(57)【要約】本発明は、生物系の複合生物学的状態の診断の分野、特には分子プローブ及び前記生物系の試料に由来する標的間の分子ハイブリダイゼーションを利用する診断方法に属する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物系の複合生物学的状態を、担体上に固定されたプローブとの核酸のハイブリダイゼーションを含む前記生物系から単離された核酸の試料から解析する方法であって：
（ａ）ハイブリダイゼーション生成物の形成を可能にする条件で、試料の核酸から調製されたマーキングしたポリヌクレオチド配列を、生物学的状態の特異ポリヌクレオチドプローブの第１アセンブリ（Ｅ１）、及び前記生物学的状態の基準核酸分子から調製された基準ポリヌクレオチドプローブの少なくとも１つの第２アセンブリ（Ｅ２）と接触させること、
（ｂ）ステップ（ａ）で形成されたハイブリダイゼーション生成物を検出することを含み、第１及び第２アセンブリ（Ｅ１、Ｅ２）は、担体上に固定され、かつプローブの前記第１アセンブリは、ｎグループのプローブからなり、各グループは、生物学的状態に影響を及ぼす異なる遺伝子プロファイルの特徴を示し、かつ各グループは、分離した位置で担体上に集められ、その位置は、好適にはプローブの第２アセンブリにより形成されたハイブリダイゼーション生成物の位置に対する、第１アセンブリの少なくとも１つのプローブにより形成されたハイブリダイゼーション生成物の位置検出による、生物学的状態の遺伝子プロファイルの解析を可能にするように、プローブの第２アセンブリ（Ｅ２）の位置からも同様に分離されることを特徴とする方法。
【請求項２】
前記生物学的状態は、患者の生理的状態であること、前記生理的状態を前記患者の核酸試料から解析すること、及び：
−  プローブの第１アセンブリ（Ｅ１）は、前記生理的状態の特異核酸分子から調製されたポリヌクレオチドプローブのアセンブリであり、かつ
−  基準プローブの第２アセンブリ（Ｅ２）は、ハイブリダイゼーション生成物の形成を可能にする条件で、前記生理的状態のために基準核酸分子から調製されたプローブのアセンブリであることを特徴とする請求項１に記載の生物系の生物学的状態の解析方法。
【請求項３】
ステップ（ａ）のポリヌクレオチド配列は、肉眼でのステップ（ｂ）のハイブリダイゼーション生成物の位置検出を可能にするあらゆるタイプのマーカーによってマーキングされることを特徴とする請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
各基準ポリヌクレオチドプローブは、異なっており、かつ第１アセンブリの各ｎグループのプローブが特徴を示す、遺伝子プロファイルに構造的又は機能的に対応する核酸分子から調製されることを特徴とする請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
基準ポリヌクレオチドプローブは、異なっており及び／又は同一であり、かつ解析する生物学的状態に関して基準核酸分子から調製されることを特徴とする請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
第１アセンブリの各ｎグループのプローブは、第２アセンブリの少なくとも１つのプローブとの関係で幾何学的形状で配置されることを特徴とする請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
第１アセンブリの各ｎグループのプローブの位置は、第２アセンブリの少なくとも１つのプローブの周囲又は直線上にあることを特徴とする請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
第２アセンブリのプローブは、整列すること、及び各ｎグループの第１アセンブリのプローブは、第１アセンブリのプローブのｎ線列が、第２アセンブリのプローブの線列にほぼ垂直であるように、第１アセンブリのプローブの直線上にあることを特徴とする請求項１から７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
