(57)【要約】腎細胞癌（ＲＣＣ）および他の固形腫瘍を診断するための方法、システムおよび設備。本発明は、疾患に罹患していないヒトと比較して、腎細胞癌または他の固形腫瘍を有する患者の末梢血において特異的に発現されている、多数の疾患遺伝子を同定する。これらの疾患遺伝子は、腎細胞癌または他の固形腫瘍の有無を検出するための代用的なマーカーとして用いられ得る。【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも一つのヒトの末梢血試料を供給する工程；および
その少なくとも一つのヒトの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを、一つまたはそれ以上の遺伝子の少なくとも一つの基準の発現プロフィールと比較する工程を含む方法であって、その各々の一つまたはそれ以上の遺伝子が、疾患に罹患していないヒトの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）と比較して、固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現されている：ただし、一つまたはそれ以上の遺伝子が単一の遺伝子からなるのであれば、その一つの遺伝子はＩＬ−１Ｂ、ＩＬ６、ＭＭＰ−９およびＦＣＧＲ３Ｂからなる群からは選ばれず、さらに一つまたはそれ以上の遺伝子が二つの遺伝子からなるのであれば、その二つの遺伝子はＩＬ１ＢおよびＩＬ６ではないところの、方法。
【請求項２】
固形腫瘍が、腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部癌からなる群から選ばれるところの、請求項１記載の方法。
【請求項３】
末梢血試料が濃縮したＰＢＭＣを含むところの、請求項２記載の方法。
【請求項４】
末梢血試料が全血試料であるところの、請求項２記載の方法。
【請求項５】
発現プロフィールが定量的ＲＴ−ＰＣＲまたは免疫アッセイを用いて決定されるところの、請求項２記載の方法。
【請求項６】
少なくとも一つの基準の発現プロフィールが、疾患に罹患していないヒトの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項７】
少なくとも一つの基準の発現プロフィールが、さらに固形腫瘍を有する患者の末梢血試料における一つまたはそれ以上の発現プロフィールを含むところの、請求項６記載の方法。
【請求項８】
一つまたはそれ以上の遺伝子が少なくとも二つの遺伝子を含み、ヒトの発現プロフィールが、加重多数決アルゴリズムを用いて少なくとも一つの基準の発現プロフィールと比較されるところの、請求項７記載の方法。
【請求項９】
各々の一つまたはそれ以上の遺伝子が、疾患に罹患していないヒトと比較して、他の固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現しているところの、請求項６記載の方法。
【請求項１０】
固形腫瘍および他の固形腫瘍が、腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部癌からなる群から選ばれる異なる腫瘍であるところの、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、表４または表６から選ばれる少なくとも一つの遺伝子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１２】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、ストリンジェントな条件下で表２から選ばれる区分プローブ配列（ＣＰＳ）にハイブリダイズすることができるＲＮＡ転写産物を有する少なくとも一つの遺伝子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、ストリンジェントな条件下で資料Ａから選ばれる限定子にハイブリダイズすることができるＲＮＡ転写産物を有する少なくとも一つの遺伝子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１４】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、表４から選ばれる少なくとも二つの遺伝子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１５】
一つまたはそれ以上の遺伝子が、二重または多重相関計量アルゴリズムを用いて識別可能な分類子を含むところの、請求項１記載の方法。
【請求項１６】
非血液疾患を有するヒトの少なくとも一つの末梢血試料を供給する工程；および
少なくとも一つの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを、一つまたはそれ以上の遺伝子の少なくとも一つの基準の発現プロフィールと比較する工程を含む方法であって、各々の一つまたはそれ以上の遺伝子が、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、非血液疾患を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現しているところの方法。
【請求項１７】
非血液疾患が、腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部癌からなる群から選ばれる固形腫瘍であるところの、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
基準のヒトの末梢血試料と比較して、非血液疾患の患者の末梢血試料において特異的に発現している遺伝子の同定方法であって、
非血液疾患の患者の末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを提供する工程；
基準のヒトの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の基準の発現プロフィールを提供する工程；
その発現プロフィールを基準の発現プロフィールと比較し、その基準のヒトと関連する非血液疾患の患者において特異的に発現している遺伝子を同定する工程
を含む、方法。
【請求項１９】
その各々が、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現している遺伝子のＲＮＡ転写産物、またはその相補体とストリンジェントな条件下でハイブリッド形成能を有する一つまたはそれ以上のポリヌクレオチド；または
その各々が、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現している遺伝子によってコード化されるポリペプチドとの結合能を有する一つまたはそれ以上の抗体；
を含む、キット。
【請求項２０】
各々の一つまたはそれ以上の遺伝子が、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、非血液疾患を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現しているところの、基準のヒトの末梢血試料における、一つまたはそれ以上の遺伝子の少なくとも一つの基準の発現プロフィールを格納するメモリー；
少なくとも一つの基準の発現プロフィールと、目的とする発現プロフィールを比較することができるプログラム；および
該プログラムを実行することができる処理装置；
を含むシステム。
【発明の詳細な説明】
【発明の詳細な説明】
【０００１】
当該出願は、２００２年１１月２１日に出願され、「腎細胞癌および／または固形腫瘍の診断法」と題した米国仮出願番号６０／４２７，９８２に開示される全てを、出典明示によって本明細書の一部とする。当該出願はまた、２００３年４月３日に出願され、「腎細胞癌および／または固形腫瘍の診断法」と題した米国仮出願番号６０／４５９，７８２に開示される全てを、出典明示によって本明細書の一部とする。それに加えて、「コピー１」、「コピー２」および「コピー３」のコンパクトディスクに記録された全ての資料を、出典明示によって本明細書の一部とする。各々のコンパクトディスクは、「ＡＭ１０１０８０Ｌ配列記載ＳＴ２５テキストファイル」と題された配列記載ファイル（２２０６キロバイト、２００３年１１月２０日に作成）を含む。
【０００２】
（技術分野）
本発明は、腎細胞癌および他の固形腫瘍の診断の方法、システムおよび設備に関する。
【０００３】
（背景技術）
腎細胞癌（ＲＣＣ）は、全腎癌の症例の大部分を含み、先進国において最も一般的な癌の一つである。早期に発見された場合は、根治的な腎摘出によって、腎細胞癌患者の生存率は非常に良くなり得る。しかしながら、転移した腎細胞癌の患者の生存率は、劇的に低下する。それゆえに、腎細胞癌を早期に診断するための方法論、システムおよび設備を提供する必要がある。
【０００４】
腎細胞癌の患者は、しばしば非特異的な症状を呈するか、または完全に無症状である。実際に、有意な割合の腎病変が、非侵襲的画像化技術によって偶然発見されている。腎細胞癌の一般的なスクリーニング法が利用されているが、これらの方法は、幅広く適用するには、十分な感度および特異性に欠ける。最近の米国特許第６０８７０９８号は、ＲＴ−ＰＣＲに基づいて末梢血の試料におけるＭＮ遺伝子の発現を検出する方法を一般的に記述している。ＭＮタンパクは、悪性の腎細胞のマーカーと考えられている。それゆえに、末梢血においてＭＮ遺伝子の発現を検出すれば、腎細胞癌の存在を示唆する。
【０００５】
本発明は、腎細胞癌、および／または前立腺癌および頭部／頸部の癌のような他の固形腫瘍の診断において、重大な進歩を示す。本発明の診断テストは、腫瘍細胞そのものよりもむしろ、末梢血細胞における遺伝子発現パターンを検出することを想定している。そのようなものとして、本発明は、固形腫瘍の進行を早い段階で幅広くスクリーニングすることを可能にする。
【０００６】
（発明の開示）
本発明は、腎細胞癌または他の固形腫瘍を有する患者の末梢血において、疾患のないヒトに比べて、特異的に発現している非常に多くの疾患遺伝子を同定する。これらの疾患遺伝子は、腎細胞癌または他の固形腫瘍の有無を検出するための代用的なマーカーとして用いられ得る。
【０００７】
本発明のある側面に従うと、腎細胞癌または他の固形腫瘍の診断に有用な方法が与えられる。本方法は、少なくとも一つのヒトの末梢血試料を供給する工程を含み、少なくとも一つのヒトの末梢血試料中の一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを、少なくとも一つの基準の一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールと比較する工程を含む。もし一つまたはそれ以上の遺伝子が単一の遺伝子からなり、その遺伝子がＩＬ１Ｂ、ＩＬ６、ＭＭＰ−９およびＦＣＧＲ３Ｂからなる群から選ばれないとすれば、さらに一つまたはそれ以上の遺伝子が二つの遺伝子からなり、二つの遺伝子がＩＬ１ＢおよびＩＬ６ではないとすれば、各々の一つまたはそれ以上の遺伝子は、疾患のないヒトのＰＢＭＣと比較して、固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現されている。
【０００８】
末梢血試料は、全血試料または濃縮した（enriched）末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む試料であってよい。他の末梢血試料もまた、使用され得る。固形腫瘍は、例えば腎細胞癌、前立腺癌または頭部／頸部癌であってよい。調査されるヒトは、固形腫瘍を有していても良く、または固形腫瘍または他の疾患に罹患していなくても良い。
【０００９】
基準（reference）の発現プロフィールは、疾患のないヒトの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを含み得る。基準の発現プロフィールはまた、固形腫瘍を有する患者の末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを含み得る。それに加えて、基準の発現プロフィールはまた、さらに他の固形腫瘍を有する患者の末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを含み得る。調査されるヒトの発現プロフィールは、加重多数決アルゴリズム（weighted voting algorithm）を用いて、異なる基準の発現プロフィールと比較され得る。
【００１０】
調査されるヒトの発現プロフィールおよび基準の発現プロフィールは、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロット、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、サザンブロット、スロットブロッテイング、ヌクレアーゼ保護アッセイまたは核酸アレーを用いて決定し得る。発現プロフィールはまた、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、ＲＩＡ（放射免疫アッセイ法）、ＦＡＣＳ（蛍光活性化細胞選別器）またはウエスタンブロットのような免疫アッセイ法を用いて決定し得る。それに加えて、２次元ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動に基づいた方法が用いられ得る。
【００１１】
好ましい具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、遺伝子表４から選ばれる、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８，２０またはそれ以上の遺伝子を含む。他の好ましい具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、遺伝子表６から選ばれる、少なくとも１，２，３，４，６，８，１０，１２，１４，１６，１８，２０またはそれ以上の遺伝子を含む。さらに他の好ましい具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、二重または多重相関計量アルゴリズムを用いて識別可能な分類子を含む。
【００１２】
さらに他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、ＥＥＦ１Ａ２、ＴＬＲ２、ＢＲＦ２、ＬＧＡＬＳ３、ＳＮＲＰＧ、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＮＵＭＡ１、ＳＯＤ２、ＡＫＲ１Ｂ１、ＤＵＳＰ６、ＳＭＡＲＣＥ１、ＫＩＡＡ０６６９、ＭＳＦ、ＩＬ１ＲＮ、ＰＴＭＡ、ＫＩＡＡ０４１０、ＰＳＭＤ３、Ｔ５４、Ｃ１ＱＢＰおよびＯＳＲ１からなる群から選ばれる、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８または２０の遺伝子を含む。
【００１３】
さらなる具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、ＣＤ４４、ＫＩＡＡ０４１０、ＭＡＲＣＯ、ＭＡＰ３Ｋ８、ＮＳＰ−ＣＬ、ＰＩＰ５Ｋ１Ｃ、ＮＲＧ１、ＲＡＢ３１、ＬＧＡＬＳ３、ＭＥＦ２Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＬＨＦＰＬ２、ＥＴＳ２、ＫＨＳＲＰ、ＥＮＩＧＭＡ、ＵＮＫ＿ＡＦ０３８１８７、ＲＡＢ１３、ＴＬＲ２、Ｔ５４およびＤＵＳＰ６からなる群から選ばれる、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８または２０の遺伝子を含む。
【００１４】
さらに他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、ＣＤ４４、ＣＲＡＤＤ、ＣＣＲＬ２、ＫＩＡＡ０８３７、ＫＩＡＡ０７０７、ＫＩＡＡ１１１３、ＥＲＥＧ、ＵＮＫ＿ＡＬ０５０１１９、ＰＰＡＲＤ、ＣＴＳＬ、ＡＴＰ２Ｂ１、ＵＮＫ＿ＡＦ０５２１１５、ＭＩＴＦ、ＳＴＡＴ３、ＫＩＡＡ０４１０、ＴＰＤ５２Ｌ２、ＵＮＫ＿ＡＩ７３２８８５、ＭＡＲＣＯ、ＬＯＣ６４１１６およびＰＤＮＰ２からなる群から選ばれる、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８または２０の遺伝子を含む。
【００１５】
その上にさらに他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、ＦＡＢＰ５、ＳＣＹＡ２０、ＡＤＭ、ＣＯＰＥＢ、ＦＣＧＲ３Ｂ、ＵＮＫ＿Ｍ６２８９６、ＦＮＩ、ＨＭＯＸ１、ＩＴＧＡ７、ＤＧＣＲ５、ＣＢＰ２、ＳＬＣ１Ａ４、ＭＭＰ９、ＳＬＣ１６Ａ３、ＬＩＬＲＢ３、ＦＣＧＲ１Ａ、ＬＨＦＰＬ２、ＰＬＥＣ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＰＯＰ、ＣＣＲ１、ＴＬＲ２およびＫＩＡＡ０７５０からなる群から選ばれる、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８、２０またはそれ以上の遺伝子を含む。
【００１６】
他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、ＡＤＭ、ＣＯＰＥＢ、ＡＱＰ９、ＰＴＧＳ２、ＳＴＩＰ１、ＳＯＤ２、ＰＤＸＫ、ＩＬ１ＲＮ、ＡＮＸＡ５、ＩＦＩＴ４、ＩＬ１Ｂ、ＧＲＯ１、ＰＬＡＵＲ、ＮＰ、ＭＭＰ９、ＳＬＣ１６Ａ３、ＬＩＬＲＢ３、ＦＣＧＲ１Ａ、ＬＨＦＰＬ２、ＰＬＥＣ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＰＯＰ、ＣＣＲ１、ＴＬＲ２、ＫＩＡＡ０７５０、ＣＤＣ３４、ＰＯＬＲ２Ｊ、ＥＴＳ２、ＭＡＤ、ＧＰＲ３、ＰＩＰ５Ｋ１Ｃ、ＰＲＦ１、ＰＳＭＡ７、ＩＮＰＰ４Ａ、ＴＣＦＬ１、ＤＧＡＴ、Ｓ１００Ｐ、ＤＯＣ−１Ｒ、Ｃ８ＦＷ、ＰＤＩ２、ＧＥＦ−２、ＴＮＮＴ１、ＢＳＧ、ＩＬ１７Ｒ、ＨＫ３、ＲＡＬＢＰ１、ＲＮＡＳＥ２、ＴＰＭ１、ＢＬＶＲＢ、ＡＰＳ、ＰＰＡＲＤ、ＮＦＥ２、ＩＬ１ＲＡＰ、Ｓ１００Ａ１２、ＣＤ９、ＥＮＩＧＭＡ、ＨＡＧＨ、ＮＣＦ１、ＦＬＯＴ１、ＩＴＧＡ２ＧＢ、ＫＩＡＡ０７５０、ＦＫＢＰ８、ＤＵＳＰ６およびＣＢＦＡ２Ｔ３からなる群から選ばれる、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８、２０またはそれ以上の遺伝子を含む。
【００１７】
さらに他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、ＮＵＭＡ１、ＣＸＣＲ４、ＩＬ１０ＲＡ、Ｍ９、ＦＡＵ、ＢＲＦ２、ＲＰＳ６、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＡＧ５、ＡＫＲ１Ｂ１、ＵＮＫ＿ＡＬ０２２７２１、Ｃ１ＱＢＰ、ＤＫＺＰ５８６Ｅ０８２０、ＮＯＮＯ、ＰＳＭＤ３、ＵＮＫ＿Ｎ７４６０７、ＵＮＫ＿ＡＩ７４３５０７、ＭＡＰＫＡＰＫ５およびＵＮＫ＿Ｕ７９２９７からなる群から選ばれる、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８またはそれ以上の遺伝子を含む。
【００１８】
他の好ましい具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８，２０またはそれ以上の遺伝子を含み、各々ストリンジェントな条件下でＣＰＳ表２から選ばれる異なるそれぞれの区分プローブ配列（ＣＰＳ）にハイブリダイゼーションが可能なＲＮＡ転写産物を有する。ある特定の例として、一つまたはそれ以上の遺伝子が単一の遺伝子である場合は、遺伝子のＲＮＡ転写産物は、ストリンジェントな条件下でＣＰＳｓ５８、２１１、２２１および２４１からなる群から選ばれるＣＰＳにハイブリダイズすることができない。他の特定の例として、一つまたはそれ以上の遺伝子が二つの遺伝子である場合は、二つの遺伝子のＲＮＡ転写産物は、ストリンジェントな条件下でＣＰＳｓ２１１および２４１にハイブリダイズすることができない。
【００１９】
ある具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８または２０の遺伝子を含み、各々ストリンジェントな条件下で、ＣＰＳ１、ＣＰＳ３、ＣＰＳ４、ＣＰＳ６、ＣＰＳ１８、ＣＰＳ３８、ＣＰＳ５３、ＣＰＳ２５５、ＣＰＳ２５６、ＣＰＳ２５７、ＣＰＳ２５８、ＣＰＳ２５９、ＣＰＳ２６０、ＣＰＳ２６１、ＣＰＳ２６２、ＣＰＳ２６３、ＣＰＳ２６４、ＣＰＳ２６５、ＣＰＳ２６６およびＣＰＳ２６７からなる群から選ばれる異なるそれぞれのＣＰＳにハイブリダイゼーションが可能なＲＮＡ転写産物を有する。
【００２０】
他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８または２０の遺伝子を含み、各々ストリンジェントな条件下で、ＣＰＳｓ１，３，４，５，６，７，９，１０，１１，１６，２８，３１，２６８，２６４，２７９，２８０，２８１，２８２，２８３および２８４からなる群から選ばれる異なるそれぞれのＣＰＳにハイブリダイゼーションが可能なＲＮＡ転写産物を有する。
【００２１】
さらに他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８または２０の遺伝子を含み、各々ストリンジェントな条件下で、ＣＰＳｓ１７，３１，３７，５０，５９，６４，６９，７１，２６４、２６８，２６９，２７０，２７１，２７２，２７３，２７４，２７５，２７６，２７７および２７８からなる群から選ばれる異なるそれぞれのＣＰＳにハイブリダイゼーションが可能なＲＮＡ転写産物を有する。
【００２２】
その上さらに他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８，２０またはそれ以上の遺伝子を含み、各々ストリンジェントな条件下で、ＣＰＳｓ１，２，８，１６，１９，２６，２８，５７，５８，６１，９１，９２，９９，１３８，１４３，１４８，１５２，１９１，１９２，２０７，２２１，２２９，２３６および２４５からなる群から選ばれる異なるそれぞれのＣＰＳにハイブリダイゼーションが可能なＲＮＡ転写産物を有する。
【００２３】
さらに他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８，２０またはそれ以上の遺伝子を含み、各々ストリンジェントな条件下で、ＣＰＳｓ１，４，９，１０，１１，１２，１４，１７，１８，１９，２１，２５，２８，３４，３５，４０，４７，５２，５３，５８，６１，６２，８４，８７，９１，９２，９４，９９，１０４，１０５，１０９，１１１，１１５，１２５，１２８，１３０，１３３，１３５，１３８，１４３，１４６，１４７，１４８，１５１，１５４，１５７，１５８，１６５，１７３，１７４，１７８，１９１，１９２，１９４，１９５，２０１，２１１，２２０，２２２，２２７，２４４，２４７および２５０からなる群から選ばれる異なるそれぞれのＣＰＳにハイブリダイゼーションが可能なＲＮＡ転写産物を有する。
【００２４】
あるさらなる具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８またはそれ以上の遺伝子を含み、各々ストリンジェントな条件下で、ＣＰＳｓ１０７，１３１，２５５，２５６，２５８，２５９，２６５，２６６，２８５，２８６，２８７，２８８，２８９，２９０，２９１，２９２，２９３，２９４および２９５からなる群から選ばれる異なるそれぞれのＣＰＳにハイブリダイゼーションが可能なＲＮＡ転写産物を有する。
【００２５】
さらに他の具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８，２０またはそれ以上の遺伝子を含み、各々ストリンジェントな条件または核酸アレーハイブリダイゼーション条件下で、ＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａから選ばれる異なるそれぞれの限定子にハイブリダイゼーションが可能なＲＮＡ転写産物を有する。ある特定の例としては、一つまたはそれ以上の遺伝子が単一の遺伝子である場合は、遺伝子のＲＮＡ転写産物は、ストリンジェントな条件または核酸アレーハイブリダイゼーション条件下で、３７１４８＿ａｔ、３９４０２＿ａｔ、３１８５９＿ａｔおよび３８２９９＿ａｔからなる群から選ばれる限定子にハイブリダイズすることができない。他の特定の例として、一つまたはそれ以上の遺伝子が二つの遺伝子である場合は、二つの遺伝子のＲＮＡ転写産物は、ストリンジェントな条件または核酸アレーハイブリダイゼーション条件下で、限定子３９４０２＿ａｔおよび３８２９９＿ａｔにハイブリダイズすることができない。
【００２６】
本発明の他の側面に従うと、非血液疾患の診断および確診に有用な方法が与えられる。非血液疾患は、腎細胞癌、前立腺癌または頭部／頸部癌のような固形腫瘍であって良い。非血液疾患はまた、腎障害を引き起こし得る疾患を含めた非腫瘍性疾患であってよい。本方法は、少なくとも一つの非血液疾患を有するヒトの末梢血試料を供給し、少なくとも一つの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを、一つまたはそれ以上の遺伝子の少なくとも一つの基準の発現プロフィールと比較する工程を含み、その各々の一つまたはそれ以上の遺伝子は、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、非血液疾患を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現している。
【００２７】
ある具体例として、一つまたはそれ以上の遺伝子は、遺伝子表４から選ばれる少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１２，１４，１６，１８，２０またはそれ以上の遺伝子を含み、末梢血試料は全血試料であるかまたは濃縮したＰＢＭＣを含む試料である。他の具体例として、基準の発現プロフィールは、非血液疾患を有していないかまたは疾患に罹患していないヒトの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを含む。さらに他の具体例として、非血液疾患を有する患者のＰＢＭＣにおける一つまたはそれ以上の遺伝子各々の平均発現量は、非血液疾患を有していないかまたは疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣより十分に高いか、または十分に低い。
【００２８】
本発明のさらに他の側面に従うと、基準のヒトの末梢血試料と比較して、非血液疾患の患者の末梢血試料において特異的に発現している遺伝子を識別するのに有用な方法が与えられる。本方法は、非血液疾患の患者の末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の発現プロフィールを提供し、基準のヒトの末梢血試料における一つまたはそれ以上の遺伝子の基準の発現プロフィールを提供し、基準のヒトと比較して非血液疾患の患者において特異的に発現している遺伝子を識別するために、発現プロフィールを基準の発現プロフィールに比較する工程を含む。発現プロフィールおよび基準の発現プロフィールは、例えば末梢血試料から調製したｃＲＮＡまたはｃＤＮＡを一つまたはそれ以上の核酸アレーにハイブリダイズすることによって、決定し得る。基準のヒトは、疾患に罹患していないヒトであってよい。基準のヒトはまた、非血液疾患を有するが、調査される患者と異なる病期または異なる臨床反応を有し得る。ある具体例として、非血液疾患は固形腫瘍である。
【００２９】
本発明のその上さらに他の側面に従うと、腎細胞癌または他の固形腫瘍の診断に有用なキットが与えられる。ある具体例として、キットは、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１５，２０，２５，３０またはそれ以上のポリヌクレオチドを含み、各々のポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件下で、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現している異なる各々の遺伝子のＲＮＡ転写産物またはその相補体にハイブリダイズすることができる。他の具体例として、キットは、少なくとも１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１５，２０，２５，３０またはそれ以上の抗体を含み、各々の抗体は、疾患に罹患していないヒトと比較して固形腫瘍を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現している異なる各々の遺伝子によってコード化された、ポリヌクレオチドに結合することができる。
【００３０】
本発明のさらに他の側面に従うと、非血液疾患の診断に有用なシステムが与えられる。非血液疾患は、腎細胞癌、前立腺癌または頭部／頸部癌のような固形腫瘍であって良い。本システムは、基準のヒトの末梢血試料における少なくとも一つの遺伝子の、一つまたはそれ以上の基準の発現プロフィールを格納するメモリーを含む。各々の遺伝子は、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣと比較して、非血液疾患を有する患者のＰＢＭＣにおいて特異的に発現している。末梢血試料は、全血試料または濃縮したＰＢＭＣを含む試料であって良い。一つまたはそれ以上の基準の発現プロフィールは、疾患に罹患していないヒトの末梢血発現プロフィールを含み得る。一つまたはそれ以上の基準の発現プロフィールはまた、非血液疾患を有する患者の末梢血発現プロフィールを含み得る。それに加えて、一つまたはそれ以上の基準の発現プロフィールは、さらに他の非血液疾患を有する患者の末梢血発現プロフィールを含み得る。本システムは、さらに目的とする発現プロフィールを一つまたはそれ以上の基準の発現プロフィールと比較することのできるプログラム、およびそのプログラムを実行することのできる処理装置を含む。ある具体例として、そのプログラムは加重多数決アルゴリズムを使用する。
【００３１】
（図面の簡単な記載）
本出願書は、２００３年１１月２１日に提出され、「腎細胞癌および他の固形腫瘍の診断法」と題した米国実用特許出願書において開示される全てを、全ての図面を含めて、出典明示によって本明細書の一部とする。
【００３２】
本図面は、実例を与えるものであり、その範疇を制限するものではない。
【００３３】
図１は、本発明において認識された腎細胞癌疾患遺伝子の統計的検証を描写している。
【００３４】
図２は、発現した遺伝子発現値を用いた試料の関係の樹状図を示す。
【００３５】
図３は、大きさを拡大したプレディクター遺伝子セットについてのトレーニングセットクロスバリデーションの結果を要約した図面である。
【００３６】
図４は、トレーニングセットにおける８つのプレディクター遺伝子のセットの相対的発現量を図示している。
【００３７】
図５Ａは、図４において図示した８つのプレディクター遺伝子のセットを用いた、トレーニングセットにおける各々の試料についてのクロスバリデーション結果を説明している。
【００３８】
図５Ｂは、図４において図示した８つのプレディクター遺伝子のセットを用いた、腎細胞癌および正常ＰＢＭＣ試料の残りのテストセットについての予測結果を示す。
【００３９】
（詳細な説明）
１．  定義
本明細書において用いられる「ＣＰＳ表２」は、表２に列挙される全区分プローブ配列（ＣＰＳ）を指す。
【００４０】
「遺伝子表４」は、表４に列挙される全ての遺伝子を指す。
【００４１】
「遺伝子」は、少なくともそれから一つのＲＮＡ分子が転写し得る、ヒトゲノムにおけるＤＮＡ配列を指す。本発明において用いられる遺伝子は、ＥＳＴまたはｍＲＮＡデータによってその発現が支持される、仮定または推定遺伝子であって良い。
【００４２】
「疾患に罹患していないヒト」は、医学的処置または治療が必要となる、検出し得る何らかの癌または他の疾患を有さないヒトを指す。
【００４３】
「ストリンジェントな条件」は、少なくとも、例えば表１に示される条件ＧＬと同等に厳しい。「非常にストリンジェントな条件」は、少なくとも、例えば表１に示される条件ＡＦと同等に厳しい。表１に用いられているハイブリダイゼーションは、ハイブリダイゼーション条件（ハイブリダイゼーション温度および緩衝剤）下で約４時間実行され、続いて対応する洗浄条件（洗浄温度および緩衝剤）下で２回２０分間洗浄する。
【表１】
2006514554.tif 000002
１：ハイブリッドの長さは、ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションのハイブリダイゼーションした領域について予想されたものである。ポリヌクレオチドを未知の配列の標的ポリヌクレオチドにハイブリダイズする場合、ハイブリッドの長さは、ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションのものと想定される。既知の配列のポリヌクレオチドをハイブリダイズする場合、ハイブリッドの長さは、ポリヌクレオチドの配列を整列し、最適の配列の相補性を有する領域または領域群を認識することによって、決定され得る。
Ｈ：ＳＳＰＥ（１×ＳＳＰＥは、０．１５Ｍの塩化ナトリウム、１０ｍＭのリン酸二水素ナトリウムおよび１．２５ｍＭのＥＤＴＡ、ｐＨ７．４である）は、ハイブリダイゼーションおよび洗浄緩衝剤において、ＳＳＣ（１×ＳＳＣは０．１５Ｍの塩化ナトリウムおよび１５ｍＭのクエン酸ナトリウム）の代わりに用いられ得る。
ＴＢ＊−ＴＲ＊：長さが５０塩基対未満であると予想されるハイブリッドのハイブリダイゼーション温度は、ハイブリッドの融解温度（Ｔｍ）より５−１０度低くあるべきであり、Ｔｍは次の等式に従って決定される。長さが１８塩基対未満のハイブリッドについては、Ｔｍ（℃）＝２（Ａの♯＋Ｔ塩基）＋４（Ｇの♯＋Ｃ塩基）である。長さが１８および４９塩基対の間のハイブリッドについては、Ｔｍ（℃）＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ１０Ｎａ＋）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−（６００／Ｎ）であり、Ｎはハイブリッドにおける塩基数であり、Ｎａ＋はハイブリダイゼーション緩衝剤（１×ＳＳＣについてのＮａ＋＝０．１６５Ｍ）中のナトリウムイオンのモル濃度である。
【００４４】
本発明の様々な側面は、次の節および小節でさらに詳細に記述している。節および小節の利用は、本発明の範疇を制限するものではなく、各々の節および小節は本発明のあらゆる側面に適用して良い。
【００４５】
ＩＩ．発明
本発明は、末梢血における遺伝子発現パターンを検出することによって、腎細胞癌および他の固形腫瘍を診断する方法を提供する。本発明は、疾患に罹患していないヒトと比較して、腎細胞癌患者の末梢血において特異的に発現している、多量の腎細胞癌疾患遺伝子を同定する。少なくともこれら腎細胞癌疾患遺伝子の部分集合はまた、前立腺癌および頭部／頸部の癌のような他の固形腫瘍において特異的に発現している。それゆえに、これらの遺伝子は、腎細胞癌および／または他の固形腫瘍の有無を検出するための代用的なマーカーとして用いられ得る。ある具体例として、末梢血におけるこれらの遺伝子の発現パターンは、末梢血試料においてこれらの遺伝子のＲＮＡ転写産物の量を評価することによって決定され得る。末梢血試料は、全血試料であるか、または濃縮したＰＢＭＣを含む血液試料であって良い。ＲＮＡ量を検出するための適当な方法には、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロット、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、サザンブロット、スロットブロッテイング、ヌクレアーゼ保護アッセイまたは核酸アレーを含むが、それだけに限定されるものではない。他の具体例として、遺伝子発現パターンは、固形腫瘍の疾患遺伝子によってコード化されるポリペプチドの量を検出することによって決定し得る。適当な方法には、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、ＲＩＡ（放射免疫アッセイ法）、ＦＡＣＳ（蛍光活性化細胞選別器）またはウエスタンブロットを含むが、それだけに限定されるものではない。２次元ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動に基づいた方法もまた用いられ得る。
【００４６】
Ａ．末梢血における腎細胞癌および他の固形腫瘍の疾患遺伝子の認識の一般的方法
ＤＮＡマイクロアレー、プロテオミックスおよび生命情報科学のような、新しい技術上の発達と共に、ヒトゲノム配列が利用できれば、様々な疾患についての体系的な遺伝子発現の研究が可能となる。本発明は、体系的遺伝子発現分析技術を使用し、遺伝子、および／または腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部の癌のような固形腫瘍を有する患者の末梢血において特異的に発現しているマーカーを認識する。これらの遺伝子は、本明細書において「固形腫瘍疾患遺伝子」と呼んでいる。特に、疾患に罹患していないヒトに比べて、腎細胞癌患者の末梢血に特異的に発現している遺伝子は、「腎細胞癌疾患遺伝子」と呼ばれている。
【００４７】
固形腫瘍の疾患遺伝子は、疾患に罹患していないヒトに比べて、固形腫瘍の患者の末梢血において、過剰に発現しているかまたは発現不足（無発現を含めて）のいずれかである。それゆえに、固形腫瘍の疾患遺伝子は、固形腫瘍の患者の遺伝子発現のパターンを、疾患に罹患していないヒトの対応する遺伝子の発現パターンと比較することによって同定できる。遺伝子の発現パターンの検出および比較の方法は、当業者によく知られている。
【００４８】
ある具体例として、遺伝子の発現パターンは、末梢血におけるＲＮＡ転写産物濃度を測定することによって検出される。例えば、全ＲＮＡまたはポリＡＲＮＡは、末梢血試料から単離しえる。本明細書で用いられている、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、細胞または血液試料のような生物学的試料は、生物学的試料が本来の環境から除去されていれば単離されたことになる。例えば、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、精製または抽出工程を通して単離される。血液試料は、人体から除去された場合に単離されたことになる。
【００４９】
単離したＲＮＡは、その後増幅させてｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを生成する。末梢血試料における遺伝子発現の濃度は、対応するｃＤＮＡまたはｃＲＮＡの量を測定することによって決定し、その後増幅し得る。
【００５０】
ある典型的増幅プロトコールでは、逆転写酵素を用いる。例えば、単離したｍＲＮＡは、最初に逆転写酵素、およびオリゴｄ（Ｔ）およびファージＴ７プロモーターをコードする配列からなるプライマーを用いてｃＤＮＡに逆転写し得る。こうして生成したｃＤＮＡは一本鎖である。ｃＤＮＡの二番目の鎖はＤＮＡポリメラーゼを用いて合成し、ＲＮＡアーゼと結合してＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを分離する。二本鎖ｃＤＮＡの合成後、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼを付加し、ｃＲＮＡをその後二本鎖ｃＤＮＡの二番目の鎖から転写される。
【００５１】
他の具体例として、遺伝子の発現パターンは、末梢血におけるポリペプチド濃度を測定することによって分析し得る。末梢血試料におけるポリペプチド量は、当業者によく知られた様々な方法を用いて検出し得る。適当な方法には、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、ＦＡＣＳおよびウエスタンブロットのような免疫アッセイを含むが、それだけに限定されない。２次元ゲル電気泳動および質量分光測定に基づいた方法のような、高速タンパク質配列決定および同定の方法もまた用いられ得る。
【００５２】
好ましい具体例として、ＲＮＡまたはポリペプチドの単離のために用いられる末梢血試料は、濃縮するかまたは精製した末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む。濃縮したＰＢＭＣを有する血液試料を調製する方法は、当該分野においてよく知られている。例えば、ヒトの患者から単離した全血は、Ｆｉｃｏｌｌ勾配法またはＣＰＴｓ（細胞精製管）によって遠心分離に付すことができ、濃縮したＰＢＭＣを含む断片が収集される。「濃縮した」は、試料中のＰＢＭＣのパーセンテージが、最初の全血より高いことを意味する。例えば、濃縮した試料におけるＰＢＭＣのパーセンテージは、最初の全血より少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍またはそれ以上高い。ある具体例として、全血は固形腫瘍の疾患遺伝子を選別するために、直接用いられ得る。
【００５３】
他の好ましい具体例として、ｃＤＮＡのようなポリヌクレオチドアレーまたはオリゴヌクレオチドアレーは、固形腫瘍患者の末梢血における遺伝子発現プロフィールを検出し、さらに／または疾患に罹患していないヒトと比較するために用いられ得る。ポリヌクレオチドアレーは、多量の遺伝子のＲＮＡ転写産物の濃度を一度に定量的に検出し、調整することを可能にする。この大規模な遺伝子発現分析に適したポリヌクレオチドアレーには、Ａｆｆｉｍｅｔｒｉｘ社（Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）のジーンチップ（商標登録）アレー、またはＡｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社（Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ、ＣＡ）のｃＤＮＡマイクロアレーのような市販で入手できるアレーを含むが、それだけに限定されない。
【００５４】
マイクロアレーにハイブリダイズするポリヌクレオチドは、一つまたはそれ以上の標識部分によって標識することができ、ハイブリダイゼーションしたポリヌクレオチド複合体の検出を可能にしている。標識部分には、分光器的、光化学的、生化学的、生物電子工学的、免疫化学的、電気的、光学的または化学的方法によって検出し得る組成物を含む。標識部分には、放射性同位体、化学ルミネセンス化合物、標識した結合タンパク質重金属原子、蛍光マーカーおよび色素のような分光器のマーカー、磁気標識、結合した酵素、質量分光測定タグ、スピン標識、電子輸送体および受容体、およびその類似物を含む。マイクロアレーにハイブリダイズするポリヌクレオチドは、ＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかであって良い。
【００５５】
ハイブリダイゼーション反応は、絶対的または差別的ハイブリダイゼーションの形式で行われ得る。絶対的ハイブリダイゼーションの形式において、腎細胞癌患者または疾患に罹患していないヒトの末梢血試料のような、一つの試料に由来するポリヌクレオチドは、マイクロアレーにおいてプローブにハイブリダイゼーションされる。ハイブリダイゼーション複合体の形成後に検出されるシグナルは、試料におけるポリヌクレオチド濃度に対応する。特異的なハイブリダイゼーションの形式において、固形腫瘍患者の試料および疾患に罹患していないヒトの試料のような、二つの生物学的試料に由来するポリヌクレオチドは、異なる標識部分によって標識される。これらの異なった形で標識したポリヌクレオチドの混合物を、マイクロアレーに付加する。マイクロアレーは、その後二つの異なる標識からの放出が個別に検出可能な条件下で検査される。ある具体例として、蛍光物質Ｃｙ３およびＣｙ５（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ  Ｎ．Ｊ．）は、特異的なハイブリダイゼーションの形式に対する標識部分として用いられる。
【００５６】
マイクロアレーから集めたシグナルは、Ａｆｆｉｍｅｔｒｉｘ社またはＡｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ社によって供給されるような、市販で入手可能なソフトウェアを用いて分析し得る。スキャン感受性、プローブ標識およびｃＤＮＡの定量のための対照群が、好ましくは、ハイブリダイゼーション実験に含まれる。マイクロアレー発現シグナルは、さらなる分析にふす前に、測定し、または標準化し得る。例えば、各々の遺伝子に対する発現シグナルは、一つ以上のアレーが類似した検査条件下で用いられる場合は、ハイブリダイゼーション強度の変異を考慮に入れるために標準化し得る。個別のポリヌクレオチド複合体ハイブリダイゼーションについてのシグナルはまた、各々のアレー上に含まれる内部標準化対照群に由来する強度を用いて標準化し得る。それに加えて、試料全てについて発現レベルに比較的一致した遺伝子は、他の遺伝子の発現レベルを標準化するために用いられ得る。ある具体例として、遺伝子の発現レベルは、平均が０で標準偏差が１であるような試料全てについて標準化される。他の具体例として、マイクロアレーによって検出された発現データは、全ての試料について最小限のまたは重要でない変異を示す遺伝子を排除する変異フィルターに付される。
【００５７】
固形腫瘍の患者の末梢血における遺伝子発現プロフィールは、疾患に罹患していないヒトの末梢血試料における対応する遺伝子の発現プロフィールと比較し得る。疾患に罹患していないヒトと比較して、固形腫瘍患者において特異的に発現している遺伝子を同定する。好ましくは、固形腫瘍の疾患遺伝子の発現レベルは、疾患に罹患していないヒトにおいてよりも、固形腫瘍患者において十分に高いかまたは低い。「十分に高い」とは、固形腫瘍患者の末梢血試料における平均遺伝子発現レベルが、疾患に罹患していないヒトの末梢血試料における平均遺伝子発現レベルよりも少なくとも１．５倍高いことを意味する。例えば、固形腫瘍患者における平均発現レベルは、疾患に罹患していないヒトにおける平均発現レベルよりも、少なくとも２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍またはそれ以上高くて良い。「十分に低い」とは、固形腫瘍患者の末梢血試料における遺伝子の平均発現レベルが、疾患に罹患していないヒトの末梢血試料における遺伝子の平均発現レベルの０．６７倍よりも高くないことを意味する。例えば、固形腫瘍患者における平均発現レベルは、疾患に罹患していないヒトにおける平均発現レベルの０．５倍、０．３３倍、０．２５倍、０．１倍、０．０５倍またはそれ未満より高くない。
【００５８】
ある具体例として、固形腫瘍の疾患遺伝子は、マイクロアレー遺伝子発現データに基づいたクラスタリングアルゴリズムを用いて同定し得る。例えば、管理されていない（unsupervised）クラスター分析は、異なる発現パターンを有する遺伝子を分析し、分類し、それによって固形腫瘍の疾患遺伝子を同定するために用いられ得る。管理されていないクラスター分析についてのアルゴリズムには、自己組織化マップ（ＳＯＭｓ）、主成分分析、平均結合クラスタリングおよび階層クラスタリングを含むが、それだけに限定されない。
【００５９】
管理されていないクラスター分析はまた、固形腫瘍の疾患遺伝子を組織化し、同定するために使用される。管理されていないクラスター分析の下では、遺伝子発現パターンの由来するもとの病態はすでに知られている。管理されていないクラスター分析についてのアルゴリズムには、最近隣者分析法、サポートベクターマシーンおよびＳＰＬＡＳＨを含むが、それだけに限定されない。二重または多重相関測定法のいずれかが用いられ得る。
【００６０】
好ましい具体例として、並べ替え検定に基づく近隣者分析は、固形腫瘍の疾患遺伝子を同定するために、マイクロアレー遺伝子発現データを分析するために用いられる。近隣者分析についてのアルゴリズムは、Ｔ．Ｒ．Ｇｏｌｕｂら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２８６；５３１−５３７（１９９９）およびＤ．Ｋ．Ｓｌｏｎｉｍら、Ｐｒｏｃｓ．ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｏｕｒｔｈ  Ａｎｎｕａｌ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ  ｏｎ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｒｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、東京、日本、４月８−１１、ｐ２６３−２７２（２０００）に記述されており、両方とも出典明示によって本明細書の一部とする。
【００６１】
近隣者分析のある形式の下で、各々の遺伝子の発現プロフィールを、ｅ１が一番目の試料の遺伝子「ｇ」の発現レベルに対応する、発現ベクターｇ＝（ｅ１，ｅ２，ｅ３，・・・，ｅｎ）によって表現されている。クラスの区分は、ｃ１＝１または−１であり、それは一番目の試料がクラス０またはクラス１のどちらから単離されるかに依存するところの、同定された発現パターンｃ＝（ｃ１，ｃ２，ｃ３，・・・，ｃｎ）によって表現されている。クラス０は、腎細胞癌のような特定の固形腫瘍を有する患者からなっていてよく、クラス１は疾患に罹患していないヒトを表していて良い。クラス０はまた、異なる固形腫瘍を有する患者からなっていてもよい。
【００６２】
遺伝子「ｇ」のクラス区分に対する相関は、シグナルノイズスコア：
【化１】
2006514554.tif 000003
［式中、ｘ０（ｇ）およびｘ１（ｇ）は、それぞれクラス０およびクラス１における遺伝子「ｇ」の発現レベルの対数を表し、ｓｄ０（ｇ）およびｓｄ１（ｇ）は、それぞれクラス０およびクラス１における遺伝子「ｇ」の発現の対数の標準偏差を表す］
を用いて算出され得る。シグナルノイズスコアの絶対値の高さは、対応する遺伝子が、他方のクラスよりも一方のクラスにおいてより高く発現していることを示す。無作為パターンと比較して、クラス区分の近隣者中の異常に高い密度の遺伝子は、多くの遺伝子がクラス区分と有意に相関する発現パターンを有していることを示唆している。
【００６３】
多くの固形腫瘍の疾患遺伝子が、近隣者分析を用いて選別され得る。ある具体例として、このようにして選別された各々の固形腫瘍の疾患遺伝子は、固形腫瘍患者のＰＭＢＣｓにおいて、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣよりも十分高いか、または十分低い発現レベルを有している。他の具体例として、選別した固形腫瘍の疾患遺伝子はＰ（ｇ，ｃ）の最大絶対値を有する。さらに他の具体例として、選別した固形腫瘍の疾患遺伝子には、（腎細胞癌患者のような）クラス０において高く発現している遺伝子、および（疾患に罹患していないヒトのような）クラス１において高く発現している遺伝子を共に含む。本発明において選別した固形腫瘍の疾患遺伝子は、異なる生物学的経路または機構に含まれ得る。
【００６４】
ある具体例として、選別した固形腫瘍の疾患遺伝子の数は、並べ替え検定によって、１％または２％有意水準のように、有意に相関することが示されるものに限られる。本明細書において用いられている、ｘ％の有意水準は、ｘ％の無作為近隣者が、全クラス区分における実際の近隣者と同数の遺伝子を含むことを意味する。
【００６５】
固形腫瘍の疾患遺伝子を同定する一般的な方法は、末梢血またはＰＢＭＣにおける発現レベルが、固形腫瘍の異なる発生、進行、治療と相関している、遺伝子を同定するために用いられ得る。患者は、異なる発生または治療期に基づいてグループ化され得る。大規模な遺伝子発現分析は、他の段階と比べて、ある段階において特異的に発現する遺伝子を探すために使用して良い。このようにして同定された遺伝子は、固形腫瘍の進行または治療をモニターするためのマーカーとして用いられ得る。
【００６６】
腎細胞癌疾患遺伝子の同定
ある具体例として、ＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２遺伝子チップ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘによって製造されている）が、腎細胞癌患者および疾患に罹患していないヒトから調製したＰＢＭＣ濃縮末梢血試料におけるＲＮＡ転写産物の濃度を検出し、比較するために用いられる。表２は、ＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２遺伝子チップ上の限定子の例を列挙している。各々の限定子は、遺伝子チップ上の別々の領域に安定に結合している、多数のオリゴヌクレオチドプローブを表す。出典明示によって本明細書の一部とするところの、ＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａは、限定子および対応するオリゴヌクレオチドプローブの例を列挙している。表２中の各々の限定子は、疾患に罹患していないヒトと比較して、腎細胞癌患者の末梢血において特異的に発現している、少なくとも一つの腎細胞癌の疾患遺伝子に対応している。一般に、限定子の対応する腎細胞癌の疾患遺伝子は、ストリンジェントな条件または核酸アレーハイブリダイゼーション条件下で、ＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａにおいて同じ限定子の下に記載されているオリゴヌクレオチドプローブに、ハイブリダイズすることができる。
【００６７】
表２において各々の限定子の下に記載した配列番号は、対応する腎細胞癌の疾患遺伝子の、ｃＤＮＡまたはゲノム配列、またはそれらの相補的配列を示している。配列番号の断片は、対応する腎細胞癌の疾患遺伝子のＲＮＡ転写産物を検出するためのオリゴヌクレオチドプローブを作るために用いられ得る。ＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａには、このようにして作られたオリゴヌクレオチドプローブのいくつかの例を含む。
【００６８】
各々の配列番号は、対応するＥｎｔｒｅｚヌクレオチド配列データーベースアクセッション番号を有する。配列番号および対応するアクセッション番号は、表３に図示している。Ｅｎｔｒｅｚヌクレオチド配列データーベースは、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）、国立医学図書館、ワシントンＤ．Ｃ．アメリカによって管理されている。データーベースは、一般に知られており、容易に利用できる。Ｅｎｔｒｅｚヌクレオチド配列データーベースは、遺伝子バンク、ＥＭＢＬおよびＤＤＢＩ由来の配列データを含む。各々の配列番号の下に記載した配列は、対応するＥｎｔｒｅｚアクセッション番号の下に開示されている配列に由来してよい。
【００６９】
配列番号の不明瞭なヌクレオチド残基（「ｎ」）は、当業者によって認められている方法を用いて決定し得る。例えば、不明瞭な残基は、配列番号に対応する遺伝子を整列させることによって決定し得る。これらの遺伝子の配列は、様々なヒトゲノム配列データーベースから得ることができる。不明瞭なヌクレオチド残基はまた、対応する配列番号、または対応するＥｎｔｒｅｚアクセッション番号の下の配列を再び配列決定することによって決定し得る。一般に、各々の不明瞭な位置は、ａ、ｃ、ｇまたはｔから選ばれる少なくとも一つのヌクレオチドを表すか、またはヌクレオチド残基を含まないかのいずれかである。
【００７０】
各々の限定子は、同じ限定子の下に記載した配列番号に由来する、対応する区分プローブ配列（ＣＰＳ）を有する。対応するＣＰＳは、少なくとも配列番号の一部またはそれらの相補的配列からなる。好ましくは、各々のＣＰＳは、不明瞭なヌクレオチド残基を全く含まない。より好ましくは、各々のＣＰＳは、ＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａ中の対応する限定子の下に記載した、少なくとも一つのオリゴヌクレオチドプローブを含む。各々のＣＰＳは、ストリンジェントな条件または非常にストリンジェントな条件の下で、対応する限定子によって表された腎細胞癌の疾患遺伝子のＲＮＡ転写産物に、ハイブリダイズすることができる。表２に記載した全てのＣＰＳは、集合的にＣＰＳ表２と呼ばれている。
【００７１】
ｍＲＮＡのような、ＲＮＡ転写産物は、腎細胞癌患者および疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣ濃縮末梢血試料から単離され得る。その後ｃＲＮＡは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ発現分析技術マニュアルに記述されているプロトコールを用いて調製し得る。本明細書の小節Ｇは、試料調製、ＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２遺伝子チップハイブリダイゼーションおよびその後のデータ分析についての、詳細な実施例を提供している。
【００７２】
ハイブリダイゼーションシグナルは、遺伝子チップ上の各々のオリゴヌクレオチドプローブについて収集される。同一の限定子を有するオリゴヌクレオチドプローブについてのシグナルは、平均化される。疾患のない人の試料と比較して、腎細胞癌の試料において、異なるハイブリダイゼーションシグナルを生成する限定子を同定する。同定した限定子の例は、表２に記載している。
【００７３】
表２（「腎細胞癌患者中の平均化した発現レベル」）中の各々の腎細胞癌の発現プロフィールは、４５人の腎細胞癌患者の平均であり、一方各々の疾患に罹患していないヒトについての発現プロフィール（「疾患に罹患していないヒトの平均化した発現レベル」）は、２０人の疾患に罹患していないヒトの平均である。表２における各々の限定子の下の平均化した発現レベルは、対応する腎細胞癌の疾患遺伝子のＲＮＡ転写産物の濃度を表す。対応する疾患に罹患していないヒトの発現プロフィールに対する各々の腎細胞癌発現プロフィールの比率は、以下で「フォールドチェンジ」として与えられる。各々の限定子のスチューデントのｔ検定（両側分布、分散の同一でない二つの試料）の有意確率もまた与えられる。有意確率は、腎細胞癌の発現プロフィールおよび対応する疾患に罹患していないヒトの発現プロフィールの間の相違の統計的有意性を示唆している。有意確率が低いことは、腎細胞癌患者および疾患に罹患していないヒトの間に観察される相違についてのより統計的に有意であることを示している。
【００７４】
【表２−１】
2006514554.tif 000004
【００７５】
【表２−２】
2006514554.tif 000005
【００７６】
【表２−３】
2006514554.tif 000006
【００７７】
【表２−４】
2006514554.tif 000007
【００７８】
【表２−５】
2006514554.tif 000008
【００７９】
【表２−６】
2006514554.tif 000009
【００８０】
【表２−７】
2006514554.tif 000010
【００８１】
【表２−８】
2006514554.tif 000011
【００８２】
【表２−９】
2006514554.tif 000012
【００８３】
【表２−１０】
2006514554.tif 000013
【００８４】
【表２−１１】
2006514554.tif 000014
【００８５】
【表２−１２】
2006514554.tif 000015
【００８６】
【表２−１３】
2006514554.tif 000016
【００８７】
【表２−１４】
2006514554.tif 000017
【００８８】
【表２−１５】
2006514554.tif 000018
【００８９】
【表２−１６】
2006514554.tif 000019
【００９０】
【表２−１７】
2006514554.tif 000020
【００９１】
【表２−１８】
2006514554.tif 000021
【００９２】
【表２−１９】
2006514554.tif 000022
【００９３】
【表２−２０】
2006514554.tif 000023
【００９４】
【表２−２１】
2006514554.tif 000024
【００９５】
【表２−２２】
2006514554.tif 000025
【００９６】
【表３−１】
2006514554.tif 000026
【００９７】
【表３−２】
2006514554.tif 000027
【００９８】
【表３−３】
2006514554.tif 000028
【００９９】
【表３−４】
2006514554.tif 000029
【０１００】
【表３−５】
2006514554.tif 000030
【０１０１】
【表３−６】
2006514554.tif 000031
【０１０２】
【表３−７】
2006514554.tif 000032
【０１０３】
【表３−８】
2006514554.tif 000033
【０１０４】
【表３−９】
2006514554.tif 000034
【０１０５】
【表３−１０】
2006514554.tif 000035
【０１０６】
【表３−１１】
2006514554.tif 000036
【０１０７】
【表３−１２】
2006514554.tif 000037
【０１０８】
【表３−１３】
2006514554.tif 000038
【０１０９】
