(57)【要約】【課題】【解決手段】 感染症にかかりやすい素因を決定する方法、特にHIVを有する感染症、ならびに感染症の療法が説明されている。【特許請求の範囲】
【請求項１】
感染症にかかりやすい素因を決定する方法であって、前記方法が、被験者からＤＮＡ運搬サンプルを得る工程、および前記サンプルを分析し、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも１つに存在するアレルを同定する工程を含み、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２における特定なアレルの存在が、感染症に対する抵抗性を示す方法。
【請求項２】
感染症に対する抵抗性を決定する方法であって、前記方法が、被験者からＤＮＡ運搬サンプルを得る工程、および前記サンプルを分析し、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも１つに存在するアレルを同定する工程を含み、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２における特定なアレルの存在が、感染症に対する抵抗性を示す方法。
【請求項３】
請求項１または２に記載の方法であって、前記サンプルが、分析され、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２またはそれに相補的な核酸の相同体、スプライス変異体または誘導体の存在を決定する方法。
【請求項４】
請求項１〜３のいずれかに記載の方法であって、前記方法が、ウイルス性感染症にかかりやすい素因の決定に用いられる方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、前記ウイルスが、オンコウイルス、レトロウイルス、レンチウイルスおよびスプマウイルスからなる群から選択される方法。
【請求項６】
請求項４または請求項５に記載の方法であって、前記ウイルスが、内在性レトロウイルスである方法。
【請求項７】
請求項３〜６のいずれか一つに記載の方法であって、前記ウイルスが、ＨＩＶウイルスである方法。
【請求項８】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記サンプルが、非侵襲的に得られる方法。
【請求項９】
請求項１〜８のいずれか一つに記載の方法であって、前記サンプルが、血液、尿、精液、口腔スワブ、皮膚細胞、切り取った爪、毛、高部膣スワブまたは子宮頚部スミアである方法。
【請求項１０】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記サンプルが、核酸増幅技術の使用により増幅される方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、前記核酸増幅技術が、ＰＣＲまたはローリング・サークル複製である方法。
【請求項１２】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記サンプルが、ＤＮＡ断片長解析、ＤＮＡハイブリダイゼーション技術、ＤＮＡ配列同定、一本鎖長多型（ＳＳＬＰ）分析または標準鎖構造（ＲＳＣ）分析を用いて、前記マイクロサテライト遺伝子座における特定な遺伝子型の存在または不在について分析される方法。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法であって、前記分析が、一本鎖長多型（ＳＳＬＰ）分析を用い、前記マイクロサテライトマーカーのＰＣＲ増幅用フランキングプライマーセットが、
D22S277 左、TTCTTGTGTGGTAGTCTGGG; (配列番号: 1)
D22S277 右、TACCNACTCCCCAAACTATG; (配列番号: 2)
D22S272 左、GAGTTTTGTTTGCCTGGCAC; (配列番号:3)
D22S272 右、AATGCACGACCCACCTAAAG; (配列番号:4)
D22S276 左、CATTCTGCCAAGCAATTTAT; (配列番号:5)
D22S276 右、GCTGCTCTTTAAGTTTCTTGACC; (配列番号:6)
D22S929 左、GGAGCTGCATGTACTAGCTGG; (配列番号:7)
D22S929 右、GCATTTATGGAGTATCCACAG; (配列番号:8)
D22S1169 左、GCACACACATGCACATAATC; (配列番号: 9)および
D22S1169 右、AACAACTTCCAGCAGACG.  (配列番号:10)、
相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体またはその相同体から選択される方法。
【請求項１４】
感染症にかかりやすい素因の診断用キットであって、前記キットが、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも１つにおける遺伝子型の決定用試薬を含むキット。
【請求項１５】
感染症にかかりやすい素因の診断用キットであって、前記キットが、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２又はそれに相補的な核酸、フラグメント、多型、スプライス変異体もしくはその相同体の少なくとも１つにおける遺伝子型の決定用試薬を含むキット。
【請求項１６】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、またはそれに相補的な核酸、またはそのフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体の少なくとも１つを抱く染色体フラグメントを運ぶベクター。
【請求項１７】
感染症にかかりやすい素因を有する被験者を治療するための遺伝子治療における請求項１６に記載のベクターの使用。
【請求項１８】
前記感染症の治療用薬物の製造における請求項１６に記載のベクターの使用。
【請求項１９】
感染症の治療または予防または療法における請求項１６に記載のベクターまたは請求項１８に記載の薬物の使用。
【請求項２０】
請求項１７に記載の使用であって、前記感染症が、ウイルス性感染症である使用。
【請求項２１】
請求項１７から２０のいずれかひとつに記載の使用であって、前記感染症が、ＨＩＶウイルスによる感染症である使用。
【請求項２２】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体、相補的核酸もしくは相同体に隣接する染色体部分に位置する遺伝子によりエンコードされる、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはグリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、アミノ酸配列の相同体もしくはフラグメントを含む組成物。
【請求項２３】
感染症の治療または予防における請求項２２に記載の組成物の使用。
【請求項２４】
ウイルス性感染症の治療または予防における請求項２２に記載の組成物の使用。
【請求項２５】
ＨＩＶの治療、予防または他の療法における請求項２２に記載の組成物の使用。
【請求項２６】
請求項２２に記載の組成物であって、前記組成物が、医薬組成物である組成物。
【請求項２７】
請求項２２に記載の組成物であって、前記組成物が、ワクチンである組成物。
【請求項２８】
避妊薬における請求項２２に記載の組成物の使用。
【請求項２９】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体に隣接する染色体部分に位置する遺伝子によりエンコードされる、タンパク質、またはグリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、前記タンパク質の相同体もしくはフラグメントを含む避妊薬。
【請求項３０】
隔膜、子宮頸キャップ、コンドーム、スポンジもしくは他の膣内もしくは障壁デバイス、被覆ＩＵＤデバイス、経口避妊用ピル、避妊用のインプラントもしくは注射剤、または殺精子のゲル剤、ペッサリー、発泡体、フィルムもしくは乳剤の形態である請求項２８に記載の避妊薬。
【請求項３１】
殺菌薬における請求項２２に記載の組成物の使用。
【請求項３２】
粘膜的に投与可能な形態におけるクレーム３１に記載の殺菌薬の使用。
【請求項３３】
ウイルス性疾患に対する粘膜性ワクチン注射における請求項３１に記載の殺菌薬の使用。
【請求項３４】
ＨＩＶウイルスに対する粘膜性ワクチン注射における請求項３３に記載の殺菌薬の使用。
【請求項３５】
感染症の治療または予防のための薬物の製造における、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体に隣接する染色体部分に位置する遺伝子によりエンコードされる、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはグリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、前記タンパク質の相同体もしくはフラグメントの使用。
【請求項３６】
請求項３５に記載の使用であって、前記感染症が、ウイルス性感染症である使用。
【請求項３７】
請求項３５または請求項３６に記載の使用であって、前記感染症が、ＨＩＶである使用。
【請求項３８】
配列番号１〜１０のいずれか一つによる裸のＤＮＡ配列の少なくとも１つを含むワクチン。 
【請求項３９】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、または前記遺伝子のフラグメント、多型、スプライス変異体、相補的核酸もしくは相同体を含むＤＮＡ配列を含むワクチン。
【請求項４０】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２または前記遺伝子のフラグメント、多型、スプライス変異体、相補的核酸もしくは相同体をエンコードするＤＮＡを含むワクチンであって、前記ＤＮＡが裸であるワクチン。
【請求項４１】
アジュバントを更に含む請求項３８〜４０のいずれか１つに記載のワクチン。
【請求項４２】
請求項２７、請求項３３または請求項３８〜４１のいずれか１つに記載のワクチンであって、非経口的にまたは経口的に投与可能であるワクチン。
【請求項４３】
請求項３８〜４１のいずれか１つに記載のワクチンであって、前記ワクチンが、免疫原性であるワクチン。
【請求項４４】
前記ＤＮＡに結合可能か、またはさもなければ前記ＤＮＡを識別可能な化合物をスクリーニングするための、チップまたは分析プレートにおける、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、または前記遺伝子のフラグメント、多型、スプライス変異体、相補的核酸もしくは相同体をエンコードするＤＮＡの使用。
【請求項４５】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２または、前記遺伝子のフラグメント、多型、スプライス変異体、相補的核酸もしくは相同体をエンコードするＤＮＡを含むチップまたは分析プレート。
【請求項４６】
薬剤における請求項４４に記載のチップまたは分析プレートの使用。
【請求項４７】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体に隣接する染色体部分に位置する遺伝子によりエンコードされた、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはグリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、前記タンパク質の相同体もしくはフラグメントを含むチップまたは分析プレート。
【請求項４８】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体に隣接する染色体部分に位置する遺伝子によりエンコードされた、前記ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはグリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、前記タンパク質の相同体もしくはフラグメントに、結合することができ、またはさもなければ識別することができ、修飾でき、もしくは擬態することができる化合物のスクリーニングにおける、請求項４７に記載のチップまたは分析プレートの使用。
【請求項４９】
