(57)【要約】本発明は、標的ＲＮＡの複数のコピーを、非特異的様式で、効率的に合成する新規方法に関する。本発明はまた、同方法に関するキットおよび、遺伝子発現パターンを決定するための、これらのコピーの使用に関する。  特に本発明は、複数のＲＮＡコピーを作成する方法であって以下のステップを含む方法に関する：（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ；このステップでは、当該サンプルは以下と同時に接触させる：オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含み、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、この配列はランダム配列またはあらかじめ定められた配列であり、および場合によりその３´末端に修飾を含み、これによりこの箇所からの伸長が妨害されているオリゴヌクレオチド；およびＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ；ならびに、（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
2006504440.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ、該ステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、該配列はランダム配列である；および
−  ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のヌクレオチド；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【請求項２】
複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ、該ステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、この配列はあらかじめ定められた配列である；および、
−  クレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のヌクレオチド；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【請求項３】
複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ；このステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに以下を含む：
−  標的とハイブリッド形成する配列、この場合、該ハイブリッド形成する配列はあらかじめ定められた配列である、
−  ３´末端の修飾ヌクレオチド、これにより、この箇所からの伸長が妨害される、
−  ３´末端における少なくとも１つのヌクレオチド間キメラ結合；および、
−  ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のヌクレオチド；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【請求項４】
前記標的ＲＮＡが、真核生物、原核生物またはウイルス起源、またはそれらの混合物である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記標的ＲＮＡが、トータルＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔｍＲＮＡ、ａｓＲＮＡ、ｈｎＲＮＡまたはｔＲＮＡを含み、これらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記あらかじめ定められた配列が、遺伝子特異的配列、ウイルス配列、原核生物配列、変異特異的配列、ポリＴ配列、ゲノム配列およびｒＲＮＡを含む群から選択される、請求項２〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記修飾ヌクレオチドが、アルカン−ジオール残基、コルジセピン、アミノ−アルキルを含むヌクレオチド、およびジデオキシヌクレオチドを含む群から選択される、請求項３〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
少なくとも１つのヌクレオチド、例えばｄＮＴＰおよびｒＮＴＰが標識を伴って提供される、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
作成されたＲＮＡを追加増幅用の出発物質として使用する、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
作成されたＲＮＡを以下と接触させる、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法：
−  ＲＮＡリガーゼ、
−  二本鎖核酸複合体であって、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む複合体、これにより前記複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する、
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素、および
−  十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ；
この場合、得られた反応混合物は、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持される。
【請求項１１】
反応混合物がさらに以下を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法：
−  ＲＮＡリガーゼ；および、
−  二本鎖核酸複合体であって、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む複合体、これにより前記複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する。
【請求項１２】
作成されたＲＮＡコピーをポリＡポリメラーゼと接触させる、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
出発物質をポリＡポリメラーゼと同時に接触させる、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分が５´末端でリン酸化されている、請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記プロモーター配列がＴ７プロモーター配列である、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＲＮＡポリメラーゼがＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素がＡＭＶ−ＲＴまたはＭＭＬＶ−ＲＴである、請求項１および３〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素がＥ．ｃｏｌｉ  ＲＮアーゼＨである、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素が逆転写酵素である、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素がＡＭＶ−ＲＴまたはＭＭＬＶ−ＲＴである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
細胞サンプル中の遺伝子発現差を測定するための方法であって、以下のステップを含む方法：
−  請求項１〜２０のいずれか１項の方法にしたがって、１つまたは複数の標的ＲＮＡ種の複数のＲＮＡコピーを作成するステップ、このステップにより、サンプルから第一の発現パターンを作成する；
−  前記第一の発現パターンをあらかじめ定められた発現パターンと比較するステップ、このステップにより、遺伝子発現差を決定する。
【請求項２２】
前記複数のＲＮＡコピーを使用してプローブアレイから情報を得る、請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記プローブアレイがオリゴヌクレオチドアレイである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
複数のＲＮＡコピーを作成するためのキットであって、以下を含むキット：
−  オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含み、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、この配列はランダム配列またはあらかじめ定められた配列であり、ならびに場合によりその３´末端に修飾を含み、これによりこの箇所からの伸長が妨害されているオリゴヌクレオチド；および、
−  場合により、ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  場合により、ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  場合により、ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  場合により、十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ、および
−  複数のＲＮＡコピーを作成するための方法を実施するための指示書。
【請求項２５】
さらに以下を含む、請求項２４に記載のキット：
−  ＲＮＡリガーゼ、および
−  二本鎖核酸複合体であって、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む複合体、これにより当該複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する、
−  追加増幅を実施するための指示書。
【請求項２６】
さらにプローブアレイ、および場合によりアレイから情報を得るための指示書を含む、請求項２４または２５に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、標的ＲＮＡの複数のコピーを、非特異的様式で、効率的に合成する新規方法に関する。本発明はまた、同方法に関するキットおよび、遺伝子発現パターンを決定するための、これらのコピーの使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
特定核酸配列の検出および／または定量は、微生物を同定および分類し、感染症を診断し、遺伝的異常を検出および特徴付けし、癌に関連する遺伝子変化を同定し、疾患に対する遺伝的感受性を研究し、ならびに種々タイプの処置に対する反応を評価するために、ますます重要な技術になっている。このような手順の用途はまた、食品、環境試料、種、および他のタイプの物質中の微生物の検出および定量に関して拡大するに至っている。これらの物質は、当該物質中の特定微生物の存在に関してモニタリングを必要とする可能性があるものである。科学捜査、人類学、考古学、および生物学においては、他の適用が見出せる。これらの分野では、核酸配列の関連性評価が、犯罪容疑者の特定、父親論争の解決、家系図および系統樹の構築、および種々の生命体分類の支援のために使用されている。
【０００３】
また、高等生物の細胞では、存在する遺伝子のおよそ１５％しか発現されていない。遺伝子発現は、諸細胞型間で異なり、また既定の細胞の諸発生段階間でも異なる。そして該遺伝子発現は、すべての生体内作用、例えば加齢、細胞分化、および感染症または他の疾患の病状に極めて重要である。したがって、諸条件下の細胞で発現性に差異がある遺伝子の同定は、細胞生物学において最も高い関心を集めている。
【０００４】
ほんの少数の細胞から得られるｍＲＮＡ内容物の解析を可能にするために、研究対象の細胞（群）内に存在するｍＲＮＡを増幅する方法が必要とされる。細胞のｍＲＮＡ集団を検査する方法に関して、現在までに多大な労力が注がれてきた。この結果、細胞のｍＲＮＡ集団から出発する核酸材料を標識する技術が開発されるに至っている。当該技術は諸条件下の細胞で発現性に差異がある遺伝子の同定を目的とする。
【０００５】
特定核酸配列の発現を検出および定量するための一般的な方法は、核酸ハイブリダイゼーション法であり、該方法は当分野で周知である。核酸ハイブリダイゼーションアッセイの感度は、主に、プローブの比活性、ハイブリダイゼーション反応の速度および程度、ハイブリッド形成プローブおよびハイブリッド未形成プローブを分離する方法の性能、ならびに標識が検出可能であるところの感度によって制限される。研究者らは、生物の遺伝物質中または一群の細胞のメッセンジャーＲＮＡ集団中に存在する全配列のうちのほんの一部分としてしか存在しない特定遺伝子配列を検出および／または定量する必要があるかもしれない。
【０００６】
