【事件の表示】
　特願２０１６−２１６１０３「２型腫瘍症（ＮＥＯＰＬＡＳＭＳ−ＩＩ）の診断法」拒絶査定不服審判事件〔平成２９年　４月２０日出願公開、特開２０１７−　７４０４４〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成２０年１０月２３日（パリ条約に基づく優先権主張　２００７年１０月２３日　米国(ＵＳ)）を国際出願日とする特願２０１０−５３０２２３の一部を、新たな特許出願とした特願２０１４−１４８１２８号の一部を、さらに新たな特許出願として平成２８年１１月４日に出願されたものであって、以降の手続の経緯は以下のとおりのものである。
　　　平成２８年１２月　２日　　　手続補正書
　　　平成２９年１０月１７日付け　拒絶理由通知書
　　　平成３０年　４月２４日　　　意見書・手続補正書
　　　平成３０年　４月２４日　　　意見書・手続補正書
　　　平成３０年　８月２９日付け　拒絶理由通知書（最後）
　　　平成３１年　３月　５日　　　意見書
　　　令和　１年　７月　５日付け　拒絶査定
　　　令和　１年１０月２８日　　　審判請求書・手続補正書
　　　令和　２年　５月　１日　　　上申書
第２　令和１年１０月２８日付け手続補正書による手続補正についての補正却下の決定
［結論］
　令和１年１０月２８日付け手続補正書による手続補正（以下、「本件補正」という。）を却下する。 
［理由］ 
１．本件補正 
　本件補正は、平成３０年　４月２４日付け手続補正書（同日付で手続補正書は２通提出されているが、後に提出された書類番号が51800860518のもの）により補正された特許請求の範囲の請求項１に、 
（補正前）「【請求項１】
　個体から得られた生物学的サンプル中の
(i) ヌクレオチド配列tctcccaacctctactgtaaactttctggtccgagaacgagccgaacacagcgcgacgcagggactaggacggcccggtgaccgcgcggattcaggattgcggggacgcagaaaggttaaggcacttttaaaaactatagcaaggctcctgtttatttattctactttctttccctaataatcaaaacaccgcgtaggctcctccgtttatcagtattaatggtgtaactttgttggcaatatttgccgtgtagaattttttttagatatccattgtaaatttgaaacaaagaccgatctgtgtaaaaacaaatttccatatgttttatataaatatatatataatatgaaggactaccctcctttttttttttttgtattttggctgctagagtgcagcatttgtgacacgtatttgaaatttgaaatttccttctgcactgtataaaaggaccatttgaggatgttttgccttttgtgtattttに対するプローブまたはプローブセットにより検出される遺伝子または転写産物:
および/または
(ii) FOXF1
の発現レベルを評価することを含み、ここで、対応する生物学的サンプルの正常なレベルと比較して（i）群および/または(ii)群の遺伝子または転写産物のより低いレベルの発現が、結腸直腸腫瘍または結腸直腸腫瘍の発症素因を示す、方法。」
とあったものを、 
（補正後）「【請求項１】
　個体から得られた生物学的サンプル中の
(i) ヌクレオチド配列tctcccaacctctactgtaaactttctggtccgagaacgagccgaacacagcgcgacgcagggactaggacggcccggtgaccgcgcggattcaggattgcggggacgcagaaaggttaaggcacttttaaaaactatagcaaggctcctgtttatttattctactttctttccctaataatcaaaacaccgcgtaggctcctccgtttatcagtattaatggtgtaactttgttggcaatatttgccgtgtagaattttttttagatatccattgtaaatttgaaacaaagaccgatctgtgtaaaaacaaatttccatatgttttatataaatatatatataatatgaaggactaccctcctttttttttttttgtattttggctgctagagtgcagcatttgtgacacgtatttgaaatttgaaatttccttctgcactgtataaaaggaccatttgaggatgttttgccttttgtgtattttに対するプローブまたはプローブセットにより検出される遺伝子または転写産物:
