(57)【要約】本発明は，プロテアーゼポリペプチド，プロテアーゼポリペプチドをコードするヌクレオチド配列，ならびに種々のプロテアーゼ関連疾病および状態の診断および治療に有用な種々の産物および方法に関する。
2004501637.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離された，濃縮された，または精製された核酸分子であって，前記核酸分子は，
（ａ）配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列およびその生物学的ドメインからなる群より選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする；
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の相補体である；または
（ｃ）ストリンジェントな条件下で（ａ）のヌクレオチド分子にハイブリダイズし，かつプロテアーゼポリペプチドをコードする
ヌクレオチド配列を含むことを特徴とする核酸分子。
【請求項２】
ヌクレオチド配列と動作可能なように連結されたベクターまたはプロモーターをさらに含む，請求項１記載の核酸分子。
【請求項３】
前記核酸分子が，哺乳動物から単離され，濃縮され，または精製されたものである，請求項１記載の核酸分子。
【請求項４】
前記哺乳動物がヒトである，請求項３記載の核酸分子。
【請求項５】
ストリンジェントな条件下で，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するプロテアーゼポリペプチドをコードするヌクレオチド配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む核酸を含む，請求項１記載の核酸分子。
【請求項６】
単離され，濃縮され，または精製されたプロテアーゼポリペプチドであって，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載される配列およびその生物学的ドメインからなる群より選択される配列と少なくとも約９０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド。
【請求項７】
前記ポリペプチドが，哺乳動物から単離され，精製され，または濃縮されたものである，請求項６記載のプロテアーゼポリペプチド。
【請求項８】
前記哺乳動物がヒトである，請求項７記載のプロテアーゼポリペプチド。
【請求項９】
プロテアーゼポリペプチドまたは前記ポリペプチドのドメインに対して特異的結合親和性を有する抗体または抗体フラグメントであって，前記ポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むことを特徴とする抗体または抗体フラグメント。
【請求項１０】
請求項９記載の抗体を産生するハイブリドーマ。
【請求項１１】
請求項６記載のポリペプチドに結合する抗体および負対照抗体を含むキット。
【請求項１２】
プロテアーゼポリペプチドの活性を調節する物質を同定する方法であって，
（ａ）配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列と実質的に同一のプロテアーゼポリペプチドを試験物質と接触させ；
（ｂ）前記ポリペプチドの活性を測定し；そして
（ｃ）前記物質が前記ポリペプチドの活性を調節するか否かを判定する，
の各工程を含む方法。
【請求項１３】
細胞においてプロテアーゼポリペプチドの活性を調節する物質を同定する方法であって，
（ａ）プロテアーゼポリペプチドを細胞中でを発現させ，ここで，前記ポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列と実質的に同一の配列を含み；
（ｂ）試験物質を前記細胞に加え；そして
（ｃ）細胞表現型，細胞増殖，細胞分化または前記ポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用の変化をモニターする，
の各工程を含む方法。
【請求項１４】
治療を必要とする患者に，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列と実質的に同一のプロテアーゼの活性を調節する物質を投与することにより疾病または疾患を治療する方法。
【請求項１５】
前記疾病または疾患が，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，代謝性疾患および炎症性疾患からなる群より選択される，請求項１４記載の方法。
【請求項１６】
前記疾病または疾患が，組織の癌；血液または造血細胞起源の癌；乳，結腸，肺，前立腺，子宮頚部，脳，卵巣，膀胱または腎臓の癌からなる群より選択される，請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
前記疾病または疾患が，中枢神経系または末梢神経系疾病，片頭痛；痛み；性的機能不全；気分障害；注意障害；認識障害；低血圧症；高血圧症；精神病性疾患；神経性疾患および運動異常症からなる群より選択される，請求項１５記載の方法。
【請求項１８】
前記物質がインビトロでプロテアーゼ活性を調節する，請求項１５記載の方法。
【請求項１９】
前記物質がプロテアーゼ阻害剤である，請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
疾病または疾患の診断道具として試料中のプロテアーゼポリペプチドを検出する方法であって，
（ａ）前記試料を，ハイブリダイゼーションアッセイ条件下で配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するプロテアーゼポリペプチドの核酸標的領域にハイブリダイズする核酸プローブと接触させ，前記プローブは，ポリペプチド，そのフラグメント，および配列およびフラグメントの相補体をコードする核酸配列を含み；そして
（ｂ）疾病の指標としてプローブ：標的領域ハイブリッドの存在または量を検出する
の各工程を含む方法。
【請求項２１】
前記疾病または疾患が，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，代謝性疾患および炎症性疾患からなる群より選択される，請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
前記疾病または疾患が，組織の癌；血液または造血細胞起源の癌；乳，結腸，肺，前立腺，子宮頚部，脳，卵巣，膀胱または腎臓の癌からなる群より選択される，請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
前記疾病または疾患が，中枢神経系または末梢神経系疾病，片頭痛，痛み；性的機能不全；気分障害；注意障害；認識障害；低血圧症；高血圧症；精神病性疾患；神経性疾患；および運動異常症からなる群より選択される，請求項２１記載の方法。
【請求項２４】
配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８からなる群より選択される配列を有するプロテアーゼポリペプチドの生物学的ドメインをコードする核酸分子を含む，請求項１記載の単離された，濃縮された，または精製された核酸分子。
【請求項２５】
配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるポリペプチドからなる群より選択されるポリペプチドと少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有するプロテアーゼポリペプチドをコードする核酸配列を含む，請求項１記載の核酸分子。
【請求項２６】
分子が，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９からなる群より選択される配列と実質的に同一のヌクレオチド配列を含む，請求項１記載の核酸分子。
【請求項２７】
配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列の約１０−３０個の連続するヌクレオチド塩基から本質的になる，単離された，濃縮された，または精製された核酸分子。
【請求項２８】
配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９からなる群より選択される核酸配列の約１０−３０個の連続するヌクレオチド塩基から本質的になる，請求項２７記載の単離された，濃縮された，または精製された核酸分子。
【請求項２９】
請求項１記載の核酸分子を含む組換え細胞。
【請求項３０】
試料中のプロテアーゼポリペプチドの存在または量を検出する方法であって，
（ａ）試料をプロテアーゼ−抗体免疫複合体が形成されるのに適した条件下で請求項９記載の抗体と接触させ；そして
（ｂ）プロテアーゼポリペプチドとコンジュゲートした抗体の存在または量を検出する，
の各工程を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
本発明は，米国特許仮出願６０／２１４，０４７（２０００年６月２６日出願）に基づく優先権を主張する。この出願はその全体を本明細書の一部としてここに引用する。
【０００２】
発明の分野
本発明は，プロテアーゼポリペプチド，プロテアーゼポリペプチドをコードするヌクレオチド配列，ならびに種々のプロテアーゼ関連疾病および状態の診断および治療に有用な種々の産物および方法に関する。
【０００３】
発明の背景
プロテアーゼおよびヒト疾病
”プロテアーゼ”，”プロテイナーゼ”，および”ペプチダーゼ”は，ペプチド結合を加水分解するすべての酵素，すなわち蛋白質分解酵素に適用される類義語である。プロテアーゼは，医学研究およびバイオテクノロジーにおいて非常に重要な酵素のグループである。これらは，すべての生きている生物の生存に必要であり，すべての哺乳動物遺伝子の１−２％によりコードされている。ＲａｗｌｉｎｇｓおよびＢａｒｒｅｔｔ（ＭＥＲＯＰＳ：ペプチダーゼデータベース．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９９，２７：３２５−３３１）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂａｂｒａｈａｍ．ｃｏ．ｕｋ／Ｍｅｒｏｐｓ／Ｍｅｒｏｐｓ．ｈｔｍ（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する））は，ペプチダーゼを触媒コア配列における構造的類似性に基づいて１５７のファミリーに分類した。これらのファミリーは，さらに共通の進化的関係の表示に基づいて２６のクランに分類される。ペプチダーゼは，哺乳動物細胞において，正常な生理学および疾病関連経路の両方において鍵となる役割を果たす。例としては，アポトーシスの調節（カスパーゼ），血圧の調節（レニン，アンジオテンシン変換酵素），組織リモデリングおよび腫瘍侵襲（コラゲナーゼ），アルツハイマー病の発症（β−セクレターゼ），蛋白質ターンオーバーおよび細胞サイクル制御（プロテオソーム），および炎症（ＴＮＦ−αコンベルターゼ）（Ｂａｒｒｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ  Ｅｎｚｙｍｅｓ，１９９８，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，ＳａｎＤｉｅｇｏ（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）が挙げられる。
【０００４】
ペプチダーゼは，エキソペプチダーゼまたはエンドペプチダーゼのいずれかに分類される。エキソペプチダーゼは，ポリペプチド鎖の末端付近においてのみ作用する。アミノペプチダーゼは遊離Ｎ末端で作用し，カルボキシペプチダーゼは遊離Ｃ末端で作用する。エンドペプチダーゼは，その作用メカニズムに基づいて以下の６つのサブクラスに分けられる：アスパルチルエンドペプチダーゼ（３．４．２３），システインエンドペプチダーゼ（３．４．２２），メタロエンドペプチダーゼ（３．４．２４），セリンエンドペプチダーゼ（３．４．２１），トレオニンエンドペプチダーゼ（３．４．２５），および上述のクラスのいずれにも属さない最後のグループ（３．４．９９）（酵素の命名法および番号付けは”Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｕｎｉｏｎ  ｏｆＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  （ＮＣ−ＩＵＢＭＢ）  １９９２，（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｈｅｍ．ｑｍｗ．ａｃ．ｕｋ／ｉｕｂｍｂ／ｅｎｚｙｍｅ／ＥＣ３４／ｉｎｔｒｏ．ｈｔｍｌ）に基づく）。
【０００５】
セリン−，トレオニン−およびシステイン−タイプのペプチダーゼにおいては，触媒的求核基はアミノ酸側鎖の反応基であり，ヒドロキシル基（セリンおよびトレオニンタイプペプチダーゼ）またはスルフヒドリル基（システイン−タイプペプチダーゼ）のいずれかである。アスパラギン酸タイプおよびメタロペプチダーゼにおいては，求核基は一般に活性化された水分子である。アスパラギン酸タイプペプチダーゼにおいては，水分子はアスパラギン酸残基の側鎖に直接結合している。メタロペプチダーゼにおいては，１または２個の金属イオンが水分子をその位置に保持し，荷電アミノ酸側鎖が金属イオンのリガンドである。金属は，亜鉛，コバルトまたはマンガンでありうる。通常は１個の金属イオンが３個のアミノ酸リガンドに結合している。ペプチダーゼのファミリーは，Ｒａｗｌｉｎｇｓ＆Ｂａｒｒｅｔｔ（Ｒａｗｌｉｎｇｓ，Ｎ．Ｄ．＆Ｂａｒｒｅｔｔ，Ａ．Ｊ．ＭＥＲＯＰＳ：ｔｈｅ  ｐｅｐｔｉｄａｓｅ  ｄａｔａｂａｓｅ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２７（１９９９）３２５−３３１（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）の番号付けシステムを用いることにより参照される。酵素の命名法および番号付けは，”Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｕｎｉｏｎ  ｏｆ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（ＮＣ−ＩＵＢＭＢ）１９９２，（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｈｅｍ．ｑｍｗ．ａｃ．ｕｋ／ｉｕｂｍｂ／ｅｎｚｖｍｅ／ＥＣ３４／ｉｎｔｒｏ．ｈｔｍｌ）に基づく。
【０００６】
プロテアーゼファミリー
１．アスパルチルプロテアーゼ（Ｐｒｏｓｉｔｅ番号ＰＳ００１４１）
アスパルチルプロテアーゼは，酸プロテアーゼとしても知られており，脊椎動物，真菌，レトロウイルスおよびある種の植物ウイルスに広く分布している蛋白質分解酵素のファミリーである。真核生物のアスパラギン酸プロテアーゼは２つのドメインから構成される単量体酵素である。各ドメインは，触媒的アスパラギン酸残基の中心に活性部位を含む。２つのドメインは，おそらく原始ドメインをコードする先祖遺伝子の複製から進化したものである。このクラスの酵素には，カテプシンＥ，レニン，プレセニリン（ＰＳ１），およびＡＰＰセクレターゼが含まれる。
【０００７】
２．システインプロテアーゼ（Ｐｒｏｓｉｔｅ　ＰＤＯＣ００１２６）
真核生物システインプロテアーゼは，活性部位システインを含む蛋白質分解酵素のファミリーである。触媒作用はチオエステル中間体を通って進行し，近くのヒスチジン側鎖により促進される。アスパラギンが必須の触媒的三者系を完成する。疾病に重要な役割を果たすこのファミリーのペプチダーゼには，カスパーゼ，カルパイン，ヘッジホッグ，ユビキチンヒドロラーゼ，およびパパインが含まれる。
【０００８】
３．メタロプロテアーゼ（Ｐｒｏｓｉｔｅ　ＰＤＯＣ００１２９）
メタロプロテアーゼは，マトリクスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ），コラゲナーゼ，ストロメリシン，ゼラチナーゼ，ネプリリシン，カルボキシペプチダーゼ，ジペプチダーゼ，および膜付随メタロプロテアーゼ，例えばＡＤＡＭファミリーのプロテアーゼを含むクラスである。これらは活性に金属補因子を必要とする。頻繁に必要とされる金属イオンは亜鉛であるが，ある種のメタロプロテアーゼはコバルトおよびマンガンを利用する。
【０００９】
細胞外マトリクスの蛋白質は細胞表面レセプターと直接相互作用し，このことにより，シグナル伝達経路を開始させ，成長因子により誘発される経路を調節する。あるものは，最適な活性のためには細胞外マトリクスに結合することを必要とする。したがって，細胞外マトリクスは，これに包まれている細胞およびこれに隣接する細胞に深い影響を有する。細胞外マトリクスのリモデリングには，いくつかのファミリーのプロテアーゼ，例えばメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）が必要である。
【００１０】
４．セリンプロテアーゼ（Ｓ１）（Ｐｒｏｓｉｔｅ　ＰＳ００１３４トリプシン−ｈｉｓ；ＰＳ００１３５トリプシン−ｓｅｒ）
トリプシンファミリーのセリンプロテアーゼの触媒活性は，ヒスチジン（それ自身はセリンと水素結合している）と水素結合しているアスパラギン酸残基が関与する荷電リレーシステムにより与えられる。活性部位のセリンおよびヒスチジン残基付近の配列は，プロテアーゼのこのファミリーでよく保存されている。この大きくかつ重要なファミリーに属することが知られているプロテアーゼの部分的リストには以下のものが含まれる：血液凝固因子ＶＩＩ，ＩＸ，Ｘ，ＸＩおよびＸＩＩ；トロンビン；プラスミノーゲン；補体成分Ｃ１ｒ，Ｃ１ｓ，Ｃ２；補体因子Ｂ，ＤおよびＩ；ＲＡ−反応性因子の補体活性化成分；エラスターゼ１，２，３Ａ，３Ｂ（プロテアーゼＥ）；肝細胞成長因子アクチベータ；腺（組織）カリクレイン，例えばＥＧＦ−結合蛋白質タイプＡ，Ｂ，およびＣ；ＮＧＦ−γ鎖，γ−レニン，および前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）；血漿カリクレイン；マスト細胞プロテアーゼ；ミエロブラスチン（プロテイナーゼ３）（ウェゲナー自己抗原）；プラスミノーゲンアクチベータ（ウロキナーゼ−タイプおよび組織−タイプ）；およびトリプシンＩ，ＩＩ，ＩＩＩ，およびＩＶ。これらのペプチダーゼは，凝固，腫瘍発生，血圧の調節，成長因子の放出および他の役割を果たす。
【００１１】
５．トレオニンペプチダーゼ（Ｔ１）−（Ｐｒｏｓｉｔｅ　ＰＤＯＣ００３２６／ＰＤＯＣ００６６８）
トレオニンプロテアーゼは，これらの酵素の触媒部位のトレオニン残基のヒドロキシル基を利用することを特徴とする。これまでに，これらの酵素のわずか，例えば，始原細菌であるＴｈｅｒｍｏｐｌａｓｍａ　ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｍの２０Ｓプロテオソームしか特性決定されていない（Ｓｅｅｍｕｌｌｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，１９９５，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２６８：５７９−８２，およびｃｈａｐｔｅｒ１６７，Ｂａｒｒｅｔｔ　ｅｔ　ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ　ｏｆ　Ｐｒｏｔｅｏｌｉｃ　Ｅｎｚｖｍｅｓ，１９９８，Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ）。
【００１２】
発明の概要
本発明は，ヒトプロテアーゼの新規配列の単離および特性決定に関する。これらの配列は，新規ヒト遺伝子配列の予測アミノ酸翻訳に対するバイオインフォマティクス検索により得られる。プロテアーゼとして同定されたこれらの配列をポリペプチドに翻訳し，これをさらに特性決定する。さらに，これらのプロテアーゼの核酸配列を用いてプロテアーゼの全長ｃＤＮＡクローンを得る。これらのプロテアーゼの部分配列または完全配列が，その分類，予測されたまたは推定された蛋白質構造とともに本明細書に記載される。
【００１３】
これらのプロテアーゼの活性の調節は，治療上有用であることがわかるであろう。さらに，これらのプロテアーゼまたはこれらをコードするＤＮＡ配列の存在または非存在は，種々の疾病の診断または予期に有用であることがわかるであろう。この点に関して，実施例８は，本発明のプロテアーゼの染色体位置を記述し，本発明のプロテアーゼの染色体位置への疾病マッピングを記述する。
【００１４】
本発明の第１の観点は，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列およびそれらの生物学的ドメインからなる群より選択されるアミノ酸配列を有する，同定された，単離された，濃縮されたまたは精製された核酸分子を特徴とする。
【００１５】
核酸に関して”同定された”との用語は，これまでに知られていない新規プロテアーゼの一部をコードすると予測されることに基づいて，ゲノム，ＥＳＴ，またはｃＤＮＡ配列データベースから配列が選択されたことを意味する。
【００１６】
核酸に関して”単離された”とは，互いに結合した１０個（好ましくは２１個，より好ましくは３９個，最も好ましくは７５個）またはそれ以上のヌクレオチドのポリマーを意味し，天然起源から単離された，またはセンス鎖または相補的なアンチセンス鎖として合成されるＤＮＡおよびＲＮＡが含まれる。本発明のある態様においては，より長い核酸が好ましく，例えば，３００，６００，９００，１２００，１５００，またはそれ以上のヌクレオチドのもの，および／または配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９に記載される配列からなる群より選択される配列と，少なくとも５０％，６０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，または９９％の同一性を有するものが好ましい。
【００１７】
核酸とは，限定されないが，ＤＮＡ，ＲＮＡまたはｃＤＮＡを意味し，核酸がＲＮＡである場合，チミン（Ｔ）はウラシルであることが理解される。
【００１８】
本発明の単離された核酸は，これが自然には純粋なまたは分離された状態で見いだされないという点において独特である。”単離された”との用語の使用は，天然に生ずる配列がその通常の細胞環境（すなわち染色体）から除かれていることを表す。すなわち，配列は，無細胞溶液中にあってもよく，または異なる細胞環境に置かれていてもよい。この用語は，この配列が存在する唯一のヌクレオチド鎖であることを意味するものではなく，天然にこれに付随する非ヌクレオチド物質を本質的に含まず（好ましくは約９０％純粋，より好ましくは少なくとも９５％純粋），したがって，単離された染色体とは区別されることを意味する。
【００１９】
核酸に関連して，”濃縮された”との用語の使用は，特定のＤＮＡまたはＲＮＡ配列が，目的とする細胞または溶液中に存在する総ＤＮＡまたはＲＮＡ中で，正常または疾病細胞，またはこの配列が由来する細胞におけるより有意に高い割合（２−５倍）を占めることを意味する。これは，存在する他のＤＮＡまたはＲＮＡの量の優先的減少，または特定のＤＮＡまたはＲＮＡ配列の量の優先的増加，またはこれらの２つの組み合わせにより，人が生じさせることができる。しかし，濃縮されたとは，他のＤＮＡまたはＲＮＡ配列が存在しないことを意味するものではなく，単に，目的とする配列の相対的な量が有意に増加されていることを意味することに注意すべきである。”有意に”との用語は，増加のレベルがそのような増加を作成した人にとって有用であることを示すために用いられ，一般に，他の核酸に比べて少なくとも約２倍，より好ましくは少なくとも５倍，より好ましくは少なくとも１０倍またはそれ以上増加していることを意味する。またこの用語は，他の起源からのＤＮＡまたはＲＮＡが存在しないことを意味するものではない。他の起源のＤＮＡは，例えば，酵母または細菌ゲノム，またはクローニングベクター，例えばｐＵＣ１９からのＤＮＡでありうる。この用語は，１つのｍＲＮＡのレベルが他の種のｍＲＮＡと比較して自然に増加している天然に生ずる事象，例えばウイルス感染または腫瘍タイプの成長から区別される。すなわち，この用語は，人が介在して所望の核酸の比率を上昇させる状況のみをカバーする。
【００２０】
ある目的のためには，ヌクレオチド配列が精製された形であることも有利である。核酸に関して，”精製された”との用語は，絶対的純度（例えば均一な調製物）を要求するものではない。むしろ，これは配列が天然の環境におけるより比較的純粋であることを示す（天然のレベルと比較して，このレベルは，例えばｍｇ／ｍＬで少なくとも２−５倍高い）。ｃＤＮＡライブラリから単離された個々のクローンは，電気泳動的に均一にまで精製することができる。これらのクローンから得られた本発明のＤＮＡ分子は，総ＤＮＡからまたは総ＲＮＡから直接得ることができる。ｃＤＮＡクローンは天然に生じず，好ましくは部分的に精製した天然に生ずる物質（メッセンジャーＲＮＡ）の操作により得る。ｍＲＮＡからのｃＤＮＡライブラリの構築は，合成物質（ｃＤＮＡ）の作成を含み，純粋な個々のｃＤＮＡクローンは，ｃＤＮＡライブラリを有する細胞のクローン選択により合成ライブラリから単離することができる。すなわち，ｍＲＮＡからｃＤＮＡライブラリを構築し，個々のｃＤＮＡクローンを単離することを含む工程により，天然のメッセンジャーのおよそ１０６倍の精製が得られる。すなわち，少なくとも１桁，好ましくは２または３桁，より好ましくは４または５桁の精製が明示的に企図される。
【００２１】
”プロテアーゼポリペプチド”とは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列およびその生物学的ドメインからなる群より選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチド中の，３２個（好ましくは４０，より好ましくは４５，最も好ましくは５５個）またはそれ以上の連続するアミノ酸を意味する。ある観点においては，１００，２００，３００，４００，４５０，５００，５５０，６００，７００，８００，９００個またはそれ以上のアミノ酸のポリペプチドが好ましい。プロテアーゼポリペプチドは，ポリペプチドの機能的活性が保持される限り，全長核酸配列または全長核酸配列の任意の部分によりコードされることができる。遺伝コードの縮重のため，多数の異なる核酸配列が同じアミノ酸配列をコードしうることは当該技術分野においてよく知られている。同じく，アミノ酸の保存的変更を行って，元の機能を保持している蛋白質またはポリペプチドを得ることができることも，当該技術分野においてよく知られている。そのような置換には，アミノ酸を類似の物理化学的特性を有する残基で置き換えること，例えば，１つの脂肪族残基（Ｉｌｅ，Ｖａｌ，ＬｅｕまたはＡｌａ）を別のもので，または塩基性残基ＬｙｓとＡｒｇ，酸性残基ＧｌｕとＡｓｐ，アミド残基ＧｌｎとＡｓｎ，ヒドロキシル残基ＳｅｒとＴｙｒ，または芳香族残基ＰｈｅとＴｙｒとの間で置き換えることが含まれる。蛋白質全体に対して，あったとしてもわずかの影響しか与えないアミノ酸の交換を作成することに関するさらなる情報は，Ｂｏｗｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９０，２４７，１３０６−１３１０に見いだすことができる（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）。すべての場合において，すべての順列が本明細書の開示によりカバーされることが意図される。
【００２２】
本発明のプロテアーゼペプチドのアミノ酸配列は，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列，または対応する全長アミノ酸配列，またはそのフラグメントを有する配列に実質的に類似するであろう。
【００２３】
配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載される配列からなる群より選択される配列と実質的に類似する配列は，好ましくは配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８からなる群より選択される配列に少なくとも５０％，６０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％または９９％の同一性を有するであろう。好ましくは，プロテアーゼポリペプチドは，上述の配列の１つに少なくとも約９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％または９９％の同一性を有するであろう。
【００２４】
”同一性”とは，その類似性または関係の尺度である配列の性質を意味する。同一性は，同一である残基の数を，既知の配列または既知の配列のドメイン中の残基の総数で割り，１００を乗ずることにより測定する。”ギャップ”とは，アミノ酸の付加または欠失により生じたアラインメント中の空間である。すなわち，完全に同一の配列の２つのコピーは１００％の同一性を有するが，より低い程度に保存され，欠失，付加または置換を含む配列はより低い程度の同一性を有するであろう。当業者は，標準的なパラメータを用いて配列の同一性を決定するためのいくつかのコンピュータプログラム，例えば，Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴまたはＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ  ａｌ．（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２），ＢＬＡＳＴ（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ  ａｌ．（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０），およびスミス−ウォーターマン（Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ）（Ｓｍｉｔｈ，ｅｔ  ａｌ．（１９８１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１４７：１９５−１９７）が利用可能であることを認識するであろう。好ましくは，これらのプログラムのデフォルト設定を用いるが，当業者は，これらの設定を変更することが必要であるか否かを認識しており，どのようにして変更するかを理解している。
【００２５】
”類似性”は，同一の残基の数と保存的に置換された残基の数（Ｂｏｗｉｅ，  ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９，２４７，１３０６−１３１０を参照（図面および表を含め，その全体を本明細書の一部としてここに引用する）との合計を残基とギャップの総数で割り，１００を乗ずることにより測定することができる。
【００２６】
好ましい態様においては，本発明は，以下のヌクレオチド配列を含むプロテアーゼポリペプチドをコードする，単離された，濃縮されたまたは精製された核酸分子を特徴とする：
（ａ）配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列およびその生物学的ドメインからなる群より選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする；
（ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列の相補体である；
（ｃ）（ａ）のヌクレオチド分子に高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし，かつ天然に生ずるプロテアーゼポリペプチドをコードする。
【００２７】
好ましい態様においては，本発明は，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９からなる群より選択される配列と実質的に同一のヌクレオチド配列を含む，単離された，濃縮された，または精製された核酸分子を特徴とする。好ましくは，配列は，上述の配列と少なくとも５０％，６０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％または１００％の同一性を有する。
【００２８】
”相補体”との用語は，互いに多くの望ましい相互作用を形成しうる２つのヌクレオチドを表す。例えば，アデニンはチミンと２つの水素結合を形成することができるため，チミンに相補的である。同様に，グアニンとシトシンは３つの水素結合を形成することができるため，相補的である。あるヌクレオチド配列は，第１の配列のすべてのヌクレオチドが第２の配列のすべてのヌクレオチドと相補的である場合，他のヌクレオチド配列の相補体である。
【００２９】
所望の特異性および選択性に応じて，種々の低いまたは高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件を用いることができる。これらの条件は，当業者にはよく知られている。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下では，高度に相補的な核酸配列のみがハイブリダイズする。好ましくは，そのような条件は，２０個の連続するヌクレオチド中に１または２個より多いミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを防止し，より好ましくは，そのような条件は，５０個の連続するヌクレオチド中に１または２個より多いミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを防止し，最も好ましくは，そのような条件は，１００個の連続するヌクレオチド中に１または２個より多いミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを防止する。場合によっては，この条件は，全長配列中に５個のミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを防止する。
【００３０】
ストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件とは，少なくとも以下の程度にストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件を意味する：５０％ホルムアミド，５ＸＳＳＣ，５０ｍＭ  ＮａＨ２ＰＯ４，ｐＨ６．８，０．５％ＳＤＳ，０．１ｍｇ／ｍＬ超音波処理サケ精子ＤＮＡ，および５Ｘデンハルト溶液中で４２℃で一夜のハイブリダイゼーション；２ＸＳＳＣ，０．１％ＳＤＳで４５℃での洗浄；および０．２ＸＳＳＣ，０．１％ＳＤＳで４５℃での洗浄。いくつかの最もストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件においては，２回目の洗浄は，０．１ＸＳＳＣで７０℃までの温度で行うことができる（Ｂｅｒｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ（１９８７）Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ｐｇ４２１（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）。しかし，他の用途は，これらの条件の組の間に入る条件の使用を必要とするかもしれない。所望のハイブリダイゼーションを達成するのに必要な条件を決定する方法は当業者にはよく知られており，いくつかの因子，例えば，限定されないが，ハイブリダイズすべき配列および試験すべき試料に基づく。低いストリンジェンシーの洗浄条件は，しばしば洗浄工程の間により低い温度，例えば，６５℃，６０℃，５５℃，５０℃，または４２℃を用いる。
【００３１】
”活性”との用語は，ポリペプチドがペプチド結合を加水分解することを意味する。
【００３２】
本明細書において用いる場合，”触媒活性”との用語は，プロテアーゼ触媒ドメインが基質を切断する速度を規定する。触媒活性は，例えば，切断される基質の量を時間の関数として決定することにより測定することができる。触媒活性は，時間を一定にして定められた時間の後に切断された基質の濃度を決定することにより，本発明の方法により測定することができる。基質の切断は，プロテアーゼの活性部位において生ずる。活性部位は，通常は，基質がプロテアーゼに結合し，切断される空洞である。
【００３３】
”生物学的ドメイン”との用語は，プロテアーゼポリペプチドの，触媒活性を有するかまたはプロテアーゼの基質に結合するドメインまたは領域を意味する。
【００３４】
本明細書において用いる場合，”基質”との用語は，本発明のプロテアーゼにより切断されるポリペプチドまたは蛋白質を表す。”切断される”との用語は，ポリペプチドまたは蛋白質の骨格のアミノ酸残基間の共有結合の切断を表す。
【００３５】
本明細書において用いる場合，”挿入物”との用語は，密接なホモログには存在しないプロテアーゼの一部を表す。挿入物は，エクソンの選択的スプライシングの産物であるかもしれないしそうではないかもしれない。挿入物は，蛋白質配列の非重複蛋白質データベースに対するスミス−ウォーターマン配列アラインメントを用いて，またはＤＮＡＳｔａｒプログラムＭｅｇａｌｉｇｎを用いる相同配列の多重配列アラインメントにより，同定することができる（好ましくは，このプログラムのデフォルトの設定を用いるが，当業者は，これらの設定を変更することが必要であるか否かを認識しており，どのようにして変更するかを理解している）。挿入物は，蛋白質−蛋白質相互作用のための新規なインターフェースを提示することにより，またはそのような相互作用を妨害することにより，機能的役割を果たすかもしれない。
【００３６】
別の好ましい態様においては，本発明は，プロテアーゼポリペプチドをコードし，ヌクレオチド配列なに動作可能なように連結されたベクターまたはプロモーターをさらに含む，単離された，濃縮されたまたは精製された核酸分子を特徴とする。本発明はまた，組換え核酸を特徴とし，これは好ましくは細胞または生物内にある。組換え核酸は，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９に記載される配列からなる群より選択される配列，またはその機能的誘導体，およびヌクレオチド配列に動作可能なように連結されたベクターまたはプロモーターを含むことができる。あるいは，組換え核酸は，細胞において機能的な転写開始領域，プロテアーゼポリペプチドをコードするＲＮＡ配列に相補的な配列および細胞において機能的な転写終止領域を含んでいてもよい。特定のベクターおよび宿主細胞の組み合わせは本明細書において議論される。
【００３７】
”ベクター”との用語は，細胞にトランスフェクトすることができ，細胞ゲノム中でまたはそれとは独立に複製しうる一本鎖または二本鎖の環状核酸分子を表す。環状二本鎖核酸分子は，制限酵素で処理することにより切断し，したがって直鎖状にすることができる。核酸ベクターの分類，制限酵素，および制限酵素により切断されるヌクレオチド配列の知識は，当業者には容易に入手可能である。プロテアーゼをコードする核酸分子は，ベクターを制限酵素で切断し，２つの断片を一緒にライゲーションすることにより，ベクター中に挿入することができる。
【００３８】
動作可能な連結とは，制御ＤＮＡ配列および発現が求められているＤＮＡ配列が，遺伝子配列の発現を可能とするように接続されている連結である。遺伝子配列の発現に必要な制御領域の詳細な性質は，生物により様々であろうが，一般に，プロモーター領域（原核生物においては，プロモーター（ＲＮＡ転写の開始を指示する）ならびにＲＮＡに転写されたときに合成の開始を合図するＤＮＡ配列）の両方を含む）を含むはずである。
【００３９】
”トランスフェクトする”との用語は，核酸ベクターまたは他の核酸分子を細胞性生物中に挿入する多数の方法を規定する。これらの方法には，種々の手法が含まれ，例えば，細胞を高濃度の塩，電界，界面活性剤，またはＤＭＳＯで処理することにより，細胞の外膜または壁を目的の核酸分子に対して透過性にすること，または種々のウイルス伝達戦略を用いることが含まれる。
【００４０】
本明細書において用いる場合，”プロモーター”との用語は，遺伝子配列の発現に必要な核酸配列を表す。プロモーター領域は生物によって様々であるが，種々の生物について当業者によく知られている。例えば，原核生物においては，プロモーター領域は，プロモーター（ＲＮＡ転写の開始を指示する）ならびに，ＲＮＡに転写されたときに合成の開始を合図するＤＮＡ配列の両方を含む。そのような領域は，通常は転写および翻訳の開始に関与する５’非コーディング配列，例えばＴＡＴＡボックス，キャッピング配列，ＣＡＡＴ配列等を含む。
【００４１】
好ましい態様においては，単離された核酸は，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９に記載される配列からなる群より選択される核酸配列を含むか，本質的にそれからなるか，それからなり，かつ，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列，その機能的誘導体，または配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択される少なくとも３５，４０，４５，５０，６０，７５，１００，２００，または３００個の連続するアミノ酸をコードする。核酸は，ｃＤＮＡクローニングにより，またはサブトラクティブハイブリダイゼーションにより，天然の起源から単離することができる。天然の起源は哺乳動物であることができ，好ましくはヒト，好ましくは血液，精液または組織であり，核酸はトリエステル法によりまたは自動化ＤＮＡ合成機を用いることにより合成してもよい。
【００４２】
”哺乳動物”とは，好ましくはマウス，ラット，ウサギ，モルモット，ヒツジ，およびヤギ等の生物を表し，より好ましくはネコ，イヌ，有尾サル，および無尾サルを表し，最も好ましくはヒトを表す。
【００４３】
さらに別の好ましい態様においては，核酸は，例えば，追加のポリペプチドの同定およびクローニングを容易にするためのハイブリダイゼーションプローブを設計するのに，追加のポリペプチドのクローニングを容易にするためのＰＣＲプローブを設計するのに，ポリペプチド領域に対する抗体を得るために，およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計するのに有用な，保存されたまたは独特の領域である。
【００４４】
”保存された核酸領域”とは，プロテアーゼポリペプチドをコードする２つまたはそれ以上の核酸に存在する領域を意味し，特定の核酸配列は低いストリンジェンシー条件下でこの領域にハイブリダイズすることができる。プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸のスクリーニングに適した低ストリンジェンシー条件の例は，Ｗａｈｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍ．１５２：３９９−４０７（１９８７）およびＷａｈｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍ．１５２：４１５−４２３（１９８７）（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）に提供される。好ましくは，保存領域は，２０ヌクレオチド中５個以下で異なり，より好ましくは２０ヌクレオチド中２個，最も好ましくは２０ヌクレオチド中１個が異なる。
【００４５】
”独特の核酸領域”とは，プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸中に存在し，天然に生ずる任意の他のポリペプチドをコードする配列中には存在しない配列を意味する。そのような領域は，好ましくは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列の，３２個（好ましくは４０個，より好ましくは４５個，最も好ましくは５５個）またはそれ以上の連続するアミノ酸をコードする。特に，独特の核酸領域は，好ましくは哺乳動物起源のものである。
【００４６】
好ましい態様においては，核酸プローブは，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９からなる群より選択される全長配列の，少なくとも１２，３２，７５，９０，１０５，１２０，１５０，２００，２５０，３００または３５０個の連続するアミノ酸をコードする核酸またはその機能的誘導体にハイブリダイズする。
【００４７】
プローブを使用する方法には，ハイブリダイゼーションが生ずるような条件下で試料を核酸プローブと接触させ，プロテアーゼＲＮＡに結合したプローブの存在または量を検出することにより，試料中のプロテアーゼＲＮＡの存在または量を検出することが含まれる。プローブとプロテアーゼポリペプチドをコードする核酸配列との間に形成される核酸デュープレックスを，検出された核酸の配列の同定において用いることができる（Ｎｅｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｏｎｉｓｏｔｏｐｉｃ  ＤＮＡ  Ｐｒｏｂｅ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｋｒｉｃｋａ，ｅｄ．，ｐ．２７５，１９９２（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）。そのような方法を実施するためのキットは，その中に核酸プローブが置かれている容器手段を含むように構築することができる。
【００４８】
プローブを使用する方法には，これらのプローブを用いて，例えば当該技術分野において知られる技術を用いて予測プロテアーゼのそれぞれの全長クローンを見いだすことも含まれる。これらのクローンは，コードされるプロテアーゼの触媒的活性を阻害し，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，および代謝性疾患の治療において潜在的有用性を有する小分子化合物をスクリーニングするのに有用であろう。より詳細には，疾患には，組織，血液，または造血細胞起源の癌，特に乳，結腸，肺，前立腺，子宮頚部，脳，卵巣，膀胱，または腎臓が関与する癌；中枢神経または末梢神経系疾病および状態，例えば，片頭痛，痛み，性的機能不全，気分障害，注意障害，認識障害，低血圧症，および高血圧症；精神病性および神経学的疾患，例えば不安，精神分裂病，躁うつ病，せん妄，痴呆，重症の精神遅滞および運動異常症，例えばハンチントン病またはツレット症候群；神経変性性疾病，例えばアルツハイマー病，パーキンソン病，多発性硬化症，および筋萎縮性側索硬化症；ＨＩＶ１，ＨＩＶ−２または他のウイルスまたはプリオン体または真菌または細菌生物により引き起こされるウイルスまたは非ウイルス感染；代謝性疾患，例えば，特に糖尿病および肥満およびこれに関連する症候群；心臓血管疾患，例えば再灌流再狭窄，冠状動脈血栓症，凝固疾患，制御されない細胞成長疾患，アテローム性動脈硬化症；眼性疾病，例えば緑内障，網膜症，および黄斑変性；炎症性疾患，例えば慢性関節リウマチ，慢性炎症性腸疾病，慢性炎症性骨盤疾病，多発性硬化症，ぜん息，変形性関節症，乾癬，アテローム性動脈硬化症，鼻炎，自己免疫，および臓器移植拒絶が含まれる。
【００４９】
別の観点においては，本発明は，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するプロテアーゼポリペプチドをコードする核酸分子を含む組換え細胞または組織を記述する。そのような細胞においては，核酸は遺伝的制御要素の制御下にあってもよく，または外来性プロモーターを含む外来性制御要素の制御下にあってもよい。”外来性”とは，通常はプロテアーゼポリペプチドのコーディング配列とインビボで転写的にカップリングしていないプロモーターを意味する。
【００５０】
ポリペプチドは，好ましくは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択される全長アミノ酸配列によりコードされる蛋白質のフラグメントである。”フラグメント”とは，プロテアーゼポリペプチド中に存在するアミノ酸配列を意味する。好ましくは，そのような配列は，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択される全長配列の，少なくとも３２，４５，５０，６０，１００，２００，または３００個の連続するアミノ酸を含む。
【００５１】
別の観点においては，本発明は，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列およびその生物学的ドメインからなる群より選択されるアミノ酸配列と実質的に同一の配列を有する，単離された，濃縮されたまたは精製されたプロテアーゼポリペプチドを特徴とする。好ましくは，ポリペプチド配列は上述の配列と少なくとも５０％，６０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％または１００％の同一性を有する。
【００５２】
ポリペプチドに関して”単離された”とは，互いに結合した６個（好ましくは１２個，より好ましくは１８個，最も好ましくは２５，３２，４０，または５０個）またはそれ以上のアミノ酸のポリマーを意味し，天然起源から単離されたポリペプチドまたは合成されたポリペプチドが含まれる。ある種の観点においては，より長いポリペプチド，例えば，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択される全長配列の，１００，２００，３００，４００，４５０，５００，５５０，６００，７００，８００，９００個またはそれ以上の連続するアミノ酸を有するポリペプチド，および／または，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８からなる群より選択される配列と，少なくとも５０％，６０％，７５％，８０％，８５％，９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％または９９％の同一性を有するポリペプチドが好ましい。
【００５３】
本発明の単離されたポリペプチドは，天然には純粋なまたは分離された形で見いだされない点において独特である。”単離された”との用語の使用は，天然に生ずる配列がその正常な細胞性環境から除かれていることを示す。すなわち，配列は，無細胞溶液中にあってもよく，異なる細胞性環境に置かれていてもよい。この用語は，その配列が存在する唯一のアミノ酸鎖であることを意味するものではなく，配列が天然にこれに付随する非アミノ酸物質を本質的に含まない（少なくとも約９０％純粋，より好ましくは少なくとも約９５％またはそれ以上純粋）ことを意味する。
【００５４】
ポリペプチドに関して使用する場合，”濃縮された”との用語は，特定のアミノ酸配列が，正常または疾病細胞におけるより，または配列が由来する細胞におけるより，目的とする細胞または溶液中に存在する総アミノ酸配列の有意に高い割合（２−５倍）を占めることを意味する。これは，存在する他のアミノ酸配列の量の優先的減少により，または目的とする特定のアミノ酸配列の量の優先的増加により，またはこれら２つの組み合わせにより，人が生じさせることができる。しかし，濃縮されたとは，他のアミノ酸配列が存在しないことを意味するものではなく，単に目的とする配列の相対的な量が有意に増加していることを意味することに注意すべきである。本明細書において”有意”にとの用語は，増加のレベルがそのような増加を作成した人にとって有用であることを示し，一般に，他のアミノ酸配列と比較して少なくとも約２倍，より好ましくは少なくとも５−１０倍，またはそれより多い増加を意味する。この用語はまた，他の起源からのアミノ酸配列が存在しないことを意味するものではない。アミノ酸配列の他の起源は，例えば，酵母または細菌のゲノム，またはクローニングベクター，例えばｐＵＣ１９によりコードされるアミノ酸配列を含みうる。この用語は，人が介在して所望のアミノ酸配列の比率を増加させる状況のみをカバーすることを意味する。
【００５５】
ある目的のためには，アミノ酸配列が精製された形であることも有利である。ポリペプチドに関して”精製された”との用語は絶対的純度（例えば均一調製物）を要求するものではなく，この用語は配列が天然の環境におけるより比較的純粋であることを示す。天然のレベルと比較して，このレベルは少なくとも２−５倍高くあるべきである（例えばｍｇ／ｍＬで）。少なくとも１桁の精製，好ましくは２または３桁，より好ましくは４または５桁の精製が明示的に意図される。物質は，好ましくは機能的に有意なレベルで夾雑物を含まず，例えば，９０％，９５％，または９９％純粋である。
【００５６】
好ましい態様においては，プロテアーゼポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択される全長アミノ酸配列によりコードされる蛋白質のフラグメントである。好ましくは，プロテアーゼポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列，またはその機能的誘導体からなる群より選択される全長配列の，少なくとも３２，４５，５０，６０，１００，２００，または３００個の連続するアミノ酸を含む。
【００５７】
好ましい態様においては，プロテアーゼポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するアミノ酸配列を含む。
【００５８】
ポリペプチドは，当該技術分野においてよく知られる方法により，天然の起源から単離することができる。天然の起源は哺乳動物であることができ，好ましくはヒトであり，好ましくは，血液，精液，または組織であり，またはポリペプチドは自動化ポリペプチド合成機を用いて合成してもよい。
【００５９】
ある態様においては，本発明は，（ａ）配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する組換えプロテアーゼポリペプチドを含む。”組換えプロテアーゼポリペプチド”とは，その存在位置（例えば，天然に見いだされる物とは異なる細胞または組織に存在），純度または構造において天然に生ずるポリペプチドと区別されるように，組換えＤＮＡ技術により製造されるポリペプチドを意味する。一般に，そのような組換えポリペプチドは，天然に通常観察される量とは異なる量で細胞中に存在するであろう。
【００６０】
宿主細胞中で発現させるべきポリペプチドは，異種蛋白質からの領域を含む融合蛋白質であってもよい。そのような領域を含むことにより，例えば，分泌させ，安定性を改良し，またはポリペプチドの精製を容易にすることができる。例えば，適当なシグナルペプチドをコードする配列を発現ベクター中に組み込むことができる。シグナルペプチド（分泌リーダー）のＤＮＡ配列を，ポリペプチドがシグナルペプチドを含む融合蛋白質として翻訳されるように，ポリヌクレオチド配列にインフレームで融合させることができる。意図する宿主細胞において機能的であるシグナルペプチドは，ポリペプチドの細胞外分泌を促進する。好ましくは，シグナル配列はポリペプチドが細胞から分泌される際にポリペプチドから切断される。すなわち，プロテアーゼポリペプチドのＮ末端が運搬ペプチドに融合されている好ましい融合蛋白質を作成することができる。
【００６１】
１つの態様においては，ポリペプチドは，ポリペプチドの精製を容易にするために用いられる異種領域を含む融合蛋白質を含む。そのような機能のために用いられる入手可能なペプチドの多くは，融合蛋白質が結合パートナーに選択的に結合することを可能とする。好ましい結合パートナーには，プロテインＡのＩｇＧ結合ドメインの１またはそれ以上が含まれ，融合蛋白質は，ＩｇＧ結合セファロース等のアフィニティークロマトグラフィーにより容易に均一にまで精製される。あるいは，多くのベクターは，標的蛋白質のＮ末端またはＣ末端で発現されることができるヒスチジン残基のストレッチを有するという利点を有しており，したがって，金属キレート化クロマトグラフィーにより目的とする蛋白質を回収することができる。蛋白質加水分解酵素，例えばエンテロキナーゼ，ファクターＸプロコラゲナーゼまたはトロンビンの認識部位をコードするヌクレオチド配列をプロテアーゼポリペプチドの配列のすぐ上流に配置すると，融合蛋白質を切断して成熟プロテアーゼポリペプチドを得ることができる。融合蛋白質結合パートナーのさらなる例には，限定されないが，酵母Ｉ−因子，ｓｆ９昆虫細胞におけるミツバチメラチンリーダー，６−Ｈｉｓタグ，チオレドキシンタグ，ヘマグルチニンタグ，ＧＳＴタグ，およびＯｍｐＡシグナル配列タグが含まれる。当業者には理解されるように，ペプチドを認識しこれに結合する結合パートナーは，任意のイオン，分子または化合物であることができ，例えば金属イオン（例えば金属アフィニティーカラム），抗体，またはそのフラグメント，およびペプチドに結合する任意の蛋白質またはペプチド，例えばＦＬＡＧタグが含まれる。
【００６２】
抗体
別の観点においては，本発明は，プロテアーゼポリペプチドまたはプロテアーゼポリペプチドドメインまたはフラグメントに対して特異的結合親和性を有する抗体（例えば，モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体）を特徴とし，ここで，ポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも約９０％同一の配列を有する群から選択される。好ましくは，ポリペプチドは，上述の配列と少なくとも約９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％９９％または１００％の同一性を有する。”特異的結合親和性”とは，抗体が，特定の条件下において，他のポリペプチドに結合するより高い親和性をもって標的プロテアーゼポリペプチドに結合することを意味する。抗体または抗体フラグメントは，他のポリペプチドに結合しうる領域を含むポリペプチドである。”特異的結合親和性”との用語は，特定の条件下で，他のポリペプチドに結合するより高い親和性をもってプロテアーゼポリペプチドに結合する抗体を記述する。抗体を用いて，プロテアーゼポリペプチドの内因性起源を同定して，細胞サイクル制御をモニターすることができ，または，プロテアーゼポリペプチドの細胞中の免疫局在化に用いることができる。
【００６３】
”ポリクローナル”との用語は，抗原またはその抗原性機能的誘導体で免疫した動物の血清から誘導される抗体分子の異成分集団である抗体を表す。ポリクローナル抗体の製造のためには，種々の宿主動物に抗原を注射することにより免疫することができる。宿主の種により，種々のアジュバントを用いて免疫学的応答を増加させることができる。
【００６４】
”モノクローナル抗体”は，特定の抗原に対する抗体の実質的に均一な集団である。モノクローナル抗体は，培養連続細胞株による抗体分子の生成を与える任意の技術により得ることができる。モノクローナル抗体は，当業者に知られる方法により得ることができる（Ｋｏｈｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５−４９７，１９７５，および米国特許４，３７６，１１０（これらの両方は，図面または表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する））。
【００６５】
本発明の抗体には，”ヒト化”モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体が含まれる。ヒト化抗体は，抗体の非ヒト（典型的にはネズミ）相補性決定領域が非ヒト（例えばネズミ）免疫グロブリンの重および軽可変鎖からヒト可変ドメイン中に移され，次にネズミ対応物のフレームワーク領域中のいくつかのヒト残基が置き換えられている組換え蛋白質である。本発明にしたがうヒト化抗体は，治療方法において用いるのに適している。ネズミ免疫グロブリン可変ドメインをクローニングする一般的手法は，例えば刊行物（Ｏｒｌａｎｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌＡｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８６：３８３３（１９８９））に記載されている。ヒト化モノクローナル抗体を製造する手法は，例えば，Ｊｏｎｅｓら（Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５２２（１９８６）），Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら（Ｎａｔｕｒｅ  ３３２：３２３（１９８８）），Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４（１９８８）），Ｃａｒｔｅｒら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：４２８５（１９９２）），Ｓａｎｄｈｕ（Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．１２：４３７（１９９２）），およびＳｉｎｇｅｒら（Ｊ．Ｉｍｍｕｎ．１５０：２８４４（１９９３））に記載されている。
【００６６】
”抗体フラグメント”との用語は，特定の分子に対して特異的結合親和性を表示する抗体の一部，しばしば超可変領域および周囲の重鎖および軽鎖の一部を表す。超可変領域は，ポリペプチド標的に物理的に結合する抗体の部分である。
【００６７】