ステップ（ａ）は、基準ポリヌクレオチドプローブの２番目の第２アセンブリの利用を含むことを特徴とする請求項１から８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
プローブの第１アセンブリ（Ｅ１）は、群：ＡＢＩ１；ＡＦ１０；ＡＦ１５ｑ１４；ＡＦ１７；ＡＦ１ｐ；ＡＦ１ｑ；ＡＦ３ｐ２１；ＡＦ４；ＡＦ５ｑ３１；ＡＦ６；ＡＦ６ｑ２１；ＡＦ９；ＡＦＸ−１；ＣＢＰ；ＣＤＫ６；ＥＥＮ；ＥＥＬ；ＥＮＬ；ＦＢＰ１７；ＧＡＳ７；ＧＥＰＨＹＲＩＮ；ＧＭＰＳ；ＧＲＡＦ；ｈｃｄｃｒｅｌ−１；ＬＡＦ４；ＬＡＲＧ；ＬＣＸ；ＬＰＰ；ＭＳＦ；ｐ３００；ＲＡＲＡ及びＳＥＰＴＩＮからなるパートナー遺伝子の内１つ又は幾つかの核酸配列を別個にハイブリダイズする可能性がある少なくとも１つのプローブを含む複数のプローブからなること、及びプローブの第２アセンブリ（Ｅ２）は、遺伝子ＭＬＬの特異核酸配列の全部又は一部をハイブリダイズする可能性がある複数のプローブを含むことを特徴とする請求項１から９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
基準ポリヌクレオチドプローブの２番目の第２アセンブリは、第１アセンブリの基準プローブと同一であること、及び第２アセンブリのプローブは、プローブの他のアセンブリから分離した位置にあり、かつプローブの他のアセンブリとの関係で幾何学的形状にあることを特徴とする請求項９又は１０に記載の方法。
【請求項１２】
１番目の第２アセンブリのプローブは、「Ｌ」字の幾何学的形状を形成するように、２番目の第２アセンブリのプローブの線列端部に垂直に整列することを特徴とする請求項９から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
ハイブリダイゼーション位置の視覚検出は、プローブ（Ｅ１、Ｅ２）及び場合により対照プローブの各アセンブリの視覚標定要素を含むマスクにより実行されることを特徴とする請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記マスクは、担体上で「Ｌ」字形の幾何学的形状、及び「Ｌ」字の腕の一方に垂直なｎの窓を形成するように、整列したプローブの第２アセンブリに重ねられ得る「Ｌ」字形の窓を含み、前記垂直な各ｎの窓は、第２アセンブリのプローブの線列にほぼ垂直な第１アセンブリのプローブの各ｎ線列に重ねられ得ることを特徴とする請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
プローブの各アセンブリ（Ｅ１、Ｅ２）の視覚標定要素を含む前記マスクは、解析する生物系の組織又は器官の組織学的形状を再現する幾何学的形状を有することを特徴とする請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
請求項１から１５のいずれかに記載の方法を実施するための担体であって、前記請求項のいずれかに示したように配置されるポリヌクレオチドプローブの第１アセンブリ（Ｅ１）及びポリヌクレオチドプローブの少なくとも１つの第２アセンブリ（Ｅ２）を、表面に固定されて含むことを特徴とする担体。
【請求項１７】
肉眼で検出可能な幾何学的図形を前記担体表面に形成するように、第１アセンブリのプローブの一部及び第２アセンブリのプローブ全体により試料の核酸から調製された、マーキングされたポリヌクレオチド配列のハイブリダイゼーション生成物を表面に含むことを特徴とする請求項１６に記載の担体。
【請求項１８】
幾何学的図形は、第２アセンブリのプローブにより試料の核酸から調製された、マーキングされたポリヌクレオチド配列のハイブリダイゼーション生成物によって形成されるＬ字を含むことを特徴とする請求項１７に記載の担体。
【請求項１９】
請求項１から１３のいずれかに記載の解析方法を実施すること、及びあらゆる公知の手段によって得られるハイブリダイゼーション生成物を視覚化することを特徴とする分子ハイブリダイゼーション反応の直接視覚化方法。
【請求項２０】
