【事件の表示】
　上記当事者間の特許第３６５１００２号発明「アミノ酸生産菌の構築方法及び構築されたアミノ酸生産菌を用いる醗酵法によるアミノ酸の製造法」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結　論】
　特許第３６５１００２号の特許請求の範囲を、訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項［１〜８］について訂正することを認める。
　特許第３６５１００２号の請求項１〜２及び４に係る発明についての審判請求は成り立たない。
　特許第３６５１００２号の請求項３及び５〜８に係る発明についての審判請求を却下する。
　審判費用は参加によって生じた費用を含めて、請求人及びその参加人の負担とする。
【理　由】
第１　手続の経緯
　本件特許第３６５１００２号に係る出願は、平成１１年９月２２日（優先権主張　平成１０年９月２５日）を国際出願日とする特願２０００−５７２３８２号の一部を平成１６年７月８日に新たな特許出願とした特願２００４−２０２１２１号であって、平成１７年３月４日に特許権の設定登録がなされたものである。
　本件特許についての無効審判の手続の経緯の概要は以下のとおりである。
平成２９年２月２４日　　審判請求書
平成２９年４月２０日　　手続補正書及び上申書
平成２９年７月７日　　　答弁書及び訂正請求書
平成２９年１０月２日　　弁駁書
平成２９年１１月２日　　参加申請書
平成２９年１２月２５日　参加許否の決定
平成３０年４月１２日　　審理事項通知書
平成３０年５月２２日　　口頭審理陳述要領書（請求人及び被請求人）
平成３０年６月５日　　　口頭審理
平成３０年６月１３日　　上申書（請求人）
　
第２　訂正請求について
１．平成２９年７月７日付け訂正請求（以下、「本件訂正」という。）の内容
　本件訂正における訂正事項は、以下のとおりである。
　
（１）訂正事項１
　特許請求の範囲の請求項１に「コリネ型細菌の染色体上のグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）、クエン酸合成酵素（ＣＳ）、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＣＤＨ）、ピルビン酸デヒドロゲナーセ（ＰＤＨ）及びアルギニノコハク酸シンターゼからなる群から選ばれる遺伝子のプロモーター配列の−３５領域に、ＴＴＧＴＣＡ、ＴＴＧＡＣＡ、ＴＴＧＣＴＡ及びＴＴＧＣＣＡからなる群から選ばれる少なくとも一種のＤＮＡ配列及び／又は−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列若しくはＴＡＴＡＡＣ配列を導入したコリネ型細菌」とあるのを、「コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列、並びに／或いはクエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したコリネ型細菌」に訂正し、「Ｌ−グルタミン酸又はＬ−アルギニンを」とあるのを、「Ｌ−グルタミン酸を」に訂正し、「Ｌ−グルタミン酸又はＬ−アルギニンの」とあるのを、「Ｌ−グルタミン酸の」に訂正する。
　
（２）訂正事項２
　特許請求の範囲の請求項２に「グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）産生遺伝子」とあるのを、「ＧＤＨ遺伝子」に訂正し、「−３５領域に、ＴＴＧＴＣＡ、ＴＴＧＡＣＡ及びＴＴＧＣＣＡからなる群から選ばれる少なくとも一種のＤＮＡ配列及び／又は−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有する」とあるのを、「−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有する」に訂正する。
　
（３）訂正事項３
　特許請求の範囲の請求項３を削除する。
　
（４）訂正事項４
　特許請求の範囲の請求項４に「ＣＳのプロモーターが、−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列及び／又は−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列又はＴＡＴＡＡＣ配列を有するものである」とあるのを、「ＣＳ遺伝子のプロモーターが、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するもの、又は−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するものであり、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターが、−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するものである」に訂正する。
　
（５）訂正事項５
　特許請求の範囲の請求項５を削除する。
　
（６）訂正事項６
　特許請求の範囲の請求項６を削除する。
　
（７）訂正事項７
　特許請求の範囲の請求項７を削除する。
　
（８）訂正事項８
　特許請求の範囲の請求項８を削除する。
　
２．訂正請求の適否
（１）一群の請求項について
　訂正事項１〜８に係る訂正前の請求項１〜８について、請求項２及び４〜７は請求項１を引用し、請求項３及び８はそれぞれ請求項２及び７を引用するものであって、訂正事項１により訂正される請求項１に連動して訂正されるものであるから、訂正前の請求項１〜８に対応する訂正後の請求項１〜８は、特許法第１３４条の２第３項に規定する一群の請求項である。
　
（２）訂正事項１
  訂正前の請求項１では、コリネ型細菌の染色体上の遺伝子として、「グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）、クエン酸合成酵素（ＣＳ）、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＣＤＨ）、ピルビン酸デヒドロゲナーセ（ＰＤＨ）及びアルギニノコハク酸シンターゼ」が選択的に記載されていたところ、「グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）及び／又はクエン酸合成酵素（ＣＳ）」に限定することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものである。
　また、訂正前の請求項１では、遺伝子のプロモーター配列に導入される配列及びその領域として、領域は「−３５領域」、「−１０領域」及び「−３５領域及び−１０領域」が択一的に記載され、配列は−３５領域ではＴＴＧＴＣＡ、ＴＴＧＡＣＡ、ＴＴＧＣＴＡ及びＴＴＧＣＣＡが、−１０領域にはＴＡＴＡＡＴ及びＴＡＴＡＡＣが、それぞれ択一的に記載されていたところ、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列に導入される配列及びその領域を、−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列に限定し、ＣＳ遺伝子のプロモーター配列に導入される配列及びその領域を、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列に限定することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものである。
　さらに、訂正前の請求項１では、請求項１に記載の製造方法により製造される物質として「Ｌ−グルタミン酸又はＬ−アルギニン」が択一的に記載されていたところ、「Ｌ−グルタミン酸」に限定することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものである。
　したがって、訂正事項１は、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、訂正事項１は、訂正前の請求項１に選択的又は択一的に記載されていた、遺伝子、それらの遺伝子のプロモーター配列に導入される配列及びその領域、並びに製造される物質を一部削除することにより、特許請求の範囲を減縮しようとするものであるから、訂正事項１は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する同法第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項１は、訂正前の請求項１に選択的又は択一的に記載されていた要素を一部削除したものであり、当該訂正により訂正前の請求項１に記載された発明のカテゴリーを変更するものではなく、かつ、訂正前の請求項１に記載された発明の対象や目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する同法第１２６条第６項に適合するものである。
　本件特許無効審判事件においては、すべての請求項が無効審判の請求の対象とされているので、訂正事項１に関して、特許法第１３４条の２第９項で読み替えて準用する同法第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（３）訂正事項２
　訂正前の請求項２では、「グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）産生遺伝子」と記載されていたところ、請求項２が引用する請求項１の記載と整合するよう「ＧＤＨ遺伝子」に訂正するものであるから、訂正事項２は、特許法第１３４条の２第１項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　また、訂正前の請求項２では、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列に導入される配列及びその領域として、領域は「−３５領域」、「−１０領域」及び「−３５領域及び−１０領域」が択一的に記載され、配列は−３５領域にＴＴＧＴＣＡ、ＴＴＧＡＣＡ及びＴＴＧＣＣＡ配列が択一的に記載され、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列が記載されていたところ、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列に導入される配列及びその領域を、ＧＤＨ遺伝子の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列に限定することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものであるから、訂正事項２は、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、訂正事項２は、請求項１の記載と整合するよう「ＧＤＨ遺伝子」に訂正するものであり、また、訂正前の請求項２に択一的に記載されていた、遺伝子のプロモーター配列に導入される配列及びその領域を一部削除することにより、特許請求の範囲を減縮しようとするものであるから、訂正事項２は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する同法第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項２は、請求項１の記載と整合するよう「ＧＤＨ遺伝子」に訂正するものであり、また、訂正前の請求項２に択一的に記載されていた要素を一部削除したものであり、当該訂正により訂正前の請求項２に記載された発明のカテゴリーを変更するものではなく、かつ、訂正前の請求項２に記載された発明の対象や目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する同法第１２６条第６項に適合するものである。
　本件特許無効審判事件においては、すべての請求項が無効審判の請求の対象とされているので、訂正事項２に関して、特許法第１３４条の２第９項で読み替えて準用する同法第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
（４）訂正事項３及び５〜８
　訂正事項３及び５〜８は、訂正前の請求項３及び５〜８を削除するものであるから、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、訂正事項３及び５〜８は、請求項の削除であるから、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する同法第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項３及び５〜８は、請求項の削除を目的とするものであり、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する同法第１２６条第６項に適合するものである。
　
（５）訂正事項４
  訂正前の請求項４では、「ＣＳ」と記載されていたところ、請求項４が引用する請求項１の記載と整合するよう「ＣＳ遺伝子」に訂正するものであるから、訂正事項４は、特許法第１３４条の２第１項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。
　また、訂正前の請求項４では、ＣＳのプロモーターが有する配列及びその領域として、領域は「−３５領域」、「−１０領域」及び「−３５領域及び−１０領域」が択一的に記載され、−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列が、−１０領域にはＴＡＴＡＡＴ配列又はＴＡＴＡＡＣ配列が記載されていたところ、ＣＳ遺伝子のプロモーターが有する配列及びその領域を、「−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列」又は「−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列」に限定することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものであり、また、訂正前の請求項４が引用する訂正前の請求項１にＣＳ遺伝子と並列的に記載されていたＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列について、訂正事項１と同様の「ＧＤＨ遺伝子のプロモーターが、−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するものである」との構成要件を直列的付加することで、特許請求の範囲を減縮しようとするものであるから、訂正事項４は、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。
　また、訂正事項４は、請求項１の記載と整合するよう「ＣＳ遺伝子」に訂正するものであり、また、訂正前の請求項４に択一的に記載されていた、遺伝子のプロモーター配列に導入される配列及びその領域を一部削除し、訂正前の請求項４が引用する訂正前の請求項１に記載されていたＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列に係る構成要件を直列的付加することにより、特許請求の範囲を減縮しようとするものであるから、訂正事項４は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１３４条の２第９項で準用する同法第１２６条第５項に適合するものである。
　さらに、訂正事項４は、請求項１の記載と整合するよう「ＣＳ遺伝子」に訂正するものであり、また、訂正前の請求項４に択一的に記載されていた要素を一部削除し、訂正前の請求項４が引用する訂正前の請求項１に記載されていたＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列に係る構成要件を直列的付加したものであり、当該訂正により訂正前の請求項４に記載された発明のカテゴリーを変更するものではなく、かつ、訂正前の請求項４に記載された発明の対象や目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当せず、特許法第１３４条の２第９項で準用する同法第１２６条第６項に適合するものである。
　本件特許無効審判事件においては、すべての請求項が無効審判の請求の対象とされているので、訂正事項４に関して、特許法第１３４条の２第９項で読み替えて準用する同法第１２６条第７項の独立特許要件は適用されない。
　
３．訂正請求に対する結論
　以上のとおり、本件訂正は、特許法第１３４条の２第１項ただし書第１号及び第３号に掲げる事項を目的とするものであり、同法同条第９項で準用する同法第１２６条第５項及び第６項に適合するものである。
　よって、本件訂正を認める。
　
第３　本件訂正発明
　本件訂正により訂正された請求項１〜２及び４に係る発明は、訂正特許請求の範囲の請求項１〜２及び４に記載された次のとおりのものである（以下、それぞれ「本件訂正発明１」〜「本件訂正発明２」及び「本件訂正発明４」という。）。なお、請求項３及び５〜８は削除された。
　
　「【請求項１】コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列、並びに／或いはクエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したコリネ型細菌を、培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取することを特徴とする発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法。
【請求項２】ＧＤＨ遺伝子のプロモーターが、−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するものである請求項１記載の方法。
【請求項４】ＣＳ遺伝子のプロモーターが、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するもの、又は−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するものであり、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターが、−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するものである請求項１記載の方法。」
　
第４　当事者の主張の概要
１．請求人の主張
　請求人は、本件特許第３６５１００２号を無効とする、審判費用は被請求人の負担とする、との審決を求め、以下のように主張する。
　
（無効理由１）本件訂正発明１〜２及び４は、甲第２号証、甲第４号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証等に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
　
（無効理由２）本件訂正発明１〜２及び４は、甲第５号証、甲第２号証、甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証等に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。
　
（無効理由３）本件発明の詳細な説明は、当業者が本件訂正発明１〜２及び４の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているとはいえないから、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていないものである。
　
（無効理由４）本件訂正発明１〜２及び４は、発明の詳細な説明に記載されたものとはいえないから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていないものである。
　
（無効理由５）本件特許の請求項１〜８に係る発明は、明確に記載されているとはいえないから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていないものである。
　
　そして、請求人が提出した証拠方法は、以下のとおりである。
　甲第１号証：特許第３６５１００２号公報
　甲第２号証：Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（１９９６）１４２，ｐ．１２９７−１３０９
　甲第３号証：Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９２）６（３），ｐ．３１７−３２６
　甲第４号証：Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（１９９４）１４０，ｐ．１８１７−１８２８
　甲第５号証：国際公開第９５／３４６７２号
　甲第６号証：ＥＭＢＯ　Ｊ．（１９８２）１（７），ｐ．８７５−８８１
　甲第７号証：Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８５）２６０（６），ｐ．３５３９−３５４１
　甲第８号証：特開平３−１４７７９２号公報
　甲第９号証：Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９２）１７４（４），ｐ．１１１９−１１２３
　甲第１０号証：特開平５−７４９１号公報
　甲第１１号証：特開昭６１−２６８１８５号公報
　甲第１２号証：特開昭６２−２０１５８５号公報
　甲第１３号証：岩波生物学辞典　第４版（１９９６）ｐ．６７、３４２−３４３、３６６、１１７９、１２４５
　甲第１４号証：生化学辞典（第３版）（２００２．７）ｐ．９１
　甲第１５号証：ベーシックマスター分子生物学（２０１５）ｐ．１５６−１５９、２１６−２１７
　甲第１６号証：Ａｒｃｈ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（１９９１）１５５，ｐ．６０７−６１２
　甲第１７号証：Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９３）１７５（２３），ｐ．７７１５−７７１９
　甲第１８号証：Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９１）１７３（２），ｐ．８０１−８０９
　甲第１９号証：Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９０）１７２（１１），ｐ．６２２３−６２３１
　甲第２０号証：特開平２−２７６５７６号公報
　甲第２１号証：特開平１−２６５８８７号公報
　甲第２２号証：特表平８−５０４５９６号公報
　甲第２３号証：国際公開第９８／１８９３７号
　甲第２４号証：国際公開第８８／０９８１９号
　甲第２５号証：欧州特許出願公開第１５２６１３号明細書
　甲第２６号証：国際公開第９１／１０７３９号
　甲第２７号証：国際公開第９８／０７８４６号
　甲第２８号証：国際公開第９６／３６７２１号
　甲第２９号証：「作業報告書　資料“ＣＪ　Ｐｒｏｍａｔｅ”からのＤＮＡ調製、ＭｉＳｅｑシーケンス、マッピング、および比較解析」