本発明の抗体フラグメントには，”一本鎖抗体”が含まれる。この記載において用いられる語句は，特異性をもって抗原と結合し，抗体の重鎖および軽鎖からの可変または超可変領域を含む線状ポリペプチドを示す。そのような一本鎖抗体は，一般的な方法論により製造することができる。ＦｖフラグメントのＶｈおよびＶｌ領域を共有結合させ，ジスルフィド結合を導入することにより安定化させる。Ｇｌｏｃｋｓｈｕｂｅｒら（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １３６２（１９９０））を参照。あるいは，ペプチドリンカーを挿入することによりＶｈおよびＶｌ領域を結合させることができる。Ｖｈ，Ｖｌおよびペプチドリンカー配列をコードする遺伝子は，組換え発現ベクターを用いて構築し発現させることができる。Ｃｏｌｃｈｅｒら（Ｊ．Ｎａｔ’ｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．８２：１１９１（１９９０））を参照。ＶｈおよびＶｌ抗体鎖からの超可変領域を含むアミノ酸配列もまた，ジスルフィド結合またはペプチドリンカーを用いて構築することができる。
【００６８】
本発明のプロテアーゼポリペプチドに対して特異的結合親和性を有する抗体または抗体フラグメントは，試料をプロテアーゼ−抗体免疫複合体の形成に適した条件下で抗体で探索し，プロテアーゼポリペプチドに結合した抗体の存在および／または量を検出することにより，試料中のプロテアーゼポリペプチドの存在および／または量を検出する方法において用いることができる。そのような方法を実施するための診断キットは，プロテアーゼに特異的な抗体または抗体フラグメント，ならびに抗体の結合パートナーまたは抗体それ自体のコンジュゲートを含むように構築することができる。
【００６９】
本発明のプロテアーゼポリペプチドに対して特異的結合親和性を有する抗体または抗体フラグメントは，原核生物または真核生物から単離，濃縮，または精製することができる。当業者に知られる日常的な方法により，原核生物および真核生物のいずれにおいても，抗体または抗体フラグメントを製造することができる。ポリペプチド分子である抗体の精製，濃縮および単離は，上に記載される。
【００７０】
本発明のプロテアーゼポリペプチドに対して特異的結合親和性を有する抗体は，免疫複合体が形成するような条件下で試料を抗体と接触させ，プロテアーゼポリペプチドに結合した抗体の存在および／または量を検出することにより，試料中のプロテアーゼポリペプチドの存在および／または量を検出するための方法において用いることができる。そのような方法を実施するための診断キットは，抗体を含む第１の容器および抗体の結合パートナーおよび標識（例えば放射性同位体）を含む第２の容器を含むように構築することができる。診断キットはまた，ＦＤＡに認可された使用の通知およびその指針を含んでいてもよい。
【００７１】
別の観点においては，本発明は，プロテアーゼポリペプチドまたはプロテアーゼポリペプチドドメインに対して特異的結合親和性を有する抗体を産生するハイブリドーマを特徴とし，ここで，ポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択される。”ハイブリドーマ”とは，抗体，例えば本発明のプロテアーゼに対する抗体を分泌しうる不死化細胞株を意味する。好ましい態様においては，プロテアーゼに対する抗体は，本発明のプロテアーゼポリペプチドに特異的に結合することができるアミノ酸の配列を含む。
【００７２】
別の観点においては，本発明はまた，上述したいずれかの核酸分子によりコードされるポリペプチドに結合する抗体，および負対照抗体を含むキットに関する。
【００７３】
”負対照抗体”との用語は，特異的結合親和性を有する抗体と類似の起源に由来するが，本発明のポリペプチドに対して結合親和性を示さない抗体を表す。
【００７４】
別の観点においては，本発明は，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する群から選択されるプロテアーゼポリペプチドに結合することができるプロテアーゼポリペプチド結合剤を特徴とする。結合剤は，好ましくは，本発明のプロテアーゼポリペプチド上に存在するエピトープを認識する精製された抗体である。他の結合剤には，プロテアーゼポリペプチドに結合する分子およびプロテアーゼポリペプチドに結合する類似の分子が含まれる。そのような結合剤は，プロテアーゼ結合パートナー活性を測定するアッセイを用いて同定することができるか，またはプロテアーゼ活性，例えば基質分子に結合した蛍光発生性または放射性マーカーの放出を測定するアッセイを用いて同定することができる。
【００７５】
プロテアーゼポリペプチドを検出するためのスクリーニング方法
本発明はまた，本発明のプロテアーゼポリペプチドまたは同等の配列を含むヒト細胞をスクリーニングする方法を特徴とする。該方法は，当該技術分野において日常的かつ標準的な技術，例えば本発明のプロテアーゼの同定のために本明細書において記載される技術（例えば，クローニング，サザンまたはノザンブロット分析，インシトゥーハイブリダイゼーション，ＰＣＲ増幅等）を用いて，ヒト細胞において新規ポリペプチドを同定することを含む。
【００７６】
プロテアーゼ活性を調節する物質を同定するためのスクリーニング方法
別の観点においては，本発明は，プロテアーゼ活性を調節する物質を同定する方法を特徴とする。該方法は，（ａ）配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択される配列と実質的に同一のアミノ酸配列を含むプロテアーゼポリペプチドを試験物質と接触させ；（ｂ）前記ポリペプチドの活性を測定し；そして（ｃ）前記物質が前記ポリペプチドの活性を調節するか否かを判定する，の各工程を含む。より好ましくは，配列は，上述の配列に，少なくとも約９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％または９９％の同一性を有する。
【００７７】
”調節する”との用語は，化合物が本発明のプロテアーゼの機能を変化させる能力を表す。調節剤は，好ましくは，プロテアーゼに暴露される化合物の濃度に依存して本発明のプロテアーゼの活性を活性化するかまたは阻害する。
【００７８】
”調節する”との用語はまた，プロテアーゼと天然の結合パートナーとの間に複合体が形成される確率を増加または減少させることにより，本発明のプロテアーゼの機能を変更することを表す。調節剤は，好ましくは，プロテアーゼと天然の結合パートナーとの間にそのような複合体が形成される確率を増加させ，より好ましくは，プロテアーゼに暴露される化合物の濃度に依存してプロテアーゼと天然の結合パートナーとの間に複合体が形成される確率を増加または減少させ，最も好ましくは，プロテアーゼと天然の結合パートナーとの間に複合体が形成される確率を減少させる。
【００７９】
”活性化する”との用語は，プロテアーゼの細胞活性を増加させることを表す。阻害するとの用語は，プロテアーゼの細胞活性を減少させることを表す。
【００８０】
”複合体”との用語は，互いに結合した少なくとも２つの分子の集合を表す。シグナル伝達複合体は，しばしば，互いに結合した少なくとも２つの蛋白質分子を含む。例えば，蛋白質チロシンレセプター蛋白質キナーゼ，ＧＲＢ２，ＳＯＳ，ＲＡＦ，およびＲＡＳは，有糸分裂促進リガンドに応答して，集合してシグナル伝達複合体を形成する。同様に，血液凝固に関与するプロテアーゼとその補因子は，細胞膜上で高分子複合体を形成することが知られている。さらに，細胞外マトリクスの修飾に関与するプロテアーゼは，その阻害剤と，および細胞外マトリクスの成分と複合体を形成することが知られている。
【００８１】
”天然の結合パートナー”との用語は，細胞中でプロテアーゼに結合するポリペプチド，脂質，小分子，または核酸を表す。プロテアーゼと天然の結合パートナーとの間の相互作用の変化は，相互作用が形成される確率の増加または減少，またはプロテアーゼ／天然の結合パートナー複合体の濃度の増加または減少として現れることができる。
【００８２】
本明細書において用いる場合，”接触させる”との用語は，試験化合物を含む溶液を，本発明の方法の細胞を浸している液体培地と混合することを表す。化合物を含む溶液はまた，該方法の細胞内への試験化合物の取り込みを容易にする他の成分，例えばジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含んでいてもよい。試験化合物を含む溶液は，輸送装置，例えば，ピペットに基づく装置またはシリンジに基づく装置を用いて，細胞を浸している培地に加えることができる。
【００８３】
別の観点においては，本発明は，細胞においてプロテアーゼ活性を調節する物質を同定する方法を特徴とする。該方法は，（ａ）細胞においてプロテアーゼポリペプチドを発現させ，ここで，前記ポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列と実質的に同一の配列を有し；（ｂ）試験物質を前記細胞に加え；そして（ｃ）細胞表現型，細胞増殖，細胞分化または前記ポリペプチドと天然の結合パートナーとの間の相互作用の変化をモニターする，の各工程を含む。
【００８４】
本明細書において用いる場合，”発現”との用語は，細胞中でプロテアーゼ遺伝子を含む核酸ベクターから本発明のプロテアーゼが産生されることを表す。本明細書に記載されるように，核酸ベクターを，当該技術分野においてよく知られる手法を用いて細胞中にトランスフェクトする。
【００８５】
本発明の別の観点は，本発明のプロテアーゼポリペプチドに結合する化合物を同定する方法に関する。該方法は，プロテアーゼポリペプチドを化合物と接触させ，化合物がプロテアーゼポリペプチドに結合するか否かを判定することを含む。結合は，当業者によく知られる結合アッセイ，例えば，限定されないが，ゲルシフトアッセイ，ウエスタンブロット，放射性標識競合アッセイ，ファージに基づく発現クローニング，クロマトグラフィーによる共分画，共沈澱，架橋，相互作用トラップ／ツーハイブリッド分析，サウスウエスタン分析，ＥＬＩＳＡ等により判定することができる。このようなアッセイは，例えば，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９９，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＮＹ（その全体を本明細書の一部としてここに引用する）に記載されている。スクリーニングすべき化合物には，限定されないが，細胞外，細胞内，生物学的または化学的起源の化合物が含まれる。
【００８６】
本発明の方法はまた，標識，例えば放射性標識（例えば１２５Ｉ，３５Ｓ，３２Ｐ，３３Ｐ，３Ｈ），蛍光標識，化学発光標識，酵素標識および免疫学的標識に結合した化合物を包含する。そのような試験において用いるプロテアーゼポリペプチドは，溶液中で遊離であってもよく，固体支持体に結合していてもよく，細胞表面上に存在してもよく，細胞内に存在してもよく，または細胞の一部に付随していてもよい。当業者は，例えば，プロテアーゼポリペプチドと試験化合物との間の複合体の形成を測定することができる。あるいは，当業者は，試験化合物により引き起こされる，プロテアーゼポリペプチドとその基質との間の複合体形成の減少を調べることができる。
【００８７】
他のアッセイを用いて，酵素活性を調べることができる。これには，限定されないが，測光法，放射線法，ＨＰＬＣ，電気化学的方法等が含まれ，これは，例えば，Ｅｎｚｙｍｅ  Ａｓｓａｙｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｅｄｓ．Ｒ．Ｅｉｓｅｎｔｈａｌ  ａｎｄ  Ｍ．Ｊ．Ｄａｎｓｏｎ，１９９２，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ（その全体を本明細書の一部としてここに引用する）に記載されている。
【００８８】
本発明の別の観点は，プロテアーゼポリペプチドを化合物と接触させ，化合物がプロテアーゼポリペプチドの活性を調節するか否かを判定することを含む，プロテアーゼポリペプチドの活性を調節する（すなわち，増加または減少させる）化合物を同定する方法に関する。これらの化合物もまた，”蛋白質プロテアーゼの調節剤”と称される。試験化合物の存在下における活性を，試験化合物の非存在下における活性に対して測定する。試験化合物を含む試料の活性が試験化合物を含まない試料の活性より高い場合，その化合物は活性を増加させたのであろう。同様に，試験化合物を含む試料の活性が試験化合物を含まない試料の活性より低い場合，その化合物は活性を阻害したのであろう。
【００８９】
本発明は，種々の薬剤スクリーニング手法の任意のものにおいてプロテアーゼポリペプチドを用いて化合物をスクリーニングするのに特に有用である。スクリーニングすべき化合物には，限定されないが，細胞外，細胞内，生物学的または化学的起源のものが含まれる。そのような試験において用いるプロテアーゼポリペプチドは，任意の形状であることができ，好ましくは，溶液中で遊離しているか，固体支持体に結合しているか，細胞表面上に存在するか，または細胞内に存在する。当業者は，本発明のプロテアーゼが基質ポリペプチドを切断する速度の変化を測定することができる。当業者はまた，例えば，プロテアーゼポリペプチドと試験化合物の間の複合体の形成を測定することができる。あるいは，当業者は，試験化合物により引き起こされる，プロテアーゼポリペプチドとその基質との間の複合体形成の減少を調べることができる。
【００９０】
本発明のプロテアーゼポリペプチドの活性は，例えば，化学的に合成されたペプチドリガンドに結合するかまたはそれにより活性化される能力を調べることにより決定することができる。あるいは，プロテアーゼポリペプチドの活性は，カルシウム等の金属イオン，ホルモン，ケモカイン，神経ペプチド，神経伝達物質，ヌクレオチド，脂質，臭気物質，および光子に結合する能力を調べることによりアッセイすることができる。すなわち，プロテアーゼポリペプチドの活性の調節剤は，プロテアーゼの機能，例えばプロテアーゼの結合特性または蛋白質基質またはポリペプチド基質を切断する等の活性または膜局在を変化させるであろう。
【００９１】
本発明の方法の種々の態様においては，アッセイは，酵母成長アッセイ，エクオリンアッセイ，ルシフェラーゼアッセイ，有糸分裂促進アッセイ，ＭＡＰプロテアーゼ活性アッセイ，ならびに当該技術分野において一般に知られている結合または機能に基づくプロテアーゼ活性の他のアッセイの形をとることができる。これらの態様のいくつかにおいては，本発明は，セリンプロテアーゼ，システインプロテアーゼ，アスパルチルプロテアーゼ，メタロプロテアーゼ，トレオニンプロテアーゼ，および他のプロテアーゼの任意のものを含む。本発明にしたがうプロテアーゼの生物学的活性には，限定されないが，天然のまたは合成のリガンドの結合，ならびに当該技術分野において知られるプロテアーゼの機能的活性のいずれかが含まれる。プロテアーゼ活性の非限定的例には，ポリペプチド鎖の切断，プロ形のポリペプチド鎖の活性産物へのプロセシング，種々の形の貫膜シグナリング，および／または細胞外マトリクスの修飾が含まれる。
【００９２】
本発明の調節剤は，種々の化学構造を示し，これは一般に，天然のプロテアーゼリガンドの模倣体，およびプロテアーゼのペプチドおよび非ペプチドアロステリックエフェクターに分類することができる。本発明は適切な調節剤の起源を限定するものではなく，これは，天然起源，例えば植物，動物または無機抽出物，または非天然起源，例えば小分子ライブラリ（コンビナトリアル化学方法により構築したライブラリを含む）およびペプチドライブラリから得ることができる。
【００９３】
蛋白質をコードするｃＤＮＡを薬剤発見プログラムにおいて用いることはよく知られている。ハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）において１日に数千種類の未知の化合物を試験することができるアッセイが詳細に記載されている。文献は，薬剤発見のためにＨＴＳ結合アッセイにおいて放射性標識リガンドを使用する例を多数記載している（Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｒｅｖｉｅｗｓ，１９９１，１１，１４７−１８４を参照；総説については，Ｓｗｅｅｔｎａｍ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，１９９３，５６，４４１−４５５）。結合アッセイＨＴＳのためには，組換え蛋白質が好ましい。これは特異性がより高く（より高い相対純度），大量のレセプター材料を生成する能力を提供し，広範な種類のフォーマットで用いることができるためである（Ｈｏｄｇｓｏｎ，Ｂｉｏｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９２，１０，９７３−９８０を参照；その全体を本明細書の一部としてここに引用する）。組換え蛋白質の機能的発現には種々の異種システムが利用可能であり，当業者にはよく知られている。そのようなシステムには，細菌（Ｓｔｒｏｓｂｅｒｇ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１９９２，１３，９５−９８），酵母（Ｐａｕｓｃｈ，Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９７，１５，４８７−４９４），何種類かの昆虫細胞（Ｖａｎｄｅｎ  Ｂｒｏｅｃｋ，Ｉｎｔ．Ｒｅｖ．Ｃｙｔｏｌｏｇｙ，１９９６，１６４，１８９−２６８），両生類細胞（Ｊａｙａｗｉｃｋｒｅｍｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９７，８，６２９−６３４）およびいくつかの哺乳動物細胞株（ＣＨＯ，ＨＥＫ２９３，ＣＯＳ等；Ｇｅｒｈａｒｄｔ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ，１９９７，３３４，１−２３を参照）が含まれる。これらの例は他の可能な細胞発現システム，例えば線虫から得られる細胞株を使用することを除外するものではない（ＰＣＴ出願ＷＯ９８／３７１７７）。
【００９４】
発現されたプロテアーゼを，その規定されたリガンド（この場合にはこれを活性化する対応するペプチド）とともにＨＴＳ結合アッセイにおいて用いることができる。同定されたペプチドは，適当な放射性同位体，例えば，限定されないが，１２５Ｉ，３Ｈ，３５Ｓまたは３２Ｐで，当業者によく知られる方法により標識する。あるいは，ペプチドは，適当な蛍光誘導体を用いてよく知られる方法により標識してもよい（Ｂａｉｎｄｕｒ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ．Ｒｅｓ．，１９９４，３３，３７３−３９８；Ｒｏｇｅｒｓ，Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｏｄａｙ，１９９７，２，１５６−１６０）。組換え蛋白質を発現する細胞株から作成した膜調節物において，レセプターに特異的に結合する放射活性リガンドは，いくつかの標準的な方法の１つ，例えば，レセプター−リガンド複合体を濾過して結合したリガンドを未結合リガンドから分離する方法において，ＨＴＳアッセイにより検出することができる（Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｍｅｄ．Ｒｅｓ．Ｒｅｖ．，１９９１，１１，１４７−１８４．；Ｓｗｅｅｔｎａｍ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｎａｔｕｒａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ，１９９３，５６，４４１−４５５）。別の方法としては，シンチレーション近接アッセイ（ＳＰＡ）またはそのような分離を必要としないフラッシュプレート（ＦｌａｓｈＰｌａｔｅ）フォーマットが挙げられる（Ｎａｋａｙａｍａ，Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃ．Ｄｅｖ．，１９９８，１，８５−９１  Ｂｏｓｓｅ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ，１９９８，３，２８５−２９２）。蛍光リガンドの結合は，例えば，蛍光エネルギー転移（ＦＲＥＴ），結合したリガンドの直接分光蛍光分析，または蛍光分極等の種々の方法により検出することができる（Ｒｏｇｅｒｓ，Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｏｄａｙ，１９９７，２，１５６−１６０；Ｈｉｌｌ，Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃ．Ｄｅｖ．，１９９８，１，９２−９７）。
【００９５】
プロテアーゼおよび異種プロテアーゼポリペプチドの機能的発現に必要な天然の結合パートナーは，宿主細胞の天然の構成物であってもよく，またはよく知られる組換え技術により導入してもよい。プロテアーゼポリペプチドは無傷であってもよく，キメラであってもよい。プロテアーゼ活性化により他の天然蛋白質が刺激または阻害され，これらの事象を測定可能な応答に結びつけることができる。
【００９６】
そのような生物学的応答の例には，限定されないが，以下のものが含まれる：特別に遺伝子工学処理した酵母細胞において制限栄養の非存在下で生存する能力（Ｐａｕｓｃｈ，Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９７，１５，４８７−４９４）；蛍光色素により測定される細胞内Ｃａ２＋濃度の変化（Ｍｕｒｐｈｙ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃ．Ｄｅｖ．，１９９８，１，１９２−１９９）。蛍光の変化を用いてリガンド誘導性の膜電位または細胞内ｐＨの変化をモニターすることもできる。このような目的のためにＨＴＳに適した自動化システムが記載されている（Ｓｃｈｒｏｅｄｅｒ，  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ，１９９６，１，７５−８０）。共通のセカンドを測定するためのアッセイもまた利用可能であるが，これらは一般的にはＨＴＳには好ましくない。
【００９７】
本発明は，プロテアーゼポリペプチドに結合するリガンドの，またはプロテアーゼポリペプチドによる基質切断の阻害剤をスクリーニングし同定する多数のアッセイを企図する。１つの例においては，プロテアーゼポリペプチドを固定化し，候補調節剤，例えば阻害剤化合物の存在下および非存在下において，結合パートナーまたは基質との相互作用を評価することができる。別の例においては，プロテアーゼポリペプチドとその結合パートナーまたは基質との間の相互作用は，溶液アッセイにおいて，候補阻害剤化合物の存在下および非存在下の両方で評価することができる。いずれのアッセイにおいても，阻害剤はプロテアーゼポリペプチドとその天然の結合パートナーとの間の結合またはプロテアーゼポリペプチドが基質分子を切断する活性を減少させる化合物として同定される。別の企図されるアッセイには，ＰＣＴ国際公開ＷＯ９５／２０６５２（１９９５年８月３日公開；図面および表を含め本明細書の一部としてここに引用する）に記載されるような，トランスフォームしたまたはトランスフェクトした宿主細胞におけるポジティブシグナルの検出により蛋白質／蛋白質相互作用の阻害剤を同定する，ジハイブリッドアッセイの変種が含まれる。
【００９８】
本発明により企図される調節剤の候補には，潜在的活性化剤または潜在的阻害剤のいずれかのライブラリから選択される化合物が含まれる。小分子調節剤の同定に用いられる多くの多様なライブラリが存在し，これには，例えば，（１）化学ライブラリ，（２）天然産物ライブラリ，および（３）ランダムペプチド，オリゴヌクレオチドまたは有機分子から構成されるコンビナトリアルライブラリが含まれる。化学ライブラリはランダムな化学構造から構成され，その一部は既知の化合物の類似体または他の薬剤発見スクリーニングにおいて”ヒット”または”リード”として同定された化合物の類似体であるが，別のものは天然産物から誘導され，さらに別のものは，無指向性有機合成化学から作成する。天然産物ライブラリは，（１）土壌，植物または海洋生物からの培養液の発酵および抽出，または（２）植物または海洋生物の抽出，によりスクリーニング用の混合物を作成するために用いられる，微生物，動物，植物，または海洋生物の収集物である。天然産物ライブラリには，ポリケタイド，非リボソームペプチド，およびそれらの変種（天然に生じない）が含まれる。総説については，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８２：６３−６８（１９９８）を参照。コンビナトリアルライブラリは，混合物としての多数のペプチド，オリゴヌクレオチド，または有機化合物から構成される。これらのライブラリは，伝統的自動化合成法，ＰＣＲ，クローニング，または私有の合成法により比較的容易に製造することができる。特に興味深いものは非ペプチドコンビナトリアルライブラリである。さらに興味深い他のライブラリには，ペプチド，蛋白質，ペプチド模倣物，多重平行合成収集物，リコンビナトリアル，およびポリペプチドライブラリが含まれる。コンビナトリアルケミストリおよびこれから作成されるライブラリの総説については，Ｍｙｅｒｓ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．８：７０１−７０７（１９９７）を参照。本明細書に記載される，種々のライブラリを用いる調節剤の同定により，候補物質である”ヒット”（または”リード”）を改変して，”ヒット”が活性を調節する能力を最適化することができる。
【００９９】
本発明により企図される他の候補阻害剤を設計することができ，これには溶解型の結合パートナー，ならびにキメラ，または融合蛋白質等の結合パートナーが含まれる。本明細書において用いる場合，”結合パートナー”は，上述したような天然の結合パートナーならびにキメラポリペプチド，天然のリガンド以外のペプチド調節剤，抗体，抗体フラグメント，および同定されたプロテアーゼ遺伝子の発現産物に免疫特異的な抗体ドメインを含む改変型化合物を広く包含する。
【０１００】
プロテアーゼポリペプチドの特異的ペプチドリガンドを同定するために他のアッセイを用いることができ，これには，試験リガンドの標的蛋白質への直接結合の測定により標的蛋白質のリガンドを同定するアッセイ，ならびにイオンスプレー質量分析計／ＨＰＬＣ方法または他の物理学的および分析的方法を用いてアフィニティー限外濾過により標的蛋白質のリガンドを同定するアッセイが含まれる。あるいは，そのような結合相互作用は，Ｆｉｅｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３４０：２４５−２４６（１９８９），およびＦｉｅｌｄｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，１０：２８６−２９２（１９９４）（いずれも本明細書の一部としてここに引用する）に記載される酵母ツーハイブリッド系を用いて間接的に評価することができる。ツーハイブリッド系は２つの蛋白質またはポリペプチドの間の相互作用を検出するための遺伝子アッセイである。これを用いて，目的とする既知の蛋白質に結合する蛋白質を同定し，相互作用に重要なドメインまたは残基を線引きすることができる。この方法論の変形が，ＤＮＡ結合蛋白質をコードする遺伝子のクローニング，蛋白質に結合するペプチドの同定，および薬剤のスクリーニング用に開発されている。ツーハイブリッド系は，１対の相互作用する蛋白質が転写活性化ドメインをレポーター遺伝子の上流活性化配列（ＵＡＳ）に結合するＤＮＡ結合ドメインの近くに配置させる能力を利用しており，一般に酵母において行われる。アッセイにおいては，（１）第１の蛋白質に融合されたＤＮＡ結合ドメイン，および（２）第２の蛋白質に融合された活性化ドメイン，をコードする２つのハイブリッド遺伝子を構築することが必要である。ＤＮＡ結合ドメインは，第１のハイブリッド蛋白質をレポーター遺伝子のＵＡＳにターゲティングする。しかし，ほとんどの蛋白質は活性化ドメインを有していないため，このＤＮＡ結合ハイブリッド蛋白質はレポーター遺伝子の転写を活性化しない。活性化ドメインを含む第２のハイブリッド蛋白質は，ＵＡＳに結合しないため，それ自身ではレポーター遺伝子の発現を活性化しない。しかし，両方のハイブリッド蛋白質が存在する場合には，第１の蛋白質と第２の蛋白質との非共有結合的相互作用が活性化ドメインをＵＡＳにつなぎ，レポーター遺伝子の転写を活性化させる。例えば，第１の蛋白質が，他の蛋白質または核酸と相互作用することが知られているプロテアーゼ遺伝子産物，またはそのフラグメントである場合，このアッセイを用いて結合相互作用を妨害する薬剤を検出することができる。異なる試験薬剤を系に添加してレポーター遺伝子の発現をモニターする。阻害剤が存在すると，レポーターシグナルが発生しない。
【０１０１】
プロテアーゼポリペプチド遺伝子産物の機能が未知であり，遺伝子産物に結合するリガンドが知られていない場合においても，酵母ツーハイブリッドアッセイを用いて遺伝子産物に結合する蛋白質を同定することができる。プロテアーゼポリペプチドまたはそのフラグメントに結合する蛋白質を同定するアッセイにおいては，プロテアーゼポリペプチド（またはフラグメント）およびＵＡＳ結合ドメイン（すなわち，第１の蛋白質）の両方をコードする融合ポリヌクレオチドを用いることができる。さらに，それぞれが活性化ドメインに融合された異なる第２の蛋白質をコードする多数のハイブリッド遺伝子を製造し，このアッセイにおいてスクリーニングすることができる。典型的には，第２の蛋白質は総ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ融合ライブラリの１またはそれ以上のメンバーによりコードされ，ここで，それぞれの第２の蛋白質のコーディング領域は活性化ドメインに融合されている。この系は広範な種類の蛋白質に適用することができ，第２の結合蛋白質の種類または機能を知ることすら必要ではない。この系は非常に感度が高く，他の方法では明らかにされない相互作用を検出することができる。過渡的相互作用であっても，転写を誘発して安定なｍＲＮＡを生成し，これは繰り返し翻訳されてレポーター蛋白質を生成することができる。
【０１０２】
他のアッセイを用いて，標的蛋白質に結合する薬剤を検索してもよい。試験リガンドの標的蛋白質への直接結合を同定する１つのそのようなスクリーニング方法が，米国特許５，５８５，２７７（本明細書の一部としてここに引用する）に議論されている。この方法は，蛋白質は一般に折り畳まれた状態と折り畳まれていない状態の混合物として存在し，２つの状態の間で継続的に交替しているという原理に基づく。試験リガンドが折り畳まれた形の標的蛋白質に結合する場合（すなわち，試験リガンドが標的蛋白質のリガンドである場合），リガンドに結合した標的蛋白質分子は折り畳まれた状態のままである。すなわち，折り畳まれた標的蛋白質は，標的蛋白質に結合する試験リガンドの存在下で，リガンドの非存在下におけるよりも多く存在する。リガンドの標的蛋白質への結合は，折り畳まれた状態と折り畳まれていない状態の標的蛋白質とを区別する任意の方法により検出することができる。このアッセイを行うためには，標的蛋白質の機能がわかっている必要はない。この方法により事実上すべての薬剤，例えば，限定されないが，金属，ポリペプチド，蛋白質，脂質，多糖類，ポリヌクレオチドおよび小有機分子を試験リガンドとして評価することができる。
【０１０３】
標的蛋白質のリガンドを同定する別の方法は，Ｗｉｅｂｏｌｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．，６９：１６８３−１６９１（１９９７）（本明細書の一部としてここに引用する）に記載されている。この手法は，１回に溶液相中の２０−３０種類の薬剤のコンビナトリアルライブラリを標的蛋白質に対する結合についてスクリーニングする。簡単な膜洗浄により標的蛋白質に結合する薬剤を他のライブラリ成分から分離する。次にフィルター上に保持された特定の選択された分子を標的蛋白質から遊離させ，ＨＰＬＣおよび気体補助エレクトロスプレー（イオンスプレー）イオン化質量分析により分析する。この方法は，標的蛋白質に対して最も高い親和性を有するライブラリ成分を選択し，特に小分子ライブラリについて有用である。
【０１０４】
本発明の好ましい態様においては，プロテアーゼ活性を調節する化合物をスクリーニングする方法は，試験化合物をプロテアーゼポリペプチドと接触させ，化合物とプロテアーゼポリペプチドとの間の複合体の存在についてアッセイすることを含む。そのようなアッセイにおいては，典型的にはリガンドを標識する。適当にインキュベートした後，遊離のリガンドを結合した形のリガンドから分離する。遊離のまたは複合体を形成していない標識の量は，特定の化合物がプロテアーゼポリペプチドに結合する能力の尺度である。
【０１０５】
本発明の別の態様においては，プロテアーゼポリペプチドに対して適切な結合親和性を有する化合物のハイスループットスクリーニングを用いる。簡単には，多数の様々な小ペプチド試験化合物を固体支持体上で合成する。ペプチド試験化合物をプロテアーゼポリペプチドと接触させ，洗浄する。次に，結合したプロテアーゼポリペプチドを当該技術分野においてよく知られる方法により検出する。本発明の精製ポリペプチドはまた，上述した薬剤スクリーニング手法において用いるために，直接プレート上にコーティングすることができる。さらに，非中和抗体を用いて蛋白質を捕獲し，これを固体支持体上に固定化することができる。
【０１０６】
本発明の別の態様は，本発明のポリペプチドに結合しうる中和抗体がポリペプチドに対する結合について試験化合物と特異的に競合する，競合スクリーニングアッセイを用いることを含む。このようにして，抗体を用いて，プロテアーゼポリペプチドと１またはそれ以上の抗原性決定基を共有するペプチドの存在を検出することができる。放射性標識した競合結合実験は，Ａ．Ｈ．Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ａｇｅｎｔｓ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ，１９９７，ｖｏｌ．４１，ｎｏ．１０．ｐｐ．２１２７−２１３１に記載されており，この開示はその全体を本明細書の一部としてここに引用する。
【０１０７】
治療方法
本発明は，治療を必要とする患者に，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列と実質的に同一のプロテアーゼポリペプチド，および本発明の任意の他のプロテアーゼポリペプチドを投与することにより，疾病または疾患を治療する方法を含む。”遺伝子治療”の節において説明されるように，本発明のプロテアーゼポリペプチドはまた，プロテアーゼポリペプチドのインビボ発現のための適当なポリヌクレオチド手段を投与することにより，間接的に投与することができる。好ましくは，プロテアーゼポリペプチドは，上述の配列の１つに，少なくとも約９０％，９１％，９２％，９３％，９４％，９５％，９６％，９７％，９８％，９９％または１００％の同一性を有する。
【０１０８】
別の観点においては，本発明は，治療を必要とする患者に，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択される配列と実質的に同一のプロテアーゼの活性を調節する物質を投与することにより，疾病または疾患を治療または予防する方法を提供する。
【０１０９】
好ましくは，疾病は，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，および代謝性疾患からなる群より選択される。より詳細には，これらの疾病には，組織，血液，または造血細胞起源の癌，特に，乳，結腸，肺，前立腺，子宮頚部，脳，卵巣，膀胱，または腎臓が関与する癌；中枢神経または末梢神経系疾病および状態，例えば，片頭痛，痛み，性的機能不全，気分障害，注意障害，認識障害，低血圧症，および高血圧症；精神病性および神経学的疾患，例えば，不安，精神分裂病；躁うつ病，せん妄，痴呆，重症の精神遅滞および運動異常症，例えば，ハンチントン病，またはツレット症候群；神経変性性疾病，例えばアルツハイマー病，パーキンソン病，多発性硬化症，および筋萎縮性側方硬化症；ＨＩＶ−１，ＨＩＶ−２または他のウイルスまたはプリオン体または真菌または細菌生物により引き起こされるウイルスまたは非ウイルス感染；代謝性疾患，例えば，特に糖尿病および肥満，およびこれらに関連する症候群；心臓血管疾患，例えば，再灌流再狭窄，冠状動脈血栓症，凝固疾患，制御されない細胞成長疾患，アテローム性動脈硬化症；眼性疾病，例えば，緑内障，網膜症，および黄斑変性；炎症性疾患，例えば，慢性関節リウマチ，慢性炎症性腸疾病，慢性炎症性骨盤疾病，多発性硬化症，ぜん息，変形性関節症，乾癬，アテローム性動脈硬化症，鼻炎，自己免疫，および臓器移植拒絶が含まれる。
【０１１０】
好ましい態様においては，本発明は，治療を必要とする患者に，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するプロテアーゼポリペプチドの活性を調節する物質を投与することにより，疾病または疾患を治療または予防する方法を提供する。好ましくは，疾病は，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，および代謝性疾患からなる群より選択される。より詳細には，これらの疾病には，組織，血液，または造血細胞起源の癌，特に乳，結腸，肺，前立腺，子宮頚部，脳，卵巣，膀胱，または腎臓が関与する癌；中枢神経または末梢神経系疾病および状態，例えば，片頭痛，痛み，性的機能不全，気分障害，注意障害，認識障害，低血圧症，および高血圧症；精神病性および神経学的疾患，例えば不安，精神分裂病，躁うつ病，せん妄，痴呆，重症の精神遅滞および運動異常症，例えばハンチントン病またはツレット症候群；神経変性性疾病，例えばアルツハイマー病，パーキンソン病，多発性硬化症，および筋萎縮性側方硬化症；ＨＩＶ−１，ＨＩＶ−２または他のウイルスまたはプリオン体または真菌または細菌生物により引き起こされるウイルスまたは非ウイルス感染；代謝性疾患，例えば，特に糖尿病および肥満およびこれらに関連する症候群；心臓血管疾患，例えば再灌流再狭窄，冠状動脈血栓症，凝固疾患，制御されない細胞成長疾患，アテローム性動脈硬化症；眼性疾病，例えば緑内障，網膜症，および黄斑変性；炎症性疾患，例えば慢性関節リウマチ，慢性炎症性腸疾病，慢性炎症性骨盤疾病，多発性硬化症，ぜん息，変形性関節症，乾癬，アテローム性動脈硬化症，鼻炎，自己免疫，および臓器移植拒絶が含まれる。
【０１１１】
好ましくは，疾病は，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，および癌からなる群より選択される。最も好ましくは，免疫関連疾病および疾患は，慢性関節リウマチ，慢性炎症性腸疾病，慢性炎症性骨盤疾病，多発性硬化症，ぜん息，変形性関節症，乾癬，アテローム性動脈硬化症，鼻炎，自己免疫，および臓器移植からなる群より選択される。
【０１１２】
プロテアーゼ関連疾患または疾病の治療に有用な物質は，好ましくは，問題とする疾病または疾患の治療に対応する活性についての１またはそれ以上のインビトロアッセイにおいて陽性の結果を示す（そのようなアッセイの例は，本明細書，例えば実施例７において提供される）。望ましい活性についてスクリーニングすることができる物質の例は，この節（プロテアーゼ活性を調節する物質を同定するためのスクリーニング方法）を含む，本明細書全体で提供され参照される。プロテアーゼの活性を調節する物質は，好ましくは，限定されないが，この節および以下の実施例７で参照される方法およびスクリーニングにより，または他の任意の適当な方法により決定される，アンチセンスオリゴヌクレオチド，リボザイムおよび他のプロテアーゼ阻害剤を含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドおよびリボザイムの使用は，以下の”遺伝子治療”の節において詳細に説明される。
【０１１３】
”予防する”との用語は，生物が異常な状態に罹患するかこれを発達させる可能性を減少させることを表す。
【０１１４】
”治療する”との用語は，生物において治療効果を有し，異常な状態を少なくとも部分的に緩和するかまたは除外することを表す。
【０１１５】
”治療効果”との用語は，異常な状態を引き起こすかまたはこれに寄与する阻害または活性化率を表す。治療効果は，異常な状態の１またはそれ以上の症状をある程度緩和する。異常な状態の治療に関して，治療効果は，以下の１またはそれ以上を表すことができる：（ａ）細胞の増殖，成長，および／または分化の増加または減少；（ｂ）細胞死の活性化または阻害（すなわち，遅延または停止）；（ｃ）変性の阻害；（ｄ）異常な状態に伴う１またはそれ以上の症状のある程度の緩和；および（ｅ）影響を受けた細胞の集団の機能の増強。異常な状態に対して有効性を示す化合物は，本明細書に記載されるようにして同定することができる。
【０１１６】
”異常な状態”との用語は，生物の細胞または組織における，その生物における正常な機能からはずれた機能を表す。異常な状態は，細胞増殖，細胞分化，または細胞生存に関連しうる。
【０１１７】
異常な細胞増殖状態には，癌，例えば繊維性およびメサンギウム疾患，異常な新脈管形成および脈管形成，創傷治癒，乾癬，真性糖尿病，および炎症が含まれる。
【０１１８】
異常な分化状態には，限定されないが，神経変性性疾患，遅い創傷治癒速度，および遅い組織移植治癒速度が含まれる。
【０１１９】
異常な細胞生存状態は，プログラムされた細胞死（アポトーシス）経路が活性化されているかまたは排除されている状態に関連する。多くのプロテアーゼがアポトーシス経路に関連している。プロテアーゼのいずれかの機能の異常は，細胞の不死または未成熟細胞死につながりうる。
【０１２０】
シグナル伝達プロセスにおけるプロテアーゼの機能に関連して，”異常な”との用語は，生物において過剰発現または過小発現されているか，その触媒活性が野生型プロテアーゼ活性より低いかまたは高いように変異しているか，天然の結合パートナーともはや相互作用できないように変異しているか，別の蛋白質によりもはや修飾されないか，または天然の結合パートナーともはや相互作用しない，プロテアーゼを表す。
【０１２１】
”投与する”との用語は，化合物を生物の細胞または組織内に取り込ませる方法に関連する。異常な状態は，生物の細胞または組織が生物中または生物外に存在する場合，予防または治療することができる。生物の外に存在する細胞は，細胞培養皿中で維持または成長させることができる。生物中に含まれる細胞については，当該技術分野には化合物を投与する多くの手法が存在し，例えば，限定されないが，経口，非経口，経皮，注入およびエアロゾル外用が含まれる。生物外の細胞については，当該技術分野には化合物を投与する多数の手法が存在し，例えば，限定されないが，細胞マイクロインジェクション手法，トランスフォーメーション手法，および担体手法が含まれる。
【０１２２】
異常な状態はまた，シグナル伝達経路に異常を有する一群の細胞を有する生物に化合物を投与することにより，予防または治療することができる。次に，化合物の投与が生物機能に及ぼす影響をモニターすることができる。生物は，好ましくはマウス，ラット，ウサギ，モルモット，またはヤギであり，より好ましくは有尾サルまたは無尾サルであり，最も好ましくはヒトである。
【０１２３】
別の観点においては，本発明は，疾病または疾患の診断道具として，試料中でプロテアーゼポリペプチドを検出する方法を特徴とする。該方法は，（ａ）試料を，ハイブリダイゼーションアッセイ条件下で，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を有するプロテアーゼポリペプチドの核酸標的領域にハイブリダイズする核酸プローブと接触させ，ここで，前記プローブは，ポリペプチド，そのフラグメントをコードする核酸配列，および配列およびフラグメントの相補体を含み；そして（ｂ）プローブ：標的領域ハイブリッドの存在または量を疾病の指標として検出する，
の各工程を含む。
【０１２４】
本発明の好ましい態様においては，疾病または疾患は，慢性関節リウマチ，動脈硬化症，自己免疫疾患，臓器移植，心筋梗塞，心筋症，発作，腎不全，酸化的ストレス関連神経変性性疾患，および癌からなる群より選択される。好ましくは，疾病は，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，および代謝性疾患からなる群より選択される。より詳細には，これらの疾病には，組織，血液，または造血細胞起源の癌，特に乳，結腸，肺，前立腺，子宮頚部，脳，卵巣，膀胱，または腎臓が関与する癌；中枢神経または末梢神経系疾病および状態，例えば，片頭痛，痛み，性的機能不全，気分障害，注意障害，認識障害，低血圧症，および高血圧症；精神病性および神経学的疾患，例えば，不安，精神分裂病，躁うつ病，せん妄，痴呆，重症の精神遅滞および運動異常症，例えば，ハンチントン病またはツレット症候群；神経変性性疾病，例えば，アルツハイマー病，パーキンソン病，多発性硬化症，および筋萎縮性側方硬化症；ＨＩＶ−１，ＨＩＶ−２または他のウイルスまたはプリオン体または真菌または細菌生物により引き起こされるウイルスまたは非ウイルス感染；代謝性疾患，例えば，特に糖尿病および肥満，およびこれらに関連する症候群；心臓血管疾患，例えば，再灌流再狭窄，冠状動脈血栓症，凝固疾患，制御されない細胞成長疾患，アテローム性動脈硬化症；眼性疾病，例えば，緑内障，網膜症，および黄斑変性；炎症性疾患，例えば，慢性関節リウマチ，慢性炎症性腸疾病，慢性炎症性骨盤疾病，多発性硬化症，ぜん息，変形性関節症，乾癬，アテローム性動脈硬化症，鼻炎，自己免疫，および臓器移植拒絶が含まれる。
【０１２５】
プロテアーゼ”標的領域”とは，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９に記載される配列からなる群より選択されるヌクレオチド塩基配列，または対応する全長配列，核酸プローブが特異的にハイブリダイズするであろうその機能的誘導体，またはそのフラグメントである。特異的なハイブリダイゼーションとは，他の核酸の存在下において，プローブが本発明のプロテアーゼの標的領域にのみ検出可能なようにハイブリダイズすることを示す。推定標的領域は，当該技術分野においてよく知られる，データベース中の最も近い関連配列のアラインメントおよび比較からなる方法により同定することができる。
【０１２６】
好ましい態様においては，核酸プローブは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列，または対応する全長アミノ酸配列，またはそれらの機能的誘導体からなる群より選択される配列の，少なくとも６，１２，７５，９０，１０５，１２０，１５０，２００，２５０，３００または３５０個の連続するアミノ酸をコードするプロテアーゼ標的領域にハイブリダイズする。ハイブリダイゼーション条件は，他の核酸分子の存在下でプロテアーゼ遺伝子とのみハイブリダイゼーションが生ずるような条件であるべきである。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下では，高度に相補的な核酸配列のみがハイブリダイズする。好ましくは，そのような条件は，２０個の連続するヌクレオチド中に１または２個より多いミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを防止する。そのような条件は，Ｂｅｒｇｅｒら（１９８７，Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，ｐｇ４２１，（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する））において定義される。
【０１２７】
試料中のプロテアーゼ遺伝子の検出により診断することができる疾病には，プロテアーゼ核酸（ＤＮＡおよび／またはＲＮＡ）が正常細胞と比較して増幅されている疾病が含まれる。”増幅”とは，正常細胞と比較して，細胞中でプロテアーゼＤＮＡまたはＲＮＡの数が増加していることを意味する。正常細胞においては，プロテアーゼは典型的には１コピーの遺伝子として見いだされる。選択された疾病においては，プロテアーゼ遺伝子の染色体位置が増幅されて，遺伝子の多数のコピーまたは増幅が生ずる。遺伝子増幅は，そのようなプロテアーゼＲＮＡを増幅させることができ，またはプロテアーゼＲＮＡはプロテアーゼＤＮＡの増幅なしに増幅することができる。
【０１２８】
ＲＮＡに関する場合，”増幅”は，細胞においてプロテアーゼＲＮＡが検出可能なように存在することでありうる。ある正常細胞においては，プロテアーゼＲＮＡの基底発現がないためである。他の正常細胞においては，プロテアーゼの発現の基底レベルが存在し，したがってこれらの場合には増幅は基底レベルと比較して少なくとも１−２倍，好ましくはそれより多い，検出可能な存在の増加を示すプロテアーゼＲＮＡの増加である。
【０１２９】
試料中のプロテアーゼ核酸の検出により診断することができる疾病には，好ましくは癌が含まれる。本発明の核酸探索方法に適した試験試料には，例えば，細胞または細胞の核酸抽出物，または体液が含まれる。上述の方法において用いられる試料は，アッセイフォーマット，検出方法，およびアッセイする組織，細胞または抽出物の性質により様々でありうる。細胞の核酸抽出物を調製する方法は当該技術分野においてよく知られており，用いる方法に適合した試料を得るために容易に適合させることができる。
【０１３０】
最後の観点においては，本発明は，疾病または疾患の診断道具として，試料中のプロテアーゼポリペプチドを検出する方法を特徴とする。該方法は，（ａ）試料中のプロテアーゼポリペプチドをコードする核酸標的領域を，プロテアーゼポリペプチド，またはその１またはそれ以上フラグメントをコードする対照核酸標的領域と比較し，ここで，プロテアーゼポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載される配列，またはその１またはそれ以上フラグメントからなる群より選択されるアミノ酸配列を有しており；そして（ｂ）標的領域と対照標的領域との間の配列または量の相違を疾病または疾患の指標として検出することを含む。好ましくは，疾病は，癌，免疫関連疾病および疾患，心臓血管疾病，脳またはニューロン関連疾病，および代謝性疾患からなる群より選択される。
【０１３１】
より詳細には，これらの疾病には，組織，血液，または造血細胞起源の癌，特に乳，結腸，肺，前立腺，子宮頚部，脳，卵巣，膀胱，または腎臓が関与する癌；中枢神経または末梢神経系疾病および状態，例えば，片頭痛，痛み，性的機能不全，気分障害，注意障害，認識障害，低血圧症，および高血圧症；精神病性および神経学的疾患，例えば，不安，精神分裂病，躁うつ病，せん妄，痴呆，重症の精神遅滞および運動異常症，例えば，ハンチントン病またはツレット症候群；神経変性性疾病，例えば，アルツハイマー病，パーキンソン病，多発性硬化症，および筋萎縮性側方硬化症；ＨＩＶ−１，ＨＩＶ−２または他のウイルスまたはプリオン体または真菌または細菌生物により引き起こされるウイルスまたは非ウイルス感染；代謝性疾患，例えば，特に糖尿病および肥満，およびこれらに関連する症候群；心臓血管疾患，例えば，再灌流再狭窄，冠状動脈血栓症，凝固疾患，制御されない細胞成長疾患，アテローム性動脈硬化症；眼性疾病，例えば，緑内障，網膜症，および黄斑変性；炎症性疾患，例えば，慢性関節リウマチ，慢性炎症性腸疾病，慢性炎症性骨盤疾病，多発性硬化症，ぜん息，変形性関節症，乾癬，アテローム性動脈硬化症，鼻炎，自己免疫，および臓器移植拒絶が含まれる。
【０１３２】
本明細書において用いる場合，”比較する”との用語は，試料から単離された核酸標的領域と対照核酸標的領域との間の不一致を同定することを表す。不一致は，ヌクレオチド配列における，例えば挿入，欠失，または点突然変異であってもよく，または所定のヌクレオチド配列の量におけるものであってもよい。配列におけるこれらの不一致を判定する方法は当業者にはよく知られている。”対照”核酸標的領域とは，正常細胞，例えば，先に記載したような疾病を有しない細胞において見いだされる配列または配列の量を表す。
【０１３３】
”ドメイン”との用語は，特定の機能を含むポリペプチドの領域を表す。例えば，シグナル伝達蛋白質のＮ末端またはＣ末端ドメインは，例えば，限定されないが，シグナル伝達分子を細胞の異なる領域に局在させる分子に結合し，特定の細胞シグナルを伝播するのに直接関与する他のシグナリング分子に結合する，等の機能を提供することができる。あるドメインは蛋白質の残部と別々に発現させてそれ自身で機能することができるが，他のドメインはその機能を保持するためには無傷の蛋白質の一部のままでなければならない。後者は蛋白質の機能的領域とも称され，これもまたドメインと関連する。
【０１３４】
プロテアーゼの発現は，シグナル伝達経路，例えばＲａｓ／ＭＡＰキナーゼシグナリング経路により調節されうる。さらに，プロテアーゼの活性は，ＭＡＰキナーゼシグナル伝達経路の活性を調節することができる。さらに，プロテアーゼは，異なるシグナル伝達経路の間のコミュニケーションの手段であることが示されるかもしれない。
【０１３５】
”シグナル伝達経路”との用語は，細胞外シグナルを細胞膜を通して伝播し，細胞内シグナルとなる分子を表す。このシグナルは，次に細胞性応答を刺激することができる。シグナル伝達プロセスに関与するポリペプチド分子は，典型的にはレセプターおよび非レセプター蛋白質チロシンキナーゼ，レセプターおよび非レセプター蛋白質ホスファターゼ，ＳＲＣホモロジー２および３ドメイン，ホスホチロシン結合蛋白質（ＳＲＣホモロジー２（ＳＨ２）およびホスホチロシン結合（ＰＴＢおよびＰＨ）ドメイン含有蛋白質），プロリンリッチ結合蛋白質（ＳＨ３ドメイン含有蛋白質），ＧＴＰａｓｅ，ホスホジエステラーゼ，ホスホリパーゼ，プロリルイソメラーゼ，プロテアーゼ，Ｃａ２＋結合蛋白質，ｃＡＭＰ結合蛋白質，グアニルシクラーゼ，アデニリルシクラーゼ，ＮＯ生成蛋白質，ヌクレオチド交換因子および転写因子である。
【０１３６】
上述した本発明の概要は限定的なものではなく，本発明の他の特徴および利点は，以下の本発明の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかであろう。
【０１３７】
図面の簡単な説明
図１Ａ−ＷＷは，ヒト蛋白質プロテアーゼのヌクレオチド配列（配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９）を５’から３’の方向で示す。配列中，Ｎは任意のヌクレオチドを意味する。
【０１３８】
図２Ａ−Ｓは，配列番号１−５９によりコードされるヒトプロテアーゼのアミノ酸配列（配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８）を翻訳の方向で示す。配列中，Ｘは任意のアミノ酸を意味する。
【０１３９】
発明の詳細な説明
以下の本発明の背景の記載は，本発明の理解を助けるために提供され，本発明に対する先行技術であるかまたはそれを記載すると認めるものではない。
【０１４０】
プロテアーゼは，他の蛋白質のアミノ酸骨格を切断しうる酵素であり，生体内の多数の多様なプロセスに関与している。その正常な機能には，アポトーシスの調節（カスパーゼ）（Ｓａｌｖｅｓｅｎ　ａｎｄ　Ｄｉｘｏｎ，Ｃｅｌｌ，１９９７，９１：４４３−４６），血圧の制御（レニン，アンジオテンシン変換酵素）（ｖａｎＨｏｏｆｔ　ｅｔ　ａｌ．，１９９１，Ｎ　Ｅｎｇｌ　Ｊ　Ｍｅｄ．３２４（１９）：１３０５−１１，およびＢａｒｒｅｔｔ　ｅｔ　ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ　ｏｆ　Ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ　Ｅｎｚｙｍｅｓ，１９９８，第２５４節および第３５９節，Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ），組織リモデリングおよび腫瘍侵襲（コラゲナーゼ）（Ｖｕ　ｅｔ　ａｌ．，１９９８，Ｃｅｌｌ　９３：４１１−２２，Ｗｅｒｂ，１９９７，Ｃｅｌｌ，９１：４３９−４４２），アルツハイマー病の発達（β−セクレターゼ）（ＤｅＳｔｒｏｏｐｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｎａｔｕｒｅ　３９８：５１８−２２），蛋白質ターンオーバーおよび細胞サイクル制御（プロテオソーム）（Ｂａｓｔｉａｎｓ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｃｅｌｌ．１０：３９２７−４１，Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，ｅｔ　ａｌ．，１９９７，Ｃｅｌｌ，９１：４３５−３８，Ｌａｒｓｅｎ　ｅｔ　ａｌ．，１９９７，Ｃｅｌｌ，９１：４３１−３４），炎症（ＴＮＦ−αコンベルターゼ）（Ｂｌａｃｋ　ｅｔ　ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９７，３８５：７２９−３３），および蛋白質ターンオーバー（Ｂｏｃｈｔｌｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ　Ｂｉｏｍｏｌ　Ｓｔｒｕｃｔ．２８：２９５−３１７）が含まれる。プロテアーゼは，いくつかの主要なグループに分類することができる：セリンプロテアーゼ，システインプロテアーゼ，アスパルチルプロテアーゼ，メタロプロテアーゼ，トレオニンプロテアーゼ，および他のプロテアーゼ。
【０１４１】
１．アスパルチルプロテアーゼ（Ａｌ：Ｐｒｏｓｉｔｅ番号ＰＳ００１４１）：　酸プロテアーゼとしても知られるアスパルチルプロテアーゼは，脊椎動物，真菌，植物，レトロウイルスおよびある種の植物ウイルスにおいて広く分布している蛋白質分解酵素のファミリーである。真核生物のアスパラギン酸プロテアーゼは２つのドメインから構成される単量体酵素である。各ドメインは触媒的アスパラギン酸残基の中心に活性部位を含む。２つのドメインは，おそらくは原始的ドメインをコードする先祖遺伝子の重複から進化したものと考えられる。このクラスの酵素には，カテプシンＥ，レニン，プレセニリン（ＰＳ１），およびＡＰＰセクレターゼが含まれる。
【０１４２】
カテプシンＥ
カテプシンＥは胃腸管に見いだされる免疫学的に独特のアスパラギン酸プロテアーゼである（Ａｚｕｍａ　ｅｔ　ａｌ．，１９９２，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６７：１６０９−１６１４）。カテプシンＥは，食物蛋白質の消化には関与していないようである細胞内プロテイナーゼである。これは胃の上皮粘膜産生細胞の表面に最も高い濃度で見いだされる。これは胎児胃において発現される最初のアスパラギン酸プロテイナーゼであり，胃癌の半分以上に見いだされる。したがって，これは’胎児発癌性（ｏｎｃｏｆｅｔａｌ）’抗原であるようである。この胃癌との関連性は，これがこの疾病の発達において役割を果たすかもしれないことを示唆する。
【０１４３】
レニン
レニンは腎臓の傍糸球体細胞により放出され，アンジオテンシノーゲの活性化経路（アルドステロン放出，血管収縮，および血圧の上昇をもたらすカスケード）の第１段階を触媒する。レニンはアンジオテンシノーゲンを切断して，アンジオテンシンＩを形成し，これは血圧および電解質平衡の重要なレギュレータであるアンジオテンシンＩ変換酵素によりアンジオテンシンＩＩに変換される。レニンは腎臓以外の臓器，例えば脳でも生じ，ここで多くの活性の制御に関与していることが示唆されている。
【０１４４】
プレセニリン蛋白質
遺伝性型の疾病を有するアルツハイマー病（ＡＤ）患者は，プレセニリン蛋白質（ＰＳＥＮ１；ＰＳＥＮ２）またはアミロイド前駆体蛋白質（ＡＰＰ）における変異を有する。これらの疾病連鎖変異により，より長い形のアミロイド−ベータ（ＡＤ脳に見いだされるアミロイド沈着の主要成分）の産生が増加する（Ｓａｆｔｉｇ　ｅｔ　ａｌ．，Ｅｕｒ．Ａｒｃｈ．Ｐｓｙｃｈｉａｒｔｒｙ　Ｃｌｉｎ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．，１９９９，２４９：２７１−７９）。プレセニリンは，ガンマ−セクレターゼ（ＡＰＰを切断する酵素）に影響を及ぼすことによりＡＰＰプロセシングを制御すると仮定されている（Ｃｒｕｔｓ　ｅｔ　ａｌ．，１９９８，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．，１１：１８３−１９０，Ｈａａｓｓ　ｅｔ　ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９９，２８６：９１６−１９）。また，プレセニリンはこれらがガンマ−セクレターゼ活性を直接制御するかまたはそれ自身がプロテアーゼ酵素であるように，ノッチレセプターの切断に関与すると考えられている（ＤｅＳｔｒｏｏｐｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９９，３９８：５１８−２２）。ＰＳＥＮ２の２つの選択的転写産物が同定されている（Ｓａｔｏ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｊ　Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ．７２（６）：２４９８−５０５）。ＰＳ１遺伝子中の点突然変異により，アミロイド前駆体蛋白質（ＡＰＰ）の蛋白質分解プロセシングによるアミロイド発生性ペプチドアミロイド−ベータ（１−４２）の産生が選択的に増加する（Ｌｅｍｅｒｅ　ｅｔ　ａｌ．，１９９６，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２（１０）：１１４６−５０）。正常なＡＰＰプロセシングにおけるＰＳ１の役割の可能性は，ＤｅＳｔｒｏｏｐｅｒら（Ｎａｔｕｒｅ　３９１：３８７３９０，１９９８）によりＰＳ１−欠損マウス胚に由来する神経培養物において研究された。彼らは，ＡＰＰの細胞外ドメインのアルファ−およびベータ−セクレターゼによる切断はＰＳ１の非存在によって影響されないが，ＡＰＰの貫膜ドメインのガンマ−セクレターゼによる切断は妨害され，このことによりＡＰＰのＣ−末端フラグメントが蓄積し，アミロイドペプチドの産生が５倍低下したことを見いだした。パルスチェイス実験は，ＰＳ１欠損はＡＰＰの膜付随フラグメントのターンオーバーを特異的に減少させることを示した。すなわち，ＰＳ１は，ＡＰＰの完全な膜ドメインを切断する蛋白質分解活性を促進するようである。著者によれば，この結果は，臨床的に明白なＰＳ１における変異は機能の獲得を引き起こし，ＰＳ１活性の阻害はアルツハイマー病における抗アミロイド発生性治療の潜在的標的であることを示す。
