(57)【要約】インフルエンザウイルス赤血球凝集素タンパク質および熱帯熱マラリア原虫マラリア抗原のペプチド、ペプチドに特異的な抗体、インフルエンザワクチン、マラリアワクチン、ならびにインフルエンザウイルスまたはマラリアに対する抗体を産生するための被験者の免疫応答の刺激方法が開示される。インフルエンザウイルスに対するワクチンの処方方法も開示される。炭疽菌炭疽毒素致死因子タンパク質ｐＸ０１−１０７の単離ペプチド、ペプチドに特異的な抗体、ならびに炭疽菌炭疽毒素致死因子タンパク質ｐＸ０１−１０７に対する抗体を産生するための被験者の免疫応答の刺激方法が開示される。痘瘡ウイルス表面抗原Ｓ前駆体タンパク質の単離ペプチド、ペプチドに特異的な抗体、ならびに痘瘡ウイルス表面抗原Ｓ前駆体タンパク質に対する抗体を産生するための被験者の免疫応答の刺激方法も開示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
（１）第二リシン残基から6〜10残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基
を含む7〜約50個のアミノ酸を有する単離インフルエンザウイルスペプチド。
【請求項２】
インフルエンザウイルスのエマージング株中に存在する請求項１記載のペプチド。
【請求項３】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を有するインフルエンザウイルスペプチドと特異的に結合する抗体。
【請求項４】
インフルエンザウイルスのエマージング株中に存在するインフルエンザウイルスペプチドと特異的に結合する請求項３記載の抗体。
【請求項５】
各々が、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を有するインフルエンザウイルスペプチドと特異的に結合する複数の抗体を含む抗体カクテル。
【請求項６】
複数の抗体の各々がインフルエンザウイルスのエマージング株中に存在するレプリキンペプチド配列と独立に且つ特異的に結合する請求項５記載の抗体カクテル。
【請求項７】
請求項３または請求項４の抗体ならびに製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントを含む組成物。
【請求項８】
請求項５または６の抗体カクテルならびに製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントを含む組成物。
【請求項９】
請求項１の単離インフルエンザウイルスペプチドならびに製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントを含む治療用組成物。
【請求項１０】
ペプチドが当年を含めて少なくとも2連続年間、インフルエンザウイルスの株中に保存される請求項９記載の治療用組成物。
【請求項１１】
各々が、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を有する複数の単離インフルエンザウイルスペプチドならびに製薬上許容可能な担体を含む治療用組成物。
【請求項１２】
複数のインフルエンザウイルスペプチドのうちの少なくとも1つが当年を含めて少なくとも2連続年間、インフルエンザウイルス赤血球凝集素アミノ酸配列中に保存される請求項１１記載の治療用組成物。
【請求項１３】
インフルエンザウイルス赤血球凝集素レプリキンｍＲＮＡ配列と相補的なアンチセンス核酸分子であって、前記レプリキンｍＲＮＡ配列が（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を有するアンチセンス核酸分子。
【請求項１４】
遺伝子のコード鎖またはインフルエンザウイルス赤血球凝集素をコードするｍＲＮＡと相補的なアンチセンス核酸分子であって、インフルエンザウイルスのエマージング株中に存在するヌクレオチド配列と相補的であるアンチセンス核酸分子。
【請求項１５】
インフルエンザウイルスに対する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を有する有効量の少なくとも1つの単離インフルエンザウイルスレプリキンペプチドを投与することを包含する方法。
【請求項１６】
少なくとも1つのレプリキンペプチドがインフルエンザウイルス赤血球凝集素タンパク質中に存在する請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも1つのレプリキンペプチドのうちの少なくとも1つが当年を含めて少なくとも2連続年間、インフルエンザウイルスのエマージング株中に保存される請求項１５記載の方法。
【請求項１８】
インフルエンザウイルスワクチン中の含入のためのインフルエンザウイルスペプチドの選択方法であって、以下の：
（１）インフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体を生成し、
（２）レプリキン配列の存在および濃度に関してインフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体の赤血球凝集素アミノ酸配列を分析し、
（３）インフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体の赤血球凝集素アミノ酸配列中のレプリキン配列の濃度を各株の赤血球凝集素アミノ酸配列中に観察されるレプリキン配列の濃度と初期に少なくとも1回比較して、レプリキンの濃度を少なくとも2回提供するが、この場合、前記少なくとも1回の初期期間は過程（１）前の約6か月〜約3年以内とし、
（４）少なくとも2回の期間中にレプリキン配列の濃度の最高増大を示すインフルエンザウイルス株を同定し、
（５）インフルエンザウイルスワクチン中に含入するための単離ペプチドとして過程（４）で同定されたインフルエンザウイルスペプチドの株中に存在する少なくとも1つのレプリキン配列を選択する
ことを包含する方法。
【請求項１９】
レプリキン配列が少なくとも2回の期間中にレプリキン配列濃度の最高増大を示すインフルエンザウイルスの株内に少なくとも約2連続年間保存される請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
過程（５）において複数のレプリキン配列が選択される請求項１８記載の方法。
【請求項２１】
インフルエンザウイルスワクチンの製造方法であって、以下の：
（１）エマージング株としてインフルエンザウイルスの株を同定し、
（２）インフルエンザウイルスワクチン製造のためのペプチド鋳型としてエマージング株中に存在する少なくとも1つのレプリキン配列を選択し、
（３）過程（２）で選択された少なくとも1つのレプリキン配列のアミノ酸配列を有するペプチドを合成し、そして
（４）過程（４）の治療的有効量のペプチドを製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントと併合する
ことを包含する方法。
【請求項２２】
過程（２）で選択された少なくとも1つのレプリキンが当年を含めて少なくとも2連続年間、インフルエンザウイルス赤血球凝集素配列中に保存される請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
インフルエンザウイルスのエマージング株の同定方法であって、以下の：
（１）インフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体を生成し、
（２）レプリキン配列の存在および濃度に関してインフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体の赤血球凝集素アミノ酸配列を分析し、
（３）インフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体の赤血球凝集素アミノ酸配列中のレプリキン配列の濃度を各株の赤血球凝集素アミノ酸配列中に観察されるレプリキン配列の濃度と初期に少なくとも1回比較して、レプリキンの濃度を少なくとも2回提供するが、この場合、前記少なくとも1回の初期期間は過程（１）前の約6か月〜約3年以内とし、
（４）少なくとも2回の期間中にレプリキン配列の濃度の最高増大を示すインフルエンザウイルス株を同定する
ことを包含する方法。
【請求項２４】
インフルエンザウイルスのエマージング株の赤血球凝集素タンパク質中に存在する少なくとも1つの単離レプリキンならびに製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントを含むインフルエンザウイルスワクチン。
【請求項２５】
複数の単離レプリキンを含む請求項２４記載のインフルエンザウイルスワクチン。
【請求項２６】
少なくとも1つの単離レプリキンがエマージング株中に少なくとも2連続年間保存される請求項２４記載のワクチン。
【請求項２７】
インフルエンザウイルス感染の予防または治療方法であって、インフルエンザウイルスのエマージング株の赤血球凝集素タンパク質中に存在する少なくとも1つの単離レプリキンならびに製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントを含むワクチンをそれを必要とする患者に投与することを包含する方法。
【請求項２８】
ワクチンがインフルエンザシーズンの開始前に投与される請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
抗ウイルス薬を投与することをさらに包含する請求項２７記載の方法。
【請求項３０】
抗ウイルス薬がガンシクロビルである請求項２７記載の方法。
【請求項３１】
ワクチンが少なくとも約1年間エマージング株中に保存されたレプリキンを含む請求項２７記載の方法。
【請求項３２】
少なくとも1つの単離熱帯熱マラリア原虫Plasmodium falciparumレプリキンおよび製薬上許容可能な担体を含むマラリアワクチン。
【請求項３３】
複数の熱帯熱マラリア原虫レプリキンを含む請求項３２記載のワクチン。
【請求項３４】
複数の重複レプリキンを含む請求項３３記載のワクチン。
【請求項３５】
レプリキンが熱帯熱マラリア原虫のメロゾイト表面にまたは寄生体保有液胞内に存在する請求項３３記載のワクチン。
【請求項３６】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む単離熱帯熱マラリア原虫ペプチド。
【請求項３７】
重複レプリキンを含む請求項３６記載のペプチド。
【請求項３８】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を有する熱帯熱マラリア原虫ペプチド配列と特異的に結合する抗体。
【請求項３９】
複数の抗体を含む抗体カクテルであって、複数の抗体の各々が（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を有する熱帯熱マラリア原虫ペプチド配列と特異的に結合する抗体カクテル。
【請求項４０】
請求項３８記載の抗体または請求項３９記載の抗体および製剤組成物を含む組成物。
【請求項４１】
熱帯熱マラリア原虫に対する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、有効量の少なくとも1つの熱帯熱マラリア原虫レプリキンおよび製薬上許容可能な担体を被験者に投与することを包含する方法。
【請求項４２】
レプリキンが熱帯熱マラリア原虫のメロゾイト表面にまたは寄生体保有液胞内に位置する請求項４１記載の方法。
【請求項４３】
マラリアの予防または治療方法であって、少なくとも1つの熱帯熱マラリア原虫レプリキンおよび製薬上許容可能な単体を含む治療的有効量のワクチンを患者に投与することを包含する方法。
【請求項４４】
身体試料または環境試料中の夾雑生物体の存在の検出方法であって、以下の：
１）身体試料または環境試料から核酸を単離し；
２）レプリキン構造の存在に関して核酸をスクリーニングし；そして
３）レプリキン構造の存在を夾雑生物体の存在と相関させる
ことを包含する方法。
【請求項４５】
身体試料が血液である請求項４４記載の方法。
【請求項４６】
生物体の複製速度の増大方法であって、少なくとも1つのレプリキン構造を用いて生物体中の複製機能を有する酵素をコードする遺伝子を形質転換することを包含する方法。
【請求項４７】
生物体が食用植物である請求項４６記載の方法。
【請求項４８】
生物体がイネである請求項４６記載の方法。
【請求項４９】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む単離炭疽菌（Bacillus anthracis）ペプチド。
【請求項５０】
配列番号９１で記述されるアミノ酸配列を有する請求項４９記載のペプチド。
【請求項５１】
配列番号９２で記述されるアミノ酸配列を有する請求項４９記載のペプチド。
【請求項５２】
配列番号９３で記述されるアミノ酸配列を有する請求項４９記載のペプチド。
【請求項５３】
配列番号９４で記述されるアミノ酸配列を有する請求項４９記載のペプチド。
【請求項５４】
配列番号９５で記述されるアミノ酸配列を有する請求項４９記載のペプチド。
【請求項５５】
配列番号９６で記述されるアミノ酸配列を有する請求項４９記載のペプチド。
【請求項５６】
配列番号９７で記述されるアミノ酸配列を有する請求項４９記載のペプチド。
【請求項５７】
配列番号９８で記述されるアミノ酸配列を有する請求項４９記載のペプチド。
【請求項５８】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む単離痘瘡ウイルスペプチド。
【請求項５９】
配列番号９９で記述されるアミノ酸配列を有する請求項５８記載のペプチド。
【請求項６０】
配列番号１００で記述されるアミノ酸配列を有する請求項５８記載のペプチド。
【請求項６１】
配列番号１０１で記述されるアミノ酸配列を有する請求項５８記載のペプチド。
【請求項６２】
配列番号１０２で記述されるアミノ酸配列を有する請求項５８記載のペプチド。
【請求項６３】
配列番号１０３で記述されるアミノ酸配列を有する請求項５８記載のペプチド。
【請求項６４】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む炭疽菌ペプチドまたはポリペプチド配列と特異的に結合する抗体。
【請求項６５】
複数の抗体を含む抗体カクテルであって、前記抗体の各々が（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む炭疽菌ペプチドまたはポリペプチド配列と特異的に結合する抗体カクテル。
【請求項６６】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む痘瘡ウイルスペプチドまたはポリペプチド配列と特異的に結合する抗体。
【請求項６７】
複数の抗体を含む抗体カクテルであって、前記抗体の各々が（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む痘瘡ウイルスペプチドまたはポリペプチド配列と特異的に結合する抗体カクテル。
【請求項６８】
炭疽菌に対する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む有効量の少なくとも1つの炭疽菌ペプチドを投与することを包含する方法。
【請求項６９】
配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８およびそれらの組合せからなる群から選択される少なくとも1つのペプチドを投与することを包含する請求項６８記載の方法。
【請求項７０】
痘瘡ウイルスに対する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む有効量の少なくとも1つの痘瘡ウイルスペプチドを投与することを包含する方法。
【請求項７１】
少なくとも1つのペプチドが配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３およびそれらの組合せからなる群から選択される請求項７０記載の方法。
【請求項７２】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含むレプリキン配列を含む炭疽菌ポリペプチドをコードするｍＲＮＡと相補的なアンチセンス核酸分子。
【請求項７３】
