(57)【要約】本発明は、精製度の低いデンプンを発酵工程で利用する方法に関する。一例は、（１，６）結合を含有する小型オリゴマー（イソマルトースおよびパノースをはじめとするがこれに限定されるものではない）を発酵で利用して有用な生成物を産生できる、外因性細胞外イソアミラーゼ活性を含有する組換え大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）である。本発明は基材炭水化物の経費を削減することにより、大規模工業的バイオ発酵で有用である。【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）アミノ酸配列のＳＥＱＩＤ番号：２、４、または６をコード化する単離核酸分子、
（ｂ）以下のハイブリッド形成条件で（ａ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、および
（ｃ）（ａ）または（ｂ）に相補的である核酸分子
よりなる群から選択される、α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドをコード化することを特徴とする単離核酸分子。
【請求項２】
ＳＥＱＩＤ番号：１、３、および５からなる核酸分子の群から選択されることを特徴とする請求項１に記載の単離核酸分子。
【請求項３】
請求項１に記載の単離核酸分子によってコード化されることを特徴とするポリペプチド。
【請求項４】
ＳＥＱＩＤ番号：２、４、および６よりなる群から選択されことを特徴とする請求項３に記載のポリペプチド
【請求項５】
（ａ）α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドに作動可能に連結されたシグナルペプチドから構成されるキメラタンパクをコード化する単離核酸分子、
（ｂ）以下のハイブリッド形成条件下で（ａ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃、および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、および
（ｃ）（ａ）または（ｂ）に相補的な核酸分子
よりなる群から選択される、α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドをコード化することを特徴とする単離核酸分子。
【請求項６】
前記シグナルペプチドがＳＥＱＩＤ番号：２４またはＳＥＱＩＤ番号：２５であることを特徴とする請求項５に記載の単離核酸分子。
【請求項７】
前記α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドが、ＳＥＱＩＤ番号：２、４、６、１７、または３１であることを特徴とする請求項５に記載の単離核酸分子。
【請求項８】
前記シグナルペプチドがＳＥＱＩＤ番号：２４またはＳＥＱＩＤ番号：２５であり、前記α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドがＳＥＱＩＤ番号：２、４、６、１７、または３１であることを特徴とする請求項５に記載の単離核酸分子。
【請求項９】
前記シグナルペプチドがＳＥＱＩＤ番号：２６またはＳＥＱＩＤ番号：２７で示されるシグナル配列によってコード化されることを特徴とする請求項５に記載の単離核酸分子。
【請求項１０】
前記α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドをコード化し、単離核酸分子がＳＥＱＩＤ番号：１、ＳＥＱＩＤ番号：５、ＳＥＱＩＤ番号：１６、またはＳＥＱＩＤ番号：３０で示される配列を有することを特徴とする請求項５に記載の単離核酸分子。
【請求項１１】
ＳＥＱＩＤ番号：３、ＳＥＱＩＤ番号：２８、ＳＥＱＩＤ番号：３２、ＳＥＱＩＤ番号：３４、ＳＥＱＩＤ番号：３６、ＳＥＱＩＤ番号：３８、ＳＥＱＩＤ番号：４０、またはＳＥＱＩＤ番号：４２よりなる群から選択されることを特徴とする請求項５に記載の単離核酸分子。
【請求項１２】
請求項５に記載の核酸分子によってコード化されることを特徴とするポリペプチド。
【請求項１３】
請求項９、請求項１０、または請求項１１に記載の単離核酸分子によってコード化されることを特徴とするポリペプチド。
【請求項１４】
ＳＥＱＩＤ番号：４、ＳＥＱＩＤ番号：２９、ＳＥＱＩＤ番号：３３、ＳＥＱＩＤ番号：３５、ＳＥＱＩＤ番号：３７、ＳＥＱＩＤ番号：３９、ＳＥＱＩＤ番号：４１、およびＳＥＱＩＤ番号４３よりなる群から選択されることを特徴とする請求項１３に記載のポリペプチド。
【請求項１５】
適切な制御配列に作動可能に連結された、請求項１または請求項５に記載の単離核酸分子を含むことを特徴とするキメラ遺伝子。
【請求項１６】
前記適切な制御配列が、ＣＹＣ１、ＨＩＳ３、ＧＡＬ１、ＧＡＬ１０、ＡＤＨ１、ＰＧＫ、ＰＨＯ５、ＧＡＰＤＨ、ＡＤＣ１、ＴＲＰ１、ＵＲＡ３、ＬＥＵ２、ＥＮＯ、ＴＰＩ、ＡＯＸ１、ｌａｃ、ａｒａ、ｔｅｔ、ｔｒｐ、ＩＰＬ、ＩＰＲ、Ｔ７、ｔａｃ、ｔｒｃ、ａｐｒ、ｎｐｒ、ｎｏｓ、およびＧＩを含む群から選択されることを特徴とする請求項１５に記載のキメラ遺伝子。
【請求項１７】
請求項１５に記載のキメラ遺伝子を含むことを特徴とするベクター。
【請求項１８】
請求項１５に記載のキメラ遺伝子を含むことを特徴とする形質転換された宿主細胞。
【請求項１９】
前記キメラ遺伝子が染色体に組み込まれるか、またはプラスミドにより運搬されることを特徴とする請求項１８に記載の形質転換された宿主細胞。
【請求項２０】
宿主細胞が細菌、酵母菌、および糸状菌よりなる群から選択されることを特徴とする請求項１８に記載の形質転換された宿主細胞。
【請求項２１】
前記形質転換された宿主細胞がアスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、トリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）、サッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、ピチア（Ｐｉｃｈｉａ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、ハンゼヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、アシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、アルスロバクター（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ）、ブレビバクテリウム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アシドボラック（Ａｃｉｄｏｖｏｒａｘ）、バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、またはコリネバクテリウム（Ｃｏｒｎｙｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属から選択されることを特徴とする請求項２０に記載の形質転換された宿主細胞。
【請求項２２】
前記形質転換された宿主細胞が大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）であることを特徴とする請求項２０に記載の形質転換された宿主細胞。
【請求項２３】
（ａ）適切な条件下で限界デキストリン存在下において、
（ｉ）α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドに作動可能に連結されたシグナルペプチドから構成されるキメラタンパクをコード化する単離核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃、および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子、および
（ｉｖ）単糖類を標的分子に転換するための少なくとも１つのキメラ遺伝子
を含む形質転換された宿主細胞を接触させ、これにより標的分子を製造する工程と、
（ｂ）（ａ）で製造された標的分子を任意選択的に回収する工程と
を含むことを特徴とする組換え宿主細胞中における標的分子の製造方法。
【請求項２４】
（ａ）適切な条件下で限界デキストリン存在下において、
（ｉ）α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドに作動可能に連結されたシグナルペプチドから構成されるキメラタンパクをコード化する単離核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃、および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）と相補的な核酸分子、および
（ｉｖ）単糖類をグリセロールに転換するための少なくとも１つのキメラ遺伝子
を含む形質転換された宿主細胞を接触させ、これによりグリセロールを製造する工程と、
（ｂ）（ａ）で製造されたグリセロールを任意選択的に回収する工程と
を含むことを特徴とする組換え宿主細胞中におけるグリセロールの製造方法。
【請求項２５】
（ａ）適切な条件下で限界デキストリン存在下において、
（ｉ）α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドに作動可能に連結されたシグナルペプチドから構成されるキメラタンパクをコード化する単離核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＥＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子、
（ｉｖ）単糖類を１，３−プロパンジオールに転換するための少なくとも１つのキメラ遺伝子
を含む形質転換された宿主細胞を接触させ、これにより、１，３−プロパンジオールを製造する工程と、
（ｂ）（ａ）で製造された１，３−プロパンジオールを任意選択的に回収する工程と
を含むことを特徴とする組換え宿主細胞中における１，３−プロパンジオールの製造方法。
【請求項２６】
（ａ）適切な条件下で限界デキストリン存在下において、
（ｉ）α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドに連結されたシグナルペプチドで構成されるキメラタンパクをコード化する単離核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、および
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子
を含む形質転換された宿主細胞を接触させる工程と、
（ｂ）（ａ）で製造された細胞塊を任意選択的に回収する工程と
を含むことを特徴とする組換え宿主細胞中の細胞塊の製造方法。
【請求項２７】
前記シグナルペプチドがＳＥＱＩＤ番号：２４またはＳＥＱＩＤ番号：２５を含むことを特徴とする請求項２３、請求項２４、請求項２５、または請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
（ａ）適切な条件下で限界デキストリン存在下において、
（ｉ）ＳＥＱＩＤ番号：２、６、１７、および３１よりなる群から選択されるアミノ酸配列をコード化する単離核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子、および
（ｉｖ）単糖類を標的分子に転換するための少なくとも１つのキメラ遺伝子
を含む形質転換された宿主細胞を接触させ、これにより、前記標的分子を製造する工程と、
（ｂ）（ａ）で製造された標的分子を任意選択的に回収する工程と
を含むことを特徴とする組換え宿主細胞中における標的分子の製造方法。
【請求項２９】
（ａ）適切な条件下で限界デキストリン存在下において、
（ｉ）ＳＥＱＩＤ番号２、６、１７、および３１よりなる群から選択されるアミノ酸配列をコード化する単離核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子、および
（ｉｖ）単糖類を１，３−プロパンジオールに転換するための少なくとも１つのキメラ遺伝子
を含む形質転換された宿主細胞を接触させ、これにより、１，３−プロパンジオールを製造する工程と、
（ｂ）任意選択的に（ａ）で製造された１，３−プロパンジオールを回収する工程と
を含むことを特徴とする組換え宿主細胞中における１，３−プロパンジオールの製造方法。
【請求項３０】
（ａ）適切な条件下で限界デキストリン存在下において、
（ｉ）ＳＥＱＮＯ：２、６、１７、および３１よりなる群から選択されるアミノ酸配列をコード化する単離核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で、（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子、および
（ｉｖ）単糖類をグリセロールに転換するための少なくとも１つのキメラ遺伝子
を含む形質転換された宿主細胞を接触させる、これにより、グリセロールを製造する工程と、
（ｂ）（ａ）で製造されたグリセロールを任意選択的に回収する工程と
を含むことを特徴とする組換え宿主細胞中におけるグリセロールの製造方法。
【請求項３１】
（ａ）適切な条件下で限界デキストリン存在下において、
（ｉ）ＳＥＱＩＤ番号：２、６、１７、および３１よりなる群から選択されるアミノ酸配列をコード化する単離核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ，０．１％ＳＤＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子
を含む形質転換された宿主細胞を接触させ、これにより、細胞塊を製造する工程と、
（ｂ）（ａ）で製造された細胞塊を任意選択的に回収する工程と
を含むことを特徴とする組換え宿主細胞中における細胞塊の製造方法。
【請求項３２】
前記シグナルペプチドがＳＥＱＩＤ番号：２４またはＳＥＱＩＤ番号：２５であることを特徴とする請求項２８、請求項２９、請求項３０、または請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
（ａ）適切な生育条件下で、
（ｉ）ＳＥＱＩＤ番号：２、６、１７、および３１よりなる群から選択される酵素をコード化する核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ，６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子
を含む形質転換された宿主細胞を、有効量の限界デキストリン基材と接触させる工程と、
（ｂ）任意選択的に工程（ａ）の生成物を回収する工程と
を含むことを特徴とする限界デキストリンを分解する方法。
【請求項３４】
ＳＥＱＩＤ番号：１７で示される配列を有するポリペプチドと比較した場合に、アライメントのＢＬＡＳＴＰ法に基づいて少なくとも６９％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドであり、該ポリペブチドがα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解する活性を有することを特徴とするポリペプチド。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、分子生物学の分野に関する。より具体的には、それはデンプン生成物を発酵生成物に効率的に転換する酵素を発現する遺伝子を含有する微生物宿主について記載する。
【０００２】
（関連出願の相互参照）
本願明細書は、２００２年８月２３日に出願された米国仮出願第６０／４０５，８９６号の利益を主張する。
【背景技術】
【０００３】
発酵は、再生可能な供給原料を所望の生成物に生体触媒転換するための重要な技術である。炭水化物は発酵産業における伝統的な供給原料である。基材として使用される炭水化物が、それ以外のあらゆる単一構成要素よりも製造原価に寄与することはよくある。特定のプロセス次第で、発酵の総費用の２５〜７０％は、炭水化物源によるかもしれない。（（非特許文献１）、（非特許文献２））。このような経済的理由から、高度に精製されたグルコースまたはスクロースが、基材として使用できることは滅多にない。
【０００４】
炭水化物であるデンプンは、それぞれが連結された反復する単糖類（グルコース）鎖の単位からなる、２つの異なる多糖類の混合物である。混合物は、２つの独立した多糖類、アミロースおよびアミロペクチンからなる。アミロースはα（１，４）グリコシド結合のみを通じて結合したグルコース単位がある直鎖多糖類である。アミロペクチン中のグルコース単位は、α（１，４）グリコシド結合を通じても連結し、さらにグルコース残基３０個毎に約１つのα（１，６）グリコシド結合を通じても連結する。デンプン中のアミロペクチンとアミロースとの比率は、植物種毎に変化するが、概して３〜４対１の範囲である（非特許文献３）。
【０００５】
市販のデンプンは、主に湿式粉砕処理を通じて生産される。しかし湿式ミルからの最終生成物は、非常にわずかな未処理のデンプンを含む。作られた生成物の大部分は、圧倒的に完全処理されたデンプン（グルコースを含む単糖類）またはデンプン由来のより小さな分解生成物の形態である。典型的にデンプンをより小さな鎖に切断するために、アミラーゼ酵素が使用される（非特許文献４）。様々な市販のα−アミラーゼ源が存在するが、酵素源に関わらず反応生成物は、大きさおよび連鎖タイプについて概して同じである。デンプンのアミラーゼ消化は、２〜１０個のグルコース単位（オリゴ糖）を含有する小さなデンプン鎖を含む、限界デキストリンとして知られる生成物をもたらす。アミラーゼはアミロペクチン中のα（１，６）グリコシド結合を加水分解できないため、限界デキストリンは、α（１，４）−およびα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖の双方を含有する。代案としては、生デンプンを非酵素的手段（例えば酸加水分解による）で処理して、限界デキストリンに実質的に類似のデンプン生成物を生成しても良い。
【０００６】
湿式粉砕産業では、限界デキストリンを発酵の炭素源として使用して、様々な化学物質、市販の酵素、または抗生物質を製造するために、さらにグルコースに加工する。発酵プロセスにおいて普及している生体触媒である大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）を使用する場合、比較的純粋なグルコースが炭水化物源として好ましい。これは大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）が、一般に代案の廉価な発酵培地に含有される、限界デキストリンの構成要素（すなわちパノース、イソマルトース、そして約１０個のα（１，４）−結合したグルコース単位よりも大きい鎖を有する高分子量オリゴ糖）を利用しないためである（非特許文献５）。細胞外に供給された場合、α（１，６）−結合を含有するグルコースオリゴマーは細胞内に移送されず、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）はこの材料を分解する酵素を生産しない（非特許文献６）。
【０００７】
デンプンから大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）が使用するのに適した比較的純粋なグルコースを作ることは、多くのプロセス工程と追加的な酵素を必要とし、製品製造経費が極めて加算される。
【０００８】
したがって解決すべき問題は、大規模発酵製造プロセスにおいて、廉価なデンプン生成物を利用する工程の欠如である。廉価で部分的に分解されたデンプンをより完全に発酵する能力は、発酵を通じて製造される製品の製造原価を引き下げる。
【０００９】
【特許文献１】米国特許第５，６８６，２７６号明細書
【特許文献２】米国特許第５，１０７，０６５号明細書
【特許文献３】米国特許第５，２３１，０２０号明細書
【特許文献４】米国特許第４，６８３，１９５号明細書
【特許文献５】米国特許第４，８００，１５９号明細書
【特許文献６】米国特許第４，６８３，２０２号明細書
【特許文献７】米国特許第５，６０５，７９３号明細書
【特許文献８】米国特許第５，８１１，２３８号明細書
【特許文献９】米国特許第５，８３０，７２１号明細書
【特許文献１０】米国特許第５，８３７，４５８号明細書
【特許文献１１】米国特許第５，５６５，３５０号明細書
【特許文献１２】ＰＣＴ／ＵＳ９３／０３８６８
【特許文献１３】米国特許第５，３６６，８６０号明細書
【特許文献１４】欧州特許第２７２，００７号明細書
【特許文献１５】米国特許出願第１０／４２０，５８７号明細書
【特許文献１６】米国特許第６，３５８，７１６号明細書
【特許文献１７】米国特許第６，０１３，４９４号明細書
