【手続補正書】
【提出日】平成31年1月9日(2019.1.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ）リコンビナーゼ、転写因子またはヌクレアーゼと
ｂ）転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質
とを含むキメラポリペプチドであって、
該ＴＡＬＥタンパク質が、ＱはＹである、ＱはＳである、ＱはＲである、ＷはＲである、ＷはＧである、Ｗは欠失している、ＳはＲである、ＳはＨである、ＳはＡである、ＳはＮである、およびＳはＴであることから選択される１以上の突然変異を有するアミノ酸配列ＶＧＫＱＷＳＧＡＲＡＬをＮ−１ヘアピンに含むＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を有する、
前記キメラポリペプチド。
【請求項２】
前記ＴＡＬＥタンパク質がトランケート化されている、請求項１記載のキメラタンパク質。
【請求項３】
前記ＴＡＬＥタンパク質がＣ末端トランケート化またはＮ末端トランケート化を含む、請求項２記載のキメラタンパク質。
【請求項４】
前記ＴＡＬＥタンパク質がＣ末端トランケート化を含む、請求項３記載のキメラタンパク質。
【請求項５】
前記ＴＡＬＥタンパク質が、ＡｖｒＸａ７、Ｔａｌ１ｃおよびＰｔｈＸｏｌからなる群から選択される、請求項１記載のキメラタンパク質。
【請求項６】
前記ＴＡＬＥタンパク質が、配列番号２に示すアミノ酸配列を含む、請求項１記載のキメラタンパク質。
【請求項７】
前記ＴＡＬＥタンパク質がＣ末端トランケート化を含む、請求項６記載のキメラタンパク質。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか１項記載のキメラタンパク質をコードする核酸分子。
【請求項９】
請求項８記載の核酸分子を含む発現カセット。
【請求項１０】
請求項９記載の発現カセットを含むベクター。
【請求項１１】
請求項８記載の核酸分子または請求項１０記載のベクターで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項１２】
部位特異的組換えのための方法であって、
（ａ）下記キメラタンパク質と特異的に相互作用するための少なくとも２つの結合部位を含むＤＮＡ配列を提供することと、
（ｂ）該ＤＮＡ配列を該キメラタンパク質と反応させることと
を含み、
該キメラタンパク質がキサンタモヌス（Ｘａｎｔｈａｍｏｎｕｓ）由来転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質を含み、
該ＴＡＬＥタンパク質が、ＱはＹである、ＱはＳである、ＱはＲである、ＷはＲである、ＷはＧである、Ｗは欠失している、ＳはＲである、ＳはＨである、ＳはＡである、ＳはＮである、およびＳはＴであることから選択される１以上の突然変異を有するアミノ酸配列ＶＧＫＱＷＳＧＡＲＡＬをＮ−１ヘアピンに含むＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を有し、
該キメラタンパク質と特異的に相互作用する２つの部位の間で該ＤＮＡ配列の鎖の両方が切断される部位特異的組換え事象を該キメラタンパク質が触媒する、前記方法。
【請求項１３】
前記部位特異的組換え事象が逆位である、請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
前記キメラタンパク質が、部位特異的組込みを触媒する、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
前記キメラタンパク質が、ヌクレアーゼドメインを含む、請求項１３記載の方法。
【請求項１６】
キサンタモヌス（Ｘａｎｔｈａｍｏｎｕｓ）由来転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質を含むポリペプチドであって、
該ＴＡＬＥタンパク質が、ＱはＹである、ＱはＳである、ＱはＲである、ＷはＲである、ＷはＧである、Ｗは欠失している、ＳはＲである、ＳはＨである、ＳはＡである、ＳはＮである、およびＳはＴであることから選択される１以上の突然変異を有する配列番号３（ＶＧＫＱＷＳＧＡＲＡＬ）に示すアミノ酸配列をＮ−１ヘアピンに含むＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を有する、ポリペプチド。
【請求項１７】
前記ＮＴＤが、ＶＧＫＹＲＧＡＲＡＬ（配列番号４）、ＶＧＫＹＨＧＡＲＡＬ（配列番号６）およびＶＧＫＲＧＡＧＡＲＡＬ（配列番号７）から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１６記載のポリペプチド。