請求項１から１５のいずれかに記載の解析方法を実施するための担体読取装置であって、特異プローブによりハイブリダイゼーション生成物の位置決定を担体上で同定することを可能にする、特異プローブの第１アセンブリ（Ｅ１）に関係する記載を含む固定要素（Ｆ）、及び好適にはこのために備えられた溝（Ｒ）内の滑動によって、前記担体を内部に配置する、前記担体の形状及び大きさに著しく類似する形状及び大きさの空洞を含むことを特徴とする装置。
【請求項２１】
患者の治療上の処置の様々な段階で、請求項１から１５のいずれかに記載の解析方法を用いて生物学的状態の連続解析を実行することを特徴とする患者の治療上の処置の検査方法。
【請求項２２】
患者における遺伝子ＭＬＬのインビトロ検出のための、請求項１から２１のいずれかに記載の方法及び／又は担体の使用。
【請求項２３】
遺伝子ＭＬＬ及び請求項１０に記載のグループのパートナー遺伝子の少なくとも１つを関与させる、患者における疾患のインビトロ検出のための、請求項２２に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、複合分子系の解析、特に生物系の複合生物学的状態の診断の分野、更に特には、分子プローブ及び前記生物系の試料に由来する標的間の分子ハイブリダイゼーションを利用する診断方法に属する。
【０００２】
この発明の枠内で、生物系の複合生物学的状態とは、固有の核酸配列アセンブリによって決定される遺伝子プロファイルによって特徴付けられる前記生物系のあらゆる状態を意味し、前記遺伝子プロファイルは、例えばウイルス又は細菌感染又は同時感染に続く異種核酸導入のような様々な生物学的プロセスによって、又は癌化プロセス、並びに突然変異、欠失又は転座による、前記生物系中に当初存在した核酸の修飾によって修飾され得る。
【０００３】
これらの生物系は、初期遺伝子プロファイルの修飾に同様に至らせる、カスケード反応を始動させ得る、レセプター−リガンドタイプの相互作用の後に修飾を受けることも同様にあり得る。
【０００４】
本発明の枠内で、生物系とは、ゲノムから１つ又は幾つかの核酸分子を単離して、遺伝子情報を抽出できる生体を含むあらゆる媒質を意味する。
【０００５】
微生物(ウイルス、藻類、細菌)又は単細胞若しくは多細胞上位生物が問題であり得る。
【０００６】
これらの生物系は、水、流体及び生物、動物又は植物組織のような、様々な媒質、農業食品媒質及び調合物中に存在する。
【背景技術】
【０００７】
標的及び分子プローブ間の結合反応（分子ハイブリダイゼーション反応）を明らかにすることを可能にする方法は、溶液で、又は物理的担体上で行われる。後者の場合に、反応を明らかにすることは、共通点が、標定可能で、数量化可能又は不可能な、結合現象を反映するシグナルを生成することである、多様な方法によりなされ得る。
【０００８】
生物学的メカニズムの理解において行われた進歩は、新規かつより正確な情報を得るために、同時かつ多数の分子ハイブリダイゼーション反応を解析することを可能にする系を開発するに至らせている（例えばバイオチップ）。これらの反応の解析は、多くの場合、使用者が結果を正しく利用できるように、精巧な器具並びに解釈ソフトウェアを必要とする。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明の対象は、かかる複合ハイブリダイゼーション系の結果解釈を単純化するために設計された、かかる多数かつ同時の分子ハイブリダイゼーション反応を関与させる解析方法であり、前記方法は、ソフトウェアにより応用されるアルゴリズム的方法のような複雑な解析方法の使用から解放されるために、解釈が明白かつ単純化された、画像、例えば幾何学的図形を、ハイブリダイゼーション反応の結果、生じさせるように担体上に配置された様々なプローブの特殊な配置により得られる、担体上の空間分布の予めの設置を含む。
【００１０】
本発明は、下記の実施例及び添付図面を用いて例証される。
【００１１】
より正確には、本発明は、生物系の複合生物学的状態を、担体上に固定されたプローブとの核酸のハイブリダイゼーションを含む前記生物系から単離された核酸の試料から解析する方法であって、次のステップ：
（ａ）ハイブリダイゼーション生成物の形成を可能にする条件で、試料の核酸から調製されたマーキングしたポリヌクレオチド配列を、生物学的状態の特異ポリヌクレオチドプローブの第１アセンブリ（Ｅ１）、及び前記生物学的状態の基準核酸分子から調製された基準ポリヌクレオチドプローブの少なくとも１つの第２アセンブリ（Ｅ２）と接触させること、