炭疽菌（Bacillus anthracis）炭疽致死因子タンパク質ｐＸ０１−１０７ペプチドをコードする遺伝子のコード鎖とまたはｍＲＮＡと相補的なアンチセンス核酸分子であって、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８のペプチドをコードするヌクレオチド配列と相補的であるアンチセンス核酸分子。
【請求項７４】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含むレプリキン配列を含む痘瘡ウイルスポリペプチドをコードするｍＲＮＡと相補的なアンチセンス核酸分子。
【請求項７５】
痘瘡ウイルス表面抗原Ｓ前駆体タンパク質をコードする遺伝子のコード鎖とまたはｍＲＮＡと相補的なアンチセンス核酸分子であって、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２または配列番号１０３のペプチドをコードするヌクレオチド配列と相補的であるアンチセンス核酸分子。
【請求項７６】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む単離ペプチド。
【請求項７７】
レコグニンである請求項７６記載のペプチド。
【請求項７８】
レプリキンである請求項７６記載のペプチド。
【請求項７９】
藻類ペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８０】
酵母ペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８１】
アメーバペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８２】
ウイルスペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８３】
植物ペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８４】
複製関連ペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８５】
細菌ペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８６】
腫瘍ウイルス関連ペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８７】
形質転換関連ペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８８】
癌細胞関連ペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項８９】
神経膠腫ペプチドである請求項７６記載のペプチド。
【請求項９０】
（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含むペプチド配列と特異的に結合する抗体。
【請求項９１】
複数の抗体を含む抗体カクテルであって、抗体の各々が（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含むペプチド配列と特異的に結合する抗体カクテル。
【請求項９２】
配列番号１〜配列番号９０のいずれかから成るアミノ酸配列を有するペプチドの群から選択される単離ペプチド。
【請求項９３】
レプリキン配列またはレコグニン配列を含有するタンパク質またはペプチドの同定方法であって、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む亜配列に関してタンパク質またはペプチドのアミノ酸配列を走査することを包含する方法。
【請求項９４】
アミノ酸配列が視覚的に走査される請求項93記載の方法。
【請求項９５】
アミノ酸配列の走査がコンピューターにより実施される請求項93記載の方法。
【請求項９６】
レプリキン配列またはレコグニン配列を含有するヌクレオチド配列の同定方法であって、（１）リシン残基をコードする第二コドンから18〜30ヌクレオチド内に位置する少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基をコードするコドンを含む21〜150個のヌクレオチドを含む亜配列に関してヌクレオチド配列を走査することを包含する方法。
【請求項９７】
亜配列がタンパク質またはペプチドのコード配列を伴う枠組みで存在する請求項９６記載の方法。
【請求項９８】
ヌクレオチド配列の走査がコンピューターにより実施される請求項９６記載の方法。
【請求項９９】
ヌクレオチド配列が視覚的に走査される請求項９６記載の方法。
【請求項１００】
ヌクレオチド配列のデータバンクを参照しながら、以下の：（１）リシン残基をコードする第二コドンから18〜30ヌクレオチド内に位置する少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基をコードするコドンを含む21〜150個のヌクレオチドを含むレプリキン配列またはレコグニン配列を含有するヌクレオチド配列に関して前記ヌクレオチド配列を走査する方法にしたがって、コンピューターにより実行された場合に、レプリキンおよび／またはレコグニンをコードするヌクレオチド配列をコンピューターに同定させる使用説明書をその上に収容したコンピューター読取可能媒体。
【請求項１０１】
タンパク質またはペプチド配列のデータバンクを参照しながら、以下の：（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含むレプリキン配列またはレコグニン配列に関して前記タンパク質またはペプチド配列を走査する方法にしたがって、コンピューターにより実行された場合に、レプリキン配列またはレコグニン配列を含有するタンパク質またはペプチドをコンピューターに同定させる使用説明書をその上に収容したコンピューター読取可能媒体。
【請求項１０２】
タンパク質、ペプチド、炭水化物または脂質配列のデータバンクを参照しながら、（１）二番目のアミノ酸、炭水化物または脂質残基からそれぞれ6〜10アミノ酸、炭水化物または脂質残基内に位置する少なくとも１つの第一アミノ酸、炭水化物または脂質残基；（２）前記第一アミノ酸、炭水化物または脂質残基とは異なる少なくとも１つの第二アミノ酸、炭水化物または脂質残基；および（３）少なくとも6％の前記第一アミノ酸、炭水化物または脂質残基；を含む7〜約50個のアミノ酸、炭水化物または脂質を含む亜配列に関して、前記タンパク質、ペプチド、炭水化物または脂質の配列それぞれを走査するといった方法にしたがって、
コンピューターにより実行された場合、少なくとも3つの所定の構造特性を含む亜配列を含有するタンパク質、ペプチド、炭水化物または脂質をコンピューターに同定させるインストラクションを収容したコンピューター読取可能媒体。
【請求項１０３】
核酸配列のデータバンクを参照しながら、（１）第一アミノ残基をコードする第二コドンから18〜30ヌクレオチド内に位置する第一アミノ酸残基をコードする少なくとも１つのコドン；（２）前記第一アミノ酸残基とは異なる第二アミノ酸残基をコードする少なくとも１つのコドン；および（３）少なくとも6％の前記第一アミノ酸残基；を含む21〜約150個のヌクレオチドを含む亜配列に関して前記核酸配列を走査する方法にしたがって、
コンピューターにより実行された場合、配列をコンピューターに同定させるインストラクションを収容したコンピューター読取可能媒体。
【請求項１０４】
レプリキンと特異的に結合する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、少なくとも1つのレプリキンペプチドを含む有効量の投与量の組成物を被験者に投与することを包含する方法。
【請求項１０５】
レプリキンと特異的に結合する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、レプリキン配列を特異的に標的化する少なくとも1つの非免疫ベースの有機作用物質を含む有効量の投与量の組成物を被験者に投与することを包含する方法。
【請求項１０６】
作用物質が核酸である請求項１０５記載の方法。
【請求項１０７】
核酸がアンチセンス立体配置である請求項１０６記載の方法。
【請求項１０８】
投与量が約1 mg投与量形態として投与される請求項１０４記載の方法。
【請求項１０９】
アミノ酸、炭水化物、脂質およびそれらの組合せからなる群から選択される共有結合単位の配列を含む化合物の同定方法であって、（１）二番目のアミノ酸、炭水化物または脂質残基の6〜10残基に位置する少なくとも１つの第一アミノ酸、炭水化物または脂質残基；（２）前記第一アミノ酸、炭水化物または脂質残基とは異なる少なくとも１つの第二アミノ酸、脂質または炭水化物残基；および（３）少なくとも6％の前記第一アミノ酸、炭水化物または脂質残基；を含む7〜約50個のアミノ酸を含む亜配列に関して、前記化合物のアミノ酸配列を走査することを包含する方法。
【請求項１１０】
共有結合ヌクレオチドの配列の同定方法であって、（１）第一アミノ酸残基をコードする第二コドンから18〜30ヌクレオチド内に位置する少なくとも1つの第一アミノ酸残基；（２）前記第一アミノ酸残基とは異なる少なくとも1つの第二アミノ酸残基；および（３）少なくとも6％の前記第一アミノ酸残基；をコードするコドンを含む21〜約150個のヌクレオチドを含む亜配列に関して配列を走査することを包含する方法。
【請求項１１１】
配列番号３４で記述される配列を有する請求項７９記載のペプチド。
【請求項１１２】
配列番号３５で記述される配列を有する請求項７９記載のペプチド。
【請求項１１３】
配列番号３６で記述される配列を有する請求項８０記載のペプチド。
【請求項１１４】
配列番号３７で記述される配列を有する請求項８０記載のペプチド。
【請求項１１５】
配列番号２で記述される配列を有する請求項８０記載のペプチド。
【請求項１１６】
配列番号４１で記述される配列を有する請求項８１記載のペプチド。
【請求項１１７】
配列番号９で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１１８】
配列番号１１で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１１９】
配列番号１２で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２０】
配列番号３で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２１】
配列番号５で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２２】
配列番号７で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２３】
配列番号４７で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２４】
配列番号１３で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２５】
配列番号１４で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２６】
配列番号１５で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２７】
配列番号１６で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２８】
配列番号１７で記述される配列を有する請求項８２記載のペプチド。
【請求項１２９】
配列番号４４で記述される配列を有する請求項８３記載のペプチド。
【請求項１３０】
配列番号４５で記述される配列を有する請求項８３記載のペプチド。
【請求項１３１】
配列番号４６で記述される配列を有する請求項８３記載のペプチド。
【請求項１３２】
配列番号２で記述される配列を有する請求項８４記載のペプチド。
【請求項１３３】
配列番号８で記述される配列を有する請求項８４記載のペプチド。
【請求項１３４】
配列番号９で記述される配列を有する請求項８４記載のペプチド。
【請求項１３５】
配列番号１１で記述される配列を有する請求項８４記載のペプチド。
【請求項１３６】
配列番号１２で記述される配列を有する請求項８４記載のペプチド。
【請求項１３７】
配列番号４２で記述される配列を有する請求項８５記載のペプチド。
【請求項１３８】
配列番号１０で記述される配列を有する請求項８５記載のペプチド。
【請求項１３９】
配列番号４３で記述される配列を有する請求項８５記載のペプチド。
【請求項１４０】
配列番号４８で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１４１】
配列番号４９で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１４２】
配列番号５０で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１４３】
配列番号５１で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１４４】
配列番号５２で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１４５】
配列番号５３で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１４６】
配列番号５４で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１４７】
配列番号５５で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１４８】
配列番号５６で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１４９】
配列番号５７で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５０】
配列番号５８で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５１】
配列番号５９で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５２】
配列番号６０で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５３】
配列番号６１で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５４】
配列番号６２で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５５】
配列番号６３で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５６】
配列番号６４で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５７】
配列番号６５で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５８】
配列番号１８で記述される配列を有する請求項８６記載のペプチド。
【請求項１５９】
配列番号６６で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６０】
配列番号６７で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６１】
配列番号６８で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６２】
配列番号６９で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６３】
配列番号７０で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６４】
配列番号７１で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６５】
配列番号７２で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６６】
配列番号７３で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６７】
配列番号７４で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６８】
