(57)【要約】オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いるコムギの育種方法を提供する。  オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットを用い、コムギのゲノムＤＮＡを鋳型としてＤＮＡを増幅する増幅工程、および増幅されたＤＮＡ断片の多型を検出する多型検出工程を包含するコムギの育種方法である。ここで、上記ＤＮＡ断片は、二倍体コムギのゲノム全体を対象とする遺伝地図上にマップされているＤＮＡマーカーであり、当該遺伝地図上にマップされている少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーを用いる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットを用い、コムギのゲノムＤＮＡを鋳型としてＤＮＡを増幅する増幅工程、および
増幅されたＤＮＡ断片の多型を検出する多型検出工程
を包含するコムギの育種方法であって、
上記ＤＮＡ断片は、二倍体コムギのゲノム全体を対象とする遺伝地図上にマップされているＤＮＡマーカーであり、当該遺伝地図上にマップされている少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーを用いることを特徴とするコムギの育種方法。
【請求項２】
上記オオムギＥＳＴ配列は、配列番号１ないし４８６に示される塩基配列から選択されることを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
【請求項３】
上記プライマーセットは、配列番号４８７ないし１４５８に示される塩基配列のうち、配列番号ｎ（ｎは奇数）に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号ｎ＋１に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットであることを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
【請求項４】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｇ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、穂長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号５８７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５８８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５８９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号５９１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５９３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号７５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号７６３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７６５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号９９５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９９６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９９７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９９８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｇ）配列番号９９９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０００に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１００１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１００２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項５】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｄ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、稈長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号７５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号７６３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７６５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１２３５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２３６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２３７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２３８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１２３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項６】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）に記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、小穂段数に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項７】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、第一節間長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号９３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号９４３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項８】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｈ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、穂軸節間長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号５０３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５０４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５０５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５０６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号５０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１２０３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２０４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２０５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２０６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１２０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号１３５５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３５６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３５７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３５８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号１３５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｇ）配列番号１３９５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３９６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３９７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３９８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｈ）配列番号１３９９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４００に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１４０１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４０２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項９】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）に記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、出穂日に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１０】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｄ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、芒長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号１１１５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１１６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１１７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１１８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１１１９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１４０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１４０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１４１１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４１２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１４１３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４１４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１１】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｄ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、護頴長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号９４３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１３７１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３７３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１３７５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３７７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１２】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｃ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、草型に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１２５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１２６３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２６５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１３】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、千粒重に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号７３５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７３７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号７３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１４】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｄ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、穂軸脱落性に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号１０７１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０７２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１０７３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０７４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセット用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１０７５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０７６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１０７７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０７８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１３７１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３７３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１３７５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３７７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１５】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｆ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、休眠性（０週間後）に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号５７５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５７６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５７７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５７８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号５７９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５８