（ｂ）ステップ（ａ）で形成されたハイブリダイゼーション生成物を検出することを含み、第１及び第２アセンブリ（Ｅ１、Ｅ２）は、担体上に固定され、かつプローブの前記第１アセンブリは、ｎグループのプローブからなり、各グループは、生物学的状態に影響を及ぼし、かつそれ故に変化させる可能性がある異なる遺伝子プロファイルの特徴を示し、かつ各グループは、分離した位置で担体上に集められ、その位置は、好適にはプローブの第２アセンブリにより形成されたハイブリダイゼーション生成物の位置に対する、第１アセンブリの少なくとも１つのプローブにより形成されたハイブリダイゼーション生成物の位置検出による、生物学的状態の遺伝子プロファイルの解析を可能にするように、プローブの第２アセンブリ（Ｅ２）の位置からも同様に分離される方法を対象とする。
【００１２】
特殊な実施態様によれば、本発明の解析方法は、患者の生理的状態を、以上に記載したように、前記患者の核酸試料から解析することに関係し、ここで：
−  プローブの第１アセンブリ（Ｅ１）は、前記生理的状態の特異核酸分子から調製されたポリヌクレオチドプローブのアセンブリであり、かつ
−  基準プローブの第２アセンブリ（Ｅ２）は、ハイブリダイゼーション生成物の形成を可能にする条件で、前記生理的状態のために基準核酸分子から調製されたプローブのアセンブリである。
【００１３】
好ましくは、解析方法のステップ（ａ）のポリヌクレオチド配列は、ステップ（ｂ）のハイブリダイゼーション生成物の位置検出を可能にするあらゆるタイプのマーカーによってマーキングされる。直接検出とは、ハイブリダイゼーション生成物の位置決定を解釈するための特殊な手段を使用せずに、患者の生理的状態に関する情報を得ることを意味する。この検出は、マーカーが、比色視覚化を可能にする時、例えばビオチン、ジゴキシゲニン、又は他のあらゆる適切なマーカーである時、肉眼で、マーカーが蛍光体である時、蛍光視覚化装置により、マーカーが放射性波エミッタである時、放射性視覚化検出装置によりなされ得る。
【００１４】
好適には、各基準ポリヌクレオチドプローブは、異なっており、かつ第１アセンブリの各ｎグループのプローブが特徴を示す、遺伝子プロファイルに構造的又は機能的に対応する核酸分子から調製される。
【００１５】
好適には、基準ポリヌクレオチドプローブは、異なっており及び／又は同一であり、かつ解析する生物学的状態に関して基準核酸分子から調製される。
【００１６】
好ましくは、第１アセンブリの各ｎグループのプローブは、第２アセンブリの少なくとも１つのプローブとの関係で幾何学的形状で配置される。
【００１７】
非常に好ましくは、第１アセンブリの各ｎグループのプローブは、第２アセンブリの少なくとも１つのプローブの周囲又は直線上にある。
【００１８】
同様に、方法のもう一つの実施態様によれば、第２アセンブリのプローブは、整列し、かつ各ｎグループの第１アセンブリのプローブは、第１アセンブリのプローブのｎ線列が、第２アセンブリのプローブの線列にほぼ垂直であるように、第１アセンブリのプローブの直線上にある。
【００１９】
本発明の解析方法は、ステップ（ａ）で、基準ポリヌクレオチドプローブの２番目の第２アセンブリの利用を含んでも良く、特に基準ポリヌクレオチドプローブの前記２番目の第２アセンブリは、第１アセンブリの基準プローブと同一であっても良く、第２アセンブリのプローブは、プローブの他のアセンブリから分離した位置にあり、かつプローブの他のアセンブリとの関係で幾何学的形状にある。
【００２０】
非常に好ましくは、本発明の解析方法において、プローブの第１アセンブリ（Ｅ１）は、群：ＡＢＩ１；ＡＦ１０；ＡＦ１５ｑ１４；ＡＦ１７；ＡＦ１ｐ；ＡＦ１ｑ；ＡＦ３ｐ２１；ＡＦ４；ＡＦ５ｑ３１；ＡＦ６；ＡＦ６ｑ２１；ＡＦ９；ＡＦＸ−１；ＣＢＰ；ＣＤＫ６；ＥＥＮ；ＥＥＬ；ＥＮＬ；ＦＢＰ１７；ＧＡＳ７；ＧＥＰＨＹＲＩＮ；ＧＭＰＳ；ＧＲＡＦ；ｈｃｄｃｒｅｌ−１；ＬＡＦ４；ＬＡＲＧ；ＬＣＸ；ＬＰＰ；ＭＳＦ；ｐ３００；ＲＡＲＡ及びＳＥＰＴＩＮからなるパートナー遺伝子の内１つ又は幾つか、例えば２又は３つの核酸配列を別個にハイブリダイズする可能性がある少なくとも１つのプローブを含む複数のプローブからなり、かつプローブの第２アセンブリ（Ｅ２）は、遺伝子ＭＬＬの特異核酸配列の全部又は一部をハイブリダイズする可能性がある複数のプローブを含む。
