(57)【要約】本発明は、新規のヒトのポリヌクレオチドおよびその改変体、それらにコードされるポリペプチドおよびその改変体、これらのポリヌクレオチドに対応する遺伝子ならびにこれらの遺伝子によって発現されるタンパク質に関する。本発明はまた、このような新規のヒトポリヌクレオチド、これらに対応する遺伝子または遺伝子産物（例えば、これらの遺伝子およびタンパク質であり、プローブ、アンチセンス構築物および抗体を含む）を使用する診断剤および治療剤に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、配列番号１〜６０１０からなる群より選択される配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、以下：配列番号１〜６０１０、配列番号１〜６０１０の縮重改変体、配列番号１〜６０１０のアンチセンス、および配列番号１〜６０１０の相補体からなる群より選択される配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列のうち少なくとも１５個連続したヌクレオチドを含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３】
単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、以下：配列番号１〜６０１０、配列番号１〜６０１０の縮重改変体、配列番号１〜６０１０のアンチセンス、および配列番号１〜６０１０の相補体からなる群より選択されるヌクレオチド配列のうち少なくとも１５個連続したヌクレオチドを含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４】
前記ポリヌクレオチドが、前記ヌクレオチド配列のうち少なくとも１００個連続したヌクレオチドを含む、請求項３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチドが、前記選択されたヌクレオチド配列のうち少なくとも２００個連続したヌクレオチドを含む、請求項３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、以下：配列番号１〜６０１０、配列番号１〜６０１０の縮重改変体、配列番号１〜６０１０のアンチセンス、および配列番号１〜６０１０の相補体からなる群より選択される配列に対して、少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７】
前記ポリヌクレオチドが、前記選択されたヌクレオチド配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項６に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項８】
前記ポリヌクレオチドが、前記選択されたヌクレオチド配列に同一のヌクレオチド配列を含む、請求項６に記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】
ポリヌクレオチドであって、以下のＡＴＣＣ登録番号：ＰＴＡ−２０２７、ＰＴＡ−２０２８、ＰＴＡ−２０２９、ＰＴＡ−２０３０、ＰＴＡ−２０３１、ＰＴＡ−２０３２、ＰＴＡ−２０３３、ＰＴＡ−２０３４、ＰＴＡ−２０３５、ＰＴＡ−２０３６、ＰＴＡ−２０３７、ＰＴＡ−２０３８、ＰＴＡ−２０３９、ＰＴＡ−２０４０、ＰＴＡ−２０４１、ＰＴＡ−２０４２、ＰＴＡ−２０４３、ＰＴＡ−２０４４、ＰＴＡ−２０４５、ＰＴＡ−２０４６、ＰＴＡ−２０４７、ＰＴＡ−２０５０、ＰＴＡ−２０５１、ＰＴＡ−２０５２、ＰＴＡ−２０５３、ＰＴＡ−２０５４、ＰＴＡ−２０５５、ＰＴＡ−２０５６、ＰＴＡ−２０５７、ＰＴＡ−２０５８、ＰＴＡ−２０５９、ＰＴＡ−２０６０、ＰＴＡ−２０６１、ＰＴＡ−２０６２、ＰＴＡ−２０４８、ＰＴＡ−２０４９、ＰＴＡ−２０６３、ＰＴＡ−２０６４、ＰＴＡ−２０６５、ＰＴＡ−２０６６、ＰＴＡ−２０６７、ＰＴＡ−２０６８として寄託されたクローンに含まれる挿入物のヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１０】
単離されたｃＤＮＡであって、該ｃＤＮＡは、配列番号１〜６０１０からなる群より選択される配列のヌクレオチド配列のうち、少なくとも１５個連続したヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを使用する増幅プロセスによって得られる、単離されたｃＤＮＡ。
【請求項１１】
前記ポリヌクレオチドが、前記選択されたヌクレオチド配列のうち少なくとも２５個連続したヌクレオチドを含む、請求項１０に記載の単離されたｃＤＮＡ。
【請求項１２】
前記ポリヌクレオチドが、前記選択されたヌクレオチド配列のうち少なくとも１００個連続したヌクレオチドを含む、請求項１０に記載の単離されたｃＤＮＡ。
【請求項１３】
前記増幅が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅による増幅である、請求項１０、１１または１２に記載の単離されたｃＤＮＡ。
【請求項１４】
請求項１、２、３、６、９、または１０に記載のポリヌクレオチドを含む、単離された組換え宿主細胞。
【請求項１５】
請求項１、２、３、６、９、または１０に記載のポリヌクレオチドを含む、単離されたベクター。
【請求項１６】
ポリペプチドを産生する方法であって、該方法は、以下の工程：
請求項１、２、３、６、９、または１０に記載のポリヌクレオチドを含む組換え宿主細胞を培養する工程であって、該培養が、コードされるポリペプチドの発現に適切な条件下で行われる、工程；
該宿主細胞培養物から、該ポリペプチドを回収する工程、
を包含する、方法。
【請求項１７】
請求項１、２、３、６、９、または１０に記載のポリヌクレオチドによってコードされる、単離されたポリペプチド。
【請求項１８】
請求項１７のポリペプチドに特異的に結合する、抗体。
【請求項１９】
哺乳動物細胞の癌性状態と相互に関連する、差次的に発現した遺伝子を検出するための方法であって、該方法は、以下の工程：
癌性であると推測される細胞由来の試験サンプル中の、少なくとも１つの差次的に発現した遺伝子産物を検出する工程であって、ここで、該遺伝子産物が、配列番号１〜６０１０のうちの少なくとも１つの同定配列を含む遺伝子によってコードされる、工程；
を包含し、ここで、該差次的に発現した遺伝子産物の検出が、該試験サンプルが由来する細胞の癌性状態と相互に関連する、方法。
【請求項２０】
ポリヌクレオチドのライブラリーであって、該ポリヌクレオチドの少なくとも１つが、請求項１、２、３、６、９、または１０に記載のポリヌクレオチドの配列情報を含む、ライブラリー。
【請求項２１】
前記ライブラリーが、核酸アレイ上に提供される、請求項２０に記載のライブラリー。
【請求項２２】
前記ライブラリーが、コンピュータ読み取り可能な形式で提供される、請求項２０に記載のライブラリー。
【請求項２３】
遺伝子産物の発現を改変することによって、腫瘍の増殖を阻害する方法であって、該遺伝子産物は、配列番号１〜６０１０からなる群より選択される配列によって同定される遺伝子によってコードされる、方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
（関連出願の相互参照）
本出願は、以前に出願された米国特許仮出願番号第６０／２２６，３２６号（２０００年８月１６日出願）（この出願は、本明細書中にその全体が参考として援用される）の利益を主張する。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、ヒト器官、特に、ヒト結腸、乳房、前立腺、および／または肺組織のポリヌクレオチド、ならびにコードされる遺伝子産物に関する。
【０００３】
（発明の背景）
新規なポリヌクレオチド（特に発現された遺伝子産物をコードする新規なポリヌクレオチド）の同定は、薬物発見、診断技術の向上、および癌のような複合疾患の進行および性質の理解において、重要である。疾患状態または疾患段階、発生段階、種々の環境因子に対する曝露、起源の組織、その組織が単離された種などにおいて異なる、供給源から単離された異なる細胞型において発現された遺伝子の同定は、これらの種々の相違と関連する表現型の原因である遺伝的因子を同定する鍵となる。
【０００４】
本発明は、新規なヒトポリヌクレオチド、これらのポリヌクレオチドにコードされるポリペプチド、ならびにこれらの新規なポリヌクレオチドに対応する遺伝子およびタンパク質を提供する。
【０００５】
（発明の要旨）
本発明は、新規なヒトポリヌクレオチドおよびその改変体、これらにコードされるポリペプチドおよびその改変体に関し、これらのポリヌクレオチドに対応する遺伝子に関し、そしてこれら遺伝子により発現されるタンパク質に関する。本発明はまた、このような新規なヒトポリヌクレオチド、これらの対応する遺伝子または遺伝子産物（プローブ、アンチセンスヌクレオチド、および抗体を含む）を含む診断薬および治療法に関する。本発明のポリヌクレオチドは、配列番号１〜６０１０の少なくとも１つの配列情報を含むポリヌクレオチドに対応する。
【０００６】
本発明の種々の局面および実施形態は、本明細書中に提供される説明を読む際に当業者に容易に明らかである。
【０００７】
（発明の詳細な説明）
本発明が説明される前に、本発明は、記載される特定の実施形態に限定されないことが理解されるべきであり、このようにもちろん変化し得る。本明細書中で使用される用語は、特定の実施形態のみを記載する目的であり、限定することを意図しない。
【０００８】
他に規定されない限り、本明細書中で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する当該分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。
【０００９】
本明細書中に記載されるものと同様または等価な任意の方法および材料が、本発明の実施および試験において使用され得るが、ここで、好ましい方法および材料が記載される。
【００１０】
本明細書中で引用される全ての刊行物および特許出願は、あたかも各々個々の刊行物または特許出願が、参考として援用されるように詳細にそして個々に示されたかのように、本明細書中で参考として援用される。いずれの刊行物の引用も、出願日以前のその開示に対してであり、本発明が先行発明によってこのような刊行物に先立つように権利を与えられていないという承認として解釈されるべきではない。
【００１１】
本明細書中で使用される場合、そして添付の特許請求の範囲において、単数形「ａ」、「ａｎｄ」および「ｔｈｅ」は、内容が他に明確に示さない限り、複数の参照を含む。従って、例えば、「ポリヌクレオチド（ａ　ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）」に対する参照は、複数のこのようなポリヌクレオチドを含み、そして「結腸癌細胞（ｔｈｅ　ｃｏｌｏｎ　ｃａｎｃｅｒ　ｃｅｌｌ）」は、１つ以上の細胞および当業者に公知のその等価物を含む、などである。
【００１２】
本明細書中に議論される刊行物および出願は、本願の出願日の前のそれらの開示のためだけに提供される。本発明が、先行発明によってこのような刊行物に先立つように権利を与えられていないという承認としては、本明細書中でみなされるべきではない。さらに、提供される公開の日時は、独立して確認される必要があり得る実際の公開の日時とは異なり得る。
【００１３】
（定義）
本明細書中で交換可能に使用される場合、用語「ポリヌクレオチド」および「核酸」は、任意の長さの、リボヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドのいずれかのポリマー形態のヌクレオチドをいう。従って、これらの用語としては、一本鎖、二本鎖、または複数鎖のＤＮＡまたはＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、分枝核酸（例えば、米国特許第５，１２４，２４６号；同第５，７１０，２６４号；および同第５，８４９，４８１号を参照のこと）、あるいはプリンおよびピリミジン塩基または他の天然の、化学的もしくは生化学的に改変された天然ではない塩基、または誘導体化された塩基を含むポリマーが挙げられるが、これらに限定されない。これらの用語としては、さらに、イントロン配列を含むｍＲＮＡまたはｃＤＮＡが挙げられるが、これらに限定されない（例えば、Ｎｉｗａら（１９９９）Ｃｅｌｌ　９９（７）：６９１−７０２を参照のこと）。ポリヌクレオチドの骨格は、糖およびリン酸基（代表的にＲＮＡまたはＤＮＡにおいて見出され得るような）あるいは改変されたかもしくは置換された糖またはリン酸基を含み得る。あるいは、ポリヌクレオチドの骨格は、ホスホラミダイトのような合成サブユニットのポリマーを含み得、従って、オリゴデオキシヌクレオシドホスホラミダイトまたは混合ホスホラミダイト−リン酸ジエステルオリゴマーであり得る。Ｐｅｙｒｏｔｔｅｓら（１９９６）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．２４：１８４１−１８４８；Ｃｈａｔｕｒｖｅｄｉら（１９９６）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．２４：２３１８−２３２３。ポリヌクレオチドは、改変されたヌクレオチド（例えば、メチル化ヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログ、ウラシル、他の糖）、および連結基（例えば、フルオロリボースおよびチオエート）およびヌクレオチド分枝を含み得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断され得る。ポリヌクレオチドは、例えば、標識成分との結合体化によって、重合後にさらに改変され得る。この定義において含まれる他の型の改変は、キャップ、１つ以上の天然に存在するヌクレオチドとアナログとの置換、およびポリヌクレオチドをタンパク質、金属イオン、標識成分、他のポリヌクレオチドまたは固体支持体に結合させるための導入手段である。
【００１４】
本明細書中で交換可能に使用される場合、用語「ポリペプチド」および「タンパク質」は、任意の長さのポリマー形態のアミノ酸をいい、これは、コードされたアミノ酸およびコードされていないアミノ酸、化学的もしくは生化学的に改変されたかまたは誘導体化されたアミノ酸、および改変されたペプチド骨格を有するポリペプチドを含み得る。この用語は、異種アミノ酸配列との融合タンパク質、異種および相同なリーダー配列との融合物、Ｎ末端メチオニン残基；免疫学的にタグ化されたタンパク質を有するかもしくは有さない融合物などを含むが、これらに限定されない融合タンパク質を含む。
【００１５】
本明細書中で使用される場合、「診断」は、一般に、疾患または障害に対する被験体の感受性の決定、被験体が疾患または障害に現在罹患しているか否かに関する決定、疾患または障害に罹患した被験体の予後の決定（例えば、転移前または転移性の癌性段階、癌の段階、もしくは癌の治療に対する応答性の同定）、およびセラメトリクス（ｔｈｅｒａｍｅｔｒｉｃｓ）（例えば、治療の効果または効力に関する情報を提供するための被験体の状態をモニタリングすること）を含む。
【００１６】
本明細書中で使用される場合、「サンプル」または「生物学的サンプル」は、種々のサンプル型を包含し、そして一般に、生物学的流体または組織のサンプル、特に、組織から得られたサンプル、特に診断適用が設計される（例えば、腺管癌）疾患または状態に関連する細胞の型から得られたサンプルなどをいうことを意味する。「サンプル」または「生物学的サンプル」は、血液および生物学的起源の他の液体サンプル、固体組織サンプル（例えば、生検標本または組織培養物またはそこから由来する細胞およびそれらの子孫）を含むことを意味する。
これらの用語は、これらの調達後に任意の様式で操作されたサンプルならびにサンプルの誘導物および画分を包含し、ここで、これらのサンプルは、例えば、試薬での処理、可溶化、または特定の成分についての濃縮によって操作され得る。これらの用語はまた、臨床サンプルを包含し、そしてまた、細胞培養物中の細胞、細胞上清、細胞溶解物、血清、血漿、生物学的流体、および組織サンプルを含む。サンプルが固体組織である場合、組織の細胞は解離され得るか、または組織切片が分析され得る。
【００１７】
用語「処置」、「処置すること」、「処置する」などは、所望の薬理学的効果および／または生理学的効果を得ることを一般的にいうために本明細書中で使用される。この効果は、その疾患または症状を完全または部分的に防止する点で予防的であり得、そして／あるいは部分的もしくは完全な安定化または疾患および／もしくは疾患の治療に起因する有害な効果の処置の点で治療的であり得る。本明細書中で使用される場合、「処置」は、哺乳動物、特にヒトにおける疾患の任意の処置をカバーし、そして（ａ）疾患または症状の素因となり得るが、それを有するとしてまだ診断されていない被験体において生じる疾患または症状を予防すること；（ｂ）疾患症状を阻害すること（すなわち、その発生を阻止すること）；または疾患症状を軽減すること（すなわち、疾患または症状の退行を引き起こすこと）を含む。
【００１８】
用語「個体」、「被検体」、「宿主」および「患者」は、本明細書中で交換可能に使用され、診断、処置、または治療が所望される任意の哺乳動物被験体、特にヒトをいう。他の被験体としては、ウシ、イヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマなどが挙げられ得る。
【００１９】
本明細書中で使用される場合、用語「単離された」は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体、または宿主細胞が、天然に存在する環境と異なる環境において存在する、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体、または宿主細胞をいう。単離されたポリヌクレオチド、ポリペプチド、抗体、または宿主細胞は、一般に、実質的に精製されている。本明細書中で使用される場合、用語「実質的に精製された」は、その天然の環境から取り出された化合物（例えば、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドまたは抗体のいずれか）をいい、そしてそれは、天然に関連する他の成分を少なくとも６０％含まない、好ましくは７５％含まない、そして最も好ましくは、９０％含まない。従って、例えば、Ａを含む組成物は、組成物におけるＡ＋Ｂの総重量の少なくとも８５％がＡである場合、「実質的にＢを含まない」。好ましくは、Ａは、組成物中のＡ＋Ｂの総重量の少なくとも約９０％、より好ましくは、少なくとも約９５重量％またはさらに９９重量％を含む。
【００２０】
本明細書中で使用される場合、「宿主細胞」は、組換えベクターまたは他の移入ポリヌクレオチドについてのレシピエントであり得るか、またはそれであったか、それとして使用され得る単細胞実体として培養される、微生物細胞または真核生物細胞または細胞株をいい、これらとしては、トランスフェクトされた本来の細胞の子孫が挙げられる。単一細胞の子孫は、天然の、偶発的な、または故意の変異に起因して、形態またはゲノムまたは総ＤＮＡ相補体において、必ずしも本来の親と完全に同一ではないかもしれない。
【００２１】
本明細書中で交換可能に使用される場合、用語「癌（ｃａｎｃｅｒ）」、「新生物」、「腫瘍」、および「癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ）」は、比較的自律的な増殖を示す細胞をいい、その結果、これらは、細胞増殖の制御の有意な喪失によって特徴付けられる異常な増殖表現型を示す。一般に、本願における検出または処置のための目的の細胞としては、前癌性（例えば、良性）、悪性、転移性、および非転移性細胞が挙げられる。癌性細胞の検出は、特に興味深い。
【００２２】
１０ｅ−３におけるように、「ｅ」の使用は、「ｅ」の左側の数が「ｅ」の右側の数の乗に対して上げられる（ｒａｉｓｅｄ）（すなわち、１０ｅ−３は、１０−３である）。
【００２３】
例えば、異種核酸配列もしくは異種アミノ酸配列、異種ポリペプチド、または異種核酸の文脈中で、本明細書中において使用される場合、用語「異種」は、これが結合するかまたは会合する供給源と異なる供給源に由来する物質をいうことを意味する。例えば、２つのＤＮＡ配列は、配列が異なる遺伝子または異なる種に由来する場合、お互いに異種である。宿主細胞に対して異種である配列を含む組換え宿主細胞は、例えば、ヒトポリペプチドをコードする配列を含む細菌細胞であり得る。
【００２４】
本発明は、開示されたヌクレオチド配列を含むヌクレオチドに関し、全長ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ゲノム配列、およびこれらの配列に対応する遺伝子、ならびにそれらの縮重改変体に関し、そして本発明のポリヌクレオチドによってコードされたポリペプチドおよびポリペプチド改変体に関連する。以下の詳細な説明は、本発明によって包含されるポリヌクレオチド組成物、全長遺伝子産物をコードするｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを獲得するための方法、これらのポリヌクレオチドおよび遺伝子の発現、ポリヌクレオチドおよび遺伝子の構造モチーフの同定、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされる遺伝子産物の機能の同定、プローブとしてそしてマッピングにおいてそして組織プロファイリングにおいて提供されるポリヌクレオチドの使用、抗体を惹起するための対応するポリペプチドおよび他の遺伝子産物の使用、ならびに治療および診断目的のためのポリペプチドおよびこれらのコードされた遺伝子産物の使用を記載する。
【００２５】
（ポリヌクレオチド組成物）
ポリヌクレオチド組成物に関する本発明の範囲としては、配列番号１〜６０１０のうちのいずれか１つにおいて示される配列を有するポリヌクレオチド；本明細書中に記載される生物学的材料またはストリンジェントな条件（特に高ストリンジェンシーの条件）下でのハイブリダイゼーションによって他の生物学的供給源（特にヒト起源）から得られるポリヌクレオチド；提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子；提供されるポリヌクレオチドおよびそれらの対応する遺伝子の改変体、特に、コードされる遺伝子産物の生物学的活性（例えば、タンパク質ファミリーへの遺伝産物の割当ておよび／または遺伝子産物に存在する機能的ドメインの同定の結果として、提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子産物に帰する生物学的活性）を保持するそれらの改変体を含むが、これらに必ずしも制限されない。本発明の範囲によって、そして本発明の範囲内で意図される他の核酸組成物は、本明細書中での開示が提供される場合、当業者に容易に明らかである。組成物の核酸に関して本明細書中で使用される場合、「ポリヌクレオチド」および「核酸」は、特に示されない限り、核酸の長さまたは構造に関して制限されることを意図されない。
【００２６】
本発明は、ヒト組織、詳細にはヒト結腸、前立腺、乳房、肺および／または内皮組織において発現されるポリヌクレオチドを特徴とする。特定の目的の本発明の新規な核酸組成物は、配列番号１〜６０１０のいずれか１つにおいて示される配列またはその同定配列を含む。「同定配列（ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」は、ポリヌクレオチド配列を固有に同定する少なくとも約１０ｎｔ長〜約２０ｎｔ長、通常少なくとも約５０ｎｔ長〜約１００ｎｔ長の残基の連続配列であり、例えば、約２０ｎｔを超える任意の連続ヌクレオチド配列に対して、９０％未満の、通常約８０％〜約８５％未満の配列同一性を示す。従って、本発明の新規な核酸組成物は、配列番号１〜６０１０のいずれか１つの連続ヌクレオチドの同定配列を含む全長のｃＤＮＡまたはｍＲＮＡを含む。
【００２７】
本発明のポリヌクレオチドはまた、配列類似性および配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。配列類似性を有する核酸は、低いストリンジェンシー条件下、例えば、５０℃および１０×ＳＳＣ（０．９Ｍ生理食塩水／０．０９Ｍクエン酸ナトリウム）でのハイブリダイゼーションによって検出され、そして１×ＳＳＣ中５５℃での洗浄に供される場合、結合を保持する。配列同一性は、ストリンジェントな条件下、例えば、５０℃以上および０．１×ＳＳＣ（９ｍＭ生理食塩水／０．９ｍＭクエン酸ナトリウム）でのハイブリダイゼーションによって決定され得る。ハイブリダイゼーション方法および条件は、当該分野において周知であり、例えば、米国特許第５，７０７，８２９号を参照のこと。提供されるポリヌクレオチド配列に実質的に同一である核酸、例えば、対立遺伝子改変体、遺伝子の遺伝的に変化したバージョンなどは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、提供されるポリヌクレオチド配列（配列番号１〜６０１０）に結合する。プローブ、特にＤＮＡ配列の標識化プローブを使用することによって、相同な遺伝子または関連の遺伝子を単離し得る。相同な遺伝子の供給源は、任意の種、例えば、霊長類種、特にヒト：げっ歯類（例えば、ラットおよびマウス）；イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ウマ、酵母、線虫などであり得る。
【００２８】
好ましくは、ハイブリダイゼーションは、配列番号１〜６０１０のうちの少なくとも１つの少なくとも１５個の連続したヌクレオチド（ｎｔ）を使用して行われる。すなわち、開示される配列番号のうちの１つの少なくとも１５個の連続したｎｔがプローブとして使用される場合、そのプローブは相補的な配列を含有する核酸と優先的にハイブリダイズし、選択されたプローブに固有にハイブリダイズする核酸の同定および回収を可能にする。１つより多い配列番号からのプローブは、それらが由来するｃＤＮＡが１つのｍＲＮＡに対応する場合、同じ核酸とハイブリダイズし得る。１５ｎｔより多いプローブ、例えば、約１８ｎｔ〜約１００ｎｔのプローブが使用され得るが、１５ｎｔは固有の同定のために十分な配列を示す。
【００２９】
本発明のポリヌクレオチドはまた、ヌクレオチド配列の天然に存在する改変体（例えば、縮重改変体、対立遺伝子改変体など）を含む。本発明のポリヌクレオチドの改変体は、本明細書中に開示されるヌクレオチド配列と推定の改変体とのハイブリダイゼーションによって、好ましくはストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーションによって同定される。例えば、適切な洗浄条件を使用することによって、本発明のポリヌクレオチドの改変体は、対立遺伝子改変体が、選択されるポリヌクレオチドプローブに対して多くとも約２５〜３０％の塩基対（ｂｐ）非適合を示す場合に同定され得る。一般に、対立遺伝子改変体は、１５〜２５％ｂｐ非適合を含み、そして５〜１５％、または２〜５％、または１〜２％ｂｐ程度の非適合、ならびに単一ｂｐの非適合を含み得る。
【００３０】
本発明はまた、配列番号１〜６０１０のポリヌクレオチドに対応するホモログを包含し、ここでは相同な遺伝子の供給源は、任意の哺乳動物種、例えば、霊長類種、特にヒト；げっ歯類（例えば、ラット）；イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ウマ、酵母、線虫などであり得る。哺乳動物種間（例えばヒトとマウス）で、ホモログは一般に、実質的な配列類似性、例えば、ヌクレオチド配列間に少なくとも７５％、通常少なくとも９０％、より通常少なくとも９５％の配列同一性を有する。配列類似性は、参照配列に基づいて算定され、この参照配列は、保存されるモチーフ、コード領域、隣接領域などのような、より長い配列のサブセットであり得る。参照配列は通常、少なくとも約１８個の連続するｎｔ長、より通常には少なくとも約３０ｎｔ長であり、そして比較されている完全な配列に伸長され得る。配列分析についてのアルゴリズムは、当該分野において公知である（例えば、ギャップ化ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２において記載される））。
【００３１】
一般に、本発明の改変体は、少なくとも約６５％、好ましくは少なくとも約７５％、より好ましくは少なくとも約８５％を超える配列同一性を有し、そしてＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行されるようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される場合に、少なくとも約９０％以上であり得る。本発明の目的のために、パーセント同一性を算定する好ましい方法は、以下を使用するＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムである。全体的なＤＮＡ配列同一性は、以下の検索パラメーター：ギャップオープンペナルティー（ｇａｐ　ｏｐｅｎ　ｐｅｎａｌｔｙ）、１２；およびギャップ伸長ペナルティー（ｇａｐ　ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ　ｐｅｎａｌｔｙ）、１を用いるアフィンギャップ（ａｆｆｉｎｅ　ｇａｐ）検索を使用して、ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行されるようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される場合に、６５％を超えなければならない。
【００３２】
本発明の核酸は、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ、ならびにそれらのフラグメント、特に生物学的に活性な遺伝子産物をコードするおよび／または本明細書中で開示される方法において有用（例えば、診断において、目的の示差発現される遺伝子の固有の識別子（ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）としてなど）であるフラグメントであり得る。本明細書中で使用される場合、用語「ｃＤＮＡ」は、ネイティブな成熟ｍＲＮＡ種において見出される配列エレメントの配置を共有する全ての核酸を含むことが意図され、ここでは配列エレメントは、エキソン、ならびに３’非コード領域および５’非コード領域である。通常ｍＲＮＡ種は、連続するエキソンを有し、イントロンの介在を伴い、存在する場合には、核ＲＮＡスプライシングによって除去され、本発明のポリぺプチドをコードする連続するオープンリーディングフレームを生成する。
【００３３】
目的のゲノム配列は、列挙される配列において規定されるように、開始コドンと停止コドンとの間に存在する核酸を含み、ネイティブな染色体に通常存在する全てのイントロンを含む。これはさらに、成熟ｍＲＮＡにおいて見出される３’非翻訳領域および５’非翻訳領域を含み得る。これはさらに、特異的な転写調節配列および翻訳調節配列（例えば、プロモーター、エンハンサーなど）を含み得、転写領域の５’および３’末端のいずれかに約１ｋｂの、しかし可能性としてはより長い隣接ゲノムＤＮＡを含む。ゲノムＤＮＡは、１００ｋｂｐ以下のフラグメントとして単離され得；そして隣接する染色体配列が実質的にない。３’および５’のいずれかでコード領域に隣接するゲノムＤＮＡ、またはイントロンにおいて時折見出されるような内部調節配列は、適切な組織、段階特異的な発現、または疾患状態特異的な発現のために必要とされる配列を含む。
【００３４】
本発明の核酸組成物は、本発明のポリぺプチドの全てまたは一部をコードし得る。２本鎖または１本鎖フラグメントは、従来の方法に従ってオリゴヌクレオチドを化学的に合成すること、制限酵素消化、ＰＣＲ増幅などによって、ＤＮＡ配列から獲得され得る。本発明の単離されたポリヌクレオチドおよびヌクレオチドフラグメントは、配列番号１〜６０１０において示されるようなポリヌクレオチド配列から選択される、少なくとも約１０、約１５、約２０、約３５、約５０、約１００、約１５０〜約２００、約２５０〜約３００、または約３５０の連続するｎｔを含む。大部分について、フラグメントは、少なくとも約１５ｎｔ、通常少なくとも１８ｎｔまたは２５ｎｔ、および少なくとも約５０までの連続するｎｔ長またはそれより長いフラグメントである。好ましい実施形態において、ポリヌクレオチド分子は、配列番号１〜６０１０において示されるポリヌクレオチドからなる群より選択される少なくとも１２ｎｔの連続する配列を含む。
【００３５】
本発明のポリヌクレオチドに特異的なプローブは、配列番号１〜６０１０において開示されるポリヌクレオチド配列を使用して作製され得る。プローブは、好ましくは、配列番号１〜６０１０の対応する連続配列の少なくとも約１２、１５、１６、１８、２０、２２、２４、または２５ｎｔのフラグメントであり、そして２、１、０．５、０．１、または０．０５ｋｂ長未満であり得る。プローブは化学的に合成され得るか、または制限酵素を使用してより長いポリヌクレオチドから作製され得る。プローブは、例えば、放射活性タグ、ビオチン化タグ、または蛍光タグで標識され得る。好ましくは、プローブは、配列番号１〜６０１０のうちの１つのポリヌクレオチドの同定配列に基づいて設計される。より好ましくは、プローブは、配列への低い複雑性をマスクするためのマスキングプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴ）の適用後にマスクされないままである本発明のポリヌクレオチドのうちの１つの連続配列に基づいて設計される（すなわち、マスキングプログラムによって生成されるマスクした配列のポリ−ｎストレッチの外側のポリヌクレオチドによって示されるような、マスクされない領域が選択される）。
【００３６】
本発明のポリヌクレオチドは、一般的にインタクトな染色体以外として、実質的な純度で単離および獲得される。通常、ポリヌクレオチドは、ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかとして、他の天然に存在する核酸配列を実質的に含まないように獲得され、一般に少なくとも約５０％、通常少なくとも約９０％の純度であり、そして代表的に「組換え的」であり、例えば、天然に存在する染色体において通常関係しない１つ以上のヌクレオチドによって隣接される。
