(57)【要約】ラムノスス乳酸菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）ＨＮ００１株由来の４１個のポリヌクレオチドの配列が決定された。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株に存在するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチドであって、酵素活性と、抗感染活性と、ラクトース消化モジュレーション活性と、免疫系モジュレーション活性と、アミノ酸、脂質または糖質の代謝活性と、風味、歯ごたえまたは芳香のモジュレーション活性と、マルチストレス耐性および生存の活性と、抗原活性と、接着活性と、調節活性とのうちの少なくとも１の活性を有するポリペプチドをエンコードする単離ポリヌクレオチド。
【請求項２】
（１）配列番号１−３３に列挙された配列と、（２）明細書に記載されたデフォルトのパラメータに設定されたＢＬＡＳＴＮアルゴリズムバージョン２．０４を用いて前記（１）の配列に対して比較されたとき、期待値（Ｅ値）が０．０１以下になるヌクレオチド配列を含む配列とからなるグループから選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の単離ポリヌクレオチド。
【請求項３】
配列番号１−３３に列挙されたヌクレオチド配列から選択された比較配列に対して同一のヌクレオチドを少なくとも７５％有するヌクレオチドを含み、この同一のヌクレオチドの百分率は、デフォルトのパラメータに設定されたＢＬＡＳＴＮアルゴリズムバージョン２．０４を用いて、前記配列と前記比較配列とをアライメントさせて、前記配列と前記比較配列とのアライメントされた部分での同一ヌクレオチドの個数を同定して、同一ヌクレオチドの個数を前記比較配列の核酸の全個数で除算して、１００倍することにより決定される、請求項１に記載の単離ポリヌクレオチド。
【請求項４】
配列番号１−３３に列挙された配列を含むポリヌクレオチドに対して、ストリンジェントな条件下でハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の単離ポリヌクレオチド。
【請求項５】
（１）配列番号１−３３に列挙された配列の相補体と、（２）配列番号１−３３に列挙された配列の逆相補体と、（３）配列番号１−３３に列挙された配列の逆配列とからなるグループから選択されるヌクレオチド配列を含む、単離ポリヌクレオチド。
【請求項６】
（１）請求項３に記載の配列の２００量体であるヌクレオチド配列を含む配列と、（２）請求項３に記載の配列の１００量体であるヌクレオチド配列を含む配列と、（３）請求項３に列挙された配列の４０量体であるヌクレオチド配列を含む配列とからなるグループから選択されるヌクレオチド配列を含む、単離ポリヌクレオチド。
【請求項７】
保存的な置換の結果、配列番号１−３３に列挙されたヌクレオチド配列と異なるヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の単離ポリヌクレオチド。
【請求項８】
合計が配列の全長の１０％未満である欠失および／または挿入の結果として、配列番号１−３３に列挙されたヌクレオチド配列とは異なるヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の単離ポリヌクレオチド。
【請求項９】
合計が配列の全長の１５％未満である置換、挿入および／または欠失の結果として、配列番号１−３３に列挙されたヌクレオチド配列とは異なるヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の単離ポリヌクレオチド。
【請求項１０】
請求項１−９のいずれかの単離ポリヌクレオチドにエンコードされた、単離ポリペプチド。
【請求項１１】
（１）配列番号４２−７５に列挙された配列と、（２）デフォルトのパラメータに設定されたＢＬＡＳＴＰアルゴリズムバージョン２．０．１１を用いて、前記（１）に列挙された配列に対して比較されたとき、期待値（Ｅ値）が０．０１以下になる配列と、（３）前記（１）および（２）に列挙されたアミノ酸配列から選択された比較配列に対して同一のアミノ酸残基を少なくとも７５％有するアミノ酸配列を含む配列であって、この同一のアミノ酸の百分率は、デフォルトのパラメータに設定されたＢＬＡＳＴＰアルゴリズムバージョン２．０４１１を用いて、前記配列と前記比較配列とをアライメントさせて、前記配列と前記比較配列とのアライメントされた部分での同一アミノ酸の個数を同定して、同一アミノ酸の個数を前記比較配列のアミノ酸の全個数で除算して、１００倍することにより決定される、配列と、（４）遺伝コードの退縮を反映するコドンの変更により異なる配列と、（５）保存的なアミノ酸の置換によってのみ異なる機能的に類似の配列とからなるグループから選択されるアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチドであって。
【請求項１２】
請求項１１に記載の少なくとも１個のポリペプチドを含む、融合タンパク。
【請求項１３】
請求項１に列挙されたヌクレオチド配列の１０個の連続する残基に対して相補的な少なくとも１０個の連続する残基を含む、複数のオリゴヌクレオチドのプローブまたはプライマーを含むキット。
【請求項１４】
請求項１に記載のポリヌクレオチドを含む、遺伝子コンストラクト。
【請求項１５】
前記ポリヌクレオチドは、ミルク由来の製品の、風味、芳香、歯ごたえおよび健康に関する利点を改変するポリペプチドであって、ペプチダーゼ（ｐｅｐＯ）、エステラーゼ（ＡＡ７）、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＡＫ７）、アセトイン・デヒドロゲナーゼ、６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ、芳香族アミノトランスフェラーゼ、酢酸キナーゼ（ＡＰ５）、リンゴ酸酵素（ＡＡ５）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（ＡＧ３）、ｍａｌＹ／Ｐａｔ　Ｂピリドキサール５’リン酸アミノトランスフェラーゼ、ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＧ２）、ジヒドロピコリン酸シンターゼ、ジヒドロピコリン酸レダクターゼ、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、ｍａｌＹアミノトランスフェラーゼ、シスタチオンβリアーゼ、セリンデヒドラターゼおよびアフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼからなるグループから選択されるポリペプチドをエンコードする、請求項１４に記載の遺伝子コンストラクト。
【請求項１６】
前記ポリヌクレオチドは、乳製品およびプロバイオティックなサプリメントの製造に使用される微生物の生存可能性を増大させるポリペプチドであって、前記ポリペプチドは、ホルムアミドピリミジン−ＤＮＡ−グリコシラーゼ（ｆｐｇ、ＡＬ４）、塩基性表面タンパク（ＡＣ９）、外膜タンパクＡ（ＡＬ８）、細胞外マトリクス結合タンパク（ＡＭ４）、高分子量接着タンパク（ＡＬ７）、細胞周辺腔結合タンパク（ＰＥＢ１、ＡＪ４）、自己凝集タンパク（ＡＧ５）、ホスホエノールピルビン酸ヒドロラーゼ、タガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼ、ホスホグリセレート・キナーゼ、トリオースホスフェート・イソメラーゼ、フルクトース−ビスリン酸アルドラーゼ、リン酸基担体タンパクＨＰＲ　ＡＡ９、タガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼおよびｄｎａＫシャペロンタンパク（ＡＭ９）からなるグループから選択される、請求項１４に記載の遺伝子コンストラクト。
【請求項１７】
請求項１４−１６のいずれかに記載の遺伝子コンストラクトを含むトランスジェニック細胞。
【請求項１８】
５’から３’の方向に、
（ａ）遺伝子プロモーター配列と、
（ｂ）（１）請求項１に記載のヌクレオチド配列にエンコードされるポリペプチドの少なくとも機能的な部分をコードするポリヌクレオチドと、（２）請求項１に列挙された配列からなるグループから選択されるヌクレオチドにエンコードされるポリペプチドをコードする遺伝子のノンコーディング領域を含むポリヌクレオチドとのうちの少なくとも１つを含む、ポリヌクレオチド配列と、
（ｃ）遺伝子ターミネーション配列とを含む、遺伝子コンストラクト。
【請求項１９】
前記ポリヌクレオチドはセンス方向に配向される、請求項１４−１６または１８に記載の遺伝子コンストラクト。
【請求項２０】
前記ポリヌクレオチドはアンチセンス方向に配向される、請求項１４−１６または１８に記載の遺伝子コンストラクト。
【請求項２１】
前記遺伝子プロモーター配列および遺伝子ターミネーション配列は原核生物または真核生物において機能する、請求項１８に記載の遺伝子コンストラクト。
【請求項２２】
生物のポリヌクレオチド含量または組成をモジュレーションする方法であって、請求項１４−１６または１８に記載の遺伝子コンストラクトで前記生物を形質転換することを含む、方法。
【請求項２３】
生物か、該生物に由来する生殖材料または抽出物かを特定の出所を有するものとして同定する方法であって、前記生物の、材料または抽出物の遺伝子の全体の中に前記出所を表すポリヌクレオチド同定子の存否を検出することを含み、前記ポリヌクレオチド同定子は配列番号１−３３に列挙された配列を含む、方法。
【請求項２４】
前記生物は細菌細胞または酵母細胞である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記ポリヌクレオチド同定子の存否は、前記生物または材料からＤＮＡを単離して、単離されたＤＮＡに前記ポリヌクレオチド同定子を特異的な少なくとも１個のオリゴヌクレオチドプローブと接触させることにより検出される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記単離されたＤＮＡは、アレイ状をした複数のポリヌクレオチドプローブと接触させられる、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
（ａ）ミルク由来の製品の風味、芳香、歯ごたえおよび健康に関する利点を改変するポリペプチドをエンコードするラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の配列と、（ｂ）乳製品の製造工程における前記微生物の生存可能性を増大させるポリペプチドをエンコードするラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の配列とからなるグループから選択される、１または２以上のポリヌクレオチド配列で前記微生物を形質転換することにより、前記微生物のポリヌクレオチド含量または組成をモジュレーションすることを含む、ミルク由来の製品およびプロバイオティックなサプリメントの製造に使用される微生物の性質を改善する方法。
【請求項２８】
前記ポリペプチドは、ペプチダーゼ（ｐｅｐＯ）、エステラーゼ（ＡＡ７）、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＡＫ７）、アセトイン・デヒドロゲナーゼ、６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ、芳香族アミノトランスフェラーゼ、酢酸キナーゼ（ＡＰ５）、リンゴ酸酵素（ＡＡ５）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（ＡＧ３）、ｍａｌＹ／Ｐａｔ　Ｂピリドキサール−５’−リン酸アミノトランスフェラーゼ、ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＧ２）、ジヒドロピコリン酸シンターゼ、ジヒドロピコリン酸レダクターゼ、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、ｍａｌＹアミノトランスフェラーゼ、シスタチオンβ−リアーゼ、セリンデヒドラターゼ、アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼ、ホルムアミドピリミジン−ＤＮＡ−グリコシラーゼ（ｆｐｇ、ＡＬ４）、塩基性表面タンパク（ＡＣ９）、外膜タンパクＡ（ＡＬ８）、細胞外マトリクス結合タンパク（ＡＭ４）、高分子量接着タンパク（ＡＬ７）、細胞周辺腔結合タンパク（ＰＥＢ１、ＡＪ４）、自己凝集タンパク（ＡＧ５）、ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼ、タガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼ、ホスホグリセレート・キナーゼ、トリオースホスフェート・イソメラーゼ、フルクトース−ビスリン酸アルドラーゼ、リン酸基担体タンパクＨＰＲ　ＡＡ９およびｄｎａＫシャペロンタンパク（ＡＭ９）からなるグループから選択される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
ミルク由来の製品の風味、芳香、歯ごたえおよび／または栄養および健康上の利点を改変する方法であって、１または２以上のポリペプチドを加工中の前記ミルクに添加することを含み、前記ポリペプチドは、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の、ペプチダーゼ（ｐｅｐＯ）、エステラーゼ（ＡＡ７）、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＡＫ７）、アセトイン・デヒドロゲナーゼ、６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ、芳香族アミノトランスフェラーゼ、酢酸キナーゼ（ＡＰ５）、リンゴ酸酵素（ＡＡ５）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（ＡＧ３）、ｍａｌＹ／Ｐａｔ　Ｂピリドキサール−５’−リン酸アミノトランスフェラーゼ、ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＧ２）、ジヒドロピコリン酸シンターゼ、ジヒドロピコリン酸レダクターゼ、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、ｍａｌＹアミノトランスフェラーゼ、シスタチオンβ−リアーゼ、セリンデヒドラターゼ、アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼおよびタガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼからなるグループから選択される、方法。
【請求項３０】
哺乳類の胃腸に病原微生物が存在することまたは腸管に正常な腸内微生物が存在しないことに起因する病状または疾患の治療または予防をするうえで効果的な治療用組成物であって、該組成物は、哺乳類の生物に病原性がないプロバイオティックな微生物の１または２以上の種または株を含み、前記微生物は、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来の１または２以上の発現可能なポリヌクレオチド配列で、自己凝集タンパク（ＡＧ５）、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＡＫ７）、塩基性表面タンパク（ＡＣ９）、外膜タンパクＡ（ＡＬ８）、細胞外マトリクス結合タンパク（ＡＭ４）、高分子量接着タンパク（ＡＬ７）および細胞周辺腔結合タンパク１（ＰＥＢ１、ＡＪ４）からなるグループから選択されるポリペプチドをエンコードするポリヌクレオチド配列を含む、治療用組成物。
【請求項３１】
前記微生物は桿菌属、乳酸桿菌属、スポロラクトバチルス属、ビフィドバクテリウム属の乳酸を産生する種から選択される、請求項３０に記載の治療用組成物。
【請求項３２】
アフラトキシンβ１アルデヒドレダクターゼ（ＡＩ７）をエンコードするラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株から単離された発現可能なポリヌクレオチド配列を含む、トランスジェニックな微生物集団であって、前記組成物は、アフラトキシンを含む発ガン物質の解毒に有効であり、前記微生物集団は病原性がなく、抗発ガン剤として使用するために哺乳類に投与することができる、トランスジェニックな微生物集団。
【請求項３３】
（１）ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ｓｏｒＲ転写調節因子ポリペプチドの少なくとも機能的な部分をコードするポリヌクレオチドと、（２）前記ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ｓｏｒＲ転写調節因子のプロモーター領域を含むポリヌクレオチドとのうち、少なくとも１つを含むポリヌクレオチド配列を含む、遺伝子コンストラクト。
【請求項３４】
５’から３’の方向に、（ａ）誘導可能な遺伝子プロモーターと、（ｂ）アセトイン・デヒドロゲナーゼをエンコードするラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ポリヌクレオチドと、（ｃ）遺伝子ターミネーション配列とを含む、遺伝子コンストラクト。
【請求項３５】
請求項３４に記載の遺伝子コンストラクトを含むトランスジェニックな生物。
【請求項３６】
乳酸を産生する細菌と、ビール酵母とから選択される、請求項３５に記載のトランスジェニックな生物。
【請求項３７】
食品または飲料の製造の過程で産生されるジアセチルのレベルを測定すること、および、ジアセチルのレベルを低減するために、前記食品または飲料に請求項３６に記載のトランスジェニックな生物の有効な量を添加することを含む、食品または飲料の中のジアセチルのレベルをモジュレーションする方法。
【請求項３８】
ミルク由来の製品の風味、芳香、歯ごたえおよび／または栄養および健康上の利点を改変することができるポリペプチドをエンコードし、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株に存在するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の、ペプチダーゼ（ｐｅｐＯ）、エステラーゼ（ＡＡ７）、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＡＫ７）、アセトイン・デヒドロゲナーゼ、６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ、芳香族アミノトランスフェラーゼ、酢酸キナーゼ（ＡＰ５）、リンゴ酸酵素（ＡＡ５）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（ＡＧ３）、ｍａｌＹ／Ｐａｔ　Ｂピリドキサール−５’−リン酸アミノトランスフェラーゼ、ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＧ２）、ジヒドロピコリン酸シンターゼ、ジヒドロピコリン酸レダクターゼ、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、ｍａｌＹアミノトランスフェラーゼ、シスタチオンβ−リアーゼ、セリンデヒドラターゼ、アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼおよびタガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼからなるグループから選択される、単離ポリヌクレオチド。
【請求項３９】
乳製品製造工程における微生物の生存可能性を増大させるポリペプチドをエンコードするラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株に存在するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドは、リンゴ酸酵素（ＡＡ５）、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（ＡＧ３）、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＡＫ７）、ジヒドロピコリン酸シンターゼ、ジヒドロピコリン酸レダクターゼ、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、セリンデヒドラターゼ、ホルムアミドピリミジン−ＤＮＡ−グリコシラーゼ（ｆｐｇ、ＡＬ４）、塩基性表面タンパク（ＡＣ９）、外膜タンパクＡ（ＡＬ８）、細胞外マトリクス結合タンパク（ＡＭ４）、高分子量接着タンパク（ＡＬ７）、細胞周辺腔結合タンパク（ＰＥＢ１、ＡＪ４）、自己凝集タンパク（ＡＧ５）、ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼ、タガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼ、ホスホグリセレート・キナーゼ、トリオースホスフェート・イソメラーゼ、フルクトース−ビスリン酸アルドラーゼ、リン酸基担体タンパクＨＰＲ　ＡＡ９およびｄｎａＫシャペロンタンパク（ＡＭ９）からなるグループから選択される、単離ポリヌクレオチド。
【請求項４０】
ペプチダーゼ（ｐｅｐＯ）をエンコードし、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株から単離された発現可能なポリヌクレオチド配列を含む、チーズの熟成に使用するためのトランスジェニックな微生物集団。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、乳酸菌、特にＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（以下「ラムノスス乳酸菌」という。）から単離された、ポリペプチドをエンコードする完全長配列を含むポリヌクレオチドと、該ポリヌクレオチドに対して特異的なプローブおよびプライマーと、前記ポリヌクレオチドを含むＤＮＡコンストラクトと、前記ポリヌクレオチドを取り込んでいる、微生物および多細胞生物を含む生物学的材料と、前記ポリヌクレオチドにエンコードされたポリペプチドと、前記ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの使用方法とに関する。
【０００２】
【従来の技術】
本発明は、特定の乳酸菌株、特にＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｈａｍｎｏｓｕｓ　ＨＮ００１（以下「ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１」という。）から単離されたポリヌクレオチドに関する。乳酸菌およびその酵素は、チーズおよびヨーグルトのような、発酵乳製品の風味および発酵の特性の主要な決定要素である。風味は、細菌およびそれらの酵素がタンパク質、糖質および脂質に作用することにより生じる。
【０００３】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株は、グラム陽性で、非運動性で、胞子形成をせず、カタラーゼ陰性で、条件的嫌気性で、最適成長温度が３７±１°Ｃで、最適ｐＨが６．０−６．５で、桿状のヘテロ発酵細菌である。実験的な研究が、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株を食品に添加することにより、自然免疫および獲得免疫の両方の複数の局面で持続的な増強が誘導されることを証明した。（ＰＣＴ国際公開第ＷＯ９９／１０４７６号公報参照）さらに、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株およびある種の他のグラム陽性菌は、ヒトおよび動物の健康を特異的かつ直接的にモジュレーションすることができる（例えば、Ｔａｎｎｏｃｋら、Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．、６６巻、２５７８−２５８８頁、２０００年、Ｇｉｌｌら、Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ、８３巻、１６７−１７６頁、Ｑｕａｎ　Ｓｈｕら、ＦｏｏｄおよびＣｈｅｍ．Ｔｏｘｉｃｏｌ．、３８巻、１５３−１６１頁、２０００年、Ｑｕａｎ　Ｓｈｕら、Ｉｎｔｌ．Ｊ．Ｆｏｏｄ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．、５６巻、８７−９６頁、２０００年、Ｑｕａｎ　Ｓｈｕら、Ｉｎｔｌ．Ｄａｉｒｙ　Ｊ．、９巻、８３１−８３６頁、１９９９年、Ｐｒａｓａｄら、Ｉｎｔｌ．Ｄａｉｒｙ　Ｊ．、８巻、９９３−１００２頁、１９９８年、ＳａｎｄｅｒｓおよびＨｕｉｓ　ｉｎ’ｔ　Ｖｅｌｄ、Ａｎｔｏｎｉｅ　ｖａｎ　Ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋ、７６巻、２９３−３１５頁、１９９９年、Ｓａｌｍｉｎｅｎら、１９９８年、「乳酸菌（Ｌａｃｔｉｃ　Ａｃｉｄ　Ｂａｃｔｅｒｉａ）」、Ｓａｌｍｉｎｅｎ　Ｓおよびｖｏｎ　Ｗｒｉｇｈｔ　Ａ編、Ｍａｒｃｅｌ　Ｄｅｋｋｅｒ　Ｉｎｃ、Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ、Ｂａｓｅｌ、Ｈｏｎｇ　Ｋｏｎｇ、２０３−２５３頁、Ｄｅｌｃｏｕｒら、Ａｎｔｏｎｉｅ　ｖａｎ　Ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋ、７６巻、１５９−１８４頁、１９９９年、Ｂｌｕｍら、Ａｎｔｏｎｉｅ　ｖａｎ　Ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋ、７６巻、１９９−２０５頁、１９９９；Ｙａｓｕｉら、Ａｎｔｏｎｉｅ　ｖａｎ　Ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋ、７６巻、３８３−３８９頁、１９９９年、ＨｉｒａｙａｍａおよびＲａｆｔｅｒ、Ａｎｔｏｎｉｅ　ｖａｎ　Ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋ、７６巻、３９１−３９４頁、１９９９年、Ｏｕｗｅｈａｎｄ、１９９８年、「乳酸菌（Ｌａｃｔｉｃ　Ａｃｉｄ　Ｂａｃｔｅｒｉａ）」、Ｓａｌｍｉｎｅｎ　Ｓおよびｖｏｎ　Ｗｒｉｇｈｔ　Ａ編、Ｍａｒｃｅｌ　Ｄｅｋｋｅｒ　Ｉｎｃ、Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ、Ｂａｓｅｌ、Ｈｏｎｇ　Ｋｏｎｇ、１３９−１５９頁、Ｉｓｏｌａｕｒｉ　Ｓら、１９９８年、「乳酸菌（Ｌａｃｔｉｃ　Ａｃｉｄ　Ｂａｃｔｅｒｉａ）」、Ｓａｌｍｉｎｅｎ　Ｓおよびｖｏｎ　Ｗｒｉｇｈｔ　Ａ編、Ｍａｒｃｅｌ　Ｄｅｋｋｅｒ　Ｉｎｃ、Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ、Ｂａｓｅｌ、Ｈｏｎｇ　Ｋｏｎｇ、２５５−２６８頁、ＬｉｃｈｔｅｎｓｔｅｉｎおよびＧｏｌｄｉｎ、１１９９８年、「乳酸菌（Ｌａｃｔｉｃ　Ａｃｉｄ　Ｂａｃｔｅｒｉａ）」、Ｓａｌｍｉｎｅｎ　Ｓおよびｖｏｎ　Ｗｒｉｇｈｔ　Ａ編、Ｍａｒｃｅｌ　Ｄｅｋｋｅｒ　Ｉｎｃ、Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ、Ｂａｓｅｌ、Ｈｏｎｇ　Ｋｏｎｇ、２６９−２７７頁、Ｅｌ−ＮｅｚａｍｉおよびＡｈｏｋａｓ、１９９８年、「乳酸菌��Ｌａｃｔｉｃ　Ａｃｉｄ　Ｂａｃｔｅｒｉａ）」、Ｓａｌｍｉｎｅｎ　Ｓおよびｖｏｎ　Ｗｒｉｇｈｔ　Ａ編、Ｍａｒｃｅｌ　Ｄｅｋｋｅｒ　Ｉｎｃ、Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ、Ｂａｓｅｌ、Ｈｏｎｇ　Ｋｏｎｇ、３５９−３６７頁、Ｎｏｕｓｉａｎｅｎら、１９９８年、「乳酸菌（Ｌａｃｔｉｃ　Ａｃｉｄ　Ｂａｃｔｅｒｉａ）」、Ｓａｌｍｉｎｅｎ　Ｓおよびｖｏｎ　Ｗｒｉｇｈｔ　Ａ編、Ｍａｒｃｅｌ　Ｄｅｋｋｅｒ　Ｉｎｃ、Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ、Ｂａｓｅｌ、Ｈｏｎｇ　Ｋｏｎｇ、４３７−４７３頁、ＭｅｉｓｅｌおよびＢｏｃｋｅｌｍａｎｎ、Ａｎｔｏｎｉｅ　ｖａｎ　Ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋ、７６巻、２０７−２１５頁、１９９９年、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎら、Ａｎｔｏｎｉｅ　ｖａｎ　Ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋ、７６巻、２１７−２４６頁、１９９９年、Ｄｕｎｎｅら、Ａｎｔｏｎｉｅ　ｖａｎ　Ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋ、７６巻、２７９−２９２頁、１９９９年を参照せよ。）
【０００４】
これらの細菌に起因する健康上利点となる効果は以下の事項を含む。
・ロタウイルス感染および乳児下痢の治療を含む、腸内病原体に対する抵抗力の向上および抗感染活性、これは、アジュバント効果による抗体産生の増加と、病原体の転移増殖に対する抵抗力の増大と、ｐＨのような小腸の状態の変化と、バクテリオシンおよび有機酸のような特異的な抗菌物質の存在とによる。
【０００５】
・乳酸分解の補助、これは、小腸において作用する（ベータ−ガラクトシダーゼのような）細菌のラクターゼ酵素によるラクトースの分解による。
【０００６】
・抗ガン活性（特に、抗小腸ガン活性）および抗突然変異活性、これは、抗突然変異活性と、大腸微生物のガン誘発性（ｐｒｏｃａｎｃｅｒｏｕｓ）酵素活性の変化と、消化管および／または糞便におけるアゾレダクターゼ、ベータ−グルクロニダーゼおよびニトロレダクターゼという発ガン性酵素の減少と、免疫機能の刺激と、胆汁塩濃度への陽性の影響と、抗酸化効果とによる。
【０００７】
・肝ガンの減少、これは、アフラトキシンの無毒化と、カビの成長阻害とによる。
【０００８】
・小腸細菌の過剰成長の減少、これは、抗菌活性と、過剰成長した細菌叢からの有毒な代謝中間体の産生の減少とによる。
【０００９】
・免疫システムのモジュレーションおよび自己免疫疾患およびアレルギーの治療、これは、感染および腫瘍に対する非特異的および抗原特異的な防御の増強と、増強された粘膜免疫と、抗原特異的免疫応答でのアジュバント効果と、Ｔｈ１／Ｔｈ２細胞およびサイトカイン産生の調節とによる。
【００１０】
食品に対するアレルギー反応の治療、これは、抗原の血流への移行の阻止と、食品中のアレルギー因子のモジュレーションによる。
【００１１】
血中脂肪の減少および心臓病の予防、これは、細菌によるコレステロールの同化と、胆汁塩の加水分解と、抗酸化効果とによる。
【００１２】
抗高血圧効果、ミルクのペプチドに対する細菌のプロテアーゼまたはペプチダーゼの作用により、抗高血圧ペプチドが生成される。菌体壁成分はＡＣＥ阻害剤として作用する。
【００１３】
泌尿器・生殖器感染の予防および治療、これは、競合的な排除につながる尿路および膣の細胞への接着と、（酸、過酸化水素および生体界面活性剤）のような抗菌物質の産生とによる。
【００１４】
炎症性腸疾患および過敏性腸症候群、これらは、免疫モジュレーションと、病原体の転移増殖と、ｐＨのような小腸の状態の変化と、バクテリオシン、有機酸、過酸化水素および生体界面活性剤のような特異的な抗菌物質と、競合的排除とによる。
【００１５】
感染性心内膜炎のモジュレーション、これは、乳酸菌の敗血症に伴うフィブロネクチンレセプターを介在した血小板の凝集による。
【００１６】
Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ　ｐｙｌｏｒｉ（ピロリ菌）感染の予防および治療、これは、競合的な転移増殖および抗菌効果による。
【００１７】
肝性脳症の予防および治療、これは、ウレアーゼを産生する消化管の細菌叢の阻害および／または排除による。
【００１８】
タンパク質及び糖質の利用および変換の改善、これは、タンパク質及び糖質に対する細菌の作用により有益な産物が生成するためである。
【００１９】
ラムノスス乳酸菌と関連するその他の健康に有益な効果は以下の事項を含む。栄養の改善、結腸細胞の増殖および分化の調節、リグナンおよびイソフラボン代謝の改善、粘膜の透過性の減少、発ガン物質その他の有害化合物の無毒化、便秘および下痢の軽減、そして、ビタミン、特に葉酸の合成。
【００２０】
ペプチダーゼは、ペプチド鎖の中の１つのアミノ酸のアミノ基と隣接するアミノ酸のカルボキシル基（酸性基）とを連結するペプチド結合を切断する酵素である。前記結合は、加水分解反応により切断される。切断する特定のペプチド結合についての特異性によって定義されるペプチダーゼ酵素の大きなファミリーがある。（Ｂａｒｒｅｔｔ　Ａ　Ｊ、Ｒａｗｌｉｎｇｓ　Ｎ　ＤおよびＷｏｅｓｓｎｅｒ　Ｊ　Ｆ編、１９９８年、Ｈａｎｄｂｏｏｋ　ｏｆ　ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ　ｅｎｚｙｍｅｓ、Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ、Ｌｏｎｄｏｎ、ＵＫ）
【００２１】
エキソペプチダーゼは、ペプチド鎖のＮ−末端またはＣ−末端からアミノ酸を切断して、遊離のアミノ酸または短いペプチド（ジペプチドおよびトリペプチド）を放出する。異なるタイプのエキソペプチダーゼは以下のものを含む。
・アミノペプチダーゼ、これは、ペプチド鎖のＮ−末端から遊離のアミノ酸を放出する。
・ジペプチジル−ペプチダーゼ（別名、ジペプチジル−アミノペプチダーゼ）、これは、ペプチド鎖のＮ−末端からジペプチドを放出する。
・トリペプチジル−ペプチダーゼ（別名、トリペプチジル−アミノペプチダーゼ）、これは、ペプチド鎖のＮ−末端からトリペプチドを放出する。
・カルボキシペプチダーゼ、これは、ペプチド鎖のＣ−末端から遊離のアミノ酸を放出する。
・ペプチジル−ジペプチダーゼ、これは、ペプチド酸のＣ−末端からジペプチドを放出する。
・ジペプチダーゼ、これは、１のジペプチドから２個の遊離のアミノ酸を放出する
・トリペプチダーゼ、これは、１のトリペプチドから３個の遊離のアミノ酸を放出する
【００２２】
エンドペプチダーゼは、ペプチド内部のペプチド結合を加水分解し、この触媒反応のモードにもとづいて分類される。
・セリン−エンドペプチダーゼ、これは、触媒反応の求核試薬としてセリン（またはスレオニン）に依存する。
・システイン−エンドペプチダーゼ、これは、触媒反応の求核試薬としてシステインのスルフヒドリル基に依存する。
・アスパラギン酸−エンドペプチダーゼ、これは、触媒反応の求核試薬として作用する活性水分子に対するリガンドとして作用するアスパラギン酸残基を含む。
・メタロエンドペプチダーゼ、これは、触媒反応の求核試薬として作用する水分子を活性化する、１または２以上の２価金属イオンを含む。
【００２３】
ペプチダーゼは、チーズの熟成の過程およびチーズの風味の発生において重要な酵素である。チーズにおけるミルクのカゼインの加水分解の結果、歯ごたえの変化と、チーズの風味の発生がもたらされる。この加水分解の原因となるたくさんのタンパク質分解酵素が、チーズに付着している乳酸菌、すなわち、チーズ製造の際に成長するスターター培養か、チーズの熟成とともにチーズの中で成長する、スターターではない偶発的で付属的な乳酸菌かのいずれかに由来する。（ＬａｗおよびＨａａｎｄｒｉｋｍａｎ、Ｉｎｔ．Ｄａｉｒｙ　Ｊ．、７巻、１−１１頁、１９９７年）
【００２４】
多くの他の酵素が、成長速度、酸産生および生存率のような、前記細菌の発酵特性に影響を与えるとともに、乳製品の風味と、機能および歯ごたえについての特性に影響を与えることができる（Ｕｒｂａｃｈ、Ｉｎｔ．Ｄａｉｒｙ　Ｊ．５巻、８７７−８９０頁、１９９５年、ＪｏｈｎｓｏｎおよびＳｏｍｋｕｔｉ、Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１３巻、１９６−２０４頁、１９９１年、Ｅｌ　ＳｏｄａおよびＰａｎｄｉａｎ、Ｊ．Ｄａｉｒｙ　Ｓｃｉ．７４巻、２３１７−２３３５頁、１９９１年、Ｆｏｘら、「Ｃｈｅｅｓｅ：ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、ｐｈｙｓｉｃｓ　ａｎｄ　ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ」１巻、総論、第２版、Ｐ　Ｆｏｘ編、Ｃｈａｐｍａｎ　ａｎｄ　Ｈａｌｌ、Ｌｏｎｄｏｎ、Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎら、Ａｎｔｏｎｉｅ　ｖａｎ　Ｌｅｅｕｗｅｎｈｏｅｋ　７６巻、２１７−２４６頁、１９９９年、Ｓｔｉｎｇｌｅら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．２０巻、６３５４−６３６０頁、１９９９年、Ｓｔｉｎｇｌｅら、Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３２巻、１２８７−１２９５頁、１９９９年、Ｌｅｍｏｉｎｅら、Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６３巻、１５１２−３５１８頁、１９９７年）。特定の特性および／または機能に影響を与える酵素は以下のものを含む。
【００２５】
細胞の溶解
これらの酵素は、大部分が、アミダーゼと、ムラミダーゼと、Ｎ−アセチルムラミダーゼを含むリゾチームと、ムラミダーゼと、Ｎ−アセチルグルコサミニダーゼと、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニン・アミダーゼと含む菌体壁加水分解酵素である。ＤＥＡＤボックスヘリカーゼタンパクも自己消化に影響を与える。
【００２６】
糖質の利用
ラクトース、クエン酸およびジアセチルの代謝と、アルコール代謝とは特に重要である。関与する酵素は、ベータ・ガラクトシダーゼ、乳酸デヒドロゲナーゼ、クエン酸シンターゼ（クエン酸リアーゼ）、クエン酸パーミアーゼ、２，３ブタンジオール・デヒドロゲナーゼ（アセトイン・レダクターゼ）、アセト乳酸デカルボキシラーゼ、アセト乳酸シンターゼ、ピルビン酸デカルボキシラーゼ、ピルビン酸ギ酸リアーゼ、ジアセチルシンターゼ、アルコールデカルボキシラーゼ、乳酸デヒドロゲナーゼ、ピルビン酸デヒドロゲナーゼおよびアルデヒドデヒドロゲナーゼを含む。
【００２７】
脂質の分解、修飾および合成
関与する酵素は、リパーゼ、エステラーゼ、ホスホリパーゼ、セリンヒドロラーゼ、デサチュラーゼおよびリノール酸イソメラーゼ（ｌｉｎｏｌｅａｔｅ　ｉｓｏｍｅｒａｓｅ）を含む。
【００２８】
多糖類合成
多糖類は、免疫増強および接着活性の可能性のために重要なだけでなく、発酵乳製品の歯ごたえのためにも重要である。関与する酵素は、ベータ−（１−３）グルコシルトランスフェラーゼ、アルファ−Ｎアセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ、ホスホガラクトシルトランスフェラーゼ、アルファ−グリコシルトランスフェラーゼ、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン　Ｃ４　エピメラーゼおよびＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミントランスフェラーゼを含む、一連の糖転移酵素である。
【００２９】
アミノ酸分解
酵素は、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ、アミノトランスフェラーゼ、アミノ酸デカルボキシラーゼおよびシストチオンベータリアーゼを含む硫化アミノ酸分解に関与する酵素を含む。
【００３０】
ヒト、動物、微生物およびさまざまな植物品種を含む多数の生物のゲノム、あるいはゲノムの部分のシーケンシングが大規模に行われてきて、現在も進行中である。シーケンシング技術を用いて同定されたポリヌクレオチドは、部分的な遺伝子である場合もあれば、完全長の遺伝子である場合もあり、ポリペプチドをエンコードするオープン・リーディング・フレームを含む場合もあれば、オープン・リーディング・フレームの部分を含む場合もある。ポリペプチドは、ポリヌクレオチド配列にもとづいて同定される場合もあれば、さらに特徴付けをされる場合もある。したがって、ポリヌクレオチドに関するシーケンシングデータは、貴重で有用な情報を表す。
【００３１】
ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、ＥＭＢＬのようなさまざまなパブリックドメインのデータベースに発表された配列に対して同定された配列を比較することにより、さまざまな程度の新規性について解析される。新規に同定されたポリヌクレオチドと、対応するポリペプチドとは、既知のポリヌクレオチドおよびポリペプチドに対する相同性を確認するために、パブリックドメインの情報に含まれるポリヌクレオチドおよびポリペプチドに対して比較される。このようにして、未知の機能を有するポリヌクレオチドおよびポリペプチドの類似性、同一性または相同性が、既知の機能を有するポリヌクレオチドおよびポリペプチドとの関係で決定される。
【００３２】