ハイスループット・スクリーニング法における請求項４５〜４８のいずれか１つに記載のチップまたは分析プレートの使用。
【請求項５０】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体に隣接する染色体部分に位置する遺伝子によりエンコードされた、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはグリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、前記タンパク質の相同体またはフラグメントの、感染症に対する抵抗性を提供するか、または抗ウイルス活性を有する免疫グロブリンＡを製造するための使用。
【請求項５１】
マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体の、感染症に対する抵抗性を提供するか、または抗ウイルス活性を有する免疫グロブリンＡを製造するための使用。
【請求項５２】
請求項５０または請求項５１により製造された、感染症に対する抵抗性を提供するか、または抗ウイルス活性を有する免疫グロブリンＡ。
【請求項５３】
請求項５２に記載の免疫グロブリンＡの医薬組成物における使用。
【請求項５４】
請求項５２に記載の免疫グロブリンＡの前記感染症の治療用薬物の製造における使用。
【請求項５５】
ウイルス性感染症の治療における請求項５４に記載の使用。
【請求項５６】
請求項５５に記載の使用であって、前記ウイルスが、ＨＩＶウイルスである使用。
【請求項５７】
治療を受けている患者に粘膜応答を引き起こし、前記患者に防御免疫を引き起こす請求項５１または請求項５４に記載の使用。
【請求項５８】
請求項５２に記載の免疫グロブリンAを含む粘膜ワクチン。
【請求項５９】
抗原または病原体特異免疫を引き起こすための請求項５８に記載のワクチンの使用。
【請求項６０】
ＨＩＶウイルスに対する粘膜ワクチン注射の製造における、請求項５８に記載のワクチンおよび請求項３１に記載の殺菌薬の使用。
【請求項６１】
ＨＩＶに対する中和抗体の製造を制御する遺伝子座をエンコードする核酸。
【請求項６２】
請求項６１に記載の核酸であって、前記核酸が、ＤＮＡである核酸。
【請求項６３】
請求項６１または請求項６２に記載の核酸であって、前記遺伝子座が、マウスＤ１５Ｍｉｔ７１とシンテニーである核酸。
【請求項６４】
請求項６１〜６３のいずれか１つに記載の核酸であって、前記遺伝子座が、ヒトＤ２２Ｓ２７２、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ２８４、Ｄ２２Ｓ２９９から選択される核酸。
【請求項６５】
請求項６１〜６４のいずれか１つに記載の核酸であって、前記遺伝子座が、Ｄ２２Ｓ２７２またはＤ２２Ｓ４２３である核酸。
【請求項６６】
請求項６１〜６５のいずれか１つに記載の核酸の薬剤における使用。
【請求項６７】
ＨＩＶ感染症の治療または予防のための薬物の製造における請求項６６に記載の使用。
【請求項６８】
請求項６１〜６５のいずれか１つに記載の核酸によりエンコードされたペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質。
【請求項６９】
請求項６８に記載のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の薬剤における使用。
【請求項７０】
請求項６８に記載のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質の、ＨＩＶ感染症の治療または予防のための薬物の製造における使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、マーカー遺伝子およびその使用に関するものである。より詳細には、本発明は、感染症にかかりやすい素因を示すマーカー遺伝子に関する。
【背景技術】
【０００２】
マーカー遺伝子を使用することにより、特定疾患にかかりやすい素因を診断することが可能であることが、当該分野で知られている。例えば、腫瘍遺伝子または腫瘍抑圧遺伝子は、特定の癌に対する羅病性を表示するとして、特に突然変異した腫瘍遺伝子および欠失された腫瘍抑圧遺伝子と、特定の癌との間の関連の観点から、広く考えられている。加えて、癌（例えば乳癌）にかかるリスクがより大きくなることが予測される遺伝子（例えばＢＲＣＡ遺伝子）が、同定されている。感染症（特にウイルス性感染症）に対して高度に感受性が強いか、または感染症（特にウイルス性感染症）に対して抵抗力がある個体もいくらか存在することも、知られている。疾患羅病性を予測することは、公知の原因となる薬品、化学物質またはウイルスとの不必要な接触を避け、公知および発展途上の予防手段を取るために、疾病素質遺伝子を有する者にとって、有益である。また、ウイルス性疾患に対するワクチンの設計または、遺伝子治療にとっても有用である。
【０００３】
加えて、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）感染症のような重大なウイルス性疾患に対する効果的なワクチンの開発は、地球的な社会経済の副次的問題を伴う緊急事項である。ＨＩＶは、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）の原因因子である。そのようなワクチンの開発の鍵の一つが、ＨＩＶ感染症に対する自然抵抗性のメカニズムを理解することである。幾つかの宿主遺伝子が、ＨＩＶ感染症に対する抵抗性とおそらく関連があり、かつ、ＨＩＶ血清変換後のＡＩＤＳの遅延された進展または促進された進展のいずれかと関連がある［１］。これらの宿主遺伝子は、ケモカイン受容体およびサイトカイン、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲｓ）（天然キラー細胞受容体についてのリガンドとして役に立つ）ならびに、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）内のものをエンコードする遺伝子を含む［１〜１１］。
【０００４】
ＨＩＶ感染症に対する自然抵抗性の例としては、連続したＨＩＶへの暴露にもかかわらず、ＨＩＶ陽性にならない個体がいくらか存在することが、知られている。生まれつき抵抗力がある個体の幾つかは、ＣＣＲ△３２として知られている突然変異したＨＩＶコレセプター遺伝子を有している［１〜５］。しかし、この突然変異は劣性であり、細胞へのＨＩＶ侵入に対する抵抗性を付与する同型接合性は、ほんのまれにしか、見出されない。従って、上記突然変異は、ＨＩＶ感染症に対して自然発生の抵抗性を示す個体の大多数の説明とはなりえない。ＨＩＶ感染症に対する自然抵抗性を示す現存するヒト集団の中で、ＨＩＶへの多数のおよび繰り返しの暴露の証拠があり、しかし、それにもかかわらず、ＨＩＶに反応性な血清ＩｇＧ抗体を有さない、ＨＩＶ暴露血清反応陰性の（ＥＳＮｓ）またはＨＩＶ−１−暴露かつ感染していない個体（ＥＵＩｓ）として知られる人々の特異な集団が存在する［１２、１３］。これらＥＳＮｓ／ＥＵＩｓからの尿道または膣の分泌物におけるＨＩＶ抗原特異性Ｔ−リンパ球応答の検出と、ＨＩＶ−反応性ＩｇＡ抗体の検出により、彼らはＨＩＶに暴露されているが、その暴露により感染症を生じていないことが示されている［１０〜１７］。ＥＳＮ／ＥＵＩ状態を、先に報告した遺伝的多型と関連づける試みは、今のところ成功していない［１０、１４］。
【０００５】
加えて、ある明らかに抵抗力がある集団の人々において、このウイルスへの多数のおよび繰り返しの暴露にもかかわらず、あるＨＩＶ−１−感染個体における臨床的進行の不在と、検出可能なＨＩＶ−１ゲノムの欠乏とが、ＨＩＶ感染症への予防的および治療的手段の発展を考慮すると、２つの顕著な現象である［１８〜２０］。表現型的に、末梢血液単核細胞（ＰＢＭＣｓ）から、検出可能な血漿ＨＩＶ−１のＲＮＡおよびＨＩＶ−１のｃＤＮＡの不在にもかかわらず、強力なＨＩＶ−１抗原特異性Ｔ−リンパ球応答およびＨＩＶ−１−反応性粘膜ＩｇＡ生産を示す個体が存在する［２１〜２３］。彼らは、しばしば、ＨＩＶ−１−暴露かつ感染していない個体（ＥＵＩｓ）と呼ばれる。そのようなＥＵＩｓから単離された粘膜ＩｇＡにより及ぼされるＨＩＶ−１−中和活性の立証により［２４〜２６］、ＨＩＶ−１−中和抗体の迅速な生産と、クラス転換が、ＨＩＶ感染症に対する在りうる免疫抵抗性に寄与するかもしれないことが、示唆された。ＨＩＶ−１−関連類人猿免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）またはＨＩＶ−１とＳＩＶとの間の病原体キメラに対する中和抗体の保護的役割は、また、非ヒト霊長目動物における、受動伝達およびワクチン誘導活性免疫化実験により、証明された［２７〜３０］。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
しかし、おそらく保護的な粘膜抗ＨＩＶ−１抗体の効果的生産に影響を及ぼすであろう遺伝要因は、現在のところ知られていない。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
しかし、インフォームドコンセントを伴う、そのような個体からのＤＮＡサンプルを研究することにより、本発明者らは、ＥＳＮｓが、レトロウイルス抵抗性遺伝子、Ｒｆｖ−３を含む、マウス染色体１５の領域にシンテニーである、染色体２２の領域以内で、マイクロサテライト遺伝子座で、特異で稀なアレルを有することを見出した。従って、本発明者らは、特定的な遺伝子型または多型を同定し、その遺伝子型または多型は、ＨＩＶ感染症に対する抵抗性と関連があるようである。これは、ＥＳＮまたはＥＵＩ−状態として知られていたＨＩＶ感染症の確立に対する自然な後天性免疫抵抗性が、遺伝子的に影響を受けるであろうことの最初の立証である。
【０００８】
故に、本発明者らは、マーカー遺伝子（それは、感染症、特にウイルス性感染症、より詳細にはＨＩＶ感染症にかかりやすい素因の現れである）およびその多型を同定した。
【０００９】
よって、本発明は、感染症にかかりやすい素因を決定する方法を提供し、その方法は、被験者からＤＮＡ運搬サンプルを得る工程と、前記サンプルを分析してマイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも１つに存在するアレルを同定する工程とを含み、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２における特定なアレルの存在は、感染症に対する抵抗性を示す。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１０】
本発明はまた、相補的ＲＮＡを含む、これらの遺伝子座に対し相補的な核酸ならびに、それによりエンコードされたアミノ酸配列および、その相同体、スプライス変異体または機能的な同等物を包含する。
【００１１】
好ましくは、前記方法は、個体におけるウイルス性感染症にかかりやすい素因の決定に用いられる。ウイルス性感染症にかかりやすい素因は、ウイルス、例えばレトロウイルス、例えば、オンコウイルス、レンチウイルスまたはスプマウイルスに関するものであるのが、好ましい。ＨＴＬＶおよびＢＬＶ（ウシ白血病ウイルス）は、白血病を引き起こすオンコウイルスの例である。ＨＩＶおよびＳＩＶは、炎症性疾患および消耗性疾患を引き起こすレンチウイルスの例である。ヒトスプマウイルスは、スプマウイルスの例である。ＨＩＶ感染症にかかりやすい素因の決定が、最も好ましい。
【００１２】
前記レトロウイルスは、内在性レトロウイルス、すなわち、ある生理的刺激に応答して、細胞内で生産されるウイルスであってもよい。内在性ウイルスは、感染症により広がらず、しかし、継承される。例えば、ＨＩＶ陽性な母の子として生まれた子供は、血清変換が誕生の後、（特に乳児が母乳で育てられていない場合）起こりうるが、通常、ＨＩＶ陽性である。
【００１３】
従って、ここで用いられる用語「感染症」は、内在性レトロウイルスおよびそれらの活性化ならびに感染性因子への暴露による感染症の従来の意味を含むよう意図される。ヒト内在性レトロウイルス（ＨＥＲＶ）は、内在性レトロウイルスの例である。
【００１４】
前記サンプルは、侵襲的に、または非侵襲的に得られてもよい。好ましいサンプルには、血液、尿、精液、口腔スワブ、皮膚細胞、切り取った爪、毛または子宮頚部スミアサンプルを含む。
【００１５】
前記サンプルから単離されたＤＮＡは、核酸増幅技術、例えば、ＰＣＲまたはローリング・サークル複製または他の通常の核酸増幅技術の使用により増幅されるのが好ましい。本発明において、等効用を有する、いずれの核酸増幅技術を使用してもよく、上記方法に本発明を限定することを意図するものではない。
