(57)【要約】ゲノムのコネクトロン構造は、最小の長さで15塩基の4つのDNA配列のセット（遺伝子の3'UTRにおけるC1およびC2、遺伝子セットの5'側上のT1および3'側上のT2）を決定する。ゲノムのコネクトロン状態は、どこで、どのようにしてコネクトロンが天然ゲノムから欠失しまたは天然ゲノムに追加され、ゲノム遺伝子発現挙動が修飾されるかを決定することを可能にする情報を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノム挙動を修飾する目的で或るゲノムのコネクトロン挙動をシュミレーションする方法であって、コネクトロンの選択的な欠失および／または追加を含んでなる方法。
【請求項２】
ゲノムの挙動をコンピュータにより修飾する目的でゲノムのコネクトロン挙動をシュミレーションする方法であって、コネクトロンの選択的な欠失および／または追加を含んでなる方法。
【請求項３】
DNAエレメントC1、C2、T1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、少なくとも１つの前記DNAエレメントが、下記の表に従って欠失しているゲノム：
【表１】
2006517083.tif 000109
この表中、Dは、欠失されるかまたは修飾されるコネクトロンエレメントである。
【請求項４】
DNAエレメントC1、C2、T1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、少なくとも１つの前記DNAエレメントが、合成DNAエレメントと置換されているゲノム。
【請求項５】
天然DNAエレメントC1、C2、T1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、少なくとも１つの前記DNAエレメントが、下記の表に従って合成DNAエレメントと置換されているゲノム。
【表２】
2006517083.tif 000110
この表中、Nは天然DNA配列であり、Sは合成DNA配列である。
【請求項６】
天然DNAエレメントT1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、下記の表に従って前記DNAエレメントのうちいずれもが合成DNAエレメントと置換されておらず或いは前記DNAエレメントの一方または両方が合成DNAエレメントと置換されており、C1およびC2配列が、下記の表に従って合成DBPの結合により生じているゲノム。
【表３】
2006517083.tif 000111
この表中、Nは天然DNA配列であり、Sは合成DNA配列であり、Dは合成DBPである。
【請求項７】
天然DNAエレメントT1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、下記の表に従って前記DNAエレメントのうちいずれもが合成DNAエレメントと置換されておらず或いは前記DNAエレメントの一方または両方が合成DNAエレメントと置換されており、C1およびC2配列が、下記の表に従って合成PNAの結合により生じているゲノム。
【表４】
2006517083.tif 000112
この表中、Nは天然DNA配列であり、Sは合成DNA配列であり、Pは合成PNAである。
【請求項８】
天然DNAエレメントT1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、下記の表に従って前記DNAエレメントのうちいずれもが合成DNAエレメントと置換されておらず或いは前記DNAエレメントの一方または両方が合成DNAエレメントと置換されており、C1およびC2配列が、下記の表に従ってDNA結合エレメントG1およびG2の連結されたペアの結合により生じているゲノム。
【表５】
2006517083.tif 000113
この表中、Nは天然DNA配列であり、Sは合成DNA配列であり、G1およびG2は、２本鎖DNA結合エレメントの連結されたペアである。
【請求項９】
天然DNAエレメントC1、C2、T1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、前記DNAエレメントのうち１つが、下記の表に従って合成DNAエレメントと置換されているゲノム：
【表６】
2006517083.tif 000114
この表中、Cは、コピーされた配列エレメントであり、Eは抽出された配列エレメントである。
【請求項１０】
天然DNAエレメントC1、C2、T1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、前記DNAエレメントのうち２つが、下記の表に従って合成DNAエレメントと置換されているゲノム：
【表７】
2006517083.tif 000115
この表中、Cはコピーされた配列エレメントであり、Uはユニークな配列エレメントであり、Eは抽出された配列エレメントである。
【請求項１１】
天然DNAエレメントC1、C2、T1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、前記DNAエレメントのうち３つが、下記の表に従って合成DNAエレメントと置換されているゲノム：
【表８】
2006517083.tif 000116
【表９】
2006517083.tif 000117
この表中、Cはコピーされた配列エレメントであり、Uはユニークな配列エレメントであり、Eは抽出された配列エレメントである。
【請求項１２】
天然DNAエレメントC1、C2、T1およびT2を含んでなるコネクトロンを有するゲノムであって、前記DNAエレメントのうち４つが、下記の表に従って合成DNAエレメントと置換されているゲノム：
【表１０】
2006517083.tif 000118
この表中、Cはコピーされた配列エレメントであり、Uはユニークな配列エレメントであり、Eは抽出された配列エレメントである。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の記載
本願は、2002年7月5日に提出された仮出願第60/393,558号の主題を含む。
本願は、「原核生物、古細菌および真核生物ゲノムにおける遺伝子のセットの発現をコントロールするフランキングDNA配列のアルゴリズム的決定」と題して2001年5月30日に提出された米国出願第09/866、925号の一部継続出願である。
【０００２】
本願は、「原核生物、古細菌および真核生物ゲノムにおけるコネクトロン、干渉RNA(iRNA)およびスモールテンポラルRNA(stRNA)を使用する遺伝子発現コントロールのシミュレーション」と題して2003年1月10日に提出された米国出願第10/339、666号の一部継続出願である。
【０００３】
本願は、「大腸菌  K-12MG1655完全ゲノムにおける遺伝子のセットの発現をコントロールするフランキングDNA配列の決定」と題して2003年2月12日に提出された米国出願第10/364、516号にも関連する。
【０００４】
本願は、「Saccharomyces Cerevisiae完全ゲノムにおける遺伝子のセットの発現をコントロールするフランキングDNA配列の決定」と題して2003年2月12日に提出された米国出願第10/364、412号にも関連する。
【０００５】
本願は、「Halobacterium sp. NRC-1完全ゲノムにおける遺伝子のセットの発現をコントロールするフランキングDNA配列の決定」と題して2002年11月19日に提出された米国出願第10/299,056号にも関連する。
【０００６】
