【手続補正書】
【提出日】平成31年1月28日(2019.1.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０６１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０６１１】
本明細書に引用される全ての参考文献(特許出願、特許、及び刊行物を含む)は、あたかも各々の個々の刊行物又は特許又は特許出願が、あらゆる目的のために引用により完全に本明細書中に組み込まれることが具体的かつ個別的に示されるのと同じ程度まで、引用により完全に及びあらゆる目的のために本明細書中に組み込まれる。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
（構成１）
軽鎖可変領域(「VL」)及び重鎖可変領域(「VH」)を含む、ヒトKITに免疫特異的に結合する単離された抗体又はその抗原結合断片であって:
(i)該VLが配列番号8のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号4のアミノ酸配列を含むか;
(ii)該VLが配列番号10のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号3のアミノ酸配列を含むか;
(iii)該VLが配列番号8のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号6のアミノ酸配列を含むか;
(iv)該VLが配列番号7のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号5のアミノ酸配列を含むか;
(v)該VLが配列番号7のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号2のアミノ酸配列を含むか;
(vi)該VLが配列番号7のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号3のアミノ酸配列を含むか;
(vii)該VLが配列番号7のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号4のアミノ酸配列を含むか;
(viii)該VLが配列番号7のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号6のアミノ酸配列を含むか;
(ix)該VLが配列番号8のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号2のアミノ酸配列を含むか;
(x)該VLが配列番号8のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号3のアミノ酸配列を含むか;
(xi)該VLが配列番号8のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号5のアミノ酸配列を含むか;
(xii)該VLが配列番号9のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号2のアミノ酸配列を含むか;
(xiii)該VLが配列番号9のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号3のアミノ酸配列を含むか;
(xiv)該VLが配列番号9のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号4のアミノ酸配列を含むか;
(xv)該VLが配列番号9のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号5のアミノ酸配列を含むか;
(xvi)該VLが配列番号9のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号6のアミノ酸配列を含むか;
(xvii)該VLが配列番号10のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号2のアミノ酸配列を含むか;
(xviii)該VLが配列番号10のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号4のアミノ酸配列を含むか;
(xix)該VLが配列番号10のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号5のアミノ酸配列を含むか;又は
(xx)該VLが配列番号10のアミノ酸配列を含み、該VHが配列番号6のアミノ酸配列を含む、
前記単離された抗体又はその抗原結合断片。
（構成２）
ヒトKITに免疫特異的に結合する単離された抗体又はその抗原結合断片であって、
(i)それぞれ配列番号19、20及び21のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号2のアミノ酸配列を含むVH、
(ii)それぞれ配列番号19、20及び21のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号3のアミノ酸配列を含むVH、
(iii)それぞれ配列番号19、20及び21のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号4のアミノ酸配列を含むVH、
(iv)それぞれ配列番号19、20及び21のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号5のアミノ酸配列を含むVH、
(v)それぞれ配列番号19、20及び21のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号6のアミノ酸配列を含むVH、
(vi)それぞれ配列番号66、67及び68のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号2のアミノ酸配列を含むVH、
(vii)それぞれ配列番号66、67及び68のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号3のアミノ酸配列を含むVH、
(viii)それぞれ配列番号66、67及び68のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号4のアミノ酸配列を含むVH、
(ix)それぞれ配列番号66、67及び68のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号5のアミノ酸配列を含むVH、
(x)それぞれ配列番号66、67及び68のアミノ酸配列を含むVL CDR1、VL CDR2及びVL CDR3を含むVL、及び、配列番号6のアミノ酸配列を含むVH、