　甲第３０号証：Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（１９８７）５，ｐ．３０５−３１２
　甲第３１号証：Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄｓ　Ｒｅｓ．（１９８５）１３（９），ｐ．３１０１−３１１０
　甲第３２号証：Ｇｅｎｅ（１９８９）７８，ｐ．１８９−１９４
　甲第３３号証：Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８３）８０，ｐ．２１−２５
　甲第３４号証：特開昭６３−２１４１８９号公報
　甲第３５号証：Ｇｅｎｅ（１９８７）５３，ｐ．１９１−２００
　
２．被請求人の主張
　被請求人は、本件無効審判請求は成り立たない、審判費用は請求人の負担とする、との審決を求め、請求人の主張する無効理由及び証拠によっては、本件訂正発明を無効にすることはできないと主張した。
　
　そして、被請求人の提出した証拠方法は以下のとおりである。
　乙第１号証：特許第５３４３３０３号公報
　乙第２号証：「遺伝子工学の技術」と題した福岡大学理学部化学科機能生物化学研究室のウェブサイトのプリントアウト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃ．ｆｕｋｕｏｋａ−ｕ．ａｃ．ｊｐ／￣ｂｃ１／Ｂｉｏｃｈｅｍ／ｇｅｎｅｔｅｃｈ．ｈｔｍ）
　乙第３号証：ＰＲＯＣＥＳＳ：　ＩＮＩＴＩＡＴＩＮＧ　ＴＲＡＮＳＣＲＩＰＴＩＯＮ　ＩＮ　ＢＡＣＴＥＲＩＡ」と題したＳｔｕｄｙ　Ｂｌｕｅ　Ｉｎｃ．のウェブサイトのプリントアウト（ｈｔｔｐｓ：／／ｃｌａｓｓｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎ．ｓ３．ａｍａｚｏｎａｗｓ．ｃｏｍ／６８１／ｆｌａｓｈｃａｒｄｓ／８９４６８１／ｊｐｇ／ｔｒａｎｓｃｒｏｐ１３３０７２４６４６２１８．ｊｐｇ）
　乙第４号証：真野佳博＝川向誠編著『ポイントがわかる分子生物学　第２版』（２０１０）ｐ．２−３、１８−１９
　乙第５号証：「形質転換と形質導入｜生物分子科学科｜東邦大学」と題した東邦大学理学部のウェブサイトのプリントアウト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｔｏｈｏ−ｕ．ａｃ．ｊｐ／ｓｃｉ／ｂｉｏｍｏｌ／ｇｌｏｓｓａｒｙ／ｂｉｏ／ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ＿ａｎｄ＿ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ．ｈｔｍｌ）
　乙第６号証：竹林滋編『研究社新英和大辞典第６版』（２００２）ｐ．５１０
　乙第７号証の１：Ｂｅｒｎｈａｒｄ　Ｏ．Ｐａｌｓｓｏｎ教授による専門家意見書ｐ．２０
　乙第７号証の２：Ｊｏｓｅｐｈ　Ｍ．Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ及びＪａｍｅｓ　Ｐ．Ｈｏｅｆｆｌｅｒ編「Ｇｅｎｅ　ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ　ｓｙｓｔｅｍｓ」（１９９９）ｐ．４６
　乙第７号証の３：Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９４）２３９，ｐ．４５５−４６５
　乙第８号証：特表２００８−５２３８０２号公報
　乙第９号証：Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．（１９９５）１７７（３），ｐ．７７４−７８２
　乙第１０号証：国際公開第９６／０６１８０号
　
第５　甲号証の記載事項
　甲第２〜１２、１６〜１９、２３〜２８、３０〜３５号証には、以下の事項が記載されている（英語で記載されている証拠は、日本語訳で摘記する。）。
　
１．甲第２号証
（甲２−１）「Ｃ．グルタミカム由来の新たに特徴づけられたプロモーター配列と共に公開されたプロモーターを比較分析することにより、保存された配列は、ＴＳサイト上流のおよそ３５ｂｐ（ｔｔＧｃｃａ）及び１０ｂｐ（ＴＡ．ａａＴ）であることが明らかになった。これらモチーフの位置及びモチーフ自体は、他のグラム陽性及びグラム陰性細菌の−３５及び−１０プロモーターコンセンサス配列に相当し、それらはＣ．グルタミカムでの転写開始シグナルを表すことを示唆している。」（第１２９７頁、要約第１１行〜第１８行）
　
（甲２−２）「
図１．ＴＳサイトに従って並べられたＣ．グルタミカムプロモーターのヌクレオチド配列。プロムスキャンプログラムにより同定された推定−３５及び−１０領域に下線を引いた。ｈｏｍ、ｔｈｒＣ、ｆｄａ、ｌｙｓＡ、ａｓｋ、ｇｄｈ、ｇｌｔ、ｇａｐ、ｐｇｋ、及びｔｒｐのプロモーター配列は、本文で参照した参考文献より取得した。」（第１３０１頁、図１）
　
（甲２−３）「試験した全１８フラグメントは、大腸菌においてｃａｔの転写を作動させ、単離されたプロモーターがこの生物においても活性であったことが示唆される。この結果は予想できないものではなかった。なぜなら、Ｃ．グルタミカムからクローン化された遺伝子の多くは、適切な栄養要求体の異種相補性により示されるように（Ｊｅｔｔｅｎ＆Ｓｉｎｓｋｅｙ、１９８５でレビューされる）、大腸菌で発現したからである。反対に、いくつかの大腸菌遺伝子は、Ｃ．グルタミカムで効率的に発現し（例えば、Ｅｉｋｍａｎｎｓら、１９９１；Ｐａｔｅｋら、１９８９）、そして大腸菌　ｔａｃ、ｌａｃＵＶ５、及びｔｒｐプロモーターはコリネバクテリアで機能的であることが示されている（Ｍｏｒｉｎａｇａら、１９８７）。これらすべての結果は、Ｃ．グルタミカムのプロモーターの一般的構造は、大腸菌のプロモーターのものと類似していることを示唆する。」（第１３０５頁右欄第１１行〜第２４行）
　
（甲２−４）「Ｃ．グルタミカム由来のプロモーターと他の細菌由来のプロモーターの一次構造の類似性は、比較コンピュータ分析により立証された。本研究で適用した両プログラムは、Ｃ．グルタミカムプロモーターの我々のセットにおいて、最も関連する領域が、ＴＳ部位の上流１０ｂｐ周辺に位置し、ヘキサマーＴＡ．ＡＡＴを含むことを示した。当該または類似のモチーフをすべてのプロモーターで見つけることができる。別の保存領域はＴＳ部位の上流およそ３５ｐｂで検出された。この領域で見いだされたコンセンサスヘキサマーＴＴＧＣＣＡは、大腸菌のコンセンサスＴＴＧＡＣＡと、４番目の位置でのみ異なる。」（第１３０６頁左欄第３行〜第１４行）
　
（甲２−５）「しかしながら、ＴＳ部位に関連する位置から、スペーシング（１７・３５ｂｐの平均）から、及び２つの保存されたヘキサマーモチーフの配列から、Ｃ．グルタミカムにおけるこれらのシグナルは、大腸菌（Ｈａｒｌｅｙ＆Ｒｅｙｎｏｌｄｓ、１９８７）及びその他の真正細菌、例えばバチルス（Ｈｅｌｍａｎｎ、１９９５；Ｇｒａｖｅｓ＆Ｒａｂｉｎｏｗｉｔｚ、１９８６；Ｍｏｒａｎら、１９８２）、ラクトバチルス（Ｐｏｕｗｅｌｓ＆Ｌｅｅｒ、１９９３）、及びストレプトコッカス（ｖａｎ　ｄｅｒ　Ｖｏｓｓｅｎら１９８７；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ＆Ｊａｕｒｉｎ、１９９０）の−１０及び−３５プロモーターコンセンサス配列に相当することが明らかである。我々の分析により明らかになったＣ．グルタミカムのコンセンサスモチーフの優位性は、ｔａｃプロモーター（１２個の位置中１１がコンセンサスと同一）がＣ．グルタミカムで非常に効率的であることが判明し（Ｅｉｋｍａｎｎｓら、１９９１；Ｍｏｒｉｎａｇａら、１９８７）、並びに大腸菌ｌａｃプロモーターにおいて−１０ヘキサマーをＴＡＴＧＴＴからＴＡＴＡＴＴへ変更し、コンセンサス配列との類似性を高めることは、Ｃ．グルタミカムでのプロモーターのより高い効率を導く（Ｂｒａｂｅｔｚら、１９９１）という事実により裏付けられる。」（第１３０６頁左欄第１８行〜第３８行）
　
（甲２−６）「−１０及び−３５ヘキサマーはさておき、その他の位置もＣ．グルタミカムプロモーターにおいて保存されているようである：−１０エレメントの５’末端に隣接する二つのＧ、−３５エレメントの２ｂｐ下流のＡ残基及び−３５エレメントの直ぐ上流のＴ残基（図５）。実際、−１０及び−３５ヘキサマー付近の保存された塩基は、コンセンサスモチーフをｇｇＴＡ．ａａＴ及びｔｔｔＧｃｃａ．ａにそれぞれ拡張する。多数のバチルス及びラクトバチルスのプロモーターにおいて、−１０ヘキサマーの上流に又は１ｂｐ隔てて見いだされたＴＧモチーフの存在により、伸張されたプロモーターコンセンサスがグラム陽性細菌で提案されている（Ｈｅｌｍａｎｎ、１９９５；Ｇｒａｖｅｓ＆Ｒａｂｉｎｏｗｉｔｚ、１９８６；ｖａｎ　ｄｅｒ　Ｖｏｓｓｅｎら、１９８７：Ｍａｔｅｒｎら、１９９４）。ここで分析した３３プロモーターのうち１１が、−１０ヘキサマーの５’近傍でＴＧモチーフを含む、したがって、−１０ヘキサマーに隣接するＴＧダブレットは、Ｃ．グルタミカムにおいても、プロモーター機能に有意性を有するかもしれない。−１０領域上流の比較的高いＡ＋Ｔ含量も有意なようである、特に、Ｃ．グルタミカムの平均Ａ＋Ｔ含量はほんの約４３．５％だからである（Ｌｉｅｂｌ、１９９１）。」（第１３０６頁左欄第３９行〜第５９行）
　
（甲２−７）「表２．異なる生物に由来するプロモーターのコンパイルでの、−３５及び−１０モチーフにおけるコンセンサス保存の程度
　異なる生物のプロモーターコンパイルを以下の参考文献より取得した：Ｃ．グルタミカム、３３プロモーター（本研究）；大腸菌、２６３プロモーター（Ｈａｒｌｅｙ＆Ｒｅｙｎｏｌｄｓ、１９８７）；バチルス・ズブチリス、２３７プロモーター（Ｈｅｌｍａｎｎ、１９９５）；ラクトバチルス、３０プロモーター（Ｐｏｕｗｅｌｓ＆Ｌｅｅｒ、１９９３）；ストレプトコッカス、１７プロモーター（Ｍｏｒｒｉｓｏｎ＆Ｊａｎｒｉｎ、１９９０）。
＊Ｃ．グルタミカム−３５コンセンサス配列において、４番目のヌクレオチドはＡではなくＣである。この位置でのＡは、３３プロモーターのうち７のみで見られた（２１％保存）。
」（第１３０７頁、表２）
　
２．甲第３号証
（甲３−１）「細菌では、Ｌ−グルタミン酸は主なアンモニア同化産物の一つであり、それはアミノ酸及びプリン合成におけるアミノ基の供与体として働き、そして、それはアミノ酸のＬ−グルタミン酸ファミリーの前駆体である。したがって、Ｌ−グルタミン酸合成は、炭水化物と窒素代謝の間のつなぎを提供する。微生物において、Ｌ−グルタミン酸は、２つの異なる経路により合成され得る。グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）は、ＮＡＤＰＨ＋Ｈ＋の同時酸化を伴うα−ケトグルタル酸のＬ−グルタミン酸への還元的アミノ化を触媒し（反応１）、そして高濃度のアンモニア（＞１ｍＭ）でのＬ−グルタミン酸生成に関わる（Ｍａｇａｓａｎｉｋ、１９８２）。アンモニア濃度が低い（＜１ｍＭ）場合、Ｌ−グルタミン酸はグルタミンシンターゼ（ＧＳ）（反応２ａ）とグルタミン酸シンターゼ（グルタミン：２−オキソグルタル酸アミノトランスフェラーゼ（ＧＯＧＡＴ）のカップル反応により生成される（反応２ｂ）（Ｍａｇａｓａｎｉｋ、１９８２）。
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ＧＤＨ
α−ケトグルタル酸＋ＮＨ４＋＋ＮＡＤＰＨ＋Ｈ＋　⇔　Ｌ−グルタミン酸＋Ｈ２Ｏ＋ＮＡＤＰ　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（１）
　　　　　　　　　　　　　　　　　ＧＳ
Ｌ−グルタミン酸＋ＮＨ４＋＋ＡＴＰ　⇔　グルタミン＋ＡＤＰ＋Ｐｉ＋Ｈ２Ｏ　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（２ａ）
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ＧＯＧＡＴ
グルタミン＋α−ケトグルタル酸＋ＮＡＤＰＨ＋Ｈ＋　⇔　Ｌ−グルタミン酸＋ＮＡＤＰ　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　（２ｂ）
コリネバクテリウム　グルタミカムは、ある培養条件下、例えばビオチン制限下（Ｓｈｉｉｏら、１９６２）で大量のＬ−グルタミン酸を生成することができる。この生物のＧＤＨ及びＧＳは、同定され、精製されている（Ｋｉｍｕら、１９６２；Ｏｓｈｉｍａら１９６４；Ｔａｃｈｉｋｉら１９８１）。Ｃ．グルタミカムの近縁種、ブレビバクテリウム　フラバム（Ａｂｅら、１９６７）から、３つの酵素（ＧＤＨ、ＧＳ、及びＧＯＧＡＴ）すべてが精製された（Ｓｈｉｉｏ及びＯｚａｋｉ、１９７０；Ｓｕｎｇら、１９８４；Ｔｏｃｈｉｋｕｒａら、１９８４）。これらのデータは、両経路はコリネ型グルタミン酸生産細菌で機能していることを示唆する。しかしながら、Ｂ．フラバムのＧＤＨ変異体は、グルタミン酸栄養要求であることが示され（Ｓｈｉｉｏ及びＵｊｉｇａｗａ、１９７８）、そして、これら生物でのグルタミン酸生成、及びそれによるアンモニア同化は、主にＧＤＨ反応により行われることが一般的に受け入れられている（Ｋｉｎｏｓｈｉｔａ、１９８５）。
　Ｃ．グルタミカムの代謝におけるＧＤＨの明白な重要な役割にも関わらず、遺伝子レベルでのこの酵素の研究に対する努力はほとんどなされていない。グルタミン酸デヒドロゲナーゼ遺伝子の単離は、コリネバクテリウム　メラセコラで最近報告された（Ｔａｋｅｄａら、１９９０；Ｌｅｂｌｏｎら、１９９０）。しかしながら、コリネバクテリウムに関する発現データや対応する遺伝子構造に関するデータはこれらの著者により提供されなかった。ここで、我々は、ＮＡＤＰ−依存性ＧＤＨ（ＥＣ１．４．１．４）をコードするＣ．グルタミカムｇｄｈ遺伝子の単離、同種及び異種発現、並びに明らかな構造分析を記載する。我々の知る限り、これは、グラム陽性生物から単離されたこの遺伝子についての分子分析の最初の報告である。」（第３１７頁左欄第２６行〜第３１８頁左欄第３行）
　
（甲３−２）「
図３．Ｃ．グルタミカム１３０３２由来のｇｄｈ遺伝子の核酸配列及びその推定タンパク配列。推定のリボソーム結合部位（ＲＢＳ）、停止コドン（＊）、転写開始部位（→）、推定−１０領域（’−１０’）、及び潜在的な転写ターミネーター（反転矢印）を示す。これらの配列データは、ＥＭＢＬ／ＧｅｎＢａｎｋ／ＤＤＢＪヌクレオチド配列データライブラリーにおいて、アクセッション番号Ｘ５９４０４で出ている。」（第３２１頁、図３）
　
３．甲第４号証
（甲４−１）「コリネバクテリウム　グルタミカムは、好気的グラム陽性生物であり、アミノ酸、例えばＬ−グルタミン酸及びＬ−リジンの産業的生産に広く用いられる（Ｌｉｅｂｌ、１９９１）。ここ数年の間に、この生物の遺伝子技術の開発が大きく進歩し（Ｍａｒｔｉｎ、１９８９；Ｓｃｈｗａｒｚｅｒ＆Ｐｕｈｌｅｒ、１９９１）、Ｃ．グルタミカムの遺伝子及び酵素の構造、組織、発現、及び制御に関する研究を可能とした。アミノ酸の生合成、特にＬ−リジン、Ｌ−スレオニン、及びＬ−イソロイシン合成に関わるいくつかの遺伝子が特徴づけられた（Ｅｉｋｍａｎｎｓら、１９９３でレビューされている）。最近、Ｃ．グルタミカムの中心的な代謝に関わる遺伝子のいくつか、例えばアナプレロティック酵素、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ（Ｅｉｋｍａｎｎｓら、１９８９；Ｏ’Ｒｅｇａｎら、１９８９）並びに解糖系酵素、フラクトース−１，６−ビスリン酸アルドラーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ、３−ホスホグリセリン酸キナーゼ、及びトリオースリン酸イソメラーゼ（ｖｏｎ　ｄｅｒ　Ｏｓｔｅｎら、１９８９；Ｅｉｋｍａｎｎｓ、１９９２）に関し、分析されている。Ｒｅｙｅｓら（１９９１）は、Ｃ．グルタミカムの近縁種であるＣ．メラセコラ由来のクエン酸合成酵素遺伝子のクローニングを報告した；しかしながら、当該遺伝子の構造データは示されなかった。クエン酸合成酵素（ＥＣ４．１．３．７）はクエン酸経路のエントリーでの重要なステップ、即ち、アセチルＣｏＡとオキサロ酢酸を縮合してクエン酸とＣｏＡを生成するステップを触媒する。中心的な代謝におけるこの酵素の重要な位置は、その構造的、動力学的、制御的及び分子的特性において大いに興味をかきたて、それゆえに、様々な生物で詳細に研究されている（Ｗｉｔｚｍａｎ、１９８１によりレビュー；Ｗｉｅｇａｎｄ＆Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ、１９８６；Ｋａｙ＆Ｗｅｉｔｚｍａｎ、１９８７）。研究されたクエン酸合成酵素のすべては、Ｍｒ値４００００−５００００の同一サブユニットの多量体である。グラム陽性細菌及び真核生物は、二量体のクエン酸合成酵素を有し（Ｍｒ〜１０００００）、それはＡＴＰにより阻害される。一方、グラム陰性細菌は、一般に、六量体型（Ｍｒ〜２５００００）を有し、それはアロステリックにＮＡＤＨにより阻害され、そして、通性嫌気性細菌においては、２−オキソグルタル酸により阻害される。しかしながら、両タイプのクエン酸合成酵素のサブユニットは、およそ同じ大きさであり、かつ、いくつかの領域において、アミノ酸配列の一致を示す（Ｋａｙ＆Ｗｅｉｔｚｍａｎ、１９８７；Ｓｕｒｈｅｒｌａｎｄら、１９９０；Ｓｃｈｅｎｄｅｌら、１９９２）。
　Ｃ．グルタミカムｓｓｐ．フラバム（かつてのブレビバクテリウム　フラバム）のクエン酸合成酵素は、部分的に精製され、グラム陽性型酵素に典型的な特性：Ｍｒ約９２０００、ＡＴＰに対する感受性、及びＮＡＤＨ及び２−オキソグルタル酸に対する非感受性を有することが示されている（Ｓｈｉｉｏら、１９７７）。同じ著者は、低下したクエン酸合成酵素活性を有する、Ｃ．グルタミカムｓｓｐ．フラバムの古典的に得られた変異体は、著量のアスパラギン酸及びリジンを生成できたことを報告した（Ｓｈｉｉｏら、１９８２）。このことと、炭水化物からクエン酸経路、そしてそれに由来するアミノ酸への炭素フローにおける当該酵素の重要な位置づけは、クエン酸合成酵素が定義されたアミノ酸生産Ｃ．グルタミカム種の遺伝的構築における重要な標的かもしれないことを示唆する。我々は、制御、クエン酸合成酵素遺伝子（ｇｌｔＡ）の単離、その核酸配列、同種及び異種発現、並びにその転写機構との関連で、Ｃ．グルタミカムのクエン酸合成酵素を記載する。」（第１８１７頁左欄第２行〜第１８１８頁左欄第４０行）
　
（甲４−２）「ｇｌｔＡ過剰発現Ｃ．グルタミカム株が試験したすべての培地において、より遅い生育を示したこと（例えば、ＬＢ培地において、８０分ではなく１２０分の倍増時間）から、クエン酸合成酵素の増加した濃度による細胞の軽度の障害が示唆されることは、特筆すべきである。」（第１８２０頁右欄第３２行〜第３６行）
　
（甲４−３）「増強されたクエン酸合成酵素活性のグルタミン酸分泌への効果を試験するために、標準的なグルタミン酸醗酵（Ｈｏｉｓｃｈｅｎ＆Ｋｒａｍｅｒ、１９８９）をＣ．グルタミカムＷＴ及びＷＴ（ｐＪＣ−ｇｌｔＡ３Ａ）で実施した。これらの実験で、約１７μｍｏｌ　ｍｉｎ−１（ｇ乾燥重量）−１の同一グルタミン酸分泌速度が、両株に関して見いだされた。したがって、クエン酸合成酵素の濃度を単に増強することによっては、Ｃ．グルタミカムのグルタミン酸を分泌する能力を増強することはできない。」（第１８２１頁左欄第１７行〜第２６行）
　
（甲４−４）「
図２．３００７ｂｐＳａｌＩ−ＨｉｎｄＩＩＩフラグメントの核酸配列及び推定のクエン酸シンターゼのアミノ酸配列。転写開始部位（→）、推定−１０領域（―）、停止コドン（＊）、及び潜在的な転写ターミネーター（反転矢印）を示す。」（第１８２２頁〜第１８２３頁、図２）
　
４．甲第５号証
（甲５−１）「従来よりＬ−グルタミン酸はブレビバクテリウム属又はコリネバクテリウム属に属するコリネ型細菌を用いた発酵法により工業的に生産されている。」（第１頁第１３行〜第１４行）
　
（甲５−２）「このようにして取得した変異が導入されて改変又は破壊された遺伝子をコリネ型Ｌ−グルタミン酸生産菌の染色体上の正常な遺伝子と置換する方法としては、相同性組換えを利用した方法（Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ　ｉｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｃｏｌｄ　Ｓｐｒｉｎｇ　Ｈａｒｂｏｒ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　ｐｒｅｓｓ（１９７２）；Ｍａｔｓｕｙａｍａ，Ｓ．及びＭｉｚｕｓｈｉｍａ，Ｓ．、Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，１６２，１１９６（１９８５））がある。相同性組換えは、染色体上の配列と相同性を有する配列を持つプラスミド等が菌体内に導入されると、ある頻度で相同性を有する配列の箇所で組換えを起こし、導入されたプラスミド全体を染色体上に組み込む。この後さらに染色体上の相同性を有する配列の箇所で組換えを起こすと、再びプラスミドが染色体上から抜け落ちるが、この時組換えを起こす位置により変異が導入された遺伝子の方が染色体上に固定され、元の正常な遺伝子がプラスミドと一緒に染色体上から抜け落ちることもある。このような菌株を選択することにより、塩基の置換、欠失、挿入、付加又は逆位を持つ変異が導入されて改変又は破壊された遺伝子が染色体上の正常な遺伝子と置換された菌株を取得することができる。」（第９頁最終行〜第１０頁第１３行）
　
（甲５−３）「なお、Ｌ−グルタミン酸生産性を向上させるには、グルタミン酸生合成系遺伝子を強化することが有利である。グルタミン酸生合成系遺伝子を強化した例としては、解糖系のホスフォフルクトキナーゼ（ＰＦＫ、特開昭６３−１０２６９２号）、アナプレロティック経路のホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ（ＰＥＰＣ、特開昭６０−８７７８８号、特開昭６２−５５０８９号）、ＴＣＡ回路のクエン酸合成酵素（ＣＳ、特開昭６２−２０１５８５号、特開昭６３−１１９６８８号）、アコニット酸ヒドラターゼ（ＡＣＯ、特開昭６２−２９４０８６号）、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＣＤＨ、特開昭６２−１６６８９０号、特開昭６３−２１４１８９号）、アミノ化反応としてはグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ、特開昭６１−２６８１８５号）等がある。」（第１１頁第１１行〜第２０行）
　
（甲５−４）「目的遺伝子の発現を強化するには、強力なプロモーターの下流に目的遺伝子を連結することが考えられる。コリネ型細菌の細胞内で機能するプロモーターのうち強力なものとしては、大腸菌のｌａｃプロモーター、ｔａｃプロモーター、ｔｒｐプロモーター等がある（Ｙ．Ｍｏｒｉｎａｇａ、Ｍ．Ｔｓｕｃｈｉｙａ、Ｋ．Ｍｉｗａ及びＫ．Ｓａｎｏ、Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，５，３０５−３１２（１９８７））。また、コリネバクテリウム属細菌のｔｒｐプロモーターも好適なプロモーターである（特開昭６２−１９５２９４号公報）。本発明の実施例においては、ＰＥＰＣ遺伝子の発現にコリネ型細菌のｔｒｐプロモーターを用いた。」（第１２頁第９行〜第１６行）
　