【００２１】
方法の特殊な実施態様によれば、１番目の第２アセンブリのプローブは、「Ｌ」字の幾何学的形状を形成するように、２番目の第２アセンブリのプローブの線列端部に垂直に整列する。
【００２２】
本発明の解析方法の特殊な実施態様によれば、ハイブリダイゼーション位置の視覚検出は、プローブ（Ｅ１、Ｅ２）及び場合により対照プローブの各アセンブリの視覚標定要素を含むマスクにより実行される。
【００２３】
好ましくは、前記マスクは、担体上で「Ｌ」字形の幾何学的形状、及び「Ｌ」字の腕の一方に垂直なｎの窓を形成するように、整列したプローブの第２アセンブリに重ねられ得る「Ｌ」字形の窓を含み、前記垂直な各ｎの窓は、第２アセンブリのプローブの線列にほぼ垂直な第１アセンブリのプローブの各ｎ線列に重ねられ得る。
【００２４】
プローブの各アセンブリ（Ｅ１、Ｅ２）の視覚標定要素を含む前記マスクは、解析する生物系の組織又は器官の組織学的形状を再現する幾何学的形状を有しても良い。
【００２５】
本発明は、以上に示したように配置されるポリヌクレオチドプローブの第１アセンブリ（Ｅ１）及びポリヌクレオチドプローブの少なくとも１つの第２アセンブリ（Ｅ２）を、表面に固定されて含む、上記のような解析方法を実施するための担体も同様に対象とする。
【００２６】
前記担体は、解析方法の実施後に、肉眼で検出可能な幾何学的図形を前記担体表面に形成するように、第１アセンブリのプローブの一部及び第２アセンブリのプローブ全体により試料の核酸から調製された、マーキングされたポリヌクレオチド配列のハイブリダイゼーション生成物を表面に含み得る。
【００２７】
好適には、前記幾何学的図形は、第２アセンブリのプローブにより試料の核酸から調製された、マーキングされたポリヌクレオチド配列のハイブリダイゼーション生成物によって形成される「Ｌ」字を含む。
【００２８】
本発明は、あらゆる公知の手段によって得られるハイブリダイゼーション生成物の視覚化が後に続く、本発明の解析方法を実施する分子ハイブリダイゼーション反応の直接視覚化方法も同様に対象とする。
【００２９】
使用され得る視覚化手段の中で、例えば、本発明の方法が、幾つかの担体の同時読み取りを含む時に特に使用され、限られた数の走査した画像−対象の処理を可能にする簡易なソフトウェアと組み合わされた、画像走査システムを挙げることができる。
【００３０】
本発明のもう一つの対象は、特異プローブによりハイブリダイゼーション生成物の担体上の位置決定を同定することを可能にする、特異プローブの第１アセンブリ（Ｅ１）に関係する記載を含む固定要素（Ｆ）、及び好適にはこのために備えられた溝（Ｒ）内の滑動によって、前記担体を内部に配置する、前記担体の形状及び大きさに著しく類似する形状及び大きさの空洞を含む、本発明の解析方法を実施するための担体読取装置に関する。
【００３１】
本発明は、患者の治療上の処置の様々な段階で実行される、本発明による解析方法を用いた生物学的状態の連続解析を利用する、患者の治療上の処置の検査方法にも同様に関する。
【００３２】
本発明は、患者における遺伝子ＭＬＬ、特に白血病のような、特に遺伝子ＭＬＬ及び上記グループのパートナー遺伝子の少なくとも１つを関与させる疾患のインビトロ検出のための、以上に記載した方法及び／又は担体の使用にも同様に関する。
【発明を実施するための最良の形態】
【００３３】
本発明の解析方法の好ましい実施例は、以下に続く実施例において詳しく説明する。
【実施例１】
【００３４】
実施例１：この実施例は、遺伝子ＭＬＬの転座系の解析方法を説明する。
【００３５】
染色体１１上に位置する遺伝子ＭＬＬ（混合系譜白血病）は、幾つかの急性白血病において比較的多数の個別の遺伝子に由来するＤＮＡの一部により再編成される。この再編成の存在は、特殊な治療的食餌療法により患者を治療するに至らせる予後不良とは無関係な徴候である。次にこの治療法の有効性は、転座ＭＬＬを持つ残留循環細胞数を数量化することを可能にする分子解析を治療する患者において行い、評価され得る。この解析は、可能な約３０のものに対して遺伝子ＭＬＬのパートナーを、並びに遺伝子ＭＬＬ及びそのパートナー遺伝子の間の正確な接合点を正確に同定した場合にのみ有効に行われ得る。