単離ポリヌクレオチドの配列決定に関する情報は、さまざまな方法で利用される。特定の配列を有する特定のポリヌクレオチドは、プローブまたはプライマーとして生体内または試験管内で使用するために、単離され、あるいは合成される。代替的には、単離ポリヌクレオチドの配列のコレクションは、磁気的または光学的な記憶媒体を使って保存され、コンピュータハードウェアおよびソフトウェアと、その他のタイプのツールとを利用して、解析され、あるいは操作される。
【００３３】
発明の概要
本発明は、（ａ）添付した配列表において配列番号１−３３として同定された配列と、（ｂ）配列番号１−３３の相補体、逆配列および逆相補体並びに配列番号１−３３の断片と、（ｃ）配列番号１−３３に含まれるオープン・リーディング・フレームおよびその変異体と、（ｄ）配列番号１−３３に含まれる機能ドメインと、（ｅ）配列番号１−３３のある配列の少なくとも特定された数の連続した残基（ｘ量体）を含む配列とからなるグループから選択される配列を含む単離ポリヌクレオチドを提供する。配列番号１−３３に列挙された配列に対応するポリヌクレオチドプローブおよびプライマーも提供される。これら全てのポリヌクレオチド並びにオリゴヌクレオチドのプローブおよびプライマーは、ここでは、集合的に「本発明のポリヌクレオチド」とよばれる。
【００３４】
配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチド配列は、微生物の材料原、特に、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ９９／１０４７６号公報に記載のラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の断片化されたゲノムＤＮＡから由来した。ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株は、グラム陽性で、非遊走性で、胞子非形成型で、カタラーゼ陰性で、条件的嫌気性で、桿状のヘテロ発酵細菌で、最適成長温度が３７±１°Ｃで、最適ｐＨが６．０−６．５である。ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の生物学的に純粋な培養は、豪州政府分析研究所（ＡＧＡＬ）、サウス・ウェールズ地域研究所、１　Ｓｕａｋｉｎ　Ｓｔｒｅｅｔ、Ｐｙｍｂｌｅ、ＮＳＷ　２０７３、Ａｕｓｔｒａｌｉａに、寄託番号ＮＭ９７／０９５１４として、１９９７年８月１８日付けで寄託された。
【００３５】
ここに開示されたポリヌクレオチド配列は、これらが完全長ポリペプチドをエンコードする完全長遺伝子を表し、オープン・リーディング・フレームを確認するものである、という点で、主に「完全長の」配列である。同様に、本発明のポリヌクレオチドに対応するＲＮＡ配列、逆配列、相補体配列、アンチセンス配列等は、配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチドを用いて機械的な操作で確認し入手することができる。
【００３６】
本発明は、さらに、ここに開示されたポリヌクレオチドにエンコードされ、（ａ）部分的にエンコードされたポリペプチドを含む単離ポリペプチドを提供する。ある特定の実施態様では、本発明のポリペプチドは、配列番号４２−７５として同定された配列とそれらの変異体とからなるグループから選択される配列を含む。本発明のポリヌクレオチドにエンコードされるポリペプチドは、それらの生物学的な活性を決定するために、発現されて、さまざまなアッセイに使用される。かかるポリペプチドは、抗体を作成するためと、対応する相互作用するタンパク質その他の化合物を単離するためと、相互作用するタンパク質その他の化合物のレベルを定量的に決定するためとに用いられる。本発明のポリペプチドは、栄養添加物としてと、乳製品の加工および発酵加工用の添加物として使用される。本発明の複数のポリペプチドは、ヒトおよび動物の保健に関連する有益性がある。
【００３７】
本発明のポリヌクレオチドを含む遺伝子コンストラクトが、かかるコンストラクトを含むトランスジェニックな宿主細胞と、かかる細胞を含む、微生物のようなトランスジェニック生物とともに提供される。
【００３８】
本発明は、生物のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの量と組成とをモジュレーションするための方法をも意図しているが、かかる方法は、本発明のポリヌクレオチドを含む遺伝子コンストラクトを前記生物のゲノムの中に安定的に取り込むことに関する。かかるモジュレーションは、本発明の１または２以上のポリヌクレオチドからの発現を、上向き調節し、または下向き調節することに関する。上向き調節は、例えば、複数の遺伝子コピーを提供すること、調節エレメントを改変することにより発現をモジュレーションすること等によって達成される。同様に、下向き調節は、既知のアンチセンスおよび遺伝子サイレンシング技術を用いて達成される。１の実施態様では、標的生物は、微生物であるが、発酵に使用される微生物が好ましく、乳酸桿菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）の属の微生物であることがより好ましく、ラムノスス乳酸菌その他の酪農業において用いられる微生物学的に近い関係にある種が最も好ましい。関連する局面では、改変された遺伝子型および／または表現型を有する微生物を作出するための方法が提供されるが、かかる方法は、トランスジェニック細胞を提供するために、本発明の遺伝子コンストラクトで微生物細胞を形質転換すること、成長および複製につながる条件の下で前記トランスジェニック細胞を培養することを含む。本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドのレベルまたは量をモジュレーションした結果として、野生型生物と比較して改変された遺伝子型または表現型を有する生物が、かかる生物の構成部分および子孫とともに本発明において意図され、かつ、本発明に含まれる。
【００３９】
本発明の単離ポリヌクレオチドは、以下に詳しく説明する、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）およびＤＮＡハイブリダイゼーションのような、当業者に周知の技術を用いて、サンプル材料中の乳酸菌、好ましくはラムノスス乳酸菌の検出のために有用な場合がある。
【００４０】
本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、より有効なプロバイオチックな細菌を選択し作出するための方法に、「バイオアクチブな」（健康を促進する）食材および健康サプリメントとして免疫機能増強のために、コレステロールのような血中脂肪の減少のために、遺伝的に改変された細菌由来のバイオアクチブな材料の生産に、アジュバントとして、創傷治癒のために、ワクチン、特に粘膜ワクチン（ｍｕｃｏｓａｌ　ｖａｃｃｉｎｅｓ）の開発において、動物の健康および生産性の改善のための動物のプロバイオチック製品として、動物の栄養および生産性の改善と、よりよい風味と、ミルクの成分の改良とのために、遺伝的に改変された反芻胃の微生物の選択および作出において、改良された風味と、より迅速な風味の発生と、より良い発酵特性と、ビタミン合成と、改良された歯ごたえの特性とのためのよりよい自然食細菌の選択および作出のための方法において、遺伝的改変を通じて改良された食品細菌の作出のために、そして、例えば、風味または芳香濃縮物の生産のための新規な酵素の同定のために、用いられる。
【００４１】
本発明の単離ポリヌクレオチドは、ゲノム地図作成と、物理地図作成と、多少とも関連する微生物の遺伝子のポジショナル・クローニングとにおいて有用性がある。さらに、配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチド配列およびこれらの変異体は、オリゴヌクレオチドのプローブおよびプライマーを設計するために使用されることがある。オリゴヌクレオチドのプローブおよびプライマーは、関心のあるポリヌクレオチドに対して、該ポリヌクレオチドのある一定の部分にわたって実質的に相補的な配列を有する。本発明のポリヌクレオチドを用いて設計されたオリゴヌクレオチドプローブは、スロットブロットＤＮＡハイブリダイゼーション法のような、当業者に周知の技術を用いて、十分に類似性があるＤＮＡおよびＲＮＡ配列を細胞内に有するいかなる生物の存在の検出と、かかる生物の遺伝子発現パターンの調査とに使用する場合がある。本発明のポリヌクレオチドを用いて設計されたオリゴヌクレオチドプライマーは、ＰＣＲ増幅に使用してもよい。本発明のポリヌクレオチドを用いて設計されたオリゴヌクレオチドのプローブおよびプライマーは、アフィニティメトリクス社（サンタ・クララ、カリフォルニア州）のマイクロアレイ技術を含む、さまざまなマイクロアレイ技術と関連して使用される場合がある。
【００４２】
本発明のポリヌクレオチドは、（発現ベクターまたはインテグレーションベクターのような）遺伝学的なツールのための、プロモーターと、遺伝子調節因子と、ＤＮＡ複製開始点と、分泌シグナルと、細胞壁または膜のアンカーとのような調節エレメントを取り込む場合がある。
【００４３】
本発明の、ポリヌクレオチド配列、エンコードされたポリペプチドおよび遺伝子コンストラクトは、チーズ、ヨーグルト、発酵乳製品、サワーミルクおよびバターミルクのような乳製品の製造に利用される微生物の特性を改変するうえで有益である。ミルクに含まれるタンパク質、脂質およびラクトースを分解する発酵の途中の微生物の代謝は、熟成速度と、発酵乳製品の歯ごたえおよび粘りと、熟成中の風味および芳香の発生とに影響を与える。乳製品の望ましくない風味は、例えば、ミルクを生産する動物の飼料と、発酵中の微生物の作用および酵素活性とによって生成され、取り除く必要がある。本発明は、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドと、乳製品の風味、芳香、歯ごたえおよび保健関連の有益性を改変するうえでこれらを利用するための方法とを提供する。前記微生物をラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の１または２以上の酪農業で用いられるポリヌクレオチドの量と構成要素をモジュレーションするための方法が説明される。本発明のポリヌクレオチドは、業務的な発酵過程の際、微生物の生存可能性を高めるポリペプチドをエンコードする配列をも含むが、かかる発酵の過程では、浸透圧、温度その他のストレスのために、微生物の生存率が下がり、代謝活性が損なわれ、発酵条件が最適ではなくなる。本発明は乳製品について特に言及して説明されるが、酪農業で使用される乳酸桿菌は、他の食品および飲料（例えば、発酵された野菜、ビール、ワイン、ジュース、パン種の発酵生地（ｓｏｕｒｄｏｕｇｈ　ｂｒｅａｄ））の生産にも用いられる。ここで説明されるポリヌクレオチドとその使用方法は、これらの食品および飲料の加工にも同様に使用することができることが予期される。
【００４４】
本発明は、健康上有益なラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の発現可能なポリヌクレオチド配列を含む、トランスジェニックな微生物集団を提供する。例えば、本発明の配列にエンコードされるポリペプチドは、発ガン物質を無毒化し、アレルギー原となるタンパク質およびラクトースを分解し、生理活性ペプチドと生体アミンとを産生する酵素を含む。これらのポリヌクレオチド配列で形質転換された微生物は、プロバイオティックな組成物として内服することもでき、あるいは代替策として、前記微生物またはこれらにエンコードされたポリペプチドは、健康上の利益を提供するために、製品に添加することもできる。胃腸管に、好ましくは哺乳類の胃腸管に転移増殖することができる、非病原性細菌、好ましくは、バチルス属、乳酸桿菌属、スポロラクトバチルス属、ビフィドバクテリウム属の乳酸を産生する種が、胃腸管粘膜への病原体の転移増殖を予防し、あるいは低減するため、そして、例えば薬剤療法によって損なわれた正常な細菌叢を置換するために有用である。本発明のポリヌクレオチド配列は、胃腸管に病原微生物が存在することによって、あるいは、腸管に正常な腸内微生物がいないことによって発生する胃腸の病状または疾患を治療または予防するために有効である、治療剤組成物に使用するため、微生物を形質転換するのに用いることができる。かかるプロバイオティックな組成物は、単独で投与することもでき、あるいは、治療される症状に応じて、別の医薬品と併用して投与することもできる。
【００４５】
ここに言及した全ての参考文献は、特許文献と非特許文献とを含めて、引用によりそれらの全体がここに取り込まれている。
【００４６】
発明の詳細な説明
ここに開示されたポリヌクレオチドは、実施例１に説明するとおり、乳酸菌Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｈａｍｎｏｓｕｓ由来のＤＮＡライブラリのハイスループットシーケンシングにより単離された。乳酸菌の細胞壁、細胞表面および分泌成分は、免疫モジュレーション、細胞接着および抗細菌活性を介在することが知られており、以下の事項を含む多くの有益な効果をもたらす。腸内病原体に対する抵抗性、大腸ガンを含むガンのモジュレーション、抗突然変異効果、小腸細菌の過剰増殖の低減、自己免疫疾患のモジュレーション、アレルギー疾患の低減、尿生殖器感染、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、ピロリ菌感染および肝性脳症のモジュレーション、病原体感染の低減、腸細胞の増殖および分化の調節、粘膜透過性の低減、および便秘および下痢の軽減。これらの細胞の成分は、ペプチドグリカン、テイコ酸、リポテイコ酸、多糖類、接着タンパク、分泌タンパク、表面層あるいはＳ−層タンパク、コラーゲン結合タンパクその他の細胞表面タンパクおよびバクテリオシンと、これらの細菌によって産生される有機酸のような抗菌物質を含むが、これらに限定はされない。これらのタンパクの合成と、これらのタンパクの前駆体分子の合成、修飾、調節、輸送、合成および／または蓄積とに関与するポリヌクレオチドは、前記細菌またはこれらの細菌により産生される成分の、免疫的効果、抗菌性、細胞接着および競合的排除の効果をモジュレーションするために用いることができる。
【００４７】
プロバイオティックな細菌として有効に機能するためには、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株は、胃腸管と、商業および工業的な作業過程とにおける環境ストレス条件に生き残らなければならない。特定のポリヌクレオチドまたは調節のプロセスの修飾は、酸化ストレス、ｐＨ、浸透圧ストレス、脱水、炭素飢餓、リン飢餓、窒素飢餓、アミノ酸飢餓、高温または低温ショックおよび突然変異ストレスを含む、多数のストレスに対して効果的であることが示されている。ストレス抵抗性に関与するポリヌクレオチドは、マルチストレス抵抗性、すなわち、ある１のストレスに曝されるときには、生き残った細胞が複数の無関係なストレスにも抵抗性を有することがしばしばある。マルチストレス抵抗性に関与することが示されている細菌遺伝子および／またはプロセスは以下のものを含む。
【００４８】
細胞内のリンのプール
無機リンの飢餓は、ｐｈｏレギュロン遺伝子の誘導を起こし、細菌の緊縮応答と関連する。
【００４９】
細胞内のグアノシンのプール
プリン生合成およびスカベンジャー経路は、前記細菌の緊縮応答においてシグナル分子として作用するリン酸グアノシン化合物の産生に関する。プリンスカベンジャー経路遺伝子についての遺伝子ノックアウトは、マルチストレス抵抗性を付与するようである。
【００５０】
浸透圧調節分子
グリシン−ベタインのようなコリンを基礎とする分子と、トレハロースのような糖とは、浸透圧ショックから保護し、浸透圧の増大に対して迅速に細胞内に取り込まれ、および／または合成される。
【００５１】
酸に対する抵抗性
自然状態において、乳酸菌は、主にクエン酸の取り込みおよび利用を担うｃｉｔオペロン遺伝子による乳酸の分泌を通じて、菌自体の環境を酸性にする。
【００５２】
ストレス応答遺伝子
多数の遺伝子が、特異的なプロモーターの作用を通して、高温ショック、低温ショックおよび塩濃度の増大によって誘導され、あるいは抑制されるようである。
【００５３】
本発明の単離ポリヌクレオチドと、かかるポリヌクレオチドを含む遺伝子コンストラクトとは、ストレス抵抗性の向上および発酵特性の改善を含む、所望の表現型を有する細菌を作出するために用いられる場合がある。
【００５４】
多くの酵素は、乳製品の風味、機能および歯ごたえの特性、成長速度、酸生成および生存率のような一般的な発酵特性に影響を与えることが知られている。これらの酵素は、脂質、多糖類、アミノ酸および糖質の代謝に関与するものと、細菌菌体の溶解に関与するものとを含む。
【００５５】
本発明の単離されたポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、本出願全体および実施例に説明された同一性、機能および用途を有することが示されている。本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの配列番号と、対応する同定番号および機能的な情報とは以下の表１に提供される。
【００５６】
【表１】
2004505632.tif 000002
2004505632.tif 000003
2004505632.tif 000004
2004505632.tif 000005
2004505632.tif 000006
2004505632.tif 000007
2004505632.tif 000008
【００５７】
ここで配列番号１として同定された本発明のポリヌクレオチドは、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ属から既に同定されたペプチダーゼｐｅｐＯ遺伝子に対してある程度の相同性を示す。（Ｔａｎら、Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５７巻、３５３９−３５９９頁、１９９１年）ＰｅｐＯは、カゼイン断片を含む広範囲のポリペプチドを加水分解する７０ｋＤａのメタロ−エンドペプチダーゼである。ペプチダーゼＰｅｐＯは、チーズ熟成工程において鍵を握る酵素であると信じられており、チーズが熟成するときに風味の発生に寄与する。多くの他の乳酸菌のペプチダーゼは不活化している、低いｐＨ、高塩濃度および低水活性（ｌｏｗ　ｗａｔｅｒ　ａｃｔｉｖｉｔｙ）というチーズの条件の下で活性を保持している。以下に詳しく説明するとおり、配列番号１の本発明のポリヌクレオチドにエンコードされたポリペプチド（アミノ酸配列は配列番号４２に提供される）は、ミルクタンパクのカゼインの加水分解に有効である。チーズにおけるミルクカゼインの加水分解は、歯ごたえの改変と、チーズの風味の発生につながる。配列番号４２のポリペプチドと、このポリペプチドおよび／またはこれの変異体を含む化合物は、チーズの風味と歯ごたえとを向上させるうえで有効に用いられる。
【００５８】
本発明の単離ポリヌクレオチドは、配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチドと、配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチドのいずれかの少なくとも特定された数の連続した残基（ｘ量体）を含む単離ポリヌクレオチドと、上記のポリヌクレオチドのいずれかに対して相補性があるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチドと、上記ポリヌクレオチドのいずれかの逆配列か、逆相補体かである、ポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチドと、上記のポリヌクレオチドのいずれかに対応するアンチセンス配列と、上記のポリヌクレオチドのいずれかの変異体であって、本明細書に説明されているとおりの条件の変異体とを含む。
【００５９】
ここで用いられる「ポリヌクレオチド」という用語は、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドの塩基の１本鎖または２本鎖のポリマーを意味し、ＤＮＡ分子と、これに対応する、ＨｎＲＮＡとｍＲＮＡ分子を含めた、センス鎖およびアンチセンス鎖の両方のＲＮＡ分子とを含み、全合成または部分合成されたポリヌクレオチドとともに、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡおよび組み換えＤＮＡを含む。本発明のポリヌクレオチドは、遺伝子全体でもよく、あるいはそのいずれかの部分でもよい。遺伝子とは、機能的なタンパク質またはＲＮＡ分子をコードするＤＮＡ配列をいう。操作可能なアンチセンスポリヌクレオチドは対応するポリヌクレオチドの断片を含み、それゆえに「ポリヌクレオチド」の定義には全てのかかる操作可能なアンチセンス断片が含まれる。アンチセンスポリヌクレオチドおよびアンチセンスポリヌクレオチドに関する技術は当業者に周知であり、例えば、Ｒｏｂｉｎｓｏｎ−Ｂｅｎｉｏｎら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ　ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（アンチセンス技術）」、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．、２５４巻、２３号、３６３−３７５頁、１９９５年およびＫａｗａｓａｋｉら、Ａｒｔｉｆｉｃ．Ｏｒｇａｎｓ、２０巻、８号、８３６−８４８頁、１９９６年に記載される。
【００６０】
ここで使用された「相補体」、「逆相補体」、および「逆配列」という用語の定義は、以下の例で最もうまく示されている。５’ＡＧＧＡＣＣ　３’という配列に対して、相補体、逆相補体および逆配列は以下のとおりである。
相補体　　　　　　　　３’ＴＣＣＴＧＧ５’
逆相補体　　　　　　　３’ＧＧＴＣＣＴ５’
逆配列　　　　　　　　５’ＣＣＡＧＧＡ３’
【００６１】
ゲノムＤＮＡおよび異種ＤＮＡの同定は、標準的なＤＮＡ／ＤＮＡハイブリダイゼーション技術により、適当にストリンジェントな条件下で、あるＤＮＡ配列の全部または一部をプローブとして用いて適当なライブラリをスクリーニングすることによって達成できる。代替策として、既知のＤＮＡおよびタンパク質の配列にもとづいて設計されるオリゴヌクレオチドプライマーを用いるＰＣＲ技術を、他の同一または類似のＤＮＡの配列を増幅し同定するために用いることもできる。同定された配列またはこれらの変異体に対応する合成ＤＮＡは、通常の合成方法で製造してもよい。ここで説明されるポリヌクレオチドの全ては、本発明の技術分野で慣用される条件で、単離され精製される。
【００６２】
配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチドは、ポリペプチドをエンコードする、オープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦ）または部分オープン・リーディング・フレームを含むものであってもよい。さらに、配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチドは、制御エレメントとして有用なプロモーターおよびターミネータのようなノンコーディング配列を含む場合がある。本発明のポリヌクレオチドに含まれるオープン・リーディング・フレームは、単離されたものでも、合成されたものでもかまわない。前記オープン・リーディング・フレームと、当業者に周知である、適当なプロモーター、イニシエータ、ターミネータ等とを含まれる発現可能な遺伝子コンストラクトが構築される場合がある。かかる遺伝子コンストラクトは、前記オープン・リーディング・フレームにエンコードされたポリペプチドを発現するために宿主細胞に導入される場合がある。遺伝子コンストラクトは、同定されたポリペプチドの発現を増強し、あるいは沈黙させるために、当業者に知られているとおり、設計および構築される場合がある。したがって、本発明の遺伝子コンストラクトは、本発明のポリヌクレオチドにエンコードされた本発明のポリペプチドの発現を増強し、あるいは減衰させるために、当業者に知られた技術を用いて組み立てられる場合がある。適当な宿主細胞は、さまざまな原核および真核細胞を含む。ポリペプチドの試験管内の発現も、当業者に周知であるとおり、実現可能である。
【００６３】
ここで使用された「オリゴヌクレオチド」という用語は、ポリヌクレオチド配列の比較的短いセグメントであって、一般的には６個と６０個の間のヌクレオチドを含むセグメントをさし、ハイブリダイゼーションアッセイ法に使用するプローブと、ポリメラーゼ連鎖反応によるＤＮＡ増幅に使用するプライマーとの両方を含む。
【００６４】
ここで使用された「ｘ量体」という用語は、「ｘ」の特定の値に関して、配列番号１−７５として同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチドのいずれかの、少なくとも特定された数「ｘ」の連続した残基を含む配列をさす。ｘの数値は、具体的な配列により、約２０から約６００までであってもよい。
【００６５】
別の局面では、本発明は、配列番号４２−７５として同定されたポリペプチドを含む、上記のポリヌクレオチドによってエンコードされ、あるいは部分的にエンコードされる、単離ポリペプチドを提供する。ここで使用された「ポリペプチド」という用語は、アミノ酸残基が共有結合で連結される、完全長タンパクを含むいかなる長さのアミノ酸鎖をも含む。ここで使用された「ポリヌクレオチドにエンコードされたポリペプチド」という用語は、ここで提供される単離されたポリヌクレオチド配列または変異体を含むポリヌクレオチドによりエンコードされるポリペプチドを含む。本発明のポリペプチドは、天然物を精製した産物であってもよく、あるいは、組換え技術を用いて部分的または全部作成したものであってもよい。かかるポリペプチドは、細菌、菌類、哺乳類その他の真核生物の糖質で糖鎖修飾される場合もあるが、糖鎖修飾されない場合もある。
【００６６】
本発明のポリペプチドは、該ポリペプチドをエンコードするポリヌクレオチドを発現ベクター」に挿入し、前記ポリペプチドを適当な宿主で発現させることにより組換え法で産生することができる。当業者に知られたさまざまな発現ベクターのいずれを用いてもよい。発現は、組換えポリペプチドをエンコードするポリペプチドを含む発現ベクターで形質転換またはトランスフェクションされたいずれかの適当な宿主細胞において達成される場合がある。適当な宿主細胞は、原核生物、酵母および高等真核細胞を含む。用いる宿主細胞は、大腸菌か、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｌａｃｔｉｓか、乳酸桿菌属か、昆虫か、酵母か、ＣＯＳまたはＣＨＯのような哺乳類株細胞であることが好ましい。このようにして発現されるポリヌクレオチドは、天然に存在するポリペプチドか、天然に存在するポリペプチドの一部か、これらのその他の変異体かをエンコードする場合がある。
【００６７】
関連する局面では、本発明のポリヌクレオチドにエンコードされるアミノ酸配列を有するポリペプチドの少なくとも機能性のある部分を含むポリペプチドが提供される。ここで用いられるポリペプチドの「機能性のある部分」とは、該ポリペプチドの機能に影響を与えるために必須の活性部位を含む部分、例えば、１または２以上のの反応物と結合することが可能な分子の部分をいう。活性部位は、１または２以上のポリペプチド鎖に存在する分離した部分からなることもあり、一般的には高い結合親和性を示す。
【００６８】
ポリペプチドの機能的な部分は、最初に該ポリペプチドの化学的か酵素的かのいずれかの消化で前記ポリペプチドの断片を用意することにより、あるいは前記ポリペプチドをエンコードするポリヌクレオチドの突然変異解析と、得られた突然変異ポリペプチドを発現とにより、同定することができる。つぎに、前記ポリペプチド断片または突然変異ポリペプチドを、例えば、以下に提供する代表的なアッセイ法を用いてテストして、どの部分が生物活性を保持するのかを決定する。
【００６９】
本発明のポリペプチドの部分その他の変異体は、人工合成法または組み換え法により生成される。約１００個未満のアミノ酸であって、一般には約５０個未満のアミノ酸を有する合成ポリペプチドは、本発明の技術分野の当業者に周知の技術を用いて生成できる。例えば、かかるポリペプチドは、アミノ酸が次々に伸長中のアミノ酸鎖に付加されていくＭｅｒｒｉｆｉｅｌｄ固相合成法のような、いずれかの商業的に利用可能な固相技術を用いて合成することが可能である。（Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．、８５巻、２１４９−２１４６頁、１９６３年を参照せよ。）ポリペプチド自動合成装置は、パーキン・エルマー／アプライド・バイオシステムズ社（Ｆｏｓｔｅｒ　Ｃｉｔｙ、カリフォルニア州）のような供給者から商業的に入手可能であり、製造者の指示に従って操作することができる。天然のポリペプチドの変異体は、オリゴヌクレオチド指令型（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ）部位特異的突然変異生成のような標準的な突然変異生成技術を用いて調製される（Ｋｕｎｋｅｌ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８２巻、４８８−４９２頁、１９８５年）。ＤＮＡ配列のセクションは、トランケートされた（ｔｒｕｎｃａｔｅｄ）ポリペプチドの調製を可能にするために、標準的な技術を用いて切除される。
【００７０】
一般に、ここで記載されるポリペプチドは、単離され実質的に純粋な形状で調製される。このポリペプチドは、少なくとも約８０％純粋であることが好ましく、少なくとも約９０％純粋であることがより好ましく、少なくとも約９９％純粋であることが最も好ましい。
【００７１】
ここで使用される「変異体」という用語は、具体的に同定された配列と異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチドの配列を含むものであって、１以上のヌクレオチドまたはアミノ酸配列が、欠失、置換または付加されたものをいう。変異体は、天然に存在する対立遺伝子の変異体でも、天然に存在しない変異体でもよい。ポリヌクレオチドの変異体配列は、本発明の配列に対し、少なくとも４０％、より好ましくは６０％、さらにより好ましくは７５％、最も好ましくは少なくとも９０％のの同一性を示すものをいう。ポリペプチドの変異体配列は、本発明の配列に対し、少なくとも５０％、より好ましくは７５％、さらにより好ましくは９０％、最も好ましくは少なくとも９５％の同一性を示すものをいう。同一性の百分率は、以下に説明するとおり、比較する２つの配列のアライメントをとり（ａｌｉｇｎ）、アライメントがとれた部分の同一残基数を決定し、該同一残基数を本発明の（クエリーの）配列中の全残基数で除算し、その結果を１００倍したものをいう。
【００７２】
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列は、公開で入手可能なコンピューターアルゴリズムを用いて、アライメントをとることができ、特定の領域のヌクレオチドの同一性の百分率を別のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列に対して決定することができる。ポリヌクレオチド配列のアライメントおよび類似性同定のための２つの代表的なアルゴリズムは、ＢＬＡＳＴＮおよびＦＡＳＴＡアルゴリズムである。ポリヌクレオチドは、（両方の鎖の）ヌクレオチドのクエリー配列の６つの読み枠の概念的な翻訳産物をタンパク配列データベースに対して比較するＢＬＡＳＴＸアルゴリズムを用いても解析できる。ポリペプチド配列の同一性の百分率は、ＢＬＡＳＴＰアルゴリズムを用いて調べることができる。前記ＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＸおよびＢＬＡＳＴＰプログラムは、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）の匿名ＦＴＰサーバー（ｆｔｐ：／／ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）上の／ｂｌａｓｔ／ｅｘｅｃｕｔａｂｌｅｓ／と、ＮＣＢＩ（Ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｆｏｒ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ、Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｌｉｂｒａｒｙ　ｏｆ　Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、Ｂｕｉｌｄｉｎｇ　３８Ａ、Ｒｏｏｍ　８Ｎ８０５、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ　２０８９４　ＵＳＡ）とから入手することができる。説明書に記載され、前記アルゴリズムとともに配布された、デフォルトのパラメーター値に設定したＢＬＡＳＴＮアルゴリズムバージョン２．０．１１（２０００年１月２０日）を、本発明による変異体の決定に用いるのが好ましい。ＢＬＡＳＴＰアルゴリズムを、本発明によるポリペプチド変異体の決定に用いるのが好ましい。ＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＰおよびＢＬＡＳＴＸを含むＢＬＡＳＴファミリーのアルゴリズムは、ＮＣＢＩのウェッブサイトでＵＲＬ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／ｎｅｗｂｌａｓｔ．ｈｔｍｌ）と、アルツシュール（Ａｌｔｓｃｈｕｌ）らによる「ギャップ入りのＢＬＡＳＴおよびＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：新世代のタンパク質データベース検索プログラム」、ニュークレイック　アシッズ　リサーチ（Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．）、２５巻、３３８９−３４０２頁、１９９７年という刊行物とに記載されている。
【００７３】
コンピューターアルゴリズムのＦＡＳＴＡは、インターネット上のサイト（ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｖｉｒｇｉｎｉａ．ｅｄｕ／ｐｕｂ／ｆａｓｔａ／）と、バージニア大学、バージニア州、シャーロットビル（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｖｉｒｇｉｎｉａ、ＰＯ　Ｂｏｘ　９０２５、Ｃｈａｒｌｏｔｔｅｓｖｉｌｌｅ、ＶＡ　２２９０６−９０２５）とで入手可能である。説明書に記載され、プログラムとともに配布されたデフォルトのパラメーター値に設定した、ＦＡＳＴＡアルゴリズムのバージョン２．０ｕ４（１９９６年２月）を、本発明による変異体の決定に用いることができる。ＦＡＳＴＡアルゴリズムの使用法は、例えば、Ｐｅａｒｓｏｎ　ＷＲおよびＬｉｐｍａｎ　ＤＪ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８５巻、２４４４−２４４８頁、１９８８年と、Ｐｅａｒｓｏｎ　ＷＲ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．、１８３巻、６３−９８頁、１９９０年とに記載されている。
【００７４】
以下のランニングパラメーターを、ポリヌクレオチド配列の以下に説明するＥ値（Ｅ　ｖａｌｕｅｓ）および同一性の百分率に寄与する、ＢＬＡＳＴＮを使うアライメントおよび類似性の決定に用いるのが好ましい。Ｕｎｉｘ（登録商標）のランニングコマンドは、「ｂｌａｓｔａｌｌ　−ｐ　ｂｌａｓｔｎ　−ｄ　ｅｍｂｌｄｂ　−ｅ　１０　−Ｇ０　−Ｅ０　−ｒ　１　−ｖ　３０　−ｂ　３０　−ｉ　ｑｕｅｒｙｓｅｑ　−ｏ　ｒｅｓｕｌｔｓ」で、パラメーターは以下のとおりである。
−ｐ　　プログラムの名称　［文字列］；−ｄ　　データベース　［文字列］；−ｅ　　期待値　（Ｅ）　［実数］；−Ｇ　　ギャップを空けるためのコスト　（ゼロはデフォルトの行動を呼び起こす）　［整数］；−Ｅ　　ギャップを拡張するためのコスト　（ゼロはデフォルトの行動を呼び起こす）　［整数］；−ｒ　　ヌクレオチドのマッチの報酬　（ｂｌａｓｔｎのみ）　［整数］；−ｖ　　１行説明（ｏｎｅ−ｌｉｎｅ　ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎｓ）の数　（Ｖ）　［整数］；−ｂ　　表示するアライメントの数　（Ｂ）　［整数］；−ｉ　　クェリーファイル　［Ｆｉｌｅ　Ｉｎ］；−ｏ　　ＢＬＡＳＴレポートアウトプットファイル　［Ｆｉｌｅ　Ｏｕｔ］　　任意。
【００７５】
以下のランニングパラメーターを、ポリペプチド配列のＥ値および同一性の百分率に寄与する、ＢＬＡＳＴＰを使うアライメントおよび類似性の決定に用いるのが好ましい。「ｂｌａｓｔａｌｌ　−ｐ　ｂｌａｓｔｐ　−ｄ　ｓｗｉｓｓｐｒｏｔｄｂ　−ｅ　１０　−Ｇ　０−Ｅ　０　−ｖ　３０　−ｂ　３０　−ｉ　ｑｕｅｒｙｓｅｑ　−ｏ　ｒｅｓｕｌｔｓ」で、パラメーターは以下のとおりである。
−ｐ　　プログラムの名称　［文字列］；−ｄ　　データベース　［文字列］；−ｅ　　期待値　（Ｅ）　［実数］；−Ｇ　　ギャップを空けるためのコスト　（ゼロはデフォルトの行動を呼び起こす）　［整数］；−Ｅ　　ギャップを拡張するためのコスト　（ゼロはデフォルトの行動を呼び起こす）　［整数］；−ｖ　　１行説明（ｏｎｅ−ｌｉｎｅ　ｄｅｓｃｒｉｐｔｉｏｎｓ）の数　（Ｖ）　［整数］；−ｂ　　表示するアライメントの数　（Ｂ）　［整数］；−ｉ　　クェリーファイル　［Ｆｉｌｅ　Ｉｎ］；−ｏ　　ＢＬＡＳＴレポートアウトプットファイル　［Ｆｉｌｅ　Ｏｕｔ］　　任意。ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴＰまたは同様のアルゴリズムにより作成された、クエリー配列による１または２以上のデータベース配列への「ヒット」は、配列の類似部分のアライメントをとって同定する。前記ヒットは、類似性の程度および配列重複の長さの順に並べられる。データベース配列へのヒットは、前記クエリー配列の配列長の一部としか重複しないことを意味するのが一般的である。
【００７６】
ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡおよびＢＬＡＳＴＰアルゴリズムは、アライメントの「期待」（Ｅ）値をも算出する。Ｅ値は、一定の規模のデータベースを検索したときに偶然一定数の隣接した配列にわたって発見が「期待」できるヒットの数を示す。Ｅ値は、好ましいＥＭＢＬデータベースのようなデータベースへのヒットが真の類似性を表すかどうかを決定するための、有意性の閾値として用いられる。例えば、あるポリヌクレオチドのヒットに付与されたＥ値が０．１であることは、ＥＭＢＬデータベースの規模のデータベースにおいて、同様のスコアの配列のアライメントをとった部分にわたって、偶然０．１回マッチすることが期待できると解釈される。この判定基準により、前記ポリヌクレオチド配列のアライメントがとれてマッチした部分は、９０％が同一である確率を有することになる。アライメントがとれてマッチした部分にわたって０．０１未満のＥ値を有する配列については、アルゴリズムＢＬＡＳＴＮまたはＦＡＳＴＡを用いてＥＭＢＬデータベースで偶然マッチするものを見つける確率は、１％未満である。
【００７７】
１の実施態様によると、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドのそれぞれに関して、「変異体」のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドのそれぞれよりも核酸またはアミノ酸の数が同じか少ない配列で、かつ本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと比べて、上記のパラメーター設定でＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡまたはＢＬＡＳＴＰアルゴリズムを用いて０．０１以下のＥ値となる配列を含むのが好ましい。好ましい実施態様によると、変異体ポリヌクレオチドとは、本発明のポリヌクレオチドの核酸の数以下の数の核酸を有し、本発明のポリヌクレオチドに対して解析すると、上記のパラメーター設定でＢＬＡＳＴＮまたはＦＡＳＴＡアルゴリズムを用いてＥ値が０．０１以下となる配列をいう。同様に、好ましい実施態様によると、変異体ポリペプチドとは、本発明のポリペプチドよりアミノ酸の数が同じか少なく、本発明のポリヌクレオチドに対して解析すると上記のパラメーター設定したＢＬＡＳＴＰアルゴリズムを用いてＥ値が０．０１以下となる配列をいう。
【００７８】
上記のとおり、同一性の百分率は、上記のとおりにランニングパラメーターを設定した、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡまたはＢＬＡＳＴＰアルゴリズムのうちの１つを用いて、配列のアライメントをとり、アライメントがとれた部分の同一の核酸またはアミノ酸の数を同定し、この同一の核酸またはアミノ酸の数を本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの中の核酸またはアミノ酸の総数で除算し、その結果を１００倍したものをいう。例えば、上記のとおりのパラメーターを用いてＢＬＡＳＴＮアルゴリズムによって作出されたアライメントにおいて、２２０個の核酸を有する本発明のポリヌクレオチドには、ＥＭＢＬデータベース中の５２０個の核酸を有するポリヌクレオチド配列に対する２３個のヌクレオチドにわたるヒットがある。この２３個のヌクレオチドのヒットには、２１個の同一ヌクレオチドと、１つのギャップと、１個の相違するヌクレオチドとが含まれる。本発明のポリヌクレオチドのＥＭＢＬデータベース中の前記ヒットに対する類似性の百分率は、２２０分の２１の１００倍で９．５％である。よって、ＥＭＢＬデータベース中の前記ポリヌクレオチドは、本発明のポリヌクレオチドの変異体ではないことになる。
