【手続補正書】
【提出日】平成31年1月24日(2019.1.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
肺癌の治療を受けているＩ期−ＩＩ期非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者における疾患転帰を予測する方法であって、
（ａ）Ｉ期−ＩＩ期の非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）の患者から得られた肺組織サンプルを提供するステップであって、前記患者は化学療法、放射線療法、及び／又は外科手術により治療を受けている患者であるステップ； 
（ｂ）下記のプローブの６個以上と前記サンプルを接触させるステップ；
（ｉ）Ｃｈｒ１、小領域１０９．５−１１１．１Ｍｂ上の、ｈｓａ−ｍｉｒ−１９７；Ｓ−アデノシルホモシステイン加水分解酵素様１（ＡＨＣＹＬ１）；アリスタレス様ホメオボックス３（ＡＬＸ３）；Ｉｇ様ドメイン１を有する接着分子（ＡＭＩＧＯ１）；アデノシン一リン酸デアミナーゼ２（アイソフォームＬ）（ＡＭＰＤ２）；アタキシン７様２（ＡＴＸＮ７Ｌ２）；カドヘリン、ＥＧＦ  ＬＡＧ７回貫通Ｇ−タイプ受容体２（フラミンゴ相同体、ドロソフィラ）（ＣＥＬＳＲ２）；コロニー刺激因子１（マクロファージ）（ＣＳＦ１）；チトクロムｂ−５６１ドメイン含有１（ＣＹＢ５６１Ｄ１）；ＥＰＳ８様３（ＥＰＳ８Ｌ３）；配列類似性４０、メンバーＡを有するファミリー（ＦＡＭ４０Ａ）；グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）、α阻害活性ポリペプチド３（ＧＮＡＩ３）；グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）、α形質転換活性ポリペプチド２（ＧＮＡＴ２）；Ｇタンパク質共役受容体６１（ＧＰＲ６１）；グルタチオンＳ−トランスフェラーゼＭ１、Ｍ２（筋肉）、Ｍ３（脳）、Ｍ４、Ｍ５（ＧＳＴＭ１、Ｍ２、Ｍ３、Ｍ４、Ｍ５）；Ｂ型肝炎ウイルスｘ相互作用タンパク質（ＨＢＸＩＰ）；ＫＣＮＡ２、３、４、１０カリウム電位開口型チャネル、ｓｈａｋｅｒ関連サブファミリー、メンバー２、３、４、１０（ＫＩＡＡ１３２４）；ミオシン結合タンパク質Ｈ様（ＭＹＢＰＨＬ）；プロキネチシン１（ＰＲＯＫ１）；プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）サブユニット、αタイプ５（ＰＳＭＡ５）；プロリン／セリン−リッチコイルドコイル１（ＰＳＲＣ１）；ＲＮＡ結合モチーフタンパク質１５（ＲＢＭ１５）；セリル−ｔＲＮＡ合成酵素（ＳＡＲＳ）；溶質輸送体ファミリー１６、メンバー４（モノカルボン酸輸送体５）（ＳＬＣ１６Ａ４）；溶質輸送体ファミリー６、メンバー１７（ＳＬＣ６Ａ１７）；ソルチリン１（ＳＯＲＴ１）；シナプトフィシン様２（ＳＹＰＬ２）；又はユビキチン様４Ｂ（ＵＢＬ４Ｂ）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｉｉ）Ｃｈｒ２、小領域１４７．６−１５１．