【００３６】
遺伝子ＭＬＬは、転座１１ｑ２３中で同定され、かつ遺伝子ＭＬＬの少なくとも３２のパートナー遺伝子が、同定された。それらを、下記の表Ｉに示す。
【００３７】
【表１】
2006503585.tif 000002
2006503585.tif 000003
【００３８】
本発明の解析方法のこの実施例において、ハイブリダイゼーション用のプローブは、前記プローブに対するハイブリダイゼーション生成物の表示が、結果の即時かつ直接的な視覚読み取りを可能にする位置で同定された再編成、遺伝子ＭＬＬの構造を出現させるように、担体表面上に集められる。
【００３９】
解析担体は、比色反応、反応の有効性、バイオチップの方向の対照も同様に含む。
【００４０】
比色反応の対照として、解析するヌクレオチド配列と関係のないヌクレオチド配列の特異なポリヌクレオチドプローブの第３アセンブリが、プローブの第２アセンブリに対して、例えば反転した「Ｌ」字形の特殊な幾何学的形状に従って、前記担体とは別の帯域に例えば集められる。この形状は、担体に関する位置決定標識としても同様に役立ち得る。
【００４１】
負の対照として、（各列の最初の）記載された各パートナー遺伝子の接合点の上流に位置する領域を示す１つ又は幾つかのポリヌクレオチドプローブは、担体上に同様に配置され得る。シグナルが、これらの対照上に現れるならば、「間違った」反応の指標であり得る。
【００４２】
各パートナー遺伝子は、３００の塩基対全部を部分に分けて、転座の事象に関与することで知られるパートナー遺伝子を記載するために選択された一連のオリゴヌクレオチドプローブによって担体上に表される。
【００４３】
好適には、この配置は、対応するハイブリダイゼーション生成物を同定する、大部分の配列５’に対して、シグナルが出現すること又は出現しないことに従った各パートナー遺伝子に関する接合点の、分子レベルでのより正確な局在を陽性試料に対して可能にするように選択される。陽性試料の場合に、接合点に近い幾つかのスポットは、検出可能なシグナルを示すべきである。単一のスポットが検出可能なシグナルを示すならば、それは、誤りの反応を示し得る。
【００４４】
対照プローブを含む担体上のプローブアセンブリの好ましい配置は、添付の図３に示す。
【００４５】
左側の第１の垂直な柱及び下部の第１の水平線に、遺伝子ＭＬＬの特異配列に対応する基準プローブの第２アセンブリ（Ｅ２）が集められている。この直立した「Ｌ」字の配置は、反応の有効性の正の対照手段である。
【００４６】
他の３２の水平線に、３２の各パートナー遺伝子の特異プローブの第１アセンブリ（Ｅ１）が配置される。
【００４７】
右側の最後の柱及び上部の水平線に、比色反応の対照である、マーキングされたプローブのアセンブリが配置される。
【実施例２】
【００４８】
実施例２：遺伝子発現レベルの解析及び乳癌に適用される予後。
【００４９】
ＤＮＡチップに対する大規模な遺伝子発現の研究が、腫瘍中に存在するｍＲＮＡ量及び患者の臨床的変化の間に相関関係が存在するマーカー遺伝子グループを選択することを可能にした。これらの遺伝子グループの過剰発現又は過少発現を診断チップ上で明らかにすることは、疾患の重さ及び採用する治療法に対する指標を与えることを可能にする。このように、良好な診断（ＢＤ）のマーカー遺伝子グループが、過少発現し、他方で不良な診断（ＭＤ）のマーカー遺伝子グループが過剰発現するならば、その場合例えば、ホルモン又はアジュバント化学療法に基づく処置を使用することを決定することができる。
【００５０】
本発明の解析方法のこの実施例において、プローブは、プローブに対するハイブリダイゼーション生成物の表示が、予期する応答に応じて遺伝子グループを明白に出現させるように担体表面に集められる：ＢＤのマーカー遺伝子は、例えば担体の右側に集められ、ＭＤのマーカー遺伝子は、右側に集められる。対照遺伝子は、左側に配置される（添付の図２）。
【００５１】
各グループに関して得られるシグナルの強度は、解析する腫瘍の肉眼での直接視覚化による分類を可能にする。