表２における各々の限定子は、疾患に罹患していないヒトと比較して、腎細胞癌患者の末梢血において特異的に発現している、少なくとも一つの腎細胞癌の疾患遺伝子を表している。腎細胞癌の疾患遺伝子のＲＮＡ転写産物は、ストリンジェントな条件または核酸アレーハイブリダイゼーション条件の下で、対応する限定子にハイブリダイズすることができる。本明細書において用いられている、「限定子にハイブリダイズする」は、ＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａにおいて限定子の下に記載されている、少なくとも一つのオリゴヌクレオチドプローブに、ハイブリダイズすることを意味する。例えば、腎細胞癌の疾患遺伝子のＲＮＡ転写産物は、ストリンジェントな条件または核酸アレーハイブリダイゼーション条件の下で、ＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａにおける対応する限定子の下に記載されている、少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４または１６のオリゴヌクレオチドプローブに、ハイブリダイズすることができる。腎細胞癌の疾患遺伝子のＲＮＡ転写産物はまた、ストリンジェントな条件または非常にストリンジェントな条件下で、対応する限定子のＣＰＳにハイブリダイズすることができる。
【０１１０】
表２の限定子およびＣＰＳによって表される腎細胞癌の疾患遺伝子は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘによって提供されるＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２遺伝子チップの注釈に基づいて決定し得る。それらはまた、当業者に認められているように、表３に記載したＥｎｔｒｅｚアクセション番号に基づいて決定され得る。それに加えて、腎細胞癌の疾患遺伝子の同定は、ヒトゲノム配列データーベースに対する、表２またはＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａに記載されているもののような、対応するＣＰＳまたはオリゴヌクレオチドプローブを、ＢＬＡＳＴ検索することによって評価し得る。この目的に対して適当なヒトゲノム配列データーベースには、ＮＣＢＩで管理されるＥｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースを含むが、それだけに限定されない。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースは、全ヒトゲノム配列の約９７．８％を含み、その中で約６３％が完成配列であり、約３４．８％が未完成配列である。ＮＣＢＩは、「ｂｌａｓｔｎ」のような、その配列データーベースをＢＬＡＳＴ検索するための公共的に利用可能なＢＬＡＳＴプログラムを提供する。
【０１１１】
各々のＣＰＳは、対応する腎細胞癌の疾患遺伝子のタンパク質コード鎖によって整列する。好ましくは、各々のＣＰＳは、少なくとも９７％の配列認識によって、対応する腎細胞癌の疾患遺伝子は整列する。各々のＣＰＳは、ストリンジェントな条件または非常にストリンジェントな条件下で、対応する腎細胞癌の疾患遺伝子にハイブリダイズすることができる。表４は、ＣＰＳおよび対応する腎細胞癌の疾患遺伝子を記載している。表４において記載されている全ての遺伝子は、集合的に「遺伝子−表４」と呼ばれている。
【０１１２】
【表４−１】
2006514554.tif 000039
【０１１３】
【表４−２】
2006514554.tif 000040
【０１１４】
【表４−３】
2006514554.tif 000041
【０１１５】
【表４−４】
2006514554.tif 000042
【０１１６】
【表４−５】
2006514554.tif 000043
【０１１７】
【表４−６】
2006514554.tif 000044
【０１１８】
【表４−７】
2006514554.tif 000045
【０１１９】
【表４−８】
2006514554.tif 000046
【０１２０】
【表４−９】
2006514554.tif 000047
【０１２１】
【表４−１０】
2006514554.tif 000048
【０１２２】
ＣＰＳ１は、トルライクレセプター２をコード化したＴＬＲ２に対応する。ＴＬＲ２は、ＬｏｃｕｓＩＤ：７０９７を有し、４番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ３２と報告されている。ＴＬＲ２遺伝子によってコード化されたタンパク質は、病原体認識および先天性の免疫の活性化において基本的な役割を果たすと考えられている、トルライクレセプター（ＴＬＲ）ファミリーの一員である。ＴＬＲｓは、黄色ショウジョウバエからヒトに至るまで高度に保存されており、構造的および機能的類似点を共有している。それらは、感染性病原体上に発現している病原体関連分子パターン（ＰＡＭＰｓ）を認識し、効果的な免疫の発達のために必要なサイトカインの生成を媒介する。様々なＴＬＲｓは、異なる発現パターンを示す。ＴＬＲ２は、末梢血白血球において豊富に発現していて、ＮＦ−カッパーＢの刺激を介して、グラム陽性細菌および酵母菌に対する宿主反応を媒介すると報告されている。ＴＬＲ２はまた、アポトーシスのシグナルを媒介する。
【０１２３】
ＣＰＳ２は、溶質キャリアファミリー１（グルタミン酸／中性アミノ酸輸送体）のメンバー４をコード化した、ＳＬＣ１Ａ４に対応している。ＳＬＣ１Ａ４は、ＬｏｃｕｓＩＤ：６５０９を有し、２番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ１５−ｐ１３と報告されている。遺伝子産物は、ナトリウム依存性中性アミノ酸輸送体であり、独立した塩化物イオンチャネル活性を有する。それは中性アミノ酸プールの平衡を保つ機能を果たす可能性がある。
【０１２４】
ＣＰＳ３は、レクチン、ガラクトシド結合、可溶性、３（ガレクチン３）をコード化したＬＧＡＬＳ３に対応する。ＬＧＡＬＳ３は、ＬｏｃｕｓＩＤ：３９５８を有し、１４番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ２１−ｑ２２と報告されている。ＬＧＡＬＳ３は、細胞成長の調節に関わる可能性がある。
【０１２５】
ＣＰＳ４は、二元特異性ホスファターゼ６をコード化したＤＵＳＰ６に対応する。ＤＵＳＰ６は、ＬｏｃｕｓＩＤ：１８４８を有し、１２番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ２２−ｑ２３と報告されている。
【０１２６】
ＤＵＳＰ６遺伝子によってコード化されたタンパク質は、二元特異性タンパク質ホスファターゼサブファミリーの一員である。これらのホスファターゼは、ホスホセリン／トレオニンおよびホスホチロシン残基両方を脱ホスホリル化することによって、標的のキナーゼを不活化する可能性がある。それらは、細胞増殖および分化と関連する、分裂活性化タンパク質（ＭＡＰ）キナーゼスーパーファミリー（ＭＡＰＫ／ＥＲＫ、ＳＡＰＫ／ＪＮＫ、ｐ３８）の一員を、負の方向に調節する可能性がある。二元特異性ホスファターゼのファミリーの異なる一員は、様々なＭＡＰキナーゼに対する明確な基質特異性、異なる組織分布および細胞内局在、および細胞外の刺激による発現誘導の異なる方法を示す。ＤＵＳＰ６遺伝子産物はＥＲＫ２を不活化し、様々な組織において発現しており、心臓および膵臓において高い発現レベルであり、細胞室内に局在していることが報告されている。二元特異性タンパク質ホスファターゼ６は、ＭＡＰキナーゼを選択的に脱ホスホリル化し、不活化する可能性がある。
【０１２７】
ＣＰＳ５は、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＦＵＳＥ結合タンパク質２）をコード化した、ＫＨＳＲＰに対応する。ＫＨＳＲＰはＬｏｃｕｓＩＤ：８５７０を有し、１９番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．３と報告されている。ＫＨＳＲＰ遺伝子産物は、多数タンパク質複合体の成分であり、ＳＲＣのＮ１エクソンのスプライシングに関わっている可能性がある。ＣＰＳに整列したゲノム配列（１９番染色体のヌクレオチド５４４９８３から５４４７９３）は、ＫＨＳＲＰのポリペプチドコード配列に３'局在する。このゲノム配列はまた、ＬＯＣ１２５９８０のポリペプチドコード配列に３'局在する。ＬＯＣ１２５９８０は、補体Ｃ３前駆体（ヒト）に類似したタンパク質をコード化する。細胞遺伝学的局在は１９ｑ１３．３と報告している。
【０１２８】
配列番号２４１（ＡＡ６２８９４６）のヌクレオチド１−５０１は、ＫＨＳＲＰと約９９％同一な配列を有する。結果として、配列番号２４１は、ＫＨＳＲＰの発現プロフィールを検出するためのプローブを構築するために用いられ得る。配列番号２４１（ＡＡ６２８９４６）のヌクレオチド１−２８６はまた、推定される遺伝子ＬＯＣ１３８６７９のポリペプチドコード配列の近傍のゲノム配列と、約８９−９３％同一な配列を示す。ＬＯＣ１３８６７９は、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＦＵＳＥ結合タンパク質２）に類似したタンパク質およびＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＦＵＳＥ結合タンパク質２）をコード化する。ＬＯＣ１３８６７９は、９番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｐ２１．１と報告されている。
【０１２９】
ＣＰＳ６は、Ｔ５４タンパク質をコード化した、Ｔ５４に対応する。Ｔ５４はＬｏｃｕｓＩＤ：２７２３８を有し、Ｘ染色体に局在し、細胞遺伝学的位置はＺｐ１１．２３と報告されている。Ｔ５４タンパク質は、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＳｐｐ２ｐに類似性の低い領域を有する。
【０１３０】
ＣＰＳ７はＲＡＢ１３、ＲＡＳオンコジーンファミリーのメンバーに対応する。ＲＡＢ１３はＬｏｃｕｓＩＤ：５８７２を有し、１番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２１．２と報告されている。ＲＡＢ１３遺伝子産物は、ＧＴＰ−結合タンパク質１３として知られており、小胞輸送に関わっている可能性がある。それが小さいＧＴＰアーゼのＲＡＢファミリーのメンバーである。配列番号７（Ｘ７５５９３）のヌクレオチド１０６−１２１２はまた、１２番染色体上に局在したゲノム配列に整列し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ１３と報告されている。
【０１３１】
ＣＰＳ８は、２２番染色体上のディジョージ症候群責任領域５のゲノム配列（ＤＧＣＲ５）に対応する。対応しているゲノム配列は、推定される遺伝子ＬＯＣ１２８９６６（炭酸脱水酵素１５に類似）のコード配列の３'局在する。ＬＯＣ１２８９６６は、ＬｏｃｕｓＩＤ：９９９３を有し、細胞遺伝子の位置２２ｑ１１．１に局在している。
【０１３２】
ＣＰＳ８はまた、２２番染色体上の推定される遺伝子ＬＯＣ９１２０８の近傍のゲノム配列に、約９７％同一な配列を示す。ＬＯＣ９１２０８は、細胞遺伝子の位置が２２ｑ１１．２１と報告されている。
【０１３３】
Ｘ９１３４８（配列番号８）のＢＬＡＳＴ検索は、２２番染色体上に局在している対応するゲノム配列を示す。ゲノム配列は、推定される遺伝子ＬＯＣ２００３０１（ＫＩＡＡ１６４７タンパク質に類似）およびディジョージ症候群遺伝子Ａ（ＤＧＳ−Ａ）を含む。ＤＧＳ−ＡはＬｏｃｕｓＩＤ：２５７８７を有する。２２ｑ１１．２の近傍の領域の欠失は、頭字語ＣＡＴＣＨ２２の下で分類された、広範な発達不全（特にディジョージ症候群、口蓋・心・顔面症候群、錐体・脳幹変性顔面症候群および孤発性錐体・顔面・心不全）に関連してきた。
【０１３４】
それに加えて、Ｘ９１３４８のヌクレオチド１３２ないし６９９の断片は、カドヘリン、ＥＧＦ  ＬＡＧ７回貫通型Ｇタイプ受容体１（フラミンゴ様、キイロショウジョウバエ）をコード化するＣＥＬＳＲ１に９１％同一な配列を有する。ＣＥＬＳＲ１はＬｏｃｕｓＩＤ：９６２０を有し、また２２番染色体上に局在している。
【０１３５】
ＣＰＳ９は、エニグマ（ＬＩＭドメインタンパク質）をコード化する、ＥＮＩＧＭＡに対応する。ＥＮＩＧＭＡはＬｏｃｕｓＩＤ：９２６０を有し、５番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｑ３５．３と報告されている。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、保存されたＰＤＺおよびＬＩＭドメインからなるタンパク質のファミリーの代表である。ＬＩＭドメインは、遺伝子転写および発現を含めた様々な文脈において、および細胞骨格の相互作用において、タンパク質−タンパク質認識において機能すると提案されている。ＥＮＩＧＭＡ遺伝子産物のＬＩＭドメインは、タンパク質キナーゼに結合する可能性があるのに対して、ＰＤＺドメインはアクチンフィラメントに結合する可能性がある。遺伝子産物は、ｒｅｔ／ｐｔｃ２分裂促進シグナルの伝達に不可欠なアクチンフィラメント結合複合体の重合に関わっている可能性がある。ＥＮＩＧＭＡ遺伝子産物の生物学的機能は、ＰＤＺドメインが、ＬＩＭ結合タンパク質を、骨格筋および非筋肉組織両方のアクチンフィラメントに局在させるアダプター機能であると提案されている。また、ＥＮＩＧＭＡ遺伝子産物はインスリン受容体（ＩＮＳＲ）に結合できることが報告されている。
【０１３６】
ＣＰＳ９はまた、エニグマ（ＬＩＭドメインタンパク質）に類似したタンパク質をコード化するＬＯＣ２２０７８３に約９９％同一な配列を有する。ＬＯＣ２２０７８３は、５番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｑ３５．３と報告されている。
【０１３７】
ＣＰＳ１０は、ｖ−ｅｔｓ赤芽球症ウィルスＥ２６オンコジーン類似物２（鳥類）をコード化するＥＴＳ２に対応する。ＥＴＳ２はＬｏｃｕｓＩＤ：２１１４を有し、２１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２１ｑ２２．２と報告されている。ＥＴＳ２遺伝子産物は、転写因子であると考えられており、ダウン症候群におけるいくつかの骨格の異常において役割を果たしている可能性がある。
【０１３８】
ＣＰＳ１１は、ホスファチジルイノシトール４リン酸５−キナーゼ、タイプ１、ガンマをコード化するＰＩＰ５ＫＩＣに対応する。ＰＩＰ５ＫＩＣはＬｏｃｕｓＩＤ：２３３９６を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．３と報告されている。
【０１３９】
ＣＰＳ１２は、転写因子様１をコード化する、ＴＣＦＬ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６９４４を有し、１番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２１と報告されている。推定される遺伝子ＬＯＣ１４８３２０のコード配列は、ＴＣＦＬ１中に局在している。ＬＯＣ１４８３２０はまた、ＣＰＳ１２によって整列される。
【０１４０】
ＣＰＳ１３は、ホモサピエンスの肝臓の不明なオーファンについてのｍＲＮＡに由来し得る。ＣＰＳ１３に対応し、ＣＰＳに対するストリンジェントな条件下でハイブリダイゼーションできるＲＮＡ転写産物を生成する仮定的遺伝子は、本明細書においてＵＮＫ−ＡＦ０５５０００と呼ばれている。
【０１４１】
ＣＰＳ１４は、インターロイキン１受容体アクセサリータンパク質をコード化する、ＩＬ１ＲＡＰに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３５５６を有し、３番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｑ２８と報告されている。遺伝子産物はＩＬ−１ＲＩ（ＩＬ１Ｒ１）に対する共受容体である。
【０１４２】
ＣＰＳ１５は、ｖ−ｒｅｌ網内系ウィルスオンコジーン類似物（鳥類）をコードする、ＲＦＬに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５９６６を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ１３−ｐ１２と報告されている。その遺伝子産物は転写因子であると考えられている。
【０１４３】
ＣＰＳ１６は、インテグリンα７をコード化する、ＩＴＧＡ７に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３６７９を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ１３と報告されている。
【０１４４】
ＩＴＧＡ７はインテグリンα鎖７をコード化している。インテグリンは、α鎖およびβ鎖からなるヘテロ正方晶系膜内在性タンパク質である。α鎖７は、細胞外ドメイン内で翻訳後解離され、β１と結合して細胞外マトリックスラミニン１に結合するインテグリンを形成する、ジスルフィド結合した軽鎖および重鎖を生成する。α７β１は、分化した筋細胞において発現した主要なインテグリン複合体である。細胞外および細胞質ドメインが異なる、α７のスプライシング変異はマウスにおいて存在する。しかしながら、今までに単一のヒト転写型が単離されたにすぎない。それは、マウスＸ２およびＢ変異体に対応する細胞外および細胞質ドメインを、それぞれ含んでいる。独特細胞外スプライシング変異体が、ヒトにおいて認識されてきたが、少数の種である可能性があり、その生物学的意義は不明である。インテグリンのα７サブユニットは、ラミニン受容体である。
【０１４５】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈では、ＣＰＳ１７がＰＰＡＲＤに対応することを示唆している。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、ＣＰＳ１７はまたＬＯＣ２２１４８６に整列し、９８％以上の配列の同一性を有することを示している。ＬＯＣ２２１４８６は、ペルオキシゾーム増殖活性化受容体β（ＰＰＡＲ−β）（ＰＰＡＲ−δ）核内ホルモン受容体１（ＮＵＣ１）（ＮＵＣＩ）に類似したタンパク質をコード化する。その遺伝子は６番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２１．１と報告されている。
【０１４６】
ＣＰＳ１８は、インターロイキン１受容体アンタゴニストをコード化する、ＩＬ１ＲＮに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３５５７を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ１４．２と報告されている。その遺伝子産物は、ＩＬ−１受容体に結合してそれを抑制することができる。その遺伝子産物は、インターロイキン１（ＩＬ−１）ファミリーのメンバーである。
【０１４７】
ＣＰＳ１９は、白血球免疫グロブリン様受容体、（ＴＭおよびＩＴＩＭドメインを有する）サブファミリーＢ、メンバー３をコード化する、ＬＩＬＲＢ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１１０２５を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．４と報告されている。その遺伝子産物は、免疫応答の抑制における役割を果たしている可能性がある。それは免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。
【０１４８】
ＣＰＳ１９はまた、ＬＯＣ１６３０２１と約９９％の同一性を示している。ＬＯＣ１６３０２１は、免疫グロブリン様転写産物５をコード化している。その遺伝子は、１９番染色体上に局在しており、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．４２と報告されている。
【０１４９】
ＣＰＳ２０は、フォークヘッドボックスＯ３Ａをコード化する、ＦＯＸＯ３Ａに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２３０９を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｑ２１と報告されている。その遺伝子産物は、明確なフォークヘッドドメインによって特徴づけられる、転写因子のフォークヘッドファミリーに属している。この遺伝子は、細胞死に必要な遺伝子の発現を介して、アポトーシスの引き金として機能する可能性がある。この遺伝子の転座は、ＭＬＬ遺伝子とともに、二次性の急性白血病に関係している可能性がある。
【０１５０】
配列番号２４５（ＡＦ０３２８８６）のヌクレオチド１−３１８３は、ＦＯＸＯ３Ａと少なくとも９９％同一な配列を共有している。結果として、配列番号２４５は、ＦＯＸＯ３Ａの発現を検出するためのプローブを構築するために用いられ得る。配列番号２４５のヌクレオチド６７２ないし３１８２はまた、ＬＯＣ１４７１６７と９８％同一な配列を有している。ＬＯＣ１４７１６７は、ｂＡ６５３Ｏ２０．１（フォークヘッドボックスＯ３Ａ（フォークヘッドキイロショウジョウバエ類似物様１、ＦＫＨＲＬ１））に類似している。ＬＯＣ１４７１６７は１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｐ１１．１と報告されている。
【０１５１】
ＣＰＳ２１は、アネキシンＡ５をコード化する、ＡＮＸＡ５に対応している。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３０８を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ２８−ｑ３２と報告されている。その遺伝子産物はエキソサイトーシスおよびエンドサイトーシス経路に伴う細胞膜関連の事象に影響を与える、カルシウム依存性リン脂質結合タンパク質のアネキシンファミリーに属している。その遺伝子産物は、ホスホリパーゼＡ２およびカルシウムチャネル活性を有するタンパク質キナーゼＣ抑制タンパク質であり、細胞内シグナル伝達、炎症、成長および分化における潜在的な役割がある。その遺伝子産物はまた、胎盤性抗凝固タンパク質１、血管性抗凝固物質α、エンドネキシンＩＩ、リポコルチンＶ、胎盤性タンパク質４およびアンコリンＣＩＩとして記述されてきた。その遺伝子は、少なくとも１３のエクソンを含み、少なくともひとつのおよそ１．６ｋｂの転写産物、および少なくとも一つの約３５ｋＤａの分子量を有するタンパク質生成物をコード化する。
【０１５２】
ＣＰＳ２２は、溶質キャリアファミリー１７（ナトリウム依存性無機リン酸共輸送体）、メンバー７をコード化する、ＳＬＣ１７Ａ７に対応する。その遺伝子は、ＬｏｃｕｓＩＤ：５７０３０を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、脳特異的ナトリウム依存性無機リン酸共輸送体［ドブネズミ］に非常によく似ている。そのタンパク質は、小胞結合、ナトリウム依存性リン酸輸送体である。シナプス小胞の膜と結合して、グルタミン酸輸送に働く可能性がある。そのタンパク質は、分化関連性のナトリウム依存性無機リン酸共輸送体と、８２％の同一性を共有する。
【０１５３】
ＣＰＳ２３は、Ｎ−アセチルグルコサミン−１−ホスホジエステル  α−Ｎ−アセチルグコサミニダーゼをコード化する、ＬＯＣ５１１７２（ＡＰＡＡ）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５１１７２を有し、１６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１６ｐ１３．１３と報告されている。Ｎ−アセチルグルコサミン−１−ホスホジエステルα−Ｎ−アセチルグコサミニダーゼ（ホスホジエステルα−Ｎ−グルコサミナーゼ）は、マンノース６リン酸の合成の第２工程を触媒し、リソソーム酵素上のマンノース６リン酸認識シグナルの形成に関わっている可能性がある。
【０１５４】
ＣＰＳ２４は、細胞膜タンパク質、パルミトイル化１（５５ｋＤａ）をコード化する、ＭＰＰ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４３５４を有し、Ｘ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｑ２８と報告されている。パルミトイル化細胞膜タンパク質１は、ＭＡＧＵＫｓ（細胞膜結合グアニル酸キナーゼ類似物）と呼ばれる、細胞膜結合タンパク質ファミリーの原型である。ＭＡＧＵＫｓは、細胞骨格と相互作用し、細胞増殖、シグナル経路および細胞間連結を抑制する。パルミトイル化細胞膜タンパク質１は、ＳＨ３（ｓｒｃホモロジー３）モチーフと呼ばれ、細胞骨格と結合してシグナルの変換において重要な役割を果たすと考えられるいくつかの他のタンパク質において発見されている、保存された配列を含む。パルミトイル化細胞膜タンパク質１は、キイロショウジョウバエｄｌｇ（癌抑制遺伝子）およびグアニル酸キナーゼに類似している。
【０１５５】
ＣＰＳ２５は、トロポミオシン１（アルファ）をコード化する、ＴＰＭ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７１６８を有し、１５番染色体に局在し、細胞遺伝学的位置は１５ｑ２２．１と報告されている。α−トロポミオシン１は、アクチンおよびトロポニンと結合し、アクチン結合およびトロポニン結合タンパク質ファミリーのメンバーである。
【０１５６】
ＣＰＳ２６は、ＴＲＩＭ２遺伝子の非タンパク質コード鎖と約９９％同一な配列を示す、ＵＮＫ＿Ｍ６２８９６に対応する。ＴＲＩＭ２は三部分モチーフ含有２をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２３３２１を有し、細胞遺伝学的位置は４ｑ３１．２３と報告されている。
【０１５７】
ＣＰＳ２６は、ＬＯＣ２２１０２５およびＡＮＸＡ２Ｐ２と約８６−９０％類似した配列を示す。ＬＯＣ２２１０２５は、Ｍ６２８９５によって支持される仮定の遺伝子である。ＬＯＣ２２１０２５は、１０番染色体上に局在する。ＡＮＸＡ２Ｐ２は９番染色体上に局在し、アネキシンＡ２偽遺伝子２をコード化する。それに加えて、ＣＰＳ２６は、ＡＮＸＡ２の二つのエクソンと９１−９３％同一の配列を有する。ＡＮＸＡ２は、アネキシンＡ２をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：３０２を有し、細胞遺伝学的位置は１５ｑ２１−ｑ２２と報告されている。
【０１５８】
ＣＰＳ２７は、コロニー刺激因子２（顆粒球−マクロファージ）をコード化する、ＣＳＦ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１４３７を有し、５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｑ３１．１と報告されている。顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子２は、造血細胞の分化、遺伝子発現および成長を調節する。
【０１５９】
ＣＰＳ２８は、脂肪腫ＨＭＧＩＣ融合パートナー様２をコード化する、ＬＨＦＰＬ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０１８４を有し、５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｑ１３．３と報告されている。ＣＰＳ２８の一部は、ＬＯＣ２２０３９７と９０％の配列の同一性を有する。ＬＯＣ２２０３９７は、高移動度群タンパク質４（ＨＭＧ−４）（高移動度群タンパク質２ａ）（ＨＭＧ−２ａ）をコード化し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１４．２と報告されている。
【０１６０】
ＣＰＳ２９は、パルヴィン、ベータをコード化するＰＡＲＶＢに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２９７８０を有し、２２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２２ｑ１３．２−ｑ１３．３３と報告されている。その遺伝子産物は、ＣＧＩ−５６タンパク質として知られている。
【０１６１】
ＣＰＳ３０は、ムチン１，膜貫通をコード化する、ＭＵＣ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４５８２を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２１と報告されている。ＭＵＣ１遺伝子産物は、細胞表面の膜貫通糖タンパク質である。グリコシル化における変化が、上皮性の癌においてみられてきた。ＭＵＣ１遺伝子は、少なくとも７つのエクソンを含み、いくつかの他のスプライシング変異が報告されてきた。
【０１６２】
ＣＰＳ３０はまた、ＬＯＣ２４５７５５と少なくとも９９％同一な配列を有し、ＮＭ００２４５６およびＸ５２２２８によって支持される仮定の遺伝子である。ＬＯＣ２４５７５５は、ＭＵＣ１中に局在している。
【０１６３】
ＣＰＳ３１は、コラーゲン構造を有するマクロファージ受容体をコード化する、ＭＡＲＣＯに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８６８５を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ１２−ｑ１３と報告されている。その遺伝子のタンパク質は、細菌結合領域を含むコラーゲン構造を有している。
【０１６４】
ＣＰＳ３２は、ドーパミン受容体Ｄ２をコード化する、ＤＲＤ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１８１３を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ２３と報告されている。この遺伝子は、ドーパミン受容体のＤ２サブタイプをコード化している。このＧタンパク質結合受容体は、カリウムチャネル活性を高め、アデニリルシクラーゼ、カルシウム流入およびリン脂質のターンオーバーを抑制することができる。この遺伝子におけるミスセンス変異は、ミオクローヌスジストニアを引き起こす。他の変異は、統合失調症と関連している。この遺伝子の他のスプライシング変異によって、異なるアイソフォームをコード化する二つの転写変異体が生じる。第３の変異体が記載されているが、この形態が正常であるかまたは異常なスプライシングによるものであるかは解っていない。
【０１６５】
ＣＰＳ３３は、膵ポリペプチドをコード化する、ＰＰＹに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５５３９を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２１と報告されている。その遺伝子産物は、膵ポリペプチドおよび膵イコサペプチドの前駆体である。成熟した膵ペプチドは、膵臓の外分泌機能を抑制することができる。
【０１６６】
ＣＰＳ３４は、アクアポリン９をコード化する、ＡＱＰ９に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３６６を有し、１５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１５ｑ２２．１−２２．２と報告されている。アクアポリン／主要な内在タンパク質は、水選択的細胞膜チャネルファミリーである。アクアポリン９は、ＡＱＰ３およびＡＱＰ７と非常に類似した配列を有し、それらはサブファミリーとして良い。アクアポリン９は、広く様々な荷電していない溶質の通過を可能にする。アクアポリン９は、尿素輸送および浸透圧による水の透過性を刺激する。グリセロール透過性を与える役割については否定的な報告もある。アクアポリン９はまた、免疫応答および殺菌活性のような分化した白血球の機能においていくつかの役割を果たしている可能性がある。アクアポリン９は、白血球において発現している。
【０１６７】
ＣＰＳ３５は、プレックストリンホモロジーおよびｓｒｃホモロジー２ドメインを有するアダプタータンパク質をコードする、ＡＰＳに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０６０３を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｑ２２と報告されている。Ｂリンパ球において発現している、ＡＰＳタンパク質は、プレックストリンホモロジーおよびｓｒｃホモロジー２（ＳＨ２）ドメインを含む。バーキットリンパ腫細胞系において、それはＢ細胞受容体の刺激に対する応答においてチロシンリン酸化される。それは刺激とは関係なくＳｈｃと結合し、刺激後はＧｒｂ２と結合するので、受容体からＳｈｃ／Ｇｒｂ２へのシグナルの変換の役割を果たしているように思われる。それは活性化したチロシンキナーゼをシグナル経路に関係づける可能性がある。
【０１６８】
ＣＰＳ３６は、アミノレブリン酸、δ−シンターゼ（鉄芽球性／低色素性貧血）をコード化する、ＡＬＡＳ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２１２を有し、Ｘ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｐ１１．２１と報告されている。ＡＬＡＳ２遺伝子産物は、ヘム生合成経路の最初の工程を触媒する。二番目のδ−アミノレブリン酸合成遺伝子（ＡＬＡＳ１）は、３番染色体に局在し、様々な組織において発現している。ＡＬＡＳ２遺伝子が欠損すると、Ｘ連鎖ピリドキシン反応性鉄芽球性貧血（低色素性貧血）を引き起こす可能性がある。遺伝子産物はまた、赤血球特異的δ−アミノレブリン酸シンターゼとして知られている。
【０１６９】
ＣＰＳ３６は、ＬＯＣ２０３５６８と約９９％の同一な配列を有している。ＬＯＣ２０３５６８は、５−アミノレブリン酸シンターゼ、赤血球特異的、ミトコンドリア前駆体（δ−アミノレブリン酸シンターゼ）（δ−ＡＬＡシンターゼ）（ＡＬＡＳ−Ｅ）に類似したタンパク質をコード化している。その遺伝子はＸ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｐ１１．２２と報告されている。
【０１７０】
ＣＰＳ３７は、カテプシンＬをコード化する、ＣＴＳＬに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１５１４を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｑ２１−ｑ２２と報告されている。その遺伝子産物は、コラーゲンおよびエラスチンを解離できる、リソソームのシステイン（チオール）プロテアーゼである。
【０１７１】
ＣＰＳ３７は、ある他の遺伝子と８０−９０％同一の配列を有している。これらの遺伝子には、ＬＯＣ１１８９４５、ＬＯＣ１１９２１５およびＬＯＣ２１９３４３を含む。ＬＯＣ１１８９４５は、カテプシンＬ前駆体（主要排出タンパク質）（ＭＥＰ）に類似している。それは１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２３．３２と報告されている。ＬＯＣ１１９２１５もまたカテプシンＬ前駆体（主要排出タンパク質）（ＭＥＰ）に類似している。細胞遺伝学的位置は１０ｑ２１．１と報告されている。ＬＯＣ２１９３４３は、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２３．２と報告されている。
【０１７２】
ＣＰＳ３８は、Ｒａｓ誘導性老化１をコード化する、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２５９０７を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ２１．３と報告されている。その遺伝子はまた、ＲＩＳ１として知られている。
【０１７３】
ＣＰＳ３９は、仮定のタンパク質をコード化する、ＰＲＯ２３８９に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８０３４４を有し、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ１１．２と報告されている。その遺伝子産物は、３８ｋＤａスプライシング因子［ホモサピエンス］にあまり類似していない。
【０１７４】
ＣＰＳ４０は、ビリベルジン還元酵素Ｂ（フラビン還元酵素（ＮＡＤＰＨ））をコード化する、ＢＬＶＲＢに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６４５を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．１−ｑ１３．２と報告されている。
【０１７５】
ＣＰＳ４１は、グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）、α１３をコード化する、ＧＮＡ１３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０６７２を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２２−ｑ２４と報告されている。その遺伝子産物は、ヘテロ三量体Ｇタンパク質複合体の成分である。
【０１７６】
ＣＰＳ４１は、ＬＯＣ１３０１１７の近傍のゲノム配列に約７５−８０％類似した配列を示す。ＬＯＣ１３０１１７は亜鉛フィンガータンパク質１０（ＫＯＸ１）に類似しており、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ１１．２と報告されている。
【０１７７】
ＣＰＳ４２は、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ３をコード化する、ＭＡＰ２Ｋ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５６０６を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ１１．２と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、ＭＡＰキナーゼキナーゼファミリーに属している、二元特異性タンパク質キナーゼである。このキナーゼは、マイトジェンおよび環境ストレスによって活性化され、ＭＡＰキナーゼ媒介シグナルカスケードに関わっている可能性がある。それは、ＭＡＰＫ１４／ｐ３８−ＭＡＰＫをリン酸化し、それによって活性化することができる。このキナーゼはまた、インスリンによって活性化されることができ、グルコース輸送体の発現に必要である可能性がある。ＲＡＳオンコジーンの発現が発見されることで、このキナーゼの活性体が蓄積し、そのようにしてＭＡＰＫ１４の構造性活性化を導き、一次細胞のオンコジーン変形を与えることになる。このキナーゼの抑制は、エルシニア偽結核の病因に関わっている。三つの異なるスプライシングした、独特のアイソフォームをコード化するこの遺伝子の転写変異体が報告されている。
【０１７８】
ＣＰＳ４２は、ＬＯＣ１４６７３２と約９６−９８％同一な配列を有する。ＬＯＣ１４６７３２は、ＭＡＰキナーゼキナーゼ３ｂに類似しており、細胞遺伝学的位置は１７ｐ１３．１と報告されている。
【０１７９】
ＣＰＳ４３は、脳豊富、細胞膜結合シグナルタンパク質をコード化する、ＢＡＳＰ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０４０９を有し、５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｐ１５．１−ｐ１４と報告されている。ＡＡ１３５６８３のヌクレオチド４３３ないし５５４はまた、推定される遺伝子ＬＯＣ２２２４６７と９１％同一の配列を有し、その遺伝子は１３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１３ｑ１２．１１と報告されている。
【０１８０】
ＣＰＳ４４は、タンパク質３様と相互作用するＢＣＩ．２／アデノウイルスＥ１Ｂ１９ｋＤａをコード化する、ＢＮＩＰ３Ｌに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６６５を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｐ２１と報告されている。この遺伝子は、ＢＣＩ．２／アデノウイルスＥ１Ｂ１９ｋＤａ相互作用タンパク質（ＢＮＩＰ）ファミリーのメンバーである。ＢＮＩＰ３Ｌ遺伝子産物は、ウィルス誘導性細胞死に対する防護する役割を持つＥ１Ｂ１９ｋＤａタンパク質と相互作用し得る。遺伝子産物は、ＢＮＩＰ３の機能的類似物、アポトーシスを促進するタンパク質である。遺伝子産物は、ＢＮＩＰ３と同時に機能し、腫瘍抑制の機能を果たす可能性がある。
その遺伝子産物はまた、細胞のＢｃｌ２またはＮｃｌ２Ｌ．１と結合でき、アポトーシスを促進する可能性がある。
【０１８１】
ＣＰＳ４５は、タンパク質と結合するアルブミンプロモーターのＤ部位（アルブミンＤボックス）をコード化する、ＢＮＩＰ３Ｌに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：1６２８を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．３と報告されている。その遺伝子産物は、転写因子として機能し、肝特異的遺伝子の日周的調節の役割を果たしている可能性がある。それは、ＰＡＲ（プロリンおよび酸性アミノ酸豊富）ｂ／ＺＩＰファミリーのメンバーである。
【０１８２】
ＣＰＳ４６は、脳アシルＣｏＡ加水分解酵素をコード化する、ＢＡＣＨ（ｈＢＡＣＨ）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１１３３２を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ３６．３１−ｐ３６．１１と報告されている。その遺伝子産物は、アシル補酵素ファミリーのメンバーである。それは、パルミトイルＣｏＡおよび他の長鎖脂肪酸ＣｏＡチオエステルを加水分解し得る。その遺伝子産物はまた、細胞質ゾルのアシル補酵素Ａチオエステル加水分解酵素として知られている。
【０１８３】
配列番号４６（Ｕ９１３１６）のヌクレオチド７６−１１０１は、細胞質ゾルのアシル補酵素Ａチオエステル加水分解酵素（長鎖アシルＣｏＡチオエステル加水分解酵素）（ＣＴＥ−ＩＩ）（脳アシルＣｏＡ加水分解酵素）（ＢＡＣＨ）に類似したタンパク質をコード化する、ＬＯＣ１３２９２７に約８９％同一な配列を有する。ＬＯＣ１３２９２７は、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｐ１４と報告されている。
【０１８４】
ＣＰＳ４７は、ジアシルグリセロールＯ−アシルトランスフェラーゼ類似物１（マウス）をコード化する、ＤＧＡＴ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８６９４を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｑｔｅｒと報告されている。この遺伝子によってコード化された酵素は、ジアシルグリセロールおよび脂肪アシルＣｏＡを、トリアシルグリセロール合成の最終段階を触媒するために基質として利用する。それはまた、生理学的代謝過程と同様に、細胞内においても関わっている。
【０１８５】
ＣＰＳ４８は、グアニル酸キナーゼ１をコード化する、ＧＵＫ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２９８７を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ３２−ｑ４１と報告されている。その遺伝子産物は、ｃＧＭＰサイクルの一部としてＧＭＰをＧＴＰに変換し得る。
【０１８６】
ＣＰＳ４９は、インターロイキン１０受容体、ベータをコード化する、ＩＬ１０ＲＢに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３５８８を有し、２１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２１ｐ２２．１１と報告されている。インターロイキン１０受容体βサブユニットは、インターロイキン１０（ＩＬ−１０）と結合したシグナルを変換する。それは、サイトカイン受容体ファミリー（ＣＲＦ２）のクラスＩＩメンバーである。
【０１８７】
ＣＰＳ４９に整列する染色体領域はまた、ｆＩＦＮＡＲ２のポリペプチドコード配列に３'局在している。ＩＦＮＡＲ２は、インターフェロン（α、βおよびω）受容体２をコード化している。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３４５５を有し、２１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２１ｑ２２．１１と報告されている。
【０１８８】
ＣＰＳ５０は、エクトヌクレオチドピロホスファターゼ／ホスホジエスタラーゼ２（オートタキシン）をコード化する、ＥＮＰＰ２（ＰＤＮＰ２）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５１６８を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｑ２４．１と報告されている。オートタキシンは、強力な腫瘍細胞運動性刺激タンパク質である。その遺伝子産物はまた、ホスホジエスタラーゼ１／ヌクレオチドピロホスファターゼ２（オートキシン）として知られている。
【０１８９】
配列番号５０（Ｄ４５４２１）のヌクレオチド３７５−４５２、１２４１−１２７７、１５７６−１７６１および１３９９−１４８８はまた、８番染色体上のＬＯＣ２０６８９０の近傍のゲノム配列に９７−１００％同一な配列を有する。ＬＯＣ２０６８９０は、シトクロムＣ（生体の）に類似しており、細胞遺伝学的位置は８ｑ１２．３と報告されている。
【０１９０】
ＣＰＳ５１は、溶質キャリアファミリー５（ナトリウム依存性ビタミン輸送体）をコード化する、ＳＬＣ５Ａ６に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８８８４を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ２３と報告されている。その遺伝子産物は、パントテン酸ビオチンおよびリポ酸の経胎盤輸送において機能している。配列番号５１（ＡＬ０９６７３７）のヌクレオチド９６２ないし１３１４は、転写因子２３をコード化するＴＣＦ２３（ＬｏｃｕｓＩＤ：１５０９２１）と約９０％の同一性を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ２３．３と報告されている。
【０１９１】
ＣＰＳ５２は、Ｇタンパク質結合受容体３をコード化する、ＧＰＲ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２８２７を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ３６．１−ｐ３５と報告されている。その遺伝子産物は、細胞系においてアデニル酸シクラーゼを活性化でき、Ｇタンパク質結合受容体ファミリーのメンバーである。
【０１９２】
ＣＰＳ５３は、ミトコンドリアのスーパーオキシドジスムターゼ２をコード化する、ＳＯＤ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６６４８を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｑ２５．３と報告されている。その遺伝子産物は、ミトコンドリア内の遊離基除去酵素であり、ネズミのＳｏｄ２に強い類似性を有する。
【０１９３】
ＣＰＳ５４は、三つの主要な修復エキソヌクレアーゼ１をコード化する、ＴＲＥＸ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６６４８を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ２１．３−ｐ２１．２と報告されている。この遺伝子は、少なくとも二つの異なる読み取り枠を用いる。上流のＯＲＦは、毛細管拡張性失調症と相互作用するタンパク質、およびＲａｄ３関連タンパク質、チェックポイントキナーゼをコード化する。この上流のＯＲＦによってコード化したタンパク質は、ＤＮＡ損傷に続く核内病巣に局在化し、ＤＮＡ損傷チェックポイントの重要な成分であって良い。下流のＯＲＦは、３'エキソヌクレアーゼ活性を有するタンパク質をコード化する。この活性を有する他の酵素は、ＤＮＡ複製、修復および組み換えに関わっている。イー・コリタンパク質に対する類似性は、このＯＲＦによってコード化した酵素は、ＤＮＡポリメラーゼＩＩＩのサブユニットであって良く、固有のエキソヌクレアーゼ活性を有していないことを示唆している。両ＯＲＦは、異なるスプライシングに付し、少なくとも６つの転写変異体を生じる。
【０１９４】
ＣＰＳ５４はまた、少なくともＬＯＣ２００８８４およびＬＯＣ１５２４５６の一部と約９９％同一な配列を有する。両遺伝子は、ＴＲＥＸ１中に局在している。ＬＯＣ２００８８４は、３つの主要な修復エキソヌクレアーゼ１（アイソフォームｂ）、３つの修復エキソヌクレアーゼ１、デオキシリボヌクレアーゼＩＩＩ（ｄｎａＱ／ｍｕｔＤ  （イー・コリ）様）、およびＡＴＲ相互作用タンパク質と類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ２００８８４は、細胞遺伝学的位置は３ｐ２１．３１と報告されている。ＬＯＣ１５２４５６は、３つの主要な修復エキソヌクレアーゼ１（アイソフォームｂ）、３つの修復エキソヌクレアーゼ１、デオキシリボヌクレアーゼＩＩＩ（ｄｎａＱ／ｍｕｔＤ  （イー・コリ）様）、およびＡＴＲ相互作用タンパク質と類似したタンパク質をコード化する。それは、細胞遺伝学的位置は３ｐ２１．３１と報告されている。
【０１９５】
ＣＰＳ５５は、無翼型ＭＭＴＶ組み込み部位ファミリー、メンバー６をコード化する、ＷＮＴ６に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７４７５を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ３５と報告されている。ＷＮＴ遺伝子ファミリーは、分泌したシグナルタンパク質をコード化する構造的関連遺伝子からなる。これらのタンパク質は、細胞の運命の抑制および胚形成のパターニングを含めて、発癌、いくつかの発達過程に包含された。この遺伝子は、ＷＮＴ遺伝子ファミリーのメンバーである。それは、子宮頸癌の細胞系において過剰発現しており、他のファミリーのメンバー、ＷＮＴ１０Ａとともに、結腸直腸癌の細胞系において強く共発現している。遺伝子の過剰発現は、発癌において鍵となる役割を果たす可能性がある。この遺伝子およびＷＮＴ１０Ａ遺伝子は、染色体２ｑ３５領域においてクラスター形成する。この遺伝子によってコード化したタンパク質は、アミノ酸レベルがマウスのＷｎｔ６タンパク質に９７％同一である。
【０１９６】
ＣＰＳ５６は、ホスファチジルイノシトール−４−リン酸５−キナーゼ、タイプ２αをコード化する、ＰＩＰ５Ｋ２Ａに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５３０５を有し、１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｐ１１．２３と報告されている。ホスファチジルイノシトール−４，５−二リン酸、ホスホイノシチドシグナル変換経路の二番目のメッセンジャーの前駆体は、分泌、細胞増殖、分化および運動性の抑制に関わっていると考えられている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、ホスファチジルイノシトール−４−リン酸の、ミオイノシトール環の５番目のヒドロキシのホスホリル化を触媒し、ホスファチジルイノシトール−４，５−二リン酸を形成することができる酵素のファミリーの一つである。遺伝子産物は、キナーゼ活性を示す。この遺伝子は、ホスファチジルイノシトール−４−リン酸５−キナーゼファミリーのメンバーである。その遺伝子産物はまた、１−ホスファチジルイノシトール−４−リン酸５−キナーゼアイソフォームＣとして知られている。
【０１９７】
ＣＰＳ５７は、脂肪酸結合タンパク質５（乾癬関連）をコード化する、ＦＡＢＰ５に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２１７１を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｑ２１．１３と報告されている。その遺伝子は、上皮細胞にみられる脂肪酸結合タンパク質をコード化し、乾癬組織においてアップレギュレートされていると同定された。脂肪酸結合タンパク質は、長鎖脂肪酸および他の疎水性リガンドに結合する、小さい、高度に保存された、細胞質のタンパク質のファミリーである。脂肪酸結合タンパク質は、脂肪酸の取り込み、輸送および代謝に関わっていると考えられている。ＦＡＢＰ５遺伝子産物は、ステアリン酸に結合し、ケラチン生成細胞の分化の役割がある可能性がある。
【０１９８】
ＣＰＳ５７はまた、シンタキシン３Ａをコード化するＳＴＸ３Ａのイントロン配列と１００％の配列配置構造を示す。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６８０９を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１２．３と報告されている。シンタキシン３Ａは、細胞内タンパク質輸送に関わっている。
【０１９９】
それに加えて、ＣＰＳ５７は、ＬＯＣ９５５５１、ＬＯＣ２２０１１３、ＬＯＣ１１４９４８、ＬＯＣ２２０８３２およびＬＯＣ１５０１６１と約９５−９７％同一な配列を有する。ＬＯＣ９５５５１は、脂肪酸結合タンパク質上皮細胞（Ｅ−ＦＡＢＰ）（乾癬関連脂肪酸結合タンパク質類似物）（ＰＡ−ＦＡＢＰ）に類似している。ＬＯＣ９５５５１は、１３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１３ｑ２１．３３と報告されている。ＬＯＣ２２０１１３は、脂肪酸結合タンパク質上皮細胞（Ｅ−ＦＡＢＰ）（乾癬関連脂肪酸結合タンパク質類似物）（ＰＡ−ＦＡＢＰ）をコード化している。ＬＯＣ２２０１１３は、細胞遺伝学的位置は１３ｑ１４．１３と報告されている。ＬＯＣ２２０１１３は、ＡＴＰアーゼ、Ｃｕ＋＋輸送、βポリペプチド（ウィルソン病）をコード化するＡＴＰ７Ｂのイントロン中に存在し、ＬｏｃｕｓＩＤ：５４０を有する。
【０２００】
ＬＯＣ１１４９４８は、脂肪酸結合タンパク質上皮細胞（Ｅ−ＦＡＢＰ）（乾癬関連脂肪酸結合タンパク質類似物）（ＰＡ−ＦＡＢＰ）に類似しているタンパク質をコード化している。それは、１５番染色体上に局在しており、細胞遺伝学的位置は１５ｑ２５．３と報告されている。ＬＯＣ２２０８３２はまた、脂肪酸結合タンパク質上皮細胞（Ｅ−ＦＡＢＰ）（乾癬関連脂肪酸結合タンパク質類似物）（ＰＡ−ＦＡＢＰ）に類似しているタンパク質をコード化している。それは、細胞遺伝学的位置は７ｑ２６．１と報告されている。同様に、ＬＯＣ１５０１６１は、脂肪酸結合タンパク質上皮細胞（Ｅ−ＦＡＢＰ）（乾癬関連脂肪酸結合タンパク質類似物）（ＰＡ−ＦＡＢＰ）に類似しているタンパク質をコード化している。それは、２２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２２ｑ１１．１と報告されている。
【０２０１】
その上、ＣＰＳ５７は、ＢＴＢＤ１、ＬＯＣ１３０９６２、ＬＯＣ１５２９４０およびＬＯＣ２０４１１４と約８９−９３％同一な配列を有している。ＢＴＢＤ１は、１を含むＢＴＢ（ＰＯＺ）ドメインをコード化している。それは、ＬｏｃｕｓＩＤ：５３３３９を有し、１５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１５ｑ２４と報告されている。その遺伝子産物は、ＢＴＢ／ＰＯＺドメインを含み、ＤＮＡまたはアクチン結合タンパク質として機能する可能性がある。ＬＯＣ１３０９６２は、脂肪酸結合タンパク質上皮細胞（Ｅ−ＦＡＢＰ）（乾癬関連脂肪酸結合タンパク質類似物）（ＰＡ−ＦＡＢＰ）に類似しているタンパク質をコード化している。その遺伝子は、細胞遺伝学的位置は２ｑ２３．３と報告されている。同様に、ＬＯＣ１５２９４０は、無名のタンパク質生成物に類似したタンパク質をコード化している。それは、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ３１．３−ｑ３２．１と報告されている。ＬＯＣ２０４１１４は、脂肪酸結合タンパク質類似物に類似したタンパク質をコード化している。それは、細胞遺伝学的位置は１３ｑ３１．３と報告されている。
【０２０２】
ＣＰＳ５８はまた、マトリックスメタロプロテイナーゼ(ゼラチナーゼＢ、９２ｋＤゼラチナーゼ、９２ｋＤタイプＩＶコラゲナーゼ)をコード化する、ＭＭＰ９に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４３１８を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｑ１１．２−ｑ１３．１と報告されている。マトリックスメタロプロテイナーゼタンパク質（ＭＭＰ）ファミリーは、関節炎および転移のような病的過程におけるのと同様に、胚の発達、再生および組織リモデリングのような正常な生理的過程においての細胞外マトリックスの分解にも関わっている。ほとんどのＭＭＰｓは、細胞外のプロテアーゼによって解離されると活性化されるような不活性な前駆体タンパク質として分泌される。この遺伝子によってコード化される酵素は、タイプＩＶおよびＶコラーゲンを分解し得る。アカゲザルにおける研究は、その酵素が、骨髄由来の造血前駆細胞のＩＬ−８誘導による動員に関わっていることを示唆しており、ネズミの研究は、腫瘍関連の組織リモデリングにおける役割を果たすことを示唆している。
【０２０３】
ＣＰＳ５９は、ＡＴＰアーゼ、ＣＡ＋＋輸送、細胞膜１をコード化する、ＡＴＰ２Ｂ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４９０を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ２１−ｑ２３と報告されている。
【０２０４】
配列番号５９（Ｊ０４０２７）のヌクレオチド２６２３ないし２８１４は、ＡＴＰアーゼ、ＣＡ＋＋輸送、細胞膜４をコード化する、ＡＴＰ２Ｂ４と約８１％同一な配列を有する。ＡＴＰ２Ｂ４は、ＬｏｃｕｓＩＤ：４９３を有し、１番染色体上に局在している。配列番号５９のヌクレオチド４３６５−４３９８は、仮定のタンパク質ＦＬＪ１４０７５をコード化する、ＦＬＪ１４０７５に１００％同一な配列を有する。ＦＬＪ１４０７５はＬｏｃｕｓＩＤ：７９９５４を有し、２番染色体上に局在している。
【０２０５】
ＣＰＳ６０は、ニューロｄ４（ラット）類似物をコード化する、ＮＥＵＤ４に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８１９３を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．１３と報告されている。その遺伝子産物は、少なくともｚｉｎｃフィンガーＤＮＡ結合ドメインを含む。Ｕ４３８４３のヌクレオチド６１−１９８は、ｃｅｒ−ｄ４（マウス）類似物をコード化する、ＣＥＲＤ４と８６％同一な配列を有する。ＣＥＲＤ４はＬｏｃｕｓＩＤ：８１１０を有し、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ２４．３−ｑ３１．１と報告されている。
【０２０６】
ＣＰＳ６１は、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）受容体１をコード化する、ＣＣＲ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１２３０を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ２１と報告されている。その遺伝子産物は、βケモカイン受容体ファミリーのメンバーであり、Ｇタンパク質結合受容体に類似した７回膜貫通タンパク質であると予測されている。この受容体のリガンドには、マクロファージ炎症性タンパク質１α（ＭＩＰ−１α）、単球化学誘因タンパク質３（ＭＣＰ−３）、ミエロイド前駆体抑制因子１（ＭＰＩＦ−１）を含む。ケモカインおよびそれらの受容体によって媒介されるシグナル変換は、炎症部位にエフェクター免疫細胞を補充するために重要であると考えられている。マウス類似物のノックアウト研究は、免疫応答から宿主を保護においての、およびウィルスおよび寄生虫に対する感受性における、この遺伝子の役割を示唆している。ＣＣＲ２、ＣＣＲＬ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ５およびＣＣＸＣＲ１を含めた、この遺伝子および他のケモカイン受容体遺伝子は、染色体３ｐ上で遺伝子クラスターを形成することが分かっている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、ＣＣサブファミリーのケモカインに結合し、細胞内カルシウム流入を媒介することができる。
【０２０７】
ＣＰＳ６２は、分裂促進経路によって調節されるリンタンパク質をコード化する、Ｃ８ＦＷに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４９０を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ２１−ｑ２３と報告されている。そのタンパク質はタンパク質キナーゼに類似している。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０２２１を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｑ２４．１３と報告されている。
