(57)【要約】特定の腫瘍クラスに対する遺伝子マーカーの組が開示され、これらのマーカーに基づく生物学的サンプルの同定方法が開示される。また、これらのマーカーの診断用途、予防用途、および治療用途、ならびにこれらのマーカーを含むオリゴヌクレオチドアレイが記載される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）器官または組織に由来するサンプルを得る工程；
ｂ）サンプル中の１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子の発現パターンを測定する工程、該１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子は、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３中の遺伝子からなる群より選ばれるものである；ならびに
ｃ）工程ｂ）で得られた発現パターンを、腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現パターンと比較する工程
を含み、腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似するサンプル中のマーカー遺伝子発現パターンが腫瘍を同定する、腫瘍の同定方法。
【請求項２】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が膀胱腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項３】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が胸部腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項４】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が中枢神経系（ＣＮＳ）腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項５】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が結腸直腸腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項６】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が白血病である、請求項１記載の方法。
【請求項７】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が肺腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項８】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍がリンパ腫である、請求項１記載の方法。
【請求項９】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が黒色腫である、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が中皮腫である、請求項１記載の方法。
【請求項１１】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が卵巣腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項１２】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が膵臓腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が前立腺腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項１４】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が腎臓腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項１５】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される腫瘍が子宮腫瘍である、請求項１記載の方法。
【請求項１６】
ａ）被検体の器官または組織に由来するサンプルを得る工程；
ｂ）サンプル中の１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子の発現パターンを測定する工程、該１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子は、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３中の遺伝子からなる群より選ばれるものである；ならびに
ｃ）工程ｂ）で得られた発現パターンを腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現パターンと比較する工程
を含み、腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似するサンプル中のマーカー遺伝子発現パターンが被検体の腫瘍発達の可能性の増大を示す、被検体における腫瘍発達の可能性を予測する方法。
【請求項１７】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が膀胱腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が胸部腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項１９】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が中枢神経系（ＣＮＳ）腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項２０】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が結腸直腸腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項２１】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が白血病である、請求項１６記載の方法。
【請求項２２】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が肺腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項２３】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍がリンパ腫である、請求項１６記載の方法。
【請求項２４】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が黒色腫である、請求項１６記載の方法。
【請求項２５】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が中皮腫である、請求項１６記載の方法。
【請求項２６】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が卵巣腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項２７】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が膵臓腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項２８】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が前立腺腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項２９】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が腎臓腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項３０】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって発達の可能性が予測される腫瘍が子宮腫瘍である、請求項１６記載の方法。
【請求項３１】
ａ）被検体の器官または組織に由来するサンプルを得る工程；
ｂ）サンプル中の１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子の発現パターンを測定する工程、該１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子は、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３中の遺伝子からなる群より選ばれるものである；ならびに
ｃ）工程ｂ）で得られた発現パターンを、腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現パターンと比較する工程
を含み、腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似するサンプル中のマーカー遺伝子発現パターンが被検体の腫瘍の存在を示す、被検体における腫瘍の診断方法。
【請求項３２】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が膀胱腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項３３】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が胸部腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項３４】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が中枢神経系（ＣＮＳ）腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項３５】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が結腸直腸腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項３６】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が白血病である、請求項３１記載の方法。