【００３７】
本発明のポリヌクレオチドは、直線状の分子として、または環状分子内に提供され得、そして自律的に複製する分子（ベクター）内に、または複製配列を伴わない分子内に提供され得る。ポリヌクレオチドの発現は、それら自身によって、または当該分野において公知の他の調節配列によって調節され得る。本発明のポリヌクレオチドは、当該分野において利用可能な種々の技術（例えば、トランスフェリンポリカチオン媒介性ＤＮＡ移入、裸の核酸またはカプセル化された核酸でのトランスフェクション、リポソーム媒介性のＤＮＡ移入、ＤＮＡコート化ラテックスビーズの細胞内輸送、プロトプラスト融合、ウイルス感染、エレクトロポレーション、遺伝子銃、リン酸カルシウム媒介性のトランスフェクションなど）を使用して適切な宿主細胞に導入され得る。
【００３８】
本発明の核酸組成物は、例えば、ポリペプチドを生成するために、生物学的サンプル（例えば、ヒト細胞の抽出物）中の本発明のｍＲＮＡの検出のためのプローブとして、ポリヌクレオチドのさらなるコピーを作製するために、リボザイムまたはアンチセンスオリゴヌクレオチドを作製するために、および１本鎖ＤＮＡプローブとしてかまたは３本鎖を形成するオリゴヌクレオチドとして、使用され得る。本明細書中に記載されるプローブは、例えば、サンプル中の配列番号１〜６０１０において示されるようなポリヌクレオチド配列またはそれらの改変体の存在または非存在を決定するために使用され得る。これらの用途および他の用途は、以下により詳細に記載される。
【００３９】
（全長のｃＤＮＡ、遺伝子、およびプロモーター領域を得るためのポリヌクレオチドの使用）
１つの実施形態において、ポリヌクレオチドは、巨大な分子を構成するための出発物質として有用である。１つの例において、本発明のポリヌクレオチドは、巨大なポリペプチド（例えば、ネイティブな全長ポリペプチド、およびこのネイティブなポリペプチドの全てまたは一部を含む融合タンパク質まで）をコードするポリヌクレオチドを構成するために使用され得るか、またはポリペプチド（例えば、抗体を生成するのに有用なポリペプチド）のハプテンを生成するために使用され得る。
【００４０】
１つの特定の例において、本発明のポリヌクレオチドは、天然に存在するポリペプチドの全てまたは一部をコードするｃＤＮＡ分子を作成または単離するために使用され得る。開示されるポリヌクレオチドを含有する全長ｃＤＮＡ分子は、以下のように得られる。配列番号１〜６０１０のうちの１つの配列、または少なくとも１２ヌクレオチド、１５ヌクレオチド、１８ヌクレオチド、または２０ヌクレオチドを含有するそれらの部分を有するポリヌクレオチドは、ＵＳＰＮ　５，６５４，１７３号において記載されるようなプローブ設計法、クローニング法、およびクローン選択技術を使用して、ｃＤＮＡライブラリーのハイブリダイズするメンバーを検出するためのハイブリダイゼーションプローブとして使用される。ｃＤＮＡのライブラリーは、正常組織もしくは腫瘍組織のような、選択された組織から、または例えば、薬剤で処置された哺乳動物の組織から作製される。好ましくは、組織は、本発明のポリヌクレオチドが単離された組織と同一である。なぜなら、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドおよびｃＤＮＡの両方が、発現される遺伝子を示すからである。最も好ましくは、ｃＤＮＡライブラリーは、実施例において本明細書中に記載される生物学的材料から作製される。ライブラリー構築のための細胞型の選択は、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされるタンパク質の正体が知られた後でなされ得る。このことは、どの組織および細胞型が関連する遺伝子を発現するようであるかを示し、従って、ｃＤＮＡを作製するためのｍＲＮＡに適切な供給源を示す。提供されるポリヌクレオチドがｃＤＮＡライブラリーから単離される場合、ライブラリーはヒト結腸細胞、より好ましくはヒト結腸癌細胞のｍＲＮＡ、さらにより好ましくは非常に転移性の結腸細胞であるＫｍ１２Ｌ４−Ａから調製される。
【００４１】
核酸配列ライブラリーを生成およびプローブするための技術が、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ、第２版、（１９８９）Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹにおいて記載される。ｃＤＮＡは、配列番号１〜６０１０の配列を含むポリヌクレオチドに基づくプライマーを使用することによって調製され得る。１つの実施形態において、ｃＤＮＡライブラリーは、ポリアデニル化ｍＲＮＡのみから作製され得る。従って、ポリ−Ｔプライマーが、ｍＲＮＡからｃＤＮＡを調製するために使用され得る。
【００４２】
提供されるポリヌクレオチドよりも大きく、かつ好ましくはネイティブなメッセージの完全なコード配列を含むライブラリーのメンバーが得られる。ｃＤＮＡ全体が得られたことを確認するために、ＲＮＡプロテクション実験が以下のように行われる。ｍＲＮＡへの全長ｃＤＮＡのハイブリダイゼーションは、ＲＮＡａｓｅ分解からＲＮＡを保護する。ｃＤＮＡが全長でない場合、ハイブリダイズしないｍＲＮＡの部分はＲＮａｓｅ分解に供される。これは、当該分野において公知であるように、ポリアクリルアミドゲルにおける電気泳動移動度の変化によってか、または放出されるモノリボヌクレオチドの検出によってアッセイされる。Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ、第２版、（１９８９）Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ。部分的ｃＤＮＡの末端に対して５’のさらなる配列を得るために、５’ＲＡＣＥ（ＰＣＲ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ　Ｇｕｉｄｅ　ｔｏ　Ｍｅｔｈｏｄｓ　ａｎｄ　Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ、（１９９０）Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．）が行われ得る。
【００４３】
全長ｃＤＮＡの単離に類似の様式において、提供されるポリヌクレオチドを用いて、ゲノムＤＮＡを単離する。手短には、この提供されるポリヌクレオチド、またはその部分は、ゲノムＤＮＡのライブラリーに対するプローブとして使用される。好ましくは、このライブラリーは、本発明のポリヌクレオチドを生成するために使用された細胞型から得られる。しかし、これは必須ではない。最も好ましくは、このゲノムＤＮＡは、本明細書中の実施例に記載される生物学的材料から得られる。このようなライブラリーは、ゲノムの大きなセグメントを運ぶのに適したベクター（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出、９．４−９．３０に詳細に記載されるようなＰ１またはＹＡＣ）に存在し得る。さらに、ゲノム配列は、ヒトＢＡＣライブラリーから単離され得る。これは、例えば、Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ，Ａｌａｂａｍａ，ＵＳＡより市販されている。さらなる５’配列または３’配列を得るために、Ｓａｍｂｒｏｏｋらに記載されるように、染色体ウォーキングが実行され、その結果、ゲノムＤＮＡの隣接フラグメントおよび重複フラグメントが単離される。これらは、当該分野で公知のように、制限消化酵素およびＤＮＡリガーゼを使用して、マッピングおよびつなぎ合わされる。
【００４４】
本発明のポリヌクレオチド配列を使用して、対応する全長遺伝子が、ｃＤＮＡライブラリーを構築およびプローブするための古典的な方法およびＰＣＲ法の両方を使用して単離され得る。いずれかの方法を使用する場合、好ましくは、ノーザンブロットを多くの細胞型において実行して、どの細胞株が最も高いレベルで目的の遺伝子を発現するのかを決定する。ｃＤＮＡライブラリーを構築する古典的な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）に教示される。これらの方法を用いて、ｃＤＮＡは、ｍＲＮＡから生成され得、そしてウイルスベクターまたは発現ベクターに挿入され得る。代表的には、ポリ（Ａ）テールを含むｍＲＮＡのライブラリーは、ポリ（Ｔ）プライマーを用いて生成され得る。同様に、ｃＤＮＡライブラリーは、本発明の配列をプライマーとして使用して、生成され得る。
【００４５】
ＰＣＲ法は、所望の挿入物を含むｃＤＮＡライブラリーのメンバーを増幅するために使用される。この場合において、所望される挿入物は、本発明のポリヌクレオチドに対応する全長ｃＤＮＡ由来の配列を含む。このようなＰＣＲ法は、遺伝子トラッピングおよびＲＡＣＥ法を含む。遺伝子トラッピングは、ｃＤＮＡライブラリーのメンバーをベクターに挿入することを必要とする。次いで、このベクターを変性させ、一本鎖分子を生成する。次に、基質結合プローブ（例えば、ビオチン化オリゴ）は、目的のｃＤＮＡ挿入物をトラップするために使用される。ビオチン化プローブは、アビジン結合固体基材に連結され得る。ＰＣＲ法は、このトラップしたｃＤＮＡを増幅するために使用され得る。全長の遺伝子に対応する配列をトラップするために、標識化プローブ配列は、本発明のポリヌクレオチド配列に基づく。ライブラリーベクターに対して特異的なランダムプライマーは、このトラップしたｃＤＮＡを増幅するために使用され得る。このような遺伝子トラッピング技術は、Ｇｒｕｂｅｒら、ＷＯ　９５／０４７４５およびＧｒｕｂｅｒら、米国特許第５，５００，３５６号に記載される。遺伝子トラッピング実験を実施するためのキットは、市販されている（例えば、Ｌｉｆｅ　Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，Ｍａｒｙｌａｎｄ，ＵＳＡより）。
【００４６】
「ｃＤＮＡ末端の迅速な増幅（ｒａｐｉｄ　ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｃＤＮＡ　ｅｎｄｓ）」、すなわちＲＡＣＥは、多数の異なるＲＮＡからｃＤＮＡを増幅するＰＣＲ法である。このｃＤＮＡを、オリゴヌクレオチドリンカーに結合させ、そして２つのプライマーを用いてＰＣＲによって増幅する。１つのプライマーは、本発明のポリヌクレオチド由来の配列に基づき、このために、全長配列が所望される。そして２つめのプライマーは、ｃＤＮＡを増幅するためのオリゴヌクレオチドリンカーとハイブリダイズする配列を含む。この方法の説明は、ＷＯ　９７／１９１１０に報告される。ＲＡＣＥの好ましい実施形態において、一般のプライマーは、ｃＤＮＡ末端に連結される任意のアダプター配列とアニールするために設計される（ＡｐｔｅおよびＳｉｅｂｅｒｔ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９９３）１５：８９０−８９３；Ｅｄｗａｒｄｓら、Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９９１）１９：５２２７−５２３２）。単一の遺伝子特異的ＲＡＣＥプライマーが、一般のプライマーと対になる場合、単一の遺伝子特異的プライマーと一般のプライマーとの間で配列の優先的な増幅が起こる。ＲＡＣＥにおける使用のために改変された市販のｃＤＮＡプールが利用可能である。
【００４７】
別のＰＣＲに基づく方法は、ｃＤＮＡ配列の特定の情報を必要とせず、固定化末端を有する全長のｃＤＮＡライブラリーを産生する。この方法は、ロック−ドッキングプライマー（Ｉ−ＶＩ）（ここで、１つのプライマーであるポリＴＶ（Ｉ−ＩＩＩ）は、第１鎖の合成を生じる真核生物のｍＲＮＡのポリＡテールにわたって固定し、そして第２のプライマーであるポリＧＨ（ＩＶ−ＶＩ）は、末端デオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ（ＴｄＴ）により付加されるポリＣテール上に固定する）を使用する（例えば、ＷＯ９６／４０９９８を参照のこと）。
【００４８】
遺伝子のプロモーター領域は、一般に、ＲＮＡポリメラーゼＩＩのための開始部位に対して５’側に位置する。数百のプロモーター領域は、「ＴＡＴＡ」ボックス（例えば、ＴＡＴＴＡまたはＴＡＴＡＡのような配列）を含み、これは、変異に対して感受性である。プロモーター領域は、遺伝子のコード領域由来のプライマーを使用する５’ＲＡＣＥの実施により得られ得る。あるいは、ｃＤＮＡは、ゲノム配列についてのプローブとして使用され得、そしてコード領域に対して５’側の領域は「ウォーキングアップ」により同定される。遺伝子が高度に発現されるか、または差次的に発現される場合、この遺伝子由来のプロモーターは、異種遺伝子に対する調節構築物において有用であり得る。
【００４９】
一旦、全長のｃＤＮＡまたは遺伝子が得られたならば、改変体をコードするＤＮＡは、部位特異的変異誘発により調製され得る（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１５．３−１５．６３に詳細に記載される）。置換されるコドンまたはヌクレオチドの選択は、タンパク質の構造および／または機能の変化を達成するために、アミノ酸における必要に応じた変化についての本明細書中の開示に基づき得る。
【００５０】
生物学的材料由来のＤＮＡまたはＲＮＡを得るための代替方法として、本発明の１つ以上のポリヌクレオチドの配列を有するヌクレオチドを含む核酸が、合成され得る。従って、本発明は、１つ以上の生物学的操作（核酸分子の複製および発現を含む）に適する１５ヌクレオチド長（配列番号１〜６０１０のうちの１つの、少なくとも１５の連続するヌクレオチドに対応する）から最大長までの範囲である核酸分子を含む。本発明は、以下を含むがこれらに限定されない：（ａ）完全な遺伝子のサイズを有し、かつ配列番号１〜６０１０の少なくとも１つを含む核酸；（ｂ）少なくとも１つのさらなる遺伝子もまた含み、融合タンパク質の発現を可能にするために作動可能に連結される（ａ）の核酸；（ｃ）（ａ）または（ｂ）を含む発現ベクター；（ｄ）（ａ）または（ｂ）を含むプラスミド；および（ｅ）（ａ）または（ｂ）を含む組換えウイルス粒子。一旦、本明細書中に開示されるポリヌクレオチドが提供されれば、（ａ）〜（ｅ）の構築および調製は、当業者に周知である。
【００５１】
配列番号１〜６０１０の少なくともいずれか１つの、少なくとも１５の連続するヌクレオチドを含む核酸配列、好ましくは配列番号１〜６０１０の少なくともいずれか１つの全体配列を含む核酸配列は、これに限定されないが、Ａ、Ｔ、Ｇ、および／またはＣ（ＤＮＡに関して）ならびにＡ、Ｕ、Ｇ、および／またはＣ（ＲＮＡに関して）のいずれかの配列、あるいはそれらの改変された塩基（イノシンおよびプソイドウリジンを含む）であり得る。配列の選択は、所望される機能に基づき、そして所望されるコード領域、所望されるイントロン様領域、および所望される調節領域によって決定され得る。配列番号１〜６０１０のいずれか１つの全体配列が核酸内に存在する場合、得られる核酸は、本明細書中において配列番号１〜６０１０のいずれか１つの配列を含むポリヌクレオチドと呼ばれる。
【００５２】
（全長ｃＤＮＡまたは全長遺伝子によりコードされるポリペプチドの発現）
提供されるポリヌクレオチド（例えば、配列番号１〜６０１０の１つの配列を有するポリヌクレオチド）、対応するｃＤＮＡ、または全長の遺伝子は、部分的な遺伝子産物または完全な遺伝子産物を発現するために使用される。配列番号１〜６０１０の配列を有するポリヌクレオチドの構築物はまた、合成されて生じ得る。あるいは、オリゴデオキシリボヌクレオチドの多数のメンバー由来の遺伝子およびプラスミド全体の単段階アセンブリは、例えば、Ｓｔｅｍｍｅｒら、Ｇｅｎｅ（Ａｍｓｔｅｒｄａｍ）（１９９５）１６４（１）：４９−５３によって記載される。本方法において、アセンブリＰＣＲ（オリゴデオキシリボヌクレオチド（オリゴ）の多数のメンバー由来の長いＤＮＡ配列の合成）が記載される。この方法は、ＤＮＡシャッフリング（Ｓｔｅｍｍｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ（１９９４）３７０：３８９−３９１）に由来し、そしてＤＮＡリガーゼに依存しないが、代わりにアセンブリプロセスの間に、より長いＤＮＡフラグメントをますます構築するためのＤＮＡポリメラーゼに依存する。
【００５３】
適切なポリヌクレオチド構築物は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ，第２版、（１９８９）Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹに記載される標準的組換えＤＮＡ技術を用いて、および、Ｕｎｉｔｅｄ　Ｓｔａｔｅｓ　Ｄｅｐｔ．ｏｆ　ＨＨＳ，Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　ｏｆ　Ｈｅａｌｔｈ（ＮＩＨ）Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ　ｆｏｒ　Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ　ＤＮＡ　Ｒｅｓｅａｒｃｈに記載されるような現行の規則の下で、精製される。本発明のポリヌクレオチドによりコードされる遺伝子産物は、いずれかの発現系（例えば、細菌、酵母、昆虫、両生類および哺乳動物系を含む）において発現される。ベクター、宿主細胞、およびそれらにおいて発現を得るための方法は、当該分野で周知である。適切なベクターおよび宿主細胞は、米国特許第５，６５４，１７３号に記載される。
【００５４】
本明細書に提供されるポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド分子は、一般に、ベクター中にこの分子を配置することによって増殖される。ウイルスおよび非ウイルスベクター（プラスミドを含む）が使用される。プラスミドの選択は、増殖が所望される細胞型および増殖の目的に依存する。特定のベクターが、大量の所望のＤＮＡ配列を増幅および作製するために有用である。他のベクターは、培養中の細胞における発現に適切である。さらなる他のベクターは、動物全体またはヒトの細胞における転移および発現に適切である。適切なベクターの選択は、十分に当該分野の範囲内である。多くのこのようなベクターは、市販されている。所望の配列を含むベクターの調製のための方法は、当該分野で周知である。
【００５５】
配列番号１〜６０１０に記載のポリヌクレオチドまたはそれらの対応する全長ポリヌクレオチドは、所望の発現特性を得るために適切なように、調節配列に連結される。これらは、プロモーター（センス鎖の５’末端またはアンチセンス鎖の３’末端のいずれかで付着される）、エンハンサー、ターミネーター、オペレーター、リプレッサー、およびインデューサーを含み得る。プロモーターは、調節され得るか、または構成性であり得る。いくつかの状況では、条件的活性プロモーター（例えば、組織特異的プロモーターまたは発生期特異的プロモーター）を使用することが望ましくあり得る。これらは、ベクターへの連結のために上述した技術を使用して、所望のヌクレオチド配列に連結される。当該分野で公知の任意の技術が用いられ得る。
【００５６】
上記の宿主細胞のいずれか、または他の適切な宿主細胞または生物が、本発明のポリヌクレオチドまたは核酸を複製し、かつ／または発現させるために用いられる場合、得られる複製された核酸、ＲＮＡ、発現されたタンパク質またはポリペプチドは、宿主細胞または生物の産物として、本発明の範囲内にある。この産物は、当該分野で公知の任意の適切な手段によって回収される。
【００５７】
一旦、選択されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子が同定されると、その発現は、その遺伝子がネイティブである細胞において調節され得る。例えば、細胞の内因性遺伝子は、米国特許第５，６４１，６７０号に開示されるように外因性調節配列によって調節され得る。
【００５８】
（機能的モチーフおよび構造的モチーフの同定）
提供されたポリヌクレオチド、ｃＤＮＡ、または完全遺伝子のヌクレオチド配列の翻訳物を、個々の既知配列と整列し得る。個々の配列との類似性が、本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドの活性を決定するために使用され得る。また、１つより多い個々の配列との類似性を示す配列は、個々の配列のいずれか、または両方に特徴的な活性を示し得る。
【００５９】
最も近い隣接物のポリヌクレオチド配列の全長配列およびフラグメントは、提供されたポリヌクレオチドに対応する全長配列を同定し、そして単離するためのプローブおよびプライマーとして使用され得る。この最も近い隣接物は、提供されたポリヌクレオチドに対応する全長配列のためのライブラリーを構築するために使用され得る組織または細胞型を示し得る。
【００６０】
代表的には、選択されたポリヌクレオチドは、個々の配列との最良の整列を決定するために、６つ全てのフレームで翻訳される。配列表において本明細書中に開示された配列は、５’から３’への方向であり、そして３つのフレームでの翻訳で十分であり得る（実施例に記載のような少数の特定の例外はあるが）。これらのアミノ酸配列を、一般に、「問い合わせ（ｑｕｅｒｙ）配列」と称し、これは、個々の配列と整列される。個々の配列を有するデータベースは、「Ｃｏｍｐｕｔｅｒ　Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｆｏｒ　Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ａｎａｌｙｓｉｓ」　Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９９６）２６６、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．ａ　ｄｉｖｉｓｉｏｎ　ｏｆ　Ｈａｒｃｏｕｒｔ　Ｂｒａｃｅ　＆　Ｃｏ．，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡに記載されている。データベースとしては、Ｇｅｎｂａｎｋ、ＥＭＢＬ、およびＤＮＡ　Ｄａｔａｂａｓｅ　ｏｆ　Ｊａｐａｎ（ＤＤＢＪ）が挙げられる。
【００６１】
問い合わせ配列および個々の配列は、上記の方法およびコンピュータープログラムを用いて整列され得、そしてＢＬＡＳＴ２．０（Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｆｏｒ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（これは、Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｌｉｂｒａｒｙ　ｏｆ　Ｍｅｄｉｃｉｎｅ　ａｎｄ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ　ｏｆ　Ｈｅａｌｔｈに支持される）によって支持されるサイトにおいてワールドワイドウェブで利用可能）を含む。Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２もまた参照のこと。別の整列アルゴリズムは、Ｆａｓｔａ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ　Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ　Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）パッケージで利用可能、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ、Ｏｘｆｏｒｄ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｇｒｏｕｐ、Ｉｎｃ．の完全所有子会社）である。整列のための他の技術は、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、前出に記載される。好ましくは、配列中のギャップを可能にする整列プログラムが、配列を整列させるために利用される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎは、配列整列中のギャップを可能にするアルゴリズムの１つの型である。Ｍｅｔｈ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９７）７０：１７３−１８７を参照のこと。また、ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ整列法を用いるＧＡＰプログラムが、配列を整列させるために利用され得る。代替的検索ストラテジーは、ＭＰＳＲＣＨソフトウェアを使用する。これは、ＭＡＳＰＡＲコンピューターで実行する。ＭＰＳＲＣＨは、大規模並行コンピューターにおいて配列をスコア付けするためにＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用する。このアプローチは、遠くに関連付けられた一致物である配列を同定する能力を改善し、そして小さなギャップおよびヌクレオチド配列誤差に特に寛容である。提供されたポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列は、タンパク質データベースおよびＤＮＡデータベースの両方を検索するために使用され得る。ＤＮＡ配列データベースまたはタンパク質配列データベース（特許データベース（例えば、ＧｅｎｅＳｅｑ）を含む）のいずれかにより、本出願の出願日当時に公になった全ての配列は、本明細書中に参考として援用される。本出願の出願日当時にこれらのデータベースに寄託されたが、本出願の出願日以降ずっと公にならなかった配列もまた、本明細書中に参考として援用される。
【００６２】
個々の配列および問い合わせ配列の整列の結果は、高い類似性、弱い類似性、および類似性なしの３つのカテゴリーに分けられ得る。高い類似性から弱い類似性までの範囲の個々の整列結果は、ポリペプチド活性および／または構造を決定するための基礎を提供する。個々の結果をカテゴライズするためのパラメーターは、以下を含む：最も強い整列が見出される整列領域長の百分率、配列同一性パーセント、およびｐ値。整列領域長の百分率は、最も強い整列の領域（例えば、整列した問い合わせ配列の対応する領域の残基と同一である最も多くの数の残基を含む個々の配列の連続的な領域）において見出された個々の配列の残基数を計数することによって算定される。この数を、問い合わせ配列の全残基長で割って、百分率を算定する。例えば、２０アミノ酸残基の問い合わせ配列を、個々の配列の２０アミノ酸領域と整列し得る。個々の配列は、問い合わせ配列のアミノ酸残基５、９〜１５、および１７〜１９に同一であり得る。従って、最も強い整列の領域は、残基９〜１９に伸長する領域である１１アミノ酸ストレッチである。整列領域長の百分率は、以下の通りである：１１（最も強い整列の領域の長さ）を２０（問い合わせ配列の長さ）で割ったもの、すなわち５５％。
【００６３】
配列同一性パーセントは、問い合わせ配列と個々の配列との間のアミノ酸一致の数を計数し、そして一致の総数を、最も強い整列の領域において見出された個々の配列の残基数で割ることによって算定される。従って、上記の例における同一性パーセントは、１０の一致を１１のアミノ酸で割ったもの、すなわち約９０．９％である。
【００６４】
ｐ値は、整列が偶然に生じた確率である。単整列については、ｐ値は、Ｋａｒｌｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９０）８７：２２６４およびＫａｒｌｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９３）９０に従って算定され得る。同じ問い合わせ配列を用いる多重整列のｐ値は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．（１９９４）６：１１９に記載の発見的アプローチを用いて算定され得る。ＢＬＡＳＴプログラムのような整列プログラムがｐ値を算定し得る。Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２もまた参照のこと。
【００６５】
同一性または類似性を決定することについて考慮する別の因子は、類似性または同一性の位置選定である。強い局所的な整列は、たとえ整列の長さが短かったとしても、類似であることを示し得る。問い合わせ配列の長さ全体にわたって分散された配列の同一性もまた、問い合わせ配列とプロフィール配列との間で類似であることを示し得る。配列が整列する領域の境界は、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、前出；ＢＬＡＳＴ２．０（例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２を参照のこと）もしくはＦＡＳＴプログラムに従って；または配列同一性が最も高い領域を決定することによって、決定され得る。
【００６６】
（高類似性）
一般に、高類似性であるとみなされる整列結果では、整列領域長のパーセントは、代表的には、問い合わせ配列の全長の少なくとも約５５％；より代表的には、少なくとも約５８％；なおより代表的には、問い合わせ配列の全残基長の少なくとも約６０％である。通常、整列領域の長さのパーセントは、約６２％程度の多さ；より通常には、約６４％程度の多さ；なおより通常には、約６６％程度の多さであり得る。さらに、高類似性について、整列の領域は、代表的には、少なくとも約７５％の配列同一性；より代表的には、少なくとも約７８％；なおより代表的には、少なくとも約８０％の配列同一性を示す。通常、配列同一性パーセントは、約８２％程度の多さ；より通常には、約８４％程度の多さ；なおより通常には、約８６％程度の多さであり得る。
【００６７】
ｐ値は、これらの方法と組み合わせて使用される。高類似性が見出された場合、問い合わせ配列は、プロフィール配列と高い類似性を有するとみなされ、この場合、ｐ値は、約１０−２以下であり；より通常には、約１０−３以下であり；ずっとより通常には、約１０−４以下である。より代表的には、問い合わせ配列が類似性が高いとみなされるには、ｐ値は、約１０−５を超えず；より代表的には、約１０−１０以下であり；ずっとより代表的には、約１０−１５以下である。
【００６８】
（弱類似性）
一般に、アライアメント結果が弱類似性であるとみなされる場合、アライアメント領域の長さの最少のパーセントも、アライアメントの最少の長さも存在しない。アライアメントの領域が、代表的には、少なくとも約１５アミノ酸残基長；より代表的には、少なくとも約２０；さらにより代表的には、少なくとも約２５アミノ酸残基長である場合、弱類似性をより良好に示すとみなされる。通常、アライアメント領域の長さは、約３０アミノ酸残基程度の多さ；より通常には、約４０程度の多さ；ずっとより通常には、約６０アミノ酸残基程度の多さであり得る。さらに、弱類似性について、アライアメントの領域は、代表的には、少なくとも約３５％の配列同一性；より代表的には、少なくとも約４０％；よりずっと代表的には、少なくとも約４５％の配列同一性を示す。通常、配列同一性パーセントは、約５０％程度の多さ；より通常には、約５５％程度の多さ；さらにより通常には、約６０％程度の多さであり得る。
【００６９】
低類似性が見出された場合、問い合わせ配列は、プロフィール配列と弱類似性を有するとみなされ、この場合、ｐ値が通常約１０−２以下であり；より通常には、約１０−３以下であり；ずっとより通常には、約１０−４以下である。より代表的には、問い合わせ配列が弱類似性であるとみなされるには、ｐ値は、約１０−５を超えず；より代表的には、約１０−１０以下であり；ずっとより代表的には、約１０−１５以下である。
【００７０】
（配列同一性のみにより決定された類似性）
配列同一性は、単独で、個々の配列に対する問い合わせ配列の類似性を決定するために使用され得、そして配列の活性を示し得る。このようなアライアメントは、好ましくは、配列を整列するためにギャップを許容する。代表的には、問い合わせ配列は、問い合わせ配列全体にわたる配列同一性が、少なくとも約１５％；より代表的には、少なくとも約２０％；ずっとより代表的には、少なくとも約２５％；さらにより代表的には、少なくとも約５０％である場合、プロフィール配列に関連がある。配列同一性は、単独で、類似性の尺度として、問い合わせ配列が、通常、少なくとも８０残基長；より通常には９０残基；よりずっと通常には、９５アミノ酸残基長である場合、最も有用である。より代表的には、問い合わせ配列が、好ましくは１００残基長；より好ましくは１２０残基長；よりずっと好ましくは、１５０アミノ酸残基長である場合、配列同一性のみに基づいて、類似性が決定され得る。
【００７１】
（プロフィールおよび多重アライアメント配列とのアライアメント）
提供されたポリヌクレオチドの翻訳は、タンパク質ファミリーまたは共通モチーフのいずれかを規定するアミノ酸プロフィールと整列され得る。また、提供されたポリヌクレオチドの翻訳は、タンパク質ファミリーまたはモチーフのメンバーのポリペプチド配列を含む多重配列アライアメント（ＭＳＡ）に対して整列され得る。プロフィール配列またはＭＳＡとの類似性または同一性は、提供されたポリヌクレオチドまたは対応するｃＤＮＡもしくは遺伝子によりコードされる遺伝子産物（例えば、ポリペプチド）の活性を決定するために使用され得る。例えば、ケモカインプロフィールまたはＭＳＡとの同一性または類似性を示す配列は、ケモカイン活性を呈示し得る。
【００７２】
