(57)【要約】本発明は、対照における自己免疫疾患を検出する方法を提供し、これは、生物学的試料を対象から採取すること；該生物学的試料における少なくとも２個の遺伝子の発現レベルを決定すること；およびそれぞれの遺伝子の発現レベルをスタンダードと比較すること（ここで、該比較により、対象における自己免疫疾患の存在を検出する）による。本発明の方法を行うための組成物およびキットも提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における自己免疫疾患を検出する方法であって、
（ａ）生物学的試料を対象から採取すること；
（ｂ）該生物学的試料における少なくとも２個の遺伝子の発現レベルを決定すること；および
（ｃ）段階（ｂ）で決定されたそれぞれの遺伝子の発現レベルをスタンダードと比較すること（ここで、該比較により、該対象の自己免疫疾患の存在を検出する）、
を含む、方法。
【請求項２】
自己免疫疾患が、関節リウマチ（ＲＡ）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、多発性硬化症（ＭＳ）、１型（すなわち、インシュリン依存性）糖尿病（ＩＤＤＭ）、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
生物学的試料が細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
細胞が末梢血単核細胞である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
対象が動物である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
動物が哺乳類である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
哺乳類がヒトである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
決定が、ノーザンブロット法、核酸マイクロアレイとのハイブリダイゼーション法、および逆転写ポリメラーゼ連鎖反応法（ＲＴ−ＰＣＲ）からなる群から選択される技術を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
ＲＴ−ＰＣＲ法が定量的ＲＴ−ＰＣＲ法である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも２個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも５個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも２０個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも２５個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
決定が、配列番号：１〜７０により表される全遺伝子の発現レベルの決定である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
比較が、
（ａ）集団におけるそれぞれの遺伝子についての平均発現レベルを確立すること（ここで、該集団は、統計学上有意な数の正常対象および１以上の異なる自己免疫疾患を有する対象を含む）、
（ｂ）第１の値を、対象での発現レベルが該集団での平均発現レベルより高い、それぞれの遺伝子に対して、そして第２の値を、対象での発現レベルが該集団での平均発現レベルより低い、それぞれの遺伝子に対して指定すること；および
（ｃ）段階（ｂ）で指定された値を足し、合計を得ること（ここで、該合計が、対象における自己免疫疾患の存在または非存在の指標である）、
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
対象における自己免疫疾患を診断する方法であって、
（ａ）多数の核酸配列を含むアレイを用意すること（ここで、それぞれの核酸配列が、既知遺伝子に対応する）、
（ｂ）対象由来の生物学的試料を用意すること（ここで、該生物学的試料は核酸を含む）、
（ｃ）該生物学的試料をアレイとハイブリダイズさせること、
（ｄ）該生物学的試料がハイブリダイズするアレイ上の全核酸を検出すること、
（ｅ）検出されたそれぞれの核酸についての相対的発現レベルを決定すること、
（ｆ）検出された核酸について相対的発現レベルの特性を創成すること、
（ｇ）創成された特性をスタンダードの特性と比較すること（ここで、該比較により、対象における自己免疫疾患を診断する）、
を含む、方法。
【請求項１８】
自己免疫疾患が、関節リウマチ（ＲＡ）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、多発性硬化症（ＭＳ）、１型（インシュリン依存性）糖尿病（ＩＤＤＭ）、およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
アレイが、マイクロアレイチップおよびメンブレンベースフィルターアレイからなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
アレイが、配列番号：１〜７０により表される少なくとも２個の遺伝子を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
アレイが、配列番号：１〜７０により表される少なくとも５個の遺伝子を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
アレイが、配列番号：１〜７０により表される少なくとも１０個の遺伝子を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
アレイが、配列番号：１〜７０により表される少なくとも２０個の遺伝子を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
アレイが、配列番号：１〜７０により表される少なくとも２５個の遺伝子を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】
アレイが、配列番号：１〜７０により表される全遺伝子を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２６】
アレイが、少なくとも１個の内部対照遺伝子をさらに含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２７】
生物学的試料が細胞である、請求項１７に記載の方法。
【請求項２８】
細胞が末梢血単核細胞である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
対象が動物である、請求項１７に記載の方法。
【請求項３０】
動物が哺乳類である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
哺乳類がヒトである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
決定が、ノーザンブロット法、核酸マイクロアレイとのハイブリダイゼーション法、および逆転写ポリメラーゼ連鎖反応法（ＲＴ−ＰＣＲ）からなる群から選択される技術を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項３３】
ＲＴ−ＰＣＲ法が定量的ＲＴ−ＰＣＲ法である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも２個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項１７に記載の方法。
【請求項３５】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも５個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも２０個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
決定が、配列番号：１〜７０により表される少なくとも２５個の遺伝子の発現レベルの決定である、請求項２６に記載の方法。
【請求項３９】
決定が、配列番号：１〜７０により表される全遺伝子の発現レベルの決定である、請求項３４に記載の方法。
【請求項４０】
比較が、
（ａ）集団におけるそれぞれの遺伝子の平均発現レベルを確立すること（ここで、該集団は、統計学上有意な数の正常対象および１以上の異なる自己免疫疾患を有する対象を含む）、
（ｂ）第１の値を、対象での発現レベルが該集団での平均発現レベルより高い、それぞれの遺伝子に対して、そして第２の値を、対象での発現レベルが該集団での平均発現レベルより低い、それぞれの遺伝子に対して指定すること；および
（ｃ）段階（ｂ）で指定された値を足し、合計を得ること（ここで、該合計が、対象における自己免疫疾患の存在または非存在の指標である）、
を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項４１】
多数のオリゴヌクレオチドプライマー、および配列番号：１〜７０により表される少なくとも１個の遺伝子の発現レベルを決定するための多数のオリゴヌクレオチドプライマーを利用するための指示書を含む、キット。
【請求項４２】
配列番号：１〜７０により表される少なくとも５個の遺伝子の発現レベルを決定するためのオリゴヌクレオチドプライマーを含む、請求項４１に記載のキット。
【請求項４３】
配列番号：１〜７０により表される少なくとも１０個の遺伝子の発現レベルを決定するためのオリゴヌクレオチドプライマーを含む、請求項４１に記載のキット。
【請求項４４】
配列番号：１〜７０により表される少なくとも２０個の遺伝子の発現レベルを決定するためのオリゴヌクレオチドプライマーを含む、請求項４１に記載のキット。
【請求項４５】
配列番号：１〜７０により表される少なくとも３０個の遺伝子の発現レベルを決定するためのオリゴヌクレオチドプライマーを含む、請求項４１に記載のキット。
【請求項４６】
配列番号：１〜７０により表され全遺伝子の発現レベルを決定するためのオリゴヌクレオチドプライマーを含む、請求項４１に記載のキット。
【請求項４７】
対照遺伝子の発現レベルを決定するためのオリゴヌクレオチドプライマーをさらに含む、請求項４１に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【発明の詳細な説明】
【０００１】
関連特許出願
本出願は、２００２年３月１６日に出願された米国仮特許出願番号６０／３８１，０５５（全体として、引用により本明細書に取り込まれる）に基づく優先権を主張する。
【０００２】
研究費記述
本研究は、米国国立衛生研究所の研究費ＡＩ４４９２４、ＡＲ０２０２７、ＡＲ４１９４３、およびＤＫ５８７６５により支援された。従って、米国政府は、本発明に一定の権利を有する。
【０００３】
技術分野
本発明は一般に、自己免疫疾患の診断に関する。より具体的には、本発明は、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、多発性硬化症、または１型糖尿病の様な自己免疫疾患を有する減少された確率の同定に関する。
【０００４】
省略形の表
【表１】
2006503587.tif 000002
【０００５】
【表２】
2006503587.tif 000003
【０００６】
アミノ酸の省略形および対応するｍＲＮＡコドン
【表３】
2006503587.tif 000004
【０００７】
背景技術
自己免疫疾患は、米国において何百万もの人々に影響を及ぼす（集団の約３〜５％が影響を受けている）。Jacobson et al., 1997； Marrack et al., 2001を参照されたい。自己免疫疾患の病因は、一般的には、１型（インシュリン依存性）糖尿病（膵β細胞；Kukreja & Maclaren 2000を参照）、多発性硬化症（ミエリン塩基性タンパク質；Ufret-Vincenty et al., 1998を参照）、および甲状腺炎（サイログロブリンまたは甲状腺ペルオキシダーゼ；Martin et al., 1999を参照）の場合で見られる様な、患者の免疫系による器官または組織に対する攻撃を含む。ある種の自己免疫疾患は、関節リウマチにおける滑膜表層、肺、および心臓（Quayle et al., 1992を参照）、および全身性エリテマトーデス（Kotzin 1996を参照）における皮膚、腎臓、および心臓に対する免疫応答を含む、全身性攻撃も特徴とする。
【０００８】
疾患症候群の分類、疾患経過の予測、および疾患原因を理解することは、自己免疫の研究の３つの根本的な目標である。自己免疫疾患の診断は、大抵、何度も患者が医師を受診し、そして臨床検査を繰り返し受けることを必要とする。このことは、現在、自己免疫疾患の絶対的予測として有効な単独検査、または臨床検査の組合せがないという事実に主に起因する。例えば、既存の基準を用いて、関節リウマチ（ＲＡ）の診断を確実に確立するには、少なくとも３ヶ月間の症状の既往歴を必要とする。
【０００９】
自己免疫疾患の迅速かつ正確な診断検査の必要性の重要さは、該疾患の処置へのアプローチの変更により、強調される。最近まで、リウマチ専門医は、新たに診断した患者に対して、非ステロイド性抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）および低用量のコルチコステロイドでの治療を開始していた。疾患が進行すると、さらに、疾患修飾性抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）が加えられた。現在、リウマチ専門医は、メトトレキセート、レフルノミド、または新規腫瘍壊死因子α（ＴＮＦ−α）阻害剤（例えば、エタネルセプトおよびインフリキシマブ）の様な新たな薬剤での初期、かつ攻撃的治療が、改善結果をもたらし、そして実際に機能を保護し、かつクオリティー・オブ・ライフを改善し得ることを理解している。Jacobson et al., 1997を参照されたい。しかしながら、該新たな薬剤は高価であり、そして深刻な副作用を生じ得る。従って、それは明確なＲＡ患者で有効に用いられる。
【００１０】
それゆえ、個体を自己免疫疾患を有する分類から直ちに除外し得る、改善された診断検査が必要とされる。当該技術分野における該および他の必要性は、本発明の開示により満たされる。
【００１１】
要約
本発明は、対象の自己免疫疾患を検出するための方法および組成物を提供する。１つの実施態様において、方法は、（ａ）生物学的試料を対象から採取すること；（ｂ）該生物学的試料における少なくとも２個の遺伝子の発現レベルを決定すること；および（ｃ）段階（ｂ）で決定されたそれぞれの遺伝子の発現レベルをスタンダードと比較すること（ここで、該比較により、対象の自己免疫疾患の存在を検出する）を含む。１つの実施態様において、自己免疫疾患は、関節リウマチ（ＲＡ）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、多発性硬化症（ＭＳ）、１型（すなわち、インシュリン依存性）糖尿病（ＩＤＤＭ）、およびそれらの組合せからなる群から選択される。１つの実施態様において、生物学的試料は細胞である。１つの実施態様において、細胞は末梢血単核細胞である。１つの実施態様において、対象は動物である。１つの実施態様において、動物は哺乳類である。１つの実施態様において、哺乳類はヒトである。本方法の１つの実施態様において、段階（ｂ）での決定は、ノーザンブロット法、核酸マイクロアレイとのハイブリダイゼーション法、および逆転写ポリメラーゼ連鎖反応法（ＲＴ−ＰＣＲ）からなる群から選択される技術を含む。１つの実施態様において、ＲＴ−ＰＣＲ法は定量的ＲＴ−ＰＣＲ法である。
【００１２】
本発明の代わりの実施態様において、段階（ｂ）での決定は、配列番号：１〜７０で同定される遺伝子の少なくとも２個の遺伝子、少なくとも５個の遺伝子、少なくとも１０個の遺伝子、少なくとも２０個の遺伝子、少なくとも２５個の遺伝子、または全遺伝子の発現レベルの決定である。
【００１３】
本発明の方法に従い、１つの実施態様において、比較は、（ａ）集団におけるそれぞれの遺伝子の平均発現レベルを確立すること（ここで、該集団は、統計学上有意な数の正常対象、および１以上の異なる自己免疫疾患を有する対象を含む）；（ｂ）第１の値を、対象での発現レベルが該集団での平均発現レベルより高い、それぞれの遺伝子に対して、そして第２の値を、対象での発現レベルが該集団での平均発現レベルより低い、それぞれの遺伝子に対して指定すること；および（ｃ）段階（ｂ）で指定された値を足し、合計を得ること（ここで、該合計が、対象の自己免疫疾患の存在または非存在の指標となる）を含む。
【００１４】
本発明は、対象の自己免疫疾患を診断する方法も提供し、これは、（ａ）多数の核酸配列を含むアレイを用意すること（ここで、それぞれの核酸配列が、既知の遺伝子に対応する）；（ｂ）対象由来の生物学的試料を用意すること（ここで、該生物学的試料は、核酸を含む）；（ｃ）該生物学的試料をアレイとハイブリダイズさせること；（ｄ）該生物学的試料がハイブリダイズする該アレイ上の全核酸を検出すること；（ｅ）検出されたそれぞれの核酸についての相対的発現レベルを決定すること；（ｆ）検出された核酸についての相対的発現レベルの特性（profile）を創成すること；および（ｇ）創成された特性をスタンダード特性と比較すること（ここで、該比較により、対象の自己免疫疾患を診断する）を含む。１つの実施態様において、自己免疫疾患は、関節リウマチ（ＲＡ）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、多発性硬化症（ＭＳ）、１型（インシュリン依存性）糖尿病（ＩＤＤＭ）、およびそれらの組合せからなる群から選択される。１つの実施態様において、アレイは、マイクロアレイチップおよびメンブレンベースフィルターアレイからなる群から選択される。代わりの実施態様において、アレイは、配列番号：１〜７０で同定される遺伝子の少なくとも２個の遺伝子、少なくとも５個の遺伝子、少なくとも１０個の遺伝子、少なくとも２０個の遺伝子、少なくとも２５個の遺伝子、または全遺伝子を含む。別の実施態様において、アレイは、少なくとも１個の内部対照遺伝子をさらに含む。１つの実施態様において、生物学的試料は細胞である。１つの実施態様において、細胞は末梢血単核細胞である。１つの実施態様において、対象は動物である。１つの実施態様において、動物は哺乳類である。１つの実施態様において、哺乳類はヒトである。
【００１５】
本方法の１つの実施態様において、決定は、ノーザンブロット法、核酸マイクロアレイとのハイブリダイゼーション法、および逆転写ポリメラーゼ連鎖反応法（ＲＴ−ＰＣＲ）からなる群から選択される技術を含む。１つの実施態様において、ＲＴ−ＰＣＲ法は定量的ＲＴ−ＰＣＲ法である。代わりの実施態様において、決定は、配列番号：１〜７０で同定される遺伝子の少なくとも２個の遺伝子、少なくとも５個の遺伝子、少なくとも１０個の遺伝子、少なくとも２０個の遺伝子、少なくとも２５個の遺伝子、または全遺伝子の発現レベルの決定である。
【００１６】
本方法の１つの実施態様において、比較は、（ａ）集団におけるそれぞれの遺伝子についての平均発現レベルを確立すること（ここで、該集団は、統計学上有意な数の正常対象、および１以上の異なる自己免疫疾患を有する対象を含む）；（ｂ）第１の値を、対象での発現レベルが該集団での平均発現レベルより高い、それぞれの遺伝子に対して、そして第２の値を、対象での発現レベルが該集団での平均発現レベルより低い、それぞれの遺伝子に対して指定すること；および（ｃ）段階（ｂ）で指定された値を足し、合計を得ること（ここで、該合計が、対象の自己免疫疾患の存在または非存在の指標となる）を含む。
【００１７】
本発明は、多数のオリゴヌクレオチドプライマー、および代わりの実施態様において、配列番号：１〜７０により表される遺伝子の少なくとも１個、少なくとも５個、少なくとも１０個、少なくとも２０個、少なくとも３０個、または全遺伝子の発現レベルを決定するための多数のオリゴヌクレオチドプライマーを利用するための指示書を含むキットも提供する。１つの実施態様において、キットは、対照遺伝子の発現レベルを決定するためのオリゴヌクレオチドプライマーをさらに含む。
【００１８】
図面の簡単な説明
図１Ａおよび１Ｂは、免疫前および免疫後のデータのクラスター分析を表す。
図１Ａは、免疫前（対照）またはインフルエンザ抗原による免疫後（ＩＭＭ、免疫後６〜９日）の個体を比較する非監視下自己組織化マップを表す。図１Ａの上段パネルでは、全遺伝子の分析由来の特性が表される。図１Ａの下段パネルでは、不変遺伝子を除去した後の特性が表される。個体（１１ないし１８と呼ばれる）は、ひとくくりにされている。
【００１９】
図１Ｂは、データセットのＫ平均分析を表す。図１Ｂにおいて、データは、Ｘ軸に示された実験群の対照群に対する比の自然対数として表される。プロットの個々の線は、時間経過での個々の遺伝子の発現比を表す。
【００２０】
図２Ａおよび２Ｂは、クラスター分析による免疫および自己免疫疾患分類群の比較を表す。
図２Ａにおいて、免疫（免疫後６〜８日）、ＲＡ、およびＳＬＥ群は、階層的クラスター分析アルゴリズムを用いて分析された（上段パネル）。免疫、ＭＳ、および１型糖尿病群は、同様のクラスター分析の対象とされた（下段パネル）。
【００２１】
図２Ｂにおいて、Ｋ平均を用いて、全４つの自己免疫疾患群において、一様に過剰発現された遺伝子（左パネル）または低発現された遺伝子（右パネル）の２つの別々のクラスターが同定された。データは、免疫群またはそれぞれの自己免疫疾患群（１型糖尿病、ＭＳ、ＲＡ、またはＳＬＥ）の対照群に対する比の自然対数として表される。
【００２２】