【０１４５】
ベータ−セクレターゼ
ベータ−セクレターゼは，脳において特異的に発現されており，アルツハイマー病に伴うアミロイド前駆体蛋白質（ＡＰＰ）の蛋白質分解プロセシングを担う（Ｐｏｔｔｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，２０００，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１８（２）：１２５−２６）。これはＡＰＰのベータ−ペプチド配列のアミノ末端の残基６７１と６７２の間で切断し，ベータ−切断型可溶性ＡＰＰを生成および細胞外放出させ，後にガンマ−セクレターゼによりカルボキシ末端フラグメントを放出させる（Ｋｉｍｂｅｒｌｙ　ｅｔ　ａｌ．，２０００，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５（５）：３１７３−７８）。Ｙａｎら（Ｎａｔｕｒｅ，１９９９４０２：５３３−３７）は，ベータ−セクレターゼ活性を有する新規な膜結合アスパルチルプロテアーゼ（Ａｓｐ２）を同定した。Ａｓｐ２遺伝子は，脳および他の組織において広く発現されている。細胞におけるＡｓｐ２の発現の減少は，アミロイドベータ−ペプチド産生を低下させ，ベータ−セクレターゼ切断により生成するカルボキシ末端ＡＰＰフラグメントの蓄積を妨害する。Ａｓｐ２は，アミロイドベータ−ペプチドペプチドの産生およびその結果としてのアルツハイマー病におけるアミロイドプラークの形成を妨害するよう設計される薬剤の新規な蛋白質標的である。
【０１４６】
ヒト胎盤形成に関与する２つのアスパルチルプロテアーゼが最近単離された：脱落膜アスパルチルプロテアーゼ（ＤＡＰ−１），およびＤＡＰ−２（Ｍｏｓｅｓ　ｅｔ　ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｈｕｍ．Ｒｅｐｒｏ．，１９９９，５：９８３−８９）。
【０１４７】
アスパルチルペプチダーゼファミリーの別のメンバーは，ヒト免疫不全ウイルスタイプ１のＨＩＶ−１レトロペプシンである。この酵素はウイルスポリ蛋白質のプロセシングおよび成熟ビリオンの成熟に重要である。
【０１４８】
２．システインプロテアーゼ
体内で広範な機能を行う別のクラスのプロテアーゼはシステインプロテアーゼである。これらは，特に，前駆体蛋白質のプロセシング，および処分とマークされた蛋白質のユビキチン経路による細胞内分解に作用する。真核生物システインプロテアーゼは，活性部位システインを含む蛋白質分解酵素のファミリーである。触媒作用はチオエステル中間体を通って進行し，近くのヒスチジン側鎖により促進される。アスパラギンにより必須の触媒的三者系が完成する。疾病において重要な役割を果たすこのファミリーのペプチダーゼには，カスパーゼ，カルパイン，ヘッジホッグ，およびユビキチンヒドロラーゼが含まれる。
【０１４９】
システインプロテアーゼは，免疫系（マクロファージ，単球等）の細胞などの多数の細胞により産生される。これらの免疫細胞は炎症の部位に移動し分子を分泌することにより，部分的には身体における保護的役割を果たす。分泌分子の例はシステインプロテアーゼである。
【０１５０】
ある条件下では，免疫系のシステインプロテアーゼの不適切な制御は，自己免疫疾病，例えば慢性関節リウマチにつながりうる。例えば，システインプロテアーゼであるカテプシンＣの過剰分泌は，エラスチン，コラーゲン，ラミニンおよび骨において見いだされる他の構造蛋白質の分解を引き起こす。この不適切な消化が生じた骨は，転移をより受けやすい。
【０１５１】
カスパーゼ（Ｃ１４）−アポトーシス
プロテアーゼ反応のカスケードは，プログラムされた細胞死をうける哺乳動物細胞において観察されるアポトーシス性の変化の原因であると考えられている。このカスケードには，カスパーゼファミリーのアスパラギン酸特異的システインプロテアーゼの多くのメンバー，例えばカスパーゼ２，３，６，７，８，および１０が関与する（（Ｓａｌｖｅｓｅｎ　ａｎｄ　Ｄｉｘｉｔ，Ｃｅｌｌ，１９９７，９１：４４３−４４６）。細胞毒性化学療法または正常な細胞生存シグナルの欠失により生ずるアポトーシス性シグナルを回避した（転移細胞におけるように）癌細胞は，触診しうる腫瘍まで発達することができる。
【０１５２】
他のカスパーゼはまた，プロ炎症性サイトカインの活性化にも関与する。．カスパーゼ１は，ＩＬ−１βおよびＩＬ−１８（インターフェロン−γ−誘導因子）の前駆体を特異的にプロセシングする（Ｓａｌｖｅｓｅｎ　ａｎｄ　Ｄｉｘｉｔ，Ｃｅｌｌ，１９９７）。
【０１５３】
カルパイン（Ｃ２）−軸索死，ジストロフィー
カルシウム依存性システインプロテアーゼは，集合的にカルパインと称され，哺乳動物細胞に広く分布している（Ｗａｎｇ，２０００，Ｔｒｅｎｄｓ　Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．２３（１）：２０−２６）。カルパインは非リソソーム性細胞内システインプロテアーゼである。哺乳動物カルパインには，２種類の偏在性蛋白質，ＣＡＰＮ１およびＣＡＰＮ２，ならびに２種類の胃特異的蛋白質，および筋肉特異的なＣＡＰＮ３が含まれる（Ｈｅｒａｓｓｅ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１９（６）：４０４７−５５）。偏在性酵素は，共通の小サブユニットを伴う別個の大サブユニットを有するヘテロダイマーから構成され，これらはすべて異なる遺伝子によりコードされている。カルパインの大サブユニットは４個のドメインに分けることができる。ドメインＩおよびＩＩＩは，その機能が不明であり，既知の蛋白質と相同性を示さない。しかし，前者は，蛋白質分解活性の制御に重要であろう。ドメインＩＩは他のシステインプロテアーゼとの類似性を示し，共通してその活性部位にヒスチジン，システイン，およびアスパラギン残基を含む。ドメインＩＶはカルモジュリン様である。ＣＡＰＮ５およびＣＡＰＮ６は，カルモジュリン様ドメインＩＶを欠失している点において，先に同定された脊椎動物カルパインと異なる（Ｏｈｎｏ　ｅｔ　ａｌ．，１９９０，Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ．Ｃｅｌｌ　Ｇｅｎｅｔ．５３（４）：２２５−２９）。
【０１５４】
ＣＡＰＮ３遺伝子における変異は肢帯筋ジストロフィー，タイプ２Ａ（ＬＧＭＤ２Ａ）と関連づけられてきた（Ａｌｌａｍａｎｄ　ｅｔ　ａｌ．，１９９５，Ｈｕｍ．Ｍｏｌｅｃ．Ｇｅｎｅｔ．４：４５９−４６３）。この疾病に伴うゆっくり進行する筋肉柔弱は，通常は下肢帯に最初に生じ，次に上肢に広がるが，顔面筋肉ではゆるやかである。カルパインはまたアルツハイマー病に伴う神経細胞死につながる過剰活性Ｃｄｋ５の発達における関与が示唆されている（Ｐａｔｒｉｃｋ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｎａｔｕｒｅ　４０２：６１５−６２２）。
【０１５５】
ヘッジホッグ（Ｃ４６）−癌
発生している胚の構成および形態は，一連の誘導性相互作用により達成される。脊椎動物遺伝子の１つのファミリーが胚形成の間の誘導性シグナルをコードするショウジョウバエ遺伝子’ヘッジホッグ’（ｈｈ）と関連すると記述されている（Ｊｏｈｎｓｏｎ　ａｎｄ　Ｔａｂｉｎ，１９９７，Ｃｅｌｌ　９０：９７９−９９０）。’ヘッジホッグ’はショウジョウバエの発生の間のいくつかの時点において細胞の運命の確立に関与する分泌蛋白質をコードする（Ｍａｒｉｇｏ　ｅｔ　ａｌ．，１９９５，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ　２８：４４−５１）。３つの既知のｈｈの哺乳動物ホモログが存在する：ソニックヘッジホッグ（Ｓｈｈ），インディアンヘッジホッグ（Ｉｈｈ），およびデザートヘッジホッグ（Ｄｈｈ）（Ｊｏｈｎｓｏｎ　ａｎｄ　Ｔａｂｉｎ，１９９７，Ｃｅｌｌ　９０：９７９−９９０）。Ｓｈｈは，そのショウジョウバエの同族体と同様に，初期胚のパターニングを助けるシグナルをコードする。これは，ヘンゼン結節，神経管の床板，初期腸内胚葉，肢芽の後方，および脊索全体において発現されている（Ｃｈｉａｎｇ　ｅｔ　ａｌ．，１９９６，Ｎａｔｕｒｅ　３８３：４０７−４１３）。これは腹側神経管，前方−後方肢軸，および腹側体節のパターニングにおける鍵となる誘導性シグナルであると示唆されている。Ｏｒｏら（”Ｂａｓａｌ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ  ｉｎ  ｍｉｃｅ  ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ  ｓｏｎｉｃ  ｈｅｄｇｅｈｏｇ，”Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７６：８１７−８２１，１９９７）は，皮膚においてＳＨＨを過剰発現するトランスジェニックマウスが基底細胞母斑症候群の多くの特徴を発達させることを示し，このことは，ＳＨＨがマウスにおいて基底細胞癌（ＢＣＣ）を誘導するのに十分であることを示す。データは，ＳＨＨがヒト腫瘍発生において役割を有するかもしれないことを示唆する。ＳＨＨまたは他の’ヘッジホッグ’遺伝子の活性化変異はヒトにおけるＢＣＣ形成の別の経路であるかもしれない。ヒト変異ｈｉｓ１３３ｔｙｒ（マウスにおいてはｈｉｓ１３４ｔｙｒ）が候補である。これは，全前脳症を有する個体について報告されている機能変異喪失とは異なるものである（Ｏｒｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７６：８１７−８２１）。Ｈｉｓ１３３は，触媒部位において触媒に必要であると考えられているの１つである保存残基であるｈｉｓ１３４と隣接して存在する。ＳＨＨは，多数のヒト腫瘍における優性オンコジンであって，反対の’パッチド’（ＰＴＣＨ）遺伝子の腫瘍サプレッサー活性の鏡であるかもしれない（Ａｓｚｔｅｒｂａｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８，Ｊ  Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｅｒｍ．１１０：８８５−８８８）。マウスにおけるＳｈｈ誘導性腫瘍の急速かつ頻繁な出現は，ＳＨＨ−ＰＴＣ経路の破壊がＢＣＣの形成に十分であることを示唆した。
【０１５６】
脊椎動物ヘッジホッグファミリーのメンバー（ソニック，インディアンおよびデザート）は，種々の臓器系，例えば，神経，体節，肢，骨格，および雄においては生殖腺形態発生の発達に必須であることが示されている。デザートヘッジホッグは発生中の網膜において発現されるが，インディアンヘッジホッグ（Ｉｈｈ）は，胚第１３日から開始して発生中のおよび成熟した網膜色素沈着上皮において発現される（Ｌｅｖｉｎｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．，１９９７，１７（１６）：６２７７−８８）。Ｄｈｈはまた，精子形成の制御において役割を有することが示唆されている。セルトーリ細胞前駆体はＳｒｙ（性決定遺伝子）を発現し，これは哺乳動物における精巣の発達につながる。セルトーリ細胞前駆体におけるＤｈｈ発現は，Ｓｒｙの活性化の後にまもなく開始され，成人になるまで精巣中で持続する。Ｂｉｔｇｏｏｄら（Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．，１９９６，６（３）：２９８−３０４）は，Ｄｈｈ−ｎｕｌｌ変異のホモ接合を有する雌マウスは明らかな表現型を示さないが，雄は生存可能であるが成熟精子を完全に欠失しており生殖不能であることを開示し，Ｄｈｈシグナリングが哺乳動物精子形成の制御に必須の役割を果たすことを示している。Ｄｈｈはまた，保護的神経鞘神経内膜，神経周膜および神経上膜の維持に役割を有することが見いだされている。Ｄｈｈノックアウトマウスにおいては，成人神経の結合組織鞘は，電子顕微鏡によれば非常に異常であるように見える。Ｍｉｒｓｋｙら（Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９９，８８３：１９６−２０２）は，シュワン細胞から間葉へのＤｈｈシグナリングが形態学的かつ機能的に正常な神経周膜の形成に関与することを示す。
【０１５７】
胚形成および器官形成の間の発達生物学および分子生物学の最近の進歩は，骨形成のメカニズムに新たな洞察を提供した。Ｉｗａｓａｋｉら（Ｊ．Ｂｏｎｅ  Ｊｏｉｎｔ  Ｓｕｒｇ  Ｂｒ．，１９９９，８１（６）：１０７６−８２）は，インディアンヘッジホッグ（Ｉｈｈ）は軟骨細胞前駆体で，後に成熟した肥大性軟骨細胞で発現されることを示す。Ｉｈｈは，脊椎動物骨格の形態形成において重要な役割を果たす。Ｂｅｃｋｅｒら（Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．，１９９７，１８７（２）：２９８−３１０）は，Ｉｈｈがマウスの初期胚形成の間の胚外の内胚葉の分化の媒介にも関与していることを示唆するデータを提供する。軟骨細胞増殖の減少および大きい肥大を有する短肢小人症は，Ｉｈｈの標的化された欠失の結果である（Ｋａｒｐ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  １２７（３）：５４３−４８）。Ｉｈｈ  ｍＲＮＡおよび蛋白質の発現は，Ｆ９細胞がレチノイン酸に応答して外側内臓外胚葉層を含有する壁側内胚葉または胚様体のいずれかに分化するにつれて劇的に非制御となる。胚盤胞生長培養物のＲＴ−ＰＣＲ分析は，Ｉｈｈメッセージは胚盤胞にはほとんどまたは全く存在しないが，培養すると後日壁側内胚葉細胞の出現と一致して有意なレベルで現れることを示す。
【０１５８】
ユビキチンヒドロラーゼ（Ｃ１２）−アポトーシス，チェックポイントの完全性　本発明においては，１４の遺伝子，すなわち，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８はユビキチンヒドロラーゼファミリーに属する。これらの遺伝子によりコードされるポリペプチドは，以下の活性の１またはそれ以上を有するかもしれない。
【０１５９】
ユビキチンカルボキシ末端ヒドロラーゼ（３．１．２．１５）（脱ユビキチン化酵素）は，ユビキチンのＣ末端のグリシンのペプチド結合を認識しこれを加水分解するチオールプロテアーゼである。これらの酵素は，ポリ−ユビキチン前駆体のプロセシングならびにユビキチン化蛋白質のプロセシングに関与する。真核生物細胞においては，ユビキチンの蛋白質への共有結合は，種々の細胞プロセスにおいて役割を果たす。多くの場合，ユビキチン化により２６Ｓプロテオソームによる蛋白質分解が生ずる。蛋白質のユビキチン化は可逆的であり，ユビキチンの除去は，脱ユビキチン化酵素，すなわちＤＵＢにより触媒される。ユビキチン化蛋白質からのユビキチンの除去を触媒するこれらの酵素の欠損は，神経変性性疾病，例えばアルツハイマー病，パーキンソン病，進行性核上麻痺，およびピック病およびカフ病に特徴的でありうる。
【０１６０】
パパイン（Ｃ１）−カテプシンＫ，ＳおよびＢ，−骨再吸収，Ａｇプロセシング（Ｐｒｏｓｉｔｅ　ＰＳ００１３９）
本発明においては，１つの遺伝子，配列番号４がパパインファミリーに属する。この遺伝子によりコードされるポリペプチド遺伝子は，以下の１またはそれ以上の活性を有するかもしれない。
【０１６１】
カテプシンＫは，ペプチダーゼのパパインファミリーのメンバーであり，破骨再吸収に関与する。これは，細胞外分解において重要な役割を果たし，骨リモデリングの疾患，例えばピノコジストーシス（骨硬化症および低い身長を特徴とする常染色体劣性骨軟骨異形成症）において役割を有するかもしれない。主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩ分子による抗原提示には，異なるプロテアーゼがエンドサイトーシス経路に関与して，エンドサイトーシスされた抗原ならびにＭＨＣクラスＩＩ付随不変鎖を分解することが必要である。カテプシンＳ（パパインファミリーのメンバー）のみが，不変鎖の完全な破壊に必須であるようである。カテプシンＢは，肺，前立腺，結腸，乳，および胃の腫瘍において過剰発現されている。Ｈｕｇｈｅｓら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９５：１２４１０−１２４１５，１９９８）は，８ｐ２３−ｐ２２に食道腺癌においてカテプシンＢを過剰発現させるアンプリコンを見いだした。免疫組織科学的分析により，４０の食道腺癌標本のうち２９（７２．５％）でＣＴＳＢ蛋白質の大量の細胞外発現が見いだされた。この知見は，食道腺癌および潜在的には他の腫瘍におけるＣＴＳＢの重要な役割を裏付けると考えられる。
【０１６２】
カテプシンＢはリソソームプロテアーゼであり，種々の癌（乳，肺腺癌）における予測マーカーとして研究されている。
【０１６３】
システインプロテアーゼＡＥＰ
システインプロテアーゼＡＥＰは，免疫機能において別の役割を果たす。これは，Ｂ細胞における抗原プロセシングに必要なプロテアーゼ段階における関与が示唆されている（Ｍａｎｏｕｒｙ　ｅｔ　ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ　３９６：６９５−６９９（１９９８））。
【０１６４】
Ａ型肝炎ウイルスプロテアーゼ（Ｃ３Ｅ）
Ａ型肝炎ウイルスゲノムは，インビボで酵素的に切断して成熟蛋白質を生ずるのに必要なシステインプロテアーゼをコードする（Ｗａｎｇ，１９９９，Ｐｒｏｇ．Ｄｒｕｇ　Ｒｅｓ．５２：１９７２１９）。この酵素および他のウイルスにおけるそのホモログ（例えばＥ型肝炎ウイルス）は，化学療法的介在の潜在的標的である。
【０１６５】
３．メタロプロテアーゼ
コラゲナーゼ（Ｍ１０）−侵襲
本発明においては，配列番号１９および配列番号２０の２つの遺伝子がＭ１０ファミリーのメンバーである。これらの遺伝子によりコードされるポリペプチドは，以下の活性の１またはそれ以上を有するかもしれない。
【０１６６】
マトリクス分解は癌が広がるために必須の段階である。７２ｋＤおよび９２ｋＤのタイプＩＶコラゲナーゼは，分泌される亜鉛メタロプロテアーゼのグループのメンバーであり，哺乳動物において細胞外マトリクスのコラーゲンを分解する。このグループの他のメンバーには，腸コラゲナーゼおよびストロメリシンが含まれる（Ｎａｇａｓｅ　ｅｔ　ａｌ．，１９９２，Ｍａｔｏｒｉｘ　Ｓｕｐｐｌ．１：４２１−４２４）。Ｖｕら（Ｃｅｌｌ，１９９８，９３４：１１−２２）は，胚性幹細胞における標的化した破壊により，ＭＭＰ９／ゼラチナーゼＢ遺伝子にｎｕｌｌ変異を有するホモ接合マウスを作成した。これらのマウスは骨格成長板血管新生および骨形成の異常なパターンを示した。培養ＭＭＰ９−ｎｕｌｌマウスからの成長板は新脈管形成アクチベータの放出が遅いことが示され，このことは，新脈管形成の制御におけるこのプロテイナーゼの役割を確立する。ＭＭＰ２（ゼラチナーゼＡ）はヒト癌の攻撃性と関連づけられている（Ｃｈｅｎａｒｄ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ，８２：２０８−１２）。基底細胞癌（ＢＣＣ）とより攻撃的な扁平上皮癌（ＳＣＣ）とを比較した研究においては，ＭＭＰ２およびＭＭＰ９の両方ともＳＣＣにおいてより高いレベルで発現されていた（Ｄｕｍａｓ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．，１９（４Ｂ）：２９２９−３８）。さらに，Ｔリンパ球におけるＭＭＰ２およびＭＭＰ９の発現がＲａｓ／ＭＡＰキナーゼシグナリング経路により調節されることが最近示された（Ｅｓｐａｒｚａ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｂｌｏｏｄ，９４：２７５４−６６）（Ｌｉ　ｅｔ　ａｌ．，１９９８，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１４０５：１１０−２０も参照）。
【０１６７】
ＡＤＡＭ（Ｍ１２）−ＴＮＦ，炎症，成長因子プロセシング
ＡＤＡＭペプチダーゼはジスインテグリンおよびメタロプロテイナーゼ（ＡＤＡＭ）ドメインを含む蛋白質のファミリーである（Ｗｅｒｂ　ａｎｄ　Ｙａｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９８，２８２：１２７９−１２８０）。このファミリーのメンバーは，独特の構造を有する細胞表面蛋白質であり，潜在的接着およびプロテアーゼドメインの両方を有する（Ｐｒｉｍａｋｏｆｆ　ａｎｄ　Ｍｙｌｅｓ，Ｔｒｅｎｄｓ　ｉｎ　Ｇｅｎｅｔ．，２０００，１６：８３−８７）。これらのプロテアーゼの活性は，ＴＮＦ，炎症，および／または成長因子プロセシングと関連づけることができる。
【０１６８】
ＡＤＡＭプロテアーゼは，プロ−およびメタロプロテイナーゼドメイン，ジスインテグリンドメイン，システインリッチ領域およびＥＧＦ反復を有することを特徴とする（Ｂｌｏｂｅｌ，１９９７，Ｃｅｌｌ，９０：５８９−５９２，図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）。これは，多くの蛋白質，例えば腫瘍壊死因子−α（ＴＮＦ−α），ｋｉｔ−リガンド，ＴＧＦα，Ｆａｓ−リガンド，サイトカインレセプター，例えばＩＬ−６レセプターおよびＮＧＦレセプター，ならびに接着蛋白質，例えばＬ−セレクチン，およびβアミロイド前駆体蛋白質の形質膜からの放出に関連づけられている（Ｂｌｏｂｅｌ，１９９７，Ｃｅｌｌ，９０：５８９−５９２）。
【０１６９】
腫瘍壊死因子−αは，２３３アミノ酸の前駆体からプロ炎症性サイトカインとして合成される。膜結合前駆体の分泌された成熟蛋白質への変換は，ＴＮＦ−αコンベルターゼと称されるプロテアーゼにより媒介される。ＴＮＦ−αは種々の疾病に関与している。ＡＤＡＭ１７は，ジスインテグリンおよびメタロプロテイナーゼドメインを含み，’腫瘍壊死因子−α変換酵素’（ＴＡＣＥ）とも称される（Ｂｌａｃｋ　ｅｔ　ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９７，３８５：７２９−３３）。遺伝子はＡＤＡＭファミリーの特徴，すなわち分泌シグナル配列，ジスインテグリンドメイン，およびメタロプロテアーゼドメインを含む８２４アミノ酸のポリペプチドをコードする。発現実験は，コードされる蛋白質が前駆体腫瘍壊死因子−αを切断して成熟型にすることを示した。この酵素はまた，トランスフォーミング成長因子−α（ＴＧＦ−α）のプロセシングにおいても役割を果たすかもしれない。この遺伝子を欠失したマウスはＴＧＦ−αを欠失したものと類似する表現型を示すためである（Ｐｅｓｃｈｏｎ　ｅｔ　ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２８２：１２８１−１２８４）。
【０１７０】
ネプリリシン（Ｍ１３）−エンドセリン−変換酵素
本発明においては，１つの遺伝子，配列番号２１がこのファミリーのメンバーである。この遺伝子によりコードされるポリペプチドは，以下の活性の１またはそれ以上を有するかもしれない。
【０１７１】
ネプリリシンは，エンケファリンおよび他の生物活性ペプチドを分解する作用をするメタロペプチダーゼであり，高血圧および腎臓疾病の薬剤の標的である（Ｏｅｆｎｅｒ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２０００，２９６：３４１−４９）。
【０１７２】
カルボキシペプチダーゼ（Ｍ１４）−神経伝達物質プロセシング
本発明においては，３つの遺伝子，配列番号１，配列番号２，および配列番号３がＺｎカルボキシペプチダーゼである。これらの遺伝子によりコードされるポリペプチドは，以下の活性の１またはそれ以上を有するかもしれない。
【０１７３】
カルボキシペプチダーゼはＣＯＯＨ−末端塩基性アミノ酸（アルギニンまたはリシン）を特異的に除去する。これらは，多くの生物学的プロセス，例えば，ペプチドホルモン活性の活性化，不活性化もしくは調節，神経伝達物質プロセシング，および蛋白質および酵素の物理学的特性の変更において重要な機能を有する。
【０１７４】
ジペプチダーゼ（Ｍ２）−ＡＣＥ
本発明においては，１つのプロテアーゼ，配列番号２２がＭ２ファミリーのメンバーである。この遺伝子によりコードされるポリペプチドは，以下の活性の１またはそれ以上を有するかもしれない。
【０１７５】
アンジオテンシンＩ変換酵素（ＥＣ３．４．１５．１），すなわちキニナーゼＩＩは，アンジオテンシンＩを加水分解してアンジオテンシンＩＩ（強力な血管収縮剤でありアルドステロン刺激ペプチドである）とすることにより，血圧調節および電解質平衡において重要な役割を果たすジペプチジルカルボキシペプチダーゼである。この酵素はまた，ブラジキニン（強力な血管拡張剤）を不活性化させることができる。アンジオテンシン変換酵素は主としてその血圧調節における役割に関して研究されてきたが，この広く分布している酵素は多くの他の生理学的機能を有する。ＡＣＥには２つの型，すなわち精巣特異的アイソザイムおよび２つの活性中心を有する体細胞アイソザイムがある。
【０１７６】
マトリクスメタロプロテアーゼ（Ｍ１０Ｂ）−組織リモデリングおよび炎症
マトリクスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）は，発生および炎症の間の組織リモデリングおよび修復に重要な関連するマトリクス分解酵素のファミリーである。異常な発現は，種々の疾病，例えば腫瘍侵襲性，関節炎，およびアテローム性動脈硬化症と関連している。ＭＭＰ活性はまた，タバコ誘導性肺気腫とも関連している。
【０１７７】
マトリクスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）は，発生および炎症の間の組織リモデリングおよび修復に重要な関連するマトリクス分解酵素のファミリーである（Ｂｅｌｏｔｔｉ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｍａｒｋｅｒｓ　１４（４）：２３２−３８）。異常な発現は，種々の疾病，例えば腫瘍侵襲性（Ｊｏｈａｎｓｓｏｎ　ａｎｄ　Ｋａｈａｒｉ，２０００，Ｈｉｓｔｏｌ．Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌ．１５（１）：２２５−３７），関節炎（Ｍａｌｅｍｕｄ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｆｒｏｎｔ．Ｂｉｏｓｃｉ．４：Ｄ７６２−７１），およびアテローム性動脈硬化症（Ｎａｇａｓｅ，１９９７，Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．３７８（３−４）：１５１−６０）と関連している。ＭＭＰ活性はまた，タバコ誘導性肺気腫とも関連している（Ｄｈａｍｉ　ｅｔ　ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｅｌｌ　Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２０００，２２：２４４−５２）。
【０１７８】
ＳＲＥＢＰプロテアーゼ（Ｍ５０）
ステロール制御要素結合蛋白質プロテアーゼは，膜内蛋白質分解およびステロール制御性結合蛋白質（ＳＲＥＢＰ）の放出において機能する（Ｄｕｎｃａｎ　ｅｔ　ａｌ．，１９９７，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２：１２７７８−８５）。ＳＲＥＢＰはコレステロールおよび脂肪酸代謝の遺伝子を活性化し，このためＳＲＥＢＰプロテアーゼは治療的調節の魅力的な標的である（Ｂｒｏｗｎ　ｅｔ　ａｌ．，１９９７，Ｃｅｌｌ　８９：３３１−３４０）。
【０１７９】
成長因子のメタロプロテアーゼプロセシング
上述のＴＧＦ−αのプロセシングに加えて，メタロプロテアーゼは，他の成長因子，例えば，ヘパリン結合ＥＧＦ（ｐｒｏＨＢ−ＥＦＧ）（Ｉｚｕｍｉ　ｅｔ　ａｌ．，ＥＭＢＯ　Ｊ，１９９８，１７：７２６０−７２），およびアンフィレギュリン（Ｂｒｏｗｎ　ｅｔ　ａｌ．，１９９８，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２７：１７２５８−６８）の前駆体のプロセシングにおいて作用することが直接示されている。
【０１８０】
さらに，最近，メタロプロテアーゼが，ＧＰＣＲ経路の刺激によりＭＡＰキナーゼ経路が刺激されるという伝達を助けることが示された（Ｐｒｅｎｚｅｌ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｎａｔｕｒｅ，４０２：８８４−８８８）。経路における成長因子中間体であるＨＢ−ＥＧＦは，特性決定されていないメタロプロテアーゼが関与するＧＰＣＲ経路により制御される蛋白質分解工程において細胞により放出される。放出後，ＨＢ−ＥＧＦは細胞外マトリクスにより結合され，次に表面上のＥＧＦレセプターに対して提示され，その結果ＭＡＰキナーゼ経路が活性化される（Ｐｒｅｎｚｅｌ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｎａｔｕｒｅ，４０２：８８４−８８８）。
【０１８１】
Ｇａｌｌｅａ−Ｒｏｂａｃｈｅら（１９９７）による最近の研究では，異なる基質特異性を示すメタロプロテアーゼファミリーが，他の成長因子，例えばマクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）および幹細胞因子（ＳＣＦ）の発散（ｓｈｅｄｄｉｎｇ）に関与することが示唆されている（Ｇａｌｌｅａ−Ｒｏｂａｃｈｅ　ｅｔ　ａｌ．，１９９７，Ｃｙｔｏｋｉｎｅ　９：３４０−４６）。Ｍ−ＣＳＦ（ＣＳＦ−１としても知られる）の発散は，ホルボルエステルによる蛋白質キナーゼＣの活性化と関連づけられている（Ｓｔｅｉｎ　ｅｔ　ａｌ．，１９９１，Ｏｎｃｏｇｅｎｅ，６：６０１−０５）。
【０１８２】
４．セリンプロテアーゼ
セリンプロテアーゼは，トリプシン，カリクレイン，キモトリプシン，エラスターゼ，トロンビン，組織プラスミノーゲンアクチベータ（ｔＰＡ），ウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベータ（ｕＰＡ），プラスミン（Ｗｅｒｂ，Ｃｅｌｌ，１９９７，９１：４３９−４４２），カリクレイン（Ｃｌｅｍｅｎｔｓ，Ｂｉｏｌ．Ｒｅｓ．，１９９８，３１１５１−５９），およびカテプシンＧ（Ｓｈａｍａｍｉａｎ　ｅｔ　ａｌ．，Ｓｕｒｇｅｒｙ，２０００，１２７：１４２−４７）を含むクラスである。これらのプロテアーゼは，一般に，その活性部位において，ヒスチジン−５７，アスパラギン酸−１０２，およびセリン−１９５（キモトリプシンの番号付けシステムを用いる）からなる，よく保存されたアミノ酸残基の触媒三者系を有する。セリンプロテアーゼ活性は凝固と関連づけられており，腫瘍マーカーとしての用途を有するかもしれない。
【０１８３】
セリンプロテアーゼは基質の特異性によりさらに細分類することができる。エラスターゼは，小さい脂肪族残基に，例えばバリンに隣接する基質を好んで切断し，カイメースは大きい芳香族疎水性残基の近くを好んで切断し，トリプターゼは正に荷電した残基を好む。プロリンの隣りを好んで切断するセリンプロテアーゼの別のクラスが最近記載されている。このプロリルエンドペプチダーゼは，アルツハイマー患者における記憶喪失の進行への関与が示唆されている（Ｔｏｉｄｅ　ｅｔ　ａｌ．，１９９８，Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．９（１）：１７−２９）。
【０１８４】
この大きくかつ重要なファミリーに属することが知られているプロテアーゼの部分的リストには以下のものが含まれる：血液凝固因子ＶＩＩ，ＩＸ，Ｘ，ＸＩおよびＸＩＩ；トロンビン；プラスミノーゲン；補体成分Ｃ１ｒ，Ｃ１ｓ，Ｃ２；補体因子Ｂ，ＤおよびＩ；ＲＡ反応性因子の補体活性化成分；エラスターゼ１，２，３Ａ，３Ｂ（プロテアーゼＥ）；肝臓成長因子アクチベータ；腺（組織）カリクレイン，例えばＥＧＦ結合蛋白質タイプＡ，Ｂ，およびＣ；ＮＧＦ−γ鎖，γ−レニン，および前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）；血漿カリクレイン；マスト細胞プロテアーゼ；ミエロブラスチン（プロテイナーゼ３）（ウェゲナー自己抗原）；プラスミノーゲンアクチベータ（ウロキナーゼタイプ，および組織タイプ）；およびトリプシンＩ，ＩＩ，ＩＩＩ，およびＩＶ。これらのペプチダーゼは，凝固，腫瘍発生，血圧の調節，成長因子の放出，および他の役割において鍵となる役割を果たす（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂａｂｒａｈａｍ．ｃｏ．ｕｋ／Ｍｅｒｏｐｓ／Ｍｅｒｏｐｓ．ｈｔｍ）。
【０１８５】
本発明のトリプシンファミリーのプロテアーゼには，ＳＧＰｒ４３４，配列番号２４；ＳＧＰｒ４４６＿１，配列番号２５；ＳＧＰｒ４４７，配列番号２６；ＳＧＰｒ４３２＿１，配列番号２７；ＳＧＰｒ５２９，配列番号２８；ＳＧＰｒ４２８＿１，配列番号２９；ＳＧＰｒ４２５，配列番号３０；ＳＧＰｒ５４８，配列番号３１；ＳＧＰｒ３９６，配列番号３２；ＳＧＰｒ４２６，配列番号３３；ＳＧＰｒ５５２，配列番号３４；ＳＧＰｒ４０５，配列番号３５；ＳＧＰｒ４８５＿１，配列番号３６；ＳＧＰｒ５３４，配列番号３７；ＳＧＰｒ３９０，配列番号３８；ＳＧＰｒ５２１，配列番号３９；ＳＧＰｒ５３０＿１，配列番号４０；ＳＧＰｒ５２０，配列番号４１；ＳＧＰｒ４５５，配列番号４２；ＳＧＰｒ５０７＿２，配列番号４３；ＳＧＰｒ５５９，配列番号４４；ＳＧＰｒ５６７＿１，配列番号４５；ＳＧＰｒ４７９＿１，配列番号４６；ＳＧＰｒ４８９＿１，配列番号４７；ＳＧＰｒ４６５＿１，配列番号４８；ＳＧＰｒ５２４＿１，配列番号４９；ＳＧＰｒ４２２，配列番号５０；ＳＧＰｒ５３８，配列番号５１；ＳＧＰｒ５２７＿１，配列番号５２；ＳＧＰｒ５４２，配列番号５３；ＳＧＰｒ５５１，配列番号５４；ＳＧＰｒ４５１，配列番号５５；ＳＧＰｒ４５２＿１，配列番号５６；ＳＧＰｒ５０４，配列番号５７；ＳＧＰｒ４６９，配列番号５８；ＳＧＰｒ４００，配列番号５９が含まれる。配列番号２３はズブチラーゼサブファミリーのセリンプロテアーゼである。ほとんどの大きな蛋白質前駆体の限定された蛋白質分解は，インビボでズブチリシン様プロ蛋白質コンベルターゼにおいて行われる。多くの重要な生物学的プロセス，例えば，ペプチドホルモン合成，ウイルス蛋白質プロセシングおよびレセプター成熟にはこれらの酵素による蛋白質分解性プロセシングが関与しており，このため，これらは新規治療剤を開発するための潜在的な標的である（Ｂｅｒｇｅｒｏｎ　Ｆ，Ｊ　Ｍｏｌ　Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ　２０００　Ｆｅｂ；２４（１）：１−２２）。
【０１８６】
５．トレオニンペプチダーゼ（Ｔ１）−（Ｐｒｏｓｉｔｅ　ＰＤＯＣ００３２６／ＰＤＯＣ００６６８）
プロテオソームサブユニット（Ｔ１Ａ）
プロテオソームは，細胞性基質のＡＴＰ／ユビキチン依存性非リソソーム蛋白質分解に関与する多触媒性トレオニンプロテイナーゼ複合体である。これは異常な構造を有する蛋白質，ならびに代謝制御および細胞サイクル進行に関連する天然に生ずる寿命の短い蛋白質の選択的排除を担う（Ｍｏｍａｎｄ　ｅｔ　ａｌ．，２０００，Ｇｅｎｅ　２４２（１−２）：１５−２９，Ｂｏｃｈｔｌｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ａｈｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ　Ｂｉｏｍｏｌ　Ｓｔｒｕｃｔ．２８：２９５−３１７）。プロテオソーム阻害剤であるラクタシスチンはヒト内皮細胞の増殖を可逆的に阻害し，このことは，プロテオソームが新脈管形成において役割を果たすことを示唆する（Ｋｕｍｅｄａ，ｅｔ　ａｌ．，Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ　Ｒｅｓ．１９９９　Ｓｅｐ−Ｏｃｔ；１９（５Ｂ）：３９６１−８）。高等脊椎動物におけるプロテオソームの別の重要な機能は，ＭＨＣクラスクラス１分子上で循環リンパ球に提示されるペプチドを生成することである（Ｃａｓｔｅｌｌｉ　ｅｔ　ａｌ．，１９９７，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｌａｂ．Ｒｅｓ．２７（２）：１０３−１０）。プロテオソームは沈降係数２６Ｓを有し，２０Ｓ触媒コアおよび２２Ｓ制御複合体から構成される。真核生物２０Ｓプロテオソームは，７００−８００ｋＤの分子量を有し，１５種類以上の２１−３２ｋＤのポリペプチドの組から構成される。すべての真核生物２０Ｓプロテオソームサブユニットは，アーケウスバクテリアＴｈｅｒｍｏｐｌａｓｍａ　ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｍのαまたはβサブユニットのいずれかに対する高い類似性に基づいて，おおまかにαおよびβの２つのサブファミリーに分類することができる（Ｍａｙｒ　ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｆ．３８０（１０）：１１８３−９２）。成分のいくつかはトレオニンペプチダーゼであると同定されており，このことは，このクラスのペプチダーゼが種々の機能の中でも特に代謝経路および細胞サイクル進行の制御に鍵となる役割を果たすことを示唆する（Ｙｏｒｇｉｎ　ｅｔ　ａｌ．，２０００，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６４（６）：２９１５−２３）。
【０１８７】
６．触媒作用メカニズムが不明のペプチダーゼ
Ｒａｓプロトオンコジンおよび他のプレニル化蛋白質の翻訳後プロセシングを担うプレニル蛋白質特異的プロテアーゼはこのクラスに分類される。このクラスにはまた，哺乳動物感染において役割を果たすかもしれないいくつかのウイルスペプチダーゼ，例えば，カルジオウイルスエンドペプチダーゼ２Ａ（脳心筋炎ウイルス）（Ｍｏｌｌａ　ｅｔ　ａｌ．，１９９３，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６７（８）：４６８８−９５），ＮＳ２−３プロテアーゼ（Ｃ型肝炎ウイルス）（Ｂｌｉｇｈｔ　ｅｔ　ａｌ．，１９９８，Ａｎｔｉｖｉｒ．Ｔｈｅｒ．３（Ｓｕｐｐｌ３）：７１−８１），エンドペプチダーゼ（感染性膵臓壊死ウイルス）（Ｌｅｊａｌ　ｅｔ　ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．，２０００，８１：９８３−９９２），およびＮｐｒｏエンドペプチダーゼ（豚コレラウイルス）（Ｔｒａｔｓｃｈｉｎ　ｅｔ　ａｌ．，１９９８，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２（９）：７６８１−８４）が含まれる。
【０１８８】
核酸プローブ，プロテアーゼを検出するための方法およびキット
本発明の核酸プローブを用いて，通常のハイブリダイゼーション方法により適当な染色体またはｃＤＮＡライブラリを探索して，本発明の他の核酸分子を得ることができる。染色体ＤＮＡまたはｃＤＮＡライブラリは，当該技術分野において認識されている方法にしたがって，適当な細胞から調製することができる（”Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，第２版．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｆｒｉｔｓｃｈ，＆Ｍａｎｉａｔｉｓ，ｅｄｓ．，１９８９を参照）。
【０１８９】
別の方法においては，目的とするポリペプチドのアミノ酸配列のＮ末端，およびＣ末端部分に対応するヌクレオチド配列を有する核酸プローブを得るために化学合成を行うことができる。合成した核酸プローブを，ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）においてプライマーとして使用して，認識されているＰＣＲ手法にしたがって，本質的にＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，”Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ”，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｍｉｃｈａｅｌ，ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９０にしたがって，適当な染色体またはｃＤＮＡライブラリを用いて，本発明のフラグメントを得ることができる。
【０１９０】
当業者は，本明細書に開示される配列に基づいて，当該技術分野において知られるコンピュータアラインメントおよび配列分析の方法を用いて，そのようなプローブを容易に設計することができる（”Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，１９８９，上掲）。本発明のハイブリダイゼーションプローブは，標準的な標識技術，例えば放射性標識，酵素標識，蛍光標識，ビオチン−アビジン標識，化学発光等を用いる技術により，標識することができる。ハイブリダイゼーション後，プローブは既知の方法を用いて可視化することができる。
【０１９１】
本発明の核酸プローブはＲＮＡならびにＤＮＡプローブを含み，そのようなプローブは，例えば当該技術分野において知られる技術を用いて生成される。核酸プローブは，固体支持体上に固定化してもよい。そのような固体支持体の例としては，限定されないが，プラスチック，例えばポリカーボネート，複合炭水化物，例えばアガロースおよびセファロース，およびアクリル樹脂，例えばポリアクリルアミドおよびラテックスビーズが含まれる。核酸プローブをそのような固体支持体に結合させる技術は当該技術分野においてよく知られている。
【０１９２】
本発明の核酸探索方法に適した試験試料には，例えば，細胞または細胞の核酸抽出物，または体液が含まれる。上述の方法において用いられる試料は，アッセイフォーマット，検出方法，およびアッセイすべき組織，細胞，または抽出物の性質により様々であろう。細胞の核酸抽出物を調製する方法は当該技術分野においてよく知られており，用いる方法に適合する試料を得るために容易に適合させることができる。
【０１９３】
試料中で本発明の核酸の存在を検出する１つの方法は，（ａ）前記試料をハイブリダイゼーションが生ずるような条件下で上述の核酸プローブと接触させ，そして（ｂ）前記核酸分子に結合した前記プローブの存在を検出する，ことを含む。当業者は，当該技術分野において知られる技術にしたがって，上述のように核酸プローブを選択するであろう。試験すべき試料には，限定されないが，ヒト組織のＲＮＡ試料が含まれる。
【０１９４】
試料中で本発明の核酸の存在を検出するためのキットは，その中に上述の核酸プローブが置かれている少なくとも１つの容器手段を含む。キットはさらに，以下の１またはそれ以上を含む他の容器を含んでいてもよい：洗浄試薬および結合した核酸プローブの存在を検出することができる試薬。検出試薬の例としては，限定されないが，放射性標識プローブ，酵素標識プローブ（西洋ワサビペルオキシダーゼ，アルカリホスファターゼ），および親和性標識プローブ（ビオチン，アビジン，またはストレプトアビジン）が挙げられる。好ましくは，キットはさらに使用の指針を含む。
【０１９５】
詳細には，コンパートメント化されたキットには，試薬が別々の容器に入れられている任意のキットが含まれる。そのような容器には，小ガラス容器，プラスチック容器またはプラスチックまたは紙のストリップが含まれる。そのような容器は，試料および試薬が互いに夾雑しないように，かつ各容器の薬剤または溶液を定量的様式で１つのコンパートメントから別のコンパートメントに加えることができるように，１つのコンパートメントから別のコンパートメントに試薬を効率よく移すことができるものである。そのような容器には，試験試料を入れる容器，アッセイにおいて用いるプローブまたはプライマーを含有する容器，洗浄試薬（例えばリン酸緩衝化食塩水，Ｔｒｉｓ緩衝液等）を含有する容器，およびハイブリダイズしたプローブ，結合した抗体，増幅産物等を検出するために用いられる試薬を含有する容器が含まれる。当業者は，本発明において記載される核酸プローブを，当該技術分野においてよく知られる確立されたキットフォーマットの１つに容易に組み込むことができることを容易に認識するであろう。
【０１９６】
プロテアーゼ核酸分子を含むＤＮＡ構築物およびこれらの構築物を含む細胞：
本発明はまた，宿主細胞において転写を開始するのに有効なプロモーターおよび上述の核酸分子を５’から３’方向に含む組換えＤＮＡ分子に関する。さらに，本発明は，ベクターおよび上述の核酸分子を含む組換えＤＮＡ分子に関する。本発明はまた，細胞において機能的な転写領域，上述のポリペプチドに対応するアミノ酸配列をコードするＲＮＡ配列に相補的な配列，および前記細胞において機能的な転写終止領域を含む核酸分子に関する。上述の分子は，単離されたおよび／または精製されたＤＮＡ分子でありうる。
【０１９７】
本発明はまた，上述の核酸分子を含み，したがってポリペプチドを発現しうる細胞または生物に関する。ポリペプチドは，そのポリペプチドを発現するよう変更されている細胞から精製することができる。細胞が，細胞が通常は産生しないかまたは細胞が通常はより低いレベルで産生する蛋白質を産生するように遺伝子操作により作成されている場合，細胞は”所望のポリペプチドを発現するよう変更されている”と言われる。当業者は，ゲノム，ｃＤＮＡ，または合成配列のいずれかを真核生物または原核生物細胞のいずれかに導入して発現させるための方法を容易に適用することができる。
【０１９８】
核酸分子，例えばＤＮＡは，これが転写および翻訳制御情報を含むヌクレオチド配列を含み，かつそのような配列がポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に”動作可能なように連結されている”場合，ポリペプチドを”発現しうる”と言われる。動作可能な連結とは，制御ＤＮＡ配列および発現が求められているＤＮＡ配列が，遺伝子配列の発現を可能とするような様式で接続されているような連結である。遺伝子配列の発現に必要な制御領域の詳細な性質は生物によって異なるであろうが，これは一般にプロモーター領域を含む。原核生物においては，プロモーター領域は，プロモーター（ＲＮＡ転写の開始を指示する）ならびにＲＮＡに転写されたときに合成の開始を合図するであろうＤＮＡ配列の両方を含む。そのような領域は，通常は転写および翻訳の開始に関与する５’−非コーディング配列，例えばＴＡＴＡボックス，キャッピング配列，ＣＡＡＴ配列等を含むであろう。
【０１９９】
所望の場合には，本発明のプロテアーゼをコードする配列の３’側の非コーディング領域を上述の方法により得ることができる。この領域は，その転写終止制御配列，例えば終止およびポリアデニル化のために保持することができる。すなわち，本発明のプロテアーゼをコードするＤＮＡ配列に天然に隣接している３’領域を保持することにより，転写終止シグナルを提供することができる。発現宿主細胞において転写終止シグナルが十分に機能性でない場合には，宿主細胞において機能的な３’領域で置き換えることができる。
【０２００】
２つのＤＮＡ配列（例えば，プロモーター領域配列および本発明のプロテアーゼをコードする配列）は，２つのＤＮＡ配列の連結の性質が，プロテアーゼ配列の転写を可能とする場合，すなわち，連結が（１）フレームシフト変異を導入しない，（２）プロモーター領域配列が本発明のプロテアーゼをコードする遺伝子配列の転写を指示する能力を妨害しない，または（３）本発明のプロテアーゼの遺伝子配列がプロモーター領域配列により転写されることを妨害しない場合，動作可能なように連結されていると言われる。すなわち，プロモーター領域は，プロモーターがそのＤＮＡ配列の転写を行うことができる場合，ＤＮＡ配列に動作可能なように連結されているであろう。すなわち，本発明のプロテアーゼをコードする遺伝子を発現させるためには，適当な宿主により認識される転写および翻訳シグナルが必要である。
【０２０１】
本発明は，本発明のプロテアーゼ（またはその機能的誘導体）をコードする遺伝子を原核生物または真核生物細胞のいずれかにおいて発現させることを包含する。原核生物宿主は，一般に，組換え蛋白質の製造において非常に有効でありかつ便利であり，したがって，本発明のプロテアーゼのための１つの好ましい発現システムである。原核生物は，しばしばＥ．ｃｏｌｉの種々の株により代表される。しかし，他の細菌株等の他の微生物株もまた用いることができる。
【０２０２】
原核生物系においては，宿主と適合性のある種に由来する複製部位および制御配列を含むプラスミドベクターを用いることができる。適当なプラスミドベクターの例には，ｐＢＲ３２２，ｐＵＣ１１８，ｐＵＣ１１９等が含まれ，適当なファージまたはバクテリオファージベクターの例には，λｇｔｌ０，λｇｔ１１等が含まれ，適当なウイルスベクターの例には，ｐＭＡＭ−ｎｅｏ，ｐＫＲＣ等が含まれる。好ましくは，本発明の選択されたベクターは，選択された宿主細胞において複製する能力を有する。
【０２０３】
認められている原核生物宿主には，細菌，例えばＥ．ｃｏｌｉ，Ｂａｃｉｌｌｕｓ，Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ，Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ，Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ，Ｓｅｒｒａｔｉａ等が含まれる。しかし，そのような条件下においては，ポリペプチドはグリコシル化されない。原核生物宿主は発現プラスミド中のレプリコンおよび制御配列と適合性でなければならない。
【０２０４】
本発明のプロテアーゼ（またはその機能的誘導体）を原核生物細胞において発現させるためには，本発明のプロテアーゼをコードする配列が，機能的原核生物プロモーターと動作可能なように連結されていることが必要である。そのようなプロモーターは，構成的であってもよく，より好ましくは制御可能（すなわち，誘導可能または抑制解除可能）である。構成的プロモーターの例には，バクテリオファージλのｉｎｔプロモーター，ｐＢＲ３２２のβ−ラクタマーゼ遺伝子配列のｂｌａプロモーター，およびｐＰＲ３２５のクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ遺伝子配列のｃａｔプロモーター等が含まれる。誘導可能な原核生物プロモーターの例には，バクテリオファージλの主要右および左プロモーター（ＰＬおよびＰＲ），Ｅ．ｃｏｌｉのｔｒｐ，ｒｅｃＡ，ｌａｃＺ，ｌａｃＩ，およびｇａｌプロモーター，α−アミラーゼ（Ｕｌｍａｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１６２：１７６−１８２，１９８５）およびＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓのσ−２８−特異的プロモーター（Ｇｉｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．．Ｇｅｎｅ  Ｓｅｑｅｕｃｎｅ  ３２：１１−２０，１９８４），Ｂａｃｉｌｌｕｓのバクテリオファージのプロモーター（Ｇｒｙｃｚａｎ，Ｔｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｂａｃｉｌｌｉ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，ＮＹ，１９８２），およびＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓプロモーター（Ｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．２０３：４６８−４７８，１９８６）が含まれる。原核生物プロモーターは，Ｇｌｉｃｋ（Ｉｎｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔ．１：２７７−２８２，１９８７），Ｃｅｎａｔｉｅｍｐｏ（Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ  ６８：５０５−５１６，１９８６），およびＧｏｔｔｅｓｍａｎ（Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．１８：４１５−４４２，１９８４）により概説されている。
【０２０５】
原核生物細胞における適切な発現には，遺伝子コーディング配列の上流にリボソーム結合部位の存在が必要である。そのようなリボソーム結合部位は，例えば，Ｇｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ．（Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３５：３６５−４０４，１９８１）に記載されている。制御配列，発現ベクター，トランスフォーメーション方法等の選択は，遺伝子を発現させるために用いられる宿主細胞のタイプに依存する。本明細書において用いる場合，”細胞”，”細胞株”および”細胞培養”は互換的に用いることができ，そのような名称はすべて子孫を含む。すなわち，”トランスフォーマント”または”トランスフォームした細胞”との語句は，継代の数にかかわらず，初代対象細胞およびここから誘導された培養物を含む。また，意図的なまたは偶然の変異のために，すべての子孫がＤＮＡ含有物において精密に同一ではないかもしれないことが理解される。しかし，定義されるように，変異体子孫は元々のトランスフォームした細胞と同じ機能性を有する。
【０２０６】
本発明の発現システムにおいて用いることができる宿主細胞は，目的とするプロテアーゼポリペプチドの発現において用いるのに適当である限り，特に限定されない。適当な宿主はしばしば真核生物細胞を含むことができる。好ましい真核生物宿主には，例えば，酵母，真菌，昆虫細胞，哺乳動物細胞（インビボまたは組織培養のいずれか）が含まれる。宿主として有用でありうる哺乳動物細胞には，ＨｅＬａ細胞，線維芽細胞由来の細胞，例えばＶＥＲＯまたはＣＨＯ−Ｋ１，またはリンパ球由来の細胞，およびこれらの誘導体が含まれる。好ましい哺乳動物宿主細胞には，ＳＰ２／０およびＪ５５８Ｌ，ならびに神経芽細胞腫細胞株，例えばＩＭＲ３３２が含まれ，これらは正しい翻訳後プロセシングのよりすぐれた能力を提供することができる。
【０２０７】
さらに，植物細胞もまた宿主として利用可能であり，植物細胞と適合しうる制御配列，例えばカリフラワーモザイクウイルス３５Ｓおよび１９Ｓ，およびノパリンシンターゼプロモーターおよびポリアデニル化シグナル配列が利用可能である。他の好ましい宿主は昆虫細胞，例えば，Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｌａｒｖａｅである。昆虫細胞を宿主として用いる場合，Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａアルコールデヒドロゲナーゼプロモーターを用いることができる（Ｒｕｂｉｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１４５３−１４５９，１９８８）。あるいは，バキュロウイルスベクターを，昆虫細胞において本発明のプロテアーゼを大量に発現するよう遺伝子工学処理することができる（Ｊａｓｎｙ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３８：１６５３，１９８７；Ｍｉｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｖｏｌ．８，Ｐｌｅｎｕｍ，Ｓｅｔｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，ｐｐ．２７７−２９７，１９８６）。
【０２０８】
酵母がグルコースの豊富な培地中で成長するときに大量に産生される解糖系酵素をコードする活発に発現されている配列からのプロモーターおよび終止要素を組み込んだ一連の酵母発現システムの任意のものを用いることができる。既知の解糖系遺伝子配列はまた，非常に効率的な転写制御シグナルを提供することができる。酵母は，翻訳後修飾を行うこともできる点において，実質的な利点を与える。強いプロモーター配列および高コピー数プラスミドを用いる多くの組換えＤＮＡ戦略が存在し，これを酵母において所望の蛋白質を製造するために用いることができる。酵母はクローン化された哺乳動物遺伝子のリーダー配列を認識して，リーダー配列を有するペプチド（すなわちプレペプチド）を分泌する。哺乳動物宿主における本発明のプロテアーゼの発現にはいくつかの可能なベクター系が利用可能である。
【０２０９】
宿主の性質に応じて，広範な種類の転写および翻訳制御配列を用いることができる。転写および翻訳制御シグナルは，制御シグナルが高レベルの発現を有する特定の遺伝子配列に関連しているウイルス起源，例えばアデノウイルス，ウシパピローマウイルス，サイトメガロウイルス，サルウイルス等から誘導することができる。あるいは，哺乳動物発現産物，例えばアクチン，コラーゲン，ミオシンなどからのプロモーターを用いることができる。転写開始制御シグナルは，遺伝子配列の発現を調節することができるように，抑制または活性化を可能とするものを選択することができる。興味深いものは，温度を変化させることにより発現を抑制または開始することができるように温度感受性であるか，化学物質（例えば代謝産物）制御を行うことができる制御シグナルである。
【０２１０】
本発明のプロテアーゼの真核生物宿主における発現には，真核生物制御領域を使用することが必要である。そのような領域は，一般に，ＲＮＡ合成の開始を指示するのに十分なプロモーター領域を含む。好ましい真核生物プロモーターには，例えば，マウスメタロチオネインＩ遺伝子配列のプロモーター（Ｈａｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎ．１：２７３−２８８，１９８２）；ヘルペスウイルスのＴＫプロモーター（ＭｃＫｎｉｇｈｔ，Ｃｅｌｌ  ３１：３５５−３６５，１９８２）；ＳＶ４０初期プロモーター（Ｂｅｎｏｉｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ（Ｌｏｎｄｏｎ）２９０：３０４−３１，１９８１）；および酵母ｇａｌ４遺伝子配列プロモーター（Ｊｏｈｎｓｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）７９：６９７１−６９７５，１９８２；Ｓｉｌｖｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．（ＵＳＡ）８１：５９５１−５９５５，１９８４）が含まれる。
【０２１１】
真核生物ｍＲＮＡの翻訳は，最初のメチオニンをコードするコドンから開始される。この理由のため，真核生物プロモーターと，本発明のプロテアーゼ（またはその機能的誘導体）をコードするＤＮＡ配列との間の連結には，メチオニンをコードしうる介在コドン（すなわちＡＵＧ）が含まれないことを確実にすることが好ましい。そのようなコドンの存在は，融合蛋白質（ＡＵＧコドンが本発明のプロテアーゼのコーディング配列と同じリーディングフレームにある場合）またはフレームシフト変異（ＡＵＧコドンが本発明のプロテアーゼのコーディング配列と同じリーディングフレームにない場合）の形成のいずれかをもたらす。
【０２１２】
本発明のプロテアーゼをコードする核酸分子および動作可能なように連結されたプロモーターは，レシピエントである原核生物または真核生物細胞中に，非複製ＤＮＡまたはＲＮＡ分子のいずれかとして導入することができ，これは，直線状分子またはより好ましくは閉環状分子のいずれでもよい。そのような分子は自己複製することができないため，遺伝子の発現は導入された配列の過渡的発現により生ずる。あるいは，導入されたＤＮＡ配列が宿主染色体中にインテグレートされることにより永久発現が得られる。
【０２１３】
所望の遺伝子配列を宿主細胞染色体中にインテグレートしうるベクターを用いることができる。導入されたＤＮＡをその染色体中に安定にインテグレートしている細胞は，発現ベクターを含有する宿主細胞の選択を可能とする１またはそれ以上のマーカーを導入することにより選択することができる。マーカーは，栄養要求性宿主に対する栄養，殺生物剤耐性（例えば抗生物質，または重金属，例えば銅）等を提供することができる。選択マーカー遺伝子配列は，発現させるべきＤＮＡ遺伝子配列に直接連結してもよく，または同じ細胞にコトランスフェクションにより導入してもよい。ｍＲＮＡの最適な合成には追加の要素も必要であろう。これらの要素には，スプライシングシグナル，ならびに転写プロモーター，エンハンサー，および終止シグナルが含まれる。そのような要素を組み込んだｃＤＮＡ発現ベクターには，Ｏｋａｙａｍａ（Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３：２８０−２８９，１９８３）により記載されるものが含まれる。
【０２１４】
導入された核酸分子は，レシピエント宿主中で自己複製可能なプラスミドまたはウイルスベクター中に取り込ませることができる。この目的のために広範な種類のベクターの任意のものを用いることができる。特定のプラスミドまたはウイルスベクターの選択において重要な因子には，ベクターを含むレシピエント細胞を認識しベクターを含まないレシピエント細胞から選択することの容易性；特定の宿主において所望されるベクターのコピー数；およびベクターを異なる種の宿主細胞間で”シャトル”しうることが望ましいか否かが含まれる。
【０２１５】