配列番号７５で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１６９】
配列番号７６で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１７０】
配列番号７７で記述される配列を有する請求項８７記載のペプチド。
【請求項１７１】
配列番号７８で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１７２】
配列番号７９で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１７３】
配列番号８０で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１７４】
配列番号８１で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１７５】
配列番号８２で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１７６】
配列番号８３で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１７７】
配列番号８４で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１７８】
配列番号８５で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１７９】
配列番号８６で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１８０】
配列番号８７で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１８１】
配列番号８８で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１８２】
配列番号８９で記述される配列を有する請求項８８記載のペプチド。
【請求項１８３】
配列番号１０で記述される配列を有する請求項８４記載のペプチド。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、構造的特性を共有するペプチドの一種類であるレプリキンの同定および使用に関する。特に本発明は、インフルエンザウイルス中で同定されたレプリキンならびにインフルエンザウイルスワクチンの設計におけるそれらの使用に関する。本発明は、炭疽菌Bacillus anthracisおよび痘瘡ウイルス（Variola）中で同定されるレプリキンにも関する。
【背景技術】
【０００２】
インフルエンザは、全世界的重要性を有する急性呼吸疾患である。予防接種によりインフルエンザウイルス突発を制御するための国際的試みにもかかわらず、インフルエンザ感染は依然として罹患率および死亡率の重要な原因である。歴史的に、世界的インフルエンザ大流行は不規則な且つ予め予測できない間隔で起きており、それらは将来的に起こり続ける、と予測される。大流行インフルエンザは、罹患率、死亡率および経済的コストの点から見て重要である。
【０００３】
インフルエンザワクチンは、依然としてインフルエンザウイルスに対する最も効果的な防御手段であるが、しかし突然変異するウイルスの能力および非ヒト宿主レザバーの利用可能性のために、インフルエンザは依然として突発性または再突発性感染である、と予測される。世界的インフルエンザサーベイランスは、インフルエンザウイルスがインフルエンザシーズン中に一国内でそして国および大陸間で変化し得る、ということを示す。ウイルス学的サーベイランスは、抗原不連続変異および抗原連続変異を監視する場合に重要性を有する。疾患サーベイランスも、流行の影響を査定する場合に重要である。両種類の情報が、ワクチン組成物の基礎および抗ウイルス剤の的確な使用を提供する。しかしながら今までのところ、漸増数のエマージングインフルエンザウイルス株の年一度の事後血液学的分類が存在するのみで、ウイルスの特定の化学的構造は、インフルエンザ流行または大流行に取組む指標として同定されていない。現在、所定年度において活発、不活発または流行しているとしてのインフルエンザウイルスの年一度分類に関する唯一の基準は、ウイルス赤血球凝集素およびノイラミニダーゼタンパク質の活性である。流行または大流行の量的警告のためにあるいはより有効且つ安全なワクチンを設計するために用いられ得るインフルエンザウイルスの化学構造は同定されていない。
【０００４】
インフルエンザワクチンの年一度投与ならびにワクチンが投与され得る期間の短さのためにワクチン適用範囲改善に向けられる戦略は、決定的重要性を有する。
【０００５】
治療が難しいことが立証された、そして有効なワクチンが存在しないもうひとつの疾患は、マラリアである。マラリアは、熱帯地域において多大な物理的および経済的苦難を生じる。マラリアは、熱帯熱マラリア原虫Plasmodium falciparumにより引き起こされるが、これは治療に非常に耐性であることが立証されており、今日まで、マラリアに対するワクチンは依然としてとらえどころがない。したがって有効なマラリアワクチンならびに当該疾患の治療または予防方法が必要とされている。
有効なワクチンが必要とされるその他の疾患としては、炭疽および痘瘡が挙げられる。しかしながら今まで、これらの病原性生物により引き起こされる疾患の予防に有効なワクチンはなかった。したがってこれらの病原体に対するワクチンが必要とされており、ならびに種々の病原体に対するワクチンを処方するための有効な戦略が必要とされている。
【発明の開示】
【０００６】
本発明の一局面において、レプリキンReplikin配列を含有する単離インフルエンザウイルスペプチドが提供される。インフルエンザウイルスペプチドは、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む。
【０００７】
本発明の別の局面では、インフルエンザウイルスレプリキン配列と特異的に結合する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、少なくとも1つのインフルエンザウイルスレプリキンペプチドを含む有効量の投与量の組成物を被験者に投与することを包含する方法が提供される。好ましい実施態様では、組成物はインフルエンザウイルスのエマージング株中に存在する少なくとも1つのペプチドを含む。
【０００８】
本発明は、本明細書中に記載されたようなインフルエンザウイルスレプリキンと特異的に結合する抗体、ならびにインフルエンザウイルスレプリキンと特異的に結合する複数の抗体を含有する抗体カクテルも提供する。本発明の一実施態様では、インフルエンザレプリキンと特異的に結合する単数または複数の抗体ならびに製薬上許容可能な担体を含む組成物が提供される。
【０００９】
本発明は、以下の：
（１）第二リシン残基から6〜10残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基
を含む7〜約50個のアミノ酸を有する１つまたはそれ以上の単離インフルエンザウイルス、ならびに製薬上許容可能な担体を含む治療用組成物も提供する。
【００１０】
本発明の別の局面では、インフルエンザウイルス赤血球凝集素レプリキンｍＲＮＡ配列と相補的なアンチセンス核酸分子であって、前記レプリキンｍＲＮＡ配列が以下の：
（１）第二リシン残基から6〜10残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基
を含む7〜約50個のアミノ酸を有するアンチセンス核酸分子が提供される。
【００１１】
本発明の別の局面では、インフルエンザウイルスに対する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を有する有効量の少なくとも1つのインフルエンザウイルスレプリキンペプチドを投与することを包含する方法が提供される。
【００１２】
別の局面では、インフルエンザウイルスワクチン中に含入するためのインフルエンザウイルスペプチドの選択方法であって、以下の：
（１）インフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体を生成し、
（２）レプリキン配列の存在および濃度に関してインフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体の赤血球凝集素アミノ酸配列を分析し、
（３）インフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体の赤血球凝集素アミノ酸配列中のレプリキン配列の濃度を各株の赤血球凝集素アミノ酸配列中に観察されるレプリキン配列の濃度と初期に少なくとも1回比較して、レプリキンの濃度を少なくとも2回提供するが、この場合、前記少なくとも1回の初期期間は過程（１）前の約6か月〜約3年以内であって、
（４）少なくとも2回の期間中にレプリキン配列の濃度の最高増大を示すインフルエンザウイルス株を同定し、
（５）インフルエンザウイルスワクチン中に含入するためのペプチドとして過程（４）で同定されたインフルエンザウイルスペプチドの株中に存在する少なくとも1つのレプリキン配列を選択する
ことを包含する方法が提供される。
【００１３】
本発明は、インフルエンザウイルスワクチンの製造方法であって、以下の：
（１）エマージング株としてインフルエンザウイルスの株を同定し、
（２）インフルエンザウイルスワクチン製造のためのペプチド鋳型としてエマージング株中に存在する少なくとも1つのレプリキン配列を選択し、
（３）過程（２）で選択された少なくとも1つのレプリキン配列のアミノ酸配列を有するペプチドを合成し、そして
（４）過程（４）の治療的有効量のペプチドを製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントと併合する
ことを包含する方法も提供する。
【００１４】
別の実施態様では、本発明は、診断または治療目的のためのインフルエンザウイルスのエマージング株の同定方法であって、以下の：
（１）インフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体を生成し、
（２）レプリキン配列の存在および濃度に関してインフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体の赤血球凝集素アミノ酸配列を分析し、
（３）インフルエンザウイルスの複数の株の各株の少なくとも1つの単離体の赤血球凝集素アミノ酸配列中のレプリキン配列の濃度を各株の赤血球凝集素アミノ酸配列中に観察されるレプリキン配列の濃度と初期に少なくとも1回比較して、レプリキンの濃度を少なくとも2回提供するが、この場合、前記少なくとも1回の初期期間は過程（１）前の約6か月〜約3年以内であって、
（４）少なくとも2回の期間中にレプリキン配列の濃度の最高増大を示すインフルエンザウイルス株を同定する
ことを包含する方法に向けられる。
【００１５】
本発明のさらに別の局面では、インフルエンザウイルスのエマージング株の赤血球凝集素タンパク質中に存在する少なくとも1つの単離レプリキンならびに製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントを含むインフルエンザウイルスワクチンが提供される。
【００１６】
インフルエンザウイルス感染の予防または治療方法であって、インフルエンザウイルスのエマージング株の赤血球凝集素タンパク質中に存在する少なくとも1つの単離レプリキンならびに製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントを含むワクチンをそれを必要とする患者に投与することを包含する方法も、本発明により提供される。
【００１７】
本発明の別の局面では、マラリアを予防または治療するためのワクチンならびに方法が提供される。マラリアワクチンは、少なくとも1つの単離熱帯熱マラリア原虫Plasmodium falciparumレプリキンを含む。本発明は、マラリアの治療または予防方法であって、少なくとも1つの単離熱帯熱マラリア原虫レプリキンを含む有効量のワクチンを患者に投与することを包含する方法も提供する。
【００１８】
熱帯熱マラリア原虫のマラリア抗原中に存在する単数または複数のレプリキンと特異的に結合する抗体、抗体カクテルおよび抗体を含む組成物も本発明により提供される。
本発明の別の局面では、レプリキン配列を含有する単離炭疽菌Bacillus anthracis（Anthrax）ペプチドが提供される。炭疽菌ペプチドは、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む。本発明のこの局面の別の実施態様では、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含むレプリキン配列を含有する痘瘡ウイルスペプチドが提供される。
本発明の別の局面では、レプリキン配列を含有する炭疽菌ポリペプチドと特異的に結合する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、少なくとも1つの炭疽菌レプリキンペプチドを含む有効量の投与量の組成物を被験者に投与することを包含する方法が提供される。好ましい実施態様では、組成物は、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８またはそれらの組合せから選択される少なくとも1つのペプチドを含む。
本発明のこの局面の別の実施態様では、レプリキン配列を含有する痘瘡ウイルスポリペプチドと特異的に結合する抗体を産生するための被験者の免疫系の刺激方法であって、少なくとも1つの痘瘡ウイルスレプリキンペプチドを含む有効量の投与量の組成物を被験者に投与することを包含する方法が提供される。好ましい実施態様では、組成物は、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３またはそれらの組合せから選択されるペプチドを含む。
本発明の別の局面では、炭疽菌Bacillus anthracis炭疽致死因子タンパク質ｐＸ０１−１０７ペプチドをコードする遺伝子のコード鎖とまたはｍＲＮＡと相補的なアンチセンス核酸分子であって、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８のペプチドをコードするヌクレオチド配列と相補的であるアンチセンス核酸分子が提供される。
痘瘡ウイルス表面抗原Ｓ前駆体タンパク質をコードする遺伝子のコード鎖とまたはｍＲＮＡと相補的なアンチセンス核酸分子であって、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２または配列番号１０３のペプチドをコードするヌクレオチド配列と相補的であるアンチセンス核酸分子も提供される。
本発明は、身体試料または環境試料中の夾雑生物体の存在の検出方法であって、１）身体試料または環境試料から核酸を単離し；２）レプリキン構造の存在に関して核酸をスクリーニングし；そして３）レプリキン構造の存在を夾雑生物体の存在と相関させることを包含する方法も提供する。
本発明のさらに別の局面では、生物体の複製速度の増大方法であって、少なくとも1つのレプリキン構造を用いて生物体中の複製機能を有する酵素をコードする遺伝子を形質転換することを包含する方法が提供される。
【００１９】
本明細書中で用いる場合、「ペプチド」という用語は、アミノ酸のカルボキシル基が別のアミノ酸のアミノ基と結合されてペプチド結合を形成する2つまたはそれ以上のアミノ酸の化合物を指す。ペプチドという用語は、このような化合物をコードするアミノ酸配列を意味するためにも用いられる。したがってペプチド配列は、より大きいポリペプチド配列の亜配列であり得る。本明細書中で用いる場合、レプリキンペプチドは、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を有するペプチドである。同様にレプリキン配列は、このようなペプチドをコードするアミノ酸配列である。
【００２０】
「エマージング株」という語句は、本明細書中で用いる場合、インフルエンザウイルスの他の株中のレプリキン濃度と比較して、その赤血球凝集素および／またはノイラミニダーゼタンパク質配列中に漸増濃度のレプリキン配列を有すると同定されたインフルエンザウイルスの株を指す。濃度増大は、少なくとも約6ヶ月間に亘って、好ましくは少なくとも約1年間に亘って、最も好ましくは少なくとも約3年またはそれ以上に亘って起こる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２１】