図３Ａおよび３Ｂは、自己免疫疾患集団における最も低発現遺伝子および過剰発現遺伝子の個体ベースの分析を表す。個々の遺伝子の発現レベルは、１０の対照個体（黒で塗りつぶされた棒）および２５の自己免疫疾患の個体（グレーの破線の棒）の間で比較された。
図３Ａは、１０個の最も過剰発現遺伝子の発現レベルを表す。
図３Ｂは、１０個の最も低発現遺伝子の発現レベルを表す。
【００２３】
図４は、自己免疫疾患の分類および予測を表す。スコア（Ｙ軸）は、異なる集団から分析されたそれぞれの個体試料（Ｘ軸）に対して、示される。Ｐ値は、次の、免疫＝０．９；ＳＬＥ＝１Ｅ−０８；ＲＡ＝４Ｅ−０７；ＩＤＤＭ＝１Ｅ−０６；ＭＳ＝１Ｅ−０６；ＳＬＥ（２）＝８Ｅ−０７；ＲＡ（２）＝５Ｅ−０７；およびファミリー＝１Ｅ−０６として表される、レジェンドで表される。該スコアをもたらすために利用された３５の遺伝子は次のものであった。ＴＧＭ２、ＳＳＰ２９、ＴＡＦ２Ｉ、ＬＬＧＬ２、ＴＮＦＡＩＰ２、ＳＩＰ１、ＢＰＨＬ、ＴＰ５３、ＤＩＰＡ、ＡＳＬ、ＧＮＢ５、ＭＡＮ１Ａ１、Ｒ０９５０３、ＬＯＣ５１６４３、ＢＭＰ８、ＯＲＣ１Ｌ、Ｗ０４６７４、Ｒ９４１７５、ＣＤＨ１、ＳＵＤＤ、ＥＰＢ７２、ＣＤＫＮ１Ｂ、ＣＡＳＰ６、ＴＸＫ、ＭＹＯ１Ｃ、ＬＩＦ、ＨＳＪ２、ＢＲＣＡ１、ＧＵＣＹ１Ｂ３、ＡＰ３Ｓ２、Ｎ６８５６５、ＳＣ６５、ＵＢ３２Ｇ２、ＳＬＣ１６Ａ４、およびＭＭＰ１７。
【００２４】
配列表の簡単な説明
配列番号：１および２は、それぞれ、ヒトトランスグルタミナーゼ２（ＴＧＭ２）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ１５６３２４およびＮＭ＿００４６１３）。
【００２５】
配列番号：３および４は、それぞれ、ヒト酸性（ロイシンリッチ）核リンタンパク質３２ファミリー、メンバーＢ（ＡＮＰ３２Ｂ、銀染色性タンパク質２９とも呼ばれる；ＳＳＰ２９）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ４８９２０１およびＮＭ＿００６４０１）。
【００２６】
配列番号：５および６は、それぞれ、ヒトＴＡＴＡボックス結合タンパク質（ＴＢＰ）関連因子１１（ＴＡＦ１１）ＲＮＡポリメラーゼＩＩ、２８キロダルトン（ｋＤａ）遺伝子（ＴＡＦ２Ｉ）に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｎ９２７１１およびＮＭ＿００５６４３）。
【００２７】
配列番号：７および８は、それぞれ、ヒト致死性巨大幼虫相同体２（ＬＬＧＬ２）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｔ４０５４１およびＮＭ＿００４５２４）。
【００２８】
配列番号：９および１０は、それぞれ、ヒト腫瘍壊死因子、α誘導性タンパク質２（ＴＮＦＡＩＰ２）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ４５７１１４およびＮＭ＿００６２９１）。
【００２９】
配列番号：１１および１２は、それぞれ、運動ニューロンタンパク質生存相互作用タンパク質１（ＳＩＰ１）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｎ２６０２６およびＮＭ＿００３６１６）。
【００３０】
配列番号：１３および１４は、それぞれ、ヒトビフェニル加水分解酵素様（ＢＰＨＬ；セリン加水分解酵素；乳房上皮ムチン関連抗原）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ１７１４４９およびＮＭ＿００４３３２）。
【００３１】
配列番号：１５および１６は、それぞれ、ヒト腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３；リー・フラウメニ症候群）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｒ３９３５６およびＮＭ＿０００５４６）。
【００３２】
配列番号：１７および１８は、それぞれ、ヒト肝炎δ抗原相互作用タンパク質Ａ（ＤＩＰＡ）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｎ９４８２０およびＮＭ＿００６８４８）。
【００３３】
配列番号：１９および２０は、それぞれ、ヒトアルギノコハク酸分解酵素（ＡＳＬ）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ４８６７４１およびＮＭ＿００００４８）。
【００３４】
配列番号：２１および２２は、それぞれ、ＤＫＦＺｐ５８６Ｏ１９２２として同定されたヒト遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｈ０８７５３およびＡＬ１１７４７１）。
【００３５】
配列番号：２３および２４は、それぞれ、ヒトマンノシダーゼ、α、クラス１Ａ、メンバー１（ＭＡＮ１Ａ１）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｔ９１２６１およびＮＭ＿００５９０７）。
【００３６】
配列番号：２５は、ＧｅｎＢａｎｋデータベースにおいてＲ０９５０３と呼ばれる、発現配列タグ（ＥＳＴ）の核酸配列である。該遺伝子は、ヒト染色体２由来のライブラリーＣＩＴＢ＿９７８＿ＳＫＢの２ｐ２１〜２ｐ２２  ＢＡＣ  ４１Ｍ１４のＳＰＧ４候補領域由来のＢＡＣ配列の塩基１０６２８３から１０６５９２に対して、実質的相同性を示す（配列番号：２６；ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＬ１２１６５７．４）。
【００３７】
配列番号：２７は、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡ１３０８７４の部分ｃＤＮＡの核酸配列である。該遺伝子は、ヒトＣＧＩ−１１９遺伝子に対して実質的相同性を示す（配列番号：２８；ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０１６０５６）。
【００３８】
配列番号：２９および３０は、それぞれ、ヒト骨形成タンパク質８（骨原性タンパク質２；ＢＭＰ８）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ７７９４８０およびＮＭ＿００１７２０）。
【００３９】
配列番号：３１および３２は、それぞれ、ミトコンドリアの膜前駆体外側のヒトシトクロムｂ５に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｗ０４６７４およびＮＭ＿０３０５７９）。
【００４０】
配列番号：３３および３４は、それぞれ、ヒト複製開始点認識複合体、サブユニット１様（ＯＲＣ１Ｌ）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｒ８３２７７およびＮＭ＿００４１５３）。
【００４１】
配列番号：３５は、ＧｅｎＢａｎｋデータベースにおいてＲ９４１７５と呼ばれるＥＳＴの核酸配列である。該ＥＳＴは、ヒト染色体１４由来のライブラリーＲＰＣＩ−１１のＢＡＣクローンＲ−４３１Ｈ１６の塩基６８６５６から６８８８６に対して、実質的相同性を示す（配列番号：３６；ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＬ１６１６６５．５）。
【００４２】
配列番号：３７および３８は、それぞれ、ヒトカドヘリン１、タイプ１、Ｅ−カドヘリン（上皮；ＣＤＨ１）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｈ９７７７８およびＮＭ＿００４３６０）。
【００４３】
配列番号：３９および４０は、それぞれ、Aspergillus nidulans由来のｂｉｍＤ６相同体のヒトｓｕｄＤサプレッサー（ＳＵＤＤ）、転写物変異体１遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｔ５４１４４およびＮＭ＿００３８３１）。
【００４４】
配列番号：４１および４２は、それぞれ、ヒトストマチンに対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｒ６２８１７およびＮＭ＿００４０９９）。
【００４５】
配列番号：４３および４４は、それぞれ、ヒトサイクリン依存性キナーゼインヒビター１Ｂ（ＣＤＫＮ１Ｂ）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ６３００８２およびＮＭ＿００４０６４）。
【００４６】
配列番号：４５および４６は、それぞれ、ヒトカスパーゼ６（ＣＡＳＰ６）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｗ４５６８８およびＮＭ＿００１２２６）。
【００４７】
配列番号：４７および４８は、それぞれ、ヒトＴＸＫチロシンキナーゼ（ＴＸＫ）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｈ１２３１２およびＮＭ＿００３３２８）。
【００４８】
配列番号：４９および５０は、それぞれ、ヒトミオシンＩＣ（ＭＹＯ１Ｃ）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ４８５８７１およびＮＭ＿０３３３７５）。
【００４９】
配列番号：５１および５２は、それぞれ、ヒト白血病抑制因子（ＬＩＦ）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ０２６６０９およびＮＭ＿００２３０９）。
【００５０】
配列番号：５３および５４は、それぞれ、ヒトＤｎａＪ相同体、スーパーファミリーＡ、メンバー１（ＤＮＡＪＡ１）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｒ４５４２８およびＮＭ＿００１５３９）。
【００５１】
配列番号：５５および５６は、それぞれ、ヒト乳癌１、初期（ＢＲＣＡ１）、転写物変異体ＢＲＣＡ１ａ遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｈ９０４１５およびＮＭ＿００７２９４）。
【００５２】
配列番号：５７および５８は、それぞれ、ヒトグアニル酸シクラーゼ１、可溶性、β３（ＧＵＣＹ１Ｂ３）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ４５８７８５およびＮＭ＿０００８５７）。
【００５３】
配列番号：５９および６０は、それぞれ、ヒトアダプター関連タンパク質複合体３、σ２サブユニット（ＡＰ３Ｓ２）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｒ３３０３１およびＮＭ＿００５８２９）。
【００５４】
配列番号：６１および６２は、それぞれ、ＧｅｎＢａｎｋデータベースの受託番号Ｎ６８５６５に挙げられる、ヒトレチキュロン４（ＲＴＮ４）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｎ６８５６５およびＮＭ＿００７００８）。
【００５５】
配列番号：６３および６４は、それぞれ、ラットシナプトネマ複合タンパク質（ＳＣ６５）遺伝子に類似のヒト５５ｋＤａ核小体自己抗原に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｗ８１１９１およびＮＭ＿００６４５５）。
【００５６】
配列番号：６５および６６は、それぞれ、ヒトユビキチン結合酵素Ｅ２Ｇ  ２（ＵＢＣ７相同体、酵母；ＵＢＥ２Ｇ２）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＡＡ４４３６３４およびＮＭ＿００３３４３）。
【００５７】
配列番号：６７および６８は、それぞれ、ヒト溶質キャリアーファミリー１６、メンバー４（ＳＬＣ１６Ａ４）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｒ７３６０８およびＮＭ＿００４６９６）。
【００５８】
配列番号：６９および７０は、それぞれ、ヒト基質メタロプロテイナーゼ１７（ＭＭＰ１７）遺伝子に対応する、部分ｃＤＮＡおよび全長ｃＤＮＡの核酸配列である（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号Ｒ４２６００およびＮＭ＿０１６１５５）。
【００５９】
詳細な説明
本発明は、対象の自己免疫疾患を検出する方法に関し、これは、対象から単離された生物学的試料において選択された遺伝子について遺伝子発現特性を分析すること、および該遺伝子発現特性をスタンダードと比較することによる。１つの実施態様において、方法は、自己免疫疾患を有することが疑われている対象から単離された末梢血単核細胞における、発現された遺伝子セットの発現レベルを決定すること、および該遺伝子の該発現レベルを、正常対象および自己免疫疾患の確定した対象での該遺伝子の発現レベルと比較することを含む。本発明の方法を用いて、対象が自己免疫疾患（例えば、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症、および／または１型（インシュリン依存性）糖尿症）を有するか否か、または対象が自己免疫疾患を有さないか否かを決定することが可能である。
【００６０】
対象が自己免疫疾患を有するか否かの決定において、多くの遺伝子の発現レベルが、マイクロアレイまたはメンブレンベースフィルターアレイを用いて、同時に分析され得る。代表的なフィルターアレイは、GF211 Human 哲amed Genes  GENEFILTERS［登録商標］Microarrays Release 1（RESGEN［商標］、Invitrogen Corporation事業部、Carlsbad, California, United States of Americaより市販）であるが、他のアレイも用いられ得る。ＧＦ２１１アレイを用いて、生物学的試料の４０００を超える遺伝子の発現レベルを同時に決定することが可能である。さらに、ある種の「ハウスキーピング」遺伝子がＧＦ２１１フィルター上に存在することにより、実験間のデータが比較可能となる。これにより、新たに得られたデータのスタンダード（例えば、事前に作られたスタンダード）との比較が容易となる。
【００６１】
Ｉ．定義
次の用語は、当該技術分野の通常の技術者により、よく理解されると思うが、次の定義は、本発明の説明を容易にするために説明される。
長年の特許実務に従い、名詞は、本出願（請求項を含む）で用いられる場合、単数または複数を意味する。
【００６２】
本明細書で用いられる用語「約」は、質量、重量、時間、量、濃度、またはパーセンテージの値または量に言及される場合、開示の方法を行うのに適当であるように、特定された量から±２０％または±１０％、別の例では、±５％、別の例では、±１％、そしてなお別の例では、±０．１％の変動を包含することを意味する。
【００６３】
本明細書で用いられる「有意」または「有意な」は、２以上の実体間のランダムでない関係が存在する確率の統計的分析に関する。関係が「有意」であるか、あるいはデータの「有意な」統計上の操作を有するか否かを決定することは、「ｐ値」として表される確率を計算するために行われ得る。使用者により定義されたカットオフポイント以下となるｐ値が有意であるとみなされる。１つの例では、ｐ値は０．０５未満または同等、別の例では、０．０１未満、別の例では、０．００５未満、そしてなお別の例では、０．００１未満が有意であるとみなされる。
【００６４】
Ｉ．Ａ．核酸
本発明に従い利用される核酸分子は、発現が自己免疫疾患の存在または非存在を評価する際に決定されることが望まれる、任意の核酸分子を含む。代表的な核酸分子は、配列番号：１〜７０の任意の１つである単離核酸分子、相補的ＤＮＡ分子、配列番号：１〜７０の任意の１つと本明細書に開示される８０％の同一性を有する配列、本明細書で開示される条件下で配列番号：１〜７０の任意の１つとハイブリダイズ可能な配列、および対応するＲＮＡ分子を含むが、これらに制限されない。
【００６５】
本明細書で用いられる「核酸」および「核酸分子」は、任意のデオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、オリゴヌクレオチド、ポリメラーゼ連鎖反応法（ＰＣＲ）により生成されたフラグメント、および任意のライゲーション、切断、エンドヌクレアーゼ作用、およびエキソヌクレアーゼ作用により生成されたフラグメントを意味する。核酸は、天然に存在するヌクレオチド（例えば、デオキシリボヌクレオチド、およびリボヌクレオチド）、または天然に存在するヌクレオチドの類似体（例えば、天然に存在するヌクレオチドのα鏡像異性体形）であるモノマー、または両者の組合せを含み得る。修飾ヌクレオチドは、糖部分、および／またはピリミジンまたはプリン塩基部分での修飾を有し得る。糖修飾は、例えば、１以上のヒドロキシル基のハロゲン、アルキル基、アミン、およびアジド基での置換を含む。糖は、エーテルまたはエステルとしても機能化され得る。さらに、糖部分全体は、アザ糖および炭素環式糖類似体の様な立体的かつ電子的に類似の構造体で置換され得る。塩基部分の修飾の例は、アルキル化プリンおよびピリミジン、アシル化プリンまたはピリミジン、または他のよく知られた複素環式置換基を含む。核酸モノマーは、ホスホジエステル結合、またはホスホジエステル結合の類似のものにより結合され得る。ホスホジエステル結合の類似のものは、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホアニリデート）、ホスホルイミデート等を含む。
【００６６】
別段に示されていなければ、特定のヌクレオチド配列は、相補的配列、部分配列、伸長配列、ならびに明確に示された配列も暗に包含する。用語「核酸分子」または「ヌクレオチド配列」は、「遺伝子」、「ｃＤＮＡ」、または「ｍＲＮＡ」の代わりにも用いられ得る。核酸は、任意の生物を含む任意の供給源からもたらされ得る。１つの実施態様において、核酸は、対象から単離された生物学的試料からもたらされる。
【００６７】
用語「部分配列」は、より長い核酸配列の部分を含む核酸の配列を意味する。例示的部分配列は、プローブ、またはプライマーである。本明細書で用いられる用語「プライマー」は、１つの例では、選択された核酸分子の約８以上のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド、別の例では、１０〜２０のヌクレオチド、そしてなお別の例では、２０〜３０のヌクレオチドを含む連続配列を意味する。本明細書で開示されるプライマーは、標的核酸分子への重合を開始させるのに十分な長さかつ適当な配列のオリゴヌクレオチドを包含する。
【００６８】
用語「伸長配列」は、核酸に取り込まれたヌクレオチド（または、他の類似分子）の付加を意味する。例えば、ポリメラーゼ（例えば、ＤＮＡポリメラーゼ）は、核酸分子の３’末端に配列を付加し得る。さらに、ヌクレオチド配列は、プロモーター、プロモーター領域、エンハンサー、ポリアデニル化シグナル、イントロン配列、さらなる制限酵素部位、マルチクローニングサイト、および他のコードセグメントの様な他のＤＮＡ配列と組み合わされ得る。
【００６９】
本明細書で用いられる用語「オープンリーディングフレーム」および「ＯＲＦ」は、共通する意味を与えられ、そしてポリペプチドまたはポリペプチドのフラグメントをコード化する、連続するデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドを意味する。ｍＲＮＡを形成するためにＲＮＡ前駆体をスプライスする生物においては、ＯＲＦはゲノム中で不連続であろう。スプライシングは、ポリペプチドを産生するために翻訳され得る、連続ＯＲＦを産生する。全長ｃＤＮＡにおいて、完全ＯＲＦは、開始コドンで始まり、そして停止コドンで終結する該核酸配列を含む。全長でないｃＤＮＡ分子においては、ＯＲＦは、対応する全長ｃＤＮＡの完全ＯＲＦに含まれる非全長ｃＤＮＡに存在する該核酸配列を含む。
【００７０】
本明細書で用いられる用語「コード配列」は、「オープンリーディングフレーム」および「ＯＲＦ」と共に互換使用され、そしてｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、センスＲＮＡ、またはアンチセンスＲＮＡ（これらに制限されない）を含むＲＮＡに転写される核酸配列を意味する。次に、該ＲＮＡは試験管内または生体内で翻訳され、タンパク質が産生され得る。
【００７１】
本明細書で用いられる用語「相補的」および「相補的配列」は、塩基対間での水素結合の形成の際に互いに対形成可能な逆向きのヌクレオチドを含む、２つのヌクレオチド配列を意味する。本明細書で用いられる用語「相補的配列」は、本明細書で説明される同一ヌクレオチド比較により決定され得る、実質的に相補的なヌクレオチド配列を意味するか、あるいは本明細書で記載されるものの様な比較的ストリンジェントな条件下で、対象の核酸セグメントとハイブリダイス可能であると同定される。１つの実施態様において、相補的配列は、対形成能を有するヌクレオチド配列と少なくとも８０％相補的である。別の実施態様において、相補的配列は、対形成能を有するヌクレオチド配列と少なくとも８５％相補的である。別の実施態様において、相補的配列は、対形成能を有するヌクレオチド配列と少なくとも９０％相補的である。別の実施態様において、相補的配列は、対形成能を有するヌクレオチド配列と少なくとも９５％相補的である。別の実施態様において、相補的配列は、対形成能を有するヌクレオチド配列と少なくとも９８％相補的である。別の実施態様において、相補的配列は、対形成能を有するヌクレオチド配列と少なくとも９９％相補的である。なお別の実施態様において、相補的配列は、対形成能を有するヌクレオチド配列と１００％相補的である。相補的核酸セグメントの具体的な例は、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
