【手続補正書】
【提出日】平成31年1月21日(2019.1.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
乳癌と診断されたヒト患者の臨床転帰を予測するための方法であって、
（ａ）患者の乳癌腫瘍から得られた試料におけるＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃの各々のＲＮＡ転写物のレベルを定量的に測定するステップと、
（ｂ）前記ＢＩＲＣ５（別名、サバイビン、ＳＵＲＶ）およびＵＢＥ２ＣのＲＮＡ転写物のレベルを正規化して、正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルを得るステップと、
（ｃ）前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルを、乳癌参照セットから得た正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルと比較するステップと、
（ｄ）前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルが、乳癌参照セットから得られる正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルに比して減少している場合に、前記患者が予後が良好である可能性が高いことを決定するステップであって、このとき良好な予後が、再発又は転移の可能性の低減ないしは全生存期間の増加である、ステップと、
を含む方法。
【請求項２】
前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルに基づきレポートを生成するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記試料が固定パラフィン包埋組織試料である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２ＣのＲＮＡ転写物のレベルがＰＣＲベースの方法を用いて測定される、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記試料がコア生検又は細針吸引によって得られる、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２ＣのＲＮＡ転写物のレベルがクロッシングポイント（Ｃｐ）値であり、前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルが正規化Ｃｐ値である、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２ＣのＲＮＡ転写物のレベルが閾値サイクル（Ｃｔ）値であり、前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルが正規化Ｃｔ値である、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
予後良好が再発又は転移の可能性の低減である、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記乳癌が、エストロゲン受容体（ＥＲ）陽性乳癌である、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ＩＬ６ＳＴのＲＮＡ転写物のレベルを定量的に測定するステップをさらに含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
（ｅ）ＩＬ６ＳＴのＲＮＡ転写物のレベルを定量的に測定するステップと、
（ｆ）前記ＩＬ６ＳＴのＲＮＡ転写物のレベルを正規化して、正規化ＩＬ６ＳＴ発現レベルを得るステップと、
（ｇ）前記正規化ＩＬ６ＳＴ発現レベルを、乳癌参照セットから得た正規化ＩＬ６ＳＴ発現レベルと比較するステップと、
（ｈ）前記正規化ＩＬ６ＳＴ発現レベルが、乳癌参照セットから得られる正規化ＩＬ６ＳＴ発現レベルに比して増加しており、かつ、前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルが、乳癌参照セットから得られる正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルに比して減少している場合に、前記患者が予後が良好である可能性が高いことを決定するステップであって、このとき良好な予後が、再発又は転移の可能性の低減ないしは全生存期間の増加である、ステップ
をさらに含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
乳癌と診断されたヒト患者の臨床転帰を予測するための方法であって、
（ａ）患者から得られる乳癌組織試料からＲＮＡを抽出するステップと、
（ｂ）ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃの各々のＲＮＡ転写物を逆転写して、ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２ＣのｃＤＮＡを製造するステップと、
（ｃ）ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２ＣのｃＤＮＡを増幅して、ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２ＣのＲＮＡ転写物のアンプリコンを製造するステップと、
（ｄ）前記アンプリコンのレベルを定量的にアッセイするステップと、
（ｅ）少なくとも１つの参照ＲＮＡ転写物のアンプリコンレベルに対して前記アンプリコンレベルを正規化して、正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃアンプリコンレベルを提供するステップと、
（ｆ）前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃアンプリコンレベルを、乳癌参照セットから得られる正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃアンプリコンレベルと比較するステップと、
（ｇ）前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃアンプリコンレベルが、乳癌参照セットから得られる正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃアンプリコンレベルに比して減少している場合に、前記患者が予後が良好である可能性が高いことを決定するステップであって、このとき良好な予後が、再発又は転移の可能性の低減ないしは全生存期間の増加である、ステップと、
を含む方法。
【請求項１３】
前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃアンプリコンレベルに基づきレポートを生成するステップをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記組織試料が、固定パラフィン包埋組織である、請求項１２又は１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２ＣのｃＤＮＡがＰＣＲベースの方法を用いて増幅される、請求項１２から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃのアンプリコンのレベルがクロッシングポイント（Ｃｐ）値であり、前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃアンプリコンレベルが正規化Ｃｐ値である、請求項１２から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃのアンプリコンのレベルが閾値サイクル（Ｃｔ）値であり、前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃアンプリコンレベルが正規化Ｃｔ値である、請求項１２から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
予後良好が再発又は転移の可能性の低減である、請求項１２から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記乳癌が、エストロゲン受容体（ＥＲ）陽性乳癌である、請求項１２から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者から得られる乳癌組織試料においてＩＬ６ＳＴのＲＮＡ転写物を増幅するステップをさらに含む、請求項１２から１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
（ｈ）ＩＬ６ＳＴのＲＮＡ転写物を逆転写して、ＩＬ６ＳＴのｃＤＮＡを製造するステップと、
（ｉ）ＩＬ６ＳＴのｃＤＮＡを増幅して、ＩＬ６ＳＴのＲＮＡ転写物のアンプリコンを製造するステップと、
（ｊ）前記ＩＬ６ＳＴのアンプリコンのレベルを定量的にアッセイするステップと、
（ｋ）少なくとも１つの参照ＲＮＡ転写物のアンプリコンレベルに対して前記アンプリコンレベルを正規化して、正規化ＩＬ６ＳＴアンプリコンレベルを提供するステップと、
（ｌ）前記正規化ＩＬ６ＳＴアンプリコンレベルを、乳癌参照セットから得られる正規化ＩＬ６ＳＴアンプリコンレベルと比較するステップと、
（ｍ）前記正規化ＩＬ６ＳＴ発現レベルが、乳癌参照セットから得られる正規化ＩＬ６ＳＴレベルに比して増加しており、かつ、前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルが、乳癌参照セットから得られる正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃレベルに比して減少している場合に、前記患者が予後が良好である可能性が高いことを決定するステップであって、このとき良好な予後が、再発又は転移の可能性の低減ないしは全生存期間の増加である、ステップと、
をさらに含む、請求項１２から２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
乳癌と診断されたヒト患者を予後によって分類するためのコンピュータプログラム製品であって、前記コンピュータプログラム製品は、メモリとプロセッサとを有するコンピュータと協働して使用され、符号化されたコンピュータプログラムを有するコンピュータ可読記憶媒体を具備し、前記コンピュータプログラム製品は、コンピュータの前記１つ又は複数のメモリユニットにロードされ、且つ前記コンピュータの前記１つ又は複数のプロセッサユニットに、
（ａ）前記患者の乳癌腫瘍から得られる組織試料におけるＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃの各々のＲＮＡ転写物のレベルを含むデータを受け取るステップと、
（ｂ）前記レベルを正規化して、正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルを得るステップと、
（ｃ）前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルを、乳癌参照セットから得られる正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルと比較するステップと、
（ｄ）前記正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃ発現レベルが、乳癌参照セットから得られる正規化ＢＩＲＣ５およびＵＢＥ２Ｃレベルに比して減少している場合に、前記患者が予後が良好である可能性が高いと分類するステップであって、このとき良好な予後が、再発又は転移の可能性の低減ないしは全生存期間の増加である、ステップと
を実行させる、コンピュータプログラム製品。