【請求項３７】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が肺腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項３８】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍がリンパ腫である、請求項３１記載の方法。
【請求項３９】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が黒色腫である、請求項３１記載の方法。
【請求項４０】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が中皮腫である、請求項３１記載の方法。
【請求項４１】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が卵巣腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項４２】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が膵臓腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項４３】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が前立腺腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項４４】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が腎臓腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項４５】
前記１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子が、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって診断される腫瘍が子宮腫瘍である、請求項３１記載の方法。
【請求項４６】
ａ）細胞または細胞溶解物サンプルを提供する工程；
ｂ）細胞または細胞溶解物サンプルを候補化合物と接触させる工程；ならびに
ｃ）腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現における減少を検出する工程、該１つまたはそれより多くの遺伝子は、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３中の遺伝子からなる群より選ばれるものである
を含み、腫瘍に特異的な１つまたはそれより多くの遺伝子の発現を減少させる候補化合物が癌の治療において使用するための化合物を同定する、癌の治療において使用するための化合物を同定する方法。
【請求項４７】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が膀胱癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項４８】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が乳癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項４９】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が中枢神経系（ＣＮＺ）癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５０】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が結腸直腸癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５１】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が白血病の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５２】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が肺癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５３】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物がリンパ腫の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５４】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が黒色腫の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５５】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が中皮腫の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５６】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が卵巣癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５７】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が膵臓癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５８】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が前立腺癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項５９】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が腎臓癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項６０】
前記１つまたはそれより多くの遺伝子が、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものであり、それによって同定される化合物が子宮癌の治療に有用である、請求項４６記載の方法。
【請求項６１】
オリゴヌクレオチドマイクロアレイであって、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２、および図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれる１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な多数のオリゴヌクレオチドプローブをそこに固定してなる、オリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項６２】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１Ａ〜１Ｒ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項６３】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図２Ａ〜２Ｔ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項６４】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図３Ａ〜３Ｚ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項６５】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図４Ａ〜４Ｓ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項６６】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図５Ａ〜５Ｍ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項６７】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図６Ａ〜６Ｗ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項６８】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図７Ａ〜７Ｄ３の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項６９】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図８Ａ〜８Ｘ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項７０】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図９Ａ〜９Ｃ３の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項７１】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１０Ａ〜１０Ｐ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項７２】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１１Ａ〜１１Ｏ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項７３】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１２Ａ〜１２Ｖ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項７４】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１３Ａ〜１３Ｎ２の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項７５】
１つまたはそれより多くの腫瘍特異的遺伝子に特異的な前記オリゴヌクレオチドプローブが、図１４Ａ〜１４Ａ３の遺伝子からなる群より選ばれるものである、請求項６１記載のオリゴヌクレオチドマイクロアレイ。
【請求項７６】
マーカー遺伝子がＤＮＡである、請求項１記載の方法。
【請求項７７】
マーカー遺伝子がｍＲＮＡである、請求項１記載の方法。
【請求項７８】
マーカー遺伝子の発現パターンが、特異的ハイブリダイゼーションプローブを利用して測定される、請求項７６記載の方法。
【請求項７９】
マーカー遺伝子の発現パターンが、特異的ハイブリダイゼーションプローブを利用して測定される、請求項７７記載の方法。
