(57)【要約】本発明は、第４および第８染色体にクラスターをなしている、マウスの造血細胞特異的なサイトカイン誘導性の脱ユビキチン化プロテアーゼ（「ＤＵＢ」）のヒト類似体、および、それらのそれぞれの調節領域に関する。該ヌクレオチド、またはそれによりコードされたタンパク質は、ヒトＤＵＢの阻害剤を同定するための分析に用いることができる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｈＤＵＢ４．１ａ、ｈＤＵＢ４．１ｂ、ｈＤＵＢ４．２ａ、ｈＤＵＢ４．２ｂ、ｈＤＵＢ４．３、ｈＤＵＢ４．４、ｈＤＵＢ４．５、ｈＤＵＢ４．６、ｈＤＵＢ４．７、ｈＤＵＢ４．８、ｈＤＵＢ４．９、ｈＤＵＢ４．１０、ｈＤＵＢ４．１１、ｈＤＵＢ８．１、ｈＤＵＢ８．２、ｈＤＵＢ８．３、ｈＤＵＢ８．５、ｈＤＵＢ８．６、ｈＤＵＢ８．７、ｈＤＵＢ８．８、ｈＤＵＢ８．９、ｈＤＵＢ８．１０、および、ｈＤＵＢ８．１１からなる群より選択されるヒト脱ユビキチン化プロテアーゼをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項２】
ｈＤＵＢ４．１ａ、ｈＤＵＢ４．１ｂ、ｈＤＵＢ４．２ａ、ｈＤＵＢ４．２ｂ、ｈＤＵＢ４．３、ｈＤＵＢ４．４、ｈＤＵＢ４．５、ｈＤＵＢ４．６、ｈＤＵＢ４．７、ｈＤＵＢ４．８、ｈＤＵＢ４．９、ｈＤＵＢ４．１０、ｈＤＵＢ４．１１、ｈＤＵＢ８．１、ｈＤＵＢ８．２、ｈＤＵＢ８．３、ｈＤＵＢ８．５、ｈＤＵＢ８．６、ｈＤＵＢ８．７、ｈＤＵＢ８．８、ｈＤＵＢ８．９、ｈＤＵＢ８．１０、および、ｈＤＵＢ８．１１からなる群より選択されるヒト脱ユビキチン化プロテアーゼであるポリペプチド。
【請求項３】
ポリヌクレオチドを、請求項１に記載のｈＤＵＢの阻害剤を同定するための分析に用いる、請求項１に記載のポリヌクレオチドの使用方法。
【請求項４】
ポリペプチドを、請求項２に記載のｈＤＵＢの阻害剤を同定するための分析に用いる、請求項２に記載のポリペプチドの使用方法。
【請求項５】
請求項２に記載のポリペプチドを阻害することができる化合物を投与して、炎症性サイトカインシグナル伝達を調節することにより炎症を減少させる方法。
【請求項６】
請求項２に記載のポリペプチドを阻害することができる化合物を投与して、リンパ球の増殖に関与するサイトカイン受容体シグナル伝達を変化させることにより自己免疫疾患を調節する方法。
【請求項７】
請求項２に記載のポリペプチドを阻害することができる化合物を投与して感染の際の免疫反応を調節する方法。
【請求項８】
請求項１に記載のポリヌクレオチドの転写の調節を変化させることができる化合物を投与して炎症性サイトカインシグナル伝達を調節することにより炎症を減少させる方法。
【請求項９】
請求項１に記載のポリヌクレオチドの転写の調節を変化させることができる化合物を投与して、リンパ球の増殖に関与するサイトカイン受容体シグナル伝達を変化させることにより自己免疫疾患を調節する方法。
【請求項１０】
請求項１に記載のポリヌクレオチドの転写の調節を変化させることができる化合物を投与して感染の際の免疫反応を調節する方法。
【請求項１１】
レポーター遺伝子に操作可能に結合した、ｈＤＵＢ  ４．１a、ｈＤＵＢ４．１ｂ、ｈＤＵＢ４．２ａ、ｈＤＵＢ４．２ｂ、ｈＤＵＢ４．３、ｈＤＵＢ４．４、ｈＤＵＢ４．５、ｈＤＵＢ４．６、ｈＤＵＢ４．７、ｈＤＵＢ４．８、ｈＤＵＢ４．９、ｈＤＵＢ４．１０、ｈＤＵＢ４．１１、ｈＤＵＢ８．１、ｈＤＵＢ８．２、ｈＤＵＢ８．３、ｈＤＵＢ８．５、ｈＤＵＢ８．６、ｈＤＵＢ８．７、ｈＤＵＢ８．８、ｈＤＵＢ８．９、ｈＤＵＢ８．１０、および、ｈＤＵＢ８．１１からなる群より選択されるヒト脱ユビキチン化プロテアーゼの５’側に隣接するポリヌクレオチドを含むレポーター分析において、化合物を加え、ついでその化合物の効果を測定する、ヒト脱ユビキチン化プロテアーゼの調節因子を同定する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、遺伝子のクラスターとして第４および第８染色体で見出された、マウスのＤＵＢ（造血細胞特異的なサイトカイン誘導性の脱ユビキチン化プロテアーゼ）の類似体、および、それぞれの調節領域に関する。
【背景技術】
【０００２】
タンパク質分解におけるユビキチンの役割が発見され、このシステムの主要な酵素反応が網状赤血球由来の無細胞系での生化学的な研究で明らかになった。このシステムにおいて、タンパク質がユビキチン（７６個のアミノ酸残基からなるタンパク質）に共有結合することにより、分解の標的となる。簡単に言えば、ユビキチン−タンパク質結合は、三つの酵素の連続した作用を必要とする。ユビキチンのＣ末端のＧｌｙ残基は、ＡＴＰを必要とする段階で特異的な活性化酵素Ｅ１により活性化される（第１段階）。この段階は、ＰＰiの放出を伴うユビキチンアデニレートの中間体形成、それに続き、ＡＭＰの放出を伴うユビキチンのＥ１のＣｙｓ残基へのチオールエステル結合での結合からなる。次に、活性化されたユビキチンは、ユビキチン−キャリアータンパク質Ｅ２の活性部位のＣｙｓ残基に転移される（第２段階）。第三の段階において、ユビキチン−タンパク質リガーゼまたはＥ３酵素で触媒され、ユビキチンは、そのＣ末端で、基質タンパク質のＬｙｓ残基のアミノ基にアミドイソペプチド結合で結合する（第３段階）。
【０００３】
ポリユビキチン鎖に結合したタンパク質は、通常、２６Ｓプロテアソーム複合体により分解され、この作用はＡＴＰ加水分解を必要とする。２６Ｓプロテアソームは、プロテアーゼ触媒部位を含む複合体である２０Ｓプロテアソームと１９Ｓ「キャップ」または調節複合体とのＡＴＰ依存性の集合体により形成される。１９Ｓ複合体は、いくつかのＡＴＰアーゼサブユニットと、ユビキチン化タンパク質に対する２６Ｓプロテアソームの特異的な作用に関与すると思われるその他のサブユニットとを含む。２６Ｓプロテアソーム複合体の集合及びそのタンパク分解作用におけるＡＴＰの役割はわかっていない。２６Ｓプロテアソームの作用により、いくつかのタイプの生成物：遊離ペプチド、ユビキチンのＬｙｓ残基を介してユビキチンと結合したままの低分子ペプチド、および、ポリユビキチン鎖が生じるものと思われる（第４段階）。後者の２つの生成物は、ユビキチン−Ｃ末端加水分解酵素またはイソペプチダーゼの作用により遊離で再使用可能なユビキチンに変換される（第５段階および第６段階）。いくつかのイソペプチダーゼはまた、特定のユビキチン−タンパク質複合体を分解し（第７段階）、それにより２６Ｓプロテアソームによるそれらのタンパク質分解を防ぐと考えられる。後者のタイプのイソペプチダーゼ作用は、間違ってユビキチン化されたタンパク質を救い出す修正機能、または、調節的な役割を有する可能性がある。上記プロセスにより形成された低分子ペプチドはさらに、細胞質内のペプチダーゼにより遊離アミノ酸に分解され得る（第８段階）。
【０００４】