このタイプのアッセイの諸構成要素および構成ステップ間の相互作用により、その感度と特異性はほとんど常に逆相関する。したがって、アッセイの感度を増大させるためのステップ（例えばプローブの比活性を増大させるステップ）が実施されるが、これにより偽陽性試験結果のパーセンテージが高くなる可能性がある。当該感度と特異性の関連性は、ハイブリダイゼーションアッセイの感度に関する改良を妨げる大きな障壁となっている。この問題に対する一解決策は、増幅手法を用いて存在する標的配列の量を特異的に増大させることであろう。標的配列の特有部分を、サンプルの残りの配列においてエンコードされている大部分の情報の増幅を要することなく増幅すれば、感度の増加を提供することができ、同時に特異性を損なわないであろう。
【０００７】
ほとんどの核酸増幅手法はＤＮＡの作成に関するものである。
【０００８】
例えば、「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」と称される、核酸配列を特異的に増幅する方法が、Ｍｕｌｌｉｓらによって記載されている（例えば特許文献１〜３および非特許文献１）当該手法では、プライマー依存的核酸合成の反復サイクルを用いる。該合成は、相補配列の各鎖を鋳型として用いて同時に行われる。しかしながら、ＰＣＲはＲＮＡに直接適用できない。まず、標的ＲＮＡは逆転写酵素によってｃＤＮＡに変換する必要がある。さらに、いくつかの極端な諸温度範囲の反応温度サイクルを反復する必要があることがＰＣＲ法の欠点である。
【０００９】
このＰＣＲ法はＲＮＡ転写と共役されている。この共役は、ＰＣＲ反応で使用するプライマーの一方にプロモーター配列を包含させ、そして数サイクルのＰＣＲ法による増幅後、二本鎖ＤＮＡを鋳型として用いて一本鎖ＲＮＡの転写を行うことによって達成される（例えば非特許文献２を参照のこと）。
【００１０】
比較的大量の特定配列のＤＮＡをインビトロで化学合成する方法は当業者に周知である；現在、この方法によるＤＮＡ生産が一般的である。しかしながら、これらの手法は時間がかかり、またこれらの手法を使用して、約１００塩基長を大きく超えるオリゴヌクレオチドを容易に合成することはできない。また、合成対象のＤＮＡの全塩基配列が既知である必要がある。これらの方法は高価な機器を必要とし、この機器は同時に単一の配列しか合成できない。この機器の操作にはかなりの訓練と専門的技術を必要とする。ＲＮＡを化学合成するための方法は、よりいっそう開発が困難となっている。
【００１１】
核酸は、特定核酸配列を微生物の遺伝物質内へクローニングまたは挿入し、当該微生物の複製時にこの挿入配列が複製されるようにすることを含む技術によって合成されることがある。該配列を適切なプロモーター配列に隣接してその下流に挿入すれば、該配列のＲＮＡコピーまたは該配列によってエンコードされるタンパク質産物が生産される可能性がある。クローニングは実質的に制限されない量の特定核酸配列の生産を許容するが、この手法には多数の操作が含まれるため、診断、環境、または法医学的検査での使用には適さないかもしれない。クローニング技術の使用にはかなりの訓練と専門的技術を必要とする。単一配列のクローニングには、数ヶ月またはそれ以上の労力がかかる可能性がある。
【００１２】
比較的大量の特定ＲＮＡは、組換え一本鎖ＲＮＡ分子を用いて作成されることがある。該組換え分子はＲＮＡ依存性ポリメラーゼ、例えばＱベータレプリカーゼ結合用の認識配列を有する（例えば、Ｋｒａｍｅｒ，ｅｔ  ａｌ．の特許文献４を参照のこと）。この場合、変異分子のＤＮＡコピー内へ特定配列を挿入し、これを発現ベクター内へクローニングし、そしてＲＮＡに転写した後、Ｑベータレプリカーゼを用いてこれを複製する、多数のステップが必要とされる。
【００１３】
ＲＮＡを合成する別の様式は、ｍＲＮＡ鋳型とハイブリッド形成するプライマー含有バクテリオファージプロモーターの適用に基づく。このプライマーは鋳型の３´末端とハイブリッド形成し、その後ポリメラーゼが当該一本鎖プライマーと結合して合成を開始する（特許文献５）。しかしながら、この設定では、ポリメラーゼは仮に作動したとしても非常に非効率的にしか作動しない。
【００１４】
例えばいくつかのバージョンのディファレンシャルディスプレイ比較（Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  Ｄｉｓｐｌａｙ  Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ）による遺伝子発現差のスクリーニングでは、ｃＤＮＡが作成される。当該作成はプライマーを用いて開始され、ここではｍＲＮＡを鋳型として用いる。しかしながら、この反応で使用される酵素（逆転写酵素）は、ｃＤＮＡ合成中、ｍＲＮＡ内の構造によって妨害される。その結果、これらの方法はほとんどあるいはまったく構造を有さないｍＲＮＡに選択的である。合成ｃＤＮＡが例えばＰＣＲによってさらに増幅されると、この負の影響はさらに強くなる。前述の原因により、通常の実施では、これらのタイプの発現プロファイリング解析において大量のサンプルが使用される。したがって、この技術的制限により、セルソーターによって単離されるほんの少数の細胞、または、顕微鏡下の同定および選別後、顕微解剖によってスライドガラスから単離される少数の細胞を解析することは不可能である。
【００１５】
ｍＲＮＡを非特異的に増幅するための方法は特許文献６に記載されており、当該方法ではｍＲＮＡのポリＡ尾部と結合するプライマーを用いている。したがって該方法は、ポリＡ尾部を有するメッセンジャーＲＮＡプールの増幅にのみ適用可能である。さらに、当該プライマーは、ポリＡ尾部の長さによって、コード領域に近接して、あるいはコード領域からかなり離れた位置で結合し、これにより「無益な」配列情報が含まれる可能性がある。
【００１６】
ＲＮＡを増幅するための方法は特許文献７に記載されており、当該方法では、ＤＮＡ部分ならびにＲＮＡ部分からなるキメラプライマーが使用されている。該ＲＮＡ部分は標的ＲＮＡとのハイブリッド形成に使用される。したがってキメラプライマーの製造、およびその使用は困難である。
【特許文献１】米国特許４，６８３，１９５号
【特許文献２】米国特許第第４，６８３，２０２号
【特許文献３】米国特許第４，８００，１５９号
【特許文献４】米国特許第４，７８６，６００号
【特許文献５】国際公開公報ＷＯ９３／２２４６１
【特許文献６】国際公開公報ＷＯ９９／４３８５０
【特許文献７】欧州特許公開ＥＰ−Ａ−０７２１９８８
【非特許文献１】Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅ  １５５，１９８７，ｐｐ．３３５−３５０
【非特許文献２】Ｍｕｒａｋａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，ＤＮＡ  ７：ｐｐ．２８７−２９５
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１７】
本発明は、ＲＮＡ標的配列を増幅するための方法およびキットに関する。このように増幅した標的配列は、数例を挙げれば、細胞集団間での遺伝子発現差を検出するためのアッセイ、特定核酸標的配列の検出および／または定量、特定核酸標的配列の標識、および諸用途のための特定標的配列の多数のＲＮＡコピー生産に関して有用である。
【課題を解決するための手段】
【００１８】
一実施態様では、本発明は複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法を提供する：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ。該ステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  オリゴヌクレオチドであって、その５´側（場合によりその５´末端）にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド。この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、該配列はランダム配列である；および
−  ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  リボヌクレアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【発明の効果】
【００１９】
この方法を適用すると、反応混合物中に存在する標的ＲＮＡと相補的な複数のＲＮＡコピーが形成される。本発明の方法はＲＮＡ増幅用の前提としてｃＤＮＡ中間体を生産することを要しない。ＲＮＡは、ＲＮＡポリメラーゼによって合成され、該合成は検査対象の物質中に存在する標的ＲＮＡ鋳型から直接行われる。当該ＲＮＡポリメラーゼの活性は標的ＲＮＡ中に存在するいかなる二次構造とも無関係であり、したがって、種々の標的ＲＮＡが増幅される様式に関して、これらの標的ＲＮＡ中の構造に応じた差異はない。作成されるコピーは、出発物質中に存在する元の標的ＲＮＡ集団を反映するものである。「標的とハイブリッド形成する配列（ｔａｒｇｅｔ  ｈｙｂｒｉｄｉｓｉｎｇ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」（以下を参照のこと）に基づいて、サンプル中の１標的ＲＮＡ種が増幅され、あるいは（標的ＲＮＡ種の存在に応じて）複数、またはすべての標的ＲＮＡ種が増幅される。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２０】
出発物質は標的ＲＮＡを含むサンプルである。「標的ＲＮＡ」は増幅対象である「標的配列」を有し、該ＲＮＡは一本鎖または（部分的）二本鎖であってよく、標的配列に加えて増幅しなくてよい他の配列を含んでよい。用語「標的配列」とは、増幅対象である標的核酸の特定ヌクレオチド配列を表す。「標的配列」には、本発明のプロセス中、オリゴヌクレオチドが複合体形成またはハイブリッド形成する対象の複合体形成配列が含まれる。標的核酸は元来一本鎖であるから、用語「標的配列」は標的核酸中に存在する「標的配列」と相補的な配列をも表す。
【００２１】
標的ＲＮＡは、真核生物、原核生物またはウイルス起源、あるいはそれらの混合物であり得る。用語「真核生物起源」、「原核生物起源」または「ウイルス起源」はすべて当分野で周知である。
【００２２】
用語「混合物」とは、真核生物、原核生物またはウイルス起源由来の標的ＲＮＡの組み合わせを含むサンプル、例えば、真核生物および原核生物起源由来の標的ＲＮＡまたは真核生物およびウイルス起源由来の標的ＲＮＡ、ウイルスおよび原核生物起源由来の標的ＲＮＡを含むサンプルを意味する。例えば、哺乳類被験体、例えばヒト由来のサンプルは、原核生物、例えば細菌、またはウイルスに感染しているか、あるいは感染したことがある可能性がある。ランダム配列であってよい、標的とハイブリッド形成する配列を含むオリゴヌクレオチドは、サンプル中のすべてまたはほとんどすべての標的ＲＮＡを増幅するため、適用可能な検査アッセイ（interrogatingassay）を用いると、感染性原核生物および／またはウイルスが検出される。同様に、あらかじめ適切に定められた、標的とハイブリッド形成する配列、すなわち特定の原核生物および／またはウイルスに特異的な配列を含むオリゴヌクレオチドを使用すれば、これらの原核生物および／またはウイルスが増幅され、適用可能な検査アッセイを用いて検出される可能性がある。
【００２３】
標的ＲＮＡは、全ＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔｍＲＮＡ、ａｓＲＮＡ、ｈｎＲＮＡまたはｔＲＮＡ、これらの任意の組み合わせを含む、を含む群由来であり得る。真核生物の場合、用語「ｈｎＲＮＡ」はヘテロ核ＲＮＡに関する。これは核内のＲＮＡポリメラーゼＩＩ転写物である。用語「ｍＲＮＡ」はメッセンジャーＲＮＡに関する。この用語に関して、完全にプロセッシングされたｍＲＮＡの前駆体型、例えばキャッピング、ポリＡ付加および／またはスプライシングプロセス中のｍＲＮＡを含むか、あるいは除くかの指定はない。用語「ｒＲＮＡ」はリボソームＲＮＡに関する。該ＲＮＡはリボソームの部分である。この用語に関して、完全にプロセッシングされたｒＲＮＡの前駆体型、例えばスプライシングされていないｒＲＮＡを含むか、あるいは除くかの指定はない。用語「ｔＲＮＡ」はトランスファーＲＮＡに関する。この用語に関して、アミノアシルｔＲＮＡを含むか、あるいは除くかの指定はない。用語「ｃＲＮＡ」はコピーＲＮＡ、すなわち鋳型から合成されたＲＮＡに関する。用語「ｔｍＲＮＡ」は細菌ＲＮＡに関し、そのｔＲＮＡ様およびｍＲＮＡ様の二重性に対する用語である（ｔｍＲＮＡはまた、１０Ｓａ  ＲＮＡまたはＳｓｒＡとして既知である）。ｔｍＲＮＡはトランス翻訳プロセス、翻訳途中で停止したリボソーム上での未完成タンパク質に対するＣ末端ペプチドタグの付加に関与する。ｔｍＲＮＡ依存性のタグは未完成タンパク質をタンパク質分解の対象にする。用語「ａｓＲＮＡ」はアンチセンスＲＮＡ、すなわちマイナス鎖から合成されたＲＮＡまたは、他のＲＮＡ、例えばｒＲＮＡおよびｔＲＮＡのような構造ＲＮＡ、ならびにｍＲＮＡから合成されたＲＮＡに関する。用語「全ＲＮＡ」は、細胞の全部のＲＮＡ断片、例えば細胞の総内容物に関する。この用語に関して、任意の前記ＲＮＡを含むか、あるいは除くかの指定はない。
【００２４】
核酸合成に関しては、核酸二重らせんの２つの相補鎖を指定する用語を採用することによってその考察が大きく簡略化され、明確になる。伝統的に、タンパク質または構造ＲＮＡ生産用の配列をエンコードする鎖は「プラス」鎖と称され、またその相補鎖は「マイナス」鎖と称されてきた。現在では、多くの事例で、両鎖が機能性であり、したがって一方に対する呼称「プラス」および他方に対する「マイナス」の指定は任意にちがいないことが既知である。そうとは言え、これらの用語は核酸の配列方向を指定するのに非常に有用である。本明細書中ではその目的でこれらの用語を採用する。
