【事件の表示】
　特願２０１６−１１７７４０「配列操作のための系、方法および最適化ガイド組成物のエンジニアリング」拒絶査定不服審判事件〔平成２８年　９月１５日出願公開、特開２０１６−１６５３０７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本願は、平成２５年１２月１２日（パリ条約による優先権主張　２０１２年１２月１２日　米国、２０１３年１月２日　米国、２０１３年１月３０日　米国、２０１３年２月２５日　米国、２０１３年３月１５日　米国、２０１３年３月２８日　米国、２０１３年４月２０日　米国、２０１３年５月６日　米国、２０１３年５月２８日　米国、２０１３年６月１７日　米国、なお、２０１３年３月１５日と２０１３年６月１７日については、それぞれ同日付の異なる２つの基礎出願に基づく優先権が主張された。）を国際出願日とする特許出願である特願２０１５−５４７５７３号の一部を、平成２８年６月１４日に新たな特許出願としたものであって、その手続の経緯は以下のとおりである。
　平成２８年　８月　３日付け：拒絶理由通知書
　平成２９年　２月　８日　　：意見書、誤訳訂正書の提出
　平成２９年　４月２８日付け：拒絶査定
　平成２９年　９月１５日　　：審判請求書の提出　
　平成２９年１１月　１日　　：審判請求書を対象とする手続補正書、手続　　　　　　　　　　　　　　　補足書の提出
第２　本願発明
　本願の請求項１−２１に係る発明は、平成２９年２月８日付け誤訳訂正書による誤訳訂正後の特許請求の範囲の請求項１−２１に記載された事項により特定されるものと認めるところ、その請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりのものである。
「【請求項１】
　エンジニアリングされた、天然に存在しないクラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）−ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ）ベクター系であって、
　ａ）ガイド配列、ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列を含むＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系ポリ−ヌクレオチド配列をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメントであって、前記ガイド配列が、真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ以上の標的配列にハイブリダイズする、第１の調節エレメント、
　ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント、
　ｃ）組換えテンプレート
を含む１つ以上のベクターを含み、
　成分（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）が、前記系の同じ又は異なるベクター上に位置し、前記系が、前記Ｃａｓ９タンパク質をコードする前記ヌクレオチド配列とともに発現される１つ以上の核局在化シグナル（複数の場合も有り）（ＮＬＳ（複数の場合も有り））をさらに含み、
　それによって、前記ガイド配列が、真核細胞中の前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座を標的とし、前記Ｃａｓ９タンパク質が、前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座を開裂し、それによって、前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座の配列が、改変される、
ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓベクター系。」
第３　原査定の拒絶の理由
　原査定の拒絶の理由は、次のとおりである。
１　この出願の請求項１−２１に係る発明は、その出願の日前の外国語特許出願（特許法第１８４条の４第３項の規定により取り下げられたものとみなされたものを除く。）であって、その出願後に国際公開がされた下記の先願１の国際出願日における国際出願の明細書、請求の範囲又は図面に記載された発明と同一であり、しかも、この出願の発明者がその出願前の外国語特許出願に係る上記の発明をした者と同一ではなく、またこの出願の時において、その出願人が上記外国語特許出願の出願人と同一でもないので、特許法第２９条の２の規定により、特許を受けることができない（同法第１８４条の１３参照）。
２　この出願の請求項１−８、１２−２１に係る発明は、本願の優先日前に頒布された刊行物である下記の引用文献２に記載された発明及び周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
先願１　　：ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０７３３０７号（国際公開第２０１４　　　　　　／０８９２９０号、特表２０１６−５０２８４０号公報）
引用文献２：Science, Aug 2012, Vol.337, p.816-821, Supplementary 
　　　　　　Materials
第４　理由１（特許法第２９条の２）について
１　先願１当初明細書等の記載
　原査定で引用された、本願の第１優先日（２０１２年１２月１２日）より前の２０１２年１２月６日をパリ条約による第１優先権主張日（以下、「先願１第１優先権主張日」という。）とする外国語特許出願（特許法第１８４条の４第３項の規定により取り下げられたものとみなされたものを除く。）であって、本願の出願後に国際公開がされた先願１（ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０７３３０７号（国際公開第２０１４／０８９２９０号、特表２０１６−５０２８４０号公報））の国際出願日における国際出願の明細書、請求の範囲又は図面（以下、「先願１当初明細書等」という。）には、以下の事項が記載されている。また、それとともに、これらの事項と同様の事項は先願１の第１優先権主張の基礎となる米国出願（６１／７３４，２５６）にも記載されている。なお、英文であるから、訳文として先願１の国内公表公報である特表２０１６−５０２８４０号公報の記載事項及び摘記箇所を示す（下線は当審で付した）。　
（１−１）「【請求項１３】
　真核細胞または胚において染色体配列を修飾するための方法であって、
ａ）真核細胞または胚に、（ｉ）少なくとも１つの核局在化シグナルを含む少なくとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼ、または少なくとも１つの核局在化シグナルを含む少なくとも１つのＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする核酸、（ｉｉ）少なくとも１つのガイドＲＮＡまたは少なくとも１つのガイドＲＮＡをコードするＤＮＡ、および任意に、（ｉｉｉ）少なくとも１つのドナーポリヌクレオチドを導入し、
ｂ）真核細胞または胚を、各ガイドＲＮＡが、ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼを染色体配列中の標的部位へ誘導し、そこでＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼが、該標的部位にて二本鎖の切断を誘導し、該二本鎖の切断が、染色体配列が修飾されるようにＤＮＡ修復過程により修復されるように培養することを含む、
方法。
【請求項１４】
　ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼが
Ｃａｓ９タンパク質
（１−２）「【０００４】
・・・
他の態様において、
ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする核酸配列は、プロモーター調節配列に操作可能に連結されていてよく
ベクター
プロモーター調節配列に操作可能に連結されていてよいＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼをコードする配列を含むベクターはまた、プロモーター調節配列に操作可能に連結されていてよいガイドＲＮＡをコードする配列も含み得る。
（１−３）「【００１４】
　一態様において、ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼは、
ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム
Ｃａｓ９タンパク質
（１−４）「【００２２】
　任意の態様において、ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼは、ガイドＲＮＡを含む