【請求項８０】
マーカー遺伝子の発現パターンが、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを利用して測定される、請求項７６記載の方法。
【請求項８１】
マーカー遺伝子の発現パターンが、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを利用して測定される、請求項７７記載の方法。
【請求項８２】
１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子の発現の測定が、該１つまたはそれより多くのマーカー遺伝子によりコードされるポリペプチドのレベルを測定することにより起こる、請求項１記載の方法。
【請求項８３】
前記ポリペプチドのレベルが、抗体を利用して測定される、請求項８２記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
関連出願
本願は、２０００年９月１９日に出願された米国特許仮出願番号第６０／２３３，５３４号および２００１年３月２６日に出願された米国特許仮出願番号第６０／２７８，７４９号の利益を主張するものである。上記出願の全教示は参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
政府資金援助
本発明は、国立衛生研究所からの補助金ＮＩＨ−５Ｔ３２ＨＬ０７６２３ より、全部または一部において資金援助された。米国政府は本発明において一定の権利を有する。
【０００３】
発明の背景
個体からの腫瘍試料の分類は、厳密な科学ではない。多くの例において、障害の正確な診断および安全でかつ有効な治療は、腫瘍試料などの形態学的に類似する試料の間の生物学的区別を認識しうることに依存する。個体からの試料の特定の疾患クラスへの分類は、一般的に困難となっており、しばしば不正確であるかまたは確定的でない。形態学的解析、組織化学的解析、免疫表現型分類および細胞発生解析などの従来法を用いると、しばしば試料の１つまたは２つの特性のみが解析されて試料の分類を決定し、その結果、矛盾する結果およびときどき不正確な結果を生じる。かかる結果は、不正確な診断および潜在的に無効であるかまたは有害な治療をもたらしうる。したがって、腫瘍クラスを同定し、かつ腫瘍試料を分類するための正確なマーカーが、必要である。
【０００４】
発明の要旨
本明細書に記載されるように、種々の腫瘍クラスに特異的な遺伝子マーカーのセットが同定されている。これらの遺伝子の発現パターンは、ヒト癌の診断および分類を改善するのに有用である。この情報は、臨床の腫瘍試料の特徴付け、および特に現在の組織病理学的技術を用いて評価するのが困難である試料の特徴付けのための遺伝子または抗体に基づく試験を設計するのに重要である。さらに、多数の特異的なマーカーが、分泌タンパク質または膜結合タンパク質をコードしうる。これらのタンパク質は、癌の早期検出（血清前立腺特異的抗原（ＰＳＡ） 試験に類似）または癌の治療（Ｈｅｒ−２／Ｎｅｕ 遺伝子産物を標的化することによる、乳癌の抗体に基づく治療に類似）に有効であることが明らかとなろう。最後に、癌のクラスにより特異的に発現する遺伝子は、疾患の病因に関与し得、潜在的な治療標的である。
【０００５】
本発明は、本明細書に記載の遺伝子のセットの、ＤＮＡ マイクロアレイ（ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ）または多数の遺伝子を評価するのに開発された他の方法を用いた同時発現モニタリングに基づく、生物学的試料、例えば、腫瘍試料の分類または同定に関する。マイクロアレイは、単一の技術を用いて同時に多数の発現事象をモニターするのを可能にするという魅力的な特性を有する。この方法は、試料の遺伝子発現のパターンに基づいて、腫瘍試料の識別（例えば、前立腺腫瘍試料から胸部腫瘍試料を識別する）または腫瘍試料とそれに対応する正常試料との間の識別（例えば、正常な胸組織試料から胸部腫瘍試料を識別する）に使用されうる。本明細書で同定されたマーカーはまた、未知の初期起源の腫瘍を分類または同定するのに使用されうる。本発明はまた、本明細書に記載された１セットのマーカー遺伝子によりコードされた１セットのタンパク質の発現に基づく、生物学的試料、例えば腫瘍試料の分類または同定に関する。
【０００６】
図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２および図１４Ａ 〜１４Ａ３（またはそれらがコードするタンパク質）において同定された遺伝子の、核酸およびタンパク質の両方に基づくモニター法は、個体における癌、特に腫瘍の確立、進行または退行の予測もしくは予測を補助する、その診断もしくは診断を補助する、またはそのモニターまたはモニターを補助するために使用されうる。
【０００７】
１つの局面において、本発明は、ａ）器官または組織由来の試料を得る工程；ｂ）試料中の図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２および図１４Ａ 〜１４Ａ３における遺伝子からなる群より選ばれた１つ以上のマーカー遺伝子の発現パターンを測定する工程；ならびにｃ）腫瘍に特異的な１つ以上の遺伝子の発現パターンと工程ｂ）で得られた発現パターンを比較する工程を含む、腫瘍の同定方法を特徴とする。腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似する試料中のマーカー遺伝子発現パターンは、腫瘍を同定する。
【０００８】
１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１Ａ〜１Ｒ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は膀胱腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図２Ａ〜２Ｔ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は胸部腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図３Ａ〜３Ｚ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は中枢神経系（ＣＮＳ） 腫瘍である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図４Ａ〜４Ｓ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は結腸直腸腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図５Ａ〜５Ｍ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は白血病である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図６Ａ〜６Ｗ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は肺腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図７Ａ〜７Ｄ３ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍はリンパ腫である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図８Ａ〜８Ｘ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は黒色腫である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図９Ａ〜９Ｃ３ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は中皮腫である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１０Ａ 〜１０Ｐ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は卵巣腫瘍である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１１Ａ 〜１１Ｏ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は膵臓腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１２Ａ 〜１２Ｖ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は前立腺腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１３Ａ 〜１３Ｎ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は腎臓腫瘍である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１４Ａ 〜１４Ａ３における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される腫瘍は子宮腫瘍である。
【０００９】
他の態様において、マーカー遺伝子は、ＤＮＡ またはそれに対応するｍＲＮＡである。好ましくは、マーカー遺伝子がＤＮＡ またはｍＲＮＡである場合、マーカー遺伝子の遺伝子発現パターンは、特異的なハイブリダイゼーションプローブを利用して決定される。例えば、遺伝子発現パターンは、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを利用して決定されうる。
【００１０】
もう１つの態様において、マーカー遺伝子は、ポリペプチドとして発現される。好ましくは、マーカー遺伝子がポリペプチドとして発現される場合、遺伝子発現パターンが抗体を利用して決定される。
【００１１】
もう１つの局面において、本発明は、ａ）被検体の器官または組織由来の試料を得る工程；ｂ）試料中の図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２および図１４Ａ 〜１４Ａ３における遺伝子からなる群より選ばれた１つ以上のマーカー遺伝子の発現パターンを測定する工程；ならびにｃ）腫瘍に特異的な１つ以上の遺伝子の発現パターンと工程ｂ）で得られた発現パターンを比較する工程を含む、被検体における腫瘍発達の可能性の予測方法を特徴とする。腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似する試料中のマーカー遺伝子発現パターンは、被検体における腫瘍発達の増加した可能性を示す。
【００１２】