１Ｍｂ上の、アクチビンＡ受容体、タイプＩＩＡ（ＡＣＶＲ２Ａ）；第２染色体オープンリーディングフレーム２５（Ｃ２ｏｒｆ２５）；ポリコーム相同体２のエンハンサー（ドロソフィラ）（ＥＰＣ２）；キネシンファミリーメンバー５Ｃ（ＫＩＦ５Ｃ）；仮定上のタンパク質ＬＯＣ１３０５７６（ＬＯＣ１３０５７６）；ＬＹ６／ＰＬＡＵＲドメイン含有６（ＬＹＰＤ６）；メチル−ＣｐＧ結合ドメインタンパク質５（ＭＢＤ５）；複製開始点認識複合体、サブユニット４様（酵母）（ＯＲＣ４Ｌ）；又はＲｈｏファミリーＧＴＰａｓｅ３（ＲＮＤ３）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｉｉｉ）Ｃｈｒ．２、小領域２００．９−２０４．２Ｍｂ上の、ａｂｌ相互作用物質２（ＡＢＩ２）；筋萎縮性側索硬化症２（若年性）（ＡＬＳ２）；筋萎縮性側索硬化症２（若年性）染色体領域、候補２、４、７、８、１１、１２、１３（ＡＬＳ２ＣＲ２、４、７、８、１１、１２、１３）；アルデヒドオキシダーゼ１（ＡＯＸ１）；骨形成タンパク質受容体、タイプＩＩ（セリン／トレオニンキナーゼ）（ＢＭＰＲ２）；塩基性ロイシンジッパーおよびＷ２ドメイン１（ＢＺＷ１）；カスパーゼ１０（ＣＡＳＰ１０）；アポトーシス関連システインペプチダーゼ；カスパーゼ８（ＣＡＳＰ８）；ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子（ＣＦＬＡＲ）；ＣＤＣ様キナーゼ１（ＣＬＫ１）；チトクロムＰ４５０、ファミリー２０、サブファミリーＡ、ポリペプチド１（ＣＹＰ２０Ａ１）；配列類似性１２６、メンバーＢを有するファミリー（ＦＡＭ１２６Ｂ）；ｆｒｉｚｚｌｅｄ相同体７（ドロソフィラ）（ＦＺＤ７）；島細胞自己抗原１，６９ｋＤａ様（ＩＣＡ１Ｌ）；カリウムチャネル四量体化ドメイン含有１８（ＫＣＴＤ１８）；ウイルスＤＮＡポリメラーゼ−トランス活性化タンパク質６（ＬＯＣ２６０１０）；ＭＰＰ４膜タンパク質、パルミトイル化４（ＭＡＧＵＫ  ｐ５５サブファミリーメンバー４）；ニューロビーチン様１（ＮＢＥＡＬ１）；ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１βサブコンプレックス、３、１２ｋＤａ（ＮＤＵＦＢ３）；ＮＩＦ３  ＮＧＧ１相互作用因子３様１（Ｓ．ｐｏｍｂｅ）（ＮＩＦ３Ｌ１）；ＮＯＰ５／ＮＯＰ５８核小体タンパク質；複製開始点認識複合体、サブユニット２様（酵母）（ＯＲＣ２Ｌ）；ペプチジルプロリルイソメラーゼ（シクロフィリン）様３（ＰＰＩＬ３）；Ｒａｓ関連（ＲａｌＧＤＳ／ＡＦ−６）およびプレクストリン相同ドメイン１（ＲＡＰＨ１）；ｓｈｕｇｏｓｈｉｎ様２（Ｓ．ｐｏｍｂｅ）（ＳＧＯＬ２）；ＳＭＴ３  ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ  ｏｆ  ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３  ｈｏｍｏｌｏｇ１（Ｓ．セレビシエ）（ＳＵＭＯ１）；輸送タンパク質、キネシン結合２（ＴＲＡＫ２）；又はＷＤリピートドメイン１２（ＷＤＲ１２）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｉｖ）Ｃｈｒ．２、小領域２０５．９−２０８．