本願は、「Pseudomonas Aeruginosa PA01完全ゲノムにおける遺伝子のセットの発現をコントロールするフランキングDNA配列の決定」と題して2003年2月19日に提出された米国出願第10/367,832号にも関連する。
【０００７】
本願は、「Vibrio Cholerae染色体Ｉ、完全染色体における遺伝子のセットの発現をコントロールするフランキングDNA配列の決定」と題して2002年11月5日に提出された米国出願第10/287,818号にも関連する。
【０００８】
本願は、「Aeropyrum Pernix K1完全ゲノムにおける遺伝子のセットの発現をコントロールするフランキングDNA配列の決定」と題して2002年11月27日に提出された米国出願第10/305,275号にも関連する。
【背景技術】
【０００９】
イントロダクション
ゲノムのコネクトロン構造は、最小の長さで15塩基の4つのDNA配列のセット（遺伝子の3'UTRにおけるC1およびC2、遺伝子セットの5'側上のT1および3'側上のT2）を決定する。ゲノムのコネクトロンは、遺伝子セットの発現をコントロールする。各ネガティブゲノムは、遺伝子セットの発現を多くの異なるやり方でコントロールする特定セットのコネクトロンを有する。遺伝子発現挙動は、存在するコネクトロンを欠失させることによりおよび特定の新しい遺伝子発現パターンを達成するようにデザインされた新しいコネクトロンを追加することにより変えることができる。本願は、コネクトロンを欠失させる方法の発明、並びにゲノムのコネクトロン挙動を修飾するのに使用され得るように合成およびデザインされた4つのクラスのコネクトロンの発明を記載する。加えて、本願は、新規な異なる比率でコネクトロンを実現するの四つの方法の発明を記載する。
【００１０】
定義
2本鎖DNA  −  ワトソンおよびクリックは1953年にDNAが自然に2本鎖へリックスを形成することを示した。典型的な2本鎖配列は次の配列である。
【００１１】
【化１】
2006517083.tif 000002
【００１２】
水素結合  −  水素原子と酸素（O）、水素（N)、リン（P)、または硫黄（S)のような他の重い元素との間の引力である。
ポジティブストランド  −  ポジティブストランドは、通常は、下記のように左から右にかけて5'から3'で表される。
【００１３】
【化２】
2006517083.tif 000003
【００１４】
ネガティブストランド  −  ネガティブストランドは、通常は、下記のように右から左にかけて5'から3'で表される。
【００１５】
【化３】
2006517083.tif 000004
【００１６】
1本鎖RNA  −  ポジティブまたはネガティブスタンドのいずれかの2本鎖DNAは、ポリメラーゼにより転写され得る。RNAにおいてUがTと置換する。
【００１７】
【化４】
2006517083.tif 000005
【００１８】
アンチセンスRNA  −  いかなるRNA配列のアンチセンスストランドもその相補的配列である。
【００１９】
【化５】
2006517083.tif 000006
【００２０】
3本鎖へリックス  −  RNA／DNA3本鎖複合体のRNA配列は、DNAのポジティブストランドと同じである。
【００２１】
【化６】
2006517083.tif 000007
【００２２】
プロモーター  −  ポリメラーゼ転写メカニズムを担うタンパク質と結合するDNAのあらゆる領域である。
TATAボックス  −  TATA配列を持つプロモーターの3'末端に近接する領域である。
ｍRNA  −  ポリメラーゼによる転写の結果としてDNAから生じるRNAである。
転写の開始（スタート）  −  DNAをmRNAに転写するためにポリメラーゼメカニズムが始まるプロモーターの3'末端である。
エクソン  −  タンパク質についてのコードに使用されるmRNAのあらゆる領域である。
イントロン  −  2つのエクソンの間に位置し、タンパク質についてのコードに使用されないmRNAのあらゆる領域である。
3'UTR  −  最終エクソンの末端を越えたmRNAの未翻訳の3'末端である。そのｍRNA内の停止（ストップ）コドンは、リボソームにmRNAのタンパク質への翻訳の停止を引き起こす。
翻訳の終点  −  最も3'側のエクソンの3'末端である。
翻訳領域  −  エクソンおよびイントロンのあらゆる集合である。
遺伝子  −  タンパク質についてコードするあらゆるDNA領域である。イントロンは、原核生物遺伝子に存在せず、時には真核生物にも存在しない。遺伝子の典型的なモデルは、次の通り。
【００２３】
【表１】
2006517083.tif 000008
【００２４】
ポジティブストランド遺伝子  −  その特徴がそのポジティブストランド上の5'から3'に向かうあらゆる遺伝子である。
ネガティブストランド遺伝子  −  その特徴がそのネガティブストランド上の5'から3'に向かうあらゆる遺伝子である。
C1配列  −  15塩基以上のあらゆるポジティブまたはネガティブストランドDNA配列である。C2配列は、C1配列と同じ染色体内になければならない。
C2配列  −  15塩基以上のあらゆるポジティブまたはネガティブストランドDNA配列である。C1配列は、C2配列と同じ染色体内になければならない。
C1/C2  −  40塩基以上のあらゆるポジティブまたはネガティブストランドDNA配列であって、そのC1配列がC2配列に隣接する配列である。
T1配列  −  15塩基以上のあらゆるポジティブまたはネガティブストランドDNA配列であって、T2配列と同じ染色体上にある配列である。T1配列とT2の配列は、約1kb〜105kb離れていなければならない。
T2配列  −  15塩基以上のあらゆるポジティブまたはネガティブストランドDNA配列であって、T1配列と同じ染色体上にある配列である。T2配列とT1の配列は、約1kb〜105kb離れていなければならない。
最終エクソンギャップまたはギャップ距離  −  転写の終点とC1/C2配列の始点との間の塩基の数である。原核生物および単細胞真核生物では、このギャップは、塩基ゼロから500塩基までの範囲であり得る。多細胞真核生物では、そのギャップは、10,000塩基もの大きさであり得る。
ポリアデニル化シグナル  −  mRNAにその3'UTRの末端で付加されたアデノシン(A)塩基の数である。
可能なコネクトロン  −  T1、T2、およびC1/C2配列のあらゆるセットであって、C1配列がT1配列と同一であり、かつC2配列がT2配列と同一であるようなセットである。幾つかの遺伝子のプロモーターは、発現されるべき遺伝子のmRNAを生じさせる。そのmRNAは、イントロンを除去するように編集される。3'UTRを含むmRNA全体は、細胞内または細胞の核内内へ移動し得る。C1/C2 RNAは、3'UTRの部分であり、T1およびT2 DNA配列の方へ移動する。DNAとRNAの3本鎖複合体は、C1配列がT1配列との水素結合を形成し、かつC2配列がT2配列と水素結合を形成するようにして形成される。C1配列はC2配列に近接しているので、T1配列は、T2配列に物理的に近くまで運ばれる。これが、そのDNAにおける約1kb〜105kbのループを生じさせる。ヒストンタンパク質は、約200塩基に結合することによりそのDNAの長さを減少させる。ヒストン／DNA複合体は、6重の均整クロマチンアッセンブリを形成する。そのクロマチンアッセンブリの直径は、約30nmである。
実在（real）コネクトロン  −  或る遺伝子のギャップ距離（Gap-Distance）内にある、あらゆる可能なコネクトロンである。
同種コネクトロン  −  C1/C2配列と同じ染色体上にあるT1配列およびT2配列である。