【００２５】
「サンプル」または「試料」は、いずれかの小部分の回収物を意味し、この小部分は全体を反映するものとする。標的ＲＮＡを含むサンプルは、本発明の方法の適用対象である任意の起源由来のすべての出発物質に関する。本明細書中で使用する用語「サンプル」とは、個体から単離された組織または体液サンプルを表してよく、これには例えば、血清（ｓｅｒｕｍ）、血漿（ｐｌａｓｍａ）、リンパ液（ｌｙｍｐｈ  ｆｌｕｉｄ）、皮膚、気道腸管および尿生殖路の外部部分（ｔｈｅ  ｅｘｔｅｒｎａｌ  ｓｅｃｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｓｋｉｎ，  ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ，  ａｎｄ  ｇｅｎｉｔｏｕｒｉｎａｒｙ  ｔｒａｃｔｓ）、卵母細胞（ｏｏｃｙｔｅｓ）、涙（ｔｅａｒｓ）、唾液（ｓａｌｉｖａ）、乳（ｍｉｌｋ）、血球（ｂｌｏｏｄ  ｃｅｌｌｓ）、腫瘍（ｔｕｍｏｕｒｓ）、器官（ｏｒｇａｎｓ）、胃腺分泌物（ｇａｓｔｒｉｃ  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎｓ）、粘液（ｍｕｃｕｓ）、脊髄液（ｓｐｉｎａｌ  ｃｏｒｄ  ｆｌｕｉｄ）、外分泌物（ｅｘｔｅｒｎａｌ  ｓｅｃｒｅｔｉｏｎｓ）、例えば排泄物（ｅｘｃｒｅｍｅｎｔ）、尿（ｕｒｉｎｅ）、精液（ｓｐｅｒｍ）、等が含まれるがこれらに限定されない。上記のように、個体から単離されたサンプルは種々の起源、例えばウイルス起源または原核生物起源由来の標的ＲＮＡを含んでよい。サンプルは一般に、標的ＲＮＡを単離および／または特徴付けするために操作される。また、サンプルは本発明の方法への適用前にプロセッシングしてもよい。例えば、一般に標的ＲＮＡは、生体サンプル（細胞、組織、器官、等）から単離され、プロセッシングされる。この場合、当分野で既知のテクノロジー、例えばｍＲＮＡ、ｃＲＮＡ、等の単離法が使用される。標的ＲＮＡを含むサンプルは、目的の組織または細胞から当分野で既知の任意の方法を用いて単離してよい。同様に、そして上記の通り、標的ＲＮＡを含むサンプルはウイルスまたは原核生物起源由来であってよい。
【００２６】
本発明の「オリゴヌクレオチド」は一連のヌクレオチドであり、該オリゴヌクレオチドは３´側および場合によりその３´末端に「標的とハイブリッド形成する配列」を含み、この標的とハイブリッド形成する配列から見て５´、例えば５´側、および場合によりその５´末端にプロモーター配列を含み、ならびに、場合により、標的とハイブリッド形成する配列とプロモーターのプロモーター配列の間に位置する転写開始領域を含む。さらに該オリゴヌクレオチドは、その３´末端が修飾されていてよく、例えば３´末端に修飾ヌクレオチドおよび／またはヌクレオチド間キメラ結合を含有する。該オリゴヌクレオチドは、天然に存在するか、合成により、あるいは制限消化産物として生産されるものであってよい。該オリゴヌクレオチドの「標的とハイブリッド形成する配列」は標的ＲＮＡ中の特定ヌクレオチド配列と十分に相補的であり、（水素結合またはハイブダイゼーションにより）標的ＲＮＡと複合体を形成してオリゴヌクレオチド／ＲＮＡ複合体を提供する。「標的とハイブリッド形成する配列」はランダムまたは任意の配列、例えば４、５、６、７、８、９、または１０個のランダムに選択されるヌクレオチド（通常「Ｎ」で表される）の連続部分であってよく、あるいは「標的とハイブリッド形成する配列」はあらかじめ定められた配列であってもよい。あらかじめ定められた配列である場合、オリゴヌクレオチドの配列は、該あらかじめ定められた配列が主として増幅対象である所望の標的ＲＮＡと複合体形成するように選択される。あらかじめ定められた配列が、意図していないか、あるいは予想外のＲＮＡと複合体形成する可能性は低い。言い換えれば、当該オリゴヌクレオチドの配列により、所望の標的ＲＮＡと予想外の標的ＲＮＡ間でハイブリダイゼーションが区別される。例えば、あらかじめ定められた配列は、遺伝子特異的配列、変異特異的配列、ポリＴ配列、ゲノム配列、ウイルス配列、原核生物配列、ｒＲＮＡ等を含む群から選択してよい。当業者には既知であるように、ハイブリダイゼーションは相補的配列に依存するだけでなく、ハイブリダイゼーション条件にも依存する。該ハイブリダイゼーション条件、例えばハイブリダイゼーション時間、温度、使用する洗浄バッファー、等を変更して、標的配列の効率的かつ特異的な結合を最適化することができる。種々の核酸ペアに適したハイブリダイゼーション条件は当業者に周知であり、これは、例えばＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９（ｉｎ“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ”２ｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ；Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，ＵＳＡ）にまとめられている。この刊行物は引用により本明細書中に明示的に包含される。用語「ハイブリッド形成」および「ハイブリダイゼーション」とは、ヌクレオチド配列間の複合体の形成を表し、これらのヌクレオチド配列は十分に相補的であり、ワトソン・クリック塩基対形成を介して複合体を形成するものである。オリゴヌクレオチド、すなわち「標的とハイブリッド形成する配列」が標的ＲＮＡ（鋳型）の標的配列と「ハイブリッド形成」する場合、これにより得られる複合体（すなわちハ��ブリッド）は十分に安定であり、ＤＮＡポリメラーゼ、例えば逆転写酵素またはクレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）が必要とするプライミング機能を供給してＤＮＡ合成を開始させる。
【００２７】
一実施態様では、本発明はまた、複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法を提供する：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ。このステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  オリゴヌクレオチド、好ましくはＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、その５´側（場合によりその５´末端）にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド。この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、この配列はあらかじめ定められた配列である；および、
−  クレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【００２８】
オリゴヌクレオチドが標的ＲＮＡとハイブリッド形成すると、標的ＲＮＡはＲＮアーゼＨ活性を有する酵素によって切断され、標的ＲＮＡの新規３´末端が生じる。新たに作成された該ＲＮＡの３´末端は、ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素、例えば逆転写酵素またはクレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）によって伸長される。この伸長はオリゴヌクレオチド鋳型に基づいて行われ、二本鎖プロモーター配列が作成される。したがって、ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素はこのオリゴヌクレオチド中に存在するプロモーター配列の相補鎖を合成する。ＲＮＡ鋳型に沿ったいかなる伸長をも防止するため、該オリゴヌクレオチドの３´末端をブロックしてもよい。例えば逆転写酵素は、オリゴヌクレオチドのブロックされた３´末端の伸長を開始できず、こちら側ではｃＤＮＡが合成されない。ＲＮＡ鋳型を合成に使用できないＤＮＡポリメラーゼ、例えばクレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）活性を有する酵素およびＴ７  ｓｅｑｕｅｎｃｅの場合は、オリゴヌクレオチドのブロックを必要としない。これらのクレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）活性を有する酵素およびＴ７ｓｅｑｕｅｎａｓｅはともに本発明において明示的に考慮される。クレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）はＥ．ｃｏｌｉ（大腸菌）ＤＮＡポリメラーゼＩの５´＝＞３´ポリメラーゼ活性を示すが、その３´＝＞５´および５´＝＞３´エキソヌクレアーゼ活性を欠いている（Ｄｅｒｂｙｓｈｉｒｅ，  ｅｔ  ａｌ．、ＤＮＡポリメラーゼＩの３´，５´−エキソヌクレオ分解部位に関する遺伝的および結晶学的研究（Ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎｄ  ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ  ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｆ  the３´，５´−ｅｘｏｎｕｃｌｅｏｌｙｔｉｃ  site  ｏｆ  ＤＮＡ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ I）、Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４０，１９９−２０１，１９８８）。したがって、当該オリゴヌクレオチドはＤＮＡのみから構成されていてよいことが当業者に理解される。さらに、このオリゴヌクレオチド、および好ましくは標的とハイブリッド形成する配列は、ＰＮＡ、ＬＮＡまたはＧｒｉｐＮＡ骨格から構成されていてもよい（以下を参照のこと）。オリゴヌクレオチドの使用は図１で模式的に説明する。
【００２９】
用語「ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素」は、「ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ」および「ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ」若しくは「逆転写酵素」に関する。ＤＮＡポリメラーゼは鋳型を必要とし、その鋳型の配列と相補的な配列を有する生成物を合成する。ほとんどのＤＮＡポリメラーゼはＤＮＡ鋳型を強く選択する（ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ）。最もよく使用されるＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼは、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＤＮＡポリメラーゼＩ（ホロ酵素およびクレノー断片）およびバクテリオファージＴ４およびＴ７がエンコードするＤＮＡポリメラーゼ、修飾バクテリオファージＴ７  ＤＮＡポリメラーゼ（Ｓｅｑｕｅｎａｓｅ（商標）およびＳｅｑｕｅｎａｓｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  ２．０）、および熱安定性ＤＮＡポリメラーゼ、例えばＴａｑ  ＤＮＡポリメラーゼおよびＴｈｔである。ほとんどのＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼはＤＮＡ鋳型を強く選択するが、これらはまた、非常に低い効率ではあるが、ＲＮＡをコピーすることもある。逆転写酵素はＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、すなわちＲＮＡ鋳型から相補的なＤＮＡコピーを合成する酵素である。すべての既知の逆転写酵素はまた、ＤＮＡ鋳型から相補的ＤＮＡコピーを作成する能力を有する；したがってこれらは、ＲＮＡおよびＤＮＡの両者に依存するＤＮＡポリメラーゼであるとみなしてよい。ＲＮＡおよびＤＮＡ両鋳型を用いる合成の開始にはプライマーが必要とされる。本発明の合成プロセスにおいて、ＤＮＡポリメラーゼは、新たに作成された３´末端から共有結合による塩基付加によって標的ＲＮＡを伸長し、その３´末端に連結された塩基はＤＮＡ鋳型、すなわち当該ＲＮＡと複合体形成していないオリゴヌクレオチド部分と相補的である。本発明の方法では、逆転写酵素、例えばＡＭＶ−ＲＴまたはＭＭＬＶ−ＲＴを考慮する。
【００３０】
オリゴヌクレオチドの３´末端がブロックされておらず、かつ標的核酸と相補的であれば、この部分はプライマーとして作用し、標的ＲＮＡを鋳型として使用して、ＤＮＡポリメラーゼによって伸長される可能性がある。逆転写酵素による合成を防止または妨害するために、該オリゴヌクレオチドの３´部位をブロックする。該オリゴヌクレオチドの３´末端は種々の方法でブロックすることができる。当該方法には、３´末端の修飾が含まれる。該オリゴヌクレオチドの３´末端の修飾は、例えば、標的ＲＮＡと相補的でない３´末端配列を有するか、あるいはビオチン基を有するか、あるいは修飾ヌクレオチド、例えば３´末端ジデオキシヌクレオチド、Ｒｐ−ＮＴＰ−α−Ｓホスホロチオエートヌクレオチド異性体および、アルカン−ジオール残基、コルジセピンまたはアミノ−アルキルを含むヌクレオチドを有するか、あるいは当業者に周知の他の方法によって達成することができる。
