(57)【要約】遺伝子発現またはハイブリダイゼーションのマイクロアレイにおける検出のための方法が開発された（例えば、コンビナトリアルライブラリであって、量が非常に少なく、かつスポットが非常に密に配置されており、これは、不快な状況を生じ、ここで、密な反応は、隣接するスポットへとこぼれ得る）。従って、隣接する部位の反応の制度に不確かさが生じる。このアッセイは、検出のためのジゴキシゲニン酵素アッセイを用いる。マイクロアレイフォーマットにおけるＤＮＡの発現の分析の信頼度を増強するためのほうほうが開発された。これは、スポットを正規化するソフトウェア分析を用いる。このプロセスは、アレイの可能な空間破壊にもかかわらず変形テンプレート技術を用いて大規模アレイデータを自動的に定量する。変形可能なテンプレートにおける各ノードは遺伝子スポットを表し、勾配降下規則に従って反復する。これは、エネルギー関数を最小化し、データミスマッチエネルギーおよびテンプレート変形エネルギーを併合する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
マイクロアレイ、ノーザンブロットまたはサザンブロットにおけるＤＮＡハイブリダイゼーションを検出するための方法であって、該方法は以下の工程：
ジゴキシゲニン標識された遺伝子特異的プライマーを、標的核酸分子に加える工程、
該プライマーを該標的核酸分子と反応させて、標識された標的核酸分子を生成する工程、
標識された標的核酸分子を生成する工程、
該標識された標的核酸分子と、色素原基質を切断する酵素と結合体化された抗ジゴキシゲニン抗体とをインキュベートする工程、および
該標的核酸分子と該抗体との反応を、呈色、色素原、または化学発光のアッセイのための検出手段を用いて検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記核酸分子がＤＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記標的ＤＮＡがマイクロアレイ上にあり、そしてｐｇ量で存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記標的ＤＮＡがノーザンブロット上にある、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記標的ＤＮＡがサザンブロット上にある、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記プライマーは、前記標的核酸分子と反応され、該核酸分子はＤＮＡであり、そして該標的ＤＮＡは、ポリメラーゼ連鎖反応において増幅される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記検出手段が、化学発光基質である二ナトリウム３−（４−メトキシスピロ｛１，２−ｄｉｏｘｅｔａｎｅ−３，２’（５’−クロロ）トリシクロ［３．３．１．１３７］デカン｝−４−ｙｌ）フェニルホスフェート−ＣＳＰＤである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
さらに、抗体インキュベーション後に、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリルホスフェート、トルイジン塩（ＢＣＩＰ）およびニトロブルーテトラゾリウムクロリド（ＮＢＴ）を用いて検出緩衝液中で染色する工程を包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
マイクロアレイフォーマットにおけるプローブと標的ＤＮＡとの間のハイブリダイゼーション反応の解像度を増強するための方法であって、該方法は以下の工程：
試験サンプルを該マイクロアレイ中に２００試験スポット未満の量で提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項１０】
少なくとも３つのスポットが前記各試験サンプルについて提供される、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記３つのスポットは、前記マイクロアレイ中にランダムに配置される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも９つのハウスキーピング遺伝子がデータの正規化のために提供される、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
さらに、他の試験サンプルおよびハウスキーピング遺伝子ののサイズに比較して、各試験サンプルについての検出反応のサイズを正規化するための手段を提供する工程、
を包含する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記各試験サンプル検出反応は、同じ直径のサークルへと適合される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記適合工程は、各試験サンプルについてのデータを測定および正規化するコンピュータによって実施される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記データは、さらに、前記ハウスキーピング遺伝子の各々についての検出反応に比較して正規化される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
請求項１に記載の方法において使用するためのキットであって、以下：
ジゴキシゲニンおよび核酸プライマーを標識する試薬を備える、キット。
【請求項１８】
さらに、呈色基質、色素原基質および化学発光基質からなる群より選択される、基質を備える、請求項１７に記載のキット。
【請求項１９】
請求項９に記載の方法に使用するための情報システム。
【発明の詳細な説明】
（発明の背景）
米国政府は、ユージーニア・ワングに、そして、Ｕの米国国防総省高等研究計画局からＡｇｉｎｇすることの米国研究所から、助成金ＲＯｌＡＧ０９２７８によって本発明の権利を有する。
Ｅ．ワングに対するＳ．米国国防省。
本発明は、例えば、組合せのライブラリのマイクロアレイのジーンの形質発現の質的であるのと同様に量的レベルを検出するための手段ではある。
マイクロアレイ技巧は、生物学者にデオキシリボ核酸およびリボゾームリボ核酸変異を鑑定する系統学の方法を提供する。
それまで、最近、科学者が利用できる唯一の道具は、ノーザンブロット解析、ＲＮアーゼ回復または差形質発現を分析するＲＴ−ＰＣＲであった。
これらの技巧は、一度に２、３のジーンを有する使用に限られている。
対照的に、マイクロアレイ技巧は同時に遺伝子形質発現の巨大なナンバーの大域ビューを生成する手段を規定する。そして、大きい関心を引きつけた、そして、それらは両方とも標準ツールになっている分子生物学研究、そして、臨床面症候。
形質発現プロファイリングの第一段階が実験するように、アレー影像の解析および数量化は次のデータ鉱業および探鉱の精度上の重要な衝撃を行う。
マイクロアレイｓは、概して多量の個人のジーン、相補ＤＮＡまたはニトロセルロースまたはシリコンのような基質上のＥｘｐｒｅｓｓｅｄ　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　Ｔａｇｓ（「ＥＳＴｓ」）（部分音遺伝子配列）が塗布する分離した部位ｎａｎｏｍｏｌａｒ（ピコグラム未満の）で包含するかまたは写真蝕刻法でガラス基質を調製した。
ほぼ１０００のＥＳＴｓを包含しているマイクロアレイｓは、Ａｆｆｙｍａｔｒｉｘから市販されている。
ＡｆｆｙｍａｔｒｉｘのＥＳＴｓの半分のナンバーについては、Ｃｌｏｎｔｅｃｈはほぼｇｅｎｅｓｐｅｃｉｆｉｃな相補ＤＮＡフラグメントのアレーを販売する。そして、特異的な研究領域（例えば腫瘍研究または広い適用法）のために設計される。
一旦偽造されると、アレーはジーン−比プライマ混合を有する標準手技を運用している相補ＤＮＡプローブに交雑する。
ａｎａｌｙｚｅｄ−ｔｈｅ　ｔａｒｇｅｔ−ｉｓ絶縁（拡大されて、蛍光性レポーター基、放射標識またはリンの標識プローブによって概してラベルをつけられる）である核酸。
ハイブリダイゼーション反作用が完了されたあと、アレーはスキャナに嵌入される、
そこにおいて、
ハイブリダイゼーションのパターンは、検出される。
ハイブリダイゼーション・データは標的にすでに組み込まれるレポーター基から発される光顕として集金される。そして、それは現在配列形探触子に結び付けられる。
一般に完全に標的と一致するプローブは、不一致を有するものより強いシグナルを作り出す。
アレー上の各々のプローブの配列および分類学的位置が公知であるので、コンプレメンタリティによって、配列形探触子に適用される標的核酸の識別は決定されることができる。
運用される様々な標識がある。相補ＤＮＡおよびＥＳＴｓはオートラジオグラフィによって検出されることができるかまたはｐｈｏｓｐｈｏｒｉｍａｇｉｎｇしていることができる（３２ｐ）。
蛍光染料は、また、運用されて、供給元（例えばＣｌｏｎｔｅｃｈ）から市販されている。
ヒトゲノム解析計画のマッピングおよびシークエンシング位相は、スケジュールよりずっと前にある。
これまでは、真核生物Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅおよびＣ．ｅｌｅｇａｎｓを勘定に入れて、１７のモデル生物の完全ゲノム配列は、終わった。
完全なヒトゲノム配列は、今年利用できると思われる。
しかし、現在すでに順番付けられるジーンの中で、ほぼ２０％の５３，０００のヒト遺伝子だけの機能または２５％の６，２００のイースト転写解読枠は、公知である。
ヒトゲノム解析計画の次の位相は、ジーンの８０％残る機能を弁識することを取扱っている。
新規なジーンの機能を研修することへの主な方法は、ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ−ｗｈｅｎのそのパターンを決定することによってある、
そこにおいて、
そして、なんて強く、それは急送される。
遺伝子形質発現レベルを研究するために現在履行される技巧は、相補ＤＮＡライブラリからノーザンブロット（Ａｌｗｉｎｅ（ほか会報Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ．科学ＵＳＡ　７４，５３５０−５３５４（１９７７）））、ＲＴ−ＰＣＲ（Ｍａｒｔｏｒａｎａ、ほかＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ　２７，１３６−１４４（１９９９）、ロンドン市、ほか会報全米科学アカデミーＵＳＡ　９５，３３４−３３９（１９９８））、ディファレンシャルディスプレイ（両およびＰａｒｄｅｅサイエンス２５７，９６７−９７１（１９９２））、デオキシリボ核酸のシークエンシングを勘定に入れる（オオクボ（Ｋ．ほかＮａｔｕｒｅＧｅｎｅｔ）。
２，１７３−１７９（１９９２の））、そして、遺伝子ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ−ＳＡＧＥ（Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕ（Ｖ．Ｅ．ほかＣｅｌｌ　８８，２４３−２５１（１９９７）））の直列解析。
ＳＡＧＥ以外のこれらの方法の全部は、同時にいくつかのダースだけまたは何百ものサンプルだけを処理することができる。
中で備えることは、近い将来、受信されなければならない（共役差積条件の下の何万ものジーンの、そして、共役差積生物の形質発現パターン）、相補ＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドマイクロアレイｓのような高スループット手段だけが遺贈するようである情報の巨大な体積に注意するこの対抗を議決するのに十分強力である。
相補ＤＮＡマイクロアレイｓは、すでに場合の数においてうまく履行された、
上記は、以下を勘定に入れる：
ｌｉｇｈｔ−ａｎｄ暗い成長したＡ．ｔｈａｌｉａｎａ芽生え（Ｄｅｓｐｒｅｚ（ほか工場１４，６４３−６５２（１９９８）））、熱ショックおよびホルボールは、血清刺激作用（Ｉｙｅｒ（Ｖ．Ｒ．ほかサイエンス２８３，８３−８７（１９９９）））に応答して、人間Ｔ細胞（Ｓｈｅｎａ、ほか会報Ｎａｔｌ　Ａｃａｄ．科学ＵＳＡ　９３、１０６１４−１０６１９（１９９６））、若くて古いハツカネズミ（リー（サイエンス２８５，１３９０−１３９３（１９９９）））および人間繊維芽細胞の遺伝子形質発現の時間プログラムのジーンをｅｓｔｅｒｒｅｇｕｌａｔｅｄした。
マイクロアレイインプリメンテーションの多数見方は、ネイチャーＧｅｎｅｔｉｃｓ　２１（ｓｕｐｐｌ．）の特集号において、最近再審された。
（１９９９）．
これまでは、ほとんどの場合、相補ＤＮＡアレーは、ガラススライドに印刷された。
支持体としてのグラスは、多数効果がある；
それは、低い特有の蛍光を有する耐久性がある、無孔材料である。
一方以外は、グラス上のマイクロアレイの各々のドットの負荷は、ナイロン・メンブレン上の低い。
結果として、グラス上のマイクロアレイｓを有するそれがｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔｌｙなラベルをつけられたプローブの非常に高い濃縮を運用するために必要であること概して５０−２００に、ｐｇ、各々のハイブリダイゼーション（ダガン、ほかネイチャーＧｅｎｅｔｉｃｓ２１、ｓｕｐｐｌ．、１０−１４（１９９９））において、アレーにつきトータル・リボゾームリボ核酸または数ｐｇのメッセンジャーＲＮＡの。
リボゾームリボ核酸のこの種の数量は通常利用できない、そして、この事件は可能な相補ＤＮＡマイクロアレイ実施を規制する。
マイクロアレイを示談にしている相補ＤＮＡに関する他の問題は、クローン挿入が非常に異なる長さ（０．３−３．０ｋｂ）およびＧＣ含量の中であることができるので、相補ＤＮＡライブラリ（Ｇｅｒｈｏｌｄ（ほかＴＩＢＳ２４，１６８−１７３（１９９９）））のクローン挿入から抜き出されるＰＣＲ産物がおそらく否定最適のハイブリダイゼーション・プローブであるということである
したがって、共役差積融解温度を有する。
事項ハイブリダイゼーションの下のマイクロアレイｓの共役差積プローブのハイブリダイゼーションの効能が条件づけるこの手段は非常にかなり異なることができる。そして、実験的条件上の形質発現プロファイル被支配頂を作る。
最後に、グラス上のアレー上のハイブリダイゼーションのための相補ＤＮＡ標的がｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔｌｙにラベルをつけられる場合、この方法が１つの試験（Ｃｈｅｕｎｇ、ほかネイチャーＧｅｎｅｔｉｃｓ　２１、ｓｕｐｐｌ．、１５−１９（１９９９））のコントロールおよび測定用試料間の直接型比較を許すと共に、蛍光プローブのセンシティビティは放射性の酵素−被結合プローブのそれ未満である。
