｅ方法）を用いて測定され得る。本明細書中に使用される場合、結合価は、１免疫グロブリン分子当たりの異なる抗原結合部位の数（すなわち、１抗原結合フラグメントの抗体分子当たりの抗原結合部位の数）をいう。例えば、一価の免疫グロブリン分子は、１度に１つの抗原にのみ結合し得、一方、二価の免疫グロブリン分子は、１度に２つ以上の抗原に結合し得、以下同様であり得る。本発明のＰＳレセプターに選択的に結合する一価抗体および二価抗体の両方は、本明細書中に含まれる。
【００９０】
本発明の１つの実施形態において、一価抗体は、調節化合物として使用され得る（以下に議論される）。このような抗体は、レセプターを凝集し得ない。二価抗体はまた、本発明において使用され得る。
【００９１】
１つの実施形態において、抗体は、二重特異的抗体であるか、または多重特異的抗体である。二重特異的（または多重特異的）抗体は、二価抗体（または多価抗体）のように、２（またはそれより多くの）抗原に結合し得るが、この場合、抗原は、異なる抗原である（すなわち、抗体は、二重またはより大きい特異性を示す）。本発明の方法における使用に適した二重特異的抗体としては、以下を有する抗体が挙げられる（ａ）ＰＳレセプターに結合する第１の部分（例えば、第１の抗原結合部分）；および（ｂ）ＰＳレセプターを発現する細胞によって発現される細胞表面分子に結合する第２の部分。この実施形態において、第２の部分は、任意の細胞表面分子に結合し得る。好ましい実施形態において、第２の部分は、調節抗体を特定の標的細胞に標的化し得る（すなわち、調節抗体は、標的分子に結合する）。例えば、二重特異的抗体の第２の部分は、標的細胞（例えば、マクロファージ、線維芽細胞、または上皮細胞）上の別の細胞表面分子に結合する抗体であり得る。
【００９２】
本発明の単離された抗体は、このような抗体、または多様な程度に精製された抗体を含む血清を含み得る。本発明の抗体全体は、ポリクローナルまたはモノクローナルであり得る。あるいは、抗体全体の機能的等価物（例えば、１つ以上の抗体ドメインが短縮されたかもしくは存在しない抗原結合フラグメント（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、またはＦ（ａｂ）２フラグメント）、ならびに遺伝子操作された抗体もしくはその抗原結合フラグメント（単鎖抗体または１より多くのエピトープに結合し得る抗体（例えば、二重特異的抗体）を含む）、または１つ以上の異なる抗原に結合し得る抗体（例えば、二重特異的抗体または多重特異的抗体を含む））がまた、本発明によって使用され得る。
【００９３】
本発明の遺伝子操作された抗体としては、標準的な組換えＤＮＡ技術（抗体可変領域および／または定常領域をコードするＤＮＡの操作および再発現を含む）によって産生された抗体が挙げられる。特定の例としては、キメラ抗体（ここで、この抗体のＶＨおよび／またはＶＬドメインは、抗体の残りの部分に対して異なる供給源に由来する）、ＣＤＲ移植抗体（およびその抗原結合フラグメント）（ここで、少なくとも１つのＣＤＲ配列および必要に応じて少なくとも１つの可変領域フレームワークアミノ酸は、１つの供給源に由来し、そしてその可変領域および定常領域（適切な場合）の残りの部分は、異なる供給源に由来する）が挙げられる。キメラ抗体およびＣＤＲ移植抗体の構築は、例えば、欧州特許出願ＥＰ−Ａ　０１９４２７６、ＥＰ−Ａ　０２３９４００、ＥＰ−Ａ　０４５１２１６、およびＥＰ−Ａ　０４６０６１７に記載される。
【００９４】
一般的に、抗体の産生において、適切な実験動物（例えば、ウサギ、ヒツジ、ハムスター、モルモット、マウス、ラット、またはニワトリなどであるが、これらに限定されない）は、抗原（これに対して、抗体が所望される）に曝露される。代表的に、動物は、動物に注射される有効量の抗原を用いて免疫される。抗原の有効量は、動物による抗体産生を誘導するために必要とされる量をいう。次いで、動物の免疫系を、予め決定した期間にわたって応答させる。免疫プロセスは、免疫系がその抗原に対する抗体を産生することが見出されるまで、反復され得る。その抗原に特異的なポリクローナル抗体を得るために、所望の抗体を含む動物から血清が収集される（または、ニワトリの場合、抗体は、卵から収集され得る）。このような血清は、試薬として有用である。ポリクローナル抗体は、例えば、硫酸アンモニウムを用いて血清（または、卵）を処理することによって、血清（または、卵）からさらに精製され得る。
【００９５】
モノクローナル抗体は、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ（Ｎａｔｕｒｅ　２５６：４９５−４９７，１９７５）の方法論に従って産生され得る。例えば、Ｂリンパ球が、免疫された動物の脾臓（または任意の適切な組織）から収集され、次いで、適切な培養培地中での継続的な増殖が可能なハイブリドーマ細胞の集団を得るために骨髄腫細胞と融合される。所望の抗体を産生するハイブリドーマは、このハイブリドーマが所望の抗原に結合することによって産生される抗体の能力を試験することによって選択される。
【００９６】
本発明の抗体を産生するための好ましい方法は、（ａ）抗体を産生するために、本発明のタンパク質、ペプチド、またはその模倣物の有効量を動物に投与する工程、および（ｂ）この抗体を回収する工程、を包含する。別の方法において、本発明の本発明は、組換え的に産生される。例えば、一旦、本発明に従う抗体を発現する細胞株（例えば、ハイブリドーマ）が得られると、これからｃＤＮＡをクローン化すること、および所望の抗体をコードする可変領域遺伝子（ＣＤＲをコードする配列を含む）を同定することが可能である。ここから、本発明に従う抗体および抗原結合フラグメントが、少なくとも抗体の重鎖または軽鎖の可変ドメインをコードするＤＮＡ配列、および必要に応じて、所望の重鎖および／または軽鎖の残りの部分をコードする他のＤＮＡ配列を含む１つ以上の複製可能な発現ベクターを調製し、そして抗体の産生が起きる適切な宿主細胞を形質転換／トランスフェクトすることによって、得られ得る。適切な発現宿主としては、細菌（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ菌株）、真菌（特に、酵母（例えば、Ｐｉｃｈｉａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、またはＫｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓの属のメンバー）および哺乳動物細胞株（例えば、マウスＮＳＯ株のような非産生性骨髄腫細胞株、またはＣＨＯ細胞）が挙げられる。効率的な転写および翻訳を得るために、各ベクター中のＤＮＡ配列は、適切な制御配列、特に、可変ドメイン配列に作動可能に連結したプロモーターおよびリーダー配列を含むはずである。このようにして抗体を産生するための特定の方法は、一般に周知であり、そして慣用的に利用される。例えば、基本的な分子生物学的手順は、Ｍａｎｉａｔｉｓら（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ，１９８９）に記載され；ＤＮＡ配列決定は、Ｓａｎｇｅｒら（ＰＮＡＳ　７４，５４６３，（１９７７））およびＡｍｅｒｓｈａｍ　Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ　ｐｌｃ　ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ｈａｎｄｂｏｏｋに記載されるように行われ得；そして部位特異的変異誘発は、Ｋｒａｍｅｒら（Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．１２，９４４１，（１９８４））およびＡｎｇｌｉａｎ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　Ｌｔｄ．のハンドブックの方法に従って実施され得る。さらに、ＤＮＡの操作、発現ベクターの産生および適切な細胞の形質転換によって抗体を調製するために適切な技術を詳述する多数の刊行物（特許明細書を含む）が存在し、例えば、Ｍｏｕｎｔａｉｎ　ＡおよびＡｄａｉｒ，Ｊ　Ｒ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　ａｎｄ　Ｇｅｎｅｔｉｃ　Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ　Ｒｅｖｉｅｗｓ（Ｔｏｍｂｓ，ＭＰ編、１０，第１章，１９９２，Ｉｎｔｅｒｃｅｐｔ，Ａｎｄｏｖｅｒ，ＵＫ）によって、ならびに上記の欧州特許出願において、概説される。
【００９７】
例えば、ファージディスプレイ技術（例えば、米国特許第５９６９１０８号、同第５５６５３３２号、同第５８７１９０７号、同第５８５８６５７号を参照のこと）を利用する代替的方法、または米国特許第５６２７０５２号の選択されたリンパ球抗体方法はまた、当業者に容易に明らかなように、本発明の抗体および／または抗原のフラグメントの産生のために使用され得る。
【００９８】
規定されたタンパク質に対して惹起された抗体は、有利であり得る。なぜなら、このような抗体は、他の物質に対する抗体（これは、さもなくば診断アッセイにおける妨害、または治療組成物中で使用される場合の副作用を引き起こし得る）で実質的に汚染されていないためである。本発明のＰＳレセプターに選択的に結合する抗体は、実施例１に記載される。
【００９９】
本発明はまた、本発明のＰＳレセプターに選択的に結合し、かつ適切に活性化または阻害するように設計された非抗体ポリペプチド（ときどき、結合パートナーといわれる）にまで拡張する。このようなポリペプチド（これは、規定されたリガンド特異性を有する）の設計の例は、Ｂｅｓｔｅら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９６：１８９８−１９０３，１９９９）（これは、その全体において本明細書中で参考として援用される）において提供される。
【０１００】
本発明の別の実施形態は、本発明のホスファチジルセリンレセプターのアゴニストに関する。好ましくは、このようなアゴニストは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号１０の群から選択されるアミノ酸配列からなるＰＳレセプターのアゴニストである。このようなアゴニストは、このようなレセプターと、このレセプターの生物学的活性が刺激または増大される様式で会合（例えば、結合）し得る任意の化合物であり得る。句「ＰＳレセプターアゴニスト化合物」または「ＰＳレセプターアゴニスト」とは、本明細書中に記載される天然に存在するＰＳレセプターの生物学的活性をアゴナイズ（例えば、刺激、誘導、増加、増大）する能力（例えば、ＰＳレセプターとの相互作用／結合および／またはＰＳレセプターの活性化によって）によって特徴付けられる任意の化合物（ホスファチジルセリンレセプター、ホスファチジルセリン、ホスファチジルセリンホモログ、および薬物設計の任意の適切な生成物（例えば、ホスファチジルセリンの模倣物）に選択的に結合し、そしてこれらを活性化するかまたは活性化を増大する抗体が挙げられるがこれらに限定されない）をいう。アゴニスト抗体の例は本明細書中に記載され、そしてモノクローナル抗体、ｍＡｂ２１７およびｍＡｂ２８４（実施例１を参照のこと）が挙げられる。本発明のホスファチジルセリンレセプターのアゴニストは、炎症を調節する方法において、そして特に炎症（例えば、移植の拒絶、自己免疫疾患）の低減（特に、炎症誘発性サイトカインの産生の低減）が望ましい場合において炎症を低減しかつ疾患または状態を処置するための方法において、特に有用である。ＰＳレセプターとアゴニストとの接触は、代表的に、このアゴニストの非存在と比較して少なくとも１つの結果を生じ、この結果としては以下が挙げられるがこれらに限定されない：（１）アゴニストのＰＳレセプターへの結合；（２）ＰＳレセプターを発現する細胞の、ホスファチジルセリン特異的な様式でアポトーシス細胞を認識する増加した能力（またはこの能力の誘導）；（３）ＰＳレセプターを発現する細胞の、ホスファチジルセリン特異的な様式でアポトーシス細胞を飲み込む増加した能力（または、この能力の誘導）；（４）ＰＳレセプターを発現する細胞（例えば、ＴＧＦβ、ＰＧＥ２）による抗炎症性メディエータの増加した産生；（５）ＰＳレセプターを発現する細胞（例えば、ＴＮＦα、ケモカイン、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１）による炎症誘発性メディエータの減少した産生；ならびに（６）ＰＳレセプターを発現する細胞の、ホスファチジルセリン発現粒子（脂質対称性赤血球、ＰＳ含有リポソーム、寄生生物、ウイルス、およびホスファチジルセリンまたはそのホモログを発現するほかの微生物が挙げられるがこれらに限定されない）に結合し、そして／または飲み込む増加した能力（またはこの能力の誘導）。
【０１０１】
本発明のなお別の実施形態は、本発明のホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストに関する。好ましくは、このようなアンタゴニストは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号１０の群から選択されるアミノ酸配列からなるＰＳレセプターのアンタゴニストである。句「ＰＳレセプターアンタゴニスト化合物」または「ＰＳレセプターアンタゴニスト」とは、ＰＳレセプターと、このレセプターの生物学的活性が減少する（例えば、減少する、阻害される、ブロックされる）様式で会合し得る任意の化合物をいう。このような化合物としては、このレセプターに選択的に結合し、そして天然のリガンドによるこのレセプターへの接近をブロックするか、あるいはＰＳレセプターの活性を減少または阻害する抗体、このレセプターをブロックするかまたはこのレセプターの生物学的活性を減少させる薬物設計の産物、このレセプターをコードする核酸分子に結合し、そしてこのレセプターの発現を防止するアンチセンス核酸分子、ＰＳレセプターＲＮＡに結合し、そしてこのレセプターの発現を防止するリボザイム、ならびに本明細書中に記載される溶解性ホスファチジルセリンレセプターが挙げられ得るがこれらに限定されず、これらはこのレセプターのリガンドについて天然のリガンドと競合する。本発明のホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストは、癌および感染性疾患を処置（すなわち、関連する症状の低減または改善）する方法において特に有用であり、これによって、病原性微生物はＰＳレセプターを介する宿主細胞への入口を獲得する。ＰＳレセプターまたはＰＳレセプターリガンドとＰＳレセプターアンタゴニストとの接触は、代表的に、このアンタゴニストの非存在と比較して少なくとも１つの結果を生じ、この結果としては以下が挙げられるがこれらに限定されない：（１）天然のＰＳレセプターリガンドの、ＰＳレセプターへの阻害されたかまたは減少した結合；（２）ＰＳレセプターを発現する細胞の、ホスファチジルセリン特異的様式でアポトーシス細胞を認識する減少した能力（または、この能力の誘導）；（３）ＰＳレセプターを発現する細胞の、ホスファチジルセリン特異的様式でアポトーシス細胞を飲み込む減少した能力（または、この能力の誘導）；（４）ＰＳレセプターを発現する細胞（例えば、ＴＧＦβ、ＰＧＥ２）による、抗炎症性メディエータの減少した産生；（５）ＰＳレセプターを発現する細胞（例えば、ＴＮＦα、ケモカイン、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１）による、炎症誘発性メディエータの増加した産生；ならびに（６）ＰＳレセプターを発現する細胞の、ホスファチジルセリン発現粒子（これらとしては、脂質対称性赤血球、ＰＳ含有リポソーム、寄生生物、ウイルス、およびホスファチジルセリンまたはそのホモログを発現する他の微生物が挙げられるがこれらに限定されない）に結合し、そして／または飲み込む減少した能力（またはこの能力の誘導）。