および/または
(ii) FOXF1
の発現レベルを評価することを含み、ここで、
生物学的サンプルは排泄物サンプルまたは血液サンプルであり、
し、正常なレベルは基準値または値の範囲から得られる、
　　　 
２．目的要件について
　上記補正事項によって、補正前の請求項１に記載の「生物学的サンプル」が「排泄物サンプルまたは血液サンプル」に限定されるとともに、「正常なレベル」が「基準値または値の範囲から得られる」ものに限定された。
　上記補正後の請求項１に関する補正は、補正前の請求項１に係る発明を特定するために必要な事項である「生物学的サンプル」及び「正常なレベル」を限定するものであって、その補正前後で産業上の利用分野及び解決しようとする課題が同一であるから、特許法第１７条の２第５項第２号に掲げる特許請求の範囲の減縮を目的とするものに該当すると認められる。
　そこで、本件補正により補正された特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される発明（以下、「補正発明」という。）が、特許出願の際独立して特許を受けることができるものであるか（特許法第１７条の２第６項において準用する同法第１２６条第７項の規定に適合するか）について以下に検討する。　
　　　 
３．独立特許要件について
（１）引用文献１
　本願の優先日前に、日本国内又は外国において頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となつた、国際公開第２００５／１２３９４２号（以下、「引用文献１」という。）には、以下の事項が記載されている（原文は英語のため、訳文を示す。下線は当審が付した）。
ア　特許請求の範囲
「ヒト組織が腫瘍性形質転換する素因があるか否かを決定する方法であって、該組織由来の細胞においてＫＩＡＡ０７８９、
ＦＯＸＦ１
後成的（ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ）な機構を介して下方制御されているかどうかの決定
イ　技術分野
「本発明は、一般にメチル化ＤＮＡの富化および分析において使用するための方法および材料ならびに疾患における異常にメチル化された部位の同定に関する。」（１頁５〜９行）
ウ　背景技術
「
ＤＮＡメチル化は転写抑制に至り得て
ＤＮＡメチル化は、この修飾がＤＮＡ配列を変えないが、細胞分裂を通して遺伝されるため、後成的レギュレーターである
「異常ＤＮＡメチル化は疾患をもたらし得る。特に、
異常ＤＮＡメチル化はプロトオンコジーンの増加した発現または腫瘍抑制遺伝子の減少した発現をもたらし得る
エ　サンプルの性質
「サンプルは分析を望む全てのものであり得る。
試験すべき核酸の品質に対する要求が少ないため、このプロトコールは、その核酸がホルマリンのために一部変性しているホルマリンで固定された標本の試験に適する。下記の通り、本方法は、核酸メチル化の変化を病歴と相関するために使用できる。
　当業者は、核酸フラグメントのサンプルを産生するためにどのように核酸をフラグメント化するか容易に決定できる。例えば、ゲノムＤＮＡは、剪断(例えば音波処理)を使用して、またはＡｌｕＩのような制限酵素での消化を使用して、フラグメント化できる。」（６頁１９行〜７頁４行）
オ　診断または予後診断
「上記の通り、異常ＤＮＡメチル化は疾患をもたらし得る。特に、
異常ＤＮＡメチル化はプロトオンコジーンの増加した発現または腫瘍抑制遺伝子の減少した発現をもたらし、多くのヒト癌腫と関連する
　本発明の方法を、疾患状態と関連する異常核酸メチル化部位のスクリーニングおよび同定に、または、例えば