蛍光プローブは、また、解析の間、それに作ることを漂白することができる再走査に不可能なアレー；
そして、最後になったがおろそかにできないのは、蛍光蒸留器を分析するのに必要なレーザスキャナおよび他機器の価格は、相補ＤＮＡマイクロアレイｓのより広いインプリメンテーションのためにあまりに高いままである。
マイクロアレイｓは、同時にジーンの巨大なナンバーを記述する単純および包括的方法を規定する。
調製技術を配列する一方、Ｃｈｅｕｎｇ、その他によって報告されるように、近年達した、Ｎａｔｕｒｅ　Ｇｅｎｅｔ。
２１，１５−１９（１９９９）、そして、ブラウン、そして、ＢｏｔｓｔｅｉｎネイチャーＧｅｎｅｔ．２１，３３−３７（１９９９）、配列データを量を定めて、分析するための技巧は、展開している段階の蒸留器である。
上記したように、アレーは一般に広範囲にわたる適用法（例えば研究している正常な生物学的製剤および疾患プロセスおよびプロファイリング差遺伝子形質発現）を見つけた。
配列データの解析は、したがって、かなりの研究関心を引きつけた。
形質発現プロファイリングの第一段階が実験するように、アレー影像の解析および数量化は次のデータ鉱業および探鉱の精度上の重要な衝撃を行う。
しかし、高量にもかかわらず商用のパッケージの中でコストがかかること（Ｂｏｗｔｅｌｌ　（Ｎａｔｕｒｅ　Ｇｅｎｅｔ）。
２１，２５−３２（１９９９の））、時間がかかって退屈な残りを量を定めて、分析するための手続き。
商用の若干のパッケージは、遺伝子形質発現を抽出して、鋳型にかぶせる際の最高１つのピクセルの精度を必要とするために剛性鋳型格子を運用する。
２つのアレー間の単一の比較は、いくつかの時間を新規ユーザと考えることができる。
加えて、大部分の市販のソフトウェアパッケージは、アレーを整列配置するだけでなくで、結果の信頼性を鑑定しもするために人間オペレータに依存する。
さらに、遺伝子形質発現の検出のための現在利用できる系の全ては、不利な点を有する。
特異的なジーンの存在または形質発現の過剰のための出血は、１つのスポットから隣接したスポットまで放出することで、市販の若干の濾過器を有する問題である。そして、隣接したスポットのための結果を不明瞭にする。
蛍光性標識は弱まる。その結果、パーマネントレコードは代替技巧によって製造しなければならない。
検出感度は、低い。
これらの問題は、より特異的なプライマ混合を運用して最小にされた。
ランダム初回抗原刺激によって生成される相補ＤＮＡプローブは、ほとんど全てのリボゾームリボ核酸生物種の中の等方性の標識を分散する。
ラベルをつけられた生物種が非特異的バックグラウンド・ハイブリダイゼーションだけに分担するかまたは横断する多くは、多くの異なる相補ＤＮＡフラグメントに交雑する。
アレーに表示されるジーンに配列補足性においてある標識の比例は、最小である。
標識は、運用しているポリＡ＋リボゾームリボ核酸に集中することができるオリゴ（ｄＴ）プライマ。
しかし、大部分の細胞はいかなる与えられた時間でも何千ものジーンからメッセンジャーＲＮＡを包含するので、プローブは主に望ましくない交差反応に貢献することができるアレーに、表示されない配列から成る。
共通配列を除外するプローブの選抜は、助ける。
これらの問題に関係する他の方法は、アレー上のジーンのナンバーを減少することである。
さらに別の方法は各々のアレーに倍数サンプルを行使することになっている。その結果、結果は平均値になることができる、そして、異常な結果は直ちに同一のものと見做した。
しかし、これらの技巧のどれも、マイクロアレイｓの解析を有する問題を削除しなかった。
ジーンおよびＥＳＴｓのマイクロアレイｓの解析のための知覚しうる、正確な、再生可能な手段のためのニーズは、残る。
量的検出（ちょうど質的な検出でない）のためのニーズが、また、ある。
したがって、本発明の目的は、次のようにすることになっている：
大量のジーン、相補ＤＮＡまたはＥＳＴｓのマイクロアレイｓの正確に検出遺伝子形質発現のための手段および材料を規定する。
本発明の更なる目的は、次のようにすることになっている：
手段および材料をマイクロアレイｓのジーンの検出であるのと同様に量をはかっている形質発現のために用意する。
本発明の他の目的は、次のようにすることになっている：
マイクロアレイｓ、ノーザンブロット、サザンブロットまたはデオキシリボ核酸ハイブリダイゼーションを運用している他技巧ために、遺伝子形質発現のためのｎｏｎｒａｄｉｏａｃｔｉｖｅな非けい光性アッセイを規定する。
（発明の要旨）
手段は、遺伝子形質発現の検出または、例えば、数量が非常に小さい組合せのライブラリおよび、強い反作用が隣接したスポットにこぼれることができる不快な状況に結果としてなって、非常に密接に位置するスポットのマイクロアレイｓのハイブリダイゼーションのために開発された
したがって、隣接部位の反作用の精度を不明瞭にする。
アッセイは、検出のためのジゴキシゲニン酵素アッセイを運用する。
実例は、酵素の検出システムのユーティリティの証拠となる。
与えられた培養細胞サンプルに対するＥボックスに関連したジーン比の転写して規制されたプロファイルは、唯一ジゴキシゲニンによって決定された（ＤＩＧ）ｌａｂｅｌｅｄ相補ＤＮＡは、関心の培養から分離されるリボゾームリボ核酸から作り出した。
この特異的な酵素のラベリング・プローブは、ＤＩＧにアルカリホスファターゼ−被結合抗体の比色評価によって、ハイブリダイゼーション反作用輝度を検出する最終結果を許す。
Ｅ−ボックスマイクロアレイの各々の遺伝子座上の酵素のダンプは、放射性のプローブを有する露出時間のために必要とされる長い遅延の問題なしで、ＣＣＤカメラに接続される直立顕微鏡によって、直ちに分析される、または、光ブリーチングおよび高バックグラウンド反作用問題は蛍光プローブ方法によって共同した。
酵素の方法は、ｃｕｓｔｏｍ−ａｄａｐｔにユーザーフレンドリーなデザイナー方法に同じ分子状モダリティによって規制される遺伝子形質発現のサブグループを分析するために作業を審査しているジーンを提供する。
アッセイは非常に知覚しうる。そして、わずか０．０２のナノグラムの検出を可能にする。
形質発現の解析の信頼性を高めるための手段
マイクロアレイフォーマットのデオキシリボ核酸はまた、開発された。そして、スポットを正規化するソフトウェア解析を運用した。
このプロセスは、アレーの可能な間隙のひずみにもかかわらず、自動的に大規模な配列データの量を定めるために変形可能な鋳型技巧を運用する。
変形可能な鋳型の各々の結節はジーン・スポットを表示する、そして、傾き降下に従う反復は決定する。そして、それはデータ不一致エネルギーおよび鋳型変形エネルギーを結合しているエネルギー関数を最小にする。
解析のための正規性手段のユーティリティは、転写産物レベルが加齢によって改正されるハツカネズミ肝臓のジーンの科を識別するために学習において証拠となられた。
市販の相補ＤＮＡマイクロアレイｓは、高齢のＣ５７ＢＬ／６匹の雄マウス対若令からより生きたメッセンジャーＲＮＡレベルを分析するために用いた。
若令および高齢のハツカネズミ肝臓から５８８のジーン（ＣｌｏｎＴｅｃｈアトラスＭｏｕｓｅ相補ＤＮＡ　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　Ａｒｒａｙ）のハツカネズミ相補ＤＮＡマイクロアレイへのＲＴ−相補ＤＮＡのハイブリダイゼーションは、比、活性が組織機能および回復に対する臨界であるジーンの特定の科の形質発現のコーディネートされたａｇｅａｓｓｏｃｉａｔｅｄされた変更および正常な生理学的な状態の維持を興行する。
これらのジーン科は、腫瘍サプレッサ、細胞周期調節因子およびさまざまなストレス応答およびシグナリング経路を勘定に入れる成分。
非常に高くからまで非常に低い豊度にまたがっているメッセンジャーＲＮＡレベルについては、３２Ｐ−ラベルをつけられたｓｓＲＴ−相補ＤＮＡは、マイクロアレイハイブリダイゼーション・アッセイのためのプローブとして運用された。本願明細書において記述されるプロセスは、上限結果を生むために証拠となられた。
（マイクロアレイを作製するための装置）
２つの方法論は、ジーン検出のマイクロアレイ解析の解像力およびセンシティビティを高めるために開発された。
第一は、マイクロアレイｓ、ノーザンブロット、サザンブロットおよびデオキシリボ核酸ハイブリダイゼーションの決定のための他技巧の形質発現の総計の決定を容易にする発色団検出アッセイである；
秒はアレーの形質発現スポットを抽出するために変形可能な鋳型を運用している大衆薬アレーを分析することへの耐性で信頼できる方法である。そして、それは自動的に頼みにならない形質発現を識別することができる。
このオートメーション化した繰返しは、大きいエクステントに対する数量化のヒューマンエラーを減軽して、既存のパッケージと比較してアレー１０−ひだと比較する際の処理時間を最適化する。
図１ａ−１ｅは、生物物質の形成性マイクロアレイｓのための器具を興行する。示す図１に、そして、１ｂ、器具の塩基は、防振テーブル１である。
プラットフォーム１４は、第１の水平の線形案内２によって、テーブル１にマウントされる。
プラットフォーム１４は、案内２の親ねじのようなドライブメカニズム（図示せず）に、キャリッジ（図示せず）経由で接続される。
水平の線形案内２はドライブメカニズムに接続しているコンピュータ管理されたモータ５ａを運ぶ。そして、それは第１の線形案内２に沿って、前後にプラットフォーム１４の運動を実行する。
モータ５ａは、増幅因子１５および便通制御盤２８を経たコンピュータ１３にリンクされる。
プラットフォーム１４は、予め定められた分類学的位置１８の着脱可能なサンプル貯槽１１を拘留するように設計されている。
図１ｂに示すように、サンプル貯槽１１は、９６穴ミクロタイタープレートである。
プラットフォーム１４も吸込みによって適当な状態に保たれる一連の基質１２を拘留する。そして、基質の下にプラットフォーム上の孔２１による減圧を引き出すことによって原因となられる。
図１ａに示すように、そして、１ｂ、テーブルの向側で、１は、秒を運ぶ水平の線形案内３が実質的に直角に上でマウントした効果があって、垂直線ライザ１６である、そして、プラットフォーム１４および第１の線形にまたがることは２を導く。
第２の水平の線形案内３は、ドライブメカニズム（図示せず）（例えばモータ５ｂのオペレーションによって案内３に沿って申し立てられることができるキャリッジ（図示せず）を有する螺合においてある親ねじ）に対する管理された運動性の５ｂ連結が増幅因子１６および便通制御盤２８を経たコンピュータ１３にリンクしたコンピュータを運ぶ。
三分の一線形案内４が実質的に第１の線形案内２および第２の線形案内３に対する垂線であるように、三分の一案内４はキャリッジによって第２の線形案内３に接続される。
コンピュータ管理されたモータ５ｂによって、三分の一線形案内４は、第２の線形案内３の軸に沿って、キャリッジによって前後に申し立てられることができる。
三分の一線形の範囲内のドライブメカニズムは４を導く。ｅに、ｇ．／親ねじ、それはキャリッジによってかみ合ってあって、三分の一線形案内４に更なるコンピュータ管理されたモータ５ｃによって、垂直に申し立てられて、運動の範囲の範囲内でいかなる求められた縦方向の位置にも置かれてあるのを可能にする。
便通制御盤２８に接続している増幅因子１７に、計算制御はモータ５ａの接続によって仕遂げられる。
線形案内２、線形案内３、線形案内４および三キャリッジの使用は、３次元の便通を提供する。
サンプル貯槽１１の４つのサンプル所在から、全ての４つの試料採集ニードル８によって、同期のサンプル・ピックアップのために時々許すためにマニホルドに沿って線形に間隔を置かれる４つのサンプリング・ニードル８を包含するサンプリング・マニホルド９は、図Ｉｃに示すように、三分の一線形案内４の下端の近くで、接続される。
サンプリング・マニホルド９８は、サンプリング・マニホルド９および三分の一線形案内４の間で接続される含気性のシリンダ１０の活性化によって、２つの分類学的位置の間で申し立てられることができる。
実線の図Ｉｃに示すように、試料採集およびクリーニングのために、サンプリング・マニホルド９は、ｔｈｅ”ｄｏｗｎ”ｐｏｓｉｔｉｏｎにおいてある。
三分の一線形案内４が再位置付けされるときに、屈折線で示すように、サンプリング・マニホルドはｔｈｅ”ｕｐ”ｐｏｓｉｔｉｏｎに枢軸上に置かれる。
三分の一線形案内４の塩基はｉｎｋｊｅｔｓ　７がその上にマウントした効果がある。そして、サンプリング・ニードル８がｍｉｃｒｏｌｉｎｅ管ダクト３４（図１ｃ）によって、圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７に接続している。
各々のサンプリング・ニードル８は、ｍｉｃｒｏｐｕｍｐ　３５に、そして、そこからｍｉｃｒｏｖａｌｖｅ　３６にダクト３４経由で接続される。
能動輸送体３５から摘出される流体がインクジェット式の対応する圧電に選択的に請求の範囲に含まれることがありえるために、各々のｍｉｃｒｏｖａｌｖｅ　３６は調節可能である７、または、廃棄物に。
図に示すように１ｂ、２つの重量オーバーフロー貯槽２４、２５がある。そして、単離テーブル１に関して、プラットフォームの背後に第１の線形案内２の対向側に配置される。
貯槽２４，２５は、求められるときに、器具の内部でポンプで揚げられることができる清浄液を包含する。
能動輸送体４４によって、いずれが溶液をポンプで揚げられるか、図１ｄ（貯槽２４，２５がオーバーフロー貯槽の下部の流体送込みアパーチャ４０によって、提供されるこの種のオーバーフロー）に示されるＡｓが、流体貯槽４１から関心を引く。
オーバーフロー貯槽の液体が流体貯槽４１へ戻る流体オーバーフロー・アパーチャ４２は、オーバーフロー貯槽の上部においてある。
オーバーフロー貯槽は、サンプリング・ニードル８の基本入のために許すためにこま上のオープニング４３によって更に規定される。
また、
重量オーバーフロー貯槽２４，２５の中で、表面上第１の線形案内２の対向側に配置される２つのクリーニング箱２６，２７（Ｉｂを計算する）は、防振テーブル１にマウントされる。
図Ｉｅに示すように、それぞれ、各々のボックスのこまは、サンプリング・ニードル８を調停するオープニング５１，５２および圧電ｉｎｋｊｅｔｓ７によって規定される。
各々のボックス２６，２７は、サンプリング・ニードル８および圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７の外の界面の上へ、洗流流体貯槽（図示せず）から、洗流流体の出産のためにそれの内の側上のノズル５０によって規定される。
廃棄物の洗流流体がバキュームトラップに離れて吸い込まれる出口ポート５３によって、箱の下部の一部は、規定される。
作動中に、多くの基質１２はプラットフォーム１４に配置される、そして、選択されたサンプルはサンプル貯槽１１へロードされる。
サンプリング・マニホルド９が試料採集のために適所にいるように、第１の線形案内２にマウントされるプラットフォーム１４は分類学的位置に申し立てられる。