異種コネクトロン  −  C1/C2配列と異なる染色体上にあるT1配列およびT2配列である。
パーマネント（permanent）コネクトロン  −  いずれのT1およびT2配列ペアにも囲われない或る遺伝子に対する3’UTRである、あらゆるC1/C2配列である。
トランジェント（transient）コネクトロン  −  １つ以上のT1およびT2配列ペアに囲わる或る遺伝子に対する3’UTRである、あらゆるC1/C2配列である。
単発（one-shot）または自己制限的（self-limiting）コネクトロン  −  C1=T1およびC2＝T2であって、T1およびT2配列により囲われた或る遺伝子に対する3’UTRである、あらゆるC1/C2配列である。
遺伝子不在（geneless）コネクトロン  −  或る遺伝子に対する3’UTRではないが、或るT1およびT2により囲われる、あらゆるC1/C2配列である。プロモーターは、C1/C2配列への5'に位置する。
２方向性のコネクトロン励起（excitation）  −  １つのストランド上のC1/C2ショートループは、同じまたは反対のストランド上でT1-T2ロングループペアを選択する。C1/C2ショートループは、反対ストランド上に相補的C1'/C2'配列を有する。同様に、T1-T2ロングループペアは、相補的なロングループペアT1'-T2'を有する。C1/C2、T1-T2  4分子（tetrad）がどこに存在しようとも、相補的なC1'/C2’、T1'-T2'4分子が存在する。C1/C2ショートループは、同じストランド上の遺伝子に対する3'UTRとして転写され得る。そのC1/C2ショートループと反対のストランド上のC1'/C2’ショートループも、同じストランド上の遺伝子への3'UTRとして転写され得る。次の4つの可能な作用モデルが存在する。
【００２５】
【表２】
2006517083.tif 000009
【００２６】
勿論、それらショートループおよびロングループは、同じ染色体上になければならない訳ではない。
コネクトロン作用の階層（hierarchy）  −  C1/C2が発現する場合、それはコネクトロンを形成することによりT1-T2ループを形成する。C1/C2配列は、T1およびT2配列と同じ染色体上になければならない訳ではない。このことは、染色体間の相互作用を引き起こす方法を与える。T1-T2ループを生じると、C1/C2配列をそれらの3'UTRに発現させているループ領域内のいずれかの遺伝子がそのC1/C2配列の発現を終わらせる。これらC1/C2配列により形成されたコネクトロンは、しかる後に消滅し、こうしてそれぞれのT1-T2ループ内部の遺伝子を発現へ開放する。コネクトロン作用の階層は、抑制と発現との間で入れ替わる。そのコネクトロン階層は、あらゆる深さであり得る。
1つからの多くへのコネクトロン作用  −  1つのC1/C2配列は、多くの異なる場所で多くの異なる染色体上でコネクトロンを形成することができる。要求されるのは、C1=T1およびC2＝T2だけである。このことが、1つの発現事象が、異なる染色体上での多くの遺伝子の発現をコントロールすることを可能にする。
多くから1つへのコネクトロン作用  −  多くの異なる染色体上の多くの異なる場所をから来るC1/C2は、特定のT1-T2配列ペアのためのコネクトロンを形成することができる。要求されるのは、C1=T1およびC2=T2のみである。このことは、多くの異なる発現事象が特定の染色体上の１つのセットの遺伝子の発現をコントロールすることを可能にする。
多くから多くへのコネクトロン作用  −  染色体上を横切るC1/C2およびT1-T2の配列は、遺伝子発現コントロール関連性の複雑なウェブ（Web）を形成することができる。
コネクトロンにより制御されるにゲノムのパーセンテージ  −  配列決定されたにゲノムについてのコネクトロンは計算することができるので、コネクトロン制御に開放されているゲノムのパーセンテージは知ることができる。
出現（Emergent）特性  −  いかなるゲノムにおけるコネクトロンのネットワークもそのゲノムの完全なDNA配列の知識から現れる。C1/C2配列およびT1-T2の両者はゲノムのあらゆる場所であり得るので、そのゲノム配列のすべてを知ることにより初めて、そのすべてのコネクトロンを決定することができる。
パラダイムシフト  −  ワトソンとクリックによるDNAの2重らせん特性の発見から50年間、科学的発見のための通説的パラダイムは、1つの遺伝子および細胞の挙動へのその効果の研究であった。ゲノム配列決定の到来および全ゲノムから現れる本発明のコネクトロンは、科学者が生体システムを見るやり方および彼らが系統立てて行う実験のやり方のシフトを生じさせることとなる。多くから多くへのコネクトロンの間の関連性は、1つのセットの遺伝子の発現がモジュレートされ得るのに多くのやり方があることを意味する。多重なコントロール経路は、生体システムが長期間の発生時に安定であることを可能にするシステム安定性をもたらす。科学的実験を系統立てることに踏み込む考えは、本願の適用および進展により誘導されるであろう理解の変化に順応するように変化しなければならないであろう。
配列エレメント  −  或るコネクトロンのC1、C2、T1またはT2のいずれかの2本鎖配列である。
天然配列エレメント  −  天然ゲノムの構成部分であるコネクトロンのあらゆる配列エレメントである。
天然コネクトロン  −  4つすべての配列（すなわち、C1、C2、T1およびT2配列）が天然ゲノムの構成部分である、あらゆるコネクトロンである。
合成配列エレメント  −  或る特定の場所でゲノム内に加えられたあらゆる配列エレメントである。塩基の実際の配列は、そのゲノム内の1つ以上の場所に生じる。その合成的側面は、それがゲノム内にデザインにより特定の場所で位置づけられていることである。
コピーされた配列エレメント − ゲノム内の1つの場所からそのゲノム内の別の場所へコピーされたあらゆる配列エレメントである。
ユニーク配列エレメント  −  1つペアの事例のみが存在するあらゆる2本鎖DNA配列である。そのようなペアの事例は、コネクトロンのC1およびT1合成配列エレメントまたはコネクトロンのC2およびT2合成配列エレメントを実施するのに使用することができる。
抽出された（Extracted）配列  −  ゲノム内の1つの場所から同じゲノム内の別の場所へ動かされるあらゆる配列エレメントである。その移動する配列エレメントは、ユニークでも非ユニークでもよい。
合成コネクトロン  −  天然コネクトロン内の1つ以上の配列エレメントが合成配列エレメントにより置換されるあらゆるコネクトロンである。
デザインされたコネクトロン  −  天然ゲノムに存在しないあらゆるコネクトロンである。
RNAをベースとするコネクトロン  −  C1およびC2エレメントが或る遺伝子の3'UTRにRNAとして生じるあらゆるコネクトロンである。
DBP  −  特定のDNAの2本鎖配列に結合するマルチドメイン  亜鉛フィンガーDNA結合タンパク質である。
タンパク質をベースとする合成コネクトロン  −  C1およびC2エレメントがDBPにより生じるあらゆる合成コネクトロンである。
PNA  −  Boehringer-Mannheimにより特許され供給される分子構造物であるペプチド核酸である。A、T、G、C塩基部分はRNAと同じであるか、そのリボース環がペプチド様配置の原子によりの置換されている。
PNAをベースとする合成コネクトロン  −  C1およびC2エレメントがペプチド核酸（PNA）塩基の配列により発生するあらゆる合成コネクトロンである。
一般化された（generalized）合成コネクトロン  −  C1およびC2エレメントが2つの連結した2本鎖DNA結合エレメントにより発生するあらゆる合成コネクトロンである。