【非特許文献１】クリューガー（Ｃｒｕｅｇｅｒ）およびクリューガー（Ｃｒｕｅｇｅｒ）著、「バイオテクノロジー：工業生物学テキストブック（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｔｅｘｔ  ｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ）」、Ｓｉｎａｕｅｒ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ：サンダーランド、マサチューセッツ、１２４〜１７４ページ（１９９０）
【非特許文献２】アトキンソン（Ａｔｋｉｎｓｏｎ）およびマヴィチュナ（Ｍａｖｉｔｕｎａ）著、「生化学工業およびバイオテクノロジー・ハンドブック（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ａｎｄ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ）」第二版、Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ、ニューヨーク、２４３〜３６４ページ（１９９１）
【非特許文献３】カイヌマ（Ｋａｉｎｕｍａ）著、１２５〜１５０ページ、（「デンプン（Ｓｔａｒｃｈ）」、ウィスラー（Ｗｈｉｓｔｌｅｒ）、ベミラー（Ｂｅｍｉｌｌｅｒ）、およびパシュカル（Ｐａｓｈｃａｌｌ）編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、オーランド、フロリダ（１９８４）
【非特許文献４】ブランチャード（Ｂｌａｎｃｈａｒｄ）著、「コーン湿式粉砕技術（Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｃｏｒｎ  Ｗｅｔ  Ｍｉｌｌｉｎｇ）」（１９９２）、Ｅｌｓｅｉｖｅｒ、アムステルダム、オランダ、１７４〜２１５ページ
【非特許文献５】リン（Ｌｉｎ）「大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）およびサルモネラ・タイフィムリウム（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ａｎｄ  Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｉｕｍ）」、２４５〜２６５ページ、ニードハート（Ｎｅｉｄｈａｒｄｔ）編、米国微生物学会、ワシントンＤ．Ｃ．（１９８７）
【非特許文献６】パルマー（Ｐａｌｍｅｒ）ら著、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．３９：６０１〜６１２（１９７３）
【非特許文献７】ヴィヒネン（Ｖｉｈｉｎｅｎ）およびマンツァラ（Ｍａｎｔｓａｌａ）著、Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４：３２９〜４２７（１９８９）
【非特許文献８】ナガラジャン（Ｎａｇａｒａｊａｎ）ら著、Ｇｅｎｅ、１１４：１２１〜１２６（１９９２）
【非特許文献９】シモーネン（Ｓｉｍｏｎｅｎ）およびパルヴァ（Ｐａｌｖａ）著、（１９９３）Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．５７：１０９〜１３７
【非特許文献１０】フェケス（Ｆｅｋｋｅｓ）およびドリエッセン（Ｄｒｉｅｓｓｅｎ）著（１９９９）Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．６３：１６１〜１７３
【非特許文献１１】ベー（Ｂａｅ）およびシュネーウィンド（Ｓｃｈｎｅｅｗｉｎｄ）著、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．、１８５：２９１０〜２９１９（２００３）
【非特許文献１２】ヴィヒネン（Ｖｉｈｉｎｅｎ）およびマンツァラ（Ｍａｎｔｓａｌａ）著、Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４：３２９〜４１８（１９８９）
【非特許文献１３】クラシ―コフ（Ｋｒａｓｉｋｏｖ）ら著、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｍｏｓｃｏｗ）、６６：３３２〜３４８（２００１）
【非特許文献１４】「酵素命名法（Ｅｎｚｙｍｅ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ）」、Ｃ．（ウェブ）Ｗｅｂｂ編（１９８４）、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、サンディエゴ、カリフォルニア
【非特許文献１５】スズキ（Ｓｕｚｕｋｉ）およびトムラ（Ｔｏｍｕｒａ）著、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１５８：７７〜８３（１９８６）
【非特許文献１６】ホイッティンゲット（Ｗｈｉｔｉｎｇｅｔ）ら著、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．、１３９：２０１９〜２０２６（１９９３）
【非特許文献１７】アデュス−オポク（Ａｄｕｓｅ−Ｏｐｏｋｕ）ら著、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．、１３７：７５７〜７６４（１９９１）
【非特許文献１８】ヘンリサット（Ｈｅｎｒｉｓｓａｔ）著、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．、２８０：３０９〜３１６（１９９１）
【非特許文献１９】ヘンリサット（Ｈｅｎｒｉｓｓａｔ）およびバイロック（Ｂａｉｒｏｃｈ）著、Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．，２９３：７８１〜７８８（１９９３）
【非特許文献２０】「デンプン加水分解産物およびそれらの誘導体のハンドブック（Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｓｔａｒｃｈ  Ｈｙｄｒｏｌｙｓｉｓ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ）」Ｍ．Ｗ．カーズリー（Ｋｅａｒｓｅｌｙ）およびＳ．Ｚ．ディージック（Ｄｚｉｅｄｚｉｃ）編、Ｂｌａｃｋｉｅ  Ａｃａｄｅｍｉｃ  ＆  Ｐｒｏｆｅｓｓｉｏｎａｌ、８６ページ
【非特許文献２１】ヘームス（Ｈａｍｅｓ）およびヒギンズ（Ｈｉｇｇｉｎｓ）編、（１９８５）「核酸ハイブリッド形成法（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｓａｔｉｏｎ）」、ＩＲＬＰｒｅｓｓ、オックスフォード、イギリス
【非特許文献２２】「コンピュータ分子生物学（Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ）」、レスク（Ｌｅｓｋ）Ａ．Ｍ．編、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ、ニューヨーク（１９８８）
【非特許文献２３】「バイオコンピューティング：情報およびゲノムプロジェクト（Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔｓ）」、スミス（Ｓｍｉｔｈ），Ｄ．Ｗ．編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、ニューヨーク（１９９３）
【非特許文献２４】「配列データのコンピュータ分析（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａ）」第１部、グリフィン（Ｇｒｉｆｆｉｎ），Ａ．Ｍ．およびグリフィン（Ｇｒｉｆｆｉｎ），Ｈ．Ｇ．編、Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ、ニュージャージー（１９９４）
【非特許文献２５】「分子生物学における配列分析（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ）」フォン・ハインジェ（ｖｏｎ  Ｈｅｉｎｊｅ），Ｇ．編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ（１９８７）
【非特許文献２６】「配列分析プライマー（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐｒｉｍｅｒ）」グリブスコフ（Ｇｒｉｂｓｋｏｖ），Ｍ．およびデベロー（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ），Ｊ．編、Ｓｔｏｃｋｔｏｎ  Ｐｒｅｓｓ，ニューヨーク（１９９１）
【非特許文献２７】ヒギンズ（Ｈｉｇｇｉｎｓ）およびシャープ（Ｓｈａｒｐ）著（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ．５：１５１〜１５３
【非特許文献２８】（「基本的局所的整合性検索ツール（Ｂａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ）」、アルシュール（Ａｌｔｓｃｈｕｌ）ら著、（１９９３）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３〜４１０
【非特許文献２９】、アルシュール（Ａｌｔｓｃｈｕｌ）ら著、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３〜４１０（１９９０）
【非特許文献３０】Ｗ．Ｒ．ピアソン（Ｐｅａｒｓｏｎ）著、Ｃｏｍｐｕｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．［Ｐｒｏｃ．Ｉｎｔ．Ｓｙｍｐ．］（１９９４）、１９９２年会議、１１１〜２０、編集者：スハイ（Ｓｕｈａｉ）、Ｓａｎｄｏｒ．Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒ：Ｐｌｅｎｕｍ、ニューヨーク、ニューヨーク
【非特許文献３１】ターナー（Ｔｕｒｎｅｒ）およびフォスター（Ｆｏｓｔｅｒ）著（１９９５）、Ｍｏｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３：２２５〜２３６
【非特許文献３２】インゲルブラヒト（Ｉｎｇｅｌｂｒｅｃｈｔ）ら著、（１９８９）Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ、１：６７１〜６８０
【非特許文献３３】タボール（Ｔａｂｏｒ）ら著、Ｐｒｏｃ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８２，１０７４（１９８５）
【非特許文献３４】ウォーカー（Ｗａｌｋｅｒ）ら著、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．、８９、３９２（１９９２）
【非特許文献３５】テイン（Ｔｈｅｉｎ）およびウォーレス（Ｗａｌｌａｃｅ）著、「ヒト遺伝病における特定のハイブリッド形成プローブとしてのオリゴヌクレオチドの使用、実際的アプローチ（Ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  ｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ａｓ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｐｒｏｂｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ，Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ）」、Ｋ．Ｅ．デービス（Ｄａｖｉｓ）編、（１９８６）、３３〜５０ページ、ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ、ハーンドン、バージニア州
【非特許文献３６】リュクリック（Ｒｙｃｈｌｉｋ），Ｗ．（１９９３）、ホワイト（Ｗｈｉｔｅ），Ｂ．Ａ．編、分子生物学的方法（Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ）」、第１５巻、３１〜３９ページ、ＰＣＲプロトコル：現行の方法と応用（ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ）、Ｈｕｍａｎｉａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．、トトワ、ニュージャージー
【非特許文献３７】メルニコフ（Ｍｅｌｎｉｋｏｖ）ら著、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、（１９９９年２月１５日）第２７巻、第４号、１０５６〜１０６２ページ
【非特許文献３８】クームズ（Ｃｏｏｍｂｓ）ら著、タンパク（Ｐｒｏｔｅｉｎｓ）（１９９８）、２５９〜３１１、１プレート、編集者：アンジェレッティ、ルス  ホーグ（Ａｎｇｅｌｅｔｔｉ，Ｒｕｔｈ  Ｈｏｇｕｅ）、出版社：Ａｃａｄｅｍｉｃ，サンディエゴ、カリフォルニア）
【非特許文献３９】ブロック（Ｂｒｏｃｋ），Ｔ．Ｄ．著、バイオテクノロジー：工業的微生物学テキストブック（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：  Ａ  Ｔｅｘｔｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ）第二版、Ｓｉｎａｕｅｒ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ：マサチューセッツ州サンダーランド（１９８９）
【非特許文献４０】デシュパンデ（Ｄｅｓｈｐａｎｄｅ）著、Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３６：２２７（１９９２））
【非特許文献４１】ベイリー（Ｂａｉｌｅｙ）およびオリス（Ｏｌｌｉｓ）著、「生化学工学の基礎（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ）」、第二版」、ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ：ＮＹ（１９８６）
【非特許文献４２】ベイリー（Ｂａｉｌｅｙ）およびオリス（Ｏｌｌｉｓ）著、「生化学工学の基礎（Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ）」、第二版」３８３〜３８４および６２０〜６２２ページ）、ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ：ＮＹ（１９８６）
【非特許文献４３】「一般的細菌学方法マニュアル（Ｍａｎｕａｌ  ｏｆ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｇｅｎｅｒａｌ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ）」、フィリップ・ゲハード（Ｐｈｉｌｌｉｐｐ  Ｇｅｒｈａｒｄｔ）、Ｒ．Ｇ．Ｅ．マリー（Ｍｕｒｒａｙ）、ラルフＮ．コスティロウ（Ｒａｌｐｈ  Ｎ．Ｃｏｓｔｉｌｏｗ）、ユージーンＷ．ネスター（Ｅｕｇｅｎｅ  Ｗ．Ｎｅｓｔｅｒ）、ウィリスＡ．ウッド（Ｗｉｌｌｉｓ  Ａ．Ｗｏｏｄ）、ノエルＲ．クリーグ（Ｎｏｅｌ  Ｒ．Ｋｒｉｅｇ）、およびＧ．ブリッジズ・フィリップス（Ｇ．Ｂｒｉｇｇｓ  Ｐｈｉｌｌｉｐｓ）編、米国微生物学会、ワシントンＤ．Ｃ．（１９９４）
【非特許文献４４】フレーザー（Ｆｒａｓｅｒ）ら著、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７０（５２３５）：３９７〜４０３（１９９５）
【非特許文献４５】Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６９（５２２３）：４９６〜５１２（１９９５）
【非特許文献４６】ギッシュ（Ｇｉｓｈ）およびステーツ（Ｓｔａｔｅｓ）著、Ｎａｔｕｒｅ    Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３：２６６〜２７２（１９９３）
【非特許文献４７】ヤグツィン（Ｊａｇｕｓｚｔｙｎ）ら著、Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１２８：１１３５〜１１４５（１９８２）
【非特許文献４８】フェレッティ（Ｆｅｒｒｅｔｔｉ）ら著、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ５６：１５８５〜１５８８（１９８８）
【非特許文献４９】ナカイ（Ｎａｋａｉ）およびカネヒサ（Ｋａｎｅｈｉｓａ）著、Ｅｘｐｅｒｔ、Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄＧｅｎｅｔｉｃｓ  １１：９５〜１１０（１９９１）
【非特許文献５０】ボルシャート（Ｂｏｒｃｈｅｒｔ）およびナガラジャン（Ｎａｇａｒａｊａｎ）著、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７３：２７６〜２８２（１９９１）
【非特許文献５１】ナガラジャン（Ｎａｇａｒａｊａｎ）およびボルシャート（Ｂｏｒｃｈｅｒｔ）著、Ｒｅｓ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１４２：７８７〜７９２（１９９１）
【非特許文献５２】チェン（Ｃｈｅｎ）およびナガラジャン（Ｎａｇａｒａｊａｎ）著、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７５：５６９７〜５７００（１９９３））
【非特許文献５３】リブ（Ｒｉｂｂｅ）およびナガラジャン（Ｎａｇａｒａｊａｎ）著、Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．２３５：３３３〜３３９（１９９２）
【非特許文献５４】ナガラジャン（Ｎａｇａｒａｊａｎ）ら著、遺伝子１１４：１２１〜１２６（１９９２）
【非特許文献５５】マニアティス（Ｍａｎｉａｔｉｓ）ら著、（１９８２）「分子クローニング；実験室マニュアル（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ；ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ）」、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク
【非特許文献５６】ニードハート（Ｎｅｉｄｈａｒｄｔ）著、（１９８７）大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）およびサルモネラ・タイフィムリウム（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ａｎｄ  Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、ＡＳＭ  Ｐｒｅｓｓ、ワシントンＤＣ
【非特許文献５７】マニアティス（Ｍａｎｉａｔｉｓ）ら著、ｓｕｐｒａ；  ニードハート（Ｎｅｉｄｈａｒｄｔ）Ｎｅｉｄｈａｒｄｔ，  ｓｕｐｒａ
【非特許文献５８】ダツェンコ（Ｄａｔｓｅｎｋｏ）およびワーナー（Ｗａｎｎｅｒ）著、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９７：６６４０〜６６４５（２０００）
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
出願人らは、（ａ）ＳＥＱＩＤ番号：２、４、および６よりなる群から選択されるアミノ酸配列をコード化する単離核酸分子、（ｂ）以下のハイブリッド形成条件下で（ａ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＥＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、および（ｃ）（ａ）または（ｂ）に相補的な核酸分子よりなる群から選択される、α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解する酵素をコード化する単離核酸分子を提供する。
【００１１】
出願人らは、シグナルペプチドおよびα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解する酵素のためのコード領域を含むキメラタンパクが発現する核酸組成物を提供し、これは細胞質の外部にある（細胞外）加水分解活性を導く。単離核酸分子は、ＳＥＱＩＤ番号：２４またはＳＥＱＩＤ番号：２５で示されるシグナルペプチドをコード化しても良い。シグナル配列の核酸配列は、ＳＥＱＩＤ番号：２６またはＳＥＱＩＤ番号：２７である。単離核酸分子は、ＳＥＱＩＤ番号：２、４、６、１７、または３１で示されるα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドをコード化しても良い。