好ましい原核生物ベクターには，Ｅ．ｃｏｌｉ中で複製しうるプラスミド（例えば，ｐＢＲ３２２，ＣｏｌＥｌ，ｐＳＣ１０１，ｐＡＣＹＣ１８４，ΣＶＸ；”Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，１９８９，上掲）などのプラスミドが含まれる。Ｂａｃｉｌｌｕｓプラスミドには，ｐＣ１９４，ｐＣ２２１，ｐＴ１２７等が含まれる（Ｇｒｙｃｚａｎ，Ｔｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｂａｃｉｌｌｉ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，ｐｐ．３０７−３２９，１９８２）。適当なＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓプラスミドには，ｐ１Ｊ１０１（Ｋｅｎｄａｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１６９：４１７７−４１８３，１９８７），およびＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓバクテリオファージ，例えばΦＣ３１（Ｃｈａｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｉｘｔｈ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍｏｎ  Ａｃｔｉｎｏｍｙｃ  ｅｔ  ａｌｅｓ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ａｋａｄｅｍｉａｉ  Ｋａｉｄｏ，Ｂｕｄａｐｅｓｔ，Ｈｕｎｇａｒｙ，ｐｐ．４５−５４，１９８６）が含まれる。ＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓプラスミドはＪｏｈｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｒｅｖ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．８：６９３−７０４，１９８６），およびＩｚａｋｉ（Ｊｐｎ．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．３３：７２９−７４２，１９７８）により概説されている。
【０２１６】
好ましい真核生物プラスミドには，例えば，ＢＰＶ，ワクチニア，ＳＶ４０，２−ミクロンサークル等，またはそれらの誘導体が含まれる。そのようなプラスミドは当該技術分野においてよく知られている（Ｂｏｔｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｉａｍｉ  Ｗｎｔｒ．Ｓｙｍｐ．１９：２６５−２７４，１９８２；Ｂｒｏａｃｈ，”Ｔｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｙｅａｓｔ  Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ：Ｌｉｆｅ  Ｃｙｃｌｅ  ａｎｄ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ”，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，ｐ．４４５−４７０，１９８１；Ｂｒｏａｃｈ，Ｃｅｌｌ  ２８：２０３−２０４，１９８２；Ｂｏｌｌｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｈｅｍａｔｏｌ．Ｏｎｃｏｌ．１０：３９−４８，１９８０；Ｍａｎｉａｔｉｓ，Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｔｒｅａｔｉｓｅ，Ｖｏｌ．３，Ｇｅｎｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，ｐｐ．５６３−６０８，１９８０）。
【０２１７】
構築物を含有するベクターまたは核酸分子を発現用に用意した後，ＤＮＡ構築物は，種々の適当な手段，すなわち，トランスフォーメーション，トランスフェクション，コンジュゲーション，プロトプラスト融合，エレクトロポレーション，粒子銃技術，リン酸カルシウム沈澱，直接マイクロインジェクション等により，適当な宿主細胞中に導入することができる。ベクターを導入した後，レシピエント細胞を，ベクター含有細胞の成長を選択する選択培地中で成長させる。クローニングされた遺伝子の発現により，本発明のプロテアーゼまたはそのフラグメントが産生される。これは，トランスフォームした細胞中でそのまま起こるか，またはこれらの細胞を分化させるよう誘導した後に起こる（例えば，ブロモデオキシウラシルを神経芽細胞腫等に投与することにより）。本発明のペプチドを形成するために，種々のインキュベーション条件を用いることができる。最も好ましい条件は，生理学的条件を模倣した条件である。
【０２１８】
抗体，ハイブリドーマ，プロテアーゼの検出のための使用方法およびキット
本発明は，本発明のプロテアーゼに結合親和性を有する抗体に関する。プロテアーゼポリペプチドは，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載されるアミノ酸配列，またはその機能的誘導体，またはその少なくとも９個の連続するアミノ酸（好ましくは，その少なくとも２０，３０，３５，または４０個の連続するアミノ酸）からなる群より選択されるアミノ酸配列を有することができる。
【０２１９】
本発明はまた，本発明のプロテアーゼに対して特異的結合親和性を有する抗体に関する。そのような抗体は，本発明のプロテアーゼに対するその結合親和性を他のポリペプチドに対する結合親和性と比較することにより単離することができる。本発明のプロテアーゼに選択的に結合する抗体を，本発明のプロテアーゼと他のポリペプチドとを区別することを必要とする方法において用いるために選択することができる。そのような方法には，限定されないが，他のポリペプチドを含む組織におけるプロテアーゼ発現の変化の分析が含まれる。
【０２２０】
本発明のプロテアーゼは，種々の手順および方法，例えば抗体の生成，医薬組成物の同定，およびＤＮＡ／蛋白質相互作用の研究において用いることができる。
【０２２１】
本発明のプロテアーゼは，抗体またはハイブリドーマを生成するために用いることができる。当業者は，抗体が望まれる場合，そのようなペプチドを本明細書に記載されるように生成し，免疫原として用いることができることを認識するであろう。本発明の抗体には，モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体，ならびにこれらの抗体のフラグメント，およびヒト化型が含まれる。本発明の抗体のヒト化型は，キメラ化またはＣＤＲグラフティング等の当該技術分野において知られる手法の１つを用いて生成することができる。
【０２２２】
本発明はまた，上述のモノクローナル抗体またはその結合フラグメントを産生するハイブリドーマに関する。ハイブリドーマは，特定のモノクローナル抗体を分泌することができる不死化細胞株である。
【０２２３】
一般に，モノクローナル抗体およびハイブリドーマを製造する手法は当該技術分野においてよく知られている（Ｃａｍｐｂｅｌｌ，”Ｍｏｎｏｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ，１９８４；Ｓｔ．Ｇｒｏｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３５：１−２１，１９８０）。抗体を生成することが知られている任意の動物（マウス，ウサギ等）を，選択されたポリペプチドで免疫することができる。免疫の方法は当該技術分野においてよく知られている。そのような方法には，ポリペプチドの皮下または腹膜内注射が含まれる。当業者は，免疫に用いるポリペプチドの量は，免疫する動物，ポリペプチドの抗原性，および注入部位により様々であることを認識するであろう。
【０２２４】
ポリペプチドは，ペプチドの抗原性を増加させるために，修飾するかまたはアジュバント中で投与することができる。ポリペプチドの抗原性を増加させる方法は当該技術分野においてよく知られている。そのような方法には，抗原を異種蛋白質（例えばグロブリンまたはβ−ガラクトシダーゼ）とカップリングさせるか，または免疫の間にアジュバントを含めることが含まれる。
【０２２５】
モノクローナル抗体については，免疫した動物から脾臓細胞を切除し，ミエローマ細胞，例えばＳＰ２／０−Ａｇｌ４ミエローマ細胞と融合させ，モノクローナル抗体産生ハイブリドーマ細胞とさせる。当該技術分野においてよく知られる多数の方法の任意のものを用いて，所望の特性を有する抗体を産生するハイブリドーマ細胞を同定することができる。これらには，ハイブリドーマをＥＬＩＳＡアッセイ，ウエスタンブロット分析，またはラジオイムノアッセイを用いてスクリーニングすることが含まれる（Ｌｕｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｘｐ．Ｃｅｌｌ  Ｒｅｓ．１７５：１０９−１２４，１９８８）。所望の抗体を分泌するハイブリドーマをクローニングし，当該技術分野において知られる方法を用いてクラスおよびサブクラスを決定する（Ｃａｍｐｂｅｌｌ，”Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”，上掲，１９８４）。
【０２２６】
ポリクローナル抗体については，免疫した動物から抗体を含有する抗血清を単離し，上述の方法の１つを用いて所望の特異性を有する抗体の存在についてスクリーニングする。上述の抗体は，検出可能なように標識することができる。抗体は，放射性同位体，アフィニティー標識（例えばビオチン，アビジン等），酵素標識（例えば西洋ワサビペルオキシダーゼ，アルカリホスファターゼ等），蛍光標識（例えばＦＩＴＣまたはローダミン等），常磁性原子等を用いて，検出可能なように標識することができる。そのような標識を行う方法は当該技術分野においてよく知られている。例えば，Ｓｔｅｍｂｅｒｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．１８：３１５，１９７０；Ｂａｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍ．６２：３０８，１９７９；Ｅｎｇｖａｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌ．１０９：１２９，１９７２；Ｇｏｄｉｎｇ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．１３：２１５，１９７６を参照。本発明の抗体は，二次標識抗体，例えば標識された抗ウサギ抗体を用いることにより間接的に標識してもよい。本発明の標識された抗体は，インビトロ，インビボ，およびインシトゥーアッセイに用いて，特定のペプチドを発現する細胞または組織を同定することができる。
【０２２７】
上述の抗体は，固体支持体上に固定化してもよい。そのような固体支持体の例には，プラスチック，例えばポリカーボネート，複合炭水化物，例えばアガロースおよびセファロース，アクリル樹脂，例えばポリアクリルアミドおよびラテックスビーズが含まれる。抗体をそのような固体支持体にカップリングさせる技術は当該技術分野においてよく知られている（Ｗｅｉｒ  ｅｔ  ａｌ．，”Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”４ｔｈＥｄ．，Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，Ｅｎｇｌａｎｄ，Ｃｈａｐｔｅｒ  １０，１９８６；Ｊａｃｏｂｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍ．３４，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎ．Ｙ．，１９７４）。本発明の固定化された抗体は，インビトロ，インビボ，およびインシトゥーアッセイに，ならびに免疫クロマトグラフィーに用いることができる。
【０２２８】
さらに，当業者は，合理的に設計された抗ペプチドペプチドを生成するために，現在利用可能な方法，並びに抗体に関して本明細書に記載される技術，方法およびキットを容易に適合させて，特定のペプチド配列に結合しうるペプチドを容易に生成することができる（Ｈｕｒｂｙ  ｅｔ  ａｌ．，”Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ”，Ｉｎ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ，Ａ  Ｕｓｅｒ’ｓ  Ｇｕｉｄｅ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ，ＮＹ，ｐｐ．２８９−３０７，１９９２；Ｋａｓｐｃｚａｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２８：９２３０−９２３８，１９８９）。
【０２２９】
抗ペプチドペプチドは，本発明のプロテアーゼのペプチド配列中に見いだされる塩基性アミノ酸残基を，疎水性および非荷電極性基を維持しながら酸性残基で置き換えることにより生成することができる。例えば，リジン，アルギニン，および／またはヒスチジン残基をアスパラギン酸またはグルタミン酸で置き換え，およびグルタミン酸残基をリジン，アルギニンまたはヒスチジンで置き換える。
【０２３０】
本発明はまた，試料中においてプロテアーゼポリペプチドを検出する方法を包含する。該方法は，（ａ）試料を，免疫複合体が形成するような条件下で上述の抗体と接触させ，そして（ｂ）ポリペプチドに結合した前記抗体の存在を検出する，ことを含む。詳細には，該方法は，試験試料を１またはそれ以上の本発明の抗体とインキュベートし，抗体が試験試料に結合するか否かをアッセイすることを含む。試料中で本発明のプロテアーゼのレベルが正常なレベルと比較して変化していることは疾病を示すかもしれない。
【０２３１】
抗体を試験試料とインキュベートする条件は様々である。インキュベーション条件は，アッセイにおいて用いられるフォーマット，用いられる検出方法，およびアッセイにおいて用いられる抗体のタイプおよび性質によって異なる。当業者は，慣用的に入手可能な免疫学的アッセイフォーマット（例えばラジオイムノアッセイ，酵素結合イムノソルベントアッセイ，拡散に基づくオクタロニー，またはロケット免疫蛍光アッセイ）の任意のものを，本発明の抗体を用いるために容易に適合させることができることを認識するであろう。そのようなアッセイの例は，Ｃｈａｒｄ（”Ａｎ  Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓｙ  ａｎｄ  Ｒｅｌａｔｅｄ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ”，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ，１９８６），Ｂｕｌｌｏｃｋ  ｅｔ  ａｌ．（”Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｃｙｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ”，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｒｌａｎｄｏ，ＦＬＶｏｌ．１，１９８２；Ｖｏｌ．２，１９８３；Ｖｏｌ．３，１９８５），Ｔｉｊｓｓｅｎ（”Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ａｎｄ  Ｔｈｅｏｒｙ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓｙｓ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ，１９８５）に見いだすことができる。
【０２３２】
本発明の免疫学的アッセイ試験試料には，細胞，蛋白質または細胞の膜抽出物，または体液，例えば血液，血清，血漿または尿が含まれる。上述の方法において用いられる試験試料は，アッセイフォーマット，検出方法の性質およびアッセイすべき試料として用いられる組織，細胞または抽出物により様々であろう。蛋白質抽出物または細胞の膜抽出物を製造する方法は当該技術分野においてよく知られており，用いるシステムにより試験しうる試料を得るために容易に適合させることができる。
【０２３３】
キットは，先に記載した検出方法を実施するために必要な全ての試薬を含む。キットは，（ｉ）上述の抗体を含む第１の容器手段，および（ｉｉ）抗体の結合パートナーと標識を含むコンジュゲートを含む第２の容器手段を含むことができる。別の好ましい態様においては，キットは以下の１またはそれ以上を含む１またはそれ以上の他の容器をさらに含む：洗浄試薬および結合した抗体の存在を検出しうる試薬。
【０２３４】
検出試薬の例には，限定されないが，標識二次抗体が含まれ，あるいは，一次抗体が標識されている場合には，標識された抗体と反応しうる発色団，酵素，または抗体結合試薬が含まれる。コンパートメント化キットは核酸プローブキットについて上述したようなものでもよい。当業者は，本発明に記載される抗体を，当該技術分野においてよく知られる確立されたキットフォーマットの１つに容易に取り込ませることができることを容易に認識するであろう。
【０２３５】
プロテアーゼと相互作用することができる化合物の単離
本発明はまた，本発明のプロテアーゼに結合しうる化合物を検出する方法に関する。該方法は，化合物を本発明のプロテアーゼとともにインキュベートし，プロテアーゼに結合した化合物の存在を検出することを含む。化合物は，複雑な混合物，例えば，血清，体液，または細胞抽出物中に存在していてもよい。
【０２３６】
本発明はまた，プロテアーゼの活性またはプロテアーゼの結合パートナーの活性のアゴニストまたはアンタゴニストを検出する方法に関する。該方法は，本発明のプロテアーゼを産生する細胞を化合物の存在下でインキュベートし，プロテアーゼ活性またはプロテアーゼ結合パートナーの活性のレベルの変化を検出することを含む。このようにして同定される化合物は，化合物の存在を示す活性の変化を生ずるであろう。化合物は，複雑な混合物，例えば，血清，体液，または細胞抽出物中に存在していてもよい。いったん化合物が同定されれば，当該技術分野においてよく知られる技術を用いてこれを単離することができる。
【０２３７】
本発明はまた，哺乳動物においてプロテアーゼ関連活性を調節する方法を包含する。該方法は，前記哺乳動物に本発明のプロテアーゼのアゴニストまたはアンタゴニストを前記調節を行うのに十分な量で投与することを含む。哺乳動物にプロテアーゼ関連機能をアゴナイズまたはアンタゴナイズするのに十分な量でアゴニストまたはアンタゴニストを投与することを含む，本発明のプロテアーゼの１つの活性のアゴニストまたはアンタゴニストを用いて哺乳動物において疾病を治療する方法もまた，本出願に包含される。
【０２３８】
疾病の新規な治療を発見することをめざして，生物医学研究者および化学者は，プロテアーゼの機能を阻害する分子を設計し，合成し，試験してきた。いくつかの小さい有機分子は蛋白質プロテアーゼの機能を調節する化合物の一群を形成する。
【０２３９】
蛋白質プロテアーゼの機能を阻害することが報告されている分子の例には，限定されないが，フッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ），ジイソプロピルフルオロホスフェート（ＤＦＰ）（３章，Ｂａｒｒｅｔｔ　ｅｔ　ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ　ｏｆ　Ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ　Ｅｎｚｙｍｅｓ，１９９８，Ａｃａｄｅｍｉｃ　Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ　Ｄｉｅｇｏ），３，４−ジクロロイソクマリン（ＤＣＩ）（同，１６章），セルピン（同，３７章），Ｅ−６４（トランス−エポキシスクシニルＬ−ロイシルアミド−（４−グアニジノ）ブタン）（同，１８８章），ペプチジル−ジアゾメタン，ペプチジル−Ｏ−アシル−ヒドロキサメート，エポキシスクシニル−ペプチド（同，２１０章），ＤＡＮ，ＥＰＮＰ（１，２−エポキシ−３（ｐ−ニトロフェノキシ）プロパン）（同，２９８章），チオルファン（ｄｌ−３−メルカプト−２−ベンジルプロパノイル−グリシン）（同，３６２章），ＣＧＳ２６３０３，ＰＤ０６９１８５（同，３６３章），およびＣＯＴ９８９−００（Ｎ−４−ヒドロキシ−Ｎ１−［１−（ｓ）−（４−アミノスルホニル）フェニルエチル−アミノカルボキシル−２−シクロヘキシルエチル）−２Ｒ−［４−メチル）フェニルプロピル］スクシンアミド）（同，４０１章）が含まれる。他のプロテアーゼ阻害剤には，限定されないが，アプロチニン，アマスタチン，アンチペイン，カルシニューリン自己阻害フラグメント，およびヒスタミン５（同）が含まれる。好ましくは，これらの阻害剤は，１００−２００ダルトン，２００−３００ダルトン，３００−４００ダルトン，４００−６００ダルトン，６００−１０００ダルトン，１０００−２０００ダルトン，２０００−４０００ダルトン，および４０００−８０００ダルトンの分子量を有する。
【０２４０】
細胞膜を横切ることができ，酸加水分解に耐性の化合物は，患者に経口投与された後に高度に生物利用性となることができるため，治療剤として利点を有する可能性がある。しかし，これらのプロテアーゼ阻害剤の多くは，プロテアーゼの機能を弱くしか阻害しない。さらに，多くは種々のプロテアーゼを阻害し，したがって，疾病の治療剤として多くの副作用を引き起こすであろう。
【０２４１】
トランスジェニック動物：
本発明に関連するトランスジェニック動物の製造には，種々の方法が利用可能である。ＤＮＡを受精可能卵の前核に注入した後，雄前核と雌前核を融合させるか，またはＤＮＡを胚性細胞（例えば，２細胞胚の核）の核に注入した後，細胞分裂を開始させることができる（Ｂｒｉｎｓｔｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　８２：４４３８−４４４２，１９８５）。本発明の無機イオンレセプターヌクレオチド配列を有するよう改変したウイルス，特にレトロウイルスを胚に感染させることができる。
【０２４２】
胚の内部細胞塊から誘導され培養中で安定化させた多能性幹細胞を，培養中で操作して本発明のヌクレオチド配列を取り込ませることができる。トランスジェニック動物は，そのような細胞を胚盤胞中に移植し，これを仮母に移植し，分娩させることにより製造することができる。トランスジェニック実験に適当な動物は，標準的な商業的供給源，例えばＣｈａｒｌｅｓ　Ｒｉｖｅｒ（Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ），Ｔａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ），Ｈａｒｌａｎ　Ｓｐｒａｇｕｅ　Ｄａｗｌｅｙ（Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）等から入手することができる。
【０２４３】
齧歯類胚を操作する方法およびＤＮＡを接合子の前核に注入する方法は，当業者によく知られている（Ｈｏｇａｎ　ｅｔ　ａｌ．，上掲）。魚，両生類卵および鳥類のためのマイクロインジェクション法は，Ｈｏｕｄｅｂｉｎｅ　ａｎｄ　Ｃｈｏｕｒｒｏｕｔ（Ｅｘｐｅｒｉｅｎｔｉａ　４７：８９７−９０５，１９９１）に詳述されている。ＤＮＡを動物の組織中に導入する他の方法は，米国特許，４，９４５，０５０（Ｓａｎｄｆｏｒｄ　ｅｔ　ａｌ．，１９９０年７月３０日）に記載されている。
【０２４４】
一例にすぎないが，トランスジェニックマウスを製造するためには，雌マウスを過剰排卵誘発する。雌を雄といっしょに置き，交配した雌をＣＯ２窒息または頚部脱臼により殺し，切除した卵管から胚を回収する。まわりの丘細胞を除去する。次に，前核胚を洗浄し，注入時まで保存する。ランダムな周期の成人雌を精管切除雄と対にする。レシピエント雌はドナー雌と同じ時に交配させる。次に胚を外科的に移す。トランスジェニックラットを製造する方法はマウスの場合と類似する方法である（Ｈａｍｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  ６３：１０９９−１１１２，１９９０）。
【０２４５】
胚性幹（ＥＳ）細胞を培養し，次にエレクトロポレーション，リン酸カルシウム／ＤＮＡ沈澱および直接注入等の方法を用いてＤＮＡをＥＳ細胞中に導入することによりトランスジェニック動物を製造する方法もまた当業者によく知られている（Ｔｅｒａｔｏｃａｒｃｉｎｏｍａｓ  ａｎｄ  Ｅｍｂｒｙｏｎｉｃ  Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ，Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｅ．Ｊ．Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ，ｅｄ．，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，１９８７）。
【０２４６】
ランダム遺伝子インテグレーションを含む場合には，本発明の配列を含むクローンを耐性をコードする遺伝子とともにコトランスフェクトすることができる。あるいは，ネオマイシン耐性をコードする遺伝子を，本発明の配列に物理的に連結させることができる。所望のクローンのトランスフェクションおよび単離は，当業者によく知られるいくつかの方法のいずれかを用いて実施することができる（Ｅ．Ｊ．Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ，上掲）。
【０２４７】
ＥＳ細胞中に導入されたＤＮＡ分子はまた，相同組換えのプロセスにより染色体中にインテグレートされることができる（Ｃａｐｅｃｃｈｉ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４：１２８８−１２９２，１９８９）。組換え事象のポジティブ選択（すなわち，ｎｅｏ耐性）および二重ポジティブ−ネガティブ選択（すなわち，ｎｅｏ耐性およびガンシクロビル耐性）の方法，および続くＰＣＲによる所望のクローンの同定は，Ｃａｐｅｃｃｈｉ，上掲およびＪｏｙｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ  ３３８：１５３−１５６，１９８９）に記載されており，これらの教示は，図面を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する。この方法の最後の段階は，標的とするＥＳ細胞を胚盤胞中に注入し，胚盤胞を擬妊娠雌に移すことである。得られるキメラ動物を繁殖させ，子孫をサザンブロッティングにより分析して，トランスジンを有する個体を同定する。非齧歯類哺乳動物および他の動物の製造方法は別の者により議論されている（Ｈｏｕｄｅｂｉｎｅ  ａｎｄ  Ｃｈｏｕｒｒｏｕｔ，上掲；Ｐｕｒｓｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４：１２８１−１２８８，１９８９；ａｎｄ  Ｓｉｍｍｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１７９−１８３，１９８８）。
【０２４８】
すなわち，本発明は，本発明のプロテアーゼをコードするトランスジンまたはプロテアーゼの発現に影響する遺伝子を含有するトランスジェニックの非ヒト哺乳動物を提供する。そのようなトランスジェニックの非ヒト哺乳動物は，プロテアーゼの導入の効果を研究するため，またはプロテアーゼの発現を制御（すなわち，追加の遺伝子，アンチセンス核酸，またはリボザイムの導入により）するためのインビボ試験系として特に有用である。
【０２４９】
”トランスジェニック動物”とは，細胞中に人工的に挿入されたＤＮＡを含む細胞を有する動物である。該ＤＮＡは，その細胞から発生した動物のゲノムの一部となる。好ましいトランスジェニック動物は，霊長類，マウス，ラット，ウシ，ブタ，ウマ，ヤギ，ヒツジ，イヌおよびネコである。トランスジェニックＤＮＡは，ヒトプロテアーゼをコードすることができる。動物における自然の発現は，レセプターの発現を減少させるのに有効な量のアンチセンスＲＮＡまたはＤＮＡを与えることにより減少させることができる。
【０２５０】
遺伝子治療：
本発明のプロテアーゼまたはその遺伝子配列は，遺伝子治療においても有用である（総説としてＭｉｌｌｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ　３５７：４５５−４６０，１９９２）。Ｍｉｌｌｅｒは，進歩により，ポジティブな初期の結果を示したヒト遺伝子治療に対する実用的なアプローチが得られたと述べている。遺伝子治療の基本的な科学はＭｕｌｌｉｇａｎ（Ｓｃｉｅｎｃｅ　２６０：９２６−９３１，１９９３）に記載されている。
【０２５１】
１つの好ましい態様においては，プロテアーゼのコーディング配列を含む発現ベクターを細胞に挿入し，細胞をインビトロで成長させ，次にこれを大量に患者に注入する。別の好ましい態様においては，選択されたプロモーター（例えば，強いプロモーター）を含むＤＮＡセグメントを，本発明のプロテアーゼをコードする内因性遺伝子を含む細胞中に，プロモーターセグメントが内因性プロテアーゼ遺伝子の発現を増強する様式で移送する（例えば，プロモーターセグメントをこれが内因性プロテアーゼ遺伝子に直接連結するように細胞内に移送する）。
【０２５２】
遺伝子治療は，腫瘍を標的とするプロテアーゼｃＤＮＡを含むアデノウイルスの使用を含むことができる。全身プロテアーゼは，遺伝子工学処理した細胞の移植，そのようなプロテアーゼをコードするウイルスの注入，または裸のプロテアーゼＤＮＡの適当な組織への注入により増加する。
【０２５３】
そのような複合体の活性を調節するために，標的細胞集団を，蛋白質複合体の１またはそれ以上の変更された形の成分を導入することにより改変することができる。例えば，標的細胞中における複合体成分の活性を減少させるか阻害することにより，そのような状態につながる異常なシグナル伝達事象を減少させ，阻害し，または逆転させることができる。蛋白質複合体の他の成分と相互作用する能力を保持しているが，シグナル伝達において機能することができない成分の欠失またはミスセンス変異体を用いて，異常な，有害なシグナル伝達事象を阻害することができる。
【０２５４】
ウイルス，例えばレトロウイルス，ワクチニアウイルス，アデノウイルス，アデノ随伴ウイルス，ヘルペスウイルス，いくつかのＲＮＡウイルス，またはウシパピローマウイルスに由来する発現ベクターを用いて，本発明の組換えプロテアーゼをコードするヌクレオチド配列（例えばｃＤＮＡ）を標的細胞集団（例えば腫瘍細胞）に輸送することができる。当業者によく知られる方法を用いて，コーディング配列を含む組換えウイルスベクターを構築することができる（Ｍａｎｉａｔｉｓ　ｅｔ　ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎ．Ｙ．，１９８９；Ａｕｓｕｂｅｌ　ｅｔ　ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ　Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ　Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ　Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ　ａｎｄ　Ｗｉｌｅｙ　Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎ．Ｙ．，１９８９）。あるいは，蛋白質配列をコードする組換え核酸分子を裸のＤＮＡとしてまたは再構築系，例えば標的細胞への輸送のためのリポソームまたは他の脂質系において用いることができる（例えば，Ｆｅｌｇｎｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ　３３７：３８７−８，１９８９）。ヒト遺伝子治療において用いるための，プラスミドＤＮＡを細胞内に直接輸送するいくつかの他の方法が存在し，これはプラスミドＤＮＡを蛋白質に複合体化させることによりＤＮＡを細胞上のレセプターにターゲティングすることを含む（Ｍｉｌｌｅｒ，上掲）。
【０２５５】
最も簡単な形においては，遺伝子輸送は，単にマイクロインジェクション工程により細胞の核内に最小量のＤＮＡを注入することにより行うことができる（Ｃａｐｅｃｃｈｉ，Ｃｅｌｌ　２２：４７９−８８，１９８０）。組換え遺伝子は，いったん細胞内に導入されると，転写および翻訳に関する細胞の正常なメカニズムにより認識されることができ，遺伝子産物が発現される。より多数の細胞にＤＮＡを導入するための他の方法も試みられている。これらの方法には，ＤＮＡをリン酸カルシウムで沈澱させピノサイトーシスにより細胞中に取り込ませるトランスフェクション（Ｃｈｅｎ　ｅｔ　ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ　Ｂｉｏｌ．７：２７４５−５２，１９８７）；細胞を高圧パルスに暴露して膜に穴をあけるエレクトロポレーション（Ｃｈｕ　ｅｔ　ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１５：１３１１−２６，１９８７）；ＤＮＡを親油性ベヒクル中に封入し，これを標的細胞と融合させるリポフェクチン／リポソーム融合（Ｆｅｌｇｎｅｒ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．８４：７４１３−７４１７，１９８７）；および小さい発射体に結合させたＤＮＡを用いる粒子衝撃（Ｙａｎｇ　ｅｔ　ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８７：９５６８−９５７２，１９９０）が含まれる。ＤＮＡを細胞内に導入する他の方法は，ＤＮＡを化学的に修飾した蛋白質にカップリングさせることである。
【０２５６】
また，アデノウイルス蛋白質がエンドソームを不安定化させ，ＤＮＡの細胞への取り込みを促進しうることが示されている。アデノウイルスをＤＮＡ複合体を含む溶液と混合するか，または蛋白質架橋試薬を用いてアデノウイルスに共有結合したポリリジンにＤＮＡを結合させることにより，組換え遺伝子の取り込みおよび発現が実質的に改良される（Ｃｕｒｉｅｌ　ｅｔ　ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｅｌｌ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．６：２４７−５２，１９９２）。
【０２５７】
本明細書において用いる場合，”遺伝子輸送”とは，外来核酸分子を細胞中に導入する工程を意味する。遺伝子輸送は，一般に，遺伝子によりコードされる特定の産物の発現を可能とするために行われる。産物には，蛋白質，ポリペプチド，アンチセンスＤＮＡまたはＲＮＡ，または酵素的に活性なＲＮＡが含まれる。遺伝子輸送は，培養細胞中で，または動物への直接投与により行うことができる。一般に，遺伝子輸送には，核酸を非特異的レセプター媒介性相互作用により標的細胞と接触させ，核酸を膜を通してまたはエンドサイトーシスにより細胞内に取り込ませ，核酸を原形質膜またはエンドソームから細胞質内に放出させる工程が含まれる。さらに，発現には，核酸が細胞の核に移動し，転写のための適当な核因子に結合することが必要である。
【０２５８】
本明細書において用いる場合，”遺伝子治療”とは，遺伝子輸送の１つの形であり，本明細書において用いられる遺伝子輸送の定義の中に含まれ，特にインビボでまたはインビトロで細胞から治療用産物を発現させるための遺伝子輸送を表す。遺伝子輸送は，細胞でエクスビボで行い，次に患者に移植することにより，または，核酸または核酸蛋白質複合体を患者に直接投与することにより，行うことができる。
【０２５９】
別の好ましい態様においては，プロテアーゼポリペプチドをコードする核酸配列を有するベクターが提供され，ここで，核酸配列は特定の組織においてのみ発現される。組織特異的遺伝子発現を行う方法は，国際公開ＷＯ９３／０９２３６（１９９２年１１月３日出願，１９９３年５月１３日公開）に記載される。
【０２６０】
上述したすべてのベクターにおいて，本発明のさらに別の観点は，ベクターに含まれる核酸配列が，核酸の配列の一部または全てについて，上で定義したような付加，欠失または修飾を含んでいてもよいことである。
【０２６１】
本発明のプロテアーゼポリペプチドの発現（過剰発現を含む）は，ポリペプチドをコードするｍＲＮＡに結合しその発現を阻害するアンチセンス分子を投与することにより阻害することができる。あるいは，ｍＲＮＡを切断するリボザイムを用いて同様の様式で発現を阻害することができる。アンチセンスおよびリボザイム技術を用いて遺伝子発現を制御する一般的方法，またはこのようにして外因性遺伝子を発現させる遺伝子治療方法は当該技術分野においてよく知られている。これらの各方法は，例えば，本発明のプロテアーゼポリペプチドのアンチセンスまたはリボザイム転写産物のいずれかをコードするベクター等のシステムを利用する。
【０２６２】
”リボザイム”との用語は，触媒的特性を有する１またはそれ以上のＲＮＡのＲＮＡ構造を表す。リボザイムは，一般に，エンドヌクレアーゼ，リガーゼまたはポリメラーゼ活性を示す。リボザイムは多数のＲＮＡ自己切断反応を媒介する構造化されたＲＮＡ分子である。異なる二次構造を有する種々のタイプのトランス作用性リボザイム，例えば”ハンマーヘッド”および”ヘアピン”タイプのものが同定されている。種々のリボザイムが特性決定されている。例えば，米国特許５，２４６，９２１，５，２２５，３４７，５，２２５，３３７および５，１４９，７９６を参照。デオキシリボオリゴヌクレオチドとリボオリゴヌクレオチドとを含む，触媒活性を有する混合リボザイムが記載されている（Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３４４：５６５−５６７（１９９０））。
【０２６３】
本明細書において用いる場合，”アンチセンス”とは，ゲノムＤＮＡおよび／または本発明のプロテアーゼポリペプチドをコードするｍＲＮＡと，特異的にハイブリダイズし，例えば細胞条件下で結合して，例えば，転写および／または翻訳を阻害することによりその蛋白質の発現を阻害する，核酸分子またはその誘導体を表す。結合は一般的な塩基対相補性によるものでもよく，または，例えば，ＤＮＡデュープレックスへの結合の場合には，二重ヘリックスの主溝における特異的相互作用によるものでもよい。
【０２６４】
１つの観点においては，アンチセンス構築物は，エクスビボで生成され，細胞中に導入されたときに，限定されないが，本発明のプロテアーゼポリヌクレオチドのｍＲＮＡおよび／またはゲノム配列とハイブリダイズすることにより遺伝子発現を阻害しうる核酸である。
【０２６５】
アンチセンス方法は，プロテアーゼポリペプチドｍＲＮＡに相補的であり，本発明のプロテアーゼポリヌクレオチド，例えば，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９に基づくオリゴヌクレオチド（ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれか）の設計を含むことができる。アンチセンスオリゴヌクレオチドは，プロテアーゼポリペプチドのｍＲＮＡ転写産物に結合し，翻訳を妨害する。
【０２６６】
完全な相補性が好ましいが，必要ではない。本明細書において用いる場合，ＲＮＡの一部に”相補的な”配列とは，ＲＮＡとハイブリダイズして安定なデュープレックスを形成するのに十分な相補性を有する配列を意味する。二本鎖アンチセンス核酸の場合には，デュープレックスＤＮＡの一本鎖を試験するか，またはトリプレックス形成をアッセイすることができる。ハイブリダイズする能力は，相補性の程度とアンチセンス核酸の長さの両方に依存する。一般に，ハイブリダイズする核酸が長いほど，ＲＮＡとより多い塩基ミスマッチを含むことができ，なお安定なデュープレックス（または場合によりトリプレックス）を形成することができる。当業者は，ハイブリダイズした複合体の融点を決定する標準的な方法を用いることにより，ミスマッチの許容可能な程度を確かめることができる。
【０２６７】
一般に，メッセージの５’末端，例えばＡＵＧ開始コドンまでおよびこれを含む５’非翻訳配列に相補的なオリゴヌクレオチドは，翻訳の阻害において最も有効に作用するはずである。しかし，ｍＲＮＡの３’非翻訳配列に相補的な配列も同様にｍＲＮＡの翻訳の阻害に有効であることが示されている（Ｗａｇｎｅｒ，Ｒ．（１９９４）Ｎａｔｕｒｅ  ３７２：３３３）。ｍＲＮＡのコーディング領域に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドは比較的有効性の低い翻訳の阻害剤であるが，本発明にしたがって用いることが可能である。プロテアーゼポリペプチドのｍＲＮＡの５’，３’またはコーディング領域のいずれにハイブリダイズするよう設計されているかにかかわらず，アンチセンス核酸は少なくとも６ヌクレオチドの長さであるべきであり，好ましくは約１００ヌクレオチドより短く，より好ましくは約５０または３０ヌクレオチドより短い。典型的には，これらは１０−２５ヌクレオチドの長さであるべきである。このような原則は，現場の者に適当なオリゴヌクレオチドを選択する上での情報を与えるであろう。好ましい態様においては，アンチセンス配列は，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９からなる群より選択される核酸配列またはこれらのドメインの，約１０−３０個の，より好ましくは１５−２５個の連続するヌクレオチド塩基を含むか，これからなるか，または本質的にこれからなるオリゴヌクレオチド配列から選択される。
【０２６８】
別の好ましい態様においては，本発明は，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列の，約１０−３０個の，より好ましくは１５−２５個の連続するヌクレオチド塩基を含むか，これからなるか，本質的にこれからなる，単離された，濃縮されたまたは精製された核酸分子を含む。
【０２６９】
本発明の配列を用いてアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計することができる。このようなアンチセンスオリゴヌクレオチドを，標的プロテアーゼを発現する細胞に投与して，標的ＲＮＡまたは蛋白質のレベルを内部対照ＲＮＡまたは蛋白質のレベルと比較することができる。アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いて得られる結果はまた，適当な対照オリゴヌクレオチドを用いて得られる結果と比較することができる。好ましい対照オリゴヌクレオチドは，試験オリゴヌクレオチドとほぼ同じ長さのオリゴヌクレオチドである。標的ＲＮＡまたは蛋白質のレベルを減少させるアンチセンスオリゴヌクレオチドを選択する。
【０２７０】
オリゴヌクレオチドは，ＤＮＡまたはＲＮＡ，またはこれらのキメラ混合物または誘導体または改変体であることができ，一本鎖でも二本鎖でもよい。オリゴヌクレオチドは，塩基成分，糖成分，またはホスフェート骨格において修飾して，例えば，分子の安定性またはハイブリダイゼーションを改良することができる。オリゴヌクレオチドは，結合した他の基，例えばペプチド（例えば，インビボで宿主細胞レセプターにターゲティングするため），または細胞膜（例えば，Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８６：６５５３−６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：６４８−６５２；ＰＣＴ国際公開ＷＯ８８／０９８１０（１９８８年１２月１５日公開）を参照），または血液脳関門（例えば，ＰＣＴ国際公開ＷＯ８９／１０１３４（１９８８年４月２５日公開）を参照）を越える輸送を容易にする試薬，ハイブリダイゼーション励起性切断試薬（例えば，Ｋｒｏｌ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）Ｂｉｏ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８−９７６を参照）またはインターカレート剤（例えば，Ｚｏｎ（１９８８）Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９−５４９を参照）を含むことができる。この目的のために，オリゴヌクレオチドを他の分子，例えば，ペプチド，ハイブリダイゼーション励起性架橋剤，輸送剤，ハイブリダイゼーション励起性切断剤等とコンジュゲートさせることができる。
【０２７１】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは，５−フルオロウラシル，５−ブロモウラシル，５−クロロウラシル，５−ヨードウラシル，ヒポキサンチン，キサンチン，４−アセチルシトシン，および５−（カルボキシヒドロキシエチル）ウラシルなどの成分から選択される少なくとも１つの修飾塩基成分を含むことができる。アンチセンスオリゴヌクレオチドはまた，限定されないが，アラビノース，２−フルオロアラビノース，キシルロースおよびヘキソースを含む群から選択される少なくとも１つの修飾糖成分を含んでいてもよい。
【０２７２】
さらに別の態様においては，アンチセンスオリゴヌクレオチドは，ホスホロチオエート，ホスホロジチオエート，ホスホルアミドチオエート，ホスホルアミデート，ホスホルジアミデート，メチルホスホネート，アルキルホスホトリエステル，およびホルムアセタールまたはこれらの類似体からなる群より選択される少なくとも１つの修飾ホスフェート骨格を含む（米国特許５，１７６，９９６；５，２６４，５６４；および５，２５６，７７５も参照）。
【０２７３】
さらに別の態様においては，アンチセンスオリゴヌクレオチドはα−アノマーオリゴヌクレオチドである。α−アノマーオリゴヌクレオチドは，通常のβ−ユニットとは異なり，相補的ＲＮＡと，鎖が互いにパラレルに走る特別の二本鎖ハイブリッドを形成する（Ｇａｕｔｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１）。オリゴヌクレオチドは２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチド（Ｉｎｏｕｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１−６１４８），またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡ類似体（Ｉｎｏｕｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９８７）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７−３３０）である。
【０２７４】
また適しているものは，ポリセリン，ポリトレオニン等のポリペプチドであるペプチジル核酸であり，これには側鎖の位置で核酸（Ｔ，Ａ，Ｇ，Ｃ，Ｕ）で置換された種々のアミノ酸を含むコポリマーが含まれる。このようなポリマーの鎖は，天然のＤＮＡ／ＲＮＡと同じ様式で相補塩基を介してハイブリダイズすることができる。あるいは，本発明のアンチセンス構築物は，例えば，細胞内で転写されたときに本発明のプロテアーゼポリペプチドをコードする細胞ｍＲＮＡの少なくとも独特の部分に相補的なＲＮＡを生成する発現プラスミドまたはベクターとして輸送することができる。
【０２７５】
領域配列をコードするプロテアーゼポリペプチドに相補的なアンチセンスヌクレオチドを用いることができるが，転写された非翻訳領域に相補的なものが最も好ましい。
【０２７６】
別の好ましい態様においては，遺伝子置換の方法が記載される。本明細書において用いる場合，”遺伝子置換”とは，インビボで発現しうる核酸配列を動物に供給し，このことによりその動物に欠失しているかまたは不完全な内因性遺伝子の機能を提供することを意味する。
【０２７７】
医薬処方および投与経路
本明細書に記載される化合物，例えば本発明のプロテアーゼポリペプチド，アンチセンス分子，リボザイム，および本発明のプロテアーゼポリペプチドの活性を調節する任意の他の化合物は，それ自体で，または組み合わせ療法におけるように，化合物が他の活性成分と混合されているか，または適当な担体または賦形剤と混合されている医薬組成物中でヒト患者に投与することができる。本発明の化合物の処方および投与の手法は”Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，”Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡの最新版に見いだすことができる。
【０２７８】
Ａ．投与経路：
投与の適当な経路には，例えば，経口，直腸，経粘膜，または腸投与；非経口輸送，例えば筋肉内，皮下，静脈内，骨髄内注入，ならびに鞘内，直接心室内，腹膜内，鼻腔内，または眼内注射が含まれる。
【０２７９】
あるいは，化合物を全身ではなく局所的に投与してもよく，これには，例えば，化合物を，しばしばデポ製剤または徐放製剤として直接固体腫瘍に注射することが含まれる。
【０２８０】
さらに，薬物はターゲティングされたドラッグデリバリーシステムにおいて，例えば腫瘍特異的抗体により被覆されたリポソーム中で投与してもよい。リポソームは腫瘍にターゲティングされ，選択的に取り込まれるであろう。
【０２８１】
Ｂ．組成物／処方：
本発明の医薬組成物は，当該技術分野においてよく知られる方法，例えば，限定されないが，慣用の混合，溶解，顆粒化，糖衣作成，研和，乳化，カプセル封入，捕捉，または凍結乾燥により製造することができる。
【０２８２】
すなわち，本発明にしたがって使用するための医薬組成物は，活性化合物を薬剤として使用することができる製品に加工することを容易にする賦形剤および補助剤を含む，１またはそれ以上の生理学的に許容しうる担体を用いて，慣用の方法で製剤することができる。適切な処方は，選択される投与経路に依存する。
【０２８３】
注射用には，本発明の薬剤を水性溶液，好ましくはハンクス溶液，リンゲル溶液，または生理的食塩緩衝液等の生理学的に適合性の緩衝液中で処方することができる。経粘膜投与用には，浸透すべき障壁に適した浸透剤が処方に用いられる。そのような浸透剤は当該技術分野において一般に知られている。
【０２８４】
経口投与のためには，化合物を当該技術分野においてよく知られる薬学的に許容しうる担体と混合することにより化合物を容易に処方することができる。そのような担体は，本発明の化合物を，治療すべき患者による経口摂取のための錠剤，丸薬，糖衣剤，カプセル，液体，ゲル，シロップ，スラリー，懸濁液等として処方することを可能とする。適当な担体には，特に，ラクトース，ショ糖，マンニトール，またはソルビトール等の糖類；トウモロコシデンプン，小麦デンプン，米デンプン，およびジャガイモデンプン等のセルロース製品，ゼラチン，トラガカントゴム，メチルセルロース，ヒドロキシプロピルメチルセルロース，カルボキシメチルセルロースナトリウム，および／またはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）等の増量剤などの賦形剤が含まれる。所望の場合には，架橋されたポリビニルピロリドン，寒天，またはアルギン酸またはその塩，例えばアルギン酸ナトリウム等の崩壊剤を加えてもよい。
【０２８５】
糖衣剤のコアは，適当なコーティングとともに供給される。この目的のためには，濃縮された糖溶液を用いることができる。これは，アラビアゴム，タルク，ポリビニルピロリドン，カルボポールゲル，ポリエチレングリコール，および／または二酸化チタン，ラッカー溶液，および適当な有機溶媒または溶媒混合物を任意に含むことができる。識別のため，あるいは活性化合物の用量の異なる組合せを特徴づけるため，染料または色素を錠剤または糖衣剤コーティングに添加してもよい。
【０２８６】
経口で使用することができる医薬製剤は，ゼラチンから作成されるプッシュフィットカプセル，ならびにゼラチンおよびグリセロール，ソルビトール等の可塑剤から作成される密封軟カプセルを含む。プッシュフィットカプセルは，活性成分を，ラクトース等の増量剤，デンプン等の結合剤，および／またはタルクおよびステアリン酸マグネシウム等の潤滑剤，さらに任意に安定剤との混合物中に含むことができる。軟カプセルにおいては，活性化合物は脂肪油，流動パラフィン，または液体ポリエチレングリコール等の適当な液体中に溶解または懸濁することができる。さらに安定剤を添加してもよい。経口投与用のすべての処方は，そのような投与に適当な用量で調製すべきである。
【０２８７】
口内投与のためには，組成物は，慣用的な方法で錠剤またはトローチ剤の形にすることができる。
【０２８８】
吸入による投与用には，本発明に従って用いられる化合物は，噴射剤，例えば，ジクロロジフルオロメタン，トリクロロフルオロメタン，ジクロロテトラフルオロエタン，二酸化炭素または他の適当な気体を用いて，加圧されたパックまたはネブライザーからエアーゾルスプレイの形状で便利に輸送される。加圧されたエアーゾルの場合，用量単位は計量された量を送達するべく備えられたバルブにより調節することができる。例えば吸入器または注入器において使用するためのゼラチン製のカプセルおよびカートリッジは，化合物の粉末混合物と，ラクトースまたはデンプン等の適当な粉末基剤とを含むよう処方することができる。
【０２８９】
化合物は，例えばボーラス注射または連続注入による非経口投与用に処方することができる。注射用の処方は，単位用量にて，例えばアンプルにて，あるいは添加された保存料と共に多用量容器中で提供することができる。組成物は油性または水性のベヒクル中で，懸濁液，溶液，または乳濁液等の形状をとることができ，懸濁剤，安定剤および／または分散剤等の製剤物質を含んでいてもよい。
【０２９０】
非経口投与用の薬剤処方は，水溶性の形態の活性化合物の水性溶液を含む。さらに，活性化合物の懸濁液は，適当な油性の注入用懸濁液として調製することができる。適切な親油性溶媒またはベヒクルには，ゴマ油等の脂肪油，オレイン酸エチルまたはトリグリセリド等の合成脂肪酸エステル，またはリポソーム等を含む。水性の注射用懸濁液は，カルボキシメチルセルロースナトリウム，ソルビトール，またはデキストラン等の，懸濁液の粘度を増加させる物質を含んでいてもよい。任意に，懸濁液はまた，高度に濃縮された溶液の調製を可能にする，当該化合物の溶解性を増加させる適当な安定剤または薬剤を含んでいてもよい。
【０２９１】
あるいは，活性成分は粉体の形態であって，使用前に適当なベヒクル，例えば発熱物質を含まない滅菌水を用いて構成することができる。
【０２９２】
化合物はまた，例えばカカオバターまたは他のグリセリド等の慣用の坐剤基剤を用いて，坐剤または停留浣腸等の直腸用組成物に処方することができる。
【０２９３】
上述した処方に加えて，化合物はまたデポ製剤として処方することができる。そのような長時間作用性の処方は，埋込み（例えば皮下または筋肉内への）によるか，または筋肉内注射により投与することができる。すなわち，例えば，化合物は，適当な高分子性または疎水性物質と共に（例えば許容される油剤中の乳濁液として），イオン交換樹脂と共に，溶けにくい塩等の溶けにくい誘導体として，処方することができる。
【０２９４】
本発明の疎水性化合物のための薬学的担体は，ベンジルアルコール，非極性界面活性剤，水混和性有機ポリマーおよび水性相を含む共溶媒系であってもよい。共溶媒系はＶＰＤ共溶媒系であってもよい。ＶＰＤは，３％（ｗ／ｖ）ベンジルアルコール，８％（ｗ／ｖ）非極性界面活性剤ポリソルベート８０，および６５％（ｗ／ｖ）ポリエチレングリコール３００を純粋エタノール中に作成した溶液である。ＶＰＤ共溶媒系（ＶＰＤ：Ｄ５Ｗ）は，ＶＰＤを５％デキストロースの水溶液中に１：１で希釈したものである。この共溶媒系は疎水性化合物をよく溶解し，それ自体，全身投与に際して低い毒性を示す。本来，共溶媒系の比率は，その溶解性および毒性特性を破壊することなく相当変化させることができる。さらに，共溶媒成分の種類も変化させることができる。例えば，他の低毒性非極性界面活性剤をポリソルベート８０の代わりに用いることができ，ポリエチレングリコールの分画サイズは様々でありうる。他の生体適合性ポリマー，例えばポリビニルピロリドンをポリエチレングリコールの代わりに用いることができ，他の糖または多糖類をデキストロースの代わりに用いることができる。
【０２９５】
あるいは，疎水的医薬化合物のための他の輸送系を用いてもよい。リポソームおよび乳剤は，疎水的薬剤のための輸送用ベヒクルまたは担体の例としてよく知られている。さらに，ある種の有機溶媒，例えばジメチルスルホキシドもまた用いることができるが，しばしば毒性がより高くなる。さらに，化合物は，持続放出系，例えば治療薬剤を含む固体疎水性ポリマーの準透過性マトリックスを用いて輸送することができる。種々の持続放出材料が当業者にはよく知られている。持続放出カプセルはその化学的性質に応じて，数週間から１００日を越える期間，化合物を放出する。治療薬剤の化学的性質および生物学的安定性に応じて，さらに別の蛋白質安定化戦略を用いてもよい。
【０２９６】
医薬組成物はまた，適当な固体またはゲル相の担体または賦形剤を含んでいてもよい。そのような担体または賦形剤の例には，限定されないが，炭酸カルシウム，リン酸カルシウム，種々の糖，澱粉，セルロース誘導体，ゼラチン，およびポリエチレングリコール等の高分子が含まれる。
【０２９７】
本発明のプロテアーゼ調節化合物の多くは，薬学的に適合性のカウンターイオンとの塩として提供される。薬学的に適合性の塩は，多くの酸，例えば，限定されないが，塩酸，硫酸，酢酸，乳酸，酒石酸，リンゴ酸，クエン酸等を用いて形成することができる。塩は，水性または他のプロトン性溶媒において，対応する遊離塩基の形よりもより溶解性である傾向にある。
【０２９８】
Ｃ．適切な投与量：
本発明において使用するのに適した医薬組成物には，活性成分がその意図される目的を達成するのに有効な量で含まれている組成物が含まれる。より詳細には，治療上有効量とは，疾病の症状を予防，緩和または改善するのに，または治療している被験者の生存を長くするのに有効な化合物の量を意味する。本発明の化合物の治療上有効量の決定は，特に本明細書に提供される詳細な開示に鑑みて，十分に当業者の能力の範囲内である。
【０２９９】
本発明の方法において用いられる任意の化合物について，治療上有効な用量は，最初は細胞培養アッセイから見積もることができる。例えば，動物モデルにおいて，培養細胞において決定されたＩＣ５０（すなわちプロテアーゼ活性の最大阻害の半分を達成する試験化合物の濃度）を含む循環濃度範囲を達成するような用量を処方することができる。そのような情報は，ヒトにおける有用な用量のさらに正確な決定のために用いることができる。
【０３００】
本明細書に記載される化合物の毒性および治療有効性は，培養細胞または実験動物における標準的な薬理学的方法，例えばＬＤ５０（集団の５０％に致死的な用量）およびＥＤ５０（集団の５０％に治療上有効な用量）を決定することにより，決定することができる。毒性と治療上有効性の用量の比は治療指数であり，ＬＤ５０とＥＤ５０の比率として表すことができる。高い治療指数を示す化合物が好ましい。これらの培養細胞アッセイおよび動物研究から得られるデータは，ヒトにおいて用いるための範囲の投与量を処方するために用いることができる。このような化合物の投与量は，好ましくは，ＥＤ５０を含み毒性がほとんどまたは全くない循環濃度の範囲内にある。投与量は，用いる投与形態および用いる投与経路により，この範囲内で様々でありうる。正確な処方，投与経路，および投与量は，個々の医師が，患者の状態を考慮して選択することができる（例えば，Ｆｉｎｇｌ ｅｔ  ａｌ．１９７５，”Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ”，Ｃｈ．１，ｐ．１を参照）。
【０３０１】
投与量および間隔は，個々に，活性成分がプロテアーゼ調節効果を維持するのに十分な血漿レベル，すなわち最小有効濃度（ＭＥＣ）を与えるよう調節することができる。ＭＥＣは，各化合物について異なるが，インビトロのデータ，例えば，限定されないが，本明細書に記載されるアッセイを用いて，プロテアーゼの５０−９０％の阻害を達成するのに必要な濃度から見積もることができる。ＭＥＣを達成するのに必要な投与量は，個々の特性および投与経路に依存するであろう。しかし，血漿濃度はＨＰＬＣアッセイまたはバイオアッセイを用いて決定することができる。
【０３０２】
投与間隔もまた，ＭＥＣ値を用いて決定することができる。化合物は，１０−９０％の時間，好ましくは３０−９０％の時間，最も好ましくは５０−９０％の時間，ＭＥＣより高い血漿レベルを維持する投与計画を用いて投与すべきである。
【０３０３】
局所投与または選択的取り込みの場合には，薬剤の有効な局所濃度は血漿濃度とは関係ないであろう。
【０３０４】
投与される特定の組成物の量は，もちろん，治療中の患者，患者の体重，苦痛の激しさ，投与方法，および担当医師の判断に依存するであろう。
【０３０５】
Ｄ．包装：
組成物は，所望の場合には，活性成分を含む１またはそれ以上の単位用量形を含んでいてもよいパックまたはディスペンサー装置中で提供することができる。パックは，例えば，ブリスターパックなどの金属またはプラスチック箔を含むことができる。パックまたはディスペンサー装置には，投与の指示が添付されていてもよい。パックまたはディスペンサー装置はまた，薬剤の製造，使用，または販売を規制する政府機関によって規定された形式の，容器に付随した注意書が添付されていてもよく，その注意書はヒトまたは獣医学的投与用のポリヌクレオチドの形状の当該機関による承認を反映するものである。そのような注意書は，例えば米国食品医薬品局により処方箋調剤薬として承認されたラベルによるものか，または承認された製品に差込まれたものでもよい。適合した薬学的担体中に処方された，本発明の化合物を含む組成物もまた製造され，適当な容器内に配置され，さらに指示された条件による処置のためにラベルを付すことができる。ラベル上に示される適切な状態としては，腫瘍の治療，新脈管形成の阻害，線維症，糖尿病等の治療が挙げられる。
【０３０６】
機能的誘導体
本発明はまた，本発明のポリペプチドまたは核酸の機能的誘導体を提供する。”機能的誘導体”は，本発明のポリペプチドまたは核酸の”化学的誘導体”，”フラグメント”または”変種”を意味し，これらの用語は以下に定義される。機能的誘導体は，蛋白質の機能の少なくとも一部，例えば蛋白質に特異的な抗体との反応性，非触媒ドメインにより媒介される酵素活性または結合活性を保持しており，これにより本発明にしたがう有用性を有する。遺伝コードの縮重のため，多くの異なる核酸配列が同じアミノ酸配列をコードすることができることは当該技術分野においてよく知られている。同じく，アミノ酸を保存的に変更して，元の機能性的を保持する蛋白質またはポリペプチドを得ることができることも当該技術分野においてよく知られている。いずれの場合においても，すべての順列が本明細書の開示によりカバーされることが意図される。
