【事件の表示】
　上記当事者間の特許第６１２６９８３号発明「真核細胞におけるエキソンスキッピングの誘導」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結　論】
　特許第６１２６９８３号の特許請求の範囲を訂正請求書に添付された特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔１〜４〕、５、６、７について訂正することを認める。
　特許第６１２６９８３号の請求項１ないし７に係る発明についての特許を無効とする。
　審判費用は、被請求人の負担とする。
【理　由】
【第１】手続の経緯
１．特許第６１２６９８３号の請求項１〜７に係る特許についての出願は、平成１３年９月２１日（パリ条約による優先権主張外国庁受理　２０００年９月２１日　欧州特許庁）を国際出願日とする特願２００２−５２９４９９号（以下、
「第１出願」
　その後、その特許について、平成２９年１１月９日に特許異議申立人　古藤弘一郎により特許異議の申立てがなされ、平成３０年３月１４日付けで取消理由が通知され、その指定期間内である同年６月１４日付けで訂正請求書及び意見書の提出がなされ、当時の特許庁合議体（以下、
「前合議体」
「　特許第６１２６９８３号の特許請求の範囲を訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔１−４〕、５、６、７について訂正することを認める。
　特許第６１２６９８３号の請求項１ないし７に係る特許を維持する。」
と結論する異議の決定（以下、単に
「異議決定」
２．その後の、本件の特許無効審判の請求以後の手続等の経緯は、次のとおりである。
・平成３０年１１月３０日　　　　審判請求書の提出
・平成３１年　２月　６日付け　　審判請求書の手続補正書の提出
・令和　１年　５月１６日付け　　審判事件答弁書（以下、
「答弁書」
　　　　　　　　　　　　　　　　いうことがある）の提出
・　同　　年　８月　６日付け　　審理事項通知書
・　同　　年　９月２６日付け　　口頭審理陳述要領書（請求人）（以下、
　　　　　　　　　　　　　　　
「［請］陳述要領書」
　　　　　　　　　　　　　　　　の提出
・　同　　年１０月１０日付け　　口頭審理陳述要領書（被請求人）（以
　　　　　　　　　　　　　　　　下、
「［被請］陳述要領書」
　　　　　　　　　　　　　　　　ことがある）の提出
・　同　　年１０月２９日付け　　物件提出書（被請求人）（乙第１０号
　　　　　　　　　　　　　　　　証の原本を添付したもの。以下
「［被
　　　　　　　　　　　　　　　　
請］物件提出書」
　　　　　　　　　　　　　　　　の提出
・令和　２年　３月２６日付け　　審決の予告
・　同　　年　６月２９日付け　　訂正請求書及び上申書（以下、後者を
　　　　　　　　　　　　　　　　
［被請］上申書」ということがある）
　　　　　　　　　　　　　　　　
の提出
【第２】訂正請求について
１．訂正の内容
　【第１】２．の訂正請求書による訂正（以下、
「本件訂正」
「　【請求項１】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）を包含することを特徴とする医薬。
【請求項２】
　スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴とする、請求項１に記載の医薬。
【請求項３】
　該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質であることを特徴とする、請求項２に記載の医薬。
【請求項４】
　該変異ジストロフィンタンパク質が、ベッカー型筋ジストロフィー患者のジストロフィンタンパク質と同等であることを特徴とする、請求項３に記載の医薬。
【請求項５】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする核酸運搬体（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。
【請求項６】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドの使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。
【請求項７】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体の使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。　」
（以下、これらの請求項１〜７の特許に係る発明を、その請求項に付された番号順に
「訂正前の請求項１〜７に係る発明」
「本件発明１」〜「本件発明７」
「本件発明」
に対する、次の（１）〜（７）のとおりの訂正である。
（１）訂正事項１
　訂正前の請求項１に
「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）を包含することを特徴とする医薬。」
とあるのを
「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する
ヒト
２５
からなり
エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害し、
を
と訂正する。
（２）訂正事項２
　訂正前の請求項２に
　「スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴とする、請求項１に記載の医薬。」
とあるのを
　「
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからなり、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬であって、
医
と訂正する。
（３）訂正事項３
　訂正前の請求項３に
　「該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質であることを特徴とする、請求項２に記載の医薬。」
とあるのを
　「
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからなり、エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬であって、スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴とし、
医
と訂正する。
（４）訂正事項４
　訂正前の請求項４に
　「該変異ジストロフィンタンパク質が、ベッカー型筋ジストロフィー患者のジストロフィンタンパク質と同等であることを特徴とする、請求項３に記載の医薬。」
とあるのを
　「
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域のプリン塩基に富んだエキソンのスプライシング制御に係る機能を有する配列に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからなり、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬であって、スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていること、該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質であること、および
医
と訂正する。
（５）訂正事項５
　訂正前の請求項５に
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする核酸運搬体（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。」
とあるのを
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する
ヒト
エキソン認識配列（ＥＲＳ）
な
２５
からなり
。
と訂正する。
（６）訂正事項６
　訂正前の請求項６に
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドの使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に対して相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。」
とあるのを
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する
ヒト
のエキソン認識配列（ＥＲＳ）
な
２５
からなり
。
と訂正する。
（７）訂正事項７
　訂正前の請求項７に
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体の使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）。」
とあるのを
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する
ヒト
のエキソン認識配列（ＥＲＳ）
な
２５
からなり
。
と訂正する。
　なお、訂正前の請求項１〜４は、請求項１を直接又は間接的に引用する一群の請求項であり、本件訂正は、当該一群の請求項１〜４、並びに、請求項５、請求項６及び請求項７について請求されている。
２．訂正の目的の適否、新規事項の有無、特許請求の範囲の拡張・変更の存否
（１）訂正事項１について
ア　訂正の目的
　訂正事項１は、訂正前の請求項１において、
（ア）「細胞」を「ヒト」由来のものに限定し；
且つ、
（イ）「アンチセンスオリゴヌクレオチド」について、
「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有」し「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」ものであるのを、
　「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり、エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害」するものに限定すると共に、ヌクレオチドの個数（ヌクレオチド長）を「１４〜２５個」に限定したことに伴い冗長となった「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」（ここでいう「配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるもの」は、ヌクレオチド長が２６個、即ち２５個超であって、元々「１４〜２５個」の範囲外である）との記載を削除する；
ものであるから、これら（ア）及び（イ）はいずれも、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
イ　新規事項追加の有無
　ア（ア）については、願書に添付した明細書中の例えば「・・・。細胞は・・・、典型的な生物の例にはヒトやマウスが含まれる。」（特許明細書【０００６】）と記載されており；
　ア（イ）については、願書に添付した明細書中の「・・・本発明・・・は・・・好ましい態様においては、製造が容易であり、細胞による取り込みがより効果的に行われることから、１４〜２５個のヌクレオチドからなる分子を使用する。」（特許明細書【００１４】）との記載、及び実施例の「ｈＡＯＮ＃８」（特許明細書【００２６】、「ｈＡＯＮ＃２９」（特許明細書【００３４】）等のヌクレオチド長が２０個のアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）に関する記載、並びに、「・・・本発明はＲＮＡスプライシング反応系のｍＲＮＡ前駆体を、該ｍＲＮＡ前駆体に含まれる少なくとも１つのエキソンが有する
エキソン封入シグナル（exon inclusion signal）（ＥＩＳ）を特異的に阻害することが可能な試薬と接触させ、そして該ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを行わせしめる
スプライシングを制御する
エキソン封入シグナルはエキソン認識配列（exon recognition sequence）（ＥＲＳ）に特異的なアンチセンス核酸による干渉を受ける
ことから、いずれも願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面（以下、これらをまとめて
「当初明細書等」
ウ　特許請求の範囲の実質拡張・変更の有無
　訂正事項１は、上記アのとおり、特許請求の範囲の減縮を目的とするものであって、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当しない。
（２）訂正事項２について
ア　訂正の目的
　訂正事項２は、
（ア）訂正前の請求項２が引用していた請求項１の「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、」の規定を直接記載すると共に；
（イ）「細胞」を「ヒト」由来のものに限定し；
（ウ）同請求項１の「アンチセンスオリゴヌクレオチド」が　
「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有」し「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」ものであるのを、
「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからな」るものに限定すると共に、ヌクレオチドの個数（ヌクレオチド長）を「２０〜２５個」に限定したことに伴い冗長となった「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」との記載を削除する；
ものである。
　上のア（ア）は、請求項２の記載が請求項１の記載を引用する記載であったものを、請求項間の引用関係を解消して独立請求項へ改めるものであって、特許法第１３４条の２第１項ただし書第４号に規定する「他の請求項の記載を引用する請求項の記載を当該他の請求項の記載を引用しないものとすること」を目的とする訂正であり、また、ア（イ）及びア（ウ）は、（１）のア（ア）及びア（イ）と同様に、特許法第１３４条第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とする訂正である。
イ　新規事項追加の有無
　ア（ア）については、訂正前の請求項１に記載されており、また、ア（イ）及びア（ウ）については、（１）のア（ア）及びア（イ）の訂正について（１）イで述べたのと同様であるから、いずれも願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内のものである。
ウ　特許請求の範囲の実質拡張・変更の有無
　訂正事項２は、上記アのとおり、請求項間の引用関係の解消及び特許請求の範囲の減縮を目的とするものであって、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当しない。
（３）訂正事項３について
ア　訂正の目的
　訂正事項３は、
（ア）訂正前の請求項３が間接的に引用していた請求項１の「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、」の規定、及び同請求項３が引用していた請求項２の「スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴と」することの規定を直接記載すると共に；
（イ）「細胞」を「ヒト」由来のものに限定し；
（ウ）同請求項１の「アンチセンスオリゴヌクレオチド」が　
「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有」し「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」ものであるのを、
「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからなり、エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害」するものに限定すると共に、ヌクレオチドの個数（ヌクレオチド長）を「２０〜２５個」に限定したことに伴い冗長となった「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」との記載を削除する；
ものである。
　上のア（ア）は、請求項３載が直接又は間接的に請求項１及び２の記載を引用する記載であったものを、請求項間の引用関係を解消して独立請求項へ改めるものであって、特許法第１３４条の２第１項ただし書第４号に規定する「他の請求項の記載を引用する請求項の記載を当該他の請求項の記載を引用しないものとすること」を目的とする訂正であり、また、ア（イ）及びア（ウ）は、（１）のア（ア）及びア（イ）と同様に、特許法第１３４条第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とする訂正である。
イ　新規事項追加の有無
　ア（ア）については、訂正前の請求項１及び２に記載されており、また、ア（イ）及びア（ウ）については、（１）のア（ア）及びア（イ）の訂正について（１）イで述べたのと同様であるから、いずれも願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内のものである。
ウ　特許請求の範囲の実質拡張・変更の有無
　訂正事項３は、上記アのとおり、請求項間の引用関係の解消及び特許請求の範囲の減縮を目的とするものであって、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当しない。
（４）訂正事項４について
ア　訂正の目的
　訂正事項４は、
（ア）訂正前の請求項４が間接的に引用していた請求項１の「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、」の規定、及び同請求項４が引用していた請求項３の「スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴と」することの規定、及び同請求項４が引用していた請求項３の「スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていること、該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質であること」の規定を直接記載すると共に；
（イ）「細胞」を「ヒト」由来のものに限定し；
（ウ）同請求項１の「アンチセンスオリゴヌクレオチド」が　
「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜４０個のヌクレオチドを含有」し「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」ものであるのを、
「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域のプリン塩基に富んだエキソンのスプライシング制御に係る機能を有する配列に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからな」るものに限定すると共に、ヌクレオチドの個数（ヌクレオチド長）を「２０〜２５個」に限定したことに伴い冗長となった「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」との記載を削除する；
ものである。
　上のア（ア）は、請求項４が直接又は間接的に請求項１〜３の記載を引用する記載であったものを、請求項間の引用関係を解消して独立請求項へ改めるものであって、特許法第１３４条の２第１項ただし書第４号に規定する「他の請求項の記載を引用する請求項の記載を当該他の請求項の記載を引用しないものとすること」を目的とする訂正であり、また、ア（イ）及びア（ウ）は、（１）のア（ア）及びア（イ）と同様に、特許法第１３４条第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とする訂正である。
イ　新規事項追加の有無
　ア（ア）については、訂正前の請求項１〜３に記載されている。
　ア（イ）については、（１）のア（ア）の訂正について（１）イで述べたのと同様に、当初明細書等中に例えば「・・・。細胞は・・・、典型的な生物の例にはヒトやマウスが含まれる。」（特許明細書【０００６】）と記載されている。
　ア（ウ）については、当初明細書等中の「・・・本発明・・・は・・・好ましい態様においては、製造が容易であり、細胞による取り込みがより効果的に行われることから、１４〜２５個のヌクレオチドからなる分子を使用する。」（特許明細書【００１４】）や「ｈＡＯＮ＃８」（特許明細書【００２６】。２０塩基からなる）、「ｈＡＯＮ＃２９」（特許明細書【００３４】。２０塩基からなる）等のアンチセンスオリゴヌクレオチド例の記載、並びに、「・・・本発明はＲＮＡスプライシング反応系のｍＲＮＡ前駆体を、該ｍＲＮＡ前駆体に含まれる少なくとも１つのエキソンが有するエキソン封入シグナル（exon inclusion signal）（ＥＩＳ）を特異的に阻害することが可能な試薬と接触させ、そして該ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを行わせしめることを包含する、ＲＮＡスプライシング反応系においてｍＲＮＡ前駆体の
スプライシングを制御する
エキソン封入シグナルはエキソン認識配列（exon recognition sequence）（ＥＲＳ）に特異的なアンチセンス核酸による干渉を受ける
プリン塩基に富み
プリン塩基に富ん
エキソン４６のスプライシング制御に係る推定上の機能を有する
　したがって、これらア（ア）〜ア（ウ）は、当初明細書等に記載した事項の範囲内の訂正である。
ウ　特許請求の範囲の実質拡張・変更の有無
　訂正事項４は、上記アのとおり、請求項間の引用関係の解消及び特許請求の範囲の減縮を目的とするものであって、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当しない。
（５）訂正事項５〜７について
ア　訂正の目的
　訂正事項５〜７は、訂正前の請求項５〜７において、
（ア）各「細胞」をそれぞれ「ヒト」由来のものに限定し；
（イ）各「アンチセンスオリゴヌクレオチド」について、
「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部に」対して「相補的であり、１４〜４０個のヌクレオチドを含有」し「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」ものであるのを
「該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に」対して「相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからな」るものに限定すると共に、ヌクレオチドの個数（ヌクレオチド長）を「１４〜２５個」に限定したことに伴い冗長となった「（ただし、該アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＤＮＡまたはホスホロチオエートＤＮＡであってその塩基配列が、特開２００２−１０７９０において配列番号４で表されるＧＡＣＣＴＧＣＴＣＡＧＣＴＴＣＴＴＣＣＴＴＡＧＣＴＴＣＣＡＧＣであるものを除く）」との記載を削除する；
ものであるから、これら（ア）及び（イ）はいずれも、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
イ　新規事項追加の有無
　ア（ア）及びア（イ）については、（１）のア（ア）及びア（イ）の訂正について（１）のイで述べたのと同様であるから、いずれも願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内のものである。
ウ　特許請求の範囲の実質拡張・変更の有無
　訂正事項５〜７は、上記アのとおり、特許請求の範囲の減縮を目的とするものであって、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当しない。
（６）独立特許要件について
　全請求項に対して特許無効審判が請求されているので、特許法第１３４条の２第９項で読み替えて準用する特許法第１２６条第７項の独立特許要件に関する規定は適用されない。
３．小括
　以上によれば、本件訂正は、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号及び第４号に掲げるいずれかの事項を目的とするものであり、しかも同条第９項において準用する同法第１２６条第５項乃至第７項の規定に違反するものでもないから、本件訂正を認める。
【第３】訂正後の本件発明
　前記【第２】のとおり、本件訂正は認められるので、本件訂正後の請求項１〜７に係る発明は、本件訂正後の特許請求の範囲の請求項１〜７に記載された事項により特定される、次のとおりのものであると認める。
（　以下、当該訂正後の請求項１〜７を単に
「請求項１〜７」
「訂正発明１」〜「訂正発明７」
「訂正発明」
「　【請求項１】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４?２５個のヌクレオチドからなり、エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬。
【請求項２】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからなり、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬であって、スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴とする、医薬。
【請求項３】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからなり、エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬であって、スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴とし、該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質であることを特徴とする、医薬。
【請求項４】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域のプリン塩基に富んだエキソンのスプライシング制御に係る機能を有する配列に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからなり、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬であって、スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていること、該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質であること、および該変異ジストロフィンタンパク質が、ベッカー型筋ジストロフィー患者のジストロフィンタンパク質と同等であることを特徴とする、医薬。
【請求項５】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に対して相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする核酸運搬体。
【請求項６】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドの使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に対して相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用。
【請求項７】
　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬の製造における、アンチセンスオリゴヌクレオチドを放出することが可能な核酸運搬体の使用であって、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進することを特徴とする使用。　」
【第４】当事者の主張、及び、提出した証拠方法
【４−１】請求人の主張する無効理由、及び、提出した証拠方法
１．請求人は、特許第６１２６９８３号の特許請求の範囲の請求項１〜７に記載された発明についての特許を無効とする、審判費用は被請求人の負担とする、との審決を求め、その理由として、審判請求書及び［請］陳述要領書により、本件特許には概要以下の無効理由１〜８が存在する旨を主張し、証拠方法として甲第１〜４４号証、甲第８−２、９−２、１０−２、１８−２、および４０−２号証を提出（全て原本に代えて写しを提出）している（以下、例えば、
甲第１号証を「甲１」などという
　
（１）無効理由１：実施可能要件違反（特許法第３６条第４項第１号）
　本件発明に係る医薬は、特定の機能を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）を含む医薬に関するが、本件特許明細書の発明の詳細な説明には、この医薬が製造することができるように明細書に明確かつ十分に記載されていないし、かつ、その活性成分としてのＡＯＮに係る実施例が一切記載されていない、薬理活性のデータの記載がないなど、当業者が使用できるように明確かつ十分に記載されていない。よって、本件特許は、特許法第３６条第４項第１号の要件を満たさない特許出願に対してなされたものであり、同法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とされるべきである。
（２）無効理由２：サポート要件違反（特許法第３６条第６項第１号）
　本件特許明細書の発明の詳細な説明には、その活性成分としてのアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）に係る実施例が一切記載されていない、薬理活性のデータの記載がないなど、本件発明に係る医薬は、当業者が本件特許明細書の発明の詳細な説明から特許発明の課題を解決できると認識できる範囲のものではないし、当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものでもない。よって、本件特許は、特許法第３６条第６項第１号の要件を満たさない特許出願に対してなされたものであり、同法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とされるべきである。
（３）無効理由３：明確性要件違反（特許法第３６条第６項第２号）
　本件発明においては、「エキソン５３の内部領域」という用語の技術的意味を理解することができないため、本件特許請求の範囲に記載された発明の外延を明確に把握することができない。よって、本件特許は、特許法第３６条第６項第２号の要件を満たさない特許出願に対してなされたものであり、同法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とされるべきである。
（４）無効理由４：拡大された先願の地位に係る無効理由（特許法第２９条の２）
　本件発明は、エクソン５３のＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）を含むＤＭＤ治療薬を包含するものであるが、その出願前に出願され、出願後に公開された先の特許出願の明細書（甲１３）には、訂正後の請求項から除かれた「配列番号４のＡＯＮ」に限定されることなく、エクソン５３のＳＥＳに対するＡＯＮを含むＤＭＤ治療薬が明確に記載されているから、特許法第２９条の２の規定に基づいて特許を受けることができないものである。したがって、本件特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とされるべきものである。
（５）無効理由５：進歩性欠如その１（特許法第２９条第２項）
　本件発明は、その優先日に頒布された刊行物である甲１１に記載された発明に、公知技術又は周知技術（例えば、甲１〜１２、１５〜１７、３０および３４）、特に甲８、９、１５、３０、３４などに記載された技術的事項を組み合わせることにより、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　具体的には、甲１１には、エクソン１９のＳＥＳに対するＡＯＮを用いてＤＭＤ症例の筋細胞においてエクソン１９のスキッピングを確認しており、エクソン１９に対するＡＯＮを用いるＤＭＤの治療方法及び治療薬が記載されている。甲３０には、「エクソン５３のＳＥＳを同定したこと、エクソン５３スキッピングにより、ジストロフィン蛋白の発現を誘導し得ること、このＳＥＳに対するＡＯＮがＤＭＤの治療戦略に使用し得ること」が開示されている。したがって、甲１１に記載のエクソン１９に対するＡＯＮを含むＤＭＤ治療薬発明において、エクソン１９に対するＡＯＮをエクソン５３に対するＡＯＮに置換する程度のことは当業者が容易に想到し得たことに過ぎない。
　したがって、本件発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない発明であるから、本件特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とされるべきものである。
（６）無効理由６：新規性欠如、又は、進歩性欠如その２（特許法第２９条第１項第３号又は同法同条第２項）
　本件特許明細書では、本件特許の基礎出願である欧州特許出願ＥＰ００２０３２８３．７号出願書面（基礎出願）（甲３１）に記載していない技術的事項を追加記載し、請求項もそのように拡張記載している。したがって、本件特許は基礎出願（甲３１）の優先権の利益を享受することはできず、その有効な出願日は、２００１年９月２１日（国際出願日）となる。
　そうすると、本件発明は、その出願前に頒布された刊行物である甲１８に記載された発明であるか、又は、甲１８に記載された発明に公知技術又は周知技術（例えば、甲１〜１２、１５〜１７、３０および３４）、特に甲８、９、１５、３０、３４などに記載された技術的事項を参酌することにより、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　したがって、本件発明は、特許法第２９条第１項第３号に該当し特許を受けることができない発明であるか、又は、同法同条第２項の規定により特許を受けることができない発明であるから、本件特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とされるべきものである。
（７）無効理由７：進歩性欠如その３（特許法第２９条第２項）
　本件発明は、その優先日前に頒布された刊行物である甲３０に記載された発明に、公知技術又は周知技術（例えば、甲１〜１２、１５〜１７、３０および３４）、特に甲８、甲９，甲１１、甲３４などに記載された技術的事項を参酌することにより、当業者が容易に発明をすることができたものである。具体的には、甲３０には、「エクソン５３のＳＥＳを同定したこと、エクソン５３スキッピングにより、ジストロフィン蛋白の発現を誘導し得ること、このＳＥＳに対するＡＯＮがＤＭＤの治療戦略に使用し得ること」が開示されている。また、甲１１には、「エクソン１９のＳＥＳに対するＡＯＮをＤＭＤ症例の筋細胞に導入し、エクソン１９スキッピング及びジストロフィン蛋白の発現を確認したこと、このＡＯＮによるエクソン１９スキッピングはＤＭＤの有効な治療法となり得ること」が記載されている。したがって、　甲３０に記載のエクソン５３に対するＡＯＮを、甲１１に記載のように、ＤＭＤ症例の筋細胞に導入し、エクソン５３のスキッピング及びジストロフィン蛋白の発現を確認し、エクソン５３のＳＥＳに対するＡＯＮをＤＭＤの治療剤として用いることは、当業者が容易に想到し得たものに過ぎない。
　ゆえに、本件発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない発明であるから、本件特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とされるべきものである。
（８）無効理由８：進歩性欠如その４（特許法第２９条第２項）
　本件発明は、その出願前に頒布された刊行物である甲９に記載された発明に、公知技術又は周知技術（例えば、甲１〜１２、１５〜１７、３０および３４）、特に甲１１などに記載された技術的事項を参酌することにより、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　具体的には、甲９には、エクソン１９に対するＡＯＮでリンパ芽球細胞においてエクソン１９をスキッピングしたことが報告され、甲３０には、エクソン５３のＳＥＳに対するＡＯＮをＤＭＤ治療に使用し得ることが記載されている。また、甲１１には、エクソン１９に対するＡＯＮを用いてＤＭＤ症例の筋細胞でエクソン１９をスキッピングしたことが報告されている。したがって、標的エクソンをエクソン１９からエクソン５３に代え、そのスキッピング効果をＤＭＤ症例の筋細胞で確認し、ＤＭＤ治療として用いることは当業者には容易に想到し得たことである。