【００１２】
出願人らは、有用な生成物の発酵製造のために、外来性に添加されたα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖（例えばイソマルトースおよびパノース）の利用を可能にする、α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解する酵素を含む組み換え生物体を提供する。α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドは、ＳＥＱＩＤ番号：２、ＳＥＱＩＤ番号：６、ＳＥＱＩＤ番号：１７、またはＳＥＱＩＤ番号：３１から選択されても良い。本発明はまた、ＳＥＱＩＤ番号：１、３、５、１６、または３０で示される核酸分子によってコード化される、α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドを包含する。本発明はまた、ＳＥＱＩＤ番号：３、ＳＥＱＩＤ番号：２８、ＳＥＱＩＤ番号：３２、ＳＥＱＩＤ番号：３４、ＳＥＱＩＤ番号：３６、ＳＥＱＩＤ番号：３８、ＳＥＱＩＤ番号：４０、またはＳＥＱＩＤ番号：４２よりなる群から選択される単離核酸分子を含む。本発明はまた、ポリペプチドＳＥＱＩＤ番号：４、ＳＥＱＩＤ番号：２９、ＳＥＱＩＤ番号：３３、ＳＥＱＩＤ番号：３５、ＳＥＱＩＤ番号：３７、ＳＥＱＩＤ番号：３９、ＳＥＱＩＤ番号：４１、およびＳＥＱＩＤ番号：４３を含む。
【００１３】
本発明はまた本明細書に記載される単離核酸分子を含み、適切な制御配列に作動可能に連結されたキメラ遺伝子も包含する。適切な制御配列は、ＣＹＣ１、ＨＩＳ３、ＧＡＬ１、ＧＡＬ１０、ＡＤＨ１、ＰＧＫ、ＰＨＯ５、ＧＡＰＤＨ、ＡＤＣ１、ＴＲＰ１、ＵＲＡ３、ＬＥＵ２、ＥＮＯ、ＴＰＩ、ＡＯＸ１、ｌａｃ、ａｒａ、ｔｅｔ、ｔｒｐ、ＩＰＬ、ＩＰＲ、Ｔ７、ｔａｃ、ｔｒｃ、ａｐｒ、ｎｐｒ、ｎｏｓ、およびＧＩを含む群から選択される。本発明は、キメラ遺伝子が染色体に組み込まれた、あるいはプラスミドにより運搬される、形質転換された宿主細胞を包含する。
【００１４】
出願人らは、
（ａ）適切な生育条件下で、
（ｉ）ＳＥＱＩＤ番号２、６、１７、および３１よりなる群から選択される酵素をコード化する核酸分子、
（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または
（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子
を含む形質転換された宿主細胞を、有効量の限界デキストリン基材と接触させる工程と、
（ｂ）任意選択的に工程（ａ）の生成物を回収する工程と
を含む限界デキストリンを分解する方法もまた提供する。
【００１５】
本発明は、適切な条件下で限界デキストリン存在下において、（ｉ）α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドに連結されたシグナルペプチドから構成されるキメラタンパクをコード化する単離核酸分子、（ｉｉ）以下のハイブリッド形成条件下で（ｉ）とハイブリッド形成する核酸分子：０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ、６５℃および２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳとそれに続く０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳでの洗浄、または（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）に相補的な核酸分子、および単糖類を標的分子に転換するためのキメラ遺伝子を含む形質転換された宿主細胞を接触させ、これにより標的分子を製造する工程と、任意選択的に製造された標的分子を回収する工程とを含む組換え宿主細胞中の標的分子を製造する方法も包含する。シグナルペプチドは、ＳＥＱＩＤ番号：２４またはＳＥＱＩＤ番号：２５から選択されても良い。α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解するポリペプチドは、ＳＥＱＩＤ番号：２、ＳＥＱＩＤ番号：６、ＳＥＱＩＤ番号：１７、またはＳＥＱＩＤ番号：３１から選択されても良い。形質転換された宿主細胞は、細菌、酵母菌、または糸状菌から選択されても良い。本発明は、限界デキストリンから１，３プロパンジオール、グリセロール、および細胞塊を製造することを含む。
【００１６】
本発明は、ＳＥＱＩＤ番号：１７で示される配列を有するポリペプチドと比較した場合に、アラインメントのＢＬＡＳＴＰ法に基づいて、少なくとも６９％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドであり、該ポリペプチドがα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解する活性を有するポリペプチドも包含する。
【００１７】
（生物学的寄託および配列の簡単な説明）
出願人らは、１０８０１ユニバーシティ・ブールヴァード、マナッサス、ＶＡ２０１１０〜２２０９の米国微生物系統保存機関（ＡＴＣＣ）の「特許手続上の微生物の寄託の国際的承認に関するブダペスト条約」の条項に従って、以下の生物学的寄託を行った。
【００１８】
【表１】
2006504412.tif 000002
【００１９】
列挙した寄託株（群）は、表示された国際受託機関に少なくとも３０年間保存され、それを開示する特許の付与時に一般に公開される。寄託株の利用可能性は、政府の行動によって付与された特許権を失墜させて主題発明を実施する認可とはみなされない。
【００２０】
出願人らは、４３の配列を含有する配列一覧表を提供する。配列は、３７Ｃ．Ｆ．Ｒ．１．８２１〜１．８２５（「ヌクレオチド配列および／またはアミノ酸配列開示を含む特許出願の要件−配列規則」）に適合し、世界知的所有権機関（ＷＩＰＯ）標準ＳＴ．２５（１９９８）およびＥＰＯおよびＰＣＴの配列一覧表要件（規則５．２および４９．５（ａの２）、および実施細則第２０８号および附属書Ｃ）、そして３７Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．８２２で示される対応する米国特許商標局規則に一致する。
【００２１】
【表２】
2006504412.tif 000003
【００２２】
ＳＥＱＩＤ番号：１〜６は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ＡＴＣＣ１５７００から得られた３個の遺伝子／遺伝子産物の核酸およびアミノ酸配列である。
【００２３】
ＳＥＱＩＤ番号：７〜１５および１８〜２３は、ＰＣＲのプライマーである。
【００２４】
ＳＥＱＩＤ番号：１６〜１７は、公共データベースで開示されたストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）（ＡＴＣＣ２５１７５Ｄ）の核酸およびアミノ酸配列である。
【００２５】
ＳＥＱＩＤ番号：２４は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子、ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０（ＳＥＱＩＤ番号：３内にも含有される）からの天然シグナルペプチドのアミノ酸配列である。
【００２６】
ＳＥＱＩＤ番号：２５は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ１ｇ．ｐｋ０２６．ｋ１およびストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ｄｅｘＢ遺伝子によって、コード化された標的酵素のために使用される非天然シグナルペプチドのアミノ酸配列である。
【００２７】
ＳＥＱＩＤ番号：２６は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０シグナルペプチドの核酸配列である。
【００２８】
ＳＥＱＩＤ番号：２７は、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼ遺伝子シグナルペプチドの核酸配列である。
【００２９】
ＳＥＱＩＤ番号：２８は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｈ１２遺伝子のコード配列に連結された、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０シグナルペプチドの核酸配列である。
【００３０】
ＳＥＱＩＤ番号：２９は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｈ１２遺伝子のアミノ酸配列に連結された、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０シグナルペプチドのアミノ酸配列である。
【００３１】
ＳＥＱＩＤ番号：３０は、天然シグナルペプチド配列がない、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０の核酸配列である。
【００３２】
ＳＥＱＩＤ番号：３１は、天然シグナルペプチド配列がない、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０のアミノ酸配列である。
【００３３】
ＳＥＱＩＤ番号：３２は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｋ１遺伝子のコード配列に連結された、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０シグナルペプチドの核酸配列である。
【００３４】
ＳＥＱＩＤ番号：３３は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｋ１遺伝子のアミノ酸配列に連結された、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０シグナルペプチドのアミノ酸配列である。
【００３５】
ＳＥＱＩＤ番号：３４は、ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ｄｅｘＢ遺伝子のコード配列に連結された、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０シグナルペプチドの核酸配列である。
【００３６】
ＳＥＱＩＤ番号：３５は、ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ｄｅｘＢ遺伝子のアミノ酸配列に連結された、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０シグナルペプチドのアミノ酸配列である。
【００３７】
ＳＥＱＩＤ番号：３６は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｈ１２遺伝子のコード配列に連結された、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼ遺伝子シグナルペプチドの核酸配列である。
【００３８】
ＳＥＱＩＤ番号：３７は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｈ１２遺伝子のアミノ酸配列に連結された、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼ遺伝子シグナルペプチドのアミノ酸配列である。
【００３９】
ＳＥＱＩＤ番号：３８は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０遺伝子のコード配列に連結された、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼ遺伝子シグナルペプチドの核酸配列である。
【００４０】
ＳＥＱＩＤ番号：３９は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０遺伝子のアミノ酸配列に連結された、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼ遺伝子シグナルペプチドのアミノ酸配列である。
【００４１】
ＳＥＱＩＤ番号：４０は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｋ１遺伝子のコード配列に連結された、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼ遺伝子シグナルペプチドの核酸配列である。
【００４２】
ＳＥＱＩＤ番号：４１は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｋ１遺伝子のアミノ酸配列に連結された、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼ遺伝子シグナルペプチドのアミノ酸配列である。
【００４３】
ＳＥＱＩＤ番号：４２は、ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ｄｅｘＢ遺伝子のコード配列に連結された、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼ遺伝子シグナルペプチドの核酸配列である。
【００４４】
ＳＥＱＩＤ番号：４３は、ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ｄｅｘＢ遺伝子のアミノ酸配列に連結された、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼ遺伝子シグナルペプチドのアミノ酸配列である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００４５】
出願人らは、上述の問題を解決した。本発明は、産生宿主中で発現されると、宿主が廉価なデンプン生成物の構成要素であるα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を利用できるようにする、いくつかの酵素を提供する。本発明は、α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解する酵素を細胞外標的とするのを可能にするシグナル配列も提供する。
【００４６】
例えばα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を含有する生デンプンおよびその他の供給原料から限界デキストリンを生じる市販のアミラーゼ酵素の作用から、廉価なデンプン生成物が得られる。廉価なデンプン生成物の有効利用には、組み換え生物体がα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を分解する酵素を産生するように、宿主生物（例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））を遺伝子操作することが必要である。α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を分解する酵素は既知である（非特許文献７）。さらにこれらの連鎖が分解する酵素は、それらの天然状態で細胞内（細胞質内）および細胞外（細胞質外）の双方に存在することが知られている。
【００４７】
宿主生物に輸送システムが欠如している場合、天然または非天然シグナルペプチドを追加することで、外部から供給される限界デキストリン（またはα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を含有するその他の供給原料）へのアクセスを有する細胞内酵素を設計することを達成しても良い。シグナルペプチドは、α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を分解するタンパクが、細胞外部位（細胞質に対して外側）に導かれるようにして、細胞内に取り込まれない基材へのアクセスを与える（非特許文献８）。細胞膜を越えてタンパクを転位するシグナルペプチドの例としては、ＳＥＱＩＤ番号：２４および２５が挙げられるが、これに限定されるものではない。シグナルペプチドを含有するタンパクは、分泌経路に導かれ、次に細胞膜を越えて転位される。タンパク分泌の一般的機構は、全てのグラム陰性およびグラム陽性細菌の間で保存されている（非特許文献９）、（非特許文献１０）。あらゆる細菌シグナルペプチドは、１３〜２０個の疎水性アミノ酸のストリングを含有する（非特許文献１１）。
【００４８】
天然大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）はα（１，６）−グリコシド結合を加水分解しないので、（１，６）−結合を含有する化合物は、発酵で利用されない。（１，６）−結合は、「イソアミラーゼ」および」「グルコシダーゼ」酵素の双方によって加水分解される（イソマルトースおよびパノースは、（１，６）−結合したオリゴ糖のモデル化合物である）。非天然細胞外「イソアミラーゼ」または「グルコシダーゼ」を含有する組換え大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）は、発酵で（１，６）−結合を含有する化合物（例えばイソマルトースおよびパノース）を利用して有用な生成物を産生する。さらに非天然細胞外「イソアミラーゼ」または「グルコシダーゼ」を含有するあらゆる組み換え生物体は、（１，６）−結合を含有する化合物をより効率的に利用する。利用効率の増大は、組換え「イソアミラーゼ」または「グルコシダーゼ」遺伝子の構成的な発現、またはタイミングの変化を通じたものである。組換え遺伝子の発現はまた、存在するかもしれないあらゆる内在性「イソアミラーゼ」または「グルコシダーゼ」遺伝子の活性レベルを増大させることで、（１，６）−結合した基材の利用を増大させる。
【００４９】
本発明は、有機酸、抗生物質、アミノ酸、酵素、ビタミン、植物性エタノールなどのアルコール、および細胞塊をはじめとするが、これに限定されるものではないバイオ発酵の様々な生成物を製造するために使用しても良い。シグナルペプチドの使用を通じた、限界デキストリンを使用して、宿主微生物に対する炭素源として利用できるようにしたグリセロール、１，３−プロパンジオール、および細胞塊のバイオ生産が、発明を例証する役割を果たす。
【００５０】
多価アルコールである１，３プロパンジオールは、ポリエステル線維を製造するのに、そしてポリウレタンおよび環状化合物を製造するのに有用なモノマーである。グルコースまたはその他の糖などの炭素基材からの単一生物による１，３−プロパンジオールの生物学的生産のプロセスについては、その内容を本願明細書に引用した米国特許公報（特許文献１）で述べられている。
【００５１】
デンプンはグルコースのホモ多糖類である。それは２つの構成要素、アミロースおよびアミロペクチンを含有する顆粒として、高等植物中で合成される（非特許文献１２）。本質的にα（１，４）−結合したグルコース残基によって形成される直鎖多糖類であるアミロースは、顆粒の１５〜２５％の割合を占める（植物種によって含有量は変動する）。対照的にアミロペクチンは高度に分岐しており、グルコシド結合の約４〜５％がα（１，６）−結合したグルコース残基である。デンプンを分解するデンプン分解酵素については、詳しく研究されている。高等植物種中における最初にポリマーを個々のグルコース残基に分解することによるデンプン代謝は、いくつかのデンプン分解酵素の相互作用を必要とする。
【００５２】
デンプン分解酵素は、単独で作用すると、デンプンを部分的にのみ、より小さい直鎖または分枝鎖に分解することが多い。デンプン分解酵素の組み合わせ、あるいは酸処理に加えた酵素の組み合わせを使用して、デンプンの脱重合を増大させても良い。
【００５３】
酵素および酵素の組み合わせは、デンプンを部分的に分解して、より小さな直鎖または分枝鎖をもたらし、あるいは完全にグルコースに分解するかもしれない。α−グルコシダーゼは、α−アミラーゼ、β−アミラーゼ、グルコアミラーゼ、イソアミラーゼ、およびプルラナーゼなどのその他のデンプン分解酵素の作用、あるいは酸および熱処理によって形成される、オリゴ糖に見られる（１，４）−および（１，６）−結合の双方を加水分解する。
【００５４】