本発明は、インフルエンザウイルスの将来的流行または大流行の予測方法、ならびにワクチン、そしてインフルエンザウイルスに対する有効なワクチンの設計方法を提供する。本明細書中でレプリキンと呼ばれる迅速複製の現象に関連した小ペプチドの新規のファミリーの同定は、試料中の病原体の検出およびワクチン開発、例えばインフルエンザウイルス検出およびインフルエンザワクチン開発のための新規の標的を提供する。ペプチドのこの新規のファミリーの同定は、マラリアの検出も提供し、そしてマラリアワクチン開発のための新規の標的も提供する。このファミリーのペプチドの発見は、例えば炭疽菌および痘瘡ウイルスの検出を提供し、そしてそれらに対する新規の標的を提供する。概して、このファミリーのペプチドについての知識および同定は、レプリキンを保有する任意の生物体のための有効なワクチンの開発を可能にする。
【００２２】
同定される最初のレプリキン配列は、多型性神経膠芽細胞腫(神経膠腫)細胞の迅速嫌気性複製中に10倍濃化されることが実証された脳癌タンパク質マリグニン中に見出される癌細胞レプリキンであった(図２)。マリグニンは、多型性神経膠芽細胞腫(神経膠腫)細胞の膜からin vivoおよびin vitroに単離された250 kDa糖タンパク質１０Ｂの10 kDa部分である。マリグニンの加水分解および質量分光分析は、16-merペプチド配列ykagvaflhkkndide(配列番号４)を明示したが、これは、本明細書中では神経膠腫レプリキンと呼ばれ、より短いペプチドkagvaflhkk(配列番号１)を含み、これらはともに、正常ヒトゲノム中には存在しないと思われる。
【００２３】
表１は、神経膠腫レプリキンの配列16-merペプチド配列ykagvaflhkkndide(配列番号４)の確定方法を示す。
表１
加水分解および質量分光分析によりマリグニンから得られる16-merペプチド配列ykagvaflhkkndide
【表１】
2004535171.tif 000002
【００２４】
16-mer神経膠腫レプリキンが合成され、合成ワクチンとしてウサギに注射されると、豊富な抗マリグニン抗体が産生された（Bogoch et al., Cancer Detection and Prevention, 26(Supp. 1:402(2002)）。血清中の抗マリグニン抗体の濃度は、in vivoでは、癌患者の生存と定量的に関連することが示されている（Bogoch et al., Protides of Biological Fluids, 31: 739-747 (1984)）。in vitro抗マリグニン抗体は、癌細胞当たりピコグラム（femtomolar）の濃度で癌細胞に対して細胞傷害性であることが示されている（Bogoch et al., Cancer Detection and Prevention, 26(Supp. 1:402(2002)）。
【００２５】
本発明により実行された試験は、神経膠腫レプリキンが正常健常ヒトゲノムにおいて表示されない、ということを示した。その結果として、種々の生物体の発表された配列の分析により、レプリキン配列の起源および考え得る相同体に関する検査が着手された。
【００２６】
鋳型として16-mer神経膠腫レプリキン配列を用い、そして認識プロテオーム系を構築して、いくつかの異なる生物体のタンパク質のアミノ酸配列を視覚的に走査することにより、新規の種類のペプチドであるレプリキンが同定された。本発明は、レプリキン配列を含むヌクレオチドまたはアミノ酸配列の同定方法を提供する。当該方法は、本明細書中では三点認識法と呼ばれる。本明細書中で以下に記載される「三点認識」法の使用により、複製、形質転換または酸化還元機能を有する藻類、酵母、真菌、アメーバ、細菌植物およびウイルスタンパク質中で、新規の種類のペプチドが明示された。意外にも、レプリキンペプチドは、大型「複製」および「形質転換」タンパク質中で濃縮されることが判明した(それらの研究者によりそのように呼ばれる。表２参照)。マリグニン16-merペプチドと同一であることが判明した配列はなかった。
【００２７】
表２は、本発明の三点認識法により同定されたいくつかのレプリキン配列を示す。
表２：種々の生物体におけるレプリキンの例−原型：神経膠腫レプリキン*kagvaflhkk(配列番号１)
【表２】
2004535171.tif 000003
【表３】
2004535171.tif 000004
【００２８】
レプリキンとして、あるいはレプリキンを含有する、即ち神経膠腫ペプチドkagvaflhkkの相同体としてのアミノ酸配列の同定は、以下の3つの要件を満たす必要がある。ペプチド配列は、（１）別のリシン残基から6〜10残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）7〜約50残基のアミノ酸配列内の少なくとも6％のリシンの組成を有さなければならない。
【００２９】
レプリキン配列を含有するタンパク質配列に関して、National Library of Medicine keyword “PubMed”記述子を用いて、データベースが検索された。4,000個を上回るタンパク質配列が、相同に関して視覚的に試験された。PubMed分類タンパク質の各群内のすべての個々のタンパク質の配列が、3つの上記の要件を満たしているペプチドに関して視覚的に走査された。相同の高頻度出現は、全体として「ウイルスペプチド」中で（1.5％）（Ｎ＝953）、そして「脳ペプチド」および「神経ペプチド」(合わせて8.5％)（Ｎ＝845）のような悪性形質転換または複製と関連するとして明示されない他のペプチド中で観察された。しかしながら意外にも、相同は、細菌、藻類およびウイルス中での複製における確立された機能を有すると同定された大きな「複製タンパク質」中で、有意により高頻度に同定された。さらにいっそう意外なことは、レプリキン相同が、「腫瘍ウイルス」(Ｎ＝250)の100％で、「癌タンパク質」(Ｎ＝401)の97％で、および「形質転換ウイルス」(Ｎ＝248)の85％で起きた、という知見であった。これらの結果は、癌の種類と無関係に癌の病因の共有特性が存在するということを示唆し、そして発癌におけるウイルスの役割、即ち形質転換されたとはいえ休眠状態からより有毒で活発に複製する状態への細胞の転換を示唆する。
【００３０】
レプリキンのサブタイプの分類を可能にするために、基本的「三点認識」要件への付加的なまたは「補助的な明細事項」、即ち(ａ)構造的に、例えば癌細胞タンパク質（例えば形質転換タンパク質Ｐ２１Ｂ(Ｋ−ＲＡＳ２Ｂ)、肺、表２、配列番号８９）中の隣接ジ−およびポリリシン、ならびにＴＯＬＬ様受容体中のその他の隣接ジ−アミノ酸の共通発生、あるいは(ｂ)機能的に、例えば表２に示したようなＡＴＰアーゼ、チロシンキナーゼまたは酸化還元活性の表示が付加され得る。
【００３１】
レプリキン構造が転換されるかまたは広範な天然突然変異を受けるか否かは、手足口病ウイルス(ＦＭＤＶ)の種々の単離体のタンパク質配列を走査することにより試験されたが、この場合、これらのウイルスのタンパク質における突然変異は、何十年もの間世界中で十分に実証されてきた。ＦＭＤＶ単離体のタンパク質配列は、全レプリキンおよび特定のレプリキン中で観察される構成成分レプリキンアミノ酸残基の各々の両方の存在に関して視覚的に検査された。例えばＯ型ＦＭＤＶのタンパク質ＶＰ１では、レプリキン(配列番号３)「hkqkivapvk」は、PubMedで報告された236の単離体の78％で転換されることが判明し、そして各アミノ酸は、個々の単離体において以下のように転換されることが判明した：his、95.6％；lys、91.8％；gln、92.3％；lys、84.1％；ile、90.7％；val、91.8％；ala、97.3％；pro、96.2％；ala、75.4％；およびlys、88.4％。高率の転換は、レプリキン構造の構造的および機能的安定性を示唆する。同様に、配列転換は、そのレプリキンに関するＨＩＶの異なる単離体で、例えば１型ＨＩＶでは（配列番号５）「kcfncgkegh」または（配列番号６）「kvylawvpahk」、ならびに２型ＨＩＶでは（配列番号７）「kcwncgkegh」で観察された(表２)。転換のその他の例は、10年間に亘る神経膠腫細胞の組織培養の連続世代におけるマリグニンの一定の存在において、ならびに米国、英国、欧州およびアジアからの8,090例のヒト血清からの免疫吸着により単離された抗マリグニン抗体に対する神経膠腫レプリキンの親和性の不変性により観察される(例えば図５および米国特許第6,242,578 B1号)。
【００３２】
図２で観察されるように、嫌気性呼吸中、細胞複製の速度が増大されると、マリグニンは濃化される。即ち、マリグニンは、細胞数および総膜タンパク質の増大に比例するだけでなく、10倍濃度に濃化され、休止時の3％で出発して、総膜タンパク質の30％に達する。神経膠腫細胞複製に伴うレプリキン濃度の顕著な増大のこの明瞭な実証は、本明細書中で三点認識法により探し出され、突然変異試験および複製に重要であるその他の従来の試験により見出された種々の生物体のタンパク質中に見出されたレプリキンの存在を示し、それと一致する。例えばレプリキンは、「ビール酵母菌Saccharomyces cerevisiae複製結合タンパク質」(配列番号２)（hsikrelgiifdk）；「トウモロコシ条斑ウイルス」(配列番号８)（kyivcareahk）および(配列番号９)（kekkpskdeimrdiish）；「黄色ブドウ球菌Staphylococcus aureusの複製関連タンパク質」（配列番号１０）（kkektthnk）；「ウシヘルペスウイルス４のＤＮＡ複製タンパク質」（配列番号１１）（hkinitngqk）；ならびに「Mealigridヘルペスウイルス１複製結合タンパク質」（配列番号１２）（hkdlyrllmkl）のようなタンパク質中で同定された。トマト巻葉双生ウイルスの従来の研究は、ウイルス蓄積の調節が、そのウイルスの「複製タンパク質」のアミノ酸１〜１６０と葉ＤＮＡとの、そしてウイルス複製中のその他の複製タンパク質分子との結合を包含すると思われる、ということを示す。この配列の分析は、この「複製タンパク質」のアミノ酸１〜１６３が5つのレプリキン、即ち（配列番号１３）kfrinaknyfltyph、（配列番号１４）knletpvnklfiricrefh、（配列番号１５）hpniqaaksstdvk、（配列番号１６）ksstdvkaymdkdgkvldhおよび（配列番号１７）kasalnilrekapkdfvlqfhを含有する、ということを示した。
【００３３】
表２は、レプリキン含有タンパク質が酸化還元機能、およびタンパク質合成または伸長と、ならびに細胞複製とも高頻度に関連する、ということを示す。金属ベースの酸化還元機能、嫌気性複製中のレプリキン含有神経膠腫マリグニン濃度の濃化、ならびに低濃度(ピコグラム／細胞)での抗マリグニンの細胞傷害性との関連(図４ｃ〜ｆ)は、すべて、より表在的位置のあるいはより低中枢性の生存機能を有するタンパク質に特徴的な突然変異をおそらくは高頻度に受け難い中枢呼吸機能とレプリキンが関連する、ということを示唆する。
【００３４】
特に面白いことに、100個のアミノ酸当たり少なくとも1つのレプリキンが検査されたインフルエンザウイルスの個々の株のほとんどすべての赤血球凝集素タンパク質中に存在することが見出された、ということが観察された。アミノ酸配列データが入手可能である各年（1902〜2001）に関してインフルエンザウイルスの4つの流行株、Ｂ型、Ｈ１Ｎ１型、Ｈ２Ｎ２型およびＨ３Ｎ２型インフルエンザのインフルエンザウイルスの各々の単離体の赤血球凝集素タンパク質中に生じることが観察されたレプリキン配列は、以下の表３、４、５および６に示されている。
表３
アミノ酸配列が入手可能であった各年におけるＢ型インフルエンザウイルスの赤血球凝集素中に存在するレプリキン配列
【表４】
2004535171.tif 000005
【表５】
2004535171.tif 000006
１.Ｂ型インフルエンザはいかなるヒト大流行(世界的分布)に関与していない。
２．年度に関する略号：例えば“19”＝1919、“01”＝2001。
３．所定のレプリキンが出現する最初の年は、レプリキンが見出された連続年の初めに示される。
４．重複レプリキン配列を別個に列挙する。
５．新規のレプリキン構造の数の増大は、流行の年：例えば1951および1977年に起こり(下線)、そして総レプリキン濃度（100個のアミノ酸残基当たりのレプリキンの数）増大と相関する(図７参照)。
表４
アミノ酸配列が入手可能であった各年（1918〜2000）におけるインフルエンザウイルスのＨ１Ｎ１赤血球凝集素中に存在するＨ１Ｎ１レプリキン配列
【表６】
2004535171.tif 000007
【表７】
2004535171.tif 000008
【表８】
2004535171.tif 000009
【表９】
2004535171.tif 000010
１.インフルエンザＨ１Ｎ１は、1918年のヒト大流行(世界的分布)に関与した。
２．年度に関する略号：例えば“96”＝1996。
３．所定のレプリキンが出現する最初の年は、レプリキンがこの研究において見出された連続年の初めに示される。
４．重複レプリキン配列を別個に列挙する。
５．新規のレプリキン構造の数の増大は、流行の年：例えば1918および1977年に起こり(下線)、そして総レプリキン濃度（100個のアミノ酸残基当たりのレプリキンの数）増大と相関する(図７参照)。
表５
1957〜2000年におけるインフルエンザＨ２Ｎ２ウイルスの赤血球凝集素中に存在するレプリキン配列
【表１０】
2004535171.tif 000011
【表１１】
2004535171.tif 000012
１.インフルエンザＨ２Ｎ２は、1957年のヒト大流行(世界的分布)に関与した。
２．年度に関する略号：例えば“58”＝1958。
３．所定のレプリキンが出現する最初の年は、レプリキンがこの研究において見出された連続年の初めに示される。
４．重複レプリキン配列を別個に列挙する。
５．新規のレプリキン構造の数の増大は、流行の年：例えば1957および1965年に起こり(下線)、そして総レプリキン濃度（100個のアミノ酸残基当たりのレプリキンの数）増大と相関する(図８参照)。
表６
アミノ酸配列が入手可能であった各年（1968〜2000）におけるインフルエンザウイルスのＨ３Ｎ２赤血球凝集素中に存在するＨ３Ｎ２レプリキン配列
【表１２】
2004535171.tif 000013
【表１３】
2004535171.tif 000014
１.インフルエンザＨ３Ｎ２は、1968年のヒト大流行(世界的分布)に関与した。
２．年度に関する略号：例えば“77”＝1977。
３．所定のレプリキンが出現する最初の年は、レプリキンが見出された連続年の初めに示される。
４．重複レプリキン配列を別個に列挙する。
５．新規のレプリキン構造の数の増大は、流行の年：例えば1975年に起こり(下線)、そして総レプリキン濃度（100個のアミノ酸残基当たりのレプリキンの数）増大と相関する(図８参照)。
【００３５】
濃度および種類の両方、即ち観察されたレプリキンの組成は、インフルエンザ大流行および流行の発生と関連することが判明した。過去1世紀に亘って、即ち1900〜2001年に毎年、ヒトおよび動物レザバーから世界的に単離されたインフルエンザ株に関して、National Library of Medicine “PubMed”データベースで公開された赤血球凝集素アミノ酸配列を視覚的に走査することにより、インフルエンザウイルス中のレプリキンの濃度が検査された。これらのレプリキン濃度（100個のアミノ酸当たりのレプリキンの数、平均+/-ＳＤ）は次に、各株に関してプロットされた。
【００３６】
レプリキンの濃度は、インフルエンザ大流行および流行の発生に直接的に関連することが判明した。Ｂ型インフルエンザ赤血球凝集素およびＡ型インフルエンザＨ１Ｎ１株中に見出されるレプリキンの濃度は図７に示されており、そして2つのその他の一般的Ａ型インフルエンザウイルス株Ｈ２Ｎ２およびＨ３Ｎ２中に見出されるレプリキンの濃度は、図８(Ｈ２Ｎ２、Ｈ３Ｎ２)に示されている。図８のデータは、その構成性レプリキンにより限定されるようなインフルエンザウイルスのエマージング新株(Ｈ３Ｎ２(Ｒ))も示す。
【００３７】