１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１Ａ〜１Ｒ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は膀胱腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図２Ａ〜２Ｔ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は胸部腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図３Ａ〜３Ｚ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は中枢神経系（ＣＮＳ） 腫瘍である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図４Ａ〜４Ｓ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は結腸直腸腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図５Ａ〜５Ｍ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は白血病である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図６Ａ〜６Ｗ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は肺腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図７Ａ〜７Ｄ３ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍はリンパ腫である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図８Ａ〜８Ｘ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は黒色腫である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図９Ａ〜９Ｃ３ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は中皮腫である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１０Ａ 〜１０Ｐ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は卵巣腫瘍である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１１Ａ 〜１１Ｏ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は膵臓腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１２Ａ 〜１２Ｖ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は前立腺腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１３Ａ 〜１３Ｎ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は腎臓腫瘍である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１４Ａ 〜１４Ａ３における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより発達の可能性が予測される腫瘍は子宮腫瘍である。
【００１３】
他の態様において、マーカー遺伝子は、ＤＮＡ またはそれに対応するｍＲＮＡである。好ましくは、マーカー遺伝子がＤＮＡ またはｍＲＮＡである場合、マーカー遺伝子の遺伝子発現パターンは、特異的なハイブリダイゼーションプローブを利用して決定される。例えば、遺伝子発現パターンは、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを利用して決定されうる。
【００１４】
もう１つの態様において、マーカー遺伝子は、ポリペプチドとして発現される。好ましくは、マーカー遺伝子がポリペプチドとして発現される場合、遺伝子発現パターンが抗体を利用して決定される。
【００１５】
さらにもう１つの局面において、本発明は、ａ）被検体の器官または組織由来の試料を得る工程；ｂ）試料中の図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２および図１４Ａ 〜１４Ａ３２ における遺伝子からなる群より選ばれた１つ以上のマーカー遺伝子の発現パターンを決定する工程；ならびにｃ）腫瘍に特異的な１つ以上の遺伝子の発現パターンと工程ｂ）で得られた発現パターンを比較する工程を含む、被検体における腫瘍の診断方法を特徴とする。腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似する試料中のマーカー遺伝子発現パターンは、被検体における腫瘍の存在を示す。
【００１６】
１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１Ａ〜１Ｒ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は膀胱腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図２Ａ〜２Ｔ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は胸部腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図３Ａ〜３Ｚ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は中枢神経系（ＣＮＳ） 腫瘍である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図４Ａ〜４Ｓ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は結腸直腸腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図５Ａ〜５Ｍ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は白血病である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図６Ａ〜６Ｗ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は肺腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図７Ａ〜７Ｄ３ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍はリンパ腫である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図８Ａ〜８Ｘ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は黒色腫である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図９Ａ〜９Ｃ３ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は中皮腫である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１０Ａ 〜１０Ｐ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は卵巣腫瘍である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１１Ａ 〜１１Ｏ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は膵臓腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１２Ａ 〜１２Ｖ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は前立腺腫瘍である。もう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１３Ａ 〜１３Ｎ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は腎臓腫瘍である。さらにもう１つの態様において、１つ以上のマーカー遺伝子が図１４Ａ 〜１４Ａ３における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより診断される腫瘍は子宮腫瘍である。
【００１７】
他の態様において、マーカー遺伝子は、ＤＮＡ またはそれに対応するｍＲＮＡである。好ましくは、マーカー遺伝子がＤＮＡ またはｍＲＮＡである場合、マーカー遺伝子の遺伝子発現パターンは、特異的なハイブリダイゼーションプローブを利用して決定される。例えば、遺伝子発現パターンは、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを利用して決定されうる。
【００１８】
もう１つの態様において、マーカー遺伝子は、ポリペプチドとして発現される。好ましくは、マーカー遺伝子がポリペプチドとして発現される場合、遺伝子発現パターンが抗体を利用して決定される。
【００１９】
さらにもう１つの局面において、本発明は、ａ）細胞または細胞溶解物試料を提供する工程；ｂ）候補化合物と細胞または細胞溶解物試料とを接触させる工程；ならびにｃ）腫瘍に対して特異的な図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２および図１４Ａ 〜１４Ａ３における遺伝子からなる群より選ばれた１つ以上の遺伝子の発現における減少を検出する工程を含む、癌の治療における使用のための化合物の同定方法を特徴とする。腫瘍に対して特異的な１つ以上の遺伝子の発現を減少する候補化合物は、癌の治療における使用のための化合物を同定する。
【００２０】