プロフィールは、（１）ＭＳＡ（ファミリーに属するメンバーのアミノ酸配列のアライアメントである）を作製し、そして（２）アライアメントの統計的表示を作成することによって、手動で設計され得る。このような方法は、例えば、Ｂｉｒｎｅｙら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ　Ｒｅｓ．（１９９６）２４（１４）：２７３０−２７３９において記載される。いくつかのタンパク質ファミリーおよびモチーフのＭＳＡは、公的に入手可能である。例えば、ｔｈｗ　Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　Ｓｃｈｏｏｌ　ｏｆ　ＭｅｄｉｃｉｎｅのＧｅｎｏｍｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　Ｃｅｎｔｅｒは、５４７の異なるファミリーおよびモチーフのＭＳＡを提供するウェブセット（Ｐｆａｍ）を提供する。これらのＭＳＡは、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９７）２８：４０５−４２０にも記載される。ワールドワイドウェブにわたる他の供給源は、Ｅｕｒｏｐｅａｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）により支持されるサイトを含む。これらのＭＳＡの簡単な説明は、Ｐａｓｃａｒｅｌｌａら、Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９（３）：２４９−２５１に報告されている。ＭＳＡからのプロフィール構築のための技術は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら、前出；Ｂｉｒｎｅｙら、前出；および「Ｃｏｍｐｕｔｅｒ　Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｆｏｒ　Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｉｎ　Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９９６）２６６、Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡに記載されている。
【００７３】
問い合わせ配列とタンパク質ファミリーまたはモチーフとの間の類似性は、（ａ）プロフィールに対して問い合わせ配列を比較することおよび／または（ｂ）問い合わせ配列をファミリーもしくはモチーフのメンバーと整列することによって決定され得る。代表的には、Ｓｅａｒｃｈｗｉｓｅのようなプログラムは、問い合わせ配列を、多重アライアメント（プロフィールとしてもまた公知である）の統計的表示に対して比較するために使用される（Ｂｉｒｎｅｙら、前出を参照のこと）。配列およびプロフィールを比較するための他の技術は、Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒら（前出）およびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ（前出）において記載される。
【００７４】
次に、Ｆｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（１９８７）２５：３５１およびＨｉｇｇｉｎｓら、ＣＡＢＩＯＳ（１９８９）５：１５１により記載された方法が、問い合わせ配列をファミリーもしくはモチーフのメンバー（ＭＳＡとしてもまた公知である）と整列させるために使用され得る。配列アライアメントは、様々なソフトウェアツールのいずれかを使用して作製され得る。例としては、ＰｉｌｅＵｐが挙げられ、これは、多重配列アライアメントを作製し、そしてＦｅｎｇら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．（１９８７）２５：３５１に記載される。別の方法であるＧＡＰは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９７０）４８：４４３のアライアメント方法を使用する。ＧＡＰは、全体的な配列のアライアメントのために最も適切である。第３の方法であるＢｅｓｔＦｉｔは、Ｓｍｉｔｈら、Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．（１９８１）２：４８２の局所相同性アルゴリズムを使用して、一致数を最大化するためのギャップを挿入することによって機能する。一般に、以下の要因が、問い合わせ配列とプロフィールまたはＭＳＡの類似性が存在するか否かを決定するために使用される：（１）問い合わせ配列中に見出された保存残基の数、（２）問い合わせ配列中に見出された保存残基のパーセント、（３）フレームシフトの数、および（４）保存残基間の間隔。
【００７５】
配列を翻訳しそしてアラインすることの両方を行ういくつかのアライメントプログラムは、最良のアライメントを作成するためのヌクレオチド配列を翻訳する場合、任意の数のフレームシフトを作成し得る。アライメントを作成するために必要とされるフレームシフトが少ないほど、問い合わせとプロフィールまたはＭＳＡとの間の類似性または同一性はより強くなる。例えば、フレームシフトなしから得られる弱い類似性は、２つのフレームシフトから得られる強い類似性より問い合わせ配列の活性または構造のより良い指標であり得る。好ましくは、３以下のフレームがアライメントにおいて見出され；より好ましくは、２以下のフレームシフトが；さらにより好ましくは、１つ以下のフレームシフトが；なお好ましくは、フレームシフトのないことが、問い合わせおよびプロフィールまたはＭＳＡのアライメントにおいて見出される。
【００７６】
保存された残基は、ファミリーまたはモチーフメンバーの全てまたはいくつかにおいて、特定の位置で見出されるアミノ酸である。あるいは、特定のクラスのアミノ酸だけが、ファミリーのメンバーの全てまたはいくつかにおいて、特定の位置で見出される場合、位置は、保存されたと考えられる。例えば、Ｎ末端位は、リジン、アルギニン、またはヒスチジンのような正に荷電したアミノ酸を含み得る。
【００７７】
代表的には、ポリペプチドの残基は、アミノ酸のクラスまたは単一のアミノ酸が、特定の位置において、全てのクラスのメンバーの少なくとも約４０％；より代表的には、少なくとも約５０％；なおより代表的には、メンバーの少なくとも約６０％で見出される場合、保存されている。通常、クラスまたは単一のアミノ酸が、ファミリーまたはモチーフのメンバーの少なくとも約７０％；より通常には、少なくとも約８０％；なおより通常には、少なくとも約９０％；さらにより通常には、少なくとも約９５％で見出される場合、残基は、保存されている。
【００７８】
３つの関連していないアミノ酸；より通常には、２つの関連していないアミノ酸が、メンバーのいくつかまたは全てにおける、特定の位置で見出される場合、残基は保存されていると考えられる。関連していないアミノ酸が、クラスの全てのメンバーの少なくとも約４０％；より代表的には、少なくとも約５０％；なおより代表的には、メンバーの少なくとも約６０％中の、特定の位置で見出される場合、これらの残基は、保存されている。通常、クラスまたは単一のアミノ酸が、ファミリーまたはモチーフのメンバーの少なくとも約７０％；より通常には、少なくとも約８０％；なおより通常には、少なくとも約９０％；なおより通常には、少なくとも約９５％で見出される場合、残基は、保存されている。
【００７９】
問い合わせ配列が、プロフィールまたはＭＳＡの保存された残基の少なくとも約２５％；より通常には、少なくとも約３０％；なおより通常には、少なくとも約４０％を含む場合、問い合わせ配列は、プロフィールまたはＭＳＡと類似性を有する。代表的には、問い合わせ配列が、プロフィールまたはＭＳＡの保存された残基の少なくとも約４５％；より代表的には、少なくとも約５０％；なおより代表的には、少なくとも約５５％を含む場合、問い合わせ配列は、プロフィール配列またはＭＳＡにより強い類似性を有する。
【００８０】
（分泌性ポリぺプチドおよび膜結合性ポリぺプチドの同定）
本発明の分泌性ポリぺプチドおよび膜結合性ポリぺプチドの両方は、特に重要である。例えば、分泌性ポリぺプチドのレベルは、都合のよい体液（例えば、血液、血漿、血清、ならびに尿、前立腺液および精液のような他の体液）においてアッセイされ得る。膜結合性ポリぺプチドは、ワクチン抗原を構築するためにまたは免疫応答を誘発するために有用である。このような抗原は、膜結合性ポリぺプチドの細胞外領域の全てまたは部分を含む。分泌性ポリぺプチドおよび膜結合性ポリぺプチドの両方は、連続する疎水性アミノ酸のフラグメントを含むので、疎水性を予測するアルゴリズムが、このようなポリぺプチドを同定するために使用され得る。
【００８１】
シグナル配列は通常、細胞の表面にポリぺプチドを指向するために、分泌性ポリぺプチドおよび膜結合性ポリぺプチドの両方によってコードされる。シグナル配列は通常、疎水性残基のストレッチを含む。このようなシグナル配列は、らせん構造に折畳まれ得る。膜結合性のポリぺプチドは代表的に、膜を横切り得る疎水性アミノ酸のストレッチを保有する少なくとも１つの膜貫通領域を含む。いくつかの膜貫通領域はまた、らせん構造を示す。ポリぺプチド内の疎水性フラグメントは、コンピュータアルゴリズムを使用することによって同定され得る。このようなアルゴリズムとしては、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８１）８：３８２４−３８２８；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９８２）１５７：１０５−１３２；およびＲＡＯＡＲアルゴリズム、Ｄｅｇｌｉ　Ｅｓｐｏｓｔｉら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９０）１９０：２０７−２１９が挙げられる。
【００８２】
分泌性ポリぺプチドおよび膜結合性ポリぺプチドを同定する別の方法は、全部の６フレームにおいて本発明のポリヌクレオチドを翻訳し、そして少なくとも８個の連続する疎水性アミノ酸が存在するか否かを決定することである。少なくとも８個の；より代表的には、１０個の；さらにより代表的には、１２個の連続する疎水性アミノ酸を有するこれらの翻訳されたポリぺプチドは、推定の分泌性ポリぺプチドまたは膜結合性ポリぺプチドのいずれかであることが考慮される。疎水性アミノ酸としては、アラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン、およびバリンが挙げられる。
【００８３】
（全長遺伝子の発現産物の機能の同定）
リボザイム、アンチセンス構築物、およびドミナントネガティブ変異体が、本明細書中で提供されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現産物の機能を決定するために使用され得る。これらの方法および組成物は特に、提供される新規なポリヌクレオチドが公知の機能の遺伝子をコードする配列に有意なおよび実質的な相同性を示さない場合、有用である。アンチセンス分子およびリボザイムは、合成ポリヌクレオチドから構築され得る。代表的に、オリゴヌクレオチド合成のホスホルアミダイト法が使用される。Ｂｅａｕｃａｇｅら、Ｔｅｔ．Ｌｅｔｔ．（１９８１）２２：１８５９および米国特許第４，６６８，７７７号を参照のこと。合成のための自動化装置が、この化学薬品を使用してオリゴヌクレオチドを合成するために利用可能である。このような装置の例としては、Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ　ａ　ｄｉｖｉｓｉｏｎ　ｏｆ　Ｐｅｒｋｉｎ　Ｅｌｍｅｒ　Ｃｏｒｐ．、Ｆｏｓｔｅｒ　Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡによるＢｉｏｓｅａｒｃｈ　８６００．３９２および３９４型；ならびにＰｅｒｃｅｐｔｉｖｅ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ、ＵＳＡによるＥｘｐｅｄｉｔｅが挙げられる。合成ＲＮＡ、リン酸アナログオリゴヌクレオチド、および化学的に誘導体化されたオリゴヌクレオチドがまた生成され得、そして他の分子に共有結合的に付着され得る。ＲＮＡオリゴヌクレオチドが、例えば、ＲＮＡホスホルアミダイトを使用して合成され得る。この方法は、Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、３９２および３９４型、Ｆｏｓｔｅｒ　Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ　ＵＳＡのような自動化合成器において行われ得る。
【００８４】
ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドもまた、アンチセンス構築のために合成され得る。硫黄化試薬（例えば、アセトニトリル中のテトラエチルチウラム（ｔｈｉｒａｕｍ）ジスルフィド（ＴＥＴＤ）が、室温で１５分間以内でヌクレオチド間のシアノエチル亜リン酸エステルをホスホロチオエートトリエステルに変換するために使用され得る。ＴＥＴＤは、インドール試薬に置換されるが、標準的なホスホルアミダイト化学に使用される他の試薬は同じままである。このような合成法は、例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｏｄｅｌ　３９２およびＭｏｄｅｌ　３９４を使用して自動化され得る。
【００８５】
２００ヌクレオチドまでの、より代表的に、１００ヌクレオチド、より代表的に５０ヌクレオチド；さらにより代表的に３０〜４０ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドが合成され得る。これらの合成フラグメントは、より大きなフラグメントを構築するためにアニールされ得、そして一緒に連結され得る。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、前出を参照のこと。トランス切断化触媒ＲＮＡ（リボザイム）は、エンドヌクレアーゼ活性を保有するＲＮＡ分子である。リボザイムは、特定の標的に対して特異的に設計され、そして標的メッセージは特異的なヌクレオチド配列を含まなければならない。これらは、細胞性ＲＮＡの背景において、任意のＲＮＡ種を部位特異的に切断するように操作される。切断事象は、ｍＲＮＡを不安定にし、そしてタンパク質発現を妨げる。重要なことに、リボザイムは、インビトロまたはインビボの状況における未知の機能を、表現型効果を検出することによって決定する目的のため、未知の機能の遺伝子の発現を阻害するために使用され得る。１つの一般に使用されるリボザイムモチーフはハンマーヘッドであり、これについての基質配列要件は極わずかである。ハンマーヘッドリボザイムの設計、ならびにリボザイムの治療学的使用は、Ｕｓｍａｎら、Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９６）６：５２７において開示される。リボザイム（ヘパリン構造のリボザイムフラグメントを含む）の生成のための方法、リボザイム特異性を増加する方法などは、当該分野において公知である。
【００８６】
リボザイムのハイブリダイズ領域は、ＨｏｒｎおよびＵｒｄｅａ、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９８９）１７：６９５９において記載されるように改変され得るか、または分枝構造として調製され得る。リボザイムの基本的な構造はまた、当業者によく知られる方法において化学的に変化され得、そして化学的に合成されたリボザイムは、モノマー単位によって改変される合成オリゴヌクレオチド誘導体として投与され得る。治療学的状況において、リボザイムのリポソーム媒介性の送達は、Ｂｉｒｉｋｈら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ（１９９７）２４５：１において記載されるように、細胞取込みを改善する。
【００８７】
アンチセンス核酸は、ＲＮＡに特異的に結合するように設計され、ＲＮＡ−ＤＮＡまたはＲＮＡ−ＲＮＡハイブリッドの形成を生じ、ＤＮＡの複製、逆転写、またはメッセンジャーＲＮＡの翻訳の停止を伴う。選択されたポリヌクレオチド配列に基づくアンチセンスポリヌクレオチドは、対応する遺伝子の発現を妨ぎ得る。アンチセンスポリヌクレオチドは代表的に、転写された鎖としてアンチセンス鎖を含むアンチセンス構築物からの発現によって細胞内に作製される。開示されるポリヌクレオチドに基づくアンチセンスポリヌクレオチドは、アンチセンスポリヌクレオチドに相補的な配列を含むｍＲＮＡを結合し、および／またはその翻訳を妨げる。コントロール細胞およびアンチセンス構築物で処理された細胞の発現産物は、そのアンチセンス構築物が基づくポリヌクレオチドに対応する遺伝子のタンパク質産物を検出するために比較される。このタンパク質は、慣用的な生化学的方法を使用して単離され、そして同定される。
【００８８】
広範な背景文献およびアンチセンス治療における臨床学的経験を考慮して、当業者は、さらなる潜在的な治療薬として本発明の選択されたポリヌクレオチドを使用し得る。ポリヌクレオチドの選択は、癌性細胞のゲノムの「ホットスポット」領域への結合について、先ずそれらを試験することによって狭められ得る。ポリヌクレオチドが「ホットスポット」に結合するとして同定される場合、対応する癌細胞においてポリヌクレオチドをアンチセンス化合物として試験することが望まれる。
【００８９】
本明細書中に開示されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の機能を同定するための代替の方法として、ドミナントネガティブな変異が、ホモマルチマーとして活性である対応するタンパク質について容易に作製され得る。変異体ポリぺプチドは、野生型ポリぺプチド（他方の対立遺伝子から作製される）と相互作用し、そして非機能的なマルチマーを形成する。従って、変異は、基質結合ドメイン、触媒ドメイン、または細胞性局在化ドメインにおいてである。好ましくは、変異体ポリぺプチドは過剰産生され得る。このような効果を有する点変異が作製される。さらに、タンパク質の末端に対して種々の長さの異なるポリぺプチドの機能は、ドミナントネガティブな変異体を生じ得る。一般的なストラテジーが、ドミナントネガティブな変異体を作製するために利用可能である（例えば、Ｈｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：２１９を参照のこと）。このような技術は、タンパク質の機能を決定するために有用である機能喪失の変異を作製するために使用され得る。
【００９０】
（ポリぺプチドおよびそれらの改変体）
本発明のポリぺプチドは、開示されるポリヌクレオチド、および開示されるポリヌクレオチドに対して、遺伝子コードの縮重のために、配列において同一でない核酸によってコードされるポリぺプチドを含む。従って、本発明は、配列番号１〜６０１０のいずれかの配列を有するポリヌクレオチドまたはその改変体によってコードされるポリぺプチドを本発明の範囲内に含む。
【００９１】
一般に、本明細書中で使用される場合、用語「ポリぺプチド」は、示されるポリヌクレオチドによってコードされる全長のポリぺプチド、示されるポリヌクレオチドによって示される遺伝子によってコードされるポリぺプチドの両方、およびそれらの部分またはフラグメントをいう。「ポリぺプチド」はまた、天然に存在するタンパク質の改変体を含み、ここではこのような改変体は、天然に存在するタンパク質に相同であるかまたは実質的に類似し、そして天然に存在するタンパク質と同じまたは異なる種（例えば、ヒト、マウス、または示されるポリぺプチドを天然に発現するいくつかの他の種、通常、哺乳動物種）の起源であり得る。一般に、改変体ポリぺプチドは、上記のパラメーターを使用してＢＬＡＳＴ　２．０によって測定されるように、本発明の異なって発現されるポリぺプチドと、少なくとも約８０％、通常少なくとも約９０％、およびより通常少なくとも約９８％の配列同一性を有する配列を有する。改変体ポリぺプチドは、天然にグリコシル化されるか、または天然ではグリコシル化されない（すなわち、ポリぺプチドは、対応する天然に存在するタンパク質において見出されるグリコシル化パターンとは異なるグリコシル化パターンを有する）。
【００９２】
本発明はまた、開示されたポリぺプチドのホモログ（またはそれらのフラグメント）を含み、ここでこのホモログは、他の種（すなわち、他の動物または植物種）から単離され、このようなホモログは通常、哺乳動物種（例えば、マウス、ラットのようなげっ歯類：家畜（例えば、ウマ、ウシ、イヌ、ネコ）；およびヒトである。「ホモログ」によって、上述で同定されるように特定の特異的に発現されるタンパク質に対して少なくとも約３５％、通常少なくとも約４０％、およびより通常少なくとも約６０％のアミノ酸配列同一性を有するポリぺプチドが意味され、ここでは配列同一性は、前出に記載されるパラメーターを用いるＢＬＡＳＴ　２．０アルゴリズムを使用して決定される。
【００９３】
一般に、本発明のポリぺプチドは、天然に存在しない環境において提供され、例えば、それらの天然に存在する環境から分離されている。ある実施態様において、本発明のタンパク質は、コントロールと比較して、そのタンパク質について富化された組成物中に存在する。それ自体、精製されたポリぺプチドが提供され、ここでは精製されたとは、タンパク質が非差次的発現されたポリぺプチドが実質的にない組成物中に存在することが意味され、ここで、実質的にないとは、その組成物の９０％未満、通常６０％未満、およびより通常５０％未満が、非示差発現されるポリぺプチドから構成されることを意味する。
【００９４】
また本発明の範囲内にあるのは、改変体であり；ポリぺプチドの改変体は、変異体、フラグメント、および融合物を含む。変異体は、アミノ酸の置換、付加、または欠失を含む。アミノ酸の置換は、保存的なアミノ酸の置換、または非必須アミノ酸を排除するための（例えば、グリコシル化部位、リン酸化部位、もしくはアセチル化部位を変化するため）、または機能について必須ではない１つ以上のシステイン残基の置換または欠失によって誤った折畳みを最小にするための置換であり得る。保存的なアミノ酸の置換は、全体的な電荷、疎水性／親水性、および／または置換されるアミノ酸の立体的なバルクを保存する置換である。改変体は、タンパク質の特定の領域（例えば、機能的ドメインおよび／または、ポリぺプチドがタンパク質ファミリーのメンバーである場合、コンセンサス配列と関連する領域）の増強された生物学的活性を、保持するかまたは有するように設計され得る。改変体の生成についてのアミノ酸変化の選択は、アミノ酸の接近可能性（内部対外部）（例えば、Ｇｏら、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ　Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｒｅｓ．（１９８０）１５：２１１を参照のこと）、改変体ポリぺプチドの熱安定性（例えば、Ｑｕｅｒｏｌら、Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．（１９９６）９：２６５を参照のこと）、所望のグリコシル化部位（例えば、ＯｌｓｅｎおよびＴｈｏｍｓｅｎ、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９１）１３７：５７９を参照のこと）、所望のジスルフィド架橋（例えば、Ｃｌａｒｋｅら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９３）３２：４３２２；およびＷａｋａｒｃｈｕｋら、Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｅｎｇ．（１９９４）７：１３７９を参照のこと）、所望の金属結合部位（例えば、Ｔｏｍａら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９１）３０：９７、およびＨａｅｚｅｒｂｒｏｕｃｋら、Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｅｎｇ．（１９９３）６：６４３）、ならびにプロリンループ内での所望の置換（例えば、Ｍａｓｕｌら、Ａｐｐｌ．Ｅｎｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９４）６０：３５７９）に基づき得る。システイン涸渇されたムテインは、米国特許第４，９５９，３１４号において記載されるように生成され得る。
【００９５】
改変体はまた、本明細書中に開示されるポリぺプチドのフラグメント、特に生物学的に活性なフラグメントおよび／または機能的ドメインに対応するフラグメントを含む。目的のフラグメントは、代表的に、少なくとも約１０アミノ酸長から少なくとも約１５アミノ酸長、通常少なくとも約５０アミノ酸長であり、および３００アミノ酸長またはそれよりも長くあり得るが、通常約１０００アミノ酸長を超えず、ここではフラグメントは、任意の配列番号１〜６０１０の配列を有するポリヌクレオチドまたはそれらのホモログによってコードされるポリぺプチドに同一であるアミノ酸のストレッチを有する。本明細書中に記載されるタンパク質改変体は、本発明の範囲内であるポリヌクレオチドによってコードされる。遺伝子コードは、対応する改変体を構築するために適切なコドンを選択するために使用され得る。
【００９６】
（コンピュータ関連実施形態）
一般に、ポリヌクレオチドのライブラリーは、配列情報の集団であり、この情報は、生化学的形態（例えば、ポリヌクレオチド分子の集団）、または電子形態（例えば、コンピュータ読み取り可能形態で、コンピュータシステムおよび／またはコンピュータプログラムの一部として保存されたポリヌクレオチド配列の集団）のいずれかで提供される。ポリヌクレオチドの配列情報は、種々の様式で、例えば、遺伝子発見のリソースとして、選択された細胞型において発現された配列の代表（例えば、細胞型マーカー）として、および／または所定の疾患もしくは疾患状体のマーカーとして使用され得る。一般に、疾患マーカーは、正常細胞（例えば、疾患により実質的に感作されていない同じかまたは類似する型の細胞）と比較して増大したかまたは減少したレベルのいずれかで疾患によって感作された全ての細胞に存在する遺伝子産物の代表である。例えば、ライブラリー中のポリヌクレオチド配列は、正常（すなわち、実質的に疾患のない）乳房細胞に対して癌によって感作された乳管細胞において過剰発現されたかまたは過少発現されたかいずれかのポリヌクレオチドによってコードされるｍＲＮＡ、ポリペプチド、または他の遺伝子産物を代表するポリヌクレオチドであり得る。
【００９７】
ライブラリーのヌクレオチド配列情報は、任意の適切な形態（例えば、電子的または生化学的形態）に含まれ得る。例えば、電子的形態に含まれる配列情報のライブラリーは、例えば、ｉ）癌細胞と正常細胞との間で；ｉｉ）癌細胞と形成異常細胞との間で；ｉｉｉ）癌細胞と癌以外の疾患もしくは状態によって感作された細胞との間で；ｉｖ）転移癌細胞と正常細胞および／または非転移癌細胞との間で；ｖ）悪性癌細胞と非悪性癌細胞（または正常細胞）との間で、ならびに／あるいはｖｉ）正常細胞に対する形成異常細胞として、差示的に発現された（例えば、過剰発現または過少発現された）遺伝子の代表的なヌクレオチド配列を含むアクセス可能なコンピュータデータファイル（または、生化学的形態で、核酸分子の集団）を含む。種々の疾患または疾患の段階により感作された細胞の他の組み合わせおよび比較は、当業者に容易に明らかである。そのライブラリーの生化学的実施形態には、ライブラリーに遺伝子の配列を有する核酸の集団が含まれる。ライブラリーにおいては、以下により詳細に記載されるように、核酸がライブラリー中の全遺伝子またはそのフラグメントに対応し得る。
【００９８】
本発明のポリヌクレオチドライブラリーは、一般に、複数のポリヌクレオチド配列の配列情報を含む。ここで、そのポリヌクレオチドの少なくとも１つは、配列番号１〜６０１０のいずれかの配列を有する。複数とは、少なくとも２、通常少なくとも３を意味し、そして配列番号１〜６０１０の全てまでが含まれ得る。ライブラリー中のポリヌクレオチドの長さおよび数は、ライブラリーの性質により様々である（例えば、そのライブラリーが、オリゴヌクレオチドアレイの場合、ｃＤＮＡアレイの場合、配列情報のコンピュータデータベースである場合など）。
【００９９】
そのライブラリーが電子ライブラリーである場合、核酸配列情報は、種々の媒体に存在し得る。「媒体」とは、本発明の配列情報を含む製品（単離された核酸分子以外）のことをいう。このような製品は、核酸に存在するような配列に直接適用可能ではない手段により試験され得る形態で、ゲノム配列またはそのサブセットを提供する。例えば、本発明のヌクレオチド配列、例えば、配列番号１〜６０１０のポリヌクレオチドのいずれかの核酸配列は、コンピュータ読み出し可能媒体（例えば、コンピュータにより直接読み取られ得るかまたはアクセスされ得る任意の媒体）上に記録され得る。このような媒体には、磁気記憶媒体（例えば、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク記憶媒体、および磁気テープ）；光学記憶媒体（例えば、ＣＤ−ＲＯＭ）；電子記憶媒体（例えば、ＲＡＭおよびＲＯＭ）；およびこれらのカテゴリーのハイブリッド（例えば、磁気／光学記憶媒体）が含まれるが、これらに限定されない。当業者は、任意の現在公知のコンピュータ読み取り可能媒体が、本発明の配列情報の記録を含む製品を作製するために、どのように使用され得るかを容易に理解し得る。「記録された」とは、コンピュータ読み取り可能媒体上に、当該分野で公知の任意の方法を使用して、情報を記憶するためのプロセスのことをいう。任意の都合の良いデータ記憶構造が、記憶された情報にアクセスするために使用される手段に基づいて選択され得る。種々のデータプロセッサプログラムおよびフォーマットが、記憶のために使用され得る（例えば、ワードプロセッシングテキストファイル、データベースフォーマットなど）。配列情報に加えて、本発明のライブラリーの電子バージョンが、他のコンピュータ読み取り可能情報および／または他の型のコンピュータ読み取り可能ファイル（例えば、検索可能ファイル、実行可能ファイルなど、例えば、検索プログラムなどが含まれるが、これらに限定されない）と組み合わせて提供され得る。
【０１００】
コンピュータ読み取り可能形態でヌクレオチド配列を提供することによって、その情報は、種々の目的でアクセスされ得る。配列情報にアクセスするためのコンピュータソフトウェアは、公に利用可能である。例えば、Ｓｙｂａｓｅシステム上のギャップＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２）およびＢＬＡＺＥ（Ｂｒｕｔｌａｇら、Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）１７：２０３）検索アルゴリズムは、他の生物由来のＯＲＦに対する相同性を含むゲノム内のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を同定するために使用され得る。
【０１０１】
本明細書に使用される場合、「コンピュータベースのシステム」とは、本発明のヌクレオチド配列情報を分析するために使用されるハードウェア手段、ソフトウェア手段、およびデータ記憶手段のことをいう。本発明のコンピュータベースのシステムの最小のハードウェアは、中央処理ユニット（ＣＰＵ）、入力手段、出力手段、およびデータ記憶手段を含む。当業者は、現在利用可能なコンピュータベースのシステムのいずれか１つが、本発明における使用のために適切であることを容易に理解し得る。データ記憶手段は、上記の本発明の配列情報の記録またはこのような製品にアクセスし得る記憶アクセス手段を含む任意の製品を含み得る。
【０１０２】
「検索手段」とは、標的配列もしくは標的構造モチーフ、またはサンプル中のポリヌクレオチドの発現レベルを、記憶された配列情報と比較するための、コンピュータベースのシステムに装備された１つ以上のプログラムのことをいう。検索手段は、特定の標的配列または標的モチーフに整合するゲノムのフラグメントまたは領域を同定するために使用され得る。種々の公知のアルゴリズムが公知であり、そして市販されている（例えば、ＭａｃＰａｔｔｅｒｎ（ＥＭＢＬ）、ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＸ（ＮＣＢＩ））。「標的配列」は、６以上の連続するヌクレオチドまたは２つ以上のアミノ酸、好ましくは、約１０〜１００アミノ酸または約３０〜３００ｎｔの任意のポリヌクレオチドまたはアミノ酸配列であり得る。種々の比較手段が、サンプルからの配列情報のデータ記憶手段との比較を達成するために（例えば、標的配列、標的モチーフ、または相対的な発現レベルを分析するために）、使用され得る。当業者は、公に利用可能な相同性検索プログラムのいずれか１つが、本発明のコンピュータベースのシステムのための検索手段として使用され、標的配列およびモチーフの比較が達成され得ることを容易に認識し得る。サンプル中およびコントロール中の発現レベルを分析するためのコンピュータプログラムもまた、当該分野で公知である。
【０１０３】
「標的構造モチーフ」または「標的モチーフ」とは、配列が標的モチーフの折り畳みの際に形成される３次元構造に基づいて、または調節部位もしくは活性部位のコンセンサス配列に基づいて選択される、任意の合理的に選択された配列または配列の組み合わせのことをいう。当該分野で公知の種々の標的モチーフが存在する。タンパク質の標的モチーフには、酵素活性部位およびシグナル配列が含まれるが、これらに限定されない。核酸標的モチーフには、ヘアピン構造、プロモーター配列、および他の発現エレメント（例えば、転写因子の結合部位）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０４】
入力および出力手段についての種々の構造フォーマットが、本発明のコンピュータベースのシステムにおける情報を入力および出力するために使用され得る。出力手段についての１つのフォーマットは、異なるポリヌクレオチドの相対的な発現レベルをランク付けする。このような表示は、当業者に、遺伝子の発現プロフィールを決定するための相対的な発現レベルのランク付けを提供する。
【０１０５】