サンプリング・マニホルド９は含気性のシリンダ１０の作動によって下げられる、そして、サンプル貯槽１１にサンプリング・ニードル８を配置するために、三分の一線形案内４は下げられる。
マイクロアレイに配置されるサンプルの数量はｍｉｃｒｏｐｕｍｐｓ　３５を経由してサンプリング・ニードル８で、巻きとられて、圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７にダクト３４で引き渡した、そして、サンプリング・マニホルド９は取り消した。圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７は、１２および圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７がサンプルを摘出する基質および／またはサンプリング・ニードル８および圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７の外の界面上の空気を通じて配置される。
プロセスの全体は、自動化されることができる。
動作制御、ディジィタル作動、サンプル・プロセシングおよびｍｉｃｒｏｐｕｍｐｉｎｇするは、したがって設計される専門コンピュータ・プログラムを運用しているコンピュータによって、全く規制されることができる。
重量オーバーフロー貯槽による流体の再循環のような特定の機能は、オペレーションの間、連続的に実行されることができて、計算制御を必要としない。
様々な液体試薬は、記述された器具を運用して調剤されることができる。
例えば、液体はデオキシリボ核酸、リボゾームリボ核酸、改質核酸および核酸アナログ、ペチド、抗体、テスト、酵素または細胞を包含することができる。
器具は、また、アクティベータまたはインヒビター流体を調剤することができる。
アクティベータ流体は、基質に対する可能な共役を作るかまたは以前に寄託された試薬を有する合成反作用の原因となるものである。
インヒビター流体は、反応することから領域の材料を遮断するために基質上の領域をプロテクトする。
圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７は、好ましくは急速に、そして、正確に液体の小さいメーターで測られた総計を摘出することが可能である液滴−オンデマンド・プリンタ・ヘッドである。
摘出される材料の総計は、特異的な使用に左右されて、例えば、１０〜１０００ピコリットル（ｐｌ）、好ましくは２０〜１００ｐｌおよび大部分の優先の３５の複数であってもよい。
サンプル貯槽の実例は、９６穴および３８４−穴ミクロタイタープレートおよびＥｐｐｅｎｄｏｒｆＴＭチューブを勘定に入れる。
試料採集装置の実例は試料採集ニードルを勘定に入れる。そして、それはステンレス孔径管でできていてもよくて、注射器先端を勘定に入れることができる。
重量オーバーフロー貯槽およびクリーニング箱は、いかなる適切な分類学的位置にも位置することができる。
ｍｉｃｒｏｐｕｍｐｓ　３５は、間欠的にまたは連続的に活性化されることができる。
間欠性の活性化は、便通制御盤のコントロールの下で、ＡＣ−ＤＣリレーを運用して仕遂げられることができる。
会合体のための規定および器具の使用と共に、器具の成分は、会合体のために別に規定されることができる。
（ジゴキシゲニン酵素検出アッセイ）
図１ａ−１ｅは、生物物質の形成性マイクロアレイｓのための器具を興行する。示す図１に、そして、１ｂ、器具の塩基は、防振テーブル１である。
プラットフォーム１４は、第１の水平の線形案内２によって、テーブル１にマウントされる。
プラットフォーム１４は、案内２の親ねじのようなドライブメカニズム（図示せず）に、キャリッジ（図示せず）経由で接続される。
水平の線形案内２はドライブメカニズムに接続しているコンピュータ管理されたモータ５ａを運ぶ。そして、それは第１の線形案内２に沿って、前後にプラットフォーム１４の運動を実行する。
モータ５ａは、増幅因子１５および便通制御盤２８を経たコンピュータ１３にリンクされる。
プラットフォーム１４は、予め定められた分類学的位置１８の着脱可能なサンプル貯槽１１を拘留するように設計されている。
図１ｂに示すように、サンプル貯槽１１は、９６穴ミクロタイタープレートである。
プラットフォーム１４も吸込みによって適当な状態に保たれる一連の基質１２を拘留する。そして、基質の下にプラットフォーム上の孔２１による減圧を引き出すことによって原因となられる。
図１ａに示すように、そして、１ｂ、テーブルの向側で、１は、秒を運ぶ水平の線形案内３が実質的に直角に上でマウントした効果があって、垂直線ライザー６である、そして、プラットフォーム１４および第１の線形にまたがることは２を導く。
第２の水平の線形案内３は、ドライブメカニズム（図示せず）（例えばモータ５ｂのオペレーションによって案内３に沿って申し立てられることができるキャリッジ（図示せず）を有する螺合においてある親ねじ）に対する管理された運動性の５ｂ連結が増幅因子１６および便通制御盤２８を経たコンピュータ１３にリンクしたコンピュータを運ぶ。
三分の一線形案内４が実質的に第１の線形案内２および第２の線形案内３に対する垂線であるように、三分の一案内４はキャリッジによって第２の線形案内３に接続される。
コンピュータ管理されたモータ５ｂによって、三分の一線形案内４は、第２の線形案内３の軸に沿って、キャリッジによって前後に申し立てられることができる。
三分の一線形の範囲内のドライブメカニズムは４を導く。ｅに、ｇ．／親ねじ、それはキャリッジによってかみ合ってあって、三分の一線形案内４に更なるコンピュータ管理されたモータ５ｃによって、垂直に申し立てられて、運動の範囲の範囲内でいかなる求められた縦方向の位置にも置かれてあるのを可能にする。
便通制御盤２８に接続している増幅因子１７に、計算制御はモータ５ａの接続によって仕遂げられる。
線形案内２、線形案内３、線形案内４および三キャリッジの使用は、３次元の便通を提供する。
サンプル貯槽１１の４つのサンプル所在から、全ての４つの試料採集ニードル８によって、同期のサンプル・ピックアップのために時々許すためにマニホルドに沿って線形に間隔を置かれる４つのサンプリング・ニードル８を包含するサンプリング・マニホルド９は、図Ｉｃに示すように、三分の一線形案内４の下端の近くで、接続される。
サンプリング・マニホルド９８は、サンプリング・マニホルド９および三分の一線形案内４の間で接続される含気性のシリンダ１０の活性化によって、２つの分類学的位置の間で申し立てられることができる。
実線の図Ｉｃに示すように、試料採集およびクリーニングのために、サンプリング・マニホルド９は、ｔｈｅ”ｄｏｗｎ”ｐｏｓｉｔｉｏｎにおいてある。
三分の一線形案内４が再位置付けされるときに、屈折線で示すように、サンプリング・マニホルドはｔｈｅ”ｕｐ”ｐｏｓｉｔｉｏｎに枢軸上に置かれる。
三分の一線形案内４の塩基はｉｎｋｊｅｔｓ　７がその上にマウントした効果がある。そして、サンプリング・ニードル８がｍｉｃｒｏｌｉｎｅ管ダクト３４（図１ｃ）によって、圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７に接続している。
各々のサンプリング・ニードル８は、ｍｉｃｒｏｐｕｍｐ３５に、そして、そこからｍｉｃｒｏｖａｌｖｅ　３６にダクト３４経由で接続される。
能動輸送体３５から摘出される流体がインクジェット式の対応する圧電に選択的に請求の範囲に含まれることがありえるために、各々のｍｉｃｒｏｖａｌｖｅ　３６は調節可能である７、または、廃棄物に。
図に示すように１ｂ、２つの重量オーバーフロー貯槽２４、２５がある。そして、単離テーブル１に関して、プラットフォームの背後に第１の線形案内２の対向側に配置される。
貯槽２４，２５は、求められるときに、器具の内部でポンプで揚げられることができる清浄液を包含する。
能動輸送体４４によって、いずれが溶液をポンプで揚げられるか、図１ｄ（貯槽２４，２５がオーバーフロー貯槽の下部の流体送込みアパーチャ４０によって、提供されるこの種のオーバーフロー）に示されるＡｓが、流体貯槽４１から関心を引く。
オーバーフロー貯槽の液体が流体貯槽４１へ戻る流体オーバーフロー・アパーチャ４２は、オーバーフロー貯槽の上部においてある。
オーバーフロー貯槽は、サンプリング・ニードル８の基本入のために許すためにこま上のオープニング４３によって更に規定される。
また、
重量オーバーフロー貯槽２４，２５の中で、表面上第１の線形案内２の対向側に配置される２つのクリーニング箱２６，２７（Ｉｂを計算する）は、防振テーブル１にマウントされる。
図Ｉｅに示すように、それぞれ、各々のボックスのこまは、サンプリング・ニードル８を調停するオープニング５１，５２および圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７によって規定される。
各々のボックス２６，２７は、サンプリング・ニードル８および圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７の外の界面の上へ、洗流流体貯槽（図示せず）から、洗流流体の出産のためにそれの内の側上のノズル５０によって規定される。
廃棄物の洗流流体がバキュームトラップに離れて吸い込まれる出口ポート５３によって、箱の下部の一部は、規定される。
作動中に、多くの基質１２はプラットフォーム１４に配置される、そして、選択されたサンプルはサンプル貯槽１１へロードされる。
サンプリング・マニホルド９が試料採集のために適所にいるように、第１の線形案内２にマウントされるプラットフォーム１４は分類学的位置に申し立てられる。
サンプリング・マニホルド９は含気性のシリンダ１０の作動によって下げられる、そして、サンプル貯槽１１にサンプリング・ニードル８を配置するために、三分の一線形案内４は下げられる。
マイクロアレイに配置されるサンプルの数量はｍｉｃｒｏｐｕｍｐｓ　３５を経由してサンプリング・ニードル８で、巻きとられて、圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７にダクト３４で引き渡した、そして、サンプリング・マニホルド９は取り消した。圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７は、１２および圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７がサンプルを摘出する基質および／またはサンプリング・ニードル８および圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７の外の界面上の空気を通じて配置される。
プロセスの全体は、自動化されることができる。
動作制御、ディジィタル作動、サンプル・プロセシングおよびｍｉｃｒｏｐｕｍｐｉｎｇするは、したがって設計される専門コンピュータ・プログラムを運用しているコンピュータによって、全く規制されることができる。
重量オーバーフロー貯槽による流体の再循環のような特定の機能は、オペレーションの間、連続的に実行されることができて、計算制御を必要としない。
様々な液体試薬は、記述された器具を運用して調剤されることができる。
例えば、液体はデオキシリボ核酸、リボゾームリボ核酸、改質核酸および核酸アナログ、ペプチド、抗体、テスト、酵素または細胞を包含することができる。
器具は、また、アクティベータまたはインヒビター流体を調剤することができる。
アクティベータ流体は、基質に対する可能な共役を作るかまたは以前に寄託された試薬を有する合成反作用の原因となるものである。
インヒビター流体は、反応することから領域の材料を遮断するために基質上の領域をプロテクトする。
圧電ｉｎｋｊｅｔｓ　７は、好ましくは急速に、そして、正確に液体の小さいメーターで測られた総計を摘出することが可能である液滴−オンデマンド・プリンタ・ヘッドである。
摘出される材料の総計は、特異的な使用に左右されて、例えば、１０〜１０００ピコリットル（ｐｌ）、好ましくは２０〜１００ｐｌおよび大部分の優先の３５の複数であってもよい。
サンプル貯槽の実例は、９６穴および３８４−穴ミクロタイタープレートおよびＥｐｐｅｎｄｏｒｆＴＭチューブを勘定に入れる。
試料採集装置の実例は試料採集ニードルを勘定に入れる。そして、それはステンレス孔径管でできていてもよくて、注射器先端を勘定に入れることができる。
重量オーバーフロー貯槽およびクリーニング箱は、いかなる適切な分類学的位置にも位置することができる。
ｍｉｃｒｏｐｕｍｐｓ　３５は、間欠的にまたは連続的に活性化されることができる。
間欠性の活性化は、便通制御盤のコントロールの下で、ＡＣ−ＤＣリレーを運用して仕遂げられることができる。
会合体のための規定および器具の使用と共に、器具の成分は、会合体のために別に規定されることができる。
（アレイ画像から遺伝子発現の抽出）
実施例２において証拠となられるように、核酸分子間のハイブリダイゼーションのエクステントを視覚化するための極めて知覚しうって正確な手段は開発された。
アッセイは、標的に酵素（例えばアルカリホスファターゼ（ＡＰ）および比色であるかｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔな検出）を有する反対のジゴキシゲニン抗体複合化を有する次のインキュベーションを有する核酸分子（例えばジーン−比プライマから作り出される相補ＤＮＡ）とラベルをつけるためにジゴキシゲニン（ＤＩＧ）を役立たせる。
手段は、以下の段を勘定に入れる：
核酸分子（概して相補ＤＮＡ）にラベルをつけること
ラベルをつけられた分子を交雑させること、
酵素複合化反ジゴキシゲニン抗体、概してアルカリホスファターゼ、上下限酵素の顕色のための染色を有する交雑する材料を培養して、交雑しなかった材料を取る水洗
そして、
データ集めのための精査。
この手段は、最高２つの日を必要として、耐性で、４マイクログラム以下のサンプルを検出することができる。
アッセイは、わずか０．０２ナノグラムの核酸を検出するために用いることがありえる。
これは、出発物質を意味する；
ｉ．ｅ．、デオキシリボ核酸または目標とされた組織から分離されるリボゾームリボ核酸は、わずか１〜２のマイクログラムでありえる。
出発物質はｄｉｇｏｘｉｇｅｎ手段によってラベルをつけられることができる、そして、ラベルをつけられた核酸はマイクロアレイｓを有するハイブリダイゼーションのために運用した。
両方ともＡｆｆｙｍａｔｒｉｘおよびＣｌｏｎＴｅｃｈによって現在運用される手段は出発物質（それは獲得するのが困難である）としてメッセンジャーＲＮＡを運用することを必要とする。そして、少なくとも１００〜１，０００マイクログラムのトータル・リボゾームリボ核酸を必要とする。
これは、本願明細書において記述されるアッセイによって検出されることができる０．０２のナノグラムのために必要とされるトータル１〜２マイクログラム・リボゾームリボ核酸とは対照的にある。
アッセイは、色原体であるか、ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔであるか比色基質を切断することができる酵素を運用する。