癌における疾患もしくは疾患進行の診断もしくは予後診断に使用できる
　
疾患状態と関連する新規異常核酸メチル化部位を、本発明の方法を、病気のおよび病気ではない個体からの核酸サンプルに対して行い、結果を比較することにより同定できる
カ　図面の記載
「図１：本発明の好ましい態様および続く特徴付け工程の模式図である。望む平均長のゲノムＤＮＡ(制限酵素での消化または剪断のいずれかにより産生)を変性させ、メチル化ＤＮＡを５−メチルシチジンに対する抗体とのインキュベートにより単離する。５−メチルシチジンに対する抗体はメチル化配列に結合する。これらを非メチル化配列から分離し、次いでＰＣＲまたはマイクロアレイのような標準ＤＮＡ検出法で検出できる。」（２３頁１０〜１９行）
「図３：
結腸癌における異常メチル化のための新規標的の確認
ＩＮ＝インプットゲノムＤＮＡ、Ｍ＝富化メチル化ＤＮＡ
３名の患者からの適合させた正常結腸(Ｎ)および結腸腫瘍(Ｔ)から調製したサンプルを分析した
５−アザ−ｄＣ処理による、ＳＷ４８細胞における沈黙遺伝子（ｓｉｌｅｎｃｅｄ　ｇｅｎｅｓ）の再活性化
キ　実施例
「実施例４
結腸癌における異常メチル化の新規標的の同定
　結腸癌細胞系ＳＷ４８(ATTC, Rockville, MD)を、上記の通りのメチル化ＤＮＡの富化に付し、得られたサンプルを、製造者が記載の通り約１２０００個のＣｐＧ島プローブ(UHN Microarray Centre, Ontario)を表すマイクロアレイに、ハイブリダイゼーションし、ヒト肺線維芽細胞ＨＦＬ−１(ATTC, Rockville, MD)およびＷＩ−３８(ATTC, Rockville, MD)と比較した。ＣｐＧ島アレイハイブリダイゼーションのために、２μgの音波処理インプットＤＮＡをＣｙ５−ｄＣＴＰで標識し、１回の富化アッセイの産物をＣｙ３−ｄＣＴＰで標識した。標識は、Bioprime標識化キット(Invitrogen)、１２０μMの各ｄＡＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、６０μM ｄＣＴＰおよび６０μM Ｃｙ５−ｄＣＴＰまたはＣｙ３−ｄＣＴＰを使用した無作為プライミングにより行った。この方法により、本発明者らは、
結腸癌細胞に排他的なＤＮＡ過剰メチル化領域を同定した
　メチル化ＤＮＡの単一遺伝子ＰＣＲによるマイクロアレイ結果を確認するために、我々は、これらの候補遺伝子の２２個に特異的なプライマーを設計した。これらのコントロールは、全遺伝子の７０％におけるＳＷ４８−特異的メチル化を確認した。メチル化感受性制限酵素を別々の独立したアプローチとして使用して、３個の無作為に選択した遺伝子上の差次的メチル化を確認した。最後に、ＲＴ−ＰＣＲを使用して、
本発明者らは、これらの遺伝子のサブセットのＳＷ４８細胞における転写下方制御および脱メチル化剤５−アザ−ｄＣでの処理による抑制解除を証明した。この再反応化は、検出されたメチル化が、連結する遺伝子の活性を直接抑制することを示唆する。故に、本発明の方法とＣｐＧ島マイクロアレイでのハイブリダイゼーションは、癌細胞における後成的に沈黙した遺伝子の同定を可能にする
５−アザ−ｄＣ処理およびＲＴ−ＰＣＲ
　ＳＷ４８細胞(１×１０６)を培養培地に播き、２４時間維持して、その後処理した。細胞を次いで５μM ５−アザ−ｄＣ(Sigma)で４日間処置した。５−アザ−ｄＣ含有培地を処置開始２４時間後に交換した。コントロール細胞を、５−アザ−ｄＣ添加無しで同じ方法で処理した。総ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙミニ・キット(Quiagen)を使用して調製し、ｃＤＮＡ合成を２μgの総ＲＮＡ上で、Superscipt第一鎖合成系(Invitrogen)およびオリゴ−ｄＴプライマーを使用して行った。ＰＣＲ反応を、ｃＤＮＡ調製物の１／２０で行った。ＲＴ酵素なしのコントロールは全て陰性であった。」（２９頁２１行〜３１頁１９行）
「結腸癌における異常メチル化の新規標的：