【０１０２】
薬物設計の産物であるアゴニストおよびアンタゴニストは、当該分野で公知の種々の方法を使用して産生され得る。本発明において有用な模倣物または他の治療化合物を設計するために有用な、薬物設計の種々の方法は、Ｍａｕｌｉｋら，１９９７，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ　Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ　ａｎｄ　Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．において開示され、これはその全体において本明細書中で参考として援用される。ＰＳレセプターアゴニストまたはアンタゴニストは、例えば、分子多様性戦略（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｓｔｒａｔｅｇｙ）（大きな化学的に多様な分子ライブラリーの迅速な構築を可能にする関連戦略の組合せ）、天然化合物または合成化合物のライブラリー、特に化学的またはコンビナトリアルライブラリー（すなわち、配列またはサイズにおいて異なるが、類似の結合ブロックを有する化合物のライブラリー）から得られ得るか、あるいは合理的、指向性、またはランダムな薬物設計によって得られ得る。例えば、Ｍａｕｌｉｋら，前出を参照のこと。
【０１０３】
分子多様性戦略において、生物学的、酵素的および／または化学的アプローチを使用して、例えばペプチド、オリゴヌクレオチド、炭水化物、および／または合成有機分子から大きな化合物ライブラリーが合成される。分子多様性戦略の発達における決定的なパラメータとしては、サブユニットの多様性、分子のサイズ、およびライブラリーの多様性が挙げられる。このようなライブラリーのスクリーニングの一般的な目的は、所望の標的に対して高い親和性のリガンドを得るために、組合せ選択の経時的な適用を利用し、次いでランダムまたは指向性の設計戦略のいずれかによってリード（ｌｅａｄ）分子を最適化することである。分子多様性の方法は、Ｍａｕｌｉｋ，ら，同書、に詳細に記載される。
【０１０４】
Ｍａｕｌｉｋらはまた、例えば以下を開示する：指向性の設計方法（ここで、利用者は、適切に選択されたフラグメントのフラグメントライブラリーから新規な分子を生成するプロセスを指示する）；ランダム設計方法（ここで、利用者は、候補リガンドの適応度を評価するために選択判断基準を同時に適用した上で、フラグメントおよびその組合せをランダムに変異するための遺伝的または他のアルゴリズムを使用する）；およびグリッドベースのアプローチ（ここで、利用者は、三次元レセプター構造とその小フラグメントプローブとの間の相互作用エネルギーを算出し、次いで都合のよいプローブ部位と一緒に関連させる）。
【０１０５】
本発明によれば、リボザイムは、代表的に、標的ＲＮＡリガンド（このＲＮＡ分子自体を含む）と塩基対形成し得る相補的ＲＮＡ塩基の伸展を含み、結合したＲＮＡ分子を切断し得る規定された構造の活性部位を生じる（Ｍａｕｌｉｋら，１９９７，前出を参照のこと）。したがって、リボザイムは、核酸分子についての標的化送達ビヒクルとして役立ち得るか、あるいは、例えば、このリボザイムは、ＰＳレセプターをコードするＲＮＡを標的化および結合し得、そしてこれによってＰＳレセプターの翻訳を効率的に阻害する。
【０１０６】
本明細書中で使用される場合、アンチセンス核酸分子は、ＰＳレセプターをコードする遺伝子に高ストリンジェンシー条件下でハイブリダイズすることによって、ＰＳレセプターの発現を減少する単離された核酸分子として定義される。このような核酸分子は、ＰＳレセプターをコードする核酸配列と十分に類似しており、この分子は、高ストリンジェンシー条件下で天然のＰＳレセプターをコードする遺伝子またはＲＮＡのコード鎖にハイブリダイズし得る。ＰＳレセプター遺伝子は、ＰＳレセプター遺伝子に関連する全ての核酸配列（例えば、この遺伝子によってコードされるタンパク質の産生を制御する制御配列（例えば、転写、翻訳、または翻訳後の制御領域であるがこれらに限定されない）、ならびにコード領域自体）を含む。好ましくは、本発明のアンチセンス核酸分子（ＰＳレセプターアンチセンス分子ともまたいわれる）は、高ストリンジェンシーまたは非常に高いストリンジェンシー条件下で、配列番号１、配列番号２、配列番号４、配列番号６および／または配列番号８の核酸配列、あるいはこのような核酸配列のフラグメントにハイブリダイズし、このようなフラグメントは、以下から選択される：（ａ）配列番号２の７５６と８６７との間から１２４２までのヌクレオチド；（ｂ）配列番号４の７５６と８６７との間から１２０９までのヌクレオチド；（ｃ）配列番号６の６１８と７２９との間から１０４７までのヌクレオチド；および／または（ｄ）配列番号８の７７１と８８２との間から１２２４までのヌクレオチド。特に好ましい実施形態において、本発明のＰＳレセプターアンチセンス分子は、配列番号１、配列番号２、配列番号４、配列番号６および／または配列番号８によって表される核酸配列の相補体、または上記で同定されるフラグメントのいずれかと１００％同一である。好ましくは、本発明のアンチセンス分子は、少なくとも約２５ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約５０ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約７５ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約１００ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約２００ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約３００ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約４００ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約５００ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約６００ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約７００ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約８００ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約９００ヌクレオチド長である。別の実施形態において、本発明のアンチセンス核酸分子は、好ましくは少なくとも約９４８ヌクレオチド長、およびより好ましくは少なくとも約９７５、およびより好ましくは少なくとも約１０００、およびより好ましくは少なくとも約１０２５、およびより好ましくは少なくとも約１０５０、およびより好ましくは少なくとも約１０７５、およびより好ましくは少なくとも約１１００、およびより好ましくは少なくとも約１１２５、およびより好ましくは少なくとも約１１５０、およびより好ましくは少なくとも約１１７５、およびより好ましくは少なくとも約１２００、およびより好ましくは少なくとも約１２２５、およびより好ましくは少なくとも約１２５０ヌクレオチド長である。特に好ましい実施形態において、本発明のアンチセンス核酸分子は、本発明のＰＳレセプター核酸分子のコード領域の正確な相補体である（すなわち、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８の正確な相補体）。このコード領域のアンチセンスは、必ずしも終止コドンのアンチセンスを含まないことが注意される。
【０１０７】
本発明の１つの実施形態は、ホスファチジルセリンレセプターの調節化合物を同定する方法に関する。このような方法は、以下の工程を包含する：（ａ）ホスファチジルセリンレセプタータンパク質（本明細書中で以前に記載した任意のＰＳレセプタータンパク質（そのホモログを含む）を含む）を、推定調節化合物と接触させる工程；（ｂ）この推定調節化合物がこのレセプターと結合するか否かを検出する工程；および（ｃ）この推定調節化合物が、この化合物と接触する前と比較して、このレセプターの活性を増加または減少するか否かを検出する工程。このレセプターに結合し、そしてこの化合物の非存在でのレセプターと比較して、このレセプターの活性を、増加または減少する化合物は、この推定調節化合物が、ホスファチジルセリンレセプターのレギュレータであることを示す。この検出工程は、推定調節化合物が：（ａ）レセプターと結合するか否か；（ｂ）レセプターを活性化するか否か、またはこのレセプターの刺激因子の存在下でレセプターの活性化を増加するか否か；（ｃ）このレセプターの活性化を阻害するか否か；（ｄ）このレセプターの刺激因子の存在下でこのレセプターの活性化を減少するか否か；および／または（ｅ）このレセプターを発現する細胞の生物学的活性を調節するか否か、を検出する工程を包含し得、このような生物学的活性は、このようなレセプターの活性化と関連している（例えば、ＴＧＦβの産生、炎症性サイトカインの産生／阻害、レセプターのリン酸化、アポトーシス細胞の食作用）。レセプターと推定調節化合物との接触の結果としての、このような活性のうち任意の１つ以上の検出は、この化合物が、本発明のホスファチジルセリンレセプターのレギュレータであることを示す。このような方法は、細胞ベースまたは非細胞ベースであり得る。１つの実施形態において、本発明のホスファチジルセリンレセプター、あるいはその二次元または三次元モデルは、化合物ライブラリーの大規模なスクリーニングにおいて、そして／またはコンピュータベースの薬物設計方法において使用される。１つの実施形態において、推定調節化合物がレセプターの活性化を増加または減少するか否かを検出する工程は、レセプターをこのレセプターの刺激因子と接触する工程、およびこのレセプターの活性化が、この推定調節化合物の非存在と比較して、この推定調節化合物の存在において増加または減少するか否かを検出する工程を包含する。別の実施形態において、この方法はさらに、推定調節化合物が、このレセプターを発現する細胞の生物学的活性を調節するか否かを検出する工程を包含し、この生物学的活性は、以下からなる群から選択される：トランスホーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）の産生、プロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）の産生、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）の産生、ケモカインの産生、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）の産生、インターロイキン−１（ＩＬ−１）の産生、レセプターのリン酸化、およびアポトーシス細胞の食作用。ＰＳレセプターを発現する細胞による、抗炎症性因子（ＴＧＦβおよびＰＥＧ２を含む）の産生の上方制御（増加、刺激、増大）、および／または炎症誘発性因子（ＴＮＦα、ケモカイン、ＧＭ−ＣＳＦ���よびＩＬ−１を含む）の産生の下方制御（減少、阻害、非存在）は、ＰＳレセプター活性の増加またはＰＳレセプター活性の刺激に関連する。同様に、ＰＳレセプターを発現する細胞による、抗炎症性因子の産生の下方制御および／または炎症誘発性因子の酸性の上方制御は、ＰＳレセプター活性の減少または阻害に関連する。
【０１０８】
本明細書中で使用される場合、用語「推定」とは、少なくとも、このような化合物が本明細書中に記載のＰＳレセプターを調製する能力について、未知の調節活性を有する化合物をいう。本発明に従う調節化合物を同定する方法において、この方法は、細胞ベースのアッセイ、または細胞ベースではないアッセイであり得る。１つの実施形態において、このレセプターは細胞によって発現される（すなわち、細胞ベースのアッセイ）。別の実施形態において、このレセプターは、細胞溶解物中にあるか、または細胞を含まないように精製または産生される（例えば、溶解性レセプター）。本発明にしたがって、細胞ベースのアッセイは、本発明の方法において有用な調節化合物についてスクリーニングするのに効率的な条件下で行われる。効率的な条件としては、以下が挙げられるがこれらに限定されない：適切な培地、温度、ｐＨおよび細胞増殖を可能にする酸素条件。適切な、または効率的な培地とは、培養の際に、本発明の細胞が細胞増殖し得、そしてＰＳレセプターを発現し得る任意の培地をいう。このような培地は、代表的に、増殖因子ならびに吸収可能な炭素、窒素およびリン酸の供給源、ならびに適切な塩、鉱物、金属および他の栄養分（例えば、ビタミン）を含む固体または液体の培地である。培養は、細胞に適切な温度、ｐＨおよび酸素含有量で行われる。このような培養条件は、当業者の技術範囲内である。
【０１０９】
１つの実施形態において、本発明に従うレセプターが推定調節化合物と接触（例えば、混合によって）する条件は、調節化合物が基本的に存在しない場合にレセプターが刺激（活性化）されない条件である。例えば、このような条件は、刺激性化合物（例えば、レセプター（ホスファチジルセリン）についての天然のリガンド、刺激性抗体、または他の等価な刺激物である刺激性化合物）の非存在下での通常の培養条件を含む。この実施形態において、推定調節化合物は、次いで、レセプターと接触される。この実施形態において、検出する工程は、推定調節化合物がＰＳレセプターに結合するか否か、およびさらに、この推定調節化合物がレセプターを刺激するか否かを示すように設計される。
【０１１０】
代替的な実施形態において、本発明に従うＰＳレセプターが推定調節化合物と接触（例えば、混合によって）される条件は、調節化合物が基本的に存在しない場合に、このレセプターが正常に刺激（活性化）される条件である。このような条件は、例えば、このレセプターと、このレセプターと結合する刺激性分子（例えば、このレセプター（ホスファチジルセリン）についての天然のリガンド、刺激性抗体、または他の等価な刺激物である刺激性化合物）との接触を含み得、そしてレセプターの活性化を生じる。この実施形態において、この推定調節化合物は、レセプターとこの刺激性化合物との接触の前（例えば、この推定調節化合物が、刺激性化合物によるＰＳレセプターの刺激をブロックまたは阻害するか否かを決定するために）、またはレセプターとこの刺激性化合物との接触の後（例えば、この推定調節化合物が、このレセプターの活性化を下方制御または減少するか否かを決定するために）に、レセプターと接触され得る。
【０１１１】
本方法は、細胞を、試験される化合物と、この化合物によるレセプターの相互作用、活性化または阻害を可能にするのに十分な時間、接触させる工程を包含する。試験される化合物との接触の期間は、測定される結果に依存して変化し得、そしてこれは当業者によって決定され得る。例えば、結合アッセイについて、試験される化合物との、活性化が評価される場合よりも短い接触時間は、代表的には適切である。本明細書中で使用される場合、用語「接触期間」とは、細胞が、試験される化合物と接触されている間の期間をいう。用語「インキュベーション期間」とは、細胞が、評価の前に増殖される間の全体の時間をいい、そしてこれは接触期間を含み得る。したがって、インキュベーション期間は、全ての接触期間を含み、そしてスコアリングの前の、試験される化合物は存在しないが、増殖が継続（細胞ベースのアッセイの場合）している期間をさらに含み得る。細胞増殖のためのインキュベーション時間は変化し得るが、ＰＳレセプターの結合、レセプターの活性化、および／またはレセプターの阻害を可能にするのに十分な時間である。化合物がより迅速にスクリーニングされ得るので、より短いインキュベーション時間が好ましいことが認識される。好ましいインキュベーション時間は、約１分と約４８時間との間である。