【００７９】
本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列に対して特定の同一性の百分率を有することに加え、変異体ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、さらに、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと共通する構造上および／または機能上の特徴を有することが好ましい。本発明のポリペプチドに対する特定の程度の同一性を有するポリペプチドは、その１次構造の類似性の程度の高さが共通し、実質的に類似の機能上の特性を有する。本発明のポリヌクレオチドに対する１次構造の類似性の程度の高さに加えて、本発明のポリヌクレオチドに対する同一性が特定の程度であるか、本発明のポリヌクレオチドとハイブリダイゼーションすることができるかするポリヌクレオチドは、以下の特徴のうち少なくとも１つを有することが好ましい。（ｉ）本発明のポリヌクレオチドにエンコードされるポリペプチドと実質的に同一の機能上の特性を有するポリペプチドをエンコードするオープン・リーディング・フレームの全体またはその一部を含むこと。あるいは、（ｉｉ）同定可能なドメインを共通に含むこと。
【００８０】
本発明の変異体ポリヌクレオチドは、配列番号１−３３に列挙されたポリヌクレオチド配列か、これらの配列の、相補体、逆配列または逆相補体かと、ストリンジェントな条件下で雑種形成するというのが代替策である。ここで使用された「ストリンジェントな条件」とは、６Ｘ　ＳＳＣと０．２％　ＳＤＳの溶液で前洗浄し、６５°Ｃ、終夜（ｏｖｅｒｎｉｇｈｔ）、６Ｘ　ＳＳＣと０．２％　ＳＤＳの溶液中で雑種形成させ、その後６５°Ｃ、１Ｘ　ＳＳＣと０．１％　ＳＤＳで各３０分ずつ２回洗浄し、６５°Ｃ、０．２Ｘ　ＳＳＣと０．１％　ＳＤＳで各３０分ずつ２回洗浄することを指す。
【００８１】
本発明は、開示された配列とは相違するが、遺伝暗号の縮退の結果本発明のポリヌクレオチドにエンコードされるポリペプチドと類似の酵素活性を有するポリペプチドをエンコードするポリヌクレオチドも含む。したがって、保存的置換の結果、配列番号１−３３に列挙されたポリヌクレオチド配列またはこれらの配列の相補体、逆配列または逆相補体と相違する配列を含むポリヌクレオチドは、本発明により意図されたものであり、本発明に含まれる。さらに、合計が前配列長の１０％未満の欠失および／または挿入の結果として、配列番号１−３３に列挙されたポリヌクレオチド配列、またはこれらの配列の相補体、逆配列または逆相補体と異なる配列を含むポリヌクレオチドも、本発明により意図されたものであり、かつ本発明に含まれる。同様に、合計が全配列長の１５％未満のアミノ酸置換、挿入および／または欠失の結果として本発明のポリペプチド配列と異なる配列を含むポリペプチドは、前記変異体ポリペプチドが本発明のポリペプチドと類似の活性を有することを条件として、本発明により意図されたものであり、かつ本発明に含まれる。
【００８２】
本発明のポリヌクレオチドは、さまざまなライブラリから単離してもよく、あるいは当業者に周知の技術を用いて合成してもよい。本発明のポリヌクレオチドは、例えば、５０個までか、それ以上の核酸のポリヌクレオチドセグメントを得るために、自動オリゴヌクレオチド合成機（例としてベックマン社オリゴ１０００Ｍ　ＤＮＡシンセサイザー）を使用して合成してもよい。複数のかかるポリヌクレオチドセグメントは、分子生物学の分野で周知の標準的なＤＮＡ操作技術を用いて連結することができる。１つの従来の代表的なポリヌクレオチド合成技術は、例えば、８０個の核酸を有する１本鎖ポリヌクレオチドセグメントを合成すること、該セグメントを相補的な８５個の核酸セグメントと雑種形成して５ヌクレオチドのオーバーハングを作り出すことに関する。次のセグメントも同様の手法で反対側の鎖に５ヌクレオチドのオーバーハングを持つように合成される。この「粘着」末端が、前記の２つの部分が雑種形成したときに適切に連結することを保証する。このようにして、本発明の完全なポリヌクレオチドは、試験管内で全合成することができる。
【００８３】
、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、配列番号１−７５として同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチドとそれらの変異体とのうちのいずれかの、少なくとも特定の数の連続した残基を含むポリペプチド（ｘ量体）を含むポリヌクレオチドおよびポリペプチドを含む。好ましい実施態様によると、ｘの値は少なくとも２０が好ましく、少なくとも４０がより好ましく、少なくとも６０がさらに好ましく、少なくとも８０が最も好ましい。よって、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、配列番号１−７５として同定されたポリヌクレオチドまたはポリペプチドか、あるいは配列番号１−７５として同定されたポリヌクレオチドまたはポリペプチドの１つの変異体かの２０量体、４０量体、６０量体、８０量体、１００量体、１２０量体、１５０量体、１８０量体、２２０量体、２５０量体、３００量体、４００量体、５００量体または６００量体を含むポリヌクレオチドを含む。
【００８４】
配列番号１−３３とこれらの配列の変異体とに相補的であるおよび／または対応するオリゴヌクレオチドのプローブおよびプライマーも、本発明に含まれる。かかるオリゴヌクレオチドのプローブおよびプライマーは、実質的に関心のあるポリヌクレオチドに相補的である。あるオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーが、配列番号１−３３として提示された配列の１つを含む本発明のポリヌクレオチドまたは変異体に「対応する」と記載されるのは、前記オリゴヌクレオチドプローブまたはプライマー、あるいはその相補体が、配列番号１−３３として提示された１の配列か、または上記のように特定された配列の１の変異体かに含まれるときである。
【００８５】
２つの１本鎖配列に実質的な相補性があると言えるのは、最適なアライメントをとって比較すると、適当なヌクレオチド挿入および／または欠失を有する一方の鎖のヌクレオチドが、他方の鎖のヌクレオチドの少なくとも８０％、好ましくは少なくとも９０％ないし９５％、そしてより好ましくは少なくとも９８％ないし１００％対合するときである。実質的な相補性が存在するのは、第１のＤＮＡ鎖が、第２のＤＮＡ鎖と、ストリンジェントな雑種形成条件下で選択的に雑種形成するときであるとするのが代替策である。相補性を決定するためのストリンジェントな雑種形成条件は、塩類の条件が約１Ｍ未満で、より通常的なのは約５００ｍＭ未満で、好ましくは約２００ｍＭ未満である。雑種形成の温度は、５°Ｃでもよいが、一般的には約２２°Ｃ以上で、より好ましいのは約３０°Ｃ以上で、最も好ましいのは約３７°Ｃ以上である。長いＤＮＡ断片ほど、特異的な雑種形成には高い雑種形成温度が必要である。雑種形成のストリンジェントさは、プローブ組成、有機溶媒の存在および塩基のミスマッチングの程度のような他の要因の影響を受けるため、パラメーターの組み合わせは、どれか１のパラメーターだけの絶対的な基準よりも重要である。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーションの研究は、ゲノムＤＮＡか、あるいは、テストするサンプルに存在するＲＮＡ由来のｃＤＮＡを調製することにより得られたＤＮＡかのいずれかを用いて行うことができる。
【００８６】
ＤＮＡ−ＤＮＡのハイブリダイゼーションに加えて、ＤＮＡ−ＲＮＡまたはＲＮＡ−ＲＮＡのハイブリダイゼーションアッセイ法も可能である。第１のケースでは、発現する遺伝子由来のｍＲＮＡが、ゲノムＤＮＡまたはサンプルのｍＲＮＡ由来のｃＤＮＡの代わりに検出される。第２のケースでは、ＲＮＡプローブを用いることができる。さらに、標的配列に対して特異的にハイブリダイゼーションをするＤＮＡの人工類似体を用いることもできる。
【００８７】
特定の実施態様では、オリゴヌクレオチドプローブおよび／またはプライマーは、本発明のポリヌクレオチド配列に相補的な、少なくとも約６個の連続した残基を含み、より好ましくは少なくとも約１０個の連続した残基を含み、最も好ましくは少なくとも約２０個の連続した残基を含む。本発明のプローブおよびプライマーは約８個から１００個までの塩基対の長さであってもよいが、約１０個から５０個の塩基対の長さが好ましく、約１５個から４０個の長さがより好ましい。前記プライマーおよびプローブは、ＤＮＡ−ＤＮＡ雑種形成のストリンジェントさと、アニーリングおよび融解の温度と、ループ形成の可能性と、当業者に周知のその他の要因とを考慮して、当業者に周知の手順を用いて容易に選択できる。プローブの設計に適し、特に、ＰＣＲプライマーの設計に適するツールおよびソフトウェアは、インターネット上、例えば、ＵＲＬｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｈｏｒｉｚｏｎｐｒｅｓｓ．ｃｏｍ／ｐｃｒ／で入手可能である。さらに、プローブの設計、そして特にＰＣＲプライマーの設計に適するソフトウェアプログラムが、プレミア・バイオソフト・インターナショナル、パロアルト、カリフォルニア州（Ｐｒｅｍｉｅｒ　Ｂｉｏｓｏｆｔ　Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ、３７８６　Ｃｏｒｉｎａ　Ｗａｙ、Ｐａｌｏ　Ａｌｔｏ、ＣＡ　９４３０３−４５０４）から入手可能である。ＰＣＲプライマーの設計のための好ましい技術は、ディーフェンバッハ（Ｄｉｅｆｆｅｎｂａｃｈ）およびディクスラー（Ｄｙｋｓｌｅｒ）、「ＰＣＲプライマー：実験室マニュアル（ＰＣＲ　ｐｒｉｍｅｒ：ａ　ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　ｍａｎｕａｌ）」、ＣＳＨＬプレス、ニューヨーク州、コールド・スプリング・ハーバー、１９９５年にも開示されている。
【００８８】
本発明のポリヌクレオチドに対応する複数のオリゴヌクレオチドのプローブまたはプライマーは、キットの形で提供される場合がある。かかるキットは、一般的には、複数のＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドプローブを含み、それぞれのプローブは、あるポリヌクレオチド配列に特異的である。本発明のキットは、本発明のポリヌクレオチドに対応し、配列番号１−３３に同定されたポリヌクレオチド配列を含む、１または２以上のプローブまたはプライマーを含む。
【００８９】
ハイスループットアッセイ法に有用な１の実施態様では、本発明のオリゴヌクレオチドプローブキットは、固体の表面上の予め定められた（ｐｒｅｄｅｆｉｎｅｄ）番地により空間的な位置指定ができる（ｓｐａｔｉａｌｌｙ　ａｄｒｅｓｓａｂｌｅ）場所に各プローブが不動化された、アレイ状のフォーマットの複数のプローブを含む。本発明で有効に用いられるアレイ状フォーマットは、例えば、米国特許明細書第５、４１２、０８７号明細書、第５、５４５、５３１号明細書および国際公開第ＷＯ９５／００５３０号公報に開示されており、その開示内容は、ここでは引用により取り込まれている。
【００９０】
本発明で使用するためのオリゴヌクレオチドのプローブは、当業者に周知の技術を用いて、アレイ上に不動化するまえに人工合成により構築される場合がある。（Ｇａｉｔ編、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ　ａ　ｐｒａｃｔｉｃａｌ　ａｐｐｒｏａｃｈ、ＩＲＬ　Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ、Ｅｎｇｌａｎｄ、１９８４年を参照せよ。）リゴヌクレオチドの自動合成用の装置は、Ｐｅｒｋｉｎ　Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ　Ｄｉｖｉｓｉｏｎ（Ｆｏｓｔｅｒ　Ｃｉｔｙ、カリフォルニア州）のような供給者から商業的に入手可能であり、製造者の指示に従って運転できる。プローブは、例えばＰＣＴ国際公開第ＷＯ９５／００５３０号公報に教示された技術を用いて前記アレイの表面に直接構築する場合がある、というのが代替策である。
【００９１】
固相の基質およびその表面は、剛直な支持体を形成し、一般的に同一の素材でできていることが好ましい。前記固相の基質を構成する素材の例は、ポリマー、プラスチック、樹脂、膜、多糖類、シリカまたはシリカを基礎とする素材、炭素、金属および無機ガラスを含む。人工合成で調製されたプローブは、前記固相の基質の表面に、米国特許第５，４１２，０８７号明細書に開示された技術のような、当業者に周知の技術を用いて、不動化される場合がある。
【００９２】
かかる技術の１つでは、光化学的に除去可能な保護基で保護されたチオール基のような保護された官能基を有する化合物が前記基質の表面に付着させられる。前記表面の選択された領域は、反応性チオール基を提供するために、光源、好ましくはレーザで照射される。この照射のステップは、半導体の分野の当業者に周知であるフォトリソグラフィー技術を用いて所定の位置に開口を有するマスクを使って実行されることが一般的である。つぎに、前記反応性チオール基は、不動化されるオリゴヌクレオチドプローブとともにインキュベーションされる。温度、時間およびｐＨのような正確なインキュベーション条件は、個々のプローブごとに異なり、当業者によって容易に決定されうる。前記基質の表面は未結合のプローブが残らないように洗浄され、上記の照射のステップが異なる開口パターンの第２のマスクを使って繰り返される。その後前記表面は第２の異なるプローブとともにインキュベーションされる。それぞれのオリゴヌクレオチドプローブは、約１ｍｍ２未満の別々の領域に不動化されるのが典型的である。それぞれの別々の領域は約１０，０００ｍｍ２未満であることが好ましく、約１００ｍｍ２未満であることがより好ましい。このようにして、多数のオリゴヌクレオチドプローブがアレイ上の所定の位置に不動化される。
【００９３】
得られたアレイは生物か、以下の遺伝学的材料を含むサンプルまたは製品かの相違点をスクリーニングするために用いられる場合がある。ゲノムＤＮＡライブラリまたはｃＤＮＡライブラリは当業者に周知の技術を用いて調製される。そして、得られた標的ＤＮＡは、当業者に周知のプロトコールを用いて、放射能標識、色素、蛍光色素または化学発光試薬のような適当なマーカーで標識をされる。前記標識をされた標的ＤＮＡの溶液は、前記アレイの表面と接触させられて、適当な時間インキュベーションされる。
【００９４】
前記アレイの表面は、未結合の標的ＤＮＡが残らないように洗浄され、標的ＤＮＡがハイブリダイゼーションをしたプローブは、前記マーカーが付着した前記アレイの領域を同定することにより、決定される。前記マーカーが３２Ｐのような放射能標識のときには、オートラジオグラフィーが検出方法として用いられる。１の実施態様では、前記マーカーは、フルオレセインのような蛍光色素で、結合した標的ＤＮＡの位置は蛍光分光法により決定される。オリゴヌクレオチドプローブアレイの蛍光スキャンに使用する自動装置は、アフィメトリクス社（カリフォルニア州、サンタクララ）から入手可能であり、製造者の指示書にしたがって運転すればよい。かかる装置は、前記アレイのそれぞれの所定の位置での蛍光強度を決定するために用いられる場合がある。かかるアッセイは、標的におけるマーカープローブの存否だけでなく、定量的な値も示すことができる。
【００９５】
かかるハイスループットスクリーニングシステムの意義は、微生物の選択と、多数のサンプルまたは製品について望ましくない材料を同定すること、微生物か、検疫の目的等のために微生物材料を含むサンプルまたは製品かを同定すること、あるいは、微生物を含むサンプルまたは製品の本当の出所を確認することの必要性がある品質管理作業とのような用途については自明である。微生物および微生物製品をタグ付けするための同定子として使用された本発明のポリヌクレオチドの存否をスクリーニングすることは、後日、食品、発酵および工業に利用される微生物か、プロバイオティック食品（ｐｒｏｂｉｏｔｉｃｓ）摂取後のヒトまたは動物の消化器系の微生物かの遺伝的組成を検出するうえで貴重である。
【００９６】
このようにして、本発明のオリゴヌクレオチドプローブキットは、迅速で、かつコストのかからない方法で、異なる材料を含む異なるサンプルまたは製品におけるポリヌクレオチドの存否（あるいは混合物の場合には相対的な量）を調べるために用いられる場合がある。本発明を用いて調べられる微生物種の例は、ラムノスス乳酸菌のような乳酸菌その他の微生物種を含む。
【００９７】
本発明の別の局面は、本発明の複数のポリヌクレオチドのコレクションに関する。本発明の複数のポリヌクレオチド、特に、配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチドのコレクションは、記録媒体に記録および／または保存され、その後、解析、比較等の目的でアクセスされる場合がある。適当な記録媒体は、磁気ディスケットのような磁気媒体、磁気テープ、ＣＤ−ＲＯＭ記録媒体、光記録媒体等を含む。適当な媒体と、情報を記録および保存するとともに、かかる媒体に記録されたポリヌクレオチド配列のような情報にアクセスするための方法は、当業者に周知である。前記記録媒体に保存されたポリヌクレオチド情報は、コンピュータで解読でき、前記ポリヌクレオチド情報の解析および比較に使用できることが好ましい。
【００９８】
したがって、本発明の別の局面は、本発明のポリヌクレオチドのコレクション、特に、配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチドのコレクションに関する。１の実施態様によると、前記記録媒体は、少なくとも２０個、好ましくは少なくとも５０個、より好ましくは少なくとも１００個、そして最も好ましくは少なくとも２００個の本発明のポリヌクレオチド、好ましくは配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチドと、これらのポリヌクレオチドの変異体とを含む。
【００９９】
本発明の別の局面は、ポリヌクレオチドの組み合わせであって、配列番号１−３３から選択されたポリヌクレオチドと、これらのポリヌクレオチドの変異体とを含む、少なくとも５個の、好ましくは少なくとも１０個の、より好ましくは少なくとも２０個の、そして最も好ましくは少なくとも５０個の本発明の異なるポリヌクレオチドを含む組み合わせに関する。
【０１００】
関連する局面では、本発明は、５’から３’の方向に、遺伝子プロモーター配列と、本発明のポリヌクレオチドにエンコードされたポリペプチドの少なくとも機能的な部分をコードするオープン・リーディング・フレームとを含む遺伝子コンストラクトを提供する。ある種の実施態様では、本発明の遺伝子コンストラクトは、遺伝子ターミネーション配列を含む。前記オープン・リーディング・フレームは、センスまたはアンチセンスのいずれの方向に挿入されていてもかまわない。上記のポリヌクレオチドによってエンコードされるポリペプチドをコードする遺伝子のノンコーディング領域か、ノンコーディング領域と相補的なヌクレオチド配列を、遺伝子プロモーター配列とともに含む遺伝子コンストラクトも提供される。前記遺伝子プロモーターおよびターミネーション配列は宿主生物で機能することが好ましい。前記遺伝子プロモーターおよびターミネーション配列が導入されるポリヌクレオチドと共通であることがより好ましい。前記遺伝子コンストラクトはさらに形質転換細胞の同定のためのマーカーを含むこともある。
【０１０１】
本発明の遺伝子コンストラクトの構成要素を操作可能に連結するための技術は、当業者に周知であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、（「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ　ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　ｍａｎｕａｌ（分子クローニング：実験室マニュアル）」、ＣＳＨＬ、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ、ニューヨーク州、１９８９年）に記載された、１または２以上の制限エンドヌクレアーゼ部位を含む合成リンカーの利用を含む。本発明の遺伝子コンストラクトは、各操作の後に、得られたコンストラクトをクローン化し、配列決定して、操作の正確さを決定することが可能な、例えば大腸菌のような、少なくとも１つの複製システムを有するベクターと連結されてもよい。
【０１０２】
本発明の遺伝子コンストラクトを含むトランスジェニック微生物細胞も、かかるトランスジェニック細胞を含む微生物と、かかる微生物の産物および子孫と、かかる微生物を含む材料とともに本発明によって提供される。乳酸桿菌属の種、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｌａｃｔｉｓまたは大腸菌のような標的微生物のゲノムに遺伝子コンストラクトを安定的に取り込むための技術は、微生物の形質転換の分野の当業者に周知であり、実施例１におけるシーケンシングのための大腸菌の形質転換と、以下の実施例の多くに記載の形質転換によって例示されている。
【０１０３】
本発明の遺伝子コンストラクトを含むトランスジェニックな微生物でない細胞も、かかるトランスジェニック細胞を含む生物と、かかる生物の産物および子孫とともに提供される。本発明の遺伝子コンストラクトは、菌類のような微生物でない標的生物のゲノムに当業者に周知の技術を用いて安定的に取り込まれる場合がある。
【０１０４】
好ましい実施態様では、本発明の遺伝子コンストラクトは、食製品、材料（ｉｎｇｒａｄｉｅｎｔ）、加工補助材、添加物またはサプリメントの生産と、医薬用、特に、免疫システムの機能および免疫学的な効果をモジュレーションするための微生物産物の生産と、有益な効果を提供する化学保護材、プロバイオティック食品および健康サプリメントの提供とのために使用される微生物を形質転換するために用いられる。本発明の遺伝子コンストラクトは、酵素か、多糖類、風味化合物および生物活性物質のような物質化を産生するためと、乾燥のような工程およびヒトの消化器系の不利な刺激に対する耐性を増強するためとに使用される細菌の形質転換に用いられることがある。ラムノスス乳酸菌における抗生物質の産生、ファージの取り込みおよび耐性に関与する遺伝子は特に有用と考えられる。本発明の１または２以上のポリヌクレオチドまたは遺伝子コンストラクトで形質転換に用いられる標的微生物は、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、乳酸桿菌、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｓｐｈａｅｒａ、Ｔｒｉｃｈｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓその他のさまざまな発酵産業で潜在的な有用性がある属の細菌からなるグループから選択されることが好ましく、以下のリストの乳酸桿菌属の種からなるグループから選択されることが最も好ましい。Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｃｅｔｏｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｇｉｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｌｉｍｅｎｔａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｍｙｌｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｍｙｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｍｙｌｏｖｏｒｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｎｉｍａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｒｉｚｏｎａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ａｖｉａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｂａｖａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｂｒｅｖｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｂｕｃｈｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｃｏｌｌｉｎｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｃｒｉｓｐａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｃｕｒｖａｔｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ　ｓｕｂｓｐ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ　ｓｕｂｓｐ．ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｆａｒｃｉｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｆｒｕｃｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｇａｓｓｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｇｒａｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｈａｍｓｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ　ｓｕｂｓｐ．ｊｕｇｕｒｔｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｈｅｔｅｒｏ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｈｉｌｇａｒｄｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｈｏｍｏｈｉｏｃｈｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｊａｐｏｎｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｋｅｆｉｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｌｉｎｄｎｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｍａｌｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｍａｌｔａｒｏｍｉｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｍａｎｉｈｏｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｍｕｃｏｓａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｍｕｒｉｎｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｏｒｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｐａｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｐａｒａｃａｓｅｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｐａｒａｃａｓｅｉ　ｓｕｂｓｐ．ｐｓｅｕｄｏｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｐａｒａｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｐｅｎｔｏｓｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｐｌａｎｔａｒｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｐｏｎｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｅｕｔｅｒｉ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｈａｍｎｏｓｕｓ（ラムノスス乳酸菌）、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｕｍｉｎｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｓａｋｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ　ｓｕｂｓｐ．ｓａｌｉｃｉｎｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ　ｓｕｂｓｐ．ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｓａｎｆｒａｎｃｉｓｃｅｎｓｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｓｈａｒｐｅａｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｖｅｒｍｉｆｏｒｍｅ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｚｅａｅ。
【０１０５】
別の局面では、本発明は、本発明の遺伝子コンストラクトで微生物のような宿主生物を形質転換することにより、前記宿主生物のゲノムに前記遺伝子コンストラクトを安定的に取り込むことを含む、前記宿主生物におけるポリペプチドの濃度、組成および／または活性を改変するための方法を提供する。本発明の遺伝子コンストラクトは、さまざまな生物を形質転換するために使用することができる。本発明のコンストラクトで形質転換できる生物は、単子葉類被子植物（例、牧草、トウモロコシ、カラスムギ、コムギおよびオオムギ）と、双子葉類被子植物（例、シロイヌナズナ、タバコ、野菜、アルファルファ、菓子、ユーカリ、カエデ）と、裸子植物（例、オウシュウアカマツ（Ｓｃｏｔ　ｐｉｎｅ）（Ａｒｏｎｅｎ、Ｆｉｎｎｉｓｈ　Ｆｏｒｅｓｔ　Ｒｅｓ．Ｐａｐｅｒｓ、５９５巻、１９９６年）、ホワイトスプルース（Ｅｌｌｉｓら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１１巻、８４−８９頁、１９９３年）およびカラマツ（ｌａｒｃｈ）（Ｈｕａｎｇら、Ｉｎ　Ｖｉｔｒｏ　Ｃｅｌｌ、２７巻、２０１−２０７頁、１９９１年））のような植物と、遺伝子工学を施すことができるいずれかの種類の植物とを含む。
【０１０６】
したがって、別の局面では、本発明の遺伝子コンストラクトを含むトランスジェニック植物細胞が、かかるトランスジェニック細胞を含む植物と、かかる植物の果実、種子、産物および子孫とともに提供される。遺伝子コンストラクトを植物のような標的生物のゲノムに安定的に取り込むための技術は、当業者に周知で、アグロバクテリウム・ツメファシエンス菌を介する導入法、エレクトロポレーション法、プロトプラスト融合法、生殖器官への注入法、未成熟胚への注入法、高速発射体導入法（ｈｉｇｈ　ｖｅｌｏｃｉｔｙ　ｐｒｏｊｅｃｔｉｌｅ　ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ）等を含む。技術の選択は、形質転換される植物に応じて異なる。例えば、双子葉類植物と、ある種の単子葉類および裸子植物とは、例えばＢｅｖａｎ（Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．１２巻、８７１１−８７２１頁、１９８４年）に記載のアグロバクテリウムＴｉプラスミド技術によって形質転換することができる。前記遺伝子コンストラクトの導入の標的には、葉組織のような組織、解離された細胞、プロトプラスト、種子、胚、分裂組織領域、子葉、胚軸等を含む。
【０１０７】
一旦前記細胞が形質転換されると、前記遺伝子コンストラクトをゲノムに取り込んだ細胞が選択される。つぎに、トランスジェニック細胞は、当業者に周知の技術を用いて、適当な培地中で培養される。プロトプラストの場合には、細胞壁は適当な浸透圧条件下で再形成させられる。種子または胚の場合には、適当な発芽またはカルス誘導培地が用いられる。外植体については、適当な再生培地が用いられる。植物の再生は、多くの種について十分に確立している。林木の再生の総説としては、Ｄｕｎｓｔａｎら、「Ｓｏｍａｔｉｃ　ｅｍｂｒｙｏｇｅｎｅｓｉｓ　ｉｎ　ｗｏｏｄｙ　ｐｌａｎｔｓ（木本植物における体細胞的胚発生）」、Ｔｈｏｒｐｅ　ＴＡ編、Ｉｎ　ｖｉｔｒｏ　ｅｍｂｒｙｏｇｅｎｅｓｉｓ　ｏｆ　ｐｌａｎｔｓ（植物の試験管内胚発生）、（Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｌａｎｔ　ＳｃｉｅｎｃｅおよびＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　ｉｎ　Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ、２０巻（１２号）、４７１−５４０頁、１９９５年）を参照せよ。スプルースの再生についての具体的なプロトコールは、Ｒｏｂｅｒｔｓら、Ｓｏｍａｔｉｃ　Ｅｍｂｒｙｏｇｅｎｅｓｉｓ　ｏｆ　Ｓｐｒｕｃｅ（スプルースの体細胞的胚発生）、Ｒｅｄｅｎｂａｕｇｈ　Ｋ編、Ｓｙｎｓｅｅｄ：ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ　ｏｆ　ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ　ｓｅｅｄ　ｔｏ　ｃｒｏｐ　ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ（シンシード：人工的な種子の作物改良への応用）、ＣＲＣ　Ｐｒｅｓｓ、２３章、４２７−４４９頁、１９９３年に説明されている。得られた形質転換植物は、当業者に周知の技術を用いて、次世代以降のトランスジェニック植物および実用的に無限の量のタグ付けされた植物由来の産物を得るために、有性的または無性的な生殖で増殖させられる場合がある。
【０１０８】
本発明のポリヌクレオチドは、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）法のような方法により遺伝子発現を特異的に抑制するために使用される場合があり、前記方法はコサプレッションおよびクエーリング（ｑｕｅｌｌｉｎｇ）を含む。遺伝子抑制のこの技術その他は当業者に周知である。この技術の総説は、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２８８巻、１３７０−１３７２頁、２０００年に出ている。アンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡを用いる従来の遺伝子抑制方法は、関心のある遺伝子の逆配列との結合が、その後の細胞での諸過程と干渉し、それにより対応するタンパクの合成をブロックするように結合することにより働く。ＲＮＡｉは、ポスト転写のレベルで働き、配列特異的で、はるかに効率よく遺伝子発現を抑制する。
【０１０９】
１または２以上のリボヌクレアーゼが２本鎖ＲＮＡと結合し、短い断片に切断することを証明した研究がある。前記リボヌクレアーゼはこれらの断片と会合したままの状態にあって、これらの断片が相補的なｍＲＮＡと結合する、すなわち関心のある遺伝子に対応する転写されたｍＲＮＡと特異的に結合する。前記遺伝子のｍＲＮＡは、前記リボヌクレアーゼで短い断片に分解され、前記遺伝子の翻訳および発現を不要にする。さらに、ＲＮＡポリメラーゼが前記短い断片の多数のコピーの合成を促進するように作用して、このシステムの効率を指数関数的に増大させる。この遺伝子抑制経路のユニークな特徴は、サイレンシングが始まった細胞だけにサイレンシングが限定されないことである。遺伝子をサイレンシングする効果は、生物の他の部分に広まり、生殖系列を通して数世代にわたって伝達される。
【０１１０】
具体的には、本発明のポリヌクレオチドは特定の遺伝子をサイレンシングするための遺伝子コンストラクトを作成するために使用することができる。本発明のポリヌクレオチドは、１または２以上の関心のある遺伝子に特異的な自己相補的な単一のＲＮＡ配列をエンコードする遺伝子コンストラクトを作成するために使用することができる。遺伝子コンストラクトおよび／または遺伝子特異的で自己相補的なＲＮＡ配列は当業者に周知ないかなる従来の方法によって送達されてもよい。遺伝子コンストラクトの中で、センスおよびアンチセンス配列が、スプライシングの供与部位および受容部位を使用できるように適切なスプライシングの方向に配向されたイントロン配列の両側にある。代替的な方法は、動作可能で効率的なコンストラクトを作成するために、別々のイントロン配列のかわりにさまざまな長さのスペーサ配列を用いる場合がある。前記遺伝子コンストラクトの産物の転写後のプロセッシングの際に、イントロン配列はスプライシングで切り出され、センスおよびアンチセンス配列と、スプライスジャンクション配列とが２本鎖ＲＮＡを形成するように結合する。選ばれたリボヌクレアーゼが前記２本鎖ＲＮＡと結合し切断して、特定のｍＲＮＡ遺伝子配列の分解と、特定の遺伝子のサイレンシングとにつながる。代替的には、前記自己相補的ＲＮＡ配列を発現する遺伝子コンストラクトを用いるかわりに、遺伝子特異的２本鎖ＲＮＡセグメントが、遺伝子サイレンシング効果を発揮するために、１または２以上の標的領域に送達されて、細胞の細胞質へ取り込まれる。
【０１１１】
この遺伝子サプレッションの細胞経路を利用して、遺伝子機能が研究され、配列のハイスループットスクリーニングが遺伝子発現に影響を与える配列を発見するために用いられる場合がある。さらに、遺伝的に改変された微生物および高等生物が作出される場合がある。
【０１１２】
以下の実施例は例示のために提供されるのであり、限定のためではない。
【０１１３】
【実施例】
実施例１
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来のＤＮＡ配列の単離と特徴付け
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡライブラリは以下のとおり構築され、スクリーニングされた。
【０１１４】
ＤＮＡは、１００ｍｌ　ＭＲＳブロス（Ｄｉｆｃｏ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、デトロイト、ミシガン州）入りの１００ｍｌ培養２本で、１ｍｌの乳酸桿菌グリセロール保存液を接種材料とし、５００ｍｌの培養フラスコに入れて、３７°Ｃで約１６時間旋回しながら（２２０ｒｐｍ）細菌を培養することにより大量調製された。
【０１１５】
前記培養は、菌体をペレットにするために、３５００ｒｐｍ１０分間遠心した。上清を除去して、菌体ペレットは４０ｍｌの新鮮なＭＲＳブロスに再懸濁して、清浄な５００ｍｌ培養フラスコに移した。新鮮なＭＲＳブロス（６０ｍｌ）を添加して、体積を１００ｍｌにして、フラスコをさらに２時間３７°Ｃで旋回培養した（２２０ｒｐｍ）。菌体は遠心（３５００ｒｐｍ、１０分間）によりペレットにされ、上清は除去された。菌体ペレットは２０ｍｌのバッファーＡ（５０ｍＭ　ＮａＣｌ、３０ｍＭ　Ｔｒｉｓ　ｐＨ８．０、０．５ｍＭ　ＥＤＴＡ）で２度洗浄された。
【０１１６】
菌体は、２．５ｍｌのバッファーＢ（２５％　スクロース（ｗ／ｖ）、５０ｍＭ　Ｔｒｉｓ　ｐＨ８．０、１ｍＭ　ＥＤＴＡ、２０ｍｇ／ｍｌ　リゾチーム、２０μｇ／ｍｌ　ムタノリシン（ｍｕｔａｎｏｌｙｓｉｎ））に再懸濁され、３７°Ｃ４５分間インキュベーションされた。それぞれの試験管に等体積のＥＤＴＡ（０．２５Ｍ）が添加され、室温で５分間インキュベーションされた。２０％ＳＤＳ溶液（１ｍｌ）が添加および混合され、６５°Ｃで９０分間インキュベーションされた。２０ｍｇ／ｍｌのプロテイナーゼＫ（Ｇｉｂｃｏ　ＢＲＬ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、メリーランド州）ストック溶液から５０μｌを添加して、試験管は６５°Ｃで１５分間インキュベーションされた。
【０１１７】
ＤＮＡは、等体積のフェノール：クロロフォルム：イソアミルアルコール（２５：２４：１）で抽出された。試験管は３５００ｒｐｍで４０分間遠心された。水相が清浄な無菌のオークリッジ遠心管（３０ｍｌ）に取り出された。粗抽出ＤＮＡは等体積の冷却イソプロパノールで沈殿され、−２０°Ｃで終夜インキュベーションされた。
【０１１８】
５００μｌのＴＥバッファーに再懸濁後、ＤＮａｓｅフリーのＲＮａｓｅが最終濃度１００μｇ／ｍｌになるように添加され、３７°Ｃで３０分間インキュベーションされた。このインキュベーションは、２０ｍｇ／ｍｌのプロテイナーゼＫを１００μｌ添加した後さらに３０分間延長された。ＤＮＡは、フェノール：クロロフォルム：イソアミルアルコール（２５：２４：１）およびクロロフォルム：イソアミルアルコール（２４：１）の抽出の後、エタノールで沈殿され、２５０μｌのＴＥバッファーに溶解された。