【００３１】
オリゴヌクレオチドの３´末端における修飾ヌクレオチドのブロック機能、すなわちこの末端からの伸長妨害を促進するため、本発明では３´末端における少なくとも１つのヌクレオチド間キメラ結合を考慮する。例えば、ほとんどのＤＮＡポリメラーゼはＥ．  ｃｏｌｉ  ＤＮＡポリメラーゼＩ（ホロ酵素）の例のようにヌクレアーゼまたはエキソヌクレアーゼ活性を有し、該活性によりオリゴヌクレオチドをその３´末端で分解することができる。当該分解にはブロック用の基、例えば修飾ヌクレオチドの除去が含まれ、その結果、ブロック機能が破壊される。用語「キメラ結合」は、第一のヌクレオチドの５´炭素と第二のヌクレオチドの３´炭素間の通常の３´−５´ホスホジエステル結合とは異なるヌクレオチド間結合に関する。該結合により糖−リン酸−糖骨格が形成され、該骨格には突出部分としてヌクレオチド塩基が伴う。例えば、キメラ結合は少なくとも１つのヌクレオチド間ホスホロチオエート結合、またはＰＮＡ、ＬＮＡまたはＧｒｉｐＮＡ骨格を含有してよい。ホスホロチオエートでは、リン酸原子と結合した単一の非架橋性酸素原子が硫黄で置換されている。これは当分野で周知の通りである。この化学修飾によりヌクレアーゼ分解に対する感受性が劇的に減少する。ＰＮＡでは、通常の骨格が、ペプチド結合によって連結されている反復型Ｎ−（２−アミノエチル）−グリシンユニットから構成される骨格に置き換わっている。諸塩基（プリンおよびピリミジン）はメチレンカルボニル結合によってＰＮＡ骨格と結合している。ＤＮＡまたは他のＤＮＡ類自体と異なり、ＰＮＡはペントース糖部分またはリン酸基を全く含有しない。プリンおよびピリミジン塩基を保持するペプチド骨格を伴うＰＮＡは、ヌクレアーゼまたはプロテアーゼが容易に認識できる分子種ではない。したがってこれらは酵素分解に耐性である。ＰＮＡは、伝統的な合成ＤＮＡまたはＲＮＡと同一の適用にて使用可能である。用語「ＰＮＡ」には「ｇｒｉｐＮＡ」が含まれる。これは負に帯電したＰＮＡである（Ａｃｔｉｖｅ  Ｍｏｔｉｆ；Ｅｆｉｍｏｖ  ＶＡ，ｅｔ  ａｌ．（１９９８）ＮＡＲ  ２６：５６６−５７５；ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｌａａｎ，ｅｔ  ａｌ．（１９９６）Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．３７：７８５７−７８６０；Ｅｆｉｍｏｖ  ＶＡ，ｅｔ  ａｌ．（１９９９）ＮＡＲ  ２７：４４１６−４４２６；これらの刊行物はすべて引用により本明細書中に包含される）。用語「ＬＮＡ」または「Ｌｏｃｋｅｄ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ（構造がロックされた核酸）」は、ＬＮＡ中、２´−Ｏ位置を４´−Ｃ位置と連結するメチレンリンカーによってフラノース環コンフォメーションを制限することに重点をおいて作成されている。便宜上、１つまたは複数のＬＮＡ修飾を含有するすべての核酸をＬＮＡと称する。ＬＮＡオリゴマーはワトソン・クリック塩基対形成則に従って相補的なオリゴヌクレオチドとハイブリッド形成する。ＬＮＡは、多数の条件下で、ＤＮＡおよび他の核酸誘導体と比べて大いに改善されたハイブリダイゼーション性能を提供する。ＬＮＡ修飾は核酸の生物学的安定性を増大させることが証明されている。完全修飾型ＬＮＡオリゴヌクレオチドはほとんどの被験ヌクレアーゼに対して耐性である。
【００３２】
一実施態様では、本発明はまた、複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法を提供する：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ；該ステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  オリゴヌクレオチドであって、その５´側（場合によりその５´末端）にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド。この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに以下を含む：
−  標的とハイブリッド形成する配列。この場合、当該ハイブリッド形成する配列はあらかじめ定められた配列である。
−  ３´末端の修飾ヌクレオチド。これにより、この箇所からの伸長が妨害される。
−  ３´末端における少なくとも１つのヌクレオチド間キメラ結合；および、
−  ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【００３３】
「プロモーター配列」は、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（「転写酵素」または「ＲＮＡポリメラーゼ」）がこの核酸に結合し、そして該プロモーターのすぐ下流の位置で５´→３´向きにＲＮＡの転写を開始するシグナルとして認識する特異的核酸配列である。結合に関して、このような転写酵素は一般に、プロモーター配列およびその相補物を含む部分において二本鎖であるＤＮＡを必要とする；鋳型部分（転写対象の配列）は二本鎖である必要はない。個々のＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼは、転写促進に関する効率の点で著しく異なり得る各種プロモーター配列を認識する。種々のプロモーター配列が当分野で周知である。本発明のプロモーター配列では、ポリメラーゼの認識配列、ならびにその５´および／または３´隣接配列を考慮する。該隣接配列はポリメラーゼとその認識配列の結合を促進する可能性がある。ＲＮＡポリメラーゼがプロモーター配列と結合して転写を開始する場合、このプロモーター配列は転写される配列の部分ではない。したがって、こうして生産されるＲＮＡ転写物はこの配列を含まない。該プロモーターは任意の適切なＲＮＡポリメラーゼ用のプロモーターであってよい。本発明では、「ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素」、例えばＥ．ｃｏｌｉおよびバクテリオファージＴ７、Ｔ３およびＳＰ６由来のＲＮＡポリメラーゼ、または任意の他の適切なＲＮＡポリメラーゼの使用を意図する。したがって、本発明のオリゴヌクレオチド中では、Ｅ．ｃｏｌｉおよびバクテリオファージＴ７、Ｔ３およびＳＰ６由来のＲＮＡポリメラーゼ、または任意の他の適切なＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を考慮する。例えばＴ７  ＲＮＡポリメラーゼの進行性は非常に高く、通常、ＤＮＡ鋳型に基づいて２５０ヌクレオチド／秒を超える。このことは、増幅速度がユニット時間あたりの開始イベント数／プロモーターによって決定されることを意味する。各標的ＲＮＡに関してプロモーターは同一であるから、増幅に関する選択性は存在しない。ＲＮＡポリメラーゼの適用により、元の標的ＲＮＡの新規ＲＮＡコピーが作成される。転写ステップ中には、典型的に１０−１０００、または１００−５００コピーの各ＲＮＡが作成される。該転写ステップ中に標識を含ませてもよい。作成されたコピーは、標的ＲＮＡ、特に標的配列と相補的である。
【００３４】
「鋳型」は、核酸ポリメラーゼがコピーする対象の核酸分子である。鋳型は、ポリメラーゼに応じて、一本鎖、二本鎖または部分的二本鎖であってよい。合成されたコピーは、鋳型と相補的、あるいは二本鎖または部分的二本鎖の鋳型の少なくとも一方の鎖と相補的である。ＲＮＡおよびＤＮＡはともに、常に５´から３´方向に合成され、そして核酸二本鎖の２つの鎖は常に、２つの鎖の５´末端が二本鎖の反対の末端に位置する（そして、必然的に３´末端も同様である）ように整列する。
【００３５】
「ＲＮアーゼＨ（ＲＮａｓｅＨ）」は、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ部分を分解する酵素である。ＲＮアーゼＨはエンドヌクレアーゼまたはエキソヌクレアーゼであってよい。ほとんどの逆転写酵素は通常、そのポリメラーゼ活性に加えてＲＮアーゼＨ活性を含有する。しかしながら、付随のポリメラーゼ活性を伴わない他の起源のＲＮアーゼＨも利用可能である。ＲＮアーゼＨは単にＲＮＡを種々の位置で切断することによりＲＮＡの部分を解離させるであろう。したがって「ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素」は、逆転写酵素のＲＮアーゼＨ活性または個別の酵素、例えばＥ．ｃｏｌｉ  ＲＮアーゼＨのＲＮアーゼＨ活性、あるいは両者であってよい。この関連で本発明の方法では、ＲＮアーゼＨ活性を有する転写酵素、例えばＡＭＶ−ＲＴまたはＭＭＬＶ−ＲＴ、およびＲＮアーゼＨ活性とともにＤＮＡポリメラーゼ活性を有する他の酵素、例えばＥ．ｃｏｌｉ  ＤＮＡポリメラーゼＩ（ホロ酵素）、またさらにＥ．ｃｏｌｉ  ＲＮアーゼＨを考慮する。ＲＮアーゼＨ活性に関する条件は、ほとんどの、好ましくは実質的にすべての事例において、オリゴヌクレオチドが標的ＲＮＡとハイブリッド形成したまま、標的ＲＮＡから見て３´のＲＮＡ配列、例えばポリＡ尾部が解離するように選択されることを当業者は理解するであろう。この条件は実験によって決定してよい。
【００３６】
反応が行われる条件は、標準条件、すなわち使用する酵素混合物に最適であることが当業者に既知であるバッファー組成および温度である。あるいは、当業者は通常の実験によって適用可能および／または最適な条件を決定することができる。用語「ｄＮＴＰ」および「ｒＮＴＰ」は、ヌクレオチド、すなわち、それぞれデオキシリボヌクレオチド三リン酸およびリボヌクレオチド三リン酸に関する。本発明では、当業者に既知の、これらのヌクレオチドの修飾型の使用を同様に考慮する。ただし、これらの修飾型がＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素および／またはＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素によって認識されることを条件とする。修飾型には、例えば標識「ｒＮＴＰ」のような標識ヌクレオチドが含まれる。塩基対合関係の形成能を有する天然に存在しない塩基には、これに限定されないが、アザ−およびデアザ−ピリミジン類似体、アザ−およびデアザ−プリン類似体、および他のヘテロ環式塩基類似体が含まれ、該類似体では、プリンおよびピリミジン環の１つまたは複数の炭素および窒素原子がヘテロ原子、例えば、酸素、硫黄、セレン、リン、等によって置換されている。
【００３７】
目的がほんの少数の細胞の発現プロファイルを作成することである場合、上記増幅法では、例えばコピーが標識されている場合にシグナルを生じるほど、十分なＲＮＡコピーを作成できないかもしれない。特別な事例では、該ＲＮＡをさらに、選択性を導入せず、すなわち再度ｃＤＮＡ合成を回避して増幅する必要があるかもしれない。この問題に対しては複数の解決策が存在する。これらはすべて転写に基づく方法である。
【００３８】
したがって本発明は、作成されたＲＮＡを出発材料として用いてさらに増幅を行う方法に関する。新規に合成されたＲＮＡを、その後、以下の方法によってさらに増幅してよい。各ＲＮＡ分子の３´末端に、ＲＮＡリガーゼを用いて二本鎖プロモーター配列を連結する。すべての３´末端は化学的に同一であるため、選択性は存在しない。連結されたプロモーターを用いて、２回目の転写が開始され、さらに（標識）ＲＮＡコピーが作成される。このように２回目の転写によって作成されたＲＮＡは、上記方法において作成されたＲＮＡコピーと相補的であり、ゆえに標的ＲＮＡと同一の鎖性である。
【００３９】
したがって本発明は、特定の方法であって、作成されたＲＮＡを、ＲＮＡリガーゼ、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む二本鎖核酸複合体、これにより当該複合体の一方の鎖は一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有し、ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素、および十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰと接触させ；この場合、得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持する方法に関する。
【００４０】
リガーゼを使用する手順は別反応として実行してもよい。すなわち、図１に記載の手順と同様の手順においてＲＮＡコピーを作成した後、該ＲＮＡコピーを別の反応媒体に移して第二の反応に付してよい。
【００４１】
すべての酵素およびオリゴヌクレオチドおよびプロモーター構築物を出発反応混合物と混合して、実に、連続プロセスを達成してもよい。
【００４２】
追加の増幅に必要な構成成分は、前記反応混合物、すなわちオリゴヌクレオチド、ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素、ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素、ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素および十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ、に含ませてよい。