【０２０８】
ＣＰＳ６３は、クラスタリン（補足溶菌阻害剤、ＳＰ−４０，４０、硫酸化糖タンパク質２、テストステロン抑制前立腺伝達暗号２、アポリポタンパク質Ｊ）をコード化する、ＣＬＵに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１１９１を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｐ２１−ｐ１２と報告されている。クラスタリンは、糖タンパク質であり、高密度リポタンパク質および内分泌物およびニューロン顆粒においてみられ得る。それは、末端補完反応における役割を有する。
【０２０９】
ＣＰＳ６４は、エピレグリンをコード化する、ＥＲＥＧに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２０６９を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ１３．３と報告されている。エピレグリンは、上皮成長因子ファミリーのメンバーである。エピレグリンは、チロシンキナーゼ受容体のＥＲＢＢ（ｖ−ｅｒｂ−ｂ２オンコジーン類似物）ファミリーのメンバーのリガンドと同様に、ＥＧＦＲ（上皮成長因子受容体）のリガンドとして機能し得る。エピレグリンは、細胞増殖を促進する可能性がある。
【０２１０】
ＣＰＳ６５は、ホスファチジン酸ホスファターゼタイプ２Ｂをコード化する、ＰＰＡＰ２Ｂに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８６１３を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐｔｅｒ−ｐ２２．１と報告されている。その遺伝子産物は、マグネシウム依存性ホスファチジン酸ホスファターゼタイプ２ｂである。それはホスファチジン酸をジアシルグリセロールに変換し得る。それはまた、リソフォスファチジン酸、セラミド−１−リン酸およびスフィンゴシン−１−リン酸を加水分解し得る。
【０２１１】
ＣＰＳ６６は、チューブリン、βポリペプチドをコード化する、ＴＵＢＢに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７２８０を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２１．３と報告されている。βチューブリンは、重合して微小管を形成し得る。それは、構造タンパク質のファミリーのメンバーである。
【０２１２】
配列番号６６（Ｘ７９５３５）のヌクレオチド１１９−２３１および３４０−９３９はまた、ＴＵＢＢおよびＬＯＣ２２１７５３の間のゲノム配列に９９％以上同一な配列を有する。ＬＯＣ２２１７５３は、６番染色体上に局在している。
【０２１３】
それに加えて、Ｘ７９５３５のヌクレオチド５８−１２０および３４０−１３９７は、ＬＯＣ２２１７５３と約９８％同一な配列を有する。ＬＯＣ２２１７５３は、細胞遺伝学的位置は６ｐ２４．３と報告されている。
【０２１４】
その上、Ｘ７９５３５の断片は、ある他の遺伝子に約８２−９２％同一な配列を示す。これらの遺伝子には、ＴＵＢＢ５、ＴＵＢＢ４、ＬＯＣ１３９１１２、ＬＯＣ１５７５８６、ＬＯＣ２０３０６８、ＬＯＣ９２７５５およびＧＡＢＲＲ２を含む。ＴＵＢＢ５は、チューブリン、β、５をコード化している。それはＬｏｃｕｓＩＤ：１０３８２を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．３と報告されている。ＴＵＢＢ５遺伝子は、１９番染色体のヌクレオチド６３７１１５ないし６４４１６３を有する。β５−チューブリンは、重合して微小管を形成し得る。ＴＵＢＢ４は、チューブリン、β、４をコード化している。それはＬｏｃｕｓＩＤ：１０３８１を有し、１６番染色体上に局在しており、細胞遺伝学的位置は６ｑ２４．３と報告されている。β４−チューブリンはまた、重合して微小管を形成し得る。ＬＯＣ１３９１１２は、チューブリンβに類似したタンパク質をコード化している。その遺伝子は、細胞遺伝学的位置はＸｑ２５と報告されている。ＬＯＣ１５７５８６およびＬＯＣ２０３０６８は、仮定のタンパク質ＤＫＦＺｐ５６４Ｎ１２３．１−ヒト（断片）に類似したタンパク質をコード化している。両遺伝子は、細胞遺伝学的位置は８ｐ２１．１と報告されている。ＬＯＣ９２７５５は、仮定の遺伝子であり、細胞遺伝学的位置は８ｐ２１．１と報告されている。ＧＡＢＲＲ２は、γアミノ酪酸（ＧＡＢＡ）受容体、ｒｈｏ２をコード化している。それはＬｏｃｕｓＩＤ：２５７０を有し、細胞遺伝学的位置は６ｑ１３−ｑ１６．３と報告されている。ＧＡＢＡは、哺乳類の脳における主要な抑制性神経伝達物質であり、リガンドゲート塩化物イオンチャネルであるＧＡＢＡ受容体で作用し得る。ＧＡＢＲＲ２は、ｒｈｏサブユニットファミリーのメンバーである。
【０２１５】
ＣＰＳ６７は、ヌクレオポリン２１４ｋＤ（ＣＡＩＮ）をコード化する、ＮＵＰ２１４に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８０２１を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｑ３４．１と報告されている。ヌクレオポリン２１４ｋＤは、核膜孔複合体の細胞質側に局在しているタンパク質である。それはＦＸＦＧリピートを含む。
【０２１６】
Ｄ１４６８９（配列番号６７）のヌクレオチド３７１２ないし５５１５の断片は、ＬＯＣ１５８３０６と１００％同一な配列を有する。ＬＯＣ１５８３０６は、ヌクレオポリン２１４ｋＤ（ＣＡＩＮ）に類似したタンパク質をコード化し、細胞遺伝学的位置は９ｑ３４．２と報告されている。ＬＯＣ１５８３０６は、ＮＵＰ２１４遺伝子のエクソン中に局在している。
【０２１７】
ＣＰＳ６８は、アルデヒド脱水素酵素５ファミリー、メンバーＡ１（コハク酸セミアルデヒド脱水素酵素）をコード化する、ＡＬＤＨ５Ａ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７９１５を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２２と報告されている。ＣＰＳ６８は、６番染色体のヌクレオチド３２９０９２７８ないし３２９０９８２７に整列し、ＡＬＤＨ５Ａ１の３'非翻訳領域に局在している。アルデヒド脱水素酵素５Ａ１（コハク酸セミアルデヒド脱水素酵素）は、４−アミノ酪酸分解を伴う。
【０２１８】
配列番号６８（ＡＬ０３１２３０）のヌクレオチド４５２１２ないし４４７６３は、ヒートショック９５ｋＤタンパク質１、α様３をコード化するＨＳＰＣＡＬ３と約９０％同一な配列を有する。ＨＳＰＣＡＬ３遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３３２４を有し、細胞遺伝学的位置は１１ｐ１４．２−ｐ１４．１と報告されている。それに加えて、ＡＬ０３１２３０のヌクレオチド１１８５８ないし１２０９６は、１番染色体上のゲノム配列に８６％同一な配列を示す。
【０２１９】
ＣＰＳ６９は、ＬＯＣ６４１１６に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６４１１６を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ２２−ｑ２４と報告されている。その遺伝子はＢＣＧ−ＣＷＳによってアップレギュレーションされる。
【０２２０】
ＣＰＳ７０は、Ｋｅｌｌ血液群前駆体（ＭｃＬｅｏｄ  フェノタイプ）をコード化する、ＸＫに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７５０４を有し、Ｘ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｐ２１．１と報告されている。この座は、Ｋｅｌｌ血液群（「前駆体基質、Ｋｘ）の合成を抑制する。この遺伝子における変異は、神経筋系および造血系における異常によって特徴づけられる、ＭｃＬｅｏｄ症候群、Ｘ連鎖、退行性疾患と関連している。コード化したタンパク質は、トランスポーターファミリーのメンバーであり、原核細胞および真核細胞の細胞膜輸送タンパク質の構造的特徴を有する。
【０２２１】
ＣＰＳ７１は、長鎖脂肪アシルＣｏＡシンセターゼ２遺伝子（脂肪酸補酵素Ａリガーゼ、長鎖６）をコード化する、ＫＩＡＡ０８３７（ＦＡＣＬ６）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２３３０５を有し、５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｑ３１と報告されている。
【０２２２】
ＣＰＳ７２は、グリコフォリンＣ（Ｇｅｒｂｉｃｈ血液群）をコード化する、ＧＹＰＣに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２９９５を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ１４−ｑ２１と報告されている。グリコフォリンＣ（ＧＹＰＣ）は、膜内在性糖タンパク質である。それはヒトの赤血球によって運ばれる小さい種であるが、赤血球の機械的安定性を調節する上で重要な役割を果たしている。グリコフォリンＣの変異の数が記述されてきた。ＧｅｒｂｉｃｈおよびＹｕｓフェノタイプは、それぞれエクソン３および２の検出によるものである。ＷｅｂｂおよびＤｕｃｈ抗原はまた、グリコフォリンＣとして知られており、グリコフォリンＣ遺伝子の単一の点変異から生じる。グリコフォリンＣタンパク質は、グリコフォリンＡおよびＢと相同性を有している。
【０２２３】
ＣＰＳ７３は、転写因子Ｄｐ−１をコード化する、ＴＦＤＰ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７０２７を有し、１３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１３ｑ３４と報告されている。遺伝子産物は、Ｅ２Ｆとともに、Ｇ１期からＳ期への細胞周期の進行に関わっているトランザクション遺伝子にヘテロ二量体形成してよい。ＴＦＤＰ１、ＣＵＬ４ＡおよびＣＤＣ１６は、増幅機構の確実な標的であり、肝細胞癌の発達および／または進行に、一緒にまたは別々に関わっている可能性がある。
【０２２４】
Ｌ２３９５９（配列番号：７３）のヌクレオチド９ないし１４４０と同様に、ＣＰＳ７３は、８番染色体上のＬＯＣ２４５７８８と約９５％同一な配列を有する。ＬＯＣ２４５７８８は、転写因子ＤＰ−１（Ｅ２Ｆ二量体化パートナー１）（ＤＲＴＦ１−ポリペプチド−１）（ＤＲＴＦ１）をコード化していると報告されている。
【０２２５】
それに加えて、ＣＰＳ７３は、ＬＯＣ１２６６１１およびＬＯＣ５１２７０と約８５％同一な配列を有する。ＬＯＣ１２６６１１は、転写因子ＤＰ−１（Ｅ２Ｆ二量体化パートナー１）（ＤＲＴＦ１−ポリペプチド−１）（ＤＲＴＦ１）に類似したタンパク質をコード化する。それは１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ３１．３と報告されている。ＬＯＣ５１２７０は、ヒト転写因子Ｄｐ−１の領域に類似したＥ２Ｆ様タンパク質をコード化する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５１２７０を有し、Ｘ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｑ２６．２と報告されている。
【０２２６】
配列番号：７３（Ｌ２３９５９）のヌクレオチド１００１ないし１４４０は、ＣＤ３６抗原（コラーゲンタイプＩ受容体、トロンボスポンジン受容体）をコード化する、ＣＤ３６と約８７％同一な配列を有する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９４８を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｑ１１．２と報告されている。ＣＤ３６は、血小板中のトロンボスポンジンおよびコラーゲンに対する受容体である。それは細胞接着に機能する。それは、血小板−コラーゲン接着における役割を有し、長鎖脂肪酸に結合し得る。そのタンパク質は、ラットのＦＡＴに非常に類似している。配列番号：７３のヌクレオチド９ないし９４７は、転写因子ＤＰ−１（Ｅ２Ｆ二量体化パートナー１）（ＤＲＴＦ１−ポリペプチド−１）（ＤＲＴＦ１）に類似したタンパク質をコード化する、ＬＯＣ１２３７４１に９５％同一な配列を有する。ＬＯＣ１２３７４１は、細胞遺伝学的位置が１５ｑ２３と報告されている。
【０２２７】
ＣＰＳ７４は、２０番染色体の読み取り枠１６をコード化する、Ｃ２０ｏｒｆ１６に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５４４９８を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｐ１３と報告されている。そのタンパク質は、フラビン含有アミンオキシダーゼファミリーのメンバーである。それは、モノアミンＭＡＯＢ（オキシダーゼＢ）にはあまり類似していない。
【０２２８】
ＣＰＳ７５は、ＩｇＡのＦｃ断片に対する受容体をコード化する、ＦＣＡＲに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２２０４を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．２−ｑ１３．４と報告されている。この遺伝子は、免疫グロブリン遺伝子スーパーファミリーのメンバーであり、ＩｇＡのＦｃ領域に対する受容体をコード化する。受容体は、好中球、単球、マクロファージおよび好酸球のような、病原体に対する免疫応答を媒介する、骨髄系細胞の表面に存在する膜貫通糖タンパク質である。それは、ＩｇＡでオプソニン化した標的と相互作用し、貪食、抗体依存性細胞媒介細胞傷害、および炎症メディエーターの解離の刺激を含めた、いくつかの免疫学的防御過程の引き金となる可能性がある。少なくとも１０の、異なるアイソフォームをコード化する転写産物変異体は、この遺伝子について記述されている。遺伝子産物はまた、ＦｃαＲとして知られている。
【０２２９】
ＣＰＳ７６は、インテグリン、β３（血小板糖タンパク質ＩＩＩａ、抗原ＣＤ６１）をコード化する、ＩＴＧＢ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３６９０を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２１．３２と報告されている。ＩＴＧＢ３タンパク質生成物は、インテグリンβ鎖β３である。インテグリンは、α鎖およびβ鎖からなる貫通性細胞表面タンパク質である。その鎖は多数のパートナーと結合し、異なるインテグリンを生成する可能性がある。インテグリンβ３は、血小板中にαＩＩｂ鎖に沿って見つかっている。インテグリンは、細胞表面媒介シグナルとともに、細胞接着にも関わっていることが知られている。この遺伝子産物は、血小板凝集の媒介に関わっている可能性がある。
【０２３０】
ＣＰＳ７７は、ＭＡＸ相互作用タンパク質をコード化する、ＭＸＩ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４６０１を有し、１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２４−ｑ２５と報告されている。発癌性転写因子を生成する、ｃ−ｍｙｃ遺伝子の発現は、正常細胞においては厳格に制御されているが、ヒトの癌においては、しばしば制御が解除されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、ＭＹＵ機能を負の方向に制御すると考えられている転写抑制因子であり、それゆえに潜在的な腫瘍抑制因子である。そのタンパク質は、ＭＡＸと競争することによってＭＹＣの転写活性を阻害し、ＭＹＣに結合し得る他の基本的ならせん−環−らせんタンパク質が、その機能のために必要とされる。この遺伝子の検出は、しばしば前立腺腫瘍の患者においてみられる。異なるアイソフォームをコード化する、二つの転写変異体はこの遺伝子において同定されてきた。
【０２３１】
配列番号：７７（Ｌ０７６４８）のヌクレオチド１ないし６４は、ｒａｓ類似遺伝子、メンバーＡをコード化する、ＡＲＨＡと１００％同一な配列を示す。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３８７を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ２１．３と報告されている。その遺伝子産物は、ｒｈｏサブファミリーのｒａｓ関連ＧＴＰ結合タンパク質であり、アクチン細胞骨格の再編成の調節に関わっている可能性がある。
【０２３２】
ＣＰＳ７８は、コールドショックドメインタンパク質Ａをコード化する、ＣＳＤＡに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８５３１を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｐ１３．１と報告されている。その遺伝子産物は、転写調節因子のファミリーのメンバーである。それは、（ＧＭ−ＣＳＦ）遺伝子のプロモーターと結合し、抑制することができる。その遺伝子産物は、コールドショックドメインを含む。
【０２３３】
Ｍ２４０６９（配列番号：７８）のヌクレオチド１４ないし１５６８とともに、ＣＰＳ７８は、ＬＯＣ２２０５５８と少なくとも９４％同一な配列を示す。ＬＯＣ２２０５５８はまた、コールドショックドメインタンパク質Ａまたはコールドショックドメインタンパク質Ａをコード化する。それは、１６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１６ｐ１１．１と報告されている。
【０２３４】
ＣＰＳ７９は、オプチンウリンをコード化する、ＯＰＴＮ（ＦＩＰ２）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０１３３を有し、１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｐ１２．３３と報告されている。その遺伝子産物は、腫瘍壊死因子αによって誘導される細胞溶解を抑制する、ヘテロ二量体複合体の成分である。それはロイシンジッパーを含む。それはまた、ロイシンジッパードメインを含む腫瘍壊死因子α誘導細胞タンパク質、またはハンチントン相互作用タンパク質Ｌとして知られている。
【０２３５】
ＣＰＳ８０は、セレン結合タンパク質１をコード化する、ＳＥＬＥＮＢＰ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８９９１を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２１−ｑ２２と報告されている。この遺伝子産物は、セレン結合タンパク質ファミリーに属する。セレンは、強力な抗発癌性を示す栄養素であり、セレンの欠乏はある種の神経疾患を引き起こす可能性がある。セレンの癌および神経疾患を予防する効果は、セレン結合タンパク質によって媒介される可能性があることが提唱されてきた。この遺伝子の正確な機能は、未知である。
【０２３６】
ＣＰＳ８１は、タンパク質ホスファターゼ１、調節（抑制）サブユニット２をコード化する、ＰＰＰ１Ｒ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５５０４を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｑ２９と報告されている。タンパク質ホスファターゼ１の抑制性サブユニット２は、タンパク質ホスファターゼ１のγアイソフォームと関連している可能性がある。
【０２３７】
配列番号：８１（Ｕ６８１１１）のヌクレオチド２５ないし５５６はまた、ＬＯＣ１５３７４３と９６％同一な配列を有する。この遺伝子は、タンパク質ホスファターゼ１、調節（抑制）サブユニット２に類似したタンパク質をコード化する。その遺伝子は、細胞遺伝学的位置は５ｑ３３．２と報告されている。
【０２３８】
それに加えて、Ｕ６８１１１のヌクレオチド２５ないし５５６は、ある他の遺伝子と８５−９０％同一な配列またはゲノム配列を有する。これらの遺伝子またはゲノム配列には、ＰＰＰ１Ｒ２Ｐ１、ＬＯＣ１６０８１７についての３'領域、ＬＯＣ１３０９５７の非コード領域、ＬＯＣ２２０４１９の非コード領域、および７番および２１番染色体上のある領域を含む。ＰＰＰ１Ｒ２Ｐ１は、タンパク質ホスファターゼ１、調節（抑制）サブユニット２偽遺伝子１をコード化している。ＰＰＰ１Ｒ２Ｐ１はＬｏｃｕｓＩＤ：５５０５を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２１．１と報告されている。ＬＯＣ１６０８１７は、タンパク質ホスファターゼ１、調節（抑制）サブユニット２に類似したタンパク質をコード化し、細胞遺伝学的位置は１３ｑ２１．１と報告されている。ＬＯＣ１３０９５７は、タンパク質ホスファターゼ１、調節（抑制）サブユニット２に類似したタンパク質をコード化し、染色体の２ｑ１２．１に局在している。ＬＯＣ２２０４１９は、タンパク質ホスファターゼ１、調節（抑制）サブユニット２をコード化していると報告され、染色体の１３ｑ１４．１１に局在している。
【０２３９】
ＣＰＳ８２は、ヒドロキシプロスタグランジン脱水素酵素１５−（ＮＡＤ）をコード化する、ＨＰＧＤに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３２４８を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ３４−ｑ３５と報告されている。遺伝子産物は、Ｃ−１５残基を酸化することによって、多くのプロスタグランジンを不活化することができる。
【０２４０】
ＣＰＳ８３は、溶質キャリアファミリー４、陰イオン交換体、メンバー１（赤血球細胞膜タンパク質バンド３、Ｄｉｅｇｏ血液群）をコード化する、ＳＬＣ４Ａ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６５２１を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２１−ｑ２２と報告されている。ＣＰＳ８３に整列するゲノム配列は、遺伝子のポリペプチドコード配列に３'局在している。その遺伝子はまた、ＣＤ２３３遺伝子として知られている。その遺伝子産物はまた、バンド３陰イオン交換体として知られ、陰イオン交換体（ＡＥ）ファミリーの一部である。遺伝子産物は、塩化物イオンおよび重炭酸イオンを輸送することによって、イオンの恒常性を維持するために機能している可能性がある。
【０２４１】
配列番号２５９（Ｍ２７８１９）はまた、９８％以上同一な配列を有するＳＬＣ４Ａ１に整列し、ＳＬＣ４Ａ１に対するプローブとして用いられ得る。配列番号２５９のヌクレオチド２２０６ないし２４２６はまた、ＳＬＣ４Ａ１と約７６％同一な配列を示す。この遺伝子は、溶質キャリアファミリー４、陰イオン交換体、メンバー２（赤血球細胞膜タンパク質バンド３様１をコード化する、ＡＬＤＨ５Ａ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６５２２を有する。
【０２４２】
ＣＰＳ８４は、インターロイキン１７受容体をコード化する、ＩＬ１７Ｒに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２３７６５を有し、２２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２２ｑ１１．１と報告されている。その遺伝子産物は、ネズミのＩ１１７ｒに非常に類似しており、Ｔ細胞活性化およびＩＬ−２（ＩＬ２）の誘導の役割を果たす可能性がある。
【０２４３】
ＣＰＳ８７は、核結合因子、ｒｕｎｔドメイン、αサブユニット２、転位させられた３をコード化する、ＣＢＦＡ２Ｔ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８６３を有し、１６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１６ｑ２４と報告されている。その遺伝子産物は、ＭＴＧ８（ＥＴＯ／ＣＤＲ）タンパク質ファミリーのメンバーである。
【０２４４】
ＣＰＳ８９は、ＲＡＰ１ＧＡ１のイントロン配列に対応する。ＲＡＰ１ＧＡ１は、ｒａｐ１に対するＧＴＰアーゼ活性化タンパク質１をコード化する。ＲＡＰ１ＧＡ１遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５９０９を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ３６．１−ｐ３５と報告されている。その遺伝子産物はまた、ＫＩＡＡ０４７０遺伝子ファミリーとして知られている。
【０２４５】
ＣＰＳ９０は、ＢＣＬ２様１をコード化する、ＢＣＬ２Ｌ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５９８を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｑ１１．１と報告されている。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、ＢＣＬ−２タンパク質ファミリーに属する。ＢＣＬ−２ファミリーのメンバーは、ヘテロまたはホモ二量体を形成し、幅広い種類の細胞活動に関わっている、抗アポトーシスまたはアポトーシス促進調節因子として作用する。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、ミトコンドリア外膜に局在し、ミトコンドリア外膜チャネル（ＶＤＡＣ）の開放を調節していることが示されてきた。ＶＤＡＣは、ミトコンドリアの膜電位を調節し、それによって、それら両方が細胞のアポトーシスの強力な誘導因子である、反応性の酸素核種の生成、およびミトコンドリアによるチトクロムＣの解離を統制する。明確なアイソフォームをコード化する、少なくとも二つの別の形でスプライシングされた転写産物の変異体が報告されてきた。長いアイソフォームは、アポトーシス抑制因子として作用する可能性があり、短いアイソフォームは、アポトーシス活性化因子として作用する可能性がある。
【０２４６】
ＣＰＳ９１は、核プロモーター分子結合タンパク質をコード化する、ＣＯＰＥＢに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１３１６を有し、１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｐ１５と報告されている。この遺伝子は、核タンパク質（核プロモーター分子結合タンパク質）をコード化する。このタンパク質は、そのＣ末端ドメインの末端の三つの亜鉛フィンガー、セリン／トレオニンの多い中央領域およびＮ末端領域中に存在する酸ドメインを有する。このタンパク質の亜鉛フィンガーは、特定のＤＮＡの、グアニンの多い核プロモーター分子との結合させる役割があると考えられている。中央領域は、活性化または翻訳後の調節経路に関わっている可能性があり、酸のＮ末端のドメインは転写活性化の過程で重要な役割を果たしている可能性がある。このタンパク質は、いくつかの組織において発現しており、胎盤においては高いレベルを有している。それは転写活性化因子である。同種のまたは異種のプロモーターよりもおよそ４倍転写を活性化することができる。発現パターンに関連した、このタンパク質のＤＮＡ結合および転写活性は、このタンパク質が、妊娠特異的糖タンパク質遺伝子、およびことによると他のＴＡＴＡボックスのない遺伝子の基礎発現の調節および／または維持に関わっている可能性があることを示唆している。ＣＰＳ９１に整列するゲノム配列は、その遺伝子の配列をコードするポリペプチドに３'局在している。
【０２４７】
ＣＰＳ９２は、アドレノメデュリンをコード化する、ＡＤＭに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１３３を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｐ１５．４と報告されている。アドレノメデュリンは、ヒトのクロム親和性細胞腫にみられる降圧性のペプチドであり、５２のアミノ酸からなり、分子内ジスルフィド結合を有しており、カルシトニン遺伝子関連ペプチドとわずかな相同性を示す。それは血液中に相当量みられるため、循環コントロールにおけるホルモンとして機能する可能性がある。プレプロアドレノモデュリンと呼ばれる前駆体は、１８５のアミノ酸の長さである。ＲＮＡブロット分析によって、ヒトアドレノメデュリンｍＲＮＡは、いくつかの組織において高く発現していることが判明した。ゲノムＡＤＭＤＮＡは、少なくとも４つのエクソンおよび３つのイントロンからなり、５つの主要側面領域は、ＴＡＴＡ、ＣＡＡＴおよびＧＣボックスを含む。これらはまた、活性化タンパク質２およびｃＡＭＰ調節エンハンサー分子に対する多数の結合部位が存在する。その遺伝子はまた、アドレノメデュリン（ＡＭ）の前駆体、および推定上２０アミノ酸のペプチドｐｒｏＡＭ−Ｎ２０をコード化する。その遺伝子産物は、血圧および心拍数を調節する可能性がある。
【０２４８】
ＣＰＳ９３は、スペクトリン、β、赤血球をコード化する、ＳＰＴＢに対応する（球状赤血球症、臨床型１を含む）。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６７１０を有し、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ２３−ｑ２４．２と報告されている。βスペクトリン（βフォドリン）は、膜結合細胞骨格のアクチンタンパク質に架橋結合して良い。それは、アクチン架橋結合タンパク質ファミリーのメンバーである。
【０２４９】
ＣＰＳ９４は、インテグリン、α２ｂをコード化する、ＩＴＧＡ２Ｂに対応する（ＩＩｂ／ＩＩＩａ複合体の血小板糖タンパク質ＩＩｂ、抗原ＣＤ４１Ｂ）。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３６７４を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２１．３２と報告されている。インテグリンは、α鎖およびβ鎖からなるヘテロ二量体膜貫通タンパク質である。α鎖２ｂは、転写後に解離を受け、β３と共に、凝集に重要な役割を果たす血小板において発現しているフィブロネクチン受容体を形成する、ジスルフィド結合した軽鎖および重鎖を生成する。この役割を妨げる変異が起こると、血小板無力症になる可能性がある。接着に加えて、インテグリンは、細胞表面媒介シグナル伝達に関わっていることが知られている。その遺伝子産物は、フィブリノーゲン、フォンウィルブラント因子およびフィブロネクチンに対する受容体として作用し得る。
【０２５０】
ＣＰＳ９５は、カテニン（カドヘリン関連タンパク質）、α様１をコード化する、ＣＴＮＮＡＬ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８７２７を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｑ３１．２と報告されている。α様１カテニン（カドヘリン関連タンパク質）は、カドヘリンを細胞骨格に結合する。タンパク質は、カドヘリン結合タンパク質のカテニンファミリーのメンバーである。
【０２５１】
ＣＰＳ９６は、小さい誘導性サイトカインＡ２（単球走化性タンパク質１）をコード化する、ＳＣＹＡ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６３４７を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ１１．２−ｑ２１．１と報告されている。サイトカインＡ２は、単球に対する走化性因子である。
【０２５２】
ＣＰＳ９７は、ＮＡＤＨ脱水素酵素（ユビキノン）１β副複合体、７（１８ｋＤ、Ｂ１８）をコード化する、ＮＤＵＦＢ７に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４７１３を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．１２−ｐ１３．１１と報告されている。その遺伝子産物は、ＮＡＤＨ−ユビキノン酸化還元酵素（複合体１）の部分集合である。
【０２５３】
ＣＰＳ９８は、小さい誘導性サイトカインＡ７（単球走化性タンパク質３）をコード化する、ＳＣＹＡ７に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６３５４を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ１１．２−ｑ１２と報告されている。この遺伝子は、炎症および転移の間マクロファージに影響を与える、分泌されたケモカインである単球走化性タンパク質３をコード化する。それは、二つの隣接したシステイン残基を有することによって特徴づけられる、ケモカインのＣ−Ｃサブファミリーのメンバーである。そのタンパク質は、細胞外マトリックス成分を分解する酵素である、マトリックス金属タンパク質分解酵素２の生体内の基質である。ＳＣＹＡ７は、１７ｑ染色体上のＣ−Ｃケモカインファミリーメンバーのクラスターの一部である。
【０２５４】
配列番号：９５（Ｘ７２３０８）のヌクレオチド１ないし２４６は、少なくとも二つの他のゲノム配列と約９５％同一な配列を有する。一番目のゲノム配列は、ＡＭＰＤ３およびＺＦＰ２６のポリペプチド−コード配列の間に局在している。二番目のゲノム配列は、ＬＯＣ１３９１７０の近傍に局在している。ＡＭＰＤ３は、アデノシン一リン酸デアミナーゼ（アイソフォームＥ）をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２７２を有している。その遺伝子は、染色体１１ｐ１５に局在している。ＺＦＰ２６は、Ｃ３ＨＣ４様亜鉛フィンガータンパク質をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：５０８６２を有している。その遺伝子は、染色体１１ｐ１５．３に局在している。ＬＯＣ１３９１７０は、ＫＩＡＡ１８９２に類似したタンパク質をコード化し、染色体Ｘｑ２５に局在している。
【０２５５】
ＣＰＳ９９は、ＩｇＧのＦｃ断片、高親和性Ｉａ、（ＣＤ６４）に対する受容体をコード化する、ＦＣＧＲ１Ａに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２２０９を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２１．２−ｑ２１．３と報告されている。その遺伝子産物は、免疫応答における役割を有し、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。
【０２５６】
ＣＰＳ１００は、赤血球膜タンパク質バンド４．９（デマチン）をコード化する、ＥＰＢ４９に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２０３９を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｐ２１．１と報告されている。デマチンは、アクチンと結合して良い。アクチン結合タンパク質のビリンファミリーのメンバーである。
【０２５７】
ＣＰＳ１０１は、癌腫においてアップレギュレーションされている上皮のタンパク質、膜結合タンパク質１７をコード化する、ＤＤ９６に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０１５８を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ３３と報告されている。その遺伝子は、結腸、胸部および肺の癌腫と同様に、腎細胞癌という悪性の上皮細胞において、アップレギュレーションされていることが報告されている。
【０２５８】
配列番号：９８（Ｕ２１０４９）のヌクレオチド１ないし８７は、ＬＯＣ２２２０９４と約９８％同一な配列を示す。ＬＯＣ２２２０９４は、細胞分裂周期２様５（アイソフォーム１）、コリンエステラーゼ関連細胞分裂コントローラー、およびＣＤＣ２関連タンパク質キナーゼ５をコード化する。それは、染色体７ｐ１５．２に局在している。
【０２５９】
ＣＰＳ１０２は、ペルオキシゾーム増殖活性化受容体、γをコード化する、ＰＰＡＲＧに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５４６８を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ２５と報告されている。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、核受容体のペルオキシゾーム増殖活性化受容体（ＰＰＡＲ）サブファミリーのメンバーである。ＰＰＡＲは、レチノイドＸ受容体（ＲＸＲｓ）を有するヘテロ二量体を形成し、これらのヘテロ二量体は、様々な遺伝子の転写を調節する。ＰＰＡＲの三つのサブタイプが知られている：ＰＰＡＲ−α、ＰＰＡＲ−ΔおよびＰＰＡＲ−γ。この遺伝子によってコード化されるタンパク質はＰＰＡＲ−γであり、脂肪細胞の分化の調節因子である。それに加えて、ＰＰＡＲ−γは、肥満、糖尿病、アテローム性動脈硬化症および癌を含めた、非常の多くの疾患の病理に含まれてきた。代わりのプロモーターおよびスプライシングを用いる多数の転写産物の変異が、この遺伝子について同定されてきた。これらの変異の内少なくとも三つが、同じアイソフォームをコード化する。
【０２６０】
配列番号：９９（Ｌ４０９０４）のヌクレオチド１ないし７７は、ＨＢＡ２と１００％同一な配列を有する。ＨＢＡ２は、ヘモグロビン、α２をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：３０４０を有する。その遺伝子は１６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１６ｐ１３．３と報告されている。
【０２６１】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈は、ＣＰＳ１０３がＳＰＩＮＫ１に対応することを示唆している。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、ＣＰＳ１０３がまた、少なくとも９７％同一な配列を有する、ＳＣＧＢ３Ａ２およびＫＩＡＡ０５５５の間のゲノム配列に整列する。ＳＣＧＢ３Ａ２は、分泌グロビン、ファミリー３Ａ、メンバー２をコード化する。ＳＣＧＢ３Ａ２およびＫＩＡＡ０５５５は、染色体５ｑ３２に局在している。
【０２６２】
ＣＰＳ１０４は、プラスミノーゲン活性化物質、ウロキナーゼ受容体をコード化する、ＰＬＡＵＲに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５３２９を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３と報告されている。その遺伝子産物である
、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化物質受容体は、細胞付近のプラスミノーゲン活性化において機能する可能性がある。
【０２６３】
ＣＰＳ１０５は、細胞分裂周期３４をコード化する、ＣＤＣ３４に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９９７を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．３と報告されている。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、ユビキチン結合酵素ファミリーのメンバーである。ユビキチン結合酵素は、他のタンパク質へのユビキチンの共有結合を触媒する。ＣＤＣ３４遺伝子産物は、大きい多数のタンパク質の複合体の一部であって良く、細胞周期Ｇ１調節因子のユビキチン媒介分解、およびＤＮＡ複製の開始に関わっている。遺伝子産物は、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅＣｄｃ３４ｐに類似しており、基質タンパク質にユビキチンを共有結合する可能性がある。
【０２６４】
ＣＰＳ１０６は、ＣＧ００５のイントロン配列と１００％同一の配列を示す、ＵＮＫ＿ＡＩ７３２８８５に対応する。ＣＧ００５は、ＢＣＲＡ２領域に由来する仮定上のタンパク質をコード化する。ＣＧ００５遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０４４３を有し、１３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１３ｑ１２−ｑ１３と報告されている。その遺伝子産物は、ラットの２'，３'−環状ヌクレオチド３'−ホスホジエステラーゼの領域にあまり類似性のない領域を含む。
【０２６５】
ＣＰＳ１０７は、インターロイキン１０受容体αをコード化する、ＩＬ１０ＲＡに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３５８７を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ２３と報告されている。Ｕ００６７２のヌクレオチド３４６７ないし３４９６は、染色体１ｐ３４．３に局在しているＬＯＣ２０００７４と１００％同一な配列を有する。
【０２６６】
ＣＰＳ１０８は、Ｆボックス唯一のタンパク質７をコード化する、ＦＢＸＯ７（ＦＢＸ７）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２５７９３を有し、２２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２２ｑ１２−ｑ１３と報告されている。この遺伝子は、おおよそ４０アミノ酸モチーフであるＦボックスによって特徴づけられる、Ｆボックスタンパク質ファミリーのメンバーをコード化する。Ｆボックスのタンパク質は、ホスホリル化依存性ユビキチン化において機能する、ＳＣＦｓ（ＳＫＰ１−クリン−Ｆボックス）と呼ばれるユビキチンタンパク質リガーゼ複合体の４つのサブユニットの一つを構成する。Ｆボックスタンパク質は、３つのクラスに分けられる：ＷＤ−４０ドメインを含むＦｂｗｓ、ロイシンに富む反復配列を含むＦｂｌｓおよび異なるタンパク質−タンパク質相互作用単位を含むか、または認識可能なモチーフを含まないＦｂｘｓ。ＦＢＸＯ７によってコード化されるタンパク質は、Ｆｂｘｓクラスに属し、造血の調節の役割を果たす可能性がある。この遺伝子の別途スプライシングされた転写変腫も報告されているが、その変種の全長は未だ限定されていない。
【０２６７】
ＣＰＳ１０９は、テトラトリコペプチド反復４つを有する、インターフェロン誘導性タンパク質をコード化する、ＩＦＩＴ４に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３４３７を有し、１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２４と報告されている。
【０２６８】
ＣＰＳ１１０は、ＢＣＬ２関連Ｘタンパク質をコード化する、ＢＡＸに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５８１を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．３−ｑ１３．４と報告されている。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、ＢＣＬ２タンパク質ファミリーに属する。ＢＣＬ２ファミリーのメンバーは、ヘテロまたはホモ二量体を形成し、幅広い種類の細胞活動に関わっている、抗アポトーシスまたはアポトーシス促進調節因子として作用する。ＢＡＸ遺伝子産物は、ＢＣＬ２と共にヘテロ二量体を形成し、アポトーシス活性化因子として機能する可能性がある。この遺伝子産物は、ミトコンドリア電位依存性陰イオンチャネル（ＶＤＡＣ）と相互作用し、その開放数を増加させ、それが膜電位の喪失およびチトクロムｃの解離を導くことが報告されている。この遺伝子の発現は、腫瘍抑制遺伝子Ｐ５３によって調節され、Ｐ５３媒介アポトーシスに関わっていることが示されてきた。６つの異なるスプライシングを受けた転写産物の変異は、異なるアイソフォームをコード化し、この遺伝子について報告されてきた。その遺伝子産物は、ミトコンドリア透過性を上昇させることによってカスパーゼ活性化を誘導し、アデニンヌクレオチド輸送体（ＡＮＴ）と共同して機能する可能性がある。
【０２６９】
ＣＰＳ１１１は、ベイジジン（ＯＫ血液型）をコード化する、ＢＳＧに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６８２を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．３と報告されている。ベイジジン（腫瘍細胞由来コラゲナーゼ刺激因子、細胞外マトリックス金属タンパク質分解酵素誘導、Ｍ６抗原としても知られる）は、線維芽細胞中のマトリックス金属タンパク質分解酵素合成を刺激する可能性がある。それは、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。
【０２７０】
ＣＰＳ１１１はまた、９７％以上の配列の同一性を有するＬＯＣ１９９７１７に整列する。ＬＯＣ１９９７１７は、ベイジジンに類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１９９７１７は、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．３と報告されている。
【０２７１】
ＣＰＳ１１２は、トロンボスポンジン１をコード化する、ＴＨＢＳ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７０５７を有し、１５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１５ｑ１５と報告されている。トロンボスポンジン１は、血液凝固および造血における役割を有している可能性がある。それは、接着分子のファミリーのメンバーである。
【０２７２】
ＣＰＳ１１３は、アダプター関連タンパク質複合体１、γ２サブユニットをコード化する、ＡＰ１Ｇ２（Ｇ２ＡＤ）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８９０６を有し、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ１１．２と報告されている。アダプチンは、細胞膜またはトランスゴルジネットワークからリソソームにリガンド受容体複合体を輸送する、クラスリン被覆小胞の重要な成分である。タンパク質のアダプチンファミリーは、α、β、β第一、およびγアダプチンと名付けられた４つのクラスの分子からなる。アダプチンは、培地および小さなサブユニットと共に、クラスリン被覆ピットおよび小胞の形成を促進することが役割である、アダプターと呼ばれるヘテロ四量体複合体を形成する。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、アダプター複合体の大型サブユニットファミリーに属する、γアダプチンタンパク質である。γアダプチンは、トランスゴルジネットワークおよび細胞表面の間の複合体経路における、トラフィッキング工程で機能すると考えられている。同じタンパク質をコード化する、この遺伝子の二つの異なるスプライシングを受けた、転写産物の変異が存在する。遺伝子産物は、ＡＰ−１複合体のβ１アダプチンおよびシグマ１鎖と相互作用し得る。
【０２７３】
ＣＰＳ１１５は、ｒａｌＡ結合タンパク質１をコード化する、ＲＡＬＢＰ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０９２８を有し、１８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１８ｐ１１．３と報告されている。ＲａｌＡ結合タンパク質１は、活性化したＲａｌと相互作用し得る。
【０２７４】
ＣＰＳ１１５はまた、約９９％同一な配列を有する、ＫＩＡＡ１６３４に整列する。ＫＩＡＡ１６３４は、ＫＩＡＡ１６３４タンパク質をコード化し、染色体１ｐ１２−ｐ１１．２に局在している。それに加えて、ＣＰＳ１１５は、ＬＯＣ１２９５２２、ＬＯＣ１３１０５４および２番染色体上のゲノム配列と約８９−９２％同一な配列を示す。ＬＯＣ１２９５２２は、ｒａｌＡ結合タンパク質１に類似したタンパク質をコード化し、染色体２ｑ１１．２に局在している。ＬＯＣ１３１０５４はｒａｌＡ結合タンパク質１に類似したタンパク質をコード化し、染色体３ｑ２７．２に局在している。Ｌ４２５４２のヌクレオチド３５６５ないし３８７５は、ＬＯＣ２２１５１１のポリペプチドコード配列の近傍に局在している、６番染色体ゲノム配列と９４％同一な配列を有する。ＬＯＣ２２１５１１は、ＭＨＣクラスＩＩＤＰ３−αをコード化しており、染色体６ｐ２１．２に局在している。
【０２７５】
ＣＰＳ１１６は、仮定上の遺伝子のＬＯＣ１９６９３２のイントロンに局在している、ＵＮＫ＿ＡＦ０７０５８７に対応する。ＬＯＣ１９６９３２遺伝子は、仮定上のタンパク質のＬＯＣ５５５８０に類似したタンパク質をコード化している。ＬＯＣ１９６９３２は、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ３２．１２と報告されている。
【０２７６】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈は、ＣＰＳ１１７がＤＵＸ１に対応していることを示唆している。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、ＣＰＳ１１７がまた、約８２−８６％同一な配列を有する、ＬＯＣ２００１３３およびＬＯＣ１３１１１５に整列する。ＬＯＣ２００１３３は、二重のホメオボックス、４（二重のホメオボックスタンパク質４）に類似したタンパク質をコード化する。それは、染色体１ｐ３１．３に局在している。ＬＯＣ１３１１１５は、二重のホメオボックスタンパク質に類似したタンパク質をコード化しており、染色体３ｐ１４．１に局在している。
【０２７７】
配列番号：１１３（ＡＪ００１４８１）のヌクレオチド１ないし６９８は、ＤＵＸ４、ＬＯＣ２０１４９８、ＬＯＣ１３２６８４の近傍のゲノム配列、および仮定の遺伝子ＬＯＣ１３２６８４の近傍のゲノム配列と約８８％同一な配列を示す。ＤＵＸ４は、二重のホメオボックス、４をコード化する。それはＬｏｃｕｓＩＤ：２２９４７を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ３５と報告されている。ＬＯＣ２０１４９８は、ＦＳＨＤ領域遺伝子２タンパク質をコード化しており、１８番染色体上に局在している。ＬＯＣ１３１３０８は、ＦＳＨＤ領域遺伝子２タンパク質に類似したタンパク質をコード化しており、染色体３ｐ１４．１に局在している。ＬＯＣ１３２６８４は、染色体４ｑ３５．２に局在している。
【０２７８】
ＣＰＳ１１８は、溶質キャリアファミリー６（神経伝達物質輸送体、クレアチン）、メンバー８をコード化する、ＳＬＣ６Ａ８に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６５３５を有し、Ｘ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｑ２８と報告されている。その遺伝子産物は、ナトリウムおよび塩化物依存性クレアチン輸送体である。それは、神経伝達物質輸送体ファミリーのメンバーである。
【０２７９】
ＣＰＳ１１８はまた、１６番染色体上のゲノム領域と、約９５％同一な配列を有する。この領域は、遺伝子ＬＯＣ１６２１５１およびＬＯＣ１４６４８８を含むか、または部分的に重なる。ＬＯＣ１４６４８８は、ディスインテグリン様精巣金属タンパク質分解酵素（ＥＣ３．４．２４．−）ＩＶｂに類似したタンパク質、カニクイザル（断片）をコード化する。その領域は、細胞遺伝学的位置は１６ｐ１１．１と報告されている。それに加えて、ＣＰＳ１１８は、仮定上の遺伝子ＬＯＣ２０４４７８およびＬＯＣ１４６４９３を含むか、または部分的に重なる、ゲノム配列と約９８％同一な配列を有する。ＬＯＣ１４６４９３は、ナトリウムおよび塩化物依存性クレアチン輸送体２（ＣＴ２）に類似したタンパク質をコード化する。
【０２８０】
配列番号：１１４（Ｕ３６３４１）のヌクレオチド１３９２３ないし１４４６２は、５'がＣＴＡＧ２に位置し、３'がＧＡＢ３に位置する染色体領域と約９４％同一な配列を有する。ＣＴＡＧ２は、癌／精巣抗原２をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：３０８４８を有する。それは染色体Ｘｑ２８に局在している。ＧＡＢ３は、ＧＲＢ２関連結合タンパク質３をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：１３９７１６を有する。それもまた染色体Ｘｑ２８に局在している。
【０２８１】
ＣＰＳ１１９は、トロンボモデュリンをコード化する、ＴＨＢＤに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７０５６を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｐ１２−ｃｅｎと報告されている。トロンボモデュリンは、凝血促進性のトロンビンを抗凝固性に変換し得る。
【０２８２】
配列番号：１１５（Ｊ０２９７３）のヌクレオチド３８６７ないし４２１２は、約９７％同一な配列を有する２番染色体上のゲノム配列に整列する。ゲノム配列は、ソマトスタチン受容体に類似したタンパク質をコードするＬＯＣ２００４２２、およびＬＯＣ２０５１７２の間に局在している。ＬＯＣ２００４２２およびＬＯＣ２０５１７２は共に、細胞遺伝学的位置は２ｐ１２と報告されている。
【０２８３】
Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、配列番号：１１６（ＣＰＳ１２０）が、チューブリン、β５に類似したタンパク質をコード化するＬＯＣ２０３０６８のタンパク質コード鎖と約９９％同一な配列を有する。ＬＯＣ２０３０６８は、６番染色体上に局在している。それに加えて、配列番号１１６は、ＬＯＣ１５７５８６およびＬＯＣ１５７５８４と、少なくとも９９％同一な配列を有する。ＬＯＣ１５７５８６およびＬＯＣ１５７５８４は、仮定のタンパク質ＤＫＦＺｐ５６４Ｎ１２３．１（ヒト断片）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１５７５８６およびＬＯＣ１５７５８４は共に、６番染色体上に局在している。配列番号：１１６（ＡＦ１４１３４９）はまた、ＬＯＣ９２７５５のタンパク質コード鎖と９７％同一な配列を有している。ＬＯＣ９２７５５は、染色体８ｑ２１．１に局在している。
【０２８４】
配列番号：１１６のヌクレオチド１４ないし１５８６は、染色体７ｑ１４．１に局在しているＬＯＣ２２２０１７と９１％同一な配列を有する。配列番号：１１６のヌクレオチド１５ないし１５７２は、ＳＣＰ２のイントロン配列と８７％同一な配列を有する。ＳＣＰ２は、ステロールキャリアタンパク質２をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：６３４２を有する。それは染色体１ｐ３２に局在している。６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２２と報告されている。ステロールキャリアタンパク質２は、ステロイド生成の調節の役割を果たしている。その上、配列番号１１６のヌクレオチド４３９ないし１４７４は、チューブリン、β、５をコード化するＴＵＢＢ５と８５％同一な配列を共有する。ＴＵＢＢ５はＬｏｃｕｓＩＤ：１０３８２を有し、染色体１９ｐ１３．３に局在している。β５チューブリンは、重合して微小管を形成することができ、構造タンパク質ファミリーのメンバーである。配列番号：１１６のヌクレオチド４２１ないし１４４４はまた、ＴＵＢＢ４と８４％同一な配列を有する。ＴＵＢＢ４は、チューブリン、β、４をコード化しており、ＬｏｃｕｓＩＤ：１０３８１を有する。それは染色体１６ｑ２４．３に局在している。配列番号：１１６のヌクレオチド１４２ないし１４７４は、８０％同一な配列を有するＬＯＣ１３９１１２に整列する。ＬＯＣ１３９１１２は、チューブリンβに類似したタンパク質をコード化しており、染色体Ｘｑ２５に局在している。
【０２８５】
ＣＰＳ１２３は、ヘモグロビンε１をコード化する、ＨＢＥ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３０４６を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｐ１５．５と報告されている。εグロビン遺伝子（ＨＢＥ）は、胚の卵黄嚢において発現している。二つのε鎖は、二つのζ鎖（α様グロビン）と共に、胚のヘモグロビンＨｂＧｏｗｅｒＩを構成し、二つのε鎖は二つのα鎖と共に胚のヘモグロビンＨｂＧｏｗｅｒＩＩを形成する。これら胚のヘモグロビンは共に、正常では胎児の、およびそれ以降の、成人のヘモグロビンに取って代わられる。５つのβ様グロビン遺伝子は、次の順序で１１番染色体上の４５ｋｂのクラスター内にみられる：５'−ε−Ｇγ−Ａγ−δ−β−３'。ヘモグロビンε１（胚のβ様）は、胚および組織の間で酸素および二酸化炭素を輸送でき、赤血球の代謝および老化を調節する。
【０２８６】
ＣＰＳ１２５は、ＭＡＸ二量体化タンパク質をコード化する、ＭＡＤに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４０８４を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ１３−ｐ１２と報告されている。ＭＡＸ二量体化タンパク質は、ＭＡＸ相互作用タンパク質のサブファミリーに属する。ＭＡＤ遺伝子産物は、ＭＡＸとの結合についてＭＹＣと競争し、配列特異的なＤＮＡ結合複合体を形成する。ＭＡＤ遺伝子産物は、ＭＹＣが活性化因子として機能しているように思われるのに対して、転写抑制因子として機能し得る。ＭＡＤ遺伝子産物は腫瘍抑制候補遺伝子である。遺伝子産物は、ＭＡＸと二量体形成する塩基性螺旋−ループ−螺旋のロイシンジッパータンパク質であって、ＭＡＸとヘテロ二量体を形成して転写を抑制する。遺伝子産物はまた、ｃ−Ｍｙｃ（ＭＹＣ）に拮抗し、細胞分化を促進する可能性がある。
【０２８７】
ＣＰＳ１２６は、テトラスパン５をコード化する、ＴＳＰＡＮ−５に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１００９８を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ２３と報告されている。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、膜貫通４スーパーファミリーのメンバーであり、またテトラスパンファミリーとして知られている。そのスーパーファミリーにおける多くのメンバーが、四つの疎水性ドメインの存在によって特徴づけられる細胞表面タンパク質である。これらのタンパク質は、細胞の発育、活性化、成長および運動性の調節に関わっているシグナル伝達を媒介する可能性がある。
【０２８８】
ＣＰＳ１２７は、ＢＣＬ−２結合蛋白質をコード化する、ＢＡＧ−１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５７３を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｐ１２と報告されている。オンコジーンＢＣＬ２は、アポトーシスまたはプログラムされた細胞死を誘導する経路の工程をブロックする膜タンパク質である。ＢＡＧ１タンパク質はＢＣＬ２に結合し、ＢＣＬ−２結合蛋白質と呼ばれる。ＢＡＧ１は、ＢＣＬ２の抗アポトーシス作用を高め、成長因子受容体および抗アポトーシス機構の間の連結に相当する。ＢＡＧ１は、肝細胞成長因子受容体および血小板由来成長因子受容体の両方と相互作用し、両方の場合において、成長因子の媒介するアポトーシスからの保護を向上させる。少なくとも三つのタンパク質、ＢＡＧ−１Ｌ、ＢＡＧ−１ＭおよびＢＡＧ−１は、異なる翻訳開始部位を利用することによって、ＢＡＧ−１ｍＲＮＡによってコード化される。
【０２８９】
配列番号：１２０（Ｚ３５４９１）のヌクレオチド４５４ないし１００６はＸ染色体上の染色体領域と８８％同一な配列を有する。それに加えて、配列番号：１２０のヌクレオチド５１７ないし６４６は、１００％同一な配列を有するＬＯＣ２０５９００に整列する。ＬＯＣ２０５９００は、セリンプロテアーゼ阻害剤Ｋａｚａｌタイプ４前駆体（ペプチドＰＥＣ−６０類似物）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ２０５９００は、４番染色体上に局在している。
【０２９０】
ＣＰＳ１２８は、ペプチジルアルギニンデイミナーゼ、タイプＩＩをコード化する、ＰＡＤＩ２（ＰＤＩ２）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１１２４０を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ３５．２−ｐ３５．１と報告されている。その遺伝子産物は、ラットの骨格筋のペプチジルアルギニンデイミナーゼタイプＩＩに類似しており、タンパク質中のアルギニン残基をシトルリン残基に変換する可能性がある。
【０２９１】