【請求項１８】
前記ＴＡＬＥタンパク質が、ＡｖｒＸａ７、Ｔａｌ１ｃまたはＰｔｈＸｏｌに由来する、請求項１６または１７記載のポリペプチド。
【請求項１９】
前記ＴＡＬＥタンパク質が、合成ＲＶＤドメインを有する、請求項１６または１７記載のポリペプチド。
【請求項２０】
前記ＴＡＬＥタンパク質がＣ末端トランケート化および／またはＮ末端トランケート化を含む、請求項１９記載のポリペプチド。
【請求項２１】
前記ＴＡＬＥタンパク質が、アミノ酸残基１２０、１２８、１４５または１５２の周辺においてトランケート化された、ＡｖｒＸａ７  Ｎ末端配列および、アミノ酸残基２８、６３または９７の周辺においてトランケート化された、ＡｖｒＸａ７  Ｃ末端配列を含む、請求項１９記載のポリペプチド。
【請求項２２】
ラルストニア（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ）由来の合成転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質を含むポリペプチドであって、
該ＴＡＬＥタンパク質が、Ｒ１はＫである、ＱはＹである、ＱはＳである、ＱはＲである、Ｒ２はＷである、Ｒ２はＧである、Ｒ２は欠失している、ＳはＲである、ＳはＨである、ＳはＡである、ＳはＮである、およびＳはＴであることから選択される１以上の突然変異を有する配列番号８（ＩＶＤＩＡＲ１ＱＲ２ＳＧＤＬＡ）に示すアミノ酸配列をＮ−１ヘアピンに含むＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を有する、ポリペプチド。
【請求項２３】
ラルストニア（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ）由来の合成転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質を含むポリペプチドであって、
該ＴＡＬＥタンパク質がＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を有し、
該ＮＴＤが、ＩＶＤＩＡＲＱＷＳＧＤＬＡ（配列番号９）、ＩＶＤＩＡＲＹＲＧＤＬＡ（配列番号１０）、ＩＶＤＩＡＲＳＲＳＧＤＬＡ（配列番号１１）、ＩＶＤＩＡＲＹＨＧＤＬＡ（配列番号１２）およびＩＶＤＩＡＲＲＧＡＧＤＬＡ（配列番号１３）から選択されるアミノ酸配列を含む、
前記ポリペプチド。
【請求項２４】
リコンビナーゼドメインまたはヌクレアーゼドメインを更に含む、請求項１６〜２３のいずれか１項記載のポリペプチド。
【請求項２５】
前記リコンビナーゼが、Ｇｉｎ、Ｈｉｎ、Ｔｎ３、Ｓｉｎ、Ｂｅｔａ、Ｐｉｎ、Ｍｉｎ、Ｄｉｎ、Ｃｉｎ、Ｇｉｎの突然変異タンパク質、Ｈｉｎの突然変異タンパク質、Ｓｉｎの突然変異タンパク質、Ｂｅｔａの突然変異タンパク質、Ｐｉｎの突然変異タンパク質、Ｍｉｎの突然変異タンパク質、Ｄｉｎの突然変異タンパク質、Ｃｉｎ３の突然変異タンパク質およびＴｎ３の突然変異タンパク質からなる群から選択されるものである、請求項２４に記載のポリペプチド。
【請求項２６】
キサンタモヌス（Ｘａｎｔｈａｍｏｎｕｓ）由来転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸分子であって、
該ＴＡＬＥタンパク質が、ＱはＹである、ＱはＳである、ＱはＲである、ＷはＲである、ＷはＧである、Ｗは欠失している、ＳはＲである、ＳはＨである、ＳはＡである、ＳはＮである、およびＳはＴであることから選択される１以上の突然変異を有する配列番号３（ＶＧＫＱＷＳＧＡＲＡＬ）に示すアミノ酸配列をＮ−１ヘアピンに含むＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を有する、
前記核酸分子。
【請求項２７】
前記ＮＴＤが、ＶＧＫＹＲＧＡＲＡＬ（配列番号４）、ＶＧＫＹＨＧＡＲＡＬ（配列番号６）およびＶＧＫＲＧＡＧＡＲＡＬ（配列番号７）から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２６記載の核酸分子。
【請求項２８】
ラルストニア（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ）由来の合成転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質を含むポリペプチドをコードする核酸分子であって、