【００１６】
よって、本発明は、また、前記サンプルが、ＤＮＡ断片長解析、ＤＮＡハイブリダイゼーション技術、ＤＮＡ配列同定、一本鎖長多型（ＳＳＬＰ）分析または標準鎖構造（reference strand conformation）（ＲＳＣ）分析を用いて、前記マイクロサテライト遺伝子座における特定な遺伝子型の存在または不在について分析される方法を提供する。
【００１７】
より詳細には、本発明は、一本鎖長多型（ＳＳＬＰ）分析を用い、前記マイクロサテライトマーカーのＰＣＲ増幅用フランキング（flanking）プライマーセットが、 
D22S277左、TTCTTGTGTGGTAGTCTGGG; (配列番号: 1)
D22S277右、TACCNACTCCCCAAACTATG; (配列番号: 2)
D22S272左、GAGTTTTGTTTGCCTGGCAC; (配列番号:3)
D22S272右、AATGCACGACCCACCTAAAG; (配列番号:4)
D22S276左、CATTCTGCCAAGCAATTTAT; (配列番号:5)
D22S276右、GCTGCTCTTTAAGTTTCTTGACC; (配列番号:6)
D22S929左、GGAGCTGCATGTACTAGCTGG; (配列番号:7)
D22S929右、GCATTTATGGAGTATCCACAG; (配列番号:8)
D22S1169左、GCACACACATGCACATAATC; (配列番号: 9) および
D22S1169右、AACAACTTCCAGCAGACG.  (配列番号:10) 
その相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体または相同体から選択される分析を提供する。
【００１８】
前記サンプルは、前記指示されたマイクロサテライト遺伝子座における特定な遺伝子型の存在または不在について、ＤＮＡ断片長解析、ＤＮＡハイブリダイゼーション技術、ＤＮＡ配列同定、一本鎖長多型（ＳＳＬＰ）分析または標準鎖構造（ＲＳＣ）分析（これらが、当該分野でよく知られている）を用いて分析されるのが好ましい。
【００１９】
前記マイクロサテライトマーカーのＰＣＲ増幅用のフランキングプライマーセットの配列は、以下の実施例に示す。これらの配列のフラグメント、多型または相同体は、また、本発明の範囲に含まれる。
【００２０】
第２の観点において、本発明はまた、感染症にかかりやすい素因の診断用キットを提供する。前記キットは、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも１つにおける遺伝子型の決定のための試薬を含む。
【００２１】
好ましい実施形態において、前記試薬は、ＳＳＬＰマーカーの増幅用ＰＣＲプライマーである。前記診断キットは、人々を遺伝子グループに分類するのに用いられてもよい。そのグループ間で、感染症のための予防的および治療的手段の効果が比較され、測定される。故に、自然抵抗性を有する人々への治療的手段の不必要な使用が避けられ、治療薬の投薬量が減らされ、一方、予防的手段およびワクチンの使用を、極度な羅病性を有する者（そのような努力が、さらに成功を予想される）のような人々に集中させることが可能である。
【００２２】
故に、本発明はまた、ウイルス性疾患、特に、レトロウイルス性疾患、より詳細には、ＨＩＶ感染症にかかりやすい素因の決定における、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも１つの使用を含む。前記遺伝子座の組み合わせを用いてもよい。
【００２３】
感染症に対する抵抗性を示唆するのが前記特定なアレルの存在であること、故に、本発明の特定なアレルの不在が、前記感染症にかかる素因または罹病性を示唆することに注目するのが、重要である。本発明の最も好ましい実施形態において、問題になっている感染症において、ＨＩＶウイルスが、ＡＩＤＳの原因因子である。この観点から、本発明は、個体がＨＩＶ感染症に対して抵抗力があるかどうか、または、彼らがそれに感染しやすく、従って、前記疾患にかかるリスクが高いかどうかを測定する方法を提供する。
【００２４】
故に、本発明はまた、感染症に対する抵抗性を決定する方法を提供する。前記方法は、被験者からＤＮＡ運搬サンプルを得る工程、および前記サンプルを分析し、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも１つに存在する前記アレルを同定する工程を含み、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２における特定なアレルの存在が、感染症に対する抵抗性を示す。
【００２５】
別の観点において、本発明は、ＨＩＶ感染症にかかり易い素因を診断するための方法を提供する。この方法は、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の１、複数または各々の存在または不在について、ＤＮＡサンプルを分析する工程を含む。
【００２６】
さらなる観点において、本発明はまた、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも一つを含む染色体フラグメントを運ぶベクターの使用による、感染症にかかりやすい素因を有する被験者を治療するための遺伝子治療のような治療の方法を提供する。以下に説明するように、ウイルス性感染症に対する抵抗性と関連がある免疫細胞機能に影響を及ぼす遺伝子は、前記マイクロサテライト遺伝子座に隣接するヒト染色体のセグメント中に位置することが、非常に予想されている。理論により結びつけられることを望むことなく、この遺伝子（推定上、マウスＲｆｖ−３のヒト相同体と呼ばれる）が、被験者個体に感染症抵抗性を付与することが予想され、故に、感染症の治療、予防または療法における、この遺伝子、その転写物、発現ペプチド、ポリペプチドもしくはタンパク質、グリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、それらの相同体もしくはフラグメントの使用は、本発明の更なる観点である。
【００２７】
前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２全ては、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質フラグメントをエンコードする。これらのペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質フラグメントおよびそれらの二次的または三次的な誘導体は、全て、ウイルス抵抗性に関連しており、ウイルス性感染症にかかりやすい素因を有すると同定された人において、それらを使用することは、感染症の防止または予防において、有利であろう。
【００２８】
加えて、前記グリコシル化、スルホン化、リン酸エステル化、アセチル化または他の付加もしくは置換生成物、相同体、スプライス変異体、転写物変異体、または前記マイクロサテライト遺伝子座の核酸配列から誘導可能な生成物は、この目的のために用いられてもよく、故に、本発明の一部を構成すると考えられる。
【００２９】
よって、本発明はまた、１またはそれ以上の前記マイクロサテライトＤ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２によりエンコードされる、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質フラグメントを含む組成物を提供する。本発明はまた、感染症の治療または予防における使用のための、１またはそれ以上の前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２によりエンコードされる、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質フラグメントを含む医薬組成物を提供する。
【００３０】
前記組成物は、殺菌薬、医薬組成物または栄養補助食品もしくは食品添加物であってもよい。前記医薬組成物は、製剤化学の分野において通常知られている添加剤、例えば、ビヒクル、溶剤、希釈剤、 結合剤、賦形剤、固化防止剤、保存剤、緩衝剤、安定剤または保水剤を含んでもよい。前記製剤は、錠剤、乳剤、クリーム、懸濁剤、注射可能な懸濁剤、シロップ剤、座剤、膣坐剤、パッチ、含浸インプラントまたは他の通常の運搬方法の形態であってもよい。
【００３１】
前記組成物が殺菌薬である場合、前記組成物は、粘膜的投与可能な（administerable）製剤、例えば、経口、経鼻、直腸または膣の適用のための製剤で提供されるのが好ましい。直腸または膣の適用のためには、前記殺菌剤組成物は、ゲル剤、クリーム、座剤、膣坐剤の形態または直腸もしくは膣の適用のための他の通常の形態であってもよい。
【００３２】
前記殺菌薬はまた、特に本発明の前記組成物が免疫学的反応を幾らか引き起こすために用いられるとき、ウイルス性疾患に対する粘膜ワクチン注射として用いられてもよい。
【００３３】
典型的には、予防すべきウイルス性感染症がＨＩＶ（性的接触により移るであろう）である場合、前記組成物は、避妊薬と組みあわせてもよい。そのような場合、前記避妊薬は、隔膜（diaphragm）、子宮頸キャップ、コンドーム、スポンジもしくは他の膣内もしくは障壁デバイス、被覆ＩＵＤデバイス、経口避妊用ピル、避妊用のインプラントもしくは注射剤または、殺精子のゲル剤、ペッサリー、発泡体、フィルムもしくは乳剤であってもよい。
【００３４】
従って、さらなる観点において、本発明は、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の１またはそれ以上によりエンコードされた、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質フラグメントをさらに含む避妊薬を提供する。
【００３５】
本発明の前記避妊薬は、また、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の核酸配列から誘導可能な、二次的もしくは三次的な誘導体、グリコシル化、スルホン化、リン酸エステル化もしくは他の付加もしくは置換生成物、相同体、転写物変異体もしくは生成物を、さらに含んでもよい。
【００３６】
さらなる観点において、本発明はまた、前記感染症の治療用薬物の製造における、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の１以上によりエンコードされた、ペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質フラグメントの使用を提供する。
【００３７】
加えて、本発明は、前記感染症の治療用薬物の製造における、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ１１６６、Ｄ２２Ｓ４２３、Ｄ２２Ｓ１１６９、Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の核酸配列から誘導可能な、二次的もしくは三次的な誘導体、グリコシル化、スルホン化、リン酸エステル化もしくは他の付加もしくは置換生成物、相同体、転写物変異体もしくは生成物の使用に拡大する。
【００３８】
前記感染症は、ウイルス性感染症であるのが好ましく、レトロウイルス性感染症であるのがより好ましい。最も好ましい実施形態において、前記ウイルスは、ＨＩＶウイルスまたはＨＴＬＶウイルスである。
【００３９】
本発明はまた、感染症に対する抵抗性を決定する方法を提供する。前記方法は、被験者からＤＮＡ運搬サンプルを得る工程、および前記サンプルを分析し、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも１つに存在するアレルを同定する工程を含み、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２における特定なアレルの存在が、感染症に対する抵抗性を示す。
【００４０】
本発明の方法は、適切なマイクロサテライトマーカーを含むキットを用いることにより、行ってもよい。よって、本発明はまた、感染症にかかりやすい素因の診断用キットを提供し、前記キットは、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２の少なくとも１つにおける遺伝子型の決定用試薬を含む。前記キットは、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８またはＤ２２Ｓ２７２、又はそれに相補的な核酸、フラグメント、多型、スプライス変異体もしくはその相同体の少なくとも１つについての遺伝子型を決定するための試薬を含むのがより好ましい。