ユビキチンが介在するタンパク質分解は、様々な生物学的プロセスに関与する。細胞周期調節タンパク質、例えばサイクリン、サイクリン依存性キナーゼの阻害剤、および分裂後期インヒビターの、選択的でプログラム化された分解は、細胞周期の進行において必須の現象である。細胞成長と増殖はさらに、腫瘍サプレッサー、癌原遺伝子、およびシグナル伝達システムの構成要素の、ユビキチンが介在する分解により制御される。多数の転写調節因子の迅速な分解は、多種多様なシグナル伝達プロセス、および、環境からの信号への応答に関与する。ユビキチンシステムは、エンドサイトーシス、および、受容体とトランスポーターのダウンレギュレーション、同様に、小胞体中の既存のタンパク質や異常なタンパク質の分解に関与することがはっきりしている。発生およびアポトーシスにおいてユビキチンシステムの役割が強く示唆されているが、このような場合に関与する標的タン
パク質は同定されていない。いくつかのユビキチンが介在するプロセスにおける機能障害は、悪性の形質転換などの病的状態を引き起こす。
【０００５】
ユビキチン化のためにタンパク質を印付ける様々なシグナルに関する我々の知識も限定されている。近年の報告では、リン酸化により多くのタンパク質が分解の標的となることが示されている。これまでに、迅速に分解されるタンパク質の多くは、ＰＥＳＴ要素（Ｐｒｏ、Ｇｌｕ、Ｓｅｒ、およびＴｈｒ残基が豊富な領域）を含むことが示されている。さらに近年、ＰＥＳＴ要素は、Ｓ／ＴＰ配列（Ｃｄｋやその他いくつかのタンパク質キナーゼの最小限のコンセンサスなリン酸化部位）が豊富であることが指摘された。実際には、目下、いくつかの（ただし、もちろん全部ではない）事例において、ＰＥＳＴ成分は、分解に必要なリン酸化部位を含むとみられている。従って、酵母Ｇ１サイクリンＣｌｎ３およびＣｌｎ２、同様に、Ｇｃｎ４転写アクチベーターのユビキチン化および分解には、ＰＥＳＴ成分における複数のリン酸エステル化が必要である。その他のタンパク質、例えば哺乳動物Ｇ１調節因子サイクリンＥおよびサイクリンＤ１は、特異的な単一の部位でのリン酸化により、ユビキチン化の標的となる。ＮＦ−ｋＢ転写レギュレーターのＩｋＢα阻害剤の場合では、２つの特異的部位（Ｓｅｒ−３２およびＳｅｒ−３６）におけるリン酸化はユビキチンの結合を必要とする。β−カテニンは、リン酸化によりユビキチンが介在する分解の標的となるが、これは、これらリン酸化部位周辺のＩｋＢαの配列モチーフと類似した配列モチーフを有する。しかしながら、これら２つのタンパク質のリン酸化パターンにおける相同性は完全ではなく、なぜならβ−カテニンのその他の部位のリン酸化もまたその分解に必要とされるためである。リン酸化により分解の標的となるその他のタンパク質としては、Ｃｄｋ阻害剤Ｓｉｃ１ｐ、および、ＳＴＡＴ１転写因子が挙げられる。異なるリン酸化パターンは異なるタンパク質を分解の標的とするが、共通の特徴は、最初の調節現象はタンパク質キナーゼにより行われること、一方、ユビキチンリガーゼの役割はタンパク質基質のリン酸化形態を認識すると考えられる。さらに、異なるユビキチンリガーゼは、様々なタンパク質基質において、異なるリン酸化パターンと同時に、それに加えてその他のモチーフをも認識するものと思われる。しかしながら、出芽酵母において数種のリン酸化した細胞周期の調節因子に作用する数種のＰＵＬＣ型ユビキチンリガーゼを除きこのようなＥ３の同一性はわかっていない。実際に、数種のタンパク質のリン酸化がそれらの分解を妨害するという観察により、タンパク質をユビキチンが介在する分解の標的とするシグナル（および、このようなシグナルを認識しなければならないリガーゼ）の多様性が明らかである。従って、ＭＡＰキナーゼによる、Ｓｅｒ３におけるｃ−Ｍｏｓ癌原遺伝子のリン酸化、および、ｃ−Ｆｏｓおよびｃ−Ｊｕｎ癌原遺伝子の複数の部位での複数のリン酸エステル化により、それらのユビキチン化と分解が抑制される。
【０００６】
ユビキチンの結合に関与する酵素ファミリーの他にも、近年、極めて大規模な脱ユビキチン化酵素ファミリーが様々な生物から同定された。これら酵素は、数種の機能を有すると考えられている。第一に、これらは、ペプチダーゼ活性を有し、ユビキチン遺伝子産物を切断する可能性がある。ユビキチンは、２つの別個の遺伝子クラスでコードされている。一つはポリユビキチン遺伝子であり、これは、隣接するユビキチン分子のＣ末端ＧｌｙとＮ末端Ｍｅｔとがペプチド結合することにより連結した直鎖状のユビキチンポリマーをコードする。ユビキチンの各コピーは、連続するユビキチン部分のＧｌｙ−７６とＭｅｔ−１との間のペプチド結合を正確に切断することにより解離されなければならない。その他のユビキチン遺伝子クラスは、ユビキチンのＣ末端伸長タンパク質をコードしており、これは、ユビキチンのＣ末端のＧｌｙと、伸長タンパク質のＮ−末端のＭｅｔとの間でペプチド結合が融合したものである。現在までに、上述の伸長体としては、５２または７６〜８０個のアミノ酸からなるリボソームタンパク質がある。これらユビキチン融合タンパク質を処理すると、ユビキチンと対応するＣ末端伸長タンパク質とが得られる。第二に、脱ユビキチン化酵素は、イソペプチダーゼ活性を有する可能性がある。標的タンパク質が分解されると、脱ユビキチン化酵素は、標的タンパク質またはその残余物からポリユビキチン鎖を切り取ることができる。ポリユビキチン鎖はまた、２６Ｓプロテアソームによるタンパク質分解の最中またはその後に、脱ユビキチン化酵素により分解されなければならず、それにより遊離のユビキチン単量体が再生する。このようにして、脱ユビキチン化酵素は、ユビキチン化タンパク質を分解する２６Ｓプロテアソームの能力を高めることができる。第三に、脱ユビキチン化酵素は、ユビキチンのＧｌｙ−７６のカルボキシル基へのエステル結合、チオールエステル結合、およびアミド結合を加水分解する可能性がある。このような非機能的な結合は、低分子の細胞内化合物（例えばグルタチオン）と、Ｅ１−、Ｅ２−、またはＥ３−ユビキチンチオールエステル中間体との反応から生じる可能性がある。第四に、脱ユビキチン化酵素は、タンパク質基質からユビキチンを除去することにより結合系と競合する可能性があり、それにより、ユビキチン化が介在する分解またはその他いずれかの機能からそれらを防御する。従って、直鎖状ポリユビキチンおよびユビキチン融合タンパク質、ならびに、タンパク質に結合した分岐状ポリユビキチンからの、脱ユビキチン化酵素によるユビキチンの生成は、遊離ユビキチンの十分なプールを維持するのに必須であるべきである。多くの脱ユビキチン化酵素が存在するということは、これら脱ユビキチン化酵素は別々の基質を認識し、それゆえに特異的な細胞のプロセスに関与するということを示唆する。これら脱ユビキチン化酵素の上記特異性を証明する最新の証拠があるにも関わらず、これら酵素の構造と機能との関連性に関する研究は未だに不十分である。
【０００７】