　したがって、本件発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない発明であるから、本件特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とされるべきものである。
［証拠方法］
・甲第１号証：BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMMUN.,(1990) 170(2) P.963-967
・甲第２号証：松尾雅文「Ｄｕｃｈｅｎｎｅ型筋ジストロフィーの治療法開発に向けての分子生物学的研究　研究課題番号：０６５５７０４７　平成９年３月」（文部省科学研究費補助金研究成果報告書）　表紙、P.1,5-13
・甲第３号証：J.NEUROL.,(1991) 238 P.6-8
・甲第４号証：J.CLIN.INVEST.,(1991) 87(6) P.2127-2131
・甲第５号証：J.CLIN.INVEST.,(1993) 91(5) P.1862-1867
・甲第６号証：PROC.ASSOC.AM.PHYSICIANS,(1996) 108(4) P.308-314
・甲第７号証：MOL.CELL.BIOL.,(1994) 14(2) P.1347-1354
・甲第８号証：J. CLIN. INVEST.,(1995) 95(2) P.515-520
・甲第８−２号証：J.CLIN.INVEST.,(1995) 95(2) P.515-520
・甲第９号証：BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMMUN.,(1996) 226(2) P.445-449
・甲第９−２号証：BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMMUN.,(1996) 226(2) P.445-449
・甲第１０号証：J.CLIN.INVEST.,(1997) 100(9) P.2204-2210
・甲第１０−２号証：J.CLIN.INVEST.,(1997) 100(9) P.2204-2210
・甲第１１号証：日本人類遺伝学会第４４回大会プログラム・抄録集，(1999) P.83 WC9
・甲第１２号証：日本先天代謝異常学会雑誌，(1999) 15(2) P.233
・甲第１３号証：特願２０００−１２５４４８号　出願時書面
・甲第１４号証：欧州特許出願公開第１１６０３１８号明細書
・甲第１５号証：HUM.GENET.,(1990) 86 P.45-48
・甲第１６号証：松尾雅文「Ｄｕｃｈｅｎｎｅ型筋ジストロフィーの新しい治療法の確立　課題番号：１０５５７０７６　平成１２年３月」（文部省科学研究費補助金研究成果報告書）　表紙、P.1,5-11
・甲第１７号証：GENES  DEVELOPMENT,(1993) 7 P.407-418
・甲第１８号証：HUM.MOL.GENET.,(2001) 10(15) P.1547-1554
・甲第１８−２号証：HUM.MOL.GENET.,(2001) 10(15)の目次
（https://academic.oup.com/hmg/issue/10/15）
・甲第１９号証：欧州特許出願番号１２１９８５１７．０出願（公開番号：２６０２３２２）のＥＰＯ（欧州特許庁）審査係属時において２０１４年１０月２１日付けで出願人がＥＰＯに対し提出した意見書
・甲第２０号証：知財高裁平成２７年（行ケ）第１００２１号判決
・甲第２１号証：知財高裁平成２７年（行ケ）第１００５２号判決
・甲第２２号証：知財高裁平成２３年（行ケ）第１０１７９号判決
・甲第２３号証：知財高裁平成２４年（行ケ）第１００７１号判決
・甲第２４号証：知財高裁平成２１年（行ケ）第１０１７０号判決
・甲第２５号証：HUMAN GENE THERAPY,(2007) 18 P.798-810
・甲第２６号証：知財高裁平成１７年（行ケ）第１００４２号判決
・甲第２７号証：知財高裁平成２４年（行ケ）第１０２９９号判決
・甲第２８号証：知財高裁平成１８年（行ケ）第１０５０９号判決
・甲第２９号証：特開２００２−１０７９０号公報
・甲第３０号証：日本先天代謝異常学会雑誌，(1999) 15(2) P.232 100
・甲第３１号証：欧州特許出願番号２０３２８３．７　出願時書面
・甲第３２号証：米国特許商標庁（ＵＳＰＴＯ）が録取したJUDITH VAN DEUTEKOM,Ph.D.による証言（２０１５年３月１１日）の記録　P.1-7,87-115,14　8-150
・甲第３３号証：JUDITH VAN DEUTEKOMによる実験成績証明書（２０１７年５月１６日付け）
・甲第３４号証：MOLECULAR BIOTECHNOLOGY, (1999) 12 P.1-11
・甲第３５号証：本件特許出願：特願２０１３−２６０７２８号の審査係属時における平成２７年４月１３日付け意見書
・甲第３６号証：本件特許に係る異議２０１７−７０１０４４号事件の異議の決定
・甲第３７号証：特願２０１１−９８９５２号の審査係属時における平成２５年８月２１日付け拒絶査定
・甲第３８号証：CELL,(1988) 53 P.219-228
・甲第３９号証：GENOMICS,(1993) 16 P.536-538
・甲第４０号証：HUMAN MOLECULAR GENETICS,(2000) 9(2) P.259-265
・甲第４０−２号証：HUMAN MOLECULAR GENETICS,(2000) 9(2)　のウェブページ（https://academic.oup.com/hmg/issue/9/2），２０１９年９月２５日（出力日）
・甲第４１号証：「スピンラザ（Ｒ）髄注１２ｍｇ」の添付文書，２０１９年１月改訂（第３版）（承認番号22900AMX00587000）
・甲第４２号証：科学研究費助成事業　２００２年度実験報告書「ジストロフィン遺伝子エクソン内のスプライシング促進配列に関する研究」，２０１９年６月２４日（出力日），研究課題／領域番号１３６７０８０２
・甲第４３号証：GENOMICS,(1988) 2 P.90-95
・甲第４４号証：BRAIN  DEVELOPMENT,(1996) 18 P.167-172
２．ただし、［請］陳述要領書における、甲第４０、４０−２、４１及び４２号証に基づく、２３頁１９行「また、ミニジーン試験系の有用性は、・・」〜２４頁２０行「　ゆえに、被請求人の主張は失当である。」の主張に関し、口頭審理において審判長は
　「審判請求書に添付されていない新たな証拠に基づいて、進歩性否定の無効理由についての新たな主張を追加するものであるから、請求の理由の要旨を変更する補正というべきものであり、特許法第１３１条の２第２項の規定により、許可しない」
との決定を下した。
※当合議体注：
・注１．無効理由１の関連適用条文について、請求人は上記１．（１）のとおり、審判請求書及び［請］陳述要領書において「特許法第３６条第４項
第１号
　また、実際、請求人自身、審判請求書中の例えば４７頁３〜５行では、無効理由１に関し「・・・。よって、本件特許は、
平成１４年法律第２４号による改正前の特許法第３６条第４項
　よって、以下、請求人が主張する
無効理由１について、審判請求書及び［請］陳述要領書中の各「特許法第３６条第４項第１号」は、「特許法第３６条第４項」と読みかえることとし
・注２．無効理由６に関し、審判請求書の目次及び「第２　無効審判請求の要点」（１０頁２４行〜１１頁１３行）中では、甲第１８号証を主引用例とする進歩性否定の理由（適用条文：特許法第２９条第２項）のみ示されているが、後段では甲第１８号証に基づく新規性否定（適用条文：特許法第２９条第１項第３号）の主張もされていることから（例えば７９頁「３．まとめ」）、
上記１．（６）のとおり、無効理由６としては、進歩性否定に係る無効理由の他、上記新規性否定に係る無効理由も併せて主張されているものと認める
・注３．甲第８−２号証、甲第９−２号証及び甲第１０−２号証は、いずれも［請］陳述要領書に添付して提出されたものであるところ、これらは審判請求時に提出された甲第８号証、甲第９号証、及び甲第１０号証のそれぞれに請求人により下線及び抄訳が付されたものであって、甲第８−２号証は甲第８号証と、甲第９−２号証は甲第９号証と、甲第１０−２号証は甲第１０号証と、各々同一の証拠である。
　以下、
これら甲第８−２号証、甲第９−２号証及び甲第１０−２号証は、この順に、先の甲第８号証、甲第９号証及び甲１０号証とそれぞれ併せ、まとめて甲第８号証、甲第９号証及び甲第１０号証として扱う
【４−２】被請求人の主張、及び、提出した証拠方法
　被請求人は、答弁書、［被請］陳述要領書、［被請］物件提出書及び［被請］上申書により、本件訂正後の請求項１〜７に係る特許には、上述の無効理由１〜８はいずれも存在しない旨を主張し、証拠方法として乙第１〜２１号証を提出（乙第１０号証は原本を提出、乙第１〜９、１１〜２１号証は原本に代えて写しを提出）している（以下、例えば、
乙第１号証を「乙１」などという
　　　
［証拠方法］
・乙第１号証：日本先天代謝異常学会雑誌，(1999) 15(2) p.233,表紙,奥付
・乙第２号証：日本先天代謝異常学会雑誌，(1999) 15(2) p.232,表紙,奥付
・乙第３号証：国際公開第２０１２／０２９９８６号
・乙第４号証：知財高裁平成２９年（行ケ）第１０２２６号判決
・乙第５号証：特開２００２−１０７９０号公報
・乙第６号証：特願２０００−３４８９５７号の審査係属時における平成２２年６月２１日付け拒絶理由通知書
・乙第７号証：特願２０００−３４８９５７号の審査係属時における平成２２年８月１４日付け手続補正書
・乙第８号証：特願２０００−３４８９５７号の審査係属時における平成２２年８月１４日付け意見書
・乙第９号証：特許第４５９００３３号公報
・乙第１０号証：VAN DEUTEKOM博士の宣誓書，２０１９年１０月１０日作成
・乙第１１号証：HUMAN MOLECULAR GENETICS,(2001) 10(15) P.1547-1554
・乙第１２号証：CLIN.EXP.PHARMACOL.PHYSIOL.,(2006) 33 P.533-540
・乙第１３号証：NEUROMUSCUL.DISORD.,(2002) 12 SUPPL.1 P.S71-S77
・乙第１４号証：国際公開第９９／０５３１０１号
・乙第１５号証：NUCLEIC ACIDS RESEARCH,(2000) 28(6) P.1340-1347
・乙第１６号証：NUCLEIC ACIDS RESEARCH,(1994) 22(22) P.4591-4598
・乙第１７号証：NAT.MED.,(1996) 2(6) P.668-675
・乙第１８号証：BIOL.CHEM.,HOPPE-SEYLER, (1995 MAR.) 376 P.195-198
・乙第１９号証：欧州特許第２６０２３２２号についての異議申立手続における欧州特許庁による異議決定の理由，２０１９年７月１５日
・乙第２０号証：スピンラザ（登録商標）の特許及び排他性を示す米国食品医薬品局（ＦＤＡ）のORANGE BOOKのウェブページ，２０１９年１０月７日（出力日）
・乙第２１号証：米国特許第７８３８６５７号明細書
※当合議体注：
・注１．当合議体による乙第１０号証の原本確認は、口頭審理の終了後に提出された［被請］物件提出書に添付された同原本により行われた。
【第５】当合議体の判断
　当合議体は、訂正発明１〜７に係る特許は、請求人が主張する無効理由１〜８中の無効理由１、２、５及び７によって、無効にされるべきものと判断する。
　以下、事案に鑑み、
　　関連甲号証の記載事項を【５−１】で摘記した後、
　　　　無効理由３について【５−２】で判断を示し、
　　　　無効理由１及び２について【５−３】及び【５−４】で判断を示し、
　　その後
　　　　無効理由４について【５−５】で判断を示し、　　
　　　　無効理由７について【５−６】で判断を示し、
　　　　無効理由５について【５−７】で判断を示し、
　　　　無効理由８について【５−８】で判断を示し、
最後に
　　　　無効理由６について【５−９】で判断を示す
　　こととする。
※当合議体注（【５−１】〜【５−９】全体について）
・注１．「エキソン」／「エクソン」について、本件発明並びに本件特許明細書では「エキソン」と表記されている一方、審判請求書や引用甲号証（甲１１、甲３０等）では「エクソン」との表記がみられるが、両者はいずれも同一語：「ｅｘｏｎ」の片仮名表記であって、同義の物である。
　以下の判断では、提出書類中の記載振りや引用証拠中の記載振り等に応じて「エキソン」／「エクソン」の両表記を用いているが、両者は同義であることを前提とする。
・注２．「アンチセンスオリゴヌクレオチド」を、「ＡＯＮ」又は「ＡＳ−ｏｌｉｇｏ」等と略記することがある。
【５−１】関連甲号証の記載事項
　【５−２】〜【５−９】で引用する甲号証には、以下のような記載がある。
※当合議体注：
・注１．原文が英語のものは、当事者が提出した訳文を参考にしつつ当合議体で作成した日本語文にて記す。
・注２．下線は当合議体による。
　　　
１．甲７：MOL.CELL.BIOL.,(1994) 14(2) P.1347-1354
・甲７．１（標題）
「　下流エクソン内のポリプリン配列はスプライシングエンハンサーとして機能する　」
・甲７．２（要約）
「　我々は以前に、マウスイムノグロブリンμ遺伝子のエクソンＭ２内に位置するプリンリッチな配列が、その離れた上流のイントロンのスプライシングを刺激する能力によって判断されるとおり、スプライシングエンハンサーとして機能することを示した。この配列エレメントはこれまでに
ＥＲＳ（エクソン認識配列（exon recognition sequence））
ＨｅＬａ細胞核抽出物を用いたインビトロのスプライシング系
種々のＥＲＳ様配列が有する刺激作用
いくつかの天然エクソンのプリンリッチ配列が
ＥＲＳの様にスプライシングエンハンサーとして機能する
合成のポリプリン配列であっても上流のスプライシングを刺激する作用を有していた
天然及び合成の両方のプリンリッチ配列
（ｉ）プリン配列を入れ替えてもスプライシングを刺激できる
ポリ（Ａ）又はポリ
（Ｇ）配列ではスプライシングを刺激できない
ポリプリン配列中にＵ残基が存在すると刺激レベルが著しく低下する
種々のプリンリッチ配列の刺激作用は同じトランス作用因子により媒介されている
本研究で試験したプリンリッチ配列もまたＥＲＳの新たな代表例である
ＥＲＳは種々のエクソンに存在する一般的なスプライシングエレメントであって、スプライス部位の選択に重要な役割を果たしている
・甲７．３（１３４７頁左欄１行〜１３４８頁左欄１３行）
「　真核生物遺伝子における最も特有な特徴の１つは、コード領域を中断するイントロン配列の存在である。したがって、ｍＲＮＡ前駆体からのイントロンの除去は、真核生物における遺伝子発現のための必須の工程である。・・・エクソン及びイントロンを区別するのに必要な数種の保存配列領域・・・。最もよく保存された領域はエクソン−イントロンの境界、即ち５’及び３’スプライス部位に存在し・・・。
　これらの領域は重要ではあるが、エクソン−イントロンの識別の正確さを説明するには十分ではないように思われる。・・・。さらに、これまでに、スプライス部位の選択はその配列のみに依存するのではなく、当該配列が存在する前後にも依存することが示されてきた（２９）。・・・。この点に関し、エクソンの長さ・・・及びスプライス部位の周囲の領域の２次構造・・・がスプライス部位の選択に影響を及ぼすことが示された。加えて、スプライシングにおける特異的エクソン配列の役割を示唆する多数の報告がある・・・。
　我々は以前、
マウスイムノグロブリンμ（ＩｇＭ）遺伝子の最終エクソンＭ２内に位置するプリンリッチな配列が同遺伝子のスプライシングに必須の役割を果たしている
４８
スプライシング促進剤
上流領域に存在する遠位のイントロンのスプライシングを刺激した
この刺激作用は、異なる遺伝子由来のイントロンについても観察された（４８）。
スプライス部位の選択に関与する新規なエレメント
ＥＲＳ（エクソン認識配列）
　さらに、我々はこれまでに、その変異又は欠失がスプライス部位の選択に影響を及ぼす
数種のエクソン配列が、ＩｇＭのエクソンＭ２（ＩｇＭ−ＥＲＳ）のＥＲＳと類似するプリンリッチな配列を含む
参照文献４８の表１
　本研究において、我々は、
天然及び合成によるプリンリッチな配列のDrosophila melanogaster doublesex遺伝子由来の異種イントロンのスプライシングに及ぼす刺激作用
ＨｅＬａ細胞核抽出物を用いたｉｎ　ｖｉｔｒｏスプライシング系
（ｉ）交互のプリン配列がスプライシング促進剤として機能し得る一方、ポリ（Ａ）又はポリ（Ｇ）配列は機能し得ず、そして（ｉｉ）ポリプリン配列内のＵ残基の存在は刺激レベルを著しく減少させる
・甲７．４（１３４８頁左欄１９〜４９行）
「　材料及び方法
　プラスミド構築。　全ての構築は、標準的なクローニング手順（３６）を用いることによってなされ、配列決定によって確認された。
　
キメラｄｓｘ　ｍＲＮＡ前駆体
４８
　ｍＲＮＡ前駆体の調製とin vitroスプライシング。　キャップアナログ（ｍ７Ｇｐ３Ｇ）及び［α−３２Ｐ］ＧＴＰの存在下でＴ７ＲＮＡポリメラーゼを用いてin vitroでの転写が行われた。競合ＲＮＡの調製には、キャップアナログと放射線ラベルヌクレオチドの使用は省略された。
ＨｅＬａ細胞核抽出物
　競合実験は次のとおりに行った。最初にＨｅＬａ細胞核抽出物を競合ＲＮＡと共に氷上で１０分間インキュベートした。次に放射線ラベルされたｍＲＮＡ前駆体及び１０×ＳＰ溶液（２００ｍＭのクレアチンリン酸塩、５ｍＭのＡＴＰ、２０ｍＭのＭｇＣｌ２）が添加されて標準スプライシング条件（３５）が供された。さらに３０℃で４０分間インキュベーションが行われ、反応産物が解析された。」
・甲７．５（１３４８頁左欄５０行〜右欄２５行）
「　結果
　種々の遺伝子由来のエクソン配列によるスプライシング刺激。　プリンリッチな配列の数種の例が図１Ｂに示されている。・・・これらのプリンリッチエクソン配列の刺激作用を調べるため、我々は
Drosophila doublesex（ｄｓｘ）遺伝子由来の単一イントロン基質の変異体を用いてＨｅＬａ細胞核抽出物と共にｉｎ　ｖｉｔｒｏスプライシングを実行した
ｄｓｘ遺伝子の全長第３エクソン、第３イントロン、及び２０ヌクレオチド（ｎｔ）の第４エクソン５’末端部分
ＨｅＬａ細胞核抽出物内では何らかの追加のエクソン配列が当該構築物の３’末端になければスプライシングは生じない
下流エクソンの３’側にＩｇＭのエクソンＭ２のＥＲＳが導入されると、スプライシングは強力に刺激された
これらの配列の全てがスプライシングを刺激し得るが、その程度は異なる
配列の内容による
・甲７．６（１３４９頁左欄１４行〜右欄３４行）
「　合成ポリプリン配列によるスプライシング刺激。　ポリプリン配列の重要性を確認しスプライシング刺激のための同配列の要件をより詳細に調べるために、我々は様々な合成ポリプリン配列をｄｓｘｍＲＮＡ前駆体に結合させてスプライシングに対するその刺激作用を試験した。この実験において、２４ｎｔの種々のポリプリン配列が用いられた（表１）。
ポリ（Ａ）又はポリ（Ｇ）配列が結合された場合、スプライシングは全く刺激されなかった
８個のＡＡＧ連続繰り返しは上流のスプライシングに対し強力な刺激作用を有していた
他の配列（例えばＧＧＡ、ＡＧ、及びＡＡＧＧの繰り返し）もまたスプライシングを刺激したが、その効率はより低かった
Ａ３Ｇ３の繰り返しやＡ６Ｇ６の繰り返しはスプライシングを刺激し得なかった
交互のプリン配列が、当該配列中にピリミジン残基を有さなくとも、上流イントロンのスプライシングを刺激し得る
　さらに、我々の結果は、
刺激作用は与えられたポリプリン配列によって変化する
　次に、我々はポリプリンの長さがスプライシングの刺激効率に影響を及ぼすか否かを試験した。８個のＡＡＧ繰り返しを含むｄｓｘｍＲＮＡ前駆体（ｄｓｘ−ＡＡＧ８）に加えて、４個（ｄｓｘ−ＡＡＧ４）及び２個（ｄｓｘ−ＡＡＧ２）のＡＡＧ繰り返しを含む基質を構築した（表１）。結合部位に隣接したプリン残基の存在のため、これらのｍＲＮＡ前駆体は３０、１８及び１２ｎｔの連続ポリプリン範囲を包含していた。・・・８個のＡＡＧ繰り返しを伴うｍＲＮＡ前駆体はたいへん効率的にスプライスされた。４個のＡＡＧ繰り返しを伴うｍＲＮＡ前駆体は、ややより低い効率でスプライスされた・・・。２個のＡＡＧ繰り返しを伴うｍＲＮＡ前駆体は、スプライスされたが、より低い、８個のＡＡＧ繰り返しを伴うｍＲＮＡ前駆体の約１／５の効率であった・・・。この結果は、
ポリプリン配列の刺激作用はその範囲の長さに依存する
　　　　
・甲７．７（１３４９頁右欄３５行〜１３５０頁右欄１４行）
　「　ピリミジンのスプライシング刺激への影響。　我々が試験した天然のエクソン配列はプリンリッチな領域中に数個のピリミジン残基を含んでいる（図１Ｂ）。ピリミジン残基のスプライシング刺激への影響を試験するため、我々はｄｓｘ−ＡＡＧ８ｍＲＮＡ前駆体における８個のプリン残基をピリミジン残基に置き換えてこのｍＲＮＡ前駆体のポリプリン区域を３つの異なる方法で分割した（表２）。・・・ｄｓｘ−Ｐｙ−１ｍＲＮＡ前駆体はほぼｄｓｘ−ＡＡＧ８と同じ効率でスプライスされた・・・。これに対し、ｄｓｘ−Ｐｙ−２ｍＲＮＡ前駆体及びｄｓｘ−Ｐｙ−３ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングはほとんど検出できなかった・・・。これらの結果が示唆するのは、連続したプリン残基の長さがスプライシング刺激において重要な意味を持つということである。
　さらに、・・・多数のポリプリン区間はピリミジン残基により分割されている場合でもスプライシングに対し累積的な作用を及ぼすことが示唆される。
　次に、我々は、Ｃ及びＵ残基がスプライシング刺激に対し異なる作用を有するのか否かを問うた。・・・スプライシングを強力に刺激するＩｇＭ配列はポリプリン区域内に４個のＣを含んでいる一方、スプライシング刺激の弱いｈｐｒｔ配列は４個のＴ（Ｕ）残基を含んでいる。・・・。ＩｇＭ配列中のＣがＴ（Ｕ）に変化すると、ＩｇＭ配列の刺激作用は完全に失われた・・・これに対し、ｈｐｒｔ配列中のＴ（Ｕ）がＣに変化すると、ｈｐｒｔの刺激作用は約１０倍に増強された・・・。これらの結果は、
ポリプリン区域内のＵ残基の存在は当該ポリプリン配列によるスプライシング刺激を大きく減少させるのに対し、Ｃ残基は中立性である
・甲７．８（図１）
「　
図１．（Ａ）Drosophila doublesex（ｄｓｘ）キメラｍＲＮＡ前駆体の模式図。エクソン配列（ボックス）とイントロン配列（線）が示されている。ｐＳＰ７２ベクター由来の３’エクソンのリンカー配列（ボックス４と陰付きボックスとの間の小ボックス）及び試験配列（陰付きボックス）の挿入部位が示されている。エクソン及びイントロンの長さ（ヌクレオチド長）が構築物の各領域の下に示されている。３’側エクソンはｄｓｘ第４エクソンの３０ｎｔ及びｐＳＯ７２からの１４ｎｔのリンカー配列を含む。　（Ｂ）スプライシングに対する刺激作用の試験に採用された天然エクソン配列。これらの配列の欠失又は置換は、上流イントロンのスプライシングに影響を与える（ＩｇＭ［４７、４８］、ＡＳＬＶ［１２、２１］、ｃＴＮＴ［４、４９］およびＢＧＨ［１５］）か、又はエキソンスキッピングを生じること（ｃＴＮＴ［４、５、４９］およびｈｐｒｔ［４１］）が示されている。これらの配列におけるプリン残基は陰付きで示されている。配列上の数字は本来のエクソン内の位置を示す。ｈｐｒｔ−ｍの配列は、示された位置における１個の塩基の置換（Ａ→Ｔ）を除いて、ｈｐｒｔの配列と全く同一である。ｅｎｖ、はエンベロープ遺伝子。　」
・甲７．９（表１）
「　表１．スプライシング刺激について試験された合成ポリプリン配列
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
・甲７．１０（表２）
「　表２．ピリミジン中断を含む合成ポリプリン配列
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
・甲７．１１（１３５４頁右欄　参照文献４８）
「　
４８
※当合議体注：
　参照文献４８は、甲１７と同一の文献と認められる。
２．甲８：J.CLIN.INVEST.,(1995) 95(2) P.515-520
・甲８．１（標題）
「　ジストロフィン神戸においてジストロフィン遺伝子から欠失されているエクソン内の配列を修飾することによる、上流イントロンのin vitroスプライシングの調節　」
・甲８．２（要約）
「　ジストロフィン神戸の分子生物学的解析により、エクソン１９の５’及び３’側スプライシング部位の既知のコンセンサス配列は保持されるが、５２ｂｐの欠失を有するジストロフィン遺伝子のエクソン１９はスプライシング時にスキッピングされることがわかった（Matsuo,M.,・・・1991. J. Clin.Invest. 87 2127-2131）。これらのデータはエクソン１９で欠失した配列が上流及び下流のイントロンの正確なスプライシングのためのシス作用型因子として機能し得ることを示唆している。エクソン１９の上記機能の可能性について調べるため、
人工のジストロフィンｍＲＮＡ（ｍＲＮＡ前駆体）を用いたインビトロのスプライシング系
エクソン１８、切断型イントロン１８及びエクソン１９を含むｍＲＮＡ前駆体はインビトロで正確にスプライシングされた。
野生型エクソン１９をジストロフィン神戸のエクソン１９と入れ替えた場合、イントロン１８のスプライシングはほぼ完全に抑制された
ジストロフィン神戸で失われているエクソン１９の配列の存在が、エクソン１９配列の長さそのものよりもイントロン１８のスプライシングに不可欠である
ジストロフィン神戸のエクソン１９の欠失配列の５’側半分の配列に相補的な３１ｍｅｒのアンチセンス２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドは
野生型ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを阻害した
・甲８．３（５１５頁右欄２４〜３９行）
「　ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングに関与すると考えられてきたシス作用因子は、５’および３’スプライスサイト配列、ブランチポイント配列およびその位置であった（１４）。これらの配列は核内低分子リボ核タンパク質や他の複数の補助的なタンパク質を含むトランス作用因子の相互作用のターゲットである。スプライシングの効率は、その下流のエクソンの長さに依存することが示されている（１５）。より最近になって、いくつかのエクソンにはエクソン認識配列（ＥＲＳ）と呼ばれるプリンリッチな領域が含まれ、この領域が上流イントロンのスプライシングに必要であることが示されている（
１６
ＥＲＳはエクソン配列を同定し成熟ｍＲＮＡにおけるエクソン配列の封入を促進するスプライシング因子の標的であると思われる。
１６−
・甲８．４（５１５頁右欄下から３行〜５１６頁左欄９行）
「　Dominski及びKole（２２）は近年、サラセミア変異によって誘導された異常なスプライシングがアンチセンス２’−Ｏ−メチルリボポリヌクレオチド（２’−Ｏ−ＭｅＲＮＡ）によって修正された、洗練された実験を報告した。この報告により、我々は、ＤＭＤ患者の異常なスプライシング反応をアンチセンスＲＮＡで修正するという治療用途の可能性を評価する第一歩として、ジストロフィンのｍＲＮＡ前駆体のスプライシングもアンチセンスＲＮＡによって調節できるのかを調べることを動機付けられた。
　　　
　本稿では、
ジストロフィン遺伝子のイントロン１８のスプライシングはエクソン１９の配列に依存する
エクソン１９配列に相補的なアンチセンス２’−Ｏ−Ｍｅオリゴヌクレオチドがその上流のイントロンのスプライシングを抑制できる
・甲８．５（５１６頁右欄下から１８〜１２行）
「　アンチセンスオリゴヌクレオチド。　ジストロフィン神戸のエクソン１９の欠失領域の最初の３１ヌクレオチドに相補的な
アンチセンス２’−Ｏ−ＭｅＲＮＡ（GCCUG AGCUG AUCUGCUGGC AUCUU GCAGUU）
・甲８．６（５１７頁左欄３行〜右欄２３行）
「本稿において、我々はシス作用性エレメントに焦点を当て、エクソン１９の内部領域が全く異なる５個の人工のテンプレートを用いてそのインビトロでのイントロン１８のスプライシングを試験した、というのは、
これまでに幾つかのエクソン配列がｉｎ　ｖｉｖｏ及びｉｎ　ｖｉｔｒｏの双方で先行するイントロンのスプライシングにシス作用性エレメントとして機能とすることが示されて来た
１７
エクソン１８、切断型イントロン１８、及び野生型エクソン１９を含む本質的に野生型のｍＲＮＡ前駆体をミニジーンＡから合成し（図１Ａ）、ＨｅＬａ細胞核抽出物とのin vitroスプライシングのための基質として使用した
切断型イントロン１８のスプライシングが、このin vitro系において効率的に起こった
　これに対し、２時間のインキュベーション後であっても、
ジストロフィン神戸において同定されたのと同じエクソン１９内の５２ヌクレオチドの欠失を有するミニジーンＢからは、ｍＲＮＡ前駆体からのスプライシング産物に対応するバンドを検出することはできなかった
エクソン１９の一部がジストロフィンｍＲＮＡ前駆体の適切なスプライシングに必要である
　・・・。濃度定量は、ミニジーンＣｍＲＮＡ前駆体からのスプライスされた産物の量が野生型ミニジーンＡｍＲＮＡ前駆体からのスプライス産物量の〜２０％であることを示した。しかしながら、
ミニジーンＣｍＲＮＡ前駆体のスプライシング効率はミニジーンＢｍＲＮＡ前駆体のそれより明らかに良好であった
・甲８．７（５１７頁右欄２４行〜５１８頁左欄１３行）
「　スプライシングにおけるエクソン１９配列の役割をさらに調べるため、我々は野生型ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングへの
アンチセンス２’−Ｏ−メチルＲＮＡ
ジストロフィン神戸における欠失した５２ヌクレオチドの最初の３１ヌクレオチドに相補的なアンチセンスＲＮＡ
ミニジーンＡにおける野生型ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングは用量依存的に劇的に阻害された
　アンチセンスＲＮＡがｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを非特異的に阻害する可能性を排除するために、我々はエクソン１９、切断型イントロン１９、及びエクソン２０で構成されるミニジーンＦ（図１参照）から合成される別のｍＲＮＡ前駆体に対する影響を試験した。アンチセンスＲＮＡ添加濃度を１００μＭとしても、ミニジーンＡ由来のｍＲＮＡ前駆体のスプライシングは劇的に減少するが、ミニジーンＦ由来のｍＲＮＡ前駆体のスプライシングに影響を及ぼすことはできなかった・・・。　」
・甲８．８（５１８頁右欄下から６行〜５１９頁左欄２行）
「したがって、ジストロフィン遺伝子のイントロン１８のスプライシングは、エキソン１９におけるポリプリンストレッチによるシス活性化を必要とする可能性が高い。 さらに、イントロン１８のインビトロスプライシングを阻害したアンチセンスＲＮＡは、これら３つのポリプリン区域のうちの２つを含むエキソン１９の領域に相補的であり、これによって
同アンチセンスＲＮＡはＥＲＳ機能を阻害している
　　　
・甲８．９（５１９頁左欄１７〜２７行）
「　しかしながら、Dominski及びKoleにより報告される方法（２２）は、スプライシングの一般的なコンセンサス配列に相補的なＲＮＡを使用するのでin vivoでは個々のｍＲＮＡ前駆体を非特異的にスプライシング阻害してしまうものであり、この理由から治療用途に適していないであろう。本報告は
アンチセンス２’−Ｏ−ＭｅＲＮＡによるスプライシングの操作
特異的なエクソン配列を標的とする
非特異的なスプライシングの阻害という問題を回避し、もしかすると治療ツールとして開発されるかもしれない
・甲８．１０（図１）
「　　
図１．ミニジーン構築物の模式図。白ボックス、黒ボックス及び線はエクソン、ベクター、及びイントロンを表す。ミニジーンＡでは、２つのエクソンは完全に正常であるが、イントロン１８のサイズは一般のコンセンサス配列を変更することなく１５８ｂｐに減少されている・・・。陰が付された部分はジストロフィン神戸で欠失されていた部分を示す。ミニジーンＢでは、エクソン１９はジストロフィン神戸遺伝子のそれに置き換えられている。ジストロフィン神戸の当該欠失された領域は、ミニジーンＣで逆方向に再挿入されており、ミニジーンＤ及びＥでは、ミニジーンＢ内の当該欠失部位にβ−グロビン遺伝子の一部及びアンピシリン耐性遺伝子の一部が挿入されている。・・・。ミニジーンＦはエクソン１９、切断されたイントロン１９、及びエクソン２０で構成されている。　」
・甲８．１１（５１９頁右欄　参照文献１６、１７）
「　
１６
1994.・・.Mol. Cell.Biol. 14:1347-1354. 
　
１７
1993.・・.Genes Dev. 7:407-418.
※当合議体注：
　参照文献１６は、甲７と同一の文献と認められる。
　参照文献１７は、甲１７と同一の文献と認められる。
３．甲９：BIOCHEM.BIOPHYS.RES.COMMUN.,(1996) 226(2) P.445-449
・甲９．１（標題）
「　エクソン認識配列に相補的なアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチドの遺伝子導入による
リンパ芽球様細胞
・甲９．２（要約）
「　本稿において、我々は初めて、
エクソン認識配列（ＥＲＳ）に相補的なアンチセンスオリゴデオキシヌクレオチド（ＯＤＮ）
生細胞内でジストロフィン遺伝子転写物のエクソンスキッピングが誘導され得た
ジストロフィンのエクソン１９のプリンリッチな領域に対するアンチセンスＯＤＮ
リンパ芽球様細胞
ＥＲＳに対するアンチセンスＯＤＮは生細胞においてもエクソンスキッピングを誘導することができ
ＥＲＳはジストロフィンｍＲＮＡ前駆体における適切なスプライシングのために必要不可欠なシスエレメントとして機能している
・甲９．３（４４６頁１〜８行）
「　以前の報告で、我々はエクソン１９の認識配列に相補的なアンチセンス２’−Ｏ−メチルＲＮＡがＨｅＬａ細胞核抽出物内のミニ遺伝子転写産物からのイントロン１８のスプライシングを阻害することを示した（
７
・甲９．４（４４６頁９〜１８行）
「　方法
　
Ｅｐｓｔｅｉｎ−Ｂａｒｒウイルス（ＥＢＶ）で形質転換したリンパ芽球様細胞株
正常な男性から樹立された（９）
アンチセンスＯＤＮ（5'-GCCTG AGCTG ATCTG CTGGCATCTT GCAGT T-3'）
この３１ヌクレオチドの配列を選んだ理由は、この配列が以前インビトロでのイントロン１８のスプライシングをブロックすることが示されたからである（７）。
　ヒトリンパ芽球様細胞内へのＯＤＮの遺伝子導入のため、それぞれ２μｇのアンチセンスＯＤＮ及び１２μｇの
リポフェクタミン（Life Technologies,Inc.,Grand Island,NY）
・甲９．５（４４６頁下から２行〜４４７頁１２行）
「　
エクソン１９のＥＲＳに対する３１ｍｅｒのアンチセンスＯＤＮ（図１）
ＯＤＮ−リポソーム複合体がリンパ芽球様細胞の培養培地に最終的な濃度が２００ｎＭとなるように添加された
エクソン１８の３’末端が直接エクソン２０の５’末端に結合され、エクソン１９が正確かつ完全に消失した
・甲９．６（４４８頁２７〜３８行）
　　「　本研究では３１ｍｅｒ長のアンチセンスＯＤＮが用いられたが、エクソン１９のスキッピングを示すジストロフィン神戸のジストロフィン遺伝子のエクソン１９からは５２ｂｐが欠失していた（１１）。当該５２ｎｔの最初の３１ｍｅｒはエクソン内ヘアピン構造の最初の半分を構成している、ジストロフィンエクソンの構成エレメントであって（１６）、
ＥＲＳを構成していると考えられる２つのポリプリン区域
７
ＥＲＳはスプライシング因子の結合部位であることが報告されている
１７
・甲９．７（４４８頁３９行〜４４９頁２行）
「　我々の成果は、
ＤＭＤの遺伝子治療のゴールに向けた
エクソン２０（２４２ｎｔ長）に１個の欠失を有するＤＭＤ症例を治療するのに使えるかもしれない
　ジストロフィン遺伝子は３０００ｋｂ超である一方、その転写物は７９個のエクソンで構成され、わずか１４ｋｂである。たまにイントロンのサイズは２００ｋｂを超えることもある。さらに、これまでにジストロフィン遺伝子中の８個の異なるプロモーター及び多数の代替スプライス部位が報告されている（２０）。したがって、ジストロフィン転写物のスプライシングの制御は非常に複雑と考えられる。そして、エクソン−イントロン接合部のコンセンサス配列に加え、ジストロフィンのエクソン内のＥＲＳは、適切なスプライシングのために必要である、ということが想像できる。我々の成果が示したのは、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体内のＥＲＳが適切なスプライシングのために必要不可欠である、ということである。　」
・甲９．８（図１）
「　
図１．アンチセンスオリゴヌクレオチド及びネステッドＰＣＲ用プライマーの位置。ジストロフィン神戸遺伝子の欠失領域（５２ｂｐ）（陰付き）がエクソン１９の３５ｎｔから伸張している（８８ｎｔ）。アンチセンスオリゴヌクレオチドは太いバーで示された当該欠失領域の最初の３１ｎｔに対し相補的となるよう設計された。センス鎖のヌクレオチド配列がバーの下に示されており、
エクソン認識配列は太文字
・甲９．９（４４９頁　参照文献６、７、１８）
「　
６
(1994) Mol.Cell.Biol.14,1347-1354. 
　　
７
(1995) J.Clin.Invest.95, 515-520. 
　・・・
　
１８
(1993) Genes Dev.7,407-418.