上記のように、本発明の「ライブラリー」はまた、配列番号１〜６０１０のポリヌクレオチドの生化学的ライブラリー（例えば、提供されたポリヌクレオチドを表す核酸の集団）を包含する。生化学的ライブラリーは、種々の形態（例えば、ｃＤＮＡの溶液、固相支持体の表面に安定に結合したプローブ核酸のパターン（すなわち、アレイ）など）をとり得る。特に興味深いのは、配列番号１〜６０１０の１つ以上が、アレイ上に表される核酸アレイである。アレイとは、その表面上の１つに少なくとも２つの異なる核酸標的を有する少なくとも１つの基板を有する製品を意味する。ここで、異なる核酸の数は、かなり高くあり得、代表的には、少なくとも１０、通常少なくとも２０、そしてしばしば少なくとも２５の異なる核酸分子であり得る。種々の異なるアレイフォーマットが、開発されており、そして当業者に公知である。本発明のアレイは、上記の例示的な特許文献に開示される遺伝子発現分析、薬物スクリーニング、変異分析などを含む種々の適用における用途を見出す。
【０１０６】
上記の核酸ライブラリーに加えて、ポリペプチドの類似のライブラリーもまた、提供される。ここで、ライブラリーのポリペプチドは、配列番号１〜６０１０の１つ以上に対応する遺伝子によりコードされるポリペプチドの少なくとも一部を表す。
【０１０７】
（有用性）
本発明のポリヌクレオチドは、種々の適用において有用である。本発明のポリヌクレオチドの例示的な有用性は、以下に記載される。
【０１０８】
（大きな分子の構築：組換えＤＮＡおよび核酸多量体）
特定の目的の１つの実施形態において、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、より大きな分子のためのビルディングブロックとして有用である。１つの例において、ポリヌクレオチドは、より大きなｃＤＮＡ分子の成分であり、これは次いで宿主細胞（例えば、細菌または真核生物（例えば、酵母または哺乳動物）宿主細胞）内での発現のために適合され得る。ｃＤＮＡは、開始物質ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド（すなわち、本明細書に記載されるポリヌクレオチド）に加えて、本明細書に記載されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに対して異種であるアミノ酸配列（例えば、融合タンパク質をコードする配列におけるような）が含まれ得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載されるポリヌクレオチドは、記載されたポリヌクレオチドが対応する遺伝子の全てまたは一部を合成するための開始物質ポリヌクレオチドとして使用される。例えば、全長ヒトポリペプチドをコードするＤＮＡ分子は、開始物質として本明細書に記載されるポリヌクレオチドを使用して構築され得る。
【０１０９】
別の実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、核酸多量体で使用される。核酸の多量体は、同じ反復一本鎖オリゴヌクレオチド単位または異なる一本鎖オリゴヌクレオチド単位の直線状または分枝のポリマーであり得る。その分子が分枝の場合、多量体は、一般に、「フォーク」または「櫛」構造のいずれかで記載される。その多量体のオリゴヌクレオチド単位は、ＲＮＡ、ＤＮＡ、改変ヌクレオチド、またはそれらの組み合わせから構成され得る。少なくとも１つの単位は、それが目的の第一の一本鎖ヌクレオチド配列（代表的には、分析物または分析物に結合したオリゴヌクレオチド）に特異的に結合し得る配列、長さ、および組成を有する。このような特異性および安定性を達成するために、この単位は、通常、１５〜５０ｎｔ、好ましくは、１５〜３０ｎｔの長さであり、そして４０％〜６０％の範囲のＧＣ含量を有する。このような単位に加えて、その多量体には、目的の第二の１本鎖ヌクレオチドに、代表的には標識したオリゴヌクレオチドまたは別の多量体に、特異的にかつ安定にハイブリダイズし得る複数の単位が含まれる。これらの単位はまた、通常、１５〜５０ｎｔ、好ましくは、１５〜３０ｎｔの長さであり、４０％〜６０％の範囲のＧＣ含量を有する。多量体が別の多量体にハイブリダイズされるように設計される場合、第一および第二のオリゴヌクレオチド単位は、異種（異なる）である。本明細書に記載されるポリヌクレオチドの１つ以上または本明細書に記載されるポリヌクレオチドの一部が、このような核酸多量体の反復単位として使用され得る。
【０１１０】
多量体中のオリゴヌクレオチド単位の総数は、通常、３〜５０の範囲、より通常には、１０〜２０の範囲である。目的のヌクレオチド配列にハイブリダイズする単位が、標識されたオリゴヌクレオチドにハイブリダイズする単位と異なる多量体において、後者の前者に対する数の比は、通常、２：１〜３０：１、より通常には、５：１〜２０：１、そして好ましくは、１０：１〜１５：１である。
【０１１１】
多量体のオリゴヌクレオチド単位は、ホスホジエステル結合を通じて直接か、あるいは介入する連結剤（例えば、核酸、アミノ酸、炭水化物、またはポリオール架橋）を通して、または核酸もしくは改変された核酸鎖を架橋し得る他の架橋剤を通して、互いに直接共有結合され得る。連結の部位は、単位の末端（正常３，−５’方向またはランダム方向のいずれか）および／または鎖内の１つ以上の内部ヌクレオチドであり得る。直線状の多量体では、個々の単位が末端−末端で連結されて、直線状のポリマーを形成する。分枝多量体の１つの型において、３つ以上のオリゴヌクレオチド単位は、起点から発して、分枝構造を形成する。起点は、少なくとも３つの単位が共有結合し得る別のオリゴヌクレオチド単位または多官能性分子であり得る。別の型において、１つ以上のペンダントオリゴヌクレオチド単位を有するオリゴヌクレオチド単位骨格が存在する。これらの後者の型の多量体は、その構造が、「フォーク様」、「櫛様」、または「フォーク様」と「櫛様」との組み合わせである。ペンダント単位は、通常、オリゴヌクレオチドが結合され得るかまたはそうでなければ付着され得る適切な官能基を有する改変されたヌクレオチドまたは他の有機部分に依存する。多量体は、完全に直線状であるか、完全に分枝であるか、または直線状部分および分枝部分の組み合わせであり得る。好ましくは、多量体において、少なくとも２つ、より好ましくは、少なくとも３つ、好ましくは、５〜１０個の分枝点が存在する。多量体には、二本鎖配列の１つ以上のセグメントが含まれ得る。
【０１１２】
多量体核酸分子は、多量体分子の第一の配列の１つの、標的配列へのハイブリダイゼーションから生じるシグナルを増幅するのに有用である。増幅は、第二のセグメントの反復の数に理論的に比例する。
【０１１３】
理論に拘束されることなく、約８枝より多いフォーク構造が、立体障害を示し、これは標識されたプローブが多量体に結合することを阻害した。他方、櫛構造は、立体障害問題をほとんどか全く示さず、したがって、好ましい型の分枝多量体である。フォーク型および櫛型両方の分枝核酸多量体、ならびに使用および合成の方法の記載については、例えば、米国特許第５，１２４，２４６号（フォーク型構造）；同第５，７１０，２６４号（櫛構造の合成）；および同第５，８４９，４８１号を参照のこと。
【０１１４】
（マッピング、および組織プロファイリングにおけるポリヌクレオチドプローブの使用）
ポリヌクレオチドプローブ（一般に、配列表に示されるように、少なくとも１２連続ｎｔのポリヌクレオチドを含む）を、種々の目的（例えば、ポリヌクレオチドの染色体マッピングおよび転写レベルの検出）のために使用する。開示されたポリヌクレオチド配列の好ましい領域に関するさらなる開示は、実施例中に見出される。本明細書中に開示されるポリヌクレオチドに対して特異的にハイブリダイズするプローブは、他の関連しない配列を用いて提供されるバックグラウンドハイブリダイゼーションよりも、少なくとも５倍、１０倍、または２０倍高い検出シグナルを提供するべきである。
【０１１５】
（発現レベルの検出）
ヌクレオチドプローブを使用して、この提供されたポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現を検出する。ノーザンブロットにおいて、ｍＲＮＡを電気泳動により分離し、そしてプローブと接触させる。特定のサイズのｍＲＮＡ種にハイブリダイズする場合、プローブが検出される。ハイブリダイゼーションの量を定量して、発現の相対的な量を、例えば、特定の条件下で決定する。プローブをインサイチュでの細胞へのハイブリダイゼーションのために使用して、発現を検出する。プローブをまた、ハイブリダイズする配列の診断検出のためにビンビボで使用し得る。代表的に、プローブを、放射性同位体で標識する。他の型の検出可能な標識（例えば、発色団、蛍光、および酵素）を、使用し得る。ヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイの他の例は、ＷＯ９２／０２５２６およびＵＳＰＮ５，１２４，２４６号に記載されている。
【０１１６】
あるいは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、少量の標的核酸を検出するための別の手段である（例えば、Ｍｕｌｌｉｓら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９８７）１５５：３３５；ＵＳＰＮ４，６８３，１９５；およびＵＳＰＮ４，６８３，２０２を参照のこと）。標的核酸とハイブリダイズする２つのプライマーポリヌクレオチドヌクレオチドは、この反応をプライムするために使用される。このプライマーは、配列表のポリヌクレオチド内の配列またはその３’側および５’側の配列から構成され得る。あるいは、これらのプライマーが、これらのポリヌクレオチドの３’側および５’側にある場合、これらのプライマーは、これらのポリヌクレオチドまたはそれらの相補体にハイブリダイズする必要はない。熱安定性のポリメラーゼを用いた標的の増幅後に、この増幅された標的核酸は、当該分野で公知の方法（例えば、サザンブロット）によって検出され得る。ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡはまた、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｌｏｉｎｇ：Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ」（Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ、Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８９）に記載される伝統的なブロット技術（例えば、サザンブロット、ノーザンブロットなど）によって（例えば、ＰＣＲ増幅なしに）検出され得る。一般に、ポリメラーゼ酵素を使用してｍＲＮＡから産生されたｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを、ゲル電気泳動を使用して精製および分離し、そしてニトロセルロースのような固体支持体に移動し得る。この固体支持体を、標識したプローブに曝し、任意のハイブリダイズしていないプローブを除去するために洗浄し、そしてこの標識したプローブを含む二重鎖を検出する。
【０１１７】
（マッピング）
本発明のポリヌクレオチドを使用して、対応する遺伝子が存在する染色体を同定し得る。このようなマッピングは、公知の機能を有する他の遺伝子への近接により、このポリヌクレオチドに関連する遺伝子の機能を同定するのに有用であり得る。特定の症候群または疾患を同一の染色体にマッピングする場合、機能がまた、このポリヌクレオチドに関連する遺伝子に割り当てられ得る。例えば、核酸配列の異常の同定および定量にポリヌクレオチドプローブを使用することは、ＵＳＮＰ５，７８３，３８７に記載されている。例示的なマッピング方法は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）であり、これは、比較のゲノムハイブリダイゼーションを容易にし、ＤＮＡ配列の相対的なコピー数の変化の総ゲノム評価を可能にする（例えば、Ｖａｌｄｅｓら、Ｍｅｈｔｏｄｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９７）６８：１を参照のこと）。ポリヌクレオチドはまた、例えば、放射線ハイブリッドまたは染色体特異的ハイブリッドパネルを使用して特定の染色体にマッピングされ得る。Ｌｅａｃｈら、Ａｄｖａｎｃｅｓ　ｉｎ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，（１９９５）３３：６３−９９；Ｗａｌｔｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９４）７：２２；ＷａｌｔｅｒおよびＧｏｏｄｆｅｌｌｏｗ，Ｔｒｅｎｄ　ｉｎ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９２）９：３５２を参照のこと。放射線ハイブリッドマッピングのためのパネルは、Ｒｅｓｅａｒｃｈ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｕｎｔｓｖｉｌｌｅ，Ａｌａｂａｍａ，ＵＳＡから利用可能である。種々のパネルを使用するマーカーのためのデータベースは、Ｓｔａｎｆｏｒｄ　Ｈｕｍａｎ　Ｇｅｎｏｍｅ　Ｃｅｎｔｅｒ（Ｓｔａｎｄｏｒｄ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）およびＷｈｉｔｅｈｅａｄ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　ｆｏｒ　Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ／ＭＩＴ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｆｏｒ　Ｇｅｎｏｍｅ　Ｒｅｓｅａｒｃｈによって支持されているサイトのワールドワイドウェブを介して利用可能である。統計的なプログラムＲＨＭＡＰを使用して、別のものに対する１つのものの順番（ｏｎｅ　ｏｒｄｅｒ）の相対的な尤度の測定を用いた放射線ハイブリダイゼーションからのデータに基づくマップを構築し得る。ＲＨＭＡＰは、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｍｉｃｈｉｇａｎによって支持されるサイトのワールドワイドウェブを介して利用可能である。さらに、市販のプログラムは、癌のような疾患に一般に関連する染色体の領域を同定するのに利用可能である。
【０１１８】
（組織型分類またはプロファイリング）
提供されるポリヌクレオチドに対応する特定のｍＲＮＡの発現は、異なる細胞型において変化し得、そして組織特異的であり得る。異なる細胞型のｍＲＮＡレベルの改変は、組織型を決定するために核酸プローブアッセイと共に利用され得る。例えば、ＰＣＲ、分枝ＤＮＡプローブアッセイ、または配列表に列挙されたポリヌクレオチドと統計学的に同一または相補的な核酸プローブを利用するブロット技術により、対応するｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの存在または非存在を決定し得る。
【０１１９】
組織型分類を利用して、器官または組織の特定のマーカーの発現を同定することによって、転移性病巣の発生器官または組織供給源を同定し得る。ポリヌクレオチドが、特定の組織型においてのみ発現され、そして転移性病巣が、そのポリヌクレオチドを発現することが見出される場合、この病巣の発生供給源が同定される。特定のポリヌクオチドの発現は、対応するｍＲＮＡまたはそのタンパク質産物のいずれかの検出によってアッセイされ得る。任意の法医学者にとって容易に明らかなように、本明細書中に開示される配列は、非ヒト組織から分化ヒト組織を区別する際に有用である。特に、これらの配列は、例えば、鳥類、爬虫類、および両生類の組織から分化ヒト組織を区別するために有用である。
【０１２０】
（多型の使用）
本発明のポリヌクレオチドは、法医学的分析、遺伝的分析、マッピング、および診断適用において有用であり得、遺伝子の対応する領域は、ヒト集団において多型である。遺伝子において多型を検出するための任意の手段（タンパク質多型改変体の電気泳動、制限酵素の切断に対する差示的な感受性、および対立遺伝子に特異的なプローブに対するハイブリダイゼーションが挙げられるが、これらに限定されない）が、使用され得る。
【０１２１】
（抗体の産生）
本発明のポリヌクレオチドの発現産物、および対応するｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、または完全遺伝子は、実験目的、診断目的、および治療目的のために、抗体を惹起するために調製および使用され得る。このことは、対応する遺伝子が割り当てられないポリヌクレオチドに対して、対応する遺伝子を同定するさらなる方法を提供する。このポリヌクレオチドまたは関連するｃＤＮＡは、上記のように発現され、そして抗体が調製される。これらの抗体は、ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド上のエピトープに対して特異的であり、そして沈殿し得るか、または細胞または組織の調製物において、もしくはインビトロ発現系の無細胞抽出物において、対応するネイティブのタンパク質に結合し得る。
【０１２２】
選択された抗原に特異的に結合する抗体の産生方法は、当該分野で周知である。抗体を惹起するための免疫原は、本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドをアジュバンドと混合することによって、そして／またはより大きな免疫原性タンパク質とともに融合タンパク質を作製することによって調製され得る。ポリペプチドはまた、キーホールリンペットヘモシアニンのような他のより大きな免疫原性タンパク質に共有結合され得る。免疫原は、ウサギ、ヒツジ、およびマウスのような実験動物に対して、代表的に、皮内、皮下、または筋肉内に投与され、抗体を産生する。モノクローナル抗体は、脾臓細胞を単離し、そして骨髄種細胞を融合させて、ハイブリドーマを形成することによって産生され得る。あるいは、選択されたポリヌクレオチドは、例えば、筋肉内注射によって、直接的に投与され、そしてインビトロで発現される。この発現したタンパク質は、タンパク質の投与に匹敵する、種々のタンパク質特異的な免疫応答（抗体の産生を含む）を生じる。
【０１２３】
選択されたポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに特異的なポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製は、当該分野において公知の標準的な方法を使用して作製される。抗体は、配列表において開示されるポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドに存在するエピトープに特異的に結合する。典型的に、少なくとも６、８、１０、または１２の連続するアミノ酸がエピトープを形成するために必要とされる。連続しないアミノ酸を含むエピトープは、より長いポリペプチド（例えば、少なくとも１５、２５、または５０アミノ酸）を必要とし得る。提供されるポリペプチドによってコードされるヒトポリペプチドに特異的に結合する抗体は、ウエスタンブロットまたは他の免疫化学的アッセイにおいて使用される場合、他のタンパク質を用いて提供される検出シグナルよりも少なくとも５、１０、または２０倍高い検出シグナルを提供するはずである。好ましくは、本発明によって意図されるポリペプチドに特異的に結合する抗体は、免疫化学アッセイにおいて、検出可能なレベルで他のタンパク質に結合せず、そして特定のポリペプチドを溶液から免疫沈降し得る。
【０１２４】
本発明はまた、本発明のポリペプチドに特異的な天然に存在する抗体を意図する。例えば、ヒト集団中の本発明のポリペプチドに対する血清抗体は、当該分野において周知の方法によって、例えば、対応する選択されるポリペプチドまたは融合タンパク質が結合されるカラムに抗血清を通すことによって、精製され得る。次いで結合された抗体は、例えば、高塩濃度を有する緩衝液を使用して、カラムから溶出され得る。
【０１２５】
上述で考察される抗体に加えて、本発明はまた、当該分野において周知の方法に従う、遺伝子操作された抗体（例えば、トランスジェニック動物（例えば、Ｘｅｎｏｍｏｕｓ　ＴＭのようなトランスジェニックマウス）によって産生されたキメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体）、抗体誘導体（例えば、単鎖抗体、抗体フラグメント（例えば、Ｆａｂなど））を意図する。
【０１２６】
（診断のためのポリヌクレオチドまたはアレイ）
ポリヌクレオチドアレイは、サンプル中の非常に多くのポリヌクレオチドをアッセイし得るハイスループット（ｈｉｇｈ　ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ）の技術を提供する。この技術は、診断として、および示差的発現を試験するための道具として、例えば、コードされるタンパク質の機能を決定するために使用され得る。アレイを作製する種々の方法ならびにこれらの方法のバリエーションは、当該分野において周知であり、本発明における使用に企図される。例えば、アレイは、結合されるプローブを有する二次元マトリクスまたはアレイにおいて、基材（例えば、ガラス、ニトロセルロースなど）上にポリヌクレオチドプローブをスポットすることによって作製され得る。これらのプローブは、共有結合によって、または非特異的な相互作用（例えば、疎水性相互作用）によってのいずれかによって基材に結合され得る。ポリヌクレオチドのサンプルは、検出可能に標識され得（例えば、放射性標識または蛍光標識を使用して）、次いでプローブにハイブリダイズされ得る。二本鎖ポリヌクレオチドは、プローブポリヌクレオチドに結合される標識されたサンプルポリヌクレオチドを含み、一旦、サンプルの未結合の部分が洗浄して除かれると検出され得る。あるいは、試験サンプルのポリヌクレオチドがアレイに固定され得、そしてプローブが、検出可能に標識され得る。アレイを構築するための技術、およびこれらのアレイを使用する方法は、例えば、Ｓｃｈｅｎａら、（１９９６）Ｐｒｏｃ　Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ　Ｓｃｉ　ＵＳＡ．９３（２０）：１０６１４−９；Ｓｃｈｅｎａら、（１９９５）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２７０（５２３５）：４６７−７０；Ｓｈａｌｏｎら、（１９９６）Ｇｅｎｏｍｅ　Ｒｅｓ．６（７）：６３９−４５，米国特許第５，８０７，５２２号、ＥＰ　７９９　８９７；ＷＯ　９７／２９２１２；ＷＯ　９７／２７３１７；ＥＰ　７８５　２８０；ＷＯ　９７／０２３５７；米国特許第５，５９３，８３９号；米国特許第５，５７８，８３２号；ＥＰ　７２８　５２０；米国特許第５，５９９，６９５号；ＥＰ　７２１　０１６；米国特許第５，５５６，７５２号；ＷＯ　９５／２２０５８；および米国特許第５，６３１，７３４号において記載される。
【０１２７】
アレイは、例えば、遺伝子の示差的発現を試験するために使用され得、そして遺伝子機能を決定するために使用され得る。例えば、アレイは、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の示差的発現を検出するために使用され得、ここで発現は、試験細胞とコントロール細胞との（例えば、癌細胞と正常細胞との）間で比較される。例えば、癌細胞における特定のメッセージの高い発現は、対応する正常細胞において観察されず、癌特異的遺伝子産物を示し得る。アレイの例示的な使用はさらに、例えば、Ｐａｐｐａｌａｒａｄｏら、Ｓｅｍ．Ｒａｄｉａｔｉｏｎ　Ｏｎｃｏｌ．（１９９８）８：２１７；およびＲａｍｓａｙ　Ｎａｔｕｒｅ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９８）１６：４０において記載される。さらに、アレイを使用する検出方法についての多くのバリエーションは、当業者の技術の十分に範囲内であり、本発明の範囲内である。例えば、プローブを固体支持体に固定するよりもむしろ、試験サンプルを固体支持体に固定し得、これは、次いでプローブと接触される。
【０１２８】
（診断における示差的な発現）
本発明のポリヌクレオチドはまた、例えば、ヒトにおける異常なまたは罹患した組織を同定するための方法として、２つの細胞間の発現レベルにおける差異を検出するために使用され得る。タンパク質ファミリーのプロフィールに対応するポリヌクレオチドについて、組織の選択は、推定の生化学的機能に従って選択され得る。一般に、特定のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現は、ヒトの、罹患したことが疑われる第１の組織と、第２の正常な組織との間で比較される。異常であることまたは罹患したことが疑われる組織は、ヒトの異なる組織型に由来し得るが、好ましくはこれは、同じ組織型に由来し；例えば、腸ポリープまたは他の異常な増殖は、正常な腸組織と比較されるべきである。正常な組織は、試験サンプルの組織と同じ組織、または患者の任意の正常な組織、特に目的のポリヌクレオチド関連遺伝子を発現する組織（例えば、脳、胸腺、精巣、心臓、前立腺、胎盤、脾臓、小腸、骨格筋、膵臓、および結腸の粘膜内層）であり得る。例えば、分子量、アミノ酸配列もしくはヌクレオチド配列、または相対的量において比較される２つの組織におけるポリヌクレオチド関連遺伝子、ｍＲＮＡ、またはタンパク質の間の差異は、罹患したことが疑われるヒトの組織における、遺伝子、または遺伝子を調節する遺伝子の変化を示す。示差的発現の検出および癌の診断におけるその使用の例は、米国特許第５，６８８，６４１号および同第５，６７７，１２５号において記載される。
【０１２９】
ヒトにおける疾患に対する遺伝的素因はまた、胎児組織における本発明のポリヌクレオチドに対応するｍＲＮＡまたはタンパク質の発現レベルと、正常な胎児組織における関連するレベルとを比較することによって検出され得る。この目的のために使用される胎児組織としては、羊水、絨毛、血液、およびインビトロで受精された胚の割球が挙げられるが、これらに制限されない。匹敵する正常なポリヌクレオチド関連遺伝子は、任意の組織から得られる。ｍＲＮＡまたはタンパク質は、ポリヌクレオチド関連遺伝子が発現されるヒトの正常な組織から得られる。胎児ポリヌクレオチド関連遺伝子もしくはｍＲＮＡの同じ産物のヌクレオチド配列または大きさにおける変化、または分子量、アミノ酸配列、もしくは胎児タンパク質の相対的な量における変化のような差異は、胎児のポリヌクレオチド関連遺伝子における生殖系列の変異を示し得、これは、疾患に対する遺伝的素因を示す。一般に、示差的発現に基づく本発明の診断、予後、および他の方法は、疾患（例えば、乳癌、肺癌、結腸癌、および／またはその転移形態）を有することが疑われる、または疾患に罹患しやすい患者から得られる試験サンプル中の、遺伝子産物、特に示差発現される遺伝子産物のレベルまたは量の検出、ならびに正常細胞（例えば、癌に実質的に罹患していない細胞）および／または他のコントロール細胞において見出されるそれらのレベルと検出されたレベルとの比較（例えば、異形成に罹患した細胞から癌細胞を区別するために）を包含する。さらに、疾患の重篤度は、示差発現される遺伝子産物の検出されるレベルと、疾患の種々の程度の重篤度と関連する示差的な遺伝子産物のレベルを示すサンプル中で検出されるレベルとを比較することによって評価され得る。本明細書中での用語「診断」の使用は、「予後の」あるいは「予後」を排除することを必ずしも意味せず、むしろ便宜のために使用されることに留意すべきである。
【０１３０】
用語「示差発現される遺伝子」は、一般に、例えば、遺伝子産物（例えば、ポリペプチド）をコードするオープンリーディングフレーム、ならびに／またはこのような遺伝子のイントロン、および発現の調節に関与する隣接の５’および３’非コードヌクレオチド配列（コード領域を超えて約２０ｋｂまでであるがいずれかの方向でおそらくそれ以上）を含み得るポリヌクレオチドを包含することが、意図される。遺伝子は、染色体外での維持のために、または宿主ゲノムへの組み込みのために、適切なベクターに導入され得る。一般に、少なくとも約２５％、通常少なくとも約５０％〜７０％、より通常には少なくとも約９０％以上の発現レベルにおける減少と関連する発現レベルにおける差異は、示差発現される目的の遺伝子（すなわち、コントロールサンプルと比較して試験サンプル中で過小発現される（ｕｎｄｅｒｅｘｐｒｅｓｓｅｄ）かまたはダウンレギュレートされる遺伝子）を示す。さらに、コントロールサンプルと比較して、少なくとも約２５％、通常少なくとも約５０％〜７５％、より通常には少なくとも約９０％の、発現の増加と関連する発現レベルの差異は、少なくとも約１と１／２倍、通常少なくとも約２倍〜約１０倍であり得、そして約１００倍〜約１０００倍の増加であり得、このことは、示差発現される目的の遺伝子（すなわち、過剰発現されるまたはアップレギュレートされる遺伝子）を示す。
【０１３１】
本明細書中で使用される場合、「示差発現されるポリヌクレオチド」は、示差発現される遺伝子を示す配列を含む核酸分子（ＲＮＡまたはＤＮＡ）を意味し、例えば、示差発現されるポリヌクレオチドは、サンプル中の示差発現するポリヌクレオチドの検出が、サンプル中の示差発現される遺伝子の存在と相関されるように、示差発現される遺伝子を固有に同定する配列（例えば、遺伝子産物をコードするオープンリーディングフレーム）を含む。「示差発現されるポリヌクレオチド」はまた、開示されるポリヌクレオチドのフラグメント（例えば、生物学的活性を保持するフラグメント）、および開示されるポリヌクレオチドに相同な、実質的に類似の、または実質的に同一の（例えば、約９０％の配列同一性を有する）核酸を包含することが意味される。
【０１３２】
診断または予後において有用な本発明の方法は典型的に、遺伝子産物の発現における任意の相対的な差異を決定するための、目的のサンプル中の選択される示差発現される遺伝子産物の量と、コントロールのその量との比較を包含し、ここではその差異は、定性的におよび／または定量的に測定され得る。定量は、例えば、サンプル中に検出される発現産物のレベルと、標準曲線に存在する産物の量とを比較することによって達成され得る。比較は；コンピューター処理の補助を伴うかまたは伴わないデンシトメトリーのような技術を使用することによって；試験サンプルから単離されたｍＲＮＡのｃＤＮＡクローンの代表的なライブラリーを調製し、ライブラリー中のクローンを配列決定して同じ遺伝子産物に対応するｃＤＮＡクローンの数を決定し、そしてコントロールサンプル中の同じ遺伝子産物のクローンの数に対して、同じ遺伝子産物に対応するクローンの数を分析することによって；またはアレイを使用して、選択された配列もしくは配列のセットへのハイブリダイゼーションの相対的なレベルを検出し、そしてハイブリダイゼーションパターンをコントロールのハイブリダイゼーションパターンと比較することによって、視覚的になされ得る。次いで、発現における差異は、異常な発現パターンの存在または非存在と相関される。サンプル中の核酸の量を決定するための種々の異なる方法が、当業者に公知である（例えば、ＷＯ９７／２７３１７を参照のこと）。
【０１３３】
一般に、本発明の診断アッセイは、配列番号１〜６０１０の配列に対応するポリヌクレオチド配列の遺伝子産物（例えば、ｍＲＮＡ、またはポリペプチド）の検出を包含する。サンプルが得られる患者は、明らかに健常であり得るか、疾患（例えば、家族病歴または特定の環境因子への曝露によって決定される）に罹患しやすくあり得るか、または本発明の遺伝子産物の変化された発現と相関する状態を有するとして既に同定され得る。
【０１３４】
診断は、配列番号１〜６０１０において示される配列を有する、少なくとも１つの、好ましくは少なくとも２つ以上の、少なくとも３つ以上の、または少なくとも４つ以上のポリヌクレオチドによってコードされる遺伝子産物の検出される遺伝子産物の発現レベルに基づいて決定され得、そして配列番号１〜６０１０の全て、ならびに／またはさらなる診断マーカーおよび／もしくは参照配列として作用し得るさらなる配列に対応する遺伝子の発現の検出を包含し得る。診断方法が、癌の存在または癌に対する患者の罹患しやすさを検出するために設計される場合、アッセイは好ましくは、癌において示差発現されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされる遺伝子産物の検出を包含する。このような示差発現されるポリヌクレオチドの例は、以下の実施例において記載される。提供されるポリヌクレオチドおよび本明細書中に提供されるそれらの相対的な発現レベルに関する情報を考慮すれば、診断および予後において、このようなポリヌクレオチドおよびそれらの発現レベルの検出を使用するアッセイは、当業者に容易に明らかである。
【０１３５】
任意の種々の検出可能な標識は、本発明の診断方法の種々の実施形態と関連して使用され得る。適切な選択可能な標識としては、蛍光色素（例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、ローダミン、テキサスレッド、フィコエリトリン、アロフィコシアニン、６−カルボキシフルオロセイン（６−ＦＡＭ）、２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロ−６−カルボキシフルオロセイン、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、６−カルボキシ−２’，４’，７’，４，７−ヘキサクロロフルオロセイン（ＨＥＸ）、５−カルボキシフルオロセイン（５−ＦＡＭ）、またはＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’，−テトラメチル−６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡ））、放射性標識（例えば、３２Ｐ、３５Ｓ、３Ｈなど）などが挙げられる。検出可能な標識は、２段階系（例えば、ビオチン−アビジン、ハプテン−抗ハプテン抗体など）を含み得る。
【０１３６】
本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドに特異的な試薬（例えば、抗体およびヌクレオチドプローブ）は、生物学的サンプル中の発現産物の存在を検出するためのキットにおいて供給され得る。このキットはまた、緩衝液または標識化成分、および生物学的サンプル中の発現産物を検出および定量するための試薬を使用するための説明書を含み得る。本発明の診断方法の例示的な実施形態は、以下により詳細に記載される。