(xi)配列番号7のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号16、17及び18のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xii)配列番号8のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号16、17及び18のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xiii)配列番号9のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号16、17及び18のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xiv)配列番号10のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号16、17及び18のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xv)配列番号7のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号56、57及び58のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xvi)配列番号8のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号56、57及び58のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xvii)配列番号9のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号56、57及び58のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xviii)配列番号10のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号56、57及び58のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xix)配列番号7のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号64、65及び58のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xx)配列番号8のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号64、65及び58のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xxi)配列番号9のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号64、65及び58のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xxii)配列番号10のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号64、65及び58のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xxiii)配列番号7のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号70、71及び72のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
(xxiv)配列番号8のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号70、71及び72のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、又は
(xxv)配列番号9のアミノ酸配列を含むVL、及び、それぞれ配列番号70、71及び72のアミノ酸配列を含むVH CDR1、VH CDR2及びVH CDR3を含むVH、
を含む、前記単離された抗体又はその抗原結合断片。
（構成３）
(i)アミノ酸配列:
DIVMTQSPSXK1LSASVGDRVTITCKASQNVRTNVAWYQQKPGKAPKXK2LIYSASYRYSGVPDRFXK3GSGSGTDFTLTISSLQXK4EDFAXK5YXK6CQQYNSYPRTFGGGTKVEIK（配列番号12）
(ここで、XK1は、芳香族又は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK2は、脂肪族側鎖又は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK3は、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK4は、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であるか、又はPであり、XK5は、荷電又は酸性側鎖を有するアミノ酸であり、XK6は、芳香族側鎖を有するアミノ酸である)を含むVL;及び
(ii)それぞれ、配列番号16、配列番号17、及び配列番号18のアミノ酸配列を有するVH CDR1、VH CDR2、及びVH CDR3を含むVH
を含む、ヒトKITに免疫特異的に結合する単離された抗体又はその抗原結合断片であって、
該VL及びVHは、ヒトにおいて非免疫原性であり、
該抗体又はその抗原結合断片は、ELISAにより測定したとき、約600pM以下のIC50で、KITのチロシンリン酸化を阻害し、
該抗体又はその抗原結合断片は、KIT受容体内在化を誘導する、
前記単離された抗体又はその抗原結合断片。
（構成４）
(i)それぞれ、配列番号19、配列番号20、及び配列番号21のアミノ酸配列を有するVL CDR1、VL CDR2、及びVL CDR3を含むVL;及び
(ii)アミノ酸配列:
QVQLVQSGAEXH1KKPGASVKXH2SCKASGYTFTDYYINWVXH3QAPGKGLEWIARIYPGSGNTYYNEKFKGRXH4TXH5
TAXH6KSTSTAYMXH7LSSLRSEDXH8AVYFCARGVYYFDYWGQGTTVTVSS（配列番号11）
(ここで、XH1は、脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH2は、脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH3は、極性又は塩基性側鎖を有するアミノ酸であり、XH4は、脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH5は、脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH6は、酸性側鎖を有するアミノ酸であり、XH7は、酸性又はアミド誘導体側鎖を有するアミノ酸であり、XH8は、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸である)を含むVH
を含む、ヒトKITに免疫特異的に結合する単離された抗体又はその抗原結合断片であって、
該VL及びVHは、ヒトにおいて非免疫原性であり、
該抗体又はその抗原結合断片は、ELISAにより測定したとき、約600pM以下のIC50で、KITのチロシンリン酸化を阻害し、
該抗体又はその抗原結合断片は、KIT受容体内在化を誘導する、
前記単離された抗体又はその抗原結合断片。
（構成５）
(i)アミノ酸配列:
DIVMTQSPSXK1LSASVGDRVTITCKASQNVRTNVAWYQQKPGKAPKXK2LIYSASYRYSGVPDRFXK3GSGSGTDFTLTISSLQXK4EDFAXK5YXK6CQQYNSYPRTFGGGTKVEIK（配列番号12）
(ここで、XK1は、芳香族又は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK2は、脂肪族側鎖又は脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK3は、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であり、XK4は、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸であるか、又はPであり、XK5は、荷電又は酸性側鎖を有するアミノ酸であり、XK6は、芳香族側鎖を有するアミノ酸である)を含むVL;及び