１Ｍｂ上の、ＡＤＡＭメタロペプチダーゼドメイン２３（ＡＤＡＭ２３）；カルボキシペプチダーゼＯ（ＣＰＯ）；ジストロテリン（ＤＹＴＮ）；真核細胞翻訳伸長因子１β２（ＥＥＦ１Ｂ２）；ＦＡＳＴキナーゼドメイン２（ＦＡＳＴＫＤ２）；仮定上のタンパク質ＦＬＪ２０３０９；Ｇタンパク質共役受容体１（ＧＰＲ１）；Ｋｒｕｐｐｅｌ様因子７（ユビキタス）（ＫＬＦ７）；リンゴ酸デヒドロゲナーゼ１Ｂ、ＮＡＤ（可溶性）（ＭＤＨ１Ｂ）、ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質１、７５ｋＤａ（ＮＡＤＨ−コエンザイムＱ還元酵素）（ＮＤＵＦＳ１）；ニューロピリン２（ＮＲＰ２）；ｐａｒ−３分配欠損３相同体Ｂ（Ｃ．エレガンス（Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ））（ＰＡＲＤ３Ｂ）；亜鉛フィンガー、ＤＢＦタイプ含有２（ＺＤＢＦ２）；又はＨＣＧ＿１６５７９８０をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｖ）Ｃｈｒ．５、小領域６７．８−６８．５Ｍｂ上の、サイクリンＢＩ（ＣＣＮＢ１）又は溶質輸送体ファミリー３０（亜鉛輸送体）メンバー５（ＳＬＣ３０Ａ５）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｖｉ）Ｃｈｒ．６、小領域１２３．７−１３５．６Ｍｂ上の、ｈｓａ−ｍｉｒ−５８８；Ａキナーゼ（ＰＲＫＡ）アンカータンパク質７（ＡＫＡＰ７）；アルデヒドデヒドロゲナーゼ８ファミリー、メンバーＡ１（ＡＬＤＨ８Ａ１）；アルギナーゼ、肝臓（ＡＲＧ１）；Ｒｈｏ  ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質１８（ＡＲＨＧＡＰ１８）；結合組織増殖因子（ＣＴＧＦ）；エノイルコエンザイムＡヒドラターゼドメイン含有１（ＥＣＨＤＣ１）；エクトヌクレオチドピロホスファターゼ／ホスホジエステラーゼ１、３（ＥＮＰＰ１、３）；赤血球膜タンパク質バンド４．１様２（ＥＰＢ４１Ｌ２）；ｅｙｅｓ  ａｂｓｅｎｔ相同体４（ドロソフィラ）（ＥＹＡ４）；ＨＤドメイン含有２（ＨＤＤＣ２）；ＹＲＰＷモチーフ２に関連するｈａｉｒｙ／ｅｎｈａｎｃｅｒ−ｏｆ−ｓｐｌｉｔ（ＨＥＹ２）；ヒスチジントライアドヌクレオチド結合タンパク質３（ＨＩＮＴ３）；ＫＩＡＡ１９１３；ラミニン、α２（メロシン、先天性筋ジストロフィー）（ＬＡＭＡ２）；メディエーター複合体サブユニット２３（ＭＥＤ２３）；モノオキシゲナーゼ、ＤＢＨ様１（ＭＯＸＤ１）；ｖ−ｍｙｂ骨髄芽球症ウイルス癌遺伝子相同体（トリ）（ＭＹＢ）；核内受容体コアクチベーター７（ＮＣＯＡ７）；Ｎａ＋／Ｋ＋輸送ＡＴＰａｓｅ相互作用２（ＮＫＡＩＮ２）；嗅覚受容体、ファミリー２、サブファミリーＡ、メンバー４（ＯＲ２Ａ４）；プロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、Ｋ（ＰＴＰＲＫ）；リングフィンガータンパク質１４６（ＲＮＦ１４６）；リングフィンガータンパク質２１７（ＲＮＦ２１７）；リボソームタンパク質Ｓ１２（ＲＰＳ１２）；無菌のαモチーフドメイン含有３（ＳＡＭＤ３）；血清／糖質コルチコイド調節キナーゼ（ＳＧＫ）；溶質輸送体ファミリー２（促進性グルコース輸送体）、メンバー１２（ＳＬＣ２Ａ１２）；シンタキシン７（ＳＴＸ７）；痕跡アミン関連受容体１、２、５、６、８、９（ＴＡＡＲ１、２、５、６、８、９）；ＴＢＰ様１（ＴＢＰＬ１）；転写因子２１（ＴＣＦ２１）；腫瘍タンパク質Ｄ５２様１（ＴＰＤ５２Ｌ１）；トリアディン（ＴＲＤＮ）；ｔＲＮＡメチルトランスフェラーゼ１１相同体（Ｓ．