【０３０７】
本明細書に記載される単離された核酸分子の機能的等価物も本発明の範囲内に含まれる。遺伝コードの縮重のため，あるコドンを同じアミノ酸を規定する他のコドンで置き換え，同じ蛋白質を生じさせることができる。既知のアミノ酸は，メチオニンおよびトリプトファンを除き，２以上のコドンによりコードすることができるため，核酸配列は実質的に様々でありうる。すなわち，本発明の遺伝子の一部または全部を合成して，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９に記載される配列からなる群より選択される核酸配列と有意に異なる核酸配列を得ることができる。しかし，これによりコードされるアミノ酸配列は保存される。
【０３０８】
さらに，核酸配列は，配列番号１，配列番号２，配列番号３，配列番号４，配列番号５，配列番号６，配列番号７，配列番号８，配列番号９，配列番号１０，配列番号１１，配列番号１２，配列番号１３，配列番号１４，配列番号１５，配列番号１６，配列番号１７，配列番号１８，配列番号１９，配列番号２０，配列番号２１，配列番号２２，配列番号２３，配列番号２４，配列番号２５，配列番号２６，配列番号２７，配列番号２８，配列番号２９，配列番号３０，配列番号３１，配列番号３２，配列番号３３，配列番号３４，配列番号３５，配列番号３６，配列番号３７，配列番号３８，配列番号３９，配列番号４０，配列番号４１，配列番号４２，配列番号４３，配列番号４４，配列番号４５，配列番号４６，配列番号４７，配列番号４８，配列番号４９，配列番号５０，配列番号５１，配列番号５２，配列番号５３，配列番号５４，配列番号５５，配列番号５６，配列番号５７，配列番号５８，および配列番号５９に記載される配列，またはその誘導体からなる群より選択される核酸の式またはその誘導体の５’−末端および／または３’−末端で少なくとも１つのヌクレオチドを付加，欠失または置換することにより得られるヌクレオチド配列を含んでいてもよい。その付加，欠失または置換が，ヌクレオチド配列によりコードされる，配列番号６０，配列番号６１，配列番号６２，配列番号６３，配列番号６４，配列番号６５，配列番号６６，配列番号６７，配列番号６８，配列番号６９，配列番号７０，配列番号７１，配列番号７２，配列番号７３，配列番号７４，配列番号７５，配列番号７６，配列番号７７，配列番号７８，配列番号７９，配列番号８０，配列番号８１，配列番号８２，配列番号８３，配列番号８４，配列番号８５，配列番号８６，配列番号８７，配列番号８８，配列番号８９，配列番号９０，配列番号９１，配列番号９２，配列番号９３，配列番号９４，配列番号９５，配列番号９６，配列番号９７，配列番号９８，配列番号９９，配列番号１００，配列番号１０１，配列番号１０２，配列番号１０３，配列番号１０４，配列番号１０５，配列番号１０６，配列番号１０７，配列番号１０８，配列番号１０９，配列番号１１０，配列番号１１１，配列番号１１２，配列番号１１３，配列番号１１４，配列番号１１５，配列番号１１６，配列番号１１７および配列番号１１８に記載される配列からなる群より選択されるアミノ酸配列を変更しない限り，任意のヌクレオチドまたはポリヌクレオチドをこのように用いることができる。例えば，本発明は，本発明の核酸配列またはその誘導体の５’−末端に開始コドンとしてＡＴＧを付加することにより，または本発明のヌクレオチド配列またはその誘導体の３’−末端に終止コドンとしてＴＴＡ，ＴＡＧまたはＴＧＡを付加することにより得られる任意の核酸配列を含むことを意図する。さらに，本発明の核酸分子は，必要に応じて，これらの５’−末端および／または３’−末端に付加された制限エンドヌクレアーゼ認識部位を有することができる。
【０３０９】
所定の核酸配列のそのような機能的変更により，これに融合した外来核酸配列によりコードされる異種蛋白質の分泌および／またはプロセシングが促進される機会が与えられる。したがって，遺伝コードにより許容される本発明のプロテアーゼ遺伝子およびそのフラグメントのヌクレオチド配列のすべての変種は本発明に含まれる。
【０３１０】
さらに，コドンを削除するかまたは１またはそれ以上のコドンを縮重コドン以外のコドンと置換して，構造的に改変されているが，未改変核酸分子により産生されるポリペプチドと実質的に同じ有用性または活性を有するポリペプチドを製造することが可能である。当該技術分野において認識されているように，２つのポリペプチドは機能的に同等であり，これらの核酸分子の間の相違が遺伝コードの縮重に関連しない場合であっても，これらの製造を生じさせる２つの核酸分子も機能的に同等である。
【０３１１】
複合体の”化学的誘導体”は，通常は蛋白質の一部ではない追加の化学的成分を含む。蛋白質またはペプチドの共有結合修飾は，本発明の範囲内に含まれる。そのような修飾は，以下に記載するように，ペプチドの標的アミノ酸残基を選択された側鎖または末端残基と反応しうる有機誘導化剤と反応させることにより，分子中に導入することができる。
【０３１２】
システイン残基は，最も一般的にはアルファ−ハロアセテート（および対応するアミン），例えばクロロ酢酸またはクロロアセトアミドと反応させて，カルボキシメチルまたはカルボキシアミドメチル誘導体を得る。システイン残基は，ブロモトリフルオロアセトン，クロロアセチルホスフェート，Ｎ−アルキルマレイミド，３−ニトロ−２−ピリジルジスルフィド，メチル２−ピリジルジスルフィド，ｐ−クロロ水銀ベンゾエート，２−クロロ水銀−４−ニトロフェノール，またはクロロ７−ニトロベンゾ−２−オキサ−１，３−ジアゾールと反応させることにより誘導化する。
【０３１３】
ヒスチジン残基は，ｐＨ５．５−７．０でジエチルプロカーボネートと反応させることにより誘導化することができる。これは，この薬剤がヒスチジンの側鎖に比較的特異的であるためである。臭化パラブロモフェナシルもまた有用である。反応は，好ましくは，０．１Ｍカコジル酸ナトリウム中でｐＨ６．０で行う。
【０３１４】
リジンおよびアミノ末端残基はコハク酸または他のカルボン酸無水物と反応させる。これらの薬剤による誘導化は，リジン残基の電荷を逆転させる効果を有する。１級アミン含有残基を誘導化するための他の適当な試薬には，イミドエステル，例えば，メチルピコリンイミデート；ピリドキサールホスフェート；ピリドキサール；クロロホウ化水素；トリニトロベンゼンスルホン酸；Ｏ−メチルイソウレア；２，４−ペンタンジオン；およびトランスアミナーゼに触媒されるグリオキシレートとの反応が含まれる。
【０３１５】
アルギニン残基は慣用的な試薬の１つまたはいくつかと反応させることにより修飾する。これには，例えば，フェニルグリオキサール，２，３−ブタンジオン，１，２−シクロヘキサンジオン，およびニンヒドリンがある。アルギニン残基の誘導化には，グアニジン官能基の高いｐＫａのため，反応をアルカリ条件中で行うことが必要である。さらに，これらの試薬はリジンの基ならびにアルギニンアルファアミノ基とも反応することができる。
【０３１６】
チロシン残基は，芳香族性ジアゾニウム化合物またはテトラニトロメタンと反応させることにより光学的標識を導入するための修飾のよく知られる標的である。最も一般的には，Ｎ−アセチルイミダゾールおよびテトラニトロメタンを用いて，それぞれＯ−アセチルチロシル種および３−ニトロ誘導体を生成する。
【０３１７】
カルボキシル側鎖（アスパラギン酸およびグルタミン酸）は，カルボジイミド（Ｒ’−Ｎ−Ｃ−Ｎ−Ｒ’），例えば１−シクロヘキシル−３−（２−モルホリニル（４−エチル）カルボジイミドまたは１−エチル−３−（４−アゾニア−４，４−ジメチルペンチル）カルボジイミドと反応させることにより，選択的に修飾する。さらに，アスパラギン酸およびグルタミン酸残基は，アンモニウムイオンと反応させることにより，アスパラギンおよびグルタミン残基に変換する。
【０３１８】
グルタミンおよびアスパラギン残基は，しばしば脱アミド化して，対応するグルタミン酸およびアスパラギン酸残基に変換する。あるいは，これらの残基をより穏和な酸性条件下で脱アミド化する。これらの残基のいずれの形も本発明の範囲内である。
【０３１９】
二官能性薬剤による誘導化は，例えば，蛋白質の成分ペプチドを互いに，または複合体中の他の蛋白質と，または水不溶性支持体マトリクスと，または他の高分子担体と架橋するのに有用である。一般に用いられる架橋薬剤としては，例えば，１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン，グルタルアルデヒド，Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル，例えば，４−アジドサリチル酸のエステル，ホモ二官能性イミドエステル（３，３’−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオネート）等のジスクシンイミジルエステルを含む），および二官能性マレイミド，例えばビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタンが挙げられる。メチル−３−［ｐ−アジドフェニル）ジチオールプロピオイミデート等の誘導化薬剤により，光の存在下で架橋を形成しうる光活性化可能な中間体が得られる。あるいは，反応性の水不溶性マトリクス，例えば臭化シアン活性化炭水化物および米国特許３，９６９，２８７；３，６９１，０１６；４，１９５，１２８；４，２４７，６４２；４，２２９，５３７；および４，３３０，４４０に記載される反応性基質を蛋白質固定化のために用いることができる。
【０３２０】
他の修飾としては，プロリンおよびリジンのヒドロキシル化，セリンまたはトレオニン残基のヒドロキシル基のリン酸化，リジン，アルギニン，およびヒスチジン側鎖のアルファアミノ基のメチル化（Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｔ．Ｅ．，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ｐｐ．７９−８６（１９８３）），Ｎ末端アミンのアセチル化，および場合によりＣ末端カルボキシル基のアミド化が挙げられる。
【０３２１】
そのような誘導化された成分は，安定性，溶解性，吸収，生物学的半減期等を改良することができる。あるいは，これらの成分は，蛋白質複合体の望ましくない副作用を排除するかまたは緩和することができる。そのような効果を媒介しうる成分は，例えば，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ  ｅｄ．，Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，ＰＡ（１９９０）に開示されている。
【０３２２】
”フラグメント”との用語は，これが由来する全長ポリペプチドより短い長さを有する蛋白質または複合体のアミノ酸配列に由来するポリペプチドを示すものとして用いられる。そのようなフラグメントは，例えば，全長蛋白質の蛋白質分解性切断により製造することができる。好ましくは，フラグメントは，蛋白質をコードするＤＮＡ配列を適当に改変して，Ｃ末端，Ｎ末端，および／または天然配列中の１またはそれ以上の部位において１またはそれ以上のアミノ酸を除去することにより，組換えにより得る。蛋白質のフラグメントは，本明細書に記載されるように，シグナル伝達を調節するように作用する物質のスクリーニングに有用である。そのようなフラグメントは，天然の複合体の１またはそれ以上の特徴的部分を保持しているであろうことが理解される。そのような保持される特徴の例としては，触媒的活性；基質特異性；無傷の細胞中における他の分子との相互作用；制御機能；または天然の複合体またはそのエピトープに対する抗体との結合が挙げられる。
【０３２３】
本発明の範囲内に入ることが意図される別の機能的誘導体は，天然のポリペプチドに対して，１またはそれ以上のアミノ酸を欠失しているか，追加のまたは置換されたアミノ酸を含む”変種”ポリペプチドである。変種は，蛋白質のＤＮＡコーディング配列を適当に改変して，Ｃ末端，Ｎ末端，および／または天然配列中の１またはそれ以上の部位において１またはそれ以上のアミノ酸のためのコドンを付加，除去，および／または改変することにより，天然に生ずる複合体成分から誘導することができる。追加，置換および／または追加アミノ酸を有するそのような変種は，上述するように，天然の蛋白質の１またはそれ以上の特徴的部分を保持していることが理解される。
【０３２４】
アミノ酸残基が除去，挿入および／または置換されている蛋白質の機能的誘導体は，当業者によく知られる標準的な手法を用いて製造することができる。例えば，機能的誘導体の改変された成分は，改変されたコード配列を生成するように，ＤＮＡコード配列中のヌクレオチドを修飾する部位特異的突然変異手法（Ａｄｅｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８３，ＤＮＡ  ２：１８３に例示されている）を用いて，その後上述したような手法を用いてこの組換えＤＮＡを原核生物または真核生物宿主細胞中で発現させることにより，製造することができる。あるいは，アミノ酸が削除，挿入および／または置換されている蛋白質は，当該技術分野においてよく知られる方法を用いて，直接化学合成により便利に製造することができる。蛋白質の機能的誘導体は，典型的には天然の蛋白質と同じ質の生物学的活性を示す。
【０３２５】
表およびその記載
本発明は，ゲノム配列のデータベースにおいて同定された新規プロテアーゼを記述する。結果は以下の４つの表に示される。
【０３２６】
表１は，各遺伝子の名前，各遺伝子の分類，配列中のオープンリーディングフレームの位置，および対応するペプチドの長さを表す。データは，左から右に，以下のものを表す：”遺伝子名”，”ＩＤ＃ｎａ”，”ＩＤ＃ａａ”，”ＦＬ／Ｃａｔ”，”スーパーファミリー”，”グループ”，”ファミリー”，”ＮＡ長さ”，”ＯＲＦ開始”，”ＯＲＦ終了”，”ＯＲＦ長さ”，および”ＡＡ長さ”。”遺伝子名”は，プロテアーゼ酵素をコードする配列に与えられた名前を表す。各遺伝子は，”ＳＧＰｒ”名称およびその後の番号により表される。ＳＧＰｒ名は，通常は，１つの連続配列（”コンティグ”）に構築された多数の重複配列を表す。”ＩＤ＃ｎａ”および”ＩＤ＃ａａ”は，本明細書において各核酸およびアミノ酸配列に与えられた同定番号を表す。”ＦＬ／Ｃａｔ”は，遺伝子の長さを表し，ＦＬは全長を，”Ｃａｔ”は触媒ドメインのみが示されていることを表す。このカラム中の”Ｐａｒｔｉａｌ”とは，配列が部分的触媒ドメインをコードすることを示す。”スーパーファミリー”とは，遺伝子がプロテアーゼであるか否かを識別する。”グループ”および”ファミリー”は，配列ホモロジーにより定義されるプロテアーゼの分類を表す。”ＮＡ長さ”は，対応する核酸配列の長さをヌクレオチドで表す。”ＯＲＦ開始”は，オープンリーディングフレームの開始ヌクレオチドを表す。”ＯＲＦ終了”は，オープンリーディングフレームの終止コドンを含む最後のヌクレオチドを表す。”ＯＲＦ長さ”は，オープンリーディングフレームの長さ（終止コドンを含む）をヌクレオチドで表す。”ＡＡ長さ”は，対応する核酸配列においてコードされるペプチドの長さをアミノ酸で表す。
【０３２７】
【表１】
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【０３２８】
【表２】
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【０３２９】
【表３】
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【０３３０】
【表４】
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【０３３１】
表２は，本明細書に記載される遺伝子の以下の特徴を示す：染色体位置，一塩基多型（ＳＮＰｓ），ｄｂＥＳＴにおける表示，および反復領域。示されるデータは，左から右に，以下のとおりである：”遺伝子名”，”ＩＤ＃ｎａ”，”ＩＤ＃ａａ”，”ＦＬ／Ｃａｔ”，”スーパーファミリー”，”グループ”，”ファミリー”，”染色体”，”ＳＮＰｓ”，”ｄｂＥＳＴ＿ヒット”，および”反復”。最初の７つのカラム（すなわち，”遺伝子名”，”ＩＤ＃ｎａ”，”ＩＤ＃ａａ”，”ＦＬ／Ｃａｔ”，”スーパーファミリー”，”グループ”，”ファミリー”）の内容は，表１について上述したとおりである。”染色体”は，遺伝子の細胞遺伝学的位置を表す。”ＳＮＰｓ”カラムの情報は，候補一塩基多型（ＳＮＰｓ）の核酸位置および縮重性を示す。これらのＳＮＰｓは，ＤＮＡ配列をＮＣＢＩ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｓｏｖ／ＳＮＰ／ｓｎｐｂｌａｓｔＢｙＣｈｒ．ｈｔｍｌ）において維持されている一塩基多型のデータベースに対してｂｌａｓｔｎを行うことにより同定された。”ｄｂＥＳＴヒット”は，対応する遺伝子に対して少なくとも１００ｂｐの１００％同一性を含む，ＥＳＴの公共のデータベース（ｄｂＥＳＴ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｄｂＥＳＴ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）中のエントリーの受託番号を示す。これらのＥＳＴはｄｂＥＳＴのｂｌａｓｔｎにより同定した。”反復”は，複雑性が低く，いくつかの別々の遺伝子中に存在する約２０ｂｐの長さの短い配列の位置に関する情報を含む。
【０３３２】
【表５】
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【０３３３】
【表６】
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【０３３４】
【表７】
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【０３３５】
【表８】
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【０３３６】
【表９】
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【０３３７】
【表１０】
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【０３３８】
【表１１】
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【０３３９】
【表１２】
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【０３４０】
【表１３】
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【０３４１】
【表１４】
2004501637.tif 000016
【０３４２】
表３は，プロテアーゼ触媒ドメインおよび他の蛋白質ドメインの程度および境界を示す。カラムの標題は以下のとおりである：”遺伝子名”，”ＩＤ＃ｎａ”，”ＩＤ＃ａａ”，”ＦＬ／Ｃａｔ”，”プロファイル開始”，”プロファイル終了”，”ドメイン開始”，”ドメイン終了”および”プロファイル”。最初の７つのカラム（すなわち，”遺伝子名”，”ＩＤ＃ｎａ”，”ＩＤ＃ａａ”，”ＦＬ／Ｃａｔ”，”スーパーファミリー”，”グループ”，”ファミリー”）の内容は表１について上述したとおりである。”プロファイル開始”，”プロファイル終了”，”ドメイン開始”および”ドメイン終了”は，隠れマルコフモデルを用いて得た触媒的範囲の境界を規定するデータを表す。全体の蛋白質中の触媒ドメインの境界は，”ドメイン開始”および”ドメイン終了”のカラムで示される。”プロファイル”は，蛋白質配列中の触媒ドメインおよび他のタイプのドメインを同定するために用いた隠れマルコフモデルの種類を示す。完全（”グローバル”）またはスミス・ウォーターマン（”ローカル”）モデルのいずれを用いてＨＭＭＲ検索を行ったかは以下に説明される。触媒ドメインの多重配列アラインメントから出発して，２つの隠れマルコフモデルを構築した。その一方は，触媒ドメインに対する部分的マッチを可能とする；これは”ローカル”ＨＭＭであり，配列マッチングにおけるスミス・ウォーターマンアラインメントと類似する。他方のモデルは，完全触媒ドメインに対するマッチのみを可能とする；これは”グローバル”ＨＭＭであり，配列マッチングにおけるＮｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアラインメントと類似する。スミス・ウォーターマンのローカルモデルはより特異的であり，触媒ドメインに対するフラグメント的なマッチを可能とする。一方，グローバルな”完全”モデルはより感度が高く，遠隔のホモログ同定を可能とする。これらのドメインは，ＰＦＡＭ（ｈｔｔｐ：／／ｐｆａｍ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／ｈｍｍｓｅａｒｃｈ．ｓｈｔｍｌ）モデルを用いて同定した。これは，多くの共通蛋白質ドメインをカバーする多重配列アラインメントおよび隠れマルコフモデルの大きな集積物である。Ｐｆａｍのバージョン５．５（２０００年９月）は，２４７８種類の蛋白質ファミリーのアラインメントおよびモデルを含む（ｈｔｔｐ：／／ｐｆａｍ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／ｆａｑ．ｓｈｔｍｌ）。ＰＦＡＭアラインメントはｈｔｔｐ：／／ｐｆａｍ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／ｈｍｍｓｅａｒｃｈ．ｓｈｔｍｌからダウンロードし，ＨＭＭ検索はＴｉｍｅｌｏｇｉｃコンピュータ（Ｔｉｍｅ  Ｌｏｇｉｃ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｉｎｃｌｉｎｅ  Ｖｉｌｌａｇｅ，ＮＶ）で現場で行った。多くの蛋白質はＨＭＭ検索により認識される２以上のドメインを有する。これらの蛋白質については，ドメインは別の行に示されている。
【０３４３】
【表１５】
2004501637.tif 000017
【０３４４】
【表１６】
2004501637.tif 000018
【０３４５】
【表１７】
2004501637.tif 000019
【０３４６】
【表１８】
2004501637.tif 000020
【０３４７】
【表１９】
2004501637.tif 000021
【０３４８】
【表２０】
2004501637.tif 000022
【０３４９】
【表２１】
2004501637.tif 000023
【０３５０】
表４は，非重複蛋白質配列のＮＣＢＩデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｅｎｔｒｅｚ／ｐｒｏｔｅｉｎ．ｈｔｍｌ）に対するアミノ酸配列のスミス・ウォーターマン類似性検索（マトリックス：Ｐａｍｌ００；ギャップオープン／イクステンションペナルティー１２／２）の結果を示す。カラム標題は以下のとおりである：”遺伝子名”，”ＩＤ＃ｎａ”，”ＩＤ＃ａａ”，”ＦＬ／Ｃａｔ”，”スーパーファミリー”，”グループ”，”ファミリー”，”Ｐスコア”，”ａａ長さ”，”ａａＩＤマッチ”，”％同一性”，”％類似性”，”ＡＣＣ＃ｎｒａａマッチ”，および”説明”．最初の７つのカラム（すなわち，”遺伝子名”，”ＩＤ＃ｎａ”，”ＩＤ＃ａａ”，”ＦＬ／Ｃａｔ”，”スーパーファミリー”，”グループ”，および”ファミリー”）の内容は表１について上述したとおりである。”Ｐスコア”はスミス・ウォーターマン確率スコアを表す。この数値はアラインメントが偶然により生ずるおよその確率を表す。すなわち，非常に低い数値，例えば２．１０Ｅ−６４は，クエリーとデータベース標的との間に非常に顕著なマッチがあることを示す。”ａａ長さ”は，蛋白質の長さをアミノ酸で表す。”ａａＩＤマッチ”は，アラインメント中で同一であるアミノ酸の数を示す。”％同一性”は，アラインメントした領域にわたって同一であるヌクレオチドのパーセントを示す。”％類似性”は，アラインメント全体にわたって類似するアミノ酸のパーセントを示す。”ＡＣＣ＃ｎｒａａマッチ”は，非重複蛋白質のＮＣＢＩデータベース中で最も類似する蛋白質の受託番号を示す。”説明”は，非重複蛋白質ＮＣＢＩデータベース中で最も類似する蛋白質の名前を含む。
【０３５１】
【表２２】
2004501637.tif 000024
【０３５２】
【表２３】
2004501637.tif 000025
【０３５３】
【表２４】
2004501637.tif 000026
【０３５４】
【表２５】
2004501637.tif 000027
【０３５５】
【表２６】
2004501637.tif 000028
【０３５６】
【表２７】
2004501637.tif 000029
【０３５７】
【表２８】
2004501637.tif 000030
【０３５８】
【表２９】
2004501637.tif 000031
【０３５９】
【表３０】
2004501637.tif 000032
【０３６０】
【表３１】
2004501637.tif 000033
【０３６１】
実施例
以下の実施例は限定ではなく，本発明の種々の観点および特徴の代表的なものにすぎない。以下の実施例は，本発明のプロテアーゼの単離および特徴付けを示す。
【０３６２】
実施例１：蛋白質プロテアーゼをコードするゲノムフラグメントの同定
新規プロテアーゼは，Ｃｅｌｅｒａヒトゲノム配列データベースから，および公共のＨｕｍａｎ　Ｇｅｎｏｍｅ　Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ　ｐｒｏｊｅｃｔ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）から，隠れマルコフモデル（ＨＭＭＲ）を用いて同定した。ゲノムデータベースエントリーは，６つのオープンリーディングフレームに翻訳し，ＨＭＭＲ２．１のＦｉｅｌｄプログラム可能アレイ（ＦＰＧＡ）加速版を有するＴｉｍｅｌｏｇｉｃ　Ｄｅｃｙｐｈｅｒボックスを用いて，モデルに対してこれらを検索した。ＨＭＭＲプロファイルに対してアラインメントした，予測された蛋白質配列をコードするＤＮＡ配列を，元のゲノムデータベースから抽出した。次に，核酸配列をＰａｎｇｅａ　Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇツールを用いてクラスター化し，反復エントリーを除外した。次に推定プロテアーゼ配列を一連のクエリーおよびフィルターを通して順番に走らせて，新規プロテアーゼ配列を同定した。特に，ＨＭＭＲで同定された配列は，ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＸを用いて，既知のヒトプロテアーゼおよびすべてのその後の新規プロテアーゼ配列をそれが同定されるにつれて含有するヌクレオチドおよびアミノ酸レポジトリに対して検索した。出力はスプレッドシートで表示して，手動検査で既知の遺伝子を除外することを容易にした。２つのモデル，すなわち，”完全”モデルおよび”部分”またはスミス・ウォーターマンモデルを開発した。部分モデルを用いて準触媒的ドメインを同定し，完全モデルを用いて完全触媒ドメインを同定した。次に選択したヒットをＢＬＡＳＴＮを用いて公共ＮＲＮＡおよびＥＳＴデータベースに対してクエリーを行い，これらが実際にユニークであることを確認した。
【０３６３】
部分ＤＮＡ配列の延長による，より長い配列，例えば全長オープンリーディングフレームの包含は，いくつかの方法により行った。表５に示されるｃＤＮＡデータベースを繰り返しｂｌａｓｔｎ検索して，ゲノム配列を延長したｃＤＮＡを見いだした。”ＬｉｆｅＧｏｌｄ”データベースはＩｎｃｙｔｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，Ｉｎｃ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｎｃｙｔｅ．ｃｏｍ／）から入手した。ＮＣＢＩデータベースはＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）から入手した。すべてのｂｌａｓｔｎ検索は，ヌクレオチドミスマッチについてのペナルティー３，およびヌクレオチドマッチのリウォード１を用いて行った。ギャップ付きｂｌａｓｔアルゴリズムは以下に記載されている（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓｔｅｐｈｅｎ  Ｆ．，Ｔｈｏｍａｓ  Ｌ．Ｍａｄｄｅｎ，Ａｌｅｊａｎｄｒｏ  Ａ．Ｓｃｈａｆｆｅｒ，Ｊｉｎｇｈｕｉ  Ｚｈａｎｇ，Ｚｈｅｎｇ  Ｚｈａｎｇ，  Ｗｅｂｂ  Ｍｉｌｌｅｒ，  ａｎｄ  Ｄａｖｉｄ  Ｊ．  Ｌｉｐｍａｎ  （１９９７），”Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ  ａｎｄ  ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：ａ  ｎｅｗ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｐｒｏｇｒａｍｓ”，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２）。
【０３６４】
部分ＤＮＡ配列の延長による全長オープンリーディングフレームの包含はまた，ゲノムデータベースの検索の繰り返しにより行った。第１の方法は，スミス−ウォーターマンアルゴリズムを用いて，最も近いホモログまたはオルトログを部分配列に対して蛋白質−蛋白質検索を行った。標的データベースは，Ｇｅｎｅｓｃａｎ［Ｃｈｒｉｓ  Ｂｕｒｇｅ  ａｎｄ  Ｓａｍ  Ｋａｒｌｉｎ，”Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｏｍｐｌｅｔｅ  Ｇｅｎｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  ＤＮＡ”，ＪＭＢ（１９９７），２６８（１）：７８−９４）］およびヒトゲノムプロジェクト（ＨＧＰ）ならびにＣｅｌｅｒａから得られた全ヒトゲノム配列のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）予測からなる。検索したゲノムデータベースの完全なセットは以下の表６に示される。潜在的な延長をコードするゲノム配列は，ＮＣＢＩ非重複データベースに対するｂｌａｓｔｐ分析を行ってヒットの新規性を確認することによりさらに評価した。延長するゲノム配列は，ＤＮＡＳｔａｒのＳｅｑｍａｎプログラムを用いて潜在的イントロンを削除した後にｃＤＮＡ配列中に組み込んだ。スミス−ウォーターマン検索について用いたデフォルトのパラメータは以下のとおりである。マトリクス：ＰＡＭ１００；ギャップオープニングペナルティー：１２；ギャップ延長ペナルティー：２。Ｇｅｎｅｓｃａｎ予測は，Ｇｅｎｅｓｃａｎプログラムを，Ｃｈｒｉｓ  Ｂｕｒｇｅ  ａｎｄ  Ｓａｍ  Ｋａｒｌｉｎ（”Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｏｍｐｌｅｔｅ  Ｇｅｎｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  ＤＮＡ”，ＪＭＢ（１９９７）２６８（１）：７８−９４）に詳細が記載されるように用いて行った。ゲノムＤＮＡからのＯＲＦの予測は，標準的な６フレーム翻訳を用いて行った。
【０３６５】
ゲノム配列からＤＮＡ延長を規定する別の方法は，Ｇｅｎｅｓｃａｎプログラムを用いてゲノムデータベースを繰り返し検索してエクソンスプライシングを予測した［Ｂｕｒｇｅ  ａｎｄ  Ｋａｒｌｉｎ，ＪＭＢ（１９９７），２６８（１）：７８−９４）］。次にこれらの予測された遺伝子を，関連するプロテアーゼに対するホモロジーに基づいてこれらが部分遺伝子の”本物の”延長であるかを見ることにより評価した。
【０３６６】
別の方法は，Ｇｅｎｅｗｉｓｅプログラム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／Ｓｏｆｔｗａｒｅ／Ｗｉｓｅ２／）を使用して，最も近いオルトログ／ホモログに対するホモロジーに基づいて潜在的ＯＲＦを予測することを含む。Ｇｅｎｅｗｉｓｅは，２つの入力，すなわち相同の蛋白質と目的とする遺伝子を含むゲノムＤＮＡを必要とする。ゲノムＤＮＡはＣｅｌｅｒａおよびヒトゲノムプロジェクトのデータベースのｂｌａｓｔｎ検索により同定した。オルトログは，ＮＣＢＩ非重複蛋白質データベース（ＮＲＡＡ）のｂｌａｓｔｐ検索により同定した。Ｇｅｎｅｗｉｓｅは，蛋白質配列をゲノムＤＮＡ配列と比較し，イントロンおよびフレームシフトエラーを得ることができる。
【０３６７】
表５−ｃＤＮＡに基づく配列延長に用いたデータベース
【表３２】
2004501637.tif 000034
【０３６８】
表６−ゲノムに基づく配列延長に用いたデータベース
【表３３】
2004501637.tif 000035
【０３６９】
結果
特許仮出願において遺伝子を同定するために用いた配列情報源を以下に示す。Ｇｅｎｅｗｉｓｅを用いて延長した遺伝子については，蛋白質オルトログおよびゲノムＤＮＡの受託番号が記載されている（Ｇｅｎｅｗｉｓｅはゲノム配列から標的遺伝子のコーディング配列を組み立てるためにオルトログを用いる）。オルトログのアミノ酸配列は，蛋白質のＮＣＢＩ非重複データベースから得た（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｅｎｔｒｅｚ／ｐｒｏｔｅｉｎ．ｈｔｍｌ）。ゲノムＤＮＡは２つの起源，すなわち，ＣｅｌｅｒａおよびＮＣＢＩ−ＮＲＮＡからのものであり，これは以下に示される。ｃＤＮＡ起源もまた以下に示される。Ｇｅｎｓｃａｎ予測の入力としてすべてのゲノム配列を用いてスプライシング部位を予測した［Ｂｕｒｇｅ　ａｎｄ　Ｋａｒｌｉｎ，ＪＭＢ（１９９７）２６８（１）：７８−９４）］．略号：ＨＧＰ：ヒトゲノムプロジェクト；ＮＣＢＩ，Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｃｅｎｔｅｒｆｏｒ　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ　Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ
【０３７０】
ＳＧＰｒ３９７，配列番号１，配列番号６０
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ２５８２６．１，ＸＰ＿００５２８４．２，ＮＰ＿０６５０９４．１
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ１８１０００００１１７２０４３ｃＤＮＡ起源：公共（ｇｉ｜９９６６８３０｜ｒｅｆ｜ＮＭ＿０２０３６１．１）
【０３７１】
ＳＧＰｒ４１３，配列番号２，配列番号６１
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜６０１３４６３，ＸＰ＿００３００９．１，Ｐ１５０８６
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ３００４７５６３３
【０３７２】
ＳＧＰｒ４０４，配列番号３，配列番号６２
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ３１７６８．１，ＮＰ＿０６１３５５．１，ＡＡＨ０３７１３
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ９００００６４１７６８１９６
【０３７３】
ＳＧＰｒ５３６＿１，配列番号４，配列番号６３
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ１８６３７
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４２２３４１７２
【０３７４】
ＳＧＰｒ４１４，配列番号５，配列番号６４
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＡＡＦ５０７５２．１
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２８１１４４４８
ｃＤＮＡ起源：ＡＫ０２３８４５．１｜ＡＫ０２３８４５　Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ　ｃＤＮＡ　ＦＬＪ１３７８３ｆｉｓ；Ｉｎｃｙｔｅ３９９７７３．５
【０３７５】
ＳＧＰｒ４３０，配列番号６，配列番号６５
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＮＰ＿０６５９５４
ゲノムＤＮＡ起源：３０１０１５６０１
ｃＤＮＡ起源：ＡＢ０４６８１４　Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ　ｍＲＮＡ，ＫＩＡＡ１５９４
【０３７６】
ＳＧＰｒ４９６＿１，配列番号７，配列番号６６
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＡＡＨ０７１９６，ＡＡＦ６６９５３
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２７７０２２９９
【０３７７】
ＳＧＰｒ４９５，配列番号８，配列番号６７
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＮＰ＿００６４３８
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２７０４１１０１
【０３７８】
ＳＧＰｒ４０７，配列番号９，配列番号６８
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ２７４３１，ＡＡＨ０３１３０，ＮＰ＿０５７６５６
ゲノムＤＮＡ起源：９２０００００３９８６５２５
【０３７９】
ＳＧＰｒ４５３，配列番号１０，配列番号６９
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＮＰ＿００６５２８
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４０１７５７７７
ｃＤＮＡ起源：ＡＬ１３６８２５．１｜ＨＳＭ８０１７９３　Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ　ｍＲＮＡ；Ｉｎｃｙｔｅ４２８４２８．１
【０３８０】
ＳＧＰｒ４４５，配列番号１１，配列番号７０
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＮＰ＿００６４３８
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２７０４１１０１
ｃＤＮＡ起源：９８６３４８７　３２８ｂｐユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼ；Ｉｎｃｙｔｅ４８０２７８９ＣＡ２
【０３８１】
ＳＧＰｒ４０１＿１，配列番号１２，配列番号７１
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ１４８８１，ＮＰ＿０７３７４３，ＢＡＢ２４７２０
ゲノムＤＮＡ起源：９２０００００４４７３２８８
ｃＤＮＡ起源：ＮＭ０２２８３２．１｜Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ仮定蛋白質ＦＬＪ１２５５２（ＦＬＪ１２５５２）
【０３８２】
ＳＧＰｒ４０８，配列番号１３，配列番号７２
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：Ｑ２４５７４，ＡＡＦ５０７５２
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２８５６５５４３
ｃＤＮＡ起源：ＡＫ０２７３６２
【０３８３】
ＳＧＰｒ４８０，配列番号１４，配列番号７３
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＡＡＦ４９１００，Ｔ２９０１０
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４０６９７６８８
ｃＤＮＡ起源：ＥＦ−ｈａｎｄ；ＣＡＡＸ：ＮＰ＿１１５９７１
【０３８４】
ＳＧＰｒ４３１，配列番号１５，配列番号７４
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＡＡＫ２６２４８，ＢＡＡ９２６１０，Ｑ９２３５３
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４２３４０２０２
【０３８５】
ＳＧＰｒ４２９，配列番号１６，配列番号７５
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ１５５９１，ＡＡＧ４２７６４，ｇｉ＿１１３５８４５３
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４２５４０８９１
ｃＤＮＡ起源：ＡＫ０２６９３０．１｜ＡＫ０２６９３０　Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ　ｃＤＮＡ：ＦＬＪ２３２７７
【０３８６】
ＳＧＰｒ５０３，配列番号１７，配列番号７６
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＡＡＦ４０４５１，ＡＡＦ４６０９６，ＡＡＨ０４８６８
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４２６５８１７２
ｃＤＮＡ起源：ＢＣ００４８６８．１｜ＢＣ００４８６８　Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ，クローンＭＧＣ：１０７０２；Ｉｎｃｙｔｅ５４３２８７９ＣＢ１
【０３８７】
ＳＧＰｒ４２７，配列番号１８，配列番号７７
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＸＰ＿００３２８８，ＡＡＣ２７３５６，ＢＡＡ８６５１７
ゲノムＤＮＡ起源：１８１０００００１６４６７７３
ｃＤＮＡ起源：Ｉｎｃｙｔｅ７４８５８９６ＣＢ１
【０３８８】
ＳＧＰｒ０９２，配列番号１９，配列番号７８
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＸＰ＿０１１９７１，１，ＮＰ＿０６８５７３．１，ＡＡＦ８０１８０．１
ゲノムＤＮＡ起源：ｃｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ３００２６１７９５
ｃＤＮＡ起源：ｇｉ｜１２７３６０１６
【０３８９】
ＳＧＰｒ３５９，配列番号２０，配列番号７９
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：１．）ｇｉ｜１１５４５８４５｜ｒｅｆ　２．）ｇｉ｜１２００６３４｜ｇｂ　３．）ｇｉ｜３５１１１４９｜ｇｂ｜Ａ
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ９００００６４２０４５２６４
ｃＤＮＡ起源：ｇｉ｜１３６３９６８８
【０３９０】
ＳＧＰｒ１０４＿１，配列番号２１，配列番号８０
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：１．）ｇｉ｜７６７６２２００｜ｒｅｆ
ゲノムＤＮＡ起源：ＨＧＰ＿ｓｇｉ｜１２０３９０７８｜４
ｃＤＮＡ起源：ＮＰ＿０５５５０８．１
【０３９１】
ＳＧＰｒ３０３，配列番号２２，配列番号８１
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＣＡＡ１０７０９．１
ゲノムＤＮＡ起源：ＨＧＰ＿ｓｇｉ｜８０８２３８９＿３１
【０３９２】
ＳＧＰｒ４０２＿１，配列番号２３，配列番号８２
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：Ａ５４３０６，Ｉ７７５３０，Ａ４５３５７
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ９２０００００４０１８１２６
【０３９３】
ＳＧＰｒ４３４，配列番号２４，配列番号８３
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜６７５５８１９，ｇｉ｜６９１２７２８，ｇｉ｜８５７０１６４
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２８６４６１２８，１６００００１１７５８８３７２，１６５０００１００２６９１６４，９００００６２８６４６０８０
ｃＤＮＡ起源：ｇｉ｜６１４１２２１，ｇｉ｜３７５４０９２，Ｉｎｃｙｔｅ１８５６５８９２ＣＢ１
【０３９４】
ＳＧＰｒ４４６＿１，配列番号２５，配列番号８４
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ＿１１０５５９７２，ｇｉ＿１２８３９２８０，ｇｉ＿１３６３３９７１
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２８６４６０８０
【０３９５】
ＳＧＰｒ４４７，配列番号２６，配列番号８５
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜１２８５５２８０，ｇｉ｜１１０５５９７２，ｇｉ｜８７７７６０６，
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２８７２９５８９
【０３９６】
ＳＧＰｒ４３２＿１，配列番号２７，配列番号８６
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ＿１１１８１５７３，ｇｉ＿１２８３２９４４，ｇｉ＿１３１２４７６９，ｇｉ＿１３２７７９６９，ｇｉ＿１３６３２９７３
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６３１９６１６２４
ｃＤＮＡ起源：ＩｎｃｙｔｅＥＳＴ４７４６７４．１
【０３９７】
ＳＧＰｒ５２９，配列番号２８，配列番号８７
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＮＰ＿００２７６７，ＡＡＨ０２１００
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ９２０００００３４９７７７６
ｃＤＮＡ起源：ｇｉｌ４５０６１５７
【０３９８】
ＳＧＰｒ４２８＿１，配列番号２９，配列番号８８
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜１２８３８４７３，ｇｉ｜１２８３９９８５，ｇｉ｜９６５１１１３，ｇｉ｜４１６５３１５
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２７３４２８９３
【０３９９】
ＳＧＰｒ４２５，配列番号３０，配列番号８９
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ＿１２８４４８９６．ｇｉ＿６００５８８２ゲノムＤＮＡ起源：１８１０００００４２２１９５５
ｃＤＮＡ起源：Ｉｎｃｙｔｅ配列４００８３３．１
【０４００】
ＳＧＰｒ５４８，配列番号３１，配列番号９０
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜９９５７７６０，ｇｉ｜５８０３１９９，ｇｉ｜６６８１６５４
ゲノムＤＮＡ起源：９２０００００３４９７７７６，ｇｉ｜１１１７８１４３
ｃＤＮＡ起源：ｇｉ｜９９５７７５９
【０４０１】
ＳＧＰｒ３９６，配列番号３２，配列番号９１
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ＿１１０５５９７２，ｇｉ＿１２８３９２８０，ｇｉ＿６６８０２６７，ｇｉ＿８３９３５６０，ｇｉ＿９７５７６９８
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６３２５９０９１７
ｃＤＮＡ起源：Ｉｎｃｙｔｅ配列７４８０２２４ＣＢ１
【０４０２】
ＳＧＰｒ４２６，配列番号３３，配列番号９２
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ＿１３６４０８９０，ｇｉ＿１３６４６３６５，ｇｉ＿７６６１５５８
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４Ｉ４７９Ｉ３８
ｃＤＮＡ起源：Ｉｎｃｙｔｅ配列７４８１０５６ＣＢ１
【０４０３】
ＳＧＰｒ５５２，配列番号３４，配列番号９３
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜７６６１５５８，ｇｉ｜４７５８５０８，ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４１４７９１３８
【０４０４】
ＳＧＰｒ４０５，配列番号３５，配列番号９４
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ＿７４１５９３１，ｇｉ＿１２６８３９，ｇｉ＿１３６４２３，ｇｉ＿１３１８３５７２，
ゲノムＤＮＡ起源：ｇｉ｜１３５０９１２６
ｃＤＮＡ起源：Ｉｎｃｙｔｅ配列７４７４３５１ＣＢ１および１３４３６０．１
【０４０５】
ＳＧＰｒ４８５＿１，配列番号３６，配列番号９５
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜９６５１１１３
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２７３４２８９３
ｃＤＮＡ起源：Ｉｎｃｙｔｅ配列６０２６４９４ＣＡ２
【０４０６】
ＳＧＰｒ５３４，配列番号３７，配列番号９６
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜４５０３１３５
ゲノムＤＮＡ起源：９２０００００４４３６０７６，１６５０００１０１９３２７０９，９２０００００４４３３４６９
ｃＤＮＡ起源：ＩｎｃｙｔｅＥＳＴｓ：１３８３３９１．２０，１３８３３９１．１０，１３８３３９１．１３，７６９１４３４Ｈ１，２０７０２７８ＣＢ１，７４１５２２ＣＡ２；ＮＣＢＩＥＳＴｓ：ｇｉ｜７２６０６７１，ｇｉ｜７２６０００６，ｇｉ｜７２６０６４２，ｇｉ｜７２５９９６２，ｇｉ｜２０１８６１９，ｇｉ｜７２６０６５５，ｇｉ｜２０１９７５１
【０４０７】
ＳＧＰｒ３９０，配列番号３８，配列番号９７
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ２３６８４
ゲノムＤＮＡ起源：ｈＣＧ２２６９３
【０４０８】
ＳＧＰｒ５２１，配列番号３９，配列番号９８
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ５５６０４，ＡＡＦ０１１３９，ＡＡＦ０１１３９
ゲノムＤＮＡ起源：ＨＧＰ＿ｓｇｉ｜１１１７８１４３＿１０
ｃＤＮＡ起源：ｇｉ｜４８２６９４９
【０４０９】
ＳＧＰｒ５３０＿１，配列番号４０，配列番号９９
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ＿１２３１４１３３，ＮＰ＿０３３３８１．１３，ＮＰ＿０３３３８２．１
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ１８１０００００１８４８４３３
【０４１０】
ＳＧＰｒ５２０，配列番号４１，配列番号１００
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜１２８３９５３５，ｇｉ｜１３５２３６８，ｇｉ｜４５０６１５１
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４０８０７１９０
ｃＤＮＡ起源：ＥＳＴｓ　ｇｉ｜１３７４５７５９，７４７２０４４ＣＢ１，７４７４３３８ＣＢ１，ｇｉ｜１３７０３４２６，ｇｉ｜５３９２４２７，ｇｉ｜２１４２１７７，ｇｉ｜２１０３２０２，ＬＩＢ４２１８−１０３−Ｒ１−Ｋ１−Ｈ５，ＬＩＢ４２１８−０８５−Ｑ１−Ｋ１−Ｃ６，ＬＩＢ４７５２−０１９−Ｒｌ−Ｋｌ−Ｈ４
【０４１１】
ＳＧＰｒ４５５，配列番号４２，配列番号１０１
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜７５１２１７８，ｇｉ｜７５１２１７６
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４１３２１５５７
ｃＤＮＡ起源：Ｉｎｃｙｔｅテンプレート９８７２７９．１
【０４１２】
ＳＧＰｒ５０７＿２，配列番号４３，配列番号１０２
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜１３３８５８１２，ｇｉ｜１２８５４６９２，ｇｉ｜２４９９８６２
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４２６１１９５７
【０４１３】
ＳＧＰｒ５５９，配列番号４４，配列番号１０３
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＸＰ＿０１６９９３，ＢＡＢ２００７９
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ３３５００１０６４０１３３３２ｃＤＮＡ起源：ｇｉ｜１３１７３４７１
【０４１４】
ＳＧＰｒ５６７＿１，配列番号４５，配列番号１０４
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＮＰ＿１１４４３５，Ｑ９ＪＩＱ８
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ９００００６４２０４５２１３
ｃＤＮＡ起源：ｇｉ｜１４０４９８３｜ｒｅｆ｜ＮＭ＿０３２０４６．１
【０４１５】
ＳＧＰｒ４７９＿１，配列番号４６，配列番号１０５
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＮＰ＿１１４１５４，ＮＰ＿０３８９４９，ＮＰ＿０３３３８２
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２４９３１８３７
ｃＤＮＡ起源：ＥＳＴｇｉ｜１３９９７８９０およびＩｎｃｙｔｅＥＳＴ７４８０１２４ＣＢ１，
【０４１６】
ＳＧＰｒ４８９＿１，配列番号４７，配列番号１０６
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜７５１２１７６，ｇｉ｜７５１２１７８，ｇｉ｜７５７６９８．，
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２８５６５５００
【０４１７】
ＳＧＰｒ４６５＿１，配列番号４８，配列番号１０７
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜６６７８２９３，ｇｉ｜６６７８２９５，ゲノムＤＮＡ起源：ｇｉ｜ｌ３４３１１６２
【０４１８】
ＳＧＰｒ５２４＿１，配列番号４９，配列番号１０８
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜１２８３６５０３，ｇｉ｜１０２５７３９０，ｇｉ｜１１４１５０４０
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６２６４２８２５９
【０４１９】
ＳＧＰｒ４２２，配列番号５０，配列番号１０９
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜７６６１５５８，ｇｉ｜４７５８５０８
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６４１４７９１３８
【０４２０】
ＳＧＰｒ５３８，配列番号５１，配列番号１１０
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＮＰ＿１１０３９７，Ｑ９ＥＲ０４，ＮＰ＿１０９６３４
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ９００００６４２０４４０３５および９００００６４２０４５４１２
ｃＤＮＡ起源：ｇｉ｜１３５４０５３５
【０４２１】
ＳＧＰｒ５２７＿１，配列番号５２，配列番号１１１
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜１１１１５７３，ｇｉ｜１３２７７９６９，ｇｉ｜１０４４１４６３
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６３１９６１６２４
ｃＤＮＡ起源：Ｉｎｃｙｔｅ２７５１５０９ＣＢ１
【０４２２】
ＳＧＰｒ５４２，配列番号５３，配列番号１１２
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜１７０５７６０，ｇｉ｜４８８５３６９
ゲノムＤＮＡ起源：９２０００００４０１８１１６，ｇｉ｜２８９６７９９，９２０００００４０１３３２３，９２０００００４０１３３３０，１６５０００１００４２７０３１
【０４２３】
ＳＧＰｒ５５１，配列番号５４，配列番号１１３
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ２３６８４．１，ＮＰ＿０３５３０６．２，ＢＡＢ０３５０２．１
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ９００００６４３０９０９９８
【０４２４】
ＳＧＰｒ４５１，配列番号５５，配列番号１１４
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ＿５００２３４０，ｇｉ｜１２０１８３２２，ｇｉ｜１４８０４１３，
ゲノムＤＮＡ起源：１８１００００００８２８１９３
【０４２５】
ＳＧＰｒ４５２＿１，配列番号５６，配列番号１１５
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜１３１８３５７２，ｇｉ｜３３９９８３，ｇｉ｜７４１５９３１
ゲノムＤＮＡ起源：９２０００００４０３４６７８
【０４２６】
ＳＧＰｒ５０４，配列番号５７，配列番号１１６
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜１６３３２３７
ゲノムＤＮＡ起源：Ｃｅｌｅｒａ＿ａｓｍ５ｈ９２００００４０１８１３７
【０４２７】
ＳＧＰｒ４６９，配列番号５８，配列番号１１７
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ＢＡＢ３０２７７，ＣＡＢ４１９８８，ＸＰ＿０１６２０４
ゲノムＤＮＡ起源：ＧＡ＿ｘ２ＨＴＢＫＰＹＳＷ７Ｄ
【０４２８】
ＳＧＰｒ４００，配列番号５９，配列番号１１８
Ｇｅｎｅｗｉｓｅオルトログ：ｇｉ｜６７５５８１９，ｇｉ｜６９１２７２８
ゲノムＤＮＡ起源：９００００６３２５９０９１７
【０４２９】
新規プロテアーゼポリヌクレオチドの説明
ＳＧＰｒ３９７，配列番号１，配列番号６０は９４８ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置９４８で終了し，９４８ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３１５アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，カルボキシペプチダーゼ，Ｚｎカルボキシペプチダーゼ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は８ｑ１２である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＶ７６３４９０。
【０４３０】
ＳＧＰｒ４１３，配列番号２，配列番号６１は１１２５ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１１２５で終了し，１１２５ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３７４アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，カルボキシペプチダーゼ，Ｚｎカルボキシペプチダーゼ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は２ｑ３５である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４３１】
ＳＧＰｒ４０４，配列番号３，配列番号６２は１５９０ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１５９０で終了し，１５９０ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は５２９アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，カルボキシペプチダーゼ，Ｚｎカルボキシペプチダーゼ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１０ｑ２６である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓｌ７８２１９８＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝２０１，ａｇａａｇｇｏｃｔａｙｇａａｇｇｇｇ。ＳＮＰｓｓ１７８２１９８はＯＲＦのヌクレオチド６１２（ａａ５８）で生ずる（ＣまたはＴ＝サイレント；ＡＡ２０４＝いずれのヌクレオチドについてもチロシン）。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＡ０４５７４８，ＡＡ１４８６８４，ＡＡ０４７４８３。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：４７７ｇｇａｇｃｔｇｃｔｇｃｔｇｃｔｇｃｔｇｇｔｇ４９８。