【０１１９】
ＤＮＡは、ＤＮＡ９９６μｌ、１０ｘＲＥＡＣＴ　４バッファー１３８．７５μｌ、水２５２．７５μｌからなる全体積１４８０μｌ中で、０．００４Ｕ／μｇの濃度のＳａｕ３Ａ　Ｉで消化された。３７°Ｃ１時間のインキュベーションに続いて、ＤＮＡは２本の試験管に分注された。０．５Ｍ　ＥＤＴＡ３１μｌを添加して消化を停止させ、アガロースゲル分析のためにサンプル１７μｌを取り出した。サンプルは、１５ｍｌのファルコン試験管に入れられて、スクロース勾配試験管に重層するために３ｍｌになるように希釈された。
【０１２０】
スクロース勾配サイズ分画法は、以下のとおり実行された。１００ｍｌの５０％スクロース（ｗ／ｖ）はＴＥＮバッファー（１Ｍ　ＮａＣｌ、２０ｍＭ　Ｔｒｉｓ　ｐＨ８．０、５ｍＭ　ＥＤＴＡ）で作られ、フィルター滅菌された。５、１０、１５、２０、２５、３０、３５および４０％スクロースの希釈液が用意され、ベックマン・ポリアロマー遠心管に注意深く重層されて、４°Ｃで終夜保存された。ＴＥＮバッファー（４ｍｌ）がこの勾配の上に重層され、その上に３ｍｌのＤＮＡ溶液が重層された。前記勾配は２６Ｋで１８時間４°ＣでＫｏｎｔｒｏｎＴＳＴ２８−３８ロータを使用してＣｅｎｔｒｉｃｏｎＴ−２０６０遠心機で遠心された。ブレーキなしの減速（約１時間）の後、前記勾配が除去され、自動式のＤｅｎｓｉ−Ｆｌｏｗ（Ｈａａｋｅ−Ｂｕｃｈｌｅｒ　Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）を使用して分画が回収された。アガロースゲルが前記分画を分析するのに用いられた。最も良い２組の分画がプールされ、１０％未満のスクロースを含むように希釈された。ＴＥＮバッファー（４ｍｌ）が添加され、ＤＮＡは２倍の体積の１００％氷冷エタノールで沈殿され、−２０°Ｃで終夜インキュベーションされた。
【０１２１】
ＤＮＡペレットは３００μｌのＴＥバッファーに再懸濁され、１／１０の体積の３Ｍ　ＮａＯＡｃ、ｐＨ５．２と２倍体積のエタノールとを添加した後約６時間−２０°Ｃで沈殿された。ＤＮＡは微量遠心機の最高速度で１５分間ペレットにされ、７０％エタノールで洗浄され、再度ペレットにされ、乾燥されて、１０μｌのＴＥバッファーに再懸濁された。
【０１２２】
ＤＮＡは脱リン酸化されたＢａｍＨＩで消化されたｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ　ＳＫ　ＩＩ＋および脱リン酸化されたＢａｍＨＩで消化されたラムダＺＡＰエキスプレスとに標準的なプロトコールを用いて連結された。ＤＮＡのパッケージングは、ギガパックＩＩＩゴールド・パッケージングエキストラクト（ストラタジーン、カリフォルニア州、ラホヤ）を使用して、製造者のプロトコールに従って実行された。パッケージングされたライブラリは４°Ｃで保存された。
【０１２３】
前記プライマリーのパッケージングされたファージライブラリからの大量切り出しは、ＸＬ１−Ｂｌｕｅ　ＭＲＦ’細胞およびＥｘＡｓｓｉｓｔヘルパーファージ（ストラタジーン）を用いて行われた。切り出されたファージミドはＮＺＹブロス（Ｇｉｂｃｏ　ＢＲＬ、Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、メリーランド州）で希釈され、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリル−β−Ｄ−ガラクトシド（Ｘ−ｇａｌ）およびイソプロピルチオ−β−ガラクトシド（ＩＰＴＧ）を含むＬＢ−カナマイシン寒天プレート上にプレーティングされた。インキュベーション後、単独コロニーがＰＣＲサイズ決定のために釣り上げられ、最適のライブラリがスクリーニングのために選ばれた。
【０１２４】
ＤＮＡミニプレップおよびその後のシーケンシングのために釣り上げられたコロニーのうち、大多数はシーケンシングに適したインサートを含んでいた。陽性のコロニーは使用されたベクターに応じてカナマイシンまたはアンピシリンを添加したＬＢブロス中で培養され、ＤＮＡが迅速アルカリ溶菌ミニプレップ法（溶液はキアゲン、Ｖｅｎｌｏ、オランダ、クリアリングプレートはミリポア、Ｂｅｄｆｏｒｄ、マサチューセッツ州）により精製された。１％のアガロースゲルが染色体の混入と濃度とについてシーケンシング用の鋳型をスクリーニングするのに用いられた。ダイターミネータ・シーケンシング反応が、Ｂｉｏｍｅｋ２０００ロボット（ベックマン・コールター、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ、カリフォルニア州）およびＨｙｄｒａ９６（Ｒｏｂｂｉｎｓ　Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｓｕｎｎｙｖａｌ、カリフォルニア州）をリキッドハンドリングに用いて調製された。ＤＮＡ増幅は、９７００ＰＣＲマシン（パーキン・エルマー／アプライド・バイオシステムズ、Ｆｏｓｔｅｒ　Ｃｉｔｙ、カリフォルニア州）で、製造者のプロトコールに従って実行された。
【０１２５】
ゲノムＤＮＡ断片の配列決定は、パーキン・エルマー／アプライド・バイオシステムズ・ディビジョンプリズム３７７シーケンサーを用いて決定された。ＤＮＡクローンは５’および／または３’末端から配列決定され、配列番号１−３３として同定された。
【０１２６】
本実施例は、配列が如何に得られたかだけでなく、細菌（大腸菌）が本発明のいかなる所望のＤＮＡ断片とでも安定的に遺伝されるように永久的なマーキングのために安定的に形質転換することができることをも示す。
【０１２７】
決定されたＤＮＡ配列は公的なデータベースの既知配列と比較され、アライメントされた。具体的には、配列番号１−３３として同定されたポリヌクレオチドは、２００１年７月末におけるＥＭＢＬデータベース収録のポリヌクレオチドに対して、以下のランニングパラメータに設定されたＢＬＡＳＴＮアルゴリズムバージョン２．０．１１（２０００年１月２０日）を利用して比較された。Ｕｎｉｘ（登録商標）ランニングコマンド：ｂｌａｓｔａｌｌ　−ｐ　ｂｌａｓｔｎ　−ｄ　ｅｍｂｌｄｂ　−ｅ　１０　−Ｇ　０　−Ｅ　０　−ｒ　１　−ｖ　３０　−ｂ　３０　　−ｉ　　ｑｕｅｒｙｓｅｑ　ｏ　ｒｅｓｕｌｔｓ。重複配列の複数のアライメントが、信頼できるコンセンサス配列を積み上げるのに用いられた。既知配列に対する類似性に基づいて、配列番号１−３３として同定された本発明の単離ポリヌクレオチドはポリペプチドをエンコードするものとして同定された。
【０１２８】
配列番号１−３３に提供された配列の多数は、「完全長」でオープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦｓ）を含むことがわかった。これらの完全長配列と、これらの配列内に含まれるＯＲＦｓの位置（ヌクレオチド位置による）と、対応するアミノ酸配列とは、以下の表２に提供される。
【０１２９】
【表２】
2004505632.tif 000009
【０１３０】
配列番号１−３３及び４２−７５のポリヌクレオチド及びポリペプチド配列が、ＢＬＡＳＴコンピューターアルゴリズムのバージョン２．０．１１（２０００年１月２０日）を使用してＥＭＢＬおよびＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベース中の配列に対して比較された。配列番号１−３３に提供されたポリヌクレオチド配列のＥＭＢＬデータベース中の配列に対する比較は２００１年８月に行われた。配列番号４２−７５に提供されたアミノ酸配列のＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベース中の配列に対する比較は２００１年８月に行われた。配列番号１−３３のポリヌクレオチドの６つの読み枠の翻訳産物の解析は、ＢＬＡＳＴＸプログラムを使用して、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベース中のポリヌクレオチドの６つの読み枠の翻訳産物に対して比較およびアライメントされた。
【０１３１】
ＢＬＡＳＴＮポリヌクレオチド解析
配列番号１−３，５−２３および２５−３３のポリヌクレオチド配列は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＮを使用してＥＭＢＬデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、５０％未満であると決定された。配列番号２４のポリヌクレオチド配列は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＮを使用してＥＭＢＬデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、９０％未満であると決定された。配列番号４のポリヌクレオチド配列は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＮを使用してＥＭＢＬデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、９８％未満であると決定された。
【０１３２】
ＢＬＡＳＴＰアミノ酸解析
配列番号４３、４５−４７、５１−５３、５８、６０、６１、６３、６７、６８、７０、７１、７３および７４のアミノ酸配列は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＰを使用してＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、５０％未満であると決定された。配列番号４８−５０、５５−５６、６２、６４、６６、６９、７２および７５のアミノ酸配列は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＰを使用してＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、７５％未満であることが決定された。配列番号５７および６５のアミノ酸配列は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＰを使用してＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、９０％未満であることが決定された。配列番号５４および５９のアミノ酸配列は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＰを使用してＳｗｉｓｓＰｒｏｔデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、９８％未満であることが決定された。
【０１３３】
ＢＬＡＳＴＸ解析
配列番号１−３３のポリヌクレオチド配列の６つの読み枠の翻訳産物が、以下のランニングパラメータに設定されたＢＬＡＳＴＸプログラムバージョン２．０．１１（２０００年１月２０日）を使用して、ＥＭＢＬデータベース中の６つの読み枠の翻訳産物に対して比較およびアライメントをした。ＵＮＩＸ（登録商標）のランニングコマンドは、ｂｌａｓｔａｌｌ　−ｐ　ｂｌａｓｔｎ　−ｄ　ｅｍｂｌｄｂ　−ｅ　１０　−Ｇ　０　−Ｅ　０　−ｖ　３０　−ｂ　３０　　−ｉ　　ｑｕｅｒｙｓｅｑ　−ｏ　ｒｅｓｕｌｔｓである。配列番号１、３、５−９、１１−１９、２１および２５−３２のポリヌクレオチドの翻訳産物は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＸを使用してＥＭＢＬデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、５０％未満であることが決定された。配列番号２、４、１０、２０、２２、２３および３３のポリヌクレオチドの翻訳産物は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＸを使用してＥＭＢＬデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、７５％未満であることが決定された。配列番号２４のポリヌクレオチド配列の翻訳産物は、上記のとおりコンピューターアルゴリズムＢＬＡＳＴＸを使用してＥＭＢＬデータベース中の配列に対して上記のとおり決定された同一性が、９０％未満であることが決定された。
【０１３４】
実施例２
ラムノスス乳酸菌由来のペプチダーゼＰｅｐＯの単離および特徴付け
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来ペプチダーゼＰｅｐＯの完全長遺伝子配列（配列番号１および図８０）は、本質的には実施例１に記載のとおり単離された。プライマーがこの配列に対して設計され、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株からペプチダーゼＰｅｐＯを増幅するために用いられた。ペプチダーゼＰｅｐＯは、ｐＴＲＫＨ２ベクター（Ｄｒ．Ｔｏｄｄ　Ｋｌａｅｎｈａｍｍｅｒ、ノース・カロライナ州立大学、ノース・カロライナ州、アメリカ合衆国、より入手）にクローン化され、大腸菌に形質転換された。ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株のコンピテント細胞が、この遺伝子をＨＮ００１株で過剰発現させるために、ｐＴＲＫＨ２＋ＰｅｐＯコンストラクトで形質転換された。発現されたタンパクのアミノ酸配列は配列番号４２に提供され、図８１に示される。
【０１３５】
前記ペプチダーゼ酵素の発現レベルが増強されたＨＮ００１株のコンストラクトの細胞抽出物は、カゼインペプチドαＳ１−カゼイン（１−１７）に対する活性が増強されていることを示した。具体的には、αＳ１−カゼイン（１−１７）は、形質転換されていないＨＮ００１株（以下「ＤＲ２０ＷＴ」という。）および上記のＰｅｐＯコンストラクトで形質転換されたＨＮ００１株（以下「ＤＲ２０　ＰｅｐＯ：１」および「ＤＲ２０　ＰｅｐＯ：４」という。）とともにインキュベーションされた。得られたペプチド産物のＨＰＬＣ分離はＶｙｄａｃ逆相Ｃ１８カラム、４．６ｍｍ　ｘ　２５０ｍｍを使用して実行された。溶媒システムは、溶媒Ａが、０．１％ＴＦＡを添加した水で、溶媒Ｂが０．０８％ＴＦＡを添加したアセトニトリルで、用いた勾配は、２０分間で１５−４０％の溶媒Ｂであった。主要ピークは１１分で観察され、その他に、オリジナルの基質の加水分解産物に対応する未確認の微小なピークが観察された。
【０１３６】
形質転換されていないＨＮ００１株（ＤＲ２０　ＷＴ）では、加水分解されていないαＳ１−カゼイン（１−１７）の主要ピークの高さは、約２５０ｍＡＵであった。２つの形質転換されたＨＮ００１株（ＤＲ２０　ＰｅｐＯ：１およびＤＲ２０　ＰｅｐＯ：４）のそれぞれでは、加水分解されていないαＳ１−カゼイン（１−１７）の主要ピークの高さは、約１５０ｍＡＵで、ＰｅｐＯコンストラクトで形質転換されたＨＮ００１株は形質転換されていないＨＮ００１株と比較してペプチダーゼ活性が増強されたことを示す。
【０１３７】
ＨＮ００１株由来のＰｅｐＯペプチダーゼはＰｅｐＯ活性を測定するための標準的な基質であるブラディキニンには作用しないので（Ｐｒｉｔｃｈａｒｄら、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１４０巻、９２３−３０頁、１９９４年）、乳酸桿菌由来の相同酵素とは著しく異なる特異性を有する。
【０１３８】
この酵素は、チーズとミルクタンパク加水分解物を含む、食品、サプリメントおよび添加剤に新しい特徴を開発するために使用される場合がある。この酵素は、食品以外の製品を開発するために使用される場合もある。この酵素が付与することができる性質には
・風味および芳香の増強
・苦いペプチドおよび好ましくない風味の除去
・栄養増強
・歯ごたえおよび機能性の増強
・生理活性ペプチドの産生
・アレルギーペプチドまたはタンパクの除去
がある。
【０１３９】
これらの性質は、（ＨＮ００１株または発酵開始用培養（ｓｔａｒｔｅｒ　ｃｕｌｔｕｒｅ）を含む）菌株か酵素標品かのいずれかに導かれた本酵素の活性により、（ミルクタンパク加水分解物およびチーズを含む）乳製品のような食品のシステムに与えられる場合がある。
【０１４０】
実施例３
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来のエステラーゼの単離および特徴付け
配列番号３に与えられたエステラーゼ遺伝子の完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を利用してラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株からＡＡ７エステラーゼ遺伝子を増幅するために用いられた。図１にラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株エステラーゼ遺伝子ＡＡ７を含むヌクレオチド配列が示され、ＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンが箱に囲まれて示される。
【０１４１】
つぎに、前記ＡＡ７エステラーゼ遺伝子配列は、ｐＵｎｉＢｌｕｎｔ／Ｖ５−ＨｉｓＴｏｐｏベクター（インビトロジェン、オークランド、ニュージーランド）にクローン化され、大腸菌ＰＩＲ１ＯｎｅＳｈｏｔ株コンピテント細胞（インビトロジェン）に形質転換された。アミノ酸配列は配列番号４４に与えられる。発現プラスミドを構築するために、前記ｐＵｎｉＢｌｕｎｔ／Ｖ５−ＨｉｓＴｏｐｏベクターコンストラクトは、ｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅベクター（インビトロジェン）と組換えられ、製造者の指示に従って大腸菌ＴＯＰ１０株コンピテント細胞（インビトロジェン）に形質転換された。したがって、この遺伝子産物は、Ｈｉｓパッチポリペプチドおよびチオレドキシンタンパクでタグ付けされた融合タンパクとしてクローン化された。このエステラーゼ融合タンパクは発現され、製造者の指示に従ってＮｉ−ＮＴＡカラム（キアゲン、オークランド、ニュージーランド）を使用して精製され、タンパク発現はＳＤＳ−ＰＡＧＥでチェックされた。エステラーゼＡＡ７ポリペプチドのアミノ酸配列は図２に示される。
【０１４２】
エステラーゼ活性は、ＬｅｅおよびＬｅｅ、Ｂｉｏｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１１巻、５５２−５６３頁、１９８９年に記載のパラ−ニトロフェニル酪酸（ｐａｒａ−ｎｉｔｒｏｐｈｅｎｙｌ　ｂｕｔｙｒａｔｅ）アッセイを用いて調べられた。簡潔には、エステラーゼ活性は、ｐ−ニトロフェニル酪酸（シグマ、セントルイス、ミズーリ州）を用いて分光学的に測定された。基質は５０ｍＭ　ｐ−ニトロフェニル酪酸を添加したメタノール１ｍｌを５０ｍＭ　ナトリウムリン酸バッファー（ｐＨ７．５）１８ｍｌ中で超音波処理して調製された。１．９ｍｌの分注をキュベットに入れ、３０°Ｃで安定化させ、５μｌと２０μｌとの間の精製ＡＡ７エステラーゼが添加された。４１０ｎｍでの吸光度（ＯＤ）の変化が測定された。その結果に基づいて、酵素活性が、酵素１ユニット（Ｕ）を毎分１μモルの基質を加水分解するのに必要な量として定義して計算された。
【０１４３】
ＡＡ７融合タンパクのエステラーゼ活性は、ＨＮ００１の非エステラーゼ酵素でＨｉｓパッチ／チオレドキシン融合タンパクとして発現されたＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ（ＳＴ１、Ｌｉｕら、Ｉｎｔ．Ｄａｉｒｙ　Ｊ．１１巻、２７−３５頁、２００１年に記載のとおり）由来の既知のエステラーゼ酵素と、バッファーのみの活性と比較された。
【０１４４】
結果は図３に示され、酵素活性は表３に示される。図３は、４１０ｎｍのＯＤの変化で測ったパラ−ニトロフェニル酪酸の基質からのエチル酪酸の生成を示す。図３に示すとおり、バッファーのみ（◆）およびＨＮ００１由来非エステラーゼ融合タンパク（●）は最小のエステラーゼ活性を示したが、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ由来ＳＴ１エステラーゼ（▲）およびＡＡ７エステラーゼ融合タンパク（■）は強い活性を示した。したがって、ＡＡ７エステラーゼ融合タンパクは陽性対照と比べて強いエステラーゼ活性を示し、上記の２つの陰性対照（バッファーのみおよび前記非エステラーゼ融合タンパク）により産生されるエステラーゼの量はごく少ない。
【０１４５】
【表３】
ＡＡ７エステラーゼ融合タンパクのエステラーゼ活性
2004505632.tif 000010
【０１４６】
バッファーのみの対照がほとんどまたは全く活性を示さなかったので、ＡＡ７エステラーゼ融合タンパクにより示されたエステラーゼ活性は基質のバックグランドの加水分解によるものではない。Ｈｉｓパッチ／チオ／ＡＡ７融合タンパクの特異的な酵素活性は１．４２μモル／分／ｍｇタンパクで、非エステラーゼ融合タンパクの０．０３μモル／分／ｍｇタンパクと比較するとほぼ５０倍の差がエステラーゼ活性に有ることを示す。したがって、ＡＡ７エステラーゼ活性はＨｉｓパッチ／チオレドキシン融合タンパクタグによるのではない。
【０１４７】
前記ＡＡ７融合タンパクの容量−反応が、この精製酵素の３つの２倍希釈系列でのエステラーゼ活性を比較することにより決定された。結果は図４に示され、４１０ｎｍでの吸光度の変化速度および酵素活性は表４に示される。図４に示すとおり、バッファーのみ（●）はエステラーゼ活性を示さなかったが、Ｈｉｓパッチ／チオ／ＡＡ７融合タンパクの量を精製タンパク５μｌ（◆）１０μｌ（▲）および２０μｌ（■）と増やすと、基質の加水分解速度が増大した。基質加水分解の増大は添加したＡＡ７融合タンパクの量に比例した。
【０１４８】
【表４】
ＡＡ７融合タンパク量の増加とエステラーゼ活性
2004505632.tif 000011
【０１４９】
結果は、４１０ｎｍでのＯＤの変化速度が添加された酵素量に比例するが、酵素活性は比較的一定のままであることを示した。したがって、エステラーゼ活性は、ＡＡ７エステラーゼ融合タンパクの存在量に依存した。
【０１５０】
セリンエステラーゼインヒビターのＰＭＳＦの効果は、ｐ−ニトロフェニル酪酸アッセイを用いて決定された。ＡＡ７融合タンパクのエステラーゼ活性は１０ｍＭ　ＰＭＳＦの存在下および非存在下で調べられた。結果は図５に示され、４１０ｎｍでのＯＤの変化の速度および酵素活性は表３に示される。図５および表５の結果は、インヒビターＰＭＳＦはＡＡ７融合タンパクのエステラーゼ活性を１７．９％低下させたことを示す。したがって、ＡＡ７エステラーゼ活性はセリンエステラーゼ特異的インヒビターのＰＭＳＦで阻害された。
【０１５１】
【表５】
ＡＡ７融合タンパクエステラーゼ活性に対するＰＭＳＦの効果
2004505632.tif 000012
【０１５２】
乳脂肪の酵素分解はチーズの風味の発生に本質的な役割を果たす。エステラーゼおよびリパーゼは、トリグリセリドが遊離の脂肪酸およびグリセロールまたはモノ−およびジ−グリセリドに加水分解されるように、乳製品中の乳脂肪の脂質分解を触媒する。哺乳類および菌類由来の外来のエステラーゼおよびリパーゼがチーズにおける大規模な脂質分解を促進するためにしばしば使用されるが、チーズの微生物由来のエステラーゼおよびリパーゼも脂質分解に寄与する場合がある。（ＦｏｘおよびＷａｌｌａｃｅ、Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４５巻、１７−８５頁、１９９７年と、ＭｃＳｗｅｅｎｅｙおよびＷａｌｌａｃｅ、Ｌａｉｔ　８０巻、２９３−３２４頁、２０００年とに総説が掲載されている。）したがって、ＨＮ００１エステラーゼＡＡ７の用途には
・風味および芳香の増強
・酸化臭（ｏｆｆ−ｆｌａｖｏｒｓ）の除去
・酪酸レベルの改変
・代謝特性の改変
を含む。
【０１５３】
実施例４
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来の自己凝集タンパクＡＧ５の単離および特徴付け
配列番号１０に示されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来の自己凝集タンパクの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を利用してラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株からＡＧ５自己凝集遺伝子を増幅するために用いられた。図６に、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株自己凝集遺伝子ＡＧ５が示され、ＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンは箱に囲まれて示される。
【０１５４】
つぎに、ＡＧ５はｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク、オークランド、ニュージーランド）のＥｃｏ　ＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位にクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌Ｋ１２ＸＬ−１Ｂｌｕｅコンピテント細胞に形質転換された。アミノ酸配列は配列番号５２に示される。自己凝集タンパクＡＧ５のアミノ酸配列は図７に示される。
【０１５５】
自己凝集タンパクＡＧ５はグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、製造者の指示に従ってグルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）を使用して精製され、タンパク発現はＳＤＳ−ＰＡＧＥでチェックされた。
【０１５６】
凝集についてのアッセイは、Ｒｏｏｓら、Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．、３２巻、４２７−４３６頁、１９９９年から修正を加えて用いた。ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の１０ｍｌ終夜培養が、グルコースを最終濃度１％になるように添加したＭａｎ−Ｒｏｇｏｓａ−Ｓｈａｒｐｅ（ＭＲＳ）ブロス（Ｏｘｏｉｄ）で増殖された。細菌は５回滅菌脱イオン水で洗浄され、内在性の凝集がなくなるようにした。細菌は１ｍｌのＰＢＳに懸濁され、５μｌの精製されたＨＮ００１自己凝集タンパクＡＧ５か、無関係な（すなわち、非接着性の）ＧＳＴ−融合タンパクかが上記の細菌懸濁液の２０μｌの分注に添加され、顕微鏡用スライドの上に載せられた。前記スライドは優しく１３分間ロッキング運動で揺すられ、凝集が光学顕微鏡で監視された。
【０１５７】
図８Ａに示すとおり、ＡＧ５自己凝集ＧＳＴ−融合タンパクの存在下では、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の細胞はすぐに凝集した。図８Ａは、ＧＳＴでタグ付けされたＡＧ５自己凝集タンパクの存在下での洗浄されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株が明らかな凝集塊を形成していることを示す位相差顕微鏡写真（露出１／８秒、最終倍率　ｘ２４０）の画像を示す。無関係な（すなわち非接着性の）ＧＳＴ−融合タンパクが使用されるときには、凝集は起こらなかった。図８Ｂは、陰性対照として、ＧＳＴでタグ付けされた無関係な（非接着性の）ＨＮ００１株のタンパクの存在下での洗浄されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株が凝集塊を形成していないことを示す位相差顕微鏡写真（露出１／８秒、最終倍率　ｘ２４０）の画像を示す。ＧＳＴでタグ付けされたＨＮ００１自己凝集タンパクＡＧ５は細菌細胞の非存在下では観察可能な凝集塊を全く形成しなかった。したがって、ＨＮ００１自己凝集タンパクＡＧ５は、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の細胞の自己凝集に介在する。
【０１５８】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株は、プロバイオティックな特性を有することが知られている。（Ｔａｎｎｏｃｋら、Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６６巻、２，５７８−２，５８８頁、２０００年、Ｇｉｌｌら、Ｂｒ．Ｊ．Ｎｕｔｒ．８３巻、１６７−１７６頁、２０００年、Ｐｒａｓａｄら、Ｉｎｔ．Ｄａｉｒｙ　Ｊ．８巻、９９３−１００２頁、１９９８年を参照せよ。）プロバイオティックな細菌として効果的に機能するためには、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株は、消化管の環境で（少なくとも一時的に）転移増殖するとともに、おそらく病原微生物を小腸の表面から排除することによって、積極的な健康上の有益性を発揮しなければならない。凝集塊形成能は、消化管環境での生存とラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の機能を発揮できることの両方について重要である。自己凝集能は、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株および／または関連する種のバイオフィルムの形成を助ける場合があり、非常に競合的な消化管の環境での転移増殖と、病原体を含む競合細菌の排除との見込みを改善する。ＡＧ５自己凝集タンパクの用途は
・ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株またはその他の乳酸桿菌種の消化管における成長を促進するプレバイオティック（ｐｒｅｂｉｏｔｉｃ）剤として
・加工工程での生存率を改善するために、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の培養液中での凝集塊形成を促進する試薬としておよび
・粘膜表面に病原体が転移増殖することを防止する試薬として
を含む。
【０１５９】
実施例５
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株からのリンゴ酸酵素の単離および特徴付け
配列番号２に示すリンゴ酸酵素ＡＡ５の完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株から増幅された。図９に、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株リンゴ酸酵素遺伝子ＡＡ５が示され、ＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンは箱に囲まれて示される。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、制限エンドヌクレアーゼＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ認識配列でタグ付けされた。
【０１６０】
つぎに、ＡＡ５遺伝子は、前記ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ部位にクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って大腸菌ＤＨ−５αコンピテント細胞に形質転換された。菌体は超音波処理により溶菌され、ＧＳＴ−融合タンパクとして発現されたＡＡ５タンパクは、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。ポリペプチド配列は配列番号４３に与えられ、図１０に示される。
【０１６１】
リンゴ酸酵素活性は、大腸菌の突然変異体の形質転換株でのピルビン酸の還元速度を測定して調べられた。大腸菌ＥＪ１３２１株はＮＡＤ依存性およびＮＡＤＰ依存性の両方のリンゴ酸酵素活性と、リンゴ酸酵素調節とに影響を与える複数の突然変異を含む。（ＨａｎｓｅｎおよびＪｕｎｉ、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍ．６５巻、５５９−５６６頁、１９７５年）この株は大腸菌遺伝ストックセンター（イェール大学、アメリカ合衆国）から入手され、ＨＮ００１リンゴ酸酵素酵素ＡＡ５をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３ベクターコンストラクトで形質転換された。形質転換体は０．５％グルコースを添加したＭ９プレート（すなわち許容生育条件）上で１００μｇ／ｍｌアンピシリン耐性により選択された。アンピシリン耐性のＥＪ１３２のコロニーが釣り上げられ、１０ｍｌの１００μｇ／ｍｌアンピシリン入りＬＢブロス中で終夜３７°Ｃで増殖され、つぎに、２ｍｌが１００ｍｌの１００μｇ／ｍｌアンピシリン入りＬＢブロスに接種するのに用いられた。培養は、６００ｎｍのＯＤが約０．４になるまで３７°Ｃで旋回しながらインキュベーションされ、その時点でＡＡ５タンパクの発現が１Ｍ　ＩＰＴＧを１００μｌ添加することにより誘導された。さらに３７°Ｃで旋回しながら４時間培養した後、１０ｍｌが分注され、４０００ｒｐｍ５分間遠心され、上清は除去され、細胞が５ｍｌのＰＢＳに再懸濁された。つぎに、培養は超音波処理して粗溶菌液ができる。前記粗溶菌液中のリンゴ酸酵素活性は、Ｋｏｂａｙａｓｈｉら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４巻、３２００−３２０５頁、１９８９年に修正を施したものに従って測定された。簡潔には、前記溶菌液の全タンパク量は製造者の指示に従って、ＢＣＡタンパクアッセイ試薬キット（ピアース、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、イリノイ州、アメリカ合衆国）を使用して定量化され、３．５ｍｇの全タンパクが１００μＭ　ＭＯＰＳバッファー（ｐＨ６．１）、１００μＭ　Ｎａ２ＣＯ３、５０μＭ　ＮＡＤＨおよび５μＭ　ＭｇＣｌ２（シグマ）を含む９９０μｌの反応液に添加された。最後に、１Ｍ　ピルビン酸ナトリウムが基質として添加され、ＮＡＤＨの利用が３４０ｎｍでのＯＤの変化として測定された。
【０１６２】
リンゴ酸酵素活性は、ＰＢＳバッファーのみ（２０μｌ）と、野生型ＥＪ１３２１細胞（すなわち形質転換されていないもの）、無関係なタンパク（ＡＤ５）をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３で形質転換されたＥＪ１３２１細胞と、ＨＮ００１リンゴ酸酵素ＡＡ５をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３で形質転換されたＥＪ１３２１細胞との間で比較された（図１１）。特異的な活性は、酵素の１ユニットが毎分ｍｇタンパクあたり用いられたＮＡＤＨのμモル単位の数値として定義されて表４に与えられる。
【０１６３】
図１１および表６の結果は、ＮＡＤＨは安定であるが（すなわち、ＮＡＤＨと基質との存在下でのＯＤに変化がない）、野生型ＥＪ１３２１細胞か無関係なタンパクを発現するＥＪ１３２１細胞かに由来する粗溶菌液では、少しバックグランドのＮＡＤＨの還元が起こる。それにもかかわらず、ＡＡ５タンパクを発現するＥＪ１３２１細胞に由来する粗溶菌液が使われるときには、バックグランドに比べて６倍以上の酵素活性があり、明確なリンゴ酸酵素活性が観察された。したがって、ＡＡ５はリンゴ酸酵素をエンコードする。
【０１６４】
図１１はＥＪ１３２１細胞形質転換体の粗溶菌液標品によるピルビン酸還元速度で測定されたリンゴ酸酵素活性を示す。■ＰＢＳバッファーのみ、▲野生型ＥＪ１３２１細胞溶菌液３．５μｇ、◆無関係なＨＮ００１タンパク（ＡＤ５）をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３コンストラクトで形質転換されたＥＪ１３２１の溶菌液３．５μｇ、●ＨＮ００１リンゴ酸酵素ＡＡ５をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３コンストラクトで形質転換されたＥＪ１３２１の溶菌液３．５μｇ。
【０１６５】
【表６】
形質転換されたＥＪ１３２１細胞と形質転換されてないＥＪ１３２１細胞の粗溶菌液のリンゴ酸酵素活性
2004505632.tif 000013
【０１６６】
リンゴ酸酵素活性がＡＡ５タンパクの存在量に比例していたか同化を決定するため、リンゴ酸酵素アッセイは、ＡＡ５タンパクを発現するＥＪ１３２１細胞に由来する粗溶菌液の量を増やして繰り返された。（図１２および表７）
【０１６７】
図１２および表７はＨＮ００１リンゴ酸酵素ＡＡ５で形質転換された大腸菌ＥＪ１３２１株の粗溶菌液の量を増やすとリンゴ酸酵素活性が増大することを示す。しかし、溶菌液の量が多くなると基質の量が制限的となるので、活性の増加は厳密には比例しない。それでも、これらの結果はＡＡ５がＨＮ００１リンゴ酸酵素をエンコードするという証拠を支持する。
【０１６８】
図１２はＥＪ１３２１粗溶菌液の量の増加がリンゴ酸酵素活性に与える効果を示す。■野生型ＥＪ１３２１溶菌液５μｌ、▲ＡＡ５をエンコードするｐＧｅｘ−６Ｐ−３で形質転換されたＥＪ１３２１の溶菌液５μｌ、◆ＡＡ５をエンコードするｐＧｅｘ−６Ｐ−３で形質転換されたＥＪ１３２１の溶菌液５０μｌ、●ＡＡ５をエンコードするｐＧｅｘ−６Ｐ−３で形質転換されたＥＪ１３２１の溶菌液２００μｌ。
【０１６９】
【表７】
2004505632.tif 000014
【０１７０】
ＮＡＤ依存性リンゴ酸酵素（ＥＣ１．１．１．３８）は、Ｌリンゴ酸の酸化的脱炭酸化およびピルビン酸の還元的炭酸化を触媒し（Ｍｕｒａｉ、Ｔら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍ．４３巻、８７５８８１頁、１９７１年）、クエン酸代謝の中心である。ＨＮ００１リンゴ酸酵素ＡＡ５の用途は、
・特定の培地でのエネルギー生産および成長の操作
・加工工程での生存特性の改変
・さまざまな風味化合物の共通の中間産物の形成
・抗菌効果および耐酸性に重要な乳酸産生
を含む。
【０１７１】
実施例６
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株からのリンゴ酸デヒドロゲナーゼの単離および特徴付け
配列番号９に与えられたリンゴ酸酵素の完全長ポリヌクレオチド配列は、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株のＤＮＡ由来のＡＧ３リンゴ酸デヒドロゲナーゼから標準的なＰＣＲ法を用いて増幅された。図１３はラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株リンゴ酸デヒドロゲナーゼ遺伝子ＡＧ３を含むポリヌクレオチド配列を示し、ＴＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンは箱に囲まれて示される。
【０１７２】
つぎに、ＡＧ３は、ｐＵｎｉＢｌｕｎｔ／Ｖ５−ＨｉｓＴｏｐｏベクター（インビトロジェン）にクローン化され、製造者の指示に従って大腸菌ＰＩＲ１ＯｎｅＳｈｏｔコンピテント細胞に形質転換された。発現プラスミドを構築するために、ｐＵｎｉＢｌｕｎｔ／Ｖ５−ＨｉｓＴｏｐｏベクターコンストラクトはｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅ　Ｅｃｈｏベクター（インビトロジェン）と組み換えられ、製造者の指示に従って大腸菌ＴＰＯ１０コンピテント細胞（インビトロジェン）に形質転換された。したがってＡＧ３遺伝子産物はＨｉｓパッチポリペプチドとチオレドキシンタンパクでタグ付けされた融合タンパクとしてクローン化された。前記融合タンパクは発現され、Ｎｉ−ＮＴＡカラム（キアゲン、オークランド、ニュージーランド）を用いて製造者の指示に従って精製され、タンパク発現はＳＤＳ−ＰＡＧＥでチェックされた。ポリペプチド配列は配列番号５１に与えられ、図１４に示される。
【０１７３】
リンゴ酸デヒドロゲナーゼ活性は、機能のあるリンゴ酸デヒドロゲナーゼ遺伝子を欠いている突然変異体大腸菌ＵＴＨ４６０６株の遺伝子相補性によって調べられたが（Ｈｅａｒｄら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１２２巻、３２９−３３１頁、１９７５年、Ｓｈａｗら、Ｍｕｔａｔｉｏｎ　Ｒｅｓ．１８巻、２４７−２５０頁、１９７３年）、この突然変異体は大腸菌遺伝ストックセンター（イェール大学、アメリカ合衆国）により供与された。ＵＴＨ４６０６株の細胞は、野生型大腸菌とは対照的に、リンゴ山を炭素源として利用することができない。ＨＮ００１株リンゴ酸デヒドロゲナーゼＡＧ３遺伝子を含むｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅコンストラクトまたは空のｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅベクターは大腸菌ＵＴＨ４６０６株に形質転換され、１００μｇ／ｍｌカナマイシンおよび０．５％グルコースを含むＭ９培地プレートにプレーティングされた。形質転換体のコロニーが釣り上げられ、１００μｇ／ｍｌカナマイシンおよび／または０．５％グルコースまたは０．５％リンゴ酸を含む選択用Ｍ９寒天プレートのシリーズにプレーティングされた。ＡＧ３タンパクをエンコードするｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅで形質転換されたＵＴＨ４６０６の増殖が野生型ＵＴＨ４６０６細胞および空のｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅベクターで形質転換されたＵＴＨ４６０６細胞と比較された。プレートは嫌気的に３７°Ｃで終夜インキュベーションされた。リンゴ酸デヒドロゲナーゼの相補性のために増殖が調べられた。