【０１３７】
（診断におけるポリペプチド検出）　１つの実施形態において、試験サンプルは、示差発現されるポリペプチドのレベルについてアッセイされる。診断は、試験サンプル中の示差発現されるポリペプチドの非存在もしくは存在、または変化した量を測定するための任意の多くの方法を使用して達成され得る。例えば、検出は、標識化抗体での細胞または組織学的切片の染色を利用し得、従来の方法に従って行われ得る。細胞は、細胞質分子を染色するために透過性にされ得る。一般に、本発明の示差発現されるポリペプチドを特異的に結合する抗体がサンプルに添加され、そしてエピトープへの結合を可能にするのに十分な時間の間、通常少なくとも約１０分間、インキュベートされる。抗体は、直接的な検出のために検出可能に標識され得るか（例えば、放射性同位体、酵素、蛍光体、化学発光体などを使用して）、または結合を検出するための第２段階の抗体または試薬と共同して使用され得る（例えば、ビオチンと西洋ワサビペルオキシダーゼ結合体化アビジン、蛍光化合物（例えば、フルオレセイン、ローダミン、テキサスレッドなど）に結合体化した二次抗体）。抗体結合の非存在または存在は、種々の方法によって決定され得、解離された細胞のフローサイトメトリー、検鏡、ラジオグラフィー、シンチレーションカウンティングなどが挙げられる。示差発現されるポリペプチドのレベルまたは量の定性的または定量的な検出の任意の適切な代替の方法が、使用され得る（例えば、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット、免疫沈降、ラジオイムノアッセイなど）。
【０１３８】
（ｍＲＮＡ検出）　本発明の診断方法はまた、もしくはあるいは、本発明の示差発現されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子によってコードされるｍＲＮＡの検出を包含する。特定のｍＲＮＡを検出するための当該分野において公知の任意の適切な定性的または定量的な方法が、使用され得る。ｍＲＮＡは、例えば、組織切片におけるインサイチュハイブリダイゼーションによって、逆転写酵素−ＰＣＲによって、またはポリＡ＋ｍＲＮＡを含むノーザンブロットにおいて、検出され得る。当業者は容易に、２つのサンプル間のｍＲＮＡ転写物の大きさまたは量における差異を検出するために、これらの方法を使用し得る。サンプル中のｍＲＮＡ発現レベルはまた、サンプルからの発現される配列タグ（ＥＳＴ）のライブラリーの作製によって決定され得、ここではＥＳＴライブラリーは、サンプル中に存在する配列の代表である（Ａｄａｍｓら（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２５２：１６５１）。ライブラリー内のＥＳＴの相対的な表示の列挙は、開始サンプル内の遺伝子転写物の相対的な表示を近似するために使用され得る。次いで、試験サンプルのＥＳＴ分析の結果は、参照サンプルのＥＳＴ分析と比較されて、選択されるポリヌクレオチド、特に本明細書中に記載される１つ以上の示差発現される遺伝子に対応するポリヌクレオチドの相対的な発現レベルを決定し得る。あるいは、試験サンプル中の遺伝子発現は、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）方法論（例えば、Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９５）２７０：４８４）またはディファレンシャルディスプレイ（ＤＤ）方法論（例えば、米国特許第５，７７６，６８３号；および米国特許第５，８０７，６８０号を参照のこと）を使用して行われ得る。
【０１３９】
あるいは、遺伝子発現は、ハイブリダイゼーション分析を使用して分析され得る。オリゴヌクレオチドまたはｃＤＮＡは、特異的な配列組成のＤＮＡまたはＲＮＡ、および定性的または定量的に決定された公知の捕獲配列にハイブリダイズするＲＮＡまたはｃＤＮＡの量を選択的に同定または捕獲するために、サンプル中の細胞性メッセージのプール内の特定のメッセージの相対的な表示についての情報を提供するために、使用され得る。ハイブリダイゼーション分析は、例えば、高密度形式を有するアレイベースの技術（濾過、顕微鏡スライド、もしくはマイクロチップを含む）、または分光学的分析（例えば、質量分析）を用いる溶液ベースの技術を使用することによって、数百〜数千の遺伝子の相対的な発現の同時のスクリーニングを可能にするように設計され得る。本発明の診断方法におけるアレイの１つの例示的な使用は、以下により詳細に記載される。
【０１４０】
（診断適用における単一遺伝子の使用）　本発明の診断方法は、単一の示差発現される遺伝子の発現に集中し得る。例えば、診断方法は、示差発現される遺伝子、または疾患と関連したこのような遺伝子の多型（例えば、コード領域または制御領域における多型）を検出する工程を包含し得る。疾患関連性の多型は、遺伝子の欠失または短縮、発現レベルを変化するおよび／またはコードされるタンパク質の活性に影響する変異などを含み得る。
【０１４１】
多くの方法が、特異的な配列（例えば、疾患関連性の多型）の存在について核酸を分析するために利用可能である。大量のＤＮＡが利用可能である場合、ゲノムＤＮＡが直接的に使用される。あるいは、目的の領域は、適切なベクターにクローン化され、そして分析のために十分な量で増殖される。示差発現される遺伝子を発現する細胞は、ｍＲＮＡの供給源として使用され得、これは直接的にアッセイされ得るか、分析のためにｃＤＮＡに逆転写され得る。核酸は、分析のために十分な量を提供するために、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のような従来の技術によって増幅され得、そして検出可能な標識が、検出を容易にするために増幅反応（例えば、検出可能に標識されるプライマーまたは検出可能に標識されるオリゴヌクレオチドを使用する）に含まれ得る。あるいは、多型を検出する手段としてオリゴヌクレオチドライゲーションを利用する種々の方法がまた、当該分野において公知である。例えば、Ｒｉｌｅｙら、Ｎｕｃｌ．　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９９０）１８：２８８７；およびＤｅｌａｈｕｎｔｙら、Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．（１９９６）５８：１２３９を参照のこと。
【０１４２】
増幅されたまたはクローン化されたサンプル核酸は、当該分野において公知の多くの方法のうちの１つによって分析され得る。核酸は、ジデオキシ法または他の方法によって配列決定され得、塩基の配列は、選択される配列と、例えば、野生型配列と比較され得る。多型配列または改変体配列でのハイブリダイゼーションはまた、サンプル中のその存在を決定するために使用され得る（例えば、サザンブロット、ドットブロットなどによる）。米国特許第５，４４５，９３４号において、またはＷＯ９５／３５５０５において記載されるように、固体支持体に固定化されるオリゴヌクレオチドプローブのアレイに対する、多型配列または改変体配列、およびコントロール配列のハイブリダイゼーションパターンはまた、疾患と関連する多型配列または改変体配列を同定する手段として使用され得る。ゲルマトリクスにおける１本鎖高次構造多型（ｓｉｎｇｌｅ　ｓｔｒａｎｄ　ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）（ＳＳＣＰ）分析、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、およびヘテロ２本鎖分析は、電気泳動移動度における変化としてＤＮＡ配列の改変によって作製される高次構造変化を検出するために使用される。あるいは、多型が制限エンドヌクレアーゼについての認識部位を作製または破壊する場合、サンプルは、エンドヌクレアーゼで消化され、そして産物の大きさが、フラグメントが消化されたか否かを決定するために分画される。分画は、ゲル電気泳動またはキャピラリー電気泳動、特にアクリルアミドゲルまたはアガロースゲルによって、行われる。
【０１４３】
（遺伝子における変異についてのスクリーニングは、タンパク質の機能的なまたは抗原性特性に基づき得る）　タンパク質短縮アッセイは、タンパク質の生物学的活性に影響し得る欠失を検出する際に有用である。タンパク質における多型を検出するために設計される種々の免疫アッセイが、スクリーニングにおいて使用され得る。多くの種々の遺伝子変異が、特定の疾患表現型を導いた場合、機能的なタンパク質アッセイが、有効なスクリーニングツールであることを証明された。コードされるタンパク質の活性は、野生型タンパク質との比較によって決定され得る。
【０１４４】
（癌の診断、予後、治療の評価（セラメトリクス（ｔｈｅｒａｍｅｔｒｉｃｓ）および管理）
本発明のポリヌクレオチドおよびそれらの遺伝子産物は、発癌経路に沿う最も初期の変化を検出する遺伝子マーカーまたは生化学的マーカー（例えば、血液もしくは組織中の）として、ならびに／または種々の治療学的および予防的介入の効力をモニターするために、特に重要である。例えば、特定のポリヌクレオチドの発現のレベルは、より貧弱な予後の指標であり得、それゆえ、患者に対してより攻撃的な化学療法または放射線療法を保証し、逆もまた同じである。患者における処置の応答および結果に関連して新規な代理の腫瘍特異的特徴との相関は、腫瘍の分子プロフィールに基づいて作製される治療の設計を許容する予後の指標を規定し得る。これらの治療は、抗体標的化、アンタゴニスト（例えば、低分子）および遺伝子治療を包含する。特定のポリヌクレオチドの発現を決定すること、ならびに患者のプロフィールを正常な組織および疾患の改変体における公知の発現と比較することは、処置の特異性に関して、および患者の苦痛のないレベルに関しての両方で、患者についての最も良好な可能な処置の決定を可能にする。ポリヌクレオチド発現のような代理の腫瘍マーカーはまた、より良好な分類のために、従って、癌の異なる形態および疾患状態を診断および処置するために、使用され得る。本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現レベルの同定から得られ得る腫瘍学において広範に使用される２つの分類は、癌障害の病期分類、および癌組織の性質の悪性度分類である。
【０１４５】
示差的に発現される遺伝子に対応するポリヌクレオチド、ならびにそれらのコードされる産物は、潜在的に悪性の事象を、それらがひどい形態学的レベルで検出可能である前に、分子レベルで検出するために、癌を有するかまたは癌に感受性の患者をモニターするために有用であり得る。さらに、本発明のポリヌクレオチドならびにこのようなポリヌクレオチドに対応する遺伝子は、例えば、治療の前、治療の間、および治療後に、患者における腫瘍の負荷（ｂｕｒｄｅｎ）を評価するために、例えば、ポリヌクレオチドまたはそれらのコードされた遺伝子産物を使用することによる治療の効力を評価するためのセラメトリクスとして有用であり得る。
【０１４６】
さらに、１つの型の癌において示差的に発現され、従ってこの癌において重要である遺伝子に対応するとして同定されたポリヌクレオチドは、例えば、ポリヌクレオチドが種々の癌の型にわたって示差的に発現される遺伝子を表す場合、他の型の癌の発生または発生の危険に関連し得る。従って、例えば、転移性結腸癌について臨床的関連性を有する遺伝子に対応するポリヌクレオチドの発現はまた、胃癌または子宮内膜癌について臨床学的関連性を有し得る。
【０１４７】
（病期分類化）
病期分類化は、患者において癌性状態がどのくらい進行しているのかを説明するために医師により使用されるプロセスである。病期分類化は、予後の決定、処置の計画、およびそのような処置の結果の評価をする際に医師を補助する。病期分類化の系は、癌の型によって異なるが、一般に、以下の「ＴＮＭ」系を含む：腫瘍の型（Ｔと示される）；その癌がリンパ節近辺に転移したか否か（Ｎと示される）；およびその癌が体のより離れた部分に転移したか否か（Ｍと示される）。一般に、癌が、いずれのリンパ節にも広がることなく一次病変の領域においてのみ検出可能である場合、それを病期Ｉと呼ぶ。癌が、最も近いリンパ節にのみ広がった場合、それを病期ＩＩを呼ぶ。病期ＩＩＩにおいて、癌は、一般に、一次病変部位にほぼ近位のリンパ節に広がった。体の離れた部分（例えば、肝臓、骨、脳、または他の部位）に広がった癌は、病期ＩＶであり、最も進行した状態である。
【０１４８】
本発明のポリヌクレオチドは、癌の攻撃性（例えば、転移の可能性）についてのマーカー、ならびに体の異なる領域におけるその存在を同定することによって、病期分類化プロセスの微調整を容易にし得る。従って、高い転移の可能性のある癌を示すポリヌクレオチドを有する病期ＩＩの癌は、境界上の病期ＩＩの腫瘍を、病期ＩＩＩの腫瘍に変化するために使用され得、このことはより積極的な治療を正当化する。逆に、より低い転移可能性を示すポリヌクレオチドの存在は、腫瘍のより保存的な病期分類化を可能にする。
（癌の類別）
類別とは、腫瘍がそれと同じ型の正常組織とどれくらい密接に類似するかを説明するために使用される用語である。腫瘍の微視的な外見を使用して、細胞形態、細胞組織化、および他の分化のマーカーのようなパラメーターに基づく腫瘍の類別を同定する。一般的な規則として、腫瘍の類別は、その増殖速度または攻撃性に対応し、未分化の腫瘍または高い類別の腫瘍は、十分に分化した腫瘍または低い類別の腫瘍よりも攻撃的である。以下の指針が、一般に、腫瘍の類別のために使用される：１）ＧＸ　類別が評価され得ない；２）Ｇ１　十分に分化している；３）Ｇ２　中程度に十分に分化している；４）Ｇ３　あまり分化していない；５）Ｇ４　未分化。本発明のポリヌクレオチドは、腫瘍の類別の決定において特に役立ち得る。なぜならば、本発明のポリヌクレオチドは、腫瘍の細胞の分化状態の決定を補助し得るのみならず、腫瘍の攻撃性（例えば、転移の可能性）を決定するのに役立つ、分化以外の要素も同定し得るからである。
【０１４９】
（結腸癌の検出）
適切な発現パターンを示す遺伝子に対応するポリヌクレオチドは、被験体において結腸癌を検出するために使用され得る。結腸直腸癌は、ヒトにおける最も一般的な新生物の１つであり、そしておそらく遺伝性の新生物の最も高頻度の形態である。予防および初期の検出は、結腸直腸癌を制御および治癒する際の重要な因子である。結腸直腸癌は、結腸の内層において形成する、小さい良性の細胞増殖物であるポリープとして開始する。数年間の期間にわたって、これらのポリープのいくつかはさらなる変異を蓄積し、そして癌性になる。複数の家族性結腸直腸癌障害が同定されており、これは以下のようにまとめられる：１）家族性腺腫様ポリポーシス（ＦＡＰ）；２）ガードナー症候群；３）遺伝性非ポリポーシス結腸癌（ＨＮＰＣＣ）；および４）Ａｓｈｋｅｎａｚｉ　Ｊｅｗｓにおける家族性結腸直腸癌。本発明の適切なポリヌクレオチドの発現は、結腸直腸癌の診断、予後、および管理において使用され得る。結腸癌の検出は、任意のこれらの配列の発現レベルを、単独で、または発現レベルと組合わせて使用して決定され得る。結腸癌の攻撃性の性質および／または転移可能性の決定は、本発明の１つ以上のポリヌクレオチドのレベルを比較し、そして癌性組織において変化することが知られる別の配列（例えば、ｐ５３、ＤＣＣ　ｒａｓ、ｌｏｒ　ＦＡＰの発現）の総レベルを比較することによって決定され得る（例えば、Ｆｅａｒｏｎ　ＥＲら、Ｃｅｌｌ（１９９０）６１（５）：７５９；Ｈａｍｉｌｔｏｎ　ＳＲら、Ｃａｎｃｅｒ（１９９３）７２：９５７；Ｂｏｄｍｅｒ　Ｗら、Ｎａｔ　Ｇｅｎｅｔ．（１９９４）４（３）：２１７；Ｆｅａｒｏｎ　ＥＲ、Ａｎｎ　ＮＹ　Ａｃａｄ　Ｓｃｉ．（１９９５）７６８：１０１を参照のこと）。例えば、結腸癌の発症は、癌遺伝子（例えば、ｒａｓ）または腫瘍抑制遺伝子（例えば、ＦＡＰまたはｐ５３）のレベルに対する本発明の任意のポリヌクレオチドの比率を試験することによって検出され得る。従って、特異的マーカーポリヌクレオチドの発現は、正常な結腸組織と癌性の結腸組織との間を区別するため、起源の異なる細胞を有する結腸癌の間を区別するため、異なる潜在的転移速度を伴う結腸癌の間を区別するためなどに、使用され得る。癌のマーカーの総説については、例えば、Ｈａｎａｈａｎら（２０００）Ｃｅｌｌ　１００：５７−７０を参照のこと。
【０１５０】
（前立腺癌の検出）
適切な差示的発現パターンを示すポリヌクレオチドならびにそれらの対応する遺伝子および遺伝子産物は、被験体における前立腺癌を検出するために使用され得る。９５％を超える一次前立腺癌は、腺癌である。徴候および症状には、以下が挙げられ得る：頻尿（特に夜間）、排尿不能、排尿の開始または抑制の困難、弱いかまたは中断された尿流、ならびに下半身背部、臀部または大腿上方における頻繁な痛みまたは凝り。
【０１５１】
前立腺癌の多くの徴候および症状が、種々の他の非癌性状態によって引き起こされ得る。例えば、多くのこれらの徴候および症状のうちの１つの一般的な原因は、良性の前立腺肥大、すなわちＢＰＨと呼ばれる状態である。ＢＰＨにおいて、前立腺はより大きくなり、そして尿流をブロックし得るか、あるいは性的機能を妨げ得る。本発明の方法および組成物は、前立腺癌とこのような非癌性状態との間を区別するために使用され得る。本発明の方法は、従来の診断方法（例えば、デジタル直腸試験（ｄｉｇｉｔａｌ　ｒｅｃｔａｌ　ｅｘａｍ）および／または前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）（前立腺により産生されかつ分泌される物質）のレベルの検出）と組み合わされて使用され得る。
【０１５２】
（乳癌の検出）
大多数の乳癌は、腺癌腫のサブタイプであり、これは以下のようにまとめられ得る：１）腺管癌インサイチュ（ＤＣＩＳ）、面皰癌を含む；２）浸潤性（または侵襲性）腺管癌（ＩＤＣ）；３）小葉癌インサイチュ（ＬＣＩＳ）；４）浸潤性（または侵襲性）小葉癌（ＩＬＣ）；５）炎症性乳癌；６）髄様癌；７）粘液性癌；８）乳頭のパジェット病；９）葉状腫瘍、および１０）管状腫癌。
【０１５３】
本発明のポリヌクレオチドの発現は、乳癌の診断および管理において、ならびに乳癌の型の間を区別するために使用され得る。乳癌の検出は、本発明の任意の適切なポリヌクレオチドの発現レベルを、単独でかまたは組合わせてかのいずれかで使用して決定され得る。乳癌の攻撃性の性質および／または転移可能性の決定はまた、本発明の１つ以上のポリヌクレオチドのレベルを比較し、そして癌性組織において変化することが知られる別の配列のレベル（例えば、ＥＲ発現）を比較することによって決定され得る。さらに、乳癌の発生は、ステロイドホルモン（例えば、テストステロンもしくはエストロゲン）のレベル、または他のホルモン（例えば、成長ホルモン、インスリン）に対して、差示的に発現されるポリヌクレオチドの発現の比率を試験することによって、検出され得る。従って、特異的マーカーポリヌクレオチドの発現は、正常な乳房組織と癌性の乳房組織との間を区別するため、起源の異なる細胞を有する乳癌の間を区別するため、異なる潜在的な転移速度を伴う乳癌の間を区別するためなどに、使用され得る。
【０１５４】
（肺癌の検出）
本発明のポリヌクレオチドは、被験体において肺癌を検出するために使用され得る。１ダースよりも多くの異なる種類の肺癌が存在するが、肺癌の２つの主な型は、小細胞および非小細胞であり、これらは全ての肺癌症例のうちの約９０％を包含する。小細胞癌腫（燕麦細胞癌とも呼ばれる）は通常、より大きな気管支の１つにおいて開始し、非常に迅速に増殖し、そして診断の時までには大きくなる傾向がある。非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）は、肺癌の３つの一般的なサブタイプから構成される。類表皮癌腫（偏平上皮細胞癌腫とも呼ばれる）は通常、より大きな気管支の１つにおいて開始し、そして比較的ゆっくりと増殖する。これらの腫瘍のサイズは、非常に小さいサイズから非常に大きいサイズまでの範囲であり得る。腺癌腫は、肺の外側の表面近くで増殖を開始し、そしてサイズおよび増殖速度の両方において変化し得る。いくつかのゆっくりと増殖する腺癌腫は、肺胞細胞癌として記載される。大きな細胞癌腫は、肺の表面近くで開始し、迅速に増殖し、そして診断されるときには、増殖は通常、非常に大きい。肺癌の他のあまり一般的でない形態は、カルチノイド、円柱腫、粘膜表皮性中皮腫および悪性中皮腫である。
【０１５５】
本発明のポリヌクレオチド、例えば、正常細胞対癌性肺細胞（例えば、高いまたは低い転移可能性の腫瘍細胞）において、もしくは癌性肺細胞の型の間（例えば、高い転移性対低い転移性）で、差示的に発現されるポリヌクレオチドは、肺癌の型を区別するために、ならびにある患者の癌に特異的な特徴を同定するために、および適切な治療を選択するために、使用され得る。例えば、患者の生検が、低い転移可能性と関連するポリヌクレオチドを発現する場合、これは病変を除去するための外科手術において患者の肺のより大きな部分を残すことを正当化し得る。あるいは、高い転移可能性と関連するポリヌクレオチドの発現を伴うより小さな病変は、転移が病理学的試験によって同定され得ない場合であっても、肺組織および／またはその周囲のリンパ節のより根治的な除去を正当化し得る。
【０１５６】
（ペプチドアナログおよびアンタゴニストについてスクリーニングするためのポリヌクレオチドの使用）
本発明のポリヌクレオチドおよび対応する全長遺伝子によってコードされるポリぺプチドは、コードされるポリぺプチドの中からレセプターのような結合パートナーを同定するために、ペプチドライブラリーをスクリーニングするために使用され得る。ペプチドライブラリーは、当該分野において公知の方法に従って合成され得る（例えば、米国特許第５，０１０，１７５号およびＷＯ９１／１７８２３を参照のこと）。本発明のポリぺプチドのアゴニストまたはアンタゴニストは、シグナル伝達、抗体結合、レセプター結合、分裂促進アッセイ、走化性アッセイなどのような当該分野において公知の任意の利用可能な方法を使用してスクリーニングされ得る。アッセイ条件は、理想的には、ネイティブな活性がインビボで示される条件、すなわち、生理学的ｐＨ、温度、およびイオン強度下の条件に類似するべきである。適切なアゴニストまたはアンタゴニストは、被験体において毒性の副作用を引き起こさない濃度で、ネイティブな活性の強力な阻害または増強を示す。ネイティブなポリぺプチドへの結合について競合するアゴニストまたはアンタゴニストは、ネイティブな濃度に等しいかまたはそれよりも高い濃度を必要とし得るが、ポリぺプチドに不可逆的に結合し得るインヒビターは、ネイティブな濃度程度の濃度で添加され得る。
【０１５７】
このようなスクリーニングおよび実験は、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子またはｃＤＮＡによってコードされる、レセプターのような新規なポリぺプチド結合パートナー、および新規な結合パートナーの少なくとも１つのペプチドアゴニストまたはペプチドアンタゴニストの同定を導き得る。このようなアゴニストおよびアンタゴニストは、レセプターがネイティブである細胞において、または遺伝子操作の結果としてレセプターを保持する細胞において、レセプター機能を調節、増強、または阻害するために使用され得る。さらに、新規なレセプターが公知のレセプターと生物学的に重要な特徴を共有する場合、アゴニスト／アンタゴニスト結合についての情報は、公知のレセプターの改善されたアゴニスト／アンタゴニストの開発を容易にし得る。
【０１５８】
（薬学的組成物および使用）
薬学的組成物は、特許請求された本発明の差示的に発現される遺伝子（例えば、抗体またはポリヌクレオチド（アンチセンスヌクレオチドおよびリボザイムを含む））によって生成されるポリペプチドに特異的に結合するポリペプチド、レセプターを、治療的有効量で含み得る。この組成物は、一次腫瘍および一次腫瘍の転移を処置するために使用され得る。さらに、この薬学的組成物は、従来の癌処置方法と組み合わせて使用されて、例えば、照射または従来の化学療法に対して腫瘍を感受性にし得る。
【０１５９】
この薬学的組成物が、差示的に発現される遺伝子によってコードされる遺伝子産物に特異的に結合するレセプター（例えば、抗体）を含む場合、このレセプターは、処置部位への送達のために薬物とカップリングされ得るか、または検出可能な標識とカップリングされて、結腸癌細胞を含む部位の画像化を容易にし得る。抗体を薬物および検出可能な標識にカップリングするための方法は、検出可能な標識を使用する画像化のための方法同様、当該分野で周知である。
【０１６０】
本明細書中で使用される場合、用語「治療的有効量」は、所望の疾患もしくは状態を処置、軽減、または予防するための、または検出可能な治療的効果または予防的効果を示すための、治療的薬剤の量をいう。効果は、例えば、化学マーカーまたは抗原レベルによって検出され得る。治療的効果はまた、体温の低下のような身体的症状における減少を含む。被験体についての正確な有効量は、被験体のサイズおよび健康、状態の性質および程度、ならびに投与のために選択される治療薬または治療薬の組合せに依存する。従って、正確な有効量を予め特定することは有用ではない。しかし、所定の状態についての有効量は、日常的な実験によって決定され、かつ臨床医の判断の範囲内である。本発明の目的のために、有効用量は、一般に、これが投与される個体において、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇ、または０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇのＤＮＡ構築物である。
【０１６１】
薬学的組成物はまた、薬学的に受容可能なキャリアを含み得る。用語「薬学的に受容可能なキャリア」は、抗体またはポリぺプチドのような治療的薬剤、遺伝子、および他の治療的薬剤の投与のためのキャリアをいう。この用語は、組成物を受ける個体に有害な抗体の生成をそれ自身誘導せず、かつ過度の毒性を伴わずに投与され得る任意の薬学的キャリアをいう。適切なキャリアは、タンパク質、多糖、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマーアミノ酸、アミノ酸コポリマー、および不活性なウイルス粒子のような大きな、ゆっくりと代謝される高分子であり得る。このようなキャリアは当業者に周知である。治療的組成物における薬学的に受容可能なキャリアとしては、水、生理食塩水、グリセロール、およびエタノールのような液体が挙げられ得る。湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝化剤などのような補助物質もまた、このようなビヒクルに存在し得る。代表的に、治療的組成物は、注射可能な、液体溶液または懸濁液のいずれかとして調製され；注射の前に液体ビヒクル中に入れて溶液または懸濁液とするのに適切な固体形態もまた、調製され得る。リポソームは、薬学的に受容可能なキャリアの定義内に含まれる。薬学的に受容可能な塩（例えば、塩酸塩、臭化水素酸塩、リン酸塩、硫酸塩などのような無機酸塩；および酢酸塩、プロピオン酸塩、マロン酸塩、安息香酸塩などのような有機酸の塩）もまた、薬学的組成物中に存在し得る。薬学的に受容される腑形剤の徹底的な考察は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ　Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍａｃｋ　Ｐｕｂ．　Ｃｏ．、Ｎ．Ｊ．　１９９１）において利用可能である。
【０１６２】
（送達方法）
一旦処方されると、本発明の組成物は、（１）被験体に直接的に投与され得る（例えば、ポリヌクレオチドまたはポリぺプチドとして）か；または（２）被験体に由来する細胞にエクスビボで送達され得る（例えば、エクスビボ遺伝子治療におけるように）。組成物の直接的な送達は一般に、非経口注射（例えば、皮下、腹腔内、静脈内もしくは筋肉内、腫瘍内、または組織の間隙空間への）によって達成される。投与の他の態様としては、経口投与および肺投与、坐薬、および経皮適用、針、および遺伝子銃または皮下噴射器（ｈｙｐｏｓｐｒａｙ）が挙げられる。投薬処置は、単回用量スケジュールまたは複数用量スケジュールであり得る。
【０１６３】
エクスビボ送達および被験体への形質転換された細胞の再移植のための方法は、当該分野において公知であり、そして例えば、国際公開第ＷＯ９３／１４７７８号において記載される。エクスビボ適用において有用な細胞の例としては、例えば、幹細胞、特に造血幹細胞、リンパ細胞、マクロファージ、樹状細胞、または腫瘍細胞が挙げられる。一般に、エクスビボ適用およびインビトロ適用のための核酸の送達は、例えば、デキストラン媒介性のトランスフェクション、リン酸カルシウム沈澱、ポリブレン媒介性のトランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、リポソーム中のポリヌクレオチドのカプセル化、および核へのＤＮＡの直接的なマイクロインジェクションによって達成され得、これらは全て当該分野において周知である。
【０１６４】
一旦、本発明のポリヌクレオチドに対応する遺伝子の差示的発現が、新生物、形成異常、および過形成のような、増殖障害と相関することが見出されると、この障害は、提供されるポリヌクレオチド、対応するポリぺプチド、または他の対応する分子（例えば、アンチセンス、リボザイムなど）に基づく治療的薬剤の投与による処置に影響を受け入れ得る。他の実施形態において、この障害は、低分子薬物（例えば、正常細胞と比較して癌性細胞において発現が増大した遺伝子のコードされた遺伝子産物の機能のインヒビター（アンタゴニスト）としてか、または癌性細胞において発現が減少した遺伝子産物に対するアゴニストとして作用して、例えば、腫瘍サプレッサーとして作用する遺伝子産物の活性を促進する）の投与による処置を受け入れ得る。
【０１６５】
本発明の薬学的組成物の投与の用量および手段は、治療的組成物の特定の性質、患者の状態、年齢、および体重、疾患の進行、ならびに他の関連の因子に基づいて決定される。例えば、本発明のポリヌクレオチド治療的組成物薬剤の投与は、局所投与または全身投与を含み、これらとしては、注射、経口投与、パーティクルガン、またはカテーテル法による投与、および局所的な投与が挙げられる。好ましくは、治療的ポリヌクレオチド組成物は、本発明のポリヌクレオチドの少なくとも１２、２２、２５、３０、または３５連続するｎｔのポリヌクレオチドに作動可能に連結されるプロモーターを含有する発現構築物を含む。種々の方法が、治療的組成物を身体の特定の部位に直接的に投与するために使用され得る。例えば、小さな転移性病変が位置づけられ、そして治療的組成物が、腫瘍体内のいくつかの異なる位置において数回注射される。あるいは、腫瘍に供給する動脈が同定され、そして治療的組成物が、この組成物を腫瘍に直接的に送達するために、このような動脈に注射される。壊死中心を有する腫瘍は吸引され、そして組成物は、腫瘍のいまや空の中心に直接的に注射される。アンチセンス組成物は、例えば、組成物の局所的な適用によって腫瘍の表面に直接的に投与される。Ｘ線画像化は、特定の上述の送達法を補助するために使用される。
【０１６６】
アンチセンスポリヌクレオチド、サブゲノムポリヌクレオチド、または特定の組織に対する抗体を含有する治療的組成物の標的化送達もまた、使用され得る。レセプター媒介性のＤＮＡ送達技術は、例えば、Ｆｉｎｄｅｉｓら、Ｔｒｅｎｄｓ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９９３）１１：２０２；Ｃｈｉｏｕら、Ｇｅｎｅ　Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ　Ａｎｄ　Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ　Ｏｆ　Ｄｉｒｅｃｔ　Ｇｅｎｅ　Ｔｒａｎｓｆｅｒ（Ｊ．Ａ．Ｗｏｌｆｆ編）（１９９４）；Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８８）２６３：６２１；Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９４）２６９：５４２；Ｚｅｎｋｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）（１９９０）８７：３６５５；Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９９１）２６６：３３８において記載される。ポリヌクレオチドを含有する治療的組成物は、遺伝子治療プロトコルにおける局所投与について、約１００ｎｇ〜約２００ｍｇの範囲のＤＮＡで投与される。約５００ｎｇ〜約５０ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約５μｇ〜約５００μｇ、および約２０μｇ〜約１００μｇのＤＮＡの濃度範囲はまた、遺伝子治療プロトコルの間に使用され得る。（例えば、コードされる遺伝子産物のレベルを増強または阻害するための）作用の方法、ならびに形質転換および発現の効力のような因子は、アンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドの最大の効力のために必要とされる投薬量に影響する、考慮すべき事柄である。組織のより大きな領域にわたってより高い発現が所望される場合、アンチセンスサブゲノムポリヌクレオチドのより多くの量、もしくは投与の継続的なプロトコルにおいて再投与される同じ量、または例えば、腫瘍部位の異なる隣接組織部分または近傍の組織部分への数回の投与が、ポジティブな治療的結果を達成するために必要とされ得る。全ての場合において、臨床試験における日常的な実験は、至適な治療的効果のための特定の範囲を決定する。抗炎症活性を有するポリぺプチドまたはタンパク質をコードするポリヌクレオチド関連性の遺伝子についての、適切な使用、用量、および投与は、米国特許第５，６５４，１７３号において記載される。
【０１６７】
本発明の治療的ポリヌクレオチドおよびポリぺプチドは、遺伝子送達ビヒクルを使用して送達され得る。遺伝子送達ビヒクルは、ウイルス起源または非ウイルス起源であり得る（概して、Ｊｏｌｌｙ、Ｃａｎｃｅｒ　Ｇｅｎｅ　Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）１：５１；Ｋｉｍｕｒａ、Ｈｕｍａｎ　Ｇｅｎｅ　Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９４）５：８４５；Ｃｏｎｎｅｌｌｙ、Ｈｕｍａｎ　Ｇｅｎｅ　Ｔｈｅｒａｐｙ（１９９５）１：１８５；およびＫａｐｌｉｔｔ、Ｎａｔｕｒｅ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（１９９４）６：１４８を参照のこと）。このようなコード配列の発現は、内因性の哺乳動物プロモーターまたは異種プロモーターを使用して誘導され得る。コード配列の発現は、構成的または調節性のいずれかであり得る。