【０１１２】
本発明のアッセイはまた、非細胞ベースのアッセイであり得る。この実施形態において、推定調節化合物は、単離されたレセプター、またはレセプター成分（例えば、レセプターまたは溶解性レセプターの単離された細胞外部分）と直接接触され得、そして推定調節化合物がレセプターまたはレセプター成分と結合する能力が評価され得る（例えば、イムノアッセイまたは他の結合アッセイによって）。次いで、このアッセイは、レセプターの部分に結合する推定調節化合物が、ＰＳレセプターの活性を増加または減少し得るか否かをさらに分析する工程を包含し得る。このようなさらなる工程は、上記のような細胞ベースのアッセイによって、または細胞ベースではないアッセイによって行われ得る。例えば、単離された膜は、試験されるＰＳレセプターと相互作用する化合物を同定するために使用され得る。膜は、標準的な技術によって、そしてインビトロ結合アッセイを使用して、ＰＳレセプターを発現する細胞から収集され得る。１２５Ｉ標識（他の標識もまた使用され得る）リガンド（例えば、１２５Ｉ標識ＰＳ）は、この膜と接触され、そして特定の活性についてアッセイされ；特異的結合は、過剰の非標識リガンドの存在下で行われる結合アッセイとの比較によって決定される。膜は、代表的に、標識リガンドと共に、験化合物の存在下または非存在下でインキュベートされる。レセプターに結合し、そして膜への結合について標識リガンドと競合する化合物は、ビヒクルコントロールサンプルと比較して、シグナルを減少させた。
【０１１３】
あるいは、可溶性ＰＳレセプターは、組換え的に発現され得、そしてＰＳレセプターに結合する化合物を同定するための、非細胞ベースのアッセイにおいて使用され得る。ＰＳレセプターの１つ以上の細胞外ドメインを含む組換え的に発現されたＰＳレセプターポリペプチドまたは融合タンパク質は、非細胞ベースのスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。あるいは、ＰＳレセプターの細胞外ドメインに対応するペプチドまたはＰＳレセプターの細胞外ドメインを含む融合タンパク質が、ＰＳレセプターの細胞外ドメインに結合する化合物を同定するための非細胞アッセイシステムにおいて使用され得る。非細胞ベースのアッセイにおいて、この組換え的に発現されたＰＳレセプターは、試験管、マイクロタイターウェルまたはカラムのような固体基質に、当業者に周知の手段によって付着される。例えば、このようなレセプターを含むＰＳレセプターおよび／または細胞溶解物は、以下のような基質に固定化され得る：人工膜、有機支持体、生体高分子支持体および無機支持体。このタンパク質は、以下を含む種々の方法によって固体支持体上に固定化され得る：吸着、架橋（共有結合を含む）および捕獲。吸着は、ｖａｎ　ｄｅｌ　Ｗａａｌｓ力、水素結合、イオン結合、または疎水性結合を介し得る。吸着固定化のための例示的な固体支持体としては、ポリマー吸着体およびイオン交換樹脂が挙げられる。固体支持体は、任意の適切な形態であり得、ビーズ形態、プレート形またはウェル形態を含む。次いで、これらの試験化合物は、ＰＳレセプターに結合するそれらの能力についてアッセイされる。
【０１１４】
インビトロでの細胞ベースのアッセイは、転写レベルまた翻訳レベルのいずれかで、ＰＳレセプター発現を調節する化合物についてスクリーニングするために設計され得る。１つの実施形態において、レセプター分子をコードするＤＮＡは、ＰＳレセプター遺伝子の調節エレメントに連結され得、そして適切なインタクトな細胞、細胞抽出物または溶解物において使用されて、ＰＳレセプター遺伝子発現を調節する化合物を同定し得る。適切な細胞または細胞抽出物は、ＰＳレセプター遺伝子を通常発現する任意の細胞型から調製され、それによって、この細胞抽出物がインビトロまたはインビボ転写に必要とされる転写因子を含むことを確実にする。このスクリーニングは、レポーター構築物の発現を調節する化合物を同定するために使用され得る。このようなスクリーニングにおいて、レポーター遺伝子発現のレベルは、この試験化合物の存在下で決定され、そしてこの試験化合物の非存在下での発現レベルと比較される。
【０１１５】
ＰＳレセプター翻訳を調節する化合物を同定するために、ＰＳレセプター転写物を含む細胞またはインビトロ細胞溶解物は、ＰＳレセプターｍＲＮＡ翻訳の調節について試験され得る。ＰＳレセプター翻訳のインヒビターについてアッセイするために、試験化合物が、インビトロ翻訳抽出物においてＰＳレセプターｍＲＮＡの翻訳を調節するそれらの能力についてアッセイされる。
【０１１６】
本発明の任意の実施形態において、検出する工程は、以下を測定する任意の方法を包含する：（ａ）推定調節化合物のレセプターへの結合（単独でか、またはレセプターの天然のリガンドのレセプターへの結合を測定することと組合せて）；（ｂ）レセプターの刺激因子が存在する場合のレセプターの活性化またはレセプターの増加した活性化；（ｃ）このレセプターの活性化の阻害；（ｄ）レセプターの刺激因子が存在する場合のレセプターの活性化の減少；および／または（ｅ）レセプターを発現する細胞の生物学的活性の調節（このような生物学的活性は、このようなレセプターの活性化に関連する（例えば、ＴＧＦβ産生、炎症性サイトカイン産生／阻害、レセプターのリン酸化、アポトーシス細胞の食作用））。例えば、この検出する工程は、以下を包含する：この化合物のレセプターへの結合を決定するための任意に適切な結合アッセイ；このレセプターのリン酸化の検出（ここで、リン酸化は、このレセプターの活性化を示す）；このレセプターの刺激の結果としてシグナルを伝達するこのレセプターの能力の検出；本発明のＰＳレセプター特異的抗体（例えば、実施例１に記載されるようなｍＡｂ２１７およびｍＡｂ２８４）によってブロックされる能力の検出；ホスファチジルセリン特異的な様式で、アポトーシス細胞に結合しそしてこのアポトーシス細胞を貪食するこのＰＥレセプターの能力の検出（アポトーシス細胞を結合および貪食の増加した能力は、このレセプターの刺激を示す）；このＰＳレセプターを発現する細胞による抗炎症性媒介因子（ＴＧＦβおよびＰＧＥ２を含む）の産生の検出（抗炎症性媒介因子の増加した産生は、レセプターの刺激を示す）；ならびにＰＳレセプターを発現する細胞による炎症誘発性媒介因子の産生（例えば、腫瘍壊死因子α（ＴＨＦα）産生、ケモカイン産生、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）産生、インターロイキン−１（ＩＬ−１）産生）の検出（炎症誘発性媒介因子の減少した産生は、レセプターの刺激を示す）。このようなアッセイは、バイオアッセイおよび分子アッセイを含み、これらのアッセイとしては、カルシウム移動アッセイ、リン酸化アッセイ、キナーゼアッセイ、サイトカインアッセイ、免疫蛍光顕微鏡検査、フローサイトメトリー、免疫沈降アッセイ、イムノブロット、酵素結合イムノソルベント検定法、ラジオイムノアッセイ、および他の結合アッセイ、生物学的アッセイならびに／またはこれらの組合せが挙げられるがこれらに限定されない。このようなアッセイのいくつかは、実施例の節に記載される。
【０１１７】
上記の方法または任意の他の適切な方法によって同定されたＰＳレセプターのアゴニストおよびアンタゴニストは、本明細書中に記載されるような、種々の治療方法において有用である。
【０１１８】
本発明の別の実施形態は、ホスファチジルセリンレセプターの活性を刺激するかまたは増加させる方法に関する。この方法は、ホスファチジルセリンレセプターとホスファチジルセリンレセプターのアゴニストとを接触させる工程を包含し、ここで、このアゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を増加させ、そしてここで、このレセプターは、以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む：配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号１０。ＰＳレセプターのアゴニストは、本明細書中に先に記載され、そして以下を含むが、これらに限定されない：ホスファチジルセリンレセプターに選択的に結合し、そしてホスファチジルセリンレセプターを活性化する抗体、ホスファチジルセリン、および産物の非存在の場合と比較してこのレセプターの活性を増加させる薬物設計の産物。好ましい実施形態において、このアゴニストは、このレセプターに選択的に結合しそしてこのレセプターを活性化する抗体である。
【０１１９】
好ましくは、このアゴニストによって接触されたＰＳレセプターの生物学的活性は、このレセプターを発現する細胞を有する動物における炎症を調節するのに十分な様式で増加される。アゴニストは、代表的には、レセプターに結合し、このような結合または接触の結果として、このレセプターを通して伝達される１つ以上のシグナルを引き起こすことによって、ＰＳレセプターの活性を増加させ、この結果、このレセプターが刺激される（すなわち、その活性が、誘導され、上方制御され、増加され、増強される）。従って、ＰＳレセプターの活性を増加する（すなわち、上方制御し、刺激し、増強する）ことの１つの局面は、このレセプターへのアゴニストの結合である。好ましくは、このアゴニストによるＰＳレセプターの結合は、ＰＳレセプターを発現する細胞による、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）およびプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）からなる群から選択される因子の産生を増加させる。さらに、またはあるいは、ＰＳレセプターへのアゴニストの結合は、ＰＳレセプターを発現する細胞による、以下からなる群から選択される因子の産生を減少する：腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、ケモカイン、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、およびインターロイキン（ＩＬ−１）。炎症誘発サイトカインの産生の減少および抗炎症性媒介因子（例えば、ＴＧＦβおよびＰＧＥ２）の産生の増加は、炎症を減少することが所望される疾患または状態を有する個体における炎症を減少させるに有効であると考えられる。さらに、ＰＳレセプターとアゴニストとの接触は、以下を含む結果を生じ得る：（１）ホスファチジルセリン特異的な様式で、アポトーシス細胞を認識するＰＳレセプターを発現する細胞の増加した能力（またはその能力の誘導）；（２）ホスファチジルセリン特異的な様式で、ＰＳレセプターを発現する細胞が、アポトーシス細胞を飲み込みの増加した能力（またはその能力を誘導すること）。このような効果はまた、以下により詳細に記載されるように、炎症プロセスを減少させ、そして特定の患者に対する他の特異的な治療的利点を提供し得る。
【０１２０】
この接触させる工程は、インビボまたはエキソビボで実施され得る；投与および投薬プロトコルが、以下に詳細に記載される。このような方法は、炎症の下方制御が所望される任意の疾患または障害における炎症を下方制御するために有用であり、特に、以下からなる群から選択される疾患の処置のために有用である：アレルギー性気道疾患、過剰好酸性症候群（ｈｙｐｅｒ−ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ　ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、寄生虫性寄生生物感染（ｈｅｌｍｉｎｔｈｉｃ　ｐａｒａｓｉｔｉｃ　ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ）、アレルギー性鼻炎、アレルギー性結膜炎、皮膚炎、湿疹、接触皮膚炎、または食物アレルギー、ならびに炎症性応答を緩和または下方制御することが所望される感染性疾患（例えば、ウイルス感染）。アレルギー性気道疾患としては、以下が挙げられ得るが、これらに限定されないアレルギー性疾患が挙げられるがこれらに限定されない：アレルギー性喘息、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、好酸球性肺炎、アレルギー性気管支炎、気管支拡張症、職業性喘息（すなわち、職場における、感作因子（例えば、アレルゲン、刺激物またはハプテン）によって引き起こされた喘息、ぜん鳴、胸部緊張、カゼ）、反応性気道疾患症候群（すなわち、喘息に導く因子への単一の曝露）、および間隙性肺疾患。
【０１２１】
１つの実施形態において、ＰＳレセプターを刺激するこのような方法は、移植された細胞または移植片の生存を促進するための方法において有用である。理論に束縛されることなく、本発明者らは、本明細書中先に議論されたような特定のサイトカイン（およびマクロファージの場合には、二酸化窒素）の産生の阻害に加えて、樹状細胞およびマクロファージに対するＰＳレセプターの刺激が、このような細胞による抗原提示を阻害または防止すると考える。任意の組織または細胞の移植に関連する主要な問題は、レシピエントのＴリンパ球がドナーの組織適合性抗原を「外来」であると認識する、免疫媒介性の移植片拒絶である。多くの組織および器官を移植する現在のレジームは、免疫抑制薬物の一生の投与を必要とする。これらの薬物は、重篤な副作用を有し、そして感染、腎不全、高血圧、および腫瘍発症に対する感受性の増加を引き起こし得る。移植レシピエントに対するＰＳレセプターアゴニストの投与は、上記のような一般的な効果に起因して、移植片部位での炎症を減少することが期待され、そしてさらに、このような移植片抗原に対して指向される宿主Ｔ細胞に対する樹状細胞および／またはマクロファージによる移植片抗原の提示を阻害するかまたは防止するために効果的であると考えられる。
【０１２２】
別の実施形態において、ＰＳレセプターを刺激するこのような方法は、自己免疫疾患を処置する方法において有用である。このような自己免疫疾患としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：リウマチ様関節炎、全身性エリテマトーデス、インスリン依存性糖尿病、多発性硬化症、重症筋無力症、グレーヴズ病、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫血小板減少症紫斑、グッドパスチャー症候群、尋常性天疱瘡、急性リウマチ熱、溶連菌感染後性糸球体腎炎、または結節性多発性動脈炎。多くの自己免疫疾患、および特に、Ｔリンパ球によって媒介される疾患（例えば、慢性関節リウマチ、インスリン依存性糖尿病、多発性硬化症）は、疾患の部位での炎症誘発性サイトカンイの産生によって特徴付けられる。さらに、宿主の免疫系による宿主組織の破壊は、炎症および疾患の部位への食細胞の浸潤を増大させる。さらに、自己免疫疾患の結果としての宿主組織の破壊に起因して、幾人かの自己免疫患者は、新しい細胞または器官の移植を必要とする。このような移植された組織はまた、上記の通常の移植片拒絶に供されることに加えて、疾患の再発に供され、ここで、自己反応性Ｔ細胞が、宿主の組織の元々の破壊と類似した様式で、移植組織を侵襲し、そして破壊する。従って、ＰＳレセプターアゴニストの、自己免疫疾患を有する患者への投与は、疾患部位での炎症を減少させ得、このことは、炎症部位での樹状細胞による自己抗原の提示の阻害、炎症誘発性サイトカインの産生の減少、および抗炎症性媒介因子の産生の増加を含み得る。
【０１２３】
