(57)【要約】新規ポリペプチドをコードする核酸配列が本明細書中で開示される。これらの核酸配列によってコードされるポリペプチド、このポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体、ならびに前述のポリペプチド、ポリヌクレオチド、または抗体の誘導体、改変体、変異体がまた、開示される。本発明は、これらの新規ヒト核酸およびタンパク質のいずれか１つに関連する障害の診断、処置および予防のための、治療剤、診断方法ならびに、研究方法を、さらに開示する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離されたポリペプチドであって、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列と、アミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群より選択されるアミノ酸配列；ならびに
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と、アミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項２】
請求項１に記載のポリペプチドであって、該ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群より選択されるアミノ酸配列の天然に存在する対立遺伝子改変体のアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項３】
請求項２に記載のポリペプチドであって、ここで、前記対立遺伝子改変体が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および／または６３からなる群から選択される核酸配列と単一ヌクレオチドで異なる核酸配列の翻訳であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド。
【請求項４】
前記改変体のアミノ酸配列が、保存的アミノ酸置換含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項５】
単離された核酸分子であって、以下：
（ａ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群から選択されるアミノ酸配列の成熟形態；
（ｂ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群より選択されるアミノ酸配列の成熟形態の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該成熟形態のアミノ酸配列と、アミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
（ｃ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群より選択されるアミノ酸配列；
（ｄ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群より選択されるアミノ酸配列の改変体であって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と、アミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、改変体；
（ｅ）配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドまたは該ポリペプチドの改変体の、少なくとも一部をコードする核酸フラグメントであって、ここで、該改変体中の１以上のアミノ酸残基が、該成熟形態のアミノ酸配列と異なり、ただし、該改変体は、該アミノ酸配列と、アミノ酸残基のうちの１５％以下において異なる、核酸フラグメント；ならびに
（ｆ）  （ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）または（ｅ）の相補体を含む、核酸分子、
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項６】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が天然に存在する対立遺伝子核酸改変体のヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項７】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、天然に存在するポリペプチド改変体のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする、核酸分子。
【請求項８】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および／または６３からなる群から選択される核酸配列と単一ヌクレオチドで異なる、核酸分子。
【請求項９】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が以下：
（ａ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および／または６３からなる群より選択されるヌクレオチド配列；
（ｂ）配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および／または６３からなる群より選択されるヌクレオチド配列と１つ以上のヌクレオチドで異なる、ヌクレオチド配列であって、ただし、そのヌクレオチドの２０％以下が、該ヌクレオチド配列と異なる、ヌクレオチド配列；
（ｃ）（ａ）の核酸フラグメント；ならびに
（ｄ）（ｂ）の核酸フラグメント；
からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１０】
請求項５に記載の核酸分子であって、ここで、該核酸分子が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および／または６３からなる群より選択されるヌクレオチド配列または該ヌクレオチド配列の相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、核酸分子。
【請求項１１】
請求項５に記載の核酸分子であって、該核酸分子は、以下：
（ａ）第１のヌクレオチド配列であって、前記アミノ酸配列をコードするコード配列と１以上のヌクレオチド配列で異なるコード配列を含み、ただし、該第１のヌクレオチド配列中のコード配列におけるヌクレオチドの２０％以下が、該コード配列と異なる、第１のヌクレオチド配列；
（ｂ）該第１のポリヌクレオチドの相補体である、単離された第２ポリヌクレオチド；ならびに
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の核酸フラグメント；
からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項１２】
請求項１１に記載の核酸分子を含む、ベクター。
【請求項１３】
前記核酸分子に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項１２に記載のベクター。
【請求項１４】
請求項１２に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項１５】
請求項１に記載のポリペプチドに免疫特異的に結合する、抗体。
【請求項１６】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１７】
前記抗体がヒト化抗体である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項１８】
サンプル中の請求項１に記載のポリペプチドの存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該ポリペプチドに免疫特異的に結合する抗体と接触させる工程；および
（ｃ）該ポリペプチドに結合した抗体の存在または量を決定して、それによって該サンプル中のポリペプチドの存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項１９】
サンプル中の請求項５に記載の核酸分子の存在または量を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該サンプルを提供する工程；
（ｂ）該サンプルを、該核酸分子に結合するプローブと接触させる工程；および
（ｃ）該核酸分子に結合した該プローブの存在または量を決定して、それによって該サンプル中の該核酸分子の存在または量を決定する工程、
を包含する、方法。
【請求項２０】
請求項１に記載のポリペプチドに結合する因子を同定する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリペプチドを該因子と接触させる工程；および
（ｂ）該因子が該ポリペプチドに結合するか否かを決定する工程；
を包含する、方法。
【請求項２１】
請求項１に記載のポリペプチドの発現または活性を調節する因子を同定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該ポリペプチドを発現する細胞を提供する工程；
（ｂ）該因子と該細胞とを接触させる工程；および
（ｃ）該因子が、該ポリペプチドの発現または活性を調節するか否かを決定する工程、
を包含し、ここで、該ペプチドの発現または活性における変化が、外因子の該ポリペプチドの発現または活性の調節を示す、方法。
【請求項２２】
請求項１に記載のポリペプチドの活性を調節するための方法であって、該方法は、請求項１に記載のポリペプチドを発現する細胞サンプルを、該ポリペプチドの活性を調節するのに十分な量で、該ポリペプチドに結合する化合物と接触させる工程を包含する、方法。
【請求項２３】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法は、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で、請求項１に記載のポリペプチドを投与する工程を包含する、方法。
【請求項２４】
前記被験体がヒトである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法は、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で、請求項５に記載の核酸を投与する工程を包含する、方法。
【請求項２６】
前記被験体がヒトである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防する方法であって、該方法は、そのような処置または予防が所望される被験体に、該被験体における該ＮＯＶＸ関連障害を処置または予防するに十分な量で、請求項１５に記載の抗体を投与する工程を包含する、方法。
【請求項２８】
前記被験体がヒトである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
請求項１に記載のポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３０】
請求項５に記載の核酸分子および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３１】
請求項１５に記載の抗体および薬学的に受容可能なキャリアを含有する、薬学的組成物。
【請求項３２】
請求項２９に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項３３】
請求項３０に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項３４】
請求項３１に記載の薬学的組成物を１つ以上の容器に含む、キット。
【請求項３５】
ヒト疾患に関連する症候群を処置するための医薬品の製造における治療剤の使用であって、該疾患は、ＮＯＶＸ関連障害から選択され、ここで、該治療剤は、ＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸ抗体からなる群より選択される、使用。
【請求項３６】
ＮＯＶＸ関連疾患に対する、活性もしくは潜伏または素因のモジュレータをスクリーニングするための方法であって、該方法は以下：
（ａ）試験化合物を試験動物に投与する工程であって、該試験動物はＮＯＶＸ関連疾患のついて増大した危険にさらされており、ここで、該試験動物は請求項１のポリペプチドを組換え的に発現する、工程；
（ｂ）工程（ａ）の該化合物を投与する工程の後に、該試験動物における該ポリペプチドの活性を測定する工程；
（ｃ）該ポリペプチドが投与されていないコントロール動物における該ポリペプチドの活性と、該試験動物における該タンパク質の活性とを比較する工程であって、ここで、該コントロール動物と比較して該試験動物における該ポリペプチドの活性の変化が試験化合物がＮＯＶＸ関連障害の潜伏またはＮＯＶＸ関連疾患に対する素因のモジュレータであることを示す、工程
を包含する、方法。
【請求項３７】
請求項３６に記載の方法であって、ここで、前記試験動物が組換え試験動物であって、該試験動物は、試験タンパク質導入遺伝子を発現するかまたは野生型試験動物と比較して増大したレベルで、プロモーターの制御下において該導入遺伝子を発現し、そして、ここで、該プロモーターが該導入遺伝子のネイティブ遺伝子プロモーターではない、方法。
【請求項３８】
第１の哺乳動物被験体において請求項１に記載のポリペプチドの変化したレベルと関連する疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該ポリペプチドの発現レベルを測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）のサンプル中の該ポリペプチドの量を、該疾患を有さないことが既知であるか、または該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該ポリペプチドの量と、比較する工程、
を包含し、ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の、該第１の被験体における該ポリペプチドの発現レベルにおける変化が、該疾患の存在または該疾患に対する素因を示す、方法。
【請求項３９】
第１の哺乳動物被験体において、請求項５に記載の核酸分子の変化したレベルと関連する疾患の存在または該疾患に対する素因を決定するための方法であって、該方法は、以下：
（ａ）該第１の哺乳動物被験体由来のサンプル中の該核酸の量を測定する工程；および
（ｂ）工程（ａ）のサンプル中の該核酸の量を、該疾患を有さないことが既知であるかまたは該疾患にかかりにくいことが既知の、第２の哺乳動物被験体由来のコントロールサンプル中に存在する該核酸の量と比較する工程、
を包含し、ここで、該コントロールサンプルと比較した場合の、該第１の被験体における該核酸のレベルにおける変化が、該疾患の存在または該疾患に対する素因を示す、方法。
【請求項４０】
哺乳動物において病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理学的状態を緩和するに十分な量でポリペプチドを該哺乳動物に投与する工程を包含し、ここで、該ポリペプチドが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および／または６４のうちの少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはそれらの生物学的に活性なフラグメントと、少なくとも９５％同一なアミノ酸配列を有するポリペプチドである、方法。
【請求項４１】
哺乳動物において病理学的状態を処置する方法であって、該方法は、該病理学的状態を緩和するに十分な量で請求項１５に記載の抗体を該哺乳動物に投与する工程を包含する、方法。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
（発明の分野）
本発明は、ポリヌクレオチド、およびそのようなポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド、ならびに、このポリペプチドおよびポリヌクレオチドを作製するためのベクター、宿主細胞、抗体、および組換え方法、そしてこのポリペプチドおよびポリヌクレオチドの使用方法に関する。
【０００２】
（発明の背景）
本発明は部分的に、以下のタンパク質ファミリーの新しいメンバーであるタンパク質をコードする核酸に基づく：α−２−マクログロブリン、血管形成に関連する分泌タンパク質、ロイシンリッチ様、カテプシン−Ｌ前駆体様、脂肪酸結合タンパク質様、神経溶解素前駆体様、γ−アミノ酪酸（ＧＡＢＡ）輸送体様、インテグリンα−７前駆体様、ＴＭＳ−２、ＵＮＣ５レセプター様、肝細胞増殖因子様、および２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニット様。より特には、本発明は、新規なポリペプチドをコードする核酸、ならびに、これらの核酸およびポリペプチドを作製するためのベクター、宿主細胞、抗体、および組換え方法に関する。
【０００３】
α−２−マクログロブリン（Ａ２Ｍ）脂肪酸ファミリーのタンパク質は、脊椎動物の血漿において、いくつかの無脊椎動物の血リンパにおいて、ならびに爬虫類および鳥類の卵白において見出される、大きな糖タンパク質である。Ａ２Ｍ様タンパク質は、「捕捉」機構によって、タンパク質の全４クラスを阻害し得る。このＡ２Ｍ様タンパク質は、異なるプロテイナーゼに対する特定の切断部位を含む、ペプチドストレッチ（「餌領域（ｂａｉｔ  ｒｅｇｉｏｎ）」と呼ばれる）を有する。プロテイナーゼがこの餌領域を切断する場合、このタンパク質内の立体配座変化が誘導され、それによりこのプロテイナーゼを捕捉する。この捕捉された酵素は、低分子量基質に対する活性を残すが、より大きな基質に対するその活性は、立体障害に起因して、大きく減少する。この餌領域の切断の後に、システインの側鎖とグルタミンの側鎖との間に形成されるチオールエステル結合は切断され、そしてＡ２Ｍ様タンパク質とプロテイナーゼとの共有結合を媒介する。Ａ２Ｍはまた、アルツハイマー病における老人斑と関連して見出される。Ａ２Ｍは、生化学的に、老人斑において蓄積するアミロイドβタンパク質の結合および分解に関与している。
【０００４】
ロイシンリッチ様タンパク質は、一般に、種々の細胞質タンパク質、膜タンパク質および細胞外タンパク質において見られる比較的短いモチーフ（長さ２２〜２８残基）である、ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）を含む。これらのタンパク質は、多様に異なる機能と関連するが、共通の性質はタンパク質−タンパク質相互作用に関する。ＬＲＲの３−Ｄ構造については殆ど知られていないが、ＬＲＲは、膜と作用し得る親水性表面を有する両親媒性構造を形成し得ると考えられている。Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａのトル（Ｔｏｌｌ）タンパク質に由来する合成ＬＲＲに関するインビトロでの研究は、このペプチドが、拡張フィラメントを形成するβ−シート構造をとることによってゲルを形成することを示した。これらの結果は、ＬＲＲがタンパク質−タンパク質相互作用および細胞接着を媒介するという考えと一致する。ＬＲＲ含有タンパク質の他の機能としては、例えば、酵素との結合および血管修復が挙げられる。リボヌクレアーゼインヒビター（１５個のＬＲＲを含有するタンパク質）の３−Ｄ構造は決定されており、ＬＲＲがα／β折りたたみの新しいクラスであることを明らかにしている。ＬＲＲは、伸長された非球状構造を形成し、そしてしばしば、システインリッチドメインによって隣接される。
【０００５】
カテプシンは、多くの正常な組織に分布するリソソーム性プロテアーゼであり、そして主に、細胞内異化および細胞内代謝回転を担う。カテプシンはまた、末端の分化において役割を有することが示唆されている。腫瘍におけるカテプシンレベルの増大は、それらが細胞外マトリックスタンパク質を分解する能力とあいまって、それらが浸潤および転移のプロセスに関与するという仮説を導いた。カテプシン−Ｌは、パパインファミリーに属する、リソソーム性システインプロテイナーゼである。このプロテイナーゼは、哺乳動物パパインファミリーのシステインプロテイナーゼの他のメンバーと、以下の様式において異なる：（ｉ）カテプシン−Ｌ遺伝子は、種々の増殖因子および活性化オンコジーンによって活性化される、（ｉｉ）プロカテプシン−Ｌ（カテプシンＬの前駆形態）は、種々の細胞から分泌される、（ｉｉｉ）カテプシン−ＬのｍＲＮＡレベルは、形質転換された細胞のインビボでの転移能と相関する。従って、このカテプシン−Ｌ遺伝子の調節と、分泌プロカテプシン−Ｌの細胞外機能とは、密接に関連する。カテプシン−Ｌは、悪性トランスフォーメーション、増殖因子、および腫瘍プロモーターによって、腫瘍において誘導され、それらが腫瘍の浸潤および転移において重要な役割を果たすことを示唆する；さらに、カテプシン−Ｌは、骨吸収に関与し得、これは骨の疾患（例えば、骨粗鬆症、または骨の癌）における潜在的を示す。
【０００６】
哺乳動物の細胞における脂肪酸代謝は、原形質膜と、ミトコンドリアまたはβ−酸化のためのペルオキソームとの間の脂肪酸のフラックス、ならびに、脂質合成に関する他の細胞小器官どうしの間の脂肪酸のフラックスに依存する。脂肪酸結合タンパク質ファミリーは、それらの疎水性リガンドの取り込み、輸送、および可溶化に関与すると考えられている、サイトゾル（ｃｙｓｔｏｌｉｃ）の小タンパク質からなる。脂肪酸結合ファミリーのメンバーは、高度に保存された配列および３次構造を有する。脂肪酸結合タンパク質（ＦＡＢＰ）は、最初に腸において単離され（ＦＡＢＰ２）、その後、肝臓（ＦＡＢＰ１）、横紋筋（ＦＡＢＰ３）、脂肪細胞（ＦＡＢＰ４）および上皮組織（Ｅ−ＦＡＢＰ）において見出された。
【０００７】
多くの神経ペプチダーゼは、２つの異常な性質を共有する：これらは厳密なオリゴペプチダーゼであり（すなわち、これらは短いペプチドのみを加水分解する）、かつ、配列において多様であるが、限定された部位の組を切断する。これらの性質を例証する１つの神経ペプチダーゼは、神経溶解素（ＥＣ  ３．４．２４．１６）（分子量７８ｋＤａのモノマーとして機能する、亜鉛メタロエンドペプチダーゼ）である（Ｃｈｅｃｌｅｒ，Ｆ．ら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２４８（１９９５）５９３〜６１４；Ｂａｒｒｅｔｔ，Ａ．Ｊ．ら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２４８（１９９５））。インビトロで、神経溶解素は、多様に変動する配列で多くの生理活性ペプチドを切断し、そして公知であるその最長の基質は、長さがわずか１７残基である。この酵素は、密接に関連した（６０％配列同一性の）チメット（ｔｈｉｍｅｔ）オリゴペプチダーゼ（ＥＣ３．４．２４．１５）を含み、広範な配列相同性を共有する、他の８つの公知のペプチダーゼとともに、メタロペプチダーゼのＭ３ファミリーに属する（Ｒａｗｌｉｎｇｓ，Ｎ．Ｄ．ら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２４８（１９９５）１８３〜２２８）。Ｍ３ファミリーの酵素は、金属補助因子に対する結合部位の一部を形成する、共通の活性部位配列モチーフ（Ｈｉｓ−Ｇｌｕ−Ｘａａ−Ｘａａ−Ｈｉｓ（ＨＥＸＸＨ））を、他のいくつかのメタロペプチダーゼファミリーと共有する（Ｍａｔｔｈｅｗｓ，Ｂ．Ｗ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２４９（１９７４）８０３０〜８０４４）。このモチーフの２つのヒスチジンは、亜鉛イオンを配位させ、そしてグルタミン酸は、攻撃性求核剤として作用すると考えられている水分子を配向および分極させる。神経溶解素は、哺乳動物の組織において広範に分布し（Ｃｈｅｃｌｅｒ，Ｆ．ら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２４８（１９９５）５９３〜６１４）、そして細胞の型によって変動する、異なる細胞下の位置で見出される。この酵素の大部分はサイトゾル性であるが、また分泌され得るか、または原形質膜と結合し得（Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｂ．ら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１６（１９９６）５０４９〜５０５９）、そしてこの酵素のうちのいくつかは、代替的な転写開始部位での開始によって、ミトコンドリア標的化配列を用いて作製される（Ｋａｔｏ，Ａ．ら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７２（１９９７）１５３１３〜１５３２２）。神経溶解素は、多くの神経ペプチドをインビトロで切断するが、そのもっとも確立された（Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｂ．ら、Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．１１５（１９９５）１０５３〜１０６３；Ｂａｒｅｌｌｉ，Ｈ．ら、Ｂｒｉｔ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．１１２（１９９４）１２７〜１３２；Ｃｈａｂｒｙ，Ｊ．ら、Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１０（１９９０）３９１６〜３９２１）インビボでの（チメットオリゴペプチダーゼを伴っての）役割は、ニューロテンシン（１３残基の神経ペプチド）の代謝にある。神経溶解素は、このペプチドを残基１０と残基１１との間で加水分解し、不活性であると考えられるより短いフラグメントを作製する。ニューロテンシン（ｐＧｌｕ−Ｌｅｕ−Ｔｙｒ−Ｇｌｎ−Ａｓｎ−Ｌｙｓ−Ｐｒｏ−Ａｒｇ−Ａｒｇ��Ｐｒｏ  Ｔｙｒ−Ｉｌｅ−Ｌｅｕ）は、中枢ドパミン作用回路および中枢コリン作用回路の調節、熱調節、腸の運動性、ならびに血圧調節を含む多くの効果にニューロテンシンが関与する、種々の末梢組織および中枢組織において見出される（Ｇｏｅｄｅｒｔ，Ｍ．，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．７（１９８４）３〜５）。ニューロテンシンはまた、公知であるもっとも強力な抗侵害受容性の基質の１つであり（Ｃｌｉｎｅｓｃｈｍｉｄｔ，Ｂ．Ｖ．ら、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．４６（１９７７）３９５〜３９６）、そして神経溶解素のインヒビターは、マウスにおいて、ニューロテンシン誘導鎮痛を生じることが示されている（Ｖｉｎｃｅｎｔ，Ｂ．ら、Ｂｒ．Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．１２１（１９９７）７０５〜７１０）。
【０００８】
γ−アミノ酪酸（ＧＡＢＡ）輸送体ファミリータンパク質に属するタンパク質は、異なる細胞型（例えば、ニューロン細胞および筋肉細胞）のシグナル伝達において重要な役割を果たす。このタンパク質は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来のＶＧＡＴ（小胞ＧＡＢＡ輸送体）のヒトオルソログ、および、シナプス小胞におけるＧＡＢＡのパッケージングに関与するＣ．ｅｌｅｇａｎｓに由来する、ｕｎｃ−４７である。このタンパク質は、アミノ酸の輸送を調節する内在性膜タンパク質において見出される、アミノ酸透過酵素ドメインと類似のドメインを有する。ＧＡＢＡは、ビタミンピリドキサルによる、グルタミン酸の生化学的な脱炭酸反応の産物である。ＧＡＢＡは、中枢神経系における１つの細胞から別の細胞へのインパルスの伝達をブロックする、阻害性神経伝達基質として役立つ。医学的には、ＧＡＢＡは、癲癇および高血圧の両方を処置するために用いられており、ここにおいて、ＧＡＢＡは、躁行動および急性動揺の高い活性を有する個体において安静を誘導すると考えられている。
【０００９】
インテグリンは、細胞−細胞相互作用および細胞−マトリックス相互作用の広い範囲を媒介する、ヘテロ二量体膜糖タンパク質のファミリーである。細胞接着プロセスに関与するそれらの能力は、広範な機能の基礎をなす。このインテグリンは、細胞移動ならびに形態発達、分化、および転移において、顕著な役割を有する。だいたいにおいて、インテグリンによって媒介される機能の多様性および特異性は、同定されている１６個の異なるα鎖および８個のβ鎖の構造的多様性、ならびに、それらのリガンド結合能力およびシグナル伝達能力に起因する。α鎖における１つの構造的差異が、α鎖を２つの下位集団に分割するようである。Ｉ−インテグリンα鎖は、細胞外領域において約１８０アミノ酸の挿入物を有し、そして非Ｉ−インテグリンは有さない。Ｉ−ドメインの機能的重要性は知られていない。選択的スプライシングは、いくつかのインテグリンα鎖およびインテグリンβ鎖の細胞質ドメインにおける構造的多様性を増大させ、そしてこのことは、おそらく、それらの機能のレパートリーをさらに拡大する。α−７インテグリン遺伝子（ＩＴＧＡ７）の発現は、骨格筋の形成の間、発達的に調節される。発現レベルの増大、ならびに、異なる細胞質ドメインおよび細胞外ドメインを含むアイソフォームの生成は、筋発生を伴う。
【００１０】
固有の構造を有する膜タンパク質をコードする遺伝子のファミリーは、酵母からヒトまでの範囲に及ぶ種々の真核生物のＤＮＡクローンおよびｃＤＮＡクローンにおいて同定されている。Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒおよびマウスに由来する、３つの新規なｃＤＮＡのヌクレオチド配列を決定した。２つのマウスタンパク質のアミノ酸配列は、ヒトホモログを有する。このファミリーの酵母メンバーをコードする遺伝子（ＴＭＳ−１）を破壊した。そしてこの得られた変異体は、いくつかのストレス条件下において、有意な表現型を示さなかった。このマウス遺伝子ＴＭＳ−１およびＴＭＳ−２の発現を、成体マウスの脳、肝臓、腎臓、心臓および精巣に由来する切片のインサイチュハイブリダイゼーションによって、ならびに生後１日目のマウス全体において、試験した。ＴＭＳ−２の発現が中枢神経系に制限されていることが見出されたが、ＴＭＳ−１はまた、腎臓および精巣において発現された。脳におけるＴＭＳ−１およびＴＭＳ−２の発現は、重複し、そしてグルタミン酸作動性の興奮性ニューロンと関連する領域（例えば、海馬および大脳皮質）に局在した。高倍率での分析は、ニューロンにおいて両方のｍＲＮＡが発現されることを示した。ｍＲＮＡ発現の半定量分析を、脳の種々の部分において行った。この新規なタンパク質ファミリーの、哺乳動物の脳における保存、固有の構造および局在は、重要な生物学的役割を示唆する。
【００１１】
脊椎動物ＵＮＣ５遺伝子は、それらのＣａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓ対応物と同様に、推定ネトリン（ｎｅｔｒｉｎ）レセプターのファミリーを定義する。このネトリンは、特定の軸索成長錐体をその標的へと導くために重要な誘導合図（ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｃｕｅ）の、系統学的に保存された小さなファミリーを含む。増殖領域からその機能部位へのニューロンの移動は、中枢神経系の正常な発達の基礎となる。自発的な吻側小脳形成異常変異（ｒｃｍ（ｓ））または新しく同定されたトランスジェニックの挿入対立遺伝子（ｒｃｍ（ｔｇ））に対してホモ接合性のマウスは、明白に、異常なニューロン移動の結果として、小脳および中脳の欠損を示す。吻側小脳皮質の外部領域における層状構造の異常性は、ホモ接合性ｒｃｍ（ｓ）マウスにおいて記述されている。ｒｃｍ（ｓ）ホモ接合体およびｒｃｍ（ｔｇ）ホモ接合体の両方の小脳が野生型より小さく、そして野生型より少ない小脳回を有すること、異所的な小脳細胞が中脳領域に生後３日目まで存在すること、ならびに出生後の小脳ニューロン移動に異常性があることが、示されている。免疫グロブリンスーパーファミリーの膜貫通性レセプターをコードするｒｃｍ相補性ＤＮＡは、クローン化されている。このｒｃｍタンパク質（Ｒｃｍ）の配列は、ＵＮＣ−５（先駆的軸索の背部ガイダンスにとって、およびネトリンリガンドから離れる細胞移動にとって不可欠なＣａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓタンパク質）の配列と高度に類似し、このＵＮＣ−５は、ｕｎｃ−６遺伝子によってコードされる。Ｒｃｍは、ネトリン結合タンパク質であるＵＮＣ−５の脊椎動物ホモログの新しく記述されるファミリーのメンバーであるので、本発明者らの結果は、ＵＮＣ−５様タンパク質が、ネトリンに誘導される移動を媒介する際に、保存された機能を有し得ることを示す（ＰＭＩＤ：９１２６７４３，ＵＩ：９７２７１８９８）。
【００１２】
肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）（これはまた、散乱因子（Ｓｃａｔｔｅｒ  Ｆａｃｔｏｒ）として公知である）は、血液凝固カスケードの酵素に対する構造相同性を示すポリペプチドである。これは、生物学的に不活性な一本の鎖状前駆体であり、これは次いで、特定のセリンプロテアーゼによって、完全に活性なαβヘテロ二量体へと切断される。ＨＧＦ／ＳＦによって誘導される全ての生物学的応答は、そのレセプター（ＭＥＴプロト−オンコジーンによってコードされる膜貫通性チロシンキナーゼ）に結合することによって誘発される。ＨＧＦによって誘発されるシグナル伝達カスケードは、このレセプターの自己リン酸化から始まり、そして同一の多機能性ドッキング部位に結合する、異なる細胞質エフェクターの、随伴的な活性によって媒介される。発達の間、ＨＧＦ機能は不可欠である：リガンドおよびレセプターの両方に対するノックアウトマウスは、胚性の致死表現型を示す。ＨＧＦ／ＳＦは、多くの異なる細胞型における増殖および運動発生（ｍｏｔｏｇｅｎｅｓｉｓ）の複雑なプログラムである、「分岐形態形成」を誘導する際に、固有の特徴を示す。さらに、ＨＧＦは、インビボおよびインビトロの両方において、いくつかの腫瘍細胞の浸潤性挙動に関与する。大規模な細胞損失または調節解除された細胞増殖によって特徴付けられる病理における、推定の治療剤としてのＨＧＦの役割は、調査中である（ＰＭＩＤ：１０６４１７８９，ＵＩ：２０１０４７５５）。さらに、異なる細胞型に対して、ＨＧＦが多機能性サイトカインとして作用することを示す根拠が増えつつある（ＰＭＩＤ：１０７６００７８，ＵＩ：２０２２３５７６）。
【００１３】
２６Ｓプロテアソームは、真核生物細胞における主要な非リソソーム性プロテアーゼである。この多量体酵素は、ユビキチン媒介基質分解経路の重要な成分である。これは、２つの準複合体（タンパク質分解性のコアを形成する２０Ｓプロテアソーム、ならびに、この酵素に対してＡＴＰ依存性およびユビキチン化基質特異性を与える１９Ｓ制御因子（すなわち、ＰＡ７００））からなる。最近の生化学研究および遺伝子研究は、１７個の調節サブユニットの間の相互作用のうちの多くを明らかにし、１９Ｓ複合体のトポロジーの近似を与えている。調節サブユニットと非サブユニットタンパク質との相互作用の観察は、これらの相互作用が２６Ｓプロテアソームの調節および局在において役割を果たしていることを示唆するパターンを明白にする（ＰＭＩＤ：１０６６４５８９）。
【００１４】
（発明の要旨）
本発明は、新規のポリペプチドをコードする核酸配列の発見に、部分的に基づく。この新規の核酸およびポリペプチドは、本明細書中において、ＮＯＶＸ、またはＮＯＶ１、ＮＯＶ２、ＮＯＶ３、ＮＯＶ４、ＮＯＶ５、ＮＯＶ６、ＮＯＶ７、ＮＯＶ８、ＮＯＶ９、ＮＯＶ１０、ＮＯＶ１１およびＮＯＶ１２の核酸およびポリペプチドといわれる。これらの核酸およびポリペプチド、ならびにそれらの誘導体、ホモログ、アナログおよびフラグメントは、本明細書中の以下において、集合的に「ＮＯＶＸ」核酸配列または「ＮＯＶＸ」ポリペプチド配列と命名される。
【００１５】
１つの局面において、本発明は、配列番号（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：）１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１および６３において開示される核酸に対して同一性を有する核酸配列を含む、ＮＯＶＸポリペプチドをコードする、単離されたＮＯＶＸ核酸分子を提供する。いくつかの実施形態において、このＮＯＶＸ核酸分子は、ストリンジェントな条件下で、ＮＯＶＸ核酸配列のタンパク質コード配列を含む核酸分子に対して相補的な核酸配列にハイブリダイズする。本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチドをコードする単離された核酸、あるいはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体を含む。例えば、この核酸は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および６４のアミノ酸配列を含むポリペプチドに対して少なくとも８０％同一なポリペプチドをコードし得る。この核酸は、例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１および６３のうちのいずれかの核酸配列を含むゲノムＤＮＡフラグメントまたはｃＤＮＡ分子であり得る。
【００１６】
本発明には、オリゴヌクレオチド（例えば、ＮＯＶＸ核酸の少なくとも６個連続するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１および６３））、またはこのオリゴヌクレオチドの相補体もまた含まれる。本発明には、実質的に精製されたＮＯＶＸポリペプチド（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２および６４）もまた含まれる。特定の実施形態において、このＮＯＶＸポリペプチドは、ヒトＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列に対して実質的に同一であるアミノ酸配列を含む。
【００１７】
本発明はまた、ＮＯＶＸポリペプチド、あるいはそのフラグメント、ホモログ、アナログまたは誘導体に免疫選択的に結合する抗体を特徴とする。
【００１８】
別の局面において、本発明は、治療有効量または予防有効量の、治療的キャリアおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物を含む。この治療剤は、例えば、ＮＯＶＸ核酸、ＮＯＶＸポリペプチド、またはＮＯＶＸポリペプチドに対して特異的な抗体であり得る。さらなる局面において、本発明は、１つ以上の容器において、治療有効量または予防有効量の、この薬学的組成物を含む。
【００１９】
さらなる局面において、本発明は、このＤＮＡによってコードされるＮＯＶＸポリペプチドの発現を可能にする条件下で、ＮＯＶＸ核酸を含む細胞を培養する工程によってポリペプチドを作製する方法を含む。所望の場合、次いでＮＯＶＸポリペプチドは回収され得る。
【００２０】
別の局面において、本発明は、サンプル中のＮＯＶＸポリペプチドの存在を検出する方法を含む。この方法において、サンプルは、このポリペプチドに選択的に結合する化合物に、このポリペプチドとこの化合物との間の複合体形成を可能にする条件下で接触させられる。この複合体は、存在する場合、検出され、それによりこのサンプル中のＮＯＶＸポリペプチドを同定する。
【００２１】
本発明はまた、特定の細胞型または組織型を、それらのＮＯＶＸの発現に基づいて同定する方法を含む。
【００２２】
本発明には、サンプルをＮＯＶＸ核酸プローブまたはプライマーに接触させる工程、およびこの核酸プローブまたはプライマーが、サンプル中のＮＯＶＸ核酸分子に結合しているか否かを検出する工程によって、サンプル中におけるＮＯＶＸ核酸分子の存在を検出する方法もまた含まれる。
【００２３】
さらなる局面において、本発明は、ＮＯＶＸポリペプチドの活性を調節するために十分な量の、ＮＯＶＸポリペプチドに結合する化合物に、ＮＯＶＸポリペプチドを含む細胞サンプルに接触させることによって、ＮＯＶＸポリペプチドの活性を調節する方法を提供する。この化合物は、本明細書中にさらに記載されるように、例えば低分子（例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質あるいは他の有機（炭素含有）分子または無機分子）であり得る。
【００２４】
本発明の範囲には、例えば、癌、白質萎縮、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、子宮癌、ホジキン病、腺癌、副腎脳白質ジストロフィー、膀胱炎、失禁、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、高カルシウム血症、子宮内膜症、ヒルシュスプルング病、クローン病、虫垂炎、肝硬変、肝不全、ウォルフラム症候群、スミス−レムリ−オピッツ症候群、色素性網膜炎、リー症候群；先天性副腎過形成、口内乾燥；齲歯および他の歯科的問題；炎症性腸疾患、憩室性疾患、受胎能、不妊症、心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心臓欠損、大動脈狭窄、心房中隔欠損（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄、大動脈弁下部狭窄、心室中隔欠損（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化、強皮症、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、肥満、眼萎縮および難聴を伴う尿崩症および糖尿病、膵炎、代謝調節不全、移植回復、自己免疫疾患、全身性エリテマトーデス、喘息、関節炎、乾癬、気腫、強皮症、アレルギー、ＡＲＤＳ、免疫欠損、対宿主性移植片病、アルツハイマー病、脳卒中、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、癲癇、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経変性、筋ジストロフィー、レッシュ−ナイハン症候群、重症筋無力症、精神分裂病、および他のドパミン機能障害状態、レボドパ誘導ジスキネジー、アルコール症、癲癇発作および他の神経学的障害、精神的鬱病、小脳性運動失調（純粋（ｐｕｒｅ））；流行性運動失調（２型）；片麻痺性片頭痛、脊髄小脳性運動失調−６、結節硬化、腎動脈狭窄、間質性腎炎、糸球体腎炎、腎多嚢胞性症、尿細管性アシドーシス、ＩｇＡ腎症、ならびに／あるいは他の病理および障害などを含む障害または症候群の処置または予防のための医薬の製造における、治療的な使用もまた含まれる。
【００２５】
この治療物は、例えば、ＮＯＶＸ核酸、ＮＯＶＸポリペプチド、またはＮＯＶＸ特異的抗体、あるいは生物学的に活性な、それらの誘導体またはフラグメントであり得る。
【００２６】
例えば、本発明の組成物は、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病理および障害などを患っている患者の処置に対して効力を有する。このポリペプチドは、本発明に対して特異的な抗体を産生する免疫原として、およびワクチンとして用いられ得る。これらはまた、潜在的なアゴニスト化合物またはアンタゴニスト化合物をスクリーニングするために用いられ得る。例えば、ＮＯＶＸをコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療において有用であり得、そしてＮＯＶＸは、それらを必要とする被験体に投与される場合、有用であり得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病理および障害などを患っている患者の処置に対して効力を有する。
【００２７】
本発明はさらに、例えば、上で開示される疾患および障害ならびに／あるいは他の病理および障害などを含む障害または症候群の調節因子についてのスクリーニング方法を含む。この方法は、試験化合物をＮＯＶＸポリペプチドに接触させる工程、および、この試験化合物がこのＮＯＶＸポリペプチドに結合するか否かを決定する工程を含む。この試験化合物とＮＯＶＸポリペプチドとの結合は、この試験化合物が、活性調節因子であるか、あるいは上記の障害もしくは症候群の潜伏調節因子または素因調節因子であることを示す。
【００２８】
本発明の範囲には、活性調節因子、あるいは障害もしくは症候群（例えば、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病理および障害などを含む）の潜伏調節因子または素因調節因子をスクリーニングする方法もまた含まれる。この方法は、上記の障害または症候群についての危険性の高い試験動物に、試験化合物を投与することによる。試験動物は、ＮＯＶＸ核酸によってコードされる組換えポリペプチドを発現する。次いで、ＮＯＶＸポリペプチドの発現または活性が、この試験動物において測定され、ＮＯＶＸポリペプチドを組換え発現し、かつこれらの障害または症候群に対する危険性が高くないコントロール動物における、このタンパク質の発現または活性を同様に測定する。次に、試験動物とコントロール動物との両方におけるＮＯＶＸポリペプチドの発現が比較される。コントロール動物と比較した場合の、試験動物におけるＮＯＶＸポリペプチドの活性の変化は、この試験化合物がこれらの障害または症候群の潜伏調節因子であることを示す。
【００２９】
さらに別の局面において、本発明は、被験体（例えば、ヒト被験体）における、ＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸、またはその両方のレベル変化に関連する疾患の存在または素因を決定する方法を含む。この方法は、被験体に由来する試験サンプル中のＮＯＶＸポリペプチドの量を測定する工程、および、試験サンプル中のポリペプチドの量と、コントロールサンプル中に存在するＮＯＶＸポリペプチドの量とを比較する工程を含む。コントロールサンプルと比較した場合の、試験サンプル中のＮＯＶＸポリペプチドのレベル変化は、その被験体における病気の存在または素因を示す。好ましくは、この素因としては、例えば、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病理および障害などが挙げられる。同様に、本発明の新しいポリペプチドの発現レベルは、種々の癌をスクリーニングする方法、ならびに癌の段階を決定する方法において用いられ得る。
【００３０】
さらなる局面において、本発明は、被験体（例えば、ヒト被験体）に対して哺乳動物における障害と関連する病理学的状態を、この病理学的状態を軽減または予防するのに十分な量の、ＮＯＶＸポリペプチド、ＮＯＶＸ核酸またはＮＯＶＸ特異的な抗体を、その被験体に投与することによって、処置または予防する方法を含む。好ましい実施形態において、この障害は、例えば、上記に開示される疾患および障害ならびに／または他の病理および障害などを含む。
【００３１】
さらに別の局面において、本発明は、当該分野において一般に用いられる多くの技術のうちの任意の１つによって、本発明の細胞レセプターおよび下流エフェクターを同定する方法において用いられ得る。これらとしては、２−ハイブリッドシステム、親和性精製、抗体または他の特異的相互作用性分子での共沈が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３２】
ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドは、治療方法または診断方法における使用のための新規なＮＯＶＸ基質に対して、免疫特異的に結合する、抗体の産生においてさらに有用である。これらのＮＯＶＸ抗体は、以下の「抗ＮＯＶＸ抗体」の章に記載されるように、疎水性チャートからの予測を用いて、当該分野において公知の方法に従って産生され得る。開示されるＮＯＶＸタンパク質は、複数の親水性領域を有し、これらの各々は免疫原として用いられ得る。これらのＮＯＶＸタンパク質は、種々のヒト障害の機能的分析のためのアッセイシステムにおいて用いられ得、これらの疾患の病理の理解および種々の障害に対する新薬標的の開発の助けとなる。
【００３３】
本明細書中で同定されたＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸタンパク質は、以下に示されるような種々の病理学および障害（これらに限定されないが）に関した潜在的な治療的適用において有用であり得る。本発明に対して潜在的な治療的適用として、タンパク質治療、低分子薬物標的、抗体標的（治療的、診断的、薬物標的化／細胞障害性抗体）、診断的および／または予後的マーカー、遺伝子治療（遺伝子送達／遺伝子除去）、研究道具、本明細書で規定されたものを含む（これらに限定されないが）全ての組織および細胞型のインビボおよびインビトロでの組織再生が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３４】
他に定義されない限り、本明細書中で使用された全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野における当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書中に記載される方法および材料と類似または等価な方法および材料は、本発明の実行または試験において使用され得るが、適切な方法および材料が以下に記載される。全ての刊行物、特許出願、特許、および本明細書中で述べられた他の参考文献は、それらの全体が参考として援用される。矛盾する場合は、定義を含む本明細書は、制御する。さらに、材料、方法および例は、例示のみであり、限定されることを企画されない。
【００３５】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な記述および特許請求の範囲から明らかである。
【００３６】
（発明の詳細な説明）
本発明は、新規のヌクレオチドおよびそれによってコードされる新規のポリペプチドを提供する。新規の核酸配列およびそれらがコードするポリペプチドが、本発明に含まれる。この配列は、本明細書中で総称して「ＮＯＶＸ核酸」または「ＮＯＶＸポリヌクレオチド」といわれ、そして対応するコードされたポリペプチドは、「ＮＯＶＸポリペプチド」または「ＮＯＶＸタンパク質」といわれる。他に示されない限り、「ＮＯＶＸ」は、本明細書中に開示される新規配列のいずれかをいわれることが意味される。表Ａは、ＮＯＶＸ核酸およびそれらがコードするポリペプチドの概要を提供する。
【００３７】
【数１】
2004531203.tif 000002
2004531203.tif 000003
ＮＯＶＸ核酸およびそれらがコードするポリペプチドは、種々の適用および状況において有用である。本発明に従う種々のＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドは、以前に記述されたタンパク質に対するドメインおよび配列の関連性の存在に従って、タンパク質ファミリーの新しいメンバーとして有用である。さらに、ＮＯＶＸ核酸およびポリペプチドはまた、ＮＯＶＸポリペプチドが属するファミリーのメンバーであるタンパク質を同定するのに使用され得る。
【００３８】
ＮＯＶ１、はα−２マクログロビン様ファミリーのタンパク質に相同である。従って、このＮＯＶ１核酸、ＮＯＶ１ポリペプチド、ＮＯＶ１抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、アルツハイマー病、炎症、喘息、アレルギーおよび乾癬、気腫、肺疾患、免疫障害、神経系障害、ならびに／または他の病理学／障害に関した治療的適用および診断的適用において有用である。
【００３９】
ＮＯＶ２は、新脈管形成ファミリーのタンパク質に関連した分泌タンパク質と相同である。従って、ＮＯＶ２核酸、ＮＯＶ２ポリペプチド、ＮＯＶ２抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、異常新脈管形成、（例えば、癌、より具体的には、肺の腫瘍、腎臓の腫瘍、脳の腫瘍、肝臓の腫瘍および胸部の腫瘍を含む攻撃的な、転移性の癌）、ならびに／または他の病理学／障害に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００４０】
ＮＯＶ３は、ロイシンリッチ様タンパク質のファミリーと相同である。従って、ＮＯＶ３核酸、ＮＯＶ３ポリペプチド、ＮＯＶ３抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、リンパ疾患、皮膚および結合組織の疾患、糖尿病および腎臓疾患、癌、腫瘍、ならびに脳障害、細胞移動を制御および指向することによって取り組まれ得る障害、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経防護（Ｎｅｕｒｏｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ）、炎症性腫疾患、憩室性疾患、クローン病、そして／または他の病理学／障害に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００４１】
ＮＯＶ４は、カテプシン−Ｌ前駆体様ファミリーのタンパク質と相同である。従って、ＮＯＶ４核酸、ＮＯＶ４ポリペプチド、ＮＯＶ４抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、軟部組織肉腫の増殖（悪性形質転換、腫瘍の侵入および転移）、骨の疾患（例えば、骨粗しょう症または骨癌）、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心欠損、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、硬皮症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵臓炎、子宮内膜症、受胎能、炎症性腫疾患、憩室性疾患、ヒルシュスプルング病、クローン病、血友病、熱凝固、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損、骨粗しょう症、高カルシウム血症、関節炎、強直性脊椎炎、脊柱側弯症、内分泌機能不全、糖尿病、増殖および再生の障害、乾癬、光線性角化症、挫瘡、髪の増殖、脱毛症（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、内分泌障害ならびに／または他の病理学／障害に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００４２】
ＮＯＶ５は、脂肪酸結合タンパク質ファミリーと相同である。従って、ＮＯＶ５核酸、ＮＯＶ５ポリペプチド、ＮＯＶ５抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、乾癬、基底細胞癌および扁平上皮細胞癌、肥満、糖尿病、ならびに／または、他の病理学および障害（皮膚、口腔粘膜および他の器官の脂肪酸輸送、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧、先天性心欠損、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室管（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁障害、結節硬化症、硬皮症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵臓炎、子宮内膜症、受胎能、炎症性腫疾患、憩室性疾患、ヒルシュスプルング病、クローン病、血友病、凝固亢進、特発性血小板減少性紫斑症、免疫欠損、骨粗しょう症、高カルシウム血症、関節炎、強直性脊椎炎、脊柱側弯症、内分泌機能不全、糖尿病、増殖および再生の障害、乾癬、光線性角化症、挫瘡、髪の増殖、脱毛症（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、内分泌障害、および／または他の病理学／障害を含む）に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００４３】
ＮＯＶ６は、ニューロリシン様ファミリーのタンパク質と相同である。従って、ＮＯＶ６核酸、ＮＯＶ６ポリペプチド、ＮＯＶ６抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、行動神経変性障害および神経精神医学的障害（例えば、精神分裂病、不安障害、双極性障害、うつ病、摂食障害、人格障害または睡眠障害）、心筋症、アテローム硬化症、高血圧、先天性心欠陥、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心房中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、硬皮症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、肥満、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵臓炎、子宮内膜症、受胎能、炎症性腫疾患、憩室性疾患、ヒルシュスプルング病、クローン病、血友病、凝固亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損、骨粗しょう症、高カルシウム症、関節炎、強直性脊椎炎、脊柱側弯症、内分泌機能不全、糖尿病、増殖および再生の障害、乾癬、光線性角化症、挫瘡、髪の増殖、脱毛症（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素性沈着障害、内分泌障害、ならびに／または他の病理学／障害に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００４４】
ＮＯＶ７、はＰＶ−１様ファミリーのタンパク質のメンバーと相同である。従って、ＮＯＶ７核酸、ＮＯＶ７ポリペプチド、ＮＯＶ７抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、癌、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウイルス性／微生物性／寄生虫性感染、受胎能、神経障害および／または他の病理学／障害に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００４５】
ＮＯＶ８は、インテグリンα７前駆体様ファミリーのタンパク質と相同である。従って、ＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８ポリペプチド、ＮＯＶ８抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、好酸性骨髄増殖性障害、低アルドステロン血症（ＩＩＣ型）、Ｉ型低アルドステロン血症、痙性対麻痺−１０、トリオースホスフェートイソメラーゼ欠損に起因する溶血性貧血、超ＩｇＭを有する免疫欠損（２型）、Ｃｌｒ／Ｃｌｓ欠損（併用された）、Ｃｌｓ欠損（単離された）、白血病、急性リンパ芽球の、周期性熱、家族性、高血圧、挿話的運動失調／ミオキミア症候群、超ＩｇＭを有する免疫欠損（２型）、筋ジストロフィー、レッシュ−ナイハン症候群、重症筋無力症ならびに他の筋肉性接着障害および細胞性接着障害ならびに／または他の病理学／障害に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００４６】
ＮＯＶ９は、ＴＭＳ−２様ファミリーのタンパク質のメンバーと相同である。従って、ＮＯＶ９核酸、ＮＯＶ９ポリペプチド、ＮＯＶ９抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調、白質ジストロフィー、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経防護（ｎｅｕｒｏｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ）、内分泌障害、糖尿病、肥満、増殖および再生の障害、多発性硬化症、白質ジストロフィー、疼痛、神経防護（ｎｅｕｒｏｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ）、輸送体障害ならびに／または他の病理学／障害に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００４７】
ＮＯＶ１０は、ＵＮＣ５レセプター様ファミリーのタンパク質のメンバーと相同である。従って、ＮＯＶ１０核酸、ＮＯＶ１０ポリペプチド、ＮＯＶ１０抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、炎症性および感染性疾患（例えば、ＡＩＤＳ，癌治療、神経疾患）、脳脊髄炎のような脳障害および／または自己免疫障害、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、ならびに造血障害、内分泌疾患、筋障害、炎症ならびに創傷治癒に関する治療的適用および診断的適用において有用であり、微生物性感染、真菌性感染、原虫性的感染およびウイルス性感染（特に、ＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２によって生じる感染）、疼痛、癌（新生物、腺癌、リンパ腫、前立腺癌、子宮癌を含むが、これらに限定されない）、食欲不振、過食症、喘息、パーキンソン病、急性心不全、低血圧、高血圧、尿停滞、骨粗しょう症、クローン病、多発性硬化症、ならびにアルブライト遺伝性骨ジストロフィーの処置、狭心症、心筋梗塞、潰瘍、喘息、アレルギー、良性前立腺肥大、ならびに精神病性障害および神経性障害（不安、精神分裂病、躁うつ病、せん妄、痴呆、重症精神遅滞および重症運動異常（例えば、ハンティングトン病またはジル・ド・ラ・ツレット症候群）を含む）ならびに／または他の病理学／障害を治療する。
【００４８】
ＮＯＶ１１は、肝細胞増殖因子様ファミリーのタンパク質のメンバーと相同である。従って、ＮＯＶ１１核酸、ＮＯＶ１１ポリペプチド、ＮＯＶ１１抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、血液凝固を含む種々の疾患、および肝細胞（ｈｅｐａｔｏｃｅｌｌｕａｌｒ）癌、肺の癌、胸部の癌および卵巣の癌を含むがこれらに限定されない癌、腫瘍抑制、老化、増殖調節、アポトーシスの調節、再生性の制御および再生の関連障害、子宮内膜過形成および腺癌、精神病性障害および神経性障害、アルツハイマー病、内分泌障害、炎症性障害、胃腸障害および呼吸系の障害；造血、免疫治療法、免疫欠損疾患、全ての炎症疾患；癌治療；自己免疫疾患；肥満、筋繊維芽細胞の発達の調節、創傷治癒の調節への適用；新脈管形成性の筋障害の制御に対する潜在的適用、神経疾患、ならびに／または他の病理学／障害に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００４９】
ＮＯＶ１２は、２６Ｓプロテアーゼ（ｐｒｏｔｅｅａｓｅ）調節サブユニット様ファミリーのタンパク質のメンバーと相同である。従って、ＮＯＶ１２核酸、ＮＯＶ１２ポリペプチド、ＮＯＶ１２抗体および本発明に従う関連化合物は、例えば、目／レンズ障害（白内障および無水晶体症を含むがこれらに限定されないが）、アルツハイマー病、神経変性障害、炎症および免疫応答の調節、ウイルス病原、加齢関連障害、神経障害、癌、ならびに／または他の病理学／障害に関する治療的適用および診断的適用において有用である。
【００５０】
ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドはまた、ＮＯＶＸ活性または機能を阻害または増強する分子をスクリーニングするために使用され得る。具体的には、本発明に従う核酸およびポリペプチドは、例えば、神経発生、細胞分化、細胞増殖、造血、創傷治癒および新脈管形成を調節または阻害する低分子の同定のための標的として使用され得る。
【００５１】
本発明に従うＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチドのさらなる有用性は、本明細書中に開示される。
【００５２】
（ＮＯＶ１）
新規のα−２−マクログロブリン前駆体様タンパク質をコードする４４８８ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１核酸（ＳＣ＿７８３１６２５４＿Ａともいわれる）を、表１Ａに示す。ヌクレオチド１−３におけるＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド４４７７−４４７９におけるＴＧＡコドンで終了するオープンリーディングフレームを、同定した。表１Ａにおいて、終始コドンから下流の推定非翻訳領域に、下線を付す。開始コドンおよび終始コドンを、太字で示す。
【００５３】
【表１Ａ】
2004531203.tif 000004
2004531203.tif 000005
公的な配列データベースの検索において、ＮＯＶ１核酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｇｅｇｉｃｕｓ  α−２−マクログロブリン前駆体ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：Ｒａｔ  Ａ２Ｍ）に対して１３２４塩基のうち８４０塩基（６３％）同一性を有する（Ｅ＝１．３ｅ−１１９）。公的なヌクレオチドデータベースとしては、全てのＧｅｎＢａｎｋデータベースおよびＧｅｎｅＳｅｑ特許データベースが挙げられる。
【００５４】
本明細書中の全てのＢＬＡＳＴアライメントにおいて、「Ｅ値」または「期待」値は、整列された配列が、検索されたデータベース内で偶然のみによってＢＬＡＳＴクエリ配列に対するそれらの類似性を達成し得る確率の数値表示である。例えば、ＮＯＶ１  ＢＬＡＳＴ解析（例えばＲａｔｔｕｓ  ｎｏｒｇｅｇｉｃｕｓ  α−２−マクログロブリン前駆体ｍＲＮＡ）から検索された対象（「Ｓｂｊｃｔ」）は、単なる偶然によってクエリＮＯＶ１配列と一致した確率は、１．３ｅ−１１９である。期待値（Ｅ）は、ある特定のサイズのデータベースを検索する場合に、まさに偶然によって見出すことを「期待」し得るヒットの数を記載するパラメーターである。期待値は、二つの配列間の一致を割り当てるスコア（Ｓ）とともに指数関数的に減少する。本質的に、Ｅ値は、配列間の一致に対して存在するランダムなバックグラウンドノイズを記載する。
【００５５】
期待値は、得られた結果に対する有意な閾値を作成するための簡便な方法として使用される。ブラスト処理（ｂｌａｓｔｉｎｇ）に使用されるデフォルト値は、代表的には０．０００１に設定される。ＢＬＡＳＴ２．０において、期待値はまた、一致の有意性を報告するためにＰ値（確率）の代わりに使用される。例えば、１ヒットに割り当てられる１というＥ値は、現在のサイズのデータベースにおいて、単に偶然によって、類似したスコアで一つの一致を見出すことが期待され得る意味として解釈され得る。０というＥ値は、単に偶然に類似したスコアでどのような一致も見出すことが期待されないことを意味する。例えば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｌ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／Ｅｄｕｃａｔｉｏｎ／ＢＬＡＳＴｉｎｆｏ／を参照のこと。時折、ＸまたはＮの記号列がＢＬＡＳＴ検索から得られる。これは、擬似ヒットを妨ぐために実行される低複雑性配列に対するクエリの自動化フィルタリングの結果である。このフィルターは、見出すいずれの低複雑性配列も、ヌクレオチド配列において文字「Ｎ」（例えば「ＮＮＮＮＮＮＮＮ」）で、またはタンパク質配列において文字「Ｘ」（例えば「ＸＸＸ」）で置換する。低複雑性領域は、有意な位置ごとのアライメントではなく組成の偏りを反映する高いスコアを生じ得る。ＷｏｏｔｔｏｎおよびＦｅｄｅｒｈｅｎ、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  ２６６：５５４−５７１、１９９６。