　ＣｐＧ島アレイを使用して同定した標的遺伝子の中で、ホメオボックス遺伝子ＰＡＸ６−受託番号ＮＭ＿０００２８０−のみが、ＳＷ４８細胞においてメチル化されると既に報告されている。ＧＡＴＡ３遺伝子は、以前は結腸癌では試験されていないが、乳癌細胞において異常にメチル化されると報告されていた。
残りの遺伝子は、癌における異常過剰メチル化の新規標的を示す
　これらの遺伝子は、
転写制御(ＦＯＸＦ１−受託番号ＮＭ＿００１４５１−
ＦＯＸＦ１
　
癌生物学における我々の発見の妥当性を評価するために、我々は、３名の患者からの、原発性腺癌および適合させた正常結腸組織の遺伝子のセットのメチル化状態を決定した
このようなメチル化の年齢による差次的蓄積は、他の遺伝子に関しても観察されており、癌形成の素因であるはずである
インビボでの異常過剰メチル化の新規標的を同定したことを証明する
ク　図面
「
」（図１）
「
」（図３）
（２）引用発明の認定
　上記（１）アのとおり、引用文献１には、ヒト組織由来の細胞においてＦＯＸＦ１が後成的（ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ）な機構を介して下方制御されているかどうかの決定を含む方法により、ヒト組織が腫瘍性形質転換する素因があるか否かを決定する方法が記載されている。上記（１）ウより、「後成的（ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ）な機構」とはＤＮＡメチル化のことであり、上記（１）ウ、オ、カ、キより、ＤＮＡメチル化は、結腸癌に関連し、ＤＮＡメチル化によって腫瘍抑制遺伝子の減少した発現がもたらされる。上記（１）カ、キ、クに記載のとおり、ＦＯＸＦ１遺伝子は、ＣｐＧ島アレイハイブリダイゼーションを用いてＤＮＡ過剰メチル化領域として同定されたものであり、図３Ａから、結腸癌細胞系ＳＷ４８において、インプットゲノムＤＮＡ（ＩＮ）及び富化メチル化ＤＮＡ（Ｍ）の両方で発現している一方、ヒト肺線維芽細胞系ＷＩ−３８においてはＩＮでは発現しているが、Ｍでは発現していないことが見て取れる。上記（１）カ、キより、ＩＮは、ＰＣＲにより増幅された全ＦＯＸＦ１遺伝子（すなわち、非メチル化ＦＯＸＦ１遺伝子とメチル化ＦＯＸＦ１遺伝子との両方）の存在を示し、Ｍは、図１の手順で全ＦＯＸＦ１遺伝子からメチル化遺伝子のみを単離した後にＰＣＲにより増幅されたメチル化ＦＯＸＦ１遺伝子の存在を示すことが把握できる。そうすると、結腸癌細胞系ＳＷ４８においてＦＯＸＦ１遺伝子はメチル化されているものが含まれる一方、ヒト肺線維芽細胞系ＷＩ−３８においてＦＯＸＦ１遺伝子はメチル化されていないこと、この実験によりＦＯＸＦ１遺伝子が結腸癌細胞に排他的なＤＮＡ過剰メチル化領域であることが同定されている。さらに、図３Ａにおいて、患者から採取された正常結腸（Ｎ１〜Ｎ３）と同じ患者から採取された結腸腫瘍（Ｔ１〜Ｔ３）とのＦＯＸＦ１遺伝子の発現を比較しており、Ｔ３のＭにおいてＮ３のＭよりも発現の程度が強いことから、細胞株のみならず患者の組織においても結腸腫瘍ではＦＯＸＦ１遺伝子がメチル化されている一方、同じ患者から採取された正常結腸ではＦＯＸＦ１遺伝子はメチル化されていないか、Ｔ３に比べてメチル化の程度が小さいことが把握できる。
　加えて、図３Ｃを見ると、結腸癌細胞系ＳＷ４８において、５−アザ−ｄＣ処理をした場合（＋）はＦＯＸＦ１遺伝子が発現している一方、当該処理をしていない場合（−）はＦＯＸＦ１遺伝子が発現していないところ、上記（１）カ、キに記載のとおり、５−アザ−ｄＣ処理の技術的意義は、後成的（ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ）なメチル化を脱メチル化して、メチル化された遺伝子発現の沈黙の再活性化を確認することによって、メチル化によってその発現が抑制されていたことを証明することであるから、図３Ｃの結果から、ＦＯＸＦ１遺伝子は結腸癌細胞においてＤＮＡメチル化によりその発現が抑制された遺伝子であることが同定されているといえる。