※当合議体注：
　参照文献６は、甲７と同一の文献と認められる。
　参照文献７は、甲８と同一の文献と認められる。
　参照文献１８は、甲１７と同一の文献と認められる。
４．甲１０：J.CLIN.INVEST.,(1997) 100(9) P.2204-2210
・甲１０．１（２２０４頁左欄下から４行〜右欄６行）
「　序
　ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングは顕著な精度を要求する。スプライシングに関与するシスエレメントは、５’及び３’のスプライス部位の配列、枝分かれ部位の配列、及びそれらの位置である（１）。重要なことには、これらのエレメントはイントロンの除去に必要ではあるが十分ではない。
エクソン配列内
スプライシング・エンハンサー配列（ＳＥＳ）
エクソン認識配列（原文：
exon recognition sequence
２−
　　　
・甲１０．２（２２０９頁右欄下から１９〜１行）
「　本稿は、ＤＭＤではなくむしろＢＭＤの原因であったジストロフィン遺伝子のナンセンス変異の第４の報告である（４０）。・・・。
ジストロフィン遺伝子の７９個のエクソンのうち、限られた数のもののみ
エクソン認識配列であるかもしれない
２５
・甲１０．３（２２１０頁左欄　参照文献２、３）
「　
２
1993.・・Genes Dev. 7:407-418
　　
３
1994.・・Mol.Cell.Biol. 14:1347-1354
・甲１０．４（２２１０頁右欄　参照文献２５）
「　
２５
1996.・・BIochem.Biophys.Res.Commun. 226:445-449
※当合議体注：
　参照文献２は、甲１７と同一の文献と認められる。
　参照文献３は、甲７と同一の文献と認められる。
　参照文献２５は、甲９と同一の文献と認められる。
５．甲１１：日本人類遺伝学会第４４回大会プログラム・抄録集，(1999) P.83 WC9
・甲１１．１（標題）
「　アンチセンスオリゴヌクレオチドＤＮＡによるエクソンスキッピングの誘導を用いたＤｕｃｈｅｎｎｅ型筋ジストロフィー培養筋細胞におけるジストロフィン蛋白の発現」
・甲１１．２（本文１〜１４行【はじめに】）
「【はじめに】Ｄｕｃｈｅｎｎｅ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）においてみられる遺伝子異常の多くはジストロフィン遺伝子の欠失であり、欠失によりアミノ酸読み取り枠にずれが生じるためジストロフィン蛋白の発現がみられない。我々はジストロフィン遺伝子エクソン１９内にスプライシング部位決定に重要な配列であるスプライシング促進配列（ｓｐｌｉｃｉｎｇ　ｅｎｈａｎｃｅｒ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＳＥＳ）が存在すること、さらにＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳ−ｏｌｉｇｏ）により培養細胞系においてエクソン１９のスキッピングを誘導し得ることを明らかにしてきた。これらの結果はＡＳ−ｏｌｉｇｏによりエクソンのスキッピングを誘導し、ＤＭＤでみられるアミノ酸読み取り枠のずれを修復することによりＤＭＤを治療することが可能であることを示している。今回、
ＤＭＤ症例の培養筋細胞にＡＳ−ｏｌｉｇｏを導入し、ジストロフィン蛋白の発現をもたらすことに成功した
・甲１１．３（本文１５〜２１行【方法】〜【結果】）
「【方法】
エクソン２０に欠失を有するＤＭＤ症例の筋芽細胞培養系
リポフェクチン法によりエクソン１９のＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏを導入した
筋細胞核内にＦＩＴＣにて標識されたＡＳ−ｏｌｉｇｏを検出した
ｍＲＮＡの解析においてエクソン１９のスキッピングが確認でき、さらにジストロフィン蛋白の発現が認められた
・甲１１．４（本文２２〜２８行【考察】）
「【考察】
２４２塩基からなるエクソン２０の欠失はｏｕｔ−ｏｆ−ｆｒａｍｅであるが、８８塩基のエクソン１９のスキッピングを誘導することによりｍＲＮＡにおける欠失が３３０塩基（２４２塩基＋８８塩基）となり、アミノ酸読み取り枠のずれが修正される。
こうしたｍＲＮＡの産生がジストロフィン蛋白の発現を誘導した
本症例に対しＡＳ−ｏｌｉｇｏを投与しエクソン１９のスキッピングを誘導することは、有効な治療法となり得ることが明らかとなった。
６．甲１２：日本先天代謝異常学会雑誌，(1999) 15(2) P.233
・甲１２．１（標題）
「　アンチセンスオリゴＤＮＡによるエクソンスキッピングの誘導を用いたＤｕｃｈｅｎｎｅ型筋ジストロフィーの治療の基礎研究：マウスへの生体内投与の効果　」
・甲１２．２（本文左欄１〜２４行【はじめに】）
「　【はじめに】Ｄｕｃｈｅｎｎｅ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）はジストロフィン遺伝子の異常によって発症する進行性の筋疾患であり有効な治療法はない。本症においてみられる異常の多くはジストロフィン遺伝子の欠失であり、欠失によりアミノ酸読み取り枠にずれが生じるためジストロフィン蛋白の発現がみられない。
　我々は
ジストロフィン遺伝子エクソン１９内にスプライシング部位決定に重要な配列であるスプライシング促進配列（splicing enancer sequence:SES）が存在することをin vitro スプライシング系における解析によって明らかにし１）
ＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによりエクソン１９のスキッピングを誘導し得ることを培養細胞系を用いて明らかにした２）
　今回、マウスに投与したアンチセンスオリゴヌクレオチドにより、
生体内においてジストロフィンｍＲＮＡのエクソンスキッピングを誘導し得ることを確認した
・甲１２．３（本文左欄２５〜３８行【方法】）
「　【方法】
ＤＭＤのモデルマウスであるオスｍｄｘマウス
　投与２日後エーテル麻酔下に筋組織を摘出し、蛍光顕微鏡によってＡＳ−ｏｌｉｇｏが有効に導入されているか否かを検討した。さらに筋組織よりＲＮＡを抽出し、スプライシングをうけたｍＲＮＡをＲＴ−ＰＣＲ法で解析し、その増幅産物の塩基配列を決定した。　」
・甲１２．４（本文左欄３９行〜右欄４行【結果】）
「　【結果】ＦＩＴＣによって標識したＡＳ−ｏｌｉｇｏを投与した２日後に
筋組織を摘出し、蛍光顕微鏡にて検討した
筋細胞の核内にＡＳ−ｏｌｉｇｏが導入されていることが確認された
　２０ｍｇ／ｋｇのＡＳ−ｏｌｉｇｏを投与した後、
筋組織よりＲＮＡを抽出しＲＴ−ＰＣＲ法によってジストロフィン遺伝子ｍＲＮＡを解析した
エクソン１９がスキッピングしエクソン１８がエクソン２０に結合したｍＲＮＡが検出された
・甲１２．５（本文右欄５〜３８行【考察】）
「　【考察】今回、
マウス生体内に投与したＡＳ−ｏｌｉｇｏが筋細胞の核内に到達し、エクソンスキッピングを誘導し得ることを明らかにした
　スプライシング部位の決定にはエクソン−イントロン境界部に存在するコンセンサス配列のみではなく、
エクソン内に存在する特定の配列であるＳＥＳが重要な役割を果たしている
ジストロフィン遺伝子エクソン１９内に存在するＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏがエクソン１９のスキッピングを誘導し得ることを以前に培養細胞系において明らかにした
生体内においても有効にエクソンスキッピングを誘導し得ることが明らかとなった
　今回の実験では、正常筋組織に比べて筋細胞の壊死・再生が活発である筋ジストロフィーマウスの筋組織の方がＡＳ−ｏｌｉｇｏを細胞内に取り込みやすいと考え、ｍｄｘマウスを用いた。
ｍｄｘマウスにおける遺伝子異常は
エクソン２３内のナンセンス変異
エクソン１９のスキッピングを誘導することによりジストロフィン蛋白の発現を期待することはできない
しかしｍＲＮＡレベルにおけるＡＳ−ｏｌｉｇｏの効果は明らか
エクソン２０の欠失しているＤＭＤ症例（２４２塩基の欠失でｏｕｔ−ｏｆ−ｆｒａｍｅ）に対しＡＳ−ｏｌｉｇｏを投与しエクソン１９のスキッピングを誘導すると、ｍＲＮＡではエクソン１９と２０が消失し３３０塩基（８８塩基＋２４２塩基）の欠失となるためアミノ酸読み取り枠のずれが修正されジストロフィン蛋白の発現がみられることになる。
　今回の結果は
ＡＳ−ｏｌｉｇｏによるＤＭＤの治療の可能性を強く示唆する
・甲１２．６（右欄【文献】）
「　【文献】
　１）Takeshima Y et al, 
1995. J.Clin.Invest. 95: 515-520
　２）Pramono ZAD et al, 
1996. Biochem.Biophys. Res. Commun.226: 445-449
※当合議体注：
　文献１は、甲８と同一の文献と認められる。
　文献２は、甲９と同一の文献と認められる。
７．甲１３：特願２０００−１２５４４８号　出願時書面
　　甲２９：特開２００２−１０７９０号公報
　甲１３は、平成１２年（２０００年）４月２６日を出願日とする特願２０００−１２５４４８号（以下、「
甲１３出願
甲１３明細書等
先願明細書等
　また、平成１２年（２０００年）１１月１６日に出願され、平成１４年（２００２年）１月１５日に甲２９として出願公開された、特願２０００−３４８９５７号（以下、「
甲２９出願
（本件特許出願及び甲２９出願の出願人及び発明者について）
　本件特許出願の出願人は
　　アカデミシュ　ジーケンハウス　ライデン　ハー．オー．デー．エン．
　　ルムク
であり、発明者は
　　ファン　オメン，ハリトーヤン，バイデヴェイン、
　　ファン　デーテコム，ユディス，クリスティーナ，テオドラ、
及び
　　デン　ドゥネン，ヨハン，テオドルス
である。
　一方、甲１３出願を優先権主張の基礎とする甲２９出願の出願人は
　　松尾雅文、
及び
　　ＪＣＲファーマ株式会社
であり、発明者は
　　竹島泰弘、
及び
　　松尾雅文
である。
　これら本件特許出願と甲２９出願の出願人及び発明者の照合から明らかなように、両特許出願の出願人及び発明者は、いずれも同一ではない。
　　　
（１）甲１３：先願明細書等の記載事項
・甲１３．１（［特許請求の範囲］）
「　【特許請求の範囲】
【請求項１】配列表において配列番号１・・・オリゴヌクレオチド。
【請求項２】配列表において
配列番号２
【請求項３】配列表において配列番号１・・・アンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項４】配列表において
配列番号２で示された塩基配列に対して相補的な塩基配列を含んでなるアンチセンスオリゴヌクレオチド
【請求項５】・・・請求項３のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項６】配列表において
配列番号４で示された塩基配列を有するＤＮＡ及びこれと同一の塩基配列を有するホスホロチオエートＤＮＡよりなる群より選ばれるものである、請求項４のアンチセンスオリゴヌクレオチド
【請求項７】・・・請求項３又は５のアンチセンスオリゴヌクレオチドの使用。
【請求項８】
ヒトジストロフィンｍＲＮＡにおけるエクソン５３に隣接するエクソンを構成する塩基配列において正常な塩基配列からの塩基の欠失による塩基数の変化に起因するデュシェンヌ型筋ジストロフィー
の治療剤
、請求項４又は６のアンチセンスオリゴヌクレオチド
【請求項９】・・・請求項３又は５のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有することを特徴とする・・・デュシェンヌ型筋ジストロフィーの治療剤。
【請求項１０】薬剤学的に許容し得る注射可能な媒質中に、
請求項４又は６のアンチセンスオリゴヌクレオチド
ヒトジストロフィンｍＲＮＡにおけるエクソン５３に隣接するエクソンを構成する塩基配列において正常な塩基配列からの塩基の欠失による塩基数の変化に起因するデュシェンヌ型筋ジストロフィー
の治療剤
　・・・　」
　　　
・甲１３．２（【０００１】）
「　【０００１】　
【発明の属する技術分野】本発明は、ジストロフィン遺伝子に生じた異常に起因する、アミノ酸読みとり枠（リーディングフレーム）のずれた前駆体ｍＲＮＡに対して、所定のエクソンスキッピングを誘導してリーディングフレームのずれを解消するための、デュシェンヌ（Duchenne）型筋ジストロフィー治療薬に関する。更に具体的には、本発明は、特定のタイプのデュシェンヌ型筋ジストロフィーの治療剤の製造のために用いることのできる、
ジストロフィン遺伝子のスプライシング促進配列（ＳＥＳ）
該スプライシング促進配列に対するアンチセンスオリゴヌクレオチド及びこれを含んだ治療剤
　　　
・甲１３．３（【０００２】〜【０００３】、【０００７】）
「【０００２】
【従来の技術】今日、前駆体ｍＲＮＡ分子の異常スプライシングによる遺伝子疾患が診断可能となり、特に、難病である筋ジストロフィーが注目されている。筋ジストロフィーは
デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ: Duchenne Muscular　Dystrophy）
ベッカー型筋ジストロフィー（ＢＭＤ：Becker Muscular Dystrophy）
【０００３】
ジストロフィン遺伝子
79ものエクソンに分かれて遺伝子内に分散して存在している
Genomics,16:536-538(1993)
ジストロフィン遺伝子の転写物であるｍＲＮＡ前駆体は、スプライシングを受けて14ｋｂの成熟ｍＲＮＡとなる。
　・・・
【０００５】ＤＭＤの動物モデルとしては、
mdx（X chromosome-linked muscular dystrophy）マウス
【０００６】マウスのジストロフィン遺伝子の
エクソン２３内のナンセンス変異により、mdxマウスのこの遺伝子が不活性化され、結果としてエクソン２３内で翻訳が終止する
【０００７】ジストロフィン遺伝子という同一遺伝子の、しかも同じ様な遺伝子異常から発症する２種の疾病である
ＤＭＤとＢＭＤの臨床的な病態における大きな相違
フレームシフト説
Genomics,2:90-95(1988)
「ＤＭＤでは、遺伝子内の部分的な欠失によりジストロフィンｍＲＮＡにコードされるアミノ酸読みとり枠（リーディングフレーム）にずれが生じ（アウトフレーム：out-of-frame）、結果的にストップコドンが出現しジストロフィンの合成が途中で停止してしまう。これに対し、ＢＭＤでは、遺伝子に部分欠失が存在してもリーディングフレームが維持され（インフレーム：in-frame）て、本来のジストロフィンとはサイズが異なるものの、ジストロフィンタンパク質が生成できる」
　　　
※当合議体注：
　【０００３】中で引用されている「Genomics,16: 536-538(1993)」は、甲３９と同一の文献と認められる。
　【０００７】中で引用されている「Genomics,2: 90-95 (1988)」は、甲４３と同一の文献と認められる。
・甲１３．４（【００１０】〜【００１２】）
「　【００１０】遺伝子から転写された遺伝情報は、スプライシングによりイントロン配列が除去される等の修飾を受け、エクソン配列のみからなる成熟ｍＲＮＡとなる。更に、この成熟ｍＲＮＡがそのリーディングフレームに従って翻訳され、遺伝子にコードされた遺伝情報に忠実に従ったタンパク質の合成が可能となる。ｍＲＮＡ前駆体のスプライシング時には、
ｍＲＮＡ前駆体の塩基配列のうちでイントロン配列とエクソン配列を正確に決定する機構
イントロン・エクソン境界部
コンセンサス配列
【００１１】このコンセンサス配列として、イントロンの５’末端のスプライスドナーサイトと呼ばれるエクソンからイントロンへまたがる部位、イントロンの３’末端のスプライスアクセプターサイトと呼ばれる部位、そして、ブランチングポイントと呼ばれる部位の、３カ所の配列が知られている。
【００１２】これらのコンセンサス配列の中で、わずか１塩基の置換でも発生すると、スプライシングの異常を起こすことが各種の疾病で報告されているように［Sakuraba,H.et al.,Genomics,12:643-650(1992)］、
コンセンサス配列は、スプライシングを進行させる鍵となっている
　　　
・甲１３．５（【００１３】〜【００２３】）
「　【００１３】先に、本発明者等は、ＤＭＤ／ＢＭＤ患者を対象としたジストロフィン遺伝子異常の診断を日本で初めてＰＣＲ法を用いて実施した。
　そして、ジストロフィン遺伝子の異常型が欧米人と日本人とで大きな差がないこと、すなわち大きな人種差のないことを明らかにした。こうした遺伝子診断で見出された遺伝子異常は、塩基数において数ｋｂから数百ｋｂの巨大なものばかりであったが、更に詳細な分析を重ねることにより、あるジストロフィン遺伝子の欠失部位の塩基配列を決定することに世界で初めて成功し、
「ジストロフィン神戸」
Biochem. Biophys. Res. Commun., 170:963-967 (1990) 
【００１４】
「ジストロフィン神戸」
ＤＭＤ
【００１５】次いで、患者から得られた異常な増幅産物の塩基配列を決定すると、88塩基からなるエクソン１９の配列のうち52塩基が欠失していることが判明した。この52塩基の欠失がエクソン配列内に存在することは、この患者のジストロフィンｍＲＮＡではリーディングフレームにずれを生じて（アウトフレーム）、エクソン２０内でストップコドンが出現することになる。この遺伝子診断の結果は、ＤＭＤという臨床診断と一致するものであった。
【００１６】
ジストロフィン神戸で発見されたエクソン１９の欠失部分がスプライシングに及ぼす影響
J.Clin.Invest., 87: 2127-2131 (1991)
【００１７】まず、患者白血球のｍＲＮＡを逆転写酵素によりｃＤＮＡに変換し、これを入れ子型ＰＣＲ（nested-PCR）法を用いて増幅した。エクソン１８から２０にわたる領域を増幅したところ、ゲノムで発見された異常を基に計算されたサイズより更に短くなった増幅断片が得られた。これはｍＲＮＡにゲノムＤＮＡの異常とは異なった異常が存在する可能性あるいは白血球と筋肉でｍＲＮＡが異なる可能性を示唆した。そこで、このｍＲＮＡ異常が疾病と関連する筋肉のｍＲＮＡにも存在することを確認するため、筋肉のｍＲＮＡから合成したｃＤＮＡを鋳型としてＰＣＲ法でエクソン１８からエクソン２０の領域を増幅した。その結果得られた増幅産のサイズは、白血球のエクソン１８から２０の増幅産物と全く同じであった。
【００１８】次に、得られた小さな異常増幅産物の塩基配列決定により、ジストロフィン神戸の患者のジストロフィンｃＤＮＡではエクソン１８の配列が直接エクソン２０の配列につながっており、エクソン１９の配列が完全に消失していることが判明した。この結果は、ゲノムでは、エクソン１９内の52塩基のみが欠失し36塩基がエクソンとして残存していたことと矛盾している。これらのことから、
ジストロフィン神戸では、前駆体ｍＲＮＡの成熟過程で36塩基のエクソン１９がスプライスアウトされ、エクソンのスキッピングが起こった
【００１９】遺伝子の異常からエクソンのスキッピングが生ずる例は少なからず報告されている。既に、本発明者等はジストロフィン遺伝子の点突然変異例でエクソンのスキッピングが生じることを世界で初めて発見している［Hagiwara, Y., Am. J. Hum. Genet., 54: 53-61 (1994)］。これらのエクソンのスキッピングを生じる生じる遺伝子変異は、いずれも、先に述べたスプライシング部位を決定するコンセンサス配列内に生じた異常に起因している。
【００２０】これに対し、
ジストロフィン神戸では、エクソン「内」に52塩基の欠失を認めたのみで、コンセンサス配列には異常がなく
【００２１】
ジストロフィン神戸に見られたエクソンのスキッピングの原因がＤＮＡ及びｍＲＮＡ前駆体の一次構造の異常には求められない
ジストロフィン神戸における最大の特徴は、エクソンの配列がイントロンの配列のみと塩基対をなす単純なステム構造を形成すること
野生株で見られたイントラエクソンヘアピン構造が、ジストロフィン遺伝子のエクソン構造を特徴づける
【００２２】そこで、ジストロフィン遺伝子の79個のエクソンのうちから、近傍のイントロンの塩基配列の明らかにされている22個のエクソンを選び、そのｍＲＮＡ前駆体の２次構造を解析した。解析した全てのエクソンは、イントラエクソンヘアピン構造を形成する結果となり、このイントラエクソンヘアピン構造が、エクソンの機能の必須な要素と考えられた。これらのことは、
ジストロフィン神戸に見出されたエクソンのスキッピングがｍＲＮＡ前駆体のイントラエクソンヘアピン構造の消失により発生した
エクソン自体の配列がスプライシング時のエクソン認識に重要な役割を果たしている
【００２３】最近、
コンセンサス配列以外に、エクソン内の配列の異常によってもエクソンのスキッピングが生じ得る
コンセンサス配列に加えてエクソンの配列もスプライシング部位決定要因として機能している
　　　
・甲１３．６（【００２４】〜【００２７】）
「　【００２４】エクソン１９内の配列がスプライス部位の決定に重要なことが示唆されたので、
in vitro のスプライシング反応系
J.Clin.Invest.,95:515-520(1995)
特願平11-140930号
ジストロフィン遺伝子のエクソン１８と１９並びにイントロン１８からなるミニジーン
ｍＲＮＡ前駆体
得られたｍＲＮＡ前駆体をHeLa細胞の核抽出液と混合しスプライシング反応を試験管内で進行させ
この反応系で正常のエクソン１９塩基配列を有するｍＲＮＡ前駆体を用いるとスプライシングは正常に進行し、エクソン１８と１９が連続した成熟ｍＲＮＡを得ることができた。
ジストロフィン神戸でエクソン１９から欠失した52塩基がスプライシングに重要な役割を果たしている
【００２５】しかしこのスプライシング異常が、エクソン１９の「サイズ」が36塩基と短くなった結果による可能性もあるため、ジストロフィン神戸のエクソン１９の欠失部を補うものとして、欠失した遺伝子を逆方向に挿入し、同様の実験を行った。このｍＲＮＡ前駆体では、スプライシングは進行するものの、その効率は低かった。この結果は、
たとえエクソンが正常な長さを有しても、エクソン内の塩基配列が異なるとスプライシング効率は低下する
エクソンの（サイズでなく）エクソン内の塩基配列自体が重要である
【００２６】 そこで、
エクソン内の塩基配列自体のスプライシングへの影響
２種の異なる配列を挿入したｍＲＮＡ前駆体を作成し、そのスプライシング効率を調べた
β−グロビン遺伝子を挿入した方が、アンピシリン耐性遺伝子を挿入した方よりも相対的に高いスプライシング効率
前者の塩基配列には多くのプリン基が含まれており
エクソン内のプリン配列がエクソン認識に関与していると考えられている
Genes Dev.,7:407-418(1993)
【００２７】これらの実験結果は、スプライシングには、
コンセンサス配列のみならずその下流のエクソンの配列が関与している
　　　
※当合議体注：
　【００２４】の「J.Clin.Invest.,95:515-520(1995)」は、甲８と同一の文献と認められる。
　【００２６】の「Genes Dev.,7:407-418(1993)」は、甲１７と同一の文献と認められる。
・甲１３．７（【００２８】〜【００２９】）
「　【００２８】＜アンチセンスオリゴヌクレオチドによるスプライシング制御＞ジストロフィン遺伝子の
エクソン１９内の配列がスプライシングの進行に極めて重要である
この配列を破壊することによりスプライシングの異常が人為的に誘導できるのではないかという可能性
ジストロフィン神戸で欠失した52塩基のうち配列表の配列番号５に示した塩基配列部分を含んだ配列表の配列番号６に示した31塩基
これに相補的な２’−Ｏ−メチルオリゴＲＮＡ
エクソン１８−イントロン１８−エクソン１９よりなるｍＲＮＡ前駆体のスプライシングに及ぼす影響を、前述の試験管内スプライシング反応系で調べた
J.Clin.Invest.,95: 515-520 (1995)
【００２９】＜細胞核内でのスプライシング制御＞
生きた細胞の核内でもアンチセンスオリゴヌクレオチドによりジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングが制御できる
正常なヒトリンパ芽球細胞
B.B.R.C.,226:445-449(1996) 
リポフェクタミン
エクソン１９の塩基配列に対するアンチセンスオリゴＤＮＡはヒトリンパ芽球細胞においてエクソン１９のスキッピングを誘導し、ｍＲＮＡにおいてエクソン１８がエクソン２０に直接つながったものが得られることが確認された
　更に、用いたアンチセンスオリゴＤＮＡは、他のエクソンのスプライシングには問題を起こさなかったことも確認された。　」
　　　
※当合議体注：
　【００２８】の「J. Clin.Invest.,95:515-520(1995)」は、甲８と同一の文献と認められる。
　【００２９】の「B.B.R.C.,226:445-449(1996)」は、甲９と同一の文献と認められる。
・甲１３．８（【００３１】〜【００３５】）
「　【００３１】＜人為的エクソンスキッピングの治療への応用＞先述のように、ＤＭＤでは、ジストロフィンｍＲＮＡのリーディングフレームがずれてアウトフレームとなるような遺伝子異常を有している。もし
このリーディングフレームの異常をインフレームに転換できるとすれば、それによりＤＭＤはＢＭＤとなり、症状の改善が期待できる筈
エクソン２０のみが単独で欠失している患者
エクソン２０は242塩基
その単独欠失はフレームシフトを起こして翻訳途中で停止コドンが出現し
ＤＭＤの表現型
エクソン１９に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを投与してエクソン１９のスキッピングを人為的に誘発できたとすると、エクソン２０の242塩基に加えエクソン１９の88塩基が前駆体ｍＲＮＡから欠失することとなり、合計330塩基の欠失となって、リーディングフレームは一転してインフレームとなる
アンチセンスオリゴヌクレオチドの使用によりＤＭＤの表現型をＢＭＤに転換できる
【００３２】しかしながら、ジストロフィン遺伝子は前述の通り非常に複雑な構造をしており、その
ｍＲＮＡ前駆体も、スプライスアウトされるべき多数の長いイントロンを含んだ複雑な２次構造をなしておりそれがスプライシングの正常な進行を制御している
エクソン２０の単独欠失を有する患者の筋芽細胞においても、エクソン１９に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによって期待通りエクソン１９のスキッピングを起こすことができるか否か
元々エクソン２０のスプライスアウトを引き起こす異常を有するｍＲＮＡ前駆体において、エクソン２０のスプライスアウトや他の部位のスプライシングに対して影響を及ぼすことなくｍＲＮＡのリーディングフレームをアウトフレームからインフレームへと転換することができるか否か
インフレームへと転換できたとしてもそのｍＲＮＡがジストロフィンに近似のタンパク質を有効に産生できるか否か
【００３３】このような背景のもと、本発明者の一人は、
ジストロフィン成熟ｍＲＮＡにおいてエクソン２０の完全欠失を有するＤＭＤ患者の細胞で、エクソン１９に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いてそのスプライスアウトを誘導できること、そしてそれによりジストロフィン成熟ｍＲＮＡのリーディングフレームのずれを修正でき、ジストロフィン陰性細胞を陽性細胞に転換できることを明らかにし、その結果に基づきＤＭＤに対する治療薬を先に開示した（特開平11-140930号）
【００３４】すなわち、
ジストロフィンのエクソン１９に対するアンチセンスオリゴリボヌクレオチドをエクソン２０の単独欠失を有するＤＭＤ患者の筋芽細胞の培養液中に投与することにより、これが筋芽細胞内へ、次いで核内へと取り込まれ、その結果、エクソン１９とエクソン２０とを完全欠失はするもののアミノ酸読み取り枠はアウトフレームからインフレームになるよう回復されて、エクソン１９とエクソン２０がコードする部分以外は完全長のジストロフィンを産生できるようになることが確認された
エクソン２０の単独欠失に基づくＤＭＤ患者に対して、エクソン１９に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを投与することにより、極めて重篤な疾患であるＤＭＤを比較的軽い疾患であるＢＭＤへと転換させ得る
【００３５】このように、ゲノムより転写されたｍＲＮＡ前駆体がスプライシングを受けて成熟ｍＲＮＡとなるときに、
スプライシングの部位決定に
エクソン内に存在するスプライシング促進配列（Splicing Enhancer Sequence：ＳＥＳ）が重要な役割を果たしている
ジストロフィン遺伝子エクソン１９内にＳＥＳが存在することを示し、更にそのＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによりエクソン１９のスキッピングを導入し得ることを明らかにした
※当合議体注：
 【００３３】中の「特
開
願
・甲１３．９（【００３６】）
「　【００３６】
【発明が解決しようとする課題】ＤＭＤに対して、ジストロフィンの前駆体ｍＲＮＡのスプライシングに際しエクソンスキッピングを誘導することにより
リーディングフレームのずれを修復すると、部分的に機能回復したジストロフィンタンパク質が産生されることになり、それによりＤＭＤをＢＭＤへと変化させることが可能である
ＤＭＤにおけるジストロフィン遺伝子の変異部位は多種存在すると考えられている
ジストロフィン遺伝子の欠失好発部位の周辺に存在するＳＥＳを同定することが重要
ジストロフィンエキソン内の新規のＳＥＳ
・甲１３．１０（【００３７】〜【００４２】、【００４５】〜【００４６】）
「　【００３７】
【課題を解決するための手段】上記背景の下で、本発明者らは、
in vitroのスプライシング系
エキソン
５３
新たなＳＥＳを
同定することに成功し
それに基づきデュシェンヌ型筋ジストロフィーに対する新たな治療手段を創り出した
【００３８】すなわち本発明は、配列表において
配列番号
２
【００３９】これらのオリゴヌクレオチドのうちのＲＮＡは、
ヒトジストロフィンのｍＲＮＡ前駆体の
エクソン５３内のＳＥＳ部分
配列番号
デュシェンヌ型筋ジストロフィーの治療剤としてのアンチセンスの製造のための鋳型
【００４０】また本発明は、配列表において
配列番号
２で示された塩基配列に対して相補的な塩基配列を含んでなるアンチセンスオリゴヌクレオチド
【００４１】該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、それぞれヒトジストロフィンｍＲＮＡエクソン４３内のＳＥＳ（配列表において配列番号１で、同等のＤＮＡ配列として示した）及び
エクソン５３内のＳＥＳ（配列表において配列番号２で、同等のＤＮＡ配列として示した）と相補的であるため、それらの投与により、ヒトジストロフィンｍＲＮＡのスプライシングに際してそれぞれエクソン４３及びエクソン５３のスキッピングを誘導することができる
特定のデュシェンヌ型筋ジストロフィーにおいて、リーディングフレームのずれを修復することに基づく治療剤として用いることができる
【００４２】上記アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列表においてそれぞれ
配列番号
４で示された塩基配列を有するＤＮＡ及びこれらと同一の塩基配列を有するホスホロチオエートＤＮＡよりなる群より選ばれるものであってよい
エクソン
５３のＳＥＳ及びそれらの両端の隣接塩基配列をも含んだ配列に対して相補的
ｍＲＮＡ前駆体のエクソン
５３のＳＥＳに、一層強力にハイブリダイズしてその機能をブロックできる
　・・・
【００４５】更に本発明は、ヒトジストロフィンｍＲＮＡにおけるエ
クソン５３に隣接するエクソンを構成する塩基配列において正常な塩基配列からの塩基の欠失による塩基数の変化に起因するデュシェンヌ型筋ジストロフィーであって、該塩基数の正味の変化が（３×Ｎ＋１）個（Ｎはゼロ又は自然数）の塩基の減少として表されるものであるデュシェンヌ型筋ジストロフィーの治療剤の製造のための
配列番号２で示された塩基配列に対して相補的である塩基配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドの使用
配列番号４で示された塩基配列を有する
【００４６】更に本発明は、薬剤学的に許容し得る注射可能な媒質中に、
エクソン５３のＳＥＳに対するこれらのアンチセンスオリゴヌクレオチドの何れかを含有することを特徴とする、ヒトジストロフィンｍＲＮＡにおけるエクソン５３に隣接するエクソンを構成する塩基配列において正常な塩基配列からの塩基の欠失よる塩基数の変化に起因するデュシェンヌ型筋ジストロフィーであって、該塩基数の正味の変化が（３×Ｎ＋１）個（Ｎはゼロ又は自然数）の塩基の減少として表されるものであるデュシェンヌ型筋ジストロフィーの治療剤
・甲１３．１１（【００４７】）
「　【００４７】本発明において、「オリゴヌクレオチド」は、オリゴＤＮＡ、
オリゴＲＮＡ
ホスホロチオエート類似体
各種の核酸分解酵素に対して耐性があること等から、部位特異的な遺伝子の置換その他で遺伝子工学の分野において汎用されている
・甲１３．１２（【００５５】〜【００６２】）
「　【００５５】１． 
患者由来のリンパ芽球細胞におけるエクソンスキッピングの誘導
　前述の通り、
正常のジストロフィン遺伝子構造を持つ遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体のスプライシング反応において、本発明者等のデザインしたアンチセンスオリゴヌクレオチドがエクソン１９のスキッピングを有効に誘導することが確認された。
ジストロフィンのエクソン２０を欠失したＤＭＤ患者２名からＥＢウイルスでトランスフォームしたリンパ芽球細胞株を樹立し、これを用いてアンチセンスオリゴヌクレオチドによりエクソンスキッピングを誘導できること確認した
【００５６】（ａ）
ＤＭＤ患者由来リンパ球芽細胞株
　
ジストロフィンのエクソン２０を欠失したＤＭＤ患者
ＥＢウイルスで形質転換したリンパ芽球細胞株
【００５７】（ｂ）
アンチセンスオリゴＤＮＡ
　上記により得られたリンパ芽球細胞株の細胞培養液を遠心し、細胞成分のみに分離した。そして、配列表において
配列番号２
【００５８】（ｃ）ジストロフィンｃＤＮＡの解析　
　得られた全ＲＮＡを基質とし、ヘキサオリゴヌクレオチドからなるランダムオリゴヌクレオチドをプライマーとして、常法に従い逆転写酵素の作用によりｃＤＮＡを合成した。合成したｃＤＮＡよりジストロフィンのエクソン１８から２１にわたる領域をnested ＰＣＲ法を用いて増幅した。まず、プライマーをエクソン１８と２１にデザインしたもので１回増幅した。この増幅産物をテンプレートとして、１回目に用いたプライマーの内側に位置する領域にマッチするプライマーをデザインして２回目のＰＣＲ増幅を行った。この増幅は、アニーリング温度を60℃に設定して行った。　
【００５９】（ｄ）エクソン１９のスキッピングの確認　
　こうして、ジストロフィンｃＤＮＡのエクソン１８〜２１の領域を増幅したところ、アンチセンスの無添加では384塩基対のきれいなバンドが得られた。この増幅産物の塩基配列を常法により決定したところ、これがエクソン１８、１９、２１からなることが示された。これは患者の遺伝子解析結果とよく一致していた。　
【００６０】一方、
アンチセンスオリゴＤＮＡ添加細胞
のみならず
小さなサイズの、リーディングフレームの維持された産物が得られた
小さなサイズの増幅産物の塩基配列を決定したところ、エクソン１８の配列が直接エクソン２１の配列につながっており、エクソン１９と２０とは欠失していることが判明した
アンチセンス処理によりエクソン１９がスキッピングした
【００６１】（ｅ）考察　　
　このアンチセンスオリゴヌクレオチドのエクソンスキッピング誘導効果が正常とＤＭＤ患者で異なっている原因は、エクソン１９近辺のｍＲＮＡ前駆体の２次構造あるいは３次構造の差に由来するものと考えられた。アンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度を変えることにより、更にＤＭＤ患者におけるエクソンスキッピング誘導効率を調べた。しかし、正常患者由来細胞で見られたような、全ての転写産物がエクソンスキッピングを示すような条件は得られなかった。なお、このアンチセンス誘導は、センスオリゴヌクレオチドでも、また他の領域に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドでも、見られなかった。　
【００６２】これらの結果は、
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御することによりエクソンのスキッピングを誘導し、その結果リーディングフレームの修正ができる
筋細胞においてもこうしたｍＲＮＡの修正でアミノ酸読み取り枠が維持できるようになったｍＲＮＡが有効にタンパク質を合成できるか否か
※当合議体注：
　【００５７】中では「配列番号２」が引用されているところ、当該「配列番号２」はエキソン５３中の配列領域（ＳＥＳ部分）である（例えば、甲１３．１０の【００３９】や【００４１】）ことから、同【００５７】及びその前後（【００５５】〜【００５６】、【００５８】〜【００６１】）のエキソン１９に相補的なアンチセンスオリゴＤＮＡに関する記載内容と、整合していないが、配列表に記載されている配列番号１〜６のうち、エキソン１９内の配列領域を表したものとして記載されているのは、「配列番号５」（１６ｍｅｒ）及び当該「配列番号５」を含む「配列番号６」（３１ｍｅｒ）のみであること（【００２８】〜【００２９】（甲１３．７））を考慮すると、ここでいう「配列番号２」は少なくとも「配列番号５」又は「配列番号６」のいずれかの誤記と解される。
（　なお、【００５７】では「・・・
配列番号２
に相補的な配列よりなる31塩基の
・甲１３．１３（【００６３】〜【００７４】）
「　【００６３】２．
ＤＭＤ患者由来筋細胞におけるジストロフィン近似タンパク質の発現
　そこで、次に、
エクソン２０の欠失したＤＭＤ患者の筋芽細胞
【００６４】（ａ）
ＤＭＤ患者由来筋細胞株
　ジストロフィン遺伝子のエクソン２０を欠失した患者より、無菌的に筋組織を取り出し、細切した後、トリプシンにて遊離細胞を得た。これを洗浄した後、生育培地（Growth medium: 20％ FCS、0.5％ chicken胚抽出物を補充したHam-F10）中にて培養した。継代に際し細胞培養用のシャーレの中にカバーグラスをおき、その上で筋細胞の培養を行った。筋芽細胞の割合が80％程度になるまで増殖したとき、培養液をFusion培地（２％ＨＳを補充したDMEM）に交換して分化を誘導し、筋細胞とした。　
【００６５】（ｂ）
アンチセンスオリゴＤＮＡ
　分化誘導して４日目に、
アンチセンスオリゴＤＮＡ
リポフェクタミン
【００６６】（ｃ）
ジストロフィン免疫染色
　上記培養後のそれぞれの細胞につき、
ジストロフィンのＣ末端に対する抗体を用いたジストロフィン免疫染色
当初全くジストロフィンの染色のなかった細胞で、ジストロフィンが染色されるようになった
ジストロフィン陽性細胞が確認された
ジストロフィンのＮ末端領域を認識する抗体を用いてもＣ末端領域の染色と同様な染色結果が得られ
産生されたジストロフィンがＮ末端からＣ末端に及ぶものである
【００６７】このように、
アンチセンスオリゴＤＮＡを添加した筋芽細胞には、ジストロフィンの染色が認められた
【００６８】（ｄ）ジストロフィンｃＤＮＡの解析　
　続いて、上記アンチセンスオリゴＤＮＡ添加培養筋芽細胞から、常法によりＲＮＡを抽出した。得られたＲＮＡよりｃＤＮＡを合成し、リンパ芽球細胞からのＲＮＡについて上記したのと同様にして、ジストロフィンのエクソン１８〜２１の領域を増幅した。　
【００６９】得られた増幅産物につき、
常法により塩基配列決定
エクソン１８の塩基配列がエクソン２１の塩基配列に直接つながってアミノ酸読み取り枠がインフレームとなった増幅産物
【００７０】次いで、アンチセンスオリゴＤＮＡ添加培養筋芽細胞から作成したｃＤＮＡにつき、その全領域を１０個の部分に分けてＰＣＲ法により増幅し、増幅産物として得られた各断片のサイズを常法により電気泳動して検討した。その結果、エクソン１９及び２０のスキッピング以外、スプライシングの異常を示唆するような断片は認めらなかった。これらの結果は、
得られたジストロフィン成熟ｍＲＮＡが、エクソン１９とエクソン２０とを完全欠失していること以外は、リーディングフレームの維持された完全長のｍＲＮＡである
【００７１】３．アンチセンスオリゴＤＮＡの核内への移行　
　次いで、
アンチセンスオリゴＤＮＡが実際に核内に移行して作用していることの裏付け
【００７２】上で用いたアンチセンスオリゴＤＮＡを常法によりＦＩＴＣ（フルオレセインイソチオシアネート）標識して、アンチセンスオリゴＤＮＡの核内への移行について検討した。すなわち
、ＤＭＤ患者から採取した筋細胞
ＦＩＴＣ標識したアンチセンスオリゴＤＮＡ
リポフェクタン
【００７３】その結果、
核に一致して蛍光シグナルが検出された
【００７４】以上の試験結果が示すように、ＤＭＤ患者の筋芽細胞において、アミノ酸読み取り枠をインフレームへと転換させることによって、ジストロフィンに対応するタンパク質を合成させることができる。これは、従来極めて重篤な不治の疾患であったＤＭＤにおいて、特にエクソン２０の単独欠失を有する患者を、比較的穏やかなＢＭＤへと転換させる可能性を示すものである。　」
※当合議体注：
　【００７２】の「リポフェクタン」は、【００２９】（甲１３．７）や【００６３】（甲１３．１３）中の「リポフェクタミン」の誤記と解される。
・甲１３．１４（【００７５】、【００７６】、【００７７】〜【００７８】）
（１）「　【００７５】４．
他のエクソン内のＳＥＳ配列の検索
　上記の結果を基に、更に本発明等は、ジストロフィン遺伝子における欠失好発部位であるエクソン４５〜５５周辺の、
リーディングフレームに関して端数の塩基よりなるエクソン（即ち、その欠失が起こると、アミノ酸読み取りに関しアウトフレームとなる）内
ＳＥＳを転写物として与える配列の存在につき調べた
ＳＥＳはプリン残基（特にaagの繰り返し配列）に富んでいる
比較的プリン残基に富んだ転写物を与える鋳型となりうる
(3) エクソン５３内の26塩基
※当合議体注：
　【００７５】中には「・・・(1) エクソン４３内の・・・、(2) 
エクソン４６内の28塩基よりなる塩基配列
配列番号２
エクソン４６
28塩基
　よって、ここでいう「(2)
エクソン４６内の28塩基・・・
配列番号２
　また、
エキソン５３
「配列番号２」（２６ｍｅｒ）はこの「(3)」の塩基配列として用いられたものと解される
（２）「　【００７６】　すなわち、
ショウジョウバエのdoublesex (dsx)遺伝子のエクソン３・イントロン３・エクソン４を組み込んだプラスミドの３側にこれらＳＥＳ候補の鋳型となる配列を有するＤＮＡを組み込みミニジーンを作成した
エクソン４の下流にＳＥＳが存在しないとイントロン３のスプライシングが見られてないが、ＳＥＳが付加されているとスプライシングが見られるようになる系
これらのプラスミドを鋳型として
ｍＲＮＡ前駆体を合成した
ＨｅＬａ細胞核抽出液
（３）「　【００７７】その結果、
エクソン
５３のＳＥＳ候補
イントロン３のスプライシングを受けたｍＲＮＡの生成が明らかに認められた
候補配列がＳＥＳ活性を有する
【００７８】こうして、本発明者等は、
ヒトジストロフィンｍＲＮＡのエクソン
５３内にＳＥＳが存在することを見出した
ＳＥＳは
配列番号
２
・甲１３．１５（【００７９】、【００８１】〜【００８２】）
「　【００７９】既に本発明者等は、ジストロフィン遺伝子の転写物である前駆体ｍＲＮＡの
エクソン１９内にＳＥＳが存在し、更にそのＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによりエクソン１９のスキッピングを誘導でき、それによりリーディングフレームの回復が可能となること
エクソン５３内に
存在するＳＥＳについても、それらに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いることにより
エクソン
５３（212塩基、即ち３×70＋２塩基）のスキッピングを誘導できる筈である
　・・・
【００８１】同様に
例えば、ＤＭＤ患者のジストロフィンの前駆体ｍＲＮＡのエクソン５３に隣接するエクソン内の塩基配列の欠失により塩基数が（３×Ｎ＋１）個（Ｎはゼロ又は自然数）減少しているタイプのＤＭＤ症例
エクソン５３のＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの投与により、スプライシングに際したエクソン５３のスキッピングの誘導が行われる
例としては、エクソン５２（118塩基、即ち3×39＋１塩基）を欠失、又はエクソン５０・エクソン５１・エクソン５２を欠失（109+233+118=460塩基、即ち3×153＋１塩基）を欠失したＤＭＤ症例
これらに対し、エクソン５３のＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入してスプライシングに際したエクソン５３のスキッピングを誘導することにより、スプライシング後におけるｍＲＮＡ中の欠失の長さをそれぞれ330塩基及び672塩基とすることが可能である。
スプライシング後のｍＲＮＡ中の欠失塩基の個数が３の倍数となるため、元の欠失により起こっていたリーディングフレームのずれが正常に復帰する
【００８２】適合するＤＭＤ患者への本発明の何れかのアンチセンスオリゴヌクレオチドの投与は、例えば次の通りに行うことができる。すなわち、症例に応じ配列表において
配列番号
２に示された塩基配列に対して相補的な塩基配列を含んでなる
配列番号
４
アンチセンスオリゴＤＮＡ又は同じ塩基配列のアンチセンスホスホロチオエートオリゴＤＮＡ
当業者に周知の方法で製造し、これを常法により滅菌処理し、例えば1200μｇ／ｍｌの注射用溶液を調製する
この溶液を、患者静脈内にアンチセンスオリゴヌクレオチドの投与量が体重１ｋｇ当たり例えば20ｍｇとなるように、例えば輸液の形で点滴投与する。投与は、例えば２週間の間隔で４回繰り返し、その後も、筋生検組織におけるジストロフィンタンパク質の発現、血清クレアチンキナーゼ値、臨床症状を指標とした治療効果の確認をしながら、適宜この治療を繰り返す。
・甲１３．１６（【００８６】）
「　【００８６】＜製剤実施例２＞
　　　下記の処方に従って必要量の基剤成分を混合して溶解し、これにアンチセンスオリゴヌクレオチドを溶解させ、所定液量とし、ポアサイズ15ｎｍのフィルター（PLANOVE 15：旭化成）により濾過して、静脈内投与用製剤とする。
アンチセンスオリゴヌクレオチド（注２）
塩化ナトリウム・・・・・・・・・・・・・・・8.3ｇ
塩化カリウム・・・・・・・・・・・・・・・・0.3ｇ
塩化カルシウム・・・・・・・・・・・・・・・0.33ｇ
リン酸水素ナトリウム・12水塩・・・・・・・・1.8ｇ
１Ｎ塩酸・・・・・・・・・・・・・適量（ｐＨ7.4）
注射用蒸留水・・・・・・・・・・・・・全量1000ｍｌ
注２：配列表の
配列番号４に示された塩基配列
　　　