【００５６】
配列番号１によってコードされる開示されたＮＯＶ１ポリペプチド（配列番号２）は、１４９２アミノ酸残基を有し、一文字アミノ酸表記を使用して、表１Ｂに示される。ＳｉｇｎａｌＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１がシグナルペプチドを有し、０．３７０３の確実性で細胞の外側に局在化する可能性があることを予想する。ＮＯＶ１ペプチドについて最も可能性のある切断部位は、アミノ酸１７と１８との間のＡＩＡ−ＥＥにある。
【００５７】
【表１Ｂ】
2004531203.tif 000006
ＮＯＶ１アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｃｅ  １４７４アミノ酸残基α−２−マクログロブリン前駆体タンパク質（ｐｔｎｒ：ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｐ０１０２３）に対して、１４５０アミノ酸残基のうち５９５アミノ酸残基（４１％）同一性を有し、１４５０残基のうち８７３残基（６０％）ポジティブである（Ｅ＝２．０ｅ−２７９）。
【００５８】
開示されたＮＯＶ１ポリペプチドは、表１Ｃに列挙されたＢＬＡＳＴＰデータ中に示されたアミノ酸配列と相同性を有する。
【００５９】
【表１Ｃ】
2004531203.tif 000007
2004531203.tif 000008
これらと他の配列との間の相同性は、表１Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ解析において図示される。ＮＯＶ１タンパク質のＣｌｕｓｔａｌＷアライメントにおいて、本明細書中の他の全てのＣｌｕｓｔａｌＷ解析と同様に、黒字に白抜きで示されるアミノ酸残基は、保存された配列領域（すなわち、構造的特性または機能的特性を保存するために必要とされ得る領域）を示すが、強調されないアミノ酸残基は、保存性が低く、タンパク質の構造または機能を変化させずに、さらにより広い範囲に潜在的に変化され得る。
【００６０】
【表１Ｄ】
2004531203.tif 000009
2004531203.tif 000010
2004531203.tif 000011
2004531203.tif 000012
2004531203.tif 000013
ＮＯＶ１および他の全てのＮＯＶＸタンパク質中の同定可能なドメインの存在を、ＰＲＯＳＩＴＥ、ＤＯＭＡＩＮ、Ｂｌｏｃｋｓ，Ｐｆａｍ、ＰｒｏＤｏｍａｉｎ、およびＰｒｉｎｔｓのようなソフトウェアアルゴリズムを使用した検索によって決定し、次いで、Ｉｎｔｅｒｐｒｏウェブサイト（ｈｔｔｐ：ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｎｔｅｒｐｒｏ）を使用したドメインマッチ（または数）を掛合わせることによって、Ｉｎｔｅｒｐｒｏ数を決定した。表１Ｅおよび表１Ｆに開示されるように、ＮＯＶ１についてのＤＯＭＡＩＮ結果は、Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｐｏｓｉｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＢＬＡＳＴ解析を使用したＣｏｎｓｅｒｖｅｄ  Ｄｏｍａｉｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＤＤ）から回収された。このＢＬＡＳＴ解析ソフトウェアは、Ｓｍａｒｔ収集およびＰｆａｍ収集で見出されるドメインをサンプリングする。表１Ｅ、表１Ｆおよび全ての連続したＤＯＭＡＩＮ配列アライメントは、完全に保存された単一残基を黒色影付きまたは記号（｜）で示し、「強い」半保存残基を、灰色影付きまたは記号（＋）で示す。保存されたアミノ酸残基の「強い」群は、以下のアミノ酸残基の群のいずれか一つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ。
【００６１】
表１Ｅおよび表１Ｆは、ＮＯＶ１に対するＤＯＭＡＩＮ解析結果由来のドメイン記述を列挙する。これは、ＮＯＶ１配列はこれらのドメインを含むことが公知である他のタンパク質の配列と類似する特徴を有することを示す。
【００６２】
【表１Ｅ】
2004531203.tif 000014
【００６３】
【表１Ｆ】
2004531203.tif 000015
Ａ２Ｍファミリーのタンパク質は、平滑筋の収縮の間、ミオシン軽鎖のリン酸化を触媒する能力がある。従って、ミオシン軽鎖キナーゼ（ＭＬＣＫ）タンパク質は、筋収縮において重要な酵素として働き、そしてニューロンおよびグリアにおいて存在することを免疫組織学によって示された。ヒトＭＬＣＫのｃＤＮＡは、海馬からクローニングされ、そして平滑筋ＭＬＣＫに対して９５％類似するが、骨格筋ＭＬＣＫに対して６０％未満の類似のタンパク質配列をコードすることが示される。ｃＤＮＡクローンは、ヒト前頭皮質およびヒト内側嗅皮質、海馬、ならびに空腸において、二つのＲＮＡ転写体を検知した。その一つは、ＭＬＣＫに対応し、そして他の一つは、おそらくテロキン（ｔｅｌｏｋｉｎ）（ＭＬＣＫのカルボキシ末端１５４残基が平滑筋中で独立したタンパク質として発現したもの）に対応する。発現のレベルは、平滑筋よりも脳において低いことが示される。脳および平滑筋両方由来の全てのＭＬＣＫの酸性Ｃ末端は、チューブリンのＣ末端と類似している。二つの体細胞ハイブリッドパネルを使用したＰＣＲおよびサザンブロッティングによって、ＭＬＣＫ遺伝子を３ｃｅｎ−ｑ２１に配置した。本明細書中で開示されるＭＬＣＫは一つのＭＬＣＫであるので、染色体配座は、染色体３ｃｅｎ−ｑ２１として割り当てられる。
【００６４】
Ｃａ２＋／カルモジュリン（ＣＡＭ）依存性ＭＬＣＫによるミオシンＩＩ調節性軽鎖（ＲＬＣ）のリン酸化は、平滑筋細胞および非筋細胞の収縮の開始において重要な段階である。ＭＬＣＫに対する翻訳後修飾は、酵素活性をダウンレギュレートし、ＲＬＣリン酸化、ミオシンＩＩ活性化および張力の発達を抑制する。
【００６５】
上に定めたＮＯＶ１についての情報は、このＡ２Ｍ前駆体様タンパク質がＡ２Ｍ前駆体ファミリーの一員として機能し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ１核酸およびＮＯＶ１タンパク質は、以下に記載する様々な疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在力ある治療的用途に有用である。例えば、本発明のＮＯＶ１組成物は、アルツハイマー病、炎症、喘息、アレルギーおよび乾癬、気腫、肺疾患、免疫不全ならびに神経学的障害を病む患者の処置に有効性を有する。本発明のＡ２Ｍ前駆体様タンパク質をコードするＮＯＶ１核酸およびＡ２Ｍ前駆体様タンパク質、またはそれらのフラグメントは、さらに診断用途にて有用であり得、ここでその核酸の存在または量、あるいはタンパク質の存在または量が評価され得る。
【００６６】
（ＮＯＶ２）
新脈管形成に関係する新規分泌タンパク質をコードする２０２１ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ２核酸（ＡＣ００５７９９＿Ａとも称される）は、表２Ａ中に示される。オープンリーディングフレームはヌクレオチド４０〜４２のＡＴＧ開始コドンにて開始し、ヌクレオチド１６６７〜１６６９のＴＡＡコドンにて終止することが同定された。開始コドン上流および終止コドン下流の推定の非翻訳領域は、表２Ａ中に下線で記される。開始コドンおよび終止コドンはボールド文字である
【００６７】
【表２Ａ】
2004531203.tif 000016
2004531203.tif 000017
第１７染色体に位置する、開示されたＮＯＶ２核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＨＳＭ８０１３８６  ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＭ８０１３８６）に対して１３７８塩基のうち１３７８塩基が同一性（１００％）を有する（Ｅ＝２．０ｅ−３０５）。
【００６８】
配列番号３によりコードされる、ＮＯＶ２ポリペプチド（配列番号４）は、５４１アミノ酸残基を有し、表２Ｂ中に１文字コードを用いて示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ２がシグナルペプチドを含み、そして０．７０４５の確実性で細胞外に位置しそうであることを予測させる。ＮＯＶ２ペプチドの最も切断されそうな部位は、アミノ酸３３とアミノ酸３４との間の、ＶＱＲ−ＱＬの位置である。
【００６９】
【表２Ｂ】
2004531203.tif 000018
ＮＯＶ２アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ＣＡＢ６１４１２タンパク質（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＣＡＢ６１４１２）に対して３４０アミノ酸残基のうち３４０アミノ酸残基が同一性（１００％）を有する（Ｅ＝２．９ｅ−１８４）。本質的に、その配列はＨＳＭ８０１３８６の５’伸長部を構成する。
【００７０】
Ｔａｑｍａｎ分析により得られた組織発現データは、活性化した血管内皮細胞に強い発現を示し、このことはＮＯＶ２分泌タンパク質が新脈管形成過程において関係し得、そして新脈管形成過程の同定および処置に有用で有り得る。分析はまた、ＮＯＶ２遺伝子が、正常な近隣組織と比較された腎腫瘍で過剰発現され、そしてまた肝臓および肝臓腫瘍により強く発現されることを示した。Ｓａｇｅ分析はまた、卵巣腫瘍におけるＮＯＶ２発現を示した（表２１〜２３）。
【００７１】
ＮＯＶ２はまた、表２Ｃにて列挙されたＢＬＡＳＴＰデータにて示されたアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【００７２】
【表２Ｃ】
2004531203.tif 000019
これら配列の相同性は、表２Ｄにて示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析にて図示される。
【００７３】
【表２Ｄ】
2004531203.tif 000020
2004531203.tif 000021
2004531203.tif 000022
上に定められたＮＯＶ２についての情報は、ＮＯＶ２タンパク質が、新脈管形成に関係する新規の分泌タンパク質ファミリーの一員として機能し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ２核酸およびＮＯＶ２タンパク質は、以下に記載する様々な疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する潜在的な治療的用途に有用である。例えば、本発明のＮＯＶ２組成物は、例えば肺、腎臓、脳、肝臓および乳房の腫瘍を含む、癌および、より特定すると、活発で転移性の癌のような異常な新脈管形成を病む患者の処置に有効性を有する。本発明の、新脈管形成に関係する分泌タンパク質をコードするＮＯＶ２核酸、および新脈管形成に関係する分泌タンパク質、またはそれらのフラグメントは、さらに診断用途にて有用であり得、ここでその核酸の存在または量、あるいはそのタンパク質の存在または量が評価され得る。
【００７４】
（ＮＯＶ３）
新規ロイシンリッチ様タンパク質をコードする１８６９ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ３核酸（ＳＣ１２４１４１６４２＿Ａとも称される）は、表３Ａに示される。オープンリーディングフレームはヌクレオチド１７〜１９のＡＴＧ開始コドンにて開始し、ヌクレオチド１８４１〜１８４３のＴＧＡコドンにて終止することが同定された。開始コドン上流および終止コドン下流の推定の非翻訳領域は、表３Ａ中に下線で記される。開始コドンおよび終止コドンはボールド文字である
【００７５】
【表３Ａ】
2004531203.tif 000023
2004531203.tif 000024
開示されたＮＯＶ３核酸配列は、第１９染色体に位置付けられ、そしてＰａｐｉｏ由来のインスリン様増殖因子結合性ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：Ｓ８３４６２）に対して１５２１塩基のうち９１７塩基が同一性（６０％）を有する（Ｅ＝２．８ｅ−４２）。
【００７６】
配列番号５によりコードされる、開示されたＮＯＶ３タンパク質（配列番号６）は、６０８アミノ酸残基を有し、表３Ｂ中に１文字コードを用いて示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ３がシグナルペプチドを含み、そして０．４６００の確実性で形質膜に局在しそうであることが予測される。ＮＯＶ３ペプチドの最も切断されそうな部位は、アミノ酸４０とアミノ酸４１との間の、ＡＧＧ−ＣＰの位置である。
【００７７】
【表３Ｂ】
2004531203.tif 000025
ＮＯＶ３アミノ酸配列は、Ｍａｃａｃａ  ｆａｓｃｉｃｕｌａｒｉｓの６１４アミノ酸残基の推定６９．２ｋＤＡタンパク質（ＡＣＣ：ＢＡＢ０３５５７）に対して、６１４アミノ酸残基のうち３３４アミノ酸残基が同一性（５４％）を有し、６１４アミノ酸残基のうち４３０アミノ酸残基が類似性（７０％）を有する（Ｅ＝１．５ｅ−１６６）。全体的な配列の相同性は、６２．３９６％のアミノ酸相同性、および５４．５７６％のアミノ酸同一性である。
【００７８】
ＮＯＶ３は、少なくとも次の組織で発現する：脳、退形成型乏突起膠腫および結腸。さらに、ＮＯＶ３配列は、密接に関連したＰａｐｉｏのインスリン様増殖因子結合タンパク質−３複合体酸不安定性サブユニットホモログ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：Ｓ８３４６２）の発現パターンのため、肝臓において発現が推測される。
【００７９】
ＮＯＶ３はまた、表３Ｃ中に列挙したＢＬＡＳＴＰデータにて示されたアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【００８０】
【表３Ｃ】
2004531203.tif 000026
これら配列の相同性は、表３Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析にて図示される。
【００８１】
【表３Ｄ】
2004531203.tif 000027
2004531203.tif 000028
2004531203.tif 000029
表３Ｅ〜３Ｇは、ＮＯＶ３に対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメインの記述を列挙する。このことは、ＮＯＶ３配列がこれらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の配列の特性に類似の特性を有することを示す。
【００８２】
【表３Ｅ】
2004531203.tif 000030
【００８３】
【表３Ｆ】
2004531203.tif 000031
【００８４】
【表３Ｇ】
2004531203.tif 000032
ロイシンリッチ様タンパク質は一般的にロイシンに富んだ繰り返し（ＬＲＲ）、つまり様々な細胞質内タンパク質、膜タンパク質および細胞外タンパク質において見出される相対的に短いモチーフ（長さ２２残基〜２８残基）を含む。これらのタンパク質は広範な異なる機能を伴うが、共通の性質はタンパク質−タンパク質相互作用を含む。ＬＲＲの３−Ｄ構造に関しては殆ど知られていないが、それらは、膜と作用可能な親水表面を有する両親媒性の構造を形成し得ると考えられている。ＤｒｏｓｏｐｈｉｌａのＴｏｌｌタンパク質由来の合成ＬＲＲのインビトロでの研究は、そのペプチドが伸長されたフィラメントを形成するβシート構造をとることによりゲル状物質を形成することを示している。これらの結果は、ＬＲＲがタンパク質−タンパク質相互作用、および細胞接着を媒介するという考えに合致する。ＬＲＲを含むタンパク質の別の機能として、例えば、酵素の結合および脈管修復が挙げられる。１５個のＬＲＲを含むタンパク質であるリボヌクレアーゼインヒビターの３−Ｄ構造が決定され、ＬＲＲがα／β折りたたみの新規クラスであることが示された。ＬＲＲは伸びた非球状構造をとり、そしてよくシステインに富んだドメインに隣接する。
【００８５】
ロイシンリッチ様タンパク質は、タンパク質複合体、レセプター−リガンド結合または細胞接着となるタンパク質−タンパク質相互作用に関係することを示されている。ロイシンリッチ様タンパク質は、リンパ性疾患、皮膚および結合組織疾患、糖尿病および腎疾患、癌、腫瘍および脳障害、細胞移動の制御および方向付けにより処置され得る障害、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症（ｈｙｐｅｒａｌｃｅｍｉａ）、パーキンソン病、ハンチントン病、脳性麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質ジストロフィー、行動障害、嗜癖（ａｄｄｉｔｉｏｎ）、不安、疼痛、神経保護、炎症性腸管疾患、憩室性疾患、ならびにクローン病に関係する、潜在的な治療用途において有用であることが示されている。これらのタンパク質および核酸は、治療方法または診断方法にて使用するための抗体の作製においてもさらに有用である。
【００８６】
上に定められたＮＯＶ３の情報は、このロイシンリッチタンパク質がロイシンリッチタンパク質ファミリーの一員として機能し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ３核酸およびＮＯＶ３タンパク質は潜在力ある治療用途および診断用途にて有用である。例えば、ＮＯＶ３タンパク質をコードするｃＤＮＡは遺伝子治療に有用で有り得、ＮＯＶ３タンパク質は、それを必要とする被験体に投与された場合に有用で有り得る。非限定的な例として、本発明の組成物は、リンパ性疾患、皮膚および結合組織疾患、糖尿病および腎疾患、癌、腫瘍および脳障害、細胞移動の制御および方向付けにより処置され得る障害、アルツハイマー病、発作、結節硬化症、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンチントン病、脳性麻痺、癲癇、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細管拡張性運動失調、白質ジストロフィー、行動障害、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、炎症性腸管疾患、憩室性疾患、ならびにクローン病を患う患者の処置に有効性を有する。本発明の、ロイシンリッチタンパク質をコードするＮＯＶ３核酸およびロイシンリッチタンパク質、またはそれらのフラグメントは、さらに診断用途にて有用で有り得、そこで核酸の存在または量、あるいはそのタンパク質の存在または量が評価され得る。
【００８７】
（ＮＯＶ４）
新規のカテプシン−Ｌ前駆体様タンパク質をコードする１０４９ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ４核酸（Ｃｕｒａ  Ｇｅｎ  Ａｃｃ．Ｎｏ．ＧＭｂａ３９９１７＿Ａと指定される）が、表４Ａ中に示される。オープンリーディングフレームはヌクレオチド３７〜３９のＡＴＧ開始コドンで開始し、そしてヌクレオチド１０３６〜１０３８のＴＧＡコドンで終止すると同定された。開始コドン上流および終止コドン下流の推定の非翻訳領域が、表４Ａ中に下線にて記され、そして開始コドンおよび終止コドンはボールド文字である。
【００８８】
【表４Ａ】
2004531203.tif 000033
第１０染色体に位置するＮＯＶ４の核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓカテプシン−Ｌ前駆体ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＳＣＡＴＨＬ）に対して１０２２塩基のうち、８７６塩基が同一性（８５％）を有する（Ｅ＝２．６ｅ−１６４）。
【００８９】
配列番号７によりコードされるＮＯＶ４ポリペプチド（配列番号８）は、３３３アミノ酸残基であり、表４Ｂ中に１文字コードを用いて示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ４がシグナルペプチドを含み、そして０．８２００の確実性で形質膜に局在しそうであることを予測する。ＮＯＶ４ペプチドの最も切断されそうな部位は、アミノ酸１７と１８との間の、ＡＳＡ−ＡＬの位置である。
【００９０】
【表４Ｂ】
2004531203.tif 000034
ＮＯＶ４アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ３３３アミノ酸残基カテプシン−Ｌ前駆体タンパク質（Ｐ０７７１１）に対して、３３３アミノ酸残基のうち２５６アミノ酸残基が同一性（７６％）を有し、そして３３３アミノ酸残基のうち２８８アミノ酸残基が陽性（８６％）である（Ｅ＝２．１ｅ−１４４）。全体の配列相同性は、８０．７８１％のアミノ酸相同性、および７６．８７７％のアミノ酸同一性である。
【００９１】
ＮＯＶ４は少なくとも、次の組織において発現する：筋骨格系、骨、雌性生殖器系、胎盤、内分泌系、副腎、呼吸系、肺、造血系およびリンパ系、造血組織、リンパ組織、脾臓、胃腸／消化器系、肝臓、生物体全体、循環器系、脂肪、神経系、脳、雄生殖器系、精巣。さらに、ＮＯＶ４は密接に関係するＳｕｓ  ｓｃｒｏｆａカテプシンＬ前駆体ホモログ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＰＩＧＰＣＬ）の発現様式のため、次の組織において発現することが予測される：筋骨格系、骨、雌性生殖器系、胎盤、内分泌系、副腎、呼吸系、肺、造血系およびリンパ系、造血組織、リンパ組織、脾臓、胃腸／消化器系、肝臓、生物体全体、循環器系、脂肪、神経系、脳、雄性生殖器系、ならびに精巣。
【００９２】
ＮＯＶ４はまた、表４Ｃ中に列挙されるＢＬＡＳＴＰデータにて示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【００９３】
【表４Ｃ】
2004531203.tif 000035
これら配列の相同性は、表４Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析にて図示される。
【００９４】
【表４Ｄ】
2004531203.tif 000036
2004531203.tif 000037
表４Ｅおよび表４Ｆは、ＮＯＶ４に対してのＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメインの記述を列挙する。これは、ＮＯＶ４配列が、これらのドメインを含むことが公知の他のタンパク質の特性と類似の特性を有することを示す。
【００９５】
【表４Ｅ】
2004531203.tif 000038
【００９６】
【表４Ｆ】
2004531203.tif 000039
カテプシンは多くの正常組織において分布が見られる、リソソームのプロテアーゼであり、そして細胞内の異化および代謝回転を主要に担う。カテプシン−Ｌが末端分化にいくらか役割を有し得ることが、研究より示唆される（ＰＭＩＤ：１０６９９７６３、ＵＩ２０１６４１８６）。リソソームにあるシステインプロテイナーゼであるカテプシン−Ｌは、パパインファミリーに属する。このプロテイナーゼは、哺乳動物のパパインファミリーシステインプロテイナーゼの他のメンバーとは、次の様式で異なる：（ｉ）カテプシン−Ｌ遺伝子は、様々な増殖因子および活性化した癌遺伝子により活性化される、（ｉｉ）カテプシン−Ｌの前駆体であるプロカテプシン−Ｌは、多様な細胞から分泌される、（ｉｉｉ）カテプシン−ＬのｍＲＮＡレベルは、形質転換細胞のインビボにて転移潜在力に関係付けられる。従って、カテプシン−Ｌ遺伝子の制御および分泌性プロカテプシン−Ｌの細胞外機能は密接に結びついている（ＰＭＩＤ：９５２４０６４、ＵＩ：９８１８２２３９）。
【００９７】
カテプシン−Ｌが末端分化においていくらか役割を有し得ることもまた研究より示唆される（ＰＭＩＤ：１０６９９７６３、ＵＩ：２０１６４１８６）。細胞外マトリクスタンパク質を分解する能力を伴う、腫瘍におけるカテプシンのレベルの増加は、それらの浸潤および転移の過程と関係するという仮説へと導く。８例の隆起性皮膚線維肉腫（ＤＦＳ）、５例の非定型的線維黄色腫（ＡＦＸ）、および２０例の皮膚線維腫（ＤＦ）において。カテプシンＢおよびカテプシンプロ−Ｄの発現が８例中５例（６２．５％）のＤＦＳにおいて、検出され得、ここでカテプシンプロ−Ｌが４例（５０％）にて見出された。全てのＡＦＸがカテプシンプロ−Ｌを発現しており、ここでカテプシンＢおよびカテプシンプロ−Ｄは５例中４例において観察された。悪性腫瘍のどれも４年の期間の後に再発も転移も示さなかった。ＤＦにおいてはカテプシンの発現を全く見出さなかった。表皮および付属器において、カテプシンプロ−Ｄ、カテプシンプローＬおよびカテプシンＢの発現を見た。カテプシンは、悪性腫瘍特異的なマーカーとしてよりむしろ、亢進した代謝のマーカーで有り得る（ＰＭＩＤ：９６４９６５９、ＵＩ：９９０７５９６３）。
【００９８】
上に定めたＮＯＶ４の情報は、ＮＯＶ４タンパク質がカテプシン−Ｌ前駆体様タンパク質ファミリーの一員として機能し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ４核酸およびＮＯＶ４タンパク質は、以下に記載する様々な疾患および障害、ならびに／または他の病理に関係した、潜在力ある治療用途にて有用である。例えば、本発明のＮＯＶ４組成物は、軟性組織肉腫の増殖を患う患者の処置に有効性を有す；カテプシンＬは腫瘍において悪性形質転換、増殖因子および腫瘍のプロモーターにより誘導され、このことはそれらが腫瘍の浸潤および転移において重要な役割を果たすことを示唆する。さらに、カテプシンＬは、骨の疾患（例えば、骨粗鬆症）または骨の癌において可能性のある役割に関係する骨再吸収に関係し得る。さらなる障害としては、心筋症、アテローム性動脈硬化、高血圧、先天性心臓疾患、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、硬皮症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ症候群（ＶＨＬ）、膵臓炎、子宮内膜症、受胎能、炎症性腸疾患、憩室性疾患、ヒルシュスプルング病、クローン病、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫不全、骨粗鬆症、高カルシウム血症、関節炎、強直性脊椎炎、脊柱側弯症、内分泌系不能、糖尿病、成長障害および生殖器障害、乾癬、紫外線角膜炎、挫瘡、毛髪成長、異質五倍体（ａｌｌｏｐｅｃｉａ）、色素沈着障害、内分泌障害が挙げられる。本発明のカテプシン−Ｌ前駆体様タンパク質をコードするＮＯＶ４核酸およびカテプシン−Ｌ前駆体様タンパク質、またはそれらのフラグメントは、さらに診断用途に有用で有り得、ここで核酸の存在または量、あるいはタンパク質の存在または量が評価され得る。
【００９９】
（ＮＯＶ５）
新規脂肪酸結合タンパク質様タンパク質をコードする、４９１ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ５核酸（ＧＭｂａ３８１１８＿Ａとも称される）は、表５Ａ中に示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１０〜１２のＡＴＧ開始コドンにて開始し、そしてヌクレオチド４６２〜４６４のＴＡＡコドンにて終止することが同定された。開始コドン上流および終止コドン下流の推定の非翻訳領域は、表５Ａ中に下線で記され、そして開始コドンおよび終止コドンはボールド文字である。
【０１００】
【表５Ａ】
2004531203.tif 000040
2004531203.tif 000041
ＮＯＶ５核酸は、第１３染色体上に同定され、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ脂肪酸結合タンパク質ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＵＭＦＡＢＰＨＡ）に対して４８０塩基のうち４５８塩基が同一性（９７％）を有する（Ｅ＝１．９ｅ−９７）。
【０１０１】
配列番号９によってコードされる、開示されるＮＯＶ５ポリペプチド（配列番号１０）は、１３５アミノ酸残基であり、そして表５Ｂに１文字コードを用いて示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果によって、ＮＯＶ５が、シグナルペプチドを有さず、確実性０．６５００でおそらく細胞質に局在化されることが予測される。
【０１０２】
【表５Ｂ】
2004531203.tif 000042
そのＮＯＶ５アミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓの１３５アミノ酸残基の脂肪酸結合タンパク質Ｑ０１４６９と、同一な１２９アミノ酸残基を１３５アミノ酸残基のうちに有し（９５％）、類似する１３４残基を１３５残基のうちに有する（９９％）（Ｅ＝６．１ｅ−６７）。その大域的配列相同性（ｇｌｏｂａｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｈｏｍｏｌｏｇｙ）は、９７．０３７％のアミノ酸類似性および９５．５５６％のアミノ酸同一性である。
【０１０３】
ＮＯＶ５は、少なくとも以下の組織において発現される：感覚系（皮膚）、神経系（脳）、男性生殖系（精巣）、呼吸器系（肺、喉頭）、女性生殖系（胎盤）、生物全体、心血管系（心臓）、内分泌系（上皮小体）、造血系およびリンパ系、造血組織、肝臓、扁桃、胃腸系／消化系（大腸、結腸、胃、食道）、泌尿器系（腎臓）。さらに、ＮＯＶ５は、密接に関係のあるＭｕｓ  Ｍｕｓｃｕｌｕｓ脂肪酸結合タンパク質ホモログ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＣＣ：Ｑ０５８１６）の発現パターンの理由で、以下の組織において発現することが予想される：感覚系（皮膚）、神経系（脳）、男性生殖系（精巣）、呼吸器系（肺、喉頭）、女性生殖系（胎盤）、生物全体、心血管系（心臓）、内分泌系（上皮小体）、造血系およびリンパ系、造血組織、肝臓、扁桃、胃腸系／消化系（大腸、結腸、胃、食道）、泌尿器系（腎臓）。
【０１０４】
ＮＯＶ５はまた、表５Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列との相同性を有する。
【０１０５】
【表５Ｃ】
2004531203.tif 000043
これらの配列の相同性は、表５Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図表的に示される。
【０１０６】
【表５Ｄ】
2004531203.tif 000044
2004531203.tif 000045
表５Ｅは、ＮＯＶ５に対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの説明を列挙する。これは、ＮＯＶ５配列が、このドメインを含有することを知られている、他のタンパク質の性質と、類似の性質を有することを示す。
【０１０７】
【表５Ｅ】
2004531203.tif 000046
哺乳動物細胞における脂肪酸代謝は、β酸化については原形質膜とミトコンドリアまたはペルオキシソームとの間、そして脂質合成については他の細胞小器官間の、脂肪酸の流動に依存する。上記脂肪酸結合タンパク質（ＦＡＢＰ）ファミリーは、それらの疎水性リガンドの取り込み、輸送および可溶化に関与すると考えられている、小さい細胞質ゾルタンパク質からなる。このファミリーのメンバーは、高度に保存された配列および三次元構造を有する。脂肪酸結合タンパク質は、腸（ＦＡＢＰ２；ＯＭＩＭ−１３４６４０）において最初に単離され、肝臓（ＦＡＢＰ１；ＯＭＩＭ−１３４６５０）、横紋菌（ＦＡＢＰ３；ＯＭＩＭ−１３４６５１）、脂肪細胞（ＦＡＢＰ４；ＯＭＩＭ−６００４３４）および表皮組織（Ｅ−ＦＡＢＰ；ＧＤＢ  ＩＤ：１３６４５０）において後に見出された。
【０１０８】
表皮脂肪酸結合タンパク質（Ｅ−ＦＡＢＰ）は、乾癬患者の皮膚からＭａｄｓｅｎら（１９９２，ＰＭＩＤ：１５１２４６６）によって新規なケラチノサイトタンパク質としてクローン化された。後に、定量的なウエスタンブロット分析を用いて、Ｋｉｎｇｍａら（１９９８，ＰＭＩＤ：９５２１６４４）は、その皮膚に加え、ウシのＥ−ＦＡＢＰが、網膜、精巣、および水晶体において発現されることを示している。Ｅ−ＦＡＢＰは，乾癬患者の皮膚から初めは同定されたため、そのＥ−ＦＡＢＰはまた、乾癬関連脂肪酸結合タンパク質（ＰＡ−ＦＡＢＰ）としても知られている。ＰＡ−ＦＡＢＰは、細胞質タンパク質であり、そしてケラチノサイトにおいて発現される。ＰＡ−ＦＡＢＰは、乾癬皮膚において高度に情報制御される。ＰＡ−ＦＡＢＰは、脂肪酸結合タンパク質の他のメンバーと類似性を共有し、そして輸送体のｆａｂｐ／ｐ２／ｃｒｂｐ／ｃｒａｂｐファミリーに属する。ＰＡ−ＦＡＢＰは、ｃ１８鎖長に対する最も高い親和性を伴い、脂肪酸に対して高い特異性を有すると考えられている。その鎖長の減少または二重結合の導入は、その親和性を減少する。ＰＡ−ＦＡＢＰは、ケラチノサイト分化に関与し得る。
【０１０９】
乾癬、基底細胞癌および扁平上皮細胞癌におけるＥ−ＦＡＢＰの発現の免疫組織化学的な位置決定が、脂肪酸の輸送に関する細胞のレベルでの間接的な情報を得るために実行された（Ｍａｓｏｕｙｅら，１９９６，ＰＭＩＤ：８７２６６３２）。Ｅ−ＦＡＢＰは、正常な皮膚および非外傷性乾癬皮膚における、上部の有棘層および顆粒層に位置決めされた。対照的に、外傷性乾癬表皮は、非角化口腔粘膜のような、全ての基底層上においてＥ−ＦＡＢＰを強く発現した。その基底層は、これらのサンプルのいずれにおいてもＥ−ＦＡＢＰ反応性を示さなかった。従って、基底細胞癌は、Ｅ−ＦＡＢＰネガティブであったのに対し、扁平上皮細胞癌の十分に分化した細胞のみが、Ｅ−ＦＡＢＰを発現した。これは、Ｅ−ＦＡＢＰ発現が、ケラチノサイト分化の方向付けに関連すること、およびＥ−ＦＡＢＰの推定される役割が、皮膚脂質関門の形成に限られるべきではないことを示唆する。Ｅ−ＦＡＢＰ発現のパターンは、細胞のＦＡ輸送を模倣するので、本発明者らの結果は、外傷性乾癬皮膚および口腔粘膜が、正常な表皮および非外傷性乾癬表皮よりも、ＦＡについての高い代謝／輸送を有することを示唆する。
【０１１０】
上に定義されたＮＯＶ５の情報は、このＮＯＶ５タンパク質が脂肪酸結合タンパク質ファミリーのメンバーとして機能し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ５核酸およびＮＯＶ５タンパク質は、下に記載する様々な疾患および障害ならびに／または他の病理に関係する、可能な治療適用に有用である。例えば、本発明のＮＯＶ５組成物は、以下に羅患している患者の処置に効力を有する；乾癬、基底細胞癌および扁平上皮細胞癌、肥満、糖尿病、ならびに／または皮膚の脂肪酸輸送、口腔粘膜および他の器官に関する他の病理および障害、心筋症、アテローム硬化症、高血圧症、先天性心臓欠陥、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損、動脈管、肺動脈弁狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵臓炎、子宮内膜症、受胎能、炎症性腸疾患、憩室性疾患、ヒルシュスプルング病、クローン病、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損、骨粗鬆症、高カルシウム血症、関節炎、強直性脊椎炎、脊柱側弯症、内分泌機能不全、糖尿病、成長障害および生子直障害、乾癬、光線性角化症、挫瘡、毛髪成長、脱毛症、色素沈着障害および内分泌障害。本発明の脂肪酸結合タンパク質をコードするＮＯＶ５核酸、および脂肪酸結合タンパク質、またはそのフラグメントは、さらに診断適用において有用であり得、その診断適用において、その核酸またはタンパク質の、存在または量が評価される。
【０１１１】
（ＮＯＶ６）
ＮＯＶ６は、以下に開示される９つの新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質を含む。開示されるタンパク質は、ＮＯＶ６ａ、ＮＯＶ６ｂ、ＮＯＶ６ｃ、ＮＯＶ６ｄ、ＮＯＶ６ｅ、ＮＯＶ６ｆ、ＮＯＶ６ｇ、ＮＯＶ６ｈおよびＮＯＶ６ｉと名づけられた。
【０１１２】
（ＮＯＶ６ａ）
新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質をコードする、２１７０ヌクレオチドの開示されるＮＯＶ６ａ核酸（ＳＣ１３３７９０４９６＿Ａとも呼ばれる）が、表６Ａに示される。ヌクレオチド１６〜１８のＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド２１２８〜２１３０のＴＧＡコドンで終わる、オープンリーディングフレームが、同定された。開始コドンの上流の推定非翻訳領域および終止コドンの下流の推定非翻訳領域は、表６Ａにおいて下線を付されており、そして、開始コドンおよび終止コドンは、太字である。
【０１１３】
【表６Ａ】
2004531203.tif 000047
2004531203.tif 000048
開示されるＮＯＶ６ａ核酸配列は、第５染色体において同定された。このＮＯＶ５核酸は、Ｓｕｓ  ｓｃｒｏｆａ神経溶解素前駆体細胞ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＰＩＧＳＡＢＰ）と同一な１９９４塩基を２１７０塩基中に（９１％）有する（Ｅ＝０．０）。
【０１１４】
配列番号１１によってコードされる、開示されるＮＯＶ６ａポリペプチド（配列番号１２）は、７０４アミノ酸残基であり、表６Ｂに１文字アミノ酸コードを用いて示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果によって、ＮＯＶ６ａが、シグナルペプチドを有し、確実性０．７０００でおそらく原形質膜に局在化されることが、予測される。ＮＯＶ６ａペプチドに関する最も可能性の高い切断部位は、アミノ酸１７と１８との間（ＶＧＧ−ＳＲ）である。
【０１１５】
【表６Ｂ】
2004531203.tif 000049
ＮＯＶ６ａアミノ酸配列は、Ｓｕｓ  ｓｃｒｏｆａの７０４アミノ酸残基の神経溶解素前駆体細胞タンパク質（Ｑ０２０３８）と、同一な６６１アミノ酸残基を７０４アミノ酸残基のうちに有し（９３％）、類似する６６７アミノ酸残基を７０４アミノ酸残基のうちに有する（９６％）（Ｅ＝０．０）。その大域的配列相同性は、９５．１６４％のアミノ酸相同性および９４．０２６％のアミノ酸同一性である。
【０１１６】
ＮＯＶ６ａは、少なくとも以下の組織において発現される：生物全体、感覚系（皮膚、包皮）、胃腸系／消化系（大腸、結腸、唾液腺）、心血管系（静脈、臍静脈）、女性生殖系（子宮）、神経系（脳、前脳（Ｐｒｏｓｅｎｃｅｐｈａｌｏｎ）／前脳（Ｆｏｒｅｂｒａｉｎ）、間脳、視床）、心血管系（動脈、冠状動脈、心臓）、男性生殖系および前立腺。さらに、ＮＯＶ６ａは、密接に関係のあるＳｕｓ  ｓｃｒｏｆａ神経溶解素前駆体細胞ホモログ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＰＩＧＳＡＢＰ）の発現パターンが理由で、以下の組織において発現することが予想される：生物全体、感覚系（皮膚、包皮）、胃腸系／消化系（大腸、結腸、唾液腺）、心血管系（動脈、冠状動脈）、女性生殖系（子宮）、神経系（脳、前脳（Ｐｒｏｓｅｎｃｅｐｈａｌｏｎ）／前脳（Ｆｏｒｅｂｒａｉｎ）、間脳、視床）、心血管系（動脈、冠状動脈、心臓）、男性生殖系および前立腺。
【０１１７】
ＮＯＶ６ａはまた、表６Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列との相同性を有する。
【０１１８】
【表６Ｃ】
2004531203.tif 000050
これらの配列の相同性は、表６Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図表的に示される。
【０１１９】
【表６Ｄ】
2004531203.tif 000051
2004531203.tif 000052
2004531203.tif 000053
表６Ｅは、ＮＯＶ６ａに対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの説明を列挙する。これは、このドメインを含有することが公知である他のタンパク質の性質と類似の性質をＮＯＶ６ａ配列が有することを示す。
【０１２０】
【表６Ｅ】
2004531203.tif 000054
ＮＯＶ６ａ核酸配列および神経溶解素前駆体細胞様タンパク質配列の新規な改変体はまた、ＮＯＶ６ａの改変体として本明細書中に開示される。改変体配列は、一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含み得る。ＳＮＰは、ある場合には、そのＳＮＰを含有するヌクレオチド配列がｃＤＮＡとして生じることを示すために、「ｃＳＮＰ」と呼ばれ得る。ＳＮＰは、様々な方法で生じ得る。例えば、ＳＮＰは、多型部位において別のヌクレオチドに代えて１つのヌクレオチドで置換することに起因し得る。そのような置換は、トランジション（転位）またはトランスバージョンのどちらかであり得る。ＳＮＰはまた、対照対立遺伝子と比較しての、ヌクレオチドの欠失またはヌクレオチドの挿入から生じ得、。この場合、多型部位は、１つの対立遺伝子が、別の対立遺伝子における特定のヌクレオチドに関してギャップを有する部位である。遺伝子の中に存在するＳＮＰは、そのＳＮＰの位置において、その遺伝子によってコードされるアミノ酸の変化を生じ得る。しかし、ＳＮＰを含むコドンが同じアミノ酸をコードする場合、遺伝子コードの重複の結果として、遺伝子内ＳＮＰはまた、サイレントであり得る。遺伝子の領域の外側に存在するＳＮＰ、または遺伝子内のイントロンにおいて存在するＳＮＰは、タンパク質のアミノ酸配列のいずれにおいても変化を生じないが、発現パターンの調節の変化（例えば、時間的発現における変化、生理学的応答の調節、細胞型発現の調節、発現の強度、転写されたメッセージの安定性）を生じ得る。改変体は、個々に報告されるが、その全てまたは部分集合の任意の組合せもまた、含まれる。
【０１２１】
開示されるＮＯＶ６ｂ核酸（１３３７５３４２とも呼ばれる）は、新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質をコードするＮＯＶ６ａの改変体であり、表６Ｆに示される。ＮＯＶ６ｂヌクレオチドの変化は、表６Ｆにおいて下線が付されている。
【０１２２】
【表６Ｆ】
2004531203.tif 000055
配列番号１３によってコードされる、開示されるＮＯＶ６ｂポリペプチド（配列番号１４）は、表６Ｇにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ６ｂアミノ酸の変化は、存在する場合は、表６Ｇにおいて下線が付されている。
【０１２３】
【表６Ｇ】
2004531203.tif 000056
2004531203.tif 000057
開示されるＮＯＶ６ｃ核酸（ｃ９９．４５６とも呼ばれる）は、新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質をコードする、ＮＯＶ６ａの改変体であり、表６Ｈに示される。ＮＯＶ６ｃヌクレオチドの変化は、表６Ｈにおいて下線が付されている。
【０１２４】
【表６Ｈ】
2004531203.tif 000058
配列番号１５によってコードされる、開示されるＮＯＶ６ｃポリペプチド（配列番号１６）は、表６Ｉにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ６ｃアミノ酸の変化は、存在する場合は表６Ｉにおいて下線が付されている。
【０１２５】
【表６Ｉ】
2004531203.tif 000059
開示されるＮＯＶ６ｄ核酸（ｃ９９．４５７とも呼ばれる）は、新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質をコードする、ＮＯＶ６ａの改変体であり、表６Ｊに示される。ＮＯＶ６ｄヌクレオチドの変化は、表６Ｊにおいて下線が付されている。
【０１２６】
【表６Ｊ】
2004531203.tif 000060
配列番号１７によってコードされる、開示されるＮＯＶ６ｄポリペプチド（配列番号１８）は、表６Ｋにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ６ｄアミノ酸の変化は、存在する場合は、表６Ｋにおいて下線が付されている。
【０１２７】
【表６Ｋ】
2004531203.tif 000061
開示されるＮＯＶ６ｅ核酸（ｃ９９．４５８とも呼ばれる）は、新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質をコードする、ＮＯＶ６ａの改変体であり、表６Ｌに示される。ＮＯＶ６ｅヌクレオチドの変化は、表６Ｌにおいて下線が付されている。
【０１２８】
【表６Ｌ】
2004531203.tif 000062
2004531203.tif 000063
配列番号１９によってコードされる、開示されるＮＯＶ６ｅポリペプチド（配列番号２０）は、表６Ｍにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ６ｅアミノ酸の変化は、存在する場合は、表６Ｍにおいて下線が付されている。
【０１２９】
【表６Ｍ】
2004531203.tif 000064
開示されるＮＯＶ６ｆ核酸（１３３７５３４１とも呼ばれる）は、新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質をコードする、ＮＯＶ６ａの改変体であり、表６Ｎに示される。ＮＯＶ６ｆヌクレオチドの変化は、表６Ｎにおいて下線が付されている。
【０１３０】
【表６Ｎ】
2004531203.tif 000065
配列番号２１によってコードされる開示される、ＮＯＶ６ｆポリペプチド（配列番号２２）は、表６Ｏにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ６ｆアミノ酸の変化は、存在する場合は、表６Ｏにおいて下線が付されている。
【０１３１】
【表６Ｏ】
2004531203.tif 000066
開示されるＮＯＶ６ｇ核酸（ｃ９９．４５９とも呼ばれる）は、新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質をコードするＮＯＶ６ａの改変体であり、表６Ｐに示される。ＮＯＶ６ｇヌクレオチドの変化は、表６Ｐにおいて下線が付されている。
【０１３２】
【表６Ｐ】
2004531203.tif 000067
配列番号２３によってコードされる、開示されるＮＯＶ６ｇポリペプチド（配列番号２４）は、表６Ｑにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ６ｇアミノ酸の変化は、存在する場合は表６Ｑにおいて下線が付されている。
【０１３３】
【表６Ｑ】
2004531203.tif 000068
開示されるＮＯＶ６ｈ核酸（ｃ９９．４６０とも呼ばれる）は、新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質をコードする、ＮＯＶ６ａの改変体であり、表６Ｒに示される。ＮＯＶ６ｈヌクレオチドの変化は、表６Ｒにおいて下線が付されている。
【０１３４】
【表６Ｒ】
2004531203.tif 000069
配列番号２５によってコードされる、開示されるＮＯＶ６ｈポリペプチド（配列番号２６）は、表６Ｓにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ６ｈアミノ酸の変化は、存在する場合は表６Ｓにおいて下線が付されている。
【０１３５】
【表６Ｓ】
2004531203.tif 000070
開示されるＮＯＶ６ｉ核酸（ｃ９９．７５２とも呼ばれる）は、新規な神経溶解素前駆体細胞様タンパク質をコードするＮＯＶ６ａの改変体であり、表６Ｔに示される。ＮＯＶ６ｉヌクレオチドの変化は、表６Ｔにおいて下線が付されている。
【０１３６】
【表６Ｔ】
2004531203.tif 000071
2004531203.tif 000072
配列番号２７によってコードされる、開示されるＮＯＶ６ｉポリペプチド（配列番号２８）は、表６Ｕにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ６ｉアミノ酸の変化は、存在する場合は表６Ｕにおいて下線が付されている。
【０１３７】
【表６Ｕ】
2004531203.tif 000073
上記のＮＯＶ６タンパク質のいずれかに対する相同性は、上に示されたようにそれらが互いに相同である範囲で、他のＮＯＶ６タンパク質と共有される。ＮＯＶ６に対するどの言及も、別のように示されない限り、一般的にＮＯＶ６タンパク質の３つ全てを指すことが想定される。
【０１３８】
ニューロテンシン／ニューロメディンＮ遺伝子のエキソン１〜３を包むヒトゲノムクローンが、イヌのニューロテンシン相補的ＤＮＡプローブを用いて同定された。配列比較によりは、エクソン１〜３によってコードされた前駆体配列の近位の２５０ｂｐが、前に決定された雌ウシ配列およびイヌ配列と８９％同一であること、そして１２０アミノ酸部分５’隣接配列の近位の２５０ｂｐは、ラットとヒトとの間において著しく保存されることが、明らかになった。その５’隣接配列は、ＰＣ１２細胞におけるニューロテンシン／ニューロメディンＮ遺伝子の誘導に必要とされるシス調節部位（ＡＰ１部位および２つの環状アデノシン−５’−モノホスフェート応答エレメントを含む）を含む。そのヒト配列に基づくオリゴヌクレオチドプローブが、分裂病環じゃならびに年齢一致コントロールおよび性別一致コントロールの腹側中脳（ｖｅｎｔｒａｌ  ｍｅｓｅｎｃｅｐｈａｌｏｎ）におけるニューロテンシン／ニューロメディンＮメッセンジャーＲＮＡの分布を調べるために用いられた。ニューロテンシン／ニューロメディンＮメッセンジャーＲＮＡは、腹側中脳細胞において認められ、そのいくつかがまた、黒色色素またはチロシン水酸化酵素メッセンジャーＲＮＡを含んだ。ニューロテンシン／ニューロメディンＮメッセンジャーＲＮＡを発現するニューロンは、精神分裂病のヒトおよび精神分裂病でないヒトの両方の腹側中脳において認められた。
ＰＭＩＤ：１４３６４９２，ＵＩ：９３０６３８５８
ニューロテンシンは、１３アミノ酸からなる短い神経ペプチドで、中枢神経系において神経伝達物質または神経調節物質として機能し得る。ＣＮＳにおいて、ニューロテンシンは、カテコールアミン含有ニューロンに局在化する。カテコールアミン産生細胞株はまた、ＮＴを産生し得る。躁うつ病患者の処置において広範に使用されるリチウム塩は、この細胞株におけるＮＴ遺伝子の発現を劇的に増強する。Ｇｅｒｈａｒｄら（１９８９）は、体細胞ハイブリッドパネルのプローブとしてイヌｃＤＮＡを使用し、そのヒト遺伝子が、第１２染色体上に位置することを決定した。
【０１３９】
トリデカペプチドニューロテンシン（１６２６５０）は、脳および末梢組織の多様な領域に広範に分布している。脳において、ニューロテンシンは、神経調節物質（特に、黒質線状体系および中脳皮質辺縁系（ｍｅｓｏｃｏｒｔｉｃｏｌｉｍｂｉｃ  ｓｙｓｔｅｍ）においてドーパミン伝達の神経調節物質）として作用し、ドーパミン関連型（ｄｏｐａｍｉｎｅ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ）行動性神経変性障害および神経精神病学の障害における、その関与の可能性が示唆される。その多様な効果は、特異的な膜レセプターによって媒介される。Ｖｉｔａら（１９９３）はヒトニューロテンシンレセプターをコードするｃＤＮＡを単離し、そしてこのｃＤＮＡが、ラットのニューロテンシンレセプタータンパク質と８４％の相同性を有する、４１８アミノ酸のタンパク質を予測することを示した。Ｌｅら（１９９７）はまた、ヒトニューロテンシンレセプター（ＮＴＲ）ｃＤＮＡおよびそのゲノムＤＮＡをクローン化した。この遺伝子は、１０ｋｂ以上にわたる４つのエキソンによってコードされる。この筆者らは、この遺伝子から約３ｋｂの高度に多型性のテトラヌクレオチドリピートを同定した。サザンブロット分析は、ＮＴＲ遺伝子が、ヒトゲノムの中に単一コピー遺伝子として存在することを明らかにした。Ｌｅら（１９９７）は、ニューロテンシンレセプターが７回膜貫通領域およびＧタンパク質と共役する他のレセプターとの高い相同性を有することを、明記した。
【０１４０】
上記で規定されたＮＯＶ６についての情報は、ＮＯＶ６が、神経溶解素ファミリーのメンバーとして機能し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ６核酸およびＮＯＶ６タンパク質は、以下に記述される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理状態に関係する潜在的な治療適用において有用である。例えば、本発明のＮＯＶ６組成物は、以下に罹患した患者の処置についての効力を有する：行動性神経変性障害および神経精神病学の障害（例えば、精神分裂病、不安障害、双極性障害、うつ病、摂食障害、人格障害、または睡眠障害）、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、先天性心不全（Ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ  ｈｅａｒｔ  ｄｅｆｅｃｔ）、大動脈狭窄症、心房中隔不全（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管不全、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄、心室中隔不全（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、糖尿病、フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、膵臓炎、子宮内膜症、受胎能、炎症性腸疾患、憩室性疾患、ヒルシュスプルング病、クローン病、血友病、凝固能亢進（ｈｙｐｅｒｃｏａｇｕｌａｔｉｏｎ）、特発性血小板減少性紫斑病、免疫欠損、骨粗しょう症、高カルシウム血症、関節炎、強直性脊椎炎、脊柱側弯症、内分泌機能不全、糖尿病、成長障害および生殖障害、乾癬、光線性角化症、挫瘡、育毛、脱毛症、色素沈着障害および内分泌障害。神経溶解素前駆体様タンパク質をコードするＮＯＶ６核酸、および本発明の神経溶解素前駆体様タンパク質、またはこれらのフラグメントは、さらに診断適用において有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【０１４１】
（ＮＯＶ７）
ＮＯＶ７は、以下に開示される６つの新規なγ−アミノ酪酸（ＧＡＢＡ）トランスポーター様レセプタータンパク質を含む。開示されたタンパク質は、ＮＯＶ７ａ、ＮＯＶ７ｂ、ＮＯＶ７ｃ、ＮＯＶ７ｄ、ＮＯＶ７ｅおよびＮＯＶ７ｆと名付けられた。
【０１４２】
（ＮＯＶ７ａ）
新規のＧＡＢＡトランスポーター様レセプタータンパク質をコードする１７６３ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ７ａ核酸（ｂａ１２２ｏ１ともいわれる）を、表７Ａに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１４１〜１４３のＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド１７１６〜１７１９のＴＡＧコドンで終わることが確認された。推定非翻訳領域が、もしあれば、表７Ａにおいて開始コドンの上流および終止コドンの下流に見出され、そして開始コドンおよび終止コドンを太字で示す。
【０１４３】
【表７Ａ】
2004531203.tif 000074
2004531203.tif 000075
第２０染色体に局在する、開示されたＮＯＶ７ａ核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ小胞性ＧＡＢＡトランスポーター（ＶＧＡＴ）ｍＲＮＡ（ｇｂ：ａｃｃ：ＡＦ０３０２５３）に対して、１６９５塩基中１５３２塩基（９０％）同一である（Ｅ＝４．３ｅ−３０８）。
【０１４４】
配列番号２９にコードされる、開示されたＮＯＶ７ａポリペプチド（配列番号３０）は、５２５アミノ酸残基であり、そしてこれを、表７Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示す。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ７ａはシグナルペプチドを含まず、そして０．６０００の確実性で原形質膜に局在化するようであると予測される。
【０１４５】
【表７Ｂ】
2004531203.tif 000076
ＮＯＶ７ａアミノ酸配列は、５２５アミノ酸残基のＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ小胞性ＧＡＢＡトランスポータータンパク質（ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ３５４５８）に対して、５２５アミノ酸残基中５１８アミノ酸残基（９８％）同一であり、そして５２５アミノ酸残基中５１９アミノ酸残基（９８％）類似である（Ｅ＝０．０）。
【０１４６】
ＮＯＶ７ａは、少なくとも以下の組織／細胞株において発現される：脳、ＨＳ−５２８Ｔ／ＭＣＦ−７、ＢＴ５４９／ＭＤＡ−ＭＢ−２３１、ＯＶＣＡＲ−３／ＯＶＣＡＲ−４、ＩＧＲＯＶ−１、ＯＶＣＡＲ−８、ＳＫ−ＯＶ−３およびＯＶＣＡＲ−５。
【０１４７】
ＮＯＶ７ａ核酸および小胞性ＧＡＢＡトランスポーター様タンパク質に対する新規改変体はまた、ＮＯＶ７ａの改変体として本明細書中に開示される。上記で開示されるように、改変体を、個別に報告するが、改変体の全てまたはサブセットの任意の組み合わせもまた含まれる。
【０１４８】
開示されたＮＯＶ７ｂ核酸（１３３７４５７５ともいわれる）は、ＮＯＶ７ａの改変体であり、新規の小胞性ＧＡＢＡトランスポーター様タンパク質をコードし、そしてこれを、表７Ｃに示す。ＮＯＶ７ｂのヌクレオチド変化に、表７Ｃにおいて下線を付す。
【０１４９】
【表７Ｃ】
2004531203.tif 000077
2004531203.tif 000078
配列番号３１にコードされる、開示されたＮＯＶ７ｂポリペプチド（配列番号３２）を、表７Ｄにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示す。ＮＯＶ７ｂのアミノ酸変化が、もしあれば、表７Ｄにおいて下線を付す。
【０１５０】
【表７Ｄ】
2004531203.tif 000079
開示されたＮＯＶ７ｃ核酸（１３３７４５７６ともいわれる）は、ＮＯＶ７ａの改変体であり、新規の小胞性ＧＡＢＡトランスポーター様タンパク質をコードし、そしてこれを、表７Ｅに示す。ＮＯＶ７ｃのヌクレオチド変化に、表７Ｅにおいて下線を付す。
【０１５１】
【表７Ｅ】
2004531203.tif 000080
配列番号３３によってコードされる、開示されたＮＯＶ７ｃポリペプチド（配列番号３４）を、表７Ｆにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示す。ＮＯＶ７ｃのアミノ酸変化が、もしあれば、表７Ｆにおいて下線を付す。
【０１５２】
【表７Ｆ】
2004531203.tif 000081
開示されたＮＯＶ７ｄ核酸（１３３７４５７７ともいわれる）は、ＮＯＶ７ａの改変体であり、新規の小胞性ＧＡＢＡトランスポーター様タンパク質をコードし、そしてこれを、表７Ｇに示す。ＮＯＶ７ｄのヌクレオチド変化に、表７Ｇにおいて下線を付す。
【０１５３】
【表７Ｇ】
2004531203.tif 000082
配列番号３５によってコードされる、開示されたＮＯＶ７ｄポリペプチド（配列番号３６）を、表７Ｈにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示す。ＮＯＶ７ｄのアミノ酸変化が、もしあれば、表７Ｈにおいて下線を付す。
【０１５４】
【表７Ｈ】
2004531203.tif 000083
開示されたＮＯＶ７ｅ核酸（１３３７４５７８ともいわれる）は、ＮＯＶ７ａの改変体であり、新規の小胞性ＧＡＢＡトランスポーター様タンパク質をコードし、そしてこれを、表７Ｉに示す。ＮＯＶ７ｅのヌクレオチド変化に、表７Ｉにおいて下線を付す。
【０１５５】
【表７Ｉ】
2004531203.tif 000084
2004531203.tif 000085
配列番号３７によってコードされる、開示されたＮＯＶ７ｅポリペプチド（配列番号３８）を、表７Ｊにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示す。ＮＯＶ７ｅのアミノ酸変化が、もしあれば、表７Ｊにおいて下線を付す。
【０１５６】
【表７Ｊ】
2004531203.tif 000086
開示されたＮＯＶ７ｆ核酸（１３３７４５７９ともいわれる）は、ＮＯＶ７ａの改変体であり、新規の小胞性ＧＡＢＡトランスポータータンパク質をコードし、そしてこれを、表７Ｋに示す。ＮＯＶ７ｆのヌクレオチド変化に、表７Ｋにおいて下線を付す。
【０１５７】
【表７Ｋ】
2004531203.tif 000087
配列番号３９によってコードされる、開示されたＮＯＶ７ｆポリペプチド（配列番号４０）を、表７Ｌにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示す。ＮＯＶ７ｆのアミノ酸変化が、もしあれば、表７Ｌにおいて下線を付す。
【０１５８】
【表７Ｌ】
2004531203.tif 000088
ＮＯＶ７ａ〜ＮＯＶ７ｆは、表７Ｍにおける核酸アライメントおよび表７Ｎにおけるアミノ酸アライメントに示されるように、非常に緊密な相同性を有する。
【０１５９】
【表７Ｍ】
2004531203.tif 000089
2004531203.tif 000090
2004531203.tif 000091
2004531203.tif 000092
2004531203.tif 000093
【０１６０】
【表７Ｎ】
2004531203.tif 000094
2004531203.tif 000095
任意の上記ＮＯＶ７タンパク質に対する相同性は、これらのタンパク質が、上記で示されるように互いに相同である範囲において、他のＮＯＶ７タンパク質により共有される。ＮＯＶ７に対するすべての参照は、もし別に言及がなければ、概して、３つ全てのＮＯＶ７タンパク質を参照すると仮定される。
【０１６１】
ＮＯＶ７ａはまた、表７Ｏに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列に対して相同性を有する。
【０１６２】
【表７Ｏ】
2004531203.tif 000096
これらの配列の相同性は、表７Ｐに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析において図示される。
【０１６３】
【表７Ｐ】
2004531203.tif 000097
2004531203.tif 000098
2004531203.tif 000099
表７Ｑは、ＮＯＶ７ａに対するＤＯＭＡＩＮ分析結果からのドメインの概要を列挙する。これにより、ＮＯＶ７ａ配列が、このドメインを含むことが既知の他のタンパク質の特性と類似の特性を有することが示される。
【０１６４】
【表７Ｑ】
2004531203.tif 000100
哺乳動物の脳由来のシナプス小胞は、最もよく特性付けられた輸送オルガネラの中の一つである。しかしながら、これまで、所定の神経伝達物質に対して特異的である小胞亜集団の特性付けは可能ではなかった。最近の小胞神経伝達物質トランスポーターの分子特性付けを利用して、本発明者らは、ＧＡＢＡ特異的シナプス小胞を単離するために、小胞性ＧＡＢＡトランスポーター（ＶＧＡＴ）に対して特異的な抗体を使用した。単離された小胞は、電子顕微鏡によって判断すると極めて純粋である。
【０１６５】
免疫ブロット法は、単離された小胞が、ＶＧＡＴに加えて主要なシナプス小胞タンパク質のほとんどを有すること、ならびに小胞性モノアミントランスポーターおよび小胞性アセチルコリントランスポーターを欠くことを、明らかにした。小胞は、開始時の小胞分画と比較すると、ＧＡＢＡ取り込み活性において１０倍濃縮される。さらに、グルタミン酸取り込み活性およびグルタミン酸誘導性（塩化物誘導性ではなく）の酸性化は、免疫単離（ｉｍｍｕｎｏｉｓｏｌａｔｉｏｎ）の間に選択的に失われた。本発明者らは、ＧＡＢＡ含有シナプス小胞の集団が、他の神経伝達物質を輸送する小胞の集団から分離および区別できると結論する。Ｓａｇｎｅら、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ  １９９７：１０，４１７（２）：１７７−８３を参照のこと。
【０１６６】
タンパク質のうちＧＡＢＡトランスポーターファミリーに属するタンパク質は、異なった細胞型（例えばニューロンと筋細胞）のシグナル伝達において重要な役割を果たす。ＮＯＶ７タンパク質は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来のＶＧＡＴ（小胞性ＧＡＢＡトランスポーター）およびシナプス小胞においてＧＡＢＡのパッケージングに関与するＣ．ｅｌｅｇａｎｓ由来のｕｎｃ４７のヒトオルソログ（ｏｒｔｈｏｌｏｇ）である。ＮＯＶ７タンパク質は、アミノ酸の輸送を調節する膜結合タンパク質に見られるアミノ酸透過酵素ドメインと類似のドメインを有する。
【０１６７】
上記で規定されたＮＯＶ７についての情報は、このＮＯＶ７タンパク質が、ＧＡＢＡトランスポーターファミリーのメンバーとして機能し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ７核酸およびＮＯＶ７タンパク質は、以下に開示される種々の疾患および障害および／または他の病理状態に関与する、潜在的な治療適用において有用である。例えば、本発明のＮＯＶ７組成物は、癌、外傷、再生（インビトロおよびインビボ）、ウイルス／細菌／寄生虫の感染、受胎能および神経障害に罹患した患者の処置に対する効力を有する。ＧＡＢＡトランスポーターレセプター様タンパク質をコードするＮＯＶ７核酸、および本発明のＧＡＢＡトランスポーターレセプター様タンパク質、またはこれらのフラグメントはさらに、診断適用において有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【０１６８】
（ＮＯＶ８）
ＮＯＶ８は、以下に開示される２つの新規なインテグリンα７（ＩＴＧＡ７）前駆体様レセプタータンパク質を含む。開示されたタンパク質は、ＮＯＶ８ａおよびＮＯＶ８ｂと名付けられた。
【０１６９】
（ＮＯＶ８ａ）
新規のＩＴＧＡ７前駆体様レセプタータンパク質をコードする３４３２ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ８ａ核酸（ＡＣ０７３４８７＿ｄａｌともいわれる）を、表８Ａに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３のＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド３４３０〜３４３２のＴＡＡコドンで終わることが確認された。そして開始コドンおよび終止コドンを太字で示す。
【０１７０】
【表８Ａ】
2004531203.tif 000101
第１２染色体に局在する、開示されたＮＯＶ８ａ核酸配列は、３４８５塩基対Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓインテグリンα−７  ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ０７２１３２｜ａｃｃ：ＡＦ０７２１３２）に対して、２５６１塩基中２５３１塩基（９８％）同一である（Ｅ＝０．０）。
【０１７１】
配列番号４１にコードされる、開示されたＮＯＶ８ａポリペプチド（配列番号４２）は、１１４３アミノ酸残基であり、そしてこれを、表８Ｂにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示す。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ８ａはシグナルペプチドを含まず、そして０．６０００の確実性で小胞体または核に局在化するようであると予測される。