配列番号：１２１（ＡＢ０２３２１１）のヌクレオチド３３１５ないし４１１９は、７９％同一な配列を有するＰＲＫＧ１に整列する。ＰＲＫＧ１は、タンパク質キナーゼ、ｃＧＭＰ依存性、タイプ１をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：５５９２を有する。タイプ１ｃＧＭＰ依存性タンパク質キナーゼは、血管平滑筋を弛緩させ、血小板凝集を阻害する可能性がある。その遺伝子は染色体１０ｑ１１．２に局在している。配列番号：１２１のヌクレオチド１３７５ないし１５００は、ペプチジルアルギニンデイミナーゼ、タイプＩをコード化するＰＡＤＩ１と８５％同一な配列を有する。ＰＡＤＩ１は、ＬｏｃｕｓＩＤ：２９９４３を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ３６．１３と報告されている。
【０２９２】
ＣＰＳ１２９は、インターロイキン１受容体、タイプ１をコード化する、ＩＬ１Ｒ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３５５４を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ１２と報告されている。タイプＩインターロイキン１受容体は、インターロイキン−１（ＩＬ１Ａ、ＩＬ１ＢおよびＩＬ１ＲＮ）の三つ全ての型に結合し得る。タンパク質は、免疫グロブリンドメインを含む。
【０２９３】
ＣＰＳ１３０は、ヌクレオシドホスホリラーゼをコード化する、ＮＰに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４８６０を有し、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ１３．１と報告されている。ＮＰは、酵素プリンヌクレオシドホスホリラーゼをコード化している。アデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡ）と共にコード化したタンパク質は、プリンの異化において重要な役割を果たし、救済経路と呼ばれている。コード化したタンパク質における変異は、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）に至る可能性がある。
【０２９４】
ＣＰＳ１３１は、アクアポリン３をコード化する、ＡＱＰ３の３'非翻訳領域に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３６０を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｐ１３と報告されている。ＣＰＳ１３１は、ＡＱＰ３の３'非翻訳領域に局在している。アクアポリン３は、水チャネルタンパク質である。アクアポリンは、主要な内在タンパク質（ＭＩＰまたはＡＱＰ０）に関連した、小さな膜貫通タンパク質のファミリーである。アクアポリン３は、腎臓の導管細胞が集合した基底側膜に局在している。水チャネル機能に加えて、アクアポリン３は、尿素およびグリセロールのような、非イオン性小溶質の輸送を、わずかではあるが、容易にすることが判明してきた。水チャネルは機能的に異成分からなり、水および溶質の浸透機構を有しうることを示唆している。
【０２９５】
ＣＰＳ１３２は、Ｇ１期からＳ期への遷移１をコード化する、ＧＳＰＴ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２９３５を有し、１６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１６ｐ１３．１と報告されている。その遺伝子産物はＧＴＰ結合タンパク質であり、ＧＴＰ結合活性を有する。生成物は、ポリペプチド伸長因子ＥＦ１α（ＥＥＦ１Ａ１）に類似しており、Ｇ１期からＳ期への遷移における役割を果たす。
【０２９６】
ＣＰＳ１３２は、ＬＯＣ１２０３３７と約８５％同一な配列を有する。ＬＯＣ１２０３３７は、Ｇ１期からＳ期への遷移タンパク質１類似物（ＧＴＰ結合タンパク質ＧＳＴ１−ＨＳ）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１２０３３７は、染色体１１ｑ２２．３に局在している。Ｘ１７６４４のヌクレオチド２３０１ないし２５８７は、８３％の配列の同一性を有するＧＮＢ２に５'局在しているゲノム配列に整列する。ＧＮＢ２は、グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）、βポリペプチド２をコード化する。ＧＮＢ２はＬｏｃｕｓＩＤ：２７８３を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｑ２２と報告されている。配列番号：１２５（Ｘ１７６４４）のヌクレオチド２９１ないし５７６および５８５ないし２４９４は、Ｇ１期からＳ期への遷移２をコード化するＧＳＰＴ２と８２−８７％同一な配列を有する。ＧＳＰＴ２はＬｏｃｕｓＩＤ：２３７０８を有し、５番染色体に局在している。配列番号：１２５のヌクレオチド２５２２ないし２５８７は、ＬＯＣ１５３６４３のイントロン配列と約９３％同一な配列を有する。ＬＯＣ１５３６４３は、仮定のタンパク質ＦＬＪ１４９５７に類似したタンパク質をコード化しており、染色体５ｑ２１．１に局在している。
【０２９７】
ＣＰＳ１３３は、ＧＡＢＡ（Ａ）受容体結合タンパク質様２をコード化する、ＧＡＢＡＲＡＰＬ２（ＧＥＦ−２）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１１３４５を有し、１６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１６ｑ２２．３−ｑ２４．１と報告されている。その遺伝子産物はリンタンパク質であり、推定されるアクチンおよびヌクレオチド結合部位を含む。その遺伝子産物の代わりの名前には、ＧＥＦ２またはガングリオシド発現因子２を含む。
【０２９８】
ＣＰＳ１３３はまた、ＬＯＣ２０６７７４に３'局在するゲノム配列、およびＲＡＢ３−ＧＡＰ１５０のイントロン配列と約８１−８２％同一な配列を有する。ＬＯＣ２０６７７４は、染色体８ｑ２４．１２に局在している。ＲＡＢ３−ＧＡＰ１５０は、ｒａｂ３ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質の非触媒サブユニット（１５０ｋＤ）をコード化する。そＲＡＢ３−ＧＡＰ１５０はＬｏｃｕｓＩＤ：２５７８２を有し、染色体１ｑ４２．１２に局在している。配列番号：１２６（ＡＩ５６５７６０）のヌクレオチド２６ないし２５３は、ＡＣＣＮ１のイントロン配列と約８４％同一な配列を有する。ＡＣＣＮ１はＬｏｃｕｓＩＤ：４０を有し、染色体１７ｑ１１．２−ｑ１２に局在している。
【０２９９】
ＣＰＳ１３４は、ヘモグロビン、δをコード化する、ＨＢＤに対応する。その遺伝子は１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｐ１５．５と報告されている。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３０４３を有する。ヘモグロビン、δをコード化する、ＨＢＤはまた、この染色体領域に局在している。α（ＨＢＡ）およびβ（ＨＢＢ）の座は、成人のヘモグロビン、ＨｂＡ中のポリペプチド鎖の２タイプの構造を決定する。正常成人ヘモグロビン４量体は、二つのα鎖および二つのβ鎖からなる。変異βグロビンは、鎌状細胞貧血を引き起こす。β鎖の欠損は、β−０−サラセミアを引き起こす。βグロビンクラスターにおける遺伝子の順序は、５'−ε−γＧ−γＡ−δ−β−３'である。
【０３００】
ＣＰＳ１３４の断片（配列番号：１２７のヌクレオチド２ないし３６６）は、９３−９６％同一な配列を有するＨＢＢに整列する。その上、ＣＰＳ１３４の他の断片（配列番号：１２７のヌクレオチド１５７ないし３６４）は、ＨＢＥ１と８０％同一な配列を有する。ＨＢＥ１は、ヘモグロビン、ε１をコード化する。それはＬｏｃｕｓＩＤ：３０４６を有し、染色体１１ｐ１５．５に局在している。
【０３０１】
ＣＰＳ１３５は、ヒドロキシアシルグルタチオン加水分解酵素をコード化する、ＨＡＧＨに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３０２９を有し、１６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１６ｐ１３．３と報告されている。この遺伝子によってコード化された酵素は、チオールエステラーゼとして分類され、Ｓ−ラクトイルグルタチオンを還元したグルタチオンおよびＤ−乳酸に加水分解する役割がある。
【０３０２】
ＣＰＳ１３６は、ＥＲから核へのシグナル伝達１をコード化する、ＥＲＮ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２０８１を有し、１７番染色体上に局在している。その遺伝子産物は、酵母のＩｒｅ１遺伝子産物のヒト類似物である。ＥＲＮ１タンパク質は、小胞体に基づくストレスシグナルに対する応答として遺伝子発現を変更する上で重要である。ＥＲＮ１タンパク質は、膜貫通の小胞体タンパク質であり、折りたたまれていないタンパク質反応経路のセンサーとして作用する可能性がある。
【０３０３】
配列番号：１２９（ＡＦ０５９１９８）のヌクレオチド１５０４ないし１５３６は、３番染色体上の染色体領域と９６％同一な配列を有する。その領域は、ホメオボックスタンパク質グースコイドに類似したタンパク質をコード化するＬＯＣ１５２２８２の近傍にある。ＬＯＣ１５２２８は、染色体３ｐ２５．１に局在している。
【０３０４】
ＣＰＳ１３７は、コラーゲン、タイプＩＸ、α１をコード化する、ＣＯＬ９Ａ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１２９７を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｑ１２−ｑ１４と報告されている。この遺伝子は、タイプＩＸコラーゲンの三つのα鎖のうち一つ、硝子軟骨の主要なコラーゲン成分をコード化する。タイプＩＸコラーゲンは、通例タイプＩＩコラーゲンであるフィブリルコラーゲンを含む組織においてみられる。ノックアウトマウス研究は、α１鎖の合成がタイプＩＸコラーゲン分子、ヘテロ三量体分子の組み立てに不可欠であり、タイプＩＸコラーゲンの欠如が多発性骨端異形成症と関連している可能性があることを明らかにした。二つの転写産物の変異は、この遺伝子において同定されてきた。
【０３０５】
ＣＰＳ１３８は、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ１１（カルギザリン）をコード化する、Ｓ１００Ａ１１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６２８２を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２１と報告されている。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、２つのＥＦ−ハンドカルシウム結合モチーフを含むタンパク質のＳ１００ファミリーのメンバーである。Ｓ１００タンパク質は、幅広い範囲の細胞の細胞質および／または核に局在し、細胞周期の進行および分化のような、いくつかの細胞の過程の調節に関わっている可能性がある。Ｓ１００遺伝子は、少なくとも染色体１ｑ２１上のクラスターとして局在している１３のメンバーを含む。Ｓ１００Ａ１１遺伝子産物は、運動、侵入およびチューブリン重合において機能する可能性がある。染色体の転座およびＳ１００Ａ１１の発現の変化は、腫瘍の転移に関わっていた。Ｓ１００Ａ１１の５'ＵＴＲの異なるスプライシングによって、二つの遺伝子産物を生じる。
【０３０６】
ＣＰＳ１３８はまた、Ｓ１００Ａ１４、ＬＯＣ２２２１２８、ＬＯＣ２０２７６３と約８８−９０％同一な配列、およびＬＯＣ２２１９４８を含むゲノム配列を有する。Ｓ１００Ａ１４は、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ１４（カルギザリン）をコード化する。Ｓ１００Ａ１４はＬｏｃｕｓＩＤ：３００１３を有し、染色体７ｑ２２−ｑ３１．１に局在している。Ｓ１００Ａ１４遺伝子産物は、ヒトカルグラヌリンＣタンパク質に類似しており、Ｓ１００タンパク質ファミリーに属していて良い。ＬＯＣ２２２１２８は、タンパク質ｄｐｙ−１９ｑをコード化し、染色体７ｐ１５．３に局在している。ＬＯＣ２２１９４８は、カルギザリン（Ｓ１００Ｃタンパク質）（ＭＬＮ７０）をコード化し、染色体７ｐ２２．３に局在している。ＬＯＣ２０２７６３は、タンパク質ｄｐｙ−１９に類似したタンパク質をコード化しており、１７番染色体上に局在している。配列番号：１３１（Ｄ３８５８３）のヌクレオチド１０３ないし１４９は、９０％以上同一な配列を有するＸ染色体上のゲノム配列に整列する。
【０３０７】
ＣＰＳ１３９は、ＦＫ５０６結合タンパク質１Ｂ（１２．６ｋＤ）をコード化する、ＦＫＢＰ１Ｂに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２２８１を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ２３．３と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、イムノフィリンタンパク質ファミリーのメンバーである。このタンパク質のファミリーは、免疫調節および基本的細胞工程、例えば、タンパク質の折りたたみおよびトラフィッキングにおいて一の役割を果たす可能性がある。ＦＫＢＰ１Ｂ遺伝子産物は、免疫抑制剤のＦＫ５０６およびラパマイシンと結合できる、シス−トランスプロピルイソメラーゼである。それは、ＦＫ５０６結合タンパク質１Ａに類似している。その生理的役割は、心筋における刺激と収縮の連動にあると考えられている。少なくとも二つの異なるスプライシングを受けた、異なるアイソフォームをコード化するこの遺伝子の転写産物の変異が存在する。
【０３０８】
ＣＰＳ１３９はまた、ＬＯＣ１４５５８１のイントロン配列と約８３％同一な配列を有する。ＬＯＣ１４５５８１は、仮定上のタンパク質ＭＧＣ２６５６に類似したタンパク質をコード化し、それは染色体１４ｑ１３．３に局在している。
【０３０９】
ＣＰＳ１４１は、ＲＮＡヘリカーゼファミリーをコード化する、ＲＮＡＨに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０９７３を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ１６と報告されている。ＣＰＳ１４１は、遺伝子の３'非翻訳領域に局在している。
【０３１０】
ＣＰＳ１４２は、ミオシン、軽いポリペプチド９、調節性をコード化する、ＭＹＬ９（ＭＹＲＬ２）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０３９８を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｑ１１．２２と報告されている。その遺伝子産物はまた、ミオシン調節性軽鎖２としても知られている。その遺伝子産物は、ミオシンヘッドのＡＴＰアーゼ活性を調節する可能性があり、ミオシン活性を調節するタンパク質ファミリーのメンバーである。
【０３１１】
ＣＰＳ１４３は、斑点型ＰＯＺタンパク質をコード化する、ＳＰＯＰに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８４０５を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２２と報告されている。遺伝子産物は、自己抗原タンパク質であり、ＤＮＡまたはアクチン結合タンパク質であってよい。生成物は、ＰＯＺドメインを含み、タンパク質−タンパク質の相互作用を媒介して良い。
【０３１２】
ＣＰＳ１４４は、溶質キャリアファミリー１１（プロトン結合二価の金属イオンの輸送体）、メンバー１をコード化する、ＳＬＣ１１Ａ１の３'非翻訳領域に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６５５６を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ３５と報告されている。その遺伝子産物は、ネズミのＢｃｇ（Ｎｒａｍｐ１）に類似しており、マクロファージの抗菌活性を制御する可能性がある。
【０３１３】
ＣＰＳ１４５は、不在の７つの類似物２（キイロショウジョウバエ）をコード化する、ＳＩＡＨ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６４７８を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｑ２５と報告されている。遺伝子産物は、Ｖａｖおよび腎細胞癌媒介シグナル経路の負の調節因子である可能性がある。
【０３１４】
ＣＰＳ１４６は、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ｐをコード化する、Ｓ１００Ｐに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６２８６を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｐ１６と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、２つのＥＦハンドカルシウム結合モチーフを含むタンパク質の、Ｓ１００ファミリーのメンバーである。Ｓ１００タンパク質は、幅広い範囲の細胞の細胞質および／または核に局在し、細胞周期の進行および分化のような、いくつかの細胞の過程の調節に関わっている可能性がある。Ｓ１００遺伝子は、少なくとも染色体１ｑ２１上のクラスターとして局在している１３のメンバーを含む。しかしながら、Ｓ１００Ｐは、染色体４ｐ１６に局在している。Ｓ１００Ｐタンパク質は、Ｃａ２＋への結合に加えて、Ｚｎ２＋およびＭｇ２＋とも結合する。このタンパク質は、前立腺癌の病因論において役割を果たす可能性がある。
【０３１５】
ＣＰＳ１４７は、骨格のトロポニンＴ１をゆっくりとコード化する、ＴＮＮＴ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７１３８を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．４と報告されている。
【０３１６】
配列番号：１３９（ＡＪ０１１７１２）のヌクレオチド１５６３９ないし１５５７１は、染色体領域の４ｑ３２．３において８４％同一な配列を有する。配列番号：１３９のヌクレオチド１５５６２ないし１５６０４は、ＴＲＡＦ５の近傍の染色体領域と９３％同一な配列を有する。ＴＲＡＦ６はＴＮＦ受容体結合因子６をコード化しており、ＬｏｃｕｓＩＤ：７１８９を有する。ＴＲＡＦ６は染色体１１ｐ１１．２に局在している。
【０３１７】
ＣＰＳ１４８は、ＫＩＡＡ０５７０遺伝子産物をコード化する、ＫＩＡＡ０７５０に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９６４５を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｐ１５．２と報告されている。
【０３１８】
ＣＰＳ１４９は、ｖ−ｆｏｓＦＢＪネズミの骨肉腫ウィルスオンコジーン類似物をコード化する、ＦＯＳに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２３５３を有し、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ２４．３と報告されている。Ｆｏｓ遺伝子ファミリーは、少なくとも四つのメンバーからなる：ＦＯＳ、ＦＯＳＢ、ＦＯＳＬ１およびＦＯＳＬ２。これらの遺伝子は、ＪＵＮファミリーのタンパク質と二量体を形成し、それによって転写因子複合体ＡＰ−１を形成することのできるロイシンジッパータンパク質をコード化する。そのように、ＦＯＳタンパク質は、細部増殖、分化および変形の調節因子として関わってきた。ある場合においては、ＦＯＳ遺伝子の発現は、アポトーシスによる細胞死と関連してきた。ＦＯＳ遺伝子産物は、転写因子として機能する可能性がある。それはまた、ＤＮＡのメチル化の調節に関わっている可能性がある。ＣＰＳ１４９に整列する染色体領域はまた、ＬＯＣ１９６９２３を含む。ＬＯＣ１９６９２３は、プロトオンコジーンタンパク質ｃ−ｆｏｓ（細胞内オンコジーンｆｏｓ）（Ｇ０／Ｇ１スイッチ調節タンパク質７）に類似したタンパク質をコード化する。
【０３１９】
配列番号：１４１（Ｋ００６５０）のヌクレオチド１ないし６２１０はまた、と約９９％同一な配列を有する１４番染色体上の染色体領域に整列する。この染色体領域は、ＬＯＣ１９６９３７、ＬＯＣ１９６９３６およびＬＯＣ１９６９３５を含む。これら三つの推定遺伝子は全て細胞遺伝学的位置１４ｑ２３．２を報告している。ＬＯＣ１９６９３６は、プロトオンコジーンタンパク質ｃ−ｆｏｓ（細胞内オンコジーンｆｏｓ）（Ｇ０／Ｇ１スイッチ調節タンパク質７）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１９６９３５は、プロトオンコジーンタンパク質ｃ−ｆｏｓ（細胞内オンコジーンｆｏｓ）（Ｇ０／Ｇ１スイッチ調節タンパク質７）に類似したタンパク質をコード化する。
【０３２０】
ＣＰＳ１５０は、セリン（またはシステイン）プロテアーゼ阻害剤、クレードＢ（オバルブミン）、メンバー２をコード化する、ＳＥＲＰＩＮＢ２（ＰＡＩ２）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５０５５を有し、１８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１８ｑ２１．３と報告されている。その遺伝子産物は、プラスミノーゲン活性化物質阻害剤、タイプＩＩ（アルギニン−セルピン）としても知られている。それは、セリンプロテアーゼ阻害剤のセルピンファミリーのメンバーである。この遺伝子産物についての代わりの名前は、ＰＡＩまたはＰＬＡＮＨ２を含む。
【０３２１】
ＣＰＳ１５１は、ピリドキサル（ピリドキシン、ビタミンＢ６）キナーゼをコード化する、ＰＤＸＫに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８５６６を有し、２１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２１ｑ２２．３と報告されている。
【０３２２】
ＣＰＳ１５２は、ホモサピエンスｍＲＮＡまたはｃＤＮＡのＤＫＦＺｐ５６４Ｄ１１３（クローンＤＫＦＺｐ５６４Ｄ１１３由来）に由来するものであって良い。ＣＰＳ１５２は、ストリンジェントな条件下でＣＰＳ１５２にハイブリダイズすることができるＲＮＡ転写産物を生成する遺伝子または遺伝子群を表す、仮定の遺伝子ＵＮＫ＿ＡＬ０４９２５０に対応する。ＣＰＳ１５２は、９７−９８％同一な配列を有する様々な染色体領域に整列する。ある領域は、ＬＯＣ１４３５１８のイントロン配列中に局在するＬＯＣ１９６１２３を含む。ＬＯＣ１４３５８は、１１番染色体上に局在する。他の領域は、染色体１６ｐ１２．１に局在し、ＬＯＣ１４６３８４、ＬＯＣ１９７２０４およびＬＯＣ１４６１３６を含むか、または部分的に重なる。ＬＯＣ１４６１３６は、タンパク質と相互作用する核膜孔複合体に類似したタンパク質をコード化する。３番目の領域はまた、染色体１６ｐ１２．１に局在しており、仮定のタンパク質ＫＩＡＡ０２２０をコード化するＬＯＣ２２０５４８と部分的に重なる。４番目の領域は、ＫＩＡＡ０２２０タンパク質をコード化するｋＫＩＡＡ０２２０に隣接しており、染色体１６ｐ１２．１に局在している。５番目の領域は、１６ｐ１２．２であり、ＬＯＣ１４６１７２と隣接している。６番目の領域は、７番染色体上であり、ＬＯＣ２０２７３６、ＬＯＣ１５４７２９およびＬＯＣ１５４７２５を含むか、または部分的に重なる。ＬＯＣ１５４７２９は、タンパク質と相互作用する核膜孔複合体に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１５４７２５は、仮定のタンパク質ＫＩＡＡ０２２０に類似したタンパク質をコード化する。７番目の領域は、染色体１６ｑ１３に局在しているＬＯＣ１４６３８５の近傍である。８番目の領域は、染色体１６ｑ１３に局在しているＬＯＣ１９７４４５を含み、ＢＴＧ３結合核タンパク質に類似したタンパク質、アイソフォーム（ＢＮＡＰ類似物またはＳＭＡＲ１類似物）をコード化する。９番目の領域は、１６ｑ２２．３であり、ＫＩＡＡ０２５１仮定のタンパク質に類似したタンパク質をコード化するＬＯＣ１４６４５２を含む。細胞遺伝学的位置は６ｐ２２と報告されている。１０番目の領域は１６ｐ１３．２であり、推定される遺伝子ＬＯＣ１４６６１３に整列する。１１番目の領域は、ＮＰＩＰのポリペプチド配列に５'局在している。ＮＰＩＰは、タンパク質と相互作用する核膜孔複合体をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：９２８４を有する。ＮＰＩＰは、染色体１６ｐ１３−ｐ１１に局在している。さらに他の領域は、ＬＯＣ１２４１５５の近傍に局在している。ＬＯＣ１２４１５５は、タンパク質と相互作用する核膜孔複合体に類似したタンパク質をコード化しており、染色体１６ｐ１１．２に局在している。他の領域には、１６ｐ１１．２にあるＬＯＣ１９７３６６、１６ｐ１２．１−ｐ１１．２にあるＫＩＡＡ０３７０、１６ｐ１１．１にあるＬＯＣ１４６１３０および１６ｐ１１．２にあるＬＯＣ１９７３６２を含む。
【０３２３】
それに加えて、ＣＰＳ１５２は、ＢＡＮＰと約９７％同一な配列を有する。ＢＡＮＰは、ＢＴＧ３結合核タンパク質をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：５４９７１を有する。その遺伝子は１８番染色体上に局在している。ＢＴＧ３は、一般的な転写多サブユニット複合体の成分であるＣＡＦ１と相互作用するタンパク質である。ＢＴＧ３は、細胞周期の負の調節に関与していると考えられている。ＢＡＮＰによってコード化されたタンパク質は、ＢＴＧ３に結合し得る。マウスの類似物を用いた研究は、このコード化したタンパク質もまた、特定の核マトリックス／骨格結合領域（ＭＡＲ）と相互作用する可能性があることを示唆している。異なるアイソフォームをコード化する転写変異体は、ＢＡＮＰ遺伝子について記述されてきた。
【０３２４】
ＣＰＳ１５２はまた、約９２％同一な配列を有するＬＯＣ１１８７３５に整列する。ＬＯＣ１１８７３５は、アポトーシス反応タンパク質に類似したタンパク質、または前立腺アポトーシス反応タンパク質４をコード化する。この遺伝子は、１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２４．２と報告されている。
【０３２５】
その上、ＡＬ０４９２５０（配列番号：１４４）の断片は、約７５−８５％同一な配列を有する他の染色体領域に整列する。例えば、ＡＬ０４９２５０のヌクレオチド１８２ないし２００１は、ＬＯＣ１３９０１１の近傍のゲノム配列に整列する。ＬＯＣ１３９０１１は、シロイヌナズナＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（ＥＣ２．７．２．６）ＩＩ最大鎖（ＪＤＭＵ１）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１３９０１１は、染色体１１ｐ１５．５に局在している。配列番号１４４（ＡＬ０４９２５０）のヌクレオチド１７２０ないし２１８５は、ラット腎臓特異的（ＫＳ）遺伝子に類似した配列を有するＬＯＣ２２０１７８に整列し、染色体１０ｑ２３．２に局在している。配列番号１４４のヌクレオチド１４６３ないし１９１１は、キャットアイ症候群染色体領域、候補７をコード化するＣＥＣＲ７に整列する。ＣＥＣＲ７は、ＬｏｃｕｓＩＤ：２７４３８を有し、２２番染色体上に局在している。その上、配列番号１４４のヌクレオチド１４８３ないし１９４３は、ＳＡラット高血圧関連類似物に類似したタンパク質をコード化し、１５番染色体上に局在しているＬＯＣ２０４３５４に整列する。配列番号１４４のヌクレオチド１４８３ないし１９４３は、ブチル補酵素Ａシンターゼ１をコード化するＢＵＣＳ１に配列する。ＢＵＣＳ１はＬｏｃｕｓＩＤ：１１６２８５を有し、１６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１６ｐ１２．２と報告されている。
【０３２６】
ＣＰＳ１５３は、ＧＲＯ２オンコジーンをコード化する、ＧＲＯ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２９２０を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ２１と報告されている。その遺伝子産物は、多形核白血球に対する走化薬であってよい。
【０３２７】
ＣＰＳ１５３はまた、約８５％同一な配列を有するＧＲＯ１に整列する。ＧＲＯ１はＧＲＯ１オンコジーン（メラノーマ成長刺激活性、α）を表す。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２９１９を有し、４番染色体に局在している。その遺伝子産物は、メラノーマ成長刺激活性を有し、炎症過程に関わる分裂促進因子であってよい。
【０３２８】
それに加えて、Ｘ７９５３５（配列番号１４５）のヌクレオチド２ないし２９８は、ＧＲＯ３と約８９−９４％同一な配列を有する。ＧＲＯ３はＧＲＯ３オンコジーンを表し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２９２１を有する。その遺伝子は染色体４ｑ２１に局在している。ＧＲＯ３遺伝子産物は、分裂促進因子であってよい。配列番号１４５（Ｍ３６８２０）のヌクレオチド１８４−２９９は、ＬＯＣ２０１９６３と９１％同一な配列を有する。ＬＯＣ２０１９６３は、核リボ核タンパク質Ａ１（らせん不安定化タンパク質）（一本鎖結合タンパク質）（ＨＤＰ）に類似したタンパク質をコードする。ＬＯＣ２０１９６３は、染色体４ｑ１３．３に局在している。
【０３２９】
ＣＰＳ１５４は、イノシトールポリリン酸−４−ホスファターゼ、タイプＩ、１０７ｋＤをコード化する、ＩＮＰＰ４Ａに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３６３１を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ１１．２と報告されている。ＩＮＰＰ４Ａ遺伝子産物は、ホスファチジルイノシトールシグナル経路に含まれる。この生成物は、イノシトール３，４−二リン酸からイノシトール環の４位のリン酸基を除去する。
【０３３０】
ＣＰＳ１５５は、グルタミン酸−ピルビン酸トランスアミナーゼ（アラニンアミノトランスフェラーゼ）をコード化する、ＧＰＴに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２８７５を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｑ２４．３と報告されている。
【０３３１】
配列番号１４７（Ｕ７０７３２）のヌクレオチド９ないし１５５０は、９６％同一な配列を有する染色体領域に整列する。染色体領域は、ＦＢＸＬ６に３'局在している。ＦＢＸＬ６は、Ｆボックスおよびロイシンの多い反復タンパク質６をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２６２３３を有している。ＦＢＸＬ６は、染色体８ｑ２４．３に局在している。ＦＢＸＬ６は、およそ４０アミノ酸モチーフであるＦボックスによって特徴づけられるＦボックスタンパク質ファミリーのメンバーである。配列番号１４７のヌクレオチド１９６２ないし２１１０は、グルタミン酸ピルビン酸トランスアミナーゼ（アラニンアミノトランスフェラーゼ）２をコード化する、ＧＰＴ２と８３％以上同一な配列を有する。ＧＰＴ２はＬｏｃｕｓＩＤ：８４７０６を有し、１６番染色体上に局在している。
【０３３２】
ＣＰＳ１５６は、ミオシン、軽鎖ポリペプチド４、アルカリ；心房、胚をコード化する、ＭＹＬ４に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４６３５を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２１−ｑｔｅｒと報告されている。ミオシンは、六量体ＡＴＰアーゼ細胞内モータータンパク質である。それは、二つのミオシン重鎖、二つのリン酸化不可能なミオシンアルカリ軽鎖、および二つのリン酸化可能なミオシン調節性軽鎖からなる。ＭＹＬ４は、胚の筋および成人の心房にみられるミオシンアルカリ軽鎖をコード化する。ＭＹＬ４遺伝子産物は、ミオシンおよびアクチンの間の相互作用を調節する可能性がある。それは、ミオシンおよびアクチン調節タンパク質のファミリーのメンバーである。
【０３３３】
ＣＰＳ１５７は、核因子（赤血球由来２）、４５ｋＤをコード化する、ＮＦＥ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４７７８を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ１３と報告されている。ＮＦＥ２遺伝子産物は、ｂＺＩＰ二量体転写因子の４５ｋＤのサブユニットである。転写因子は、βグロビン遺伝子（ＨＢＢ）の発現を調節する可能性がある。ＣＰＳ１５７は、ＮＦＥ２と同様に、ＡＴＦ７のイントロン中に局在している。ＡＴＦ７は、活性化転写因子７をコード化しており、ＬｏｃｕｓＩＤ：１１０１６を有する。ＡＴＦ７は、染色体１２ｑ１３に局在している。遺伝子産物は、ロイシンジッパーＤＮＡ結合タンパク質であり、ｃＡＭＰ反応要素（ＣＲＥ）を認識する可能性がある。遺伝子産物はまた、アデノウィルスＥ１ａ反応性プロモーターおよび細胞のｃＡＭＰ誘導性プロモーターの調節に関わっている可能性がある。
【０３３４】
ＣＰＳ１５８は、ポリメラーゼ（ＲＮＡ）ＩＩ（ＤＮＡ依存性）ポリペプチドＪ（１３，３ｋＤ）をコード化する、ＰＯＬＲ２Ｊに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５４３９を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｑ１１．２と報告されている。この遺伝子は、真核細胞におけるメッセンジャーＲＮＡを合成するために必要なポリメラーゼである、ＲＮＡポリメラーゼＩＩのサブユニットをコード化する。この遺伝子の生成物は、他のポリメラーゼのサブユニットと共にヘテロ二量体として存在し、ヘテロ二量体はポリメラーゼの核のサブアセンブリー単位を形成する。二つの類似した遺伝子は、染色体７ｑ１１．２の近傍に局在し、他の類似した座は染色体７ｐ１５にみられる。
【０３３５】
配列番号１５０（Ｌ３７１２７）のヌクレオチド１１ないし３８２は、ＬＯＣ２４５８１５と９４％同一な配列を有する。ＬＯＣ２４５８１５はまたＰＯＬＲ２Ｊ２として知られ、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼＩＩポリペプチドＪ結合遺伝子である。ＬＯＣ２４５８１５はＬｏｃｕｓＩＤ：２４６７２１を有し、染色体７ｑ１１．２２に局在している。結合した座の類似性は、ＬＯＣ２４５８１５がＲＮＡポリメラーゼＩＩのサブユニットをコード化していることを示唆している。この遺伝子の異なるスプライシングは、異なるアイソフォームをコード化した、少なくとも三つの転写産物変異体を生じる。
【０３３６】
それに加えて、Ｌ３７１２７のヌクレオチド１１ないし３８２は、ＬＯＣ１５４６９６の近傍の染色体領域、および７番染色体上の染色体領域と９４％同一な配列を有する。ＬＯＣ１５４６９６は、ＨＳＰＣ０４７タンパク質に類似したタンパク質をコード化し、染色体７ｑ１５．１に局在している。
【０３３７】
ＣＰＳ１５９は、協力結合したアルギニンメチルトランスフェラーゼをコード化する、ＣＡＲＭ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０４９８を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．２と報告されている。
【０３３８】
ＣＰＳ１６０は、ＬＯＣ２０６０７３のイントロン配列中に局在している、ＵＮＫ＿ＡＦ０３８１７１に対応する。ＬＯＣ２０６０７３は４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ２４と報告されている。
【０３３９】
ＣＰＳ１６１は、ＲＡＢ２、メンバーＲＡＳオンコジーンファミリーをコード化する、ＲＡＢ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５８６２を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｑ１１．２３と報告されている。ＲＡＢ２遺伝子産物はまた、ＧＴＰ結合タンパク質２としても知られており、ＥＲからゴルジ複合体への小胞輸送に関わっている可能性がある。その遺伝子産物はＲＡＢサブファミリーのメンバーである。
【０３４０】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈では、ＣＰＳ１６２が、６Ｈ９Ａに対応していることを示唆している。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、ＣＰＳ１６２が、９４％同一な配列を有するＭＹＯ１Ｅのイントロン配列に整列することを示している。ＭＹＯ１Ｅは、ミオシンＩＥをコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：４６４３を有する。ＭＹＯＯ１Ｅは１５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１５ｑ２１−ｑ２２と報告されている。ＭＹＯＯ１Ｅ遺伝子産物はクラスＩミオシンに類似しており、プロリンの多いペプチドに結合する可能性がある。その遺伝子産物は、Ｓｒｃ相同部３（ＳＨ３）およびミオシンヘッドドメイン（モータードメイン）を含む。
【０３４１】
ＣＰＳ１６３は、赤血球膜タンパク質バンド４．２をコード化する、ＥＰＢ４２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２０３８を有し、１５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１５ｑ１５−ｑ２１と報告されている。赤血球膜タンパク質バンド４．２は、タンパク質３のアンキリンとの結合を調節し得るＡＴＰ結合タンパク質である。それは、恐らく赤血球の形態および機構の適当な調節について役割を果たすであろう。ＥＰＢ４２遺伝子における変異は、劣性球状楕円状赤血球症および劣性遺伝遺伝性溶血性貧血と関連している。
【０３４２】
ＣＰＳ１６３はまた、約９７％同一な配列を有するＬＯＣ２０３４０１に整列する。ＬＯＣ２０３４０１は、赤血球膜タンパク質バンド４．２（Ｐ４．２）（パリジン）に類似したタンパク質をコード化している。ＬＯＣ２０３４０１の染色体上の局在は知られていない。
【０３４３】
ＣＰＳ１６４は、「αグロビンクラスターにテトメアである保存された遺伝子」を意味する、ＣＧＴＨＢＡに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８１３１を有し、１６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１６ｐ１３．３と報告されている。
【０３４４】
ＣＰＳ１６５は、口腔癌関連１において欠失した腫瘍抑制因子をコード化する、ＤＯＣ−１Ｒに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０６２３を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１３と報告されている。その遺伝子産物は、ハムスターのｄｏｃ−１に類似している。ＣＰＳ１６５はまた、約８９％同一な配列を有するＬＯＣ２２２９８４に整列する。ＬＯＣ２２２９８４は、口腔癌関連１において欠失した腫瘍抑制因子に類似したタンパク質をコード化し、染色体７ｐ２２．２に局在している。
【０３４５】
配列番号１５７（ＡＦ０８９８１４）のヌクレオチド３ないし６６３は、ＬＯＣ１６９６０９およびＬＯＣ１６９６０７と約８６％同一な配列を有する。両遺伝子は、ミオシンＶｂ（ミオシン５Ｂ）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１６９６０９は染色体９ｑ１２に局在する。ＬＯＣ１６９６０７は染色体９ｑ２１．１１に局在する。それに加えて、ＡＦ０８９８１４のヌクレオチド３ないし７７７は、ＬＯＣ１３８４０３と８６−９３％同一な配列を有する。ＬＯＣ１３８４０３は、ミオシンＶｂ（ミオシン５Ｂ）に類似したタンパク質をコード化し、染色体９ｑ１３に局在する。
【０３４６】
ＣＰＳ１６６は、デスマスリンをコード化する、ＫＩＡＡ０３５３（ＤＭＮ）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２３３３６を有する。ＤＭＮは、１５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１５ｑ２６．３と報告されている。
【０３４７】
ＣＰＳ１６６の断片（Ａ１０７７４７６のヌクレオチド４７７ないし６０２）は、約９７％同一な配列を有するＬＯＣ１２０５１１に整列する。ＬＯＣ１２０５１１は、ｒｉｇ−１タンパク質（マウス）に類似したタンパク質をコード化しており、染色体１１ｑ２３．３に局在している。
【０３４８】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈では、ＣＰＳ１６７はＣＳＨ１に対応することを示唆している。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、ＣＰＳ１６７がまた、約９８％同一な配列を有するＣＳＨ２に整列することを示している。ＣＳＨ２は絨毛性ソマトトロフィンホルモン２をコード化している。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１４４３を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２４．２と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、ホルモンのソマトトロフィン／プロラクチンファミリーのメンバーであり、成長の調節において重要な役割を果たす可能性がある。ＣＳＨ２は、同じ転写方向で４つの他の関連遺伝子と共に、１７番染色体上の成長ホルモン座に局在している。この配列は、一連の遺伝子複製によって考案された。五つの遺伝子は高度の同一性を有する配列を共有するけれども、異なる組織において発現していることが報告されている。異なるスプライシングは五つの成長因子各々の追加のアイソフォームを生成する。ＣＳＨ２は、胎盤において発現しており、多数の転写開始部位を利用する。絨毛性ソマトトロフィンホルモン１および２についての成熟タンパク質の発現は発達の間にアップレギュレートされる。
【０３４９】
ＣＰＳ１６８は、ディックコップ類似物３（アフリカツメガエル）（ＲＩＧ様５−６）をコード化する、ＬＯＣ５１０４８（ＤＫＫ３）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２７１２２を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｐ１５．２と報告されている。ＤＫＫ３遺伝子産物はまた、ＲＩＧ様７−１としても知られ、Ｗｎｔシグナルに拮抗するタンパク質に関連している可能性がある。
【０３５０】
配列番号１６０（ＡＦ０３４２０９）のヌクレオチド３ないし９２は、ＲＩＧ（神経膠腫において調節される）約９０％以上同一な配列を有する。ＲＲＲＩＧはＬｏｃｕｓＩＤ：１０５３０を有し、染色体１１ｐ１５．１に局在している。
【０３５１】
ＣＰＳ１６９は、セレクチンＰ（顆粒膜タンパク質１４０ｋＤ、抗原ＣＤ６２）をコード化する、ＳＥＬＰに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６４０３を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２２−ｑ２５と報告されている。ＳＥＬＰ遺伝子産物は、血小板活性化および脱顆粒の間、原形質膜に再分配する分子量１４００００の血小板α−顆粒膜タンパク質である。それは、接着／ホーミング受容体ファミリーのメンバーである。異なるスプライシング変異体は生じる可能性があるが、あまり報告されていない。遺伝子産物は、白血球の血管壁との相互作用を媒介する可能性がある。それは、ＥＧＦドメインおよび相補的調節（ＣＲ）タンパク質ドメインを含む。
【０３５２】
ＣＰＳ１７０は、ＲＡＰ１に対するＧＴＰアーゼ活性化タンパク質をコード化する、ＲＡＰ１ＧＡ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５９０９を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ３６．１−ｐ３５と報告されている。配列番号１６２（Ｍ６４７８８）のヌクレオチド９１６ないし１０４４は、ＫＩＡＡ１０３９と約８５％同一な配列を有する。ＫＩＡＡ１０３９は、ＫＩＡＡ１０３９タンパク質をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２３１０８を有する。その遺伝子は、細胞遺伝学的位置は１７ｐ１３．３と報告されている。
【０３５３】
ＣＰＳ１７１は、トロンボスポンジン１をコード化する、ＴＨＢＳ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７０５７を有し、１５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１５ｑ１５と報告されている。トロンボスポンジン１は、血液凝固および造血において役割を果たす可能性がある。それは、接着分子ファミリーのメンバーである。
【０３５４】
ＣＰＳ１７２は、コリン作動性受容体、ニコチン性、αポリペプチドをコード化する、ＣＨＲＮＡ４に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１１３７を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｑ１３．２−ｑ１３．３と報告されている。配列番号１６４（Ｕ６２４３３）のヌクレオチド６１５ないし１９９５はまた、ＬＯＣ１４９６５６に整列する。ＬＯＣ１４９６５６は、ニューロンアセチルコリン受容体タンパク質、α−４鎖前駆体をコード化し、染色体２０ｑ１３．３３に局在する。
【０３５５】
Ｕ６２４３３のヌクレオチド６０２ないし１３１３の断片（配列番号：１６４）は、約７９−８９％同一の配列を有するＣＨＲＮＡ２、ＣＨＲＮＡ３およびＣＨＲＮＢ２に整列する。ＣＨＲＮＡ２は、コリン作動性受容体、ニコチン性、αポリペプチド２（ニューロン）をコード化する、ＣＨＲＮＡ２はＬｏｃｕｓＩＤ：１１３５を有し、染色体８ｐ２１に局在している。ＣＨＲＮＡ３は、コリン作動性受容体、ニコチン性、αポリペプチド３をコード化する、ＣＨＲＮＡ２はＬｏｃｕｓＩＤ：１１３６を有し、染色体１５ｑ２４に局在している。ＣＨＲＮＢ２は、コリン作動性受容体、ニコチン性、βポリペプチド２（ニューロン）をコード化する、ＣＨＲＮＡ２はＬｏｃｕｓＩＤ：１１４１を有し、染色体１ｑ２１．３に局在している。
【０３５６】
ＣＰＳ１７３は、Ｓ１００カルシウム結合タンパク質Ａ１２（カルグラヌリンＣ）をコード化する、Ｓ１００Ａ１２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６２８３を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２１と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、２つのＥＦハンドカルシウム結合モチーフを含むタンパク質のＳ１００ファミリーのメンバーである。Ｓ１００タンパク質は、幅広い範囲の細胞の細胞質および／または核に局在しており、細胞周期の進行および分化のような、いくつかの細胞の過程の調節に関わっている可能性がある。Ｓ１００遺伝子は、少なくとも染色体１ｑ２１上のクラスターとして局在している１３のメンバーを含む。Ｓ１００Ａ１２遺伝子産物は、特定のカルシウム依存性シグナル変換経路に関わっていると考えられ、細胞骨格成分に対する調節効果は様々な好中球活性を調節する可能性がある。
【０３５７】
ＣＰＳ１７４は、ＣＤ９抗原（ｐ２４）をコード化する、ＣＤ９に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９２８を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｐ１３．３と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、膜貫通４スーパーファミリーのメンバーであり、またテトラスパニンファミリーとしても知られている。これらメンバーのほとんどは、四つの疎水ドメインの存在によって特徴づけられる細胞表面タンパク質である。これらのタンパク質は、細胞の発育、活性化、成長および運動性の調節に関わっているシグナル伝達を媒介する。ＣＤ９コード化したタンパク質は、インテグリンおよび他の四つの膜貫通スーパーファミリーのタンパク質と複合体を形成することが知られている、細胞表面の糖タンパク質である。それは、細胞接着および遊走を調節でき、また血小板活性化および凝集の引き金となり得る。それに加えて、コード化したタンパク質は、筋細胞の融合を促進し、微小管の維持を支えると思われる。
【０３５８】
ＣＰＳ１７５は、ペルオキシレドキシン２をコード化する、ＰＰＤＸ２（ＴＤＰＸ１）に対応する。ペルオキシレドキシン２はまた、チオレドキシン依存性ペルオキシド還元酵素（チオール特異的抗酸化剤１、ナチュラルキラー賦活因子Ｂ）としても知られ、抗酸化ストレスに対して保護してよい。ＰＰＤＸ２遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７００１を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．２と報告されている。
【０３５９】
ＣＰＳ１７５は、ＭＧＣ２５９９およびＬＯＣ１３４６０２と約８８％同一な配列を有する。ＭＧＣ２５９９は、カテニンｐ６０サブユニットＡ１２５９９に類似した仮定上のタンパク質ＭＧＣ２５９９をコード化する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８４０５６を有し、染色体１３ｑ１２．２に局在している。ＬＯＣ１３４６０２は、チオール特異的抗酸化剤（ＴＳＡ）に類似したタンパク質をコード化し、染色体６ｑ２１に局在している。
【０３６０】
配列番号１６７（Ｌ１９２８５）のヌクレオチド４９７ないし７６７は、８９％同一な配列を有するＬＯＣ２１９７７２に整列する。ＬＯＣ２１９７７２は、ペルオキシレドキシン２（チオレドキシンペルオキシダーゼ１）（チオレドキシン依存性ペルオキシド還元酵素１）（チオール特異的抗酸化剤タンパク質）（ＴＳＡ）（ＰＲＰ）（ナチュラルキラー細胞賦活因子Ｂ）（ＮＫＥＦ−Ｂ）をコード化する。ＬＯＣ２１９７７２は、染色体１０ｑ１１．２１に局在している。その上、Ｌ１９１８５のヌクレオチド５ないし６５は、ＬＯＣ２０４１４１およびＬＯＣ２０５２２７と１００％同一な配列を示す。ＬＯＣ２０５２２７は、マロニルＣｏＡ脱炭酸酵素（ＥＣ４．１．１．９）（ガチョウ）に類似したタンパク質をコード化し、２番染色体に局在している。
【０３６１】
ＣＰＳ１７６は、Ｂ７タンパク質をコード化する、Ｂ７に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０２３３を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｐ１３と報告されている。Ｂ７タンパク質は、タンパク質ホスファターゼの調節サブユニットに対して低い配列の類似性を有する。Ｂ７タンパク質は、ロイシンの多い反復配列を含み、タンパク質−タンパク質相互作用を媒介する可能性がある。
【０３６２】
ＣＰＳ１７７は、２，３−ビスホスホグリセリン酸ムターゼをコード化する、ＢＰＧＭに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６６９を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｑ３１−ｑ３４と報告されている。２，３−ビスホスホグリセリン酸ムターゼは、シンターゼ、ムターゼおよびホスファターゼ活性を有する。それは、２，３−ビスホスホグリセリン酸代謝の制御に関わっている。
【０３６３】
ＣＰＳ１７８は、プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）サブユニット、αタイプ、７をコード化する、ＰＳＭＡ７に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５６８８を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｑ１３．３３と報告されている。プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）のαサブユニットは、Ｂ型肝炎ウィルスＸタンパク質に対する可能な標的である。
【０３６４】
ＣＰＳ１７９は、グアノシン一リン酸還元酵素をコード化する、ＧＭＰＲに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２７６６を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２３と報告されている。グアノシン一リン酸還元酵素は、熱産生を容易にし、ラットのグアノシン一リン酸還元酵素に非常に強い類似性を有する。
【０３６５】
ＣＰＳ１８０は、トロポモデュリンをコード化する、ＴＭＯＤに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７１１１を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｑ２２．３と報告されている。トロポモデュリンは、赤血球トロポミオシンの末端に結合し得る。
【０３６６】
ＣＰＳ１８１は、補体成分４Ａをコード化する、Ｃ４Ａに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７２０を有している。その遺伝子は６番染色体上に局在している。この遺伝子は、古典的活性化経路の一部である、補体因子４の酸型をコード化する。その遺伝子産物は、α、βおよびγ鎖の三量体に、分泌する前にタンパク質分解によって解離される一本鎖の前駆体として発現している。三量体は、抗原抗体複合体および他の補体成分の間の相互作用のための表面を与える。α鎖は切断され、局所炎症のメディエーターである、Ｃ４アナフィラキシー毒素を放出するかもしれない。補体成分４Ａの欠損は、全身性エリテマトーデスおよび１型糖尿病と関連している。Ｃ４Ａ遺伝子は、６番染色体上の主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩＩＩ領域に局在する。個体がこの遺伝子の１、２または３コピーを有するような、この遺伝子クラスターの様々なハプロタイプが存在する。
【０３６７】
ＣＰＳ１８１（配列番号１７３のヌクレオチド１ないし４５およびヌクレオチド１９９ないし２４８）の断片はまた、１００％同一な配列を有するＬＯＣ２２０８１９に整列する。ＬＯＣ２２０８１９は、ｄＪ３４Ｆ７．４（補体成分４Ａ）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ２２０８１９は、６番染色体上に局在している。
【０３６８】
それに加えて、ＣＰＳ１８１は、９４％以上同一な配列を有するＣ４Ｂに整列する。Ｃ４Ｂは補体成分４Ｂをコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：７２１を有する。Ｃ４Ｂは、染色体６ｐ２１．３に局在している。Ｃ４Ｂ遺伝子は、補体因子４の基本型、古典的活性化経路の一部をコード化する。この遺伝子は、イントロン９中の６．４ｋｂの内在性ＨＥＲＶ−Ｋレトロウィルスが存在するかまたは存在しないかによって、長い形態および短い形態として存在する。
【０３６９】
ＣＰＳ１８２は、Ｇタンパク質結合受容体１２をコード化する、ＧＰＲ１２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２８３５を有し、１３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１３ｑ１２と報告されている。その遺伝子産物は、Ｇタンパク質結合受容体ファミリーのメンバーである。それは、ネズミのＧｐｃｒ１２およびラットのＲｎ．１０２１８に類似している。
【０３７０】
ＣＰＳ１８２はまた、９７％同一な配列を有するＬＯＣ２０２１７５の近傍の配列に整列する。ＬＯＣ２０２１７５は、染色体５ｐ１５．３３に局在している。
【０３７１】
ＣＰＳ１８３は、脂肪分化関連タンパク質をコード化する、ＡＤＦＰに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１２３を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｐ２１．２と報告されている。脂肪細胞分化関連タンパク質は、顆粒表面膜物質と関連している。このタンパク質は、顆粒表面の主成分である。ｍＲＮＡレベルの上昇は、脂肪細胞の分化の早期の指標の一つである。タンパク質は、乳液の顆粒の成分である。タンパク質はまた、アジポフィリンとして知られている。
【０３７２】
配列番号１７５（Ｘ９７３２４）のヌクレオチド１ないし１３１４は、インターロイキン賦活結合因子２、４５ｋＤをコード化するＩＬＦ２と９１−９２％同一な配列を有する。ＩＬＦ２はＬｏｃｕｓＩＤ：３６０８を有し、染色体１ｑ２１．１に局在している。遺伝子産物は、活性化Ｔ細胞の核因子（ＮＦ−ＡＴ）の部分集合である。それはＤＮＡ結合転写因子である。
【０３７３】
ＣＰＳ１８４は、ミオシン、軽鎖ポリペプチド５、調節性をコード化する、ＭＹＬ５に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４６３６を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｐ１６．３と報告されている。この遺伝子は、ミオシン軽鎖のうちの一つ、六量体ＡＴＰアーゼ細胞モータータンパク質ミオシンの成分をコード化する。ミオシンは、二つの重鎖、二つのリン酸化不可能なアルカリ軽鎖、および二つのリン酸化可能な調節的軽鎖からなる。この遺伝子産物、調節的軽鎖の一つは、胎児の筋、および成人の網膜、小脳および脳幹神経節において発現している。その遺伝子産物は、ミオシンおよびアクチンの間の相互作用を媒介している可能性がある。それは、ミオシンおよびアクチン調節タンパク質ファミリーのメンバーである。
【０３７４】
ＣＰＳ１８５は、ドリチルリン酸マンノシルトランスフェラーゼポリペプチド２、調節性サブユニットをコード化する、ＤＰＭ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８８１８を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｑ３４．１３と報告されている。
【０３７５】
ＣＰＳ１８６は、結腸直腸癌において変異したタンパク質をコード化する、ＭＣＣに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４１６３を有し、５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｑ２１−ｑ２２と報告されている。ＭＣＣは、結腸直腸癌抑制推定遺伝子の候補遺伝子である。ＭＣＣ遺伝子産物は、孤発性および家族性腫瘍両方の早期の結腸直腸の腫瘍形成に関わっている可能性がある。その遺伝子産物は、Ｇタンパク質と結合した、ムスカリン性アセチルコリン受容体に類似している。
【０３７６】
ＣＰＳ１８７は、凝固因子ＩＩＩ（トロンボプラスチン、組織因子）をコード化する、Ｆ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２１５２を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ２２−ｐ２１と報告されている。この遺伝子は、細胞表面の糖タンパク質である凝固因子ＩＩＩをコード化している。この因子は、細胞に血液凝固カスケードを開始させることができ、凝固因子ＶＩＩの高親和性受容体として機能する。得られた複合体は、特に限定されたタンパク質分解によって、凝固プロテアーゼカスケードの開始と関連する触媒性事象を提供する。非機能性の前駆体として循環している、これらのプロテアーゼカスケードの他のいくつかの補因子と異なり、凝固因子ＩＩＩは、細胞表面に発現された際に完全な機能を持つ強力な開始物質である。この因子には３つの異なったドメインが存在する：細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメイン。凝固因子ＩＩＩは、凝固プロテアーゼカスケードの集合および伝搬を開始させ、正常の止血において機能する可能性がある。その因子は、細胞の免疫応答の成分である。
【０３７７】
ＣＰＳ１８８は、クルッペル様因子１（赤血球）をコード化する、ＫＬＦ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０６６１を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．１３−ｐ１３．１２と報告されている。赤血球のクルッペル様因子１は、成人のβグロブリンプロモーターの転写活性化因子である。