（甲５−５）「１．染色体上に存在するα−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を有する酵素をコードする遺伝子又はそのプロモーターの塩基配列中に１又は２以上の塩基の置換、欠失、挿入、付加又は逆位が生じたことにより、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性が欠損したコリネ型Ｌ−グルタミン酸生産菌。
２．請求項１記載のコリネ型Ｌ−グルタミン酸生産菌を液体培地中に培養し、培養液中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを採取することを特徴とするＬ−グルタミン酸の製造法。」（請求項１〜２）
　
５．甲第６号証
（甲６−１）「野生型と比較してプロモーター強度が２１倍に増強した６つの変異体は、−３５プロモーター領域において、ＴＴＧＴＣＡからコンセンサス配列ＴＴＧＡＣＡに変異されていた。野生型より７倍強いａｍｐＣプロモーターを示す３つの変異体において、−１０領域配列ＴＡＣＡＡＴは、コンセンサス配列ＴＡＴＡＡＴに変異されていた。」（第８７５頁、要約第４行〜第１０行）
　
（甲６−２）「−３５領域の非常に保存されたＴＴＧ配列の下流には、３つのより厳密でない保存されたヌクレオチドが続く。」（第８７５頁左欄第４０行〜第４２行）
　
６．甲第７号証
（甲７−１）「
」（第３５４０頁、図１ｂ））
　
７．甲第８号証
（甲８−１）「１．ＴＡＧＡＣＡで示される塩基配列（ａ）と、該塩基配列（ａ）の１５〜２０塩基対下流のＴＡＴＡＡＴで示される塩基配列（ｂ）とを有することを特徴とするコリネ型細菌細胞内でプロモーターとして機能するＤＮＡ断片（ｃ）。」（第１頁左欄第５行〜第９行）
　
（甲８−２）「実施例２
　合成プロモーターのｐＰＲ３への導入：
　プロモーターはＤＮＡ合成装置（ＢＥＣＫＭＡＮ　Ｓｙｓｔｅｍ　Ｉ　Ｐｌｕｓ）を用いて合成した（その両末端がＢａｍＨＩ断片になるようにした）。そのＤＮＡ断片の塩基配列を下記に示す。
 GATCCCGAAACTAGACAAGAACCCAAAAATGATTTATAATTTAG
      GGCTTTGATCTGTTCTTGGGTTTTTACTAAATATTAAATCCTAG
　実施例１で調製したプラスミドｐＰＲ３　０．５μｇに制限酵素ＢａｍＨＩ（５ｕｎｉｔｓ）を３７℃で１時間反応させ、プラスミドＤＮＡを完全に分解した。
　上記合成プロモーターＤＮＡとプラスミドＤＮＡ解物を混合し、制限酵素を不活化するために６５℃で１０分間加熱処理した後、該失活溶液中の成分が最終濃度として各々５０ｍＭトリス緩衝液ｐＨ７．６、１０ｍＭ　ＭｇＣｌ２、１．０ｍＭジチオスレイトール、１ｍＭ　ＡＴＰ及びＴ４リガーゼ１ｕｎｉｔｓになるように各成分を強化し、１６℃で１５時間保温した。この溶液を用いてエシェリヒア・コリＨＢ１０１コンピテントセル（宝酒造製）を形質転換した。
　形質転換株は５０μｇ／ｍｌ（最終濃度）のカナマイシンを含むＬ培地（トリプトン１０ｇ、酵母エキス５ｇ、ＮａＣｌ５ｇ、純水１ｌ、ｐＨ７．２）で３７℃にて２４時間培養し、生育株として得られた。これら生育株のプラスミドをアルカリ−ＳＤＳ法［Ｔ．Ｍａｎｉａｔｉｓ、Ｅ．Ｆ．Ｆｒｉｔｓｃｈ、Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ；「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｃｌｏｎｉｎｇ」（１９８２）９０〜９１参照］により抽出した。
　得られたプラスミドは実施例１の（Ｅ）項に記載の方法に従い、ブレビバクテリウム・フラバムＭＪ−２３３株（ＦＥＲＭ　ＢＰ−１４９７）プラスミド除去株へ形質転換し、実施例１の（Ａ）項に記載の方法を用いてプラスミドを抽出した。
　このプラスミドの制限酵素ＢａｍＨＩ、ＫｐｎＩ、ＳａｃＩ等の制限酵素による切断パターンによってｐＰＲ３に合成ＤＮＡが組み込まれていることを確認し、このプラスミドを「ｐＰＲ３ＢＴ２」と命名した。
実施例３
　合成プロモーター強度の測定：
　実施例２でｐＰＲ３に挿入したプロモーターの強度を、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）の活性を測定することによって調べた。
　ｐＰＲ３を保有するブレビバクテリウム　フラバムＭＪ−２３３株とｐＰＲ３ＢＴ２を保有するブレビバクテリウム・フラバムＭＪ−２３３株をそれぞれ、実施例１の（Ａ）項に記載の半合成培地Ａにカナマイシンを５０μｇ／ｍｌ加えた培地１０ｍ１の入った試験管で一晩前培養し、その培養液を上記の培地１００ｍｌの入った三角フラスコで約６時間培養後集菌し、活性測定に用いた。ＣＡＴの活性はＷ．Ｖ．Ｓｈａｗらの方法［Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ　Ｊａｎ．（１９６８）２８〜３６参照］により測定した。その結果、ｐＰＲ３ＢＴ２を有するＭＪ−２３３株は、プロモーターの挿入されていないｐＰＲ３を有するＭＪ−２３３株の約１４倍のＣＡＴ活性をもっていた。」（第６頁右上欄第１３行〜第７頁左上欄第１１行）
　
８．甲第９号証
（甲９−１）「しかしながら、３塩基を変更し、コンセンサス−１０配列、ＴＡＴＡＡＴを作出した場合、好気的及び嫌気的発現のいずれにおいても、およそ１０倍に増加した（ｐＭＷ６４６）。」（第１１２０頁右欄第５行〜第９行）
　
９．甲第１０号証
（甲１０−１）「【０００３】
【発明が解決しようとする課題】プラスミドは染色体外で増殖・機能するので、プラスミドＤＮＡを用いて菌の遺伝的性質を改変する場合、宿主である菌の染色体までその改変を及ぼすことができない。とくに、欠失、変異等、宿主菌のＤＮＡの性質が問題となる場合には、計画的な対策が立てられなかった。これまでは、変異処理剤などで宿主菌を処理し、ランダムに変異が入った菌から目的通り改変された株を選択する方策が用いられていたが、大きな労力と困難を伴っていた。また、プラスミドＤＮＡを用いた場合は、プラスミドが不安定で脱落し、十分な発現が得られない、または、目的遺伝子を含むプラスミドが多コピー存在することにより、発現が過剰になり、菌の生育、物質生産に悪影響を与える、などの問題点がしばしば生じていた。本発明は、染色体上の特定の遺伝子を計画的に改変し、また、定まったコピー数の遺伝子を安定に染色体上に固定することにより、これら問題点を解決しようというものである。
【０００４】
【課題を解決するための手段】本発明者らは上記問題点を解決すべく鋭意研究を行った結果、コリネ型細菌中で自律増殖可能なプラスミドＤＮＡの複製起点を、培養温度を上昇させることにより複製不能になる、温度感受性変異型の複製起点に改変することに成功した。この温度感受性複製起点をもつプラスミドに目的遺伝子を接続し、コリネ型細菌に導入し、プラスミドを保持した菌株を１０〜２７℃、好ましくは２０〜２５℃にて培養後、３１〜３７℃、好ましくは３３〜３６℃にて培養してプラスミドを除去し、染色体へ遺伝子が組み込まれた株を選択する。この際、プラスミド上にある薬剤耐性遺伝子などのマーカー遺伝子が染色体上に組み込まれ、プラスミドを保持しなくてもマーカー遺伝子の発現により薬剤耐性などの形質を示すことで組み込み株の選択ができる。この段階では、染色体上に、ベクタープラスミドＤＮＡと目的遺伝子が、同時に組み込まれているが、組み込み株から薬剤耐性などのマーカー遺伝子の形質の除去を指標にして、再び相同組換えを起こして、ベクター部分が染色体上から除去された株を選択することができる。このとき、目的遺伝子と対応する宿主の染色体遺伝子が同時に除去されプラスミドにて導入した遺伝子と置き変わる遺伝子置換を起こすことが出来る。」（段落【０００３】〜【０００４】）
　
１０．甲第１１号証
（甲１１−１）「グルタミン酸は高濃度アンモニアイオン存在下でグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇｌｕｔａｍａｔｅ　ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ、ＧＤＨ）の触媒作用により合成される。従って、もし微生物細胞内でのＧＤＨ活性を増強することができれば、微生物細胞内におけるグルタミン酸の産生を促進することができる。」（第３頁左上欄第５行〜第１０行）
　
１１．甲第１２号証
（甲１２−１）「このトリカルボン酸回路の第１段反応を触媒するのが、クエン酸合成酵素（Ｃｉｔｒａｔｅ　Ｓｙｎｔｈａｓｅ：ＣＳ）である。従って、このＣＳを強化すればトリカルボン酸回路の働きが活発になり、その結果多量の中間体を供給できるためそれから合成されるアミノ酸や核酸などの物質の生産性を大きく改善することができる。」（第３頁左上欄第１３行〜第２０行）
　
１２．甲第１６号証
（甲１６−１）「大腸菌ラクトースオペロン全体を大腸菌／コリネバクテリウム　グルタミカム　シャトルベクターに挿入し、宿主生物Ｃ．グルタミカムＲ１６３に導入した。効率的なプロモーターの下流にｌａｃ遺伝子を有する組換えＣ．グルタミカム株は、唯一の炭素源としてのラクトースで迅速な生育を示した。ラクトースでのＣ．グルタミカムＲ１６３の良好な生育を得るためには、二つの条件が必要であった：ｌａｃＺに加えてｌａｃＹ遺伝子の存在、及びＣ．グルタミカムでの効率的な転写のための適切なプロモーター。ラクトースのガラクトース部分は利用されなかったが、培養ブロスに蓄積した。ｌａｃＺ（β−ガラクトシダーゼ）のみを有しｌａｃＹ（ラクトースパーミアーゼ）を有さないＣ．グルタミカム株は、ラクトース最小培地で生育できなかった。」（第６０７頁、要約）
　
（甲１６−２）「コリネバクテリウム・グルタミカムのためのｌａｃプラスミドの構築
　本研究で構築したｌａｃ遺伝子を有する全てのプラスミドは、Ｃ．グルタミカム／大腸菌シャトルベクターｐＷＳＴ４Ｂ（Ｌｉｅｂｌｒａ、１９８９ｂ）に基づく。大腸菌よりクローン化されたｌａｃオペロンを有するプラスミドｐＳＫＳ１０５（Ｓｈａｐｉｒａら、１９８３）は、Ａ．Ｂｏｃｋ（ミュンヘン大学）の好意により提供され、ｌａｃ遺伝子のソースとして使用された。ラクトースシャトルプラスミドの構築のためのスキームを図１に示す。構築ステップのいくつかにおいて、ｌａｃＹ遺伝子に位置するＣｌａＩサイト（図１中、アスタリスクで印を付けた）は、ｄａｍ＋大腸菌宿主株を経由する場合、ＣｌａＩでの開裂から保護されるという事実から有利であった。
　ｐＥＣＬ１は、野生型ｌａｃプロモーター（Ｐｌａｃ）の転写制御下でｌａｃオペロン全体を含むシャトルプラスミドである。比較のため、ｐＥＣＬ３と命名したｐＥＣＬ１の欠損誘導体を構築した。それはｌａｃＺを有するが、ｌａｃＹとｌａｃＡ遺伝子を有さない。それ以外は、ｐＥＣＬ３はｐＥＣＬ１と同一である。ｐＥＣＬ１由来のラクトースパーミアーゼ及びトランスアセチラーゼ遺伝子を欠損するための慣用法は存在しなかったため、オリゴヌクレオチド指向性の部位特異的変異（「材料と方法」参照）によりｌａｃＺとｌａｃＹのシストロン間領域にＳｔｕＩサイトを導入した。この目的のために合成した１７ｍｅｒは、５’−ｐＣＧＧＧＣＡＧＡＣＡＡＧＧＣＣＴＧ−３’を有し、相補的ｌａｃＺ−ｌａｃＹのシストロン間領域との関係で１つのミスマッチ（１１番目において、Ｔの代わりにＡ）を含んでいた。オペロンの変異された部分をｐＥＣＬ１に再び導入した。結果として得られるプラスミド、ｐＥＣＬ１Ｓ、ｌａｃＹＡ領域が２つのＳｔｕＩサイトの側面に位置する。ｐＥＣＬ１Ｓの２ｋｂ　ＳｔｕＩフラグメントの切り出し及びその後の再ライゲーションにより、最終的にｐＥＣＬ３がもたらされた。ｐＥＣＬ１又はｐＥＣＬ３を有するＣ．グルタミカムＲ１６３トランスフォーマントはいずれも、β−ガラクトシダーゼ活性を示したが、そのうちの１株、Ｒ１６３／ｐＥＣＬ１のラクトース最小培地でのゆっくりとした生育が達成されるのみであった（図２）。従って、ｐＥＣＬ１ｘ及びｐＥＣＬ３ｘと命名される、第２セットのラクトースプラスミドを構築した（図１）。これらのベクターは、遺伝子変異的に改変されたｌａｃプロモーター（ｌａｃＺのＡＴＧ開始コドンの上流−４７位でのＧをＡに変更した）を含んでおり、該プロモーターは、Ｃ．グルタミカムにおいて野生型プロモーターよりも効率的である（Ｂｒａｂｅｔｚ及びＬｉｅｂｌ、準備中）。４０μｇ／ｍｌ　５−ブロモ−４−クロロ−３−インドイル−β−Ｄ−ガラクトピラノシド（Ｘ−Ｇａｌ）を有するＬＢプレート上での表現型、並びにＲ１６３／ｐＥＣＬ１ｘ及びＲ１６３／ｐＥＣＬ３ｘそれぞれを有する株の細胞質性β−ガラクトシダーゼ活性を比較することによって、Ｒ１６３／ｐＥＣＬ１ｘ及びＲ１６３／ｐＥＣＬ３ｘでの増強されたプロモーター効率が示された（表１）。」（第６０８頁左欄下から第１２行〜右欄第３８行）
　
（甲１６−３）「
」（第６１０頁、表１）
　
１３．甲第１７号証
（甲１７−１）「オクトピン−タイプＴｉプラスミドのｏｃｃＱ及びｔｒａＲプロモーターを制御するＯｃｃＲは、ＬｙｓＲタイプの転写活性因子である。オピン　オクトパインはＯｃｃＲを、リプレッサーからｏｃｃＱのアクチベーターへ変換し、タンパク質のＤＮａｓｅＩフットプリントを短くし、そしてｏｃｃＱプロモーターでのｏｃｃＲが引き起こすＤＮＡベンドの角度を減少する。この研究では、我々は、まずｏｃｃＱの調整された発現に必要なシス−活性ＤＮＡ配列の位置を突き止めた。ＯｃｃＲの活性化の機構をより理解するために、野生型とは異なって機能するｏｃｃＱプロモーター及びｏｃｃＲ遺伝子の両者での変異を単離した。ｏｃｃＱの推定−３５領域をＴＴＧＡＣＣからＴＴＧＡＣＡに変更するｏｃｃＱプロモーターの変異は、ｏｃｃＱの基礎発現を約１５倍増加させた。ｏｃｃＲでの３つの変異も同様であった、そのうちの１つは、オクトピンの非存在下及び存在下のいずれにおいても、十分に構成的なレベルでｏｃｃＱを活性化する。この変異（Ｅ２３Ｇ）は、推定のヘリックス−ターン−へリックスＤＮＡ結合モチーフの第一へリックスに存在する。他２つのｏｃｃＲ変異は、野生型ＯｃｃＲタンパク質がするよりも、ずっと低いオクトピン濃度の検出をタンパク質に引き起こした。これらの変異（Ｆ１１３Ｌ及びＧ１４８Ｄ）は、リガンド結合部位を含むと推定されるタンパク質の領域に位置している。」（第７７１５頁、要約）
　
１４．甲第１８号証
（甲１８−１）「
図１．φ（ｐｒｏＶ−ｌａｃＺ）（Ｈｙｂ２）発現におけるシス−結合変異の効果。親株ＧＭ３７並びに２つの変異誘導体ＢＲＥ２０７４（ｐｒｏＵ６０１）及びＪＭＬ２１（ｐｒｏＵ６０３）の細胞を、指定された量のＮａＣｌを有するグルコースＭＭＡ中で一晩生育させ、そして特定のβ−ガラクトシターゼ（β−ｇａｌ）活性（タンパク質　ミリグラム当たり、１分間に開裂されＯＰＮＧのマイクロモルとして表現）を測定した。全３株は、染色体中のｐｒｏＵ座位で、単一コピーとして、同じｌａｃ融合を有する。」（第８０４頁、図１）
　
（甲１８−２）「φ（ｐｒｏＶ−ｌａｃＺ）（Ｈｙｂ２）融合に隣接して連結された変更を有する８つの変異株の浸透圧制御された発現を分析するために、我々は、これらの株を様々な浸透圧の培地で培養し、特定のβ−ガラクトシダーゼ活性を定量した。同じ酵素活性が全ての変異株で見いだされた；１つの代表的変異、ＪＭＬ２１のデータを図１に示した。低浸透圧で、φ（ｐｒｏＶ−ｌａｃＺ）（Ｈｙｂ２）の発現レベルは、ＧＭ３７におけるよりも、ＪＭＬ２１においておよそ４０倍高かった。」（第８０４頁左欄第１２行〜第２０行）
　
１５．甲第１９号証
（甲１９−１）「ｐＫＭ１０１は、ｍｕｃＡＢ、ｕｍｕＤＣオペロンのアナログを有する天然に存在するプラスミドであり、その遺伝子産物は、ほとんどの遺伝子変異に必要な損傷したＤＮＡのＳＯＳ依存性プロセッシングに必要とされる。遺伝子研究により、ｍｕｃＡＢ発現は、直接のリプレッサーとしてのＬｅｘＡ作用で、ＳＯＳ調節回路により制御されることが示唆された。ｐＧＷ１６は、Ｎ−メチル−Ｎ’−ニトロ−Ｎ−ニトロソグアニジン変異により得られたｐＫＭ１０１誘導体であり、元々、自発的な変異率の穏やかな上昇を引き起こすその能力に基づいて同定された。この報告では、我々は、ｐＧＷ１６は、ｌｅｘＡ３宿主において、メチルメタンスルホネート変異を増強できること、及びＵＶ殺菌に対する相当な抵抗性を付与できることにおいて、ｐＫＭ１０１と異なる。ｐＧＷ１６に保持される変異はドミナントであり、そしてｍｕｃＡＢコーディング領域及びおよそ０．６ｋｂの５’−フランキング領域を含有するｐＧＷ１６の２．４−ｋｂ領域に局在化していた。我々は、ｍｕｃＡＢの上流領域を含む１１９−ｂｐ断片の配列を決定し、そしてその領域での一塩基ペアの変化、既知のＬｅｘＡ結合部位に対して相同な配列を変更するＧ・ＣからＡ・Ｔへのトランスロケーションを同定した。ＤＮＡゲルシフト実験は、ＬｅｘＡタンパク質はこの変異を含有する１２５−ｂｐフラグメントにはほとんど結合しない一方、野生型配列を含む断片は、ＬｅｘＡにより効率的に結合された。この変異は、また、大腸菌プロモーターの−１０領域に対して相同である重複配列を変更し、コンセンサス配列により近づける。ｐＧＷ１６にコードされるｍｕｃＡＢタンパク質のマキシセルでの合成は、ｌｅｘＡ＋プラスミドの不在下でさえも、ｐＫＭ１０１にコードされるｍｕｃＡＢタンパク質の合成よりも増強されたという観察は、この変異は、ｍｕｃＡＢプロモーターの活性も増強させることを示唆する。」（第６２２３頁、要約）
　
（甲１９−２）「以前記載したように、一塩基ペア置換は、Ｅ．ｃｏｌｉプロモーターの−１０領域に対して相同である配列を変更し、そしてそれをＥ．ｃｏｌｉプロモーターのコンセンサス配列によりよく類似させる。それゆえに、ｐＧＷ１６　ｍｕｃＡＢプロモーターの活性は、野生型ｍｕｃＡＢプロモーターのそれより高いようである、そしてこの活性はｍｐＧＷ１６によるｍｕｃＡ及びｍｕｃＢ遺伝子産物の過剰発現にも貢献するようである。」（第６２２９頁右欄最終行〜第６２３０頁左欄第８行）
　
１６．甲第２３号証
（甲２３−１）「エッシェリヒア種、及びセラチア、バチルス、コリネバクテリウムないしブレビバクテリウム属の微生物、並びに慣用的なアミノ酸法で知られる他の株は、生産生物としての使用に適している。エッシェリヒア　コリは、特に適している。」（第１５頁第２９行〜第３４行）
　
（甲２３−２）「遺伝子構造は、１つの遺伝子に割り当てられる少なくとも１つの調節遺伝子配列を含むのが有利である。したがって、調節因子の強化は、特に、転写シグナルを強化することによって、転写のレベルで好適に有効にされ得る。これは、例えば、プロモーター活性の増強により、或いは、構造遺伝子の上流に位置するプロモーター配列の変更又はより効率的なプロモーターで完全に置き換えることによるプロモーターにより、有効にされ得る。」（第１８頁第２７行〜第１９頁第２行）
　
１７．甲第２４号証
（甲２４−１）「Ｓ１ヌクレアーゼ研究から予測されるように、Ｄｒａ１−Ｓａｌ１　ｈｏｍ−ｔｈｒＢフラグメントは、−１０及び−３５領域の両方を含む、これらは、ＨａｗｌｅｙとＭｃＣｌｕｒｅ、Ｎｕｃｌｅｉｃ　Ａｃｉｄ　Ｒｅｓ．１１：２２３２（１９８３）により報告されるように、Ｅ．ｃｏｌｉでのプロモーター活性に重要である。」（第２７頁第５行〜第９行）
　
１８．甲第２５号証
（甲２５−１）「Ｈ．Ａ．ｄｅＢｏｅｒらは、以下の因子はプロモーターの強度に影響することを示した（Ｈ．Ａ．ｄｅＢｏｅｒら、「プロモーター：その構造及び機能」、Ｒ．Ｌ．Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚら、Ｍ．Ｊ．Ｃｈａｍｂｅｒｌｉｎ編集（Ｐｒａｅｇｅｒ　Ｃｏ．）４６２−４８１（１９８２））：
（１）「−１０」領域の核酸配列
（２）「−３５」領域の核酸配列
（３）「−１０」及び「−３５」領域間の距離
（４）「−３５」領域の５’フランキング領域でのＡＴ含量
（５）これら因子の適切な組み合わせ。
因子（１）、（２）、及び（３）は、プロモーターの強度に重要な影響を有することが知られる。」（第３頁第２１行〜第３２行）
　
１９．甲第２６号証
（甲２６−１）「別のコンセンサス配列ＴＴＧＡＣＡは、−３５付近を中央とし、この領域は、また、ほとんどの細菌の遺伝子にとって、転写の正確かつ迅速な開始のために重要である（Ｄａｒｎｅｌｌら、１９８６，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｃｅｌｌ　Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ　Ａｍｅｒｉｃａｎ　Ｂｏｏｋｓ　Ｉｎｃ．参照）。−１０及び−３５領域は、それらの間のスペーシングと同様に、「プロモーター強度の主要な決定因子」である。」（第１頁第１２行〜第１７行）
　
２０．甲第２７号証
（甲２７−１）「さらに、ランダムＤＮＡ配列を２つのコンセンサス配列のうちの１つの場所にクローン化する場合、その結果得られるプロモーターの強度は、一般に、コンセンサス配列に対する相同性の程度と相関する。」（第４頁第１行〜第４行）
　
（甲２７−２）「２つのコンセンサス配列を分離するスペーサーの長さがプロモーターの強度に重要な役割を果たすことが知られる一方で、コンセンサス配列間のスペーサーの配列はプロモーターの強度に関してほとんど重要でないと一般に考えられてきた、そして、遺伝子変異によりスペーサー配列中で更なるコンセンサス配列を同定する試みは、実際に、不成功であった。」（第４頁第１５行〜第２２行）
　
（甲２７−３）「ほとんどしばしば、原核生物のための人工的プロモーターライブラリーは、−３５シグナル（−３５〜−３０）：ＴＴＧＡＣＡ及び−１０シグナル（−１２〜−７）：ＴＡＴＡＡＴ、あるいは、それぞれの３つの保存されたヌクレオチドを少なくとも含む両者の部分を含むであろう。」（第７頁第２４行〜第２８行）
　
２１．甲第２８号証
（甲２８−１）「実施例２　形質転換した宿主の発現
　ＰＴＨベクターを有する形質転換体を、０．５％グルコースとテトラサイクリンを含有する２ＹＴブロスにて、３０℃で一晩培養し、同じ組成の新鮮な培地中に接種し、対数増殖中期に達するまで３０℃で培養を継続した。培養物を１時間の増殖インターバルで誘導（１ｍＭ　ＩＰＴＧ）し、培養物の一部を抜き取り、分画し、培養メディウムのサンプルを生産し、抽出されたＰＴＨ産物を標準のＡｌｌｅｇｒｏアッセイを用いて同定した。これらアッセイの結果は、以下の表１に示される：
　　　　　　　　　　　　　　　　表１
　Ａｌｌｅｇｒｏアッセイの結果は、１８ｂｐ　ｌｐｐ及びｌａｃＵＶ５配列を取り込むプロモーターが、不均一なＰＴＨタンパク質の増強されたレベルを促進することを示唆する。修飾されたｌａｃオペレーター配列（ｌａｃＯ）でスペーサーが置換されたプロモーター＃３；並びに、−３５及び−１０領域がバクテリオファージＴ７に由来し、かつスペーサーがｌａｃＯプロモーターであるプロモーター＃に比べて、プロモーター＃１及び＃２は好ましい。クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）をコードする遺伝子を発現する、同じプロモーターを用いる研究は、プロモーター＃１及び＃２に関して増強された発現の類似の結果を示した。また、研究した各プロモーターは、ｌａｃ由来ＲＢＳに比べて、バクテリオファージＴ５ＲＢＳと組み合わせた場合に、増強されたタンパク質収率を示した。」（第１０頁第２１行〜第１１頁第１９行）
　
２２．甲第３０号証
（甲３０−１）「グルタミン酸生産細菌ブレビバクテリウム・ラクトファーメンタムにおける遺伝子発現試験のための、プロモーターをプロービングする新規ベクターを構築した。このプラスミドｐＥＢ００３、Ｂ．ラクトファーメンタム又は大腸菌のいずれかで複製可能なシャトルベクターは、プロモーターレスのクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ（ＣＡＴ）遺伝子をプロモーター強度をプロービングするための指標遺伝子として有する。ｐＥＢ００３を用いることにより、我々は、大腸菌プロモーター、ｔａｃ、ｔｒｐ、及びｌａｃＵＶ５プロモーターは、Ｂ．ラクトファーメンタムで効率的に作用することを示した。ＣＡＴ活性により評価されるように、プロモーターの相対強度は、大腸菌でのものとＢ．ラクトファーメンタムでのものとで同じであった。したがって、Ｂ．ラクトファーメンタムは、大腸菌と類似の転写機構を有するようである。」（第３０５頁、要約）