【０１７２】
【表８Ｂ】
2004531203.tif 000102
2004531203.tif 000103
ＮＯＶ８ａアミノ酸配列は、１１６１アミノ酸残基のＭｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓインテグリンα７前駆体タンパク質（ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｏ８８７３１）に対して、１１１３アミノ酸残基中９７５アミノ酸残基（８７％）同一であり、そして１１１３アミノ酸残基中１０３２アミノ酸残基（９２％）類似である（Ｅ＝０．０）。
【０１７３】
（ＮＯＶ８ｂ）
新規のＩＴＧＡ７前駆体様レセプタータンパク質をコードする３１１０ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ８ｂ核酸（ＣＧ５３９２６−０２ともいう）を、表８Ｃに示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３のＡＴＧ開始コドンで始まり、ヌクレオチド３１０６〜３１０８のＴＡＡコドンで終わることが確認された。終止コドンから下流の推定非翻訳領域に、表８Ｃにおいて下線を付し、そして開始コドンおよび終止コドンを太字で示す
【０１７４】
【表８Ｃ】
2004531203.tif 000104
2004531203.tif 000105
第１２染色体に局在する、開示されたＮＯＶ８ｂ核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓインテグリンα−７  ｍＲＮＡ（ｇｂ：ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ０３２１０８｜ａｃｃ：ＡＦ０３２１０８．１）に対して、１８６７塩基中１８５６塩基（９９％）同一である（Ｅ＝０．０）。
【０１７５】
配列番号４３にコードされる、開示されたＮＯＶ８ｂポリペプチド（配列番号４４）は、１０３５アミノ酸残基であり、そしてこれを、表８Ｄにおいて１文字アミノ酸コードを用いて示す。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔ、および／またはヒドロパシーの結果によって、ＮＯＶ８ｂはシグナルペプチドを含まず、そして０．８５００の確実性で小胞体に局在化するようであると予測される。
【０１７６】
【表８Ｄ】
2004531203.tif 000106
ＮＯＶ８ｂアミノ酸配列は、１１８１アミノ酸残基のＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓインテグリンα７前駆体タンパク質（ｐｔｎｒ：ＳＷＩＳＳＮＥＷ−ＡＣＣ：Ｑ１３６８３）に対して、８８４アミノ酸残基中８４３アミノ酸残基（９５％）同一であり、そして８８４アミノ酸残基中８４４アミノ酸残基（９５％）類似である（Ｅ＝０．０）。
【０１７７】
ＮＯＶ８ｂは、少なくとも以下の組織で発現される：骨格筋、心筋、小腸、結腸、卵巣、前立腺、肺および精巣。
【０１７８】
ＮＯＶ８ａおよびＮＯＶ８ｂタンパク質は、表８Ｅのアライメントに示されるように、非常に緊密な相同性を有する。
【０１７９】
【表８Ｅ】
2004531203.tif 000107
2004531203.tif 000108
2004531203.tif 000109
上記のいずれかのＮＯＶ８タンパク質に対する相同性は、これらのタンパク質が、上記で示されるように互いに相同である範囲において、他のＮＯＶ８タンパク質により共有される。ＮＯＶ８に対するすべての参照は、もし別に言及がなければ、概して、両方のＮＯＶ８タンパク質を参照すると仮定される。
【０１８０】
開示されたＮＯＶ８ポリペプチドは、表８Ｆに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列に対する相同性を有する。
【０１８１】
【表８Ｆ】
2004531203.tif 000110
これらの配列と他の配列との相同性は、表８Ｇに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析にて図表により示される。
【０１８２】
【表８Ｇ】
2004531203.tif 000111
2004531203.tif 000112
2004531203.tif 000113
2004531203.tif 000114
表８Ｈ〜Ｊは、ＮＯＶ８ａに対するＤＯＭＡＩＮ分析の結果からのドメインの説明を列挙する。このことは、このＮＯＶ８ａ配列が、これらのドメインを含むことが公知である他のタンパク質と類似した特性を有することを示す。
【０１８３】
【表８Ｈ】
2004531203.tif 000115
【０１８４】
【表８Ｉ】
2004531203.tif 000116
【０１８５】
【表８Ｊ】
2004531203.tif 000117
α−７インテグリン遺伝子（ＩＴＧＡ７）の発現は、骨格筋の形成の間、発生的に調節される。異なった細胞質ドメインおよび細胞外ドメインを含むイソフォームの発現および産生のレベルの増加は、筋発生に付随して起こる。サザンブロット分析およびインサイチュハイブリダイゼーションによって、ラットおよびヒト遺伝子を試験することから、Ｗａｎｇら（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２６：５６３−５７０，１９９５）は、両方の遺伝子が単一α−７遺伝子を含むことを測定した。ヒトにおいて、ＩＴＧＡ７は、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（Ｗａｎｇら、１９９５）によって局在化される場合、１２ｑ１３上に存在する。インテグリンα鎖配列の系統学的分析は、早期インテグリン遺伝子がＩ−インテグリンおよび非Ｉ−インテグリンを形成するための２つの経路で進化したことを示唆した。Ｉ−インテグリンα鎖は、非Ｉ−遺伝子中への早期挿入の結果として明らかに生じた。Ｉ−鎖サブファミリーは、同じ染色体の中での重複によってさらに進化した。非Ｉ−インテグリンα鎖遺伝子は、染色体２、１２、および１７上のクラスターの中に局在され、それらの染色体は、ヒトホメオボックス遺伝子クラスターの局在化と厳密に一致する。非Ｉ−インテグリンα鎖遺伝子は、ＨＯＸクラスターに対して同時期および近い時期に進化したようである。このように、本体構造の設計に下線を引いたＨＯＸ遺伝子、ならびに形成された細胞−細胞相互作用および細胞−マトリックス相互作用に下線を引いたインテグリン遺伝子は、同時期に同等の様式で進化したようである。
【０１８６】
ＩＴＧＡ７は、基底膜タンパク質ラミニン−１、ならびにラミニンイソフォーム−２および−４に対して特異的な細胞レセプターである。α−７サブユニットは、主に骨格筋および心筋で発現され、筋発生の間、分化プロセスおよび移動プロセスに関与され得る。３つの細胞質スプライス改変体および２つの細胞外スプライス改変体は、筋肉中の異なった部位で発生的に調節および発現される。成人の筋肉において、α−７Ａサブユニットおよびα−７Ｂサブユニットは、筋腱間の接合部で濃縮されるが、また神経筋の接合部および筋細胞膜に沿って検出され得る。筋発生の間のα−７インテグリンの関与、および筋肉の完全性および機能におけるα−７インテグリンの役割を研究するために、Ｍａｙｅｒら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．１７：３１８−３２３，１９９７）が、胚幹（ＥＳ）細胞中の相同的な組換えによってマウスの生殖系列中のＩＴＧＡ７遺伝子のヌル対立遺伝子を産生した。驚いたことに、変異のためのホモ接合性マウスは、生存可能でありそして繁殖可能であり、遺伝子が筋発生のために必須でないことを示した。しかし、骨格筋の組織学分析は、生後すぐに進行性筋ジストロフィーの典型的な徴候が発症するを示し、しかし異なった筋肉のタイプでの別の可変性を示した。組織病理学的な変化は、筋腱間接合部の機能の機能障害を示した。このように、ＩＴＧＡ７は、筋繊維と細胞外マトリックスとの間で不可欠な結合を示し、その結合は、細胞骨格と筋肉基底膜とのジストロフィン−ジストログリカン複合体−媒介相互作用に関係ない。
【０１８７】
筋繊維の基底層は、骨格筋の発達および機能で重大な役割を果たす。筋肉において重要ラミニンレセプターは、インテグリンα−７／β−１Ｄである。インテグリンβ−１（ＩＴＧＢ１；１３５６３０）は、体全体で発現されるが、インテグリンα−７は、より筋特異性である。ヒト筋肉疾患におけるインテグリンα−７の役割に焦点を当てると、Ｈａｙａｓｈｉら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．１９：９４−９７，１９９８）が、分類されていない先天型筋障害および先天型筋ジストロフィーを患った１１７人の患者由来の筋肉バイオプシー中におけるα−７タンパク質の発現を免疫細胞化学によって測定した。彼らは、インテグリンα−７欠乏および通常ラミニンα−２鎖発現を患った３人の無関係な患者を見出した。（ＬＡＭＡ２（１５６２２５）の欠乏は、先天型筋ジストロフィーの原因であり、そしてインテグリンα−７の二次性の欠乏は、ある場合で観察される）。３人患者は、ＩＴＧＡ７遺伝子の変異体を保有することが見出された。Ｈａｙａｓｈｉら（１９９８）は、それらの患者中での結果が、ＩＴＧＡ７ノックアウトマウスでの結果と非常に一致することを記載した（Ｍａｙｅｒら，１９９７）。
【０１８８】
本明細書中に開示されるＮＯＶ８（ＩＴＧＡ７様）タンパク質および核酸のタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ８がＩＴＧＡ７ファミリーの重要な構造的機能および／または生理学的機能の特徴を有することを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ８核酸およびＮＯＶ８タンパク質は以下に記載の、種々の疾患および障害、ならびに／または他の症状に関連する潜在的な治療適用において有用である。例えば、本発明書のＮＯＶ８組成物は、以下の障害を受けた患者の処置に有効である。好酸性骨髄増殖性障害（Ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ  ｍｙｅｌｏｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｖｅ  ｄｉｓｏｒｄｅｒ）、偽低アルドステロン症ＩＩＣ型（Ｐｓｅｕｄｏｈｙｐｏａｌｄｏｓｔｅｒｏｎｉｓｍ  ｔｙｐｅＩＩＣ）、偽低アルドステロン症Ｉ型（Ｐｓｅｕｄｏｈｙｐｏａｌｄｏｓｔｅｒｏｎｉｓｍ  ｔｙｐｅＩ）、痙性対麻痺−１０、トリオースリン酸イソメラーゼ欠乏による溶血性貧血、ハイパー−ＩｇＭによる免疫不全、型２、Ｃ１ｒ／Ｃ１ｓ欠乏、組み合わせ、Ｃ１ｓ欠乏、単離された、白血病、急性リンパ性白血病、周期熱、家族性、高血圧、挿話的運動失調（Ｅｐｉｓｏｄｉｃ  ａｔａｘｉａ）／筋波動症候群（Ｅｐｉｓｏｄｉｃ  ｍｙｏｋｙｍｉａ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）、ハイパー−ＩｇＭによる免疫不全、型２、筋ジストロフィー、レッシュ−ナイハン症候群、重症筋無力症ならびに他の筋肉障害および細胞接着障害。本発明におけるＩＴＧＡ７様タンパク質をコードするＮＯＶ８核酸、およびＩＴＧＡ７様タンパク質、またはそれらのフラグメントは、さらに診断適用において有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。
【０１８９】
（ＮＯＶ９）
ＮＯＶ９は、以下に開示される６つの新規ＴＭＳ−２様タンパク質を含む。この開示されるタンパク質は、ＮＯＶ９ａ、ＮＯＶ９ｂ、ＮＯＶ９ｃ、ＮＯＶ９ｄ、ＮＯＶ９ｅ、およびＮＯＶ９ｆと名付けられた。
【０１９０】
（ＮＯＶ９ａ）
新規ＴＭＳ−２様タンパク質をコードする１３７４ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ９ａ核酸（１２４１４１６４２＿ＥＸＴ＿ｄａ１ともいう）は、表９Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド１〜３のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド１３７２〜１３７４のＴＧＡコドンで終結することが同定された。開始コドンおよび終止コドンは、太字である。
【０１９１】
【表９Ａ】
2004531203.tif 000118
開示されたＮＯＶ９ａ核酸配列は、染色体１に局在し、これは、１７５９ｂｐ  Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来の膜貫通タンパク質ＳＢＢＩ９９  ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＦ１５３９７９｜ａｃｃ：ＡＦ１５３９７９）に、５５４塩基中３５９塩基（６４％）に相同性を有する（Ｅ＝４．５ｅ−５０）。
【０１９２】
配列番号４５によってコードされる開示されるＮＯＶ９ａポリペプチド（配列番号４６）は、４５７アミノ酸残基であり、そして表９Ｂに一文字のアミノ酸コードを用いて示される。シグナルＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙ結果は、ＮＯＶ８ａが、シグナルペプチドを有し、かつ原形質膜に０．６７６０の信頼度で局在化され得ることを予測する。ＮＯＶ９ａペプチドの最も可能性のある切断部位は、アミノ酸６９と７０との間（ＶＥＳ−ＱＬ）である。
【０１９３】
【表９Ｂ】
2004531203.tif 000119
ＮＯＶ９ａアミノ酸配列は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ由来の４５３アミノ酸残基の膜タンパク質ＴＭＳ−２タンパク質（ＳＰＴＲＥＭＢＬ−ＡＣＣ：Ｑ９ＱＺＩ８）に対して、４５６アミノ酸残基中２４９アミノ酸残基（５４％）の相同性、および４５６アミノ酸残基中３２８アミノ酸残基（７１％）の類似性を有する（Ｅ＝２．１ｅ−１３５）。
【０１９４】
ＮＯＶ９ａはまた、表９Ｃに列挙されるＢＬＡＳＴＰデータに示されるアミノ酸配列と相同性を有する。
【０１９５】
【表９Ｃ】
2004531203.tif 000120
これらの配列の相同性は、表９Ｄに示されるＣｌｕｓｔａｌＷ分析にて図表により示される。
【０１９６】
【表９Ｄ】
2004531203.tif 000121
2004531203.tif 000122
2004531203.tif 000123
ＮＯＶ９ａ核酸の新規改変体およびＴＭＳ−２様タンパク質はまた、ＮＯＶ９ａの改変体として本明細書中で開示される。上記に記載される改変体は、別個に報告されるが、任意の全ての組み合わせ、またはサブセットもまた、含む。
【０１９７】
開示されたＮＯＶ９ｂ核酸（１３３７５４０６ともいう）は、ＮＯＶ９ａの改変体であり、新規ＴＭＳ−２様タンパク質をコードし、かつ表９Ｅに示される。ＮＯＶ９ｂヌクレオチドの変化は、表９Ｅにおいて下線を引く。
【０１９８】
【表９Ｅ】
2004531203.tif 000124
配列番号４７によってコードされる開示されたＮＯＶ９ｂポリペプチド（配列番号４８）は、表９Ｆにおいて一文字のアミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ９ｂアミノ酸の変化は、もしあれば、表９Ｆにおいて下線を引く
【０１９９】
【表９Ｆ】
2004531203.tif 000125
開示されたＮＯＶ９ｃ核酸（１３３７５４０５ともいう）は、ＮＯＶ９ａの改変体であり、新規ＴＭＳ−２様タンパク質をコードし、かつ表９Ｇに示される。ＮＯＶ９ｃヌクレオチドの変化は、表９Ｇにおいて下線を引く。
【０２００】
【表９Ｇ】
2004531203.tif 000126
配列番号４９によってコードされる開示されたＮＯＶ９ｃポリペプチド（配列番号５０）は、表９Ｈにおいて一文字のアミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ９ｃアミノ酸の変化は、もしあれば、表９Ｈにおいて下線を引く
【０２０１】
【表９Ｈ】
2004531203.tif 000127
開示されたＮＯＶ９ｄ核酸（１３３７５４０４ともいう）は、ＮＯＶ９ａの改変体であり、新規ＴＭＳ−２様タンパク質をコードし、かつ表９Ｉに示される。ＮＯＶ９ｄヌクレオチドの変化は、表９Ｉにおいて下線を引く。
【０２０２】
【表９Ｉ】
2004531203.tif 000128
2004531203.tif 000129
配列番号５１によってコードされる開示されたＮＯＶ９ｄポリペプチド（配列番号５２）は、表９Ｊにおいて一文字のアミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ９ｄアミノ酸の変化は、もしあれば、表９Ｊにおいて下線を引く
【０２０３】
【表９Ｊ】
2004531203.tif 000130
開示されたＮＯＶ９ｅ核酸（１３３７５４０３ともいう）は、ＮＯＶ９ａの改変体であり、新規ＴＭＳ−２様タンパク質をコードし、かつ表９Ｋに示される。ＮＯＶ９ｅヌクレオチドの変化は、表９Ｋにおいて下線を引く。
【０２０４】
【表９Ｋ】
2004531203.tif 000131
配列番号５３によってコードされる開示されたＮＯＶ９ｅポリペプチド（配列番号５４）は、表９Ｌにおいて一文字のアミノ酸コードを用いて示される。ＮＯＶ９ｅアミノ酸の変化は、もしあれば、表９Ｌにおいて下線を引く
【０２０５】
【表９Ｌ】
2004531203.tif 000132
ラクトース透過酵素は、細菌性の細胞質へＨ（＋）およびラクトースを共輸送する完全な膜タンパク質である（Ｇｒｅｅｎ  ＡＬら；Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２０００年７月２８日；２７５（３０）：２３２４０−６）。以前の研究は、膜貫通セグメント２（ＴＭＳ−２）の細胞質の縁で発見されるグリシン６４におけるかさ高い置換基が、Ｋ（ｍ）値に著しく影響を及ぼすことなく、ラクトースの取り込みの最大速度を実質的に減少させることを示した（Ｊｅｓｓｅｎ−Ｍａｒｓｈａｌｌ、Ａ．Ｅ．、Ｐａｒｋｅｒ、Ｎ．Ｊ．、およびＢｒｏｏｋｅｒ、Ｒ．Ｊ．（１９９７）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７９、２６１６−２６２２）。現在の研究で、変異誘発は、グリシン６４を含むＴＭＳ−２の表面に沿って行なわれた。コドン５２、５７、５９、６３、および６６において、側鎖の容積を実質的に変化させる単一アミノ酸の置換は、輸送活性に関して少ない影響または影響を及ぼさなかったが、一方コドン４９、５３、５６、および６０の置換は、顕著に不完全であり、および／または低いレベルの発現を有した。ｈｅｌｉｃａｌ  ｗｈｅｅｌプロットによれば、Ｐｈｅ−４９、Ｓｅｒ−５３、Ｓｅｒ−５６、Ｇｌｎ−６０、およびＧｌｙ−６４は、ＴＭＳ−２の１つの表面に沿って連続的な縞を形成する。様々なＴＭＳ−２変異体（Ｓ５６Ｙ、Ｓ５６Ｌ、Ｓ５６Ｑ、Ｑ６０Ａ、およびＱ６０Ｖ）を、輸送活性を回復する変異体を単離するために親株として使用した。これらの変異体は、ＴＭＳ−１、ＴＭＳ−２、ＴＭＳ−７、またはＴＭＳ−１１中の第１部位変異体か第２部位サプレッサーのいずれかであった。動力学分析は、このサプレッサーが対応する親株と比較してラクトース輸送の高い割合を有することを示した。この研究の全体の結果は、Ｐｈｅ−４９、Ｓｅｒ−５３、Ｓｅｒ−５６、Ｇｌｎ−６０、およびＧｌｙ−６４を含むＴＭＳ−２の１つの表面が、ラクトース輸送に関連する高次構造の変化において重要な役割を果たす、という考えと一致する。本発明者達は、ラクトース透過酵素が、Ｃ１とＣ２の高次構造の間で相互変換する場合、ＴＭＳ−２が、ＴＭＳ−７およびＴＭＳ−１１を横切って滑る、ということを仮定した。この考えにより、ラクトース透過酵素の構造のための修正モデルの前後関係を討論する。
【０２０６】
ＮＯＶ９に関するタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ位置は、ＮＯＶ９がＴＭＳ−２ファミリーに特徴的な、重要な生理的機能および／または生理学的機能を有し得ることを示唆する。従って、本発明のＮＯＶ９核酸およびＮＯＶ９タンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害、ならびに／または他の病態に関連する潜在的治療適用において有用である。例えば、本発明のＮＯＶ９組成物は、以下にを被る患者の処置に有効性を有する；フォン・ヒッペル−リンダウ（ＶＨＬ）症候群、アルツハイマー病、発作、結節硬化、高カルシウム血症、パーキンソン病、ハンティングトン病、脳性麻痺、てんかん、レッシュ−ナイハン症候群、多発性硬化症、毛細血管拡張性運動失調、白質萎縮症、行動性疾患、嗜癖、不安、疼痛、神経保護、内分泌機能障害、糖尿病、肥満症、成長および生殖障害、多発性硬化症、白質萎縮症、疼痛、神経保護および輸送障害。本発明のＩＴＧＡ７様タンパク質をコードするＮＯＶ９核酸、およびＩＴＧＡ７様タンパク質、またはそれらのフラグメントは、診療用途にさらに有用であり得、ここで核酸またはタンパク質の存在または量は、評価される。
【０２０７】
（ＮＯＶ１０）
新規ＵＮＣ５レセプター様タンパク質をコードする２２９５ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１０核酸（ＡＣ０７３４８７＿ｄａ１ともいう）は、表１０Ａに示される。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド６４〜６６のＡＴＧ開始コドンから始まり、ヌクレオチド２９０２〜２９０４のＴＧＡコドンで終結することが同定された。開始コドンから上流および終止コドンから下流の推定非翻訳領域は、表１０Ａにおいて下線が引かれ、そして開始コドンおよび終止コドンは、太字である。
【０２０８】
【表１０Ａ】
2004531203.tif 000133
開示されたＮＯＶ１０核酸配列は、染色体１０に局在し、これは、２８３８ｂｐ  Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ由来の膜貫通レセプターＵＮＣＨ２  ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＲＵＮ８７３０６）に、２８４１塩基中２２１３塩基（７７％）に相同性を有する（Ｅ＝０．０）。
【０２０９】
配列番号５５によってコードされる開示されたＮＯＶ１０ポリペプチド（配列番号５６）は、９４６アミノ酸残基であり、そして表１０Ｂにおいて一文字のアミノ酸コードを用いて示される。シグナルＰ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙ結果は、ＮＯＶ１０が、シグナルペプチドを含まず、かつ原形質膜に０．５１４０の信頼度で局在化され得ることを予測する。ＮＯＶ１０ペプチドの最も可能性のある切断部位は、アミノ酸２６と２７との間（ＳＧＡ−ＧＲ）である。
【０２１０】
【表１０Ｂ】
2004531203.tif 000134
ＮＯＶ１０アミノ酸配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓの９４５アミノ酸残基膜貫通レセプターＵＮＣＨ２  ｍＲＮＡ（ＡＣＣ：Ｏ０８７２２）に対して、９４６アミノ酸残基のうち同一な８６０アミノ酸残基（９０％）かつ９４６アミノ酸残基のうち類似のアミノ酸残基を有している（Ｅ＝０．０）。この全体配列の相同性は、９３．６１７％のアミノ酸相同性かつ９１．３８３％アミノ酸同一性である。
【０２１１】
ＮＯＶ１０は、少なくとも以下の組織で発現している：呼吸系、肺；泌尿器系、腎臓；胃腸／消化器系、肝臓、小腸；生物体全体；雌性生殖器系、胎盤、絨毛膜。さらに、この配列は、Ｒａｔｔｕｓ  ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ種における、（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＣＣ：Ｏ０８７２２）膜貫通レセプターＵＮＣ５Ｈ２ホモログの発現パターンに起因して、以下の組織において発現されると予測される：呼吸系、肺；泌尿器系、腎臓；胃腸／消化器系、肝臓、小腸；生物体全体；雌性生殖器系、胎盤、絨毛膜。
【０２１２】
開示されたＮＯＶ１０ポリペプチドは、表１０に列挙されたＢＬＡＳＴＰデータにおいて示されるアミノ酸配列を有している。
【０２１３】
【表１０Ｃ】
2004531203.tif 000135
これらの配列と他の配列との間の相同性は、表１０Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ解析において、図表で示される。
【０２１４】
【表１０Ｄ】
2004531203.tif 000136
2004531203.tif 000137
2004531203.tif 000138
2004531203.tif 000139
表１０Ｅ〜表１０Ｉは、ＮＯＶ１０に対するＤＯＭＡＩＮ解析の結果からの、ドメインの説明を列挙する。これは、このＮＯＶ１０配列が、これらのドメインを含むことが既知の他のタンパク質の特性と類似する特性を有する、ということを示す。
【０２１５】
【表１０Ｅ】
2004531203.tif 000140
【０２１６】
【表１０Ｆ】
2004531203.tif 000141
【０２１７】
【表１０Ｇ】
2004531203.tif 000142
2004531203.tif 000143
【０２１８】
【表１０Ｈ】
2004531203.tif 000144
【０２１９】
【表１０Ｉ】
2004531203.tif 000145
増殖ゾーンからその機能的部位へのニューロンの移動（遊走）は、中枢神経系の正常な発生に基本的である。小脳吻奇形（ｒｏｓｔｒａｌ  ｃｅｒｅｂｅｌｌａｒ  ｍａｌｆｏｒｍａｔｉｏｎ）（ｒｃｍ）の変異のマウスホモ接合は、明らかに異常なニューロン遊走の結果として、小脳および中脳の欠損を示す。Ａｃｋｅｒｍａｎら（１９９７）は、ｒｃｍ−変異マウスにおいて、小脳が野生型より小さく、そして葉（ｆｏｌｉａ）が少なく、異所性小脳細胞が出生の３日後まで中脳領域に存在し、そして生後の小脳ニューロン遊走に異常が存在することを、報告した。この著者らは、ｒｃｍタンパク質（Ｒｃｍ）をコードするｃＤＮＡを単離した。配列解析によって、推定９３１アミノ酸のマウスタンパク質が膜貫通タンパク質（細胞外領域に２つの免疫グロブリン（Ｉｇ）様ドメインおよび２つのＩ型トロンボスポンジン（ＴＨＢＳ１：１８８０６０）モチーフを含む）であること明らかになった。ＩｇドメインおよびＴＨＢＳ１ドメインはまた、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ  ＵＮＣ５膜貫通タンパク質の細胞外領域において見出され、そしてＲｃｍのＣ末端８６５アミノ酸領域は、ＵＮＣ５に対して３０％同一である。Ａｃｋｅｒｍａｎら（１９９７）は、ＵＮＣ５タンパク質は、先端軸索の背側の誘導（ガイダンス）のために、そしてネトリンリガンドから離れる細胞の動きのために、必須であると、述べた。脊椎動物の脳の発達において、ネトリン−１（６０１６１４）は、細胞遊走および軸索誘導の両方において役割を果たす。Ｌｅｏｎａｒｄｏら（１９９７）は、Ｒｃｍが、インビトロでネトリン−１に結合することを、立証した。Ａｃｋｅｒｍａｎら（１９９７）は、Ｒｃｍおよびそのリガンドが、小脳発達の間の不可欠な遊走事象および／または細胞増殖事象において重要であることを、結論付けた。Ｐｒｚｙｂｏｒｓｋｉら（１９９８）は、マウスｒｃｍ遺伝子（Ｕｎｃ５ｈ３遺伝子とも呼ばれる）の破壊によって、横道にそれて遊走する顆粒球が、小脳の吻側の境界を認識できなくなったことを、見出した。
【０２２０】
Ｕｎｃ５ｈ３遺伝子に関連する配列に関してＥＳＴデータベースを検索することによって、ＡｃｋｅｒｍａｎおよびＫｎｏｗｌｅｓ（１９９８）は、ヒトＵｎｃ５ｈ３ホモログであるＵＮＣ５Ｃをコードする一部分のヒト胎児脳のｃＤＮＡを、同定した。５−プライムＲＡＣＥを使用することで、ＡｃｋｅｒｍａｎおよびＫｎｏｗｌｅｓは、全ＵＮＣ５Ｃコード領域に対応するｃＤＮＡを、クローン化した。この推定９３１アミノ酸ヒトタンパク質は、ＵＮＣ５ファミリータンパク質のドメイン構造全体を有しており、そして、Ｕｎｃ５ｈ３に対して９７％同一である。ノーザンブロット解析は、９．５−ｋｂのＵＮＣ５  ｍＲＮＡが脳および心臓において、ならびに腎臓においては低レベルで発現されることを、明らかにした。
【０２２１】
本明細書中で開示されるＮＯＶ１０（ＵＮＣ５レセプター様）タンパク質ならびにＮＯＶ１０（ＵＮＣ５レセプター様）核酸のタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ配置は、ＮＯＶ１０がＵＮＣ５レセプターファミリーに特有である重要な構造機能および／または生理学的機能を有し得る、ということを示唆する。ゆえに、本発明のＮＯＶ１０核酸およびＮＯＶ１０タンパク質は、以下で記載される種々の疾患および障害、ならびに／または他の病理学に関する見込みある治療的応用において、有用である。例えば、本発明のＮＯＶ１０の組成物は、以下のような炎症性疾患および感染性疾患に罹患している患者の処置に対する効力を有する：例えば、ＡＩＤＳ、癌治療、神経系疾患、脳脊髄炎のような脳および／もしくは自己免疫障害、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン障害、免疫障害、および造血障害、内分泌性疾患、筋障害、炎症修復および損傷修復、細菌感染、真菌感染、原生生物感染およびウイルス感染（特に、ＨＩＶ−１またはＨＩＶ−２によって引き起こされる感染）、疼痛、癌（新生物；腺癌；リンパ腫；前立腺癌；子宮癌を含むが、これらに限定されない）、食欲不振、過食症、ぜん息、パーキンソン病、急性心不全、低血圧、高血圧、残尿、骨粗しょう症、クローン病；多発性硬化症；ならびにオールブライト遺伝性骨形成異常症、狭心症、心筋梗塞、潰瘍、ぜん息、アレルギー、良性前立腺肥大、ならびに精神学的および神経学的障害（不安、精神分裂病、躁鬱、せん妄、痴呆、重篤な精神遅滞およびジスキネジー（例えば、ハンティングトン病またはジル・ド・ラ・ツレット症候群）を含む）、ならびに／または他の疾患および障害。ＵＮＣ５レセプター様タンパク質をコードするＮＯＶ１０核酸、および本発明のＵＮＣ５レセプター様タンパク質、またはそれらのフラグメントはさらに、核酸もしくはタンパク質の存在、または核酸もしくはタンパク質の量が評価される診断適用において、有用であり得る。
【０２２２】
（ＮＯＶ１１）
ＮＯＶ１１は、以下で開示される３つの新規な肝細胞増殖因子（Ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ）様タンパク質を含む。これらの開示されたタンパク質は、ＮＯＶ１１ａ、ＮＯＶ１１ｂおよびＮＯＶ１１ｃと名付けられた。
【０２２３】
（ＮＯＶ１１ａ）
新規なＴＭＳ−２様タンパク質をコードする、開示された１７８２ヌクレオチドのＮＯＶ１１ａ核酸（ＧＭｂａ４４６ｇ１３＿Ａとも呼ばれる）を、表１１Ａ中に示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド２２〜２４のＡＴＧ開始コドンで始まり、そして、ヌクレオチド１７２３〜１７２５のＴＧＡコドンで終結することが同定された。表１１Ａにおいて、開始コドンより上流および終止コドンより下流の推定非翻訳領域に下線を引き、そして、この開始コドンおよび終止コドンは、太字である。
【０２２４】
【表１１Ａ】
2004531203.tif 000146
第１染色体に局在化する開示されたＮＯＶ１１ａ核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓマクロファージ刺激タンパク質（Ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ  Ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ  Ｐｒｏｔｅｉｎ）ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＲＮＵ８７３０６）と同一な、１７８７塩基中１７３５の塩基（９７％）（Ｅ＝０．０）を有する。
【０２２５】
配列番号５７によってコードされる開示されたＮＯＶ１１ａポリペプチド（配列番号５８）は、５６７アミノ酸残基であり、そして、１文字アミノ酸コードを使用して、表１１Ｂ中に示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１１ａがシグナルペプチドを有さず、そして０．４５３１の信頼度でペルオキソーム（マイクロボディ）に、および０．４５００の信頼度で細胞質に局在しそうであることを、示唆する。ＮＯＶ１１ａは肝細胞増殖因子ファミリーに類似し、肝細胞増殖因子ファミリーのメンバーのいくつかは、細胞外に放出される。ゆえに、ＮＯＶ１１ａは、同じ非細胞位置にて利用可能であり、従って、診断プローブおよび種々の治療的適用に対して利用可能である、という可能性がある。
【０２２６】
【表１１Ｂ】
2004531203.tif 000147
ＮＯＶ１１ａアミノ酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ５６７アミノ酸残基の肝細胞増殖因子（Ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ）タンパク質（Ｑ１３２０８）と同一な、４５６アミノ酸残基中２４９のアミノ酸残基（５４％）、および肝細胞増殖因子タンパク質と同一な、５６７アミノ酸残基中５５２のアミノ酸残基（９７％）、および肝細胞増殖因子タンパク質と類似な、５６７アミノ酸残基中５５６のアミノ酸残基（９８％）（Ｅ＝０．０）を、有する。グローバル配列相同性は、９７．７０７％のアミノ酸相同性および９７．３５４％のアミノ酸同一性である。
【０２２７】
ＮＯＶ１１ａは、少なくとも以下の組織で発現される：肺、肝臓、腎臓、脳。さらに、ＮＯＶ１１ａは、本質的にはＢｏｓ  ｔａｕｒｕｓ増殖因子に近縁のホモログ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ；ＡＷ６５７７１６）の発現パターンのために、以下の組織において発現されることが予想される：リンパ節、卵巣、脂肪、視床下部および下垂体。
【０２２８】
ＮＯＶ１１ａはまた、表１１Ｃにおいて列挙されるＢＬＡＳＴＰデータ中に表示されるアミノ酸配列と、相同性を有する。
【０２２９】
【表１１Ｃ】
2004531203.tif 000148
2004531203.tif 000149
これらの配列の相同性は、表１１Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ解析において、図表で示される。
【０２３０】
【表１１Ｄ】
2004531203.tif 000150
2004531203.tif 000151
2004531203.tif 000152
表１１Ｅ〜表１１Ｊに、ＮＯＶ１１ａに対するＤＯＭＡＩＮ解析の結果からの、ドメインの説明を列挙する。これは、このＮＯＶ１１ａ配列が、これらのドメインを含むことが既知である他のタンパク質の特性と類似した特性を有することを、示す。
【０２３１】
【表１１Ｅ】
2004531203.tif 000153
【０２３２】
【表１１Ｆ】
2004531203.tif 000154
【０２３３】
【表１１Ｇ】
2004531203.tif 000155
【０２３４】
【表１１Ｈ】
2004531203.tif 000156
【０２３５】
【表１１Ｉ】
2004531203.tif 000157
【０２３６】
【表１１Ｊ】
2004531203.tif 000158
ＮＯＶ１１ａ核酸および肝細胞増殖因子様タンパク質に関する新規な改変体はまた、ＮＯＶ１１ａの改変体として本明細書中に開示される。上記のように、改変体は個々に報告されるが、全ての任意の組み合せまたは部分集合もまた、含まれる。
【０２３７】
開示されたＮＯＶ１１ｂ核酸（ｃｇ３４ａ．３４８とも呼ばれる）は、ＮＯＶ１１ａの改変体であり、新規な肝細胞増殖因子様タンパク質をコードし、そして、表１１Ｋ中に示される。表１１Ｋにおいて、ＮＯＶ１１ｂヌクレオチドの変化点に、下線を引く。
【０２３８】
【表１１Ｋ】
2004531203.tif 000159
配列番号５９によってコードされる開示されたＮＯＶ１１ｂポリペプチド（配列番号６０）は、１文字アミノ酸コードを使用して、表１１Ｌ中に示される。ＮＯＶ１１ｂのアミノ酸変化点があれば、表１１Ｌ中において、下線を引く。
【０２３９】
【表１１Ｌ】
2004531203.tif 000160
開示されたＮＯＶ１１ｃ核酸（ｃｇ３４ａ．３４９とも呼ばれる）は、ＮＯＶ１１ａの改変体であり、新規な肝細胞増殖因子様タンパク質をコードし、そして表１１Ｍ中に示される。表１１Ｍにおいて、ＮＯＶ１１ｃヌクレオチドの変化点に、下線を引く。
【０２４０】
【表１１Ｍ】
2004531203.tif 000161
配列番号６１によってコードされる開示されたＮＯＶ１１ｃポリペプチド（配列番号６２）は、１文字アミノ酸コードを使用して、表１１Ｎ中に示される。ＮＯＶ１１ｃのアミノ酸変化点があれば、表１１Ｎにおいて、下線を引く。
【０２４１】
【表１１Ｎ】
2004531203.tif 000162
インビトロで、正常なヒトメラニン形成細胞は、増殖するために、血清中に存在する共通の増殖因子に加えて、相乗的な分裂促進因子を必要とする。刺激を与えるペプチド増殖因子は、線維芽細胞増殖因子（例えばｂＦＧＦ／ＦＧＦ２）、肝細胞増殖因子／肝細胞散乱因子（ＨＧＦ／ＳＦ）、肥満細胞因子／幹細胞因子（Ｍ／ＳＣＦ）、エンドセリン（例えば、ＥＴ−１）およびメラノトロピン（ＭＳＨ）である。これらの因子およびこれらの因子の同系のレセプターの適切な機能は、インビボで重要である可能性がある。なぜなら、５つのリガンド全ては皮膚で生成され、そして、欠損あるいは変異に起因する削除または異所性の発現に起因する過剰生成による、それらの正常機能の破壊が、メラニン形成細胞の正常な分布を破壊するからである。これらの相乗的な増殖因子は、細胞内シグナル伝達カスケードを活性化し、そして最適レベルで、かつ核転座および転写因子の改変に必要な時間、中間エフェクタを維持する。結果としての前初期応答遺伝子（例えば、サイクリン）の誘導、およびその後のサイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ４、ＣＤＫ６およびＣＤＫ２）の活性化は、網膜芽細胞腫ファミリーのタンパク質（ｐＲｂ、ｐ１０７およびｐ１３０、ともにポケットタンパク質と称される）を不活性化し、そして、Ｅ２Ｆ転写因子との抑制性の会合を解除する。ポケットタンパク質のこの厳重な調節を破壊し、そしてそれらの不活性化を引き起こす分子現象は、Ｅ２Ｆ転写活性を増加し、そしてメラニン形成細胞に自律的な増殖を付与する（１０７６１９９０）。
【０２４２】
１９６０年代および１９７０年代初期における器官培養実験および移植実験は、乳腺上皮の増殖および形態発生が、間葉−上皮相互作用によって制御されることを、立証した。間葉−上皮相互作用において交換される必須シグナルを提供する分子の同定は、活発な研究分野である。最近の証明は、上皮の形態発生プログラムが、チロシンキナーゼレセプターを介してシグナルを送る間葉因子によって引き起こされ得ることを、示唆する。この総説は、インビトロにおける乳腺上皮細胞の形態形成および分化、ならびに乳腺上皮細胞の形態形成中に関連するシグナル伝達経路に対する、２つの間葉因子（肝細胞増殖因子／肝細胞散乱因子およびニューレグリン（ｎｅｕｒｅｇｕｌｉｎ））の効果に、注意を向けている（１０９５９４０５）。
【０２４３】
ＨＧＦが異なる細胞型で多機能なサイトカインとして作用することを示す証拠が増加している。この総説は、ＨＧＦの多面発現性の効果の原因である分子機構を扱う。ＨＧＦは、その特異的チロシンキナーゼレセプターｃ−ｍｅｔに高い親和性で結合し、それによって、細胞増殖および細胞分化だけでなく、細胞移動および細胞腫瘍形成もまた刺激する。医療の３つの基本原理−予防、診断、および治療−は、ＨＧＦの合理的な使用によって、利益を受け得る。腎尿細管細胞において、ＨＧＦは、有糸分裂誘起反応および形態形成反応を誘導する。中毒性の急性腎不全および虚血性の急性腎不全の動物モデルにおいて、ＨＧＦは、向腎性および腎保護性の様式で作用する。ＨＧＦ発現は、代償性増殖を誘導して、腎摘出されたラットの残存腎臓において、急速に上方制御される。慢性腎疾患のマウスモデルにおいて、ＨＧＦは、尿細管間質性線維症および腎機能不全の進行を、阻害する。増加したＨＧＦ  ｍＲＮＡ転写産物は、拒絶する腎臓の間葉細胞および細管上皮細胞において、検出された。移植された患者において、高いＨＧＦレベルは、腎臓の拒絶を示し得る。ＨＧＦがヒトの医療において治療薬として考えられる（例えば、急性損傷後の腎臓再生の刺激のため）場合、腫瘍形成の誘導なしに、細胞再生および細胞分化を刺激するように戦略を展開することが、必要である（１０７６００７８）。
【０２４４】
ＮＯＶ１１タンパク質およびＮＯＶ１１核酸のタンパク質類似性情報、発現パターン、およびマップ配置は、ＮＯＶ１１が肝細胞増殖因子ファミリーに特有の重要な構造機能および／または生理学的機能を有し得る、ということを示唆する。ゆえに、本発明のＮＯＶ１１核酸およびＮＯＶ１１タンパク質は、以下に記載する種々の疾患および障害ならびに／または他の病理に関連する、見込みある治療的応用において、有用である。例えば、本発明のＮＯＶ１１組成物は、以下に対する効力を有する：血液凝固および肝細胞癌に関する種々の疾患に罹患している患者の処置；癌（肺癌、乳癌および卵巣癌が挙げられるが、これらに限定されない）；腫瘍抑制、老化、成長調節、アポトーシスの調節、再生の調節および再生に関連する障害、子宮内膜機能低下および子宮内膜腺癌、精神病性障害および神経性障害、アルツハイマー病、内分泌性障害、炎症性障害、胃腸障害および呼吸系障害；造血、免疫療法、免疫不全疾患、炎症性疾患全て；癌治療；自己免疫疾患；肥満、筋線維芽細胞発達の調節；創傷治癒の調節への適用；血管形成筋調節障害への見込みある適用、神経性疾患ならびに／または他の病理および障害。肝細胞増殖因子様タンパク質をコードするＮＯＶ１１核酸、および本発明の肝細胞増殖因子様タンパク質、またはこれらのフラグメントは、さらに、核酸もしくはタンパク質の存在、または核酸もしくはタンパク質の量が評価される診断適用において、有用であり得る。
【０２４５】
（ＮＯＶ１２）
新規な２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニット様タンパク質をコードする１４０７ヌクレオチドの開示されたＮＯＶ１２核酸（ＧＭＡＣ０２３９４０＿Ａとも呼ばれる）を、表１２Ａ中に示す。オープンリーディングフレームは、ヌクレオチド５８〜６０のＡＴＧ開始コドンで始まり、そして、ヌクレオチド１３７７〜１３７９のＴＧＡコドンで終結することが同定された。表１２Ａにおいて、開始コドンより上流および終止コドンより下流の推定非翻訳領域に下線を引き、そして、この開始コドンおよび終止コドンは、太字である。
【０２４６】
【表１２Ａ】
2004531203.tif 000163
2004531203.tif 000164
第１２染色体に局在化する開示されたＮＯＶ１２核酸配列は、Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニット（Ｐｒｏｔｅａｓｅ  Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  Ｓｕｂｕｎｉｔ）４  ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＨＵＭ２６ＳＰＳＩＶ）と同一な、１３６２塩基中１３２０の塩基（９６％）（Ｅ＝８．６ｅ−２８５）を有する。
【０２４７】
配列番号６３によってコードされる開示されたＮＯＶ１２ポリペプチド（配列番号６４）は、４４０アミノ酸残基であり、そして、１文字アミノ酸コードを使用して、表１２Ｂ中に示される。Ｓｉｇｎａｌ  Ｐ、Ｐｓｏｒｔおよび／またはＨｙｄｒｏｐａｔｈｙの結果は、ＮＯＶ１２がシグナルペプチドを有さず、そして、０．９８００の信頼度で核に局在しそうであることを、示唆する。
【０２４８】
【表１２Ｂ】
2004531203.tif 000165
ＮＯＶ１２アミノ酸配列は、４４０アミノ酸残基のＨｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ由来の２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニット４タンパク質（Ｑ０３５２７）と同一な、４４０アミノ酸残基中４１４のアミノ酸残基（９４％）および、２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニット４タンパク質と類似な、４４０アミノ酸残基中４２２のアミノ酸残基（９５％）（Ｅ＝６．３ｅ−２１８）を、有する。グローバル配列相同性は、９４．５４５％のアミノ酸相同性および９４．０９１％のアミノ酸同一性である。
【０２４９】
ＮＯＶ１２は、少なくとも以下の組織において発現される：上皮小体腫瘍、皮膚、結腸癌、感覚上皮、肺癌、脳、肝臓、腎臓、ニューロン、脾臓、嗅神経、Ｔ細胞、軟骨、卵巣、心臓。さらに、ＮＯＶ１２は、Ｍｕｓ  ｍｕｓｃｕｌｕｓ  ２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニットに近縁なホモログ（ＧＥＮＢＡＮＫ−ＩＤ：ＡＩ３２５２２７）の発現パターンのために、以下の組織において発現されることが予想される：上皮小体腫瘍、皮膚、結腸癌、感覚上皮、肺癌、脳、肝臓、腎臓、ニューロン、脾臓、嗅神経、Ｔ細胞、軟骨、卵巣、心臓。
【０２５０】
ＮＯＶ１２はまた、表１２Ｃにおいて列挙されるＢＬＡＳＴＰデータ中に示されるアミノ酸配列と、相同性を有する。
【０２５１】
【表１２Ｃ】
2004531203.tif 000166
これらの配列の相同性を、表１２Ｄ中に示されるＣｌｕｓｔａｌＷ解析において、図表で示す。
【０２５２】
【表１２Ｄ】
2004531203.tif 000167
2004531203.tif 000168
表１２Ｅおよび表１２Ｆは、ＮＯＶ１２に対するＤＯＭＡＩＮ解析の結果からの、ドメインの説明を列挙する。これは、ＮＯＶ１２配列がこれらのドメインを含むことが既知である他のタンパク質の特性と類似する特性を有することを、示す。
【０２５３】
【表１２Ｅ】
2004531203.tif 000169
【０２５４】
【表１２Ｆ】
2004531203.tif 000170
真核細胞において、サイトゾルおよび核における大多数のタンパク質は、プロテアソーム／ユビキチン経路を介して分解される。２６Ｓプロテアソームは、約３５の異なるサブユニットから構成される２．５ＭＤａの巨大なタンパク質分解機構である。２６Ｓプロテアソームは、タンパク質分解コア複合体である２０Ｓプロテアソーム、および、たる型２０Ｓコアの終端と会合する１つまたは２つの１９Ｓ調節複合体を、含む。この１９Ｓ調節複合体は、遍在化される標的タンパク質を認識するために役立ち、そして、これらのタンパク質のアンフォールディング、および、これらのタンパク質がオリゴペプチドへ分解される２０Ｓ複合体の内部への転座において、役割を担うことが意味される。近年、２０Ｓ複合体の構造、集合状態および酵素的機構の解明において、多くの進展がなされてきたが、本発明者らの１９Ｓ制御因子の機能的機構の知識は、かなり限定されている。１９Ｓ制御因子のサブユニットの大半は同定されたが、特定の機能は、それらのサブユニットの少数にしか帰属されていない（１０５８２２３６）。
【０２５５】
ＡＴＰ／ユビキチン依存性２６Ｓプロテアソームは、細胞周期進行およびストレス応答の中心的な調節因子である。ヒトＬＮＣａＰ前立腺癌細胞におけるシグナル誘導性ＩκＢα分解をブロックするため、ペプチドアルデヒドプロテアソームインヒビターの適用を検討していると、プロテアソームの活性の永続的な阻害が強力な細胞死プログラムをシグナル伝達することが観察された。生化学的に、このプログラムは、ＰＡＲ−４（前立腺アポトーシス応答−４）、推定アポトーシス惹起性（ｐｒｏ−ａｐｏｐｔｏｔｉｃ）エフェクタータンパク質、およびｃ−ｊｕｎタンパク質（特定の細胞における強力な死亡惹起性（ｐｒｏ−ｄｅａｔｈ）エフェクター）の安定化の実質的な上方制御を含んでいた。また、生存促進性（ｐｒｏ−ｓｕｒｖｉｖａｌ）エフェクタータンパク質であるｂｃｌ−ＸＬの軽度の下方制御が観察された。しかし、いくつかの最近の報告とは対照的に、前立腺癌細胞における機能的ｂｃｌ−２タンパク質の安定で高レベルの発現は、プロテアソームインヒビターによる細胞死誘導に対する保護のシグナル伝達ができなかった。また、近年の報告に対しては不一致であるが、ＪＮＫストレスキナーゼ経路の活性化の証拠は見出されなかった。ｐ５３（プロテアソーム経路によって調節されるタンパク質）についての役割は度外視した。なぜなら、プロテアソームインヒビターによる匹敵する細胞死誘導は、機能的なｐ５３タンパク質を発現しないＰＣ−３細胞において生じたからである。従って、これらのデータは、ユビキチン／プロテアソーム経路が、ｂｃｌ−２発現またはｐ５３変異に無関係の前立腺癌に関する可能性のある治療標的になることを示す（９８７９９９５）。
【０２５６】
ＮＯＶ１２のタンパク質類似性情報、発現パターンおよびマップ配置は、ＮＯＶ１２が２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニットファミリーに特有である重要な構造機能および／または生理学的機能を有し得る、ということを示唆する。ゆえに、本発明のＮＯＶ１２核酸およびＮＯＶ１２タンパク質は、以下に記載される種々の疾患および障害ならびに／または他の病理に関する見込みある治療的応用において、有用である。例えば、本発明のＮＯＶ１２組成物は、以下に挙げられるがそれらに限定されない眼／水晶体障害に罹患している患者の処置に対する効力を有する：白内障および無水晶体症、アルツハイマー病、神経変性性障害、炎症および免疫応答の調節、ウイルス病原、加齢関連障害、神経学的障害、癌ならびに／または他の病態および障害。２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニット様タンパク質をコードするＮＯＶ１２核酸、および本発明の２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニット様タンパク質、または、これらのフラグメントは、核酸もしくはタンパク質の存在または核酸もしくはタンパク質の量が評価される診断的適用において、さらに有用であり得る。
【０２５７】
（ＮＯＶＸ核酸およびＮＯＶＸポリペプチド）
本発明の１つの局面は、ＮＯＶＸポリペプチドまたはその生物学的に活性な部分をコードする、単離された核酸分子に関する。ＮＯＶＸをコードする核酸（例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ）を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとしての使用について十分な核酸フラグメント、ならびにＮＯＶＸ核酸分子の増幅および／または変異のためのＰＣＲプライマーとしての使用のためのフラグメントもまた、本発明に含まれる。本明細書中で使用される場合、用語「核酸分子」は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ヌクレオチドアナログを使用して作製されるＤＮＡまたはＲＮＡのアナログ、ならびにそれらの誘導体、フラグメントおよびホモログを含むことを意図する。核酸分子は一本鎖または二本鎖であり得るが、好ましくは二本鎖ＤＮＡで構成される。
【０２５８】
ＮＯＶＸ核酸は、成熟ＮＯＶＸポリペプチドをコードし得る。本明細書中で使用される場合、本発明において開示されるポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、天然に存在するポリペプチドの産物または前駆体形態またはプロプロテイン（ｐｒｏｐｒｏｔｅｉｎ）である。天然に存在するポリペプチド、前駆体またはプロプロテインとしては、非限定的な例として、対応する遺伝子によりコードされる全長遺伝子産物が挙げられる。あるいは、これは、本明細書中に記載されるＯＲＦによりコードされるポリペプチド、前駆体またはプロプロテインとして規定され得る。生成物「成熟」形態は、また非限定的な例として、１以上の天然に存在するプロセシング工程（これらがこの遺伝子産物が生じる細胞または宿主細胞内で起こり得る場合）の結果として生じる。ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態に至るこのようなプロセシング工程の例としては、ＯＲＦの開始コドンによりコードされるＮ末端メチオニン残基の切断、またはシグナルペプチドもしくはリーダー配列のタンパク質分解切断が挙げられる。従って、残基１〜Ｎ（ここで、残基１はＮ末端メチオニンである）を有する前駆体ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟形態は、Ｎ末端メチオニンの除去後に残りの残基２〜Ｎを有する。あるいは、残基１〜Ｎ（ここで、Ｎ末端シグナル配列（残基１〜残基Ｍ）が切断される）を有する前駆体ポリペプチドまたはタンパク質から生じる成熟形態は、残りの残基Ｍ＋１〜残基Ｎの残基を有する。さらに、本明細書中で使用される場合、ポリペプチドまたはタンパク質の「成熟」形態は、タンパク質分解の切断事象ではなく、翻訳後修飾の工程から生じ得る。このようなさらなるプロセスとしては、非限定的な例として、グリコシル化、ミリストイル化またはリン酸化が挙げられる。一般に、成熟ポリペプチドまたはタンパク質は、これらのプロセスの１つのみまたはこれらの任意の組み合わせの操作から生じ得る。
【０２５９】
用語「プローブ」とは、本明細書中で使用される場合、種々の長さの核酸配列をいい、好ましくは、特定の用途に依存して、少なくとも約１０ヌクレオチド（ｎｔ）、１００ｎｔ、または例えば、約６，０００ｎｔほどの大きさの間である。プローブは、同一、類似または相補的な核酸配列の検出において使用される。より長い長さのプローブは、通常、天然供給源または組換え供給源から入手され、非常に特異的であり、そしてより長さの短いオリゴマープローブよりもはるかに遅くハイブリダイズする。プローブは、一本鎖または二本鎖であり得、そしてＰＣＲ、膜ベースのハイブリダイゼーション技術、またはＥＬＩＳＡ様の技術において特異性を有するように設計され得る。
【０２６０】
用語「単離された」核酸分子は、本明細書中で使用される場合、この核酸の天然の供給源中に存在する他の核酸分子から分離された核酸分子である。好ましくは、「単離された」核酸は、この核酸が由来する生物のゲノムＤＮＡ中でこの核酸に天然に隣接する配列（すなわち、この核酸の５’末端および３’末端に位置する配列）を含まない。例えば、種々の実施形態において、単離されたＮＯＶＸ核酸分子は、この核酸が由来する細胞／組織（例えば、脳、心臓、肝臓、脾臓など）のゲノムＤＮＡ中でこの核酸分子に天然で隣接する、約５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂ、または０．１ｋｂ未満のヌクレオチド配列を含み得る。さらに、「単離された」核酸分子、例えば、ｃＤＮＡ分子は、組換え技術により産生される場合、その他の細胞物質または培養培地を実質的に含まないか、または化学的に合成される場合、化学物質前駆体もしくはその他の化学物質を実質的に含まないものであり得る。
【０２６１】
本発明の核酸分子、例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３のヌクレオチド配列を有する核酸分子、または上記のヌクレオチド配列の相補体は、標準的な分子生物学的技術および本明細書で提供される配列情報を用いて単離され得る。ハイブリダイゼーションプローブとして、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３の核酸配列の全部または一部を使用して、ＮＯＶＸ分子は、標準的なハイブリダイゼーションおよびクローニング技術（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（編）、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ  第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹ、１９８９；およびＡｕｓｕｂｅｌら、（編）、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ、１９９３に記載されるように）を用いて単離され得る。
【０２６２】
本発明の核酸は、標準的なＰＣＲ増幅技術に従って、テンプレートとしてｃＤＮＡ、ｍＲＮＡあるいはゲノムＤＮＡ、および適切なオリゴヌクレオチドプライマーを用いて増幅され得る。このように増幅された核酸は、適切なベクター中にクローン化され、そしてＤＮＡ配列分析により特徴付けられ得る。さらに、ＮＯＶＸヌクレオチド配列に対応するオリゴヌクレオチドは、標準的な合成技術、例えば、自動化ＤＮＡ合成機を用いることにより調製され得る。
【０２６３】
本明細書で用いられる場合、用語「オリゴヌクレオチド」は、一連の連結されたヌクレオチド残基をいい、このオリゴヌクレオチドは、ＰＣＲ反応で用いられるに十分な数のヌクレオチド塩基を有する。短いオリゴヌクレオチド配列は、ゲノム配列もしくはｃＤＮＡ配列に基づき得るか、またはそれから設計され得、そして特定の細胞もしくは組織において、同一、類似もしくは相補的なＤＮＡもしくはＲＮＡを増幅し、確認し、もしくはその存在を示すために用いられる。オリゴヌクレオチドは、約１０ｎｔ、５０ｎｔ、または１００ｎｔの長さ、好ましくは約１５ｎｔ〜３０ｎｔの長さを有する核酸配列の一部を含む。本発明の１つの実施形態では、１００ｎｔ未満の長さの核酸分子を含むオリゴヌクレオチドは、さらに、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３の少なくとも６個連続するヌクレオチド、またはその相補体を含む。オリゴヌクレオチドは、化学的に合成され得、そしてまたプローブとして用いられ得る。
【０２６４】
別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３に示されるヌクレオチド配列またはこのヌクレオチド配列の一部分（例えば、プローブまたはプライマーとして使用され得るフラグメント、あるいはＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分をコードするフラグメント）の相補体である核酸分子を含む。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、または６３に示されるヌクレオチド配列に相補的である核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、または６３に示されるヌクレオチド配列に十分相補的である核酸分子であり、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３に示されるヌクレオチド配列に対しミスマッチがほとんどまたは全くなく水素結合し得、それによって安定な二重鎖を形成する核酸分子である。
【０２６５】
本明細書で用いる場合、用語「相補的」は、核酸分子のヌクレオチド単位間のＷａｔｓｏｎ−ＣｒｉｃｋまたはＨｏｏｇｓｔｅｅｎ塩基対形成をいい、そして用語「結合」は、２つのポリペプチドもしくは化合物または関連ポリペプチドもしくは化合物またはそれらの組合せ間の物理的または化学的相互作用を意味する。結合は、イオン性、非イオン性、ファンデルワールス性、疎水性相互作用などを含む。物理的相互作用は、直接的または間接的のいずれかであり得る。間接的相互作用は、別のポリペプチドまたは化合物を介するか、またはその効果に起因し得る。直接的結合は、別のポリペプチドもしくは化合物を介して、またはその効果に起因して生じない、その他の実質的な化学的中間体がない相互作用をいう。
【０２６６】
本明細書中に提供されるフラグメントは、少なくとも６個（連続する）核酸配列または少なくとも４個（連続する）アミノ酸配列（それぞれ、核酸の場合には、特異的なハイブリダイゼーションを可能にし、またはアミノ酸の場合には、エピトープの特異的な認識を可能にするに十分な長さ）として規定され、そして長くても全長配列未満のいくらかの部分である。フラグメントは、選択された核酸配列またはアミノ酸配列の任意の連続する部分に由来し得る。誘導体は、直接的にか、または改変もしくは部分的置換によってかのいずれかでネイティブな化合物から形成される核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、ネイティブな化合物に類似する構造（ただし、同一ではない）を有するが、特定の成分または側鎖に関してそれとは異なる核酸配列またはアミノ酸配列である。アナログは、合成物であり得るか、または進化的に異なる起源に由来し得、そして野生型と比較して、類似の代謝活性または反対の代謝活性を有し得る。ホモログは、異なる種由来の特定の遺伝子の核酸配列またはアミノ酸配列である。
【０２６７】
誘導体およびアナログは、以下に記載のように、誘導体またはアナログが、改変された核酸またはアミノ酸を含む場合、全長、または全長以外のものであり得る。本発明の核酸またはタンパク質の誘導体またはアナログは、種々の実施形態において、本発明の核酸もしくはタンパク質に、同一の大きさの核酸配列またはアミノ酸配列にわたって、または整列した配列と比較した場合（この整列は、当該分野で公知であるコンピューター相同性プログラムによって実施される）、少なくとも約７０％、約８０％、または約９５％の同一性（好ましい同一性は、８０〜９５％）で実質的に相同であるか、あるいはそのコードする核酸がストリンジェントの、中程度にストリンジェントの、または低いストリンジェントの条件下で上記のタンパク質をコードする配列の相補体にハイブリダイズし得る、領域を含む分子を包含するが、これらに限定されない。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ、１９９３、および以下を参照のこと。
【０２６８】
「相同な核酸配列」もしくは「相同なアミノ酸配列」、またはその改変体とは、上記で考察したように、ヌクレオチドレベルまたはアミノ酸レベルにおける相同性によって特徴付けられる配列をいう。相同なヌクレオチド配列は、ＮＯＶＸポリペプチドのアイソフォームをコードする配列をコードする。アイソフォームは、例えば、ＲＮＡの選択的スプライシングの結果として、同一の生物の異なる組織において発現され得る。あるいは、アイソフォームは、異なる遺伝子によってコードされ得る。本発明において、相同なヌクレオチド配列は、ヒト以外の種（脊椎動物が挙げられるが、これに限定されず、従って、例えば、カエル、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマおよび他の生物が挙げられ得る）のＮＯＶＸポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。相同なヌクレオチド配列としてはまた、天然に存在する対立遺伝子バリエーションおよび本明細書に記載されるヌクレオチド配列の変異が挙げられるが、これらに限定されない。しかし、相同なヌクレオチド配列は、ヒトＮＯＶＸタンパク質をコードする正確なヌクレオチド配列を含まない。相同な核酸配列は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３の保存的アミノ酸置換（以下を参照のこと）、ならびにＮＯＶＸ生物学的活性を保有するポリペプチドをコードする核酸配列を含む。ＮＯＶＸタンパク質の種々の生物学的活性は以下に記載されている。
【０２６９】
ＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸ核酸のオープンリーディングフレーム（「ＯＲＦ」）によりコードされる。ＯＲＦは、ポリペプチドに潜在的に翻訳され得るヌクレオチド配列に対応する。ＯＲＦを含む核酸のストレッチは、終止コドンによって途切れない。全タンパク質についてのコード配列を表すＯＲＦは、ＡＴＧ「開始（ｓｔａｒｔ）」コドンで始まり、そして３種類の「終止（ｓｔｏｐ）」コドン（すなわち、ＴＡＡ、ＴＡＧ、またはＴＧＡ）のうちの１つで終結する。本発明の目的に対して、ＯＲＦは、開始コドン、終止コドンまたはその両方を有するかまたは有さない、コード配列の任意の部分であり得る。ｂｏｎａ  ｆｉｄｅ細胞タンパク質のコードのための良好な候補としてみなされるＯＲＦについて、最小サイズの必要条件（例えば、５０アミノ酸以上のタンパク質をコードするＤＮＡのストレッチ）がしばしば設定される。
【０２７０】
ヒトＮＯＶＸ遺伝子のクローニングから決定されたヌクレオチド配列は、他の細胞型（例えば、他の組織由来）におけるＮＯＶＸホモログ、ならびに他の脊椎動物由来のＮＯＶＸホモログを同定および／またはクローニングする際の使用のために設計されるプローブおよびプライマーの作製を可能にする。このプローブ／プライマーは、代表的には、実質的に精製されたオリゴヌクレオチドを含む。このオリゴヌクレオチドは、代表的には、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３の少なくとも約１２個、約２５個、約５０個、約１００個、約１５０個、約２００個、約２５０個、約３００個、約３５０個または約４００個の連続するセンス鎖ヌクレオチド配列；あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列；あるいは配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３の天然に存在する変異体のアンチセンス鎖ヌクレオチド配列に、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を含む。
【０２７１】
ヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に基づくプローブは、同じかまたは相同なタンパク質をコードする転写物またはゲノム配列を検出するために使用され得る。種々の実施形態において、このプローブはさらに、プローブに付着した標識基を含み、例えば、この標識基は放射性同位体、蛍光化合物、酵素、または酵素補因子であり得る。このようなプローブは、ＮＯＶＸタンパク質を誤って発現する細胞または組織を同定するための診断試験キットの一部として、例えば、被験体由来の細胞サンプル中のＮＯＶＸをコードする核酸のレベルを測定すること（例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡレベルを検出すること）またはゲノムＮＯＶＸ遺伝子が変異しているかもしくは欠失しているか否かを決定することによって使用され得る。
【０２７２】
「ＮＯＶＸポリペプチドの生物学的に活性な部分を有するポリペプチド」とは、本発明のポリペプチドの活性に類似するが、必ずしも同一である必要ははない活性を示すポリペプチドをいい、用量依存性の有無に関わらず、特定の生物学的アッセイにおいて測定されるような成熟形態を含む。「ＮＯＶＸの生物学的に活性な部分」をコードする核酸フラグメントは、ＮＯＶＸの生物学的活性（ＮＯＶＸタンパク質の生物学的活性は、以下に記載される）を有するポリペプチドをコードする、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３の一部を単離し、ＮＯＶＸタンパク質のコードされた部分を発現させ（例えば、インビトロでの組換え発現によって）、そしてＮＯＶＸのコードされた部分の活性を評価することによって調製され得る。
【０２７３】
（ＮＯＶＸ核酸改変体およびＮＯＶＸポリペプチド改変体）
本発明はさらに、遺伝コードの縮重に起因して、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３に示されるヌクレオチド配列とは異なり、それゆえ、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３に示されるヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質と同じＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸分子を含む。別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に示されるアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。