０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５８１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５８２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号８３５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号８３６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号８３７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号８３８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号８３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号８４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号８４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号８４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号１１２３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号１１２７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１３０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１６】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｆ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、休眠性（３週間後）に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号５９１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５９３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号５９５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５９７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号６２７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号６２８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号６２９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号６３０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号６３１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号６３２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号６３３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号６３４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号９０３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号９０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１７】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、糊粉層色を支配する遺伝子の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号１０５５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０５６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１０５７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０５８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１０５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１０６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１８】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、葉身毛茸を支配する遺伝子の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号１２４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１２５１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２５３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項１９】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、秋播性程度を支配する遺伝子の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項１に記載の育種方法。
（ａ）配列番号１２５５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２５７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１２５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【請求項２０】
上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｇ）に記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、
さらに、休眠性（０週間後）、休眠性（３週間後）、出穂日、千粒重、穂長、小穂段数および草型に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することを特徴とする請求項３に記載の育種方法。
（ａ）配列番号７３５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７３７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号７３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号９０３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号９０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号１１２３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｇ）配列番号１１２７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１３０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】  本発明は、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いるコムギの育種方法に関するものである。
【背景技術】
【０００２】  従来、作物の育種は目標形質を有する栽培品種や野生種等を交配し、多数の個体を実際に栽培して目標形質を有する個体を選抜し、当該目標形質を遺伝的に固定化しなければならず、広大な圃場や多大な人力、相当の年月が必要であった。また、目標形質が栽培環境因子に影響を受けやすい形質であれば、選抜個体が発現している目標形質が遺伝子の表現型であるか否かの判定が困難であった。【０００３】  そこで、近年は育種期間の短縮、労働力および圃場面積の縮減、有用遺伝子の確実な選抜を図るため、遺伝マーカーを指標とした選抜による育種法が用いられるようになってきた。このような遺伝マーカーによる育種では、マーカーの遺伝子型により幼苗段階で選抜が可能となり、目標形質の有無の確認も容易となる。遺伝マーカーを利用すれば効率的な育種が実現可能であるが、遺伝マーカーを利用した育種を実現するためには、目標形質に強く連鎖した遺伝マーカーの開発が必須となる。【０００４】  ところで、農業上重要な形質の多くは、雑種後代で連続的な変異を示すものが多い。このような形質は、時間や長さなどの量的な尺度で測定されるので量的形質と呼ばれている。量的形質は一般に、単一主働遺伝子支配の形質ではなく、複数の遺伝子の作用によって決定されている場合が多い。作物の育種において改良対象とされる形質の多く、例えば収量や品質・食味等はこの量的形質であることが多い。【０００５】  このような量的形質を司る遺伝子が染色体上に占める遺伝的な位置をＱＴＬ（Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｔｒａｉｔ  Ｌｏｃｉ、量的形質遺伝子座）と称する。ＱＴＬを推定する方法として、ＱＴＬの近傍に存在する遺伝マーカーを利用するＱＴＬ解析が用いられる。１９８０年代後半にＤＮＡマーカーが登場すると、ＤＮＡマーカー利用による詳細な連鎖地図作成が大きく進み、その地図に基づいて多くの生物でＱＴＬ解析が行われるようになった。【０００６】  以上のように、目標形質に連鎖する遺伝マーカーの開発は、染色体全体をカバーできる詳細な連鎖地図に基づいた精度の高いＱＴＬ解析により可能となり、得られた遺伝マーカーを利用することにより、効率的な育種が実現できるといえる。【０００７】  ＤＮＡマーカーに基づくコムギの遺伝地図に関しては、ハイブリダイゼーションで得られるＲＦＬＰマーカーによって最初に作製され（例えば非特許文献１を参照）、その後、遺伝地図構築のためにＰＣＲベースマーカーの利用が進められてきた。これらのマーカーにはＲＡＰＤｓ（例えば非特許文献２を参照）、ＡＦＬＰｓ（例えば非特許文献３を参照）、およびＳＳＲｓ（例えば非特許文献４を参照）が主に用いられてきた。また、最近、コムギにおいてもＥＳＴマーカーの開発が進み、連鎖地図上でＥＳＴの位置付けが報告されている（例えば非特許文献５を参照）。【０００８】  一方、オオムギではＲＦＬＰを用いた遺伝連鎖地図が構築されて以来、ＳＴＳｓ、ＲＡＰＤｓ、ＳＳＲｓ、ＡＦＬＰｓ、ＥＳＴ−ＳＳＲなどが地図構築に用いられてきた。なお、本発明者らは、醸造用オオムギ「はるな二条」（Ｈｏｒｄｅｕｍ  ｖｕｌｇａｒｅ  ｓｓｐ．ｖｕｌｇａｒｅ  ｖａｒｉｅｔｙ  Ｈａｒｕｎａｎｉｊｏ）と野生オオムギ「Ｈ６０２」（Ｈｏｒｄｅｕ���  ｖｕｌｇａｒｅ  ｓｓｐ．ｓｐｏｎｔａｎｅｕｍ  Ｈ６０２）との交配から得られた倍加半数体（ｄｏｕｂｌｅｄ  ｈａｐｌｏｉｄ）集団を用いて、約３，０００のオオムギＥＳＴマーカーがマップされ、１，３６２．７ｃＭ（センチモルガン）をカバーするオオムギの高密度連鎖地図（遺伝地図）を構築している（非特許文献６を参照）。【０００９】  遺伝地図構築によって、コムギとオオムギのゲノム構造は一部で比較が可能となり、これらの種間にはマーカーの並びに相同性があることが報告されている（例えば、非特許文献７を参照）。
〔非特許文献１〕
Ｃｈａｏ  Ｓ，Ｓｈａｒｐ  ＰＪ，Ｗｏｒｌａｎｄ  ＡＪ，Ｋｏｅｂｎｅｒ  ＲＭＤ，Ｇａｌｅ  ＭＤ（１９８９）ＲＦＬＰ−ｂａｓｅｄ  ｔｅｎｅｔｉｃ  ｍａｐｓ  ｏｆ  ｗｈｅａｔ  ｈｏｍｏｅｏｌｏｇｏｕｓ  ｇｒｏｕｐ−７  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓ．Ｔｈｅｏｒ  Ａｐｐｌ  Ｇｅｎｅｔ  ７８：４９３−５０４
〔非特許文献２〕
Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＪＧ，Ｋｕｂｅｌｉｋ  ＡＲ，Ｌｉｖａｋ  ＫＪ，Ｒａｆａｌｓｋｉ  ＪＡ，Ｔｉｎｇｅｙ  ＳＶ（１９９０）ＤＮＡ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ  ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  ｂｙ  ａｒｂｉｔｒａｒｙ  ｐｒｉｍｅｒｓ  ａｒｅ  ｕｓｅｆｕｌ  ａｓ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｍａｒｋｅｒｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１８（２２）：６５３１−５
〔非特許文献３〕
Ｌｏｌｌｉ  Ｃ，Ｓａｌｖｉ  Ｓ，Ｐａｓｑｕａｌｏｎｅ  Ａ，Ｔｏｂｅｒｏｓａ  Ｒ，Ｂｌａｎｃｏ  Ａ（２０００）Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＡＦＬＰ  ｍａｒｋｅｒｓ  ｉｎｔｏ  ａｎ  ＲＦＬＰ−ｂａｓｅｄ  ｍａｐ  ｏｆ  ｄｕｒｕｍ  ｗｈｅａｔ．Ｐｌａｎｔ  Ｂｒｅｅｄ．１１９：３９３−４０１
〔非特許文献４〕
Ｒｏｄｅｒ  ＭＳ，Ｋｏｒｚｏｎ  Ｖ，Ｗｅｎｄｅｈａｋｅ  Ｋ，Ｐｌａｓｃｈｋｅ  Ｊ，Ｔｉｘｉｅｒ  ＭＨ，Ｌｅｒｏｙ  Ｐ，Ｇａｎａｌ  ＭＷ（１９９８）Ａ  ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ  ｍａｐ  ｏｆ  ｗｈｅａｔ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｓｏｃ  Ａｍｅｒｉｃａ  １４９：２００７−２０２３
〔非特許文献５〕
Ｈｏｓｓａｉｎ  ＫＧ，Ｋａｌａｖａｃｈａｒｌａ  Ｖ，Ｌａｚｏ  ＧＲ，Ｈｅｇｓｔａｄ  Ｊ，Ｗｅｎｔｚ  ＭＪ，Ｋｉａｎｉａｎ  ＰＭ，Ｓｉｍｏｎｓ  Ｋ，Ｇｅｈｌｈａｒ  Ｓ，Ｒｕｓｔ  ＪＬ，Ｓｙａｍａｌａ  ＲＲ，Ｏｂｅｏｒｉ  Ｋ，Ｂｈａｍｉｄｉｍａｒｒｉ  Ｓ，Ｋａｒｕｎａｄｈａｒｍａ  Ｐ，Ｃｈａｏ  Ｓ，Ａｎｄｅｒｓｏｎ  ＯＤ，Ｑｉ  ＬＬ，Ｅｃｈａｌｉｅｒ  Ｂ，Ｇｉｌｌ  ＢＳ，Ｌｉｎｋｉｅｗｉｃｚ  ＡＭ，Ｒａｔｎａｓｉｒｉ  Ａ，Ｄｕｂｃｏｖｓｋｙ  Ｊ，Ａｋｈｕｎｏｖ  ＥＤ，Ｄｖｏｒａｋ  Ｊ，Ｍｉｆｔａｈｕｄｉｎ，Ｒｏｓｓ  Ｋ，Ｇｕｓｔａｆｓｏｎ  ＪＰ，Ｒａｄｈａｗａ  ＨＳ，Ｄｉｌｂｉｒｌｉｇｉ  Ｍ，Ｇｉｌｌ  ＫＳ，Ｐｅｎｇ  ＪＨ，Ｌａｐｉｔａｎ  ＮＬ，Ｇｒｅｅｎｅ  ＲＡ，Ｂｅｒｍｕｄｅｚ−Ｋａｎｄｉａｎｉｓ  ＣＥ，Ｓｏｒｒｅｌｌｓ  ＭＥ，Ｆｅｒｉｌ  Ｏ，Ｐａｔｈａｎ  ＭＳ，Ｎｇｕｙｅｎ  ＨＴ，Ｇｏｎｚａｌｅｚ−Ｈｅｒｎａｎｄｅｚ  ＪＬ，Ｃｏｎｌｅｙ  ＥＪ，Ａｎｄｅｒｓｏｎ  ＪＡ，Ｃｈｏｉ  ＤＷ，Ｆｅｎｔｏｎ  Ｄ，Ｃｌｏｓｅ  ＴＪ，ＭｃＧｕｉｒｅ  ＰＥ，Ｑｕａｌｓｅｔ  ＣＯ，Ｋｉａｎｉａｎ  ＳＦ（２００４）Ａ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  ｂｉｎ  ｍａｐ  ｏｆ  ２１４８  ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｔａｇ  ｌｏｃｉ  ｏｆ  ｗｈｅａｔ  ｈｏｍｏｅｏｌｏｇｏｕｓ  ｇｒｏｕｐ  ７．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．１６８（２）：６８７−９９
〔非特許文献６〕
Ｎａｎｋａｋｕ  Ｎ．，Ｍｏｔｏｉ  Ｙ．，Ｕｅｋｉ  Ｈ．，Ｓａｔｏ  Ｋ．ａｎｄ  Ｔａｋｅｄａ  Ｋ．（２００５）Ｈｉｇｈ  ｄｅｎｓｉｔｙ  ＳＮＰ  ｂａｓｅｄ  ＥＳＴ  ｍａｐ  ｉｎ  ｂａｒｌｅｙ．Ｐｒｏｃ．Ｐｌａｎｔ  ＆  Ａｎｉｍａｌ  Ｇｅｎｏｍｅｓ  ＸＩＩＩ  Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ，ｐ３１７．
〔非特許文献７〕
Ｖａｒｓｈｎｅｙ  ＲＫ，Ｇｒａｎｅｒ  Ａ，Ｓｏｒｒｅｌｌｓ  ＭＥ（２００５）Ｇｅｎｉｃ  ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ  ｍａｒｋｅｒｓ  ｉｎ  ｐｌａｎｔｓ：ｆｅａｔｕｒｅｓ  ａｎｄ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３（１）：４８−５５
上述のように、従来構築されている遺伝地図によってもコムギとオオムギのゲノム構造は一部で比較可能であるが、より詳細な比較を行うためには、新たな遺伝地図の構築が必要とされていた。特に、共通のマーカーにより構築されたコムギ遺伝地図とオオムギ遺伝地図とを用いれば、より詳細な比較が可能になるものと考えられる。【００１０】  発明者らは、上述のオオムギＥＳＴマーカーによる高密度遺伝地図を有しており、当該高密度遺伝地図から得られる多数の有用な情報を有していることから、オオムギＥＳＴ配列を利用してコムギ遺伝地図の構築を着想した。オオムギＥＳＴ配列を利用してコムギの遺伝地図が構築できれば、コムギの育種において、発明者らが有しているオオムギのゲノム情報を有効に利用することが可能となる。【００１１】  本発明は、上記の問題点に鑑みてなされたものであり、その目的は、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いるコムギの育種方法を提供することにある。