各インフルエンザＡ株は、それぞれ1918、1957および1968年における一大流行に関与した。図７および８におけるデータは、100個のアミノ酸当たり少なくとも1つのレプリキンが検査された4つの一般的インフルエンザウイルスの全単離体の各インフルエンザ赤血球凝集素タンパク質中に存在するということを示すが、このことは、複製の生存レベルの保持におけるレプリキンに関する機能を示唆する。1990年代、Ｈ３Ｎ２の衰退中、Ｈ３Ｎ２の多数の単離体中にレプリキンは存在しなかったが、しかし高濃度の新規のレプリキンがＨ３Ｎ２単離体中に現れたが、このことは、Ｈ３Ｎ２(Ｒ)株の出現を明示する。
【００３８】
4つのインフルエンザウイルス株すべてに共通するレプリキン濃度のいくつかの特性が、図７および図８で観察される：（１）濃度は長年にわたって周期的であり、上昇および下降の単一周期が2〜3年の期間に起こる。この上昇および下降は、赤血球凝集素およびノイラミニダーゼ分類による個々のインフルエンザウイルス株優勢の既知の拡大および減衰と一致する。（２）大流行に関与することが過去に示された各インフルエンザウイルス株のピークレプリキン濃度は、大流行の3つの都市の各々と特定的にそして個別に関連することが観察された。例えば1918年の大流行に関しては、インフルエンザウイルスＨ１Ｎ１株は、別々に生じたＨ１Ｎ１におけるレプリキンのピーク濃度(Ｐ１)に関与することが示され；1957年の大流行に関しては、Ｈ２Ｎ２が出現し、そして生じたＨ２Ｎ２におけるレプリキンのピーク濃度(Ｐ２)に関与することが示され；ならびに1968年の大流行に関しては、Ｈ３Ｎ２が出現し、そして生じたＨ３Ｎ２におけるレプリキンのピーク濃度(Ｐ３)が大流行の原因であることが示された。（３）前記の3回の大流行の各々の直後の年に、特定レプリキン濃度が顕著に低減したが、これは各々の場合に生成された広範分布免疫を反映する。したがってこの大流行後減少はそれが関与する大流行直後のＨ１Ｎ１(Ｐ１)に特異的であり、その時点でのすべての株の一般的特性であるというわけではない。Ｂ型インフルエンザ中のレプリキン濃度の増大は、Ｈ１Ｎ１中のレプリキン濃度の低減と同時に反復的に起こり、例えば1951年のＥＢ１および１９７６年のＥＢ２はともに、最高死亡率を有するＢ型インフルエンザ流行と関連した（Stuart-Harris, et al., Edward Arnold Ltd. (1985)）。（４）濃度の第一ピーク増大を超えた第二ピーク濃度は3回の大流行の各々の15年後に起こったが、この第二ピークは流行を伴った：1918年のＨ１Ｎ１の大流行の15年後は「流行」年(Ｅ１)；＊1957年のＨ２Ｎ２の大流行の8年後は「流行」年(Ｅ２)を伴い；そして1968年のＨ３Ｎ２の大流行の7年後は「流行」年(Ｅ３)を生じた。特定レプリキンのこれらの第二ピーク濃度は、その株の回復を反映し得る。（５）各株の特定のレプリキン濃度のピークはしばしば、その他の株の一方または両方のレプリキン濃度の低減と関連すると思われるが、このことは、宿主部位に関する株間の競合を示唆する。（６）各株のレプリキン濃度が35年（Ｈ２Ｎ２）〜60年（Ｂ型インフルエンザ）の期間に亘って減衰する見かけの全体的傾向が認められる。インフルエンザワクチンの一般的使用前の1901〜1964のＢ型インフルエンザの場合に明らかであったため、この減衰はワクチンの影響のせいではあり得ない。Ｂ型インフルエンザの場合、減衰からのレプリキン回復は1965年後に起こったことがわかっているが、しかしレプリキン濃度は1997〜2000年に再び減衰した(図７)が、これは近年の症例単離体中のＢ型インフルエンザの低発生と相関する。Ｈ１Ｎ１レプリキン濃度は、Ｈ１Ｎ１株のリエマージングおよび流行と一緒に、1978〜1979年(図７)に頂点に達し、そして次に、Ｈ１Ｎ１流行と同時に199６年に頂点に達した(図７)。Ｈ１Ｎ１レプリキン濃度は1997〜2000年にも減衰し、Ｈ１Ｎ１株の存在はこれらの年間に得られた単離体中で低減した。Ｈ２Ｎ２レプリキンに関しては、35年減衰からの回復は起こらず(図８)、そしてこれは近年の単離体からのＨ２Ｎ２の非存在と相関する。Ｈ３Ｎ２に関しては、多数の単離体のレプリキン濃度は1996〜2000年の期間中にゼロに低下したが、しかしその他のＨ３Ｎ２単離体はレプリキン濃度の有意の鮮明な増加を示した。これは、本明細書中でＨ３Ｎ２(Ｒ)と呼ばれるＨ３Ｎ２の亜株の出現を示す。
【００３９】
図７および８は、レプリキン濃度がピークに達する前に、しばしば1〜3年の段階的増大が観察されることを実証する。この段階的増大は、レプリキンピークと同時発生する流行の発生に移行する。したがって特定株の濃度の段階的増大は、その特定株が流行または大流行を引き起こす見込みが最も大きいというシグナルである。
【００４０】
近年、インフルエンザウイルスのＨ３Ｎ２(Ｒ)株中のレプリキン濃度は漸増しつつある(図８、1997〜2000)。Ｈ３Ｎ２レプリキン濃度における3つの同様の以前のピーク増大は、その株が最初に出現した1968年のＨ３Ｎ２ベースの大流行(図８)において、ならびに1972および1975年のＨ３Ｎ２ベースの流行(図８)においておきていたことがわかっている。これらの大流行および流行の各々は、過度の死亡率を伴った（Ailing, et al., Am J. Epidemiol., 113 (1): 30-43 (1981)）。したがって1997〜2000年におけるＨ３Ｎ２レプリキンのＨ３Ｎ２(Ｒ)亜種の濃度の急速な上昇は、接近しつつある重度の流行または大流行の早期警告を統計学的に表す。Ｈ３Ｎ２流行は2000年にロシアで起きた(図８、４)；そして2001年12月のＣＤＣ報告は、近年、Ｈ３Ｎ２は世界中で最も高頻度に単離されたインフルエンザウイルスの株である、と述べている（Morbidity and Mortality Weekly Reports (MMWR), Center for Didease Control; 50(48): 1084-68 (Dec. 7, 2001)）。
【００４１】
インフルエンザウイルス大流行または流行の各場合において、新規のレプリキンが出現する。所定の単離体中の所定の赤血球凝集素中に同一レプリキンのうちの2つは観察されていない。新規のレプリキンの出現が別の動物または鳥類プールからの転移に対する突然変異をどの程度まで表すかは不明である。いくつかの場合には、毎年、１つまたはそれ以上のオリジナルレプリキン構造が転換されるが、一方、同時に、新規のレプリキンが出現する。例えばＢ型インフルエンザウイルス赤血球凝集素中では、5つのレプリキンが1919〜2001年の間に絶えず保存されたが、一方、26のレプリキンが同一期間中に現れては消えた（いくつかは数年不在後に再発した）。特定のレプリキン構造の数年後の消失およびリエマージングは、レプリキンが、de novo突然変異によるというよりむしろ別のウイルス宿主プールから再発する、ということを示唆する。
【００４２】
Ｈ１Ｎ１レプリキンの場合、1918年の大流行と関連したＰ１ピーク中に存在する2つのレプリキンは、12の新規のレプリキンを含有する1933年の回復Ｅ１ピーク中に存在しなかった。したがって恒常的保存レプリキンは、単独でまたは組合せて、ワクチンのための最良の選択である。しかしながら濃度の年増大を伴う最新出現レプリキンでさえ、しばしばさらに1年またはそれ以上の間存続し、増大して、濃度ピークおよび流行の最高潮に達し、したがって早期警告および合成ワクチン接種の時期の両方を提示する（例えば1990年代初頭におけるＨ１Ｎ１、図７参照）。
【００４３】
図７および８のデータは、インフルエンザタンパク質配列中の特定レプリキンの存在および濃度とインフルエンザの大流行および流行の発生との間の直接的関係を実証する。したがってレプリキンの存在および濃度に関するインフルエンザウイルス赤血球凝集素タンパク質配列の分析は、インフルエンザ大流行および／または流行の前兆となるもの、ならびにインフルエンザワクチン処方物に対する標的を提供する。
【００４４】
Ｂ型インフルエンザウイルス株中のレプリキンの組成：この株中で同定された計26のレプリキン（表３）のうち、以下の10個のレプリキンが1902〜2001年に検査されたすべてのＢ型インフルエンザ単離体中に存在する。重複レプリキン配列は、別個に列挙されている。リシンおよびヒスチジンは太字で、「三点認識」と一致する相同を示す。
【表１４】
2004535171.tif 000015
【００４５】
表３および４は、Ｈ１Ｎ１レプリキンと比較して、Ｂ型インフルエンザ赤血球凝集素中のレプリキン構造のはるかに大きい安定性が存在すると思われる、ということを示す。Ｂ型インフルエンザはいかなる大流行にも関与しなかったが、それは動物または鳥類レザバーを有さないためであると考えられる（Stuar-Harris et al., Edward Arnold Ltd., London (1985)）。
【００４６】
インフルエンザウイルスＨ１Ｎ１レプリキン：その株が最初に現れ、その年の大流行を引き起こした1918年から、2000年の終わりまで、配列が利用可能であるすべてのＨ１Ｎ１単離体中には、１つのレプリキン「hp(v/i)tigecpk yv(r/k)(s/t)(t/a)k」のみが存在する（表４）（「(v/i)」は、アミノ酸ｖまたはｉが異なる年に同一位置に存在することを示す）。Ｈ１Ｎ１は1つの存続性レプリキンのみを含有するが、しかしＨ１Ｎ１はＢ型インフルエンザより増殖性が高いと思われる。Ｈ１Ｎ１に関しては82年で95の異なるレプリキン構造が存在するが、これに対してＢ型インフルエンザ単離体は100年で31の異なるレプリキンが認められているに過ぎない（表４）。新規のレプリキン構造の数の増大は流行の年に起こり（表３、４、５および６）、総レプリキン濃度増大と相関する（表７および８）。
【００４７】
インフルエンザＨ２Ｎ２レプリキン：インフルエンザＨ２Ｎ２は、1957年のヒト大流行に関与した。1957年の間にその株で同定された20のレプリキンのうちの3つは、1995年までPubMedでの検査に利用可能なＨ２Ｎ２単離体の各々に保存された（表５）。
ha(k/q/m)(d/n)ilekthngk（配列番号２３２）
ha(k/q/m)(d/n)ilekthngklc(k/r)（配列番号２３３）
kgsnyp(v/i)ak(g/r)synntsgeqmliiwq(v/i)h（配列番号２３８）
【００４８】
しかしながら、Ｈ１Ｎ１と対照をなして、1961年初頭に、13の付加的レプリキンがＨ２Ｎ２に見出された。新規のレプリキンのこの少数の出現は、Ｈ２Ｎ２レプリキンの濃度の低減ならびに長年にわたる単離体中のＨ２Ｎ２の出現と相関する（図８）。
【００４９】
インフルエンザＨ３Ｎ２レプリキン：インフルエンザＨ３Ｎ２は、1968年のヒト大流行に関与した。1968年に現れた5つのレプリキンは1977年後に消失したが、しかし1990年代に再び現れた（表６）。22年間存続した唯一のレプリキン構造はhcd(g/q)f(q/r)nekwdlf(v/i)er(s/t)kであったが、これは1977年に最初に現れ、1998年の終わりまで存続した。1990年代中期における12の新規のＨ３Ｎ２レプリキンの出現は（表６）、同時点でのレプリキン濃度の増大（表８）と、そして最新単離体中のＨ３Ｎ２株の優勢ならびにこれらの単離体のいくつかからのすべてのレプリキンの併発性消失（表８）と相関するが、このことは、新規の亜株Ｈ３Ｎ２（Ｒ）の出現を示唆する。
【００５０】
図１および２は、インフルエンザ流行および大流行がインフルエンザウイルス中のレプリキンの濃度増大と相関するということを示すが、これはその消失後1〜59年に少なくとも1つのレプリキンが再び現れたためである。さらにＡ株のみにおいて、新規の株特異的レプリキン組成物認められる（表４〜６）。単一タンパク質内の個々のレプリキンの反復によるレプリキン濃度の増大は、インフルエンザウイルスでは起きると思われないが、しかしその他の生物体においては観察される。
【００５１】
異なるインフルエンザ株の活性の変化は、順に2つの十分には理解されていない過程：ｉ）赤血球凝集素分子における一連の点突然変異の蓄積によると思われる抗原ドリフト、あるいはｉｉ）変化が、遺伝子再分類がヒトおよび非ヒト宿主のウイルス間で起こると仮定されるほど大きいものである抗原シフトのうちの一方により実行される置換の産物であるインフルエンザ赤血球凝集素の配列変化と関連する、と考えられてきた。第一に、本発明のデータは、異なるインフルエンザ株の活性の変化が、非特異的配列変化に関連するというよりむしろ、株特異的レプリキンの濃度増大ならびに流行に伴う複製の株特異的増大を基礎にするかまたは関連する、ということを示唆する。さらに、配列変化が「ドリフト」または「シフト」のせいであり、そして保存、レザバー中の貯蔵、次にリエマージングのせいである考え得る洞察に関して、データが調べられた。データは、レプリキン濃度の流行関連増大が赤血球凝集素当たりの既存のレプリキンの重複のせいではないが、しかしその重複後1〜59年までの少なくとも1つのレプリキン組成物のリエマージングと、それに加えてＡ下部のみにおいて、新規の株特異的レプリキン組成物の出現のせいである、ということを示す（表３〜６）。したがって1951および1977年のＢ型インフルエンザ流行におけるレプリキン濃度の増大は、流行の年の新規のレプリキン組成物の出現に関連しないが、しかし過去年に現れて次に消失したレプリキン組成物のリエマージングとだけ関連する（表３）。それに反して、Ａ株に関しては、以前に消失したウイルスレプリキンのリエマージングのほかに、新規の組成物が現れる（例えば1996年の流行の年のＨ１Ｎ１では、６つの早期レプリキンのほかに、10の新規の組成物が出現した）。Ａ型株のみが非ヒト動物および鳥類レザバーに接近した（Ｂ型インフルエンザはしない）ため、全体的に新規の組成物は、「三点認識」の基本要件以外の新規の組成物との類似点を保有しないと思われる既存のヒトレプリキンの突然変異に由来するというよりむしろ、非ヒト宿主レザバーにおそらくは由来する（表２〜５）。Ｂ型と比較してＨ１Ｎ１のより高い増殖性、ならびに大流行が3つのＡ型株のみにより生成され、Ｂ型株によっては引き起こされなかったという事実はともに、非ヒトウイルスレザバーから新規のレプリキン組成物を受理するヒトＡ型株の能力の一機能であり得る。
【００５２】
いくつかのレプリキンは、ある年にのみ現れ、消失し、そして今日まで再び現れることはなかった（表３〜６）。その他のレプリキンは、1〜81年までの間消失するが、この場合、同一レプリキン配列がリエマージングする。重要なレプリキン「ｋ」および「ｈ」アミノ酸、ならびにそれらの間の空間は、以下の：Ｂ型インフルエンザのうちの10個、Ｈ１Ｎ１の単一レプリキンおよびＨ２Ｎ３の単一レプリキン株特異的レプリキンに関して、ならびに非存在後の同一レプリキンのリエマージングに関して表２３−６に示したように、長年に亘って特定のレプリキンの一定の存在中に保存される。赤血球凝集素配列の静止中のレプリキン構造の内側およびその外側の両方のその他のアミノ酸の顕著な取替えまたは置換にもかかわらず、インフルエンザレプリキンヒスチジン（ｈ）は決して取り替えられないと思われるし、リシン（ｋ）はめったに取り替えられないと思われる。この保存の例は、Ｈ１Ｎ１レプリキン「hp(v/i)tigecpkyv(r/k)(s/t)(t/a)k」（配列番号１３５）において1918〜2000年に絶えず観察され、Ｈ３Ｎ２レプリキン［hcd(g/q)f(q,r)nekwdlf(v/i)er(s/t)k］（配列番号２７７）では1975〜1998年に絶えず観察され、そしてＨ３Ｎ２レプリキン「hqn(s/e)(e/q)g(t/s)g(q/y)aad(l/q)kstq(a/n)a(i/l)d(q/g)I(n/t)(g/n)k,(l/v)n(r/s)vi(e/c)k」（配列番号２７６）では、1975年に最初に現れて、25年間消失し、次に2000年に再び現れた。多数のアミノ酸が置換されたが、しかし2つのリシン、6〜10残基離れた1つのヒスチジン、約50以下のアミノ酸中の最小6％のリシンの基本レプリキン構造は保存された。
【００５３】
全体的無作為置換は、これらのＨ１Ｎ１およびＨ３Ｎ２レプリキンの持続性も、Ｂ型インフルエンザにおける1902〜2001年の10のレプリキン構造の持続性も、1993年における、74年の非存在後の1919個の18merレプリキンのリエマージングも可能にしない。無作為型の置換というよりむしろ、不変性が、整然と制御された過程を、あるいは最小で、重要なレプリキン残基の保護を示唆し、したがってそれらは何らかの方法で固定または結合される：リシンは、おそらくは核酸に結合され、そしてヒスチジンは、おそらくは呼吸酸化還元酵素に結合される。この保存を制御するメカニズムは、今のところ不明である。
【００５４】