セレビシエ）（ＴＲＭＴ１１）；又はバニン１、２、３（ＶＮＮ１、２、３）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｖｉｉ）Ｃｈｒ．８、小領域６．９−８．８Ｍｂ上の、クローディン２３（ＣＬＤＮ２３）；デフェンシン、α５、パネート細胞特異的（ＤＥＦＡ５）；デフェンシン、β１０３Ｂ（ＤＥＦＢ１０３Ｂ）；デフェンシン、β１０４Ａ（ＤＥＦＢ１０４Ａ）；デフェンシン、β１０４Ｂ（ＤＥＦＢ１０４Ｂ）；デフェンシン、β１０５Ｂ（ＤＥＦＢ１０５Ｂ）；デフェンシン、β１０６Ａ（ＤＥＦＢ１０６Ａ）；デフェンシン、β１０６Ｂ（ＤＥＦＢ１０６Ｂ）；デフェンシン、β１０７Ａ（ＤＥＦＢ１０７Ａ）；デフェンシン、β１０７Ｂ（ＤＥＦＢ１０７Ｂ）；デフェンシン、β４（ＤＥＦＢ４）；悪性線維性組織球腫によって増幅された配列１（ＭＦＨＡＳ１）；ｈｏｍｏｌｏｇ  ｏｆ  ｒａｔ  ｐｒａｇｍａ  ｏｆ  Ｒｎｄ２（ＰＲＡＧＭＩＮ）；精子関連抗原１１Ａ（ＳＰＡＧ１１Ａ）；又は精子関連抗原１１Ｂ（ＳＰＡＧ１１Ｂ）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｖｉｉｉ）Ｃｈｒ．９、小領域３６．１−３７．０Ｍｂ上の、第９染色体オープンリーディングフレーム１９（Ｃ９ｏｒｆ１９）；カリシン（ＣＣＩＮ）；クラスリン、軽鎖（Ｌｃａ）（ＣＬＴＡ）；グルコサミン（ＵＤＰ−Ｎ−アセチル）−２−エピメラーゼ／Ｎ−アセチルマンノサミンキナーゼ（ＧＮＥ）；母系胚性ロイシンジッパーキナーゼ（ＭＥＬＫ）；ペアードボックス５（ＰＡＸ５）；カザールモチーフを有する復帰突然変異誘導システインリッチタンパク質（ＲＥＣＫ）；又はリングフィンガータンパク質３８（ＲＮＦ３８）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｉｘ）Ｃｈｒ．１０、小領域５１．９−５４．２Ｍｂ上の、ａｐｏｂｅｃ−１相補性因子（ＡＣＦ）；Ｎ−アシルスフィンゴシンアミドヒドラーゼ（非リソソームセラミダーゼ）２Ｂ（ＡＳＡＨ２Ｂ）；開裂刺激因子、３’ＲＮＡ前駆体、サブユニット２，６４ｋＤａ、ｔａｕ変異体（ＣＳＴＦ２Ｔ）；ｄｉｃｋｋｏｐｆ相同体１（ゼノパス・ラエビス）（ＤＫＫ１）；マンノース結合レクチン（タンパク質Ｃ）２、可溶性（オプソニン欠損）（ＭＢＬ２）、プロテインキナーゼ、ｃＧＭＰ依存性、タイプＩ（ＰＲＫＧ１）；スフィンゴミエリンシンターゼ１（ＳＧＭＳ１）；又はｈｓａ−ｍｉＲ−６０５をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、及び／又は
（ｘ）Ｃｈｒ．１６、小領域４５．８−４６．３Ｍｂ上の、
インテグリンαＦＧ−ＧＡＰリピート含有１（ＩＴＦＧ１）又はホスホリラーゼキナーゼ、β（ＰＨＫＢ）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｃ）各プローブがその標的染色体もしくは染色体領域上のポリヌクレオチド配列と選択的に結合する条件下で６個以上のプローブをサンプルと共にインキュベートして、安定したハイブリダイゼーション複合体を形成するステップ；及び
