【手続補正書】
【提出日】平成31年3月27日(2019.3.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
定向進化を行う方法であって、前記方法は、
（ａ）複数のタンパク質バリアントの各々に対する配列データおよび活性データを得る工程と、
（ｂ）前記複数のタンパク質バリアントの各々に対する前記配列データおよび活性データから乗法配列−活性モデルを生成する工程であって、前記乗法配列−活性モデルは、
複数の非相互作用乗法項の積であって、
前記非相互作用乗法項の各々は、係数と独立変数の積を含み、
前記係数は、活性に対するタンパク質配列または前記タンパク質配列をコードする核酸配列における単一の定義された位置における単一の定義されたアミノ酸またはヌクレオチドの寄与を表し、
前記独立変数は、前記タンパク質配列または前記タンパク質配列をコードする前記核酸配列における前記単一の定義された位置における前記単一の定義されたアミノ酸またはヌクレオチドの存在または非存在を表す、複数の非相互作用乗法項の積と、
前記タンパク質バリアントの前記活性を表す従属変数と
を含む、工程と、
（ｃ）前記乗法配列−活性モデルを用いて、定向進化のラウンドのための１つ以上のポリペプチドまたはポリヌクレオチドを選択する工程と
を含む、方法。
【請求項２】
前記１つ以上のポリペプチドまたはポリヌクレオチドが、１つ以上の定義された位置における１つ以上の定義されたアミノ酸またはヌクレオチドを含み、前記１つ以上の定義された位置は、選択基準に適合する１つ以上の係数と関連する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１つ以上のポリペプチドまたはポリヌクレオチドが、前記１つ以上の定義された位置において１つ以上の変異を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記方法が、前記１つ以上の定義された位置において前記１つ以上のポリペプチドまたはポリヌクレオチドにおいて飽和変異誘発を実行することをさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記１つ以上の係数が、前記係数の他のものよりも大きい、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
（ｃ）が、
（ｄ）複数のタンパク質配列または複数の核酸配列を、前記乗法配列−活性モデルに適用して、前記複数のタンパク質配列または複数の核酸配列のそれぞれについて前記乗法配列−活性モデルによって予測される活性値を決定する工程と、
（ｅ）前記複数のタンパク質配列または複数の核酸配列について前記乗法配列−活性モデルによって予測される前記活性値を評価することによって、前記複数のタンパク質配列または複数の核酸配列の中から１つ以上のポリペプチドまたはポリヌクレオチドを選択する工程と
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記１つ以上のポリペプチドまたはポリヌクレオチドを調製するか、またはアッセイする工程をさらに含む、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記非相互作用乗法項が、係数と独立変数との積の形式で提供される、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
前記非相互作用乗法項が、（１＋係数×独立変数）の形式で提供される、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記係数が、ルックアップテーブルにおいて提供される、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記１つ以上のポリペプチドまたはポリヌクレオチドをシャッフリングする工程をさらに含む、請求項１〜１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
タンパク質バリアントライブラリーを形成する工程をさらに含む、請求項１〜１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記タンパク質バリアントライブラリーのメンバーを、活性についてアッセイする工程と、シーケンシングする工程とをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記タンパク質バリアントライブラリーに対する活性および配列情報を用いて、前記タンパク質バリアントライブラリーに対する前記活性および配列情報に対して、工程（ｂ）〜（ｃ）を実行することによって、新たな配列−活性モデルを生成し、使用することをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記乗法配列−活性モデルの複数の乗法項が、（ｉ）前記配列における第１の位置における第１のアミノ酸またはヌクレオチドと、（ｉｉ）前記配列における第２の位置における第２のアミノ酸またはヌクレオチドとの定義された組合せの活性に対する寄与を表す相互作用係数を含む少なくとも１つの相互作用乗法項を含み、前記相互作用係数は、前記定義された組合せの活性に対する寄与を表す、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
前記乗法配列−活性モデルを生成する工程が、相互作用係数を含む項の段階的な加算または減算を行うことを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記乗法配列−活性モデルを生成する工程が、遺伝的アルゴリズムを用いて相互作用係数を含む１つ以上の項を選択することを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記乗法配列−活性モデルを生成する工程が、遺伝的アルゴリズムを用いて前記係数の値を精緻化することを含む、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記乗法配列−活性モデルを生成する工程が、
（ｉ）複数のモデルを含むある世代のモデルを調製することであって、複数のモデルの各々は、（ｂ）に規定される複数の項の積および従属変数を含む、ことと、
（ｉｉ）前記世代のモデルにおける前記モデルの各々を使用して、前記複数のタンパク質バリアントのうち少なくとも一部の活性を予測することと、
（ｉｉｉ）前記モデルの、前記複数のタンパク質バリアントの活性を正確に予測する能力に基づいて、前記世代のモデルから１つ以上のモデルを選択することと、
（ｉｖ）前記選択された１つ以上のモデルを修正して、次世代のモデルを生成することと、
（ｖ）前記次世代のモデルを用いて（ｉｉ）〜（ｉｖ）を複数回反復して、（ｂ）の前記乗法配列−活性モデルを生成することと
を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記乗法配列−活性モデルを生成する工程は、事前情報を使用して、前記モデルの事後確率分布を決定することを含む、請求項１〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
各々が（ｂ）に規定される形式を有する乗法配列−活性モデルのアンサンブルを生成する工程をさらに含む、請求項１〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
２つ以上の配列−活性モデルからの項を含むアンサンブルモデルを生成する工程をさらに含み、前記アンサンブルモデルの前記項は、前記２つ以上のモデルの、活性を予測する能力によって重み付けられる、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記アンサンブルモデルを使用して、定向進化のラウンドのための変異を選択する工程をさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
生物分子の定向進化を行う方法であって、前記方法は、
（ａ）複数の生物分子に対する配列データおよび活性データを得る工程であって、各生物分子は、複数の配列位置において様々な型のサブユニットを含む、工程と、
（ｂ）前記得られたデータから乗法配列−活性モデルを構築する工程であって、
前記乗法配列−活性モデルは、サブユニットの型および配列位置の関数として活性を予測し、
前記乗法配列−活性モデルは、複数の非相互作用乗法項の積を含み、前記非相互作用乗法項の各々は、ダミー独立変数と係数の積を含み、（１）前記ダミー独立変数は、特定の配列位置における特定の型の定義されたサブユニットの存在／非存在を表し、（２）前記係数は、活性に対する前記定義されたサブユニットの寄与を表す、工程と、
（ｃ）前記乗法配列−活性モデルを使用して、定向進化のラウンドのための１つ以上の生物分子を選択する工程と
を含む、方法。
【請求項２５】
前記配列は、全ゲノム、染色体全体、染色体セグメント、相互作用する遺伝子の遺伝子配列のコレクション、遺伝子、タンパク質または多糖、またはそれらの任意の組合せである、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記サブユニットは、染色体、染色体セグメント、ハプロタイプ、遺伝子、コドン、変異、ヌクレオチド、アミノ酸、単糖、脂質またはそれらの任意の組合せである、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
コンピュータシステムであって、
１つ以上のプロセッサと、
システムメモリと、
コンピュータ実行可能命令を記憶した１つ以上のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体であって、前記コンピュータ実行可能命令は、前記１つ以上のプロセッサによって実行されると、前記コンピュータシステムに請求項１〜２６のいずれかに記載の方法を行うための方法を実装させる、記憶媒体と
を含む、コンピュータシステム。