【０１７４】
結果は表８に示され、野生型ＵＴＨ７８０細胞はグルコース添加Ｍ９培地では増殖したが、リンゴ酸添加Ｍ９培地またはカナマイシンを含む培地では増殖しなかった。これはリンゴ酸デヒドロゲナーゼ機能の欠失のためにリンゴ酸を炭素源として利用することができないというＵＴＨ７８０株の表現型を確認した。空のｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅベクターでの形質転換はカナマイシンを含む培地上での増殖を可能にしたが、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ突然変異を相補することはなかった。ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株リンゴ酸デヒドロゲナーゼＡＧ３をエンコードするｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅでの形質転換はカナマイシン上での増殖を可能にしたが、これはプラスミドの存在を示し、リンゴ酸上ではＡＧ３タンパクは大腸菌リンゴ酸デヒドロゲナーゼ欠損を相補したことを示す。したがって、ＨＮ００１タンパクＡＧ３はリンゴ酸デヒドロゲナーゼ活性を有する。
【０１７５】
【表８】
リンゴ酸デヒドロゲナーゼ遺伝子相補性のＬＢ寒天プレートアッセイの結果
2004505632.tif 000015
＋：増殖有り、−：増殖無し
【０１７６】
リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（ＥＣ１．１．１．３７）は、ＮＡＤの還元年を同時に伴うリンゴ酸からオキサロ酢酸への可逆的酸化を触媒する。乳酸桿菌は一見して機能するクレブス回路を持たないような印象があるので、この酵素はアミノ酸生合成またはＬ−リンゴ酸利用経路に関与しているかもしれない。ＨＮ００１リンゴ酸デヒドロゲナーゼＡＧ３の用途は、
・特定の培地でのエネルギー産生および増殖の操作
・加工工程での生存特性の改変
・さまざまな風味化合物に共通の中間産物の形成
を含む。
【０１７７】
実施例７
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株からのジヒドロジピコリン酸シンターゼの単離および特徴付け
配列番号１３に与えられ図１５にＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンが箱に囲まれて示されるラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来のジヒドロジピコリン酸シンターゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、ジヒドロジピコリン酸シンターゼＡＩ２遺伝子を標準的なＰＣＲ法を用いてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡから増幅するために利用された。上流および下流のプライマーはクローン化を容易にするためにＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０１７８】
つぎに、ＡＩ２は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位にクローン化され、大腸菌Ｋ１２ＸＬ−１Ｂｌｕｅコンピテント細胞に標準的な実験プロトコールに従って形質転換された。ジヒドロジピコリン酸シンターゼＡＩ２タンパクはグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、グルタチオンセファロース４ＡＢ樹脂（ファルマシア・バイオテク）と結合され、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼが製造者の指示に従ってジヒドロジピコリン酸シンターゼＡＩ２を切断するのに用いられた。精製されたＡＩ２タンパクの分注がＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。ポリペプチド配列ｈ配列番号５５に与えられ、図１６に示される。
【０１７９】
ジヒドロジピコリン酸シンターゼ活性は、ジヒドロジピコリン酸シンターゼ遺伝子の機能に欠損がある突然変異体の大腸菌ＡＴ９９７株の遺伝子相補性により調べられ（ＢｕｋｈａｒｉおよびＴａｙｌｏｒ、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１０５巻、８４４−８５４頁、１９７１年）、この突然変異体は、大腸菌遺伝ストックセンター（イェール大学、アメリカ合衆国）により供与された。ＡＴ９９７細胞はジアミノピメリン酸（ＤＡＰ）を増殖に要求するが、これは、野生型大腸菌がＤＡＰ非依存性であるのと対照的である。ＨＮ００１ジヒドロジピコリン酸シンターゼＡＩ２遺伝子を含むｐＧＥＸ−６Ｐ−３コンストラクトか、空のｐＧＥＸ−６Ｐ−３ベクターかがＡＴ９９７大腸菌株に形質転換された。形質転換されたＡＴ９９７細胞はアンピシリン（１００μｇ／ｍｌ）のみか、アンピシリンおよび４５μｇ／ｍｌのＤＡＰかを含むＬＢ寒天プレートに、個々のコロニーが視認できるように（すなわち＜２００コロニー／プレート）設計された希釈率でプレーティングされた。プレートは好気的に３７°Ｃで終夜インキュベーションされ、増殖は個々のコロニーの存在として調べられた。
【０１８０】
表９の結果は、空のｐＧＥＸ−６Ｐ−３か、前記ＨＮ００１ジヒドロジピコリン酸シンターゼＡＩ２を含むｐＧＥＸ−６Ｐ−３かのいずれかで形質転換されたＡＴ９９７細胞はＤＡＰの存在下で増殖したが、ＡＩ２を含むベクターで形質転換された細胞だけがＤＡＰなしで増殖した。したがって、ジヒドロジピコリン酸シンターゼＡＩ２は、大腸菌ＡＴ９９７株のジヒドロジピコリン酸シンターゼ遺伝子の突然変異を相補した。
【０１８１】
【表９】
ジヒドロジピコリン酸シンターゼ遺伝子の相補性のためのＬＢ寒天プレートアッセイの結果
2004505632.tif 000016
＋：増殖有り、−：増殖無し
【０１８２】
ジヒドロジピコリン酸シンターゼ（ＥＣ４．２．１．５２）は、リジン生合成経路の一部として、Ｌ−アスパラギン酸４−セミアルデヒドとピルビン酸とを１−２，３−ジヒドロジピコリン酸に変換する。Ｌ−アスパラギン酸４−セミアルデヒドは、グリシン、セリンおよびスレオニンの代謝経路の第１ステップでもある。ＨＮ００１ジヒドロジピコリン酸シンターゼＡＩ２の用途は、
・風味および代謝に重要な効果のある、アミノ酸含量の改変、
・リジンまたは中間産物の商業的生産、
・特定の培地でのエネルギー生産および増殖の操作および
・加工工程での生存特性の改変
を含む。
【０１８３】
実施例８
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株からのジヒドロジピコリン酸レダクターゼの単離および特徴付け
配列番号１４に与えられ、図７２に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来ジヒドロジピコリン酸レダクターゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株からＡＩ３ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ遺伝子を増幅するのに利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０１８４】
つぎに、ＡＩ３は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位にクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌Ｋ１２ＸＬ−１Ｂｌｕｅ株コンピテント細胞に形質転換された。ジヒドロジピコリン酸レダクターゼＡＩ３のポリペプチド配列は配列番号５６に与えられ、図７３に示される。ジヒドロジピコリン酸レダクターゼＡＩ３タンパクは、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）に結合され、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼが、ジヒドロジピコリン酸レダクターゼＡＩ３タンパクを製造者の指示に従って切断するために用いられた。精製されたＡＩ３タンパクの分注がＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析でチェックされた。
【０１８５】
ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ活性は、ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ遺伝子の機能に欠損がある大腸菌突然変異株ＡＴ９９９の遺伝子相補性により調べられたが（ＢｕｋｈａｒｉおよびＴａｙｌｏｒ、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１０５巻、８４４−８５４頁、１９７１年）、この突然変異体は大腸菌遺伝ストックセンター（イェール大学、アメリカ合衆国）から供与された。ＡＴ９９９細胞はジアミノピメリン酸（ＤＡＰ）を増殖に要求するが、これは、野生型大腸菌がＤＡＰ非依存性であるのとは対照的である。ＨＮ００１ジヒドロジピコリン酸レダクターゼＡＩ３遺伝子を含むｐＧＥＸ−６Ｐ−３コンストラクトか、空のｐＧＥＸ−６Ｐ−３ベクターかが前記大腸菌ＡＴ９９９株に形質転換された。形質転換されたＡＴ９９９細胞は、アンピシリン（１００μｇ／ｍｌ）のみか、アンピシリンおよび４５μｇ／ｍｌのＤＡＰかを含むＬＢ寒天プレートに、個々のコロニーが視認できるように（すなわち＜２００コロニー／プレート）設計された希釈率でプレーティングされた。プレートは好気的に３７°Ｃで終夜インキュベーションされ、増殖は個々のコロニーの存在として調べられた。（表１０）
【０１８６】
表８の結果は、空のｐＧＥＸ−６Ｐ−３か、ＨＮ００１ジヒドロジピコリン酸レダクターゼＡＩ３を含むｐＧＥＸ−６Ｐ−３かいずれかで形質転換されたＡＴ９９９細胞はＤＡＰの存在下で増殖したが、ＡＩ３を含むベクターで形質転換された細胞だけがＤＡＰなしで増殖した。したがって、ＨＮ００１ジヒドロジピコリン酸レダクターゼＡＩ３は大腸菌ＡＴ９９９株のジヒドロジピコリン酸レダクターゼ遺伝子の突然変異を相補した。
【０１８７】
【表１０】
ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ遺伝子の相補性のためのＬＢ寒天プレートアッセイの結果
2004505632.tif 000017
＋：増殖有り、−：増殖無し
【０１８８】
ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ（ＥＣ１．３．１．２６）は、リジン生合成経路の一部として、Ｌ−２，３−ジヒドロジピコリン酸をＬ−テトラヒドロピコリン酸に変換する。ＨＮ００１ジヒドロジピコリン酸レダクターゼＡＩ３の用途は、
・風味および代謝に重要な効果のある、アミノ酸含量の改変、
・リジンまたは中間産物の商業的生産、
・特定の培地でのエネルギー生産および増殖の操作および
・加工工程での生存特性の改変
を含む。
【０１８９】
実施例９
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼの単離および特徴付け
配列番号１２に与えられ、図１７に箱に囲まれたＧＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼの完全長遺伝子配列が、標準的なＰＣＲ法を用いて、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株からアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ遺伝子ＡＨ９を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０１９０】
つぎに、ＡＨ９は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位にクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌Ｋ１２ＸＬ−１Ｂｌｕｅ株コンピテント細胞に形質転換された。アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼＡＨ９タンパクは、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）に結合され、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼが製造者の指示に従ってアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ遺伝子ＡＨ９を切断するために用いられた。精製されたＡＨ９タンパクの分注がＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。ポリペプチド配列は配列番号５４に与えられ、図１８に示される。
【０１９１】
ＡＨ９活性は、過去に公表されたリンゴ酸デヒドロゲナーゼ共役法（Ｋａｒｍｅｎ、Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．３４巻、１３１−１３３頁、１９５５年）に修正を施したものに従ってアッセイさた。簡潔には、１００μモル　トリス塩酸バッファー（ｐＨ８，０）、１００μモル　Ｌ−アスパラギン酸、１０μモル　α−ケトグルタル酸、０．２μモル　ＮＡＤＨ、０．０１５μモル　ピロドキサール　５’−リン酸（ＰＬＰ）および３μｇ（３．６Ｕ）リンゴ酸デヒドロゲナーゼ（全ての化学物質はシグマ・ケミカル社製）を含む反応混合液の１ｍｌが、精製されたアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼＡＨ９タンパクの量を増やして（０から１４２．５ｎｇ）３７°Ｃでインキュベーションされた。このアッセイの原理は、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼが、α−ケトグルタル酸およびＬ−アスパラギン酸を、オキサロ酢酸およびＬ−グルタミン酸に変換することである。つぎに、オキサロ酢酸は、リンゴ酸デヒドロゲナーゼの基質となるが、この酵素は、ｌ−リンゴ酸に変換された全てのオキサロ酢酸分子について、ＮＡＤＨ１分子がＮＡＤ＋に酸化される。この第１ステップは律速段階であるため、第２ステップで酸化されるＮＡＤＨの量は第１ステップでのα−ケトグルタル酸からアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼに依存するオキサロ酢酸の生成に直接依存する。この反応は、３４０ｎｍの吸光度の減少により監視され、結果が毎分酸化されたＮＡＤＨのμモル数を計算するために用いられる。酵素１ユニットは、３７°Ｃで毎分１μモルのオキサロ酢酸生成を触媒する酵素の量として定義された。
【０１９２】
表１１の結果は、生成ＨＮ００１アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼＡＨ９タンパクの非存在下では少しバックグランドのＮＡＤＨ酸化があるが、ＡＨ９タンパクの添加により、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ依存性のＮＡＤＨ酸化速度が増大することを示す。ＡＨ９の量の増大が用量依存的にＮＡＤＨ酸化を多くした。ＡＨ９タンパクが添加されない反応混合液中で観察された同様のバックグランド速度が、ＡＨ９とα−ケトグルタル酸の基質と両方とも添加されない反応混合液において観察された（データは示さない）が、これは、前記バックグランドのＮＡＤＨ酸化がアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ依存性ではないことを示す。生成ＨＮ００１アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼＡＨ９タンパクの活性は、３１Ｕ／ｍｇタンパクと計算された。したがって、ＨＮ００１タンパクＡＨ９はアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼである。
【０１９３】
【表１１】
リンゴ酸デヒドロゲナーゼ共役アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼアッセイの結果
2004505632.tif 000018
【０１９４】
α−ケトグルタル酸は乳酸菌の重要なケミカルメディエータであり、この化合物のチーズ・カード（ｃｈｅｅｓｅ　ｃｕｒｄ）への添加は、チーズの風味に良い影響を与える（Ｙｖｏｎら、Ｉｎｔ．Ｄａｉｒｙ　Ｊ．８巻、８８９−８９８頁、１９９８年）。アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼで触媒されるＬ−グルタミン酸をアミノ基供与体として用いるα−ケトグルタル酸の形成は、細胞内のα−ケトグルタル酸レベルを維持するための重要な経路である。ＨＮ００１アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼＡＨ９の用途は、
・風味および代謝への重要な影響を及ぼすアミノ酸含量の改変
・特定の培地でのエネルギー生産および増殖の操作および
・加工工程での生存特性の改変
を含む。
【０１９５】
実施例１０
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来セリンデヒドラターゼサブユニットαおよびβの単離および特徴付け
配列番号７に与えられたセリンデヒドラターゼサブユニットαおよびβの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いて、ＡＨ８セリンデヒドラターゼサブユニットαとセリンデヒドラターゼサブユニットβとをラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡから単一オペロンとして増幅するために利用された。ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株セリンデヒドラターゼサブユニットα（ＡＦ８）およびβ（ＡＦ７）を含むポリヌクレオチド配列は、ＡＦ８については白抜きの箱に、ＡＦ７については黒抜きの箱に、それぞれ囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに、図１９に示される。
【０１９６】
ＡＦ８セリンデヒドラターゼサブユニットαおよびＡＦ７セリンデヒドラターゼサブユニットβは標準的なＰＣＲ法を用いて単一オペロンとしてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡから増幅された。ＡＦ８およびＡＦ７遺伝子は、ｐＴＲＫＨ２コンストラクト（Ｄｒ．Ｔｏｄｄ　Ｋｌａｅｎｈａｍｍｅｒ、ノース・カロライナ州立大学、ノース・カロライナ州、アメリカ合衆国、より入手）ベクターにクローン化され、大腸菌ＤＨ５α細胞に形質転換された。陽性の形質転換体が選択され、終夜増殖され、プラスミドが標準的な実験技術により単離された。ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株のコンピテント細胞が、ＨＮ００１株で前記遺伝子を過剰発現させるために、ＨＮ００１セリンデヒドラターゼサブユニットαおよびβを含むｐＴＲＫＨ２コンストラクトで形質転換された。発現されたタンパクのアミノ酸配列は配列番号４８および４９に与えられ、図２２Ａおよび２２Ｂに示される。
【０１９７】
セリンデヒドラターゼ酵素活性は、ＨＮ００１株セリンデヒドラターゼを含むｐＴＲＫＨ２コンストラクトか、空のｐＴＲＫＨ２ベクターのみかのいずれかで形質転換されたＨＮ００１株の細胞の液体培養におけるセリン利用を比較することにより調べられた。
【０１９８】
図２０および２１に示された結果は、ＨＮ００１株セリンデヒドラターゼサブユニットα（ＡＦ８）およびβ（ＡＦ７）をエンコードする発現プラスミドの存在はＨＮ００１株株の細胞のセリン利用を、空の発現ベクターのみで形質転換された細胞と比べて著しく増大させたことを示す。したがって、ＨＮ００１遺伝子ＡＦ７およびＡＦ８は前記セリンデヒドラターゼ酵素をエンコードする。図２０は、初期濃度が５ｍＭのセリンを含む液体培養におけるＨＮ００１株のセリン利用の百分率を示す。■ベクターのみで形質転換されたＨＮ００１、◆ＨＮ００１セリンデヒドラターゼを含むｐＴＲＫＨ２コンストラクトで形質転換されたＨＮ００１。図２１は、初期濃度が１２ｍＭのセリンを含む液体培養におけるＨＮ００１株のセリン利用の百分率を示す。■ベクターのみで形質転換されたＨＮ００１、◆ＨＮ００１セリンデヒドラターゼを含むｐＴＲＫＨ２コンストラクトで形質転換されたＨＮ００１。
【０１９９】
αおよびβサブユニットを含むセリンデヒドラターゼ（ＥＣ４．２．１．１３）は、セリンからピルビン酸およびアンモニアへの不可逆的な脱アミノ化を触媒する（Ｏｇａｗａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４巻、１５８１８−１５８２２頁、１９８９、Ｇｒａｂｏｗｓｋｉら、Ｔｒｅｎｄｓ　ｉｎ　Ｂｉｏｃｈｅｍ．　Ｓｃｉ．　１８巻、２９７−３００頁、１９９３年）。ＨＮ００１セリンデヒドラターゼサブユニットＡＦ７およびＡＦ８の用途は、
・増殖培地または環境に存在するアミノ酸からのエネルギー供給、
・風味化合物としてみられるアンモニアの生成、
・ピルビン酸レベルの改変（ピルビン酸は反応性の高い化合物で、多くの風味経路で重要である。）および
・加工工程における生存特性の改変
を含む。
【０２００】
実施例１１
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼの単離および特徴付け
配列番号８に与えられ、箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに図２３に示されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いて、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡからＡＧ２ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ遺伝子を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０２０１】
つぎに、ＡＧ２は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α細胞に標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌Ｋ１２ＸＬ−１Ｂｌｕｅ株コンピテント細胞に形質転換された。ＤＨ５α株コンピテント細胞に形質転換された。菌体細胞は超音波処理で溶菌され、ＧＳＴ−融合タンパクとして発現されたＡＧ２タンパクの存在は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。ＡＧ２のポリペプチド配列は配列番号５０に与えられ、図２４に示される。
【０２０２】
ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ活性は、ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼをエンコードする機能を持ったｈｉｓＣ遺伝子を欠いている突然変異体大腸菌ＵＴＨ７８０株の遺伝子相補性によって調べられた（Ｇｏｌｄｓｃｈｍｉｄｔら、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、６６巻、２１９−２２９頁、１９７０年）が、この株は、大腸菌遺伝ストックセンター（イェール大学、アメリカ合衆国）により供与された。ＵＴＨ７８０細胞はＬ−ヒスチジンを増殖に要求するが、これは、Ｌ−ヒスチジン非依存性の野生型大腸菌と対照的である。ＨＮ００１ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼＡＧ２をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３コンストラクトがＵＴＨ７８０大腸菌株に形質転換され、１００μｇ／ｍｌアンピシリンを含むＬＢ寒天プレート上にプレーティングされた。アンピシリン耐性形質転換体コロニーが釣り上げられ、選択培地（すなわち１００μｇ／ｍｌＬ−ヒスチジン含有および不含、１００μｇ／ｍｌアンピシリン含有および不含のＭ９培地プレート）上にプレーティングされた。ＡＧ２で形質転換されたＵＴＨ７８０の増殖が、野生型ＵＴＨ７８０細胞と、ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ以外（ＡＥ８）をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３コンストラクトで形質転換されたＵＴＨ７８０細胞との増殖と比較された。プレートは好気的に３７°Ｃで終夜インキュベーションされ、増殖は明確なコロニーの存在として評価された。
【０２０３】
表１２の結果は、野生型ＵＴＨ７８０細胞はヒスチジン存在下で増殖したが、培地にアンピシリンが添加されると増殖は観察されなかったことを示す。したがって、形質転換されたＵＴＨ７８０でのアンピシリン耐性は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３ベクターによる。空のｐＧＥＸ−６Ｐ−３か、無関係のタンパク（ＡＥ９）をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３かのいずれかで形質転換されたＵＴＨ７８０細胞はヒスチジンおよびアンピシリンの存在下で増殖したが、ヒスチジンに対する栄養要求性を持ったままであり、これはＨｉｓＣ−表現型は相補されていないことを示す。ＨＮ００１ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼＡＧ２をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３で形質転換されたＵＴＨ７８０細胞はヒスチジンを含まないＭ９培地で増殖した。したがって、ＡＧ２タンパクは、大腸菌ＵＴＨ７８０株のｈｉｓＣ突然変異を相補した。
【０２０４】
【表１２】
ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ遺伝子相補性のためのＭ９寒天プレートアッセイの結果
2004505632.tif 000019
＋：増殖有り、−：増殖無し
【０２０５】
ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ（ＥＣ２．６．１．９）は、ヒスチジン生合成の８番目のステップとして、ヒスチジノールリン酸と２−オキソグルタル酸とから３−（イミダゾール−４−ｙｌ）−２−オキソプロリルリン酸とグルタミン酸とへのアミノ基転移反応を触媒する（Ｍａｒｔｉｎら、Ｊ．Ｂｉｏ．Ｃｈｅｍ．　２４２巻、１１６８−１１７４頁、１９６７年）。一部の乳酸菌は、ヒスチジンがヒスタミンに変換されるようなアミノ酸の脱炭酸化を行うことが知られているが、このヒスタミンは望ましくない生理学的な効果を奏する（Ｌｏｎｖａｕｄ−Ｆｕｎｅｌ、ＦＥＭＳ　Ｍｉｃｒｏｂ．Ｌｅｔｔ．１９９巻、９−１３頁、２００１年）。ＨＮ００１ヒスチジノール−リン酸アミノトランスフェラーゼＡＧ２の用途は、
・風味および代謝の改変につながる特定のアミノ酸のレベルの改変
・重要な風味化合物である芳香族アミノ酸代謝への影響および
・生体アミンの生成のモジュレーション
を含む。
【０２０６】
実施例１２
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼの単離および特徴付け
配列番号１７に与えられ、図２５に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来のｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いて、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡからＡＪ６アミノトランスフェラーゼ遺伝子を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０２０７】
つぎに、ＡＪ６は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α株コンピテント細胞に形質転換された。菌体細胞は超音波処理で溶菌され、ＧＳＴ−融合タンパクとして発現されたＡＪ６タンパクの存在は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析でチェックされた。ＡＪ６のポリペプチド配列は配列番号５９に与えられ、図２６に示される。
【０２０８】
ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼの特徴は、大腸菌シスタチオンβ−リアーゼタンパクｍｅｔＣの突然変異を相補する能力があることである（Ｚｄｙｃｈら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７７巻、５０３５−５０３９頁、１９９５年）。したがって、ＡＪ６活性は、大腸菌ＣＡＧ１８５２７株（Ｓｉｎｇｅｒら、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．５３巻、１−２４頁、１９８９年）のｍｅｔＣ−表現型の抑制により評価されたが、この株は大腸菌遺伝ストックセンター（イェール大学、アメリカ合衆国）により供与された。ＣＡＧ１８５２７細胞はＬ−メチオニンを増殖に要求するが、これは、野生型大腸菌がＬ−メチオニン非依存性であるのと対照的である。ＨＮ００１アミノトランスフェラーゼＡＪ６がＣＡＧ１８５２７大腸菌株に形質転換され、１００μｇ／ｍｌアンピシリンを含むＬＢ寒天プレートにプレーティングされた。アンピシリン耐性形質転換体コロニーが釣り上げられ、選択培地（１ｍＭ　Ｌ−メチオニン含有および不含、５μｇ／ｍｌ　アンピシリン含有および不含のＭ９プレート）上にプレーティングされた。ＡＪ６で形質転換されたＣＡＧ１８５２７の増殖が野生型ＣＡＧ１８５２７細胞およびアミノトランスフェラーゼ以外の無関係なタンパクをエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３コンストラクトで形質転換されたＣＡＧ１８５２７細胞の増殖と比較された。プレートは好気的に３７°Ｃで４８時間インキュベーションされ、増殖が評価された。
【０２０９】
表１３の結果は、野生型ＣＡＧ１８５２７細胞はメチオニン存在下で増殖したが、アンピシリン存在下では増殖は観察されなかったことを示す。これは、アンピシリン感受性でメチオニン栄養要求性であるというＣＡＧ１８５２７の表現型を確認した。空のｐＧＥＸ−６Ｐ−３か、無関係のＨＮ００１タンパク（ＡＣ９）をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３かのいずれかで形質転換されたＣＡＧ１８５２７細胞は、メチオニンおよびアンピシリンの存在下では増殖したが、メチオニン非存在下では増殖しなかったが、これは、ｍｅｔＣ−の表現型が抑制されていないことを示す。ＨＮ００１アミノトランスフェラーゼＡＪ６をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３で形質転換されたＣＡＧ１８５２７はアンピシリン耐性でメチオニン不含Ｍ９培地で増殖した。したがって、ＡＪ６タンパクは、大腸菌ＣＡＧ１８５２７株のｍｅｔＣ−の突然変異を抑制した。
【０２１０】
【表１３】
ｍｅｔＣ−表現型の抑制のためのＭ９寒天プレートアッセイの結果
2004505632.tif 000020
＋：増殖有り、−：増殖無し
【０２１１】
ｍａｌＹ／ＰａｔＢピリドキサール−５’−リン酸依存アミノトランスフェラーゼのファミリー（ＥＣ２．６．１．−）は、メチオニンのアミノ転移とマルトース利用の調節（ＲｅｉｄｌおよびＢｏｏｓ、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７３巻、４８６２−４８７６頁、１９９１年）を含む、アミノトランスフェラーゼ活性と調節活性との両方と、その他の活性（Ｃｈｕら、Ｉｎｆｅｃｔ．　Ｉｍｍ．　６３巻、４４４８−４４５５頁、１９９５年）とを有するようである（ＭｅｈｔａおよびＣｈｒｉｓｔｅｎ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０３巻、３７３−３７６頁、１９９３年）。ＨＮ００１ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼＡＪ６の用途は、
・風味および代謝の改変につながる特定のアミノ酸レベルの改変、
・カタボライトその他のレギュロンの発現の改変、
・溶血活性のモジュレーション、
・プロバイオティック効果
を含む。
【０２１２】
実施例１３
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼの単離および特徴付け
配列番号１８に与えられ、図２７に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示された、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来の第２のｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡからｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼ遺伝子ＡＪ７を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０２１３】
つぎに、ＡＪ７は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α株コンピテント細胞に形質転換された。菌体細胞は超音波処理で溶菌され、ＧＳＴ−融合タンパクとして発現されたＡＪ７タンパクの存在はＳＤＳ−ＰＡＧＥによってチェックされた。ＡＪ７のポリペプチド配列は、配列番号６０に与えられ、図２８に示される。
【０２１４】
ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼの特徴は、大腸菌シスタチオンβ−リアーゼタンパクｍｅｔＣの突然変異を相補する能力があることである（Ｚｄｙｃｈら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７７巻、５０３５−５０３９頁、１９９５年）。したがって、ＡＪ７活性は、大腸菌ＣＡＧ１８５２７株（Ｓｉｎｇｅｒら、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．５３巻、１−２４頁、１９８９年）のｍｅｔＣ−表現型の抑制により評価されたが、この株は大腸菌遺伝ストックセンター（イェール大学、アメリカ合衆国）により供与された。ＣＡＧ１８５２７細胞はＬ−メチオニンを増殖に要求するが、これは、野生型大腸菌がＬ−メチオニン非依存性であるのと対照的である。ＨＮ００１アミノトランスフェラーゼＡＪ７がＣＡＧ１８５２７大腸菌株に形質転換され、１００μｇ／ｍｌアンピシリンを含むＬＢ寒天プレートにプレーティングされた。アンピシリン耐性形質転換体コロニーが釣り上げられ、選択培地（１ｍＭ　Ｌ−メチオニン含有および不含、５μｇ／ｍｌ　アンピシリン含有および不含のＭ９プレート）上にプレーティングされた。ＡＪ７で形質転換されたＣＡＧ１８５２７の増殖が、野生型ＣＡＧ１８５２７細胞およびアミノトランスフェラーゼ以外の無関係なタンパクをエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３コンストラクトで形質転換されたＣＡＧ１８５２７細胞の増殖と比較された。プレートは好気的に３７°Ｃで４８時間インキュベーションされ、増殖が評価された。
【０２１５】
表１４の結果は、野生型ＣＡＧ１８５２７細胞はメチオニン存在下で増殖したが、アンピシリン存在下では増殖は観察されなかったことを示す。これは、アンピシリン感受性でメチオニン栄養要求性であるというＣＡＧ１８５２７の表現型を確認した。空のｐＧＥＸ−６Ｐ−３か、無関係のＨＮ００１タンパク（ＡＣ９）をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３かのいずれかで形質転換されたＣＡＧ１８５２７細胞は、メチオニンおよびアンピシリンの存在下では増殖したが、メチオニン非存在下では増殖しなかったが、これは、ｍｅｔＣ−の表現型が抑制されていないことを示す。ＨＮ００１アミノトランスフェラーゼＡＪ７をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３で形質転換されたＣＡＧ１８５２７は、アンピシリン耐性でメチオニン不含Ｍ９培地で増殖した。したがって、ＡＪ７タンパクは、大腸菌ＣＡＧ１８５２７株のｍｅｔＣ−の突然変異を抑制した。
【０２１６】
【表１４】
ｍｅｔＣ−表現型の抑制のためのＭ９寒天プレートアッセイの結果
2004505632.tif 000021
＋：増殖有り、−：増殖無し
【０２１７】
ｍａｌＹ／ＰａｔＢピリドキサール−５’−リン酸依存アミノトランスフェラーゼのファミリー（ＥＣ２．６．１．−）は、メチオニンのアミノ転移とマルトース利用の調節（ＲｅｉｄｌおよびＢｏｏｓ、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７３巻、４８６２−４８７６頁、１９９１年）を含む、アミノトランスフェラーゼ活性と調節活性との両方と、その他の活性（Ｃｈｕら、Ｉｎｆｅｃｔ．　Ｉｍｍ．　６３巻、４４４８−４４５５頁、１９９５年）とを有するようである（ＭｅｈｔａおよびＣｈｒｉｓｔｅｎ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０３巻、３７３−３７６頁、１９９３年）。ＨＮ００１　ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼＡＪ７の用途は、
・風味および代謝の改変につながる特定のアミノ酸レベルの改変、
・カタボライトその他のレギュロンの発現の改変、
・溶血活性のモジュレーション、
・プロバイオティック効果
を含む。
【０２１８】
実施例１４
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来シスタチオンβ−リアーゼの単離および特徴付け
配列番号５に与えられ、図２９に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来シスタチオンβ−リアーゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡからシスタチオンβ−リアーゼ遺伝子ＡＣ８を増幅するために利用された。
【０２１９】
ＡＣ８は、ｐＵｎｉＢｌｕｎｔ／Ｖ５−ＨｉｓＴｏｐｏベクター（インビトロジェン）にクローン化され、大腸菌ＰＩＲ１株ＯｎｅＳｈｏｔコンピテント細胞（インビトロジェン）に形質転換された。発現プラスミドを構築するために、ｐＵｎｉＢｌｕｎｔ／Ｖ５−ＨｉｓＴｏｐｏベクターコンストラクトは、ｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅベクター（インビトロジェン）と組み換えられ、製造者の指示に従って、大腸菌ＴＯＰ１０株コンピテント細胞（インビトロジェン）に形質転換された。したがって、ＡＣ遺伝子産物はヒスチジン−パッチポリペプチドおよびチオレドキシンタンパクでタグ付けされた融合タンパクとしてクローン化された。ＡＣ８融合タンパクは、製造者の指示に従って、Ｎｉ−ＮＴＡカラム（キアゲン、オークランド、ニュージーランド）を用いて精製され、タンパク発現はＳＤＳ−ＰＡＧＥによってチェックされた。ＡＣ８のポリペプチド配列は配列番号４６に与えられ、図４６に示される。
【０２２０】
シスタチオンβ−リアーゼ活性は、Ｕｒｅｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．１４３巻、４８３−４９６頁、１９８７年の方法に修正を加えたものに従って評価された。簡潔には、精製されたＡＣ８−ＧＳＴ−融合タンパクの分注が、７８０μｌの０．１Ｍ　Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ　ｐＨ９．０、２００μｌの１０ｍＭ　Ｌ−シスタチオニン、２０μｌの０．１Ｍリン酸カリウムと、最終濃度が２０μＭになるように添加されたピリドキサール−５’−リン酸とを含み、氷上に置かれた１ｍｌキュベットに添加された。４１２ｎｍでの吸光度の時間変化が測定され、酵素１ユニットは３７°Ｃで毎分１μモルのメルカプチドを生成するものとして定義された。ＡＣ８融合タンパクのシスタチオンβ−リアーゼ活性は、無関係なタンパク（ｐＢａｄ／Ｔｈｉｏ−Ｅ／Ｕｎｉ−ＣＡＴ発現対照ベクター、インビトロジェン）の活性および水またはＮｉ−ＮＴＡカラム溶出バッファーを含む反応と比較された。結果は図３１に示され、吸光度の変化と酵素活性との速度は表１５に示される。
【０２２１】