脱ユビキチン化酵素は、配列相同性に基づき大まかに２つのクラスに分類することができ、すなわち、ユビキチン特異的プロセシングプロテアーゼ（ＵＢＰまたはＵＳＰ、または２型ユビキチンＣ末端加水分解酵素（２型ＵＣＨ）としても知られている）と、ＵＣＨ（または１型ＵＣＨとしても知られている）である。ＵＣＨ（１型ＵＣＨ）酵素は、主としてユビキチンのＣ末端のエステルとアミドを加水分解するが、ユビキチンの遺伝子産物を切断し、ポリユビキチン鎖を分解する可能性もある。これら酵素は、共通して、これら酵素を同定する配列の高度に保存された４つのブロックを含む２１０個のアミノ酸からなる触媒ドメインを有する。これら酵素は、２つのよく保存されたモチーフである、ＣＹＳボックスとＨＩＳボックスを含む。変異誘発の研究により、２つのボックスは触媒作用において重要な役割を果たすことが明らかになった。いくつかのＵＣＨ酵素は、かなりのＣ末端伸長を有する。Ｃ末端伸長の機能はまだわかっていないが、酵素の適切な局在に関与するようである。これらＵＣＨ酵素の活性部位は、システイン、ヒスチジン、およびアスパラギン酸で構成される触媒３残基を含み、パパインと類似した化学メカニズムを利用する。これら酵素の一種であるＵＣＨ−Ｌ３の結晶構造が解像度１.８Åで解明されている。この酵素は、ヘリックスの両側面に存在する中心部の逆平行βシートを含む。βシートと１つのヘリックスは、チオールプロテアーゼのカテプシンＢで観察されたものと類似している。その類似性としては、活性部位を含む３つのアミノ酸残基、Ｃｙｓ95、Ｈｉｓ169、およびＡｓｐ184が挙げられる。活性部位はユビキチンの結合に適合するようであり、その他の部位でも固定する可能性がある。遊離酵素における触媒部位は、非特異的な加水分解を制限する分子の２つの異なるセグメントによりマスキングされ、基質が結合した後、コンフォメーションの再編成を受けるに違いない。
【０００８】
ＵＢＰ（２型ＵＣＨ）酵素は、ユビキチン遺伝子産物を切断し、加水分解後にポリユビキチン鎖を解体することができる。ＣＹＳボックスとＨＩＳボックスで区切られた約４５０個のアミノ酸からなるコア領域が存在するようである。これらアイソフォームの多くはＮ末端伸長を有し、Ｃ末端伸長を有するものは少数である。加えて、多くのアイソフォームのコア領域において可変的な配列が存在する。これら多様な配列の機能は、未だよく特徴付けられていない。特異的なＵＢＰのその他の興味深い機能は、細胞増殖の調節である。サイトカインが、Ｔ細胞で特異的な脱ユビキチン化酵素（ＤＵＢ）（ＤＵＢ−１およびＤＵＢ−２と称する）を誘導することが観察されている。ＤＵＢ−１は、ＩＬ−３、ＩＬ−５、およびＧＭ−ＣＳＦに対するサイトカイン受容体の刺激により誘導されるが、これは、インターロイキン受容体のβ−共通（ベータｃ）サブユニットに関するその誘導における役割を示唆する。ＪＡＫ２の優性の負の突然変異体の過剰発現は、ＤＵＢ−１のサイトカイン誘導を阻害するが、これは、酵素の調節がＪＡＫ／ＳＴＡＴシグナル変換経路に対する細胞反応の一部であることを示唆する。ＤＵＢ−１の持続した発現は、Ｇ1で細胞を停止させる；それゆえに、この酵素は、Ｇ0からＧ1への移行を制御することにより細胞成長を調節するようである。この酵素の触媒性の保存されたＣｙｓ残基は、その活性に必要である。ＤＵＢ−２は、ＩＬ−２により前初期（ＩＥ）遺伝子として誘導され、刺激の開始直後にダウンレギュレートされる。この酵素の機能もまた不明確である。この酵素は、重要な細胞周期レギュレーターの分解を促進または阻害する可能性がある。
【０００９】
インターロイキン−２（ＩＬ−２）のようなサイトカインは、それらの受容体のチロシンを迅速にリン酸化することにより細胞内のシグナル伝達経路を活性化し、細胞成長や生存に関与する多くの遺伝子の活性化を起こす。脱ユビキチン化酵素ＤＵＢ−２は、ＩＬ−２に対する反応で誘導され、ヒトＴ細胞白血病ウイルスＩ型（ＨＴＬＶ−１）で形質転換されたＴ細胞で発現され、このＴ細胞はＩＬ−２のＪＡＫ／ＳＴＡＴ（シグナルトランスデューサーおよび転写活性化因子）経路の構成的な活性化を示し、Ｂａ／Ｆ３細胞で発現されれば、ＤＵＢ−２は、ＩＬ−２により誘導されたＳＴＡＴ５のリン酸化を著しく持続する。ＤＵＢ−２はＩＬ−２が介在する増殖を増強しないが、成長因子が取り除かれた場合、ＤＵＢ−２発現細胞は、ＳＴＡＴ５のリン酸化を継続し、ＩＬ−２により誘導された遺伝子であるｃｉｓおよびｃ−ｍｙｃの発現を増強した。ＤＵＢ−２発現は、サイトカインの除去により誘導されるアポトーシスを顕著に阻害し、細胞を生存させることができた。それゆえに、ＤＵＢ−２は、ＪＡＫ／ＳＴＡＴ経路を介するシグナル伝達を増強し、リンパ球の生存を延長させる役割を有し、ＤＵＢ−２が構成的に発現される場合は、ＪＡＫ／ＳＴＡＴ経路の活性化に寄与すると考えられ、これは、いくつかの形質転換細胞で観察されている。（Ｍｉｇｏｎｅ，Ｔ．−Ｓ．等，Ｂｌｏｏｄ．２００１年，９８：１９３５〜１９４１）。
【００１０】
タンパク質のユビキチン化は、サイトカイン活性化シグナル伝達経路と造血細胞の成長の重要なレギュレーターである。タンパク質のユビキチン化は、ユビキチン結合酵素と脱ユビキチン化酵素との協調作用により制御される。近年、成長を調節する脱ユビキチン化酵素（ＤＵＢ−１およびＤＵＢ−２）をコードする遺伝子の新規のファミリーが同定された。ＤＵＢは前初期遺伝子であり、サイトカイン刺激に反応して迅速かつ一時的に誘導される。ＤＵＢ−２に相補的なＤＮＡに対する縮重プライマーを用いたポリメラーゼ連鎖反応による増幅により、３個のマウスのＤＵＢ遺伝子配列を含む細菌人工染色体（ＢＡＣ）クローンを単離した。１つのＢＡＣは、ＤＵＢ−２に対して広範な相同性を有する新規のＤＵＢ遺伝子（ＤＵＢ−２Ａ）を含んでいた。ＤＵＢ−１およびＤＵＢ−２と同様に、ＤＵＢ−２Ａ遺伝子は、２つのエキソンを含む。予測されるＤＵＢ−２Ａタンパク質は、そのＣ末端における高度可変領域を含む一次アミノ酸配列ではその他のＤＵＢと高い関連を示す。インビトロで、ＤＵＢ−２Ａは、機能的な脱ユビキチン化活性を有していた；その保存されたアミノ酸残基の突然変異により、この活性が失われた。ＤＵＢ−２Ａ遺伝子の５’フランキング配列は、造血細胞特異的な機能的エンハンサー配列を有する。ＤＵＢサブファミリーの少なくとも３つのメンバー（ＤＵＢ−１、ＤＵＢ−２、およびＤＵＢ−２Ａ）があり、別々の造血サイトカインが特異的なＤＵＢ遺伝子を誘導し、それによりサイトカイン特異的な成長反応を開始させると考えられている。（Ｂａｅｋ，Ｋ．−Ｈ．等，Ｂｌｏｏｄ．２００１年：９８：６３６〜６４２）。
【００１１】
タンパク質のユビキチン化はまた、プロテアソームが介在する分解を伴わない細胞において調節機能を提供する。例えば、近年、ＨｉｃｋｅおよびＲｉｅｚｍａｎは、酵母におけるＳｔｅ２受容体のリガンド誘導性のユビキチン化を実証している。Ｓｔｅ２受容体のユビキチン化は、受容体のエンドサイトーシスと、プロテアソームではなく小胞への受容
体の標的化を引き起こす。また、Ｃｈｅｎ等は、ＩＢキナーゼの活性化は、迅速な、誘導性のユビキチン化現象を必要とすることを実証している。このユビキチン化現象は、ＩＢの特異的リン酸化に必須であり、その後のキナーゼ複合体のタンパク質分解を起こさない。Ｓｔｅ２およびＩＢキナーゼのユビキチン化は可逆的であり、恐らく特異的な脱ユビキチン化酵素の作用により生じるものと考えられる。
【００１２】