【００４３】
したがって本発明は、特定の方法であって、前記反応混合物がさらに、ＲＮＡリガーゼおよび、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む二本鎖核酸複合体を含み、これにより当該複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有するところの方法に関する。
【００４４】
この場合も、使用する１つまたは複数のヌクレオチドは標識されていてよい。
【００４５】
ＲＮＡポリメラーゼプロモーター配列の方向性に依存して、ＲＮＡ鋳型が第二の反応で使用されて新規センス鎖ＲＮＡ分子が作成される。典型的には、ＲＮＡポリメラーゼによる転写反応で、１０〜１０００、または１００〜５００コピーの各ＲＮＡが作成されている。
【００４６】
一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分は５´末端がリン酸化されていてよい。リン酸化により５´末端の連結が可能になる。例えば、バクテリオファージＴ４ポリヌクレオチドキナーゼはＡＴＰのγ−リン酸基をＲＮＡの５´末端へ転移する反応を触媒するであろう。
【００４７】
プロモーターは当該手法の第一工程と同一であってよい。例えば、Ｔ７プロモーター配列を使用し、そしてＲＮＡポリメラーゼはＴ７  ＲＮＡポリメラーゼであってよい。
【００４８】
ハイブリッド形成する配列があらかじめ定められた配列であり、かつこのあらかじめ定められた配列がポリＴ連続部分である場合、この２回目の転写において作成されるセンスＲＮＡは再び、３´末端にポリＡ連続部分を含有し、これにより、図１に記載の方法および上記リガーゼを用いる方法を繰り返し実行し、複数サイクルの増幅を行うことが可能である。
【００４９】
汎用（non-biased）ｍＲＮＡ増幅法の増幅率をさらに高める別の方法は、新規に合成されたＲＮＡの３´末端にポリＡヌクレオチド連続部分を付加することに基づく。該ポリＡヌクレオチド連続部分は、酵素、ポリＡポリメラーゼによって付加してよい。付加されたこのポリＡヌクレオチド連続部分に対しては、ハイブリッド形成する配列であるオリゴＴ連続部分およびプロモーター配列、例えばＴ７プロモーター配列を含むオリゴヌクレオチドがハイブリッド形成できる。再度、前記プロセスを実行してよい。その結果、転写プロセスによってＲＮＡが再び作成され、そしてこの新規合成ＲＮＡは（その大部分が）、当初に全反応の出発物質であった元の標的ＲＮＡと同一である。当業者が理解するように、ポリＴ連続部分およびプロモーター配列、例えばＴ７プロモーター配列を含むオリゴヌクレオチドはさらにこのＲＮＡとハイブリッド形成することができ、この時点でプロセスは、転写、オリゴヌクレオチドアニーリングおよび二本鎖プロモーター合成による連続ＲＮＡ合成プロセスを開始している。
【００５０】
ポリＡポリメラーゼを加える手順は別反応として実行してよい。すなわち、図１に記載の手順と同様の手順においてＲＮＡコピーを作成した後、該ＲＮＡコピーを別の反応媒体に移し、そしてポリＡポリメラーゼを含む反応に付して、連続増幅プロセスを開始してよい。
【００５１】
ポリＡポリメラーゼ、および適用可能なオリゴヌクレオチドを出発反応混合物に加え、この時点で、実に、元の標的ＲＮＡ鋳型から直接、連続増幅プロセスを開始してもよい。
【００５２】
したがって本発明は、前記の複数のＲＮＡコピーを作成する方法であって、作成されたＲＮＡコピーを、ポリＡポリメラーゼ、および場合により十分な量のｒＡＴＰ（リボアデノシン三リン酸）と接触させる方法に関する。本発明はまた、前記方法であって、標的ＲＮＡを含むサンプルを、ポリＡポリメラーゼ、オリゴＴ連続部分およびプロモーター配列、例えばＴ７プロモーター配列を含む少なくとも１つのオリゴヌクレオチド、ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素、ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素、ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素および必要なヌクレオチドと同時に接触させる方法を考慮する。得られた反応混合物は、増幅が生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持する。混合物中、使用する１つまたは複数のヌクレオチドは標識されていてよい。
【００５３】
新規に添加するポリＡ連続部分の位置（ＲＮＡ分子の３´末端）に依存して、ＲＮＡポリメラーゼは反対鎖のＲＮＡを作成する。該ＲＮＡは、すなわちＲＮＡポリメラーゼが使用した鋳型と相補的である。オリゴＴ連続部分およびプロモーター配列、例えばＴ７プロモーター配列を含むオリゴヌクレオチドは、当該手法の第一工程と同一であってよい。
【００５４】
理解される通り、本発明の方法で使用するヌクレオチド、例えばｄＮＴＰおよびｒＮＴＰは標識されていてよい。検出可能で定量可能なシグナルを発生し、かつヌクレオチドと結合可能で、作成されるＲＮＡコピー内に包含可能な実質的に任意の標識を、本発明の方法とともに使用できる。適切な標識には、例示的に、放射性同位体、フルオロフォア、発色団、化学発光部分、等が含まれるが、これらに限定されない。好ましくは、標識の位置は、標識ポリヌクレオチドの作成、ハイブリダイゼーション、検出または他のハイブリダイゼーション後修飾を妨害しない。各種プロトコルを使用して、当分野で既知の通り標識核酸を作成してよい。この場合、このような方法は典型的に酵素による標識核酸の作成に依存し、当該作成には標識ヌクレオチドを使用する。例えば、標識は増幅ステップ中に核酸内に包含させることができる。これにより標識化された標的を作成する。あるいは、作成されるＲＮＡコピーはこれらのステップ後に標識してもよい。
【００５５】
各種標識を採用してよく、この場合、これらの標識には、蛍光標識、同位体標識、酵素標識、粒子標識、等が含まれる。例えば、適切な同位体標識には、放射性標識、例えば３２Ｐ、３３Ｐ、３５Ｓ、３Ｈが含まれる。他の適切な標識には、光散乱能を有するサイズ粒子（sizeparticles）が含まれる。
【産業上の利用可能性】
【００５６】
遺伝情報は生命過程の継続に関して決定的に重要である。酵素、構造タンパク質、および他の生物学的機能に関するエフェクターをエンコードするヌクレオチドの遺伝子配列を決定することが、非常に重要になっている。遺伝子発現パターンは特定の細胞についての情報を提供する。例えば、正常細胞の遺伝子発現パターンを腫瘍細胞と疑われる細胞と比較すれば、腫瘍の病期および悪性度に関する重要な情報が得られる。腫瘍細胞を分析する方法では、サンプルの遺伝子発現解析が使用されるであろう。遺伝子発現パターンを作成し、これを参照パターンと比較する。遺伝子発現パターンを使用する方法により、精度の改善ならびに現在利用可能な診断および予後ツールとは別の分析基準が提供される。特に、アレイ、例えばマイクロアレイは遺伝子発現差の解析において用途が見出されている。この場合、異なる細胞、通常は目的の細胞および（例えば、その発現パターンがあらかじめ定められている）コントロールに関する遺伝子の発現を比較し、そして発現に関する任意の差異を同定する。このようなアッセイにおいて差異が存在すれば、比較対象の細胞間で発現されている遺伝子の種類が異なることを示す。
【００５７】
遺伝子発現差を示す方法において、アレイは、特異的認識試薬、例えばポリヌクレオチドが結合した基板として有益に使用されるに至っている。そこで、例えば健康な生物および罹患した生物の類似の細胞、組織または器官から標的ＲＮＡまたは本発明の方法にしたがって作成されるＲＮＡコピーを得る。次いでこの標的ＲＮＡまたはＲＮＡコピーを、固定されたポリヌクレオチド「プローブ」断片セットとハイブリッド形成させる。その後、得られたハイブリダイゼーションパターン間の差異を検出し、これを２つの起源に関する遺伝子発現の差異と関連付ける。
【００５８】
したがって本発明は、細胞サンプルに関する遺伝子発現の差異を測定するための方法であって、本発明の方法にしたがって１つまたは複数の標的ＲＮＡ種の複数のＲＮＡコピーを作成するステップ、このステップによりサンプルから第一の発現パターンを作成する；前記第一の発現パターンをあらかじめ定められた発現パターン、例えばコントロール細胞に関する発現パターンと比較するステップ、このステップにより遺伝子発現の差異を決定する、を含む方法に関する。
【００５９】
手法の再現性および精度を向上させるために、遺伝子発現プロファイルを測定するための自動システムが考慮される。特に、本発明は、本発明の方法によって得られる複数のＲＮＡコピーを用いる検査用のプローブアレイの使用を内包する。用語「プローブアレイ」は、位置が規定されている特異的認識試薬の高密度マトリクスパターンを有する基板に関する。本発明の方法によって提供される複数のＲＮＡコピーは、アレイ上の特異的対応物、すなわち特異的認識試薬と相互作用、例えばハイブリッド形成可能である。特異的認識試薬は位置が規定されているため、相互作用部位により、各相互作用の特異性が規定される。特異的認識試薬は典型的にオリゴヌクレオチドプローブであり、この場合、当該プローブアレイはオリゴヌクレオチドアレイとして知られる。
【００６０】
本明細書中で使用する用語「核酸」とは、ヌクレオチド、例えばデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドから構成されるポリマーを意味する。本明細書中で使用する用語「リボ核酸」および「ＲＮＡ」とは、リボヌクレオチドから構成されるポリマーを意味する。本明細書中で使用する用語「デオキシリボ核酸」および「ＤＮＡ」とは、デオキシリボヌクレオチドから構成されるポリマーを意味する。本明細書中で使用する用語「オリゴヌクレオチド」とは、約１０〜約１００ヌクレオチド長、または５、６、７、８、９、１０、１１、１２、２０、４０、６０または８０ヌクレオチド長の一本鎖ヌクレオチド多量体を意味する。本明細書中で使用する用語「ポリヌクレオチド」とは、約１０〜約１００ヌクレオチド長、通常は約１００を超えるヌクレオチド長〜約１０００ヌクレオチド長のヌクレオチドモノマーから構成される一本鎖または二本鎖ポリマーを表す。とは言え、ポリヌクレオチドは比較的短くてもよく、例えば約６、７、８、９、１０、１１、１２、２０、４０、６０、８０、または１００ヌクレオチド長を有するものであってよい。
【００６１】
本発明のアレイは任意の所望のサイズであってよく、２スポット〜１０６スポットまたはそれ以上であってよい。基板のサイズに関する上限および下限は、単に、極端に小さい基板または大きい基板を用いる作業に関する実施上の配慮によって決定される。
【００６２】
既定の基板サイズに関して、その上限は単にアレイ中のスポット作成および検出能によって決定される。アレイ上の好ましいスポット数は一般に、当該アレイが付される具体的用途に依存する。例えば、変異検出は小さいアレイしか必要としないであろう。一般にアレイは、２〜約１０６スポット、または約４〜約１０５スポット、または約８〜約１０４スポット、または約１０〜約２０００の範囲のスポット、または約２０〜約２００の範囲のスポットを含有する。
【００６３】
アレイ上に固定されているポリヌクレオチドは、わずか４、または１００に達するか、または実にそれ以上のヌクレオチド長であってよい。本発明に照らしてポリヌクレオチドとして考慮するのは、当分野で典型的にオリゴヌクレオチドと称される核酸であり、また、核酸と称される物質でもある。したがって本発明のアレイは、作成されたＲＮＡコピー酸を比較的短い（例えば、約６、８、１０、２０、４０、６０、８０、または１００ヌクレオチド長を有する）プローブが固定されているアレイとハイブリッド形成させる適用において有用である。
【００６４】
一実施態様では、アレイ上のポリヌクレオチドのセットは、既知配列中の同定対象である特定の変異に対応するものであってよい。例えば、特定核酸が特定位置に未同定の変異を含有することが既知である場合、当該変異位置は８ポリヌクレオチドのアレイを用いて同定できる。該８ポリヌクレオチドのうち、３つは当該位置の３つの置換候補に対応し、１つは当該位置の塩基欠失に対応し、そして４つは当該位置の４つの塩基挿入候補に対応する。別法では、複数の同定されている変異候補のいずれかを含有する可能性がある既知遺伝子に関して、当該アレイは諸変異候補に対応するポリヌクレオチドを含むことができる。この実施態様は例えば、発癌遺伝子および腫瘍抑制因子のような遺伝子に関して有用である。これらは種々の位置に多様な既知の変異を有することが多い。アレイの使用により、これらの遺伝子が変異を含有するか否かを決定することが容易になる。これは、これらの諸位置のそれぞれに対応する本発明のＲＮＡコピーを用いた同時スクリーニングが可能になることに基づく。
【００６５】
ポリヌクレオチドは各種技術を用いて基板上に固定することができる。例えば、ポリヌクレオチドは基板と吸着させるか、あるいは別の方法で非共有結合により結合させることができる（例えば、標準的技術を用いてナイロンまたはニトロセルロースフィルターに固定する）；これらは基板と共有結合させてもよい；あるいはこれらの結合は特異的結合対、例えばビオチンおよびストレプトアビジンを介してもよい。
【００６６】