【発明の開示】
【００１２】  本発明者らは、上記の課題を解決するために、独自に開発したオオムギＥＳＴ配列に基づくプライマーを用いて、二倍体コムギのゲノムＤＮＡを鋳型として増幅した増幅ＤＮＡ断片に品種間の多型を有するものをＤＮＡマーカーとして選抜した。これらのＤＮＡマーカーを二倍体コムギ染色体（Ａゲノム）上にマップすることにより、二倍体コムギ遺伝地図を完成させた。発明者らは、さらに、１６種類の農業形質について、当該二倍体コムギの遺伝地図を用いてＱＴＬ解析を行い、全ての形質についてＱＴＬを見出すと共に、当該二倍体コムギの遺伝地図とオオムギ高密度遺伝地図とにおけるＤＮＡマーカーの並びに相関があることを見出した。その結果、当該二倍体コムギの遺伝地図は、コムギの育種に非常に有用であることを確認し、本発明を完成させるに至った。
【００１３】  すなわち、本発明に係るコムギの育種方法は、オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットを用い、コムギのゲノムＤＮＡを鋳型としてＤＮＡを増幅する増幅工程、および増幅されたＤＮＡ断片の多型を検出する多型検出工程を包含するコムギの育種方法であって、
上記ＤＮＡ断片は、二倍体コムギのゲノム全体を対象とする遺伝地図上にマップされているＤＮＡマーカーであり、当該遺伝地図上にマップされている少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーを用いることを特徴としている。
【００１４】  上記オオムギＥＳＴ配列は、配列番号１ないし４８６に示される塩基配列から選択されることが好ましい。
【００１５】  また、上記プライマーセットは、配列番号４８７ないし１４５８に示される塩基配列のうち、配列番号ｎ（ｎは奇数）に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号ｎ＋１に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットであることが好ましい。
【００１６】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｇ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、穂長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号５８７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５８８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５８９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号５９１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５９３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号７５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号７６３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７６５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号９９５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９９６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９９７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９９８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｇ）配列番号９９９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０００に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１００１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１００２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００１７】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｄ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、稈長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号７５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号７６３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７６５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７６６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１２３５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２３６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２３７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２３８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１２３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００１８】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）に記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、小穂段数に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００１９】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、第一節間長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号９３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号９４３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２０】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｈ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、穂軸節間長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号５０３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５０４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５０５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５０６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号５０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１２０３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２０４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２０５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２０６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１２０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号１３５５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３５６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３５７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３５８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号１３５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｇ）配列番号１３９５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３９６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３９７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３９８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｈ）配列番号１３９９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４００に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１４０１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４０２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２１】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）に記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、出穂日に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２２】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｄ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、芒長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号１１１５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１１６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１１７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１１８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１１１９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１４０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１４０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１４１１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４１２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１４１３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１４１４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２３】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｄ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、護頴長に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号９４３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１３７１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３７３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１３７５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３７７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２４】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｃ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、草型に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１２５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１２６３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２６５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２５】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、千粒重に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号７３５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７３７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号７３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２６】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｄ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、穂軸脱落性に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号１０７１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０７２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１０７３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０７４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセット用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１０７５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０７６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１０７７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０７８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号１３７１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３７３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号１３７５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１３７７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１３７８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２７】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｆ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、休眠性（０週間後）に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号５７５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５７６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５７７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５７８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号５７９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５８０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５８１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５８２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号８３５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号８３６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号８３７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号８３８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号８３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号８４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号８４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号８４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号１１２３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号１１２７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１３０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２８】  また、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｆ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、休眠性（３週間後）に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含する本発明に係るコムギの育種方法は、ものでもよい。