【０３７８】
ＣＰＳ１８８はまた、９４％同一な配列を有するＬＯＣ１４６５４４に整列する。ＬＯＣ１４６５４４は、１６番染色体に局在している。
【０３７９】
ＣＰＳ１８９は、ＨＢＧ２に対応する。ＨＢＧ２は、ヘモグロビン、γＧをコード化する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３０４７を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｐ１５．５と報告されている。ＨＢＧ１はまた、同じ染色体領域に局在している。γグロビン遺伝子（ＨＢＧ１およびＨＢＧ２）は、通常胎児の肝臓、脾臓および骨髄において発現されている。二つのγ鎖は、二つのα鎖と共に胎児のヘモグロビン（ＨｂＦ）を構成し、それは通常生まれたときに成人のヘモグロビン（ＨｂＡ）によって置き換えられる。βサラセミアはおよび関連疾患においては、γ鎖生成が成人期まで継続する。二つのタイプのγ鎖は、１３６残基が、Ｇγ生成物（ＨＢＧ２）においてはグリシンであり、Ａγ生成物（ＨＢＧ１）においてはアラニンであるという点で異なる。前者は、生まれたときに優勢である。βグロビンクラスター中の遺伝子の順序は、５'−ε−γＧ−γＡ−δ−β−３'である。遺伝子産物は、酸素および二酸化炭素を、肺および組織の間で運搬する。
【０３８０】
ＣＰＳ１８９の断片（配列番号：１８１のヌクレオチド３３２．２３４）は、ヘモグロビン、ε１をコード化するＨＢＥ１と８６％同一な配列を有する。
【０３８１】
それに加えて、配列番号：２７７（Ｍ９１０３６）は、ＨＢＧ２を検出するためのプローブを構築するために用いられ得る。配列番号：２７７のヌクレオチド２１６２−２２６８、２３９１−２６１４および３５０１−３５６５は、１００％同一な配列を有するＨＢＧ２に整列する。配列番号：２７７のヌクレオチド２３７９ないし２６２６および７３０９ないし７５５６は、ヘモグロビン、ε１をコード化するＨＢＥ１と８６％同一な配列を有する。ＨＢＥ１遺伝子は、ＬｏｃｕｓＩＤ：３０４６を有し、染色体１１ｐ１５．５に局在している。配列番号：２７７の２３８４ないし２６２１および７３１４ないし７５５１はまた、１１番染色体上の染色体領域と８４％同一な配列を有する。
【０３８２】
ＣＰＳ１９０は、ＧＲＯ３オンコジーンをコード化する、ＧＲＯ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２９２１を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ２１と報告されている。その遺伝子産物は、分裂促進因子である可能性がある。
【０３８３】
配列番号：１８２（Ｍ３６８２１）のヌクレオチド６ないし２９８は、ＧＲＯ１およびＧＲＯ２と８６−９５％同一な配列を有する。ＧＲＯ１は、ＧＲＯ１オンコジーン（メラノーマ成長刺激活性、α）をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２９１９を有する。ＧＲＯ１は、染色体の４ｑ２１に局在している。ＧＲＯ１遺伝子産物は、メラノーマ成長刺激活性を有し、炎症過程に関与している分裂促進因子である可能性がある。ＧＲＯ２は、ＧＲＯ２オンコジーンをコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２９２０を有する。ＧＲＯ２は、染色体の４ｑ２１に局在している。ＧＲＯ２遺伝子産物は、多形核白血球についての走化性因子である可能性がある。
【０３８４】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈では、ＣＰＳ１９１がＰＬＥＣ１に対応することを示唆している。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、配列番号：１８３（Ｕ５３２０４）のヌクレオチド１４６２９ないし１４８００は、ＬＯＣ１６２６１３およびＬＯＣ９３２３２の近傍の染色体領域と９３％同一な配列を有することを示している。ＬＯＣ１６２６１３およびＬＯＣ９３２３２は共に、染色体１７ｑ２５．３に局在し、ＫＩＡＡ１６４０タンパク質に類似したタンパク質をコード化する。それに加えて、配列番号：１８３（Ｕ５３２０４）のヌクレオチド１４６２９ないし１４８００は、８８％同一な配列を有するＬＯＣ１６０５３５に整列する。ＬＯＣ１６０５３５は、染色体１２ｑ１２に局在している。
【０３８５】
ＣＰＳ１９２は、溶質キャリアファミリー１６（モノカルボキシル酸輸送体）、メンバー３をコード化する、ＳＬＣ１６Ａ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９１２３を有し、１７番染色体上に局在している。その遺伝子産物は、モノカルボキシル酸輸送体ファミリーのメンバーであり、輸送体として機能する可能性がある。配列番号：１８４（Ｕ８１８００）のヌクレオチド３４ないし９４５は、９６％以上の配列同一性を有するＬＯＣ２０１２８１に整列する。ＬＯＣ２０１２８１は、モノカルボキシル酸輸送体に類似したタンパク質をコード化し、染色体１７ｑ２５．３に局在している。
【０３８６】
ＣＰＳ１９４は、ＦＫ５０６結合タンパク質８（３８ｋＤ）をコード化する、ＦＫＢＰ８に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２３７７０を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１２と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、イムノフィリンタンパク質ファミリーのメンバーであり、免疫調節、タンパク質の折りたたみおよびトラフィッキングを伴う基本的細胞過程における役割を果たしている。コード化したタンパク質は、ＰＰＩアーゼ／ロータマーゼ活性を有していないように思われる。それは三つの単位のテトラトリコペプチド反復配列およびコンセンサスロイシンジッパー反復配列を有し、記憶機能に関連したニューロンにおいて役割を果たしている可能性がある。
【０３８７】
ＣＰＳ１９４はまた、約８８％同一な配列を有するＰＰＰ１Ｒ１２Ｂのイントロン配列に整列する。ＰＰＰ１Ｒ１２Ｂは、タンパク質ホスファターゼ１、調節性（抑制性）サブユニット１２Ｂをコード化する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４６６０を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ３２．１と報告されている。ミオシン軽鎖ホスファターゼ（ＭＬＣＰ）は、三つのサブユニットからなる：触媒サブユニット、大きいサブユニット／ミオシン結合サブユニット（ＭＢＳ）および小さいサブユニット（ｓｍ−Ｍ２０）ＰＰＰ１Ｒ１２Ｂは、ＭＢＳおよびｓｍ−Ｍ２０をコード化する多機能性遺伝子である。ＭＬＣＰはミオシンを調節し、脱リン酸化がＭＢＳの存在によって促進される。ｓｍ−Ｍ２０サブユニットは、ＭＢＳに結合することによって、筋収縮を調節する役割を果たしていることが示唆されている。ＭＢＳはまた、他の遺伝子、ミオシン軽鎖ホスファターゼ標的サブユニット１によってコード化される。両ＭＢＳはＭＬＣＰの活性を増加させるけれども、ミオシン軽鎖ホスファターゼ標的サブユニット１−ＭＢＳは、より有効な賦活剤である。記載されているＰＰＰ１Ｒ１２Ｂの別個にスプライスされた転写変種が少なくとも４種あり、そのうちの２種はＭＢＳコード領域を改変し、そのうちの２種はｓｍ−Ｍ２０コード領域を改変する。
【０３８８】
ＣＰＳ１９５は、リボヌクレアーゼ、ＲＮＡアーゼＡファミリー、２（肝臓、好酸球由来神経毒をコード化する、ＲＮＡＳＥ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６０３６を有し、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ２４−ｑ３１と報告されている。好酸球由来神経毒は、神経毒性およびリボヌクレアーゼ活性を有する。それは、リボヌクレアーゼスーパーファミリーのメンバーである。
【０３８９】
ＣＰＳ１９５はまた、約９２％同一な配列を有するＬＯＣ１２２６６１に整列する。ＬＯＣ１２２６６１は、非分泌リボヌクレアーゼ前駆体（リボヌクレアーゼＵＳ）（好酸球由来神経毒）（ＲＮＡアーゼＵｐＩ−２）（リボヌクレアーゼ２）（ＲＮＡアーゼ２）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１２２６６１は、染色体１４ｑ１１．１に局在している。それに加えて、ＣＰＳ１９５は、ＲＮＡＳＥ３と約８８−９４％同一な配列を有する。ＲＮＡＳＥは、リボヌクレアーゼ、ＲＮＡアーゼＡファミリー、３（好酸球陽イオンタンパク質）をコード化する。ＲＮＡＳＥはＬｏｃｕｓＩＤ：６０３７を有し、染色体１４ｑ２４−ｑ３１に局在している。ＲＮＡＳＥ３遺伝子産物は、神経毒性およびリボヌクレアーゼ活性を有する。それは、リボヌクレアーゼスーパーファミリーのメンバーである。
【０３９０】
配列番号：１８６（Ｘ５５９８８）のヌクレオチド６３９ないし７３５は、ＬＯＣ１５９６５５のイントロン配列と９５％同一な配列を有していることを示す。ＬＯＣ１５９６５５は、染色体１０ｑ２３．３３に局在している。
【０３９１】
ＣＰＳ１９６は、分枝鎖アミノトランシフェラーゼ１、細胞質ゾルをコード化する、ＢＣＡＴ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５８６を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑｔｅｒ−ｑ１２と報告されている。細胞質ゾル酵素の分枝鎖アミノ酸トランスアミナーゼ（ＢＣＴ）は、細胞成長抑制を引き起こす。分枝鎖アミノ酸アミノ基転移の検出による、二つの異なる臨床的障害：高バリン血症および高ロイシン−イソロイシン血症、が存在してよい。細胞質ゾル分枝鎖アミノ酸アミノトランシフェラーゼ１は、分枝鎖ａ−ケト酸のＬ−アミノ酸への転換を触媒する。
【０３９２】
ＣＰＳ１９９は、分泌されたリンタンパク質１（オステオポンチン、骨シアロタンパク質Ｉ、早期Ｔ−リンパ球活性化１）をコード化する、ＳＰＰ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６６９６を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ２１−ｑ２５と報告されている。オステオポンチン（骨シアロタンパク質）は、石灰化およびアテローム性動脈硬化に関わる、骨および血管細胞外マトリックスタンパク質である。
【０３９３】
ＣＰＳ２０１は、ＧＲＯ１オンコジーン（メラノーマ成長刺激活性、α）をコード化する、ＧＲＯ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２９１９を有し、４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は４ｑ２１と報告されている。その遺伝子産物はメラノーマ成長刺激活性を有し、炎症過程に関わる分裂促進因子であってよい。
【０３９４】
ＣＰＳ２０１はまた、８７−８９％同一な配列を有するＧＲＯ２オンコジーンをコード化する、ＧＲＯ２に整列する。ＧＲＯ２はＬｏｃｕｓＩＤ：２９２０を有し、染色体４ｑ２１に局在している。ＧＲＯ２は、多形核白血球についての走化性因子である可能性がある。
【０３９５】
配列番号：１８９（Ｘ５４４８９）のヌクレオチド１ないし８３０は、ＧＲＯ３オンコジーンをコード化するＧＲＯ３と約９０％同一な配列を有している。ＧＲＯ３はＬｏｃｕｓＩＤ：２９２１を有し、染色体４ｑ２１に局在している。ＧＲＯ３遺伝子産物は、分裂促進因子であって良い。配列番号：１８９のヌクレオチド２ないし４６６は、不均一な核のリボ核タンパク質Ａ１（らせん不安定化タンパク質）（一本鎖結合タンパク質）（ｈｎＲＮＰ核タンパク質Ａ１）（ＨＤＰ）に類似したタンパク質をコード化する、ＬＯＣ２０１９６３と８５％同一な配列を有する。ＬＯＣ２０１９６３は、染色体４ｑ１３．３に局在している。
【０３９６】
ＣＰＳ２０２は、ＡＳＣ−１複合体サブユニットＰ１００をコード化する、ＦＬＪ２１５８８（ＤＫＦＺＰ５８６Ｏ０２２３）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８４１６４を有し、２２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２２ｑ１２．１と報告されている。
【０３９７】
ＣＰＳ２０５は、脂肪酸シンターゼをコード化する、ＦＡＳＮに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２１９４を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２５と報告されている。この遺伝子によってコード化された酵素は、多機能性のタンパク質である。その機能のうちの一つは、ＮＡＤＰＨ存在下でアセチルＣｏＡおよびマロニルＣｏＡからのパルミチン酸の合成を触媒し、長鎖飽和脂肪酸にすることである。いくつかの癌細胞系において、このタンパク質は、ＦＡＳのＮ末端がＥＲαのＣ末端と枠内にて融合する点において、エステロゲン受容体α（ＥＲα）と融合していることが判明した。
【０３９８】
配列番号：１９２（Ｕ２９３４４）のヌクレオチド７７７７ないし８１９９および８２７０ないし８４５７は、ＬＯＣ１３３９３４と約９４−９６％同一な配列を有する。その遺伝子は、仮定の遺伝子であり、染色体５ｐ１５．２に局在する。配列番号：１９２のヌクレオチド７５２８ないし８２２３は、リンパ球抗原９をコード化するＬＹ９のイントロン配列と８４％同一な配列を示す。ＬＹ９はＬｏｃｕｓＩＤ：４０６３を有し、染色体１ｑ２１．３−ｑ２２に局在している。リンパ球抗原９は、Ｔ細胞およびアクセサリー細胞の間の接着に関わっている可能性がある。それは免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。それに加えて、Ｕ２９３４４のヌクレオチド８２９９ないし８３７７は、９７％同一な配列を有するＤＤＸ２７に配列する。ＤＤＸ２７は、ＤＥＡＤ／Ｈ（Ａｓｐ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ａｓｐ／Ｈｉｓ）ボックスポリペプチド２７をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：５５６６１を有する。ＤＤＸ２７は、染色体の２０ｑ１３．１３に局在している。保存されたモチーフのＡｓｐ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ａｓｐ（ＤＥＡＤ）によって特徴づけられる、ＤＥＡＤボックスタンパク質は、ＲＮＡヘリカーゼと推定される。それは、翻訳開始、核およびミトコンドリアのスプライシングおよびリボソームおよびスプライソーム集合のような、ＲＮＡ二次構造の変化を伴ういくつかの細胞過程に含まれる。分配パターンに基づいて、ファミリーのいくつかのメンバーは、胚発生、精子形成および細胞成長および分裂に関与していると考えられている。ＤＤＸ２７は、ＤＥＡＤ／ＤＥＡＨボックスＡＴＰ依存性ＲＮＡまたはＤＮＡヘリカーゼファミリーのメンバーである、ＤＥＡＤボックスタンパク質をコード化する。
【０３９９】
ＣＰＳ２０６は、ホメオボックスＡ１をコード化する、ＨＯＸＡ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３１９８を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｐ１５．３と報告されている。ホメオボックスＡ１は、ＤＮＡ結合タンパク質のホメオドメインファミリーのメンバーであり、遺伝子発現、形態形成および分化を調節する可能性がある。
【０４００】
ＣＰＳ２０７は、ヘム酸化酵素（脱環化）１をコード化する、ＨＭＯＸ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３１６２を有し、２２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２２ｑ１３．１と報告されている。ＣＰＳ２０７は、１００％同一な配列を有する２２番染色体のヌクレオチド１５０８５９４２ないし１５０８６４５７に整列する。ヘムの代謝において不可欠な酵素である、ヘム酸化酵素は、ヘムを開裂させて、その後ビリベルジン還元酵素によってビリルビンに変換されるビリベルジン、および神経伝達物質と推定される一酸化炭素を形成する。ヘム酸化酵素活性は、その基質であるヘムおよび様々なヘム以外の基質によって誘導される。ヘム酸化酵素は、２つのイソ酵素、誘導可能なヘム酸化酵素−１および構成性ヘム酸化酵素−２として生じる。ＨＭＯＸ１およびＨＭＯＸ２は、ヘム酸化酵素ファミリーに属している。
【０４０１】
ＣＰＳ２０７の整列する染色体領域は、他の遺伝子の近傍にある。これらの遺伝子は、ＭＣＭ５およびＬＯＣ１２９１２１を含む。ＭＣＭＳは、ＭＣＭ５ミニ染色体の維持欠損５、細胞分裂周期４６（Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）をコード化する。それはＬｏｃｕｓＩＤ：４１７４であり、染色体２２ｑ．１３．１に局在している。ＭＣＭＳによってコード化されたタンパク質は、ＤＮＡ合成の開始に関わっているＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅのＣＤＣ４６に類似している。ＭＣＭＳ遺伝子産物は、クロマチン結合タンパク質のＭＣＭファミリーのメンバーである。ＬＯＣ１２９１２１は、染色体２２ｑ１２．３に局在している仮定の遺伝子ＬＯＣ１２９１２１である。
【０４０２】
配列番号：１９４（Ｚ８２２４４）のヌクレオチド２６８８０ないし２８０７９は、７９％同一な配列を有するＬＯＣ１６８５５０に整列する。ＬＯＣ１６８５５０は、ポルタンパク質に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１６８５５０は、染色体７ｑ３６．１に局在している。配列番号：１９４のヌクレオチド２６７７４ないし２８０５７は、７６％同一な配列を有するＬＯＣ２０５１７６に整列する。ＬＯＣ２０５１７６は、染色体２ｐ１２に局在している。
【０４０３】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈は、ＣＰＳ２０８がＢＮＩＰ３に対応していることを示唆している。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、ＣＰＳ２０８がまた、９８％以上同一な配列を有する、ＬＯＣ１５９３４８に整列する。ＬＯＣ１５９３４８は１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２６．３と報告されている。それに加えて、ＣＰＳ２０８は、約９７％同一な配列を有する１４番染色体上の染色体領域に整列する。ＣＰＳ２０８はまた、ＬＯＣ１４６０６２のイントロン配列と約８１％同一な配列を有する。ＬＯＣ１４６０６２は、ＦＬＪ０００８８に類似したタンパク質をコード化し、染色体１５ｑ１４に局在している。
【０４０４】
配列番号：１９５（ＡＦ００２６９７）のヌクレオチド１５２ないし１０８１は、７８％同一な配列を有するＬＯＣ１５２６８７の近傍の染色体領域に整列する。ＬＯＣ１５２６８７は、亜鉛フィンガータンパク質９１（亜鉛フィンガータンパク質ＨＴＦ１０）（ＨＰＦ７）に類似したタンパク質をコード化し、染色体４ｐ１６．３に局在している。
【０４０５】
ＣＰＳ２０９は、亜鉛フィンガータンパク質２６１をコード化する、ＺＮＦ２６１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９２０３を有し、Ｘ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｑ１３．１と報告されている。
【０４０６】
ＣＰＳ２１０は、ミオシン、重鎖ポリペプチド７、心筋、βをコード化する、ＭＹＨ７に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４６２５を有し、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ１２と報告されている。ＭＹＨ７は、ミオシンの心筋β（または遅筋）アイソフォームをコード化する。ＭＹＨ７遺伝子産物およびＮＹＨ６遺伝子産物（心臓のミオシン重鎖のα、または速筋アイソフォーム）の相対存在量の変化は、心筋の収縮速度と相関する。ＭＹＨ７の遺伝子産物は、心筋の収縮力を与えるモータータンパク質ファミリーのメンバーである。
【０４０７】
配列番号：１９７（Ｍ５８０１８）のヌクレオチド４３２ないし５８６９は、８８−９８％同一な配列を有する、ＭＹＨ６に配列する。特に、ヌクレオチド５７４１ないし５８６９は、９６％同一な配列を有するＭＹＨ６に整列する。ＭＹＨ６は、ミオシン、重鎖ポリペプチド６、心筋、α（肥大型心筋症１）をコード化する。それはＬｏｃｕｓＩＤ：４６２４を有し、染色体１４ｑ１２に局在している。心筋重鎖６αは、筋収縮力を与えるモータータンパク質ファミリーのメンバーである。
【０４０８】
Ｍ５８０１８のヌクレオチド４３２ないし５５４３中の様々な断片は、ＭＹＨ１、ＭＹＨ２、ＭＹＨ３、ＭＹＨ４およびＭＹＨ１３と約７７−９０％同一な配列を有する。ＭＹＨ１は、ミオシン、重鎖ポリペプチド１、骨格筋、成人をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：４６１９を有する。ＭＹＨ２は、ミオシン、重鎖ポリペプチド２、骨格筋、成人をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：４６２０を有する。ＭＹＨ３は、ミオシン、重鎖ポリペプチド３、骨格筋、胚をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：４６２１を有する。ＭＹＨ４は、ミオシン、重鎖ポリペプチド４、骨格筋をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：４６２２を有する。ＭＹＨ１３は、ミオシン、重鎖ポリペプチド１３、骨格筋をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：８７３５を有する。ＭＹＨ１、ＭＹＨ２、ＭＹＨ３およびＭＹＨ４は、伝えるところによると、全て染色体１７ｐ１３．１に局在する。ＭＹＨ１３は、細胞遺伝学的位置は１７ｐ１３と報告されている。
【０４０９】
ミオシンは、ＡＴＰの加水分解を通じて化学エネルギーを機械エネルギーに変換する、主要な収縮性タンパク質である。ミオシンは、ミオシン重鎖の組（ＭＹＨ）および二組の異なる軽鎖からなる六量体タンパク質である。ミオシン重鎖は、多数の遺伝子ファミリーによってコード化される。哺乳類においては、少なくとも１０の異なるミオシン重鎖（ＭＹＨ）のアイソフォームが、横紋筋、平滑筋および非筋肉細胞から記述されている。これらのアイソフォームは、発育の間、空間的にそして時間的に調節される発現を示す。ＭＹＨ１、ＭＹＨ４およびＭＹＨ１３によってコード化されたタンパク質は、ＡＴＰアーゼ頭部および棒状の尾部ドメインを含む。ミオシン重鎖１および１３は、筋収縮、細胞分裂および貪食の力を与える可能性がある。骨格筋のミオシン重鎖３および４は、筋収縮力を与える可能性がある。
【０４１０】
それに加えて、Ｍ５８０１８のヌクレオチド１４９４ないし１６５４は、ＭＹＨ７Ｂ、および約８８−９２％同一な配列を有するＦＬＪ２２０３７の近傍の染色体領域に整列する。ＦＬＪ２２０３７は、仮定のタンパク質ＦＬＪ２２０３７をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：８４１７６を有する。それは７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｑ１１．２１と報告されている。ＭＹＨ７Ｂは、ミオシン、重鎖ポリペプチド７Ｂ、心筋、βをコード化する。ＭＹＨ７ＢはＬｏｃｕｓＩＤ：５７６４４を有し、染色体２０ｑ１１．２１に局在している。
【０４１１】
ＣＰＳ２１１は、インターロイキン１、βをコード化する、ＩＬ１Ｂに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３５５３を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ１４と報告されている。インターロイキン１βは、免疫応答および炎症反応を開始させ、増幅させる可能性がある。
【０４１２】
ＣＰＳ２１２は、シンタキシン１Ａ（脳）をコード化する、ＳＴＸ１Ａに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６８０４を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｑ１１．２３と報告されている。シンタキシン１Ａ（脳）は、細胞内輸送および神経伝達物質遊離に関与している可能性がある。
【０４１３】
ＣＰＳ２１３は、ＡＴＰアーゼタイプＩＶ、リン脂質輸送（Ｐタイプ）（推定上）（ＡＴＰアーゼ、クラスＩＩ、タイプ９Ｂ）をコード化する、ＡＴＰＡＳＥＰ（ＡＴＰ９Ｂ）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１１０７１を有し、１８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１８ｑ２３と報告されている。
【０４１４】
ＣＰＳ２１４は、クノップ血液型システムを含めて、補体成分（３ｂ／４ｂ）受容体１をコード化する、ＣＲ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１３７８を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ３２と報告されている。その遺伝子は、１番染色体のヌクレオチド２７６９８６５ないし２８５７７５６を含む。この遺伝子は、末梢血細胞、糸球体足細胞および濾胞性樹状細胞にみられる細胞膜糖タンパク質をコード化する。その遺伝子によってコード化されるタンパク質は、補体成分Ｃ３ｂ
およびＣ４ｂの受容体であり、補体カスケードの活性を調節する。コード化したタンパク質における変異は、クノップ血液型システムを基礎にしている。二つの共通アレル、ＦおよびＳは、８つのエクソンによって異なり、不均一な交叉が起こった結果と考えられている。細胞質に存在するコード化されたタンパク質の分泌された形が記述されているが、その天然の全長は決定されていない。コード化されたタンパク質は、短いコンセンサス反復配列（ＳＣＲｓ）を有する。
【０４１５】
ＣＰＳ２１４はまた、約９３％同一な配列を有するＣＲ１Ｌに整列する。ＣＲ１Ｌは、補体成分（３ｂ／４ｂ）受容体１様をコード化する。それはＬｏｃｕｓＩＤ：１３７９を有し、染色体１ｑ３２．１に局在している。
【０４１６】
ＣＰＳ２１５は、ＤＫＦＺＰ５８６Ｍ１５２３タンパク質をコード化する、ＤＫＦＺＰ５８６Ｍ１５２３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２５９４１を有し、１８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１８ｑ１２．１と報告されている
【０４１７】
ＣＰＳ２１５はまた、９９％以上同一な配列を有するＬＯＣ２０１３４７に配列する。ＬＯＣ２０１３４７は、ブルーノ様４、ＲＮＡ結合タンパク質（キイロショウジョウバエ）をコード化するＢＲＵＮＯＬ４のイントロンに局在する。ＢＲＵＮＯＬ４はＬｏｃｕｓＩＤ：５６８５３を有し、１８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１８ｑ１２．１と報告されている。
【０４１８】
ＣＰＳ２１６は、ケラチン１（表皮剥離性角質増殖症）をコード化する、ＫＲＴ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３８４８を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ１２−ｑ１３と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、ケラチン遺伝子ファミリーのメンバーである。タイプＩＩ細胞ケラチンは、単層および層状上皮組織の分化の間共発現した異型ケラチン鎖の組において配列された、塩基性または中性タンパク質を含む。ＫＲＴ１によってコード化されたタイプＩＩ細胞ケラチンは、上皮の有棘細胞層および顆粒細胞層において、ファミリーメンバーＫＲＴ１０とともに発現され得る。ＫＲＴ１およびＫＲＴ１０遺伝子における変異は、水疱性先天性魚鱗紅皮症と関連している可能性がある。タイプＩＩ細胞ケラチンは、染色体１２ｑ１２ｑ−１３の領域においてクラスター形成される。
【０４１９】
配列番号：２０３（Ｍ９８７７６）のヌクレオチド４０７６ないし４２７５は、ＫＲＴ２Ａと８７％同一な配列を有する。ＫＲＴ２Ａは、ケラチン２Ａ（シーメンスの上皮性魚鱗癬水疱）をコード化する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３８４９を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ１１−ｑ１３と報告されている。ＫＲＴ２Ａ遺伝子は、ケラチン遺伝子ファミリーのメンバーである。ＫＲＴ２Ａ遺伝子によってコード化されたタンパク質は、細胞ケラチンの上部の有棘細胞層において発現している。この遺伝子の変異は、水疱性先天性魚鱗紅皮症と関連している可能性がある。ケラチン２Ａは、上皮ケラチン細胞の末端の角化に役割を果たす可能性のある中間フィラメント成分である。配列番号：２０３のヌクレオチド３２０３ないし３２４６は、染色体６ｐ２１．３に局在しているＬＯＣ２２１６１８のイントロン配列と９３％同一な配列を有する。
【０４２０】
ＣＰＳ２１７は、ＵＮＫ＿ＡＦ０７０５７１（ＥＸＴ１）に対応する。ＣＰＳ２１７は、ＥＸＴ１の３'非翻訳領域に整列する。ＥＸＴ１は外骨腫（複数）１をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２１３１を有し、細胞遺伝学的位置は８ｑ２４．１１−ｑ２４．１３と報告されている。外骨腫（複数）１（ＥＸＴ１）は、ヘパラン硫酸生合成の鎖伸長工程二関与する、ＥＲ内在型ＩＩ膜貫通グリコシルトランスフェラーゼである。それは、四肢の骨の骨幹の末端付近の軟骨突出物によって特徴づけられる疾患である、遺伝性多発外骨腫に関わっている。
【０４２１】
ＣＰＳ２１８は、タンパク質ホスファターゼ３（以前は２Ｂ）、触媒サブユニット、βアイソフォーム（カルシニューリンＡβ）をコード化する、ＰＰＰ３ＣＢに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５５３２を有し、１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２１−ｑ２２と報告されている。その遺伝子によってコード化された生成物は、カルモデュリン調節タンパク質ホスファターゼ３の触媒サブユニットとしても知られており、シグナル伝達および成長の制御に関わった転写因子の活性を調節する可能性がある。
【０４２２】
ＣＰＳ２１９は、クイエシンＱ６をコード化する、ＱＳＣＮ６に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５７６８を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２４と報告されている。その遺伝子によってコード化された生成物は、二つの長期持続遺伝子ファミリーのメンバーである、チオレドキシンおよびＥＲＶ１のドメインを含む。ＱＳＣＮ６遺伝子は、繊維芽細胞が増殖周期を出て、休止期に入り始める時に誘導され、ＱＳＣＮ６が成長調節に役割を果たしている可能性があることを示唆している。クイエシンＱ６は、チオレドキシンおよびＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅＥｒｖ１ｐに類似性を有する。
【０４２３】
ＣＰＳ２２０は、パーフォリン（孔形成タンパク質）をコード化する、ＰＲＦ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５５５１を有し、１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２２と報告されている。パーフォリン１は、細胞溶解性、チャネル形成タンパク質であり、ウィルス感染した宿主細胞および腫瘍細胞において役割を果たす可能性がある。ＣＰＳ２２０は、遺伝子の３'非翻訳領域に局在している。
【０４２４】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈は、ＣＰＳ２２１がＦＣＧＲ３Ｂに対応することを示唆している。ＦＣＧＲ３Ｂは、ＩｇＧのＦｃ断片、低親和性ＩＩＩｂ、（ＣＤ１６）に対する受容体をコード化する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２２１５を有し、染色体１ｑ２３に局在している。
【０４２５】
Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、ＣＰＳ２２１がまた、９７％以上同一な配列を有するＦＣＧＲ３Ａに整列する。ＦＣＧＲ３Ａは、ＩｇＧのＦｃ断片、低親和性ＩＩＩａ、（ＣＤ１６）に対する受容体をコード化する。ＦＣＧＲ３ＡはＬｏｃｕｓＩＤ：２２１４を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２２１ｑ２３と報告されている。ＦＣＧＲ３Ａ遺伝子産物は、タイプＩＩＩＦｃγ受容体である。それは、Ｔ細胞受容体複合体（ＣＤ３Ｚ）のζ鎖と関連し、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。ＦＣＧＲ３Ｂ遺伝子は、１番染色体上のＦＣＧＲ３Ａに３'局在している。
【０４２６】
ＣＰＳ２２２は、プロスタグランジン−エンドペルオキシドシンターゼ２（プロスタグランジンＧ／Ｈシンターゼおよびシクロオキシゲナーゼ）をコード化する、ＰＴＧＳ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５７４３を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ２５．２−ｑ２５．３と報告されている。プロスタグランジン−エンドペルオキシドシンターゼ（ＰＴＧＳ）はまた、シクロオキシゲナーゼとして知られており、プロスタグランジン生合成における重要な酵素であり、ジオキシゲナーゼとしておよびペルオキシダーゼとして作用する。ＰＴＧＳの二つのイソ酵素が存在する：構成性ＰＴＧＳ１および誘導性ＰＴＧＳ２。二つのアイソフォームは、発現および組織分布の調節において異なる。ＰＴＧＳ遺伝子は、マウス、ラット、羊、牛、馬およびウサギのＰＴＧＳ２タンパク質と８６−８９％同一なアミノ酸配列を示す、ＰＴＧＳ２タンパク質をコード化している。ヒトＰＴＧＳ２遺伝子は、限られた数の細胞型において発現され特定の刺激事象によって調節されると思われ、炎症および有糸分裂に関与するプロスタノイドの生合成をする働きを持つことを示唆している。ＰＴＧＳ２遺伝子の発現は、上皮性の腫瘍においては統制が解除されている可能性がある。ＰＴＧＳ２タンパク質は、血管新生および細胞分裂を調節し、炎症性プロスタグランジンの形成における速度制限工程を触媒する可能性がある。
【０４２７】
ＣＰＳ２２３は、オリゴフレニン１をコード化する、ＯＰＨＮ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４９８３を有し、Ｘ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｑ１２と報告されている。オリゴフレニン１は、少なくとも２５のエクソンを有し、Ｒｈｏ−ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質をコード化している可能性がある。Ｒｈｏタンパク質は、細胞分裂および細胞形態形成に影響を与える、細胞内シグナル伝達において重要な媒介物質である。ＯＰＨＮ１における変異は、非特異的Ｘ連鎖精神遅延の原因である可能性がある。配列番号：２１０（ＡＪ００１１８９）のヌクレオチド２９７１ないし３３６３は、染色体３ｐ２４．１に局在している推定上の遺伝子ＬＯＣ２００８６１のイントロン配列と８４％同一な配列を有する。
【０４２８】
ＣＰＳ２２４は、ビジニン様１をコード化する、ＶＳＮＬ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７４４７を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ２４．３と報告されている。ビジニン様タンパク質１は、カルシウムと結合する可能性がある。そのタンパク質はラットのＶｓｎｌ１に類似している。
【０４２９】
ＣＰＳ２２５は、鉄（ＩＩ）キレーターゼ（プロトポルフィリン症）をコード化する、ＦＥＣＨに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２２３５を有し、１８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１８ｑ２１．３と報告されている。鉄キレーターゼは、ミトコンドリアに局在し、ヘム合成経路において、鉄（ＩＩ）の形の鉄をプロトポルフィリンＩＸに挿入することを触媒する。鉄（ＩＩ）キレーターゼの欠損は、プロトポルフィリン症と関連している。ＣＰＳ２２５は、遺伝子の３'非翻訳領域に局在している。
【０４３０】
配列番号：２８２（Ｄ００７２６）９７％以上同一な配列を有するＦＥＣＨに整列し、ＦＥＣＨの発現レベルを検出するためのプローブの構築に用いられ得る。配列番号：２８２のヌクレオチド１６７ないし９１７２は、ＬＯＣ２０５４６７と８２−８４％同一な配列を有する。ＬＯＣ２０５４６７は、推定上の遺伝子であり、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ２２．１と報告されている。
【０４３１】
ＣＰＳ２２６は、ＫＩＡＡ０４８３タンパク質をコード化する、ＫＩＡＡ０４８３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２３２１９を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ４１と報告されている。ＣＰＳ２２７は、ヘキソキナーゼ３（白血球）をコード化する、ＨＫ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３１０１を有し、５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｑ３５．２と報告されている。ヘキソキナーゼは、グルコースをリン酸化してグルコース−６−リン酸を生成し、それによってグルコースは解糖系に送られる。ＨＫ３遺伝子は、ヘキソキナーゼ１および２に類似した、ヘキソキナーゼ３をコード化する。ヘキソキナーゼ３は、アロステリック酵素であり、その生成物のグルコース−６−リン酸によって抑制され得る。
【０４３２】
ＣＰＳ２２８は、膜貫通４ドメイン、サブファミリーＡ、メンバー３（造血細胞特異的）をコード化する、ＭＳ４Ａ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９３２を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１２−ｑ１３．１と報告されている。その遺伝子産物は、ＣＤ２０およびＦＣＥＲ１Ｂのβサブユニットと類似性が低い。それは、四つの予測される膜貫通ドメインを含み、シグナル伝達において役割を果たしている可能性がある。
【０４３３】
ＣＰＳ２２９は、小さい誘導性サイトカインサブファミリーＡ（Ｃｙｓ−Ｃｙｓ）、メンバー２０をコード化する、ＳＣＹＡ２０に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６３６４を有し、２染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ３３−ｑ３７と報告されている。その遺伝子産物サイトカインＡ２０（エクソダス）は、リンパ球の走化性因子であるが、単球の走化性因子ではない。
【０４３４】
ＣＰＳ２３０は、補体成分１、ｑ副補体成分、受容体１をコード化する、Ｃ１ＱＲ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２２９１８を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｐ１１．２１と報告されている。その遺伝子は、タイプ１膜タンパク質をコード化する。コード化したタンパク質は、補体成分Ｃ１ｑ、マンノース結合レクチンおよび肺表面活性タンパク質Ａに対する受容体として作用する。そのタンパク質は、貪食のリガンド媒介活性化に関与する機能性受容体である。それは、病原体および免疫複合体の貪食による破壊において役割を果たしている可能性がある。
【０４３５】
ＣＰＳ２３０は、９９％同一な配列を有する推定上の遺伝子ＬＯＣ２００４２１の近傍の染色体領域に整列する。ＬＯＣ２００４２１は、細胞遺伝学的位置は２ｐ１２と報告されている。
【０４３６】
ＣＰＳ２３１は、ＰＯＵドメイン、クラス１、転写因子１（Ｐｉｔ１、成長ホルモン因子１）をコード化する、ＰＯＵ１Ｆ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５４４９を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ１１と報告されている。その遺伝子産物はまた、ＰＯＵホメオドメイン転写因子１としても知られ、ＰＲＬ、ＧＨおよびＴＳＨ遺伝子を調節する可能性がある。
【０４３７】
ＣＰＳ２３２は、トランスケトラーゼ様１をコード化する、ＴＫＴＬ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８２７７を有し、Ｘ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｑ２８と報告されている。トランスケトラーゼ１は、ペントースリン酸経路におけるチアミンピロリン酸依存性酵素である。
【０４３８】
ＣＰＳ２３４は、サイクリンＴ２をコード化する、ＣＣＮＴ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９０５を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ１４．３と報告されている。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、高度に保存されたサイクリンファミリーに属し、そのメンバーは、細胞周期を通したタンパク質の存在量の動的な周期性によって特徴づけられる。サイクリンは、ＣＤＫキナーゼの調節因子として機能する。異なるサイクリンは、各々の細胞分裂事象の時間的協調に寄与する異なる発現および分解パターンを阻害する。サイクリンＴ２およびそのキナーゼパートナーＣＤＫ９は、転写延長因子ｐ−ＴＥＦｂのサブユニットにみられている。サイクリンＴ２を含むｐ−ＴＥＦｂ複合体は、ヒト免疫不全ウィルスタイプ１（ＨＩＶ−１）のＴａｔタンパク質と相互作用し、その負の調節因子として作用すると報告されている。異なるアイソフォームをコード化する、少なくとも二つの異なるスプライシングを受けた転写産物変異体が、記述されてきた。
【０４３９】
配列番号：２２０（ＡＦ０４８７３２）のヌクレオチド２６１ないし７２３は、１番染色体上の染色体領域と約８８％同一な配列を有する
【０４４０】
ＣＰＳ２３５は、ＡＴＰアーゼ、プロトン輸送、リソソーム５０／５７ｋＤＶ１サブユニットＨをコード化する、ＡＴＰ６Ｖ１Ｈに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５１６０６を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｐ２２−ｑ２２．３と報告されている。その遺伝子によってコード化されたポリペプチドはまた、ＣＧ１−１１タンパク質［ホモサピエンス］として知られている。ＡＴＰ６Ｖ１Ｈ遺伝子のイントロンは、ＲＧＳ２０遺伝子を含む。ＲＧＳ２０は、Ｇタンパク質シグナル２０の調節因子をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：８６０１を有する。
【０４４１】
ＣＰＳ２３６は、フィブロネクチン１をコード化する、ＦＮ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２３３５を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ３４と報告されている。フィブロネクチンは、細胞質中で可溶性二量体で、細胞表面および細胞外マトリックスで二量体または多量体で存在する糖タンパク質である。フィブロネクチンは、胚形成、傷の治癒、血液凝固、宿主防御および転移を含めた、細胞接着および分裂過程に関与している。ＦＮ１遺伝子は、異なるスプライシングを受ける三つの領域を有し、２０の異なる転写産物変異体を生成する可能性がある。
【０４４２】
ＣＰＳ２３７は、ＨＥＸＡのイントロンに局在するＵＮＫ＿Ｊ０４１７８に対応する。ＨＥＸＡは、ヘキソサミニダーゼＡ（αポリペプチド）をコード化する。ＨＥＸＡはＬｏｃｕｓＩＤ：３０７３を有し、１５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ２３−ｑ２４と報告されている。ヘキソサミニダーゼＡは、リソソーム酵素βヘキソサミニダーゼのαサブユニットであり、補因子ＧＭ２活性化タンパク質と共に、ガングリオシドＧＭ２、およびＮ−アセチルヘキソサミン末端を含む他の分子の分解を触媒する。βヘキソサミニダーゼは、二つのサブユニット、αおよびβからなり、別の遺伝子によってコード化される。βヘキソサミニダーゼαおよびβサブユニット遺伝子は、共にグリコシル加水分解酵素のファミリー２０のメンバーである。αまたはβサブユニット遺伝子における変異は、ニューロン中のＧＭ２ガングリオシドの蓄積、およびＧＭ２ガングリオシドーシスと呼ばれる神経変性疾患につながる可能性がある。αサブユニット遺伝子変異は、テイ−サックス病（ＧＭ２ガングリオシドーシスタイプ１）につながる可能性がある。ＣＰＳ２３７に整列する染色体領域は、ＨＥＸＡのイントロンに局在している。
【０４４３】
ＣＰＳ２３７はまた、Ｊ０４１７８によって支持される仮定の遺伝子であるＬＯＣ１４５７０９に整列する。ＬＯＣ１４５７０９は、細胞遺伝学的位置は１５ｑ２２．３２と報告されている。
【０４４４】
ＣＰＳ２３９は、核受容体サブファミリー２、グループＣ、メンバー１をコード化する、ＮＲ２Ｃ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７１８１を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ２１．３２−ｑ２１．３３と報告されている。その遺伝子産物は、異なるリガンド結合ドメインを有する多数のアイソフォーム中に存在し得る。
【０４４５】
ＣＰＳ２４０は、ＲＡＳ関連（ＲａｌＧＤＳ／ＡＦ−６）ドメインファミリー２をコード化する、ＲＡＳＳＦ２（ＫＩＡＡ０１６８）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９７７０を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｐｔｅｒ−ｐ１２．１と報告されている。この遺伝子産物の代わりの名前は、ＫＩＡＡ０１６８タンパク質である。
【０４４６】
ＣＰＳ２４１は、インターロイキン６（インターフェロン、β２）をコード化する、ＩＬ６に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３５６９を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｐ２１と報告されている。インターロイキン６（インターフェロン、β２）は、Ｂ細胞の成熟を誘導して、免疫グロブリン分泌細胞にする可能性がある。
【０４４７】
ＣＰＳ２４２は、ＫＩＡＡ０３７２遺伝子産物をコード化する、ＫＩＡＡ０７３２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９６５２を有し、５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｑ２１．１−ｑ２１．２と報告されている。
【０４４８】
ＣＰＳ２４３は、チトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＶＦ、ポリペプチド２をコード化する、ＣＹＰ４Ｆ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８５２９を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐｔｅｒ−ｐ１３．１１と報告されている。この遺伝子は、酵素のチトクロムＰ４５０スーパーファミリーのメンバーをコード化する。チトクロムＰ４５０タンパク質は、薬剤代謝およびコレステロール、ステロイドおよび他の脂質の合成に関与する多くの反応を触媒するモノオキシゲナーゼである。チトクロムＰ４５０タンパク質は、小胞体に局在している。それらは、炎症の強力な媒介物質であるロイコトリエンＢ４の不活化および分解の過程を開始させる可能性がある。ＣＹＰ４Ｆ２遺伝子は、１９番染色体上のチトクロムＰ４５０遺伝子クラスターの一部である。このファミリーの他のメンバー、ＣＹＰ４Ｆ１１は、およそ１６ｋｂ離れている。
【０４４９】
ＣＰＳ２４３はまた、約９７％同一な配列を有するＣＹＰ４Ｆ３に整列する。ＣＹＰ４Ｆ３は、チトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＶＦ、ポリペプチド３（ロイコトリエンＢ４ωヒドロキシラーゼ）をコード化する、ＣＹＰ４Ｆ３に対応する。それはＬｏｃｕｓＩＤ：４０５１を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．２と報告されている。ＣＹＰ４Ｆ３は、酵素のチトクロムＰ４５０スーパーファミリーのメンバーをコード化する。この遺伝子はまた、１９番染色体上のチトクロムＰ４５０遺伝子クラスターの一部である。このファミリーの他のメンバー、ＣＹＰ４Ｆ８は、およそ１８ｋｂ離れている。ＣＹＰ４Ｆ３遺伝子産物は、ロイコトリエンＢ４を、より活性の低い２０−ヒドロキシロイコトリエンＢ４に変換する可能性がある。
【０４５０】
Ｕ０２３８８（配列番号：２２８）のヌクレオチド２５３ないし１６３９中の様々な断片は、約８３−９３％同一な配列を有する様々な遺伝子に整列する。これらの遺伝子は、ＬＯＣ１２６５３８、ＬＯＣ１２６５３７、ＬＯＣ１２６４０７、ＣＹＰ４Ｆ１２およびＣＹＰ４Ｆ８を含む。ＬＯＣ１２６５３８およびＬＯＣ１２６５３７は、チトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＶＦ、ポリペプチド２（ロイコトリエンＢ４ωヒドロキシラーゼ）（ロイコトリエンＢ４ω２０−モノオキシゲナーゼ）に類似したタンパク質をコード化する。両遺伝子は、染色体１９ｐ１３．１２に局在している。ＬＯＣ１２６４０７は、チトクロムＰ４５０に類似したタンパク質をコード化し、１９番染色体上に局在している。ＣＹＰ４Ｆ１２は、チトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＶＦ、ポリペプチド１２をコード化する。ＣＹＰ４Ｆ１２は、ＬｏｃｕｓＩＤ：６６００２を有する。ＣＹＰ４Ｆ８は、チトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＶＦ、ポリペプチド８をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：１１２８３を有する。
【０４５１】
配列番号：２２８（Ｕ０２３８８）のヌクレオチド４４６ないし１４５７はまた、ＬＯＣ２２２２７５およびＣＹＰ４Ｆ１１のコード配列の間の染色体領域に整列する。ＬＯＣ２２２２７５は、ミトコンドリアＲＮＡポリメラーゼに類似したタンパク質をコード化し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．１２と報告されている。ＣＹＰ４Ｆ１１は、チトクロムＰ４５０、サブファミリーＩＶＦ、ポリペプチド１１をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：５７８３４を有する。ＣＹＰ４Ｆ１１は、細胞遺伝学的位置が１９ｑ１３．１と報告されている。
【０４５２】
ＣＰＳ２４４は、ストレス誘導リンタンパク質１（Ｈｓｐ７０／Ｈｓｐ９０−構成タンパク質）をコード化する、ＳＴＩＰ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０９６３を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１３と報告されている。
【０４５３】
配列番号：２２９（Ｍ８６７５２）のヌクレオチド１ないし１０８６は、ＳＴＩＰ１と１００％同一な配列を有する。ＳＴＩＰ１は、ストレス誘導リンタンパク質１（Ｈｓｐ７０／Ｈｓｐ９０−構成タンパク質）をコード化する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０９６３を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１３と報告されている。その遺伝子産物は、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ  Ｓｔｉ１ｐに類似しており、ＴＰＲ反復配列を有する。Ｍ８６７５２のヌクレオチド１ないし１０８６およびＳＴＩＰ１の間の配列は、推定上の遺伝子ＬＲＰ１６のイントロンに局在している。ＬＲＰ１６は、ＬＲＰタンパク質をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２８９９２を有する。ＬＲＰ１６は、細胞遺伝学的位置が１１ｑ１１と報告されている。ＬＲＰ１６遺伝子産物は、Ｈ２Ａヒストンファミリーにあまり類似していない領域を含んでいる。
【０４５４】
配列番号：２２９のヌクレオチド６９ないし１０８６は、ＮＡＡＬＡＤＡＳＥＬおよびＬＯＣ２２０４８９のコード配列の間の染色体領域と９９％以上同一な配列を有する。ＮＡＡＬＡＤＡＳＥＬは、Ｎ−アセチル化α結合酸性ジペプチダーゼ様（ＩＬＥＡＬ  ＤＩＰＥＰＴＩＤＹＬＥＰＴＩＤＡＳＥ）をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：１０００４を有する。ＬＯＣ２２０４８９は、ストレス誘導リンタンパク質１に類似したタンパク質をコード化する。１
【０４５５】
その上、ＣＰＳ２４４は、ＬＯＣ１７００３０および８５−９３％同一な配列を有するＬＯＣ１２１３９２の近傍の領域に配列する。ＬＯＣ１７００３０は、形質転換感受性タンパク質ＩＥＦＳＳＰ３５２１（ヒト）に類似したタンパク質をコード化する。それは、染色体Ｘｑ２１．１に局在している。ＬＯＣ１２１３９２は、ケラチン複合体２、遺伝子６ｇに類似したタンパク質をコード化する。それは、染色体１２ｑ１２に局在している。
【０４５６】
ＣＰＳ２４５は、セリン（またはシステイン）プロテイナーゼ阻害剤、クレードＨ（ヒートショックタンパク質４７）、メンバー２をコード化する、ＳＥＲＰＩＮＨ２（ＣＢＰ２）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８７２を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１３．５と報告されている。その遺伝子産物はまた、コラーゲン結合タンパク質２またはコリゲン２として知られている。コラーゲン結合タンパク質は、ヒートショックタンパク質として作用する。
【０４５７】
ＣＰＳ２４５はまた、約９１％同一な配列を有するＬＯＣ１５８１７２に整列する。ＬＯＣ１５８１７２は、コラーゲン結合タンパク質２前駆体（コリジン２）（関節リウマチ関連抗原ＲＡ−Ａ４７）に類似したタンパク質好中球細胞質ゾル因子１（４７ｋＤ、慢性肉芽腫症をコード化する。ＬＯＣ１５８１７２は、染色体９ｑ１１．２に局在している。
【０４５８】
ＣＰＳ２４７は、好中球細胞質ゾル因子１（４７ｋＤ、慢性肉芽腫症、１番常染色体）をコード化する、ＮＣＦ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４６８７を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｑ１１．２３と報告されている。ＮＣＦ１は、好中球細胞質ゾル因子１、好中球中にみられるＮＡＤＰＨオキシダーゼとして知られる多数のタンパク質複合体の４７キロダルトン細胞質ゾルサブユニットをコード化する。このオキシダーゼは、好中球食細胞の内腔に輸送される多量のスーパーオキシドを生成する。ＮＣＦ１における変異は、他のＮＡＤＰＨオキシダーゼサブユニットと同様に、慢性肉芽腫症につながる可能性がある。
【０４５９】
ＣＰＳ２４７はまた、９５％以上同一な配列を有するＬＯＣ２２０８３０に整列する。ＬＯＣ２２０８３０は、好中球細胞質ゾル因子１（４７ｋＤ、慢性肉芽腫症、１番常染色体）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ２２０８３０は、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｐ１３と報告されている。
【０４６０】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈は、ＣＰＳ２４８がＣＨＮ２に対応することを示唆している。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、ＣＰＳ２４８がまた９９％同一な配列を有するＬＯＣ２２２１７２の３'非翻訳領域に整列することを示している。ＬＯＣ２２２１７２は、βキマエリン（βキメリン）をコード化する。その遺伝子は７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｐ２１．１−ｐ１５．３と報告されている。
【０４６１】
配列番号：２８４（Ｕ０７２２３）のヌクレオチド４５６ないし２４４６は、９７％以上同一の配列を有するＬＯＣ２２２１７２に整列する。配列番号：２８４（Ｕ０７２２３）のヌクレオチド４ないし４７３は、ＧＦＡＰと９７％同一の配列を有する。ＧＦＡＰは、グリア線維酸性タンパク質をコード化する。それはＬｏｃｕｓＩＤ：２６７０を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２１と報告されている。グリア線維酸性タンパク質は、中間フィラメントタンパク質である。
【０４６２】
ＣＰＳ２４９は、ｖ−ａｂｌエイベルソンネズミ白血病ウィルスオンコジーン類似物をコード化する、ＡＢＬ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２５を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｑ３４．１と報告されている。ＡＢＬ１プロトオンコジーンは、細胞分化、細胞分裂、細胞接着およびストレス反応の過程に含まれる、細胞質および核タンパク質チロシンキナーゼをコード化する。ＡＢＬ１タンパク質の活性化は、ＳＨ３ドメインによって負の調節を受け、ＳＨ３ドメインの検出は、ＡＢＬ１をオンコジーンに変える。ｔ（９：２２）転座は、ＢＣＲ（ＭＩＭ：１５１４１０）、慢性骨髄性白血病の多くの症例において存在するＡＢＬ１遺伝子の頭−尾融合を生じる。至る所に発現しているＡＢＬ１チロシンキナーゼのＤＮＡ結合活性は、ＣＤＣ２媒介リン酸化によって調節され、ＡＢＬ１に対する細胞周期機能を示唆している。ＡＢＬ１遺伝子は、共通エキソン２−１１にスプライスされる別途にスプライスされた第１エキソンを有する、６ｋｂまたは７ｋｂのｍＲＮＡ転写産物として発現する。
【０４６３】
ＣＰＳ２５０は、フロチリン１をコード化する、ＦＬＯＴ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０２１１を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２１．３と報告されている。カベオラは、小胞のトラフィッキングおよびシグナル伝達に関与する細胞内膜上の小さなドメインである。ＦＬＯＴ１は、カベオラ関連、膜貫通タンパク質をコード化する。フロチリン１の機能は、決定されていない。フロチリン１は、ネズミのフロチリン（Ｍｎ．２９３１）に類似している。
【０４６４】
ＣＰＳ２５０はまた、約９１％同一な配列を有するＬＯＣ２０３０１１のイントロン配列に整列する。ＬＯＣ２０３０１１は、染色体８ｑ２３．３に局在している。
【０４６５】
ＣＰＳ２５１は、ＲＥＶ−３様、ＤＮＡポリメラーゼζ（酵母菌）の触媒活性サブユニットをコード化する、ＲＥＶ３Ｌに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５９８０を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２１と報告されている。ＤＮＡポリメラーゼζの触媒活性サブユニットは、翻訳複製において作用し、突然変異の誘発に関与している可能性がある。