該ＴＡＬＥタンパク質が、Ｒ１はＫである、ＱはＹである、ＱはＳである、ＱはＲである、Ｒ２はＷである、Ｒ２はＧである、Ｒ２は欠失している、ＳはＲである、ＳはＨである、ＳはＡである、ＳはＮである、およびＳはＴであることから選択される１以上の突然変異を有する配列番号８（ＩＶＤＩＡＲ１ＱＲ２ＳＧＤＬＡ）に示すアミノ酸配列をＮ−１ヘアピンに含むＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を有する、
前記核酸分子。
【請求項２９】
前記ＮＴＤが、ＩＶＤＩＡＲＱＷＳＧＤＬＡ（配列番号９）、ＩＶＤＩＡＲＹＲＧＤＬＡ（配列番号１０）、ＩＶＤＩＡＲＳＲＳＧＤＬＡ（配列番号１１）、ＩＶＤＩＡＲＹＨＧＤＬＡ（配列番号１２）およびＩＶＤＩＡＲＲＧＡＧＤＬＡ（配列番号１３）から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２８記載の核酸分子。
【請求項３０】
前記ポリペプチドが、リコンビナーゼドメインまたはヌクレアーゼドメインを更に含む、請求項２６〜２９のいずれか１項記載の核酸分子。
【請求項３１】
前記ＴＡＬＥタンパク質が、合成ＲＶＤドメインを有する、請求項２６〜２７のいずれか１項に記載の核酸分子。
【請求項３２】
前記ＴＡＬＥタンパク質がＣ末端トランケート化および／またはＮ末端トランケート化を含む、請求項３１記載の核酸分子。
【請求項３３】
前記ＴＡＬＥタンパク質が、アミノ酸残基１２０、１２８または１４５においてトランケート化された、ＡｖｒＸａ７  Ｎ末端配列および／またはアミノ酸残基２８においてトランケート化された、ＡｖｒＸａ７  Ｃ末端配列を含む、請求項３１記載の核酸分子。
【請求項３４】
請求項２６〜２９のいずれか１項記載の核酸分子を含む発現カセット。
【請求項３５】
請求項２６〜２９のいずれか１項記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項３６】
請求項３３記載の核酸分子または請求項３５記載のベクターで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９６】
もう１つの実施形態においては、ＴＡＬＥタンパク質は、以下に記載されているアミノ酸配列を有する反復ドメインを含む：ＬＴＰＤＶＶＡＩＳＮＮＧＧＫＱＡＬＥＴＶＱＲＬＬＰＶＬＣＱＤＧＨ（配列番号１３４）。種々の実施形態においては、ＴＡＬＥタンパク質は、配列番号１３４のＳＮＮＧ（配列番号１３５）がＲＧＧＧ（配列番号１３６）、ＲＧＧＲ（配列番号１３７）、ＲＧＶＲ（配列番号１３８）、ＫＧＧＧ（配列番号１３９）、ＳＧＧＧ（配列番号１４０）、ＧＧＲＧ（配列番号１４１）、ＬＧＧＳ（配列番号１４２）、ＭＤＮＩ（配列番号１４３）、ＲＶＭＡ（配列番号１４４）、ＬＡＳＶ（配列番号１４５）、ＶＧＴＧ（配列番号１４６）およびＱＧＧＧ（配列番号１４７）から選択される突然変異体を含む。
一態様において、本発明は以下を提供する。
[項目１]
ａ）リコンビナーゼ、転写因子またはヌクレアーゼと
ｂ）転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質とを含むキメラポリペプチド。
[項目２]
前記ＴＡＬＥタンパク質がトランケート化されている、項目１記載のキメラタンパク質。
[項目３]
前記ＴＡＬＥタンパク質がＣ末端またはＮ末端トランケート化を含む、項目２記載のキメラタンパク質。
[項目４]
前記ＴＡＬＥタンパク質がＣ末端トランケート化を含む、項目３記載のキメラタンパク質。
[項目５]
前記ＴＡＬＥタンパク質が、ＡｃｒＸａ７、Ｔａｌ１ｃおよびＰｔｈＸｏｌからなる群から選択される、項目１記載のキメラタンパク質。
[項目６]
前記ＴＡＬＥタンパク質が、配列番号２に示すアミノ酸配列を含む、項目１記載のキメラタンパク質。
[項目７]
前記ＴＡＬＥタンパク質がＣ末端トランケート化を含む、項目６記載のキメラタンパク質。
[項目８]
前記ＴＡＬＥタンパク質がアミノ酸残基２７と２６８との間、９２と１３４との間、１２０と１２９との間、７４と１４７との間または８７と１２０との間でトランケート化されている、項目７記載のキメラタンパク質。
[項目９]
前記ＴＡＬＥタンパク質がアミノ酸残基２８、７４、８７、９２、９５、１２０、１２４、１２８、１２９、１４７および１５０においてトランケート化されている、項目８記載のキメラタンパク質。
[項目１０]
前記リコンビナーゼが、