【０４３２】
ＳＧＰｒ５３６＿１，配列番号４，配列番号６３は１４０４ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１４０４で終了し，１４０４ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４６７アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，パパイン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１ｐ３５である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＬ５４２２１３，ＡＬ５４７２４６，ＡＬ５５２０３７。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：４８０ｇｃｔｇｃｔｇｃｔｇｃｔｇｃｔｇｇｔｇｃａｇ５０１。
【０４３３】
ＳＧＰｒ４１４，配列番号５，配列番号６４は１００６２ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１００６２で終了し，１００６２ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３３５３アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は２ｐ１４である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号が与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓｌ６５４２＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝１０１，ｃｔａｃｃｃｔａｇｃｙｇａｇｇａａｇａ。ＳＮＰｓｓ１６５４２はＯＲＦのヌクレオチド９８０７（ａａ３２６９，アラニン）で生ずる。ＳＮＰはサイレントである。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＵ１１８２３７，ＡＵ１３１４２０，ＡＵ１２５０８３。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：２２４９ａｃｃａｃｃａｃｃａｃｃａｃｃａｃｃａｔｃａｃｃａｃｃａｃｃａｃ２２８０。
【０４３４】
ＳＧＰｒ４３０，配列番号６，配列番号６５は２９４３ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２９４３で終了し，２９４３ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は９８０アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は２ｑ３７である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓ１５３４５８５＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｔｇｇａａｔａｒｃｔｃｇｇａｃ；ｒｓ１０５５６８７＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｔｇｇｔａａｔｃｃｇｋｇｔａｇａｇｇ。ＳＮＰｓｓ１５３４５８５はＯＲＦのヌクレオチド５３８（ａａ１８０）で生ずる（ＡまたはＧ）。ＳＮＰｓｓｌ５３４５８５はアミノ酸１８０を変更する。ヌクレオチド５３８がアデニンである場合，アミノ酸１８０はトレオニンであり，グアニンである場合，アミノ酸１８０はアラニンである。第２のＳＮＰ，ｒｓｌ０５５６８７はヌクレオチド４９９でＧまたはＴをコードする。ｒｓ１０５５６８７は遺伝子のアミノ酸配列を変更する。ヌクレオチド４９９がチミジンである場合アミノ酸１６７はシステインであり，ヌクレオチド４９９がグアニンである場合アミノ酸１６７はグリシンである。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：Ｗ８７６６６，ＡＩ０７６１０８，ＢＧ６１２８６４。
【０４３５】
ＳＧＰｒ４９６＿１，配列番号７，配列番号６６は２８６２ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２８６２で終了し，２８６２ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は９５３アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置はＸｐ１１．４である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓ１０２９７５６＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝１０１，ａｇａｇａａａｔａｙｇａｇｇｇｔａｔｔ。ＳＮＰｓｓ１０２９７５６はヌクレオチド３５１においてＣまたはＴをコードする。いずれのヌクレオチドについてもアミノ酸１１７はチロシンであり，したがってＳＮＰはサイレントである。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＷ８５１０６６，ＡＷ８５１０６５，ＡＷ８５１０７６。
【０４３６】
ＳＧＰｒ４９５，配列番号８，配列番号６７は２３５２ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２３５２で終了し，２３５２ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は７８３アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は６ｑ１６である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＬ５５９９６０，ＡＬ５３０４７０，ＡＬ５１６１８４。
【０４３７】
ＳＧＰｒ４０７，配列番号９，配列番号６８は２２５９ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２２５９で終了し，２２５９ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は７５２アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は２ｑ３７である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４３８】
ＳＧＰｒ４５３，配列番号１０，配列番号６９は２１３９ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２１３９で終了し，２１３９ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は７１２アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１２ｑ２３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ７２２４３６，ＡＩ９２７８８１，ＢＧ７７１８８８。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：５５３ｇｔａｇｔａａａａａｇａｇａａｇｔａａａ５７２。
【０４３９】
ＳＧＰｒ４４５，配列番号１１，配列番号７０は８７０ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置８７０で終了し，８７０ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２８９アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は６ｑ１６である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＬ５５９９６０，ＡＬ５３０４７０，ＡＬ５１６１８４。
【０４４０】
ＳＧＰｒ４０１＿１，配列番号１２，配列番号７１は１１０１ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１１０１で終了し，１１０１ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３６６アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は４ｑ１１である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＵ１２４８９８，ＡＵ１３４５５３，ＡＩ２６９０６９。
【０４４１】
ＳＧＰｒ４０８，配列番号１３，配列番号７２は３８６４ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置３８６４で終了し，３８６４ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は１２８７アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１１ｐ１５である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ７４１１９０，ＢＦ５７５４９８，ＢＧ１７０８２９。
【０４４２】
ＳＧＰｒ４８０，配列番号１４，配列番号７３は４８１５ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置４８１５で終了し，４８１５ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は１６０４アミノ酸の長さである。この配列は部分蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１７ｑ２４である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＵ１３１７４８，ＡＵ１２０３８１，ＢＧ４２０７６６。
【０４４３】
ＳＧＰｒ４３１，配列番号１５，配列番号７４は３１２９ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置３１２９で終了し，３１２９ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は１０４２アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は４ｑ３１．３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ５７５８７１，ＢＧ１１３４６９，ＢＧ１１２９７９。
【０４４４】
ＳＧＰｒ４２９，配列番号１６，配列番号７５は３１０２ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置３１０２で終了し，３１０２ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は１０３３アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１ｐ３６．２である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＬ５１８２６６，ＢＧ６８１２２５，ＢＧ２１７１８６。
【０４４５】
ＳＧＰｒ５０３，配列番号１７，配列番号７６は１５５４ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１５５４で終了し，１５５４ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は５１７アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１２ｑ２４．３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ６７８８９４，ＢＧ４７６４１８，ＢＥ２６４７３２。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：１５３４ｇａｇｔｇｃａａｇｔｃｔｇａａｇａａｔｇ１５５３。
【０４４６】
ＳＧＰｒ４２７，配列番号１８，配列番号７７は３３７２ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置３３７２で終了し，３３７２ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は１１２３アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，システイン，ＵＣＨ２ｂ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１７ｐ１３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ８３１１１１，ＡＷ９９６５５３，ＢＥ６１４９１４。
【０４４７】
ＳＧＰｒ０９２，配列番号１９，配列番号７８は７８６ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置７８６で終了し，７８６ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２６１アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，メタロプロテアーゼ，ＰｅｐＭ１０。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１１ｐ１５である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ１８９７２０，ＡＷ９６６１８３，ＢＧ１９８３５６。
【０４４８】
ＳＧＰｒ３５９，配列番号２０，配列番号７９は１４５２ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１４５２で終了し，１４５２ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４８３アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，メタロプロテアーゼ，ＰｅｐＭ１０。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１１ｑ２２である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ１８７２９０。
【０４４９】
ＳＧＰｒ１０４＿１，配列番号２１，配列番号８０は２２９８ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２２９８で終了し，２２９８ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は７６５アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，メタロプロテアーゼ，ＰｅｐＭ１３。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は３ｑ２７である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＦ５１１２０９，ＡＷ３４１２４９，ＡＬ１１９２７０。
【０４５０】
ＳＧＰｒ３０３，配列番号２２，配列番号８１は１２５７ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１２５７で終了し，１２５７ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４１８アミノ酸の長さである。この配列は全長触媒ドメインをコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，メタロプロテアーゼ，ＰｅｐＭ２。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１７ｑ１１．１である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＵ１３８９５４，ＢＧ２５１０８３，ＡＷ１６１６６０。
【０４５１】
ＳＧＰｒ４０２＿１，配列番号２３，配列番号８２は２２６８ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２２６８で終了し，２２６８ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は７５５アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，ズブチラーゼ。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１９ｑ１１である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＬ０４１６９５，ＡＡ４５４１３７，ＢＧ７１９６３８。
【０４５２】
ＳＧＰｒ４３４，配列番号２４，配列番号８３は１１７６ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１１７６で終了し，１１７６ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３９１アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は３ｐ２１である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＷ１３７０８８，ＢＦ５９３３４２。
【０４５３】
ＳＧＰｒ４４６＿１，配列番号２５，配列番号８４は６８１ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置６８１で終了し，６８１ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２２６アミノ酸の長さである。この配列は全長触媒ドメインをコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は３ｐ２１である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＷ２４３５８４。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：７９８ｇｇｔｇｇｇｃａｔｃａｔｃａｇｃｔｇｇｇｇ８１８。
【０４５４】
ＳＧＰｒ４４７，配列番号２６，配列番号８５は８８８ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置８８８で終了し，８８８ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２９５アミノ酸の長さである。この配列は部分蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１６ｐ１３．３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４５５】
ＳＧＰｒ４３２＿１，配列番号２７，配列番号８６は１８８７ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１８８７で終了し，１８８７ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は６２８アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は不明である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＥ２６４１４２，ＢＧ４７４６０５，ＢＦ３０４２０２。
【０４５６】
ＳＧＰｒ５２９，配列番号２８，配列番号８７は８３１ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置８３１で終了し，８３１ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２７６アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．４である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓｌ５５０３３３＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｔａｇｇｇｇａｔｇａｙｃａｃｃｔｇｃｔ；ｓｓ１５４６１９７＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｇｃｃｇｇａｃｓａｃｔｃｇｃ。ＳＮＰｓｓ１５５０３３３はヌクレオチド２９７においてＣまたはＴをコードする。いずれのヌクレオチドの場合についてもアミノ酸９９はアスパラギン酸であり，したがってＳＮＰはサイレントである。別のＳＮＰｓｓ１５４６１９７が存在し，これは位置３３６においてＣまたはＧをコードする。いずれのヌクレオチドが存在する場合にもアミノ酸１１２はトレオニンであり，したがって，このＳＮＰはサイレントである。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＥ８９８３５２，ＢＧ４６９３２１。
【０４５７】
ＳＧＰｒ４２８＿１，配列番号２９，配列番号８８は８５８ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置８５８で終了し，８５８ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２８５アミノ酸の長さである。この配列は全長触媒ドメインをコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は８ｐ２３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：４７３ｃａｔｇｃａｃｃｔｇｇａａａａｇｃｔｇ４９１。
【０４５８】
ＳＧＰｒ４２５，配列番号３０，配列番号８９は１２４２ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１２４２で終了し，１２４２ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４１３アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は６ｑ１４である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓ６７４６２０＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝２０１，ｇａｇｃａｔｃｔｇｃＶｇｇａｇａｇａｇ。ＳＮＰｓｓ６７４６２０はヌクレオチド６７１においてＧまたはＡまたはＣをコードする。ヌクレオチドがグアニンである場合，アミノ酸２２４はアルギニンである。ヌクレオチドがアデニンである場合，アミノ酸２２４はグルタミンである。ヌクレオチドがシトシンである場合，アミノ酸２２４はプロリンである。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＬ５５１２８６，ＡＡ４４５９４８，ＡＡ４２４０７３。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：１１１１ｔｃａｇｇｇｃａｃｃａｇｔｇｇｇｔｇｇａ１１３０。
【０４５９】
ＳＧＰｒ５４８，配列番号３１，配列番号９０は９６３ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置９６３で終了し，９６３ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３２０アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．４である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４６０】
ＳＧＰｒ３９６，配列番号３２，配列番号９１は９８７ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置９８７で終了し，９８７ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３２８アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は４ｑ３２である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４６１】
ＳＧＰｒ４２６，配列番号３３，配列番号９２は１２７８ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１２７８で終了し，１２７８ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４２５アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は４ｑ１３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４６２】
ＳＧＰｒ５５２，配列番号３４，配列番号９３は６６６ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置６６６で終了し，６６６ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２２１アミノ酸の長さである。この配列は全長触媒ドメインをコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は４ｑ１３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４６３】
ＳＧＰｒ４０５，配列番号３５，配列番号９４は２８４７ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２８４７で終了し，２８４７ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は９４８アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１６ｐ１３．３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４６４】
ＳＧＰｒ４８５＿１，配列番号３６，配列番号９５は１０５９ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１０５９で終了し，１０５９ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３５２アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は８ｐ２３である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓｌ５３２７９１＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｔｇｇａｇａｋａａｇａａｃａｃ。ｓｓ１５３２７９１は位置８３４においてＧまたはＴをコードする。この多型はアミノ酸２７８を変更する。８３４のヌクレオチドがグアニンである場合，アミノ酸２７８はグルタミン酸（Ｅ）である。ヌクレオチドがチミンである場合，アミノ酸２７８はアスパラギン酸（Ｄ）である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＡ７８１３５６。
【０４６５】
ＳＧＰｒ５３４，配列番号３７，配列番号９６は７９２ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置７９２で終了し，７９２ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２６３アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１６ｑ２３である。このヌクレオチド配列は以下の６個の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓｌ５２２９４６＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｇｃｔｃｔａｃｃｗｃｃａｃｇｃｃｃ；ｓｓ１５２２９４３＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｃｇｃａｃｃｔｇｃｔｃｙａｃｃａｃｃａｃ；ｓｓｌ５２２９３３＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｃｔｇｃｃａｇａａｇｇａｙｇｇａｇｃｃｔｇｇ；ｓｓｌ５２２９３１＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，全長＝１０１，ｇｔｃｔｇｃｃａｒａａｇｇａｃｇ；ｓｓ１５２２９３０＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｇｇｇｔｇａｃｔｃｔｇｇｍｇｇｃｃｃｃｃｔ；ｓｓ１５２２９２８＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝５１，ｔｇｃａｔｇｇｇｙｇａｃｔｃｔｇｇ。ＳＮＰｓｓ１５２２９４６は位置７２１においてＡまたはＴをコードする。７２１がアデニンである場合，アミノ酸２４１はトレオニン（Ｔ）である。７２１がチミンである場合，アミノ酸２４１はセリン（Ｓ）である。ＳＮＰｓｓ１５２２９４３は位置７１７においてＣまたはＴをコードする。このＳＮＰはサイレントである（２３９＝セリン）。ＳＮＰｓｓ１５２２９３３は６６６においてＣまたはＴをコードする。このＳＮＰはサイレントである（２２２＝アスパラギン酸）。ＳＮＰｓｓ１５２２９３１は位置６６０においてＡまたはＧをコードする。このＳＮＰはサイレントである（２２０＝グルタミン）。ＳＮＰｓｓ１５２２９３０は位置６４２においてＡまたはＣをコードする。このＳＮＰはサイレントである（２１４＝グリシン）。ＳＮＰｓｓ１５２２９２８は位置６３３においてＣまたはＴをコードする。このＳＮＰはサイレントである（２１１＝グリシン）。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＷ５８３０１８，ＡＷ５８２９４２，ＡＷ９６００２５。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：１７２ｃａｃｔｔｃｔｇｃｇｇｇｇｇｃｔｃｃｃｔｃａｔｃ１９５。
【０４６６】
ＳＧＰｒ３９０，配列番号３８，配列番号９７は３３８７ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置３３８７で終了し，３３８７ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は１１２８アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１９ｑ１１である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓ８２４３１＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝９９，ｇｃｃｇｔｇａｒｃａｃｃａｃｔｇ；ｓｓｌ３２０３６１＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝２２５，ａｇｃｇｇｃｃａｓｃａｔｔｇｇｃｇｔ。ｓｓ８２４３１は位置２５８５においてＡまたはＧをコードする。このヌクレオチドがアデニンである場合，アミノ酸８６２はアスパラギン（Ｎ）である。このヌクレオチドがグアニンである場合，アミノ酸８６２はセリンである。ＳＮＰｓｓ１３２０３６１は位置８９においてＣまたはＧをコードする。位置８９がシトシンである場合，アミノ酸３０はトレオニン（Ｔ）である。位置８９がグアニンである場合，アミノ酸３０はセリンである。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：Ｃ１６６０７。
【０４６７】
ＳＧＰｒ５２１，配列番号３９，配列番号９８は７６２ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置７６２で終了し，７６２ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２５３アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．４である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＡ５４２９９４，ＢＥ７１３３７９，Ｗ５８７３７。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：６４６ｃａａｇｇｔｃｔｇｇｔｇｔｃｃｔｇｇｇｇ６６５。
【０４６８】
ＳＧＰｒ５３０＿１，配列番号４０，配列番号９９は８１６ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置８１６で終了し，８１６ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２７１アミノ酸の長さである。この配列は全長触媒ドメインをコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は９ｑ２２である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４６９】
ＳＧＰｒ５２０，配列番号４１，配列番号１００は１７３７ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１７３７で終了し，１７３７ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は５７８アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は２ｑ３７である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４７０】
ＳＧＰｒ４５５，配列番号４２，配列番号１０１は２９１３ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２９１３で終了し，２９１３ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は９７０アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１２ｐ１１．２である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＷ４５０１５５，ＡＷ９９５４９６。
【０４７１】
ＳＧＰｒ５０７＿２，配列番号４３，配列番号１０２は７９８ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置７９８で終了し，７９８ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２６５アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は７ｑ３６である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ２１７７２４，ＢＧ２１９７３８，ＢＧ１９２７０９。
【０４７２】
ＳＧＰｒ５５９，配列番号４４，配列番号１０３は１３６５ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１３６５で終了し，１３６５ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４５４アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は２１ｑ２２である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＩ９７８８７４，ＡＩ４６９０９５，ＢＦ４３５６７０。
【０４７３】
ＳＧＰｒ５６７＿１，配列番号４５，配列番号１０４は１６１４ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１６１４で終了し，１６１４ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は５３７アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１１ｑ２３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＥ７３２３８１，Ｒ７８５８１，ＡＷ８４５１０６。
【０４７４】
ＳＧＰｒ４７９＿１，配列番号４６，配列番号１０５は９８１ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置９８１で終了し，９８１ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３２６アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１ｑ４２である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ７１８７０３，ＡＡ４０１７０５，ＡＡ３９８１７０。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：７８０ｔｇｇａａｔｔｇｔｇａｇｃｔｇｇｇｇｃｃｇ８００。
【０４７５】
ＳＧＰｒ４８９＿１，配列番号４７，配列番号１０６は１６７１ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１６７１で終了し，１６７１ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は５５６アミノ酸の長さである。この配列は全長触媒ドメインをコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１１ｐ１５である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＷ２７１４３０，ＡＷ２３７８９３。
【０４７６】
ＳＧＰｒ４６５＿１，配列番号４８，配列番号１０７は８９４ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置８９４で終了し，８９４ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２９７アミノ酸の長さである。この配列は全長触媒ドメインをコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は不明である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４７７】
ＳＧＰｒ５２４＿１，配列番号４９，配列番号１０８は２５５３ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２５５３で終了し，２５５３ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は８５０アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は不明である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓ２０１３５５８＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝２０１，ｇａｃａｔｇｇａｗｇｔｇｇａｃｇａｃ；ｓｓ２０１４１２８＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝３５８，ａｃａａｔｔｔｔｔｙｇａｇｔｇｃｃｃａ。ｓｓ２０１３５５８は位置６７５においてＴまたはＣをコードする。これはサイレントＳＮＰである。ｓｓ２０１４１２８は１３６９においてＣまたはＴをコードする。ヌクレオチドがシトシンである場合，アミノ酸４５７はアルギニンである。ヌクレオチド１３６９がチミンである場合，停止コドンが導入され，蛋白質が４５６アミノ酸に切断される。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：７１１ａａａａａａａａａｇａａａａｇａａａｇｇａａａａ７３４。
【０４７８】
ＳＧＰｒ４２２，配列番号５０，配列番号１０９は１３４４ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１３４４で終了し，１３４４ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４４７アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は４ｑ１３である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓ１０９１７９３＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝１０１，ａｃａｔａｃｇｃｃｒｇａｔｔｔｇｔｔｔｇ；ｓｓ４４８６０７＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝１０１，ｔｇｇｇａｇｃｒｇｇｔｃｃｔｇｃｃｔ。ＳＮＰｓｓ１０９１７９３は位置９５６においてアデニンまたはグアニンをコードする。９５６がグアニンである場合，アミノ酸３１９はアルギニン（Ｒ）である。ヌクレオチド９５６がアデニンである場合，アミノ酸３１９はグルタミン（Ｑ）である。ＳＮＰｓｓ４４８６０７は位置５５２においてＡまたはＧをコードする。これはサイレントである（アミノ酸１８４＝アラニン）。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４７９】
ＳＧＰｒ５３８，配列番号５１，配列番号１１０は１３７４ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１３７４で終了し，１３７４ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４５７アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１１ｑ２３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＬ５３８１４０，ＢＦ９３４８７０。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：５４５ｔｇｇｇａｇｇｃｔｔｃｃｔｇｇａｇｇａｇ５６４。
【０４８０】
ＳＧＰｒ５２７＿１，配列番号５２，配列番号１１１は２４５７ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２４５７で終了し，２４５７ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は８１８アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は不明である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＷ４５０４０７，ＡＩ１９０５０９，ＡＩ８６４４７３。
【０４８１】
ＳＧＰｒ５４２，配列番号５３，配列番号１１２は８５５ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置８５５で終了し，８５５ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２８４アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．１である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４８２】
ＳＧＰｒ５５１，配列番号５４，配列番号１１３は２４０９ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置２４０９で終了し，２４０９ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は８０２アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は２２ｑ１３である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｒｓ８８１１４４＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝２００，ｃｔｇｃａｇｃｃｃｔａｙｇｃｃｇａｇａｇｇ；ｒｓ８５５７９１＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝１０１，ａｇｃｇａｇｇｙｃｔａｔｃｇｃｔａ。ＳＮＰｒｓ８８１１４４は位置１２２７においてＣまたはＴをコードする。これはサイレントＳＮＰである（４０９＝チロシン）。ＳＮＰｒｓ８５５７９１は位置２１８０においてＣまたはＴをコードする。２１８０のヌクレオチドがシトシンである場合，アミノ酸７２７はアラニンである。ヌクレオチドがチミンである場合，アミノ酸７２７はバリンである。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＡＶ６９３１１４，Ｎ７０４１８，ＡＡ６０９０６６。
【０４８３】
ＳＧＰｒ４５１，配列番号５５，配列番号１１４は１０８０ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１０８０で終了し，１０８０ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３５９アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１２ｑ２３である。このヌクレオチド配列は以下の一塩基多型を含む（ＳＮＰの受託番号がアレル位置とともに与えられており，次に遺伝子中のＳＮＰのまわりの配列が与えられる）：ｓｓ１８８１３４９＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝２０１，ｇｇｇｃｇｃａｔｇｃａｒａｇｇ；ｓｓ１２６６９１１＿ａｌｌｅｌｅＰｏｓ＝１０１，ｃｃａｃｔｇｃａｃｔａａａｇａｃｒｃｔａｇ。ＳＮＰｓｓ１８８１３４９は位置２１７においてＡまたはＧをコードする。２１７のヌクレオチドがアデニンである場合，アミノ酸７３はリシン（Ｋ）である。ヌクレオチドがグアニンである場合，アミノ酸７３はグルタミン酸（Ｅ）である。ＳＮＰｓｓ１２６６９１１は位置４１２においてＡまたはＧをコードする。４１２がグアニンである場合，アミノ酸１３８はアラニン（Ａ）である。４１２がアデニンである場合，アミノ酸１３８はトレオニン（Ｔ）である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：ＢＧ７２２１３１，ＢＧ７２２２０３。
【０４８４】
ＳＧＰｒ４５２＿１，配列番号５６，配列番号１１５は８６７ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置８６７で終了し，８６７ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は２８８アミノ酸の長さである。この配列は全長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は１６ｐ１３．３である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４８５】
ＳＧＰｒ５０４，配列番号５７，配列番号１１６は１３５ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１３５で終了し，１３５ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４４アミノ酸の長さである。この配列は部分長蛋白質をコードする。これは次のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は不明である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４８６】
ＳＧＰｒ４６９，配列番号５８，配列番号１１７は１３８ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置１３８で終了し，１３８ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は４５アミノ酸の長さである。この配列は部分長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は不明である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：
ＡＷ７５３０２９，Ｚ１９０７０。核酸は短い反復配列を含む（反復の位置および配列）：５５ｇｇｇａｔｔｇｔｇａｇｃｔｇｇｇｇｃ７２。
【０４８７】
ＳＧＰｒ４００，配列番号５９，配列番号１１８は９３０ヌクレオチドの長さである。オープンリーディングフレームは位置１で開始し，位置９３０で終了し，９３０ヌクレオチドの長さのＯＲＦを与える。予測蛋白質は３０９アミノ酸の長さである。この配列は部分長蛋白質をコードする。これは以下のように分類される（スーパーファミリー／グループ／ファミリー）：プロテアーゼ，セリン，トリプシン。この遺伝子の細胞遺伝学的位置は４ｑ３２である。この配列は公共ＥＳＴｓのデータベース（ｄｂＥＳＴ）において以下のＥＳＴｓにより表される：なし。
【０４８８】
新規プロテアーゼポリペプチドの説明
ＳＧＰｒ３９７，配列番号１，配列番号６０は，３１５アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＺｎカルボキシペプチダーゼファミリーのカルボキシペプチダーゼプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１３９からアミノ酸２８０までＺｎカルボキシペプチダーゼ（ＰＦ００２４６）ドメインについての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置１４６である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：カルボキシペプチダーゼ活性化ペプチド（ＰＦ０２２４４），アミノ酸４１−１２０。プロセグメント成分（活性化ペプチド）はプロ酵素の折り畳みおよび活性の調節を担う（ｈｔｔｐ：／／ｐｆａｍ．ｗｕｓｔｌ．ｅｄｕ／ｃｇｉｂｉｎ／ｇｅｔｄｅｓｃ？ｎａｍｅ＝Ｐｒｏｐｅｐ＿Ｍｌ４を参照）。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝３．１０Ｅ−２２０；同一のアミノ酸の数＝３１５；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０６５０９４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：カルボキシペプチダーゼＢ前駆体［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０４８９】
ＳＧＰｒ４１３，配列番号２，配列番号６１は，３７４アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＺｎカルボキシペプチダーゼファミリーのカルボキシペプチダーゼプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸５０からアミノ酸２９１までＺｎカルボキシペプチダーゼ（ＰＦ００２４６）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２４８である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝５．９０Ｅ−９３；同一のアミノ酸の数＝１４６；同一性のパーセント＝４９％；類似性のパーセント＝６８％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＡＡＦ０１３４４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＦ１９０２７４）カルボキシペプチダーゼホモログ［Ｂｏｔｈｒｏｐｓ　ｊａｒａｒａｃａ］。
【０４９０】
ＳＧＰｒ４０４，配列番号３，配列番号６２は，５２９アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＺｎカルボキシペプチダーゼファミリーのカルボキシペプチダーゼプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸９１からアミノ酸４６６までＺｎカルボキシペプチダーゼ（ＰＦ００２４６）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２４８である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝５０２；同一性のパーセント＝９４％；類似性のパーセント＝９８％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０６１３５５．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：カルボキシペプチダーゼＸ２［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０４９１】
ＳＧＰｒ５３６＿１，配列番号４，配列番号６３は，４６７アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはパパインファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２０３からアミノ酸４５６までパパイン（ＰＦ００１１２）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置３３７である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．１０Ｅ−２７６；同一のアミノ酸の数＝４６７；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０７１４４７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：Ｐ３ＥＣＳＬ［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０４９２】
ＳＧＰｒ４１４，配列番号５，配列番号６４は，３３５３アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１９５１からアミノ酸２０４５までユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼファミリー２（ＵＣＨ２ｂ，ＰＦ００４４２），アミノ酸１７０１−１７３１。ユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼ（ＥＣ３．１．２．１５）（ＵＣＨ）（脱ユビキチン化酵素）はユビキチンのＣ−末端グリシンのペプチド結合を認識し加水分解するチオールプロテアーゼである。これらの酵素はポリユビキチン前駆体ならびにユビキチン化蛋白質のプロセシングに関与している。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝１２５９；同一性のパーセント＝９９％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０５５５２４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：ＫＩＡＡ０５７０遺伝子産物［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０４９３】
ＳＧＰｒ４３０，配列番号６，配列番号６５は，９８０アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸８８６からアミノ酸９５１までユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），アミノ酸３４２−３７３。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝９３０；同一性のパーセント＝９９％；類似性のパーセント＝９９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ１３４２０．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＢ０４６８１４）ＫＩＡＡ１５９４蛋白質［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０４９４】
ＳＧＰｒ４９６＿１，配列番号７，配列番号６６は，９５３アミノ酸の蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸８７５からアミノ酸９３５までユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），５９３−６９４；およびＺｎ−フィンガードメイン（ＰＦ０２１４８），ユビキチン−ヒドロラーゼ中に見いだされる，４６５−５３４。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．００Ｅ−１９０；同一のアミノ酸の数＝４９６；同一性のパーセント＝９５％；類似性のパーセント＝９８％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＡＡＦ６６９５３．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＦ２２９６４３）ユビキチン特異的プロテアーゼ［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０４９５】
ＳＧＰｒ４９５，配列番号８，配列番号６７は，７８３アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸６９５からアミノ酸７８１までユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），１９０−２２１；およびユビキチン−ヒドロラーゼ（ＰＦ０２１４８）中のＺｎ−フィンガー，４６５−５３４。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．４０Ｅ−１７６；同一のアミノ酸の数＝２８２；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＡＡＨ０５９９１．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＢＣ００５９９１）未知（ＭＧＣ用蛋白質：１４７９３）［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０４９６】
ＳＧＰｒ４０７，配列番号９，配列番号６８は，７５２アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸４８１からアミノ酸４９１までユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置８０からプロファイル位置９０である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．６０Ｅ−４０；同一のアミノ酸の数＝８０；同一性のパーセント＝７６％；類似性のパーセント＝８４％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０３６６０７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：ユビキチン特異的プロテアーゼ２３；ＮＥＤＤ８−特異的プロテアーゼ［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０４９７】