本発明に関する基板としての用途に適した多数の材料が当分野で提示されている。適切な材料の代表例には、例えば、アクリル（ａｃｒｙｌｉｃ）、スチレン−メチルメタクリレートコポリマー（ｓｔｙｒｅｎｅ−ｍｅｔｈｙｌ  ｍｅｔｈａｃｒｙｌａｔｅ  ｃｏｐｏｌｙｍｅｒｓ）、エチレン／アクリル酸（ｅｔｈｙｌｅｎｅ／ａｃｒｙｌｉｃ  ａｃｉｄ）、アクリロニトリル−ブタジエンスチレン（ａｃｒｙｌｏｎｉｔｒｉｌｅ−ｂｕｔａｄｉｅｎｅｓｔｙｒｅｎｅ）（ＡＢＳ）、ＡＢＳ／ポリカーボネート（ＡＢＳ／ｐｏｌｙｃａｒｂｏｎａｔｅ）、ＡＢＳ／ポリスルホン（ＡＢＳ／ｐｏｌｙｓｕｌｆｏｎｅ）、ＡＢＳ／ポリビニルクロライド（ＡＢＳ／ｐｏｌｙｖｉｎｙｌ  ｃｈｌｏｒｉｄｅ）、エチレン  プロピレン（ｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｐｒｏｐｙｌｅｎｅ）、エチレンビニルアセテート（ｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｖｉｎｙｌ  ａｃｅｔａｔｅ）（ＥＶＡ）、ニトロセルロース（ｎｉｔｒｏｃｅｌｌｕｌｏｓｅ）、ナイロン（ｎｙｌｏｎｓ）（ナイロン６（ｎｙｌｏｎ  ６）、ナイロン６／６（ｎｙｌｏｎ  ６／６）、ナイロン６／６−６（ｎｙｌｏｎ  ６／６−６）、ナイロン６／９（ｎｙｌｏｎ  ６／９）、ナイロン６／１０（nylon６／１０）、ナイロン６／１２（ｎｙｌｏｎ  ６／１２）、ナイロン１１（ｎｙｌｏｎ  １１）およびナイロン１２（ｎｙｌｏｎ  １２）を含む）、ポリアクリロニトリル（ｐｏｌｙｃａｒｙｌｏｎｉｔｒｉｌｅ）（ＰＡＮ）、ポリアクリレート（ｐｏｌｙａｃｒｙｌａｔｅ）、ポリカーボネート（ｐｏｌｙｃａｒｂｏｎａｔｅ）、ポリブチレンテレフタレート（ｐｏｌｙｂｕｔｙｌｅｎｅ  ｔｅｒｅｐｈｔｈａｌａｔｅ）（ＰＢＴ）、ポリエチレンテレフタレート（ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｔｅｒｅｐｈｔｈａｌａｔｅ）（ＰＥＴ）、ポリエチレン（ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ）（低密度（ｌｏｗ  ｄｅｎｓｉｔｙ）、鎖状低密度（ｌｉｎｅａｒ  ｌｏｗ  ｄｅｎｓｉｔｙ）、高密度（ｈｉｇｈ  ｄｅｎｓｉｔｙ）、架橋（cross−linked）および超高分子量（ｕｌｔｒａ−ｈｉｇｈ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｗｅｉｇｈｔ）等級を含む）、ポリプロピレンホモポリマー（ｐｏｌｙｐｒｏｐｙｌｅｎｅ  ｈｏｍｏｐｏｌｙｍｅｒ）、ポリプロピレンコポリマー（ｐｏｌｙｐｒｏｐｙｌｅｎｅ  ｃｏｐｏｌｙｍｅｒｓ）、ポリスチレン（ｐｏｌｙｓｔｙｒｅｎｅ）（汎用（ｇｅｎｅｒａｌ  ｐｕｒｐｏｓｅ）および高衝撃（ｈｉｇｈ  ｉｍｐａｃｔ）等級を含む）、ポリテトラフルオロエチレン（ｐｏｌｙｔｅｔｒａｆｌｕｏｒｏｅｔｈｙｌｅｎｅ）（ＰＴＦＥ）、フッ素化エチレン−プロピレン（ｆｌｕｏｒｉｎａｔｅｄ  ｅｔｈｙｌｅｎｅ−ｐｒｏｐｙｌｅｎｅ）（ＦＥＰ）、エチレン−テトラフルオロエチレン（ｅｔｈｙｌｅｎｅ−ｔｅｔｒａｆｌｕｏｒｏｅｔｈｙｌｅｎｅ）（ＥＴＦＥ）、ペルフルオロアルコキシエチレン（ｐｅｒｆｌｕｏｒｏａｌｋｏｘｙｅｔｈｙｌｅｎｅ）（ＰＦＡ）、ポリビニルフルオライド（ｐｏｌｙｖｉｎｙｌ  ｆｌｕｏｒｉｄｅ）（ＰＶＦ）、ポリビニリデンフルオライド（ｐｏｌｙｖｉｎｙｌｉｄｅｎｅ  ｆｌｕｏｒｉｄｅ）（ＰＶＤＦ）、ポリクロロトリフルオロエチレン（ｐｏｌｙｃｈｌｏｒｏｔｒｉｆｌｕｏｒｏｅｔｈｙｌｅｎｅ）（ＰＣＴＦＥ）、ポリエチレン−��ロロトリフルオロ−エチレン（ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ−ｃｈｌｏｒｏｔｒｉｆｌｕｏｒｏ−ｅｔｈｙｌｅｎｅ）（ＥＣＴＦＥ）、ポリビニルアルコール（ｐｏｌｙｖｉｎｙｌ  ａｌｃｏｈｏｌ）（ＰＶＡ）、シリコンスチレンアクリロニトリル（ｓｉｌｉｃｏｎ  ｓｔｙｒｅｎｅａｃｒｙｌｏｎｉｔｒｉｌｅ）（ＳＡＮ）、スチレン無水マレイン酸（ｓｔｙｒｅｎｅ  ｍａｌｅｉｃ  ａｎｈｙｄｒｉｄｅ）（ＳＭＡ）、およびガラス（ｇｌａｓｓ）が含まれる。
【００６７】
本発明のアレイに関する基板としての用途に適した材料の他の例には金属酸化物がある。金属酸化物は、高チャネル密度および多孔性をともに有する基板を提供する。これにより、サンプルを適用する基板ユニットあたり種々の特異的認識試薬を含む高密度アレイが実現できる。さらに、金属酸化物は可視光の透過性が高い。金属酸化物は比較的安価な基板であり、典型的微細加工テクノロジーの使用を全く必要とせず、基板、例えば電気化学的に製造された金属酸化物膜の表面全体の液体分配に関する制御改善を提供する。通り抜け配向チャネル（ｔｈｒｏｕｇｈ−ｇｏｉｎｇ，ｏｒｉｅｎｔｅｄ  ｃｈａｎｎｅｌｓ）を有する金属酸化物膜は金属板の電気化学エッチングによって製造することができる。考慮される金属酸化物は、とりわけ、タンタル、チタン、およびアルミニウムの酸化物、ならびに２つまたはそれ以上の金属酸化物の合金およびドープ金属酸化物および金属酸化物含有合金である。金属酸化物膜は、特に湿性状態では透明であり、したがって種々の光学的技術を用いるアッセイが可能である。このような膜は、制御の行き届いた直径および有用な化学表面特性を有する配向性通り抜けチャネルを有する。特許出願ＥＰ−Ａ−０９７５４２７はこの関連の代表例であり、当該刊行物は本発明において明示的に包含される。
【００６８】
したがって本発明は、本明細書中に記載の方法であって、アレイがフロースルー（ｆｌｏｗ−ｔｈｒｏｕｇｈ）マイクロアレイであり、基板が、例えば酸化アルミニウムのような金属酸化物膜の、電気化学的に製造された多孔性基板である方法に関する。
【００６９】
上記方法に対するバリエーションを当業者は理解する。
【００７０】
さらに本発明は、本発明の方法において使用するための化合物を含むキットに関する。したがって本発明は、複数のＲＮＡコピーを作成するためのキットであって、以下を含むキットに関する：オリゴヌクレオチドであって、その５´側（場合によりその５´末端）にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含み、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、該配列はランダム配列またはあらかじめ定められた配列であり、ならびに場合によりその３´末端に修飾を含み、これによりこの箇所からの伸長が妨害されているオリゴヌクレオチド；および、場合により、ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素、場合により、ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素、場合により、ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素、および、場合により、十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ、ならびに複数のＲＮＡコピーを作成するための方法を実施するための指示書。
【００７１】
したがって本発明は、上記キットであって、さらにＲＮＡリガーゼおよび、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む二本鎖核酸複合体、これにより当該複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する、ならびに追加増幅を実施するための指示書を含むキットに関する。
【００７２】
本発明はまた、上記キットであって、さらにプローブアレイ、および場合によりアレイから情報を得るための指示書を含むキットに関する。
【００７３】
本発明をさらに説明する前に理解すべきことは、本発明は本明細書中に記載されている本発明の具体的実施態様に限定されるものではないことであり、この具体的実施態様にバリエーションを施してよく、それでいてなお特許請求の範囲内であって構わない。また、用語は具体的実施態様を説明する目的で採用されており、限定を意図するものでないことが理解されよう。本発明の範囲は、本明細書中の具体的実施態様ではなく、特許請求の範囲によって規定される。本明細書中で引用されているすべての開示内容は、引用により本明細書中に包含される。
【００７４】
以下に実施例を提供するが、これらは例示を目的とするものであり、限定を目的としない。
【００７５】
実施例
【実施例１】
【００７６】
実施例１：ランダムプライムｔｙｒａｓ反応１（ｒａｎｄｏｍ  ｐｒｉｍｅｄ−ｔｙｒａｓ  ｒｅａｃｔｉｏｎ  １）
ランダムプライムｔｙｒａｓ反応１では、インビトロ転写により作成したＲＮＡ（ｐＧＥＭＥｘｐｒｅｓｓポジティブコントロール鋳型（ＰｒｏｍｅｇａのＴＭ０１２６プロトコルにしたがって転写する、ｐＧＥＭＥｘｐｒｅｓｓ  Ｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｔｅｍｐｌａｔｅ）１００ｎｇを鋳型として用いる。この反応物は以下を含有する：水３．６μｌ中、１００ｎｇの当該鋳型、４μｌの５ＸＮＮバッファー（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ  ２００ｍＭ、ｐＨ  ８．５；ＭｇＣｌ２  ６０ｍＭ；ＫＣｌ  ３５０ｍＭ；ＤＴＴ  ２５ｍＭ；ｄＮＴＰ'ｓ各５ｍＭ；ｒＡＴＰ、ｒＣＴＰおよびＧＴＰ、各２ｍＭ）、１．８μｌの１００ｍＭ  ｒＵＴＰおよび１．６μｌの１０ｍＭ  Ｆｌｕ−ＵＴＰ、４μｌのプライマー混合物［３７．５μｌの１００％  ＤＭＳＯ、５μｌの１００μＭの以下の配列のオリゴヌクレオチド：ＡＡＴＴＣＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧＡＧＡＧＡＡＧＧＡＴＡＣＣＡＣＴＡＧＣＴＡＧＣＧＮＮＮＮＮＮ（配列番号１）（該配列の最後の６ヌクレオチドはランダムヘキサマーを示し、ＮはＡ、Ｃ、ＧおよびＴ塩基の等モル混合物を表す。この配列の最後のヌクレオチドは２'−３'ジデオキシヌクレオチドであり、最後のリン酸基結合はホルホロチオエート結合と交換されている。）そして水７．５μｌを加えて総容量５０μｌ］。
【００７７】
前記反応物を６５℃にて５分間、次いで４１℃にて５分間インキュベートする。その後、酵素混合物５μｌ（ソルビトール１．５Ｍ；ＢＳＡ  ２．１μｇ；Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼ３２ユニットおよびＡＭＶ−逆転写酵素２５．３ユニット）を反応物に加え、チューブをタップして静かに混合する。４１℃にて５分間の短いインキュベーション後、チューブを遠心分離機で短時間遠心して液滴を集め、次いで反応物を４１℃にてさらに１２０分間インキュベートする。
【００７８】
その後、標識された反応生成物をＲＮＥａｓｙキットを用いて単離する。該キットは製造元（Ｑｉａｇｅｎ）のプロトコルにしたがって使用する。反応生成物は３０μｌの水中に溶出させる。
【００７９】
鋳型（ｐＧＥＭＥｘｐｒｅｓｓ  Ｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ｔｅｍｐｌａｔｅ，Ｐｒｏｍｅｇａ）１μｇを含むチューブを、５分間沸騰水浴中に入れて保持し、鋳型を変性させる。冷却後、鋳型をメンブレン（Ｈｙｂｏｎｄ  Ｎｐｌｕｓ，Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ）上にスポットする。このスポットは、同様に処理したルシフェラーゼＳＰ６コントロールＤＮＡ（Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ  ＳＰ６  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ＤＮＡ）（Ｐｒｏｍｅｇａ）を含有するスポットと隣接して配置する。該ＤＮＡは適切なコントロールである。スポットを空気中で乾燥し、メンブレンを前記製造元のプロトコルに記載の通りＵＶ光で処理した後、該メンブレンを標識された反応生成物とハイブリッド形成させる。該ハイブリッド形成はＤｉｇ洗浄およびブロックバッファーセット（Ｄｉｇ  Ｗａｓｈ  ａｎｄ  Ｂｌｏｃｋ  ｂｕｆｆｅｒ  ｓｅｔ）（Ｒｏｃｈｅ）とともに配布されたプロトコルにしたがって行う。このハイブリダイゼーションで使用するプローブは標識された反応生成物であり、該生成物は使用直前に９５℃にて５分間処理したものである。ハイブリダイゼーション後、このメンブレンを１５ユニットの抗フルオレセインアルカリホスファターゼと共役したＦａｂ断片（Ａｎｔｉ−Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ  Ａｌｋａｌｉｎｅ  Ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ  ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ  Ｆａｂ  ｆｒａｇｍｅｎｔｓ）（Ｒｏｃｈｅ）とインキュベートし、次いで１タブレットのＮＢＴ／ＢＣＩＰを基質として用いて展開する。該展開は製造元のプロトコルにしたがって行う。
【００８０】
シグナルの強度を視覚的に比較すると、スポットされたｐＧＥＭＥｘｐｒｅｓｓ鋳型上にはコントロールスポット上より多数の基質が蓄積していることが明らかであり、これは標識反応生成物とその鋳型のハイブリダイゼーションを反映している。
【実施例２】
【００８１】
実施例２：ランダムプライムｔｙｒａｓ反応２