脱ユビキチン化酵素、すなわちＵＢＰ、をコードする遺伝子の大規模なスーパーファミリーが近年同定された。ＵＢＰは、ユビキチン特異的なチオールプロテアーゼであり、直鎖状ユビキチン前駆体タンパク質、または、イソペプチドユビキチン結合体を含む翻訳後修飾されたタンパク質のいずれをも切断する。多数のＵＢＰでは、タンパク質のユビキチン化は、タンパク質のリン酸化のように、細胞内で調節される極めて可逆的なプロセスであることが示唆される。
【００１３】
興味深いことに、ＵＢＰの間では、長さと構造の複雑性が大きく相違していることから、その機能的な多様性が示唆される。それらのコーディング領域を通してアミノ酸配列類似性はわずかであるが、配列比較により２つの保存されたドメインが明らかになった。Ｃｙｓドメインは、活性な酵素の求核剤として役立つシステイン残基を含む。Ｈｉｓドメインは、酵素の活性部位に寄与するヒスチジン残基を含む。さらに最近の証拠によれば、ｕｂｐスーパーファミリーの全メンバーに含まれる６つの相同性ドメインが示されている。ＣｙｓドメインおよびＨｉｓドメインにおける保存された残基の変異誘発により、ＵＢＰ活性に必須な数種の残基が同定された。
【００１４】
近年、サイトカイン受容体の刺激に対する反応で迅速に誘導される、成長を調節する脱ユビキチン化酵素ＤＵＢ−１が同定されている。ＤＵＢ−１は、ＩＬ−３、顆粒球マクロファージ−コロニー刺激因子、およびＩＬ−５に対する受容体により特異的に誘導されるが、これは、これら受容体が共通して有するｃサブユニットに関する特異的な役割を示唆している。ＤＵＢ−１遺伝子のクローニングの過程において、クロスハイブリダイゼーションする関連のＤＵＢ遺伝子のファミリーが同定された。このことから、その他のＤＵＢ遺伝子も異なる成長因子により誘導可能と思われる。この方法を用いて、ＩＬ−２誘導性のＤＵＢ酵素、ＤＵＢ−２、および、強い関連性を示すＤＵＢ−２ａが同定された。ＤＵＢ−１およびＤＵＢ−２は、ｕｂｐスーパーファミリーの他のメンバーに比べて互いにより密接に関連しているため、新規の脱ユビキチン化酵素サブファミリーと定義される。
【００１５】
マウス系における造血細胞特異的なサイトカイン誘導性ＤＵＢが、サイトカイン受容体を持続させることが示されている（Ｍｉｇｏｎｅ，Ｔ．Ｓ．等（２００１年）を参照）。脱ユビキチン化酵素ＤＵＢ−２は、サイトカイン誘導性のシグナルトランスデューサーと転写活性アクチベーターを持続させ、サイトカインの除去の後のアポトーシスを抑制する（Ｂｌｏｏｄ，９８，１９３５〜４１；Ｚｈｕ，Ｙ．等（１９９７年））。ＤＵＢ−２は、新規のサイトカイン誘導性脱ユビキチン化酵素のファミリーのメンバーである（Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２７２，５１〜７、および、Ｚｈｕ，Ｙ．等（１９９６年））。マウスのＤＵＢ−１遺伝子は、インターロイキン−３受容体のベータｃサブユニットにより特異的に誘導される（Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ，１６，４８０８〜１７）。これらの効果は、ｈＤＵＢのマウス類似体であるＤＵＢ−１またはＤＵＢ−２による受容体またはその他のシグナル伝達中間体の脱ユビキチン化による可能性がある。ｈＤＵＢの阻害は、特異的サイトカイン受容体シグナル伝達のダウンレギュレートをもたらし、従って、特異的な免疫反応を調節することができるかもしれない。
【００１６】
サイトカインは、特異的な標的遺伝子の発現を誘導することにより細胞成長を調節する。近年同定されたサイトカイン誘導性の前初期遺伝子ＤＵＢ−１は、成長調節活性を有する脱ユビキチン化酵素をコードする。加えて、インターロイキン−２により誘導される高い関連性を示す遺伝子ＤＵＢ−２が同定された。ＤＵＢ−２のｍＲＮＡは、Ｔ細胞で前初期遺伝子として誘導され、迅速にダウンレギュレートされた。ＤＵＢ−１と同様に、ＤＵＢ−２タンパク質は、インビトロで脱ユビキチン化活性を有していた。ＤＵＢ−２のユビキチン特異的なチオールプロテアーゼ活性に必要とされる保存されているシステイン残基をセリンに変異させた場合（Ｃ６０Ｓ）、脱ユビキチン化活性が失われた。ＤＵＢ−１およびＤＵＢ−２タンパク質は、それらの一次アミノ酸配列においてそれらのＣＯＯＨ末端における高度可変領域を除き高い関連性を示す。その上、ＤＵＢ遺伝子はマウス第７染色体のある領域に一緒に局在しており、これは、それらが先祖からのＤＵＢ遺伝子のタンデム重複により生じたことを示唆している。さらなるＤＵＢ遺伝子がこの領域に一緒に局在しているが、これは、サイトカイン誘導性ＤＵＢ酵素のより大規模なファミリーを示唆している。我々は、様々なサイトカインが特異的なＤＵＢ遺伝子を誘導すると考えている。それにより、それぞれの誘導されたＤＵＢ酵素が、未知の成長調節因子の分解またはユビキチン化状態を調節し、サイトカイン特異的な成長反応を起こす。これら構造的な基準に基づき、ＤＵＢサブファミリーのさらなるメンバーをＧｅｎＢａｎｋTMで同定することができる。最も高い相同性は、ＣｙｓドメインとＨｉｓドメインでみられる。加えて、この予測されるヒトＤＵＢタンパク質は、Ｌｙｓドメイン（アミノ酸４００〜４１０個）と、高度可変領域（アミノ酸４１３〜４４２個）を含む。
【００１７】
マウスのＤＵＢ（ｍＤＵＢ）サブファミリーメンバーは、さらに機能的な基準において他のＵＢＰと異なる。ｍＤＵＢサブファミリーメンバーは、サイトカイン誘導性の前初期遺伝子であり、それゆえに細胞成長または分化において調節作用を有する可能性がある。また、ＤＵＢタンパク質は不安定であり、それらが誘導された直後にユビキチン介在タンパク質分解により迅速に分解される。
【００１８】
ｍＤＵＢに関する報告によれば、ＩＬ−２やＩＬ−３のような特異的なサイトカインは、特異的な脱ユビキチン化酵素（ＤＵＢ）を誘導することを実証している。これらのＤＵＢタンパク質は、ユビキチン−タンパク分解経路を修飾し、それにより特異的な細胞成長または分化シグナルに介在する可能性がある。これら修飾は、時間的に調節されている。例えば、ＤＵＢ−２タンパク質は、ＩＬ−２により、迅速に、ただし、一過性に誘導される。ＤＵＢ酵素の特異的イソペプチダーゼ阻害剤による干渉は、特異的サイトカインシグナル伝達現象をブロックする可能性がある。
【００１９】
デフェンシンは、哺乳動物における抗菌ペプチドの主要なファミリーの構成要素である。システインの分布とジスルフィド結合による連結に基づき、ヒトデフェンシンは以下の２つのカテゴリーに分類することができる：α−デフェンシン（顆粒球および小腸の上皮細胞で見出すことができる）、および、β−デフェンシン（上皮細胞およびマクロファージなどの白血球で発現される）。いくつかのデフェンシンは、その他のものが細菌性病原体または前炎症性サイトカイン（例えばＩＬ−１β、ＴＮＦ−αおよびインターフェロン−γ）のいずれかへの暴露により誘導されるのにもかかわらず、顆粒球および上皮細胞で構成的に発現される。ヒトデフェンシンをコードする遺伝子は、染色体８Ｐ２３上で１Ｍｂのセグメント内にクラスターを形成しており、最近の遺伝子増幅によれば、α−デフェンシンは、雌ウシなどの多くの哺乳動物でも検出することができないため、β−デフェンシンは、α−デフェンシンファミリーよりも前に発生した可能性があることが示唆されている。雌ウシは、少なくとも１３種のβ−デフェンシンを有するが、α−デフェンシンは有さない。β−デフェンシンは、自然免疫反応の重要なメカニズムとして、数種の細菌性および真菌性病原体に対する早期宿主防御に役に立つ。この抗菌活性の他にも、近年、未成熟樹状細胞と記憶Ｔ細胞との両方、加えて単球に対する化学誘引物質活性が説明されており、すなわち、β−デフェンシンが自然免疫反応および獲得免疫反応の両方を促進し得ることを実証している。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００２０】