【０１６８】
所望のポリヌクレオチドの送達および所望の細胞における発現のためのウイルスベースのベクターは、当該分野において周知である。例示的なウイルスベースのビヒクルとしては、組換えレトロウイルス（例えば、ＷＯ９０／０７９３６；ＷＯ９４／０３６２２；ＷＯ９３／２５６９８；ＷＯ９３／２５２３４；米国特許第５，２１９，７４０号；ＷＯ９３／１１２３０；ＷＯ９３／１０２１８；米国特許第４，７７７，１２７号；英国特許第２，２００，６５１号；ＥＰ　０　３４５　２４２；およびＷＯ９１／０２８０５を参照のこと）、アルファウイルスベースのベクター（例えば、シンドビスウイルスベクター、セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣ　ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ　ＶＲ−１２４７）、ロスリバーウイルス（ＡＴＣＣ　ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ　ＶＲ−１２４６）、およびベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣ　ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ　ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ　ＶＲ　１２４９；ＡＴＣＣ　ＶＲ−５３２）、およびアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（例えば、ＷＯ９４／１２６４９、ＷＯ９３／０３７６９；ＷＯ９３／１９１９１；ＷＯ９４／２８９３８；ＷＯ９５／１１９８４、およびＷＯ９５／００６５５を参照のこと）が挙げられるが、これらに限定されない。Ｃｕｒｉｅｌ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ　Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７において記載されるような殺傷されたアデノウイルスに連結されるＤＮＡの投与もまた、用いられ得る。
【０１６９】
非ウイルス送達ビヒクルおよび方法がまた、用いられ得、殺傷されたアデノウイルス単独に連結されるかまたは連結されないポリカチオン性の濃縮ＤＮＡ（例えば、Ｃｕｒｉｅｌ、Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ　Ｔｈｅｒ．（１９９２）３：１４７を参照のこと）；リガンド連結ＤＮＡ（例えば、Ｗｕ、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８９）２６４：１６９８５を参照のこと）；真核生物細胞送達ビヒクル細胞（例えば、米国特許第５，８１４，４８２号；ＷＯ９５／０７９９４；ＷＯ９６／１７０７２；ＷＯ９５／３０７６３；およびＷＯ９７／４２３３８を参照のこと）、ならびに核電荷中和、または細胞膜との融合が挙げられるがこれらに限定されない。裸のＤＮＡもまた、用いられ得る。例示的な裸のＤＮＡの導入方法は、ＷＯ９０／１１０９２および米国特許第５，５８０，８５９号において記載される。遺伝子送達ビヒクルとして作用し得るリポソームは、米国特許第５，４２２，１２０号；ＷＯ９５／１３７９６号；ＷＯ９４／２３６９７；ＷＯ９１／１４４４５；およびＥＰ　０５２４９６８において記載される。さらなるアプローチは、Ｐｈｉｌｉｐ、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９４）１４：２４１１、およびＷｏｆｆｅｎｄｉｎ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（１９９４）９１：１５８１において記載される。
【０１７０】
使用のために適切なさらなる非ウイルス送達は、Ｗｏｆｆｅｎｄｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９４）９１（２４）：１１５８１において記載されるアプローチのような機械的送達系を含む。さらに、コード配列およびこのような配列の発現の産物は、光重合ヒドロゲル材料の沈着または電離放射線の使用を介して送達され得る（例えば、米国特許第５，２０６，１５２号およびＷＯ９２／１１０３３を参照のこと）。コード配列の送達のために使用され得る遺伝子送達のための他の従来の方法としては、例えば、手持ちの遺伝子移入パーティクルガン（例えば、米国特許第５，１４９，６５５号を参照のこと）の使用；移入された遺伝子の活性化のための電離放射線の使用（例えば、米国特許第５，２０６，１５２号およびＷＯ９２／１１０３３を参照のこと）が挙げられる。
【０１７１】
本発明は、特に有利な実施形態を記載する以下の実施例を参照することによって、今や説明される。しかし、これらの実施形態は説明であって、本発明を制限するとしてはいかようにも解釈されないことに、留意されるべきである。
【０１７２】
（実施例）
以下の実施例は、当業者に、本発明を作製および使用する方法の完全な開示および説明を提供するために記載されており、そして本発明者らが自分の発明であるとみなすものの範囲を限定することも、以下の実験が実施された実験の全てまたはそれのみであることを意味するものであることも、意図されない。本発明の処方物、投与量、投与の方法および他のパラメータが、本発明の精神および範囲より逸脱せずに、種々の方法においてさらに改変され得るか、もしくは置換され得るということが当業者に対して容易に明らかである。使用される数（例えば、量、温度など）に関する正確さを確実にするために努力がなされたが、いくらかの実験誤差および偏差が考慮されるべきである。他に示さない限り、部は重量部であり、分子量は重量平均分子量であり、温度はセ氏の温度であり、そして圧力は大気圧の近くである。
【０１７３】
（実施例１：生物学的材料の供給源およびその生物学的材料によって発現される新規なポリヌクレオチドの概要）
新規なポリヌクレオチドを代表し得る候補ポリヌクレオチドを、選択された細胞株および患者の組織から作製したｃＤＮＡライブラリーから得た。候補ポリヌクレオチドを得るために、ｍＲＮＡをいくつかの選択された細胞株および患者の組織から単離し、そしてｃＤＮＡライブラリーを構築するために使用した。これらのｃＤＮＡライブラリーの供給源として働く細胞および組織を、以下の表１に要約する。
【０１７４】
ヒト結腸癌細胞株Ｋｍ１２Ｌ４−Ａ（Ｍｏｒｉｋａｗａら，Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９８８）４８：６８６３）は、ＫＭ１２Ｃ細胞株から誘導される。このＫＭ１２Ｃ細胞株（Ｍｏｒｉｋａｗａら、Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（１９８８）４８：１９４３−１９４８）（これは、転移性が乏しい（低転写性である））は、Ｄｕｋｅ病期Ｂ２の外科的標本からの培養物において樹立された（Ｍｏｒｉｋａｗａら、Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（１９８８）４８：６８６３）。ＫＭ１２Ｌ４−Ａは、ＫＭ１２Ｃに由来する非常に転移性の亜株である（Ｙｅａｔｍａｎら、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．（１９９５）２３：４００７；Ｂａｏ−Ｌｉｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ａｎｎｕ．Ｍｅｅｔ．Ａｍ．Ａｓｓｏｃ．Ｃａｎｃｅｒ．Ｒｅｓ．（１９９５）２１：３２６９）。ＫＭ１２ＣおよびＫＭ１２Ｃ由来の細胞株（例えば、ＫＭ１２Ｌ４、ＫＭ１２Ｌ４−Ａなど）は、結腸癌の研究についてのモデル細胞株として当該分野において十分に認識される（例えば、Ｍｏｒｉａｋａｗａら、前出；Ｒａｄｉｎｓｋｙら、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（１９９５）１：１９；Ｙｅａｔｍａｎら（１９９５）前出；Ｙｅａｔｍａｎら、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ（１９９６）１４：２４６を参照のこと）。
【０１７５】
ＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞株（Ｂｒｉｎｋｌｅｙら、Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（１９８０）４０：３１１８−３１２９）は、もともと、胸水から単離され（Ｃａｉｌｌｅａｕ，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ．Ｉｎｓｔ．（１９７４）５３：６６１）、そして転写の可能性が高く、そして胸部癌腫と一致して、ヌードマウスにおいてあまり分化していない腺癌病期（ｇｒａｄｅ）ＩＩを形成する。ＭＣＦ７細胞株は、胸部腺癌の胸水由来であり、そして非転移性である。ＭＶ−５５２細胞株は、ヒト肺癌腫由来であり、そして高い転移可能性を有する。ＵＣＰ−３細胞株は、転移性の低いヒト胚癌腫細胞株である；ＭＶ−５２２は、ＵＣＰ−３の高転移性の改変体である。これらの細胞株は、ヒトの胸部および肺の癌の研究のためのモデルとして、当該分野において十分に認識されている（例えば、Ｃｈａｎｄｒａｓｅｋａｒａｎら，Ｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（１９７９）３９：８７０（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｇａｓｔｐａｒら，Ｊ　Ｍｅｄ　Ｃｈｅｍ（１９９８）４１：４９６５（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｒａｎｓｏｎら，Ｂｒ　Ｊ　Ｃａｎｃｅｒ（１９９８）７７：１５８６（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｋｕａｎｇら，Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ（１９９８）２６：１１１６（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＣＦ−７）；Ｖａｒｋｉら，Ｉｎｔ　Ｊ　Ｃａｎｃｅｒ（１９８７）４０：４６（ＵＣＰ−３）；Ｖａｒｋｉら，Ｔｕｍｏｕｒ　Ｂｉｏｌ．（１９９０）１１：３２７；（ＭＶ−５２２およびＵＣＰ−３）；Ｖａｒｋｉら，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．（１９９０）１０：６３７；（ＭＶ−５２２）；Ｋｅｌｎｅｒら，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ（１９９５）１５：８６７（ＭＶ−５２２）；およびＺｈａｎｇら，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ　Ｄｒｕｇｓ（１９９７）８：６９６（ＭＶ５２２）を参照のこと）。
【０１７６】
ライブラリー１５〜２０のサンプルは、２つの異なる患者（ＵＣ＃２およびＵＣ＃３）に由来する。ｂＦＧＦ処理されたＨＭＶＥＣは、１０ｎｇ／ｍｌで２時間のｂＦＧＦとのインキュベーションによって調製され；ＶＥＧＦ処理されたＨＭＶＥＣは、２０ｎｇ／ｍｌ　ＶＥＧＦとの２時間のインキュベーションによって調製された。それぞれの増殖因子とのインキュベーション後、細胞を洗浄し、そして溶解緩衝液をＲＮＡ調製のために添加した。ＧＲＲｐｚおよびＷＯｃａ細胞株は、Ｄｏｎｎａ　Ｍ．Ｐｅｅｈｌ博士、Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ　ｏｆ　Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、Ｓｔａｎｆｏｒｄ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　Ｓｃｈｏｏｌ　ｏｆ　Ｍｅｄｉｃｉｎｅによって提供された。ＧＲＲｐｚは、正常な前立腺上皮に由来した。ＷＯｃａ細胞株は、Ｇｌｅａｓｏｎグレード４細胞株である。
【０１７７】
【表１】
2004512029.tif 000002
（ライブラリーにおける配列の特徴付け）
ソフトウェアプログラムＰｈｒｅｄ（０．０００９２５．ｃ版、ＧｒｅｅｎおよびＷｅｉｎｇ．，著作権１９９３−２０００）を使用して、最良の品質の配列を有するポリヌクレオチドを選択した後に、ポリヌクレオチドを公共のデータベースと比較して、任意の相同性配列を同定した。ＢＬＡＳＴＸマスキングプログラム（Ｃｌａｖｅｒｉｅ「Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ　Ｌａｒｇｅ−Ｓｃａｌｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ　Ｓｅａｒｃｈｅｓ」：Ｃｏｍｐｕｔｅｒ　Ｍｅｔｈｏｄｓ　ｆｏｒ　Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ編，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２６６：２１２−２２７　Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，ＮＹ（１９９６）；特に、Ｃｌａｖｅｒｉｅ，「Ａｕｔｏｍａｔｅｄ　ＤＮＡ　Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ａｎｄ　Ａｎａｌｙｓｉｓ　Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ」Ａｄａｍｓら編，第３６章、２６７頁、Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ，１９９４およびＣｌａｖｅｒｉｅら、Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ．（１９９３）１７：１９１を参照のこと）を使用して、単離されたポリヌクレオチドの配列を最初にマスクして、複雑性の低い配列を排除した。一般に、マスキングは、比較的興味のない配列の低い複雑性に起因してこれらの配列を排除すること、および複数の配列に共有の反復領域（例えば、Ａｌｕ反復）の類似性に基づいて、複数の「ヒット」を排除すること以外は、最終検索結果に影響を与えない。次いで、残りの配列を、ＢＬＡＳＴＮ対ＧｅｎＢａｎｋ検索において使用する；７０％より大きなオーバーラップ、９９％の同一性、および１×１０−４０未満のｐ値を示す配列を、排除した。この検索からの配列はまた、包括パラメータに適合するがその配列がリボソームまたはベクター由来である場合には、排除された。
以前の検索から得られた配列を３つの群（以下の１、２、および３）に分類し、そしてＢＬＡＳＴＸ対ＮＲＰ（非重複性のタンパク質）データベース検索において検索した：（１）未知（ＧｅｎＢａｎｋ検索におけるヒットなし）、（２）弱い類似性（４５％を超える同一性および１×１０−５未満のｐ値）、ならびに（３）高い類似性（６０％を超える重複、８０％を超える同一性、および１×１０−５未満のｐ値）。７０％を超える重複、９９％を超える同一性、および１×１０−４０未満のｐ値を有する配列を排除した。
【０１７８】
残りの配列を、未知（ヒットなし）、弱い類似性、および高い類似性（上述のようなパラメーター）として分類した。２つの検索を、これらの配列に対して行った。先ず、ＢＬＡＳＴ対ＥＳＴデータベース検索を行い、そして９９％を超える重複、９９％を超える類似性、および１×１０−４０未満のｐ値を有する配列を排除した。ヒト起源のデータベース配列に比較される場合、１×１０−６５未満のｐ値を有する配列もまた排除された。第２に、ＢＬＡＳＴＮ対Ｐａｔｅｎｔ　ＧｅｎｅＳｅｑデータベースを行い、そして９９％を超える同一性、１×１０−４０未満のｐ値、および９９％を超える重複を有する配列を排除した。
【０１７９】
残りの配列を、データセットにおける他の規則および重複性を使用するスクリーニングに供した。ヒト起源のデータベース配列に関して１×１０−１１１未満のｐ値を有する配列を特異的に排除した。最終的な結果は、添付の配列表において配列番号１〜６０１０として列挙され、および表２（明細書の最後に挿入される）においてまとめられる、８０６４個の配列を提供した。各同定されたポリヌクレオチドは、少なくとも部分的なｍＲＮＡ転写物からの配列を示す。
【０１８０】
（本発明のポリヌクレオチドの要約）
表２（明細書の最後に挿入されている）は、記載されるように単離されたポリヌクレオチドの要約を提供する。具体的には、表２は、以下を提供する：１）本明細書において使用するための、各配列に割り当てられた配列番号（「ＳＥＱ　ＩＤ」）；２）クラスター同定番号（「ＣＬＵＳＴＥＲ」）；３）各配列に割り当てられた配列名；３）配列の内部識別子として使用される配列名（「ＳＥＱ　ＮＡＭＥ」）；４）配列の方向（「ＯＲＩＥＮＴ」）（順方向（Ｆ）または逆方向（Ｒ）のいずれか）；５）単離された配列が由来するクローンに割り当てられた名称（「ＣＬＯＮＥ　ＩＤ」）；および単離された配列が由来するライブラリーの名称（「ＬＩＢＲＡＲＹ」）であって、ここで、その表記法は、細胞株または患者サンプルの名称を表す（例えば、ＵＣ２−ＮｏｒｍＣｏｌｏｎとは、その配列が、同定ＵＳ＃２を割り当てられた患者の正常結腸組織から単離されたことを表す）。提供されるポリヌクレオチドの少なくともいくつかは、部分的なｍＲＮＡ転写物を現すので、２つ以上のポリヌクレオチドが、同じｍＲＮＡ転写物および同じ遺伝子の異なる領域を表し得、そして／または同一のクローンに含まれ得る。従って、例えば、２つ以上の配列番号が同じクローンに属すると同定される場合には、各配列が、全長のｍＲＮＡまたは遺伝子を得るために使用され得る。
【０１８１】
（実施例２：遺伝子産物の機能を同定するための、公共のデータベースの検索の結果）
配列番号１〜６０１０は、３つ全てのリーディングフレームにおいて翻訳され、そしてヌクレオチド配列および翻訳されたアミノ酸配列を、問い合わせ配列として使用して、ＧｅｎＢａｎｋ（ヌクレオチド配列）またはＮｏｎ−Ｒｅｄｕｎｄａｎｔ　Ｐｒｏｔｅｉｎ（アミノ酸配列）データベースのいずれかにおいて、相同配列を検索した。問い合わせ配列および個々の配列を、ＢＬＡＳＴ２．０プログラム（Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｃｅｎｔｅｒ　ｆｏｒ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（これは、Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｌｉｂｒａｒｙ　ｏｆ　Ｍｅｄｉｃｉｎｅ　ａｎｄ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ　ｏｆ　Ｈｅａｌｔｈによって支持されている）によって後援されるサイトで世界中で利用可能である（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９９７）２５：３３８９−３４０２もまた参照のこと））を使用して整列させた。これらの配列を、実施例１で上記したような複雑性の低い配列をマスクするために、ＢＬＡＳＴＸプログラムを使用して種々の程度でマスクして、反復配列またはポリＡ配列を検索することを防止した。
【０１８２】
表３Ａおよび３Ｂ（明細書の最後に挿入されている）は、本発明の配列と示される公共データベースの配列との間の実質的な同一性を示す、１×１０−２以下のｐ値を有する整列の要約を提供する。具体的には、表３Ａは、問い合わせ配列の配列番号、相同配列のＧｅｎＢａｎｋデータベースエントリーの登録番号、および各整列の個々のｐ値を提供する。表３Ａは、問い合わせ配列の配列番号、相同配列のＮｏｎ−Ｒｅｄｕｎｄａｎｔ　Ｐｒｏｔｅｉｎデータベースエントリーの登録番号、および各整列の個々のｐ値を提供する。表３Ａおよび３Ｂに提供される整列は、本明細書の出願の直前の時点での、ＤＮＡまたはアミノ酸配列の最良に得られる整列である。これらの表に列挙される配列番号によってコードされるポリペプチドの活性は、報告される最も近く隣接するかまたは緊密に関連する配列の活性と実質的に同じであるか、または実質的に類似であると推測され得る。最も近い隣の登録番号が報告されており、これは、この最も近い隣によって示される活性および機能に対する、公共に利用可能な参照を提供する。最も近い隣の配列の各々の活性および機能に関する公共の情報は、本願において参考として援用される。配列に関して、全ての公共に利用可能な情報、ならびに表３Ａおよび３Ｂに列挙される最も近く隣接する配列の推定および実際の活性および機能、ならびにこれらの関連する配列もまた、参考として援用される。整列のために使用した検索プログラムおよびデータベース、ならびにｐ値の計算もまた、示されている。
【０１８３】
最も近く隣接するポリヌクレオチド配列の全長配列またはフラグメントは、対応するポリヌクレオチドの全長配列を同定および単離するためのプローブおよびプライマーとして使用され得る。最も近い隣は、対応するポリヌクレオチドの全長配列に対するライブラリーを構築するために使用される組織または細胞型を同定し得る。
【０１８４】
（実施例３：タンパク質ファミリーのメンバー）
配列番号１〜６０１０を、上述に本明細書中で記載されるように、プロフィール検索を行うために使用した。本発明のポリヌクレオチドのいくつかは、公知のタンパク質ファミリーに属するポリペプチドの特徴を有し（従って、これらのタンパク質ファミリーのメンバー（ｍｅｍｂｅｒｓ）を示す）、および／または公知の機能的なドメインを含む、ポリペプチドをコードすることが見出された。表４（特許請求の範囲の前に挿入される）は、問合せ配列の配列番号、配列名、その配列が割り当てられたクラスター、プロフィールヒットの簡単な記載、個々の配列に関する問合せ配列の配向（方向、「Ｄｉｒ」）（ここで順方向（ｆｏｒ）は、整列が配列表において提供される配列と同じ方向（左から右）においてであることを示し、および逆方向（ｒｅｖ）は、整列が配列表において提供される配列に相補的な配列を有することを示す）、およびプロフィールヒットのスコアを提供する。
【０１８５】
いくつかのポリヌクレオチドは、問合せ配列が重複するプロフィール領域を含む、および／またはこの配列が２つの異なる機能的ドメインを含む、複数のプロフィールヒットを示した。表４のそれぞれのプロフィールヒットは、以下でより詳細に記載される。プロフィールについての略語（カッコ内に提供される）は、Ｐｆａｍデータベース、ＰｒｏｓｉｔｅデータベースおよびＩｎｔｅｒＰｒｏデータベースにおけるプロフィールを同定するために使用された略語である。Ｐｆａｍデータベースは、Ｇｅｎｏｍｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　Ｃｅｎｔｅｒ　ａｔ　ｔｈｅ　Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　Ｓｃｈｏｏｌ　ｏｆ　Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、またはｔｈｅ　Ｅｕｒｏｐｅａｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ　ｉｎ　Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙによって支持されるウェブサイトを介してアクセスされ得る。Ｐｒｏｓｉｔｅデータベースは、インターネットのＥｘＰＡＳｙ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ　Ｓｅｒｖｅｒにてアクセスされ得る。ＩｎｔｅｒＰｒｏデータベースは、ＥＭＢＬ　Ｅｕｒｏｐｅａｎ　Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅによって支持されるウェブサイトにてアクセスされ得る。種々のプロフィールに関してＰｆａｍデータベース、ＰｒｏｓｉｔｅデータベースおよびＩｎｔｅｒＰｒｏデータベースにおいて利用可能な公的な情報は、種々のタンパク質ファミリーおよびタンパク質ドメインの活性、機能、およびコンセンサス配列を含むがこれらに制限されず、本明細書中に参考として援用される。
【０１８６】
（７回膜貫通型内在性膜タンパク質−−ロドプシンファミリー（７ｔｍ＿１；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００００１））。配列番号２９７３、５４６７、および５５０８は、７回膜貫通型（７ｔｍ）レセプターロドプシンファミリーのメンバーであるポリペプチドをコードする配列に対応する。（７ｔｍ）ロドプシンファミリーのＧ−タンパク質共役レセプター（Ｒ７Ｇともまた呼ばれる）は、ホルモン、神経伝達物質、およびグアニンヌクレオチド結合（Ｇ）タンパク質との相互作用によって細胞外シグナルを導入する光レセプターの広範な群である（Ｓｔｒｏｓｂｅｒｇ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９１）１９６：１；Ｋｅｒｌａｖａｇｅ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９１）１：３９４；Ｐｒｏｂｓｔら、ＤＮＡ　Ｃｅｌｌ　Ｂｉｏｌ．（１９９２）１１：１、Ｓａｖａｒｅｓｅら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．（１９９２）２８３：１）。保存されたトリプレットを含みかつまた第３の膜貫通ヘリックスの主要な部分に及ぶコンセンサスパターンは、この広範なファミリーのタンパク質を検出するために使用される：［ＧＳＴＡＬＩＶＭＦＹＷＣ］−［ＧＳＴＡＮＣＰＤＥ］−｛ＥＤＰＫＲＨ｝−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＮＱＧＡ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＦＴ］−［ＧＳＴＡＮＣ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＳＴＡＣ］−［ＤＥＮＨ］−Ｒ−［ＦＹＷＣＳＨ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭ］。
【０１８７】
（Ａｎｋ反復（ＡＮＫ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００２３））。配列番号４４５、４８７および３０１３は、Ａｎｋ反復含有タンパク質をコードするポリヌクレオチドを示す。アンキリンモチーフは、２４個のタンデムな３３アミノ酸モチーフを有するタンパク質アンキリンにちなんで名付けられた３３アミノ酸配列である。Ａｎｋ反復は、もともと細胞周期制御タンパク質ｃｄｃ１０（Ｂｒｅｅｄｅｎら，Ｎａｔｕｒｅ（１９８７）３２９：６５１）として同定された。アンキリン反復を含有するタンパク質としては、アンキリン、ミオトロピン（ｍｙｏｔｒｏｐｉｎ）、Ｉ−κＢタンパク質、細胞周期タンパク質ｃｄｃ１０、Ｎｏｔｃｈレセプター（Ｍａｔｓｕｎｏら，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ（１９９７）１２４（２１）：４２６５）；主要組織適合遺伝子複合体のクラスＩＩＩ領域のＧ９ａ（またはＢＡＴ８）（Ｂｉｏｃｈｅｍ　Ｊ．（１９９３）２９０：８１１−８１８）、ＦＡＢＰ、ＧＡＢＰ、５３ＢＰ２、Ｌｉｎ１２、ｇｌｐ−１、ＳＷ１４、およびＳＷ１６が挙げられる。アンキリン反復の機能は、タンパク質間相互作用における役割と適合する（Ｂｏｒｋ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９３）１７（４）：３６３；ＬａｍｂｅｒｔおよびＢｅｎｎｅｔ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９３）２１１：１；Ｋｅｒｒら，Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｏｐ．Ｃｅｌｌ　Ｂｉｏｌ．（１９９２）４：４９６；Ｂｅｎｎｅｔら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８０）２５５：６４２４）。
【０１８８】
（塩基性領域およびロイシンジッパー転写因子（ＢＺＩＰ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００１７０））配列番号１０８、１７１４、３９３１、および４３５６は、塩基領域およびロイシンジッパー転写因子のファミリーの新規なメンバーをコードするポリヌクレオチドを示す。真核生物ＤＮＡ結合転写因子のｂＺＩＰスーパーファミリー（Ｈｕｒｓｔ、Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｐｒｏｆ．（１９９５）２：１０５；およびＥｌｌｅｎｂｅｒｇｅｒら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９４）４：１２）は、配列特異的ＤＮＡ結合を媒介する塩基性領域、続いて二量体化に必要とされるロイシンジッパーを含むタンパク質を含有する。このタンパク質ファミリーについてのコンセンサスパターンは以下である：［ＫＲ］−ｘ（１，３）−［ＲＫＳＡＱ］−Ｎ−ｘ（２）−［ＳＡＱ］（２）−ｘ−［ＲＫＴＡＥＮＱ］−ｘ−Ｒ−ｘ−［ＲＫ］。
【０１８９】
（ＤＥＡＤボックスファミリーおよびＤＥＡＨボックスファミリーのＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（Ｄｅａｄ＿ｂｏｘ＿ｈｅｌｉｃ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００２７０））。配列番号３８、４１５、および５７５６は、ＤＥＡＤボックスファミリーのメンバーであるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対応する。多数の真核生物タンパク質および原核生物タンパク質が、それらの構造類似性に基づいて特徴付けられている（Ｓｃｈｍｉｄら、Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９２）６：２８３；Ｌｉｎｄｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）３３７：１２１；Ｗａｓｓａｒｍａｎら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９１）３４９：４６３）。全てが、ＡＴＰ依存性の核酸巻戻し（ｕｎｗｉｎｄｉｎｇ）に関与する。上記タンパク質の全てのＤＥＡＤボックスファミリーメンバーは、多くの保存された配列モチーフを共有し、このうちのいくつかはＤＥＡＤファミリーに特異的であり、他は、他のＡＴＰ結合タンパク質によってか、またはヘリカーゼ「スーパーファミリー」に属するタンパク質によって共有される（Ｈｏｄｇｍａｎ，Ｎａｔｕｒｅ（１９８８）３３３：２２およびＮａｔｕｒｅ（１９８８）３３３：５７８（Ｅｒｒａｔａ））。これらのモチーフのうちの１つは、「Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｄ−ボックス」と呼ばれ、ＡＴＰ−結合タンパク質のＢモチーフの特別なバージョンを示す。第２のＡｓｐの代わりにＨｉｓを有するいくつかの他のタンパク質は、サブファミリーに属し、従って、「Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｈ−ボックス」タンパク質と呼ばれる（Ｗａｓｓａｒｍａｎら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９１）３４９：４６３；Ｈａｒｏｓｈら、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９９１）１９：６３３１；Ｋｏｏｎｉｎら、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．（１９９２）７３：９８９）。以下の特徴的なパターンは、両方のサブファミリーについてのメンバーを同定するために使用される：１）［ＬＩＶＭＦ］（２）−Ｄ−Ｅ−Ａ−Ｄ−［ＲＫＥＮ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹＧＳＴＮ］；および２）［ＧＳＡＨ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦ］（３）−Ｄ−Ｅ−［ＡＬＩＶ］−Ｈ−［ＮＥＣＲ］。
【０１９０】
（ディフェンシン（ｄｅｆｅｎｓｉｓ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００３２３）。配列番号４８６は、哺乳動物ディフェンシンファミリーのメンバーであるポリペプチドをコードする配列に対応する。ディフェンシンとは、多くのグラム陽性細菌、真菌、およびエンベロープを有するウイルスに対して活性である、システインが豊富なペプチドに構造的に関連するファミリーである（Ｌｅｈｒｅｒら，ＡＳＭ　Ｎｅｗｓ（１９９０）５６：３１５−３１８；Ｌｅｈｒｅｒら，Ｃｅｌｌ（１９９１）６４：２２９−２３０；Ｋａｇａｎら，Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ（１９９４）８７：１３１−１４９；Ｌｅｈｒｅｒら，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．（１９９３）１１：１０５−１２８；Ｗｈｉｔｅら，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃ／Ｂｉｏｌ．（１９９５）５：５２１−５２７）。いくつかのディフェンシンは、コルチコトロポイドにより刺激されるコルチコステロイド産生を阻害し、そしてまた、感染および新生物形成に対する先天免疫において、重要な役割を果たす。このファミリーに属することが公知のペプチドは、２９〜３５アミノ酸の長さの範囲であり、そして７つの不変（ｉｎｖａｒｉａｎｔ）の残基を有し、鎖内ジスルフィド結合にすべてが関与する６つのシステインを含む。以下のコンセンサスパターンが、このタンパク質ファミリーのメンバーを同定するために使用される：Ｃ−ｘ−Ｃ−ｘ（３，５）−Ｃ−ｘ（７）−Ｇ−ｘ−Ｃ−ｘ（９）−Ｃ−Ｃ。
