(57)【要約】ガンの疑いのある細胞の遺伝子の特定遺伝子あるいは遺伝子群の発現調節に基づく潜在的抗腫瘍因子の分析のためのプロセスが、前記遺伝子あるいは遺伝子群の発現あるいは発現傾向を受けて、ガンあるいは潜在的なガン状態を診断するための方法と共に開示される。機能的に関連した遺伝子あるいは遺伝子群を決定するための方法および前記遺伝子あるいは遺伝子群の発現産物を標的とすることに基づいてガンを処置し、ガンプロセスに関連する遺伝子を決定するための方法もまた開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗腫瘍性因子についてスクリーニングするための一つのプロセスであって、ここで前記プロセスが、
（ａ）細胞の抗腫瘍性活性について試験される化学因子への露出および
（ｂ）配列番号：１−８４４７の配列あるいはそれらと最低９５％同一の配列の一つを含む最低一つの遺伝子の発現の変化の測定
の段階より成り、またここで発現の変化が抗腫瘍性活性の指標となることを特徴とするプロセス。
【請求項２】
請求項１記載のプロセスであって、ここで前記発現が２以上の前記遺伝子について測定されることを特徴とするプロセス。
【請求項３】
請求項１記載のプロセスであって、ここで前記発現が最低５つの前記遺伝子について測定されることを特徴とするプロセス。
【請求項４】
請求項１記載のプロセスであって、ここで前記発現が最低１０個の前記遺伝子について測定されることを特徴とするプロセス。
【請求項５】
請求項１記載のプロセスであって、ここで前記発現が特定の特徴的な遺伝子群中の全ての前記遺伝子について測定されることを特徴とするプロセス。
【請求項６】
試験細胞のガン状態を決定するための一つのプロセスであって、ここで前記プロセスが、配列番号：１−８４４７の配列から選択されたヌクレオチド配列あるいはそれらと最低９５％同一のヌクレオチド配列の一つを含む最低一つの遺伝子の前記試験細胞における発現を測定し、その後前記発現とガンでないことが分かっている最低一つの細胞における最低一つの前記遺伝子の発現とを比較し、それにより前記発現の差異が、前記細胞がガンであることを示すことより成ることを特徴とするプロセス。
【請求項７】
請求項６記載のプロセスであって、ここで前記発現が２以上の前記遺伝子の発現であることを特徴とするプロセス。
【請求項８】
請求項６記載のプロセスであって、ここで前記発現が最低５つの前記遺伝子の発現であることを特徴とするプロセス。
【請求項９】
請求項６記載のプロセスであって、ここで前記発現が最低１０個の前記遺伝子の発現であることを特徴とするプロセス。
【請求項１０】
請求項６記載のプロセスであって、ここで前記発現が全ての前記遺伝子の発現であることを特徴とするプロセス。
【請求項１１】
ガン誘発、促進あるいは抑制遺伝子を決定するための一つのプロセスであって、ここで前記プロセスが、細胞をガン調節因子と接触させ、配列番号：１−８４４７の遺伝子配列より成るグループから選択された遺伝子の発現の変化を測定し、それにより前記遺伝子がガン誘発あるいは促進遺伝子であることを同定することより成ることを特徴とするプロセス。
【請求項１２】
請求項１１記載のプロセスであって、ここで前記プロセスにより決定された遺伝子がガン遺伝子であることを特徴とするプロセス。
【請求項１３】
請求項１１記載のプロセスであって、ここで前記プロセスにより決定された遺伝子がガン促進遺伝子であることを特徴とするプロセス。
【請求項１４】
請求項１１記載のプロセスであって、ここで前記プロセスにより決定された遺伝子がガン抑制遺伝子であることを特徴とするプロセス。
【請求項１５】
請求項１１記載のプロセスであって、ここで前記ガン調節因子が遺伝子発現を増加させる効果を持つことを特徴とするプロセス。
【請求項１６】
請求項１１記載のプロセスであって、ここで前記ガン調節因子が遺伝子発現を減少させる効果を持つことを特徴とするプロセス。
【請求項１７】
ガンを処置するための一つのプロセスであって、ここで前記プロセスがガン細胞を配列番号：１−８４４７より成るグループから選択された遺伝子配列によりコード化された発現産物に対する活性を持つ因子と接触させることより成ることを特徴とするプロセス。
【請求項１８】
請求項１７記載のプロセスであって、ここで前記ガン細胞がｉｎ　ｖｉｖｏで接触されることを特徴とするプロセス。
【請求項１９】
請求項１７記載のプロセスであって、ここで前記因子が前記発現産物に対する親和性を持つ部位より成ることを特徴とするプロセス。
【請求項２０】
請求項１９記載のプロセスであって、ここで前記の前記発現産物に対する親和性を持つ部位が抗体であることを特徴とするプロセス。
【請求項２１】
請求項１７記載のプロセスであって、ここで前記因子がアポトーシス誘導因子であることを特徴とするプロセス。
【請求項２２】
ガン細胞中のガン誘発、促進あるいは抑制遺伝子を決定するための一つのプロセスであって、ここで前記プロセスが配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された遺伝子配列の発現の変化を測定することより成ることを特徴とするプロセス。
【請求項２３】
請求項２２記載のプロセスであって、ここで前記発現の変化が遺伝子複製数の変化を測定することにより測定されることを特徴とするプロセス。
【請求項２４】
請求項２３記載のプロセスであって、ここで前記複製数の変化が複製数の増加であることを特徴とするプロセス。
【請求項２５】
請求項２３記載のプロセスであって、ここで前記複製数の変化が複製数の減少であることを特徴とするプロセス。
【請求項２６】
請求項２３記載のプロセスであって、ここで前記遺伝子複製数の変化が、前記遺伝子配列によりコード化されるメッセンジャーＲＮＡの発現の変化を測定することにより測定されることを特徴とするプロセス。
【請求項２７】
請求項２３記載のプロセスであって、ここで前記遺伝子がガン誘発遺伝子であることを特徴とする遺伝子。
【請求項２８】
請求項２３記載のプロセスであって、ここで前記遺伝子がガン促進遺伝子であることを特徴とする遺伝子。
【請求項２９】
請求項２３記載のプロセスであって、ここで前記遺伝子がガン抑制遺伝子であることを特徴とする遺伝子。
【請求項３０】
ガン細胞を診断するための一つのプロセスであって、ここで前記プロセスが請求項２３にしたがってガン誘発、促進あるいは抑制遺伝子を決定することより成ることを特徴とするプロセス。
【請求項３１】
ガンを処置するための一つのプロセスであって、ここで前記プロセスがプロモーターあるいはエンハンサー要素に使用可能に結合した抗ガン遺伝子より成る遺伝子構成物をガン細胞中に挿入し、それにより前記抗ガン遺伝子の発現が前記ガンの抑制を引き起こすことより成り、またここで前記プロモーターあるいはエンハンサー要素が配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された遺伝子配列を調節するプロモーターあるいはエンハンサーであることを特徴とするプロセス。
【請求項３２】
請求項３１記載のプロセスであって、ここで前記抗ガン遺伝子がガン抑制遺伝子であることを特徴とするプロセス。
【請求項３３】
請求項３１記載のプロセスであって、ここで前記抗ガン遺伝子が抗ガン活性を持つポリペプチドをコード化することを特徴とするプロセス。
【請求項３４】
請求項３３記載のプロセスであって、ここで前記ポリペプチドがアポトーシス活性を持つことを特徴とするプロセス。
【請求項３５】
請求項３１記載のプロセスであって、ここで前記ガン細胞中への挿入がｉｎ　ｖｉｖｏで行われることを特徴とするプロセス。
【請求項３６】
請求項３１記載のプロセスであって、ここで前記ガン細胞中への挿入がさらにウイルスあるいはプラスミド因子を使用することより成り、ｉｎ　ｖｉｔｒｏあるいはｉｎ　ｖｉｖｏで行われることを特徴とするプロセス。
【請求項３７】
請求項３１記載のプロセスであって、ここで前記ガンが結腸ガン、乳ガン、胃ガン、肺ガン、甲状腺ガン、食道ガン、卵巣ガン、腎臓ガン、前立腺ガンおよび膵臓ガンより成るグループから選択されることを特徴とするプロセス。
【請求項３８】
請求項３１記載のプロセスであって、ここで前記ガンが腺ガン、悪性腫瘍、明細胞ガン、浸潤性腺管ガン、浸潤性小葉腺ガン、扁平上皮細胞ガン、神経内分泌ガン、乳頭ガンおよびウィルムス腫瘍より成るグループから選択された型のものであることを特徴とするプロセス。
【請求項３９】
機能的に関連した遺伝子を決定するための一つのプロセスであって、ここで前記プロセスが、配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された一つあるいはそれ以上の遺伝子配列を前記グループ中の２以上の遺伝子の発現を調節する因子と接触させ、それにより前記グループの遺伝子の一部を決定することより成ることを特徴とするプロセス。
【請求項４０】
請求項３９記載のプロセスであって、ここで前記機能的に関連した遺伝子が同一代謝経路を調節する遺伝子であることを特徴とするプロセス。
【請求項４１】
請求項３９記載のプロセスであって、ここで前記遺伝子が機能的に関連したポリペプチドをコード化した遺伝子であることを特徴とする遺伝子。
【請求項４２】
請求項３９記載のプロセスであって、ここで前記遺伝子の全てが、その発現が同一転写活性化因子あるいはエンハンサー配列により調節される遺伝子であることを特徴とするプロセス。
【請求項４３】
請求項１記載のプロセスにしたがって因子を同定することより成る産物を生産するための一つの方法であって、ここで前記産物が前記プロセスの結果生じた前記因子に関して収集されたデータであり、またここで前記データが前記因子の化学構造およびまたは特性を提示するのに十分であることを特徴とするプロセス。
【請求項４４】
抗腫瘍性因子についてスクリーニングするための一つのプロセスであって、前記プロセスが、
（ａ）細胞の抗腫瘍性活性について試験される化学因子への露出および
（ｂ）特徴的な遺伝子群あるいはそれらと最低９５％同一の配列の最低一つの遺伝子の発現の変化の測定
の段階より成り、またここで発現の変化が抗腫瘍性活性の指標となることを特徴とするプロセス。
【請求項４５】
請求項４４記載のプロセスであって、ここで前記発現の変化が発現の増加であることを特徴とするプロセス。
【請求項４６】
請求項４４記載のプロセスであって、ここで前記発現の変化が発現の減少であることを特徴とするプロセス。
【請求項４７】
請求項４４記載のプロセスであって、ここで前記発現の変化が前記特徴的な遺伝子群の最低５つの遺伝子の発現の変化であることを特徴とするプロセス。
【請求項４８】