好適な実施例において、酵素はアルカリホスファターゼである、そして、基質はＤｉｓｏｄｉｕｍ　３−（４−ｍｅｔｈｏｘｙｓｐｉｒｏな｛ｄｅｃａｎの１，２−ジオキセタン−３，２．ｐｒｉｍｅ．−（５．ｐｒｉｍｅ．−クロル）トリシクロ［３．３．１．１］｝４−イル）フェニール・リン酸塩−ＣＳＰＤである。
好適な実施例において、抗体インキュベーションに続いて、反応された基質は、５−Ｂｒｏｍｏ−４−クロル−３−ｉｎｄｏｌｙｌ−リン酸塩、トルイジン塩（ＢＣＩＰ）および検出緩衝のナイトロ・ブルーテトラゾリウム塩化物（ＮＢＴ）で染色される。
（データミスマッチエネルギー）
理想的なアレー影像において、遺伝子形質発現は同じ大きさの等間隔に設置されたスポットとして表示される。
しかし、スポットを押印する際のランダム撹乱または望ましくない温度によって原因となられるメンブレンの整経のために、スポットはそれらのイデアル分類学的位置から移されることができる。
単一の格子鋳型は、遺伝子形質発現を抽出するために不十分である。
これらのスポットの多様性を克服するために、形状−様々な機能については、変形可能な鋳型は、ジーン・スポットのひずみの情報を得続けるために開発された。
活性形状モデル（Ｃｏｏｔｅｓ、ほか、Ｃｏｍｐｕｔｅｒ　Ｖｉｓｉｏｎおよび６１，３８−５９（１９９５）をＵｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇしているＩｍａｇｅ；
Ｏｓｔｕ（ｓｙｓｔ．上のＮ．ＩＥＥＥ　ｔｒａｎｓ．）
人類及びＣｙｂｅｒｎ．
８，６２−６６（１９７８）；
そして、Ａｄｒｙａｎ、ほか、ＢｉｏＴｅｃｈ．
２６，１１７４−１１７９（１９９９の））、そして、変形可能な鋳型‖（Ｓｅｒｒａ、Ｊ．Ｉｍａｇｅ　ＡｎａｌｙｓｉｓおよびＭａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ　Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｙ、アカデミック・プレス、ロンドン、１９８２；Ｈａｒａｌｉｃｋ（Ｐａｔｔ．上のほかＩＥＥＥ　Ｔｒａｎｓ．）
肛門。
Ｍａｃｈ．
Ｉｎｔｅｌｌ．
９，５３２−５５０（１９８７）；
Ｏｓｔｕ（ｓｙｓｔ．上のＮ．ＩＥＥＥ　ｔｒａｎｓ．）
人類及びＣｙｂｅｒｎ．
８，６２−６６（１９７８の））ａｃｔｉｖｅ’ｓｎａｋｅ’ｍｏｄｅｌ．の現像に求められたオブジェクトの形状に関して従来の情報を取り入れることによって検出して、ねじれたオブジェクトの位置を決めるために開発する
通常、変形可能な鋳型マッチング技巧は、エネルギー関数および一組のレギュラリゼーション・パラメータによってｍｏｄｅｌｄｒｉｖｅｎおよびデータ駆動型解析を統合する。
２つの係数は、考慮に入れられる：
データ不一致および鋳型変位。
通常、基準関数はこれらの２つの係数の量を定めるために定義される：
１は、入力パターンが奇形の鋳型および他から異なる多くが鋳型が変形する次数を測定する方法を測る。
一致している鋳型または分類法適用法において、最適のマッチングは、これらの２つの基準の加重和を最小にすることによって仕遂げられる。
重み係数はレギュラリゼーション・パラメータと呼ばれている。そして、それは鋳型変位およびデータ不一致間のトレードオフを規定する。
（鋳型表現）
実例にて説明したように、生の影像が走査されること
ＣｌｏｎＴｅｃｈ相補ＤＮＡハツカネズミ・アレー。
アレーの入力イメージの三次元ビューの各々のサンプル・スポットは、濃度レベル宇宙空間の極小と一致する。
以下のモデルは、それから妥当な情報を抽出するために運用される。
ジーン・サンプルのアレーは、同じ大きさの一組のＮ円スポットとして表示される。
各々のスポットはＳ（Ｃ（Ｐ（ｒ））（１））によって表示される円である。ここで、Ｃ（Ｐ（ｒ））は、そして、半径ｒについては、ユークリッドの同等のＰ＝（ｘ（ｙ））で中心におかれる円である。
スポットの輝度は、円内部のピクセル輝度の平均値Ｉである。
マイクロアレイスポットの半径は、プリントおよび画像化条件によって決定されて、測定されることができて、全部のアレーの上の定数としてセットする。
したがって、原型鋳型は属性のアレーについて先行知識に基づく。そして、それはアレーのまわりの均一に間隔を置かれた円の格子としてのセットでありえる。変形可能な鋳型を運用する対物レンズは、データ不一致および鋳型変位係数に関して全てのスポットのセンターリングの便宜肢位を認定することになっている。
（データミスマッチエネルギー）
データ不一致エネルギーは、入力パターンに奇形の鋳型の適応値を測定する。
入力イメージが濃度レベルにおいてある、そして、遺伝子形質発現が局在部領域の積分輝度によって表示されるので、データ不一致エネルギーは積分輝度の条件において定義されることができる：
【数２】
2004502129.tif 000002
【数３】
2004502129.tif 000003
【数４】
2004502129.tif 000004
鋳ばり取りポテンシャル関数、
各々のスポットで、データ不一致エネルギーは、以下に簡易化される：
ここで（円周率はｉ番目の結節の重量である、そして、ｒはサンプル・スポットのための所定の半径である。
ポテンシャル関数はローカルな領域の上のグレイ準位値の組込みである。そして、それはスムージング機能を有する。
実験結果は、小行列式摂動およびノイズにその堅固性を見せる。
（テンプレート変形エネルギー）
鋳型変形エネルギーは、原型鋳型から奇形の鋳型の偏差を測定する。
翻訳に対する鋳型変位は、メンブレンの中でそらせることのために事件が起こる。
変位の次数の量を定めるために、各々のスポットのための変形エネルギーは、その事前定義ポジションＰｊｏから奇形の制御ノードＰｊのユークリッドの遠位として定義される：
ハース、ａｉはｉ番目の結節の柔軟性である。
鋳型変形エネルギーの最小化は、結節が局在部バックグラウンドの摂動およびノイズによって引きつけられるのを防止するのを助ける、
そして、このように、提起されたアラビア記数法の堅固性を改正する。
緩和が鋳型変位およびデータ不一致エネルギーをＣｏｍｂｉｎｉｎｇして、ｌは全体的なエネルギー関数を以下として定義することができる：
【数５】
2004502129.tif 000005
（緩和）
Ｅ＝ａＥ（＋　Ｅ２）；
あるレギュラリゼーション・パラメータ。
（４）
サンプル・スポットの局在手続きは、全体的なエネルギーの最小化と一致する。この機能の極小は、動的計画法、貪欲な検索アラビア記数法、神経回路網、その他のようなまだ過剰のコンピューティングを犠牲にして、世界的最適化手法を運用することによって獲得されることができる。
アレーの各々のスポットが事前定義ポジションで押印されるので、ジーン・スポットが規則的配列構造において起訴されると仮定される。そのために、初期位置は全てのマトリックスの遺伝子座のナンバーに従う予め定められた部位によって選ばれることができる。
また、原型アレー鋳型が入力アレーに十分に配置されたクローズでありえると仮定される。
このように、アレー・スポットは、初期の格子のまわりで極小を認定することによる局在性でありえる。
これは、決定論の傾きｄｅｓｃｅｎｔｔｅｃｈｎｉｑｕｅによって換価されることができる：
ｉ＝１，２（…）Ｎ、そして？学習は、速度である。
同位体的アレーにおいて、各々のスポットの柔軟性および重量は、同じものであるセットである。
標的センターリングの分類学的位置は、退行される（４）によって定義されるエネルギーを最小にする、それはラバーバンド上の一組の結節として翻訳されることができる；
結節の分類学的位置は、エネルギー場の極小の最下段に引きつけられる傾向がある。
結節の運動を限定して、学習速度のための最適の値を調整することを避けるために、結節は、ＡｘおよびＡｙの符号によれば、各々の繰返しの申し立てられた１つのユニットである。
平滑化している３＊３外の範囲ピクセルが濾過されて、遺伝子形質発現をアトラス相補ＤＮＡアレーの１つの関数群から抜き出すために、例えば（Ｅｋｓｔｒｏｍ（Ｍ．Ｐ．Ｄｉｇｉｔａｌ　Ｉｍａｇｅ）
Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、アカデミック・プレス、ロンドン、１９８４を処理する）ゴマ塩のノイズを減軽するために行使する。
メンブレンはハイブリダイゼーションおよび洗浄の手続きの間、そる。その結果、検査および所定の格子鋳型の下でメンブレン間の完全な一致を認定することは不可能である。
しかし、５つ未満の繰返しの後、変形可能な鋳型の全ての結節が安定分類学的位置に来る。そして、それは（４）によって定義される全体的なエネルギー関数を最小にする。
目視は、奇形の格子鋳型およびジーン・スポット間の良好な一致を確かめる。
【数６】
2004502129.tif 000006
（信頼できない領域の検出）
アレー・ハイブリダイゼーションにおいて、強い若干のシグナルは、オートラジオグラフ（口語でｃａｌｌｅｄ’ｂｌｅｅｄｉｎｇ’ｓｐｏｔｓ）において観察される。
これらのｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたシグナルは、それらの近傍のそれ自身だけでなくジーンもの数量化の問題の原因となる。
配列データを分析するための大部分の商用のパッケージは、ユーザーが視覚的に出血ジーンおよびそれらの近傍を照合することを必要とするか単にこれらのスポットの存在を却下する。
ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたスポットを検出する不履行は、２つの遺伝子形質発現プロファイルと比較する際の誤った結果に主任弁護人となることができる。
本願明細書において記述される方法の対物レンズは、自動的に出血領域を識別することになっていて、数量化結果のポテンシャル間違いに、ユーザーに警報を伝えることになっている。
このように、ユーザーはそれらのメンブレンの問題を含む領域の退屈で自覚的な評価から解放される。
以下のベーシック仮定は、属性のアレーのスポットについて作られた：
スポットは、相互に独占的である。
各々のスポットの範囲内の輝度の変更は、特定の範囲を有する。
各々のスポットは、限られた大きさを有する連結成分である。
したがって、ｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたスポットの確認は、所定の大きさより大きいスポットをろ過するとして簡易化されることができる。
形状に基づいて、数理形態は、デジタル画像を処理する効率的な方法を規定して、線形フィルタによって解くのが困難だった画像処理問題を解決する際に広く使われていた。
適切に使われて、数学的な形態学的オペレーションは、以下によって画像データを簡易化する傾向がある：
それらの決定的な形状形質を維持すること、
そして、
不適切を削除すること。
基本的な数学的な形態学的オペレーションは、浸食および拡大である。
浸食および拡大の組成に基づいて、オープニングおよびクローズは、定義される。
バイナリイメージのケースがＡを起源のバイナリイメージおよびＢのｂｉｎａｒｙ’ｏｎ’ｐｉｘｅｌｓを表示している点集合であらせたのだから、構造化元素のｂｉｎａｒｙ’ｏｎ’ｐｉｘｅｌｓを表示している点集合である。
基本的な形態学的オペレーションは、下で定義される：
バイナリ構造化元素ＢによるバイナリイメージＡの拡大、Ａ＆ｃｏｍｍａｔ；二者のＥｒｏｓｉｏｎがＡを撮像するＢ＝｛ｂ＋ａｌｆｏｒｓｏｍｅｂＥＢａｎｄａＥＡ｝バイナリ構造化元素Ｂ（バイナリ構造化元素ＢによってバイナリイメージＡの中でＯｐｅｎｉｎｇしているＡ＆ｃｏｍｍａｔ；Ｂ＝｛ｐｌｂ＋ｐＥＡ　ｆｏｒｅｖｅｗｂＥＢ｝）Ａ＝（ＡＥ）Ｂ）Ｅ）Ｂ
バイナリ構造化元素ＢによるバイナリイメージＡのクローズ、
ｏＢ＝（Ｇ）Ｂ）＆ｃｏｍｍａｔ；Ｂ
区別するｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄした通常急送されたスポット、円板構造化元素、Ｃから見つける、大きさは研修されているアレー上のスポットの上限である、選択した。
Ｃ＝｛ｌ　Ｘ２＋ｙ２〈（Ｘ（ｙ））Ｒｕｚ｝、
そこにおいて、
Ｒは、イデアル・スポットの最大の半径である。
ｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたスポットを識別する手続きが記述されることができる〈＃ｓ〉は、あとに続く：
技巧をｔｈｒｅｓｈｏｌｄｉｎｇしているＢｉｎａｒｉｚｅｔｈｅｉｎｐｕｔｉｍａｇｅＦ＝｛ｆ（ｘ，ｙ）０＃ｘ〈Ｍ，０＃ｙ〈Ｎ｝ｂｙＳｔｅｐ１．世界的は、Ｏｓｔｕのような手段をｔｈｒｅｓｈｏｌｄｉｎｇしている（Ｏｓｔｕ（ｓｙｓｔ．上のＮ．Ａ．ＩＥＥＥ　Ｔｒａｎｓ．）
人類及びＣｙｂｅｒｎ．
８，６２−６６（１９７８の））最適の判別分析基づく：
｛ｇ（ｘ，ｙ）０＃ｘ〈Ｍ，０＃ｙ〈Ｎ｝，Ｇ＝ｇ（ｘ，ｙ）＝１もしも￣（ｘ，ｙ）〉Ｔ、ＴはＯｓｔｕの最適の限界ステップ２である。
構造化元素Ｃを有する形態学的オープニングによって、正常な大きさスポットをろ過する：
Ｇ．ｐｒｉｍｅ．＝ＧｏＣ＝｛ｇ．ｐｒｉｍｅ．（）｝（８）従って、頼みにならない領域は、セットとして表示される：
ＵＲ＝｛（ｘ，ｙ）＃　ｇ．ｐｒｉｍｅ．
（ｘ（ｙ））＝１、（ｘ（ｙ））ＥＦ｝（９）ステップ３。
（ｘｓ（ｙｊ））Ｅ　ＵＲである場合制御ノードＰｉ＝（ｘｊ（ｙｊ））をｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたスポットと確認する。
実際、数量化問題は、それらの近傍のｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたスポット、しかし、また、それらのスポットだけにおいて存在しない。
スポットの実分類学的位置の位置を決める繰返しの間、若干の制御ノードが急速に引き寄せられることｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄした低いデータ不一致エネルギー場がこれらのスポットのまわりで形成されるのでスポット。
この系において、頼みにならない様に、対応する制御ノードがその初期位置から遠く離れて申し立てる場合、遺伝子形質発現スポットはラベルをつけられる。
標的計測
マイクロアレイｓを有する定量分析の、各々のスポットから発される蛍光または放射活性の総計がそのスポットによって共同されるラベルをつけられた核酸プローブの総計の代表であると仮定すること（ＡｔｌａｓＴｍ　ＣＤＮＡ　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　Ａｒｒａｙｓユーザー・マニュアル（Ｐｒｏｔｏｃｏｌ　＆ｎｕｍ；ＰＴ３１４０−１）Ｖｅｒｓｉｏｎ　＆ｎｕｍ；ＰＲ９１２０８（ｐｐ７−９，１９９８））。
３Ｄプロットにおいて表示される各々のスポットの輝度は、サンプル・スポットのための半球状形状の仮定が数量化目的に充分でないことを示す。