【０１９１】
（ＥＦハンド（Ｅｆｈａｎｄ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００３６））。配列番号４３７３は、ＥＦ−ハンドタンパク質ファミリーのメンバーをコードするポリヌクレオチドに対応し、カルシウム結合ドメインは、同じ進化的なファミリーに属する多くのカルシウム結合タンパク質によって共有される（Ｋａｗａｓａｋｉら、Ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｐｒｏｆ．（１９９５）２：３０５−４９０）。ドメインは、両側で１２残基のαヘリックスドメインにより隣接する１２残基ループであり、ここでカルシウムイオンは、５角形の２錐体立体配座中に配位される。結合に関与する６残基は、１位、３位、５位、７位、９位、および１２位にあり；これらの残基は、Ｘ、Ｙ、Ｚ、−Ｙ、−Ｘ、および−Ｚによって示される。１２位での不変なＧｌｕまたはＡｓｐは、Ｃａを連結するための２つの酸素を提供する（２座のリガンド）。コンセンサスパターンは、完全なＥＦハンドループ、ならびにループに続きかつ常に疎水性であるようである最初の残基を含む：Ｄ−ｘ−［ＤＮＳ］−｛ＩＬＶＦＹＷ｝−［ＤＥＮＳＴＧ］−［ＤＮＱＧＨＲＫ］−｛ＧＰ｝−［ＬＩＶＭＣ］−［ＤＥＮＱＳＴＡＧＣ］−ｘ（２）−［ＤＥ］−［ＬＩＶＭＦＹＷ］。
【０１９２】
（上皮増殖因子（ＥＧＦ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００００８））。配列番号３６８９は、タンパク質のＥＧＦファミリーンメンバーをコードするポリヌクレオチドを表す。このファミリーの区別を示す特徴は、上皮増殖因子（ＥＧＦ）（これは、多かれ少なかれ保存された形態で、多数の他のタンパク質に存在することが示されている）において見出される約３０〜４０アミノ酸残基の配列の存在である（Ｄａｖｉｓ，Ｎｅｗ　Ｂｉｏｌ．（１９９０）２：４１０−４１９；Ｂｌｏｍｑｕｉｓｔら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．（１９８４）８１：７３６３−７３６７；Ｂａｒｋｅｒｔら，Ｐｒｏｔｅｉｎ　Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ　Ｅｎｚ．（１９８６）２９：５４−８６；Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅら，Ｎａｔｕｒｅ．（１９８４）３０７：５５８−５６０；Ａｐｐｅｌｌａら，ＦＥＢＳ　Ｌｅｔｔ．（１９８８）２３１：１−４；Ｃａｍｐｂｅｌｌ　ａｎｄ　Ｂｏｒｋ　Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９３）３：３８５−３９２）。このドメインの共通の特徴は、その保存されたパターンが、膜結合タンパク質の細胞外ドメインにおいて、または分泌されることが既知のタンパク質において、一般的に見出されることである。ＥＧＦドメインは、６つのシステイン残基を含み、これらは、ジスルフィド結合に関与することが示されている。主要な構造は、二本鎖のβシート、およびそれに続く、Ｃ末端の二本鎖シートへのループである。保存されたシステイン間のサブドメインは、長さが大いに変動する。以下のコンセンサスパターンが、このファミリーのメンバーを同定するために使用される：Ｃ−ｘ−Ｃ−ｘ（５）−Ｇ−ｘ（２）−ＣおよびＣ−ｘ−Ｃ−ｘ（ｓ）−［ＧＰ］−［ＦＹＷ］−ｘ（４，８）−Ｃ。
【０１９３】
（Ｅｔｓドメイン（Ｅｔｓ＿Ｃｔｅｒｍ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００１７８））。配列番号６は、ＥＴＳドメインにおけるＣ末端相同性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを示す。このファミリーのタンパク質は、ＤＮＡ結合に関与する、保存されたドメイン（「ＥＴＳドメイン」）を含む。このドメインは、プリンリッチな配列を認識するようである；これは、約８５〜９０アミノ酸長であり、そして芳香族残基および正に荷電した残基が豊富である（Ｗａｓｙｌｙｋら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９３）２１１：７１８）。ｅｔｓ遺伝子ファミリーは、ＤＮＡ結合タンパク質の新規なクラスをコードし、この各々は、特異的ＤＮＡ配列を結合し、そして共通のコア（ｃｏｒｅ）トリヌクレオチド配列ＧＧＡを含む配列と特異的に相互作用するｅｔｓドメインを含む。ｅｔｓドメインに加えて、ネイティブなｅｔｓタンパク質は、このタンパク質の生物学的特異性を調節し得る他の配列を含む。ｅｔｓ遺伝子およびタンパク質は、種々の本質的な生物学的プロセス（細胞増殖、分化および発生を含む）に関与し、そして３つのメンバーは、腫瘍形成プロセスに関係する。
【０１９４】
（プレクストリン相同性（ＰＨ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００１６９））　配列番号２２８および６００１は、ＰＨファミリーメンバーをコードするポリヌクレオチドに対応する。プレクストリン相同性ドメインは、約１００残基のドメインであり、これは細胞内シグナル伝達に関係する広範囲なタンパク質において、または細胞骨格の成分として見出される（Ｍａｙｅｒら、Ｃｅｌｌ（１９９３）７３：６２９−６３０；Ｈａｓｌａｍら、Ｎａｔｕｒｅ（１９９３）３６３：３０９−３１０；Ｍｕｓａｃｃｈｉｏら、Ｔｒｅｎｄｓ　Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９９３）１８：３４３−３４８；Ｇｉｂｓｏｎら、Ｔｒｅｎｄｓ　Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９９４）１９：３４９−３５３；Ｐａｗｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ（１９９５）３７３：５７３−５８０；ＩｎｇｌｅｙおよびＨｅｍｍｉｎｇｓ，Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９９４）５６：４３６−４４３；ＳａｒａｓｔｅおよびＨｙｖｏｎｅｎ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９５）５：４０３−４０８）。ＰＨドメインのあらゆる公知の構造は、２つの垂直な逆平行βシート、引き続くＣ末端両親媒性へリックスを有す。β鎖を連結するループは、長さが非常に異なり、ＰＨドメインを検出することを相対的に難しくしている（Ｒｉｄｄｉｈｏｕｇｈ，Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９４）１：７５５−７５７）。このドメイン内に不変の残基は全く存在しない。
【０１９５】
（プロテインキナーゼ（ｐｒｏｔｋｉｎａｓｅ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００６９））　配列番号９、３９、６９、１１８、２２９および４１５１は、プロテインキナーゼをコードするポリヌクレオチドを表す。このプロテインキナーゼは、種々の経路においてタンパク質のリン酸化を触媒し、そして癌に関係する。真核生物のプロテインキナーゼ（Ｈａｎｋｓら、ＦＡＳＥＢ　Ｊ．（１９９５）９：５７６；Ｈｕｎｔｅｒ、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３；Ｈａｎｋｓら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９９１）２００：３８；Ｈａｎｋｓ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９１）１：３６９；Ｈａｎｋｓら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８８）２４１：４２）は、セリン／トレオニンプロテインキナーゼおよびチロシンプロテインキナーゼの両方に共通の保存された触媒コアを共有する非常に広範なタンパク質のファミリーに属する。プロテインキナーゼの触媒ドメインにおいて多数の保存された領域が存在する。触媒ドメインのＮ最末端に位置する第１の領域は、リジン残基の近傍におけるグリシンに富んだ残基の伸長であり、この領域は、ＡＴＰ結合に関与することが示されている。触媒ドメインの中央部分に位置する第２の領域は、この酵素の触媒活性に重要である保存されたアスパラギン酸残基を含む（Ｋｎｉｇｈｔｏｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９１）２５３：４０７）。
【０１９６】
このプロテインキナーゼプロフィールは、この第２の領域に対して２つのシグネチャーパターンを含む：１つは、セリン／トレオニンキナーゼに対して特異的であり、他方は、チロシンキナーゼに対して特異的である。第３のプロフィールは、アライメントに基づき（Ｈａｎｋｓら、ＦＡＳＥＢ　Ｊ．（１９９５）９：５７６）、そして触媒ドメインの全体をカバーする。このコンセンサスパターンは、以下である：１）［ＬＩＶ］−Ｇ−｛Ｐ｝−Ｇ−｛Ｐ｝−［ＦＹＷＭＧＳＴＮＨ］−［ＳＧＡ］−｛ＰＷ｝−［ＬＩＶＣＡＴ］−｛ＰＤ｝−ｘ−［ＧＳＴＡＣＬＩＶＭＦＹ］−ｘ（５，１８）−［ＬＩＶＭＦＹＷＣＳＴＡＲ］−［ＡＩＶＰ］−［ＬＩＶＭＦＡＧＣＫＲ］−Ｋ、ここでＫは、ＡＴＰを結合する；２）［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−［ＨＹ］−ｘ−Ｄ−［ＬＩＶＭＦＹ］−Ｋ−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣＴ］（３）、ここでＤは活性部位残基である；および３）［ＬＩＶＭＦＹＣ］−ｘ−［ＨＹ］−ｘ−Ｄ−［ＬＩＶＭＦＹ］−［ＲＳＴＡＣ］−ｘ（２）−Ｎ−［ＬＩＶＭＦＹＣ］、ここでＤは、活性部位残基である。
【０１９７】
（レトロウイルスアスパルチルプロテアーゼ（ＲＶＰ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００７７））　配列番号２０３８は、アスパルチルプロテアーゼファミリーのメンバーをコードするポリヌクレオチドに対応する。酸プロテアーゼとしてまた公知であるアスパルチルプロテアーゼは、脊椎動物、真菌、植物、レトロウイルスおよびいくつかの植物ウイルスに存在することが公知である、広範に分布したタンパク質分解酵素のファミリーである（Ｆｏｌｔｍａｎｎ、Ｅｓｓａｙｓ　Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８１）１７：５２−８４；Ｄａｖｉｅｓ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．（１９９０）１９：１８９−２１５；Ｒａｏら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（１９９１）３０：４６６３−４６７１）。大部分のレトロウイルスアスパルチルプロテアーゼ（ＲＶＰ）は、約９５〜１２５アミノ酸鎖のホモ二量体である。大部分のレトロウイルスにおいて、このプロテアーゼは、このウイルスの成熟過程の間に切断されるポリタンパク質のセグメントとしてコードされる。ＲＶＰは、一般的にｐｏｌポリタンパク質の一部分であり、そしてよりまれにｇａｇポリタンパク質の一部分である。このコンセンサスパターンは、以下のパターンである：［ＬＩＶＭＦＧＡＣ］−［ＬＩＶＭＴＡＤＮ］−［ＬＩＶＦＳＡ］−Ｄ−［ＳＴ］−Ｇ−［ＳＴＡＶ］−［ＳＴＡＰＤＥＮＱ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＳＴＮＣ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＧＴＡ］（ここでＤは、活性部位残基である）。
【０１９８】
（逆転写酵素（ｒｖｔ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００７８））　配列番号１５１１および２５１４は、逆転写酵素をコードするポリヌクレオチドを表し、これは種々の移動性要素（レトロトランスポゾン、レトロウイルス、ＩＩ型イントロン、細菌ｍｓＤＮＡ、ヘパドナウイルス、およびカリノウイルス（ｃａｕｌｉｍｏｖｉｒｕｓ）が挙げられる）において生じる（ＸｉｏｎｇおよびＥｉｃｋｂｕｓｈ，ＥＭＢＯ　Ｊ（１９９０）９：３３５３−３３６２）。逆転写酵素は、ＤＮＡ鎖の３’末端のＲＮＡ−テンプレート指向伸長を一度に１つのデオキシリボヌクレオチドで触媒し、そしてＲＮＡプライマーまたはＤＮＡプライマーを必要とする。
【０１９９】
（形質転換増殖因子β様ドメイン（ＴＧＦ　β；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００１９））配列番号５５２２は、ＴＧＦ−βファミリーのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを表す。形質転換増殖因子−βファミリー由来のタンパク質は、単一のジスルフィド結合により結合されている２つの鎖を有するホモ２量体またはヘテロ２量体として活性である（ＲｏｂｅｒｔおよびＳｐｏｒｎ，Ｐｅｐｔｉｄｅ　ｇｒｏｗｔｈ　ｆａｃｔｏｒｓ　ａｎｄ　ｔｈｅｉｒ　ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ　ｏｆ　Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ　Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，第９５巻、４１９−４７５頁，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ　Ｖｅｒｌａｇ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ，（１９９０）；Ｂｕｒｔ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．（１９９２）１８４：５９０−５９５；ＢｕｒｔおよびＬａｗ，Ｐｒｏｇ．Ｇｒｏｗｔｈ　Ｆａｃｔｏｒ　Ｒｅｓ．（１９９４）５：９９−１１８）。この配列の他のあらゆるシステインが鎖間のジスルフィド結合に関連することは、Ｘ線研究により公知である（Ｄａｏｐｉｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９２）２５７：３６９−３７３）。このファミリーのメンバーは、以下のコンセンサスパターンにより認識され得る：［ＬＩＶＭ］−ｘ（２）−Ｐ−ｘ（２）−［ＦＹ］−ｘ（４）−Ｃ−ｘ−Ｇ−ｘ−Ｃ（２つのＣはジスルフィド結合に含まれる）。
【０２００】
（ＷＤドメイン（ＷＤ４０）、Ｇ−β反復（ＷＤ　ドメイン；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００４００）　配列番号１１７は、ＷＤドメイン／Ｇ−βドメイン反復ファミリーのメンバーを表す。β−トランスデューシン（Ｇ−β）は、膜貫通レセプターによって生成されるシグナルの伝達における中間体として作用するグアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）の３つのサブユニット（α、β、およびγ）のうちの１つである（Ｇｉｌｍａｎ、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（１９８７）５６：６１５）。αサブユニットは、ＧＴＰに結合し、これを加水分解し；βおよびγサブユニットはＧＴＰによるＧＤＰの置換に、ならびに膜固着化およびレセプター認識に必要とされる。高等真核生物において、Ｇ−βは、約３４０アミノ酸残基の高度に保存されたタンパク質の小さな多重遺伝子ファミリーとして存在する。構造学的に、Ｇ−βは、約４０残基の８つのタンデムな反復を有し、それぞれ中心的なＴｒｐ−Ａｓｐモチーフを含む（この型の反復は、時折ＷＤ−４０反復と呼ばれる）。ＷＤドメイン／Ｇ−β反復ファミリーのコンセンサスパターンは：［ＬＩＶＭＳＴＡＣ］−［ＬＩＶＭＦＹＷＳＴＡＧＣ］−［ＬＩＭＳＴＡＧ］−［ＬＩＶＭＳＴＡＧＣ］−ｘ（２）−［ＤＮ］−ｘ（２）−［ＬＩＶＭＷＳＴＡＣ］−ｘ−［ＬＩＶＭＦＳＴＡＧ］−Ｗ−［ＤＥＮ］−［ＬＩＶＭＦＳＴＡＧＣＮ］である。
【０２０１】
（ジンクフィンガー、Ｃ２Ｈ２型（Ｚｉｎｃｆｉｎｇ　Ｃ２Ｈ２；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００９６））。配列番号６１、５０２、７００、８４７、２０３４、２０５４、３４０３、３５２４、３６５３、３７２３、４６８８および４９７９は、核酸結合を促進するジンクフィンガードメインを含むＣ２Ｈ２型のジンクフィンガータンパク質ファミリーのメンバーをコードするポリヌクレオチドに対応する（Ｋｌｕｇら、Ｔｒｅｎｄｓ　Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．（１９８７）１２：４６４；Ｅｖａｎｓら、Ｃｅｌｌ（１９８８）５２：１；Ｐａｙｒｅら、ＦＥＢＳ　Ｌｅｔｔ．（１９８８）２３４：２４５；Ｍｉｌｌｅｒら、ＥＭＢＯ　Ｊ．（１９８５）４：１６０９；およびＢｅｒｇ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８８）８５：９９）。保存された亜鉛リガンド残基に加えて、多くの他の位置もまた、Ｃ２Ｈ２ジンクフィンガーの構造完全性に重要である（Ｒｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｄｙｎ．（１９９３）１１：５５７）。最も保存される位置は、一般に芳香族または脂肪族残基であり、第２のシステインの後ろの４つの残基に位置する。Ｃ２Ｈ２ジンクフィンガーについてのコンセンサスパターンは：Ｃ−ｘ（２，４）−Ｃ−ｘ（３）−［ＬＩＶＭＦＹＷＣ］−ｘ（８）−Ｈ−ｘ（３，５）−Ｈである。２つのＣおよび２つのＨは、亜鉛リガンドである。
【０２０２】
（ジンクフィンガー、Ｃ２Ｈ２型（Ｚｉｎｃｆｉｎｇ　Ｃ２Ｈ２；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０１５３０））。配列番号３８１４は、Ｃ２Ｈ２型ジンクフィンガーファミリーのメンバーを表す。１８残基のＣ２Ｈ２ドメインは、レトロウイルスヌクレオカプシドタンパク質において主に見出され、そしてウイルスゲノムのパッキングおよび初期の感染過程に必要とされる（ＫａｔｚおよびＪｅｎｔｏｆｔ，Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ（１９８９）１１：１７６−１８１；Ｕｒｂａｎｅｊａら、Ｊ　Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ．（１９９９）２８７：５９−７５）。さらに、ＣＣＨＣドメインはＲＮＡ結合または一本鎖ＤＮＡ結合に関連する真核生物タンパク質において見出される。
【０２０３】
（ジンクフィンガー、Ｃ３ＨＣ４型（ＲＩＮＧフィンガー）特徴（Ｚｉｎｃｆｉｎｇ　Ｃ３ＨＣ４；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ０００９７））配列番号３１４０は、Ｃ３ＨＣ４型ジンクフィンガー特徴を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを示す。多数の真核生物タンパク質およびウイルスタンパク質は、この特徴を含み、これは主に、亜鉛の２つの原子を結合する４０〜６０残基の保存されたシステインリッチドメインであり（Ｂｏｒｄｅｎら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（１９９６）６：３９５）、そしておそらく、タンパク質間相互作用の媒介に関与する。亜鉛連結系の３Ｄ構造は、ＲＩＮＧドメインに対して独特であり、そして「クロスグレース（ｃｒｏｓｓ−ｂｒａｃｅ）モチーフと称される。このようなドメインにおけるシステインの間隔は、以下である：Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（９〜３９）−Ｃ−ｘ（１〜３）−Ｈ−ｘ（２〜３）−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−ｘ（４〜４８）−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ。Ｃ３ＨＣ４フィンガーについての特徴パターンは、以下のドメインの中心領域に基づく：Ｃ−ｘ−Ｈ−ｘ−［ＬＩＶＭＦＹ］−Ｃ−ｘ（２）−Ｃ−［ＬＩＶＭＹＡ］。
【０２０４】
（ジンクフィンガー、ＣＣＣＨ型（Ｚｉｎｃｆｉｎｇ　ＣＣＣＨ；Ｐｆａｍ登録番号ＰＦ００６４２））配列番号８７７は、ＣＣＣＨジンクフィンガータンパク質のファミリーのメンバーをコードするポリヌクレオチドに対応する。このドメインは、多くの真核生物タンパク質（細胞周期または増殖期関連調節に関連するジンクフィンガータンパク質ならびに増殖因子に対する応答の調節に関連する調節タンパク質を含む）において存在する。ＣＣＣＨジンクフィンガーを含むタンパク質が種々のｍＲＮＡの３’非翻訳領域と相互作用すること（Ｃａｒｂａｌｌｏら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９９８）２８１：１００１−１００５；Ｌａｉら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９９）１９：４３１１−４３２３）およびこのドメインがしばしば２つのコピーで存在することが示されている。このＣＣＣＨジンクフィンガーのコンセンサスパターンは、Ｃ−ｘ８−Ｃ−ｘ５−Ｃ−ｘ３−Ｈである。
【０２０５】
（実施例４：ライブラリーの記述および示差的発現の検出）
本発明のポリヌクレオチドの相対的な発現レベルを、細胞株および患者組織サンプルを含む種々の供給源から調製されたいくつかのライブラリーにおいて評価した。表１は、これらのライブラリーの概要を提供する。これには、省略したライブラリー名、ｃＤＮＡライブラリーを調製するのに用いたｍＲＮＡ供給源、以下の表で用いられるライブラリーの「ニックネーム」（引用符で囲んで）、およびライブラリーにおけるおよそのクローン数が挙げられる。
【０２０６】
このライブラリーのそれぞれは、順に示されたｍＲＮＡ供給源において発現されたｍＲＮＡの代表であるｃＤＮＡクローンの収集物から構成される。それぞれのライブラリーにおける何百万もの配列の分析を容易にするために、この配列をクラスター（ｃｌｕｓｔｅｒ）に割り当てた。「クローンのクラスター」の概念とは、およそ３００個の７ｂｐのオリゴヌクレオチドプローブのパネルへのそのハイブリダイゼーションパターンに基づいたｃＤＮＡクローンの仕分け／グループ化に由来する（Ｄｒｍａｎａｃら，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ（１９９６）３７（１）：２９を参照のこと）。組織ライブラリー由来のランダムなｃＤＮＡクローンを、３００個の７ｂｐオリゴヌクレオチドへ中等度ストリンジェンシーでハイブリダイズさせる。それぞれのオリゴヌクレオチドは、その特異的クローンへの特異的なハイブリダイゼーションのある測定値を有する。３００個のプローブについてのハイブリダイゼーションのこれらの３００の測定値の組み合わせは、特異的なクローンについての「ハイブリダイゼーション特徴」に相当する。類似の配列を有するクローンは、同様のハイブリダイゼーション特徴を有する。これらの特徴を分析するための仕分け／グループ化アルゴリズムの開発により、ライブラリーにおけるクローンの群は、同定され得、そして計算的に一緒に合わせられ得る。クローンのこれらの群を「クラスター」と名付ける。このアルゴリズムにおける選択のストリンジェンシーに依存して（伝統的なｃＤＮＡライブラリーのスクリーニングプロトコールにおけるハイブリダイゼーションのストリンジェンシーと同様）、それぞれのクラスターの「純度」を制御し得る。例えば、クラスター化の人為的結果は、人為的結果が、最も高いストリンジェンシーでさえ、４００ｂｐのｃＤＮＡフラグメントを有するｃＤＮＡライブラリーの「湿潤実験（ｗｅｔ−ｌａｂ）」スクリーニングにおいて生じ得たのと同様に、計算上クラスター化を生じ得る。本明細書におけるクラスターの実施において用いられたストリンジェンシーは、一般に同じｃＤＮＡまたは密接に関連するｃＤＮＡに由来するクローンの群を提供する。密接に関連するクローンは、同じｃＤＮＡの異なる長さのクローン、高度に関連する遺伝子ファミリーに由来する密接に関連したクローン、または同じｃＤＮＡのスプライス改変体の結果であり得る。
【０２０７】
選択されたクラスターについての示差的発現を、第１のライブラリーの選択されたクラスターに対応するｃＤＮＡクローン（１ｓｔのクローン）の数の第１の決定および、第２のライブラリーにおける選択されたクラスターに対応するｃＤＮＡクローン（２ｎｄのクローン）の数の決定により評価した。第２のライブラリーと比較した第１のライブラリーにおける選択されたクラスターの示差的発現を、２つのライブラリーの間の発現パーセントの「比（ｒａｔｉｏ）」として表現した。一般的に、「比」は以下により計算される：１）第１のライブラリーにおける選択されたクラスターに対応するクローンの数を第１のライブラリーから分析されたクローンの総数で割ることにより第１のライブラリーにおける選択されたクラスターの発現パーセントを計算すること；２）第２のライブラリーにおける選択されたクラスターに対応するクローンの数を第２のライブラリーから分析されたクローンの総数で割ることにより第２のライブラリーにおける選択されたクラスターの発現パーセントを計算すること；３）第１のライブラリーからの計算された発現パーセントを第２のライブラリーからの計算された発現パーセントで割ること。ライブラリーにおいて選択されたクラスターに対応する「クローンの数」がゼロの場合、この値は、計算の補助のために１と設定する。この比の計算に用いた式は、比較されるそれぞれのライブラリーの「深度（ｄｅｐｔｈ）」を考慮している（すなわち、それぞれのライブラリーにおいて分析したクローンの総数）。
【０２０８】
一般に、比の値が少なくとも約２より大きい、好ましくは少なくとも約３より大きい、より好ましくは少なくとも約５より大きい場合、ポリヌクレオチドは２つのサンプルの間で有意に示差的に発現される（ここでこの比の値は上記の方法を用いて計算される）。示差的発現の有意性は、ｚスコア試験を用いて決定される（Ｚａｒ，Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ　Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｐｒｅｎｔｉｃｅ　Ｈａｌｌ，Ｉｎｃ．，ＵＳＡ，「Ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ　Ｂｅｔｗｅｅｎ　Ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎｓ」２９６〜２９８頁（１９７４）。
【０２０９】
このアプローチを用いて、多くのポリヌクレオチド配列を、例えば、転移能力の高い癌組織由来の細胞と低転移性の癌細胞由来の細胞との間の示差的発現、および転移性組織由来の細胞と正常組織由来の細胞との間の示差的発現として同定した。これらの配列に対応する遺伝子の発現レベルの評価は、診断、予後、および／または処置において有益であり得る（例えば、治療の合理的な計画を容易にするため、治療の間および治療後のモニタリングなど）。さらに、本明細書中に記載される示差的に発現される配列に対応する遺伝子は、例えば、転移の表現型の発生の調節（例えば、阻害または促進）にそれらが関わることに起因して治療標的になり得る。例えば、正常細胞または非転移性腫瘍細胞に対して相対的に転移能力の高い細胞において、発現が増強される遺伝子に対応する配列は、脈管形成、分化、細胞複製、および転移のような過程に関連する遺伝子配列または調節配列をコードし得る。
【０２１０】
本明細書中に記載される示差的に発現されるポリヌクレオチドの相対的な発現レベルの検出は、治療の選択において臨床医を導くための有益な情報を提供し得る。例えば、転移性細胞および転移能力の高い細胞において発現が増強される遺伝子に対応する、１つ以上のこれらのポリヌクレオチドの発現レベルを提示する患者のサンプルは、患者にとってのより攻撃的な処置を保証し得る。対照的に、転移能力の低い細胞に関連する発現レベルに対応するポリヌクレオチド配列の発現レベルの検出は、重篤な病理が示唆するよりもよりポジティブな予後を保証し得る。
【０２１１】
本発明の多くのポリヌクレオチド配列は、処置していないＨＭＶＥＣに対して増殖因子を用いて処置したヒト微小血管内皮細胞（ＨＭＶＥＣ）の間で示差的に発現する。増殖因子で処置したＨＭＶＥＣと処置していないＨＭＶＥＣとの間で示差的に発現する配列は、脈管形成、転移（細胞移動）、および他の発症および発癌の過程に関連する遺伝子産物をコードする配列を表し得る。例えば、処置していないＨＭＶＥＣと比較して、増殖因子（例えば、ｂＦＧＦまたはＶＥＧＦ）で処置したＨＭＶＥＣにおいてより高度に発現される配列は、化学療法（例えば、このようにアップレギュレーションされた遺伝子の発現を減少させること、または腫瘍細胞の脈管形成を阻害するように働くコードされた遺伝子産物の活性を阻害すること）の薬剤標的として働き得る。結腸癌組織におけるこれらの配列の発現の検出は、これらの組織における悪性状態の達成の予防に関連する診断、予後、および／または処置の情報の決定において有益であり得、そして患者の危険性の評価において重要であり得る。従って、これらのポリヌクレオチドの１つ以上の増加レベルを示している患者サンプルは、できる限り早期に悪性状態を把握するために、より徹底的な注意またはより頻繁なスクリーニング手順を保証し得る。
【０２１２】
従って、このポリヌクレオチドの示差的発現は、例えば、診断マーカーおよび／または予後的マーカー、リスクの評価、患者の処置などに使用され得る。これらのポリヌクレオチドはまた、他の分子および／または生化学的マーカーと組み合わせて用いられ得る。
【０２１３】
本発明のポリヌクレオチド（上記のライブラリーの種々の組み合わせにわたって示差的に発現することが同定されている）についての示差的発現のデータを、表５にまとめる（特許請求の範囲の前に挿入する）。表５は以下を提供する：１）ポリヌクレオチドに割り当てた配列識別番号（配列番号）；２）ポリヌクレオチドが上記のように割り当てたクラスター（「ＣＬＵＳＴＥＲ」）；３）示差的に発現するようなポリヌクレオチドの同定の結果として生じるライブラリー比較（「ＰＡＩＲ　ＡＢ」）、ここで使用されるｃＤＮＡライブラリー用途はそれらのライブラリー番号によって参照される；４）列挙される第一のライブラリーにおけるポリヌクレオチドに対応するクローンの数（「ＣＬＯＮＥＳ　Ａ」）；５）列挙される第二のライブラリーにおけるポリヌクレオチドに対応するクローンの数（「ＣＬＯＮＳ　Ｂ」）；６）「ＲＡＴＩＯ　ＰＬＵＳ」、ここで、この比較は、ライブラリーＡにおけるクローンの数が、ライブラリーＢにおけるクローンの数よりも多いという知見を生じる；７）「ＲＡＴＩＯ　ＭＩＮＵＳ」、ここで、この比較は、ライブラリーＢにおけるクローンの数が、ライブラリーＡにおけるクローンの数よりも多いという知見を生じる
上記ポリヌクレオチドに対応する遺伝子の発現の検出は、診断、予後、危険性の評価、および処置のモニタリングに特に関心を持たせ得る。さらに、複数のライブラリーにわたる特異的な遺伝子の示差的発現はまた、遺伝子を示し得、この遺伝子の発現は、例えば、転移性の表現型の抑制または転移性の表現型への細胞の発生に関連する。例えば、配列番号３７４４は、正常結腸組織よりも転位した結腸腫瘍において相対的に高いレベルで発現する遺伝子に対応する。従って、配列番号３７４４に対応する遺伝子の発現の相対的に増加したレベルは、単独または他のマーカーとの組み合わせのいずれかで、転移性結腸細胞または前転移性結腸細胞のマーカーとして用いられ得る。
【０２１４】
いくつかのポリヌクレオチドは、異なる組織起源のライブラリーにおいて、類似する示差的発現を示した（配列番号３３７を参照のこと）。これらのデータは、腫瘍の発生に関連するいくつかの遺伝子の示差的発現パターンが、組織の起源に特異的でない遺伝子の役割を示すことを示唆する。
【０２１５】
（実施例５：アレイを用いる示唆的発現の検出）
患者から得た癌組織および正常な結腸組織のサンプルから単離したｍＲＮＡを、癌腫および正常の細胞において示差的に発現される遺伝子を同定するために分析した。低温保存した患者の組織から収集した正常細胞および癌腫細胞を、レーザー捕獲顕微解剖（ＬＣＭ）技術（当該分野に周知の技術である）を用いて単離した（例えば、Ｏｈｙａｍａら（２０００）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ　２９：５３０−６；Ｃｕｒｒａｎら（２０００）Ｍｏｌ．Ｐａｔｈｏｌ．５３：６４−８；Ｓｕａｒｅｚ−Ｑｕｉａｎら（１９９９）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｅｓ　２６：３２８−３５；Ｓｉｍｏｎｅら（１９９８）Ｔｒｅｎｄｓ　Ｇｅｎｅｔ　１４：２７２−６；Ｃｏｎｉａら（１９９７）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｌａｂ．Ａｎａｌ．１１：２８−３８；Ｅｍｍｅｒｔ−Ｂｕｃｋら（１９９６）Ｓｃｉｅｎｃｅ　２７４：９９８−１００１を参照のこと）。
【０２１６】