・甲１３．１７（配列表）
「　【００８８】
【配列表】
 Sequence Listing　
110 JCR Pharmaceuticals Co., Ltd.　
120 Pharmaceutical Composition for Treatment of Duchenne MuscularDystrophy　
130 P88-00　
160 6　
　
210 1　
211 26　
212 RNA　
213 Homo sapience　
400 1　
agcaagaagacagcagcauu gcaaag　　　　　　　26　
　
210 
2
211 
26
212 RNA　
213 Homo sapience　
400 2　
ggaagcuaag gaagaagcug agcagg
　
210 3　
211 31　
212 DNA　
213 Homo sapience　
400 3　
gcactttgcaatgctgctgt cttcttgcta t　　　　31　
　
210 
4
211 
31
212 DNA　
213 Homo sapience　
400 4　
gacctgctca gcttcttcct tagcttccag c
　
210 5　
211 16　
212 DNA　
213 Homo sapience　
400 5　
gcaagatgccagcaga　　　　　16　
　　
210 6　
211 31　
212 DNA　
213 Homo sapience　
400 6　
aactgcaagatgccagcaga tcagctcagg c　　　　　31　　」
（２）甲２９：特開２００２−１０７９０号公報
　７．の冒頭で述べたとおり、甲２９は、甲１３出願を優先権主張の基礎とする　特願２０００−３４８９５７号　の公開公報である。
そして、甲２９には、甲１３について上掲した甲１３．１〜甲１３．１７と同一の内容の記載がなされているものと認められる。
（　なお、先願明細書等中では、【００７６】の記載は、上掲の７（１）中の甲１３．１４（２）から、次の記載のように変更されている。
「　【００７６】ＳＥＳ活性評価のためのｍＲＮＡ前駆体の作製及び評価には、ショウジョウバエのdoublesex (dsx)遺伝子のエクソン３、イントロン３、及びエクソン４の5'末端部分を含んだ、
Watakabe,A.,et al.,Genes 　Development,7:407-418(1993)
　しかしながら、当該変更に係る主な追記部分は、先願明細書等中でＳＥＳ活性の検討に用いたとされるスプライシング系が「Watakabe,A.,et al.,Genes 　Development,7:407-418(1993)」（先願明細書等中の【００２６】中でも引用されている、甲１７と同一の文献である）に記載された既知の技術に基づき作製されてなるものであることを、甲１７の記載に基づきより具体的に説明したものであるから、上記追記部分に係る記載は先願明細書等に実質的に記載されていた範囲内の事項といえる。
　よって、甲２９における【００７６】の記載は、先願明細書等の他の記載と共に、甲１３出願を優先権主張の基礎とする特願２０００−３４８９５７号の願書に最初に添付した明細書及び／又は特許請求の範囲に記載された事項であって、出願公開時に公開された範囲（即ち、甲２９に記載された範囲）の内容である、といえる。　）
８．甲１７：GENES DEVELOPMENT, (1993) 7 P.407-418
・甲１７．１（標題）
「　スプライス部位におけるエクソン配列の役割　」
・甲１７．２（要約）
「　我々は、マウスイムノグロブリンμ（ＩｇＭ）ｍＲＮＡ前駆体をｉｎ　ｖｉｔｒｏスプライシングのモデル基質として用い、スプライシングにおけるエクソン配列の役割を調査した。我々は、ＩｇＭ遺伝子のエクソンＭ２の５’部分の欠失がその直上流イントロンのスプライシングを消失させることを見出した。欠失された領域内部のプリンリッチな配列が欠失構築物中に再挿入されるとスプライシングは修復された。このＭ２エクソン配列は最適以下の３’スプライス部位配列を含むDrosophila doublesex ｍＲＮＡ前駆体の異種イントロンのスプライシングを刺激する能力を有していた。これらの結果は、
ＩｇＭのＭ２配列がスプライシングエンハンサーとして機能する
スプライシング機構の構成要素によるエンハンサーエクソン配列の認識
他のｍＲＮＡ前駆体のスプライス部位の選択においても、重要な役割を演じている
エクソン認識配列（ＥＲＳ）
・甲１７．３（図３）
「　
図３．ｄｓｘ−ＩｇＭキメラｍＲＮＡ前駆体のｉｎ　ｖｉｔｒｏスプライシ　ング。　（Ａ）
Drosophilaｄｓｘ−ＩｇＭキメラｍＲＮＡ前駆体
・甲１７．４（表１）
「　表１．スプライシングに影響を及ぼすエクソン配列の比較
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
・甲１７．５（４１６頁右欄３５〜４０行）
「　ｍＲＮＡ前駆体の調製及びｉｎ　ｖｉｔｒｏスプライシング
　ｉｎ　ｖｉｔｒｏ転写はＳＰ６又はＴ７ＲＮＡポリメラーゼのいずれかにより行われた。
ＨｅＬａ細胞核抽出物
９．（９−１）甲１８：HUM. MOL. GENET., (2001) 10(15) P.1547-1554
　甲１８は、本件特許出願の出願日とみなされる第１出願の優先日：平成１２年（２０００年９月２１日）より後であって、第１出願の国際出願日：平成１３年（２００１年）９月２１日（本件特許出願は適法な分割に係るものであることから、同日は本件特許の出願日とみなされる。以下、この日を「本件特許出願日」ということがある）より前の、２００１年７月１５日（以下の「（９−２）甲第１８−２号証」の項参照）に頒布されたものと認められる、本件特許出願の発明者であるファン　デーテコム，ユディス，クリスティーナ，テオドラらを著者とする文献である。
　そして、甲１８には、主な記載事項として、本件特許明細書の【００２２】〜【００３１】及び図１〜６で示されている、エキソン４６の内部領域を標的とするｍＡＯＮ及びｈＡＯＮの作製及びその使用に関する試験結果の一部と重複する内容が記載されている。例えば、
　・甲１８の表１に記載された「ｍＡＯＮ４」、「ｍＡＯＮ６」、「ｍＡＯＮ８」、「ｍＡＯＮ９」、「ｍＡＯＮ１１」、及び「ｈＡＯＮ４」、「ｈＡＯＮ６」、「ｈＡＯＮ８」。「ｈＡＯＮ９」、「ｈＡＯＮ１１」は、この順　に、本件特許明細書【００２４】〜【００２６】中に記載された「ｍＡＯＮ＃４」、「ｍＡＯＮ＃６」、「ｍＡＯＮ＃８」、「ｍＡＯＮ＃９」、「ｍＡＯＮ＃１１」、及び「ｈＡＯＮ＃４」、「ｈＡＯＮ＃６」、「ｈＡＯＮ＃８」、「ｈＡＯＮ＃９」、「ｈＡＯＮ＃１１」のそれぞれにおいて「ＴをＵに置き換え」（【００２４】）たものと同一の塩基配列のＡＯＮ；
であり、
　・甲１８の図１８Ａ，図１８Ｂ、図２Ａ、図２Ｂは、この順に本件の図１、図２、図３、図４Ａと略同一；
であり；
　・甲１８の表２は、本件特許明細書の【００４２】【表１】と略同一；
である。
　また、特に、甲１８には、次のような記載がある。
・甲１８．１（１５４７頁右欄下から６行〜１５４８頁左欄１８行）
「・・。エキソン２３の３’又は５’スプライス部位に対するＡＯＮによるトランスフェクションにより、このエキソンの転写物からのスキッピングが誘導され・・・た（２２−２４）。しかし、これらの研究はまた、アンチセンスによる３’又は５’スプライス部位の標的化は、予期されるほどの追加的な隣接エキソンのスキッピングをもたらさない可能性がある。それ故、本研究で我々は、より特異的な、
ポリプリンリッチなエキソン認識配列（ＥＲＳ）又はエキソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）（２５、２６）のような上流イントロンのスプライシングに関与する内部のエキソン
　・・・（図１Ａ）。本稿において、我々は、エキソン４６内の
推定上のＥＲＳと相補的なＡＯＮ
・甲１８．２（１５４８頁左欄５３〜５７行）
「・・・。ゲルモビリティーシフトアッセイにおける見かけ上の結合親和性にもかかわらず、
ｍＡＯＮ８は筋管におけるエクソン４６のスキッピングを再現性良く誘導しなかった
・甲１８．３（１５５１頁　表２）
「　表２．ＡＯＮ−治療のための
有望な
　これらのエキソンのスキッピングは、様々な１又はそれ以上のエキソンの欠失により影響を受けている一連の患者におけるリーディングフレームを修復する
だろう
（９−２）甲第１８−２号証：HUM. MOL. GENET., (2001) 10(15)の目次（https://academic.oup.com/hmg/issue/10/15）のプリントアウト物　１／６−６／６頁
・１／６頁中段
「　１０巻、１５号
　　
２００１年７月１５日
１０．甲３０：日本先天代謝異常学会雑誌，(1999) 15(2) P.232 100
・甲３０．１（標題）
「ジストロフィン遺伝子の
エクソン配列内
スプライシング促進配列の同定
・甲３０．２（本文左欄１〜２５行）
「　【はじめに】ゲノムより転写されたｍＲＮＡ前駆体はスプライシングなどの修飾を受け成熟ｍＲＮＡとなるが、スプライシングの部位決定には、従来より知られているエクソン・イントロン境界部に存在するコンセンサス配列のみではなく、
エクソン内に存在するスプライシング促進配列（splicing enhancer sequence:SES）
ジストロフィン遺伝子エクソン１９内にＳＥＳが存在することを明らかにし、さらにそのＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳ−ｏｌｉｇｏ）によりエクソン１９のスキッピングを誘導し得ることを明らかにしてきた
　一方、Ｄｕｃｈｅｎｎｅ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）はジストロフィン遺伝子の異常によって発症する進行性筋疾患であるが、欠失によりアミノ酸読み取り枠にずれが生じているためジストロフィン蛋白の発現がみられない。このような症例に対して、ＡＳ−ｏｌｉｇｏを導入することによりエクソンスキッピングを誘導し、アミノ酸読み取り枠のずれを修復すると、ジストロフィン蛋白が発現すると考えられる。
　この様な治療の可能性を考える上において、遺伝子欠失好発部位周辺のエクソンでＳＥＳを同定する必要がある。今回ｉｎ　ｖｉｔｒｏスプライシング系を用いて
新たなＳＥＳを同定した
　　　
・甲３０．３（本文左欄２６行〜右欄３行）
「　【方法】ジストロフィン遺伝子の欠失好発部位であるエクソン４５−５５周辺のｏｕｔ−ｏｆ−ｆｒａｍｅのエクソン内より、
ＳＥＳの候補として比較的プリン残基に富んだ
(丸数字３)エクソン５３内の２６塩基
　　　
・甲３０．４（本文右欄４〜１１行）
「　【結果】
エクソン
５３のＳＥＳ候補を組み込んだｍＲＮＡ前駆体からは、イントロン３のスプライシングを受けた成熟ｍＲＮＡが産生された
　　　
・甲３０．５（本文右欄１２〜２１行）
「【考案】今回、ジストロフィン遺伝子の欠失好発部位周辺のエクソンを解析し、
エクソン
５３
　ｉｎ　ｖｉｔｒｏの系における解析より、
ＳＥＳはプリン残基（特にＡＡＧの繰り返し配列）に富んでおり、さらにウラシル基による分断が少ない程スプライシングを促進することが報告されている
この観点よりＳＥＳの候補を選定し、スプライシングを促進するか否かを検討することによりＳＥＳを同定することが可能であった
・甲３０．６（本文右欄２２〜４０行）
「　以前より我々は
エクソン１９内にＳＥＳが存在し、さらにそのＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏによりエクソン１９のスキッピングを誘導し得る
同様のことが今回同定したＳＥＳにおいても可能であるとすると、
エクソン５３のＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏを導入しエクソン５３のスキッピングを誘導することにより、ｍＲＮＡにおける欠失の長さをそれぞれ３３０塩基、６７２塩基（いずれもｉｎ−ｆｒａｍｅ）とすることが可能
ＤＭＤ症例で欠失によって生じたアミノ酸読み取り枠のずれをＡＳ−ｏｌｉｇｏにより修正し、ジストロフィン蛋白の発現を誘導し得る
　今回の結果はジストロフィン遺伝子の欠失好発部位においても
ＳＥＳが存在する
ＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏによる治療戦略が、より多くの症例において適応となり得る
１１．甲３１：欧州特許出願番号２０３２８３．７　出願時書面
　甲３１は、第１出願（本件特許出願の原出願：特願２０１１−９８９５２号の原出願である特願２００２−５２９４９９号）の優先権主張の基礎である欧州特許出願番号２０３２８３．７（以下、「基礎出願」等ということがある）の願書に最初に添付された明細書、請求の範囲及び図面（以下、これらをまとめて「基礎出願明細書等」等ということがある）であって、本件特許出願に係る出願の分割が適法になされたものと認められることから、当該基礎出願は、本件特許出願の優先権主張の基礎となるものである。
　そして、基礎出願明細書等には、次のような記載がある。
・甲３１．１（請求の範囲）
「　１．　異常型タンパク質をコードするエキソンを含むｍＲＮＡ前駆体を有する細胞に対して、該エキソンの少なくとも１つが有する
エキソン封入シグナル
細胞による異常型タンパク質の産生を少なくとも部分的に減少させるための方法。
２．　該
エキソン封入シグナル
エキソン認識配列
　・・・
１０．　目的エキソンの一部に対して相補的な核酸またはそれと同等の機能を有する分子が、該エキソンの有する
エキソン封入シグナル
　・・・　」
・甲３１．２（２頁３３行〜３頁７行）
「　上記及びその他の諸問題を克服するために、本発明は細胞内で異常タンパク質の生成を少なくとも部分的に低下させるための方法を提供し、前記細胞は前記タンパク質をコードするエキソンを含むｍＲＮＡ前駆体を含み、前記方法は、前記細胞に、前記エキソンの少なくとも１つのエキソンの
エキソン封入シグナル（exon inclusion signal）
エキソン封入シグナル（ＥＩＳ）
エキソン封入シグナル
・甲３１．３（３頁２８行〜４頁４行）
「　本発明の好ましい態様において、
エキソン封入シグナル
エキソン認識配列（exon recognition sequence）（ＥＲＳ）
は比較的プリン塩基に富み
エキソン認識配列
・甲３１．４（１２頁１７行１７〜２２行）
「　ｍＡＯＮｓ及びｈＡＯＮｓの設計
 エキソン４６の内部に向けられた一連のマウス−及びヒト特異的ＡＯＮ（ｍＡＯＮ及びｈＡＯＮ）が設計された、このエキソン４６の内部は
プリン塩基に富んだ
・甲３１．５（１６頁３１〜３６行）
「　 ジストロフィンのエキソン５１内に存在するプリン塩基に富んだ種々の領域に対する一連のヒト特異的ＡＯＮ１０種（ｈＡＯＮ＃２１〜３０、下記参照）を設計した。このような
プリン塩基に富んだ
１２．甲３３：JUDITH VAN DEUTEKOMによる実験成績証明書（２０１７年５月１６日付け）　１〜４頁
※当合議体注：
　甲３３には頁番号が付されていないが、標題「A Comparative studyon・・・」が記載された最初の頁を１頁とし、次頁以降を順に２〜４頁とする。
・甲３３．１（１頁　標題）
「　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体におけるエクソン５３を標的とした種々のアンチセンスオリゴヌクレオチドのエクソンスキッピング活性についての比較研究　」
・甲３３．２（１頁　「目的」の項）
「　目的
　本研究は、健康なヒトの筋管培養物における選択されたアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮｓ）のエクソン５３スキッピング活性を評価するために企画された。ＡＯＮ配列の全体像、並びに、
エクソン５３中のプリンリッチ配列区間及び推定上のエクソン認識（ＥＲＳ）様配列（Ｔａｎａｋａら、１９９４の指針による）
・甲３３．３（１頁　図１）
「　
図１．ジストロフィンエクソン５３内のプリンリッチ及び／又はＥＲＳ様配列区間と関連するＡＯＮｓ（ＰＳ５２４、ＰＳ２６４４〜ＰＳ２６４６）の位置　　　」
・甲３３．４（２頁８〜１６行「ＡＯＮｓ」の項（表１含む））
「　材料及び方法
　ＡＯＮｓ
　全てのアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮｓ）（表１）は２’−Ｏ−メチル置換を伴うホスホロチオエート骨格を構成していた。・・・
　　　・・・
表１
Ａ＝アデノシン、Ｇ＝グアノシン、Ｕ＝ウラシル、及びＣ＝５−メチルシトシン。全てのＡＯＮは２’−Ｏ−メチル置換及びホスホロチオエート骨格の連結鎖を構成していた。　」
・甲３３．５（３頁　「結果」の項）
「　結果
　ＡＯＮ　ＰＳ５２４は最も高効率で明瞭にバックグラウンドを超えるエクソン５３のスキッピングを誘導する（・・・）（図２）。このＡＯＮがエクソン５３内で標的とするプリンリッチ及び／又は推定上のＥＲＳ様配列は、したがってこのエクソンの正確なスプライシングに最も関与しているものと考えられる。
ＰＳ２６４４は部分的にＰＳ５２４と重複しており同じプリンリッチ及び／又は推定上のＥＲＳ様配列を標的としているが、著しくより低効率である（バックグラウンドレベルに近い）。
ＰＳ２６４５及びＰＳ２６４６はプリンリッチ及び／又は推定上のＥＲＳ様配列を標的としておらず
バックグラウンドレベルを超えてエクソン５３のスキッピングを誘導する能力を有していない（図２）
・甲３３．６（４頁　図２）
「　
図２．低（８００ｎＭ）又は高（４μＭ）濃度下での各ＡＯＮによる健康なヒト筋管培養物におけるエクソン５３スキッピングのレベル。ＲＴ−ｄｄＰＣＲにより評価された。ＮＴ：未処理細胞。　」
　　　
・甲３３．７（４頁「結論」の項）
「　結論　
　本比較研究が実証するのは、ＥＰ１２１９８５１７．０号におけるＡＯＮ設計のための指針に従いプリンリッチ及び／又は推定ＥＲＳ様配列を標的化するＰＳ５２４のようなＡＯＮは、エクソンスキッピングを誘導する能力を有するであろうことが予期される、ということである。注意すべきは、
エクソン中の全てのプリンリッチ及び／又は推定ＥＲＳ様配列が真にスプライシング機構により認識されそして明らかにスプライシングに関与しているというわけではない
これらの配列を標的とするＡＯＮｓにより誘導されるエクソンスキッピングの効率は、（ＰＳ２６４５及びＰＳ２６４６のような）プリンリッチ及び／又は推定ＥＲＳ様配列を標的としないＡＯＮｓのそれと同様である可能性がある。
・甲３３．８（４頁「参照文献」の項）
「　参照文献　
　
Tanaka et al.,1994-Mol Cell Biol,14(2): 1347-1354
　Verheul et al.,2016- PloS One Sep 9;11(9):e0162467
　Aartsma-Rus et al.,2002- Neuromusc Disorders,12,S71-S77　」
※当合議体注：
　「Tanaka et al.,1994-Mol Cell Biol,14(2):1347-1354」は、甲７と同一　の文献と認められる。　
１３．甲３４：MOLECULAR BIOTECHNOLOGY, (1999) 12 P.1-11
・甲３４．１（標題）
「　アンチセンスオリゴヌクレオチドの前臨床及び臨床薬理学」
・甲３４．２（要約欄第１文）
「　要約
　アンチセンスオリゴヌクレオチドは、化学合成で製造され化学修飾されたＤＮＡ又はＲＮＡの短い（典型的には長さ１５−２０塩基）断片である。」
・甲３４．３（２頁右欄下から１５〜９行）
「・・・。一般的に、アンチセンス医薬は長さが１５−２０塩基である。この長さは、その相補的なｍＲＮＡに対し十分な親和性、選択性及び特異性を提供する。実際、大きく密接に関連したアイソザイムファミリー中の単一のアイソザイムを特異的に阻害するアンチセンンス医薬の数多くの例がこれまでに存在する（１８，２１−２３）。・・・」
１４．甲３８：CELL, (1988) 53 P.219-228
・甲３８．１（２１９頁右欄２６〜２７行）
「　ヒトＤＭＤのｃＤＮＡの全配列が図１に示されている。・・・　」
・甲３８．２（２２１頁　図１（部分）及びその説明文）
「　
図１．ＤＭＤ転写物のヌクレオチド配列及びコードされたタンパク質の推定一次構造
　ＤＮＡ配列は実験手順に記載されたように決定され、タンパク質配列を予測するために使用された。エクソンの境界は、既知の場合は黒い矢印で示され、予測される反復配列の境界は明るい矢印で示されている。ヌクレオチド５０００超の３個のエクソンの境界は、異常ｃＤＮＡの配列から決定された（結果参照）。エクソンは当該エクソンの中央に（エクソン＃）、反復配列は当該反復配列の始まりと終わりに（Ｒ＃）番号が付されている。転写物の末端に見出されるポリアデニル化コンセンサス配列（Proudfoot and Brownlee, 1976）に下線が引かれている。この配列のGenBank受入番号はM18533である。　」
１５．甲３９：GENOMICS, (1993) 16 P.536-538
　甲３９は、甲３５の６頁における「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の塩基配列は、本願の優先日には公知であり、GenBankなどから入手可能でした」との被請求人の主張の根拠として、同頁で「添付書類３」として引用されている文献と同一のものであり、次の甲３９．１〜甲３９．５の事項が記載されている。
　また、甲３９中の「参照文献１０」は、甲３８と同一の文献である（甲３９．２、甲３９．３、甲３９．５）。
・甲３９．１（標題）
「　短報
　　ヒトジストロフィン遺伝子のエクソンの構造　」
・甲３９．２（５３６頁右欄７〜１６行）
「　我々は以前、当該遺伝子の３’部分のエクソン構造（エクソン６０−７９）の解明のためのvectorette PCRの利用について述べた（１９）。・・・。簡単にいうと、我々は
ｃＤＮＡ配列（１０）
・甲３９．３（５３６〜５３７頁　表１、及び脚注ｂ）
「　
ａ　・・・
ｂ　エクソンの大部分の５’末端塩基のヌクレオチド番号（
参照文献１０
　　・・・　」
・甲３９．４（５３８頁左欄１７〜２０行）
「　以前の研究と組み合わされた本稿の作業の成果により、
表１に集約されるとおりの、ジストロフィン遺伝子の完全なエクソン構造
・甲３９．５（５３８頁右欄　参照文献１０）
「　
１０
(1988)・・・Cell 53: 219-228
１６．甲４３：GENOMICS, (1988) 2 P.90-95
・甲４３．１（標題）
「　ＤＭＤ遺伝子座位において部分欠失を有する患者間での表現型の差異についての説明　」
・甲４３．２（要約）
「　
Ｄｕｃｈｅｎｎｅ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）、及び比較的軽度のＢｅｃｋｅｒ型筋ジストロフィー（ＢＭＤ）
同じ遺伝子座位に部分欠失を有するＤＭＤ患者−ＢＭＤ患者間の重篤度における臨床上の差異を説明するための分子機序
ＢＭＤ患者において同定された欠失はアミノ酸配列の翻訳上のＯＲＦを維持しており、より短鎖で低分子量のタンパク質が予測される
より小さなタンパク質産物は、半機能的であり、その結果としてより軽度の臨床表現型をもたらすものと推定される
【５−２】無効理由３（明確性要件違反）について
１．無効理由３における請求人の主張の概要
　無効理由３に係る請求人の主張の概要は、
「　本件発明においては、
「エキソン５３の内部領域」という用語の技術的意味
というものであるところ、ここでいう「エキソン５３の内部領域」なる文言がみられるのは、請求項１〜７のうち請求項１〜４においてのみである。
　そして、請求人による上記主張のより具体的な根拠は、要するに、
「　請求項１には、「エキソン５３の内部領域」という用語が用いられている。しかし、
「エキソン５３の内部領域」が、エクソン５３の２１２個のヌクレオチドからなる配列のどこからどこまでの配列を示すのかが不明
例えば、「内部領域」が、２１２個のヌクレオチドからなる配列の両端（５’末端及び３’末端）を除いた領域を示すのかが不明
というものである。
２．請求人の主張に対する当合議体の判断
（１）　そこで検討するに、訂正発明１〜４については、次のア、イのように理解される。
ア　訂正発明１〜４における、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分」に含まれる「エキソン５３」とは、甲３９の表１（甲３９．３）において示されているジストロフィン遺伝子の７９個のエキソンのうち、５’末端から数えて５３番目の「Exon53」の行に記載されたエキソンであって、同表１中で引用されている「参照文献１０」（甲３９．３、甲３９．５）、即ち甲３８、中に図１として示されたｃＤＮＡ配列（甲３８．２）中の、７８６９番目の塩基を５’末端とし８０８０番目の塩基を３’末端とする、ヌクレオチド長が２１２個（２１２ｍｅｒ）の次の塩基配列：
TTGAAAGAAT TCAGAATCAG TGGGATGAAG TACAAGAACA CCTTCAGAAC CGGAGGCAAC 60
AGTTGAATGA AATGTTAAAG GATTCAACAC AATGGCTGGA AGCTAAGGAA GAAGCTGAGC120
AGGTCTTAGG ACAGGCCAGA GCCAAGCTTG AGTCATGGAA GGAGGGTCCC TATACAGTAG180
ATGCAATCCA AAAGAAAATC ACAGAAACCA AG　212
のＲＮＡ形態（ＴはＵに置き換えられる）、即ち
UUGAAAGAAU UCAGAAUCAG UGGGAUGAAG UACAAGAACA CCUUCAGAAC CGGAGGCAAC 60
AGUUGAAUGA AAUGUUAAAG GAUUCAACAC AAUGGCUGGA AGCUAAGGAA GAAGCUGAGC120
AGGUCUUAGG ACAGGCCAGA GCCAAGCUUG AGUCAUGGAA GGAGGGUCCC UAUACAGUAG180
AUGCAAUCCA AAAGAAAAUC ACAGAAACCA AG　212
で表されるエキソンである。
イ　請求項１〜４中では、当該エキソン５３におけるその「内部領域」が、上記ヌクレオチド配列（塩基配列）中の何処の領域であるのかを具体的に特定する記載はないことから、訂正発明１〜４における当該「エキソン５３」の「内部領域」とは、文字通りその「内」部、即ち、
上記２１２ヌクレオチド長の領域を超えない任意の一部（なお、これは、請求項５〜７に規定される「エキソン５３の一部」とも実質的に同等の範囲である）
　また、請求項１〜４中、並びに本件特許明細書中では、当該「内部領域」が上記２１２塩基長の「エキソン５３」の両端（５’末端及び３’末端）を除いた領域を示すのか否か、について特段明確に定義付ける記載は認められないものの、上記２１２塩基のエキソン５３の範囲を超える領域を含まない限り、当該「内部領域」としては上記５’末端及び３’末端のいずれかを含む領域の態様を特に除外するものではない、と解するのが自然である。
（２）　そして、かかる解釈によれば、ある提示されたヌクレオチド配列が、請求項１〜４にいう「エキソン５３の内部領域」に該当するのか否か、は、上述の２１２ヌクレオチド長の配列と対比することにより、当業者であれば明確に判別することができる。
　そうすると、単に当該「内部領域」に該当する具体的な部位（塩基長及び塩基配列）が請求項１中で特定されていないからといって、そのことのみを以て、当該「内部領域」の包含する範囲の外延を明確に把握することができない、とまではいえない。
（３）　以上のとおりであるから、請求項１〜４にいう各「エキソン５３の内部領域」という用語の技術的意味を理解することができない、とはいえず、請求項１〜４に記載された発明の外延を明確に把握することができない、ともいえない。
　したがって、訂正発明１〜４に係る特許は、いずれも、特許法第３６条第６項第２号に規定される要件を満たさない発明に対しなされたものとはいえず、請求人の主張する無効理由３は理由がない。