【００７２】
用語「遺伝子」は、生物学的機能と関係するＤＮＡの任意のセグメントを広範に意味する。遺伝子は、コード配列、プロモーター領域、転写制御配列、制御タンパク質に特異的な認識配列である非発現ＤＮＡセグメント、所望のパラメーターを有するように設計されたＤＮＡセグメント、またはそれらの組合せを含むが、これらに制限されない。遺伝子は、生物学的試料からの単離またはクローニング、既知または予測配列情報に基づく合成、および現在の配列の組換え誘導を含む、様々な方法により得られ得る。
【００７３】
本明細書で用いられる用語「既知遺伝子」および「参考遺伝子」は、互換使用され、そして、特定の発現配列タグ（ＥＳＴ）、部分ｃＤＮＡ、全長ｃＤＮＡ、または遺伝子に対応するとして同定され得る核酸配列を意味する。１つの実施態様において、参考遺伝子は、遺伝子、ｃＤＮＡ、または核酸配列が決定された（すなわち、既知の）ＥＳＴである。別の実施態様において、参考遺伝子は、配列番号：１〜７０で開示される核酸配列の１つにより表される。別の実施態様において、参考遺伝子は、配列番号：１〜７０で開示される核酸配列の１つと相補的な核酸配列により表される。別の実施態様において、参考遺伝子は、配列番号：１〜７０の任意の１つと８０％の同一性を有する核酸配列により表される。別の実施態様において、参考遺伝子は、本明細書に開示された条件下で配列番号：１〜７０の任意の１つとハイブリダイズ可能な核酸配列により表される。別の実施態様において、参考遺伝子は、配列番号：１〜７０の任意の１つに対応するＲＮＡ分子により表される。別の実施態様において、参考遺伝子は、アレイ上に存在する核酸配列により表される。
【００７４】
本明細書で用いられる用語「対応する」、および「表す」、「より表される」、およびそれらの文法上の派生語は、遺伝子に対応するかまたは表す核酸配列との関係で用いられる場合、特定の遺伝子座、遺伝子、または遺伝子産物（例えば、ｍＲＮＡ）由来の転写、逆転写、または複製から生じる核酸配列を意味する。言い換えると、特定の参考遺伝子に対応するＥＳＴ、部分ｃＤＮＡ、または全長ｃＤＮＡは、当該技術分野の通常の技術者が、該参考遺伝子の転写または複製産物（例えば、参考遺伝子の転写により産生された産物）であるとして認識する核酸配列である。当該技術分野の通常の技術者は、ＥＳＴ、部分ｃＤＮＡ、または全長ｃＤＮＡが、ｍＲＮＡをＥＳＴまたはｃＤＮＡに転換させるための試験管内操作により（例えば、参考遺伝子から転写された単離ＲＮＡ分子の逆転写により）、産生されることを理解するだろう。当該技術分野の通常の技術者は、逆転写産物が２本鎖ＤＮＡ分子であること、および該２本鎖分子の所定の鎖が、遺伝子のコード鎖または非コード鎖のいずれかを与え得ることも理解するであろう。配列表に示される配列は１本鎖であるが、本発明が、説明される特定の配列セット、ならびに該配列それぞれの逆／相補鎖を含む、配列番号：１〜７０で示される配列により表される遺伝子を包含することが意図されていることは、理解されるべきことである。
【００７５】
既知遺伝子および／または参考遺伝子は、表１で説明されるもの（これらに制限されない）の様な、自己免疫疾患の患者対正常患者で差次的に発現されるとして同定された該遺伝子も含むが、これらに制限されない。参考遺伝子は、配列番号：１〜７０で開示される核酸配列の１つ（これに制限されない）を含む該遺伝子の１つと実質的にハイブリダイズする核酸配列を含むことも意図されている。または、参考遺伝子は、特定の核酸配列が、配列番号：１〜７０で開示されるもの（これらに限定されない）の１つを含む該遺伝子の１つと若干異なるが、これにも関わらず、当該技術分野の通常の技術者が、該特定の核酸配列を、配列番号：１〜７０で開示される配列の１つ（これらに限定されない）を含む該遺伝子の１つにより表される遺伝子に対応するとして認識するような、１以上の多型性を有する核酸配列を含む。例えば、ＧｅｎＢａｎｋデータベースは、ヒト乳癌１、初期（ＢＲＣＡ１）ｍＲＮＡに対応するとして同定される、少なくとも３つの受託番号を有する。これら３つは、転写物変異体ａ、ａ’、およびｂを表し、それぞれ、受託番号ＮＭ＿００７２９４、ＮＭ＿００７２９６、およびＮＭ＿００７２９５を有する。ＮＭ＿００７２９４を配列番号：５６として同定する本発明は、他の転写物変異体も包含することは理解される。
【００７６】
本発明に照らして、参考遺伝子は、配列番号：１〜７０で開示される核酸配列の１つにより表される遺伝子に対応する核酸と、実質的にハイブリダイズする核酸配列を含むことも意図されている。または、参考遺伝子は、特定の核酸配列が、配列番号：１〜７０で開示されるものと若干異なるが、これにも関わらず、当該技術分野の通常の技術者が、該特定の核酸配列を、配列番号：１〜７０で開示される配列の１つにより表される遺伝子に対応すると認識するような、１以上の多型性を有する核酸配列を含む。
【００７７】
用語「遺伝子発現」は、一般に、生物学的に活性なポリペプチドがＤＮＡ配列から生成されることによる、細胞過程を意味する。一般に、遺伝子発現は、転写および翻訳過程を、新たに翻訳されたタンパク質を活性形に修飾し、そしてそれに適当な細胞下または細胞外位置を割り当てるために細胞で正常に生じる該修飾と共に含む。
【００７８】
本明細書で用いられる用語「遺伝子発現レベル」および「発現レベル」は、生物学的試料に存在する遺伝子特異的ＲＮＡまたはポリペプチドの量を意味する。ＲＮＡ分子と関連して用いられる場合、用語「存在量」は、用語「遺伝子発現レベル」および「発現レベル」と共に互換使用され得る。発現レベルは、ＲＮＡについての「転写物／細胞」、またはＲＮＡまたはポリペプチドについての「ｎｇ／組織１μｇ」の様な標準的単位で表され得るが、発現レベルがこのように定義される必要はない。または、関連の単位を利用して、発現レベルが記載され得る。例えば、アッセイが内部対照（本明細書で「対照遺伝子」として言及される）を有する場合、それは、例えば、発現レベルが既知であるか、あるいは実際に決定され得る遺伝子由来の既知量の核酸であり、他の遺伝子の未知の発現レベルが、該既知の内部対照と比較され得る。より具体的には、アッセイが、標識全ＲＮＡを、既知遺伝子由来の既知量の核酸を含む固体支持体とハイブリダイズさせることを含む場合、適当な内部対照は、全細胞種類において、および全条件下で発現レベルが同じである遺伝子として同定される理想的なハウスキーピング遺伝子であるハウスキーピング遺伝子（例えば、グルコース−６−リン酸脱水素酵素または伸長因子１）であり得る。該内部対照の使用により、相対的発現レベルが、固体支持体または同一固体支持体を用いた異なる実験間でも存在する核酸について決定されること（例えば、ハウスキーピング遺伝子の発現と相対して）が可能となる。該別々の発現レベルは次に、対照遺伝子（例えば、ハウスキーピング遺伝子）の発現レベルに相対的な値に標準化され得る。
【００７９】
本明細書で用いられる用語「標準化」およびその文法上の派生語は、参考遺伝子の発現レベルが、対照遺伝子の発現レベルと相対的に発現される、別々の発現レベルのデータの操作を意味する。例えば、対照遺伝子の発現レベルが１と設定され、そして全参考遺伝子の発現レベルが、該対照遺伝子の発現に相対的な単位で表され得る。
【００８０】
本明細書で用いられる用語「平均発現レベル」は、どの単位が選択されようとも、集団の特定の生物学的試料における遺伝子の平均発現レベルを意味する。平均発現レベルを決定するために、集団が定義され、そして該集団のそれぞれのメンバー由来の同一生物学的試料を分析することにより、該集団の遺伝子の発現レベルが該集団のそれぞれのメンバーについて決定される。該決定された発現レベルは、次に足され、そして合計が集団のメンバー数で割られる。
【００８１】
用語「平均発現レベル」は、２集団を比較するために用いられ得る計算値を意味するためにも用いられる。例えば、自己免疫疾患の状態に関わらず、全患者からなる集団での平均発現レベルが、上記の方法を用いて、統計学上有意な数の自己免疫疾患を有する患者または有さない患者（後者は、「影響されない部分集団」としても言及され得る）からなる集団について計算され得る。しかしながら、集団が、不十分な数の自己免疫疾患を有る患者、および有さない患者からなる場合、該２つの部分集団で差次的に発現された全遺伝子についての計算値は、より多数のメンバーを有する部分集団について決定された発現レベルに対して、偏っているようである。該偏り作用を取り除くために、記載の集団での平均発現レベルは、（ａ）自己免疫疾患の患者部分集団における遺伝子の平均発現レベルを決定すること；（ｂ）影響を受けない部分集団における同一遺伝子の平均発現レベルを決定すること；（ｃ）２つの決定された値を足すこと；および（ｄ）２つの決定された値の合計を２で割り、値を得ること（この値も本明細書において「平均発現レベル」として定義されている）によっても計算され得る。
【００８２】
発現レベルが遺伝子について決定されると、特性が創成され得る。本明細書で用いられる用語「特性」は、様々な対象間の異なる遺伝子の発現レベルを比較するために用いられ得る発現レベルのデータの集積（repository）を意味する。例えば、所定の対象について、用語「特性」は、どんな単位（上で記載）が選択されても、検出された全遺伝子の発現レベルを包含し得る。
【００８３】
用語「特性」は、対象由来の発現レベルのデータの操作を包含することも意図されている。例えば、相対的発現レベルが対象における遺伝子の所定のセットについて決定されると、該対象についての相対的発現レベルがスタンダードと比較され、該対象の発現レベルが、スタンダードでの同一遺伝子についてのものより高いかまたは低いかが決定され得る。スタンダードは、比較のために相関すると思われる任意のデータを含み得る。１つの実施態様において、スタンダードは、正常集団（正常集団は、自己免疫疾患を有さない対象として定義されている）における遺伝子の平均発現レベルを決定することにより、調製される。別の実施態様において、スタンダードは、自己免疫疾患（例えば、ＲＡ、ＭＳ、ＩＤＤＭ、および／またはＳＬＥ）を有する対象の集団における遺伝子の平均発現レベルを決定することにより、調製される。第３の実施態様において、スタンダードは、全体（すなわち、対象が、自己免疫疾患の状態に関わらず、一群とされている）としての集団における遺伝子の平均発現レベルを決定することにより、調製される。なお別の実施態様において、スタンダードは、正常集団における遺伝子の平均発現レベル、自己免疫疾患の集団での遺伝子の平均発現レベルを決定すること、該２つの値を足すこと、そして合計を２で割り、該集団における平均発現レベルの中間点を決定することにより、調製される。該後者の実施態様において、「新たな」対象についての特性は、スタンダードと比較され、そして該特性は、それぞれの遺伝子について、新たな対象の発現レベルがスタンダードにおける該遺伝子の発現レベルより高いかまたは低いかどうかを示すデータをさらに含み得る。例えば、新たな対象の特性は、対象での発現がスタンダードでのものより高い、それぞれの遺伝子についてのスコア「１」を、そして対象での発現がスタンダードでのものより低い、それぞれの遺伝子についてのスコア「０」を含み得る。この方法では、特性は、総合「スコア」（該スコアは、特性に存在する全ての１および０の合計として定義されている）を含み得る。次に、該スコアを用いて、新たな対象での自己免疫疾患の存在または非存在が予測され得る。１および０の使用はただ例示であり、任意の好都合な値が、本発明の方法の実施で指定され得る。
【００８４】
核酸分子と関連して用いられる用語「単離された」は、該核酸分子が、その天然環境と離れて存在し、かつ天然産物でないことを示す。単離ＤＮＡ分子は、精製形で存在し得るか、または例えば、ＤＮＡ分子を含むベクターで形質転換された宿主細胞の様な非天然環境に存在し得る。
【００８５】
２つの核酸またはタンパク質配列と関連して、用語「パーセント同一性」および「パーセント同一」は、次の配列比較アルゴリズムの１つを用いて、または目視検査により測定された一致が最大となるよう比較され、そしてアラインメントされた場合、１つの実施態様において、少なくとも６０％、別の実施態様において、少なくとも７０％、別の実施態様において、少なくとも８０％、別の実施態様において、少なくとも８５％、別の実施態様において、少なくとも９０％、別の実施態様において、少なくとも９５％、別の実施態様において、少なくとも９８％、そしてなお別の実施態様において、少なくとも９９％のヌクレオチドまたはアミノ酸残基同一性を有する、２以上の配列または部分配列を意味する。パーセント同一性は、１つの実施態様において、少なくとも約５０残基長である配列を覆い、別の実施態様において、少なくとも約１００残基の領域を覆い存在し、そしてなお別の実施態様において、配列同一性は、少なくとも約１５０残基を覆い存在する。なお別の実施態様において、配列同一性は、コード領域の様な所定の領域全長を覆い存在する。１つの実施態様において、核酸は、配列番号：１〜７０の１つと少なくとも８０％同一である。
【００８６】
典型的には１配列が、配列比較のため、試験配列が比較される参考配列となる。配列比較のアルゴリズムを用いる場合、試験および参考配列がコンピューターに入力され、必要なら、配列整合性（coordinate）が指定され、そして配列アルゴリズムプログラムパラメーターが指定される。次に、該配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムパラメーターに基づき、参考配列に対する試験配列のパーセント配列同一性を計算する。
【００８７】
比較のための最適な配列アラインメントは、例えば、Smith & Waterman 1981に記載される局所相同性アルゴリズムにより、Needleman & Wunsch 1970に記載される相同性アラインメントアルゴリズムにより、Pearson & Lipman 1988により記載される類似方法の検索により、該アルゴリズムのコンピューター制御の実施（GCG Wisconsin PackageのＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ、Accelrys, Inc., San Diego, California, United States of Americaより市販）により、または目視検査により、行われ得る。概論として、Ausubel et al., 1994を参照されたい。
【００８８】
パーセント配列同一性および配列類似性を決定するのに適したアルゴリズムの１つの例は、Altschul et al., 1990に記載される、ＢＬＡＳＴアルゴリズムである。ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウエアは、National Center for Biotechnology Information（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）より公的に入手可能である。該アルゴリズムはまず、クエリー配列中の長さＷの短い単語を同定することにより、高スコア配列対（ＨＳＰ）を同定することを含み、そしてそれは、データベース配列中の同じ長さの単語でアラインメントした場合の同一ポジティブ閾値スコアと一致するか、またはこれに見合う。Ｔは閾値スコア隣接単語としても言及される（Altschul et al., 1990）。該最初の隣接単語ヒットは、それを含有するより長いＨＳＰを見出すために検索を開始するためのシードとなる。該単語ヒットは、次に、累積アラインメントスコアが増加され得る限り、それぞれの配列に沿って、両方向に拡大される。累積スコアは、ヌクレオチド配列についてパラメーターＭ（一致残基の対の報酬スコア；いつも＞０）、およびＮ（不一致残基のペナルティー値スコア）を用いて計算される。アミノ酸配列については、スコアリングマトリックスを用いて、累積スコアが計算される。それぞれの方向での単語ヒットの拡大は、累積アラインメントスコアがその最大達成値から量Ｘ低下したとき、累積スコアが０となるかまたは１以上のネガティブスコアリング残基アラインメントの累積により低くなるか、あるいはいずれかの配列末端に至るときに中止される。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメーターＷ、Ｔ、およびＸは、該アラインメントの感度およびスピードを決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列について）は、デフォルトとして、単語長（Ｗ）１１、予測（Ｅ）１０、カットオフ１００、Ｍ＝５、Ｎ＝４、および両鎖の比較を用いる。アミノ酸配列について、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、デフォルトとして、単語長（Ｗ）３、予測（Ｅ）１０、およびＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックスを用いる。Henikoff & Henikoff 1989を参照されたい。
【００８９】
パーセント配列同一性の計算に加えて、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、２配列間の類似性の統計的分析も実行する。例えば、Karlin & Altschul 1993を参照。ＢＬＡＳＴアルゴリズムにより提供される類似性の１つの測定は、２ヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の一致が偶然生じる確率の指標となる、最小合計確率（Ｐ（Ｎ））である。例えば、試験核酸配列は、参考核酸配列との試験核酸配列の比較での最小合計確率が、１つの実施態様において、約０．１未満、別の実施態様において、約０．０１未満、そしてなお別の実施態様において、約０．００１未満であると、参考配列に類似するとみなされる。
【００９０】
２ヌクレオチド配列と関連して、用語「実質的に同一」は、次の配列比較アルゴリズの１つを用いて、または目視検査により測定された一致が最大となるように比較され、そしてアラインメントされた場合、１つの実施態様において、少なくとも約８０％のヌクレオチド同一性、別の実施態様において、少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性、別の実施態様において、少なくとも約９０％のヌクレオチド同一性、別の実施態様において、少なくとも約９５％のヌクレオチド同一性、別の実施態様において、少なくとも約９８％のヌクレオチド同一性、そしてなお別の実施態様において、少なくとも約９９％のヌクレオチド同一性を有する２以上の配列または部分配列を意味する。１つの例では、実質的同一性は、少なくとも５０残基のヌクレオチド配列、別の例では、少なくとも約１００のヌクレオチド配列、別の例では、少なくとも約１５０残基のヌクレオチド配列、そしてなお別の例では、完全コード配列を含むヌクレオチド配列に存在する。１つの態様において、多型配列は、実質的同一の配列であり得る。用語「多型」は、集団における２以上の一般的に決定された代替配列または対立遺伝子の発生を意味する。対立遺伝子の差は１塩基対と同じ位小さいものであり得る。にもかかわらず、当該技術分野の通常の技術者は、多型配列が同一遺伝子に対応することを理解する。例えば、配列番号：１〜７０は、ヒトＴＰ５３遺伝子由来のＥＳＴである。ヒトＴＰ５３完全ｃＤＮＡ配列（配列番号：１６）は、ＧｅｎＢａｎｋデータベースにおいて、受託番号ＮＭ＿０００５４６で存在し、そしてそこでの記載に従い、該ＴＰ５３遺伝子は、ヌクレオチド位置３９０、４６６、１４７０、１９２７、１９５０、１９７６、１９７７、２０７５、２０７６、２４９７、および２４９８での多型性を特徴とする。任意または全ての該多型性を含む核酸配列は、配列番号：１〜７０と実質的に同一であり、従って、本発明に包含されることが意図されている。
【００９１】
２ヌクレオチド配列が実質的に同一であることの別の指標は、該２分子が、ストリンジェントな条件下で互いに特異的または実質的にハイブリダイズすることである。核酸ハイブリダイゼーションと関連して、比較された２核酸配列は、「プローブ配列」および「標的配列」と呼ばれ得る。「プローブ配列」は参考核酸分子であり、そして「標的配列」は、しばしば異種性集団の核酸分子で見出される、試験核酸分子である。「標的配列」は「試験配列」と同義である。
【００９２】
ハイブリダイゼーション研究またはアッセイに利用される例示的ヌクレオチド配列は、１つの実施態様において、本発明の核酸分子の少なくとも約１４から４０ヌクレオチド配列と相補的または模倣的であるプローブ配列を含む。１つの例では、プローブは、１４から２０ヌクレオチド、または所望により、配列番号：１〜７０により表される任意の遺伝子の３０、４０、５０、６０、１００、２００、３００、または５００ヌクレオチドまたは最大、全長の様な長さも含む。該フラグメントは、例えば、化学合成によるフラグメントの直接合成、核酸増幅技術の適用、または組換え生成のため、選択配列の組換えベクターへの導入により、すぐに調製され得る。用語「特異的にハイブリダイズする」は、該配列が複合体核酸混合物（例えば、全細胞ＤＮＡまたはＲＮＡ）に存在する場合、ストリンジェントな条件下での分子の特定のヌクレオチド配列のみとの結合、２本鎖形成、またはハイブリダイゼーションを意味する。
【００９３】
用語「実質的にハイブリダイズする」は、プローブ核酸分子と標的核酸分子間の相補的ハイブリダイゼーションを意味し、所望のハイブリダイゼーションを達成するためにハイブリダイゼーション媒体のストリンジェンシーを低減させることにより、適応され得るマイナーミスマッチを包含する。
【００９４】