ランダムプライムｔｙｒａｓ反応２では、インビトロ転写によって作成したＲＮＡ（ルシフェラーゼＳＰ６コントロールＤＮＡ（ＳａｃＩを用いて制限消化し、ＰｒｏｍｅｇａのＴＭ０１２６プロトコルにしたがって転写する、Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅ  ＳＰ６  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ＤＮＡ）１００ｎｇを鋳型として用いた。この反応物は以下を含有するものであった（最終濃度を示す）：Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ  ４０ｍＭ、ｐＨ  ８．５、ＭｇＣｌ２  １６ｍＭ、ＫＣｌ  ３０ｍＭ、ＤＴＴ  ５０ｍＭ、ソルビトール  ３７５ｍＭ、ＢＳＡ  ２．０ｍｇ、ｄＮＴＰ'ｓ  各５ｍＭ、ｒＡＴＰ、ｒＣＴＰ、ｒＧＴＰ、各２ｍＭ、ｒＵＴＰ  １．８ｍＭ、Ｆｌｕ−ＵＴＰ  ０．２ｍＭおよび以下の配列を有するオリゴヌクレオチド：ＡＡＴＴＣＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧＡＧＡＧＡＮＮＮＮＮＮ（配列番号２）；この配列の最後の６ヌクレオチドはランダムヘキサマーを示し、ＮはＡ、Ｃ、ＧおよびＴ塩基の等モル混合物を表す。この配列の最後のヌクレオチドは２'−３'ジデオキシヌクレオチドである。）該オリゴヌクレオチドは最終容量９μｌ中１０μＭである。
【００８２】
この反応物を３０℃にて１５分間インキュベートし、その後、温度を３７℃に高めた。その後直ちに、６ユニットのＡＭＶ−逆転写酵素を反応物に加え、チューブをタップして混合物を静かに混合した。３７℃にて１５分間インキュベートした後、遠心分離機でチューブを短時間遠心して液滴を集め、その後、３．２μｌの２５ｍＭ  ｒＮＴＰ混合物、２μｌの１００ｍＭ  ＤＴＴ、１．６μｌの１ｍＭ  Ｔｒｉｓ／アセテート（Ｔｒｉｓ／ａｃｅｔａａｔ）、ｐＨ  ８．５、５μｌの１００ｍＭ  Ｍｇ２Ｃｌ、Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼ  ３０ユニットおよび１６．５５μｌの水を含有する４０μｌの溶液を加えた。この反応物を３７℃にて１２０分間インキュベートした。
【００８３】
標識された反応生成物をＲＮＥａｓｙキットを用いて単離した。該キットは製造元のプロトコル（Ｑｉａｇｅｎ）にしたがって使用した。反応生成物を３０μｌの水中に溶出させた。５μｌのこの溶出液を１％アガロースゲル上、５μｌのローディングバッファーＩＩ（Ａｍｂｉｏｎ，ｃａｔ  ｎｒ  ８５４６）を用い、０．５ｘＴＡＥバッファー（Ｉ−ｍｕｐｉｄ  ｓｙｓｔｅｍ，Ｃｏｓｍｏ  Ｂｉｏ  Ｃｏ  Ｌｔｄ）中で解析した。該サンプルを７０℃で５分間加熱した後、ゲルに載せた。下方の青色バンドがゲルの４分の３を横断するまでこのゲルを電気泳動した。Ｆｌｕ−ＵＴＰの包含は、通常のＵＶトランスイルミネータにて３０２ｎｍで視覚的に確認した。ほぼ出発鋳型の長さまで一定長のスメアが見られた。
【００８４】
前記ゲルをＨｙｂｏｎｄ  Ｎ＋メンブレン（Ａｍｅｒｓｈａｍ）上にブロッティングした。該ブロッティングでは、Ｔｕｒｂｏｂｌｏｔｔｅｒ（Ｓｃｈｌｅｉｃｈｅｒ  ＆  Ｓｃｈｕｅｌｌ）を製造元の推奨手順にしたがって用いた。該ブロットは、標準的オリゴハイブリダイゼーション手順、および成分（Ｒｏｃｈｅ；ａｒｔ．ｎｒｓ  １６０３５５８および１５８５７６２）を用い、３´−ＤＮＰ誘導体化オリゴヌクレオチドとハイブリッド形成させた。該ヌクレオチドはプローブであり、最終濃度２．５ｎＭであり、当該配列は上記プラスミド中のルシフェラーゼ配列の一連続部分と同一であった。当該３０ヌクレオチド長プローブは以下の配列を有する：ＡＧＣＡＣＧＧＡＡＡＧＡＣＧＡＴＧＡＣＧＧＡＡＡＡＡＧＡＧＡ（配列番号３）。
【００８５】
ハイブリダイゼーションは、一定振とう（５０ｒｐｍ）下、３７℃で一晩行った。前記ブロットは、製造元の推奨手順を用いて５０℃で１０分間の０．２ｘＳＳＣ洗浄（２０ｘＳＳＣ＝ＮａＣｌ  １７５．３ｇ、クエン酸ナトリウム８８．２ｇ／リットル、ｐＨ７．０）後に展開した。ここでは抗−ＤＮＰ／ＡＰ（Ｄａｋｏ  ｃａｔ＃  Ｄ５１０３）および検出溶液としてＮＢＴ／ＢＣＩＰタブレット（Ｒｏｃｈｅ  ｃａｔ  ＃  １６９７４７１）を用いた。
【００８６】
前記ブロットはハイブリダイゼーション後にＵＶ照射後に認められるスメアに対応する長さのスメアを示した。これはこのランダムプライムｔｙｒａｓ反応の特異性を証明する。
【図面の簡単な説明】
【００８７】
【図１】転写に基づく増幅を模式的に示す。この事例では、標的ＲＮＡ（ＲＮＡ）はポリＡ尾部を含有するが、任意のＲＮＡが標的ＲＮＡとなり得ることが理解される。ランダム配列を含むオリゴヌクレオチドプライマーはランダム配列「ＮＮＮＮＮＮ」と結合した直線で示される。この図では、ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素は記載されていないが、この活性は、例を挙げればＤＮＡポリメラーゼ、例えば逆転写酵素に本来備わっているものかもしれない。Ｔ７  ＲＮＡＰはＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである。
【図１】
2006504440.tif 000003
【配列表】
2006504440000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成16年11月9日(2004.11.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ、該ステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド、この場合、該オリゴヌクレオチドはさらに以下を含む：
−標的とハイブリッド形成する配列、この場合、該ハイブリッド形成する配列はランダム配列である、
−アルカン−ジオール残基、コルジセピン、アミノ−アルキルを含むヌクレオチド、およびジデオキシヌクレオチドを含む群から選択される３´末端の修飾ヌクレオチド、これにより、この箇所からの伸長が妨害される、
−３´末端における少なくとも一つのヌクレオチド間キメラ結合、この場合、該キメラ結合は少なくとも１つのヌクレオチド間ホスホロチオエート結合、またはＰＮＡ、ＬＮＡもしくはＧｒｉｐＮＡ骨格を含む、および、
−  ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のヌクレオチド；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【請求項２】
複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ、該ステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド、この場合、該オリゴヌクレオチドはさらに以下を含む：
−標的とハイブリッド形成する配列、この場合、該ハイブリッド形成する配列はあらかじめ定められた配列である、
−アルカン−ジオール残基、コルジセピン、アミノ−アルキルを含むヌクレオチド、およびジデオキシヌクレオチドを含む群から選択される３´末端の修飾ヌクレオチド、これにより、この箇所からの伸長が妨害される、
−３´末端における少なくとも一つのヌクレオチド間キメラ結合、この場合、該キメラ結合は少なくとも１つのヌクレオチド間ホスホロチオエート結合、またはＰＮＡ、ＬＮＡもしくはＧｒｉｐＮＡ骨格を含む；および、
−  クレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のヌクレオチド；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【請求項３】
複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ；このステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに以下を含む：
−  標的とハイブリッド形成する配列、この場合、該ハイブリッド形成する配列はあらかじめ定められた配列である、
−  アルカン−ジオール残基、コルジセピン、アミノ−アルキルを含むヌクレオチド、およびジデオキシヌクレオチドを含む群から選択される３´末端の修飾ヌクレオチド、これにより、この箇所からの伸長が妨害される、
−  ３´末端における少なくとも一つのヌクレオチド間キメラ結合、この場合、該キメラ結合は少なくとも１つのヌクレオチド間ホスホロチオエート結合、またはＰＮＡ、ＬＮＡもしくはＧｒｉｐＮＡ骨格を含む、および、
−  ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のヌクレオチド；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【請求項４】
前記標的ＲＮＡが、真核生物、原核生物またはウイルス起源、またはそれらの混合物である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記標的ＲＮＡが、トータルＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔｍＲＮＡ、ａｓＲＮＡ、ｈｎＲＮＡまたはｔＲＮＡを含み、これらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記あらかじめ定められた配列が、遺伝子特異的配列、ウイルス配列、原核生物配列、変異特異的配列、ポリＴ配列、ゲノム配列およびｒＲＮＡを含む群から選択される、請求項２〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
少なくとも１つのヌクレオチド、例えばｄＮＴＰおよびｒＮＴＰが標識を伴って提供される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
作成されたＲＮＡを追加増幅用の出発物質として使用する、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
作成されたＲＮＡを以下と接触させる、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法：
−  ＲＮＡリガーゼ、
−  二本鎖核酸複合体であって、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む複合体、これにより前記複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する、
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素、および
−  十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ；
この場合、得られた反応混合物は、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持される。
【請求項１０】
反応混合物がさらに以下を含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法：
−  ＲＮＡリガーゼ；および、
−  二本鎖核酸複合体であって、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む複合体、これにより前記複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する。
【請求項１１】
作成されたＲＮＡコピーをポリＡポリメラーゼと接触させる、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
出発物質をポリＡポリメラーゼと同時に接触させる、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分が５´末端でリン酸化されている、請求項９または１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記プロモーター配列がＴ７プロモーター配列である、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＲＮＡポリメラーゼがＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素がＡＭＶ−ＲＴまたはＭＭＬＶ−ＲＴである、請求項１および３〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素がＥ．ｃｏｌｉ  ＲＮアーゼＨである、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素が逆転写酵素である、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素がＡＭＶ−ＲＴまたはＭＭＬＶ−ＲＴである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
細胞サンプル中の遺伝子発現差を測定するための方法であって、以下のステップを含む方法：
−  請求項１〜１９のいずれか１項の方法にしたがって、１つまたは複数の標的ＲＮＡ種の複数のＲＮＡコピーを作成するステップ、このステップにより、サンプルから第一の発現パターンを作成する；