　これらの結果を受けて、引用文献１は、結腸癌細胞系ＳＷ４８においてメチル化された遺伝子であり、患者腫瘍組織でもメチル化されている、ＦＯＸＦ１等の遺伝子が、インビボでの異常過剰メチル化の新規標的であるとして（（１）キ）、上記（１）アの発明を記載するものである。
　そうすると、引用文献１には、次の発明が記載されていると認められる。
「ヒト組織が腫瘍性形質転換する素因があるか否かを決定する方法であって、結腸癌患者の結腸組織由来の結腸腫瘍においてＦＯＸＦ１遺伝子の発現がＤＮＡメチル化を介して抑制されているかどうかの決定を含む方法を含み、前記ＦＯＸＦ１遺伝子の発現レベルが、同じ患者から採取された正常結腸の発現と比較して低い場合に、腫瘍性形質転換する素因があることを示す、方法。」（以下、「引用発明」という）
（３）対比
　補正発明と引用発明とを対比する。引用発明の「ヒト……結腸組織由来の結腸腫瘍」は、補正発明の「個体から得られた生物学的サンプル」に相当し、引用発明の「腫瘍性形質転換する素因があるか否かを決定する方法」は、補正発明の「腫瘍または……腫瘍の発症素因を示し……方法。」に相当し、引用発明の「ＦＯＸＦ１遺伝子」は、補正発明の「(ｉｉ)ＦＯＸＦ１」または「（ｉｉ）群の遺伝子」に相当し、引用発明の「ＦＯＸＦ１遺伝子の発現がＤＮＡメチル化を介して抑制されているかどうかの決定」は、補正発明の「（ｉｉ）ＦＯＸＦ１の発現レベルを評価すること」に相当し、引用発明の「前記ＦＯＸＦ１遺伝子の発現レベルの決定が、同じ患者から採取された正常結腸の発現と比較して低い場合に、腫瘍性形質転換する素因があることを示す」は、補正発明の「対応する生物学的サンプルの正常なレベルと比較して……（ｉｉ）群の遺伝子……のより低いレベルの発現が、……腫瘍または……腫瘍の発症素因を示し」に相当する。
　そうすると、両者は、
「個体から得られた生物学的サンプル中の
（ｉｉ）ＦＯＸＦ１の発現レベルを評価することを含み、対応する生物学的サンプルの正常なレベルと比較して（ｉｉ）群の遺伝子のより低いレベルの発現が、腫瘍または腫瘍の発症素因を示す、方法。」である点で一致し、以下の点で相違すると認められる。
（相違点１）腫瘍が補正発明では「結腸直腸腫瘍」であるのに対して引用発明では「結腸腫瘍」である点
（相違点２）生物学的サンプルが補正発明では「排泄物サンプルまたは血液サンプル」であるのに対して引用発明では「結腸癌患者の結腸組織由来の結腸腫瘍」である点
（相違点３）正常なレベルが補正発明では「基準値または値の範囲から得られる」のに対して引用発明では「同じ患者から採取された正常結腸の発現」から得られる点
（４）判断
（相違点１）
　本願明細書には「腺腫は、それらが直腸および遠位結腸においてより共通する傾向があるが、結腸および／または直腸の任意の部位に位置し得る」（【０００９】）との記載があり、腺腫が腫瘍の一種であることは明らかであるから、補正発明の「結腸直腸腫瘍」とは、結腸および／または直腸の部位に位置する腫瘍であると解され、これは引用発明の「結腸腫瘍」を包含するといえる。したがって、この点は実質的な相違点ではない。
（相違点２）
　引用発明は、ＦＯＸＦ１遺伝子の発現レベルの評価を、結腸組織由来の結腸腫瘍におけるＦＯＸＦ１遺伝子のＤＮＡメチル化状態の把握によって行う
ところ、本願優先日当時において結腸直腸癌患者におけるＤＮＡの変化を被験者の血液において検出することができることは周知の事項であり（要すれば、特表２００７−５０２１２１号公報の、段落【０１２６】を参照）、癌由来組織の特定のＤＮＡにおけるメチル化状態を把握するために血液をサンプルとして用いることは周知の技術であった（要すれば、特表２００７−５０２１２１号公報の、請求項１、２、６、段落【０００４】、【０１２６】、特表２００７−５２８２０６号公報の、請求項２１、２５、段落【０００２】、【０００５】、特表２００５−５１８２１９号公報の、請求項１４、１７、段落【０００４】を参照）。そうすると、引用発明において、ＦＯＸＦ１遺伝子のＤＮＡメチル化状態を把握するための生物学的サンプルとして結腸組織由来の結腸腫瘍に代えて血液サンプルを用いることは当業者が容易に想到することであるといえる。
（相違点３）