請求項４４記載のプロセスであって、ここで前記発現の変化が前記特徴的な遺伝子群の最低１０個の遺伝子の発現の変化であることを特徴とするプロセス。
【請求項４９】
請求項４４記載のプロセスであって、ここで前記発現の変化が前記特徴的な遺伝子群の最低半分の遺伝子の発現の変化であることを特徴とするプロセス。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本出願は２０００年６月５日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２０９４７３号、２０００年６月５日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２０９５３１号、２０００年９月１８日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３３１３３号、２０００年９月１８日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３３６１７号、２０００年９月２０日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３４００９号、２０００年９月２０日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３４０３４号、２０００年９月２０日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３４０５２号、２０００年９月２２日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３４５０９号、２０００年９月２２日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３４５６７号、２０００年９月２５日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３４９２３号、２０００年９月２５日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３４９２４号、２０００年９月２５日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５０７７号、２０００年９月２５日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５０８２号、２０００年９月２５日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５１３４号、２０００年９月２５日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５２８０号、２０００年９月２６日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５６３７号、２０００年９月２６日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５６３８号、２０００年９月２７日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５７１１号、２０００年９月２７日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５７２０号、２０００年９月２７日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５８４０号、２０００年９月２７日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３５８６３号、２０００年９月２８日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３６０２８号、２０００年９月２８日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３６０３２号、２０００年９月２８日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３６０３３号、２０００年９月２８日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３６０３４号、２０００年９月２８日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３６１０９号、２０００年９月２８日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３６１１１号、２０００年９月２９日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３６８４２号、２０００年９月２９日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３６８９１号、２０００年１０月２日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７１７２号、２０００年１０月２日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７１７３号、２０００年１０月２日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７２７８号、２０００年１０月２日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７２９４号、２０００年１０月２日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７２９５号、２０００年１０月２日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７３１６号、２０００年１０月３日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７４２５号、２０００年１０月３日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７５９８号、２０００年１０月３日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７６０４号、２０００年１０月３日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７６０６号、２０００年１０月３日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２３７６０８号、２０００年１１月１日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２４４８６７号および２０００年１１月１日に出願された合衆国暫定特許出願番号６０／２４５０８４号の優先権を主張する。
【０００２】
本発明は、特異的な遺伝子群の発現の調節に基づいた潜在的な抗腫瘍因子を分析する方法および前記遺伝子群の発現傾向の結果としてのガン状態あるいは潜在的なガン状態を診断するための方法に関する。
【０００３】
【発明の背景】
新規の薬物のスクリーニング分析は、特異的合成物で処置するためのｉｎ　ｖｉｔｒｏモデル細胞基準システムの反応に基づく。サイトカインの放出、細胞表面標識における変性、特異的酵素の活性化およびイオン束密度およびまたはｐＨにおける変化を含む、細胞反応の種々の測定が利用されている。前記検査のいくつかは、ガン遺伝子（あるいは遺伝子突然変異）などの特異的遺伝子に依存する。
【０００４】
【発明の簡単な要約】
本発明にしたがって、発現、非発現、発現の変化、その増加あるいは減少が、特定細胞のガン状態あるいは非ガン状態を示す、特有の遺伝子配列群が提供される。より特には、発現が非ガン細胞と比較してガン細胞において変化する、特異的組織（特にここに開示された任意のもの）由来の前記遺伝子は、配列番号：１−８４４７のヌクレオチド配列あるいは前記配列と実質的に同一の配列の一つを含む遺伝子である。前記の発現の変化は、ここに開示された遺伝子あるいは遺伝子配列の発現あるいは活性における増加あるいは減少であり得る。
【０００５】
本発明の他の目的は、前記特有のあるいは特徴的な遺伝子群の発現を上向きにあるいは下向きに調節する選択された化学物質の潜在的な能力を分析するための基礎として、前記特有のあるいは特徴的な遺伝子群を用いる方法を提供することである。
【０００６】
本発明のさらなる目的は、培養により生育した細胞あるいはｉｎ　ｓｉｔｕで維持された細胞として選択された細胞のガンあるいは非ガン状態（あるいは潜在的なガン状態）を決定するための方法として、前記特有のあるいは特徴的な遺伝子群およびその部位の発現あるいは非発現もしくは発現量を検出する方法を提供することである。
【０００７】
本発明のまたさらなる目的は、ここに開示された選択された特有のあるいは特徴的な遺伝子群を調節する（すなわち増加あるいは減少させる）能力に基づいて決定された選択された化学物質を利用して、ガン状態を処置するための方法を提供することである。ここで前記遺伝子は配列番号：１−８４４７の配列あるいは前記配列と実質的に同一な配列の一つを含むかあるいは構成する。
【０００８】
他の見地において、本発明は、ガン誘発、促進あるいは抑制遺伝子を決定するためのプロセスに関し、前記プロセスは、ガン細胞のガン調節因子との接触および配列番号：１−８４４７の遺伝子配列より成るグループから選択された遺伝子の発現における変化の測定、そしてそれによる前記遺伝子のガン誘発あるいは促進遺伝子としての確認の段階より成る。前記遺伝子は、例えば、ガン遺伝子、ガン促進遺伝子あるいはガン抑制遺伝子であり得る。前記因子は、遺伝子発現を増加あるいは減少させ得る。
【０００９】
本発明はまた、ガン細胞を配列番号：１−８４４７より成るグループから選択された遺伝子配列によりコード化された発現産物に対する活性を持つ因子と接触させることより成るガンを処置するためのプロセスに関し、前記プロセスは、ｅｘ　ｖｉｖｏあるいはｉｎ　ｖｉｖｏにおいて実施され得る。
【００１０】
他の見地において、本発明はさらに、ガン細胞中のガン誘発、促進あるいは抑制遺伝子を決定するためのプロセスに関し、前記プロセスは、配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された遺伝子配列の発現の変化を測定することより成る。前記発現の変化は、特に複製数における差異についての変化であり、前記差異はその増加あるいは減少である。ここで前記変化は、メッセンジャーＲＮＡ生成の変化として観察あるいはそうでなければ測定される。前記変化は、ｉｎ　ｖｉｖｏあるいはｅｘ　ｖｉｖｏにおいて、ガン状態を診断するために容易に用いることができる。