α−グルコシダーゼ（α−Ｄ−グルコシドグルコヒドロラーゼ、例えばＥＣ３．２．１．２０）は微生物間に広く分布する。それらは（１，４）−および（１，６）−結合を加水分解し、非還元末端からα−Ｄ−グルコース単位を遊離する。バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）細菌種、ピロコッカス（Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ）、サーモコッカス（Ｔｈｅｒｍｏｃｏｃｃｕｓ）、サーモトガ（Ｔｈｅｒｍｏｔｏｇａ）などの超好熱性古細菌、およびペニシリウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、テトラヒメナ（Ｔｅｔｒａｈｙｍｅｎａ）、サッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、およびアスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）属などの真菌種で、異なる（そして幅広い）基材特異性を有するこれら酵素の様々なタイプが見つかっている。
【００５５】
クロカビ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）からの酵素は、多年にわたり詳しく研究されており、幅広い基材特異性を有する。それはマルトース、コウジビオース、ニゲロース、イソマルトース、フェニル−α−グルコシド、フェニル−α−マルトシド、オリゴ糖、マルトデキストリン、および可溶性デンプンなどの基材を加水分解する。類似の特性は、コウジカビ（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、およびセレウス菌（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）および超好熱性古細菌からのα−グルコシダーゼによっても示される。
【００５６】
オリゴ−（１，６）−グルコシダーゼまたはイソマルターゼ（デキストリン６−α−Ｄ−グルカノヒドロラーゼ，ＥＣ３．２．１．１０；ｄｅｘＢ遺伝子によってコード化される）は、α−グルコシダーゼに類似した酵素である（非特許文献１３）。それはα−アミラーゼ（非特許文献１４）によってデンプンおよびグリコーゲンから生成されるイソマルトースおよびデキストリン中の（１，６）−α−Ｄ−グルコシド結合の加水分解を触媒する。この酵素は、α−グルコシダーゼ程には分布していないが、Ｂ．サーモグルコシジウス（Ｂ．ｔｈｅｒｍｏｇｌｕｃｏｓｉｄｉｕｓ）ＫＰ１００６、セレウス菌（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）ＡＴＣＣ７０６４、およびおそらくはＢ．アミロリクエフェイシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）ＡＴＣＣ２３８４４（非特許文献１２）、並びにバチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）（非特許文献１５）をはじめとするバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）種などの生物中に見いだされる。バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）酵素は、典型的に大きさが６０〜６３ｋＤａである。サーモアナエロビウム（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂｉｕｍ）Ｔｏｋ６−Ｂ１からは、オリゴ−（１，６）−α−グルコシダーゼ（ＥＣ３．２．１．１０）も単離されており、分子量は３０３３ｋＤａと報告されている。
【００５７】
ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）からのｄｅｘＢ酵素は、デキストラン中の（１，６）−α−Ｄ−グルコシド結合のエンド加水分解を触媒する、デキストラナーゼ酵素（ＥＣ３．２．１．１１）に類似した活性パターンを有する。ｄｅｘＢ酵素とバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）種オリゴ−（１，６）−グルコシダーゼとの間には高い類似性がある（非特許文献１６）。ＤｅｘＢはおよそ６２ｋＤａの大きさである（非特許文献１７）。
【００５８】
α（１，６）加水分解酵素活性を有する酵素は、８１を超えるグルコシル加水分解酵素の認識された系統群の非常に広範なカテゴリーに属する（非特許文献１８）、（非特許文献１９）。発酵可能基材としてα（１，６）結合したグルコース単位を利用できる酵素の広範な集団は、アミノ酸配列同一性わずか６９％の酵素を使用して、本発明の有用性を実証することでさらに強調される。α（１，６）−結合したグルコース残基を含有するオリゴ糖を脱重合する能力を有する酵素は既知であり、配列中の次の連鎖が（１，４）−α−Ｄ−グルコシド結合である場合、（１，６）−α−Ｄ−グルコシド結合または連鎖を急速に加水分解するグルコアミラーゼ（ＥＣ３．２．１．３、アミログルコシダーゼとしても知られる）と、プルラン、アミロペクチン、グリコーゲン中の（１，６）−α−Ｄ−グルコシド結合、そしてアミロペクチンおよびグリコーゲンのα−およびα−アミラーゼ限界デキストリンを分解するα−デキストリンエンド−（１，６）−α−グルコシダーゼ（ＥＣ３．２．１．４１、プルラナーゼとしても知られる）と、腸粘膜から単離されイソマルトースに対する活性を有するスクラーゼ（ＥＣ３．２．１．４８）と、グリコーゲン、アミロペクチン、およびそれらのα−限界デキストリン中の（１，６）−α−Ｄ−グルコシド結合を加水分解するイソアミラーゼ（ＥＣ３．２．１．６８）と、（１，６）−α−Ｄ−グルカンからの連続的グルコース残基および誘導されたオリゴ糖を加水分解するグルカン（１，６）−α−グルコシダーゼ（ＥＣ３．２．１．７０）となどが挙げられる。
【００５９】
本開示の文脈においては、いくつかの用語を使用する。
【００６０】
「デンプン」と言う用語は、植物中で栄養貯蔵所を形成する、グリコシド結合によって連結されたＤ−グルコース単位からなるホモ多糖類を指す。デンプンは２つの形態、アミロースおよびアミロペクチンで生じる。アミロースでは、Ｄ−グルコース単位がα（１，４）グリコシド結合によってのみ連結する。複数のα（１，４）グリコシド結合からなる鎖は、直鎖または非分枝鎖とみなされる。アミロペクチンでは、優勢な結合はα（１，４）グリコシド結合を通じたものであるが、α（１，６）グリコシド結合の時々の存在が、さもなければ直鎖のセクションにおいて分岐点を形成する。アミロペクチン３０個のα（１，４）連鎖あたり約１個のα（１，６）結合を含有する。
【００６１】
「単糖類」と言う用語は、経験式（ＣＨ２Ｏ）ｎ（式中、ｎ≧３であり、炭素主鎖は非分岐であり、１つを除く各炭素原子は水酸基を含有し、残る炭素原子は炭素原子２においてアルデヒドまたはケトンである。）の化合物を指す。「単糖類」と言う用語は、細胞内環状ヘミアセタールまたはヘミケタールの形態も指す。最もなじみ深い単糖類はＤ−グルコースである。Ｄ−グルコースの環状形態は、ヘミアセタールを形成する炭素原子５の水酸基と炭素原子１のアルデヒドとの反応に関与し、カルボニル炭素はアノマー炭素と称される。
【００６２】
「グリコシド結合」および「グリコシド連結」と言う用語は、アノマー炭素とアルコールの水酸基との反応によって形成するアセタールを指す。１つのＤ−グルコース分子のアノマー炭素と２つめのＤ−グルコース分子の炭素原子４の水酸基との反応は、（１，４）グリコシド結合または連鎖をもたらす。同様に、１つのＤ−グルコース分子と第２のＤ−グルコース分子の炭素原子６の水酸基とのアノマー炭素の反応は、（１，６）グリコシド結合または連鎖をもたらす。当業者は、グリコシド結合が、αまたはβ立体配置で生じても良いことを理解するであろう。グリコシド結合立体配置は、例えばα（１，４）およびα（１，６）と命名される。
【００６３】
「α」と言う用語は、連鎖が環平面よりも高い位置にある、高次構造を指す。対照的に「β」連鎖とは、連鎖が環平面よりも低い位置にあることを指す。
【００６４】
「オリゴ糖」と言う用語は、グリコシド結合によって連結された２〜１０個の単糖類単位を含有する化合物を指す。「多糖類」と言う用語は、グリコシド結合によって連結された１０個を超える単糖類単位を含有する化合物を指し、概してより大きな分子量の化学種の混合物を指す。単一モノマー単位からなる多糖類は、「ホモ多糖類」と言う用語で言及される。
【００６５】
「イソマルトサッカライド」と言う用語は、少なくとも１つのα（１，６）−結合を有するオリゴ糖を指す。
【００６６】
「（１，４）結合」と言う用語は、その中で１つのサッカライド単位からのＣ１が、第２のサッカライド単位のＣ４に結合する２つのサッカライドの関係を指す。
【００６７】
「（１，６）結合」と言う用語は、その中で１つのサッカライド単位からのＣ１が、第２のサッカライド単位のＣ６に結合する２つのサッカライドの関係を指す。
【００６８】
「アミラーゼ」および「α−アミラーゼ」と言う用語は、α（１，４）グリコシド結合の加水分解を触媒する酵素を指す。α（１，４）グリコシド結合を加水分解する活性は、「アミラーゼ活性」または「デンプン分解活性」と言う用語で言及される。アミラーゼとしては、ＩＵＢＭＢ分類ＥＣ３．２．１．１（アミラーゼ）、ＥＣ３．２．１．６０（（１，４）−α−マルトテトラオヒドロラーゼ）、およびＥＣ３．２．１．９８（（１，４）−α−マルトヘキサオシダーゼ）を含む群が挙げられるが、これに限定されるものではない。
【００６９】
「イソアミラーゼ」および「α−イソアミラーゼ」と言う用語は、α（１，６）グリコシド結合の加水分解を触媒する酵素を指す。α（１，６）グリコシド結合を加水分解する活性は、「イソアミラーゼ活性」または「イソデンプン分解活性」と言う用語で言及される。イソアミラーゼとしては、ＩＵＢＭＢ分類ＥＣ３．２．１．１０（オリゴ−（１，６）−グルコシダーゼ）、ＥＣ３．２．１．１１（デキストランａｓｅ）、ＥＣ３．２．１．４１（プルラナーゼ）、およびＥＣ３．２．１．６８（イソアミラーゼ）を含む群が挙げられるが、これに限定されるものではない。
【００７０】
「グルコシダーゼ」および「α−グルコシダーゼ」と言う用語は、α（１，４）グリコシド結合およびα（１，６）グリコシド結合双方の加水分解を触媒して、オリゴ糖の非還元末端からα−Ｄ−グルコース単位を遊離する酵素を指す。グルコシダーゼは、デンプン分解活性およびイソデンプン分解活性の双方を有する。グルコシダーゼとしては、ＩＵＢＭＢ分類ＥＣ３２．１．３（アミログルコシダーゼ）およびＥＣ３．２．１．２０（α−グルコシダーゼ）を含む群が挙げられるが、これに限定されるものではない。
【００７１】
「α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解する酵素」と言う用語は、α（１，６）グリコシド結合の加水分解を触媒する機能活性を有する酵素を指す。このような機能活性を有する酵素の具体例としては、イソアミラーゼ、α−イソアミラーゼ、グルコシダーゼ、およびα−グルコシダーゼが挙げられる。
【００７２】
「イソマルターゼ」または「オリゴ−（１，６）−グルコシダーゼ」または「デキストリン６−α−Ｄ−グルカノヒドロラーゼ」と言う用語は、オリゴ糖の非還元末端でα（１，６）−結合のみを加水分解する酵素（ＥＣ３．２．１．１０）を指す。
【００７３】
「ＤｅｘＢ」と言う用語は、ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）のｄｅｘＢ遺伝子（ＧｅｎＢａｎｋ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ番号Ｍ７７３５１）によってコード化される（１，６）−α−グルコシダーゼを指し、これはα（１，６）−結合したイソマルトサッカライドおよびデキストランの非還元末端からグルコースを放出する。
【００７４】
「限界デキストリン」と言う用語は、単糖類およびオリゴ糖を含むデンプンの分解産物を指す。アミロペクチンに対するアミラーゼの作用からは、単糖類（Ｄグルコース）、二糖類（α（１，４）結合したマルトース、およびα（１，６）結合したイソマルトース）、および高級オリゴ糖の混合物が生じる。高級オリゴ糖は、直鎖（（α（１，４）結合のみを含有する）または分枝鎖（α（１，４）結合およびα（１，６）結合を主に含有する）であっても良い。
【００７５】
「重合度」または「ＤＰ」と言う用語は、サッカライド混合物の個々の構成要素中に存在するモノマー単位の数を指す。例えばＤ−グルコースなどの単糖類のＤＰは１であり、マルトースなどの二糖のＤＰは２であり、パノースなどの三糖のＤＰは３である。多糖類混合物またはオリゴ糖混合物に適用される場合、ＤＰは分子あたりのモノマーの平均数を指す。
【００７６】
「デキストロース当量」（「ＤＥ」）と言う用語は、レイン−エイノン滴定によって求められる、乾物上のデキストロース百分率として表される還元糖含量を指す（非特許文献２０）。ＤＥスケールはデンプンの加水分解の程度を示し、デンプンは名目上のＤＥ値０を有し、究極的な加水分解生成物のＤＥ値は１００である。
【００７７】
アミラーゼおよびイソアミラーゼ活性は、細胞内または細胞外にあっても良い。本発明の目的では、「細胞内活性」と言う用語は、基材を提供した際に、破壊細胞または細胞抽出物について観察できるが、基材を細胞外に提供した場合、無傷の細胞では観察されない酵素活性を指すことを意図する。「細胞外活性」と言う用語は、基材を細胞外に提供した際に、無傷の細胞（成育中の細胞を含む）で観察される活性を指すことを意図する。酵素基材が細胞内に受動的拡散し、あるいは能動的輸送されることができないことは、「細胞内活性」および「細胞外活性」と言う用語で暗示される。
【００７８】
「標的分子」とは、生体触媒的に生成された生成物を指す。これは生体触媒によって自然に生成された化合物であるかもしれず、あるいは非天然遺伝子が、バイオ発酵におけるそれらの機能発現のために微生物中に遺伝子組み換えされているかもしれない。この文脈では「標的分子」とは、フィードバック阻害を排除するため、および／または生体触媒活性を最大化するために、バイオ発酵システムから選択的に除去することが望ましいバイオ発酵のあらゆる副産物も指す。
【００７９】
「容積生産性」とは、時間当たりの特定容積でバイオ発酵中で生成された標的分子の質量を指し、単位はグラム／（リットル時間）（ｇ／（Ｌｈｒ）と略される）である。この測定は、生体触媒の比活性および生体触媒の濃度によって求められる。それはバイオ発酵の力価、ランタイム、および仕事量から計算される。
【００８０】
「力価」とは、単位がグラム／（リットル）（ｇ／Ｌと略される）である標的分子濃度を指す。
【００８１】
「ポリヌクレオチド」または「ポリヌクレオチド配列」、「オリゴヌクレオチド」、「核酸配列」、および「核酸断片」または「単離核酸断片」と言う用語は、ここでは同義的に使用される。これらの用語は、ヌクレオチド配列などを包含する。ポリヌクレオチドは、一本鎖または二重鎖で、任意選択的に合成、非天然または変性ヌクレオチド塩基を含有する、ＲＮＡまたはＤＮＡのポリマーであっても良い。ＤＮＡポリマーの形態のポリヌクレオチドは、１つまたは複数のｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、合成ＤＮＡのセグメント、またはそれらの混合物を含んでも良い。
【００８２】
「単離」と言う用語は、自然発生的環境において、材料に常態で付随する、あるいはそれと相互作用する構成要素から、実質的に遊離し、さもなくば除去された、核酸分子および／またはタンパクなどの材料を指す。単離ポリヌクレオチドは、その中でそれらが自然に生じる宿主細胞から精製されても良い。当業者に既知の従来の核酸精製法を使用して、単離ポリヌクレオチドを得ても良い。この用語は、組換えポリヌクレオチドおよび化学的に合成されたポリヌクレオチドも包含する。
【００８３】
ここでの用法では、任意選択的に合成非天然または変性ヌクレオチド塩基を含有する、「単離核酸分子」または「単離核酸断片」は、一本鎖または二重鎖のＲＮＡまたはＤＮＡのポリマーである。ＤＮＡポリマーの形態の単離核酸断片は、１つまたは複数のｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたは合成ＤＮＡセグメントを含んでも良い。
【００８４】
「相補的」と言う用語は、お互いにハイブリッド形成できるヌクレオチド塩基間の関係を述べるのに使用される。例えばＤＮＡに関して、アデノシンはチミンに相補的であり、シトシンはグアニンに相補的である。したがって本発明は、添付の配列一覧で報告されるような完全な配列に相補的な単離核酸断片、並びに実質的に類似の核酸配列も含む。
【００８５】
本明細書での用法では「実質的に類似の」とは、１つまたは複数のヌクレオチド塩基における変化が、１つまたは複数のアミノ酸の置換をもたらすが、ヌクレオチド配列によってコード化されるポリペプチドの機能特性には影響しない核酸断片を指す。したがって発明は、特定の例示的なヌクレオチドまたはアミノ酸配列を包含するに留まらず、その機能同等物を含むものと理解される。「実質的に類似の」および「実質的に相当する」と言う用語は、ここでは同義的に使用される。
【００８６】
さらに特定部位において化学的同等アミノ酸の産生をもたらすが、コード化されたポリペプチドの機能特性に影響しない核酸断片中の変更は、技術分野で周知である。したがって疎水性アミノ酸であるアミノ酸アラニンのコドンは、グリシンなどの別のより疎水性の低い残基をコード化するコドン、あるいはバリン、ロイシン、またはイソロイシンなどのより疎水性の高い残基によって置換されてもよい。同様にアスパラギン酸からグルタミン酸へのような１つの負に荷電した残基の別の残基への、あるいはリジンからアルギニンへのような１つの正に荷電した残基の別の残基への置換をもたらす変化からも、機能的相当品が生じることが期待できる。ポリペプチド分子のＮ末端およびＣ末端部分の変更をもたらすヌクレオチド変化も、ポリペプチドの活性を変更しないものと予期される。それぞれの提案された修正は、技術分野で常用の技能の範囲に十分収まり、コード化するされた生成物の生物活性の保持の判定についても同様である。
【００８７】
さらに実質的に類似の核酸断片は、それらのハイブリッド形成能によって特徴づけられても良い。当業者によって良く理解されるように、このような相同性の評価は、厳密的条件下でのＤＮＡ−ＤＮＡまたはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド形成のどちらかによって提供される（非特許文献２１）。厳密的条件は、遠縁の生物からの相同的配列などの中程度に類似の断片をスクリーンするため、そして機能的酵素を複製する近縁の生物からの遺伝子などの高度に類似の断片をスクリーンするために調整できる。ハイブリッド形成後の洗浄が、厳密条件を決定する。１つの好ましい条件の組は、室温において６×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳで１５分間に始まり、次に４５℃において２×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳで３０分間を反復し、次に５０℃において０．２×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳを３０分間を２回反復する、一連の洗浄を使用する。より好ましい厳密的条件の組はより高い温度を使用し、そこでは洗浄は、最後の０．２×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ中での２回の３０分間の洗浄の温度を６０℃に増大させたこと以外は上述したのと同一である。別の好ましい高度に厳密的条件の組は、６５℃において０．１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での２回の最終洗浄を使用する。
【００８８】
本発明の実質的に類似の核酸断片は、当業者によって一般に用いられるアルゴリズムで求められるように、それらがコード化するアミノ酸配列と、ここで開示されるアミノ酸配列との同一性百分率によって特徴づけられても良い。適切な核酸断片（本発明の単離ポリヌクレオチド）は、ここで報告するアミノ酸配列と、少なくとも７０％同一、好ましくは少なくとも８０％同一のポリペプチドをコード化する。好ましい核酸断片は、ここで報告するアミノ酸配列と少なくとも８５％同一のアミノ酸配列をコード化する。より好ましい核酸断片は、ここで報告するアミノ酸配列と少なくとも９０％同一のアミノ酸配列をコード化する。より好ましいのは、ここで報告するアミノ酸配列と少なくとも９５％同一のアミノ酸配列をコード化する核酸断片である。適切な核酸断片は上の同一性を有するだけでなく、典型的に少なくとも５０個のアミノ酸、好ましくは少なくとも１００個のアミノ酸、より好ましくは少なくとも１５０個のアミノ酸、さらにより好ましくは少なくとも２００個のアミノ酸、そして最も好ましくは少なくとも２５０個のアミノ酸を有するポリペプチドをコード化する。
【００８９】