【０２７４】
配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３に示されるヒトＮＯＶＸヌクレオチド配列に加えて、このＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列における変化を導くＤＮＡ配列多型は、集団（例えば、ヒト集団）内に存在し得ることが、当業者によって理解される。ＮＯＶＸ遺伝子中のこのような遺伝的多型は、天然の対立遺伝子のバリエーションに起因して、集団内の個体間に存在し得る。本明細書中で用いられる場合、用語「遺伝子」および「組換え遺伝子」は、ＮＯＶＸタンパク質、好ましくは脊椎動物のＮＯＶＸタンパク質をコードするオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含む核酸分子をいう。このような天然の対立遺伝子のバリエーションは、代表的には、ＮＯＶＸ遺伝子のヌクレオチド配列において１〜５％の変化を生じ得る。天然の対立遺伝子バリエーションの結果であり、そしてこのＮＯＶＸポリペプチドの機能的活性を変化させない、ＮＯＶＸポリペプチド内の任意および全てのこのようなヌクレオチドのバリエーションならびに得られるアミノ酸多型は、本発明の範囲内であることが意図される。
【０２７５】
さらに、他の種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードし、従って、ヒトの配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３とは異なるヌクレオチド配列を有する核酸分子は、本発明の範囲内にあることが意図される。本発明のＮＯＶＸ  ｃＤＮＡの天然の対立遺伝子改変体およびホモログに対応する核酸分子は、本明細書中に開示されるヒトＮＯＶＸ核酸に対するその相同性に基づいて、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、標準的なハイブリダイゼーション技術に従うハイブリダイゼーションプローブとしてヒトｃＤＮＡまたはそれらの一部を用いて単離され得る。
【０２７６】
従って、別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、少なくとも６ヌクレオチドの長さであり、そしてストリンジェント条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズする。別の実施形態では、この核酸は、少なくとも１０、２５、５０、１００、２５０、５００、７５０、１０００、１５００、または２０００以上のヌクレオチドの長さである。なお別の実施形態では、本発明の単離された核酸分子は、コード領域にハイブリダイズする。本明細書中で用いられる場合、用語「ストリンジェント条件下でハイブリダイズする」は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄に関して、互いに少なくとも６０％相同なヌクレオチド配列が代表的に互いにハイブリダイズしたままである条件を記載することを意図する。
【０２７７】
ホモログ（すなわち、ヒト以外の種由来のＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸）または他の関連配列（例えば、パラログ（ｐａｒａｌｏｇ））は、特定のヒト配列の全てまたは一部をプローブとし、核酸ハイブリダイゼーションおよびクローニングに関して当該分野で周知の方法を使用して、低い、中程度の、または高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーションによって入手され得る。
【０２７８】
本明細書中で用いられる場合、語句「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」は、その条件下で、プローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチドが、その標的配列にハイブリダイズするが、その他の配列にはハイブリダイズしない条件をいう。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、そして異なる状況で異なる。より長い配列は、より短い配列よりも高い温度で特異的にハイブリダイズする。一般に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびｐＨで、特定の配列の熱融解点（Ｔｍ）より約５℃低いように選択される。このＴｍは、標的配列に相補的なプローブの５０％が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする（規定されたイオン強度、ｐＨおよび核酸濃度下での）温度である。標的配列は一般に過剰で存在するので、Ｔｍでは、５０％のプローブが平衡状態で占有されている。代表的に、ストリンジェントな条件は、ｐＨ７．０〜８．３で、塩濃度が約１．０Ｍナトリウムイオンより少なく、代表的には約０．０１〜１．０Ｍナトリウムイオン（またはその他の塩）、そして温度が、短いプローブ、プライマーまたはオリゴヌクレオチド（例えば、１０ｎｔ〜５０ｎｔ）について少なくとも約３０℃、そしてより長いプローブ、プライマーおよびオリゴヌクレオチドについて少なくとも約６０℃であるような条件である。ストリンジェントな条件はまた、ホルムアミドのような、不安定化剤の添加で達成され得る。
【０２７９】
ストリンジェント条件は、当業者に公知であり、そしてＡｕｓｕｂｅｌら（編），ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６に見出され得る。好ましくは、この条件は、互いに少なくとも約６５％、約７０％、約７５％、約８５％、約９０％、約９５％、約９８％または約９９％相同な配列が、代表的には互いにハイブリダイズしたままであるような条件である。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、６×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．０２％  ＢＳＡ、および５００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡを含む高塩緩衝液中での６５℃でのハイブリダイゼーションであり、続いて、０．２×ＳＳＣ、０．０１％  ＢＳＡ中での５０℃での１回以上の洗浄を行う。ストリンジェント条件下で配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３の配列にハイブリダイズする本発明の単離された核酸分子は、天然に存在する核酸分子に対応する。本明細書中で使用される場合、「天然に存在する」核酸分子とは、天然に存在する（例えば、天然のタンパク質をコードする）ヌクレオチド配列を有する、ＲＮＡ分子またはＤＮＡ分子をいう。
【０２８０】
第２の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３のヌクレオチド配列、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体を含む核酸分子に、中程度のストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズ可能な核酸配列が提供される。中程度のストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、５５℃での６×ＳＳＣ、５×デンハルト溶液、０．５％  ＳＤＳおよび１００ｍｇ／ｍｌ変性サケ精子ＤＮＡ中でのハイブリダイゼーションであり、続いて１×ＳＳＣ、０．１％  ＳＤＳ中での３７℃での１回以上の洗浄を行う。用いられ得る中程度のストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹおよびＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０，ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹを参照のこと。
【０２８１】
第３の実施形態では、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３のヌクレオチド配列、またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体を含む核酸分子に、低ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズ可能な核酸が提供される。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件の非限定的な例は、３５％ホルムアミド、５×ＳＳＣ、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、５ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．０２％  ＰＶＰ、０．０２％  Ｆｉｃｏｌｌ、０．２％  ＢＳＡ、１００ｍｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ、１０％（重量／容量）硫酸デキストラン中での４０℃でのハイブリダイゼーションであり、続いて２×ＳＳＣ、２５ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ７．４）、５ｍＭ  ＥＤＴＡおよび０．１％  ＳＤＳ中での５０℃での１回以上の洗浄を行う。用いられ得る低ストリンジェンシーの他の条件は、当該分野で周知である（例えば、種交差ハイブリダイゼーションについて用いられるように）。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編），１９９３，ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，ＮＹならびにＫｒｉｅｇｌｅｒ，１９９０，ＧＥＮＥ  ＴＲＡＮＳＦＥＲ  ＡＮＤ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ，Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ，Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ；ＳｈｉｌｏおよびＷｅｉｎｂｅｒｇ，１９８１，Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ７８：６７８９−６７９２を参照のこと。
【０２８２】
（保存的変異）
集団中に存在し得るＮＯＶＸ配列の天然に存在する対立遺伝子改変体に加えて、当業者は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３のヌクレオチド配列への変異によって変化が導入され得、それによって、上記のＮＯＶＸタンパク質の機能的能力を変更することなく、コードされるＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に変化がもたらされることをさらに理解する。例えば、「非必須」アミノ酸残基でアミノ酸置換を導くヌクレオチド置換は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４の配列において行われ得る。「非必須」アミノ酸残基は、その生物学的活性を変更することなく、このＮＯＶＸタンパク質の野生型配列から変更され得る残基であり、一方、「必須」アミノ酸残基は、このような生物学的活性に必要とされる。例えば、本発明のＮＯＶＸタンパク質の間で保存されているアミノ酸残基は、特に変更を受け入れ難いと予測される。保存的置換がなされ得るアミノ酸は、当該分野で周知である。
【０２８３】
本発明の別の局面は、活性に必須ではないアミノ酸残基における変化を含む、ＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸分子に関する。このようなＮＯＶＸタンパク質は、アミノ酸配列が、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３とは異なるが、生物学的活性をなお保持する。１つの実施形態では、単離された核酸分子は、タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含み、ここで、このタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同なアミノ酸配列を含む。好ましくは、この核酸分子によってコードされるタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に対して少なくとも約６０％相同であり；より好ましくは配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に対して少なくとも約７０％相同であり；なおより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に対してして少なくとも約８０％相同であり；さらにより好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に対して少なくとも約９０％相同であり；そして最も好ましくは、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に対して少なくとも約９５％相同である。
【０２８４】
配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４のタンパク質に相同なＮＯＶＸタンパク質をコードする単離された核酸分子は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３のヌクレオチド配列に１以上のヌクレオチドの置換、付加または欠失を導入することにより作製され得、これによって、１以上のアミノ酸の置換、付加または欠失が、コードされるタンパク質に導入される。
【０２８５】
変異は、標準技術（例えば、部位指向型変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発）によって配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３に導入され得る。好ましくは、保存的アミノ酸置換が、１以上の推定非必須アミノ酸残基にて作製される。「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換される、アミノ酸置換である。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該分野で定義されている。これらのファミリーとしては、以下が挙げられる：塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分枝側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）。従って、ＮＯＶＸタンパク質中の推定非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖のファミリー由来の別のアミノ酸残基で置換される。あるいは、別の実施形態では、変異は、ＮＯＶＸコード配列の全てまたは一部に沿って（例えば、飽和変異誘発（ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）によって）ランダムに導入され得、そして得られる変異体は、ＮＯＶＸの生物学的活性についてスクリーニングされて、活性を維持する変異体を同定し得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３の変異誘発に続いて、コードされるタンパク質は、当該分野で公知の任意の組換え技術によって発現され得、そしてこのタンパク質の活性が決定され得る。
【０２８６】
アミノ酸ファミリーの関連性はまた、側鎖の相互作用に基づいて決定され得る。置換されたアミノ酸は、完全に保存された「強い」残基または完全に保存された「弱い」残基であり得る。保存されたアミノ酸残基の「強い」群は、以下の群のいずれか１つであり得る：ＳＴＡ、ＮＥＱＫ、ＮＨＱＫ、ＮＤＥＱ、ＱＨＲＫ、ＭＩＬＶ、ＭＩＬＦ、ＨＹ、ＦＹＷ（ここで、一文字アミノ酸コードは、互いに置換され得るこれらのアミノ酸残基によりグループ化される）。同様に、保存された残基の「弱い」群は、以下のいずれか１つで有り得る：ＣＳＡ、ＡＴＶ、ＳＡＧ、ＳＴＮＫ、ＳＴＰＡ、ＳＧＮＤ、ＳＮＤＥＱＫ、ＮＤＥＱＨＫ、ＮＥＱＨＲＫ、ＶＬＩＭ、ＨＦＹ（ここで、各群内の文字は、一文字アミノ酸コードを表す）。
【０２８７】
１つの実施形態では、変異体ＮＯＶＸタンパク質は、以下についてアッセイされ得る：（ｉ）他のＮＯＶＸタンパク質、他の細胞表面タンパク質、もしくは生物学的に活性なそれらの部分と、タンパク質：タンパク質相互作用を形成する能力、（ｉｉ）変異体ＮＯＶＸタンパク質とＮＯＶＸのリガンドとの間の複合体形成；または（ｉｉｉ）変異体ＮＯＶＸタンパク質が細胞内標的タンパク質もしくはそれらの生物学的に活性な部分に結合する能力；（例えば、アビジンタンパク質）。
【０２８８】
なお別の実施形態において、変異体ＮＯＶＸタンパク質は、特定の生物学的機能を調節する能力（例えば、インスリン放出の調節）についてアッセイされ得る。
【０２８９】
（アンチセンス核酸）
本発明の別の局面は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３またはそれらのフラグメント、アナログもしくは誘導体のヌクレオチド配列を含む核酸分子にハイブリダイズし得るかまたは相補的である、単離されたアンチセンス核酸分子に関する。「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的である（例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的であるか、またはｍＲＮＡ配列に相補的である）ヌクレオチド配列を含む。特定の局面では、少なくとも約１０、約２５、約５０、約１００、約２５０もしくは約５００ヌクレオチドまたはＮＯＶＸコード鎖の全体、またはそれらの一部のみに相補的な配列を含む、アンチセンス核酸分子が提供される。配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４のＮＯＶＸタンパク質のフラグメント、ホモログ、誘導体およびアナログをコードする核酸分子、または配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３のＮＯＶＸ核酸配列に相補的なアンチセンス核酸がさらに提供される。
【０２９０】
１つの実施形態では、アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「コード領域」に対してアンチセンスである。用語「コード領域」とは、アミノ酸残基に翻訳されるコドンを含む、ヌクレオチド配列の領域をいう。別の実施形態では、このアンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の「非コード領域」に対してアンチセンスである。用語「非コード領域」とは、コード領域に隣接する、アミノ酸に翻訳されない、５’配列および３’配列をいう（すなわち、５’非翻訳領域および３’非翻訳領域ともいわれる）。
【０２９１】
本明細書中に開示されるＮＯＶＸタンパク質をコードするコード鎖配列を考慮すれば、本発明のアンチセンス核酸は、ＷａｔｓｏｎおよびＣｒｉｃｋまたはＨｏｏｇｓｔｅｅｎの塩基対形成の規則に従って設計され得る。アンチセンス核酸分子は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡのコード領域全体に相補的であり得るが、より好ましくは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡのコード領域または非コード領域の一部にのみアンチセンスであるオリゴヌクレオチドである。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳開始部位を取り囲む領域に相補的であり得る。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さが約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約３０、約３５、約４０、約４５または約５０ヌクレオチドであり得る。本発明のアンチセンス核酸は、当該分野で公知の手順を用いて、化学的合成または酵素連結反応を用いて構築され得る。例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、またはこの分子の生物学的安定性を増大させるように、もしくはアンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成される二重鎖の物理的安定性を増大させるように設計された種々に改変されたヌクレオチドを用いて化学的に合成され得る（例えば、ホスホロチオエート誘導体およびアクリジン置換ヌクレオチドが用いられ得る）。
【０２９２】
アンチセンス核酸を作製するために用いられ得る改変されたヌクレオチドの例としては以下が挙げられる：５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルキューオシン（ｇａｌａｃｔｏｓｙｌｑｕｅｏｓｉｎｅ）、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルキューオシン（ｍａｎｎｏｓｙｌｑｕｅｏｓｉｎｅ）、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｎ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン（ｗｙｂｕｔｏｘｏｓｉｎｅ）、シュード（プソイド）ウラシル、キューオシン（ｑｕｅｏｓｉｎｅ）、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、および２，６−ジアミノプリン。あるいは、このアンチセンス核酸は、核酸がアンチセンス方向でサブクローニングされた発現ベクターを用いて生物学的に生成され得る（すなわち、挿入された核酸から転写されたＲＮＡは、目的の標的核酸に対してアンチセンス方向であり、このことは、以下の小節にさらに記載される）。
【０２９３】
本発明のアンチセンス核酸分子は、代表的に被験体に投与されるか、またはインサイチュで生成され、その結果それらは、ＮＯＶＸタンパク質をコードする細胞性ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡとハイブリダイズするか、またはそれに結合し、それによってこのタンパク質の発現を阻害する（例えば、転写および／または翻訳を阻害することによって）。ハイブリダイゼーションは、安定な二重鎖を形成する従来のヌクレオチド相補性によってか、または例えばＤＮＡ二重鎖に結合するアンチセンス核酸分子の場合には、二重らせんの主溝における特異的相互作用を介してであり得る。本発明のアンチセンス核酸分子の投与経路の例としては、組織部位での直接的注射が挙げられる。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的化するように改変され得、次いで全身に投与される。例えば、全身投与のために、アンチセンス分子は、選択された細胞表面上に発現されたレセプターまたは抗原にそれらが特異的に結合するように改変され得る（例えば、そのアンチセンス核酸分子を、細胞表面レセプターまたは抗原に結合するペプチドまたは抗体に連結することによって）。このアンチセンス核酸分子はまた、本明細書中に記載されるベクターを用いて細胞に送達され得る。十分な核酸分子を達成するために、アンチセンス核酸分子が強力なｐｏｌ  ＩＩプロモーターまたはｐｏｌ  ＩＩＩプロモーターの制御下に置かれているベクター構築物が、好ましい。
【０２９４】
なお別の実施形態において、本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子である。α−アノマー核酸分子は、相補的ＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリッドを形成し、ここで、通常のβ−ユニットとは対照的に、鎖は、互いに平行に延びる。例えば、Ｇａｕｌｔｉｅｒら、１９８７、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１を参照のこと。このアンチセンス核酸分子はまた、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（例えば、Ｉｎｏｕｅら、１９８７、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１〜６１４８を参照のこと）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡアナログ（例えば、Ｉｎｏｕｅら、１９８７、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７〜３３０を参照のこと）を含み得る。
【０２９５】
（リボザイム部分およびＰＮＡ部分）
核酸の改変としては、非制限的な例として、改変塩基、および糖リン酸骨格が改変または誘導体化された核酸が挙げられる。これらの改変は、少なくとも一部は、改変された核酸の化学的安定性を増強するために実施され、その結果、それらは、例えば、被験体での治療的適用におけるアンチセンス結合核酸として使用され得る。
【０２９６】
１つの実施形態において、本発明のアンチセンス核酸はリボザイムである。リボザイムは、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ）を切断し得るリボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡ分子であり、これらは、その一本鎖核酸に対して相補領域を有する。従って、リボザイム（例えば、ＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ  １９８８．Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：５８５−５９１に記載されるハンマーヘッド型リボザイム）を使用して、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ転写物を触媒的に切断し、それによってＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの翻訳を阻害し得る。ＮＯＶＸをコードする核酸に特異性を有するリボザイムは、本明細書中に開示されるＮＯＶＸ  ｃＤＮＡのヌクレオチド配列（すなわち、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３）に基づいて設計され得る。例えば、活性部位のヌクレオチド配列が、ＮＯＶＸをコードするｍＲＮＡ内で切断されるヌクレオチド配列に相補的である、テトラヒメナ（Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ）Ｌ−１９  ＩＶＳ  ＲＮＡの誘導体が構築され得る。例えば、Ｃｅｃｈらの米国特許第４，９８７，０７１号およびＣｅｃｈらの米国特許第５，１１６，７４２号を参照のこと。ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡをまた使用して、ＲＮＡ分子のプールから、特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒性ＲＮＡを選択し得る。例えば、Ｂａｒｔｅｌら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１４１１〜１４１８を参照のこと。
【０２９７】
あるいは、ＮＯＶＸ遺伝子発現は、ＮＯＶＸ核酸の調節領域（例えば、ＮＯＶＸのプロモーターおよび／またはエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的化し、標的細胞中でＮＯＶＸ遺伝子の転写を妨害する三重らせん構造を形成することによって阻害され得る。例えば、Ｈｅｌｅｎｅ、１９９１．Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９〜８４；Ｈｅｌｅｎｅら、１９９２．Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；Ｍａｈｅｒ，１９９２．Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４：８０７−１５を参照のこと。
【０２９８】
種々の実施形態において、ＮＯＶＸ核酸は、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格で改変され、例えば、その分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは可溶性を改善し得る。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を改変して、ペプチド核酸を生成し得る。例えば、Ｈｙｒｕｐら、１９９６．Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  ４：５−２３を参照のこと。本明細書中で使用される場合、用語「ペプチド核酸」または「ＰＮＡ」は、デオキシリボースリン酸骨格が偽ペプチド骨格によって置換され、そして４つの天然の核酸塩基のみが保持されている核酸模倣物（例えば、ＤＮＡ模倣物）をいう。ＰＮＡの中性の骨格は、低いイオン強度の条件下でＤＮＡおよびＲＮＡに対する特異的ハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、Ｈｙｒｕｐら、１９９６．前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら、１９９６．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９３：１４６７０−１４６７５において記載されるような標準的固相ペプチド合成プロトコルを用いて行われ得る。
【０２９９】
ＮＯＶＸのＰＮＡは、治療的適用および診断的適用において使用され得る。例えば、ＰＮＡは、例えば転写もしくは翻訳の停止を誘導することまたは複製を阻害することによる、遺伝子発現の配列特異的調節のためのアンチセンスまたは抗遺伝子剤として使用され得る。ＮＯＶＸのＰＮＡはまた、例えばＰＮＡ指向性ＰＣＲクランピングによる遺伝子における一塩基対変異の分析において；他の酵素（例えば、Ｓ１ヌクレアーゼ）と組み合わせて使用される場合の人工制限酵素として（Ｈｙｒｕｐら、１９９６．前出を参照のこと）；またはＤＮＡ配列およびハイブリダイゼーションのプローブもしくはプライマーとして（Ｈｙｒｕｐら、１９９６、前出；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら、１９９６、前出を参照のこと）、使用され得る。
【０３００】
別の実施形態において、ＮＯＶＸのＰＮＡは、例えば、それらの安定性または細胞取り込みを増強するために、ＰＮＡに脂溶性基または他のヘルパー基を結合することによって、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの形成によって、またはリポソームもしくは当該分野において公知の薬物送達の他の技術の使用によって改変され得る。例えば、ＰＮＡおよびＤＮＡの有利な特性を組合せ得る、ＮＯＶＸのＰＮＡ−ＤＮＡキメラが生成され得る。ＰＮＡ部分が高い結合親和性および特異性を提供する一方で、そのようなキメラは、ＤＮＡ認識酵素（例えば、ＲＮａｓｅ  ＨおよびＤＮＡポリメラーゼ）がＤＮＡ部分と相互作用することを可能にする。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラは、塩基のスタッキング、核酸塩基間の結合数および方向を考慮して選択される適切な長さのリンカーを使用して連結され得る（Ｈｙｒｕｐら、１９９６、前出を参照のこと）。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Ｈｙｒｕｐら、１９９６，前出およびＦｉｎｎら、１９９６、Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２４：３３５７−３３６３において記載されるように行われ得る。例えば、ＤＮＡ鎖は、標準的なホスホルアミダイトカップリング化学を用いて固体支持体上で合成され得、そして改変されたヌクレオシドアナログ（例えば、５’−（４−メトキシトリチル）アミノ−５’−デオキシ−チミジンホスホルアミダイト）が、ＰＮＡとＤＮＡの５’末端との間に使用され得る。Ｍａｇら、１９８９、Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ  １７：５９７３〜５９８８を参照のこと。次いで、ＰＮＡモノマーが段階様式でカップリングされ、５’ＰＮＡセグメントおよび３’ＤＮＡセグメントを有するキメラ分子を生成する。例えば、Ｆｉｎｎら、１９９６、前出を参照のこと。あるいは、５’ＤＮＡセグメントおよび３’ＰＮＡセグメントを用いて、キメラ分子が合成され得る。例えば、Ｐｅｔｅｒｓｅｎら、１９７５、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．５：１１１９〜１１１２４を参照のこと。
【０３０１】
他の実施形態において、このオリゴヌクレオチドは、以下のような他の付属の基を含み得る：ペプチド（例えば、インビボで宿主細胞レセプターを標的化するため）、または細胞膜を横切る輸送を容易にする因子（例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８６：６５５３〜６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら、１９８７、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：６４８〜６５２；ＰＣＴ公開番号ＷＯ８８／０９８１０を参照のこと）、または血液脳関門を横切る輸送を容易にする因子（例えば、ＰＣＴ公開番号ＷＯ８９／１０１３４を参照のこと）。さらに、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発切断剤（例えば、Ｋｒｏｌら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８〜９７６を参照のこと）、またはインターカレート剤（例えば、Ｚｏｎ，１９８８．Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．５：５３９〜５４９を参照のこと）で改変され得る。この目的のために、このオリゴヌクレオチドは、別の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送剤、ハイブリダイゼーション誘発切断剤など）に結合され得る。
【０３０２】
（ＮＯＶＸポリペプチド）
本発明に従うポリペプチドは、配列が配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に提供されるＮＯＶＸポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。本発明はまた、そのＮＯＶＸ活性および生理学的機能を維持するタンパク質、またはその機能的フラグメントをなおコードするが、その任意の残基が配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に示される対応する残基から変化し得る、変異体または改変体タンパク質を含む。
【０３０３】
一般に、ＮＯＶＸ様機能を保持するＮＯＶＸ改変体は、配列中の特定の位置の残基が他のアミノ酸により置換されている任意の改変体を含み、そしてさらに、親タンパク質の２つの残基間にさらなる残基を挿入する可能性、および親配列から１つ以上の残基を欠失する可能性を含む。任意のアミノ酸置換、挿入または欠失が、本発明に包含される。好適な状況では、この置換は、上記で規定されるような保存的置換である。
【０３０４】
本発明の１つの局面は、単離されたＮＯＶＸタンパク質、およびその生物学的に活性な部分、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログに関する。抗ＮＯＶＸ抗体を惹起するための免疫原としての使用のために適切なポリペプチドフラグメントもまた提供される。１つの実施形態において、ネイティブなＮＯＶＸタンパク質は、標準的なタンパク質精製技術を用いる適切な精製スキームによって、細胞または組織供給源から単離され得る。別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、組換えＤＮＡ技術によって産生される。組換え発現に代わるものとして、ＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチドは、標準的なペプチド合成技術を用いて化学合成され得る。
【０３０５】
「単離された」または「精製された」ポリペプチドまたはタンパク質あるいはその生物学的に活性な部分は、ＮＯＶＸタンパク質の由来する細胞または組織供給源由来の細胞性物質または他の夾雑タンパク質を実質的に含まないか、あるいは化学合成される場合に化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない。用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、ＮＯＶＸタンパク質が単離または組換え産生される細胞の細胞性成分から、ＮＯＶＸタンパク質が分離されている、ＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。１つの実施形態において、用語「細胞性物質を実質的に含まない」は、非ＮＯＶＸタンパク質（本明細書中において「夾雑タンパク質」とも呼ばれる）を約３０％未満（乾燥重量にて）、より好ましくは非ＮＯＶＸタンパク質を約２０％未満、なおより好ましくは非ＮＯＶＸタンパク質を約１０％未満、そして最も好ましくは非ＮＯＶＸタンパク質を約５％未満有する、ＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分が組換え産生される場合、好ましくは、調製物はまた培養培地を実質的に含まない（すなわち、培養培地は、そのＮＯＶＸタンパク質調製物の容量の約２０％未満、より好ましくは約１０％未満、そして最も好ましくは約５％未満を示す）。
【０３０６】
用語「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、タンパク質が、そのタンパク質の合成に関与する化学前駆体または他の化学物質から分離されている、ＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。１つの実施形態において、用語「化学前駆体または他の化学物質を実質的に含まない」は、化学前駆体または非ＮＯＶＸの化学物質を約３０％未満（乾燥重量にて）、より好ましくは化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を約２０％未満、なおより好ましくは化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を約１０％未満、そして最も好ましくは化学前駆体または非ＮＯＶＸ化学物質を約５％未満有する、ＮＯＶＸタンパク質の調製物を含む。
【０３０７】
ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、全長ＮＯＶＸタンパク質より少ないアミノ酸を含み、そしてＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性を示す、ＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列（例えば、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に示されるアミノ酸配列）に十分に相同なアミノ酸配列、またはＮＯＶＸタンパク質のアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列を含むペプチドを含む。代表的に、生物学的に活性な部分は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの活性を有するドメインまたはモチーフを含む。ＮＯＶＸタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、長さが１０、２５、５０、１００またはそれより多いアミノ酸残基であるポリペプチドであり得る。
【０３０８】
さらに、タンパク質の他の領域が欠失している他の生物学的に活性な部分は、組換え技術によって調製され得、そしてネイティブなＮＯＶＸタンパク質の機能的活性のうちの１つ以上について評価され得る。
【０３０９】
１つの実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に示されるアミノ酸配列を有する。他の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４に実質的に相同であり、そして以下に詳細に記載されるように、天然の対立遺伝子バリエーションまたは変異誘発に起因してアミノ酸配列が異なるが、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４のタンパク質の機能的活性を保持する。従って、別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質は、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４のアミノ酸配列に少なくとも約４５％相同なアミノ酸配列を含み、そして、配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４のＮＯＶＸタンパク質の機能的活性を保持するタンパク質である。
【０３１０】
（２つ以上の配列間の相同性の決定）
２つのアミノ酸配列または２つの核酸の相同性の百分率を決定するために、配列は、至適な比較の目的のために整列される（例えば、ギャップは、第２のアミノ酸配列または核酸配列との最適な整列のために、第１のアミノ酸配列または核酸配列の配列中に導入され得る）。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置でのアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列中の位置が、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、分子は、その位置で相同である（すなわち、本明細書中で使用される場合、アミノ酸または核酸の「相同性」は、アミノ酸または核酸の「同一性」と等価である）。
【０３１１】
核酸配列の相同性は、２つの配列間の同一性の程度として決定され得る。相同性は、当該分野において公知のコンピュータープログラム（例えば、ＧＣＧプログラムパッケージにおいて提供されるＧＡＰソフトウェア）を用いて決定され得る。ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ，１９７０  Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ４８：４４３〜４５３を参照のこと。核酸配列比較のための以下の設定：ＧＡＰ作製ペナルティー、５．０、およびＧＡＰ伸長ペナルティー、０．３、を用いてＧＣＧ  ＧＡＰソフトウェアを使用すると、上記で言及される類似の核酸配列のコード領域は、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、および６３に示されるＤＮＡ配列のＣＤＳ（コード）部分と、好ましくは少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％の同一性の程度を示す。
【０３１２】
用語「配列同一性」は、２つのポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列が、特定の比較領域にわたって、残基毎を基準として同一である程度をいう。用語「配列同一性のパーセンテージ」は、以下により算出される：この比較領域にわたって最適に整列された２つの配列を比較すること、両方の配列において同一の核酸塩基（例えば、核酸の場合にはＡ、Ｔ、Ｃ、Ｇ、Ｕ、またはＩ）が存在する位置の数を決定し、一致した位置の数を導くこと、この一致した位置の数を、比較領域の内の位置の総数（すなわち、ウインドウサイズ）で除算すること、およびその結果を１００で乗算して、配列同一性のパーセンテージを導くこと。用語「実質的な同一性」は、本明細書中で使用される場合、ポリヌクレオチド配列の特徴を示し、ここでこのポリヌクレオチドは、比較領域にわたり参照配列と比較して、少なくとも８０％の配列同一性、好ましくは少なくとも８５％の同一性、そして頻繁には９０〜９５％の配列同一性、より通常には少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
【０３１３】
（キメラタンパク質および融合タンパク質）
本発明はまた、ＮＯＶＸキメラタンパク質またはＮＯＶＸ融合タンパク質を提供する。本明細書中で使用される場合、ＮＯＶＸ「キメラタンパク質」またはＮＯＶＸ「融合タンパク質」は、非ＮＯＶＸポリペプチドに作動可能に連結された、ＮＯＶＸポリペプチドを含む。「ＮＯＶＸポリペプチド」は、ＮＯＶＸタンパク質（配列番号２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、および６４）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいうが、「非ＮＯＶＸポリペプチド」は、ＮＯＶＸタンパク質に対して実質的に相同ではないタンパク質（例えば、ＮＯＶＸタンパク質とは異なり、かつ同一または異なる生物に由来するタンパク質）に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドをいう。ＮＯＶＸ融合タンパク質において、このＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸタンパク質のすべてまたは一部分に対応し得る。１つの実施形態では、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも１つの生物学的に活性な部分を含む。別の実施形態では、ＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも２つの生物学的に活性な部分を含む。なお別の実施形態においてＮＯＶＸ融合タンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の少なくとも３つの生物学的に活性な部分を含む。融合タンパク質において、用語「作動可能に連結された」は、ＮＯＶＸポリペプチドおよび非ＮＯＶＸポリペプチドが、インフレームで互いに融合されていることを示すことが意図される。非ＮＯＶＸポリペプチドは、ＮＯＶＸポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合され得る。
【０３１４】
１つの実施形態においては、この融合タンパク質は、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質であり、ここではＮＯＶＸ配列が、ＧＳＴ（グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ）配列のＣ末端に融合される。このような融合タンパク質は、組換えＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。
【０３１５】
別の実施形態において、この融合タンパク質は、そのＮ末端に異種シグナル配列を含むＮＯＶＸタンパク質である。特定の宿主細胞（例えば、哺乳動物宿主細胞）において、ＮＯＶＸの発現および／または分泌は、異種シグナル配列の使用を介して増加され得る。
【０３１６】
なお別の実施形態において、この融合タンパク質は、ＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質であり、ここで、ＮＯＶＸ配列が、免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合される。本発明のこのＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、薬学的組成物中に取り込まれ、そして被験体に投与されて、細胞の表面上でＮＯＶＸリガンドとＮＯＶＸタンパク質との間の相互作用を阻害し、それによってインビボのＮＯＶＸ媒介シグナル伝達を抑制し得る。このＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質を用い、ＮＯＶＸ同族リガンドのバイオアベイラビリティに影響を与え得る。ＮＯＶＸリガンド／ＮＯＶＸ相互作用の阻害は、増殖障害および分化障害の両方の処置、および細胞生存を調節（例えば、促進または阻害）することに、治療的に有用であり得る。さらに、本発明のこのＮＯＶＸ−免疫グロブリン融合タンパク質は、被験体中で抗ＮＯＶＸ抗体を産生するための免疫原として用いられ得、ＮＯＶＸリガンドを精製し、そしてＮＯＶＸリガンドとのＮＯＶＸの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイで用いられ得る。
【０３１７】
本発明のＮＯＶＸキメラタンパク質または融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技術により産生され得る。例えば、異なるポリペプチド配列をコードするＤＮＡフラグメントを、従来の技術に従って、例えば、連結のための平滑末端または付着末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じて粘着（ｃｏｈｅｓｉｖｅ）末端の充填、所望しない連結を避けるためのアルカリホスファターゼ処理、および酵素的連結を採用することにより、インフレームで一緒に連結する。別の実施形態では、融合遺伝子を、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来技術により合成し得る。あるいは、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅を、キメラ遺伝子配列を生成するために次いでアニールおよび再増幅され得る、２つの連続遺伝子フラグメント間の相補的オーバハングを生じるアンカープライマーを用いて実施し得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら（編）ＣＵＲＲＥＮＴ  ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ  ＩＮ  ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＢＩＯＬＯＧＹ、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ、１９９２を参照のこと）。さらに、融合成分（例えば、ＧＳＴポリペプチド）をすでにコードした多くの発現ベクターが市販されている。ＮＯＶＸをコードする核酸は、この融合成分がＮＯＶＸタンパク質にインフレーム連結されるように、このような発現ベクター中にクローン化され得る。
【０３１８】
（ＮＯＶＸのアゴニストおよびＮＯＶＸのアンタゴニスト）
本発明はまた、ＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の改変体に関する。ＮＯＶＸタンパク質の改変体（例えば、ＮＯＶＸタンパク質の離散した点変異または短縮）が、変異誘発により生成され得る。ＮＯＶＸタンパク質のアゴニストは、天然に存在する形態のＮＯＶＸタンパク質と実質的に同じ生物学的活性、またはその生物学的活性のサブセットを保持し得る。ＮＯＶＸタンパク質のアンタゴニストは、天然に存在する形態のＮＯＶＸタンパク質の１つ以上の活性を、例えば、ＮＯＶＸタンパク質を含む細胞シグナル伝達カスケードの下流または上流メンバーに競合的に結合することにより阻害し得る。従って、特定の生物学的効果が、限られた機能の改変体を用いた処理により誘発され得る。１つの実施形態では、このタンパク質の天然に存在する形態の生物学活性のサブセットを有する改変体を用いた被験体の処置は、ＮＯＶＸタンパク質の天然に存在する形態を用いた処置に対して被験体における副作用がさらに少ない。
【０３１９】
ＮＯＶＸアゴニスト（すなわち、模倣物）、またはＮＯＶＸアンタゴニストのいずれかとして機能するＮＯＶＸタンパク質の改変体は、ＮＯＶＸタンパク質アゴニストまたはＮＯＶＸタンパク質アンタゴニストの活性について、ＮＯＶＸタンパク質の変異体（例えば短縮型変異体）のコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより同定され得る。１つの実施形態では、ＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーは、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発により生成され、そして多彩な遺伝子ライブラリーによりコードされる。ＮＯＶＸ改変体の多彩なライブラリーは、例えば、潜在的なＮＯＶＸ配列の縮重セットが、個々のポリペプチドとして、あるいは、その中にＮＯＶＸ配列のセットを含む（例えば、ファージディスプレイのための）より大きな融合タンパク質のセットとして発現可能であるように、合成オリゴヌクレオチドの混合物を、遺伝子配列に酵素的に連結することによって、産生され得る。縮重オリゴヌクレオチド配列から潜在的なＮＯＶＸ改変体のライブラリーを産生するために用いられ得る種々の方法がある。縮重遺伝子配列の化学的合成は、自動化ＤＮＡ合成機中で実施され得、次いでこの合成遺伝子は、適切な発現ベクター中に連結される。遺伝子の縮重セットの使用は、１つの混合物において、潜在的なＮＯＶＸ配列の所望のセットをコードする配列のすべての供給を可能にする。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当該分野で周知である。例えば、Ｎａｒａｎｇ，１９８３．Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ３９：３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５３：３２３；Ｉｔａｋｕｒａら，１９８４．Ｓｃｉｅｎｃｅ  １９８：１０５６；Ｉｋｅら，１９８３．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１１：４７７を参照のこと。
【０３２０】
（ポリペプチドライブラリー）
さらに、ＮＯＶＸタンパク質コード配列のフラグメントのライブラリーを用いて、ＮＯＶＸタンパク質の改変体のスクリーニングおよび引き続く選択のためのＮＯＶＸフラグメントの多彩な集団を生成し得る。１つの実施形態では、コード配列フラグメントのライブラリーは、ＮＯＶＸコード配列の二本鎖ＰＣＲフラグメントを、１分子あたり約１つのみニックが生じる条件下で、ヌクレアーゼで処理すること、二本鎖ＤＮＡを変性すること、異なるニック産物からのセンス／アンチセンス対を含み得る二本鎖ＤＮＡを形成するためにこのＤＮＡを再生すること、Ｓ１ヌクレアーゼを用いた処置により再形成された二本鎖から一本鎖部分を除去すること、および得られるフラグメントライブラリーを発現ベクター中に連結することにより生成し得る。この方法によって、ＮＯＶＸタンパク質の種々のサイズのＮ末端および内部フラグメントをコードする発現ライブラリーが誘導され得る。
【０３２１】
点変異または短縮により作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングするため、および選択された性質を有する遺伝子産物のｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングするための種々の技術が当該分野で公知である。このような技術を、ＮＯＶＸタンパク質のコンビナトリアル変異誘発により生成された遺伝子ライブラリーの迅速なスクリーニングに適用可能である。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするための、高スループット分析に適した最も広く用いられる技術は、代表的に、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクター中にクローニングすること、得られるベクターのライブラリーで適切な細胞を形質転換すること、および所望の活性を検出することによって、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離が容易になる条件下で、このコンビナトリアル遺伝子を発現することを含む。ライブラリー中の機能的変異体の頻度を増大する新規技術であるリクルーシブアンセブル変異誘発（ｒｅｃｕｒｓｉｖｅ  ｅｎｓｅｍｂｌｅ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ）（ＲＥＭ）を、スクリーニングアッセイと組み合わせて用い、ＮＯＶＸ改変体を同定し得る。例えば、ＡｒｋｉｎおよびＹｏｕｒｖａｎ、１９９２．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：７８１１−７８１５；Ｄｅｌｇｒａｖｅら，１９９３．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ６：３２７−３３１を参照のこと。
【０３２２】
（抗ＮＯＶＸ抗体）
ＮＯＶＸタンパク質、またはＮＯＶＸタンパク質のフラグメントに対する抗体もまた本発明に含まれる。用語「抗体」とは、本明細書において用いる場合、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン（Ｉｇ）分子の免疫学的に活性な部分（すなわち、抗原に特異的に結合（抗原と免疫反応する）抗原結合部位を含む分子）をいう。このような抗体としては、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、単鎖抗体、Ｆａｂフラグメント、Ｆａｂ’フラグメント、およびＦ（ａｂ’）２フラグメント、ならびにＦａｂ発現ライブラリーが挙げられるがこれらに限定されない。一般に、ヒトから得た抗体分子は、この分子に存在する重鎖の性質がお互いに異なるクラスであるＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、およびＩｇＤのいずれかに関する。特定のクラスは、同様にサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２など）を有する。さらに、ヒトにおいて、軽鎖は、κ鎖またはλ鎖であり得る。抗体に関する本明細書における言及は、ヒト抗体種のこのようなクラス、サブクラス、およびタイプの全てに関する言及を包含する。
【０３２３】
本発明の単離されたＮＯＶＸ関連タンパク質は、抗原またはその一部もしくはフラグメントとして機能することが意図され得、そしてさらに、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗体の調製のための標準的な技術を用いて、抗原に免疫特異的に結合する抗体を生成するための免疫原として用いられ得る。全長タンパク質が用いられ得るか、あるいは、本発明は、免疫原としての使用のための抗原の抗原性ペプチドフラグメントを提供する。抗原性ペプチドフラグメントは、全長タンパク質のアミノ酸配列の少なくとも６つのアミノ酸残基を含み、そしてこのペプチドに対して惹起された抗体が、全長タンパク質と、またはこのエピトープを含む任意のフラグメントと特異的な免疫複合体を形成するように、そのエピトープを包含する。好ましくは、この抗原性ペプチドは、少なくとも１０アミノ酸残基、または少なくとも１５アミノ酸残基、または少なくとも２０アミノ酸残基、または少なくとも３０アミノ酸残基を含む。抗原性ペプチドに包含される好ましいエピトープは、その表面上に位置するタンパク質の領域であり；通常これらは親水性領域である。
【０３２４】
本発明の特定の実施形態では、抗原性ペプチドに含まれる少なくとも１つのエピトープは、ＮＯＶＸ関連タンパク質の表面上に位置するＮＯＶＸ関連タンパク質の領域、例えば、親水性領域である。ヒトＮＯＶＸ関連タンパク質配列の疎水性分析によって、ＮＯＶＸ関連タンパク質のどの領域が特に親水性であり、従って抗体産生を標的するのに有用な表面残基をコードする可能性が高いかが示される。抗体産生を標的するための手段として、親水性領域および疎水性領域を示すヒドロパシープロットを、例えば、フーリエ変換を伴うかまたは伴わないかのいずれかである、Ｋｙｔｅ  ＤｏｏｌｉｔｔｌｅまたはＨｏｐｐ  Ｗｏｏｄｓ法を含む、当該分野で周知の任意の方法により生成し得る。例えば、その各々がその全体として本明細書に参考として援用される、ＨｏｐｐおよびＷｏｏｄｓ、１９８１、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７８：３８２４−３８２８；ＫｙｔｅおよびＤｏｏｌｉｔｔｌｅ  １９８２、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５７：１０５−１４２を参照のこと。抗原性タンパク質またはその誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログ内の１つ以上のドメインに対して特異的な抗体はまた、本明細書中で提供される。
【０３２５】
本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログもしくはオルソログ（ｏｒｔｈｏｌｏｇ）は、これらのタンパク質成分に免疫特異的に結合する抗体の産生における免疫原として利用され得る。
【０３２６】
当該分野において公知の種々の手順が、本発明のタンパク質、またはその誘導体、フラグメント、アナログ、ホモログもしくはオルソログに対して指向されるポリクローナル抗体またはモノクロナール抗体の産生のために使用され得る（例えば、本明細書中に参考として援用される、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、１９８８、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ、ＮＹを参照のこと）。これらの抗体のうちのいくつかは、以下で考察される。
【０３２７】
（ポリクローナル抗体）
ポリクローナル抗体の産生のために、種々の適切な宿主動物（例えば、ウサギ、ヤギ、マウスまたは他の哺乳動物）が、ネイティブなタンパク質、それらの合成改変体、または上記の誘導体を用いる１以上の注射によって免疫され得る。適切な免疫原性調製物は、例えば、天然に存在する免疫原性タンパク質、免疫原性タンパク質を提示する化学的に合成されたポリペプチド、または組換え的に発現される免疫原性タンパク質を含み得る。さらに、このタンパク質は、免疫される哺乳動物において免疫原性であることが知られている第２のタンパク質に結合体化され得る。このような免疫原性タンパク質の例としては、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、および大豆トリプシンインヒビターが挙げられるが、これらに限定されない。この調製物はさらに、アジュバントを含み得る。免疫学的応答を増加させるために使用されるアジュバントとしては、フロイントのアジュバント（完全および不完全）、ミネラルゲル（例えば、水酸化アルミニウム）、界面活性物質（例えば、リゾレシチン、プルロニック（ｐｌｕｒｏｎｉｃ）ポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油乳濁液、ジニトロフェノールなど）、ヒトにおいて使用可能なアジュバント（例えば、Ｂａｃｉｌｌｅ  Ｃａｌｍｅｔｔｅ−ＧｕｅｒｉｎおよびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍ）または類似の免疫刺激剤が挙げられるが、これらに限定されない。使用され得るアジュバントのさらなる例としては、ＭＰＬ−ＴＤＭアジュバント（モノホスホリルリピドＡ、合成トレハロースジコリノミコレート（ｄｉｃｏｒｙｎｏｍｙｃｏｌａｔｅ））が挙げられる。
【０３２８】
免疫原性タンパク質に対して指向されるポリクローナル抗体分子は、哺乳動物から（例えば、血液から）単離され得、そして周知の技術（例えば、プロテインＡまたはプロテインＧを用いるアフィニティクロマトグラフィー（これは、主に免疫血清のＩｇＧ画分を提供する））によってさらに精製され得る。続いて、または代替的に、求められている免疫グロブリンの標的である特定の抗原またはその抗原のエピトープがカラムに固定され、免疫アフィニティクロマトグラフィーによって免疫特異的抗体を精製し得る。免疫グロブリンの精製は、例えば、Ｄ．Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ（Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｓｔ，Ｉｎｃ．，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ  ＰＡより発行）、第１４巻、第８号（２０００年４月１７日）、２５〜２８頁）によって考察される。
【０３２９】
（モノクローナル抗体）
本明細書で用いられる用語「モノクローナル抗体」（ＭＡｂ）または「モノクローナル抗体組成物」は、独特の軽鎖遺伝子産物および独特の重鎖遺伝子産物からなる唯一の分子種の抗体分子を含む抗体分子の集団をいう。特に、モノクローナル抗体の相補性決定領域（ＣＤＲ）は、すべての分子の集団に同一である。従って、ＭＡｂは、抗原への独特の結合親和性によって特徴付けられる抗原の特定のエピトープと免疫反応可能な抗原結合部位を含む。
【０３３０】
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ方法（例えば、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｎａｔｕｒｅ、２５６：４９５（１９７５）に記載されるような方法）を使用して調製され得る。ハイブリドーマ方法において、マウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物は、免疫因子で代表的に免疫され、免疫因子に特異的に結合する抗体を産生するか、または産生し得るリンパ球を誘発する。あるいは、リンパ球は、インビトロで免疫され得る。
【０３３１】
免疫因子としては、代表的に、タンパク質抗原、そのフラグメントまたはその融合タンパク質が挙げられる。一般的には、以下のいずれかである：ヒト起源の細胞が望まれる場合は、末梢血リンパ球が使用され、または非ヒト哺乳動物供給源が望まれる場合は、脾細胞またはリンパ節細胞が使用される。次いで、適切な融合因子（例えば、ポリエチレングリコール）を使用して、リンパ球を不死化細胞株に融合し、ハイブリドーマ細胞を形成する（Ｇｏｄｉｎｇ、ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ：ＰＲＩＮＣＩＰＬＥＳ  ＡＮＤ  ＰＲＡＣＴＩＣＥ、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ（１９８６）ｐｐ．５９−１０３）。不死化細胞株は、通常、形質転換された哺乳動物細胞、特にげっ歯類、ウシおよびヒト起源の骨髄腫細胞である。通常、ラットまたはマウスの骨髄腫細胞株が使用される。ハイブリドーマ細胞は、好ましくは、１以上の物質（融合されていない不死化細胞の増殖または生存を阻害する）を含む適切な培養培地中で培養され得る。例えば、親の細胞が酵素、ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠く場合、ハイブリドーマからの培養培地は、代表的にヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含み（「ＨＡＴ培地」）、それらの物質はＨＧＰＲＴ欠失細胞の増殖を阻害する。