１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図１Ａ〜１Ｒ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は膀胱癌の治療に有用である。もう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図２Ａ〜２Ｔ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は乳癌の治療に有用である。もう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図３Ａ〜３Ｚ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は中枢神経系（ＣＮＳ） 癌の治療に有用である。さらにもう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図４Ａ〜４Ｓ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は結腸直腸癌の治療に有用である。もう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図５Ａ〜５Ｍ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は白血病の治療に有用である。さらにもう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図６Ａ〜６Ｗ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は肺癌の治療に有用である。もう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図７Ａ〜７Ｄ３ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物はリンパ腫の治療に有用である。もう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図８Ａ〜８Ｘ２ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は黒色腫の治療に有用である。もう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図９Ａ〜９Ｃ３ における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は中皮腫の治療に有用である。さらにもう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図１０Ａ 〜１０Ｐ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は卵巣癌の治療に有用である。さらにもう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図１１Ａ 〜１１Ｏ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は膵臓癌の治療に有用である。もう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図１２Ａ 〜１２Ｖ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は前立腺癌の治療に有用である。もう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図１３Ａ 〜１３Ｎ２における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は腎臓癌の治療に有用である。さらにもう１つの態様において、１つ以上の遺伝子が図１４Ａ 〜１４Ａ３における遺伝子からなる群より選ばれ、それにより同定される化合物は子宮癌の治療に有用である。
【００２１】
他の態様において、遺伝子は、ＤＮＡ またはそれに対応するｍＲＮＡである。好ましくは、マーカー遺伝子がＤＮＡ またはｍＲＮＡである場合、マーカー遺伝子の遺伝子発現パターンは、特異的なハイブリダイゼーションプローブを利用して決定される。例えば、遺伝子発現パターンは、オリゴヌクレオチドマイクロアレイを利用して決定されうる。
【００２２】
もう１つの態様において、遺伝子は、ポリペプチドとして発現される。好ましくは、マーカー遺伝子がポリペプチドとして発現される場合、遺伝子発現パターンが抗体を利用して決定される。
【００２３】
他の局面において、本発明は、図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２および図１４Ａ 〜１４Ａ３における遺伝子からなる群より選ばれた１つ以上の腫瘍特異的遺伝子に特異的な複数のオリゴヌクレオチドプローブをその上に固定化しているオリゴヌクレオチドマイクロアレイを特徴とする。
【００２４】
好ましい態様において、１つ以上の腫瘍特異的遺伝子に特異的なオリゴヌクレオチドプローブは、図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２および図１４Ａ 〜１４Ａ３における遺伝子からそれぞれ選ばれる。
【００２５】
他の態様において、オリゴヌクレオチドプローブはＤＮＡ またはｍＲＮＡである。
【００２６】
本発明はまた、特定の腫瘍クラスに特異的であることが示されている少なくとも１つのマーカー遺伝子、例えば本明細書で示される任意のマーカー遺伝子を被検体において減少させることによる、被検体における腫瘍発達のモジュレート方法を特徴とする。
【００２７】
発明の詳細な説明
本発明は、特定の腫瘍クラスに特異的なマーカー遺伝子の組の同定に関する。特定の腫瘍型に対するマーカー遺伝子を図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２および図１４Ａ〜１４Ａ３に示す。
【００２８】
一態様において、本明細書に記載される遺伝子マーカーは、原発起源が未知の腫瘍などの腫瘍を同定および分類するために使用されうる。この態様では、腫瘍試料を得、図１Ａ〜１Ｒ２、図２Ａ〜２Ｔ２、図３Ａ〜３Ｚ２、図４Ａ〜４Ｓ２、図５Ａ〜５Ｍ２、図６Ａ〜６Ｗ２、図７Ａ〜７Ｄ３、図８Ａ〜８Ｘ２、図９Ａ〜９Ｃ３、図１０Ａ〜１０Ｐ２、図１１Ａ〜１１Ｏ２、図１２Ａ〜１２Ｖ２、図１３Ａ〜１３Ｎ２および図１４Ａ〜１４Ａ３において識別される遺伝子の組の発現パターンを調べる。例えば、試料内の核酸分子を、後述の実施例に記載のようなオリゴヌクレオチドアレイとのハイブリダイゼーションに利用可能とすることができる。あるいはまた、本発明で同定されたマーカー遺伝子の組によりコードされるタンパク質の発現を、例えば抗体ベースの方法を用いて評価することができる。評価対象のマーカー遺伝子（またはコードされたタンパク質）は、単一の特定の腫瘍クラスに関連するマーカー遺伝子の全部もしくは一部であり得るか、または、いくつかの異なる腫瘍クラスに関連するマーカー遺伝子の全部もしくは一部であり得る。
【００２９】
次いで、得られた発現パターンを、本明細書に記載の１つ以上のクラスの腫瘍に関連する発現パターンと比較し得、試料の発現パターンの類似性または同一性、および特定の腫瘍クラスに特徴的なパターンに基づいて腫瘍の分類を行ない得る。例えば、試験したマーカー遺伝子の発現パターンは、乳房の腫瘍に特徴的な発現パターンと最も密接に関連しうることが決定され得、腫瘍試料の最も可能性の高い原発起源は乳房であることが決定されうる。
【００３０】
「遺伝子発現パターン」は、特定の遺伝子、例えば、本明細書に記載の方法により評価されるようなマーカー遺伝子の遺伝子発現のレベルまたは量を意味する。遺伝子発現パターンは、１つ以上の遺伝子のデータを包含し得、単一の時点で、または一定期間にわたって測定され得る。例えば、遺伝子発現パターンは、単一のマーカー遺伝子を用いて測定され得るか、または２個以上のマーカー遺伝子、３個以上のマーカー遺伝子、５個以上のマーカー遺伝子、８個以上のマーカー遺伝子、２０個以上のマーカー遺伝子、もしくは５０個以上のマーカー遺伝子を用いて測定され得る。遺伝子発現パターンは、特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的であるマーカー遺伝子に加えて、特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的でないマーカー遺伝子の発現レベルを包含し得る。分類（例えば、腫瘍の有無、もしくは腫瘍発達を調節する化合物の同定）は、１個以上のマーカー遺伝子に関する試料の遺伝子発現パターンを、特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な１つ以上の遺伝子発現パターンと比較すること（例えば、データベースにおいて）により行なわれ得る。本明細書に記載の方法を用いて、多数の遺伝子の発現を同時に測定することができる。試料の分類を補助し得る遺伝子がより多いため、多数の遺伝子の評価によって、より正確な試料の評価が提供される。
【００３１】
本明細書で使用される「マーカー遺伝子」は、遺伝子の転写または翻訳の結果生じるタンパク質、ポリペプチドまたは核酸分子（例えば、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはｃＲＮＡ）である。本発明は、特に本発明において同定される遺伝子の転写または翻訳の結果生じるタンパク質、ポリペプチドまたは核酸分子、を解析するために効果的に使用し得る。測定された核酸分子レベルは、遺伝子から直接誘導され得るか、あるいはまた、対応する調節遺伝子もしくは調節配列エレメントから直接誘導され得る。すべての形態のマーカー遺伝子を測定し得る。例えば、ＲＮＡ遺伝子発現産物を得るために核酸分子を転写し得る。所望により、例えば、標準インビトロ翻訳法を用いて転写物を翻訳し、ポリペプチド遺伝子発現産物を得ることができる。腫瘍または腫瘍発達に関与する化合物を同定するため、ポリペプチドマーカー遺伝子産物を、当該技術分野で広く知られたタンパク質結合アッセイ、例えば抗体アッセイにおいて、または核酸結合アッセイにおいて使用し得る。また、例えばスプライシングバリアントおよび多型対立遺伝子を含むマーカー遺伝子のバリアントを測定し得る。同様に、ｍＲＮＡから翻訳されたポリペプチドまたはその部分もしくは誘導体のレベルを評価することにより遺伝子発現を測定し得うる。評価対象の試料は、マーカー遺伝子を含む任意の試料であり得る。マーカー遺伝子の好適な供給源、例えば試料としては、遺伝子発現を調べるためのインタクトな細胞、溶解された細胞、細胞性材料、または遺伝子発現産物を含有する材料が挙げられる。かかる試料の例は、膀胱、乳房、ＣＮＳ、直腸結腸、血液、骨髄、肺、リンパ系、皮膚、中皮、卵巣、膵臓、前立腺、腎臓または子宮由来の細胞または組織である。かかる試料を得る方法は、当該技術分野において公知である。
【００３２】
一態様において、マーカー遺伝子は、タンパク質またはポリペプチドである。本明細書で使用される「ポリペプチド」は、グリコシル化またはリン酸化などの翻訳後修飾に関わらず、２個を超えるアミノ酸の任意の鎖を意味する。ポリペプチドのの例としては、限定されないが、タンパク質が挙げられる。この態様では、遺伝子発現パターンの測定は、タンパク質の検出および定量のための当該技術分野で公知の技術を用いて行なわれる。例えば、特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な１個以上の遺伝子のタンパク質発現産物またはポリペプチド発現産物と特異的に相互作用する抗体は、当該技術分野において常套手段である方法を用いて得ることができる。当該技術分野において公知の方法、例えば、ウエスタンブロット解析またはＥＬＩＳＡ技術により、タンパク質遺伝子発現産物またはポリペプチド遺伝子発現産物とのかかる抗体の特異的結合を検出および測定することができる。