レプリキン構造の保存がインフルエンザに独特であるかあるいは他のウイルスレプリキンに起こるか否かが、手足口病ウイルス（ＦＭＤＶ）単離体で検査されたが、この場合、このウイルスのタンパク質における広範な突然変異は、何十年間に亘って世界中で十分に実証されてきた。０型ＦＭＤＶのタンパク質ＶＰ１においては、レプリキン「hkqkivapvk」（配列番号３）はPubMedで報告された236の単離体の78％で保存されることが判明し、そして各アミノ酸は以下のように個々の単離体中に保存されることが判明した：h  95.6％；k  91.8％；q  92.3％；k  84.1％；i  90.7％；v  91.8％；a  97.3％；p  96.2％；a  75.4％；k  88.4％。同様に保存は、そのレプリキンに関してＨＩＶの異なる単離体中で、例えば１型ＨＩＶの「kcfncgkegh」（配列番号５）または「kvylawvpahk」（配列番号６）、ならびに２型ＨＩＶの「kcwncgkegh」（配列番号７）で観察された。ＦＭＶＤおよびＨＩＶレプリキンで観察された高率の保存は、インフルエンザレプリキンで観察された保存がウイルスレプリキンの一般的特性である、ということを示唆する。
【００５５】
抗レプリキン抗体に関するデータも、レプリキンクラス単一性を支持する。抗レプリキン抗体応答は、免疫感作マリグニンに対する血清抗マリグニン抗体の免疫吸着により定量されている（米国特許第5,866,690号における方法を参照）。その配列がマリグニン、無炭水化物またはその他の群から得られた16-merペプチドの合成バージョンをウサギに投与することによる抗マリグニン抗体の多量の産生は、このペプチド単独がエピトープであり、即ちそれはこの免疫応答のための十分な基準である、ということを厳密に確立した（図３）。16-merペプチドは、ＩｇＭおよびＩｇＧ形態の抗体をともに産生した。抗マリグニン抗体は、感染後約15〜25年目に発症する肝臓癌が通常観察されるはるか以前に、早期に、感染の最初の5年内に、米国およびアジアにおけるＢ型およびＣ型肝炎の79症例のうちの37％で、血清中の濃度が増大される、ということが判明した。感染性肝炎およびＨＩＶ感染の両方に関連して、形質転換化細胞はウイルスに対して保有された安全：細胞寿命延長およびウイルス立ち退き：の一形態であり、したがってウイルスは依然として抗ウイルス治療に利用可能でない。
【００５６】
レプリキンの投与は免疫系を刺激して、細胞傷害作用を有する抗体を産生するため、所定期間に亘って最も濃縮されることが観察された特定のインフルエンザウイルスレプリキンまたはレプリキンの群を基礎にしたペプチドワクチンは、所定インフルエンザシーズンに突然の発生をおそらくは引き起こすと思われるインフルエンザの特定株、例えばエマージング株またはリエマージング株に対する防御を提供する。例えば1年または2年単位のインフルエンザウイルス赤血球凝集素アミノ酸配列の分析は、その年の特異的標的化インフルエンザワクチンを処方するのに有用であるデータを提供する。全世界の異なる領域に出現している株が検出され、そして各領域のための特異的標的化ワクチンが処方され得るよう、このような分析は地域毎に、あるいは任意の所望の期間、実行され得る、と理解される。
【００５７】
現在、ワクチン処方物は、国際的ＷＨＯおよびＣＤＣ会議で年2回変更される。ワクチン処方物は、世界の所定の領域における最新優勢のインフルエンザウイルス株の血清学的証拠に基づいている。しかしながら、本発明の前には、インフルエンザウイルス株特異的アミノ酸配列変化とインフルエンザ流行または大流行の発生との相関は認められていなかった。
【００５８】
インフルエンザウイルスタンパク質中の特定のレプリキンおよびそれらの濃度の観察は、インフルエンザ大流行および流行の最初の特異的定量的初期化学的相関物を提供し、そして世界の特定領域におけるインフルエンザウイルスの優勢なエマージングまたはリエマージング株に対して特異的に作製されたインフルエンザワクチンの産生および適時投与を提供する。レプリキンの存在、濃度および／または保存に関して、インフルエンザウイルス株の単離体のタンパク質配列、例えば赤血球凝集素タンパク質配列を分析することにより、インフルエンザウイルス大流行および流行が予測され得る。さらに、インフルエンザのこのような突発的発生の重症度は、所定期間に亘って、例えば約1〜約3年間、ウイルス単離体中で最も豊富であることが見出されたかあるいは増大中であることが示されたレプリキン配列を基礎にしたインフルエンザペプチドワクチンを投与することにより、有意に減少され得る。
【００５９】
本発明のインフルエンザペプチドワクチンは単一レプリキンペプチド配列を含み得るし、あるいはインフルエンザウイルス株中で観察される複数のレプリキン配列を含み得る。好ましくはペプチドワクチンは、所定期間に亘って濃度が増大中であり、そして少なくともその期間の間保存されることが示されたレプリキン配列（単数または複数）を基礎にする。しかしながらワクチンは、新規のレプリキン（単数または複数）ペプチドと組合せて保存レプリキンペプチド（単数または複数）を含み得るし、あるいは新規のレプリキンペプチド配列を基礎にし得る。レプリキンペプチドは、任意の方法により、例えば化学的合成または組換え遺伝子技法により合成され得るし、そして非レプリキン配列を含み得るが、しかしレプリキン配列のみを含有するペプチドを基礎にしたワクチンが好ましい。好ましくは本発明のワクチン組成物は、製薬上許容可能な担体および／またはアジュバントも含有する。
【００６０】
本発明のインフルエンザワクチンは、単独で、または抗ウイルス薬、例えばガンシクロビル；インターフェロン；インターロイキン；Ｍ２阻害薬、例えばアマンタジン、リマンタジン；ノイラミニダーゼ阻害薬、例えばザナミビルおよびオセルタミビル等と組合せて、ならびに抗ウイルス薬と組合せて投与され得る。
【００６１】
メロゾイト表面におよび／または寄生体保有液胞内に位置する熱帯熱マラリア原虫Plasmodium falciparumマラリア抗原の一次構造の分析は、この生物体、例えばインフルエンザウイルスが多数のレプリキンも含有することを明示した。しかしながら熱帯熱マラリア原虫とインフルエンザウイルス単離体中のレプリキンの観察の間にいくつかの差が認められる。例えば熱帯熱マラリア原虫は、本明細書中で「レプリキンデコイ」と呼ばれるいくつかの部分レプリキンを含有する。これらのデコイ構造は豊富なリシン残基を含有するが、しかしレプリキン構造に必要なヒスチジンを欠く。抗マラリア抗体またはその他の作用物質がトリパノソームの破壊を生じ得る呼吸酵素中のレプリキンのようなレプリキン構造中に存在するヒスチジンと結合するというよりむしろ、リシンを含有する相対的にあまり重要でない構造、即ちレプリキンデコイと結合する機会をデコイ構造が最大にする、と考えられる。
【００６２】
熱帯熱マラリア原虫で観察されるもうひとつの差異は、単一タンパク質内の個々のレプリキン構造の高頻度の反復であり、これはインフルエンザウイルスに関しては観察されなかった。反復は、（ａ）レプリキン間のリシン残基の共有、ならびに（ｂ）別のレプリキン配列内のレプリキン配列の一部分の反復により起こり得る。
【００６３】
インフルエンザウイルス単離体および熱帯熱マラリア原虫で観察されるレプリキン構造間の第三の有意差は、マラリアタンパク質の全体にわたるレプリキン構造の顕著な重複であり、例えば配列番号３９３の39のアミノ酸配列中には9つの重複レプリキンが存在し（レプリキン濃度＝23.1/100アミノ酸）；そして配列番号４６７の41のアミノ酸中には15の重複レプリキンが存在する（レプリキン濃度＝36.6/100アミノ酸）。これらの重複レプリキン構造はともに、血中段階トロホゾイトおよびシゾント中に見出される。それに反して、インフルエンザウイルスレプリキンは、タンパク質全体により多く分散され、最大レプリキン濃度は約7.5/100アミノ酸であり（図７）、そしてこれも重複レプリキンを有することが観察されたトマト巻葉双生ウイルスは、約3.1/100アミノ酸を有するだけである。
【００６４】
リシン倍量のこのメカニズムは、癌タンパク質のレプリキンにおいても、例えば胃癌形質転換タンパク質ktkkgnrvsptmkvth（配列番号８８）において、ならびに肺の形質転換タンパク質Ｐ２１Ｂ（Ｋ−ＲＡＳ２Ｂ）khkekmskdgkkkkkks（配列番号８９）においても観察される。
【００６５】
より高いレプリキン濃度と迅速複製との関係も、ＨＩＶ単離体の分析により確証される。初期段階ＨＩＶ感染において優勢であるＨＩ部位の遅速増殖性低力価株（ＮＳＩ、「Ｂｒｕ」）は1.1（+/-1.6）レプリキン／100アミノ酸のレプリキン濃度を有するが、一方、後期ＨＩＶ感染において優勢であるＨＩＶの迅速増殖高力価株（Ｓ１、「Ｌａｉ」）は、6.8（+/-2.7）レプリキン／100アミノ酸残基のレプリキン濃度を有する、ということが判明した。
【００６６】
マラリア、インフルエンザウイルスおよび癌細胞中の重複レプリキンの高濃度は、マラリア生物体の伝説的な高いそして迅速な複製能力と一致する。マラリア中の重複レプリキンの数の多さは、生物体がその宿主の免疫系を満たし、混乱させ、それにより間違った抗体が作られ、存続されて、重要なマラリア抗原を無害にしておく機会を最大にする好機を提供する。
【００６７】
例えばインフルエンザウイルスの場合と同様に、マラリア生物体中に見出されるレプリキン構造（単数または複数）を基礎にしたペプチドワクチンは、マラリアを予防および／または治療する有効な手段を提供し得る。マラリアに対する予防接種は、熱帯熱マラリア原虫中で観察される1つのレプリキン構造またはレプリキン構造の混合物を含有する組成物を投与することにより達成され得る。さらにマラリアレプリキンに対する抗体は、受動免疫またはマラリア検出目的のために生成され、投与され得る。
【００６８】
表７は、いくつかの熱帯熱マラリア原虫レプリキン配列の一覧を提示する。この一覧は完全であるよう意図されない、ということに留意すべきである。当該生物体の異なる単離体は、その他のレプリキン構造を含有し得る。
表７
マラリアレプリキン
ａ）メロゾイト表面にならびに寄生体保有液胞内に位置する熱帯熱マラリア原虫マラリア抗原の一次構造
【表１５】
2004535171.tif 000016
【表１６】
2004535171.tif 000017
ｂ）「肝臓段階抗原−３」遺伝子＝「ＬＳＡ−３」レプリキン
【表１７】
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【表１８】
2004535171.tif 000019
ｃ）28ＫＤＡオーキネート表面抗原前駆体レプリキン：
【表１９】
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ｄ）血液段階トロホゾイトおよびシゾントレプリキン：
【表２０】
2004535171.tif 000021
【表２１】
2004535171.tif 000022
【表２２】
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【表２３】
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【表２４】
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【表２５】
2004535171.tif 000026
多数のレプリキン構造を含有することが見出されたその他の微生物は、8つの異なるレプリキンが同定された、炭疽感染に関与する生物体である炭疽菌Bacillus anthracis；ならびに5つの異なるレプリキンが同定された痘瘡ウイルスである。8つの炭疽菌ペプチドが炭疽毒素致死因子タンパク質ｐＸ０１−１０７中に存在し、それぞれ配列番号９１、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７および配列番号９８のアミノ酸配列を有する。5つの痘瘡ウイルスペプチドは、痘瘡ウイルス複製を強化するとされている痘瘡ウイルス表面抗原Ｓ前駆体タンパク質中に存在する。5つのペプチドは、それぞれ配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２および配列番号１０３のアミノ酸配列を有する。
【００６９】
それぞれのウイルス感染細胞を溶解し、細胞外にウイルスを放出する（この場合、次に化学的処置が有効であり得る）ために、神経膠腫レプリキン（配列番号１）「kagvaflhkk」またはＣ型肝炎レプリキン（配列番号１８）「hyppkpgcivpak」またはＨＩＶレプリキン、例えば（配列番号５）「kcfncgkegh」または（配列番号６）「kvylawvpahk」のようなレプリキンを基礎にした合成レプリキンワクチン、あるいは好ましくは、所定の時間に亘って保存されたおよび／またはエマージングまたはリエマージングするレプリキン（単数または複数）を基礎にしたインフルエンザワクチンが、抗体濃度を増すために用いられ得る。同様に、例えばメロゾイト表面または寄生体保有液胞内の熱帯熱マラリア原虫マラリア抗原中に観察されるレプリキンを基礎にしたマラリアワクチンは、マラリアに対する細胞傷害性抗体を生成するために用いられ得る。痘瘡ウイルスまたは炭疽菌中で、あるいはレプリキンが同定される任意の病理学的生物体中で同定されるレプリキン構造を基礎にしたワクチンが生成され、それぞれの疾患を防止するために投与され得る。
レコグニンおよび／またはレプリキンペプチドは、被験者の免疫系を誘導して、抗レプリキン抗体を産生するために被験者に投与され得る。一般に、0.5〜約2 mgの投与量、好ましくは1 mgの投与量の各ペプチドが被験者に投与されて、免疫応答を誘導する。その後の投薬は、所望により投与され得る。
【００７０】
本発明の別の実施態様では、単離レプリキンペプチドは、例えば個体における受動免疫を提供するために用いられ得る抗体を生成するために用いられ得る。将来のインフルエンザ感染の最も考えられる原因である本発明の方法により同定されるインフルエンザの株に対する受動免疫は、インフルエンザウイルスの同定株のレプリキン配列に対する抗体を、必要とする患者に投与することにより得られる。同様に、マラリアに対する受動免疫は、熱帯熱マラリア原虫レプリキン（単数または複数）に対する抗体を投与することにより得られる；痘瘡に対する免疫は、痘瘡ウイルスレプリキン（単数または複数）に対する抗体を投与することにより達成される；炭疽に対する免疫は、炭疽菌レプリキン（単数または複数）に対する抗体を投与することにより達成される。
【００７１】
当業界で既知の種々の手法は、レプリキン配列に対する抗体の産生のために用いられ得る。このような抗体としては、ポリクローナル、モノクローナル、キメラ、ヒト化、一本鎖、Ｆａｂ断片およびＦａｂ発現ライブラリーにより産生される断片が挙げられるが、これらに限定されない。細胞傷害剤に連結される抗体も生成され得る。抗体は、抗ウイルス薬と組合せても投与され得る。さらに抗体と異なるレプリキンとの組合せは、抗体カクテルとして投与され得る。
【００７２】
抗体の産生のために、レプリキンペプチドまたはレプリキンペプチドの組合せを用いた注射により、種々の宿主動物、例えばウサギ、マウス、ラットおよび大型哺乳類（これらに限定されない）が免疫感作され得る。宿主種によって、種々のアジュバント、例えばフロイント液（完全および不完全）、無機ゲル、例えば水酸化アルミニウム、界面活性物質、例えばリソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油エマルション、カギアナカサガイヘモシアニン、ジントロフェノール、ならびに有用であると思われるヒトアジュバント、例えばＢＣＧおよびコリネバクテリウム  パルブム（これらに限定されない）を用いて免疫学的応答を強化し得る。
【００７３】
レプリキンに対するモノクローナル抗体は、抗体分子の産生を提供する任意の技法を用いることにより調製され得る。これらの例としては、KohlerとMilstein（Nature, 1975, 256: 495-497）により最初に記載されたハイブリドーマ技法、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技法（Kosbor et al., 1983, Immunology Today, 4: 72）およびＥＢＶハイブリドーマ技法（Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, Inc., pp. 77-96）が挙げられるが、これらに限定されない。さらにキメラ抗体の産生のために開発された技法（Morrison et al., 1984, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81: 6851-6855）またはその他の技法が用いられ得る。あるいは、一本鎖抗体の産生のために記載された技法（米国特許第4,946,778号）は、レプリキン特異的一本鎖抗体を産生するよう適合され得る。