【０３３２】
好ましい不死化細胞株は、効率的に融合する細胞株であり、それらは選択された抗体産生細胞による安定な高レベルの抗体の発現を支持し、そしてＨＡＴ培地のような培地に敏感である。より好ましい不死化細胞株はマウス骨髄腫細胞株であり、それらを、例えば、Ｓａｌｋ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｃｅｌｌ  Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  Ｃｅｎｔｅｒ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣａｌｉｆｏｒｎｉａおよびＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，Ｖｉｒｇｉｎｉａから得ることが可能である。ヒト骨髄腫およびマウス−ヒト異種骨髄腫（ｈｅｔｅｒｏｍｙｅｌｏｍａ）細胞株はまた、ヒトモノクローナル抗体の産生について記載される（Ｋｏｚｂｏｒ、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１３３：３００１（１９８４）；Ｂｒｏｄｅｕｒら、ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＹ  ＰＲＯＤＵＣＴＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ  ＡＮＤ  ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳ、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、（１９８７）第５１−６３頁）。
【０３３３】
次いで、ハイブリドーマ細胞が培養される培養培地は、抗原に対するモノクローナル抗体の存在についてアッセイされ得る。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されるモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降によって決定されるか、またはインビトロ結合アッセイ（例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）または酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ））によって決定される。このような技術およびアッセイは、当該分野で公知である。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、ＭｕｎｓｏｎおよびＰｏｌｌａｒｄ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１０７：２２０（１９８０）のスキャッチャード分析によって決定され得る。好ましくは、標的抗原に対する高い程度の特異性および高結合親和性を有する抗体が、単離される。
【０３３４】
所望のハイブリドーマ細胞が同定された後、限界希釈手順によって、クローンをサブクローニングし得、そして標準的な方法によって増殖し得る。例えば、この目的のために適切な培養培地としては、ダルベッコ改変イーグル培地（Ｄｕｌｂｅｃｃｏ’ｓ  Ｍｏｄｉｆｉｅｄ  Ｅａｇｌｅ’ｓ  Ｍｅｄｉｕｍ）およびＲＰＭＩ−１６４０培地が挙げられる。あるいは、ハイブリドーマ細胞は、哺乳動物内の腹水としてインビボで増殖され得る。
【０３３５】
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、従来の免疫グロブリン精製手順（例えば、プロテインＡセファロース、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、またはアフィニティークロマトグラフィー）によって、培養培地または腹水から、単離または精製され得る。
【０３３６】
モノクローナル抗体はまた、組換えＤＮＡ方法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載される方法）によって作製され得る。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合し得るオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）容易に単離され得、そして配列決定され得る。本発明のハイブリドーマ細胞は、このようなＤＮＡの好ましい供給源として役立つ。一旦単離されると、ＤＮＡは、発現ベクターに配置され得、次いでそれらは、宿主細胞（例えば、さもなければ免疫グロブリンタンパク質を産生しないサルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または骨髄腫細胞）にトランスフェクトされ、組換え宿主細胞内でのモノクローナル抗体の合成を得る。ＤＮＡはまた、例えば、相同なマウス配列の代わりにヒト重鎖および軽鎖の定常ドメインのコード配列の置換（米国特許第４，８１６，５６７号；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ、Ｎａｔｕｒｅ  ３６８，８１２−１３（１９９４））によってか、または非免疫グロブリンポリペプチドについてのコード配列のすべてまたは一部の免疫グロブリンコード配列への共有結合的な連結によって改変され得る。このような非免疫グロブリンポリペプチドは、本発明の抗体の定常領域の代わりに置換され得るか、または本発明の抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインの代わりに置換され得、キメラの二価抗体を作製する。
【０３３７】
（ヒト化抗体）
本発明のタンパク質抗原に対する抗体は、さらにヒト化抗体またはヒト抗体を含み得る。これらの抗体は、投与された免疫グロブリンに対するヒトによる免疫応答を引き起こすことなく、ヒトへの投与に適切である。抗体のヒト化形態は、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはそれらのフラグメント（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２または抗体の他の抗原結合部分配列）であり、それらは主にヒト免疫グロブリンの配列から構成され、そして非ヒト免疫グロブリンに由来する最小の配列を含む。ヒト化は、ヒト抗体の対応する配列の代わりにげっ歯類ＣＤＲまたはＣＤＲ配列を用いることによって、Ｗｉｎｔｅｒおよび共同研究者の方法（Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５（１９８６）；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４−１５３６（１９８８））に従って実行され得る。（米国特許第５，２２５，５３９号もまた参照のこと。）いくつかの場合において、ヒト免疫グロブリンのＦｖ骨格（ｆｒａｍｅｗｏｒｋ）残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピエントの抗体においても、移入されたＣＤＲまたは骨格配列においても見出されない残基を含み得る。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、および代表的には２つの可変ドメインの全てを実質的に含む。これらの領域内で、すべてのまたは実質的にすべてのＣＤＲ領域は非ヒト免疫グロブリンの領域に対応し、そしてすべてまたは実質的にすべての骨格領域はヒト免疫グロブリンコンセンサス配列の領域である。ヒト化抗体はまた、最適には、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、代表的に、ヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域の少なくとも一部を含む（Ｊｏｎｅｓら、１９８６；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎら、１９８８；およびＰｒｅｓｔａ、Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，２：５９３−５９６（１９９２））。
【０３３８】
（ヒト抗体）
ＣＤＲを含む軽鎖および重鎖の両方の配列全体がヒト遺伝子から本質的に生じる抗体分子に、完全なヒト抗体は関連する。このような抗体を、「ヒト抗体」、または「完全なヒト抗体」と本明細書中で呼ぶ。ヒトモノクローナル抗体は、トリオーマ（ｔｒｉｏｍａ）技術によって調製され得る；ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Ｋｏｚｂｏｒら、１９８３  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｔｏｄａｙ  ４：７２を参照のこと）およびヒトモノクローナル抗体を産生するためのＥＢＶハイブリドーマ技術（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁を参照のこと）。ヒトモノクローナル抗体は、本発明の実行において使用され得、そしてヒトハイブリドーマの使用によってか（Ｃｏｔｅら、１９８３．Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８０：２０２６−２０３０を参照のこと）、またはインビトロでのエプスタイン−バー−ウイルスを用いたヒトＢ細胞による形質転換によって（Ｃｏｌｅら、１９８５：ＭＯＮＯＣＬＯＮＡＬ  ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ  ＡＮＤ  ＣＡＮＣＥＲ  ＴＨＥＲＡＰＹ，Ａｌａｎ  Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，第７７−９６頁を参照のこと）産生され得る。
【０３３９】
さらに、ヒト抗体はまた、さらなる技術（ファージディスプレイライブラリー（ＨｏｏｇｅｎｂｏｏｍおよびＷｉｎｔｅｒ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２７：３８１（１９９１）；Ｍａｒｋｓら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２２２：５８１（１９９１））を含む）を使用して産生され得る。同様に、ヒト免疫グロブリン位置をトランスジェニック動物（例えば、内因性免疫グロブリン遺伝子が、部分的または完全に不活化されているマウス）に導入することによって、ヒト抗体は作製され得る。チャレンジの際にヒト抗体の産生が観察され、このことはすべての点（遺伝子再配列、アセンブリー、および抗体レパートリーを含む）でヒトにおいて観察されたものに密接に類似する。このアプローチは、例えば、以下に記載される：米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号；同第５，６６１，０１６号、およびＭａｒｋｓら（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０、７７９−７８３（１９９２））；Ｌｏｎｂｅｒｇら（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８  ８５６−８５９（１９９４））；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ（Ｎａｔｕｒｅ  ３６８、８１２−１３（１９９４））；Ｆｉｓｈｗｉｌｄら（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８４５−５１（１９９６））；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ（Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １４、８２６（１９９６））；ならびにＬｏｎｂｅｒｇおよびＨｕｓｚａｒ（Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３  ６５−９３（１９９５））。
【０３４０】
ヒト抗体は、抗原によるチャレンジに応答する動物の内因性抗体ではなく完全なヒト抗体を産生するように改変されたトランスジェニック非ヒト動物を使用して、さらに産生され得る。（ＰＣＴ公開ＷＯ９４／０２６０２を参照のこと。）非ヒト宿主における免疫グロブリン重鎖および免疫グロブリン軽鎖をコードする内因性遺伝子は、機能しないようにされ、そしてヒト重鎖および軽鎖免疫グロブリンをコードする活性な位置は、宿主のゲノムに挿入される。例えば、不可欠なヒトＤＮＡセグメントを含む酵母人工染色体を使用して、ヒト遺伝子は組み込まれる。次いで、すべての所望の改変を提供する動物を、完全な改変の相補体よりもより少ない改変の相補体を含む中間トランスジェニック動物を交配することによって子孫として得る。このような非ヒト動物の好ましい実施形態は、マウスであり、ＰＣＴ公開ＷＯ９６／３３７３５およびＷＯ９６／３４０９６に開示されるようにＸｅｎｏｍｏｕｓｅＴＭと呼ばれる。この動物は、完全なヒト免疫グロブリンを分泌するＢ細胞を産生する。目的の免疫原での免疫後の動物から（例えば、ポリクローナル抗体の調製物として）、あるいは動物由来の不死化されたＢ細胞（例えば、モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマ）から、抗体を直接得ることが可能である。さらに、ヒト可変領域を有する免疫グロブリンをコードする遺伝子は、抗体を直接得るために回収され、そして発現され得るか、または抗体のアナログ（例えば、単鎖Ｆｖ分子）を得るために、さらに改変され得る。
【０３４１】
内因性免疫グロブリン重鎖の発現を欠く非ヒト宿主（マウスとして例証される）を作製するための方法の例は、米国特許第５，９３９，５９８号に開示される。それを、以下の工程を包含する方法によって得ることが可能である：位置の再配列を防ぎ、そして再配列された免疫グロブリン重鎖位置の転写物の形成、および選択マーカーをコードする遺伝子を含む標的化ベクターによって影響される欠失を防ぐために、胚幹細胞における少なくとも１つの内因性重鎖位置由来のＪセグメント遺伝子を欠失する工程；およびトランスジェニックマウス（その体細胞および生殖細胞は、選択マーカーをコードする遺伝子を含む）を、胚幹細胞から作製する工程。
【０３４２】
目的の抗体（例えば、ヒト抗体）を産生する方法は、米国特許第５，９１６，７７１号に開示される。それは以下の工程を包含する：重鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、培養中の１つの哺乳動物宿主細胞に導入する工程、軽鎖をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを、別の哺乳動物宿主細胞に導入する工程、およびハイブリッド細胞を形成するために２つの細胞を融合する工程。ハイブリッド細胞は、重鎖および軽鎖を含む抗体を発現する。
【０３４３】
この手順のさらなる改善において、免疫原上の臨床的に関連するエピトープを同定する方法、および関連するエピトープに高い親和性で免疫特異的に結合する抗体を選択する相関的な方法は、ＰＣＴ公開ＷＯ９９／５３０４９に開示される。
【０３４４】
（Ｆａｂフラグメントおよび単鎖抗体）
本発明に従って、本発明の抗原性タンパク質に特異的な単鎖抗体の産生のための技術が、適用され得る（例えば、米国特許第４，９４６，７７８号を参照のこと）。さらに、Ｆａｂ発現ライブラリーの構築のための方法が適用され得（例えば、Ｈｕｓｅら、１９８９  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２８１を参照のこと）、タンパク質またはその誘導体、フラグメント、アナログまたはホモログについての所望の特異性を有するモノクローナルＦａｂフラグメントの迅速かつ効果的な同定を可能にする。タンパク質抗原に対するイディオタイプを含む抗体フラグメント（（ｉ）抗体分子のペプシン消化によって産生されるＦ（ａｂ’）２フラグメント；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメントのジスルフィド架橋を還元することによって産生されたＦａｂフラグメント；（ｉｉｉ）パパインおよび還元剤を用いた抗体分子の処理によって産生されたＦａｂフラグメント、および（ｉｖ）Ｆｖフラグメントを含むが、これらに限定ない）は、当該分野で公知の技術によって産生され得る。
【０３４５】
（二重特異的抗体）
二重特異的抗体は、少なくとも２つの異なる抗原に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体（好ましくはヒトモノクローナル抗体またはヒト化されたモノクローナル抗体）である。この場合において、結合特異性の１つは、本発明の抗原性タンパク質に対してである。第２の結合標的は、任意の他の抗原であり、そして有利には細胞表面タンパク質あるいはレセプターまたはレセプターサブユニットである。
【０３４６】
二重特異的抗体を作製する方法は、当該分野で公知である。伝統的に、二重特異的抗体の組換え生成は、２つの免疫グロブリンの重鎖／軽鎖の対の同時発現に基づき、ここでこの２つの重鎖は異なる特異性を有する（ＭｉｌｓｔｅｉｎおよびＣｕｅｌｌｏ、Ｎａｔｕｒｅ，３０５：５３７−５３９（１９８３））。免疫グロブリンの重鎖および軽鎖のランダムな組み合わせのために、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、１０の異なる抗体分子の潜在的混合物を作製し、このうち１つのみが正確な二重特異的構造を有する。この正確な分子の精製は、通常アフィニティークロマトグラフィー工程によって達成される。同様の手順は、１９９３年５月１３日公開のＷＯ９３／０８８２９、およびＴｒａｕｎｅｃｋｅｒら、１９９１  ＥＭＢＯ  Ｊ．、１０：３６５５−３６５９において開示される。
【０３４７】
所望の結合特異性（抗体−抗原結合部位）を有する抗体可変ドメインは、免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合され得る。この融合物は、好ましくはヒンジ、ＣＨ２、およびＣＨ３領域の少なくとも一部を含む、免疫グロブリン重鎖定常ドメインを有する。この融合物の少なくとも１つに存在する軽鎖結合のために必要な部位を含む第１の重鎖定常領域（ＣＨ１）を有することが好ましい。この免疫グロブリン重鎖融合体、および所望の場合、この免疫グロブリン軽鎖をコードするＤＮＡは、別々の発現ベクターに挿入され、そして適切な宿主生物体に同時トランスフェクトされる。二重特異的抗体の作製のさらなる詳細は、例えば、Ｓｕｒｅｓｈら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，１２１：２１０（１９８６）を参照のこと。
【０３４８】
ＷＯ９６／２７０１１に記載される別のアプローチに従って、抗体分子の対の間の界面は、組換え細胞培養物から回収されるヘテロダイマーのパーセンテージを最大化するために操作され得る。好ましい界面は、抗体定常ドメインのＣＨ３領域の少なくとも一部を含む。この方法において、第１の抗体分子の界面からの１つ以上の小さなアミノ酸側鎖は、より大きな側鎖（例えば、チロシンまたはトリプトファン）で置換される。大きな側鎖と同一または同様のサイズの代償的な「空洞」は、大きなアミノ酸側鎖を小さなアミノ酸側鎖（例えば、アラニンまたはスレオニン）で置換することによって、第２の抗体分子の界面上に生成される。このことは、ホモダイマーのような他の不必要な最終生成物よりも、ヘテロダイマーの収量を増加するための機構を提供する。
【０３４９】
二重特異的抗体は、全長抗体または抗体フラグメント（例えば、Ｆ（ａｂ’）２二重特異的抗体）として調製され得る。抗体フラグメントから二重特異的抗体を作製するための技術は、文献において記載される。例えば、二重特異的抗体は、化学結合を使用して調製され得る。Ｂｒｅｎｎａｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：８１（１９８５）は、インタクトな抗体がタンパク分解的に切断されてＦ（ａｂ’）２フラグメントを作製する手順を記載する。これらのフラグメントは、ビシナルジチオールを安定化し、そして分子間ジスルフィド形成を阻止するために、ジチオール錯化剤亜ヒ酸ナトリウムの存在下で還元される。次いで、この作製されたＦａｂ’フラグメントは、チオニトロベンゾエート（ＴＮＢ）誘導体に変換される。次いで、Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の１つは、メルカプトエチルアミンでの還元によってＦａｂ’−チオールに再変換され、そしてこれは等モル量の他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体と混合されて二重特異的抗体を形成する。生成された二重特異的抗体は、酵素の選択的固定化のための薬剤として使用され得る。
【０３５０】
さらに、Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから直接回収され得、そして化学的にカップリングされて二重特異的抗体を形成する。Ｓｈａｌａｂｙら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１７５：２１７−２２５（１９９２）は、完全にヒト化された二重特異的抗体Ｆ（ａｂ’）２分子の生成を記載する。各Ｆａｂ’フラグメントは、Ｅ．ｃｏｌｉから別々に分泌され、そしてインビトロの指向性化学的カップリングに供され、二重特異的抗体を形成する。従って、形成されたこの二重特異的抗体は、ＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細胞および正常なヒトＴ細胞に結合し得、そしてヒト胸部腫瘍標的に対するヒト細胞傷害性リンパ球の溶解性活性を誘因し得る。
【０３５１】
組換え細胞培養物から直接的に二重特異的抗体フラグメントを作製しそして単離するための種々の技術がまた、記載されてきた。例えば、二重特異的抗体は、ロイシンジッパーを使用して産生される。Ｋｏｓｔｅｌｎｙら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８（５）：１５４７−１５５３（１９９２）。Ｆｏｓタンパク質およびＪｕｎタンパク質由来のロイシンジッパーペプチドが、遺伝子融合によって２つの異なる抗体のＦａｂ’部分に連結された。抗体ホモダイマーを、ヒンジ領域で還元してモノマーを形成し、次いで再酸化して抗体ヘテロダイマーが形成された。この方法もまた、抗体ホモダイマーの産生のために使用され得る。Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６４４４−６４４８（１９９３）に記載される「ディアボディー（ｄｉａｂｏｄｙ）」技術は、二重特異的抗体フラグメントを作製するための代替的な機構を提供した。これらのフラグメントは、リンカーによって軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に接続された重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含み、このリンカーは、非常に短いので同じ鎖上のこの２つのドメインの間での対形成を可能にしない。従って、１つのフラグメントのこのＶＨドメインおよびＶＬドメインは、別のフラグメントの相補的なＶＬドメインおよびＶＨドメインと対になるように強いられ、これによって、２つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーの使用によって二重特異的抗体フラグメントを作製するための別のストラテジーもまた、報告されてきた。Ｇｒｕｂｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：５３６８（１９９４）を参照のこと。
【０３５２】
２より多くの結合価を有する抗体が企図される。例えば、三重特異的抗体が調製され得る。Ｔｕｔｔら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：６０（１９９１）。
【０３５３】
例示的な二重特異的抗体は、２つの異なるエピトープに結合し得、このうち少なくとも１つは、本発明のタンパク質抗原に起源を有する。あるいは、免疫グロブリン分子の抗抗原性アームを、Ｔ細胞レセプター分子のような白血球上の誘引分子（例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ２８、またはＢ７）あるいはＩｇＧに対するＦｃレセプター（ＦｃγＲ）（例えば、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）およびＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６））と結合するアームと組み合わせて、細胞性防御機構を、特定の抗原を発現する細胞に集中させ得る。二重特異的抗体はまた、特定の抗原を発現する細胞に対して細胞傷害性因子を指向するために使用され得る。これらの抗体は、抗原結合アーム、および細胞傷害性因子または放射性核種キレート剤（例えば、ＥＯＴＵＢＥ、ＤＰＴＡ、ＤＯＴＡ、またはＴＥＴＡ）に結合するアームを保有する。目的の別の二重特異的抗体は、本明細書中に記載のタンパク質抗原に結合し、そしてさらに組織因子（ＴＦ）に結合する。
【０３５４】
（ヘテロ結合体抗体）
ヘテロ結合体抗体もまた、本発明の範囲内である。ヘテロ結合体抗体は、２つの共有結合した抗体から構成される。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を所望でない細胞に標的化するために（米国特許第４，６７６，９８０号）、およびＨＩＶ感染の処置のために（ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；ＥＰ０３０８９）提案されてきた。抗体は、インビトロで、合成タンパク質化学において公知の方法（架橋剤に関与する方法を含む）を使用して調製され得ることが企図される。例えば、免疫毒素は、ジスルフィド交換反応の使用またはチオエーテル結合の形成によって構築され得る。この目的のための適切な試薬の例としては、イミノチオレートおよびメチル−４−メルカプトブチルイミデート、ならびに、例えば、米国特許第４，６７６，９８０号において開示される試薬が挙げられる。
【０３５５】
（エフェクター機能操作）
本発明の抗体を、エフェクター機能について、例えば、癌の処置における抗体の効力を増大するように改変することが望ましくあり得る。例えば、システイン残基は、Ｆｃ領域に導入され得、これによって、この領域における鎖間ジスルフィド結合の形成を可能にする。このように作製されたホモダイマー抗体は、改良されたインターナリゼーションの能力および／または増加した補体媒介細胞死滅、ならびに抗体依存性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を有し得る。Ｃａｒｏｎら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．、１７６：１１９１−１１９５（１９９２）およびＳｈｏｐｅｓ、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４８：２９１８−２９２２（１９９２）を参照のこと。増大した抗腫瘍活性を有するホモダイマー抗体はまた、Ｗｏｌｆｆら、Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、５３：２５６０−２５６５（１９９３）に記載されるヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製され得る。あるいは、２つのＦｃ領域を有し、そしてこれによって、増大した補体溶解およびＡＤＣＣの能力を有し得る抗体が、操作され得る。Ｓｔｅｖｅｎｓｏｎら、Ａｎｔｉ−Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ，３：２１９−２３０（１９８９）を参照のこと。
【０３５６】
（免疫結合体）
本発明はまた、細胞傷害性の薬剤（例えば、化学療法剤、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素学的に活性な毒素、あるいはそれらのフラグメント）、または放射性同位体（すなわち、放射性結合体））に結合体化した抗体を含む免疫結合体に関する。
【０３５７】
このような免疫結合体の作製において有用な化学療法剤は、上記に記載される。使用され得る酵素学的に活性な毒素およびそれらのフラグメントとしては、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性フラグメント、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシン（ｍｏｄｅｃｃｉｎ）Ａ鎖、α−サルシン（ｓａｒｃｉｎ）、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ  ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンチン（ｄｉａｎｔｈｉｎ）タンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ  ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、およびＰＡＰ−Ｓ）、ｍｏｍｏｒｄｉｃａ  ｃｈａｒａｎｔｉａインヒビター、クルシン（ｃｕｒｃｉｎ）、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、ｓａｐａｏｎａｒｉａ  ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓインヒビター、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、ミトゲリン（ｍｉｔｏｇｅｌｌｉｎ）、レストリクトシン（ｒｅｓｔｒｉｃｔｏｃｉｎ）、フェノマイシン（ｐｈｅｎｏｍｙｃｉｎ）、エノマイシン（ｅｎｏｍｙｃｉｎ）、およびトリコテセン（ｔｒｉｃｏｔｈｅｃｅｎ）が挙げられる。種々の放射性核種は、放射性結合体化抗体の作製のために利用可能である。その例としては、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ、および１８６Ｒｅが挙げられる。
【０３５８】
抗体と細胞傷害性因子との結合体は、種々の二官能性タンパク質結合剤（例えば、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ｉｍｉｎｏｔｈｉｏｌａｎｅ）（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（例えば、ジメチルアジピミデート  ＨＣＬ）、活性エステル（例えば、ジスクシンイミジルスベレート）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド（ｇｌｕｔａｒｅｌｄｅｈｙｄｅ））、ビスアジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トリエン２，６−ジイソシアネート）、およびビス−活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン））を使用して作製される。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３８：１０９８（１９８７）に記載されるように調製され得る。炭素−１４−標識化１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、抗体への放射性ヌクレオチドの結合体化のための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照のこと。
【０３５９】
別の実施形態において、腫瘍の前標的化における利用のために、抗体は、「レセプター」（例えば、ストレプトアビジン）に結合体化され得、ここでこの抗体−レセプター結合体を患者に投与し、続いて、清浄剤を使用して結合していない結合体を循環から除去し、次いで、「リガンド」（例えば、アビジン）を投与し、次いで、このリガンドが、細胞傷害性因子に結合体化される。
【０３６０】
１つの実施形態において、所望の特異性を保有する抗体のスクリーニングのための方法としては、当該分野内で公知の酵素連結イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）および他の免疫学的に媒介される技術が挙げられるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質の特定のドメインに対して特異的である抗体の選択は、このようなドメインを有するＮＯＶＸタンパク質のフラグメントに結合するハイブリドーマの生成により容易にされる。従って、ＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログ内の所望のドメインに対して特異的である抗体がまた、本明細書において提供される。
【０３６１】
抗ＮＯＶＸ抗体は、ＮＯＶＸタンパク質の局在化および／または定量化に関する当該分野で公知の方法において用いられ得る（例えば、適切な生理学的サンプル中のＮＯＶＸタンパク質のレベルを測定における使用のために、診断方法における使用のために、タンパク質の画像化における使用のために、など）。所定の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログに対する抗体（抗体由来の結合ドメインを含む）は、薬理学的に活性な化合物（本明細書中、以降において「治療剤」）として利用される。
【０３６２】
抗ＮＯＶＸ抗体（例えば、モノクローナル抗体）は、標準的技術（例えばアフィニティークロマトグラフィまたは免疫沈降）によって、ＮＯＶＸポリペプチドを単離するために用いられ得る。抗ＮＯＶＸ抗体は、細胞からの天然のＮＯＶＸポリペプチドの精製、および宿主細胞において発現される組換え産生されたＮＯＶＸポリペプチドの精製を容易にし得る。さらに、抗ＮＯＶＸ抗体が、（例えば、細胞の溶解産物または細胞上清における）ＮＯＶＸタンパク質を検出するために用いられて、ＮＯＶＸタンパク質の発現の量およびパターンを評価し得る。抗ＮＯＶＸ抗体は、例えば、所定の治療レジメンの有効性を決定するために、臨床試験の手順の一部として、組織におけるタンパク質レベルをモニターするために診断的に用いられ得る。検出は、抗体を検出可能物質に結合する（すなわち、物理的に連結する）ことにより容易にされ得る。検出可能物質の例としては、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質および放射性物質が挙げられる。適切な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられる；適切な補欠分子族複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられる；適切な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ）フルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリンが挙げられる；発光物質の例としては、ルミノールが挙げられる；生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられる；そして、適切な放射性物質の例としては１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈが挙げられる。
【０３６３】
（ＮＯＶＸ組換え発現ベクターおよび宿主細胞）
本発明の別の局面は、ＮＯＶＸタンパク質、またはそれらの誘導体、フラグメント、アナログもしくはホモログをコードする核酸を含む、ベクター、好ましくは、発現ベクターに関する。本明細書において使用される場合、用語「ベクター」は、それに連結された別の核酸を輸送し得る核酸分子をいう。１つの型のベクターは、「プラスミド」であり、これは、さらなるＤＮＡセグメントが連結され得る、環状の二本鎖ＤＮＡループをいう。別の型のベクターは、ウイルス性ベクターであり、ここでは、さらなるＤＮＡセグメントが、ウイルスゲノムに連結され得る。特定のベクターは、それらが導入される宿主細胞中で自律複製し得る（例えば、細菌性の複製起点を有する細菌ベクター、およびエピソーム性哺乳動物ベクター）。他のベクター（例えば、非エピソーム性哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入の際、宿主細胞のゲノムに組み込まれ、そして、これにより、宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターは、それらが作動可能に連結される遺伝子の発現を指向し得る。このようなベクターは、本明細書において「発現ベクター」と呼ばれる。一般に、組換えＤＮＡ技術において有用な発現ベクターは、しばしば、プラスミドの形態である。本明細書において、「プラスミド」および「ベクター」は、交換可能に使用され得る。なぜなら、プラスミドは、最も一般的に用いられる形態のベクターであるからである。しかし、本発明は、等価の機能を果たす、ウイルス性ベクター（例えば、複製欠損レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ随伴ウイルス）のような、このような他の形態の発現ベクターを含むことを意図する。
【０３６４】
本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞における核酸の発現に適切な形態で本発明の核酸を含む。これは、組換え発現ベクターが、発現されるべき核酸配列に作動可能に連結されている、発現に用いられる宿主細胞に基づいて選択された、１つ以上の調節配列を含むことを意味する。組換え発現ベクターにおいて、「作動可能に連結される」とは、目的のヌクレオチド配列が、（例えば、インビトロの転写／翻訳系においてか、またはベクターが宿主細胞に導入される場合は、宿主細胞において）ヌクレオチド配列の発現を可能にする様式で調節配列に連結されることを意味することを意図する。
【０３６５】
用語「調節配列」は、プロモーター、エンハンサーおよび他の発現制御エレメント（例えば、ポリアデニル化シグナル）を含むことを意図する。このような調節配列は、例えば、Ｇｏｅｄｄｅｌ、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）に記載されている。調節配列としては、多くの型の宿主細胞においてヌクレオチド配列の構成的発現を指向する配列、および特定の宿主細胞のみにおいてヌクレオチド配列の発現を指向する配列（例えば、組織特異的調節配列）が挙げられる。発現ベクターの設計が、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現のレベルなどのような因子に依存し得ることが当業者に理解される。本発明の発現ベクターは、宿主細胞に導入され得、それにより、本明細書に記載される核酸によってコードされるタンパク質またはペプチド（融合タンパク質またはペプチドを含む）（例えば、ＮＯＶＸタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の変異形態、融合タンパク質など）を産生し得る。
【０３６６】
本発明の組換え発現ベクターは、原核生物細胞または真核生物細胞における、ＮＯＶＸタンパク質の発現のために設計され得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、昆虫細胞（バキュロウイルス発現ベクターを用いる）、酵母細胞または哺乳動物細胞において発現され得る。適切な宿主細胞は、Ｇｏｅｄｄｅｌ、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．（１９９０）にさらに考察される。あるいは、組換え発現ベクターは、例えば、Ｔ７プロモーター調節配列およびＴ７ポリメラーゼを用いて、インビトロで転写および翻訳され得る。
【０３６７】
原核生物におけるタンパク質の発現は、最も頻繁には、融合タンパク質または非融合タンパク質のいずれかの発現を指向する構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターを含むベクターを用いて、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉにおいて実施される。融合ベクターは、そこにコードされるタンパク質に、通常、組換えタンパク質のアミノ末端に、多数のアミノ酸を付加する。このような融合ベクターは、代表的には、以下の３つの目的のために役立つ：（ｉ）組換えタンパク質の発現を増加させるため；（ｉｉ）組換えタンパク質の可溶性を増加させるため；および（ｉｉｉ）アフィニティー精製においてリガンドとして作用することによって組換えタンパク質の精製において補助するため。しばしば、融合発現ベクターにおいて、タンパク質分解の切断部位が、融合部分と組換えタンパク質との結合部に導入されて、融合タンパク質の精製の後に融合部分から組換えタンパク質の分離を可能にする。このような酵素、およびその同族（ｃｏｇｎａｔｅ）の認識配列としては、第Ｘａ因子、トロンビン、およびエンテロキナーゼが挙げられる。代表的な融合発現ベクターとしては、それぞれ、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトースＥ結合タンパク質、またはプロテインＡを標的の組換えタンパク質に融合する、ｐＧＥＸ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ．；ＳｍｉｔｈおよびＪｏｈｎｓｏｎ（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６７：３１−４０）、ｐＭＡＬ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｂｅｖｅｒｌｙ，Ｍａｓｓ．）およびｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，Ｎ．Ｊ．）が挙げられる。
【０３６８】
適切な誘導性非融合Ｅ．ｃｏｌｉ発現ベクターの例には、ｐＴｒｃ（Ａｍｒａｎｎら（１９８８）Ｇｅｎｅ  ６９：３０１−３１５）およびｐＥＴ  １１ｄ（Ｓｔｕｄｉｅｒら、ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）６０−８９）が挙げられる。
【０３６９】
Ｅ．ｃｏｌｉにおける組換えタンパク質発現を最大化するための１つのストラテジーは、組換えタンパク質をタンパク質分解的に切断する能力を欠損した宿主細菌中でタンパク質を発現させることである。例えば、Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ，ＧＥＮＥ  ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ  ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ：ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ  １８５，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．（１９９０）１１９−１２８を参照のこと。別のストラテジーは、各アミノ酸についての個々のコドンが、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて優先的に利用されるコドンであるように、発現ベクターに挿入される核酸の核酸配列を変更することである（例えば、Ｗａｄａら、１９９２、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０：２１１１−２１１８を参照のこと）。本発明の核酸配列のこのような変更は、標準的なＤＮＡ合成技術によって実行され得る。
【０３７０】
別の実施形態において、ＮＯＶＸ発現ベクターは、酵母発現ベクターである。酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｉｖｉｓａｅにおける発現のためのベクターの例には、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉら、（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ．６：２２９−２３４）、ｐＭＦａ（ＫｕｒｊａｎおよびＨｅｒｓｋｏｗｉｔｚ、（１９８２）Ｃｅｌｌ  ３０：９３３−９４３）、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚら、（１９８７）Ｇｅｎｅ  ５４：１１３−１２３）、ｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）、およびｐｉｃＺ（ＩｎＶｉｔｒｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．）が挙げられる。
【０３７１】
あるいは、ＮＯＶＸは、バキュロウイルス発現ベクターを使用して、昆虫細胞中で発現され得る。培養昆虫細胞（例えば、ＳＦ９細胞）中でのタンパク質の発現のために利用可能なバキュロウイルスベクターには、ｐＡｃシリーズ（Ｓｍｉｔｈら（１９８３）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３：２１５６−２１６５）およびｐＶＬシリーズ（ＬｕｃｋｌｏｗおよびＳｕｍｍｅｒｓ（１９８９）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ  １７０：３１−３９）が挙げられる。
【０３７２】
なお別の実施形態において、本発明の核酸は、哺乳動物発現ベクターを使用して、哺乳動物細胞中で発現される。哺乳動物発現ベクターの例には、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ  ３２９：８４０）およびｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎら（１９８７）ＥＭＢＯ  Ｊ．６：１８７−１９５）が挙げられる。哺乳動物細胞中で使用される場合、発現ベクターの制御機能は、しばしば、ウイルスの調節エレメントによって提供される。例えば、一般に使用されるプロモーターは、ポリオーマ、アデノウイルス２、サイトメガロウイルス、およびシミアンウイルス４０に由来する。原核生物細胞および真核生物細胞の両方のために適切な他の発現系については、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９の第１６章および第１７章を参照のこと。
【０３７３】
別の実施形態において、組換え哺乳動物発現ベクターは、特定の細胞型中で優先的に核酸の発現を指向し得る（例えば、組織特異的調節エレメントを使用して核酸を発現する）。組織特異的調節エレメントは、当該分野で公知である。適切な組織特異的なプロモーターの非限定的な例には、アルブミンプロモーター（肝臓特異的；Ｐｉｎｋｅｒｔら（１９８７）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１：２６８−２７７）、リンパ特異的プロモーター（ＣａｌａｍｅおよびＥａｔｏｎ（１９８８）Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．４３：２３５−２７５）（特に、Ｔ細胞レセプターのプロモーター（ＷｉｎｏｔｏおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８９）ＥＭＢＯ  Ｊ．８：７２９−７３３）および免疫グロブリンのプロモーター（Ｂａｎｅｒｊｉら（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７２９−７４０；ＱｕｅｅｎおよびＢａｌｔｉｍｏｒｅ（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：７４１−７４８）、ニューロン特異的プロモーター（例えば、神経フィラメントプロモーター；ＢｙｒｎｅおよびＲｕｄｄｌｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：５４７３−５４７７）、膵臓特異的プロモーター（Ｅｄｌｕｎｄら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：９１２−９１６）、ならびに乳腺特異的プロモーター（例えば、乳漿プロモーター；米国特許第４，８７３，３１６号および欧州出願公開第２６４，１６６号）が挙げられる。発生的に調節されるプロモーターもまた含まれる（例えば、マウスｈｏｘプロモーター（ＫｅｓｓｅｌおよびＧｒｕｓｓ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３７４−３７９）およびα−フェトプロテインプロモーター（ＣａｍｐｅｓおよびＴｉｌｇｈｍａｎ（１９８９）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．３：５３７−５４６））。
【０３７４】
本発明はさらに、アンチセンス方向で発現ベクターにクローニングされた本発明のＤＮＡ分子を含む、組換え発現ベクターを提供する。すなわち、そのＤＮＡ分子は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡに対してアンチセンスであるＲＮＡ分子の発現（ＤＮＡ分子の転写によって）を可能にする様式で調節配列に作動可能に連結される。種々の細胞型においてアンチセンスＲＮＡ分子の持続的な発現を指向する、アンチセンス方向でクローニングされた核酸に作動可能に連結された調節配列（例えば、ウイルスプロモーターおよび／もしくはエンハンサー）が選択され得るか、または、アンチセンスＲＮＡの構成的発現、組織特異的発現、もしくは細胞型特異的発現を指向する調節配列が、選択され得る。アンチセンス発現ベクターは、組換えプラスミド、ファージミド、または弱毒化されたウイルスの形態であり得、ここではアンチセンス核酸は、高効率調節領域の制御下で産生され、その活性は、ベクターが導入される細胞型によって決定され得る。アンチセンス遺伝子を使用する遺伝子発現の調節の考察については、例えば、Ｗｅｉｎｔｒａｕｂら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ＲＮＡ  ａｓ  ａ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎａｌｙｓｉｓ」、Ｒｅｖｉｅｗｓ−Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ、第１巻（１）１９８６を参照のこと。
【０３７５】
本発明の別の局面は、本発明の組換え発現べクターが導入された宿主細胞に関する。用語「宿主細胞」および「組換え宿主細胞」は、本明細書中で、交換可能に使用される。このような用語は、特定の被験細胞をいうのみでなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫をもいうことが理解される。変異または環境の影響のいずれかに起因して、特定の改変はその後の世代において生じ得るので、このような子孫は、実際には、親の細胞と同一でないかもしれないが、なお、本明細書中で使用される場合のこの用語の範囲内に含まれる。
【０３７６】
宿主細胞は、任意の原核生物細胞または真核生物細胞であり得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質は、細菌細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫細胞、酵母または哺乳動物細胞（例えば、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）またはＣＯＳ細胞）において発現され得る。他の適切な宿主細胞は、当業者に公知である。
【０３７７】
ベクターＤＮＡは、従来の形質転換またはトランスフェクション技術を介して原核生物細胞または真核生物細胞に導入され得る。本明細書中で使用される場合、用語「形質転換」および「トランスフェクション」とは、外来性の核酸（例えば、ＤＮＡ）を宿主細胞に導入するために当該分野で容認されている種々の技術をいうことを意図し、これらには、リン酸カルシウム共沈もしくは塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥデキストラン媒介トランスフェクション、リポフェクション、またはエレクトロポレーションが含まれる。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクションするための適切な方法は、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ  ＣＬＯＮＩＮＧ：Ａ  ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ  ＭＡＮＵＡＬ．第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８９）および他の実験室マニュアルに見出され得る。
【０３７８】
安定な哺乳動物細胞のトランスフェクションのために、使用される発現ベクターおよびトランスフェクション技術に依存して、細胞のほんの一部のみが外来ＤＮＡをそのゲノムに組み込み得ることが知られている。これらの組み込み体を同定および選択するために、選択マーカー（例えば、抗生物質に対する耐性）をコードする遺伝子が、一般的に、目的の遺伝子とともに宿主細胞に導入される。種々の選択マーカーには、薬物（例えば、Ｇ４１８、ハイグロマイシン、およびメトトレキサート）に対する耐性を付与するものが含まれる。選択マーカーをコードする核酸は、ＮＯＶＸをコードするベクターと同じベクター上で宿主細胞に導入され得るか、あるいは別々のベクター上で導入され得る。導入された核酸で安定にトランスフェクトされた細胞は、薬物選択によって同定され得る（例えば、選択マーカー遺伝子を取り込んだ細胞は生存するが、他の細胞は死滅する）。
【０３７９】
本発明の宿主細胞（例えば、培養中の原核生物宿主細胞または真核生物宿主細胞）は、ＮＯＶＸタンパク質を産生（すなわち、発現）するために使用され得る。従って、本発明はさらに、本発明の宿主細胞を使用して、ＮＯＶＸタンパク質を産生するための方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＮＯＶＸタンパク質が産生されるような適切な培地中で、本発明の宿主細胞（ここに、ＮＯＶＸタンパク質をコードする組換え発現ベクターが導入されている）を培養する工程を包含する。別の実施形態において、方法はさらに、培地または宿主細胞からＮＯＶＸタンパク質を単離する工程を包含する。
【０３８０】
（トランスジェニックＮＯＶＸ動物）
本発明の宿主細胞はまた、非ヒトトランスジェニック動物を作製するために使用され得る。例えば、１つの実施形態において、本発明の宿主細胞は、ＮＯＶＸタンパク質コード配列が導入された、受精卵母細胞または胚性幹細胞である。次いで、このような宿主細胞は、外因性のＮＯＶＸ配列がそれらのゲノムに導入された非ヒトトランスジェニック動物、または内因性のＮＯＶＸ配列が変更された相同組換え動物を作製するために使用され得る。このような動物は、ＮＯＶＸタンパク質の機能および／または活性を研究するため、ならびにＮＯＶＸタンパク質活性のモジュレーターを同定および／または評価するために有用である。本明細書中で使用される場合、「トランスジェニック動物」とは、非ヒト動物であり、好ましくは、哺乳動物であり、より好ましくは、ラットまたはマウスのような齧歯類であり、ここで、その動物の１つ以上の細胞が、導入遺伝子を含む。トランスジェニック動物の他の例としては、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ヤギ、ニワトリ、両生類などが挙げられる。導入遺伝子は、細胞のゲノムに組み込まれ、この細胞からトランスジェニック動物が発生し、かつ成熟動物のゲノムに残存し、それによって、トランスジェニック動物の１つ以上の細胞型または組織においてコードされた遺伝子産物の発現を指向する、外因性のＤＮＡである。本明細書中で使用される場合、「相同（ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ）組換え動物」とは、非ヒト動物であり、好ましくは、哺乳動物であり、より好ましくは、マウスであり、ここで、内因性のＮＯＶＸ遺伝子は、内因性の遺伝子と、その動物の発生の前にその動物の細胞（例えば、その動物の胚細胞）に導入された外因性のＤＮＡ分子との間の相同組換えによって変更されている。
【０３８１】
本発明のトランスジェニック動物は、ＮＯＶＸをコードする核酸を、（例えば、マイクロインジェクション、レトロウイルス感染によって）受精卵母細胞の雄性前核に導入すること、およびその卵母細胞を偽妊娠雌性養育動物（ｆｏｓｔｅｒ  ａｎｉｍａｌ）中で発達させることによって作製され得る。配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１および６３のヒトのＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ配列は、非ヒト動物のゲノムに導入遺伝子として導入され得る。あるいは、ヒトのＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログ（例えば、マウスのＮＯＶＸ遺伝子）は、ヒトのＮＯＶＸ  ｃＤＮＡ（上記にさらに記載される）に対するハイブリダイゼーションに基づいて単離され得、そして導入遺伝子として使用され得る。イントロン配列およびポリアデニル化シグナルもまた導入遺伝子中に含まれ得、その導入遺伝子の発現の効率を増大させ得る。組織特異的調節配列は、特定の細胞に対して、ＮＯＶＸタンパク質の発現を指向するように、ＮＯＶＸ導入遺伝子に作動可能に連結され得る。胚の操作およびマイクロインジェクションを介するトランスジェニック動物（特に、マウスのような動物）を作製するための方法は、当該分野で慣習的になっており、そして例えば、米国特許第４，７３６，８６６号；同第４，８７０，００９号；および同第４，８７３，１９１号；ならびにＨｏｇａｎ  １９８６、ＭＡＮＩＰＵＬＡＴＩＮＧ  ＴＨＥ  ＭＯＵＳＥ  ＥＭＢＲＹＯ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。同様の方法が、他のトランスジェニック動物の作製のために使用される。トランスジェニック創始（ｆｏｕｎｄｅｒ）動物は、そのゲノムにおけるＮＯＶＸ導入遺伝子の存在および／またはその動物の組織もしくは細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡの発現に基づいて同定され得る。次いで、トランスジェニック創始動物は、導入遺伝子を有するさらなる動物を育種するために使用され得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質をコードする導入遺伝子を有するトランスジェニック動物は、さらに、他の導入遺伝子を有する他のトランスジェニック動物に交雑され得る。
【０３８２】
相同組換え動物を作製するために、ＮＯＶＸ遺伝子の少なくとも一部を含むベクターを調製する。ここで、この遺伝子は、欠失、付加、または置換が導入され、それによってそのＮＯＶＸ遺伝子が変更されている（例えば、機能的に破壊されている）。ＮＯＶＸ遺伝子は、ヒト遺伝子（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１および６３のｃＤＮＡ）であり得るが、より好ましくは、ヒトのＮＯＶＸ遺伝子の非ヒトホモログである。例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１および６３のヒトのＮＯＶＸ遺伝子のマウスホモログは、マウスゲノムにおける内因性のＮＯＶＸ遺伝子を変更するのに適切な相同組換えベクターを構築するために使用され得る。１つの実施形態において、そのベクターは、相同組換えに際して、その内因性のＮＯＶＸ遺伝子が、機能的に破壊されるように設計される（すなわち、機能的タンパク質をもはやコードしない；「ノックアウト」ベクターともいわれる）。
【０３８３】
あるいは、ベクターは、相同組換えに際して、内因性ＮＯＶＸ遺伝子が変異されるか、あるいはさもなければ、変更されるが、なお機能性タンパク質をコードするように、設計され得る（例えば、上流の調節領域が変更され、それによって内因性ＮＯＶＸタンパク質の発現を変更し得る）。相同組換えベクターにおいて、ＮＯＶＸ遺伝子の変更された部分は、ＮＯＶＸ遺伝子のさらなる核酸によって、その５’末端および３’末端で隣接されることにより、相同組換えが、ベクターによって保有される外因性ＮＯＶＸ遺伝子と胚性幹細胞中の内因性ＮＯＶＸ遺伝子との間で起こることを可能にする。このさらなる隣接するＮＯＶＸ核酸は、内因性遺伝子との首尾よい相同組換えのために十分な長さである。典型的に、数キロベースの隣接ＤＮＡ（５’末端および３’末端の両方における）が、ベクター中に含まれる。例えば、相同組換えベクターの説明について、Ｔｈｏｍａｓら（１９８７）Ｃｅｌｌ  ５１：５０３を参照のこと。次いで、ベクターは、（例えば、エレクトロポレーションによって）胚性幹細胞株に導入され、そして導入されたＮＯＶＸ遺伝子が内因性ＮＯＶＸ遺伝子と相同組換えした細胞が、選択される（例えば、Ｌｉら（１９９２）Ｃｅｌｌ  ６９：９１５を参照のこと）。
【０３８４】
次いで、選択された細胞が、動物（例えば、マウス）の胚盤胞へ注入され、凝集キメラを形成する。例えば、Ｂｒａｄｌｅｙ（１９８７）のＴＥＲＡＴＯＣＡＲＣＩＮＯＭＡＳ  ＡＮＤ  ＥＭＢＲＹＯＮＩＣ  ＳＴＥＭ  ＣＥＬＬＳ：Ａ  ＰＲＡＣＴＩＣＡＬ  ＡＰＰＲＯＡＣＨ、Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ編、ＩＲＬ、Ｏｘｆｏｒｄ、１１３頁〜１５２頁を参照のこと。次いで、キメラ胚が、適切な偽妊娠雌性養育動物に移植され得、そしてその胚は分娩に到る。その生殖細胞中に相同組換えされたＤＮＡを保有する子孫が、動物を育種するために使用され得、ここで動物の全ての細胞は、導入遺伝子の生殖系列伝達によって、相同組換えされたＤＮＡを含む。相同組換えベクターおよび相同組換え動物を構築するための方法が、さらに以下に記載される；Ｂｒａｄｌｅｙ（１９９１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２：８２３−８２９；ＰＣＴ国際公開番号：ＷＯ９０／１１３５４；ＷＯ９１／０１１４０；ＷＯ９２／０９６８；およびＷＯ９３／０４１６９。
【０３８５】
別の実施形態において、導入遺伝子の調節された発現を可能にする選択された系を含むトランスジェニック非ヒト動物が産生され得る。このような系の１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系である。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系の説明については、例えば、Ｌａｋｓｏら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：６２３２−６２３６を参照のこと。リコンビナーゼ系の別の例は、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＦＬＰリコンビナーゼ系である（Ｏ’Ｇｏｒｍａｎら（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５１：１３５１−１３５５を参照のこと）。ｃｒｅ／ｌｏｘＰリコンビナーゼ系が導入遺伝子の発現を調節するために使用される場合、Ｃｒｅリコンビナーゼおよび選択されたタンパク質の両方をコードする導入遺伝子を含む動物が必要となる。このような動物は、例えば、２つのトランスジェニック動物（一方は選択されたタンパク質をコードする導入遺伝子を含み、他方はリコンビナーゼをコードする導入遺伝子を含む）を交配することによる「二重の」トランスジェニック動物の構築によって提供され得る。
【０３８６】
本明細書中に記載される非ヒトトランスジェニック動物のクローンもまた、Ｗｉｌｍｕｔら（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ  ３８５：８１０−８１３に記載される方法に従って、産生され得る。簡単には、トランスジェニック動物からの細胞（例えば、体細胞）が単離され得、そして増殖同期（ｇｒｏｗｔｈ  ｃｙｃｌｅ）から出て、Ｇ０期に入るように誘導され得る。次いで、静止性細胞が、例えば、電気パルスの使用により、その静止性細胞が単離されたのと同種の動物由由来の除核された卵母細胞へ融合され得る。次いで、再構築された卵母細胞は培養され、これにより、これは桑実胚または未分化胚芽細胞に発達し、次いで、偽妊娠雌性養育動物に移される。この雌性養育動物から産まれた子孫は、その細胞（例えば、その体細胞）が単離される動物のクローンである。
【０３８７】
（薬学的組成物）
本発明のＮＯＶＸ核酸分子、ＮＯＶＸタンパク質、および抗ＮＯＶＸ抗体（これはまた、本明細書中で、「活性化合物」とも呼ばれる）、ならびにそれらの誘導体、フラグメント、アナログ、およびホモログが、投与に適した薬学的組成物中に組み込まれ得る。このような組成物は、典型的に、核酸分子、タンパク質または抗体、および薬学的に受容可能なキャリアを含む。本明細書中で使用される場合、「薬学的に受容可能なキャリア」は、薬学的な投与に適合性の、任意および全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤（ｄｅｌａｙｉｎｇ  ａｇｅｎｔ）などを含むことが意図される。適切なキャリアは、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（当該分野の標準的参考文献であって、本明細書中に参考として援用される）の最新版に記載される。このようなキャリアまたは希釈剤の好ましい例としては、水、生理食塩水、リンゲル（ｆｉｎｇｅｒ’ｓ）溶液、デキストロース溶液、および５％ヒト血清アルブミンが挙げられるが、これらに限定されない。リポソームおよび非水性ビヒクル（例えば、不揮発性油）もまた、使用され得る。薬学的に活性な物質に対するこのような媒体および薬剤の使用は、当該分野で周知である。任意の従来の媒体または薬剤が活性化合物と不適合である場合を除いて、組成物におけるその使用が企図される。補助的な活性化合物もまた、組成物へ組み込まれ得る。
【０３８８】
本発明の薬学的組成物は、その意図される投与経路と適合性であるように処方される。投与経路の例には、非経口（例えば、静脈内、皮内、皮下）投与、経口（例えば、吸入）投与、経皮（すなわち、局所的）投与、経粘膜（ｔｒａｎｓｍｕｃｏｓａｌ）投与、および直腸投与が挙げられる。非経口適用、皮内適用または皮下適用のために使用される溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る：注射用水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコールまたは他の合成溶媒のような、滅菌希釈剤；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンのような、抗菌剤；アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウムのような、抗酸化剤；エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）のような、キレート剤；酢酸塩、クエン酸塩またはリン酸塩のような緩衝液、および塩化ナトリウムまたはデキストロースのような、張度の調整のための薬剤。ｐＨは、塩酸または水酸化ナトリウムのような酸または塩基で調整され得る。非経口調製物は、ガラスまたはプラスチック製のアンプル、使い捨てシリンジまたは多用量のバイアル中に入れられ得る。