本発明は、遺伝子のクラスターとして第４および第８染色体で見出された、マウスのＤＵＢ（造血細胞特異的なサイトカイン誘導性の脱ユビキチン化プロテアーゼ）の類似体、および、それぞれの調節領域に関する。ヒトゲノムデータベースをマウスのＤＵＢ−１およびＤＵＢ−２配列を用いて検索することにより、公開されたデータベースでこれまで報告されていないＤＵＢのトランケート型を発現する１１個の新規のヒトＤＵＢと４個の可能性のある遺伝子が同定された。これら遺伝子は、欠失により生じるギャップならびにＮ末端および／またはＣ末端の伸長をミスマッチとしてをカウントしない場合、互いに８８〜９９％のアミノ酸が同一なオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）が共通であり、マウスのＤＵＢと約５０％の同一性を示す。１１個のＯＲＦのうち８個は、５３０個のアミノ酸からなるタンパク質を生産する。２個のＯＲＦ（ｈＤＵＢ８．３、および、ｈＤＵＢ８．１１）は、内部のインフレーム欠失を有し、それにより、それぞれ４９７個と４１７個のアミノ酸長を有するポリペプチドを生産することができる。１個のＯＲＦ（ｈＤＵＢ４．５）は、そのＯＲＦの５’末端および３’末端の両方が伸長しており、それによりこの遺伝子は５７４個のアミノ酸長を有するポリペプチドを発現することができる。驚くべきことに、この５’の伸長により、ポリペプチドにミトコンドリアを標的化させることができる特異的なプロポリペプチド配列が生じる。その上、これら遺伝子のそれぞれの調節領域、予測されるプロモーターはまた、互いに９０％近い同一性を有し、これは、それらの発現が協調していることを示す。加えて、我々は、これら遺伝子のうち２個は、独立して制御され得る別々のプロモーターの制御下で発現され、別個のタンパク質産物を生産する可能性があることを見出した。
【００２１】
低分子化合物によるこれら遺伝子産物の操作により、（１）前炎症性サイトカインシグナル伝達を調節することにより炎症を低減させること、（２）リンパ球の増殖に重要なサイトカイン受容体シグナル伝達を調節することにより自己免疫疾患を調節すること、および（３）上記メカニズムを用いた感染の際の免疫過剰反応を調節することができる。
【００２２】
２種のクラスター遺伝子（ｈＤＵＢ４．１、および、ｈＤＵＢ４．２）は、それらが転写され得る状態において独立して制御されるように、それらのＯＲＦの前に２種の別個のプロモータードメインを有する。これらＯＲＦのより長い転写物（ｈＤＵＢ４．１ａ、および、ｈＤＵＢ４．２ａと称した）は、それぞれ１２個および４個のエキソンを含み、それぞれ１０１６個および１０２１個のアミノ酸長さを有するポリペプチドを生産することができる。これらポリペプチドは、独立したプロモーターから発現され得るそれらの短縮型（それぞれｈＤＵＢ４．１ｂ、および、ｈＤＵＢ４．２ｂと称した）と、Ｃ末端の５３０個のアミノ酸が共通である。加えて、２つのその他のＯＲＦは、５３０アミノ酸より長いポリペプチド（ｈＤＵＢ４．１０、および、ｈＤＵＢ４．１１）を生産することができる。注目すべきことには、これら２つの予測されるポリペプチドは、Ｎ末端部分の一部において顕著な相同性を有する（配列ファイルの最後にこれらのアライメントファイルを添付した）。上記ＯＲＦのうち３つ（ｈＤＵＢ４．５、４．８、および８．２）は、ミトコンドリアを標的化する配列に典型的なＮ末端インサートを有する。これら配列のアライメントを表に示す。ＯＲＦの開始ＡＴＧ上流に定められたプロモーター配列は、ｈＤＵＢ４．１ａのプロモーター配列を除いて互いに顕著なレベルの相同性を示す。ｈＤＵＢ４．１ａのプロモーター配列を除いた全てのプロモーター配列間の配列同一性は、開始ＡＴＧ上流の２０００塩基対の範囲において約９０％である。これらプロモーター配列のうち２つ（ｈＤＵＢ８．３、および、８．１１）は、開始ＡＴＧ上流の約１０００塩基対に３３４個のヌクレオチドインサートを含む。興味深いことに、内部欠失を有するため短いＯＲＦを有するのはｈＤＵＢ８．３、および、ｈＤＵＢ８．１１だけである。これらのＯＲＦに加えて、その他の５３０個のアミノ酸長を有するポリペプチドと開始コドンが共通であるがインフレームに終結配列を有するために早期に終結するポリペプチドを発現することができる５つのＯＲＦが存在する（ｈＤＵＢ４．４、ｈＤＵＢ４．９、ｈＤＵＢ８．２、ｈＤＵＢ８．９、およびｈＤＵＢ８．１０）。これらはまた、ＡＴＧ開始コドンの上流に顕著な相同性を有し、すなわちそれらが、調節機能を有する可能性のあるトランケート型のタンパク質として発現され得ることを示す。全ての１１のｈＤＵＢ８遺伝子は、８Ｐ２３の２Ｍｂ領域内にデフェンシンクラスターと共にクラスターをなしており、これは、獲得および増幅がいずれも恐らく哺乳動物の進化の過程で比較的最近の事象であることを示している。興味深いことに、ｈＤＵＢ４遺伝子クラスターは、いまだ染色体上の位置が割り当てられていない染色体４Ｐ１６の高度に増幅されたクラスター領域内にある。これらのデータは、ｈＤＵＢ４およびｈＤＵＢ８が、不安定な増幅を受けるヒト染色体（４ｐ１６、および、８ｐ２３の両方）の極めて動的な領域内にあることを示す。このデータはさらに、ｈＤＵＢ８の発現が、自然免疫反応や炎症の重要な構成要素であるデフェンシンと共に協調している可能性も示す。
【００２３】
ｍＤＵＢのヒト類似体を同定するための検索方法：
ｍＤＵＢ１、−２、−２Ａのヒト類似体を同定するために、ｍＤＵＢ１（Ｕ４１６３６）、ｍＤＵＢ２（ＮＭ＿０１００８９）、およびｍＤＵＢ２Ａ（ＡＦ３  ９３６３７）ＤＮＡ配列を用いて、Ｅｎｓｅｍｂｌ  ｂｌａｓｔサーチエンジン（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／ｐｅｒｌ／ｂｌａｓｔｖｉｅｗ）を利用した、Ｅｎｓｅｍｂｌの全長「ゴールデンパス（ｇｏｌｄｅｎ  ｐａｔｈ）」（コンティグとして）に対して検索した。３種のｍＤＵＢは全て、第８染色体上に、２０００を上回る高いスコア、ｅ−８７未満のプロバビリティで、コンティグＡＣ０８３９８１、ＡＦ２５２８３１、ＡＦ２２８７３０、ＡＦ２５２８３０、ＡＣ０６８９７４を含む重要なアライメントを有する。ゲノム中の全ての相同遺伝子を探し当てるために、「ゴールデンパス」コンティグに対して検索するためにゲノムのアラインされた配列を用いてエグゾースト検索を行った。ｅ−１００未満のプロバビリティを有する重要なアライメントを有するコンティグがさらに２つ検索された：１つは第８染色体上のＡＣ０７４３４０、もう１つは第４染色体上のＡＣ０２２７７０である。