【００３３】
好ましい態様において、マーカーは、核酸、例えばＤＮＡまたはｍＲＮＡであり、遺伝子発現レベルは、特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な遺伝子のすべて、もしくは該遺伝子のサブセットに特異的なプローブが上面に固定されている適切なマイクロアレイに試料を接触させ、該マイクロアレイ上のプローブと試料中の核酸とのハイブリダイゼーションの程度を測定することにより得られる。かかるマイクロアレイもまた、本発明の範囲内である。オリゴヌクレオチドマイクロアレイの作製方法の例は、例えば、ＷＯ　９５／１１９９５に記載されている。他の方法は、当業者に容易にわかる。
【００３４】
本明細書で使用される「特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な遺伝子」は、その発現が特定の型の腫瘍に相関する単一の遺伝子または複数の遺伝子をいう。特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な遺伝子に関して得られる発現パターンは、例えば、試料内における特定の腫瘍の有無を測定するため、または候補化合物が試料において遺伝子発現を増加させるか、減少させるかを調べるために使用され得る。試料は、その広範な発現パターンに従って、または特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な特定の遺伝子の発現レベルに従って分類され得る。分類に重要な遺伝子は、本明細書において「特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な遺伝子」と称する。試料を分類するために、特定のクラス識別の特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な遺伝子のすべてを評価しなくてよい。該特定の腫瘍型の存在を分類する際に、腫瘍クラス識別に高度な相関性を示す、特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な遺伝子のサブセットを使用することができる。このサブセットは、例えば、１個以上の遺伝子、２個以上の遺伝子、３個以上の遺伝子、５個以上の遺伝子、８個以上の遺伝子、２０個以上の遺伝子、もしくは５０個以上の遺伝子であり得る。例えば腫瘍発達を調節する候補化合物などの、他の分類カテゴリーを特徴付ける、特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な遺伝子は、腫瘍の有無を特徴づける特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な遺伝子と同一であり得るか、または異なり得る。典型的には、分類の正確性は、評価対象の特定の腫瘍もしくは腫瘍クラスに特異的な遺伝子の数とともに増加する。
【００３５】
測定または評価された遺伝子発現値は、遺伝子発現レベルを測定し得る装置から得られる数値である。遺伝子発現レベルは、本明細書に記載するように、遺伝子発現産物の発現量をいう。値は、装置からの生の値であるか、または任意に再計算（ｒｅ−ｓｃａｌｅｄ）、選別および／または正規化した値である。かかるデータは、例えば、ＧｅｎｅＣｈｉｐ（登録商標）プローブアレイ、またはＭｉｃｒｏａｒｒａｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ．；米国特許第５，６３１，７３４号明細書、米国特許第５，８７４，２１９号明細書、米国特許第５，８６１，２４２号明細書、米国特許第５，８５８，６５９号明細書、米国特許第５，８５６，１７４号明細書、米国特許第５，８４３，６５５号明細書、米国特許第５，８３７，８３２号明細書、米国特許第５，８３４，７５８号明細書、米国特許第５，７７０，７７２号明細書、米国特許第５，７７０，４５６号明細書、米国特許第５，７３３，７２９号明細書、米国特許第５，５５６，７５２号明細書、これらはすべて参照によりそのまま本明細書に取り込まれる）から得られ、発現レベルは、ソフトウェア（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ　ＧＥＮＥＣＨＩＰソフトウェア）を用いて計算される。例えば、特定のストリンジェンシー条件に供した試料由来の核酸（例えば、ｍＲＮＡまたはＤＮＡ）は、チップ上のプローブとハイブリダイズする。アレイとのハイブリダイゼーションの前に、解析対象の核酸（例えば、標的）を単離し、増幅し、検出可能な標識（例えば、３２Ｐまたは蛍光標識）で標識する。ハイブリダイゼーション後、ハイブリダイゼーションのパターンを検出し得るスキャナー内にアレイを挿入する。例えば、標的が蛍光により標識されている場合、これらのパターンは、すでにマイクロアレイに付着した標識された標的を検出することにより検出され、ハイブリダイゼーションデータは、標識基から放射される光として回収される。標識された標的は、当業者に公知の適切なストリンジェンシー条件下で、マイクロアレイ内に含まれた相補的オリゴヌクレオチドと特異的にハイブリダイズするため、およびアレイ内の各オリゴヌクレオチドの配列および位置が既知であるため、プローブに供された標的核酸の同定がなされる。
【００３６】
標識された核酸マイクロアレイのハイブリダイゼーションからの遺伝子発現パターンの定量は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘスキャナー（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｓａｎｔａ　Ｃｌａｒａ、ＣＡ）を用い、マイクロアレイをスキャンしてマイクロアレイ上の各位置でのハイブリダイゼーションの量を測定することにより行われうる。各刺激について、核酸レベルの時系列（Ｃ＝｛Ｃ１，Ｃ２，Ｃ３，．．．Ｃｎ｝）および刺激と同じ実験での対照媒体における核酸レベルの対応する時系列（Ｍ＝｛Ｍ１，Ｍ２，Ｍ３，．．．Ｍｎ｝）を得る。次いで、定量的データを解析する。マイクロアレイを用いるハイブリダイゼーション解析は、遺伝子発現値を得るための唯一の方法である。当該技術分野において公知であるか、または将来開発される、遺伝子発現値を得るための他の方法が、本発明とともに使用され得る。一度、遺伝子発現値が測定されると、試料を分類することができる。
【００３７】
試料の遺伝子発現値が得られたら、該レベルを、モデルまたは対照の試料に対して比較または評価し、次いで該試料を、例えば試料中の特定の遺伝子が発現の増加もしくは減少を示すか否か、またはマーカー遺伝子発現パターンが、腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンと類似しているか否かに基づいて分類する。試料の評価により、該試料が特定の腫瘍クラスに割り当てられるか否か、または候補化合物が腫瘍発達を調節するか否かが決定される。
【００３８】
「腫瘍に特異的な遺伝子発現パターンに類似のマーカー遺伝子発現パターン」によって、マーカー遺伝子が腫瘍に特異的な遺伝子（例えば、図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２、および図１４Ａ 〜１４Ａ３に記載される遺伝子）のレベルの少なくとも５０％、より好ましくは、少なくとも６０％、７０％、８０％、または９０％、最も好ましくは、少なくとも９５％発現されることが意味される。このような測定は、本明細書中に記載される方法および当該分野で公知の方法を用いてなされ得る。好ましくは、１つより多くのマーカー遺伝子が、所定のサンプルにおいて評価される場合、各マーカー遺伝子は、腫瘍に特異的な遺伝子のレベルの少なくとも５０％、より好ましくは、少なくとも６０％、７０％、８０％、または９０％、最も好ましくは、少なくとも９５％発現される。
【００３９】
遺伝子発現と分類との間の相関は、種々の方法を用いて測定され得る。クラスを規定し、サンプルを分類する方法は、例えば、米国特許出願番号第０９／５４４，６２７号（Ｇｏｌｕｂ らによって２０００年４月６日出願）に記載され、その教示はその全体が参考として本明細書中に援用される。本発明によって提供される情報は、単独でまたは他の試験結果と組み合わせて、サンプル分類を援助する。
【００４０】
本発明の別の実施形態において、サンプルは個体から得られ、本明細書中に記載される１セットのマーカー遺伝子の発現パターンの評価が実施されて、個体における癌を予測するか、または予測を援助するか、または診断するか、または診断を援助する。生物学的サンプルは個体から得られ、図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２、および図１４Ａ 〜１４Ａ３に同定された遺伝子の１セットの遺伝子発現パターンが測定される。例えば、サンプル中の核酸分子は、実施例に記載されるようなオリゴヌクレオチドアレイへのハイブリダイゼーションのために利用可能にされ得る。あるいは、本明細書中で同定されたマーカー遺伝子の１セットによってコードされるタンパク質の発現は、例えば、抗体ベースの方法を用いて評価され得る。評価対象のマーカー遺伝子（またはコードされたタンパク質）は、単一の特定の腫瘍クラスに関連するマーカー遺伝子の全てまたは一部であり得るか、またはいくつかの異なる腫瘍クラスに関連するマーカー遺伝子の全てまたは一部であり得る。
【００４１】
得られた発現パターンは、本明細書中に記載される腫瘍の１つ以上のクラスについての発現パターンと比較され得る。この発現パターンが本明細書中で同定される腫瘍クラスの発現パターンと実質的に類似である場合、癌の予測または診断は、適切である。この発現パターンはまた、対照として対応する正常組織から得られた発現パターンと比較され得る。同様に、これらのマーカー遺伝子の発現パターンはまた、前立腺癌処置のための前立腺特異的抗原のモニタリングにおいて使用される様式と類似の様式で処置の効果をモニターするために評価され得る。
【００４２】
遺伝子発現の評価のために本明細書中に記載される多くの方法は、標的サンプルからのＤＮＡ の増幅を必要とする。これは、例えば、ＰＣＲ によって達成され得る。一般的に、ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ （Ｈ．Ａ．Ｅｒｌｉｃｈ編， Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ， ＮＹ， ＮＹ， １９９２ ）；ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ （Ｉｎｎｉｓ ら編， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ， １９９０ ）；Ｍａｔｔｉｌａ ら， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １９， ４９６７（１９９１） ；Ｅｃｋｅｒｔら， ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ １， １７（１９９１）；ＰＣＲ （ＭｃＰｈｅｒｓｏｎ ら編， ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ ）；および米国特許第４，６８３，２０２ 号を参照のこと。