【００１１】
本発明はまたさらに、ガンを処置するためのプロセスに関し、前記プロセスは、プロモーターあるいはエンハンサー要素と使用可能に結合した抗ガン遺伝子より成る遺伝子構成物をガン細胞中に挿入し、それにより前記抗ガン遺伝子の発現が前記ガンの抑制を引き起こすことより成る。ここで前記プロモーターあるいはエンハンサー要素は、配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された遺伝子配列を調節するプロモーターあるいはエンハンサー要素であり、ここで前記遺伝子は、ガンサプレッサー遺伝子であり得る。あるいはここで前記遺伝子は、アポトーシス活性を持つものなどのように、抗ガン活性を持つポリペプチドをコード化する。
【００１２】
追加の見地において、本発明は、機能的に関連した遺伝子を決定するためのプロセスに関し、前記プロセスは、配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された一つあるいはそれ以上の遺伝子配列を、前記グループ中の２以上の遺伝子の発現を調節する因子と接触させ、それにより前記グループの遺伝子の一部を決定することより成る。前記機能的に関連した遺伝子は、同一代謝経路を調節する遺伝子あるいは機能的に関連したポリペプチドをコード化する遺伝子を含み、ここで前記発現は、同一転写活性化因子あるいはエンハンサー配列により調節される。
【００１３】
本発明はまた、請求項１に記載のプロセスにしたがって因子を同定することより成る、産物を産生するための方法に関し、ここで前記産物は、前記プロセスの結果として前記因子に関連して得られたデータであり、ここで前記データは、化学構造およびまたは前記因子の性質を提示するのに十分である。
【００１４】
【発明の説明】
本発明は、潜在的な抗腫瘍因子をその特異的な遺伝子群の調節に基づいて分析する方法および前記遺伝子群の発現傾向の結果としてのガンあるいは潜在的なガン状態を診断するための方法、そして前記遺伝子あるいは遺伝子群の通常の発現あるいは調節に基づいて、ガン誘導あるいは調節遺伝子を決定するための方法に関する。
【００１５】
本発明にしたがって、細胞系列、初代細胞あるいは組織サンプルを用いたモデル細胞システムは生育培地中に維持され、単一濃度あるいは一定の範囲の濃度であり得る合成物で処置され得る。処置後の特定の時間において、細胞ＲＮＡｓは処置された細胞、初代細胞あるいは腫瘍から単離され、前記ＲＮＡｓは、選択された遺伝子の発現を示す。細胞ＲＮＡは、その後分割され、特異的ＲＮＡ転写物の存在およびまたは量を検出する分析を受ける。前記転写物はその後、例えば逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、その他の標準方法論を用いて、検出目的のために増幅させることができる。特異的ＲＮＡ転写物の存在あるいは不在または水準は、コントロールサンプルと比較した、処置された合成物に対するサンプルの反応の型および度合から得られた測定値および測定基準から決定される。
【００１６】
また本発明にしたがって、ここに、本発明の方法の結果としてその発現が試験を受ける細胞あるいは組織のガンあるいは非ガン状態を特徴付けることに関連するかあるいは用いられる、特有のあるいは特徴的な遺伝子群および遺伝子配列が開示される。したがって、本発明の方法は、特異的モデルシステム中の特有のあるいは指標となるまたは特徴的な遺伝子の小群の発現の変換能に基づく、新規の抗腫瘍性因子を同定する。したがって本発明の方法は、種々の細胞系列を用いて、もしくは適切な培養条件下で種々の期間ｉｎ　ｖｉｔｒｏで、あるいは適切な動物モデル中にｉｎ　ｓｉｔｕで維持された腫瘍由来の初代サンプルを用いて使用することができる。
【００１７】
より特には、ガン細胞中に、非ガン細胞中の発現水準と比べて異なる水準で発現する特定の遺伝子が同定されている。一つの例において、同定された遺伝子は、正常細胞中よりもガン細胞中により高い水準で発現する。他の例において、同定された遺伝子は、正常細胞と比較してガン細胞中でより低い水準で発現する。
【００１８】
前記にしたがって、本発明は抗腫瘍性因子についてスクリーニングするためのプロセスに関し、前記プロセスは以下の段階より成る：
（ａ）抗腫瘍性活性について試験される化学因子への細胞の露出、および
（ｂ）配列番号：１−８４４７の配列の一つを含む最低一つの遺伝子あるいはそれらに最低９５％で同一の配列の発現の変化の測定、
ここで発現の変化は、抗腫瘍性活性の指標となる。
【００１９】
特定の実施例において、前記発現の変化は、発現あるいは活性の増加あるいは減少であり得る。
【００２０】
より特には、本発明は抗腫瘍性因子についてスクリーニングするためのプロセスに関し、前記プロセスは以下の段階より成る：
（ａ）抗腫瘍性活性について試験される化学因子への既知のガン細胞の露出；
（ｂ）前記細胞中に存在する一つあるいはそれ以上の遺伝子の活性の前記化学因子による調節、ここで前記遺伝子は、配列番号：１−８４４７の配列、前記配列と実質的に同一の配列あるいは前記の任意の補足物より成るグループから選択された配列の一つを含むかあるいは構成する；
（ｃ）段階（ｂ）の一つあるいはそれ以上の遺伝子の発現の測定；
（ｄ）前記化学因子への露出の有無における前記遺伝子の発現の比較；
ここで発現の差異は、抗腫瘍性活性の能力の指標となる。
【００２１】
本発明の特異的な実施例において、試験される前記化学因子は、２以上の前記遺伝子の発現を調節し、特にここで、前記化学因子は最低２つの前記遺伝子を調節し、より特にはここで、前記の特徴的な群中の前記遺伝子の最低３つあるいは最低５つ、またはさらに前記遺伝子の１０あるいはそれ以上が調節される。好ましい実施例において、前記遺伝子の全てが調節される。
【００２２】
本発明の一つの実施例において、前記遺伝子調節は減少調節であり、したがって、試験される化学因子への露出の結果として、ガン細胞の一つあるいはそれ以上の遺伝子は、因子に露出された場合に因子に露出されない場合の発現と比較してより低い水準で発現し得る（あるいはまったく発現しない）。
【００２３】
好ましい実施例において、選択された前記遺伝子群は、基準細胞中には発現するが、化学因子への試験される細胞の露出の結果として、試験された細胞中には発現しない。したがってここで、前記化学因子により、試験された細胞の遺伝子は基準細胞の同一遺伝子よりもより低い水準で発現し、これは、減少調節を示唆するものであり、また試験された化学因子が抗腫瘍性活性を持つことを示す。
【００２４】
別の実施例において、化学因子、特に抗腫瘍性活性を持つと推測されるものへの前記の試験される細胞の露出は、試験される細胞の前記遺伝子の増加調節という結果となり得る。前記増加調節は、露出前は発現していなかった前記遺伝子が発現するか、でなければ、前記因子への露出がなかった場合と比較して前記因子に露出された場合に前記遺伝子がより多くの量で発現することを意味すると判断される。前記増加調節は、遺伝子を調節した試験された化学因子の抗腫瘍性活性が前記細胞の一部において低腫瘍性活性を引き起こしたことを示唆するものとして捉えることができる。ここで遺伝子の発現の増加は、ガン状態からかけ離れた前記細胞の増殖の減少およびまたは分化の増進という結果になる。
【００２５】
分析プロセスにおいて利用される遺伝子は、それぞれその一部として配列番号：１−８４４７の配列あるいはそれらと実質的に同一の配列より成るグループから選択された配列の最低一つを含む。前記配列はまた、ここに開示された任意の配列と相補的な配列を含む。
【００２６】
配列番号：１−８４４７から選択された配列と最低９０％同一の、好ましくは前記配列と最低約９５％同一の、より好ましくは前記配列と最低約９８％同一の、そして最も好ましくは前記配列と１００％同一の配列を含む遺伝子は、本発明の全てのプロセスにより特に意図される。加えて、任意のこれらの配列と同様のタンパク質をコード化する配列はまた、前記配列の同一性割合とは無関係に、それらがどの程度異なって記載されているかあるいは限定されているかとは無関係に任意のあるいは全ての前記配列に依存する本発明の任意の方法により特に意図される。したがって、任意の前記配列は、本発明にしたがって開示された任意の方法の実施における使用に対して利用できる。前記配列はまた、配列番号１−８４４７の任意の配列内に存在する、ここに定義されたような任意のオープンリーディングフレームを含む。
【００２７】
さらに本発明にしたがって、“同一性割合”あるいは“割合同一の”という用語は、配列について言及される場合には、比較される配列（“比較配列”）と開示されあるいは請求項に記載された配列（“基準配列”）の整列の後に、配列が請求項に記載されあるいは開示された配列と比較されることを意味する。同一性割合は、その結果以下の式にしたがって測定される：
同一性割合＝１００［１−（Ｃ／Ｒ）］
ここでＣは、基準配列と比較配列の間の整列の全長にわたる基準配列と比較配列の間の差異の数であり、ここで（ｉ）比較配列中に相補的な整列塩基あるいはアミノ酸を持たない基準配列中の塩基あるいはアミノ酸および（ｉｉ）基準配列中のギャップ、そして（ｉｉｉ）比較配列中の整列塩基あるいはアミノ酸と異なる基準配列中の整列塩基あるいはアミノ酸は、差異を構成する。またＲは、比較配列との整列の全長にわたる基準配列中の塩基あるいはアミノ酸の数であり、基準配列中にできた任意のギャップもまた塩基あるいはアミノ酸として考慮される。
【００２８】
比較配列と基準配列との間にアラインメントが存在する場合には、それに対する上記のように算出された同一性割合は、特定の最低同一性割合と同等あるいはそれ以上である。その結果比較配列が基準配列に対する特定の最低同一性割合を持ち、アラインメントが存在したとしても、上記の算出された同一性割合は、特定の同一性割合以下となる。
【００２９】
ここで用いられるように、“部位”、“分節”および“断片”という用語は、ポリペプチドに関して用いられた場合には、アミノ酸残基などの残基の連続した配列を示し、ここで前記配列はより大きな配列の一部を形成する。例えば、ポリペプチドが、トリプシンあるいはキモトリプシンなどの任意の一般的なエンドペプチダーゼで処置された場合には、前記処置の結果生じたオリゴペプチドが、最初のポリペプチドの部位、分節あるいは断片に相当する。ポリヌクレオチドに関して用いられた場合には、前記用語は、任意の一般的なエンドヌクレアーゼを用いた前記ポリヌクレオチドの処置あるいは合成的に合成され得るポリヌクレオチドの伸長により産生された産物を示す。