【００２４】
コンティグＡＣ０８３９８１、ＡＦ２５２８３１、ＡＦ２２８７３０、ＡＦ２５２８３０、ＡＣ０６８９７４、ＡＣ０７４３４０およびＡＣ０２２７７０のＤＮＡ配列をＥｎｓｅｍｂｌからダウンロードし、ＧｅｎＳｃａｎ遺伝子アノテーションプログラムを用いて各コンティグに関する遺伝子アノテーションを行った。ｍＤＵＢと相同性を有する遺伝子は、それらの染色体上の位置に基づき配列中に命名された。例えば、ｈＤＵＢ８．１は、ＡＦ２２８７３０由来であり、８．２、８．３はＡＦ２５２８３０由来であり、８．５はＡＣ０７４３４０由来であり、８．６はＡＦ２５２８３１由来であり、８．７、８．８および８．９はＡＣ０８３９８１由来であり、８．１０および８．１１はＡＣ０６８９７４由来である。ｈＤＵＢ４．１、４．２、４．３、４．４、４．５は、第４染色体上のＡＣ０２２７７０由来である。
【００２５】
これらｈＤＵＢ４およびｈＤＵＢ８を用いて、ＥｎｓｅｍｂｌｅおよびＮＣＢＩ  ｂｌａｓｔ検索の両方を行った。第４染色体をカバーするさらなるコンティグＮＴ＿０２８１６５を同定した。このコンティグとすでにアセンブルした染色体４ｐ１６．１領域から、ＧｅｎＳｃａｎ遺伝子アノテーションプログラムを用いてさらなるアノテーションを行った。これより、我々は、ｈＤＵＢ４．６、４．７、４．８、４．９、４．１０、および４．１１を同定した。
【００２６】
第４染色体におけるｈＤＵＢ遺伝子クラスターの分析により、マッピングされていないコンティグ（ＡＣ０２２７７０）中の少なくとも５つのＯＲＦがマウスのＤＵＢ１および２を用いたヌクレオチド相同性検索により同定されたことが明らかになった。５つのＯＲＦのうち少なくとも４つは、コアの５３０個のアミノ酸配列が共通である。２つのＯＲＦ
（ｈＤＵＢ４．１およびｈＤＵＢ４．２）は、複数のエキソンを有するＯＲＦであり、このＯＲＦは最小限の配列同一性を有するポリペプチドのＮ末端部分が伸長している。しかしながら、５つの遺伝子全てで保存された最後のエキソンの近位に位置するイントロン領域中に、２,０００超の塩基を含む保存された予測されるプロモーター配列が存在する。これらのＯＲＦのうち３つ（ｈＤＵＢ４．５、４．８、および８．２）は、ミトコンドリアを標的化する配列に典型的なＮ−末端インサートを有する。ｈＤＵＢ遺伝子は、ヒト染色体のマッピングされていない部分であるヒト染色体４Ｐ１６にクラスターをなしている。
【００２７】
第８染色体におけるｈＤＵＢ遺伝子クラスターの分析により、６つの異なるコンティグ（ＡＣ０６８９７４、ＡＣ０７４３４０、ＡＣ０８３９８１、ＡＦ２２８７３０、ＡＦ２５２８３０、およびＡＦ２５２８３１）における少なくとも１１のＯＲＦがマウスのＤＵＢ１および２を用いたヌクレオチド相同性検索により同定されたことが明らかになった。１１のＯＲＦのうち少なくとも７つは、長さが類似した顕著な同一性を有する。１１の遺伝子全てにおいて２,０００超の塩基を含む保存された予測されるプロモーター配列が存在する。ｈＤＵＢ遺伝子は、ヒト染色体８Ｐ２３．１にクラスターをなしており、デフェンシン分子とクラスターをなしており（少なくとも９つのデフェンシンがｈＤＵＢ８とクラスターをなしている）、全てのドメインは嗅覚ＧＰＣＲクラスターに属する。
【００２８】
ｈＤＵＢの予測されるアミノ酸配列の分析により、酵素の活性部位を形成する可能性が高い高度に保存されたＣｙｓおよびＨｉｓドメインを含むｍＤＵＢと一致するポリペプチドが明らかになった。ｍＤＵＢ−２の予測される活性部位の求核剤は、Ｃｙｓドメイン中のシステイン残基（Ｃｙｓ-60）である。ｍＤＵＢ−１およびｍＤＵＢ−２はいずれも、リシンリッチな領域（Ｌｙｓドメイン；ｍＤＵＢ−２のアミノ酸３７４〜３８４）と、短い高度可変領域（ｍＤＵＢ−２のアミノ酸３８５〜４５１）とを有し、これにおいて、ｍＤＵＢ−１およびｍＤＵＢ−２配列は相当に離れている。ｍＤＵＢ−２の高度可変（ＨＶ）領域は、重複した８個のアミノ酸配列：ＰＱＥＱＮＨＱＫを含む。
【００２９】
ヒト免疫細胞での様々な刺激に対するｈＤＵＢ４およびｈＤＵＢ８発現のＴａｑＭａｎリアルタイムＰＣＲ分析
プライマーとしてランダムヘキサマーを用いたトータル細胞ＲＮＡからの逆転写（ＲＴ）プロトコール（ＴａｑＭａｎ逆転写試薬（カタログ番号Ｎ８０８−０２３４）を使用）
トータルＲＮＡ１μｇを、１×ＴａｑＭａｎＲＴ緩衝液ミックス１００μｌ（５．５ｍＭのＭｇＣｌ2、０．５ｍＭのｄＮＴＰ、２．５μＭのランダムヘキサマー、４０Ｕのリボヌクレアーゼインヒビター、１２５ＵのＭｕｌｔｉｓｃｒｉｂｅ逆転写酵素）中に調製。上下にピペッティングすることにより混合する。２５℃で１０分間（アニーリング工程）、４８℃で３０分間（逆転写）、および９５℃で５分間（酵素の加熱不活性化）インキュベートする。サンプルを機械装置に４℃で放置してもよいし、その代わりに、−２０℃で保存してもよい。少量の放射性ｄＡＴＰ（またはｄＣＴＰ）を取り込ませることによりｃＤＮＡ合成の収率を測定することができる。このプロトコールにおけるＲＮＡからｃＤＮＡへの変換の平均効率は、６０〜８０％である。
【００３０】
ＴａｑＭａｎリアルタイム定量ＰＣＲのプロトコール
ＴａｑＭａｎＲＴ産物１μｌを、１×マスターミックス１２．５μｌ（アプライドバイオシステムズ，カタログ番号４３０４４３７（プライマーとプローブ以外の全ての必要な反応成分を含む）、０．９μＭのフォワードプライマー、０．９μＭのリバースプライマー、０．２μＭのプローブ）に調製。上下にピペッティングすることにより混合する。コントロールとしてＧＡＤＰＨプライマー対とプローブを含むサンプルも調製した。サーマルサイクリングとリアルタイム増幅の検出をＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ７９００ＨＴ配列検出システムを用いて行った。ＰＣＲの対数期中に測定されたＣt値に基づき、ＧＡＤＰＨコントロールに対する相対値として標的遺伝子の量を得た。
【００３１】
用いられたプライマー−プローブセットおよびそれらの特異性：
プライマー４．１は、ｈＤＵＢ４．１に特異的であり、
プライマー４．２は、ｈＤＵＢ４．２、４．３、４．５および８．１をカバーし、
プライマー８．３は、ｈＤＵＢ  ８．３および８．１１をカバーし、
プライマー８．５は、ｈＤＵＢ  ８．５に特異的であり、
プライマー８．６は、ｈＤＵＢ  ８．６、８．７および８．８をカバーする。
【００３２】
【表１】
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【００３３】
【表２】
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【００３４】
【表３】
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【００３５】
Ｔリンパ球（ドナー５）およびＢリンパ球（ドナー６）において、それぞれ抗ＣＤ４／ＣＤ２８および抗ＣＤ４０／ＩＬ−４で刺激した場合、発現の増加はみられない。
【００３６】
【表４】