本発明のなお別の実施形態は、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少する方法に関する。このような方法は、ホスファチジルセリンレセプターとホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストとを接触させる工程を包含し、ここで、このアアンタゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そしてここで、このレセプターは、以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む：配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９および配列番号１０。ＰＳレセプターのアンタゴニストは、本明細書中に先に記載され、そして以下を含むが、これらに限定されない：このレセプターの活性を減少させる抗体、およびこのレセプターの生物学的活性を減少させる薬物設計の産物、ＰＳレセプターＲＮＡに特異的なリボザイム、このレセプターをコードする核酸分子に結合するアンチセンス核酸分子、および可溶性ホスファチジルセリンレセプター。好ましい実施形態において、このアンタゴニストは、このレセプターに選択的に結合しそしてこのレセプターの活性を減少させる抗体である。別の実施形態において、このアンタゴニストは、以前に記載された可溶性ホスファチジルセリンレセプターである。本発明のこの実施形態は、ＰＳレセプターによる、特定の生物または細胞型の食作用または取り込みの阻害または減少から利益を得る種々の状態の処置に有用である。アンタゴニストは、代表的に、このレセプターへの結合によってまたはこのレセプターの天然のリガンドへの結合によって、ＰＳレセプターの活性を減少または阻害し（例えば、可溶性ＰＳレセプターは、天然のリガンドに結合し、そしてそれによって天然のＰＳレセプターと競合する）、そしてこのような結合または接触の結果として、レセプターを介するシグナルの伝達を阻害または防止して（または、このレセプターを介してネガティブシグナルを伝達する）、その結果、このレセプターは、刺激されることを防止または阻害されるか、またはその結果、このレセプターの活性が減少されるかまたは下方制御される。従って、ＰＳレセプターの活性を減少する（すなわち、下方制御する、減らす、阻害する）ことの１つの局面は、ＰＳレセプターまたはＰＳレセプターの天然のリガンドへのアンタゴニストの結合による。このアンタゴニストは、天然のリガンドによってこのレセプターの結合を（完全にまたは部分的に）ブロックし得（すなわち、このレセプターまたはリガンドに結合することによって）、このレセプターを介してネガティブシグナルを伝達し得（すなわち、レセプターへの結合の結果として）、このレセプターの発現を阻害し得、またはこのレセプターまたはこのレセプター上の少なくともリガンド結合部位で破壊さえし得る。好ましくは、アンタゴニストとＰＳレセプターまたはこのレセプターの天然のリガンドとの接触は、ＰＳレセプターを発現する細胞による、トランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）およびプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）からなる群から選択される因子の産生を減少させる。さらに、またはあるいは、ＰＳレセプターまたは天然のＰＳレセプターリガンドへのアゴニストの接触は、好ましくは、ＰＳレセプターを発現する細胞による、以下からなる群から選択される��子の産生を増大させる：腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、ケモカイン、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、およびインターロイキン（ＩＬ−１）。炎症誘発性サイトカインの産生の増加および抗炎症性媒介因子（例えば、ＴＧＦβおよびＰＧＥ２）の産生の減少は、炎症を増加、または少なくとも、炎症の阻害の回避が所望され得る個体における部位での炎症を増加させるに有効であると考えられる（例えば、以下のアポトーシス腫瘍細胞の食作用を阻害する方法を参照のこと）。さらに、ＰＳレセプターとアンタゴニストとの接触は、以下を含む結果を生じ得る：（１）ＰＳレセプターを発現する細胞の、ホスファチジルセリン特異的な様式でアポトーシス細胞を認識する能力の減少；（２）ホスファチジルセリン特異的な様式で、ＰＳレセプターを発現する細胞の、アポトーシス細胞を飲み込む能力の減少、そして重要なことには、特定の実施形態について、（３）ＰＳレセプターを発現する細胞の、以下を含むがそれらに限定されないホスファチジルセリン発現粒子に結合し、そして／またはこの粒子を飲み込む能力の減少：脂質対称赤血球、ＰＳ含有リポソーム、寄生生物、ウイルスおよび他の微生物（これは、ホスファチジルセリンまたはそのホモログを発現する）。このような効果はまた、炎症プロセスを減少させ得、そして以下により詳細に記載されるように、特定の患者に他の特定の治療的利点を提供し得る。この接触工程は、インビボまたはエキソビボで実施され得る；投与および投薬プトロコルが以下に詳細に記載される。
【０１２４】
例えば、ＰＳレセプター活性を減少させるための方法の一実施形態は、バイスタンダー腫瘍細胞、マクロファージ、または樹状細胞の表面上で発現されるホスファチジルセリンレセプターとアポトーシス性腫瘍細胞との結合を減少させる方法に関する。この方法は、以下の工程を包含する：ホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと、患者の腫瘍細胞とを接触させる工程であって、ここでこのアンタゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そしてここで、このホスファチジルセリンレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号１０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、工程。理論によって束縛されないが、本発明者らは、ＰＳレセプターを発現する腫瘍細胞は、腫瘍部位での炎症応答を減少または予防する試みにおいて、アポトーシス性の腫瘍細胞を寄せ集め、それによって、抗腫瘍免疫応答を回避または減少させると考える。生存している腫瘍細胞（すなわち、アポトーシスを受けていない腫瘍細胞）上のレセプターを、ＰＳレセプターアンタゴニストと接触させることによって、このプロセスは阻害され得、それによって、抗腫瘍免疫応答を進行させることが可能である。さらに、腫瘍部位でマクロファージおよび樹状細胞を、ＰＳレセプターアンタゴニストと接触させることにより、腫瘍抗原の除去プロセスを緩徐化させ得る。上記で考察したように、本発明者らは、樹状細胞およびマクロファージ上のＰＳレセプターを刺激することは、このような細胞が抗原を提示する能力を阻害し；従って、このような細胞をＰＳレセプターアンタゴニストと接触させることによって、このような細胞が腫瘍部位で腫瘍抗原をより容易に提示することが可能となり（上記の樹状細胞およびマクロファージによる抗原提示に関する考察を参照のこと）、それによって、より強力な抗腫瘍免疫応答を進行させることが可能となる、と考える。
【０１２５】
本発明のさらに別の実施形態は、寄生生物による宿主細胞の感染を減少させる方法に関する。この方法は、以下を包含する：ホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと、宿主細胞とを接触させる工程であって、ここでこのアンタゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そしてここで、このレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号１０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、工程。いくつかの寄生生物は、宿主細胞に接触する（すなわち、感染する）ために、本発明のホスファチジルセリンレセプターを使用する。好ましくは、このアンタゴニストを、ＰＳレセプターを発現し、かつこのような寄生生物によって代表的に感染される細胞へと標的化する。寄生生物が、宿主細胞に接触する能力を阻害することによって、この寄生生物は、免疫監視機構から「隠れる」のを阻害される。本発明の方法によって阻害され得る寄生生物としては、ＴｒｙｐａｎｏｓｏｍｅｓおよびＬｅｉｓｈｍａｎｉａが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１２６】
本発明のさらに別の実施形態は、宿主細胞のウイルス感染を減少させる方法に関する。この方法は、以下を包含する：ホスファチジルセリンレセプターのアンタゴニストと、宿主細胞とを接触させる工程であって、ここでこのアンタゴニストは、ホスファチジルセリンレセプターの活性を減少させ、そしてここで、このレセプターは、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、および配列番号１０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、工程。あるいは、この方法は、以下を包含する：ウイルス上のホスファチジルセリンに結合し、かつこのウイルスが本発明のホスファチジルセリンレセプターに結合するのを阻害する化合物と、このウイルスとを接触させる工程。このような方法は、ウイルス性疾患を処置するため、そして特に、ウイルス感染を阻害するために有効であり、ここでこのウイルスは、その外膜上にホスファチジルセリンを発現し、それにより、このウイルスが、本発明のホスファチジルセリンレセプターに結合することによって細胞に侵入することが可能となる。このようなウイルスとしては、その外被上にホスファチジルセリンを発現する任意のウイルスが挙げられ、そして特に、ヘルペスウイルスファミリーのメンバー（例えば、サイトメガロウイルス）が挙げられるが、これに限定されない。
【０１２７】
ホスファチジルセリンレセプター活性を増加または減少させる上記方法を実施するために、ＰＳレセプターのアゴニスト化合物またはアンタゴニスト化合物は、代表的に、治療用組成物に処方される。本発明の組成物（そして特に、治療用組成物）は一般的に、キャリア（そして好ましくは、薬学的に受容可能なキャリア）を含む。本発明に従って、「薬学的に受容可能なキャリア」としては、適切なインビトロ、エキソビボ、またはインビボの部位への組成物の投与において使用するために適切な、薬学的に受容可能な賦形剤および／または薬学的に受容可能な送達ビヒクルが挙げられる。適切なインビトロ、インビボ、またはエキソビボの部位は、好ましくは、本発明のホスファチジルセリンレセプターを発現する細胞であり、これには、マクロファージ、線維芽細胞、上皮細胞、樹状細胞、内皮細胞、および腫瘍細胞が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、送達のために適切な部位は、炎症部位、腫瘍部位、移植された移植片の部位、または病原性微生物による感染の部位である。好ましい薬学的に受容可能なキャリアは、本発明に従うタンパク質、化合物または核酸分子を、培養物または患者における細胞標的へのこのタンパク質、化合物または核酸分子の到着に際して、そのタンパク質、化合物または核酸分子が、その標的（例えば、天然に存在するＰＳレセプター、または天然に存在するＰＳレセプターのリガンド（膜および／または可溶性のＰＳレセプターを含む））と相互作用し得る形態で維持し得る。
【０１２８】
本発明の適切な賦形剤は、細胞に組成物を輸送するかまたは輸送するのを補助するが、細胞に組成物を特異的に標的化しない、賦形剤または処方物（ｆｏｒｍｕｌａｒｙ）を含む（本明細書中で非標的化キャリアともいう）。薬学的に受容可能な賦形剤の例としては、水、リン酸緩衝化生理食塩水、リンガー溶液、デキストロース溶液、血清含有溶液、ハンクス溶液、他の生理的に平衡化された水溶液、油、エステルおよびグリコールが挙げられるが、これらに限定されない。水性キャリアは、例えば、化学的安定性および等張性を増強することによって、レシピエントの生理的状態に近づけるために必要とされる、適切な補助物質を含み得る。
【０１２９】
適切な補助物質としては、例えば、以下が挙げられる：酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、乳酸ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、およびホスフェート緩衝液、Ｔｒｉｓ緩衝液、およびビカルボネート緩衝液を作製するために使用される他の物質。補助物質はまた、保存薬（例えば、チメロサール、ｍ−クレゾールまたはｏ−クレゾール、ホルマリン、およびベンゾールアルコール）を含み得る。本発明の組成物は、従来の方法によって滅菌され得、および／または凍結乾燥され得る。
【０１３０】
薬学的に受容可能なキャリアの１つの型としては、患者または培養物に、本発明の組成物を緩徐に放出し得る制御放出処方物が挙げられる。本明細書中で使用される場合、制御放出処方物は、本発明の化合物（例えば、タンパク質（ホモログを含む）、薬物、抗体、核酸分子、または模倣物）を、制御放出ビヒクル中に含む。適切な制御放出ビヒクルとしては、生体適合性ポリマー、他のポリマー性マトリクス、カプセル、マイクロカプセル、微小粒子、ボーラス調製物、浸透圧ポンプ、拡散デバイス、リポソーム、リポスフェア（ｌｉｐｏｓｐｈｅｒｅ）および経皮送達システムが挙げられるが、これらに限定されない。本発明の他のキャリアとしては、患者への投与に際して、インサイチュにおいて固体またはゲルを形成する液体が挙げられる。好ましいキャリアはまた、生分解性（すなわち、生体内腐食性（ｂｉｏｅｒｏｄｉｂｌｅ））である。この化合物が組換え核酸分子である場合、適切な送達ビヒクルとしては、リポソーム、ウイルスベクター、または他の送達ビヒクル（リボザイムを含む）が挙げられるが、これらに限定されない。天然の液体含有送達ビヒクルは、細胞および細胞膜を含む。人工的な液体含有送達ビヒクルは、リポソームおよびミセルを含む。本発明の送達ビヒクルは、患者における特定の部位を標的化するように改変され得、それによって、その部位に本発明の化合物を標的化し、そしてその部位で本発明の化合物を利用する。適切な改変は、送達ビヒクルの液体部分の化学的処方を操作すること、および／または、好ましい部位（例えば、好ましい細胞型）に対して、送達ビヒクルを特異的に標的化し得る標的化剤を、このビヒクル中に導入すること、を包含する。他の適切な送達ビヒクルとしては、金粒子、ポリ−Ｌ−リジン／ＤＮＡ分子結合体、および人工染色体が挙げられる。
【０１３１】
標的化し得る薬学的に受容可能なキャリアは、本明細書中で「送達ビヒクル」という。本発明の送達ビヒクルは、患者中の標的部位へ本発明の組成物を送達し得る。「標的部位」とは、組成物を送達することを所望する患者中の部位をいう。例えば、標的部位は、直接的な注射あるいはリポソーム、ウイルスベクターまたは他の送達ビヒクル（リボザイムおよび抗体を含む）によって標的化される、任意の細胞であり得る。送達ビヒクルの例としては、人工および天然の脂質含有送達ビヒクル、ウイルスベクター、およびリボザイムが挙げられるが、これらに限定されない。天然の脂質含有送達ビヒクルとしては、細胞および細胞膜が挙げられる。人工の脂質含有送達ビヒクルとしては、リポソームおよびミセルが挙げられる。本発明の送達ビヒクルは、被験体中の特定の部位へ標的化するように改変され得、それによって、その部位で本発明の化合物を標的化および利用する。適切な改変は、送達ビヒクルの脂質部分の化学式を操作する工程および／または好ましい部位（例えば、好ましい細胞型）へ送達ビヒクルを特異的に標的化し得る化合物をビヒクルに導入する工程を包含する。詳細には、標的化とは、送達ビヒクルを、細胞の表面上の分子に対するビヒクル中の化合物の相互作用によってその特定の細胞に結合させることをいう。適切な標的化化合物としては、特定の部位で別の分子を選択的に（すなわち、特異的に）結合し得るリガンドが挙げられる。このようなリガンドの例としては、抗体、抗原、レセプターおよびレセプターリガンドが挙げられる。送達ビヒクルの脂質部分の化学式の操作は、送達ビヒクルの細胞外標的化または細胞内標的化を調節し得る。例えば、リポソームが特定の電荷特性を有する特定の細胞と融合するよう、リポソームの脂質二重層の電荷を変更する化学物質（ｃｈｅｍｉｃａｌ）を、リポソームの脂質式に付加し得る。