タンパク質−ＲＮＡ複合体
（１−５）「【００６０】
・・・
任意のドナーポリヌクレオチドが存在する態様において、ドナーポリヌクレオチドにおけるドナー配列は、二本鎖の切断の修復中に標的部位において染色体配列で置換されるか、または染色体配列中に挿入され得る。例えば、ドナー配列が、染色体配列中の標的部位の上流および下流配列のそれぞれと実質的に同一の配列を有する上流および下流配列に挟まれている態様において、該ドナー配列は、相同組み換え修復過程により仲介される修復中に標的部位において染色体配列で置換されるか、または染色体配列に挿入され得る。」
（１−６）「【００６６】
（ｂ）ガイドＲＮＡ
　本方法はまた、細胞または胚に、少なくとも１つのガイドＲＮＡまたは少なくとも１つのガイドＲＮＡをコードするＤＮＡを導入することも含む。ガイドＲＮＡは、ＲＮＡ誘導型エンドヌクレアーゼと相互作用して、エンドヌクレアーゼを、染色体配列中の特定のプロトスペーサー配列を有するガイドＲＮＡ塩基対の５’末端である特定の標的部位へ導く。
【００６７】
　
各ガイドＲＮＡは、３つの領域：染色体配列中の標的部位に相補的である５’末端における第一の領域、ステムループ構造を形成する第二の内部領域、および本質的に一本鎖のままである第三の３’領域を含む。
（１−７）「【００８５】
　標的染色体配列と配列類似性を有する上流および下流配列を含むドナーポリヌクレオチドは、直鎖または環状であり得る。
ドナーポリヌクレオチドが環状である態様において、それは、ベクターの一部であり得る。
（１−８）「【０１４５】
実施例３：ゲノム修飾をモニターするためのドナーポリヌクレオチドの調製
　ＰＰＰ１Ｒ１２ＣのＮ末端へのＧＦＰタンパク質の特異的挿入を、Ｃａｓ９仲介性ゲノム修飾をモニターするために用いた。相同組換えによる挿入を仲介するために、ドナーポリヌクレオチドを調製した。
ＡＡＶＳ１−ＧＦＰ ＤＮＡ ドナーは、５’（１１８５ｂｐ）のＡＡＶＳ１遺伝子座の相同アーム、ＲＮＡスプライシング受容体、ターボＧＦＰコーディング配列、３’転写ターミネーター、および３’（１２１７ｂｐ）のＡＡＶＳ１遺伝子座の相同アームを含んでいた。
・・・
【０１４７】
　特異的遺伝子導入は、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃの最初の１０７アミノ酸とターボＧＦＰの融合タンパク質をもたらし得る。予期される融合タンパク質は、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃの第一エクソンと設計されたスプライス受容体の間のＲＮＡスプライシングからＰＰＰ１Ｒ１２Ｃの最初の１０７アミノ酸残基（網掛け灰色部分）を含む（表６参照）。」
（１−９）「【０１４９】
実施例４：Ｃａｓ９仲介性特異的導入
　トランスフェクションをヒトＫ５６２細胞で行った。Ｋ５６２細胞株をAmerican Type Culture Collection (ATCC)より入手し、１０％ＦＢＳおよび２ｍＭのＬ−グルタミンを添加したイスコフ改変ダルベッコ培地中で増殖させた。全ての培地および添加物は、Sigma−Aldrichより入手した。培養物をトランスフェクションの１日前に（１ｍＬ当たり約５０万個の細胞で）分割した。細胞を、Ｔ−０１６プログラムを用いてNucleofector (Lonza)のNucleofector ソリューションＶ(Lonza)を用いてトランスフェクションした。各ヌクレオフェクション（nucleofection）溶液は、約６０万個の細胞を含んだ。トランスフェクション処理を表７に詳述する。細胞を、ヌクレオフェクション直後に３７℃および５％ ＣＯ２で増殖させた。
【０１５０】
【０１５１】
　蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）をトランスフェクションの４日後に行った。ＦＡＣＳデータを図４に示す。４つの実験処理群（Ａ−Ｄ）のそれぞれで検出されたＧＦＰの割合は、対照処理群（Ｅ、Ｆ）よりも多く、ドナー配列の挿入および融合タンパク質の発現が確認された。」
（１−１０）「【０１５２】
実施例５：標的組み換えのＰＣＲ確認
　ゲノムＤＮＡを、トランスフェクションの１２日後にGenElute Mammalian Genomic DNA Miniprep Kit (Sigma)を用いてトランスフェクション細胞から抽出した。その後、ゲノムＤＮＡを、ＡＡＶＳ１−ＧＦＰプラスミドドナーの５’相同アームの外側に位置するフォワードプライマーおよびＧＦＰの５’領域に位置するリバースプライマーを用いて、ＰＣＲ増幅させた。フォワードプライマーは、５’−ＣＣＡＣＴＣＴＧＴＧＣＴＧＡＣＣＡＣＴＣＴ−３’（配列番号１８）であり、リバースプライマーは、５’−ＧＣＧＧＣＡＣＴＣＧＡＴＣＴＣＣＡ−３’（配列番号１９）であった。ジャンクションＰＣＲから予期されるフラグメントサイズは、１３８８ｂｐであった。増幅を、以下のサイクル条件を用いてJumpStart Taq ReadyMix (Sigma)を用いて行った：最初の変性のために９８℃で２分間；９８℃で１５秒間、６２℃で３０秒間、および７２℃で１分３０秒を３５サイクル；そして、最後の伸張を７２℃で５分間。ＰＣＲ産物を１％アガロースゲル上で分離した。
【０１５３】
　アンチリバースキャップアナログ（ＡＲＣＡ）を用いて転写されたＣａｓ９ ｍＲＮＡ（１０μｇ）、０．３ｎｍｏｌのプレアニーリングされたｃｒＲＮＡ−ｔｒａｃｒＲＮＡの二本鎖、および１０μｇのＡＡＶＳ１−ＧＦＰ プラスミドＤＮＡをトランスフェクトされた細胞は、予期されたサイズのＰＣＲ産物を示した（図５のレーンＡを参照のこと）。」
（１−１１）「
」
（１−１２）「
」
２　引用発明
　上記（１−１）〜（１−３）、（１−６）、（１−７）にその技術思想が記載されているのみならず、上記（１−９）、（１−１１）において実験的な確認もなされているから、先願１の当初明細書等には、次の発明（以下、「引用発明１」という。）が記載されていると認められる。
「（ｉ）少なくとも１つの核局在化シグナルを含む少なくとも１つのＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードする核酸に操作可能に連結されたプロモーター調節配列を含むベクター、
（ｉｉ）真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的である５’末端における第一の領域、ステムループ構造を形成する第二の内部領域、および本質的に一本鎖のままである第三の３’領域を含む少なくとも１つのガイドＲＮＡをコードするＤＮＡに操作可能に連結されたプロモーター調節配列を含むベクター、および、
（ｉｉｉ）少なくとも１つのドナーポリヌクレオチドを含むベクター、
　を含むベクター系であって、前記ガイドＲＮＡが、ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を真核細胞中の染色体配列中の標的部位へ誘導し、そこで該ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質が、該標的部位にて染色体ＤＮＡ二本鎖の切断を誘導し、該二本鎖の切断が、染色体配列が修飾されるようにＤＮＡ修復過程により修復される、ベクター系。」
３　対比・判断
（１）本願発明の成分（ａ）について
ア　「ガイド配列」について
　本願発明の「ガイド配列」に関して、本願明細書【００７３】には、「一般に、ガイド配列は、標的配列とハイブリダイズし、標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向するために標的ポリヌクレオチド配列との十分な相補性を有する任意のポリヌクレオチド配列である」と記載されているところ、上記（１−４）、（１−６）の記載からみて、引用発明１の「真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的である５’末端における第一の領域」は、ステムループ構造を形成する第二の内部領域、および本質的に一本鎖のままである第三の３’領域とともにガイドＲＮＡを形成し、該ガイドＲＮＡが、Ｃａｓ９タンパク質と複合体を形成することで、Ｃａｓ９を特定の染色体配列中の標的部位へ誘導するものであるから、本願発明の「ガイド配列」に相当する。
イ　「ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列」について