(ii)アミノ酸配列:
QVQLVQSGAEXH1KKPGASVKXH2SCKASGYTFTDYYINWVXH3QAPGKGLEWIARIYPGSGNTYYNEKFKGRXH4TXH5TAXH6KSTSTAYMXH7LSSLRSEDXH8AVYFCARGVYYFDYWGQGTTVTVSS（配列番号11）
(ここで、XH1は、脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH2は、脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH3は、極性又は塩基性側鎖を有するアミノ酸であり、XH4は、脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH5は、脂肪族側鎖を有するアミノ酸であり、XH6は、酸性側鎖を有するアミノ酸であり、XH7は、酸性又はアミド誘導体側鎖を有するアミノ酸であり、XH8は、脂肪族ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸である)を含むVH
を含む、構成3又は4記載の抗体。
（構成６）
XK1が、アミノ酸F又はSであり、XK2が、アミノ酸A又はSであり、XK3が、アミノ酸T又はSであり、XK4が、アミノ酸S又はPであり、XK5が、アミノ酸D又はTであり、XK6が、アミノ酸F又はYである、構成3又は5記載の抗体。
（構成７）
XH1が、アミノ酸L又はVであり、XH2が、アミノ酸L又はVであり、XH3が、アミノ酸K又はRであり、XH4が、アミノ酸V又はAであり、XH5が、アミノ酸L又はIであり、XH6が、アミノ酸E又はDであり、XH7が、アミノ酸Q又はEであり、XH8が、アミノ酸S又はTである、構成4又は5記載の抗体。
（構成８）
フローサイトメトリーにより測定したとき、約150pM以下のEC50で、野生型KITを組換え発現するCHO細胞に特異的に結合する、構成1〜7のいずれか一項記載の抗体。
（構成９）
少なくとも1.0μg/mL、又は少なくとも1.1μg/mL、又は少なくとも1.2μg/mLの力価で、CHO細胞で発現させることができる、構成1〜8のいずれか一項記載の抗体。
（構成１０）
ヒト重鎖定常領域及びヒト軽鎖定常領域を含む、構成1〜9のいずれか一項記載の抗体。
（構成１１）
IgG抗体である、構成10記載の抗体。
（構成１２）
IgG1抗体である、構成11記載の抗体。
（構成１３）
IgG4抗体である、構成11記載の抗体。
（構成１４）
ヒトカッパ軽鎖定常領域を含む、構成10〜13のいずれか一項記載の抗体。
（構成１５）
ヒトラムダ軽鎖定常領域を含む、構成10〜13のいずれか一項記載の抗体。
（構成１６）
ヒトカッパ軽鎖定常領域及びヒトガンマ重鎖定常領域を含む、構成10記載の抗体。
（構成１７）
モノクローナル抗体である、構成1〜16のいずれか一項記載の抗体。
（構成１８）
抗原結合断片又はFab断片である、構成1〜9のいずれか一項記載の抗体。
（構成１９）
二重特異性抗体である、構成1〜18のいずれか一項記載の抗体。
（構成２０）
異種ポリペプチドに融合している、構成1〜19のいずれか一項記載の抗体。
（構成２１）
薬剤に連結された構成1〜20のいずれか一項記載の抗体又はその抗原結合断片を含むコンジュゲート。
（構成２２）
前記薬剤が毒素である、構成21記載のコンジュゲート。
（構成２３）
前記毒素が、アブリン、リシンA、緑膿菌外毒素、コレラ毒素、又はジフテリア毒素である、構成22記載のコンジュゲート。
（構成２４）
細胞によって内在化される、構成21〜23のいずれか一項記載のコンジュゲート。
（構成２５）
構成21〜24のいずれか一項記載のコンジュゲートを含む、医薬組成物。
（構成２６）
構成1〜20のいずれか一項記載の抗体を含む、医薬組成物。
（構成２７）
構成1〜20のいずれか一項記載の抗体のVH鎖領域、VL鎖領域、又はVL鎖領域とVH鎖領域の両方をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド。
（構成２８）
構成27記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
（構成２９）
哺乳動物発現ベクターである、構成28記載のベクター。
（構成３０）
構成28又は29記載のベクター又は構成27記載の1以上のポリヌクレオチドを含む宿主細胞。
（構成３１）
構成1〜20のいずれか一項記載の抗体を産生する単離された細胞。
（構成３２）
ヒトKITに特異的に結合する抗体を発現することができる、構成27記載の1以上のポリヌクレオチドを含む単離された細胞。
（構成３３）
構成28又は29記載のベクターを含む細胞。
（構成３４）
構成1〜20のいずれか一項記載の抗体を含むキット。
（構成３５）
構成21〜24のいずれか一項記載のコンジュゲートを含むキット。
（構成３６）
構成1〜20のいずれか一項記載の抗体を含む、KIT関連障害を治療又は管理するための医薬組成物であって、該KIT関連障害が、癌、炎症性疾患、及び線維症からなる群から選択される、前記医薬組成物。
（構成３７）
構成21〜24のいずれか一項記載のコンジュゲートを含む、KIT関連障害を治療又は管理するための医薬組成物であって、該KIT関連障害が、癌、炎症性疾患、及び線維症からなる群から選択される、前記医薬組成物。
（構成３８）
前記癌が、白血病、慢性骨髄性白血病、肺癌、小細胞肺癌、又は消化管間質腫瘍である、構成36又は37記載のKIT関連障害を治療又は管理するための医薬組成物。
（構成３９）
前記癌が、チロシンキナーゼ阻害剤による治療に不応性である、構成36〜38のいずれか一項記載のKIT関連障害を治療又は管理するための医薬組成物。
（構成４０）
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、メシル酸イマチニブ又はSU11248である、構成39記載のKIT関連障害を治療又は管理するための医薬組成物。
（構成４１）
第二の治療剤がさらに投与されるように用いられることを特徴とする、構成36〜40のいずれか一項記載のKIT関連障害を治療又は管理するための医薬組成物。
（構成４２）
前記第二の治療剤が、化学療法剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、抗体、又はサイトカインである、構成41記載のKIT関連障害を治療又は管理するための医薬組成物。
（構成４３）
前記チロシンキナーゼ阻害剤が、メシル酸イマチニブ又はSU11248である、構成42記載のKIT関連障害を治療又は管理するための医薬組成物。
（構成４４）
KIT関連障害を有する対象を診断するためのデータを取得するための方法であって、該対象から得られる細胞又は試料を構成1〜20のいずれか一項記載の抗体と接触させること、及び該細胞又は該試料におけるKITの発現レベルを検出することを含む、前記方法。
（構成４５）
前記抗体が、検出可能な分子にコンジュゲートされている、構成44記載の方法。
（構成４６）
前記検出可能な分子が、酵素、蛍光分子、発光分子、又は放射性分子である、構成45記載の方法。
（構成４７）
KITを発現している細胞におけるKIT活性を阻害するためのインビトロ方法であって、該細胞を構成1〜20のいずれか一項記載の抗体の有効量と接触させることを含む、前記方法。
（構成４８）
ヒトKITに免疫特異的に結合する抗体を作製する方法であって、構成30記載の宿主細胞を培養すること、及び/又は、該細胞を用いて該抗体を発現させることを含む、前記方法。
（構成４９）
前記宿主細胞から得られる抗体を精製することをさらに含む、構成48記載の方法。