　本願明細書段落【００５５】の記載を踏まえると、「基準値または値の範囲」とは、「問題となる患者以外の個体から得た個々の、もしくは集合的な結果を反映する標準結果」から導かれるものであると解される。引用発明は、「結腸癌患者の結腸組織由来の結腸腫瘍においてＦＯＸＦ１遺伝子の発現がＤＮＡメチル化を介して抑制されているかどうかの決定を含む」方法であるところ、遺伝子の発現が抑制されているかどうか、換言すれば、当該発現が異常か異常でないかを決定する場合に、正常な個体やその集合体から得られた既知の検査結果を基に算出された基準値や基準値の範囲と比較することによって決定することは例示するまでもなく当業者が通常行っていることであるといえる。そうすると、引用発明において、当該決定の際に、同じ患者から採取された正常結腸の発現と比較することに代えて基準値や基準値の範囲と比較することは当業者が容易に想到することであるといえる。
（効果について）
　本願明細書を参照しても、生物学的サンプルとして排泄物サンプルまたは血液サンプルを用いることや正常なレベルを判断する際に基準値または値の範囲と比較することで、当業者に予想外の効果を奏することは確認ができない。
　したがって、補正発明は、引用発明及び周知事項、周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
（５）請求人の主張及び意見
　請求人は、審判請求書において次の主張をしている。
（主張その１）引用文献１は、個体から得られた排泄物サンプルまたは血液サンプルにおける遺伝子発現を評価することを記載していないので、この理由だけで、補正発明は引用文献１に対して進歩性を有する。
（主張その２）補正発明は、複数の新生物サンプルおよび正常なサンプルの発現レベルから得られた基準値とＦＯＸＦ１の発現レベルとの比較に関する。当業者は、同じ患者から得られた正常なサンプルよりも、基準結果に対して試験サンプルを分析する利点を理解している（本願明細書段落【００５５】）。多数の基準値または結果は、年齢、性別、民族性もしくは健康状態などのいくつかの基準で精錬することができる（本願明細書段落【００５５】）。
　また、平成３１年３月５日に提出された意見書において次の主張をしている。
（主張その３）第一に、引用文献１の分析方法は当業者によって日常的に使用されているものではなく、その有用性がそれほど重要ではない。第二に、細胞株は非常に異常な細胞型であり、したがって、しばしば完全に異常である表現型およびゲノムの特徴を示すのであるから、細胞株において観察される遺伝子型または表現型の特徴の事実は、必ずしも患者において観察されると仮定されるべきではない。例えば、引用文献１の図３は、ＳＷ４８細胞系において過剰メチル化されることが既に公表されている２つの遺伝子（ＭＬＨ１およびＲＡＳＳＦ１Ａ）が３人の患者由来結腸腫瘍において完全に陰性であることを明らかに示しており、このことは、患者に見いだされる可能性があることに対する教示として、細胞株に基づく差次的遺伝子メチル化分析を用いることの信頼性が低いことの明らかな証拠である。したがって、これらのデータはメチル化ＦＯＸＦ１が結腸直腸癌のマーカーであることを教示していない。せいぜい、引用文献１は、正常結腸および罹患結腸の両方において同様である、ある程度の極めて弱いメチル化を示唆している。したがって、引用文献１は、当業者が、結腸直腸癌（腫瘍）のマーカーとしてＦＯＸＦ１のメチル化における変化を利用することができる程度に記載していない。
　さらに、請求人は、令和２年５月１日に提出された上申書において次の意見を述べている。
（意見その１）引用文献１において、大腸組織サンプルを得るために、大腸内視鏡検査および大腸生検が使用されるが、これらは一般的に患者に対して鎮静ならびにかなりの不便さおよび不快さを必要とする。大腸癌の早期、特に腺腫段階は無症候性であり得るため、大腸内視鏡検査および大腸生検は、しばしば、患者が癌の後期の症状をすでに示した後に行われる。一方、本願発明においては、排泄物または血液サンプルを用いて遺伝子の発現レベルを評価するため、鎮静、結腸直腸内視鏡検査または結腸直腸組織生検の侵襲的な技術を必要としないという「顕著な効果」、及び、サンプルを結腸直腸腫瘍または結腸直腸腫瘍の発症素因の早期（症状が現れる前の時点を含む）検出のために容易に評価することができるという「顕著な効果」が確立される。