ＳＧＰｒ４５３，配列番号１０，配列番号６９は，７１２アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸６１５からアミノ酸６７７までユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），２７３−３０４；およびユビキチン−ヒドロラーゼ（ＰＦ０２１４８）中のＺｎ−フィンガー，アミノ酸２９−９９。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝７１２；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿１１５５２３．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：仮定蛋白質ＤＫＦＺｐ４３４Ｄ０１２７［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０４９８】
ＳＧＰｒ４４５，配列番号１１，配列番号７０は，２８９アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１９０からアミノ酸２２１までユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置３２である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝３．６０Ｅ−１８５；同一のアミノ酸の数＝２８９；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＡＡＨ０５９９１．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＢＣ００５９９１）未知（ＭＧＣ用蛋白質：１４７９３）［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０４９９】
ＳＧＰｒ４０１＿１，配列番号１２，配列番号７１は，３６６アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２９２からアミノ酸３６４までユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），アミノ酸３５−６６。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝７．３０Ｅ−２５４；同一のアミノ酸の数＝３６６；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ０７３７４３．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：仮定蛋白質ＦＬＪ１２５５２［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５００】
ＳＧＰｒ４０８，配列番号１３，配列番号７２は，１２８７アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸３９５からアミノ酸４７５までユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），アミノ酸１００−１３１。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）スミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝１２８７；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ５５０６３．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＫ０２７３６２）命名されていない蛋白質産物［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５０１】
ＳＧＰｒ４８０，配列番号１４，配列番号７３は，１６０４アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１５０６からアミノ酸１５６６までユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），７３４−７６５；および２つのＥＦハンド（ＰＦ０００３６），２３２−２６０，および２６８−２９６。多くのカルシウム結合蛋白質は同じ進化的ファミリーに属し，いずれもＥＦ−ハンドとして知られるタイプのカルシウム結合ドメインを有する（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｏｓｉｔｅ−ｓｅａｒｃｈ−ａｃ？ＰＤＯＣ０００１８を参照）。このタイプのドメインは，両側を１２残基のアルファヘリックスドメインに挟まれた１２残基のループから構成される。ＥＦ−ハンドループにおいては，カルシウムイオンは五角形の二錐体コンフィギュレーションで配位される。この蛋白質は予測ＣＡＡＸモチーフ（ＣＶＬＱ）を有し，これはこの蛋白質を膜画分に向かわせるかもしれない。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝１２７２；同一性のパーセント＝９９％；類似性のパーセント＝９９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿１１５９７１．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：ユビキチン特異的プロテアーゼ［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５０２】
ＳＧＰｒ４３１，配列番号１５，配列番号７４は，１０４２アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸８３６からアミノ酸９４８までユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），４４５−４７６。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．４０Ｅ−２５１；同一のアミノ酸の数＝３９７；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿１１５９４６．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：ＨＰ４３．８ＫＤ蛋白質［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５０３】
ＳＧＰｒ４２９，配列番号１６，配列番号７５は，１０３３アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸３３２からアミノ酸４１９までユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），８９−１２０。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．５０Ｅ−２５０；同一のアミノ酸の数＝３６８；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿１１５６１２．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：仮定蛋白質ＦＬＪ２３２７７［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質はアミノ酸８７−アミノ酸１０９に貫膜ドメインを有する。
【０５０４】
ＳＧＰｒ５０３，配列番号１７，配列番号７６は，５１７アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸４３２からアミノ酸５０１までユビキチンカルボキシル末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），６８−９９。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝５０８；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＡＡＨ０４８６８．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＢＣ００４８６８）未知（ＭＧＣ用蛋白質：１０７０２）［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質はアミノ酸３５−アミノ酸５７に貫膜ドメインを有する。
【０５０５】
ＳＧＰｒ４２７，配列番号１８，配列番号７７は，１１２３アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＵＣＨ２ｂファミリーのシステインプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸６４８からアミノ酸７０９までユビキチンカルボキシル−末端ヒドロラーゼファミリー２ｂ（ＰＦ００４４３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置７２である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＵＣＨ２ｂ（ＰＦ００４４２），１０１−１２９。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．８０Ｅ−９２；同一のアミノ酸の数＝２６９；同一性のパーセント＝３６％；類似性のパーセント＝５３％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＡＡＦ４７２６０．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＥ００３４６５）ＣＧ３８７２遺伝子産物［Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ　ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ］。
【０５０６】
ＳＧＰｒ０９２，配列番号１９，配列番号７８は，２６１アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＰｅｐＭ１０ファミリーのメタロプロテアーゼプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸７５からアミノ酸１９４までペプチダーゼ＿Ｍ１０（ＰＦ００４１３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置４９からプロファイル位置１６８である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：ＡＤＡＭドメイン，アミノ酸２０７−２１８。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝４．７０Ｅ−１７１；同一のアミノ酸の数＝２６１；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＸＰ＿０１１９７１．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：マトリクスメタロプロテイナーゼ２６［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５０７】
ＳＧＰｒ３５９，配列番号２０，配列番号７９は，４８３アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＰｅｐＭ１０ファミリーのメタロプロテアーゼプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸４４からアミノ酸２１２までペプチダーゼ＿Ｍ１０（ＰＦ００４１３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置１６８である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：３個のヘモペキシン（ＰＦ０００４５）ドメイン，３０２−４０３。ヘモペキシンはヘムに結合しこれを分解および鉄回収のために肝臓に輸送し，その後，遊離のヘモペキシンが循環中に戻る血清糖蛋白質である。ヘモペキシン様ドメインは２つのタイプの蛋白質において見いだされている：ビトロネクチン（血漿および組織に見いだされる細胞接着および核酸因子）およびマトリクスメタロプロテイナーゼファミリーのほとんどのメンバー（マトリクキシン），例えば，ＭＭＰ−１，ＭＭＰ−２，ＭＭＰ−３，ＭＭＰ−８，ＭＭＰ−９，ＭＭＰ−１０，ＭＭＰ−１１，ＭＭＰ−１２，ＭＭＰ−１３，ＭＭＰ−１４，ＭＭＰ−１５，ＭＭＰ−１６，ＭＭＰ−１７，ＭＭＰ−１８，ＭＭＰ−１９，ＭＭＰ−２０，ＭＭＰ−２４，およびＭＭＰ−２５（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｐｒｏｓｉｔｅ−ｓｅａｒｃｈ−ａｃ？ＰＤＯＣ０００２３を参照）。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝４８３；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿００４７６２．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：マトリクスメタロプロテイナーゼ２０プレプロ蛋白質；エナメリシン［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質はアミノ酸７−アミノ酸２９に貫膜ドメインを有する。これはシグナルペプチドとして機能するかもしれない。
【０５０８】
ＳＧＰｒ１０４＿ｌ，配列番号２１，配列番号８０は，７６５アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＰｅｐＭ１３ファミリーのメタロプロテアーゼプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸５６１からアミノ酸７６４までペプチダーゼ＿Ｍ１３（ＰＦ０１４３１）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２２２である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝７６５；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０５５５０８．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：ＫＩＡＡ０６０４遺伝子産物［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質はアミノ酸６１−アミノ酸８３に貫膜ドメインを有する。
【０５０９】
ＳＧＰｒ３０３，配列番号２２，配列番号８１は，４１８アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはＰｅｐＭ２ファミリーのメタロプロテアーゼプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１０からアミノ酸３９７までペプチダーゼ＿Ｍ１（ＰＦ０１４３３）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置４１６である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．２０Ｅ−２８４；同一のアミノ酸の数＝４０７；同一性のパーセント＝９７％；類似性のパーセント＝９８％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＣＡＡ１０７０９．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＪ１３２５８３）ピューロマイシン感受性アミノペプチダーゼ［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５１０】
ＳＧＰｒ４０２＿１，配列番号２３，配列番号８２は，７５５アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはズブチラーゼファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１１８からアミノ酸４３７までズブチラーゼ（ＰＦ０００８２）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置３６０である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝５１３；同一性のパーセント＝８２％；類似性のパーセント＝８９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＰ２９１２１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：神経内分泌コンベルターゼ３前駆体［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５１１】
ＳＧＰｒ４３４，配列番号２４，配列番号８３は，３９１アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸３９からアミノ酸４６までｐ２０−ＩＣＥ（ＰＦ００６５６）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１２９からプロファイル位置１３６である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝６．２０Ｅ−４３；同一のアミノ酸の数＝１０４；同一性のパーセント＝４２％；類似性のパーセント＝５９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０３６１６４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：貫膜トリプターゼ［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５１２】
ＳＧＰｒ４４６＿１，配列番号２５，配列番号８４は，２２６アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１３からアミノ酸２２７までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２４２である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．５０Ｅ−４０；同一のアミノ酸の数＝１０７；同一性のパーセント＝４５％；類似性のパーセント＝５７％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０３８９４９．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：遠位腸セリンプロテアーゼ［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５１３】
ＳＧＰｒ４４７，配列番号２６，配列番号８５は，２９５アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸３３からアミノ酸２７０までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．００Ｅ−９７；同一のアミノ酸の数＝１６７；同一性のパーセント＝６０％；類似性のパーセント＝７７％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ３０２７７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＫ０１６５０９）予測［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５１４】
ＳＧＰｒ４３２＿１，配列番号２７，配列番号８６は，６２８アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１１７からアミノ酸３４３までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置６からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝３．７０Ｅ−５６；同一のアミノ酸の数＝９５；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０７６８６９．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：仮定蛋白質ＩＭＡＧＥ３４５５２００［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質は２つの貫膜ドメインを有する，アミノ酸１０−アミノ酸２９，および８２−９９。アミノ酸１０−２９の領域はシグナルペプチドとして機能するかもしれない。
【０５１５】
ＳＧＰｒ５２９，配列番号２８，配列番号８７は，２７６アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１８４からアミノ酸１８７までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置４１３からプロファイル位置４１６である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．７０Ｅ−１８４；同一のアミノ酸の数＝２７６；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿００２７６７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：カリクレイン１０；プロテアーゼ，セリン様，１［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５１６】
ＳＧＰｒ４２８＿１，配列番号２９，配列番号８８は，２８５アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２４からアミノ酸２４６までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置７からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．９０Ｅ−５８；同一のアミノ酸の数＝９２；同一性のパーセント＝５３％；類似性のパーセント＝７３％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ２４２１５．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＫ００５７４０）予測［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。この蛋白質はアミノ酸２６２−アミノ酸２８４に貫膜ドメインを有する。
【０５１７】
ＳＧＰｒ４２５，配列番号３０，配列番号８９は，４１３アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２８７からアミノ酸３０６までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置３８７からプロファイル位置４０６である。この蛋白質は予測ＣＡＡＸモチーフ（ＣＡＹＧ）を有し，これはこの蛋白質を原形質膜に向けるかもしれない。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝５．８０Ｅ−２６８；同一のアミノ酸の数＝４１２；同一性のパーセント＝９９％；類似性のパーセント＝９９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＣＡＣ３５０７１．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＬ１２１９３９）ｄＪ２２３Ｅ３．１（予測分泌蛋白質ＺＳＩＧ１３）［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５１８】
ＳＧＰｒ５４８，配列番号３１，配列番号９０は，３２０アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸８６からアミノ酸３１３までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．６０Ｅ−１６８；同一のアミノ酸の数＝２５６；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＡＡＧ０９４６９．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＦ２４２１９５）ＫＬＫ１５［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５１９】
ＳＧＰｒ３９６，配列番号３２，配列番号９１は，３２８アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２８からアミノ酸２６２までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．６０Ｅ−５６；同一のアミノ酸の数＝１１１；同一性のパーセント＝４４％；類似性のパーセント＝６１％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＡ８４９４１．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＢ０１８６９４）表皮特異的セリンプロテアーゼ［Ｘｅｎｏｐｕｓ　ｌａｅｖｉｓ］。
【０５２０】
ＳＧＰｒ４２６，配列番号３３，配列番号９２は，４２５アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１９４からアミノ酸４１９までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝７．７０Ｅ−９３；同一のアミノ酸の数＝１８１；同一性のパーセント＝４３％；類似性のパーセント＝６１％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０５４７７７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：ＤＥＳＣ１蛋白質［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質はアミノ酸３０−アミノ酸５２に貫膜ドメインを有する。この領域はシグナルペプチドとして機能するかもしれない。
【０５２１】
ＳＧＰｒ５５２，配列番号３４，配列番号９３は，２２１アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２からアミノ酸２２２までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５５である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．２０Ｅ−４５；同一のアミノ酸の数＝９６；同一性のパーセント＝４２％；類似性のパーセント＝５９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号は０５４７７７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：ＤＥＳＣ１蛋白質［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５２２】
ＳＧＰｒ４０５，配列番号３５，配列番号９４は，９４８アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２１８からアミノ酸４０６までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置６０からプロファイル位置２５９である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：２つの追加のトリプシンドメイン，アミノ酸４１９−４９６，およびアミノ酸６３６−７６１。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．１０Ｅ−３０；同一のアミノ酸の数＝１１１；同一性のパーセント＝５４％；類似性のパーセント＝６５％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＰ１９２３６である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：肥満細胞腫プロテアーゼ前駆体［Ｃａｎｉｓ　ｆａｍｉｌｉａｒｉｓ］。
【０５２３】
ＳＧＰｒ４８５＿１，配列番号３６，配列番号９５は，３５２アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸６８からアミノ酸２９５までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝７．２０Ｅ−１３３；同一のアミノ酸の数＝２２３；同一性のパーセント＝９４％；類似性のパーセント＝９６％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ０３５６９．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＢ０４６６５１）仮定蛋白質［Ｍａｃａｃａ　ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓ］。
【０５２４】
ＳＧＰｒ５３４，配列番号３７，配列番号９６は，２６３アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸３４からアミノ酸２５６までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝３．６０Ｅ−１６５；同一のアミノ酸の数＝２５３；同一性のパーセント＝９６％；類似性のパーセント＝９８％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿００１８９７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：キモトリプシノーゲンＢ１［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質はアミノ酸２−アミノ酸２４に貫膜ドメインを有する。この領域はシグナルペプチドとして機能するかもしれない。
【０５２５】
ＳＧＰｒ３９０，配列番号３８，配列番号９７は，１１２８アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸８９６からアミノ酸１１２２までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：２つのトリプシンドメイン，アミノ酸２６４−５００，およびアミノ酸５７３−８００。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．６０Ｅ−５３；同一のアミノ酸の数＝１３５；同一性のパーセント＝４６％；類似性のパーセント＝５９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ２３６８４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＫ００４９３９）予測［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。この蛋白質はアミノ酸２８−アミノ酸５０に貫膜ドメインを有する。この領域はシグナルペプチドとして機能するかもしれない。
【０５２６】
ＳＧＰｒ５２１，配列番号３９，配列番号９８は，２５３アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸３０からアミノ酸２４５までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．３０Ｅ−１５５；同一のアミノ酸の数＝２５３；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿００５０３７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：カリクレイン７（キモトリプシン，角質層）；プロテアーゼ，セリン，６（キモトリプシン，角質層）［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５２７】
ＳＧＰｒ５３０＿１，配列番号４０，配列番号９９は，２７１アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１４からアミノ酸２５５までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．１０Ｅ−９５；同一のアミノ酸の数＝１４２；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＣＡＣ１２７０９．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＬ１３６０９７）ｂＡ６２Ｃ３．１（精巣セリンプロテアーゼと類似）［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５２８】
ＳＧＰｒ５２０，配列番号４１，配列番号１００は，５７８アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸７３からアミノ酸３０６までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．５０Ｅ−８３；同一のアミノ酸の数＝１５８；同一性のパーセント＝７３％；類似性のパーセント＝８３％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ２４５８７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＫ００６４３４）予測［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５２９】
ＳＧＰｒ４５５，配列番号４２，配列番号１０１は，９７０アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸４３３からアミノ酸６７４までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：トリプシン，アミノ酸４−１５６；および３つの３ｘＣＵＢドメイン（ＰＦ００４３１），アミノ酸１７５−８１２。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝５．９０Ｅ−１７９；同一のアミノ酸の数＝３８６；同一性のパーセント＝４１％；類似性のパーセント＝５８％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＴ３０３３７である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：ポリ蛋白質−アフリカカギツメカエル。
【０５３０】
ＳＧＰｒ５０７＿２，配列番号４３，配列番号１０２は，２６５アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸４２からアミノ酸１３５までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置３５からプロファイル位置１４８である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：トリプシンドメイン，アミノ酸２４７−２５８。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．４０Ｅ−１２１；同一のアミノ酸の数＝１９５；同一性のパーセント＝７３％；類似性のパーセント＝８１％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０８０５９３．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：リケンｃＤＮＡ１７０００１６Ｇ０５遺伝子［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５３１】
ＳＧＰｒ５５９，配列番号４４，配列番号１０３は，４５４アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２１７からアミノ酸４４４までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：低密度リポ蛋白質レセプタードメインクラスＡ（ＰＦ０００５７），アミノ酸７１−１０９。ＬＤＬ−レセプターのクラスＡドメインはＬＤＬおよびカルシウムの結合部位を形成する。４番目と６番目のシステインの間の酸性残基はＬＤＬＲのリガンド中の正に荷電した配列の高親和性結合に重要である。反復はベータヘアピン構造および続く一連のベータターンから構成されることが示されている（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｇｅｔ−ｐｒｏｄｏｃ−ｅｎｔｒｙ？ＰＤＯＣ００９２９を参照）。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．４０Ｅ−２８８；同一のアミノ酸の数＝４５４；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０７６９２７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：貫膜プロテアーゼ，セリン３［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質はアミノ酸４９−アミノ酸７１に貫膜ドメインを有する。
【０５３２】
ＳＧＰｒ５６７＿１，配列番号４５，配列番号１０４は，５３７アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２９６からアミノ酸５２４までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．７０Ｅ−１３５；同一のアミノ酸の数＝５３４；同一性のパーセント＝９９％；類似性のパーセント＝９９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿１１４４３５．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：モザイクセリンプロテアーゼ［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５３３】
ＳＧＰｒ４７９＿１，配列番号４６，配列番号１０５は，３２６アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸からアミノ酸２８８までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．７０Ｅ−３９；同一のアミノ酸の数＝１０７；同一性のパーセント＝４２％；類似性のパーセント＝５７％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿１１４１５４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：マラプシン［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５３４】
ＳＧＰｒ４８９＿１，配列番号４７，配列番号１０６は，５５６アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸５６からアミノ酸２５７までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２２７である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：２ｘＣＵＢドメイン（ＰＦ００４３１），アミノ酸３０４−５０３。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．７０Ｅ９０；同一のアミノ酸の数＝１９４；同一性のパーセント＝３７％；類似性のパーセント＝５４％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＴ３０３３８である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：オビダクチン［Ｘｅｎｏｐｕｓ　ｌａｅｖｉｓ］。
【０５３５】
ＳＧＰｒ４６５＿１，配列番号４８，配列番号１０７は，２９７アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２からアミノ酸２４０までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１２からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．７０Ｅ−７６；同一のアミノ酸の数＝１４４；同一性のパーセント＝４８％；類似性のパーセント＝６６％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０３３３８１．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：精巣セリンプロテアーゼ１［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５３６】
ＳＧＰｒ５２４＿１，配列番号４９，配列番号１０８は，８５０アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸６１３からアミノ酸８４２までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：３つの低密度リポ蛋白質レセプタードメインクラスＡドメイン（ＰＦ０００５７），４８９−６０３。ＬＤＬ−レセプターのクラスＡドメインはＬＤＬおよびカルシウムの結合部位を形成する。４番目と６番目のシステインの間の酸性残基はＬＤＬＲのリガンド中の正に荷電した配列の高親和性結合に重要である。反復はベータヘアピン構造および続く一連のベータターンから構成されることが示されている（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｇｅｔ−ｐｒｏｄｏｃ−ｅｎｔｒｙ？ＰＤＯＣ００９２９を参照）。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．３０Ｅ−７９；同一のアミノ酸の数＝１９３；同一性のパーセント＝４１％；類似性のパーセント＝５５％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ２３６８４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＫ００４９３９）予測［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。この蛋白質はアミノ酸７７−アミノ酸９９に貫膜ドメインを有する。
【０５３７】
ＳＧＰｒ４２２，配列番号５０，配列番号１０９は，４４７アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２１６からアミノ酸４４１までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝４．９０Ｅ−８０；同一のアミノ酸の数＝１７３；同一性のパーセント＝３９％；類似性のパーセント＝５９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ−０５４７７７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：ＤＥＳＣ１蛋白質［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質はアミノ酸３２からアミノ酸５４に貫膜ドメインを有する。この領域はシグナルペプチドとして機能するかもしれない。
【０５３８】
ＳＧＰｒ５３８，配列番号５１，配列番号１１０は，４５７アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸２１８からアミノ酸４４８までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝９．１ｅ−３１５；同一のアミノ酸の数＝４５７；同一性のパーセント＝１００％；類似性のパーセント＝１００％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿１１０３９７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：スピネシン［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。この蛋白質はアミノ酸４８−アミノ酸７０に貫膜ドメインを有する。この領域はシグナルペプチドとして機能するかもしれない。
【０５３９】
ＳＧＰｒ５２７＿１，配列番号５２，配列番号１１１は，８１８アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸４７からアミノ酸２８６までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：２つの追加のトリプシンドメイン，３２３−４５４，および５６４−６７９。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．３０Ｅ−５２；同一のアミノ酸の数＝１１４；同一性のパーセント＝４２％；類似性のパーセント＝５９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＡＡＨ０３８５１．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＢＣ００３８５１）プロテアーゼ，セリン，８（プロスタシン）に類似［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５４０】
ＳＧＰｒ５４２，配列番号５３，配列番号１１２は，２８４アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸３５からアミノ酸２５９までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．７０Ｅ−４１；同一のアミノ酸の数＝１１０；同一性のパーセント＝４３％；類似性のパーセント＝５８％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿００５３０８．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：グランザイムＭ前駆体；リンパ球ｍｅｔ−ａｓｅ１［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５４１】
ＳＧＰｒ５５１，配列番号５４，配列番号１１３は，８０２アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸５６８からアミノ酸７９７までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質中で同定された他のドメインは以下のとおりである：３つの低密度リポ蛋白質レセプタードメインクラスＡドメイン（ＰＦ０００５７），４４７−５５９。ＬＤＬ−レセプターのクラスＡドメインはＬＤＬおよびカルシウムの結合部位を形成する。４番目と６番目のシステインの間の酸性残基はＬＤＬＲのリガンド中の正に荷電した配列の高親和性結合に重要である。反復はベータヘアピン構造および続く一連のベータターンから構成されることが示されている（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｇｅｔ−ｐｒｏｄｏｃ−ｅｎｔｒｙ？ＰＤＯＣ００９２９を参照）。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝０；同一のアミノ酸の数＝６７５；同一性のパーセント＝８４％；類似性のパーセント＝９０％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ２３６８４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＫ００４９３９）予測［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。この蛋白質はアミノ酸４４−アミノ酸６６に貫膜ドメインを有する。この領域はシグナルペプチドとして機能するかもしれない。
【０５４２】
ＳＧＰｒ４５１，配列番号５５，配列番号１１４は，３５９アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸８９からアミノ酸３２４までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝９．９０Ｅ−４１；同一のアミノ酸の数＝１０１；同一性のパーセント＝３９％；類似性のパーセント＝５９％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０７２１５２．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：副腎分泌性セリンプロテアーゼ前駆体［Ｒａｔｔｕｓ　ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ］。
【０５４３】
ＳＧＰｒ４５２１，配列番号５６，配列番号１１５は，２８８アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸７３からアミノ酸２８０までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝１．４０Ｅ−８１；同一のアミノ酸の数＝１４２；同一性のパーセント＝５７％；類似性のパーセント＝７２％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＡＡＫ１５２６４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＦ３０５４２５）移植セリンプロテイナーゼ２［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５４４】
ＳＧＰｒ５０４，配列番号５７，配列番号１１６は，４４アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１からアミノ酸４５までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置５２である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．４０Ｅ−１３；同一のアミノ酸の数＝２６；同一性のパーセント＝６１％；類似性のパーセント＝８８％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿００２０９５．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：グランザイムＫ前駆体；グランザイム３；グランザイムＫ（セリンプロテアーゼ，グランザイム３）；トリプターゼＩＩ［Ｈｏｍｏ　ｓａｐｉｅｎｓ］。
【０５４５】
ＳＧＰｒ４６９，配列番号５８，配列番号１１７は，４５アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１からアミノ酸４６までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置２１０からプロファイル位置２５９である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．２０Ｅ−１７；同一のアミノ酸の数＝３２；同一性のパーセント＝６９％；類似性のパーセント＝８４％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＢＡＢ３０２７７．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：（ＡＫ０１６５０９）予測［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５４６】
ＳＧＰｒ４００，配列番号５９，配列番号１１８は，３０９アミノ酸の長さの蛋白質をコードする。これはトリプシンファミリーのセリンプロテアーゼとして分類される。この蛋白質中のプロテアーゼドメインはアミノ酸１３３からアミノ酸２８１までトリプシン（ＰＦ０００８９）についての隠れマルコフプロファイルとマッチする。蛋白質配列とマッチするＨＭＭＲプロファイル中の位置はプロファイル位置１からプロファイル位置１９８である。この蛋白質配列を用いたアミノ酸配列の公共データベース（ＮＲＡＡ）のスミス・ウォーターマン検索（ＰＡＭ１００，ギャップオープン１２および延長ペナルティー２）の結果は以下のとおりである：Ｐスコア＝２．３０Ｅ−１６；同一のアミノ酸の数＝７２；同一性のパーセント＝３８％；類似性のパーセント＝４８％；ＮＲＡＡ中の最も類似するエントリーの受託番号はＮＰ＿０３６１６４．１である；ＮＲＡＡ中の最も類似する蛋白質の名前または説明および種は次のとおりである：貫膜トリプターゼ［Ｍｕｓ　ｍｕｓｃｕｌｕｓ］。
【０５４７】
実施例２：哺乳動物プロテアーゼの発現分析
材料および方法
定量的ＰＣＲ分析
種々の正常ヒト組織および細胞株からＲＮＡを単離する。一本鎖ｃＤＮＡは，１０μｇの各ＲＮＡからＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ　ＰｒｅａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎＳｙｓｔｅｍ（ＧｉｂｃｏＢＲＬ）を用いて上述のようにして合成する。次に，これらの一本鎖テンプレートを，Ｌｉｇｈｔ　Ｃｙｃｌｅｒ（Ｒｏｃｈｅ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ）中で実時間ＰＣＲ反応で，特異的プライマー対を用いて直線的に増幅する。グラフの読みは，全ＲＮＡ調製物中の標的とする遺伝子の相対的量の定量的分析を提供する。
【０５４８】
ＤＮＡアレイに基づく発現分析
種々の正常ヒト組織，凍結切片および細胞株からＤＮＡを含まないＲＮＡを単離する。ＳＭＡＲＴＰＣＲｃＤＮＡ合成手法（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）を改変して用いて，１０μｇのＲＮＡまたは１μｇのｍＲＮＡから一本鎖ｃＤＮＡを合成する。ユニークなオリゴヌクレオチド配列を有する各転写産物の５’末端と３’末端を非対称的に標識するために，この方法を改変することができる。次に，ＡｄｖａｎｔａｇｅロングレンジＰＣＲ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）を用いてＬｉｇｈｔ　Ｃｙｃｌｅｒ　ＰＣＲ装置で得られたｓｓｃＤＮＡを直線的に増幅する。グラフの実時間ディスプレイが生成物がプラトーに達し始めたことを示したときに反応を停止させる。ＭｉｌｌｉｐｏｒｅＤＮＡ精製マトリクスを用いて二本鎖ｃＤＮＡ生成物を精製し，乾燥し，再懸濁し，定量し，アガロースゲルで分析する。得られる要素を”組織ｃＤＮＡ”と称する。
【０５４９】
Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ（ＧＭＳ）アレイ作製器を５００ｎｇ／μｌで用いて，ＧＡＰＳ被覆ガラススライド（Ｃｏｒｎｉｎｇ）上に組織ｃＤＮＡをスポットする。
【０５５０】
各新規エクソンに対して蛍光標識オリゴヌクレオチドを合成して，これらが最も近い既知のホモログとの内部ミスマッチを含むことを確実にする。典型的にはオリゴは４５ヌクレオチドの長さであり，５’末端でＣｙ５で標識する。
【０５５１】
エクソン特異的Ｃｙ５標識オリゴをガラススライド上にアレイされた組織ｃＤＮＡにハイブリダイズさせ，標準的緩衝液および条件を用いて洗浄する。次にハイブリダイズしたシグナルを，ＧＭＳ  Ｓｃａｎｎｅｒを用いて定量する。
【０５５２】
あるいは，３８４ピンレプリケータを用いて組織ｃＤＮＡを手動でナイロン膜上にスポットし，３２Ｐ末端標識オリゴプローブにハイブリダイズさせる。
【０５５３】
目的とする疾病領域に関連性のある情報を提供するように，および各プロテアーゼの作用の生物学的メカニズムを反映するように選択された多数のＲＮＡテンプレートから組織ｃＤＮＡを生成する。これらのテンプレートには，以下のものが含まれる：癌関連遺伝子を同定するためにヒト腫瘍細胞株，原発性ヒト腫瘍の凍結切片および３２の正常ヒト組織；ＣＮＳ関連遺伝子については正常，アルツハイマー病，パーキンソン病，および精神分裂病脳領域の切片；代謝関連遺伝子については正常および糖尿病または肥満骨格筋，脂肪細胞，または肝臓；および精製された造血細胞，および免疫関連遺伝子についてはリンパ様組織。作用の遺伝子メカニズムを特性決定するためには，新脈管形成（ＶＥＧＦリガンド，抗脈管形成剤，または低酸素で処理した培養内皮細胞），運動性（ＨＧＦリガンドで刺激したＡ５４９細胞，正常位転移，原発性腫瘍およびこれに対応する転移性腫瘍），細胞サイクル（薬剤ブロックにより同調させ，細胞サイクルの種々の時間に回収したＨｅｌａ，Ｈ１２９９，および他の細胞株），チェックポイントの完全性およびＤＮＡ修復（γ線照射，ＵＶ，シスプラチナまたは酸化的ストレスで処理したｐ５３正常および欠損細胞），および細胞生存（分化するよう誘導した細胞またはアポトーシスの種々の段階）を反映するように組織ｃＤＮＡを生成する。
【０５５４】
実施例３：哺乳動物プロテアーゼをコードするｃＤＮＡの単離
材料および方法
新規クローンの同定
総ＲＮＡは，原発性ヒト腫瘍，正常および腫瘍細胞株，正常ヒト組織，およびソートしたヒト造血細胞細胞からＣｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉおよびＳａｃｃｈｉ（Ｐ．Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ　ａｎｄ　Ｎ．Ｓａｃｃｈｉ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１６２，１５６（１９８７））のグアニジン塩／フェノール抽出プロトコルを用いて単離する。これらのＲＮＡを用いて，Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ　Ｐｒｅ　Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　Ｓｙｓｔｅｍ（ＧＩＢＣＯ　ＢＲＬ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ；Ｇｅｒａｒｄ，ＧＦ　ｅｔ　ａｌ．（１９８９），ＦＯＣＵＳ　１１，６６）を用いて，製造元により推奨される条件で一本鎖ｃＤＮＡを生成する。典型的な反応においては，６０μｌの反応容量中で１０μｇの総ＲＮＡおよび１．５μｇのオリゴ（ｄＴ）１２−１８を用いる。生成物をＲＮａｓｅＨで処理し，Ｈ２Ｏで１００μｌに希釈する。続くＰＣＲ増幅のためには，１−４μｌのこのｓｓｃＤＮＡを各反応において用いる。
【０５５５】
縮重オリゴヌクレオチドは，Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ３９４８ＤＮＡ合成機で確立されたホスホルアミダイト化学を用いて合成し，エタノールで沈澱させ，精製せずにＰＣＲ用に用いる。これらのプライマーは，いくつかの蛋白質プロテアーゼの触媒ドメイン中の保存モチーフのセンスおよびアンチセンス鎖に由来する。縮重ヌクレオチド残基の表示は以下のとおりである：Ｎ＝Ａ，Ｃ，Ｇ，またはＴ；Ｒ＝ＡまたはＧ；Ｙ＝ＣまたはＴ；Ｈ＝Ａ，ＣまたはＴ，Ｇではない；Ｄ＝Ａ，ＧまたはＴ，Ｃではない；Ｓ＝ＣまたはＧ；およびＷ＝ＡまたはＴ。
【０５５６】
ＰＣＲ反応は，多数の一本鎖ｃＤＮＡに適用される縮重プライマーを用いて行う。プライマーをそれぞれ最終濃度５μＭで，１０ｍＭ  ＴｒｉｓＨＣｌ，ｐＨ８．３，５０ｍＭ  ＫＣｌ，１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ２，各２００μＭデオキシヌクレオシド三リン酸，０．００１％ゼラチン，１．５Ｕ  ＡｍｐｌｉＴａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ／Ｃｅｔｕｓ），および１−４μｇのｃＤＮＡを含む混合物に加える。９５℃で３分間変性させた後，サイクルの条件は，９４℃で３０秒間，５０℃で１分間，および７２℃で１分４５秒間を３５サイクルである。３００−３５０ｂｐの間に移動したＰＣＲフラグメントをＧｅｎｅＣｌｅａｎキット（Ｂｉｏ１０１）を用いて２％アガロースゲルから単離し，製造元のプロトコルにしたがってｐＣＲＩＩベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ．Ｕ．Ｓ．Ａ．）中にＴ−Ａクローニングする。