　
２３．甲第３１号証
（甲３１−１）「主要な外部膜リポタンパク質、大腸菌において最も豊富に存在するタンパク質、の遺伝子のプロモーターは、大腸菌で最も強いプロモーターの一つであると考えられる。合成オリゴヌクレオチド指向性部位特異的変異により、ｌｐｐプロモーターの−１０及び−３５領域の核酸配列をステップワイズで変更し、それぞれのコンセンサス配列に適合させた。変異プロモーターをｌａｃＺ遺伝子と融合させ、プロモーター活性を測定した。−１０領域（ＡＡＴＡＣＴ）をＴＡＴＡＣＴ（Ｐ１）及びＴＡＴＡＡＴ（コンセンサス配列；Ｐ２）に変更した場合、β−ガラクトシダーゼ活性はおよそ１．９倍及び２．４倍にそれぞれ増強された。同様に、−３５領域（ＴＴＣＴＣＡ）をＴＴＣＡＣＡ（Ｒ１）及びＴＴＧＡＣＡ（コンセンサス配列；Ｒ２）に変更した場合、当該活性はおよそ１．２倍及び４．２倍にぞれぞれ増強された。」（第３１０１頁、要約第２行〜第１２行）
　
２４．甲第３２号証
（甲３２−１）「
図２．ｐＥＲ２３、ｐＥＲ２３（−Ｎｓｉ）、及びｐＥＲ２３Ｐ２ｃｏｎｓの天然及び修飾されたＰ２プロモーター、並びにｐＫＫＡ３のＰｔａｃプロモーター。−３５及び−１０（プリブノーボックス）領域、ｌａｃオペレーター、及びｌａｃＺ開始コドン（ＡＴＧ）に下線を引く。」（第１９０頁、図２）
　
（甲３２−２）「
図３．ｐＥＲ２３、ｐＥＲ２３（−Ｎｓｉ）、及びｐＥＲ２３Ｐ２ｃｏｎｓの天然及び修飾されたＰ２プロモーターにより駆動された、Ｌａｃαペプチドの合成。指定されたプラスミドを有する大腸菌ＪＭ１０７（Ｙａｎｉｓｃｈ−Ｐｅｒｒｏｎら、１９８５）の一晩培養物を、新鮮な酵母−トリプトファンブロス（３７℃）へ接種し、３０分後、１ｍＭ　ＩＰＴＧの添加により誘導した。指定されたインターバルのアリコットを採取し、ＬａｃＺα活性を相補アッセイ（Ｍｉｌｌｅｒ、１９７２）により測定した。ＯＤ４２０の測定値を培養液の光学密度（ＯＤ５５０）で割り、これらの比活性値をプロットした。」（第１９１頁、図３）
　
（甲３２−３）「
図４．Ｐ２プロモーター上流の配列修飾。プロモーターの−３５及び−１０領域に下線を引く。」（第１９１頁、図４）
　
（甲３２−４）「（ｄ）プロモーターの上流の修飾の効果
　次の一連の実験では、我々は、プロモーターの上流の変化の効果を厳密に調査することを望んだ。−３５領域がＨｉｎｆＩサイトを含んでいるという事実を利用し、ｐＥＲ２３から挿入変異体を構築した。プラスミドｐＥＲ２３をＨｉｎｆＩで部分的に消化し、電気泳動し、そして、直鎖の全長分子（ワンカットのみ有する）を単離した。突出末端をＰｏｌＩｋで満たし、プラスミドをＨｉｎｄＩＩＩリンカーの挿入で再環状化し、再形質転換した。個々のコロニーを分析し、好ましい構造を有するものをピックした。このプラスミド、ｐＥＲ２３−３５Ｈ３２の関連領域の配列を図４に示す。プロシージャーは、−３５領域プラス２ｂｐ上流を再構築したが、残りの上流配列は１１ｂｐの挿入によりシフトした。別の変異体、ｐＥＲ２３−３５Ｈ３８では、ｐＥＲ２３−３５Ｈ３２をＨｉｎｄＩＩＩ及びＰｓｔＩで処理することにより、上流全体のＡ＋Ｔリッチ領域を除去し、そしてプラスミドｐＫＫＡ３（Ｔ．Ｌ．，Ｇ．Ｂａｌｉｋｏ，Ａ．Ｏｒｏｓｚ及びＰ．Ｖ．，投稿中）由来の１２２４ｂｐ長のＰｓｔＩ−ＨｉｎｄＩＩＩ断片を挿入した。この断片のＨｉｎｄＩＩＩ末端は、１６ＳｒＲＮＡをコードするｒｒｎＢ遺伝子の構造領域に由来する（Ｂｒｏｓｉｕｓら、１９８１のナンバリングによると、１５９７と１７８７の位置の間）。
　図５に示されるように、シフトは、プロモーター活性を劇的に低下させるのに十分である、一方、Ａ＋Ｔリッチ上流領域は、僅かに更なる低下をもたらすに過ぎない。」（第１９１頁右欄第１８行〜第１９２頁左欄第１５行）
　
（甲３２−５）「
図５．上流領域を欠損する変異におけるＬａｃＺαペプチド合成。詳細及びシンボルについては図３のレジェンドを、配列については図４を参照。」（第１９２頁、図５）
　
２５．甲第３３号証
（甲３３−１）「
図２．ｔｒｐ、ｌａｃ　ＵＶ５、ｔａｃ１及びｔａｃ２のプリブノーボックス領域に下線を引く。」（第２３頁、図２）
　
２６．甲第３４号証
（甲３４−１）「Ｌ−グルタミン酸は調味料として幅広い用途があり、グルタミン酸生産性コリネ型細菌を培養して該細菌にＬ−グルタミン酸を生産せしめ、生成するＬ−グルタミン酸を該細菌の培養物から分離する発酵法により工業的に生産されている。」（第２頁左下欄第１０行〜第１４行）
　
（甲３４−２）「これらの細菌を用いてグルタミン酸を製造する際には、発酵終了時のＬ−グルタミン酸の培地中への蓄積濃度を高めること、および使用原料（Ｗ）当りのグルタミン酸の生成量（対糖収率）を向上させることが工業的に重要である。上記目的を達成するために、生産菌の育種改良が種々検討されている．たとえば、グルタミン酸のアナログ（構造類似体）またはグルタミン酸生合成経路の各種中間体のアナログ等に耐性を示す菌株を作製することにより、各種酵素活性のフィードバック阻害や抑制の解除された菌株を育種する方法．またグルタミン酸生合成経路の途中より分岐して副生産物の合成に向かう経路の酵素活性の低下した菌株を育種する方法等が試みられている。一方、グルタミン酸生合成に関与する酵素の活性を強化することによりＬ−グルタミン酸の生産速度を高めるとともに効率良くＬ−グルタミン酸を生成させる試みも近年行われるようになり、この目的省達成するためにグルタミン酸の生合成経路に関与する各種酵素遺伝子のクローニングが行われつつある。」（第２頁左下欄第１９行〜右下欄第１９行）
　
（甲３４−３）「しかしながら、Ｌ−グルタミン酸発酵においてその生産性を十分向上することのできる菌株については、これまでに報告された例がなかった。
（問題点を解決するための手段および作用）
　本発明者らは上記問題を解決すべく鋭意研究を重ねた結果、グルタミン酸生合成経路に関与する酵素遺伝子のうち、少なくとも２種以上の酵素遺伝子を組換えＤＮＡ技術を用いることにより同時に強化した種々の菌株を作製することに成功し、これらの菌株を用いてグルタミン酸発酵を行ったところ、少なくともグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（Ｇｌｕｔａｍａｔｅ　ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ：ＧＤＨ）遺伝子とイソクエン酸デヒドロゲナーゼ（Ｉｓｏｃｉｔｒａｔｅ　ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ：ＩＣＤＨ）遺伝子を含む少なくとも２種以上のグルタミン酸生合成経路に関与するグルタミン酸生産性コリネ型細菌由来の酵素遺伝子を含む組換え体ＤＮＡで形質転換された菌株を用いてグルタミン酸発酵を行なった場合には親株を使用した場合に比較して培地中へのＬ−グルタミン酸の蓄積レベルのみならず対糖収率も著しく向上していることを見出し、本発明を完成するに到った。」（第３頁右上欄第５行〜左下欄第６行）
　
（甲３４−４）「多重強化株を作製する際の材料となる組換えプラスミドとして、ＧＤＨ遺伝子を含むｐＡＧ１００１、ＩＣＤＨ遺伝子を含むｐＡＧ３００１、ＡＨ遺伝子を含むｐＡ５００１、およびＣＳ遺伝子を含むｐＡＧ４００３等が挙げられる。」（第６頁右下欄第８行〜第１２行）
　
（甲３４−５）「第２表
」（第１７頁、第２表）
　
（甲３４−６）「第１０表
」（第４１頁、第１０表）
　
（甲３４−７）「ｐＣＩ３１およびｐＣＧ５はそれぞれＣＳとＩＣＤＨを同時に含む組換えプラスミドおよびＣＳとＧＤＨ同時に含む組換えプラスミドである。」（第４２頁右下欄第１２行〜第１４行）
　
（甲３４−８）「第１１表
」（第４３頁、第１１表）
　
（甲３４−９）「第１３表
」（第４４頁、第１３表）
　
２７．甲第３５号証
（甲３５−１）「このプロモーターの−３５及び−１０領域、それぞれＴＡＣＡＣＡ及びＡＡＴＡＡＴは、大腸菌のｔｒｐプロモーターととてもよく似ている。Ｂ．ラクトファーメンタムのｔｒｐプロモーターは、大腸菌で機能する。」（第１９１頁、要約第８行〜第９行）
　
第６　乙号証の記載事項
　乙第７号証の１〜３には、以下の事項が記載されている（英語で記載されているため、日本語訳で摘記する。）。
　
１．乙第７号証の１
（乙７の１−１）「６９．複数のプロモーターにわたって平均化された所与の相対的位置に見られるいくつかの典型的な核酸からなるコンセンサス配列は、可能性のあるポリメラーゼ結合位置を識別するのに有用であったー方、特定のプロモーターにおいてコンセンサスからずれることがプロモーターの強度に関してどのような影響を及ぼすかは予測不能であったと思われる。例えば、１つの非コンセンサスなヌクレオチドが特定のプロモーターの別の場所にあるヌクレオチドと協働する場合があり、したがって、コンセンサス配列とずれた位置（ｄｅｖｉａｎｔ　ｐｏｓｉｔｉｏｎ）にコンセンサスを導入する変異を行うことによってこの関係が破壊され、プロモーターの強度を実質的に低下させることがあり得る。
７０．例えば、Ｆｅｒｎａｎｄｅｚは、よりコンセンサスに類似の構造を導入するようなプロモーターの改変によって得られたものが、「いくぶん強度の劣る」プロモーターであった例を示し、「大腸菌において最も強力なプロモーターが必ずしもコンセンサス配列に付着するわけではないことがわかった」と述べている（証拠１００９、第４６頁、第３段落）。
７１．プロモーターコンセンサス配列からずれることは、完全に一致する場合よりもはるかに一般的である。さらに、コンセンサスプロモーター配列に合致させることは、発現活性の強さではなく、ポリメラーゼによる結合の堅固さとより正確な相関関係にある。例えば、Ｅｌｌｉｎｇｅｒら（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２３９，４５５−４６５（１９９４））によって、「プロモーター配列がコンセンサスパターンとどのように合致しているかによって転写レベルを予測することは全くできなかった」ことが確認され、「このような予測不能性は、これまでの多くの研究において確認されている」ことも記載されている（証拠１０１１、第４６２頁、第２欄第３段落）。」（第２０頁第３行〜第２０行）
　
２．乙第７号証の２
（乙７の２−１）「しかしながら、インビボでは、二つの独立したレポーター遺伝子（４．５Ｓ　ＲＮＡを含む）を用いた際、ｔｒｃプロモーターは、元のｔａｃプロモーターと比較して、いくぶん強度の劣るものであったことが示された（ブロシウスら、１９８５）。大腸菌において最も強力なプロモーターが必ずしもコンセンサス配列に付着するわけではないことがわかった。」（第４６頁第３４行〜第３９行）
　
３．乙第７号証の３
（乙７の３−１）「すべてのプロモーターは、大腸菌において、適切で、大部分は予測可能な開始部位から転写を開始したことが分かった。しかしながら、プロモーター配列がコンセンサスパターンとどのように合致しているかによって転写レベルを予測することは全くできなかった。」（第４６２頁右欄第４６行〜第５０行）
　
（乙７の３−２）「このような予測不能性は、これまでの多くの研究において確認されている（クナウス及びブジャール、１９８８、１９９０；グラナら、１９８８）。よって、コンセンサス要素は、特有の位置での開始の特定の際に主要な役割を果たすようであるが、転写の強度を必ずしも支配するものではない。」（第４６２頁右欄第５４行〜第４６３頁左欄第２行）
　
第７　当審の判断
１．無効理由１（甲第２号証を主引用例とする進歩性）について
（１）本件訂正発明１について
　本件訂正発明１を、「コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したコリネ型細菌を、培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取することを特徴とする発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法」に係る発明（以下、「本件訂正発明１−１」という）、「コリネ型細菌の染色体上の、クエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したコリネ型細菌を、培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取することを特徴とする発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法」に係る発明（以下、「本件訂正発明１−２」という）、「コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列、並びにクエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したコリネ型細菌を、培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取することを特徴とする発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法」に係る発明（以下、「本件訂正発明１−３」という）に分けて以下検討を行う。
　
（２）甲第２号証に記載された発明
　上記記載事項（甲２−２）中の「Ｐ−ｇｌｔ」の「ｇｌｔ」が、クエン酸合成酵素（ＣＳ）を表すことは技術常識であり、上記記載事項（甲２−２）中の「Ｐ−ｇｄｈ」、「Ｐ−ｇｌｔ」が、それぞれ、コリネバクテリウム　グルタミカム（Ｃ．グルタミカム）のグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列、クエン酸合成酵素（ＣＳ）のプロモーター配列を表すことは明らかであるから、上記記載事項（甲２−２）によると、甲第２号証には、「コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＧＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＣＡＴＡＡＴ配列を有し、クエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＧＧＣＴＡ配列及び−１０領域にＴＡＧＣＧＴ配列を有する、コリネ型細菌」の発明（以下、「甲２発明」という）が記載されていると認められる。
　
（３）本件訂正発明１−１について
ア　本件訂正発明１−１と甲２発明との対比
　本件訂正発明１−１と甲２発明とを対比すると、両者は、コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域に特定の塩基配列及び−１０領域に特定の塩基配列を有する、コリネ型細菌に係る発明である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）本件訂正発明１−１のコリネ型細菌は、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したものであるのに対し、甲２発明のコリネ型細菌は、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＧＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＣＡＴＡＡＴ配列を有するものである点。
（相違点２）本件訂正発明１−１は、コリネ型細菌を培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取することを特徴とする発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法の発明であるのに対し、甲２発明は、コリネ型細菌の発明である点。
　
イ　相違点についての検討
　相違点１について検討する。
　上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）〜（甲２−７）には、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターのコンセンサス配列についての記載があるものの、コリネバクテリウム・グルタミカムの複数の遺伝子のプロモーターについて、−３５領域及び−１０領域の塩基配列を解析した結果が記載されているだけで、上記記載事項（甲２−１）〜（甲２−７）は、コリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第４号証には、クエン酸合成酵素（ＣＳ）活性をプラスミドで増強することによっては、コリネバクテリウム・グルタミカムのＬ−グルタミン酸を分泌する能力を増強することはできないこと（上記記載事項（甲４−３））、コリネバクテリウム・グルタミカムにおいて、クエン酸合成酵素（ＣＳ）の過剰発現により菌の生育が悪くなったこと（上記記載事項（甲４−２））、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域の塩基配列がＴＡＴＡＧＣであること（上記記載事項（甲４−４））が記載されているが、上記記載事項（甲４−１）〜（甲４−４）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第５号証には、コリネ型細菌において、Ｌ−グルタミン酸生産能を向上させるために、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を欠損させること（上記記載事項（甲５−１）及び（甲５−５））、相同性組換えを利用して、変異が導入されて改変又は破壊された遺伝子をコリネ型細菌の染色体上の正常な遺伝子と置換することができること（上記記載事項（甲５−２））、Ｌ−グルタミン酸生産性を向上させるために、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子を強化すること（上記記載事項（甲５−３））、大腸菌のｌａｃプロモーター、ｔａｃプロモーター、ｔｒｐプロモーター等のコリネ型細菌の細胞内で機能する強力なプロモーターの下流に目的遺伝子を連結することにより、目的遺伝子の発現を強化することができること（上記記載事項（甲５−４））が記載されているが、上記記載事項（甲５−２）は、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を欠損させる手段として記載されているだけで、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子に変異を導入する手段として記載されているわけではなく、また、上記記載事項（甲５−３）及び（甲５−４）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを開示も示唆もしていない。
　甲第６号証には、大腸菌において、−３５領域のＴＴＧＴＣＡ配列をコンセンサス配列ＴＴＧＡＣＡにすることにより、プロモーター強度が２１倍に増強したこと、−１０領域のＴＡＣＡＡＴ配列をコンセンサス配列ＴＡＴＡＡＴにすることにより、プロモーター強度が７倍に増強したこと、−３５領域にＴＴＧ配列が保存されていることが記載されている（上記記載事項（甲６−１）〜（甲６−２））が、甲第６号証は、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターに関する文献ではなく、また、大腸菌の特定の遺伝子のプロモーターについての結果が記載されているだけで、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲６−１）〜（甲６−２）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第７号証には、大腸菌のｔａｃプロモーターは、−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有すること、大腸菌のｌａｃＵＶ５プロモーターは、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有することが記載されている（上記記載事項（甲７−１））が、甲第７号証は、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターに関する文献ではなく、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲７−１）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第８号証には、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するプロモーターがコリネ型細菌で機能し、目的遺伝子の発現を１４倍に高めたことが記載されている（上記記載事項（甲８−１）〜（甲８−２））が、甲第８号証は、コリネバクテリウム・グルタミカム由来のプロモーターに関する文献ではなく、また、特定の配列を有するプロモーターを用いた結果が記載されているだけで、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲８−１）〜（甲８−２）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第３４号証には、グルタミン酸生合成経路に関与する酵素遺伝子のうち、少なくとも２種以上の酵素遺伝子を組換えＤＮＡ技術を用いることにより同時に強化した種々の菌株を作製し、これらの菌株を用いてグルタミン酸発酵を行ったところ、少なくともグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子とイソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＣＤＨ）遺伝子を含む少なくとも２種以上のグルタミン酸生合成経路に関与するコリネ型細菌由来の酵素遺伝子を含む組換え体ＤＮＡで形質転換された菌株を用いてグルタミン酸発酵を行なった場合には親株を使用した場合に比較して培地中へのＬ−グルタミン酸の蓄積レベルが向上したこと（上記記載事項（甲３４−３））、ＧＤＨ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＡＧ１００１で形質転換された菌株（８０１（ｐＡＧ１００１））、ＣＳ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＡＧ４００３で形質転換された菌株（８０１（ｐＡＧ４００３））、ＣＳとＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＣＧ５で形質転換された菌株（８０１（ｐＣＧ５））を作製し、これらの菌株を用いてグルタミン酸発酵を行ったことが記載されている（上記記載事項（甲３４−４）〜（甲３４−９））が、ＧＤＨ遺伝子単独で増強させた菌株（８０１（ｐＡＧ１００１））もＣＳ遺伝子単独で増強させた菌株（８０１（ｐＡＧ４００３））もＬ−グルタミン酸の生産性は９．２ｇ／ｄｌであり、親株８０１の生産性（９．１ｇ／ｄｌ）と実質的に変わらなかったことが記載されており（上記記載事項（甲３４−９））、上記記載事項（甲３４−１）〜（甲３４−９）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　また、乙７号証の１〜乙７号証の３等の記載から、大腸菌についても、プロモーターのコンセンサス配列との類似性が、プロモーター活性の向上を必ず引き起こすとは考えられておらず、コリネ型細菌において、プロモーター配列をコンセンサス配列に類似させた場合に、プロモーター活性が必ず向上するとの技術常識があったとは認められない。