関連ポリペプチド配列の同定において、多くのレベルの配列同一性が有用であることは、当業者によって良く理解される。同一性百分率の有用な例は、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％、または５５％〜１００％のあらゆる整数値の百分率である。「同一性百分率」と言う用語は、技術分野で既知のように、配列を比較することで判定される、２つ以上のポリペプチド配列、または２つ以上ポリヌクレオチド配列間の関係である。技術分野で「同一性」とは、場合によっては、このような配列のストリング間の合致によって判定されるように、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド配列間の配列の関連性の程度も意味する。「同一性」および「類似性」は、（非特許文献２２）、（非特許文献２３）、（非特許文献２４）、（非特許文献２５）、（非特許文献２６）で述べられるものをはじめとするが、これに限定されるものではない既知の方法によって容易に計算できる。同一性を判定する好ましい方法は、試験される配列間に最良の合致を与えるようにデザインされる。同一性および類似性を判定する方法は、一般に公開されたコンピュータプログラムで体系化される。配列整合および同一性百分率の計算は、ウィスコンシンマディソンのＤＮＡＳＴＡＲ（ＤＮＡＳＴＡＲ  Ｉｎｃ．（Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ））からのＬＡＳＥＲ遺伝子バイオインフォマティクス計算スイートのＭｅｇａｌｉｇｎプログラムを使用して実施しても良い。Ｃｌｕｓｔａｌ整合法（非特許文献２７）を使用して、デフォルトのパラメータ（ＧＡＰ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝１０、ＧＡＰ  ＬＥＮＧＴＨ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝１０）で、配列の複数の整合を実施した。Ｃｌｕｓｔａｌ法を使用した対整合のデフォルトのパラメータは、ＫＴＵＰＬＥ  １、ＧＡＰ  ＰＥＮＡＬＴＹ＝３、ＷＩＮＤＯＷ＝５、およびＤＩＡＧＯＮＡＬＳ  ＳＡＶＥＤ＝５であった。
【００９０】
適切な核酸断片（本発明の単離ポリヌクレオチド）は、ここで報告するアミノ酸配列と少なくとも約６０％同一の、好ましくは少なくとも約８０％同一のポリペプチドをコード化する。好ましい核酸断片は、ここで報告するアミノ酸配列と約８５％同一のアミノ酸配列をコード化する。より好ましい核酸断片は、ここで報告するアミノ酸配列と少なくとも約９０％同一のアミノ酸配列をコード化する。最も好ましい核酸断片は、ここで報告するアミノ酸配列と少なくとも約９５％同一のアミノ酸配列をコード化する。
【００９１】
アミノ酸またはヌクレオチド配列の「かなりの部分」は、アミノ酸またはヌクレオチド配列が構成するタンパクまたは遺伝子の推定的同定を提供するのに十分な、アミノ酸またはヌクレオチド配列を含む。アミノ酸およびヌクレオチド配列は、当業者によって手動で、あるいはＢＬＡＳＴなどのアルゴリズムを用いるコンピュータベースの配列比較および同定ツールを使用して評価できる（（非特許文献２８）、国立衛生研究所の国立医学図書館全米バイオテクノロジー情報センターのウェブサイトにあるＢＬＡＳＴアルゴリズムの説明も参照されたい）。概してポリペプチドまたは核酸配列が既知のタンパクまたは遺伝子に相同であると推定的に同定するためには、１０個以上の隣接アミノ酸または３０個以上の隣接ヌクレオチド配列が必要である。さらにヌクレオチド配列に関して、３０以上の隣接ヌクレオチドを含む遺伝子特異性オリゴヌクレオチドプローブを遺伝子同定の配列依存的方法（例えばサザンハイブリダイゼーション）および分離（例えば細菌コロニーまたはバクテリオファージ・プラークの原位置（ｉｎ  ｓｉｔｕ）ハイブリッド形成）において使用しても良い。さらにプライマーを含む特定の核酸断片を得るために、ＰＣＲにおいて増幅プライマーとして、１２個以上のヌクレオチドの短いオリゴヌクレオチドを使用しても良い。したがってヌクレオチド配列の「かなりの部分」は、配列を含む核酸断片の特異性同定および／または分離を可能にする、ヌクレオチド配列を含む。本願明細書は、１つまたは複数の特定の植物タンパクを含むポリペプチドをコード化する、アミノ酸およびヌクレオチド配列を教示する。ここで報告される配列の恩恵を受ける当業者は、当業者には既知である目的のために、開示された配列の全てまたはかなりの部分を使用することができる。したがって本発明は、添付の配列一覧で報告される完全な配列、並びに上で定義されるこれらの配列のかなりの部分を含む。
【００９２】
「コドン縮重」とは、コード化されるポリペプチドのアミノ酸配列に影響することなく、ヌクレオチド配列の変動を可能にする遺伝コードにおける多様性を指す。したがって本発明は、ここで示されるアミノ酸配列の全てまたはかなりの部分をコード化するヌクレオチド配列を含む、あらゆる核酸断片に関する。当業者は、任意のアミノ酸を特定化するためのヌクレオチドコドンの利用において、特定の宿主細胞によって示される「コドンバイアス」を十分承知している。したがって宿主細胞中における改善された発現のために核酸断片を合成する場合、コドン使用頻度が、宿主細胞の好ましいコドン使用頻度に近くなるように、核酸断片をデザインすることが望ましい。
【００９３】
「合成核酸断片」または「合成遺伝子」は、当業者に知られた手順を使用して、化学的に合成されるオリゴヌクレオチド構成単位から構築できる。これらの構成単位をライゲートしアニールして、より大きな核酸断片を形成し、次にそれを酵素的に構築して所望の核酸断片全体を構成しても良い。「化学的に合成された」とは、核酸断片に関連して構成要素ヌクレオチドが、生体内で（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ）構築されたことを意味する。核酸断片の手動化学合成は確立した手順を使用して達成されても良く、あるいはいくつかの市販の機器の１つを使用して、自動化学合成を実施できる。したがって核酸断片をヌクレオチド配列の最適化に基づいて、最適な遺伝子発現のために調整し、宿主細胞のコドンバイアスを反映させることができる。当業者は、コドン利用が宿主によって好まれるコドンに偏っている場合における、遺伝子発現成功の見込みを理解する。好ましいコドンの判定は、配列情報が利用できる宿主細胞から誘導された遺伝子の調査に基づくことができる。
【００９４】
「配列分析ソフトウェア」と言う用語は、ヌクレオチドまたはアミノ酸配列の分析のために有用なあらゆるコンピュータアルゴリズムまたはソフトウェアプログラムを指す。「配列分析ソフトウェア」は、市販のものでも、あるいは独立して開発されても良い。典型的な配列分析ソフトウェアとしては、ウィスコンシン州マディソンのジェネティック・コンピュータ・グループからのＧＣＧパッケージソフト（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｐａｃｋａｇｅ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ９．０、Ｇｅｎｅｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ），Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、ＢＬＡＳＴＸ（非特許文献２９）、およびウィスコンシン州マディソンのＤＮＡＳＴＡＲ（ＤＮＡＳＴＡＲＩｎｃ．１２２８  Ｓ．Ｐａｒｋ  Ｓｔ．Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ  ５３７１５  ＵＳＡ）からのＤＮＡＳＴＡＲおよびＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを組み入れたＦＡＳＴＡプログラム（非特許文献３０）が挙げられるが、これに限定されるものではない。本願明細書の文脈内では、配列分析ソフトウェアを分析のために使用する場合、分析結果は特に断りのない限り、言及されるプログラムの「デフォルト値」に基づくものと理解される。ここでの用法では、「デフォルト値」とは、最初に初期化されたときにソフトウェアに元々ロードされた、あらゆる値またはパラメータの組を意味する。
【００９５】
「遺伝子」とは、コード配列に先行する（５’非コード配列）およびその後の（３’非コード配列）制御配列をはじめとする、特異性タンパクを発現する核酸断片を指す。「天然遺伝子」とは、それ自体の制御配列を有する自然界に見いだされる遺伝子を指す。「キメラ遺伝子」とは、自然界には一緒に見られない制御およびコード配列を含む、天然遺伝子でないあらゆる遺伝子を指す。したがってキメラ遺伝子は、異なる源から誘導される制御配列およびコード配列、あるいは同一源から誘導されるが、自然界に見られるのとは異なるやり方で配列された制御配列およびコード配列を含んでも良い。「キメラタンパク」は、キメラ遺伝子によってコード化されるタンパクである。「内在性遺伝子」とは、生物のゲノム中の自然な部位にある天然遺伝子を指す。「外来遺伝子」とは、常態では宿主生物に見られないが、遺伝子移入によって宿主生物中に導入される遺伝子を指す。外来遺伝子は、非天然生物に挿入された天然遺伝子、組換えＤＮＡ作成物、またはキメラ遺伝子を含むことができる。「導入遺伝子」とは、形質転換手順によってゲノム中に導入された遺伝子である。
【００９６】
「コード配列」とは、特異性アミノ酸配列をコード化するヌクレオチド配列を指す。
【００９７】
「制御配列」および「適切な制御配列」とは、コード配列の上流（５’非コード配列）、その中、または下流（３’非コード配列）に位置し、関連コード配列の転写、ＲＮＡプロセシングまたは安定性、または翻訳に影響するヌクレオチド配列を指す。制御配列は、プロモーター、翻訳リーダー配列、イントロン、およびポリアデニル化認識配列を含むかもしれない。
【００９８】
「プロモーター」とは、コード配列または機能ＲＮＡの発現を調節できるヌクレオチド配列を指す。概してコード配列は、プロモーター配列に対して３’に位置する。プロモーターは、その全体が天然遺伝子から誘導されても良く、あるいは自然界に見られる異なるプロモーターから誘導される異なる要素からなっても良く、あるいは合成ヌクレオチドセグメントを含んでさえ良い。異なるプロモーターは、異なる組織または細胞タイプ中で、あるいは異なる発達段階において、あるいは異なる環境条件に呼応して、遺伝子の発現を導いても良いことが、当業者には理解される。ほとんどの細胞タイプ中でほとんどの場合に核酸断片の発現を引き起こすプロモーターは、一般に「構成プロモーター」と称される。ほとんどの場合、制御配列のはっきりした境界は完全に限定されていないので、異なる長さの核酸断片が、同一のプロモーター活性を有しても良いこともさらに認識される。
【００９９】
所望の宿主細胞において本発明の遺伝子の発現を進行させるのに有用なプロモーターは、多数あり当業者にはなじみ深い。ＣＹＣ１、ＨＩＳ３、ＧＡＬ１、ＧＡＬ１０、ＡＤＨ１、ＰＧＫ、ＰＨＯ５、ＧＡＰＤＨ、ＡＤＣ１、ＴＲＰ１、ＵＲＡ３、ＬＥＵ２、ＥＮＯ、ＴＰＩ（サッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）での発現に有用）；ＡＯＸ１（ピチア（Ｐｉｃｈｉａ）での発現に有用）；ｌａｃ、ａｒａ、ｔｅｔ、ｔｒｐ、ｌＰＬ、ｌＰＲ、Ｔ７、ｔａｃ、およびｔｒｃ（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）での発現に有用）、ストレプトマイセス・リビディンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｖｉｄｉｎｓ）ＧＩ、並びにバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）での発現に有用なａｍｙ、ａｐｒ、およびｎｐｒプロモーターおよび様々なファージプロモーターをはじめとするが、これに限定されるものではない遺伝子を駆動できる、実質的にあらゆるプロモーターが、本発明にとって適切である。
【０１００】
「翻訳リーダー配列」とは、遺伝子のプロモーター配列とコード配列との間に位置するヌクレオチド配列を指す。翻訳リーダー配列は、翻訳開始配列の上流である完全にプロセスされたｍＲＮＡ中に存在する。翻訳リーダー配列は、ｍＲＮＡへの転写一次産物のプロセッシング、ｍＲＮＡ安定性または翻訳効率に影響するかもしれない。翻訳リーダー配列の例について述べられている（非特許文献３１）。
【０１０１】
「３’非コード配列」はコード配列の下流に位置するＤＮＡ配列を指し、ポリアデニル化認識配列、およびｍＲＮＡプロセシングまたは遺伝子発現に影響を与えられる制御シグナルをコード化するその他の配列が含まれる。ポリアデニル化シグナルは、通常ｍＲＮＡ前駆体の３’末端へのポリアデニル酸トラクトの付加に影響することで特徴づけられる。異なる３’非コード配列の利用が例証されている（非特許文献３２）。
【０１０２】
「ＲＮＡ転写物」とは、ＤＮＡ配列のＲＮＡポリメラーゼが触媒する転写から得られる生成物を指す。ＲＮＡ転写物がＤＮＡ配列の完全な相補的コピーである場合、それは一次転写物と称され、あるいはそれは一次転写物の転写後プロセッシングから誘導されたＲＮＡ配列であるかもしれず、成熟ＲＮＡと称される。「メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）」とはイントロンがなく、細胞によってポリペプチドに翻訳されることができるＲＮＡを指す。「ｃＤＮＡ」とは、ｍＲＮＡテンプレートに対して相補的であり、それから誘導されるＤＮＡを指す。ｃＤＮＡは一本鎖であり、あるいは例えばＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ断片を使用して二重鎖形態に転換できる。「センスＲＮＡ」とは、ｍＲＮＡを含み、細胞によってポリペプチドに翻訳されることができるＲＮＡ転写物を指す。「アンチセンスＲＮＡ」とは、標的一次転写物またはｍＲＮＡの全部または一部に相補的であり、標的遺伝子の発現をブロックするＲＮＡ転写物を指す（参照によってここに編入する米国特許公報（特許文献２）を参照されたい）。アンチセンスＲＮＡの相補性は、特異性ヌクレオチド配列のあらゆる部分、すなわち５’非コード配列、３’非コード配列、イントロン、またはコード配列にあっても良い。「機能ＲＮＡ」とは、翻訳されないかもしれないが、それでもなお細胞過程に影響するセンスＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、リボザイムＲＮＡ、またはその他のＲＮＡを指す。
【０１０３】
「作動可能に連結された」と言う用語は、単一ポリヌクレオチド上に位置し、互いに連携して、１つの機能が他方の機能に影響する２つ以上の核酸断片を指す。例えばプロモーターはコード配列と作動可能に連結し、そのコード配列の発現に影響することができる（すなわちコード配列がプロモーターの転写調節の下にある）。コード配列は、センスまたはアンチセンスオリエンテーションで制御配列に作動可能に連結できる。
【０１０４】
「発現」と言う用語は、ここでの用法では、発明の核酸断片から誘導されたセンス（ｍＲＮＡ）またはアンチセンスＲＮＡの転写および安定した蓄積を指す。発現は、ｍＲＮＡのポリペプチドへの翻訳も指す。「アンチセンス阻害」とは、標的タンパク発現を抑制できるアンチセンスＲＮＡ転写物の産生を指す。「過剰発現」とは、正常なまたは非形質転換生物中の産生レベルを超える、遺伝形質転換生物における遺伝子産物の産生を指す。「コサプレッション」とは、同一のまたは実質的に類似の外来性または内在性遺伝子の発現を抑制できるセンスＲＮＡ転写物の産生を指す（参照によってここに編入する米国特許公報（特許文献３））。
【０１０５】
「タンパク」または「ポリペプチド」は、ポリペプチドをコード化するポリヌクレオチド中のコード配列によって定まる特定の順序に配列されたアミノ酸の鎖である。各タンパクまたはポリペプチドは、独自の機能を有する。
【０１０６】
「シグナル配列」とは、シグナルペプチドをコード化するヌクレオチド配列を指す。
【０１０７】
「形質転換」とは、遺伝的に安定した遺伝形質をもたらす、宿主生物または宿主生物ゲノムの中への核酸断片の転移を指す。形質転換核酸断片を含有する宿主生物は、「組換え」、「遺伝形質転換」、または「形質転換」生物と称される。したがって本発明の単離ポリヌクレオチドは、典型的にＤＮＡコンストラクトである組換えコンストラクト中に組み込むことができ、宿主細胞への導入およびその中での複製ができる。このようなコンストラクトは、特定の宿主細胞においてポリペプチド−コード化する配列の転写および翻訳ができる、複製システムおよび配列を含むベクターであることができる。典型的に発現ベクターは、例えば５’および３’制御配列の転写調節下の１つまたは複数のクローン化遺伝子、および選択可能マーカーを含む。このようなベクターは、プロモーター制御領域（例えば誘導性または構成的な、環境的または発達的に制御される、または部位特異的発現を調節する制御領域）、転写イニシエーション開始部位、リボゾーム結合部位、転写終結部位、および／またはポリアデニル化シグナルも含有することができる。
【０１０８】
「宿主細胞」または「宿主生物」と言う用語は、外来性または異種性の遺伝子、または内在性遺伝子の複数のコピーを受容でき、これらの遺伝子を発現して活性遺伝子産物を産生できる微生物を指す。
【０１０９】
「ＤＮＡコンストラクト」または「コンストラクト」と言う用語は、人為的に構築されたＤＮＡ断片を指す。このようなコンストラクトは、単独で使用されても良く、あるいはベクターと併せて使用されても良い。
【０１１０】
「プラスミド」、「ベクター」、および「カセット」と言う用語は、細胞の中心的代謝の一部ではない遺伝子を運ぶことが多く、通常環状二重鎖ＤＮＡ分子の形態である染色体外の要素を指す。このような要素は、あらゆる源から誘導された一本鎖または二重鎖ＤＮＡまたはＲＮＡの配列、ゲノム一体化配列、直鎖または環状のファージまたはヌクレオチド配列を自律的に複製するかもしれず、そこではいくつかのヌクレオチド配列が独自の構成に連結または組み換えされ、それは選択された遺伝子産物のために、適切な３’非翻訳配列と共に、プロモーター断片およびＤＮＡ配列を細胞中に導入することができる。「形質転換カセット」とは、外来性遺伝子を含有し、外来遺伝子に加えて特定の宿主細胞の形質転換を容易にする要素を有する特異性ベクターを指す。「発現カセット」とは、外来性遺伝子を含有し、外来性遺伝子に加えて外来性宿主におけるその遺伝子の促進された発現を可能にする要素を有する特異性ベクターを指す。
【０１１１】
「コード化（ｅｎｃｏｄｉｎｇ）」および「コード化（ｃｏｄｉｎｇ）」と言う用語は、それによって遺伝子が、転写および翻訳機構を通じてアミノ酸配列を生じるプロセスを指す。特異性アミノ酸配列のコード化するプロセスは、ＤＮＡ配列を含み、それはコード化されるアミノ酸に変化を引き起こさない塩基の変化伴うかもしれず、あるいはそれは１つまたは複数のアミノ酸を変化させるかもしれないが、ＤＮＡ配列によってコード化されるタンパクの機能特性には影響しない塩基の変化を伴うかもしれない。したがって発明は、特定の代表的配列以上のものを包含するものと理解される。
【０１１２】
「ＰＣＲ」または「ポリメラーゼ連鎖反応」は、当業者には、特定のＤＮＡセグメント増幅のために使用される技術として周知である（米国特許公報（特許文献４）および米国特許公報（特許文献５））。
【０１１３】
「ＯＲＦ」または「読み取り枠」とは、ペプチドまたはタンパクをコード化するＤＮＡ分子中のヌクレオチド配列である。この用語は、ＤＮＡ断片の配列が決定された後、コード化されたタンパクの機能が未知である場合に、使用されることが多い。
【０１１４】
「発酵可能炭素基材」と言う用語は、本発明の宿主生物によって代謝されることができる炭素源、特に単糖類、オリゴ糖、多糖類、および一炭素基材またはそれらの混合物よりなる群から選択される炭素源を指す。
【０１１５】
（相同体の分離）
本発明の核酸断片を使用して、同一またはその他の微生物種からの相同的タンパクをコード化する遺伝子を分離しても良い。配列−依存性プロトコルを使用した相同的遺伝子の分離は、技術分野で周知である。配列依存性プロトコルの例としては、様々な核酸増幅技術の使用で例証されるように、核酸ハイブリッド形成法、およびＤＮＡおよびＲＮＡ増幅法が挙げられるが、これに限定されるものではない（例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、Ｍｕｌｌｉｓらの米国特許公報（特許文献６）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（非特許文献３３）、または連鎖置換増幅（ＳＤＡ）（非特許文献３４））。
【０１１６】
典型的にＰＣＲタイプ増幅技術ではプライマーは異なる配列を有し、互いに相補的でない。所望の試験条件次第で、プライマーの配列は、標的核酸の効率的かつ忠実な複製を提供するようにデザインされるべきである。ＰＣＲプライマーデザインの方法は一般的であり、技術分野で周知である。（非特許文献３５）、（非特許文献３６）。