【０３８９】
注射用途に適した薬学的組成物は、滅菌水溶液（ここでは、水溶性）または分散物、および滅菌した注射用溶液または分散物の即座の調製のための滅菌粉末を含む。静脈内投与について、適切なキャリアには、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。全ての場合において、組成物は、滅菌状態でなければならず、そして容易な注射が可能である程度に流動性であるべきである。これは、製造および保存の条件下で安定でなければならず、そして、細菌および真菌のような微生物の汚染作用に対して保護されなければならない。キャリアは、例えば、以下を含む溶媒または分散媒体であり得る：水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）ならびにそれらの適切な混合物。適切な流動性が、例えば、レシチンのようなコーティングの使用によって、要求される粒子サイズを維持することによって（分散物の場合）および界面活性剤を使用することによって維持され得る。微生物の作用の防止は、種々の抗菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）によって達成され得る。多くの場合、組成物中に等張剤（例えば、糖、ポリアルコール（例えば、マンニトール（ｍａｎｉｔｏｌ）、ソルビトール）、塩化ナトリウム）を含むことが好ましい。注射用組成物の吸収期間の延長は、吸収を遅延させる薬剤（例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）を組成物に含ませることによってもたらされ得る。
【０３９０】
滅菌注射用溶液は、必要量のこの活性化合物（例えば、ＮＯＶＸタンパク質または抗ＮＯＶＸ抗体）を、必要な場合、上記で列挙される成分の１つまたは組み合わせと共に、適切な溶媒中に組み込み、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般的に、分散物は、活性化合物を、基本（ｂａｓｉｃ）の分散媒体および上記で列挙される成分からの必要とされる他の成分とを含む滅菌ビヒクル中へ組み込むことによって調製される。滅菌注射用溶液の調製のための滅菌粉末の場合において、調製方法は、真空乾燥および凍結乾燥であり、これにより、予め滅菌濾過されたその溶液から活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末を得る。
【０３９１】
経口組成物は、一般的に、不活性希釈剤または食用キャリアを含む。これらは、ゼラチンカプセルに封入され得るか、または錠剤へと圧縮され得る。経口治療投与の目的のために、この活性化合物は、賦形剤とともに組み込まれ得、そして錠剤、トローチ剤、またはカプセル剤の形態で使用され得る。経口組成物はまた、うがい薬としての使用のために流体キャリアを使用して調製され得、ここで、流体キャリア中の化合物は、経口的に適用され、そして音を立てられ（ｓｗｉｓｈ）、そして吐き出されるか、または飲み込まれる。薬学的に適合性の結合剤、および／またはアジュバント物質が、組成物の一部として含まれ得る。錠剤、丸剤、カプセル剤、トローチ剤などが、任意の以下の成分または同様の性質を有する化合物を含み得る：結合剤（例えば、微結晶セルロース、ガムトラガカントまたはゼラチン）；賦形剤（例えば、デンプンまたはラクトース）、崩壊剤（例えば、アルギン酸、プリモゲル（Ｐｒｉｍｏｇｅｌ）、またはコーンスターチ）；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウムまたはステロテス（Ｓｔｅｒｏｔｅｓ））；潤滑剤（ｇｌｉｄａｎｔ）（例えば、コロイド状二酸化ケイ素）；甘味剤（例えば、スクロースまたはサッカリン）；あるいは香味剤（例えば、ペパーミント、サリチル酸メチル、またはオレンジフレーバー）。
【０３９２】
吸入による投与について、この化合物は、適切な噴霧剤（例えば、二酸化炭素のような気体）を含む圧縮容器またはディスペンサー、あるいは噴霧器から、エアロゾル噴霧の形態で送達される。
【０３９３】
全身的投与はまた、経粘膜手段または経皮手段であり得る。経粘膜投与または経皮投与について、浸透される障壁に適切な浸透剤が、処方物において使用される。このような浸透剤は、一般的に、当該分野で公知であり、そして、例えば、経粘膜投与については、界面活性剤、胆汁酸塩、およびフシジン酸誘導体が挙げられる。経粘膜投与は、鼻スプレーまたは坐剤の使用によって達成され得る。経皮投与については、活性化合物は、当該分野で一般的に公知である軟膏剤（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、またはクリーム剤へ処方される。
【０３９４】
化合物はまた、直腸送達のための坐剤（例えば、ココアバターおよび他のグリセリドのような従来の坐剤基剤と共に）または貯留（ｒｅｎｔｅｎｔｉｏｎ）浣腸の形態で調製され得る。
【０３９５】
１つの実施形態において、活性化合物は、身体からの迅速な排出に対して化合物を保護するキャリアを用いて調製され（例えば、制御放出処方物）、これには、移植片およびマイクロカプセル化された送達系が挙げられる。酢酸エチレンビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸のような、生分解性、生体適合性ポリマーが使用され得る。このような処方物の調製のための方法は、当業者に明らかである。これらの物質はまた、Ａｌｚａ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業的に入手され得る。リポソーム懸濁物（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を感染させた細胞へ標的化されるリポソームを含む）もまた、薬学的に受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号に記載されるような、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０３９６】
投与の容易さおよび投薬量の均一性のために、投薬単位形態で、経口組成物または非経口組成物を処方することが、特に有益である。本明細書で使用される投薬単位形態とは、処置される被験体に対する単位投薬量として適切な物理的に個々の単位をいい；各単位は、必要とされる薬学的キャリアと関連して所望の治療的効果を生じるように計算された、所定量の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての詳細は、活性化合物の固有の特徴、および達成される特定の治療効果、ならびに個体の処置のためのこのような活性化合物を調合する分野に固有の制限によって決定され、そして、これらに直接依存する。
【０３９７】
本発明の核酸分子は、ベクターに挿入され得、そして遺伝子治療ベクターとして使用され得る。遺伝子治療ベクターは、被験体へ、例えば、静脈内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を参照のこと）によって、または定位注射（例えば、Ｃｈｅｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：３０５４−３０５７を参照のこと）によって送達され得る。遺伝子治療ベクターの薬学的調製物には、受容可能な希釈剤中の遺伝子治療ベクターを含み、または遺伝子送達ビヒクルが組み込まれる徐放性マトリックスを含み得る。あるいは、完全な遺伝子送達ベクターが組換え細胞からインタクトで産生され得る場合（例えば、レトロウイルスベクター）、薬学的調製物は、その遺伝子送達系を産生する１以上の細胞を含み得る。
【０３９８】
薬学的組成物は、投与のための使用説明書と共に、容器、包装、またはディスペンサーに含まれ得る。
【０３９９】
（スクリーニングおよび検出の方法）
本発明の単離された核酸分子は、以下にさらに説明されるように、ＮＯＶＸタンパク質（例えば、遺伝子治療適用における宿主細胞中の組換え発現ベクターを介して）を発現させるため、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡ（例えば、生物学的サンプルにおいて）またはＮＯＶＸ遺伝子における遺伝子損傷を検出するため、ならびにＮＯＶＸ活性を調節するために使用され得る。さらに、ＮＯＶＸタンパク質は、ＮＯＶＸタンパク質の活性または発現を調節する薬物または化合物をスクリーニングするために、ならびにＮＯＶＸタンパク質の不十分もしくは過剰な産生によって、またはＮＯＶＸ野生型タンパク質と比較して減少した活性もしくは異常な活性を有するＮＯＶＸタンパク質形態の産生によって特徴付けられる障害（例えば；糖尿病（インスリン放出を調節する）；肥満（脂質を結合および輸送する）；肥満に関連した代謝障害、代謝症候群Ｘ、ならびに慢性疾患および種々の癌に関連する拒食症および消耗性障害、および感染性疾患（抗菌活性を有する）、および種々の異脂肪血症）を処置するために使用され得る。さらに、本発明の抗ＮＯＶＸ抗体は、ＮＯＶＸタンパク質を検出および単離するため、ならびにＮＯＶＸ活性を調節するために使用され得る。なおさらなる局面において、本発明は、正の様式および負の様式の両方で、食欲、栄養の吸収、および代謝基質の処理に影響を与えるための方法において用いられ得る。
【０４００】
本発明は、さらに、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される新規の薬剤、および上記で本明細書中で記載されるような処置のためのそれらの使用に関する。
【０４０１】
（スクリーニングアッセイ）
本発明は、モジュレーター、すなわち、ＮＯＶＸタンパク質に結合するか、あるいは例えば、ＮＯＶＸタンパク質の発現またはＮＯＶＸタンパク質の活性に対して刺激効果または阻害効果を有する、候補化合物または候補薬剤あるいは試験化合物または試験薬剤（例えば、ペプチド、ペプチド模倣物、低分子または他の薬物）を同定するための方法（本明細書中において「スクリーニングアッセイ」とも称される）を提供する。本発明はまた、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイにおいて同定された化合物を含む。
【０４０２】
１実施形態において、本発明は、ＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチド、あるいはその生物学的に活性な部分の膜結合形態に結合するか、またはその膜結合形態の活性を調節する、候補化合物もしくは試験化合物をスクリーニングするためのアッセイを提供する。本発明の試験化合物は、当該分野において公知のコンビナトリアルライブラリー法における多数のアプローチのいずれかを使用して得られ得、これには、以下が挙げられる：生物学的ライブラリー；空間的に位置付け可能な並行固相もしくは溶液相ライブラリー；逆重畳を要する合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフィニティークロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリー法。生物学的ライブラリーアプローチはペプチドライブラリーに限定されるが、他の４つのアプローチは、ペプチド、非ペプチドオリゴマーまたは化合物の低分子ライブラリーに適用可能である（例えば、Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓｉｇｎ  １２：１４５を参照のこと）。
【０４０３】
本明細書中で使用される場合、「低分子」とは、約５ｋＤ未満の分子量、そして最も好ましくは、約４ｋＤ未満の分子量を有する組成物をいうように意味される。低分子は、例えば、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣体、糖質、脂質または他の有機分子もしくは無機分子であり得る。化学的および／または生物学的混合物（例えば、真菌、細菌または藻類抽出物）のライブラリーは、当該分野で公知であり、そして本発明のアッセイのいずれかを用いてスクリーニングされ得る。
【０４０４】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、当該分野において、例えば以下に見出され得る：ＤｅＷｉｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：６９０９；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９１：１１４２２；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；およびＧａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３。
【０４０５】
化合物のライブラリーは、溶液中で（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２〜４２１）、あるいはビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５４：８２〜８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６４：５５５〜５５６）、細菌（Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２２３，４０９号）、胞子（Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２３３，４０９号）、プラスミド（Ｃｕｌｌら（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１８６５〜１８６９）またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：３８６〜３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４〜４０６；Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８７：６３７８〜６３８２；Ｆｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１〜３１０；Ｌａｄｎｅｒ、米国特許第５，２３３，４０９号）において提示され得る。
【０４０６】
１つの実施形態において、アッセイは細胞ベースのアッセイであり、ここで、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上に発現する細胞が、試験化合物と接触され、そして試験化合物がＮＯＶＸタンパク質に結合する能力が、決定される。細胞は、例えば、哺乳動物起源または酵母細胞であり得る。試験化合物がＮＯＶＸタンパク質に結合する能力の決定は、例えば、その試験化合物を放射性同位体または酵素標識とカップリングさせて、その結果、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分に対する試験化合物の結合が、複合体におけるその標識化合物を検出することによって決定され得ることによって達成され得る。例えば、試験化合物は、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃ、または３Ｈで直接的または間接的のいずれかで標識され得、そしてその放射性同位体は、放射線放射の直接の計数により、またはシンチレーション計数により、検出され得る。あるいは、試験化合物は、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、またはルシフェラーゼで酵素的に標識され得、そして酵素的標識が、適切な基質の生成物への転換を決定することにより、検出され得る。１つの実施形態において、アッセイは、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質、またはその生物学的に活性な部分をその細胞表面上に発現する細胞を、ＮＯＶＸと結合する既知の化合物と接触させ、アッセイ混合物を形成させる工程、アッセイ混合物に試験化合物を接触させる工程、ならびに試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０４０７】
別の実施形態において、アッセイは、細胞ベースのアッセイであり、これは、膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を細胞表面上で発現する細胞を、試験化合物と接触させる工程、ならびに試験化合物が、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。試験化合物がＮＯＶＸまたはその生物学的に活性な部分の活性を調節する能力の決定は、例えば、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合またはこれら標的分子と相互作用する能力を決定することによって、達成され得る。本明細書中において使用する場合には、「標的分子」とは、ＮＯＶＸタンパク質が自然に結合または相互作用する分子であり、例えば、ＮＯＶＸ相互作用タンパク質を発現する細胞表面上の分子、第二の細胞表面上の分子、細胞外環境中の分子、細胞膜の内面と会合する分子、または細胞質分子である。ＮＯＶＸ標的分子は、非ＮＯＶＸ分子あるいは本発明のＮＯＶＸタンパク質またはポリペプチドであり得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸ標的分子は、シグナル伝達経路の構成要素であり、これは、細胞膜を介する細胞内への細胞外シグナル（例えば、化合物が膜結合ＮＯＶＸ分子に結合することにより発生するシグナル）の伝達を促進する。その標的は、例えば、触媒活性を有する第二の細胞間タンパク質、または下流シグナル伝達分子のＮＯＶＸとの会合を容易にするタンパク質であり得る。
【０４０８】
ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、直接的結合を決定するための上記方法の１つにより、達成され得る。１つの実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合するかまたはその標的分子と相互作用する能力の決定は、その標的分子の活性を決定することにより、達成され得る。例えば、標的分子の活性は、その標的の細胞性セカンドメッセンジャー（すなわち、細胞内Ｃａ２＋、ジアシルグリセロール、ＩＰ３など）の誘導を検出すること、適切な基質への標的の触媒活性／酵素活性を検出すること、レポーター遺伝子（検出可能なマーカー（例えば、ルシフェラーゼ）をコードする核酸に作動可能に連結されたＮＯＶＸ応答性調節エレメントを含む）の誘導を検出すること、または細胞応答（例えば、細胞生存度、細胞分化、または細胞増殖）を検出することにより、決定され得る。
【０４０９】
なお別の実施形態において、本発明のアッセイは、無細胞（ｃｅｌｌ−ｆｒｅｅ）アッセイであり、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分と結合する能力を決定する工程を包含する。ＮＯＶＸタンパク質への試験化合物の結合は、上記のように、直接的または間接的にのいずれかで決定され得る。１つのこのような実施形態において、アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＮＯＶＸを結合する既知の化合物に接触させて、アッセイ混合物を形成する工程、アッセイ混合物を試験化合物に接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程は、試験化合物が、既知の化合物と比較して、ＮＯＶＸ、またはその生物学的に活性な部分と優先的に結合する能力を決定する工程を包含する。
【０４１０】
なお別の実施形態において、アッセイは、無細胞アッセイであり、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を試験化合物と接触させる工程、ならびにその試験化合物がＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分の活性を調節（例えば、刺激または阻害）する能力を決定する工程を包含する。試験化合物がＮＯＶＸの活性を調節する能力の決定は、例えば、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子に結合する能力を、直接的結合の決定のための上記方法の１つによって決定することにより、達成され得る。代替の実施形態において、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質の活性を調節する能力の決定は、ＮＯＶＸタンパク質がＮＯＶＸ標的分子をさらに調節する能力を決定することにより、達成され得る。例えば、適切な基質に対する標的分子の触媒活性／酵素活性は、上記のように決定され得る。
【０４１１】
なお別の実施形態において、無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質またはその生物学的に活性な部分を、ＮＯＶＸタンパク質を結合する既知の化合物に接触させてアッセイ混合物を形成する工程、アッセイ混合物を試験化合物と接触させる工程、ならびに試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力を決定する工程を包含し、ここで、試験化合物がＮＯＶＸタンパク質と相互作用する能力の決定は、ＮＯＶＸタンパク質が、ＮＯＶＸ標的分子と優先的に結合するか、またはその標的分子の活性を優先的に調節する能力を決定する工程を包含する。
【０４１２】
本発明の無細胞アッセイは、ＮＯＶＸタンパク質の、可溶性の形態または膜結合形態の両方の使用に受け入れられる。膜結合形態のＮＯＶＸタンパク質を含む無細胞アッセイの場合には、ＮＯＶＸタンパク質の膜結合形態が溶液中に維持されるように、可溶化剤を利用することが所望され得る。このような可溶化剤の例には、非イオン性界面活性剤が挙げられ、例えば、ｎ−オクチルグルコシド、ｎ−ドデシルグルコシド、ｎ−ドデシルマルトシド、オクタノイル−Ｎ−メチルグルカミド、デカノイル−Ｎ−メチルグルカミド、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１００、Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標）Ｘ−１１４、Ｔｈｅｓｉｔ（登録商標）、イソトリデシルポリ（エチレングリコールエーテル）ｎ（Ｉｓｏｔｒｉｄｅｃｙｐｏｌｙ（ｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｇｌｙｃｏｌ  ｅｔｈｅｒ）ｎ）、Ｎ−ドデシル−Ｎ，Ｎ−ジメチル−３−アンモニオ−１−プロパンスルホネート、３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−１−プロパンスルホネート（３−（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏｌ−１−ｐｒｏｐａｎｅ  ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳ）、または３−（３−コラミドプロピル）ジメチルアンミニオール−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホネート（３−（３−ｃｈｏｌａｍｉｄｏｐｒｏｐｙｌ）ｄｉｍｅｔｈｙｌａｍｍｉｎｉｏｌ−２−ｈｙｄｒｏｘｙ−１−ｐｒｏｐａｎｅ  ｓｕｌｆｏｎａｔｅ）（ＣＨＡＰＳＯ）である。
【０４１３】
本発明の上記アッセイ方法の１つより多い実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質またはそれらの標的分子のいずれかを固定して、そのタンパク質の一方または両方の非複合形態からの複合形態の分離を促進し、そしてそのアッセイの自動化に適合させることが、所望され得る。ＮＯＶＸタンパク質への試験化合物の結合、または候補化合物の存在下および非存在下での、ＮＯＶＸタンパク質の標的分子との相互作用は、これらの反応物を収容するために適切な任意の容器内で達成され得る。このような容器の例には、マイクロタイタープレート、試験管、および微小遠心管が挙げられる。１実施形態において、それらのタンパク質の一方または両方がマトリックスに結合することを可能にするドメインを付加する融合タンパク質が、提供され得る。例えば、ＧＳＴ−ＮＯＶＸ融合タンパク質またはＧＳＴ標的融合タンパク質は、グルタチオンセファロースビーズ（Ｓｉｇｍａ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）またはグルタチオン誘導体化マイクロタイタープレート上に吸着され得、次いでこれらは、試験化合物と合わせられるか、あるいは試験化合物および吸着されてない標的タンパク質またはＮＯＶＸタンパク質のいずれかと合わせられ、そして混合物が、複合体形成を誘導する条件下（例えば、塩およびｐＨに関して生理学的条件）でインキュベートされる。インキュベーション後、ビーズまたはマイクロタイタープレートウェルを洗浄して、結合していない任意の成分を除去し、ビーズの場合にはマトリックスを固定し、例えば上記のように、複合体を直接的または間接的のいずれかで決定する。あるいは、複合体がマトリックスから解離され得、そしてＮＯＶＸタンパク質の結合レベルまたは活性レベルを、標準的な技術を使用して決定し得る。
【０４１４】
タンパク質をマトリックスに固定するための他の技術もまた、本発明のスクリーニングアッセイにおいて使用され得る。例えば、ＮＯＶＸタンパク質、またはその標的分子のいずれかが、ビオチンとストレプトアビジンとの結合体化を利用して、固定され得る。ビオチン化ＮＯＶＸタンパク質または標的分子は、当該分野において周知の技術を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド）から調製され得（例えば、ビオチン化キット、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．）、そしてストレプトアビジンでコーティングした９６ウェルのプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェルに固定され得る。あるいは、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性であるがその標的分子へのＮＯＶＸタンパク質の結合を妨害しない抗体が、そのプレートのウェルに誘導体化され得、そして結合していない標的またはＮＯＶＸタンパク質が、抗体結合体化によってウェル内に捕捉され得る。このような複合体を検出するための方法には、ＧＳＴ固定化複合体に関しての上記で述べた方法に加えて、ＮＯＶＸタンパク質または標的分子と反応性の抗体を使用する、複合体の免疫検出、ならびにＮＯＶＸタンパク質または標的分子に関する酵素活性の検出に依存する、酵素連結アッセイが挙げられる。
【０４１５】
別の実施形態において、ＮＯＶＸタンパク質発現のモジュレーターは、細胞を候補化合物と接触させ、そして細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を決定する方法において同定される。候補化合物の存在下でのＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のレベルは、候補化合物の非存在下でのＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のレベルと比較される。次いで、候補化合物は、この比較に基づいて、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のモジュレーターとして同定され得る。例えば、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりもその存在下における方が大きい（すなわち、統計的に有意に大きい）場合、候補化合物は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現の刺激物質として同定される。あるいは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現が、候補化合物の非存在下よりその存在下の方が少ない（統計的に有意に少ない）場合、候補化合物は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のインヒビターとして同定される。細胞中のＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現のレベルは、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡまたはタンパク質を検出するために本明細書中に記載の方法によって決定され得る。
【０４１６】
本発明のなお別の局面において、ＮＯＶＸタンパク質は、ツーハイブリッドアッセイまたはスリーハイブリッドアッセイにおいて「ベイト（餌）（ｂａｉｔ）タンパク質」として使用されて（例えば、米国特許第５，２８３，３１７号；Ｚｅｒｖｏｓら、１９９３．Ｃｅｌｌ  ７２：２２３−２３２；Ｍａｄｕｒａら、１９９３．Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６８：１２０４６−１２０５４；Ｂａｒｔｅｌら、１９９３．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １４：９２０−９２４；Ｉｗａｂｕｃｈｉら、１９９３．Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ８：１６９３−１６９６；およびＢｒｅｎｔ  ＷＯ９４／１０３００を参照のこと）、ＮＯＶＸ（「ＮＯＶＸ結合タンパク質」または「ＮＯＶＸ−ｂｐ」）に結合するか、またはこれと相互作用し、そしてＮＯＶＸ活性を調節する他のタンパク質を同定し得る。このようなＮＯＶＸ結合タンパク質はまた、例えば、ＮＯＶＸ経路の上流エレメントまたは下流エレメントとしてＮＯＶＸタンパク質によるシグナルの伝達に関与する可能性がある。
【０４１７】
ツーハイブリッド系は、分離可能なＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインで構成される、大部分の転写因子のモジュール的性質に基づく。簡潔には、アッセイは、２つの異なるＤＮＡ構築物を利用する。一方の構築物においては、ＮＯＶＸをコードする遺伝子が既知の転写因子（例えば、ＧＡＬ−４）のＤＮＡ結合ドメインをコードする遺伝子に融合される。他方の構築物においては、ＤＮＡ配列のライブラリー由来の、未同定タンパク質（「プレイ（餌食）（ｐｒｅｙ）」または「サンプル」）をコードするＤＮＡ配列が、既知の転写因子の活性化ドメインをコードする遺伝子に融合される。「ベイト」および「プレイ」タンパク質がインビボで相互作用して、ＮＯＶＸ依存性複合体を形成し得る場合、この転写因子のＤＮＡ結合ドメインおよび活性化ドメインは、非常に近くにある。近位にあることにより、転写因子に応答性の転写調節部位に作動可能に連結されたレポーター遺伝子（例えば、ＬａｃＺ）の転写が可能となる。レポーター遺伝子の発現が検出され得、そして機能的転写因子を含む細胞コロニーが、単離され得、そしてＮＯＶＸと相互作用するタンパク質をコードするクローニングされた遺伝子を得るために使用され得る。
【０４１８】
本発明はさらに、前述のスクリーニングアッセイにより同定される新規な因子および本明細書中に記載されるような処置のためのこの因子の使用に関する。
【０４１９】
（検出アッセイ）
本明細書中で同定されるｃＤＮＡ配列の一部またはフラグメント（および対応する完全な遺伝子配列）は、ポリヌクレオチド試薬として多くの方法で使用され得る。例えば、これらの配列を使用して、（ｉ）染色体上にそれらのそれぞれの遺伝子をマッピングし得；従って、遺伝性疾患と関連する遺伝子領域を位置決定し得る；（ｉｉ）微量の生物学的サンプルから個体を同定し得る（組織型決定）；および（ｉｉｉ）生物学的サンプルの法医学的識別を助け得るが、これに限定されない。これらの適用のいくつかは、以下の節において記載される。
【０４２０】
（染色体マッピング）
一旦、遺伝子の配列（または配列の一部分）が単離されると、この配列を用いて染色体上に遺伝子の位置をマッピングし得る。このプロセスは、染色体マッピングとよばれる。従って、ＮＯＶＸ配列の一部またはフラグメント、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１および６３、またはそれらのフラグメントもしくは誘導体を用いて、それぞれ、ＮＯＶＸ遺伝子の位置を染色体上にマッピングし得る。ＮＯＶＸ配列を染色体にマッピングすることは、これらの配列と、疾患と関連する遺伝子とを相関付ける際の重要な第一歩である。
【０４２１】
簡潔には、ＮＯＶＸ遺伝子は、ＮＯＶＸ配列からＰＣＲプライマー（好ましくは、１５〜２５ｂｐの長さ）を調製することにより染色体にマッピングし得る。ＮＯＶＸ配列のコンピューター分析を用いて、ゲノムＤＮＡにおける１つを超えるエキソンにまたがらないプライマーを迅速に選択し得、従って、増幅プロセスを複雑にし得る。次いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色体を含む体細胞ハイブリッドのＰＣＲスクリーニングのために使用され得る。ＮＯＶＸ配列に対応するヒト遺伝子を含むハイブリッドのみが、増幅されたフラグメントを生じる。
【０４２２】
体細胞ハイブリッドは、異なる哺乳動物由来の体細胞（例えば、ヒト細胞およびマウス細胞）を融合することにより調製される。ヒト細胞およびマウスの細胞のハイブリッドが増殖および分裂するにつれ、それらは、無作為な順序で徐々にヒト染色体を失うが、マウス染色体を維持する。それらは特定の酵素を欠くので、マウス細胞は増殖できないが、ヒト細胞は増殖できる培地を使用することにより、必要な酵素をコードする遺伝子を含む１つのヒト染色体が保持される。種々の培地を使用することによって、ハイブリッド細胞株のパネルが確立され得る。パネルにおける各細胞株は、単一のヒト染色体または少数のヒト染色体のいずれか、およびマウス染色体の完全なセットを含み、これにより、個々の遺伝子を特定のヒト染色体にマッピングすることが容易に可能になる（例えば、Ｄ’Ｅｕｓｔａｃｈｉｏら（１９８３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２０：９１９−９２４を参照のこと）。ヒト染色体のフラグメントのみを含む体細胞ハイブリッドはまた、転座および欠失を伴うヒト染色体を使用することにより作製され得る。
【０４２３】
体細胞ハイブリッドのＰＣＲマッピングは、特定の染色体に特定の配列を割り当てるための迅速な手順である。単一のサーマルサイクラーを用いて１日に３つ以上の配列が割り当てられ得る。ＮＯＶＸ配列を使用して、オリゴヌクレオチドプライマーを設計すると、下位位置決定（ｓｕｂｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ）は、特定の染色体由来のフラグメントのパネルを用いて達成され得る。
【０４２４】
中期染色体スプレッドに対するＤＮＡ配列の蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）をさらに使用して、一工程で正確な染色体位置を提供し得る。染色体スプレッドは、（紡錘体を破壊する）コルセミドのような化学物質により分裂が中期においてブロックされた細胞を使用して作製され得る。染色体は、トリプシンで短時間処理され得、次いで、ギムザ染色され得る。薄いバンドおよび濃いバンドのパターンが各染色体上に発生し、その結果、染色体は、個々に同定され得る。ＦＩＳＨ技術は、５００または６００塩基ほどの短さのＤＮＡ配列と共に使用され得る。しかし、１，０００塩基より大きなクローンは、簡単な検出に十分なシグナル強度で、固有の染色体位置に結合する可能性がより高い。好ましくは、１，０００塩基、そしてより好ましくは、２，０００塩基が妥当な時間量で良好な結果を得るために十分である。この技術の総説については、Ｖｅｒｍａら、ＨＵＭＡＮ  ＣＨＲＯＭＯＳＯＭＥＳ：Ａ  ＭＡＮＵＡＬ  ＯＦ  ＢＡＳＩＣ  ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ（Ｐｅｒｇａｍｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  １９８８）を参照のこと。
【０４２５】
染色体マッピングの試薬は、単一の染色体またはその染色体上の単一部位をマークするために個々に使用され得るか、または試薬のパネルが、複数部位および／または複数染色体をマークするために使用され得る。実際には、遺伝子の非コード領域に対応する試薬が、マッピング目的のために好ましい。コード配列は、遺伝子ファミリー内に保存されており、従って、染色体マッピングの間に交叉ハイブリダイゼーションの機会が増大する可能性が高い。
【０４２６】
一旦、配列が正確な染色体位置にマッピングされると、その配列の染色体上の物理的位置を、遺伝子マップデータと相関させ得る。このようなデータは、例えば、ＭｃＫｕｓｉｃｋ，ＭＥＮＤＥＬＩＡＮ  ＩＮＨＥＲＩＴＡＮＣＥ  ＩＮ  ＭＡＮ（Ｊｏｈｎｓ  Ｈｏｐｋｉｎｓ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｗｅｌｃｈ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｌｉｂｒａｒｙを通じてオンラインで入手可能）において見いだされる。次いで、同じ染色体領域にマッピングされる遺伝子と疾患との間の関係は、例えば、Ｅｇｅｌａｎｄら（１９８７）Ｎａｔｕｒｅ，３２５：７８３−７８７に記載される連鎖分析（物理的に隣接する遺伝子の同時遺伝）によって同定され得る。
【０４２７】
さらに、ＮＯＶＸ遺伝子と関連する疾患に罹患した個体とこの疾患に罹患していない個体との間のＤＮＡ配列における差異が、決定され得る。罹患した個体のいくらかまたは全てにおいて変異が認められるが、非罹患個体のいずれにおいても認められない場合であれば、変異は特定の疾患の原因因子である可能性が高い。罹患個体と非罹患個体との比較は、一般に、染色体における構造的変化（例えば、染色体スプレッドから可視であるかまたはそのＤＮＡ配列に基づいたＰＣＲを用いて検出可能な、欠失または転座）を最初に探すことを包含する。最終的に、いくらかの個体に由来する遺伝子の完全な配列決定を行って、変異の存在を確認し、かつ多型に由来する変異を区別し得る。
【０４２８】
（組織型決定（ｔｉｓｓｕｅ  ｔｙｐｉｎｇ））
本発明のＮＯＶＸ配列はまた、わずかな生物学的サンプルから個体を識別するために使用され得る。この技術において、個体のゲノムＤＮＡは、１つ以上の制限酵素で消化され、そして同定のために固有のバンドを生成するためにサザンブロット上でプローブされる。本発明の配列は、ＲＦＬＰ（米国特許第５，２７２，０５７号に記載の「制限断片長多型」）のためのさらなるＤＮＡマーカーとして有用である。
【０４２９】
さらに、本発明の配列を用いて、個体のゲノムの選択された部分について実際の塩基ごとにＤＮＡ配列を決定する代替的技術を提供し得る。従って、本明細書中に記載のＮＯＶＸ配列を用いて、配列の５’末端および３’末端から２つのＰＣＲプライマーを調製し得る。次いで、これらのプライマーを使用して、個体のＤＮＡを増幅し得、引き続いて、配列決定し得る。
【０４３０】
この様式で調製された個体由来の対応するＤＮＡ配列のパネルは、各個体が、対立遺伝子差異に起因するこのようなＤＮＡ配列の固有のセットを有するので、固有の個体識別を提供し得る。本発明の配列は、個体由来および組織由来の配列のこのような識別を得るために使用され得る。本発明のＮＯＶＸ配列は、ヒトゲノムの部分を固有に表す。対立遺伝子変異は、これらの配列のコード領域においてある程度生じ、そして非コード領域においてより大きな程度で生じる。個々のヒト間での対立遺伝子変異は、各５００塩基につき約１回の頻度で生じると見積もられる。対立遺伝子変異の多くは、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）を含む、一塩基多型（ＳＮＰ）に起因する。
【０４３１】
本明細書中で記載の配列の各々は、ある程度、標準物質（これに対して個体からのＤＮＡが識別の目的で比較され得る）として使用され得る。より多くの多型が非コード領域で生じるので、個体を区別するために、それほど多くの配列が必要であるわけではない。非コード配列は、おそらく１０〜１，０００個プライマーのパネルを用いてポジティブな個体識別を十分に提供し得る。これらのプライマーは、各々が１００塩基の増幅された非コード配列を生じる。推定コード配列（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１および６３における配列）が使用される場合、ポジティブな個体識別に関するプライマーのより適切な数は、５００〜２，０００である。
【０４３２】
（予測医療）
本発明はまた、診断アッセイ、予後アッセイ、薬物ゲノム学（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ）およびモニタリング臨床試験が、予後（予測）の目的に使用され、これによって個体を予防的に処置する、予測医療の分野に関する。従って、本発明の１つの局面は、生物学的サンプル（例えば、血液、血清、細胞、組織）の場合における、ＮＯＶＸタンパク質および／または核酸の発現、ならびにＮＯＶＸの活性を決定するための診断アッセイに関し、これによって、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連して、個体が疾患または障害に罹患しているかどうか、あるいは障害を発症するリスクがあるかどうかを決定する。これらの障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異常脂肪性浮腫（ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａｓ）、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  Ｘ）、ならびに慢性疾患および種々のガンと関連する消耗障害が挙げられる。本発明はまた、個体が、ＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性と関連した障害を発症するリスクがあるかどうかを決定するための予後的（または予測的）アッセイを提供する。例えば、ＮＯＶＸの遺伝子における変異が、生物学的サンプルにおいてアッセイされ得る。このようなアッセイは、予後的または予測的な目的に使用され、これによってＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または生物学的活性によって特徴付けられるかまたは関連した障害の発病の前に個体を予防的に処置し得る。
【０４３３】
本発明の別の局面は、個体におけるＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性を決定するための方法を提供し、これによって、その個体についての適切な治療的薬剤または予防的薬剤を選択する（本明細書において「薬物ゲノム学」と呼ばれる）。薬物ゲノム学は、個体の遺伝子型（例えば、特定の薬剤に対して応答する個体の能力を決定するために試験された個体の遺伝子型）に基づいて個体の治療的または予防的な処置のための薬剤（例えば、薬物）の選択を可能にする。
【０４３４】
本発明のなお別の局面は、臨床試験におけるＮＯＶＸの発現または活性に対する試薬（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることに関する。
【０４３５】
これらおよび他の薬剤は、以下の節でさらに詳細に記載される。
【０４３６】
（診断アッセイ）
生物学的サンプルにおけるＮＯＶＸの存在または非存在を検出するための例示的な方法は、試験被験体から生物学的サンプルを得る工程、およびその生物学的サンプルをＮＯＶＸのタンパク質またはＮＯＶＸタンパク質をコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）を検出し得る化合物もしくは薬剤とを接触させ、その結果、ＮＯＶＸの存在が、その生物学的サンプルにおいて検出される、工程を包含する。ＮＯＶＸのｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出するための薬剤は、ＮＯＶＸ  ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡにハイブリダイズし得る、標識された核酸プローブである。核酸プローブは、例えば、全長のＮＯＶＸの核酸（例えば、配列番号１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１および６３の核酸）またはそれらの一部（例えば、少なくとも、１５、３０、５０、１００、２５０もしくは５００ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであり、ストリンジェントな条件下でＮＯＶＸのｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡと特異的にハイブリダイズするに十分であるオリゴヌクレオチド）であり得る。本発明の診断アッセイにおける使用のための他の適切なプローブは本明細書において記載されている。
【０４３７】
ＮＯＶＸのタンパク質を検出するための薬剤は、ＮＯＶＸのタンパク質に結合し得る抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を有する抗体である。抗体は、ポリクローナル抗体であり得るか、またはより好ましくは、モノクローナル抗体であり得る。インタクトな抗体またはそのフラグメント（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）が使用され得る。用語「標識（された）」とは、プローブまたは抗体に関して、検出可能な物質をそのプローブもしくは抗体にカップリングさせる（すなわち、物理的に連結する）ことによってそのプローブまたは抗体を直接標識すること、ならびに、直接標識された別の試薬との反応性によってそのプローブもしくは抗体の間接的な標識をすることを包含することが意図される。間接的な標識の例としては、蛍光標識された二次抗体を用いた一次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンを用いて検出され得るようにビオチンを用いたＤＮＡプローブの末端標識が挙げられる。用語「生物学的サンプル」とは、被験体から単離された、組織、細胞および生物学的流体ならびに、被験体に存在する組織、細胞および流体を含むことが意図される。すなわち、本発明の検出方法を用いて、ＮＯＶＸのｍＲＮＡ、タンパク質またはゲノムＤＮＡを、生物学的サンプル中で、インビトロおよびインビボで検出し得る。例えば、ＮＯＶＸのｍＲＮＡの検出のためのインビトロ技術としては、ノザンハイブリダイゼーションおよびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。ＮＯＶＸのタンパク質の検出のためのインビトロ技術としては、酵素連結イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降および免疫蛍光が挙げられる。ＮＯＶＸのゲノムＤＮＡを検出するためのインビトロ技術としては、サザンハイブリダイゼーションが挙げられる。さらに、ＮＯＶＸのタンパク質の検出のためのインビボ技術としては、標識された抗ＮＯＶＸ抗体を被験体に導入することが挙げられる。例えば、その抗体は、放射性マーカーを用いて標識され得る。被験体における放射性マーカーの存在および位置は、標準的な画像化技術によって検出され得る。
【０４３８】
１つの実施形態において、この生物学的サンプルは、その試験被験体からのタンパク質分子を含む。あるいは、その生物学的サンプルは、その試験被験体からのｍＲＮＡ分子またはその試験被験体からのゲノムＤＮＡ分子を含み得る。好ましい生物学的サンプルは、被験体から従来の手段によって単離された末梢血白血球サンプルである。
【０４３９】
別の実施形態において、これらの方法はさらに、コントロール被験体からコントロール生物学的サンプルを得る工程、そのコントロールサンプルを、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡを検出し得る化合物もしくは薬剤と接触させ、その結果、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在がその生物学的サンプルにおいて検出される、工程、およびそのコントロールサンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在と、その試験サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡもしくはゲノムＤＮＡの存在とを比較する工程を包含する。
【０４４０】
本発明はまた、生物学的サンプルにおけるＮＯＶＸの存在を検出するためのキットを包含する。例えば、このキットは、以下を備え得る：生物学的サンプルにおいてＮＯＶＸのタンパク質またはｍＲＮＡを検出し得る、標識された化合物もしくは薬剤；そのサンプルにおいてＮＯＶＸの量を決定するための手段；および標準とそのサンプルにおけるＮＯＶＸの量とを比較するための手段。化合物または薬剤は、適切な容器内に包装され得る。キットはさらに、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸を検出するためにキットを用いるための指示書を備え得る。
【０４４１】
（予後アッセイ）
本明細書において記載された診断方法はさらに、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連した疾患もしくは障害を有するか、またはその発症の危険性を有する被験体を同定するために利用され得る。例えば、本明細書に記載されるアッセイ（例えば、上述の診断アッセイまたは下記のアッセイ）を利用して、ＮＯＶＸのタンパク質、核酸の発現または活性に関連する障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。あるいは、予後アッセイを利用して、疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体を同定し得る。従って、本発明は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患もしくは障害を同定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルは、被験体から得られ、そしてＮＯＶＸのタンパク質または核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）が検出され、ここで、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を有するかまたはその発症の危険性を有する被験体についての診断指標である。本明細書において使用される場合、「試験サンプル」とは、目的の被験体から得られた生物学的サンプルをいう。例えば、試験サンプルは、生物学的流体（例えば、血清）、細胞サンプル、または組織であり得る。
【０４４２】
さらに、本明細書に記載される予後アッセイを使用して、被験体に薬剤（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、ペプチド模倣物、タンパク質、ペプチド、核酸、低分子、または他の薬物候補）を投与してＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する疾患または障害を処置し得るか否かを、決定し得る。例えば、このような方法を使用して、被験体が障害のための薬剤で有効に処置され得るか否かを決定し得る。従って、本発明は、ＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害のための薬剤を用いて、被験体が有効に処置され得るか否かを決定するための方法を提供する。ここで、試験サンプルが得られ、そしてＮＯＶＸのタンパク質または核酸が検出される（例えば、ここで、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸の存在は、この薬剤が投与されてＮＯＶＸの異常発現または異常活性に関連する障害が処置され得る被験体についての、診断指標である）。
【０４４３】
本発明の方法はまた、ＮＯＶＸ遺伝子における遺伝的損傷を検出し、それによって、その損傷遺伝子を有する被験体が異常な細胞増殖および／または分化によって特徴付けられる障害についての危険性を有するか否かを決定するためにも使用され得る。種々の実施形態において、これらの方法は、その被験体からの細胞のサンプルにおいて、ＮＯＶＸタンパク質をコードする遺伝子の完全性に影響を与える少なくとも１つの変更によって特徴付けられる遺伝的損傷の存在または非存在、あるいはＮＯＶＸ遺伝子の誤発現を検出する工程を包含する。例えば、このような遺伝的損傷は、以下の少なくとも１つの存在を確認することによって検出され得る：（ｉ）ＮＯＶＸ遺伝子からの１つ以上のヌクレオチドの欠失；（ｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子への１つ以上のヌクレオチドの付加；（ｉｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子の１つ以上のヌクレオチドの置換、（ｉｖ）ＮＯＶＸ遺伝子の染色体再配置；（ｖ）ＮＯＶＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルにおける変更、（ｖｉ）ＮＯＶＸ遺伝子の異常な修飾（例えば、ゲノムＤＮＡのメチル化パターンの異常な修飾）、（ｖｉｉ）ＮＯＶＸ遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在、（ｖｉｉｉ）ＮＯＶＸタンパク質の非野生型レベル、（ｉｘ）ＮＯＶＸ遺伝子の対立遺伝子の欠失、ならびに（ｘ）ＮＯＶＸタンパク質の不適切な翻訳後修飾。本明細書において記載されるように、当該分野において、ＮＯＶＸ遺伝子における損傷を検出するために使用され得る、多数の公知のアッセイ技術が存在する。好ましい生物学的サンプルは、従来手段によって被験体から単離された末梢血白血球サンプルである。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプルが使用され得、これには、例えば、頬粘膜細胞が挙げられる。
【０４４４】
特定の実施形態において、損傷の検出は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号を参照のこと）（例えば、アンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ  ＰＣＲ）、あるいは、連結連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎら（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１０７７−１０８０；およびＮａｋａｚａｗａら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｉｃ．ＵＳＡ  ９１：３６０−３６４を参照のこと）におけるプローブ／プライマーの使用を包含する。後者は、ＮＯＶＸ遺伝子における点変異を検出するために特に有用であり得る（Ａｂｒａｖａｙａら，１９９５  Ｎｕｃｌ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２３：６７５−６８２を参照のこと）。この方法は、患者から細胞のサンプルを収集する工程、核酸（例えば、ゲノム、ｍＲＮＡまたはその両方）をそのサンプルの細胞から単離する工程、ＮＯＶＸ遺伝子に特異的にハイブリダイズする１つ以上のプライマーとその核酸サンプルとを、ＮＯＶＸ遺伝子（存在する場合）のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で接触させる工程、ならびに増幅産物の存在もしくは非存在を検出する工程、またはその増幅産物のサイズを検出する工程およびその長さをコントロールサンプルと比較する工程を包含し得る。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書中に記載される変異を検出するために使用される技術のいずれかとともに予備的増幅工程として使用されることが望ましくあり得ることが予想される。
【０４４５】
代替的な増幅方法としては、以下が挙げられる：当業者に周知な技術を用いた、その増幅された分子の検出の前の、自己維持配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、１９９０、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４−１８７８を参照のこと）、転写増幅系（Ｋｗｏｈら、１９８９、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３−１１７７を参照のこと）、Ｑβレプリカーゼ（Ｌｉｚａｒｄｉら、１９８８、ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１１９７を参照のこと）、または他の任意の核酸増幅方法。これらの検出スキームは、核酸分子が非常に極少数で存在する場合に、そのような核酸分子の検出のために特に有用である。
【０４４６】
代替の実施形態において、サンプル細胞からのＮＯＶＸ遺伝子における変異は、制限酵素切断パターンにおける変化によって同定され得る。例えば、サンプルおよびコントロールのＤＮＡが単離され、増幅され（必要に応じて）、１つ以上の制限エンドヌクレアーゼを用いて消化され、そしてフラグメント長の大きさがゲル電気泳動によって決定され、そして比較される。サンプルＤＮＡとコントロールＤＮＡとの間のフラグメント長の大きさにおける差異は、そのサンプルＤＮＡにおける変異を示す。さらに、配列特異的なリボザイムの使用（例えば、米国特許第５，４９３，５３１号を参照のこと）を使用して、リボザイム切断部位の発生または喪失によって、特異的な変異の存在についてスコア付けし得る。
【０４４７】
他の実施形態において、ＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、サンプル核酸およびコントロール核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイに対してハイブリダイズさせることによって同定され得る（例えば、Ｃｒｏｎｉｎら（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ７：２４４−２５５；Ｋｏｚａｌら（１９９６）Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２：７５３−７５９を参照のこと）。例えば、ＮＯＶＸにおける遺伝子変異は、Ｃｒｏｎｉｎら（前出）に記載されるように光生成ＤＮＡプローブを含む二次元アレイにおいて同定され得る。手短には、プローブの第一ハイブリダイゼーションアレイを用いて、サンプルおよびコントロールにおける長いストレッチのＤＮＡにわたって走査し、連続的に重複するプローブの線形アレイを作成することによって、その配列間の塩基変化を同定し得る。この工程は、点変異の同定を可能にする。この工程に第二のハイブリダイゼーションアレイが続き、これは、検出される全ての改変体または変異体に相補的な、より小さな特化されたプローブアレイを用いることによる特定の変異の特徴付けを可能にする。各変異アレイは、一方が野生型遺伝子に対して相補的であり、そして他方が変異遺伝子に対して相補である並行プローブセットから構成される。
【０４４８】
なお別の実施形態において、当該分野で公知の種々の配列決定反応のいずれかを使用して、ＮＯＶＸ遺伝子を直接配列決定し得、そしてサンプルＮＯＶＸ配列と対応する野生型（コントロール）配列とを比較することによって、変異を検出し得る。配列決定反応の例としては、ＭａｘａｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｉｃ．ＵＳＡ  ７４：５６０またはＳａｎｇｅｒ（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｉｃ．ＵＳＡ  ７４：５４６３によって開発された技術に基づくものが挙げられる。診断アッセイを実施する場合、種々の自動化配列決定手順のいずれかを利用し得ることもまた意図される（例えば、Ｎａｅｖｅら（１９９５）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  １９：４４８を参照のこと）。これらには、質量分析法による配列決定法（例えば、ＰＣＴ国際公開番号ＷＯ  ９４／１６１０１；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ  ３６：１２７−１６２；およびＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３８：１４７−１５９を参照のこと）が含まれる。
【０４４９】
ＮＯＶＸ遺伝子における変異を検出するための他の方法としては、切断剤からの保護を使用して、ＲＮＡ／ＲＮＡもしくはＲＮＡ／ＤＮＡのヘテロ二重鎖におけるミスマッチ塩基を検出する方法が挙げられる（例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３０：１２４２を参照のこと）。一般に、「ミスマッチ切断」の当該分野の技術は、野生型のＮＯＶＸ配列を含む（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織サンプルから得られた潜在的な変異体ＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることによって形成されるヘテロ二重鎖を提供する工程によって始まる。この二本鎖の二重鎖を、二重鎖の一本鎖領域（例えば、そのコントロールとサンプルの鎖との間の塩基対ミスマッチに起因して存在するもの）を切断する薬剤を用いて処理する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖を、ＲＮａｓｅを用いて処理し得、そしてＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを、そのミスマッチ領域を酵素的に消化するために、Ｓ１ヌクレアーゼを用いて処理し得る。他の実施形態において、ＤＮＡ／ＤＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡのいずれかの二重鎖を、ミスマッチ領域を消化するために、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウム、およびピペリジンを用いて処理し得る。そのミスマッチ領域の消化後、次いで、得られた物質を変性ポリアクリルアミドゲル上で、大きさにより分離して、変異の部位を決定する。例えば、Ｃｏｔｔｏｎら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：４３９７；Ｓａｌｅｅｂａら（１９９２）Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．２１７：２８６−２９５を参照のこと。１つの実施形態において、コントロールのＤＮＡまたはＲＮＡは、検出のために標識され得る。
【０４５０】
なお別の実施形態において、ミスマッチ切断反応は、二本鎖ＤＮＡにおけるミスマッチ塩基対を認識する１つ以上のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を、細胞のサンプルから得られたＮＯＶＸ  ｃＤＮＡにおける点変異を検出およびマッピングするために規定された系において使用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチでＡを切断し、そしてＨｅＬａ細胞由来のチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチでＴを切断する（例えば、Ｈｓｕら（１９９４）Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎｅｓｉｓ  １５：１６５７〜１６６２を参照のこと）。例示的な実施形態に従って、ＮＯＶＸ配列（例えば、野生型ＮＯＶＸ配列）に基づくプローブは、試験細胞由来のｃＤＮＡまたは他のＤＮＡ産物にハイブリダイズされる。二重鎖は、ＤＮＡミスマッチ修復酵素を用いて処理され、そしてその切断産物（もしあれば）は、電気泳動プロトコルなどから検出され得る。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照のこと。
【０４５１】
他の実施形態において、電気泳動の移動度における変化は、ＮＯＶＸ遺伝子における変異を同定するために使用される。例えば、一本鎖コンホメーション多型（ＳＳＣＰ）は、変異体と野生型核酸との間の電気泳動の移動度における差異を検出するために使用され得る（例えば、Ｏｒｉｔａら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ：８６：２７６６、またＣｏｔｔｏｎ（１９９３）Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５〜１４４；Ｈａｙａｓｈｉ（１９９２）Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３〜７９を参照のこと）。サンプルおよびコントロールＮＯＶＸ核酸の一本鎖ＤＮＡフラグメントは、変性され、そして再生される。一本鎖核酸の二次構造は、配列に従って変化し、電気泳動の移動度において得られる変化は、１つの塩基変化の検出さえも可能にする。ＤＮＡフラグメントは、標識され得るか、または標識されたプローブを用いて検出され得る。アッセイの感度は、ＤＮＡよりもむしろ、二次構造が配列中の変化に対してより感受的であるＲＮＡを使用することによって増強され得る。１つの実施形態において、本発明の方法は、ヘテロ二重鎖分析を利用して、電気泳動の移動度における変化に基づいて二本鎖のヘテロ二重鎖分子を分離する。例えば、Ｋｅｅｎら（１９９１）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．７：５を参照のこと。
【０４５２】
なお別の実施形態において、一定勾配の変性剤を含有するポリアクリルアミドゲルにおける変異体または野生型フラグメントの移動は、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる。例えば、Ｍｙｅｒｓら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１３：４９５を参照のこと。ＤＧＧＥが分析の方法として使用される場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲにより約４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを付加することによって、完全には変性されないことを確実するように改変される。さらなる実施形態において、温度勾配は、コントロールおよびサンプルＤＮＡの移動度における差異を同定するために、変性剤勾配の代わりに使用される。例えば、ＲｏｓｅｎｂａｕｍおよびＲｅｉｓｓｎｅｒ（１９８７）Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５３を参照のこと。