以下の組込み機能は、各々のスポットの体積を確かめるために用いる：
孤立性の影像において、組込みは加法によって改任されて、体積を正規化するために円の領域を運用する：
標的結節が繰返しと一致している変形可能な鋳型から、どのＰｉ　ｉｌｓを得たか。
正規化された体積は、範囲の範囲内の実数の値である［０（ＩｍａＸ）］、
そこにおいて、
ＩｍａＸは、ピクセル値の上限である。
８ビットおよび１６ビットのグレースケール影像のために、Ｉｍａｙはそれぞれ２５５および６５５３５に等しい。
性能検定：
自動機械プロセシング対手操作
系は、２つのＣｌｏｎＴｅｃｈ濾過器から２４の副影像に基づいて訓練された。トレーニング段階は、エネルギーの定義の最適のレギュラリゼーション・パラメータの選抜を勘定に入れる。
系は１７のＣｌｏｎＴｅｃｈ濾過器から２０４のｓｕｂｉｍａｇｅｓに試験された、そして、５０のバイオ−木っ端マイクロアレイ影像はインハウスを押印した。
テスト結果は提起されたモデルが満足にスポットを抽出することができることを示す。そのとき、それらは相互に独占的である。
しかし、若干のスポツトは、ｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたものによって引きつけられる、そして、このように、数量化手続きにひずみの原因となる。
系が自動的にこれらの誤ったスポットを識別することが可能であるにもかかわらず、最後の溶液は最適のプローブおよび実験的条件の設計の改良を必要とする。
テーブル１は、ＣｌｏｎＴｅｃｈによってリリースされるＡｔｌａｓＩｍａｇｅＴＭ１．０を含むアトラスＡｒｒａｙｓを分析する際の三系の中の比較の一覧を示す（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｌｏｎｔｅｃｈ．ｃｏｍ）ヨハネス・グーテンベルグ大学およびＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒによって開発されるＥｓｔＢｌｏｔ（Ａｄｒｙａｎ、ほか、ＢｉｏＴｅｃｈ　２６，１１７４−１１７９（１９９９））が、我々の研究室において開発した
既存の系と比較して、我々の系は、より速くいくつかの時間を執行する。
システムエラーは、１つのアレー６つの時間上の数量化手続きを反覆することによって測られる。
２つの係数は、系を鑑定する際に酌量される：
平均誤差
そして、Ｍａｘｉｍａｌ間違い
円周率およびｃｉがいずれであるか、数個の中のｉ番目のスポットを測定する際の平均値および標準逸脱は、反覆する。
テーブル２は両方のＣｌｏｎＴｅｃｈ濾過器上の２つの系の比較の一覧を示す、そして、マイクロアレイｓはインハウスを押印した、そして、本願明細書において記述される系が既存の系を上回ることは明白である。
２つのサンプルが比較されて、提起されたアレー・イメージ分析法において巻き込まれるシステムエラーの量を定めるために、そして、分析される比較手続きの以下の見方：
数量化の間違い、比率の間違いおよび正規性の間違い。
数量化の相対誤差は、ｏ−ｉ　ｌｕｉとして定義される、
そこにおいて、
ｃｉおよび円周率は、６つの独立検査の中のｉ番目のスポットの標準偏差および平均値である。
２つのサンプルの遺伝子形質発現と比較するために、我々はコンベンショナルなひだ比率の代わりに相対的なひだ比率を定義する。
サンプルＳ（ａｎｄＳ２）のための相対的なひだ比率が（Ｓ２−Ｓ１）ｉｓａｖａｌｕｅｉｎｔｈｅｒａｎｇｅ［−１として計算されること＋１］；
ｐｏｓｉｔｉｖｅＲＲＦ（Ｓ１，Ｓ２）＝，ｗｈｉｃｈ　ｍａｘ（Ｓ１，Ｓ２）値は増加機構を開示する、そして、Ｓ２にとって、負の数はＳからダウンレギュレーションを開示する。
相対的なひだ比率はコンベンショナルなもののそれに類似した意味を有する。但し、次の場合は除く−値は正規化されて、弁識するのが簡単である。
たとえば、ＲＲＩ：
＝−０．５は、二回で上または下−調節と一致する。
ジーンの豊度および比率比較の最高間違いの平均間の類縁。
正規化された豊度を有するジーンをみなす［０，０．３３］６７］、（０．６７，１］低くて、中間で高い豊度として、各々のカテゴリのための比率の最大間違いが１．８９％、４．８９％および、それぞれ、１４．５４％であること。
低い豊度ジーンの中の比率が数量化の原型鋳型の初期位置に、より影響されることは、明白である。
したがって、系はｍｅｄｉｕｍ−ａｎｄ高い豊度スポットを取扱う際により信頼できる。
テーブル３は、スポットおよび量的間違いの自動性の評価（信頼性標識）間の類縁の一覧を示す。
量的学習は、それを確かめる自動的に識別する‖『ｕｎｒｅｌｉａｂｌｅ’ｌｏｃｉは、他の２つのカテゴリより多くの間違いが欠点である。
実際に、パーセンテージｏｆ’ｕｎｒｅｌｉａｂｌｅ’ｓｐｏｔｓは、ハイブリダイゼーション手続きの品質の指示薬として運用されることができる。
ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒは、大部分の数量化および比較機能を自動化する。それは、別にアトラス相補ＤＮＡアレーの共役差積関数群を処理する、
したがって、系にアレーの全ての型を処理することに直ちに一般化されるのを可能にする。
一方、ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒは共役差積ユーザーの中の変異に強い。
スポットの数量化は、主に入力イメージ（ユーザーの自覚的な判断よりむしろ）の天性に依存する。
大部分の商用の系が結果の信頼性を鑑定するために人間オペレータに依存する一方、ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒが自動的に原因となられる間違いがｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄしたポテンシャルを識別して、スポット、そして、それらの陰影。
この系の唯一機能のうちの１つは、頼みにならない数量化を破棄して、前もって結果を誤らせることを除外することである。
配列−被支配頂ハイブリダイゼーション形質およびいかなるハイブリダイゼーション反作用の点でも固有の変異のために、アトラス・データおよび他のいかなる配列データも半定量的であるとみなされなければならないだけであることは、手形不渡証明の価値がある。
ノーザンおよび／または半定量的なＲＴ−ＰＣＲ手段を経たリボゾームリボ核酸のレベルを測定することは、常に他アッセイを有するアレー試験のいかなる面白い結果も確認するのに必要である。
気象概況において、ここで起訴されるコンピュータ・プログラムによって定義されるプロセスは、無差別のマイクロアレイ設計の点で固有のいい加減さのいくつかの問題に関係する。
ａ”ｄｉｖｉｄｅ−ａｎｄ−ｃｏｎｑｕｅｒ”ｆａｓｈｉｏｎにおいて、更なる溶液は、クラスタ・パターンのマイクロアレイが豊度のそれらの内因性のレベルに従うジーンを集めるのを予定することになっている、
そうすると、鋳型のそれらを配列する。
Ｔｈｅ”ｄｉｖｉｄｅ−ａｎｄ−ｃｏｎｑｕｅｒ”ａｐｐｒｏａｃｈも可転性を規定する。そして、集中する努力のジーンの選択されたクラスタの追跡調査を許す。
新生のレポートは、マイクロアレイ解析方法の仕事率が１８，０００〜２０，０００のジーンの鋳型の遺伝子形質発現変更を決定することを示す。
本願明細書において記述される手段は大部分の変更が発生する領域の検出を許す。
そして、他の分子状ｍｅｔｈｏｄｑｌｏｇｉｅｓ（例えばノーザンブロッティング解析および／または半定量的なＲＴ−ＰＣＲ解析）を経た徹底的な再調査再検査を許可する。
さらに、マニュアルのｄｅｎｓｉｔｏｍｅｔｒｉｃなトレーシング対コンピュータ自動解析と比較するために、選択区域はまた、徹底的な解析のために運用されることができる。
最終的に、いかなるマイクロアレイ解析にも関係している計算の仕事は、最大の信頼性および繰返し性を有するｍｕｌｔｉｇｅｎｅ変更および最小のヒューマンエラーを文書化しなければならない。
この問題は強力な数理モデル化およびコンピュータ・プログラムによって取扱われることができる、しかし、より重要なことに、マイクロアレイｓが故意のときに、それは心に留めておかれることを必要とする。
したがって、デザイナーｂｉｏｃｈｉｐｓ”ｔｏは生物系の豊度およびデータ解析のコンピュータ化された自動性のプロセシングの使用のそれらのレベルに従うジーンを群がらせる、作業から高スループット工学の現在の人種のｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓを取り除く。
（実施例１）
Ｄｅｆｏｒｍａｂｌｅ　Ｔｅｍｐｌａｔｅ．を運用している若くて古いアニマルからのデオキシリボ核酸の比較
トータル・リボゾームリボ核酸は、Ｐ．ＣｈｏｍｃｙｎｓｋｉおよびＮ．Ｓａｃｃｈｉ（Ａｎａｌ　Ｂｉｏｃｈｅｍ．１６２，１５６（１９８７））に記載されている技巧によれば、グアニジウム／石炭酸溶液を有する均質にされた肝臓を抽出することによって凍った肝臓から単離された。
水溶
位相は、更に抜き出された（２５：
２４：
１）石炭酸：
ＣＨＣ１３：
ＩＡＡおよびグリコーゲンは、遠心によって取られた。
リボゾームリボ核酸は、エタノール沈殿によって得られて、分光学によって量を定められて、ゲル電気泳動によって権限を与えられた。
１．５ｕ。高品質Ｄｎａｓｅ−処理されたトータル・リボゾームリボ核酸のｇは、５８８の最適化されたプライマ（ＣｌｏｎＴｅｃｈ）を用いてＭＭＬＶリバーストランスクリプターゼ相補ＤＮＡ合成とラベルをつけられる［ａｌｐｈａ−３２Ｐ］ｄＡＴＰにおいて運用された。
法人組識になっていない３２Ｐ−ラベルをつけられたヌクレオチドはＣｈｒｏｍａ　Ｓｐｉｎスピンずい柱（ＣｌｏｎＴｅｃｈ）を有するプロファイリングによって、ラベルをつけられた相補ＤＮＡプローブから取られた。そして、重量溶出を運用した。
相補ＤＮＡ／リボゾームリボ核酸プローブを包含している画分は、１ＭのＮａＯＨを有する６８のＣでの単一の足止めされる相補ＤＮＡに変換されて、１ＭのＮａＨ２ＰＯ４［ペーハー７．０］によって中和した。
プローブは、Ｃｏｔ−１つのデオキシリボ核酸がある場合には、５８８のＰＣＲジーン産物を包含して、ｐｒｅｈｙｂｒｉｄｉｚｅｄされた（３０のマイニュートのための６８のＣ）ＣｌｏｎＴｅｃｈハツカネズミマイクロアレイｓに対する６８のＣでの交雑するオーバーナイトであって、サケ精液をせん断した。そして、ＥｘｐｒｅｓｓＨｙｂハイブリダイゼーション溶液（ＣｌｏｎＴｅｃｈ）を運用した。
メンブレンは、ｐｒｅ−ｗａｒｍｅｄされて２つの追加の洗流によって準拠されているｐｒｅｗａｒｍｅｄされた２Ｘ　ＳＳＣ（１％のＳＤＳ）を有するＸ４を蒸留水に通された０。
１Ｘ　ＳＳＣ（０．５％のＳＤＳ）。
メンブレンは、オートラジオグラフィおよびＰｈｏｓｐｈｏｒｉｍａｇｉｎｇすることためのプラスチック・ラップのそれから包まれた湿気であった。
ＣｌｏｎＴｅｃｈアトラス・ハツカネズミ相補ＤＮＡ形質発現アレーを分析する際に、典型的市販のフラットベッドスキャナ（Ｓａｐｈｉｒライノタイプ−ヘル）によって、オートラジオグラフ薄皮は、３００ＤＰＩ、８つのビット・グレースケールでスキャンされる。
獲得性の影像は高められて、ソフトウェアｐａｃａｇｅ（ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒ）によって分析される。そして、社内で開発される。
望ましくなくそらせることに関するメンブレンを取扱うために、変形可能な鋳型は、自動的に遺伝子形質発現の量を定めるために定義される。
変形可能な鋳型の各々の結節は傾き降下ルールによれば繰り返して言う。そして、それはデータ不一致エネルギーおよび鋳型変形エネルギーを結合しているエネルギー関数を最小にする。
理想的なジーン・スポットは、所定の半径を有する円として立体感を与えられる；
このように、遺伝子形質発現は面積強度によって量を定められることができる。ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒはまた、ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ”ｂｌｅｅｄｉｎｇ”ｒｅｇｉｏｎｓができる、そして、このように、数量化のポテンシャル間違いのユーザーに警報を伝える。
後の解析において、これらの領域は、慎重に照合されて、討論から締め出される。
２つのサンプルの遺伝子形質発現と比較するために、相対的なひだ比率は、コンベンショナルなひだ比率の代わりに定義された；
サンプル間の相対的なひだ比率は、ｐａｉｒｗｉｓｅ比較が培地および高い豊度ジーンにおいてより信頼できることをそれ（オペレーションのヒューマンエラーを考慮すること）に明らかにする。
テキストにおいて記述される実験結果は、各々の濾過器上の三反複の平均に基づく。
２つのサンプルを正規化する際に、Ｌａｍｂｄａデオキシリボ核酸は陰性対照として選択された、そして、ＨＰＲＴ、ＭＯＤおよびＧ３ＰＤＨは正の制御として選択された。
線形正規性手段は、行使される。
２つのＣｌｏｎＴｅｃｈアトラス・アレーＳｏｆｔｗａｒｅ　ＡｔｌａｓＩｍａｇｅＴＭ　１．０のＥｓｔＢｌｏｔ　ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒの量を定める際の三系のテーブル１つのＰｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ
全体的なアランメント２０の最小Ｍ　１５の最小（１）Ｍ　１＊９　Ｍ　ｓｅｃ（２）
アランメント￣３０最小値Ｍ　５つの最小Ｍ　０．５＊９　Ａ　ｓｅｃを微調整する
サンプル１５の最小Ｍ　Ｎの信頼性／秒のためのＡ　２０のｓｅｃ　Ａ　Ｒｅｐｅａｔが１時間配列する
バックグラウンド１５の最小Ｍ　３つの最小Ａ　０．５のｓｅｃ　Ａ　Ｃｈｅｃｋを合わせるＭ　０　Ａ　１．５＊９　Ｍ及びＡ　ｓｅｃ
２つのアレー１５の最小値Ｍと比較する、で、レポート１０の最小（板状データ）ＭをＣｕｓｔｏｍｉｚｉｎｇしているＡ　４つの最小Ａ　Ｉ　＊６　ｓｅｃ　Ａ及びＣｕｓｔｏｍｉｚｉｎｇしているＡ　０．５の最小Ａ　０．５の最小値Ａはメーカの規定において概算したＡｔｌａｓＩｍａｇｅＴＭ　１．０の処理時間があると報告する
【表１】
2004502129.tif 000007
（１）（グラフィックＮ／Ａ　Ｎ／Ａ　５つの最小Ｍ及びＡデータ）。
（２）ＥｓｔＢｌｏｔおよびＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒの処理時間は、４００，３８４ＭＢ　ＲＡＭ、Ｐｅｎｔｉｕｍｇに試験される。
このテーブル、手操作に対するＭ、自動機械プロセシングに対するａｎｄ’Ａ’ｒｅｆｅｒｓの。
ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒの処理時間を測定しているＯｐｅｒａｔｏｒ’＊’ｉｎは、同じ手続きの反複時間を意味する。
ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒが大衆薬のために故意であるので、