【０４６６】
Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈では、ＣＰＳ２５２が、ムチン３、腸管をコード化する、ＭＵＣ３に対応することを示唆している。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４５８４を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｑ２２と報告されている。
【０４６７】
ＣＰＳ２５３は、ＳＷＩ／ＳＮＦ関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存性調節因子、サブファミリーａ、メンバー４をコード化する、ＳＭＡＲＣＡ４に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６５９７を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．２と報告されている。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、タンパク質のＳＷＩ／ＳＮＦファミリーのメンバーであり、キイロショウジョウバエのブラーマタンパク質に類似している。このファミリーのメンバーは、ヘリカーゼ活性およびＡＴＰアーゼ活性を有し、それらの遺伝子の周囲のクロマチン構造を変化させることによって、ある種の遺伝子の転写を調節すると考えられている。コード化したタンパク質は、遺伝子の転写活性化がクロマチンによって通常は抑制されていることを必要とする、大きいＡＴＰ依存性クロマチンリモデリング複合体ＳＮＦ／ＳＷＩの一部である。それに加えて、コード化したタンパク質は、発癌性タンパク質ＣＤ４４の発現を抑制すると共に、ＢＲＣＡ１に結合し得る。異なるスプライシングを受けた転写産物は、この遺伝子についてみられる。
【０４６８】
配列番号：２３８（Ｕ２９１７５）のヌクレオチド２０６３ないし２０９４は、ヒトゲノム中の様々な領域と１００％同一な配列を有する。これらの領域には、染色体のＸｐ２２．３１に局在するＬＯＣ２０３５１１、および１番染色体上のＬＯＣ２００１６４近傍の染色体領域を含む。
【０４６９】
ＣＰＳ２５４は、ＡＦ０３５３１４によって支持される仮定の遺伝子をコード化する、ＬＯＣ９２６８４に対応する。その遺伝子は２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｐ１１．２１と報告されている。ＣＰＳ２５４およびＬＯＣ９２６８４の間の配列は、Ｃ２０ｏｒｆ１９のイントロンに局在する。Ｃ２０ｏｒｆ１９は、１２番染色体の読み取り枠１９を指す。それはＬｏｃｕｓＩＤ：５５８５７を有し、細胞遺伝学的位置は２０ｐｔｅｒ−ｑ１１．２３と報告されている。
【０４７０】
ＣＰＳ２５５は、真核細胞の翻訳伸長因子１α２をコード化する、ＥＥＦ１Ａ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１９１７を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｑ１３．３と報告されている。その遺伝子産物は、グアニンヌクレオチド結合部位を有し、ペプチド合成の間に、アミノアシル−ｔＲＮＡをリボソームに結合することに含まれ得る。
【０４７１】
ＣＰＳ２５６は、亜鉛フィンガータンパク質３６、Ｃ３Ｈタイプ様２をコード化する、ＢＲＦ２（ＺＦＰ３６Ｌ２）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６７８を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ２２．３−ｐ２１と報告されている。この遺伝子は、早期反応遺伝子のＴＩＳ１１ファミリーのメンバーである。ファミリーのメンバーは、ホルボールエステルＴＰＡおよびポリペプチド分裂促進物質ＥＧＦのような様々なアゴニストによって誘導される。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、シスヒスモチーフの反復を有する顕著な推定上の亜鉛フィンガードメインを含む。コード化したタンパク質は、推定上の核転写因子であり、成長因子に対する反応を調節する上で機能する可能性がある。ＣＰＳ２５６およびＢＲＦ２の間の配列は、ＬＯＣ１５１１０３およびＬＯＣ１６５２０４と一部重複する。
【０４７２】
配列番号：２８６のヌクレオチド３８６２ないし４１８７および４２３８ないし４９０７は、ＬＯＣ１４３９７４の近傍の染色体領域に８４−８６％同一な配列を有する。ＬＯＣ１４３９７４は、染色体１１ｐ１４．１に局在している。配列番号：２８６のヌクレオチド５００４ないし５４９７は、８２％同一な配列を有するＫＩＡＡ１３０１のイントロン配列に整列する。ＫＩＡＡ１３０１は、ＫＩＡＡ１３０１タンパク質をコード化し、染色体２ｑ３３．１に局在している。
【０４７３】
ＣＰＳ２５７は、小さい核のリボ核タンパク質ポリペプチドＧをコード化する、ＳＮＲＰＧに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６６３７を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ１２と報告されている。その遺伝子産物はまた、スプライソソームｓｎＲＮＡ関連Ｓｍ核タンパク質Ｇとしても知られ、ｓｎＲＮＰの生合成に関与している可能性がある。
【０４７４】
ＣＰＳ２５７、またはその断片は、約９５−９６％同一な配列を有する様々な領域または遺伝子に整列する。これらの領域または遺伝子には、ＬＯＣ１６２６８１およびＬＯＣ１２５３０７の間の染色体領域、ＲＧＳ１９ＩＰ１のイントロン配列、ＦＬＪ１０７４８のイントロン配列、ＳＫＤ３の近傍の染色体領域、ＰＯＬＥ２およびＯＰＴＮのイントロン配列を含む。ＬＯＣ１６２６８１およびＬＯＣ１２５３０７は共に、細胞遺伝学的位置は１８ｑ２１．２と報告されている。ＲＧＳ１９ＩＰ１は、Ｇタンパク質シグナル相互作用タンパク質１の調節因子をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：１０７５５を有する。ＲＧＳ１９ＩＰ１は、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｐ１３．１と報告されている。ＦＬＪ１０７４８は、仮定のタンパク質ＦＬＪ１０７４８をコード化し、染色体１ｑ３１．２に局在していると報告されている。ＳＫＤ３は、カリウム輸送体欠損３の抑制物質をコード化する。それはＬｏｃｕｓＩＤ：８１５７０を有し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１３．３と報告されている。ＰＯＬＥ２は、ポリメラーゼ（ＤＮＡ依存性）、ε２（ｐ５９サブユニット）をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：５４２７を有する。それは、染色体の１４ｑ２１−ｑ２２に局在している。ＯＰＴＮは、オプティノーリンをコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：１０１３３を有する。ＯＰＴＮは、染色体の１０ｐ１２．３３に局在している。
【０４７５】
それに加えて、ＣＰＳ２５７の断片は、約８５−９２％同一な配列を有する様々な領域または遺伝子に整列する。これらの領域または遺伝子には、ＬＯＣ１６４９１７の近傍の染色体領域、ＡＢＣＡ５に５'局在した領域、ＫＩＡＡ１１７０のイントロン配列およびそれぞれＳＰＧ３Ａ、ＬＯＣ２０１２０３、ＬＯＣ２０５３２２、ＬＯＣ２０３７７５およびＥＲＧの近傍の染色体領域を含む。ＬＯＣ１６４９１７は、染色体の２ｑ１２．２に局在している。ＡＢＣＡ５は、ＡＴＰ結合カセット、サブファミリーＡ（ＡＢＣ１）、メンバー５をコード化する。ＡＢＣＡ５はＬｏｃｕｓＩＤ：２３４６１を有し、染色体１７ｑ２４．３に局在している。ＫＩＡＡ１１７０はＫＩＡＡ１１７０タンパク質をコード化し、染色体７ｑ３１．１に局在している。ＳＰＧ３Ａは、強直性対麻痺３Ａ（常染色体優性）をコード化する。ＳＰＧ３ＡはＬｏｃｕｓＩＤ：５１０６２を有し、染色体１４ｑ２１．３に局在している。ＬＯＣ２０１２０３、ＬＯＣ２０５３２２、ＬＯＣ２０３７７５およびＥＲＧは、それぞれ染色体の１７ｑ２２、２ｐ２３．３、１０ｑ２６．２および２１ｑ２２．３に局在している。ＬＯＣ２０３７７５は、高運動性グループタンパク質４（ＨＭＧ−４）（高運動性グループタンパク質２ａ）（ＨＭＧ−２ａ）に類似したタンパク質をコード化する。ＥＲＧは、ｖ−ｅｔｓ赤芽球ウィルスＥ２６オンコジーン様（鳥類）をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２０７８を有する。
【０４７６】
ＣＰＳ２５８は、核分裂機構タンパク質をコード化する、ＮＵＭＡ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４２９６を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１３と報告されている。その遺伝子産物は、核の構造成分である。それは、予測された超螺旋ドメインを含み、分裂後期における核の再構成に役割を果たすと予測される。
【０４７７】
ＣＰＳ２５９は、アルド−ケト還元酵素ファミリー１、メンバーＢ１（アルドース還元酵素）をコード化する、ＡＫＲ１Ｂ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２３１を有し、７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は７ｐ３５と報告されている。その遺伝子産物はまた、アルド−ケト還元酵素１Ｂ１（アルドース還元酵素、アルデヒド脱水素酵素）としても知られている。それはグルコースおよび他のカルボニル基を含む基質を還元し得る。その遺伝子産物は、ＮＡＤＰＨ依存性アルド−ケト還元酵素スーパーファミリーのメンバーである。
【０４７８】
配列番号：２８９は、約８３−９２％同一な配列を有する他の遺伝子または領域に整列する。これらの遺伝子または領域には、ＬＯＣ１２６２４２、ＬＯＣ１６３８６２、ＬＯＣ１３１７１０、ＬＯＣ１４５４０１、ＬＯＣ１７０１３９、ＬＯＣ１２５８３６およびＬＯＣ２２００８２の近傍の領域を含む。ＬＯＣ１２６２４２は、アルドース還元酵素（ＡＲ）（アルデヒド還元酵素）に類似したタンパク質をコード化し、染色体１９ｑ１３．１２に局在している。ＬＯＣ１６３８６２はまた、アルドース還元酵素に類似したタンパク質をコード化している。それは染色体１ｑ４１に局在している。ＬＯＣ１３１７１０およびＬＯＣ１２５８３６は、アルドース還元酵素（Ｅ．Ｃ．１．１．１．２１）（ＮＡＤＰ＋およびクエン酸と複合体を形成した、ヒスチジンによって置き換えられたチロシンを有する変異）に類似したタンパク質をコード化し、それぞれ染色体３ｑ１３および１８ｐ１１．２１に局在している。ＬＯＣ１４５４０１は、アルド−ケト還元酵素ファミリー１、メンバーＢ１（アルドース還元酵素）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１４５４０１は、染色体の１４ｑ２２．３に局在している。ＬＯＣ１７０１３９は染色体のＸｑ２３に局在しており、アルドース還元酵素（ＡＲ）（アルデヒド還元酵素）に類似したタンパク質をコード化している。ＬＯＣ２２００８２は、染色体の１３ｑ１４．１１に局在している。
【０４７９】
ＣＰＳ２６０は、ＳＷＩ／ＳＮＦ関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存性調節因子、スーパーファミリーｅ、メンバー１をコード化する、ＳＭＡＲＣＥ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６６０５を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２１．１と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、遺伝子の転写活性化がクロマチンによって通常は抑制されていることを必要とする、大きいＡＴＰ依存性クロマチンリモデリング複合体ＳＮＦ／ＳＷＩの一部である。コード化したタンパク質は、単独でまたはＳＷＩ／ＳＮＦ複合体中において、４方向結合ＤＮＡに結合することができ、ヌクレオソームに入ったり、出たりするように、ＤＮＡの位相を模倣すると考えられている。コード化したタンパク質は、ＤＮＡ結合ＨＭＧドメインを含むが、このドメインの破壊は、ＳＷＩ／ＳＮＦ複合体のＤＮＡ結合またはヌクレオソーム置換活性を失わせない。ＳＮＦ／ＳＷＩ複合体は、核マトリックスと結合し、クロマチン構造に作用することによる転写の調節に含まれる。
【０４８０】
配列番号：２９０は、９８％以上同一な配列を有するＳＭＡＲＣＥ１に整列し、それゆえにＳＭＡＲＣＥ１に対するプローブを調製するために用いられ得る。配列番号：２９０（ＡＦ０３５２６２）のヌクレオチド１０ないし１３７７はまた、ＬＯＣ１６０８６３、ＬＯＣ１４５３５７およびＬＯＣ１３４６９９と、約９０−９４％同一な配列を示す。これら三つ全ての推定上の遺伝子は、ＳＷＩ／ＳＮＦ関連、マトリックス関連、クロマチンのアクチン依存性調節因子、サブファミリーｅ、メンバー１に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１６０８６３、ＬＯＣ１４５３５７およびＬＯＣ１３４６９９は、それぞれ、染色体の１３ｑ１４．１１、１４ｑ１１．１および６ｑ１６．１に局在している。
【０４８１】
ＣＰＳ２６１は、ＫＩＡＡ０６６９遺伝子産物をコード化する、ＫＩＡＡ０６６９に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９８１９を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｑ２５．１と報告されている。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘの注釈は、ＣＰＳ２６２はＭＬＬセプチン様融合をコード化する、ＭＳＦに対応することを示している。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０８０１を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２５と報告されている。
【０４８２】
配列番号：２９２は、９９％以上同一な配列を有する１７番染色体上の染色体領域に整列する。その領域は、ＬＯＣ２０４５０８、ＦＬＪ１２１９０、ＬＯＣ２０４５１２およびＬＯＣ１９７４５３を含む。これら全ての遺伝子は、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２５．３と報告されている。ＦＬＪ１２１９０は、ＬｏｃｕｓＩＤ：８０１４１を有する。ＬＯＣ１９７４５３は、仮定の遺伝子ＳＢＢ１２３に類似したタンパク質をコード化する。
【０４８３】
ＣＰＳ２６３は、プロサイモシン、α（遺伝子配列２８）をコード化する、ＰＴＭＡに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５７５７を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ３５−ｑ３６と報告されている。プロサイモシンαは、細胞増殖と関連している。
【０４８４】
配列番号２９３のヌクレオチド４３ないし１２００はまた、９８％同一な配列を有するＬＯＣ２２０７７１に整列する。ＬＯＣ２２０７７１は、プロサイモシンαをコード化し、染色体の５ｑ２３．２に局在していると報告されている。それに加えて、ＣＰＳ２６３またはその断片は、ＬＯＣ１４５１２３、ＬＯＣ２２０５０８、ＰＺＰおよびＤＤＸ１２の間の染色体領域、および９４−９５％同一な配列を有するＴＲＩＰ１１のイントロン配列に整列する。ＬＯＣ１４５１２３は、染色体の１３ｑ２２．３に局在している。ＬＯＣ２２０５０８は、プロサイモシンαをコード化し、染色体の１２ｑ１２．３に局在している。ＰＺＰは、妊娠領域タンパク質をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：５８５８を有する。それは、染色体の１２ｐ１３−ｐ１２．２に局在している。ＤＤＸ１２は、ＤＥＡＤ／Ｈ（Ａｓｐ−Ｇｌｕ−Ａｌａ−Ａｓｐ／Ｈｉｓ）ボックスポリペプチド１２（ＣＨＬ１様ヘリカーゼ類似物、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：１６６４を有する。ＤＤＸ１２は、染色体の１２ｐ１３に局在している。ＴＲＩＰ１１は、甲状腺ホルモン受容体相互作用物質１１をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：９３２１を有する。ＴＲＩＰ１１は、染色体の１４ｑ３１−ｑ３２に局在している。ＣＰＳ２６３またはその断片はまた、９０−９５％同一な配列を有するヒトゲノム中の他の領域に整列する。
【０４８５】
ＣＰＳ２６４は、ＫＩＡＡ０４１０遺伝子産物をコード化する、ＫＩＡＡ０４１０に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９８１８を有し、１３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１３ｑ１２．１２と報告されている。
【０４８６】
ＣＰＳ２６５は、プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）２６２サブユニット、非ＡＴＰアーゼ、３をコード化する、ＰＳＭＤ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５７０９を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ１２と報告されている。
【０４８７】
ＣＰＳ２６６は、補体成分１、ｑ副成分結合タンパク質をコード化する、Ｃ１ＱＢＰに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７０８を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ１３．３と報告されている。ヒト補体副成分Ｃ１ｑは、Ｃ１ｒおよびＣ１ｓと結合して、血清補体系の最初の成分を生成する。Ｃ１ＱＢＰ遺伝子によってコード化されるタンパク質は、Ｃ１ｑ分子の球形の頭部に結合し、Ｃ１活性化を阻害することが知られている。このタンパク質はまた、ヒアルロン酸結合タンパク質と同様に、プレｍＲＮＡスプライシング因子ＳＦ２のｐ３２サブユニットとして同定された。
【０４８８】
配列番号：２９６のヌクレオチド５８ないし１０７１および１０７ないし１０３７は、Ｃ１ＱＢＰＰ、および７９−８４％同一な配列を有するＲＹＲ３のイントロン配列に整列する。Ｃ１ＱＢＰＰは、補体成分１、ｑ副成分結合タンパク質、偽遺伝子をコード化する。それはＬｏｃｕｓＩＤ：５４０９８を有し、染色体２１ｑ２１．１に局在している。ＲＹＲ３は、リアノジン受容体３をコード化している。ＲＹＲ３はＬｏｃｕｓＩＤ：６２６３を有し、染色体の１５ｑ１４−ｑ１５に局在している。
【０４８９】
それに加えて、配列番号：２９６のヌクレオチド１０７０ないし１２２７は、１００％同一な配列を有するＬＯＣ２２１９０３に整列する。ＬＯＣ２２１９０３は、ＡＦ０００９７４、ＢＣ００４９９９、ＡＦ０００９７４、ＢＣ０２１５４０、ＢＣ００４２４９、ＡＪ００１９０２、ＡＦ０２５４３７、Ｌ４０３７４、ＢＣ００４９９９、ＡＦ０２５４３７、ＡＫ０５６７７３、ＢＣ００２６８０、ＡＫ０５６７７３、ＢＣ００４９９９およびＢＣ００２６８０によって支持される仮定の遺伝子である。その遺伝子は、染色体７ｑ１１．１に局在している。
【０４９０】
ＣＰＳ２６７は、酸化ストレス反応性１をコード化する、ＯＳＲ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９９４３を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ２２−ｐ２１．３と報告されている。酸化ストレス反応性１遺伝子は、少なくとも１８エクソンを有し、三つの他の遺伝子−ＧＯＬＧＡ４、ＩＴＧＡ９およびＨＹＡ２２の近傍に局在している。これら四つの遺伝子は、腫瘍抑制遺伝子の候補であると考えられている。酸化ストレス反応性１タンパク質は、ヒトＳｔｅ２０／酸化ストレス反応性キナーゼ１に類似しており、酸化ストレスに対する反応性に関与していると考えられている。酸化ストレス反応性１タンパク質は、ＳＯＫ（Ｓｔｅ２０／酸化ストレス反応性キナーゼ）ファミリーのメンバーと推定され、酸化ストレスによって活性化され得る。
【０４９１】
ＣＰＳ２６８は、ＣＤ４４抗原（ホーミング機能およびインド血液型系）をコード化する、ＣＤ４４に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９６０を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｐ１３と報告されている。
【０４９２】
ＣＰＳ２６９は、デスドメインを有する調節部を含むＣＡＳＰ２およびＲＩＰＫ１ドメインをコード化する、ＣＲＡＤＤに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８７３８を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ２１．３３−ｑ２３．１と報告されている。その遺伝子産物は、アポトーシス調節分子であり、ＣＡＳＰ２をタンパク質ＲＩＰと相互作用するＦａｓＬ／ＴＮＦ受容体に結合させるように機能する可能性がある。
【０４９３】
ＣＰＳ２７０は、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）受容体様２をコード化する、ＣＣＲＬに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９０３４を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ２１と報告されている。この遺伝子は、７回膜貫通タンパク質であり、ＣＣＲ１に最も密接に結合していると予測される、ケモカイン受容体様タンパク質をコード化する。ケモカインおよびその受容体は、炎症部位にエフェクター免疫細胞を補充するために重要であると考えられている。ＣＣＲＬ２遺伝子は、最初の好中球および最初の単球において高いレベルで発現しており、好中球活性化の時におよび単球からマクロファージへの分化の間にさらにアップレギュレーションされる。ＣＣＲＬ２遺伝子は、ケモカイン受容体遺伝子クラスターが局在している領域に位置づけられる。その遺伝子産物は、Ｇタンパク質結合受容体ファミリーのメンバーである。
【０４９４】
ＣＰＳ２７１は、チオエステラーゼ脂肪関連をコード化する、ＫＩＡＡ０７０７（ＴＨＥＡ）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２６０２７を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ３２．２と報告されている。
【０４９５】
ＣＰＳ２７２は、三部分モチーフ含有３３ををコード化する、ＫＩＡＡ１１１３（ＴＲＩＭ３３）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５１５９２を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｐ１３．１と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、転写共抑制因子と考えられている。コード化したタンパク質は、三部分モチーフファミリーのメンバーである。三部分モチーフは、三つの亜鉛結合ドメイン、ＲＩＮＧ、Ｂボックスタイプ１およびＢボックスタイプ２、および超螺旋領域を含む。少なくとも三つの異なるスプライシングを受けた、この遺伝子についての転写産物変異体が記述されている。
【０４９６】
ＣＰＳ２７３は、２１番染色体上の染色体領域に対応する。この領域は、ＵＮＫ＿ＡＬ０５０１１９と呼ばれる。その領域は、膜貫通タンパク質１をコード化するＴＭＥＭ１のイントロン中に局在している。ＴＭＥＭ１はＬｏｃｕｓＩＤ：７１０９を有し、細胞遺伝学的位置は２１ｑ２２．３と報告されている。ＴＭＥＭ１遺伝子産物は、ナトリウムチャネルタンパク質に類似している。
【０４９７】
ＣＰＳ２７４は、ＡＦ０５２１１５によって支持される仮定の遺伝子である、ＵＮＫ＿ＡＦ０５２１１５（ＬＯＣ１５１４０５）に対応する。その遺伝子は、細胞遺伝学的位置は２ｑ３３．３と報告されている。ＬＯＣ１５１４０５遺伝子は、ディスインテグリンおよび金属タンパク質分解酵素ドメイン２３をコード化する、ＡＤＡＭ２３のポリペプチドコード配列に３'局在している。ＡＤＡＭ２３はＬｏｃｕｓＩＤ：８７４５を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ３３と報告されている。ＡＤＡＭ２３遺伝子産物は、ＡＤＡＭタンパク質ファミリーのメンバーである。このファミリーのメンバーは、構造的にヘビ毒ディスインテグリンに関連した膜に集まったタンパク質であり、受精、筋発達および神経発生を含めた、細胞−細胞および細胞−マトリックス相互作用を伴う様々な生物学的過程に含まれた。
【０４９８】
ＣＰＳ２７５は、小眼球症関連転写因子をコード化する、ＭＩＴＦに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４２８６を有し、３番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は３ｐ１４．１−ｐ１２．３と報告されている。ＭＩＴＦ遺伝子産物は、塩基性らせん−ループ−らせんおよびロイシンジッパー構造的特徴を共に含む。ＭＩＴＦは、少なくとも二つの異なる転写産物：メラニン細胞においてのみ発現したＭ−アイソフォーム、および広い範囲の発現を有するＡ−アイソフォームを生成する。ＭＩＴＦにおける変異は、ワーデンブルヒ症候群につながる可能性がある。
【０４９９】
ＣＰＳ２７６は、シグナル変換および転写活性化因子３（急性期反応因子）をコード化する、ＳＴＡＴ３に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６７７４を有し、１７番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１７ｑ２１と報告されている。
【０５００】
この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、ＳＴＡＴタンパク質ファミリーのメンバーである。サイトカインおよび成長因子に反応して、ＳＴＡＴファミリーメンバーは、受容体結合キナーゼによってリン酸化され、その後転写活性化因子として作用する細胞の核に転位させるホモまたはヘテロ二量体を形成する。ＳＴＡＴ３遺伝子によってコード化されたタンパク質は、ＩＦＮｓ、ＥＧＦ、ＩＬ５、ＩＬ６、ＨＧＦ、ＬＩＦおよびＢＭＰ２を含めた、様々なサイトカインおよび成長因子に反応したリン酸化を介して活性化され得る。コード化したタンパク質は、細胞刺激に反応した様々な遺伝子の発現を媒介し、それによって細胞成長およびアポトーシスのような多くの細胞過程において役割を果たし得る。小さなＧＴＰアーゼＲａｃ１は、結合してこのタンパク質の活性を調節することが示された。ＰＩＡＳ３タンパク質は、このタンパク質の特異的阻害剤である。異なるアイソフォームをコード化する、二つの異なるスプライシングを受けた転写産物変異体が記述された。
【０５０１】
それに加えて、配列番号：３１５（Ｌ２９２７７）のヌクレオチド１６ないし２７８７は、ＳＴＡＴ３と少なくとも９５％同一な配列を有する。それゆえに、配列番号：３１５（Ｌ２９２７７）またはその相補体は、ＳＴＡＴ３の発現を検出するためのプローブ／プライマーを構築するために用いられ得る。配列番号：３１５（Ｌ２９２７７）のヌクレオチド２１７ないし１５０２は、ＬＯＣ２５４１１４と少なくとも９８％同一な配列を有する。ＬＯＣ２５４１１４は、シグナル変換に類似したタンパク質、および転写活性化因子３（急性期反応因子）をコード化する。ＬＯＣ２５４１１４は、１７番染色体上に局在している。
【０５０２】
ＣＰＳ２７７は、腫瘍タンパク質Ｄ５２様２をコード化する、ＴＰＤ５２Ｌ２に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７１６５を有し、２０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２０ｑ１３．２−ｑ１３．３と報告されている。その遺伝子産物は、Ｄ５２様タンパク質のファミリーのメンバーであり、細胞増殖を制御する役割を果たす可能性がある。その遺伝子産物は、超螺旋ドメインを含む。
【０５０３】
ＣＰＳ２７８は、（ＵＮＫ＿ＡＩ７３２８８５と呼ばれる）染色体領域に対応する。その染色体領域は、ＢＣＲＡ２領域由来の仮定のタンパク質をコード化するＣＧ００５のイントロンに局在している。ＣＧ００５遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１０４４３を有し、細胞遺伝学的位置は１３ｑ１２−ｑ１３と報告されている。ＣＧ００５遺伝子産物は、ラットの２'，３'―環状ヌクレオチド３'ホスホジエステラーゼ（Ｒｎ．３１７６２）の領域にあまり類似性のない領域を含む。
【０５０４】
ＣＰＳ２７９は、分裂促進活性化タンパク質キナーゼキナーゼキナーゼ８をコード化する、ＭＡＰ３Ｋ８に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１３２６を有し、１０番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１０ｐ１１．２と報告されている。この遺伝子は、細胞中のオンコジーン形質転換活性によって同定された。コード化したタンパク質は、セリン／トレオニンタンパク質キナーゼファミリーのメンバーである。このキナーゼは、ＭＡＰキナーゼおよびＪＮＫキナーゼ経路両方を活性化し得る。このキナーゼはまた、ＩカッパーＢキナーゼを活性化し、それによってＮＦカッパーＢの核での生成を誘導し得る。このキナーゼはまた、Ｔリンパ球活性化の間、ＴＮＦαおよびＩＬ２の生成を促進することが判明した。ラットにおける類似した遺伝子の研究は、ＮＦカッパーＢ１、ｐ１０５（ＮＦＫＢ１）のタンパク質分解における、このキナーゼの直接的な関与を示唆した。ＭＡＰ３Ｋ８遺伝子はまた、下流の枠組み内翻訳開始コドンを利用し、それによって短いＮ末端を含むアイソフォームを生成する可能性がある。短いアイソフォームは、弱い形質転換活性を示すことが示された。
【０５０５】
ＣＰＳ２８０は、レチキュロン４をコード化する、ＮＳＰ−ＣＬ（ＲＴＮ４）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：５７１４２を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｐ１４−ｐ１３と報告されている。ＲＴＮ４遺伝子は、２番染色体上のＬＯＣ２００５１２と部分的に重なる。ＬＯＣ２００５１２は、レチキュロン４に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ２００５１２は、細胞遺伝学的位置は２ｐ１６．１と報告されている。
【０５０６】
ＣＰＳ２８１は、ニューレグリン１をコード化する、ＮＲＧ１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：３０８４を有し、８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は８ｐ２１−ｐ１２と報告されている。ニューレグリン１は、チロシン残基のリン酸化を増加させるために、ＮＥＵ／ＥＲＢＢ２受容体チロシンキナーゼと相互作用する、４４ｋＤの糖タンパク質として最初に同定された。非常に多数の異なるアイソフォームは、異なるスプライシングによってＮＲＧ１から生成することが知られている。これらのアイソフォームは、ヘレギュリン（ＨＲＧｓ）、グリア成長因子（ＧＧＦｓ）および感覚ニューロンおよび運動ニューロン由来因子（ＳＭＤＦ）を含む。それらは、その構造において組織特異的に発現し、有意に異なる。ＨＲＧアイソフォームは、全て、免疫グロブリン（Ｉｇ）および上皮成長因子様（ＥＧＦ様）ドメインを含む。ＧＧＦおよびＧＧＦ２アイソフォームは、クリングル様配列を加えたＩｇおよびＥＧＦ様ドメインを含み、ＳＭＤＦアイソフォームは、他のアイソフォームとＥＧＦ様ドメインのみを共有する。全てのＮＲＧ１アイソフォームについての受容体は、チロシンキナーゼ膜貫通受容体のＥＲＢＢファミリーである。ＥＲＢＢ受容体の相互作用によって、ＮＲＧ１アイソフォームは、上皮、ニューロン、グリアおよび他のタイプの細胞の成長および分化を誘導する可能性がある。
【０５０７】
ＣＰＳ２８２は、ＲＡＢ３１、メンバーＲＡＳオンコジーンファミリーをコード化する、ＲＡＢ３１に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１１０３１を有し、１８番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１８ｐ１１．３と報告されている。その遺伝子産物はＧＴＰ結合タンパク質である。
【０５０８】
ＣＰＳ２８２はまた、８３％同一な配列を有するＬＯＣ１２４１４およびＬＯＣ２００９７２に整列する。ＬＯＣ１２４１４６は、細胞遺伝学的位置は１６ｑ１１．２と報告されており、ＧＴＰ結合タンパク質Ｒａｂ０に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ２００９７２は３番染色体上に局在し、またＧＴＰ結合タンパク質Ｒａｂ０に類似したタンパク質をコード化している。
【０５０９】
ＣＰＳ２８３は、ＭＡＤＳボックス転写促進因子２、ポリペプチドＤ（筋細胞促進因子２Ｄ）をコード化する、ＭＥＦ２Ｄに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４２０９を有し、１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１ｑ１２−ｑ２３と報告されている。その遺伝子産物は、転写因子のＭＡＤＳボックスファミリーのメンバーであり、筋特異的および分裂促進誘導性遺伝子を調節する可能性がある。
【０５１０】
ＣＰＳ２８５は、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）受容体４をコード化する、ＣＸＣＲ４に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：７８５２を有し、２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は２ｑ２１と報告されている。ＣＸＣケモカイン受容体（フシン）は、細胞内カルシウム流入を媒介する可能性のあるＧタンパク質結合受容体である。
【０５１１】
ＣＰＳ２８６は、筋の特定の遺伝子をコード化する、Ｍ９に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２７３３５を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．２と報告されている。
【０５１２】
配列番号：３１８のヌクレオチド１０９ないし８５８は、筋の特定の遺伝子に類似したＬＯＣ１３４５０５と８８％同一な配列を有する。ＬＯＣ１３４５０５は５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｑ１５と報告されている。配列番号：３１８のヌクレオチド１０９ないし８５８はまた、８５％同一な配列を有する４番染色体上の染色体領域に整列する。染色体領域は、ＰＲＯ１４７４に類似したＬＯＣ１５２７７１を含む。ＬＯＣ１５２７７１は、細胞遺伝学的位置は４ｑ２６と報告されている。それに加えて、配列番号：３１８のヌクレオチド１４０ないし７９９は、約８４％同一な配列を有するＬＯＣ１３１４８０に整列する。ＬＯＣ１３１４８０は、ＰＲＯ１４７４に類似したタンパク質をコード化し、細胞遺伝学的位置は３ｐ２４．１と報告されている。
【０５１３】
ＣＰＳ２８７は、普遍的に発現した（キツネ由来の）フィンケル−ビスキス−ライリー系ネズミ肉腫ウィルス（ＦＢＲ−ＭｕＳＶ）；リボソームタンパク質Ｓ３０をコード化する、ＦＡＵに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２１９７を有し、１１番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１１ｑ１３と報告されている。この遺伝子は、フィンケル−ビスキス−ライリー系ネズミ肉腫ウィルス（ＦＢＲ−ＭｕＳＶ）におけるキツネの配列の細胞類似物である。それは、Ｎ末端のユビキチン様タンパク質ｆｕｂｉ、およびＣ末端のリボソームタンパク質Ｓ３０からなる融合タンパク質をコード化する。融合タンパク質は、翻訳後処理されて、遊離ｆｕｂｉおよび遊離リボソームタンパク質Ｓ３０を生成する。ｆｕｂｉは、ユビキチンファミリーのメンバーであり、リボソームタンパク質Ｓ３０は、リボソームタンパク質のＳ３０Ｅファミリーに属する。この遺伝子由来の偽遺伝子が、ゲノムに存在している。
【０５１４】
配列番号：３１９は、約９２％同一な配列を有するＦＡＵＰ１に整列する。ＦＡＵＰ１は、ＦＢＲ−ＭｕＳＶに関連した、普遍的に発現した（キツネ由来）偽遺伝子１をコード化する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：１４０６２３を有し、１８番染色体上に局在している。配列番号：３１９のヌクレオチド５７ないし３５１は、ＬＯＣ１５１６６１と約８４％同一な配列を有する。ＬＯＣ１５１６６１は、ユビキチン様／Ｓ３０リボソーム融合タンパク質に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ１５１６６１は、細胞遺伝学的位置は３ｑ２７．２と報告されている。それに加えて、配列番号：３１９のヌクレオチド４５４ないし４９０は、９７％同一な配列を有するＲＨＯＢＴＢ１のイントロン配列に整列する。ＲＨＯＢＴＢ１は、１を含むＲｈｏ結合ＢＴＢドメインをコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：９８８６を有し、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２２．１と報告されている。
【０５１５】
ＣＰＳ２８８は、リボソームタンパク質Ｓ６をコード化する、ＲＰＳ６に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：６１９４を有し、９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は９ｑ２１と報告されている。この遺伝子は、リボソーム中の４０Ｓサブユニットの成分である、細胞質リボソームタンパク質をコード化する。コード化したタンパク質は、リボソームタンパク質のＳ６Ｅファミリーに属する。それは、リボソームにおけるタンパク質キナーゼの主要な基質であり、五つのＣ末端のセリン残基の部分集合が異なるタンパク質キナーゼによってリン酸化される。リン酸化は、成長因子、腫瘍促進性試薬および分裂を含めた広い範囲の刺激によって誘導され得る。脱リン酸化は、成長抑制の際に起こる。コード化したタンパク質は、特定のクラスのｍＲＮＡの選別的翻訳を介した、細胞成長および増殖の制御に寄与する可能性がある。この遺伝子は、ゲノム中に分散した、多数の処理を受けた偽遺伝子を有する。
【０５１６】
配列番号：３２０の断片は、約８０−９７％同一な配列を有する様々な染色体領域に整列する。これらの染色体領域には、例えば、ＬＯＣ２０５８６５、ＬＯＣ１３７３９７、ＬＯＣ２５３４８２およびＧＣＤＨのイントロン配列を含む。ＬＯＣ２０５８６５は、リボソームタンパク質Ｓ６に類似したタンパク質をコード化している。その遺伝子は、細胞遺伝学的位置は４ｑ２１．２２と報告されている。ＬＯＣ１３７３９７は、Ｒｉｍ２タンパク質に類似したタンパク質をコード化し、染色体の８ｑ２２．３に局在している。ＬＯＣ２５３４８２は、リボソームタンパク質Ｓ６に類似したタンパク質をコード化し、９番染色体上に局在している。ＧＣＤＨは、グルタリル補酵素Ａ脱水素酵素をコード化する。ＧＣＤＨはＬｏｃｕｓＩＤ：２６３９を有し、染色体の１９ｐ１３．２に局在している。
【０５１７】
ＣＰＳ２８９は、ＢＣＬ２関連蛋白５をコード化する、ＢＡＧ５に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：９５２９を有し、１４番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ３２．３３と報告されている。この遺伝子によってコード化されるタンパク質は、ＢＡＧ１関連タンパク質ファミリーのメンバーである。ＢＡＧ１は、様々な細胞のアポトーシスと相互作用することによって機能する抗アポトーシスタンパク質であり、ＢＣＬ−２、Ｒａｆタンパク質キナーゼ、ステロイドホルモン受容体、成長因子受容体および７０ｋＤａのヒートショックタンパク質のメンバーを含めた成長関連タンパク質であると考えられている。ＢＡＧ５遺伝子によってコード化されたタンパク質は、Ｈｓｃ７０／Ｈｓｐ７０に結合してシャペロン活性を阻害する可能性のある、Ｃ末端の近傍のＢＡＧドメインを含む。
【０５１８】
配列番号：３２１のヌクレオチド３９１３ないし４１１７は、ＤＮＡＨ１１のイントロン配列と８２％同一の配列を示す。ＤＮＡＨ１１は、ダイニン、染色糸、重鎖ポリペプチド１１をコード化する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８７０１を有し、細胞遺伝学的位置は７ｐ２１と報告されている。
【０５１９】
ＣＰＳ２９０は、リボソームタンパク質Ｌ１０ａをコード化する、ＵＮＫ＿ＡＬ０２２７２１（ＲＰＬ１０Ａ）に対応する。ＲＰＬ１０ＡはＬｏｃｕｓＩＤ：４７３６を有し、６番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は６ｐ２１．３−ｐ２１．２と報告されている。その遺伝子産物は、大きい６０Ｓリボソームサブユニットの成分である。
【０５２０】
ＣＰＳ２９０はまた、ＬＯＣ２５３９８６およびＬＯＣ１３７１０７と９６％同一な配列を有し、それらは共にリボソームタンパク質Ｌ１０ａに類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ２５３９８６は８番染色体上に局在し、ＬＯＣ１３７１０７は染色体の８ｐ１１．２３に局在している。それに加えて、ＣＰＳ２９０は、ＰＴＰＲＧ、ＢＳＴ１およびＭＡＲＫ３のイントロン配列と約９０−９６％同一な配列を有する。ＰＴＰＲＧは、タンパク質チロシンホスファターゼ、受容体タイプ、Ｇをコード化している。ＰＴＰＲＧはＬｏｃｕｓＩＤ：５７９３を有し、染色体の３ｑ２１−ｐ１４に局在している。ＢＳＴ１は、骨髄基質細胞抗原１をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：６８３を有し、細胞遺伝学的位置は４ｐ１５と報告されている。ＭＡＲＫ３は、ＭＡＰ／微小管親和性調節性キナーゼ３をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：４１４０を有し、細胞遺伝学的位置は１４ｑ３２．３と報告されている。ＣＰＳ２９０は、８４％同一な配列を有するＬＯＣ１３８０３０に整列する。ＬＯＣ１３８０３０は、リボソームタンパク質Ｌ１０ａに類似したタンパク質をコード化し、染色体の８ｐ２１．３に局在している。
【０５２１】
ＣＰＳ２９０（配列番号：３２９）は、配列番号：３２２のヌクレオチド２６６２３ないし２７２００がスプライシングを受けた生成物である。Ｅｎｔｒｅｚヒトゲノムデーターベースに対するＢｌａｓｔ検索は、配列番号：３２２は６番染色体上の染色体領域と１００％同一な配列を有することを示す。この染色体領域は、ゲノムの座ＮＴ＿００７５９２中に局在しており、次の遺伝子：ＴＥＡＤ３、ＲＰＬ１０Ａ、ＦＡＮＣＥ、ＬＯＣ２２１４８５およびＬＯＣ２２１４８６を含む。ＴＥＡＤ３は、ＴＥＡドメインファミリーのメンバー３をコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：７００５を有する。ＲＰＬ１０Ａは、リボソームタンパク質Ｌ１０ａをコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：４７３６を有する。ＦＡＮＣＥは、ファンコーニ貧血、相補性グループＥをコード化し、ＬｏｃｕｓＩＤ：２１７８を有する。ＬＯＣ２２１４８６は、ｄＪ１０９Ｆ１４．３（推定上のＺＮＦ１２７様タンパク質）に類似したタンパク質をコード化する。ＬＯＣ２２１４８６は、ペルオキソーム増殖因子活性化受容体β（ＰＰＡＲβ）（ＰＰＡＲδ）（核ホルモン受容体１）（ＮＵＣ１）（ＮＵＣ１）に類似したタンパク質をコード化する。配列番号：３２２は、ＴＥＡＤのタンパク質コード鎖に整列し、一方ＲＰＬ１０Ａ、ＦＡＮＣＥ、ＬＯＣ２２１４８５およびＬＯＣ２２１４８６の非タンパク質コード鎖に整列する。
【０５２２】
配列番号：３２２の断片は、ヒトゲノムを介して、多量の染色体領域を有する、様々な程度の配列同一性を示す。
【０５２３】
ＣＰＳ２９１は、タンパク質キナーゼＤ２をコード化する、ＤＫＺＰ５８６Ｅ０８２０（ＰＫＤ２）に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：２５８６５を有し、１９番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１９ｑ１３．２と報告されている。その遺伝子産物は、タンパク質キナーゼＣのアイソフォームの領域に類似しており、タンパク質−タンパク質およびタンパク質−脂質相互作用を媒介するために機能する可能性がある。その遺伝子産物は、キナーゼドメインおよびプレックストリン類似物（ＰＨ）ドメインを含む。
【０５２４】
ＣＰＳ２９２は、非ＰＯＵドメインを含む、八量体結合をコード化する、ＮＯＮＯに対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：４８４１を有し、Ｘ染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置はＸｑ１３．１と報告されている。その遺伝子産物は、ＲＮＡ認識モチーフを含む核タンパク質である。
【０５２５】
配列番号：３２４はまた、約９５−９６％同一な配列を有するＬＯＣ１４６４５５に整列する。ＬＯＣ１４６４５５は、５４ｋＤａの核ＲＮＡおよびＤＮＡ結合タンパク質に類似したタンパク質（ｐ５４（ｎｒｂ））（ｐ５４ｎｒｂ）（５５ｋＤａの核タンパク質）（ＮＭＴ５５）（八量体結合タンパク質を含む非ＰＯＵドメイン）（ＤＮＡ結合Ｐ５２／Ｐ１００複合体、５２ｋＤａサブユニット）をコード化する。ＬＯＣ１４６４５５は、染色体の１６ｑ２２．３に局在している。それに加えて、配列番号：３２４のヌクレオチド５１４ないし２５９１は、ＬＯＣ１３０８６７と部分的に重なる染色体領域と約８４−８５％同一の配列を有する。ＬＯＣ１３０８６７は、リボソームタンパク質Ｓ１２（４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ１２）に類似したタンパク質をコード化し、染色体の２ｐ１５に局在している。
【０５２６】
ＣＰＳ２９３は、亜鉛フィンガーＲＮＡ結合タンパク質をコード化する、ＵＮＫ＿ＡＩ７４３５０７（ＺＦＲ）に対応する。ＺＦＲはＬｏｃｕｓＩＤ：５１６６３を有し、５番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は５ｐ１３．２と報告されている。
【０５２７】
ＣＰＳ２９３はまた、オーソログのマウスの亜鉛フィンガータンパク質Ｚｆｒの様な、Ｍ期のリンタンパク質類似物に類似したタンパク質をコード化するＬＯＣ１１９３５５と９２％同一の配列を示す。ＬＯＣ１１９３５５は、細胞遺伝学的位置は１０ｑ２３．３３と報告されている。それに加えて、ＣＰＳ２９３は、１番染色体上の染色体領域と９４−９６％同一な配列を有する。染色体領域は、トランスリン関連因子Ｘをコード化するＴＳＮＡＸに近接しており、ＬｏｃｕｓＩＤ：７２５７を有し、細胞遺伝学的位置が１ｑ４２．１である。ＣＰＳ２９３のヌクレオチド２９２ないし３９９は、１番染色体上の染色体領域と約９２％同一な配列を有する。
【０５２８】
ＣＰＳ２９４は、分裂促進活性化タンパク質キナーゼ活性化タンパク質キナーゼ５をコード化する、ＭＡＰＫＡＰＫ５に対応する。その遺伝子はＬｏｃｕｓＩＤ：８５５０を有し、１２番染色体上に局在し、細胞遺伝学的位置は１２ｑ２４．１２と報告されている。この遺伝子によってコード化されたタンパク質は、セリン／トレオニンキナーゼファミリーのメンバーである。細胞ストレスおよび前炎症性サイトカインに反応して、このキナーゼは、ＭＡＰＫ１／ＥＲＫ、ＭＡＰＫ１４／ｐ３８αおよびＭＡＰＫ１４／ｐ３８βを含めたＭＡＰキナーゼによってリン酸化することによって、活性化し得る。少なくとも二つの異なるスプライシングを受けた、異なるアイソフォームをコード化しているこの遺伝子の転写産物変異体が報告されている。
【０５２９】
ＣＰＳ２９５は、仮定の遺伝子タンパク質ＭＧＣ２５６７３に類似したタンパク質をコード化する、ＵＮＫ＿Ｕ７９２９７に対応する。ＬＯＣ１５７６７は、染色体の８ｑ２３．１に局在していることが報告されている。
【０５３０】
表４に列挙した腎細胞癌の疾患遺伝子の重要性は、疾患なしに対する腎細胞癌の管理された分類に従った、相対的クラス分離測定の方法を用いて評価し得る。Ｇｏｌｕｂら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２８６：５３１−５３７（１９９９）、およびＳｌｏｎｉｍら、Ｐｒｏｃｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｏｕｒｔｈ  Ａｎｎｕａｌ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ  ｏｎ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｒｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、東京、日本、４月８−１１、ｐ２６３−２７２（２０００）参照。その後近隣者分析が実行され、測定した相関の有意性を決定し得る。例えば、この方法は、無作為に６５の全試料（４５の腎細胞癌患者および２５の疾患なしのヒト）を、それぞれ４５および２０の試料の二つのグループに置き換えて、その後１００の無作為化した試料のセットにおいて、最も高い相関度を有する遺伝子をランク付けする。この分析は、本発明において同定される腎細胞癌疾患遺伝子の大多数が、無作為に順序を変えたクラスのベクターと比べて、１％以上の有意なレベルの相関度を有することを示している。
【０５３１】
末梢血において腎細胞癌の疾患遺伝子が特異的な発現パターンを呈することの基礎にある生物学的機構は、完全には分かっていない。特異的な発現パターンは、末梢血中に流れた腎細胞癌腫瘍細胞における変化した遺伝子発現パターンのためである可能性がある。例えば、表５は、腎細胞癌疾患遺伝子の部分集合がまた、疾患に罹患していないヒトの末梢血と比較して、腎細胞癌の腫瘍細胞において特異的に発現していることを示している。ある実験において、末梢血の単核細胞を疾患に罹患していないヒトから単離し、フィトヘマグルチニン（ＰＨＡ）で処理する。表５に示すように、ＰＨＡ刺激は、生体外では、本発明の有意な数の腎細胞癌の疾患遺伝子の特異的な発現パターンを再現しているように思われる。このことは、末梢血におけるいくつかの腎細胞癌疾患遺伝子の特異的な発現パターンは、生体内の白血球の活性化から生じている可能性があることを示唆している。
【０５３２】
表５は、さらに末期腎不全の患者に特異的に発現している腎細胞癌疾患遺伝子の実質的な部分集合を同定している。それゆえに、末梢血における腎細胞癌の疾患遺伝子の部分集合の特異的な発現パターンが、腎細胞癌患者の腎障害に対する反応としての白血球の変化によるものである可能性がある。
【表５−１】
2006514554.tif 000049
【０５３３】
【表５−２】
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【０５３４】
【表５−３】
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【０５３５】
【表５−４】
2006514554.tif 000052
【０５３６】
Ｃ．他の固形腫瘍の疾患遺伝子
小節Ｂにおいて記述されている方法論は、他の固形腫瘍の疾患遺伝子の同定に容易に適用し得る。これらの固形腫瘍の疾患遺伝子は、疾患に罹患していないヒトと比較して、固形腫瘍の患者の末梢血またはＰＢＭＣにおいて、特異的に発現している。
【０５３７】
ある具体例として、ＰＢＭＣを濃縮した、腎細胞癌、前立腺癌、頭部／頸部癌および疾患に罹患していないヒトの末梢血試料に由来する遺伝子チップ発現データを収集し、多重相関測定法を用いて比較し、分析した。多重相関測定法は、末梢血遺伝子発現プロフィールの各々のクラスと最も高く相関している遺伝子を同定し、分類し得る。適当な多重相関測定法には、ＭＩＴ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｔ  Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）によって提供される遺伝子クラスター２ソフトウェアを含むが、それだけに限定されない。遺伝子クラスター２ソフトウェアは、管理された分類、遺伝子選別および置換テスト機能を有する。どれは、加重多数決およびｋ−近隣者アルゴリズムを用いた、管理されたモデルの構築およびテストについてのアルゴリズムを含む。
【０５３８】
一例として、２０の遺伝子セットは、トレーニングセットとして発現プロフィールの７０％を用いて選別される。これらの２０多重分類子遺伝子は、表１０に記載している。これら２０の遺伝子は、疾患に罹患していないヒトと比較して、固形腫瘍の三つ全てのクラス（すなわち腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部癌）の末梢血において、特異的な発現パターンを有する。遺伝子セットは、各々の残りのプロフィールについての８９％以上の予測精度を有する。腎細胞癌、前立腺癌、頭部／頸部癌および疾患に罹患していないヒトについての高い予測精度を有する他の遺伝子セットが、同様にして得られる。
【０５３９】
他の具体例として、多重相関測定法は、特定のタイプの固形腫瘍にかかわらず、固形腫瘍なしに対して固形腫瘍を予測できる遺伝子を同定するために用いられる。腎細胞癌、前立腺癌、頭部／頸部癌および疾患に罹患していないヒト由来の末梢血遺伝子発現プロフィールを、多級比較を用いて分析する。１９の遺伝子セットは、トレーニングセットとして全試料の７０％を用いて選別する。このようにして選ばれた遺伝子セットは、表１１に記載している。その遺伝子セットにおける各々の遺伝子は、疾患に罹患していないヒトと比較して、固形腫瘍患者の三つ全てのタイプ（すなわち腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部癌）の末梢血において、特異的に発現している。１９の遺伝子セットは、残りの発現プロフィールについて、固形腫瘍なしに対して固形腫瘍を正確に予測できる。固形腫瘍なしに対する固形腫瘍について高い予測精度を有する他の遺伝子が、同様にして得られる。
【０５４０】
Ｄ．腎細胞癌、腎細胞癌なし、固形腫瘍および／または固形腫瘍なしの検出
表４において同定される腎細胞癌疾患遺伝子は、未知の疾患状態を有するヒトの患者において、腎細胞癌、腎細胞癌なし、固形腫瘍および／または固形腫瘍なしを検出するために用いられ得る。例えば、ヒトの患者の末梢血試料において、一つまたはそれ以上の腎細胞癌疾患遺伝子の発現パターンが、疾患に罹患していないヒトにおける対応する発現パターンと実質的に異なっていない場合は、診断されたヒトの患者は腎細胞癌なしであることを示唆している。反対に、ヒトの患者において、一つまたはそれ以上の腎細胞癌疾患遺伝子の発現パターンが、疾患に罹患していないヒトにおける対応する発現パターンと実質的に異なっている（ヒトの患者における遺伝子発現レベルが、疾患に罹患していないヒトにおける発現レベルよりも実質的に高いかまたは低い）場合は、ヒトの患者が腎細胞癌（または診断に用いられる遺伝子次第で、他の固形腫瘍）に罹患している可能性があることを示唆している。加重多数決プログラムのようなアルゴリズムは、診断を容易にするために用いられ得る。それに加えて、他の臨床的証拠は、誤った診断のリスクを低下させるために、遺伝子を基盤としたテストと組み合わせ得る。同様の方法が、前立腺癌および頭部／頸部癌のような他の固形腫瘍の有無を予測するために用いられ得る。
【０５４１】
特異的に発現した遺伝子産物に基づいた診断法またはスクリーニング法は、当該分野においてよく知られている。本発明のある側面に従うと、腎細胞癌疾患遺伝子の異なる発現パターンは、末梢血試料におけるこれらの遺伝子のＲＮＡ転写産物のレベルを測定することによって決定し得る。この目的のための適当な方法には、ＲＴ−ＰＣＴ、ノーザンブロット、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、サザンブロット、スロットブロッテイング、ヌクレアーゼ保護アッセイおよびポリヌクレオチドアレーを含めるが、それだけに限定されない。末梢血試料は、全血または濃縮したＰＢＭＣを含む血液試料のいずれかであって良い。
【０５４２】
一般に、末梢血試料から単離したＲＮＡは、検出および／または定量化の前に、ｃＤＮＡまたはｃＲＮＡに増幅し得る。単離したＲＮＡは、全ＲＮＡまたはｍＲＮＡのいずれかであって良い。ＲＮＡ増幅は、特異的または非特異的であって良い。適当な増幅法には、逆転写酵素ＰＣＲ、等温増幅、リガーゼ連鎖反応およびＱβレプリカーゼを含むが、それだけに限定されない。増幅した核酸生成物は、標識したプローブを介して、検出および／または定量化し得る。
【０５４３】
腎細胞癌疾患遺伝子についての増幅プライマーまたはハイブリダイゼーションプローブは、当該分野においてよく知られた方法を用いて、遺伝子配列または対応するＣＰＳから調製し得る。この目的に適した遺伝子配列には、エクソン、イントロン、または３'または５'非翻訳領域、またはそれらのあらゆる組み合わせを含む。ある具体例として、プローブまたはプライマーは、腎細胞癌疾患遺伝子の３'タンパク質−コード領域中のまたはその近傍の配列に基づいて構築される。例えば、腎細胞癌疾患遺伝子産物のＣ末端領域における最後の１００ないし３００アミノ酸残基をコード化するヌクレオチド配列は、プローブまたはプライマーを構築するために選別し得る。腎細胞癌疾患遺伝子のゲノム所在が決定しているか、またはその遺伝子が多数のゲノム所在に対応している場合は、プローブ／プライマーは遺伝子のＣＰＳに基づいて構築することができ、またはオリゴヌクレオシドプローブが遺伝子の同定のために用いられたＨＧ−Ｕ９５Ａｖ２遺伝子チップに基づいて構築され得る。
【０５４４】
表４は、対応する腎細胞癌疾患遺伝子の検出のためのプローブ／プライマーを作るのに適した配列を記載している。適当なオリゴヌクレオチドプローブ／プライマーは、ＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａに記載されている。
【０５４５】
一つの具体例として、各々のプローブ／プライマーは、少なくとも１５のヌクレオチドを含む。例えば、各々のプローブは、少なくとも２０、２５、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、４００またはそれ以上のヌクレオチドを含み得る。好ましくは、各々のプローブ／プライマーは、相対的に高い配列の複雑性を有し、不明瞭な残基（決定されていない「ｎ」残基）を有していない。プローブ／プライマーは、好ましくは、厳しいまたは非常にストリンジェントな条件下で、ＲＮＡ転写産物を含めた標的遺伝子にハイブリダイゼーションし得る。
【０５４６】
他の具体例として、遺伝子についてのプローブ／プライマーは、他の遺伝子の配列から有意に分かれた領域から選ばれる。そのような領域は、ＮＣＢＩのＥｎｔｒｅｚデーターベースのような、ヒトゲノム配列データーベースプローブ／プライマー配列を調べることによって決定され得る。この目的に適した一つのアルゴリズムはＢＬＡＳＴアルゴリズムである。このアルゴリズムは、まず、疑いのある配列中の短い鎖の語Ｗを、データベースの配列中の同じ長さの語と一緒に並べた時に、適合するか、またはいくらか肯定的に評価された閾値Ｔを満足するかを同定することで高スコアの配列対（ＨＳＰ）を識別することを含む。Ｔは近接する語のスコアの閾値と言われる。これらの最初の近接する語のヒットはそれらを含むより長いＨＳＰを見つける検索を開始するための種子として作用する。語のヒットは、その後各々の配列に沿って両方向に伸長し、累積配列スコアを増加させる。累積スコアは、ヌクレオチド配列について、パラメーターＭ（適合残基の組についての報酬スコア；常に＞０）およびＮ（適合残基の組についての刑罰スコア；常に＜０）を用いて算出される。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメーターＷ、ＴおよびＸは、配列の感受性およびスピードを決定する。これらのパラメーターは、当業者に評価されているような、異なる目的のために調節し得る。
【０５４７】