−  前記第一の発現パターンをあらかじめ定められた発現パターンと比較するステップ、このステップにより、遺伝子発現差を決定する。
【請求項２１】
前記複数のＲＮＡコピーを使用してプローブアレイから情報を得る、請求項１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記プローブアレイがオリゴヌクレオチドアレイである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
複数のＲＮＡコピーを作成するためのキットであって、以下を含むキット：
オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含み、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、この配列はランダム配列またはあらかじめ定められた配列であり、この場合、該あらかじめ定められた配列は主として増幅対象である所望の標的ＲＮＡと複合体形成し、ならびに場合によりその３´末端に修飾を含み、これによりこの箇所からの伸長が妨害されているオリゴヌクレオチド；並びに
−複数のＲＮＡコピーを作成するための方法を実施するための指示書。
【請求項２４】
さらに以下を含む、請求項２３に記載のキット：
−  ＲＮＡリガーゼ、および
−  二本鎖核酸複合体であって、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む複合体、これにより当該複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する、
−  追加増幅を実施するための指示書。
【請求項２５】
さらにプローブアレイを含む、請求項２３または２４に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
一実施態様では、本発明はまた、複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法を提供する：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ。このステップでは当該サンプルを以下の物質と同時に接触させる：
−  ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、その５´側（場合によりその５´末端）にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド。この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、この配列はあらかじめ定められた配列である；および、
−  クレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【手続補正書】
【提出日】平成16年12月15日(2004.12.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ、該ステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド、この場合、該オリゴヌクレオチドはさらに以下を含む：
−標的とハイブリッド形成する配列、この場合、該ハイブリッド形成する配列はランダム配列である、
−アルカン−ジオール残基、コルジセピン、アミノ−アルキルを含むヌクレオチド、およびジデオキシヌクレオチドを含む群から選択される３´末端の修飾ヌクレオチド、これにより、この箇所からの伸長が妨害される、
−３´末端における少なくとも一つのヌクレオチド間キメラ結合、この場合、該キメラ結合は少なくとも１つのヌクレオチド間ホスホロチオエート結合、またはＰＮＡ、ＬＮＡもしくはＧｒｉｐＮＡ骨格を含む、および、
−  ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のヌクレオチド；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【請求項２】
複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ、該ステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  ＤＮＡオリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド、この場合、該オリゴヌクレオチドはさらに以下を含む：
−標的とハイブリッド形成する配列、この場合、該ハイブリッド形成する配列はあらかじめ定められた配列である、
−アルカン−ジオール残基、コルジセピン、アミノ−アルキルを含むヌクレオチド、およびジデオキシヌクレオチドを含む群から選択される３´末端の修飾ヌクレオチド、これにより、この箇所からの伸長が妨害される、
−３´末端における少なくとも一つのヌクレオチド間キメラ結合、この場合、該キメラ結合は少なくとも１つのヌクレオチド間ホスホロチオエート結合、またはＰＮＡ、ＬＮＡもしくはＧｒｉｐＮＡ骨格を含む、および；
−  クレノーｐｏｌ  Ｉ  ｅｘｏ（−）活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のヌクレオチド；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【請求項３】
複数のＲＮＡコピーを作成するための方法であって、以下のステップを含む方法：
（ａ）標的ＲＮＡを含むサンプルを提供するステップ；このステップでは当該サンプルを以下と同時に接触させる：
−  オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含むオリゴヌクレオチド、この場合、該オリゴヌクレオチドはさらに以下を含む：
−  標的とハイブリッド形成する配列、この場合、該ハイブリッド形成する配列はあらかじめ定められた配列である、
−  アルカン−ジオール残基、コルジセピン、アミノ−アルキルを含むヌクレオチド、およびジデオキシヌクレオチドを含む群から選択される３´末端の修飾ヌクレオチド、これにより、この箇所からの伸長が妨害される、
−  ３´末端における少なくとも一つのヌクレオチド間キメラ結合、この場合、該キメラ結合は少なくとも１つのヌクレオチド間ホスホロチオエート結合、またはＰＮＡ、ＬＮＡもしくはＧｒｉｐＮＡ骨格を含む、および、
−  ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；
−  ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素；
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素；および、
−  十分な量のヌクレオチド；および、
（ｂ）得られた反応混合物を、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持するステップ。
【請求項４】
前記標的ＲＮＡが、真核生物、原核生物またはウイルス起源、またはそれらの混合物である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記標的ＲＮＡが、トータルＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔｍＲＮＡ、ａｓＲＮＡ、ｈｎＲＮＡまたはｔＲＮＡを含み、これらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記あらかじめ定められた配列が、遺伝子特異的配列、ウイルス配列、原核生物配列、変異特異的配列、ポリＴ配列、ゲノム配列およびｒＲＮＡを含む群から選択される、請求項２〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
少なくとも１つのヌクレオチド、例えばｄＮＴＰおよびｒＮＴＰが標識を伴って提供される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
作成されたＲＮＡを追加増幅用の出発物質として使用する、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
作成されたＲＮＡを以下と接触させる、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法：
−  ＲＮＡリガーゼ、
−  二本鎖核酸複合体であって、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む複合体、これにより前記複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する、
−  ＲＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素、および
−  十分な量のｄＮＴＰおよびｒＮＴＰ；
この場合、得られた反応混合物は、酵素によるプロセスが生じるのに十分な時間量の間、適切な条件下で維持される。
【請求項１０】
反応混合物がさらに以下を含む、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法：
−  ＲＮＡリガーゼ；および、
−  二本鎖核酸複合体であって、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む複合体、これにより前記複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する。
【請求項１１】
作成されたＲＮＡコピーをポリＡポリメラーゼと接触させる、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
出発物質をポリＡポリメラーゼと同時に接触させる、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記プロモーター配列がＴ７プロモーター配列である、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＲＮＡポリメラーゼがＴ７  ＲＮＡポリメラーゼである、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＤＮＡポリメラーゼ活性を有する酵素がＡＭＶ−ＲＴまたはＭＭＬＶ−ＲＴである、請求項１および３〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素がＥ．ｃｏｌｉ  ＲＮアーゼＨである、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素が逆転写酵素である、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＲＮアーゼＨ活性を有する酵素がＡＭＶ−ＲＴまたはＭＭＬＶ−ＲＴである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
細胞サンプル中の遺伝子発現差を測定するための方法であって、以下のステップを含む方法：
−  請求項１〜１８のいずれか１項の方法にしたがって、１つまたは複数の標的ＲＮＡ種の複数のＲＮＡコピーを作成するステップ、このステップにより、サンプルから第一の発現パターンを作成する；
−  前記第一の発現パターンをあらかじめ定められた発現パターンと比較するステップ、このステップにより、遺伝子発現差を決定する。
【請求項２０】
前記複数のＲＮＡコピーを使用してプローブアレイから情報を得る、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記プローブアレイがオリゴヌクレオチドアレイである、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
複数のＲＮＡコピーを作成するためのキットであって、以下を含むキット：
オリゴヌクレオチドであって、その５´側にＲＮＡポリメラーゼが認識するプロモーター配列を含み、この場合、各オリゴヌクレオチドはさらに標的とハイブリッド形成する配列を含み、この配列はランダム配列またはあらかじめ定められた配列であり、この場合、該あらかじめ定められた配列は主として増幅対象である所望の標的ＲＮＡと複合体形成し、その３´末端に修飾を含み、これによりこの箇所からの伸長が妨害されているオリゴヌクレオチド、および３´末端における少なくとも１つのヌクレオチド間キメラ結合、この場合、該キメラ結合は少なくとも１つのヌクレオチド間ホスホロチオエート結合、またはＰＮＡ、ＬＮＡもしくはＧｒｉｐＮＡ骨格を含む、並びに
−  複数のＲＮＡコピーを作成するための方法を実施するための指示書。
【請求項２３】
さらに以下を含む、請求項２２に記載のキット：
−  ＲＮＡリガーゼ、および
−  二本鎖核酸複合体であって、ＲＮＡポリメラーゼが認識し得る二本鎖ＤＮＡプロモーター配列を含む複合体、これにより当該複合体の一方の鎖が一方のＤＮＡ鎖の５´末端と結合したＲＮＡの連続部分を有する、
−  追加増幅を実施するための指示書。
【請求項２４】
さらにプローブアレイを含む、請求項２２または２３に記載のキット。
【国際調査報告】
2006504440.tif 000004
2006504440.tif 000005
2006504440.tif 000006
2006504440.tif 000007
2006504440.tif 000008