【００４１】
本発明の別の観点において、前記マイクロサテライト遺伝子座のＤＮＡは、ベクター中に組み込まれていてもよい。研究目的のため、前記ベクターは、細胞をトランスフェクトするのに用いられてもよい。前記ベクターはまた、薬物（例えば感染症の治療のための薬物）の製造または、ＤＮＡワクチンの形成または製剤において、または遺伝子治療において、用いられてもよい。
【００４２】
故に、別の観点において、本発明はまた、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２または、それに相補的な核酸もしくはそのフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体の少なくとも１つを抱く染色体フラグメントを運ぶベクターを提供する。
【００４３】
そのようなベクターの薬剤における使用は、感染症、特にウイルス性感染症、詳細にはＨＩＶウイルスによる感染症の予防または治療において、有利であろう。
【００４４】
これらのマイクロサテライト遺伝子座のＤＮＡは、ＤＮＡワクチンの生産において、特に有用である。本発明のＤＮＡワクチンは、裸の、アジュバントＤＮＡまたは封入ＤＮＡを含んでもよい。前記遺伝子座の前記ＤＮＡ配列は、前記遺伝子座もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくはその相同体のＤＮＡ配列に相補的な核酸配列を用いるワクチンの製造に用いてもよい。
【００４５】
そのようなワクチンは、経口的にまたは非経口的に投与可能であってもよい。非経口的投与の例には、注射による投与（皮下、静脈または筋内であろうとなかろうと）、吸入による投与、および粘膜投与を含む。しかし、非経口的投与のこれらの例は、限定または網羅を意図するものではない。
【００４６】
本発明のワクチンは、免疫原性であるのが好ましい。
【００４７】
ワクチンまたは他の医薬の製造のため、これらの遺伝子座をエンコードするＤＮＡならびに、それらのフラグメント、多型、スプライス変異体、相補的核酸または相同体と共に結合し、またはさもなければ識別し、かつ／または修飾もしくは調節する化合物を同定するのに有用である。これらの化合物は、特に、多くの化合物が選別される場合、チップまたは分析プレートの形態で提供されると、有用である。故に、本発明はまた、前記ＤＮＡに結合可能か、またはさもなければ前記ＤＮＡを識別可能な化合物のスクリーニングのためのチップまたは分析プレートにおける、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、または前記遺伝子のフラグメント、多型、スプライス変異体、相補的核酸もしくは相同体をエンコードするＤＮＡの使用を提供する。
【００４８】
この観点において、本発明はまた、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２または、前記遺伝子のフラグメント、多型、スプライス変異体、相補的核酸もしくは相同体をエンコードするＤＮＡを含むチップまたは分析プレートを提供する。
【００４９】
前記チップまたは分析プレートは、医療的診断または研究において用いられてもよい。
【００５０】
前記ＤＮＡは、アミノ酸配列（これも用いられてもよい）をエンコードするので、本発明はまた、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体に隣接する染色体部分に位置する遺伝子によりエンコードされた、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質または、グリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、前記タンパク質の相同体もしくはフラグメントを含むチップまたは分析プレートを提供する。
【００５１】
加えて、本発明は、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体に隣接する染色体部分に位置する遺伝子によりエンコードされた、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはグリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、前記タンパク質の相同体もしくはフラグメントに結合するか、またはさもなくば、識別し、修飾するかまたは擬態することが可能な化合物のスクリーニングにおける、そのようなチップまたは分析プレートの使用を包含する。
【００５２】
本発明者らは、本発明のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質および前記核酸配列が、免疫グロブリンＡ（ＩｇＡ）の生産を刺激し、それらが、感染症に対する抵抗性を促進することを予測した。特に、そのような化合物は、ＩｇＡ、特に、ウイルス反応性粘膜ＩｇＡの粘膜生産を刺激するのに用いることが可能である。
【００５３】
故に、本発明はまた、前記マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、または前記遺伝子に相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体に隣接する染色体部分に位置する遺伝子によりエンコードされた、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、またはグリコシル化、スルホン化、アセチル化もしくは他の翻訳後誘導体、機能的な誘導体、前記タンパク質の相同体もしくはフラグメントの、免疫グロブリンＡ（感染症に対する抵抗性を提供するか、または抗ウイルス活性を有する）を生産するための使用を提供する。
【００５４】
加えて、本発明は、マイクロサテライト遺伝子座Ｄ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７７、Ｄ２２Ｓ２６４、Ｄ２２Ｓ４２３＆Ｄ２２Ｓ４１８もしくはＤ２２Ｓ２７２、前記遺伝子の相補的な核酸もしくはフラグメント、多型、スプライス変異体もしくは相同体の、免疫グロブリンＡ（感染症に対する抵抗性を提供するか、または抗ウイルス活性を有する）の生産を引き起こすための使用を提供する。
【００５５】
そのようにして生産されたＩｇＡは、感染症、特にウイルス性感染症、最も詳細にはＨＩＶ感染症の治療または予防のための組成物において、用いることができる。
【００５６】
ＩｇＡは、単独でまたは、前述の医薬組成物のいずれかと組み合わせて用いられてもよい。
【００５７】
ウイルス侵入および複製およびレトロウイルス性感染症に対する免疫応答に影響を与える宿主遺伝要因は、マウスモデルを用いることにより、広く研究されている［３１−３４］。フレンド・マウス白血病ウイルスコンプレックス（ＦＶ）は、複製成分フレンド・マウス・ヘルパーウイルス（Ｆ−ＭｕＬＶ）と、不完全な脾臓フォーカス形成ウイルスとから構成される。ＦＶは、感染しやすい血統の免疫適格成熟マウスへの接種によりすぐ、感染赤血球前駆細胞の迅速な増殖を誘導する。過酷な免疫抑制と関連するＦＶの持続的感染は、最終的に、細胞転写物因子の挿入活性化または腫瘍抑圧遺伝子の破壊により、白血病細胞のモノクローナルまたはオリゴクローナルの拡大の出現を引き起こす。宿主遺伝子遺伝子座、Ｆｖ−１−Ｆｖ−４は、標的細胞におけるウイルス侵入および複製を直接制御するが、同定されている［３５−３８］。しかし、宿主動物が上記遺伝子座において同じ感染しやすい遺伝子型を分け合うときでさえ、疾患の発生および進行の割合は、ＦＶ抗原への免疫応答に影響を及ぼす幾つかの遺伝子座における宿主遺伝子型次第で、依然として激しく変化する［３３］。２つの主要組織適合複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩ遺伝子座は、ウイルス外皮抗原のＴヘルパー細胞認識を直接制限し［３９、４０］、一方、クラスＩ遺伝子座は、ウイルス抗原特異性Ｔ−細胞からのサイトカインの生産に影響を及ぼす［４１］。ＭＨＣクラスＩｂ領域に位置する別の遺伝子座は、天然のキラー細胞機能に影響を及ぼするかもしれない［４２、４３］。染色体１５に位置しており、従って、ＭＨＣに関連性のない別の宿主遺伝子座は、依然として、ＦＶ感染後のウイルス血症の持続性に強く影響を及ぼす［３３、４４−４６］。同じ非ＭＨＣ遺伝子座における遺伝子型は、また、感染細胞表面におけるウイルス抗原の発現を調整する細胞毒性抗体の生産に影響を及ぼす［４７］。しかし、ウイルス血症の持続性と、ウイルス−中和抗体の生産との間の有り得る関係は、直接試験されていない。ここで、我々は、ＦＶ感染によりすぐウイルス−中和抗体の生産に影響を及ぼすマウス遺伝子座に関する、連鎖分析を行った。
【００５８】
このマウス研究の拡大により、意外にも、我々発明者らは、ＨＩＶ−感染していない個体における、ＨＩＶ−１への強力な免疫応答と関連するヒト染色体マーカーの立証を行った。
【００５９】
前記遺伝子Ｒｆｖ−３は、フレンド白血病レトロウイルスに感染したマウスが、感染後、３０〜６０日までにウイルス血症から回復するかどうかを決定する単独常染色体遺伝子として、元々定義されていた［４９、５０］。この遺伝子は、マウス染色体１５上に位置付けられている［５１、５２］が、その分子的同定は依然として知られていない。フレンド・レトロウイルス感染症に対する免疫抵抗性はまた、前記ウイルス外皮抗原へのＴ−リンパ球応答を制御する、マウス主要組織適合複合体（ＭＨＣ）、Ｈ２の遺伝子により影響を受ける［２０、５３、５４］。類似遺伝子型血統においてテストしたとき、ウイルス−中和抗体の初期の生産が、Ｒｆｖ−３遺伝子座に抵抗力があるアレル（Ｒｆｖ−３ｒ）、またはマウスＭＨＣに応答ハプロタイプ（Ｈ２ｂ）のいずれかを有するマウスにおいて観察され（図１）、Ｒｆｖ−３およびＨ２は、共通の経路により、免疫システムに影響を与えるであろうことが示唆された。さらに、Ｒｆｖ−３ｒアレルとＨ２ｂハプロタイプの両方を有するマウスは、Ｒｆｖ−３ｒを欠くＨ２ａ／ｂマウスと比較して、ウイルス−中和抗体のより高いレベルと、ＩｇＭからＩｇＧへのクラス転換のより高い頻度を示し（図１）、さらに、Ｈ２と協同して、Ｒｆｖ−３が、Ｔ−ヘルパー細胞機能を調節しているかもしれないことを示している。これは、ＨＩＶ特異的ＩｇＡ生産が、ＩｇＧの明白な不在において、なぜＥＳＮにおいて検出されうるのかと潜在的関連性があった（例えば、表１参照）。特に、ＨＩＶ−１抗原特異性Ｔヘルパー細胞応答性と、Ｔ細胞からのサイトカイン生産のパターンとが、ＥＳＮとＨＩＶ−感染個体との間で相違していてもよいため［１４、１６、４８］。
【００６０】
感染日後（ＰＩＤ）１５でＲｆｖ−３−関連表現型（ウイルス−中和抗体の力価により定義された）が隔離された（Ｂ１０．Ａ×Ａ）×Ａ戻し交配マウスを用い、本発明者らは、詳細な連鎖分析を行い、Ｄ１５Ｍｉｔ１とＤ１５Ｍｉｔ１１８との間のマウス染色体１５の３−Ｍｂｐセグメント以内にこの遺伝子を位置付けた（図２、４、５、８）。前記マウスマーカーの物理的マッピングのため、アンサンブル・ゲノム・ブラウザ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／）において、マウス染色体１５のこの領域にシンテニーな、ヒト染色体２２のセグメントに関して見出した情報を用い、２つの種間で相同性な遺伝子を、公知の単純配列長多型（ＳＳＬＰ）マーカーに沿って並べた。その結果、多形性であり、かつ、Ｒｆｖ−３−連関遺伝子のヒト相同体の近辺に位置するＳＳＬＰ遺伝子座が幾つか同定された（図２、４、５、８）。末梢血液単核細胞（ＰＢＭＣｓ）は、書面にされたインフォームドコンセントの下、予め文書で示されたＥＳＮ個体およびＨＩＶ−感染個体により提供された。名簿に登録された前記ＥＳＮ全てを、精液または膣の分泌物の細胞における血清ＨＩＶ−１−反応性ＩｇＧ、血漿ＨＩＶ ＲＮＡおよびＨＩＶ ｃＤＮＡに関してテストしたところ、それらのどれも、ＨＩＶ−１の存在を示さず、一方、前記ＨＩＶ−感染個体は、これらのテストにおいて全て陽性であった。前記ＰＭＢＣｓから単離されたゲノムＤＮＡをテンプレートとして用いて、染色体２２以内の前記ＳＳＬＰ遺伝子座におけるアレルが、ＰＣＲ−増幅フラグメントのサイズを決定することにより、同定された（図３および表１）。その結果、Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座におけるアレル頻度の分布は、ＥＳＮ群とＨＩＶ−感染群との間で著しく相違した（２×１１ 表についてＸ２＝２０．２、フィッシャーの直接確率検定によりｐ＝０．０２０）。異なった見方では、テストした前記１８人のＥＳＮのうち１０人が、前記Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座に、１５４−ｂｐ、１５６−ｂｐまたは１５８−ｂｐのフラグメントを生じる３つの特異なアレルのうち少なくとも１つを有し、一方、これらの３つのアレルのうち１つは、テストされた１８人のＨＩＶ−感染人のなかで、ほんの２人の個体にのみ、見出された（Ｘ２＝８．０、フィッシャーの直接確率検定によればｐ＝０．０１２）。これらの３つのアレルは、稀なものの中で、ゲノムデータベース（http://gdbwww.gdb.org/）において、それぞれ、７、５％および９％の頻度で報告されている。一方、１６０−ｂｐまたは１６２−ｂｐのフラグメントを生じる前記アレルは、それぞれ２９％および１４％の頻度で報告され、白人の中でむしろ普通であり、これらの後者アレルは、両方の集団において、同等の頻度で観察された（表１）。従って、１８人のＥＳＮｓのうち２人は、１５８−ｂｐのフラグメントを生じるアレルについて同型接合であり、３人は、前記３つの稀なアレルのうち２つの間の接合体であったことが、強調されるべきである。対照的に、前記稀なアレルのそのような接合体は、前記ＨＩＶ−感染個体の中には見出されなかった（１８のうち５対１８のうち０、フィッシャーの直接確率検定により、生じるｐ＝０．０４５）。