【０１３２】
本発明の１つの好ましい送達ビヒクルは、リポソームである。リポソームは、動物中の好ましい部位へ核酸分子（例えば、ＰＳレセプターをコードする核酸配列にハイブリダイズするアンチセンス核酸分子）を送達するのに十分な時間、その動物中で安定性を維持し得る。本発明に従うリポソームは、患者中の特定の（または、選択された）部位へ本発明の記載の核酸分子を送達し得る脂質組成物を含む。本発明に従うリポソームは、細胞内へ核酸分子を送達するために標的化した細胞の形質膜と融合し得る脂質組成物を含む。本発明と共に使用するための適切なリポソームには、任意のリポソームが挙げられる。本発明の好ましいリポソームとしては、例えば、当業者に公知の遺伝子送達方法において一般的に使用されるリポソームが挙げられる。より好ましいリポソームとしては、ポリカチオン脂質組成物を有するリポソームおよび／またはポリエチレングリコールに結合体化されたコレステロール骨格を有するリポソームが挙げられる。本発明の核酸分子とのリポソームの複合体化は、当該分野において標準的な方法を使用して達成され得る。
【０１３３】
リポソーム送達ビヒクルは、好ましくは、患者中の好ましい部位（すなわち、標的細胞）に本発明の核酸分子または他の化合物を送達するのに十分な時間の間、その患者中で安定性を維持し得る。本発明のリポソーム送達ビヒクルは、好ましくは、それが少なくとも約３０分間、より好ましくは少なくとも約１時間、そしてさらにより好ましくは少なくとも約２４時間投与された患者中で安定である。本発明の好ましいリポソーム送達ビヒクルは、約０．０１ミクロン〜約１ミクロンのサイズである。
【０１３４】
別の好ましい送達ビヒクルとしては、ウイルスベクターが挙げられる。ウイルスベクターは、本発明において有用な単離された核酸分子を有し、ここで、この核酸分子は、細胞へのＤＮＡの侵入を可能にするウイルスコート中にパッケージングされる。多くのウイルスベクターが使用され得、これらには、アルファウイルス、ポックスウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、レンチウイルス、アデノ随伴ウイルスおよびレトロウイルスに基づくウイルスベクターが挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３５】
本発明のＰＳレセプターのアゴニストまたはアンタゴニストを含む組成物は、任意の適切な方法によって細胞培養物または患者に送達され得る。このような方法の選択は、投与または送達される化合物の型（すなわち、タンパク質、核酸、模倣物）、送達の形態（すなわち、インビトロ、インビボ、エキソビボ）および化合物または組成物の投与／送達によって達成されるべき目的によって変化する。本発明に従って、効果的な投与プロトコル（すなわち、効果的な様式での組成物の投与）は、所望の部位への（すなわち、所望の細胞への）組成物の送達および／または以下を含むがこれらに限定されないＰＳレセプターの生物学的活性の調節を生じる、適切な用量パラメーターおよび投与の形態を含む：（１）ＰＳレセプターへのアゴニストまたはアンタゴニストの結合；（２）ＰＳレセプターを発現する細胞によるトランスフォーミング増殖因子β（ＴＧＦβ）産生および／またはプロスタグランジンＥ２（ＰＧＥ２）産生の調節；（３）ＰＳレセプターを発現する細胞による炎症性サイトカイン（例えば、腫瘍壊死因子α（ＴＮＦα）、ケモカイン、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、インターロイキン−１（ＩＬ−１））の産生の調節；（４）ＰＳレセプターを発現する細胞がホスファチジルセリン特異的様式でアポトーシス性の細胞を飲み込む能力の調節；（５）ＰＳレセプターを発現する細胞がホスファチジルセリン特異的様式でアポトーシス性の細胞を認識する能力の調節；および（６）ホスファチジルセリン提示粒子（脂質対称性（ｌｉｐｉｄ−ｓｙｍｍｅｔｒｉｃ）赤血球、ＰＳ含有リポソーム、寄生生物、ウイルス、およびホスファチジルセリンまたはそのホモログを発現する他の微生物が挙げられるが、これらに限定されない）への結合および／またはホスファチジルセリン提示粒子の飲み込みの調節。
【０１３６】
投与経路としては、インビボ経路、インビトロ経路およびエキソビボ経路が挙げられる。インビボ経路としては、経口経路、気管内経路、吸入、経皮経路、直腸経路および非経口経路が挙げられるが、これらに限定されない。好ましい非経口経路としては、皮下経路、皮内経路、静脈内経路、筋内経路および腹腔内経路が挙げられ得るが、これらに限定されない。本発明の好ましい実施形態において、ＰＳレセプターアゴニストまたはアンタゴニストを含む組成物は、非経口経路によって投与される。静脈内投与、腹腔内投与、皮内投与、皮下投与および筋内投与は、当該分野において標準的な方法を使用して行われ得る。エアロゾル（吸入）送達もまた、当該分野において標準的な方法を使用して行われ得る（例えば、Ｓｔｒｉｂｌｉｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　１８９：１１２７７−１１２８１，１９９２（その全体が本明細書中で参考として援用される））を参照のこと）。経口送達は、動物の腸内の消化酵素による分解に耐え得るキャリアに本発明の治療組成物を複合体化することによって行われ得る。このようなキャリアの例としては、プラスチックカプセルまたは錠剤（例えば、当該分野で公知のカプセルまたは錠剤）が挙げられる。直接注射技術は、移植片拒絶の抑制（例えば、移植された組織への組成物の注射による）または化合物の部位特異的投与（例えば、腫瘍の部位での）に特に有用である。好ましくは、ＰＳレセプターアゴニストまたはアンタゴニスト（単独か、または薬学的に受容可能なキャリア中に含まれる）は、移植された組織または腫瘍の領域内への直接的な注射によってかまたはその領域内に局所的に投与され得る。移植された組織または腫瘍の領域内への組成物の局所的な投与とは、その移植された組織または腫瘍のセンチメートル内、そして好ましくはマイクロメートル内に、組成物を注射することをいう。このような経路は、上記のような薬学的に受容可能なキャリアの使用を含み得る。エキソビボとは、患者の外側で調節工程の一部を行う（例えば、患者から取り出した細胞の集団に、本発明に従うタンパク質をコードする核酸配列を含む組換え分子を、その組換え分子が、その後、そのトランスフェクトされた細胞によって発現されるような条件下でトランスフェクトし、そしてそのトランスフェクトした細胞を患者に戻すことによって）ことをいう。宿主細胞の培養物への組成物の投与のインビトロ経路およびエキソビボ経路は、以下を含むがこれらに限定されない方法によって達成され得る：トランスフェクション、形質転換、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、吸着、プロトプラスト融合、タンパク質運搬剤（ｃａｒｒｙｉｎｇ　ａｇｅｎｔ）の使用、イオン運搬剤の使用、細胞透過化処理のための界面活性剤の使用、および培養物中での化合物と標的細胞および／または標的ＰＳレセプターとの単純な混合（例えば、合わせる工程）。
【０１３７】
本発明に従って、ＰＳレセプターアゴニストまたはアンタゴニストの適切な単回用量のサイズは、適切な期間にわたって１回以上投与した場合に、本明細書中に先に記載したようなＰＳレセプターの生物学的活性を調節し得る用量である。用量は、投与の目的あるいは処置される状態または疾患に依存して変化し得る。好ましくは、本発明のタンパク質または抗体は、約５０Ｕ／ｋｇ患者体重と約１５，０００Ｕ／ｋｇ患者体重との間の量で投与される。別の実施形態において、タンパク質または抗体は、約０．０１μｇ／ｋｇ患者体重と約１０ｍｇ／ｋｇ患者体重との間、そしてより好ましくは、約０．１μｇ／ｋｇ患者体重と約１００μｇ／ｋｇ患者体重との間の量で投与される。送達される化合物が核酸分子である場合、適切な単回用量は、送達された核酸１μｇあたり、総組織タンパク質１ｍｇあたり少なくとも約１ｐｇの発現タンパク質を生じる。より好ましくは、適切な単回用量は、送達された核酸１μｇあたり、総組織タンパク質１ｍｇあたり少なくとも約１０ｐｇの発現タンパク質を生じる用量であり；そしてさらにより好ましくは、送達された核酸１μｇあたり、総組織タンパク質１ｍｇあたり少なくとも約５０ｐｇの発現タンパク質を生じる用量であり；そして最も好ましくは、送達された核酸１μｇあたり、総組織タンパク質１ｍｇあたり少なくとも約１００ｐｇの発現タンパク質を生じる用量である。裸の核酸ワクチンの好ましい単回用量は、投与経路および／または送達方法に依存して、約１ナノグラム（ｎｇ）〜約１００μｇの範囲であり、当業者によって決定され得る。適切な送達方法としては、例えば、注射（滴下のような）によるか、エアロゾル化によるか、および／または局所的な送達方法が挙げられる。１つの実施形態において、純粋なＤＮＡ構築物は、金粒子（１〜３μｍ直径）の表面を覆い、そして「遺伝子銃」で皮膚細胞内または筋肉内に推進される。患者に投与される用量の数は、投与の目的（例えば、処置される疾患または状態の程度、および処置に対する個々の患者の応答）に依存する。従って、適切な数の用量が、ＰＳレセプターの生物学的活性を調節するかまたはそれに関連する疾患または状態を調節するために必要とされる任意の数を含むことが、本発明の範囲内である。効果的なインビボ用量パラメーターは、当該分野において標準的な方法を使用して決定され得る。このような方法としては、例えば、生存率の決定、副作用（すなわち、毒性）、炎症性応答、および／またはアポトーシス細胞の食作用に関連する状態に対する効果の決定が挙げられる。
【０１３８】
本発明の方法において、ＰＳレセプターのアゴニストまたはアンタゴニスト（タンパク質（ホモログを含む）、抗体、核酸分子および／または模倣物を含む）、ならびにこのような化合物を含む組成物は、任意の生物、そして特に、脊椎動物クラス、哺乳動物（霊長類、げっ歯類、家畜および家庭内ペットを含むが、これらに限定されない）の任意のメンバーに投与され得る。家畜としては、消費される哺乳動物または有用な製品を生産する哺乳動物（例えば、ウール生産のためのヒツジ）が挙げられる。予防される好ましい哺乳動物としては、ヒトが挙げられる。代表的には、患者における治療的利益を得るためにＰＳレセプターの生物学的活性を調節（例えば、（上方または下方）調節）することが望ましい。ＰＳレセプターのアゴニストの投与を含む本発明の方法についての適切な候補である患者としては、炎症の減少から利益を得る患者が挙げられるが、これらに限定されず、炎症の減少から利益を得る患者としては、炎症の下方調節が望ましい任意の疾患または状態（例えば、以下からなる群より選択される疾患）を有するかまたは発症する危険性にある患者を含む：アレルギー性気道疾患、好酸球増多症候群、蠕虫性寄生生物感染、アレルギー性鼻炎、アレルギー性結膜炎、皮膚炎、湿疹、接触皮膚炎、または食物アレルギー、ならびに炎症性応答を鎮める（すなわち、下方調節する）ことが所望される感染性疾患（例えば、ウイルス疾患）。ＰＳレセプターのアゴニストの投与を含む本発明の方法についての適切な候補である患者としては、移植される細胞または組織移植片のレシピエントである患者、ならびに自己免疫疾患を有するかまたは発症する危険性にある患者がさらに挙げられる。ＰＳレセプターのアンタゴニストの投与を含む本発明の方法についての適切な候補である患者としては、特定の細胞または生物のＰＳ特異的取り込みの予防から利益を受ける患者が挙げられる。このような患者としては、腫瘍を有する患者が挙げられるが、これらに限定されず、それによって、周辺の（ｂｙｓｔａｎｄｅｒ）腫瘍細胞、マクロファージまたは樹状細胞の表面上に発現されるホスファチジルセリンレセプターとのアポトーシス性の腫瘍細胞の会合の減少が、これらの周辺細胞によるこのような細胞の食作用を減少し、そして患者の免疫系が腫瘍細胞抗原を同定しそしてそれに対して応答するのを可能にする。このような患者としてはまた、ＰＳレセプターを介して宿主細胞に侵入する病原性微生物（特定の寄生生物およびウイルスを含む）を有するかまたはそれらに感染されている危険性のある患者が挙げられる。
【０１３９】
本発明に従って、本発明の方法は、患者に対するいくつかの治療的利益を提供するさらなる（しかし、必要ではない）目的と共に、主に、被験体におけるＰＳレセプターの生物学的活性の調節に関する。いくつかの治療的利益を得ることなく患者におけるＰＳレセプター活性を調節することは、疾患に関与する（または関与していない）因子を決定するため、および別の治療組成物をより有利に受けるように患者を調整するために有用であり得る。しかし、好ましい実施形態において、本発明の方法は、患者にいくつかの治療的利点を提供するにおいて有用である、ＰＳレセプターの生物学的活性の調節に関する。それ自体で、治療的利益は、必ずしも特定の疾患または状態について治癒的ではないが、むしろ、好ましくは、疾患または状態の軽減、疾患または状態の排除、疾患または状態に関連する症状の減少、二次的な疾患または状態（一次疾患または状態の発生から生じる）の予防または軽減、および／または疾患または状態の予防を含み得る結果を包含する。本明細書中で使用される場合、句「疾患を予防する」とは、疾患の症状の減少；疾患の発生の減少、および／または疾患の重篤度の減少をいう。患者を予防するとは、本発明の組成物が、患者に投与された場合に、疾患の発生するのを予防するかおよび／あるいは症状、徴候または原因を治癒または軽減する能力をいい得る。それ自体で、患者を疾患から予防することは、疾患の発生を予防すること（予防的処置）および疾患の症状が減少するようその疾患を有する患者を処置すること（治療的処置）の両方を含む。特に、患者の疾患からの予防または別の治療（例えば、移植）の増強は、有利な効果が得られるようにＰＳレセプター活性を調節することによって達成される。有利な効果は、当業者および／または患者を処置する主治医によって容易に評価され得る。用語「疾患」とは、哺乳動物の正常な健康状態からの任意の偏位をいい、そして疾患の症状が存在する状態、ならびに偏位（例えば、感染、遺伝子変異、遺伝子欠損など）が生じているが、症状が依然出現していない状態の両方を含む。
【０１４０】
以下の実施例は、例示目的で提供され、そして本発明の範囲を限定することを意図されない。
【０１４１】
（実施例）
（実施例１）
以下の実施例は、本発明の新規なホスファチジルセリン（ＰＳ）レセプターの同定、クローニングおよび特徴付けを記載する。
【０１４２】
（結果）
モノクローナル抗体を、ＰＳ認識を誘導するように、ＴＧＦβおよびβ−グルカンで処理したヒトマクロファージ（ＨＭＤＭ）に対して作製した（Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１６１：６２５０−６２５７（１９９８））。２つのＩｇＭ抗体（ｍＡｂ　２１７およびｍＡｂ２８４と名付けた）が、未刺激ＨＭＤＭと比較して、刺激したＨＭＤＭに対して高レベルでより結合した（データは示さず）。ｍＡｂ　２１７について図１に示されるように、この結合は、マクロファージを染色前に４℃でＰＳリポソームと共にプレインキュベートすることによって阻害された（図１、Ｎ＝４；ｐ＝０．０００８）。ＰＩ含有リポソーム（図１）または純粋なホスファチジルコリンを含有するリポソーム（データは示さず）は、効果を有さなかった。結合はまた、その抗原を３７℃で３０分間ＰＳリポソームで下方調節することによって減少された（示さず）。両方の抗体は、刺激したＨＭＤＭによってアポトーシス細胞の取り込みを阻害したが、未刺激のＨＭＤＭによっては阻害しなかった（データは示さず）。これらの実験について、４８．９％＋／−８．６の未刺激のマクロファージが、アポトーシス体を含み、そして５５．２％＋／−６．１の刺激したマクロファージが、アポトーシス体を含んだ（Ｎ＝５；＋／−ｓ．ｅ．ｍ．）。示さないが、ＰＩ含有リポソームおよびテトラペプチドコントロールＲＧＥＳは、取り込みに対して効果を有さなかった。