【００７４】
本発明の特に有用な抗体は、インフルエンザウイルスのペプチドおよび／またはポリペプチド中に含入されるレプリキン配列と特異的に結合するものである。例えばインフルエンザウイルスのエマージングまたはリエマージング株中に存在することが観察されたペプチドのいずれかに対する抗体、ならびにこのような抗体の組合せは、インフルエンザの治療および／または予防に有用である。同様に、マラリア抗原上に存在する任意のレプリキンに対する抗体ならびにこのような抗体の組合せは、マラリアの予防および治療に有用である。
【００７５】
レプリキンに対する結合部位を含有する抗体断片は、既知の技法により生成され得る。例えばこのような断片としては、抗体分子のペプシン消化により産生され得るＦ（ａｂ‘）2断片、ならびにＦ（ａｂ‘）2断片のジスルフィド架橋を還元することにより生成され得るＦａｂ断片が挙げられるが、これらに限定されない。あるいは、所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂ断片の迅速且つ容易な同定を可能にするために、Ｆａｂ発現ライブラリーが生成され得る（Huse et al., 1989, Science, 246: 1275-1281）。
【００７６】
抗マリグニン抗体が癌細胞の種類に関係なくヒト悪性疾患において濃度を増大される（図５）という、そしてこの抗体が細胞の種類と無関係に悪性細胞と結合するという事実は、ほとんどの悪性疾患中に存在することが見出された本明細書中のレプリキン構造の存在により、ここで説明され得る（図１および表２）。集団試験は、抗マリグニン抗体が年齢に伴って健常成人において濃度を増大し、そして癌の頻度が増大するような危険性の高い家族においてはその程度がより高い、ということを示している。初期悪性疾患において起こる付加的な2倍またはそれ以上の抗体増加は、1〜10 mmのサイズの乳癌における97％の感受性で別々に確証されている。優先的に悪性細胞中にin vivoで局限されることが示された場合、組織化学的には抗体は正常細胞とは結合しないが、しかし形質転換化細胞とは選択的に結合し（図４ａ、ｂ）、そして形質転換化細胞に対してin vitroで高度に細胞傷害性である（図４ｃ〜ｆ）。これらの例において、同一抗体はいくつかの細胞型、即ち脳神経膠腫、造血細胞（白血病）および肺の小細胞癌により結合されるため、悪性レプリキンクラス単一性がさらにまた実証される。
【００７７】
抗マリグニンは良性増殖を伴って増大しないが、しかし乳房中でのin vivoでの悪性形質転換および複製によってのみ特異的に増大し、悪性細胞の排除時に上昇値から正常値に戻る（図５）。抗マリグニン抗体濃度は、癌患者の生存と定量的に関連することが、即ち抗体が多いほどより長く生存することが示されている。合わせて考えると、これらの結果は、抗レプリキン抗体が細胞の形質転換および複製の制御メカニズムの一部であり得る、ということを示唆する。この免疫応答の増大は、能動的にはワクチンとして合成レプリキンを用いて、あるいは受動的には抗レプリキン抗体の投与により、または特異的にレプリキンを標的化するよう同様に意図される非免疫ベースの有機作用物質、例えば炭水化物、脂質等の導入により、複製の制御に有用であり得る。珪藻プランクトン、手足口病ウイルス、トマト巻葉双生ウイルス、Ｂ型およびＣ型肝炎、ＨＩＶ、インフルエンザウイルスおよび悪性細胞のような生物体に関しては、同定された構成性レプリキンはワクチンとして有用であり、そしてさらに診断目的のために有用に標的化され得る。例えば輸血のために採取される血液は、汚染生物体に特異的であることが示されたレプリキンの存在に関してスクリーニングすることにより、ＨＩＶのような生物体の汚染に関してスクリーニングされ得る。さらにまた特定の病理学的生物体、例えば炭疽菌に特異的なレプリキン構造に関するスクリーニングは、身体組織中のまたは環境中の生物体の診断的検出をもたらす。
【００７８】
レプリキン配列構造は、複製の機能と関連する。したがって、例えば診断的同定の目的のためにレプリキンを含有する配列を標的化するために、本発明のレプリキンが用いられるにしても、複製を促進し、あるいは複製を抑制または攻撃するために用いられるにしても、レプリキンの構造−機能関係が基本的である。したがってレプリキンの構造は前に同定され得た大型タンパク質配列の一部であり得るが、しかしレプリキン断片を認識し、それに結合する抗体を誘導し、それにより細胞の破壊を引き起こそうとする場合、特定のレプリキン構造のみを利用するのが好ましい。大型タンパク質配列が「複製関連機能」を有するとして当業界で既知であり得るとしても、大型タンパク質を用いるワクチンはしばしば、それらが１つまたはそれ以上のレプリキン配列を含有する場合でさえ、失敗であったかまたは有効でないことが立証されている。
【００７９】
本発明は単一理論に縛られたくはないが、しかし本明細書中の研究は、従来技術のワクチンは、それらが大型タンパク質配列の使用を基礎にしているために効果がない、ということを示唆する。大型タンパク質配列は、一定不変に、１つまたはそれ以上のエピトープ（特異的抗体形成を誘導し得る個々の抗原配列）を有する。レプリキン構造は通常、これらの考え得るエピトープのうちの1つを含む。大型タンパク質内のその他のエピトープの存在は、レプリキン抗原を先に専有し得る関連性のない抗原性刺激が免疫系に「殺到する」ことにより、レプリキンに対する抗体の適切な形成を妨げ得る（例えばWebster, R.G., J. Immunol., 97(2): 177-183 (1966)；およびWebster et al., J. Infect. Dis., 134: 48-58, 1976参照；周知の現象「オリジナル抗原過誤」の考察に関してはKlenerman et al., Nature 394: 421-422 (1998)参照）。非レプリキンエピトープに対する抗体の形成は、細胞との結合を可能にするが、しかし細胞破壊を必ずしももたらさない。マラリアタンパク質のＣ末端における構造的「デコイ」の存在は、デコイエピトープが多数のリシン残基を有するがしかしヒスチジン残基を有さないため、有効な抗レプリキン抗体の結合を妨げるその他のエピトープのこの能力の別の局面である。したがってデコイエピトープは抗レプリキン抗体を結合するが、しかしヒスチジン結合呼吸酵素から離れて抗体を保持する。
【００８０】
「外来」タンパク質に対する抗体産生の途中で、タンパク質は先ずより小さい断片に加水分解される、ということは当業界で周知である。通常、約6〜10個のアミノ酸を含有する断片が、抗体形成のために選択される。したがってタンパク質の加水分解がレプリキン含有断片を生じない場合、抗レプリキン抗体は産生されない。この点では、リシン残基は膜と結合することが既知であるため、6〜10アミノ酸離れて位置するリシン残基をレプリキンが含有する、ということは興味深い。
【００８１】
さらにレプリキン配列は、少なくとも1つのヒスチジン残基を含有する。ヒスチジンはしばしば、酸化還元中心との結合に関与する。したがってレプリキン配列を特異的に認識する抗体は、おそらくは今までに記載された最も細胞傷害性の高い抗体であって、ピコグラム／細胞で活性である抗マリグニン抗体に関して観察されたように、レプリキンが位置する細胞を不活性化または破壊するより良好な機会を有する。
【００８２】
疾患を引き起こす作用物質の特定のタンパク質抗原に向けられるワクチンが疾患に対する防御を提供するに際して十分に有効でなかった（例えばＶＰ１タンパク質またはＶＰ１タンパク質の大型セグメントに対して開発された手足口病ワクチン）理由の1つは、レプリキンに対する抗体が産生されなかったことである。即ち、大型タンパク質断片中に存在するレプリキン以外のいずれかのエピトープは、「オリジナル抗原過誤」の現象により、および／または抗体を産生するためのプロセシングのための大型タンパク質配列の小型配列への加水分解のために、存在する任意のレプリキン構造の無欠性の喪失を生じ、例えばレプリキンが2つに切断され、および／またはヒスチジン残基が加水分解処理中に失われる。本発明の研究は、産生される有効なワクチンに関して、レプリキン配列はワクチンとして用いられるべきであるが、他のエピトープはそうではない、ということを示唆する。例えば本発明のワクチンは、三点認識系により同定されたレプリキンペプチドのいずれかを用いて生成され得る。インフルエンザワクチンのために特に好ましいペプチドとしては、1年またはそれ以上の期間に亘って、好ましくは約3年またはそれ以上にわたって保存されることが実証された、および／またはその他のインフルエンザウイルス株、例えばエマージング株中のレプリキン濃度と比較して、レプリキン濃度の最高増大を有することが示されたインフルエンザウイルスの株中に存在するペプチドが挙げられる。レプリキン濃度の増大は、好ましくは少なくとも約6ヶ月〜1年、好ましくは少なくとも約2年またはそれ以上、最も好ましくは約3年またはそれ以上の期間に亘って起こる。インフルエンザウイルスワクチンに用いるための好ましいレプリキンペプチドは、1年またはそれ以上の間赤血球凝集素アミノ酸配列から非存在後に「リエマージングする」ことが観察されたレプリキンである。
【００８３】
本発明のレプリキンペプチドは、単独でまたは種々の組合せで、被験者の免疫系を刺激してペプチドに対する抗体を産生するために、好ましくはi.v.または筋肉内注射により被験者に投与される。一般的にペプチドの投与量は、約0.1 μg〜約10 mg、好ましくは約10 μg〜約1 mg、最も好ましくは約50 μg〜約500 ugの範囲である。熟練従事者は、有効免疫応答を生じるために必要とされる投与量および投与回数を容易に確定し得る。
【００８４】
レプリキンＤＮＡまたはＲＮＡは、ウイルス、細菌またはその他のレプリキンコード作因による感染に起因する疾患の診断のための多数の用途を有し得る。例えばレプリキンヌクレオチド配列は、例えば組織試料または環境試料中の特定の生物体の存在を診断するために、生検組織または血液のハイブリダイゼーション検定に、例えばサザンまたはノーザン分析、例えばin situハイブリダイゼーション検定に用いられ得る。本発明は、特定の当該病原体中に存在する特定のレプリキンに特異的な抗体を含有する、あるいは特定のレプリキンと特異的にハイブリダイズする核酸分子（センスまたはアンチセンス）、ならびに種々の緩衝剤および／または診断に必要とされる試薬を含有するキットも意図する。
【００８５】
アンチセンスＲＮＡおよびＤＮＡ分子を含むオリゴヌクレオチド配列、ならびにレプリキン−またはレコグニン−含有ｍＲＮＡの翻訳を阻害するよう機能するリボザイムも本発明の範囲内である。アンチセンスＲＮＡおよびＤＮＡ分子ならびにリボザイムはともに、当業界で既知の任意の方法により調製され得る。アンチセンス分子は、被験者への送達のために、広範な種々のベクター中に組入れられ得る。熟練従事者は最良送達経路を容易に確定し得るが、しかし一般的にi.v.またはi.m.送達がルーチンである。投与量も、容易に確かめることが出来る。
【００８６】
特に好ましいアンチセンス核酸分子は、インフルエンザウイルスポリペプチドをコードするｍＲＮＡ中に含入されるレプリキン配列と相補的であるものであって、この場合、レプリキン配列は、（１）第二リシン残基から6〜10残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含む。さらに好ましいのは、遺伝子のコード鎖中に存在するレプリキンと、あるいはインフルエンザウイルス赤血球凝集素タンパク質をコードするｍＲＮＡと相補的であるアンチセンス核酸分子であって、この場合、アンチセンス核酸分子は、6ヶ月〜1年またはそれ以上の期間に亘って保存されることが実証された、および／または他のインフルエンザウイルス株中のレプリキン濃度と比較して、レプリキンの濃度増大を有することが示されたインフルエンザウイルス株中に存在するレプリキンをコードするヌクレオチド配列と相補的である。レプリキン濃度の増大は、好ましくは少なくとも6ヶ月、好ましくは約1年、最も好ましくは約2または3年またはそれ以上の期間に亘って起こる。
同様に、ｍＲＮＡと相補的であるアンチセンス核酸分子は、（１）第二リシン残基から6〜10残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含むレプリキン配列を含む炭疽菌ポリペプチドをコードするｍＲＮＡと相補的であるものである。さらに好ましいのは、炭疽菌炭疽致死因子タンパク質ｐＸ０１−１０７ペプチドをコードする遺伝子のコード鎖とまたはｍＲＮＡと相補的なアンチセンス核酸分子であって、この場合、アンチセンス核酸分子は、配列番号９１、配列番号９２、配列番号９３、配列番号９４、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８のペプチドをコードするヌクレオチド配列と相補的である。
【００８７】
別の好ましい組のアンチセンス核酸分子としては、（１）第二リシン残基から6〜10アミノ酸残基の位置にある少なくとも１つのリシン残基；（２）少なくとも１つのヒスチジン残基；および（３）少なくとも6％のリシン残基を含む7〜約50個のアミノ酸を含むレプリキン配列を含む痘瘡ウイルスポリペプチドをコードするｍＲＮＡと相補的であるものが挙げられる。さらに好ましいのは、痘瘡ウイルス表面抗原Ｓ前駆体タンパク質をコードする遺伝子のコード鎖とまたはｍＲＮＡと相補的なアンチセンス核酸分子であって、この場合、アンチセンス核酸分子は、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２または配列番号１０３のペプチドをコードするヌクレオチド配列と相補的である。
【００８８】
本発明の別の実施態様では、１つまたはそれ以上のレプリキンに曝露された個体から得られる１つまたはそれ以上のレプリキンに対する抗体を含有する免疫血清を用いて、別の個体または動物における受動免疫を誘導し得る。免疫血清は、治療を必要とする被験者に、i.v.により投与され得る。受動免疫は、１つまたはそれ以上のレプリキンに対する既成抗体をレシピエントに注入することによっても達成され得る。受動免疫感作を用いて、感染性生物体に曝露された個体に直接的防御を提供し得る。免疫血清または既成抗体の投与はルーチンであり、そして熟練従事者は、所望の効果を達成するのに必要な血清または抗体の量を容易に確認し得る。
【００８９】
本発明の別の局面では、レプリキン構造は生物体の複製を増大するために用いられる。本発明は、例えばインフルエンザウイルスにおいて、流行に関連した複製増大はレプリキンの濃度増大に関連する、ということを実証する。増大は、１）前年に存在したが、しかしその後1年以上の間消失した特定のレプリキン構造の再出現；および／または２）新規のレプリキン組成物の出現による。さらにマラリアレプリキンにおいては、単一タンパク質中の同一レプリキンの反復が起こる。
したがって本発明は、生物体の複製を増大するための方法および組成物を提供する。例えば世界中の大集団を養うために重要である作物、例えば米の生産は、食用作物の任意の特定株の濃度（レプリキン数／100アミノ酸残基）を増大することにより改良され得る。
【００９０】
一例として、コメのイネOryza sativa株では、未熟種子から単離されたカタラーゼは、タンパク質の491個のアミノ酸配列内に3つの異なるレプリキンを含有することが観察された。したがって当業界で周知の組換え遺伝子クローニング技法を用いることにより、生物体、例えば食用作物植物中のレプリキン構造の濃度が増大され、これが生物体の複製増大を促す。
【００９１】
本発明は、アミノ酸または核酸配列中のレプリキン配列の同定方法も提供する。4000配列に及ぶ視覚的走査が、本発明の三点認識法の開発に際して実施された。しかしながらヌクレオチドおよび／または核酸配列を含むデータバンクは、三点認識要件を満たしている配列の存在に関してコンピューターによっても走査され得る。
【００９２】