【００６１】
特異な稀なアレルの分布において、顕著さが少なく、しかし同様の非対称が、周囲の染色体遺伝子座においてもまた観察されるので、ＥＳＮｓの中で前記Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座における特異なアレルの上記集積は、符合しているようには見えない（表１）。実際、Ｄ２２Ｓ９２９に、１４４−ｂｐまたは１４６−ｂｐのフラグメントを生じるアレルが、１８人のＥＳＮの中で５人に見出され、１人の個体は、前記２つのアレルの一つについて同型接合でさえあり、一方、テストした前記１７人のＨＩＶ−感染個体の中でほんの１人の個体が、そのようなアレルを有していた。１３２ｂｐ、１４２ｂｐまたは１４８−ｂｐのフラグメントのいずれか一つを生じる稀なアレルが、Ｄ２２Ｓ２７２遺伝子座において、１８人のＥＳＮｓのうち５人に、しかし、１８人のテストしたＨＩＶ−感染個体のほんの１人に見出された。しかし、アレル頻度の分布（図２、４、５、８）または稀なアレルを有する個体の頻度（表１）のいずれも、この領域（例えばＤ２２Ｓ１１６９）から離れた遺伝子座において前記ＥＳＮ集団およびＨＩＶ−感染集団の間で著しく相違していない。
【００６２】
【表１】
2006502728.tif 000002
2006502728.tif 000003
2006502728.tif 000004
【００６３】
各遺伝子座における稀なアレル（これらの頻度は１０％未満と報告されている）は、太字で下線で示した。ＮＤ、測定せず；ホモ、同型接合。ＨＩＶ−１に対する血清ＩｇＧ反応性は、ＥＳＮｓにおいて、検出不可能であった。
【００６４】
上記データは、ＨＩＶ暴露後の早い段階で、抗レトロウイルス抗体を生じ、クラス転換させる能力を付与する遺伝子の優性応答アレル（おそらくマウスＲｆｖ−３ｒに相同的）が、前記Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座の近くに存在し、位置し、その結果、前記ＥＳＮ状態は、前記１５４−ｂｐ、１５６−ｂｐまたは１５８−ｂｐのフラグメントを生じるＤ２２Ｓ２７７アレルと一緒に分離されるという仮定と一致する。ＨＩＶ−感染症に対する抵抗性および／またはＡＩＤＳ進行の推移に影響を及ぼすと予め報告されているヒト遺伝子（ＣＣＲ５およびＣＣＲ２は３ｐ２１に位置し、ＳＤＦ１は１０ｑ１１．１に位置し、ＨＬＡは６ｐ２１．３に位置し、ＫＩＲｓは１９ｑ１３．４に位置し、ＩＬ１０は１ｑ３１−３２に位置する。）は、前記ヒト染色体のこの領域には位置していなかった。
【００６５】
ＨＩＶ感染症に対する抵抗性について確立された遺伝的根拠は、前記ＨＩＶコレセプター遺伝子、ＣＣＲ５の突然変異形態（この受容体の細胞表面発現が欠落する結果になる）についての同型接合性である［１−５］。しかし、前記突然変異、ＣＣＲ５△３２が、稀であり、前記同型接合性が、白人のほんの１％にのみ見出されている［１、３］ので、ＥＳＮ状態のより普通の現象の原因となり得ない。実際、前記ＣＣＲ５△３２突然変異は、先に書面化されたＥＳＮｓにおいては見出されなかった［１０、１４、４８］。一方、大部分のＥＳＮｓは、ＨＩＶ外皮誘導抗原ペプチドでの刺激と同時に、ＨＩＶ−血清陽性との比較において、ＰＢＭＣｓからの、より高いＩＬ−２生産と、より低いＩＬ−１０生産を示した［１４］。従って、Ｔ−細胞機能を調節するいくらかの遺伝子は、ＥＳＮｓと、ＨＩＶ−血清陽性との間で相違するかもしれない可能性がある。Ｒｆｖ−３が、マウスにおける幾らかのＴ−ヘルパー細胞機能を調整しているようなので（図１）、そのヒト相同体の分析と共に、その分子的性質の同定が、我々に、ＨＩＶ感染症の予防的および治療的手段への全く新しい方向性を提供するかもしれない。
【００６６】
本発明の実施形態を、例示のみを目的として、添付の図面により説明されたような、以下の実施例を参照して、以下に説明する。
図１は、マウスの類似遺伝子型血統におけるＰＩＤ１６−２０で検出されたフレンドウイルス−中和抗体の力価を示す。
図２は、マウス染色体１５とヒト染色体２２のシンテニーな領域以内に位置するＳＳＬＰマーカーと相同性遺伝子との順序と、その間の距離の図表示である。
図３は、Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座における遺伝子型を示す。
図４は、マウス染色体１５とヒト染色体２２のシンテニーな領域以内に位置するＳＳＬＰマーカーの順序と、その間の距離を示す。抗ＨＩＶ  ＩｇＡ生産を制御する遺伝子座は、抗レトロウイルス抗体生産を制御するマウス遺伝子に厳密にシンテニーに位置していた。
図５は、フレンドのウイルスに対する抵抗性を付与するマウス遺伝子と、ヒトウイルス抵抗性遺伝子との間の完全な同一性を示す。
図６は、ＨＩＶ−１−暴露したが、感染していない個体にのみ観察される、染色体２２にわたる連鎖不平衡の断絶を示す図表説明である。このことにより、ＨＩＶ−１暴露したが、感染していない個体の祖先に起こった、過去の突然変異または組換え事象の証拠が示される。
図７は、ＨＩＶ−１抵抗力があるアレルの部位マッピングおよび頻度ならびにマウス染色体１５上のマウス抗体制御遺伝子座およびヒト染色体２２のシンテニーな領域の図表説明を示し、また、ＨＩＶ−１−暴露したが、感染していない個体にのみ観察される、染色体２２にわたる連鎖不平衡の断絶ならびに、ＨＩＶ−１暴露したが、感染していない個体の祖先に起こった、過去の突然変異または組換え事象の証拠を示す。
【実施例１】
【００６７】
図１から理解されるように、前記のように、マウスを、フレンドレトロウイルスコンプレックスのＨ２ａ／ａ群について１５０脾臓フォーカス形成ユニット（ＳＦＦＵ）、または、フレンドレトロウイルスコンプレックスのＨ２ａ／ｂ群について１，５００ＳＦＦＵのいずれかで、接種した［５４、５６、５７］。それらマウスは、ＰＩＤ１６−２０でエーテル麻酔下、眼窩後方洞から採血され、各血清を、フレンド白血病ヘルパーウイルス感染力を中和する能力について、病巣酵素抗体法分析によりテストした［５４、５６、５７］。各個体マウスから得られた全血清の中和力価を示す。Ｈ２ａ／ｂマウスからの血清は、また、ＩｇＧクラスの中和抗体の存在について、それらを、５０ｍＭの２−メルカプトエタノールで前記のように処理することにより、テストし［５４、５６、５７］、ウイルス−中和ＩｇＧを含んでいたものを、閉じた記号で示す。Ｈ２ａ／ａ（Ｂ１０．Ａ×Ａ）×Ａの戻し交配マウスは、それらの実験的に同定されたＤ１５Ｍｉｔ７１アレルを基に、Ｒｆｖ−３ｓ／ｓ群またはＲｆｖ−３ｒ／ｓ群のいずれかに分割した。定義により、Ｈ２ａ／ａおよびＲｆｖ−３ｒ／ｓである（Ｂ１０．Ａ×Ａ）Ｆ１マウスの抗体力価を、四角形の記号で示す。平均力価を、各遺伝子グループ間でスチューデントｔ検定により比較し、星印は、統計的に著しい相違を示す（ｐ＜０．０００１）。Ｒｆｖ−３ｒ／ｓ、Ｈ２ａ／ｂマウスの中で中和ＩｇＧを有する個体（６／１１）の頻度は、Ｒｆｖ−３ｓ／ｓ、Ｈ２ａ／ｂマウスのそれよりも、著しく高かった（１／１４）（フィッシャーの直接確率検定によりｐ＝０．０２）。
【００６８】
図２、４および５の図表説明において、セントロメア（Ｏ）は、左に配置した。Ｒｆｖ−３遺伝子座の位置は、１８５（Ｂ１０．Ａ×Ａ）×Ａの戻し交配マウスを用いて、連鎖分析により決定した。ＳＬＬＰ遺伝子型とＰＩＤ１５におけるウイルス−中和抗体力価との間の強力な関係（Ｘ２＝６２．２）が、前記Ｄ１５Ｍｉｔ７１遺伝子座において観察された。前記Ｒｆｖ−３遺伝子座の位置は、前記８匹の危篤動物（染色体組換えが、前記Ｄ１５Ｍｉｔ１０５遺伝子座と前記Ｄ１５Ｍｉｔ１０７遺伝子座との間に同定されている）における前記ＳＳＬＰ遺伝子型と、抗体力価とを関係づけることにより、示された領域に、さらに狭められた。前記ＥＳＮ感染群と、前記ＨＩＶ−感染群との間の各ヒト遺伝子座におけるアレル頻度の分布における相違を、２×（アレルの数）表について、Ｘ２分析を行うことにより、分析した。上記で測定したＸ２値を、各マイクロサテライト遺伝子座の名前の下に示した。
【００６９】
図３は、ＰＣＲおよびフラグメント分析を、各サンプルについて少なくとも３回行った、前記Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座における遺伝子型を示し、２つの別々の実験からの代表的結果をここに示す。
【００７０】
ＥＳＮおよびＨＩＶ−血清陽性個体
ＨＩＶ血清状態について一致しない１８の異性間カップルを、研究において登録した。１１のカップルにおいて、コンドームなしの挿入的性交の長期経歴にかかわらず、女性のパートナーがＨＩＶ−感染しており、一方、男性のパートナーがＨＩＶ−血清陰性であった。残りの７カップルにおいて、男性のパートナーが、ＨＩＶ−感染であり、一方、女性のパートナーがＨＩＶ血清反応陰性であった。ＥＳＮに関する試験対象患者基準は、研究期間の前４ヶ月以内に、潜在的に危険な状態にある性交の少なくとも１回の挿入がある、少なくとも４年の間多重的無防備な性的挿入の経歴であった。前記カップルは、４年のうちに平均８回の無防備な性的挿入／年（範囲５〜＞４０）を報告していた。膣性交が基準であり、口腔性交は、ほんの非常に稀に行われた。肛門性交は、いずれのカップルにも報告されなかった。ＨＩＶ−１ウイルス血症を、先に説明したようにテストし［１４、１６］、全てのＥＳＮｓにおいて、検出不可能であった。前記ＥＳＮｓにおいて、ＨＩＶ−１の粘膜的限定存在の可能性を除外するため、ｃＤＮＡを前記のようにして精液又は膣液中、分析した［１４、１６］。ＨＩＶ−１  ｃＤＮＡを、全ての前記ＨＩＶ−感染個体において検出したが、前記ＥＳＮｓにおいては検出しなかった。血清および尿道または膣のスワブにおけるＨＩＶ−１特異性抗体の滴定を、前記のようにして行った［１４−１７、４８、５５］。前記ＥＳＮｓは、検出可能なＨＩＶ−反応性ＩｇＧをかれらの血清中に有さず、一方、全ての前記ＨＩＶ−感染個体は、ＨＩＶ−１に対して反応性な血清ＩｇＧについて、陽性であった。すべての分析を、盲検的に行った。ミラノのルイジ・サッコ病院（Luigi Sacco Hospital, Milano）およびフィレンツェのサンタ・マリア・アヌツィア病院（Santa Maria Annunziata Hospital, Florence）の研究倫理委員会は、このプロトコルを承認した。書面にされたインフォームドコンセントが、登録前の全ての患者から得られた。
【００７１】
前記Ｒｆｖ−３遺伝子の染色体マッピング
（Ｂ１０．Ａ×Ａ）×Ａ戻し交配マウスを、前記のように、繁殖させ、１５０の脾臓フォーカス形成ユニット（ＳＦＦＵ）のフレンド・ウイルス・コンプレックスで感染させ、ＰＩＤ１５において前記眼窩後方の洞から採血した［５６、５７］。フレンド・ウイルス−中和抗体の血清力価は、前記のように測定した［５４、５６、５７］。後部チップを切断して、ゲノムＤＮＡを調製し、ＳＳＬＰ遺伝子座Ｄ１５Ｍｉｔ２２、Ｄ１５Ｍｉｔ２８、Ｄ１５Ｍｉｔ７１、Ｄ１５Ｍｉｔ１７１およびＤ１５Ｍｉｔ４２におけるアレルを、特定の部位のＰＣＲプライマーを用いて同定した［５１、５２］。Ｄ１５Ｍｉｔ２８とＤ１５Ｍｉｔ１７１との間に組換えを有する個体は、前記更なるＳＳＬＰ遺伝子座におけるそれらの遺伝子型について、さらに分析した（図２、４、５）。