個別コネクトロン状態  −  C1-C2エレメントが同族のT1およびT2エレメントに結合しているかどうかの2元的表示である。A0は、コネクトロンが形成されていないことを意味する。A1は、コネクトロンが形成されて、それゆえにT1とT2の配列間の遺伝子の発現がオフであることを意味する。
ゲノムコネクトロン状態  −  ゲノム内のすべての個別の天然および合成コネクトロン状態の集合である。個別コネクトロン状態は、T1エレメントの位置によって各染色体およびプラスミドに合わせて順位付けられる。
コネクトロンシュミレーション  −  個別コネクトロン状態は相互作用を持つことに従う、ゲノムコネクトロン状態の時間的変遷である。
【００２７】
ＣＤの内容
配列表部分は、参照により本願明細書内に組み込まれる。ここに添付されたコンパクトディスク上に格納された情報は、6/30/03付けで作製された。合成配列は、13,770バイトである。
【本発明が解決しようとする課題】
【００２８】
本発明の目的の簡潔な記載
本願の基本的方法は、様々なゲノム内の天然コネクトロンの構造を決定する方法を提供する。コネクトロンの初期の概念化は我々が亜鉛フィンガーDNA結合タンパク質（DBP）のデザインについての研究、つまり米国特許第6,205,404号から得たことであるから、本件出願人は、これらのデザインされたタンパク質を使用してゲノムコネクトロン挙動を修飾することを企図している。
【００２９】
本発明の目的は、コネクトロン挙動のゲノムシュミレーションを利用する方法であって、ゲノムからのコネクトロンの欠失またはゲノムへのコネクトロンの追加に関係するデザイン決定の最適化を推進する方法を提供することである。
【００３０】
本発明の目的は、コネクトロン挙動のコンピュータによるゲノムシュミレーションを利用する方法であって、ゲノムからのコネクトロンの欠失またはゲノムへのコネクトロンの追加に関係するデザイン決定のコンピュータによる最適化を推進する方法を提供することである。
【００３１】
本発明の目的は、コネクトロンを欠失することおよび追加することによりゲノムのコネクトロン挙動を修飾する方法を提供することである。
本発明の目的は、ゲノム内に新しいコネクトロンを作る方法であって、1つ以上の2本鎖DNA配列エレメントをゲノム内の或る場所から該ゲノム内の別の場所にコピーすることにより、または、2本鎖DNA配列エレメントをゲノム内の或る場所から抽出してそれを該ゲノム内の別の場所に移動させることにより、または、2本鎖DNA配列エレメントの新しいユニークなペアをゲノム内に特定の場所で導入することにより、ゲノム内に新しいコネクトロンを作る方法を提供することである。
【００３２】
本発明の目的は、DBP、PNA、または一般化DNA結合エレメントの連結ペアのいずれかを使用することに加えて、ユニークなDNAエレメントをコピーするか、抽出するか、または追加することによって、ゲノム内に新しいコネクトロンを作る方法であって、当該新しいコネクトロンのC1およびC2エレメントを与えることである。
【００３３】
テーブルの説明
テーブル１  −  コネクトロンを欠失させるための10通りの可能な方法
テーブル２  −  天然または合成エレメントの組合せにより規定される、15通りの可能な合成コネクトロン
テーブル３  −  天然および合成DNAエレメントおよび合成DBPエレメントの組合せにより規定される、4通りの可能な合成コネクトロン
テーブル４  −  天然および合成DNAエレメントおよび合成PNAエレメントの組合せにより規定される、4通りの可能な合成コネクトロン
テーブル５  −  天然および合成DNAエレメントおよび連結2本鎖DNA結合エレメントのペアの組合せにより規定される、4通りの可能な合成コネクトロン
テーブル６  −  単一合成エレメントを合成コネクトロン内に与えるための2通りの可能な方法
テーブル７  −  合成エレメントのペアを合成コネクトロン内に与えるための14通りの可能な方法
テーブル８  −  3つの合成エレメントを合成コネクトロン内に与えるための41通りの可能な方法
テーブル９  −  4つの合成エレメントを合成コネクトロン内に与えるための25通りの可能な方法
【発明の記載】
【００３４】
ゲノムのコネクトロン挙動のシュミレーションは、個々のコネクトロンがどのように相互作用しているかを理解するための強力な手法を提供する。我々がコネクトロン構造を決定した100を越えるゲノムから、所定のC1-C2が、多くの異なるコネクトロン、つまり、その1つから多くへのコネクトロン作用態様を生じさせ得ることが明白である。同様に、所定のコネクトロンが、多くの異なる事例のC1-C2シグナルの発現、つまり、その多くから1つへのコネクトロン作用態様により生じ得ることが明白である。遺伝子発現のコネクトロンコントロールの1つから多くへのおよび多くから1つへのこれら様式の一時的な相互作用は、ゲノムコネクトロンシュミレーションを行い、それらの結果を見ることにより最も良く理解することができる。これは、天然ゲノムからのコネクトロンの欠失または天然ゲノムへの新しいコネクトロンの追加が、いつ、どこで生じるかを決定する場合に特に重要である。ゲノムコネクトロンシュミレーションは、関連特許出願の主題である。
【００３５】
各種ゲノムのC1-C2において僅か1つのコネクトロンを生じさせる事例があるが、より頻繁には、所定のC1-C2は、幾つかのコネクトロンを生じさせるであろう。僅か1つのコネクトロンが所定のC1-C2により生じる場合、そのコネクトロンを欠失させる決定、或いは同じか異なるC1又はC2エレメントを使用する別のコネクトロンを追加する決定は、そのT1およびT2エレメントが当該コネクトロンによって使用されているだけの場合に限り、福作用は生じないであろう。これは、1つから1つへの比較的稀な例である。より頻繁には、所定のC1又はC2を欠失させるかまたは変更することは、複数の帰結および深刻な挙動的副作用を有し得る。遺伝子発現のゲノムコネクトロンコントロールの修飾は、コンプロマイズ（compromise）、デザイン決定、そして最悪なら修復（patch-up）を不可避的に伴うであろう。所定のC1-C2が2つのコネクトロンを発生させる例を考慮するとする。ある理由から、それら2つのコネクトロンの１つを欠失させることを我々が望むとする。修復は、第2のコネクトロンを生じさせる或る別の方法を見つけて達成され得る。これは、その第2のコネクトロンを合成コネクトロンとして生じさせるように１つ以上の合成コネクトロンエレメントを追加することにより達成され得る。
【００３６】
デザイン決定の副作用が無いならば、それは最適である。副作用があるならば、コネクトロン挙動のゲノムシュミレーションが、そのデザインおよび手段決定のゲノム挙動的帰結を評価することを可能にする。
【００３７】
テーブル１に示されるコネクトロンの欠失は、１つの配列エレメントのみを欠失させるか修飾することから、4つすべての配列エレメントを欠失させるか修飾することまでに至り、10通りの異なるやり方で生じ得る。C1によるT1の配列認識またはC2によるT2の配列認識を破壊する如何なることも、そのコネクトロンを欠失させる効果を有するであろう。
【００３８】