【０４５３】
点変異を検出するための他の技術の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：選択的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的増幅、または選択的プライマー伸長。例えば、オリゴヌクレオチドプライマーは、既知の変異が中心的に配置されるように調製され得、次いで、完全なマッチが見出される場合にのみハイブリダイゼーションを許容する条件下で標的ＤＮＡにハイブリダイズされる。例えば、Ｓａｉｋｉら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２４：１６３；Ｓａｉｋｉら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６２３０を参照のこと。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、このオリゴヌクレオチドがハイブリダイズ膜に付着され、そして標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズされる場合に、ＰＣＲ増幅された標的ＤＮＡまたは多くの異なる変異にハイブリダイズされる。
【０４５４】
あるいは、選択的ＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術は、本発明と合わせて使用され得る。特異的増幅についてのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中心において（その結果、増幅は、差次的ハイブリダイゼーションに依存する）（例えば、Ｇｉｂｂｓら（１９８９）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１７：２４３７〜２４４８を参照のこと）か、あるいは適切な条件下でミスマッチが妨げられ得るかまたはポリメラーゼ伸長を減少し得る、１つのプライマーの３’の最末端で、目的の変異を保有し得る（例えば、Ｐｒｏｓｓｎｅｒ（１９９３）Ｔｉｂｔｅｃｈ  １１：２３８を参照のこと）。さらに、切断に基づく検出を行うために、変異領域に新規な制限部位を導入することは、望ましくあり得る。例えば、Ｇａｓｐａｒｉｎｉら（１９９２）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ  ６：１を参照のこと。特定の実施形態において、増幅はまた、増幅用Ｔａｑリガーゼを使用して実施され得ることが予測される。例えば、Ｂａｒａｎｙ（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８８：１８９を参照のこと。このような場合において、連結は、５’配列の３’末端に完全なマッチが存在する場合にのみ生じ、増幅の存在または非存在を探索することによって、特定の部位における既知の変異の存在を検出することを可能にする。
【０４５５】
本明細書中に記載される方法は、例えば、本明細書中に記載される少なくとも１つのプローブ核酸または抗体試薬を含む、予めパッケージングされた診断キットを利用することによって実施され得、これは、例えば、ＮＯＶＸ遺伝子を含む疾患または疾病の症状または家族病歴を示す患者を診断するための臨床的設定において好都合に使用され得る。
【０４５６】
さらに、ＮＯＶＸが発現される任意の細胞型または組織（好ましくは、末梢血白血球）は、本明細書中に記載される予後アッセイにおいて利用され得る。しかし、有核細胞を含む任意の生物学的サンプル（例えば、頬粘膜細胞を含む）が、使用され得る。
【０４５７】
（薬理ゲノム学（Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓ））
ＮＯＶＸ活性（例えば、ＮＯＶＸ遺伝子発現）に対する刺激効果または阻害効果の影響を有する因子、すなわちモジュレーターは、本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定されるように、障害（この障害としては、代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、および造血障害、ならびに種々の異常脂肪性浮腫（ｄｙｓｌｉｐｉｄｅｍｉａｓ）、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  Ｘ）、ならびに慢性疾患および種々のガンと関連する消耗疾患が挙げられる）を（予防的または治療的に）処置するために個体に投与され得る。このような処置と合わせて、個体の薬理ゲノム学（すなわち、個体の遺伝子型と外来化合物または薬物に対するその個体の応答との間の関係についての研究）が、考慮され得る。治療剤の代謝における差異は、薬理学的に活性な薬物の用量と血中濃度との間の関係を変更することによって、重篤な毒性または治療の失敗を導き得る。従って、個体の薬理ゲノム学は、個体の遺伝子型の考慮に基づく予防的または治療的処置のために有効な因子（例えば、薬物）の選択を可能にする。このような薬理ゲノム学は、さらに、適切な投薬量および治療剤レジメンを決定するために使用され得る。従って、ＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、あるいは個体におけるＮＯＶＸ遺伝子の変異含量が決定されて、それによって個体の治療的または予防的処置のために適切な因子を選択し得る。
【０４５８】
薬理ゲノム学は、罹患した人おける変更された薬物の性質および異常な作用に起因して、薬物に応答する臨床的に有意な遺伝性変更を扱う。例えば、Ｅｉｃｈｅｌｂａｕｍ、１９９６、Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２３：９８３〜９８５；Ｌｉｎｄｅｒ、１９９７、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３：２５４〜２６６を参照のこと。一般に、２つの型の薬理ゲノム学状態が、区別され得る。薬物が身体に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物作用）、または身体が薬物に作用する方法を変更する１つの因子として伝達される遺伝的状態（変更された薬物代謝）。これらの薬理ゲノム学状態は、稀な欠損としてか、または多型としてのいずれかで生じ得る。例えば、グルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇ６ＰＤ）欠損は、一般的な遺伝性酵素病であり、この主な臨床的合併症は、酸化剤薬物（抗マラリア剤、スルホンアミド、鎮痛薬、ニトロフラン）の摂取およびソラマメの摂食後の溶血である。
【０４５９】
例示的な実施形態として、薬物代謝酵素の活性は、薬物作用の強度および持続期間の両方の主要な決定因子である。薬物代謝酵素（例えば、Ｎ−アセチルトランスフェラーゼ２（ＮＡＴ２）およびシトクロムＰ４５０酵素ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９）の遺伝的多型の発見は、幾人かの患者が予期される薬物効果を得ないか、または標準的かつ安全な用量の薬物を摂取した後に過大な薬物応答および深刻な毒性を示すことに関しての説明を提供した。これらの多型は、集団において２つの表現型（高い代謝能を持つ人（ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＥＭ）および低い代謝能を持つ人（ｐｏｏｒ  ｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒ）（ＰＭ））で表現される。ＰＭの有病率は、異なる集団の間で異なる。例えば、ＣＹＰ２Ｄ６をコードする遺伝子は高度に多型であり、そしていくらかの変異がＰＭにおいて同定されており、この全ては機能的ＣＹＰ２Ｄ６の非存在に至る。ＣＹＰ２Ｄ６およびＣＹＰ２Ｃ１９の低い代謝能を持つ人は、彼らが標準的な用量を受ける場合に、かなり頻繁に過大な薬物応答および副作用を経験する。代謝産物が活性な治療的部分である場合、そのＣＹＰ２Ｄ６形成代謝産物によって媒介されるコデインの鎮痛効果について実証されるように、ＰＭは治療的応答を示さない。他の極端なものは、標準的な用量に応答しない、いわゆる超迅速な代謝能を持つ人である。最近、超迅速な代謝の基準となる分子は、ＣＹＰ２Ｄ６遺伝子増幅に起因していることが同定されている。
【０４６０】
従って、ＮＯＶＸタンパク質の活性、ＮＯＶＸ核酸の発現、あるいは個体におけるＮＯＶＸ遺伝子の変異内容を決定して、それによって、その個体の治療的または予防的処置のために適切な因子を選択し得る。さらに、薬理ゲノム学の研究を使用して、個体の薬物応答性の表現型の同定に対して薬物代謝酵素をコードする多型対立遺伝子の遺伝子型を適用し得る。この知見は、用量または薬物選択に適用される場合、有害な反応または治療の失敗を回避し得、従って、被験体をＮＯＶＸの調節因子（例えば、本明細書中に記載される例示的なスクリーニングアッセイの１つによって同定される調節因子）を用いて処置する場合に治療的または予防的効率を増強し得る。
【０４６１】
（臨床試験中の効果のモニタリング）
ＮＯＶＸの発現または活性（例えば、異常な細胞増殖および／または分化を調節する能力）に対する因子（例えば、薬物、化合物）の影響をモニタリングすることは、基本的な薬物スクリーニングだけでなく臨床試験に適用され得る。例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイによって、ＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを増加するか、またはＮＯＶＸ活性をアップレギュレートすることが決定される、因子の効力は、減少したＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベル、またはダウンレギュレートしたＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。あるいは、スクリーニングアッセイによって、ＮＯＶＸの遺伝子発現、タンパク質レベルを減少、またはＮＯＶＸの活性をダウンレギュレートすることが決定される、因子の効力は、増加したＮＯＶＸ遺伝子の発現、タンパク質レベル、またはアップレギュレートしたＮＯＶＸの活性を示す被験体の臨床試験においてモニターされ得る。このような臨床試験において、ＮＯＶＸの発現または活性、および好ましくは、例えば、細胞増殖または免疫障害に関与する他の遺伝子が、「リードアウト（読み出し）（ｒｅａｄ  ｏｕｔ）」、すなわち、特定の細胞の免疫応答性のマーカーとして使用され得る。
【０４６２】
例えば、ＮＯＶＸを含む遺伝子（これは、ＮＯＶＸ活性（例えば、本明細書中に記載されるようなスクリーニングアッセイにおいて同定される）を調節する因子（例えば、化合物、薬物または低分子）を用いる処置によって、細胞内で調節される）が同定され得るが、これらに限定されない。従って、細胞性増殖障害に対する因子の効果を研究するために、例えば、臨床試験において、細胞が単離され得、そしてＲＮＡが調製され得、そしてＮＯＶＸおよびこの障害に関与する他の遺伝子の発現のレベルについて分析され得る。遺伝子発現のレベル（すなわち、遺伝子発現パターン）は、本明細書中に記載されるように、ノーザンブロット分析もしくはＲＴ−ＰＣＲによるか、あるいは産生されるタンパク質の量を測定することによるか、本明細書中に記載されるような方法の１つによるか、あるいはＮＯＶＸまたは他の遺伝子の活性のレベルを測定することによって、定量され得る。この様式で、この遺伝子発現パターンは、この因子に対する細胞の生理学的応答の指標であるマーカーとして作用し得る。従って、この応答状態は、この因子を用いる個体の処置の前、および処置の間の種々の時点で、決定され得る。
【０４６３】
１つの実施形態において、本発明は、因子（例えば、アゴニスト、アンタゴニスト、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣物、核酸、低分子、または本明細書中に記載されるスクリーニングアッセイによって同定される他の薬物候補物）を用いる、被験体の処置の効力をモニタリングするための方法を提供し、これは、以下の工程を包含する：（ｉ）因子の投与の前に、被験体から投与前サンプルを得る工程；（ｉｉ）この投与前サンプルにおいて、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現のレベルを検出する工程；（ｉｉｉ）この被験体から１つ以上の投与後サンプルを得る工程；（ｉｖ）この投与後サンプルにおいて、ＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを検出する工程；（ｖ）この投与前サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルを、この投与後サンプルにおけるＮＯＶＸのタンパク質、ｍＲＮＡ、またはゲノムＤＮＡの発現または活性のレベルと比較する工程；ならびに（ｖｉ）従って、この被験体に対する因子の投与を変更する工程。例えば、この因子の増加した投与は、検出されるよりも高いレベルにＮＯＶＸの発現または活性を増加する（すなわち、この因子の効力を増加する）ために望ましくあり得る。あるいは、この因子の減少した投与は、検出されるよりも低いレベルにＮＯＶＸの発現または活性を減少する（すなわち、この因子の効力を減少する）ために望ましくあり得る。
【０４６４】
（処置方法）
本発明は、異常なＮＯＶＸの発現または活性に関連する障害の危険性のある（または感受性）か、またはこの障害を有する被験体を処置する予防的および治療的の両方の方法を提供する。この障害としては、心筋症、アテローム性動脈硬化症、高血圧症、先天性心欠損症、大動脈狭窄症、心房中隔欠損症（ＡＳＤ）、房室（Ａ−Ｖ）管欠損症、動脈管、肺動脈弁狭窄症、大動脈弁下部狭窄症、心室中隔欠損症（ＶＳＤ）、弁疾患、結節硬化症、強皮症、肥満症、移植、副腎脳白質ジストロフィー、先天性副腎過形成、前立腺癌、新形成；腺癌、リンパ腫、子宮癌、受胎能、血友病、凝固能亢進、特発性血小板減少性紫斑病、免疫不全症、対宿主性移植片病、ＡＩＤＳ、気管支炎ぜん息、クーロン病；多発性硬化症、オールブライト遺伝性骨形成異常症の処置、ならびに他の疾患、障害および状態などが挙げられる。
【０４６５】
これらの処置方法は、以下により詳細に記載される。
【０４６６】
（疾患および障害）
（疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）増加したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられるその疾患および障害は、活性を拮抗する（すなわち、低減または阻害する）治療剤を用いて処置され得る。活性を拮抗する治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：（ｉ）上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；（ｉｉ）上記ペプチドに対する抗体；（ｉｉｉ）上記ペプチドをコードする核酸；（ｉｖ）相同組換えによって上記ペプチドの内因性機能を「ノックアウトする」ために利用される、アンチセンス核酸および「機能不全性」である（すなわち、上記ペプチドに対するコード配列のコード配列内の異種挿入に起因する）核酸の投与、（例えば、Ｃａｐｅｃｃｈｉ、１９８９、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４：１２８８〜１２９２を参照のこと）；または（ｖ）上記ペプチドとその結合パートナーとの間の相互作用を変化させる、調節因子（すなわち、インヒビター、アゴニストおよびアンタゴニスト（本発明のさらなるペプチド模倣物または本発明のペプチドに対して特異的な抗体を含む））。
【０４６７】
（その疾患または障害に罹患していない被験体と比較して）減少したレベルまたは生物学的活性によって特徴付けられる疾患および障害は、活性を増加させる（すなわち、活性に対するアゴニストである）治療剤を用いて処置され得る。活性をアップレギュレートする治療剤は、治療的または予防的な様式で、投与され得る。利用され得る治療剤としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：上記ペプチド、またはそのアナログ、誘導体、フラグメントもしくはホモログ；あるいはバイオアベイラビリティーを増加させるアゴニスト。
【０４６８】
増加したレベルまたは減少したレベルは、ペプチドおよび／またはＲＮＡを定量することによって、容易に検出され得る。この定量は、患者の組織サンプルを（例えば、生検組織から）入手し、そしてそのサンプルを、その発現したペプチド（または上記ペプチドのｍＲＮＡ）のＲＮＡレベルまたはペプチドレベル、構造および／または活性をインビトロでアッセイすることによる。当該分野において周知の方法としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：イムノアッセイ（例えば、ウェスタンブロット分析、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）ポリアクリルアミドゲル電気泳動が後に続く免疫沈降、免疫細胞化学などによる）および／またはｍＲＮＡの発現を検出するためのハイブリダイゼーションア
ッセイ（例えば、ノーザンアッセイ、ドットブロット、インサイチュハイブリダイゼーションなど）。
【０４６９】
（予防的方法）
１つの局面において、本発明は、被験体において異常なＮＯＶＸの発現または活性と関連する疾患または状態を、ＮＯＶＸの発現または少なくとも１つのＮＯＶＸ活性を調節する因子をこの被験体に投与することによって予防するための方法を提供する。異常なＮＯＶＸの発現または活性によって引き起こされるかまたはこれらに起因する、疾患にかかる危険がある被験体は、例えば、本明細書中に記載の診断アッセイまたは予後アッセイのいずれか、またはそれらの組み合わせによって、同定され得る。予防因子の投与は、疾患または障害が予防されるか、あるいはその進行を遅らせられるように、このＮＯＶＸ異常の特徴である症状の発現の前に行い得る。このＮＯＶＸ異常の型に依存して、例えば、ＮＯＶＸアゴニスト因子またはＮＯＶＸアンタゴニスト因子が、その被験体を処置するために使用され得る。その適切な因子は、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイに基づいて決定され得る。本発明の予防方法は、以下の小節において、さらに議論される。
【０４７０】
（治療方法）
本発明の別の局面は、治療目的のためにＮＯＶＸの発現または活性を調節する方法に関する。本発明の調節方法は、細胞を、その細胞に関するＮＯＶＸタンパク質活性の活性のうちの１つ以上を調節する因子と接触させる工程を包含する。ＮＯＶＸタンパク質活性を調節する因子は、核酸またはタンパク質、ＮＯＶＸタンパク質の天然に存在する同族リガンド、ペプチド、ＮＯＶＸペプチド模倣物、または他の低分子のような、本明細書中に記載されるような因子であり得る。１つの実施形態において、この因子は、ＮＯＶＸタンパク質活性のうちの１つ以上を刺激する。このような刺激因子の例としては、活性なＮＯＶＸタンパク質、およびその細胞に導入されたＮＯＶＸをコードする核酸分子が挙げられる。別の実施形態において、この因子は、ＮＯＶＸタンパク質活性のうちの１つ以上を阻害する。このような阻害因子の例としては、アンチセンスＮＯＶＸ核酸分子、および抗ＮＯＶＸ抗体が挙げられる。これらの調節方法は、インビトロで（例えば、その因子とともにその細胞を培養することによって）、あるいはインビボで（例えば、被験体にその因子を投与することによって）実施され得る。このように、本発明は、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子の、異常な発現または異常な活性によって特徴付けられる、疾患または障害に罹患した個体を処置する方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、ＮＯＶＸの発現または活性を調節する（例えば、アップレギュレートまたはダウンレギュレートする）因子（例えば、本明細書中に記載のスクリーニングアッセイによって同定される因子）あるいはそのような因子の組み合わせを投与する工程を包含する。別の実施形態において、この方法は、ＮＯＶＸのタンパク質または核酸分子を、低減したかまたは異常な、ＮＯＶＸの発現または活性を補償するための治療として、投与する工程を包含する。
【０４７１】
ＮＯＶＸ活性の刺激は、ＮＯＶＸが異常にダウンレギュレートされている状況、および／またはＮＯＶＸ活性の増加が有益な効果を有するようである状況において、望ましい。このような状況の１つの例は、被験体が、異常な細胞増殖および／または細胞分化によって特徴付けられる障害（例えば、癌または免疫関連障害）を有する場合である。このような状況の別の例は、被験体が妊娠性疾患（例えば、プレクランプシア（ｐｒｅｃｌａｍｐｓｉａ））を有する場合である。
【０４７２】
（治療剤の生物学的効果の決定）
本発明の種々の実施形態において、適切なインビトロまたはインビボアッセイを行って、特定の治療剤の効果およびその投与が罹患組織の処置を示すか否かを決定する。
【０４７３】
種々の特定の実施形態において、インビトロアッセイが患者の障害に関与する代表的な細胞型で行われ、所定の治療剤がこの細胞型に対して所望の効果を発揮するか否かを決定し得る。治療において使用する化合物は、ヒト被験体において試験する前に、適切な動物モデル系において試験され得る。これらの動物モデル系としては、以下が挙げられるが、これらに限定されない：ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギなど。同様に、インビボ試験については、当該分野で公知の任意の動物モデル系が、ヒト被験体に対する投与の前に使用され得る。
【０４７４】
（本発明の組成物の予防的用途および治療的用途）
本発明のＮＯＶＸ核酸およびタンパク質は、以下を含むが、これらに限定されない種々の障害に関連する強力な予防的適用および治療的適用に有用である：代謝障害、糖尿病、肥満症、感染症、食欲不振、癌関連癌、神経変性疾患、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異常脂肪性浮腫、肥満に関連する代謝障害、Ｘ代謝症候群、ならびに慢性疾患および種々の癌と関連する消耗疾患。
【０４７５】
例えば、本発明のＮＯＶＸタンパク質をコードするｃＤＮＡは、遺伝子治療に有用であり、そしてこのタンパク質は、遺伝子治療を必要とする被験体に投与される場合、有用であり得る。非制限的例示として、本発明の組成物は、以下に罹患した患者の処置についての効力を有する：代謝障害、糖尿病、肥満症、感染性疾患、食欲不振、癌関連悪液質、癌、神経変性障害、アルツハイマー病、パーキンソン病、免疫障害、造血障害、および種々の異脂肪血症。
【０４７６】
本発明のＮＯＶＸタンパク質をコードする新規の核酸、およびＮＯＶＸタンパク質の両方、またはそれらのフラグメントは、診断適用にも有用であり得、ここで、この核酸またはタンパク質の存在または量が評価される。さらなる用途は、抗菌分子としての用途である（すなわち、いくつかのペプチドは、抗菌特性を有することが見出されている）。これらの材料は、治療的または診断的な方法における用途に関する本発明の新規の物質に免疫特異的に結合する抗体の生成においてさらに有用である。
【０４７７】
本発明を以下の実施例においてさらに詳細に記載する、この実施例は、特許請求の範囲に記載した本発明の範囲を限定しない。
【０４７８】
（実施例）
（実施例１．ＮＯＶＸ核酸の同定）
ポリペプチドまたはホモログについてのＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎの配列ファイルを用いるＴｂｌａｓｔＮを、ＧｅｎＢａｎｋより、または個々の配列決定センターからダウンロードされたファイルにより利用可能にされたＧｅｎｏｍｉｃ  Ｄａｉｌｙ  Ｆｉｌｅｓに対して実行した。エキソンを、ホモロジーにより予測し、イントロン／エキソンの境界を、標準的な遺伝的法則を用いて決定した。エキソンを、多重ＢＬＡＳＴ（例えば、ｔＢｌａｓｔＮ、ＢｌａｓｔＸ、およびＢｌａｓｔＮ）検索、ならびにいくつかの場合では、ＧｅｎｅＳｃａｎおよびＧｒａｉｌを用いた類似性決定により、さらに選択および精製した。公的なデータベースおよび独自のデータベースの両方からの発現された配列をまた、遺伝子配列をさらに決定そして完成させるために利用可能な場合、加えた。次いで、このＤＮＡ配列を、明らかな不一致に対しては手動で修正して、それにより全長タンパク質をコードする配列を得た。
【０４７９】
本発明において同定された新規のＮＯＶＸ標的配列を、エキソン連結プロセスにして配列を確認した。ＰＣＲプライマーを、順方向プライマーについて利用可能な最も上流の配列において、および逆方向プライマーについて利用可能な最も下流の配列において開始することにより設計した。図１１Ａは、得られる異なるクローンに使用したＰＣＲプライマーの配列を示す。各々の場合において、固有かまたは高選択性のいずれかである適切な配列に遭遇するまでか、または、逆方向プライマーの場合は終止コドンに到達するまで、それぞれの末端から、コード配列に向かって内側にウォーキングして（ｗａｌｋｉｎｇ）配列を試験した。このようなプライマーを、全長ｃＤＮＡ、ＤＮＡの部分（１つ以上のエキソン）、もしくは標的配列のタンパク質配列についてのインシリコ予測に基づいて、または他種由来の密接に関連したヒト配列に対して予測されたエキソンの翻訳された相同性により、設計した。次いでこれらのプライマーを、ヒトｃＤＮＡの以下のプールに基づいたＰＣＲ増幅に用いた：副腎、骨髄、脳−扁桃体、脳−小脳、脳−海馬、脳−黒質、脳−視床、脳−全体、胎児脳、胎児腎臓、胎児肝臓、胎児肺、心臓、腎臓、リンパ腫−ラージ（Ｒａｊｉ）、乳腺、膵臓、下垂体、胎盤、前立腺、唾液腺、骨格筋、小腸、脊髄、脾臓、胃、精巣、甲状腺、気管、子宮。通常、得られたアンプリコンをゲル精製し、クローニングし、そして高い重複性に対して配列決定した。エキソンの連結から誘導されたＰＣＲ生成物をＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎのｐＣＲ２．１ベクターにクローニングした。得られた細菌クローンは、ｐＣＲ２．１ベクターにクローニングされたオープンリーディングフレーム全体を網羅する挿入物を有する。図１７Ｂは、これらの細菌クローンのリストを示す。全てのクローンから得た配列は、それ自体と、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのデータベースにおける他のフラグメントと、および公的なＥＳＴと、アセンブルした。フラグメントおよびＥＳＴは、このアセンブリの別の成分とのそれらの同一性の程度が５０ｂｐにわたって少なくとも９５％である場合、このアセンブリの成分として含まれた。さらに、配列トレースを手動で評価し、そして適切な場合、補正のために編集した。これらの手順は、本明細書中に記載される配列を提供する。
【０４８０】
物理的クローン：エキソンを相同性により予測し、そしてイントロン／エキソン境界を、標準的な遺伝子学的法則を使用して決定した。複数のＢＬＡＳＴ（例えば、ｔＢｌａｓｔＮ、ＢｌａｓｔＸ、およびＢｌａｓｔＮ）検索、そしてある場合には、ＧｅｎｅＳｃａｎおよびＧｒａｉｌを用いる、類似性決定によって、エキソンをさらに選択しそして洗練した。利用可能な場合に、公のデータベースおよび独自のデータベースの両方からの発現された配列を加えて、その遺伝子配列をさらに洗練しそして完全にした。次いで、ＤＮＡ配列を、明らかな不一致について手動で補正し、それによって、全長タンパク質をコードする配列を得た。
【０４８１】
（実施例２．ＮＯＶＸ核酸配列における単一ヌクレオチド多型の同定）
種々の配列もまた、本願に包含される。改変体配列は、単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）を含み得る。ＳＮＰは、いくつかの場合、ＳＮＰを含むヌクレオチド配列がｃＤＮＡとして生じることを示すために「ｃＳＮＰ」と称される。ＳＮＰは数種類の方法において生じ得る。例えば、ＳＮＰは、多型の部位における、１つのヌクレオチドの別のヌクレオチドでの置換に起因し得る。このような置換は、転移または塩基転換のいずれかであり得る。ＳＮＰはまた、参照の対立遺伝子に関して、ヌクレオチドの欠失またはヌクレオチドの挿入から生じ得る。この場合、多型部位は、１つの対立遺伝子が、別の対立遺伝子における特定のヌクレオチドに対するギャップを有する部位である。遺伝子内に存在するＳＮＰは、ＳＮＰの位置における遺伝子によりコードされたアミノ酸変化を生じ得る。遺伝子コードの重複性の結果として、ＳＮＰを含むコドンが同じアミノ酸をコードする場合、遺伝子内のＳＮＰもまた、サイレントである。遺伝子領域の外側また、遺伝子内のイントロンの中に存在するＳＮＰは、タンパク質のアミノ酸配列における変化を生じないが、発現パターンの変化した調節を生じ得る。例としては、一時的発現の変化、生理学的応答調節、細胞型発現調節、発現の強度、および転写メッセージの安定性が挙げられる。
【０４８２】
エキソン連結プロセスにより生成されるＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリを、以下の判定基準を用いて、選択し拡長した。初期または拡長した配列のすべてまたは一部に対して、９８％の同一性を有する領域を有するゲノムクローンを、関連配列を用いてヒト遺伝子データベースを照会するＢＬＡＳＴＮ検索により同定した。この同一性は、これらのクローンがこれらのＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリにおける遺伝子座を含むことを示すため、得られたゲノムクローンを、さらなる分析のために選択した。これらの配列を、推定コード領域について、および既知のＤＮＡおよびタンパク質配列の類似に対する類似性について分析した。これらの分析のために使用したプログラムとしては、Ｇｒａｉｌ、Ｇｅｎｓｃａｎ、ＢＬＡＳＴ、ＨＭＭＥＲ、ＦＡＳＴＡ、Ｈｙｂｒｉｄおよび他の関連プログラムが挙げられる。
【０４８３】
選択したＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリマップがこれらの領域をマッピングするため、いくつかのさらなるゲノム領域をまた、同定し得た。このようなＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリは、相同性またはエキソン予測によって定義された領域にオーバラップし得る。フラグメントの位置は、もとの予測された配列に含まれていた類似性またはエキソン予測により同定されたゲノム領域の近付であるため、このＳｅｑＣａｌｌｉｎｇ配列もまた、含まれ得る。こうして同定した配列を、手動でアセンブリし、次いでＣｕｒａＧｅｎ  ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎのヒトＳｅｑＣａｌｌｉｎｇデータベースから得た１つ以上のさらなる配列を用いて、拡長し得た。封入に適したＳｅｑＣａｌｌｉｎｇフラグメントを、ＣｕｒａＴｏｏｌｓＴＭプログラムＳｅｑＥｘｔｅｎｄ、または、分析したゲノムクローンの最適領域をマッピングするＳｅｑＣａｌｌｉｎｇフラグメントを同定することにより同定した。
【０４８４】
上記に記載した手順により定義したこの領域を、次いで手動にて組みこみ、例えば、もとのフラグメントにおける、誤って呼びだされた塩基から、または予測されたエキソン接合部である、ＥＳＴ部位、および配列類似性領域の間の不一致から生じ得る明らかな不一致を修正し、本明細書中に開示した最終配列を誘導した。必要な場合、ＳｅｑＣａｌｌｉｎｇアセンブリおよびゲノムクローンを同定および分析するプロセスを繰り返して、全長配列を誘導した。
【０４８５】
（実施例３．種々の細胞および組織におけるクローンの定量的発現分析）
種々のクローンの定量的な発現を、リアルタイム定量ＰＣＲ（ＲＴＱ  ＰＣＲ）を用いて種々の正常な細胞および病理由来の細胞、細胞株および組織由来のＲＮＡサンプルを含むマイクロタイタープレートを用いて評価した。ＲＴＱ  ＰＣＲは、Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）７７００  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍで行った。サンプルの種々の収集をこのプレート上でアセンブルし、そしてパネル１（正常な組織および癌細胞株を含む）、パネル２（組織由来の、正常供給源および癌供給源由来のサンプルを含む）、パネル３（癌細胞株を含む）、パネル４（正常な細胞および炎症性条状態に関連した細胞由来の細胞および細胞株を含む）、パネル５Ｄ／５Ｉ（代謝性疾患において重要なヒト組織および細胞株を含む）、ＡＩ包括パネル（ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｐａｎｅｌ）（正常組織および自己炎症疾患由来のサンプルを含む）、パネルＣＮＳＤ．０１（正常な脳および疾患の脳由来のサンプルを含む）およびＣＮＳ神経変性パネル（ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｐａｎｅｌ）（正常な脳および疾患の脳由来のサンプルを含む）と称する。
【０４８６】
ガイドとして２８Ｓと１８ＳとのリボソームＲＮＡ染色強度比（２：１〜２．５：１  ２８ｓ：１８ｓ）を使用するアガロースゲル電気泳動の視覚的アセスメントによって、分解産物の指標となる低分子量ＲＮＡの非存在下で、全てのサンプルからのＲＮＡの完全性を品質について制御する。単一のエキソンのスパンにわたって増幅するように設計したプローブおよびプライマーのセットを用い、逆転写酵素の非存在下において実行したＲＴＱ  ＰＣＲ反応によって、ゲノムＤＮＡの混入に対してサンプルを制御する。
【０４８７】
第１に、ＲＮＡサンプルを、構成的に発現される遺伝子（例えば、βアクチンおよびＧＡＰＤＨ）のような参照核酸に対して正規化した。正規化したＲＮＡ（５μｌ）を、製造者の指示書に従って、Ｏｎｅ  Ｓｔｅｐ  ＲＴ−ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ；カタログ番号４３０９１６９）および遺伝子特異的プライマーを使用して、ｃＤＮＡに変換し、そしてＲＴＱ−ＰＣＲによって分析した。インプットとして標的配列を用いるＰｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍのＰｒｉｍｅｒ  Ｅｘｐｒｅｓｓ  Ｓｏｆｔｗａｒｅパッケージ（Ａｐｐｌｅ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ’ｓ  Ｍａｃｉｎｔｏｓｈ  Ｐｏｗｅｒ  ＰＣ対応のバージョンＩ）、または類似のアルゴリズムに従って、プローブおよびプライマーを、各アッセイについて設計した。反応条件に関してデフォールトセッティングを用い、そして以下のパラメータを、プライマーを選択する前に設定した：プライマーの濃度＝２５０ｎＭ、プライマーの融点（Ｔｍ）範囲＝５８℃〜６０℃、プライマーの最適Ｔｍ＝５９℃、プライマーの最大差＝２℃、プローブは、５’Ｇを有さず、プローブＴｍは、プライマーＴｍよりも１０℃高くなければならず、アンプリコンサイズ７５ｂｐ〜１００ｂｐである。選択されるプローブおよびプライマー（以下を参照のこと）は、Ｓｙｎｔｈｅｇｅｎ（Ｈｏｕｓｔｏｎ，ＴＸ，ＵＳＡ）によって合成された。プローブを、未結合の色素を除去するためにＨＰＬＣで２回精製し、それぞれプローブの５’末端および３’末端へのレポーター色素およびクエンチャー色素のカップリングを立証するために、質量分析によって評価した。順方向プライマーおよび逆方向プライマーの最終濃度は、各々９００ｎＭであり、そしてプローブの濃度は、２００ｎＭであった。
【０４８８】
ＰＣＲ条件：各組織および各細胞株由来の正規化ＲＮＡを、９６ウェルＰＣＲプレート（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の各ウェルにスポットした。２つのプローブ（標的クローンに特異的なプローブ、および標的プローブで多重化された別の遺伝子特異的プローブ）を含むＰＣＲカクテルを、ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ７７００の１×ＴａｑＭａｎＴＭＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（５ｍＭのＭｇＣｌ２、ｄＮＴＰ（ｄＡ、Ｇ、Ｃ、Ｕ（１：１：１：２の比））、０．２５Ｕ／ｍｌ  ＡｍｐｌｉＴａｑ  ＧｏｌｄＴＭ（ＰＥ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、および０．４Ｕ／μｌのＲＮａｓｅインヒビター、および０．２５Ｕ／μｌの逆転写酵素を含む）を用いて設定した。逆転写を、４８℃で３０分間実施し、次いで以下の増幅／ＰＣＲサイクルを実施した：９５℃で１０分、次いで９５℃で１５秒間、６０℃で１分間を４０サイクル。結果は、対数スケールを用いてＣＴ値（所定のサンプルが蛍光の閾値レベルに交差するサイクル）として記録した。この記録には、所定のサンプルと最低のＣＴ値を有するサンプルとの間のＲＮＡ濃度の差異（２〜ΔＣＴの累乗として示される）を伴う。次いで、このＲＮＡの差異の逆数をとり１００を掛けることによって相対発現パーセントを得る。
【０４８９】
（パネル１、１．１、１．２、および１．３Ｄ）
パネル１、１．１、１．２、および１．３Ｄのプレートは、２つのコントロールウェル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学的コントロール）および種々のサンプル由来のｃＤＮＡを含む９４ウェルを含む。これらのパネルのサンプルを２つのクラスに分割している：培養した細胞株由来のサンプルおよび初代正常組織由来のサンプル。細胞株は、以下のタイプの癌由来である：肺癌、乳癌、黒色腫、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮癌、卵巣癌、肝臓癌、腎臓癌、胃癌および膵臓癌。これらのパネルで用いられる細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）、培養された細胞株の貯蔵所を通して、幅広く利用可能であり、そしてＡＴＣＣにより推奨された条件を用いて培養された。これらのパネルでみられる正常組織は、１人の成人個体または胎児からのすべての主要器官系由来のサンプルからなる。これらのサンプルは以下の器官由来である：成人骨格筋、胎児骨格筋、成人心臓、胎児心臓、成人腎臓、胎児腎臓、成人肝臓、胎児肝臓、成人肺、胎児肺、種々の脳領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、乳房、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣、および脂肪。
【０４９０】
パネル１、１．１、１．２、および１．３Ｄについての結果においては、以下の略語を使用した：
ｃａ．＝癌腫（ｃａｒｃｉｎｏｍａ）
＊＝転移から定着した（ｅｓｔａｂｌｉｓｈｅｄ  ｆｒｏｍ  ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）
ｍｅｔ＝転移（ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ）
ｓ  ｃｅｌｌ  ｖａｒ＝小細胞改変体（ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ  ｖａｒｉａｎｔ）
ｎｏｎ−ｓ＝ｎｏｎ−ｓｍ＝非小（ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ）
ｓｑｕａｍ＝鱗状（ｓｑｕａｍｏｕｓ）
ｐｌ．ｅｆｆ＝ｐｌ  ｅｆｆｕｓｉｏｎ＝胸水（ｐｌｅｕｒａｌ  ｅｆｆｕｓｉｏｎ）
ｇｌｉｏ＝神経膠腫（ｇｌｉｏｍａ）
ａｓｔｒｏ＝星状細胞腫（ａｓｔｒｏｃｙｔｏｍａ）、そして
ｎｅｕｒｏ＝神経芽細胞腫（ｎｅｕｒｏｂｌａｓｔｏｍａ）。
【０４９１】
（一般的なスクリーニングパネルｖ１．４）
パネル１．４についてのプレートは、２つのコントロールサンプル（ゲノムＤＮＡコントロールおよび化学的コントロール）およびの種々のサンプルを含む９４ウェルを含む。パネル１．４のサンプルを２つのクラスに分割している：培養した細胞株由来のサンプルおよび初代正常組織由来のサンプル。細胞株は、以下のタイプの癌由来である：肺癌、乳癌、黒色腫、結腸癌、前立腺癌、ＣＮＳ癌、扁平上皮癌、卵巣癌、肝臓癌、腎臓癌、胃癌および膵臓癌。パネル１．４で用いられる細胞株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）、培養された細胞株の貯蔵所を通して幅広く利用可能であり、そしてＡＴＣＣにより推奨された条件を用いて培養された。これらのパネルでみられる正常組織は、２〜５名の異なる成人個体または胎児からのすべての主要器官系由来のサンプルからなる。これらのサンプルは以下の器官から由来である：成人骨格筋、胎児骨格筋、成人心臓、胎児心臓、成人腎臓、胎児腎臓、成人肝臓、胎児肝臓、成人肺、胎児肺、種々の脳領域、脾臓、骨髄、リンパ節、膵臓、唾液腺、下垂体、副腎、脊髄、胸腺、胃、小腸、結腸、膀胱、気管、乳房、卵巣、子宮、胎盤、前立腺、精巣、および脂肪。
【０４９２】
（パネル２Ｄおよび２．２）
パネル２Ｄおよび２．２についてのプレートは一般に、２つのコントロールウェル、およびＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ’ｓ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＣＨＴＮ）またはＮａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｔｅｒｃｈａｎｇｅ（ＮＤＲＩ）の親密な協力による外科医の作業により得たヒト組織から単離された、ＲＮＡまたはｃＤＮＡからなる９４の試験サンプルを含む。この組織は、ヒト悪性腫瘍に由来し、そしてここに示した例では、多くの悪性組織が、この腫瘍に直に隣接する非癌組織から得た「マッチしたマージン（ｍａｔｃｈｅｄ  ｍａｒｇｉｎｓ）」を有する。これらは、正常な隣接組織と名付けられ、そして以下の結果においては、これを「ＮＡＴ」と示している。腫瘍組織および「マッチしたマージン」は、２人の独立した病理学者（外科病理学者および再度、ＮＤＲＩまたはＣＨＴＮの病理学者によって）によって評価される。この分析によって、腫瘍分化程度の総合的組織病理学的アセスメントが提供される。さらに、ほとんどのサンプルはもともとの外科病理学的報告を含み、これが患者の臨床段階に関する情報を提供する。これらのマッチしたマージンを、周辺の（すなわち、直に近接している）組織から手術の領域まで取る（表ＲＲにおいて、正常な隣接組織について、「ＮＡＴ」と命名した）。さらに、高齢者または突然死した犠牲者（事故など）で行った生検に由来する種々のヒト組織から、ＲＮＡおよびｃＤＮＡサンプルを得た。これらの組織に疾患がないことを確認し、そして種々の商業的供給源（例えば、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ，ＣＡ），Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，およびＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）から購入した。
【０４９３】
（パネル３Ｄ）
パネル３Ｄのプレートは、９４個のｃＤＮＡサンプルおよび２個のコントロールサンプルを含む。詳細には、これらのうちの９２個は培養されたヒトの癌細胞株に由来し、２個のサンプルはヒトの初代小脳組織であり、そして２つはコントロールである。ヒトの細胞株は、一般的には、ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション）、ＮＣＩ、またはＧｅｒｍａｎ腫瘍細胞バンクから入手し、そして以下の組織グループに分ける：舌の扁平上皮細胞癌、乳癌、前立腺癌、黒色腫、類表皮腫、肉腫、膀胱癌、膵臓癌、腎臓癌、白血病／リンパ腫、卵巣／子宮／子宮頚癌、胃癌、結腸癌、肺癌、およびＣＮＳ癌細胞株。さらに、小脳の２つの異なるサンプルが存在する。これらの細胞の全てを、標準的な推奨される条件下で培養し、そして標準的な手順を使用してＲＮＡを抽出した。パネル３Ｄおよび１．３Ｄの細胞株は、学術文献において使用される最も一般的な細胞株である。
【０４９４】
（パネル４Ｄ、４Ｒ、および４．１Ｄ）
パネル４は、９６ウェルプレート（２個のコントロールのウェル、９４個の試験サンプル）上にサンプルを含む。これは、炎症状態に関係している種々のヒトの細胞株または組織から単離したＲＮＡ（パネル４Ｒ）またはｃＤＮＡ（パネル４Ｄ／４．１Ｄ）を含む。結腸および肺（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）ならびに胸腺および腎臓（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）のようなコントロールの正常組織に由来する全ＲＮＡを使用した。肝硬変患者の肝臓組織および狼瘡患者の腎臓に由来する全ＲＮＡを、ＢｉｏＣｈａｉｎ（Ｂｉｏｃｈａｉｎ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．，Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）から入手した。クローン病および潰瘍性大腸炎を有すると診断された患者からのＲＮＡの調製のための腸組織を、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｔｅｒｃｈａｎｇｅ（ＮＤＲＩ）（Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）から入手した。
【０４９５】
星状細胞、肺線維芽細胞、皮膚線維芽細胞、冠状動脈平滑筋細胞、小気道上皮細胞、気管支上皮細胞、微小血管皮膚内皮細胞、微小血管肺内皮細胞、ヒトの肺大動脈の血管内皮細胞、ヒトの臍帯静脈の血管内皮細胞を、全て、Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ（Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から購入し、そしてＣｌｏｎｅｔｉｃｓによってこれらの細胞型について提供される培地中で増殖させた。これらの初代細胞型を、示すように、種々のサイトカインまたはサイトカインの組合せを用いて６時間および／または１２〜１４時間の間、活性化した。以下のサイトカインを使用した：約１〜５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１β、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＴＮＦα、約２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、約５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３。内皮細胞を、時折、０．１％の血清を有するＣｌｏｎｅｔｉｃｓによる基底培地中での培養によって種々の時間枯渇させた。
【０４９６】
単核細胞を、Ｆｉｃｏｌｌを使用して、ＣｕｒａＧｅｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎの従業員の血液から調製した。ＬＡＫ細胞を、ＤＭＥＭ、５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ／Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびインターロイキン２（Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  ２）中での４〜６日間の培養によってこれらの細胞から調製した。次いで、細胞を、１０〜２０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡ、および１〜２μｇ／ｍｌのイオノマイシン、５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１２、２０〜５０ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ、および５〜１０ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１８のいずれかで、６時間活性化した。いくつかの場合には、単核細胞を、約５μｇ／ｍｌのＰＨＡ（フィトヘマグルチニン）またはＰＷＭ（アメリカヤマゴボウ有糸分裂促進物質）を含有する、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で、４〜５日間培養した。ＲＮＡの調製のために、サンプルを２４、４８、および７２時間で採取した。ＭＬＲ（混合したリンパ球反応物）サンプルを、２人のドナーからの採血、Ｆｉｃｏｌｌを使用する単核細胞の単離、および単離した単核細胞の、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、メルカプトエタノール（５．５×１０−５Ｍ）（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中の約２×１０６個の細胞／ｍｌの最終濃度での１：１での混合によって得た。このＭＬＲを培養し、そしてＲＮＡの調製のために１〜７日までの範囲の種々の時点でサンプルを採取した。
【０４９７】
単球を、製造業者の説明書に従って、ＣＤ１４  Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｅａｄｓ、＋ｖｅＶＳ選択カラムおよびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを使用して単核細胞から単離した。単球を、ＤＭＥＭ  ５％のウシの胎児の血清（ＦＣＳ）（Ｈｙｃｌｏｎｅ、Ｌｏｇａｎ，ＵＴ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、５０ｎｇ／ｍｌのＧＭＣＳＦ、および５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４中での５〜７日間の培養によって樹状細胞に分化させた。マクロファージを、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、および１０％のＡＢヒト血清、または約５０ｎｇ／ｍｌのＭＣＳＦ中で５〜７日間の単球の培養によって調製した。単球、マクロファージ、および樹状細胞を、１００ｎｇ／ｍｌのリポポリサッカライド（ＬＰＳ）で６時間および１２〜１４時間刺激した。樹状細胞をまた、１０μｇ／ｍｌの抗ＣＤ４０モノクローナル抗体（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で６時間および１２〜１４時間刺激した。
【０４９８】
ＣＤ４リンパ球、ＣＤ８リンパ球、およびＮＫ細胞をまた、製造業者の説明書に従って、ＣＤ４、ＣＤ８、およびＣＤ５６のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズ、ポジティブＶＳ選択カラム、およびＶａｒｉｏ  Ｍａｇｎｅｔを使用して単核細胞から単離した。ＣＤ４５ＲＡリンパ球およびＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を、ＣＤ８、ＣＤ５６、ＣＤ１４、およびＣＤ１９のＭｉｌｔｅｎｙｉビーズおよびポジティブ選択を使用してＣＤ８細胞、ＣＤ５６細胞、ＣＤ１４細胞、およびＣＤ１９細胞の単核細胞を除去することによって単離した。次いで、ＣＤ４５ＲＯビーズを、ＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４リンパ球である残りの細胞とともに、ＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４リンパ球を単離するために使用した。ＣＤ４５ＲＡ  ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＯ  ＣＤ４、およびＣＤ８のリンパ球を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中に入れ、そしてＰＢＳ中の０．５μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および３μｇ／ｍｌの抗ＣＤ３（ＯＫＴ３、ＡＴＣＣ）で一晩コーティングしたＦａｌｃｏｎ  ６ウェル組織培養プレート上に１０６細胞／ｍｌでプレートした。６時間および２４時間後、細胞をＲＮＡの調製のために回収した。慢性的に活性化されたＣＤ８リンパ球を調製するために、本発明者らは、抗ＣＤ２８および抗ＣＤ３でコーティングしたプレート上で４日間、単離したＣＤ８リンパ球を活性化し、次いで細胞を回収して、それらをＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびにＩＬ−２中で拡大させた。次いで再び、拡大させたＣＤ８細胞を、プレートに結合させた抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８で４日間活性化し、そして先のように拡大させた。ＲＮＡを２回目の活性化の６時間および２４時間後、ならびに２回目の培養物の拡大の４日後に単離した。単離したＮＫ細胞を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、ならびにＩＬ−２中でＲＮＡを調製する前に４〜６日間培養した。
【０４９９】
Ｂ細胞を得るために、扁桃をＮＤＲＩによって獲得した。扁桃を、滅菌した解剖用の鋏で切断し、次いで篩を通過させた。次いで、扁桃体の細胞をスピンダウンさせ、そしてＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中に１０６個の細胞／ｍｌで再懸濁した。細胞を活性化するために、本発明者らは、５μｇ／ｍｌでＰＷＭ、または約１０μｇ／ｍｌで抗ＣＤ４０（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および５〜１０ｎｇ／ｍｌでＩＬ−４を使用した。細胞をＲＮＡの調製のために、２４、４８、および７２時間で回収した。
【０５００】
初代細胞ならびに２次Ｔｈ１／Ｔｈ２細胞および２次Ｔｒ１細胞を調製するために、６ウェルのＦａｌｃｏｎプレートを、１０μｇ／ｍｌの抗ＣＤ２８（Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）および２μｇ／ｍｌのＯＫＴ３（ＡＴＣＣ）で一晩コーティングし、次いでＰＢＳで２回洗浄した。臍帯血ＣＤ４リンパ球（Ｐｏｉｅｔｉｃ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｇｅｒｍａｎ  Ｔｏｗｎ，ＭＤ）を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２（４ｎｇ／ｍｌ）中で１０５〜１０６個の細胞／ｍｌで培養した。ＩＬ−１２（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＬ−４（１□ｇ／ｍｌ）を、Ｔｈ１に指向させるために使用し、一方で、ＩＬ−４（５ｎｇ／ｍｌ）および抗ＩＦＭγ（１□ｇ／ｍｌ）をＴｈ２に指向させるために使用し、そして５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１０をＴｒ１に指向させるために使用した。４〜５日後、活性化させたＴｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球をＤＭＥＭ中で１回洗浄し、そしてＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）、およびＩＬ−２（１ｎｇ／ｍｌ）中で４〜７日間拡大させた。この後、活性化させたＴｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球を、抗ＣＤ２８／ＯＫＴ３および上記のようなサイトカインを用いて、しかしアポトーシスを防ぐために抗ＣＤ９５Ｌ（１□ｇ／ｍｌ）の添加を用いて５日間再刺激した。４〜５日後、Ｔｈ１リンパ球、Ｔｈ２リンパ球、およびＴｒ１リンパ球を洗浄し、次いで再びＩＬ−２を用いて４〜７日間拡大させた。活性化させたＴｈ１リンパ球およびＴｈ２リンパ球を最大３回のサイクルまで、この方法で維持した。ＲＮＡを、プレートに結合させた抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８  ｍＡｂでの２回目および３回目の活性化の６時間および２４時間後、ならびにＩｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  ２中での２回目および３回目の拡大培養の４日目に、初代および２次Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１から調製した。
【０５０１】
以下の白血球株をＡＴＣＣから入手した：Ｒａｍｏｓ、ＥＯＬ−１、ＫＵ−８１２。ＥＯＬ細胞を、５×１０５個の細胞／ｍｌの０．１ｍＭのｄｂｃＡＭＰ中での８日間の培養、３日毎の培地の交換、および５×１０５個の細胞／ｍｌの細胞濃度への調節によってさらに分化させた。これらの細胞の培養のために、本発明者らは、５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）の添加をともなって、（ＡＴＣＣによって推奨されるように）ＤＭＥＭまたはＲＰＭＩを使用した。ＲＮＡを、休止細胞または１０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡおよび１μｇ／ｍｌのイオノマイシンで６時間および１４時間活性化した細胞のいずれかから調製した。角質細胞株ＣＣＤ１０６および気道上皮腫瘍株ＮＣＩ−Ｈ２９２をまたＡＴＣＣから入手した。両方を、ＤＭＥＭ  ５％のＦＣＳ（Ｈｙｃｌｏｎｅ）、１００μＭの非必須アミノ酸（Ｇｉｂｃｏ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｇｉｂｃｏ）、５．５×１０−５Ｍのメルカプトエタノール（Ｇｉｂｃｏ）、および１０ｍＭのＨｅｐｅｓ（Ｇｉｂｃｏ）中で培養した。ＣＣＤ１１０６細胞を、約５ｎｇ／ｍｌのＴＮＦαおよび１ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１βで６時間および１４時間活性化し、一方、ＮＣＩ−Ｈ２９２細胞を、以下のサイトカインを用いて６時間および１４時間活性化した：５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−４、５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−９、５ｎｇ／ｍｌのＩＬ−１３、および２５ｎｇ／ｍｌのＩＦＮγ。
【０５０２】
これらの細胞株および血液細胞について、約１０７個の細胞／ｍｌをＴｒｉｓｏｌ（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）を使用して溶解させることによってＲＮＡを調製した。簡潔には、１／１０容量のブロモクロロプロパン（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）をＲＮＡサンプルに添加し、ボルテックスし、そして室温で１０分後、チューブをＳｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４回転装置で１４，０００ｒｐｍで回転させた。水相を採取し、そして１５ｍｌのＦａｌｃｏｎ  Ｔｕｂｅに入れた。等量のイソプロパノールを添加し、そして−２０℃で一晩静置した。沈殿させたＲＮＡをＳｏｒｖａｌｌ  ＳＳ３４回転装置中で９，０００ｒｐｍで１５分間スピンダウンさせ、そして７０％のエタノール中で洗浄した。このペレットを３００μｌのＲＮＡｓｅを含まない水中に再度溶解させ、そして３５μｌの緩衝液（Ｐｒｏｍｅｇａ）、５μｌのＤＴＴ、７μｌのＲＮＡｓｉｎ、および８μｌのＤＮＡｓｅを添加した。チューブを、混入しているゲノムＤＮＡを除去するために３７℃で３０分間インキュベートし、フェノールクロロホルムで１回抽出し、そして１／１０容量の３Ｍの酢酸ナトリウムおよび２倍容量の１００％エタノールで再度沈殿させた。ＲＮＡをスピンダウンさせ、そしてＲＮＡｓｅを含まない水中に入れた。ＲＮＡを−８０℃で保存した。
【０５０３】
（パネルＣＮＳＤ．０１、ＣＮＳ＿１およびＣＮＳ＿１．１）
パネルＣＮＳＤ．０１、ＣＮＳ＿１およびＣＮＳ＿１．１のプレートは、２個のコントロールのウェルおよび９４個の試験サンプルを含む。これは、Ｈａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒから入手した死後のヒトの脳組織から単離されたｃＤＮＡを含む。脳を、死後４時間から２４時間の間にドナーの頭蓋冠から切り出し、神経解剖学者によって断片化し、そして液体窒素蒸気中で−８０℃で凍結させた。全ての脳を断片化し、そして明確な関連する神経病理学の診断を確認するために神経病理学者によって試験した。
【０５０４】
疾患の診断を患者の記録から入手する。パネルは、以下の診断のそれぞれに由来する２つの脳、および「正常なコントロール」を含む：アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、進行性核上性麻痺、欝状態。これらの脳のそれぞれの中で以下の領域を示す：帯状回、大脳側頭極、淡蒼球（ｇｌｏｂｕｓ  ｐａｌｌａｄｕｓ）、黒質、ブロードマン野４（主要な運動ストリップ（ｐｒｉｍａｒｙ  ｍｏｔｏｒ  ｓｔｒｉｐ））、ブロードマン野７（頭頂皮質）、ブロードマン野９（前前頭皮質）、およびブロードマン野１７（後頭の皮質）。全ての症例において全ての脳の領域が示されるわけではない；例えば、ハンチントン病は、淡蒼球の神経変性によって一部特徴付けられ、従ってこの領域は確立されたハンチントン病の症例からは得ることができない。同様に、パーキンソン病は黒質の退化によって特徴付けられ、この領域を得ることをさらに困難にする。正常なコントロールの脳を神経病理学について試験し、そして神経変性に関係しているあらゆる病理学を含まないことを見出した。
【０５０５】
ＣＮＳパネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号を使用する：
ＰＳＰ＝進行性核上性麻痺
Ｓｕｂ  Ｎｉｇｒａ＝黒質
Ｇｌｏｂ  Ｐａｌｌａｄｕｓ＝淡蒼球
Ｔｅｍｐ  Ｐｏｌｅ＝大脳側頭極
Ｃｉｎｇ  Ｇｙｒ＝帯状回
ＢＡ  ４＝ブロードマン野４。
【０５０６】
（パネルＣＮＳ＿神経変性（Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）＿Ｖ１．０）
パネルＣＮＳ＿神経変性（Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）＿Ｖ１．０のプレートは、２個のコントロールのウェルおよび４７個の試験サンプルを含む。これは、Ｈａｒｖａｒｄ  Ｂｒａｉｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＭｃＬｅａｎ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ）およびＨｕｍａｎ  Ｂｒａｉｎ  ａｎｄ  Ｓｐｉｎａｌ  Ｆｌｕｉｄ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＶＡ  Ｇｒｅａｔｅｒ  Ｌｏｓ  Ａｎｇｅｌｅｓ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  Ｓｙｓｔｅｍ）から入手した死後のヒトの脳組織から単離されたｃＤＮＡを含む。脳を、死後４時間から２４時間の間にドナーの頭蓋冠から切り出し、神経解剖学者によって断片化し、そして液体窒素蒸気中で−８０℃で凍結させた。全ての脳を断片化し、そして明確な関連する神経病理学の診断を確認するために神経病理学者によって試験した。
【０５０７】
疾患の診断を患者の記録から入手する。パネルは、アルツハイマー病（ＡＤ）患者に由来する６つの脳、および生前に痴呆の兆候を示さない「正常なコントロール」に由来する８つの脳を含む。８つの正常なコントロールの脳は、２つのカテゴリーに分けられる：痴呆もアルツハイマー様の病理症状もないコントロール（コントロール）および痴呆がないが重症のアルツハイマー様病理症状を示すコントロール、（特に、老人斑負荷を０〜３のスケールでレベル３として評価した；０＝斑を示さない、３＝重症のＡＤの老人斑負荷）。これらの脳のそれぞれの範囲で、以下の領域を示す：海馬、側頭皮質（ブロードマン野２１）、頭頂葉皮質（ブロードマン野７）、および後頭皮質（ブロードマン野１７）。これらの領域は、ＡＤでの神経変性のすべてのレベルを含むように選ばれた。海馬は、ＡＤでの早期かつ重症の神経欠損の領域である；側頭皮質は、海馬の後に、ＡＤでの神経変性を示すことが知られている；頭頂葉皮質は、疾患の後期段階で中程度の神経の死を示す；後頭皮質は、ＡＤで残される、したがってＡＤ患者内の「コントロール」領域として働く。脳のすべての領域がすべての症例において示されるわけではない。
【０５０８】
ＣＮＳ＿神経変性（Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ）＿Ｖ１．０パネル中の組織を同定するために使用した標識には、以下の略号を使用する：
ＡＤ＝アルツハイマー病の脳；痴呆になっており、そして検死でＡＤ様の病理症状を示す患者
Ｃｏｎｔｒｏｌ＝コントロールの脳；痴呆がなく、神経変性を示さない患者
Ｃｏｎｔｒｏｌ（Ｐａｔｈ）＝コントロールの脳；痴呆ではないが重症のＡＤ様の病理症状を示す患者
Ｓｕｐ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝上位の側頭皮質
Ｉｎｆ  Ｔｅｍｐｏｒａｌ  Ｃｔｘ＝下位の側頭皮質。
【０５０９】
（ＮＯＶ１：α−２−マクログロブリン）
ＮＯＶ１遺伝子（ＳＣ＿７８３１６２５４＿Ａ）の発現は、表１３で記載されるＡｇ１１８０およびＡｇ１３１２のプライマー−プローブのセットを使用して評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲ実行からの結果を、表１４、１５、１６、１７、１８、および１９に示す。
【０５１０】
【表１３】
2004531203.tif 000171
【０５１１】
【表１４】
2004531203.tif 000172
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【０５１２】
【表１５】
2004531203.tif 000176
2004531203.tif 000177
【０５１３】
【表１６】
2004531203.tif 000178
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【０５１４】
【表１７】
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2004531203.tif 000182
【０５１５】
【表１８】
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【０５１６】
【表１９】
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パネル１．２の要約：Ａｇ１１８０。同じプローブ／プライマーセットを使用する２つの実験による結果は、良好に一致する。ＮＯＶ１遺伝子は、胃癌細胞株（ＣＴ＝２３．７，２４）で最も高く発現され、そして膵臓癌細胞株（ＣＴ＝２９．０、３０．７）でさらに中程度のレベルで発現される。したがって、ＮＯＶ１遺伝子の発現は、他のサンプルから胃の細胞株由来の材料を区別するために使用することができる。さらに、これらの結果は、この遺伝子またはそのタンパク質産物の治療的な調節が、胃癌の治療に有効であり得ることを示唆する。