【０１１７】
ハイブリッド形成法は、良好に定義されている。典型的にプローブおよびサンプルは、核酸ハイブリッド形成を可能にする条件下で混合されなくてはならない。これは適切な濃度および温度条件の下、無機または有機塩存在下でプローブとサンプルとを接触させることを伴う。プローブとサンプル核酸は、プローブとサンプル核酸間のあらゆる可能なハイブリッド形成が起きるように、十分な時間接触していなくてはならない。混合物中のプローブまたは標的の濃度が、ハイブリッド形成が起きる所要時間を決定する。プローブまたは標的濃度が高いほど、必要なハイブリッド形成時間は短くなる。
【０１１８】
様々なハイブリッド形成溶液を用いることができる。典型的に、それらは約２０〜６０容量％、好ましくは３０容量％の極性有機溶剤からなる。一般的なハイブリッド形成溶液は、約３０〜５０％ｖ／ｖのホルムアミドと、約０．１５〜１Ｍの塩化ナトリウムと、クエン酸ナトリウム、トリス−ＨＣｌ、ＰＩＰＥＳまたはＨＥＰＥＳ（ｐＨ範囲約６〜９）などの約０．０５〜０．１Ｍの緩衝液と、ドデシル硫酸ナトリウムまたは０．５〜２０ｍＭＥＤＴＡ、ＦＩＣＯＬＬ（ファーマシア（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）Ｉｎｃ．）（約３００〜５００ｋＤａ）、ポリビニルピロリドン（約２５０〜５００ｋＤａｌ）、および血清アルブミンなどの約０．０５〜０．２％の洗浄剤とを用いる。また典型的なハイブリッド形成溶液には、約０．１〜５ｍｇ／ｍＬの非標識の担体核酸、例えば仔ウシ胸腺またはサケ精子ＤＮＡ、または酵母菌ＲＮＡなどの破片核酸ＤＮＡ、および任意選択的に約０．５〜２％ｗｔ．／ｖｏｌ．のグリシンも含まれる。ポリエチレングリコールや、ポリアクリレートまたはポリメチルアクリレートなどの陰イオンポリマーや、デキストラン硫酸などの陰イオン糖類ポリマーなどの様々な極性水溶性または水膨張性剤を含む容積排除剤などのその他の添加剤を含めても良い。
【０１１９】
（組換え発現−微生物）
本配列の遺伝子および遺伝子産物を微生物宿主細胞に導入しても良い。本遺伝子および核酸分子の発現のために好ましい宿主細胞は、真菌または細菌系統群中に広く見られ、広範な温度、ｐＨ価、および溶剤耐性で生育する微生物宿主である。大規模微生物生育および機能遺伝子発現は、広範な単純または複合炭水化物、有機酸およびアルコール、光合成または化学的自己栄養宿主の場合は、メタンまたは二酸化炭素などの飽和炭化水素を利用しても良い。しかし機能遺伝子は、窒素、亜リン酸、イオウ、酸素、炭素、または小型無機イオンをはじめとするあらゆる微量栄養素の形態および量をはじめとする特定の生育条件によって、阻止または抑圧され制御されても良い。さらに機能遺伝子の制御は、培養に添加される典型的に栄養素またはエネルギー源とは見なされない、特定の制御分子の存在または不在によって達成されても良い。生育速度もまた、遺伝子発現における重要な制御因子であるかもしれない。適切な宿主系統の例としては、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、トリコデルマ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）、サッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、ピチア（Ｐｉｃｈｉａ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、ハンゼヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）などの真菌または酵母菌種、またはプロテオバクテリアおよび放線菌類のメンバーなどの細菌種、ならびにロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、アシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、アルスロバクター（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ）、ブレビバクテリウム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アシドボラック（Ａｃｉｄｏｖｏｒａｘ）、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、およびコリネバクテリウム（Ｃｏｒｎｙｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）の特定の属が挙げられるが、これに限定されるものではない。
【０１２０】
本発明の発酵工程において、宿主微生物として使用するのに、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）が特に良く適している。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）は、α（１，６）連鎖を含有するオリゴ糖を代謝できず、またＤＰ＞７のあらゆるオリゴ糖を代謝することが困難である。
【０１２１】
外来性タンパクの高レベル発現を導く制御配列を含有する微生物発現システムおよび発現ベクターは、当業者には周知である。これらのいずれかを使用してキメラ遺伝子を構築し、本配列の遺伝子産物を産生できる。次に形質転換技術を通じて、これらキメラ遺伝子を適切な微生物に導入し、酵素の高レベル発現を提供できる。
【０１２２】
適切な宿主細胞の形質転換のために有用なベクターまたはカセットは、技術分野で周知である。典型的にベクターまたはカセットは、関連性のある遺伝子の転写および翻訳を導く配列、選択可能マーカー、および自律的複製または染色体組み込みができるようにする配列を含有する。適切なベクターは、転写イニシエーション制御を含む遺伝子の５’領域、および転写終結を制御するＤＮＡ断片の３’領域を含む。双方の制御領域が、形質転換された宿主細胞に相同的な遺伝子から誘導されることが最も好ましいが、このような制御領域は、必ずしも産生宿主として選択された特定種に固有の遺伝子から誘導されなくて良いものと理解される。
【０１２３】
イニシエーション制御領域またはプロモーターは、遺伝子産物の発現を進めるのに有用である。終結制御領域はまた、好ましい宿主に固有の様々な遺伝子から誘導されても良い。任意選択的に終結部位は必要ないかもしれないが、含まれることが最も好ましい。
【０１２４】
いくつかの用途では、本タンパクを異なる細胞区画に導くことが有用であろう。したがってコード配列を変化させて、輸送配列などの適切な細胞内標的配列を有する酵素をコード化することで、上述のキメラ遺伝子をさらに補足することが想定された。
【０１２５】
（促進された活性を有する酵素）
本配列を使用して、促進されたまたは改変された活性を有する遺伝子産物を製造することが考察された。天然遺伝子配列を変異させて、改変されたまたは促進された活性を有する遺伝子産物を製造する、参照によってここに編入する、誤りがちなＰＣＲ（非特許文献３７）、部位特異的突然変異生成（非特許文献３８）および「遺伝子シャッフリング」（米国特許公報（特許文献７）、米国特許公報（特許文献８）、米国特許公報（特許文献９）、および米国特許公報（特許文献１０））をはじめとするが、これに限定されるものではない様々な方法が知られている。
【０１２６】
（経路モジュレーション）
糖代謝経路を有するあらゆる生物において、このような経路を操作する上で、本遺伝子の配列知識は有用であろう。遺伝的経路を操作する方法は一般的であり、技術分野で周知である。特定経路中の選択された遺伝子は、様々な方法によってアップレギュレーションまたはダウンレギュレーションされても良い。さらに生物の競合経路は、遺伝子破壊および類似の技術によって排除または昇華されても良い。
【０１２７】
ひとたび重要な遺伝的経路が同定および配列決定されると、特定の遺伝子をアップレギュレーションして経路の産出量を増大できる。例えばｐＢＲ３２２などの多コピー型プラスミド上で、標的遺伝子の追加的コピーを宿主細胞に導入しても良い。代案としては、非天然プロモーターの調節の下におかれるように標的遺伝子を変性しても良い。経路が、細胞サイクル中または発酵生産中の特定点で作動することが所望される場合、制御されたまたは誘導性プロモーターを使用して、標的遺伝子の天然プロモーターを置き換えても良い。同様に場合によっては、天然または内在性プロモーターを変性させて、遺伝子発現を増大させても良い。例えば内在性プロモーターは、生体内で（ｉｎ  ｖｉｖｏ）突然変異、欠失、および／または置換によって変性できる（Ｋｍｉｅｃの米国特許公報（特許文献１１）、Ｚａｒｌｉｎｇらの（特許文献１２）を参照されたい）。
【０１２８】
本発明の文脈内では、いくつかの周知の方法（例えばアンチ−センス、照射−または化学誘発突然変異、遺伝子−シャフリングなど）のいずれかの１つによって、糖代謝経路の発現を変調することが有用かもしれない。例えば本発明は、糖代謝経路において主要酵素をコード化するいくつかの遺伝子を提供し、単糖の産生をもたらす。単離遺伝子としてはα−グルコシダーゼおよびイソマルターゼ遺伝子が挙げられる。例えばグルコースまたはマルトースを蓄積することが所望される場合、上記方法のいずれかを用いて、本発明のα−グルコシダーゼおよびイソマルターゼ遺伝子を過剰発現しても良い。同様に上述の方法のいずれかの１つによって、解糖経路などの下流遺伝子の破壊をすることで、生合成遺伝子のグルコースまたはマルトース蓄積を達成しても良い。
【０１２９】
（バイオ発酵）
本発明は、様々なバイオ発酵法、特に大規模工業的工程に適したものに適応できる。発明は、バッチ、流加バッチ、または連続法を使用して実施しても良いが、好ましくは流加バッチモードで実施される。これらのバイオ発酵法は、技術分野で一般的であり周知である（（非特許文献３９）または（非特許文献４０））。
【０１３０】
「バイオ発酵システム」または「バイオ発酵」は、生体触媒を使用して、基材（群）と生成物（群）の間の反応を触媒するシステムを指す。
【０１３１】
（生体触媒）
生体触媒は、基材（群）と生成物（群）の間の化学反応を開始し、あるいはその速度を変化させる。生体触媒は、微生物全体または単離酵素触媒の形態であっても良い。微生物全体は、透過化処理などの前処理なしに生体触媒として使用できる。代案としては、当業者になじみの深い方法（例えばトルエン、洗浄剤、または凍結融解による処理）によって、細胞全体を透過化処理して、細胞内外への材料の拡散速度を改善しても良い。
【０１３２】
本発明で有用な微生物としては、細菌（例えば腸内細菌エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）およびサルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、ならびにバチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、アシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）、メチロバクター（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）およびシュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）など）、ラン藻類（紅色細菌（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ）およびシネコシスティス（Ｓｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ）など）、酵母菌（サッカロミセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、チゴサッカロミセス（Ｚｙｇｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、クリヴェロミセス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、ハンゼヌラ（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）、デバリオミセス（Ｄｅｂａｒｙｏｍｙｃｅｓ）、ケカビ（Ｍｕｃｏｒ）、ピチア（Ｐｉｃｈｉａ）、およびトルロプシス（Ｔｏｒｕｌｏｐｓｉｓ）など）、糸状菌（アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）およびアルソボトリス（Ａｒｔｈｒｏｂｏｔｒｙｓ）など）、および藻類が挙げられるが、これに限定されるものではない。本願明細書の目的では、「微生物」は、昆虫、動物、または植物からの細胞も包含する。
【０１３３】
（培養条件）
微生物培養物の維持と生育に適した材料および方法は、微生物学またはバイオ発酵科学技術の当業者に周知である（非特許文献４１）。所望の機能遺伝子発現のための微生物の特定の要件次第で、適切な培地、ｐＨ、温度、および好気性、ミクロ好気性、または嫌気性条件のための要件を考慮しなくてはならない。
【０１３４】
（炭素基材培地）
本発明で使用するためのバイオ発酵培地（液体ブロスまたは溶液）は、生体触媒の要求に照らして選択された、適切な炭素基材を含有しなくてはならない。適切な基材としては、単糖類（グルコースおよびフルクトースなど）、二糖類（乳糖またはショ糖など）、オリゴ糖および多糖類（デンプンまたはセルロースまたはそれらの混合物など）、または再生可能な供給原料からの未精製混合物（乳清パーミエート、コーンスティープリカー、甜菜糖みつ、および大麦モルトなど）が挙げられるが、これに限定されるものではない。炭素基材は、一炭素基材（二酸化炭素、メタノール、またはメタンなど）であっても良い。
【０１３５】
適切な炭素源に加えて、バイオ発酵培地は、当業者に既知の適切なミネラル、塩、ビタミン、補助因子、緩衝液、およびその他の構成要素を含有しなくてはならない（非特許文献４２）。これらのサプリメントは、生体触媒の生育に適切であって、バイオ発酵標的産物を生成するのに必要な酵素経路を促進しなくてはならない。
【０１３６】
最後に、工業的に有用な生成物を発現する機能遺伝子は、特定の生育条件（例えば窒素、亜リン酸、イオウ、酸素、炭素あるいは小型無機イオンをはじめとするあらゆる微量の微量栄養素の形態と量）によって制御、抑制され、または抑制解除されても良い。機能遺伝子の制御は、培養物に添加されて典型的に栄養またはエネルギー源とみなされない、特定の制御分子（無償性誘導物質など）の存在または不在によって達成されても良い。生育速度も遺伝子発現において、重要な制御因子であるかもしれない。
【実施例】
【０１３７】
以下の実施例で本発明をさらに明らかにする。これらの実施例は、発明の好ましい実施態様を示しながら、例証のみのために提供されるものと理解される。上記考察およびこれらの実施例から、当業者は本発明の本質的特質を把握でき、その範囲と精神を逸脱することなく、発明の様々な変化と修正を行って、様々な利用法および条件に適合させることができる。
【０１３８】
略語の意味は次のとおり。「ｈ」は時間を意味し、「ｍｉｎ」は分を意味する。「ｓｅｃ」は秒を意味し、「ｄ」は日を意味し、「ｍＬ」はミリリットルを意味し、「Ｌ」はリットルを意味し、「ｍＭ」はミリモル濃度を意味し、「ｎｍ」はナノメートルを意味し、「ｇ」はグラムを意味し、「ｋｇ」はキログラムを意味し、「ＨＰＬＣ」は高性能液体クロマトグラフィーを意味し、「ＲＩ」は屈折率を意味する。
【０１３９】
（一般的方法）
細菌培養物の生育の維持に適した材料および方法は、技術分野で周知である。以下の例で使用するための適切な技術は、（非特許文献４３）または（非特許文献３９）で述べられている。
【０１４０】
グリセロールの１，３−プロパンジオールへの転換は、ＨＰＬＣによってモニターされた。クロマトグラフィーの当業者が利用可能な標準技術および材料を使用して、分析を実施した。適切な一方法は、ＵＶ（２１０ｎｍ）およびＲＩ検出を使用したウォーター・マキシマ（Ｗａｔｅｒｓ  Ｍａｘｉｍａ）８２０ＨＰＬＣシステムを利用する。サンプルをマサチューセッツ州ミルフォードのウォーターズ（Ｗａｔｅｒｓ（Ｍｉｌｆｏｒｄ、ＭＡ））から購入された、ショデックス（Ｓｈｏｄｅｘ）ＳＨ−１０１１Ｐｐｒｅカラム（６ｍｍ×５０ｍｍ）を装着したショデックス（Ｓｈｏｄｅｘ）ＳＨ−１０１１カラム（８ｍｍ×３００ｍｍ）上に注入し、温度を５０℃に調節して、０．０１ＮＨ２ＳＯ４を移動相として流速０．５ｍＬ／ｍｉｎで使用した。定量分析が所望される場合、外部標準として、既知量のトリメチル酢酸でサンプルを調製した。典型的にグルコース（ＲＩ検出）、グリセロール、１，３プロパンジオール（ＲＩ検出）、およびトリメチル酢酸（ＵＶおよびＲＩ検出）の滞留時間は、それぞれ１５．２７分間、２０．６７分間、２６．０８分間、および３５．０３分間であった。
【０１４１】
（実施例１）
（ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ＡＴＣＣ１５７００のゲノム塩基配列決定法）
ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）（ＡＴＣＣ１５７００）は、米国ヴァージニア州マナッサス私書箱１５４９号の米国微生物系統保存機関（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，（Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ  ２０１０８、Ｕ．Ｓ．Ａ．））から購入した。細胞ペレットを得て、１０ｍＭのＮａ−ＥＤＴＡおよび５０ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ７．５を含有する溶液中に懸濁した。標準プロトコルに従って、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）（ＡＴＣＣ１５７００）からゲノムＤＮＡを単離した。出版されたプロトコルに従って、ゲノムＤＮＡおよびライブラリー構成を調製した（非特許文献４４）。
【０１４２】
ゲノムＤＮＡの調製：懸濁後、０．２％サルコシン、２０ｍＭのβ−メルカプトエタノール、および１５０単位／ｍＬのリティカーゼ中で細胞を穏やかに溶解させ、３０分間３７℃でインキュベートした。トリス平衡化フェノールで２回、クロロホルムで２回ＤＮＡを抽出物した。ＤＮＡを７０％エタノール中で沈殿させ、１ｍＭのＮａ−ＥＤＴＡおよび１０ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ７．５を含有する溶液中で懸濁させた。ＤＮＡ溶液をリボ核酸ヌクレチダーゼ混合で処理し、次にトリス平衡化フェノールで２回、クロロホルムで２回抽出した。エタノール中での沈殿、１ｍＭのＮａ−ＥＤＴＡおよび１０ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ７．５中での懸濁がこれに続いた。
【０１４３】
ライブラリー構築：３０％グリセロール、３００ｍＭ酢酸ナトリウム、１ｍＭのＮａ−ＥＤＴＡ、および１０ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ７．５を含有する溶液中に５０〜１００μｇの染色体ＤＮＡを懸濁し、イリノイ州シカゴのＩＢＩ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ（ＩＢＩ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ、（Ｃｈｉｃａｇｏ、ＩＬ））からのアエロミスト・ダウンドラフト・ネビュライザー（Ａｅｒｏｍｉｓｔ  Ｄｏｗｎｄｒａｆｔ  Ｎｅｂｕｌｉｚｅｒ）チャンバー内で１２ｐｓｉで６０秒間剪断した。ＤＮＡを沈殿させ、懸濁し、ＢＡＬ−３１ヌクレアーゼで処理した。低融点アガロースゲル上でのサイズ分画後、分画（２．０ｋｂまたは５．０ｋｂ）を切除し清潔にして、マサチューセッツ州ベバリーのニュー・イングランド・バイオラブ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｉｎｃ．（Ｂｅｖｅｒｌｙ，ＭＡ））からのＴ４  ＤＮＡリガーゼを使用して、アマシャム・バイオサイエンス（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）からのｐＵＣ１８のフォスファターゼ処理されたＳｍａＩ部位にライゲートした。ライゲーションミックスをゲル上に流して、ベクターと１つの挿入ライゲーション産物に相当するＤＮＡバンドを切り出し、ニュー・イングランド・バイオラブ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ）からのＴ４ＤＮＡポリメラーゼで処理して、次に再度ライゲートした。この二段階ライゲーション手順を適用して、単一挿入断片が９９％を超える高力価ライブラリーを製造した。