【００４３】
他の適切な増幅方法としては、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ ）（ＷｕおよびＷａｌｌａｃｅ，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４， ５６０（１９８９）， Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１， １０７７（１９８８） を参照のこと）、転写増幅（Ｋｗｏｈら， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ ８６， １１７３（１９８９） ）および自己維持（ｓｅｌｆ−ｓｕｓｔａｉｎｅｄ）配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら， Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ８７， １８７４（１９９０））および核酸ベース配列増幅（ＮＡＳＢＡ ）が挙げられる。後者の２つの増幅方法は、等温転写に基づく等温反応に関する。この方法は、増幅産物として一本鎖ＲＮＡ （ｓｓＲＮＡ ）および二本鎖ＤＮＡ （ｄｓＤＮＡ ）両方をそれぞれ約３０または１００ 対１の比で生成する。
【００４４】
本明細書中に同定されたマーカー遺伝子の遺伝子発現は、当該分野で公知の種々の方法（遺伝子単離および配列決定または増幅遺伝子産物と特異的オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションが挙げられるが、これらに限定されない）によって分析され得る。好ましい実施形態において、分析は、本明細書中に記載され当該分野で公知のチップベースオリゴヌクレオチドアレイを用いて実施される。
【００４５】
各腫瘍クラスに対して、図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２、および図１４Ａ 〜１４Ａ３において示された多数の遺伝子マーカーが存在する。本発明の方法において、任意の特定のクラスに対する示されたマーカー遺伝子の全てが評価される必要はないが、特定の腫瘍クラスに対する全てのマーカー遺伝子または多数の腫瘍クラスに対する全てのマーカー遺伝子を評価し得る。例えば、これらの遺伝子のサブセットの発現パターンが評価され得る。１つの実施形態において、特定の腫瘍クラスに特異的な単一のマーカー遺伝子のみが評価される。別の実施形態において、それぞれが異なる腫瘍クラスに対して特異的である多数のマーカー遺伝子が評価される。さらなる実施形態において、それぞれが同じ腫瘍クラスに対して特異的である多数のマーカー遺伝子が評価される。例えば、少なくとも２個、好ましくは少なくとも５個、より好ましくは少なくとも８個、さらにより好ましくは少なくとも２０個、さらにより好ましくは少なくとも５０個のマーカー遺伝子（またはそのコードされるタンパク質）が評価される。
【００４６】
本発明はまた、腫瘍発達を調節する化合物を同定する方法を特色にする。本明細書に記載されるように同定された新規化合物はまた、本発明の目的である。このような方法は、サンプル（例えば、細胞、細胞溶解物、組織、または組織溶解物）を候補化合物と接触させる工程、ならびに特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な少なくとも１つの遺伝子の発現における減少を検出する工程を含む。これらの遺伝子の発現を減少する候補化合物は、腫瘍発達を調節する際に使用するための化合物である。特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な遺伝子における減少は、本明細書に記載される任意の方法（または当該分野で公知の任意の類似方法）を用いて同定され得る。例えば、本明細書に記載されるオリゴヌクレオチドアレイシステムは、サンプルへの試験化合物の添加がそのサンプル中の特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な遺伝子の発現を調節するかどうかを測定するために使用され得る。
【００４７】
「腫瘍発達を調製する」ことによって、腫瘍が被検体において形成または発達する見込みを増加または減少することが意味される。腫瘍形成における調節は、サンプル（例えば、細胞、組織、細胞または組織溶解物、核酸、あるいはポリペプチド）を候補化合物と接触させた結果であり得る。所定のアッセイにおいて候補化合物によって提供される調節の程度が変わるが、当業者は腫瘍発達の程度または速度における統計的に有意な変化または治療的に有効な変化を測定し得ることは明らかである。
【００４８】
「腫瘍発達」によって、腫瘍の形成または進行が意味される。本明細書で使用される場合、白血病およびリンパ腫は、腫瘍の型であることが意図される。腫瘍発達をモニタリングする方法は、当業者にとって公知である。
【００４９】
「候補化合物」によって、天然に存在するかまたは人工的に誘導される分子が意味される。この分子は、本明細書に記載の方法を利用して、マーカー遺伝子の遺伝子発現パターンへの効果について調べられる。候補化合物の例としては、ペプチド、ポリペプチド、合成有機分子、天然に存在する有機分子、核酸分子、およびそれらの組み合わせが挙げられるが、それらに限定されない。
【００５０】
「遺伝子発現における減少」によって、対照サンプルと比較した、細胞、組織、細胞溶解物、または組織溶解物サンプルにおける特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な１つ以上の遺伝子のレベルまたは発現、および／あるいは活性の低下が意味される。遺伝子発現における減少は、例えば、サンプルが腫瘍発達を調製する際の使用のための候補化合物と接触する場合に起こり得る。対照サンプルは、この候補化合物と接触していないか、あるいは候補化合物ビヒクルのみと接触した細胞、組織、細胞溶解物、または組織溶解物であり得る。好ましくは、特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な遺伝子の遺伝子発現における減少は、少なくとも２５％であり、より好ましくは、減少が少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％であり、最も好ましくは、減少が対照サンプルと比較して少なくとも１倍である。
【００５１】
特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な遺伝子の発現レベルは、転写、翻訳、またはｍＲＮＡもしくはタンパク質転換、または遺伝子発現産物の活性を調節することによって調節され得、このような調節は、ｍＲＮＡおよびタンパク質レベルおよび活性を測定する公知の方法（例えば、オリゴヌクレオチドマイクロアレイハイブリダイゼーション、ＲＴ−ＰＣＲ、およびＥＬＩＳＡ ならびに核酸およびタンパク質結合アッセイ）を用いて検出され得る。
【００５２】
上記候補化合物スクリーニング方法は、主に、腫瘍発達を減少するために使用され得る候補化合物を同定するために設計されるが、腫瘍発達を増加する候補化合物の同定もまた、本発明の特徴である。このような候補化合物同定方法は、サンプル（例えば、細胞、細胞溶解物、組織、または組織溶解物）を候補化合物と接触させ、特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な少なくとも１つの遺伝子の発現における増加を検出する工程を含む。特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的なこのような遺伝子の発現を増加する候補化合物は、腫瘍発達を調節する際の使用のための化合物である。
【００５３】
「遺伝子発現における増加」によって、対照サンプルと比較して、細胞、組織、細胞溶解物、または組織溶解物サンプルにおける特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な１つ以上の遺伝子の発現、および／または活性のレベルの上昇が意味される。遺伝子発現における増加は、例えば、サンプルが腫瘍発達を調節する際の使用のための候補化合物と接触した場合に生じ得る。対照サンプルは、この候補化合物と接触していないか、あるいは候補化合物ビヒクルのみと接触した細胞、組織、細胞溶解物、または組織溶解物であり得る。好ましくは、増加は、対照サンプルと比較して少なくとも１．５ 倍であり、より好ましくは増加は少なくとも２倍、５倍、または１０倍であり、最も好ましくは増加は少なくとも２０倍である。
【００５４】
一般的に、腫瘍発達の調節のための新規薬物は、当該分野で公知の方法に従って天然産物または合成（もしくは半合成）抽出物の大きなライブラリーあるいは化学ライブラリーから同定され得る。薬物発見および開発の分野の当業者は、試験抽出物または化合物の正確な供給源が本発明のスクリーニング手順に対して決定的ではないことを理解する。従って、事実上任意の数の化学抽出物または化合物は、本明細書に記載される例示的な方法を用いてスクリーニングされ得る。このような抽出物または化合物の例としては、植物ベースの抽出物、真菌ベースの抽出物、原核生物ベースの抽出物または動物ベースの抽出物、発酵培養液、および合成化合物ならびに現存の化合物の修飾が挙げられるが、これらに限定されない。多数の方法はまた、任意の数の化学化合物（糖ベースの化合物、脂質ベースの化合物、ペプチドベースの化合物、および核酸ベースの化合物が挙げられるが、それらに限定されない）の無作為または直接合成（例えば、半合成もしくは完全合成）を生ずるために利用可能である。合成化合物ライブラリーは、市販される（例えば、Ｃｈｅｍｂｒｉｄｇｅ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ ））。あるいは、細菌抽出物、真菌抽出物、植物抽出物、および動物抽出物の形態の天然化合物のライブラリーは、多くの供給源（Ｂｉｏｔｉｃｓ （Ｓｕｓｓｅｘ， ＵＫ）、Ｘｅｎｏｖａ（Ｓｌｏｕｇｈ， ＵＫ）、Ｈａｒｂｏｒ Ｂｒａｎｃｈ Ｏｃｅａｎｇｒａｐｈｉｃｓ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ （Ｆｔ． Ｐｉｅｒｃｅ， ＦＬ）、およびＰｈａｒｍａＭａｒ， Ｕ．Ｓ．Ａ． （Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ， ＭＡ ）が挙げられる）から市販される。さらに、天然および合成的に生成されたライブラリーは、所望の場合、当該分野で公知の方法に従って（例えば、標準的な抽出および分画方法によって）作製される。さらに、所望の場合、任意のライブラリーまたは化合物は、標準的な化学、物理、または生化学方法を使用して容易に変更される。
【００５５】