（意見その２）本願発明の方法は、排泄物サンプルまたは血液サンプルを用いて遺伝子の発現レベルを評価することを必要とするところ、かかる工程は著しく分解された核酸の分析を含む。排泄物または血液サンプルにおける核酸は、消化管の環境を通過するときに分解されている（本願明細書段落【０１１６】）ため、これらのサンプルにおいて記載の遺伝子を検出することができるアプローチを開発することは困難であったところ、この技術的困難を克服した。
（６）請求人の主張及び意見に対する判断
（主張その１）
　上記（４）の相違点２で検討したように、引用発明においてＦＯＸＦ１遺伝子のＤＮＡメチル化状態を把握するための生物学的サンプルとして血液サンプルを用いることは当業者が適宜行うことであるといえる。
（主張その２）
　本願明細書段落【００５５】には、試験対象と同じ個体に由来する組織に基づいて正常なレベルを決定する場合、個体に対して侵襲性が高いことや集合的な結果を反映する標準結果と比較して試験結果を解析することはより簡便であるし、年齢、性別、民族性もしくは健康状態のような特性の観点において異なる基準値を適用できることが記載されている。そして、そのような基準値を用いれば、正常組織由来のサンプルを採取する必要がないため、正常組織由来のサンプルと比較する場合に比べて侵襲性が低く、簡便であることは明らかである。さらに、年齢や性別、人種、症状の進行具合等の属性により遺伝子の発現のパターンや程度が異なることは技術常識であるから、これら属性毎に複数の基準値を定め、その中からより適切な基準値を選択すれば分析の精度が向上することは容易に予測し得ることである。そうすると、本願明細書段落【００５５】に記載がある程度のことは本願優先日当時から当業者に周知のことである。
（主張その３）
　まず、引用文献１の分析方法が当業者における利用頻度が低く、重要でないか否かは明らかでないが、仮にそうだとしても、利用頻度が低いこととその方法を実施することができないこととは関係がないから、そのことをもって引用文献１の分析方法を当業者が利用できない根拠とはならない。次に、引用文献１では、結腸癌細胞系ＳＷ４８を用いた実験と共に３人の結腸腫瘍患者に由来する生物学的サンプルを用いた実験も行っており、両実験においてＦＯＸＦ１他のいくつかの遺伝子において同じ傾向が見られたことから、結腸癌細胞系を用いて得られた実験結果が実際の結腸腫瘍における遺伝子の発現の傾向に合致していないとまではいうことができない。そして、引用文献１において、生物学的サンプルを採取した３人の結腸腫瘍患者の年齢や性別、人種、腫瘍の進行具合等の属性は明らかでないところ、メチル化は後成的（ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ）に起こるために、上記（１）キにおいて「メチル化の年齢による差次的蓄積」と記載されているように、年齢や腫瘍の進行具合次第でメチル化の程度に差異が生じると推測されることから、３人の結腸腫瘍患者において患者間や細胞株を用いた実験との間で結果に差異があることもあり得ると解される。そうすると、ＭＬＨ１及びＲＡＳＳＦ１Ａが３人の患者由来結腸腫瘍が陰性となることもあり得ると解され、このことをもってして引用文献１の実験結果の信頼性が低いとはいえない。そして、上記（２）に記載したとおり、引用文献１には、結腸癌細胞系ＳＷ４８または患者由来の結腸腫瘍サンプル(Ｔ３)において、ヒト肺線維芽細胞ＷＩ−３８または同じ患者由来の正常結腸(Ｎ３)と比較して、ＦＯＸＦ１遺伝子のメチル化の程度が大きいことが開示されている。そうすると、結腸直腸癌（腫瘍）のマーカーとしてＦＯＸＦ１のメチル化における変化を利用することができる程度に記載されていないということはできない。