【００３０】
ここで用いられたように、また特に指定のない限り、全ての用語は以下に与えられたように定義される。
【００３１】
本発明にしたがって、“ＤＮＡ分節”あるいは“ＤＮＡ配列”という用語は、別個の断片の形態あるいはより大きいＤＮＡ構成物の構成要素としてのＤＮＡポリマーを示し、実質的に純粋な形態すなわち汚染する内因性物質のない状態において、また例えばクローニングベクターを用いた標準生物化学方法により分節および構成要素ヌクレオチド配列の決定、操作および再生を可能とする量あるいは濃度において最低一度単離されたＤＮＡから得られる。前記分節は、内部非翻訳配列あるいは通常真核生物遺伝子中に存在するイントロンによって連続したオープンリーディングフレームの形態で提供される。非翻訳ＤＮＡの配列は、オープンリーディングフレームの下流域に存在し、これはコード化領域の操作あるいは発現を妨げない。
【００３２】
“コード化領域”という用語は、自然のゲノム環境において遺伝子の発現産物を自然にあるいは通常コード化する遺伝子の部位すなわち、ｉｎ　ｖｉｖｏで遺伝子の自然の発現産物をコード化する領域を示す。コード化領域は、正常、突然変異あるいは変換遺伝子由来のものであり得る。またさらには、ＤＮＡ合成の分野における通常の知識を有する者に十分に知られた方法を用いて、研究所において完全に合成されたＤＮＡ配列あるいは遺伝子由来のものであり得る。
【００３３】
本発明にしたがって、“ヌクレオチド配列”という用語は、ヘテロポリマーあるいはデオキシリボヌクレオチドを示す。一般的に、本発明により提供されるタンパク質をコード化したＤＮＡ分節は、微生物あるいはウイルスオペロンから得られた調節因子より成る組換え転写ユニット中に発現することが可能な合成遺伝子を提供するために、ｃＤＮＡ断片および短オリゴヌクレオチドリンカーから、あるいは連続したオリゴヌクレオチドから組み立てられる。
【００３４】
“発現産物”という用語は、遺伝コード縮重およびそれによる同一アミノ酸のコード化の結果として生じる相当量をコード化する遺伝子および核酸配列の自然翻訳産物であるポリペプチドあるいはタンパク質を示す。
【００３５】
“断片”という用語は、コード化配列について言及する場合には、発現産物が完全コード化配列の発現産物と同様の生物学的機能あるいは活性を基本的に保持する完全コード化領域以下より成るＤＮＡの部位を意味する。
【００３６】
“プライマー”という用語は、ＤＮＡの一本鎖と対合し、ＤＮＡポリメラーゼがデオキシリボヌクレオチド鎖の合成を開始するフリーの３′−ＯＨ末端を提供する短核酸配列を意味する。
【００３７】
“プロモーター”という用語は、転写を開始するためのＲＮＡポリメラーゼの結合に関連するＤＮＡの領域を意味する。“エンハンサー”という用語は、存在し活性化した場合には、発現する異なるＤＮＡ配列の発現を増加し、それにより前記の異なるＤＮＡ配列から形成された発現産物の量を増加させる効果を持つＤＮＡの領域を示す。
【００３８】
“オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）”という用語は、終止コドンを含まない、アミノ酸をコード化する連続したトリプレットを意味し、（潜在的に）タンパク質に翻訳可能な配列である。
【００３９】
ここで用いられたように、ＤＮＡ配列についての言及は、単鎖ＤＮＡおよび二本鎖ＤＮＡの両方を含む。したがって、特異的な配列は、他に指定のない限り、前記配列の単鎖ＤＮＡ、相補鎖を伴う前記配列の二本鎖（二本鎖ＤＮＡ）および前記配列の相補鎖を示す。
【００４０】
前記分析の実施において、相対的な抗腫瘍性活性は、特定の化学因子がガン細胞中に存在する遺伝子の発現を調節する範囲において確認され得る。したがって、ガン状態に関連する遺伝子（すなわち、ここに開示された配列の一つを含み、またガン細胞中に存在する遺伝子）の発現を、本発明の分析により試験される第二の化学因子よりもより大きな程度で調節する第一の化学因子は、その結果、前記の第二化学因子よりもより高いあるいはより望ましいまたはより有利な抗腫瘍性活性を持つと思われる。あるいは、ここで第一および第二化学因子は前記遺伝子の２以上の発現を調節するが、ここで第二化学因子は例えば５つの前記遺伝子の発現を調節し、一方第一化学因子は前記遺伝子の３つのみ、特にここで前記５つのうちの一部を構成する３つの発現を調節する。その結果、第二化学因子は、第一化学因子よりもより有効な抗腫瘍性因子であると思われる。本発明の分析を用いて同定された前記抗腫瘍性活性は、必然的に前記可能性の組合せを含むことができ、これは決して限定することを考慮するものではない。
【００４１】
本発明にしたがった分析に対するこれらの遺伝子配列の利用において、その活性が抗腫瘍活性について評価される化合物を用いてあるいは用いずに決定される遺伝子は、配列番号：１−８４４７としてここに開示された遺伝子配列の一つ、あるいは複数または組合せであり得る。しかし、遺伝子配列が前記分析においてどのように用いられるかは、種々の器官および組織に対する特徴的な群につて開示された遺伝子発現の傾向に依存する。例えば、ガン細胞中には発現するが正常細胞中には発現しない配列は、因子の腫瘍細胞中の配列の発現を減少させる能力により潜在的な抗ガン因子と関係し得る。逆に、正常細胞中には発現するが腫瘍細胞中には発現しない配列は、その腫瘍細胞中で発現を増加させる能力により潜在的な抗腫瘍因子と関係し得る。配列がガン細胞および正常細胞の両方において発現するという同様の関係が成り立つが、一方で他方よりもより高い水準で発現する。逆の場合も同様である。ここに開示された遺伝子配列および特徴的な群について開示された発現傾向に基づいて、特徴的な遺伝子群を用いた潜在的な抗腫瘍因子の分析を実施する方法は、この分野における通常の知識を有する者にとって容易に明白となるであろう。配列あるいは特徴的な遺伝子群が細胞のガン状態あるいはガン状態を処置するための因子の効果を決定するために利用されることについても同じことがいえる。
【００４２】
したがって一見地において、本発明は抗腫瘍性因子についてスクリーニングするためのプロセスに関し、ここで前記プロセスは、段階（ａ）抗腫瘍性活性について試験される化学因子への細胞の露出および（ｂ）特徴的な遺伝子群の最低一つの遺伝子あるいはそれらと最低９５％同一の配列の発現における変化の測定より成り、ここで発現の変化は抗腫瘍性活性の指標となる。前記発現の変化は、変化が遺伝子の任意の活性を含むことを意味するように意図されたものであり、それは発現の増加あるいは減少であり得る。加えて、前記の活性の変化は、最低一つの前記遺伝子、５あるいは１０の前記遺伝子あるいはそれ以上の特徴的な群の遺伝子、さらには前記遺伝子群の半数またはさらには特定の遺伝子群の全ての遺伝子の発現あるいはその他の活性の変化であり得る。
【００４３】
測定される遺伝子発現は通常、指標としてＲＮＡ発現を用いて分析される。したがって、検出されるＲＮＡ（メッセンジャーＲＮＡ）の水準が高いほど、対応する遺伝子の発現水準は高くなる。したがって、いくつかの異なる遺伝子が定量的に数量され、比較されるといった絶対的あるいは相対的な遺伝子発現は、例えばここで化学因子は３、４、５あるいはそれ以上といった２以上の遺伝子の発現を調節するが、前記遺伝子によりコード化されたＲＮＡｓの相対的な発現により決定される。
【００４４】
ＲＮＡは、溶解およびカオトロピック剤（例えばトリアゾール）を含むフェノール溶液を用いた変性、それに続くイソプロパノール沈殿、エタノール洗浄および水溶液中への再懸濁；あるいは溶解および変性、それに続くＱｉａｇｅｎ樹脂などの固体支持材上での単離および水溶液中での再形成；または溶解および非フェノール水溶液中での変性、それに続くＤＮＡ鋳型複製へのＲＮＡの酵素変換を含む種々の方法によりサンプルから単離することができる。
【００４５】
通常、本発明のプロセスの適用に先立って、ここに開示された遺伝子および遺伝子群についての安定状態ＲＮＡ発現水準は得られている。ここで同定されたような抗腫瘍性因子による影響を受けるものが前記発現の安定状態水準である。前記の発現の安定状態水準は、感度が高く、特異的で正確な任意の方法により容易に決定される。前記方法は、例えばＰｒｉｍｅｒ　Ｅｘｐｒｅｓｓソフトウェアなどの任意の種々の市販のソフトウェアパッケージ、フィルター、ビーズを含む定量のための適切な内部コントロールを用いる固体支持剤を基礎とするハイブリダイゼーションアレイ技術あるいはマイクロチップを基礎とするアレイ、例えば化学発光、蛍光を用いる固体支持剤を基礎とするハイブリダイゼーションアレイ、または電気化学反応に基づく検出システムを用いるように設計された遺伝子特異的プライマープローブの組合せを伴うＰｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ　７７００配列検出システムを用いたリアルタイム定量ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を含むが、決してこれらに限定するものではない。
【００４６】
本発明の一つの実施例において、ここに開示された分析における抗腫瘍性活性についての一つあるいはそれ以上の化学因子の評価あるいはスクリーニングまたはそうでなければ分析に有益な遺伝子群は、正常あるいは非腫瘍細胞あるいは組織と比較して、ガン細胞あるいは組織における安定状態ＲＮＡ水準の割合に違いがあることはすで示され、あるいは正常細胞と比較して腫瘍細胞中でのここに開示された遺伝子群の特定の一部の遺伝子間の発現割合の違いを示し、または検出不可能水準から検出可能水準へ増加した遺伝子発現を持ち、あるいは場合によっては、特にここで高感度検出法が用いられた場合、逆も同様であって、すなわち逆に前記方法、特に高感度方法を用いて検出可能水準から検出不可能水準へ減少した遺伝子発現を持つ。
【００４７】
本発明の方法の実施において有益な遺伝子および遺伝子配列は、非ガン細胞と比較してガン細胞中に選択的に発現するかあるいは発現しないと認められるか、あるいは非ガン細胞と比較してガン細胞中で場合によって発現が下向き調節あるいは上向き調節される遺伝子である。したがって、ガン細胞中に発現するが非ガン細胞中には欠如あるいは活性化しない遺伝子あるいは遺伝子群が含まれ得るか、または非ガン細胞中に発現するがガン細胞中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子群が含まれ得る。代わりに、本発明の実施において有益な遺伝子は、非ガン細胞と比較してガン細胞中により多く発現するか、あるいはより少なく発現し得る。前記遺伝子は通常配列番号：１−８４４７の配列より成る。
【００４８】
これらの配列の全ては、ここではＣＤ−ＲＯＭのみで提供される。