　
【５−３】無効理由１（実施可能要件違反）について
１．訂正発明１について
（１）（訂正発明１における実施可能要件について）
ア　【５−２】２．（１）で述べたとおり、訂正発明１における「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分」に含まれる「エキソン５３」とは、ヌクレオチド長（Length）２１２個（２１２ｍｅｒ）の次の塩基配列：
UUGAAAGAAU UCAGAAUCAG UGGGAUGAAG UACAAGAACA CCUUCAGAAC CGGAGGCAAC 60
AGUUGAAUGA AAUGUUAAAG GAUUCAACAC AAUGGCUGGA AGCUAAGGAA GAAGCUGAGC120
AGGUCUUAGG ACAGGCCAGA GCCAAGCUUG AGUCAUGGAA GGAGGGUCCC UAUACAGUAG180
AUGCAAUCCA AAAGAAAAUC ACAGAAACCA AG　212
で表されるエキソンである。
　ただし、訂正発明１では、そのようなエキソン５３の「内部領域」に該当する上記２１２ｍｅｒ中の具体的な配列領域は特定されておらず、訂正発明１に係る医薬の有効成分（薬効成分）である「アンチセンスオリゴヌクレオチド」（ＡＯＮ）については、次の要件（ア）及び（イ）：
（ア）化学構造上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり」、
　　機能上
　「エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害」し、且つ
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進」する機能を有し；
（イ）「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらす；
を共に満たすものであることが規定されているのみである。
イ　ここで、訂正発明１は医薬の発明であるから、特許法第２条第３項第１号にいう物の発明である。
　また、物の発明における実施には、その物の使用をする行為が含まれるところ、訂正発明１におけるその物の使用とは、有効成分であるＡＯＮを以て上述の「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらしめることに他ならない。
　そうすると、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載が、当業者が訂正発明１の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載したものといえるためには、発明の詳細な説明の記載から、次の（ア）及び（イ）：
（ア）　化学構造上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり」、
　機能上
　「エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害」し、且つ
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進」する機能を有する
ＡＯＮを、作ることができること；
（イ）　当該ＡＯＮを、
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」
という薬理作用をもたらすために、使用することができること；
を、当業者が認識できる必要がある。
ウ　ところで、イ（ア）及びイ（イ）の要件を満たすＡＯＮのような、エキソンのスキッピングに用い得る「試薬」、当該「試薬」が標的とするエキソンの内部領域、並びに、当該内部領域に対するＡＯＮのイ（ア）の要件に係る機能と関連したスキッピング作用等に関し、本件特許明細書中には、以下のような記載がある（下線は当合議体による。以下同様）。
（ｉ）（【０００１】）
「　【技術分野】
【０００１】
　本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドに関する。より詳細には、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体に含まれる
エキソン５３
エキソン５３
エキソン５３
（ｉｉ）（【０００５】）
「　【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
　本発明においては、いわゆる
エキソンスキッピング
エキソンスキッピングは、スキップされたエキソンを有さない成熟ｍＲＮＡを生じる
変化した産物の発現
「アンチセンスオリゴヌクレオチド (Anti-sense Oligonucleotide)」（ＡＯＮ）
デュシェンヌ型筋ジストロフィー（Duchenne muscular dystrophy）（ＤＭＤ
３’及び５’スプライス部位に特異的
なＡＯＮを使ったエキソンスキッピングが思いがけない結果をもたらしうる
スプライス部位がコンセンサス配列を含んでおり
非特異的なハイブリダイゼーションが生じたから
スプライシング反応が精度に欠ける
（ｉｉｉ）（【０００６】）
「　【０００６】
　上記及びその他の諸問題を克服するために、本発明はＲＮＡスプライシング反応系のｍＲＮＡ前駆体を、該ｍＲＮＡ前駆体に含まれる
少なくとも１つのエキソンが有するエキソン封入シグナル（exon inclusion signal）（ＥＩＳ）を特異的に阻害することが可能な試薬
スプライシングを制御するため
このような因子がエキソン内に存在する
スキップされるエキソン内の配列に対するアンチセンスオリゴヌクレオチド
エキソン封入シグナルと干渉して、エキソンをスプライシング機構から効果的に遮蔽することができる
スプライシング機構がスキップすべきエキソンを認識しないことによって、最終的なｍＲＮＡからエキソンが排除される。
ＥＩＳはエキソンに特異的な構造であり
本発明はこのモデルに限定されるものではない
エキソンに結合可能な試薬がＥＩＳを阻害する
エキソンのいかなる部位にも特異的に接触することができるにもかかわらず、ＥＩＳを特異的に阻害する
（ｉｖ）【０００８】〜【００１０】
「　【発明を実施するための形態】
【０００８】
　好ましい態様において、本発明は異常型タンパク質をコードするエキソンを含むｍＲＮＡ前駆体を有する細胞に対して、該エキソンの少なくとも１つが有するエキソン封入シグナルを特異的に阻害することが可能な試薬を細胞に与え、そして該ｍＲＮＡ前駆体のスプライシングによって生じるｍＲＮＡの翻訳を行わせしめることを包含する、細胞による異常型タンパク質の産生を少なくとも部分的に減少させるための方法を提供する。
【０００９】
　
エキソン封入シグナルを特異的に阻害することが可能な
試薬
核酸
付加的な機能性を発揮するために修飾されていてもよい
例えば、２’−Ｏ−メチルオリゴリボヌクレオチド
【００１０】
　本発明の
好ましい態様
エキソン封入シグナル
認識配列（exon recognition sequence）（ＥＲＳ）
このような配列は比較的プリン塩基に富み、スキップされるエキソンの配列情報を精査することで特定することが可能である
Tanakaら、1994, Mol. Cell Biol. 14: p.1347-1354
　これら本件特許明細書中の（ｉ）〜（ｉｖ）の摘記事項を踏まえると、訂正発明１における「エキソン５３の内部領域」の機能、並びに、当該「エキソン５３の内部領域」に対するＡＯＮの機能、及びその機能に関連したＡＯＮの薬理作用について、次のような事項が前提とされているものと理解することができる。
　・訂正発明におけるＡＯＮのような試薬は、非特異的なスプライシングをもたらし得るエキソン−イントロン間の３’及び５’スプライス部位を標的とするもの
ではなく、エキソンの内部に存在する領域を標的とするもの
エキソン封入シグナル（exon inclusion signal）（ＥＩＳ）
ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体からのジストロフィン成熟ｍＲＮＡの生成の際のイントロンスプライシング機構、及び当該領域を内包するエキソンのジストロフィン成熟ｍＲＮＡへの封入を補助する機能
エキソンの）封入機能
ＥＩＳ機能
特異的な配列領域
　・訂正発明におけるＡＯＮは、「エキソンの内部領域」であって
上記特異的な配列領域に対し相補的な
「封入機能」（「ＥＩＳ機能」）を阻害する
訂正発明１の「エキソン５３のスプライシング機構からの遮蔽およびエキソン５３のｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能
　・当該
ＥＩＳ領域の好ましい例
「比較的プリン塩基に富」んだ「エキソン認識配列（ＥＲＳ）」領域が挙げられる
　　　
　いいかえれば、訂正発明１においては、
上述の「ＥＩＳ機能」を幽する「比較的プリン塩基に富」んだ「エキソン認識配列（ＥＲＳ）」がエキソン５３の内部領域中に存在することを前提とし、ＡＯＮは当該領域を標的とするものである
エ　そうすると、本件特許明細書の発明の詳細な説明において、当業者が上述のイ（ア）及び（イ）の事項を認識できるに足る記載がなされている、といえるためには、少なくとも、当業者が次の２つの事項：
　・本件特許明細書の発明の詳細な記載に基づいて、エキソン５３の内部領域中に、エキソン５３の「封入機能」（「ＥＩＳ機能」）を有する特異的な配列領域である、「比較的プリン塩基に富」むＥＲＳ領域が、現実に存在すると認識、又は合理的に推測し得ること
　・当該特異的な配列領域を、許容される程度を超える試行錯誤等を伴うことなく特定し得ること
を発明の詳細な説明の記載から理解し得る必要がある、ともいえる。
（２）本件特許明細書及び図面の記載について
　そこで、上述の（１）での検討を踏まえつつ、詳細に本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載を検討するに、発明の詳細な説明には、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞又は被験体に対し、ジストロフィン遺伝子のエキソンスキッピングに用いるＡＯＮが標的とするジストロフィンエキソン内部領域、並びに、当該エキソンの内部領域に相補的な配列を含むＡＯＮを投与して当該エキソンのスキッピングを行うことについて、上の（１）で摘記した（ｉ）〜（ｉｖ）に加え、次の（ｖ）〜（ｘｉ）の記載がある。
（ｖ）（【００１３】〜【００１５】）
「　【００１３】
　上述した本発明の態様は、特に欠失した遺伝子の発現を復帰させるのに適している。これはターゲットとなるエキソンの特異的なスキッピングを行い、有害な変異（典型的なものとしては停止変異またはフレームシフト点突然変異、あるいは翻訳停止をもたらす１つ以上のエキソンの欠失または挿入）を回避するか修正することによって達成される。
【００１４】
　遺伝子導入法に比べて、本発明の新規なスプライスシング制御型遺伝子治療（splice-modulation gene therapy）は、より小さな治療薬、これに限定されるわけではないが、
典型的な例としては１４〜４０個のヌクレオチドからなる
好ましい態様においては、製造が容易であり、細胞による取り込みがより効果的に行われることから、１４〜２５個のヌクレオチドからなる分子を使用する。
【００１５】
　上述の本発明の態様は、原則として、いかなる遺伝病や遺伝的疾病素質にも適用することができ、配列内部においてわずかに短いタンパク質の翻訳が完全にまたは部分的に機能している場合に限り、特定のエキソンを標的とするスキッピングによって、元々変異によって破壊された翻訳読み枠を復帰させることができる。・・・。例えば、・・・デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）が挙げられる。ＤＭＤは、フレームシフトによって生じるＸ連鎖性ジストロフィン遺伝子の欠失、重複及び停止突然変異が重度の進行性筋力低下をもたらす疾患である。・・・その一方で、同じ遺伝子座にフレームシフト以外の方法で欠失または重複突然変異が生じて発症したベッカー型筋ジストロフィーは軽症であり・・・。ＤＭＤに適用する本発明の態様においては、・・・読み枠を復帰させ、配列内部においてわずかに短くなっているが機能性のタンパク質を産生するのに必要な数の近接したエキソンのスキッピングによって・・・同等の変異を有するＢＭＤ患者の臨床的症状が軽いことに基づき、ＡＯＮ療法を受けたＤＭＤ患者の症状は軽減されると考えられる。　」
（ｖｉ）（【００１６】）
「　【００１６】
　ジストロフィン遺伝子に生じる種々の変異が機能不全性タンパク質につながる。（総合目録として
http://www.dmd.nl
表１はスキップすることのできるエキソンの一覧である
本発明の方法で治療することができるもの
表に示したエキソンのスキッピング
エキソン封入シグナルがヒトジストロフィン遺伝子のエキソン２、８、４３、４４、４５、４６、５０、５１、５２または５３に存在する
本発明の好ましい態様においては、エキソン封入シグナルはエキソン４６またはエキソン５１に存在する
（ｖｉｉ）（【００２０】）
「　【００２０】
　細胞に試薬を導入するための種々の方法が当業界では知られている。特に核酸の導入方法は広範にわたって開発されている。当業者はある導入方法が本発明を実施するのに適しているかどうかを十分確認することができる。このような方法の一例は、本発明の試薬を
リポソームに封入し、該リポソームを目的ｍＲＮＡ前駆体を有する細胞に与える
核酸を細胞に導入するための運搬体として
本発明の核酸またはそれと同等の機能を有する分子を包含する核酸運搬体
（ｖｉｉｉ）（【実施例】（【００２２】〜【００３９】））
（ｖｉｉｉ−１）
　ａ（【００２２】〜【００３０】）
「　【００２２】
　エキソン４５はＤＭＤにおいて最も高頻度で欠失が起こるエキソンなので、本発明者らははじめに
エキソン４６
【００２３】
ｍＡＯＮｓ及びｈＡＯＮｓの設計
　
エキソン４６の内部領域
使用したエキソン４６の内部領域は、プリン塩基に富んだ配列を有し、エキソン４６のスプライシング制御に係る推定上の機能を有する
ゲルシフトアッセイ
高い親和性でＲＮＡに結合する
【００２４】
　以下に使用したＡＯＮのデオキシ体を示すが、
最終的に使用した２’−Ｏ−メチルリボヌクレオチドにおいては、ＴをＵに置き換える
【００２５】
　ｍＡＯＮ＃２：　　　5'　GCAATGTTAT CTGCTT　
　ｍＡＯＮ＃３：　　　5'　GTTATCTGCT TCTTCC　
　ｍＡＯＮ＃４：　　　5'　CTGCTTCTTC CAGCC　
　ｍＡＯＮ＃５：　　　5'　TCTGCTTCTT CCAGC　
　ｍＡＯＮ＃６：　　　5'　GTTATCTGCT TCTTCCAGCC　
　ｍＡＯＮ＃７：　　　5'　CTTTTAGCTG CTGCTC　
　ｍＡＯＮ＃８：　　　5'　GTTGTTCTTT TAGCTGCTGC　
　ｍＡＯＮ＃９：　　　5'　TTAGCTGCTG CTCAT　
　ｍＡＯＮ＃１０：　　5'　TTTAGCTGCT GCTCATCTCC　
　ｍＡＯＮ＃１１：　　5'　CTGCTGCTCA TCTCC 　
【００２６】
　ｈＡＯＮ＃４：　　　5'　CTGCTTCCTC CAACC　
　ｈＡＯＮ＃６：　　　5'　GTTATCTGCT TCCTCCAACC　
　ｈＡＯＮ＃８：　　　5'　GCTTTTCTTT TAGTTGCTGC　
　ｈＡＯＮ＃９：　　　5'　TTAGTTGCTG CTCTT　
　ｈＡＯＮ＃１１：　　5'　TTGCTGCTCT TTTCC　
【００２７】
ゲルシフトアッセイ
 ＡＯＮの有効性は、
ターゲット配列に対する結合親和性
ターゲットＲＮＡに対して結合親和性を有する
【００２８】
培養筋肉細胞のトランスフェクション
　ＡＯＮによる in vitro の筋肉細胞におけるスキッピング誘導効率を分析するために、ゲルシフトアッセイを用いてターゲットエキソンに対して最も高い結合親和性を示したエキソン４６特異的ＡＯＮを選択した。すべてのトランスフェクション実験において、非特異的ＡＯＮをエキソン４６の特異的スキッピングの負の対照として用いた。前述したように、はじめにマウス筋肉細胞の実験系を構築した。マウス筋肉細胞系であるＣ２Ｃ１２細胞由来の（ジストロフィン発現レベルの高い）培養増殖筋芽細胞及び培養分裂後筋管の両方を使用した。後に行ったヒト由来培養筋肉細胞の実験には、罹患していない１人の筋肉生検材料及びエキソン４５の欠失を保有する、血縁ではない２人のＤＭＤ患者の筋肉生検材料のそれぞれから単離した培養一次筋肉細胞を使用した。これらの異種培養物はおよそ２０〜４０％の筋原細胞を含んでいた。異なるＡＯＮ（濃度：１μＭ）に対して３当量比のカチオンポリマーＰＥＩ（MBI Fermentas社製）を用い、細胞にＡＯＮをトランスフェクトした。これらの実験でトランスフェクトしたＡＯＮは５’フルオレセイン基を有し、そのため蛍光性の核を数えることでトランスフェクション効率を測定することができる。概して、６０％以上の細胞が核に特異的にＡＯＮの取り込みを示した。ＲＴ−ＰＣＲ分析を促進するために、トランスフェクトの２４時間後にＲＮＡｚｏｌＢ（オランダ国、CamPro Scientific社製）を使ってＲＮＡを単離した。
【００２９】
ＲＴ−ＰＣＲ及び配列の決定
　ＲＮＡの逆転写をC. therm. ポリメラーゼ（Roche社製）及びエキソン４８特異的逆転写プライマーを使って行った。ジストロフィン遺伝子のエキソン４６のスキッピングを検出するために、ＰＣＲを２サイクル行ってｃＤＮＡを増幅した。ＰＣＲは、エキソン４４及び４７に含まれるプライマー（ヒト実験系）またはエキソン４５及び４７に含まれるプライマー（マウス実験系）を使用したプライマーシフト増幅（nested amplification）を包含する。培養マウス筋芽細胞及び培養マウス筋管細胞では、エキソン４５がエキソン４７に直接スプライシングされた産物に相当する大きさの部分産物を検出した（図４）。続いて行った配列の決定によって、マウスジストロフィン転写産物におけるエキソン４６の特異的なスキッピングを確認した。エキソンスキッピングの効率は個々のＡＯＮで異なり、ｍＡＯＮ＃４及び＃１１が最も高い効率を示した。これらの好ましい結果に基づき、培養ヒト筋肉細胞においても、ジストロフィンのスプライシングを同様に制御することに着目した実験を行った。その結果、エキソン４５がエキソン４７にスプライシングされた産物に相当する部分産物を対照となる筋肉細胞で検出した。興味深いことに、患者由来筋肉細胞では、エキソン４４がエキソン４７にスプライシングされてなる短い断片が検出された。エキソン４６の特異的なスキッピングをヒトジストロフィン転写産物の配列データによって確認した。マウスとヒトの両方のジストロフィン転写産物に見られたこのようなスプライシングの制御は、トランスフェクトされていない培養細胞や非特異的ＡＯＮでトランスフェクトされた培養細胞には見られなかった。
【００３０】
免疫組織化学分析
　ジストロフィンタンパク質の翻訳および合成を復帰させるために、エキソン４５の欠失を保有する患者由来の筋肉細胞においてエキソン４６のスキッピングの誘導を試みた。ｈＡＯＮ＃８でトランスフェクトした際のジストロフィン産物を検出するために、ジストロフィンタンパク質のターゲット領域に隣接するドメインと遠位のドメインのそれぞれに対して作成した２種のジストロフィンモノクローナル抗体（Mandys-1及びDys-2）を使用して、２種の患者由来培養筋肉細胞を免疫細胞化学分析に付した。蛍光分析によって、いずれの患者由来培養細胞においてもジストロフィン合成が復帰していることが明らかになった
（図５）
※合議体注：
上の摘記ａ．中の【００３０】における「（図５）」は、その前後の記載、及び次の摘記ｂ．の記載内容を勘案すると、「（図６）」の誤記と解される。
ｂ（図１〜図５、及び【０００７】中の図５〜図６の説明文（図６自体は摘記省略））
「　図１
　図２
　図３
　図４
　図５
【図５】患者ＤＬ２７９．１（図４の“Ｐ１”に対応する）から得られたＲＴ−ＰＣＲ産物の配列データであり、このデータによって患者のエキソン４５が欠失しており（上のパネル）、ｈＡＯＮ＃８のトランスフェクションによって更にエキソン４６のスキッピングが起こる（下のパネル）ことを確認した。エキソン４６のスキッピングは特異的であり、エキソン４４はエキソン４７に正確にスプライシングされ、翻訳読み枠を再構築する。
【図６】ｈＡＯＮ＃８でトランスフェクトした患者ＤＬ２７９．１由来の培養筋肉細胞の免疫組織化学分析。タンパク質の異なる領域に対して作成した２種のジストロフィン抗体と細胞を接触させた。使用した抗体は、ターゲットであるエキソン４６に近接する領域に対する抗体（ManDys-1、ex. -31-32）及びエキソン４６から離れた領域に対する抗体（Dys-2、ex. -77-79）である。下のパネルは筋管中にジストロフィンタンパク質が存在しないことを示すのに対し、いずれの抗体でもジストロフィンタンパク質が検出されることから、エキソン４６のｈＡＯＮ＃８誘導性スキッピングは明らかにジストロフィンタンパク質の合成を復帰させた（上のパネル）。　」
（ｖｉｉｉ−２）
　ａ（【００３２】〜【００３４】）
「　【００３２】
　
エキソン５１
　ジストロフィンエキソンの同時スキッピング
　エキソン５１のターゲットスキッピング。本発明者らは、 in vitroのマウス及びヒト筋肉細胞におけるジストロフィンのエキソン４６のＡＯＮによる制御の可能性について明示した。これらの知見はＡＯＮをＤＭＤの治療用の試薬として評価する更なる研究の根拠を示した。ＤＭＤを誘発する欠失の大部分は遺伝子内の突然変異が起こりやすい２つの部位で集中的に発生し、ある１つの特定エキソンのターゲットスキッピングによって種々の突然変異を有する一連の患者の読み枠を復帰することができる（表１を参照）。エキソン５１は興味深いターゲットエキソンである。このエキソンのスキッピングは、エキソン５０、エキソン４５〜５０、エキソン４８〜５０、エキソン４９〜５０、エキソン５２、又はエキソン５２〜６３にわたる領域の欠失を保有する患者の治療に用いることが可能であり、このような患者の合計は本発明者らのライデンデータベース（Leiden database）に登録されている総患者数の１５％に達する。
【００３３】
　ジストロフィンの
エキソン５１内に存在するプリン塩基に富んだ種々の領域
エキソン５３
に特異的な逆転写用プライマー
【００３４】
　ｈＡＯＮ＃２１：　　　5'　CCACAGGTTG TGTCACCAG　
　ｈＡＯＮ＃２２：　　　5'　TTTCCTTAGT AACCACAGGT T　
　ｈＡＯＮ＃２３：　　　5'　TGGCATTTCT AGTTTGG　
　ｈＡＯＮ＃２４：　　　5'　CCAGAGCAGG TACCTCCAAC ATC　
　ｈＡＯＮ＃２５：　　　5'　GGTAAGTTCT GTCCAAGCCC　
　ｈＡＯＮ＃２６：　　　5'　TCACCCTCTG TGATTTTAT　
　ｈＡＯＮ＃２７：　　　5'　CCCTCTGTGA TTTT　
　ｈＡＯＮ＃２８：　　　5'　TCACCCACCA TCACCCT　
　ｈＡＯＮ＃２９：　　　5'　TGATATCCTC AAGGTCACCC 　
　ｈＡＯＮ＃３０：　　　5'　CTGCTTGATG ATCATCTCGT T　　　」
　ｂ（図７）
「　
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
（ｖｉｉｉ−３）
　「　【００３５】
　複数のジストロフィンエキソンの同時スキッピング。
　欠失変異に加えて１つのエキソン、例えばエキソン４６またはエキソン５１、のスキッピングを行うことで、多種にわたるＤＭＤ突然変異の読み枠を復帰させることができる。この方法が適用可能な突然変異の範囲は、１つ以上のエキソンを同時にスキッピングすることによって拡大することができる。例えば、エキソン４６からエキソン５０の欠失を有するＤＭＤ患者において、欠失領域に隣接したエキソン４５及び５１の両方のスキッピングを行うだけで翻訳読み枠の再構成を可能にした。　」
（ｖｉｉｉ−４）
ａ（【００３６】〜【００３８】）
「　【００３６】
ＥＲＳ非依存性
　２人のベッカー型筋ジストロフィー患者に見られるエキソン２９の突然変異はエキソン２９のスキッピングを生じた（Ginjaarら、2000, EJHG, vol.8:p.793-796）。ＡＯＮを用いた突然変異部位ターゲッティングによってエキソン２９のスキッピングを誘導する可能性について検討した。突然変異は
ＥＲＳ活性と関連しうるプリン塩基に富んだ領域
ＥＲＳであると考えられる領域の内側（ｈ２９ＡＯＮ＃１〜ｈ２９ＡＯＮ＃６）
エキソン２９のスキッピングはエキソン２９がＥＲＳを含むか含まない
かには依存せず
【００３７】
　ｈ２９ＡＯＮ＃１：　　　5'　TATCCTCTGA ATGTCGCATC　
　ｈ２９ＡＯＮ＃２：　　　5'　GGTTATCCTC TGAATGTCGC　
　ｈ２９ＡＯＮ＃３：　　　5'　TCTGTTAGGG TCTGTGCC 　
　ｈ２９ＡＯＮ＃４：　　　5'　CCATCTGTTA GGGTCTGTG　
　ｈ２９ＡＯＮ＃５：　　　5'　GTCTGTGCCA ATATGCG　
　ｈ２９ＡＯＮ＃６：　　　5'　TCTGTGCCAA TATGCGAATC　
【００３８】
　ｈ２９ＡＯＮ＃７：　　　5'　TGTCTCAAGT TCCTC　
　ｈ２９ＡＯＮ＃８：　　　5'　GAATTAAATG TCTCAAGTTC　
　ｈ２９ＡＯＮ＃９：　　　5'　TTAAATGTCT CAAGTTCC　
　ｈ２９ＡＯＮ＃１０：　　5'　GTAGTTCCCT CCAACG　
　ｈ２９ＡＯＮ＃１１：　　5'　CATGTAGTTC CCTCC　 　　」
　ｂ（図８）
「
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
（ｖｉｉｉ−５）
ａ（【００３９】）
「　【００３９】
マウス筋肉組織におけるin vivo のＡＯＮ誘導性エキソン４６スキッピング。
　培養筋肉細胞を用いた実験で見込みのある結果が得られたので、次に in vivo で種々のマウスジストロフィンエキソン４６に特異的なＡＯＮを試験した。試験はポリエチレンイミン（ＰＥＩ）に結合させたマウスジストロフィンエキソン４６に特異的ＡＯＮを対照となるマウスの腓腹筋に筋肉注射することで行った。In vitro のマウス筋肉細胞における有効性が既に明らかとなっているｍＡＯＮ＃４、＃６及び＃１１は、ＲＴ−ＰＣＲ及び配列の決定によって in vivo の筋肉組織でエキソン４６のスキッピングを誘導することが判明した（図９）。In vivo のエキソン４６のスキッピングは投与量に依存しており、２０μｇ／筋肉／日の２日間にわたる注射で最も高い効率（最大１０％）を示した。　」
ｂ（図９）
「
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
（ｉｘ）（【００４０】）
「　【先行技術文献】
【非特許文献】
【００４０】
【非特許文献１】Achsel et al., 1996, J. Biochem. 120: p.53-60.
【非特許文献２】Bruice T.W. and Lima, W.F. (1997) Biochemistry 36(16): p.5004-5019.
【非特許文献３】Brunak et al., 1991, J. Mol. Biol.220: p.49-65.
【非特許文献４】Dunckley, MG et al, (1998) Human molecular genetics7: p.1083-1090.
【非特許文献５】Ginjaar et al., 2000, EJHG,vol.8, p.793-796.
【非特許文献６】Mann et al., 2001, PNAS vol.98, p.42-47.
【非特許文献７】
Tanaka et al., 1994,Mol. Cell. Biol.14: p.1347-1354.