好ましい具体例として、（ＴａｑＭａｎ、ＡＢＩのような）定量的ＲＴ−ＰＣＲが、末梢血試料における腎細胞癌疾患遺伝子のＲＮＡ転写産物のレベルを検出し、比較するために用いられる。定量的ＲＴ−ＰＣＲは、ＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写（ＲＴ）し、続いて相対的定量的ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）することを含む。
【０５４８】
ＰＣＲにおいて、増幅した標的ＤＮＡの分子数は、ある試薬が極限に達するようになるまで、一の因子が反応の各サイクルで２に近づくまで増加する。その後、増幅速度は、周期の間増幅した標識が増加しない間は、ますます減少する。Ｘ軸上に周期数をとり、Ｙ軸上に増幅した標的ＤＮＡの濃度の対数をとったグラフをプロットすると、特徴的な形の曲線が、プロットした点を結びつけることによって形成されることが観察される。最初の周期から始めると、線の勾配が正で一定である。これは曲線の直線部分と言われる。ある試薬が極限に達するようになると、線の勾配は低下し始め、最終的には０になる。この時点において、増幅した標的ＤＮＡの濃度がある固定値に次第に近づいていく。これは曲線のプラトー部分と言われる。
【０５４９】
ＰＣＲの直線部分における標的ＤＮＡの濃度は、ＰＣＲが始まる前の標的の最初の濃度に比例する。同数の周期を完結し、直線部分にあるＰＣＲ反応における標的ＤＮＡのＰＣＲ生成物の濃度を決定することによって、最初のＤＮＡ混合物中の特定の標的配列の相対濃度を決定することが可能である。ＤＮＡ混合物が、異なる組織または細胞から単離されたＲＮＡより合成されたｃＤＮＡである場合は、標的配列が由来する特定のｍＲＮＡの相対的存在量が、それぞれの組織または細胞について決定される可能性がある。このＰＣＲ生成物の濃度および相対的ｍＲＮＡ存在量の間の正比例は、ＰＣＲ反応の直線範囲の部分において当てはまる。
【０５５０】
曲線のプラトー部分における標的ＤＮＡの最終濃度は、反応混合における試薬の効果によって決定され、標的ＤＮＡの最初の濃度とは無関係である。それゆえに、増幅したＰＣＲ生成物のサンプリングおよび定量化は、好ましくは、ＰＣＲ反応が曲線の直線部にあるときに実行される。それに加えて、増幅したｃＤＮＡｓの相対的濃度は、好ましくは、内在するＲＮＡ種または外部から導入されたＲＮＡ種のいずれかに基づいている可能性がある、いくつかの独立した基準に標準化する。特定のｍＲＮＡ種の存在量はまた、試料中の全てのｍＲＮＡ種の平均存在量と比較して決定して良い。
【０５５１】
一つの具体例として、ＰＣＲ増幅は、標的とおよそ同じくらい豊富である内部のＰＣＲ基準を利用する。この戦略は、ＰＣＲ増幅の生成物が直線相の間にサンプリングする場合に有効である。反応がプラトー相に近づく時に生成物をサンプリングする場合は、あまり多くない生成物が相対的に過剰発現する可能性がある。特異的な発現についてＲＮＡ試料にを検査する場合のような、多くの異なるＲＮＡ試料についてなされる相対的存在量の比較は、実際よりも少なく思われるＲＮＡの相対的な存在量の違いをなすための方法のように歪曲している。これは、内部基準が標的よりもずっと多量である場合は、改良され得る。内部基準が標的よりも多量である場合は、直接的な直線比較はＲＮＡ試料間でなされて良い。
【０５５２】
臨床的試料に内在する問題は、様々な量および／または質を有していることである。この問題は、標的ｃＤＮＡ断片より大きい増幅可能なｃＤＮＡ断片であり、内部基準をコード化するｍＲＮＡの存在量が、標的をコード化するｍＲＮＡよりもおおよそ５−１００倍高い内部基準を有する、ＲＴ−ＰＣＲが相対的定量的ＲＴ−ＰＣＲのように実行された場合に克服し得る。このアッセイは、各々のｍＲＮＡ種の絶対的存在量ではなく、相対的存在量を測定する。
【０５５３】
他の具体例として、相対的定量的ＲＴ−ＰＣＲは、外部の標準プロトコールを用いる。このプロトコールの下、ＰＣＲ生成物を増幅曲線の直線部分でサンプリングする。サンプリングを最適化するＰＣＲ周期の数は、各々の標的ｃＤＮＡ断片について経験的に決定され得る。それに加えて、様々な試料から単離した各々のＲＮＡ数の逆転写生成物は、等濃度の増幅可能なｃＤＮＡについて標準化され得る。増幅曲線の直線範囲の経験的決定およびｃＤＮＡ調製の標準化は、退屈で時間のかかる工程であるが、生じたＲＴ−ＰＣＲアッセイは、ある場合においては、内部基準を有する相対的定量的ＲＴ−ＰＣＲに由来するものより優れている可能性がある。
【０５５４】
核酸アレーはまた、末梢血試料における腎細胞癌疾患遺伝子の特異的な発現パターンを検出し、比較するために用いられ得る。対応する腎細胞癌疾患遺伝子を検出するために適したプローブは、固形の基質上の既知の別々の領域に安定に結合し得る。本明細書で用いられているように、プローブが別の領域と比較してハイブリダイゼーションおよびその後の洗浄の間その位置を維持する場合、プローブは別々の領域に「安定に結合している」。核酸アレーの構築は、当該分野においてよく知られている。ポリヌクレオチドアレーを作るための適当な基質には、膜、フィルム、プラスチックおよび水晶のウエハースを含むが、それだけに限定されない。
【０５５５】
本発明の核酸アレーは、少なくとも２、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０またはそれ以上の異なるポリヌクレオチドプローブを含み、各々の異なるプローブは異なるそれぞれの腎細胞癌疾患遺伝子にハイブリダイズすることが可能である。同一の遺伝子についての多数のプローブが、一本鎖核酸アレー上で用いられ得る。本発明に適当なプローブの例は、ＡＴＴＡＣＨＭＥＮＴ  Ａに記載している。他の疾患遺伝子についてのプローブはまた、本発明の核酸アレーに含まれ得る。アレー上のプローブ密度は、あらゆる範囲にあって良い。例えば、密度は５０、１００、２００、３００、４００、５００またはそれ以上のプローブ／ｃｍ２であってよい。
【０５５６】
一つの具体例として、ヌクレアーゼ保護アッセイは、末梢血試料に由来するＲＮＡを定量化するために用いられる。当業者に知られた多くの異なる型のヌクレアーゼ保護アッセイが存在する。ヌクレアーゼ保護アッセイの一般的特徴は、ＲＮＡが定量化されるアンチセンス核酸のハイブリダイゼーションを伴うことである。生じたハイブリッド二本鎖分子は、一本鎖核酸を二本鎖核酸よりも効率的に消化するヌクレアーゼでその後消化する。消化の後に残ったアンチセンス核酸の量は、定量すべき標的ＲＮＡ種の量の尺度である。市販で入手できるヌクレアーゼ保護アッセイの例は、Ａｍｂｉｏｎ、Ｉｎｃ．（Ａｕｓｔｉｎ、Ｔｅｘａｓ）で製造されているＲＮＡアーゼ保護アッセイである。
【０５５７】
上で記述した方法はまた、ＣＰＳ表２に記載されているＣＰＳにハイブリダイゼーション可能な末梢血におけるＲＮＡ種のレベルを決定するために用いられ得る。末梢血におけるこれらＲＮＡ種のレベルは、ヒトの患者が腎細胞癌を有しているかまたは腎細胞癌に罹患していないかに関して示唆するものであって良い。
【０５５８】
本発明の他の側面に従うと、腎細胞癌疾患遺伝子の特異的な発現パターンは、末梢血中のこれらの遺伝子によってコード化されるポリペプチドのレベルを測定することによって決定し得る。この目的のために適当な方法には、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、ＦＡＣＳ、ドットブロット、ウエスタンブロット、免疫組織化学および抗体を基礎とした放射線画像化のような免疫アッセイ法を含むが、それだけに限定されない。これらの免疫アッセイを実行するためのプロトコールは、当該分野においてよく知られている。２次元ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動のような他の方法がまた用いられ得る。
【０５５９】
末梢血試料中の標的タンパク質のレベルを検出するために適した一つの典型的方法は、ＥＬＩＳＡである。典型的なＥＬＩＳＡにおいて、一つまたはそれ以上の腎細胞癌疾患遺伝子によってコード化される標的タンパク質に結合可能な抗体は、ポリエチレンまたはポリ塩化ビニルマイクロ滴定プレート中のウェルのように、タンパク質親和性を示す選別された表面に固定される。その後、検査すべき末梢血試料をウェルに付加する。結合し、非特異的に結合した免疫複合体を除去するために洗浄した後、結合した抗原は検出し得る。検出は、標的タンパク質に特異的で、検出可能な標識に結合している二次抗体を付加することによって達成され得る。検出はまた、二次抗体を付加し、続いて二次抗体に対する結合親和性を有し、検出可能な標識と結合している三次抗体を付加することによって達成され得る。マイクロ滴定プレートに付加される前に、末梢血試料中の細胞は、当該分野で知られている様々な方法を用いて溶解され得る。適当な抽出過程は、潜在的阻害物質から標的タンパク質を分離するために用いられ得る。
【０５６０】
他の典型的なＥＬＩＳＡにおいて、標的タンパク質を含んでいると思われる末梢血試料は、ウェルの表面に固定され、その後本発明の抗体と接触させる。結合し、非特異的に結合した免疫複合体を除去するために洗浄した後、結合した抗原は検出し得る。最初の抗体が検出可能な標識に結合している場合は、免疫複合体は直接検出され得る。免疫複合体はまた、一次抗体に対する結合親和性を有し、検出可能な標識に結合している二次抗体を用いて検出され得る。
【０５６１】
他の典型的ＥＬＩＳＡは、検出における抗体の競争を利用することを伴う。このＥＬＩＳＡにおいて、標的タンパク質はウェル表面に固定される。標識した抗体をウェルに付加し、標的タンパク質に結合することを可能にし、標識の方法によって検出される。未知の試料中の標的タンパク質の量は、その後、被覆したウェルでインキュベーションする前にまたはその間に、試料を標識した抗体と混合することによって決定される。未知の試料中に標的タンパク質が存在すれば、ウェルに結合可能な抗体の量を低下させ、それによって最終的なシグナルを低下させるように作用する。
【０５６２】
異なるＥＬＩＳＡの型は、被覆、インキュベーションまたは結合、非特異的に結合した種を除去するための洗浄、および結合した免疫複合体の検出のような、ある特徴を共通に持ち得る。例えば、抗原または抗体のいずれかを有するプレートの被覆において、プレートのウェルを、一晩中または規定された時間のいずれかの間、抗原または抗体の溶液によってインキュベーションし得る。プレートのウェルを、その後不完全に吸着された物質を除去するために洗浄する。あらゆる残りの利用できるウェルの表面は、その後テスト試料に関して中立的な抗原性である非特異的タンパク質で「被覆」する。非特異的なタンパク質の例には、牛血清アルブミン（ＢＳＥ）、カゼインおよびミルクパウダーの溶液を含む。被覆は、固定された表面上の非特異的吸着部位をブロックすることを可能にし、それによって表面への抗血清の非特異的結合によって引き起こされるバックグラウンドを低下させる。
【０５６３】
ＥＬＩＳＡにおいて、二次的または三次的検出法がまた用いられ得る。タンパク質または抗体のウェルに対して結合し、バックグラウンドを低下させるために非反応性物質で被覆し、非結合物質を除去するために洗浄した後、固定する表面は、対照群および／または免疫複合体（抗原／抗体）の形成を可能にする効率的な条件下で検査すべき臨床的または生物学的試料と接触させる。これらの条件には、例えば、ＢＳＡ、牛γグロブリン（ＢＧＧ）およびリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）／ツゥイーンのような溶液によって抗原および抗体を希釈し、抗体および抗原を室温で約１ないし４時間、または４℃で一晩中インキュベーションすることを含む。免疫複合体の検出は、その後標識した二次結合リガンドまたは抗体、または標識した三次抗体または三次結合リガンドと結合した、二次結合リガンドまたは抗体を必要とする。
【０５６４】
ＥＬＩＳＡにおいてインキュベーション工程に続いて、接触した表面は、非結合物質を除去するために洗浄し得る。例えば、表面は、ＰＢＳ／ツゥイーンまたはホウ酸緩衝剤のような溶液によって洗浄して良い。テスト試料および最初に結合した物質の間の特定の免疫複合体の形成、およびその後の洗浄に続いて、免疫複合体の量の存在を決定し得る。
【０５６５】
検出法を提供するために、二次または三次抗体は、検出を可能にする標識を結合していてよい。一つの具体例として、標識は、適当な色素産生基質とともにインキュベーションすることで発色を呈する酵素である。従って、例えば、ウレアーゼ、グルコースオキシダーゼ、アルカリホスファターゼまたはペルオキシダーゼ結合抗体を有する最初または二次免疫複合体を接触させ、長時間さらなる免疫複合体形成の発達に好都合である条件下でインキュベーションしてよい（例えば、ＰＢＳ−ツゥイーンのようなＰＢＳを含む溶液中で室温で２時間インキュベーションする）。
【０５６６】
標識した抗体とともにインキュベーションし、その後非結合物質を除去した後、例えば酵素標識としてペルオキシダーゼを用いる場合は、尿素およびブロモクレゾールパープルまたは２，２−アジド−ジ−（３−エチル）−ベンズチアゾリン−６−スルホン酸（ＡＢＴＳ）のような色素産生基質、および過酸化水素とインキュベーションすることによって、標識の量を定量化した。定量化は、例えば分光光度計を用いて、色素産生の程度を測定することによって達成し得る。
【０５６７】
本発明に適した他の方法はＲＩＡ（放射免疫アッセイ）である。典型的ＲＩＡは、放射標識したポリペプチドおよび非標識ポリペプチドの間の、限られた量の抗体に結合するための競争に基づいている。適当な放射標識には、Ｉ１２５を含むが、それだけに限定されない。一つの具体例として、一定の濃度のＩ１２５標識したポリペプチドを、ポリペプチドに特異的な抗体の一連の希釈液とともにインキュベーションする。非結合ポリペプチドをこの系に付加する場合、抗体に結合するＩ１２５ポリペプチドの量は減少する。それゆえに標準曲線は、抗体結合Ｉ１２５ポリペプチドの量を、非結合ポリペプチドの濃度の機能として表すように構築され得る。標準曲線から、未知の試料中のポリペプチドの濃度が決定され得る。末梢血試料におけるポリペプチドのレベルを測定するためにＲＩＡを行うための様々なプロトコールが、当該分野にいてよく知られている。
【０５６８】
本発明についての適当な抗体には、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、一本鎖抗体、Ｆａｂ断片およびＦａｂ発現ライブラリーによって生成した断片を含むが、それだけに限定されない。中和抗体（すなわち、二量体形成を阻害する抗体）もまた用いられ得る。
【０５６９】
ポリクローナル抗体は、腎細胞癌疾患遺伝子産物またはそれらの断片を有する適当な患者に免疫を与えることによって調製し得る。免疫化した患者における抗体力値は、ＥＬＩＳＡのような標準的技術を用いてずっとモニターすることができる。抗体は、当該分野においてよく知られた技術を用いて、免疫化した患者から単離し得る。
【０５７０】
一つの具体例として、腎細胞癌疾患遺伝子産物に対する抗体を生成し得るハイブリドーマを調製する。腎細胞癌疾患遺伝子産物は、遺伝子産物をコード化するポリヌクレオチド配列によって変形またはトランスフェクションした、細菌または他の細胞を用いて調製し得る。精製した遺伝子産物、またはそれらの断片は、哺乳類のような脊椎動物を免疫化するために用いられている。適当な哺乳類には、マウス、ウサギおよび羊を含む。好ましくは、免疫化に用いられる断片は少なくとも８のアミノ酸残基を含み、より好ましくは、少なくとも１２のアミノ酸残基を含み、非常に好ましくは少なくとも１６のアミノ酸残基を含み、最も好ましくは少なくとも２０のアミノ酸残基を含む。
【０５７１】
遺伝子産物中の免疫原性を有する断片（エピトープ）は、既知の技術を用いて同定し得る。好ましいエピトープは、遺伝子産物の表面に局在している領域である。これらの領域は通例親水性である。
【０５７２】
脾臓細胞は、免疫化した脊椎動物から単離され、（骨髄腫のような）不死化した細胞系に融合させてハイブリドーマを形成する。好ましくは、不死化した細胞系はリンパ球と同じ哺乳類の種に由来する。例えば、ネズミのハイブリドーマは、不死化したマウスの細胞系を、本発明の免疫原性調製によって免疫化したマウスから単離したリンパ球と融合させることによって作成し得る。好ましい不死化した細胞系には、ヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジンを含む培養培地（「ＨＡＴ培地」）に感受性の、マウス骨髄腫細胞系を含む。適当な骨髄腫系には、Ｐ３−ＮＳ１／１−Ａｇ４−１、Ｐ３−ｘ６３−Ａｇ８．６５３またはＳｐ２１０−Ａｇ１４骨髄腫系を含むが、それだけには限定されず、それら全てはＡＴＣＣから購入できる。一つの具体例として、ＨＡＴ感受性マウス骨髄腫細胞を、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を用いてマウスの脾臓細胞に融合させる。そのようにして生成したハイブリドーマ細胞を、融合していないかまたは無効な融合をした骨髄腫細胞を殺す、ＨＡＴ培地に対して選別する。腎細胞癌疾患遺伝子産物に対するモノクローナル抗体を生成するハイブリドーマ細胞を、ハイブリドーマ培養の上澄みをスクリーニングすることによって検出し得る。
【０５７３】
モノクローナル抗体はまた、免疫グロブリンライブラリー（例えば抗体相呈示ライブラリー）の組み合わせの組み換えをスクリーニングすることによって調製し得る。相呈示ライブラリーを生成し、スクリーニングするためのキットは市販で入手できる。（例えば、ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  Ｐｈａｓｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｓｙｓｔｅｍ、カタログ番号２７−９４００−０１；およびｔｈｅ  Ｓｔｒｔａｇｅｎｅ  ＳｕｒｆＺＡＰ（商標登録）  Ｐｈａｇｅ  Ｄｉｓｐｌａｙ  Ｋｉｔ、カタログ番号２４０６１２）
【０５７４】
本発明に適した抗体にはまた、「一本鎖Ｆｖ」または「ｓｃＦｖ」を含む。ｓｃＦｖ断片は、抗体のＶＨおよびＶＬドメインを含む。一般に、ｓｃＦｖポリペプチドは、ＶＨおよびＶＬドメインの間のポリペプチドリンカーをさらに含む。ポリペプチドリンカーは、ｓｃＦｖが抗原結合に望ましい構造を形成することを可能にする。それに加えて、キメラおよびヒト化モノクローナル抗体のような組み換え抗体は、当業者によって評価されているようにして調製され得る。
【０５７５】
ヒト化抗体もまた用いられ得る。非ヒト（例えばネズミ）抗体のヒト化体は、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、または（Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、 Ｆ（ａｂ'）２または抗体の他の抗原結合配列のような）それらの断片であり、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小限の配列を含む。ヒト化抗体は、相補的決定領域（ＣＤＲｓ）を形成する残基が、マウス、ラットまたはウサギ抗体のような望ましい特異性、親和性および容量を有する非ヒト抗体のＣＤＲ由来の残基によって置換されているところの、ヒト免疫グロブリンに由来する。いくつかの例として、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換されている。ヒト化抗体はまた、レシピエントの抗体にも導入されたＣＤＲにも見られない残基またはフレームワーク配列を含む。ヒト化抗体は、少なくとも一つまたは二つの可変ドメインを含み、全てまたは実質的に全てのＣＤＲ領域が非ヒト免疫グロブリンのそれらに対応し、全てまたは実質的に全ての定常領域がヒト免疫グロブリン共通配列のそれらである。ヒト化抗体は、好ましくは、少なくともヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の一部分を含む。
【０５７６】
ヒト化抗体は、マウス本来の免疫グロブリン軽鎖および重鎖は発現できないが、ヒト重鎖および軽鎖を発現することができる、トランスジェニックマウスを用いて生成し得る。トランスジェニックマウスは、選別した抗原を用いた標準的手法で免疫化する。抗原に対するモノクローナル抗体は、従来のハイブリドーマ技術を用いて得られる。トランスジェニックマウスに潜在しているヒト免疫グロブリンのトランスジーンは、Ｂ細胞の分化の間に再配列し、その後クラススイッチおよび体細胞変異を受ける。この技術を用いて、治療上有用なＩｇＧ、ＩｇＡおよびＩｇＥ抗体が調製され得る。
【０５７７】
それに加えて、選別したエピトープを認識するヒト化抗体が、「ガイド選別」と呼ばれる技術を用いて生成し得る。この方法において、例えばネズミの抗体のような、選別した非ヒトモノクローナル抗体は、同じエピトープを認識するヒト化抗体の選別をガイドするために用いられる。
【０５７８】
一つの具体例として、本発明の抗体は、対応する腎細胞癌疾患遺伝子産物、または少なくとも１０５Ｍ−１、１０６Ｍ−１、１０７Ｍ−１またはそれ以上のような少なくとも１０４Ｍ−１の、結合親和性定数Ｋａ望ましい抗原と結合し得る。
【０５７９】
本発明の抗体は、抗体−抗原複合体の検出を可能にするために、一つまたはそれ以上の検出可能な部分によって標識され得る。検出可能な部分には、分光器的、酵素的、光化学的、生化学的、生物電子工学的、免疫化学的、電気的、光学的または化学的方法によって検出し得る組成物を含み得る。検出可能な部分には、放射線測定器、化学ルミネセンス化合物、標識した結合タンパク質、重金属原子、蛍光マーカーおよび色素のような分光器のマーカー、磁気標識、結合した酵素、質量分光測定タグ、スピン標識、電子輸送体および受容体、およびその類似物を含むが、それだけに限定されない。
【０５８０】
本発明のさらに他の側面に従うと、末梢血試料におけるポリペプチドのレベルが、ポリペプチドと関連した生物学的活性を検出することによって決定し得る。ポリペプチドの生物学的機能／活性が既知る場合は、適当な試験管内バイオアッセイが生物学的機能／活性を評価するために構築し、それによって試料中のポリペプチドの量を決定し得る。
【０５８１】
腎細胞癌疾患遺伝子またはそれぞれのＣＰＳｓの発現レベルは、様々な方法を用いて、基準の発現レベルと比較し得る。これらの基準のレベルは、疾患に罹患していないヒト、腎細胞癌またはその他の固形腫瘍患者から単離した末梢血試料を用いて決定し得る。比較は、比較すべき発現レベルの間のフォールドチェンジまたは絶対差異を用いて実行し得る。一つまたはそれ以上の腎細胞癌疾患遺伝子またはＣＰＳｓが、その比較に用いられ得る。例えば、少なくとも２、３、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００またはそれ以上の腎細胞癌疾患遺伝子またはＣＰＳｓが用いられ得る。
【０５８２】
発現パターンはまた、異なる疾患遺伝子の発現レベルの間の一つまたはそれ以上の比率を用いることによって比較し得る。他の適当な尺度または指標はまた、異なる発現パターンの間の関係または相違を評価するために利用し得る。
【０５８３】
多数のＣＰＳｓまたは腎細胞癌疾患遺伝子の利用は、誤った予測のリスクを低下し得る。一つの具体例として、選別したＣＰＳｓまたは腎細胞癌疾患遺伝子の５０％以上が（６０％、７０％、８０％または９０％のような）、テストのヒトが腎細胞癌を有しているかまたは腎細胞癌のないことを示唆する場合は、それぞれ腎細胞癌または腎細胞癌のないことの予測をなすであろう。他の具体例として、遺伝子発現を基盤にした比較は、腎細胞癌および／または他の固形腫瘍を予測する他の臨床的証拠と組み合わせる。
【０５８４】
好ましい具体例として、腎細胞癌なしに対する腎細胞癌の予測に用いられる腎細胞癌疾患遺伝子は、ＥＥＦ１Ａ２、ＴＬＲ２、ＢＲＦ２、ＬＧＡＬＳ３、ＳＮＲＰＧ、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＮＵＭＡ１、ＳＯＤ２、ＡＫＲ１Ｂ１、ＤＵＳＰ６、ＳＭＡＲＣＥ１、ＫＩＡＡ０６６９、ＭＳＦ、ＩＬ１ＲＮ、ＰＴＭＡ、ＫＩＡＡ０４１０、ＰＳＭＤ３、Ｔ５４、Ｃ１ＱＢＰおよびＯＳＲ１からなる群から選ばれる一つまたはそれ以上の遺伝子を含むか、またはそれらからなり得る。例えば、腎細胞癌の予測に用いられる腎細胞癌疾患遺伝子は、その群から選ばれる少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０の遺伝子を含むか、またはそれらからなり得る。他の例としては、診断に用いられる腎細胞癌疾患遺伝子は、（１）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＩＬ１ＲＮ、ＫＩＡＡ０４１０、Ｔ５４およびＯＳＲ１からなる群から選ばれる少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０の遺伝子、および／または（２）ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＳＭＡＲＣＥ１、ＭＳＦ、ＰＴＭＡ、ＰＳＭＤ３およびＣ１ＱＢＰからなる群から選ばれる少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０の遺伝子を含み得る。
【０５８５】
他の好ましい具体例として、腎細胞癌なしに対する腎細胞癌の予測に用いられるＣＰＳｓは、ＣＰＳ１、ＣＰＳ３、ＣＰＳ４、ＣＰＳ６、ＣＰＳ１８、ＣＰＳ３８、ＣＰＳ５３、ＣＰＳ２５５、ＣＰＳ２５６、ＣＰＳ２５７、ＣＰＳ２５８、ＣＰＳ２５９、ＣＰＳ２６０、ＣＰＳ２６１、ＣＰＳ２６２、ＣＰＳ２６３、ＣＰＳ２６４、ＣＰＳ２６５、ＣＰＳ２６６およびＣＰＳ２６７からなる群から選ばれる一つまたはそれ以上のＣＰＳｓを含むか、またはそれらからなり得る。例えば、腎細胞癌の予測に用いられるＣＰＳｓは、その群から選ばれる少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０のＣＰＳｓを含むか、またはそれらからなり得る。他の例としては、診断に用いられる腎細胞癌疾患遺伝子は、（１）ＣＰＳ１、ＣＰＳ３、ＣＰＳ４、ＣＰＳ６、ＣＰＳ１８、ＣＰＳ３８、ＣＰＳ５３、ＣＰＳ２６１、ＣＰＳ２６４およびＣＰＳ２６７からなる群から選ばれる少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０のＣＰＳｓ、および／または（２）ＣＰＳ２５５、ＣＰＳ２５６、ＣＰＳ２５７、ＣＰＳ２５８、ＣＰＳ２５９、ＣＰＳ２６０、ＣＰＳ２６２、ＣＰＳ２６３、ＣＰＳ２６５およびＣＰＳ２６６からなる群から選ばれる少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０のＣＰＳｓを含み得る。
【０５８６】
さらに他の好ましい具体例として、腎細胞癌なしに対する腎細胞癌の予測に用いられる腎細胞癌疾患遺伝子は、ＣＤ４４、ＫＩＡＡ０４１０、ＭＡＲＣＯ、ＭＡＰ３Ｋ８、ＮＳＰ−ＣＬ、ＰＩＰ５Ｋ１Ｃ、ＮＲＧ１、ＲＡＢ３１、ＬＧＡＬＳ３、ＭＥＦ２Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＬＨＦＰＬ２、ＥＴＳ２、ＫＨＳＲＰ、ＥＮＩＧＭＡ、ＵＮＫ＿ＡＦ０３８１８７、ＲＡＢ１３、ＴＬＲ２、Ｔ５４およびＤＵＳＰ６からなる群から選ばれる一つまたはそれ以上の遺伝子を含むか、またはそれらからなり得る。例えば、予測に用いられる腎細胞癌疾患遺伝子は、その群から選ばれる少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０の遺伝子を含むか、またはそれらからなり得る。
【０５８７】
さらに他の好ましい具体例として、ＣＰＳｓ１，３，４，５，６，７，９，１０，１１，１６，２８，３１，２６８，２６４，２７９，２８０，２８１，２８２，２８３および２８４からなる群から選ばれる一つまたはそれ以上のＣＰＳｓを含むか、またはそれらからなり得る。例えば、予測に用いられるＣＰＳｓは、その群から選ばれる少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０のＣＰＳｓを含むか、またはそれらからなり得る。
【０５８８】
他の好ましい具体例としては、腎細胞癌、および／または前立腺癌および頭部／頸部癌のような他の固形腫瘍の予測に用いられる、腎細胞癌疾患遺伝子は、ＣＤ４４、ＣＲＡＤＤ、ＣＣＲＬ２、ＫＩＡＡ０８３７、ＫＩＡＡ０７０７、ＫＩＡＡ１１１３、ＥＲＥＧ、ＵＮＫ＿ＡＬ０５０１１９、ＰＰＡＲＤ、ＣＴＳＬ、ＡＴＰ２Ｂ１、ＵＮＫ＿ＡＦ０５２１１５、ＭＩＴＦ、ＳＴＡＴ３、ＫＩＡＡ０４１０、ＴＰＤ５２Ｌ２、ＵＮＫ＿ＡＩ７３２８８５、ＭＡＲＣＯ、ＬＯＣ６４１１６およびＰＤＮＰ２からなる群から選ばれる一つまたはそれ以上の遺伝子を含むか、またはそれらからなり得る。例えば、予測に用いられる腎細胞癌疾患遺伝子は、その群から選ばれる少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０の遺伝子を含むか、またはそれらからなり得る。
【０５８９】
さらに他の好ましい具体例として、腎細胞癌、および／または前立腺癌および頭部／頸部癌のような他の固形腫瘍の予測に用いられる、ＣＰＳｓは、ＣＰＳｓ１７，３１，３７，５０，５９，６４，６９，７１，２６４、２６８，２６９，２７０，２７１，２７２，２７３，２７４，２７５，２７６，２７７および２７８からなる群から選ばれる一つまたはそれ以上のＣＰＳｓを含むか、またはそれらからなり得る。例えば、予測に用いられるＣＰＳｓは、その群から選ばれる少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０のＣＰＳｓを含むか、またはそれらからなり得る。
【０５９０】
一つの具体例として、固形腫瘍なしに対する固形腫瘍の予測に用いられる腎細胞癌疾患遺伝子は、ＮＵＭＡ１、ＣＸＣＲ４、ＩＬ１０ＲＡ、Ｍ９、ＦＡＵ、ＢＲＦ２、ＲＰＳ６、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＡＧ５、ＡＫＲ１Ｂ１、ＵＮＫ＿ＡＬ０２２７２１、Ｃ１ＱＢＰ、ＤＫＺＰ５８６Ｅ０８２０、ＮＯＮＯ、ＰＳＭＤ３、ＵＮＫ＿Ｎ７４６０７、ＵＮＫ＿ＡＩ７４３５０７、ＭＡＰＫＡＰＫ５およびＵＮＫ＿Ｕ７９２９７からなる群から選ばれる一つまたはそれ以上の遺伝子を含むか、またはそれらからなり得る。例えば、予測に用いられる腎細胞癌疾患遺伝子は、その群から選ばれる少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０の遺伝子を含むか、またはそれらからなり得る。
【０５９１】
他の具体例として、固形腫瘍なしに対する固形腫瘍の予測に用いられるＣＰＳｓは、ＣＰＳｓ２５８、２８５、１０７、２８６、２８７、２５６、２８８、２５５、２８９、２５９、２９０、２６６、２９１、２９２、２６５、１３１、２９３、２９４および２９５からなる群から選ばれる一つまたはそれ以上のＣＰＳｓを含むか、またはそれらからなり得る。例えば、予測に用いられるＣＰＳｓは、その群から選ばれる少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０のＣＰＳｓを含むか、またはそれらからなり得る。
【０５９２】
発現プロフィールの比較はまた、整列したＤＮＡクローンの定量的ハイブリダイゼーション、遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）技術、または転写画像化ツールまたはＧＥＭＴＯＯＬＳ遺伝子発現分析プログラム（Ｉｎｃｙｔｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）またはジーンコーリングおよび定量的発現分析技術（Ｃｕｒａｇｅｎ）のような電子分析に基づいて実行され得る。パターン認識プログラムのようなアルゴリズムは、腎細胞癌疾患遺伝子の発現プロフィールを基準の発現プロフィールと比較するために用いられ得る。
【０５９３】
Ｅ．加重多数決アルゴリズムを用いた腎細胞癌および他の固形腫瘍の予測
本発明のある側面に従うと、加重多数決アルゴリズムは、診断中のヒトの腎細胞癌の疾患遺伝子の同じセットの発現プロフィールを、疾患に罹患していないヒト、既知の腎細胞癌または他の固形腫瘍の患者における腎細胞癌の疾患遺伝子の同じセットの発現プロフィールと比較するために用いられる。加重多数決アルゴリズムは、Ｔ．Ｒ．Ｇｏｌｕｂら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２８６：５３１−５３７（１９９９）、およびＤ．Ｋ．Ｓｌｏｎｉｍら、Ｐｒｏｃｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｏｕｒｔｈ  Ａｎｎｕａｌ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ  ｏｎ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｒｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、東京、日本、４月８−１１、ｐ２６３−２７２（２０００）に」記述されている。そのアルゴリズムは、二重または多重の分析を伴い得る。遺伝子クラスター２ソフトウェアのような多重分析ソフトウェアは、ＭＩＴ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｔ  Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅから入手できる。そのアルゴリズムは、診断中のヒトを、少なくとも二つのクラスの内の一つに割り振ることができる。
【０５９４】
アルゴリズムの一つの形態の下で、診断すべきヒトを、二つのクラス（クラス０およびクラス１と呼ばれる）に割り振る。例えば、クラス０は疾患に罹患していないヒトを表してそれからなっていて良く、クラス１は腎細胞癌患者を表してそれからなっていて良い。腎細胞癌疾患遺伝子のセットは、クラス予測因子（分類子）を作るために選別される。クラス予測因子中の各々の遺伝子は、二つのクラス（クラス０およびクラス１）のうち一つについて加重した診断を割り当てる。遺伝子「ｇ」の診断は、ｖｇ＝ａｇ（ｘｇ−ｂｇ）として定義され、式中ａｇ＝Ｐ（ｇ，ｃ）は、遺伝子「ｇ」の発現レベルおよびクラス区分の間の相関を反映し、ｂｇ＝［ｘ０（ｇ）＋ｘ１（ｇ）］／２は、クラス０およびクラス１における遺伝子「ｇ」の発現レベルの平均対数の平均であり、ｘｇはテスト試料における遺伝子「ｇ」の発現レベルの正規化した対数を表す。正のｖｇはクラス０についての診断を示し、負のｖｇはクラス０についての診断を示す。Ｖ０は全ての正の診断の和を意味し、Ｖ１は負の診断の和の絶対値を意味する。予測強度ＰＳは、ＰＳ＝（Ｖ０−Ｖ１）／（Ｖ０＋Ｖ１）として定義される。
【０５９５】
クロスバリデーションは、加重多数決アルゴリズムの下で作られた、クラス予測の精度を評価するために用いられ得る。簡潔に言うと、近隣者分析の下で腎細胞癌疾患遺伝子を同定するために用いられた試料は留められる。クラス予測因子は、残りの試料に基づいて作成され、その後留められた試料のクラスを予測するために用いられる。この過程は、近隣者分析に用いられた各々の試料について反復され得る。異なる腎細胞癌疾患遺伝子を含むクラス予測因子は、クロスバリデーション過程を用いて評価することができ、最も正確な予測ができる最良のクラス予測因子が同定され得る。それに加えて、適当な予測強度（ＰＳ）最低基準は、累積クロスバリデーション過誤率を予測強度に対してプロットすることによって評価し得る。
【０５９６】
一つの具体例として、テスト試料がクラス０またはクラス１に属するという正の予測は、テスト試料についてのＰＳの絶対値が０．３未満である場合になされ得る。０．１または０，２未満のような、他のＰＳの最低基準もまたなされ得る。
【０５９７】
他の具体例として、クラス予測因子または分類子は、近隣者分析の下で同定された腎細胞癌疾患遺伝子からなる。これら腎細胞癌疾患遺伝子の半分は、最大のＰ（ｇ，ｃ）スコアを有し、他方の半分は最大の−Ｐ（ｇ，ｃ）スコアを有する。数字ｎは、クラス予測因子を定義する上で唯一の自由な変数である。
【０５９８】
本明細書の小節Ｇは、腎細胞癌疾患遺伝子の確立およびトレーニングの詳細な例を記述している。
【０５９９】
このましい具体例として、クラス予測因子は、ＥＥＦ１Ａ２、ＴＬＲ２、ＢＲＦ２、ＬＧＡＬＳ３、ＳＮＲＰＧ、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＮＵＭＡ１、ＳＯＤ２、ＡＫＲ１Ｂ１、ＤＵＳＰ６、ＳＭＡＲＣＥ１、ＫＩＡＡ０６６９、ＭＳＦ、ＩＬ１ＲＮ、ＰＴＭＡ、ＫＩＡＡ０４１０、ＰＳＭＤ３、Ｔ５４、Ｃ１ＱＢＰおよびＯＳＲ１から選ばれる、少なくとも２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０の遺伝子を含むか、またはそれらからなる。例えば、２遺伝子クラス予測は、ＴＬＲ２およびＥＥＦ１Ａ２からなっていてよい。４遺伝子クラス予測は、ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＥＥＦ１Ａ２およびＢＲＦ２からなっていてよい。６遺伝子クラス予測は、ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２およびＳＮＲＰＧからなっていてよい。８遺伝子クラス予測は、ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧおよびＮＵＭＡ１からなっていてよい。１０遺伝子クラス予測は、ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１およびＡＫＲ１Ｂ１からなっていてよい。１２遺伝子クラス予測は、ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１およびＳＭＡＲＣＥ１からなっていてよい。１４遺伝子クラス予測は、ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＩＬ１ＲＮ、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＳＭＡＲＣＥ１およびＭＳＦからなっていてよい。１６遺伝子クラス予測は、ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＩＬ１ＲＮ、ＫＩＡＡ０４１０、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＳＭＡＲＣＥ１、ＭＳＦおよびＰＴＭＡからなっていてよい。１８遺伝子クラス予測は、ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＩＬ１ＲＮ、ＫＩＡＡ０４１０、Ｔ５４、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＳＭＡＲＣＥ１、ＭＳＦ、ＰＴＭＡおよびＰＳＭＤ３からなっていてよい。最後に、２０遺伝子クラス予測は、ＥＥＦ１Ａ２、ＴＬＲ２、ＢＲＦ２、ＬＧＡＬＳ３、ＳＮＲＰＧ、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＮＵＭＡ１、ＳＯＤ２、ＡＫＲ１Ｂ１、ＤＵＳＰ６、ＳＭＡＲＣＥ１、ＫＩＡＡ０６６９、ＭＳＦ、ＩＬ１ＲＮ、ＰＴＭＡ、ＫＩＡＡ０４１０、ＰＳＭＤ３、Ｔ５４、Ｃ１ＱＢＰおよびＯＳＲ１からなる。
【０６００】
他の好ましい具体例として、クラス予測因子は、（１）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＩＬ１ＲＮ、ＫＩＡＡ０４１０、Ｔ５４およびＯＳＲ１からなる群から選ばれる少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０の遺伝子、および（２）ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＳＭＡＲＣＥ１、ＭＳＦ、ＰＴＭＡ、ＰＳＭＤ３およびＣ１ＱＢＰからなる群から選ばれる少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０の遺伝子を含む。
【０６０１】
さらに他の好ましい具体例として、クラス予測因子は、ＣＤ４４、ＫＩＡＡ０４１０、ＭＡＲＣＯ、ＭＡＰ３Ｋ８、ＮＳＰ−ＣＬ、ＰＩＰ５Ｋ１Ｃ、ＮＲＧ１、ＲＡＢ３１、ＬＧＡＬＳ３、ＭＥＦ２Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＬＨＦＰＬ２、ＥＴＳ２、ＫＨＳＲＰ、ＥＮＩＧＭＡ、ＵＮＫ＿ＡＦ０３８１８７、ＲＡＢ１３、ＴＬＲ２、Ｔ５４およびＤＵＳＰ６からなる群から選ばれる、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０の遺伝子を含むか、またはそれらからなる。
【０６０２】
他の一層好ましい具体例として、クラス予測因子は、ＣＤ４４、ＣＲＡＤＤ、ＣＣＲＬ２、ＫＩＡＡ０８３７、ＫＩＡＡ０７０７、ＫＩＡＡ１１１３、ＥＲＥＧ、ＵＮＫ＿ＡＬ０５０１１９、ＰＰＡＲＤ、ＣＴＳＬ、ＡＴＰ２Ｂ１、ＵＮＫ＿ＡＦ０５２１１５、ＭＩＴＦ、ＳＴＡＴ３、ＫＩＡＡ０４１０、ＴＰＤ５２Ｌ２、ＵＮＫ＿ＡＩ７３２８８５、ＭＡＲＣＯ、ＬＯＣ６４１１６およびＰＤＮＰ２からなる群から選ばれる、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０の遺伝子を含むか、またはそれらからなる。この具体例のクラス予測因子は、腎細胞癌、前立腺癌、頭部／頸部癌および疾患なしを予測するために用いられ得る。
【０６０３】
さらに他の一層好ましい具体例として、クラス予測因子は、ＮＵＭＡ１、ＣＸＣＲ４、ＩＬ１０ＲＡ、Ｍ９、ＦＡＵ、ＢＲＦ２、ＲＰＳ６、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＡＧ５、ＡＫＲ１Ｂ１、ＵＮＫ＿ＡＬ０２２７２１、Ｃ１ＱＢＰ、ＤＫＺＰ５８６Ｅ０８２０、ＮＯＮＯ、ＰＳＭＤ３、ＵＮＫ＿Ｎ７４６０７、ＵＮＫ＿ＡＩ７４３５０７、ＭＡＰＫＡＰＫ５およびＵＮＫ＿Ｕ７９２９７からなる群から選ばれる、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８または２０の遺伝子を含むか、またはそれらからなる。この具体例のクラス予測因子は、特定のタイプの固形腫瘍に関わらず、固形腫瘍なしに対して固形腫瘍を予測するために用いられ得る。この具体例において予測可能な固形腫瘍には、腎細胞癌、前立腺癌および頭部／頸部癌を含む。
【０６０４】
一つの具体例として、疾患に罹患していないヒト、または既知の腎細胞癌または固形腫瘍の患者に由来する発現レベルのような、基準の腎細胞癌疾患遺伝子の発現レベルは、データーベースに蓄積され、容易に検索できる。他の具体例として、様々な遺伝子の発現プロフィールの間の比較は、コンピューターシステムを用いるように、電子的に実行される。コンピューターシステムは、比較すべき発現プロフィールを表すデータを貯蔵ずるメモリーと結合した処理装置を含む。好ましくは、メモリーは、読み込めると共に書き換え可能である。メモリーに貯蔵された発現データは、変更され、検索され、他の方法で扱われ得る。メモリーはまた、貯蔵した発現プロフィールを処理装置に比較させることのできる、一つまたはそれ以上のプログラムも貯蔵している。例えば、プログラムは、加重多数決アルゴリズムを実行できる可能性がある。処理装置はまた、ポリヌクレオチドアレースキャナーに結合していて良く、スキャナーからのシグナルを受け取ることができる。
【０６０５】
他の具体例として、信頼範囲は、予測の精度を最良にし、偽陽性および偽陰性の結果を最小限にするために構築される。正確に診断された患者および正確に診断されなかった疾患なしの個体の蓄積したプールについて収集した、平均信頼スコアが算出でき、診断上問題の特定の予測遺伝子セットについて、値の参考範囲が報告され得る。
【０６０６】
Ｆ．他の出願
本発明の体系的な遺伝子発現分析は、腎細胞癌および／または他の固形腫瘍の異なる病期、進行、治療において単離された、末梢血試料において特異的に発現している遺伝子を同定するために用いられ得る。そのようにして同定された遺伝子は、腎細胞癌および／または他の固形腫瘍の病期、進行、治療をモニターする分子マーカーである。そのようにして同定された遺伝子はまた、腎細胞癌または他の固形腫瘍に対する治療の有効性を評価するための代用的なマーカーとしても用いられ得る。
【０６０７】
腎細胞癌または他の固形腫瘍に関する臨床的な試みは、治療に対する患者の非常に変化に富む反応である。薬理遺伝子学の基本的概念は、患者の利用可能な治療選択肢に関する遺伝子型を理解し、その患者に対する最も適切な選択肢を個別に扱うことである。腎細胞癌および／または他の固形腫瘍患者の異なるクラスは、施すべき治療法に対する異なる反応性を基にして作成され得る。これらのクラスにおいて特異的に発現している遺伝子は、包括的な遺伝子発現分析を用いて同定し得る。そのようにして同定された遺伝子は、特定の患者が所定の治療法に良く反応するかまたはあまり反応しないかを予測するための、予測マーカーとして役に立ち得る。治療に対して好都合な結果が得られると予想される患者については、治療の毒性を最小限にするための努力を考慮して良く、一方治療に反応しないと予測される患者については、他の治療法または実験的養生法による治療が用いられ得る。
【０６０８】
本発明はまた、腎細胞癌疾患遺伝子をコード化する発現ベクターを熟考している。腎細胞癌疾患遺伝子は、腎細胞癌腫瘍細胞において低発現であって良い。発現ベクターを患者に導入することによって、標的遺伝子の異常な発現が是正される可能性がある。
【０６０９】
適当な発現ベクターおよび遺伝子輸送ベクターは、当該分野においてよく知られている。好ましくは、これらのベクターは、レトロウィルス、レンチウィルス、アデノウィルス、アデノ関連ウィルス（ＡＡＶ）、ヘルペスウィルスまたはαウィルスベクターのような、ウィルスベクターである。これらウィルスベクターはまた、アストロウィルス、コロナウィルス、オルトミクソウィルス、パポーバウィルス、パラミクソウィルス、パルボウィルス、ピコルナウィルス、ポックスウィルスまたはトガウィルスベクターであってもよい。
【０６１０】
発現した構築物の輸送は、上で述べたウィルスベクターに限定されない。他の輸送方法もまた利用され得る。これらの方法には、核酸発現ベクター、不活化したアデノウィルスと結合したまたは結合していないポリカチオン性縮合ＤＮＡ、リガンド結合、遺伝子ガン、電離放射線、核酸電荷中和または細胞膜との融合を含む。裸のＤＮＡを用いる実験的方法は、当該分野において知られている。取り込みの効率は、生物分解性のラテックスビードを用いて向上している可能性がある。この方法は、ビードを疎水性を高めるように処理することによって、さらに改良され得る。リポソームを基にした方法もまた用いられ得る。
【０６１１】
それに加えて、本発明は、重要な腎細胞癌疾患遺伝子にアンチセンスである配列を発現させることのできる発現ベクターのことを熟考している。重要な腎細胞癌疾患遺伝子は、腎細胞癌または他の固形腫瘍において過剰発現していて良い。これらの患者にアンチセンス発現ベクターを導入することによって、標的遺伝子の異常な発現が是正される可能性がある。
【０６１２】
「アンチセンス」ポリヌクレオチドは、タンパク質をコード化する「センス」ポリヌクレオチドに相補的なヌクレオチド配列を含む。アンチセンスポリヌクレオチドは、水素結合を介して、センスポリヌクレオチドに結合し得る。アンチセンスポリヌクレオチドは、標的遺伝子のコード鎖全体に相補的であって良く、またはそれらの一部に相補的であっても良い。一つの具体例として、アンチセンスポリヌクレオチド分子は、標的遺伝子のコード鎖中の「非コード領域」にアンチセンスである。
【０６１３】
アンチセンスポリヌクレオチドは、ＷａｔｓｏｎおよびＣｒｉｃｋの塩基対の法則に従って構築され得る。それらは、標的遺伝子の一部のみにアンチセンスであるオリゴヌクレオチドであって良い。アンチセンスポリヌクレオチドは、例えば長さが５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０ヌクレオチドであって良い。アンチセンスポリヌクレオチドは、当業者に評価されているような、化学合成および酵素的ライゲーション反応を用いて構築され得る。例えば、アンチセンスポリヌクレオチド（例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド）は、自然に発生するヌクレオチド、または分子の生物学的安定性を高め、アンチセンスおよびセンスポリヌクレオチドの間で形成される二本鎖の物理的安定性を高めるように構築した多様な修飾を受けたヌクレオチドを用いて、化学的に合成し得る。あるいは、アンチセンスポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドがアンチセンス方向でサブクローニングする発現ベクターを用いて、生物学的に生成し得る（すなわち、挿入されたポリヌクレオチドから転写されるＲＮＡが重要な標的ポリヌクレオチドにアンチセンス方向である。）。
【０６１４】
アンチセンスポリヌクレオチドは、標的遺伝子の細胞内のｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡに、ハイブリダイゼーションまたは結合し、それによって標的遺伝子の発現を抑制するように、患者に投薬するか、または元の場所に適用され得る。ハイブリダイゼーションは、従来のヌクレオチドの相補性によって、安定な二本鎖を形成し得る。アンチセンスポリヌクレオチドを投薬するための経路の例には、組織の部位への直接注入を含む。アンチセンスポリヌクレオチドはまた、最初に修飾され、その後全身に投薬され得る。例えば、全身投薬のために、アンチセンス分子は、選別された細胞表面に発現している受容体または抗原に特異的に結合するように、修飾され得る。適当な修飾には、アンチセンスポリヌクレオチドの、細胞表面の受容体または抗原に結合するペプチドまたは抗体への結合を含む。それに加えて、アンチセンスポリヌクレオチドは、ベクターを用いて細胞に輸送し得る。アンチセンス分子の十分な細胞内濃度を達成するために、強力なｐｏｌＩＩまたはｐｏｌＩＩＩプロモーターがベクターにおいて用いられる可能性がある。
【０６１５】
一つの具体例として、アンチセンスポリヌクレオチドは、αアノマーポリヌクレオチドである。αアノマーポリヌクレオチド分子は、通常のβユニットと反対に、鎖が平行に走行する相補的ＲＮＡと、特定の二本鎖ハイブリッドを形成する。アンチセンスポリヌクレオチド分子はまた、２'−ｏ−メチルリボヌクレオチドまたはキメラＲＮＡ−ＤＮＡ類似物を含む。
【０６１６】
他の具体例として、アンチセンスポリヌクレオチドは、リボザイムである。リボザイムは、相補的な領域を有する、ｍＲＮＡのような、一本鎖ポリヌクレオチドを解離できるリボヌクレアーゼ活性を有する、触媒活性のあるＲＮＡである。従って、リボザイムは、発現を抑制するために、標的遺伝子のｍＲＮＡ転写産物を触媒活性で解離するために用いて良い。標的遺伝子から転写されるｍＲＮＡは、ＲＮＡ分子のプールから、特定のリボヌクレアーゼ活性を有する触媒活性のあるＲＮＡを選別するために用いられ得る。あるいは、標的遺伝子の発現は、調節領域に相補的なヌクレオチド配列（例えばプロモーターおよび／またはエンハンサー）を用いることによって、抑制し得る。これらのヌクレオチド配列は、標的細胞中の遺伝子の転写を阻害する、三重らせん構造を形成し得る。
【０６１７】
標的遺伝子の発現はまた、ＲＮＡ干渉（「ＲＮＡｉ」）を用いて抑制され得る。これは、転写後遺伝子サイレンシング（「ＰＴＧＳ」）において用いられる技術であり、標的となった遺伝子の活性が特異的に失われる。ＲＮＡｉは、多くの側面において植物におけるＰＴＧＳに類似しており、トリパノソーマ、ヒドラ、プラナリア、線虫およびショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ）を含む、多くの無脊椎動物において検出された。それは輸送可能な要素の流動化および抗ウィルス状態形成の調整に含まれる可能性がある。哺乳類の系統におけるＲＮＡｉは、ＰＣＴ出願ＷＯ００／６３３６４において開示される。一つの具体例として、標的遺伝子と相同な、少なくとも約２１ヌクレオチドのｄｓＲＮＡは細胞に導入される。
【０６１８】
腎細胞癌疾患遺伝子によってコード化されるポリペプチドに対する抗体はまた、腎細胞癌疾患遺伝子の機能に影響を与えるために、調製されて患者に投薬され得る。一つの具体例として、抗体は、標的遺伝子の活性の少なくとも２５％を低下させ得る。好ましくは、抗体は、対応する遺伝子の活性の少なくとも約５０％を低下させ得る。非常に好ましくは、抗体は、標的遺伝子の活性の少なくとも約９５−１００％を低下させ得る。
【０６１９】
本発明の抗体または発現ベクターを含む医薬組成物が作成し得る。医薬組成物はまた、医薬上許容されるキャリアを含む。本明細書で用いられている、「医薬上許容されるキャリア」は、全ての溶媒、溶解剤、充填剤、安定剤、結合剤、吸収剤、塩基、緩衝試薬、潤滑剤、規制された解離媒介剤、希釈剤、乳化剤、湿潤剤、吸収剤、分散媒、被覆剤、抗菌剤または抗真菌剤、等張液および吸収遅延剤などを含むことを意図している。医薬活性のある基質に対して、そのような媒質および試薬の利用は、当該分野においてよく知られている。あらゆる従来の媒質または試薬が活性を有する化合物と不和性である範囲にあることを除いて、組成物においてそれらを利用することが熟考されている。補足の試薬がまた、組成物に組み込まれ得る。
【０６２０】
医薬組成物は、意図された投薬経路と融和性であるように、処方され得る。投薬経路の例には、例えば静脈内、皮内、皮下のような非経口、経口（例えば吸入）、経皮（局所）、経粘膜および直腸投薬を含む。非経口、経皮または皮下の適用に用いられる溶液または懸濁液には次の成分を含む：注射用水のような無菌の希釈剤、塩溶液、不揮発性の油脂、ポリエチレングリコール、グリセリン；プロピレングリコールまたは他の合成溶媒；ベンジルアルコールまたはメチルパラベンのような抗菌薬；アスコルビン酸または重硫酸ナトリウムのような抗酸化剤；エチレンジアミンテトラ酢酸のようなキレート剤；酢酸、クエン酸またはリン酸のような緩衝剤および塩化ナトリウムまたはデキストロースのような張性調節薬。ｐＨは、塩酸または水酸化ナトリウムのような酸または塩基によって調節し得る。非経口用調製は、アンプル、使い捨ての注射器またはガラスまたはプラスチック製の多容量の薬瓶中に封入し得る。
【０６２１】
遺伝子治療または薬物治療の標的として用いられ得る適当な腎細胞癌疾患遺伝子の例には、ＤＵＳＰ６、ＤＲＤ２、ＡＢＬ１、ＧＵＫ１、ＭＡＰ２Ｋ３、ＢＳＧ、ＰＰＡＲＧ、ＴＮＮＴ１、ＥＲＮ１、Ｃ４Ａ、ＣＣＲ１、ＰＰＡＲＤ、ＰＤＸＫ、ＭＭＰ９、ＰＰＰ３ＣＢ、ＣＨＲＮＡ４、Ｃ８ＦＷ、ＰＤＮＰ２、ＡＬＤＨ５Ａ１およびＧＰＲ１２を含むが、それだけに限定されない。他の例には、ＰＢＭＣおよび腎細胞癌腫瘍組織両方において過剰発現または低発現している腎細胞癌疾患遺伝子を含む。
【０６２２】
一つの具体例として、本発明は、一つまたはそれ以上のポリヌクレオチドを含むキットを提供し、各々の一つまたはそれ以上のポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件下で遺伝子表４から選ばれる遺伝子にハイブリダイゼーション可能である。本発明のあらゆるプライマー／プローブ、またはそれらの相補体が、キット中に含まれ得る。ポリヌクレオチドは、蛍光、放射能または他の検出可能な部分によって標識し得る。一例として、一つまたはそれ以上のポリヌクレオチドは、薬瓶、管、ボトルまたは他の保存方法において保存される。他の例として、一つまたはそれ以上のポリヌクレオチドは、固体の土台に安定に結合している。核酸ハイブリダイゼーションは、固体の土台上で直接実行され得る。さらに他の例として、キットは、少なくとも２、３、４、５、１０、１５、２０またはそれ以上のポリヌクレオチドを含み、各々の異なるポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件下で、遺伝子表４から選ばれる異なるそれぞれの遺伝子とハイブリダイズすることができる。
【０６２３】
他の具体例として、本発明のキットは、遺伝子表４から選ばれる遺伝子によってコード化されるポリペプチドに結合できる一つまたはそれ以上の抗体を含む。抗体は、標識されても良く、または標識されなくても良い。本発明のあらゆる抗体は、キットに含まれ得る。一例として、キットはまた、二次抗体、対照群または酵素の基質のような他の免疫検出試薬を含む。他の例として、抗体は、一つまたはそれ以上の容器に含まれる。さらに他の例として、抗体は、フィルム、膜、カラム基質またはマイクロ滴定プレートウェルのような固体の土台に安定に結合している。免疫アッセイは、固体の土台上で直接実行され得る。さらに一層他の例として、キットは、少なくとも２、３、４、５、１０、１５、２０またはそれ以上の異なる抗体を含み、各々の異なる抗体は、遺伝子表４から選ばれる異なるそれぞれの遺伝子によってコード化されるポリペプチドに結合することができる。
【０６２４】
上で記述した具体例および次の実施例が説明のために与えられているが、本発明の範囲を限定するものではないことを理解すべきである。本発明の範囲内における、様々な変更および修正が可能であることが、本明細書から当業者には明らかになるであろう。
【０６２５】
Ｇ．実施例
実施例１．ＲＮＡの単離および標識したマイクロアレー標的の調製
臨床試験に由来するＰＢＭＣを、標準的手順に従ってＣＰＴ管に収集した全血試料（８ｍＬ）から単離した。全ての疾患なしおよび腎細胞癌血液試料を輸送するか、または処理前に一晩中貯蔵した。ＰＢＭＣをＦｉｃｏｌｌ勾配以上で精製し、ＰＢＳで２回洗浄し、数えた。全ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙミニキット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｖａｌｅｎｃｉａ、ＣＡ）を用いて、ＰＢＭＣペレットから単離した。オリゴヌクレオチドアレーについての標識した標的を、Ｌｏｃｋｈａｒｔら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１４：１６７５−８０（１９９６）に記述されている手順の修正を用いて調製した。２μｇの全ＲＮＡを、５'末端にＴ７ＤＮＡポリメラーゼプロモーターを含むオリゴ−ｄＴプライマーを用いて起爆することによって、ｃＤＮＡに変換した。ｃＤＮＡは、Ｔ７ＤＮＡポリメラーゼキット（Ａｍｂｉｏｎ、Ｗｏｏｄｌａｎｄｓ、ＴＸ）およびビオチニル化ＣＴＰおよびＵＴＰ（Ｅｎｚｏ）を用いた、試験管内の転写のための鋳型として用いられた。標識したｃＲＮＡを、４０ｍＭのトリス酢酸ｐＨ８．０、１００ｍＭ酢酸カリウム、３０ｍＭ酢酸マグネシウム中で、３５分間９４℃で、最終体積４０μｌで分解した。
【０６２６】
個別の腎細胞癌および疾患なしの試料を、ＨｇＵ９５Ａ遺伝子チップ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）にハイブリダイゼーションした。試料をプールしなかった。４５の腎細胞癌患者および２０の疾患なしのボランティアが、本研究に関わった。腎細胞癌患者の腫瘍を、Ｋｏｖａｃｓら、Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ、１８３：１３１−１３３（１９９７）に記述されている腎細胞癌のＨｅｉｄｅｌｂｅｒｇ分類を用いて、特定の腎細胞癌サブタイプとして病理組織学的に分類した。４５の腎細胞癌腫瘍試料のうち、２４の試料を従来の（明細胞）癌として分類し、１の試料を顆粒細胞癌と分類し、３の試料を乳頭癌として分類し、７の試料を混合サブタイプと分類し、１０の腫瘍試料を不明と分類した。
【０６２７】
標識した標的１０μｇを、ニシンの精子ＤＮＡ１００μｇ／ｍｌおよびセチル化した５０μｇ／ｍｌを含む１ｘＭＥＳ緩衝剤中で希釈した。アレーを互いに標準化し、オリゴヌクレオチドアレーの感受性を評価するために、試験管内合成した１１の細菌遺伝子の転写産物は、Ｈｉｌｌら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２９０：８０９−８１２（２０００）に記述されているような、各々のハイブリダイゼーション反応に含まれた。これらの転写産物の存在量は、全転写産物あたりの対照群転写産物の数に関して述べると、１：３０００００（３ｐｐｍ）から１：１０００（１０００ｐｐｍ）まで変動した。これら対照群転写産物からのシグナル応答によって決定されるような、アレーの検出の感受性は、１：３０００００および１：１０００００コピー／１００万の間で変動した。標識したプローブを９９℃で５分間、その後４５℃で５分間変性させ、１２５００以上のヒト遺伝子（ＨｇＵ９５Ａ、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）からなるオリゴヌクレオチドアレーにハイブリダイゼーションした。アレーを１６時間４５℃でハイブリダイゼーションした。ハイブリダイゼーション緩衝剤は、１００ｍＭのＭＥＳ、１Ｍ［Ｎａ＋］、２０ｍＭのＥＤＴＡおよび０．０１％ツゥイーン２０からなる。ハイブリダイゼーション後、カートリッジを洗浄緩衝剤（６ｘＳＳＰＥＴ）で徹底的に洗浄し、例えば３回１０分間室温で洗浄した。これらのハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件は、集合的に「核酸アレーハイブリダイゼーション条件」と呼ばれる。洗浄したカートリッジを、その後ストレプトアビジンと結合したフィコエリトリンで染色した。
【０６２８】
１２ｘＭＥＳのストックは、１．２２ＭのＭＥＳおよび０．８９Ｍ［Ｎａ＋］を含む。１０００ｍｌについて、ストックは、ＭＥＳ遊離酸一水化物７０．４ｇ、ＭＥＳナトリウム塩１９３．３ｇおよび分子生物学等級水８００ｍｌを混合し、体積を１０００ｍｌに調節することによって調製し得る。ｐＨは６．５および６．７の間であるべきである。２ｘハイブリダイゼーション緩衝剤は、１２ｘＭＥＳストック８．３ｍｌ、５Ｍの塩化ナトリウム１７．７ｍｌ、０．５ＭのＥＤＴＡ４．０ｍＬ、１０％ツゥイーン２０を０．１ｍＬおよび水１９．９ｍＬを混合することによって調製し得る。６ｘＳＳＰＥＴは、０．９Ｍ塩化ナトリウム、６０ｍＭのＮａＨ２ＰＯ４、６ｍＭのＥＤＴＡ、ｐＨ７．４および０．００５％トライトンＸ−１００を含む。いくつかの場合には、洗浄緩衝剤は、より厳密な洗浄緩衝剤に置き換えられて良い。１０００ｍｌの厳密な洗浄緩衝剤は、１２ｘＭＥＳストック８３．３ｍｌ、５Ｍ塩化ナトリウム５．２ｍＬ、１０％ツゥイーン２０を１．０ｍＬおよび水９１０．５ｍＬを混合することによって調製し得る。