【００４９】
前記にしたがって、本発明はさらに試験される細胞のガン状態を決定するためのプロセスに関し、前記プロセスは配列番号：１−８４４７の配列から選択されたヌクレオチド配列の一つあるいはそれと最低９５％同一のヌクレオチド配列を含む最低一つの遺伝子の前記試験細胞中の発現を測定し、その後前記発現とガンではないことが分かっている最低一つの細胞中の前記最低一つの遺伝子の発現を比較し、それにより前記発現の差異が前記細胞がガンであることを示すことより成る。
【００５０】
特定の実施例において、本発明は、試験される細胞のガン状態を決定するためのプロセスに向けられ、前記プロセスは、配列番号：１−８４４７の配列から選択されたヌクレオチド配列の一つ、前記配列と相同する実質的同一性をもつ配列、あるいはその特有の断片または任意の前記の補足物を含む最低一つの遺伝子の前記細胞中での存在を同定し、その後前記遺伝子の存在およびまたは不在の傾向を少なくとも遺伝子補足物に関して非ガンあるいは正常であると知られるあるいは考えられる細胞であると認められるものと比較することより成る。
【００５１】
配列番号：１−８４４７の配列の最低一つを含む遺伝子に関して、（前記遺伝子あるいは前記遺伝子発現、その両方を欠如し得る非ガン細胞と比較して）ガン細胞中での発現の上向き調節は、ガンあるいは潜在的なガン状態の指標である。
【００５２】
特異的な実施例において、本発明は、２以上の遺伝子、好ましくは３、４あるいは５つの遺伝子の発現の調節である遺伝子傾向、さらには１０あるいはそれ以上の遺伝子の発現の調節である傾向を含む実施例に関する。したがって、ここで遺伝子傾向は、結腸ガン細胞あるいは特異的に列挙された配列番号に関連してここに開示された任意の器官あるいは組織などのその他の組織ガン細胞といった同一組織型由来の非ガン細胞と比較したガン細胞中の５つの遺伝子の発現の調節であり、同一組織あるいは器官の非ガン細胞に対して、前記傾向は、前記遺伝子（すなわち５つの遺伝子の発現の調節）がガン状態の指標であり、それによりガンあるいは潜在的なガン状態を診断するための方法を提供する可能性を示す。ガン細胞由来の特異的遺伝子群の不在はまた、ここで前記遺伝子は正常細胞、特に同一型の正常細胞中に存在するため、ガン状態との関連の指標であり、したがって同様に、ガンであると思われるその他の細胞におけるガン状態を診断するための方法として用いることができる。
【００５３】
例えば、結腸、特に結腸腺ガンに関して、これは配列番号：１−３３３（正常結腸細胞中には発現するが、結腸ガン細胞中には発現しない）、配列番号：３３４−５２２（結腸腺ガン中には高水準で発現するが正常結腸細胞中には発現しない）、配列番号：５２３−８３７（結腸腺ガン中に２．０９倍以上の減縮水準で発現するが、正常結腸細胞中には発現しない）および配列番号：８３８−１０６７（結腸腺ガン中には高（最低２．１倍）水準で発現するが、正常結腸細胞中では高水準ではない）を含む。したがって、結腸についての上記の配列の分類は、結腸の４つの特徴的な遺伝子群を意味する。例えば、配列番号：３３４−５２２は、結腸の特徴的な群あるいは特徴的な遺伝子群を意味する。それぞれの特徴的な群あるいは特徴的な遺伝子群を持つ以下に記載された器官および組織についても同じことが言える。
【００５４】
結腸の場合と同様に、その他の遺伝子配列は、その他の器官および組織のガンあるいは正常状態の指標である。したがって、ここに開示されたように、乳房について配列番号：１０６８−２４５９が含まれ、ここで配列番号：１０６８−１２５５は正常乳房中には検出可能水準で発現しないが乳房の浸潤性腺管ガン中には発現する遺伝子を示し、ここで配列番号：１２５６−１４５９は正常乳房中には検出可能水準で発現しないが乳ガン中には発現する遺伝子を示し、ここで配列番号：１４５９−１６６４は正常乳房中には検出可能水準で発現しないが乳房の浸潤性小葉腺ガン中には発現する遺伝子を示し、ここで配列番号：１６６５−２０６７は乳房の浸潤性腺管ガン中には不在であるか発現しないが正常乳房中には発現する遺伝子を示し、またここで配列番号：２０６８−２４５９は正常乳房細胞中には発現するが、正常乳房中に検出可能水準で発現しない乳房の浸潤性小葉腺ガン中には不在であるか発現しない遺伝子を示す。
【００５５】
さらに、胃について配列番号：２４６０−３０２７が含まれ、ここで配列番号：２４６０−２７７３は正常胃細胞中には検出可能水準で発現しないが胃ガン中には発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：２７７４−３０２７は胃ガン細胞中には検出可能水準で発現しないが正常胃細胞中には発現する遺伝子あるいは遺伝子配列をしめす。
【００５６】
さらに、肺について配列番号：３０２８−５３０３が含まれ、ここで配列番号：３０２８−３１１９は正常肺細胞中には感知可能水準で発現しないが肺腺ガン中には発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：３１２０−３３２２は肺腺ガン中には感知可能水準で発現しないが正常肺細胞中には発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号３３２３−３５７０は悪性肺サンプル中には感知可能水準で発現しないが非ガン肺組織中には発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、配列番号：３５７１−３７７７は非悪性肺細胞中には感知可能水準で発現しないが悪性肺サンプル中には発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：３７７８−３８３６は正常および悪性肺腺ガンの両方に発現するが肺腺ガン中では最低約２倍の差で上向き調節される遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：３８３７−３９８０は正常肺サンプル中には感知可能水準で発現するが肺扁平上皮細胞ガン中には通常発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：３９８１−４２１５は正常肺組織中には発現するが肺の神経内分泌ガン中には通常発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：４２１６−４６３４は正常肺中には検出可能水準で発現しないが肺神経内分泌ガン中には感知可能水準で発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号４６３５−４８７７は正常肺中には検出可能水準で発現しないが扁平上皮細胞ガン中には発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、またここで配列番号：４８７８−５３０３は正常肺および肺腺ガン中に発現するが正常肺組織と比較して肺腺ガン中で下向き調節あるいは不十分に発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示す。
【００５７】
さらに甲状腺について配列番号：５３０４−５８８６が含まれ、ここで配列番号：５３０４−５４０８は正常甲状腺組織中には見られないが甲状腺乳頭ガン中には発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：５４０９−５６０２は甲状腺乳頭ガン中には発現しないが正常甲状腺細胞中には発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、またここで配列番号：５６０３−５８８６は正常甲状腺細胞と比較して甲状腺乳頭ガン中に最低約５倍高い水準で発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示す。
【００５８】
さらに食道について配列番号：５８８７−６１４７が含まれ、ここで配列番号：５８８７−６０１５は食道腺ガン中には発現するが同一患者由来の正常食道中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、またここで配列番号：６０１６−６１４７は正常食道中には発現するが同一患者由来の食道腺ガンサンプル中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示す。
【００５９】
さらに卵巣について配列番号：６１４８−６４７２が含まれ、ここで配列番号：６１４８−６３７１は悪性卵巣ガン中にのみ発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：６３７２−６４２４は正常卵巣組織中にのみ発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、またここで配列番号：６４２５−６４７２は転移性卵巣ガン中にのみ発現する遺伝子あるいは遺伝子配列を示す。
【００６０】
さらに腎臓について配列番号：６４７３−７４７３が含まれ、ここで配列番号：６４７３−６６１５は正常腎臓中には発現するが腎臓明細胞ガン中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：６６１６−６６８５は明細胞ガン細胞中には発現するが正常腎臓細胞中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：６６８６−６９７３は正常腎臓細胞中には発現するが腎臓腎細胞ガン中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：６９７４−７１５６は腎細胞ガン中には発現するが正常腎臓中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：７１５７−７２２９は正常腎臓中には発現するがウィルムス腫瘍細胞中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、またここで配列番号：７２３０−７４７３はウィルムス腫瘍中には発現するが正常腎臓細胞中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示す。
【００６１】
さらに前立腺について配列番号：７４７４−８１３１が含まれ、ここで配列番号：７４７５−７８３３は前立腺ガン中には発現するが正常前立腺細胞中には検出可能に発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、ここで配列番号：７８３４−８０７１は正常前立腺細胞中には発現するが前立腺ガン中には感知可能水準で発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、またここで配列番号：８０７２−８１３１は前立腺ガン中にはより多く発現するが正常前立腺細胞中に感知可能水準で発現しないリボソームタンパク質についての遺伝子あるいは遺伝子配列を示す。