　本願発明の「ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列」に関して、本願明細書【００１７】には、「ＣＲＩＳＰＲ複合体は、前記ポリヌクレオチド内の標的配列にハイブリダイズされるガイド配列と複合体形成しているＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、前記ガイド配列は、次いでｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズするｔｒａｃｒメイト配列に結合している」、【００１５】には、「一部の実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ酵素は、Ｃａｓ９酵素である」、【００７６】には、「一部の実施形態において、ｔｒａｃｒ配列およびｔｒａｃｔメイト配列（当審注：「ｔｒａｃｒメイト配列」の誤記と認める。引用部分について以下同じ。）は、単一転写物内に含有され、その結果、２つの間のハイブリダイゼーションが二次構造、例えば、ヘアピンを有する転写物を産生する。ヘアピン構造において使用される好ましいループ形成配列は、４ヌクレオチド長であり、最も好ましくは、配列ＧＡＡＡを有する」と記載されている。
　これらの記載からみて、本願発明の「ｔｒａｃｒＲＮＡ」と「ｔｒａｃｒメイト配列」は、互いにハイブリダイズして、「ガイド配列」や「Ｃａｓ９」とともに、「ＣＲＩＳＰＲ複合体」を形成するものであり、「ｔｒａｃｒＲＮＡ」と「ｔｒａｃｒメイト配列」が単一転写物内に含有される場合は、互いにハイブリダイゼーションすることでヘアピン構造を形成するものといえる。
　一方、上記（１−４）、（１−６）の記載からみて、引用発明１の「ステムループ構造を形成する第二の内部領域、および本質的に一本鎖のままである第三の３’領域」は、「真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的である５’末端における第一の領域」（上記アで述べたとおり本願発明の「ガイド配列」に相当）とともに「Ｃａｓ９タンパク質」と複合体を形成するものであり、「第二の内部領域」が含む「ステムループ構造」は、本願発明における「ｔｒａｃｒＲＮＡ」と「ｔｒａｃｒメイト配列」が単一転写物内に含有される場合にループ形成配列を介して形成するヘアピン構造に相当するといえる。
　よって、引用発明１の「ステムループ構造を形成する第二の内部領域、および本質的に一本鎖のままである第三の３’領域」は、本願発明の「ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列」を含む、すなわち、「ｔｒａｃｒＲＮＡ」、「ｔｒａｃｒメイト配列」及びループ形成配列とからなる配列に相当する。
ウ　「調節エレメント」について
　本願発明の「調節エレメント」に関して、本願明細書【００１０】には「用語「調節エレメント」は、プロモーター、エンハンサー、内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）、および他の発現制御エレメント（例えば、転写終結シグナル、例えば、ポリアデニル化シグナルおよびポリＵ配列）を含むものとする」と記載されていることから、引用発明１の「プロモーター調節配列」は、本願発明の「調節エレメント」に相当する。
エ　上記ア〜ウのとおりであるから、引用発明１の（ｉｉ）は、本願発明の成分（ａ）を含むベクターであるといえる。
（２）本願発明の成分（ｂ）について
　本願明細書【００７１】の「１つ以上の核局在化配列（ＮＬＳ）」の記載、及びＮＬＳとはＮｕｃｌｅａｒ　Ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ　Ｓｉｇｎａｌの略であるという技術常識に照らすと、本願発明の「（ＮＬＳ（複数の場合も有り））」は、「核局在化シグナル（複数の場合も有り）」の同義語を括弧書きとして添えたものであることが明らかであり、引用発明１の「少なくとも１つの核局在化シグナルを含む」に相当するから、引用発明１の（ｉ）は、本願発明の成分（ｂ）を含むベクターであって、本願発明の「前記Ｃａｓ９タンパク質をコードする前記ヌクレオチド配列とともに発現される１つ以上の核局在化シグナル（複数の場合も有り）（ＮＬＳ（複数の場合も有り））をさらに含み」を満たすものである。
（３）本願発明の成分（ｃ）について
　本願発明の「組換えテンプレート」に関して、本願明細書【００７７】には「一部の実施形態において、組換えテンプレートは、例えば、ＣＲＩＳＰＲ複合体の一部としてのＣＲＩＳＰＲ酵素によりニック形成または開裂される標的配列内またはその付近での相同組換えにおけるテンプレートとして機能するように設計される」と記載されている。
　ここで、上記（１−５）の記載から、引用発明１の「ドナーポリペプチド」は、相同組換え修復過程により仲介される修復中に標的部位において染色体配列で置換されるか、または染色体配列に挿入され得るものといえる。
　よって、引用発明１の（ｉｉｉ）は、本願発明の成分（ｃ）を含むベクターに相当する。
（４）本願発明は、「前記ガイド配列が、真核細胞中の前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座を標的とし、前記Ｃａｓ９タンパク質が、前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座を開裂し、それによって、前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座の配列が、改変される」ものであるが、引用発明１も「前記ガイドＲＮＡが、ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を真核細胞中の染色体配列中の標的部位へ誘導し、そこで該ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質が、該標的部位にて染色体ＤＮＡ二本鎖の切断を誘導し、該二本鎖の切断が、染色体配列が修飾されるようにＤＮＡ修復過程により修復される」のであるから、この点においても両者は相違しない。
（５）本願発明は、「エンジニアリングされた、天然に存在しないクラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）−ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ）ベクター系」であるところ、引用発明１は、「少なくとも１つの核局在化シグナル」を含むなど、天然に存在するＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を改変することで得られたベクターを構成成分とするベクター系であるから、本願発明の「エンジニアリングされた、天然に存在しない」ベクター系に相当する。
　また、「ＣＲＩＳＰＲ」は、「Ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  Ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  Ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  Ｓｈｏｒｔ  Ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  Ｒｅｐｅａｔ（クラスター化等間隔短鎖回分リピート）」の略称であり、「Ｃａｓ」は、「ＣＲＩＳＰＲ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ（ＣＲＩＳＰＲ関連）」の略称であるから、本願発明の「（ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ）」は、「クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）−ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）」の同義語を括弧書きとして添えたものであることが明らかであるところ、上記（１−３）のとおり、引用発明１の「ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質」は、「ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム」に由来するものであるから、引用発明１は、「クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）−ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ）ベクター系」であるので、この点においても両者は相違しない。
（６）小括
　以上のとおりであるから、本願発明は、引用発明１と同一である。
４　審判請求人の主張について
　審判請求人が平成２９年１１月１日付け手続補正書による補正後の審判請求書においてする主張と、それに対する合議体の判断は次のとおりである。
（１）審判請求人の主張
　先願１当初明細書等の実施例のうち、実施例４の処理Ｄのみが、すべての成分がＤＮＡであって、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベクター系であるといえるが、真核細胞中の標的とされるポリヌクレオチド遺伝子座を開裂し、改変したことは開示されていないから、本願発明は、先願１に記載された発明と同一でも実質同一でもない。