【００７２】
ヒトＳＳＬＰマーカーの分析
各ＥＳＮ個体およびＨＩＶ−感染個体のＰＢＭＣｓから抽出したゲノムＤＮＡ（０．５μｇ）を、以下のフランキングプライマーセット［５８］：
D22S277 左、TTCTTGTGTGGTAGTCTGGG; (配列番号: 1)
D22S277 右、TACCNACTCCCCAAACTATG; (配列番号: 2)
D22S272 左、GAGTTTTGTTTGCCTGGCAC; (配列番号:3)
D22S272 右、AATGCACGACCCACCTAAAG; (配列番号:4)
D22S276 左、CATTCTGCCAAGCAATTTAT; (配列番号:5)
D22S276 右、GCTGCTCTTTAAGTTTCTTGACC; (配列番号:6)
D22S929 左、GGAGCTGCATGTACTAGCTGG; (配列番号:7)
D22S929 右、GCATTTATGGAGTATCCACAG; (配列番号:8)
D22S1169 左、GCACACACATGCACATAATC; (配列番号: 9) および
D22S1169 右、AACAACTTCCAGCAGACG.  (配列番号:10)
を用いる40サイクルのPCR増幅のためのテンプレートとして、用いた。
【００７３】
各上記セットの左プライマーは、フラグメント分析における検出のため、５’末端をＣｙ５でロングリードタワー（Long Read Tower）DNAシーケンサー (アマシャム・ファルマシア・バイオテックＵＫ、リミテッド、英国のバッキンガムシャー（Amersham Pharmacia Biotech UK, Ltd., Buckinghamshire, UK）)でラベルした。ＰＣＲ増幅を以下の条件で、組換えＴａｑポリメラーゼ（インビトジェン・ライフ・テクノロジーズ、米国カルフォルニア州カールスバッド（Invitrogen Life Technologies, Carlsbad, California, U. S. A.））を用いて行った：９４℃で２分間初期の変性、各増幅サイクルは、９４℃で３０秒、５５℃で３０秒、および７４℃で９０秒を含み、最後の伸長は７４℃で１０分であった。遺伝子型について、各ＰＣＲ増幅フラグメント（５０〜１００ｆｍｏｌ）を、適切なサイズのマーカーと共に上記ＤＮＡ配列に適用し、前記フラグメントサイズを、製造者の取り扱い説明者に従い、前記ＡＬＦ発現サイズプログラムを用いて同定した。
【実施例２】
【００７４】
方法
マウスおよびウイルス
Ｂ１０．Ａ／ＳｌｃマウスおよびＡ／ＷｙＳｎＪマウスの繁殖対を、日本ＳＬＣインク（日本、浜松）およびメイン州バーハーバーのザ・ジャクソン・ラボラトリー（The Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine）からそれぞれ購入した。これらの親の血統ならびに（Ｂ１０．Ａ×Ａ）Ｆ１および（Ｂ１０．Ａ×Ａ）×Ａ戻し交配マウスを、繁殖させ、特定の病原体の無い条件下で酪農学園大学および近畿大学薬学部の動物施設で維持した。以下の実験手順は、動物委員会により承認され、各大学の適切なガイドラインのもと、行われた。ＦＶおよび静脈接種の調製は、前記のようにして行われた［４２、４３、６４、６５］。
【００７５】
ウイルス-中和抗体の分析
マウスを、１５０脾臓フォーカス形成ユニットのＦＶで感染させ、感染後、指示された日数のとき、エーテル麻酔下、前記眼窩後方の洞から採血した。血清を集め、用いるまで凍結して保管した。Ｆ−ＭｕＬＶ−中和抗体の血清力価を前記のように測定した［４３、６４、６５］。要するに、各血清の連続的２倍希釈物を、Ｆ−ＭｕＬＶ，ＦＢ２９の伝染性分子クローンで慢性的に感染されたマウスダニ（Ｍｕｓ  ｄｕｎｎｉ）細胞クローンの培養物から集められたプール上清の標準希釈物と混合し、培養し、２４−ウエル組織培養プレート中の感染していないマウスダニ細胞の培養物上に接種した。２日後、Ｆ−ＭｕＬＶ−感染細胞の病巣を、前記Ｆ−ＭｕＬＶ  ｅｎｖ遺伝子生成物に特異的なモノクローナル抗体を用いる病巣酵素抗体法分析により、可視化した［７４］。全ての分析を、各血清希釈物について、２つのウエルにおいて、行った。中和は、感染細胞病巣の平均数が、前記ウイルスを希釈剤のみと混合したコントロールウエルにおけるものと比較して、＜１／４まで減少した場合、著しいと判断した。抗体力価は、著しい中和を生じる最も高い血清希釈により定義した。
【００７６】
マウスにおける単純配列長多型（ＳＳＬＰ）の分析
ゲノムＤＮＡを、製造者の取り扱い説明書に従い、ＤＮイージー・ティッシュ（DNeasy Tissue）キット(QIAGEN GmbH, Hilden, Germany)を用いて、各マウスの後部チップから調製した。各マイクロサテライト遺伝子座について１対のオリゴヌクレオチド・プライマーを、前記マウスゲノム部位(http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/mouse/, The Whitehead Institute/MIT Center for genome Research, Massachusetts)の遺伝的および物理的マップ内のデータベース中に挙げられている配列情報に基づき、調製し、ゲノムＤＮＡフラグメントのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により、増幅に用いた。５０ｎｇの各テンプレートＤＮＡを、製造者の取り扱い説明書に従い、組換えＴａｑポリメラーゼ（インビトジェン・ライフ・テクノロジーズ, カルフォルニア州カールスバッド)を用いるクイック・サーモ・パーソナルＰＣＲシステム（Quick Thermo Personal）(Nippon Genetics, Tokyo, Japan)により、３５サイクルの増幅に付した。ＰＣＲ生成物は、４％アガロースゲル剤中、電気泳動により分離され、ＵＶ光の下、臭化エチジウム染色により、可視化された。
【００７７】
連鎖分析
有意な力価（２１．５≦）のＦ−ＭｕＬＶ−中和抗体を有する戻し交配マウスを、プロデューサーとして選定し、一方、検出限界以下の抗体力価（＜２１．３）を有するものを、非プロデューサーとして選定した。カットオフポイントは、１６のＡ／ＷｙＳｎマウスのＦ−ＭｕＬＶ−中和力価（すべては、検出限界以下だった）と、ＰＩＤ  １５における１５の（Ｂ１０．Ａ×Ａ／ＷｙＳｎ）Ｆ１マウス（２１．５）の群において観察された最低中和力価を基に、決定した。各試験染色体遺伝子座における遺伝子型と、ウイルス−中和抗体の存在または不在との間の相関関係を、２×２の分割表に基づき、ピアソンのＸ２テストにより分析した。前記染色体遺伝子座およびロッドスコアのマップオーダーを、ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＥＸＰソフトウエア・バージョン３．０ｂ（ゲノム研究のためのホワイトヘッド・インスティチュート／ＭＩＴセンター）を用いて、多点解析により決定した。
【００７８】
Ｄ１５Ｍｉｔ１遺伝子座の物理的マッピング
前記Ｄ１５Ｍｉｔ６８遺伝子座と前記Ｄ１５Ｍｉｔ１１８遺伝子座との間の、マウス染色体１５のセグメントをカバーするバクテリアの人工染色体（ＢＡＣ）の３８のオーバーラップクローンを、前記ＲＰＣＩ−２３メスＣ５７ＢＬ／６マウスＢＡＣライブラリー（カルフォルニア州オークランド、子供病院オークランド研究所（Children's Hospital Oakland Research Institute, Oakland, California）)から選択し、得た。各マイクロサテライト遺伝子座の存在を、前記のようにして、ＰＣＲ分析により、各単離ＢＡＣクローンをテンプレートとして用いて検出した。期待したサイズのＰＣＲ生成物が、テンプレートとして、Ｄ１５Ｍｉｔ１およびＲＰ２３−２９０Ｍ７  ＤＮＡについて前記プライマーセットを用いて得られ、前記フランキングプライマーの存在およびこのマイクロサテライト遺伝子座の公知構造とマッチする反復配列を、このＢＡＣクローンのデータベース−報告配列において、同定した（アクセションＮｏ．ＡＬ５９１７４６）。このマイクロサテライト配列の存在は、オーバーラップＢＡＣクローン、ＲＰ２３−３０５Ｐ１０において検出されなかった。
【００７９】
ＥＵＩおよびＨＩＶ−１−感染個体
ＨＩＶ−１血清状態に一致しない４２の異性間カップルを、本研究において、登録した。３２のカップルにおいて、コンドームなしの挿入的性交の長期経歴にかかわらず、女性のパートナーがＨＩＶ−１−感染であり、一方、男性のパートナーがＨＩＶ血清反応陰性であった。残りの１０のカップルにおいて、男性のパートナーは、ＨＩＶ−１−感染であり、一方、女性のパートナーがＨＩＶ−血清陰性であった。ＥＵＩ群に関する試験対象患者基準は、研究期間の前４ヶ月以内に、潜在的に危険な状態にある性交の少なくとも１回の挿入がある、少なくとも４年間の間、多重的無防備な性的挿入の経歴であった。前記カップルは、４年のうちに平均８回の無防備な性的挿入／年（範囲５〜＞４０）を報告していた。４９のさらなる年齢および性別が合うＨＩＶ−１−感染個体を、イタリア、フローレンス、オスダレ・サンタ・マリア・アヌツィアの伝染性疾患ユニットにより、登録した。最後に、４７の感染していない年齢および性別が合う健康なコントロール個体を、ミラノのルイジ・サッコ病院およびフローレンスのサンタ・マリア・アヌツィア病院から、ボランティアとして登録した。ミラノのルイジ・サッコ病院およびフィレンツェのサンタ・マリア・アヌツィア病院の研究倫理委員会は、このプロトコルを承認し、登録者の遺伝子型分析は、近畿大学薬学部の倫理委員会により承認された。書面にされたインフォームドコンセントが、記入前の全ての患者から得られ、サンプルは、匿名扱いされ、盲検的に分析した。
【００８０】
表現型定義
血漿ＨＩＶ−１ロードは、先に説明したように、ＡＭＰＬＩＣＯＲ  ＨＩＶモニタテスト（ロッシュ診断システム、ナトリー、ニュージャージー）を用いて、定量し［２１、２３］、全てのＥＵＩｓおよび健康なコントロールにおいて検出不可能であった。前記ＥＵＩｓにおいて、ＨＩＶ−１の粘膜的限定存在の可能性を除外するため、逆転写物および前記のようなＰＣＲ法により、可能性のあるＨＩＶ−１  ｃＤＮＡを前記のようにして精液又は膣液中、分析した［２１、２３］。ＨＩＶ−１  ｃＤＮＡは、前記ＥＵＩｓにおいて検出されなかった。血清および尿道または膣のスワブにおけるＨＩＶ−１−特定の抗体の滴定を、前記のようにして、ＨＩＶ  ＥＩＡテスト（カルフォルニア州、バークレー、カリプターバイオメジィカルコーポレーション）を用いて、酵素連関イムノ分析により行った［２１−２６］。前記ＥＵＩｓは、彼らの血清中、検出可能なＨＩＶ−反応性ＩｇＧは有さなかった一方、全てのＨＩＶ−感染個体は、ＨＩＶ−１に対して血清ＩｇＧ反応性について陽性であった。末梢血液におけるＨＩＶ−１−反応性記憶Ｔ−細胞の検出および列挙について、酵素連関イムノスポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析を前記のように行った［２３］。要するに、ＰＢＭＣｓは、イムノ優性および無差別エピトープ（前記ＨＩＶ−１外皮グリコタンパク質、ｇｐ１６０において同定された）を表現する５の合成ペプチドの混合物で刺激され、抗インターフェロン（ＩＦＮ）−γ抗体−被覆９６ウエルプレートにおいて培養された。分泌ＩＦＮ−γのスポットは、可視化され、ビオチン接合抗ＩＦＮ−γ抗体（スゥエーデン、ナッカ、マブテック（Mabtech, Nacka, Sweden）)、ストレプトアビジン接合アルカリホスファターゼ(マブテック)、および ホスファターゼ基質キット(カルフォルニア州、ヘラクレス、バイオ・ラッド・ラボラトリーズ（Bio-Rad Laboratories, Hercules, California）)を用いて、カウントした。
【００８１】
ヒトＳＳＬＰマーカーの分析