天然コネクトロンの4つのエレメント（C1,C2,T1およびT2）のいずれかまたはすべては、合成コネクトロンを形成するために合成エレメントと置換することができる。テーブル２は、合成コネクトロンの15通りの可能なタイプを与える。デザインされたコネクトロンは、（1）他の天然コネクトロンにより既にコントロールされている遺伝子のセットの発現をコントロールするか、または（2）新たに選択された遺伝子のセットの発現をコントロールするようにゲノム内に導入されることができる。デザインされるコネクトロンは、DNA配列を使用して、テーブル２の天然および合成エレメントの15通りの組合せのいずれかから作られる。コネクトロンのC1およびC2エレメントが亜鉛フィンガーDBPにより生じるならば、テーブル３中の合成およびデザイン化コネクトロンの4通りの組合せが可能である。コネクトロンのC1およびC2エレメントがPNAにより生じるならば、テーブル４中の合成およびデザイン化コネクトロンの4通りの組合せが可能である。コネクトロンのC1およびC2エレメントがDNA結合エレメントの連結ペアにより生じるならば、テーブル５中の合成およびデザイン化コネクトロンの4通りの組合せが可能である。DNA結合エレメントG1およびG2は、T1およびT2エレメントのDNA配列を認識するあらゆる他の分子材料であり得る。
【００３９】
デザインされたコネクトロンの合成エレメントの実施は、幾つかの異なるやり方で達成することができる。テーブル２において、コネクトロンの1つから4つまでの合成エレメントを合成配列エレメントにより置換し得る。合成配列エレメントを作るには3つの異なるやり方がある。ゲノムのある場所に存在する配列エレメントは、新しい箇所にコピーすることができる。存在する配列エレメントは、ゲノム内の1つの箇所から抽出し、該ゲノム内の別の位置に置くことができる。配列エレメントの新しいペアは、ゲノム内に存在しなければ、作ることができる。この新しいユニークな配列エレメントの事例の1つは、C1またはC2でなければならない。第1の事例がC1であるなら、この新しいユニークな配列エレメントの第2の事例は、T1でなければならない。同様に、第１の事例がC2であるなら、この新しいユニークな配列エレメントの第2の事例は、T2でなければならない。テーブル６は、１つの合成配列エレメントのみが使用される場合、合成コネクトロンを生じさせるには2つのやり方のみが存在することを示す。新しいユニークな配列エレメントを実施することは、これら配列エレメントがペアで起こらなければならないので、不可能である。テーブル７は、合成配列エレメントのペアを実施して合成コネクトロンを形成するには14通りのやり方があることを示す。テーブル８は、3つの合成配列エレメントを実施して合成コネクトロンを形成するには41通りのやり方があることを示す。テーブル９は、4つの合成配列エレメントを実施して合成コネクトロンを形成するには25通りのやり方があることを示す。
【実施例】
【００４０】
テーブル１〜９は、ゲノムからコネクトロンを欠失させることおよびゲノムにコネクトロンを加えることの多数の組合せるやり方を提供する。我々は、単一ゲノムからの１つのコネクトロンを欠失させる1つの実施例および4つの異なるゲノムへのコネクトロンの4つの実施例を提供する。多くの他の変法が当業者に自明であろうことは明白である。
【００４１】
１つの染色体からそれ自体へのトランジェントコネクトロンの欠失
コネクトロン13は、S. cerevisiaeゲノム内のトランジェントコネクトロンの例である。テーブル１のように、このコネクトロンは、コネクトロンエレメントのいずれか1つまたはすべてを欠失させるかまたは修飾するかのいずれかにより、欠失させることができる。C1およびC2識別番号（Id）は36であり、T1識別番号は39であり、T2識別番号は111である。このコネクトロンが欠失すると、下記の特性のすべてが消失する。
【００４２】
オリジナルコネクトロン13は、次の通り記載される。
【００４３】
【表３】
2006517083.tif 000010
【００４４】
トランジェントコネクトロン13のC1/C2供給源は、テーブル１に表され、次の通りである。
【００４５】
【表４】
2006517083.tif 000011
【００４６】
このトランジェントC1/C2コネクトロン供給源の記述子“タイプ”は、“CPT”である。その文字“P”は、C1/C2コネクトロン供給源がそのゲノムの2本鎖DNAのポジティブストランド上に生じることを示す。この場所における文字“N”は、そのゲノムDNAのネガティブストランド上のC1/C2コネクトロン供給源を示すこととなる。この記述子における文字“T”は、“トランジェント”コネクトロンを示す。同様に、文字“P”は、後記の実施例において示すパーマネントコネクトロンを示す。これら実施例のすべてにわたる記述子“スタート”、“ストップ”および“長さ”は、キロベース（KB）で記載されている。
【００４７】
テーブル１に示すトランジェントコネクトロン13のT1/T2ターゲットは、次の通り表される。
【００４８】
【表５】
2006517083.tif 000012
【００４９】
【表６】
2006517083.tif 000013
【００５０】
T1（Id番号39）の記述子“タイプ”は、“TP”であり、T1ターゲットが2本鎖ゲノムDNAのポジティブストランド上にあることを示す。T1およびT2ターゲットは、同じストランド上になければならないので、T2ターゲット（Id番号111）もタイプ識別子“TP”を有する。
【００５１】
上記のT1-T2ループダイアグラムは、T1の＊から右へ適切な＊までの経路をたどり、次いで、そのダイアグラムの下方へ最初の＊までの経路をたどり、次いで左へT2の＊までの経路をたどることにより読むことができる。水平方向線（−で示す）が他の鉛直方向線（｜で示す）と交差する場合、その箇所での記号は＋に変わる。T1-T2ループが遺伝子のグループを含まない場合、鉛直記号（｜または＋で示す）は、次に示す通り、＠に変わる。
【００５２】
【表７】
2006517083.tif 000014
【００５３】
グループ0004（Id番号65）は、タイプ識別子“GG”を有する。同じことがグループ0006（Id番号103）にも当てはまる。
グループ0004〜0006は、テーブル２に記載されており、次の通りである。
【００５４】
【表８】
2006517083.tif 000015
【００５５】
トランジェントコネクトロン13に関するすべてのデータは、次のテーブルにおいてそのコネクトロンの“簡潔な”記述で引用される。
【００５６】
【表９】
2006517083.tif 000016
【００５７】
【表１０】
2006517083.tif 000017
【００５８】
タイプ2の合成コネクトロンのテーブル２からの追加
C1およびC2が合成エレメントであり、T1が合成エレメントであり、かつT2が天然エレメントであるタイプ2の合成コネクトロンは、4626.130kb〜4626.166kbで0.036kbの長さのDNA2本鎖配列を修飾することにより、および705.150kb〜705.203kbで0.054kbの長さのDNA2本鎖配列を修飾することによりE. Coliゲノム内へ導入することができる。
【００５９】
コネクトロン62521は、合成トランジェントコネクトロンの例である。それは次のように記載される。
【００６０】
【表１１】
2006517083.tif 000018
【００６１】
トランジェントコネクトロン62521のC1/C2供給源は、テーブル１に表され、次の通りである。
【００６２】
【表１２】
2006517083.tif 000019
【００６３】
このトランジェントC1/C2コネクトロン供給源の記述子“タイプ”は、“CPT”である。その文字“P”は、C1/C2コネクトロン供給源がそのゲノムの2本鎖DNAのポジティブストランド上に生じることを示す。この場所における文字“N”は、そのゲノムDNAのネガティブストランド上のC1/C2コネクトロン供給源を示すこととなる。この記述子における文字“T”は、“トランジェント”コネクトロンを示す。同様に、文字“P”は、後記の実施例において示すパーマネントコネクトロンを示す。これら実施例のすべてにわたる記述子“スタート”、“ストップ”および“長さ”は、キロベース（KB）で記載されている。