　すなわち、審査官は、実施例４の処理Ｄの結果である上記（１−１１）の図４ＤにおけるＧＦＰシグナルの増加をもって、標的ポリヌクレオチドの開裂及び改変を認定したが、当該増加はわずかなものにすぎず、当該開裂や改変が起こったことを結論づけることはできない。むしろ、標的ポリヌクレオチドへのドナー配列の組み込みを検証するための実験である実施例５においては、実施例４の処理Ａ（ベクター系ではない）では、組み込みが確認されたものの（上記（１−１２）の図５のレーンＡ）、処理Ｄに関してはネガティブな結果であった（同レーンＤ）。したがって、実施例４及び５を併せ参照した当業者は、先願１当初明細書等は標的ポリヌクレオチドを開裂及び改変できるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベクター系を開示しないと結論づけるはずである。
（２）判断
ア　先願１の実施例４について
（ア）実施例４のドナーポリヌクレオチドについて
　上記（１−９）の表７には、実施例４において、「ＡＡＶＳ１−ＧＦＰ プラスミドＤＮＡ」がドナーポリヌクレオチドとして用いられたことが記載されている。
　そして、上記（１−８）の記載から、当該ドナーポリヌクレオチドは、５’（１１８５ｂｐ）のＡＡＶＳ１遺伝子座の相同アーム、ＲＮＡスプライシング受容体、ターボＧＦＰコーディング配列、３’転写ターミネーター、および３’（１２１７ｂｐ）のＡＡＶＳ１遺伝子座の相同アームという構造のものであり、染色体配列中の標的部位であるＡＡＶＳ１遺伝子座への特異的遺伝子導入（上記審判請求人の主張にいう「標的ポリヌクレオチドへのドナー配列の組み込み」に相当する。）により、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃの第一エクソンとスプライス受容体の間のＲＮＡスプライシングが生じ、その結果、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃの最初の１０７アミノ酸とターボＧＦＰの融合タンパク質がもたらされることでＧＦＰが発現することが理解できる。すなわち、当該ドナーポリヌクレオチドは、単に細胞内や核内に存在するだけでＧＦＰが発現するものでなく、真核細胞内の染色体配列中の標的ポリヌクレオチドへのドナー配列の組み込みが生じることで、はじめてＧＦＰが発現するものといえる。
（イ）実施例４の結果について
　上記（１−９）の表７に「処理Ｄ」として記載された「Ｃａｓ９プラスミドＤＮＡ」、「Ｕ−６キメラＲＮＡプラスミドＤＮＡ」、「ＡＡＶＳ１−ＧＦＰプラスミドＤＮＡ」は、それぞれ引用発明１の「（ｉ）少なくとも１つの核局在化シグナルを含む少なくとも１つのＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードする核酸に操作可能に連結されたプロモーター調節配列を含むベクター」、「（ｉｉ）真核細胞中の染色体配列中の標的部位に相補的である５’末端における第一の領域、ステムループ構造を形成する第二の内部領域、および本質的に一本鎖のままである第三の３’領域を含む少なくとも１つのガイドＲＮＡをコードするＤＮＡに操作可能に連結されたプロモーター調節配列を含むベクター」、「（ｉｉｉ）少なくとも１つのドナーポリヌクレオチドを含むベクター」に相当するものである。そして、これを用いた実験結果について、先願１当初明細書等には、「４つの実験処理群（Ａ−
Ｄ
ドナー配列の挿入および融合タンパク質の発現が確認された
　念のため、実験データを詳細に検討すると、上述のベクターをヒトＫ５６２細胞にトランスフェクションし、その４日後に行ったＧＦＰの発現割合を示すＦＡＣＳデータが図４Ｄとして示され、その値は「７．４７％」であった。ここで、表７の「処理Ｆ」は、ベクターをトランスフェクションしないものであることから、図４Ｆに示される「０．１５９％」は、この実験系のバックグラウンド値といえる。したがって、「０．１５９％」を「７．４７％」から引いた値である「７．３１１％」が、処理Ｄを行うことによりもたらされた結果といえる。
　他方、表７の「処理Ｅ」は、「ＡＡＶＳ１−ＧＦＰプラスミドＤＮＡ」のみを用いたものであるから、その結果は、「Ｃａｓ９プラスミドＤＮＡ」、「Ｕ−６キメラＲＮＡプラスミドＤＮＡ」に依存しない標的ポリヌクレオチドへのドナー配列の組み込みを反映したものといえる。そして、図４Ｅに示された「１．９２％」からバックグラウンド値である「０．１５９％」引いた「１．７６１％」が、処理Ｅを行うことによりもたらされた結果といえる。
　ここで、「処理Ｄ」と「処理Ｅ」の結果を比較すると、「処理Ｄ」では「処理Ｅ」の４倍以上の値が得られており、その違いは「Ｃａｓ９プラスミドＤＮＡ」、「Ｕ−６キメラＲＮＡプラスミドＤＮＡ」を用いることによりもたらされたものであるといえるから、「処理Ｄ」においては、「Ｃａｓ９プラスミドＤＮＡ」、「Ｕ−６キメラＲＮＡプラスミドＤＮＡ」により、標的ポリヌクレオチドの切断とドナー配列の組み込みが促進されたと考えるのが妥当である。これは、上述の（１−９）の記載のとおりである。
　このとおり、実施例４の実験方法および結果に照らすと、審判請求人の実施例４に関する主張は失当であることが明らかである。
イ　先願１の実施例５について
　上記（１−１０）の実施例５では、標的ポリヌクレオチドへのドナー配列の組み込みを確認するためにＰＣＲを行っており、その結果が図５として示されている。そして、図５からは、上記「処理Ｄ」を行った場合に、該組み込みが行われたこと示すＰＣＲ産物が得られたことを確認することはできない。
　しかし、実施例５ではトランスフェクションの１２日後にゲノムＤＮＡを細胞から抽出したのに対して、実施例４ではトランスフェクションをしてから４日後に分析を行うなど、実施例４と実施例５は異なるサンプルを用いた結果であるから、実施例５の結果をもって、実施例４の結果が直ちに否定されるものではない。
ウ　先願１当初明細書等全体の記載について
　上記「２　引用発明」で述べたとおり、先願１当初明細書等には、引用発明１が開示されており、上記アで述べたとおり、実施例４は、その一態様において標的ポリヌクレオチドの切断とドナー配列の組み込みが生じることを示している。
　したがって、実施例５の結果においてこれらと整合しない点があったとしても、そのことをもって、引用発明１が先願１当初明細書等に開示されていないとまではいえない。
エ　上記ア〜ウのとおり、審判請求人の主張は採用することができない。
５　まとめ
　以上のとおり、本願発明は、引用発明１と同一であり、しかも、この出願の発明者がその出願前の外国語特許出願に係る上記の発明をした者と同一ではなく、またこの出願の時において、その出願人が上記外国語特許出願の出願人と同一でもないので、特許法第２９条の２の規定により、特許を受けることができない（同法第１８４条の１３参照）。
第５　理由２（特許法第２９条第２項）について
１　引用文献の記載
（１）引用文献２
　原査定で引用された、本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、引用文献２（Science, Aug 2012, Vol.337, p.816-821, Supplementary Materials）は、「細菌の獲得免疫におけるデュアルＲＮＡ誘導性のプログラム可能なＤＮＡエンドヌクレアーゼ」と題する学術論文であって、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。
（１−１）「クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）系は、侵入する核酸の抑制を誘導するために、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）を利用するウイルスやプラスミドに対する獲得免疫を、細菌や古細菌に提供するものである。ここで私たちは、この系の一部分において、成熟ｃｒＲＮＡが、トランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）と塩基対を組むことで、標的ＤＮＡに二本鎖切断を導入するようにＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質Ｃａｓ９を誘導する２つのＲＮＡからなる構造を形成することを示す。・・・このデュアル−ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡは、一本鎖ＲＮＡキメラとして設計されたときも、配列特異的なＣａｓ９による二本鎖ＤＮＡ切断を誘導する。私たちの研究は、部位特異的ＤＮＡ切断のためにデュアル−ＲＮＡを使用するエンドヌクレアーゼのファミリーを明らかにし、ＲＮＡでプログラム可能なゲノム編集のためにこのシステムを利用する可能性を強調する。」（要約）