（ｄ）６個以上のプローブのハイブリダイゼーションを検出するステップであって、プローブによって標的化された染色体領域における少なくとも１種の獲得または損失を示すハイブリダイゼーションパターンは、６個以上のプローブによって標的にされた染色体領域における獲得または損失を有さない患者における疾患転帰のベースライン基準と比較したとき、疾患転帰不良のリスクが増加したことを示すステップ、
を含む、方法。
【請求項２】
サンプルを、６個のプローブの組合せと接触させる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
基質上に固定化されたプローブへのアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ａＣＧＨ）により行われる、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）により行われ、各プローブが異なる蛍光で標識されている、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
肺組織サンプルが、肺生検検体を含む、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
（ｉ）Ｃｈｒ１、小領域１０９．５−１１１．１Ｍｂ上の、ｈｓａ−ｍｉｒ−１９７；Ｓ−アデノシルホモシステイン加水分解酵素様１（ＡＨＣＹＬ１）；アリスタレス様ホメオボックス３（ＡＬＸ３）；Ｉｇ様ドメイン１を有する接着分子（ＡＭＩＧＯ１）；アデノシン一リン酸デアミナーゼ２（アイソフォームＬ）（ＡＭＰＤ２）；アタキシン７様２（ＡＴＸＮ７Ｌ２）；カドヘリン、ＥＧＦ  ＬＡＧ７回貫通Ｇ−タイプ受容体２（フラミンゴ相同体、ドロソフィラ）（ＣＥＬＳＲ２）；コロニー刺激因子１（マクロファージ）（ＣＳＦ１）；チトクロムｂ−５６１ドメイン含有１（ＣＹＢ５６１Ｄ１）；ＥＰＳ８様３（ＥＰＳ８Ｌ３）；配列類似性４０、メンバーＡを有するファミリー（ＦＡＭ４０Ａ）；グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）、α阻害活性ポリペプチド３（ＧＮＡＩ３）；グアニンヌクレオチド結合タンパク質（Ｇタンパク質）、α形質転換活性ポリペプチド２（ＧＮＡＴ２）；Ｇタンパク質共役受容体６１（ＧＰＲ６１）；グルタチオンＳ−トランスフェラーゼＭ１、Ｍ２（筋肉）、Ｍ３（脳）、Ｍ４、Ｍ５（ＧＳＴＭ１、Ｍ２、Ｍ３、Ｍ４、Ｍ５）；Ｂ型肝炎ウイルスｘ相互作用タンパク質（ＨＢＸＩＰ）；ＫＣＮＡ２、３、４、１０カリウム電位開口型チャネル、ｓｈａｋｅｒ関連サブファミリー、メンバー２、３、４、１０（ＫＩＡＡ１３２４）；ミオシン結合タンパク質Ｈ様（ＭＹＢＰＨＬ）；プロキネチシン１（ＰＲＯＫ１）；プロテアソーム（プロソーム、マクロパイン）サブユニット、αタイプ５（ＰＳＭＡ５）；プロリン／セリン−リッチコイルドコイル１（ＰＳＲＣ１）；ＲＮＡ結合モチーフタンパク質１５（ＲＢＭ１５）；セリル−ｔＲＮＡ合成酵素（ＳＡＲＳ）；溶質輸送体ファミリー１６、メンバー４（モノカルボン酸輸送体５）（ＳＬＣ１６Ａ４）；溶質輸送体ファミリー６、メンバー１７（ＳＬＣ６Ａ１７）；ソルチリン１（ＳＯＲＴ１）；シナプトフィシン様２（ＳＹＰＬ２）；又はユビキチン様４Ｂ（ＵＢＬ４Ｂ）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｉｉ）Ｃｈｒ２、小領域１４７．