サザンおよびノーザンブロット分析のような、核酸ハイブリダイゼーション実験と関連して、「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」および「ストリンジェントなハイブリダイゼーション洗浄条件」は、配列および環境依存性である。長い配列ほど、高い温度で特異的にハイブリダイズする。核酸のハイブリダイゼーションの詳細な案内は、Tijssen, 1993で見出される。一般に、高ストリンジェントなハイブリダイゼーションおよび洗浄条件が選択され、これは、確定したイオン強度およびｐＨでの特定配列の融解温度（Ｔｍ）より約５℃低い。典型的には、「ストリンジェントな条件」下で、プローブは、その標的配列と特異的にハイブリダイズするが、他の配列とハイブリダイズしない。
【００９５】
Ｔｍは、標的配列の５０％が、完全一致プローブとハイブリダイズする、温度（確定したイオン強度およびｐＨ）である。非常にストリンジェントな条件が選択され、これは、特定のプローブについてのＴｍ値と等しい。約１００以上の相補的残基を有する相補的核酸のサザンまたはノーザンブロット分析のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の例は、ヘパリン１ｍｇを含む５０％ホルムアミド中、４２℃での一晩のハイブリダイゼーションである。高ストリンジェントな洗浄条件の例は、０．１×ＳＳＣ、ＳＭ  ＮａＣｌ中、６５℃、１５分間である。ストリンジェントな洗浄条件の例は、０．２×ＳＳＣバッファー中、６５℃、１５分間である（ＳＳＣバッファーの記載については、Sambrook and Russell, 2001を参照されたい）。大抵、高ストリンジェントな洗浄は、バックグランドのプローブシグナルを取り除くために、低ストリンジェントな洗浄条件により置き換えられる。約１００以上のヌクレオチドの２本鎖のための中程度ストリンジェントな洗浄条件の例は、１×ＳＳＣ中、４５℃、１５分間である。約１００以上のヌクレオチドの２本鎖のための低ストリンジェントな洗浄条件の例は、４〜６×ＳＳＣ中、４０℃、１５分間である。短いプローブ（例えば、約１０から５０ヌクレオチド）のための、ストリンジェントな条件は、典型的には、ｐＨ７．０〜８．３で約１Ｍ  Ｎａ＋イオン未満の塩濃度、典型的には、約０．０１から１Ｍ  Ｎａ＋イオン濃度（または、他の塩）を含み、そして温度は、典型的には少なくとも約３０℃である。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドの様な不安定化剤の添加によっても達成され得る。一般に、特定のハイブリダイゼーションアッセイでの非関連プローブについて観察されるものより２倍のノイズに対するシグナルの比は、特異的ハイブリダイゼーションの検出を示す。
【００９６】
次は、本発明の参考ヌクレオチド配列と実質的に同一である、相同ヌクレオチド配列をクローン化するために用いられ得るハイブリダイゼーションおよび洗浄条件の例である。プローブヌクレオチド配列は、１つの例では、７％  ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、０．５Ｍ  ＮａＰＯ４、１ｍＭ  ＥＤＴＡ中、５０℃での標的ヌクレオチドとのハイブリダイゼーション、次に２×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中、５０℃での洗浄、別の例では、プローブと標的配列は、７％  ＳＤＳ、０．５Ｍ  ＮａＰＯ４、１ｍＭ  ＥＤＴＡ中、５０℃でハイブリダイズし、次に、１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中、５０℃で洗浄され、別の例では、プローブと標的配列は、７％  ＳＤＳ、０．５Ｍ  ＮａＰＯ４、１ｍＭ  ＥＤＴＡ中、５０℃でハイブリダイズし、次に０．５×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中、５０℃で洗浄され、別の例では、プローブと標的配列は、７％  ＳＤＳ、０．５Ｍ  ＮａＰＯ４、１ｍＭ  ＥＤＴＡ中、５０℃でハイブリダイズされ、次に０．１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中、５０℃で洗浄され、なお別の実施例において、プローブと標的配列は、７％  ＳＤＳ、０．５Ｍ  ＮａＰＯ４、１ｍＭ  ＥＤＴＡ中、５０℃でハイブリダイズし、次に、０．１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中、６５℃で洗浄される。１つの実施態様において、ハイブリダイゼーション条件は、回転チューブ中、４２℃での少なくとも１２時間のハイブリダイゼーションを含む。
【００９７】
あらかじめ作られたハイブリダイゼーション溶液はまた、様々な供給源より市販されている。１つの実施態様において、ハイブリダイゼーション溶液は、MICROHYB［商標］（RESGEN［商標］）を含み、そして別の実施態様において、ハイブリダイゼーション溶液は、COT-1［登録商標］ＤＮＡ（Invitrogen Corporation, Carlsbad, California, United States of America）５．０μｇ、およびポリｄＡ  ５μｇをさらに含むMICROHYB［商標］を含む。１つの実施態様において、ハイブリダイゼーション後の洗浄条件は、２×ＳＳＣ／１％  ＳＤＳ中、５０℃での２０分間、２回の洗浄、次に、０．５×ＳＳＣ／１％  ＳＤＳ中、５５℃、１５分間、３回目の洗浄を含む。
【００９８】
本明細書で用いられる用語「精製された」は、核酸またはタンパク質に適用される場合、該核酸またはタンパク質が、それと天然状態で関係する他の細胞成分を本質的に含まないことを示す。それは均一な状態であり得るが、それはまた、乾燥または水溶液中に存在し得る。純度および均一性は、典型的には、ポリアクリルアミドゲル電気泳動法または高速処理液体クロマトグラフィーの様な分析的化学技術を用いて決定される。集団に存在する優勢種であるタンパク質は、実質的に精製されている。用語「精製された」は、核酸またはタンパク質が電気泳動ゲルにおいて本質的に１つのバンドを生じることを示す。具体的には、それは、核酸またはタンパク質が、１つの実施態様において、少なくとも約５０％純粋、別の実施態様において、少なくとも約８５％純粋、そしてなお別の実施態様において、少なくとも約９９％純粋であることを意味する。
【００９９】
Ｉ．Ｂ．生物学的試料
本発明は、生物学的試料での遺伝子の発現レベルを決定するために用いられ得る方法を提供する。本明細書で用いられる用語「生物学的試料」は、遺伝子の発現レベルが決定されることを可能とする生体分子を含む試料を意味する。代表的な生体分子は、全ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、およびポリペプチドを含むが、これらに限定されない。または、生物学的試料は、細胞または細胞群を含み得る。任意の細胞または細胞群が、本発明の方法で用いられ得るが、自己免疫疾患を有する対象対正常対象において差次的遺伝子発現を示すことが予測される細胞種および器官が最も適している。１つの実施態様において、生物学的試料がＰＢＭＣを含むと、遺伝子発現レベルが決定される。１つの実施態様において、生物学的試料は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、単球、およびＮＫ／ＮＫＴ細胞（これらに限定されない）を含む、ＰＢＭＣ調製物を構成する１以上の成分の細胞種を含む。代表的なＰＭＢＣ調製物は、約７５％のＴ細胞、約５％から約１０％のＢ細胞、約５％から約１０％の単球、および数％のＮＫ／ＮＫＴ細胞を含み得る。別の実施態様において、生物学的試料は、頬上皮細胞の様な上皮細胞を含む。用語「生物学的試料」には、遺伝子発現レベルが決定されることを可能とする細胞または細胞群からもたらされる生体分子、例えば、核酸およびポリペプチドも包含される。
【０１００】
遺伝子の発現レベルは、当該技術分野でよく知られている分子生物学的技術を用いて、決定され得る。例えば、発現レベルが、生物学的試料から単離されたＲＮＡを分析することにより決定される場合、該発現レベルを決定するための技術は、ノーザンブロット法、定量的ＰＣＲ法、および核酸アレイおよびマイクロアレイの使用を含むが、これらに限定されない。
【０１０１】
１つの実施態様において、遺伝子の発現レベルは、生物学的試料から単離された全ＲＮＡから生成された３３Ｐ標識ｃＤＮＡを、固体支持体、例えば、メンブレンに固定された１以上の遺伝子を表す１以上のＤＮＡ配列とハイブリダイズさせることにより、決定される。メンブレンが、多くの遺伝子（内部対照を含む）を表す核酸を含む場合、多くの遺伝子の相対的発現レベルが決定され得る。メンブレン上での内部対照配列の存在により、実験間の変動が検出されることが可能となり、それぞれの実験からもたらされる未処理の発現データが、実験間で比較され得るストラテジーを生じる。
【０１０２】
または、遺伝子発現は、生物学的試料におけるタンパク質レベルを抗体を用いて分析することにより、決定され得る。代表的な抗体に基づいた技術は、免疫沈殿法、ウェスタンブロット法、および免疫親和性カラムの使用を含むが、これらに限定されない。
【０１０３】
本明細書で用いられる用語「対象」は、任意の脊椎動物種を意味する。本発明の方法は、温血脊椎動物の診断で特に有効である。従って、本発明は哺乳類に関係する。より具体的には、ヒトの様な哺乳類、ならびに絶滅の危機に瀕しているため重要な該哺乳類（例えば、シベリアトラ）、ヒトにとって経済的に重要な哺乳類（ヒトによる消費のため、農場で飼育される動物）、および／またはヒトにとって社会的に重要な動物（ペットとしてまたは動物園で飼われてる動物）、例えば、ヒト以外の肉食動物（例えば、ネコおよびイヌ）、ブタ（swine）（ブタ、ブタ（hog）、およびイノシシ）、反芻動物（例えば、ウシ、メウシ、ヒツジ、キリン、シカ、ヤギ、ヤギュウ、およびラクダ）、およびウマの診断が意図されている。飼い慣らされたブタ（ブタ、およびウマ）、反芻動物、ウマ、家禽などを含む家畜での自己免疫疾患の診断も意図されている。
【０１０４】
ＩＩ．核酸の単離および分析
ＩＩ．Ａ．核酸の濃縮
本発明は、試料に少量で存在する核酸の広範囲に渡る調査を可能とするために、十分な大きさの生物学的試料の使用を包含する。従って、試料は、必要に応じて濃縮されてから、核酸が単離される。スライド支持体（Kohsaka & Carson 1994； Millar et al., 1995）、濾過カラム（Bej et al., 1991）、または免疫磁気ビーズ（Albert et al., 1992； Chiodi et al., 1992）を代替的に使用する、いくつかの濃縮プロトコールが開発されてきた。該アプローチは、連続する検出方法の感度を有意に増加させ得る。
【０１０５】
１例として、SEPHADEX［登録商標］マトリックス（Sigma, St. Louis, Missouri, United States of America）は、カオトロピック剤溶液に懸濁された珪藻土およびガラスマトリックスであり、核酸物質を結合するために用いらている（Boom et al., 1990； Buffone et al., 1991）。核酸を固体支持体物質と結合させた後、不純物および阻害物が、洗浄および遠心により取り除かれ、そして次に核酸が標準的バッファーに溶出される。標的の捕獲により、標的試料が最小量に濃縮されることが可能となり、これにより、部分配列分析の自動化および再現が容易となる（Lanciotti et al., 1992）。
【０１０６】
ＩＩ．Ｂ．核酸単離
核酸単離方法は、全核酸の同時単離、または個々の核酸種（例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、細胞小器官ＤＮＡ、ゲノムＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ポリＡ＋ＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ）の別々および／または連続単離、必要に応じて、次に１試料への多数の核酸種の組合せを含み得る。
【０１０７】
全ＲＮＡまたは精製ｍＲＮＡが生物学的試料として選択される場合、開示の方法は、遺伝子発現レベルの決定を可能とする。例えば、生物学的試料における遺伝子発現レベルの検出は、生物学的試料における所定のｍＲＮＡ種の存在量の決定を含み得る。
【０１０８】
ＲＮＡ単離方法は、当該技術分野の技術者に知られている。Albert et al., 1992；Busch et al., 1992；Hamel et al., 1995；Herrewegh et al., 1995；Izraeli et al., 1991；McCaustland et al., 1991；Natarajan et al., 1994；Rupp et al., 1988；Tanaka et al., 1994；Vankerckhoven et al., 1994を参照。生物学的試料からのＲＮＡ単離の代表的方法は、実施例２で説明される。
【０１０９】
例えば、SPLIT SECOND［商標］システム（Boehringer Mannheim, Indianapolis, Indiana, United States of America）、TRIZOL［商標］試薬システム（Life Technologies, Gaithersburg, Maryland, United States of America）、およびFASTPREP［商標］システム（Bio 101, La Jolla, California, United States of America）を含む、単純かつ半自動化抽出方法も核酸の単離のために用いられ得る。Paladichuk 1999も参照されたい。
【０１１０】
連続的増幅および標識のために用いられる核酸は、分光光学的測定により、または電気泳動分解の後目視検査により決定され、分析的に純粋であり得る。核酸試料は、多糖体、タンパク質、および酵素反応の阻害物の様な混入物を含んでいてはならない。ＲＮＡ試料がプローブとして用いることを意図されている場合、それは、ヌクレアーゼの混入を含んでいてはならない。混入物および阻害物は、取り除かれるか、またはＤＮＡ抽出のための樹脂（例えば、CHELEX［商標］100、BioRad Laboratories, Hercules, California, United States of Americaより）を用いて、または標準的フェノール抽出およびエタノール沈殿により、実質的に低減され得る。単離核酸は、必要に応じて、制限酵素切断または剪断により、フラグメント化され、増幅され得る。
【０１１１】
ＩＩ．Ｃ．核酸のＰＣＲ増幅
本明細書で用いられる用語「鋳型核酸」および「標的核酸」は、それぞれ上記の生物学的試料から単離された核酸を意味する。用語「鋳型核酸プール」、「鋳型プール」、「標的核酸プール」、および「標的プール」は、それぞれ「鋳型核酸」の増幅試料を意味する。従って、標的プールは、鋳型核酸を用いて増幅反応を行うことにより生成される単位複製配列を含む。１つの実施態様において、標的プールは、上記のランダム増幅方法を用いて増幅される。
【０１１２】
用語「標的特異的プライマー」は、標的核酸試料における、標的配列、例えば、正常患者と比較して自己免疫疾患の患者で差次的発現を示す配列と選択的かつ予測通りにハイブリダイズするプライマーを意味する。標的特異的プライマーは、標的核酸の既知のヌクレオチド配列と相補的であるように選択されるか、または合成され得る。
【０１１３】
用語「ランダムプライマー」は、任意の配列を有するプライマーを意味する。ランダムプライマーのヌクレオチド配列は既知であり得るが、該配列は、それが標的特異的プローブのヌクレオチド配列に相補的であるように設計されていないとう点で任意であると見なされる。用語「ランダムプライマー」は、増加確率を有する任意の配列の選択を包含し、これにより、増幅反応で有効に利用される。例えば、ランダムオリゴヌクレオチド構築キット（ROCK；http://www.sru.edu/depts/artsci/bio/ROCK.htmより市販）は、ランダムオリゴヌクレオチドプライマーの生成および分析を容易にするマクロに基づくプログラムである（Strain & Chmielewski 2001）。代表的なプライマーは、ランダムな６量体、およびWilliams et al., 1990に記載される、多型ＤＮＡの迅速増幅（ＲＡＰＤ）形プライマーを含むが、これらに限定されない。
【０１１４】
ランダムプライマーはまた、縮重または部分的縮重であり得る（Telenius et al., 1992に記載）。概略、縮重は、同一アミノ酸配列をコード化し得る、代替オリゴヌクレオチド配列の選択により導入され得る。
【０１１５】
１つの実施態様において、ランダムプライマーは、鋳型核酸試料の一部を剪断または切断することにより、調製され得る。このように構築されたランダムプライマーは、試料特異的なランダムプライマーのセットを含む。
【０１１６】
用語「異種性プライマー」は、鋳型核酸プールに導入された配列と相補的なプライマーを意味する。例えば、リンカーまたはアダプターと相補的なプライマーは、異種性プライマーである。代表的な異種性プライマーは、必要に応じて、ポリ（ｄＴ）プライマー、ポリ（Ｔ）プライマー、または適切なら、ポリ（ｄＡ）プライマーまたはポリ（Ａ）プライマーを含み得る。
【０１１７】
本明細書で用いられる用語「プライマー」は、１つの実施態様において、約６以上のヌクレオチド、別の実施態様において、約１０〜２０ヌクレオチド（例えば、１５ｍｅｒ）、そしてなお別の実施態様において、約２０〜３０ヌクレオチド（例えば、２２ｍｅｒ）を含む連続配列を意味する。本発明の方法を行うために用いられるプライマーは、核酸分子上への重合を開始させるのに十分な長さかつ適切な配列のオリゴヌクレオチドを包含する。
【０１１８】
ＩＩ．Ｃ．１．定量的ＲＴ−ＰＣＲ
本発明の１つの実施態様において、生物学的試料に存在する特定のｍＲＮＡ種（例えば、末梢血単核細胞から抽出されたｍＲＮＡ）の存在量は、定量的ＲＴ−ＰＣＲにより決定される。該実施態様において、標準的分子生物学的技術は、対象の遺伝子に対応する該ｍＲＮＡ分子を定量的に増幅するために、特異的ＰＣＲプライマーと組み合わせて用いられる。特異的ＰＣＲプライマーを設計する方法、およびｍＲＮＡを含む核酸の定量的増幅を行う方法は、当該技術分野でよく知られている。例えば、Sambrook & Russell, 2001；Vandesompele et al., 2002；Joyce 2002を参照されたい。
【０１１９】
ＩＩ．Ｃ．２．増幅アンチセンスＲＮＡ（ａａＲＮＡ）
いくつかの方法が、増幅アンチセンスＲＮＡ（ａａＲＮＡ）および包括的ＲＮＡ増幅（Global RNA Amplification）を含むＲＮＡのランダム増幅のため、特異的に開発されてきた（以下でもさらに詳細に説明）。ＲＮＡ集団は、増幅アンチセンスＲＮＡ（ａａＲＮＡ）として言及される技術を用いて増幅され得る。Van Gelder et al., 1990；Wang et al., 2000を参照されたい。概略、オリゴ（ｄＴ）プライマーは、該プライマーの５’末端がＴ７  ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを含むように、合成される。該オリゴヌクレオチドは、ｃＤＮＡを生成するためにポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡ集団を用意するために用いられ得る。ファーストストランドｃＤＮＡ合成に続き、セカンドストランドｃＤＮＡが、ＲＮＡニッキングおよびプライミングを用いて生成される（Sambrook & Russell 200）。生じたｃＤＮＡは、Ｓ１ヌクレアーゼで簡単に処理され、そしてＴ４  ＤＮＡポリメラーゼで平滑末端化される。次に、ｃＤＮＡは、ＲＮＡ合成を指揮するためのＴ７  ＲＮＡポリメラーゼプロモーターを用いた転写に基づく増幅の鋳型として用いられる。
【０１２０】
Eberwine等は、ＲＮＡのインサイツランダム増幅、続いて、標的特異的増幅にａａＲＮＡ方法を適用した。代表的な転写物の十分な増幅は、ａａＲＮＡにより増幅された転写物プールが、最初のｍＲＮＡ集団を表すことを示す（Eberwine et al., 1992）。
【０１２１】
ＩＩ．Ｃ．３．包括的ＲＮＡ増幅
米国特許番号６，０６６，４５７（Hampson et al.）は、ＲＮＡの様な１本鎖核酸分子の収集物の実質的に同じ増幅方法を記載している。概略、核酸出発物質を固定し、そして処理し、試料の増幅に適した方向の短いランダムサイズのＤＮＡ分子の混合物が産生される。
【０１２２】
本発明の方法に従い、上記ＰＣＲ技術または関連技術のいずれか１つを利用し、核酸試料の増幅段階が行われ得る。さらに、該方法は、核酸の特定サブセット（例えば、特異的なｍＲＮＡ分子対全ｍＲＮＡ）の増幅に最適化され、そして代表的な最適化基準および関連する指示書が当該技術分野において見出され得る。Cha & Thilly 1993；Linz et al., 1990；Robertson & Walsh-Weller 1998；Roux 1995；Williams 1989；McPherson et al., 1995を参照されたい。
【０１２３】
ＩＩ．Ｃ．４．遺伝子発現分析のためのキット
本発明は、対象遺伝子の遺伝子発現レベルを決定するために本発明の方法で用いられ得る、多数のオリゴヌクレオチドプライマーを含むキットも提供する。非限定的実施態様において、キットは、配列番号：１〜７０で説明される１以上（例えば、１、５、１０、２０、３０、または全て）の遺伝子の発現レベルを決定するために用いられるように設計されたオリゴヌクレオチドプライマーを含み得る。さらに、キットは、適当な反応条件、および予測増幅フラグメントのサイズに関する情報（これらに限定されない）を含む、プライマーを用いるための指示書を含み得る。
【０１２４】
ＩＩＩ．核酸標識