【００６２】
さらに膵臓について配列番号：８１３２−８４４７が含まれ、ここで配列番号：８１３２−８３５８は正常膵臓中には発現するが膵臓腺ガン中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示し、またここで配列番号：８３５９−８４４７は膵臓腺ガン中には発現するが正常膵臓中には発現しない遺伝子あるいは遺伝子配列を示す。
【００６３】
ガン状態の指標である遺伝子傾向は、ガンであると認められる全ての細胞に特有である必要はない。したがって、ここに開示された方法は、完全な傾向を示す細胞が全てではない組織内のガン状態の存在を検出するために有益である。例えば、厳密な条件下で相同の配列あるいは配列番号：１−８４４７の配列の最低一つに最低９０％、好ましくは９５％同一な配列より成る選択された遺伝子群は、ここで本発明の実施に用いられる特徴的な遺伝子群について上記に開示されたように特徴的な群は正常細胞と比較してガン細胞中に発現およびまたは上向き調節される遺伝子より成り、適切なプローブＤＮＡあるいはＲＮＡを用いて、腫瘍あるいは悪性組織のサンプルから得られた細胞の６０％中に存在するのに対し、対応する非ガンあるいはそうでなければ正常組織から得られた細胞の６０％には不在である（したがって前記正常組織細胞の４０％中に存在する）と思われ得る。好ましい実施例において、前記遺伝子傾向は、ガン組織から得られた細胞の最低７０％中に存在し、対応する正常、非ガン組織サンプルの最低７０％で不在であると思われる。特に好ましい実施例において、前記遺伝子傾向は、ガン組織から得られた細胞の最低８０％中に存在し、対応する正常、非ガン組織サンプルの最低８０％で不在であると思われる。最も好ましい実施例において、前記遺伝子傾向は、ガン組織から得られた細胞の最低９０％中に存在し、対応する正常、非ガン組織サンプルの最低９０％で不在であると思われる。追加の実施例において、前記遺伝子傾向は、ガン組織から得られた細胞の最低１００％中に存在し、対応する正常、非ガン組織サンプルの最低１００％で不在であると思われる。しかし、後者の実施例は、稀である。
【００６４】
逆に、ここで特徴的な群は、ガン細胞に対して正常細胞中に発現あるいは上向き調節され、ここに開示されたように、ガンの疑いのある細胞中に発現しない正常細胞中の発現は、ガンの疑いのあるサンプル中のガン状態を確認することができる。潜在的な抗腫瘍因子についてここに開示された分析について同じことが言える。
【００６５】
一つあるいはそれ以上の選択された遺伝子配列の発現の存在あるいは不在は特定の細胞についてのガン状態の指標であり得るが、単なる前記遺伝子傾向の存在あるいは不在のみでは悪性状態を把握するには十分ではなく、そのため前記遺伝子傾向の発現水準はまたガン状態の把握の決定に重要な因子であり得る。したがって、遺伝子の傾向はガンおよび非ガン細胞の両方に存在し得る一方で、発現水準は、ガン細胞と非ガン細胞の間で異なり得る。これはここに開示された任意の方法により測定され、その全ては本分野においてよく知られている。したがって、特定の細胞、細胞のグループあるいは組織、培養あるいはｉｎ　ｓｉｔｕにおけるガン状態の存在を診断する別個の方法として、一つあるいはそれ以上の前記遺伝子の発現水準を測定することもまた不可欠となる。
【００６６】
ここに開示された発明にしたがって、上記の種々の器官および組織に対する特徴的な遺伝子群を用いた抗ガン因子の決定は、前記遺伝子の調節傾向に基づき、そのため前記の潜在的な因子の存在による遺伝子の発現の増加あるいは減少は重要であり得るかあるいは重要でない。したがって、前記因子による影響を受ける遺伝子群中の遺伝子が多いほど、前記因子が有効な治療用因子である可能性も高くなる。
【００６７】
加えて、種々の因子は、特徴的な遺伝子群の遺伝子に影響を与える種々の能力を持ち得る。例えば、潜在的な治療用因子、例えば因子Ａが特有のあるいは特徴的な遺伝子群の遺伝子あるいは遺伝子のグループ、またはさらには前記遺伝子群の全ての遺伝子に発現の減少を引き起こす場合には、前記遺伝子から低量のｍＲＮＡが発現し、あるいは前記ｍＲＮＡから低量のタンパク質が産生されるが、第二の潜在的な因子、例えば因子Ｂは前記遺伝子あるいは関連遺伝子の活性を調節し、前記発現に因子Ａに対して半分量までの減少を引き起こし、因子Ａに対して、半分量のｍＲＮＡのみが転写されあるいは前記ｍＲＮＡから半分量のタンパク質のみが翻訳される。したがって、因子Ｂは因子Ａの２倍の治療上の潜在性を持つと思われる。
【００６８】
前記のここに開示された分析を用いて測定される活性の調節あるいは変化は、前記遺伝子あるいは遺伝子配列の活性の増加あるいは減少を含み得る。したがって、ここで遺伝子は、同一器官あるいは組織型のガン細胞中には発現するが正常細胞中には発現せず、あるいは同一器官あるいは組織型の正常細胞と比較してガン細胞中で上向き調節される。前記遺伝子あるいは遺伝子配列を下向き調節しあるいは発現を完全に抑制する因子は、本開示において潜在的な抗腫瘍因子であると考えられる。逆に、ここで因子は遺伝子あるいは遺伝子配列の発現を引き起こし、正常細胞中には発現するがガン細胞中には発現せず、あるいはここで前記因子は遺伝子あるいは遺伝子配列を上向き調節し、同一器官あるいは組織型の正常細胞中には発現するがガン細胞中には発現せず、あるいは同一器官あるいは組織型の正常細胞中では上向き調節されるがガン細胞中では上向き調節されない。前記因子は本開示において潜在的な抗腫瘍因子であると考えられる。
【００６９】
本発明はまた、ここに開示された前記因子を同定するためのプロセスの一つにしたがって因子を同定することよりなる産物を産生するための方法に関し、ここで前記産物は、前記同定プロセスの結果としての前記因子に関して回収されたデータであり、またここで前記データは、前記因子の化学的特徴およびまたは構造およびまたは性質を提示するのに十分である。
【００７０】
前記にしたがって、本発明はさらに試験される細胞のガン状態を決定するためのプロセスに関し、前記プロセスは、配列番号：１−８４４７の配列、前記配列と実質的に同一な配列あるいはその特有の断片または任意の前記の補足物より選択された一つのヌクレオチド配列を含む最低一つの遺伝子の細胞中の発現水準を決定し、その後前記発現とガンでないことが分かっている細胞の発現とを比較し、それにより前記発現の差異が前記試験される細胞がガンであることを示すことより成る。
【００７１】
本発明の特異的な実施例において、前記発現は２、３、４、５あるいはそれ以上の群であると考えられる遺伝子、またさらには１０個の前記遺伝子の群などの前記遺伝子の２以上について決定される。遺伝子群、例えば５つの前記遺伝子は、ガン細胞中に特定水準で発現すると思われ得るが、非ガンあるいは正常細胞中にはより低い水準で発現する（あるいはまったく発現しない）と思われる。逆に、例えば５つの前記遺伝子の群は、正常（すなわち非ガン）細胞中には発現するがガン細胞中にはより低い水準で発現する（あるいはまったく発現しない）と思われ得る。したがって、ガン細胞中には発現するが非ガン細胞中にはより低い水準で発現する（あるいはまったく発現しない）、あるいはその逆の遺伝子の群あるいは傾向を決定することにより、ガン状態を診断するための方法が得られ、ここで前記遺伝子は、配列番号：１−８４４７から選択された、相補的配列を含む配列あるいは配列の断片の一つを含むものから選択される。
【００７２】
特異的な実施例において、本発明のプロセスは、前記発現が２以上の前記遺伝子あるいは最低３つの前記遺伝子、好ましくは最低５つの前記遺伝子またはさらには１０あるいはそれ以上の前記遺伝子の発現である実施例を含む。
【００７３】
その他の実施例において、本発明のプロセスは、前記遺伝子の発現が前記非ガン細胞よりも前記試験された細胞中により多い状態あるいは前記遺伝子の発現が前記非ガン細胞よりも前記試験された細胞中により少ない状態に関する。
【００７４】
ここに開示された方法を用いて、細胞あるいは組織サンプルのガンあるいは非ガン状態は、容易に確定することができる。例えば、結腸あるいはその他のガンは、本発明の方法を用いて用意に検出することができる。
【００７５】
本発明にしたがって、その一部に配列番号：１−８４４７のヌクレオチド配列の一つを含む遺伝子の遺伝子発現は好ましくは前記ヌクレオチド配列の断片であるプローブの使用により同定されるが、プローブは遺伝子の異なる部位から形成され得ることは理解されるべきである。したがって、本発明の特徴的な群のそれぞれの遺伝子について、特異的配列番号に対して開示されたヌクレオチド配列は、遺伝子の発現をコード化しているヌクレオチド配列の一部に過ぎない。結果として、遺伝子の発現は、ここに列挙された配列番号に関して開示された特異的なヌクレオチド配列以外の遺伝子の一部から転写されたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）にハイブリッド形成するヌクレオチドプローブの使用により測定することができる。
【００７６】
本発明はさらに、ガン誘発、促進あるいは抑制遺伝子を決定するためのプロセスに関し、ここで前記プロセスは、細胞のガン調節因子への接触、配列番号：１−８４４７の遺伝子配列より成るグループから選択された遺伝子の発現の変化の測定およびそれによる前記遺伝子がガン誘発あるいは促進遺伝子であるとの決定の段階より成る。
【００７７】
したがって、ここで配列番号：１−８４４７として開示された特徴的な遺伝子群中のいくつかあるいは全ての遺伝子は、ガンの誘発あるいは進行またはさらにはその他の疾患及び疾患プロセスに直接的に影響を与えると思われる。これらの遺伝子の発現の変化（上向き調節あるいは下向き調節のどちらか）は疾患状態（すなわちガン）と関連するため、発現の変化は疾患の誘発あるいは進行に寄与し得る。例えば、上向き調節される遺伝子がガン遺伝子である場合あるいは下向き調節される遺伝子が腫瘍サプレッサー遺伝子である場合には、前記遺伝子は発現量のみに基づく検査に勝る小分子治療のためのスクリーニングの方法を提供する。例えば、ガンにおいて上向き調節を示し、その増加した発現が疾患の誘発あるいは進行に寄与する遺伝子は、その機能を抑制あるいは阻害する小分子の検査における標的に相当する。例は、キナーゼ阻害、細胞増殖、タンパク標的の活性部位を阻害する基質類似体、その他を含むがこれらに限定されない。同様に、ガンにおいて下向き調節を示し、その不在が疾患の誘発あるいは進行という結果となる遺伝子は、遺伝子治療に対して有益な治療因子である。