【非特許文献８】Wilton SD et al., (1999) Neuromusculardisorders 9: p.330-338.　」
　　　
（ｘ）（【００４１】〜【００４２】）
「　【００４１】
　デュシェンヌ型筋ジストロフィー及び関連疾患の詳細及び背景は
ウェブサイトhttp://www.dmd.nl
【００４２】
【表１】
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　」
（ｘｉ）（【００４３】）
「　【００４３】
　配列番号１：　　マウス特異的ＡＯＮであるｍＡＯＮ＃２
　　・・・
　　配列番号３８：　　ｈＡＯＮ＃８で処理した細胞に見られる、エキソン４４がエキソン４７にスプライシングしたものに相当するサイズの短縮産物
　　配列番号３９：　　ｈＡＯＮ＃２３で処理した細胞に見られる、エキソン５０がエキソン５２にスプライシングしたものに相当するサイズの短縮産物
　　配列番号４０：　　ｈ２９ＡＯＮ＃１で処理した細胞に見られる、エキソン２８がエキソン３０にスプライシングしたものに相当するサイズの短縮産物
　　配列番号４１：　　ｍＡＯＮ＃４で処理したマウスに見られる、エキソン４５がエキソン４７にスプライシングしたものに相当するサイズの短縮産物
　　配列番号４２：　　ｍＡＯＮ＃６で処理したマウスに見られる、エキソン４５がエキソン４７にスプライシングしたものに相当するサイズの短縮産物　　」
（３）本件特許明細書及び図面の記載事項の検討
ア　　上の（１）〜（２）で摘記した（ｉ）〜（ｘｉ）によれば、本件特許明細書及び図面中で、現実にジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中のエキソン部位に対するＡＯＮとして製造され、当該エキソンのスキッピング試験に供されたことが、具体的な現実の試験結果と共に記載されているのは、概要次の（ア）〜（ウ）のとおりの、エキソン４６、５１及び２９についてのみである。
（ア）
エキソン４６
（ア−１）　その内部領域であって、
「プリン塩基に富んだ配列を有し、エキソン４６のスプライシング制御に係る推定上の機能を有すると考えられる」（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−１）【００２３】）領域
（ア−２）　それらｍＡＯＮ及びｈＡＯＮをそれぞれゲルシフトアッセイに供したところ、ｍＡＯＮ＃４、６、８、９及び１１、並びにｈＡＯＮ＃４、６、８及び９）がエキソン４６ターゲットＲＮＡに対し結合親和性を有することが示されたこと（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−１）ａ【００２７】、同（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−１）ｂ図３）；
（ア−３）　それらｍＡＯＮ又はｈＡＯＮを用いたＲＴ−ＰＣＲ試験において、
　・ｍＡＯＮ＃４、６、９及び１１をそれぞれマウスＣ１２Ｃ１２細胞由来の（ジスと路銀発現レベルの高い）培養増殖筋芽細胞又は培養分裂後筋管に（カチオンポリマ−ＰＥＩと共に）導入したところ、概して６０％以上の細胞が核特異的なＡＯＮの取り込みを示し、エキソン４６のスキッピング効率は個々のＡＯＮで異なっていたがｍＡＯＮ＃４及び＃１１が最も高い効　率を示し、エキソン４５がエキソン４７に直接スプライシングされた産物に相当する転写部分産物が検出され、エキソン４６の特異的スキッピングが転写産物の配列データにより確認されたこと（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−１）ａ【００２８】〜【００２９】、（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−１）ｂ図４）；　
　・ｈＡＯＮ＃４及び８をそれぞれ、対照ヒト筋肉細胞又はエキソン４５の欠失を保有するＤＭＤ患者由来の筋肉細胞に、同様に導入したところ、対照筋肉細胞でエキソン４５がエキソン４７にスプライシングされた産物に相当する転写部分産物が検出され、患者由来筋肉細胞ではエキソン４４がエキソン４７にスプライシングされてなる短い断片が検出され、エキソン４６の特異的なスキッピングが転写産物の配列データにより確認されたこと（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−１）ａ【００２８】〜【００２９】、（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−１）ｂ図５）；
　・ｈＡＯＮ＃８を２種のエキソン４５の欠失を保有する患者由来の筋肉細胞に投与したところ、いずれの細胞においてもジストロフィンタンパク質合成が復帰していることが、免疫組織化学分析により示されたこと（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−１）ａ【００３０】）；
　・ｍＡＯＮ＃４、６、及び１１をそれぞれマウス腓腹筋に筋肉注射により投与したところ、いずれも筋肉組織でエキソン４６のスキッピングが誘導されることが、ＲＴ−ＰＣＲ及び配列の決定により判明したこと（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−５））
　
（イ）
エキソン５１
（イ−１）　
「エキソン５１内に存在するプリン塩基に富んだ種々の領域」（【００３２】）
（イ−２）　それらｈＡＯＮをゲルシフトアッセイに供し、（エキソン５１ターゲットＲＮＡに対し）最も高い親和性を示す５種のｈＡＯＮ（ｈＡＯＮ＃２３、２４、２７、２８、２９）が選択されたこと（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−２）ａ）；
（イ−３）　当該選択されたｈＡＯＮを用いたＲＴ−ＰＣＲ試験において、
　・それらｈＡＯＮを対照ヒト筋肉細胞に導入したところ、エキソン５１の特異的スキッピングが誘導されることが、ＲＴ−ＰＣＲ及び配列の決定により明らかとなったこと；
　・それらｈＡＯＮのうちｈＡＯＮ＃２３及び２９を、（表１に例示される種々の突然変異の１つを有する）ＤＭＤ患者由来の６種の培養筋肉細胞に導入し、それらの培養細胞におけるエキソン５１のスキッピングをＲＴ−ＰＣＲ及び配列の決定により確認したこと（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−２）ａ【００３３】、同（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−２）ｂ）；
（イ−４）　「ジストロフィンタンパク質の異なる部分に対して作成した複数の抗体を用いた免疫組織化学分析によると、すべての分析結果がエキソン５１のスキッピングによってジストロフィンタンパク質の合成が復帰したことを示していた」こと（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−２）ａ【００３３】、（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−２）ｂ）
　
（ウ）　
エキソン２９
（ウ−１）　
エキソン２９中の「ＥＲＳ活性と関連しうるプリン塩基に富んだ領域」であって「ＥＲＳであると考えられる領域」（【００３６】）の内側
及び同「領域」の外側
（ウ−２）　ターゲットＲＮＡに対して高い親和性を示すＡＯＮを同定するために、それらｈＡＯＮをゲルシフトアッセイに供したこと（（ｖ）（ｖｉｉｉ−４）ａ）；
（ウ−３）　それらＡＯＮのうちｈ２９ＡＯＮ＃１、２、４、６、９、１０、１１を対照培養ヒト筋管に導入したところ、ＰＴ−ＰＣＲ及びそれに続く配列決定によって、ヒトジストロフィン転写産物においてエキソン２９のスキッピングが誘導されたことが明らかにされたこと（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−４）ａ、（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−４）ｂ）
イ（ア）　一方、エキソン５３については、本件特許明細書及び図面中では、
　・訂正発明１に規定される化学構造及び機能を有する、エキソン５３を標的とするＡＯＮ；　並びに
　・当該ＡＯＮが、訂正発明１に規定されるエキソン５３のスキッピングに係る薬理作用をもたらしめるために使用することができることを裏付ける、現実の薬理試験結果、若しくはそのような薬理試験結果と同視し得るような十分理論的な説明；
について、何ら具体的な記載がなされていない。
　そもそも、本件特許明細書及び図面中には、「エキソン５３」の記載自体、（ｉ）【０００１】、（ｖｉ）【００１６】、（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−２）【００３３】及び（ｘ）【００４２】表１中にみられるのみである。
　そして、これらの箇所のいずれの記載も、訂正発明１に規定されるＡＯＮの標的となる、「エキソン５３の内部領域」であって（ｉｉｉ）〜（ｉｖ）にいう「ＥＩＳ」としての機能を有する特異的な配列領域である「比較的プリン塩基に富」む「ＥＲＳ」領域が、
　・そもそもエキソン５３内に現実に存在するのか；
　・存在するとしても、それがエキソン５３内の何処に存在する如何なる塩基配列の領域部分であるのか；
といった点について、何ら具体的かつ明確に説明するものですらない。
　この点について、例えば、本件特許明細書の（ｉｖ）【００１６】中には、
「・・・。
表１
スキップすることのできるエキソン
本発明の方法で治療することができる
表に示したエキソンのスキッピング
エキソン封入シグナルがヒトジストロフィン遺伝子のエキソン２、８、４３、４４、４５、４６、５０、５１、５２または５３
との記載が認められ、また、ここで引用されている表１中には、上記「ヒトジストロフィン遺伝子のエキソン２、８、４３、４４、４５、４６、５０、５１、５２または５３」について、各エキソンを「スキップするエキソン」　とした場合に「治療されるＤＭＤの欠失（エキソン）」がそれぞれ列記されてもいる（（ｘ））。
　しかしながら、これらの記載は、それら各エキソンの内部領域を標的とするＡＯＮ、及び当該ＡＯＮが各標的エキソンをスキッピングできることを実証したことを示すものとは認められない。むしろ、上述の「スキップすることの
できる
治療される
当該ＡＯＮを用いれば
であろう
仮定に基づく理論上の可能性を示しているに過ぎない
（　なお、この点については、表１と同内容の表と認められる、甲１８の表２（甲１８．３）では、その標題が「　表２．ＡＯＮ−治療のための
有望な
　「　これらのエキソンのスキッピングは、様々な１又はそれ以上のエキソンの欠失により影響を受けている一連の患者におけるリーディングフレームを修復する
だろう
とされているとおりである。　）
　即ち、これら（ｉｖ）【００１６】や（ｘ）表１の記載は、少なくとも訂正発明におけるエキソン５３に関し、（１）エで挙げた２つの事項のいずれをも、当業者に何ら認識させ得るものではない。
（イ）　また、本件特許明細書中の（ｉｖ）【００１０】には、（ｉｉｉ）等にいう「ＥＩＳ」が、
好ましくは
　・「
エキソン認識配列（exon recognition sequence）（ＥＲＳ）
配列領域であり、また、
このようなＥＲＳは
　・「
比較的プリン塩基に富み
ことが、（ｉｘ）中の「【非特許文献７】」：「Tanaka et al., 1994, Mol. Cell. Biol.14: p.1347-1354.」（甲７と同一文献）を引用しつつ記載されており、実施例の項でも、
　・エキソン４６を標的とするＡＯＮの作製に際し、
エキソン４６内の「プリン塩基に富んだ配列
　・エキソン５１を標的とするＡＯＮの作製に際し、
エキソン５１内の「プリン塩基に富んだ
　・エキソン２９を標的とするＡＯＮの作製に際し、
エキソン２９内の「ＥＲＳと考えられる
が記載されている。
　しかしながら、訂正発明１における
エキソン５３
UUGAAAGAAU UCAGAAUCAG UGGGAUGAAG UACAAGAACA CCUUCAGAAC CGGAGGCAAC 60
AGUUGAAUGA AAUGUUAAAG GAUUCAACAC AAUGGCUGGA AGCUAAGGAA GAAGCUGAGC120
AGGUCUUAGG ACAGGCCAGA GCCAAGCUUG AGUCAUGGAA GGAGGGUCCC UAUACAGUAG180
AUGCAAUCCA AAAGAAAAUC ACAGAAACCA AG　212
において、どの部位の配列領域が「ＥＩＳ機能」を幽する「比較的プリン塩基に富」んだＥＲＳ領域、即ち、エキソン５３内のスプライシング制御に係る推定上の機能を有すると考えられる領域、であるといえるのか
　そして、例えば、実施例の項で実際に作製され、筋細胞内でエキソン４６、５１又は２９に対するスキッピング機能を有することが現実の試験を以て確認されている、各ＡＯＮの塩基配列（（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−１）ａ【００２５】〜【００２６】、（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−２）ａ【００３４】、（ｖｉｉｉ）（ｖｉｉｉ−４）ａ【００３７】）をみても、それら各ＡＯＮの塩基配列と相補的な各エキソン内の各対応内部領域が、ある「比較的プリン塩基に富」んだＥＲＳに相当する共通の特異的な塩基配列を有しており、かつ、エキソン５３の内部領域にもそのような特定の共通の塩基配列領域が明らかに見出される、といったことが、本件特許明細書又は図面において十分具体的かつ合理的に説明されているわけでもない。、
（ウ）　なお、「エキソン５３の内部領域」中の「ＥＩＳ機能」を有する特異的な配列領域であって、（ｉｖ）【００１０】中で言及されている、ＥＲＳ領域（若しくは、「プリン塩基に富」んでいることからＥＲＳと推測される領域）
以外
　・エキソン５３の内部領域中に、そのような特異的な配列領域が現実に存在すること；
を合理的に推測させる記載が、本件特許明細書及び図面中に見出せるわけでもなく、
　・仮に、そのようなＥＲＳ（と推測される領域）
以外
といった点について、本件特許明細書又は図面中に何ら明確かつ十分な記載を見出すことはできない。
ウ　加えて、訂正発明１のＡＯＮがヌクレオチド長「１４〜２５」ｍｅｒであることの技術的意義については、（ｖ）【００１４】において、「より小さな治療薬」として「これに限定されるわけではないが、典型的な例としては１４〜４０個のヌクレオチドからなる治療薬の投与を必要とする」ことが記載されているだけである。
　そして、これまでのア〜イでの検討のとおり、本件特許明細書及び図面中では、
　・エキソン５３の内部領域中に、上述の「ＥＩＳ」に該当する、エキソン５３の「封入機能」（エキソン５３に対する「ＥＩＳ機能」）を有する特異的な配列領域であるＥＲＳ領域が現実に存在することを合理的に推測するに足る記載すらなく；
　・仮に、そのような領域が存在するとしても、当該ＥＲＳ領域が具体的にエキソン５３内中の、如何なるヌクレオチド長にわたる何処の領域であるのか、について、何ら明らかにされていない；
以上、仮に、エキソン５３の内部領域中にＥＲＳ領域が存在するとしたとしても、ヌクレオチド長において「１４〜２５」ｍｅｒのものであれば、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞内で当該ＥＲＳを特異的に阻害し、且つ「エキソン５３のスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能を発揮し、以て「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用を有意にもたらしめるのに必要にして十分である、といえることの根拠についてもまた、本件特許明細書及び図面中で十分合理的に説明されているとはいえない。
エ　以上のア〜ウでの検討を併せ踏まえると、訂正発明１のＡＯＮが標的とし、その機能及び薬理作用と密接に関連する「エキソン５３の内部領域」中の「ＥＩＳ」領域であるＥＲＳ領域に関し、当業者といえども、本件特許明細書及び図面の記載からでは次の（ア）及び（イ）のように理解せざるを得ない。
（ア）　そもそも、本件特許明細書及び図面の記載からでは、そのようなＥＲＳとしての機能を有する特異的な配列領域がエキソン５３中に存在することについて、客観的に認識又は合理的に推測することはできない。
（イ）　仮に、例えば表１の記載に基づいて、エキソン５３の中に「ＥＩＳ」機能を有する特異的な配列領域が存在すると仮定しても、そのようなエキソン５３の配列領域（及びそれを標的とするＡＯＮ）を見出すためには、例えば、本件特許明細書の実施例で、エキソン４６、５１及び２９のいずれかの各「内部領域」を標的とし、筋細胞内で対応するエキソンのスキッピング及びジストロフィンタンパク質の発現をもたらしめ得ることが確認されたＡＯＮを見出すのに要したのと同様の、次の作業工程ａ〜ｃ：
　ａ　１４〜２５ｍｅｒの候補ＡＯＮを、エクソン５３の２１２ｍｅｒの塩基配列中から、１４〜２５ｍｅｒの任意の配列長の配列領域をほぼ無作為に選択して、それと相補的な配列とすることにより作製し；
　ｂ　それら候補ＡＯＮの中から、ゲルシフトアッセイで、標的エキソンに対し結合親和性を有するＡＯＮ候補を更に選択し；
　ｃ　当該更に選択した候補ＡＯＮを適切な近接エキソンの欠失を有するＤＭＤ患者由来の筋細胞に適用することで、標的エキソンのスキッピングが生じ、アミノ酸の読み枠が修復されてジストロフィンタンパク質が有意に誘導されるための、当該候補ＡＯＮの適切な用法・用量等の投与条件を検討し、当該適切な投与条件を見出してジストロフィンタンパク質の発現を確認すること；
が必要になるものと考えられる。　
　そして、
　・上のｂの作業を経て得られる、
比較的標的ＲＮＡに結合親和性の高いものであれば、その任意のものがＡＯＮとしての所望の機能を有するとは限らない
　・訂正発明のエキソン５３のＡＯＮ（並びに、それ（ら）が標的とするエキソン５３内の「ＥＩＳ」領域）の塩基配列と、本件特許明細書の実施例中でエキソン４６、５１の各スキッピング及びそれに伴うジストロフィンタンパク質の誘導を実現し得ているＡＯＮ（並びに、それらＡＯＮが標的とする対応エキソン内の「ＥＩＳ」相当領域）の塩基配列との間の、コンセンサス配列の有無等の化学構造上の関連性については不明であり；　それ故に、それら実施例で得られているエキソンスキッピング機能を有することが確認されているＡＯＮの用法・用量等の投与条件が、訂正発明のエキソン５３を標的とするＡＯＮにも適用できるとは限らず；　また、そうであれば、仮に、上のｂの作業工程を経た候補ＡＯＮの中にジストロフィンタンパク質の誘導を実現し得るものが存在するとしても、同ｃの作業工程においてそのための適切な用法・用量等の条件を検討し見出すことは、決して容易に実施できるとはいえないこと；
をも併せ考慮すれば、上記ａ〜ｃを実行することを通じ、ＤＭＤ患者の筋細胞中でのエキソン５３の適切なスキッピングをもたらし得る訂正発明のＡＯＮ（並びに、その標的となるエキソン５３内の「ＥＩＳ」領域である「比較的プリン塩基に富」んだ「ＥＲＳ」領域）、及びその適切な用法・用量等の投与条件を得るには、許容される程度を超える試行錯誤等が課されることになるものと予想される。
（４）本件特許出願前後の技術事情について
ア　本件特許出願時において、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体に含まれ得る７９個のエキソン中、少なくとも
エキソン５３がその内部領域中に上記「ＥＩＳ」機能を有する特異的な配列領域である「比較的プリン塩基に富」んだ「ＥＲＳ」領域を現実に有している、ということ自体、当業者にとり技術常識として認識されていたものとは認められない
　この点に関し、例えば、本件特許出願時において、（ｖｉ）【００１６】や（ｘ）【００４１】で引用されているサイト：http://www.dmd.nl、において、エキソン５３の内部領域中に、上述の「ＥＩＳ」に該当する、エキソン５３の封入機能（「ＥＩＳ機能」）を有する特異的な配列領域が現実に存在することを当業者に合理的に推測させるに足る、実証データ又はそれと同視し得るような十分理論的な説明がなされていたものとは認められないし、当該「ＥＩＳ機能」を有する特異的な配列領域が、具体的にエキソン５３内中の、如何なる塩基長にわたる何処の領域であるのか、といった点についても、当業者が具体的かつ合理的に理解し得るような説明がなされていたものとも認められない。
　なお、後の【５−６】以降で詳細に検討する
甲３０には、エクソン５３の内部領域中のＳＥＳ（スプライシング促進配列。訂正発明１にいうＥＲＳと同義の配列と認められる（甲１０．１））に該当する特異的な配列領域を実際の試験により同定し得たこと等が記載されているが、このような甲３０の記載事項は、何ら本件特許明細書及び図面中で裏付けられていた事項ではなく、本件特許出願時において当業者にとり技術常識として知られていた事項であったとも認められない
イ　そして、上の（３）で検討したエキソン５３を含むジストロフィンｍＲＮＡ内のＥＲＳ領域については、請求人が提出した証拠からみて、本件特許出願の前後で次の（ア）〜（ウ）の技術事情が存在していたことも把握することができる。
（ア）　本件特許出願前に頒布された甲１０では、ジストロフィン遺伝子中のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に関し、
「
ジストロフィン遺伝子の７９個のエクソンのうち、限られた数のもののみ
エクソン認識配列であるかもしれない
とされている。また、同甲１０には、当該「限られた数の」エキソンの中にエキソン５３が含まれていることの記載乃至示唆もない。
　かかる甲１０の記載によれば、本件特許明細書中で「ＥＩＳ機能」を有する好ましい態様として挙げられている「比較的プリン塩基に富」むＥＲＳ領域は、上記７９エキソン中の各エキソン全てに存在することが本件特許出願時の技術常識であったとは認められず、また、少なくとも、そのようなＥＲＳ領域がエキソン５３の内部領域中に現実に存在することが、本件特許出願時、当業者にとり技術常識として認識されていたことであるともいえない。
（イ）　本件特許明細書の（ｉｉｉ）【００１０】中でも引用されている甲７には、ｄｓｘミニジーン系を用いたアッセイによりＥＲＳ機能を有することが確認された様々な天然又は合成のエキソン内部領域相当の配列が「プリン塩基に富」んでいる点で共通することが記載されている（甲７．２、甲７．３等）。
　しかしながら、当該甲７には、
プリン塩基に富んだ配列であればその全てのものがＥＲＳ活性を有するのではなく（例えば、ポリＡ配列やポリＧ配列はＥＲＳ機能を有さない）
ＥＲＳ活性の有無及び／又は程度は配列により様々に異なる
　そうすると、単に「比較的プリン塩基に富」むことを以てＥＲＳと推測される旨の示唆があるのみで、それ以外のＥＲＳの候補となるエキソン５３の内部領域について何ら具体的かつ明確な説明のない、本件特許明細書及び図面の記載に基づくことによっては、例え引用されている甲７の記載を併せ踏まえたとしても、
　・エキソン５３の内部領域中に、そのようなＥＲＳ機能を有する特異的な配列領域が現実に存在すること；
を直ちに認識又は合理的に推測することは到底できないし、
　・仮に存在するとしても、そのような「プリン塩基が豊富」なＥＲＳ機能を有する特異的な配列領域が、具体的にエキソン５３内中の、如何なる塩基長にわたる何処の領域であるのか；といった点について、当業者が理解し得たとは、到底いえない。
（ウ）　本件特許出願の発明者の一人であるJUDITH VAN DEUTEKOM氏により著された甲３３によれば、同発明者自身、本件特許出願日より後の２０１７年５月１６日（甲３３の作成日）の時点においてなお、甲７の示唆に基づき選択したエキソン５３中の
「プリンリッチ及び／又は推定上のＥＲＳ領域」に対するＡＯＮを用いた場合であっても、ＡＯＮによっては
　
「著しくより低効率である（バックグラウンドレベルに近い）」スキッピング効果しか示さず
「エキソン中の全てのプリンリッチ及び／又は推定ＥＲＳ様配列が真にスプライシング機構により認識されそして明らかにスプライシングに関与しているというわけではない」と結論している
（　なお、甲３３には、併せて「プリンリッチ及び／又は推定上のＥＲＳ様配列を標的として」いないＡＯＮは「予想どおり、
バックグラウンドレベルを超えてエクソン５３のスキッピングを誘導する能力を有していない
ウ　そうすると、少なくとも、
本件特許出願当時
　・本件特許出願の発明者自身、（本件特許明細書中で引用されている甲７で示唆されるような）プリンリッチなＥＲＳ機能を有する特異的な配列領域が、エキソン５３の内部領域中に現実に存在する、ということを、そのことを示す現実の薬理試験結果又はそれと同視し得る十分合理的な根拠に基づいて認識し得ていた；
とは推測できないし、
　・仮に、エキソン５３の内部領域中にそのようなＥＲＳ機能を有する特異的な配列領域が存在するとしたところで、そのような「ＥＲＳ」機能を有する特異的な配列領域が、具体的にエキソン５３内中の如何なる塩基長にわたる何処の領域であるのか；
といった点について、同発明者自身、理解し得ていたとは推測できない。
　　　
（５）　（１）〜（４）のまとめ
　以上の（１）〜（４）での検討結果を併せ踏まえると、本件特許出願時の技術常識を考慮しても、当業者が（１）のエで挙げた次の２つの事項：
　・本件特許明細書の発明の詳細な記載に基づいて、エキソン５３の内部領域中に、エキソン５３の「封入機能」（「ＥＩＳ機能」）を有する特異的な配列領域である、「比較的プリン塩基に富」むＥＲＳ領域が、現実に存在すると認識、又は合理的に推測し得ること
　・当該特異的な配列領域を、許容される程度を超える試行錯誤等を伴うことなく特定し得ること
のいずれも、発明の詳細な説明の記載から理解し得るとはいえない。
　そうすると、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載から、以下に再掲する（１）のイ（ア）及び（イ）の要件：
（ア）　化学構造上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり」、
　機能上
　「エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害」し、且つ
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進」する機能を有する、
ＡＯＮを、作ることができること；
（イ）　当該ＡＯＮを、
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」
という薬理作用をもたらすために、使用することができること；
のいずれについても、当業者が認識できるとはいえない。
　したがって、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載は、当業者が訂正発明１の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載したものであるとはいえない。
２．訂正発明２〜４について
（１）　訂正発明２〜４では、各医薬の有効成分（薬効成分）であるＡＯＮについて、化学構造上及び機能上の要件（訂正発明１のＡＯＮに係る、上述の１．（１）アの要件（ア）に相当）に関しては、以下の（ア(2)）〜（ア(4)）：
（ア(2)）（訂正発明２）
　化学構造上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域の
エキソン認識配列（ＥＲＳ）
　機能上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能を有する；
という要件を満たす物であること
（ア(3)）（訂正発明３）
　化学構造上
「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な２０〜２５個のヌクレオチドからなり」、
　機能上
　「
エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害し
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能を有する；
という要件を満たす物であること
（ア(4)）（訂正発明４）
　化学構造上
「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域の
プリン塩基に富んだエキソンのスプライシング制御に係る機能を有する配列
　機能上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能を有する；
という要件を満たす物であること
のとおり、訂正発明１のＡＯＮに係る１．（１）アの要件（ア）とはやや異なる規定がなされているものの、
　・上記（ア）並びに（ア(2)）〜（ア(4)）の規定に関する、１．（２）ウで検討した本件特許明細書の（ｉｉｉ）【０００６】及び（ｉｖ）【００１０】の記載；
及び、
　・上記（ア）並びに（ア(2)）〜（ア(4)）以外の薬理作用上の要件、即ち、訂正発明１のＡＯＮに係る上述の１．（１）ア（イ）「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらす点において、訂正発明１と共通していること；
を踏まえると、これら訂正発明２〜４におけるＡＯＮもまた、訂正発明１におけるＡＯＮと同様に、エキソン５３の内部領域の「ＥＩＳ機能」を有する特異的な塩基配列である「比較的プリン塩基に富」んだＥＲＳに相当する配列領域を標的とするものであることが実質的に規定されていると解することができる。
　
　いいかえれば、訂正発明２〜４における各ＡＯＮについての（ア(2)）〜（ア(4)）の各規定はいずれも、訂正発明１におけるＡＯＮについての１．（１）ア（ア）の規定に加え、当該ＡＯＮのヌクレオチド長を「１４〜２５個」からなるものから「２０〜２５個」からなるものに更に限定したものと把握することができる。
（２）　そして、それらヌクレオチド長が「２０〜２５個」からなる訂正発明２〜４のＡＯＮについてもまた、訂正発明１について１．（３）〜（５）で検討し説示したのと同様の理由により、本件特許明細書の発明の詳細の説明の記載からでは、当業者といえども、次の２つの要件：
　・化学構造上
　　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域の（「エキソン認識配列（ＥＲＳ）」又は「プリン塩基に富んだエキソンのスプライシング領域に係る機能を有する配列」に相当する）「ＥＩＳ機能」を有する特異的な配列領域に相補的な「２０〜２５個のヌクレオチドからなり」、
　　機能上
　（「エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害し」、且つ）
　　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進」する機能を有する、
ＡＯＮを、作ることができること；
　・当該ＡＯＮを
　　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」
という薬理作用をもたらすために、使用することができること；
のいずれをも、認識することができるとはいえない。
　訂正発明２〜４における、各「「機能性」ジストロフィンタンパク質」に係る限定事項を併せ考慮しても、同様である。
（３）　したがって、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載は、訂正発明２〜４の各発明についてもまた、訂正発明１についてと同様に、当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載したものであるとはいえない。
３．訂正発明５〜７について
（１）　訂正発明６の使用に係る「アンチセンスオリゴヌクレオチド」、並びに、訂正発明５の核酸運搬体、及び訂正発明７の核酸運搬体の使用に係る各「アンチセンスオリゴヌクレオチド」については、請求項６、並びに請求項５及び７において、それぞれ
　・化学構造上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に」対して「相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり」、
　機能上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能を有する；
任意のＡＯＮであり、
　・「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらしめるものである；
ことが、規定されている。
　ここで、【５−２】１．（１）イで述べたとおり、請求項５〜７に規定される「エキソン５３の一部」が包含する範囲は、訂正発明１〜４に規定される「エキソン５３の内部領域」が包含する範囲とほぼ同等（２１２ｍｅｒのエキソン５３全体（全長）が含まれ得ない点においてのみ異なる）と解される。
　この点を併せ踏まえると、１．〜２．で訂正発明１〜４のＡＯＮについて検討し説示したのと同様の理由により、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載からでは、当業者といえども、
　・化学構造上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン５３の一部のエキソン認識配列（ＥＲＳ）に」対して「相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり」、
　機能上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能を有する；
任意のＡＯＮを、作ることができること；
　・そのようなＡＯＮを「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらしめるために、使用することができること；
のいずれも、認識し得るとはいえない。
（２）　したがって、本件特許明細書の発明の詳細な説明には、訂正発明５〜７についても、当業者が実施することができる程度の明確かつ十分な記載がなされているとはいえない。
４．被請求人の主張について
（１）被請求人の主張の概要
　被請求人は、答弁書、［被請］陳述要領書及び［被請］上申書において、実施可能要件について、概要次のような主張をしている。
　　　
ア　製造可能性について
（ア）　本件特許明細書は、
　　(1)　配列情報に基づいたＡＯＮ候補の選択、
　　(2)　ゲルシフトアッセイによる、標的となるＲＮＡに対して結合親和性を有するＡＯＮ候補の更なる選択、
　　(3)　患者由来筋肉細胞におけるエキソンスキッピングの確認、
といった手順を踏むことで、訂正発明に係る医薬に用いるＡＯＮを取得することができることを開示しており、当業者であれば明細書全体の記載を参酌して、過度の試行錯誤を要することなくエキソン５３のスキッピングを誘導するＡＯＮを取得することができる。
（イ）　請求人は、エキソン５３のスキッピングを誘導するＡＯＮ（の標的となる「エキソン５３の内部領域」）を同定するためには、エキソン５３の塩基長（２１２ｍｅｒ）及び「１４〜２５個のヌクレオチドを有する」ことを踏まえると、膨大な数の候補ＡＯＮ（審判請求書３２〜３３頁にいう５０２２個）について実験が必要であり、これは当業者に期待し得る程度を超える試行錯誤を要することを主張しているが、実際には、当業者はそのような全ての候補配列領域を試験することはなく、互いにある程度離れた少数の候補配列領域について試験を行う、乙３や乙１２〜１８に示された「ロングウォーク」手法を採用することで、算術的に計算される数字より大幅に少ない数の候補領域を試験するのみで目的の候補領域を特定することができる。
　　　
イ　使用可能性について
　本件特許明細書には、訂正発明のＡＯＮを細胞に導入するための各種運搬体や、当該ＡＯＮを医薬の調製に用いてＤＭＤの治療に使用することが記載されており（【００２０】〜【００２１】）、当該医薬を製造する際の製剤化方法、用法・用量、投与ルート等は、当業者が技術常識に基づいて適宜決定し得るものである。
ウ　なお、本件特許異議申立事件においても、前合議体により同様の結論が導かれている（甲３６）。
（２）主張に対する判断
（主張ア及びイについて）
　１．〜３．で検討し説示したとおり、本件特許明細書及び図面の記載に基づくことによっては、当業者といえども、
　・各訂正発明に規定される化学構造及び機能を具備する任意のＡＯＮを作ることができること；
　・当該ＡＯＮを「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」ために使用することができること；
のいずれをも、認識することができるとはいえない。
　即ち、訂正発明のＡＯＮの標的であり当該ＡＯＮの機能及び薬理作用と密接に関連する、エキソン５３の内部領域（又は一部）であって「ＥＩＳ機能」を有する特異的な配列領域である、比較的「プリン塩基に富」むＥＲＳ領域に関し、本件特許明細書及び図面の記載に基づくことによっては、当業者といえども、次の２つの事項：
　・エキソン５３の内部領域（又は一部）中に、そのような比較的「プリン塩基に富」むＥＲＳ領域が、現実に存在すると認識又は合理的に推測し得ること；
　・当該比較的「プリン塩基に富」むＥＲＳ領域を、許容される程度を超える試行錯誤等を伴うことなく特定し得ること；
のいずれも、理解することができるとはいえない。
　「ロングウォーク」手法が本件特許出願時当業者にとり適宜採用可能であったとしても同様である。
　　　
（主張ウについて）
　１．〜３．で検討し説示したとおりであることから、前合議体による異議決定（甲３６）の結論がもはや維持できないことも明らかである。　
　　　
　よって、被請求人による上記ア〜ウの主張は、いずれも採用できない。
５．小括
　以上、１．〜４．での検討のとおりであるから、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載は、本件訂正後の請求項１〜７の発明について特許法第３６条第４項の規定に適合しておらず、これら請求項１〜７の発明に係る特許は、同法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とすべきものである。
　よって、請求人の主張する無効理由１には、理由がある。
【５−４】無効理由２（サポート要件違反）について
１．当合議体の判断
（１）特許請求の範囲の記載が、明細書のサポート要件に適合するか否かは、特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し、特許請求の範囲に記載された発明が、発明の詳細な説明に記載された発明で、発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否か、また、その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否かを検討して判断すべきものであり、本願明細書のサポート要件の存在は、本件特許出願人、即ち被請求人が証明責任を負うと解するのが相当である。 
　ここで、訂正発明１〜７における（１）の課題とは、請求項１〜７の規定からみて、
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらしめること；
であると解される。
　そして、かかる課題の解決手段として、各請求項において規定されるＡＯＮを作り、当該各ＡＯＮを上記薬理作用をもたらしめるために使用することが、それぞれの請求項において規定されているものである。
（２）　しかしながら、【５−３】１．〜５．における本件特許明細書及び図面の記載の検討結果によれば、本件特許明細書の発明の詳細な記載からでは、当業者といえども、