１つの実施態様において、生物学的試料での遺伝子の発現レベルは、生物学的試料から単離された全ＲＮＡを、既知遺伝子に対応する既知量の核酸配列を含有するアレイとハイブリダイズさせることにより、決定される。例えば、アレイは、特定の遺伝子に対する既知量の１本鎖核酸（本明細書において「プローブ」および／または「プローブセット」としても言及される）を含み、そしてそれは次に、生物学的試料から単離された核酸とハイブリダイズされ得る。核酸が、全ＲＮＡがハイブリダイズするアレイ上での該遺伝子の同定を可能とする該方法において、固体支持体上に存在するように、アレイは設定され得る。該実施態様において、全ＲＮＡは該アレイとハイブリダイズし、全ＲＮＡがハイブリダイズする遺伝子が、標準的技術を用いて検出される。本発明の１つの実施態様において、増幅核酸は、放射性ヌクレオチドで標識され、アレイとハイブリダイズさせられ、そしてＲＮＡがハイブリダイズする該アレイ上の遺伝子が、オートラジオグラフィーまたはホスホイメージャー分析により検出される。
【０１２５】
または、生物学的試料から単離された核酸は、事前に核酸を標識することなく、プローブセットとハイブリダイズされる。例えば、生物学的試料から単離された非標識全ＲＮＡは、１以上の標識プローブ（標識プローブは、本発明の方法で有効であると見出された該遺伝子に特異的である（例えば、配列番号：１〜７０により表される該遺伝子））とのハイブリダイゼーションにより検出され得る。別の実施態様において、核酸および１以上のプローブ１以上のプローブが標識を含み、ここで、ハイブリダイゼーション後に該標識の近接部が検出可能となる。検出可能な光子構造を生成するために、発色団およびフルオロフォアで標識された核酸を用いる例示的方法が、米国特許番号６，１６２，６０３に記載されている。
【０１２６】
核酸、またはプローブ／プローブセットは、任意の検出可能な標識を用いて標識され得る。任意の標識に適した方法が用いられ、そして具体的な検出可能な標識または標識技術が、開示の方法の制限として構成されるべきでないことは、当該技術分野の技術者により、理解されるだろう。
【０１２７】
直接標識技術は、標識ヌクレオチドまたは標識ＰＣＲプライマーの存在下での酵素合成による、放射性同位元素（例えば、３２Ｐ、３３Ｐ、または３５Ｓ）または蛍光ヌクレオチド類似体の核酸への取り込みを含む。放射性同位元素標識は、オートラジオグラフィーまたはホスホイメージングを用いて検出され得る。蛍光標識は、用いられた特定の標識に適した放出および吸光度スペクトルを用いて、直接検出され得る。フルオレッセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、FLUOR X［商標］、ALEXA FLUOR［登録商標］488、OREGON GREEN［登録商標］488、６−ＪＯＥ（６−カルボキシ−４’，５’−ジクロロ−２’，７’−ジメトキシフルオレッセイン、スクシンイミジルエステル）、ALEXA FLUOR［登録商標］532、Ｃｙ３、ALEXA FLUOR［登録商標］546、ＴＭＲ（テトラメチルローダミン）、ALEXA FLUOR［登録商標］568、ＲＯＸ（Ｘ−ローダミン）、ALEXA FLUOR［登録商標］594、TEXAS RED［登録商標］、BODIPY［登録商標］630/650、およびＣｙ５（Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, New Jersey, United States of America、またはMolecular Probes Inc., Eugene, Oregon, United States of Americaから市販）を含む（これらに限定されない）、任意の検出可能な蛍光色素が用いられ得る。蛍光タグは、赤外線イメージングを用いて検出され得るスルホン化シアニンダイ（Li-Cor, Inc., Lincoln, Nebraska, United States of Americaより市販）も含む。異種性核酸試料の直接標識方法は、当該技術分野で知られており、そして代表的なプロトコールは、例えば、DeRisi et al., 1996；Sapolsky & Lipshutz 1996；Schena et al., 1995；Schena et al., 1996；Shalon et al., 1996；Shoemaker et al., 1996；Wang et al., 1998で見出され得る。代表的な方法は、本明細書の実施例６で説明される。
【０１２８】
間接的標識技術も本発明の方法に従い用いられ、そしてある場合では、検出段階で標識を増幅することにより、希少な標的配列の検出を容易にし得る。間接的標識は、増幅核酸への制限酵素認識部位を含むエピトープの取り込みを含み、その後、プローブセットとハイブリダイゼーションされる。ハイブリダイゼーションに続いて、エピトープと結合するタンパク質を用いて、該エピトープタグが検出される。
【０１２９】
１つの実施態様において、ビオチン化ヌクレオチドが、増幅反応で含まれ、ビオチン標識核酸試料が産生され得る。本明細書に記載のプローブとの該ビオチン標識試料のハイブリダイゼーションに続き、該標識が、アビジン接合フルオロフォア（例えば、ストレプトアビジン・フィコエリトリン）のビオチン標識との結合により、検出され得る。または、標識は、アビジン・西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）ストレプトアビジン接合体の結合後、ＨＲＰ酵素産物の比色分析的検出により、検出され得る。
【０１３０】
プローブまたは核酸試料標識の質は、標識取り込みの特異的活性の決定により見積もられ得る。例えば、蛍光標識の場合、取り込みの特異的活性は、公開された消衰係数（Randolph & Waggoner 1995）を用いて、２６０ｎｍおよび５５０ｎｍ（Ｃｙ３のため）、または６５０ｎｍ（Ｃｙ５のため）での吸光度により決定され得る。非常に多い標識取り込み（特異的活性＞１蛍光分子／２０ヌクレオチド）は、少量の標識を取り込んだプローブと比較して、ハイブリダイゼーションシグナルを減少させ得る。非常に低い特異的活性（＜１蛍光分子／１００ヌクレオチド）は、低ハイブリダイゼーションシグナルを容認し難いレベルで生じ得る。Worley et al., 2000を参照。従って、標識方法が様々なハイブリダイゼーションアッセイでの実施に最適化されなければならないこと、かつ該最適化標識がそれぞれの標識種に固有でなければならないことは、当該技術分野の技術者に理解されるだろう。
【０１３１】
ＩＶ．マイクロアレイ
本発明の１つの実施態様において、生物学的試料から単離された核酸は、マイクロアレイ（マイクロアレイは、検査されるべき遺伝子、ならびに内部対照遺伝子に対応する核酸を含む）とハイブリダイズされる。支持体上のそれぞれの位置が特定遺伝子を同定するように、遺伝子は固体支持体に固定される。固体支持体は、ニトロセルロースメンブレンおよびナイロンメンブレンを含むが、これらに制限されない。固体支持体はまた、ガラスまたはシリコンベース（すなわち、遺伝子「チップ」）であり得る。任意の固体支持体は、該支持体が、ハイブリダイゼーション段階および検出段階に続いて同定され得る特定の位置における既知量の核酸の局在化のための基材（substrate）を提供する限り、本発明の方法で用いられ得る。１つの実施態様において、マイクロアレイは、ナイロンメンブレン（例えば、GF211 Human 哲amed Genes  GENEFILTERS［登録商標］Microarrays Release 1、RESGEN［商標］より市販）を含む。
【０１３２】
マイクロアレイは、当該技術分野の技術者に既知の任意の適した方法を用いて集められ、かつ任意の１つのマイクロアレイ構造または構築方法は、本発明を制限することを意図していない。本発明の方法に従い用いられ得る、代表的なマイクロアレイフォーマットは以下に記載される。
【０１３３】
ＩＶ．Ａ．アレイ基材および構造
アレイをプリントする基材は、実質的に堅く、かつＤＮＡ固定および検出方法（例えば、蛍光検出の場合、基材は、蛍光色素励起波長領域でのバックグランドの蛍光が低くなければならない）を行うことができるものでなければならない。基材は、特定の適用に最も適していると決定された、無孔または多孔であり得る。代表的な基材は、ガラス顕微鏡用スライド、ガラスカバースリップ、シリコン、プラスチック、ポリマーマトリックス、寒天ゲル、ポリアクリルアミドゲル、およびナイロンメンブレン、ニトロセルロースメンブレン、またはANAPORE［商標］（Whatman, Maidstone, United Kingdom）メンブレンの様なメンブレンを含むが、これらに限定されない。
【０１３４】
多孔基材（メンブレンおよびポリマーマトリックス）は、比較的多量のプローブ分子の固定を可能とし、そして生体分子相互作用が生じる３次元親水性環境を提供する点で好ましい（Dubiley et al., 1997； Yershov et al., 1996）。BIOCHIP ARRAYER［商標］ディスペンサー（Packard Instrument Company, Meriden, Connecticut, United States of America）は、スポットサイズがスポット間で一定となる（１、２、または４滴がスポット毎に分配されても）ように、プローブをメンブレンに効果的に分配できる（Englert 2000）。アレイは、ドットブロットまたはスロットブロットも含み得る。
【０１３５】
本発明の方法に従い用いられるマイクロアレイ基材は、２次元（平面）または３次元（非平面）構造のいずれかを有し得る。例示的な３次元マイクロアレイは、FLOW-THRU［商標］チップ（Gene Logic, Inc., Gaithersburg, Maryland, United States of America）であり、そしてそれは３次元を生じるためのゲルパッドを導入されている。該３次元マイクロアレイは、ガラスキャピラリー、シリコン、金属酸化物フィルター、または多孔ポリマーを含む任意の適当な基材で構築され得る。Yang et al., 1998；Steel et al., 2000を参照されたい。
【０１３６】
概略、FLOW-THRU［商標］チップ（Gene Logic, Inc.）は、該チップの上部および下部表面と接続する孔またはマイクロチャンネルを有する有孔基材を一様に含む。プローブは、マイクロチャンネルの壁に固定され、そして核酸試料を含むハイブリダイゼーション溶液はマイクロチャンネルを通って流され得る。該構造は、２次元アレイと比べて、さらなる表面を提供することにより、プローブと標的との結合キャパシティーを増加させる。米国特許番号５，８４３，７６７を参照。
【０１３７】
ＩＶ．Ｂ．表面の化学的性質
利用される特定の表面の化学的性質は、マイクロアレイ基材および基材調製に固有である。合成後の核酸プローブの固定は、吸着、取り込み、および共有結合を含む様々なアプローチにより行われ得る。好ましくは、結合技術はプローブの活性を破壊しない。
【０１３８】
実質上永久的な固定のため、共有結合が好ましい。活性化シリカ表面と反応する有機官能基はほとんどないので、中間層が実質上永久的なプローブ固定に望ましい。機能化オルガノシランは、ガラスおよびシリコン基材上の中間層として用いられ得る（Liu & Hlady 1996；Shriver-Lake 1998）。異なる２機能のクロスリンカーは、プローブが表面と異なる化学的性質を有することを必要とし、そして同一種類の反応基との結合を回避することが好ましい。代表的な異なる２機能のクロスリンカーは、マレイミドをプローブの１級アミンと結合させ得るγ−マレイミドブチリルオキシ−スクシンイミド（ＧＭＢＳ）を含む。該リンカーを用いる方法は、当該技術分野の技術者に知られており、Hermanson 1990に要約されている。シリコンウエハーとのＤＮＡの共有結合の代表的なプロトコールは、O'Donnell et al., 1997に記載されている。
【０１３９】
ガラス基材を用いる場合、該ガラスは、破片および他の沈殿物を実質的に含まず、かつ実質的に不変の被覆を有しているべきである。その製造中に沈殿され得る有機化合物を除去するためのスライドの事前処理は、例えば、熱硝酸中での洗浄により成され得る。次に清浄されたスライドは、蒸気層技術を用いて、３−アミノプロピルトリメトキシシランにより被覆され得る。シランの沈着後、スライドを脱イオン水で洗浄し、ガラスに接着していないシランが取り除かれ、そして無反応のメトキシ基が該スライド上の隣接シラン部分と架橋結合するのを触媒する。被覆の均一性は、既知の方法、例えば、化学分析のための電子分光法（ＥＳＣＡ）または偏光解析法により、決定され得る（Ratner & Castner 1997；Schena et al., 1995）。Worley et al., 2000も参照。
【０１４０】
約３００塩基対以上のプローブの接着には、非共有結合が適している。非共有結合の代表的な技術は、スポッティング溶液でのイソチオシアン酸ナトリウム（ＮａＳＣＮ）の使用を含む（実施例７に記載）。該方法を用いる場合、アミノシラン化スライドは、該被覆がそのままのガラスと比較して核酸結合を改善するため、用いられ得る。該方法は、約１００ｎｇ／μｌを用いるスポッティング方法に対して上手く機能する（Worley et al., 2000）。
【０１４１】
ニトロセルロースまたはナイロンメンブレンの場合、該メンブレンと結合する核酸の化学的性質は、よく特徴付けられている（Southern 1975； Sambrook & Russell 2001）。ナイロンフィルターアレイの１つは、GF211 Human 哲amed Genes  GENEFILTERS［登録商標］ Microarrays Release 1（RESGEN［商標］、Invitrogen Corporation事業部、Calsbad, California, United States of America）であるが、他のアレイも用いられ得る。
【０１４２】
ＩＶ．Ｃ．アレイ技術
生物学的試料において遺伝子発現レベルを検出するためのマイクロアレイは、さらに以下で詳細に記載されるホトリングラフィー方法およびマイクロフルイディクス方法（これらに限られない）を含む、当該技術分野で利用可能ないくつかの方法の任意の１つを用いて構築され得る。１つの実施態様において、マイクロアレイが特定の目的に合わせられ得るように、構築方法はフレキシブルである。
【０１４３】
当該技術分野で標準的な、マイクロアレイを生成する技術は、一定かつ再現可能なスポットを作成すべきである。それぞれのスポットは一様であり、構造内の他のスポットから適度に離れていなければならない。本発明において使用される固体支持体は、１つの実施態様において、約１０以上のスポット、別の実施態様において、約１００以上のスポット、別の実施態様において、約１，０００以上のスポット、そしてなお別の実施態様において、約１０，０００以上のスポットを含む。１つの実施態様において、スポット毎の沈着量は、約１０ｐｌから約１０ｎｌであり、そして別の実施態様において、約５０ｐｌから約５００ｐｌである。スポットの直径は、１つの実施態様において、約５０μｍから約１０００μｍであり、そして、別の実施態様において、約１００μｍから約２５０μｍである。
【０１４４】
光指揮合成（Light-directed synthesis）
該技術は、Fodor等（Fodor et al., 1991；Fodor et al., 1993；米国特許番号５，４４５，９３４）により開発され、そしてAffymetrix, Inc. of Santa Clara, California, United States of Americaにより市販されている。概略、該技術は、１つの特定のヌクレオチドが生成１本鎖核酸に加えられる位置を定義するために、正確な写真平板を用いる。所定のヌクレオチド添加および光指揮合成の一連の段階により、所定のオリゴヌクレオチドの高感度アレイが固体基材上に合成される。Digital Optical Chemistryと呼ばれる該方法の変法は、写真平板マスクの代わりに光合成を指揮するための鏡を利用する（国際公開番号ＷＯ９９／６３３８５）。該アプローチは、一般に、約２５ヌクレオチド長またはそれ未満のプローブに限られる。Warrington et al., 2000も参照。
【０１４５】
接触プリンティング
いくつかの方法およびツールが、固定ピンツールを用いてマイクロアレイをプリントするために開発されてきた。表面の接触プリンティングにおいて、該ピンツールは試料溶液に浸漬され、少量の流動体がチップのピン上に移される。ピンまたはピン試料をマイクロアレイ表面に接触させることにより、スポットを残し、そしてその直径は、ピン、流動体、およびマイクロアレイ表面の表面エネルギーにより決定される。典型的には、移された流動体は、ｎｌまたはｐｌの範囲の量を含む。
【０１４６】
ある共通する接触プリンティング技術は、固体ピン複製装置を用いる。複製装置のピンは、ある静止位置から試料をピックアップし、そしてそれを固体支持体の所定の位置に移すためのツールである。複製ヘッドの典型的な構造は、一般的には、９６および３８４ウェルプレートに適した中心が９ｍｍ離れた８×１２フォーマットの固体ピンのアレイである。該ピンをウェルに浸漬し、持ち上げ、マイクロアレイ基材の位置に移動し、固体支持体に接触させるために下げられ、これにより試料が移される。該過程が全試料が完全に移されるまで繰り返される。Maier et al., 1994を参照されたい。固体ピンの最近の変法は、凹底の固体ピンチップの使用を含み、これはある状況下で、平らなピンより有効にプリントする。Rose 2000を参照されたい。
【０１４７】
幅広いチップ長のマイクロアレイプリンティングのための固体ピンは、例えば、TeleChem International, Inc. of Sunnyvale, Californiaから市販されている。TeleChemのCHIPMAKER［商標］およびSTEALTH［商標］ピンは、精密なステンレススチールシャフトを含有する。試料の添加およびスポッティングのための供給所となるように、ナローギャップは精密に作られる。該ピンは、添加量０．２μｌから０．６μｌを有し、直径７５μｍから３６０μｍのスポットサイズを生じる。
【０１４８】
１試料の添加により、多アレイのプリンティングを可能とするために、プリンティングキャピラリー、ピンセット、およびスプリットピンを含む、クイル（quill）ベースのツールが開発されてきた。該プリンティングツールは、固体ピンより多量の試料をとどめ、従って１試料添加に続いて多アレイのプリンティングが可能となる。クイルベースアレイは、キャピラリー作用により、少量の流動体をマイクロウエルプレートから沈着装置へ吸い上げる。Schena et al., 1995を参照。該キャピラリーの直径は、典型的には約１０μｍから約１００μｍの範囲にある。次に、ロボットがクイルを有するヘッドを所望の文注位置に動かす。該クイルは、試料を全スポッティング位置に運び、そして、ここで試料分画が沈着される。該クイルにとどまった流動体へ作用する力は、該流動体が放出されるのに十分でなければならない。加速、そして次に、該クイルをマイクロアレイ基材に激突させることによる原則は流動体放出を成し遂げる。該クイルのチップが固体支持体に当たると、メニスカス（meniscus）は、チップの向こうに広がり、そして基材に移される。多量の試料流動体を運ぶことにより、アレイ間のスポッティング変動を最小とする。表面をたたくことが流動体の移送に必要であるため、比較的堅い支持体、例えば、ガラススライドが、この方法の試料送達に適している。
【０１４９】
ピンプリンティング過程の変法は、Genetic MicroSystems Inc. of Woburn, Massachusetts, United States of Americaにより開発されたPIN-AND-RING［商標］技術である。この技術は、小さなリングを試料ウェルに浸漬すること、およびそれを取り出し、該リング中の液体をとらえることを含む。次に、固体ピンがリング中の試料により押され、該ピンの平らな端にとらえられた試料が、表面に沈着される。Mace et al., 2000を参照されたい。PIN-AND-RING［商標］技術は、堅い支持体、または寒天、ゲル、ニトロセルロース、およびナイロンの様な軟基材に適している。PIN-AND-RING［商標］を利用する代表的な装置は、417［商標］Arrayer（Affymetrix, Inc. of Santa Clara, California, United States of Americaより市販）である。
【０１５０】
アレイレイアウトオプション、プリントエリア、プリントヘッド構造、試料添加、プレプリンティング、マイクロアレイ表面特性、試料溶液特性、ピン速度、ピン洗浄、プリンティング時間、再現性、およびプリンティング処理量を含む、接触プリンティング方法と関連するさらなる手続的考慮は、当該技術分野において知られており、Rose 2000に要約されている。
【０１５１】
非接触インクジェットプリンティング
非接触インクジェットプリンティングの代表的な方法は、流動体貯蔵場所と密接に並んだ圧電性結晶を用いる。１つの構造は、圧電性結晶を、試料流動体を取り込んだガラスキャピラリーと共に配置する。該試料は貯蔵場所に吸い上げられ、そして結晶は電圧をかけられ、これにより該結晶は変形され、キャピラリーが圧迫され、そして少量の流動体がチップから押し出される。圧電性ポンプは、コントロール可能な高速ジェット速度および一定量の沈着をもたらす。大抵の圧電性ポンプは、例えば、フレキシブルなキャピラリーの取り付けにより、試料供給源または洗浄溶液と直接つなげられることを必要とする一方向性のポンプである。該キャピラリーおよびジェット口は、分子が取られないように、十分な内部径でなければならない。該キャピラリーに含有される流動体の空隙用量は、典型的には、約１００μｌから約５００μｌの範囲であり、一般的に回収不可能である。米国特許番号５，９６５，３５２を参照。
【０１５２】
液体の流れまたは表面に熱圧力、音圧力、または振動圧力をかける装置が、インクジェットプリンティングにも用いられ得る。Theriault et al., 1999を参照されたい。