表６（明細書の最後に挿入）は、結腸組織サンプルを単離した各々の患者についての情報を提供する、これは以下を含む：患者ＩＤ（「ＰＴ　ＩＤ」）および病理履歴ＩＤ（「Ｐａｔｈ　ＩＤ」）、これは識別目的のために患者および病理履歴に割り当てた番号；患者に割り当ている群（「Ｇｒｐ」）；腫瘍の解剖学的位置（「Ａｎａｔｏｍ　Ｌｏｃ」）；原発性腫瘍のサイズ（「Ｓｉｚｅ」）；原発性腫瘍のグレード（「Ｇｒａｄｅ」）；組織病理学的グレードの識別（「Ｈｉｓｔｏ　Ｇｒａｄｅ」）；腫瘍が浸潤した局所部位の説明（「Ｌｏｃａｌ　Ｉｎｖａｓｉｏｎ」）；リンパ節転移の存在（「ＬＮ　Ｍｅｔ」）；リンパ節転移の発生率（試験したリンパ節数にわたる転移に対して陽性のリンパ節数として提供する）（「Ｉｎｃｉｄｅｎｃｅ　Ｌｙｍｐｈｎｏｄｅ　Ｍｅｔ」）；「局所的リンパ節グレード」（「Ｒｅｓｉｏｎａｌ　Ｌｙｍｐｈｏｎｏｄｅ　Ｇｒａｄｅ」）；腫瘍から遠位部位への転移の同定および検出ならびにそれらの位置（「Ｄｉｓｔ　Ｍｅｔ　＆　Ｌｏｃ」）；遠位の転移のグレード（「Ｄｉｓｔ　Ｍｅｔ　Ｇｒａｄｅ」）；ならびに患者または腫瘍についての一般的なコメント（「Ｃｏｍｍｅｎｔｓ」）。全ての原発性腫瘍の組織病理は、腫瘍が、患者番号１３０（これについての情報の提供はない）、３９２（細胞の５０％より多くがムチン性癌腫である）、および７８４（腺扁平上皮癌）を除いて腺癌であることを示した。外結節性（ｅｘｔｒａｎｏｄａｌ）の伸長を、３人の患者（患者番号７８４、７８９および７９１）に記載した。リンパ脈管の浸潤を、患者番号１２８、２７８、５１７、５３４、７８４、７８６、７８９、７９１、８９０、および８９２において記載した。クローン病様浸潤を、７人の患者（患者番号５２、２６４、２６８、３９２、３９３、７８４および７９１）において記載した。表７（以下）は、前立腺組織を単離した患者についての情報を提供する。
【０２１７】
【表２】
2004512029.tif 000003
（示差的に発現した遺伝子の同定）
ｃＤＮＡプローブを、上に記載の患者の細胞から単離した全ＲＮＡから調節した。ＬＣＭは、実質的に同質の細胞サンプルを提供するために特定の細胞型の単離を提供するので、これは類似した純度の高いＲＮＡを提供した。
【０２１８】
全ＲＮＡを、最初にＴ７　ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むプライマーを用いてｃＤＮＡに逆転写し、次いで二本鎖ＤＮＡ合成に供した。次いで、ｃＤＮＡをＴ７プロモーター媒介発現を用いてインビトロで転写させ、アンチセンスＲＮＡを生産し（例えば、Ｌｕｏら（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ　Ｍｅｄ　５：１１７−１２２を参照のこと）、次いでこのアンチセンスＲＮＡをｃＤＮＡに転換させた。ｃＤＮＡの第２のセットを、再びＴ７プロモーターを用いてインビトロで転写させ、アンチセンスＲＮＡを提供した。必要に応じて、このＲＮＡを再びｃＤＮＡに転換させ、Ｔ７媒介増幅の第３のラウンドに供してさらなるアンチセンスＲＮＡを産生した。従って、この手順はインビトロで２ラウンドまたは３ラウンドの転写を提供し、蛍光標識に用いられる最終ＲＮＡを産生した。
【０２１９】
まずコントロールＲＮＡをアンチセンスＲＮＡ混合物に加え、そしてＲＮＡ出発物質から蛍光で標識されたｃＤＮＡを生成することにより、蛍光プローブを生成した。腫瘍ＲＮＡサンプルから調製した蛍光標識ｃＤＮＡを、正常細胞ＲＮＡサンプルから調製した蛍光標識ｃＤＮＡと比較した。例えば、正常細胞に由来するｃＤＮＡプローブを、Ｃｙ３蛍光色素（緑）で標識し、腫瘍細胞から調製したｃＤＮＡプローブをＣｙ５蛍光色素（赤）で標識した。その逆の標識も行った。
【０２２０】
使用した各アレイは、同一の空間的レイアウトおよびコントロールスポットセットを有した。各マイクロアレイを、２つの領域に分け、各領域は、各半分の上に１２群の３２×１２スポットのアレイ（各アレイ上に合計約９．２１６スポット）を有した。２つの領域を同様にスポットすることにより、アレイあたり各クローンの少なくとも２つの複製を提供する。
【０２２１】
使用するアレイ上で使用するポリヌクレオチドを、公共の入手可能な供給源ならびに選択された細胞株および患者の組織から生成したｃＤＮＡライブラリーの両方から得た。これらの供給源から増幅された約０．５ｋｂ〜２．０ｋｂのＰＣＲ産物を、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｄｙｎａｍｉｃｓ　ＧｅｎＩＩＩ　ｓｐｏｔｔｅｒを製造者の推奨に従って用いて、アレイ上にスポットした。本明細書に記載されるポリヌクレオチドに対し、マイクロアレイスポットは、その配列が由来するｃＤＮＡを有するクローンを含んだ。アレイ上の２４の領域のそれぞれの第１列は、約３２のコントロースポット（４つのネガティブコントロールスポットおよび８つの試験ポリヌクレオチドを含む）を有した。２〜６００ｐｇ／スライドの濃度範囲および１：１の比で標識反応する前に、試験ポリヌクレオチドを各サンプルにスパイクした。各アレイの設計に対して、標識反応において、２つのスライドを逆に標識した試験サンプルとハイブリダイズした。このことは、各クローンについて約４つの２連測定（各サンプルについて、１色について２つ、他の色について２つ）を提供した。
【０２２２】
表８（明細書の最後に挿入される）は、アレイ上に存在する配列を記載する。表８は、以下を含む：１）ポリヌクレオチドの配列の配列番号；および２）スポットＩＤ（Ｓｐｏｔ　ＩＤ）（使用する全てのアレイ上に目的の標的配列を含む各スポットに独特の識別子）。
【０２２３】
差示的な発現アッセイを、腫瘍細胞由来のプローブおよび同じ患者の正常細胞由来のプローブを等量混合することにより実施した。このアレイを約２時間、６０℃で、５×ＳＳＣ／０．２％　ＳＤＳ／１ｍＭ　ＥＤＴＡ中でインキュベートして、プレハイブリダイゼーションを行い、次いで、水中で３回洗浄し、そしてイソプロパノール中で２回洗浄した。アレイのプレハイブリダイゼーションの後、プローブ混合物をこのアレイと高度にストリンジェントな条件（４２℃、５０％ホルムアルデヒド、５×ＳＳＣおよび０．２％　ＳＤＳ中で一晩）下でハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーションの後、このアレイを５５℃で以下のように３回洗浄した：１）１×ＳＳＣ／０．２％　ＳＤＳ中で最初の洗浄；２）０．１×ＳＳＣ／０．２％　ＳＤＳ中で２回目の洗浄；そして３）０．１×ＳＳＣ中で３回目の洗浄。
【０２２４】
次いでこのアレイを、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｄｙｎａｍｉｃｓ　Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ　ＩＩＩ二重カラーレーザースキャナー／検出器を用いて、緑および赤の蛍光についてスキャンした。画像を、ＢｉｏＤｉｓｃｏｖｅｒｙ　Ａｕｔｏｇｅｎｅソフトウェアを用いて処理し、各スキャンのセットのデータを基準化して、正常なものに対しての発現の割合を規定した。マイクロアレイ実験からのデータを、２０００年１１月２０日にＥ．Ｊ．Ｍｏｌｅｒ、Ｍ．Ａ．Ｂｏｙｌｅ、およびＦ．Ｍ．Ｒａｎｄａｚｚｏにより出願された、表題「Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ　ａｎｄ　ａｃｃｕｒａｃｙ　ｉｎ　ｃＤＮＡ　ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ　ｄａｔａ」米国特許出願番号６０／２５２，３５８（この出願は、本明細書において参照として特に援用される）に記載されるアルゴリズムに従って分析した。
【０２２５】
実験を繰り返し、このとき両方の「色の指示」でアッセイを実施するため、対照色で２つのプローブを標識した。各実験を時々、２つのさらなるスライド（各色の指示のうちの１つ）で繰り返した。アレイ上の各配列についての蛍光レベルは、４つのアレイ由来のスポット／遺伝子の８つの複製もしくは２つのアレイ由来のスポット／遺伝子の４つの複製または他の特定の順列の相乗平均の比として表された。このデータは、各２連の領域に存在するスパイクされたポジティブコントロールを用いて基準化され、この基準化の精度は、各差異の顕著さの最終的な決定に関する。各スポットの蛍光強度をまた、各２連の領域におけるネガティブコントロールと比較して、どのスポットが各サンプルにおいて顕著な発現レベルを検出したかを決定した。
【０２２６】
蛍光強度の統計的分析を各２連のスポットのセットに適用し、各差示的測定の精度および顕著さを評価して、帰無仮説ｐ値試験を行い、各患者の腫瘍サンプルと正常サンプルとの間で発現レベルに差がなかった。マイクロアレイの最初の分析の間、この仮説を、ｐ＞１０−３の場合に受け入れ、差示的な割合を、これらのスポットについて１．０００に設定した。全ての他のスポットは、腫瘍サンプルと正常サンプルとの間の発現に顕著な差を有する。腫瘍サンプルが検出可能な発現を有しかつ正常細胞が検出可能な発現を有さない場合、この比は、正常サンプルにおける発現に対する値が０になるので、１０００で切られ、この比は、数学的に有用な値でない（例えば、無限）。正常なサンプルが検出可能な発現を有しかつ腫瘍が検出可能な発現を有さない場合、この比は、０．００１まで切り詰められる。なぜなら腫瘍サンプル中の発現値が０であり、この比は、数学的に有用な値でない。後者２つの状態は、本明細書において「オン／オフ」として示される。データベース表は、９５％信頼区間（ｐ＞０．０５）を用いている。
【０２２７】
表８（明細書の最後に挿入される）は、正常組織サンプルに比べて結腸腫瘍サンプルにおいて差示的発現された遺伝子産物の結果を示す。表８は、以下を含む：１）配列番号；２）スポット同定番号（「ＳｐｏｔＩＤ」）；３）遺伝子発現レベル（対応するクローンを用いて検出）が結腸癌組織（１次結腸腫瘍）において、対応する正常組織より少なくとも２倍大きい（「Ｃｏｌｏｎ＞２×Ｔ／Ｎ」）試験される患者のパーセンテージ；４）遺伝子発現レベルが対応する正常細胞における発現レベルの１／２以下である試験される患者のパーセンテージ（「Ｃｏｌｏｎ＜＝半分×Ｔ／Ｎ」（「Ｃｏｌｏｎ＜＝ｈａｌｆ×Ｔ／Ｎ」））；および５）結腸数の比（「Ｔ／Ｎ　Ｃｏｌｏｎ　Ｎｕｍ　Ｒａｔｉｏｓ」）（提供される割合に基づく患者の数が示される）。
【０２２８】
以下の表９は、アレイ上の差示的発現分析のデータを、転移した結腸組織由来のサンプルを用いて提供する。この実施例において、マイクロアレイ上の配列へのハイブリダイゼーションに使用されるサンプルは、患者の対応する転移した（ＭＴ）結腸組織および正常（Ｎ）結腸組織に由来した。表９は、以下を含む：１）配列番号（ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ）；２）遺伝子発現レベル（対応するクローンを用いて検出）が転移性結腸癌組織（ＭＴ）において、対応する正常細胞における発現レベルの少なくとも２倍である試験される患者のパーセンテージ（「Ｃｏｌｏｎ＞２×ＭＴ／Ｎ」）；５）遺伝子発現レベルが対応する正常細胞における発現レベルの〜１／２以下である試験される患者のパーセンテージ（「Ｃｏｌｏｎ＜＝半分×Ｔ／Ｎ」（Ｃｏｌｏｎ＜＝ｈａｌｆ×Ｔ／Ｎ））；および８）結腸数の比（提供される割合に基づく患者の数が示される）。結腸腫瘍組織対対応する正常結腸組織（Ｔ／Ｎ）の同じ配列の対応するデータが、比較に都合のいいよう提供される。
【０２２９】
【表３】
2004512029.tif 000004
以下の表１０は、アレイ上の差示発現分析についてのデータを、対応する癌性および正常の前立腺組織（ＰＴ／Ｎ）由来のサンプルを用いて提供する。表１０は、以下を含む：１）配列番号；２）転移した癌性前立腺組織（ＰＴ）において、遺伝子発現レベル（対応するクローンを用いて検出）が対応する正常細胞における発現レベルの少なくとも２倍大きい試験される患者のパーセンテージ（「Ｃｏｌｏｎ＞２×ＰＴ／Ｎ」）；３）遺伝子発現レベルが対応する正常細胞における発現レベルの〜１／２以下である試験される患者のパーセンテージ（「Ｃｏｌｏｎ＜＝半分×ＰＴ／Ｎ」（Ｃｏｌｏｎ＜＝ｈａｌｆ×ＰＴ／Ｎ））；および４）前立腺ＰＴ／Ｎ数の比（提供される割合に基づく患者の数が示される）。結腸腫瘍組織対正常組織（Ｔ／Ｎ）、および転移した結腸組織対正常組織（ＭＴ／Ｎ）の同じ配列の対応するデータが、比較に都合のいいよう提供される。
【０２３０】
【表４】
2004512029.tif 000005
（実施例６　遺伝子発現のアンチセンス調節）
癌性細胞におけるポリヌクレオチドにより示される差示的に発現する遺伝子発現は、アンチセンスノックアウト技術を用いてさらに分析され得て、腫瘍形成におけるこの遺伝子産物の役割および機能（例えば、転移性表現型を促進する）を確かめ得る。
【０２３１】
アンチセンス技術を用いた分析方法は、当該分野で周知である。例えば、本明細書で同定される差示的に発現する遺伝子により生成されるｍＲＮＡに相補的な多くの異なるオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドとして設計し得、遺伝子発現を抑制するこれらの能力を試験し得る。各候補標的に特異的なアンチセンスオリゴマーのセットを、差示的に発現する遺伝子に対応するポリヌクレオチド配列およびプログラムソフトウェアＨＹＢｓｉｍｕｌａｔｏｒ　Ｖｅｒｓｉｏｎ４（Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）　９５／Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）　ＮＴまたはＰｏｗｅｒ　Ｍａｃｉｎｔｏｓｈに対し利用可能、ＲＮＡｔｕｒｅ、Ｉｎｃ．１００３　Ｈｅａｌｔｈ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ　Ｒｏａｄ、Ｗｅｓｔ、Ｉｒｖｉｎｅ、ＣＡ９２６１２　ＵＳＡ）を用いて設計する。アンチセンスオリゴヌクレオチドを設計する場合に考慮される因子は、以下が挙げられる：１）オリゴヌクレオチドの２次構造；２）標的遺伝子の２次構造；３）他の発現遺伝子に対する交差ハイブリダイゼーションがないか最小にするような特異性；４）安定性；５）長さおよび６）末端ＧＣ含量。アンチセンスオリゴヌクレオチドを、生理学的温度で高ストリンジェント条件下で標的配列にハイブリダイズするがホモダイマーの形成を最小にするよう設計する（例えば、細胞にハイブリダイゼーションを提供する培地中の細胞に対して最適な温度（例えば、約３７℃））。
【０２３２】
一旦合成および定量した後、このオリゴマーを、癌細胞株のパネルにおいて転写ノックアウトの効率について、スクリーニングする。ノックアウトの効率は、ｍＲＮＡレベルを光サイクラー定量（ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ　ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ）を用いて分析することにより決定される。最も高いレベルの転写ノックアウトを生じたオリゴマー（ここで、このレベルは、少なくとも約５０％、好ましくは約８０〜９０％、９５％までまたは検出不可能なまで）は、細胞を基にした増殖アッセイ、足場非依存性増殖アッセイおよびアポトーシスアッセイの使用において選択される。
【０２３３】
例えば、ポリヌクレオチドが、結腸癌において役割を有することが同定された場合、対応する設計されたアンチセンスオリゴヌクレオチドの遺伝子発現を阻害する能力を、ＳＷ６２０結腸の結腸直腸癌細胞へのトランスフェクトを介して試験する。各トランスフェクト混合物については、キャリア分子（好ましくはリピトイドまたはコレステロイド）を０．５ｍＭの実施濃度に水中に調製し、均一溶液を生じるよう超音波処理し、そして０．４５μｍのＰＶＤＦ膜を通して濾過する。このアンチセンスまたはコントロールオリゴヌクレオチドを、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ滅菌水中で１００μＭの実施濃度に調製する。このオリゴヌクレオチドをさらにＯｐｔｉＭＥＭＴＭ（Ｇｉｂｃｏ／ＢＲＬ）に、遠心チューブ中に、２μＭまでまたは約２０μｇ　オリゴ／ｍｌに希釈する。別の遠心分離チューブにおいて、リピトイドまたはコレステロイド、典型的には、約１．５〜２ｎｍｏｌリピトイド／μｇアンチセンスオリゴヌクレオチド量を、オリゴヌクレオチドを希釈するのに用いた同じ容量のＯｐｔｉＭＥＭＴＭに希釈した。希釈したアンチセンスオリゴヌクレオチドを直ちに希釈したリピトイドに添加し、上下にピペッティングすることにより混合する。オリゴヌクレオチドを細胞に最終濃度３０ｎＭまで添加した。
【０２３４】
トランスフェクトした細胞における目的の標的遺伝子に対応する標的ｍＲＮＡのレベルは、癌細胞株において、Ｒｏｃｈｅ　ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒＴＭリアルタイムＰＣＲ装置を用いて定量する。標的ｍＲＮＡに対する値を内部コントロール（例えば、βアクチン）に対して基準化する。各２０μｌの反応物に対し、抽出ＲＮＡ（一般に計０．２〜１μｇ）を０．５ｍｌまたは１．５ｍｌの滅菌遠心チューブにいれ、水を添加して総容量１２．５μｌにした。各チューブに、７．５μｌの緩衝液／酵素混合物（これは、以下の順番に混合することにより調製する：２．５μｌ　Ｈ２Ｏ、２．０μｌ　１０×反応緩衝液、１０μｌオリゴ　ｄＴ（２０ｐｍｏｌ）、１．０μｌ　ｄＮＴＰ混合物（各１０ｍＭ）、０．５μｌ　ＲＮＡｓｉｎ（登録商標）（２０ｕ）（Ａｍｂｉｏｎ、Ｉｎｃ．、Ｈｉａｌｅａｈ、ＦＬ）および０．５μｌ　ＭＭＬＶ逆転写酵素（５０ｕ）（Ａｍｂｉｏｎ、Ｉｎｃ．））を添加する。内容物を上下にピペッティングすることにより混合し、反応混合物を４２℃で１時間インキュベートする。各チューブの内容物を、増幅の前に遠心する。
【０２３５】
増幅混合物を以下の順に混合することにより調製する：１×ＰＣＲ緩衝液ＩＩ、３ｍＭ　ＭｇＣｌ２、１４０μＭ各ｄＮＴＰ、０．１７５ｐｍｏｌ各オリゴ、１：５０，０００希釈ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ、０．２５ｍｇ／ｍｌ　ＢＳＡ、１単位　ＴａｑポリメラーゼおよびＨ２Ｏで２０μｌにする（ＰＣＲ緩衝液ＩＩは、１０倍濃度で、Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ、Ｎｏｒｗａｌｋ、ＣＴから入手可能である）。１倍濃度において、これは、１０ｍＭ　Ｔｒｉｓ　ｐＨ８．３および５０ｍＭＫＣｌを含む。ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｐｒｏｂｅｓ、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ）は、二本鎖ＤＮＡに結合したときに蛍光を発する色素である。二本鎖ＰＣＲ産物は、増幅の間に生成されるので、ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ由来の蛍光が増加する。各２０μｌの増幅混合物アリコートに対し、２μｌのテンプレートＲＴを添加し、標準的プロトコルに従って、実施する。
【０２３６】
この結果を、トランスフェクトしなかった細胞、ビヒクルのみトランスフェクト（モックトランスフェクト）細胞または逆向きコントロールオリゴヌクレオチドでトランスフェクトした細胞に対しての、対応する遺伝子産物発現における割合の低下として表し得る。
【０２３７】
（実施例７：増殖における発現の影響）
細胞増殖の阻害における遺伝子発現の影響を、例えば、転移性乳癌細胞株（ＭＤＡ−ＭＢ−２３１（「２３１」）、ＳＷ６２０結腸癌細胞またはＳＫＯＶ３細胞（ヒト卵巣癌細胞株）において評価し得る。
【０２３８】
細胞を約６０〜８０％コンフルエントまで、９６ウェルディシュにプレートする。アンチセンスまたは逆向きコントロールオリゴヌクレオチドを２μＭまで中で希釈しＯｐｔｉＭＥＭＴＭに希釈し、送達ビヒクルを、ＳＷ６２０細胞の場合にはリピトイド１１６−６をまたはＭＤＡ−ＭＢ−２３１細胞の場合には、１：１のリピトイド１：コレステロイド１を希釈したＯｐｔｉＭＥＭＴＭに添加する。次いで、オリゴ／送達ビヒクル混合物をさらに、細胞上で血清の入った培地中に希釈する。全ての実験についてオリゴヌクレオチドの最終濃度は、３００ｎＭであり、全ての実験について送達ビヒクルに対するオリゴの最終的割合は、１．５ｎｍｏｌリピトイド／μｇオリゴヌクレオチドである。
【０２３９】
アンチセンスオリゴヌクレオチドを上記のように調製した（実施例６参照）。細胞を３７℃で一晩トランスフェクトし、トランスフェクション混合物を、翌朝に新鮮な培地に置換する。トランスフェクションを上記実施例３に記載のように実施する。
【０２４０】
増殖を阻害するこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、癌性表現型の産性または維持における役割をする遺伝子を示す。
【０２４１】
（実施例８：コロニー形成における遺伝子発現の影響）
例えば、ＳＷ６２０細胞、ＳＫＯＶ３細胞、およびＭＤ−ＭＢＡ−２３１のコロニー形成における遺伝子発現の影響は、軟寒天アッセイにおいて、試験され得る。軟寒天アッセイを、まず培地プレートの底に２ｍｌの０．６％寒天の層を、細胞を蒔く数時間以内に新しく作る。細胞層を、上記のようにトランスフェクトした細胞をプレートから、０．０５％トリプシンを用いて剥がし、培地で２回洗うことで、底の層上に形成する。細胞をコールターカウンターで計数し、培地中で１０６／ｍｌに懸濁する。１０μｌのアリコートを９６ウェルプレートにいれ（ＷＳＴ１で計数して確認するため）、さらに、軟寒天アッセイのために希釈する。２０００細胞を８００μｌ　０．４％寒天に、上記０．６％寒天の底の層上に２連ウェルでいれる。細胞層寒天が固まった後、２ｍｌの培地を上に滴下し、アンチセンスオリゴまたは逆向きコントロールオリゴ（実施例６に記載のように生成する）を送達ビヒクルなしで添加する。新鮮な培地およびオリゴを、３〜４週毎に添加する。通常コロニーは、１０日〜３週で形成されると期待される。コロニー領域を目で計数する。Ｗｓｔ−１代謝値は、開始時の細胞数の小さな差異を補うために使用され得る。大きな領域は、差異の視覚的記録としてスキャンし得る。
【０２４２】
コロニー形成を阻害するこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、癌性表現型の産性または維持における役割をする遺伝子を示す。
【０２４３】
（実施例９：ｍＲＮＡの枯渇によるポリペプチドの枯渇による細胞死の誘導（アンチセンスノックアウト））
細胞における標的メッセージの枯渇の影響を評価するため、ＳＷ６２０細胞または目的の癌に由来する他の細胞を増殖アッセイのためにトランスフェクトする。シスプラチン（ｃｉｓ）の存在下での細胞傷害性影響について、同じプロトコルに従ったが、細胞を２μＭの薬物の存在下におく。各日に、細胞傷害性を、膜損傷に起因して、培地中に放出されるＬＤＨ酵素の量を測定することによりモニターした。ＬＤＨの活性を、Ｃｙｔｏｔｏｘｉｔｙ　Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ　Ｋｉｔ（Ｒｏｃｈｅ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ）を用いて測定する。このデータは、培地中の放出されたＬＤＨ対同時点および同処置でこのウェルに存在する全体のＬＤＨの割合（ｒＬＤＨ／ｔＬＤＨ）として提供される。ＢＣＬ２（既知の抗アポトーシス遺伝子）に対するアンチセンスおよび逆向きコントロールオリゴヌクレオチドを使用するポジティブコントロールが含まれる；ＢＣＬ２についてのメッセージの減損は、コントロールオリゴヌクレオチドでの処置に比較して細胞死を導く（背景となる細胞傷害性は、トランスフェクトに起因する）。
【０２４４】
（実施例１０：癌において差示的に発現される遺伝子産物の機能的分析）
癌性細胞において差示的に発現される遺伝子配列の遺伝子産物をさらに、腫瘍形成におけるこの遺伝子産物の役割および機能（例えば、転移性表現型の発生の促進または阻害）を確認するため分析し得る。例えば、本明細書で同定される遺伝子に対応する遺伝子産物の機能を、細胞中でこの遺伝子産物の機能をブロックすることにより評価し得る。例えば、遺伝子産物が分泌または細胞表面膜に結合する場合、ブロッキング抗体を生成し得、そして細胞に添加して、細胞表現型（例えば、細胞の癌性表現型、特に転移性表現型への形質転換）への影響を試験し得る。
【０２４５】
本明細書で同定される差示的に発現される遺伝子の遺伝子産物は、既知の機能タンパク質に対して配列相同性を示す場合、（例えば、特異的キナーゼまたはプロテアーゼ）および／または既知の機能タンパク質ファミリー（例えば、プロテアーゼ得ファミリーまたはキナーゼファミリーに存在するドメインまたは他のコンセンサス配列を含む）に対して配列相同性を示す場合、この遺伝子の腫瘍形成における役割および遺伝子産物の活性を、対応するタンパク質またはタンパク質ファミリーの機能を阻害または促進する低分子を用いて試験し得る。
【０２４６】
さらなる機能アッセイは、対応する遺伝子発現の細胞周期および細胞遊走における影響を分析するアッセイを含むが、これに限定されない。このようなアッセイを実施する方法は、当該分野で周知である。
【０２４７】
（実施例１１：コンティグアセンブリおよびさらなる遺伝子特徴づけ）
本発明において提供されるポリヌクレオチド配列を用いて、遺伝子の配列情報を、ポリヌクレオチドの対応（例えば、遺伝子またはこの遺伝子によりコードされるｍＲＮＡであって、本明細書に記載されるポリヌクレオチド配列を有する）に拡張し得る。この拡張配列情報は、使用され得て、対応する遺伝子をさらに特徴付け、この遺伝子は、次に遺伝子産物の状態についてのさらなる情報を提供する（例えば、遺伝子産物の正常機能）。さらなる情報は、遺伝子産物の治療標的としての使用のさらなる証拠を提供し、そして活性を修飾し得る型の薬物についてさらなる手引きを提供するのに役立ち得る。
【０２４８】
例えば、コンティグを、本明細書に記載されるポリヌクレオチド配列を用いて集合し得る。「コンティグ」は、ヌクレオチドの連続した配列であり、配列情報を重複した（例えば、共有するか、実質的に類似）核酸配列から集合し得る。公共で利用可能なＥＳＴ（Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｔａｇ）の配列およびＣｈｉｒｏｎにより合成されたいくつかのｃＤＮＡライブラリー由来の種々のクローン配列をコンティグアセンブリに使用した。コンティグを、ソフトウェアプログラムＳｅｑｕｅｎｃｈｅｒ、ｖｅｒｓｉｏｎ４．０５を製造者の指示に従って用いて集合する。次いで、得られたコンティグを用いて、公共のデータベースおよび本出願人らの内部データベースの両方を検索し得、ポリヌクレオチドコンティグを、相同性データおよび／または差示的遺伝子発現データに一致させ得る。
【０２４９】
上記のコンティグアセンブリにおいて得られる配列情報を用いて、コンティグ由来のコンセンサス配列をＳｅｑｕｅｎｃｈｅｒプログラムを用いて得られ得る。次いでコンセンサス配列をＤＧＴＩ　ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ　Ｇｅｎｅ　Ｉｎｄｅｘ（ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ、Ｉｎｃ．、Ｏａｋｌａｎｄ、ＣＡ）（これは、ＥＳＴおよび非縮退配列の全てを公共のデータベースに含む）のＢＬＡＳＴＮ検索において問い合わせ配列として用い得る。あるいは、本明細書に記載されるポリヌクレオチド配列を直接、ＤＧＴＩ　ＤｏｕｂｌｅＴｗｉｓｔ　Ｇｅｎｅ　ＩｎｄｅｘのＢＬＡＳＴＮ検索においての照会配列として用い得る。
【０２５０】
コンティグアセンブリおよび相同性検索ソフトウェアプログラムの使用を通して、本明細書で提供される配列情報は、容易に拡張して、本発明に記載されるポリヌクレオチドの配列を有する遺伝子を確認または、本発明に記載されるポリヌクレオチドの配列を有すると予測される遺伝子を確認し得る。さらに、得られた情報を使用して、本明細書に記載されるポリヌクレオチドに対応する遺伝子の遺伝子産物の機能を同定するのに使用し得る。本発明の実施が必要でない場合、対応する遺伝子の機能の同定は、遺伝子を標的にする治療剤の設計の手引きを提供し得、その活性を修飾し、癌性表現型を修飾し得る（例えば、転移阻害、増殖阻害など）。
【０２５１】
前述の本発明は、理解の明確化の目的のため、例証および実施例として幾分詳細に記載されているが、本発明の教示を考慮すれば、添付された特許請求の範囲の意図または範囲から逸脱することなく、それに対する特定の変化および改変がなされ得ることは、当業者に容易に明らかである。当業者らは、慣用的な実験以上のことを使用せずして、本明細書に記載される本発明の特定の実施形態に対する多くの等価物を認識し、または確認し得る。そのような特定の実施形態および等価物は上記される特許請求の範囲により含まれることが意図される。
【０２５２】
（寄託情報）
以下に援用される表における生物学的材料の寄託物は、ブタペスト条約のの合意の下で、本願の出願日またはそれより前に、Ａｍｅｒｉｃａｎ　Ｔｙｐｅ　Ｃｕｌｔｕｒｅ　Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、１０８０１　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　Ｂｌｖｄ．、Ｍａｎａｓａｓ、ＶＡ　２０１１０−２２０９に寄託された。示される寄託番号は、首尾よい生存に試験ののちに割り当てられ、要求手数料を払った。この培養物へのアクセスは、審査官により決定されたものに対し、特許出願係属の間利用可能であり、３７Ｃ．Ｆ．Ｒ．１．１４章および３５　Ｕ．Ｓ．Ｃ．１２２章のもとに記載される。公共に対するこの培養物の利用可能性における全ての制限は、本願に基づく特許付与において回復不能に取り消される。さらに、この寄託物は、この寄託の日から３０年の期間、または最後の寄託物の請求後５年間維持されるか；または米国特許の行使可能期間のいずれかより長い方の間、維持される。培養物は、死滅するか、不利に破壊されるかまたはプラスミドを含む株の場合、そのプラスミドを失った場合、同じ分類学的記載の利用可能な培養物におきかえられる。
【０２５３】
これらの寄託物は、単に当業者への利便性として提供され、寄託が必要とされることを承認するわけではない。承認は、寄託物の製造、使用または販売を必要とし得、この承認はこれによって付与されない。以下の寄託物は、本願出願日またはそれ以前にＡＴＣＣにより受け付けられた。
【０２５４】
【表５】
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さらに、選択されたクローンのプール、および特定のクローンを含むライブラリーに、「ＥＳ」番号（内部参照）を与え、そしてＡＴＣＣに寄託した。以下の表１３は、ＥＳ寄託物のＡＴＣＣ登録番号を提供し、これらの全てを、２０００年６月１３日以前に寄託した。これらの寄託物の各々に含まれるクローンの名前は、表番号２２以降の表に提供される（明細書の最後に挿入される）。
【０２５５】
【表６】
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表１３（明細書の最後に挿入される）は、上記のライブラリーの各々におけるクローンの名前を提供する。
【０２５６】
（プールされたクローンの寄託物からの個々のクローンの回収）
ＡＴＣＣ寄託物が、ｃＤＮＡクローンのプールまたはｃＤＮＡクローンのライブラリーからなる場合、この寄託物は、初めにこのクローンの各々を別個の細菌性細胞にトランスフェクトすることによって、調製された。このプールまたはライブラリーのこれらのクローンは、次いで、複合寄託物における等量の混合物のプールとして寄託された。特定のクローンは、当該分野で周知の方法を使用して、この複合寄託物から得られ得る。例えば、特定のクローンを含む細菌性細胞は、単一コロニーを単離し、そして特定のクローンを含むコロニーを、このクローン挿入物配列に特異的にハイブリダイズするように設計されたオリゴヌクレオチドプローブを使用する標準的なコロニーハイブリダイゼーション技術（例えば、指定された配列番号（ＳＥＱ　ＩＤ　ＮＯ）を有するコードされたポリヌクレオチドのマスクされていない配列に基づく、プローブ）を介して同定することによって、同定され得る。このプローブは、約８０℃の適切なＴｍ（ＡまたはＴの各々ついては、２℃、そしてＧまたはＣの各々については４℃と仮定する）を有するように設計されるべきである。次いで、ポジティブコロニーが、取り出され、培養物中で増殖され、そしてこの組換えクローンが単離され得る。あるいは、このような様式で設計されるプローブは、ＰＣＲに使用され得、そして核酸分子をこれらのプールされたクローンから、当該分野で周知の方法にしたがって（例えば、ｃＤＮＡを寄託された培養物プールから精製し、そしてそのプローブをＰＣＲ反応で使用して、対応する所望のポリヌクレオチド配列を有する増幅産物を作製することによって）分離され得る。
【０２５７】
【表７】
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【０２５８】
【表８】
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【０２６０】
【表１０】
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【表１１】
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【０２６２】
【表１２】
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【０２６３】
【表１３】
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【０２６４】
【表１４】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
2004512029.tif 001698
【国際調査報告】
2004512029.tif 001699
2004512029.tif 001700
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