６−１５１．１Ｍｂ上の、アクチビンＡ受容体、タイプＩＩＡ（ＡＣＶＲ２Ａ）；第２染色体オープンリーディングフレーム２５（Ｃ２ｏｒｆ２５）；ポリコーム相同体２のエンハンサー（ドロソフィラ）（ＥＰＣ２）；キネシンファミリーメンバー５Ｃ（ＫＩＦ５Ｃ）；仮定上のタンパク質ＬＯＣ１３０５７６（ＬＯＣ１３０５７６）；ＬＹ６／ＰＬＡＵＲドメイン含有６（ＬＹＰＤ６）；メチル−ＣｐＧ結合ドメインタンパク質５（ＭＢＤ５）；複製開始点認識複合体、サブユニット４様（酵母）（ＯＲＣ４Ｌ）；又はＲｈｏファミリーＧＴＰａｓｅ３（ＲＮＤ３）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｉｉｉ）Ｃｈｒ．２、小領域２００．９−２０４．２Ｍｂ上の、ａｂｌ相互作用物質２（ＡＢＩ２）；筋萎縮性側索硬化症２（若年性）（ＡＬＳ２）；筋萎縮性側索硬化症２（若年性）染色体領域、候補２、４、７、８、１１、１２、１３（ＡＬＳ２ＣＲ２、４、７、８、１１、１２、１３）；アルデヒドオキシダーゼ１（ＡＯＸ１）；骨形成タンパク質受容体、タイプＩＩ（セリン／トレオニンキナーゼ）（ＢＭＰＲ２）；塩基性ロイシンジッパーおよびＷ２ドメイン１（ＢＺＷ１）；カスパーゼ１０（ＣＡＳＰ１０）；アポトーシス関連システインペプチダーゼ；カスパーゼ８（ＣＡＳＰ８）；ＣＡＳＰ８およびＦＡＤＤ様アポトーシス制御因子（ＣＦＬＡＲ）；ＣＤＣ様キナーゼ１（ＣＬＫ１）；チトクロムＰ４５０、ファミリー２０、サブファミリーＡ、ポリペプチド１（ＣＹＰ２０Ａ１）；配列類似性１２６、メンバーＢを有するファミリー（ＦＡＭ１２６Ｂ）；ｆｒｉｚｚｌｅｄ相同体７（ドロソフィラ）（ＦＺＤ７）；島細胞自己抗原１，６９ｋＤａ様（ＩＣＡ１Ｌ）；カリウムチャネル四量体化ドメイン含有１８（ＫＣＴＤ１８）；ウイルスＤＮＡポリメラーゼ−トランス活性化タンパク質６（ＬＯＣ２６０１０）；ＭＰＰ４膜タンパク質、パルミトイル化４（ＭＡＧＵＫ  ｐ５５サブファミリーメンバー４）；ニューロビーチン様１（ＮＢＥＡＬ１）；ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）１βサブコンプレックス、３、１２ｋＤａ（ＮＤＵＦＢ３）；ＮＩＦ３  ＮＧＧ１相互作用因子３様１（Ｓ．ｐｏｍｂｅ）（ＮＩＦ３Ｌ１）；ＮＯＰ５／ＮＯＰ５８核小体タンパク質；複製開始点認識複合体、サブユニット２様（酵母）（ＯＲＣ２Ｌ）；ペプチジルプロリルイソメラーゼ（シクロフィリン）様３（ＰＰＩＬ３）；Ｒａｓ関連（ＲａｌＧＤＳ／ＡＦ−６）およびプレクストリン相同ドメイン１（ＲＡＰＨ１）；ｓｈｕｇｏｓｈｉｎ様２（Ｓ．ｐｏｍｂｅ）（ＳＧＯＬ２）；ＳＭＴ３  ｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ  ｏｆ  ｍｉｆ  ｔｗｏ  ３  ｈｏｍｏｌｏｇ１（Ｓ．セレビシエ）（ＳＵＭＯ１）；輸送タンパク質、キネシン結合２（ＴＲＡＫ２）；又はＷＤリピートドメイン１２（ＷＤＲ１２）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｉｖ）Ｃｈｒ．２、小領域２０５．９−２０８．