（ａ）Ｔｎ３（ＥｃｏＴｎ３としても公知）；Ｈｉｎ（ＳｔｙＨｉｎとしても公知）；Ｇｉｎ（ＭｕＧｉｎとしても公知）；Ｓｉｎ；Ｂｅｔａ；Ｐｉｎ；Ｍｉｎ；Ｄｉｎ；Ｃｉｎ；ＥｃｏＴｎ２１；ＳｆａＴｎ９１７；ＢｍｅＴｎ５０８３；Ｂｍｅ５３；Ｃｐｅ；ＳａｕＳＫ１；ＳａｕＳＫ４１；ＳａｕＴｎ５５２；Ｒａｎ；Ａａｃ；Ｌｌａ；ｐＭＥＲ０５；Ｍｌｏ９２；Ｍｌｏ９０；Ｒｒｈ；Ｐｊｅ；Ｒｅｑ；ＰｐｓＴｎ５５０１；Ｐａｅ；Ｘａｎ；ＩＳＸｃ５；Ｓｐｙ；ＲｈｉｚＹ４ｃＧ；ＳａｒｐＮＬ１；ＳｓｏｌＳＣ１９０４ａ；ＳｓｏｌＳＣ１９０４ｂ；ＳｓｏＩＳＣ１９１３；Ａａｍ６０６；ＭｊａＭ００１４；Ｐａｂ；ＨｐｙｌＳ６０７；ＭｔｕｌＳ  Ｙ３４９；ＭｔｕＲｖ２７９２ｃ；ＭｔｕＲｖ２９７９ｃ；ＭｔｕＲｖ３８２８ｃ；ＭｔｕＲｖ０９２１；ＭｃｅＲｖ０９２１；ＴｎｐＸ；ＴｎｄＸ；ＷｗＫ；ラクトコッカスファージＴＰ９０１−１セリンリコンビナーゼ；エス・ピロゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）ファージφ３７０．１セリンリコンビナーゼ；エス・ピロゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）ファージφＦＣ１セリンリコンビナーゼ；リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）ファージＡ１１８セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣ３Ｃ８．２４セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣ２Ｅ１．３７セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＤ７８．０４ｃセリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣ８Ｆ４．１５ｃセリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＤ１２Ａ．２３セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＨ１０．３８ｃセリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＣ８８．１４セリンリコンビナーゼ；ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）ファージφＣ３１セリンリコンビナーゼ；ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）ファージＲ４セリンリコンビナーゼ；バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）ファージφ１０５セリンリコンビナーゼ；バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）ファージＳＰＢｃ２セリンリコンビナーゼ；バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）プロファージＳＫＩＮセリンリコンビナーゼ；エス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ｃｃｒＡセリンリコンビナーゼ；エス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ｃｃｒＢセリンリコンビナーゼ；エム・ツベルクロシス（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）ファージＢｘｂ１セリンリコンビナーゼ；エム・ツベルクロシス（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）プロファージφＲＶｌセリンリコンビナーゼ；ＹＢＣＫ  ＥＣＯＬＩ；Ｙ４ｂＡ；Ｂｊａ；Ｓｐｎ；Ｃａｃ  １９５６；およびＣａｃ  １９５４；ならびに
ｂ）ａ）のリコンビナーゼの突然変異タンパク質
からなる群から選択される、項目１記載のキメラタンパク質。
[項目１１]
前記リコンビナーゼが、Ｇｉｎ、Ｈｉｎ、Ｔｎ３、Ｓｉｎ、Ｂｅｔａ、Ｐｉｎ．Ｍｉｎ、ＤｉｎおよびＣｉｎならびにＧｉｎの突然変異タンパク質、Ｈｉｎの突然変異タンパク質、Ｓｉｎの突然変異タンパク質、Ｂｅｔａの突然変異タンパク質、Ｐｉｎの突然変異タンパク質、Ｍｉｎの突然変異タンパク質、Ｄｉｎの突然変異タンパク質、Ｃｉｎの突然変異タンパク質、Ｔｎ３の突然変異タンパク質からなる群から選択される、項目１０記載のキメラタンパク質。
[項目１２]
前記リコンビナーゼがＧｉｎである、項目１０記載のキメラタンパク質。
[項目１３]
前記リコンビナーゼがＧｉｎであり、ＴＡＬＥタンパク質がＡｃｒＸａ７である、項目１記載のキメラタンパク質。
[項目１４]
項目１〜１３のいずれか１項記載のキメラタンパク質をコードする単離された核酸分子。
[項目１５]
項目１４記載の核酸分子を含む発現カセット。
[項目１６]
項目１５記載の発現カセットを含むベクター。
[項目１７]