　よって、甲第２、４〜８、３４号証の記載は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。また、技術常識ないし周知事項を示す証拠として提出された甲第３、９〜１２、１６〜１９、２３〜２８、３０〜３３、３５号証にも、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することの動機付けとなるような記載はないから、甲第２、４〜８、３４号証の記載及び本願優先日前の周知事項に基づいても、甲２発明のコリネ型細菌において、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−３５領域のＴＧＧＴＣＡ配列について、２番目の塩基の「Ｇ」を「Ｔ」に置換してＴＴＧＴＣＡ配列にし、さらに、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域のＣＡＴＡＡＴ配列について、１番目の塩基の「Ｃ」を「Ｔ」に置換してＴＡＴＡＡＴ配列にすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点２について検討する。
　上記記載事項（甲５−１）及び（甲５−５）から、コリネ型細菌を培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取してＬ−グルタミン酸を製造することは、本願優先日前周知事項であるから、甲２発明のコリネ型細菌を培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取して、発酵法によりＬ−グルタミン酸を製造することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
ウ　本件訂正発明１−１の効果について
　本件明細書の実施例２には、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有する変異株（ＦＧＲ２）が、染色体上のＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び−１０領域に変異を有しない株に比べて、ＧＤＨ比活性が３．４倍増強され、Ｌ−グルタミン酸の収率を１．２倍向上させたことが記載されている（表５）から、本件訂正発明１−１は、Ｌ−グルタミン酸の収率を向上させた発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法を提供することができるという、甲２発明に比べて格別顕著な効果を奏するといえる。
　
エ　まとめ
　したがって、本件訂正発明１−１は、甲第２号証、甲第４号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（４）本件訂正発明１−２について
ア　本件訂正発明１−２と甲２発明との対比
　本件訂正発明１−２と甲２発明とを対比すると、両者は、コリネ型細菌の染色体上の、クエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−１０領域に特定の塩基配列を有する、コリネ型細菌に係る発明である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点１）本件訂正発明１−２のコリネ型細菌は、ＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したものであるのに対し、甲２発明のコリネ型細菌は、ＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＧＣＧＴ配列を有するものである点。
（相違点２）本件訂正発明１−２は、コリネ型細菌を培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取することを特徴とする発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法の発明であるのに対し、甲２発明は、コリネ型細菌の発明である点。
　
イ　相違点についての検討
　相違点１について検討する。
　上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）〜（甲２−７）には、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターのコンセンサス配列についての記載があるものの、コリネバクテリウム・グルタミカムの複数の遺伝子のプロモーターについて、−３５領域及び−１０領域の塩基配列を解析した結果が記載されているだけで、上記記載事項（甲２−１）〜（甲２−７）は、コリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第４号証には、クエン酸合成酵素（ＣＳ）活性をプラスミドで増強することによっては、コリネバクテリウム・グルタミカムのＬ−グルタミン酸を分泌する能力を増強することはできないこと（上記記載事項（甲４−３））、コリネバクテリウム・グルタミカムにおいて、クエン酸合成酵素（ＣＳ）の過剰発現により菌の生育が悪くなったこと（上記記載事項（甲４−２））、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域の塩基配列がＴＡＴＡＧＣであること（上記記載事項（甲４−４））が記載されているが、上記記載事項（甲４−１）〜（甲４−４）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第５号証には、コリネ型細菌において、Ｌ−グルタミン酸生産能を向上させるために、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を欠損させること（上記記載事項（甲５−１）及び（甲５−５））、相同性組換えを利用して、変異が導入されて改変又は破壊された遺伝子をコリネ型細菌の染色体上の正常な遺伝子と置換することができること（上記記載事項（甲５−２））、Ｌ−グルタミン酸生産性を向上させるために、クエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子を強化すること（上記記載事項（甲５−３））、大腸菌のｌａｃプロモーター、ｔａｃプロモーター、ｔｒｐプロモーター等のコリネ型細菌の細胞内で機能する強力なプロモーターの下流に目的遺伝子を連結することにより、目的遺伝子の発現を強化することができること（上記記載事項（甲５−４））が記載されているが、上記記載事項（甲５−２）は、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を欠損させる手段として記載されているだけで、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子に変異を導入する手段として記載されているわけではなく、また、上記記載事項（甲５−３）及び（甲５−４）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを開示も示唆もしていない。
　甲第６号証には、大腸菌において、−３５領域のＴＴＧＴＣＡ配列をコンセンサス配列ＴＴＧＡＣＡにすることにより、プロモーター強度が２１倍に増強したこと、−１０領域のＴＡＣＡＡＴ配列をコンセンサス配列ＴＡＴＡＡＴにすることにより、プロモーター強度が７倍に増強したこと、−３５領域にＴＴＧ配列が保存されていることが記載されている（上記記載事項（甲６−１）〜（甲６−２））が、甲第６号証は、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターに関する文献ではなく、また、大腸菌の特定の遺伝子のプロモーターについての結果が記載されているだけで、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲６−１）〜（甲６−２）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第７号証には、大腸菌のｔａｃプロモーターは、−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有すること、大腸菌のｌａｃＵＶ５プロモーターは、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有することが記載されている（上記記載事項（甲７−１））が、甲第７号証は、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターに関する文献ではなく、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲７−１）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第８号証には、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するプロモーターがコリネ型細菌で機能し、目的遺伝子の発現を１４倍に高めたことが記載されている（上記記載事項（甲８−１）〜（甲８−２））が、甲第８号証は、コリネバクテリウム・グルタミカム由来のプロモーターに関する文献ではなく、また、特定の配列を有するプロモーターを用いた結果が記載されているだけで、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲８−１）〜（甲８−２）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第３４号証には、グルタミン酸生合成経路に関与する酵素遺伝子のうち、少なくとも２種以上の酵素遺伝子を組換えＤＮＡ技術を用いることにより同時に強化した種々の菌株を作製し、これらの菌株を用いてグルタミン酸発酵を行ったところ、少なくともグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子とイソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＣＤＨ）遺伝子を含む少なくとも２種以上のグルタミン酸生合成経路に関与するコリネ型細菌由来の酵素遺伝子を含む組換え体ＤＮＡで形質転換された菌株を用いてグルタミン酸発酵を行なった場合には親株を使用した場合に比較して培地中へのＬ−グルタミン酸の蓄積レベルが向上したこと（上記記載事項（甲３４−３））、ＧＤＨ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＡＧ１００１で形質転換された菌株（８０１（ｐＡＧ１００１））、ＣＳ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＡＧ４００３で形質転換された菌株（８０１（ｐＡＧ４００３））、ＣＳとＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＣＧ５で形質転換された菌株（８０１（ｐＣＧ５））を作製し、これらの菌株を用いてグルタミン酸発酵を行ったことが記載されている（上記記載事項（甲３４−４）〜（甲３４−９））が、ＧＤＨ遺伝子単独で増強させた菌株（８０１（ｐＡＧ１００１））もＣＳ遺伝子単独で増強させた菌株（８０１（ｐＡＧ４００３））もＬ−グルタミン酸の生産性は９．２ｇ／ｄｌであり、親株８０１の生産性（９．１ｇ／ｄｌ）と実質的に変わらなかったことが記載されており（上記記載事項（甲３４−９））、上記記載事項（甲３４−１）〜（甲３４−９）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　また、乙７号証の１〜乙７号証の３等の記載から、大腸菌についても、プロモーターのコンセンサス配列との類似性が、プロモーター活性の向上を必ず引き起こすとは考えられておらず、コリネ型細菌において、プロモーター配列をコンセンサス配列に類似させた場合に、プロモーター活性が必ず向上するとの技術常識があったとは認められない。
　よって、甲第２、４〜８、３４号証の記載は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。また、技術常識ないし周知事項を示す証拠として提出された甲第３、９〜１２、１６〜１９、２３〜２８、３０〜３３、３５号証にも、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することの動機付けとなるような記載はないから、甲第２、４〜８、３４号証の記載及び本願優先日前の周知事項に基づいても、甲２発明のコリネ型細菌において、ＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域のＴＡＧＣＧＴ配列について、３番目の塩基の「Ｇ」を「Ｔ」に置換し、４番目の塩基の「Ｃ」を「Ａ」に置換し、さらに、５番目の塩基の「Ｇ」を「Ａ」に置換してＴＡＴＡＡＴ配列にすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
　次に、相違点２について検討する。
　上記記載事項（甲５−１）及び（甲５−５）から、コリネ型細菌を培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取してＬ−グルタミン酸を製造することは、本願優先日前周知事項であるから、甲２発明のコリネ型細菌を培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取して、発酵法によりＬ−グルタミン酸を製造することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
ウ　本件訂正発明１−２の効果について
　本件明細書の実施例３には、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有する変異株（ＧＢ０２）が、染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域に変異を有しない株に比べて、ＣＳ比活性が１．９倍増強され（表１０）、Ｌ−グルタミン酸の収率を１．１倍向上させた（表１２）ことが記載されているから、本件訂正発明１−１は、Ｌ−グルタミン酸の収率を向上させた発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法を提供することができるという、甲２発明に比べて格別顕著な効果を奏するといえる。
　
エ　まとめ
　したがって、本件訂正発明１−２は、甲第２号証、甲第４号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（５）本件訂正発明１−３について
　本件訂正発明１−３は、本件訂正発明１−１に更なる限定を加えた発明であるから、上記（３）で述べたように、本件訂正発明１−１が、甲第２号証、甲第４号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件訂正発明１−３も、甲第２号証、甲第４号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（６）請求人の主張について
　請求人は、平成２９年１０月２日付け弁駁書において、以下のア〜オの点を主張しているので、以下この点について検討する。
　
ア　コリネ型細菌のプロモーターの−３５領域のコンセンサス配列はＴＴＧＣＣＡであり、１〜３番目の塩基「ＴＴＧ」は、コリネ型細菌以外の他の細菌でも保存されているから、−３５領域の変異を試みる場合、１〜３番目の塩基については「ＴＴＧ」を維持するはずであり、コリネ型細菌のプロモーターの−３５領域のコンセンサス配列ＴＴＧＣＣＡについて、４番目の塩基「Ｃ」を「Ｔ」に変異させて、甲２発明のコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域を、コリネ型細菌のプロモーターの−３５領域のコンセンサス配列に近づけて、ＴＴＧＴＣＡとすることは、当業者が容易に想到し得ることである。
　また、コリネ型細菌のプロモーターの−３５領域のコンセンサス配列はＴＴＧＣＣＡであり、１〜３番目の塩基「ＴＴＧ」は、コリネ型細菌以外の他の細菌でも保存されているから、−３５領域の変異を試みる場合、１〜３番目の塩基については保存性の高い「ＴＴＧ」を採用するはずであり、甲２発明のコリネ型細菌の野生型ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域のＴＧＧＴＣＡ配列について、２番目の「Ｇ」を「Ｔ」に変異させて、ＴＴＧＴＣＡとすることは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
イ　甲第２号証に記載されているように、コリネ型細菌のプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列ＴＡ．ＡＡＴの３番目の塩基「．」は、Ｔである確率が最も高く、大腸菌等の細菌のプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列はＴＡＴＡＡＴで３番目の塩基がＴであるから、ＴＡ．ＡＡＴ配列の３番目の塩基がＴであるＴＡＴＡＡＴを、当業者は第一に認識し、その使用を動機付けられるので、コンセンサス配列ＴＡ．ＡＡＴの３番目の塩基をＴにしたＴＡＴＡＡＴ配列を、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター−１０領域に適用することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　また、コリネ型細菌のプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列は、ＴＡ．ａａＴであり、１番目の塩基「Ｔ」は、コリネ型細菌以外の他の細菌でも保存されており、そして、ｔａｃ、ｌａｃＵＶ５プロモーターのような−１０領域の配列がＴＡＴＡＡＴであるプロモーターがコリネ型細菌で強力に機能し、ＧＤＨ遺伝子の発現を増強することが知られていた（甲第５号証、甲第３０号証、等）から、甲２発明のコリネ型細菌の野生型ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−１０領域の１番目の塩基「Ｃ」を「Ｔ」に変異し、ＴＡＴＡＡＴとすることは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
ウ　本件明細書の実施例は、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域において、ＴＧＧＴＣＡをＴＴＧＴＣＡに変更してもＬ−グルタミン酸生成量に差が生じないことを示しており、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域をＴＴＧＴＣＡに、かつ−１０領域をＴＡＴＡＡＴに変異したことによる効果は、−１０領域のみをＴＡＴＡＡＴに変異したことによる効果と変わりがない。
　そして、プロモーターの−１０領域の配列をＴＡＴＡＡＴにすることにより、目的遺伝子によりコードされるタンパク質の相対活性は、コリネ型細菌において１４倍（甲第８号証）に上昇すること、大腸菌においても目的遺伝子が７倍（甲第６号証）乃至１０倍（甲第９号証）に上昇することが知られていたから、上記実施例に示される程度のＧＤＨの相対活性の上昇は、当業者の予測可能な範囲に過ぎない。
　また、親株に対するＧＤＨ活性の増強を２．９倍に調整することにより、Ｌ−グルタミン酸の生産性が１．２３倍に向上することが既に知られていた（甲第３４号証）から、ＧＤＨ活性の増強を適度に調整（３倍前後）することにより、Ｌ−グルタミン酸の生産性を１．１〜１．２倍に向上させるとの本件訂正発明１の効果は、当業者の予測可能な範囲に過ぎない。
　
エ　甲第２号証に記載されているように、コリネ型細菌のプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列は、ＴＡ．ＡＡＴであり、３番目の塩基「．」がＴであるＴＡＴＡＡＴを当業者は第一に認識し、その使用を動機付けられるので、コンセンサス配列ＴＡ．ＡＡＴの３番目の塩基をＴにしたＴＡＴＡＡＴ配列を、ＣＳ遺伝子のプロモーター−１０領域に適用することは、当業者が容易に想到し得ることである。
　また、コリネ型細菌のプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列は、ＴＡ．ａａＴであり、１番目の塩基「Ｔ」は、コリネ型細菌以外の他の細菌でも保存されており、そして、コリネ型細菌において、ＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子の発現を増強することによって、Ｌ−グルタミン酸の生産性が向上すること、当該遺伝子の発現を−１０領域がＴＡＴＡＡＴ配列のプロモーターにより増強することが知られていた（甲第５号証、甲第３４号証、等）から、甲２発明のコリネ型細菌の野生型ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域の３〜５番目の塩基「ＧＣＧ」を「ＴＡＡ」に変異し、ＴＡＴＡＡＴとすることは、当業者が容易に想到し得ることである。
　甲第４号証では、ＣＳ遺伝子のプロモーター−１０領域の配列が、甲２発明の−１０領域より２ｂｐ上流にずれているに過ぎないことは当業者にとり一目瞭然であるから、甲第４号証の記載を参考にして、ＣＳ遺伝子の野生型プロモーター−１０領域の配列がＴＡＴＡＧＣである可能性を当業者は認識するので、甲２発明のコリネ型細菌の野生型ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域を変異し、ＴＡＴＡＡＴとすることは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
オ　本件明細書の実施例には、ＣＳ遺伝子を単独で増強することによるＬ−グルタミン酸の生産性は示されていない。実施例３には、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターに変異が導入された菌株（ＦＧＲ２）にＣＳ遺伝子のプロモーターの変異をさらに導入した変異株によるＬ−グルタミン酸の生産性が示されているが、ＣＳ遺伝子を単独で増強させた変異株の生産性は示されていない。ＣＳ活性を単独で増強してもＬ−グルタミン酸の生産性は向上しないことが知られていたことに鑑みれば、実施例３の結果から、ＣＳ遺伝子を単独で増強させたことによりＬ−グルタミン酸の生産性が向上することを理解できない。
　実施例３では、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域がＴＴＧＴＣＡ、−１０領域がＴＡＴＡＡＴに変異され、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域がＴＡＴＡＡＴに変異されたＧＢ０２が取得されているが、ＧＢ０２は、親株ＦＧＲ２に対して、ＣＳ相対活性は１．９倍、Ｌ−グルタミン酸の生産性は約１．１倍に向上した（表１０及び表１２）。