【００６４】
テーブル１に示すトランジェントコネクトロン62521のT1/T2ターゲットは、次の通り表される。
【００６５】
【表１３】
2006517083.tif 000020
【００６６】
【表１４】
2006517083.tif 000021
【００６７】
【表１５】
2006517083.tif 000022
【００６８】
【表１６】
2006517083.tif 000023
【００６９】
【表１７】
2006517083.tif 000024
【００７０】
T1（Id番号811a）の記述子“タイプ”は、“TN”であり、T1ターゲットが2本鎖ゲノムDNAのネガティブストランド上にあることを示す。T1およびT2ターゲットは、同じストランド上になければならないので、T2ターゲット（Id番号975）もタイプ識別子“TN”を有する。
【００７１】
上記のT1-T2ループダイアグラムは、T1の＊から右へ適切な＊までの経路をたどり、次いで、そのダイアグラムの下方へ最初の＊までの経路をたどり、次いで左へT2の＊までの経路をたどることにより読むことができる。水平方向線（−で示す）が他の鉛直方向線（｜で示す）と交差する場合、その箇所での記号は＋に変わる。T1-T2ループが遺伝子のグループを含まない場合、鉛直記号（｜または＋で示す）は、次に示す通り、＠に変わる。
【００７２】
【表１８】
2006517083.tif 000025
【００７３】
グループ0150〜0163は、テーブル２に記載されており、次の通りである。
【００７４】
【表１９】
2006517083.tif 000026
【００７５】
【表２０】
2006517083.tif 000027
【００７６】
【表２１】
2006517083.tif 000028
【００７７】
トランジェントコネクトロン62521に関するすべてのデータは、次のテーブルにおいてそのコネクトロンの“簡潔な”記述で引用される。
【００７８】
【表２２】
2006517083.tif 000029
【００７９】
【表２３】
2006517083.tif 000030
【００８０】
タイプ4の合成コネクトロンのテーブル２からの追加
C1およびC2が合成エレメントであり、かつT1およびT2が天然エレメントであるタイプ4の合成コネクトロンは、4626.130kb〜4626.166kbで0.036kbの長さのDNA2本鎖配列を修飾することによりE. Coliゲノム内へ導入することができる。
【００８１】
コネクトロン62520は、合成トランジェントコネクトロンの例である。それは次のように記載される。
【００８２】
【表２４】
2006517083.tif 000031
【００８３】
トランジェントコネクトロン62520のC1/C2供給源は、テーブル１に表されており、次の通りである。
【００８４】
【表２５】
2006517083.tif 000032
【００８５】
このトランジェントC1/C2コネクトロン供給源の記述子“タイプ”は、“CPT”である。その文字“P”は、C1/C2コネクトロン供給源がそのゲノムの2本鎖DNAのポジティブストランド上に生じることを示す。この場所における文字“N”は、そのゲノムDNAのネガティブストランド上のC1/C2コネクトロン供給源を示すこととなる。この記述子における文字“T”は、“トランジェント”コネクトロンを示す。同様に、文字“P”は、後記の実施例において示すパーマネントコネクトロンを示す。これら実施例のすべてにわたる記述子“スタート”、“ストップ”および“長さ”は、キロベース（KB）で記載されている。
【００８６】
テーブル１に示すトランジェントコネクトロン62520のT1/T2ターゲットは、次の通り表される。
【００８７】
【表２６】
2006517083.tif 000033
【００８８】
【表２７】
2006517083.tif 000034
【００８９】
【表２８】
2006517083.tif 000035
【００９０】
【表２９】
2006517083.tif 000036
【００９１】
T1（Id番号809）の記述子“タイプ”は、“TN”であり、T1ターゲットが2本鎖ゲノムDNAのネガティブストランド上にあることを示す。T1およびT2ターゲットは、同じストランド上になければならないので、T2ターゲット（Id番号975）もタイプ識別子“TN”を有する。
【００９２】
上記のT1-T2ループダイアグラムは、T1の＊から右へ適切な＊までの経路をたどり、次いで、そのダイアグラムの下方へ最初の＊までの経路をたどり、次いで左へT2の＊までの経路をたどることにより読むことができる。水平方向線（−で示す）が他の鉛直方向線（｜で示す）と交差する場合、その箇所での記号は＋に変わる。T1-T2ループが遺伝子のグループを含まない場合、鉛直記号（｜または＋で示す）は、次に示す通り、＠に変わる。
【００９３】
【表３０】
2006517083.tif 000037
【００９４】
グループ0149〜0163は、テーブル２に記載されており、次の通りである。
【００９５】
【表３１】
2006517083.tif 000038
【００９６】
【表３２】
2006517083.tif 000039
【００９７】
【表３３】
2006517083.tif 000040
【００９８】
トランジェントコネクトロン62520に関するすべてのデータは、次のテーブルにおいてそのコネクトロンの“簡潔な”記述で引用される。
【００９９】
【表３４】
2006517083.tif 000041
【０１００】
【表３５】
2006517083.tif 000042
【０１０１】
【表３６】
2006517083.tif 000043
【０１０２】
染色体−タイプ7の間の合成トランジェントコネクトロンのテーブル２からの追加
C1が合成エレメントであり、C2が天然エレメントであり、T1が天然エレメントであり、かつT2が合成エレメントであるタイプ７の合成バーチャルコネクトロンは、染色体2上の221.330kb〜221.345kbで0.016kbの長さのDNA２本鎖配列を修飾することにより、および染色体５上の488.140kb〜488.297kbで0.158kbの長さのDNA２本鎖配列を修飾することによりS. cerevisiaeゲノム内へ導入することができる。
【０１０３】
この実施例のタイプ７の合成コネクトロンを作るために、天然コネクトロン3558（古い位置497.581kb〜498.091kb）に関するT2配列を上記の新しい位置にコピーした。
コネクトロン75273は、トランジェントコネクトロンの例である。それは次のように記載される。
【０１０４】
【表３７】
2006517083.tif 000044
【０１０５】
トランジェントコネクトロン75273のC1/C2供給源は、テーブル１に表されており、次の通りである。
【０１０６】
【表３８】
2006517083.tif 000045
【０１０７】
このトランジェントC1/C2コネクトロン供給源の記述子“タイプ”は、“CPT”である。その文字“P”は、C1/C2コネクトロン供給源がそのゲノムの2本鎖DNAのポジティブストランド上に生じることを示す。この場所における文字“N”は、そのゲノムDNAのネガティブストランド上のC1/C2コネクトロン供給源を示すこととなる。この記述子における文字“T”は、“トランジェント”コネクトロンを示す。同様に、文字“P”は、後記の実施例において示すパーマネントコネクトロンを示す。これら実施例のすべてにわたる記述子“スタート”、“ストップ”および“長さ”は、キロベース（KB）で記載されている。記号OS->は、単発コネクトロンとして起こるこのC1/C2により形成される別のコネクトロンが存在するために現れる。