【０１５３】
シリンジ電磁的プリンティング
シリンジ電磁的技術は、シリンジポンプを極小電磁弁と組合せ、ｎｌの試料用量を定量的に分注する。高分解性シリンジポンプは、開閉弁により、高速極小電磁弁および貯蔵場所とつなげられる。マイクロアレイをプリンティングするため、システムはシステム流動体、典型的には、水で満たされ、そしてシリンジは電磁弁につなげられる。シリンジを引くと、試料がチップ内の上方に移動する。次に、極小電磁弁を開けることで、小滴が表面に排出されるように、該シリンジはシステムに圧力をかける。該構造により、最小分注量は、４ｎｌから８ｎｌのオーダーとなる。容積式特性の分配機序により、実質的に信頼できるシステムを生じる。米国特許番号５，７４３，９６０および５，９１６，５２４を参照。
【０１５４】
電気的アドレス指定
この方法は、帯電分子をブランクマイクロアレイ基材、例えば、NANOCHIP［商標］基材（Nanogen Inc., San Diego, California, United States of America）の特定の位置に配置することを含む。核酸プローブは該マイクロチップに導入され、負に帯電したプローブは選択された帯電位置（ここでそれは濃縮され、そして結合される）に移動する。異なるプローブの一連の方法は、プローブのアレイを別の位置にアセンブルするために行われ得る。米国特許番号６，２２５，０５９および国際公開公報番号ＷＯ０１／２３０８２を参照。
【０１５５】
ナノ電極合成
本発明の方法に従い用いられ得る代わりのアレイは、シリコンの様な半導体表面で合成された１、または２、３の原子層からなる極小さな構造（ナノ構造）を提供する。該ナノ構造は、分子の３次元形態および電気化学特性に正確に対応するように設計され、それゆえ、特定のヌクレオチド配列の核酸を認識するために用いられ得る。米国特許番号６，１２３，８１９を参照。
【０１５６】
Ｖ．ハイブリダイゼーション
Ｖ．Ａ．一般的考慮事項
用語「特異的にハイブリダイズする」および「選択的にハイブリダイズする」はそれぞれ、配列が、複合体核酸混合物（例えば、全細胞ＤＮＡまたはＲＮＡ）に存在する場合、ストリンジェントな条件下で特定のヌクレオチド配列のみと結合、２本差形成、またはハイブリダイズすることを意味する。
【０１５７】
用語「実質的にハイブリダイズする」は、プローブ核酸分子と、本明細書で定義される実質的に同一の標的核酸配列との間の相補的ハイブリダイゼーションを意味する。実質的なハイブリダイゼーションは、一般的に、当該技術分野で認識される技術を用いて、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーを低減させることにより、可能とされる。
【０１５８】
核酸ハイブリダイゼーション実験と関連して、「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」および「ストリンジェントなハイブリダイゼーション洗浄条件」は、配列かつ環境依存性である。長い配列ほど、高い温度で特異的にハイブリダイズする。一般的に、高ストリンジェントなハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は、定義されたイオン強度およびｐＨでの特定の配列の融点（Ｔｍ）より約５℃低いものが選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が、完全一致プローブとハイブリダイズする温度（定義されたイオン強度およびｐＨの下）である。非常にストリンジェントな条件は、特定のプローブのＴｍと等しいものが選択される。典型的には、「ストリンジェントな条件」下で、プローブは、その標的配列と特異的にハイブリダイズするが、他の配列とハイブリダイズしない。
【０１５９】
核酸ハイブリダイゼーションの詳細な案内は、Tijssen 1993で見出される。一般的に、同一のハイブリダイゼーションアッセイにおいて、負の対照プローブについて観察されうものより、２倍（または、高い）のノイズに対するシグナルの比は、特異的または実質的ハイブリダイゼーションの検出を示す。
【０１６０】
ハイブリダイゼーションにより、遺伝子発現レベルを決定するために、全長ｃＤＮＡが利用される必要がなくなることが理解される。配列番号：１〜７０の１つにより表される遺伝子の発現レベルを決定するために、配列番号：１〜７０で説明される配列の任意の代表的フラグメントまたは部分配列が、本明細書で開示されるハイブリダイゼーション条件と組み合わせて、利用され得る。結果的に、遺伝子発現レベルをアッセイするために用いられる核酸配列は、オープンリーディングフレーム（または、その部分）、５’非翻訳領域、および／または３’非翻訳領域に対応する配列を含み得る。参考遺伝子の発現レベルが特異的に決定されることを可能とする任意の核酸配列が、本発明の方法および組成物と共に利用され得ることは、理解される。
【０１６１】
Ｖ．Ｂ．固体支持体へのハイブリダイゼーション
本発明の別の実施態様において、増幅および標識核酸試料は、多数の同定位置を含む連続的固体支持体に固定化されているプローブまたはプローブセットにハイブリダイズされる。
【０１６２】
代表的なハイブリダイゼーション条件が、本明細書で説明される。高感度のガラスベースのマイクロアレイ実験のため、少なくとも一部分、蛍光標識の存在により核酸２本鎖が不安定となるので、６５℃でのハイブリダイゼーションは、典型的な使用にはあまりにストリンジェントである（Randolph & Waggoner 1997）。または、ハイブリダイゼーションは、Pieutu et al., 1996に記載のホルムアミドベースのハイブリダイゼーションバッファー中で行われ得る。
【０１６３】
マイクロアレイフォーマットは、電気化学的増強ハイブリダイゼーションに対する適性に基づく使用のために選択され得る。マイクロアレイ、またはマイクロアレイの１以上の異なる位置への電流供給は、マイクロアレイ表面に固定化されたプローブに近接する標的核酸試料の局在化を容易にする。アレイプローブに隣接する標的核酸の濃縮は、試料中の核酸のプローブとのハイブリダイゼーションを促進する。さらに、電気的なストリンジェンシーコントロールは、ハイブリダイゼーション後の非結合および非特異的結合ＤＮＡの除去を可能とする。米国特許番号６，０１７，６９６および６，２４５，５０８を参照。
【０１６４】
Ｖ．Ｃ．溶液中でのハイブリダイゼーション
本発明の別の実施態様において、増幅および標識核酸試料は、溶液中の１以上のプローブとハイブリダイズされる。約１００以上の相補的残基を有する相補的核酸の代表的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は、ヘパリン１ｍｇを含む５０％  ホルムアミド中、４２℃、一晩のハイブリダイゼーションである。高ストリンジェントな洗浄条件の例は、０．１×ＳＳＣ、５Ｍ  ＮａＣｌ中、６５℃、１５分間である。ストリンジェントな洗浄条件の例は、０．２×ＳＳＣバッファー中、６５℃、１５分間である（ＳＳＣバッファーの記載については、Sambrook & Russell 2001を参照されたい）。高ストリンジェントな洗浄は、バックグランドのプローブシグナルを取り除くために低ストリンジェントな洗浄がまず行われ得る。約１００以上のヌクレオチドからなる２本鎖のための中程度にストリンジェントな洗浄条件の例は、１×ＳＳＣ中、４５℃、１５分間である。約１００以上のヌクレオチドからなる２本鎖のための低ストリンジェントな洗浄の例は、４〜６×ＳＳＣ中、４０℃、１５分間である。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドの様な不安定化剤の添加によっても成し遂げられ得る。
【０１６５】
短いプローブ（例えば、約１０から５０ヌクレオチド）のため、ストリンジェントな条件は、典型的には、約１Ｍ  Ｎａ＋イオン未満の塩濃度、典型的には、約０．０１Ｍから１Ｍ  Ｎａ＋イオン濃度（または他の塩）（ｐＨ７．０〜８．３）を含み、そして温度は典型的には少なくとも約３０℃である。
【０１６６】
必要に応じて、核酸２本鎖またはハイブリッドは、検出アッセイを含む連続分析のための溶液から取り出され得る。例えば、単純アッセイにおいて、１プローブセットは、標的核酸試料からもたらされた増幅かつ標識ＲＮＡ試料とハイブリダイズされる。ハイブリダイゼーションに続き、ＤＮＡ：ＲＮＡハイブリッドを認識する抗体を用いて、連続的分析のため該ハイブリッドが沈殿される。該遺伝子の発現レベルは、沈殿物中の標識を検出することにより、決定される。
【０１６７】
代わりの取り込み技術は、当該技術分野の技術者に理解されるであろう、例えば、ヒスチジンタグを含むプローブを用いる場合、金属親和性カラムにより精製として用いられ得る。別の例として、ハイブリダイズされた試料は、アルカリ処理（ここで、２本鎖ハイブリッドは保護され、一方非ハイブリダイズ１本鎖鋳型および過剰のプローブは加水分解される）により、加水分解され得る。次に、ハイブリッドは、さらなる分析のため、任意の核酸精製技術を用いて集められる。
【０１６８】
多数の遺伝子の発現レベルを同時に決定するために、プローブまたはプローブセットは、異なる標識のプローブまたはプローブセットにより、区別され得る。または、プローブまたはプローブセットは、異なるハイブリダイゼーション容器に空間的に分けられ得る。それぞのアプローチの代表的な実施態様が、以下に記載される。
【０１６９】
１つの実施態様において、固有の標識を有するプローブまたはプローブセットが、分析されるべきそれぞれの遺伝子について調製される。例えば、第１のプローブまたはプローブセットは、第１の蛍光標識で標識され、そして第２のプローブまたはプローブセットは、第２の蛍光標識で標識され得る。多標識の実験は、それぞれの標識の検出を最適化するために標識特徴および検出技術を考慮すべきである。代表的な第１および第２の蛍光標識は、良好な対比および最小のシグナル漏出で分析され得る、Ｃｙ３およびＣｙ５（Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, New Jersey, United States of America）である。
【０１７０】
それぞれのプローブまたはプローブセットに固有の標識は、プローブまたはプローブセットが接着される標識ミクロスフェアをさらに含み得る。代表的なシステムは、LabMAP（Luminex Corporation, Austin, Texas, United States of America）である。概略、LabMAP（Laboratory Multiple Analyte Profiling）技術は、ミクロスフェアと呼ばれる、色分けされた微小ビーズの表面上でのハイブリダイゼーション反応を含む分子反応を行うことを含む。本発明の方法に従い用いられる場合、個々のプローブまたはプローブセットは、それらがアッセイにより同定され得るように、１つの色分けされたビーズと接着される。十分なハイブリダイゼーションは、増幅核酸試料の検出可能な標識（検出可能な標識は、個々のミクロスフェアを同定するために用いられたそれぞれの色分けから区別され得る）を用いて、測定される。増幅、標識核酸試料のプローブセットを含むミクロスフェアとのハイブリダイゼーションに続いて、ハイブリダイゼーション混合物を分析し、色コード、ならびにミクロスフェアと結合した核酸試料の標識が検出される。Vignali 2000；Smith et al., 1998；国際公開公報番号ＷＯ０１／１３１２０、ＷＯ０１／１４５８９、ＷＯ９９／１９５１５、およびＷＯ９７／１４０２８を参照されたい。
【０１７１】
ＶＩ．検出
ハイブリダイゼーション２本鎖または３本鎖を検出する方法は、利用された標識に従い、選択される。
放射性標識（例えば、３２Ｐ−、３３Ｐ−、または３５Ｓ−ｄＮＴＰ）の場合、検出は、オートラジオグラフィーにより、または当該技術分野の技術者に既知のホスホイメージャーを用いることにより、成され得る。１つの実施態様において、検出方法は自動化され、そして多数の試料の同時検出に適合される。
【０１７２】
共通研究設備は、GSI Lumonics（Watertown, Massachusetts, United States of America）、Amersham Pharmacia Biotech／Molecular Dynamics（Sunnyvale, California, United States of America）、Applied Precision Inc. （Issauah, Washington, United States of America）、Genomic Solutions Inc.（Ann Arbor, Michigan, United States of America）、Genetic MicroSystems Inc.（Woburn, Massachusetts, United States of America）、Axon（Foster City, California, United States of America）、Hewlett Packard（Palo Alto, California, United States of America）、およびVirtek（Woburn, Massachusetts, United States of America）の機械を含む高処理蛍光検出を行うために開発された。市販のシステムの多くは、光電子増倍管検出を伴う、いくつかの形態のスキャニング技術を用いる。蛍光試料を分析する場合に考慮する基準は、Alexay et al., 1996により要約されている。
【０１７３】
別の実施態様において、核酸試料またはプローブは、赤外線、近赤外線、または赤外線蛍光ダイで標識される。ハイブリダイゼーションに続き、増幅核酸およびプローブの混合物が、レーザーダイオードおよびセンサー（ここで、レーザーが、蛍光標識の吸収スペクトル内の波長でのスキャニング光によりスキャンし、そして光が標識の放出波長で送られる）により光電子的にスキャンされる。米国特許番号６，０８６，７３７；５，５７１，３８８；５，３４６，６０３；５，５３４，１２５；５，３６０，５２３；５，２３０，７８１；５，２０７，８８０；および４，７２９，９４７を参照されたい。ODYSSEY［商標］赤外線イメージングシステム（Li-Cor, Inc., Lincoln, Nebraska, United States of America）が、データ収集および分析のために用いられ得る。
【０１７４】
エピトープ標識が用いられると、エピトープと結合するタンパク質または化合物を用いて、該エピトープが検出される。例えば、酵素結合タンパク質は、それぞれ分光高度計または照度計を用いて測定可能な比色分析または蛍光反応産物の発生により、連続的に検出され得る。
【０１７５】
１つの実施態様において、INVADER［商標］技術（Third Wave Technologies, Madison, Wisconsin, United States of America）を用いて、標的核酸／プローブ複合体が検出される。概略、核酸切断部位（例えば、５’ヌクレアーゼ活性を有する様々な酵素により認識されるもの）が、標的配列上に生成され、そして該標的配列が部位特異的方法で切断され、これにより、特異的核酸配列またはその特異的バリエーションの存在を示す。米国特許番号５，８４６，７１７；５，９８５，５５７；５，９９４，０６９；６，００１，５６７；および６，０９０，５４３を参照。
【０１７６】
別の実施態様において、標的核酸／プローブ複合体は、増幅分子、例えば、Lisle et al., 2001に記載のポリｄＡオリゴヌクレオチドを用いて検出される。概略、テザープローブが、相補的ヌクレオチド配列を有する標的核酸に対して利用される。当該技術分野の技術者に既知の方法を用いて、任意の核酸配列に付加され得る、ポリｄＴ配列を有する標的核酸は、ポリｄＡオリゴヌクレオチドを含む増幅分子とハイブリダイズする。短いオリゴｄＴ４０シグナル伝達部分は、任意の適当な標識（例えば、蛍光、化学発光、放射性同位体標識）で標識される。短いオリゴｄＴ４０シグナル伝達部分は、分子に続いてハイブリダイズされ、そして該標識が検出される。
【０１７７】
表面プラスモン共鳴分光学は、本明細書で記載のランダムに増幅された核酸とプローブとの間で形成されたハイブリダイゼーション２本鎖を検出するためにも用いられ得る。例えば、Heaton et al., 2001；Nelson et al., 2001；Guedon et al., 2000を参照されたい。
【０１７８】
ＶＩＩ．自己免疫疾患遺伝子発現方程式
ＶＩＩ．Ａ．方程式の一般的記載
統計上最も有意な対照集団と比較して、ＳＬＥ患者で最も低発現している遺伝子が選択され、それらを用いて、自己免疫疾患の個体が分類されるかが決定され、そして新たな試料が自己免疫疾患または対象個体からもたらされたか否かが予測された。
【０１７９】
表１
方程式で用いられる遺伝子
【表４】
2006503587.tif 000005
【０１８０】
表１の続き
【表５】
2006503587.tif 000006
【０１８１】
ＶＩＩ．Ｂ．自己免疫疾患の存在を予測するための方程式の使用
表１で挙げられる遺伝子それぞれの発現レベルが、上記のように決定された。それぞれの遺伝子について、対照集団およびＳＬＥ集団の平均発現レベルが合計され、そして２で割られる（すなわち、（対照平均＋ＳＬＥ平均／２））。該値の決定後、３５の遺伝子それぞれの発現レベルが、それぞれの対象について調べられた。それぞれの遺伝子について、値０は、該遺伝子についての発現レベルが、上で決定された平均発現レベルより低い対象の遺伝子に対して指定された。個々の対象の発現レベルが平均発現レベルより高いと、該遺伝子は値１と指定された。次に指定された値を加え、合計を得た（最小値＝０；最大値＝３５）。
【０１８２】
対照個体のスコア範囲は、１８〜３５であり、１１の対照個体のうち８でスコア３５となった。該分析が正常免疫対象に適用されると、該スコアは２６〜３５の範囲となった。しかしながら対照的に、自己免疫疾患の対象のスコア範囲は、次の：ＳＬＥについて０〜５；ＲＡについて０〜６、１型糖尿病について０〜１；およびＭＳについて０であった（ｐ＜０．０００００１）。
【０１８３】
最初の分析に含まれなかったＳＬＥおよびＲＡ患者群が次に検査され、上で開示のストラテジーの予測値が調べられた。該患者で得られたスコア範囲は、ＳＬＥについて０〜５、そしてＲＡについて０〜６であった。従って、本明細書で開示の方法を用いて、疾患状態が未知の対象における自己免疫疾患の存在または非存在が、対象から単離された全ＲＮＡを上記分析の対象とし、そして既に記載のスコアを得ることにより、検出され得る。該実施態様において、スコア８またはそれ未満は、自己免疫疾患の存在を示唆し、一方スコア１５またはそれ以上は、自己免疫疾患の非存在を示唆する。
【０１８４】
実施例
次の実施例は、本発明の方法を説明するために含められている。次の実施例のある種の態様は、本発明の実施において上手く機能することが本発明者により見出されるか、または考慮された技術および方法に関して記載される。該実施例は、本発目者の標準的な実験室での実施を説明する。本発明の開示および当該技術分野の技術者の一般的レベルに照らし、当該技術者は、次の実施例が説明のみを意図されていること、および多くの変化、修飾、および変更が、本発明の範囲から逸脱することなく利用され得ることを理解するであろう。
【０１８５】
実施例１
患者集団
９人の対照対象（年齢２７〜５８歳）を、インフルエンザワクチン前および後に検査した。ＲＡ患者（ｎ＝２０；年齢４６〜６８歳）、ＳＬＥ患者（ｎ＝２４；年齢２２〜７３歳）、１型糖尿病患者（ｎ＝５；年齢２０〜４６歳）、およびＭＳ（ｎ＝４；年齢３７〜５４歳）も、該検査に登録した。それぞれの自己免疫疾患の臨床的診断が、登録の唯一の基準であった。影響を受けていないファミリーメンバーも、該検査に含み（ｎ＝４、３３〜５４歳）、うち３人がＳＬＥ患者個体であり、１人がＲＡ小児個体であった。検査群における男性対女性の比は、約３：１であった。
【０１８６】
実施例２
試料調製
フィコール・ハイパック（Sigma-Aldrich, St. Louis, Missouri, United States of America）勾配での遠心により、実施例１の集団から採取したヘパリン添加血液から、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を単離した。ＰＢＭＣ中の白血球分布をフローサイトメトリーにより決定した。全ＲＮＡを、製造元（Molecular Research Center, Cincinnati, Ohio, United States of America）のプロトコールに従い、TRI REAGENT［登録商標］により単離した。
【０１８７】
ＲＮＡ標識
ＲＮＡ標識は３段階；プライミング、伸長、およびプローブ精製を必要とした。プライミングのため、全ＲＮＡ１〜１０μｇ（ジエチルピロカーボネート（ＤＥＰＣ）処理水８．０μｌ未満の用量中）、およびオリゴｄＴ２．０μｇ（１０〜２０ｍｅｒ混合物；１μｇ／ｍｌ）を、１．５ｍｌの微量遠心チューブに全量１０μｌで混合した（バランス；ＤＥＰＣ処理水）。該チューブを７０℃に１０分間置き、次に短時間、軽く氷冷した。伸長のため、５×ファーストストランドバッファー（Invitrogenカタログ番号Ｙ００１４６）６．０μｌ、０．１Ｍ  ＤＴＴ  １．０μｌ、ｄＮＴＰ混合物  １．５μｌ（２０ｍＭ  各ｄＮＴＰ）、およびSUPERSCRIPT［商標］II逆転写酵素（Invitrogen）１．５μｌを、該微量遠心チューブに添加した。３３Ｐ−ｄＣＴＰ（１０ｍＣｉ／ｍｌ；特異的活性３０００Ｃｉ／ｍｍｏｌ；ICN Biomedicals Inc., Irvine, California, United States of America）を該微量遠心チューブに添加し、内容物を完全に混合し、そして該チューブを３７℃で９０分間インキュベーションした。プローブ精製を、伸長反応混合物をBio-Spin 6クロマトグラフィーカラム（Bio-Rad Laboratories, Hercules, California, United States of America）を通すことで行った。