数量化Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ　ＥｓｔＢｌｏｔ　ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒ　ＡｒｒａｙＡｎａｌｙｚｅｒ（３−１０のピクセル）のシステムエラーのテーブル２　Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ（ＣｌｏｎＴｅｃｈ
収容する（ＣｌｏｎＴｅｃｈ（濾過器において押印されるマイクロアレイｓ）は、濾過される））ドイツ紳士（％）１１．４９　６．９７　０．９３　Ｍｅｒｒ（％）５５．８６　３３．１０　５．０１
２つの独立作働遺伝子は、原型鋳型の初期位置（左のこまて正しい最下段コーナー）を規定することを必要とする。
【表２】
2004502129.tif 000008
２つの独立作働遺伝子は、原型鋳型の初期位置（左のこまて正しい最下段コーナー）を規定することを必要とする。
各々の作働遺伝子は、三時間のための１つのサンプル上の同じ手続きを反覆する。
テストの間、人間オペレータが整列配置する際の３つの最高１０のピクセルから、格子鋳型の初期位置を置き換えてもよいことは、観察された。
６つの反複のために、２つの係数は、系を鑑定する際に酌量されるＮである；
平均誤差は、誤る＝Ａｖｇ（＃ｉ）、そして、
Ｎ　＃ｉ
最大の間違いＭｅｒｒ　ｉｎｗｈｉｃｈ　ｉａｎｄ＃ｉａｒｅｔｈｅａｖｅｒａｇｅｖａｌｕｅａｎｄＭａｘ（ｉ番目のスポットを測定する際のｉ＝ｌ　ｉ標準偏差）。
共役差積を有するスポットのための間違いのテーブル３つのＣｏｍｐａｒｌＳｏｎは、Ｌａｂｅｌ　Ｎｏ．（（％）Ｉｉ（ｍａｘ（ＲＤＭ）（Ｍｉｎ（ＲＤＭ）））が番号をつけるトータル・ドイツ紳士は、９８である）に０（垂直線）とラベルをつける
【表３】
2004502129.tif 000009
実験的条件は、表３に記載の同じものである。
このテーブルは、スポットおよび量的間違いの自動性の評価（信頼性標識）間の類縁の一覧を示す。
２つの係数は、酌量される：
平均誤差／ｌｅｒｒ＝Ａｖｇ（ｉ）および比率比較の最高間違いの平均。
それはそれを見せられるｉ＝ｌ　ｉである自動的に、ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ’ｕｎｒｅｌｉａｂｌｅ’ｌｏｃｉは他の２つのカテゴリより多くの間違いが欠点である。
実際に、パーセンテージｏｆ’ｕｎｒｅｌｉａｂｌｅ』スポットは、ハイブリダイゼーション手続きの品質の指示薬として運用されることができる。
（実施例２）
義務を負わせているＥボックスのマイクロアレイ解析のためのジゴキシゲニン酵素の検出は、遺伝子形質発現を話した。
形質発現プロファイリングのための相補ＤＮＡ　マイクロアレイｓの利点および問題を換価して、新規な方法は、標的に、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）および比色であるかｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔな検出を有する反対のジゴキシゲニン抗体複合化を有する次のインキュベーションについては、ジーン−比プライマから作り出される相補ＤＮＡとラベルをつけるためにジゴキシゲニン（ＤＩＧ）を役立たせることに基づいて開発された。
Ｅ−ボックス束縛元素（ＣＡＣＧＴＧ）（多数ジーンのプロモーター領域に位置する）を包含している一組のジーンは、プローブとして選択された。
おそらく、Ｅボックス−束縛ジーンのｂｅｓｔｋｎｏｗｎ代表は、ｔｒａｎｓａｃｔｉｖａｔｉｎｇしている活性が細胞周期の調節で重大役割を演ずるｃ−Ｍｙｃである増殖、そして、アポトーシス（Ｅｉｌｅｒｓ（Ｍ．Ｍｏｌ．）
細胞９，１−６（１９９９）；
Ｄａｎｇ（Ｃ．Ｖ．モル）。
細胞Ｂｉｏｌ．１９（１−１１（１９９９））；
Ｆａｃｃｈｉｎｉ、そして、ペンＦＡＳＥＢジャーナル１２，６３３−６５１（１９９８））。
ｃ−Ｍｙｃ（形質発現がＥボックス−束縛被支配頂である若干の標的ジーンと同様に）のための形質発現を相互に作用しているかまたは監督しているジーンは、このマイクロアレイに含まれる。
これらのカスタムメイドの故意のマイクロアレイｓ（標識ハイブリダイゼーション・プローブに対する酵素の方法を有する混合性）は、遺伝子形質発現の比サブグループのアッセイを審査している高スループット・ジーンのための安価な、ユーザーフレンドリーな系の現像を許す。
材料および手段
ｃ−Ｍｙｃ−ｒｅｇｕｌａｔｉｎｇのと、同程度よく、Ｅボックス−結合タンパク質をａｒｒａｖｉｎｇするためのプローブの選抜−、相互に作用することおよび標的ジーンは、共役差積データ・ベース−ＧｅｎｅＡｔｌａｓから選ばれた（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．
ｃｉｔｉ２．ｆｒ／ＧＥＮＡＴＬＡＳ）（ＧｅｎｅＣａｒｄｓ（ｈｔｔｐ：／／ｂｉｏｉｎｆｏ．ｗｅｌｚｍａｎｎ．ａｃ．ｉｌ／カード））ＧｅｎＢａｎｋ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｋｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ウェブ／Ｇｅｎｂａｎｋ）およびＰｕｂＭｅｄ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＰｕｂＭｅｄ）。
Ｕｎｉｇｅｎｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．
ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＵｎｉＧｅｎｅ／索引。ＨＴＭＬ）、クラスタ番号および配列は、ジーンを識別して、それらの一意性を確認するために用いた。
９つのハウスキーピング遺伝子（ヒーラー細胞デオキシリボ核酸と同様に）は、正の制御として選択された；
負が規制するように、ラムダ・デオキシリボ核酸および２ｘＳＳＣ（倍速標準の塩溶液−０．３のＭ　ＮａＣＩ、３０ｍＭのＮａシトラート、ペーハー７．０）は選ばれた。
各々のジーンのための、一対のプライマがＰｒｉｍｅｒ３ソフトウェアの助けを借りて生成されたこと（ローゼンてＳｋａｌｅｔｓｋｙ（１９９８の）Ｐｒｉｍｅｒ３．
ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ−ｚｅｎｏｍｅ．ｗｉ．ｍｉｔ．で利用できる暗号
ｅｄｕ／ゲノム・ソフトウェア／他／ｐｒｉｍｅｒ３．ＨＴＭＬ。）。
アンプリコンの融解温度が約８０のＣ、しかし、せいぜい８８のＣでなければならないというような方法で、プログラム・パラメタは選ばれた、または、７５Ｃ未満、アンプリコンの長さは一般に、プライマ２３のｂｐ．の約６０Ｃプライマ焼鈍温度および平均長さについては、約４５０ｂｐ（３００および７００ｂｐ間の２、３のｏｕｔｌｙｅｒｓを有する）であることになっていた。
全てのアンプリコンの配列は、所有権を主張できるソフトウェア（ＢＬＡＳＴＮ（ＦＡＳＴＡ））（反復因子および他の関連した配列を有する相同を回避して、更に同じ科からジーンの間で区別するために）を運用して、慎重に確認された。全ての選択されたジーンの全リストは、表４において表示される。
ＤＮＡ．リボゾームリボ核酸およびメッセンジャーＲＮＡ単離はリボゾームリボ核酸を合計する、そして、デオキシリボ核酸はＴｒｉｚｏｌ試薬（ギブコＢＲＬ、バーリントン、ＯＮ）を運用している新鮮血アリクォットから分離されるほぼ１０の８つのヘル細胞培養および人間の末梢のリンパ球から単離された。
それぞれ、デオキシリボ核酸およびリボゾームリボ核酸濃縮および品質は０．８または２％のアガロースゲルの分光光度的およびゲル電気泳動解析によって決定された。
ポリ（Ａ）＋ＲＮＡは１５０ｐｇのＯｌｉｇｏｔｅｘメッセンジャーＲＮＡキット（Ｑｉａｇｅｎ、ミシソーガ、ＯＮ）を運用しているトータル・リボゾームリボ核酸から分離された。そして、メーカの規定に一致した。
トータル・リボゾームリボ核酸のプローブ１０のＪ．ｇの増幅および純化は、逆であった−メーカの規定に一致しているＭＭＬＶ（ギブコＢＲＬ、バーリントン、ＯＮ）の２００のＵを用いて４０ｎｉ反作用の写す。
ＧｅｎｅＡｍｐ　ＰＣＲ系９７００（ＰＥは、Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、ノーウォーク、ＣＴをＡｐｐｌｉｅｄした）において、プライマの各々の一対のための２つのＰＣＲ反作用は、１００ｕｌの総容積において管理された。
各々の５０ｐｌ反作用（１０ｍＭのトリス−ＨＣＩ、８．６，５０ｍＭペーハーＫＣＩ、０．１％のトリトンＸ−１００，１．５ｍＭ　ＭｇＣｌ２，０．５ｍＭ各々のｄＮＴＰ、各々のプライマの２０ｐＭ、Ｔａｑ　ＤＮＡポリメラーゼ（アマシャム・ファルマシアＢｉｏｔｅｃｈ、Ｂａｉｅ　ｄ’Ｕｒｆｅ、ＱＣ）および１０ｐ．ｌｏｆＲＴ反作用の１．２５のＵまたは１００ｎｇのゲノムＤＮＡの）次のようにｔｈｅｒｍａｌ−ｃｙｃｌｅｄした：
４５のｓｅｃのための９４のＣでの、１つの最小値のための６０のＣでの、そして、３０のｓｅｃのための７２のＣでの３５サイクル、５つの最小値のための９４のＣで第１の回路、プライマがジーンの３．ｐｒｉｍｅ．領域において選択されたという状態については、ＲＴ−ＰＣＲにおいて拡大されてはならない７分のＰｒｏｂｅのための７２のＣでの最後の回路は、ゲノムＤＮＡから抜き出された。
ＰＣＲ産物の大きさおよび収率は、２％のアガロースのゲル電気泳動によって決定された。
それから、ＰＣＲ産物は、溶液またはアガロースゲル・バンドから浄化された、以下の準備のアガロースゲル電気泳動（そばに、産物が決定される場合）、
ＧＦＸずい柱（アマシャム・ファルマシアＢｉｏｔｅｃｈ、Ｂａｉｅ　ｄ’Ｕｒｆｅ、ＱＣ）を運用すること。
純化の後、全てのプローブの濃縮は、アガロースゲル電気泳動によって概算されて、ほぼ１００ｎｇ／複数に合わせた。
倍速標準の塩溶液（ＳＳＣ）のロボットの配列しているＰｕｒｉｆｉｅｄされたＰＣＲ産物は３８４−穴プレートから三つ組の一つにおいて配列された。そして、ＣｈｉｐＭａｋｅｒ２先端（Ｔｅｌｅｃｈｅｍインターナショナル、サンホゼ、ＣＡ）を備えるＧｅｎｅＭａｃｈｉｎｅｓＴＭ　ＯｍｎｉＧｒｉｄ　マイクロアレイｅｒ（ゲノムＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ　Ｓｅｒｖｉｃｅｓ、聖カルロス、ＣＡ）を役立たせた。
面間隔
４００のさくは、ドットの間にあった。
マイクロアレイｓはＨｙｂｏｎｄ−ＮかＨｙｂｏｎｄ−Ｎ＋ナイロン・メンブレン（アマシャム・ファルマシアＢｉｏｔｅｃｈ、Ｂａｉｅ　ｄ’Ｕｒｆｅ、ＱＣ）に押印された。そして、テープを有する標準ガラススライドに取り付けられた。
メンブレンを有する各々の１０のスライドの前後で、定型的スライドは、プリント品質を閲覧するために挿入された。
配列した後に、メンブレンが５０ｍＪで照らされるＵＶであったこと（ＧＳジーン・リンカー（Ｂｉｏ）
ラド、ヘラクレス、ＣＡ）デオキシリボ核酸を固定する；
それから、アレー（ほぼ１つのｘ　１．５ｃｍ）を包含しているメンブレンのフラグメントは、切り離されて、５つの最小値のための沸騰水においてｄｅｎａｔｕｒａｔｅｄされて、５つの最小値のための０．１％のＳＤＳにおいてすすがれて、プレハイブリのために運用された。
ＵＶ照射段の後、メンブレンはガラススライドに取り付けられて格納されることができる。
ハイブリダイゼーションのためのＤＩＧのラベルが付いた相補ＤＮＡの製法
ジーン−比プライマ（ＧＳＰ）の初期のミックスは、作り出された。
この目的のために、プローブを調製するためにＲＴ−ＰＣＲ反作用において運用された各々のプライマの１ｎＭは、２５０ｕｌの総容積に加えられた。
ジゴキシゲニン（ＤＩＧ）−、ラベルをつけられた標的は、次のようにＲＴ反作用において作り出された：
ＧＳＰの１ｕｌ　４ｕ。１４の総容積のトータル・リボゾームリボ核酸およびＲＮＡｓｅ−自由水のｇ　１が、リボゾームリボ核酸の特性を奪うために１５の最小値のための６５のＣで加熱された
そうすると、アニール化されているプライマのための５つの最小値のための室温でとどまった。
代わりに２ｇのメッセンジャ−ＲＮＡ、そして、４００ｎｇのオリゴ（ｄＴ）１２遅いプライマは、運用された。
８ｌの２ｕ、酵素のメーカによって供給される５ｘ第１のストランド緩衝を包含して、反作用ミックス。ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰおよびｄＧＴＰ（終濃度５００ｐＭ各々）（０の４つのＩｌｌ）の１０ｍＭのミックスのｌ。
１ＭのＤＤＴ、０．７ｕｌ　ＲＮＡｇｕａｒｄ、３１のＵ／ｐｌ（アマシヤムＰｈａｒｒｎａｃｉａ　Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｂａｉｅ　ｄ’Ｕｒｆｅ、ＱＣ）、１９の２ｍＭのミックスの１０ｌ：
１つのｄＴＴＰ：
Ｍｏｌｏｎｅｙマウス白血病ウィルス・リバーストランスクリプターゼ（ＭＭＬＶ　ＲＴ）（ギブコＢＲＬ、バーリントン、ＯＮ）のＤＩＧ−１１−ｄＵＴＰ（ロシュ、ラヴァル、ＱＣ）および２１（２００のＵ／ｌ）は、加えられた。
反作用は１ｈのための３７のＣで実行された。そして、ＧｅｎｅＡｍｐ　９７００の５つの最小値のための９４０Ｃで、酵素減生が続いた。
あるいは、Ｏｍｎｉｓｃｒｉｐｔリバーストランスクリプターゼ（Ｑｉａｇｅｎ、ミシソーガ、ＯＮ）は、メーカの規定によって運用された。
ラベリング反作用は、ＧＦＸずい柱に浄化された；
この段は、法人組識になっていないヌクレオチド、プライマおよびタンパクと同じく、１００ｂｐより短い全てのラベルをつけられた産物を削除する。
純化の後、ラベリングの効能は、次のように概算された：
１の１ｕｌ：
１００，１：
１０００，１：
１００００および１：
１０００００の希釈は、我々のアッセイ（ロシュ、ラヴァル、ＱＣ）のための標準化としての周知の濃縮（１０−０．０１のｐｇ／ｌｌ）でのコントロールＤＩＧのラベルが付いたデオキシリボ核酸の希釈と共に、Ｈｙｂｏｎｄ−Ｎメンブレン上の点状であった；
ＵＶを有する固定化の後、メンブレンがアルカリホスファターゼ（ＡＰ）によって温置されたこと−ＤＩＧ（反対のＤＩＧ　ＡＰ）（すすがれて、メーカの規定に従うｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔな基質（Ｄｉｓｏｄｉｕｍ　３−（４−ｍｅｔｈｏｘｙｓｐｉｒｏな｛ｄｅｃａｎの１，２−ジオキセタン−３，２．ｐｒｉｍｅ．−（５．ｐｒｉｍｅ．−クロル）トリシクロ［３．３．１．１３７］｝４−イル）フェニール・リン酸塩ＣＳＰＤ（ロシュ、ラヴァル、ＱＣ））で汚される）に複合化抗体。
ハイブリダイゼーションおよびプロセシング