１Ｍｂ上の、ＡＤＡＭメタロペプチダーゼドメイン２３（ＡＤＡＭ２３）；カルボキシペプチダーゼＯ（ＣＰＯ）；ジストロテリン（ＤＹＴＮ）；真核細胞翻訳伸長因子１β２（ＥＥＦ１Ｂ２）；ＦＡＳＴキナーゼドメイン２（ＦＡＳＴＫＤ２）；仮定上のタンパク質ＦＬＪ２０３０９；Ｇタンパク質共役受容体１（ＧＰＲ１）；Ｋｒｕｐｐｅｌ様因子７（ユビキタス）（ＫＬＦ７）；リンゴ酸デヒドロゲナーゼ１Ｂ、ＮＡＤ（可溶性）（ＭＤＨ１Ｂ）、ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（ユビキノン）Ｆｅ−Ｓタンパク質１、７５ｋＤａ（ＮＡＤＨ−コエンザイムＱ還元酵素）（ＮＤＵＦＳ１）；ニューロピリン２（ＮＲＰ２）；ｐａｒ−３分配欠損３相同体Ｂ（Ｃ．エレガンス（Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ））（ＰＡＲＤ３Ｂ）；亜鉛フィンガー、ＤＢＦタイプ含有２（ＺＤＢＦ２）；又はＨＣＧ＿１６５７９８０をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｖ）Ｃｈｒ．５、小領域６７．８−６８．５Ｍｂ上の、サイクリンＢＩ（ＣＣＮＢ１）又は溶質輸送体ファミリー３０（亜鉛輸送体）メンバー５（ＳＬＣ３０Ａ５）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｖｉ）Ｃｈｒ．６、小領域１２３．７−１３５．６Ｍｂ上の、ｈｓａ−ｍｉｒ−５８８；Ａキナーゼ（ＰＲＫＡ）アンカータンパク質７（ＡＫＡＰ７）；アルデヒドデヒドロゲナーゼ８ファミリー、メンバーＡ１（ＡＬＤＨ８Ａ１）；アルギナーゼ、肝臓（ＡＲＧ１）；Ｒｈｏ  ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質１８（ＡＲＨＧＡＰ１８）；結合組織増殖因子（ＣＴＧＦ）；エノイルコエンザイムＡヒドラターゼドメイン含有１（ＥＣＨＤＣ１）；エクトヌクレオチドピロホスファターゼ／ホスホジエステラーゼ１、３（ＥＮＰＰ１、３）；赤血球膜タンパク質バンド４．１様２（ＥＰＢ４１Ｌ２）；ｅｙｅｓ  ａｂｓｅｎｔ相同体４（ドロソフィラ）（ＥＹＡ４）；ＨＤドメイン含有２（ＨＤＤＣ２）；ＹＲＰＷモチーフ２に関連するｈａｉｒｙ／ｅｎｈａｎｃｅｒ−ｏｆ−ｓｐｌｉｔ（ＨＥＹ２）；ヒスチジントライアドヌクレオチド結合タンパク質３（ＨＩＮＴ３）；ＫＩＡＡ１９１３；ラミニン、α２（メロシン、先天性筋ジストロフィー）（ＬＡＭＡ２）；メディエーター複合体サブユニット２３（ＭＥＤ２３）；モノオキシゲナーゼ、ＤＢＨ様１（ＭＯＸＤ１）；ｖ−ｍｙｂ骨髄芽球症ウイルス癌遺伝子相同体（トリ）（ＭＹＢ）；核内受容体コアクチベーター７（ＮＣＯＡ７）；Ｎａ＋／Ｋ＋輸送ＡＴＰａｓｅ相互作用２（ＮＫＡＩＮ２）；嗅覚受容体、ファミリー２、サブファミリーＡ、メンバー４（ＯＲ２Ａ４）；プロテインチロシンホスファターゼ、受容体タイプ、Ｋ（ＰＴＰＲＫ）；リングフィンガータンパク質１４６（ＲＮＦ１４６）；リングフィンガータンパク質２１７（ＲＮＦ２１７）；リボソームタンパク質Ｓ１２（ＲＰＳ１２）；無菌のαモチーフドメイン含有３（ＳＡＭＤ３）；血清／糖質コルチコイド調節キナーゼ（ＳＧＫ）；溶質輸送体ファミリー２（促進性グルコース輸送体）、メンバー１２（ＳＬＣ２Ａ１２）；シンタキシン７（ＳＴＸ７）；痕跡アミン関連受容体１、２、５、６、８、９（ＴＡＡＲ１、２、５、６、８、９）；ＴＢＰ様１（ＴＢＰＬ１）；転写因子２１（ＴＣＦ２１）；腫瘍タンパク質Ｄ５２様１（ＴＰＤ５２Ｌ１）；トリアディン（ＴＲＤＮ）；ｔＲＮＡメチルトランスフェラーゼ１１相同体（Ｓ．