（ａ）配列番号５９１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５９３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号５９５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号５９７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号５９８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号６２７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号６２８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号６２９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号６３０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号６３１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号６３２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号６３３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号６３４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号９０３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号９０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００２９】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、糊粉層色を支配する遺伝子の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号１０５５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０５６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１０５７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０５８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１０５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１０６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１０６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００３０】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、葉身毛茸を支配する遺伝子の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号１２４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１２５１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２５３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００３１】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）および（ｂ）の少なくとも１つに記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、秋播性程度を支配する遺伝子の遺伝子型を判定する工程を包含するものでもよい。
（ａ）配列番号１２５５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２５７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２５８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号１２５９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１２６１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１２６２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００３２】  さらに、本発明に係るコムギの育種方法は、上記少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーのなかに、下記（ａ）〜（ｇ）に記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを含み、さらに、休眠性（０週間後）、休眠性（３週間後）、出穂日、千粒重、穂長、小穂段数および草型に関与する遺伝子座の遺伝子型を判定する工程を包含することが好ましい。
（ａ）配列番号７３５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７３７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｂ）配列番号７３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｃ）配列番号９０３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｄ）配列番号９０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｅ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｆ）配列番号１１２３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片
（ｇ）配列番号１１２７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１３０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。
【００３３】  本発明のさらに他の目的、特徴、および優れた点は、以下に示す記載によって十分わかるであろう。また、本発明の利益は、添付図面を参照した次の説明で明白になるだろう。
【図面の簡単な説明】
【００３４】
【図１】オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を示す図である。
【図２】二倍体コムギの４Ａｍ染色体および５Ａｍ染色体の遺伝地図に座乗するマーカーとオオムギ遺伝地図に座乗するマーカーとの対応を示す図である。
【図３】二倍体コムギの組換え近交系の１系統を対象として、ゲノムのどの部分がどちらの親に由来するかのタイピングを９６個のＤＮＡマーカーを用いて判定した結果を示す図である。
【図４】二倍体コムギの組換え近交系の１系統を対象として、ゲノムのどの部分がどちらの親に由来するかのタイピングを９６個、５０個、２５個、１４個のＤＮＡマーカーを用いて判定した結果を示す図である。
【図５】０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの選抜効果を、９６個のＤＮＡマーカーを用いて検討した結果を示す図である。
【図６】０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの選抜効果を、５０個のＤＮＡマーカーを用いて検討した結果を示す図である。
【図７】０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの選抜効果を、２５個のＤＮＡマーカーを用いて検討した結果を示す図である。
【図８】０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの選抜効果を、１４個のＤＮＡマーカーを用いて検討した結果を示す図である。
【発明を実施するための最良の形態】
【００３５】  本発明に係るコムギの育種方法は、オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットを用い、コムギのゲノムＤＮＡを鋳型としてＤＮＡを増幅する増幅工程、および増幅されたＤＮＡ断片の多型を検出する多型検出工程を包含している。さらに、上記ＤＮＡ断片は、二倍体コムギの遺伝地図上にマップされているＤＮＡマーカーである。換言すると、本発明の育種方法は、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いてコムギの育種を行う方法である。そこで、まず、オオムギＥＳＴ配列および当該配列に基づいて設計されるプライマーセットについて説明し、続いてオオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図について説明する。【００３６】  〔オオムギＥＳＴ配列およびプライマーセット〕
本発明において、プライマーセットの設計に用いられるオオムギＥＳＴ配列は、オオムギｃＤＮＡの塩基配列の一部であればよい。オオムギＥＳＴ配列、すなわちオオムギｃＤＮＡの塩基配列は、公知の分子生物学的手法を用いることにより取得することができる。【００３７】  例えば、発明者らは、数種類のオオムギ品種の葉からｍＲＮＡを調製し、公知の方法によりｃＤＮＡライブラリーを作製した。これらのｃＤＮＡが挿入されたプラスミドを鋳型とし、挿入部位の両外側のプラスミド部分の塩基配列をプライマーとして両側とも１回のシークエンス解析で読んだ塩基配列を品質調整し、ベクター配列を取り除くことによりオオムギＥＳＴ配列を取得している。ただし、これに限定されるものではない。【００３８】  発明者らは、現在約２４万個のオオムギＥＳＴ配列をデータベース化している。なお、発明者らが取得しているオオムギＥＳＴ配列は、１つのｃＤＮＡクローンについて、５’側および３’側から読んだ２つの塩基配列が対応している。【００３９】  本発明において用いられるプライマーセットは、オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるものであればよい。オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットとは、オオムギＥＳＴ配列の一部からなるフォワードプライマーと、オオムギＥＳＴ配列の相補配列の一部からなるリバースプライマーとが１対になったものが意図される。【００４０】  例えば、発明者らは、独自に取得した上記オオムギＥＳＴ配列に基づいて、プライマー設計ソフトウエアＰｒｉｍｅｒ３を用いて各々のＥＳＴについてプライマーセットを設計している。これらのプライマーセットは、同一のアニーリング温度条件下のＰＣＲによってＤＮＡ断片が増幅されるように設計されている。その結果、個々のプライマーセットごとにＰＣＲ条件を最適化する必要がなく、同一条件下で同時にＰＣＲを実施できるため、非常に有用である。【００４１】  〔オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図〕
オオムギＥＳＴ配列を利用して二倍体コムギ遺伝地図を作製することができる。具体的には、例えば、以下のようにして作製することができる。【００４２】  発明者らは、二倍体コムギ野生種Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＫＴ１−１）と二倍体コムギ栽培種Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＫＴ３−５）との交配から育成した組換え近交系統（ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ｉｎｂｒｅｄ  ｌｉｎｅｓ以下「ＲＩＬ」と称する。）９３系統および両親を用いて二倍体コムギの遺伝地図を作製した（実施例１を参照のこと）。【００４３】  まず、両親（Ｔ．ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．およびＴ．ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．）のゲノムＤＮＡをそれぞれ鋳型とし、オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されたプライマーセットを用いてＰＣＲを行った。そして、両親の多型が検出できるプライマーセットを選抜した。次に、選抜されたプライマーセットを用いてＲＩＬ集団のゲノムＤＮＡを鋳型としてＰＣＲを行うことにより、ＤＮＡマーカーとなり得るＤＮＡ断片を増幅する２４３対のプライマーセットを見出した。これら２４３対のプライマーセットにより増幅される２４３個のＤＮＡマーカーおよび９６個の既知コムギＲＦＬＰ（ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  ｆｒａｇｍｅｎｔ  ｌｅｎｇｔｈ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ；制限酵素断片長多型）マーカーを二倍体コムギの染色体上にマッピングすることにより、オオムギＥＳＴ配列を利用した二倍体コムギ遺伝地図（連鎖地図）を作製した。【００４４】  本発明に係るコムギの育種方法において、プライマーセットの設計に用いられるオオムギＥＳＴ配列は、特に限定されないが、配列番号１ないし４８６に示される塩基配列から選択される少なくとも１つ以上の塩基配列であることが好ましい。これらの塩基配列は、発明者らが、上述の二倍体コムギの遺伝地図作製に実際に用いたオオムギＥＳＴ配列である。ここで、配列番号ｎ（ｎは奇数）および配列番号ｎ＋１は同一のｃＤＮＡを５’側から読んだ塩基配列（ｎ）および３’側から読んだ塩基配列（ｎ＋１）である。したがって、同一のｃＤＮＡについてはいずれか一方のＥＳＴ配列を用いればよく、発明者らは、通常、３’側のオオムギＥＳＴ配列を用いて遺伝地図の作製を行っている。ただし、５’側のＥＳＴ配列を用いても同一の遺伝地図が作製できることを当業者は容易に理解する。【００４５】  また、本発明に係るコムギの育種方法において用いられるプライマーセットは、オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるものであれば特に限定されないが、配列番号４８７ないし１４５８に示される塩基配列のうち、配列番号ｎ（ｎは奇数）に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号ｎ＋１に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットであることが好ましい。