項目１４記載の核酸分子または項目１６記載のベクターで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
[項目１８]
部位特異的組換えのための方法であって、
（ａ）項目１記載のキメラタンパク質と特異的に相互作用するための少なくとも２つの結合部位を含むＤＮＡ配列を提供することと、
（ｂ）該ＤＮＡ配列を該キメラタンパク質と反応させることと
を含み、該キメラタンパク質と特異的に相互作用する２つの部位の間で該ＤＮＡ配列の鎖の両方が切断される部位特異的組換え事象を該キメラタンパク質が触媒する、方法。
[項目１９]
前記部位特異的組換え事象が逆位である、項目１８記載の方法。
[項目２０]
前記部位特異的組換え事象が組込みである、項目１８記載の方法。
[項目２１]
前記部位特異的組換え事象が分離（ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ）である、項目１８記載の方法。
[項目２２]
項目１記載のキメラタンパク質をコードする核酸分子を含む組成物を対象に投与することを含む遺伝子治療方法であって、
該核酸分子の発現に際して、該対象のゲノム内に存在する遺伝子が特異的に除去または不活性化される、方法。
[項目２３]
前記遺伝子の機能的置換を含む核酸分子を対象に投与することを更に含む、項目２２記載の方法。
[項目２４]
ａ）項目１記載のキメラタンパク質と、
ｂ）医薬上許容される担体とを含む医薬組成物。
[項目２５]
ａ）項目１記載のキメラタンパク質をコードする核酸分子と、
ｂ）医薬上許容される担体とを含む医薬組成物。
[項目２６]
項目１記載のキメラタンパク質により触媒される組換えの作用により生産されるトランスジェニック生物。
[項目２７]
項目１８〜２１のいずれか１項記載の方法に産生されたＤＮＡ配列を有する核酸分子を含む細胞を対象に投与することを含む、遺伝子治療方法。
[項目２８]
生物のゲノムを修飾するための方法であって、
項目１８〜２２のいずれか１項記載の方法を使用して該ゲノムの核酸分子上で部位特異的組換えを行うことにより該生物のゲノムを修飾することを含む、方法。
[項目２９]
前記生物が原核生物、細菌、ウイルスまたは真核生物である、項目２８記載の方法。
[項目３０]
所望のヌクレオチドに特異的に結合する転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質結合ドメインの製造方法であって、
ａ）可変性二残基（ＲＶＤ）内の又はＲＶＤの１〜２アミノ酸残基Ｎ末端側もしくはＣ末端側のアミノ酸残基を突然変異させることにより、ＴＡＬＥタンパク質結合ドメインのアミノ酸配列をランダム化することと、
ｂ）所望のヌクレオチドに特異的に結合する、（ａ）のランダム化ＴＡＬＥタンパク質結合ドメインを選択することとを含む、製造方法。
[項目３１]
項目３０記載の製造方法により製造された転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質結合ドメインを含む単離されたタンパク質。
[項目３２]
１〜４０個のＴＡＬＥタンパク質結合ドメインを含む、項目３１記載の単離されたタンパク質。
[項目３３]
標的ヌクレオチド配列に特異的に結合する、項目３２記載の単離されたタンパク質。
[項目３４]
ヌクレアーゼまたはリコンビナーゼ活性を含む、項目３３記載の単離されたタンパク質。
[項目３５]
遺伝子発現を調節する、項目３３記載の単離されたタンパク質。
[項目３６]
項目３１〜３５のいずれか１項記載のＴＡＬＥタンパク質結合ドメインを含むタンパク質をコードする単離された核酸分子。
[項目３７]
項目３６記載の核酸分子を含む発現カセット。
[項目３８]
項目３７記載の発現カセットを含むベクター。
[項目３９]
項目３７記載の核酸分子または項目３８記載のベクターで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
[項目４０]
キサンタモヌス（Ｘａｎｔｈａｍｏｎｕｓ）由来転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質を含む単離されたポリペプチドであって、
該ＴＡＬＥタンパク質が、ＱはＹである、ＱはＳである、ＱはＲである、ＷはＲである、ＷはＧである、Ｗは欠失している、ＳはＲである、ＳはＨである、ＳはＡである、ＳはＮである、およびＳはＴであることから選択される１以上の突然変異または欠失を有する配列番号３（ＶＧＫＱＷＳＧＡＲＡＬ）に示すアミノ酸配列を含むＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を有する、単離されたポリペプチド。