　そして、プロモーターの−１０領域の配列をＴＡＴＡＡＴにすることにより、目的遺伝子によりコードされるタンパク質の相対活性は、コリネ型細菌において１４倍（甲第８号証）に上昇すること、大腸菌においても目的遺伝子が７倍（甲第６号証）乃至１０倍（甲第９号証）に上昇することが知られていた。
　また、親株に対するＣＳ活性の増強を３．３倍に調整することにより、Ｌ−グルタミン酸の生産性が１．２３倍に向上することが既に知られていた（甲第３４号証）から、ＣＳ活性の増強を適度に調整（２〜４倍前後）することにより、Ｌ−グルタミン酸の生産性を１．１倍向上させるとの本件訂正発明１の効果は、当業者の予測可能な範囲に過ぎない。
　
主張アについて
　請求人は、コンセンサス配列ＴＴＧＣＣＡについて、４番目の塩基「Ｃ」を「Ｔ」に変異させて、ＴＴＧＴＣＡとすることは、当業者が容易に想到し得ると主張しているが、そもそも、甲２発明は、「コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＧＧＴＣＡ配列」を有するコリネ型細菌の発明であり、−３５領域にコンセンサス配列を有するコリネ型細菌の発明ではないから、請求人の上記主張は失当であり、仮に、請求人の上記主張が、甲２発明の「ＴＧＧＴＣＡ配列」をコンセンサス配列ＴＴＧＣＣＡにして、さらに、そのコンセンサス配列ＴＴＧＣＣＡを変更してＴＴＧＴＣＡとすることは、当業者が容易に想到し得るという主張である場合には、「コンセンサス配列を変更してＴＴＧＴＣＡにすること」は、コンセンサス配列に近づけることにはならないから、請求人の上記主張は採用できない。
　そして、上記（３）イで述べたように、請求人が提出したいずれの証拠にも、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５の塩基配列を改変することの動機付けとなるような記載はなく、また、コリネ型細菌において、プロモーター配列をコンセンサス配列に類似させた場合に、プロモーター活性が必ず向上するとの技術常識があったとは認められないから、甲２発明のコリネ型細菌の野生型ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域のＴＧＧＴＣＡ配列について、２番目の塩基の「Ｇ」を「Ｔ」に変異させて、ＴＴＧＴＣＡ配列にすることは、当業者といえども容易に想到し得ることとはいえない。
　また、仮に、請求人が主張するような「コンセンサス配列に近づけ」る改変を試みたとしても、野生型ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域のＴＧＧＴＣＡ配列については、コンセンサス配列に近づけるのであれば、１〜３番目の塩基について「ＴＴＧ」を採用するだけでなく、４番目の塩基もＣを採用して、ＴＴＧＣＣＡとすることになるから、請求人の上記主張は採用できない。
　
主張イについて
　請求人は、コンセンサス配列ＴＡ．ＡＡＴについて、３番目の塩基をＴにして、ＴＡＴＡＡＴとすることは、当業者が容易に想到し得ると主張しているが、そもそも、甲２発明は、「コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の・・・・・・−１０領域にＣＡＴＡＡＴ配列」を有するコリネ型細菌の発明であり、−１０領域にコンセンサス配列を有するコリネ型細菌の発明ではないから、請求人の上記主張は失当である。
　甲第５号証は、「ｔａｃ、ｌａｃＵＶ５プロモーターのような−１０領域の配列がＴＡＴＡＡＴであるプロモーターがコリネ型細菌で強力に機能し、ＧＤＨ遺伝子の発現を増強すること」が実施例等により具体的に記載されているわけではなく、また、甲第３０号証には、ＣＡＴ（クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ）遺伝子を、大腸菌のｔａｃ、ｌａｃＵＶ５及びｔｒｐプロモーターによってコリネ型細菌で発現させた結果が記載されているだけで、ＧＤＨ遺伝子の発現を増強することは全く記載されていない。
　また、ｔａｃ、ｌａｃＵＶ５プロモーターのような−１０領域の配列がＴＡＴＡＡＴであるプロモーターがコリネ型細菌で強力に機能することが知られていたとしても、ｔａｃ、ｌａｃＵＶ５プロモーターの−１０領域のＴＡＴＡＡＴ配列は、コリネ型細菌の遺伝子のプロモーターのコンセンサス配列とは無関係であり、また、プロモーター活性は−１０領域の配列のみで決まるものではなく、それ以外の構造もプロモーター活性に影響を与えることは技術常識であるから、ｔａｃ、ｌａｃＵＶ５プロモーターのような−１０領域の配列がＴＡＴＡＡＴであるプロモーターがコリネ型細菌で強力に機能することが、コリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーターの−１０領域の塩基配列を改変して、ＴＡＴＡＡＴ配列にすることの動機付けになるとはいえない。
　そして、上記（３）イで述べたように、請求人が提出したいずれの証拠にも、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０の塩基配列を改変することの動機付けとなるような記載はなく、また、コリネ型細菌において、プロモーター配列をコンセンサス配列に類似させた場合に、プロモーター活性が必ず向上するとの技術常識があったとは認められないから、甲２発明のコリネ型細菌の野生型ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−１０領域のＣＡＴＡＡＴ配列について、１番目の塩基の「Ｃ」を「Ｔ」に変異させて、ＴＡＴＡＡＴ配列にすることは、当業者といえども容易に想到し得ることとはいえない。
　
主張ウについて
　甲第８号証は、特定の配列を有するプロモーターを用いた結果が記載されているだけで、しかも、１４倍の比較の対照となった株は、プロモーターレスの（プロモーターのない）株であり、また、甲第６号証、甲第９号証は、コリネ型細菌ではなく大腸菌における結果であるから、本件訂正発明１の効果が当業者の予測可能な範囲に過ぎないことを証明する証拠として採用できない。
  また、甲第３４号証に記載のＧＤＨ活性が２．９倍に増強された株（８０１（ｐＣＩＧ２３１））は、ＧＤＨ遺伝子だけでなく、ＣＳ遺伝子及びＩＣＤＨ遺伝子も組み合わせてプラスミド導入によって増強させた場合の効果であるから、請求人の上記主張は採用できない。
　
主張エについて
　請求人は、コンセンサス配列ＴＡ．ＡＡＴについて、３番目の塩基をＴにして、ＴＡＴＡＡＴとすることは、当業者が容易に想到し得ると主張しているが、そもそも、甲２発明は、「コリネ型細菌の染色体上の、・・・・・・クエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＧＧＣＴＡ配列及び−１０領域にＴＡＧＣＧＴ配列」を有するコリネ型細菌の発明であり、−１０領域にコンセンサス配列を有するコリネ型細菌の発明ではないから、請求人の上記主張は失当である。
　甲第５号証は、「コリネ型細菌において、ＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子の発現を増強することによって、Ｌ−グルタミン酸の生産性が向上すること、当該遺伝子の発現を−１０領域がＴＡＴＡＡＴ配列のプロモーターにより増強すること」が実施例等により具体的に記載されているわけではなく、また、甲第３４号証には、ＧＤＨ遺伝子単独で増強させた場合（８０１（ｐＡＧ１００１））もＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子とを組み合わせて増強させた場合（８０１（ｐＣＧ５））も、ＣＳ遺伝子単独で増強させた場合（８０１（ｐＡＧ４００３））と同程度のＬ−グルタミン酸の収率であること（上記記載事項（甲３４−４）〜（甲３４−９）、平成２９年１０月２日付け弁駁書の別紙１参照）が記載されているだけで、「コリネ型細菌において、ＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子の発現を増強することによって、Ｌ−グルタミン酸の生産性が向上すること」は確認されていない。
　また、コリネ型細菌において遺伝子の発現を−１０領域がＴＡＴＡＡＴ配列のプロモーターにより増強することが知られていたとしても、ｔａｃ、ｌａｃＵＶ５プロモーターの−１０領域のＴＡＴＡＡＴ配列は、コリネ型細菌の遺伝子のプロモーターのコンセンサス配列とは無関係であり、また、プロモーター活性は−１０領域の配列のみで決まるものではなく、それ以外の構造もプロモーター活性に影響を与えることは技術常識であるから、コリネ型細菌において遺伝子の発現を−１０領域がＴＡＴＡＡＴ配列のプロモーターにより増強することが、コリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーターの−１０領域の塩基配列を改変して、ＴＡＴＡＡＴ配列にすることの動機付けになるとはいえない。
　そして、上記（４）イで述べたように、請求人が提出したいずれの証拠にも、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することの動機付けとなるような記載はなく、また、コリネ型細菌において、プロモーター配列をコンセンサス配列に類似させた場合に、プロモーター活性が必ず向上するとの技術常識があったとは認められないから、甲２発明のコリネ型細菌の野生型ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域のＴＡＧＣＧＴ配列について、３番目の塩基の「Ｇ」を「Ｔ」に変異させ、４番目の塩基の「Ｃ」を「Ａ」に変異させ、さらに、５番目の塩基の「Ｇ」を「Ａ」に変異させて、ＴＡＴＡＡＴ配列にすることは、当業者といえども容易に想到し得ることとはいえない。
　また、請求人は、「甲第４号証の記載を参考にして、ＣＳ遺伝子の野生型プロモーター−１０領域の配列がＴＡＴＡＧＣである可能性を当業者は認識する」と主張しているが、甲第２号証に記載されているＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域の配列に代えて、わざわざ別の文献に記載されている異なる配列を「可能性」があるからといって当業者が採用することは通常行うことではないから、請求人の上記主張は採用できない。
　
主張オについて
　本件明細書の実施例３には、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有する変異株（ＧＢ０２）が、染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域に変異を有しない株に比べて、ＣＳ比活性が１．９倍増強され（表１０）、Ｌ−グルタミン酸の収率を１．１倍向上させた（表１２）ことが記載されているから、ＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域のみに特定の変異を導入して適度な範囲に調節した場合には、グルタミン酸生産が向上することは容易に理解できるものである。
　また、甲第３４号証には、プラスミドを用いて、ＧＤＨ遺伝子単独で増強させた場合（８０１（ｐＡＧ１００１））もＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子とを組み合わせて増強させた場合（８０１（ｐＣＧ５））も、ＣＳ遺伝子単独で増強させた場合（８０１（ｐＡＧ４００３））と同程度のＬ−グルタミン酸の収率であることに鑑みれば、本件明細書の実施例３の実験結果は、当業者であっても予測し得ないものである。
　甲第８号証は、特定の配列を有するプロモーターを用いた結果が記載されているだけで、しかも、１４倍の比較の対照となった株は、プロモーターレスの（プロモーターのない）株であり、また、甲第６号証、甲第９号証は、コリネ型細菌ではなく大腸菌における結果であるから、本件訂正発明１の効果が当業者の予測可能な範囲に過ぎないことを証明する証拠として採用できない。
  また、甲第３４号証に記載のＧＤＨ活性が２．９倍に増強された株（８０１（ｐＣＩＧ２３１））は、ＣＳ遺伝子だけでなく、ＧＤＨ遺伝子及びＩＣＤＨ遺伝子も組み合わせてプラスミド導入によって増強させた場合の効果であるから、請求人の上記主張は採用できない。
　
（７）本件訂正発明２について
　本件訂正発明２は、本件訂正発明１−１と実質的に同一の発明であるから、上記（３）で述べたように、本件訂正発明１−１が、甲第２号証、甲第４号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件訂正発明２も、甲第２号証、甲第４号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（８）本件訂正発明４について
　本件訂正発明４は、本件訂正発明１−１に更なる限定を加えた発明であるから、上記（３）で述べたように、本件訂正発明１−１が、甲第２号証、甲第４号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件訂正発明４も、甲第２号証、甲第４号証、甲第５号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
２．無効理由２（甲第５号証を主引用例とする進歩性）について
（１）甲第５号証に記載された発明
　上記記載事項（甲５−１）及び（甲５−４）によると、甲第５号証には、「染色体上に存在するα−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を有する酵素をコードする遺伝子又はそのプロモーターの塩基配列中に１又は２以上の塩基の置換、欠失、挿入、付加又は逆位が生じたことにより、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性が欠損したコリネ型Ｌ−グルタミン酸生産菌を、培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取することを特徴とするＬ−グルタミン酸の製造方法」の発明（以下、「甲５発明」という）が記載されていると認められる。
　
（２）本件訂正発明１−１について
ア　本件訂正発明１−１と甲５発明との対比
　本件訂正発明１−１と甲５発明とを対比すると、両者は、コリネ型細菌の染色体上の、遺伝子のプロモーター配列に１又は２以上の塩基の置換させた配列を導入したコリネ型細菌を、培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取することを特徴とする発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点）本件訂正発明１−１のコリネ型細菌は、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したものであるのに対し、甲５発明のコリネ型細菌は、そのような特定がされていないる点。
　
イ　相違点についての検討
　上記相違点について検討する。
　甲第５号証には、コリネ型細菌において、Ｌ−グルタミン酸生産能を向上させるために、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を欠損させること（上記記載事項（甲５−１）及び（甲５−５））、相同性組換えを利用して、変異が導入されて改変又は破壊された遺伝子をコリネ型細菌の染色体上の正常な遺伝子と置換することができること（上記記載事項（甲５−２））、Ｌ−グルタミン酸生産性を向上させるために、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子を強化すること（上記記載事項（甲５−３））、大腸菌のｌａｃプロモーター、ｔａｃプロモーター、ｔｒｐプロモーター等のコリネ型細菌の細胞内で機能する強力なプロモーターの下流に目的遺伝子を連結することにより、目的遺伝子の発現を強化することができること（上記記載事項（甲５−４））が記載されているが、上記記載事項（甲５−２）は、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を欠損させる手段として記載されているだけで、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子に変異を導入する手段として記載されているわけではなく、また、上記記載事項（甲５−３）及び（甲５−４）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを開示も示唆もしていない。
　上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）〜（甲２−７）には、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターのコンセンサス配列についての記載があるものの、コリネバクテリウム・グルタミカムの複数の遺伝子のプロモーターについて、−３５領域及び−１０領域の塩基配列を解析した結果が記載されているだけで、上記記載事項（甲２−１）〜（甲２−７）は、コリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第４号証には、クエン酸合成酵素（ＣＳ）活性をプラスミドで増強することによっては、コリネバクテリウム・グルタミカムのＬ−グルタミン酸を分泌する能力を増強することはできないこと（上記記載事項（甲４−３））、コリネバクテリウム・グルタミカムにおいて、クエン酸合成酵素（ＣＳ）の過剰発現により菌の生育が悪くなったこと（上記記載事項（甲４−２））、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域の塩基配列がＴＡＴＡＧＣであること（上記記載事項（甲４−４））が記載されているが、上記記載事項（甲４−１）〜（甲４−４）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第６号証には、大腸菌において、−３５領域のＴＴＧＴＣＡ配列をコンセンサス配列ＴＴＧＡＣＡにすることにより、プロモーター強度が２１倍に増強したこと、−１０領域のＴＡＣＡＡＴ配列をコンセンサス配列ＴＡＴＡＡＴにすることにより、プロモーター強度が７倍に増強したこと、−３５領域にＴＴＧ配列が保存されていることが記載されている（上記記載事項（甲６−１）〜（甲６−２））が、甲第６号証は、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターに関する文献ではなく、また、大腸菌の特定の遺伝子のプロモーターについての結果が記載されているだけで、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲６−１）〜（甲６−２）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第７号証には、大腸菌のｔａｃプロモーターは、−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有すること、大腸菌のｌａｃＵＶ５プロモーターは、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有することが記載されている（上記記載事項（甲７−１））が、甲第７号証は、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターに関する文献ではなく、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲７−１）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第８号証には、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するプロモーターがコリネ型細菌で機能し、目的遺伝子の発現を１４倍に高めたことが記載されている（上記記載事項（甲８−１）〜（甲８−２））が、甲第８号証は、コリネバクテリウム・グルタミカム由来のプロモーターに関する文献ではなく、また、特定の配列を有するプロモーターを用いた結果が記載されているだけで、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−３５領域及び−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲８−１）〜（甲８−２）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第３４号証には、グルタミン酸生合成経路に関与する酵素遺伝子のうち、少なくとも２種以上の酵素遺伝子を組換えＤＮＡ技術を用いることにより同時に強化した種々の菌株を作製し、これらの菌株を用いてグルタミン酸発酵を行ったところ、少なくともグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子とイソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＣＤＨ）遺伝子を含む少なくとも２種以上のグルタミン酸生合成経路に関与するコリネ型細菌由来の酵素遺伝子を含む組換え体ＤＮＡで形質転換された菌株を用いてグルタミン酸発酵を行なった場合には親株を使用した場合に比較して培地中へのＬ−グルタミン酸の蓄積レベルが向上したこと（上記記載事項（甲３４−３））、ＧＤＨ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＡＧ１００１で形質転換された菌株（８０１（ｐＡＧ１００１））、ＣＳ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＡＧ４００３で形質転換された菌株（８０１（ｐＡＧ４００３））、ＣＳとＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＣＧ５で形質転換された菌株（８０１（ｐＣＧ５））を作製し、これらの菌株を用いてグルタミン酸発酵を行ったことが記載されている（上記記載事項（甲３４−４）〜（甲３４−９））が、ＧＤＨ遺伝子単独で増強させた菌株（８０１（ｐＡＧ１００１））もＣＳ遺伝子単独で増強させた菌株（８０１（ｐＡＧ４００３））もＬ−グルタミン酸の生産性は９．２ｇ／ｄｌであり、親株８０１の生産性（９．１ｇ／ｄｌ）と実質的に変わらなかったことが記載されており（上記記載事項（甲３４−９））、上記記載事項（甲３４−１）〜（甲３４−９）は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　また、乙７号証の１〜乙７号証の３等の記載から、大腸菌についても、プロモーターのコンセンサス配列との類似性が、プロモーター活性の向上を必ず引き起こすとは考えられておらず、コリネ型細菌において、プロモーター配列をコンセンサス配列に類似させた場合に、プロモーター活性が必ず向上するとの技術常識があったとは認められない。