（１−２）「ここで私たちは、ＩＩ型の系において、Ｃａｓ９タンパク質が、標的二本鎖ＤＮＡを切断するために、活性化ｔｒａｃｒＲＮＡと標的指向ｃｒＲＮＡの間の塩基対構造を必要とする酵素ファミリーを構成するものであることを示す。位置特異的切断は、標的であるプロトスペーサーＤＮＡとｃｒＲＮＡの間の塩基対を形成する相補性と、標的ＤＮＡの領域に並置される短いモチーフ［プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）と呼ばれる］により定められる場所で生じる。」（第８１６頁中欄第２５行〜第３５行）
（１−３）「私たちは、標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含む２つのバージョンのキメラＲＮＡを設計した。・・・プラスミドＤＮＡを用いた切断アッセイにおいて、長い方のキメラＲＮＡは、切断ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体を用いた場合に観察された場合と同じような挙動でＣａｓ９によるＤＮＡ切断を誘導できることを観察によって確認した。」（第８２０頁左欄第５行〜第１８行）
（１−４）「図５　Ｃａｓ９は、ｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの特徴を組み合わせた単一のエンジニアリングされたＲＮＡ分子を使用して、プログラムすることができる。（Ａ）（上）ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムにおいて、Ｃａｓ９は、活性化しているｔｒａｃｒＲＮＡ及び標的化ｃｒＲＮＡにより形成される２つのＲＮＡ構造により誘導されて、部位特異的に標的となった二本鎖ＤＮＡを切断する。（下）ｃｒＲＮＡの３’末端をｔｒａｃｒＲＮＡの５’末端に融合することにより生成されたキメラＲＮＡ。　
」
（１−５）「ジンク−フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼは、ゲノムを操作するために設計された人工酵素として、大きな関心を集めた。私たちは、遺伝子ターゲティングとゲノム編集への応用に向けた大きな潜在能力をもたらし得るＲＮＡによりプログラムされたＣａｓ９に基づく代替的な手法を提案する。」（第８２０頁右欄第２行〜第９行）
（１−６）「プラスミドＤＮＡ切断アッセイ
・・・
未処理の、あるいは制限酵素処理により鎖状化されたプラスミドＤＮＡ（300ng（〜8nM））は、精製されたＣａｓ９タンパク質（50-500nM）とｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体（50-500nM, 1:1）とともに、Ｃａｓ９プラスミド切断緩衝液（20mM HEPES pH7.5, 150mM KCL, 0.5mM DTT, 0.1mM EDTA）中で、10mM MgCl2を加えて、あるいは加えずに、３７℃で６０分間インキュベートした。」（SUPPLEMENTARY MATERIALS AND METHODS）
（２）周知例１
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、Gene Therapy, 2008, Vol.15, p.1463-1468は、ゲノム編集技術の１つであるジンク−フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）に関する総説であって、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。
（２−１）「ＺＦＮ誘導性切断は、２つの異なる様式の遺伝子編集に用いることができる。・・・通常、遺伝子ターゲティングとして考えられる配列置換様式を実施するために、標的に対して高い相同性を有し特定の所望の置換配列を有するドナーＤＮＡが、ＺＦＮと一緒に送達される。相同的組換えが、このドナーをテンプレートとして利用すれば、標的において置換が導入される。」（第１４６３頁右欄最終段落）
（２−２）「公表された報告は、種々の生物の内因性染色体における、成功したＺＦＮ誘導性の１４遺伝子のターゲティングについて述べている。哺乳類細胞で６遺伝子、ゼブラフィッシュで３遺伝子、ショウジョウバエで３遺伝子、線虫と植物細胞で１遺伝子ずつである。」（第１４６４頁右欄第１行〜第５行）
（２−３）「彼らはまた、１つのＺＦＮと１コピーのドナーＤＮＡを有するコンビネーションベクターを製造した。これにより、同じ細胞に感染させなければならない区別されたウイルスの数が減少する。」（第１４６５頁左欄第２９行〜第３２行）
（２−４）「このケースでは両方のＺＦＮは、ＣＭＶプロモーターによりその発現が駆動される１つのバイシストロニックベクターにより送達された。」（第１４６５頁左欄第４２行〜第４４行）
（３）周知例２
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、Methods, 2011, Vol.53, p.339-346には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。
（３−１）「相同組換えのより高い効率が、ジンク−フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮｓ）に基づく技術を用いることにより達成される。ＺＦＮは、あらかじめ定められたゲノムの位置において、ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢｓ）を引き起こす分子はさみである。・・この酵素的に誘導されるＤＳＢは、短い挿入や欠失につながり、誤りが生じやすい非相同末端結合（ＮＨＥＪ）か、外因性ドナーＤＮＡと標的位置の間の相同組換えに基づく相同性指向修復（ＨＤＲ）により修復され得る。・・・典型的には、ＺＦＮ誘導性のＤＳＢは、相同組換えの効率を数千倍に高める。全体では、ＺＦＮテクノロジーは、ショウジョウバエ、植物、ゼブラフィッシュ、ラット、そして、マウスあるいはヒトの多能性幹細胞を含め１０以上の生物にうまく適用された。」（第３３９頁右欄最終段落〜第３４０頁左欄下から３行）
（４）周知例３
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、Nature Biotechnology, 2011, Vol.29, p.143-148には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。
（４−１）「これらの結果は、ＴＡＬＥヌクレアーゼキメラ（ＴＡＬＥＮｓ）の選択的ゲノム切断のため位置特異的エンドヌクレアーゼとしての潜在的な利用に関する関心に拍車をかけた。ここでは私たちは、内因性遺伝子の効率的な修復を仲介できるＴＡＬＥＮの開発を報告する。まず、私たちは、標的とされたエピソーマルレポーターと内因性遺伝子の制御を通して、哺乳類の細胞の環境におけるＴＡＬＥ活性を示す」（第１４３頁右欄第８行〜第１３行）
（４−２）「次に、これらのＴＡＬＥＮｓは、ＢｇｌＩ制限サイトをコードする４６ｂｐの挿入配列を標的位置に挿入するように設計されたドナーＤＮＡフラグメントと共にＫ５６２細胞に導入された。それに続くＰＣＲとＢｇｌＩ消化は、１６％ものアレイが挿入配列を有しているという効果的な編集を明らかにした（図５）。これの結果は、ここに記載されるＴＡＬＥＮ構築物が相同性指向修復による正確なゲノム編集を誘導することを示す。」（第１４６頁右欄最終行〜第１４７頁左欄第５行）
（５）周知例４
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、Nucleic Acids Research, 2011, Vol.39, e82には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから当審による訳文を記載する。
（５−１）「結果として、ＴＡＬエフェクターは、ＤＮＡターゲティングツールとして大きな関心を集めた。特に、私たちと他のグループは、ゲノム編集のためにインビボにおけるＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢｓ）を生成するため、ＴＡＬエフェクターをＦｏｋＩヌクレアーゼの触媒ドメインと融合できることを示した。・・・ＤＳＢｓはほぼ全ての細胞において、しばしば短い挿入や欠失をもたらし遺伝子破壊に利用され得る非相同末端結合（ＮＨＥＪ）と、遺伝子の挿入や置換のために用いられ得る相同組換え（ＨＲ）という、高度に保存された２つの過程のうちのいずれかにより修復される。」（第２頁左欄第５行〜第１９行）
（５−２）「私たちは、このソフトウェアにより標的化されプラスミドを用いて組み立てたＴＡＬＥＮが酵母ＤＮＡ切断アッセイにおいて活性であり、ヒト細胞とシロイヌナズナのプロトプラストにおける遺伝子ターゲティングに効果的であることを示す。」（第２頁右欄第３５行〜第４０行）