【００７８】
遺伝子がガンプロセスに関連すると判断される種々の異なる状況があることは注意すべきである。したがって、いくつかの遺伝子はガン遺伝子であり、ガンプロセスに直接関連するタンパク質をコード化し、それにより動物中でガンの発生を促進し得る。加えて、その他の遺伝子は特定の細胞あるいは細胞型におけるガン状態の抑制に貢献し、それにより動物中に生じるガン状態に不利に働き得る。その他の遺伝子は、単にガンプロセスあるいは状態に直接的あるいは間接的に関連し、ガン状態に対して補助的な能力として働き得る。前記全ての遺伝子の型は、ここに開示された発明にしたがって決定されるものであると思われる。したがって、本発明の前記プロセスにより決定される遺伝子はガン遺伝子であり得る。あるいは前記プロセスにより決定される遺伝子はガン促進遺伝子であり得る。後者は、ｉｎ　ｖｉｖｏあるいはｅｘ　ｖｉｖｏにおいて、ガン状態の促進あるいはガン性増殖の進行の促進またはそうでなければガン細胞の増殖の調節においてガンプロセスに直接あるいは間接的に影響する遺伝子を含む。加えて、前記プロセスにより決定される遺伝子は、ガン抑制遺伝子であり得る。ここで前記遺伝子は直接あるいは間接的にガン状態の誘発あるいは進行を抑制するように働く。前記遺伝子は間接的に働くことができ、ここでその発現は、ガン状態の進行の誘発あるいは促進に直接関連するその他の遺伝子あるいは遺伝子発現産物の活性を変える。例えば、腫瘍抑制遺伝子あるいはその発現産物を抑制するように働く野生型あるいは突然変異型のポリペプチドをコード化する遺伝子は、したがって間接的に腫瘍増殖を促進するように働く。
【００７９】
前記にしたがって本発明のプロセスは、ｉｎ　ｖｉｖｏあるいはｅｘ　ｖｉｖｏにおいて、腫瘍増殖の誘発、抑制あるいは促進を含むガンプロセスに影響を与えるポリペプチドあるいは小化学物質であるガン調節因子を含む。ここに開示されたように、前記ガン調節因子は遺伝子発現を増加する効果を持ち得るかあるいは前記ガン調節因子は遺伝子発現を減少させる効果を持ち得る。
【００８０】
ここでの開示にしたがって、本発明はまたガンを処置するためのプロセスに関し、前記プロセスはガン細胞を配列番号：１−８４４７より成るグループから選択された遺伝子配列によってコード化された発現産物に対する活性を持つ因子に接触させることより成る。
【００８１】
したがって、これらの特徴的な遺伝子群中のいくつかあるいは全ての遺伝子は、最低一部においてその発現傾向に基づく治療介入のための特定の標的に相当する。例えば、特徴的な遺伝子群中の遺伝子は細胞表面分子をコード化し、正常細胞と比較してガン細胞中で上向き調節される。前記遺伝子によりコード化されるタンパク質は、前記遺伝子のガン細胞中での発現の増加の結果、例えば細胞障害因子と結合した抗体などの親和性構造体を利用する“標的治療”に対して、非常に有益な治療用標的となる。前記方法論において、前記細胞表面分子に対する内因性リガンドあるいは結合相手を既知である必要はないことは有利である。むしろ、細胞死あるいは細胞周期の阻害を引き起こすことができる因子と結合する細胞表面分子を特異的に認識する抗体あるいは（人口ペプチド、代替リガンド、その他同種のものを含むことができる）同等の分子は、これらのタンパク質が治療上有望であることを示す。したがって、前記方法は、細胞内タンパク質に対するいわゆる自己死“弾丸”の使用を含む。
【００８２】
本発明のプロセスは、上記プロセスの実施例を含み、ここで前記ガン細胞はｉｎ　ｖｉｖｏおよびｅｘ　ｖｉｖｏで接触させ、好ましくはここで前記因子は、部位すなわち前記発現産物に対する親和性を持つ分子構造体全体の一部より成る。一つの前記実施例において、前記発現産物に対する親和性を持つ前記部位は抗体であり、特にここで、前記発現産物はポリペプチドあるいはオリゴペプチドであるかまたはオリゴペプチド部位より成るかポリペプチドより成る。
【００８３】
したがって前記因子は、親和性部位および抗ガン活性部位の両方から成る短分子構造体であり得る。ここで前記部位は、分離した際に前記活性を持つ別個の分子あるいは分子構造体から得られ、ここで前記因子は、ここで前記部位が一種の付加生成物中に結合されるように、前記部位を一つのより大きな分子構造体中に結合させることにより形成される。前記抗ガン及び親和性部位は、単ポリペプチドあるいはポリペプチド類似構造体の形態などのように共有して結合し得るか、あるいは疎水的相互作用あるいは静電的相互作用によるように非共有で結合し、前記構造体は化学分野においてよく知られた方法により形成される。あるいは、抗ガンおよび親和性部位は、同一化学構造体の一部として２以上の活性を示す単一分子の別個のドメインから形成され得る。ここで活性の一つはガン細胞あるいは腫瘍形成または腫瘍増殖に対するものであり、別の活性はガンプロセスあるいはガン状態に関連する遺伝子の発現により産生された発現産物に対する親和性を持つ。
【００８４】
本発明の一つの実施例において、タンパク質あるいはその他のポリペプチドなどの化学因子は、ガンプロセスに関連する遺伝子、特に配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された遺伝子配列によりコード化される、ポリペプチドあるいはタンパク質などのガン細胞の発現産物に対する親和性を持つ、抗体などの因子に結合する。特異的な実施例において、前記発現産物は、ガン細胞の表面に存在するタンパク質あるいは糖タンパク質またはリポタンパク質などの細胞表面受容体であり、ここで前記発現産物は前記ガン細胞の細胞膜の一部であり、前記抗ガン因子の親和性部位に対する治療用標的として働き、またここで前記因子の親和性部位の発現産物への結合後、前記因子の抗ガン部位は、前記発現産物に対して、腫瘍形成およびまたは増殖の誘発あるいは促進に対する影響を中和するように働く。本発明の別の実施例において、前記発現産物への因子の結合は、ガン促進あるいは増殖を抑制する効果を持ち得る。特にここで、前記発現産物の存在は、腫瘍の進行および増殖に密接にあるいは単に補助的な態様で関連する。したがって、ここで前記発現産物の存在は腫瘍の開始およびまたは増殖に不可欠であり、前記因子の前記発現産物への結合は、前記腫瘍促進活性を打ち消す効果を持つ。一つの前記実施例において、前記因子は細胞自己死を誘導し、それによりガン細胞を破壊し腫瘍増殖を停止させるアポトーシス誘導因子である。
【００８５】
ここに開示されたように、本発明はさらに、ガン細胞中のガン誘発、促進あるいは抑制遺伝子を決定するためのプロセスに関し、前記プロセスは遺伝子配列の発現の変化を測定することより成り、特にここで前記配列は配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された一つである。
【００８６】
したがって、本発明のプロセスは、これらの特徴的遺伝子群のｍＲＮＡ発現特徴の変化とこれらの遺伝子が位置する染色体領域のＤＮＡ複製数の潜在的な（ガンの形態に依存した）変化との相互関係を利用する。もちろん、ｍＲＮＡ発現の変化の明確な性質（例えば転写水準で上向き調節される特徴的な遺伝子群）はまた、これらの遺伝子が位置するゲノム領域のＲＮＡ複製数の変化（例えば関連遺伝子を含むゲノムＤＮＡ領域の増幅）を示す。
【００８７】
全てのガンは、典型的にはゲノムＤＮＡの特異的領域の転座、増幅あるいは欠失に相当する染色体再構成を含む。特異的な段階およびガンの型が関連する反復性染色体再構成は常に、疾患の発生あるいは進行に直接的および重大な役割を果たす一つの遺伝子（あるいは複数遺伝子）に影響する。ガンにおいて直接的な役割を果たす既知のガン遺伝子あるいは腫瘍抑制遺伝子の多くは、反復性染色体再構成からのポジショナルクローニングに基づいて最初に同定された。あるいはその他の方法によりそのクローニングに続く再構成における減少を示された。全ての場合において、前記遺伝子は、ＤＮＡ複製数の水準およびｍＲＮＡ水準での転写発現の水準の両方で増幅を示す。
【００８８】
少なくとも、ここに開示された特徴的な遺伝子群（配列番号：１−８４４７）内に含まれる遺伝子のいくつかは、一部はガン細胞中での特異的染色体再構成の結果生じたＤＮＡ複製数の変化による、ガンサンプル内の（関連する明確なリーディングフレームに依存する）ｍＲＮＡ発現特徴の変化を示す。これから得られる有用性は、（ｉ）これらの特徴的な遺伝子群中に含まれる遺伝子がガンに関連する新規の染色体再構成、増幅あるいは欠失の同定のための時間短縮の方法を提供し、さらにまたは（ｉｉ）前記染色体再構成、増幅あるいは欠失の影響を受ける主要な遺伝子を示し、それにより疾患の発生あるいは進行に重要な役割を果たすことである。特徴的な群中の遺伝子は、（ｍＲＮＡ水準での発現の変化に基づいて）ＤＮＡ複製数の変化を同定し、その結果（例えば、遺伝子Ｘがガンに関連する新規の染色体複製を同定する場合、遺伝子Ｘにより規定された特異的染色体領域は、ガンに対する診断用分析のための基礎として働き、ここでゲノムＤＮＡは組織サンプルから抽出され、特異的増幅の存在について測定される）組織サンプル中でＤＮＡ水準で実施される、ガンの発生、途中段階あるいは進行についての診断用分析のその他の方法への入り口点およびガンの開始あるいは進行において不可欠で直接的な役割を果たす遺伝子の迅速なポジショナルクローニングを提供する。
【００８９】
本発明の一つの実施例において、前記発現の変化は、遺伝子複製数の変化を測定することにより測定することができ、ここで前記複製数の変化は複製数の増加であり、あるいはここで前記複製数の変化は複製数の減少である。
【００９０】
前記遺伝子複製数の変化は、特定の遺伝子配列によりコード化されるメッセンジャーＲＮＡの発現の変化を測定することにより測定することができ、特にここで前記配列は、配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された一つである。また本発明にしたがって、前記遺伝子はガン誘発遺伝子、ガン促進遺伝子あるいはガン抑制遺伝子であり得る。本発明の方法の実施において、ガン促進遺伝子は腫瘍形成あるいは増殖を直接的に誘発あるいは抑制しない遺伝子であり、前記遺伝子は、その発現産物の作用を通すなどして直接的に、ガン状態の進行を増強あるいはそうでなければ容易にするように働く。その他にここで前記遺伝子は、そうでなければ腫瘍形成およびまたは増殖を減少させる効果を持つ遺伝子あるいは遺伝子発現産物に対して働く。
【００９１】
したがって、本発明はまたガン細胞を診断するためのプロセスを提供し、前記プロセスは上記の方法にしたがってガン誘発、促進あるいは抑制遺伝子を決定することより成る。
【００９２】