各試験個体のＰＢＭＣｓから抽出された５００ｎｇのゲノムＤＮＡを、エンセンブル（Ｅｎｓｅｍｂｌ）ゲノムブラウザに記述されている配列データを基に合成したフランキングプライマーセットを用いるＰＣＲ増幅の４０サイクルについて、前記テンプレートとして用いた。各左プライマーを、ＡＢＩ３１００ＤＮＡシーケンサー（アプライド・バイオシステム・フォスターシティ、カルホルニア州（Applied Biosystems, Foster City, California)）でのフラグメント分析における検出のため、蛍光（florescent）染料でラベルした。ＰＣＲ増幅を、以下の条件下で、組換えＴａｑポリメラーゼ（インビトジェン・ライフ・テクノロジーズ）を用いて行った：９４℃で２分の初期の変性、各増幅サイクルは、９４℃で３０秒、５５℃で３０秒、および７４℃で９０秒を含み、最後の伸長は、７４℃で１０分であった。遺伝子型について、各ＰＣＲ増幅フラグメント（５０−１００ｆｍｏｌ）を、適切なサイズのマーカーと共に上記ＤＮＡシークエンサーに適用した。ピーク同定とサイズ測定を、ジーンスキャンソフトウエア（GeneScan software）(アプライド・バイオシステム（Applied Biosystems)）で行った。完全なフラグメントのサイズの決定について、各試験遺伝子座について少なくとも２つの同型接合個体から得られるＰＣＲ生成物を、ｐＣＲ２．１−ＴＯＰＯベクター（インビトジェン・ライフ・テクノロジーズ）にクローン化し、前記Ｍ１３フォワードプライマーを用いることにより、配列決定した。配列決定は、少なくとも６つの同一クローンが各アレルについて観察されるまで、繰り返された。
【００８２】
統計分析
アレル頻度分布と免疫学的分析の結果との比較について用いられた標準統計値を、文章および表注釈の対応部分において明記した。３つの表現型群の間で異なる頻度を有する優性アレルの可能性のある存在を試験するために、数学的分析を、以下のようにして行った。ｘｉｊを、前記ＥＵＩ群について前記遺伝子型ｉ／ｊ（ｉ≦ｊ）を有する個体の数として定義した。［前記において、
【００８３】
【数１】
2006502728.tif 000005
は、この群に属する個体の全数である。ｘ＝（ｘｉｊ）ｉ≦ｊが、パラメータａ＝（ａｉｊ）ｉ≦ｊを有する多項式分布を有すると仮定する［前記において、
【００８４】
【数２】
2006502728.tif 000006
］。便宜上、ａｊｉ＝ａｉｊとする。同様に、表記法ｙ，ｂおよびｚ，ｃを、前記ＨＩＶ−１−感染群および健康な制御群についてそれぞれ定義した。前記ＥＵＩ群について前記アレルｉを有する前記個体の前記頻度は、
【００８５】
【数３】
2006502728.tif 000007
として表現された。同様に、ｂｉおよびｃｉを定義する。前記ＥＵＩ群およびＨＩＶ群について前記アレルｉを有する個体の頻度が同じであるという仮定は、Ｈｉ：ａｉ＝ｂｉとして表現される。同様に、また、仮定ａｉ＝ｃｉは、前記ＥＵＩを健康な制御群と比較するために考慮される。
【００８６】
本研究において、我々は、多重仮説Ｈｉ’ｓをテストし、対応する統計Ｐ値を得た。各Ｈｉについての判断を、プリセット危険率有意水準においてたとえ行ったとしても、全体判断は、実際、より大きな危険率有意水準で行われるかもしれない、というのは、誤差率は、１より多いテストの後、蓄積しているからであることに、注目されたい。上記のような帰無仮説の誤った排除は、以下のような閉じたテスト手順を用いることにより、解決することができる［７７］。
【００８７】
【数４】
2006502728.tif 000008
を、前記仮説Ｈｉ’ｓの全ての交点からなる閉じたセットとする。いずれの仮定
【００８８】
【数５】
2006502728.tif 000009
について、共通の有意なレベルを有する前記排除領域を作ることが可能と仮定する。閉じたテスト手順によれば、対応する排除領域を用いて、Ｈを含む仮説全てを我々が排除した後にのみ、われわれは、
【００８９】
【数６】
2006502728.tif 000010
を排除することができるという。従って、残りの問題は、前記排除領域を設定することである。
【００９０】
ｔｉを、前記仮定Ｈｉについて、標準化されたテスト統計値とする。対応する排除領域は、
【００９１】
【数７】
2006502728.tif 000011
となる。共通の仮定Ｈを考慮する。例えば、Ｈを、Ｈ１、．．．ＨＩの交点とする。対応する排除領域は、
【００９２】
【数８】
2006502728.tif 000012
で定義することができる。我々は、以下の分散安定化タイプを、標準化テスト統計値として用いた。
【００９３】
【数９】
2006502728.tif 000013
前記式中、
【００９４】
【数１０】
2006502728.tif 000014
【００９５】
一般に用いられそうな比とピアソンのＸ２テストを超える利点として、上記のタイプにより、我々は、P値が小さいほど、対応する帰無仮説の前記排除が強くなると解釈するのが可能になった。というのも、逆正弦の分散が、サンプルとは無関係に一定であったからである。前記手順はまた、別のメリットがある:もし、最大交点仮定
【００９６】
【数１１】
2006502728.tif 000015
が、排除されれば、前記最小Ｐ値に対応する前記個体仮定が、閉じたテスト手順の観点から、自動的に排除されうる。加えて、もし、前記最小Ｐ値に対応する前記仮定のみが、前記個体仮説のうち排除されるなら、前記閉じたテスト手順の観点から、排除のみされた仮定である。もし、アレルの数がＩであれば、Ｉ仮説、Ｈｉ’ｓがある。単純にするため、Ｈｉ’ｓについて対応するＰ値を、ｐ１＜・・・＜ｐＩと考える。前記最大交点仮定は、Ｈｉ’ｓの交点である。この仮定が排除されれば、換言すれば、もし、前記対応Ｐ値が前記共通危険率有意水準αより低ければ、前記最小Ｐ値に対応する前記仮定Ｈ１は、前記閉じたテスト手順の観点から排除されうる。加えて、もし、ｐ１＜α＜ｐ２＜・・・・であれば、排除された仮定は、Ｈ１のみである。
【００９７】
ｔｉ’ｓの結合分布は、通常、前記帰無仮説の下の多変量正規分布により近似することができ、従って、対応する近似Ｐ値は、容易に前記個体仮説について計算することができる。共通の仮定についての近似Ｐ値は、前記中心極限定理と前記パラメータ・ブートストラップを用いて、計算することができる［７８］。この手順は、単純なボンデローニ補正より強力であることに注意されたい。小さい頻度のアレルの存在による不必要な妨害を避けるため、我々は、共通の仮定を考慮したとき、０．１より大きな推定頻度である仮説のみをテストした。これは、０．１より小さな頻度のアレルは、全体の群の表現型を表現し得ないからである。近似多変量から１００，０００の無作為抽出サンプルを引き出すことにより、計算を行った。本研究において、我々は、感染後１５日におけるＦＶ−感染（Ｂ１０．Ａ×Ａ）×Ａ戻し交配マウスにおけるウイルス−中和抗体の検出可能力価の存在または不在が、染色体１５遺伝子座におけるそれらの遺伝子型と強固に関連していることを示した。連鎖地図データは、前記ウイルス中和抗体の生産を制御する単一遺伝子は、前記Ｄ１５Ｍｉｔ７１遺伝子座の近傍に位置し、予め染色体上に位置付けられたＲｆｖ−３遺伝子座と共局在化していることを示している［４５、４６］。前記Ｒｆｖ−３−関連表現型がＦＶ感染症後３５〜４０日までのウイルス血症のクリアランスにより、定義されており［４４−４６］、中和抗体が、染色体１５（図４）上の前記Ｂ１０−誘導優性アレルを有するマウスにおいて感染後１５日において検出可能であるので、ウイルス中和抗体の初期生産が、ウイルス血症の初期クリアランスと関連していることは、大いに予想される。図１から理解されるように、ａ、ＦＶ感染後、異なる時点での（Ｂ１０．Ａ×Ａ）Ｆ１
【００９８】
【数１２】
2006502728.tif 000016
マウスおよびA
【００９９】
【数１３】
2006502728.tif 000017
マウスにおけるウイルス−中和抗体の平均力価（ｎ＝１１−１６）における変化。Ｓ．Ｅ．Ｍ．は、筋で示した。破線は、検出限界を示す。ｂ、ＰＩＤ１５においてテストした各個体マウスにおけるウイルス−中和抗体の力価。Ｄ１５Ｍｉｔ７１遺伝子座における遺伝子型は、前記Ａ−誘導アレル
【０１００】
【数１４】
2006502728.tif 000018
についての同型接合か、またはＢ１０．Ａ誘導およびＡ−誘導アレル
【０１０１】
【数１５】
2006502728.tif 000019
についての異形接合のいずれかについてである。
【０１０２】
マウス染色体１５にシンテニーなヒト染色体２２のセグメント以内に位置するマイクロサテライト遺伝子座における遺伝子型が、ＨＩＶ−１−感染していない個体における粘膜抗ＨＩＶ  ＩｇＡの存在と関連していたことは、最も興味をそそられる。多重比較について修正を行った後でさえ、前記Ｄ２２Ｓ４２３遺伝子座（アレル２２１を有する個体の頻度が、前記ＥＵＩ群において、前記ＨＩＶ−１−感染群においてよりも、著しく高い）において、最も高い相関関係が観察された。このマーカー遺伝子座は、前記ウイルス中和抗体の生産を制御する遺伝子遺伝子座を抱くマウス染色体１５の領域に対応する染色体部分の中央に位置する（図４）。図４において、物理的マッピングおよびシンテニー・データは、エンセンブル（Ｅｎｓｅｍｂｌ）ゲノムブラウザにおいて準拠したものを基にした。セントロメア
【０１０３】
【数１６】
2006502728.tif 000020
は、左に配置した。ＦＶ−中和抗体の生産を制御するマウス遺伝子座の位置は、１４３（Ｂ１０．Ａ×Ａ）×Ａ戻し交配マウスを用いる連鎖分析により決定し、８匹の危篤動物（染色体組換えが、前記Ｄ１５Ｍｉｔ１０５遺伝子座と前記Ｄ１５Ｍｉｔ１０７遺伝子座との間に同定された）において、前記ＳＳＬＰ遺伝子型と抗体力価とを、相関づけることにより示された領域にまで、さらに狭められた。遺伝子型が、前記ＥＵＩ群とＨＩＶ−感染群との間で比較されたヒトＳＳＬＰ遺伝子座もまた、示す。前記Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座における前記アレル１５６および１５８（これらは、（染色体ごとに、それぞれ、５．６％および９．３％）前記データベース−報告白人ＣＥＰＨ人口［５９、６０］の中で稀である）が、前記ＥＵＩ群において、より頻繁に観察された（それぞれ、９．５％および１７．９％）ことも、注目に値するであろう。ＨＩＶ−１−感染群および健康に制御されている群の個体において観察されるこれらのアレルの頻度は、前記ＣＥＰＨ人口において報告されているものと、同等であり、ＨＩＶ−１−感染群と健康に制御されている群を合わせ、前記ＥＵＩ群と比較したとき、前記アレル１５６の頻度（両側フィッシャーの直接確率検定によりＰ＝０．０３５）と、前記アレル１５８の頻度（前記同じ検定によりＰ＝０．００６１）において、著しい相違があった。マイクロサテライト突然変異の割合が、コドン遺伝子におけるポイント突然変異の割合よりも、ずっと高く［６１］、最も普通の段階的突然変異が、＞２０反復のマイクロサテライトについて、反復数の減少に向かって偏っている［６２］ので、前記Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座における前記アレル１５６および１５８（それぞれ、２５および２６ジヌクレオチド）は、前記感染していない個体におけるＨＩＶ−１に対し、増強された免疫応答と、関連している同じ推定アレルに両方が連関していると仮定するのが正当である。この観点で、前記アレル１５６および１５８が、両方、単独優性遺伝要因に連関していると仮定して行った前記分散安定化分析により、前記ＥＵＩおよびＨＩＶ−１−感染との間の著しい相違が立証でき、前記ＥＵＩ群および健康に制御されている群がそれぞれＰ＝０．００６６および０．００７９において、これら２つの個体無効仮説は、また、多重比較についての修正をそれぞれＰ＝０．０３７８および０．０４４８で前記閉じたテスト手順で行った後、排除された（著しい相違を確認した）。さらに、同じ比較を、前記ＨＩＶ−１−感染個体と健康的な制御個体とを合わせた群と、前記ＥＵＩ群との間で行ったとき、前記アレル１５６または１５８のいずれかを有する個体の頻度が、前記ＥＵＩｓの中で著しく高く（Ｐ＝０．００１９）、これは、多重比較について修正を行った（Ｐ＝０．０１２１）後でさえ、非常に著しかった。従って、マウス染色体１５にシンテニーであるヒト染色体２２のセグメント以内の多重遺伝子座における遺伝子型は、ＨＩＶ−感染していないイタリア人において、ＨＩＶ−１に対して強粘膜およびＴ−細胞免疫応答の存在と著しく関連している。
【０１０４】
ＦＶ−感染マウスにおけるウイルス−中和抗体の生産は、ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞機能に左右され［６３］、前記ウイルス外皮エピトープの前記Ｔ−細胞認識が、ウイルス−中和抗体のクラス転換の動態に強く影響を及ぼす［６４、６５］。同様に、本研究に登録した、ＨＩＶ−１−暴露かつ感染していない個体は、末梢血液中に、ＨＩＶ−感染個体と比較して、著しく多い量の粘膜抗ＨＩＶ−１  ＩｇＡと、より多い数のＨＩＶ−１外皮−反応性Ｔ細胞を有していた（表２）。
【０１０５】
【表２】
2006502728.tif 000021
【０１０６】