【０５５７】
Ｑｉａｇｅｎカラムを用いるミニプラスミドＤＮＡ調製用にコロニーを選択し，サイクルシークエンシング染料ターミネータキットおよびＡｍｐｌｉＴａｑＤＮＡポリメラーゼ，ＦＳ（ＡＢＩ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を用いてプラスミドＤＮＡを配列決定する。配列決定反応生成物はＡＢＩ  Ｐｒｉｓｍ  ３７７  ＤＮＡシークエンサーにかけ，ＢＬＡＳＴアラインメントアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−１０）を用いて分析する。
【０５５８】
追加のＰＣＲ戦略を用いて，正確なまたはほぼ正確なオリゴヌクレオチドプライマーを用いて種々のＰＣＲフラグメントまたはＥＳＴを接続する。ＰＣＲ条件は上述したとおりであるが，ただし，アニーリング温度は，式：Ｔｍ＝４（Ｇ＋Ｃ）＋２（Ａ＋Ｔ）を用いて各オリゴ対について計算する。
【０５５９】
ｃＤＮＡクローンの単離：
ヒトｃＤＮＡライブラリをプロテアーゼ関連遺伝子に対応するＰＣＲまたはＥＳＴフラグメントで探索する。プローブをランダムプライミングにより３２Ｐで標識し，ライブラリスクリーニングの標準的手法にしたがって，２ｘ１０６ｃｐｍ／ｍＬで用いる。プレハイブリダイゼーション（３時間）およびハイブリダイゼーション（一夜）は，５ＸＳＳＣ，５Ｘデンハルト溶液，２．５％硫酸デキストラン，５０ｍＭＮａ２ＰＯ４／ＮａＨＰＯ４，ｐＨ７．０，５０％ホルムアミド，１００ｍｇ／ｍＬ変性サケ精子ＤＮＡ中で４２℃で行う。ストリンジェントな洗浄は，６５℃で，０．１ＸＳＳＣおよび０．１％ＳＤＳ中で行う。ＤＮＡ配列決定は，サイクルシークエンシング染料ターミネータキットを用い，ＡｍｐｌｉＴａｑＤＮＡポリメラーゼＦＳ（ＡＢＩ，Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を用いて両方の鎖について行う。配列決定反応生成物をＡＢＩ  Ｐｒｉｓｍ  ３７７  ＤＮＡシークエンサーにかける。
【０５６０】
実施例４：哺乳動物プロテアーゼの発現分析
材料および方法
ノザンブロット分析
ノザンブロットは，ヒト成人組織（例えば，胸腺，肺，十二指腸，結腸，精巣，脳，小脳，皮質，唾液腺，肝臓，膵臓，腎臓，脾臓，胃，子宮，前立腺，骨格筋，胎盤，乳腺，膀胱，リンパ節，脂肪組織），および２つのヒト胎児正常組織（胎児肝臓，胎児脳）からの６０種類のヒト腫瘍細胞株（例えば，ＨＯＰ−９２，ＥＫＶＸ，ＮＣＩ−Ｈ２３，ＮＣＩ−Ｈ２２６，ＮＣＩ−Ｈ３２２Ｍ，ＮＣＩ−Ｈ４６０，ＮＣＩ−Ｈ５２２，Ａ５４９，ＨＯＰ−６２，ＯＶＣＡＲ−３，ＯＶＣＡＲ−４，ＯＶＣＡＲ−５，ＯＶＣＡＲ−８，ＩＧＲＯＶ１，ＳＫ−ＯＶ−３，ＳＮＢ−１９，ＳＮＢ−７５，Ｕ２５１，ＳＦ−２６８，ＳＦ−２９５，ＳＦ−５３９，ＣＣＲＦ−ＣＥＭ，Ｋ−５６２，ＭＯＬＴ−４，ＨＬ−６０，ＲＰＭＩ８２２６，ＳＲ，ＤＵ−１４５，ＰＣ−３，ＨＴ−２９，ＨＣＣ−２９９８，ＨＣＴ−１１６，ＳＷ６２０，Ｃｏｌｏ２０５，ＨＴＣ１５，ＫＭ−１２，ＵＯ−３１，ＳＮ１２Ｃ，Ａ４９８，ＣａＫｉｌ，ＲＸＦ−３９３，ＡＣＨＮ，７８６−０，ＴＫ−１０，ＬＯＸＩＭＶＩ，Ｍａｌｍｅ−３Ｍ，ＳＫ−ＭＥＬ−２，ＳＫ−ＭＥＬ−５，ＳＫ−ＭＥＬ−２８，ＵＡＣＣ−６２，ＵＡＣＣ−２５７，Ｍ１４，ＭＣＦ−７，ＭＣＦ−７／ＡＤＲＲＥＳ，Ｈｓ５７８Ｔ，ＭＤＡ−ＭＢ−２３１，ＭＤＡ−ＭＢ−４３５，ＭＤＡ−Ｎ，ＢＴ−５４９，Ｔ４７Ｄ）から単離した１０μｇの総ＲＮＡを変性ホルムアルデヒド１．２％アガロースゲルに流し，ナイロン膜に移すことにより調製する。
【０５６１】
フィルターを，プロテアーゼ遺伝子のいくつかの挿入物から合成したランダムプライミング［α３２Ｐ］ｄＣＴＰ標識プローブでハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーションは，６ＸＳＳＣ，０．１％ＳＤＳ，１Ｘデンハルト溶液，１００μｇ／ｍＬの変性ニシン精子ＤＮＡ中で，１−２ｘ１０６ｃｐｍ／ｍＬの３２Ｐ標識ＤＮＡプローブで４２℃で一夜行う。フィルターを０．１ＸＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ中で６５℃で洗浄し，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｙｎａｍｉｃｓホスファーイメージャーで露光する。
【０５６２】
定量的ＰＣＲ分析
種々の正常ヒト組織および細胞株からＲＮＡを単離する。一本鎖ｃＤＮＡは，１０μｇの上述した各ＲＮＡからＳｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ　Ｐｒｅａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ　Ｓｙｓｔｅｍ（Ｇｉｂｃｏ　ＢＲＬ）を用いて合成する。次に，これらの一本鎖テンプレートを各クローンに特異的なプライマーとともに２５サイクルのＰＣＲ反応において用いる。反応生成物を２％アガロースゲルで電気泳動し，エチジウムブロマイドにより染色し，ＵＶ光ボックスで写真を撮る。各試料についてＳＴＫ特異的バンドの相対的強度を評価する。
【０５６３】
ＤＮＡアレイに基づく発現分析
プラスミドＤＮＡアレイブロットは，各プロテアーゼについて０．５μｇの変性プラスミドをナイロン膜に付加することにより調製する。［γ３２Ｐ］ｄＣＴＰ標識一本鎖ＤＮＡプローブは，いくつかのヒト免疫組織起源または腫瘍細胞（例えば，胸腺，樹状細胞，肥満細胞，単球，Ｂ細胞（初代，Ｊｕｒｋａｔ，ＲＰＭＩ８２２６，ＳＲ），Ｔ細胞（ＣＤ８／ＣＤ４＋，ＴＨ１，ＴＨ２，ＣＥＭ，ＭＯＬＴ４），Ｋ５６２（巨核球）から単離された総ＲＮＡから合成する。ハイブリダイゼーションは，４２℃で１６時間，６ＸＳＳＣ，０．１％ＳＤＳ，１Ｘデンハルト溶液，１００μｇ／ｍＬ変性ニシン精子ＤＮＡ中で，１０６ｃｐｍ／ｍＬの［γ３２Ｐ］ｄＣＴＰ標識一本鎖プローブを用いて行う。フィルターを０．１ＸＳＳＣ／０．１％ＳＤＳで６５℃で洗浄し，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｙｎａｍｉｃｓホスファーイメージャーで定量的分析を行う。
【０５６４】
実施例５：プロテアーゼ遺伝子発現
ベクターの構築
材料および方法
発現ベクターの構築
いくつかのヒトｃＤＮＡから発現構築物を作成する：ａ）ｐＣＤＮＡ発現ベクター中の全長クローン；ｂ）ＧＳＴ発現カセットのＣ末端に融合させた新規プロテアーゼの触媒ドメインを含むＧＳＴ融合構築物；およびｃ）ｐＣＤＮＡベクター中に挿入されたプロテアーゼドメイン中の予測ポリペプチド切断部位に変異を含む全長クローン。
【０５６５】
プロテアーゼのこれらの変異体は優性阻害構築物として機能するかもしれず，これらの新規プロテアーゼの機能を解明するために用いられる。
【０５６６】
実施例６：プロテアーゼに対する特異的免疫試薬の作成
材料および方法
単離されたプロテアーゼポリペプチドに対応するＫＬＨ−またはＭＡＰ−コンジュゲート化合成ペプチドに対する特異的免疫試薬をウサギで生成させる。Ｃ末端ペプチドをグルタルアルデヒドでＫＬＨとコンジュゲートさせ，遊離Ｃ末端を残した。内部ペプチドは，ブロックされたＮ末端を用いてＭＡＰ−コンジュゲートさせた。追加の免疫試薬はまた，細菌で発現させた各新規ＰＴＫまたはＳＴＫの細胞質ドメインを含むＧＳＴ融合蛋白質でウサギを免疫することにより生成することができる。内因性起源について試験する前に，最初に，種々の免疫血清を，組換え蛋白質に対する反応性および選択性について試験する。
【０５６７】
ウエスタンブロット
ＳＤＳ　ＰＡＧＥの蛋白質をイモビロン膜に移す。洗浄緩衝液はＰＢＳＴ（標準的リン酸緩衝化食塩水，ｐＨ７．４＋０．１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）である。ブロッキングおよび抗体インキュベーション緩衝液はＰＢＳＴ＋５％ミルクである。抗体希釈は１：１０００から１：２０００の範囲である。
【０５６８】
実施例７：プロテアーゼの組換え発現および生物学的アッセイ
材料および方法
哺乳動物細胞におけるプロテアーゼの過渡的発現
プロテアーゼ構築物を含むｐｃＤＮＡ発現プラスミド（１０μｇＤＮＡ／１００ｍｍプレート）をリポフェクタミン（Ｇｉｂｃｏ　ＢＲＬ）とともに２９３細胞中に導入する。７２時間後，細胞を０．５ｍＬの可溶化緩衝液（２０ｍＭＨＥＰＥＳ，ｐＨ７．３５，１５０ｍＭ　ＮａＣｌ，１０％グリセロール，１％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００，１．５ｍＭ　ＭｇＣｌ２，１ｍＭ  ＥＧＴＡ，２ｍＭフッ化フェニルメチルスルホニル，１μｇ／ｍＬアプロチニン）中に回収する。試料アリコートを６％アクリルアミド／０．５％ビスアクリルアミドゲルのＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）で分離し，電気泳動的にニトロセルロースに移す。非特異的結合は，ブロットをＢｌｏｔｔｏ（５％ｗ／ｖ無脂乾燥ミルクおよび０．２％ｖ／ｖ  Ｎｏｎｉｄｅｔ  Ｐ−４０（Ｓｉｇｍａ）を含有するリン酸緩衝化食塩水）中でプレインキュベートすることによりブロックし，種々の抗ペプチドまたは抗ＧＳＴ融合蛋白質特異的抗血清を用いて組換え蛋白質を検出する。
【０５６９】
インビトロプロテアーゼアッセイ
蛍光発生ペプチドを用いるインビトロプロテアーゼアッセイ
アッセイは蛍光分光計，例えばＰｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ２０４Ｓを用いて行う。標準的反応混合物（１００μｌ）は，２００ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ，ｐＨ８．５，および２００μＭ蛍光発生ペプチド基質を含む。酵素を加えた後，反応混合物を３７℃で３０分間インキュベートし，１．９ｍｌの１２５ｍＭＺｎＳＯ４を加えることにより停止する（Ｂｒｅｎｎｅｒ，Ｃ．，ａｎｄ  Ｆｕｌｌｅｒ，Ｒ．Ｓ．，１９９２，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８９：９２２−９２６）。ミクロ遠心分離器で１分間遠心分離することにより沈殿物を除去し（１５，０００ｘｇ），上清に放出される生成物（７−アミノ−４−メチル−クマリン）の速度を蛍光計で判定する［（励起）＝３８５ｎｍ，（放出）＝４６５ｎｍ］。文献で用いられている基質の例には次のものがある：Ｂｏｃ−Ｇｌｙ−Ａｒｇ−Ａｒｇ−４−メチルクマリル−７−アミド（ＭＣＡ），Ｂｏｃ−Ｇｌｎ−Ａｒｇ−Ａｒｇ−ＭＣＡ，Ｚ−Ａｒｇ−Ａｒｇ−ＭＣＡ，およびｐＧｌｕ−Ａｒｇ−Ｔｈｒ−Ｌｙｓ−Ａｒｇ−ＭＣＡ。保存溶液（１００ｍＭ）は，ペプチドをジメチルスルホキシドに溶解することにより調製し，次にこれを使用前に水で１ｍＭの作業溶液に希釈する（このアッセイの詳細は，Ｒ．Ｙｏｓｕｆ，ｅｔ  ａｌ．Ｒ  Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，Ｖｏｌ．２７５，Ｉｓｓｕｅ  １４，９９６３−９９６９，Ａｐｒｉｌ  ７，２０００（図面および表を含め本明細書の一部としてここに引用する）に見いだされる）。
【０５７０】
蛍光発生ペプチドを用いる無傷の細胞におけるプロテアーゼアッセイ
カルパイン活性は，細胞内チオールコンジュゲート化Ｂｏｃ−Ｌｅｕ−Ｍｅｔ−ＣＭＡＣからの蛍光生成物であるＡＭＣの生成速度により測定する（Ｒｏｓｓｅｒ，Ｂ．Ｇ．，Ｐｏｗｅｒｓ，Ｓ．Ｐ．，ａｎｄ　Ｇｏｒｅｓ，Ｇ．Ｊ．（１９９３）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８，２３５９３−２３６００）。細胞を分散させ，ガラスカバースリップ上で成長させ，生理食塩水溶液を３７℃で連続的に注ぎ，順番に定量的蛍光イメージングシステムで画像化する。ｔ＝０において，Ｂｏｃ−Ｌｅｕ−Ｍｅｔ−ＣＭＡＣ（１０μＭ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｐｒｏｂｅｓ）を注入溶液に導入し，個々の細胞の平均蛍光強度（励起３５０ｎｍ，放出４７０ｎｍ）を６０秒間隔で測定する。１０分において，ＴＮＦ−（３０ｎｇ／ｍｌ）を１０μＭのＢｏｃ−Ｌｅｕ−Ｍｅｔ−ＣＭＡＣを含む注入溶液に加える。時間に対する蛍光の変化の傾きは細胞内カルパイン活性を表す（Ｒｏｓｓｅｒ，ｅｔ　ａｌ．，１９９３，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：２３５９３−２３６００）。全細胞集団におけるカルパインアッセイのためには，細胞の懸濁培養物に１０μＭのＢｏｃ−Ｌｅｕ−Ｍｅｔ−ＣＭＡＣを負荷し，ＴＮＦαを添加する前および後で細胞内蛍光の変化をＦＡＣＳ　Ｖａｎｔａｇｅシステムを用いて３７℃で測定する。ＡＭＣの細胞蛍光は３６０−ｎｍ励起フィルターおよび４０５−ｎｍ長経路放出フィルターを用いて測定する（このアッセイの詳細は，Ｈａｎ，ｅｔ　ａｌ．，１９９９，Ｊ　Ｂｉｏｌ　Ｃｈｅｍ，２７４：７８７−７９４（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）に見いだすことができる）。
【０５７１】
発色基質を用いるプロテアーゼアッセイ
酵素の蛋白質分解活性は，市販のアッセイシステム（Ａｔｈｅｎａ　Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．）を用いて測定する。アッセイには，マトリクスに架橋させた染料−蛋白質コンジュゲートのユニバーサル基質を用いる。プロテアーゼ活性は，マトリクスから上清に放出される染料の吸光度を測定することにより分光高度計で測定する。酵素および基質を含む反応バイアルを３７℃で３時間インキュベートする。異なるインキュベーション時間で活性を測定し，５００μｌの０．２ＮＮａＯＨを各バイアルに加えることにより反応を停止させる。各反応バイアルの上清の吸光度を４５０ｎｍで測定する。蛋白質分解活性は，１０μｌ（約１０μｇ）の精製蛋白質を用いて，５０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）中の５μｇのカゼイン（Ｓｉｇｍａ）とともに，３７℃で３０分間，１時間または２時間インキュベートしてモニターする。反応生成物をＳＤＳ−ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離し，クマシーブルーで染色することにより蛋白質を可視化する（このアッセイの詳細は，Ｆａｃｃｉｏ，ｅｔ　ａｌ．，２０００，Ｊ　Ｂｉｏｌ　Ｃｈｅｍ，２７５：２５８１−２５８８（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）に見いだすことができる）。
【０５７２】
膜に結合した放射性標識基質を用いるプロテアーゼアッセイ
標識していないプロテアーゼを緩衝液（１００ｍＭ　ＨＥＰＥＳ，１００ｍＭ　ＮａＣｌ，１２５μＭ酢酸マグネシウム，１２５μＭ酢酸亜鉛，ｐＨ７．５）中で放射性標識基質を含有する膜と混合し，３０℃でインキュベートする。典型的には，各反応は最終容量８０−１００μｌである。各反応は，同じ最終濃度の溶解緩衝液成分（２５ｍＭ　Ｔｒｉｓ，０．１Ｍソルビトール，０．５ｍＭ　ＥＤＴＡ，０．０１％ＮａＮ３，ｐＨ７．５）に対して標準化する。これは，各反応に加える膜の量が様々であるためである。金属イオン特異性を調べるためには，基質なしで反応を組立て，１．１２５ｍＭの１，１０−オルトフェナントロリンで氷上で２０分間予備処理する。次に，金属イオンおよび基質含有膜を加え，３０℃でインキュベートすることにより反応を開始させる。これらを加えることにより，１，１０−オルトフェナントロリンは最終濃度１ｍＭに希釈される。金属イオンを酢酸塩の形で，まず２ｍＭ濃ＨＣｌで酸性にし，次に１ｍＭＨＥＰＥＳ，ｐＨ７．５で中和した２５−１００ｍＭの保存溶液から加える（Ｚｎ２＋，Ｍｇ２＋，Ｃｕ２＋，Ｃｏ２＋，またはＣａ２＋）。この工程は酢酸亜鉛を完全に溶解するために必要である。免疫沈澱による分析のためには，試料を０．１％ＳＤＳを含む免疫沈澱緩衝液で１０−２０倍に希釈し（Ｂｅｒｋｏｗｅｒ，Ｃ．，ａｎｄ  Ｍｉｃｈａｅｌｉｓ，Ｓ．（１９９１）ＥＭＢＯ  Ｊ．１０：３７７７−３７８５），不溶性物質を除去し（１３，０００ｘｇ，５−１０分間，４℃），基質特異的抗体で免疫沈澱させる。あるいは，試料をＳＤＳ（最終濃度０．５％）により可溶化し，３分間煮沸し，免疫沈澱緩衝液で希釈した後，直接免疫沈澱させる。免疫沈澱物を記載されるようにＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動に供し，２０％トリクロロ酢酸で７分間固定し，乾燥し，ホスファーイメージャースクリーンに露光して検出および定量を行う（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｙｎａｍｉｃｓ，Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡ）。上述の試薬はすべてＳｉｇｍａから購入することができる。（このアッセイの詳細は，Ｓｃｈｍｉｄｔ，ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２７５：６２２７−６２３３（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）に見いだすことができる）。このアッセイを変形して膜に結合させていない基質に簡単に適用することができる。
【０５７３】
種々のプロテアーゼアッセイの包括的議論は，Ｔｈｅ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ  Ｅｎｚｙｍｅｓ，Ａｌａｎ  Ｊ．Ｂａｒｒｅｔｔ（Ｅｄｉｔｏｒ），Ｎｅｉｌ  Ｄ．Ｒａｗｌｉｎｇｓ（Ｅｄｉｔｏｒ），Ｊ．Ｆｒｅｄ  Ｗｏｅｓｓｎｅｒ（Ｅｄｉｔｏｒ）（Ｆｅｂｒｕａｒｙ  １９９８）Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ；ＩＳＢＮ：０−１２−０７９３７０−９（図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する）に見いだすことができる。
【０５７４】
細菌で発現させたプロテアーゼのＧＳＴ融合構築物について類似のアッセイを行う。
【０５７５】
実施例８ａ：プロテアーゼの染色体位置
材料および方法
いくつかの情報源を用いて，本明細書に記載される遺伝子のそれぞれの染色体上の位置に関する情報を得た。最初に，Ｃｅｌｅｒａ　Ｂｒｏｗｓｅｒを用いて遺伝子をマッピングした。あるいは，ゲノムコンティグ（ＮＲＮＡに対するＢＬＡＳＴ　により同定）の受託番号を用いて，Ｅｎｔｒｅｚ　Ｇｅｎｏｍｅ　Ｂｒｏｗｓｅｒ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＰＭＧｉｆｓ／Ｇｅｎｏｍｅｓ／ＭａｐＶｉｅｗｅｒＨｅｌｐ．ｈｔｍｌ）をクエリーし，ＮＣＢＩデータから細胞遺伝学的位置を読んだ。マップされた部位とヒト癌において見いだされる染色体増幅との関連についての参考文献は，Ｋｎｕｕｔｉｌａ，ｅｔ　ａｌ．，Ａｍ　Ｊ　Ｐａｔｈｏｌ，１９９８，１５２：１１０７−１１２３に見いだすことができる。マップされた位置についての情報はまた，公表された文献（ＮＣＢＩ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｈｎ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｅｎｋｅｚ／ｑｕｅｒｖ．ｆｃｇｉ）を，マップされた位置とヒト疾病との関連性について検索することにより入手した。
【０５７６】
結果
マップされた遺伝子の染色体領域は表２に示される。
【０５７７】
以下の節は，本出願に含まれるプロテアーゼについて確立された染色体位置にマップされる種々の疾病を記載する。本発明のプロテアーゼポリヌクレオチドを用いて，関連する疾病を有するかまたはそれを発達させるリスクを有する個人を同定することができる。本明細書において説明されるように，本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドは，プロテアーゼ活性を調節し，次に種々の疾病を改善する化合物を同定するのに有用である。
【０５７８】
ＳＧＰｒ３９７，配列番号１はヒト染色体位置８ｑ１２にマップされている。この領域中の染色体異常は乳癌と関連づけられている（Ｒｕｍｍｕｋａｉｎｅｎ　Ｊ，ｅｔ　ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ　Ｇｅｎｅｔ　Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ．２００１　Ａｐｒ１；１２６（１）：１−７）。
【０５７９】
ＳＧＰｒ４１３，配列番号２はヒト染色体位置２ｑ３５にマップされている。この領域は変形性関節症における関与が強く示唆されている（Ｌｏｕｇｈｌｉｎ　Ｊ，ｅｔ　ａｌ．，Ｌｉｎｋａｇｅ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ　２ｑ　ｉｎ　ｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ．２０００　Ａｐｒ；３９（４）：３７７−８１）。
【０５８０】
ＳＧＰｒ４０４，配列番号３はヒト染色体位置１０ｑ２６にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：軟組織の悪性線維性組織球腫。
【０５８１】
ＳＧＰｒ５３６＿１，配列番号４はヒト染色体位置１ｐ３５にマップされている。
【０５８２】
ＳＧＰｒ４１４，配列番号５はヒト染色体位置２ｐ１４にマップされている。
【０５８３】
ＳＧＰｒ４３０，配列番号６はヒト染色体位置２ｑ３７にマップされている。この領域は変形性関節症における関与が強く示唆されている（Ｌｏｕｇｈｌｉｎ　Ｊ，ｅｔ　ａｌ．，Ｌｉｎｋａｇｅ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ　２ｑ　ｉｎ　ｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ．２０００　Ａｐｒ；３９（４）：３７７−８１）。
【０５８４】
ＳＧＰｒ４９６＿１，配列番号７はヒト染色体位置Ｘｐ１１．４にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：小細胞肺癌および前立腺癌。
【０５８５】
ＳＧＰｒ４９５，配列番号８はヒト染色体位置６ｑ１６にマップされている。
【０５８６】
ＳＧＰｒ４０７，配列番号９はヒト染色体位置２ｑ３７にマップされている。この領域は変形性関節症における関与が強く示唆されている（Ｌｏｕｇｈｌｉｎ　Ｊ，ｅｔ　ａｌ．，Ｌｉｎｋａｇｅ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ　２ｑ　ｉｎ　ｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ．２０００　Ａｐｒ；３９（４）：３７７−８１）。
【０５８７】
ＳＧＰｒ４５３，配列番号１０はヒト染色体位置１２ｑ２３にマップされている。
【０５８８】
ＳＧＰｒ４４５，配列番号１１はヒト染色体位置６ｑ１６にマップされている。
【０５８９】
ＳＧＰｒ４０１＿１，配列番号１２はヒト染色体位置４ｑ１１にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：濾胞状癌。
【０５９０】
ＳＧＰｒ４０８，配列番号１３はヒト染色体位置１１ｐ１５にマップされている。
【０５９１】
ＳＧＰｒ４８０，配列番号１４はヒト染色体位置１７ｑ２４にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：非小細胞肺癌および精巣癌。
【０５９２】
ＳＧＰｒ４３１，配列番号１５はヒト染色体位置４ｑ３１．３にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：骨肉腫
【０５９３】
ＳＧＰｒ４２９，配列番号１６はヒト染色体位置１ｐ３６．２にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：肺胞癌。
【０５９４】
ＳＧＰｒ５０３，配列番号１７はヒト染色体位置１２ｑ２４．３にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：非小細胞肺癌。
【０５９５】
ＳＧＰｒ４２７，配列番号１８はヒト染色体位置１７ｐ１３にマップされている。
【０５９６】
ＳＧＰｒ０９２，配列番号１９はヒト染色体位置１１ｐ１５にマップされている。
【０５９７】
ＳＧＰｒ３５９，配列番号２０はヒト染色体位置１１ｑ２２にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：子宮頚癌。
【０５９８】
ＳＧＰｒ１０４＿１，配列番号２１はヒト染色体位置３ｑ２７にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：頭頚部扁平上皮癌；軟組織の悪性線維性組織球腫。
【０５９９】
ＳＧＰｒ３０３，配列番号２２はヒト染色体位置１７ｑ１１．１にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：乳癌腫および肝細胞癌腫。
【０６００】
ＳＧＰｒ４０２＿１，配列番号２３はヒト染色体位置１９ｑ１１にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：平滑筋肉腫。
【０６０１】
ＳＧＰｒ４３４，配列番号２４はヒト染色体位置３ｐ２１にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：膀胱癌腫。
【０６０２】
ＳＧＰｒ４４６＿１，配列番号２５はヒト染色体位置３ｐ２１にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：膀胱癌腫。
【０６０３】
ＳＧＰｒ４４７，配列番号２６はヒト染色体位置１６ｐ１３．３にマップされている。
【０６０４】
ＳＧＰｒ４３２＿１，配列番号２７は染色体位置が決定されていない。
【０６０５】
ＳＧＰｒ５２９，配列番号２８はヒト染色体位置１９ｑ１３．４にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：乳癌腫。
【０６０６】
ＳＧＰｒ４２８＿１，配列番号２９はヒト染色体位置８ｐ２３にマップされている。
【０６０７】
ＳＧＰｒ４２５，配列番号３０はヒト染色体位置６ｑ１４にマップされている。
【０６０８】
ＳＧＰｒ５４８，配列番号３１はヒト染色体位置１９ｑ１３．４にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：乳癌腫。
【０６０９】
ＳＧＰｒ３９６，配列番号３２はヒト染色体位置４ｑ３２にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：非小細胞肺癌。
【０６１０】
ＳＧＰｒ４２６，配列番号３３はヒト染色体位置４ｑ１３にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：非小細胞肺癌。
【０６１１】
ＳＧＰｒ５５２，配列番号３４はヒト染色体位置４ｑ１３にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：非小細胞肺癌。
【０６１２】
ＳＧＰｒ４０５，配列番号３５はヒト染色体位置１６ｐ１３．３にマップされている。
【０６１３】
ＳＧＰｒ４８５＿１，配列番号３６はヒト染色体位置８ｐ２３にマップされている。
【０６１４】
ＳＧＰｒ５３４，配列番号３７はヒト染色体位置１６ｑ２３にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：胃の散在性大細胞リンパ種。
【０６１５】
ＳＧＰｒ３９０，配列番号３８はヒト染色体位置１９ｑ１１にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：平滑筋肉腫。
【０６１６】
ＳＧＰｒ５２１，配列番号３９はヒト染色体位置１９ｑ１３．４にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：乳癌腫。
【０６１７】
ＳＧＰｒ５３０＿１，配列番号４０はヒト染色体位置９ｑ２２にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：非小細胞肺癌。
【０６１８】
ＳＧＰｒ５２０，配列番号４１はヒト染色体位置２ｑ３７にマップされている。この領域は変形性関節症における関与が強く示唆されている（ＬｏｕｇｈｌｉｎＪ，ｅｔ　ａｌ．，Ｌｉｎｋａｇｅ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ　２ｑ　ｉｎ　ｏｓｔｅｏａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ．２０００　Ａｐｒ；３９（４）：３７７−８１）。
【０６１９】
ＳＧＰｒ４５５，配列番号４２はヒト染色体位置１２ｐ１１．２にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：卵巣生殖細胞腫瘍，精巣癌および非小細胞肺癌。
【０６２０】
ＳＧＰｒ５０７＿２，配列番号４３はヒト染色体位置７ｑ３６にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：卵巣癌。
【０６２１】
ＳＧＰｒ５５９，配列番号４４はヒト染色体位置２１ｑ２２にマップされている。
【０６２２】
ＳＧＰｒ５６７＿１，配列番号４５はヒト染色体位置１１ｑ２３にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：胸膜中皮腫。
【０６２３】
ＳＧＰｒ４７９＿１，配列番号４６はヒト染色体位置１ｑ４２にマップされている。
【０６２４】
ＳＧＰｒ４８９＿１，配列番号４７はヒト染色体位置１１ｐ１５にマップされている。
【０６２５】
ＳＧＰｒ４６５＿１，配列番号４８は染色体位置が決定されていない。
【０６２６】
ＳＧＰｒ５２４＿１，配列番号４９は染色体位置が決定されていない。
【０６２７】
ＳＧＰｒ４２２，配列番号５０はヒト染色体位置４ｑ１３にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：非小細胞肺癌。
【０６２８】
ＳＧＰｒ５３８，配列番号５１はヒト染色体位置１１ｑ２３にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：胸膜中皮腫。
【０６２９】
ＳＧＰｒ５２７＿１，配列番号５２は染色体位置が決定されていない。
【０６３０】
ＳＧＰｒ５４２，配列番号５３はヒト染色体位置１９ｑ１３．１にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：小細胞肺癌（強く関連，試験した３５人の患者のうち１０人が増幅を示した）。
【０６３１】
ＳＧＰｒ５５１，配列番号５４はヒト染色体位置２２ｑ１３にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：骨肉腫。
【０６３２】
ＳＧＰｒ４５１，配列番号５５はヒト染色体位置１２ｑ２３にマップされている。
【０６３３】
ＳＧＰｒ４５２＿１，配列番号５６はヒト染色体位置１６ｐ１３．３にマップされている。
【０６３４】
ＳＧＰｒ５０４，配列番号５７は染色体位置が決定されていない。
【０６３５】
ＳＧＰｒ４６９，配列番号５８は染色体位置が決定されていない。
【０６３６】
ＳＧＰｒ４００，配列番号５９はヒト染色体位置４ｑ３２にマップされている。この領域のゲノム増幅は以下の癌と関連づけられている（Ｋｎｕｕｔｉｌａ）：非小細胞肺癌。
【０６３７】
実施例８ｂ：一塩基多型（ＳＮＰｓ）候補
材料および方法
ヒトＤＮＡにおける最も一般的な変種は一塩基多型（ＳＮＰｓ）であり，これは，約１００−３００塩基に１回生ずる。ＳＮＰｓは大規模の関連遺伝学研究を容易にすると予測されているため，最近，ＳＮＰの発見および検出に多大な興味がもたれている。本明細書に記載される遺伝子の候補ＳＮＰｓは，核酸配列を公共のデータベースに記録されているＳＮＰｓを含む配列に対してｂｌａｓｔｎ検索することにより同定した（ｄｂＳＮＰ，ＮＣＢＩ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＳＮＰ／ｓｎｐｂｌａｓｔｐｒｅｔｔｙ．ｈｔｍｌ）。ＳＮＰ含有配列についてｄｂＳＮＰ受託番号が与えられている。ＳＮＰｓはまた，発現遺伝子（ｄｂＥＳＴ，ＮＲＮＡ）およびゲノム配列（すなわちＮＲＮＡ）のいくつかのデータベースを一塩基対ミスマッチについて比較することにより同定した。結果は，表１の”ＳＮＰｓ”のカラムに示される。これらは候補ＳＮＰｓである。ヒト集団におけるこれらの実際の頻度は決定していない。以下のコードはそれぞれのＤＮＡ配列を表す：
Ｇ＝グアノシン
Ａ＝アデノシン
Ｔ＝チミジン
Ｃ＝シチジン
Ｒ＝ＧまたはＡ，（プリン）
Ｙ＝ＣまたはＴ，（ピリミジン）
Ｋ＝ＧまたはＴ，（ケト）
Ｗ＝ＡまたはＴ，（弱）（２つの水素結合）
Ｓ＝ＣまたはＧ，（強）（３つの水素結合）
Ｍ＝ＡまたはＣ，（アミノ）
Ｂ＝Ｃ，ＧまたはＴ（すなわち，Ａ以外）
Ｄ＝Ａ，ＧまたはＴ（すなわち，Ｃ以外）
Ｈ＝Ａ，ＣまたはＴ（すなわち，Ｇ以外）
Ｖ＝Ａ，ＣまたはＧ（すなわち，Ｔ以外）
Ｎ＝Ａ，Ｃ，ＧまたはＴ，（任意）
Ｘ＝Ａ，Ｃ，ＧまたはＴ
相補的ＤＮＡ鎖
ＧＡＴＣＲＹＷＳＫＭＢＶＤＨＮＸ
＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋＋
ＣＴＡＧＹＲＳＷＭＫＶＢＨＤＮＸ
例えば，２つのバージョンの遺伝子が存在し，一方は所定の位置に”Ｃ”を有し，他方は同じ位置に”Ｔ”を有する場合，その位置はＹと表され，これはＣまたはＴを意味する。ＳＮＰｓは，遺伝子に付随する遺伝性の特徴を同定するために重要であろう。
【０６３８】
結果
ＳＮＰの同定の結果は上述の表２および実施例１の新規プロテアーゼポリヌクレオチドの説明と題する節に含まれる。上述したように，本発明のプロテアーゼポリヌクレオチドにおいて種々のＳＮＰｓが同定された。
【０６３９】
実施例９：サザンブロッティングによる遺伝子増幅の証明
材料および方法
ナイロン膜はＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒ　Ｍａｎｎｈｅｉｍから購入する。変性溶液は，０．４ＭＮａＯＨおよび０．６Ｍ　ＮａＣｌを含む。中和溶液は，０．５ＭＴｒｉｓ−ＨＣＬ，ｐＨ７．５および１．５ＭＮａＣｌを含む。ハイブリダイゼーション溶液は，５０％ホルムアミド，６ＸＳＳＰＥ，２．５Ｘデンハルト溶液，０．２ｍｇ／ｍＬ変性サケＤＮＡ，０．１ｍｇ／ｍＬ酵母ｔＲＮＡ，および０．２％ドデシル硫酸ナトリウムを含む。制限酵素はＢｏｅｈｒｉｎｇｅｒ　Ｍａｎｎｈｅｉｍから購入する。放射性標識プローブは，ＳｔｒａｔａｇｅｎｅのＰｒｉｍｅ−ｉｔＩＩキットを用いて調製する。プローブテンプレートに用いるベータアクチンＤＮＡフラグメントはＣｌｏｎｔｅｃｈから購入する。
【０６４０】
種々の腫瘍細胞株（例えば，ＭＣＦ−７，ＭＤＡ−ＭＢ２３１，Ｃａｌｕ−６，Ａ５４９，ＨＣＴ−１５，ＨＴ−２９，Ｃｏｌｏ２０５，ＬＳ−１８０，ＤＬＤ−１，ＨＣＴ−１１６，ＰＣ３，ＣＡＰＡＮ−２，ＭＩＡ−ＰａＣａ−２，ＰＡＮＣ−１，ＡｓＰｃ−１，ＢｘＰＣ−３，ＯＶＣＡＲ−３，ＳＫＯＶ３，ＳＷ６２６およびＰＡ−１），および２つの正常細胞株から，ゲノムＤＮＡを単離する。
【０６４１】
各ゲノムＤＮＡ試料の１０μｇのアリコートをＥｃｏＲＩ制限酵素で消化し，別の１０μｇの試料をＨｉｎｄＩＩＩ制限酵素で消化する。制限酵素消化したＤＮＡ試料を０．７％アガロースゲルに負荷し，電気泳動分離した後，標準的方法によりＤＮＡをナイロン膜にキャピラリー移動させる（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．　ｅｔ　ａｌ（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）。
【０６４２】
実施例１０：ファージディスプレイによる蛋白質−蛋白質相互作用の検出
材料および方法
ファージディスプレイは，所望のおとりに対する親和性に基づいて分子相互作用を単離する方法を提供する。ファージ被覆蛋白質への融合としてクローニングされたｃＤＮＡフラグメントは，ファージの表面にディスプレイされる。おとりと相互作用するファージをアフィニティー精製により濃縮し，個々のクローンからの挿入ＤＮＡを分析する。
【０６４３】
Ｔ７ファージディスプレイライブラリ
すべてのライブラリは，Ｔ７Ｓｅｌｅｃｔｌ−ｌｂベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）中で，製造元の指針にしたがって構築した。
【０６４４】
おとりの提示
おとりとして用いるべき蛋白質ドメインは，ＧＳＴへのＣ末端融合体として作成し，Ｅ．ｃｏｌｉで発現させる。ペプチドは化学的に合成し，長鎖スペーサービオチン試薬を用いてＮ末端でビオチン化する。
【０６４５】
選択
ＰａｎＭｉｘおよびＥ．ｃｏｌｉ阻害剤カクテル（ＳｉｇｍａＰ−８４６５）を補充した，新たに調製したライブラリ（１０１０−１０１２ｐｆｕ）のアリコートを，固定化したおとりとともに室温で１−２時間インキュベートする。未結合ファージを洗浄緩衝液でよく洗浄する（少なくとも４回）。３−４ラウンドの選択の後，結合したファージを１００μｌの１％ＳＤＳ中に溶出し，アガロースプレートに播種して，単一プラークを得る。
【０６４６】
挿入ＤＮＡの同定
個別のプラークを２５μｌの１０ｍＭＥＤＴＡ中に取り出し，７０℃で１０分間加熱することによりファージを破壊する。２μｌの破壊ファージを５０μｌのＰＣＲ反応混合物に加える。３５ラウンドの熱サイクル（９４℃，５０秒間；５０℃，１分間；７２℃，１分間）により挿入ＤＮＡを増幅する。
【０６４７】
緩衝液の組成
１０ｘＰａｎＭｉｘ
５％ＴｒｉｔｏｎＸ−１００
１０％無脂乾燥乳（Ｃａｒｎａｔｉｏｎ）
１０ｍＭＥＧＴＡ
２５０ｍＭＮａＦ
２５０μｇ／ｍＬヘパリン（ｓｉｇｍａ）
２５０μｇ／ｍＬ，剪断し，沸騰させたサケ精子ＤＮＡ（ｓｉｇｍａ）
０．０５％アジ化ナトリウム
ＰＢＳ中で調製する。
【０６４８】
洗浄緩衝液
ＰＢＳ，以下のもので補充：
０．５％ＮＰ−４０
２５μｇ／ｍＬヘパリン
ＰＣＲ反応混合物
１．０ｍＬ　１０ｘＰＣＲ緩衝液（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ，１５ｍＭＭｇを含む）
各０．２ｍＬのｄＮＴＰｓ（１０ｍＭ保存液）
０．１ｍＬ　Ｔ７ＵＰプライマー（１５ｐｍｏｌ／Ｌ）ＧＧＡＧＣＴＧＴＣＧＴＡＴＴＣＣＡＧＴＣ
０．１ｍＬ　Ｔ７ＤＮプライマー（１５ｐｍｏｌ／Ｌ）ＡＡＣＣＣＣＴＣＡＡＧＡＣＣＣＧＴＴＴＡＧ
０．２ｍＬ　２５ｍＭＭｇＣｌ２またはＭｇＳＯ４，ＥＤＴＡ補償用
蒸留水で１０ｍＬとする
反応液５０μｌあたり１ユニットのＴａｑポリメラーゼを加える
ライブラリ：Ｔ７Ｓｅｌｅｃｔｌ−Ｈ４４１
【０６４９】
実施例１１：Ｉｎｃｉｔｅおよび公共ＥＳＴに基づく遺伝子発現
材料および方法
プロテアーゼの核酸配列を発現配列のＩｎｃｙｔｅおよび公共ｄｂＥＳＴデータベースのＢＬＡＳＴＮ検索におけるクエリーとして用いた。プロテアーゼが存在したライブラリの組織起源を，特定の組織に生ずる遺伝子の頻度とともに以下に示す。この頻度は，所定の組織起源中で遺伝子の存在を示すクローンの数により決定した。Ｉｎｃｙｔｅ遺伝子ＩＤ番号または公共ＮＣＢＩ受託番号が与えられており，次に組織起源が示される。次に，各遺伝子について組織特異性の簡単なまとめが記載されている。
【０６５０】
結果
ＳＧＰｒ３９７，配列番号１，
Ｉｎｃｙｔｅ３６６７８３．１　クローン：２前立腺，３結腸，網膜および小腸３６６７８３．３　１前立腺クローン
前立腺（３／８クローン）および結腸（３／８クローン）において選択的に発現
【０６５１】
ＳＧＰｒ４１３，配列番号２，
Ｉｎｃｙｔｅ４７５３６５．６　５クローン，３小腸，および前立腺，乳腫瘍
４７５３６５．５　１０クローン：８小腸，および脳（２）
小腸（１１／１５クローン）において非常に選択的に発現
【０６５２】
ＳＧＰｒ４０４，配列番号３，
Ｉｎｃｙｔｅ１１２９１５７．１　２１３クローン，脳（１８），雄／雌生殖器（２１／２３），乳（１４），および消化系（２５）において高い
１１２９１５７．２　１：混合物
広い発現，いくつかは脳（１８／２１４クローン），消化組織（２５／１１８）および雄／雌生殖器（２１，２３クローン）および乳（１４クローン）において上昇
【０６５３】
ＳＧＰｒ５３６＿１，配列番号４，
Ｉｎｃｙｔｅ２３３７６２．１７　１４９クローン：２１以上のヒットの組織なし
２３３７６２．１５　１５クローン，混合物
１６４クローンに広い発現が見られる
【０６５４】
ＳＧＰｒ４１４，配列番号５，
Ｉｎｃｙｔｅ３９９７７３．５　６６９クローン，４０４ライブラリ，広く分布広くかつ強く発現（６６９クローン）
【０６５５】
ＳＧＰｒ４３０，配列番号６，
Ｉｎｃｙｔｅ４０７８２３．１　２１クローン（４精巣，３脳，３前立腺）
１１３６４８３．１　１前立腺
４１１２４６．１　肺腫瘍，小腸，胎児肝臓に各２，および１心臓
３２２７００．１　Ｔ細胞
４０７８２３．２　胎児肝臓／脾臓
混合発現，精巣（４／３１クローン），脳（３／３１）および前立腺（４／３１）および胎児肝臓／脾臓（４／３１）において最も高い
【０６５６】
ＳＧＰｒ４９６＿１，配列番号７，
Ｉｎｃｙｔｅ９８６０３１．１　１２クローン：肺，脳，副腎腫瘍に各２
肺（２／１２クローン），副腎腫瘍（２／１２）および脳（２／１２）において選択的に発現
【０６５７】
ＳＧＰｒ４９５，配列番号８，
Ｉｎｃｙｔｅ３５０９２１．２　１６クローン：２胸腺，３結腸，３脳
３５０９２１．７　副腎腫瘍
３５０９２１．１０　１４クローン：２結腸，１副腎腫瘍
３５０９２１．６　１０クローン：２副腎（１腫瘍），２脳
３５０９２１．１　副腎
３５０９２１．９　結腸（２），小腸腸，肺腫瘍
副腎（５／４６クローン）および結腸（７／４６）において選択的に発現
【０６５８】
ＳＧＰｒ４０７，配列番号９，
ＥＳＴｓなし
【０６５９】
ＳＧＰｒ４５３，配列番号１０，
Ｉｎｃｙｔｅ４２８４２８．１　１７クローン：３肺（２腫瘍），２前立腺，４精巣，２奇形腫（ｈＮＴ２）
４２８４２８．５　脳，肺，奇形腫
４２８４２８．６　奇形腫（２），肺，腎臓
ｈＮＴ２奇形腫細胞株（５／２４クローン）において高度に発現，肺（５クローン）および精巣（４クローン）に選択的
【０６６０】
ＳＧＰｒ４４５，配列番号１１，
Ｉｎｃｙｔｅ３５０９２１．７　１副腎腫瘍
３５０９２１．１０　１４，例えば１副腎腫瘍
３５０９２１．６　１０クローン：正常および腫瘍副腎（各１）結腸腫瘍（２）３５０９２１．１　副腎
３５０９２１．８　２前立腺腫瘍，１網膜
副腎（５／２８クローン）において最も高く，副腎ホルモンプロセシングにおける関与の可能性を示す
【０６６１】
ＳＧＰｒ４０１＿１，配列番号１２，
Ｉｎｃｙｔｅ２３２４１４．１　１６９クローン：６９ＮＳ，１８雄生殖器，（１０前立腺），１１雌生殖器，１１呼吸系，５腎臓，１つの神経膠芽細胞腫ライブラリに９
２３２４１４．２　精巣
神経系（６９／１７０クローン），特に神経膠芽細胞腫に選択的
【０６６２】
ＳＧＰｒ４０８，配列番号１３，
Ｉｎｃｙｔｅ２３３６６０．２　３５７クローン，２４８ライブラリ：５４脳，２６造血／免疫，２４／２１　ｆ／ｍ生殖器，２１消化系，２０心臓血管
２３３６６０．１１　１３クローン，広い発現
２３３６６０．１０　７クローン，広い発現
広くかつ強く発現（３７７クローン）
【０６６３】
ＳＧＰｒ４８０，配列番号１４，
Ｉｎｃｙｔｅ１３２６２５６．３　２７４クローン，広いが，ＮＳ（５９），造血（３５）生殖器（２４／１０，ｍ／ｆ）で最も高い。１つの唾液腺ライブラリに６クローン
１３２６２５６．８　４混合クローン
１３２６２５６．１　２６クローン，１３雄生殖器
１３２６２５６．１０　１０クローン，混合
広く強い発現（３００クローン以上）
【０６６４】
ＳＧＰｒ４３１，配列番号１５，
Ｉｎｃｙｔｅ２３６３６８．１　１５１クローン，１１０ライブラリ，消化系，神経，造血（１８，１７，１８）において最も高い。５，２つの胎児肝臓／悲脾臓ライブラリのそれぞれにおいて４ヒット。
２３６３６８．２　１胎児心臓
２３６３６８．１４　７：混合
広く中程度に強い発現（合計１５９クローン）
【０６６５】
ＳＧＰｒ４２９，配列番号１６，
Ｉｎｃｙｔｅ８９０５４０．９　４１クローン，広い
８９０５４０．１　１２５クローン，広い
８９０５４０．８　１５クローン，広い
広く中程度に強い発現（１８１クローン）
【０６６６】
ＳＧＰｒ５０３，配列番号１７，
Ｉｎｃｙｔｅ１４４７３５７．３　１０７クローン，ＮＳ（１５），雄生殖器（１１）および消化組織（１５）において最も高い。
１４４７３５７．１　樹状突起細胞
２４５０４５．１　１６混合
広い発現（１２４クローン），神経系（１６），雄生殖器（１１）および消化組織（１５）において最も高い
【０６６７】
ＳＧＰｒ４２７，配列番号１８，
Ｉｎｃｙｔｅ９０３０９２．３１　４１クローン，３５ライブラリ；９クローン，前立腺，それ以外は非常に広い
９０３０９２．２３　１脳
前立腺（９／４２クローン）において発現が上昇
【０６６８】
ＳＧＰｒ０９２，配列番号１９，
Ｉｎｃｙｔｅ３３９２５１．１　４／５子宮，１混合組織
３３９２５１．２　１／１子宮；子宮（５／６クローン）において非常に選択的に発現
【０６６９】
ＳＧＰｒ３５９，配列番号２０，
Ｉｎｃｙｔｅ３９１１３３．１　混合組織（胎児肺，精巣，Ｂ−細胞）
ｇｉ｜７２８０３９９＝Ｉｎｃｙｔｅと同じ
混合組織，１つのＥＳＴのみ
【０６７０】
ＳＧＰｒ１０４＿ｌ，配列番号２１，
Ｉｎｃｙｔｅ１２／２３クローン，脳
２３２０１５．５　６／７クローン，脳
２３２０１５．２　２／４クローン，脳
２３２０１５．１　１／１脳
２３２０１５．６　１／１脳
脳特異的
【０６７１】
ＳＧＰｒ３０３，配列番号２２，
Ｉｎｃｙｔｅ３２３８４６．１５　３８サンプル，脳（８）乳（４），子宮および卵巣（７）において最も高い。
３２３８４６．１　３０４クローン，神経系（７２）および生殖器（２８ｆ，２４ｍ）において最も高い。他の組織
４１４０４８．３４　４５クローン，ＮＳにおいて最も高い
３２３８４６．１１　８クローン
広い発現
【０６７２】
ＳＧＰｒ４０２＿１，配列番号２３，
Ｉｎｃｙｔｅ２４４４０７．４　２５クローン，精巣（８）脳（４），子宮（２；１腫瘍）において最も高い。
２４４４０７．２　子宮
２４４４０７．１　精巣
２４４４０７．６　子宮腫瘍
２４４４０７．５　ファローピウス管腫瘍
２４４４０７．９　混合組織，例えば腫瘍，鼻腫瘍
生殖器試料で濃縮
【０６７３】
ＳＧＰｒ４３４，配列番号２４，
Ｉｎｃｙｔｅ１１０１５４．４　クローン起源なし，
１１０１５４．６　２前立腺
１１０１５４．１２　１前立腺，１下垂体
１１０１５４．１１　１下垂体
１１０１５４．８　ファローピウス管腫瘍（２），混合（１）
１１０１５４．７　下垂体
１１０１５４．５　大腿筋肉（２）−組織特異的スプライシング
１１０１５４．１０　３心臓，２脳，下垂体（６１／６２マッチ）
前立腺（３／１７クローン），４唾液腺（４／１７クローン）およびファローピウス管腫瘍（２／１７クローン）において選択的発現。下垂体におけるホルモンプロセシングおよび前立腺ホルモンプロセシングにおける役割を示すかもしれない。
【０６７４】
ＳＧＰｒ４４６＿１，配列番号２５，
Ｉｎｃｙｔｅ１０４０６４１．１　心臓，筋肉
１３８８３７１．１　２心臓
筋肉（３／３クローン），特に心臓筋肉（２／３クローン）に特異的
【０６７５】
ＳＧＰｒ４４７，配列番号２６，
Ｉｎｃｙｔｅ１３５２９３２．１　膵臓腫瘍
膵臓腫瘍から１個のクローン
【０６７６】
ＳＧＰｒ４３２＿１，配列番号２７，
Ｉｎｃｙｔｅ４７４６７４．１５　２９クローン，混合
４７４６７４．３０　９０クローン，混合
４７４６７４．１　８２クローン，混合
広く強い発現（合計２０１クローン）
【０６７７】
ＳＧＰｒ５２９，配列番号２８，
Ｉｎｃｙｔｅ９８８０１９．３　７１クローン，２３，雌生殖器。９，１つの卵巣腫瘍ライブラリ，２その他，２その他，およびさらにその他から１（正常卵巣なし）。５，１つの膵臓腫瘍細胞株，４，膵臓腫瘍ライブラリ
９８８０１９．１　乳皮膚
膵臓（４／７２クローン，１つの膵臓腫瘍ライブラリから，および膵臓腫瘍細胞株から５）および卵巣（卵巣腫瘍から１４，正常卵巣から０）において選択的に発現
【０６７８】
ＳＧＰｒ４２８＿１，配列番号２９，
Ｉｎｃｙｔｅ８９１１４６．１　４：脳，下垂体，血液，胸腺
広く低レベルの発現（４クローン，すべて異なる組織より）
【０６７９】
ＳＧＰｒ４２５，配列番号３０，
Ｉｎｃｙｔｅ４００８３３．１　２５クローン，混合（任意の組織から４未満，ただし胎児性から５）
広いが強くない発現（合計２５クローン）
【０６８０】
ＳＧＰｒ５４８，配列番号３１，
Ｉｎｃｙｔｅ９７１２３６．１　２クローン，混合精巣，胎児肺，Ｂ細胞の混合物から
転写産物はほとんど存在せず，精巣，胎児肺およびＢ細胞の混合物ライブラリから２つのクローンのみ
【０６８１】
ＳＧＰｒ３９６，配列番号３２，
Ｉｎｃｙｔｅ２０９０５１．１　肺（１）
８８９１２６．１　脳（１）
２つのＥＳＴｓのみ−肺および脳
【０６８２】
ＳＧＰｒ４２６，配列番号３３，
ＩｎｃｙｔｅＥＳＴｓなし
【０６８３】
ＳＧＰｒ５５２，配列番号３４，
Ｉｎｃｙｔｅ１５１０５１２．１　扁桃，脊髄
１５１１２２２．１　扁桃
４０６２２１．１　８３クローン：ＮＳに１６，造血／免疫に１０，雄生殖器に９，およびいくつかの他の組織。１扁桃，
９８１３５５．３　８クローン，２卵巣腫瘍，１扁桃，種々
９４クローンのうち扁桃（３／９４，しかし，扁桃は通常は発現起源としてはあまり見られない），および神経系（１７クローン）においてある程度の選択性が見られる
【０６８４】
ＳＧＰｒ４０５，配列番号３５，
Ｉｎｃｙｔｅ１３４３６０．１　１腎臓
１つのクローン，腎臓から
【０６８５】
ＳＧＰｒ４８５＿１，配列番号３６，
Ｉｎｃｙｔｅ１８０５７６．２　５／５精巣のクローン
精巣特異的（５／５クローン）
【０６８６】
ＳＧＰｒ５３４，配列番号３７，
Ｉｎｃｙｔｅ１３８３３９１．２０　１１２／１１４，開始（１０３−１６５＝完全マッチ）においてはよくマッチするが，テンプレートアルチファクトかもしれない
１４５０８１２．１　１／１膵臓，いくつかのミスマッチがＮ側に存在
１３８３３９１．１３　５／５膵臓
１０４５８３４．１　１／１膵臓
ほぼ完全に膵臓特異的（１１８／１２０，膵臓からのクローン）
【０６８７】
ＳＧＰｒ３９０，配列番号３８，
Ｉｎｃｙｔｅ１９９４２８．９　骨腫瘍，小腸
１９９４２８．３　３８２クローン：４１脳，３４／２３生殖器（ｍ／ｆ），２２造血／免疫，２７消化系
広い組織分布，脳（４１／３８２クローン），雄および雌生殖器（それぞれ３４および２３クローン）および消化系（２７クローン）において最も高い
【０６８８】
ＳＧＰｒ５２１，配列番号３９，
Ｉｎｃｙｔｅ４２７８２６．１　２８クローン，小腸腫瘍のほとんど（５，１ライブラリ），新生児ケラチノサイト（２ライブラリから各３），８，卵巣腫瘍，５，乳皮膚
卵巣腫瘍（８／２８クローン），新生児ケラチノサイト（６／２８），乳ケラチノサイト（５）および小腸腫瘍ライブラリ（５クローン，１つのライブラリより）において選択的発現
【０６８９】
ＳＧＰｒ５３０＿１，配列番号４０，
ＥＳＴｓなし
【０６９０】
ＳＧＰｒ５２０，配列番号４１，
Ｉｎｃｙｔｅ４０５９４７．１　４／４クローン副腎腫瘍（褐色細胞腫）（１つのライブラリより３，別のライブラリより１）
１３３８６５２．１　１／１，副腎腫瘍（褐色細胞腫）からのクローン
１４７７１８９．１　１／１，副腎（混合正常および褐色細胞腫）からのクローン
褐色細胞腫（副腎腫瘍）に特異的：褐色細胞腫より４／５クローン，混合正常副腎および褐色細胞腫より１／５クローン
【０６９１】
ＳＧＰｒ４５５，配列番号４２，
Ｉｎｃｙｔｅ１１１５８３３．１，混合胎児肺／精巣／Ｂ細胞
９８７２７９．１　脳（１），腫瘍を含む混合組織（１）
３つのクローン，１つ（脳）のみが特異的起源
【０６９２】
ＳＧＰｒ５０７＿２，配列番号４３，
Ｉｎｃｙｔｅ４０３８９１．１　１０クローン：精巣に６，混合物（精巣，肺，Ｂ細胞）に６
４０３８９１．２　１脳
精巣選択的：精巣より６／１１クローン，精巣試料を含む混合物ライブラリより５／１１クローン
【０６９３】
ＳＧＰｒ５５９，配列番号４４，
Ｉｎｃｙｔｅ４７５１００．１　３５クローン，１１雌生殖器，８消化器，７子宮腫瘍（正常にはなし），４乳，２卵巣腫瘍，１ＨｅＬａ子宮頚部腫瘍
４７５１００．６　Ｔｈｌ細胞，ＨｅＬａ細胞
子宮（７／３７クローン），卵巣（２／３７）子宮頚部（２／３７，ＨｅＬａ子宮頚部腫瘍細胞株から），ならびに乳（４）の腫瘍において選択的発現
【０６９４】
ＳＧＰｒ５６７＿１，配列番号４５，
Ｉｎｃｙｔｅ９８１３５５．３　混合（卵巣腫瘍ライブラリより２／８クローン，扁桃，脳，肺腫瘍，心臓，胎盤，脊髄神経節より各１）
広い発現はほとんどない（７種の異なる組織より８クローン）
【０６９５】
ＳＧＰｒ４７９＿１，配列番号４６，
Ｉｎｃｙｔｅ２１９２１４．１　１精巣
１つのＥＳＴ，精巣において発現
【０６９６】
ＳＧＰｒ４８９＿１，配列番号４７，
Ｉｎｃｙｔｅ３３８９５６．１　２腎臓，１胎盤
１０４２３０６．１　１口腫瘍，２ファローピウス管腫瘍
１３８４８２４．１　小腸，腎臓
まれであるが広い発現，腎臓（３／８クローン）およびファローピウス管腫瘍（２／８，１つのライブラリから）に選択的
【０６９７】
ＳＧＰｒ４６５＿１，配列番号４８，
ＥＳＴｓなし
【０６９８】
ＳＧＰｒ５２４＿１，配列番号４９，
Ｉｎｃｙｔｅ９５２１８２．３　１精巣
９５２１８２．２　１精巣
９５２１８２．４　１前立腺
雄生殖器に特異的（２／３クローン，精巣，１／３，前立腺）
【０６９９】
ＳＧＰｒ４２２，配列番号５０，
Ｉｎｃｙｔｅ１５１１２８４．１　１扁桃
１３５１２５９．１　１脳
扁桃（１／２クローン）および脳（１／２クローン）においてのみまれな転写産物が見られる
【０７００】
ＳＧＰｒ５３８，配列番号５１，
Ｉｎｃｙｔｅ９０３０９２．２９　４クローン，３脳，１乳
９０３０９２．１９　１脳
９０３０９２．２２　２脳
９０３０９２．２８　３８クローン，脳に２４
９０３０９２．２４　２脳，１小腸
神経系（３２／４８クローン）において選択的に発現
【０７０１】
ＳＧＰｒ５２７＿１，配列番号５２，
Ｉｎｃｙｔｅ６５４５０．１　１前立腺腫瘍
１０３５５４．２　混合組織，腫瘍を含む
２２８４５６．２　１１クローン：混合（２脳，２血液）
１０３５５４．１　混合（３）
広い低レベル発現（１６クローン）
【０７０２】
ＳＧＰｒ５４２，配列番号５３，
Ｉｎｃｙｔｅ２４４０８５．１　発現は造血細胞に選択的である：１１クローンはすべて造血組織からである：胎児肝臓／脾臓より６，このうち４は肥満細胞，臍帯血より２，ＣＤ３４＋骨髄より１，およびリンパ種より２クローン：ＡＭＬ芽球より１およびＣＭＬより１。
【０７０３】
ＳＧＰｒ５５１，配列番号５４，
Ｉｎｃｙｔｅ３１９５２９．１　２２クローン：７肝臓，１胎児肝臓／脾臓，３肺
３１９５２９．２　１肝臓
３１９５２９．３　２混合組織，例えば精巣，１精巣（組織特異的スプライシング）
肝臓（９／２６クローン）において選択的に発現。精巣特異的スプライシング型を有するかもしれない（１つのテンプレートの３／３クローン）
【０７０４】
ＳＧＰｒ４５１，配列番号５５，
Ｉｎｃｙｔｅ１４７１５４１．１　１混合
【０７０５】
ＳＧＰｒ４５２＿１，配列番号５６，
Ｉｎｃｙｔｅ４４６３７４．１　混合（メラノサイト，子宮，胎児心臓）
発現データなし（混合組織より１つのＥＳＴ）
【０７０６】
ＳＧＰｒ５０４，配列番号５７，
Ｉｎｃｙｔｅ２４４０８５．１　発現は造血細胞に特異的：１１クローンはすべて造血組織より：胎児肝臓／脾臓より６，このうち４は肥満細胞，臍帯血より２，ＣＤ３４＋骨髄より１，およびリンパ種より２クローン：ＡＭＬ芽球より１およびＣＭＬより１
【０７０７】
ＳＧＰｒ４６９，配列番号５８，
Ｉｎｃｙｔｅ１１０１５４．１０　７クローン：３心臓，２脳，１下垂体
１１０１５４．３　心臓，筋肉，精巣心臓（４／１０クローン）において選択的発現
【０７０８】
ＳＧＰｒ４００，配列番号５９，
Ｉｎｃｙｔｅ８８９１２６．１　脳
１つのＥＳＴのみ，脳
【０７０９】
結論
当業者は，本発明は，その目的を実施し，記載される結果および利点，ならびに本明細書に固有のものを得るのによく適合していることを容易に理解するであろう。本明細書に記載される分子複合体および方法，手順，処理，分子，特定の化合物は，現在のところ好ましい態様の代表的なものであり，例示的なものであって，本発明の範囲を限定することを意図するものではない。当業者は，本発明の範囲および精神から逸脱することなく，本明細書に開示される本発明に対して置換基の変更および改変をなすことができることを容易に理解するであろう。
【０７１０】
本明細書において言及されるすべての特許および刊行物は，本発明の属する技術分野の技術者のレベルを示す。すべての特許および刊行物は，それぞれの刊行物が特定的に個々に本明細書の一部としてここに引用されることと同じ程度に，本明細書の一部として引用される。
【０７１１】
本明細書に例示的に記載されている発明は，本明細書に特定的に開示されていない任意の要素または限定なしでも適切に実施することができる。すなわち，例えば，本明細書における各例において，”・・・を含む”，”・・・から本質的になる”および”・・・からなる”との用語は，他の２つのいずれかと置き換えることができる。本明細書において用いた用語および表現は，説明の用語として用いるものであり，限定ではない。そのような用語および表現の使用においては，示されかつ記載されている特徴またはその一部の等価物を除外することを意図するものではなく，特許請求の範囲に記載される本発明の範囲中で種々の変更が可能であることが理解される。すなわち，好ましい態様および任意の特徴により本発明を特定的に開示してきたが，当業者には本明細書に記載される概念の変更および変種が可能であり，そのような変更および変種も特許請求の範囲に定義される本発明の範囲内であると考えられることが理解されるべきである。
【０７１２】
さらに，発明の特徴および局面がマーカッシュグループの用語で記載されている場合，当業者は，本発明が，マーカッシュグループのメンバーの個々のメンバーまたはサブグループに関してもまた記載されていることを認識するであろう。例えば，Ｘが，臭素，塩素およびヨウ素からなる群より選択されるとして記載されている場合，Ｘが臭素である特許請求の範囲およびＸが臭素および塩素である特許請求の範囲も完全に記載されている。
【０７１３】
遺伝コードの縮重の観点から，核酸の他の組み合わせもまた本明細書のペプチドおよび蛋白質をコードする。例えば，ＧＣＴ，ＧＣＣ，ＧＣＡ，ＧＣＧの４つの核酸配列はすべてアミノ酸アラニンをコードする。したがって，あるアミノ酸について平均で３つのコドンが存在し，１００アミノ酸の長さのポリペプチドは平均で３１００，もしくは５ｘ１０４７種類の核酸配列によりコードされるであろう。すなわち，日常的な方法を用いて過度の実験なしに，核酸配列を改変して第１の核酸配列によりコードされるものと同じポリペプチドをコードする第２の核酸配列を形成することができる。すなわち，特許請求の範囲に記載されるペプチドおよび蛋白質をコードするすべての可能な核酸もまた，コドン使用，特にヒトにおいて好ましいものを完全に考慮してこれらがすべて書き出されているように，本明細書に完全に記載されている。さらに，ポリペプチドの有意な活性が変更しない配列の領域内において，ポリペプチドのアミノ酸配列，またはそのようなポリペプチドをコードする対応する核酸配列の変更が生ずるよう設計しまたは選択することができる。例えば，ポリペプチドの活性部位と離れたβターン中で，アミノ酸変化を生じさせることができる。また，欠失（例えば活性部位に影響を与えないポリペプチドのセグメントまたはそのようなポリペプチドをコードする対応する核酸配列を除去する）および付加（例えば，活性部位の機能に影響を与えずに，ポリペプチド配列により多くのアミノ酸を付加する，例えばＧＳＴ融合蛋白質を形成する，または活性部位の機能に影響を与えずにそのようなポリペプチドをコードする対応する核酸配列に付加する）もまた本発明の範囲内である。ポリペプチドに対するそのような変更は，当業者が日常的な方法を用いて過度の実験なしに行うことができる。すなわち，本発明のペプチドまたは蛋白質の有意な活性に影響を与えないと容易に決定することができるすべての可能な核酸および／またはアミノ酸配列もまた本明細書に完全に記載されている。
【０７１４】
本明細書においては，本発明を広くかつ一般的に記載している。一般的開示に含まれるより狭い種および亜属のそれぞれのグループもまた本発明の一部を形成する。これには，除かれたものが具体的に記載されているか否かにかかわらず，属から任意の主題を除く「ただし・・・」またはネガティブ限定を含む発明の一般的記載が含まれる。
【０７１５】
他の態様は特許請求の範囲の範囲内である。
【図面の簡単な説明】
【図１】図１は，ヒト蛋白質プロテアーゼのヌクレオチド配列（配列番号１−５９）を５’から３’の方向で示す。
【図２】図２は，配列番号１−５９によりコードされるヒトプロテアーゼのアミノ酸配列（配列番号６０−１１８）を翻訳の方向で示す。
【国際公開パンフレット】
2004501637.tif 000036
2004501637.tif 000037
2004501637.tif 000038
2004501637.tif 000039
2004501637.tif 000040
2004501637.tif 000041
2004501637.tif 000042
2004501637.tif 000043
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
2004501637.tif 000349
2004501637.tif 000350
【国際調査報告】
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2004501637.tif 000352
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