セレビシエ）（ＴＲＭＴ１１）；又はバニン１、２、３（ＶＮＮ１、２、３）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｖｉｉ）Ｃｈｒ．８、小領域６．９−８．８Ｍｂ上の、クローディン２３（ＣＬＤＮ２３）；デフェンシン、α５、パネート細胞特異的（ＤＥＦＡ５）；デフェンシン、β１０３Ｂ（ＤＥＦＢ１０３Ｂ）；デフェンシン、β１０４Ａ（ＤＥＦＢ１０４Ａ）；デフェンシン、β１０４Ｂ（ＤＥＦＢ１０４Ｂ）；デフェンシン、β１０５Ｂ（ＤＥＦＢ１０５Ｂ）；デフェンシン、β１０６Ａ（ＤＥＦＢ１０６Ａ）；デフェンシン、β１０６Ｂ（ＤＥＦＢ１０６Ｂ）；デフェンシン、β１０７Ａ（ＤＥＦＢ１０７Ａ）；デフェンシン、β１０７Ｂ（ＤＥＦＢ１０７Ｂ）；デフェンシン、β４（ＤＥＦＢ４）；悪性線維性組織球腫によって増幅された配列１（ＭＦＨＡＳ１）；ｈｏｍｏｌｏｇ  ｏｆ  ｒａｔ  ｐｒａｇｍａ  ｏｆ  Ｒｎｄ２（ＰＲＡＧＭＩＮ）；精子関連抗原１１Ａ（ＳＰＡＧ１１Ａ）；又は精子関連抗原１１Ｂ（ＳＰＡＧ１１Ｂ）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｖｉｉｉ）Ｃｈｒ．９、小領域３６．１−３７．０Ｍｂ上の、第９染色体オープンリーディングフレーム１９（Ｃ９ｏｒｆ１９）；カリシン（ＣＣＩＮ）；クラスリン、軽鎖（Ｌｃａ）（ＣＬＴＡ）；グルコサミン（ＵＤＰ−Ｎ−アセチル）−２−エピメラーゼ／Ｎ−アセチルマンノサミンキナーゼ（ＧＮＥ）；母系胚性ロイシンジッパーキナーゼ（ＭＥＬＫ）；ペアードボックス５（ＰＡＸ５）；カザールモチーフを有する復帰突然変異誘導システインリッチタンパク質（ＲＥＣＫ）；又はリングフィンガータンパク質３８（ＲＮＦ３８）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
（ｉｘ）Ｃｈｒ．１０、小領域５１．９−５４．２Ｍｂ上の、ａｐｏｂｅｃ−１相補性因子（ＡＣＦ）；Ｎ−アシルスフィンゴシンアミドヒドラーゼ（非リソソームセラミダーゼ）２Ｂ（ＡＳＡＨ２Ｂ）；開裂刺激因子、３’ＲＮＡ前駆体、サブユニット２，６４ｋＤａ、ｔａｕ変異体（ＣＳＴＦ２Ｔ）；ｄｉｃｋｋｏｐｆ相同体１（ゼノパス・ラエビス）（ＤＫＫ１）；マンノース結合レクチン（タンパク質Ｃ）２、可溶性（オプソニン欠損）（ＭＢＬ２）、プロテインキナーゼ、ｃＧＭＰ依存性、タイプＩ（ＰＲＫＧ１）；スフィンゴミエリンシンターゼ１（ＳＧＭＳ１）；又はｈｓａ−ｍｉＲ−６０５をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、及び／又は
（ｘ）Ｃｈｒ．１６、小領域４５．８−４６．３Ｍｂ上の、
インテグリンαＦＧ−ＧＡＰリピート含有１（ＩＴＦＧ１）又はホスホリラーゼキナーゼ、β（ＰＨＫＢ）をコードするポリヌクレオチド配列に結合するプローブ、
から選択される６個以上のプローブを含む、プローブの組合せ。
【請求項７】
肺癌の治療を受けている患者における疾患転帰を該患者の生物サンプルから予想するためのキットであって、請求項６に記載のプローブの組合せを含む、前記キット。