　よって、甲第２、４〜８、３４号証の記載は、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。また、技術常識ないし周知事項を示す証拠として提出された甲第３、９〜１２、１６〜１９、２３〜２８、３０〜３３、３５号証にも、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−３５領域及び−１０領域の塩基配列を改変することの動機付けとなるような記載はないから、甲第２、４〜８、３４号証の記載及び本願優先日前の周知事項に基づいても、甲５発明のコリネ型細菌において、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−３５領域の塩基配列をＴＴＧＴＣＡ配列にし、さらに、ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をＴＡＴＡＡＴ配列にすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
ウ　本件訂正発明１−１の効果について
　本件明細書の実施例２には、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有する変異株（ＦＧＲ２）が、染色体上のＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び−１０領域に変異を有しない株に比べて、ＧＤＨ比活性が３．４倍増強され、Ｌ−グルタミン酸の収率を１．２倍向上させたことが記載されている（表５）から、本件訂正発明１−１は、Ｌ−グルタミン酸の収率を向上させた発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法を提供することができるという、甲５発明に比べて格別顕著な効果を奏するといえる。
　
エ　まとめ
　したがって、本件訂正発明１−１は、甲第５号証、甲第２号証、甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（３）本件訂正発明１−２について
ア　本件訂正発明１−２と甲５発明との対比
　本件訂正発明１−２と甲５発明とを対比すると、両者は、コリネ型細菌の染色体上の、遺伝子のプロモーター配列に１又は２以上の塩基の置換させた配列を導入したコリネ型細菌を、培地で培養し、培地中にＬ−グルタミン酸を生成蓄積させ、これを該培地から採取することを特徴とする発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法である点で一致し、以下の点で相違する。
（相違点）本件訂正発明１−２は、クエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したものであるのに対し、甲５発明は、そのような特定がされていないる点。
　
イ　相違点についての検討
　上記相違点について検討する。
　甲第５号証には、コリネ型細菌において、Ｌ−グルタミン酸生産能を向上させるために、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を欠損させること（上記記載事項（甲５−１）及び（甲５−５））、相同性組換えを利用して、変異が導入されて改変又は破壊された遺伝子をコリネ型細菌の染色体上の正常な遺伝子と置換することができること（上記記載事項（甲５−２））、Ｌ−グルタミン酸生産性を向上させるために、クエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子を強化すること（上記記載事項（甲５−３））、大腸菌のｌａｃプロモーター、ｔａｃプロモーター、ｔｒｐプロモーター等のコリネ型細菌の細胞内で機能する強力なプロモーターの下流に目的遺伝子を連結することにより、目的遺伝子の発現を強化することができること（上記記載事項（甲５−４））が記載されているが、上記記載事項（甲５−２）は、α−ケトグルタル酸デヒドロゲナーゼ活性を欠損させる手段として記載されているだけで、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子に変異を導入する手段として記載されているわけではなく、また、上記記載事項（甲５−３）及び（甲５−４）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを開示も示唆もしていない。
　上記記載事項（甲２−１）及び（甲２−４）〜（甲２−７）には、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターのコンセンサス配列についての記載があるものの、コリネバクテリウム・グルタミカムの複数の遺伝子のプロモーターについて、−３５領域及び−１０領域の塩基配列を解析した結果が記載されているだけで、上記記載事項（甲２−１）〜（甲２−７）は、コリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌の染色体上の遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第４号証には、クエン酸合成酵素（ＣＳ）活性をプラスミドで増強することによっては、コリネバクテリウム・グルタミカムのＬ−グルタミン酸を分泌する能力を増強することはできないこと（上記記載事項（甲４−３））、コリネバクテリウム・グルタミカムにおいて、クエン酸合成酵素（ＣＳ）の過剰発現により菌の生育が悪くなったこと（上記記載事項（甲４−２））、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域の塩基配列がＴＡＴＡＧＣであること（上記記載事項（甲４−４））が記載されているが、上記記載事項（甲４−１）〜（甲４−４）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第６号証には、大腸菌において、−３５領域のＴＴＧＴＣＡ配列をコンセンサス配列ＴＴＧＡＣＡにすることにより、プロモーター強度が２１倍に増強したこと、−１０領域のＴＡＣＡＡＴ配列をコンセンサス配列ＴＡＴＡＡＴにすることにより、プロモーター強度が７倍に増強したこと、−３５領域にＴＴＧ配列が保存されていることが記載されている（上記記載事項（甲６−１）〜（甲６−２））が、甲第６号証は、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターに関する文献ではなく、また、大腸菌の特定の遺伝子のプロモーターについての結果が記載されているだけで、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲６−１）〜（甲６−２）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第７号証には、大腸菌のｔａｃプロモーターは、−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有すること、大腸菌のｌａｃＵＶ５プロモーターは、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有することが記載されている（上記記載事項（甲７−１））が、甲第７号証は、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターに関する文献ではなく、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲７−１）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第８号証には、−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するプロモーターがコリネ型細菌で機能し、目的遺伝子の発現を１４倍に高めたことが記載されている（上記記載事項（甲８−１）〜（甲８−２））が、甲第８号証は、コリネバクテリウム・グルタミカム由来のプロモーターに関する文献ではなく、また、特定の配列を有するプロモーターを用いた結果が記載されているだけで、コリネバクテリウム・グルタミカムのプロモーターの−１０領域のコンセンサス配列に関する記載はないから、上記記載事項（甲８−１）〜（甲８−２）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　甲第３４号証には、グルタミン酸生合成経路に関与する酵素遺伝子のうち、少なくとも２種以上の酵素遺伝子を組換えＤＮＡ技術を用いることにより同時に強化した種々の菌株を作製し、これらの菌株を用いてグルタミン酸発酵を行ったところ、少なくともグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子とイソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＣＤＨ）遺伝子を含む少なくとも２種以上のグルタミン酸生合成経路に関与するコリネ型細菌由来の酵素遺伝子を含む組換え体ＤＮＡで形質転換された菌株を用いてグルタミン酸発酵を行なった場合には親株を使用した場合に比較して培地中へのＬ−グルタミン酸の蓄積レベルが向上したこと（上記記載事項（甲３４−３））、ＧＤＨ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＡＧ１００１で形質転換された菌株（８０１（ｐＡＧ１００１））、ＣＳ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＡＧ４００３で形質転換された菌株（８０１（ｐＡＧ４００３））、ＣＳとＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子を含む組換えプラスミドｐＣＧ５で形質転換された菌株（８０１（ｐＣＧ５））を作製し、これらの菌株を用いてグルタミン酸発酵を行ったことが記載されている（上記記載事項（甲３４−４）〜（甲３４−９））が、ＧＤＨ遺伝子単独で増強させた菌株（８０１（ｐＡＧ１００１））もＣＳ遺伝子単独で増強させた菌株（８０１（ｐＡＧ４００３））もＬ−グルタミン酸の生産性は９．２ｇ／ｄｌであり、親株８０１の生産性（９．１ｇ／ｄｌ）と実質的に変わらなかったことが記載されており（上記記載事項（甲３４−９））、上記記載事項（甲３４−１）〜（甲３４−９）は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。
　また、乙７号証の１〜乙７号証の３等の記載から、大腸菌についても、プロモーターのコンセンサス配列との類似性が、プロモーター活性の向上を必ず引き起こすとは考えられておらず、コリネ型細菌において、プロモーター配列をコンセンサス配列に類似させた場合に、プロモーター活性が必ず向上するとの技術常識があったとは認められない。
　よって、甲第２、４〜８、３４号証の記載は、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することを示唆する記載であるとはいえない。また、技術常識ないし周知事項を示す証拠として提出された甲第３、９〜１２、１６〜１９、２３〜２８、３０〜３３、３５号証にも、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をコリネ型細菌のコンセンサス配列に改変することやそのコンセンサス配列に基づきコリネ型細菌のＣＳ遺伝子等のグルタミン酸生合成系遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列を改変することの動機付けとなるような記載はないから、甲第２、４〜８、３４号証の記載及び本願優先日前の周知事項に基づいても、甲５発明のコリネ型細菌において、ＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域の塩基配列をＴＡＴＡＡＴ配列にすることは、当業者が容易に想到し得ることとはいえない。
　
ウ　本件訂正発明１−２の効果について
　本件明細書の実施例３には、コリネ型細菌の染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有する変異株（ＧＢ０２）が、染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域に変異を有しない株に比べて、ＣＳ比活性が１．９倍増強され（表１０）、Ｌ−グルタミン酸の収率を１．１倍向上させた（表１２）ことが記載されているから、本件訂正発明１−１は、Ｌ−グルタミン酸の収率を向上させた発酵法によるＬ−グルタミン酸の製造方法を提供することができるという、甲５発明に比べて格別顕著な効果を奏するといえる。
　
エ　まとめ
　したがって、本件訂正発明１−２は、甲第５号証、甲第２号証、甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（４）本件訂正発明１−３について
　本件訂正発明１−３は、本件訂正発明１−１に更なる限定を加えた発明であるから、上記（２）で述べたように、本件訂正発明１が、甲第５号証、甲第２号証、甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件訂正発明１−３も、甲第５号証、甲第２号証、甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（５）請求人の主張について
　請求人は、平成２９年１０月２日付け弁駁書において、以下のア〜イの点を主張しているので、以下この点について検討する。
　
ア　甲第１０号証に挙げられているプラスミドの使用による課題は、アミノ酸生産菌としてのコリネ型細菌との関連で指摘されているものであるから、同じくコリネ型細菌を用いる甲５発明にも関係があり、プラスミドのコリネ型細菌への導入により起こる上記課題を、染色体への遺伝子導入により回避することは当業者が当然に考えることである。また、コリネ型細菌におけるＣＳ遺伝子の発現増強をプラスミドにより行うと、ＣＳの過剰発現により菌の生育が悪くなるという具体的な課題があることも知られていた（甲第４号証）から、Ｌ−グルタミン酸の生産性向上を目的とする甲５発明において、ベクターの使用により生じる上記の一般的ないし具体的課題を解決するために、ＧＤＨ遺伝子ないしＣＳ遺伝子の発現増強を、ベクター上ではなく、特定の配列を有するプロモーターを用いて染色体上で行うことは、当業者が容易に想到し得ることである。
　
イ　本件訂正発明１のＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域の配列は、ＴＡＴＡＡＴ配列であるが、甲第５号証には、ＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子の発現増強のための強力なプロモーターとしてｔａｃプロモーター等の使用が記載されているから、当該ｔａｃプロモーター等の、−３５領域にＴＴＧＡＣＡ、−１０領域にＴＡＴＡＡＴを有するプロモーターがコリネ型細菌におけるＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子の発現増強に利用できることが示唆されているといえる。
　
主張アについて
　甲第１０号証等にプラスミドの使用による課題が記載されているからといって、そのような課題を解決する手段としては様々な手段が考えられるから、「染色体への遺伝子導入により回避することは当業者が当然に考えることである」とはいえず、また、「ベクターの使用により生じる上記の一般的ないし具体的課題を解決するために、ＧＤＨ遺伝子ないしＣＳ遺伝子の発現増強を、ベクター上ではなく、特定の配列を有するプロモーターを用いて染色体上で行うことは、当業者が容易に想到し得ることである」とはいえない。また、仮に、当業者が「染色体への遺伝子導入」や「発現増強を、ベクター上ではなく、特定の配列を有するプロモーターを用いて染色体上で行うこと」を考えたとしても、染色体上の遺伝子を発現増強するために改変する手段には様々な手段があるから、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子のプロモーター配列の−３５領域、−１０領域に変異を導入することは、当業者といえども容易に想到し得ることとはいえない。
　
主張イについて
　甲第５号証に、目的遺伝子の発現を強化するプロモーターとしてｔａｃプロモーター等の使用が記載されているのは、それらの強力なプロモーターの下流にＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子等の目的遺伝子を連結し、プラスミドを用いて発現させることを目的としたものであり、そのような記載があるからといって、コリネ型細菌の染色体上のＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入することの動機付けになるとはいえない。
　
（６）本件訂正発明２について
　本件訂正発明２は、本件訂正発明１−１と実質的に同一の発明であるから、上記（２）で述べたように、本件訂正発明１−１が、甲第５号証、甲第２号証、甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件訂正発明２も、甲第５号証、甲第２号証、甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
（７）本件訂正発明４について
　本件訂正発明４は、本件訂正発明１−１に更なる限定を加えた発明であるから、上記（２）で述べたように、本件訂正発明１−１が、甲第５号証、甲第２号証、甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない以上、本件訂正発明４も、甲第５号証、甲第２号証、甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、甲第８号証及び甲第３４号証に記載された発明、並びに周知事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。
　
３．無効理由３（実施可能要件）及び無効理由４（サポート要件）について
（１）本件発明の詳細な説明の記載内容
　本件発明の詳細な説明には、以下の内容が記載されている。
　
ア．「【０００６】
　本発明は、プラスミドを用いることなく目的遺伝子の発現量の適度な強化および調節を行うことができ、アミノ酸を高収率で生産する能力を有する変異株を遺伝子組換え又は変異により構築する方法を提供することを目的とする。
　本発明は、副生アスパラギン酸およびアラニンの著しい増加を引き起こすことなく、コリネバクテリア菌株にグルタミン酸を高収率で生産する能力を付与することができるＧＤＨ用プロモーターを提供することを目的とする。
　本発明は、又、上記ＧＤＨ用プロモーター配列を持つＧＤＨ遺伝子を提供することを目的とする。
　本発明は、又、上記遺伝子を有するＬ−グルタミン酸生産性コリネバクテリア菌株を提供することを目的とする。
　本発明は、構築されたアミノ酸生産菌を用いる醗酵法によるアミノ酸の製造法を提供することを目的とする。
　本発明は、コリネ型グルタミン酸生産菌を用いる、グルタミン酸の収率を向上させ、より安価にグルタミン酸を製造するグルタミン酸発酵法を提供することを目的とする。」（段落【０００６】）
　
イ．「【００１７】
　本発明では、特に、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域のＤＮＡ配列がＣＧＧＴＣＡ、ＴＴＧＴＣＡ、ＴＴＧＡＣＡ及びＴＴＧＣＣＡからなる群から選ばれる少なくとも一種のＤＮＡ配列となっているか、及び／又は該プロモーターの−１０領域のＤＮＡ配列がＴＡＴＡＡＴとなっているか、若しくは−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列のＡＴＡＡＴの塩基が別の塩基で置換されており、プロモーター機能を阻害しない配列となっているものが好ましい。−１０配列のＴＡＴＡＡＴ配列のＡＴＡＡＴの塩基が別の塩基で置換されており、プロモーター機能を阻害しない配列となっているものを選択できるのは、野生型の−１０配列であるＣＡＴＡＡＴの最初の「Ｃ」を「Ｔ」に代えただけで劇的にＧＤＨ比活性の上昇が観察されたので（表１、ｐ６−４参照）、他の塩基にかえてもかまわないと考えられるからである。
　ＧＤＨ遺伝子のプロモーター配列は、例えば、前出のＳａｈｍ　ｅｔ　ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（１９９２），６，３１７−３２６に記載されており、又、配列番号１に記載されている。又、ＧＤＨ遺伝子自体の配列は、例えば、同じくＳａｈｍ　ｅｔ　ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（１９９２），６，３１７−３２６に記載されており、又、配列番号１に記載されている。
　同様にして、クエン酸合成酵素（ＣＳ）やイソクエン酸デヒドロゲナーゼ（ＩＣＤＨ）のプロモーターについても変異を起こさせることができる。
　このようにして、ＧＤＨ用プロモーターとしては、−３５領域にＣＧＧＴＣＡ、ＴＴＧＴＣＡ、ＴＴＧＡＣＡ及びＴＴＧＣＣＡからなる群から選ばれる少なくとも一種のＤＮＡ配列及び／又は−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列若しくは該配列のＡＴＡＡＴの塩基が別の塩基で置換されており、プロモーター機能を阻害しない配列を有するものがあげられる。又、上記プロモーターを有するグルタミン酸デヒドロゲナーゼ産生遺伝子を提供する。
【００１８】
　ＣＳ用プロモーターとしては、−３５領域にＴＴＧＡＣＡ配列及び／又は−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有しており、プロモーター機能を阻害しない配列を有するものがあげられる。又、上記プロモーターを有するＣＳ遺伝子を提供する。・・・・・・」（段落【００１７】〜【００１８】）
　
ウ．「【００２２】
　次に実施例により本発明を説明する。
実施例１：変異型ＧＤＨプロモーターの作製
　部位特異変異法を用い：次の方法で変異型ＧＤＨプロモーターを調製した。
（１）各種変異型のプロモーターを持つＧＤＨ遺伝子の作製
　コリネ型細菌のＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域および−１０領域の野生型配列を配列１に示す。但し、野生型のプロモーター配列は既に報告されている（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｇｙ（１９９２），６，３１７−３２６）。」（段落【００２２】）
　
エ．「【００２５】
　上記ＡＴＣＣ　１３８６９／ｐ６−２〜ＡＴＣＣ　１３８６９／ｐ６−８は配列番号２〜６に対応するものであり、これらの配列は配列番号１記載の配列（野生型）を基に下線部を下記の通り変更したものである。
　尚、これらの配列は、直鎖状、２本鎖の合成ＤＮＡである。」（段落【００２５】）
　
オ．「【００２６】
実施例２：変異株の取得
・・・・・・・・・
その結果、この約５０株を培養しグルタミン酸収率が親株より高く、ＧＤＨ活性も高い株を２株分離した（Ａ株およびＢ株）。それぞれのＧＤＨ活性を測定したところ両株ともＧＤＨの比活性が上昇していた（表５）。ＧＤＨ活性の測定はＥ．Ｒ．Ｂｏｒｍａｎｎ等の方法（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，６，３１７−３２６（１９９６））に従った。そこでＧＤＨ遺伝子の塩基配列を解析したところＧＤＨのプロモーター領域内にのみ変異点が存在していた（表６）。
・・・・・・・・・
【００３１】
表５　変異株のグルタミン酸生成とＧＤＨ活性
【００３２】
表６　変異株のＧＤＨプロモーター領域の塩基配列
」（段落【００２６】〜【００３２】）
　
カ．「【００３３】