本発明はまたガンを処置するためのプロセスに関し、前記プロセスは、プロモーターあるいはエンハンサー要素と使用可能に結合した抗ガン遺伝子よりなる遺伝子構成物をガン細胞中に挿入し、それにより前記抗ガン遺伝子の発現が前記ガンの抑制を引き起こすことより成り、ここで前記プロモーターあるいはエンハンサー要素は、配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された遺伝子配列を調節するプロモーターあるいはエンハンサー要素である。
【００９３】
したがって、ここに開示された特徴的な群すなわち特徴的な遺伝子群は、正常組織およびまたは対応するガンに特異的な特徴的な群中に含まれる遺伝子のプロモーター中の遺伝子調節要素の同定において有益である。これにしたがって、各特徴的な群は、正常に対するガンの転写調節の全体の一般的傾向を共有する遺伝子（例えばガンにおいて転写が上向き調節される特徴的な遺伝子群）の収集である。
【００９４】
前記実施例の一つにおいて、特徴的な群中に含まれる全ての遺伝子のプロモーター領域のＤＮＡ配列の分析および比較は、遺伝子発現の形成を特異的に促進する（例えばガンにおける増加した転写発現）シス作用性因子に相当する遺伝子の一部の配列の保存伸長あるいはモチーフの同定に役立つ。その結果前記シス作用性調節因子の同定は、本分野において既によく知られている技術を用いた遺伝子治療により、自己死遺伝子あるいは毒素のガン特異的発現の促進における使用に利用できる。
【００９５】
別の実施例において、前記抗ガン遺伝子はガン抑制遺伝子であるか、あるいは抗ガン活性を持つポリペプチドをコード化し、特にここで前記ポリペプチドはアポトーシス活性を持つ。
【００９６】
追加の実施例において、本発明の前記遺伝子構成物のガン細胞中への前記挿入は、例えばウイルスあるいはプラスミドベクターを用いてｉｎ　ｖｉｖｏで遂行される。前記方法はまたｉｎ　ｖｉｔｒｏでの使用にも用いることができる。したがって、本発明の方法は遺伝子治療の異なる方法に容易に応用でき、ここで細胞はｅｘ　ｖｉｖｏで遺伝的に調節され、その後宿主中に投入される。あるいはここで遺伝子調節は、アデノ随伴ウイルス、アデノウイルスおよびレトロウイルス、さらに前記治療を行うために特別に構成されたプラスミドを含む特有のウイルスベクターの使用などの、特に前記治療に適したベクターを含む任意の多数の適切な方法を用いてｉｎ　ｖｉｖｏで実施される。これらおよびその他のベクターの使用は、この分野において通常の知識を有する者によく知られており、さらに開示する必要はない。
【００９７】
本発明はまた、機能的に関連した遺伝子を決定するためのプロセスに関し、前記プロセスは、配列番号：１−８４４７の配列より成るグループから選択された一つあるいはそれ以上の遺伝子配列を前記グループ中の２以上の遺伝子の発現を調節する因子と接触させ、それにより前記グループの遺伝子の一部を決定することより成る。
【００９８】
本発明にしたがって、前記の機能的に関連した遺伝子は、同一代謝経路を調節する遺伝子であり、あるいは前記遺伝子は機能的に関連したポリペプチドをコード化する遺伝子である。一つの前記実施例において、前記遺伝子は、その発現が同一転写活性化因子あるいはエンハンサー配列により調節される遺伝子であり、特にここで前記転写活性化因子あるいはエンハンサーは、配列番号：１−８４４７より成るグループから選択された遺伝子配列の活性を増加あるいはそうでなければ調節する。
【００９９】
したがって、ここに開示された特徴的な遺伝子群はまた、発現特徴の変化に基づく治療のための小分子分析の基礎としての使用を見出す。一つの前記実施例において、小分子検査は特徴的な群中の遺伝子発現の変化の測定に役立ち、それにより特異的機能的経路の同定のための手段および新規遺伝子に明確な機能を与える方法を提供する。
【０１００】
前記にしたがって、ここに開示された特徴的な群中に含まれる遺伝子の転写発現の監視は、小分子治療のための分析の基礎となる。例えば、特徴的な遺伝子群の転写が正常細胞と比較してガン細胞中で上向き調節される状況において、前記検査はガン細胞内の特徴的な群中の遺伝子発現を下向き調節する小分子の同定を容易にする。前記治療は、特徴的な群中の遺伝子の発現に基づいてガン細胞をより正常に見せるが、前記検査が実施される際に実際に起こっていることは、特徴的な群中の全ての遺伝子が化合物ライブラリー中の各小分子と同様に反応しているわけではないということである。例えば、平均の特徴的な群が２００個の種々の遺伝子を持ち、２００個の遺伝子全ての発現が５００００個の化合物のライブラリーへの反応について監視され、特徴的な群中の遺伝子の一部が特定の化合物との反応においてその発現傾向を一様に変化させる（例えば１０個のグループ内の一つの遺伝子の下向き調節などのように、１０個の遺伝子は同様の方法で常に発現を変化させる）場合、その結果常に同様にその他の９個の特異的な遺伝子の下向き調節を引き起こす。
【０１０１】
化合物と反応して同様の方法でその発現を変化させる特徴的な群中の前記遺伝子の一部あるいは小群は、共通の代謝、情報伝達、生理学あるいは機能的経路中に位置する遺伝子であり、したがって、前記一部を分析および同定することにより、（ａ）特異的な経路に既知遺伝子および新規遺伝子を割り当て、（ｂ）その機能が既に特徴付けられあるいは開示された遺伝子を伴う経路に分類される新規遺伝子の特異的機能および機能的役割を同定することができる。例えば、同様の方法において発現を変化させ、５個の既知遺伝子がアポトーシスに関連し、それによりその他の５個の遺伝子をアポトーシス細胞プロセスにおいて役割を果たすように関連させる特徴的な群中の１０個の遺伝子の小群（５個の既知遺伝子および５個の新規遺伝子）を同定することができる。したがって、本発明にしたがって開示されたプロセスは同時に、遺伝子に機能を与える新規の方法すなわち機能ゲノム科学の新規の方法および特異的細胞経路に対する潜在的な治療効果を持つ化合物を同定するための方法を提供する。前記化合物はガン以外の種々の疾患に対して同様に治療上の関連性を持ち得る。ここで前記疾患が特異的細胞経路に関連することが知られあるいは示されている場合に、影響がある。
【０１０２】
注意すべきは、ここに開示された本発明の方法の実施において、特定の緩衝液、培地、試薬、細胞、培養条件およびその他同種のものについての言及は、限定するように意図したものではなく、本分野において通常の知識を有する者の一人が、議論が提示される特定の状況において関心あるいは価値があると認める全ての関連材料を含むように解釈すべきであるということである。例えば、一つの緩衝液システムあるいは培養培地を別のものに代え、それでも同一でなくとも同様の結果を得ることができる。本分野において通常の知識を有する者は、前記システムおよび方法論の十分は知識を持つため、過度の実験がなくとも、ここに開示された方法の使用において最適にその目的に貢献する置き換えをすることができる。
【０１０３】
本発明はここでさらに以下の限定されない実施例として開示されるが、本発明にしたがって開示された方法のその他の異なる実施例は、関連分野における通常の知識を有する者に示されるであろうことははっきりと留意すべきである。
【０１０４】
【発明の実施の形態】
（実施例）
ＳＷ４８０細胞は、２ｍＭのＬ−グルタミン（９０％）および１０％ウシ胎仔血清を添加したＬｅｉｂｏｖｉｔｚ′ｓ　Ｌ−１５培地中で細胞１０５個／ｃｍ２の濃度まで増殖させる。細胞は、３７℃で２から５分間での０．２５％トリプシン、０．０２％ＥＤＴＡを用いた処理後回収される。トリプシン処理した細胞はその後３０ｍｌの増殖培地で希釈され、９６ウェルプレート中に１ウェルあたり細胞５００００個の濃度（２００μｌ／ウェル）で播種される。次の日、細胞は複合緩衝液のみあるいは試験される化学因子を含む複合緩衝液で２４時間処理される。その後培地は除去され、細胞は溶解され、ＲＮＡがＱｉａｇｅｎから購入したＲＮＡｅａｓｙ試薬およびプロトコルを用いて回収される。ＲＮＡは定量され、１μｌ中のサンプル１０ｎｇは、１×ＰＣＲ緩衝液、ＲＮＡｓｉｎ、逆転写酵素、ヌクレオシド三リン酸、ａｍｐｌｉｔａｑ　ｇｏｌｄ、トゥイーン２０、グリセロール、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）および基準遺伝子（１８Ｓ　ＲＮＡ）に対する特異的ＰＣＲプライマーおよびプローブ、そして試験される遺伝子（遺伝子Ｘ）を含む２４μｌのＴａｑｍａｎ反応混合物に添加される。その後逆転写は４８℃で３０分間実施された。その後サンプルはＰｅｒｌｉｎ　Ｅｌｍｅｒ　７７００配列検出器に適用され、９５℃で１０分間熱変性される。増幅は、６０℃でのアニーリング１５秒、続く７２℃での伸長６０秒および９５℃での変性３０秒の４０サイクルで行われる。その後データファイルは記録され、データは適切な基準線表示および閾値をもとに分析される。
【０１０５】
その後標的および基準遺伝子間の量的差異は算出され、相対発現値は、用いた全てのサンプルについて測定される。その後この手順は特定の特徴的なあるいは特有の群中の各標的遺伝子に対して繰り返され、各遺伝子対についての相対発現割合が測定される（すなわち発現割合は、発現が測定されるその他の遺伝子それぞれに対する各標的遺伝子について測定され、ここで各遺伝子の絶対発現は検査される化合物あるいは化学因子に対する基準遺伝子と比較して測定される）。その後サンプルは記録され、コントロールに対する処置されたサンプルの発現特徴の変換の程度にしたがって評価される。コントロールに対する遺伝子群の全体発現はまた、別のものと関連する一つの化学因子により調節される場合にも確定される。特定の遺伝子あるいは遺伝子群に対して最も影響のある化学因子は、最も抗腫瘍性があると考えられる。
【０１０６】
本発明の方法の実施において、ガンの疑いのある細胞の特定サンプルの全ての細胞が、全てあるいはほとんどのそれらの遺伝子を発現するのではなく、相当数の前記細胞における相当量の発現がガンあるいは潜在的なガン状態の決定を保証するのに十分であるということは考慮すべきである。ここに開示された配列は、配列番号：１から８４４７の番号順で示されるが、別の遺伝子は別の器官あるいは組織により関連するかあるいはほとんど関連せず、そのいくつかはガンにおいて上向き調節され正常細胞では上向き調節されず、一方でその他は正常細胞において上向き調節されるがガン細胞では上向き調節されない。ここに提示された配列は、ゲノムあるいはｃＤＮＡ配列であり、またＲＮＡ配列として示され得る。
【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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