【０１８８】
標識ＲＮＡのメンブレンへのハイブリダイゼーション
ＰＢＭＣから単離した３３Ｐ標識全ＲＮＡ５μｇをGF211 GENEFILTERS［登録商標］メンブレン（RESGEN［商標］、Invitrogen Corporation事業部、Carlsbad, California, United States of America；GF211メンブレンに存在する遺伝子を、RESGEN［商標］のftpサイト：ftp://ftp.resgen.com/pub/GENEFILTERSで見出し得る）とハイブリダイズさせた。ハイブリダイゼーションに先立ち、フィルターを０．５％  ＳＤＳで前処理した。該ＳＤＳ溶液を沸騰するまで加熱し、メンブレンに加え、そして次にそれを、ＳＤＳ溶液中で軽く攪拌しながら５分間インキュベーションした。
【０１８９】
前処理後、フィルターをハイブリダイゼーションローラーチューブ（３５×１５０ｍｍ；ＤＮＡ側は該チューブの内側に面している）に置いてプレハイブリダイズし、そしてMICROHYB［商標］溶液（RESGEN［商標］）５ｍｌを該チューブに添加する。さらなるブロッキング剤（COT-1［登録商標］ＤＮＡ  ５μｇ、Invitrogen Corporation, Carlsbad, California, United States of America；ポリｄＡ  ５μｇ）を添加し、該チューブをボルテックスして完全に混合した。メンブレンとチューブの間の泡を取り除き、該メンブレンをプレハイブリダイゼーション溶液中、４２℃で少なくとも２時間インキュベートした。ハイブリダイゼーションのため、プローブを沸騰により変性し、冷却し、そしてGENEFILTERS［登録商標］メンブレンおよびプレハイブリダイゼーション溶液含有ローラーチューブへピペットで移した。ここで、変性プローブ含有溶液をボルテックスにより混合した。ハイブリダイゼーションを、一晩または少なくとも１２〜１８時間、４２℃で行った。
【０１９０】
ハイブリダイゼーション後の洗浄およびイメージング
ハイブリダイゼーション後、該フィルターをローラーチューブ内で洗浄した。次の洗浄条件を用いた。第１および第２の洗浄は、２×ＳＳＣ／１％  ＳＤＳ／５０℃、２０分間であり、第３の洗浄は、０．５×ＳＳＣ／１％  ＳＤＳ／５５℃、１５分間であった。洗浄後、メンブレンをプラスチックラップで覆い、ホスホイメージングカセットに置いた。フィルターをイメージングスクリーンに２〜４時間（短時間曝露）、次にさらに２４時間（長時間曝露）曝露し、スクリーンをPHOSPHORIMAGER［商標］装置（Molecular Dynamics, Piscataway, New Jersey, United States of America）を用いてスキャンした。データを標準化し、マイクロアレイに表れたそれぞれのクローン（計４３２９クローン）について、平均感度１．０を生じた。該方法の再現性を、マイクロアレイを分けるために再現ハイブリダイゼーションを行うことにより、確立した。線形回帰分析は、個々のハイブリダイゼーションが０．８７から０．９６の範囲のＲ２値を生じることを示した。同一フィルターの異なる曝露時間も、高Ｒ２値（０．９９）を生じた。
【０１９１】
実施例３
データ分析
ホスホイメージングに続き、データをデジタルフォーマットを集め、Pathways 3.0ソフトウエアプログラム（Invitrogenより市販）を用いて、共通対照フィルターに対して標準化した。Eisen's ClusterおよびTreeviewソフトウエア（Stanford University, Palo Alto, California, United States of America；（Eisen et al., 1998）を用いて、個々の試料間の類似性を比較した。データセットを、階層的Ｋ平均および自己複製マップアルゴリズム（Sherlock 2000）を用いて分析した。PATHWAYS［商標］3.0プログラム（RESGEN［商標］）を用いて、免疫および自己免疫疾患分類において差次的に発現した遺伝子を同定した。いずれの状態でも有意（９９％信頼性、チェン検査（Chen test））に変化しない遺伝子の発現レベルをデータベースから取り除いた（Kim et al., 2000）。データセットに残る遺伝子を、１０のセントロイドでの非監視Ｋ平均クラスターアルゴリズムを用いて、クラスター化した（Eisen et al., 1998；Sherlock 2000）。
【０１９２】
実施例４
正常免疫応答中の遺伝子の発現特性
単核細胞集団が遺伝子発現における変化を測定するための適当な供給源を表すという仮説を判断するために、健常対照対象（ｎ＝９）由来のＰＢＭＣでの遺伝子発現における変化を、免疫前およびインフルエンザワクチンでの免疫後に測定した。該対象からもたらされた遺伝子発現特性は、全対象が多数のインフルエンザ抗原（Ａｇ）に既に曝露していたため、２次免疫応答を含むようであった。試料を対象から３つの時間点：免疫３、６〜９、および１９〜２１日後に集めた。自己複製マップアルゴリズムを用いて、既に免疫されていた群を免疫群と比較した。該方法は、免疫状態よりむしろ同一性に基づき個体を分類し、これを個々の試料の相対的近似値により示した（図１Ａ、上段パネルを参照）。従って、残りの全遺伝子発現パターンは、免疫後、比較的無変化のままであった。最も差次的に発現した遺伝子から生じた特徴に焦点をあてるため、発現レベルがそのそれぞれの平均より３標準偏差（ＳＤ）以上変動していない遺伝子を除去した。除去後、免疫前および免疫後状態により、１次的に発現特性を分けた（図１Ａ、上段パネルを参照）。これは、より小さな群の遺伝子の発現レベルにおける一様な変化が、免疫前および免疫後の群を区別することを示唆する。該遺伝子を同定するため、Ｋ平均クラスタリングを用いて、発現パターンにおける同一性に基づき遺伝子を群に分けた。
【０１９３】
正常免疫応答と関係する、３つの異なるクラスターを見出した（図１Ｂ参照）。第１のクラスターは、免疫後３日で過剰発現した３０４の遺伝子からなる。該クラスターは、鍵となるシグナル導入経路で含まれるタンパク質（例えば、タンパク質キナーゼＣ、ホスホリパーゼＣ、１，２−ジアシルグリセロールキナーゼ、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ、ＳＴＡＴおよびＳＴＡＴインヒビター、ＡＰ−１転写因子、インターフェロン制御因子、および増殖に必要なタンパク質）をコード化する遺伝子を主に含有する。該クラスターの遺伝子は、対照群と比較して３〜２１倍の発現増加を現した。
【０１９４】
８８の遅い（１９〜２１日）応答性の遺伝子である第２のクラスターは、シグナル伝達および増殖経路から機能的活性の増加へのシフトを現した。遅い免疫応答性の遺伝子クラスターにおいて、ケモカイン（ＳＣＹＡ３、ＳＣＹＡ１３、ＳＣＹＡ１４）、補体成分（Ｃ１Ｓ）、インターフェロン（ＩＦＮ）誘導性タンパク質（ＩＦＩ３５）、および白血球ホーミング／接着（ＩＣＡＭ２）遺伝子が過剰発現した。セロトニン、グルタミン酸、エストロゲン、およびレチノイン酸の受容体も過剰発現した。該群の遺伝子の発現レベルの増加は、２〜１１倍変動した。
【０１９５】
最後の免疫応答性のクラスターは、全時間的経過に渡り発現レベルの低減を示した７８の遺伝子を含有していた。該遺伝子の１５％以上が、リボソームタンパク質をコード化する。これは、マイクロアレイに存在する全リボソームタンパク質コード化遺伝子のうち３分の１の発現において増加した。リボソームタンパク質の遺伝子発現における同等の変化は、真核細胞での差と関係し（Krichevsky et al., 1999）、そして観察した変化は、免疫への応答におけるエフェクター状態に対するリンパ球の差を反映可能であった。出願人は、任意の特定の理論の操作により結びつけることを望まないが、総合すると該データは、生体内での免疫応答に不随するｍＲＮＡ発現における、動的な同等の変化を説明する。第１に、シグナル導入および細胞増殖である、初期免疫応答の２つの鍵となるエレメントに必要な遺伝子が含まれるようであった。第２に、該遺伝子から、リンパ球の免疫機能を請け負うのに必要な他の分類へのシフトが生じた。
【０１９６】
実施例５
免疫対象対自己免疫疾患患者の発現特性
上記の知見が、正常応答をとなる対象（すなわち、インフルエンザワクチンで免疫した対象）および自己免疫性の応答となる対象間の差であるかを決定するために、試料を４つの通常の自己免疫疾患患者：ＲＡ、ＭＳ、１型糖尿症、およびＳＬＥの１つと診断した患者から採取した。自己免疫疾患と関係する全遺伝子発現特性の関連を、階層的クラスタリングアルゴリズムを用いて、正常免疫応答群と比較して調べた（図２Ａ参照）。他のクラスタリングアルゴリズムは、類似の結果となった。ＲＡ／ＳＬＥ分類と正常免疫応答分類の間の比較は、クラスタリング分析から４つの主要な分岐を生じた。１つの主要な分岐は、全正常免疫応答試料を含有するが、自己免疫疾患の試料を全く含有しない。自己免疫疾患の試料を３つの主要な分岐に分けた。この分析は、ＲＡ試料のいくつか（例えば、ＲＡ２およびＲＡ５、あるいはＲＡ１、ＲＡ６、およびＲＡ４）、およびＳＬＥ試料のいくつか（例えば、ＳＬＥ２、ＳＬＥ３、およびＳＬＥ４、あるいはＳＬＥ６、ＳＬＥ８、およびＳＬＥ９）が、高度に関係することを示した。しかしながら、ＲＡ／ＳＬＥと正常免疫応答との違いとは異なり、大部分のＲＡ試料を大部分のＳＬＥ試料から区別することはできなかった。このことは、ＲＡおよびＳＬＥが、免疫分類とは異なり、共通する自己免疫疾患分類を現すかもしれないことを示唆する。類似の結果を、ＭＳ／１型糖尿病試料との正常免疫応答試料のクラスタリングから得た。再度、正常免疫応答群をＭＳ／１型糖尿病群から良好に区別したが、ＭＳおよび１型糖尿病の特性は互いに区別し合わなかった。不変の遺伝子をデータセットから除去した場合でさえ、自己免疫疾患分類で区別できなかった。
【０１９７】
該データセットをさらに分析し、正常免疫応答と比較して、自己免疫疾患において最も差次的に発現する遺伝子を同定した。非自己免疫疾患群を、対照（無処置）および免疫（免疫後６〜９日）とに分けた。自己免疫疾患群由来の個々の試料を、疾患の種類に基づいて分け、そして免疫応答遺伝子特性と比較した。異なる群での遺伝子発現の差を、実験条件と対照群間の比の自然対数としてプロットした。
【０１９８】
差次的に発現した遺伝子の２つのクラスターを（１）自己免疫疾患の患者、および（２）対照および免疫個体とに区別した（図２Ｂ参照）。第１の主要なクラスターは、全４つの自己免疫疾患（１型糖尿病、ＭＳ、ＲＡ、およびＳＬＥ）で過剰発現した、９５の遺伝子を含んでいた。該自己免疫疾患のクラスターで過剰発現した遺伝子は、いくつかの異なる機能的カテゴリー：受容体（ＣＳＦ３Ｒ、ＨＬＡ−ＤＭＢ、ＨＬＡＬＳ、ＴＧＦＢＲ２、およびＢＭＰＲ２）、炎症メディエーター（ＭＳＴＰ９、ＢＤＮＦ、ＣＥＳ１、ＥＬＡ３、およびＣＹＲ６１）、シグナル伝達／２次メッセンジャー分子（ＦＡＳＴＫ、ＤＧＫＡ、およびＤＧＫＤ）、および自己抗原（ＧＡＲＳおよびＧＡＤ２）を現し、比較的異種性であった。第２の主要なクラスターは、全免疫疾患群で非常に低発現した１１７の遺伝子を含有していた。該遺伝子の発現レベルは、免疫応答群で変化しなかった。ダウンレギュレートした遺伝子の多くが、アポトーシス(ＴＲＡＤＤ、ＴＲＡＰ１、ＴＲＩＰ、ＴＲＡＦ２、ＣＡＳＰ６、ＣＡＳＰ８、ＴＰ５３、およびＳＩＶＡ)、およびユビキチン／プロテアソーム機能（ＵＢＥ２Ｍ、ＵＢＥ２Ｇ２、およびＰＯＨ１）において鍵となる働きをする。様々な細胞機能のインヒビターも、該クラスターで広範に出現した。これは、細胞サイクルプログレッションの直接的インヒビター（ＣＤＫＮ１Ｂ、ＣＤＫＮ２Ａ、およびＢＲＣＡ１）、ならびに細胞分化のインデューサー（ＬＩＦ、およびＣＤ２４）を含む。ある種の酵素インヒビター（ＡＰＯＣ３およびＫＡＬ１）も該分類で見出した。
【０１９９】
Ｋ平均クラスタリングは、免疫分類と自己免疫分類の間でオーバーラップする遺伝子のクラスターを同定することが不可能であることを示し、これは、正常免疫応答を特徴とする遺伝子発現パターンが、自己免疫疾患で見出すものと相当異なることを示唆している。さらに、異なる自己免疫疾患で区別される遺伝子のクラスターを見出し、これは、検査した自己免疫疾患が、正常免疫応答に対してより、互いに類似することを示唆している。
【０２００】
免疫前対照と４種類の自己免疫疾患それぞれを有する個体間の１遺伝子の発現レベルをさらに調べた。集団レベルにおいて非常に高いレベルの過剰発現および低発現を現し（図３Ａおよび図３Ｂ参照）、かつ自己免疫疾患のそれぞれの個体と高度に一致する遺伝子を選択した。自己免疫疾患の集団における過剰発現遺伝子は、より大きな個々の変動を示した（図３Ａ参照）。過剰発現遺伝子において、全対照個体と比較して、全自己免疫疾患の個体で過剰発現した個々の遺伝子は存在しない。しかしながら、該過剰発現遺伝子それぞれは、全体として取り上げた対照集団と比較した場合、一体と見なした自己免疫疾患の集団において、有意に過剰発現した（ｐ＜０．０５）。対照的に、低発現遺伝子の発現レベル（図３Ｂ）は、任意の対照個体においてより、それぞれの自己免疫疾患の個体において低かった。
【０２０１】
対照と自己免疫疾患の集団の間の遺伝子発現の差は、ＰＢＭＣを成す細胞の分布または活性化状態における変化に起因するかもしれない。２度の分析を行い、該確率を調べた。第１に、フローサイトメトリーにより、ＣＤ３（Ｔ細胞）、ＣＤ１４（単球）、ＣＤ１９（Ｂ細胞）、および白血球アルカリホスファターゼ（好中球）についてＰＢＭＣ調製物を分析した。両対象由来の全ＰＢＭＣ調製物は、７５〜８０％のＴ細胞、約１０％の単球、約５％のＢ細胞、および１％未満の好中球を含んでいた。第２に、所定の部分集団に限られるか、または活性化状態を反映する遺伝子の発現レベルが、自己免疫疾患の集団と比較して、対照において差次的に発現するか否かを決定した（表２）。該遺伝子の発現レベルは、対照群と自己免疫疾患群の間で２倍未満変動し、この差は、統計上有意ではなかった。総合すると、該データは、ＰＢＭＣの組成または活性化状態の変化は、対照集団と自己免疫疾患集団の間で見られる差の原因ではないことを示唆している。
【０２０２】
表２
リンパ球サブセットまたは活性化状態を区別するタンパク質コード化遺伝子の発現レベル
【表６】
2006503587.tif 000007
【０２０３】
実施例６
核酸の蛍光標識
核酸試料を、ポリメラーゼ反応による蛍光ヌクレオチド類似体（例えば、Ｃｙ３−ｄＵＴＰおよびＣｙ５−ｄＵＴＰ、Amersham Pharmacia Biotech of Piscataway, New Jersey, United States of Americaより市販）の直接的取り込みの鋳型として用い得る。概略、標識反応液５０μｌは、鋳型ＤＮＡ  ２μｇ、１０×バッファー  ５μｌ、蛍光ｄＵＴＰ  １．５μｌ、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、およびｄＧＴＰそれぞれ０．５μｌ、６量体および１０量体（すなわち、ランダムまたは対象の遺伝子由来、いずれかのプライマー）、およびクレノー（E. coliＤＮＡポリメラーゼ３’から５’、New England Biolabs of Beverly, Massachusetts, United States of America）２μｌを含有し得る。
【０２０４】
実施例７
核酸プローブのガラスへの非共有結合
ＰＣＲフラグメントを、３から５Ｍ  ＮａＳＣＮ溶液に懸濁し、Santa Clara, California, United States of AmericaのGMS 417［商標］アレイを用いて、アミノシラン処理したスライドにスポットする。スポット後、該スライドを８０℃で２時間加熱し、該スポットを脱水する。ハイブリダイゼーションに先立ち、該スライドを、イソプロパノール中で１０分間洗浄し、次に、沸騰水中で５分間洗浄する。該洗浄段階により、ガラスに強固に結合していない任意の核酸を取り除き、そしてハイブリダイゼーション中に弱く接着したＤＮＡの再分配により生じるバックグランドを低減する。洗浄剤および炭水化物の様な混入物は、スポッティング溶液中に最小としなければならない。Maitra & Thakur 1992；Maitra & Thakur 1994も参照されたい。
【０２０５】
実施例８
遺伝子特異的プローブを含むマイクロアレイとのハイブリダイゼーション
試料由来の標識核酸を、４×ＳＳＣバッファー、０．７μｇ／μｌ  ｔＲＮＡ、および０．３％  ＳＤＳ溶液中で調製し、全容量１４．７５μｌとする。ハイブリダイゼーション混合物を９８℃で２分間変性し、６５℃まで冷却し、マイクロアレイにアプライし、そして２２ｍｍ２のカバースリップで覆う。該スライドを、ハイブリダイゼーション用防水加工ハイブリダイゼーションチャンバー内、６５℃のウオーターバスに３時間置いた。ハイブリダイゼーションに続いて、スライドを０．０６％  ＳＤＳを含む１×ＳＳＣバッファー中、次に０．０６×ＳＳＣバッファー中で２分間洗浄する。
【０２０６】
参考文献
以下に列挙される参考文献、ならびに本明細書で記載の全参考文献は、それらが、本明細書で利用された方法論、技術、および／または組成物を捕捉し、説明し、その背景をもたらし、または教える範囲で、引用により明細書に取り込まれる。
【０２０７】
Albert J, Wahlberg J, Lundeberg J, Cox S, Sandstrom E, Wahren B & Uhlen M (1992) Persistence of Azidothymidine-Resistant Human Immunodeficiency Virus Type 1 RNA Genotypes in Posttreatment Sera. J Virol 66:5627-5630.
Alexay C, Kain RC, Hanzel DK & Johnston RF (1996) Fluorescence scanner employing a macro scanning objective, in Menzel ER, ed, Fluorescence Detection IV. Proc SPIE 2705:63-72.
Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW & Lipman DJ (1990) Basic Local Alignment Search Tool. J Mol Biol 215:403-410.
【０２０８】
Ausubel FM, Brent R, Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA & Struhl K, eds (1994) Current Protocols in Molecular Biology. Wiley, New York.
Bej AK, Mahbubani MH, Dicesare JL & Atlas RM (1991) Polymerase Chain Reaction-Gene Probe Detection of Microorganisms by Using Filter-Concentrated Samples. Appl Environ Microbiol 57:3529-3534.
Boom R, Sol CJ, Salimans MM, Jansen CL, Wertheim-van Dillen PM & van der Noordaa J (1990) Rapid and Simple Method for Purification of Nuckeic Acids. J Clin Microbiol 28:495-503.
【０２０９】
Buffone GJ, Demmler GJ, Schimbor CM & Greer J (1991) Improved Amplification of Cytomegalovirus DNA from Urine after Purification of DNA with Glass Beads. Clin Chem 37:1945-1949.
Busch MP, Wilber JC, Johnson P, Tobler L & Evans CS (1992) Impact of Specimen Handling and Storage on Detection of Hepatitis C Virus RNA. Transfusion 32:420-425.
Cha RS & Thilly WG (1993) Specificity, Efficiency, and Fidelity of Pcr. PCR Methods Appl 3:S18-29.
【０２１０】
Chiodi F, Keys B, Albert J, Hagberg L, Lundeberg J, Uhlen M, Fenyo EM & Norkrans G (1992) Human Immunodeficiency Virus Type 1 Is Present in the Cerebrospinal Fluid of a Majority of Infected Individuals. J Clin Microbiol 30:1768-1771.
DeRisi J, Penland L, Brown PO, Bittner ML, Meltzer PS, Ray M, Chen Y, Su YA & Trent JM (1996) Use of a cDNA Microarray to Analyse Gene Expression Patterns in Human Cancer. Nat Genet 14:457-460.