図３１および表１５の結果は、水のみと、溶出バッファーのみと、１０μｌの精製ＣＡＴ融合タンパクとを含む反応においては、同様のバックグランドのメルカプチド形成の速度が観察されたことを示す。１０μｌの精製ＨＮ００１シスタチオンβ−リアーゼＡＣ８融合タンパクを含む反応では、著しく高いメルカプチド形成の速度が観察された。したがって、ＡＣ８タンパクは、シスタチオンβ−リアーゼ活性を有する。図３１は、メルカプチド形成の速度として測定されたシスタチオンβ−リアーゼ活性を示す。◆１０μｌの精製ＨＮ００１シスタチオンβ−リアーゼＡＣ８融合タンパク、■１０μｌの精製ＣＡＴ融合タンパク、▲１０μｌの水のみ、●１０μｌの溶出バッファーのみ。
【０２２２】
【表１５】
無関係なタンパク、水および溶出バッファーの対照と対比された、ＡＣ８のシスタチオンβ−リアーゼ活性
2004505632.tif 000022
【０２２３】
ＨＮ００１シスタチオンβ−リアーゼＡＣ８の活性の用量−反応は、精製酵素の希釈系列のメルカプチド形成を比較することにより決定された。結果は、図３２に示され、吸光度の変化速度および酵素活性は表１６に示される。
【０２２４】
図３２および表１６の結果は、メルカプチドペプチドの増加速度がＡＣ８融合タンパクの量に比例することを示し、ＡＣ８がＨＮ００１シスタチオンβ−リアーゼをエンコードすることを支持する。図３２は、実験的に測定されたＡＣ８融合タンパクの用量−反応を示す。Ｈｉｓ−パッチ／チオ／ＡＣ８融合タンパクの量が増加したとき、すなわち、精製タンパク１０μｌ（◆）、２５μｌ（■）、５０μｌ（▲）のシスタチオンβ−リアーゼ活性が、メルカプチド形成の速度の増加を示した。メルカプチド形成の増加は、ＡＣ８融合タンパクの添加量の増加と比例した。
【０２２５】
【表１６】ＡＣ８タンパクの量の増加とシスタチオンβ−リアーゼ活性
2004505632.tif 000023
【０２２６】
シスタチオンβ−リアーゼ（ＥＣ４．４．１．８）は、シスタチオニンからＬ−ホモシステイン、アンモニアおよびピルビン酸への脱アミノ化を行い（Ｄｗｉｖｅｄｉら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．２１巻、３０６４−３０６９頁、１９８２年）、Ｌ−システインおよび関連する基質にも活性を示す場合がある（Ｕｒｅｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．１４３巻、４８３−４８６頁、１９８７年、Ａｌｔｉｎｇら、Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６１巻、４０３７−４０４２頁、１９９５年）。したがって、シスタチオンβ−リアーゼは、メチオニン代謝および含硫化合物の異化を含む多数の経路に関与する。Ｌ−ホモシステインは、ヒトの健康に重要な影響を与えることが示されている（Ｎｉｔｔｙｎｅｎら、Ａｎｎ．Ｍｅｄ．３１巻、３１８−３２６頁、１９９９年、Ｇｉｌｅｓら、Ａｍ．Ｈｅａｒｔ　Ｊ．１３９巻、４４６−４５３頁、２０００年）。ＨＮ００１シスタチオンβ−リアーゼＡＣ８の用途は、
・特定のアミノ酸のレベルの改変を通じての風味および代謝についての特性の改変
・重要な含硫風味化合物のレベルの改変
・Ｌ−ホモシステインレベルのモジュレーションを通じての健康への影響
を含む。
【０２２７】
実施例１５
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼの単離および特徴付け
ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４は、加工工程の間に遭遇する生理学的なストレスに反応して上向き調節されたＨＮ００１株タンパクを同定するために設計された一連の実験により単離された。菌体細胞は高温または浸透圧ショックを与えられ、ショックを受けたＨＮ００１培養およびショックを受けなかったＨＮ００１培養由来の［３５Ｓ］−メチオニンおよび［３５Ｓ］−システイン（アマシャム、アメリカ合衆国）でタンパクが放射能標識され、細胞フリーの抽出物が、以下のとおり２次元解析およびＮ末端配列決定により比較された。
【０２２８】
ショックタンパクは、標準的な実験方法に従って放射能標識された。高温ショックは対数増殖期および定常期の両方のＨＮ００１株培養を５０°Ｃでインキュベーションすることにより実施され、塩（浸透圧）ショックは対数増殖期の後期のＨＮ００１株培養を０．６Ｍ塩化ナトリウムを含むＭＲＳブロスに移すことにより実施された。高温または浸透圧ショックの直後に、Ｌ−［３５Ｓ］−メチオニンおよびＬ−［３５Ｓ］−システインをそれぞれ約５μＣｉｍｌ−１が培地に添加され、３０分間インキュベーションされ、続いて、過剰量の放射能のない１ｍＭ　Ｌ−塩酸システインおよび１ｍＭ　Ｌ−メチオニンが添加され、つぎに培養は氷上に置かれた。放射能標識された細胞は遠心により回収され、洗浄バッファー（０．１Ｍ　Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１ｍＭ　ＥＤＴＡ、ｐＨ　７．５）で２度洗浄され、再懸濁バッファー（１０ｍＭ　Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、５ｍＭ　ＭｇＣｌ２、２ｍＭ　ＰＭＳＦ、ｐＨ７．５）に再懸濁された。約０．５ｍｌの細胞懸濁液が０．５ｇの０．１７−０．１８ｍｍガラスビーズと混合され、Ｓｈａｋｅ−ｉｔ−Ｂａｂｙ（バイオスペック・プロダクツ）を使用してホモジェナイザー処理を施した。２５分間のホモジェナイザー処理の後、懸濁液が遠心され、上清が回収された。
【０２２９】
２−Ｄゲル電気泳動は、５０―７５μｇのタンパクを含む細胞フリー抽出物について実施された。過剰の冷メタノールが添加され、−８０°Ｃで１時間静置され、その後、１３，０００ｒｐｍの遠心でペレットが回収された。前記ペレットは真空乾燥され、再溶解バッファー（８Ｍ　尿素、２％　トリトンＸ１００、０．５％　（ｖ／ｖ）ＩＰＧバッファー（アマシャム・ファルマシア・バイオテク、アメリカ合衆国）および数滴のブロモフェノール・ブルー）に再懸濁された。この再溶解されたサンプルにエンドヌクレアーゼ（シグマ）が添加され（１５０Ｕ）、室温で２０分間インキュベーションされた。つぎに、この溶液がＴＰＧストリップに添加され、終夜２０°Ｃで再溶解された。再溶解されたＩＰＧストリップは、フラットベッド電気泳動ユニット（アマシャム・ファルマシア・バイオテク、アメリカ合衆国）に配置され、３００Ｖで３０分間の後３，０００Ｖ４時間等電点電気泳動された。泳動後のストリップは、ジチオスレイトール（１．０％ｗ／ｖ）またはイオドアセトアミン（２．５％ｗ／ｖ）を含む平衡化バッファー（５０ｍＭ　Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ８．８、６Ｍ　尿素、３０％（ｖ／ｖ）グリセロール、２％（ｗ／ｖ）ＳＤＳおよび数滴のブロモフェノール・ブルー）中で平衡化された。平衡化の後、前記ストリップはＰＲＯＴＥＡＮ　ＩＩ　ｘｉセルを使って、２次元目の（垂直の連続ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）ゲルの上に置かれた。この２次元目はプレートあたり２０ｍＡで１５分間、プレートあたり４０ｍＡで４時間実行された。
【０２３０】
つぎに、ゲルはタンパクトランスファーバッファー（２４．８ｍＭ　Ｔｒｉｓ　ｐＨ８．３、１９２ｍＭ　グリシンおよび１０％　（ｖ／ｖ）メタノール）に平衡化され、トランスブロット装置（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を用いて２４Ｖ終夜４°ＣでＰＶＤＦ膜にブロットされた。ＰＶＤＦ膜は、標準的な手順を用いて、ハイパーフィルム−βマックス（アマシャム・ファルマシア・バイオテク、アメリカ合衆国）に２週間以内露出された。得られたオートラジオグラムはＦｌｕｒ−Ｓ　Ｍｕｌｔｉｍａｇｅｒシステム（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を用いてスキャニングされ、パターンがＰＤＱｕｅｓｔソフトウェアを用いて比較された。Ｎ末端シーケンシングのためには、膜はクーマジー・ブリリアント・ブルーＲ２５０で染色された。所望のスポットが切り出され、Ｎ末端シーケンシングがタンパクシーケンサー（Ａｐｐｌｉｅｄ　ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ、モデル４７６Ａ）を用いて標準的な方法に従って実行された。
【０２３１】
高温および浸透圧ショックにより上向き調節されるタンパクがＮ末端シーケンシングされ、アミノ酸配列が配列番号８３に与えられる。この配列が、ＴＢＬＡＳＴＮプログラム（ＮＣＢＩ）を用いてＨＮ００１配列データベースを検索するのに利用され、対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列が、それぞれ配列番号２０および６２に与えられ、図３３および３４に示される。ＢＬＡＳＴソフトウェアを用いる類似性検索は、最も類似性が高いアミノ酸配列がホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼ配列であるが著しい相違があることを明らかにした。
【０２３２】
ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼ（ＥＣ４．２．１．１１）は、２−ホスホ−Ｄ−グリセリン酸を加水分解してホスホエノールピルビン酸を生成する、解糖系の酵素である（Ｍａｌｍｓｔｒｏｅｍ、Ｂ．Ｇ、「Ｔｈｅ　Ｅｎｚｙｍｅｓ」、第２版、Ｂｏｙｅｒ、Ｐ．Ｄ．、Ｌａｒｄｙ、Ｈ．、Ｍｙｒｂａｅｃｋ、Ｋ．編、５巻、４７１−４９４頁、１９６１年）。ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４の用途は、
・加工工程での生存率を増大させる方法、
・ヒト小腸環境での転移増殖の改善および
・糖質利用の改変を通じての代謝特性の改変
を含む。
【０２３３】
実施例１６
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来タガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼの単離および特徴付け
ＨＮ００１タガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼＡＫ１は、加工工程の間に遭遇する生理学的なストレスに反応して上向き調節されたＨＮ００１株タンパクを同定するために設計された一連の実験により単離された。菌体細胞は、実施例１５（ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４）に記載のとおり、高温または浸透圧ショックを与えられ、ショックを受けたＨＮ００１培養およびショックを受けなかったＨＮ００１培養由来の［３５Ｓ］−メチオニンおよび［３５Ｓ］−システイン（アマシャム、アメリカ合衆国）でタンパクが放射能標識され、細胞フリーの抽出物が、２次元解析およびＮ末端配列決定により比較された。
【０２３４】
高温および浸透圧ショックにより上向き調節されるタンパクがＮ末端シーケンシングされ、アミノ酸配列が配列番号８１に与えられる。この配列が、ＴＢＬＡＳＴＮプログラム（ＮＣＢＩ）を用いてＨＮ００１配列データベースを検索するのに利用され、対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列が、それぞれ配列番号１９および６１に与えられ、図３５および３６に示される。ＢＬＡＳＴソフトウェアを用いる類似性検索は、最も類似性が高いアミノ酸配列がタガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼ配列であるが、著しい相違があることを明らかにした。
【０２３５】
タガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼ（ＥＣ４．１．２．４０）は、乳酸異化のタガトース６−リン酸経路に関与し、Ｄ−タガトース１，６−ビスホスフェートからグリセロンリン酸とＤ−グリセルアルデヒド３−リン酸へ変換する（ＡｎｄｅｒｓｏｎおよびＭａｒｋｗｅｌｌ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．９０巻、２３２−２３４頁、１９８２年）。ＨＮ００１タガトース・ビスホスフェート・アルドラーゼＡＫ１の用途は、
・加工工程での生存率を増大する方法
・ヒト小腸環境での転移増殖の改善および
・糖質利用の改変を通じての代謝特性の改変
を含む。
【０２３６】
実施例１７
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来ホスホグリセレート・キナーゼの単離および特徴付け
ＨＮ００１ホスホグリセレート・キナーゼＡＫ６は、加工工程の間に遭遇する生理学的なストレスに反応して上向き調節されたＨＮ００１株タンパクを同定するために設計された一連の実験により単離された。菌体細胞は、実施例１５（ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４）に記載のとおり、高温または浸透圧ショックを与えられ、ショックを受けたＨＮ００１培養およびショックを受けなかったＨＮ００１培養由来の［３５Ｓ］−メチオニンおよび［３５Ｓ］−システイン（アマシャム、アメリカ合衆国）でタンパクが放射能標識され、細胞フリーの抽出物が、２次元解析およびＮ末端配列決定により比較された。
【０２３７】
高温および浸透圧ショックにより上向き調節されるタンパクがＮ末端シーケンシングされ、アミノ酸配列が配列番号８２に与えられる。この配列が、ＴＢＬＡＳＴＮプログラム（ＮＣＢＩ）を用いてＨＮ００１配列データベースを検索するのに利用され、対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列が、それぞれ配列番号２２および６４に与えられ、図３７および３８に示される。ＢＬＡＳＴソフトウェアを用いる類似性検索は、最も類似性が高いアミノ酸配列がホスホグリセレート・キナーゼ配列であるが、著しい相違があることを明らかにした。
【０２３８】
ホスホグリセレート・キナーゼ（ＥＣ２．７．２．３）は、解糖系経路に関与し、ＡＴＰおよび３−ホスホ−Ｄ−グリセリン酸からＡＤＰおよび３−ホスホ−Ｄ−グリセロイルリン酸へのリン酸基転移反応を触媒する（細菌の酵素はＳｕｚｕｋｉおよびＩｍａｈｏｒｉ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．９０巻、１２６−１３０頁、１９８２年に総説されている。）。ＨＮ００１ホスホグリセレート・キナーゼＡＫ６の用途は、
・加工工程での生存率を増大する方法
・ヒト小腸環境での転移増殖の改善および
・糖質利用の改変を通じての代謝特性の改変
を含む。
【０２３９】
実施例１８
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来トリオースホスフェート・イソメラーゼの単離および特徴付けの単離および特徴付け
ＨＮ００１トリオースホスフェート・イソメラーゼＡＫ５は、加工工程の間に遭遇する生理学的なストレスに反応して上向き調節されたＨＮ００１株タンパクを同定するために設計された一連の実験により単離された。菌体細胞は、実施例１５（ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４）に記載のとおり、高温または浸透圧ショックを与えられ、ショックを受けたＨＮ００１培養およびショックを受けなかったＨＮ００１培養由来の［３５Ｓ］−メチオニンおよび［３５Ｓ］−システイン（アマシャム、アメリカ合衆国）でタンパクが放射能標識され、細胞フリーの抽出物が、２次元解析およびＮ末端配列決定により比較された。
【０２４０】
高温および浸透圧ショックにより上向き調節されるタンパクがＮ末端シーケンシングされ、アミノ酸配列が配列番号７６に与えられる。この配列が、ＴＢＬＡＳＴＮプログラム（ＮＣＢＩ）を用いてＨＮ００１配列データベースを検索するのに利用され、対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列が、それぞれ配列番号２１および６３に与えられ、図３９および４０に示される。ＢＬＡＳＴソフトウェアを用いる類似性検索は、最も類似性が高いアミノ酸配列がトリオースホスフェート・イソメラーゼ配列であるが、著しい相違があることを明らかにした。図３９はラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株トリオースホスフェート・イソメラーゼＡＫ５を含むヌクレオチド配列を、箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示す。
【０２４１】
トリオースホスフェート・イソメラーゼ（ＥＣ５．３．１．１）は、解糖系経路に関与し、Ｄ−グリセルアルデヒド３−リン酸のグリセロンリン酸への異性化反応を触媒する（細菌の酵素について、Ｆａｈｅｙら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．１２４巻、７７頁、１９７１年）。ＨＮ００１トリオースホスフェート・イソメラーゼＡＫ５の用途は、
・加工工程での生存率を増大する方法
・ヒト小腸環境での転移増殖の改善および
・糖質利用の改変を通じての代謝特性の改変
を含む。
【０２４２】
実施例１９
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来フルクトース−ビスリン酸アルドラーゼの単離および特徴付け
ＨＮ００１フルクトース−ビスリン酸アルドラーゼＡＭ８は、加工工程の間に遭遇する生理学的なストレスに反応して上向き調節されたＨＮ００１株タンパクを同定するために設計された一連の実験により単離された。菌体細胞は、実施例１５（ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４）に記載のとおり、高温または浸透圧ショックを与えられ、ショックを受けたＨＮ００１培養およびショックを受けなかったＨＮ００１培養由来の［３５Ｓ］−メチオニンおよび［３５Ｓ］−システイン（アマシャム、アメリカ合衆国）でタンパクが放射能標識され、細胞フリーの抽出物が、２次元解析およびＮ末端配列決定により比較された。
【０２４３】
高温および浸透圧ショックにより上向き調節されるタンパクがＮ末端シーケンシングされ、アミノ酸配列が配列番号７７に与えられる。この配列が、ＴＢＬＡＳＴＮプログラム（ＮＣＢＩ）を用いてＨＮ００１配列データベースを検索するのに利用され、対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列が、それぞれ配列番号２９および７１に与えられ、図７４および７５に示される。
【０２４４】
フルクトース−ビスリン酸アルドラーゼ（ＥＣ４．１．２．１３）は、解糖系経路に関与し、Ｄ−フルクトース１，６−ビスリン酸からグリセロンリン酸およびＤ−グリセルアルデヒド３−リン酸への脱離反応を触媒する（細菌の酵素はＵｊｉｔａおよびＫｉｍｕｒａ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．９０巻、２３５−２４１頁、１９８２年）。ＨＮ００１フルクトース−ビスリン酸アルドラーゼＡＭ８の用途は、
・加工工程での生存率を増大する方法
・ヒト小腸環境での転移増殖の改善および
・糖質利用の改変を通じての代謝特性の改変
を含む。
【０２４５】
実施例２０
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来リン酸基担体タンパクＨＰＲの単離および特徴付け
ＨＮ００１リン酸基担体タンパクＨＰＲＡＡ９は、加工工程の間に遭遇する生理学的なストレスに反応して上向き調節されたＨＮ００１株タンパクを同定するために設計された一連の実験により単離された。菌体細胞は、実施例１５（ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４）に記載のとおり、高温または浸透圧ショックを与えられ、ショックを受けたＨＮ００１培養およびショックを受けなかったＨＮ００１培養由来の［３５Ｓ］−メチオニンおよび［３５Ｓ］−システイン（アマシャム、アメリカ合衆国）でタンパクが放射能標識され、細胞フリーの抽出物が、２次元解析およびＮ末端配列決定により比較された。
【０２４６】
高温および浸透圧ショックにより上向き調節されるタンパクがＮ末端シーケンシングされ、アミノ酸配列が配列番号７８に与えられる。この配列が、ＴＢＬＡＳＴＮプログラム（ＮＣＢＩ）を用いてＨＮ００１配列データベースを検索するのに利用され、対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列が、それぞれ配列番号４および４５に与えられ、図４１および４２に示される。ＢＬＡＳＴソフトウェアを用いる類似性検索は、最も類似性が高いアミノ酸配列がリン酸基担体タンパクＨＰＲ配列であるが、著しい相違があることを明らかにした。
【０２４７】
リン酸基担体タンパクＨＰＲは、多数の糖質の取り込みおよびリン酸化を担うホスホエノールピルビン酸：糖質リン酸トランスフェラーゼシステム（ＰＴＳ）に関与する（Ｄｅ　Ｒｅｕｓｅら、Ｇｅｎｅ　３５巻、１９９２０７頁、１９８５年、Ｇｏｎｚｙ−Ｔｒｅｂｏｕｌら、Ｍｏｌ．　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３巻、１０３１１２頁、１９８９年）。ＰＴＳは、カタボライト抑制、取り込み阻害（ｉｎｄｕｃｅｒ　ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ）および誘導物質排除（ｉｎｄｕｃｅｒ　ｅｘｐｕｌｓｉｏｎ）を含む、さまざまな機構によるさまざまな細菌の機能の調節にも関与する（Ｐｏｓｔｍａら、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．５７巻、５４３５９４頁、１９９３年、Ｒｅｉｚｅｒら、Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１５巻、２９７３３８頁、１９８８年、Ｓａｉｅｒら、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１４２巻、２１７２３０頁、１９９６年に総説されている）。ＨＮ００１リン酸基担体タンパクＨＰＲＡＡ９の用途は、
・加工工程での生存率を増大する方法、
・ヒト小腸環境での転移増殖の改善、
・糖質利用の改変を通じての代謝特性の改変および
・カタボライト調節の制御
を含む。
【０２４８】
実施例２１
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来シャペロンタンパクｄｎａＫの単離および特徴付け
ＨＮ００１ｄｎａＫシャペロンタンパクＡＭ９は、加工工程の間に遭遇する生理学的なストレスに反応して上向き調節されたＨＮ００１株タンパクを同定するために設計された一連の実験により単離された。菌体細胞は、実施例１５（ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４）に記載のとおり、高温または浸透圧ショックを与えられ、ショックを受けたＨＮ００１培養およびショックを受けなかったＨＮ００１培養由来の［３５Ｓ］−メチオニンおよび［３５Ｓ］−システイン（アマシャム、アメリカ合衆国）でタンパクが放射能標識され、細胞フリーの抽出物が、２次元解析およびＮ末端配列決定により比較された。
【０２４９】
高温および浸透圧ショックにより上向き調節されるタンパクがＮ末端シーケンシングされ、アミノ酸配列が配列番号７９に与えられる。この配列が、ＴＢＬＡＳＴＮプログラム（ＮＣＢＩ）を用いてＨＮ００１配列データベースを検索するのに利用され、対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列が、それぞれ配列番号３０および７２に与えられ、図７６および７７に示される。ＢＬＡＳＴソフトウェアを用いる類似性検索は、最も類似性が高いアミノ酸配列がシャペロンタンパクｄｎａＫ配列であるが、著しい相違があることを明らかにした。
【０２５０】
シャペロンタンパクｄｎａＫは、７０ｋＤａ熱ショックタンパク（ＨＳＰ）である。ｄｎａＫシャペロンは、折りたたまれていないか、あるいは部分的に折りたたまれたタンパク鎖の露出した領域に結合し保護することにより作用し、高温ショックの後に凝集したタンパクの再活性化に関与する（Ｌｕｎｄ、Ａｄｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ　Ｐｈｙｓｉｏｌ．４４巻、９３−１４０頁、２００１年に総説されている）。過剰発現はプラスミドの不安定性の原因となる場合がある（ＬｏｂａｃｚおよびＷｏｌｓｋａ、Ａｃｔａ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｐｏｌ．４６巻、３９３−３９７頁、１９７７年）。ＨＮ００１シャペロンタンパクｄｎａＫ　ＡＭ９の用途は、
・加工工程での生存率を増大する方法、
・ヒト小腸環境での転移増殖の改善、
・タンパク翻訳特性の改変および
・プラスミドの安定性の制御方法
を含む。
【０２５１】
実施例２２
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ単離および特徴付け
ＨＮ００１グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＡＫ７は、加工工程の間に遭遇する生理学的なストレスに反応して上向き調節されたＨＮ００１株タンパクを同定するために設計された一連の実験により単離された。菌体細胞は、実施例１５（ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４）に記載のとおり、高温または浸透圧ショックを与えられ、ショックを受けたＨＮ００１培養およびショックを受けなかったＨＮ００１培養由来の［３５Ｓ］−メチオニンおよび［３５Ｓ］−システイン（アマシャム、アメリカ合衆国）でタンパクが放射能標識され、細胞フリーの抽出物が、２次元解析およびＮ末端配列決定により比較された。
【０２５２】
高温および浸透圧ショックにより上向き調節されるタンパクがＮ末端シーケンシングされ、アミノ酸配列が配列番号８０に与えられる。この配列が、ＴＢＬＡＳＴＮプログラム（ＮＣＢＩ）を用いてＨＮ００１配列データベースを検索するのに利用され、対応するポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列が、それぞれ配列番号２３および６５に与えられ、図４３および４４に示される。ＢＬＡＳＴソフトウェアを用いる類似性検索は、最も類似性が高いアミノ酸配列がグリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ配列であるが、著しい相違があることを明らかにした。
【０２５３】
第２の実験が、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株から抽出された表層タンパクを同定するために実施された。表層タンパクは、Ｔｕｒｎｅｒら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７９巻、３３１０−３３１６頁、１９９７年の方法を用いて抽出された。簡潔には、１００ｍｌの定常期のＨＮ００１培養が遠心によりペレットにされ、等体積の０．１５Ｍ　ＮａＣｌで洗浄され、１ｍｌの５Ｍ　ＬｉＣｌ２に再懸濁され、氷上に１５分間静置された。粗溶菌液は微量遠心機を使って１３，０００ｒｐｍで遠心され、１２．５％ゲルのＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析された。表層タンパクの抽出をさらに促進するために、凍結乾燥されたＤＲ２０が、Ｂｒｅｎｎａｎら、Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍ．５２巻、８４０−８４５頁、１９８６年と、Ｔｏｂａら、Ｊ．Ｉｍｍ．Ｍｅｔｈｏｄｓ　１８２巻、１９３−２０７頁、１９９５年とに記載のとおり、０．２％　ＳＤＳおよび５Ｍ　ＬｉＣｌ２で抽出された。標準的な実験方法に従って１−Ｄ電気泳動をした後、ゲルはセミドライブロッティング装置（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を使ってＰＶＤＦ膜にブロットされた。分子量が３０ｋＤａから４６ｋＤａの間の主要な表層タンパクが切り出され、Ｎ末端シーケンシングがタンパクシーケンサー（アプライド・バイオシステムズ、モデル４７６Ａ）を使って実行された。決定されたＮ末端配列は、上記の高温および浸透圧ショックの実験から得られた配列と同一であった。したがって、ＨＮ００１遺伝子ＡＫ７は、ショックにより上向き調節され、主要な細胞表面タンパクであるグリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼをエンコードする。
【０２５４】
グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＥＣ１．２．１．１２）は、解糖系経路の一部で、Ｄ−グリセルアルデヒド３−リン酸、リン酸およびＮＡＤ＋から３−ホスホ−Ｄ−グリセロイルリン酸およびＮＡＤＨへの酸化還元反応を触媒する（細菌酵素について、Ａｍｅｌｕｎｘｅｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．４１巻、２６８−２７３頁、１９７５年と、Ｄ’ＡｌｅｓｓｉｏおよびＪｏｓｓｅ、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２４６巻、４３２６−４３３３頁、１９７１年とを参照せよ）。この酵素は、この酵素は、サッカロミセス・セレビジエ（Ｄｅｌｇａｄｏら、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１４７巻、４１１−４１７頁、２００１年）と、カンジダ・アルビカンス（Ｇｉｌ−Ｎａｖａｒｒｏら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７９巻、４９９２−４９９９頁、１９９７年）およびＡ群連鎖球菌類（ＰａｎｃｈｏｌｉおよびＦｉｓｃｈｅｔｔｉ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　９０巻、８１５４−８１５８頁、１９９３年）を含む複数の細菌種の主要細胞表面成分であることがわかっている。ＨＮ００１グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＡＫ７の用途は、
・風味および芳香の増強、
・加工工程での生存率の増大、
・貯蔵時の生存期間の延長、
・ヒト小腸環境の転移増殖の改善、
・歯ごたえ特性の増強、
・小腸細胞表面への接着の増強および
・代謝特性の改変
を含む。
【０２５５】
実施例２３
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来転写調節因子ｓｏｒＲの単離および特徴付け
配列番号２４に与えられ、図４５に示された転写調節因子ｓｏｒＲの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いて、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡからｓｏｒＲ転写調節因子ＡＬ３遺伝子を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＢａｍＨＩおよびＰｓｔ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。ＡＬ３のポリペプチド配列は、配列番号６６に与えられ、図４６に示される。
【０２５６】
完全長ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ｓｏｒＲ転写調節因子ＡＬ３は、ＢａｍＨＩおよびＰｓｔ　Ｉで切断されたｐＦＸ３ベクター（Ｘｕら、ＦＥＭＳ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．６１巻、５５−５９頁、１９９１年に使用された自家製大腸菌／Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｌａｃｔｉｓシャトルベクター）にクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α株コンピテント細胞に形質転換された。陽性の形質転換体が選択され、終夜増殖され、プラスミドコンストラクトがＱＩＡｐｒｅｐスピン・ミニプレップ・キット（キアゲン）を用いて単離された。ＨＮ００１株ｓｏｒＲ転写調節因子ＡＬ３をエンコードするｐＦＸ３コンストラクトは、制限酵素ＥｃｏＲＩおよびＮｒｕＩを用いて消化され、５００ｂｐの内部のＡＬ３断片が放出され、この断片はＥｃｏＲＩおよびＳｍａ　Ｉで切断されたｐＢＥｒｙ１ベクターにクローン化された。３．６ｋｂのｐＢＥｒｙ１ベクターは、ファージミドｐＢｌｕｅＳｃｒｉｐｔ（ｐＢＳ−ＳＫ＋）（ストラタジーン、ラホヤ、カリフォルニア州、アメリカ合衆国）由来のレプリコンおよび多重クローン化部位（ＭＣＳ）を用いて構築された。ｐＢＳ−ＳＫ＋のアンピシリン耐性遺伝子はＲｃａ　Ｉ（ロシュ、オークランド、ニュージーランド）の消化により除去され、ＣｏｌＥ１の開始点および多重クローン化部位を含む１，９５３ｂｐの断片が精製されクルノー酵素（ロシュ）で平滑末端化された断片になるように処理された。エリスロマイシン（Ｅｍ）耐性をエンコードする遺伝子が、ｐＶＡ８９１（Ｍａｃｒｉｎａら、Ｇｅｎｅ　２５巻、１４５−５０頁、１９８３年）をＣｌａ　ＩおよびＨｉｎｄＩＩＩで切断し、クルノー酵素で処理して得られた１．６ｋｂ断片に単離された。前記１．６ｋｂのＥｍ断片は、前記１，９５３ｂｐのｐＢＳ−ＳＫ＋断片とライゲーションされ、大腸菌ＴＧ１（Ｇｉｂｓｏｎ　ＴＪ、エプスタイン−バーウイルスのゲノムの研究、ケンブリッジ大学Ｐｈ．Ｄ学位論文、１９８４年）に形質転換され、２００μｇ／ｍｌのＥｍを含むＬＢ寒天プレートにプレーティングされた。組換えｐＢＥｒｙ１クローンの青／白カラー選抜のためのα−相補性の維持は、大腸菌コロニーをＩＰＴＧ／Ｘ−ｇａｌを含む寒天プレート上で増殖させることにより確認された。
【０２５７】
得られたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ｓｏｒＲ転写調節因子ＡＬ３遺伝子をエンコードするｐＢＥｒｙ１コンストラクトは、コンピテントなＨＮ００１細胞に形質転換され、２．５μｇ／ｍｌのＥｍを含むＭＲＳ乳酸桿菌寒天培地（Ｄｉｆｃｏ、デトロイト、ミシガン州）上で嫌気的に４８時間３７°Ｃで増殖された。エリスロマイシン耐性ＨＮ００１は、ベクター特異的プライマー（Ｔ３またはＴ７）とＡＬ３内部断片特異的プライマーとを用いるＰＣＲにより、プラスミドコンストラクトがｓｏｒＲ遺伝子にインテグレーションされていることかどうかチェックされた。ＨＮ００１に内在するｓｏｒＲ転写調節因子ＡＬ３遺伝子が挿入により不活性化されていることと矛盾のないＰＣＲパターンを示すコロニーがソルボースの栄養要求性について評価された。
【０２５８】
ソルボースの代謝について選択されたＨＮ００１突然変異体の栄養要求性は、純粋培養（接種物１％）を、１％ソルボースまたは１％グルコース存在下のＭＲＳ寒天上で終夜３７°Ｃで増殖させ、野生型ＨＮ００１および未定義の突然変異体ＨＮ００１（ランダムなインテグレーションのイベントの結果である、ｓｏｒＲ転写調節因子ＡＬ３遺伝子が無傷のままであるＥｍ耐性培養）と対比することによりテストされた。
【０２５９】
表１７の結果は、野生型ＨＮ００１および未定義のＨＮ００１突然変異株とは対照的に、ＡＬ３−ＨＮ００１突然変異株はソルボースを炭素源として利用できなかったを示す。この結果は、純粋培養（１％接種物）を終夜３７°Ｃで１％ソルボースまたは１％グルコースを含むＭＲＳ液体ブロス中で増殖させ、６００ｎｍの吸光度を測定することにより確認された。結果は、ＡＬ３−突然変異株と、野生型および未定義突然変異体のＨＮ００１株との間で増殖に明確な相違が有ることをもう一度示した。したがって、ＡＬ３遺伝子はＨＮ００１のソルボース代謝に必要で、ｓｏｒＲ転写調節因子をエンコードする。
【０２６０】
【表１７】
ソルボース栄養要求性の評価結果
2004505632.tif 000024
＋：増殖有り、−：増殖無し
【０２６１】
ｓｏｒＲ転写調節因子は、炭素源としてのＬ−ソルボースの利用を調節するために、ソルボースオペロンの転写に必要であり、その発現はソルボースによって誘導される（Ｙｅｂｒａら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８２巻、１５５−１６３頁、２０００年、ＳｐｒｅｎｇｅｒおよびＬｅｎｇｅｌｅｒ、Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ　２０９巻、３５２−３５９頁、１９８７年）。ＨＮ００１ｓｏｒＲ転写調節因子の用途は、
・代謝過程の制御または改変のための試薬および
・ｓｏｒＲ遺伝子プロモーターを用いるソルボースで誘導可能なＨＮ００１発現ベクターの構築
を含む。
【０２６２】
実施例２４
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来の単離および特徴付け
配列番号２５に与えられ図４７に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来ホルムアミドピリミジン−ＤＮＡ−グリコシラーゼ（ｆｐｇ）の完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡからｆｐｇＡＬ４遺伝子を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０２６３】
つぎに、ＡＬ４は、ｐＫＫ２２３−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α株コンピテント細胞に形質転換された。ＡＬ４のポリペプチド配列は配列番号６７に与えられ図４８に示される。ｆｐｇＡＬ４タンパクの発現はＳＤＳ−ＰＡＧＥにより確認された。
【０２６４】
ＡＬ４ｆｐｇ活性は、大腸菌のｆｐｇまたはｍｕｔＹ突然変異の自然突然変異のミューテーター表現型を抑制するｆｐｇの能力を調べる、過去に公表された方法（Ｄｕｗａｔら、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１４１巻、４１１−４１７頁、１９９５年、Ｚｈａｎｇら、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．２６巻、４６６９−４６７５頁、１９９８年）に従ってアッセイされた。突然変異を起こしたｍｕｔＹ遺伝子を含む大腸菌ＣＳＨ１１７株（Ｍｉｌｌｅｒ、「Ａ　ｓｈｏｒｔ　ｃｏｕｒｓｅ　ｉｎ　Ｂａｃｔｅｒｉａｌ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ」、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ、１９９２）は、大腸菌遺伝ストックセンター（イェール大学、アメリカ合衆国）から取得され、標準的な実験法に従って、ＨＮ００１ｆｐｇＡＬ４遺伝子をエンコードｐＫＫ２２３−３コンストラクトで形質転換された。陽性の形質転換体は、アンピシリン耐性により選択され、１００μｇ／ｍｌアンピシリンを含むＬＢブロス７ｍｌに接種するのに用いられ、３７°Ｃで好気的に旋回培養しながらインキュベーションされた。ＡＬ４をエンコードするｐＫＫ２２３−３コンストラクトまたは空のｐＫＫ２２３−３ベクターを含む培養が６００ｎｍの吸光度が同じくらいになるまで増殖され、希釈系列を作成し、１００μｇ／ｍｌ（シグマ）含有および不含のＬＢプレートに３重の重複してプレーティングされた。プレートは、終夜３７°Ｃでインキュベーションされ、コロニーが数えられた。結果は、３回の独立した実験からのプレートの測定値の平均として表１８に示される。
【０２６５】
表１８の結果は、ＨＮ００１ｆｐｇＡＬ４をエンコードするｐＫＫ２２３−３と、空のｐＫＫ２２３−３ベクターとで形質転換された大腸菌ＣＳＨ１１７におけるリファンピシン耐性となる突然変異の頻度には、著しい相違があることを示す（対応のあるｔ−検定の片側確率（ｐａｉｒｅｄ　Ｓｔｕｄｅｎｔ’ｓ　ｔ−ｔｅｓｔ（１−ｔａｉｌｅｄ））によりｐ＜０．００１）。ＡＬ４の存在が自然突然変異頻度を抑制したため、ＡＬ４はＨＮ００１ｆｐｇタンパクをエンコードしたと結論された。
【０２６６】
【表１８】
ＨＮ００１ｆｐｇＡＬ４遺伝子を発現する大腸菌ＣＨＳ１１７における自然突然変異発生
2004505632.tif 000025
＊１０８個の細胞あたりのリファンピシン耐性突然変異体の数として表現される
【０２６７】
ｆｐｇタンパク（ＥＣ３．２．２．２３）は、代謝過程で活性酸素によりＤＮＡに生成させられる突然変異原性の高いＣ８−オキソ−グアニン（８−ｏｘｏＧ）を含む、ＤＮＡに存在する酸化プリン残基を除去するＤＮＡグリコシラーゼ／ＡＰリアーゼである（Ｌａｖａｌら、Ｍｕｔａｔｉｏｎ　Ｒｅｓ．２３３巻、７３−７９頁、１９９０年、Ｂｏｉｔｅｕｘら、ＥＭＢＯ　Ｊ．６巻、３１７７−３１８３頁、１９８７年）。ｆｐｇタンパクは、修飾されたヌクレオチド塩基を切り出すＤＮＡグリコシラーゼ（Ｌａｖａｌら、Ｍｕｔａｔｉｏｎ　Ｒｅｓ．４０２巻、９３−１０２頁、１９９８年）と、脱離機構によりＤＮＡに切り込みを入れるＡＰリアーゼと、５’末端デオキシリボースリン酸残基を除去するデオキシリボホスホジエステラーゼという、試験管内で３つの触媒活性を示す（Ｏｌｇａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．　Ｃｈｅｍ．２７５巻、９９２４−９９２９頁、２０００年）ＨＮ００１ｆｐｇＡＬ４タンパクの用途は、