【０１０８】
テーブル１に示すトランジェントコネクトロン75273のT1/T2ターゲットは、次の通り表される。
【０１０９】
【表３９】
2006517083.tif 000046
【０１１０】
【表４０】
2006517083.tif 000047
【０１１１】
T1（Id番号4749）の記述子“タイプ”は、“TN”であり、T1ターゲットが2本鎖ゲノムDNAのネガティブストランド上にあることを示す。T1およびT2ターゲットは、同じストランド上になければならないので、T2ターゲット（Id番号4824a）もタイプ識別子“TN”を有する。
【０１１２】
上記のT1-T2ループダイアグラムは、T1の＊から右へ適切な＊までの経路をたどり、次いで、そのダイアグラムの下方へ最初の＊までの経路をたどり、次いで左へT2の＊までの経路をたどることにより読むことができる。水平方向線（−で示す）が他の鉛直方向線（｜で示す）と交差する場合、その箇所での記号は＋に変わる。T1-T2ループが遺伝子のグループを含まない場合、鉛直記号（｜または＋で示す）は、次に示す通り、＠に変わる。
【０１１３】
【表４１】
2006517083.tif 000048
【０１１４】
グループ0615（Id番号4758）は、タイプ識別子“GG”を有する。同じことがグループ0626（Id番号4806）にも当てはまる。
グループ0615〜0626は、テーブル２に記載されており、次の通りである。
【０１１５】
【表４２】
2006517083.tif 000049
【０１１６】
【表４３】
2006517083.tif 000050
【０１１７】
トランジェントコネクトロン75273に関するすべてのデータは、次のテーブルにおいてそのコネクトロンの“簡潔な”記述で引用される。
【０１１８】
【表４４】
2006517083.tif 000051
【０１１９】
【表４５】
2006517083.tif 000052
【０１２０】
タイプ14の合成コネクトロンのテーブル２からの追加
C1およびC2が天然エレメントであり、T1が合成エレメントであり、かつT2が天然エレメントであるタイプ１４の合成バーチャルコネクトロンは、734.750kb〜734.942kbで0.193kbの長さのDNA2本鎖配列を修飾することにより、Halobacterium sp.ゲノム内に導入することができる。
【０１２１】
この実施例のタイプ15の合成コネクトロンを作るために、天然コネクトロン6627（古い位置733.018kb〜733.210kb）に関するT1配列を上記の新しい位置にコピーした。
コネクトロン7341は、トランジェントコネクトロンの例である。それは次のように記載される。
【０１２２】
【表４６】
2006517083.tif 000053
【０１２３】
トランジェントコネクトロン7341のC1/C2供給源は、テーブル１に表されており、次の通りである。
【０１２４】
【表４７】
2006517083.tif 000054
【０１２５】
このトランジェントC1/C2コネクトロン供給源の記述子“タイプ”は、“CPT”である。その文字“P”は、C1/C2コネクトロン供給源がそのゲノムの2本鎖DNAのポジティブストランド上に生じることを示す。この場所における文字“N”は、そのゲノムDNAのネガティブストランド上のC1/C2コネクトロン供給源を示すこととなる。この記述子における文字“T”は、“トランジェント”コネクトロンを示す。同様に、文字“P”は、後記の実施例において示すパーマネントコネクトロンを示す。これら実施例のすべてにわたる記述子“スタート”、“ストップ”および“長さ”は、キロベース（KB）で記載されている。記号OS->は、単発コネクトロンとして起こるこのC1/C2により形成される別のコネクトロンが存在するために、現れる。
【０１２６】
テーブル１に示すトランジェントコネクトロン7341のT1/T2ターゲットは、次の通り表される。
【０１２７】
【表４８】
2006517083.tif 000055
【０１２８】
【表４９】
2006517083.tif 000056
【０１２９】
【表５０】
2006517083.tif 000057
【０１３０】
【表５１】
2006517083.tif 000058
【０１３１】
【表５２】
2006517083.tif 000059
【０１３２】
T1（Id番号6644a）の記述子“タイプ”は、“TP”であり、T1ターゲットが2本鎖ゲノムDNAのネガティブストランド上にあることを示す。T1およびT2ターゲットは、同じストランド上になければならないので、T2ターゲット（Id番号6852）もタイプ識別子“TP”を有する。
【０１３３】
上記のT1-T2ループダイアグラムは、T1の＊から右へ適切な＊までの経路をたどり、次いで、そのダイアグラムの下方へ最初の＊までの経路をたどり、次いで左へT2の＊までの経路をたどることにより読むことができる。水平方向線（−で示す）が他の鉛直方向線（｜で示す）と交差する場合、その箇所での記号は＋に変わる。T1-T2ループが遺伝子のグループを含まない場合、鉛直記号（｜または＋で示す）は、次に示す通り、＠に変わる。
【０１３４】
【表５３】
2006517083.tif 000060
【０１３５】
グループ0493（Id番号6646）は、タイプ識別子“GG”を有する。同じことがグループ0516（Id番号6847）にも当てはまる。
【０１３６】
【表５４】
2006517083.tif 000061
【０１３７】
【表５５】
2006517083.tif 000062
【０１３８】
【表５６】
2006517083.tif 000063
【０１３９】
【表５７】
2006517083.tif 000064
【０１４０】
トランジェントコネクトロン7341に関するすべてのデータは、次のテーブルにおいてそのコネクトロンの“簡潔な”記述で引用される。
【０１４１】
【表５８】
2006517083.tif 000065
【０１４２】
【表５９】
2006517083.tif 000066
【０１４３】
【表６０】
2006517083.tif 000067
【０１４４】
【表６１】
2006517083.tif 000068
【０１４５】
タイプ15の合成バーチャルコネクトロンのテーブル２からの追加
C1およびC2が天然エレメントであり、T1が天然エレメントであり、かつT2が合成エレメントであるタイプ15の合成バーチャルコネクトロンは、4838.155kb〜4838.323kbで0.169kbの長さのDNA２本鎖配列を修飾することにより、P. aeruginosaゲノム内に導入することができる。
【０１４６】
この実施例のタイプ14の合成コネクトロンを作るために、天然コネクトロン23295（古い位置4848.679kb〜4939.847kb）に関するT2配列を上記の新しい位置にコピーした。
コネクトロン28739は、合成トランジェントコネクトロンの例である。それは次のように記載される。
【０１４７】
【表６２】
2006517083.tif 000069
【０１４８】
トランジェントコネクトロン28739のC1/C2供給源は、テーブル１に表されており、次の通りである。
【０１４９】
【表６３】
2006517083.tif 000070
【０１５０】