【０５１７】
代謝関連組織の中では、ＮＯＶ１遺伝子は、成人の骨格筋および成人の心臓組織で中程度に発現される。（成人ＣＴ＝３４．２／３２．８：胎児ＣＴ＝３９．６／４０）この結果は、ＮＯＶ１遺伝子、ＮＯＶ１遺伝子によってコードされたタンパク質、またはこのタンパク質を用いて設計された抗体が、対応する胎児組織からそれらの組織を区別するために使用することができることを示唆する。
【０５１８】
パネル１．３Ｄの要約：Ａｇ１１８０。中程度のレベルのＮＯＶ１遺伝子の発現は、胃癌細胞株（ＣＴ＝３０．４）で検出され、そして膵臓癌細胞株（ＣＴ＝３３．５）で低い程度で検出される。この結果は、パネル１．２で観察された発現性質と一致している。この遺伝子の潜在的有用性についてはパネル１．２を参照のこと。
【０５１９】
中枢神経系の機能に関与する組織の中では、ＮＯＶ１遺伝子は、扁桃体、小脳、皮質、海馬、視床で低い程度から中程度のレベルで特異的に発現され、そして脊髄および大脳皮質で高度に発現される。α２マクログロブリンは、βアミロイドの排除において遺伝的なおかつ生化学的に、アルツハイマー病に結びつけられる。ＮＯＶ１遺伝子タンパク質産物とα２マクログロブリンの高い類似性は、有望な機能の類似性を示唆する。したがって、ＮＯＶ１遺伝子産物活性に影響する薬剤は、アルツハイマー病の処置に効果を有し得る。もしＮＯＶ１遺伝子がＡβ排除に関与するならば、その発現、濃度、または活性を増加させる薬剤は、Ａβの排除を助け得る。このＡβは、アルツハイマー病の組織病理学の特徴である。
【０５２０】
パネル２Ｄの要約：Ａｇ１１８０。ＮＯＶ１遺伝子の発現は、卵巣癌（ＣＴ＝２５．６）で最も高く、そして正常な限度と比較した場合に２／２卵巣癌で過剰発現される。さらに、ＮＯＶ１遺伝子はまた、正常なコントロールと比較して、膀胱癌、乳癌、前立腺癌で過剰発現される。したがって、ＮＯＶ１遺伝子発現は、これらの癌の組織のマーカーとして使用され得る。さらに、低分子薬物または抗体の使用を通じた、この遺伝子産物の治療的な調節は、卵巣癌、膀胱癌、
乳癌、前立腺癌の処置に有用であり得る。
【０５２１】
パネル２．２の要約：Ａｇ１１８０。ＮＯＶ１の発現は、膀胱癌組織（ＣＴ＝３１．３）で最も高く、そして正常な限度と比較した場合に膀胱癌で過剰発現される。したがって、ＮＯＶ１遺伝子の発現は、正常な膀胱組織または他の組織から膀胱癌を区別するために使用することができる。さらにＮＯＶ１遺伝子またはそのタンパク質産物の治療的な調節は、潜在的に膀胱癌の処置に有用であり得る。卵巣癌、乳癌、および肺癌において、ＮＯＶ１遺伝子の、低いが有意な発現がまた存在する。したがって、この遺伝子の発現は、これらの癌組織とそれらの正常な対応物の間を区別するために使用することができる。
【０５２２】
パネル３Ｄの要約：Ａｇ１１８０。ＮＯＶ１遺伝子は、結腸癌細胞株（ＣＴ＝２９．７）および胃癌細胞株（ＣＴ＝２９．９）で中程度に発現され、そして膵臓癌細胞株（ＣＴ＝３４）で低い程度で発現される。これらの結果は、パネル１．２および１．３Ｄで観察された発現パターンと一致している。したがって、この遺伝子の発現は、他の組織から結腸癌および胃癌を区別するために使用することができる。
【０５２３】
パネル４Ｄ／４Ｒの要約：Ａｇ１１８０／Ａｇ１１３２。同じプローブ／プライマーセットを使用する５つの実験は、優れた一致がある結果を示す。ＮＯＶ１遺伝子の発現は、小さな気道上皮（ＣＴ＝２８）で中程度のレベルで発現され、そしてＴＮＦ−α＋ＩＬ−１β（ＣＴ＝２６−２７）を用いて処置された場合、わずかに上方制御される。ＮＯＶ１遺伝子は、おそらく炎症反応の強力な調節器および組織修復機構のような行動をし得るタンパク質分解酵素インヒビターの分類に入るマクログロブリン様分子であるタンパク質をコードする。したがって、ＮＯＶ１遺伝子産物に対して設計されたタンパク質治療法は、喘息、肺気腫で観察される炎症反応を調節し得る。さらに、炎症性サイトカインＴＮＦ−α＋ＩＬ−１β（ＣＴ＝２９）を用いて刺激されたケラチノサイトでの発現の存在は、乾癬、湿疹、および接触皮膚炎のような皮膚に関連する疾患でのＮＯＶ１遺伝子産物の潜在的有用性を示唆する。このタンパク質の分類は、いくつかの状況において、急性期タンパク質のように活動し得るので、ＮＯＶ１遺伝子によってコードされたタンパク質に対する抗体標的はまた、これまでに述べられた疾患に対して有用であり得る。（Ａｌｌｇａｙｅｒら、Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  １６（１）：６２−７３，１９９８；Ｋｈａｌｉｆａら、Ｃｈｅｍｉｏｔｅｒａｐｉａ  ６：７３６−７，１９８７；Ｂｌａｃｋｅｒら、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  １９：３５７−６０，１９９８；Ｍｉｋｈａｉｌｅｎｋｏら、Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．Ａｕｇ  １５，２００１．）。
【０５２４】
（ＮＯＶ２：血管新生に関連する分泌タンパク質）
ＮＯＶ２遺伝子（ＡＣ００５７９９＿Ａ）の発現は、表２０に記載されるプライマー−プローブセットＡｇ１３８５を使用して評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲの実行からの結果を表２１、２２および２３で示す。
【０５２５】
【表２０】
2004531203.tif 000190
【０５２６】
【表２１】
2004531203.tif 000191
2004531203.tif 000192
2004531203.tif 000193
【０５２７】
【表２２】
2004531203.tif 000194
2004531203.tif 000195
2004531203.tif 000196
【０５２８】
【表２３】
2004531203.tif 000197
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2004531203.tif 000199
パネル１．２の要約：Ａｇ１３８５。同じプローブ／プライマーセットを使用する２つの実験による結果は、非常に良好に一致する。ＮＯＶ２遺伝子は、広範な種々の組織にわたって高いレベルから中程度のレベルまで発現される。このパネルでは、ＮＯＶ２遺伝子の発現は、培養された癌細胞株と比較する場合、一般的に正常な組織に限定されるように思われる。ＮＯＶ２遺伝子は、唾液腺、肝臓、腎臓、膀胱、胃および小腸で最も高く発現される。よく特徴付けられた分泌分子とのその遺伝子の相同性に基づくと、ＮＯＶ２遺伝子産物は、これらの組織のどれでもまたはすべてが関与する疾患についてのタンパク質標的または抗体標的として有用であり得る。
【０５２９】
ＮＯＶ２遺伝子は、中枢神経系機能が関与する組織で広く発現し、この組織としては、扁桃体（ＣＴ＝３０）、小脳（ＣＴ＝３２）、海馬（ＣＴ＝２８）、視床（ＣＴ＝２６）、大脳皮質（ＣＴ＝２８）、脊髄（ＣＴ＝２７−２９）、小脳、黒質および発達する脳が挙げられる。血管新生は虚血性脳卒中に応答して生じるということ、および再血管新生はＣＮＳ治癒プロセスの一部として生じるというかなりの証拠がある。ＮＯＶ２遺伝子は、血管新生に関与すると予想されるので、この遺伝子またはその遺伝子のタンパク質産物の治療的な上方制御は、したがって脳卒後の数日間の回復過程を促進または増強し得る。
【０５３０】
パネル２Ｄの要約：Ａｇ１３８５。同じプローブ／プライマーセットを使用する２つの実験による結果は、非常に良好に一致する。ＮＯＶ２遺伝子は、広範な種々の組織サンプルにわたって発現され、最も高い発現は、正常な腎臓および卵巣癌（ＣＴ＝２５）みられる。特に、正常な卵巣組織と比較した場合に、卵巣癌内にはこの遺伝子のかなりの過剰発現がある。したがって、この遺伝子は、正常な卵巣組織から卵巣癌を区別するために潜在的に使用することができる。さらに、ＮＯＶ２遺伝子またはその遺伝子のタンパク質産物の治療的な調節は、卵巣癌の処置に有用であり得る。
【０５３１】
パネル４Ｄ／４Ｒの要約：Ａｇ１３８５。同じプローブ／プライマーセットを使用する２つの実験による結果には、優れた一致がある。ＮＯＶ２遺伝子の発現は、ＬＰＳで処置されたマクロファージおよび樹状細胞（ＣＴ＝２９．７／２７．７）で最も高い。ＮＯＶ２遺伝子はまた、ＬＰＳで処置した単球およびＩＮＦγを用いて刺激された皮膚の線維芽細胞で中程度のレベルで発現される。ＮＯＶ２遺伝子は、恐らく、新規な特徴付けられていない分泌タンパク質をコードする。このタンパク質は、慢性関節リウマチ（ＲＡ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、肺炎症性疾患、および感染性疾患のような免疫媒介性疾患での炎症反応を調節することに使用される潜在的タンパク質または抗体標的となり得る。さらに、活性化された皮膚の線維芽細胞内のＮＯＶ２遺伝子の存在は、乾癬および他の関連した炎症皮膚疾患の処置でのＮＯＶ２タンパク質産物についての潜在的な使用を示唆する。（Ｗｅｉら、Ｃｏｌｌａｔｅｒａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ａｎｄ  ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ  ａｒｏｕｎｄ  ｃｏｒｔｉｃａｌ  ｓｔｒｏｋｅ．Ｓｔｒｏｋｅ  ３２：２１７９−８４．２００１；Ｃｈｅｕｎｇら、Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ  ｒｅｌａｔｅｄ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃｏｎｔｒａｌａｔｅｒａｌ  ｃｏｒｔｅｘ  ｗｉｔｈ  ａ  ｒａｔ  ｔｈｒｅｅ−ｖｅｓｓｅｌ  ｏｃｃｌｕｓｉｏｎ  ｍｏｄｅｌ．Ｃｈｉｎ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  ４３：１１９−２４，２０００；Ｍａｒｔｉら、Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ．１５６：９６５−７６，２０００）
（ＮＯＶ３：ロイシンリッチ様）
ＮＯＶ３遺伝子（ＳＣ１２４１４１６４２＿Ａ）の発現は、表２４および２５に記載されたプライマープローブセットＡｇ１３８８およびＡｇ２４５５を使用して評価された。ＲＴＱ−ＰＣＲの実行からの結果を表２６、２７、２８、２９および３０で示す。
【０５３２】
【表２４】
2004531203.tif 000200
【０５３３】
【表２５】
2004531203.tif 000201
【０５３４】
【表２６】
2004531203.tif 000202
2004531203.tif 000203
【０５３５】
【表２７】
2004531203.tif 000204
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【０５３６】
【表２８】
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2004531203.tif 000207
2004531203.tif 000208
【０５３７】
【表２９】
2004531203.tif 000209
2004531203.tif 000210
2004531203.tif 000211
【０５３８】
【表３０】
2004531203.tif 000212
2004531203.tif 000213
（パネル１．２概要：）
（Ａｇ１３８８）このパネル上のサンプル中のＮＯＶ３遺伝子の発現は、主に正常な組織に制限されているように見える。ＮＯＶ３遺伝子は、小脳由来のサンプルにおいて、もっとも高度に発現される（ＣＴ＝２６）。この遺伝子の発現はまた、胃において顕著である。この発現パターンに基づくと、この遺伝子の発現は、小脳組織または胃組織のマーカーとして有用であり得る。
【０５３９】
ＣＮＳサンプルの中で、ＮＯＶ３遺伝子は、小脳、扁桃体、海馬、視床、大脳皮質および脊髄において発現される。この結果は、パネル１．３Ｄにおいて観察されたものと一致する；中枢神経系におけるこの遺伝子の発現の潜在的な意味の概要については、以下を参照のこと。
【０５４０】
ＮＯＶ３遺伝子は、いくつかのロイシンリッチリピートドメインを有する１型膜タンパク質をコードし、この遺伝子産物が細胞外シグナル伝達および／または細胞外マトリックスとの相互作用に関与し得ることを示す。代謝関連組織の中で、この遺伝子は、副腎、甲状腺、心臓および肝臓において、低いが有意なレベルで発現される。潜在的な細胞外シグナル伝達分子として、ＮＯＶ３遺伝子産物は、これらの組織のうちのいずれかまたは全てを含む疾患に対する抗体標的として役立ち得る。
【０５４１】
（パネル１．３Ｄ概要：）
（Ａｇ２４５５）このパネルにおけるＮＯＶ３遺伝子の発現は、正常な脳および正常なリンパ組織に主に制限される。この遺伝子のもっとも高度な発現は、脾臓において検出され（ＣＴ＝３０）、リンパ節、骨髄および胸腺において、より低いが有意な発現が検出される。したがって、この遺伝子の発現は、リンパ組織のマーカーとして有用であり得る。
【０５４２】
中程度かつ殆ど等価な発現はまた、扁桃体、小脳、黒質、海馬、視床、大脳皮質および脊髄を含むＣＮＳのいくつかの領域において検出される。Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌｉａにおいて、軸索ガイダンスタンパク質のＬＲＲ領域は、（特に軸索反発における）機能について重要であることが示されている（参考文献１）。ＮＯＶ３遺伝子は全ての脳領域にわたって発現されるロイシンリッチリピートタンパク質をコードするので、ＮＯＶ３遺伝子は一般に、軸索、樹状突起および／または成長錐に対する、優れた候補ニューロンガイダンスタンパク質である。従って、このタンパク質のレベルの治療的な調節、またはこのタンパク質を介する可能なシグナル伝達は、ニューロンの死（発作、頭部外傷）、軸索損傷（脊髄損傷）、あるいは神経変性（アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティングトン病、血管性痴呆症または任意の神経変性疾患）に応答する、ＣＮＳにおける代償的なシナプス形成および線維成長の増強／指向において有用であり得る。
【０５４３】
（パネル２Ｄ概要：）
（Ａｇ１３８８／Ａｇ２４５５）異なるプローブ／プライマーセットを用いた２つの実験の結果は、よい一致を示す。印象的なことに、ＮＯＶ３遺伝子の発現は、２つの転移性乳癌サンプルにおいてもっとも高度であり（ＣＴ＝３１〜３２）、そしてまた、いくつかのほかの乳癌サンプルにおいて検出可能である。さらに、９対のうち６対がこの発現パターンを示すので、腎臓癌において、それらの正常な隣接組織と比較した場合、ＮＯＶ３遺伝子の過剰発現との中程度の関連性があるようである。従って、この遺伝子の発現は、乳癌または腎臓癌の検出のためのマーカーとして使用され得る。さらに、抗体または低分子薬物の使用を介する、ＮＯＶ３遺伝子産物の治療的な下方調節は、乳癌および腎臓癌の処置のために有用であり得る。
【０５４４】
（パネル４Ｄ／４Ｒ概要：）
（Ａｇ１３８８／Ａｇ２４５５）ＮＯＶ３遺伝子の有意な発現は、骨髄、脾臓およびリンパ節において、ならびに１つの実施形態においては胸腺において検出される。これらの結果は、パネル１．３Ｄにおいて観察されるものと一致する。さらに、ホルボールエステルおよびイオノマイシンによって刺激されたＥＯＬ−１細胞における発現を超える、示差的なＮＯＶ３遺伝子の発現が、休止状態の好酸球細胞株ＥＯＬ−１において観察される。さらに、刺激されていないＴリンパ球（Ｔｈ１、Ｔｈ２、およびＴｒ１）は、抗ＣＤ２８＋抗ＣＤ３刺激Ｔ細胞より高度なレベルでこの遺伝子を発現した。従って、ＮＯＶ３遺伝子は、好酸球機能およびＴリンパ球機能の両方に関与し得る。ＮＯＶ３タンパク質に対する抗体（これは、このタンパク質の活性を刺激する）は、好酸球活性の減少において有用であり得、それゆえに、喘息およびアレルギーに対する有用な治療的抗体であり得、そしてまた、Ｔ細胞に媒介される自己免疫性疾患および炎症性疾患に対する抗炎症治療剤としても有用であり得る。さらに、ＮＯＶ３タンパク質の単離された細胞外ドメインは、喘息、気腫、およびアレルギーの処置、ならびに他の自己免疫性疾患および炎症性疾患（例えば、慢性関節リウマチ、炎症性腸疾患、および乾癬）において、治療的なタンパク質と同様に機能し得る。
【０５４５】
（パネルＣＮＳＤ．０１概要：）
（Ａｇ２４５５）このパネル上のサンプルの中で、ＮＯＶ３遺伝子は、淡蒼球（運動の制御に関与する基底核の領域）においてもっとも高度に発現される；淡蒼球への種々の入力は、パーキンソン病およびハンティングトン病において失われる。ロイシンリッチリピートタンパク質が軸索のガイダンスにおいて重要であることは明白であるので、ＮＯＶ３遺伝子によってコードされたタンパク質は、結合性の確立のための神経再生の刺激および／または幹細胞移植による、パーキンソン病および／またはハンティングトン病の処置において重要であり得る。このタンパク質の活性の同様な調節は、これらの疾患における神経変性を遅くするかまたは停止させるように作用し得る（Ｂａｔｔｙｅら、Ｒｅｐｅｌｌｅｎｔ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｂｙ  Ｓｌｉｔ  ｒｅｑｕｉｒｅｓ  ｔｈｅ  ｌｅｕｃｉｎｅ−ｒｉｃｈ  ｒｅｐｅａｔｓ．Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．２１：４２９０〜４２９８，２００１）。
【０５４６】
（ＮＯＶ４：カテプシン−Ｌ前駆体様）
ＮＯＶ４遺伝子（ＧＭｂａ３９９１７＿Ａ）の発現を、表３１に記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２４５３を用いて評価した。
【０５４７】
【表３１】
2004531203.tif 000214
パネル１．３Ｄ、パネル２Ｄ、パネル４Ｄ、およびパネルＣｎｓ＿神経変性＿Ｖ１．０におけるこの遺伝子の発現は、全てのサンプルにおいて、低い／検出不可能（Ｃｔ値＞３５）であった（データを示さず）。
【０５４８】
（ＮＯＶ５：脂肪酸結合タンパク質様）
ＮＯＶ５遺伝子（ＧＭｂａ３８１１８＿Ａ）の発現を、表３２に記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２４５６を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ試行の結果を、表３３、３４、３５、３６、および３７に示す。
【０５４９】
【表３２】
2004531203.tif 000215
【０５５０】
【表３３】
2004531203.tif 000216
2004531203.tif 000217
【０５５１】
【表３４】
2004531203.tif 000218
2004531203.tif 000219
2004531203.tif 000220
【０５５２】
【表３５】
2004531203.tif 000221
2004531203.tif 000222
2004531203.tif 000223
【０５５３】
【表３６】
2004531203.tif 000224
2004531203.tif 000225
【０５５４】
【表３７】
2004531203.tif 000226
（パネル１．３Ｄ概要：）
（Ａｇ２４５６）ＮＯＶ５遺伝子の発現は、黒色腫においてもっとも高度であり（ＣＴ＝２６．４）、そしてこのパネルに存在する全ての黒色腫癌細胞株にわたって、中程度〜高度なレベルで発現された。この発現プロフィールは、ＮＯＶ５遺伝子が、他の組織サンプルから黒色腫細胞株を区別するために用いられ得ることを強く示唆する。
【０５５５】
パネル１．３Ｄはまた、ＮＯＶ５遺伝子が脳において高度〜中程度のレベルで発現されることを示す。ＣＮＳサンプルの中で、この遺伝子は、脳の海馬領域においてもっとも高度なレベル（ＣＴ＝２６．９）で発現される。発現はまた、大脳皮質、小脳、黒質、視床、扁桃体、および脊髄において検出される。ＮＯＶ５遺伝子は、脂肪酸結合タンパク質に対する相同性を有するタンパク質をコードする。脂肪酸は、中枢神経系に関連する膜（例えば、ミエリン、シナプス小胞、前シナプス膜および後シナプス膜、ならびにシナプトソームサイトゾル）において遍在性であり、ここで、膜組成および膜流動性において重要な役割を果たす。従って、疎水性脂肪酸を細胞に輸送する脂肪酸結合タンパク質は、発達の間、ならびに樹状突起成長修復、軸索伸長、および代償的なシナプス形成の間の両方において、重要な役割を果たす。脂肪酸輸送タンパク質は、損傷への応答の間に上方調節され、そして加齢した哺乳動物におけるレベルの減少は、ＣＮＳ損傷に応答する能力および回復する能力の減少に、部分的に起因し得る。したがって、Ｇｍｂａ３８８１８＿Ａタンパク質産物は、これらの中枢神経系関連プロセスのいくつかまたは全てにおいて、重要な役割を果たし得、そしてこの遺伝子産物の治療的な調節は、これらと同一の疾患プロセスの処置において重要であり得る。
【０５５６】
この遺伝子はまた、脂肪、副腎、成体心臓および胎児心臓、成体肝臓および胎児肝臓、成体骨格筋および胎児骨格筋、膵臓（ＣＴ＝３１）、下垂体ならびに甲状腺を含む、殆どの代謝組織において、中程度のレベルで広範に発現される。従って、ＮＯＶ５遺伝子によってコードされる脂肪酸結合タンパク質の治療的な標的化は、代謝性疾患（例えば、肥満および糖尿病）の処置に有用であり得る。
【０５５７】
（パネル２Ｄ概要）
（Ａｇ２４５６）ＮＯＶ５遺伝子の発現は、肺癌においてもっとも高度である（ＣＴ＝２３．１）。ＮＯＶ５遺伝子の過剰発現は、それらの正常な隣接組織対応物と比較した場合、３／５の肺癌サンプルにおいて見られる。従って、この発現プロフィールに基づいて、ＮＯＶ５遺伝子の発現は、肺癌サンプルを正常な肺から区別するために用いられ得る。さらに、低分子薬物または抗体の使用を介する、ＮＯＶ５遺伝子産物の治療的な調節は、肺癌の治療において有益であり得る。
【０５５８】
（パネル３Ｄ概要）
（Ａｇ２４５６）ＮＯＶ５遺伝子の発現は、結腸癌細胞株（ＣＴ＝２９）および肺癌細胞株（ＣＴ＝２８．３）に由来するサンプルにおいてもっとも高度である。肺癌におけるこの遺伝子の過剰発現は、パネル２Ｄの結果と一致する。従って、この発現パターンに基づいて、ＮＯＶ５遺伝子は、肺癌細胞株を他の細胞株から区別するために用いられ得る。さらに、低分子薬物または抗体の使用を介する、この遺伝子産物の治療的な調節は、肺癌の処置において潜在的に有効であり得る。
【０５５９】
（パネル４Ｄ概要）
（Ａｇ２４５６）ＮＯＶ５遺伝子の発現は、ＰＷＭによって活性化された初代Ｂ細胞（ＣＴ＝２４．４）において、および活性化Ｂ細胞株（Ｒａｍｏｓ）（ＣＴ＝２４．９）において、もっとも高度である。Ｂ細胞マイトジェン（ＰＷＭ）で処置されたＰＢＭＣにおけるＧｍｂａ３８８１８＿Ａ遺伝子の発現（ＣＴ＝２６．２）は、このデータと一致する。この遺伝子はおそらく、Ｂ細胞輸送に関与し得る脂肪酸結合タンパク質をコードする。従って、ＮＯＶ５遺伝子によってコードされる脂肪酸結合タンパク質の薬物標的化は、免疫性疾患プロセス、特に自己免疫性疾患（例えば、狼瘡、慢性関節リウマチ、および高グロブリン血症に関連する疾患）の処置のために有益であり得る。
【０５６０】
（パネルＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０概要）
（Ａｇ２４５６）ＮＯＶ５遺伝子の発現は、アルツハイマー病患者の異なる脳領域に由来する組織サンプルにおいてもっとも高度である。これらの領域としては、海馬（ＣＴ＝１９．４）、上側頭皮質（ＣＴ＝１９．５）、下側頭皮質（ＣＴ＝２０．６）、および後頭皮質（ＣＴ＝１９．５）が挙げられる。従って、この遺伝子は、アルツハイマー病の少なくとも１つの形態の病理に含まれ得る。ＮＯＶ５遺伝子またはそのタンパク質産物の上方調節は、脊髄損傷、発作または頭部外傷から生じるニューロンの死、またはアルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティングトン病、脊髄小脳の運動失調、進行性核上麻痺における神経変性の存在に応答する、代償的なシナプス形成および軸索成長または樹状成長の増強において有用であり得る（Ｇｌａｔｚら、Ｊ  Ｍｏｌ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  １６：２３〜３２，２００１；Ｐｕら、Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９８：６９〜７８，１９９９；Ｌｉｕら、Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  Ｒｅｓ  ４８：５５１〜６２，１９９７．）。
【０５６１】
（ＮＯＶ６ａ：神経溶解素前駆体様）
ＮＯＶ６ａ遺伝子（ＳＣ１３３７９０４９６＿Ａ）の発現を、表３８に記載されるプライマー−プローブセットＡｇ２４５８を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ試行の結果を、表３９、４０、４１、４２、４３、４４、および４５に示す。
【０５６２】
【表３８】
2004531203.tif 000227
【０５６３】
【表３９】
2004531203.tif 000228
2004531203.tif 000229
2004531203.tif 000230
【０５６４】
【表４０】
2004531203.tif 000231
2004531203.tif 000232
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【０５６５】
【表４１】
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2004531203.tif 000235
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【０５６６】
【表４２】
2004531203.tif 000237
2004531203.tif 000238
2004531203.tif 000239
【０５６７】
【表４３】
2004531203.tif 000240
2004531203.tif 000241
2004531203.tif 000242
【０５６８】
【表４４】
2004531203.tif 000243
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【０５６９】
【表４５】
2004531203.tif 000246
（パネル１．３Ｄ概要：）
（Ａｇ２４５８）同一のプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験の結果は、非常によい一致を示した。もっとも高度な発現は、両方の試行において、乳癌において見られる（ＣＴ＝２８〜３０）。ＮＯＶ６Ａ遺伝子は、正常な組織とは対照的に、多種多様な癌細胞株にわたって中程度のレベルで発現される。従って、この遺伝子の発現は、正常な組織に由来するサンプルから、細胞株に由来するサンプルを区別するために用いられ得る。さらに、この細胞種は癌性組織に由来するので、ＮＯＶ６Ａ遺伝子の発現は、潜在的に、癌性材料を正常な材料から区別するために用いられ得、そして特に、乳癌に対するマーカーとして用いられ得る。最後に、この遺伝子の発現は主に癌性細胞に関連するので、低分子薬物または抗体の使用を介する、この遺伝子産物の治療的な調節は、乳癌または他の癌の処置において有益であり得る。
【０５７０】
（パネル２Ｄ概要：）
（Ａｇ２４５８）この実験において、ＮＯＶ６Ａ遺伝子の発現は、２８．４のＣＴを有して、肺癌においてもっとも著しい。同じく有意な発現を示す他の組織は、眼球黒色腫（ＣＴ＝２８．８）、膀胱癌（ＣＴ＝２９．０）、卵巣癌および胃癌である。ＮＯＶ６Ａ遺伝子は、正常な隣接組織と比較した場合、悪性組織に対して、より強い関連性を示すようである。例えば、胃癌、卵巣癌、肺癌および結腸癌に由来する悪性組織サンプルと正常な隣接組織サンプルとの間には、少なくとも２〜３倍の発現レベルの差異がある。従って、ＮＯＶ６Ａ遺伝子は、胃、卵巣、肺および結腸の悪性組織と正常な組織とを区別するために用いられ得る。さらに、低分子薬物または抗体の使用を介する、この遺伝子産物の治療的な調節は、関連する癌の処置において有益であり得る。
【０５７１】
（パネル３Ｄ概要：）
（Ａｇ２４５８）ＮＯＶ６Ａ遺伝子は、肺癌（ＣＴ＝２７．４）においてより高度に発現され、そしてパネルの全ての組織サンプルにおいて中程度の／低いレベルで発現される。この発現プロフィールの潜在的な有用性の考察として、パネル２Ｄを参照のこと。
【０５７２】
（パネル４Ｄ概要：）
（Ａｇ２４５８）ＮＯＶ６Ａ遺伝子は、活性化Ｂ細胞株（Ｒａｍｏｓ）（２６．８）において、およびＰＷＭによって活性化された初代Ｂ細胞（２７．３）において、より高度に発現される。この遺伝子はまた、処置に関係なく、このサンプルの殆どの組織において中程度の／低いレベルで発現される。
【０５７３】
ＮＯＶ６Ａ遺伝子は、潜在的な酵素活性を有する神経溶解素様分子をもっとも確実にコードするので、多くの組織において、正常な細胞機能の維持において重要であり得る。ＮＯＶ６Ａ遺伝子によってコードされるタンパク質を用いて設計される治療は、細胞生存度および細胞機能の調節において重要であり得る。
【０５７４】
（パネルＣＮＳ＿１概要：）
（Ａｇ２４５８）同一のプローブ／プライマーセットを用いた２つの実験の結果は、よい一致を示す。ＮＯＶ６Ａ遺伝子のもっとも高度な発現は、パーキンソン病患者由来のブロードマン野４（ＣＴ＝３０．７）およびハンティングトン病患者由来のブロードマン野９（ＣＴ＝３０．２）において中程度のレベルで生じる。この遺伝子は、このサンプルの殆どの（健康な、および罹病の）組織にわたって、中程度の／低いレベルで発現される。ＣＮＳの疾患におけるこの遺伝子の潜在的な有用性として、パネルＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０を参照のこと。
【０５７５】
（パネルＣＮＳ＿１．１概要：）
（Ａｇ２４５８）同一のプローブ／プライマーセットを用いた２つの実験の結果は、非常によい一致を示す。ＮＯＶ６Ａ遺伝子のもっとも高度な発現は、パーキンソン病患者のブロードマン野４（ＣＴ＝３１．６）およびコントロール患者のブロードマン野９（ＣＴ＝３２．２）において生じる。ＣＮＳの疾患におけるこの遺伝子の潜在的な有用性の考察として、パネルＣＮＳ＿神経変性＿Ｖ１．０を参照のこと。
【０５７６】
（パネルＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０概要：）
（Ａｇ２４５８）ＮＯＶ６Ａ遺伝子は、アルツハイマー病患者由来の下側頭皮質に由来する組織サンプル（ＣＴ＝２７．６）において、より高度に発現され、そしてアルツハイマー病患者の後頭皮質（ＣＴ＝２９）、上側頭皮質（ＣＴ＝２８．７）、および海馬（ＣＴ＝２８．４）に由来するサンプルにおいて、中程度のレベルで発現される。有意な発現はまた、脳の頭頂領域（ＣＴ＝２９．６）、および後頭皮質（ＣＴ＝２９．７）領域に起源を有する、コントロール患者由来の組織サンプルにおいて、検出される。この遺伝子の発現は、このサンプルの殆どの組織において、中程度の／低いレベルで検出可能である。中枢神経系に含まれる多くの組織にわたる、この遺伝子の広範な発現は、ＮＯＶ６Ａ遺伝子（これは、酵素活性を有する神経溶解素様分子をコードする）がＣＮＳプロセスに対して特定の機能および有用性を有することを示す。アミノペプチダーゼは、ハンティングトン病において増加し、そしてアルツハイマー病の脳においてＡ−βの神経毒性プロセシングを媒介し、これらの酵素の活性を阻害する薬剤が、アルツハイマー病およびハンティングトン病を含む神経変性障害の処置において有用であり得ることを示す。メタロペプチダーゼは、神経学的機能、内分泌機能および心血管性機能に関与する、ペプチドの正常状態および罹病状態のプロセシングに関係付けられている。これに関連して、これらの酵素の特定のインヒビターは、ペプチドレベルを選択的に調節し得、そして従って、発作、癲癇、分裂病および鬱病の処置に対して、かなりの治療的な可能性を有し得る。従って、ＮＯＶ６Ａ遺伝子によってコードされるタンパク質の治療的な調節は、これらの中枢神経系障害の処置において、かなりの効力を有し得る（ＳｈｒｉｍｐｔｏｎおよびＳｍｉｔｈ、Ｊ  Ｐｅｐｔ  Ｓｃｉ  ６：２５１−６３，２０００；Ｓａｉｄｏ，Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ  Ａｇｉｎｇ  １９：Ｓ６９−７５，１９９８；Ｋａｎｅｋｏら、Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ  １０４：１００３−１１，２００１；Ｍａｎｔｌｅら、Ｊ  Ｎｅｕｒｏｌ  Ｓｃｉ．１３１：６５−７０，１９９５）。
【０５７７】
（ＮＯＶ７ａ：γ−アミノブチル酸（ＧＡＢＡ）輸送体様）
ＮＯＶ７ａ遺伝子（ｂａ１２２ｏ１）の発現を、表４６および４７に記載されるプライマー−プローブセットＡｇ１４８１およびＡｇ２３０７を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲ試行の結果を、表４８、４９、５０、５１、５２、５３、および５４に示す。
【０５７８】
【表４６】
2004531203.tif 000247
【０５７９】
【表４７】
2004531203.tif 000248
【０５８０】
【表４８】
2004531203.tif 000249
2004531203.tif 000250
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【０５８１】
【表４９】
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【０５８２】
【表５０】
2004531203.tif 000255
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2004531203.tif 000257
【０５８３】
【表５１】
2004531203.tif 000258
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【０５８４】
【表５２】
2004531203.tif 000261
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【０５８５】
【表５３】
2004531203.tif 000265
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【０５８６】
【表５４】
2004531203.tif 000267
2004531203.tif 000268
（パネル１．３Ｄ概要）
（Ａｇ１４８１／Ａｇ２３０７）異なるプローブおよびプライマーのセットを用いた実験の結果は、非常によい一致を示す。ＮＯＶ７ａ遺伝子は、下垂体、扁桃体、小脳、海馬、黒質、視床、大脳皮質および脊髄を含む中枢神経系に起源を有する全ての組織サンプルにおいて、高度〜中程度のレベルで発現される。もっとも高度な発現は、海馬領域において検出される（ＣＴ＝２７〜３０）。ＮＯＶ７ａ遺伝子のこれらの高度な発現レベルは、ＮＯＶ７ａタンパク質産物が、正常な中枢神経系機能のために不可欠であり得ることを示唆する。従って、ＮＯＶ７ａ遺伝子の発現は、脳組織を他の組織から区別するために潜在的に用いられ得、そしてまた、神経精神医学的疾患の処置における優れた標的であり得る。
【０５８７】
ＮＯＶ７ａ遺伝子の中程度の発現はまた、肺癌細胞株において生じる（ＣＴ＝３０．４、３１．３）。従って、ＮＯＶ７ａ遺伝子の発現は、そのＣＮＳ有用性に加えて、肺癌細胞株と他の組織または細胞株とを区別するために潜在的に用いられ得る。
【０５８８】
（パネル一般＿スクリーニング＿パネル＿ｖ１．４概要）
（Ａｇ１４８１）同一のプローブおよびプライマーのセットを用いた２つの実験の結果は、優れた一致を示す。ＮＯＶ７ａ遺伝子のもっとも高度な発現は、小脳（ＣＴ＝２５）において見られ、有意な発現は、扁桃体、海馬、大脳皮質、黒質、視床、および脊髄を含む脳の領域に起源を有する全ての組織サンプルにおいて検出される。さらに、ＮＯＶ７ａ遺伝子の高度な発現は、肺癌細胞株に存在する（ＣＴ＝２６）。このパネルから得られた結果は、パネル１．３Ｄにおいて検出された発現プロフィールと優れた一致を示す。従って、これらの結果は、ＮＯＶ７ａ遺伝子の発現が、正常な脳組織を他の組織から区別するために用いられ得ることを示唆する。ＮＯＶ７ａ遺伝子はまた、おそらく、肺癌細胞株の、他の細胞株および組織からのマーカーとして作用し得る。
【０５８９】
ＮＯＶ７ａ遺伝子の代謝性発現は、２９から３２の範囲のＣＴ値を有する下垂体に限定される。従って、ＮＯＶ７ａタンパク質産物は、下垂体を含む疾患の処置を標的とする小分子であり得る。
【０５９０】
パネル２Ｄの要約：Ａｇ１４８１。このパネルにおけるサンプル間において、ＮＯＶ７ａ遺伝子の発現は、筋肉への肺癌転移と同様に（ＣＴ＝３４．８）、結腸癌に隣接する正常結腸組織において、低いが有意である（ＣＴ＝３４）。この実験の２回の重複は、ほとんどの組織サンプルにおいて、両方とも発現を示さない同様の傾向に従う。それゆえ、この発現プロフィールは、ＮＯＶ７ａ遺伝子の発現が、潜在的に結腸癌と正常組織を区別するために用いられ得ることを示唆する。
【０５９１】
パネル２．２の要約：Ａｇ２３０７。パネル２．２におけるこの遺伝子の発現は、全てのサンプルにおいて低い／検出不可能である（Ｃｔ値＞３５）（データは示さず）。
【０５９２】
パネル３Ｄの要約：Ａｇｌ４８１。ＮＯＶ７ａ遺伝子の高発現は、１８．２のＣＴ値を有する転移性の横紋筋肉腫細胞株において検出される。中程度の発現はまた、２つの肺癌サンプル（小細胞ＣＴ＝３３．１；大細胞ＣＴ＝３２．８）および小脳（ＣＴ＝２８．２）において検出される。それゆえ、この遺伝子は、他の細胞株サンプルからこれらのサンプルを区別するために用いられ得る。
【０５９３】
パネル４Ｄの要約：Ａｇｌ４８１／Ａｇ２３０７。２つの異なるプローブ／プライマーセットを使用する２つの実験による結果は、良好に一致する。ＮＯＶ７ａ遺伝子の発現は、正常結腸に由来する組織において最も高く（ＣＴ＝３２）、また、肺組織（ＣＴ＝３３）、有糸分裂促進剤によって刺激されたＢ細胞（ＣＴ＝３２−３３）、ＩＬ−２およびγインターフェロンで刺激されたＬＡＫ細胞（ＣＴ＝３３−３４）、およびＩＬ−２およびＩＬ−１８で処理されたＬＡＫ細胞（ＣＴ＝３４）において中程度のレベルで観察される。ＮＯＶ７ａ遺伝子は、結腸およびおそらく肺内での分泌を制御する際に活性化され得る小胞性ＧＡＢＡトランスポーターに対する相同性を有するタンパク質をコードする。白血球におけるこのタイプのトランスポーターの機能は、記述されていない。ＮＯＶ７ａによってコードされるタンパク質の治療的制御は、大腸炎の処置、ならびにぜん息および気腫を含む肺に関する疾患において重要であり得る。
【０５９４】
パネルＣＮＳ１の要約：Ａｇｌ４８１。ＮＯＶ７ａ遺伝子は、このパネルにおけるほとんどの組織サンプルにおいて低程度から中程度で広く発現している。遺伝子発現は、アルツハイマー患者からの大脳側頭極において最も高い（ＣＴ＝２５）。パネルＣＮＳ．０１はまた、ＮＯＶ７ａ遺伝子が、うつ病の患者の頭頂皮質、前頭葉前部の皮質、および帯状束の皮質においてダウンレギュレートされていることを示す。従って、ＮＯＶ７ａ遺伝子は、精神分裂病に対する良好な薬剤標的となる。複数の研究室が、精神分裂病および双極性障害におけるＧＡＢＡ作動性欠損、通常ＧＡＢＡを産生する介在ニューロンの数の減少を示してきた。それゆえ、シナプス小胞へ輸送されるＧＡＢＡの量を増加させるためのこのタンパク質の治療的調節または増強は、精神分裂病および／または双極性障害において有益であり得る。さらに、このタンパク質に対する遺伝子は、精神分裂病に関係付けられている第２０染色体（特に２０ｑｌ２）の遺伝子座に位置する。この情報は、少なくとも４アミノ酸の変化しているＳＮＰがこの遺伝子のコード領域に存在するという事実と合わせた場合、この遺伝子を精神医学の疾患の危険性をスクリーニングするための良好な候補とする。
【０５９５】
パネルＣＮＳ＿神経変性＿ｖ１．０の要約：Ａｇ１４８１。ＮＯＶ７ａ遺伝子は、このサンプルにおける殆ど組織において、中程度のレベルから低レベルでの発現を示す。最も高い発現は、コントロール患者の頭頂皮質において検出される（ＣＴ＝２８．５）。ＮＯＶ７ａ遺伝子の発現の中程度のレベルを示している他の組織サンプルは、コントロール患者の後頭皮質（ＣＴ＝２９）領域および側頭皮質（ＣＴ＝２９．５）領域ならびにアルツハイマー患者の後頭皮質（ＣＴ＝２９．２）、下方側頭皮質（ＣＴ＝２９．７）および海馬領域（ＣＴ＝２８．６）を含む。このパネルは、この遺伝子がＣＮＳにおいて中程度のレベルから高レベルで発現していることを確認するが、発現プロフィールに基づけば、この遺伝子は、アルツハイマー疾患において示唆的に制御されているとは考えられない。
【０５９６】
このタンパク質は、ラット小胞性ＧＡＢＡトランスポーター（ＶＧＡＴ）のヒトホモログであると考えられる。ＧＡＢＡ（哺乳動物の脳における主な抑制性神経伝達物質）は、細胞質においてグルタミンメートからグルタミン酸脱炭酸酵素の２つアイソフォーム（ＧＡＤ６５およびＧＡＤ６７）によって合成される。モノアミン神経伝達物質に関して、次いで、小胞性トランスポーターは、伝達物質をシナプス小胞に輸送するために必要である。次に、このタンパク質は、正常ＣＮＳ機能に重要であり、神経精神医学的疾患における良好な薬剤標的となる。多くの鎮痙薬は、ＧＡＢＡ伝達を増強するかまたは介在ニューロンにおけるＧＡＢＡ産生を増加させることのいずれかによって作用することが示されている。従って、ＮＯＶ７ａ遺伝子またはその活性の治療的誘導は、発作の制御において有益であり得る（Ｇｕｒｌｉｎｇら，Ａｍ  Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ６８：６６１−７３，２００１；Ｒｅｙｎｏｌｄｓ  ａｎｄ  Ｂｅａｓｌｅｙ，Ｊ  Ｃｈｅｍ  Ｎｅｕｒｏａｎａｔ  ２２：９５−１００，２００１；Ｍｏｓｈｅ，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ５５：Ｓ３２−４０；ｄｉｓｃｕｓｓｉｏｎ  Ｓ５４−８，２０００；ＴｉｍｍｅｒｍａｎｓおよびＳｃｈｅｕｅｒｍａｎｎ，Ｅｕｒ  Ｊ  Ｍｏｒｐｈｏｌ  ３６：１３３−４２，１９９８）。
【０５９７】
（ＮＯＶ１０：ＵＮＣ５レセプター様）
ＮＯＶ１０遺伝子（ＳＣ１２１２０９５２４＿Ａ）の発現を、表５５，５６，５７，および５８に記載したプライマー−プローブセットＡｇｌ５２２，Ａｇｌ８４８，Ａｇ２２６３，およびＡｇ２４２２を用いて評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実行による結果を、表５９、６０、６１、６２、６３、６４および６５に示す。
【０５９８】
【表５５】
2004531203.tif 000269
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【０５９９】
【表５６】
2004531203.tif 000271
【０６００】
【表５７】
2004531203.tif 000272
【０６０１】
【表５８】
2004531203.tif 000273
【０６０２】
【表５９】
2004531203.tif 000274
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【０６０３】
【表６０】
2004531203.tif 000276
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2004531203.tif 000278
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【０６０４】
【表６１】
2004531203.tif 000280
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2004531203.tif 000282
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【０６０５】
【表６２】
2004531203.tif 000284
2004531203.tif 000285
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【０６０６】
【表６３】
2004531203.tif 000287
2004531203.tif 000288
2004531203.tif 000289
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【０６０７】
【表６４】
2004531203.tif 000291
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【０６０８】
【表６５】
2004531203.tif 000293
2004531203.tif 000294
パネル１．２の要約：Ａｇ１５２２。ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、ＣＮＳ癌細胞株において最も高い（ＣＴ＝２６．１）。ＣＮＳ癌細胞株に由来する９つの組織サンプルにおいて、ＮＯＶ１０遺伝子の発現は全てのサンプルにおいて生じ、３つのサンプルにおいて高発現（ＣＴ＝２６．１、２６．６、２７．６）、５つのサンプルにおいて中程度の発現、および１つのサンプルにおいて低発現を有する。高発現はまた、黒色腫細胞株において検出される（ＣＴ＝２７．９）。ＮＯＶ１０遺伝子の有意な発現は、胃癌（２８．１）およびこのサンプルにおける肺癌細胞株の１０つの全てのサンプルにおいて見られる。それゆえ、ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、正常細胞からこれら癌細胞株を区別するために用いられ得る。さらに、ＮＯＶ１０遺伝子産物の発現または活性の治療的調節は、黒色腫、胃癌，肺癌および脳癌の処置において有用であり得る。
【０６０９】
パネル１．３Ｄの要約：Ａｇｌ５２２／Ａｇｌ８４８／Ａｇ２２６３／Ａｇ２４２２。同じ組織パネルにおいて異なるプローブ／プライマーセットを使用する４つの実験は、良好に一致する結果を生み出す。４つ全ての実験において、ＮＯＶ１０遺伝子の最も高い発現は、ＣＮＳ癌細胞株において検出される。発現はまた、肺癌および黒色腫細胞株ならびに海馬および視床領域に由来する健康な脳組織において有意である。それゆえ、ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、他の組織サンプルからこれら組織を区別するために用いられ得る。さらに、低分子薬剤または抗体の使用を介するＮＯＶ１０遺伝子の発現または機能の治療的調節は、黒色腫、肺癌および脳癌の処置において有益であり得る。
【０６１０】
代謝性組織間では、成人の心臓組織において、ＮＯＶ１０遺伝子の高発現があり（ＣＴ＝２７．８）、胎児の心臓、成人および胎児の肝臓、膵臓、副腎、甲状腺および下垂体において中程度の発現がある。ＮＯＶ１０遺伝子は、プローブおよびプライマーセットＡｇｌ８４８を用いると、胎児の骨格筋（ＣＴ値＝３１）および成人の骨格筋（ＣＴ値＝３７）において差示的に発現されると考えられ、そしてこの組織における胎児の表現型から成人の表現型への分化に関し有用であり得る。
【０６１１】
パネル２Ｄの要約：Ａｇｌ５２２／Ａｇｌ８４８／Ａｇ２２６３／Ａｇ２４２２。４つの異なるプローブおよびプライマーセットによる複数の実験の結果は、非常によく一致する。４つ全ての実験において、ＮＯＶ１０遺伝子の最も高い発現は、甲状腺癌および卵巣癌において検出され（ＣＴｓ＝２７〜３０）、このパネルにおける他の殆ど組織においてはまた、低い発現が見られる。それゆえ、ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、他の組織から卵巣癌細胞株および甲状腺癌細胞株を区別するために用いられ得る。さらに、低分子薬剤または抗体の使用を介するこの遺伝子の発現またはその機能の治療的調節は、卵巣の癌および甲状腺の癌の処置において有益であり得る。さらに、Ａｇ２２６３を用いる実験は、肺癌に由来するサンプルとこれらに隣接する正常組織に由来するサンプルとの間に差示的発現を示す。それゆえ、ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、正常肺組織から癌の肺組織を区別するために用いられ得る。さらに、抗体または低分子薬剤の使用を介するこの遺伝子もしくはそのタンパク質産物の発現または機能の治療的調節は、肺癌の処置において有益であり得る。
【０６１２】
パネル３Ｄの要約：Ａｇ２２６３。ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、このパネルにおける全ての組織を通して、中程度のレベルで生じる。最も高い発現は、小細胞肺癌（ＣＴ＝３０．６）および神経芽細胞腫（ＣＴ＝３０．７）において検出される。さらに、有意な発現が、小細胞肺癌株のクラスターにおいて検出される。それゆえ、この遺伝子は、他のサンプルから肺癌細胞株を区別するために用いられ得る。さらに、低分子薬剤または抗体の使用を介するＮＯＶ１０遺伝子またはそのタンパク質産物の治療的調節は、小細胞肺癌の処置において有益であり得る。
【０６１３】
パネル４Ｄの要約：Ａｇｌ５２２／Ａｇｌ８４８／Ａｇ２２６３／Ａｇ２４２２。ＮＯＶ１０遺伝子産物に対応する４つのプローブおよびプライマーセットの各々を用いる実験は、良好に一致する結果をもたらす。全ての実験において、ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、サンプルにおける殆ど組織において、中程度のレベルから低いレベルで生じる。それぞれの実験における最も高い発現は、肺線維芽細胞において生じる（ＣＴ＝２９）。ＩＬ−４によって処置した肺線維芽細胞における中程度の発現はまた、４つの実験全ての間において合致する（ＣＴ＝３０）。より低い発現はまた、様々な線維芽細胞、内皮細胞、および平滑筋細胞において検出される。ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、複雑なプロファイルを生じる；この発現は、小気管上皮において、ＴＮＦ−αによってアップレギュレートされるが、肺線維芽細胞においては、同一刺激によって明らかにダウンレギュレートされる。この遺伝子は、殆どおそらく、細胞移動を理解する際に重要であり得るネトリン（ｎｅｔｒｉｎ）レセプターをコードする。ＮＯＶ１０遺伝子によってコードされるタンパク質の制御は、ケロイド形成の進行、気腫ならびにＴＮＦ−αおよびＩＬ−１βが存在し、組織再構築が起こり得る条件を潜在的に制御し得る。
【０６１４】
パネルＣＮＳ１の要約：Ａｇ２２６３。ＮＯＶ１０遺伝子の発現は、このパネルにおける殆ど組織を通して、中程度から低い。最も高い発現は、黒質において検出される（ＣＴ＝３１．４）。疾患特異的な発現は、このパネルにおいて見られないが、発現プロファイルは、中枢神経系におけるこの遺伝子の発現を確認する。ＣＮＳに関するＮＯＶ１０遺伝子の潜在的な有用性に関するパネル＿ＣＮＳ＿神経変性を参照のこと。
【０６１５】
パネルＣＮＳ神経変性ｖ１．０の要約：Ａｇｌ８４８／Ａｇ２４２２。異なるプローブ／プライマーセットを用いる２つの実験は、よく一致する結果を生み出す。ＮＯＶ１０遺伝子の最も高い発現は、コントロール患者の後頭皮質において検出される。発現の有意なレベルはまた、アルツハイマー患者に由来する脳組織の海馬、下方側頭皮質、および上方側頭皮質において検出される。
【０６１６】
その相同性に基づいて、ＮＯＶ１０遺伝子産物は、アポトーシス誘導剤と同様に（リガンドであるネトリン−１によって刺激された場合を除いて）、発生の間の軸索誘導および神経移動の両方において作用することが知られるクラスとしてＵＮＣ５Ｈレセプターに最もよく類似している。パネルＣＮＳ＿変性＿Ｖ１．０は、高いアミロイド斑蓄積を示す非痴呆の高齢者と比べた場合、アルツハイマー疾患の脳の側頭皮質において中程度の増加（１．５から２倍）を示す。それゆえ、ＮＯＶ１０遺伝子は、重篤アミロイド斑蓄積を有する痴呆の高齢者と非痴呆の高齢者を区別するタンパク質を表しており、そのことは、この遺伝子をアルツハイマー疾患における良好な薬剤標的とする。このレセプターの調節的刺激および／または選択的刺激は、ニューロンの死（発作、頭部損傷）、神経変性（アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、脊髄小脳性運動失調、進行性核上麻痺）または脊髄損傷に応答する補償的なシナプス生成（ｓｙｎａｔｏｇｅｎｅｓｉｓ）および軸索／樹状突起の成長を増強するまたは方向付ける際に有用であリ得る。さらに、このレセプターのアンタゴニストは、アルツハイマー病においてアポトーシスを減少させ得る（Ｅｌｌｅｚａｍら，Ｅｘｐ  Ｎｅｕｒｏｌ．１６８：１０５−１５，２００１；Ｂｒａｉｓｔｅｄら，Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．２０：５７９２−８０１，２０００；Ｍｏｎｔｅｌｌ，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  １２６：３０３５−４６，１９９９）。
【０６１７】
（ＮＯＶｌｌａ：肝細胞増殖因子様）
ＮＯＶ１１ａ遺伝子（ＧＭｂａ４４６ｇｌ３＿Ａ）の発現を、表６６および６７に記載のプライマー−プローブセットＡｇ３０８６およびＡｇ３７９７を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実行による結果を、表６８、６９、７０、７１、７２および７３に示す。
【０６１８】
【表６６】
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【０６１９】
【表６７】
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【０６２０】
【表６８】
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【０６２１】
【表６９】
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【０６２２】
【表７０】
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【０６２３】
【表７１】
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【０６２４】
【表７２】
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【０６２５】
【表７３】
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パネル１．３Ｄの要約：Ａｇ３０８６。ＮＯＶ１１ａ遺伝子は、胎児の肝臓組織および成人の肝臓組織（ＣＴ＝２６）ならびに肝臓癌細胞株（ＣＴ＝２７）の両方において高く発現している。この遺伝子はまた、パネルにおける殆どの他の組織において、中程度のレベルから低いレベルで発現している。それゆえ、ＮＯＶｌｌａ遺伝子は肝臓組織において高く発現していると考えられるので、従って、他の組織から肝臓由来の組織を区別するために用いられ得る。ＮＯＶｌｌａ遺伝子産物はまた、任意のこれらの組織における疾患の潜在的な治療的処置であり得る。
【０６２６】
中枢神経系に関与する組織において、ＮＯＶ１１ａ遺伝子は、成人の視床、黒質、海馬、扁桃を含む、胎児の脳および成人の脳において、中程度で発現しており、また、小脳および大脳皮質において、低いが有意なレベルで発現している。この発現プロファイルは、ＮＯＶｌｌａ遺伝子がＣＮＳにおいて機能的意義を有することを示唆する。ＮＯＶｌｌａ遺伝子産物の近縁ホモログである肝細胞成長因子は、発作および虚血の動物モデルにおける神経死の予防を含むＣＮＳにおける数々の治療的適用を有する。肝細胞増殖因子は、有糸分裂促進剤の活性を有し、血液脳関門が崩壊した場合、血液脳関門を横切る。それゆえ、血液脳関門が崩壊したときに直接に皮質脊髄液に直接投与される場合または全身的に投与される場合、脳病理を処置するための治療的タンパク質として潜在的な適用を有する。肝細胞成長因子様タンパク質は、軸索切断の際の運動神経無栄養症の予防に有用な神経栄養の因子である。従って、ＮＯＶ１１ａ遺伝子によってコードされるタンパク質は、アルツハイマー病、パーキンソン病、およびハンチントン病を含む発作および神経変性疾患の処置における治療的薬剤として有用であり得る。脳可塑性および脳再生におけるＮＯＶ１ｌａ遺伝子またはそのタンパク質産物の潜在的な役割は、脳損傷の処置における有用性、および主な焦点として海馬不全を有する記憶障害などの関連疾患に対する有用性を生じる。
【０６２７】
一般的＿スクリーニング＿パネル１．４：Ａｇ３７９７。パネル１．４におけるＮＯＶ１ｌａ遺伝子の発現は、肝臓癌細胞株（ＨｅｐＧ２）に由来するサンプルにおいて最も高いと考えられる（ＣＴ＝２５．３）。さらに、材料に由来する他の肝臓に関連するこの遺伝子の実質的な発現がある（成人の肝臓ＣＴ＝２７．２；胎児の肝臓ＣＴ＝２６．５）。それゆえ、ＮＯＶ１１ａ遺伝子の発現は、他のサンプルと、標本に由来する肝臓を区別するために用いられ得る。さらに、この遺伝子の治療的調節は、肝臓関連疾患の処置において有益であり得る。
【０６２８】
パネル２．２の要約：Ａｇ３０８６。ＮＯＶ１１ａ遺伝子の発現は、肝臓癌標本に由来するサンプルにおいて最も高い（ＣＴ＝２６）と考えられ、また、肝臓組織に由来する多くのサンプルにおいて有意である。この結果は、パネル１．４およびパネル２Ｄにおいて見られたものと一致する。さらに、隣接する腎臓癌標本と比べた場合、正常腎臓組織に関連するこの遺伝子の実質的な発現がある（ＣＴ＝２７．２）と考えられる。それゆえ、この遺伝子は、非肝臓組織から肝臓組織を区別するため、および隣接する腎臓癌と比べた場合に正常腎臓組織を区別するために用いられ得る。さらに、ＮＯＶ１１ａ遺伝子の発現またはその産物の機能の治療的調節は、腎臓癌の処置において有益であり得る。
【０６２９】
パネル４Ｄの要約：Ａｇ３０８６。ＮＯＶ１１ａ遺伝子は、胸腺（ＣＴ＝２４）、結腸（ＣＴ＝２８．４）、およびＩＢＤ大腸炎２（ＣＴ＝２７．２）において高く発現しており、成熟Ｔ細胞において低レベルで発現している。ＮＯＶ１ｌａ遺伝子は、推定される肝細胞様成長因子ホモログをコードする。肝細胞成長因子（ＨＧＦ）が胸腺および結腸において発現しているという報告はある。胸腺において、ＨＧＦはＴ細胞産生を促進し得、結腸において、ＨＧＦの過剰発現がマウスにおけるＩＢＤ様疾患につながることが示されている。ＮＯＶ１１ａ遺伝子によってコードされるタンパク質を用いて設定された治療は、Ｔ細胞発達および免疫機能の制御において重要であり得、器官移植において有用であり得る。さらに、ＮＯＶ１１ａ遺伝子産物の機能のブロックは、ＩＢＤ大腸炎の処置において役立ち得る。
【０６３０】
パネル４．１Ｄの要約：Ａｇ３７９７。同じプローブおよびプライマーセットを用いる２つの実験の結果は、非常によく一致する。両方の実験において、ＮＯＶ１ｌａ遺伝子の最も高い発現は、腎臓において検出される（ＣＴ＝２９，２７．４）。中程度の発現はまた、肝臓肝硬変症において検出される（ＣＴ＝２９．４，３０．７）。この遺伝子の中程度から低い発現は、このパネルにおける殆ど組織において検出される。それゆえ、ＮＯＶ１ｌａ遺伝子の発現は、他の組織からそれらの組織を区別するために用いられ得る。
【０６３１】
パネルＣＮＳ＿神経変性＿ｖｌ．０の要約：Ａｇ３７９７。ＮＯＶ１１ａ遺伝子の最も高い発現は、コントロール患者の後頭の皮質において検出される（ＣＴ＝３１．３）。中程度から低い発現は、このパネルのおける組織サンプル全体を通して検出される。ＣＮＳに関するこの遺伝子の潜在的な有用性の議論に関してはパネル１．３を参照のこと（Ｋｏｒｈｏｎｅｎら，Ｅｕｒ  Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１２：３４５３−６１，２０００；Ｐｏｗｅｌｌら，Ｎｅｕｒｏｎ  ３０：７９−８９，２００１；Ｓｔｅｌｌａら，Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  Ｃｅｌｌ  １２：１３４１−５２，２００１；Ｋｅｒｎら，Ｃｙｔｏｋｉｎｅ  １４：１７０−６，２００１；Ｈａｙａｓｈｉら，Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  ８：１１６７−７３，２００１；Ｔａｍｕｒａら，Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．４７：２９６−３０１，１９９８；Ｔａｋａｙａｍａら，Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ．８１：２９７−３０５，２００１）。
【０６３２】
（ＮＯＶ１２：２６Ｓプロテアーゼ調節サブユニット様）
ＮＯＶ１２遺伝子（ＧＭＡＣ０２３９４０＿Ａ）の発現を、表７４に記載のプライマー−プローブセットＡｇｌ５０５を使用して評価した。ＲＴＱ−ＰＣＲの実行による結果を、表７５、７６、７７および７８に示す。
【０６３３】
【表７４】
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【０６３４】
【表７５】
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【０６３５】
【表７６】
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【０６３６】
【表７７】
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【０６３７】
【表７８】
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パネル１．２の要約：Ａｇｌ５０５。パネル１．２におけるこの遺伝子の発現は、胃癌細胞株に由来するサンプルにおいて最も高い（ＮＣＩ−Ｎ８７）（ＣＴ＝３０．４）。興味深いことに、この遺伝子は、胎児の腎臓よりも成人の腎臓組織においてより高く発現している（ＣＴ＝３０．６）。ＮＯＶ１２遺伝子の発現はまた、海馬（ＣＴ＝３３．３）および２つのＣＮＳ癌細胞株（ＣＴ＝３３．２，３４．５）において検出される。それゆえ、ＮＯＶ１２遺伝子の発現は、他の組織から胃癌を区別するため、または胎児の腎臓組織から成人の腎臓組織を区別するために用いられ得る。さらに、低分子薬剤または抗体の使用を介するＮＯＶ１２遺伝子産物の発現または活性の治療的調節は、胃癌の処置において有益であり得る。
【０６３８】
代謝性プロセスに関与する組織について、ＮＯＶ１２遺伝子は、成人の肝臓および胎児の肝臓の両方において有意なレベルで発現しており（成人ＣＴ＝３２．５，胎児ＣＴ＝３２．８）、肝臓の疾患のいずれか、または肝臓の疾患の全ての処置における低分子標的としての役割を果たし得る。
【０６３９】
中枢神経系に関与する含む組織に関し、ＮＯＶ１２遺伝子は、Ｂ型肝炎ウィルス（ＨＢＶ）Ｘ−タンパク質（ＨＢＸ）と相互作用するヒトＳ４タンパク質（プロテアソーム複合体複合体サブユニット）に対する相同性を有する。Ｓ４タンパク質に由来するペプチドは、ＨＢＶ感染を阻害するために用いられ得、それゆえ、Ｂ型肝炎の治療において有用である。このようなペプチドはまた、診断的適用のためのポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体を作製するための抗原として有用である。ＮＯＶ１２遺伝子に由来するＤＮＡプローブおよびＤＮＡプライマーはまた、ＨＢＶ感染を検出するために用いられ得る。プロテアソームは、ユビキチン化された細胞内タンパク質の分解を媒介する。多数の神経変性疾患が、不適切なユビキチン化およびプロテアソームへのタンパク質のターゲティングに関連してきた。例えば、αシヌクレイン（パーキンソン病を媒介する）は、プロテアソームの調節複合体のサブユニットに関連しており、このことは、変異型αシヌクレインが、プロテアソームの活性を変化させ、結果としてこの疾患を生じることを示唆する。パーキン（Ｐａｒｋｉｎ）は、ユビキチンリガーゼ活性を有し、その活性は、早発性パーキンソン病を誘導する変異によって破壊される。アルツハイマー病はまた、不適切なユビキチン化およびそれに続くプロテアソームによるタンパク質の分解に関連する。γインターフェロンに応答するＳ４タンパク質のリン酸化は、このタンパク質のレベルを減少させ、それゆえ、その機能を調節する。それゆえ、リン酸化およびＮＯＶ１２遺伝子のレベルに影響を与える薬剤は、プロテアソーム活性および引き続いてのパーキンソン病、アルツハイマー病、および他の神経変性疾患に関与する異常な神経変性タンパク質分解に影響を与えるのに有用であり得る。このような薬剤は、これらの疾患の処置において有用である。
【０６４０】
パネル１．３Ｄの要約：Ａｇ１５０５。ＮＯＶ１２遺伝子発現の低いレベルは、ＣＮＳ癌細胞株において検出される（ＣＴ＝３４）。
【０６４１】
パネル２．２の要約：Ａｇｌ５０５。このパネルにおけるＮＯＶ１２遺伝子の発現は、正常組織においてのみ検出される。この遺伝子が検出される３つの組織型の全てにおいて、対応する癌組織と比べた場合、ＮＯＶ１２遺伝子は正常組織において過剰発現される。ＮＯＶ１２遺伝子は、正常乳房（ＣＴ＝３３．４）、正常肝臓（ＣＴ＝３４．５）および正常胃（ＣＴ＝３４）において発現しており、対応する癌組織においては、検出されない。それゆえ、この遺伝子の発現は、他の組織から正常乳房組織、正常胃組織および正常肝臓組織を区別するために用いられ得る。
【０６４２】
パネル３Ｄの要約：Ａｇ１５０５。ＮＯＶ１２遺伝子の高発現は、小細胞肺癌株において検出される（ＣＴ＝２８．６）。さらに、中程度のレベルの発現が、舌の癌腫において検出され（ＣＴ＝３１．９）、そして低レベルの遺伝子発現が、膀胱癌，胃癌，膵臓癌および平滑筋肉腫において検出される。それゆえ、ＮＯＶ１２遺伝子の発現は、他のサンプルからこれらの組織を区別するために用いられ得る。さらに、低分子の薬剤または抗体の使用を介するＮＯＶ１２遺伝子もしくはそのタンパク質産物の発現または活性の治療的調節は、小細胞肺癌の処置において有益であり得る（Ｌａｙｆｉｅｌｄら、Ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌ  Ａｐｐｌ  Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ．２７：１７１−９，２００１；Ｇｈｅｅら，Ｊ  Ｎｅｕｒｏｃｈｅｍ．７５：２２２１−４，２０００；Ｒｉｖｅｔｔら，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ  ８３：３６３−６，２００１）。
【０６４３】
（他の実施形態）
特定の実施形態が本明細書中で詳細に記載されているが、これは説明の目的のみのために例示によって行われており、そして添付される特許請求の範囲の範囲に関して限定するようには意図されない。詳細には、種々の置換、変更、および改変が、特許請求の範囲によって定義される本発明の精神および範囲を逸脱することなく本発明に対して行われ得ることが、本発明者らによって企図される。核酸の出発物質、目的のクローン、ライブラリーの型の選択は、本明細書中に記載されている実施形態の知見を考慮すると、当業者にとって日常的な事項であると考えられる。他の局面、利点、および改変は、上記の特許請求の範囲の範囲内にあると考えられる。
【国際公開パンフレット】
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2004531203.tif 000635
【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
2004531203.tif 000636
2004531203.tif 000637
【国際調査報告】
2004531203.tif 000638
2004531203.tif 000639
2004531203.tif 000640
2004531203.tif 000641
2004531203.tif 000642
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