・好気的条件下でのＨＮ００１の生存率を改善する試薬または技術、
・加工工程におけるＨＮ００１の生存率の増大および
・小腸環境における生存率の増大
を含む。
【０２６８】
実施例２５
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来アセトイン・デヒドロゲナーゼの単離および特徴付け
配列番号３２に与えられ、図４９に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示されるラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来アセトイン・デヒドロゲナーゼの完全長ポリヌクレオチド配列は、標準的なＰＣＲ法を用いてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡからアセトイン・デヒドロゲナーゼＡＰ１遺伝子を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０２６９】
つぎに、ＡＰ１は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌Ｋ１２ＸＬ−１Ｂｌｕｅ株コンピテント細胞に形質転換された。アセトイン・デヒドロゲナーゼＡＰ１のポリペプチド配列は配列番号７４に与えられ、図５０に示される。アセトイン・デヒドロゲナーゼＡＰ１タンパクは、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、製造者の指示に従ってグルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）を使用して精製された。精製ＡＰ１−ＧＳＴ融合タンパクの分注は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析により確認された。
【０２７０】
アセトイン・デヒドロゲナーゼ活性は、公表された方法（Ｒａｔｔｒａｙら、Ｉｎｔ．Ｄａｉｒｙ　Ｊ．１０巻、７８１−７８９頁、２０００年）に一部修正を加えたものによってアッセイされた。簡潔には、アセトイン・デヒドロゲナーゼ活性は、補因子ＮＡＤＨの３４０ｎｍの吸光度の変化を監視することにより分光学的に測定された。精製ＡＰ４−ＧＳＴ融合タンパク溶液の分注が、３０°ＣでｐＨ５．５の５０ｍＭ　２［Ｎ−モルフォリノ］エタンスルホン酸（ＭＥＳ、シグマ）バッファーを含む反応混合液に添加され、反応は、全体積１ｍｌに０．５ｍＭ　ＮＡＤＨおよび３７ｍＭジアセチル（シグマ）の添加により開始された。３４０ｎｍの吸光度の変化が測定され、ＮＡＤＨ利用速度は、３０°ＣｐＨ５．５で毎分１μモルのジアセチルおよびＮＡＤＨをアセトインおよびＮＡＤ＋に変換するのに必要なタンパク量として計算された。ＡＰ１−ＧＳＴ融合タンパクの酵素活性は、無関係なＧＳＴ融合タンパクと、ＧＳＴタンパクと、溶出バッファーのみの酵素活性と比較された。
【０２７１】
図５１および表１９の結果は、反応中のＮＡＤＨの利用について著しいバックグランドがあることを示す。溶出バッファー、ＧＳＴタンパクおよび無関係な融合タンパクについて同様の速度が観察されたが、これはＧＳＴ融合タンパクはアセトイン・レダクターゼ活性を示さないことを意味した。それにもかかわらず、ＡＰ１−ＧＳＴ融合タンパクの存在はバックグランドに比べて著しく高いアセトイン・デヒドロゲナーゼ活性をもたらし、これは、ＨＮ００１ＡＰ１タンパクがアセトイン・デヒドロゲナーゼをエンコードすることを示した。図５１は、アセトイン基質の存在下での３４０ｎｍの吸光度によるＮＡＤＨ補因子の酸化で測定されたアセトイン・レダクターゼアッセイの結果を示す。●：溶出バッファーのみ、■：精製された無関係なＧＳＴ融合タンパク、▲：精製されたＧＳＴタンパク、◆：精製されたＡＰ−１ＧＳＴ融合タンパク
【０２７２】
【表１９】
溶出バッファーのみ、ＧＳＴタンパクおよび無関係なＧＳＴ融合タンパクの対照と比較されたＡＰ１−ＧＳＴ融合タンパクのアセトイン・レダクターゼ活性
2004505632.tif 000026
【０２７３】
アセトイン・デヒドロゲナーゼ（ＥＣ１．１．１．５）は、ピルビン酸から２，３−ブタンジオールへの経路（ＳａｒｍｉｅｎｔｏおよびＢｕｒｇｏｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．８９巻、５１６−５２３頁、１９８２年に総説された）の一部として、ジアセチルからアセトインへ、そして、アセトインから２，３−ブタンジオールへの還元を触媒する。ジアセチルは、バター、バターミルク、サワークリーム、発酵クリームおよびチーズを含むさまざまな乳製品における重要な風味成分である。その代謝産物または関連化合物のアセトイン、アセトアルデヒドおよび２，３−ブタンジオールと同様に、ジアセチルは微量の存在が風味に役割を果たす（Ｅｓｃａｍｉｌｌａ−Ｈｕｒｔａｄｏら、Ｒｅｖ．Ｌａｔｉｎｏａｍｅｒｉｃａｎ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３８巻、１２９−３７頁、１９９６年）。これら全ての混合物が乳酸発酵の際に生成され、これらの化合物の特定の配合比が乳製品に特徴的な風味をもたらす。ＨＮ００１アセトイン・デヒドロゲナーゼＡＰ１の用途は、
・重要な風味化合物の産生をモジュレーションする方法、
・ピルビン酸代謝経路を改変する技術、
・風味化合物の工業生産および
・乳製品のジアセチルレベルを制御する方法
を含む。
【０２７４】
実施例２６
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼの単離および特徴付け
配列番号１５に与えられ、図５２に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡからＡＩ７アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼ遺伝子を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０２７５】
つぎに、ＡＩ７は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α株コンピテント細胞に形質転換された。アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼＡＩ７のポリペプチド配列は配列番号５７に与えられ、図５３に示される。アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼＡＩ７タンパクは、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、製造者の指示に従って、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）を用いて精製された。精製されたＡＩ７タンパクの分注は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。
【０２７６】
ＡＩ７活性は、過去に公表されたＥｌｌｉｓおよびＨａｙｅｓ、Ｂｉｏｃｈｅｍ．　Ｊ．３１２巻、５３５−５４１頁、１９９５年の方法に一部修正を施したものによりアッセイされた。簡潔には、アルデヒドおよびケトンを還元するアフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼの活性が、４−ニトロベンジルアルコールを基質とし、ＮＡＤＰＨを補因子としてアッセイされた。酵素活性は、３４０ｎｍでの吸光度でＮＡＤＰＨの利用を監視することにより分光学的に評価された。１００ｍＭ　リン酸ナトリウムｐＨ６．６および０．２ｍＭ　ＮＡＤＰＨを含む反応体積１ｍｌが用意され、精製されたＡＩ７タンパクが添加され、吸光度の変化が測定された。酵素活性は、ＡＩ７−ＧＳＴ融合タンパク、無関係なＧＳＴ融合タンパク、タンパク精製の際に用いられた溶出バッファーおよび水のみを含む反応の間で比較された。酵素活性は、毎分１ｍｌあたり利用されたＮＡＤＰのμモル単位の数値で計算された。
【０２７７】
図５４および表２０の結果は、ＧＳＴと融合されたＨＮ００１ＡＩ７タンパクは著しいアルデヒド・レダクターゼ活性を示したが、無関係なＧＳＴ−融合タンパクと、水および溶出バッファーの対照とは全く活性を示さなかったことを表す。したがって、ＡＰ４−ＧＳＴ融合タンパクのアフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼは、ＧＳＴではなくＡＩ７の部分のせいであった。また、この結果は、基質利用の増加率が添加されたＡＩ７タンパク量に比例することを示したが、これは、ＡＩ７のアフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼ活性が用量依存性を有することを意味する。したがって、ＡＩ７は、ＨＮ００１アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼをエンコードする。
【０２７８】
図５４は、アセトイン基質存在下で補因子ＮＡＤＰＨの酸化によるアフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼのアッセイの実験結果を示す。ｘ：水のみ、＋：セファロースカラム溶出バッファーのみ、●：無関係なＧＳＴ−融合タンパク、■：１０μｌ精製ＡＰ４−ＧＳＴ−融合タンパク、▲：２０μｌ精製ＡＰ４−ＧＳＴ−融合タンパク。
【０２７９】
【表２０】
溶出バッファー、水および無関係なＧＳＴ−融合タンパクの対照と比較された、ＡＩ７ＧＳＴ−融合タンパクのアフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼ活性
2004505632.tif 000027
【０２８０】
アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼは、発ガン物質アフラトキシンＢ１（ＡＦＢ１）をＡＦＢ１−ジヒドロジオールというタンパク結合性のジアルデヒド型から、非結合性のジアルコールの代謝産物への変換により代謝し、動物の研究でのＡＦＢ１耐性と関連する（Ｅｌｌｉｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．　Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　９０巻、１０３５０−１０３５４頁、１９９３年、Ｈａｙｅｓら、Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．５３巻、３８８７−３８９４頁、１９９３年）。この酵素は、特定のクラスのケトン（例えば９，１０−フェナントレンキノンのような、隣接する炭素原子上のケトン基）と、芳香族および脂肪族のアルデヒドとを含む、その他の基質に対しても活性がある（ＥｌｌｉｓおよびＨａｙｅｓ、Ｂｉｏｃｈｅｍ．　Ｊ．３１２巻、５３５−５４１頁、１９９５年）。ＨＮ００１アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼＡＩ７の用途は、
・抗発ガン性試薬または化学保護的試薬、
・抗がん効果を有するプロバイオティックな細菌株、
・がん研究のための研究用ツール、
・風味および芳香特性の増強、
・望ましくない風味の除去および
・新規代謝経路の記述および応用
を含む。
【０２８１】
実施例２７
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼの単離および特徴付け
配列番号３１に与えられ、図７８に箱に囲まれた翻訳停止コドンとともに示された６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いてラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡから６−フォスフォ−β−ガラクトシダーゼＡＯ５遺伝子を増幅するのに利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０２８２】
つぎに、ＡＯ５は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α株コンピテント細胞に形質転換された。アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼＡＯ５タンパクのポリペプチド配列は配列番号７３に与えられ、図７９に示される。６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼＡＯ５タンパクはグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、製造者の指示に従って、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）を使って精製された。精製されたＡＯ５タンパクの分注は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。
【０２８３】
ＡＯ５活性は、以下の標準的な実験法を用いてアッセイされた。簡潔には、粗溶菌液が、大腸菌ＤＨ５α細胞の終夜培養１０ｍｌを１ｍｌの溶菌バッファー（５０ｍＭ　リン酸カリウムｐＨ７．８、４００ｍＭ　ＮａＣｌ、１００ｍＭ　ＫＣｌ、１０％　グリセロール、０．５％トリトンＸ−１００、１０ｍＭ　イミダゾール）に再懸濁することにより調製された。菌体細胞は超音波処理で溶菌され、標準的な実験法に従って、菌体残渣を沈殿させるために遠心された。５０μｌの溶菌液の分注が、９００μｌの反応バッファー（１００ｍＭ　ＫＨ２ＰＯ４　ｐＨ　７．０、２ｍＭ　ＭｇＣｌ２）および５０μｌの基質Ｏ−ニトロフェニルβ−Ｄ−グリコピラノシド（ＯＮＰＧ）（シグマ）に添加された。ＯＰＮＧの利用は、４２０ｎｍの吸光度の変化を監視することにより分光学的に測定され、酵素活性は毎分１ｍｌあたり利用されたＯＰＮＧのμモル単位の数量で計算された。
【０２８４】
６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ酵素活性は、ＡＯ５をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３と、無関係なタンパクをエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３とで形質転換された大腸菌ＤＨ５αの粗溶菌液と、溶菌バッファーのみとで比較された。
【０２８５】
図５５および表２１の実験結果は、無関係なＧＳＴ−融合タンパクで形質転換された細胞由来の粗溶菌液または溶菌バッファーのみを含む反応はほとんどあるいは全く酵素活性を示さなかったが、ＡＯ５−ＧＳＴ−融合タンパクを発現する大腸菌由来の粗溶菌液は著しい酵素活性を示したことを表す。図５５は、ＡＯ５をエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３（◆）または無関係なタンパクをエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３（■）で形質転換された株の粗溶菌液または溶菌バッファーのみ（Ｘ）を用いた基質利用により測定された６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ酵素活性の実験的決定を示す。
【０２８６】
【表２１】
粗溶菌液中の６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ酵素活性
2004505632.tif 000028
【０２８７】
酵素活性は、用量依存性を評価するために、粗溶菌液の量を増加させて測定された。図５６および表２２の結果は、ＡＯ５−ＧＳＴ融合タンパクを発現する細胞由来の溶菌液の量の増加が６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ酵素活性の増加と比例することを示す。したがってＡＯ５はＨＮ００１６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼをエンコードする。図５６は、ＡＯ５−ＧＳＴ融合タンパクをエンコードするｐＧＥＸ−６Ｐ−３で形質転換された株由来の粗溶菌液の量を増加させて基質利用により実験的に測定された６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ酵素活性を示す。◆：５０μｌ溶菌液、■：１００μｌ溶菌液、▲：２００μｌ溶菌液、●：２００μｌ溶菌バッファーのみ。
【０２８８】
【表２２】
粗溶菌液の量の増加と６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ酵素活性
2004505632.tif 000029
【０２８９】
６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ（ＥＣ３．２．１．８５）は、６−ホスホ−ベータ−Ｄ−ガラクトシドのＯ−グリコシル結合を加水分解してアルコールと６−ホスホ−Ｄ−ガラクトースとにする反応を触媒し、ラクトース利用に関与する（ＨｅｎｇｓｔｅｎｂｅｒｇおよびＭｏｒｓｅ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．４２巻、４９１−４９４頁、１９７５年）。ＨＮ００１６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼの用途は、
・風味および芳香の増強、
・栄養強化、
・細菌の代謝／増殖特性の改変および
・苦みまたは望ましくない風味の除去
を含む。
【０２９０】
実施例２８
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来芳香族アミノトランスフェラーゼの単離および特徴付け
配列番号１１に与えられ、図５７に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示された、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の芳香族アミノトランスフェラーゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的なＰＣＲ法を用いて、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ＤＮＡから芳香族アミノトランスフェラーゼＡＨ７遺伝子を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０２９１】
つぎに、ＡＨ７は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α株コンピテント細胞に形質転換された。アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼＡＩ７のポリペプチド配列は、配列番号５３に与えられ、図５８に示される。アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼＡＩ７タンパクは、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、製造者の指示に従って、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）を使って精製された。精製されたＡＩ７タンパクの分注は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。
【０２９２】
芳香族アミノトランスフェラーゼ活性は、過去に公表された方法（Ｙｖｏｎら、Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．　６３巻、４１４−４１９頁、１９９７年）に修正を施したものに従ってアッセイされた。前記アッセイは、２つの部分でできている。第１部は、芳香族アミノ酸フェニルアラニンを基質として用いるアミノトランスフェラーゼ反応で、グルタミン酸をα−ケトグルタル酸から生成する。前記アッセイの第２部は、前記グルタミン酸の発色測定である。フェニルアラニンのアミノ転移反応には、７０ｍＭ　Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ　ｐＨ８．０、３ｍＭ　Ｌ−フェニルアラニン、１０ｍＭ　α−ケトグルタル酸および０．０５μＭピリドキサール５’リン酸を含む反応混合液２５０μｌが、精製タンパクまたは溶出バッファーとともに３７°Ｃで１５分間インキュベーションされた。２０μｌの分注が取り出され、グルタミン酸レベルが、２．４Ｕ　グルタミン酸デヒドロゲナーゼ含有および不含の全体積２５０μｌのマイクロタイタープレートのウェル中の反応混合液（６５ｍＭ　Ｔｒｉｓ　ｐＨ９．０、１．３ｍＭ　ＥＤＴＡ、４０ｍＭ　ヒドラジン、１９．５ｍＭ　ＮＡＤ＋、６５ｍＭＡＤＰ）に添加されることにより決定された。反応は、３７°Ｃで４０分間インキュベーションされ、３４０ｎｍの吸光度がプレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｄｅｖｉｃｅｓ、Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ、カリフォルニア州）を使って測定された。精製されたＡＨ７−Ｈｉｓ−Ｔｈｉｏ融合タンパクの酵素活性が、精製された無関係なＨｉｓ−Ｔｈｉｏ融合タンパクと、これらの精製タンパクをＮｉ−ＮＴＡカラムから溶出するために用いられた溶出バッファーと、水のみと比較され、結果が表２３に示される。グルタミン酸濃度は標準曲線を用いて計算され、全サンプルおよび標準のアッセイは３重に繰り返して実行された。酵素活性は、毎分１ｍｌあたり生成されたグルタミン酸のμモル単位の数量で計算され、比活性は、製造者の指示に従ってＢＣＡタンパクアッセイキット（ピアース）を使って得たタンパク濃度を用いて計算された。結果は、無関係な融合タンパク、溶出バッファーおよび水はほとんどグルタミン酸生成がなかったが、ＡＰ５融合タンパクはフェニルアラニンを基質として用いる著しいアミノトランスフェラーゼ活性を示したことを表す。したがって、ＨＮ００１ＡＰ５は芳香族アミノ酸トランスフェラーゼをエンコードする。
【０２９３】
【表２３】
グルタミン酸生成により測定されたＨＮ００１ＡＨ７精製タンパクの芳香族アミノ酸トランスフェラーゼ活性
2004505632.tif 000030
【０２９４】
芳香族アミノ酸トランスフェラーゼ（ＥＣ２．６．１．５７）は、芳香族アミノ酸およびα−ケトグルタル酸と、その芳香族オキソ酸およびＬ−グルタミン酸との間でのアミノ基の転移を触媒する（ＭａｖｒｉｄｅｓおよびＯｒｒ、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５０巻、４１２８−４１３３頁、１９７５年）。酵素的なアミノ酸分解の産物は、チーズの風味の発生に主要な役割を果たす。芳香族アミノ酸からの分解産物は、チーズの風味に正と負との両方の影響を与える（ＤｕｎｎおよびＬｉｎｄｓａｙ、Ｊ．Ｄａｉｒｙ　Ｓｃｉ．６８巻、２８５９−２８７４頁、１９８５年、Ｅｎｇｅｌｓら、Ｉｎｔ．Ｄａｉｒｙ　Ｊ．　７巻、２２５−２６３頁、１９９７年）。したがって、ＨＮ００１芳香族アミノ酸トランスフェラーゼＡＰ５の用途は、
・風味および芳香の増強、
・酸化臭の除去
・生体アミンレベルの改変および
・代謝特性の改変
を含む。
【０２９５】
実施例２９
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来酢酸キナーゼの単離および特徴付け
配列番号３３に与えられ、図５９に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示された、酢酸キナーゼの完全長ポリヌクレオチド配列が、ラムノスス乳酸菌株から酢酸キナーゼＡＰ５遺伝子を増幅するために利用された。上流および下流のプライマーは、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。
【０２９６】
つぎに、ＡＰ５は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＳａｌ　Ｉ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌Ｋ１２ＸＬ−１Ｂｌｕｅ株コンピテント細胞に形質転換された。酢酸キナーゼＡＰ５のポリペプチド配列が配列番号７５に与えられ、図６０に示され、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、製造者の指示に従って、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）を使って精製された。精製されたＡＰ５タンパクの分注は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。
【０２９７】
ＡＰ５活性は、関連するカルバミン酸キナーゼの公表された分析方法（ＣｒｏｗおよびＴｈｏｍａｓ、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５０巻、１０２４−１０３２頁、１９８２年）に修正を施したものに基づいてアッセイされた。簡潔には、このアッセイは、アセチルリン酸およびＡＤＰが酢酸キナーゼ存在下でＣＯ２、ＮＨ３およびＡＴＰに変換されるように共役反応を利用する。生成されたＡＴＰは、酵素ヘキソキナーゼにより、グルコースに組み合わされてグルコース−６−リン酸となり、これは、ＮＡＤＰ＋補因子を利用するグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼにより還元される。ヘキソキナーゼ・グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ酵素は過剰量提供されるため、酢酸キナーゼ活性は３４０ｎｍの吸光度でＮＡＤＰＨ産生を監視することにより分光学的に評価することができる。２００ｍＭ　Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ　ｐＨ７．９を７３０μｌと、２００ｍＭ　アセチルリン酸を７３μｌと、２００ｍＭ　ＡＤＰを３６．５μｌと、２００ｍＭ　ＭｇＣｌ２を３６．５μｌと、５００ｍＭ　グルコースを７３μｌと、１００ｍＭ　ＮＡＤＰ＋を７μｌと、ヘキソキナーゼ・グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼを７μｌとの反応混合液が用意され、３７°Ｃで平衡化された。精製されたＡＰ５−ＧＳＴ融合タンパクおよび滅菌ミリＱ水が最終体積１ｍｌとなるように添加され、３４０ｎｍの吸光度の変化が測定された。酵素活性は、精製されたＡＰ５−ＧＳＴ融合タンパクと、無関係な融合タンパクと、これらの精製されたタンパクをセファロースカラムから溶出するのに用いられた溶出バッファーとの間で比較され、結果が表２４に示される。酵素活性は毎分１ｍｌあたり生成されたＮＡＰＤＨのμモル単位の数量として計算され、比活性は、製造者の指示に従って、ＢＣＡタンパクアッセイキット（ピアース）を使って得たタンパク濃度を用いて計算された。表２４の結果は、溶出バッファーおよび無関係なＧＳＴ−融合タンパクはほとんどあるいは全く酵素活性を示さなかったが、ＡＰ５−ＧＳＴ融合タンパクは著しい活性を示したことを表す。したがって、ＡＰ５はＨＮ００１酢酸キナーゼをエンコードする。
【０２９８】
【表２４】
ＨＮ００１タンパクＡＰ５の酢酸キナーゼ活性
2004505632.tif 000031
【０２９９】
酢酸キナーゼ（ＥＣ２．７．２．１）は、ＡＤＰとアセチルリン酸との間のリン酸基転移反応を触媒してＡＴＰおよび酢酸を生成する（ＮｉｓｈｉｍｕｒａおよびＧｒｉｆｆｉｔｈ、Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌ．７１巻、３１１−３１６頁、１９８１年）。それ自体が風味化合物である酢酸は、アンモニアおよび二酸化炭素を生成することができ、これら両方ともチーズにおいて風味および歯ごたえに重要な影響を与える（Ｆｏｘら、Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｆｏｏｄ　Ｓｃｉ．　Ｎｕｔｒ．　２９巻、２３７−５３頁、１９９０年）。ＨＮ００１酢酸キナーゼＡＰ５の用途は、
・風味および芳香の増強、
・酸化臭の除去、
・歯ごたえ特性の改変および
・代謝特性の改変
を含む。
【０３００】
実施例３０
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来塩基性表面タンパクの単離および特徴付け
配列番号６に与えられ、図６１に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示されたラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来塩基性表面タンパクの完全長ポリヌクレオチド配列が、塩基性表面タンパクＡＣ９遺伝子を、予測されるＮ末端のタイプＩＩシグナル配列を除いて増幅するために利用された。プライマー配列は配列番号３４および３５に与えられ、クローン化を容易にするために、それぞれＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。つぎに、ＡＣ９は、ｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクター（ファルマシア・バイオテク）のＥｃｏＲＩおよびＢａｍＨＩ部位とにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α株コンピテント細胞に形質転換された。塩基性表面タンパクＡＣ９のポリペプチド配列は配列番号４７に与えられ、図６２に示される。塩基性表面タンパクＡＣ９はグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）に結合され、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼが、製造者の指示に従って、塩基性表面タンパクＡＣ９を切断するのに用いられた。精製されたＡＣ９タンパクの分注は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。
【０３０１】
精製されたＡＣ９タンパク（１４μｇ）は、製造者の指示に従って、ＩＯＤＯ−ＢＥＡＤＳヨード化試薬（ピアース）を使って、０．１ｍＣｉのヨウ素−１２５（アマシャム・ファルマシア）で放射性ヨウ素化により標識された。放射性ヨウ素化タンパクは、溶出が１２回の５００μｌリン酸緩衝生理食塩水の分注により実行された点を除いては製造者の指示に従って、ＰＤ−１０脱塩カラム（アマシャム−ファルマシア）を使って、取り込まれなかったヨウ素−１２５および過剰量の沃化ナトリウムから分離された。溶出された分画中の放射活性は、Ｂｉｏｓｃａｎクイック・カウントＱＣ−４０００／ＸＥＲベンチトップ・ラジオアイソトープ・カウンター（Ｂｉｏｓｃａｎ社）で定量され、放射活性の最初のピークを含む分画（標識されたＡＣ９タンパクに対応）がプールされ、ウシ血清アルブミンが最終濃度１０ｍｇ／ｍｌとなるように添加された。
【０３０２】
細菌のアドヘシンに対するリガンドとして作用することが知られている小腸の表面タンパクと会合するタンパクに対するポリペプチドＡＣ９の結合を解析するために、異なる小腸タンパクリガンドが、製造者の指示に従って、コンバーチブル・フィルトレーション・マニホールド・システム（ライフ・テクノロジー）を使って、ニトロセルロース膜の上にドットブロットされた。ウシ皮膚由来タイプＩコラーゲンと、ヒト胎盤由来タイプＩＶコラーゲンと、ヒト血漿由来フィブロネクチンと、マウスＥｎｇｅｌｂｒｅｔｈ−Ｈｏｌｍ−Ｓｗａｒｍ肉腫の基底膜由来ラミニンと、ブタ小腸由来の部分精製されたタイプＩＩＩムチンと、陰性対照として含まれるウシ血清アルブミンとの約１μｇのドットが２重に重複してブロットされた。（全てのタンパクはシグマから入手した。）前記ブロットは、０．１％ツイーン２０および５ｍｇ／ｍｌ　ウシ血清アルブミンを含むｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水１０ｍｌ中で、オービタル・シェーカ上で室温１時間インキュベーションされた。放射性ヨウ素化されたＡＣ９タンパクが最終濃度約５００ｎｇ／ｍｌとなるように添加され、室温でさらに１時間インキュベーションされた。前記ブロットは、０．１％ツイーン２０を含むｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水約４０ｍｌで１０分間３回洗浄され、−８０°Ｃで終夜Ｘ線フィルムに対してオートラジオグラフィー露出された。このオートラジオグラフィー像は現像され、得られた画像はＦｌｕｏｒＳマルチ・イメージャー（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を用いてデジタル化された。前記小腸タンパクリガンドに対するＡＣ９タンパクの結合は、異なるリガンドに対して結合した放射能標識されたＡＣ９タンパクに由来するオートラジオグラフィー画像上のシグナル強度を測定し、ブランクフィルムのバックグランドの強度を差し引くことにより、Ｂｉｏ−Ｒａｄクオンティティ・ワンソフトウェアを使って定量化された。ブロットされたタンパクリガンドの相対量を定量化するために、ブロットは標準的な手順を用いてポンソーＳで染色され（Ａｕｓｕｂｅｌら、「Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ」、Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ、２００１年）、オートラジオグラフィー画像について定量化された。個々のリガンドに結合したＡＣ９タンパクに対応する強度が、前記リガンドのポンソーＳ染色の平均強度によって割り算され、それぞれのリガンドに結合したＡＣ９の相対量を算出した。ヨウ素化されたＡＣ９の結合（１．５０ｘ１０７ｄｐｍ）は、陽性対照として、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｅｕｔｅｒｉの粘膜接着促進タンパク（ｍａｐＡ）（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２９３８６０）をヨウ素化したものと、陰性対照として、無関係のＨＮ００１タンパクをヨウ素化したもの（７．００ｘ１０６ｄｐｍ）との結合と比較された。
【０３０３】
表２５の結果は、無関係なＨＮ００１タンパクは小腸接着リガンドのいずれとも結合しながったが、ＡＣ９および陽性対照のｍａｐＡタンパクの両方はムチンに対する著しい結合を示したことを表す。したがって、ＡＣ９はＨＮ００１の塩基性表面タンパクをエンコードする。
【０３０４】
【表２５】
陽性対照（ｍａｐＡ）および陰性対照（無関係なＨＮ００１タンパク）と比較された、小腸タンパクのドットブロットに対して結合した塩基性表面タンパクＡＣ９由来のオートラジオグラフィーのシグナル強度。結果は、２つドットの相対強度の平均を表す。
2004505632.tif 000032
【０３０５】
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｆｅｒｍｅｎｔｕｍの塩基性表面タンパクは、ＡＴＰ結合カセット（ＡＢＣ）レセプター溶質結合タンパクのファミリーに属する表面結合分子である（Ｔｕｒｎｅｒら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７９巻、３３１０−３３１６頁、１９９７年、Ｔａｍら、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．５７巻、３２０３４６頁、１９９３年）。塩基性表面タンパクは、システイン取り込みにも関与することが示されており（Ｔｕｒｎｅｒら、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８１巻、２１９２−２１９８頁、１９９９年）、新規なワクチン戦略の開発における免疫優性タンパク結合部位として利用されてきた（Ｔｕｒｎｅｒら、Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍ．６７巻、５４８６−５４８９頁、１９９９年）。ＨＮ００１塩基性表面タンパクＡＣ９の用途は、
・小腸表面および株細胞への接着の増強、
・小腸環境での生存率の増大、
・代謝特性の改変、
・風味または芳香特性の改変、
・プロバイオティックな効果の増強、
・細菌の粘膜表面への接着を阻止または改変する試薬および
・ワクチン担体の開発
を含む。
【０３０６】
実施例３１
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来外膜タンパクＡの単離および特徴付け
配列番号２７に与えられ、図６３に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示された、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来外膜タンパクＡの完全長ポリヌクレオチド配列が、ＡＬ８外膜タンパクＡ遺伝子を増幅するために利用された。プライマー配列は配列番号３６および３７にそれぞれ与えられ、クローン化を容易にするために、ＢａｍＨＩおよびＸｈｏ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。つぎに、ＡＬ８は、ＢａｍＨＩ／Ｘｈｏ　Ｉで切断されたｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクターにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α細胞に形質転換された。ＡＬ８外膜タンパクＡのポリペプチド配列は配列番号６９に与えられ、図６４に示される。ＡＬ８外膜タンパクＡは、製造者の指示に従って、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）に結合され、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼがＡＬ８外膜タンパクＡを切断するために用いられた。精製されたＡＬ８タンパクの分注がＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析でチェックされた。
【０３０７】
精製されたＡＬ８タンパク（２０μｇ）は、製造者の指示に従って、ＩＯＤＯ−ＢＥＡＤＳヨード化試薬（ピアース）を使って、０．１ｍＣｉのヨウ素−１２５（アマシャム・ファルマシア）で放射性ヨウ素化により標識された。放射性ヨウ素化タンパクは、溶出が１２回の５００μｌリン酸緩衝生理食塩水の分注により実行された点を除いては製造者の指示に従って、ＰＤ−１０脱塩カラム（アマシャム−ファルマシア）を使って、取り込まれなかったヨウ素−１２５および過剰量の沃化ナトリウムから分離された。溶出された分画中の放射活性は、Ｂｉｏｓｃａｎクイック・カウントＱＣ−４０００／ＸＥＲベンチトップ・ラジオアイソトープ・カウンター（Ｂｉｏｓｃａｎ社）で定量され、放射活性の最初のピークを含む分画（標識されたＡＬ８タンパクに対応）がプールされ、ウシ血清アルブミンが最終濃度１０ｍｇ／ｍｌとなるように添加された。
【０３０８】
細菌のアドヘシンに対するリガンドとして作用することが知られている小腸の表面タンパクと会合するタンパクに対するポリペプチドＡＬ８の結合を解析するために、異なる小腸タンパクリガンドが、製造者の指示に従って、コンバーチブル・フィルトレーション・マニホールド・システム（ライフ・テクノロジー）を使って、ニトロセルロース膜の上にドットブロットされた。ウシ皮膚由来タイプＩコラーゲンと、ヒト胎盤由来タイプＩＶコラーゲンと、ヒト血漿由来フィブロネクチンと、マウスＥｎｇｅｌｂｒｅｔｈ−Ｈｏｌｍ−Ｓｗａｒｍ肉腫の基底膜由来ラミニンと、ブタ小腸由来の部分精製されたタイプＩＩＩムチンと、陰性対照として含まれるウシ血清アルブミンとの約１μｇのドットが２重に重複してブロットされた。（全てのタンパクはシグマから入手した。）前記ブロットは、０．１％ツイーン２０および５ｍｇ／ｍｌ　ウシ血清アルブミンを含むｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水１０ｍｌ中で、オービタル・シェーカ上で室温１時間インキュベーションされた。放射性ヨウ素化されたＡＬ８タンパクが最終濃度約５００ｎｇ／ｍｌとなるように添加され、室温でさらに１時間インキュベーションされた。前記ブロットは、０．１％ツイーン２０を含むｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水約４０ｍｌで１０分間３回洗浄され、−８０°Ｃで終夜Ｘ線フィルムに対してオートラジオグラフィー露出された。このオートラジオグラフィー像は現像され、得られた画像はＦｌｕｏｒＳマルチ・イメージャー（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を用いてデジタル化された。前記小腸タンパクリガンドに対するＡＬ８タンパクの結合は、異なるリガンドに対して結合した放射能標識されたＡＬ８タンパクに由来するオートラジオグラフィー画像上のシグナル強度を測定し、ブランクフィルムのバックグランドの強度を差し引くことにより、Ｂｉｏ−Ｒａｄクオンティティ・ワンソフトウェアを使って定量化された。ブロットされたタンパクリガンドの相対量を定量化するために、ブロットは標準的な手順を用いてポンソーＳで染色され（Ａｕｓｕｂｅｌら、「Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ」、Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ、２００１年）、オートラジオグラフィー画像について定量化された。個々のリガンドに結合したＡＬ８タンパクに対応する強度が、前記リガンドのポンソーＳ染色の平均強度によって割り算され、それぞれのリガンドに結合したＡＬ８の相対量を算出した。ヨウ素化されたＡＬ８の結合（３．２ｘ１０７ＤＰＭ）は、陽性対照として、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｅｕｔｅｒｉの粘膜接着促進タンパク（ｍａｐＡ、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２９３８６０）をヨウ素化したもの（６．６ｘ１０６ｄｐｍ）と、陰性対照として、無関係のＨＮ００１タンパクをヨウ素化したもの（７．０ｘ１０６ＤＰＭ）との結合と比較された。