さらに、薬物発見および開発の分野の当業者は、脱複製のための方法（例えば、分類学的脱複製、生物学的脱複製、および化学的脱複製、もしくはその任意の組み合わせ）または腫瘍発達−調節活性についてすでに既知の物質の複製もしくは繰り返しの放出がいかなるときも可能に利用されるべきであることを容易に理解する。
【００５６】
粗抽出物が腫瘍発達を調節する（すなわち、刺激（増加）または阻害（減少）する）ことが見出される場合、陽性リード抽出物のさらなる分画が観察される効果の原因となる化学的構成要素を単離することが所望される。従って、抽出、分画、および精製プロセスの目的は、増加するかまたは減少する活性を有する粗抽出物中の化学的実体の慎重な特徴付けおよび同定である。化合物の混合物における活性の検出について本明細書に記載される同じアッセイは、活性成分を精製するため、およびその誘導体を試験するために使用され得る。このような異種起源の抽出物の分画および精製の方法は、当該分野で公知である。所望の場合、処置のために有用な薬剤であることが示される化合物は、当該分野で公知の方法に従って化学的に修飾される。治療価値があるとして同定された化合物は、その後、疾患に対する動物モデルを使用して分析され得、腫瘍発達を増加または減少することが所望される。
【００５７】
本発明はまた、アッセイ（例えば、その上に固定された腫瘍発達に関与する多数のオリゴヌクレオチドプローブを有するマイクロアレイ）を特色とする。オリゴヌクレオチドプローブは、本明細書に記載される遺伝子から選択された、特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な１つ以上の遺伝子に特異的であり得る。このような遺伝子は、図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２、および図１４Ａ 〜１４Ａ３に同定されたそのＧｅｎＢａｎｋ 受託番号を用いて得られ得る。オリゴヌクレオチドマイクロアレイを作製するための方法は、当該分野で周知であり、例えば、ＷＯ９５／１１９９５（その全体の教示が参考として本明細書に援用される）に記載される。
【００５８】
本発明はまた、腫瘍発達に重要な遺伝子に関する情報を提供し、それによって診断および治療に対してさらなる標的を提供する。本発明が医薬、研究および産業における多くの適用を有する特定の腫瘍または腫瘍クラスに特異的な遺伝子を含むデータベースを作製するために使用され得ることは明らかである；このようなデータベースはまた、本発明の範囲内である。
【００５９】
本発明は、以下の非限定的な実施例によってさらに例証される。本明細書に引用されるすべての参考文献の教示は、その全体が参考として本明細書に援用される。
【００６０】
実施例
材料および方法
約３００ のヒト腫瘍および正常な組織生検を同定し、種々の大学の供給源または市販の供給源から得るかまたは購入した。これらの生検は、３０の個々のクラスの腫瘍または正常組織であり、各クラスは５〜２０個のサンプルを含んでいた。総ＲＮＡ を標準的な研究所プロトコールを使用してこれらの生検から単離した。「標的」（ビオチン化）フラグメント化相補的ＲＮＡ （ｃＲＮＡ）を、確立された分子生物学プロトコールを使用して各サンプルから生成した。各標的を、連続して２つの高密度Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘオリゴヌクレオチドマイクロアレイ（Ｈｕ６８００ＦＬおよびＨｕ３５ＫｓｕｂＡ ；Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ， Ｉｎｃ．， Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ， ＣＡ ）にハイブリダイズし、遺伝子発現プロフィール（パターン）を製造業者の使用説明書に従い改良型共焦点レーザースキャナーを使用して測定した。
【００６１】
発現プロフィール（パターン）データの分析
生発現データを各個々のサンプルによって発現された６８００〜１６，０００個の遺伝子に対する発現値を含むマスターデータセットと組み合わせた。これらの遺伝子がベースラインより３倍高く発現することを可能にし、通過するのに１００ の発現値における絶対的な差を有するフィルターをこのデータセットに適用した。シグナル対ノイズ測定基準（Ｓ２Ｎ＝クラス番号１の平均−クラス番号２の平均／クラス番号１の標準偏差＋クラス番号２の標準偏差）をこのフィルターデータセットに適用し、どの遺伝子が各個々のクラス対他のクラスにおいて発現されるかを測定した。最後に、１つのクラスの腫瘍（例えば、膵臓腺癌）において特異的に発現される遺伝子のセットとその付随正常組織（例えば、正常な膵臓）において特異的に発現される遺伝子のセットを比較することによって、本発明者らは、種々の腫瘍およびその正常組織対照物に特異的な遺伝子のセットを測定している。この結果を、図１Ａ〜１Ｒ２ 、図２Ａ〜２Ｔ２ 、図３Ａ〜３Ｚ２ 、図４Ａ〜４Ｓ２ 、図５Ａ〜５Ｍ２ 、図６Ａ〜６Ｗ２ 、図７Ａ〜７Ｄ３ 、図８Ａ〜８Ｘ２ 、図９Ａ〜９Ｃ３ 、図１０Ａ 〜１０Ｐ２、図１１Ａ 〜１１Ｏ２、図１２Ａ 〜１２Ｖ２、図１３Ａ 〜１３Ｎ２、および図１４Ａ 〜１４Ａ３に示す。
【００６２】
本発明は、その好ましい実施形態を参考に詳細に示され、記載されているが、当業者によって形態および詳細における種々の変更が添付の特許請求の範囲によって包含される本発明の範囲から逸脱せずに本明細書においてなされ得ることが理解される。
【図面の簡単な説明】
【図１】
図１Ａ〜１Ｒ２は、膀胱腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（膀胱）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さ（ｒｏｂｕｓｔｎｅｓｓ）を示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定（ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ　ｔｅｓｔ）の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図２】
図２Ａ〜２Ｔ２は、乳房腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（乳房）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図３】
図３Ａ〜３Ｚ２は、中枢神経系（ＣＮＳ）腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（ＣＮＳ）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図４】
図４Ａ〜４Ｓ２は、直腸結腸腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（直腸結腸）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図５】
図５Ａ〜５Ｍ２は、白血病のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（白血病）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図６】
図６Ａ〜６Ｗ２は、肺腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（肺）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図７】
図７Ａ〜７Ｄ３は、リンパ腫腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（リンパ腫）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図８】
図８Ａ〜８Ｘ２は、黒色腫腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（黒色腫）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図９】
図９Ａ〜９Ｃ３は、中皮腫腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（中皮腫）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図１０】
図１０Ａ〜１０Ｐ２は、卵巣腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（卵巣）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図１１】
図１１Ａ〜１１Ｏ２は、膵臓腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（膵臓）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図１２】
図１２Ａ〜１２Ｖ２は、前立腺腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（前立腺）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図１３】
図１３Ａ〜１３Ｎ２は、腎臓腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（腎臓）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図１４】
図１４Ａ〜１４Ａ３は、子宮腫瘍型のマーカー遺伝子の表である。表の第２欄（項目「区別」）は、マーカー遺伝子が特異的である腫瘍型（子宮）を示す。第３欄（項目「距離」）は、マーカーの強さを示す信号対雑音距離を示し、数が大きいほど、マーカーがより強力（特異的）であることを示す。第４、第５および第６欄は、マーカーが偶然出現しうる可能性の指標である順列検定の結果を示す。第７欄（項目「特徴」）は、実施例に記載のようにして使用したＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘマイクロアレイ上のマーカーに割り当てられた表示を示す。この表示は、対応する遺伝子のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号に対応する。第８欄（項目「説明」）は、マーカー遺伝子に関する記述的情報を提供する。
【図１５】
図１５〜図２７は、それぞれ、種々の腫瘍について、測定相関の関数としての遺伝子オーダーを示す。
【図１６】
【図１７】
【図１８】
【図１９】
【図２０】
【図２１】
【図２２】
【図２３】
【図２４】
【図２５】
【図２６】
【図２７】
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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