[項目４１]
前記ＮＴＤが、ＶＧＫＹＲＧＡＲＡＬ（配列番号４）、ＶＧＫＳＲＳＧＡＲＡＬ（配列番号５）、ＶＧＫＹＨＧＡＲＡＬ（配列番号６）およびＶＧＫＲＧＡＧＡＲＡＬ（配列番号７）から選択されるアミノ酸配列を含む、項目４０記載のポリペプチド。
[項目４２]
ラルストニア（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ）由来転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質を含む単離されたポリペプチドであって、
該ＴＡＬＥタンパク質が、Ｒ１はＫである、ＱはＹである、ＱはＳである、ＱはＲである、Ｒ２はＷである、Ｒ２はＧである、Ｒ２は欠失している、ＳはＲである、ＳはＨである、ＳはＡである、ＳはＮである、およびＳはＴであることから選択される１以上の突然変異または欠失を有する配列番号８（ＩＶＤＩＡＲ１ＱＲ２ＳＧＤＬＡ）に示すアミノ酸配列を含むＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）を有する、単離されたポリペプチド。
[項目４３]
前記ＮＴＤが、ＩＶＤＩＡＲＱＷＳＧＤＬＡ（配列番号９）、ＩＶＤＩＡＲＹＲＧＤＬＡ（配列番号１０）、ＩＶＤＩＡＲＳＲＳＧＤＬＡ（配列番号１１）、ＩＶＤＩＡＲＹＨＧＤＬＡ（配列番号１２）およびＩＶＤＩＡＲＲＧＡＧＤＬＡ（配列番号１３）から選択されるアミノ酸配列を含む、項目４２記載のポリペプチド。
[項目４４]
リコンビナーゼドメインまたはヌクレアーゼドメインを更に含む、項目４０〜４３のいずれか１項記載のポリペプチド。
[項目４５]
項目４０〜４４のいずれか１項記載のポリペプチドをコードする単離された核酸分子。
[項目４６]
項目４５記載の核酸分子を含む発現カセット。
[項目４７]
項目４６記載の発現カセットを含むベクター。
[項目４８]
項目４５記載の核酸分子または項目４７記載のベクターで形質転換またはトランスフェクトされた宿主細胞。
[項目４９]
転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤ）の製造方法であって、
ａ）ＮＴＤ内の１以上のアミノ酸残基を突然変異または欠失させることにより、ＮＴＤのアミノ酸配列をランダム化することと、
ｂ）所望のヌクレオチドに特異的に結合する又は活性の増強を示す、（ａ）のランダム化ＴＡＬＥタンパク質ＮＴＤを選択することを含み、
前記アミノ酸配列は配列番号１４（ＶＧＫＸＸＸＧＡＲ）または配列番号１５（ＶＤＩＡＸＸＸＸＧＤＬＡ）である、製造方法。
[項目５０]
対応野生型リコンビナーゼより大きな触媒特異性を有する複数のジンクフィンガーリコンビナーゼ（ＺＦＲ）タンパク質の製造方法であって、
ａ）Ｇｉｎ  Ｉｌｅ１２０、Ｔｈｒ１２３、Ｌｅｕ１２７、Ｉｌｅ１３６およびＧｌｙ１３７またはそれらの組合せと同等な位置においてリコンビナーゼ触媒ドメイン上でランダム突然変異誘発を行い、各アミノ酸に関して２および３位において該ＤＮＡを突然変異させることと、
ｂ）ａ）のリコンビナーゼ触媒ドメインを複数のジンクフィンガー結合ドメインと融合させてＺＦＲを形成することと、
ｃ）対応野生型リコンビナーゼより大きな触媒特異性を有するｂ）のＺＦＲを富化させることとを含む、製造方法。
[項目５１]
前記ＺＦＲが、ＧＣ、ＧＴ、ＣＡ、ＴＴおよびＡＣから選択されるＤＮＡ標的に対する触媒活性の増強を示す、項目５０記載の製造方法。
[項目５２]
前記リコンビナーゼ触媒ドメインがＩｌｅ１３６および／またはＧｌｙ１３７において突然変異誘発される、項目５０記載の製造方法。
[項目５３]
前記ＺＦＲが第１、２、４、６、７、１１、１３およびＸ染色体における標的特異性の増強を示す、項目５０記載の製造方法。
[項目５４]
前記ＺＦＲがベクター内に存在する、項目５０記載の製造方法。
[項目５５]
前記リコンビナーゼ触媒ドメインが、
ａ）Ｔｎ３（ＥｃｏＴｎ３としても公知）；Ｈｉｎ（ＳｔｙＨｉｎとしても公知）；Ｇｉｎ（ＭｕＧｉｎとしても公知）；Ｓｉｎ；Ｂｅｔａ；Ｐｉｎ；Ｍｉｎ；Ｄｉｎ；Ｃｉｎ；ＥｃｏＴｎ２１；ＳｆａＴｎ９１７；ＢｍｅＴｎ５０８３；Ｂｍｅ５３；Ｃｐｅ；ＳａｕＳＫ１；ＳａｕＳＫ４１；ＳａｕＴｎ５５２；Ｒａｎ；Ａａｃ；Ｌｌａ；ｐＭＥＲ０５；Ｍｌｏ９２；Ｍｌｏ９０；Ｒｒｈ；Ｐｊｅ；Ｒｅｑ；ＰｐｓＴｎ５５０１；Ｐａｅ；Ｘａｎ；ＩＳＸｃ５；Ｓｐｙ；ＲｈｉｚＹ４ｃＧ；ＳａｒｐＮＬ１；ＳｓｏｌＳＣ１９０４ａ；ＳｓｏｌＳＣ１９０４ｂ；ＳｓｏＩＳＣ１９１３；Ａａｍ６０６；ＭｊａＭ００１４；Ｐａｂ；ＨｐｙｌＳ６０７；ＭｔｕｌＳ  Ｙ３４９；ＭｔｕＲｖ２７９２ｃ；ＭｔｕＲｖ２９７９ｃ；ＭｔｕＲｖ３８２８ｃ；ＭｔｕＲｖ０９２１；ＭｃｅＲｖ０９２１；ＴｎｐＸ；ＴｎｄＸ；ＷｗＫ；ラクトコッカスファージＴＰ９０１−１セリンリコンビナーゼ；エス・ピロゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）ファージφ３７０．