【０６２９】
実施例３．遺伝子発現データ分析
データ分析を、ＧＥＮＥＣＨＩＰ３．２ソフトウェア（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）を用いた、未処理の蛍光強度値に基づいて実行された。ＧＥＮＥＣＨＩＰ３．２ソフトウェアは、特異的ハイブリダイゼーション強度値、またはアレー上に表された各々の転写産物についての「平均差異」と同様に、遺伝子が「存在しない」かまたは「存在する」かに関する可能性を算出するために、アルゴリズムを利用する。この算出に用いられるアルゴリズムは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｇｅｎｅｃｈｉｐ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｕｉｔｅ  Ｕｓｅｒ  Ｇｕｉｄｅ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）に記述されている。各々の転写についての「平均差異」は、Ｈｉｌｌら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２９０：８０９−８１２（２０００）の手順に従った「度数」値に標準化した。これは、各々のチップ上の平均差異の値を、各々のハイブリダイゼーション溶液に加えられた、存在量が既知の１１の対照群転写産物についての平均差異から構築された較正曲線に照会することによって達成された。この過程はまた、アレー間の標準化に供する。
【０６３０】
特定の転写産物が、さらに次の基準を満たすかを評価した。一番目に、ＧＥＮＥＣＨＩＰ３．２ソフトウェアによって、全ての試料において「存在していない」と示された遺伝子を、分析から排除した。二番目に、アレー間の転写レベルの比較において、遺伝子が少なくともアレーの一つに存在していることが必要であった。三番目に、グループ間の転写レベルの比較について、スチューデントのｔ検定を、「度数」値において有意差（ｐ＜０．０５）が存在する転写産物の部分集合を同定するために適用した。ある場合においては、統計的に有意な全ての遺伝子の部分集合にわたる、「度数」値における平均フォールドチェンジが２倍またはそれより大きいことを必要とする、四番目の基準もまた用いられた。
【０６３１】
発現プロフィールの類似性に基づいた、管理されていない遺伝子および／またはアレーの階層クラスタリングを、Ｅｉｓｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、Ｕ．Ｓ．Ａ．、９５：１４８６３−１４８６８（１９９８）に記述されている手順を用いて実行された。最近隣者予測分析および管理されたクラスター分析を、Ｇｏｌｕｂら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２８６：５３１−５３７（１９９９）において説明された尺度を用いて実行された。階層クラスタリングおよび最近隣者予測分析について、データを対数変形し、平均値が０で、分散が１になるように標準化した。スチューデントのｔ検定は、疾患なしのＰＢＭＣ発現プロフィールを腎細胞癌ＰＢＭＣプロフィールと比較するために用いられた。その比較において、ｐ値＜０．０５は、統計的有意性を示すために用いられた。
【０６３２】
様々な組織における発現プロフィールはまた、ＢｉｏＥｘｐｒｅｓｓデーターベース（ＧｅｎｅＬｏｇｉｃ、Ｇａｉｔｈｅｒｂｕｒｇ  ＭＤ）からアクセスおよびダウンロードし得る。フォールドチェンジ分析および電子的ノーザンブロットを含めた、ＧｅｎｅＬｏｇｉｃ  ＧＸ２０００ソフトウェアを基にした分析ツールは、フォールドチェンジおよび発現値の分布を算出するために利用されて良く、異なる試料についての発現プロフィールが、階層クラスタリングパッケージ（Ｅｉｓｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．、９５：１４８６３−１４８６８（１９９８））におけるさらなる分析のための発現分析ツールを用いて転送され得る。
【０６３３】
ｋ研究法は、相関尺度（Ｐ（ｇ，ｃ）＝μ１−μ２／σ１＋σ２）を用いた、真実で無作為に並び替えたデータの近隣者分析を実行するために用いられ、式中ｇは遺伝子の発現ベクターであり、ｃはクラスベクターであり、μ１およびσ１はクラス１中の遺伝子の平均発現レベルおよび標準偏差を定義し、μ２およびσ２はクラス２中の遺伝子の平均発現レベルおよび標準偏差を定義している。正しく定義されたクラス（腎細胞癌対疾患なし）の２４６の最も統計的に有意にアップレギュレーションされた遺伝子についての相関の尺度は、無作為に並び替えたクラス区分においてみられる相関の最も統計的に有意な尺度と比較された。腎細胞癌および疾患なしのクラスについてみられる距離測定と比較した、１００の無作為に並び替えたクラスのトップの１％、５％および中央値距離測定をプロットした。図１は、本発明で同定された腎細胞癌疾患遺伝子の統計的な立証を描写している。
【０６３４】
実施例４．末梢血における腎細胞癌疾患遺伝子の同定
表６および７は、遺伝子が存在すると考えられる試料の数（＃Ｐｒｅｓｅｎｔ）によってランクを付した、１８４の腎細胞癌疾患遺伝子を列挙している。１８４の腎細胞癌疾患遺伝子各々についてのスチューデントのｔ検定のｐ値（「Ｔ検定（ｐ値）」）はまた、表６に記載している。「存在」のコールを、ＧＥＮＥＣＨＩＰ３．２ソフトウェアを用い、遺伝子シグナルの強度をバックグラウンドと比較することに基づいて、転写物が試料において検出されるかを評価することによって、算出した。ＧｅｎｅＣｈｉｐ（商標登録）発現分析技術マニュアル、７０１０２１  Ｒｅｖ３（１９９９−２００２  Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）参照。
【０６３５】
各々の転写産物についての「平均差異」値は、各々のハイブリダイゼーション溶液に加えられた存在量が既知である、１１の対照群のｃＲＮＡについての平均差異が、包括的な較正曲線を作成するために用いられるところの、調整した度数標準化法を用いて、「度数」値に標準化された。出典明示によって本明細書の一部とした、Ｈｉｌｌら、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ．、２（１２）：リサーチ００５５．１−００５５．１３（２００１）を参照のこと。この較正は、その後全ての転写産物についての平均差異値を度数評価に変換するために用いられ、それだけには限定されないが、１：３０００００（すなわち３ｐｐｍ）から１：１０００（１０００ｐｐｍ）まで変動し得る、１００万あたりの要素（ｐｐｍ）の単位で示された。
【０６３６】
２０の疾患なしのＰＢＭＣのＲＮＡ試料および４５の腎細胞癌のＰＢＭＣのＲＮＡ試料の発現プロフィール分析は、ＨｇＵ９５Ａチップ上の１２６２６の転写産物のうちの、５２４９の転写産物がさらなる分析のための最初の基準を満たすことを明らかにした。最初の基準は、（１）少なくとも一つの存在している信号があること、および（２）少なくとも一つの度数が１０ｐｐｍを超えていることであった。平均して、４０２３の転写産物が４５の腎細胞癌のＰＢＭＣにおいて「存在している」として検出され、一方４２５４の発現した転写産物が２０の疾患なしのＰＢＭＣにおいて「存在している」として検出された。
【０６３７】
両群の試料（４５の腎細胞癌、２０の疾患なしまたは正常ＰＢＭＣ）全てにわたる、各々の５２４９の最初の転写産物のレベルの変動パーセント率（すなわち、平均度数／Ｓ．Ｄ．Ｘ１００）を算出した（％ＣＯＶ）。転写産物を、腎細胞癌試料全てにわたって最も変動しない遺伝子がＲＣＣ  ＣＯＶランク＝１を受け取り、腎細胞癌試料全てにわたって最も変動する遺伝子がＲＣＣ  ＣＯＶランク＝５２４９を受け取るようにランク付けした。この過程を、２０の疾患なしの（正常の）ＰＢＮＣ試料についても反復し、正常ＣＯＶランクを同様の方法で算出した、すなわち、腎細胞癌なしの試料全てにわたって最も変動しない遺伝子がＮｏｒｍＣＯＶランク＝１を受け取り、腎細胞癌なし試料全てにわたって最も変動する遺伝子がＮｏｒｍＣＯＶランク＝５２４９を受け取った。それに加えて、フォールドチェンジを、腎細胞癌平均度数／正常平均度数として算出し、２．０と同数またはそれより大きい数を腎細胞癌ＰＢＭＣにおいて誘導される転写産物を表しているとみなした。５２４９の転写産物の各々のフォールドチェンジは、表６に記述している。１０ｐｐｍより高いレベルを有する試料の数（「♯Ｆｒｅｑ＞１０」）もまた、表６中に各々の転写産物について呈示している。その上、４５の腎細胞癌全てにわたって存在すると信号が出され（「♯Ｐｒｅｓｅｎｔ  ＲＣＣ」）、２０の正常全てにわたって存在すると信号が出され（「♯Ｐｒｅｓｅｎｔ  Ｎｏｒｍａｌ」）、４５の腎細胞癌全てにわたって１０ｐｐｍより高いレベルで存在し（「♯Ｆｒｅｑ＞１０ＲＣＣ」）、２０の正常全てにわたって１０ｐｐｍより高いレベルで存在し（「♯Ｆｒｅｑ＞１０Ｎｏｒｍ」）試料の数が、表６および７に報告されている。
【０６３８】
フォールドチェンジ分析およびスチューデントのｔ検定（両側分布；分散の等しくない二つの試料）は、腎細胞癌のＰＢＭＣおよび疾患なしのＰＢＭＣの間で特異的に発現された転写産物を同定した。表６および７に示された１８４の腎細胞癌疾患遺伝子の転写産物のレベルは、群の間のｔ検定において０．００１以下の未調節のｐ値を有する、疾患なしおよび腎細胞癌のＰＢＭＣの間で、２倍またはそれ以上異なっていた。これらのうち、１３２の転写産物が、ＰＢＭＣ試料の少なくとも１５％において発現していた（６５のプロフィールのうち１０またはそれ以上に存在する）。
【０６３９】
その上、ＣＰＴ精製した腎細胞癌ＰＢＭＣペレットおよびＣＰＴ精製した疾患なしのＰＢＭＣペレットの発現プロフィールにおいて相違が観察される可能性を、単純に調査した。ＰＢＭＣ試料において測定された顆粒球、リンパ球および単球のレベルとの、各々の遺伝子の発現レベルについての相関係数を算出した。各々の遺伝子の発現の各々の細胞型のレベルとの相対的な相関関係は、腎細胞癌ＰＢＭＣにおいて検出された疾患関連転写産物が、その細胞集団において過剰発現しているかを決定するためにランク付けされた。ＰＢＭＣ試料において測定された顆粒球、リンパ球および単球の絶対数との、各々の転写産物の相関の相対的なランク（最初のデータフィルターを通過する５２４９の転写産物のうちの）が得られた。これらの分析は、腎細胞癌患者のＰＢＭＣにおいて同定された大多数の疾患関連転写産物が、末梢血中の特定の細胞の副集団と単純に相関していないことを示している。
【０６４０】
相関係数に基づいて試料および遺伝子を階層的に分類する、最初の管理されていないクラスター分析法は、最初のフィルター基準を通過する５２４９の転写産物を用いて実行された。図２は、発現した遺伝子の発現値を用いて、試料の関係の系統樹を描いている。腎細胞癌患者のＰＢＭＣ発現プロフィールを白い棒で示し、疾患に罹患していないボランティアのＰＢＭＣ発現プロフィールを黒い棒によって示した。系統樹は大多数の腎細胞癌ＰＢＭＣ（４２／４５）を単一の腎細胞癌特異的クラスターに分類し、一方疾患に罹患していないＰＢＭＣおよび腎細胞癌のＰＢＭＣの小さい部分集合（３／４５）の発現パターンは別のクラスターを形成した。
【０６４１】
表６ａおよび７に記載された１８４の腎細胞癌疾患遺伝子の中に、トルライクレセプター２、ガレクチン３、ＩＬ−１受容体アンタゴニストおよび白血球の遊走に関わる水チャネルであるアクアポリン９を含めた、いくつかの炎症関係遺伝子が存在する。正常および腎細胞癌ＰＢＭＣの間の、多くの他のサイトカイン、ケモカインおよびそれぞれの受容体のレベルが変化しないことは、特異的な、むしろ包括的なＰＢＭＣの活性化が、腎細胞癌末梢血における疾患のサインの一部を構成していることを示唆している。
【０６４２】
腎細胞癌患者に由来するＰＢＭＣにおける有意な変化として検出された転写産物の実数は、全ての腎細胞癌のＰＢＭＣプロフィールにわたる有意な程度の変異を有する。これは、これらの転写産物のレベルが有意に正常のＰＢＭＣにおけるレベルと区別できるけれども、全ての腎細胞癌患者にわたるこれらの転写産物の発現には相対的な不均一性があったことを示す。これらの患者において結果及びフォローアップの臨床的指標が十分に測定されれば、腎細胞癌ＰＢＭＣ中のさらに有意に変異したこれら疾患関連転写産物の全てが、あらゆる臨床的反応のカテゴリーと相関しているかを決定することが非常に重要になるであろう。
【０６４３】
【表６−１】
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【０６４４】
【表６−２】
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【０６４５】
【表６−３】
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【０６４６】
【表６−４】
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【０６４７】
【表６−５】
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【０６４８】
【表６−６】
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【０６４９】
【表６−７】
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【０６５０】
【表６−８】
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【０６５１】
【表６−９】
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【０６５２】
【表６−１０】
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【０６５３】
【表６−１１】
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【０６５４】
【表６−１２】
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【０６５５】
【表６−１３】
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【０６５６】
【表６−１４】
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【０６５７】
【表６−１５】
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【０６５８】
【表６−１６】
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【０６５９】
【表６−１７】
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【０６６０】
【表７−１】
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【０６６１】
【表７−２】
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【０６６２】
【表７−３】
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【０６６３】
【表７−４】
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【０６６４】
【表７−５】
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【０６６５】
【表７−６】
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【０６６６】
【表７−７】
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【０６６７】
【表７−８】
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【０６６８】
【表７−９】
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【０６６９】
【表７−１０】
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【０６７０】
【表７−１１】
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【０６７１】
【表７−１２】
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【０６７２】
【表７−１３】
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【０６７３】
実施例５．ＰＢＭＣ中の腎細胞癌疾患遺伝子分類セットの分子基盤の探査
腎細胞癌のＰＢＭＣにおける発現プロフィールを、腎細胞癌の原発腫瘍におけるプロフィールと比較した。これらの実験において、本研究の２０の正常ＰＢＭＣおよび４５の腎細胞癌ＰＢＭＣについての（標準曲線で正規化した度数よりもむしろ）平均差異を、５７の正常腎生検材料および腎細胞癌腫瘍組織の生検材料の発現プロフィールにおいて検出された平均差異と共に、ジーンロジック社ＧＬＧＣ正規化アルゴリズムを用いて正規化した。正常の腎および原発性腎細胞癌腫瘍組織の発現プロフィールを、コンピューター上でバイオエクスプレスデーターベース（ジーンロジック社、Ｇｉａｔｈｅｒｓｂｕｒｇ  ＭＤ）からダウンロードした。正常の対照群と比較して、腎細胞癌のＰＢＭＣおよび腎細胞癌の腫瘍組織両方において誘導される何らかの遺伝子を同定するために、１６５のアレーについて遺伝子発現値を、Ｅｉｓｅｎら、Ｐｒｏｃ，Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，９５：１４８６３−１４８６８（１９９８）の方法に従ってクラスター形成させた。これらの分析において、遺伝子のみがクラスターにされ、記述されているアレーの最初の配列は、腎細胞癌の末梢血に存在する腎細胞癌腫瘍マーカーと一致した調節パターンをもつ一連の遺伝子を視覚的に検出するために保存されている。
【０６７４】
腎細胞癌のＰＢＭＣの発現プロフィールをまた、生体外でＰＨＡで刺激したＰＢＭＣにおけるプロフィールと比較した。これらの実験において、２０の正常ＰＢＭＣおよび４５の腎細胞癌ＰＢＭＣの発現プロフィールを、生体外で培養した未処理の（ｎ＝３）または６時間ＰＨＡで刺激したＰＢＭＣにおいて検出された発現プロフィールと比較した。度数を生成するために、標準曲線を用いた正規化を実行し、遺伝子の階層クラスタリングをその後実行した。
【０６７５】
それに加えて、腎細胞癌のＰＢＭＣにおける発現プロフィールを、腎不全の非腎細胞癌患者のＰＢＭＣにおけるプロフィールと比較した。２０の正常ＰＢＭＣおよび４５の腎細胞癌ＰＢＭＣの平均差異を、コンピューター上でバイオエクスプレスデーターベース（ジーンロジック社、Ｇｉａｔｈｅｒｓｂｕｒｇ  ＭＤ）からダウンロードした、８人の非腎細胞癌の腎不全患者のＰＢＭＣの発現プロフィールにおいて検出された平均差異と共に、ジーンロジック社ＧＬＧＣ正規化アルゴリズムを用いて正規化した。遺伝子の階層クラスタリングのみを、その後実行した。
【０６７６】
その上、表６および７に記載した１８４の腎細胞癌の疾患遺伝子を、バイオエクスプレスデーターベース（ジーンロジック社、Ｇｉａｔｈｅｒｓｂｕｒｇ  ＭＤ）からダウンロードしたプロフィールを用いて、正常の腎組織（ｎ＝６０）と比較して、腎細胞癌腫瘍（ｎ＝４０）において最も強くアップレギュレーションされる１０の転写産物と比較した。腎細胞癌腫瘍組織および正常腎の間の発現において最も高い倍率差を有する、腎細胞癌腫瘍に特異的な転写産物は、正常および腎細胞癌のＰＢＭＣの間においては不変であり、分離された腎細胞癌腫瘍細胞は、腎細胞癌患者から単離されたＰＢＭＣにおいて同定された疾患関連転写産物に有意に寄与していないことを示唆している。
【０６７７】
表６および７に記載した１８４の腎細胞癌の疾患遺伝子をまた、未刺激のＣＤ４＋Ｔ細胞（ｎ＝３の正常ドナー）、および生体外で培養液中の抗ＣＤ３抗体および抗ＣＤ２８抗体で刺激されたＣＤ４＋Ｔ細胞（ｎ＝３の正常ドナー）の間で特異的に発現している遺伝子と比較した。刺激されたＣＤ４＋Ｔ細胞は、表７の最後のカラムで示されるように、腎細胞癌のＰＢＭＣ中の疾患関連転写因子と同方向に（誘導されるかまたは抑制される）２倍以上変化した転写産物を有していた。
【０６７８】
表６および７に記載した１８４の腎細胞癌の疾患遺伝子を、さらに非腎細胞癌の末期腎不全患者（ｎ＝９個体）由来のＰＢＭＣ、および正常のボランティア（ｎ＝４個体）のＰＢＭＣの間で特異的に発現している遺伝子と比較した。これらのうち、腎不全患者由来のＰＢＭＣにおいて特異的に発現している９の転写産物はまた、表７の最後のカラムで示されるように、腎細胞癌のＰＢＭＣ中の疾患関連転写因子であった。従って、表６および７に記載した１８４の腎細胞癌の疾患遺伝子は、生体外で測定した免疫応答（ＣＤ４＋Ｔ細胞活性化）に一般に関わり、生体内でみられる腎障害に対する循環白血球の反応に関わるマーカーの部分集合を含む。本発明を何らかの特定の理論に制限することなく、これらの結果は、少なくとも腎細胞癌のＰＢＭＣ中にみられる疾患関連遺伝子の部分集合の発現レベルが、腫瘍の存在に対する反応において、循環Ｔ細胞および／または他の白血球が活性化されることから生じる可能性があるという仮説を支持している。それに加えて、腎細胞癌のＰＢＭＣにおいて検出された疾患関連転写因子の他の部分集合の調節が、腎細胞癌患者の腎障害に対する反応における白血球発現プロフィールの変化によるものである可能性がある。
【０６７９】
実施例６．末梢血細胞における遺伝子発現プロフィールを用いた腎細胞癌および腎細胞癌のない状態の分類
腎細胞癌疾患分類子を確立し、トレーニングするために、腎細胞癌のＰＢＭＣの発現パターンの７０％（ｎ＝３１）および疾患に罹患していないＰＢＭＣの発現パターンの７０％（ｎ＝１４）を無作為に選別し、トレーニングセットとして用いた。残りの腎細胞癌および疾患に罹患していないＰＢＭＣの発現パターンは、テストセットとして用いた。相対的クラス分離測定は、相関の程度を算出し、トレーニングセットの特徴的な分類ベクターと最も高く相関した発現レベルを有する遺伝子を順序づけるために用いた。この相関の程度は、平均発現値および分散からなる。
【０６８０】
試料のテストセットの分類を、腎細胞癌または疾患に罹患していないＰＢＭＣに特徴的な、残りのＰＢＭＣの発現プロフィールを分類するために、加重多数決アルゴリズムを用いて実行した。この方法において、分類子セット中の各々の遺伝子の発現レベルは、試料の分類を決定する全ての予測強度に寄与する。この実施例における予測強度は、本質的に、一方のクラスまたは他方対する「診断」の数を示し、０（誤差範囲が狭い）および１（誤差範囲が広い）の間で予測されたクラスに合わせて変化し得ることを合わせて変化する。この予測方法の精度を定量化するために、信号が確実に作られ得る以上の予測強度水準として、０．３の値が課せられた。
【０６８１】
この実施例において、全ての分類子遺伝子セットについての予測精度は、試料を確実に分類する０．３より大きい信号のパーセンテージとして定義される。この実施例において用いられるクラス予測因子には、（１）ＴＬＲ２およびＥＥＦ１Ａ２からなる２遺伝子クラス予測因子、（２）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＥＥＦ１Ａ２およびＢＲＦ２からなる４遺伝子クラス予測因子、（３）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＮＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２およびＳＮＲＰＧからなる６遺伝子クラス予測因子、（４）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＮＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧおよびＮＵＭＡ１からなる８遺伝子クラス予測因子、（５）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＮＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１およびＡＫＲ１Ｂ１からなる１０遺伝子クラス予測因子、（６）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＮＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１およびＳＭＡＲＣＥ１からなる１２遺伝子クラス予測因子、（７）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＮＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＩＬ１ＲＮ、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＳＭＡＲＣＥ１およびＭＳＦからなる１４遺伝子クラス予測因子、（８）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＮＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＩＬ１ＲＮ、ＫＩＡＡ０４１０、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＳＭＡＲＣＥ１、ＭＳＦおよびＰＴＭＡからなる１６遺伝子クラス予測因子、（９）ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＮＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＤＵＳＰ６、ＫＩＡＡ０６６９、ＩＬ１ＲＮ、ＫＩＡＡ０４１０、Ｔ５４、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧ、ＮＵＭＡ１、ＡＫＲ１Ｂ１、ＳＭＡＲＣＥ１、ＭＳＦ、ＰＴＭＡおよびＰＳＭＤ３からなる１８遺伝子クラス予測因子、および（１０）ＥＥＦ１Ａ２、ＴＬＲ２、ＢＲＦ２、ＬＧＡＬＳ３、ＳＮＲＰＧ、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＮＵＭＡ１、ＳＯＤ２、ＡＫＲ１Ｂ１、ＤＵＳＰ６、ＳＭＡＲＣＥ１、ＫＩＡＡ０６６９、ＭＳＦ、ＩＬ１ＲＮ、ＰＴＭＡ、ＫＩＡＡ０４１０、ＰＳＭＤ３、Ｔ５４、Ｃ１ＱＢＰおよびＯＳＲ１からなる２０遺伝子クラス予測因子を含む。
【０６８２】
各々のセットの予測遺伝子を有する、腎細胞癌のＰＢＭＣのトレーニングセットおよびテストセット両方の予測精度を算出した。トレーニングセットについての分類の精度を算出すると、いかに一様に予測遺伝子セットがトレーニングセットにおける各々の個別の試料と正の相関をもつかを示しているが、一方テストセットについての予測の精度を算出すると、いかにこの遺伝子の発現が「未知の」群における個別の試料の同定をよく予測しているかを示している。表８は、上記のクラス予測因子各々の予測精度を示している。加重多数決アルゴリズムにおいて１０またはそれ以上の遺伝子を用いた分類子遺伝子セットは、テストセットの予測において１００％の精度をもたらした。これらの研究は、末梢血の画分中の限られた数の遺伝子転写産物においてみられる発現パターンを用いて、腎細胞癌のない状態に対する腎細胞癌の単純ペアワイズ予測を実行できる可能性を立証している。
【０６８３】
【表８】
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【０６８４】
図３は、サイズを大きくした予測遺伝子セットについてのトレーニングセットクロスバリデーション結果の要約を示す。腎細胞癌および正常のＰＢＭＣ試料（７０％）の部分集合は、分類子遺伝子セットを生成するために「トレーニングセット」として用いられ、その後各々の予測因子セットを、トレーニングセットにおける試料の分類について高い精度で予測因子セットを同定するために、クロスバリデーションによって評価した。遺伝子クラスターのデフォルト相関測定（Ｇｏｌｕｂら、上記）が、トレーニングセットに特徴的な分類ベクターと最も高く相関した発現レベルを有する遺伝子を同定するために用いられた。最初のフィルター基準を満たす５２４９の遺伝子全てが、この方法を用いてスクリーニングされた。
【０６８５】
予測はまた、加重多数決法を用いて遺伝子クラスターにおいて行われた。この方法において、分類子セットにおける各々の遺伝子の発現レベルは、試料の分類上の全ての診断に寄与する（Ｓｌｏｎｉｍら、上記）。予測強度は、一方のクラスまたは他方のクラスに対する支持を示し、０（誤差範囲が狭い）および１（誤差範囲が広い）の間で予測されたクラスに合わせて変化し得ることを合わせて変化する。２および２０の間の遺伝子を含む予測因子セットを、トレーニングセットにおける試料の分類について高い精度で予測因子セットを同定するために、クロスバリデーションを省略することによって評価した（図３）
【０６８６】
８つの遺伝子の予測セット（８９％の精度）を、テストセット予測のために選別した。８つの遺伝子のセットは、ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１、ＳＯＤ２、ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧおよびＮＵＭＡ１からなる。図４は、トレーニングセットにおける８つの予測遺伝子の相対的な発現レベルを示す。各々の遺伝子は、それぞれの限定子によって表現される。正常のＰＢＭＣ（ＴＬＲ２、ＬＧＡＬＳ３、ＤＫＦＺＰ５８６Ｅ１６２１およびＳＯＤ２）と比較して、腎細胞癌において上昇する４つの遺伝子、および正常のＰＢＭＣ（ＥＥＦ１Ａ２、ＢＲＦ２、ＳＮＲＰＧおよびＮＵＭＡ１）と比較して、腎細胞癌において抑制される４つの遺伝子をグラフで呈示する。発現レベルは、暗い色から明るい色へ、その後灰色へおおよそ上昇する。（またはより正確には、２００３年に１１月２１日に編集され、「腎細胞癌および他の固形腫瘍の診断法」と題した対応する米国実用特許出願書の図４に示されるように、発現レベルは青から赤に上昇する）
【０６８７】
トレーニングセットにおける各々の試料に対する、この８つの遺伝子分類子を用いた個別の予測信頼度スコアを、図５Ａに呈示する。説明上の目的のため、陽性のサインを腎細胞癌の診断に至る予測強度順に整列し、陰性のサインを正常ＰＢＭＣあの診断に至る予測強度順に整列した。リーブワンアウトクロスバリデーションを実行し、予測強度をトレーニングセットにおける各々の試料について算出した。トレーニングセット試料を、図４と同じ順序で配列した。
【０６８８】
図５Ｂは、８つの遺伝子の予測因子セットを用いて、腎細胞癌およびＰＢＭＣ試料の残りのテストセットについての予測結果を説明している。テストセットで、予測されたクラスは全ての症例において正しいクラスに適合したが、１９のテスト試料のうちの１つについては予測強度は無視できるものであった。これらの研究は、末梢血由来の単核細胞の限られた数の遺伝子に見られる発現パターンを用いた、疾患に罹患していない状態に対して腎細胞癌を予測できる可能性を立証している。
【０６８９】
実施例７．腎細胞癌の腫瘍組織、および非腎細胞癌の末期腎不全患者において特異的に発現している遺伝子
腎細胞癌のＰＢＭＣの発現プロフィールを、腎細胞癌の腫瘍組織または腎不全の患者由来のＰＢＭＣと比較した。各々の比較において、多変量（階層クラスタリング）分析を、グループ間の互いに調節される一連の遺伝子を探すために利用し、続いてフォールドチェンジ分析、スチューデントのｔ検定を何らかの結果を支持するために利用した。最初の分析において、腎細胞癌のＰＢＭＣの発現プロフィールを、ジーンロジック社バイオエクスプレスデーターベース由来の腎細胞癌腫瘍組織（ｎ＝４３の生検）の発現プロフィールと、コンピューター上で比較した（Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ、ＭＤ）。全ての試料を管理された方法で（すなわち、どのアレーもクラスター形成していない）配列し、腎細胞癌患者のＰＢＭＣおよび腎細胞癌腫瘍組織両方において、疾患に罹患していない対照群と比較してアップレギュレーションされる遺伝子セットを同定するために、遺伝子を階層クラスタリング法を用いて配列した。フォールドチェンジ分析では、統計的に有意であり（ｐ＜０．０５、スチューデントのｔ検定）、疾患に罹患していないＰＢＭＣと比較して腎細胞癌のＰＢＭＣにおいて、および疾患に罹患していない腎組織と比較して腎細胞癌腫瘍において２倍以上誘導される２４のＲＮＡ種を同定した。
【０６９０】
これら２４のＲＮＡ種は、ＦＡＢＰ５、ＳＣＹＡ２０、ＡＤＭ、ＣＯＰＥＢ、ＦＣＧＲ３Ｂ、ＵＮＫ＿Ｍ６２８９６、ＦＮ１、ＨＭＯＸ１、ＩＴＧＡ７、ＤＧＣＲ５、ＣＢＰ２、ＵＮＫ＿ＡＬ０４９２５０、ＳＬＣ１Ａ４、ＭＭＰ９、ＳＬＣ１６Ａ３、ＬＩＬＲＢ３、ＦＣＧＲ１Ａ、ＬＨＦＰＬ２、ＰＬＥＣ１、Ｓ１００Ａ１１、ＳＰＯＰ、ＣＣＲ１、ＴＬＲ２およびＫＩＡＡ０７５０にそれぞれ対応する。それに加えて、これら２４のＲＮＡ種は、ストリンジェントな条件下で、ＣＰＳｓ５７、２２９、９２、９１、２２１、２６、２３６、２０７、１６、８、２４５、１５２、２、５８、１９２、１９、９９、２８、１９１、１３８、１４３、６１、１および１４８とそれぞれハイブリダイズすることが可能である。
【０６９１】
二番目の分析において、非腎細胞癌の末期腎不全患者（ｎ＝８個体）由来のＰＢＭＣを、疾患に罹患していないボランティアおよび腎細胞癌患者のＰＢＭＣと比較した。これらのグループの試料中の遺伝子の階層クラスタリングは、進行した腎細胞癌患者および末期腎不全患者の間で同様に調節されているように思われる、いくつかの遺伝子クラスターを同定した。フォールドチェンジ分析では、統計的に有意であり（ｐ＜０．０５、スチューデントのｔ検定）、疾患に罹患していないＰＢＭＣと比較して、腎細胞癌のＰＢＭＣ、および末期腎不全の非腎細胞癌患者のＰＢＭＣにおいて２倍以上誘導される、多量のＲＮＡ転写産物を同定した。ストリンジェントな条件下でこれらのＲＮＡ転写産物とハイブリダイズすることが可能なＣＰＳｓは、表９に記述している。そのＣＰＳｓに対応する遺伝子もまた示している。
【０６９２】
【表９−１】
2006514554.tif 000084
【０６９３】
【表９−２】
2006514554.tif 000085
【０６９４】
表９に記載された遺伝子群およびＣＰＳｓは、腎不全および他のタイプの腎障害に対するマーカーとして用いられ得る。
【０６９５】
実施例８．疾患に罹患していないボランティアおよび他の固形腫瘍患者に対する、腎細胞癌の状態の予測
本分析において、発現プロフィールは、腎細胞癌のＰＢＭＣ、疾患に罹患していないヒトのＰＢＭＣ、前立腺癌のＰＢＭＣおよび頭部／頸部の癌のＰＢＭＣを含む、４つのクラスのＰＢＭＣの間で同時に比較された。最初の階層分析は、ＰＢＭＣ発現プロフィールの拡張したデーターベースの間の包括的な転写関係を立証している。試料の７０％は、その後トレーニングセットとして用いられ、データーベースにおけるＰＢＭＣ発現プロフィール（腎細胞癌、疾患なし、前立腺癌、頭部および頸部）の各々のクラスと最も高く相関する遺伝子を同定し、分類するために、多重相関測定法が利用された。２０の遺伝子分類子が決定された。これらの遺伝子および対応するＣＰＳｓは、表１０に図示している。この２０遺伝子セットは、他の全てのクラスに対して各々のクラスを予測するために用いられ得る。
【０６９６】
腎細胞癌対非腎細胞癌として、この遺伝子セットの残りの３０％の試料を予測する能力が算定された。遺伝子セットは、それぞれ８９％または９２％の精度で、腎細胞癌または非腎細胞癌として、テストセットにおいて各々の残りのＰＭＢＣプロフィールを予測することができた。当業者によって評価されているような、２、４、６、８、１０、１２、１４、１６または１８の遺伝子のような、これら２０の遺伝子の部分集合が、非腎細胞癌から腎細胞癌を予測するために用いられ得る。非腎細胞癌には、前立腺癌または頭部／頸部癌のような他の固形腫瘍を含む。
【０６９７】
【表１０】
2006514554.tif 000086
【０６９８】
実施例９．固形腫瘍を有さない予測遺伝子セットの同定
疾患を有さないＰＢＭＣ、および異なる固形腫瘍に由来するＰＢＭＣにおける発現プロフィールの、管理された分析が行われた。５人の頭部／頸部癌の患者のうち３人、２０人の疾患に罹患していないボランティアのうち１４人、１５人の前立腺癌患者のうち１１人、および４５人の腎細胞癌患者のうち３２人由来のＰＢＭＣの発現プロフィールを分類し、ｋ−最近傍アルゴリズムは、各々のクラス区分と最も高く相関した遺伝子を算定した。頭部／頸部癌の患者、疾患に罹患していないボランティア、前立腺癌患者および腎細胞癌患者由来のＰＢＭＣと最も高く相関した発現パターンを有する１９のトップの遺伝子が同定された。このようにして同定された１９のトップの遺伝子は、その後残存しているＰＢＭＣ試料における、固形腫瘍に罹患していない状態に対する、固形腫瘍の予測の精度を決定するために用いられた。調整した診断法は、各々の試料に対する予測強度を決定するために用いられた。これら１９の遺伝子は、表１１に記載されている。
【表１１】
2006514554.tif 000087
【０６９９】
本発明の前の記述は、実例および説明を与えているが、本発明を網羅したり、または本発明を開示した通りに制限したりすることを意図したものではない。修正および変更が上記の指示と矛盾せずに可能であり、本発明の実行でもたらされる可能性がある。従って、本発明の範疇は請求書およびそれに相当するものによって定義されることに注意すべきである。
【０７００】
資料Ａ：オリゴヌクレオチド  プローブ
【表１２−１】
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【０７０１】
【表１２−２】
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【０７０２】
【表１２−３】
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【０７０３】
【表１２−４】
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【０７０４】
【表１２−５】
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【０７０５】
【表１２−６】
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【０７０６】
【表１２−７】
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【０７０７】
【表１２−８】
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【０７０８】
【表１２−９】
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【０７０９】
【表１２−１０】
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【０７１０】
【表１２−１１】
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【０７１１】
【表１２−１２】
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【０７１２】
【表１２−１３】
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【０７１３】
【表１２−１４】
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【０７１４】
【表１２−１５】
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【０７１５】
【表１２−１６】
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【０７１６】
【表１２−１７】
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【０７１７】
【表１２−１８】
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【０７１８】
【表１２−１９】
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【０７１９】
【表１２−２０】
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【０７２０】
【表１２−２１】
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【０７２１】
【表１２−２２】
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【０７２２】
【表１２−２３】
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【０７２３】
【表１２−２４】
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【０７２４】
【表１２−２５】
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【０７２５】
【表１２−２６】
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【０７２６】
【表１２−２７】
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【０７２７】
【表１２−２８】
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【０７２８】
【表１２−２９】
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【０７２９】
【表１２−３０】
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【０７３０】
【表１２−３１】
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【０７３１】
【表１２−３２】
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【０７３２】
【表１２−３３】
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【０７３３】
【表１２−３４】
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【０７３４】
【表１２−３５】
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【０７３５】
【表１２−３６】
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【０７３６】
【表１２−３７】
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【０７３７】
【表１２−３８】
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【０７３８】
【表１２−３９】
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【０７３９】
【表１２−４０】
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【０７４０】
【表１２−４１】
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【０７４１】
【表１２−４２】
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【０７４２】
【表１２−４３】
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【０７４３】
【表１２−４４】
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【０７４４】
【表１２−４５】
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【０７４５】
【表１２−４６】
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【０７４６】
【表１２−４７】
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【０７４７】
【表１２−４８】
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【０７４８】
【表１２−４９】
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【０７４９】
【表１２−５０】
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【０７５０】
【表１２−５１】
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【０７５１】
【表１２−５２】
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【０７５２】
【表１２−５３】
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【０７５３】
【表１２−５４】
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【０７５４】
【表１２−５５】
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【０７５５】
【表１２−５６】
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【０７５６】
【表１２−５７】
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【０７５７】
【表１２−５８】
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【０７５８】
【表１２−５９】
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【０７５９】
【表１２−６０】
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【０７６０】
【表１２−６１】
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【０７６１】
【表１２−６２】
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【０７６２】
【表１２−６３】
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【０７６３】
【表１２−６４】
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【０７６４】
【表１２−６５】
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【０７６５】
【表１２−６６】
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【０７６６】
【表１２−６７】
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【０７６７】
【表１２−６８】
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【０７６８】
【表１２−６９】
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【０７６９】
【表１２−７０】
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【０７７０】
【表１２−７１】
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【０７７１】
【表１２−７２】
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【０７７２】
【表１２−７３】
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【０７７３】
【表１２−７４】
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【０７７４】
【表１２−７５】
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【０７７５】
【表１２−７６】
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【０７７６】
【表１２−７７】
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【０７７７】
【表１２−７８】
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【０７７８】
【表１２−７９】
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【０７７９】
【表１２−８０】
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【０７８０】
【表１２−８１】
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【０７８１】
【表１２−８２】
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【０７８２】
【表１２−８３】
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【０７８３】
【表１２−８４】
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【０７８４】
【表１２−８５】
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【０７８５】
【表１２−８６】
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【０７８６】
【表１２−８７】
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【０７８７】
【表１２−８８】
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【０７８８】
【表１２−８９】
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【０７８９】
【表１２−９０】
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【０７９０】
【表１２−９１】
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【０７９１】
【表１２−９２】
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【０７９２】
【表１２−９３】
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【０７９３】
【表１２−９４】
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【０７９４】
【表１２−９５】
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【０７９５】
【表１２−９６】
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【０７９６】
【表１２−９７】
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【０７９７】
【表１２−９８】
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【０７９８】
【表１２−９９】
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【０７９９】
【表１２−１００】
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【０８００】
【表１２−１０１】
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【０８０１】
【表１２−１０２】
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【０８０２】
【表１２−１０３】
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【０８０３】
【表１２−１０４】
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【０８０４】
【表１２−１０５】
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【０８０５】
【表１２−１０６】
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【０８０６】
【表１２−１０７】
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【０８０７】
【表１２−１０８】
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【０８０８】
【表１２−１０９】
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【０８０９】
【表１２−１１０】
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【０８１０】
【表１２−１１１】
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【０８１１】
【表１２−１１２】
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【０８１２】
【表１２−１１３】
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【０８１３】
【表１２−１１４】
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【０８１４】
【表１２−１１５】
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【０８１５】
【表１２−１１６】
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【０８１６】
【表１２−１１７】
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【０８１７】
【表１２−１１８】
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【０８１８】
【表１２−１１９】
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【０８１９】
【表１２−１２０】
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【０８２０】
【表１２−１２１】
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【０８２１】
【表１２−１２２】
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【０８２２】
【表１２−１２３】
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【０８２３】
【表１２−１２４】
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【０８２４】
【表１２−１２５】
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【０８２５】
【表１２−１２６】
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【０８２６】
【表１２−１２７】
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【０８２７】
【表１２−１２８】
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【０８２８】
【表１２−１２９】
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【０８２９】
【表１２−１３０】
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【０８３０】
【表１２−１３１】
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【０８３１】
【表１２−１３２】
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【０８３２】
【表１２−１３３】
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【０８３３】
【表１２−１３４】
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【０８３４】
【表１２−１３５】
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【０８３５】
【表１２−１３６】
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【０８３６】
【表１２−１３７】
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【０８３７】
【表１２−１３８】
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【０８３８】
【表１２−１３９】
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【０８３９】
【表１２−１４０】
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【０８４０】
【表１２−１４１】
2006514554.tif 000228
【０８４１】
【表１２−１４２】
2006514554.tif 000229
【０８４２】
【表１２−１４３】
2006514554.tif 000230
【０８４３】
【表１２−１４４】
2006514554.tif 000231
【０８４４】
【表１２−１４５】
2006514554.tif 000232
【０８４５】
【表１２−１４６】
2006514554.tif 000233
【０８４６】
【表１２−１４７】
2006514554.tif 000234
【０８４７】
【表１２−１４８】
2006514554.tif 000235
【０８４８】
【表１２−１４９】
2006514554.tif 000236
【０８４９】
【表１２−１５０】
2006514554.tif 000237
【０８５０】
【表１２−１５１】
2006514554.tif 000238
【０８５１】
【表１２−１５２】
2006514554.tif 000239
【０８５２】
【表１２−１５３】
2006514554.tif 000240
【図面の簡単な説明】
【０８５３】
（原文に記載なし）
【図１】
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【図２】
2006514554.tif 000242
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成17年7月19日(2005.7.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
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【国際調査報告】
2006514554.tif 000246