これらのプライマーセットは、発明者らが実際に上述の二倍体コムギの遺伝地図作製に実際に用いたプライマーセットである。【００４６】  ここで、配列番号１に示されるオオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットは配列番号４８７および配列番号４８８に示される塩基配列からそれぞれなるプライマーの組み合わせである。つまり、配列番号１ないし４８６に示される個々の塩基配列（オオムギＥＳＴ配列）に基づくプライマーの塩基配列を示す配列番号は、プライマー設計の基礎とするオオムギＥＳＴ配列の配列番号をｍとすると、（２×ｍ−１）＋４８６および（２×ｍ）＋４８６で表される。【００４７】  コムギのゲノムＤＮＡを鋳型として、上述のオオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片中に多型があれば、当該ＤＮＡ断片はＤＮＡマーカーとなる。本発明に係るコムギの育種方法においては、当該ＤＮＡマーカーとなり得るＤＮＡ断片が二倍体コムギの遺伝地図上にマップされていればよい。【００４８】  上記配列番号４８７ないし１４５８に示される塩基配列のうち、配列番号ｎ（ｎは奇数）に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号ｎ＋１に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡ断片は、発明者らによって「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」と「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」との間に多型が見出されており、さらに、二倍体コムギの遺伝地図上にマップされているので、本発明に係るコムギの育種方法に用いるプライマーセットとして好適である。【００４９】  以下、発明者らが二倍体コムギ遺伝地図の作製に利用したオオムギＥＳＴ配列、プライマーセットおよび増幅ＤＮＡ断片（ＤＮＡマーカー）に見出された多型について詳細に説明する。【００５０】  表１および表２に二倍体コムギの１Ａｍ染色体にマップされているＤＮＡマーカーを短腕からの距離の順に示した。同様に、２Ａｍ染色体について表３および表４に、３Ａｍ染色体について表５および表６に、４Ａｍ染色体について表７および表８に、５Ａｍ染色体について表９および表１０に、６Ａｍ染色体について表１１に、７Ａｍ染色体について表１２に示した。なお、各表においては、当該ＤＮＡマーカーの増幅に用いられたプライマーセット設計の基礎となるオオムギＥＳＴクローン名をマーカー名として記載しており、対応する配列番号は、上記オオムギＥＳＴクローンの塩基配列に対応する配列番号である。また、配列番号の記載がないものは、既知のＲＦＬＰマーカーである。【００５１】
【表１】
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【００５２】
【表２】
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【００５３】
【表３】
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【００５４】
【表４】
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【００５５】
【表５】
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【００５６】
【表６】
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【００５７】
【表７】
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【００５８】
【表８】
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【００５９】
【表９】
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【００６０】
【表１０】
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【００６１】
【表１１】
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【００６２】
【表１２】
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【００６３】  表１３および表１４に二倍体コムギの１Ａｍ染色体にマップされているＤＮＡマーカーの増幅に用いられたプライマーの配列番号および当該ＤＮＡマーカーに見出された多型の種類を示した。同様に、２Ａｍ染色体について表１５および表１６に、３Ａｍ染色体について表１７および表１８に、４Ａｍ染色体について表１９および表２０に、５Ａｍ染色体について表２１および表２２に、６Ａｍ染色体について表２３に、７Ａｍ染色体について表２４に示した。【００６４】
【表１３】
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【００６５】
【表１４】
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【００６６】
【表１５】
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【００６７】
【表１６】
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【００６８】
【表１７】
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【００６９】
【表１８】
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【００７０】
【表１９】
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【００７１】
【表２０】
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【００７２】
【表２１】
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【００７３】
【表２２】
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【００７４】
【表２３】
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【００７５】
【表２４】
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【００７６】  表１３〜表２４には、多型の種類としてＣＡＰＳ、ＳＮＰ、ｓｉｚｅ＿ｐｏｌｙ、ＲＦＬＰの４種類を示した。このうちＲＦＬＰは既知のマーカーを利用したものであり、発明者らがオオムギＥＳＴ配列を利用して取得した二倍体コムギのＤＮＡマーカー中に見出した多型はＣＡＰＳ、ＳＮＰおよびｓｉｚｅ＿ｐｏｌｙの３種類に分類されている。ｓｉｚｅ＿ｐｏｌｙは増幅断片の長さに違いがある多型である。ｓｉｚｅ＿ｐｏｌｙのうちｃｏｄｏｍｉｎａｎｔは「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」と「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」のいずれを鋳型とした場合にもＤＮＡが増幅されるが、長さに違いがあるものであり、ｄｏｍｉｎａｎｔはいずれか一方のみのＤＮＡが増幅されるものである。ｓｉｚｅ＿ｐｏｌｙは、増幅ＤＮＡ断片を電気泳動に供し、バンドの位置の違い、またはバンドの有無により多型を検出することができる。【００７７】  ＣＡＰＳは制限酵素認識配列の有無による多型である。制限酵素認識配列中の一塩基多型に基づくものが大多数であるが、一塩基以上の挿入欠失に基づくものも含まれる。マーカーの種類をＳＮＰと記載したものは、一塩基多型または挿入欠失が制限酵素認識配列中に存在しないマーカーである。ＣＡＰＳは増幅ＤＮＡ断片を制限酵素処理した後に電気泳動に供し、バンド数またはバンドの位置により検出することができる。ＣＡＰＳ以外のＳＮＰはＳＮＰのタイピング、すなわち一塩基多型部位または挿入欠失部位の塩基を実際に確認することにより検出できる。ただし、ＣＡＰＳについてもＳＮＰのタイピングにより多型を検出できることはいうまでもない。【００７８】  表２５〜表３８に、発明者らが取得したＤＮＡマーカーのうち、ＣＡＰＳマーカーにおける「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」と「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」の一塩基多型または挿入欠失近傍の塩基配列、制限酵素名および当該制限酵素の認識配列を示した。表２５および表２６は１Ａｍ染色体について、表２７〜表２９は２Ａｍ染色体について、表３０および表３１は３Ａｍ染色体について、表３２および表３３は４Ａｍ染色体について、表３４および表３５は５Ａｍ染色体について、表３６および表３７は６Ａｍ染色体について、表３８は７Ａｍ染色体について、それぞれ示した。これらの中には１断片中に複数の多型があるものも含まれている。【００７９】  また、表３９〜表５０に、発明者らが取得したＤＮＡマーカーのうち、ＳＮＰマーカー（ＣＡＰＳ以外）の一塩基多型近傍の塩基配列を示した。表３９および表４０は１Ａｍ染色体について、表４１および表４２は２Ａｍ染色体について、表４３および表４４は３Ａｍ染色体について、表４５および表４６は４Ａｍ染色体について、表４７および表４８は５Ａｍ染色体について、表４９は６Ａｍ染色体について、表５０は７Ａｍ染色体について、それぞれ示した。これらの中には１断片中に複数の多型があるものも含まれている。【００８０】  表２５〜表５０中、一塩基多型または挿入欠失を示す塩基に下線を付した。なお、配列表においては、一塩基多型部位の塩基を「ユニバーサルコード」���示した。また、表９〜表１６に記載の制限酵素認識配列についても、「ユニバーサルコード」で表示できる塩基についてはこれを用いた。【００８１】  「ユニバーサルコード」は以下の通り定義されている。
ｍ：ＡまたはＣ
ｒ：ＧまたはＡ
ｗ：ＡまたはＴ
ｓ：ＧまたはＣ
ｙ：ＴまたはＣ
ｋ：ＧまたはＴ
ｖ：ＡまたはＧまたはＣ
ｈ：ＡまたはＣまたはＴ
ｄ：ＡまたはＧまたはＴ
ｂ：ＧまたはＣまたはＴ
ｎ：（ＡまたはＣまたはＧまたはＴ）または（不明または他の塩基）【００８２】
【表２５】
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【００８３】
【表２６】
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【００８４】
【表２７】
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【００８５】
【表２８】
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【００８６】
【表２９】
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【００８７】
【表３０】
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【００８８】
【表３１】
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【００８９】
【表３２】
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【００９０】
【表３３】
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【００９１】
【表３４】
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【００９２】
【表３５】
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【００９３】
【表３６】
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【００９４】
【表３７】
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【００９５】
【表３８】
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【００９６】
【表３９】
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【００９７】
【表４０】
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【００９８】
【表４１】
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【００９９】
【表４２】
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【０１００】
【表４３】
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【０１０１】
【表４４】
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【０１０２】
【表４５】
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【０１０３】
【表４６】
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【０１０４】
【表４７】
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【０１０５】
【表４８】
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【０１０６】
【表４９】
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【０１０７】
【表５０】
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〔コムギの育種方法〕
本発明に係るコムギの育種方法は、オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットを用い、コムギのゲノムＤＮＡを鋳型としてＤＮＡを増幅する増幅工程、および増幅されたＤＮＡ断片の多型を検出する多型検出工程を包含するものであって、上記ＤＮＡ断片は、二倍体コムギのゲノム全体を対象とする遺伝地図上にマップされているＤＮＡマーカーであり、当該遺伝地図上にマップされている少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーを用いるものであればよい。【０１０８】  上記二倍体コムギはＡゲノムからなるコムギであるため、本方法は、Ａゲノムを有するコムギに適用することができる。すなわち、Ａゲノムからなる二倍体コムギ、ＡゲノムおよびＢゲノムからなる四倍体コムギ、並びにＡゲノム、ＢゲノムおよびＤゲノムからなる六倍体コムギの育種に用いることができる。なかでも、Ａゲノムからなる二倍体コムギの育種に用いることが好適であり、特に、栽培種のＡゲノムからなる二倍体コムギに、野生種または栽培種のＡゲノムからなる二倍体コムギから有用形質を交雑により導入する育種過程において本方法を使用することが最適である。さらに、有用な形質の導入された二倍体コムギと、四倍体コムギあるいは六倍体コムギとを交雑して、倍数性の高いコムギに二倍体コムギの有用形質を導入することもできる。【０１０９】  広範囲のマーカー情報を１回の試行で得るためには、増幅工程において多数のプライマーセット同時に用い、後段の多型検出工程において多数のＤＮＡマーカーの多型を同時に検出することが好ましい。そのため、本方法においては少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーを用いる。当該５０個以上のＤＮＡマーカーは、Ａゲノム全体をカバーできるように適度なマーカー間距離で選択されることが好ましい。本発明者らが作製した二倍体コムギ遺伝地図にマップされているマーカーの場合、適度なマーカー間距離としては、平均マーカー間距離が２５ｃＭ以下となるように選択されることが好ましく、より好ましくは２０ｃＭ以下、さらに好ましくは１５ｃＭ以下、特に好ましくは１０ｃＭ以下、最も好ましくは５ｃＭ以下である。二倍体コムギの遺伝地図にマップされている２４３個の全ＤＮＡマーカーを用いた場合、平均マーカー間距離は５ｃＭ以下となり、これが最も好ましいことは言うまでもない。【０１１０】  増幅工程において、ＤＮＡを増幅する方法は特に限定されず、公知の核酸増幅法を適宜選択して用いることができる。なかでも、ＰＣＲ法は、本工程に用いる核酸増幅法として好適である。特に、配列番号４８７ないし１４５８に示される塩基配列のうち、配列番号ｎ（ｎは奇数）に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号ｎ＋１に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを複数同時に用いる場合には、これらのプライマーセットは同一のアニーリング温度条件下のＰＣＲによってＤＮＡ断片が増幅されるように設計されているため、ＰＣＲ法を用いることが最適である。