【０１４４】
塩基配列決定法：微生物ゲノム全体の塩基配列決定法のために、ショットガン塩基配列決定法戦略アプローチを採用した（非特許文献４５）。ダイターミネーター技術（米国特許公報（特許文献１３）、（特許文献１４））を使用し、ベクターと挿入特異的プライマーとの組み合わせを使用して、配列をカリフォルニア州フォスターシティのアプライド・バイオシステムズ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ））からのＡＢＩ自動シークエンサー上で生成した。ウィスコンシン州マディソンのＤＮＡスター（ＤＮＡ  Ｓｔａｒ  Ｉｎｃ．（Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ））からのＤＮＡＳｔａｒ、あるいはウィスコンシン州マディソンのジェネティクス・コンピュータ・グループ（Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）（Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ））からのウィスコンシンＧＣＧ（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ＧＣＧ）プログラム（ウィスコンシンパッケージ・バージョン９．０）とＣＯＮＳＥＤパッケージ・バージョン７．０のどちらかの中で配列編集を実施した。全ての配列は、双方向における少なくとも２回のカバレッジを表す。Ｐｈｒｅｄ／Ｐｈｒａｐソフトウェア・パッケージ（バージョン０．９６１０２８．ｍ／０．９９０３１９）を使用して、配列アセンブリーを実施した。
【０１４５】
（実施例２）
（炭水化物分解遺伝子の同定）
（あらゆる非冗長ＧｅｎＢａｎｋ  ＣＤＳ翻訳、三次元構造ブルックヘブン・タンパク・データバンクから誘導される配列、ＳＷＩＳＳ−ＰＲＯＴタンパク配列データベース、ＥＭＢＬ、およびＤＤＢＪデータベースを含む）ＢＬＡＳＴ「ｎｒ」データベースに含まれる配列に対する類似性のためのＢＬＡＳＴ（（非特許文献２９）ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／も参照されたい）検索を実施して、イソアミラーゼ活性をコード化する遺伝子を同定した。全米バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）によって提供されるＢＬＡＳＴＮアルゴリズムを使用して、「ｎｒ」データベース中に含まれるあらゆる一般公開されたＤＮＡ配列に対する類似性について、得られた配列を分析した。全ての読み枠内でＤＮＡ配列を翻訳し、ＮＣＢＩによって提供されるＢＬＡＳＴＰアルゴリズム（非特許文献４６）を使用して、「ｎｒ」データベースに含まれるあらゆる一般公開されたタンパク配列に対する類似性について比較した。
【０１４６】
あらゆる比較は、ＢＬＡＳＴＮまたはＢＬＡＳＴＰアルゴリズムのどちらかを使用して実施された。最も高い類似性を有する配列を要約する表１に、ＢＬＡＳＴ比較の結果を示す。表１は、値を期待値で表した、ＢＬＡＳＴＰアルゴリズムに基づくデータを示す。期待値（Ｅ−値）は、偶然にデータベース検索中に起きることが期待される特定のスコアＳに等しいまたはそれよりも良いスコアとの異なる整合の数である。Ｅ−値が低いほど、スコアの有意性は高い。
【０１４７】
【表３】
2006504412.tif 000004
【０１４８】
（実施例３）
（ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ｄｅｘＢを遺伝子を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）中の細胞内イソアミラーゼ活性）
（非特許文献４７）で述べられたプロトコルを使用して、ｄｅｘＢ遺伝子のクローニングのために、ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）（ＡＴＣＣ２５１７５Ｄ）からゲノムＤＮＡを単離した。
【０１４９】
ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）（ｄｅｘＢ）ＤＮＡ配列（非特許文献４８）に基づいて、オリゴヌクレオチドプライマー（ＳＥＱＩＤ番号：７およびＳＥＱＩＤ番号：８）をデザインし、Ｂａｍ  ＨＩおよびＳａｌＩ制限部位も含めた。カリフォルニア州バレンシアのキアゲン（Ｑｉａｇｅｎ（Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ））からのＨｏｔＳｔａｒｔＴａｑ（商標）キットに含まれる標準ＰＣＲプロトコルを使用して、ｄｅｘＢ遺伝子を増幅した。反応は１ｎｇのゲノムＤＮＡと、それぞれ１μＭのプライマーを含有した。得られる１．６ｋｂのＤＮＡ断片を酵素ｓＢａｍＨＩおよびＳａｌＩで消化した。消化された断片を英国アマシャムのアマシャムファルマシア（Ａｍｅｒｓｈａｍ−Ｐｈａｒｍａｃｉａ（Ａｍｅｒｓｈａｍ、ＵＫ））からのプラスミドｐＴＲＣ９９ａ（ａｍｐＲ）中に直接クローン化し、ＬａｃＺ遺伝子との翻訳融合が得られた。ｐＴＲＣ９９−ｄｅｘＢと命名されたプラスミドは、ＬａｃＺ遺伝子の最初の１０個のアミノ酸のコード配列も含有し、それは発現すると天然ＤｅｘＢタンパクのＮ−末端に融合する。ｐＴＲＣ９９−ｄｅｘＢプラスミドは、カリフォルニア州カールズバッドのインビトローゲン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ））からの製造元のプロトコルを使用して、１００μｇ／ｍＬアンピシリンを含有するルリアブロス（ＬＢ）培地上に蒔いて、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α細胞内に形質転換させる。
【０１５０】
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）中での発現に続いて、未精製タンパク抽出物からのイソアミラーゼ活性を評価した。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α／ｐＴＲＣ９９−ｄｅｘＢの単一コロニーをＬＢ培地中で一晩培養し、次に新鮮なＬＢ培地（３．０ｍＬ）中で１：１００に希釈して３７℃でさらに２時間培養した。この培養に続き、イソプロピルβ−Ｄ−１−チオガラクトピラノシド（ＩＰＴＧ）を１ｍＭの最終濃度で添加して、ＤｅｘＢ遺伝子を誘導した。さらに２時間の培養後、誘導細胞から未精製タンパクを抽出した。未精製タンパク抽出物を分離するために、細胞を遠心分離（１×８０００ｇ）によって収集し、次に０．５ｍＬのリン酸緩衝液（１０ｍＭ、ｐＨ６．８）中に懸濁した。懸濁液を超音波処理して総細胞タンパクを放出し、遠心分離（１×１４，０００ｇ）して細胞砕片を除去した。イソマルトースと共に、または別個にパノースと共に３７℃において１０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ６．８）中で２時間培養して、上清中に存在する総タンパクをイソアミラーゼ活性について分析した。反応生成物は、高速陰イオン交換クロマトグラフィー（ＨＰＡＥＣ）によって特性決定された。
【０１５１】
ＨＰＡＥＣのためには、以下のようにしてサンプルを調製し分析した。イソマルトースまたはパノースと共に２時間培養した後、ニューヨーク州コーニングのコスター（Ｃｏｓｔａｒ（Ｃｏｒｎｉｎｇ、ＮＹ））からの０．２２μＭ  Ｓｐｉｎ−Ｘ（Ｒ）遠心管フィルターを通して総タンパク抽出物を濾過し、滅菌濾過水で希釈した。ＰＡ１０カラム、溶出剤としての１００ｍＭ水酸化ナトリウム、および０〜１５０ｍＭの酢酸ナトリウム直線勾配を使用して、カリフォルニア州サニーヴェールのディオンネクス（Ｄｉｏｎｅｘ（Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ、ＣＡ））からのＨＰＡＥＣによってサンプルを分析した。ｐＴＲＣ９９−ｄｅｘＢ細胞抽出物を使用したイソマルトースの分解を実証する結果を表２に列挙する。ｐＴＲＣ９９−ｄｅｘＢ細胞抽出物との培養により形成するパノースの分解および生成物を表３に列挙する。
【０１５２】
【表４】
2006504412.tif 000005
【０１５３】
【表５】
2006504412.tif 000006
【０１５４】
（実施例４）
（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）中でのビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）イソデンプン分解遺伝子の発現）
ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）（ＡＴＣＣ  １５７００）ライブラリーからのいくつかの読み取り枠をα（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖に対する活性を有する推定上の候補遺伝子として同定した（実施例２）。オリゴ糖を含有するα（１，６）−結合したグルコースを使用した、イソデンプン分解活性の詳細な性質決定のために、３個の推定上のクローン、ｍｂｃ１ｇ．ｐｋ００７．ｈ１２（ｈ１２）、ｍｂｃ１ｇ．ｐｋ０２６．ｋ１（ｋ１）、およびｍｂｃ２ｇ．ｐｋ０１８．ｊ２０（ｊ２０）を選択した。
【０１５５】
実施例１からのｐＵＣ１８中に、推定上のイソデンプン分解ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）遺伝子のクローン化された完全長コード配列を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α系をＬＢ培地に接種して、３７℃で培養した。培養を２０時間後に新鮮なＬＢ培地中で希釈（１：１００）し、３７℃でさらに３〜４時間インキュベートした。実施例３で述べたようにして、総タンパク抽出物を細胞から調製した。イソマルトースと共に、または別個にパノースと共に、３７℃において１０ｍＭリン酸緩衝液（ｐＨ６．８）中で２時間培養して、上清中に存在する総タンパクをイソデンプン分解活性について分析した。実施例３で述べたようにしてサンプルを調製し、高速陰イオン交換クロマトグラフィー（ＨＰＡＥＣ）によって反応生成物を特性決定した。結果は、クローンｈ１２、ｋ１、およびｊ２０から生成された酵素が、イソマルトースをグルコースに分解したことを実証した（表４）。
【０１５６】
【表６】
2006504412.tif 000007
【０１５７】
総タンパク抽出物をパノース（２５０μｇ／ｍＬ）と共に２時間インキュベートし、次にニューヨーク州コーニングのコスター（Ｃｏｓｔａｒ（Ｃｏｒｎｉｎｇ、ＮＹ））からの０．２２μＭ  Ｓｐｉｎ−Ｘ（Ｒ）遠心管フィルターを通して濾過した。実施例３で述べたようにして、サンプルをＨＰＡＥＣにより分析した。培養に続くパノースの不在は、クローンｈ１２、ｋ１、およびｊ２０から生成された酵素が、パノースを分解できることを実証した。図１は、クローンｈ１２がパノースをグルコースに完全に分解することを示す（ネガティブ対照、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α中のプラスミドｐＵＣ１８も示される）。図１はまた、ｋ１およびｊ２０クローンからの酵素が、パノースをグルコースおよびマルトースに分解することも示す。
【０１５８】
（実施例５）
（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）中での天然Ｂ．ｂｒｅｖｅｊ２０イソアミラーゼ遺伝子の発現）
天然ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）遺伝子ｊ２０（実施例１で得られた）は、成熟コーディング配列のＮＨ−末端にシグナルペプチドを有するようである（ｐソート予測ソフトウェアによって判定された（非特許文献４９）。α（１，６）−結合したグルコースオリゴ糖を加水分解する活性をコード化する、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｊ２０遺伝子の核酸およびアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱＩＤ番号：３０、ＳＥＱＩＤ番号：３１である。
【０１５９】
そのため無傷の細胞全体使用して、イソマルトースの代謝を試みた。これは、イソマルトース（５００μｇ／ｍＬ）を含有するＬＢ培地中で、ｊ２０遺伝子を発現する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α細胞の単一コロニーを３７℃で２４時間培養して達成された。培養に続いて細胞を培地から除去し、実施例３で述べたＨＰＡＥＣ法によって培地を調製し、分析した。Ｂ．ｂｒｅｖｅｊ２０遺伝子を発現する細胞における、細胞外イソアミラーゼ活性の存在は、ネガティブ対照（オリジナルｐＵＣ１８プラスミドのみを含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α細胞）と比較して、減少したイソマルトースのレベルによって実証された。表５の結果は、天然ｊ２０遺伝子を発現する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞が、細胞外に供給されるイソマルトースを分解したことを実証する。
【０１６０】
【表７】
2006504412.tif 000008
【０１６１】
（実施例６）
（Ｓ．ｍｕｔａｎｓ  ｄｅｘＢおよびＢ．ｂｒｅｖｅイソアミラーゼ酵素の細胞外ターゲティング）
ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｋ１およびストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ｄｅｘＢ遺伝子は、天然シグナルペプチドを含有しないようなので（ｐソート予測ソフトウェアによって判定（非特許文献４９））、ＰＣＲ法により翻訳融合中でシグナルペプチドに成熟コーディング配列を連結し、細胞外発現を可能にした、
【０１６２】
プラスミドｐＢＥ５０５（非特許文献５０）およびｐＢＥ３１１（非特許文献５１）に始まる一連の工程で、枯草菌（バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）アルカリ性および中性プロテアーゼ遺伝子を含有するモジュラー発現ベクターを構築した。プラスミドを制限酵素ｓＫｐｎＩおよびＮｒｕＩで消化した。得られたｐＢＥ５０５からの９６９ｂｐのＫｐｎＩ−ＮｒｕＩ断片を単離し、ｐＢＥ３１１からのより大きな７．２ｋｂのＫｐｎＩ−ＮｒｕＩ断片にライゲートし、ｐＢＥ５５９を得た。
【０１６３】
次にプラスミドｐＢＥ５５９およびｐＢＥ５９７（非特許文献５２）を制限酵素ＫｐｎＩおよびＥｃｏＲＶで消化した。ｐＢＥ５５９からの９４１ｂｐのＫｐｎＩ−ＥｃｏＲＶ断片をｐＢＥ５９７からの８．９ｋｂのＫｐｎＩ−ＥｃｏＲＶ断片にライゲートし、プラスミドｐＢＥ５９２を得た。
【０１６４】
実施例３で述べられたＰＣＲ法を使用して、プラスミドｐＢＥ２６（非特許文献５３）をテンプレートとして使用して、Ｂ．アミロリクエフェイシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）のアルカリ性プロテアーゼ（ａｐｒ）プロモーター領域を増幅した。オリゴヌクレオチドプライマーＳＥＱＩＤ番号：９をデザインし合成して、ＮｈｅＩ制限部位をアルカリ性プロテアーゼシグナル切断部位に、ＥｃｏＲＶ制限部位を切断部位のすぐ下流に導入した。オリゴヌクレオチドプライマーＳＥＱＩＤ番号：１０をデザインし、ｐＢＥ２６のａｐｒプロモーター領域の上流の５’ポリリンカー領域にアニールした。既述のプライマーおよびプラスミドｐＢＥ２６テンプレートＤＮＡを使用して、ＰＣＲ反応を実施した。得られた１．２ｋｂＰＣＲ生成物をＫｐｎＩおよびＥｃｏＲＶａで消化して、ｐＢＥ５９２からのより大きなＫｐｎＩ−ＥｃｏＲＶ断片にライゲートしてｐＢＥ９２を得た。
【０１６５】
実施例３で述べられたＰＣＲ法を使用して、プラスミドｐＢＥ８０（非特許文献５４）をテンプレートとして使用して、Ｂ．アミロリクエフェイシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）中性プロテアーゼ（ｎｐｒ）プロモーター領域を増幅した。下流プライマーＳＥＱＩＤ番号：１１をデザインし合成して、ＮｈｅＩ制限部位を中性プロテアーゼシグナル切断部位に、ＥｃｏＲＶ制限部位を切断部位のすぐ下流に導入した。プライマーＳＥＱＩＤ番号：１２をデザインし、ｐＢＥ８０中のＮｐｒプロモーターの５’領域にアニールした。既述のプライマーおよびＤＮＡテンプレートを使用して、ＰＣＲ反応を実施した。得られる３５０ｂｐＰＣＲ生成物をＫｐｎＩおよびＥｃｏＲＶで酵素的に消化し、ｐＢＥ５９２からのより大きなＫｐｎＩ−ＥｃｏＲＶ断片にライゲートしてｐＢＥ９３を得た。
【０１６６】
ベクターｐＢＥ９２およびｐＢＥ９３中における、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）アルカリ性および中性プロテアーゼ遺伝子のシグナルペプチドへのｋ１およびｄｅｘＢ遺伝子の翻訳融合は、表６で述べられたオリゴヌクレオチドプライマーを使用して達成された。ＰＣＲ増幅は、テンプレートとしてそれぞれ、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）（ＡＴＣＣ１５７００）からのゲノムＤＮＡ、あるいはｐＴＲＣ９９−ｄｅｘＢプラスミドを使用して、実施例３で述べられたプロトコルによって実施された。
【０１６７】
ＮｈｅＩおよびＢａｍＨＩ部位と共に設計されたオリゴヌクレオチドプライマーＳＥＱＩＤ番号：１４およびＳＥＱＩＤ番号：１５が、１．８ｋｂｋ１遺伝子ＤＮＡ断片を増幅するのに使用された。オリゴヌクレオチドプライマーＳＥＱＩＤ番号：１３およびＳＥＱＩＤ番号：８は、ＮｈｅＩおよびＳａｌＩ制限酵素部位を含有し、１．６ｋｂのｄｅｘＢ遺伝子ＤＮＡ断片の増幅をもたらす。断片を適切な酵素で消化し、モジュラーベクターｐＢＥ９２およびｐＢＥ９３にクローン化した。
【０１６８】
得られるプラスミド（それぞれｐＢＥ９２−ｄｅｘＢ、ｐＢＥ９３−ｄｅｘＢ、ｐＢＥ９２−ｋ１、およびｐＢＥ９３−ｋ１と命名される）は、シグナルペプチド切断部位（Ａｌａ  Ｓｅｒ  Ａｌａ）が保存されるように、翻訳融合でシグナルペプチドに連結した天然酵素を含有した。ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）ｋ１遺伝子に連結した枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼシグナルペプチドの核酸およびアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱＩＤ番号：４０および４１である。ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）ｄｅｘＢ遺伝子に連結した枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）中性プロテアーゼシグナルペプチドの核酸およびアミノ酸配列は、それぞれＳＥＱＩＤ番号：４２および４３である。カリフォルニア州カールズバッドのインビトローゲン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ））からの製造元のプロトコルを使用して、１００μｇ／ｍＬアンピシリンを含有するルリアブロス（ＬＢ）培地上に蒔いて、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α細胞内にプラスミドを形質転換した。
【０１６９】
アンピシリン（１００μｇ／ｍＬ）およびイソマルトース（０．２５０ｍｇ／ｍＬ）を含有する３．０ｍＬのＬＢ培地に接種して、ｐＢＥ９３（ネガティブ対照）、ｐＢＥ９３−ｄｅｘＢまたはｐＢＥ９３−ｋ１プラスミドを含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α細胞内の活性の性質決定を実施した。細胞を３７℃で２０時間培養した。培養に続いて細胞を培地から除去し、実施例３で述べられた方法によって調製し分析した。ｐＢＥ９３、ｐＢＥ９３−ｄｅｘＢまたはｐＢＥ９３−ｋ１プラスミドを含有する細胞中の細胞外イソアミラーゼ活性の存在は、ネガティブ対照（オリジナルのｐＢＥ９２プラスミドのみを含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α細胞）と比較した際のイソマルトースの減少したレベルによって実証された。表６の結果は、Ｎｐｒ−遺伝子融合タンパクが、細胞外に供給されたイソマルトースを分解したことを実証する。
【０１７０】
【表８】
2006504412.tif 000009
【０１７１】