実施例３　コリネ型グルタミン酸生産菌のＣＳ遺伝子プロモーター領域への変異の導入
　本実施例ではグルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）およびクエン酸合成酵素（ＣＳ）をコードする遺伝子のプロモーター強化株を作成した例を示す。
（１）ｇｌｔＡ遺伝子のクローニング
　コリネ型細菌のクエン酸合成酵素をコードする遺伝子ｇｌｔＡの塩基配列は既に明らかにされている（Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１４０　１８１７−１８２８（１９９４））。この配列をもとに配列番号７および配列番号８に示すプライマーを合成した。
・・・・・・・・・
（８）ｇｌｔＡプロモーター変異株のクエン酸合成酵素活性測定
　（７）で得られたＦＧＲ２，ＧＢ０１，ＧＢ０２，ＧＢ０３株及びＦＧＲ２／ｐＳＦＫＣ株を（４）に記載した方法と同様にしてクエン酸合成酵素の活性を測定した。測定結果を表１０に示す。ｇｌｔＡプロモーター置換株はその親株に比しクエン酸合成酵素活性が上昇していることが確認された。
【００４５】
表１０
【００４６】
（９）ｇｌｔＡプロモーター置換株の培養成績
　上記（７）で取得した各株を表１１に示す組成の種培養培地に接種し、３１．５℃に２４時間振とう培養して種培養を得た。表１１に示す組成の本培養培地を５００ｍｌ容ガラス製ジャーファーメンターに３００ｍｌずつ分注し加熱殺菌した後、上記種培養を４０ｍｌ接種した。攪拌速度を８００〜１３００ｒｐｍ、通気量を１／２〜１／１ｖｖｍとし、培養温度３１．５℃で培養を開始した。培溶液のｐＨはアンモニアガスで７．５に維持した。培養を開始して８時間後に３７℃にシフトした。いずれも２０〜４０時間でグルコースが完全に消費された時点で培養を終了し、培溶液中に生成蓄積されたＬ−グルタミン酸の量を測定した。
　その結果、表１２に示すようにＧＢ０１やＦＧＲ２／ｐＳＦＫＣ株よりは、むしろＧＢ０２やＧＢ０２株ではＬ−グルタミン酸の大幅な収率向上が認められた。以上のことより、これらの株のグルタミン酸収率向上において、プロモーターに変異を導入しＣＳ活性を２〜４倍に強めることで好成績となりうることが示された。
・・・・・・・・・
【００４８】
表１２
」（段落【００３３】〜【００４８】）
　
（２）本件訂正発明の課題
　本件訂正発明の課題は、プラスミドを用いることなく目的遺伝子の発現量の適度な強化および調節を行うことができ、アミノ酸を高収率で生産する能力を有する変異株を遺伝子組換え又は変異により構築する方法を提供すること、構築されたアミノ酸生産菌を用いる醗酵法によるアミノ酸の製造法を提供すること、又は、コリネ型グルタミン酸生産菌を用いる、グルタミン酸の収率を向上させ、より安価にグルタミン酸を製造するグルタミン酸発酵法を提供することである（上記記載内容ア．）。
　
（３）ＧＤＨ遺伝子のプロモーターへの変異導入について
　請求人は、本件特許の請求項１〜３について、本件明細書には、染色体上のＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び／又は−１０領域に変異が導入されたコリネ型細菌の具体例として、−１０領域のみに変異（ＴＡＴＡＡＴ）を有する変異株、−３５領域（ＴＴＧＴＣＡ）及び−１０領域（ＴＡＴＡＡＴ）に変異を有する変異株を取得し、各変異株のＬ−グルタミン酸の生産能を確認したことが記載されているが、本件特許の請求項１〜３に記載された変異の組み合わせを導入した場合に、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上することを当業者が認識できない、また、本件明細書には、Ｌ−アルギニンの生産性がどのように変化するのか何ら具体的に記載されていないので、Ｌ−アルギニンの収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−アルギニンの収率が向上することを当業者が認識できない、と主張している。
　しかしながら、訂正請求により、請求項１は、「コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列の−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列・・・・・・を導入したコリネ型細菌」に訂正され、請求項２は、「ＧＤＨ遺伝子のプロモーターが、−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有するものである」に訂正され、請求項３は削除され、請求項１〜２から、「Ｌ−アルギニン」に係る発明は削除され、本件訂正発明１〜２は、−３５領域にＴＴＧＴＣＡ配列及び−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を有する変異株がＬ−グルタミン酸の収率を向上させた（上記記載内容オ．の表５）ことが示されている本件明細書の実施例等で記載される内容に対応するものとなったから、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件訂正発明１〜２の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件訂正発明１〜２は、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えるものではない。
　
（４）ＣＳ遺伝子のプロモーターへの変異導入について
　請求人は、本件訂正発明１について、本件明細書には、染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域に変異が導入されたコリネ型細菌の具体例として、−１０領域のみに変異（ＴＡＴＡＡＴ）を有する変異株、−３５領域（ＴＴＧＡＣＡ）及び−１０領域（ＴＡＴＡＡＴ）に変異を有する変異株を取得し、そのＬ−グルタミン酸の生産能を確認したことが記載されているが、これらの変異株は、ＣＳ遺伝子のプロモーターの変異に加えて、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターに変異が導入されたものであり、コリネ型細菌においてＧＤＨ活性を増強せずにＣＳ活性を増強させてもＬ−グルタミン酸の生産性は向上しないことが本件特許の出願時に知られていた（甲第３４号証、甲第４号証）から、ＣＳ遺伝子のプロモーターへの変異を単独で導入した場合に、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上することを当業者が認識できない、と主張している。
　しかしながら、本件明細書の実施例３には、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターに変異が導入された変異株を基にしたものであるものの、染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域のみに変異（ＴＡＴＡＡＴ）を有する変異株が、染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーターの−１０領域に変異を有しない株に比べて、ＣＳ比活性が１．９倍増強され（上記記載内容カ．の表１０）、Ｌ−グルタミン酸の収率を向上させた（上記記載内容カ．の表１２）ことが記載されており、コリネ型細菌のＣＳ遺伝子のプロモーターへの特定の変異導入が、Ｌ−グルタミン酸の生産性の向上に寄与することは当業者であれば理解することができるから、本件訂正発明１のうちの、コリネ型細菌の染色体上のクエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したコリネ型細菌を用いたＬ−グルタミン酸の製造方法に係る発明について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されていないとはいえない。
　また、甲第３４号証、甲第４号証に記載されている事項は、プラスミド導入によるＣＳ活性の増強に関する技術であり、本件訂正発明１のように、染色体上のＣＳ遺伝子のプロモーターに変異を導入したものではなく、また、甲第３４号証に記載されている実験結果は、ＧＤＨ遺伝子単独で増強させた場合（８０１（ｐＡＧ１００１））もＧＤＨ遺伝子とＣＳ遺伝子とを組み合わせて増強させた場合（８０１（ｐＣＧ５））も、ＣＳ遺伝子単独で増強させた場合（８０１（ｐＡＧ４００３））と同程度のＬ−グルタミン酸の収率である（上記記載事項（甲３４−４）〜（甲３４−９）、平成２９年１０月２日付け弁駁書の別紙１参照）ことを開示するものであるから、甲第３４号証、甲第４号証の記載事項が、本件訂正発明１のうちの、コリネ型細菌の染色体上のクエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列の−１０領域にＴＡＴＡＡＴ配列を導入したコリネ型細菌を用いたＬ−グルタミン酸の製造方法に係る発明について、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上することを当業者が認識できないことの根拠になるとはいえない。
　よって、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件訂正発明１の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件訂正発明１は、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えるものではない。
　
（５）ＩＣＤＨ遺伝子のプロモーターへの変異導入について
　請求人は、本件特許の請求項１、５について、本件明細書には、染色体上のＩＣＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び／又は−１０領域のみに変異が導入されたコリネ型細菌の実施例がないので、本件特許の請求項１、５に記載された変異の組み合わせを導入した場合に、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上することを当業者が認識できない、また、本件明細書には、Ｌ−アルギニンの生産性がどのように変化するのか何ら具体的に記載されていないので、Ｌ−アルギニンの収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−アルギニンの収率が向上することを当業者が認識できない、と主張している。
　しかしながら、訂正請求により、請求項１から、「ＩＣＤＨ遺伝子のプロモーター」に係る発明、「Ｌ−アルギニン」に係る発明は削除され、請求項５は、削除されたので、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件訂正発明１の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件訂正発明１は、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えるものではない。
　
（６）ＰＤＨ遺伝子のプロモーターへの変異導入について
　請求人は、本件特許の請求項１、６について、本件明細書には、染色体上のＰＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び／又は−１０領域のみに変異が導入されたコリネ型細菌の実施例がないので、本件特許の請求項１、６に記載された変異の組み合わせを導入した場合に、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上することを当業者が認識できない、また、本件明細書には、Ｌ−アルギニンの生産性がどのように変化するのか何ら具体的に記載されていないので、Ｌ−アルギニンの収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−アルギニンの収率が向上することを当業者が認識できない、と主張している。
　しかしながら、訂正請求により、請求項１から、「ＰＤＨ遺伝子のプロモーター」に係る発明、「Ｌ−アルギニン」に係る発明は削除され、請求項６は、削除されたので、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件訂正発明１の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件訂正発明１は、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えるものではない。
　
（７）アルギニノコハク酸シンターゼ遺伝子のプロモーターへの変異導入について
　請求人は、本件特許の請求項１、８について、本件明細書には、染色体上のアルギニノコハク酸シンターゼ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び／又は−１０領域に変異が導入されたコリネ型細菌の実施例がないので、本件特許の請求項１、８に記載された変異の組み合わせを導入した場合に、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上することを当業者が認識できない、また、本件明細書には、Ｌ−アルギニンの生産性がどのように変化するのか何ら具体的に記載されていないので、Ｌ−アルギニンの収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−アルギニンの収率が向上することを当業者が認識できない、と主張している。
　しかしながら、訂正請求により、請求項１から、「アルギニノコハク酸シンターゼ遺伝子のプロモーター」に係る発明、「Ｌ−アルギニン」に係る発明は削除され、請求項８は、削除されたので、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件訂正発明１の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件訂正発明１は、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えるものではない。
　
（８）野生株ＡＴＣＣ１３８６９のプロモーター配列について
　請求人は、コリネバクテリウム・グルタミカムの野生株ＡＴＣＣ１３８６９のプロモーター配列について、本件明細書の段落【００２５】に記載の配列と甲第２９号証の第１９頁に記載の配列とが異なり、本件明細書の段落【００２５】に記載の配列番号１の配列では、−３５領域と−１０領域の間の６番目と７番目の塩基「ＴＧ」が不足しており、−１０領域よりも３’末端側に「Ｔ」が追加されているから、本件明細書の実験は、野生株ＡＴＣＣ１３８６９ではなく、別の菌株に基づいて行われたものといわざるを得ず、本件明細書は、少なくともＧＤＨに関し、野生株のプロモーター配列を変異させたことによる活性の変化を実証したものとはいえないので、Ｌ−グルタミン酸又はＬ−アルギニンの収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−グルタミン酸又はＬ−アルギニンの収率が向上することを当業者が認識できない、と主張している。
　しかしながら、−３５領域と−１０領域の間の６番目と７番目の塩基「ＴＧ」の不足については、本件明細書の段落【００２５】に記載の配列は、プロモーターに変異を導入したプラスミドが有する配列であって、実施例２以降の実験で用いたＦＧＲ１、ＦＧＲ２株等の該当箇所の配列は、表６に示されているように「ＴＧ」の欠落はなく、また、−１０領域よりも３’末端側の「Ｔ」の追加については、本件明細書の段落【００２５】に記載の配列は、本件特許の優先日当時にコリネバクテリウム・グルタミカムの野生株の配列として唯一知られていた配列に基づくものであるが、甲第２９号証の第１９頁に記載の配列は、本件特許の優先日後に公開された配列に基づくものであり、本件明細書の段落【００２５】に記載の配列と甲第２９号証の第１９頁に記載の配列とが異なることが、本件明細書の実験が、野生株ＡＴＣＣ１３８６９ではなく、別の菌株に基づいて行われた根拠になるとはいえないから、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件訂正発明１の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件訂正発明１は、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えるものではない。
　
（９）プロモーター−３５領域及び−１０領域の周辺領域について
　請求人は、本件訂正発明１について、ＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び−１０領域の間の領域、−３５領域の上流領域、並びに−１０領域の下流領域（以下、総称して「−３５領域及び−１０領域の周辺領域」という。）が何ら特定されていないため、−３５領域及び−１０領域の周辺領域にはいずれの配列及び長さを有するものも包含されるところ、本件明細書には、ＧＤＨ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び−１０領域の周辺領域の具体例として、特定の配列のみが記載されているだけで、プロモーターの−３５領域及び−１０領域の周辺領域の配列や長さがプロモーター活性に大きく影響することが知られている（甲第２６号証、甲第２７号証、甲第２８号証、甲第３２号証、甲第２号証）から、本件訂正発明１のように、ＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び−１０領域の周辺領域を任意の長さや配列にした場合に、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上できる程度に明確かつ十分に発明の詳細な説明が記載されておらず、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上することを当業者が認識できない、と主張している。
　しかしながら、本件訂正発明１は、ＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び／又は−１０領域に特定の配列の変異を導入したコリネ型細菌変異株を用いて、Ｌ−グルタミン酸の収率を向上させたＬ−グルタミン酸の製造方法を提供するものであり、ＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び−１０領域の周辺領域の配列や長さを発明特定事項とするものではなく、ＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び−１０領域の周辺領域の配列や長さについては、本件明細書の記載（上記記載内容イ．〜カ．）及び技術常識に基づき、当業者であれば容易に理解することができるから、本件訂正発明１について、発明の詳細な説明が当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されていないとはいえない。
　また、甲第２６号証、甲第２７号証、甲第２８号証、甲第３２号証、甲第２号証に、プロモーターの−３５領域及び−１０領域の周辺領域の配列や長さがプロモーター活性に影響を与えることが記載されていたとしても、ＧＤＨ遺伝子、ＣＳ遺伝子のプロモーターの−３５領域及び−１０領域の周辺領域の配列や長さは、本件明細書の記載（上記記載内容イ．〜カ．）及び技術常識に基づき、Ｌ−グルタミン酸の収率に影響を与えない範囲内で当業者が適宜定めることができるから、甲第２６号証、甲第２７号証、甲第２８号証、甲第３２号証、甲第２号証の記載事項が、本件訂正発明１について、Ｌ−グルタミン酸の収率が向上することを当業者が認識できないことの根拠になるとはいえない。
　よって、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件訂正発明１の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえ、また、本件訂正発明１は、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載された範囲を超えるものではない。
　
（１０）まとめ
　したがって、本件発明の詳細な説明は、当業者が本件訂正発明１〜２及び４の実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載されているといえるから、本件発明の詳細な説明の記載は、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできず、また、本件訂正発明１〜２及び４は、発明の詳細な説明に記載されたものといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
４．無効理由５（明確性要件）について
　請求人は、本件特許の請求項１の記載について、ＧＤＨ等はタンパク質であるから、それらのタンパク質の選択肢からどのような遺伝子が選択されるのか不明であり、本件特許の請求項２の「グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）産生遺伝子」がどのような遺伝子を指すのか不明であり、また、本件特許の請求項３〜８の記載について、ＧＤＨ等はタンパク質であり、その「プロモーター」がどういうものを指すのか不明であるから、本件特許の請求項１〜８に係る発明は、明確に記載されているとはいえない、と主張している。
　しかしながら、訂正請求により、請求項１は、「コリネ型細菌の染色体上の、グルタミン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＤＨ）遺伝子のプロモーター配列」、「クエン酸合成酵素（ＣＳ）遺伝子のプロモーター配列」に訂正され、請求項２は、「ＧＤＨ遺伝子のプロモーター」に訂正され、請求項４は、「ＣＳ遺伝子のプロモーター」、「ＧＤＨ遺伝子のプロモーター」に訂正され、「・・・遺伝子のプロモーター」という記載になっているので、本件訂正発明１〜２及び４は、明確に記載されているといえる。
　したがって、本件訂正発明１〜２及び４は、明確に記載されているといえるから、本件特許請求の範囲の記載は、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない、とすることはできない。
　
５．本件特許の請求項３及び５〜８に係る発明についての審判請求
　本件特許の請求項３及び５〜８は、上記第２のとおり、本件訂正により削除された。その結果、本件特許の請求項３及び５〜８に係る発明についての審判請求は、その対象を欠くこととなったので、不適法な請求であり、その補正をすることができないものであるから、特許法第１３５条の規定により却下すべきものである。
　
第８　むすび　
　以上のとおりであるから、請求人の主張する理由及び提出した証拠方法によっては、本件訂正発明１〜２及び４の特許を無効とすることはできない。
　また、本件特許の請求項３及び５〜８に係る発明は、本件訂正により削除されたため、それらに対して請求人がした審判の請求については却下する。
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項の規定で準用する民事訴訟法第６１条の規定により、参加によって生じた費用を含めて請求人及びその参加人が負担すべきものとする。
　よって、結論のとおり審決する。