【０１１１】  増幅工程において、被検コムギ個体からゲノムＤＮＡを抽出する方法は、特に限定されず、例えば、ＣＴＡＢ法（Ｍｕｒｒａｙ  ＨＧ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｕｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ（１９８０）８：４３２１−４３２５．参照）、Ｍｕｒｒａｙ等の方法（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，８：ｐ４３２１−４３２５，１９８０参照）など公知のゲノムＤＮＡ抽出法を用いることができる。【０１１２】  また、プライマーは公知の方法によって合成することができる。例えば、市販のＤＮＡ合成機を用いて、取扱説明書にしたがって合成すればよい。【０１１３】  多型検出工程において、多型を検出する方法は、検出対象の多型の種類に応じて適宜選択すればよい。上述のように、配列番号４８７ないし１４５８に示される塩基配列のうち、配列番号ｎ（ｎは奇数）に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号ｎ＋１に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡ断片に見出される多型は、ＣＡＰＳ、ＳＮＰおよびｓｉｚｅ＿ｐｏｌｙの３種類に分類できる。【０１１４】  ｓｉｚｅ＿ｐｏｌｙは、例えば、増幅ＤＮＡ断片（ＰＣＲ産物）を電気泳動に供し、バンドの位置の違い、またはバンドの有無により多型を検出することができる。ＣＡＰＳは、例えば増幅ＤＮＡ断片を制限酵素処理した後に電気泳動に供し、バンド数またはバンドの位置により検出することができる。ＳＮＰはＳＮＰのタイピング、すなわち一塩基多型部位または挿入欠失部位の塩基を実際に確認することにより検出できる。例えば、市販のＳＮＰ検出用キットなどを用いれば簡便にＳＮＰのタイピングを行うことができる。なお、多型を検出する方法は、上記例示に限定されるものではない。また、上記以外の多型についても公知の検出方法を用いて検出することができる。【０１１５】  本発明に係る育種方法を用いることにより、コムギの育種、特に二倍体コムギの育種を大幅に効率化することが可能となる。具体的には、全染色体に座乗するＤＮＡマーカーを網羅的に増幅し、その多型を検出することができるため、複数の有用形質の導入を一度に確認することができる。また、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図とオオムギＥＳＴマーカーを用いて作製されたオオムギ遺伝地図との対応関係により、オオムギの情報を利用してコムギの育種を行うことも可能である。例えば、オオムギで明らかとなっているＱＴＬ近傍のＤＮＡマーカーに対応するコムギのＤＮＡマーカーを検出することにより、当該ＱＴＬの有無を推定することができる。【０１１６】  本発明に係る育種方法においては、上記増幅工程および多型検出工程以外の工程を包含するものであってもよい。例えば、特定の形質に関与する遺伝子座の最も近傍に座乗するＤＮＡマーカーを特定し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型を判定する工程を包含することが好ましい。【０１１７】  発明者らは、上述したように、オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されたプライマーセットで増幅される２４３個のＤＮＡマーカーおよび９６個の既知ＲＦＬＰマーカーがマッピングされた二倍体コムギ遺伝地図を作製し、当該遺伝地図を用いて１６種類の農業形質についてＱＴＬ解析を行った（実施例２を参照のこと）。その結果、各ＱＴＬまたは遺伝子の最も近傍に座乗するＤＮＡマーカーを見出している。したがって、本発明に係る育種方法において、増幅工程、多型検出工程に引き続き、特定の形質に関与する遺伝子座（遺��子）の遺伝子型を判定する工程（以下「遺伝子型判定工程」と称する。）を行うことにより、目的の形質の導入を判定することが可能となる。【０１１８】  遺伝子型判定工程においては、各ＱＴＬまたは遺伝子を挟むＤＮＡマーカーのうち、いずれか一方（短腕側または長腕側）のＤＮＡマーカーの多型（遺伝子型）に基づいて当該遺伝子座（遺伝子）の遺伝子型を判定することができるが、両側のＤＮＡマーカーの多型（遺伝子型）に基づいて判定することが好ましい。【０１１９】  以下、本発明に係る育種方法において判定可能な形質について説明する。【０１２０】  （１）穂長（Ｅａｒ  ｌｅｎｇｔｈ）
穂長は穂首から穂の先端までの長さを示すものであり、穂長が長いものの方が粒の充実を妨げないため、粒の形状が良好となる傾向がある。それゆえ穂長の改変は農業上重要な形質の１つであり、育種目標の１つとなっている。なお、穂長は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１２１】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、４個の穂長に関与するＱＴＬを見出した。各ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１２２】  １Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号５８７および５８８のプライマーセット、または配列番号５８９および５９０のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号５９１および５９２のプライマーセット、または配列番号５９３および５９４のプライマーセットにより増幅される。【０１２３】  ２Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号７５９および７６０のプライマーセット、または配列番号７６１および７６２のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号７６３および７６４のプライマーセット、または配列番号７６５および７６６のプライマーセットにより増幅される。【０１２４】  ３Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９４７および９４８のプライマーセット、または配列番号９４９および９５０のプライマーセットにより増幅される。なお、当該ＱＴＬは３Ａｍ染色体の長腕末端に座乗するため、当該ＱＴＬの長腕側にオオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーは存在しない。ただし、既知のＲＦＬＰマーカー（マーカー名：ＪＩＰ）が長腕側に存在する。【０１２５】  ４Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９９５および９９６のプライマーセット、または配列番号９９７および９９８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９９９および１０００のプライマーセット、または配列番号１００１および１００２のプライマーセットにより増幅される。【０１２６】  （２）稈長（Ｃｕｌｍ  ｌｅｎｇｔｈ）
稈長とは地際から穂首までの長さのことである。稈長が長いものは風の抵抗を受け易く、降雨時に雨滴が穂に付着して重量を増す結果、倒れやすい傾向がある。そのため、栽培品種においては稈長が適度に短いことが好ましい形質であるといえる。また、あまり稈長が短すぎると、稈に基づいて展開している葉が十分に光を受けることができないばかりか、機械収穫の際に穂の部分を効率よく収穫できなくなる。したがって優良形質を有する品種を育種する際には、稈長を適度な長さに調節する必要がある。なお、稈長は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１２７】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、２個の稈長に関与するＱＴＬを見出した。各ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１２８】  ２Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号７５９および７６０のプライマーセット、または配列番号７６１および７６２のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号７６３および７６４のプライマーセット、または配列番号７６５および７６６のプライマーセットにより増幅される。【０１２９】  ５Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２３５および１２３６のプライマーセット、または配列番号１２３７および１２３８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２３９および１２４０のプライマーセット、または配列番号１２４１および１２４２のプライマーセットにより増幅される。【０１３０】  （３）小穂段数（Ｎｕｍｂｅｒ  ｏｆ  ｓｐｉｋｅｌｅｔｓ）
小穂段数とは穂についている粒の数のことであり、収量を推定する際の目安となる。小穂段数が多い品種ほど、その収量が高いといえ、栽培品種においては小穂段数が多いことが好ましい形質であるといえる。なお、小穂段数は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１３１】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、１個の小穂段数に関与するＱＴＬを見出した。当該ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１３２】  ３Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９４７および９４８のプライマーセット、または配列番号９４９および９５０のプライマーセットにより増幅される。なお、当該ＱＴＬは３Ａｍ染色体の長腕末端に座乗するため、当該ＱＴＬの長腕側にオオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーは存在しない。ただし、既知のＲＦＬＰマーカー（マーカー名：ＪＩＰ）が長腕側に存在する。【０１３３】  （４）第一節間長（Ｔｏｐ−ｉｎｔｅｒｎｏｄｅ  ｌｅｎｇｔｈ）
第一節間長は穂首から上位第一節までの長さを示すものであり、第一節間長が長いほど倒伏しやすい。したがって、栽培品種においては第一節間長が短いほうが好ましい形質であるといえる。なお、第一節間長は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１３４】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、１個の第一節間長に関与するＱＴＬを見出した。当該ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１３５】  ３Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９３９および９４０のプライマーセット、または配列番号９４１および９４２のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９４３および９４４のプライマーセット、または配列番号９４５および９４６のプライマーセットにより増幅される。【０１３６】  （５）穂軸節間長（Ｒａｃｈｉｓ−ｉｎｔｅｒｎｏｄｅ  ｌｅｎｇｔｈ）
穂軸節間長は穂軸ひとつあたりの長さを示し、穂についている粒の密度の指標である。穂軸節間長が短すぎると粒が小さくなったり薄くなったりするため、適度な穂軸節間長の育成品種を選抜する必要がある。したがって、穂軸節間長の改変は重要な育種目標の１つである。なお、穂軸節間長は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１３７】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、４個の穂軸節間長に関与するＱＴＬを見出した。各ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１３８】  １Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号５０３および５０４のプライマーセット、または配列番号５０５および５０６のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号５０７および５０８のプライマーセット、または配列番号５０９および５１０のプライマーセットにより増幅される。【０１３９】  ５Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２０３および１２０４のプライマーセット、または配列番号１２０５および１２０６のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２０７および１２０８のプライマーセット、または配列番号１２０９および１２１０のプライマーセットにより増幅される。【０１４０】  ７Ａｍ染色体に存在する１つ目のＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１３５５および１３５６のプライマーセット、または配列番号１３５７および１３５８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１３５９および１３６０のプライマーセット、または配列番号１３６１および１３６２のプライマーセットにより増幅される。【０１４１】  ７Ａｍ染色体に存在する２つ目のＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１３９５および１３９６のプライマーセット、または配列番号１３９７および１３９８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１３９９および１４００のプライマーセット、または配列番号１４０１および１４０２のプライマーセットにより増幅される。【０１４２】  （６）出穂日（Ｈｅａｄｉｎｇ  ｄａｔｅ（ｄａｙ  ｆｒｏｍ  Ａｐｒｉｌ））
出穂日は早生、晩生の指標となる形質である。出穂日の改変は地域適応性や収穫作業の分散化等のために重要な育種目標となっている。例えば、出穂日が少しずつ異なる品種を栽培すれば収穫作業を分散化することができ、農作業の効率化や障害への危険回避を図ることが可能となる。また、日本においては本州以南のコムギの栽培は水田の裏作として行われるので、梅雨や田植えの前に収穫する必要がある。そのため日本においては早生品種の開発がコムギの重要な育種目標の１つである。なお、出穂日は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１４３】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、１個の出穂日に関与するＱＴＬを見出した。当該ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１４４】  ３Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９４７および９４８のプライマーセット、または配列番号９４９および９５０のプライマーセットにより増幅される。なお、当該ＱＴＬは３Ａｍ染色体の長腕末端に座乗するため、当該ＱＴＬの長腕側にオオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーは存在しない。ただし、既知のＲＦＬＰマーカー（マーカー名：ＪＩＰ）が長腕側に存在する。【０１４５】  （７）芒長（Ａｗｎ  ｌｅｎｇｔｈ）
芒長は芒の長さを示すものであり、芒が長いほど光合成に有利とされている。ただし、長い芒は手作業での収穫の妨げになることもあり、芒のない品種も育成されている。一方で、機械収穫には芒は問題とならない。したがって、栽培条件によって芒の長さを調節する必要がある。なお、芒長は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１４６】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、２個の芒長に関与するＱＴＬを見出した。各ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１４７】  ５Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１１１５および１１１６のプライマーセット、または配列番号１１１７および１１１８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１１１９および１１２０のプライマーセット、または配列番号１１２１および１１２２のプライマーセットにより増幅される。【０１４８】  ７Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１４０７および１４０８のプライマーセット、または配列番号１４０９および１４１０のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１４１１および１４１２のプライマーセット、または配列番号１４１３および１４１４のプライマーセットにより増幅される。【０１４９】  （８）護頴長（Ｇｌｕｍｅ  ｌｅｎｇｔｈ）