（５−３）「ヒトＨＰＲＴ１遺伝子を標的とする一組のＴＡＬＥＮを、ＸｈｏＩとＡｆｌＩＩを用いて、哺乳動物発現ベクターｐＣＤＮＡ３．１（−）（インビトロジェン）にサブクローニングした。これらの酵素はｐＴＡＬ３あるいはｐＴＡＬ４からＴＡＬＥＮ全体を切り出して、コード配列をＣＭＶ（サイトメガロウイルス）プロモーターの制御下に置いたものである。得られたプラスミドは、製造者が提供するプロトコルにしたがってリポフェクトアミン２０００（インビトロジェン）を用いてトランスフェクトすることで、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞に導入した。」（第６頁左欄下から第１４行〜下から第６行）
（６）周知例５
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、国際公開第２０１２／０１２７３８号には、以下の事項が記載されている。なお、英文であるから、訳文として当該刊行物の国内公表公報である特表２０１３−５３７４１０号公報の記載事項及び摘記箇所を示す。
（６−１）「【請求項１】
　細胞中の少なくとも１つの内因性染色体配列を編集する方法であって、
ａ）前記細胞内に、（ｉ）少なくとも１つの標的化エンドヌクレアーゼであって、前記染色体配列中の標的切断部位に二本鎖切断を導入することができる、標的化エンドヌクレアーゼ、または前記標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸、および（ｉｉ）前記標的切断部位の少なくとも１つの側の染色体配列に対する実質的な配列同一性を有する第１の部分を含む少なくとも１つの一本鎖核酸を導入すること；ならびに
ｂ）前記標的化エンドヌクレアーゼによって導入される前記二本鎖切断が、前記染色体配列が前記一本鎖核酸の配列と交換され、それによって前記染色体配列を編集する相同性指向プロセスによって修復される条件下に、前記細胞を維持すること
を含む、方法。
・・・
【請求項１３】
　前記標的化エンドヌクレアーゼが、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）ヌクレアーゼ、部位特異的ヌクレアーゼ、または人工標的ＤＮＡ二本鎖切断誘導剤である、請求項１に記載の方法。」
（６−２）「【００５１】
・・・概して、標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸は、プロモーター調節領域に操作可能に結合されることになる。」
（６−３）「【００６４】
（ｄ）細胞
　本方法は、上記に記載の標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）を細胞内に導入することを含む。様々な細胞が、本方法における使用に適している。概して、細胞は、真核細胞または単細胞真核生物であろう。」
（７）周知例６
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、特表２００１−５０３９７１号には、以下の事項が記載されている。
（７−１）「注目する遺伝子は大腸菌β-ガラクトシダーゼ・リポーター遺伝子からなり、その発現は、X-Gal（4−クロロ-5−ブロモ-3−インドリル-β-D−グラクトピラノシド）での染色により容易に検出できる。これは、その3'部分に真核細胞核局在シグナルをコードする配列を与える。組換えβ−ガラクトシダーゼの核局在により、Xgalによってもまた検出可能な宿主細胞の内生β-ガラクトシダーゼとの交差反応により生ずるバックグラウンドノイズの問題の排除が可能となり、それゆえに固定されたプラスミドからの酵素活性の特異的検出が可能となる。（第２３頁下から２行〜第２４頁第６行）
（８）周知例７
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、特開平１０−８０２７４号には、以下の事項が記載されている。
（８−１）「【請求項１】  核移行シグナル（ＮＬＳ）遺伝子およびテトラサイクリン・トランスアクチベーター（ｔＴＡ）遺伝子を含んでなる組み換え遺伝子。」
（９）周知例８
　同じく本願の第１優先日前に頒布された刊行物である、特表２００２−５３８８４２号には、以下の事項が記載されている。
（９−１）「     【０１４７】
　（核局在化シグナルの導入はｔｅｔＲ媒介抑制を促進する）
　ｔｅｔＲ分布が主に細胞質で観察されたので、核局在シグナル（ＮＬＳ）をｔｅｔＲ遺伝子の３’末端に導入し、核への導入を促進し、そして結果的にｔｅｔＲ媒介の転写抑制を強化した。」
２　引用発明
　上記（１−１）〜（１−４）、（１−６）（特に、図５Ａ下図）（以下、第５において（１−１）などという場合は、全て第５の１において摘記した（１−１）などを意味する。）から、引用文献２では、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系を構成するｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡに基づいて設計されたキメラＲＮＡとＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を用いたＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系により、緩衝液中で標的配列が開裂されることが実験により確認されている。よって、引用文献２には、エンジニアリングされた、天然に存在しないＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系が記載されているといえるから、引用文献２には以下の発明（以下、「引用発明２」という。）が記載されていると認められる。
　
「エンジニアリングされた、天然に存在しないクラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）−ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ）系であって、
　ａ）標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含むキメラＲＮＡであって、前記標的認識配列が緩衝液中で標的配列にハイブリダイズするキメラＲＮＡと、
　ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質、
を含み、
　それによって、前記Ｃａｓ９タンパク質が、前記標的配列を開裂する、
　ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系。」
３　対比
　本願発明の「ガイド配列」に関して、本願明細書【００７３】には、「一般に、ガイド配列は、標的配列とハイブリダイズし、標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向するために標的ポリヌクレオチド配列との十分な相補性を有する任意のポリヌクレオチド配列である」と記載されている。
　また、前記第４の３（１）イに示したとおり、本願発明の「ｔｒａｃｒＲＮＡ」と「ｔｒａｃｒメイト配列」は、互いにハイブリダイズして、「ガイド配列」や「Ｃａｓ９」とともに、「ＣＲＩＳＰＲ複合体」を形成するものであり、「ｔｒａｃｒＲＮＡ」と「ｔｒａｃｒメイト配列」が単一転写物内に含有される場合は、互いにハイブリダイゼーションすることでヘアピン構造を形成するものといえる。
　一方、引用発明２のキメラＲＮＡも、「標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造」を含むものであって、Ｃａｓ９タンパク質と複合体を形成し、「標的認識配列」が「標的配列にハイブリダイズする」ことで「前記標的配列の開裂する」ものである。
　よって、引用発明２の「ａ）標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含むキメラＲＮＡ」であって、「前記標的認識配列」が「標的配列にハイブリダイズするキメラＲＮＡ」は、本願発明の「ａ）ガイド配列、ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列を含むＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系ポリ−ヌクレオチド」であって、「前記ガイド配列」が、「標的配列にハイブリダイズする」ＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系ポリ−ヌクレオチドに相当する。
　以上のことから、本願発明と引用発明２の一致点と相違点は、次のとおりである。
【一致点】