　なお、引用文献１の図３は、白黒であるし、解像度の問題でＦＯＸＦ１他の遺伝子の発現の程度を把握することが難しいかもしれないが、引用文献１の発明者が発表した学術論文である、Ｎａｔｕｒｅ　ｇｅｎｅｔｉｃｓ，２００５年，ｖｏｌ．３７，ｎｏ．８，ｐｐ．８５３−８６２のＦｉｇｕｒｅ６（８５８頁）を見れば、Ｎ３に比べてＴ３においてＦＯＸＦ１遺伝子のメチル化の程度が大きいことを把握できることを付言する。
（意見その１）
　（主張その２）でも検討したように、採血により採取できる血液サンプルの方が、内視鏡検査や手術等の処置が採取のために必要となる組織サンプルに比べて、侵襲性が低いことや、簡便に採取できるためにより早期のタイミングでＦＯＸＦ１遺伝子のＤＮＡメチル化状態を把握できることは、当業者に周知のことであるといえる。したがって、この程度のことを格別顕著な効果であるということはできない。
（意見その２）
　上記（１）エに記載されているように、引用発明において試験される核酸は、その品質に対する要求が少ないこと、試験を行う前に剪断や制限酵素によってフラグメント化（請求人のいう、核酸の分解と同義であるといえる）されることから、血液サンプルに含有される核酸分子が、消化管によって分解されたものであったとしても、引用発明においてこれを対象とすることに特段の技術的困難性は存在しないといえる。
　したがって、請求人のこれら主張や意見を採用することはできない。
（７）小括
　以上のとおり、本件補正により補正された特許請求の範囲の請求項１に記載された発明は、特許出願の際独立して特許を受けることができるものではなく、本件補正は、特許法第１７条の２第６項において準用する同法第１２６条第７項の規定に適合しないから、同法第１５９条第１項において読み替えて準用する同法第５３条第１項の規定により却下されるべきものである。
第３　本願発明について
１．本願発明 
　令和１年１０月２８日付け手続補正書による手続補正は上記のとおり却下されたので、本願の請求項１〜８に係る発明は、平成３０年４月２４日の手続補正書（同日付で手続補正書は２通提出されているが、後に提出された書類番号が51800860518のもの）により補正された特許請求の範囲の請求項１〜８に記載の事項により特定される発明であると認める。
　　　 
２．原査定の理由
　令和１年７月５日付け拒絶査定は、この出願の請求項１〜８に係る発明は、その出願前に日本国内又は外国において頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった引用文献１（国際公開第２００５／１２３９４２号）に記載された発明に基いて、その出願前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない、との理由を含むものである。
３．当審の判断
　原査定の拒絶の理由で引用された引用文献１、その記載事項及び引用文献１に記載されたは発明（以下、「引用発明」という）は、上記第２の［理由］３．（１）、（２）に記載した引用文献１、その記載事項及び引用発明と同じである。
　本願の請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、上記第２の１．に（補正前）として記載したものであり、「生体サンプル」について特段特定がなされていないこと、「正常なレベルは基準値または値の範囲から得られる」ことが特定されていないこと以外は、補正発明と相違しない。
　そうすると、本願発明の発明特定事項を全て含み、さらに他の事項を付加したものに相当する補正発明が、上記第２の［理由］３．（２）〜（４）に記載したとおり、引用発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、本願発明も、引用発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
第４　むすび 
　以上のとおり、本願の請求項１に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるであるから、他の請求項に係る発明について言及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。