ハイブリダイゼーションおよびプレハイブリのためのＤＩＧ　Ｅａｓｙ　Ｈｙｂ緩衝（Ｒｏｃｈｅ，ラヴァル、ＱＣ）、または、ホルムアミド緩衝が脱イオン化された５０％のホルムアミド、５ｘ　ＳＳＣ、遮断の２％の溶液（ロシュ、ラヴァル、ＱＣ）、０．１％のＮ−ｌａｕｒｏｙｌｓａｒｃｏｓｉｎｅを包含して、０．０２％のＳＤＳ（ｄｅｎａｔｕｒａｔｅｄされた１００のｇの／ｍｌのサケ・デオキシリボ核酸）は、運用された。
メンブレンは、予めハイブリダイゼーション乾燥器（Ａｕｔｏｂｌｏｔ、Ｂｅｌｌｃｏ、Ｖｉｎｅｌａｎｄ、ＮＪ）の２ｈのための４２のＣで雑種を作った。
５ｍｌのファルコン・チューブにおいて、ハイブリダイゼーションはハイブリダイゼーション溶液の１ｍｌの以下の４２のＣオーバーナイトで執行された。
ハイブリダイゼーション・ミックスのラベルをつけられたプローブの濃縮は、１０のｎｇ／ｍｌを構成した。
ハイブリダイゼーションの前に、プローブはハイブリダイゼーション溶液の１０の最小値のための６５のＣでｄｅｎａｔｕｒａｔｅｄされた。
その後、ハイブリダイゼーション・メンブレンは、二回１つのｘＳＳＣ（１５の最小値のための室温で、０．１％のＳＤＳ）できれいにされた（特別に掲げられない限り）
そうすると、ｐｒｅｗａｒｍｅｄされた０．１ｘＳＳＣ（６８のＣ．でのあるいは、１５の最小値のための０．１％のＳＤＳ）を有するメンブレンがよりストリンジェントの条件においてすすがれたことｉ．ｅ。２ｘＳＳＣ、３０の最小値のための６８のＣ．での０．１％のＳＤＳおよび３０分の間の６８のＣでの０．１ｘＳＳＣ、０．１％のＳＤＳの二度の二度
水洗緩衝（マレイン酸緩衝（０．１Ｍのマレイン酸、０．１５ＭのＮａＣＩ、ペーハー７．５）の０．３％のＴｗｅｅｎ　２０）の５つの最小値のための平衡化の後、メンブレンは軽度なものかき混ぜの下で遮断の１％の溶液の１．５ｈブロック化された、
そうすると、１０ｍｌのアルカリホスファターゼ−複合化ヒツジ反ジゴキシゲニン抗体（ロシュ、ラヴァル、ＱＣ）の３０の最小値のための既治療は、１を薄めた：
比色染色または１のための１０００：
ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔな検出のための１００００。
抗体インキュベーションに続いて、メンブレンは水洗緩衝の１５の最小値のためのすすがれた三時間であって、検出緩衝（０．１Ｍのトリス−ＨＣＩ、０．１５ＭのＮａＣＩ、ペーハー９．５）の２つの最小値のために釣り合って、１７５のｊｇ／ｍｌの５−Ｂｒｏｍｏ−４−クロル−３−インドリル−リン酸塩、トルイジン塩（ＢＣＩＰ）および検出緩衝の３３０のｕｇ／ｍｌのナイトロ・ブルーテトラゾリウム塩化物（ＮＢＴ）によって汚れた。
代わりに、１：
ＣＳＰＤの１００の希釈は行使された、そして、化学発光はＢｉｏＭａｘを運用しているメーカの推奨（ロシュ、ラヴァル、ＱＣ）に、ＭＲコダック薄皮を一致させて検出された。
アレーＡｒｒａｙｓの精査および評価は、Ｍｕｌｔｉｓｃａｎ−４つのシステム（印加ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃなＩｎｓｔｒｕｍｅｎｔａｔｉｏｎ、ユージン、ＯＲ）を備えるオリンパス顕微鏡にスキャンされた、そして、
ＣＣＤソニーを９５０のカメラに塗る。
１つのファイルへの共役差積観測視野のデータ集めおよびモンタージュは、ノーザンＥｃｌｉｐｓｅ　Ｉｍａｇｉｎｇ　Ｓｙｓｔｅｍ（ＩｍａｇｉｎｇしているＥＭＰＩＸ、Ｍｉｓｓｉｓａｕｇａ、ＯＮ）の助けを借りて果たされた。
各々のドット、バックグラウンド引算、ハウスキーピング遺伝子に対する正規性およびペアード・ハイブリダイゼーションの比較での酵素反応の輝度の量的計測は、企業内ソフトウェアプログラムによって執行される全部であった。
プローブおよびプライマの結果Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ
共役差積データ・ベースの慎重な評価の後、６１のジーンは配列するために選択された。そして、９つのハウスキーピング遺伝子を勘定に入れた。
ジーンのこのセットは、Ｍｙｃ（ｃ、Ｎ、Ｌ　１およびＬ２）科、５つのｃ−Ｍｙｃ規制する係数（ＺＦＰ１６１、ｎｍ２３−Ｈ２Ｓ、ＭＢＰ−１、ＲＢＭＳ　１およびＲＢＭＳ２）、５つのｃ　Ｍｙｃ相互に作用しているジーン（ＹＹ１、ＴＦＩＩ−１、ＰＡＭ、ＭＭ−１およびαチューブリン）および４つのｃ　Ｍｙｃ標的ジーン（ｐｒｏｔｈｙｍｏｓｉｎα、ＭＲＤＢ、ＯＤＣ１およびｃｄｃ２５Ａ）と共に、ジーンを結合している３８のＥボックスを包含する。
正の制御は、形質発現（ＵＢＣ、β−アクチン、ＧＡＤＰＨ、ＨＰＲＴ１、フォスフォリパーゼ２、ＨＬＡ−Ｃ、ＰＲＳ９、アルドラーゼＣおよびＲＰＬ１３Ａ）、更にはＨｅＬａゲノムＤＮＡの共役差積レベルを有する９つのハウスキーピング遺伝子を勘定に入れる。
ラムダ・デオキシリボ核酸および２ｘＳＳＣ（倍速標準の塩溶液）（それは全てのプローブのための溶剤として運用された）は、陰性対照として選択された。
全てのジーンのためのプライマは、Ｐｒｉｍｅｒ３ソフトウェアの助けを借りて選択されて、それらがＰＣＲ反作用のための同じ条件と一致すると定めて、同様融解温度の産物を作り出した。
大部分の産物は、ＨｅＬａまたはリンパ球相補ＤＮＡから作り出された。
ＰＣＲ増幅が相補ＤＮＡから故障した場合に備えて、プライマはこれらのジーンの３’ｒｅｇｉｏｎにおいて選択された、そして、アンプリコンはＨｅＬａゲノムＤＮＡから作り出された。
全てのＰＣＲ反作用が９６穴フォーマットにおいてあることができたプライマの平均焼鈍温度は、あった。
プライマの産物および焼鈍温度の大きさおよび融解温度は、表４において表示される。
配列するためのＰＣＲ産物およびそれらの融解温度の平均繊度は、４４１５８ｂｐおよび、それぞれ、８０３のＣであった。
これらのパラメータを選択することはストリンジェント条件のハイブリダイゼーションおよびポスト−ハイブリダイゼーション水洗を許した。そして、徹底的に交差反応およびバックグラウンド・レベルの可能性を減少した。
プライマの良心的な選抜は、ジーン科の非常に近い構成メンバ間の若干のケースにおいて区別するために用いてもよい（（例えばＵＳＦ１および２）ＩＤ２，３、そして、４（Ｍｙｃ科の構成メンバ）その他、あるいは、ｃ−Ｍｙｃ．の２つの共役差積転写産物との間に）
周知のように、ｃ−Ｍｙｃで異なるいくつかの転写フォームがある。そして、調節性状（ＢｏｄｅｓｃｏｔおよびＢｒｉｓｏｎジーン１７４，１１５−１２０（１９９６））を変化させることで、共役差積促進因子から写される。
第１のエキソンおよび２ｎｄ−３ｄエキソンのプライマを選択することは、ｃ−Ｍｙｃのフルサイズで先端を切った種類間の識別を許した。
おそらくナイロン・メンブレンに印刷される相補ＤＮＡマイクロアレイｓを有するハイブリダイゼーションの結果に影響するハイブリダイゼーションＳｅｖｅｒａｌパラメータに影響している条件は、慎重に試験された。
まず第一に、ジーン・プロファイリング結果は、メッセンジャーＲＮＡかトータルＨｅＬａリボゾームリボ核酸を運用して検察された。
驚くべきことに、形質発現の全部のパターンは非常に類似していた、２、３のジーン（ＵＢＣ、ＲＰＬ−１３Ａ、ＭＢＰ−１）を除いては、メッセンジャーＲＮＡからのシグナルはよりいくつかの時間であった；
最も顕著な差は、ＵＢＣで見つけられた、
そこにおいて、
それは、５−ひだに接近した。
あるいは、ＨＰＲＴ１およびホスホリパーゼＡ２のためのシグナルは、トータル・リボゾームリボ核酸によってより高かった。
メッセンジャーＲＮＡの数量が限定要因である条件において、形質発現プロファイリングの結果の有意差なしで、トータル・リボゾームリボ核酸は、その代わりに運用されることができる。
ジーン−比プライマが運用されるときに、２つの逆転写酵素、Ｍｏｌｏｎｅｙマウス白血病ウィルス（ＭＭＬＶ）（ギブコＢＲＬ、バーリントン、ＯＮ）およびＯｍｎｉＳｃｒｉｐｔ（Ｑｉａｇｅｎ、ミシソーガ、ＯＮ）（ハイブリダイゼーションのためのジゴキシゲニンのラベルが付いた標的の生産のために運用される）の比較は形質発現プロファイルのいかなる差も見せなかった；
しかし、特に染色（テーブル５）の日以後、信号の強さはＭＭＬＶを有するラベリングの後、より強かった。
オリゴ、（ｄＴ）プライマはメッセンジャーＲＮＡによって運用された。そして、いくつかのジーンの発現量の若干の有意差は検出された。
より激しいＯｍｎｉＳｃｒｉｐｔ生成された２−３つの時間を有するラベリングは、ＲＰ−Ｓ９、ＲＰ−Ｌ１３Ａ、ｅｎｏｌａｓｅｌ、Ｎ−ＭｙｃおよびＭＡＤ４のために信号を送る。
どの緩衝がマイクロアレイｓ、ＥａｓｙＨｙｂＴＭ（ロシュ、ラヴァル、ＱＣ）およびホルムアミドに基づく緩衝を有するハイブリダイゼーションのためによりよいか決めることは、比較された。
ＨｅＬａメッセンジャーＲＮＡの形質発現プロファイルが緩衝液組成から独立しているとわかった、しかし、ホルムアミド緩衝（テーブル５）のハイブリダイゼーションおよび遮断の２％の試薬の添加がＥａｓｙＨｙｂと比較すると還元したバックグラウンドを助成したあと、シグナルはより高かった。それによって、次の精査および画質評価を容易にした。
共役差積厳しさの水洗条件が運用される（ＭａｔｅｒｉａｌｓおよびＭｅｔｈｏｄｓを参照のこと）ときに、根本的な相違点はＨｅＬａメッセンジャーＲＮＡの形質発現プロファイルで見つけられなかった。
よりストリンジェントの水洗は均一に全てのシグナルを下げて、より鋭い縁を有するシグナルを作り出した。そして、それらがスキャンして、鑑定するのがより簡単になった。
標準の水洗条件は、おそらく相補ＤＮＡマイクロアレイｓおよびジーン−比プライマを有するハイブリダイゼーションにおいて、十分にすでにストリンジェントである；
したがって、標準水洗は優先である。−その理由は、次のことにある。それはそれほど時間がかからない。
比較の明らかに課せられた（Ｈｙｂｏｎｄ−Ｎ＋）中性（Ｈｙｂｏｎｄ　Ｎ）を有するナイロン・メンブレンがセンシティビティの差を見せなかったこと。
この考慮を除いて、中性（Ｈｙｂｏｎｄ−Ｎ）ナイロン・メンブレンは、支持体を押印するためのそのより強い集合組織のために好ましい。
この強さは明らかに課せられたＨｙｂｏｎｄ−Ｎ＋メンブレン（それが見える印刷足型を保つとわかった）で、見つけられなかった。そして、画像分析および増加するバックグラウンドの合併症の原因となった。
表５から見られることができるように、通常１つの日に染色時間をオーバーナイトから増やすことは１０％だけシグナルの全体的な強さを増やした。
より長い染色時間は反作用のバックグラウンド・レベルを増やした。そして、それはより高いセンシティビティの可能な利点を示談にした。
ハイブリダイゼーション条件の変異は、全体的信号の強さを３０−４０％増やすことができる。
しかし、ポジの効果は相加的でない、そして、マイクロアレイｓのトータル輝度の最大差は５０％だけに近づく。
相補ＤＮＡマイクロアレイを有するＤＩＧのラベルが付いた標的のハイブリダイゼーションのための以下の条件は、最適である：
中性ナイロン・メンブレン、トータル・リボゾームリボ核酸を有する逆転写反作用、ジーン−比プライマおよびＭＭＬＶ上のプリント・プローブは、転写酵素、ホルムアミド緩衝のハイブリダイゼーションおよび条件をすすいでいる標準を取り消す。
これらの条件は、以下の段落に記載されている試験において履行された。
Ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｖ、センシティビティおよびＴｏが全体を取材することは長さ（３６８−７１１のｂｐ）の中で値域を定める相補ＤＮＡマイクロアレイハイブリダイゼーション（５つのジーン（ＭＲＤＢ、ＯＤＣ、ＴＦＩＩ−１、ｃｄｃ２５Ａおよびｃ−Ｍｙｃ））の特異性を鑑定するハイブリダイゼーションのｒｅｐｒｏｄｕｃｉｂｉｌｉｔｖは、産物を配列して、複合的なＰＣＲ反作用においてラベルをつけられて、相補ＤＮＡアレー（図６）によって交雑した。
Ａｓは予想した−アレー上の５つのサンプルだけはポジだった、コントロールとしてのＨｅＬａゲノムＤＮＡと同じく、ＨｅＬａゲノムＤＮＡが分類学的位置５１およびネガでの最も高い濃縮での点状であった遺伝子座によって、それが交雑するので、まだらのＨｅＬａゲノムＤＮＡが低い数量の中である分類学的位置１ａおよび１ｂで、ほとんど検出を興行しない。
みんなで、これらの試験は、交差反応（図４）の符号の証拠とならない。
センシティビティを概算して、相補ＤＮＡ　マイクロアレイハイブリダイゼーションのための較正曲線を誘導するために、この５−ジーンＰＣＲミックス（１０の、４，０．１および０．０４のｎｇ／ｍｌ）の共役差積濃縮は、アレーによって交雑した。
この試験の結果は、図５において起訴される。
同じ傾きｏｕｆ　４５２については、４−１０のｎｇ／ｍｌの領域の明らかなプラトーについては、半対数座標の一次従属は、全てのジーンのために観察された。
下部の検出限界は、アレーの共役差積プローブのために僅かに変化して、４０−１００と一致する
個体ジーンにつきｐｇ／ｍｌ。
これらの結果はジゴキシゲニン系（１０−３０のｐｇ／ｍｌ）の検出限界の近くにある。そして、メーカ（ロシュ、ラヴァル、ＱＣ）に一致する。
センシティビティのこのレベルは中間体豊度のメッセンジャーＲＮＡの検出を許す。そして、各々０．０４％以上のトータル細胞メッセンジャーＲＮＡを表示する。
アカウントに取得この検出レベル、中間体豊度の約７０のジーンを包含しているマイクロアレイを有するハイブリダイゼーションのために、７ｎｇのジーン−比プライマから作り出されるラベルをつけられたプローブが十分でなければならないと見積もられる。
次のハイブリダイゼーションのために、１０のｎｇ／ｍｌのラベルをつけられたプローブの濃縮は、選択された。
ジーンを有する反作用に比プライマとラベルをつけている標準逆転写の収率は、約２０である−４０ｎｇ；
したがって、１つのラベリング反作用は、２−４つの独立ハイブリダイゼーション反作用のための十分な産物を生む。
不安定な放射性のプローブとは対照的に、ＤＩＧのラベルが付いたプローブは、格納されることができて、数回再利用されることができる。
いくつかの月の間のａｔ２０　Ｃを格納した後に、ハイブリダイゼーション混合２−３つの時間を再利用することは、全く起源の人と調和した結果を与えた。
アレーは３６００ｄｐｉの解像力でスキャンされた、そして、結果は顕微鏡精査の結果と比較された。
一般に、繰り返されたドット間の多様性はスキャナの場合より高かった、そして、直線性はスキャナのソフトウェアによって影響されることができる。
スキヤナは、特にｃｈｅｍｉｌｕｍｅｎｅｓｃｅｎｃｅ検出が履行されるときに、ハイブリダイゼーション結果の原基評価のために運用されることができる。
Ｅボックス・ジーンの人間のｌｙｍｐｈｏｃｖｔｅｓ　Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎプロファイルと比較するとヘル細胞の形質発現プロファイリングは、ヒーラー細胞（図８ａ）および垂直線ヒトリンパ球（図８ｂ）を繰り返す際に決定された。
リンパ球、Ｅボックスに関連したジーンＴＣＦ４の調節の上の２−ひだより成られる最も顕著な修正、ＭＡＤ４およびＡｌｄｏｌａｓｅ　Ｃ．の