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【００３７】
【表５】
2006512043.tif 000006
【００３８】
【表６】
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【００３９】
ＰＣＲによるｈＤＵＢ４．８のクローニング
以下のプライマーセットを用いて、１つのエキソンを含むｈＤＵＢ４および８の５３０個アミノ酸オープンリーディングフレーム部分をヒトゲノムＤＮＡからクローニングした：
Ｎ末端プライマー：５’−ａｔｇｇａｇｇａｃｇａｃｔｃａｃｔｃｔ−３’（１９ｍｅｒ）、
Ｃ末端プライマー：５’−ｃｔｇｇｃａｃａｃａａｇｃａｇａ−３’（１９ｍｅｒ）。
【００４０】
各プライマーにおいて下線で示した三つ組みヌクレオチドは、転写開始コドンおよび終止コドンを示す。このプライマーセットは、ほとんどのｈＤＵＢ４およびｈＤＵＢ８を増幅することができ、加えて、ＯＲＦのこの部分のヌクレオチド配列において高い相同性を有することによりｈＤＵＢ４およびｈＤＵＢ８と十分に類似している、まだ同定されていないｈＤＵＢを増幅することも可能と考えられる。１５９３塩基対の断片が、２人の健康なヒト検体のゲノムＤＮＡからからうまく増幅され、これをｐＣＲ２．１ベクターにクローニングし、Ｅ．ｃｏｌｉのＴＯＰ１０系に形質転換した。適切なサイズのインサートを含む３００以上の独立したクローンが得られ、ＡＢＩ自動化ＤＮＡシーケンサーにより配列が解析された。
【００４１】
脱ユビキチン化分析
ＤＵＢが脱ユビキチン化酵素であるという確認は、これまでに同定されたユビキチン−ガラクトシダーゼ融合タンパク質の脱ユビキチン化分析を用いて示すことができ、この分析は以前に文献で説明されている。簡単に言えば、野生型ＤＵＢのｃＤＮＡ（アミノ酸１〜約５００に相当する）とを含むｃＤＮＡに基づく、約１，５００個のヌクレオチドのＤＵＢ断片をＰＣＲにより生産し、これを、ｐＧＥＸ（ファルマシア）のグルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）コーディング要素の下流にフレームを合わせて挿入する。ｐＡＣＹＣ１８４を基礎とするプラスミドからＵｂ−Ｍｅｔ−ｇａｌを発現させる。プラスミドをＭＣ１０６１Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉに指示通りに共形質転換させる。プラスミドを含むＥ．ｃｏｌｉ  ＭＣ１０６１細胞を溶菌させ、ウサギ  抗ｇａｌ抗血清（Ｃａｐｐｅｌ）、ウサギ抗ＧＳＴ抗血清（Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ）、およびＥＣＬシステム（アマシャム社）を用いて免疫ブロット法で分析する。インビトロでの脱ユビキチン化酵素の活性は、基質として市販のポリユビキチン化タンパク質を用いて精製ｈＤＵＢ融合タンパク質により示すことができる。
【００４２】
ｈＤＵＢ４およびｈＤＵＢ８は、炎症性サイトカイン特異的な前初期遺伝子の可能性がある
ｍＤＵＢ−１は、初めはＩＬ−３誘導性の前初期遺伝子としてクローニングされた。同様に、ｍＤＵＢ−２は、ＩＬ−２誘導性の前初期遺伝子としてクローニングされた。我々は、様々なＴａｑＭａｎ分析により、ヒト臓器のＲＮＡサンプルと、ヒト免疫細胞のＲＮＡサンプルを用いて、これらの遺伝子の誘導性と細胞型特異的な発現を試験した。我々のデータによれば、ｈＤＵＢ発現は、リンパ球および顆粒球では観察されなかったが、数人のドナーから得られた新鮮なヒトＰＢＭＣではよく観察されることが示される。これは、発現が単球／マクロファージ（恐らくはＮＫ細胞も）に限定されている可能性を強く示す。ｈＤＵＢ４およびｈＤＵＢ８は、様々な炎症性のサイトカイン（例えばＴＮＦ−α、ＩＬ−１βなど）をアップレギュレートすることがわかっている刺激物質（ＬＰＳおよび／またはＰＨＡ）で刺激されたＰＢＭＣにおいてアップレギュレートされる。この発現の増加は、刺激後２０〜２４時間でほぼ完全にみられなくなり、すなわちこれは初期の遺伝子であることを示す。刺激後１．５時間で弱い発現のアップレギュレートしかみられないということは、刺激それ自体はｈＤＵＢ４およびｈＤＵＢ８をアップレギュレートしないが、刺激後２時間以内にアップレギュレートされるサイトカインは、ｈＤＵＢ４およびｈＤＵＢ８のアップレギュレートに関与する可能性があることを示す。
【００４３】
ｕｂｐスーパーファミリーのＤＵＢサブファミリー
これらのデータから、我々は、ｈＤＵＢ４とｈＤＵＢ８は、ｍＤＵＢサブファミリー（ｍＤＵＢ１、ｍＤＵＢ２、およびｍＤＵＢ２Ａを含む）に最も高い類似性を示す、ＤＵＢサブファミリーという脱ユビキチン化酵素の別個のサブファミリーのメンバーであることを提唱する。ＤＵＢサブファミリーメンバーは、その他のｕｂｐとは区別される別個の構造的特徴を有する。第一に、ＤＵＢサブファミリーメンバーは、約５００〜５５０個のアミノ酸からなる比較的小さい酵素である。第二に、ＤＵＢサブファミリーメンバーは、ＣｙｓドメインおよびＨｉｓドメインだけでなく、それらの一次アミノ酸配列にわたってアミノ酸の類似性を有する。例えば、ＤＵＢタンパク質は、リシンが豊富な領域（Ｌｙｓドメイン）と、それらのカルボキシル末端の近辺にＨＶドメインを含む。
【００４４】
各ＤＵＢの調節領域またはプロモーター領域を予測される転写因子結合モチーフに関してＴＲＡＮＳＦＡＣＦｉｎｄ、ダイナミックプログラミング法、を用いて分析した（Ｈｅｉｎｅｍｅｙｅｒ，Ｔ．等の「Ｅｘｐａｎｄｉｎｇ  ｔｈｅ  ＴＲＡＮＳＦＡＣ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｔｏｗａｒｄｓ  ａｎ  ｅｘｐｅｒｔ  ｓｙｓｔｅｍ  ｏｆ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ」Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２７，３１８〜３２２（１９９９年）を参照）。Ｔｒａｎｓｆａｃデータベースより、真核性のシス−およびトランス作用性の調節要素が得られる。
【００４５】
【表７】
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【００４６】
【表８】
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【００４７】
【表９】
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【００４８】
【表１０】
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【００４９】
【表１１】
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【００５０】
【表１２】
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【００５１】