１セリンリコンビナーゼ；エス・ピロゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）ファージφＦＣ１セリンリコンビナーゼ；リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）ファージＡ１１８セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣ３Ｃ８．２４セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣ２Ｅ１．３７セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＤ７８．０４ｃセリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣ８Ｆ４．１５ｃセリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＤ１２Ａ．２３セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＨ１０．３８ｃセリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＣ８８．１４セリンリコンビナーゼ；ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）ファージφＣ３１セリンリコンビナーゼ；ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）ファージＲ４セリンリコンビナーゼ；バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）ファージφ１０５セリンリコンビナーゼ；バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）ファージＳＰＢｃ２セリンリコンビナーゼ；バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）プロファージＳＫＩＮセリンリコンビナーゼ；エス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ｃｃｒＡセリンリコンビナーゼ；エス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ｃｃｒＢセリンリコンビナーゼ；エム・ツベルクロシス（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）ファージＢｘｂ１セリンリコンビナーゼ；エム・ツベルクロシス（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）プロファージφＲＶｌセリンリコンビナーゼ；ＹＢＣＫ  ＥＣＯＬＩ；Ｙ４ｂＡ；Ｂｊａ；Ｓｐｎ；Ｃａｃ  １９５６；およびＣａｃ  １９５４；ならびに
ｂ）ａ）の突然変異タンパク質
からなる群から選択されるリコンビナーゼからのものである、項目５０記載の製造方法。
[項目５６]
前記リコンビナーゼ触媒ドメインがＧｉｎ、Ｈｉｎ、Ｓｉｎ、Ｂｅｔａ、Ｐｉｎ、Ｍｉｎ、Ｄｉｎ、ＣｉｎまたはＴｎ３の突然変異タンパク質からのものである、項目６記載の方法。
[項目５７]
項目５０記載の製造方法により製造されるキメラポリペプチド。
[項目５８]
前記リコンビナーゼ触媒ドメインが、
ａ）Ｔｎ３（ＥｃｏＴｎ３としても公知）；Ｈｉｎ（ＳｔｙＨｉｎとしても公知）；Ｇｉｎ（ＭｕＧｉｎとしても公知）；Ｓｉｎ；Ｂｅｔａ；Ｐｉｎ；Ｍｉｎ；Ｄｉｎ；Ｃｉｎ；ＥｃｏＴｎ２１；ＳｆａＴｎ９１７；ＢｍｅＴｎ５０８３；Ｂｍｅ５３；Ｃｐｅ；ＳａｕＳＫ１；ＳａｕＳＫ４１；ＳａｕＴｎ５５２；Ｒａｎ；Ａａｃ；Ｌｌａ；ｐＭＥＲ０５；Ｍｌｏ９２；Ｍｌｏ９０；Ｒｒｈ；Ｐｊｅ；Ｒｅｑ；ＰｐｓＴｎ５５０１；Ｐａｅ；Ｘａｎ；ＩＳＸｃ５；Ｓｐｙ；ＲｈｉｚＹ４ｃＧ；ＳａｒｐＮＬ１；ＳｓｏｌＳＣ１９０４ａ；ＳｓｏｌＳＣ１９０４ｂ；ＳｓｏＩＳＣ１９１３；Ａａｍ６０６；ＭｊａＭ００１４；Ｐａｂ；ＨｐｙｌＳ６０７；ＭｔｕｌＳ  Ｙ３４９；ＭｔｕＲｖ２７９２ｃ；ＭｔｕＲｖ２９７９ｃ；ＭｔｕＲｖ３８２８ｃ；ＭｔｕＲｖ０９２１；ＭｃｅＲｖ０９２１；ＴｎｐＸ；ＴｎｄＸ；ＷｗＫ；ラクトコッカスファージＴＰ９０１−１セリンリコンビナーゼ；エス・ピロゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）ファージφ３７０．