従って、これら全てのデータは、遺伝子の優性応答アレル（ＦＶ感染症の初期段階においてレトロウイルス−中和抗体を引き起こす能力を付与するマウスのアレルにおそらく相同性である）が、染色体２２に存在し、前記２２ｑ１３．１セグメントの近くに位置するという仮定と一致する。ＨＩＶ−感染症に対する抵抗性および／または後天性免疫不全症候群への進行に影響を及ぼすと先に報告されたヒト遺伝子のいずれも、３ｐ２１に位置するＣＣＲ５およびＣＣＲ２、１０ｑ１１．１に位置するＳＤＦ１、６ｐ２１．３に位置するＨＬＡ、１９ｑ１３．４に位置するＫＩＲｓおよび１ｑ３１−３２に位置するＩＬ１０（参照３、３８−４７）のような、前記ヒト染色体のこの領域に位置していなかった。加えて、前記ＣＣＲ５△３２突然変異（同型接合体における前記ＨＩＶコレセプターの細胞表面発現の欠如に結果としてなる［２０、６６−６９］）は、本研究の登録者に見られなかった（データ示さず）一方、３／４２のＥＵＩｓが、非相同のＣＣＲ５−△３２欠失の存在を示した。この突然変異が、イタリアおよびタイにおいて、前記ＨＩＶ−１−暴露かつ感染していない個体のなかで、まれであることが知られている［２１、２６、７４］。全体で、本発明者の結果により、ＨＩＶ−１感染に対する免疫抵抗性を付与する新規遺伝要因の存在が示された。
【０１０７】
中和抗体を制御するマウス遺伝子座の連鎖地図
ＦＶの侵入および複製に影響を与える宿主遺伝子と、ウイルス抗原への宿主Ｔ−細胞応答に影響を及ぼすものの効果を除外するため、遺伝的分析を、ＦＶ−感染しやすいＦｖ−１ｂ／ｂ、Ｆｖ−２ｓ（Ｆｖ−２ｒ／ｓまたはＦｖ−２ｓ／ｓのいずれか）およびＨ２ａ／ａの遺伝子型を分け合うマウスのＢ１０．Ａ血統およびＡ血統の異種交配を用いて行った。（Ｂ１０．Ａ×Ａ）Ｆ１およびＡマウスを、ＦＶ感染後、異なる時点でウイルス−中和抗体のそれらの生産について、比較したとき、これらのマウスのいずれも、感染後１０日で中和抗体の検出可能なレベルを有していなかった。中和抗体は、親Ａマウスにおいて、感染後の日（ＰＩＤ）１５および２０に検出不可能であった。対照的に、感染（Ｂ１０．Ａ×Ａ）Ｆ１マウスの全ての個体は、ＰＩＤ１５において著しい中和力価および、ＰＩＤ２０においてテストされたとき、ＰＩＤ１５においてのものと比較して、著しく増加した力価を有していた（図１）。従って、（Ｂ１０．Ａ×Ａ）×Ａ戻し交配マウスにおいて中和抗体力価の可能な隔離を、ＰＩＤｓ１５、１７および２１において、それらを採血することにより、テストした。ウイルス−中和抗体は、ＰＩＤ１５において、１４３の（Ｂ１０．Ａ×Ａ）×Ａ戻し交配マウスの６３（４４％）において、検出不可能であり（図１）、単一遺伝子座が中和抗体の生産または生産の欠乏に関係していることが示唆される。連鎖分析について、ウイルス血症の持続性に影響を及ぼす前記Ｒｆｖ−３遺伝子座が、この染色体上に位置付けられたので、遺伝子型が染色体１５上に集中し、４３の別々の戻し交配個体を用いて行われた初期の分析が、ＰＩＤ１７におけるウイルス−中和力価と、染色体１５における４つの遺伝子座、Ｄ１５Ｍｉｔ２２、Ｄ１５Ｍｉｔ２８、Ｄ１５Ｍｉｔ４２およびＤ１５Ｍｉｔ１６１（データ示さず）における遺伝子型との間に、著しい相関関係を示した。１４３の戻し交配マウスを用いて行われた連鎖分析の結果により、染色体１５におけるマーカー遺伝子座での遺伝子型と、ＰＩＤ１５におけるウイルス−中和抗体の力価との間に、最も強力な相関関係（Ｘ２＝７４．０、Ｐ＝１．１７×１０−７）が観察されたとともに、前記Ｄ１５Ｍｉｔ７１遺伝子座において強力な相関関係が示された（表３）。
【０１０８】
【表３】
2006502728.tif 000022
【０１０９】
ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＥＸＰを有する連鎖地図に、ウイルス血症の初期クリアランスと関連している前記Ｒｆｖ−３遺伝子座の先のマッピングと一致する、前記Ｄ１５Ｍｉｔ７１遺伝子座とＤ１５Ｍｉｔ１７１遺伝子座との間のＰＩＤ１５における、ウイルス−中和抗体の存在または不在を決定する遺伝子座の位置を示した。ＦＶ−中和抗体の生産に影響を与える遺伝子座のさらなるマッピングを、前記Ｄ１５Ｍｉｔ２８遺伝子座とＤ１５Ｍｉｔ１７１遺伝子座の間の重要な組換えを有する前記戻し交配動物の遺伝子型により行った。この目的のため、前記Ｄ１５Ｍｉｔ７１遺伝子座を囲む染色体１５の約１２Ｍｂｐ領域を、１８の多形性マイクロサテライトマーカーでカバーし、各個体戻し交配マウスにおいてそれらの遺伝子型を決定した。その結果、この領域内に相互組換えを有する８の戻し交配マウスが同定された（図４）。Ｄ１５Ｍｉｔ１は、エンセンブル・ゲノム・ブラウザ(
1118724419859_0
)において達成されたマウスゲノムの物理的マップに現在は含まれていないが、マウス染色体１５のセグメントを抱くバクテリア人工染色体、ＲＰ２３−２９０Ｍ７(塩基数４７９１５−４８０９７）のクローン以内に、このマイクロサテライトマーカーのフランキングプライマーと反復配列を我々は同定したことに注目されたい。従って、前記Ｄ１５Ｍｉｔ１遺伝子座の物理的マップは、図４に含まれる。ＰＩＤ１５におけるウイルス−中和抗体の生産と、Ｄ１５Ｍｉｔ７１、Ｄ１５Ｍｉｔ２、Ｄ１５Ｍｉｔ２１４、Ｄ１５Ｍｉｔ６９およびＤ１５Ｍｉｔ７０遺伝子座における遺伝子型の間の著しい相関関係（両側フィッシャーの直接確率検定によりＰ＝０．０２９）が、これらの相互組換え動物において観察されたので、ＦＶ−中和抗体の生産を制御する遺伝子座が、最も幅広くて、Ｄ１５Ｍｉｔ１にテロメアであり、かつＤ１５Ｍｉｔ１１８遺伝子座にセントロメアである領域以内に位置することが予想される。
【０１１０】
ＨＩＶ−１−暴露かつ感染していないイタリア人の遺伝的分析
本発明者らは、次に、前記マウス遺伝子座の推定類似（ortholog）が、ヒトレトロウイルス感染症において、抗体生産に影響を及ぼすかもしれないという可能性を研究した。ＨＩＶ−１および結果として生じる希少なマルチケース（multicase）家族の伝達の失敗のため、影響が及んだ兄弟と、影響が及ばなかった兄弟とを比較することによる標準連鎖分析が不可能であった。従って、本発明者らは、おそらく保護的な抗ＨＩＶ−１免疫応答が、感染していない個体において、優性遺伝要因の存在と関連しており、この因子が、感染個体において欠乏していると仮定して、個体の、暴露されたが感染していない群と、ＨＩＶ−１−感染群との間の遺伝子型を比較することにより、シンプルな関連研究を行った。加えて、本発明者らは、また、上記推定遺伝要因が、ＦＶ感染の初期段階においてウイルス−中和抗体を引き起こす能力を付与するマウス遺伝子座の類似かもしれないと、仮定した。従って、本発明者らは、マウス染色体１５にシンテニーなヒト染色体２２のセグメントにおける多形性遺伝的マーカーに集中した（図４）。検出不可能な血液および細胞のＨＩＶゲノムにもかかわらず、粘膜抗ＨＩＶ−１  ＩｇＡを有し、ＨＩＶ−１ペプチド特異性Ｔ−細胞サイトカイン生産を示すＨＩＶ−１−感染個体の４２人の感染していないパートナー；前記ＥＵＩｓの感染パートナーを含む４９人のＨＩＶ−１−感染個体；および４７人の感染していない健康に制御された人を、書面にされたインフォームドコンセントでもって、イタリアのミラノおよびフローレンスから登録し、図４に示す遺伝子座において、遺伝子分類した。前記３つの表現型群のウイルス学的および免疫学的パラメータを、表２にまとめた。３つの群の間で可能性のある遺伝的相違は、２つの方法で比較した。最初に、試験した遺伝子座におけるアレル頻度の分布を、２×（アレルの数）の分割表について、ピアソンのＸ２分析を用いて、前記３つの表現型群の各対の間で比較した。民族学的興味のため、合わせた群として、登録者のアレル頻度分布もまた、ゲノムデータベース（ＧＤＢ、バージョン６．４）に報告されているＣＥＰＨ家族白人のものと比較した。第２に、所定の遺伝子座に問題になっているアレルを有する個体の頻度を、方法のセクションにおいて説明したように、分散安定化統計値を用いて、３つの表現型群の間で数学的に比較した。従って、登録したイタリア人と、ＣＥＰＨ家族白人住民との間の試験した遺伝子座におけるアレル頻度の分布は、前記Ｄ２２Ｓ４２３遺伝子座と前記Ｄ２２Ｓ１１６６遺伝子座（それぞれ、Ｐ＝０．００６１および０．００８７）において以外は、相違しなかった。アレル頻度を３つの表現型の間で比較したとき、Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座におけるそれらの分布は、Ｐ＝０．０３９において、前記ＥＵＩ群と、健康に制御された群との間で相違していた。他の遺伝子座において、著しい相違は観察されなかった。
【０１１１】
所定の遺伝子座において、特定なアレルを有する個体の頻度を、優性モデルを採用することにより３つの表現型群の間で比較したとき、目的の数学的分析により、著しい相違を有する多重遺伝子座が明らかにされた（表４）。
【０１１２】
【表４】
2006502728.tif 000023
【０１１３】
これらの個体相違点は、閉じたテスト手順を用いることにより、多重比較による単独帰無（等頻度）仮定の可能性のある誤った排除について、さらに試験した。その結果、前記Ｄ２２Ｓ２７２遺伝子座においてアレル１３４を有する個体の頻度は、前記ＥＵＩ群と、健康に制御された群との間で著しく相違しており、Ｄ２２Ｓ４２３遺伝子座にアレル２２１を有する個体の頻度も、前記ＥＵＩ個体とＨＩＶ−感染個体との間で著しく相違していた。
【０１１４】
本発明者らは、アレルＤ２２Ｓ９２９、Ｄ２２Ｓ２７２、Ｄ２２Ｓ２８４およびＤ２２Ｓ１１６６が、以下の表において、
【０１１５】
【数１７】
2006502728.tif 000024
により示されるように、感染していないＨＩＶ−暴露患者において、より煩雑であることを見出す一方、前記アレルＤ２２Ｓ２９９は、以下の表において、
【０１１６】
【数１８】
2006502728.tif 000025
により示されるように、頻度がより少ないことが確認された。
【０１１７】
【表５】
2006502728.tif 000026
【０１１８】
【表６】
2006502728.tif 000027
【０１１９】
【表７】
2006502728.tif 000028
【０１２０】
【数１９】
2006502728.tif 000029
【０１２１】
【数２０】
2006502728.tif 000030
【０１２２】
【数２１】
2006502728.tif 000031
【０１２３】
【数２２】
2006502728.tif 000032
【０１２４】
【数２３】
2006502728.tif 000033
【０１２５】
【数２４】
2006502728.tif 000034
【０１２６】
【数２５】
2006502728.tif 000035
【０１２７】
【数２６】
2006502728.tif 000036
【図面の簡単な説明】
【０１２８】
【図１】図１は、マウスの類似遺伝子型血統におけるＰＩＤ１６−２０で検出されたフレンドウイルス−中和抗体の力価を示す。
【図２】図２は、マウス染色体１５とヒト染色体２２のシンテニーな領域以内に位置するＳＳＬＰマーカーおよび相同性遺伝子との順序と、その間の距離の図表示である。
【図３】図３は、Ｄ２２Ｓ２７７遺伝子座における遺伝子型を示す。
【図４】図４は、マウス染色体１５とヒト染色体２２のシンテニーな領域以内に位置するＳＳＬＰマーカーの順序と、その間の距離を示す。
【図５】図５は、フレンドのウイルスに対する抵抗性を付与するマウス遺伝子と、ヒトウイルス抵抗性遺伝子との間の完全な同一性を示す。
【図６】図６は、ＨＩＶ−１−暴露したが、感染していない個体にのみ観察される、染色体２２にわたる連鎖不平衡の断絶を示す図表説明である。
【図７】図７は、ＨＩＶ−１抵抗力があるアレルの部位マッピングおよび頻度ならびにマウス染色体１５上のマウス抗体制御遺伝子座およびヒト染色体２２のシンテニーな領域の図表説明である。
【図１】
2006502728.tif 000037
【図２】
2006502728.tif 000038
【図３】
2006502728.tif 000039
【図４】
2006502728.tif 000040
【図５】
2006502728.tif 000041
【図６】
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【図７】
2006502728.tif 000043
【図８】
2006502728.tif 000044
【配列表】
2006502728000001.app
【国際調査報告】
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