ｐＢＥ９３−ｄｅｘＢまたはｐＢＥ９３−ｋ１プラスミドを含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５α細胞は、イソマルトースを分解した。しかし唯一の炭素源としてイソマルトースを含有する最少培地での細胞生育は、イソアミラーゼ活性のはるかにより厳密な測定である。そのためｐＢＥ９３−ｄｅｘＢおよびｐＢＥ９３−ｋ１プラスミドを大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）系ＦＭ５内に形質転換した。ＦＭ５系はＤＨ５αと違って、炭素源に加えて塩および微量金属のみを含有する最少培地で生育する能力を有する（（非特許文献５５）、（非特許文献５６））。天然ＦＭ５細胞はＤＨ５α系と同じく、炭素源としてイソマルトースを利用できない。これを確認するためにプラスミドｐＢＥ９３で形質転換したＦＭ５細胞をグルコース（１ｍｇ／ｍＬ）またはイソマルトース（１ｍｇ／ｍＬ）のどちらかを含有するＭ９培地（非特許文献５７）に接種して、３７℃で少なくとも２０時間培養した。グルコースを含有するフラスコでは２０時間後に細胞生育が観察されたが、イソマルトースを含有するフラスコでは、６０時間の培養後でさえ細胞生育が観察されなかった。
【０１７２】
ネガティブ対照とは対照的に、Ｎｐｒ−ＤｅｘＢおよびＮｐｒ−ｋ１融合タンパク（それぞれｐＢＥ９３−ｄｅｘＢおよびｐＢＥ９３−ｋ１）を含有するＦＭ５細胞は、イソマルトースを含有するＭ９培地で２０時間の培養期間後、良好に生育した。この実験では、唯一の炭素源としてグルコースまたはイソマルトース（１ｍｇ／ｍＬ）を補った２．０ｍＬのＭ９培地に、ＦＭ５／ｐＢＥ９３、ＦＭ５／ｐＢＥ９３−ｄｅｘＢおよびＦＭ５／ｐＢＥ９３−ｋ１系を接種した。表７に示す結果は、ｄｅｘＢまたはｋ１遺伝子がＮｐｒシグナルペプチドに翻訳融合で連結して、ＦＭ５細胞内で発現されると、イソマルトースが代謝されて細胞生育を支持することを示す。
【０１７３】
【表９】
2006504412.tif 000010
【０１７４】
（実施例７）
（様々な発酵生成物の増大した合成をもたらす大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）中でのＮｐｒ−ｄｅｘＢおよびＮｐｒ−ｋ１融合遺伝子の発現）
α（１，６）−結合したグルコース残基を含有するオリゴ糖を産生宿主が代謝する能力は、炭素源として糖混合物が供給された場合に発酵生成物の収率を増大させるかもしれない。最初に、グリセロールを生じるように設計された細胞系内に、プラスミドｐＢＥ９３−ｄｅｘＢおよびｐＢＥ９３−ｋ１を形質転換して、Ｎｐｒ−ｄｅｘＢおよびＮｐｒ−ｋ１融合タンパクがα（１，６）−結合を分解する能力を試験した。
【０１７５】
１μｇのプラスミドＤＮＡを使用して、サッカロミセス・セレビジエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｓｅ）からのＤＡＲ１およびＧＰＰ２遺伝子、および肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｕｅｍｏｎｉａｅ）からのｄｈａＢおよびｏｒｆ）オペロンをコード化する、プラスミドｐＳＹＣＯ１０１（ｓｐｅｃＲ）（参照によってここに編入する米国特許公報（特許文献１５）で述べられた）も含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）系ＲＪ８ｎ（ＡＴＣＣＰＴＡ−４２１６）を形質転換した。形質転換大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）系はグルコースからグリセロール、ならびにビタミンＢ１２が添加される場合は１，３−プロパンジオールを産生する。グルコースからグリセロールおよび１，３−プロパンジオールを産生する方法については、参照によってここに編入する米国特許公報（特許文献１６）および米国特許公報（特許文献１７）で詳細に述べられている。５０μｇ／ｍＬのスペクチノマイシンおよび１００μｇ／ｍＬのアンピシリンを含有するＬＢ培地上に、形質転換ＲＪ８ｎ細胞を蒔いて培養した。単一コロニーを使用し、２．０ｍＬのＴＭ２培地（リン酸カリウム７．５ｇ／Ｌ、クエン酸２．０ｇ／Ｌ、硫酸アンモニウム３．０ｇ／Ｌ、硫酸マグネシウム２．０ｇ／Ｌ、塩化カルシウム０．２ｇ／Ｌ、クエン酸第二鉄アンモニウム０．３３ｇ／Ｌ、メリーランド州スパークスのディフコ（Ｄｉｆｃｏ−ＢＤ（Ｓｐａｒｋｓ、ＭＤ））からの酵母菌抽出物５．０ｇ／Ｌ、微量元素（硫酸亜鉛、硫酸銅、塩化コバルト、硫酸マンガン、硫酸第二鉄、塩化ナトリウム）、水酸化アンモニウム、ｐＨ６．５、グルコースまたはイソマルトース（１ｍｇ／ｍＬ）も含有する）に接種した。培養物を２４時間３７℃で生育させた。細胞を実施例で３述べられた方法で調製し分析した。
【０１７６】
炭素源がグルコースであるＴＭ２培地中で、プラスミドｐＳＹＣＯ１０１のみを含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＲＪ８ｎ細胞を３７℃で２４時間培養すると、グリセロールの蓄積が見られた（表８）。しかし培地中でグルコースをイソマルトースに置き換えると、このネガティブ対照系はごく少量のレベルのグリセロールを産生し、α（１，６）−結合したグルコースが発酵生成物の蓄積を支持しないことを実証した。対照的にプラスミドｐＳＹＣＯ１０１およびｐＢＥ９３−ｄｅｘＢまたはｐＢＥ９３−ｋ１を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＲＪ８ｎ内では、唯一の炭素源としてイソマルトースまたはグルコースのどちらかが提供されるとグリセロールが生成した（表８）。炭素源としてイソマルトースを使用すると、ｐＳＹＣＯ１０１のみを含有するネガティブ対照系ＲＪ８ｎと比較して、ｐＢＥ９３−ｄｅｘＢおよびｐＳＹＣＯ１０１プラスミドの双方を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＲＪ８ｎ内ではグリセロール産生が８〜９倍高くなることが示された。イソマルトースを使用したグリセロール蓄積は、ネガティブ対照と比較して、ｐＳＹＣＯ１０１およびｐＢＥ９３−ｋ１を含有する系で６〜１０倍高かった。表８のデータは、Ｎｐｒ−ｄｅｘＢまたはＮｐｒ−ｋ１遺伝子の発現が、イソマルトースを供給された培養物中でのグリセロール産生をもたらすことを実証する。データは、炭素源がグルコースまたはイソマルトースであるかどうかに関わらず、蓄積された生成物のレベルが、融合タンパクを含有する培養物と同程度であることをさらに実証する。
【０１７７】
【表１０】
2006504412.tif 000011
【０１７８】
プラスミドｐＳＹＣＯ１０１およびｐＢＥ９３−ｋ１を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）系ＲＪ８ｎが、基材としてα（１，６）−結合したグルコースを使用して発酵生成物を産生する能力は、パノース（１ｍｇ／ｍＬ）を含有するＴＭ２培地内で培養した結果を、基材としてグルコース（１ｍｇ／ｍＬ）を使用した同一系と比較することで、さらに特徴づけられる。
【０１７９】
表９のデータは、プラスミドｐＳＹＣＯ１０１のみを含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）系ＲＪ８ｎ（ネガティブ対照）が、ＴＭ２培地内で、唯一の炭水化物源としてパノースを供給した際に、グリセロールを合成しないことも示す。しかしこれと同じ系にプラスミドｐＢＥ９３−ｋ１が存在し、パノースと共にＴＭ２培地中で培養した場合、グリセロールが生成する。プラスミドｐＳＹＣＯ１０１およびｐＢＥ９３−ｋ１を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＲＪ８ｎ内のグリセロール蓄積は、炭水化物源としてグルコースまたはパノースのいずれかが供給された場合と同程度である。
【０１８０】
【表１１】
2006504412.tif 000012
【０１８１】
上記データは、イソマルトースまたはパノースが培地中の唯一の炭水化物源に相当する場合、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）内でのＮｐｒ−ｄｅｘＢまたはＮｐｒ−ｋ１融合タンパクの発現が、増大したグリセロールの産生をもたらすことを実証する。この結果がグリセロール産生のみに限定されないことの実証は、同一融合タンパク発現システムを使用した別の発酵生成物（１，３−プロパンジオール）の合成によって達成された。
【０１８２】
プラスミドｐＳＹＣＯ１０１およびｐＢＥ９３−ｄｅｘＢまたはｐＢＥ９３−ｋ１で形質転換されたＲＪ８ｎ細胞をグルコース（１ｍｇ／ｍＬ）またはイソマルトース（１ｍｇ／ｍＬ）およびビタミンＢ１２（１００ｎｇ／Ｌ）も含有する２．０ｍＬのＴＭ２培地（上で述べた）に接種するのに使用した。培養物２０時間３７度で生育させた。実施例３で述べられた方法によって細胞を調製し分析した。
【０１８３】
表１０のデータは、炭水化物源としてイソマルトースのみを含有する培地内で生育させた場合、ネガティブ対照系（ＲＪ８ｎ／ｐＳＹＣＯ１０１）によって１，３−プロパンジオールが合成されなかったことを実証する。しかしＲＪ８ｎ細胞内で、Ｎｐｒ−ｄｅｘＢまたはＮｐｒ−ｋ１融合タンパクのどちらかが発現される場合、イソマルトースが代謝されることが示された。これは発酵生成物１，３−プロパンジオールの蓄積をもたらした。データは、唯一の炭水化物としてグルコースまたはイソマルトースのいずれかが供給された場合、Ｎｐｒ−ｄｅｘＢまたはＮｐｒ−Ｋ１融合タンパクを発現するＲＪ８ｎ細胞によって合成される１，３−プロパンジオールのレベルが、同程度であることをさらに実証する。
【０１８４】
【表１２】
2006504412.tif 000013
【０１８５】
（実施例８）
（代案のプロモーターを使用した大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）内でのＢ．ｂｒｅｖｅ  ｋ１遺伝子の発現）
好ましい遺伝子の発現を導く代案のプロモーターの使用は、高度に望ましいことが多い。遺伝子発現のレベルまたはタイミングを変化させ、ひいては好ましい基材の利用を増大させるために、代案のプロモーターを使用しても良い。
【０１８６】
代案のプロモーターを使用したＢ．ｂｒｅｖｅ  ｋ１イソアミラーゼ遺伝子の効果的発現は、プラスミドｐＢＥ９３−ｋ１（実施例６）中の中性プロテアーゼプロモーターをグルコースイソメラーゼ（ＧＩ）プロモーターおよびＧＩ−プロモーターの変異体で置き換えることで実証された。ストレプトマイセス・リビディンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｖｉｄｉｎｓ）ＧＩ−プロモーターの分離および変異体プロモーターの創造は、開示されている米国特許公報（特許文献１５）。ＮＰＲ−プロモーターを置き換えるのに先立って、中性プロテアーゼシグナルペプチドおよびＫ１遺伝子の非翻訳ヌクレオチド配列の修正を行った。配列修正は制限酵素部位をもたらし、それは引き続くクローン化で使用される。
【０１８７】
プライマーＳＥＱＩＤ番号：１８およびＳＥＱＩＤ番号：１９を使用して、ＰＣＲによって、制限酵素部位ＳａｃＩおよびＰａｃＩをそれぞれ中性プロテアーゼシグナルペプチドおよびＫ１遺伝子配列の５’および３’−末端に添加した。実施例３で述べられたプロトコルによって、ＰＣＲ増幅を実施した。開示されるようにＡ１９１９ｂｐＰＣＲ生成物を単離して、ｐＳＹＣＯ１０９ｍｃｓ野生型ＧＩｙｑｈＤプラスミドにライゲートし米国特許公報（特許文献１５）、それはまた酵素ＳａｃＩおよびＰａｃＩで消化された。得られたプラスミドはｋ１遺伝子に翻訳融合で連結した、野生型ＧＩプロモーターおよびＮＰＲ−シグナル配列を含有する。このコンストラクトをＷＴＧＩ−ｓｓ−Ｋ１と命名した。また変異体ＧＩプロモーターを使用して、ＮＰＲ−シグナルペプチド／Ｋ１融合の発現を導いた。ＳａｃＩおよびＰａｃＩ制限酵素部位を使用して、プライマーＳＥＱＩＤ番号：１８およびＳＥＱＩＤ番号：１９を使用した反応から得られる１９１９ｂｐのＰＣＲ生成物をｐＳＹＣＯ１０９ｍｃｓ−ｓｈｏｒｔ  １．６  ＧＩ  ｙｑｈＤプラスミド中に入れた。得られるプラスミドをＬｏｗＧＩ−ｓｓ−Ｋ１と命名した。この変異体プロモーターはｙｑｈＤ遺伝子に作動可能に連結すると、野生型ＧＩプロモーター−ｙｑｈＤコンストラクトとの比較で、より低レベルの遺伝子発現を導くことが以前示されている米国特許公報（特許文献１５）。
【０１８８】
野生型および変異体ＧＩプロモーターを使用したＫ１遺伝子の効果的発現の実証は、活性アッセイによって達成された。カリフォルニア州カールズバッドのインビトローゲン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ））からの大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞（ＤＨ５α系）をプラスミドＷＴＧＩ−ｓｓ−Ｋ１およびＬｏｗＧＩ−ｓｓ−Ｋ１で形質転換し、ＬＢ培地で一晩培養した。遠心分離によって細胞ペレットを回収し、１／１０容量のリン酸ナトリウム緩衝液（１０ｍＭ、ｐＨ７．０）に懸濁した。フレンチプレスで懸濁液中の細胞を溶解させ、遠心分離によって細胞砕片を除去した。カリフォルニア州ハーキュリーズのバイオラドからのブラッドフォード・アッセイ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ（Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ）によって、総タンパク濃度を測定した。ミズーリ州セントルイスのシグマ（Ｓｉｇｍａ（ＳＴ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）からの４−ニトロフェニル−α−Ｄ−グルコピラノシド（ＰＮＰＧ）を使用して、総タンパク分離物内のＫ１遺伝子産物の活性をアッセイした。プラスミドＷＴＧＩ−ｓｓ−Ｋ１、ＬｏｗＧＩ−ｓｓ−Ｋ１、ＮＰＲ−ｓｓ−Ｋ１（ポジティブ対照）、およびｐＳＹＣＯ１０９（ネガティブ対照）を含有する細胞からの総タンパク抽出物を１０ｍＭのＰＮＰＧを含有する１０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液溶液内で３０分間３０℃で培養した。ＰＮＰＧからのグルコース残基の遊離はＰＮＰの蓄積をもたらし、それは４００ｎｍの光を吸収する。ｋ１酵素活性の直接の結果であるＰＮＰ蓄積を４００ｎｍの波長での吸光度によって経時的にモニターした。下の表１１は、中性プロテアーゼプロモーター以外のプロモーターを使用して、活性Ｋ１遺伝子の発現を導いても良いことを実証する。結果はまた、代案のプロモーターを使用して、Ｋ１発現レベルを修正しても良く、Ｋ１活性が対プロモーター強度の相対レベルに応することを実証する。
【０１８９】
【表１３】
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【０１９０】
（実施例９）
（大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ゲノムへのＢ．ｂｒｅｖｅ  ｋ１遺伝子の組み込み）
細胞のゲノムへの所望ＤＮＡの組み込みは、長期にわたり、そして様々な発酵条件において、遺伝子発現の安定性を向上させるかもしれない。しかし組み込みの部位が、遺伝子発現レベル、究極的には所望の酵素活性の効果に影響するかもしれない。
【０１９１】
ｋ１発現カセット（ＮＰＲプロモーター−シグナルペプチド−ｋ１遺伝子）の
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（系ＦＭ５）ゲノムへの組み込み、およびα（１，６）−結合したグルコース基材使用の有用性の実証は、最初にプラスミドｐＫＤ３内にクローン化することで達成された（非特許文献５８）。宿主ａｌｄＡ（アルデヒド脱水素酵素Ａ）およびａｌｄＢ（アルデヒド脱水素酵素Ｂ）ゲノム部位を組み込みについて選択した。プラスミドｐＫＤ３、ａｌｄＡまたはａｌｄＢおよびｋ１遺伝子配列（ＳＥＱＩＤ番号：２０〜２３）に対する相同性を有するＰＣＲプライマーをデザインした。
【０１９２】
実施例３で述べられたプロトコルによってＰＣＲ増幅を実施した。プライマーＳＥＱＩＤ番号：２１〜２３とｋ１発現カセットを含有するプラスミドｐＫＤ３との反応から得られるＰＣＲ生成物を単離し、ライゲートして、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（ＦＭ５）内に形質転換した。クロラムフェニコールを含有するＬＢ培地上での培養によって、組み込まれたｋ１発現カセットを含有する細胞を選択した。プライマーＳＥＱＩＤ番号：７およびＳＥＱＩＤ番号：８を使用して、ＰＣＲ反応によって、クロラムフェニコールポジティブコロニーをｋ１遺伝子の存在について試験した。
【０１９３】
唯一の炭水化物源としてイソマルトースを含有する培地内での生育分析により、組み込まれたｋ１発現カセットを含有するＦＭ５系を活性についてさらに試験した。０．５％イソマルトース（ｗ／ｖ）添加ＴＭ２培地（実施例７を参照されたい）にクロラムフェニコールおよびＰＣＲポジティブコロニーを接種し、３５℃で培養した。サンプルを様々な時点で取り出し、吸光度（Ａ６００ｎｍ）および（ＨＰＬＣによる）イソマルトース消費（一般的方法を参照されたい）によって、細胞塊蓄積について特性決定した。
【０１９４】
下の表１２は、唯一の炭水化物源として提供された場合、ＦＭ５細胞が単独でイソマルトースを代謝しないことを実証する。これは０．５％イソマルトースを含むＴＭ２培地での低レベルの細胞塊蓄積によって示される。ＦＭ５ネガティブ系の低レベルの生育は、観察されたが、これは単に、ミネソタ州セントルイスのシグマ（Ｓｉｇｍａ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ））からのイソマルトース源材料に含有される少量の発酵可能糖、マルトースよるものであった。組み込まれたＫ１発現カセットを含有する細胞は、はるかに急速に生育し、２５時間後により高い最終吸光度に達した。ａｌｄＡｓｉｔｅ部位に組み込まれたｋ１発現カセットを含有するＡＰＣＲ−ポジティブコロニーはＡ２−３と命名した。ＰＣＲによりポジティブな、ａｌｄＢ部位に組み込まれたｋ１発現カセットを含有するコロニーは、Ｂ１−１およびＢ１−２と命名した。
【０１９５】
【表１４】
2006504412.tif 000015
【０１９６】
組み込まれたＫ１発現カセットを含有する細胞によるイソマルトース消費は、ＦＭ５のネガティブ対照系とＨＰＬＣ分析によっても比較された。表１３のデータは、組み込みに続いてＫ１発現カセットが活性であり、細胞が、この炭水化物を利用しないネガティブ対照との比較で、α（１，６）−結合したグルコースを含有する利用可能な糖を完全に利用できるようにすることを実証する。データは、遺伝子がａｌｄＡに組み込まれた系で、ａｌｄＢ部位と比べてイソマルトースが同一速度で消費されないことも示す。
【０１９７】
【表１５】
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【図面の簡単な説明】
【０１９８】
【図１ａ】プラスミドｐＵＣ１８を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株ＤＨ５ａの結果（ネガティブ対照）である。
【図１ｂ】クローンｊ２０からの成熟コーディング配列を含有するプラスミドｐＵＣ１８を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株ＤＨ５ａの結果である。
【図１ｃ】クローンｋ１からの成熟コーディング配列を含有するプラスミドｐＵＣ１８を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株ＤＨ５ａの結果である。
【図１ｄ】クローンｈ１２からの成熟コーディング配列を含有するプラスミドｐＵＣ１８を含有する大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株ＤＨ５ａの結果である。  総タンパク抽出物を超音波処理細胞から単離して、パノース（２５０μｇ／ｍｌ）と共に３７℃で２時間インキュベートした。生成物の消化後の高速アニオン交換クロマトグラムが示される。
【図１ａ】
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【図１ｂ】
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【図１ｃ】
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【図１ｄ】
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【国際調査報告】
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