護頴長は小花の脇に付いている護頴の長さである。護頴が長ければ雨滴や露などで穂の表面の湿度が高くなるので、病原菌が繁殖したり穂発芽の発生する誘因となる。また、種や品種によってその長さが異なることが知られている。したがって、護頴の短い品種を育成すれば、障害に対する抵抗性を付与することができ、また、他の品種と異なる護頴長を有する品種を育成すれば、異品種等の混入を容易に識別することができる。そのため、護頴長の改変は重要な育種目標の１つである。なお、護頴長は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１５０】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、２個の護頴長に関与するＱＴＬを見出した。各ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１５１】  ３Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９４３および９４４のプライマーセット、または配列番号９４５および９４６のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９４７および９４８のプライマーセット、または配列番号９４９および９５０のプライマーセットにより増幅される。【０１５２】  ７Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１３７１および１３７２のプライマーセット、または配列番号１３７３および１３７４のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１３７５および１３７６のプライマーセット、または配列番号１３７７および１３７８のプライマーセットにより増幅される。【０１５３】  （９）草型（Ｐｌａｎｔ  ｔｙｐｅ）
草型は越冬時の植物体の姿を示すものであり、寒冷地においては草型が匍匐している品種ほど越冬性が高い傾向がある。また、草型の直立した品種は一般に早生である。したがって、栽培品種においては栽培地域によって草型を変える必要がある。なお、草型は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１５４】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、２個の草型に関与するＱＴＬを見出した。各ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１５５】  ３Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９４７および９４８のプライマーセット、または配列番号９４９および９５０のプライマーセットにより増幅される。なお、当該ＱＴＬは３Ａｍ染色体の長腕末端に座乗するため、当該ＱＴＬの長腕側にオオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーは存在しない。ただし、既知のＲＦＬＰマーカー（マーカー名：ＪＩＰ）が長腕側に存在する。【０１５６】  ５Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２５９および１２６０のプライマーセット、または配列番号１２６１および１２６２のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２６３および１２６４のプライマーセット、または配列番号１２６５および１２６６のプライマーセットにより増幅される。【０１５７】  （１０）千粒重（Ｔｈｏｕｓａｎｄ−ｋｅｎｅｌ  ｗｅｉｇｈｔ）
千粒重は、登熟後の粒の重さを測定して千粒分に換算したものであり、粒の重さの指標となる形質である。コムギでは、千粒重が小さすぎると小麦粉の回収率が少なくなり、逆に大きすぎるとパンに必要なタンパク質（グルテン）含有率が低下する傾向にある。このため、適度な千粒重の個体を選抜する必要があり、千粒重の改変は重要な育種目標の１つである。なお、千粒重は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１５８】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、１個の千粒重に関与するＱＴＬを見出した。当該ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１５９】  ２Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号７３５および７３６のプライマーセット、または配列番号７３７および７３８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号７３９および７４０のプライマーセット、または配列番号７４１および７４２のプライマーセットにより増幅される。【０１６０】  （１１）穂軸脱落性（Ｒａｃｈｉｓ  ｂｒｉｔｔｌｅｎｅｓｓ）
穂軸脱落性は、登熟後穂軸がもろくなって種子が落ちる表現型（穂軸脱落性）、または登熟後も種子が落ちない表現型（穂軸非脱落性）を表す形質である。野生種では、次世代を残すために穂から自然に種子が落ちること、すなわち穂軸脱落性を有することが重要である。一方、栽培種は基本的に穂軸非脱落性であるものの、栽培種と野生種の交雑では雑種が穂軸脱落性となり、また、栽培種同士の交雑からも穂軸脱落性の雑種が分離することがある。穂軸脱落性の個体では穂から自然に種子が落ちて収量の評価ができないので、農業形質の評価のためには穂軸非脱落性であることが重要である。なお、穂軸脱落性は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１６１】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、２個の穂軸脱落性に関与するＱＴＬを見出した。各ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１６２】  ４Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１０７１および１０７２のプライマーセット、または配列番号１０７３および１０７４のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１０７５および１０７６のプライマーセット、または配列番号１０７７および１０７８のプライマーセットにより増幅される。【０１６３】  ７Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１３７１および１３７２のプライマーセット、または配列番号１３７３および１３７４のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１３７５および１３７６のプライマーセット、または配列番号１３７７および１３７８のプライマーセットにより増幅される。【０１６４】  （１２）０週間後の休眠性（Ｄｏｒｍａｎｃｙ  ａｔ  ０  ｗｅｅｋ）
収穫したばかりの種子は休眠性を持っており、すぐには発芽しないことが知られている。野生種ではこの傾向が強く、栽培種でもある程度の休眠性を持っている。休眠性が全くないと、収穫前の降雨によって種子が穂についたまま発芽してしまう穂発芽という障害が発生する。すなわち、休眠性は穂発芽に対する抵抗性因子として働く形質である。しかしながら、休眠性が深すぎると、圃場で翌年まで発芽せずに雑草化するなどの問題が生じる。したがって、適度の休眠性を有するように改変することは、重要な育種目標となっている。なお、休眠性は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１６５】  ０週間後の休眠性の調査には、黄化した直後の穂を収穫して乾燥し、直ちに−２０℃のフリーザーに保存した種子を用いた。保存した種子を休眠覚醒させずに吸水させ、２５℃で４日後の発芽率を調査した。【０１６６】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、３個の休眠性（０週間後）に関与するＱＴＬを見出した。各ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１６７】  １Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号５７５および５７６のプライマーセット、または配列番号５７７および５７８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号５７９および５８０のプライマーセット、または配列番号５８１および５８２のプライマーセットにより増幅される。【０１６８】  ３Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号８３５および８３６のプライマーセット、または配列番号８３７および８３８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号８３９および８４０のプライマーセット、または配列番号８４１および８４２のプライマーセットにより増幅される。【０１６９】  ５Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１１２３および１１２４のプライマーセット、または配列番号１１２５および１１２６のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１１２７および１１２８のプライマーセット、または配列番号１１２９および１１３０のプライマーセットにより増幅される。【０１７０】  （１３）３週間後の休眠性（Ｄｏｒｍａｎｃｙ  ａｔ  ３  ｗｅｅｋｓ）
収穫したばかりの種子は休眠性を持っており、すぐには発芽しないことが知られている。野生種ではこの傾向が強く、栽培種でもある程度の休眠性を持っている。休眠性が全くないと、収穫前の降雨によって種子が穂についたまま発芽してしまう穂発芽という障害が発生する。すなわち、休眠性は穂発芽に対する抵抗性因子として働く形質である。しかしながら、休眠性が深すぎると、圃場で翌年まで発芽せずに雑草化するなどの問題が生じる。したがって、適度の休眠性を有するように改変することは、重要な育種目標となっている。なお、休眠性は量的形質であり、複数の遺伝子座により決定される形質である。【０１７１】  ３週間後の休眠性の調査には、黄化した直後の穂を収穫して乾燥し、直ちに−２０℃のフリーザーに保存した種子を用いた。保存した種子を２５℃で３週間休眠覚醒し、その後吸水させ、２５℃で４日後の発芽率を調査した。【０１７２】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、３個の休眠性（３週間後）に関与するＱＴＬを見出した。各ＱＴＬの遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１７３】  １Ａｍ染色体に存在する１つ目のＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号５９１および５９２のプライマーセット、または配列番号５９３および５９４のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号５９５および５９６のプライマーセット、または配列番号５９７および５９８のプライマーセットにより増幅される。【０１７４】  １Ａｍ染色体に存在する２つ目のＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号６２７および６２８のプライマーセット、または配列番号６２９および６３０のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号６３１および６３２のプライマーセット、または配列番号６３３および６３４のプライマーセットにより増幅される。【０１７５】  ３Ａｍ染色体に存在するＱＴＬの短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９０３および９０４のプライマーセット、または配列番号９０５および９０６のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号９０７および９０８のプライマーセット、または配列番号９０９および９１０のプライマーセットにより増幅される。【０１７６】  （１４）糊粉層色（Ａｌｅｕｒｏｎｅ  ｌａｙｅｒ  ｃｏｌｏｒ）
糊粉層色は、登熟前に各個体の糊粉層色を目で見て調査することにより判断することができる。すなわち、頴花の内側の子実表面に存在する糊粉層という膜の部分に着色するか否かで判断できる。【０１７７】  糊粉層色は、単一の主働遺伝子が支配する形質であり、メンデルの法則にしたがって遺伝する。糊粉層色を支配する遺伝子座には糊粉層に着色する遺伝子と着色のない薄茶色の糊粉層を発現する遺伝子との２つの対立遺伝子があり、着色が優性である。例えば、薄茶色の糊粉層を表す品種に、着色の糊粉層を表す野生種等から有用形質を交雑育種により選抜しようとする場合に、目的とする形質が糊粉層色を支配する遺伝子が座乗している染色体上にあれば、目的とする形質のみでなく糊粉層色を支配する遺伝子も同時に導入される場合がある。よって着色した糊粉層を有する品種を選抜すれば、目的とする形質が導入された品種に当たる可能性が高いといえる。また糊粉層色を異品種の混入を識別する指標としても利用が可能となり、品種検定等を容易に行なうことが可能となる。【０１７８】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、糊粉層色を支配する遺伝子を挟み、かつ最も近傍に座乗するＤＮＡマーカーを見出した。糊粉層色を支配する遺伝子の遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１７９】  ４Ａｍ染色体に存在する糊粉層色を支配する遺伝子の短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１０５５および１０５６のプライマーセット、または配列番号１０５７および１０５８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１０５９および１０６０のプライマーセット、または配列番号１０６１および１０６２のプライマーセットにより増幅される。【０１８０】  （１５）葉身毛茸（Ｌｅａｆ  ｈａｉｒｉｎｅｓｓ）
葉身毛茸は、葉の表面の毛茸を触って確認することができる。【０１８１】  葉身毛茸は、単一の主働遺伝子が支配する形質であり、メンデルの法則にしたがって遺伝する。葉身毛茸を支配する遺伝子座には毛茸を有する葉を発現する遺伝子と毛茸を有しない葉を発現する遺伝子との２つの対立遺伝子があり、毛茸を有する葉が優性である。例えば、毛茸のない品種に、毛茸のある野生種等から有用形質を交雑育種により選抜しようとする場合に、目的とする形質が葉身毛茸を支配する遺伝子が座乗している染色体上にあれば、目的とする形質のみでなく葉身毛茸を支配する遺伝子も同時に導入される場合がある。毛茸のある品種を選抜すれば、目的とする形質が導入された品種に当たる可能性が高いといえる。また葉身毛茸を異品種の混入を識別する指標としても利用が可能となり、品種検定等を容易に行なうことが可能となる。【０１８２】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、葉身毛茸を支配する遺伝子を挟み、かつ最も近傍に座乗するＤＮＡマーカーを見出した。葉身毛茸を支配する遺伝子の遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１８３】  ５Ａｍ染色体に存在する葉身毛茸を支配する遺伝子の短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２４７および１２４８のプライマーセット、または配列番号１２４９および１２５０のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２５１および１２５２のプライマーセット、または配列番号１２５３および１２５４のプライマーセットにより増幅される。【０１８４】  （１６）秋播性程度（Ｖｅｒｎａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔ）