【０１４３】
次に、ｍＡｂ　２１７を使用して、フローサイトメトリーによって種々の接着性の細胞および懸濁物細胞を試験した。この抗体がマクロファージに結合する能力は、種特異的ではなかった。マウス骨髄由来マクロファージは、それらが刺激されてＰＳを認識した場合（Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１５１：４２４７−４２８５（１９９３））にのみ、この抗体に結合した。対照的に、ＰＳを構成的に認識するチオグリコレート誘発性のマクロファージ（Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１４８：２２０７−２２１６（１９９２）；Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１４９：４０２９−４０３５（１９９２）；Ｐｒａｄｈａｎら、Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ　Ｃｅｌｌ　８：７６７−７７８（１９９７））は、ｍＡｂ　２１７を結合した。マウスマクロファージ細胞株Ｊ７７４およびＲＡＷ２６４．７、ならびに胚性幹細胞からインビトロで誘導したマクロファージもまた、発現について陽性であった。ｍＡｖ　２１７は、循環中のヒト血液細胞（単球、リンパ球、好中球、赤血球）にも、それらを模倣する細胞株（リンパ球性の株（Ｊｕｒｋａｔ　Ｔ細胞およびマウスＭ１２．Ｃ３細胞）および骨髄性の株（ＨＬ−６０、ＰＬＢ９８５、ＴＨＰ−１およびＵ９３７）を含む）にも結合しなかった。ＰＭＡでの骨髄性細胞株の処理は、抗原の発現を誘導したが、リンパ球性細胞株の処理は、誘導しなかった（データは示さず）。いくつかの線維芽細胞性細胞株および上皮細胞株（ＮＩＨ３Ｔ３、ＣＯＳ−１、ＣＯＳ−７、ＣＨＯ−Ｋ１、ＨｅＬＡ、ＨＣ−１１、ＨＴ１０８０、ＨＥＫ２９３）ならびに初代肺線維芽細胞および初代乳房上皮細胞は、ｍＡｂ　２１７への結合について陽性であった。
【０１４４】
ｍＡｂ　２１７によるアポトーシス細胞取り込みの阻害は、ＰＳリポソームによる阻害と十分に対応する。従って、β−グルカン刺激骨髄マクロファージ、チオグリコレート誘発性腹膜マクロファージ、ＰＭＡ刺激ＴＨＰ−１細胞、初代肺線維芽細胞、３Ｔ３線維芽細胞（データは示さず）および乳房上皮細胞株ＨＣ−１１による取り込みは、ＰＳリポソームおよびｍＡｂ　２１７によって同様の程度で阻害された（図２Ａ〜２Ｅ）。これらの実験において、マウス骨髄由来マクロファージ刺激して、ＰＳを認識する能力を誘導した（Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１５１：４２４７−４２８５（１９９３））。アポトーシス体を含む食細胞の平均パーセンテージは、以下である：未刺激ＢＭＤＭ、４５％（図２Ａ）；刺激ＢＭＤＭ、４２％（図２Ａ）；チオグリコレート誘発性マクロファージ、６２％（図２Ｂ）；ＰＭＡ刺激ＴＨＰ−１細胞、２４％（図２Ｃ）；ＨＣ−１１マウス乳房上皮細胞、１５％（図２Ｄ）；および初代肺線維芽細胞、１７．８％（図２Ｅ）；（Ｎ＝５；＋／−ｓ．ｅ．ｍ．）。
【０１４５】
ｍＡｂ　２１７を使用したウェスタンブロットを、以下由来の全細胞抽出物に対して行った：Ｊｕｒｋａｔ　Ｔリンパ球、マウスＭ１２．Ｃ３Ｂリンパ球、ヒトＴＨＰ−１細胞（ホルボールエステルを使用してマクロファージに分化された）、ヒトＨＴ１０８０線維肉腫細胞、およびマウス３Ｔ３線維芽細胞。約７０ｋＤのバンドが、これらの細胞株にのみ観察され、これらは、ｍＡｂ　２１７に対する抗原の表面発現を示した（データは示さず）。次いで、この抗体を使用して、レセプターが、アポトーシス細胞の結合および／または飲み込みの部位でクラスター化するか否かを決定した。興味深いことに、食作用性線維芽細胞の表面上に斑点の分布が存在した。しかし、この抗体が、アポトーシス細胞の周辺でクラスター化している抗原を認識することは明らかであった。
【０１４６】
ｍＡｂ　２１７に対する抗原を、ファージディスプレイ（Ｔ７−Ｓｅｌｅｃｔ，Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）およびｍＡｂ　２１７でのバイオパニング（ｂｉｏｐａｎｎｉｎｇ）を使用してクローン化した。このクローンから得られた配列を使用して、ＧｅｎＢａｎｋデータベースを検索した。１つの有意なマッチが、ヒト脳ライブラリー由来のｃＤＮＡに対して見られた。これは、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ中の特徴付けられていないＯＲＦ（Ｎａｇａｓｅら、ＤＮＡ　Ｒｅｓ．５：３１−３９（１９９８））に対して高い相同性の未知機能の新規タンパク質（ＫＩＡＡ　０５８５；ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＡＢ０１１１５７）であった。これらの著者は、ＲＴ−ＰＣＲによってその組織分布を評価し、そして心臓、骨格筋および腎臓における高い発現、および脳、胎盤、肺、肝臓、膵臓、脾臓、胸腺、前立腺、精巣および卵巣における中程度の発現または低い発現を見出した（Ｎａｇａｓｅら、同書）。多くの相同配列は、ヒト、マウス、ＤｒｏｓｏｐｈｉｌａおよびＣ．ｅｌｅｇａｎｓの発現配列タグ（ＥＳＴ）データベースに存在した。さらなる配列決定およびトランスフェクション研究のためにＩ．Ｍ．Ａ．Ｇ．Ｅ．コンソーシアムからＥＳＴクローンを得て（登録番号Ｒ２４７２７）；配列決定は、それが全長のｃＤＮＡクローンであることを示唆した。
【０１４７】
図３は、候補ＰＳレセプターに対する、ヒト、マウス、ＤｒｏｓｏｐｈｉｌａおよびＣ．ｅｌｅｇａｎｓの推定タンパク質の比較を示す。図３のボックス中の領域は、推定膜貫通ドメインを表す。図３の下線領域は、ファージディスプレイライブラリーから実際にクローニングされたペプチドを表す。残りのマウス配列は、ＮＣＢＩのマウスＥＳＴデータベース中のエントリーをアライメントすることによって推定した。４つのバイオインフォマティックプログラムのうちの３つが、膜貫通配向を推定した。特に１つ（ＴｏｐＰｒｅｄ　２：Ｈｅｉｊｎｅ，Ｇ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２５：４８７−４９４（１９９２））は、ＩＩ型タンパク質を推定し、これは、バイオパニングによって、Ｃ末端のみに対応する配列を含むクローンが得られた（上記のフローサイトメトリーによって示されるように、この抗体は、表面タンパクに結合する）、本発明者らの観察と一致する。トポロジープログラムは、それらの特定の割当てにおいてわずかに異なるので；図３のボックス領域（例えば、ヒト配列のＦＶＰＧＧＷＷＨＶＶＬＮＬＤＴＴＩＡＩＴＱＮＦ、すなわち、配列番号３の２６６位〜２８８位；配列番号５の２６６位〜２８８位、配列番号７の２２０位〜２４２位、配列番号９の２７１位〜２９３位および配列番号１０の２６６位〜２８８位に等価）は、トポロジーおよび疎水性の評価に基づいた推測である。この時点では、このタンパク質が、膜貫通型よりむしろ膜結合型であることを除外し得ない。しかし、推定細胞外ドメイン中のいくつかの塩基性残基が存在し、これは、リジンおよびアルギニンの並びを含み、これは、ＰＳ（負に荷電したリン脂質）に対する潜在的な結合部位を提供し得る。プロテインキナーゼＣアイソフォーム、ホスホリパーゼＣ、およびホスファチジルセリンデカルボキシラーゼ中に見いだされるＰＳ結合モチーフについてのコンセンサス配列（ＦｘＦｘＬＫｘｘｘＫｘＲ；配列番号１１）は、存在しない（Ｉｇａｒａｓｈｉら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７０：２９０７５−２９０７８（１９９５））。最後に、推定細胞内ドメイン内に十分にある潜在的なチロシンリン酸化部位（ＫＣＧＥＤＮＤＧＹ、ヒトＫＩＡＡ０５８５の残基１０２−１１０；配列番号３の１００位〜１０８位）が存在する。
【０１４８】
配列分析に基づく、このタンパク質の推定分子量は、ヒト（配列番号３）、マウス（配列番号５）およびＤｒｏｓｐｈｉｌａ（配列番号９）遺伝子産物について４７〜４８ｋＤ、および線虫（配列番号７）の遺伝子産物について４０ｋＤであった。ウェスタンブロットは、７０ｋｄの見かけの分子量を示唆したので、脱グリコシル化が、見かけのサイズを減少したか否かを決定することが重要であった。ＨＴ１０８０細胞およびＮＩＨ３Ｔ３細胞由来の抽出物を、酵素的に脱グリコシル化し、タンパク質を、ＰＡＧＥによって分離し、そしてウェスタンブロットを、ｍＡｂ２１７を使用して行った。デグリコシラーゼでの処理は、７０ｋＤから約５０ｋＤへのシフトを生じ、これは、４７ｋＤの推定分子量に匹敵する（Ｎ＝３；データは示さず）。
【０１４９】
トランスフェクションに通常に使用する付着細胞株（ＣＯＳ−７、ＣＯＳ−１、ＣＨＯ−Ｋ１、ＨＥＫ２９３）が、ｍＡｂ２１７に対する抗原の表面発現を既に示したので、２種の明瞭なネガティブリンパ球株、マウスクラスＩＩネガティブＢ細胞株Ｍ１２．Ｃ３およびヒトＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞を選択した。アポトーシス細胞を結合も貪食もし得ない。フローサイトメトリーを使用して、過渡的にトランスフェクトされたマウスＭ１２．Ｃ３細胞およびヒトＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞がｍＡｂ２１７に結合することが示された（データは示さず）。過渡的にトランスフェクトされたＭ１２．Ｃ３細胞を使用して、アポトーシス細胞の結合および貧食を媒介する際の、このレセプターの機能を試験し得る。約２５％のＭ１２．Ｃ３細胞は、ｍＡｂ２１７およびアポトーシス標的に結合し得、そして半数が、アポトーシス細胞を取り込み得た（図４Ａ）。トランスフェクトされた細胞が、ｍＡｂ２１７およびこれらのネガティブに結合するために、トランスフェクトされた細胞がこれらのポジティブに貯蔵された場合、このポジティブ細胞のみが、アポトーシス細胞と結合し、そしてこのアポトーシス細胞を取り込み得ることは明らかである（図４Ｂ）。空のベクターでトランスフェクトされたＭ１２．Ｃ３細胞は、低レベルのαｖβ３（アポトーシス細胞の取り込みの原因となるインテグリン）を発現するにもかかわらず、アポトーシス細胞にほとんど結合を示さず、そしてアポトーシス細胞の貧食を完全に示さなかった（Ｓａｖｉｌｌら、Ｎａｔｕｒｅ　３４３：１７０−１７３（１９９０））。従って、推定ＰＳレセプターは、Ｊｕｒｋａｔ　Ｔ細胞によるアポトーシス細胞の取り込みを媒介し得ることを確認することは重要である。なぜならば、このレセプターは、αｖβ３を含む、アポトーシス細胞の取り込みのためのいずれの公知の表面レセプターも発現しないからである。首尾良い過渡的なトランスフェクション後に、Ｊｕｒｋａｔ　Ｔ細胞は、アポトーシス細胞に結合およびこのアポトーシス細胞を取り込み得る。過渡的なトランスフェクションの問題を克服するために、このＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞は、Ｇ４１８の選択によって安定的にトランスフェクトされた。１６０ｎＭのＰＭＡでの刺激後に低いレベルのレセプターを一貫して発現した４種の株が、得られた（データを示さず）。ＰＳレセプターの発現がＰＭＡで誘導された場合にのみ、安定なＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞は、アポトーシス細胞に確かに結合した（図４Ｃ）。ｍＡｂ２１７およびＰＳは、結合を阻害した一方で、コントロールＩｇＭおよび他のアニオンホスホリピドは、阻害しなかった（図４Ｃ）。これらの結果は、ＰＣを認識するマクロファージを用いる、本発明者の以前の観測を正確に再利用した（Ｆａｄｏｋら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ　１４８：２２０７−２２１６（１９９２）；Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１６１：６２５０−６２５７（１９９８））。さらに、安定にトランスフェクトされた細胞の５．８＋／−１．２％は、アポトーシス細胞を貧食し；貧食は、コントロールプラスミドでトランスフェクトされたＪｕｒｋａｔ細胞中で決して観測されなかった（例えば、図４Ｃ）。候補ＰＳＲでトランスフェクトされたＪｕｒｋａｔ　Ｔ細���が、全身性赤血球影に結合し得、そしてこの結合が、ホスホＤセリンではなく、ＰＳリポソームおよびホスホＬセリンによって阻害されることがまた観測された（マクロファージに示される同一の立体特異性を示す）（図５）。しかし、形質導入体をＰＭＡで予め処置し、レセプターの表面発現を増加させ、レセプターの表面発現を増加させる場合、全身的な赤血球と結合する能力が増加し、そして同様にその能力により赤血球を取り込んだ。
【０１５０】
マクロファージによるアポトーシス細胞の取り込みは、ＴＧＦβの産生および炎症性サイトカインの下方制御に関連する（Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｃｌｉｎ　Ｉｎｖｅｓｔ　１０１：８９０−８９８（１９９８）；ＭｃＤｏｎａｌｄら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６３：６１６４−６１７２（１９９９））。ホスファチジルセリンは、ＴＮＦα産物を含む、いくつかのマクロファージ機能を下方制御することが示されるので（Ａｒａｍａｋｉら、Ｂｉｏｃｈｅｍ　Ｒｅｓ　Ｃｏｍｍｕｎ２３１：８２７−８３０（１９９７））、この候補ＰＳレセプターがこのサイトカイン応答のためのシグナルを提供し得るかどうかを決定することは、重要であった。ＰＳ含有リポソームならびに、ＬＳＰ−刺激Ｊ７７４マクロファージ中のｍＡｂ２１７で刺激されたＴＧＦβ産生および減少したＴＮＦα産生（図６Ａおよび６Ｂ）は、この候補ＰＳレセプターが、マクロファージによるアポトーシス細胞の取り込み後の免疫応答の下方制御に重要な役割を果たすことを示唆する。アポトーシス細胞のマクロファージの取り込みにより誘導されるＴＧＦβにより、トリパノソーマの細胞間増殖を促進することが最近示された（Ｆｒｅｉｒｅ−ｄｅ−Ｌｉｍａら、Ｎａｔｕｒｅ　４０３：１９９−２０３（２０００））。この抗体はまた、ＮＩＨ３Ｔ３細胞からのＴＧＦβ産生を刺激し得、ＮＩＨ３Ｔ３細胞のアポトーシス細胞の取り込みは、ＰＳおよびｍＡｂ２１７によって阻害された（データは示さず）。
【０１５１】
Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓおよびＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ　ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒにおいて、哺乳動物のタンパク質と未知の機能の遺伝子との間に高い相同性があることが観測されることは、非常に重要であり、ＰＳ認識が、系統発生にわたって保存されることを意味する。Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓにおける、アポトーシス体の貧食に関連すると公知である６種の遺伝子のうち３種は、哺乳動物のタンパク質に対して相同性であり（Ｗｕら、Ｎａｔｕｒｅ　３９２：５０１−５０４（１９９８）；Ｗｕら、Ｃｅｌｌ　９３：９５１−９６０（１９９８）；Ｌｉｕら、Ｃｅｌｌ　９３：９６１−９７２（１９９８））、この貧食を媒介する基本的な機構が、多くの多細胞性生物中で保存され得る。アポトーシス体のクリアランスはまた、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａにおけるアポトーシス細胞死の特徴である（Ｆｒａｎｃら、Ｓｃｉｅｎｃｅ　２８４：１９９１−１９９４（１９９９））。例えば、クロクエモルト（ｃｒｏｑｕｅｍｏｒｔ）（哺乳動物のＣＤ３６のホモログ）は、重要な役割を果たすことが示されている（Ｆｒａｎｃら、同書）。本発明のＰＳレセプターがＤｒｏｓｏｐｈｉｌａおよびＣ．ｅｌｅｇａｎｓにおいて取り込みを媒介するかどうかを決定することは、重要である。
【０１５２】
本明細書中に示されるデータに基づいて、本発明は、本実施例に記載されている遺伝子産物が、ＰＳ特異的レセプターであり、そしてこのタンパク質は、哺乳動物での、アポトーシス細胞の取り込み、およびクリアランスの抗炎症性効果を媒介するのに重要である。
【０１５３】
（材料および方法）
（細胞および細胞株）ヒトの単球は、正常なドナーから得られ、そしてそれを、１０％のヒト血清を含むＸ−Ｖｉｖｏ１０（Ｂｉｏ　Ｗｈｉｔａｋｅｒ）中で培養した。分化したマクロファージ（ＨＭＤＭ）を、７日間の培養に使用した。マウスの骨髄由来のマクロファージを、５〜７日間、Ｍ−ＣＳＦ中で骨髄細胞を培養することによって誘導した。
【０１５４】
（モノクローナル抗体の開発）ＰＳレセプターの発現を誘導するために刺激されたＨＭＤＭ（Ｆａｄｏｋら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ　１６１：６２５０−６２５７（１９９８））を、ＢＬＢＢ／ｃマウスの腹腔内に１ヶ月の間隔で４×を注射した。全細胞ＥＬＩＳＡを使用して、この血清を、刺激したＨＭＤＭ　対　刺激していないＨＭＤＭにより高い力価で結合する能力について試験した。融合物から得られる上澄みを、刺激したマクロファージを使用する全細胞ＥＬＩＳＡにより試験し、４℃で３０分間、１００μＭのＰＳまたはＰＩリポゾーム（５０：５０のモル比のＰＳまたはＰＩ〜ＰＣ）（Ｆａｄｏｋら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ　１４８：２２０７〜２２１６（１９９２））を用いてまたは用いずに予めインキュベートされた、刺激していないマクロファージおよび刺激したマクロファージについてのフローサイトメトリーにより試験した。高いレベルで刺激したマクロファージに結合し、そしてＰＳリポゾーム（しかし、ＰＩリポソームでもＰＣリポソームでもない）による結合を阻害する、２種類のハイブリドーマの上清（ｍＡｂ２１７，ｍＡｂ２８４，ＩｇＭ，κ鎖）を見出した。
【０１５５】
（フローサイトメトリー、細胞の分別、蛍光顕微鏡検査）約０．５〜１×１０６の細胞を、２％のＦＣＳを含む１００μのＨＢＳＳおよび１００μｌのハイブリドーマの上清中でインキュベートした。アイソタイプコントロールは、抗−ＣＤ１５ｓ（ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）、高いレベルでヒトのマクロファージに結合するマウスＩｇＭ、およびマウス黒色腫ＩｇＭ（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ）を含んだ。第２の抗体は、Ｃｙ３結合体化ヤギ抗マウスＩｇＭ、ｍｕ鎖特異的Ｆ（ａｂ’）２（Ｊａｃｋｓｏｎ　Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅｒｃｈ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｗｅｓｔ　Ｇｒｏｖｅ，ＰＡ）であった。染色した細胞を、Ｂｅｃｔｏｎ−Ｄｉｃｋｓｏｎ　ＦａｃｓＣＡＮ血球計算器を使用して分析した。データを、ＰＣＬｙｓｉｓソフトウェアを使用して分析した。トランスフェクトされた細胞のために、精製したｍＡｂ２１７を、１００μｇ／ｍｌで一次試薬として使用した。付着細胞は、フローサイトメトリーのために、５ｍＭのＥＤＴＡを含むハンクスＢＳＳ中において１５分間、４℃で収集し、続いて穏やかに掻き取ることによって調製した。細胞表面から抗原を取り除く場合、トリプシンは使用しなかった。過渡的にトランスフェクトされたＭ１２．Ｃ３を、Ｍｏ−Ｆｌｏｗ細胞分別機（ｓｏｒｔｅｒ）を使用して、ｍＡｂ２１７ポジティブまたはｍＡｂ２１７ネガティブ中で分別した。蛍光顕微鏡検査のために、３Ｔ３細胞を、アポトーシスＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞に与え、２％パラホルムアルデヒド／１５％スクロース（ＰＢＳ中）で固定し、１０％のヤギ血清で一晩かけてブロックし、核を染色するために、１：５００希釈のＣｙ３ヤギ抗マウスＩｇＭ、１：５０　Ａｌｅｘａ　４８８ファロイジン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｐｒｏｂｅｓ，Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）、２．５ｍｇ／ｍｌのＤＡＰＩでｍＡｂ２１７（１００ｍｇ／ｍｌ）を染色した。
【０１５６】
（ウェスタンブロット）細胞を、１５０ｍＭのＮａＣｌ、１％のＴｒｉｔｏｎ−Ｘ　１００、０．２５％のデオキシコール酸塩、およびプロテアーゼインヒビターカクテル（Ｓｉｇｍａ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，Ｍｏ，ＡＥＢＳＦ，ペプスタチンＡ，Ｅ−６４，ベスタチン（ｂｅｓｔａｔｉｎ），ロイペプチン，アプロチニン）を含む、５０ｍＭのＴｒｉｓ（ｐＨ　７．４）中でリンスし、タンパク質をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分離し、そしてニトロセルロースに転写させた。膜を、５％の粉ミルクでブロックし、３μｇ／ｍｇのｍＡｂ２１７と共に一晩４℃でインキュベートし、ペルオキシダーゼ標識ヤギ抗マウスｍｕ鎖特異的Ｆ（ａｂ’）２で１時間処理し（Ｊａｃｋｓｏｎ　Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｗｅｓｔ　Ｇｒｏｖｅ，ＰＡ）、そして化学ルミネセンス（ＥＣＬ，Ａｍｅｒｓｈａｍ　Ｐｈａｒｍａｃｉａ　Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）によって展開した。
【０１５７】
（レセプターのクローニング）指向性ｃＤＮＡライブラリーを、Ｎｏｖａｇｅｎ（Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）から市販されているＴ７　Ｓｅｌｅｃｔシステムを使用して作製した。まず、ｍＲＮＡを、Ｆａｓｔ−Ｔｒａｃｋ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用して、Ｊ７７４から単離した。ｃＤＮＡを、ＭＭＬＶ逆転写酵素を使用する逆転写によって、指向性ＨｉｎｄＩＩＩランダムプライマー（Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を使用して産生した。この末端を、Ｔ４　ＤＮＡポリメラーゼでフラッシュし、そして指向性Ｅｃｏ　ＲＩ／Ｈｉｎｄ　ＩＩＩリンカーを付加した。このサンプルを、Ｅｃｏ　ＲＩおよびＨｉｎｄＩＩＩで消化し、そしてＴ７　Ｓｅｌｅｃｔ−１ｂベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）にライゲーションし、次いで、このシステムに対して推奨されている、プレート溶解産物増幅方法を使用して増幅した。６０ｍｍのシャーレを、精製したｍＡｂ２１７、ＩｇＭコントロール（抗−ＴＮＰ，Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）またはＢＳＡでコーティングし、そして１％のＢＳＡおよび５％の粉ミルクでブロックした。ウイルスの溶解産物（２ｍｌ）を、プレートに添加し、２時間、室温でインキュベートし、次いでＴＢＳＴで徹底的に洗浄した。結合したウイルス粒子を、１％のＳＤＳを使用して除去し、そして２５０μｌを、５０ｍｌの細菌性宿主菌株（ＢＬＴ５６１５）に、再溶解のために添加した。ｍＡｂ２１７でコーティングされたプレートからバイオパニング（ｂｉｏｐａｎ）した材料だけが、溶解するようであり；非特異的なＩｇＭまたはＢＡでコーティングされたプレート由来の材料は、溶解性でなかった。５回のバイオパニング後に、プラークを単離し、そして１２個を、ＡＢＩ　ＰＲＩＳＭ　ｄＲｈｏｄａｍｉｎサイクル配列決定システム（ＰＥ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用する配列決定のために選択した。配列を分析して、そしてＭａｃ　Ｖｅｃｔｏｒ　６．０（Ｏｘｆｏｒｄ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｇｒｏｕｐ）を使用してアライメントし；６種個が同一であったジコキシゲニン標識プローブ（ＤＩＧ　Ｓｙｓｔｅｍ，Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ　Ｍａｎｎｈｅｉｍ）を、６個の同一の配列から作製され、そしてＮｏｒｈｅｒｎ分析によりＪ７７４細胞由来のプローブｍＲＮＡに使用した。２ｋｂハンドを観測し、このクローンがＪ７７４由来であることを確認した。
【０１５８】
完全なマウスの配列を、マウスＥＳＴデータベース（ＧｅｎＢａｎｋ）中の複数の実体をアライメントすることによって入手した。ヒトホモログＫＩＡＡ０５８５の配列（Ｎａｇａｓｅら、ＤＮＡ　Ｒｅｓ．５：３１−３９（１９９８））は、ＧｅｎＢａｎｋ（登録番号ＡＢＯ１１１５７）で利用可能である。このＣ．ｅｌｅｇａｎｓホモログは、登録番号ＡＡＢ０９１１６としてコスミドＦ２９Ｂ９（Ｕ７０８４９．１）において見出され得る。Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ　ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒホモログの完全な配列は、ｃＤＮＡクローンＬ００２２８５９を配列決定することによって決定し、この一部の配列（ＧｅｎＢａｎｋ登録番号ＡＡ９４０７１６）は、既に公知であった。このクローンは、Ｂｅｒｋｅｌｙ　Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ　Ｇｅｎｏｍｅ　Ｐｒｏｊｅｃｔ（ＢＤＧＰ／ＨＨＭＩ　ＥＳＴプロジェクト）およびＲｅｓｅａｒｃｈ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓから入手された。
【０１５９】
（Ｍ１２．Ｃ３およびＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞のトランスフェクション）全長遺伝子を含むヒトＥＳＴクローン（登録番号Ｒ２４７２７）は、ＡＴＣＣ（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）を介してＩＭＡＧＥ　Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍから得られた。この挿入物を、ｐｃＤＮＡ３．１／ｎｅｏ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）のＨｉｎｄＩＩＩ／Ｎｏｔ　Ｉ部位にサブクローニングした。Ｍ１２．Ｃ３細胞を、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ　Ｐｌｕｓを使用してＯｐｔｉＭＥＭＩ培地中でトランスフェクトした（この両方は、ＧｉｂｃｏＢＲＬ　Ｌｉｆｅ　Ｓｃｉｅｎｃｅ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇｒａｎｄ　Ｉｓｌａｎｄ，ＮＹから入手）。ＤＭＲＩＥ　Ｃ　Ｊｕｒｋａｔ　Ｔ細胞を使用する、ＯｐｔｉＭＥＭ　Ｉ培地中でトランスフェクトしたＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞を、レセプターの発現を誘導するために、ＰＨＡ（１μｇ／ｍｌ）単独で、またはＰＭＡ（１．６ｎＭ）およびＰＨＡと共に刺激した。４８時間後に、この細胞を、ｍＡｂ２１７を使用するＰＳレセプターの発現およびフローサイトメトリーについて分析した。安定なトランスフェクションのために、Ｊｕｒｋａｔ　Ｔ細胞を、Ｇ４１８（１ｍｇ／ｍｌ）中で選択した。レセプターの表面発現は、１６０ｎＭ　ＰＭＡ（Ｇ４１８は存在しない）で安定にトランスフェクトされた細胞を４８時間処理することで誘導された。この候補ＰＳＲをまた、ｐＲｃ／ＲＳＶ（ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）またはｐＵＰ（Ｂｒｉａｎ　Ｓｃｈａｅｆｅｒ）に挿入し、そしてＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞またはＭ１２．Ｃ３細胞中にエレクトロポレーションによりトランスフェクトした。
【０１６０】
（アポトーシス細胞の結合および貧食作用）マクロファージ、繊維芽細胞、または上皮細胞を、５：１の比の標的：貧食細胞でアポトーシス性Ｊｕｒｋａｔ　Ｔ細胞を添加する前に、３０分間、１００μＭのリポソーム（５０：５０のモル比のＰＳ：ＰＣまたはＰＩ：ＰＣを含む）、１ｍＭ　ＲＧＤＳもしくはＲＧＥＳ、ｍＡｂ２１７もしくはｍＡｂ２８４（ＨＭＤＭ）または１００μｌの精製したｍＡｂ２１７を含む希釈していないハイブリドーマの上清、あるいは１００μｇ／ｍｌｎアイソタイプコントロールで予めインキュベートした。アポトーシスを、記載されるＵＶ照射（Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｃｌｉｎ　Ｉｎｖｅｓｔ　１０１：８９０−８９８（１９９８））によってＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞において誘導させた。ＴＨＰ−１細胞を、７２時間、ＰＭＡ（１６０ｎＭ）で刺激して、マクロファージ表現型、接着する能力、およびアポトーシス細胞を取り込む能力を誘導した。１時間後に、貧食細胞を洗浄し、そして光学顕微鏡による取り込みの評価のために固定した。アポトーシスＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞、ＨＬ−６０細胞、またはヒト好中球（ＵＶ照射により誘導される）（Ｆａｄｏｋら、同書；ＭｃＤｏｎａｌｄら、１９９９、前出）を、５：１の標的：トランスフェクト体の比で、トランスフェクトされたＭ１２．Ｃ３またはＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞に添加して、ｍＡｂ２１７（１００〜２００μｇ／ｍｌ）、ＩｇＭコントロール（１００〜２００μｇ／ｍｌ）もしくはＰＣを含有する１００μｇＭのリポソーム、または５０：５０のモル比のＰＳ：ＰＣ、ＰＩ：ＰＣ、もしくはＰＧ：ＰＣ（全てのリン脂質は、Ａｖａｎｔｉ　Ｐｏｌａｒ　Ｌｉｐｉｄｓ，Ａｌａｂａｓｔｅｒ，ＡＬから入手）の存在または非存在下で結合を評価するために、１時間インキュベートした。アリコートを取り出し、そして記載されるように光学顕微鏡によって結合および貧食性について評価した（Ｆａｄｏｃら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１４８：２２０７−２２１６（１９９２）；Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１４９：４０２９−４０３５（１９９２）；Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１５１：４２７４−４２８５（１９９３）；Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｉｍｍｕｎｏｌ　１６１：６２５０−６２５７（１９９８））。貧食性について、安定的にトランスフェクトされたＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞を、ポリ−Ｌ−リシン（１００μｇ／ｍｌ）で処理したガラススライド上で免疫した。アポトーシス細胞を、２時間かけて添加し、次いで、このスライドを洗浄し、メタノールで固定し、そして改変ライトギームザ染料で染色した。