【表１３】
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【００５２】
【表１４】
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【００５３】
【表１５】
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【００５４】
【表１６】
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【００５５】
【表１７】
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【００５６】
【表１８】
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【００５７】
【表１９】
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【００５８】
【表２０】
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【００５９】
【表２１】
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【００６０】
【表２２】
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【００６１】
【表２３】
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【００６２】
【表２４】
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【００６３】
【表２５】
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【００６４】
【表２６】
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【００６５】
【表２７】
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【００６６】
【表２８】
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【００６７】
【表２９】
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【００６８】
【表３０】
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【００６９】
【表３１】
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【００７０】
【表３２】
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【００７１】
【表３３】
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【００７２】
【表３４】
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【００７３】
【表３５】
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【００７４】
【表３６】
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【００７５】
【表３７】
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【００７６】
【表３８】
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【００７７】
【表３９】
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【００７８】
【表４０】
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【００７９】
【表４１】
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【００８０】
【表４２】
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【００８１】
【表４３】
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【００８２】
【表４４】
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【００８３】
【表４５】
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【００８４】
【表４６】
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【００８５】
【表４７】
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【００８６】
【表４８】
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【００８７】
【表４９】
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【００８８】
【表５０】
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【００８９】
【表５１】
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【００９０】
【表５２】
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【００９１】
【表５３】
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【００９２】
【表５４】
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【表１３０】
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【表１３４】
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【０１７４】
【表１３５】
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【図面の簡単な説明】
【０１７５】
【図１】提唱されているＤＵＢの酵素反応メカニズムである。
【図１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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