　・各請求項の化学構造上及び機能上の要件を併せ満たす任意のＡＯＮを、作ることができること；
　・当該任意のＡＯＮを以て「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらしめること；
のいずれも認識することができないのであるから、発明の詳細な説明には、上述の課題の解決手段が裏付けられているとはいえない。
　また、
　・上述の解決手段に係る、各請求項に規定される任意のＡＯＮを当業者がつくることができること；
　・当該任意のＡＯＮを以て「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらしめること；
が、いずれも本件特許出願時の技術常識に属する事項であった、というような、格別の事情も見出せない。
　　　 
（３）　そうすると、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載により当業者が訂正発明１〜７の課題を解決できると認識できる範囲や、その記載や示唆がなくとも当業者が本件特許出願時の技術常識に照らし訂正発明１〜７の課題を解決できると認識できる範囲は存在しないものとするほかはないが、それにもかかわらず、特許請求の範囲には訂正発明１が記載されているから、訂正発明１〜７の記載は、明細書のサポート要件に適合するものとはいえない。 
　　　 
２．被請求人の主張について
（１）被請求人の主張の概要
　被請求人は、答弁書、［被請］陳述要領書、及び［被請］上申書において、
　・本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載は、訂正発明について実施可能要件を満たしており、本件特許明細書の記載に接した当業者であれば、本件発明に係るエキソン５３スキッピングを誘導するＡＯＮが、ジストロフィンタンパク質を「該細胞」内で産生するための医薬として使用し得ることを認識し得ること；
　・訂正発明が無効理由２を有しないことについては、本件異議申立事件において、前合議体も同様の結論を導いていること（甲３６）；
を述べ、無効理由２がないことを主張している。
（２）主張に対する判断
　本件特許明細書の発明の詳細な説明が、訂正発明１〜７のいずれについても当業者が実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものではなく、実施可能要件に違反していることは、【５−３】で説示したとおりであり、また、そのような本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載を以ては、本件特許出願時の技術常識を考慮しても、上述の１．（１）の訂正発明に係る課題の解決手段が提示されておらず、当該課題を解決することができるとはいえないことも、１．で述べたとおりである。
　そして、そうであれば、前合議体による異議決定（甲３６）の結論がもはや維持できないことも明らかである。
　よって、被請求人による（１）の主張は採用できない。
３．小括
　以上のとおりであるから、本件の特許請求の範囲における本件訂正後の請求項１〜７の記載は、特許法第３６条第６項第１号に適合しておらず、これら請求項１〜７の発明に係る特許は、同法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とすべきものである。
　よって、請求人の主張する無効理由２には、理由がある。
【５−５】無効理由４（拡大された先願の地位に係る無効理由）について
１．先願明細書等に記載された発明
　　　
（１）　先願明細書等の請求項８及び１０（甲１３．１）において引用されている、同請求項４のアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）、即ち
「配列番号２で示された塩基配列に対して相補的な塩基配列を含んでなるアンチセンスオリゴヌクレオチド」
に関し、ここでいう「配列番号２」とは、２６ｍｅｒの次の塩基配列：　
　　GGAAGCUAAG GAAGAAGCUG AGCAGG　
（甲１３．１７）で表されるものであって、エクソン５３内に存在するＳＥＳ（スプライシング促進配列）である（甲１３．１０【００３９】〜【００４１】、甲１３．１４【００７８】。ＳＥＳについては例えば甲１３．２を参照のこと）。
　なお、ＳＥＳはエキソン認識配列（ＥＲＳ）と同義であって（甲１０．１）、当該ＥＲＳが訂正発明１のＡＯＮの標的となる「エキソン５３の内部領域」中に存在するスプライシング機能を有する「エキソン封入シグナル」（ＥＩＳ）の好ましい態様とされているのは、本件特許明細書の【００１０】で説明されているとおりである。
　そして、当該「配列番号２」に対して相補的な塩基配列を含んでなるＡＯＮについては、先願明細書等の記載や本件特許出願の優先日前の周知慣用手段に基づき、概要次のア〜ウの事項を把握することができる。
ア　ＡＯＮの塩基長について
　次の（ア）及び（イ）：
（ア）　ＡＯＮは、上の「配列番号２」に対し相補的な塩基配列「
を含ん」で
（イ）　当該ＡＯＮの例として甲１３．１の請求項６で挙げられている、次の「配列番号４」：
　　GA
CCTGCTCA GCTTCTTCCT TAGCTTCC
(甲１３．１７。なお、下線部は「配列番号２」に相補的な２６ｍｅｒの配列部分を示す)は、塩基長が３１ｍｅｒであるところ、当該「配列番号４」のＡＯＮは、エクソン５３のＳＥＳ及びそれらの「両端の隣接塩基配列をも含んだ」配列に対して相補的な配列であり、エクソン５３のＳＥＳに「一層強力に」ハイブリダイズしてその機能をブロックできるものである（甲１３．１０【００４２】）が、かかる【００４２】の記載は、「配列番号４」があくまでＡＯＮの好ましい一例として挙げられることを述べているものであって、当該「配列番号４」自体以外であって「隣接塩基配列領域」に対して相補的な部分を含まないもの（例えば、２６ｍｅｒ以上であるが３１ｍｅｒ未満のもの）もまた、ここでいうＡＯＮの要件を充足するものと把握されること；
を併せ踏まえると、先願明細書等の記載から、ここでいうＡＯＮとしては、上記「配列番号２」に対し相補的な配列のヌクレオチド配列（２６ｍｅｒ。上掲の「配列番号４」中の下線部）からなる、若しくは当該配列を部分配列として含む、ヌクレオチド長において２７〜３１ｍｅｒの範囲内の任意のものが、具体的に含まれるものと解される。
イ　ＡＯＮの分子形態について
　次の（ア）及び（イ）：
（ア）　ここでいうＡＯＮとしては、ＤＮＡ形態のもののみならず、ＲＮＡ形態のもの（例えば、上の「配列番号４」のＲＮＡ形態である、次の塩基配列：　　
　　GACCUGCUCA GCUUCUUCCU UAGCUUCCAG C　　
からなるＡＯＮ）も挙げられることは明らかであること（甲１３．１１【００４７】）；　また、例えば、甲１３．７【００２８】で引用されている甲８中の、ＲＮＡ形態のＡＯＮの作製及び使用例の記載（甲８．４）にみられるとおり、ＡＯＮとしてはＤＮＡ形態のもののみならずＲＮＡ形態のものも使用されることは、本件特許出願の優先日前から当業者にとり周知慣用の技術事項であったとも認められること；
（イ）　核酸分解酵素に対する耐性を高めるためのヌクレオチドへの修飾法として、ホスホロチオエート化修飾（例えば、甲１３．１請求項６、甲１３．１１【００４７】等）のみならず、２’−Ｏ−メチル化といった化学修飾もまた、甲１３．７【００２８】で引用されている甲８中の２’−Ｏ−メチル化ＡＯＮの作製・使用例（甲８．４）にみられるとおり、これまた本件特許出願の優先日前から当業者にとり周知慣用手段であったこと；
を踏まえると、ここでいうＡＯＮとしては、ＤＮＡ又はホスホロチオエート形態のもののみならず、例えばＲＮＡ若しくはそのホスホロチオエート及び／又は２’−Ｏ−メチル化修飾物もまた、具体的に含まれるものである。
ウ　ＡＯＮの投与形態について
　ＡＯＮは、リポフェクタミンと混合して筋細胞（細胞核）内に導入することができる（例えば、甲１３．１３【００６５】、【００７２】）。
　また、ＡＯＮの細胞内への導入時にリポフェクタミンのようなカチオン性リポソームを用いること自体、甲１３．７【００２９】で引用されている甲９中のＡＯＮのリンパ芽球細胞への導入時の使用例（甲９．４等）にみられるとおり、これまた本件特許出願の優先日前から当業者にとり慣用手段であったとも認められる。
（２）　なお、先願明細書等では、（１）のＡＯＮを実際にＤＭＤ患者の筋細胞へ投与することにより、同筋細胞においてジストロフィンｍＲＮＡ前駆体からのエクソン５３の排除を促進せしめることでエクソン５３をスキッピングさせ、同筋細胞においてアウトフレーム状態にあったジストロフィン成熟ｍＲＮＡをインフレーム化し、当該インフレーム化した成熟ｍＲＮＡの翻訳によりＢＭＤ患者相当のジストロフィンタンパク質を産生せしめることが、現実の薬理試験結果を以て示されているわけではない。
　しかしながら、次のア及びイ：
ア　甲１３明細書等では、ＡＯＮの標的である、エクソン５３内部の２６ｍｅｒの配列領域である
「配列番号２」が、実際にＳＥＳとしての機能を有すること
現実の試験により確認している
当該「配列番号２」領域に対し相補的なＡＯＮを投与すれば、それに応じて当該「配列番号２」のＳＥＳ機能が相応の阻害を現実に受ける蓋然性が高い
イ　エクソン５３と同様の、ジストロフィンエクソンの１種であるエクソン１９のスキッピングに関し、
　・「配列番号５」を含む「配列番号６」で表されるエクソン１９の内部領域部分が実際にＳＥＳ機能を有することが、上のアのアッセイ系と類似のｉｎ　ｖｉｔｒｏミニジーンアッセイ系を用いた現実の試験により確認されており（甲１３．８）；　また、
　・エクソン２０に欠失を有する
ＤＭＤ患者由来の筋細胞に対し、上記エクソン１９のＳＥＳ領域に相補的なＡＯＮを
投与することで、当該ＳＥＳ領域のスプライシング促進機能が抑制されて成熟ｍＲＮＡからエクソン１９が排除され（エクソン１９がスキッピングされ）、ジストロフィン成熟ｍＲＮＡがインフレーム化され、当該インフレーム化された成熟ｍＲＮＡからＢＭＤ型ジストロフィンタンパク質の産生がもたらされたことも、現実の薬理試験結果の記載と共に裏付けられている
を併せ踏まえると、エクソン５３に隣接するエクソンにおける（３×Ｎ＋１）個（Ｎはゼロ又は自然数）の塩基の減少を伴う、例えばエクソン５２又はエクソン５０〜５２が欠失していてリーディングフレームにずれが生じているＤＭＤ患者（甲１３．１５【００８１】）由来の筋細胞に対し、エクソン５３の内部領域中の
ＳＥＳ機能を有する領域であることが予め同定されている「配列番号２」
上述のエクソン１９のスキッピングに係る試験結果と同様に
当該ＡＯＮにより相応の阻害を現実に受ける蓋然性が高く
同阻害に伴い有意なエクソン５３のスキッピングが生じることで、ジストロフィン成熟ｍＲＮＡにおいてリーディングフレームのずれが正常化されて相応のジストロフィンタンパク質の有意な産生が得られる
　　　
（３）　以上の（１）及び（２）の点を踏まえると、先願明細書等には、請求項１０及び８（甲１３．１）に係る各発明のより具体的な態様として、次の［先願発明１］及び［先願発明２］が記載されているものと認められる。
［先願発明１］
　「　薬剤学的に許容し得る注射可能な媒質中にアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）を含有することを特徴とする、デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）の治療剤であって、ここで、上記ＤＭＤは、ヒトジストロフィンｍＲＮＡにおいてエクソン５２又はエクソン５０〜５２の欠失を伴った、正常な塩基配列からの（３×Ｎ＋１）個（Ｎはゼロ又は自然数）の塩基の減少によりジストロフィンのリーディングフレームにずれを生じているＤＭＤであり；
　上記ＡＯＮは、
　・ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中のエクソン５３内に存在する　次の配列番号２で表されるスプライシング促進配列（ＳＥＳ）領域：
　　GGAAGCUAAG GAAGAAGCUG AGCAGG
に相補的な塩基配列を含む、
塩基長２６〜３１ｍｅｒ
　・ＤＮＡ又はＲＮＡの形態、若しくは、ホスホロチオエート化及び／又はＯ−メチル化修飾されてなるＤＮＡ又はＲＮＡの形態のものであり；
　・リポフェクタミンと混合して上記ＤＭＤの患者の筋細胞に投与され；　かつ
　・上記ＤＭＤ患者の筋細胞における上記エクソン５３内の配列番号２の領域のＳＥＳ機能を阻害し、エクソン５３のスキッピングを促進する；
ものであって、当該エクソン５３のスキッピングの促進によりジストロフィンｍＲＮＡのリーディングフレームのずれを正常化し、当該正常化されたｍＲＮＡの翻訳による相応のジストロフィンタンパク質の産生をもたらす；
治療剤　」
［先願発明２］
　「　デュシェンヌ型筋ジストロフィー（ＤＭＤ）の治療剤の製造のための、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＯＮ）の使用であって、ここで、
　上記ＤＭＤは、ヒトジストロフィンｍＲＮＡにおいてエクソン５２又はエクソン５０〜５２の欠失を伴った、正常な塩基配列からの（３×Ｎ＋１）個（Ｎはゼロ又は自然数）の塩基の減少によりジストロフィンのリーディングフレームにずれを生じているＤＭＤであり；
　上記ＡＯＮは、
　・ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中のエクソン５３内に存在する　次の配列番号２で表されるスプライシング促進配列（ＳＥＳ）領域：
　　GGAAGCUAAG GAAGAAGCUG AGCAGG
に相補的な塩基配列を含む、塩基長２６〜３１ｍｅｒのものであり；
　・ＤＮＡ又はＲＮＡの形態、若しくは、ホスホロチオエート化及び／又はＯ−メチル化修飾されてなるＤＮＡ又はＲＮＡの形態のものであり；
　・リポフェクタミンと混合して上記ＤＭＤの患者の筋細胞に投与され；
かつ
　・上記ＤＭＤ患者の筋細胞における上記エクソン５３内の配列番号２の領域のＳＥＳ機能を阻害し、エクソン５３のスキッピングを促進する；
ものであって、当該エクソン５３のスキッピングの促進によりジストロフィンｍＲＮＡのリーディングフレームのずれを正常化し、当該正常化されたｍＲＮＡの翻訳による相応のジストロフィンタンパク質の産生をもたらす；
使用　」
２．対比・判断
（１）訂正発明１について
　訂正発明１と先願発明１とを対比する。
　先願発明１の「ＤＭＤ患者の筋細胞」は、訂正発明１の「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」に相当する。
　先願発明１におけるＡＯＮによる「ジストロフィンｍＲＮＡのリーディングフレームのずれを正常化し、当該正常化されたｍＲＮＡの翻訳による相応のジストロフィンタンパク質の産生をもたらす」薬理作用は、本件発明１におけるＡＯＮによる「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」薬理作用に相当する。
　また、「アンチセンスオリゴヌクレオチド」（ＡＯＮ）に関し
　・先願発明１における「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中のエクソン５３内に存在する」「配列番号２」の領域は、訂正発明１における「エキソン５３の内部領域」に相当し、先願発明１の「スプライシング促進配列（ＳＥＳ）領域」は、訂正発明１における「エキソン認識配列（ＥＲＳ）」領域に相当する（甲１０．１）。そして、
　・先願発明１のＡＯＮは、「２６〜３１ｍｅｒ」のＡＯＮであり；　ＤＮＡ又はＲＮＡの形態、若しくは、ホスホロチオエート化及び／又はＯ−メチル化修飾されてなるＤＮＡ又はＲＮＡの形態のもの」は、訂正発明１のＡＯＮの「１４〜２５個のヌクレオチドからな」るものに相当する。
　・さらに、先願発明１におけるＡＯＮの「上記ＤＭＤ患者の筋細胞における（上記エクソン５３内の）配列番号２の領域のＳＥＳ機能を阻害し、エクソン５３のスキッピングを促進する」機能は、訂正発明１におけるＡＯＮの「（ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する）細胞内で該エキソン（エキソン５３）のスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能に相当する。
　以上の点を踏まえつつ対比すると、両者は、
「　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的なヌクレオチドからなり、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬　」
の点で一致するが、次の点：
　「アンチセンスオリゴヌクレオチド」のヌクレオチド長が、訂正発明１では「「１４〜２５」個のヌクレオチドからな」るのに対し、先願発明１では「２６〜３１」個のヌクレオチドである点
において、相違する。
　
　また、１３．１〜１３．１７を含む先願明細書等の記載の全体をみても、先願発明１におけるＡＯＮのヌクレオチド長を２６〜３１ｍｅｒより短い１４〜２５ｍｅｒとすることの記載は見出せない。
　そうすると、訂正発明１は、先願明細書等に記載された発明ではない。
（２）訂正発明２〜４について
　　訂正発明２〜４の各発明と先願発明１とを対比するに、少なくとも
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」のヌクレオチド長が、訂正発明２〜４では「「２０〜２５」個のヌクレオチドからな」るのに対し、先願発明１では「２６〜３１」個のヌクレオチドである点
において、両者は相違する。
　また、１３．１〜１３．１７を含む先願明細書等の記載の何処をみても、先願発明２〜４におけるＡＯＮのヌクレオチド長を２６〜３１ｍｅｒより短い２０〜２５ｍｅｒとすることの記載は見出せない。
　そうすると、上述の点以外の一致点／相違点について検討するまでもなく、訂正発明２〜４もまた、先願明細書等に記載された発明とはいえない。
（３）訂正発明５〜７について
　訂正発明５と先願発明１、並びに、訂正発明６、７の各発明と先願発明２とを対比するに、少なくとも
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」のヌクレオチド長が、訂正発明５〜７では「「１４〜２５」個のヌクレオチドからな」るのに対し、先願発明１、２では「２６〜３１」個のヌクレオチドである点
において、それぞれ両者は相違する。
　
　また、１３．１〜１３．１７を含む先願明細書等の記載の何処をみても、先願発明１及び２における各ＡＯＮのヌクレオチド長を２６〜３１ｍｅｒより短い１４〜２５ｍｅｒとすることの記載は見出せない。
　そうすると、上述の点以外の一致点／相違点について検討するまでもなく、訂正発明５〜７もまた、先願明細書等に記載された発明とはいえない。
　
３．請求人の主張について
　請求人は、審判請求書及び［請］陳述要領書において、先願明細書等の段落【００３３】〜【００３６】、【００３７】、【００４１】、【００４５】〜【００４６】、【００５５】〜【００７８】、【００７９】、【００８１】、【００８２】等の記載によれば、先願明細書等には、ＡＯＮのヌクレオチド長について数値限定のない次の「先願発明１」及び「先願発明２」である次の［先願発明］が記載されているとし、これに基づく無効理由４を主張している。
［先願発明］
　「（Ａ）ヒトジストロフィンの前駆体ｍＲＮＡのエクソン５３に隣接するエクソンを構成する塩基配列において正常な塩基配列からの塩基の欠失による塩基数の変化に起因するＤＭＤであって、該塩基数の正味の変化が（３×Ｎ＋１）個（Ｎはゼロ又は自然数）の塩基の減少として表されるものであるＤＭＤの治療剤であって、
（Ｂ−１）エクソン５３のＳＥＳに対するアンチセンスオリゴヌクレオチド（先願発明１）、又は
（Ｂ−２）配列番号２で示された塩基配列に相補的な塩基配列を含む、アンチセンスオリゴヌクレオチド（先願発明２）
を含有する上記治療剤。」
　しかしながら、先願明細書等の記載から把握し得る「先願発明１」及び「先願発明２」は、上の１．で認定した一定範囲内のヌクレオチド長のＡＯＮに係る範囲内のものであって、また、それに基づく特許法２９条の２違反の有無に係る判断についても、上の２．で述べたとおりである。
よって、無効理由４に係る請求人の上述の主張は採用できない。
４．小括
　以上１．〜３．での検討のとおりであるから、訂正発明１〜７は、いずれも、特許法第２９条の２の規定により特許を受けることができないものであるということはできず、訂正発明１〜７に係る特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し無効とすべきものである、とはいえない。
　よって、請求人の主張する無効理由４には、理由がない。
　　　
【５−６】無効理由７（甲３０を主引例とする進歩性欠如）について
１．甲３０に記載された発明
　　　
（１）　甲３０では、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエクソン５３内に存在するＳＥＳ（スプライシング促進配列）を「同定」したことが記載されており（甲３０．２、甲３０．５）、当該同定されたＳＥＳ領域が、
・「２６塩基」長であって（甲３０．３）、
　・「プリン残基（特にＡＡＧの繰り返し配列）に富んでおり、さらにウラシル基による分断が少ない」（甲３０．５）という観点を指標としてＳＥＳ候補として選択されたものであり、当該ＳＥＳの候補領域が、ｄｓｘ遺伝子のエクソン３・イントロン３・エクソン４を含むプラスミドを含むミニジーン系を用いて、
現実にＳＥＳ機能を有するものとして「同定」され
　なお、甲３０．３のミニジーン系は、種々のエクソン内部領域相当の塩基配列を上記エクソン４の下流に結合させてＨｅＬａ細胞核抽出物内で転写させることにより、それら塩基配列における上流イントロン（イントロン３）のスプライシング促進機能（即ちＳＥＳ機能）の有無及びその程度を測定するためのｉｎ　ｖｉｔｒｏアッセイ系として、本件特許出願の優先日前から当業者にとり相当程度知られた周知の系であったものと認められる（例えば、甲７や甲１７参照）。
　そして、上述のとおり、ここでいうＡＳ−ｏｌｉｇｏは、（ｉ）のようにして「同定」され、エクソン５３内に存在することが明らかにされているＳＥＳに相補的な塩基配列のものであるのだから、その化学構造（塩基配列）も、当該「同定」されたＳＥＳの塩基配列に応じて特定され、かつ製造・取得されるものであることは、甲３０の記載から自明な事項として把握できることである。
（２）　そうすると、甲３０には、次の発明：
　「　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中のエクソン５３内のスプライシング促進配列（ＳＥＳ）を標的とするＡＳ−ｏｌｉｇｏを取得する方法であって、
　次の工程１及び２：
［工程１］
　エクソン５３内から、ＳＥＳの候補となる配列領域を、次の２つの観点：
　・塩基長２６である
　・プリン残基、特にＡＡＧの繰り返し配列、に富み、かつウラシル基による分断が少ない
を指標として選択し、
　当該選択された候補となる配列領域のヌクレオチドフラグメントに対し、ショウジョウバエのｄｓｘ遺伝子のエクソン３・イントロン３・エクソン４を組み込んでなるプラスミドを含むミニジーン系を用いて、当該配列がＳＥＳであることを同定する工程；
［工程２］　当該同定されたＳＥＳに相補的な塩基配列を有するＡＳ−ｏｌｉｇｏを、製造し取得する工程；
　からなる、方法　」
（以下、単に「甲３０発明」ということがある）が記載されているものと認められる。
２．対比・判断
（１）訂正発明１について
　　　
ア　対比
　訂正発明１と甲３０発明とを対比する。
　甲３０発明の「エクソン５３内のスプライシング促進配列（ＳＥＳ）」は、訂正発明１の「エキソン５３の内部領域」に相当し、また、ここでいう「スプライシング促進配列（ＳＥＳ）」は訂正発明１の「エキソン認識配列（ＥＲＳ）」と同義である（甲１０．１）。また、当該ＳＥＳを標的とする甲３０発明のＡＳ−Ｏｌｉｇｏは、当該ＳＥＳに相補的な塩基配列を有することから、当該ＳＥＳの機能を阻害し得るものであり、訂正発明１の「アンチセンスオリゴヌクレオチド」に相当する。
　これらのことを踏まえると、両者は、
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中のエキソン５３の内部領域に相補的なヌクレオチドからなり、エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害」する、アンチセンスオリゴヌクレオチド
に関するものである点で一致する一方、次の相違点１及び２において相違する。
［相違点１］
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」が、訂正発明１では
　化学構造上
「１４〜２５個のヌクレオチドからな」り、
機能上
「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進」する
のに対し、
　甲３０発明では、ＡＳ−ｏｌｉｇｏについてそのような化学構造及び機能を併せ有することの限定はない点
［相違点２］
　訂正発明１は
　「アンチセンスオリゴヌクレオチド」により「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらしめるための「医薬」である
のに対し、
　甲３０発明は、ＡＳ−ｏｌｉｇｏを取得する方法に係る発明であって、当該ＡＳ−ｏｌｉｇｏをしてそのような薬理作用をもたらしめるための医薬に係るものではない点
イ　判断
　以下、上記相違点について検討する。
（ア）相違点１について
ａ　甲３０発明におけるＳＥＳ領域、及びそれに相補的なＡＳ−ｏｌｉｇｏの化学構造について
　甲３０では、「同定」したとされる甲３０発明のエクソン５３中のＳＥＳの塩基配列が特定されているわけではないが、当該ＳＥＳが、次の２つの観点：
　・塩基長２６である
　・プリン残基、特にＡＡＧの繰り返し配列、に富み、かつウラシル基による分断が少ない
を指標として選択された配列領域であることを踏まえれば、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中の次の塩基配列で表される２１２ｍｅｒのエクソン５３：
UUGA
AAG
AAG
AAG
AGUUGAAUGA AAUGUUA
AAG
A AG
AAG
AA GAAG
AGGUCUUAGG ACAGGCCAGA GCC
AAG
AA G
AUGCAAUCCA A
AAG
A AG
（【５−２】２．（１）ア参照）
の中から、最もＡＡＧ（上の各下線部）の繰り返しを有しており、かつＵ（ウラシル）による分断が少ない領域とみられる２６ｍｅｒの領域、例えば、上記配列中の９８−１２３塩基の領域を見出し、当該領域をＳＥＳ機能を有する配列として同定することは、甲３０に実質的に記載された範囲であるか、少なくとも甲３０の記載から当業者が容易になし得たことといえる。
　また、そうであれば、当該２６ｍｅｒのＳＥＳ領域に相補的な配列を含むＡＳ−ｏｌｉｇｏを慣用の方法で製造し取得することも、甲３０に実質的に記載された範囲であるか、少なくとも甲３０の記載から当業者が容易になし得たことといえる。
　そして、その際、
・例えば、ＳＥＳ領域のより効率的な阻害を企図して、当該２６ｍｅｒのＳＥＳ領域の中でもＳＥＳ機能の発揮において重要な領域部分を更に調査し、当該部分に対し相補的な（即ち２５ｍｅｒかそれ未満のヌクレオチド長の）ＡＳ−ｏｌｉｇｏを得ることは、当業者が必要に応じ検討しかつ行い得た範囲の事項といえること；　及び
・甲３０発明のＡＳ−Ｏｌｉｇｏのようなアンチセンスオリゴヌクレオチドとしては、典型的には１５〜２０ｍｅｒ程度のものが採用され得ることもまた、本件特許出願の優先日前、当業者にとり周知であったこと（甲３４．１〜甲３４．３）；
を踏まえれば、甲３０発明のＡＳ−Ｏｌｉｇｏとして、ヌクレオチド長が２６ｍｅｒ未満の、例えば１５〜２０ｍｅｒか１５〜２５ｍｅｒ程度のものを製造し取得することは、当業者にとり容易になし得たことである。
　なお、ＡＳ−ｏｌｉｇｏをＲＮＡ形態のものとしたり、ヌクレアーゼ耐性を高めるために周知の２’−Ｏ−メチル化修飾を行ったりすることも、例えば甲８（甲８．４）に記載されたＡＯＮの例に基づいて、当業者が併せて適宜検討しかつ採用し得た設計事項の範囲内である。
ｂ　甲３０発明のＡＳ−ｏｌｉｇｏの機能について
（ア）ａで述べたようにして製造・取得されるＡＳ−ｏｌｉｇｏは、エクソン５３内の
ＳＥＳ機能（即ち、スプライシング促進機能）を現実に有することが「同定」された配列領域を標的とするものであって、現実に「同定」された当該ＳＥＳ領域を阻害する機能を有するものである。
　そして、当該ＳＥＳは、ＥＲＳ（エキソン認識配列）と同義の配列領域である（甲１０．１）から、上述のエクソン５３内の配列領域が有するＳＥＳ機能とは、本件特許明細書の【０００６】にいう「ＥＩＳ」の好ましい態様であるＥＲＳ（本件特許明細書【００１０】）が有する機能、即ち、イントロンのスプライシング機構を補助しエキソン５３のジストロフィン成熟ｍＲＮＡへの封入を補助する機能に他ならない。
　そうすると、甲３０発明のＡＳ−ｏｌｉｇｏは、エクソン５３内のＳＥＳ（ＥＲＳ）機能を阻害する機能を有していることから、上記スプライシング機構に対する遮蔽機能、及び、エクソン５３のジストロフィンｍＲＮＡ前駆体から成熟ｍＲＮＡへの封入の排除機能を有しているものと推認される。
（イ）相違点２について
　ａ　甲３０では、甲３０発明の方法により取得されたＡＳ−ｏｌｉｇｏを、エクソン５２（１１８塩基）又はエクソン５０〜５２（４６０塩基）の欠失によりアミノ酸読み取り枠のずれを生じているジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を有するヒトのＤＭＤ症例の細胞において、エクソン５３のスキッピングにより上記読み取り枠のずれを修復してジストロフィンタンパク質を誘導する治療戦略のために使用し得ることが予期される旨、併せて示唆されている（甲３０．６）。
　してみれば、かかる示唆に基づいて、甲３０発明のＡＳ−ｏｌｉｇｏを医薬として製剤化し、ＤＭＤ症例の細胞に導入することで、（ア）ｂのスプライシング機構に対する遮蔽機能及びエクソン５３のジストロフィンｍＲＮＡ前駆体から成熟ｍＲＮＡへの封入の排除能を発揮せしめることにより、当該細胞におけるジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御してアミノ酸読み取り枠を修復し、ジストロフィンタンパク質を誘導するために用いてみることもまた、当業者にとり容易に想到し得たことである。
ｂ　なお、甲３０では、甲３０発明の方法で取得されたＡＳ−ｏｌｉｇｏを、実際に甲３０．６で例示されるＤＭＤ患者の筋細胞へ投与することにより、同筋細胞においてジストロフィンｍＲＮＡ前駆体からのエクソン５３の排除を促進せしめることでエクソン５３をスキッピングさせ、同筋細胞においてアウトフレーム状態にあったジストロフィン成熟ｍＲＮＡをインフレーム化し、当該インフレーム化した成熟ｍＲＮＡの翻訳によりＢＭＤ患者相当のジストロフィンタンパク質を産生せしめることが、現実の薬理試験結果を以て示されているわけではない。
　しかしながら、甲３０では、甲３０発明のＡＳ−ｏｌｉｇｏの標的である
エキソン５３内に
　・２６ｍｅｒであって
　・プリン残基、特にＡＡＧの繰り返し配列、に富み、かつウラシル基による分断が少ない　
領域が
現実にＳＥＳとしての機能を有する配列領域として存在すること
現実の試験により「同定」し得ている
ＳＥＳ機能を有する領域として実存することが明らかにされた配列領域
　また、甲３０の背景である、エクソン５３と同じジストロフィンエクソンの１個であるエクソン１９のスキッピング（甲３０．２、甲３０．６）に関しては、本件特許出願の優先日前、次の（ａ）及び（ｂ）の技術開発の経緯が知られていたものと認められる。
　（ａ）　ＤＭＤ症例の一種であるジストロフィン神戸の遺伝子解析を契機として見出された、エクソン１９内の３１ｍｅｒの領域が、現実にＥＲＳ（即ちＳＥＳ）としての機能を有することが、甲３０．３、甲７や甲１７に記載されたものと類似のＨｅＬａ細胞核抽出物内でのミニジーンアッセイ系を用いて確認され（甲８．５）、また、当該ＥＲＳにを標的とするＡＯＮが当該ＥＲＳ領域のスプライシング機能をｉｎ　ｖｉｔｒｏで阻害したことが確認された（甲８．６）。
　（ｂ）　当該エクソン１９内のＥＲＳを標的とするＡＯＮを、
　　・ヒトリンパ芽球細胞（甲９）、
　　・ｍｄｘマウス（ＤＭＤのモデルマウス）（甲１２）、
　　・エクソン２０に欠失を有するＤＭＤ症例の培養筋細胞（甲１１）
のそれぞれに導入したところ、いずれもエクソン１９のスキッピングが確認された。
　特に、甲１１では、エクソン２０に欠失を有する
ＤＭＤ症例の筋細胞
現実のジストロフィンタンパク質の発現が認められたことが示された
　そして、甲３０では、
甲１１のＤＭＤ症例の筋細胞中でのエクソン１９のスキッピングの成功例により集約される
　これら（ａ）及び（ｂ）の事情を併せ考慮すれば、例えば甲３０．６に例示されるＤＭＤ患者由来の筋細胞に対し、エクソン５３の内部領域中のＳＥＳ機能を有する領域であることが予め同定されている配列領域に相補的なＡＳ−ｏｌｉｇｏを同様に投与することにより、上述のエクソン１９のスキッピングに係る試験結果と同様に、エクソン５３内のＳＥＳ領域が当該ＡＯＮにより相応の阻害を現実に受ける蓋然性が高く、また、そうであれば、同阻害による有意なエクソン５３のスキッピングが生じることに伴って、ジストロフィン成熟ｍＲＮＡにおいてリーディングフレームのずれが正常化されて相応のジストロフィンタンパク質の有意な産生が得られることも、当業者であれば無理なく予期し得たことといえる。
（ウ）訂正発明の効果について
　【５−３】〜【５−４】で述べたとおり、本件特許明細書及び図面中には、訂正発明に規定される「エキソン５３の内部領域」の、ＥＩＳ機能を有するＥＲＳやその他の「プリン塩基に富」む特異的な配列領域、当該特異的な配列領域を標的とするＡＯＮ、並びに、当該ＡＯＮをジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御しジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するという薬理作用に使用すること等についての、具体的な開示及び裏付けは一切認められない。
　即ち、本件特許明細書又は図面中では、訂正発明１のＡＯＮが標的とする「エキソン５３の内部領域」として、本件特許明細書の【０００６】等で挙げられている「ＥＩＳ機能」において上述の甲３０や甲７〜１２、１７、３４のいずれかに記載乃至示唆される範囲を超えた、予想外の特異的な配列領域が示されているものとも認められない。また、そもそも、本件特許明細書又は図面においては、エキソン５３の内部領域中に、甲３０で同定されているＳＥＳ（＝ＥＲＳ）領域のような上記ＥＩＳ機能を有する特異的な配列領域が現実に存在することすら、実証もされていなければ理論的に証明されてもいない。
　してみれば、このような本件特許明細書及び図面の記載に基づくことにより、訂正発明１に係る医薬が甲３０や甲７〜１２、１７、３４のいずれかに記載乃至示唆される範囲を超えて予想外の効果をもたらすものである、と判断することはできない。
（エ）　したがって、訂正発明１は、甲３０に記載された発明及び甲３０、甲１１の記載に基づいて、若しくは、甲３０に記載された発明並びに甲３０、甲１１の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４のいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　　　
（２）　訂正発明２について
　　　
ア　対比
　（１）アで述べた点を踏まえつつ、訂正発明２と甲３０発明とを対比するに、両者は
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中のエキソン５３の内部領域のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を相補的な」アンチセンスオリゴヌクレオチド
に関するものである点で一致する一方、
次の相違点１’、相違点２’及び相違点３において相違する。
［相違点１’］
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」が、訂正発明２では
　化学構造上
「２０〜２５個のヌクレオチドからな」り、
機能上
「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進」する
のに対し、
　甲３０発明では、ＡＳ−ｏｌｉｇｏについてそのような化学構造及び機能を併せ有することの限定はない点
［相違点２’］
　訂正発明１は
　「アンチセンスオリゴヌクレオチド」により「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」という薬理作用をもたらしめるための「医薬」である
のに対し、
甲３０発明は、ＡＳ−ｏｌｉｇｏを取得する方法に係る発明であって、当該ＡＳ−ｏｌｉｇｏをしてそのような薬理作用をもたらしめるための医薬に係るものではない点
［相違点３］
　訂正発明２では、「スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしている」のに対し、
　甲３０発明では、そのような限定はない点
イ　判断
　相違点１’については、（１）のイ（ア）で相違点１について述べたのと同様の理由により、また、相違点２’については、（１）のイ（イ）で相違点２について述べたのと同様の理由により、いずれも甲３０に記載された発明及び甲３０、甲１１の記載に基づいて、若しくは、甲３０に記載された発明並びに甲３０、甲１１の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４のいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易になし得たことである。
　また、相違点３に関し、（１）のイ（イ）ａで述べたように、甲３０．６の示唆に従って甲３０発明のＡＳ−ｏｌｉｇｏを「エクソン５２の欠失（１１８塩基）あるいは５０−５２の欠失（４６０塩基）のＤＭＤの症例」の各筋細胞へ導入することにより、当該各筋細胞内でｉｎ−ｆｒａｍｅ化されたｍＲＮＡから翻訳産生されてなるジストロフィンタンパク質は、正常なジストロフィンタンパク質より短い
ベッカー型筋ジストロフィー（ＢＭＤ）
変異
機能
　したがって、訂正発明２は、甲３０に記載された発明及び甲３０、甲１１の記載に基づいて、若しくは、甲３０に記載された発明並びに甲３０、甲１１の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４、４３のいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　　　
（３）訂正発明３について
　（１）ア及び（２）アで述べた点を踏まえつつ、訂正発明３と甲３０発明とを対比するに、両者は
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体中のエキソン５３の内部領域に相補的なヌクレオチドからなり、エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害」する、アンチセンスオリゴヌクレオチド
に関するものである点で一致する一方、
（２）アの相違点１’、相違点２’、及び、次の相違点３’において相違する。
［相違点３’］
　訂正発明３では、「スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていることを特徴とし、該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質である」