三点認識法はまた、その他の共有結合アミノ酸、ヌクレオチド、炭水化物、脂質またはそれらの組合せを含めた共有結合有機分子のその他の有用な化合物を同定するよう修飾され得る。本発明のこの実施態様では、3つまたはそれ以上の所望の構造的特性を含有する亜配列に関して配列がスクリーニングされる。共有結合アミノ酸、脂質または炭水化物からなる化合物をスクリーニングする場合、7〜約50の共有結合単位の亜配列は、（１）第一アミノ酸、炭水化物または脂質残基の二番目のものから7〜10残基に位置する少なくとも１つの第一アミノ酸、炭水化物または脂質残基；（２）少なくとも１つの第二アミノ酸、脂質または炭水化物残基；および（３）少なくとも6％の第一アミノ酸、炭水化物または脂質残基を含有すべきである。ヌクレオチド配列をスクリーニングする場合、約21〜約150ヌクレオチドの亜配列は、（１）第一アミノ残基をコードする第二コドンから18〜30ヌクレオチド内に位置する第一アミノ酸をコードする少なくとも１つのコドン；（２）少なくとも1つの第二アミノ酸残基；および（３）少なくとも6％の前記第一アミノ酸残基を含有すべきである。
【００９３】
本発明の別の実施態様によれば、本明細書中に記載された方法は、コンピューターにより実施され得る。図６は、本発明の前記の実施態様とともに用いるために利用可能なコンピューターのブロック図である。コンピューターは、プロセッサー、入力／出力装置、ならびに前述の実施態様の三点認識法を表すメモリ記憶実行可能プログラム命令を包含し得る。メモリは、静的記憶、揮発性記憶および／または非揮発性記憶を包含し得る。静的記憶は慣用的には、磁気あるいは電気または光学記憶媒体上に提供される読出し専用メモリ（「ＲＯＭ」）であり得る。揮発性メモリは慣用的には、等速呼出メモリ（「ＲＡＭ」）であり、プロセッサー内にキャッシュとして統合され、あるいは別個の集積回路としてプロセッサーから外に提供される。非揮発性メモリは、電気、磁気または光学記憶媒体であり得る。
【００９４】
プロテオーム的観点から、新規の神経膠腫ペプチド配列を基礎にした「三点認識」鋳型の構築は、関連構造および機能を有する生物学的に広範囲のクラスのタンパク質の同定を直接的にもたらした。三点認識法の操作は「キーワード」検索の使用による同定に似ているが、しかし、典型的配列相同検索の場合と、あるいはアミノ酸のヌクレオチド仕様の場合と同様にキーワード「kagvaflhkk」（配列番号１）の精確なスペリングを用いる代わりに、「三点認識」パラメーターによりデリミット化されたキーワードの抽象化が用いられる。このデリミット化抽象化は、単一の相対的に短いアミノ酸配列から得られるが、しかし同一仕様により限定される構造を有する一クラスのタンパク質の同定をもたらす。構造のほかに、特定機能（この場合は形質転換および複製）が露呈クラスの成員により共有されるようになるということは、これらの構造および機能が関連することを示唆する。したがって、この新規に同定された短いペプチド配列から、分子認識「言語」が処方されたが、これは以前には記載されたことがなかった。さらに、癌レプリキンに関して本明細書で実証されたようなそのクラスの多様な成員による免疫学的特異性の共有は、同様の認識言語により、Ｂ細胞およびそれらの産物抗体がレプリキンを認識することを示唆する。「三点認識」は特定のクラスのタンパク質を特定するプロテオーム的方法であるため、その他のペプチドに関する3つまたはそれ以上の異なる認識点の使用は、同様に、その他のタンパク質クラスに関する有用な情報を提供するはずである。さらに「三点認識」法は、その他のレコグニンに、例えば生物体のリポ多糖のＴＯＬＬ「先天性」認識に適用可能である。
【００９５】
本発明のいくつかの実施態様が、本明細書中で特定的に説明され、記載されている。しかしながら、本発明の修正および変更は、本発明の意図された精神および範囲を逸脱しない限り、前記の教示により、そして添付の特許請求の範囲内に包含される、と理解される。
実施例１
レプリキンの抽出、単離および同定方法、ならびにレプリキン含有生物体を標的化し、標識しまたは破壊するためのレプリキンの使用
ａ）藻類
【００９６】
以下の藻類をベルムダBermuda水域から採集し、同日に抽出するか、または−20℃で凍結して、翌日に抽出した。藻類を、Waring混合機中で15分間、中性緩衝液中、例えば0.005 Mリン酸塩緩衝液、ｐＨ7（「リン酸塩緩衝液」）の1 gアリコート中で、冷却室（0〜5℃）中で均質化し、3000 rpmで遠心分離して、過蒸発により上清を濃縮し、冷所でリン酸塩緩衝液に対して透析して、約15 mlの容積を生成した。この抽出溶液の容積を書き留めて、アリコートをタンパク質分析のために取り、残りを分別して、1〜4の範囲のｐＫを有するタンパク質分画を得た。好ましい分別方法は、以下のようなクロマトグラフィーである：
【００９７】
0.005 Mリン酸塩緩衝液で平衡させておいたＤＥＡＥセルロース（セレックス−Ｄ）カラム2.5 x 11.0 cm上で冷却室（4℃）中で抽出溶液を分別する。以下の溶液を用いて、段階的溶離溶媒変化を作製する：
溶液１−4.04 gのＮａ2ＨＰＯ4および0.5 gのＮａＨＰＯ4を15リットルの蒸留水中に溶解する（0.005モル、ｐＨ7）；
溶液２−8.57 gのＮａ2ＨＰＯ4を2,480 mlの蒸留水中に溶解する；
溶液３−17.1 gのＮａ2ＨＰＯ4を2480 mlの蒸留水中に溶解する（0.005モル、ｐＨ4.7）；
溶液４−59.65 gのＮａ2ＨＰＯ4を2470 mlの蒸留水中に溶解する（0.175モル）；
溶液５−101.6 gのＮａ2ＨＰＯ4を2455 mlの蒸留水中に溶解する（ｐＨ4.3）；
溶液６−340.2 gのＮａ2ＨＰＯ4を2465 mlの蒸留水中に溶解する（1.0モル、ｐＸ−ｉ4.1）；
溶液７−283.63 gの80％リン酸（Ｈ3ＰＯ4）を2460 mlの蒸留水中に作る（1.0モル、ｐＨ1.0）；
【００９８】
6〜10 ml容積の抽出溶液をカラム上に通して、溶液１を上に載せて、300 mlの溶液１のレザバーを取り付けて、カラム上に重力により滴下させる。溶離液の3 mlアリコートを収集し、溶液１を用いて除去される液タンパク質が全てカラムから除去されるまで、ＯＤ280でタンパク質含量に関して分析する。次に溶液２をカラムに適用し、その後、各溶液を用いて除去され得るタンパク質が全てカラムから除去されるまで、溶液３、４、５、６および７を引き続いて適用する。溶液７からの溶出液を併合し、リン酸塩緩衝液に対して透析し、透析液および透析物の両方のタンパク質含量を確定し、そしてゲル電気泳動により両方を分析する。3,000〜25,000ダルトンの分子量のペプチドまたはタンパク質の1つまたは2つの帯域が、溶液７で生成される。例えば藻類のカルレルパ・メキシカーナCaulerpa mexicana、ラウレンシア・オブツラLaurencia obtura、クラドフェキサ・プロリフェラCladophexa prolifera、サルガスム・ナタンスSargassum natans、カルレルパ・ベルチシラタCaulerpa verticillata、ハリメダ・ツナHalimeda tuna、およびペニシロス・カピタツスPenisillos capitatusはすべて、前記のような抽出および処理後に、溶液７溶離液中で、夾雑物を伴わずにこの分子量領域で鮮明なペプチド帯域を実証する。これらの溶液７タンパク質またはそれらの溶離帯域を加水分解し、アミノ酸組成を確定する。6％またはそれ以上のリシン組成を有するそのようにして得られたペプチドは、レプリキン前駆体である。これらのレプリキンペプチド前駆体を次に、アミノ酸配列に関して確定し、米国特許第6,242,578 B1号に詳述されているように加水分解および質量分光分析によりレプリキンを確定する。「三点認識」法により定義された判定基準を満たすものは、レプリキンと同定される。この手法は、酵母、細菌および任意の植物レプリキンを得るためにも適用可能であり得る。
ｂ）ウイルス
【００９９】
藻類に関してａ）に前記したのと同一の抽出およびカラムクロマトグラフィー分離方法を用いて、ウイルス感染細胞中のレプリキンを単離し、同定する。
ｃ）腫瘍細胞in vivoおよびin vitro組織培養
【０１００】
藻類に関してａ）に前記したのと同一の抽出およびカラムクロマトグラフィー分離方法を用いて、腫瘍細胞中のレプリキンを単離し、同定する。例えばａ）に前記したように各々処置した、悪性脳腫瘍から単離されるアストロサイチンのレプリキン前駆体、組織培養中の神経膠芽細胞腫細胞から単離されたマリグニン（Aglyco 1OB）、組織培養中のＭＣＦ７哺乳類癌細胞、ならびに組織培養中のＰ3Ｊリンパ腫細胞は、それぞれ9.1％、6.7％、6.7％および6.5％のリシン含量を有するレプリキン前駆体を産生した。実施例１（米国特許第6,242,578 B1）に記載したのと同様のAglyco 1OBの加水分解および質量分光分析は、アミノ酸配列ykagvaflhkkndiideの16-merレプリキンを生じた。
実施例２：
【０１０１】
レプリキンの診断的使用の一例として：診断目的のために血清中に存在するその対応する抗体の量を捕獲し、定量するための抗原は、米国特許第6,242,578 B1の図２、３、４および７に示されたのと同様であるので、Aglyco 1OBまたは16-merレプリキンが用いられ得る。
【０１０２】
標識、栄養学的または破壊的目的のためのレプリキンと結合するための作用物質の産生の一連として：16-merレプリキンに対する特異的抗体を産生するためのウサギへの16-merレプリキンの注射は、米国特許第6,242,578 B1の実施例６ならびに図９Ａおよび９Ｂに示されている。
【０１０３】
レプリキンを標識するための作用物質の使用の一例として：このレプリキンを含有する特異的細胞を標識するための16-merレプリキンに対する抗体の使用は、米国特許第6,242,578 B1の実施例５および実施例６に示されている。
【０１０４】
レプリキンを破壊するための作用物質の使用の一例として：このレプリキンを含有する特異的細胞を阻害または破壊するための16-merレプリキンに対する抗体の使用は、米国特許第6,242,578 B1の実施例６に示されている。
実施例３
【０１０５】
配列の視覚的走査により、または本明細書中に記載された三点認識を基礎にしたコンピュータープログラムの使用により、レプリキンの存在および濃度に関するインフルエンザウイルス赤血球凝集素タンパク質またはノイラミニダーゼタンパク質の単離体の配列データの分析を実行する。任意の当業界で既知の方法により、例えば赤血球凝集素またはノイラミニダーゼ遺伝子をシーケンシングし、そしてそれからタンパク質配列を得ることにより、インフルエンザウイルスの単離体を得て、そしてインフルエンザ赤血球凝集素および／またはノイラミニダーゼタンパク質のアミノ酸配列を得る。新規のレプリキンの存在、長期間にわたるレプリキンの保存ならびに各単離体中のレプリキンの濃度に関して、配列を走査する。レプリキン配列および濃度と、初期に、例えば約6ヶ月〜約3年より早くに単離体から得られたアミノ酸配列との比較は、来るべきインフルエンザシーズン中のインフルエンザの原因であると最も考えられる、ならびに季節ごとのインフルエンザペプチドワクチンまたは核酸ベースのワクチンのための基礎を成す株の出現を予測するために用いられるデータを提供する。濃度の増大、特に約6ヶ月〜約3年またはそれ以上の期間のインフルエンザウイルスの所定株中のレプリキンの濃度の段階的増大の観察は、将来におけるインフルエンザ流行または大流行の有望な原因としての当該株の出現を予言するものである。
【０１０６】
エマージング株中に観察されるレプリキンを基礎にしたペプチドワクチンまたは核酸ベースワクチンを生成する。期間中の赤血球凝集素および／またはノイラミニダーゼ配列内のレプリキン配列の濃度の最高増大を示すインフルエンザウイルスの株として、エマージング株を同定する。好ましくはペプチドまたは核酸ワクチンは、エマージング株中に保存されることが観察される任意のレプリキン配列を基礎にするかまたは含む。保存レプリキンは、好ましくは約2年間、好ましくはそれ以上長い間赤血球凝集素またはノイラミニダーゼタンパク質中に存在するレプリキン配列である。ワクチンは、エマージング株中に同定されるレプリキン配列の任意の組合せを含み得る。
【０１０７】
ワクチン産生のために、任意の方法により、例えば化学合成ならびに分子生物学的技法、例えばクローニング、宿主細胞中での発現およびそれからの精製により、有効なワクチンのために有用であると同定される単数または複数のレプリキンペプチドを合成する。ペプチドを、それに対する治療的抗体反応を誘導するために確定された量で好ましくは製薬上許容可能な担体と混和する。一般的に、投与量は約0.1 μg〜約10 mgである。
【０１０８】
インフルエンザワクチンを、好ましくは「インフルエンザシーズン」前にそれを必要とする患者に投与する。インフルエンザシーズンは一般的に、10月下旬に起こり、4月下旬の終わりまで続く。しかしながらワクチンは、その年の間の任意の時期に投与し得る。好ましくはインフルエンザワクチンは年に1回投与され、存在することが観察され、好ましくはインフルエンザウイルスのエマージング株中に保存されるレプリキン配列を基礎にしている。インフルエンザワクチン中に含入するための別の好ましいレプリキンは、1年またはそれ以上の非存在語にインフルエンザの株中に再出現したことが実証されたレプリキンである。
実施例４
【０１０９】
配列の視覚的走査により、または本明細書中に記載された三点認識を基礎にしたコンピュータープログラムの使用により、レプリキンの存在および濃度に関する熱帯熱マラリア原虫Plasmodium falciparum抗原の単離体の配列データの分析を実行する。任意の当業界で既知の方法により、例えば遺伝子をシーケンシングし、そしてそれからタンパク質配列を得ることにより、熱帯熱マラリア原虫の単離体を得て、そしてタンパク質のアミノ酸配列を得る。レプリキンの存在、長期間にわたるレプリキンの保存ならびに各単離体中のレプリキンの濃度に関して、配列を走査する。この情報は、抗マラリアペプチドワクチンまたは核酸ベースのワクチンのための基礎を形成するために用いられるデータを提供する。
【０１１０】
マラリアを引き起こす生物体中に観察されるレプリキンを基礎にしたペプチドワクチンまたは核酸ベースワクチンを生成する。好ましくはペプチドまたは核酸ワクチンは、生物体の表面抗原に存在することが観察される任意のレプリキン配列を基礎にするかまたは含む。ワクチンは、マラリアを引き起こす株中に同定されるレプリキン配列の任意の組合せを含み得る。
【０１１１】
ワクチン産生のために、任意の方法により、例えば化学合成ならびに分子生物学的技法、例えばクローニング、宿主細胞中での発現およびそれからの精製により、有効なワクチンのために有用であると同定される単数または複数のレプリキンペプチドを合成する。ペプチドを、それに対する治療的抗体反応を誘導するために確定された量で好ましくは製薬上許容可能な担体と混和する。一般的に、投与量は約0.1 μg〜約10 mgである。
【０１１２】
次にマラリアワクチンを、好ましくはその年の任意の時期に、特に熱帯環境に旅行する前に、それを必要とする患者に投与する。
【図面の簡単な説明】
【０１１３】
【図１】種々のタンパク質群におけるレプリキンの出現頻度を示す棒グラフである。
【図２】神経膠芽細胞腫細胞の嫌気性複製中の総膜タンパク質（ミリグラム）中のマリグニンのパーセンテージを示すグラフである。
【図３】レコグニン１６−ｍｅｒへの曝露に応答して産生された抗マリグニン抗体の量を示す棒グラフである。
【図４】図４Ａは、常光および蛍光で撮影した血液スミアの写真である。図４Ｂは、常光および蛍光で撮影した血液スミアの写真であって、2個の白血病細胞の存在を示す。図４Ｃは、抗マリグニン抗体の存在下での神経膠腫細胞の高密度層の写真である。図４Ｄおよび図４Ｅは、抗マリグニン抗体の付加後30および45分に撮影した図４Ｃにおける細胞の層の写真である。  図４Ｆは、抗マリグニン抗体によるin vitroでの小細胞肺癌細胞の増殖の抑制を示す棒グラフである。
【図５】術前および術後の良性または悪性乳房疾患を有する患者の血清中に存在する抗マリグニン抗体の量のプロットである。
【図６】レプリキン配列の三点認識法を実行するためにコンピューターが用いられる本発明の一実施態様を示すブロック図である。
【図７】1918年〜2001年の年毎のＢ型インフルエンザおよびＡ型インフルエンザ株Ｈ１Ｎ１の赤血球凝集素中で観察されたレプリキンの濃度を示すグラフである。
【図８】1950年〜2001年の年毎のＡ型インフルエンザ株Ｈ２Ｎ２およびＨ３Ｎ２、ならびにＨ３Ｎ２(Ｒ)と呼ばれるその構成レプリキンにより限定されるエマージング株の赤血球凝集素中で観察されたレプリキンの濃度を示すグラフである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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