あるいは、ｃ−Ｍｙｃ規制するジーンＭＢＰ　１およびＮｍ２３−Ｈ２ＳのダウンレギュレーションおよびＮ−Ｍｙｃのｃ−Ｍｙｃおよび増加機構の小さいダウンレギュレーションは、ヒーラー細胞と比較するとリンパ球において登記された。
ｃ−Ｍｙｃ若干の相互に作用しているおよび標的ジーンの形質発現は、ｄｏｗｎ−（ＭＭ−１（ＯＤＣ　１））であるかまたはリンパ球においてｕｐ−ｒｅｇｕｌａｔｅｄした（ＰＡＭ（ＭｒＤｂ））。
また、
ヒーラー細胞と比較すると、小さいｕｐ−（ＭＩＴＦ（ＩＤ２））および下の（ＴＦＥＢ）調節はリンパ球のＥボックス−束縛いくつかのジーンの形質発現に認められた。
これらの結果は、図９ａ、９ｂおよび９ｃに示される。
気象概況相補ＤＮＡおよびオリゴヌクレオチドマイクロアレイｓは、遺伝子形質発現パターンを研究するためのますます強力な技巧になっている。
この場の耐性の発育にもかかわらず、技巧の若干の限界は、固執する。
主な障害のうちの１つは、大量のメッセンジャーＲＮＡのための必要条件である。
既存のマイクロアレイ系を有する他の問題は、データ鉱業である；
数万ジーンの形質発現上の情報が新規なジーンの機能を概算するために絶対に生活である間、若干のインスタンスにおいて、多数生理学的条件において、研究者はジーンのサブセットだけの形質発現プロファイルにおいて関係させられる。
何百または千において、ジーンの塊状ナンバーを有する通常のマイクロアレイｓから検出されてあることができるより、６１の中の３−６つのジーンの形質発現の有意差は、すでに非常に処理できる。
例えば、中で、
４５，０００のジーンのＳＡＧＡ解析、それがそれであるとわかった垂直線および癌性のヒト細胞の差別的に急送する。
類似した推定は、若令および古いハツカネズミの形質発現プロファイルの解析から生じた；
１．８％の約６，０００のジーンだけの形質発現は、２−ひだより変更される。ナイロン濾過器上のマイクロアレイｓを押印して、ジーン−比プライマを有する相補ＤＮＡにラベルをつけるためにジゴキシゲニンを運用することは、ハイブリダイゼーションにつき４ｐｇのトータル・リボゾームリボ核酸にわずか１の使用を許す。
これは、Ｃｌｏｎｔｅｃｈプロトコルおよびそれの放射活性によって達成されることができる同じセンシティビティである通常のマイクロアレイｓより非常に知覚しうる。
そして、それは、数個ｕを必要とする。ｇ　ｏｆｍＲＮＡ、
したがって、まず第一に、１００〜１，０００マイクログラムのトータル・リボゾームリボ核酸を必要とする。
加えて、高いラベリング・センシティビティのＤＩＧのラベルが付いたプローブは、長い間格納されることができて、ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔｌｙであるか放射能のようにラベルをつけられたものとは対照的に、いくつかの時間を再利用した。
そして、ラベリングのためのジゴキシゲニンを使用して、マイクロアレイの含有物のためものジーンの精選は、放射性のラベリングの他の不利な点を回避するのを助ける：
Ｅ−ボックスマイクロアレイのジーンは、豊度（中間であるか低く多量の）の同じカテゴリの全部である。
非常に多量のジーンを除外することは、強いシグナルの組み合わせの問題を削除する。
若干の環境のマージされたシグナルは、実質的に精査のプロセスを複雑にして、データ集め段の間、頼みにならない結果の原因となる。
放射性で蛍光性のプローブ方法をｓｕｐｅｒｃｅｄｉｎｇして、酵素のラベリング方法を運用する他利点は、時間節約のおよび繰返し性見方である。
一般に、ラベリング相補ＤＮＡ、ハイブリダイゼーション、水洗のために必要とされる段を含む、インキュベーションをアルカリホスファターゼで仕上げる開始からのこのプロセスは、反ジゴキシゲニン抗体を活用させた、
上下限アルカリホスファターゼの顕色のための染色、
データ集めのための精査は、最高２つの日を必要とする。
これはセーブが必要とされる最高８つのｄａｙｓ’ｅｘｐｏｓｕｒｅによって比較した相当な時３２Ｐ放射性である、または、３３Ｐはプローブにラベルをつけた。
ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔｌａｂｅｌｅｄされたプローブの上の酵素のラベルが付いたプローブの利点は、データ評価段のコスト・セーブである、
そこにおいて、
手段は安価なルーチンの直立顕微鏡を必要とするのに、ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔｌａｂｅｌｅｄされたプローブは高価なレーザー検出システムまたはコンフォーカル顕微鏡配列の使用を必要とする。
蛍光が精査プロセスの後、容易に漂白されることができるという悪名高い事実をプラスして、これは我々の酵素の方法を、起源の信号の強さに負けることのない安価な顕微鏡によって、繰り返しアレーをスキャンする能力のために、はるかに上部にする。
これらの結果が、次のように市販の遺伝子形質発現アレイシステムと比較してあることがありえる：
【表６】
2004502129.tif 000010
【表４】
2004502129.tif 000011
【表４のつづき】
2004502129.tif 000012
【表４のつづき】
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【表４のつづき】
2004502129.tif 000014
【表５】
2004502129.tif 000015
【図面の簡単な説明】
【図１】
図１ａ、ポンド、１ｃ、１ｄおよび１つのｅは、マイクロアレイｓを作るための器具を興行する。
【図２】
図２ａ−ｅは、鋳型定義、繰返し、頼みにならない領域検出およびスポット・ラベリングの全ての段の証拠となる。
ｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたスポット（ａｓ’＊と分類される）を区別することは、容易である』、そして、ｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたスポットの陰影によってねじれたそれらは、ラベルをつけた？』。
スポットの標識は、起源の影像上の目視によって確かめられる、
そこにおいて、
矢印は、ｏｖｅｒ−ｅｘｐｒｅｓｓｅｄされたものの影でスポットの分類学的位置を開示する。
図２ａは、ＣｌｏｎＴｅｃｈ相補ＤＮＡアレーの部分の生の影像である。
アレー定量化法はＣｌｏｎＴｅｃｈアトラス相補ＤＮＡ　Ｆｉｌｔｅｒ　Ａｒｒａｙｓを分析することによって試験された。そして、それは正副二通作成して５８８の相補ＤＮＡ元素点状を含む。
ユーザーマニュアルに続くことはメーカによって規定されて、オートラジオグラフは放射活性ラベリング、アレー・ハイブリダイゼーションおよび水洗の手続きの後、獲得された。
デジタル画像は、グレースケールおよびガンマ補正が使用禁止にした８ビットについては、３００のＤＰＩでオートラジオグラフ直立をスキャンすることによって獲得される。
Ａ　３＊３は、ピクセル平滑フィルタがゴマ塩のノイズを減軽するために行使されたことを射程距離が長い。
初期位置は起源の影像上の格子鋳型にかぶせる。そして、それはＣｌｏｎＴｅｃｈ濾過器の１つの遮断である。
ユーザーは、グラフィカルユーザーインタフェースを経た左のこまて正しい最下段コーナーのスポットの分類学的位置を規定することを必要とする。
方程式（５）および（６）において、パラメータはセットされる；
￣ｐ；
＝１およびｒ＝５０。
図２ｂは、原型鋳型を有する初期のアランメントである。
図２ｃは、変形可能な鋳型の自動機械繰返しによる素晴らしいアランメントである。
図は、２ｄ、数理形態によって検出される頼みにならない領域（イエロー）を興行する。
構造化元素は、理想的なサンプル・スポットと同じ大きさを有する円板に選ばれる。
図２ｅは、スポットの自動機械ラベリングを興行する、頼みにならない領域対応する（『＊’ｏｖｅｒ−急送されたスポット；
『？−陰影によってゆがめられるスポット；
『ｏ．ｐｒｉｍｅ．−垂直線スポット）。
【図３】
図３ａ−３ｄは、繰返し性および信頼性の質的で量的数的表現を興行する。
ハツカネズミ相補ＤＮＡが配列するＣｌｏｎＴｅｃｈアトラスの２つの遮断（転写因子および一般のＤＮＡ結合性タンパク質）は、同じ変形可能な鋳型手段を運用して量を定められた。
画像化条件は、２ａ．、図に記載の同じものである。
２つの独立作働遺伝子は、原型鋳型（図３ａ）の初期位置（左のこまて正しい最下段コーナー）を規定することを必要とする。
各々の作働遺伝子は、１つのサンプル三時間上の同じ手続きを反覆する。
簡潔さのためにスポットの正規化された輝度の［０，０．３３］低豊度が中間の豊度として定義されて、高量−豊度として定義される［０．６７，１］ように［０．３３，０．６７］、定義されてある。
輝度対相対誤差は、低豊度スポットの量を定める際の間違いがｍｅｄｉｕｍ−ａｎｄ高い豊度スポットの量を定める際の高いとわかることを証明する。
輝度対比率の最大の間違いは、低豊度スポットの中の比率の間違いが他のスポット（図３ｂ）より高いとわかることを証明する。
望ましくない正規性の実例は、コントロール・ジーン（図３ｃ）と比較されている２つのサンプルの遺伝子形質発現と比較する。
ラインＬ１は、２つの同一のサンプルの理想的なケースである：
Ｓ１ｉ＝Ｓ２１（ｉ＝１）．．．，Ｎ；
ラインＬ２は、実試料の中心線である；
ラインＬ３は、実コントロールの中心線である。
正規性手続きは、角度Ｓｉ（Ｌ２（Ｌ３））によって、座標空間を回転させるとしてよく理解されていることがありえる。
このように、正規性の信頼性は、角度０（Ｌ１（Ｌ３））およびＢ（Ｌ２（Ｌ３））（３ｄを計算する）によって鑑定されることができる。
より大きい‖角度、より少ない頼りになるもの正規性。
このケース（０（Ｌ１（Ｌ３））＝−２９）の。
３０，
０（Ｌ２（Ｌ３））＝−１４。
５８．
望ましい正規性の実例は、見えられる
図：
０（ｌｕｉ（Ｌ３））＝−０。
９６、Ｓｉ（Ｌ２（Ｌ３））＝２。
１３．
【図４】
図４は、Ｅ−ボックス束縛に関連した遺伝子形質発現の評価のための相補ＤＮＡマイクロアレイハイブリダイゼーションを興行する。
各々のジーンの略記号については、マトリックス分類学的位置は、寄託される同一の総計を有するドットの三反複の各々の遺伝子座の下に書かれる；
Ｘ−座標はナンバー１，２，３，４を記載する、そして、５つの分類学的位置およびＹ−座標はｔｈｅ”ａ”ｔｈｒｏｕｇｈ”ｏ”ｐｏｓｉｔｉｏｎｓを記載する。
各々のジーン・トリプレットのためのマトリックス所在は、それからＸ（Ｙ座標）として識別される。
例えば、５ｋはＮ−Ｍｙｃの分類学的位置を記載する、そして、３ｄはＭａｄの分類学的位置を記載する。
同じ座標は、また、表４に含まれる。
【図５】
図５ａおよびｂは、ヘル細胞のＥ−ボックス束縛に関連した遺伝子形質発現の形質発現プロファイルを興行する。
図５ａ−トータル・リボゾームリボ核酸は、ジーン比プライマを有するＲＴ反作用のジゴキシゲニンによってラベルをつけられた；
図５ｂ−メッセンジャーＲＮＡは、ＲＴ反作用のジゴキシゲニンによってラベルをつけられたオリゴ（ｄＴ）プライマ。
マトリックスの範囲内の矢印は、Ｉ−ヘル・デオキシリボ核酸（正の制御）の分類学的位置を興行する；
ＩＩ−ラムダ・デオキシリボ核酸（陰性対照）；
７７７−ＵＢＣ；
ＩＶ−ＲＰＬ−１３Ａ；
Ｖ−ＭＢＰ−１；
ＶＩ−ＨＰＲＴ１．
ドット間の遠位は、１ｍｍのバールで測定されることができる。
【図６】
図６は、５対の相補ＤＮＡマイクロアレイを有するプライマを有するマルチプレックスＰＣＲの産物のハイブリダイゼーションを興行する。
マトリックスの範囲内の矢印は、以下を示している：
Ｉ−Ｍｒｄｂ；
ＩＩ−ｃ　Ｍｙｃ　ｐ６４；
ＩＩＩ−ＴＦＩＩ−１；
ＩＶ−ＯＤＣ　１；
Ｖ−ｃｄｃ２５Ａ；
ＶＩ−ヘル・ゲノムＤＮＡ。
【図７】
図７はＭｒｄｂ、ｃ−Ｍｙｃ、ＴＦＩＩ−１、ＯＤＣ１およびｃｄｃ２５ａを含む５つのジーンの濃縮間の類縁を興行する、そして、ハイブリダイゼーションの輝度は信号を送る。
対数的近似は、示される。
ドット輝度は、Ｙ軸上の任意のユニットによって表示される；
濃縮は、Ｘ軸上のｎｇ／ｍｌとして測定される。
【図８】
図８ａおよび８ｂは、ヘル細胞（図８ａ）および垂直線ヒトリンパ球（図８ｂ）のＥボックスに関連したジーンの形質発現プロファイルを興行する。
以下の通りのマトリックス印分類学的位置の範囲内の矢印
Ｉ−Ａｌｄｏｌａｓｅ　Ｃ；
７／−Ｍａｄ４；
ＩＩＩ−ＭＢＰ−１。
【図９】
図９ａ、ｂおよびｃは、ヘル細胞およびヒトリンパ球のＥボックス遺伝子形質発現のｐａｉｒｗｉｓｅ比較を表す。
２つの独立ハイブリダイゼーションは、細胞の各々の型のために平均値になる。次元の９ａ−Ｔｈｒｅｅおよび９ｂ−ｔｗｏ−ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌな図（遺伝子形質発現の差の表現）を計算する。
各々のパネルは図８ａの１つのずい柱と一致する、そして、各々のバールは個人のジーンを表示する。
【数１】2004502129.tif 000016
一般の利得を有するジーンまたは相対比値上の依存関係の形質発現の減失の９ｃ−Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎを計算する。
サンプルＳ　１およびＳ２間の比率が計算される相対的なひだ
ＤＡ＝？範囲の値を生む最大値（５１、５２）の［−１、＋１］。
正値はアップレギュレーションと一致する、そして、サンプルＳ２のジーンの中で、負の数はダウンレギュレーションと一致する。
相対的なひだ比率はコンベンショナルなひだ比率のそれに類似した意味を有する。但し、次の場合は除く−値は正規化されて、明白な身体的な解読については、相称である。
０．５が二つを正規化して、二倍の上または下−調節と一致する＝がサンプルをとるＲＤＭ（ＳＩ（Ｓ２））；
比較的定常的な発現量の一組のハウスキーピング遺伝子はコントロールとして選択された、そして、線形正規性は行使された。
図１は、
【図１ｃ】
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【図１ｅ】
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【図３】
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【図４】
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【図７】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【国際公開パンフレット】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際公開パンフレット（コレクトバージョン）】
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【国際調査報告】
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