のに対し、
　甲３０発明では、そのような限定はない点
　しかしながら、相違点１’及び相違点２’については（２）イで述べたとおりであるし、相違点３’についてもまた、（２）イで相違点３について述べたのと同様の理由により、実質的な相違点ではないか、例えそうでなくとも、そのようなｍＲＮＡ及びジストロフィンタンパク質とすることは、甲４３の記載をも併せ踏まえつつ当業者が容易になし得たことである。
　したがって、訂正発明３もまた、甲３０に記載された発明及び甲３０、甲１１の記載に基づいて、若しくは、甲３０に記載された発明並びに甲３０、甲１１の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４、４３のいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　　　
（４）訂正発明４について
　訂正発明４と甲３０発明とを対比するに、（１）ア及び（２）ア、並びに、甲３０発明のＳＥＳはプリン残基に富んだ（甲３０．３、甲３０．５）スプライシング促進作用を有する配列領域であって、訂正発明４の「プリン塩基に富んだエキソンのスプライシング制御に係る機能を有する配列」に相当することを踏まえると、両者は
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域のプリン塩基に富んだエキソンのスプライシング制御に係る機能を有する配列に相補的な」アンチセンスオリゴヌクレオチド
に関するものである点で一致する一方、
（２）アの相違点１’、相違点２’及び次の相違点３”において相違する。
［相違点３”］
　訂正発明４では、「スプライシングによって得られるｍＲＮＡが、機能性ジストロフィンタンパク質をコードしていること、該機能性ジストロフィンタンパク質が、変異ジストロフィンタンパク質または正常ジストロフィンタンパク質であること、および該変異ジストロフィンタンパク質が、ベッカー型筋ジストロフィー患者のジストロフィンタンパク質と同等であること」が規定されている
のに対し、
　甲３０発明では、そのような限定はない点
　しかしながら、相違点１’及び相違点２’については（２）イで述べたとおりであるし、相違点３”についてもまた、（２）イで相違点３について述べたのと同様の理由により、実質的な相違点ではないか、例えそうでなくとも、そのようなｍＲＮＡ及びジストロフィンタンパク質とすることは、甲４３の記載をも併せ踏まえつつ当業者が容易になし得たことである。
　したがって、訂正発明４もまた、甲３０に記載された発明及び甲３０、甲１１の記載に基づいて、若しくは、甲３０に記載された発明並びに甲３０、甲１１の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４、４３のいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
　　　
（５）訂正発明５について
　訂正発明５は、ＡＯＮを放出することが可能な「核酸運搬体」に係る発明であるところ、ここでいうＡＯＮは、その化学構造、機能及び薬理作用において、訂正発明１又は２のＡＯＮと同様のものと認められる。
　そして、例えば「リポフェクタミン」や「リポフェクチン」といった、遺伝子の細胞内導入に用いられる運搬体は、当業者にとり周知のものである（例えば甲９．４、甲１１．３、甲１２．３）ことから、甲３０発明のＡＳ−ｏｌｉｇｏを使用する際、例えばそれら「リポフェクタミン」又は「リポフェクチン」にＡＳ−ｏｌｉｇｏを放出することが可能に担持又は内包させて投与することもまた、当業者にとり容易になし得たことである。
　その余の点については、訂正発明１〜４のＡＯＮに係る相違点について（１）〜（４）で述べたのと同様である。
　したがって、訂正発明５もまた、甲３０に記載された発明及び甲３０、甲１１の記載に基づいて、若しくは、甲３０に記載された発明並びに甲３０、甲１１の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４、４３のうちいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである
（６）訂正発明６、７について
　訂正発明６は、訂正発明５に係る医薬の製造におけるＡＯＮの使用に係る発明であって、当該ＡＯＮは、その化学構造、機能及び薬理作用において、訂正発明５のＡＯＮと同様のものと認められる。
　また、訂正発明７は、訂正発明１に係る医薬と同じ医薬用途の医薬の製造における、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞内でＡＯＮを放出することが可能な核酸運搬体の使用に係る発明であって、当該ＡＯＮは、その化学構造、機能及び薬理作用において、訂正発明５のＡＯＮと同等のものであり、当該核酸運搬体もまた訂正発明５のそれと同様のものと認められる。
　
　そうすると、訂正発明５について（５）で述べたのとで述べたのと同様の理由により、訂正発明６、７のいずれもまた、甲３０に記載された発明及び甲３０、甲１１の記載に基づいて、若しくは、甲３０に記載された発明及び甲３０、甲１１の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４、４３のうちいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
３．被請求人の主張について
　　　
（１）被請求人の主張の概要
　被請求人は、無効理由７に関し、答弁書、［被請］陳述要領書及び［被請］上申書において、概要次のア及びイの主張をし、無効理由７がないことを主張している。
ア　甲３０について
　次の事項：
・甲３０（＝乙２）は、エクソン５３内のＳＥＳ候補配列をｄｓｘ遺伝子のミニジーン系を用いて試験したことが記載されているだけで、当該ＳＥＳ候補配列を標的とするＡＯＮを用いてエキソンスキッピングを行った結果について開示するものではなく；　また、「以前より我々はエクソン１９内にＳＥＳが存在し、さらにそのＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏによりエクソン１９のスキッピングを誘導し得ることを報告してきた。
同様のことが今回同定したＳＥＳにおいても可能であるとすると、例えば
・甲３０は学会抄録（乙２）であって、ＳＥＳ候補の具体的な配列やｄｓｘミニジーン系におけるイントロンのスプライシング促進効果の程度等の実験の詳細について十分に開示するものではないこと；
・甲１０や甲４０には、甲３０で使用されたミニジーン系がインビボでの現象を忠実に再現するものではないことが記載されていること、また、筋細胞以外の細胞を用いたＡＯＮによるエキソンスキッピングの実験結果は、当該ＡＯＮを用いてＤＭＤ患者の筋細胞においてジストロフィンタンパク質を有効に合成し得ることや、当該ＡＯＮをＤＭＤの治療薬として用い得ることを裏付けるものではないこと；
を考慮すると、甲３０は、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬；や、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３のＳＥＳに相補的なヌクレオチドを含有し、且つ、筋肉細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する、ＡＯＮ；を、何ら具体的に開示するものではない。
　なお、本件特許と関連する欧州特許ＥＰ２６０２３９２の異議申立手続においても、欧州特許庁により同様の判断がなされている（乙１９）。
イ　訂正発明の効果について
　訂正発明は、エキソン１９以外のエキソンをスキップすることでＤＭＤ型筋ジストロフィーを治療するための医薬を提供できるという、甲３０の記載から当業者が予測し得る範囲を超えた効果を有するものである。
（２）主張に対する判断
（主張アについて）
　２．（１）イ（ア）で述べたとおり、甲３０発明におけるエクソン５３内のＳＥＳ領域は、甲３０の記載から実質的に特定されているか、少なくとも甲３０の記載に基づいて当業者が容易に特定し得たものである。また、当該ＳＥＳ機能を有することが現実に同定された領域の塩基配列に基づき製造・取得される、当該ＳＥＳ領域を標的とするＡＳ−ｏｌｉｇｏであれば、当該領域によるスプライシング促進機能、及びエクソン５３のジストロフィンｍＲＮＡ前駆体から成熟ｍＲＮＡへの封入機能に対して、有意な阻害機能を有するものと推認されること；　また、そのようなＡＳ−ｏｌｉｇｏを、近接エクソンに欠失を有するＤＭＤ症例の筋細胞に対して投与してみることもまた、甲３０．６の示唆に基づき、当業者であれば容易に想到し得たであろうと考えられる。
　そしてその際、
　・甲３０発明の方法により製造・取得されるＡＯＮが具備しているものと推認される化学構造、機能及び予期される薬理作用についての検討及び説示事項（２．（１）イ（ア）〜イ（イ）ａ〜ｂ（ａ））；
　・甲１１に集約される、エクソン１９のＳＥＳ領域を標的とするＡＯＮによるＤＭＤ患者筋細胞内でのエクソン１９のスキッピングの成功に至る、甲１１及び甲７〜１０、１２、１７に記載された技術事情が存在すること、及び、甲３０の甲３０．６の示唆はそれらの技術事情を踏まえたものと理解できること（（１）イ（イ）ｂ（ｂ））；
を併せ考慮すれば、例えば甲３０．６に例示されるＤＭＤ患者由来の筋細胞に対し、エクソン５３の内部領域中の
ＳＥＳ機能を有する実存する領域として予め同定された甲３０のＳＥＳ
　なお、訂正発明についての甲３０を引用したＥＰＯにおける判断（乙１９）の内容は、上述の本項１．〜２．の判断、及び、本審決中のその他の項における当合議体の判断を、何ら拘束するものではない。
（主張イについて）
　（１）イ（ウ）で【５−３】〜【５−４】を引用しつつ述べたとおり、本件特許明細書及び図面中には、訂正発明に規定される「エキソン５３の内部領域」の、「ＥＩＳ機能」を有するＥＲＳ又はそれに相当する「プリン塩基に富」む特異的な配列領域、当該特異的な配列領域を標的とするＡＯＮ、並びに、当該ＡＯＮをジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御しジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するという薬理作用に使用すること等についての、具体的な開示及び裏付けは一切認められない。
　即ち、本件特許明細書又は図面中では、訂正発明１のＡＯＮが標的とする「エキソン５３の内部領域」として、本件特許明細書の【０００６】で挙げられている「ＥＩＳ機能」において上述の甲３０や甲７〜１２、１７、３４、４３のいずれかに記載乃至示唆される範囲を超えた、予想外の特異的な配列領域が示されているものとも認められないし、そもそも、本件特許明細書又は図面においては、エキソン５３の内部領域中に、甲３０で同定されているＳＥＳ（＝ＥＲＳ）領域のような上記ＥＩＳ機能を有する特異的な配列領域が現実に存在することすら、実証もされていなければ理論的に証明されてもいない。
　してみれば、このような本件特許明細書及び図面の記載に基づくことにより、訂正発明１に係る医薬が甲３０や甲７〜１２、１７、３４、４３のいずれかに記載乃至示唆される範囲を超えて予想外の効果をもたらすものである、と判断することはできない。
　そうすると、被請求人の主張イは何ら本件特許明細書の記載に基づくものではなく、失当であることは明らかである。
　よって、被請求人による上述の主張ア及びイは、いずれも採用できるものではない。
４．小括
　以上１．〜３．での検討のとおりであるから、訂正発明１〜７は、いずれも、特許法第２９条の２の規定に基づいて特許を受けることができないものであり、訂正発明１〜７に係る特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきものである。
　よって、請求人の主張する無効理由７には、理由がある。
　　　
【５−７】無効理由５（甲１１を主引例とする進歩性欠如）について
１．甲１１に記載された発明
　甲１１．３〜甲１１．４によれば、エクソン１９のＳＥＳ（＝ＥＲＳ。甲１０．１）を標的とするＡＳ−ｏｌｉｇｏを用いて、ＤＭＤ症例からの筋細胞内でのエクソン１９のスキッピング及びそれに伴う該細胞内でのジストロフィンタンパク質の誘導が現実にもたらされたこと、及び、該ＡＳ−ｏｌｉｇｏがエクソン１９のスキッピング及びそれに伴うジストロフィンタンパク質の誘導のための治療法において有効であることを、把握することができる。
　そうすると、甲１１には、次の発明：
　「　エクソン１９のスプライシング促進配列（ＳＥＳ）に対するＡＳ−ｏｌｉｇｏを含む、エクソン２０に欠失を有するＤＭＤ症例の筋細胞においてジストロフィンタンパク質の発現をもたらす治療法に用いるための治療剤であって、
　ＡＳ−ｏｌｉｇｏをリポフェクチン法により上記筋細胞内に導入することにより、エクソン１９のスキッピングを誘導してジストロフィン遺伝子のアミノ酸読み取り枠のずれを修復し、ジストロフィンタンパク質の発現をもたらしめる、治療剤　」
（以下、単に「甲１１発明」ということがある）が記載されているものと認められる。
２．対比・判断
（１）訂正発明１について
ア　対比
　訂正発明１と甲１１発明とを対比する。
　甲１１発明の「エクソン１９のスプライシング促進配列（ＳＥＳ）」は、訂正発明１の「エキソン５３の内部領域」に相当し、また、ここでいう「スプライシング促進配列（ＳＥＳ）」は訂正発明１の「エキソン認識配列（ＥＲＳ）」と同義である（甲１０．１）。また、当該ＳＥＳを標的とする甲１１発明のＡＳ−Ｏｌｉｇｏは、当該ＳＥＳに相補的な塩基配列を有することから、当該ＳＥＳの機能を阻害し得るものであり、訂正発明１の「アンチセンスオリゴヌクレオチド」に相当する。
　また、甲１１発明における「エクソン１９のスキッピングを誘導してジストロフィン遺伝子のアミノ酸読み取り枠のずれを修復し、ジストロフィンタンパク質の発現をもたらしめる」ことは、訂正発明１の「アンチセンスオリゴヌクレオチド」の「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能を以て「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生する」ことに相当する。
　以上の点を踏まえると、両者の一致点及び相違点は、それぞれ次のとおりである。
［一致点］
　「　ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための医薬であって、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソンの内部領域に相補的なヌクレオチドからなり、エキソンのエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害し、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする医薬　」
［相違点］
　「アンチセンスオリゴヌクレオチド」が、訂正発明１では
　化学構造上
　「エキソン５３の内部領域に相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり」、
　機能上
　「エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害し」、且つ「エキソン５３のスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する」機能を有する
　ものである
のに対し、甲１１発明では、
　化学構造上
　「エキソン１９」のＥＲＳに相補的なヌクレオチドを有し、
　機能上
　「エキソン１９」のＥＲＳを特異的に阻害し
　「エキソン１９」のスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進する機能を有する
　ものである点
　即ち、両者は、ＡＯＮの標的に関し、
　訂正発明１では、「エキソン５３（の内部領域）」を標的としているのに対し、
　甲１１発明では、「エキソン１９（の内部領域）」を標的としている、
という点において相違している、ともいえる。
イ　判断
（ア）（相違点について）
ａ　甲１１には、同号証記載のエクソン１９のＳＥＳを標的とするＡＳ−ｏｌｉｇｏを用いたエクソン１９のスキッピングに関する技術を、エクソン５３のＳＥＳを標的としたエクソン５３のスキッピングに応用することを具体的に記載乃至示唆する記載はない。
　しかしながら、【５−６】２．（１）イ（イ）ｂ（ｂ）等で説示したとおり、甲３０では、甲１１や甲８、９、１２等に示されるエクソン１９内のＳＥＳ領域を標的とするエクソンスキッピングの技術開発の踏まえた上で、エクソン５３内のＳＥＳを標的とするＡＳ−ｏｌｉｇｏを同様に用いれば、上述のエクソン１９内のＥＲＳを標的とするＡＯＮを導入した場合と同様に、ヒトＤＭＤ症例の筋細胞のジストロフィンｍＲＮＡ前駆体においてエクソン５３のスキッピング、及びそれに伴うジストロフィンタンパク質の発現が見込まれることを述べているものと解される（甲３０．２、甲３０．６）。　
そして、甲３０では、エクソン５３のスキッピングを行う際のＡＳ−ｏｌｉｇｏの標的となる、エクソン５３内のＳＥＳ領域が現実に存在することを見出し、当該ＳＥＳ領域を「同定」し得ているのである（甲３０．３〜甲３０．５）。
　してみると、要すれば、甲８、９及び１２や、甲３０及び甲８で採用されているのと同様のミニジーン系を用いたＳＥＳ領域測定のためのアッセイ法を教示する甲７、１７の記載を踏まえつつ、これら甲１１及び甲３０の記載を併せみた当業者であれば、甲１１発明に係るエクソン１９のＳＥＳを標的としたエクソン１９のスキッピングに関する技術を、エクソン５３のＳＥＳを標的としたエクソン５３のスキッピングのために応用してみることは、容易に想到し得たことといえる。また、そうすることで、甲１１のエクソン１９のスキッピング結果と同様の結果が見込まれることは、当業者であれば無理なく予期し得たことである。
ｂ　そして、その際、甲３０記載のＡＳ−Ｏｌｉｇｏとして、ヌクレオチド長が２６ｍｅｒ未満の、例えば１５〜２０ｍｅｒか１５〜２５ｍｅｒ程度のものを製造し取得することが、要すれば甲３４や甲８に例示される周知の事項を勘案しつつ当業者にとり容易になし得た範囲の事項であることは、【５−６】２．（１）イ（ア）ａで述べたとおりである。
（イ）（訂正発明の効果について）
　そして、【５−６】２．（１）イ（ウ）等で述べたとおり、本件特許明細書及び図面の記載からでは、訂正発明１に係る医薬が、上述の甲１１、甲３０や甲７〜１０、１２、１７、３４のいずれかに記載乃至示唆される範囲を超えて予想外の効果をもたらすものである、と判断することはできない。
ウ　まとめ
　したがって、訂正発明１は、甲１１に記載された発明及び甲１１、甲３０の記載に基づいて、若しくは、甲１１に記載された発明並びに甲１１、甲３０の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４のうちいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
（２）　訂正発明２〜４について
　訂正発明２〜４では、ＡＯＮについて、その標的がエキソン５３の内部領域の「ＥＲＳ」（訂正発明２、３）又は「プリン塩基に富んだエキソンのスプライシング制御に係る機能を有する配列」（訂正発明４）である点において、訂正発明１のＡＯＮと共通している。
　そうすると、訂正発明２〜４と甲１１発明を対比するに、両者は、訂正発明１について（１）アで述べたのと同様の相違点、即ち、
　訂正発明２〜４では、エキソン５３の内部領域を標的としているのに対し、
　甲１１発明では、エキソン１９の内部領域を標的としている、
という点において、主に相違する。
　そして、この相違点については、訂正発明１の甲１１発明との相違点（（１）ア）について（１）イ（ア）ａで述べたのと同様に、要すれば甲８、９及び１２や、甲３０で採用されているのと同様のミニジーン系を用いたＳＥＳ領域測定のためのアッセイ法を教示する甲７、１７の記載を踏まえつつ、甲１１発明に係るエクソン１９のＳＥＳを標的としたエクソン１９のスキッピングに関する技術を、甲３０の記載に基づきエクソン５３のＳＥＳを標的としたエクソン５３のスキッピングのために応用してみることは、容易に想到し得たことといえ、また、そうすることで、甲１１のエクソン１９のスキッピング結果と同様の結果が見込まれることは、当業者であれば無理なく予期し得たことである。そしてその際、エクソン５３のＳＥＳ（ＥＲＳ）領域を標的とするＡＯＮのヌクレオチド長を２０〜２５ｍｅｒ程度としたり化学修飾を施したりすることもまた、訂正発明１について（１）イ（ア）ｂで述べたのと同様に、要すれば甲３４や甲８に例示される周知の事項を勘案しつつ、当業者にとり容易になし得た範囲の事項である。
　
　さらに、そのようにして得られるエクソン５３のＳＥＳ（ＥＲＳ）領域を標的とするＡＯＮを、甲３０．６の示唆に従って「エクソン５２の欠失（１１８塩基）あるいは５０−５２の欠失（４６０塩基）のＤＭＤの症例」の各筋細胞へ導入することにより当該各筋細胞内で産生されてなるジストロフィンタンパク質が、正常なジストロフィンタンパク質より短い
ベッカー型筋ジストロフィー（ＢＭＤ）
変異
機能
　したがって、訂正発明２〜４のいずれもまた、甲１１に記載された発明及び甲１１、甲３０の記載に基づいて、若しくは、甲１１に記載された発明並びに甲１１、甲３０の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４、４３のうちいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
（３）訂正発明５について
　訂正発明５は、ＡＯＮを放出することが可能な「核酸運搬体」に係る発明であるところ、ここでいうＡＯＮは、その化学構造、機能及び薬理作用において、訂正発明１又は２のＡＯＮと同様のものと認められる。
　そして、「リポフェクタミン」又は「リポフェクチン」といった、遺伝子の細胞内導入に用いられる運搬体は、甲１１に記載されている（甲１１．３）他、例えば甲９．４や甲１２．３の記載にもみられるとおり、当業者にとり周知のものであることから、例えば（１）イ（ア）ａ等で述べたようにして取得されるエキソン５３の内部領域を標的とするＡＳ−ｏｌｉｇｏを使用する際、例えばそれら「リポフェクタミン」又は「リポフェクチン」にＡＳ−ｏｌｉｇｏを放出することが可能に担持又は内包させて投与することもまた、当業者にとり容易になし得たことである。
　その余の点については、訂正発明１〜４について上記（１）〜（２）で述べたのと同様である。
　したがって、訂正発明５もまた、、甲１１に記載された発明及び甲１１、甲３０の記載に基づいて、若しくは、甲１１に記載された発明並びに甲１１、甲３０の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４、４３のうちいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
（４）訂正発明６、７について
　訂正発明６は、訂正発明５に係る医薬の製造におけるＡＯＮの使用に係る発明であって、当該ＡＯＮは、その化学構造、機能及び薬理作用において、訂正発明５のＡＯＮと同様のものと認められる。
　また、訂正発明７は、訂正発明１に係る医薬と同じ医薬用途の医薬の製造における、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有する細胞内でＡＯＮを放出することが可能な核酸運搬体の使用に係る発明であって、当該ＡＯＮは、その化学構造、機能及び薬理作用において、訂正発明５のＡＯＮと同等のものであり、当該核酸運搬体もまた訂正発明５のそれと同様のものと認められる。
そうすると、訂正発明５について（３）で述べたのとで述べたのと同様の理由により、訂正発明６、７のいずれもまた、甲１１に記載された発明及び甲１１、甲３０の記載に基づいて、若しくは、甲１１に記載された発明及び甲１１、甲３０の記載、及び甲７〜１０、１２、１７、３４、４３のうちいずれか１又は２以上の記載に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
３．被請求人の主張について
（１）被請求人の主張の概要
　被請求人は、無効理由５に関し、答弁書、［被請］陳述要領書及び［被請］上申書において、
ア　甲３０について、【５−６】３．と同様の主張を行った上で；　
概要次のイ及びウ：
イ　甲１１には、同号証の知見をエクソン１９以外のエクソンにまで一般化させる示唆はないこと；
ウ　エクソン１９以外のエクソンをスキップすることでＤＭＤ型筋ジストロフィーを治療するための医薬を提供できるという効果は、甲１１の記載から当業者が予想し得る範囲を超えたものであること；
を述べることにより、無効理由５は理由がないことを主張している。
（２）主張に対する判断
　・主張アについては、【５−６】３．で述べたとおりであること；
　・主張イについては、甲１１発明と甲１１及び甲３０の記載、並びに、要すれば甲７〜１０、１２、１７、３４、４３のうちいずれか１又は２以上の記載を組み合わせることに特段の困難性がないことは、本項の２．（１）イ（ア）ａ等で説示したとおりであること；
　・主張ウについては、本項の２．（１）イ（ウ）や【５−６】３．等で述べたとおり、本件特許明細書の記載を以て「エクソン１９以外のエクソン」である訂正発明に係る「エキソン５３」を「スキップすることでＤＭＤ型筋ジストロフィーを治療するための医薬を提供でき」ているとはいえず、当該主張ウは何ら本件特許明細書の記載に裏付けられた事項ではないこと；
から、無効理由５に関する被請求人の上述の主張は、いずれも採用の限りではない。
４．小括
　以上の検討のとおりであるから、訂正発明１〜７は、いずれも、特許法第２９条第２項の規定に基づいて特許を受けることができないものであり、本件発明１〜７に係る特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきものである。
　よって、請求人の主張する無効理由５には、理由がある。
　　　
【５−８】無効理由８（甲９を主引例とする進歩性欠如）について
１．甲９に記載された発明
　摘記甲９．４〜甲９．６によれば、甲９には、次の発明：
　「ＥＢＶにより形質転換された、正常男性から樹立された、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒトリンパ芽球細胞において、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御するための組成物であって、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体に含まれるエキソン１９内のＥＲＳ領域に相補的な３１個のヌクレオチドを含有し、塩基配列はＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＡＴＣＴＧＣＴＧＧＣＡＴＣＴＴＧＣＡＧＴＴであるアンチセンスオリゴヌクレオチオドを包含する組成物」
（以下、「甲９発明」ということがある）が記載されているものと認められる。
２．対比・判断
（１）訂正発明１について
ア　対比
　訂正発明１と甲９発明とを対比する。
　甲９発明の「エクソン１９内のＥＲＳ領域」が訂正発明１の「エキソン５３の内部領域」に相当することを踏まえると、両者の一致点及び相違点は、それぞれ次のとおりである。
［一致点］
「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソンの内部領域に相補的な、且つ該細胞内で該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進するアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含することを特徴とする組成物」
［相違点］
［相違点１］
訂正発明１が
　「アンチセンスオリゴヌクレオチド」を以て「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための」医薬用途に係るものである；
のに対し、甲９発明は
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」を以て「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒトリンパ芽球細胞において、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御するための」ものであって、「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための」医薬用途に係るものであるジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための」医薬用途に係るものではない点
［相違点２］
　「アンチセンスオリゴヌクレオチド」が、訂正発明１では
　化学構造上
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体またはその一部分に含まれるエキソン５３の内部領域に相補的な１４〜２５個のヌクレオチドからなり」、
　機能上
　「エキソン５３のエキソン認識配列（ＥＲＳ）を特異的に阻害」し、且つ
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞」内で「該エキソンのスプライシング機構からの遮蔽および該エキソンのｍＲＮＡ前駆体からの排除を促進」する機能を有する
物であるのに対し、甲９発明では
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体に含まれるエキソン１９内のＥＲＳ領域に相補的な３１個のヌクレオチドを含有し、塩基配列はＧＣＣＴＧＡＧＣＴＧＡＴＣＴＧＣＴＧＧＣＡＴＣＴＴＧＣＡＧＴＴである」
物である点
イ　判断
　上記相違点１について、まず検討する。
（ア）　そもそも甲９は、エクソン１９のＥＲＳ（＝ＳＥＳ。甲１０．１）を標的とするＡＯＮを用いた、ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のエキソン１９のスキッピングに関する学術論文であり、ＤＭＤの遺伝子治療を最終目的としたものであることが記載されてはいるものの（甲９．７）、正常男性由来のヒトリンパ芽球細胞において、アンチセンスオリゴヌクレオチドによるエキソン１９のスキッピングが生じた旨の研究結果を開示するに留まり（甲９．４〜甲９．５）、実際にＤＭＤ症例の筋細胞における実験結果は何ら記載されていない。
　リンパ芽球細胞におけるエキソンスキッピングではＤＭＤ型筋ジストロフィーを治療することができるものではないから、甲９の記載からは、エクソン１９を標的とするＡＯＮをＤＭＤ患者を治療するための医薬として実際に投与できることが記載されているとまではいえない。
（イ）　してみると、エクソン１９のＳＥＳ（＝ＥＲＳ）を標的とするＡＳ−ｏｌｉｇｏを用いた、例えば、ＤＭＤ症例からの筋細胞内でのエクソン１９のスキッピング、及びそれに伴うジストロフィンタンパク質の誘導を現実にもたらしめる医薬用途に係る発明が記載されているといえる、甲１１を主引例とするのであればともかく、そのような医薬用途に係るものではない甲９発明が記載されているに留まる甲９を主引例とすることを以ては、例え甲３０中に、エクソン５３のＳＥＳに対するＡＳ−ｏｌｉｇｏの取得に係る記載、並びに、当該ＡＳ−ｏｌｉｇｏを用いたＤＭＤ症例におけるエクソン５３のスキッピング及びそれに伴うジストロフィンタンパク質の誘導のための医薬用途に係る示唆（甲３０．６）がなされていても、かかる甲３０の記載乃至示唆を併せ考慮することで、上記エクソン５３を標的とするＡＳ−ｏｌｉｇｏをそのようなエクソン５３のスキッピング及びジストロフィンタンパク質の誘導に係る医薬用途に用いることが期待できる、とまでは、当業者といえども容易に想起し得たことであるとはいえない。この点、請求人が引用する甲１１やその他の甲号証を副引例として併せ参酌しても、同様である。
ウ　したがって、相違点２について詳細に検討するまでもなく、訂正発明１は、甲９に記載された発明と甲１〜１２、１５〜１７、３０及び３４等の記載とを組み合わせることにより、当業者が容易に発明をすることができたものである、ということはできない。
（２）訂正発明２〜７について
　訂正発明２〜４は、訂正発明１と同様の、
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」を以て「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための」
医薬用途に係るものである。
　また、訂正発明５に係る核酸運搬体、訂正発明６に係るＡＯＮの使用、及び訂正発明７に係る核酸運搬体の使用に係る各発明においても、エクソン５３の一部のＥＲＳを標的とする１４〜２５個のヌクレオチドからなるＡＯＮが規定されていると共に、当該ＡＯＮを以て
　「ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体を保有するヒト細胞において、該ジストロフィンｍＲＮＡ前駆体のスプライシングを制御し、ジストロフィンタンパク質を該細胞内で産生するための」
医薬用途をもたらすものであることが規定されている。
　してみると、他の一致点／相違点について検討するまでもなく、（１）で「相違点１」について述べたのと同様の理由により、これら訂正発明２〜７のいずれもまた、甲９に記載された発明と甲１〜１２、１５〜１７、３０及び３４等の記載とを組み合わせることにより、当業者が容易に発明をすることができたものである、ということはできない。
３．小括
　以上のとおりであるから、訂正発明１〜７において、請求人の主張する無効理由８は、理由がない。
【５−９】無効理由６（優先権主張の利益を享受できないことを前提とする、甲１８に基づく新規性及び進歩性欠如）について
１．請求人の主張の概要
　無効理由６は、本件特許については優先権主張の利益を享受できない旨の請求人の主張を前提とするものであるところ、かかる主張の概要は、甲３１（基礎出願明細書等）には、本件発明のＡＯＮの標的となる「エキソン５３の内部領域」である「エキソン封入シグナル（exon inclusion signal）」（ＥＩＳ）領域として「エキソン認識配列（exon recognition sequence）」（ＥＲＳ）領域の開示がみられる一方、「非」ＥＲＳ領域についての記載はないが、本件特許明細書には、
「非」ＥＲＳ領域を
２．当合議体の判断
（１）　【第３】の本件訂正後の請求項１〜７では、その記載からみて、各ＡＯＮが標的とする「エキソン５３の内部領域」（請求項１〜４）又は「エキソン５３の一部」（請求項５〜７）については、いずれもエキソン５３内の次のア、イいずれか：
ア　「エキソン認識配列（ＥＲＳ）」（請求項１〜３、５〜７）
又は
イ　「プリン塩基に富んだエキソンのスプライシング制御に係る機能を有する配列」（請求項４）
に更に限定されているものと把握できる。
（２）　一方、【５−３】１．（１）ウでも検討したとおり、本件特許明細書中には、上のア及びイの事項に関連した、次の記載が認められる。
「　【０００６】
　上記及びその他の諸問題を克服するために、本発明はＲＮＡスプライシング反応系のｍＲＮＡ前駆体を、該ｍＲＮＡ前駆体に含まれる
少なくとも１つのエキソンが有するエキソン封入シグナル（exon inclusion signal）（ＥＩＳ）を特異的に阻害することが可能な試薬
スプライシングを制御するため
このような因子がエキソン内に存在する
スキップされるエキソン内の配列に対するアンチセンスオリゴヌクレオチド
エキソン封入シグナルと干渉して、エキソンをスプライシング機構から効果的に遮蔽することができる
スプライシング機構がスキップすべきエキソンを認識しないことによって、最終的なｍＲＮＡからエキソンが排除される。
ＥＩＳはエキソンに特異的な構造であり
本発明はこのモデルに限定されるものではない
エキソンに結合可能な試薬がＥＩＳを阻害する
エキソンのいかなる部位にも特異的に接触することができるにもかかわらず、ＥＩＳを特異的に阻害する
「　【００１０】
　本発明の
好ましい態様
エキソン封入シグナル
認識配列（exon recognition sequence）（ＥＲＳ）
このような配列は比較的プリン塩基に富み、スキップされるエキソンの配列情報を精査することで特定することが可能である
Tanakaら、1994, Mol. Cell Biol. 14: p.1347-1354
　これらの本件特許明細書の記載によれば、（１）ア、イのいずれも、【０００６】や【００１０】中で、エキソンのスプライシング制御に係る機能を有する特異的な配列領域である「エキソン封入シグナル（exon inclusion signal）（ＥＩＳ）」の好ましい例として説明がなされているものと認められる。
　（３）　そして、本件特許出願の基礎出願明細書等（甲３１）には、甲３１．１〜甲３１．３として摘記したとおりの、次の記載がみられる。
・甲３１．１（請求の範囲）
「　１．　異常型タンパク質をコードするエキソンを含むｍＲＮＡ前駆体を有する細胞に対して、該エキソンの少なくとも１つが有する
エキソン封入シグナル
細胞による異常型タンパク質の産生を少なくとも部分的に減少させるための方法。
２．　該
エキソン封入シグナル
エキソン認識配列
　・・・
１０．　目的エキソンの一部に対して相補的な核酸またはそれと同等の機能を有する分子が、該エキソンの有する
エキソン封入シグナル
　・・・　」
・甲３１．２（２頁３３行〜３頁７行）
「　上記及びその他の諸問題を克服するために、本発明は細胞内で異常タンパク質の生成を少なくとも部分的に低下させるための方法を提供し、前記細胞は前記タンパク質をコードするエキソンを含むｍＲＮＡ前駆体を含み、前記方法は、前記細胞に、前記エキソンの少なくとも１つのエキソンの
エキソン封入シグナル（exon inclusion signal）
エキソン封入シグナル（ＥＩＳ）
エキソン封入シグナル
・甲３１．３（３頁２８行〜４頁４行）
「　本発明の好ましい態様において、
エキソン封入シグナル
エキソン認識配列（exon recognition sequence）（ＥＲＳ）
は比較的プリン塩基に富み
エキソン認識配列
（４）　これら甲３１．１〜甲３１．３によれば、（２）ア、イの事項について記載された本件特許明細書のＥＩＳ領域に係る説明事項は、いずれも本件特許出願の基礎出願明細書等の記載により裏付けられていたものと認められる。
（５）　そうすると、上記（１）ア又はイの発明特定事項を含む、本件訂正後の請求項１〜７は、いずれも本件特許出願の基礎出願明細書等に記載されたものであって、そのいずれも優先権主張の利益を享受することができ、その特許法２９条第１項及び第２項の判断の基準日は、本件特許出願の優先日：２０００年９月２１日である。
　
　したがって、上記優先日より後に頒布された刊行物である甲１８を引用することにより、本件訂正後の請求項１〜７に係る発明の新規性及び進歩性を否定することはできない。
３．小括
　以上のとおりであるから、請求人のいう無効理由６は、理由がない。
　
【第６】むすび
　以上のとおり、訂正発明１〜７について、請求人の主張する無効理由１、２、５及び７には理由があり、訂正発明１〜７に係る特許はいずれも、特許法第２９条第２項、特許法第３６条第４項、及び特許法第３６条第６項第１号の規定に違反して特許されたものであるから、訂正発明１〜７に係る特許は、同法第１２３条第１項第２号及び同法同条同項第４号に該当し、無効とすべきものである。
　
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項の規定で準用する民事訴訟法第６１条の規定により、被請求人が負担すべきものとする。
　
　よって、結論のとおり審決する。