このトランジェントC1/C2コネクトロン供給源の記述子“タイプ”は、“CPT”である。その文字“P”は、C1/C2コネクトロン供給源がそのゲノムの2本鎖DNAのポジティブストランド上に生じることを示す。この場所における文字“N”は、そのゲノムDNAのネガティブストランド上のC1/C2コネクトロン供給源を示すこととなる。この記述子における文字“T”は、“トランジェント”コネクトロンを示す。同様に、文字“P”は、後記の実施例において示すパーマネントコネクトロンを示す。これら実施例のすべてにわたる記述子“スタート”、“ストップ”および“長さ”は、キロベース（KB）で記載されている。
【０１５１】
テーブル１に示すトランジェントコネクトロン28739のT1/T2ターゲットは、次の通り表される。
【０１５２】
【表６４】
2006517083.tif 000071
【０１５３】
T1（Id番号53531）の記述子“タイプ”は、“TP”であり、T1ターゲットが2本鎖ゲノムDNAのネガティブストランド上にあることを示す。T1およびT2ターゲットは、同じストランド上になければならないので、T2ターゲット（Id番号53549a）もタイプ識別子“TP”を有する。
【０１５４】
上記のT1-T2ループダイアグラムは、T1の＊から右へ適切な＊までの経路をたどり、次いで、そのダイアグラムの下方へ最初の＊までの経路をたどり、次いで左へT2の＊までの経路をたどることにより読むことができる。水平方向線（−で示す）が他の鉛直方向線（｜で示す）と交差する場合、その箇所での記号は＋に変わる。T1-T2ループが遺伝子のグループを含まない場合、鉛直記号（｜または＋で示す）は、次に示す通り、＠に変わる。
【０１５５】
【表６５】
2006517083.tif 000072
【０１５６】
この合成コネクトロンはバーチャルコネクトロンであるから、このコネクトロンの存在によりコントロールされる遺伝子グループはない。このコネクトロンによりコントロールされるのは、6つの単発コネクトロン（Id番号53532、53535、53537、53541、53544および53544に関するタイプ識別子“CPT”）および1つのトランジェントコネクトロン（Id番号53548に関するタイプ識別子“CPT”）である。
【０１５７】
トランジェントコネクトロン28739に関するすべてのデータは、次のテーブルにおいてそのコネクトロンの“簡潔な”記述で引用される。
【０１５８】
【表６６】
2006517083.tif 000073
【０１５９】
DBPにより形成される合成コネクトロン
合成コネクトロンは、下記の配列を認識する12-ドメイン亜鉛フィンガータンパク質を導入することによりV. choleraeゲノム内に導入することができる。
【０１６０】
【化７】
2006517083.tif 000074
【０１６１】
コネクトロン7580は、合成トランジェントコネクトロンの例である。
【０１６２】
【表６７】
2006517083.tif 000075
【０１６３】
テーブル１に示すトランジェントコネクトロン7580のT1-T2ターゲットは、次の通り表される。
【０１６４】
【表６８】
2006517083.tif 000076
【０１６５】
グループ0127〜グループ0132は、テーブル２に記載されており、次の通りである。
【０１６６】
【表６９】
2006517083.tif 000077
【０１６７】
【表７０】
2006517083.tif 000078
【０１６８】
トランジェントコネクトロン7580に関するすべてのデータは、次のテーブルにおいてそのコネクトロンの“簡潔な”記述で引用される。
【０１６９】
【表７１】
2006517083.tif 000079
【０１７０】
【表７２】
2006517083.tif 000080
【０１７１】
PNAにより形成される合成コネクトロン
合成コネクトロンは、下記の配列を認識するPNAを導入することによりV. choleraeゲノム内に導入することができる。
【０１７２】
【化８】
2006517083.tif 000081
【０１７３】
コネクトロン7581は、合成トランジェントコネクトロンの例である。
【０１７４】
【表７３】
2006517083.tif 000082
【０１７５】
テーブル１に示すトランジェントコネクトロン7581のT1-T2ターゲットは、次の通り表される。
【０１７６】
【表７４】
2006517083.tif 000083
【０１７７】
【表７５】
2006517083.tif 000084
【０１７８】
グループ0127〜グループ0132は、テーブル２に記載されており、次の通りである。
【０１７９】
【表７６】
2006517083.tif 000085
【０１８０】
【表７７】
2006517083.tif 000086
【０１８１】
トランジェントコネクトロン7581に関するすべてのデータは、次のテーブルにおいてそのコネクトロンの“簡潔な”記述で引用される。
【０１８２】
【表７８】
2006517083.tif 000087
【０１８３】
【表７９】
2006517083.tif 000088
【０１８４】
連結DNA結合体のペアにより形成される合成コネクトロン
合成コネクトロンは、下記の配列を認識する連結DNA結合体のペアを導入することによりA. pernixゲノム内に導入することができる。
【０１８５】
【化９】
2006517083.tif 000089
【０１８６】
コネクトロン917は、合成トランジェントコネクトロンの例である。
【０１８７】
【表８０】
2006517083.tif 000090
【０１８８】
テーブル１に示すトランジェントコネクトロン917のT1-T2ターゲットは、次の通り表される。
【０１８９】
【表８１】
2006517083.tif 000091
【０１９０】
【表８２】
2006517083.tif 000092
【０１９１】
T1（Id番号218）の記述子“タイプ”は、“TN”であり、T1ターゲットが2本鎖ゲノムDNAのネガティブストランド上にあることを示す。T1およびT2ターゲットは、同じストランド上になければならないので、T2ターゲット（Id番号295）もタイプ識別子“TN”を有する。
【０１９２】
グループ0053〜グループ0070は、テーブル２に記載されており、次の通りである。
【０１９３】
【表８３】
2006517083.tif 000093
【０１９４】
【表８４】
2006517083.tif 000094
【０１９５】
【表８５】
2006517083.tif 000095
【０１９６】
トランジェントコネクトロン917に関するすべてのデータは、次のテーブルにおいてそのコネクトロンの“簡潔な”記述で引用される。
【０１９７】
【表８６】
2006517083.tif 000096
【０１９８】
【表８７】
2006517083.tif 000097
【０１９９】
【表８８】
2006517083.tif 000098
【０２００】
【表８９】
2006517083.tif 000099
【０２０１】
【表９０】
2006517083.tif 000100
【０２０２】
【表９１】
2006517083.tif 000101
【０２０３】
【表９２】
2006517083.tif 000102
【０２０４】
【表９３】
2006517083.tif 000103
【０２０５】
【表９４】
2006517083.tif 000104
【０２０６】
【表９５】
2006517083.tif 000105
【０２０７】
【表９６】
2006517083.tif 000106
【０２０８】
【表９７】
2006517083.tif 000107
【０２０９】
【表９８】
2006517083.tif 000108
【国際調査報告】
2006517083.tif 000119
2006517083.tif 000120
2006517083.tif 000121