【０１６１】
（対称性赤血球ゴーストの結合および貧食性）ヒトの赤血球を、氷上で１時間かけて、１ｍＭのＣａＣｌ２を含むＰＢＳ（１：５０）中に溶解して：これを、３７℃で３０分間かけて５×ＰＢＳを添加することによって放出した。ホスファチジルセリンの曝露を、アネキシン−ＦＩＴＣの結合により確認し、フローサイトメトリーにより評価した。
【０１６２】
（サイトカイン分析）Ｊ７７４細胞を、１０ｎｇ／ｍｌのＬＰＳ（Ｘ−Ｖｉｖｏ　１０培地中）で処理し、そしてアポトーシスＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞、１００μＭのリポソーム（５０モル％のＰＳまたはＰＩを含む）、１００μｇ／ｍｌのｍＡｂ２１７、または１００μｇ／ｍｌのマウスＩｇＭアイソタイプコントロールのいずれかを、添加した。上澄みを、１８時間後に、ＥＬＩＳＡによりサイトカイン産生について評価した（Ｆａｄｏｋら、Ｊ　Ｃｌｉｎ　Ｉｎｖｅｓｔ　１０１：８９０−８９８（１９９８））。３Ｔ３繊維芽細胞を、ｍＡｂ２１７またはアイソタイプコントロールを用いて処理し、そして１８時間後にＴＧＦβ産物について評価した。
【０１６３】
（統計分析）統計分析（ＡＮＯＶＡおよびＴｕｋｅｙ−Ｋｒａｍｅｒ　ＨＳＤ）を、ＪＭＰソフトウェア（ＳＡＳ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．，Ｃａｒｙ，ＮＣ）を使用して実施した。
【０１６４】
（実施例２）
本実施例により、本発明のＰＳレセプターは、マウスから採取した全常在性腹腔マクロファージまたは少なくとも３０％の新鮮な単離されたマウスの肺胞マクロファージに存在することを実証する。
【０１６５】
常在性腹腔マクロファージを、１０ｍｌのハンクス液を用いて、安楽死させたマウスの腹腔を洗浄することによって採取した。常在性肺胞マクロファージを、１ｍｌのハンクス液を用いて、マウスの肺を洗浄することによって採取した。この洗浄を１匹のマウス当たり２〜３回繰り返した。この細胞を２回洗浄し、そしてＰＳレセプター発現の評価のためのｍＡｂ２１７を使用して、フローサイトメトリー分析のための緩衝液（２％のウシ胎児血清を含むハンクス液）中で懸濁した。この結果は、本発明のＰＳレセプター（ｍＡｂ２１７に結合する能力により示されるようなレセプター）は、マウスから採取した全常在性腹腔マクロファージまたは少なくとも３０％の新鮮な単離されたマウスの肺胞マクロファージに存在すること（データは示さず）を実証した。
【０１６６】
（実施例３）
本実施例は、ＰＳレセプターでトランスフェクトされた３Ｔ３繊維芽細胞、一次乳腺上皮細胞、およびリンパ球が、ＴＧＦβを放出することによるｍＡｂ２１７を用いた処理に応答することを実証した。
【０１６７】
ＮＩＨ３Ｔ３繊維芽細胞をプレートし、そして一晩培養し、その結果、最終のコンフルエンシーは、３０〜４０％であった。一次乳腺上皮細胞を、１５〜１６日の妊娠したマウスからの乳腺から採取することによって得た。この腺を、細かくし、コラゲナーゼおよびトリプシン中で消化し、そしてこの上皮細胞を、異なる遠心法により精製した。これを、インスリンおよびＥＧＦを含む増殖培地中にプレートし、そして使用の４〜５日前に培養した。ＰＳレセプターで安定的にトランスフェクトしたＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞を、ＰＳレセプターの表面発現を上方制御するために４８時間、１６０ｎＭ　ＰＭＡで処理した。次いで、２００μｇ／ｍｌのｍＡｂ２１７またはアイソタイプコントロールを、全ての集団に添加し、この細胞をＸ−Ｖｉｖｏ（血清を含まない）培地中で一晩かけて培養した。上澄みを回収し、遠心分離機にかけ、微粒子性の細片を除去し、そして−７０℃で凍結乾燥した。ＴＧＦβのレベルを、ＥＬＩＳＡによって評価した。図７および８は、ＰＳレセプターでトランスフェクトさせた３Ｔ３繊維芽細胞（図７）、一次乳腺上皮細胞（示さず）、およびリンパ球（図８）が、ＴＧＦβを放出することによるｍＡｂ２１７を用いた処理に応答することを示し、これは、アポトーシス細胞の取り込みに対するそれらの応答を模倣している。
【０１６８】
（実施例４）
本実施例は、正常なマウスの肺および腹膜へのアポトーシス細胞の滴下注入が、ＴＧＦβの迅速な放出を誘導することを実証する。
【０１６９】
Ｊｕｒｋａｔ　Ｔ細胞（この細胞は、アポトーシスの間に、外部でホスファチジルセリンを発現する）または未分化のＰＬＢ９８５細胞（この細胞は、アポトーシスの間に、外部でホスファチジルセリンを発現しない）（Ｆａｄｏｋら、２０００，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：１０７１−１０７７）を、アポトーシスを誘導するためにＵＶ照射で処理し、次いで２時間培養した。この細胞を、回収し、そして滅菌ハンクス液中で懸濁させた。マウスをＡｖｅｒｔｉｎを用いて麻酔し、次いで、気管をカニューレ処理した。続いて、アポトーシス細胞を滴下注入し、そして１時間後に、肺をハンクス溶液で洗浄した。気管支肺胞洗浄溶液を回収して、微粒子性の細片を除去するために遠心分離し、次いで−７０℃で凍結した。ＴＧＦβのレベルを、ＥＬＩＳＡによって評価した。結果は、正常なマウスの肺および腹膜へのアポトーシス細胞の滴下注入が、ＴＧＦβの迅速な放出（１時間以内で検出可能）を誘導することを実証した（データを示さず）。
【０１７０】
（実施例５）
本実施例は、アポトーシス細胞へのホスファチジルセリンの曝露が、マクロファージおよび繊維芽細胞による取り込みに必要とされることを実証する。
【０１７１】
マクロファージは、Ｃ３Ｈ／ＨｅＪマウス由来の骨髄を採取すること、およびマクロファージ−コロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）の供給源として、１０％のウシ胎児血清および１０％のＬ９２９細胞−培養上清を含むＤＭＥＭ中で培養することによって産生した。ＮＩＨ　３Ｔ３細胞は、Ａｍｅｒｉｃａｎ　Ｔｙｐｅ　Ｔｉｓｓｕｅ　Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから入手し、そして推奨通り培養した。アポトーシス細胞を産生するために、Ｊｕｒｋａｔ　Ｔ細胞、ＨＬ−６０細胞、またはＰＬＢ９８５細胞に、ＵＶを曝露して、アポトーシスを誘導するために２時間、培養した。アポトーシスを、光学顕微鏡を使用する形態学的評価によって定量化し、；ホスファチジルセリンの曝露は、ＦＩＴＣ結合体化アネキシンＶを使用するフローサイトメトリーによって評価した（Ｆａｄｏｋら、２０００，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：１０７１−１０７７を参照のこと）。Ｊｕｒｋａｔ　Ｔ細胞およびＨＬ−６０細胞を、アポトーシスの間にホスファチジルセリンに曝露し、ＰＬＢ９８５細胞は、不十分に曝露する。次いで、このアポトーシスの集団を、マクロファージまたは繊維芽細胞に添加し、そして取り込みを光学顕微鏡によって評価した。
【０１７２】
図９Ａは、マウスの骨髄由来のマクロファージは、アポトーシス細胞（未分化のＰＬＢ９８５細胞）を取り込まず、この細胞は、不十分にＰＳを発現する。Ｙ軸は、取り込まれたアポトーシス細胞に対してポジティブである、マクロファージの割合を示す。挿入の棒グラフは、使用されるアポトーシス集団の各々に対して光学顕微鏡によって評価される場合のアポトーシスの割合を示す。
【０１７３】
図９Ｂは、線維芽細胞が貧食細胞として使用される場合の、類似の結果を示す。ホスファチジルセリンは、リポソーム移動を使用する内部リーフレットに戻される場合、線維芽細胞による取り込みが回復される。コントロールのリン脂質を含むリポソーム（ホスファチジルコリン）は、取り込みを回復しない。「新鮮な」ＰＬＢ９８５細胞は、生存可能であり、したがって、認識されない。さらに、ホスファチジルセリンが生存可能なＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞に移動される場合、これらは認識され、そして取りこまれる。
【０１７４】
図９Ｃは、原形質膜がリポソームの移動によりＰＳで再構築される場合、アポトーシスＰＬＢ９８５細胞の認識は回復されないことを示す。生理学的なＬ−立体異性体のみが、認識を回復するのに有効であり、そして認識は、ｍＡｂ２１７によってブロックされる（Ｆａｄｏｋら，２０００，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７６：１０７１−１０７７）。
【０１７５】
（実施例６）
本実施例は、アポトーシス細胞の取り込みが、ＰＳレセプターに依存することを実証する。
【０１７６】
ＮＩＨ３Ｔ３線維芽細胞を、リポフェクションを使用して、アンチセンス配置（すなわち、配列番号４の完全に相補的な核酸配列）でＰＳレセプターを含むｐｃＤＮＡ３．１（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｂａｄ，ＣＡ）または空のベクターを用いてトランスフェクトした。この細胞を、ｍＡｂ２１７を使用するフローサイトメトリーによってＰＳレセプターの発現（図１０；ＰＳＲ−ＲＭＦ；ＲＭＦ＝相対平均蛍光（ｒｅｌａｔｉｖｅ　ｍｅａｎ　ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ））、およびトランスフェクションの１８〜２４時間後のアポトーシスＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞の取り込み（図１０；Ａｐｏ　Ｃｅｌｌ　Ｕｐｔａｋｅ）について評価した。ビトロネクチンレセプターの発現に関するアンチセンスの効果（図１０；αｖ−ＲＭＦ）およびラテックスビーズの取り込み（図１０；Ｌａｔｅｘ　Ｕｐｔａｋｅ）を、コントロールとして評価した。図１０に例示される結果は、コントロールと比較して、ＰＳレセプターアンチセンスのトランスフェクションにより、ＰＳＲ発現と線維芽細胞によるアポトーシス細胞の取り込みとの両方が有意に減少したことを実証する。センス構築物のトランスフェクションは、レセプターの発現またはアポトーシス細胞の取り込みに効果を有さなかった。
【０１７７】
（実施例７）
本実施例は、アポトーシス細胞に応答におけるＴＧＦβの産生は、ＰＳレセプターに依存すること実証する。
【０１７８】
ＮＩＧ　３Ｔ３線維芽細胞を、実施例６に記載されるようなアンチセンスを用いてトランスフェクトした。次いで、アポトーシスＪｕｒｋａｔ　Ｔ細胞を、トランスフェクションの１８〜２４時間後に添加し、そしてこの細胞を一晩かけて培養した。上澄みを回収し、微粒子性の断片を除去するために遠心分離し、そして−７０℃で凍結乾燥した。ＴＧＦβ産物を、ＥＬＩＳＡによって評価した。図１１に示された結果は、正常および空のベクターコントロールと比較した場合、アポトーシス細胞に対する応答において、ＰＳレセプターアンチセンスが、トランスフェクトされた細胞によるＴＦＧβの産生を有意に減少させることを実証する。
【０１７９】
本発明の種々の実施形態は、詳細に記載されているが、これらの実施形態の改変および適用が、当業者によって行われることは明らかである。しかし、このような改変および適用が、以下の特許請求の範囲に記載されるように、本発明の範囲内であることは、明確に理解される。
【図面の簡単な説明】
【図１】
図１は、ホスファチジルセリン（ＰＳ）を含むがホスファチジルイノシトール（ＰＩ）を含まないリポソームが、マクロファージを刺激するｍＡｂ２１７の結合を阻害することを示す棒グラフである。
【図２】
図２Ａ〜Ｅは、ｍＡｂ２１７が、多様な貪食細胞によるアポトーシスジャーカット（Ｊｕｒｋａｔ）Ｔ細胞の取り込みを阻害することを示す棒グラフである。
【図３】
図３は、ヒト（配列番号３）、マウス（配列番号５）、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ（配列番号７）、およびＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ（配列番号９）、推定タンパク質配列、ならびに本発明のＰＳレセプターのコンセンサス配列（配列番号１０）の整列および比較である。
【図４Ａ】
図４Ａは、候補ＰＳＲ貪食細胞で一時的にトランスフェクトされたＭ１２．Ｃ３Ｂ細胞が、アポトーシス細胞に結合し、貪食することを示す棒グラフである。
【図４Ｂ】
図４Ｂは、候補ＰＳＲ貪食細胞に一時的にトランスフェクトされたＭ１２．Ｃ３Ｂ細胞が、アポトーシス細胞に結合し、貪食することを示す棒グラフである。
【図４Ｃ】
図４Ｃは、アポトーシス細胞が、ＰＳ依存的な様式で安定にトランスフェクトされたジャーカットＴ細胞に結合し、そしてそれはｍＡｂ２１７により阻害されることを示す棒グラフである。
【図５】
図５は、候補ＰＳＲで安定にトランスフェクトされたジャーカットＴ細胞による対称性赤血球ゴーストの結合および貪食が、ホスホ−Ｌ−セリン（ホスホ−Ｄ−セリンではない）により立体特異的に阻害されることを示す棒グラフである。
【図６】
図６Ａ〜Ｂは、ｍＡｂ２１７、ＰＳ含有リポソーム、またはアポトーシス細胞を用いたＪ７７４マウスマクロファージの処理が、ＴＧＦβ分泌を刺激し、ＬＰＳ誘導性ＴＮＦα産生を阻害することを示す棒グラフである。
【図７】
図７は、ｍＡｂ２１７を用いた３Ｔ３繊維芽細胞の処理が、ＴＧＦβ分泌を誘導することを示す棒グラフである。
【図８】
図８は、本発明のＰＳレセプターでトランスフェクトされたリンパ球が、ｍＡｂ２１７（２００μｇ／ｍｌ）を用いた処理によりＴＧＦβの放出を誘発し得ることを示す棒グラフである。
【図９Ａ】
図９Ａは、リン脂質の非対称性を失っていないアポトーシス細胞が、マクロファージによりほとんど認識されないことを示す棒グラフである。
【図９Ｂ】
図９Ｂは、繊維芽細胞のみが、外面にＰＳを発現するアポトーシス細胞を摂取することを示す棒グラフである。
【図９Ｃ】
図９Ｃは、ＰＬＢ細胞が、ＰＳがリポソーム転移により挿入されている場合に認識されるのみであることを示す棒グラフである。
【図１０】
図１０は、ＰＳＲの発現およびアポトーシス細胞の取り込みに対するＰＳレセプターアンチセンスの効果を示す棒グラフである。
【図１１】
図１１は、アポトーシス細胞へのＴＧＦβの応答に対するＰＳレセプターアンチセンスの効果を示す棒グラフである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図１０】
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【図１１】
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【国際公開パンフレット】
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【国際調査報告】
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