「エンジニアリングされた、天然に存在しないクラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）−ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ）系であって、
　ａ）ガイド配列、ｔｒａｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒメイト配列を含むＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系ポリ−ヌクレオチドであって、前記ガイド配列が、標的配列にハイブリダイズするＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系ポリ−ヌクレオチドと、
　ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質、
を含み、
　それによって、前記Ｃａｓ９タンパク質が、前記標的配列を開裂する、
　ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系。」
【相違点１】
　本願発明は、ガイド配列が、「真核細胞中のポリヌクレオチド遺伝子座中の１つ以上の標的配列にハイブリダイズ」し、「前記Ｃａｓ９タンパク質をコードする前記ヌクレオチド配列とともに発現される１つ以上の核局在化シグナル（複数の場合も有り）（ＮＬＳ（複数の場合も有り））をさらに含」むことによって、ガイド配列が、「真核細胞中の前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座」を標的とし、Ｃａｓ９タンパク質がこれを開裂するのに対して、引用発明２では、標的配列が緩衝液中に存在し、Ｃａｓ９タンパク質が核局在化シグナルを有していない点。
【相違点２】
　本願発明は、「組換えテンプレート」を含み、「前記１つ以上のポリヌクレオチド遺伝子座の配列が、改変される」のに対して、引用発明２では、組換えテンプレートを含まず、標的配列を開裂するにとどまる点。
【相違点３】
　本願発明は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系ポリ−ヌクレオチド配列を「コードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメント」と、ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を「コードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント」を含む「１つ以上のベクターを含み、成分（ａ）、（ｂ）及び（ｃ）が、前記系の同じ又は異なるベクター上に位置」する、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ「ベクター」系であるのに対して、引用発明２では、「キメラＲＮＡ」と「Ｃａｓ９タンパク質」を用いるＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系である点。
４　判断
（１）相違点１について
　上記（１−１）、（１−５）のとおり、引用文献２には、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系が遺伝子ターゲティングとゲノム編集への応用に向けた大きな潜在能力をもたらし得ることに加えて、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系に基づく手法が、ゲノムを操作するために設計された人工酵素であるジンク−フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼの代替方法となり得ることも記載されている。
　ここで、上記（２−２）、（３−１）、（４−１）、（５−２）、（６−３）のとおり、本願第１優先日当時、ゲノム編集の主たる対象は真核細胞であって、ジンク−フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼが真核細胞中の標的ＤＮＡ、すなわち、核内のゲノムを切断するものであることは周知であるから、引用発明２のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系も真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることは当業者にとって、ごく自然な発想にすぎない。
　そして、それを具現化するにあたって、真核細胞の核内のゲノムにＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系を到達させるために、タンパク質を核内に移行させるための常套手段（上記（７−１）、（８−１）、（９−１）参照）である核局在化シグナルをＣａｓ９タンパク質に付加することは、当業者が格別の創意工夫なくなし得たことである。
（２）相違点２について
　ゲノム編集とは標的遺伝子を改変してゲノム情報を書き換えることであって、ヌクレアーゼによるＤＮＡ切断に引き続き、組換えテンプレートによる相同組換えを行うことは一般的な手法にすぎないから（上記（２−１）、（３−１）、（４−２）、（５−１）参照）、上記（１−１）、（１−５）のとおり、引用文献２に引用発明２のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系のゲノム編集への応用が示唆されている以上、組換えテンプレートと併用することが当業者にとって発明力を要するほどのことでないことは明らかである。
（３）相違点３について
　細胞の内部で所望のタンパク質や核酸を機能させようとする場合に、それらを発現するベクターを用いることは常套手段である。上記（１）、（２）のとおり、引用発明２のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系を組換えテンプレートとともに真核細胞中のゲノムに対して機能させようとすることが十分に動機づけられる以上、それらを構成する成分、すなわちＣａｓ９タンパク質、キメラＲＮＡ及び組換えテンプレートをベクター系とすることは、当業者が適宜なし得たことにすぎない。実際、本願優先日前から、ゲノム編集のための成分をベクター系で細胞に導入することが一般的であった（上記（２−３）、（２−４）、（５−３）、（６−２））。  
（４）小括
　以上のとおりであるから、本願発明は、引用文献２に記載された発明及び本願優先日前の周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。
５　審判請求人の主張について
　審判請求人が平成２９年１１月１日付け手続補正書による補正後の審判請求書においてする主張と、それに対する合議体の判断は次のとおりである。
（１）審判請求人の主張
ア　引用文献２の開示について
　引用文献２は、インビトロでの単純なＤＮＡ開裂を開示するにすぎず、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓタンパク質−ガイドＲＮＡ複合体が真核細胞中で形成若しくは維持され得るか否かに関する情報を含まない。
　引用文献２はまた、真核細胞中での使用に重要なエレメントを開示も示唆もしていない。例えば、引用文献２は、核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含むＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系、真核細胞中のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系ポリヌクレオチド又はＣａｓ９タンパク質の発現に関する調節エレメント、該調節エレメント及びＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系ヌクレオチド配列を含むベクター系を開示も示唆もしていない。
イ　成功の合理的な予測について
　真核細胞と原核細胞は、遺伝子発現機構、タンパク質折りたたみ、ＲＮＡｉ経路の存在、ＲＮＡによる細胞毒性、細胞区画化、クロマチン構造、Ｍｇ２＋濃度、リボヌクレアーゼ等の点で相違していること、ＲＮＡ成分及びタンパク質成分を含んだｔａｒｇｅｔｒｏｎ系が研究の１６年後にすら真核細胞において日常的に機能するように適合させられなかったこと等から、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９が真核細胞中での使用に成功するという合理的な予測をもつことはできなかった。
ウ　同時代の証拠について
　以下の同時代の証拠は、当業者が成功するという予測をもたなかったことを示す。なお、審判請求人は、平成２９年１１月１日付けで審判請求書を補正すると同時に手続補足書として参考資料１〜１５を提出したが、「同時代の証拠」のそれぞれがいずれの参考資料に基づくものであるか明示していない。
（ウ−１）Dr. Dana Carroll