【実施例３】
【００５２】
実施例３：発達中の器官の位置決定に関与する遺伝子発現レベルの解析。
【００５３】
ＤＮＡチップに対する大規模な遺伝子発現の研究が、幹細胞中に存在するｍＲＮＡ量及び成人組織を形成する細胞としての空間時間的変化の間に相関関係が存在するマーカー遺伝子グループを選択することを可能にした。これらの遺伝子グループの過剰発現又は過少発現をＤＮＡチップ上で明らかにすることは、細胞発達の際に細胞の位置決定を明確にすることを可能にする。
【００５４】
本発明の解析方法のこの実施例において、プローブは、前記プローブに対して形成されるハイブリダイゼーション生成物の表示が、成人組織中の位置決定に応じて遺伝子グループを明白に出現させるように担体表面に集められる。各グループに関して得られるシグナルの強度は、解析する幹細胞の即時視覚分類を可能にする。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】ここでは転座を生じさせ得るパートナー遺伝子の特異プローブである、試料から得られるポリヌクレオチド配列、及びここでは遺伝子ＭＬＬの特異プローブである、基準プローブ間に生じる、様々なハイブリダイゼーション反応の図式である。
【図２】基準プローブが、担体上に「Ｌ」字形の形状に配置された好ましい空間分布の図である。特異プローブは、水平線列に沿って配置され、同じ水平線上に配置されたプローブの各アセンブリは、単一のパートナー遺伝子の複数の特異プローブに対応した。更に、対照プローブが、反転した「Ｌ」字形の形状で配置された。
【図３】プローブの様々なアセンブリの位置を正確に示す、本発明による担体の図である。Ｅ１：転座の特異プローブ。Ｅ２：基準プローブ。
【図４】乳癌の良好な予後のマーカー遺伝子の特異プローブのアセンブリが、担体右側に集められ、乳癌の予後不良のマーカー遺伝子の特異プローブの第２アセンブリが、右側に集められた、本発明によるハイブリダイゼーション担体の図である。対照プローブのアセンブリは、左側に配置された。ハイブリダイゼーションの表示後、各グループに関して得られたシグナルの強度は、解析した腫瘍を視覚的に即時に分類することを可能にする。
【図５】ハイブリダイゼーション担体表面に幹細胞の特異プローブを集めることにより、胚性脳領域の画像が再現される、本発明によるハイブリダイゼーション担体の図を示す。ここで、配置は、例えばＪｏｈｎ  Ｌ．Ｒ．Ｒｕｂｅｎｓｔｅｉｎ、Ｍ．Ｄ．、Ｐｈ．Ｄ．Ｊ．  Ａｍ  Ａｃａｄ  Ｃｈｉｌｄ  Ａｄｏｌｅｓｃ  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ、３７（５）：５６１−５６２、１９９８による胚性脳の画像を再現する。
【図６】形成されたハイブリダイゼーション生成物の同定及び結果の解釈を一層容易にするための標識を含むマスクを使用する、本発明の方法を実施するための担体を示す。
【図７】本発明の解析方法が実行される、担体（Ｓ）の読取装置を示す。この装置は、特異プローブの第１アセンブリ（Ｅ１）に関係する記載、例えばパートナー遺伝子の全部又は一部とハイブリダイズし、かつ担体上のその位置決定を同定することを可能にする特異プローブに対応するそれを含む固定要素（Ｆ）を含む。この装置は、例えばこのために備えられた溝（Ｒ）内の滑動によって、担体（Ｓ）を内部に配置することができる、担体（Ｓ）の形状及び大きさに著しく類似する形状及び大きさの空洞を含む。
【図８】遺伝子ＭＬＬに関する本発明によるハイブリダイゼーション担体の図表形状の表示である。
【図９】パートナー（ここではＡＦ４）による遺伝子ＭＬＬの転座の同定を表す、本発明による陽性のテスト結果である。
【図１】
2006503585.tif 000004
【図２】
2006503585.tif 000005
【図３】
2006503585.tif 000006
【図４】
2006503585.tif 000007
【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【国際調査報告】
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