Dubiley S, Kirillov E, Lysov Y & Mirzabekov A (1997) Fractionation, Phosphorylation and Ligation on Oligonucleotide Microchips to Enhance Sequencing by Hybridization. Nucleic Acids Res 25:2259-2265.
【０２１１】
Eberwine J, Yeh H, Miyashiro K, Cao Y, Nair S, Finnell R, Zettel M & Coleman P (1992) Analysis of Gene Expression in Single Live Neurons. Proc Natl Acad Sci U S A 89:3010-3014.
Eisen MB, Spellman PT, Brown PO & Botstein D (1998) Cluster Analysis and Display of Genome-Wide Expression Patterns. Proc Natl Acad Sci U S A 95:14863-14868.
Englert D (2000) in Schena M, ed, Microarray Biochip Technology, pp. 231-246, Eaton Publishing, Natick, Massachusetts, United States of America.
【０２１２】
Fodor SP, Read JL, Pirrung MC, Stryer L, Lu AT & Solas D (1991) Light-Directed, Spatially Addressable Parallel Chemical Synthesis. Science 251:767-773.
Fodor SP, Rava RP, Huang XC, Pease AC, Holmes CP & Adams CL (1993) Multiplexed Biochemical Assays with Biological Chips. Nature 364:555-556.
Guedon P, Livache T, Martin F, Lesbre F, Roget A, Bidan G & Levy Y (2000) Characterization and Optimization of a Real-Time, Parallel, Label-Free, Polypyrrole-Based DNA Sensor by Surface Plasmon Resonance Imaging. Anal Chem 72:6003-6009.
【０２１３】
Hamel AL, Wasylyshen MD & Nayar GP (1995) Rapid Detection of Bovine Viral Diarrhea Virus by Using RNA Extracted Directly from Assorted Specimens and a One-Tube Reverse Transcription Pcr Assay. J Clin Microbiol 33:287-291.
Heaton RJ, Peterson AW & Georgiadis RM (2001) Electrostatic Surface Plasmon Resonance: Direct Electric Field-Induced Hybridization and Denaturation in Monolayer Nucleic Acid Films and Label-Free Discrimination of Base Mismatches. Proc Natl Acad Sci U S A 98:3701-3704.
Henikoff S & Henikoff JG (1992) Amino Acid Substitution Matrices from Protein Blocks. Proc Natl Acad Sci U S A 89:10915-10919.
【０２１４】
Hermanson GT (1990) Bioconjugate Techniques, Academic Press, San Diego, California, United States of America.
Herrewegh AA, de Groot RJ, Cepica A, Egberink HF, Horzinek MC & Rottier PJ (1995) Detection of Feline Coronavirus RNA in Feces, Tissues, and Body Fluids of Naturally Infected Cats by Reverse Transcriptase Pcr. J Clin Microbiol 33:684-689.
Izraeli S, Pfleiderer C & Lion T (1991) Detection of Gene Expression by Pcr Amplification of RNA Derived from Frozen Heparinized Whole Blood. Nucleic Acids Res 19:6051.
【０２１５】
Jacobson DL, Gange SJ, Rose NR & Graham NM (1997) Epidemiology and Estimated Population Burden of Selected Autoimmune Diseases in the United States. Clin Immunol Immunopathol 84:223-243.
Joyce C (2002) Quantitative RT-PCR. A Review of Current Methodologies. Methods Mol Biol 193:83-92.
Karlin S & Altschul SF (1993) Applications and Statistics for Multiple High-Scoring Segments in Molecular Sequences. Proc Natl Acad Sci U S A 90:5873-5877.
【０２１６】
Kim S, Dougherty ER, Chen Y, Sivakumar K, Meltzer P, Trent JM & Bittner M (2000) Multivariate Measurement of Gene Expression Relationships. Genomics 67:201-209.
Kohsaka H & Carson DA (1994) Solid-Phase Polymerase Chain Reaction. J Clin Lab Anal 8:452-455.
Kotzin BL (1996) Systemic Lupus Erythematosus. Cell 85:303-306.
【０２１７】
Krichevsky AM, Metzer E & Rosen H (1999) Translational Control of Specific Genes During Differentiation of Hl-60 Cells. J Biol Chem 274:14295-14305.
Kukreja A & Maclaren NK (2000) Current Cases in Which Epitope Mimicry Is Considered as a Component Cause of Autoimmune Disease: Immune-Mediated (Type 1) Diabetes. Cell Mol Life Sci 57:534-541.
Lanciotti RS, Calisher CH, Gubler DJ, Chang GJ & Vorndam AV (1992) Rapid Detection and Typing of Dengue Viruses from Clinical Samples by Using Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction. J Clin Microbiol 30:545-551.
【０２１８】
Linz U, Delling U & Rubsamen-Waigmann H (1990) Systematic Studies on Parameters Influencing the Performance of the Polymerase Chain Reaction. J Clin Chem Clin Biochem 28:5-13.
Lisle CM, Bortolin S, Benight AS, Janeczko RA & Zastawny RL (2001) Novel Signal Amplification Technology with Applications in DNA and Protein Detection Systems. Biotechniques 30:1268-1272.
Liu J & Hlady V (1996) Chemical pattern on silica surface prepared by UV irradiation of 3-mercapto - propyltriethoxy silane layer: Surface characterization and fibrinogen adsorption. Colloids and Surfaces B. Biointerfaces 8:25 - 37.
【０２１９】
Mace ML, Jr., Montagu J, Rose SD & McGuinness G (2000) in Schena M ed, Microarray Biochip Technology, pp. 39-64, Eaton Publishing, Natick, Massachusetts, United States of America
Maier E, Meier-Ewert S, Ahmadi AR, Curtis J & Lehrach H (1994) Application of Robotic Technology to Automated Sequence Fingerprint Analysis by Oligonucleotide Hybridisation. J Biotechnol 35:191-203.
Maitra R & Thakur AR (1992) Curr Sci 62:586-588.
【０２２０】
Maitra R & Thakur AR (1994) Multiple Fragment Ligation on Glass Surface: A Novel Approach. Indian J Biochem Biophys 31:97-99.
Marrack P, Kappler J & Kotzin BL (2001) Autoimmune Disease: Why and Where It Occurs. Nat Med 7:899-905.
Martin A, Barbesino G & Davies TF (1999) T-Cell Receptors and Autoimmune Thyroid Disease--Signposts for T-Cell-Antigen Driven Diseases. Int Rev Immunol 18:111-140.
【０２２１】
McCaustland KA, Bi S, Purdy MA & Bradley DW (1991) Application of Two RNA Extraction Methods Prior to Amplification of Hepatitis E Virus Nucleic Acid by the Polymerase Chain Reaction. J Virol Methods 35:331-342.
McPherson MJ, Hames BD & Taylor G, eds, (1995) PCR 2: A Practical Approach, IRL Press, New York, New York, United States of America.
Millar DS, Withey SJ, Tizard ML, Ford JG & Hermon-Taylor J (1995) Solid-Phase Hybridization Capture of Low-Abundance Target DNA Sequences: Application to the Polymerase Chain Reaction Detection of Mycobacterium Paratuberculosis and Mycobacterium Avium Subsp. Silvaticum. Anal Biochem 226:325-330.
【０２２２】
Natarajan V, Plishka RJ, Scott EW, Lane HC & Salzman NP (1994) An Internally Controlled Virion Pcr for the Measurement of Hiv-1 RNA in Plasma. PCR Methods Appl 3:346-350.
Needleman SB & Wunsch CD (1970) A General Method Applicable to the Search for Similarities in the Amino Acid Sequence of Two Proteins. J Mol Biol 48:443-453.
Nelson BP, Grimsrud TE, Liles MR, Goodman RM & Corn RM (2001) Surface Plasmon Resonance Imaging Measurements of DNA and RNA Hybridization Adsorption onto DNA Microarrays. Anal Chem 73:1-7.
【０２２３】
O'Donnell MJ, Tang K, Kouster H, Smith CL & Cantor CR (1997) High-Density, Covalent Attachment of DNA to Silicon Wafers for Analysis by MALDI-TOF Mass Spectrometry. Anal Chem 69:2438-2443.
Paladichuk A (1999) Isolating RNA: Pure and Simple. The Scientist 13(16):20-23.
【０２２４】
ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９７／１４０２８
ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９９／１９５１５
ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ９９／６３３８５
ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ０１／１３１２０
ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ０１／１４５８９
ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ０１／２３０８２
【０２２５】
Pearson WR & Lipman DJ (1988) Improved Tools for Biological Sequence Comparison. Proc Natl Acad Sci U S A 85:2444-2448.
Pietu G, Alibert O, Guichard V, Lamy B, Bois F, Leroy E, Mariage-Sampson R, Houlgatte R, Soularue P & Auffray C (1996) Novel Gene Transcripts Preferentially Expressed in Human Muscles Revealed by Quantitative Hybridization of a High Density Cdna Array. Genome Res 6:492-503.
Quayle AJ, Wilson KB, Li SG, Kjeldsen-Kragh J, Oftung F, Shinnick T, Sioud M, Forre O, Capra JD & Natvig JB (1992) Peptide Recognition, T Cell Receptor Usage and Hla Restriction Elements of Human Heat-Shock Protein (Hsp) 60 and Mycobacterial 65-Kda Hsp-Reactive T Cell Clones from Rheumatoid Synovial Fluid. Eur J Immunol 22:1315-1322.
【０２２６】
Randolph JB & Waggoner AS (1997) Stability, Specificity and Fluorescence Brightness of Multiply-Labeled Fluorescent DNA Probes. Nucleic Acids Res 25:2923-2929.
Ratner BD & Castner DG (1997) in Vickerman JC, ed, Surface Analysis: The Principal Techniques, John Wiley & Sons, New York, New York, United States of America.
Robertson JM & Walsh-Weller J (1998) An Introduction to Pcr Primer Design and Optimization of Amplification Reactions. Methods Mol Biol 98:121-154.
Rose D (2000) in Schena M ed, Microarray Biochip Technology, pp. 19-38, Eaton Publishing, Natick, Massachusetts, United States of America.
【０２２７】
Roux KH (1995) Optimization and Troubleshooting in Pcr. PCR Methods Appl 4:S185-194.
Rupp GM & Locker J (1988) Purification and Analysis of RNA from Paraffin-Embedded Tissues. Biotechniques 6:56-60.
Sambrook & Russell (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, United States of America.
【０２２８】
Sapolsky RJ & Lipshutz RJ (1996) Mapping Genomic Library Clones Using Oligonucleotide Arrays. Genomics 33:445-456.
Schena M, Shalon D, Davis RW & Brown PO (1995) Quantitative Monitoring of Gene Expression Patterns with a Complementary DNA Microarray. Science 270:467-470.
Schena M, Shalon D, Heller R, Chai A, Brown PO & Davis RW (1996) Parallel Human Genome Analysis: Microarray-Based Expression Monitoring of 1000 Genes. Proc Natl Acad Sci U S A 93:10614-10619.
【０２２９】
Shalon D, Smith SJ & Brown PO (1996) A DNA Microarray System for Analyzing Complex DNA Samples Using Two-Color Fluorescent Probe Hybridization. Genome Res 6:639-645.
Sherlock G (2000) Analysis of Large-Scale Gene Expression Data. Curr Opin Immunol 12:201-205.
Shoemaker DD, Lashkari DA, Morris D, Mittmann M & Davis RW (1996) Quantitative Phenotypic Analysis of Yeast Deletion Mutants Using a Highly Parallel Molecular Bar-Coding Strategy. Nat Genet 14:450-456.
【０２３０】
Shriver-Lake LC (1998) in Cass T & Ligler FS, eds, Immobilized Biomolecules in Analysis, pp. 1-14, Oxford Press, Oxford, United Kingdom.
Smith PL, WalkerPeach CR, Fulton RJ & DuBois DB (1998) A Rapid, Sensitive, Multiplexed Assay for Detection of Viral Nucleic Acids Using the Flowmetrix System. Clin Chem 44:2054-2056.
Smith TF & Waterman M (1981) Comparison of Biosequences. Adv Appl Math 2:482-489.
【０２３１】
Southern EM (1975) Detection of Specific Sequences among DNA Fragments Separated by Gel Electrophoresis. J Mol Biol 98:503-517.
Steel A, Torres M, Hartwell J, Yu YY, Ting N, Hoke G & Yang, H (2000) in Schena M, ed, Microarray Biochip Technology, pp. 87-118, Eaton Publishing, Natick, Massachusetts, United States of America.
Strain SR & Chmielewski JG (2001) ROCK: A Spreadsheet-Based Program for the Generation and Analysis of Random Oligonucleotide Primers used in PCR. BioTechniques 30:1286-1293 .
【０２３２】
Tanaka S, Minagawa H, Toh Y, Liu Y & Mori R (1994) Analysis by RNA-Pcr of Latency and Reactivation of Herpes Simplex Virus in Multiple Neuronal Tissues. J Gen Virol 75 ( Pt 10):2691-2698.
Telenius H, Carter NP, Bebb CE, Nordenskjold M, Ponder BA & Tunnacliffe A (1992) Degenerate Oligonucleotide-Primed Pcr: General Amplification of Target DNA by a Single Degenerate Primer. Genomics 13:718-725.
Theriault TP, Winder SC & Gamble RC  (1999) in Schena M, ed, DNA Microarrays: A Practical Approach, pp. 101-120, Oxford University Press Inc., New York, New York, United States of America.
【０２３３】
Tijssen P (1993) Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology-Hybridization with Nucleic Acid Probes. Elsevier, New York.
Ufret-Vincenty RL, Quigley L, Tresser N, Pak SH, Gado A, Hausmann S, Wucherpfennig KW & Brocke S (1998) In Vivo Survival of Viral Antigen-Specific T Cells That Induce Experimental Autoimmune Encephalomyelitis. J Exp Med 188:1725-1738.
【０２３４】
米国特許番号４，７２９，９４７
米国特許番号５，３４６，６０３
米国特許番号５，４４５，９３４
米国特許番号５，２０７，８８０
米国特許番号５，２３０，７８１
米国特許番号５，３６０，５２３
米国特許番号５，５３４，１２５
米国特許番号５，５７１，３８８
米国特許番号５，７４３，９６０
米国特許番号５，８４３，７６７
米国特許番号５，８４６，７１７
米国特許番号５，９１６，５２４
米国特許番号５，９６５，３５２
米国特許番号５，９８５，５５７
米国特許番号５，９９４，０６９
米国特許番号６，００１，５６７
米国特許番号６，０６６，４５７
米国特許番号６，０９０，５４３
米国特許番号６，０１７，６９６
米国特許番号６，０８６，７３７
米国特許番号６，１２３，８１９
米国特許番号６，１６２，６０３
米国特許番号６，２２５，０５９
米国特許番号６，２４５，５０８
【０２３５】
Vandesompele J, De Preter K, Pattyn F, Poppe B, Van Roy N, De Paepe A & Speleman F (2002) Acurate Normalization of Real-Time Quantitative RT-PCR Data by Geometric Averaging of Multiple Internal Control Genes. Genome Biol 3:1-12.
Van Gelder RN, von Zastrow ME, Yool A, Dement WC, Barchas JD & Eberwine JH (1990) Amplified RNA Synthesized from Limited Quantities of Heterogeneous cDNA. Proc Natl Acad Sci U S A 87:1663-1667.
Van Kerckhoven I, Fransen K, Peeters M, De Beenhouwer H, Piot P & van der Groen G (1994) Quantification of Human Immunodeficiency Virus in Plasma by RNA Pcr, Viral Culture, and P24 Antigen Detection. J Clin Microbiol 32:1669-1673.
【０２３６】
Vignali DA (2000) Multiplexed Particle-Based Flow Cytometric Assays. J Immunol Methods 243:243-255.
Wang AM, Doyle MV & Mark DF (1989) Quantitation of Mrna by the Polymerase Chain Reaction. Proc Natl Acad Sci U S A 86:9717-9721.
Wang E, Miller LD, Ohnmacht GA, Liu ET & Marincola FM (2000) High-Fidelity Mrna Amplification for Gene Profiling. Nat Biotechnol 18:457-459.
【０２３７】
Warrington JA, Dee S & Trulson M (2000) in Schena M, ed, Microarray Biochip Technology, pp. 119-148, Eaton Publishing, Natick, Massachusetts, United States of America.
Williams JF (1989) Optimization Strategies for the Polymerase Chain Reaction. Biotechniques 7:762-769.
Williams JG, Kubelik AR, Livak KJ, Rafalski JA & Tingey SV (1990) DNA Polymorphisms Amplified by Arbitrary Primers Are Useful as Genetic Markers. Nucleic Acids Res 18:6531-6535.
【０２３８】
Worley J et al. (2000) in Schena M, ed, Microarray Biochip Technology, pp. 65-86, Eaton Publishing, Natick, Massachusetts, United States of America,
Yang P, Deng T, Zhao D, Feng P, Pine D, Chmelka BF, Whitesides GM & Stucky GD (1998) Hierarchically Ordered Oxides. Science 282:2244-2246.
Yershov G, Barsky V, Belgovskiy A, Kirillov E, Kreindlin E, Ivanov I, Parinov S, Guschin D, Drobishev A, Dubiley S & Mirzabekov A (1996) DNA Analysis and Diagnostics on Oligonucleotide Microchips. Proc Natl Acad Sci U S A 93:4913-4918.
【０２３９】
本発明の様々な細部が、本発明の範囲から離れることなく変更され得ることが理解されるだろう。さらに、上述の記載は、説明の目的のみであり、制限することを目的としていない。
【図面の簡単な説明】
【０２４０】
【図１】図１Ａおよび１Ｂは、免疫前および免疫後のデータのクラスター分析を表す。
【図２】図２Ａおよび２Ｂは、クラスター分析による免疫および自己免疫疾患分類群の比較を表す。
【図３】図３Ａおよび３Ｂは、自己免疫疾患集団における最も低発現遺伝子および過剰発現遺伝子の個体ベースの分析を表す。
【図４】図４は、自己免疫疾患の分類および予測を表す。
【配列表】
2006503587.tif 000008
2006503587.tif 000009
2006503587.tif 000010
2006503587.tif 000011
2006503587.tif 000012
2006503587.tif 000013
2006503587.tif 000014
2006503587.tif 000015
2006503587.tif 000016
2006503587.tif 000017
2006503587.tif 000018
2006503587.tif 000019
2006503587.tif 000020
2006503587.tif 000021
2006503587.tif 000022
2006503587.tif 000023
2006503587.tif 000024
2006503587.tif 000025
2006503587.tif 000026
2006503587.tif 000027
2006503587.tif 000028
2006503587.tif 000029
2006503587.tif 000030
2006503587.tif 000031
2006503587.tif 000032
2006503587.tif 000033
2006503587.tif 000034
2006503587.tif 000035
2006503587.tif 000036
2006503587.tif 000037
2006503587.tif 000038
2006503587.tif 000039
2006503587.tif 000040
2006503587.tif 000041
2006503587.tif 000042
2006503587.tif 000043
2006503587.tif 000044
2006503587.tif 000045
2006503587.tif 000046
2006503587.tif 000047
2006503587.tif 000048
2006503587.tif 000049
2006503587.tif 000050
2006503587.tif 000051
2006503587.tif 000052
2006503587.tif 000053
2006503587.tif 000054
2006503587.tif 000055
2006503587.tif 000056
2006503587.tif 000057
2006503587.tif 000058
2006503587.tif 000059
2006503587.tif 000060
2006503587.tif 000061
2006503587.tif 000062
2006503587.tif 000063
2006503587.tif 000064
2006503587.tif 000065
2006503587.tif 000066
2006503587.tif 000067
2006503587.tif 000068
2006503587.tif 000069
2006503587.tif 000070
2006503587.tif 000071
2006503587.tif 000072
2006503587.tif 000073
2006503587.tif 000074
2006503587.tif 000075
2006503587.tif 000076
2006503587.tif 000077
2006503587.tif 000078
【図１】
2006503587.tif 000079
【図２】
2006503587.tif 000080
【図３】
2006503587.tif 000081
【図４】
2006503587.tif 000082
【手続補正書】
【提出日】平成17年1月14日(2005.1.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2006503587000001.app
【国際調査報告】
2006503587.tif 000083
2006503587.tif 000084