「真核細胞中のこの系の活性とはどうなのか？ジンクフィンガー及びＴＡＬＥモジュールは、両方が、クロマチンの状況においてそれらの標的を結合する天然の転写因子に由来する。これは、ＣＲＩＳＰＲ成分には当てはまらない。Ｃａｓ９がクロマチン標的に対して効率的に機能するのか又は必要とされるＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドが、その状況において安定化され得るのかは、何ら保証がない。この構造は、リボヌクレアーゼ　Ｈ及び／又はＦＥＮ１（その両方ともが、ＤＮＡ複製の間にＲＮＡプライマーの除去において機能する）による、ＲＮＡ加水分解の基質であり得る。真核生物においてこの系を適用しようと試みるだけで、これらの懸念事項に取り組むことになるであろう。」
（ウ−２）Dr. Doudna（引用文献２の著者の一人）
「我々の２０１２年の論文は、大きな成功を収めたが、問題があった。我々は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核生物（植物及び動物細胞）において機能するかどうか確信が持てなかった」
（ウ−３）Jinek（引用文献２の著者の一人）
「しかし、このような細菌の系が真核細胞において機能するか否かは既知ではなかった。」
（ウ−４）Melissa Pandika
「Doudnaは、ＣＲＩＳＰＲをヒト細胞において機能させるにあたって『多くの挫折』を経験した。しかし彼女は、成功したならば、ＣＲＩＳＰＲが『極めて影響の大きな発見』、そして場合によっては強力ですらある遺伝子治療技術になるであろうことを知っていた。」
（２）判断
ア　審判請求人の主張ア、イについて
　審判請求人の主張は、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９の真核細胞への適用が成功するという合理的な予測がなかったという点にとどまるものである。上記４で述べたとおり、引用発明２のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系を真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることに十分な動機付けがある以上、単にその成功に合理的な予測がなかったという点のみをもって、当業者がそのような試みを行うことを妨げるような阻害要因があったということはできない。
　また、引用文献２に、核局在化シグナルや、調節エレメント、ベクター系が開示されていないとしても、上記４で述べたとおり、引用発明２のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系を真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることには十分な動機付けがある以上、それを具現化するにあたって、周知技術を適用して、核局在化シグナルをＣａｓ９タンパク質に付与することや、キメラＲＮＡをコードするＤＮＡや組換えテンプレートを、Ｃａｓ９タンパク質をコードするＤＮＡと同じ又は異なるベクターに導入させることでベクター系とすることは、当業者が特段の創意工夫なくなし得ることである。そして、実際にそのような周知技術を適用するに際し格別の技術的困難性があったと認めるに足る根拠は見いだせない。
イ　審判請求人の主張ウについて
　審判請求人が平成２９年１１月１日に手続補足書として提出した参考資料３は上記（ウ−１）の根拠資料と認められるところ、当該資料の最終段落には「ＣＲＩＳＰＲ系が次の次の標的切断試薬を提供するかはまだ分からないが、試してみる価値が明らかにある」（訳文は当審が作成した。）と記載されている。当該記載は、むしろ、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９を真核細胞に適用しようとすることに動機付けがあることを示している。また、審判請求人が挙げた上記（ウ−１）の記載についても、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９が真核生物において機能するかについて保証がないという指摘にとどまるものである。 
　また、上記（ウ−２）、（ウ−３）についても、その根拠となる資料が不明ではあるものの、いずれもＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９が真核生物において機能するか確信が持てなかった、あるいは、機能するか否かは既知ではなかったという指摘にとどまるものである。
　次に、上記（ウ−４）については、同手続補足書として提出した参考資料１２がその根拠資料と認められる。そして、審判請求人が挙げる「Doudnaは、ＣＲＩＳＰＲをヒト細胞において機能させるにあたって『多くの挫折』を経験した。しかし彼女は、成功したならば、ＣＲＩＳＰＲが『極めて影響の大きな発見』、そして場合によっては強力ですらある遺伝子治療技術になるであろうことを知っていた」という点についても、「彼女は、成功したならば、ＣＲＩＳＰＲが『極めて影響の大きな発見』、そして場合によっては強力ですらある遺伝子治療技術になるであろうことを知っていた」ということは、むしろ、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９を真核細胞への適用を試みることに動機付けがあったことを示しているといえる。
　以上のように、審判請求人が同時代の証拠として挙げるものは、いずれも引用発明２のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系が真核細胞中のゲノムで機能することの合理的な予測がないという指摘にとどまるものであり、上記アでも述べたとおり、引用発明２のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系を真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることに十分な動機付けがある以上、単にその成功に合理的な予測がなかったという点のみをもって、当業者がそのような試みを行うことを妨げるような阻害要因があったということはできない。
ウ　以下に示す参考文献１、２は、発行日は本願第１優先日よりも後ではあるものの、その投稿日が本願第１優先日よりも前、あるいはほぼ同時期であり、本願出願人ら以外の独立した複数の研究グループが投稿した論文である。そして、これらの論文や先願１出願当初明細書等には、核局在化シグナルを付加したＣａｓ９タンパク質を用いたＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９ベクター系により、真核細胞の核内での標的配列の切断を行ったことが記載されている。このことは、引用発明２のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系を真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることに十分な動機付けがあり、仮に、本願優先日前に、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９系が真核生物において機能することを合理的に予測することができなかったとしても、それが阻害要因となるものではなく、さらに、核局在化シグナルを付加したＣａｓ９タンパク質を用いたＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９ベクター系を用いることが、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ系を真核細胞に適用する際の手法として、当業者がごく普通に採用するものであったことを示すものといえる。そして、本願発明に、それを超える格別の創意工夫が見いだせない以上、進歩性を否定するよりほかない。
参考文献１：Science, Vol.339, p.823-826（投稿日：2012年10月26日、
　　　　　　発行日：2013年1月3日）
参考文献２：eLife, Vol.2, e00471, p.1-9（投稿日：2012年12月15日、
　　　　　　発行日：2013年1月29日）
エ　上記ア〜ウのとおりであるから、審判請求人の主張は採用することができない。
６　まとめ
　よって、出願人の主張はいずれも採用できず、本願発明は、引用文献２に記載された発明及び本願優先日前の周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができないものである。
第６　むすび
　以上のとおり、本願発明は、特許法第２９条の２の規定、及び、同法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶されるべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。