１セリンリコンビナーゼ；エス・ピロゲネス（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）ファージφＦＣ１セリンリコンビナーゼ；リステリア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）ファージＡ１１８セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣ３Ｃ８．２４セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣ２Ｅ１．３７セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＤ７８．０４ｃセリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣ８Ｆ４．１５ｃセリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＤ１２Ａ．２３セリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＨ１０．３８ｃセリンリコンビナーゼ；エス・コエリコロル（Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）染色体ＳＣＣ８８．１４セリンリコンビナーゼ；ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）ファージφＣ３１セリンリコンビナーゼ；ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）ファージＲ４セリンリコンビナーゼ；バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）ファージφ１０５セリンリコンビナーゼ；バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）ファージＳＰＢｃ２セリンリコンビナーゼ；バシラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）プロファージＳＫＩＮセリンリコンビナーゼ；エス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ｃｃｒＡセリンリコンビナーゼ；エス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ｃｃｒＢセリンリコンビナーゼ；エム・ツベルクロシス（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）ファージＢｘｂ１セリンリコンビナーゼ；エム・ツベルクロシス（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）プロファージφＲＶｌセリンリコンビナーゼ；ＹＢＣＫ  ＥＣＯＬＩ；Ｙ４ｂＡ；Ｂｊａ；Ｓｐｎ；Ｃａｃ  １９５６；およびＣａｃ  １９５４；ならびに
ｂ）ａ）の突然変異タンパク質
からなる群から選択される、項目５７記載のキメラポリペプチド。
[項目５９]
前記リコンビナーゼ触媒ドメインがＧｉｎ、Ｈｉｎ、Ｓｉｎ、Ｂｅｔａ、Ｐｉｎ、Ｍｉｎ、Ｄｉｎ、ＣｉｎまたはＴｎ３の突然変異タンパク質からのものである、項目９記載の方法。
[項目６０]
項目５７記載のポリペプチドをコードする単離された核酸分子。
[項目６１]
項目６０記載の核酸分子を含む発現カセット。
[項目６２]
項目６１記載の発現カセットを含むベクター。
[項目６３]
項目６２記載のベクターを含有する単離された宿主細胞。
[項目６４]
部位特異的組込みを触媒する項目５７記載のキメラポリペプチドとＤＮＡ配列を接触させることを含む、ＤＮＡ配列内への部位特異的組込みのための方法。
[項目６５]
項目５７記載のキメラポリペプチドをコードする核酸分子を含む組成物を対象に投与することを含む遺伝子治療方法であって、
該核酸分子の発現に際して、該対象のゲノム内に存在する遺伝子が特異的に除去または不活性化される、方法。
[項目６６]
該遺伝子の機能的置換を含む核酸分子を対象に投与することを更に含む、項目６５記載の方法。
[項目６７]
ａ）項目５７記載のキメラポリペプチドと、
ｂ）医薬上許容される担体と
を含む医薬組成物。
[項目６８]
ａ）項目５７記載のキメラポリペプチドをコードする核酸分子と、
ｂ）医薬上許容される担体と
を含む医薬組成物。
[項目６９]
項目５７記載のキメラポリペプチドにより触媒される組換えにより生産されるトランスジェニック生物。