【０３０９】
表２６の結果は、無関係なラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株タンパクは小腸接着リガンドのいずれとも結合しながったが、ＡＬ８および陽性対照のｍａｐＡタンパクの両方はムチンとの著しい結合を示したことを表した。したがって、ＡＬ８はＨＮ００１外膜タンパクＡをエンコードする。
【０３１０】
【表２６】
陽性対照（ｍａｐＡ）および陰性対照（無関係なＨＮ００１タンパク）と比較された、小腸タンパクのドットブロットに対して結合した塩基性表面タンパクＡＬ８由来のオートラジオグラフィーのシグナル強度。結果は、２つドットの相対強度の平均を表す。
2004505632.tif 000033
【０３１１】
Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ　ｓｐｐ．の外膜タンパクＡは、リケッチアの宿主細胞への接着に必要な１９０ｋＤａの表面結合分子である（ＬｉおよびＷａｌｋｅｒ、Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ　Ｐａｔｈ．１７９巻、３３１０−３３１６頁、１９９８年）。リケッチアの外膜タンパクＡは、免疫優性タンパクで、リケッチアの株の血清タイピングに利用されてきた（Ｐｈｉｌｉｐら、Ｊ．Ｉｍｍ．１２１巻、１９６１１９６８頁、１９７８年）。ＨＮ００１ＡＬ８外膜タンパクＡの用途は、
・小腸表面および株細胞への接着の増強、
・小腸環境での生存率の増大、
・代謝特性の改変、
・風味または芳香特性の改変、
・プロバイオティックな効果の増強、
・細菌の粘膜表面への接着を阻止または改変する試薬および
・ワクチン担体の開発
を含む。
【０３１２】
実施例３２
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来細胞外マトリクス結合タンパクの単離および特徴付け
配列番号２８に与えられ、図６５に示された、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来細胞外マトリクス結合タンパク、ＡＭ４の完全長ポリヌクレオチド配列が、細胞外マトリクス結合タンパクＡＭ４の遺伝子のＮ末端領域を増幅するために利用された。プライマー配列は配列番号３８および３９にそれぞれ与えられ、クローン化を容易にするために、ＥｃｏＲＩおよびＮｏｔ　Ｉ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。つぎに、ＡＭ４配列は、ＥｃｏＲＩ／Ｎｏｔ　Ｉで切断されたｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクターにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α細胞に形質転換された。細胞外マトリクス結合タンパクＡＭ４のポリペプチド配列は配列番号７０に与えられ、図６６に示される。細胞外マトリクス結合タンパクＡＭ４は、製造者の指示に従って、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、製造者の指示に従って、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）を使って精製された。精製されたＡＭ４タンパクの分注がＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析でチェックされた。
【０３１３】
精製されたＡＭ４タンパク（１０μｇ）は、製造者の指示に従って、ＩＯＤＯ−ＢＥＡＤＳヨード化試薬（ピアース）を使って、０．１ｍＣｉのヨウ素−１２５（アマシャム・ファルマシア）で放射性ヨウ素化により標識された。放射性ヨウ素化タンパクは、溶出が１２回の５００μｌリン酸緩衝生理食塩水の分注により実行された点を除いては製造者の指示に従って、ＰＤ−１０脱塩カラム（アマシャム−ファルマシア）を使って、取り込まれなかったヨウ素−１２５および過剰量の沃化ナトリウムから分離された。溶出された分画中の放射活性は、Ｂｉｏｓｃａｎクイック・カウントＱＣ−４０００／ＸＥＲベンチトップ・ラジオアイソトープ・カウンター（Ｂｉｏｓｃａｎ社）で定量され、放射活性の最初のピークを含む分画（標識されたＡＭ４タンパクに対応）がプールされ、ウシ血清アルブミンが最終濃度１０ｍｇ／ｍｌとなるように添加された。
【０３１４】
細菌のアドヘシンに対するリガンドとして作用することが知られている小腸の表面タンパクと会合するタンパクに対するポリペプチドＡＭ４の結合を解析するために、異なる小腸タンパクリガンドが、製造者の指示に従って、コンバーチブル・フィルトレーション・マニホールド・システム（ライフ・テクノロジー）を使って、ニトロセルロース膜の上にドットブロットされた。ウシ皮膚由来タイプＩコラーゲンと、ヒト胎盤由来タイプＩＶコラーゲンと、ヒト血漿由来フィブロネクチンと、マウスＥｎｇｅｌｂｒｅｔｈ−Ｈｏｌｍ−Ｓｗａｒｍ肉腫の基底膜由来ラミニンと、ブタ小腸由来の部分精製されたタイプＩＩＩムチンと、陰性対照として含まれるウシ血清アルブミンとの約１μｇのドットが２重に重複してブロットされた。（全てのタンパクはシグマから入手した。）前記ブロットは、０．１％ツイーン２０および５ｍｇ／ｍｌ　ウシ血清アルブミンを含むｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水１０ｍｌ中で、オービタル・シェーカ上で室温１時間インキュベーションされた。放射性ヨウ素化されたＡＭ４タンパクが最終濃度約５００ｎｇ／ｍｌとなるように添加され、室温でさらに１時間インキュベーションされた。前記ブロットは、０．１％ツイーン２０を含むｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水約４０ｍｌで１０分間３回洗浄され、−８０°Ｃで終夜Ｘ線フィルムに対してオートラジオグラフィー露出された。このオートラジオグラフィー像は現像され、得られた画像はＦｌｕｏｒＳマルチ・イメージャー（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を用いてデジタル化された。前記小腸タンパクリガンドに対するＡＭ４タンパクの結合は、異なるリガンドに対して結合した放射能標識されたＡＭ４タンパクに由来するオートラジオグラフィー画像上のシグナル強度を測定し、ブランクフィルムのバックグランドの強度を差し引くことにより、Ｂｉｏ−Ｒａｄクオンティティ・ワンソフトウェアを使って定量化された。ブロットされたタンパクリガンドの相対量を定量化するために、ブロットは標準的な手順を用いてポンソーＳで染色され（Ａｕｓｕｂｅｌら、「Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ」、Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ、２００１年）、オートラジオグラフィー画像について定量化された。個々のリガンドに結合したＡＭ４タンパクに対応する強度が、前記リガンドのポンソーＳ染色の平均強度によって割り算され、それぞれのリガンドに結合したＡＭ４の相対量を算出した。ヨウ素化されたＡＭ４の結合（３．３ｘ１０７ＤＰＭ）は、陽性対照として、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｅｕｔｅｒｉの粘膜接着促進タンパク（ｍａｐＡ、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２９３８６０）をヨウ素化したもの（６．６ｘ１０６ＤＰＭ）と、陰性対照として、無関係のＨＮ００１タンパクをヨウ素化したもの（７．０ｘ１０６ｄｐｍ）との結合と比較された。
【０３１５】
表２７の結果は、無関係なＨＮ００１タンパクは小腸の接着リガンドとはほとんどあるいは全く結合しなかったが、ＡＭ４融合タンパクは、ムチンと、タイプＩおよびＩＶのコラーゲンとに著しく結合し、陽性対照のｍａｐＡタンパクと非常に類似した結合パターンを示したことを表す。
【０３１６】
【表２７】
陽性対照（ｍａｐＡ）および陰性対照（無関係なＨＮ００１タンパク）と比較された、小腸タンパクのドットブロットに対して結合した細胞外マトリクス結合タンパクＡＭ４−ＧＳＴ融合タンパク由来のオートラジオグラフィーのシグナル強度。結果は、２つドットの相対強度の平均を表す。
2004505632.tif 000034
【０３１７】
細胞外マトリクス結合タンパクは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ　ｓｐｐ．が組織の創傷の際に露出される細胞外マトリクスに接着するのに必要な表面結合分子である（Ｍａｎｇａｎｅｌｌｉおよびｖａｎ　ｄｅ　Ｒｉｊｎ、Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍ．６７巻、５０−５６頁、１９９９年）。ＨＮ００１細胞外マトリクス結合タンパクＡＭ４の用途は、
・小腸表面および株細胞への接着の増強、
・小腸環境での生存率の増大、
・歯ごたえ特性の改変、
・プロバイオティックな効果の増強、
・細菌の粘膜表面への接着を阻止または改変する試薬および
・ワクチン担体の開発
を含む。
【０３１８】
実施例３３
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来高分子量接着タンパクの単離および特徴付け
配列番号２６に与えられ、図６７に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示された、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来高分子量接着タンパクＡＬ７の完全長ポリヌクレオチド配列が、高分子量接着タンパクＡＬ７の遺伝子のＮ末端領域を増幅するために利用された。プライマー配列はそれぞれ配列番号４０および４１に与えられ、クローン化を容易にするために、ＢａｍＨＩおよびＥｃｏＲＩ制限エンドヌクレアーゼ認識配列でタグ付けされた。つぎに、ＡＬ４は、ＢａｍＨＩ／ＥｃｏＲＩで切断されたｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクターにクローン化され、標準的な実験プロトコールに従って、大腸菌ＤＨ５α細胞に形質転換された。高分子量接着タンパクＡＬ７のポリペプチド配列は配列番号６８に与えられ、図６８に示される。高分子量接着タンパクＡＬ７はグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、発現はＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。
【０３１９】
ＡＬ７−ＧＳＴ融合タンパクを発現するｐＧＥＸ−６Ｐ−３を含むＤＨ５αクローンの溶菌液と、無関係なＨＮ００１のＧＳＴ−融合タンパクを発現するｐＧＥＸ−６Ｐ−３を含むＤＨ５αクローンの溶菌液と、（標準的な実験方法により調製された）菌体壁細胞質ＨＮ００１タンパク粗標品とがＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離された。タンパクは、製造者の指示に従って、トランス−ブロットＳＤセミドライ電気泳動トランスファーセル（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を使ってニトロセルロース膜の上にブロッティングされた。ニトロセルロースのブロットは、０．１％ツイーン２０入りリン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．４（ＰＢＳ−Ｔ）に５％脱脂乾燥ミルクを添加したものの中で４°Ｃ終夜ブロッキングされた。（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　ｏｆ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍａｓｓｅｙ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、Ｐａｌｍｅｒｓｔｏｎ　Ｎｏｒｔｈ，ニュージーランドのＤｒ．Ｐａｕｌ　Ｏ’Ｔｏｏｌｅより供与された）ＨＮ００１菌体壁タンパクに対して作成されたウサギ抗血清が５％脱脂乾燥ミルク入りＰＢＳ−Ｔに１：５０００に希釈され、前記ブロットと室温１時間インキュベーションされた。前記ブロットは、３回それぞれＰＢＳ−Ｔで１５分間洗浄され、西洋ワサビペロキシダーゼ標識された抗ウサギＩｇ抗体（アマシャム・ファルマシア）の１：３０００希釈を含む５％脱脂乾燥ミルク入りＰＢＳ−Ｔ５０ｍｌ中で室温２０分間インキュベーションされた。前記ブロットは、それぞれ室温１５分間ずつ６回洗浄され、結合は製造者の指示に従って、ＥＣＬウェスタンブロッティング検出システム（アマシャム・ファルマシア）を使って可視化された。
【０３２０】
ウェスタンブロッティングの結果は、ＨＮ００１菌体壁標品に対する前記抗血清が多数のＨＮ００１由来タンパクを検出したことを明らかにした。これらのタンパクのいくつかは、ＨＮ００１の菌体壁および細胞質標品の両方に見つかったが、これらのタンパクは約６６ｋＤａ以下のバンドからなっていた。さらに、ＨＮ００１細胞質タンパク標品には存在しない多数の高分子量タンパクのバンドがＨＮ００１菌体壁標品で検出された。これらのバンドは、約１３０ｋＤａから約２２０ｋＤａまたはそれ以上の範囲にあった。したがって、前記菌体壁抗血清は、いくつかのＨＮ００１由来の大きな菌体壁タンパクを特異的に検出した。大腸菌抽出物のうち、唯一のシグナルは、ＡＬ７のＮ末端領域を発現するｐＧＥＸ−６Ｐ−３を含むＤＨ５αクローンの溶菌液から発していた。この強いバンドは、約９７ｋＤａで、ＡＬ７―ＧＳＴ融合タンパクと同じサイズであった。無関係なタンパクを発現する大腸菌クローン由来の溶菌液は、前記ＨＮ００１菌体壁抗血清との交差反応を全く示さなかった。このデータは、菌体表面のＡＬ７が高分子量接着タンパクをエンコードすることを表している。
【０３２１】
前記高分子量接着タンパクは、ヒト株細胞との接着に関与することが示されているＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ　ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅの表面結合分子（ＢａｒｅｎｋａｍｐおよびＳｔ　Ｇｅｍｅ、Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１９巻、１２１５−１２２３頁、１９９６年、Ｓｔ　Ｇｅｍｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．　Ｓｃｉ．ＵＳＡ　９０巻、２８７５−２８７９頁、１９９３年）のホモログである。ＨＮ００１高分子量接着タンパクＡＬ７の用途は、
・小腸表面および株細胞への接着の増強、
・小腸環境での生存率の増大、
・歯ごたえ特性の改変、
・プロバイオティック効果の増強、
・細菌の表面への接着を阻止または改変する試薬および
・ワクチン担体の開発
を含む。
【０３２２】
実施例３４
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株由来細胞周辺腔結合タンパク１の単離および特徴付け
配列番号１６に与えられ、図６９に箱に囲まれたＡＴＧ開始コドンおよび翻訳停止コドンとともに示された、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株細胞周辺腔結合タンパク１（ＰＥＢ１）、ＡＪ４の完全長ポリヌクレオチド配列が、標準的な実験法に従ってＰＣＲによりＨＮ００１株のゲノムＤＮＡからＰＥＢ１　ＡＪ４遺伝子を増幅するために利用された。ＡＪ４のＰＣＲ産物は、精製され、ＢａｍＨＩ／ＥｃｏＲＩで切断されたｐＧＥＸ−６Ｐ−３発現ベクターにクローン化され、標準的な実験法に従って、大腸菌ＤＨ５α細胞に形質転換された。ＰＥＢ１　ＡＪ４のポリペプチド配列は、配列番号５８に与えられ、図７０に示される。ＰＥＢ１　ＡＪ４は、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパクとして発現され、グルタチオンセファロース４Ｂ樹脂（ファルマシア・バイオテク）に結合され、製造者の指示に従って、ＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎプロテアーゼがＰＥＢ１　ＡＪ４タンパクを切断するために用いられた。精製されたＡＪ４タンパクがＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析によりチェックされた。
【０３２３】
精製されたＡＪ４タンパク（１０μｇ）は、製造者の指示に従って、ＩＯＤＯ−ＢＥＡＤＳヨード化試薬（ピアース）を使って、０．１ｍＣｉのヨウ素−１２５（アマシャム・ファルマシア）で放射性ヨウ素化により標識された。放射性ヨウ素化タンパクは、溶出が１２回の５００μｌリン酸緩衝生理食塩水の分注により実行された点を除いては製造者の指示に従って、ＰＤ−１０脱塩カラム（アマシャム−ファルマシア）を使って、取り込まれなかったヨウ素−１２５および過剰量の沃化ナトリウムから分離された。溶出された分画中の放射活性は、Ｂｉｏｓｃａｎクイック・カウントＱＣ−４０００／ＸＥＲベンチトップ・ラジオアイソトープ・カウンター（Ｂｉｏｓｃａｎ社）で定量され、放射活性の最初のピークを含む分画（標識されたＡＪ４タンパクに対応）がプールされ、ウシ血清アルブミンが最終濃度１０ｍｇ／ｍｌとなるように添加された。
【０３２４】
細菌のアドヘシンに対するリガンドとして作用することが知られている小腸の表面タンパクと会合するタンパクに対するポリペプチドＡＪ４の結合を解析するために、異なる小腸タンパクリガンドが、製造者の指示に従って、コンバーチブル・フィルトレーション・マニホールド・システム（ライフ・テクノロジー）を使って、ニトロセルロース膜の上にドットブロットされた。ウシ皮膚由来タイプＩコラーゲンと、ヒト胎盤由来タイプＩＶコラーゲンと、ヒト血漿由来フィブロネクチンと、マウスＥｎｇｅｌｂｒｅｔｈ−Ｈｏｌｍ−Ｓｗａｒｍ肉腫の基底膜由来ラミニンと、ブタ小腸由来の部分精製されたタイプＩＩＩムチンと、陰性対照として含まれるウシ血清アルブミンとの約１μｇのドットが２重に重複してブロットされた。（全てのタンパクはシグマから入手した。）前記ブロットは、０．１％ツイーン２０および５ｍｇ／ｍｌ　ウシ血清アルブミンを含むｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水１０ｍｌ中で、オービタル・シェーカ上で室温１時間インキュベーションされた。放射性ヨウ素化されたＡＪ４タンパクが最終濃度約５００ｎｇ／ｍｌとなるように添加され、室温でさらに１時間インキュベーションされた。前記ブロットは、０．１％ツイーン２０を含むｐＨ７．４のリン酸緩衝生理食塩水約４０ｍｌで１０分間３回洗浄され、−８０°Ｃで終夜Ｘ線フィルムに対してオートラジオグラフィー露出された。このオートラジオグラフィー像は現像され、得られた画像はＦｌｕｏｒＳマルチ・イメージャー（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を用いてデジタル化された。前記小腸タンパクリガンドに対するＡＪ４タンパクの結合は、異なるリガンドに対して結合した放射能標識されたＡＪ４タンパクに由来するオートラジオグラフィー画像上のシグナル強度を測定し、ブランクフィルムのバックグランドの強度を差し引くことにより、Ｂｉｏ−Ｒａｄクオンティティ・ワンソフトウェアを使って定量化された。ブロットされたタンパクリガンドの相対量を定量化するために、ブロットは標準的な手順を用いてポンソーＳで染色され（Ａｕｓｕｂｅｌら、「Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ」、Ｊｏｈｎ　Ｗｉｌｅｙ　＆　Ｓｏｎｓ、２００１年）、オートラジオグラフィー画像について定量化された。個々のリガンドに結合したＡＪ４タンパクに対応する強度が、前記リガンドのポンソーＳ染色の平均強度によって割り算され、それぞれのリガンドに結合したＡＪ４の相対量を算出した。ヨウ素化されたＡＪ４の結合（２．６ｘ１０６ＤＰＭ）は、陽性対照として、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ　ｒｅｕｔｅｒｉの粘膜接着促進タンパク（ｍａｐＡ、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＪ２９３８６０）をヨウ素化したもの（１．３ｘ１０６ＤＰＭ）と、陰性対照として、無関係のＨＮ００１タンパクをヨウ素化したもの（１．４ｘ１０６ｄｐｍ）との結合と比較された。
【０３２５】
図７１に示された結果は、無関係のＨＮ００１タンパクは前記小腸タンパクとの著しい結合を示さないが、ＡＪ４および陽性対照のｍａｐＡタンパクはムチンとの著しい結合を示したことを表す。ＡＪ４は、ラミニン、フィブロネクチンおよびタイプＩＶコラーゲンとの結合も少し示した。したがって、ＡＪ４は、ＨＮ００１ＰＥＢ１をエンコードする。図７１は、陽性対照（ｍａｐＡタンパク、白い棒）および陰性対照（無関係なＨＮ００１タンパク、黒い棒）と対比された、小腸タンパクのドットブロットに対するＡＪ４タンパク（灰色の棒）からのオートラジオグラフィーのシグナルの相対強度を示す。それぞれのドットについての（２重に繰り返された）結果が示される。
【０３２６】
ＰＥＢ１は、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ　ｓｐｐ．の小腸上皮への接着に必要な表面結合分子で、効果的な消化管環境の転移増殖に必要である（Ｐｅｉら、Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍ．６６巻、９３８−９４３頁、１９９８年、ＰｅｉおよびＢｌａｓｅｒ、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８巻、１８７１７−１８７２５頁、１９９３年）。ＨＮ００１ＰＥＢ１　ＡＪ４の用途は、
・小腸表面および株細胞への接着の増強、
・小腸環境での生存率の増大、
・歯ごたえ特性の改変、
・プロバイオティック効果の増強、
・細菌の表面への接着を阻止または改変する試薬および
・ワクチン担体の開発
を含む。
【０３２７】
配列番号１−８３は、添付する配列表に列挙される。前記添付する配列表に用いられるヌクレオチド配列コードは、記号「ｎ」を含めて、ＷＩＰＯ標準ＳＴ．２５（１９９８年）、付属文書２、表１を遵守している。
【０３２８】
以上の明細書において本発明は一定の好ましい実施態様との関係で説明され、多くの詳細が例示の目的で提示されてきたが、本発明は更なる実施態様が可能であり、ここに説明された詳細のあるものは本発明の基本原理から逸脱することなく、かなり変形される場合があることは、当業者には自明である。
【図面の簡単な説明】
【図１】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株のエステラーゼ遺伝子ＡＡ７を含むヌクレオチド配列である。
【図２】
ＨＮ００１株エステラーゼＡＡ７のアミノ酸配列である。
【図３】
ＡＡ７融合タンパクのエステラーゼ活性を示すグラフである。
【図４】
前記ＡＡ７融合タンパクの用量−反応を示すグラフである。
【図５】
セリンエステラーゼ阻害剤ＰＭＳＦのエステラーゼＡＡ７活性に対する効果を示すグラフである。
【図６】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株自己凝集遺伝子ＡＧ５を含むヌクレオチド配列である。
【図７】
ＨＮ００１自己凝集遺伝子ＡＧ５のアミノ酸配列である。
【図８】
図８Ａは、ＧＳＴタグ付けされたＡＧ５自己凝集タンパクの存在下でのラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株の洗浄された菌体細胞が明らかに凝集していることを示す位相差顕微鏡写真画像（露出　１／８秒、最終倍率　ｘ２４０）である。図８Ｂは、陰性対照として、ＧＳＴでタグ付けされた無関係な（非接着性の）ＨＮ００１タンパクの存在下ではラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株菌体細胞の凝集は見られないことを示す位相差顕微鏡写真画像（露出　１／８秒、最終倍率　ｘ２４０）である。
【図９】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株リンゴ酸酵素遺伝子ＡＡ５を含むヌクレオチド配列ある。
【図１０】
ＨＮ００１リンゴ酸酵素ＡＡ５のアミノ酸配列である。
【図１１】
ＥＪ１３２１細胞形質転換体の粗溶解物製剤によるピルビン酸還元速度として計測されたリンゴ酸酵素の活性を示すグラフである。
【図１２】
ＥＪ１３２１粗溶解物の用量を増加することがリンゴ酸酵素活性に与える効果を示すグラフである。
【図１３】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株リンゴ酸デヒドロゲナーゼ遺伝子ＡＧ３を含むヌクレオチド配列である。
【図１４】
ＨＮ００１リンゴ酸デヒドロゲナーゼＡＧ３のアミノ酸配列である。
【図１５】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ジヒドロジピコリン酸シンターゼ遺伝子ＡＩ２を含むヌクレオチド配列である。
【図１６】
ＨＮ００１ジヒドロジピコリン酸シンターゼＡＩ２のアミノ酸配列である。
【図１７】
ラムノスス乳酸菌株アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ遺伝子ＡＨ９を含むヌクレオチド配列である。
【図１８】
ＨＮ００１アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼＡＨ９のアミノ酸配列である。
【図１９】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株セリンデヒドラターゼサブユニットα（ＡＦ７）およびβ（ＡＦ８）を含むヌクレオチド配列である。
【図２０】
初期濃度５ｍＭのセリンを含む液体培地の中のＨＮ００１株によるセリンの利用の百分率を示すグラフである。
【図２１】
初期濃度１２ｍＭのセリンを含む液体培地の中でのＨＮ００１株によるセリンの利用の百分率を示すグラフである。
【図２２】
図２２Ａは、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株セリンデヒドラターゼサブユニットβ（ＡＦ７）のアミノ酸配列であり、図２２Ｂは、ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株セリンデヒドラターゼサブユニットα（ＡＦ８）のアミノ酸配列である。
【図２３】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ヒスチヂノール−リン酸アミノトランスフェラーゼ遺伝子ＡＧ２を含むヌクレオチド配列である。
【図２４】
ＨＮ００１ヒスチヂノール−リン酸アミノトランスフェラーゼＡＧ２のアミノ酸配列である。
【図２５】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼ遺伝子ＡＪ６を含むヌクレオチド配列である。
【図２６】
ＨＮ００１ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼＡＪ６のアミノ酸配列である。
【図２７】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼ遺伝子ＡＪ７を含むヌクレオチド配列である。
【図２８】
ｍａｌＹ−アミノトランスフェラーゼＡＪ７のアミノ酸配列である。
【図２９】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株シスタチオンβ−リアーゼ遺伝子ＡＣ８を含むヌクレオチド配列である。
【図３０】
シスタチオンβ−リアーゼＡＣ８のアミノ酸配列である。
【図３１】
メルカプチド形成の速度として計測されたシスタチオンβ−リアーゼ活性を示す実験結果のグラフである。
【図３２】
実験的に決定されたＡＣ８融合タンパクの用量−反応を示すグラフである。
【図３３】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４を含むヌクレオチド配列である。
【図３４】
ＨＮ００１ホスホエノールピルビン酸ヒドラターゼＡＫ４のアミノ酸配列である。
【図３５】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株タガトース・ビスフォスフェート・アルドラーゼＡＫ１を含むヌクレオチド配列である。
【図３６】
ＨＮ００１タガトース・ビスフォスフェート・アルドラーゼＡＫ１のアミノ酸配列である。
【図３７】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ホスホグリセレート・キナーゼＡＫ６を含むヌクレオチド配列である。
【図３８】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ホスホグリセレート・キナーゼＡＫ６のアミノ酸配列である。
【図３９】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株トリオースフォスフェート・イソメラーゼＡＫ５を含むヌクレオチド配列である。
【図４０】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株トリオースフォスフェート・イソメラーゼＡＫ５のアミノ酸配列である。
【図４１】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株リン酸基担体タンパクＨＰＲ　ＡＡ９を含むヌクレオチド配列である。
【図４２】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株リン酸基担体タンパクＨＰＲＡＡ９のアミノ酸配列である。
【図４３】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＡＫ７を含むヌクレオチド配列である。
【図４４】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼＡＫ７のアミノ酸配列である。
【図４５】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ｓｏｒＲ転写調節因子ＡＬ３を含むヌクレオチド配列である。
【図４６】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ｓｏｒＲ転写調節因子ＡＬ３のアミノ酸配列である。
【図４７】
ラムノスス乳酸菌株ｆｐｇ遺伝子ＡＬ４を含むヌクレオチド配列である。
【図４８】
ＨＮ００１ｆｐｇＡＬ４のアミノ酸配列である。
【図４９】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株アセトイン・デヒドロゲナーゼ遺伝子ＡＰ１を含むヌクレオチド配列である。
【図５０】
ＨＮ００１アセトイン・デヒドロゲナーゼＡＰ１のアミノ酸配列である。
【図５１】
ＮＡＤＨコ・ファクターの酸化をアセトイン基質存在下での３４０ｎｍでのＯＤにより計測したアセトイン・レダクターゼアッセイの実験結果を示すグラフである。
【図５２】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼ遺伝子ＡＩ７を含むヌクレオチド配列である。
【図５３】
ＨＮ００１アフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼＡＩ７のアミノ酸配列である。
【図５４】
アセトイン基質存在下でのＮＡＤＰＨコ・ファクターの酸化によるアフラトキシンＢ１アルデヒド・レダクターゼのアッセイの実験結果を示すグラフである。
【図５５】
６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ酵素活性の実験的決定を示すグラフである。
【図５６】
Ａ０５−ＧＳＴ融合タンパクをエンコードするｐＧｅｘ−６Ｐ−３で形質転換された株由来の粗溶解物の用量を増加させて基質の消費により実験的に計測された６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼ酵素活性を示すグラフである。
【図５７】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株芳香族アミノトランスフェラーゼ遺伝子ＡＨ７を含むヌクレオチド配列である。
【図５８】
ＨＮ００１芳香族アミノトランスフェラーゼＡＨ７のアミノ酸配列である。
【図５９】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株酢酸キナーゼ遺伝子ＡＰ５を含むヌクレオチド配列である。
【図６０】
ＨＮ００１酢酸キナーゼＡＰ５のアミノ酸配列である。
【図６１】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株塩基性（ｂａｓｉｃ）表面タンパク遺伝子ＡＣ９を含むヌクレオチド配列である。
【図６２】
ＨＮ００１塩基性表面タンパクＡＣ９のアミノ酸配列である。
【図６３】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株芳香族外膜タンパクＡのＡＬ８を含むヌクレオチド配列である。
【図６４】
ＨＮ００１外膜タンパクＡＬ８のアミノ酸配列である。
【図６５】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株芳香族細胞外マトリクス結合タンパクＡＭ４を含むヌクレオチド配列ある。
【図６６】
ＨＮ００１細胞外マトリクス結合タンパクＡＭ４のアミノ酸配列である。
【図６７】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株芳香族高分子量接着タンパクＡＬ７を含むヌクレオチド配列である。
【図６８】
ＨＮ００１高分子量接着タンパクＡＬ７のアミノ酸配列である。
【図６９】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株芳香族ＰＥＢ１　ＡＪ４を含むヌクレオチド配列である。
【図７０】
ＨＮ００１ＰＥＢ１　ＡＪ４のアミノ酸配列である。
【図７１】
腸のタンパクのドットブロットと結合したＡＪ４タンパク（灰色の棒）からのオートラジオグラフィーのシグナルの相対強度を、陽性対照（ｍａｐＡ、白い棒）と、陰性対照（無関係なＨＮ００１のタンパク、黒い棒）と対比して示す棒グラフである。
【図７２】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ジヒドロジピコリン酸レダクターゼＡＩ３を含むヌクレオチド配列である。
【図７３】
ＨＮ００１ジヒドロジピコリン酸レダクターゼＡＩ３のアミノ酸配列である。
【図７４】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株フルクトース−ビスリン酸アルドラーゼＡＭ８を含むヌクレオチド配列である。
【図７５】
ＨＮ００１フルクトース−ビスリン酸アルドラーゼＡＭ８のアミノ酸配列である。
【図７６】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株シャペロンタンパクｄｎａＫ　ＡＭ９を含むヌクレオチド配列である。
【図７７】
ＨＮ００１シャペロンタンパクｄｎａＫ　ＡＭ９のアミノ酸配列である。
【図７８】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼＡＯ５を含むヌクレオチド配列である。
【図７９】
ＨＮ００１６−ホスホ−β−ガラクトシダーゼＡＯ５のアミノ酸配列である。
【図８０】
ラムノスス乳酸菌ＨＮ００１株ペプチダーゼＰｅｐＯを含むヌクレオチド配列である。
【図８１】
ＨＮ００１ペプチダーゼＰｅｐＯのアミノ酸配列である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
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【図４６】
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【図４７】
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【図４８】
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【図４９】
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【図５０】
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【図５１】
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【図５３】
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【図５５】
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【図５６】
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【図５７】
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【図５８】
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【図５９】
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【図６０】
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【図６１】
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【図６５】
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【図６６】
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【図６７】
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【図６８】
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【図６９】
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【図７０】
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【図７１】
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【図７２】
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【図７３】
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【図７４】
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【図７５】
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【図７６】
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【図７７】
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【図７８】
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【図７９】
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【図８０】
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【図８１】
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【国際公開パンフレット】
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【国際調査報告】
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