秋播性程度は出穂開花のために必要な低温・短日の期間によって判断できる。秋播性程度は連続照明下の恒温条件（通常２０℃）での止葉展開まで日数によって調査する。秋播性程度の高い品種は止葉展開に至らずに開花しないのに対して、秋播性程度の低い（春播性）品種はその程度が低いほど短期間で止葉展開に至る。秋播性程度が高い品種は春播栽培しても穂が出ないが、秋に播種して越冬して栽培するのに適している。一方、秋播性の低い品種を越冬栽培すると、秋の間に生長が進み，寒さで枯れることがある。このように、品種改良においては栽培環境によって秋播性の程度を変えることが重要である。【０１８５】  発明者らは、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いたＱＴＬ解析により、秋播性程度を支配する遺伝子を挟み、かつ最も近傍に座乗するＤＮＡマーカーを見出した。秋播性程度を支配する遺伝子の遺伝子型は、下記の配列番号に示される塩基配列からなるプライマーを組み合わせたプライマーセットにより増幅されるＤＮＡマーカーの多型、すなわち当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型が「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．ＫＴ１−１」型であるか「Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．ＫＴ３−５」型であるかを検出し、当該ＤＮＡマーカーの遺伝子型に基づいて判定することができる。なお、多型の種類、多型部位の塩基配列等については、上記表の該当するマーカーを参照のこと。【０１８６】  ５Ａｍ染色体に存在する秋播性程度を支配する遺伝子の短腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２５５および１２５６のプライマーセット、または配列番号１２５７および１２５８のプライマーセットにより増幅される。また、長腕側のＤＮＡマーカーは、配列番号１２５９および１２６０のプライマーセット、または配列番号１２６１および１２６２のプライマーセットにより増幅される。【０１８７】  本発明に係る育種方法においては、用いられる少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーの中に、以下の（ａ）〜（ｇ）に記載のＤＮＡ断片からなるＤＮＡマーカーを必須マーカーとして含むことが好ましい。これらのマーカーを含むことにより、コムギの育種目標として非常に重要な形質である、０週間後の休眠性、３週間後の休眠性、出穂日、千粒重、穂長、小穂段数および草型に関与する遺伝子座の遺伝子型を１回の試行で同時に判定することが可能となる。【０１８８】  （ａ）配列番号７３５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７３７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７３８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。これらは千粒重に関与するＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカーである。【０１８９】  （ｂ）配列番号７３９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号７４１に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号７４２に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。これらは千粒重に関与するＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカーである。【０１９０】  （ｃ）配列番号９０３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。これらは３週間後の休眠性に関与するＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカーである。
（ｄ）配列番号９０７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９０８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９０９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９１０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。これらは３週間後の休眠性に関与するＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカーである。
（ｅ）配列番号９４７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９４８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号９４９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号９５０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。これらは出穂日、穂長、小穂段数および草型に関与するＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカーである。
（ｆ）配列番号１１２３に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２４に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２５に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２６に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。これらは０週間後の休眠性に関与するＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカーである。
（ｇ）配列番号１１２７に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１２８に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片または配列番号１１２９に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号１１３０に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットを用いて増幅されるＤＮＡ断片。これらは０週間後の休眠性に関与するＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカーである。【０１９１】  当該（ａ）〜（ｇ）に記載のＤＮＡマーカー以外のＤＮＡマーカーは、２４３個のＤＮＡマーカーからこれらを除いた残りの中から任意に選択すればよいが、優先的選択することが好ましいＤＮＡマーカーとして、０週間後の休眠性に関与する１Ａｍ染色体に存在するＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカー（配列番号５７５および５７６のプライマーセット、または配列番号５７７および５７８のプライマーセットにより増幅される短腕側のＤＮＡマーカー、および、配列番号５７９および５８０のプライマーセット、または配列番号５８１および５８２のプライマーセットにより増幅される長腕側のＤＮＡマーカー）、０週間後の休眠性に関与する３Ａｍ染色体に存在するＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカー（配列番号８３５および８３６のプライマーセット、または配列番号８３７および８３８のプライマーセットにより増幅される短腕側のＤＮＡマーカー、および、配列番号８３９および８４０のプライマーセット、または配列番号８４１および８４２のプライマーセットにより増幅される長腕側のＤＮＡマーカー）、３週間後の休眠性に関与する１Ａｍ染色体に存在する１つ目のＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカー（配列番号５９１および５９２のプライマーセット、または配列番号５９３および５９４のプライマーセットにより増幅される短腕側のＤＮＡマーカー、および、配列番号５９５および５９６のプライマーセット、または配列番号５９７および５９８のプライマーセットにより増幅される長腕側のＤＮＡマーカー）、３週間後の休眠性に関与する１Ａｍ染色体に存在する２つ目のＱＴＬに連鎖するＤＮＡマーカー（配列番号６２７および６２８のプライマーセット、または配列番号６２９および６３０のプライマーセットにより増幅される短腕側のＤＮＡマーカー、および、配列番号６３１および６３２のプライマーセット、または配列番号６３３および６３４のプライマーセットにより増幅される長腕側のＤＮＡマーカー）を挙げることができる。【０１９２】  さらに、上述の形質（１）〜（１６）のＱＴＬまたは主働遺伝子に連鎖するＤＮＡマーカーを各形質につき少なくとも１つ以上選択すれば、コムギの育種に有用な１６種類の形質の遺伝子型を同時に判定することが可能である。より好ましくは、１６種類の形質の全てのＱＴＬおよび主働遺伝子に連鎖するＤＮＡマーカーを全て選択することである。【０１９３】  〔本発明に係るコムギの育種方法の実施に用いられる器具〕
本発明に係るコムギの育種方法は、器具を用いることによってより効率的に実施することができる。例えば、アレイ形態の多型検出器具を挙げることができる。具体的には、「コムギの育種に用いられる器具であって、コムギのゲノムＤＮＡを鋳型としてオオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットにより増幅されるＤＮＡ断片またはその一部が支持体上に固定されており、当該ＤＮＡ断片に存在する多型を検出可能となっている器具。」を挙げることができる。ただし、これに限定されるものではない。以下に上記例示した器具について説明する。【０１９４】  上記器具において、コムギのゲノムＤＮＡを鋳型としてオオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットにより増幅されるＤＮＡ断片は、本発明に係るコムギの育種方法において、二倍体コムギの遺伝地図上にマップされているＤＮＡマーカーである。すなわち、当該器具は、二倍体コムギの遺伝地図上にマップされているＤＮＡマーカーが支持体上に固定化されている器具であればよい。固定化されるＤＮＡ断片は、多型部位（例えば、ＳＮＰ部位、欠失・挿入部位など）が含まれていれば、増幅されたＤＮＡ断片の全体でもよく、その一部でもよい。
当該器具に固定化されているＤＮＡと、本発明に係るコムギの育種方法における増幅工程で増幅されたＤＮＡ断片とをハイブリダイゼーションさせることにより、増幅されたＤＮＡ断片中に存在するＳＮＰなどの多型を検出することができる。【０１９５】  支持体上には５０個以上のＤＮＡマーカーに由来するＤＮＡ断片が固定化されていることが好ましく、二倍体コムギの遺伝地図にマップされているＤＮＡマーカーの全てが固定化されていることが特に好ましい。さらに、支持体上に固定化されているＤＮＡは、遺伝地図にマッピングさている順序、すなわち、染色体上の順序と同一の順序で配置されていることが好ましい。【０１９６】  支持体は、ポリヌクレオチドを固定化可能なものであれば特に限定されるものではなく、どのような形状や材質であってもよい。支持体の材料としては、一般的には、例えば、ガラス、シリコンウエハ等の無機系材料、紙等の天然高分子、ニトロセルロースやナイロン等の合成高分子、合成高分子や天然高分子を用いたゲル体等を挙げることができる。また、支持体の形状も、ポリヌクレオチドを固定化できる十分な面積を有するものであれば特に限定されるものではないが、一般的には、可撓性が小さいかほとんど無い基板、可撓性を有する膜（メンブレン）、その中間となる可撓性基板等のように、二次元的な広がりを有するものを好ましく用いることができる。なお、上記基板や膜の厚みについては特に限定されるものではなく、その材質や用途に応じて適宜設定すればよい。さらに、支持体として各種ビーズを用いることもできる。【０１９７】  〔本発明に係るコムギの育種方法の実施に用いられるキット〕
本発明に係るコムギの育種方法は、キットを用いることによってより効率的に実施することができる。具体的には、例えば、「コムギの育種に用いられるキットであって、オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されるプライマーセットを備えるキット。」を挙げることができる。ただし、これに限定されるものではない。以下に上記例示したキットについて説明する。【０１９８】  本明細書中において「キット」は、特定の材料を内包する容器（例えば、ボトル、プレート、チューブ、ディッシュなど）を備えた包装が意図される。好ましくは当該材料を使用するための使用説明書を備える。使用説明書は、紙またはその他の媒体に書かれていても印刷されていてもよく、あるいは磁気テープ、コンピューター読み取り可能ディスクまたはテープ、ＣＤ−ＲＯＭなどのような電子媒体に付されてもよい。【０１９９】  上記例示のキットに備えられるプライマーセットとしては、配列番号４８７ないし１４５８に示される塩基配列のうち、配列番号ｎ（ｎは奇数）に示される塩基配列からなるプライマーと配列番号ｎ＋１に示される塩基配列からなるプライマーとを組み合わせたプライマーセットが好ましい。また、キットに備えられるプライマーセットは、複数であることが好ましく、二倍体コムギのゲノム全体から選択される少なくとも５０個以上であることがより好ましく、配列番号４８７ないし１４５８に示される塩基配列からなるプライマーが全て備えられていることが特に好ましい。【０２００】  また、当該キットには、オオムギＥＳＴ配列に基づいて設計されたプライマーセット以外のものが備えられていてもよい。当該プライマーセット以外の具体的な構成については特に限定されるものではなく、必要な試薬や器具等を適宜選択してキットの構成とすればよい。例えば、ポリメラーゼ、バッファまたは反応チューブなどを挙げることができる。また、上述の多型検出器具をキットの構成としてもよい。多型検出器具を備える構成のキットにより、本発明に係るコムギの育種方法を一層迅速かつ効率的に実施することが可能となる。【０２０１】  当該キットの使用方法は、上述した本発明に係るコムギの育種方法に準じればよいことを、本明細書を読んだ当業者は容易に理解する。【０２０２】  なお、発明を実施するための最良の形態の項においてなした具体的な実施態様および以下の実施例は、あくまでも、本発明の技術内容を明らかにするものであって、そのような具体例にのみ限定して狭義に解釈されるべきものではなく、当業者は、本発明の精神および添付の特許請求の範囲内で変更して実施することができる。【０２０３】  また、本明細書中に記載された学術文献および特許文献の全てが、本明細書中において参考として援用される。
【実施例】
【０２０４】  以下、実施例を用いて本発明を具体的に説明するが、本発明はこれに限定されるものではない。【０２０５】  〔実施例１：オオムギＥＳＴ配列を利用した二倍体コムギ遺伝地図の構築〕
（１）マップ集団の作成
二倍体コムギ野生種Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＫＴ１−１）と二倍体コムギ栽培種Ｔｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＫＴ３−５）との交配から育成した組換え近交系統（ＲＩＬ）９３系統および両親、さらにそのＲＦＬＰ情報（Ｓｈｉｎｄｏ  Ｃ．，Ｓａｓａｋｕｍａ  Ｔ．，Ｗａｔａｎａｂｅ  Ｎ．ａｎｄ  Ｎｏｄａ  Ｋ．（２００２）Ｔｗｏ−ｇｅｎｅ  ｓｙｓｔｅｍｓ  ｏｆ  ｖｅｒｎａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｎａｒｒｏｗ−ｓｅｎｓｅ  ｅａｒｌｉｎｅｓｓ  ｉｎ  ｅｉｎｋｏｒｎ  ｗｈｅａｔ．Ｇｅｎｏｍｅ  ４５：５６３−５６９．）を用いた。【０２０６】  （２）ＤＮＡ抽出
ＲＩＬ集団と両親の葉身を約１０ｃｍ採取し、１．５ｍｌエッペンドルフチューブに入れ液体窒素で凍結後、プラスチック製の乳棒で粉砕した。ゲノムＤＮＡ（１−５μｇ）はＰａｌｏｔｔａらの方法（Ｐａｌｌｏｔｔａ  Ｍ．Ａ．，Ｇｒａｈａｍ  Ｒ．Ｄ．，Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ  Ｐ．，Ｓｐａｒｒｏｗ  Ｄ．Ｈ．Ｂ．ａｎｄ  Ｂａｒｋｅｒ  Ｓ．Ｊ．２０００．ＲＦＬＰ  ｍａｐｐｉｎｇ  ｏｆ  ｍａｎｇａｎｅｓｅ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｃｙ  ｉｎ  ｂａｒｌｅｙ．Ｔｈｅｏｒ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎｅｔ．１０１：１１００−１１０８．）に従って抽出したが、最終溶解のＴＥ  ｂｕｆｆｅｒにはＲＮａｓｅを加えなかった。【０２０７】  （３）ＰＣＲ産物の多型検出
ＰＣＲ反応はＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して９６穴プレートまたは３８４穴プレートで行った。ＰＣＲ反応系は１×Ｅｘ−Ｔａｑｂｕｆｆｅｒ（Ｔａｋａｒａ）、ｆｏｒｗｏｒｄ・ｒｅｖｅｒｓｅプライマー各１．０μＭ、ｄＮＴＰｓ  ２．０ｍＭ、ＭｇＣｌ２  ０．５ｍＭ、テンプレートＤＮＡ  １０ｎｇおよびＥｘ−Ｔａｑ  ＤＮＡ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（Ｔａｋａｒａ）０．０３５Ｕに超純水を加えて１０μｌとした。ＰＣＲの条件は９４℃２分間の後、９４℃３０秒、６５℃３０秒、７２℃１分を５サイクル、続けて９４℃３０秒、６５℃３０秒、７２℃１分を３５サイクル、７２℃７分で行った。ＰＣＲ産物１０μｌにｌｏａｄｉｎｇ  ｄｙｅ（０．２５％  ｂｒｏｍｏｐｈｅｎｏｌ  ｂｌｕｅ、０．２５％  ｘｙｌｅｎｅ  ｃｙａｎｏｌ、３０％  Ｇｌｙｃｅｒｏｌ）２μｌを加え、そのうち６μｌを０．５×ＴＢＥ  ｂｕｆｆｅｒ（４５ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ａｃｅｔａｔｅ、４５ｍＭ  Ｂｏｒｉｃ  ａｃｉｄ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０））にエチジウムブロマイド（Ｓｉｇｍａ）を加えた２％（ｗ／ｖ）アガロースゲルで分離した。【０２０８】  両親のゲノムＤＮＡをオオムギＥＳＴ由来のプライマー２，６９５対を用いてＰＣＲ増幅し、アガロースゲル電気泳動で片親でのみでバンドが出現したもの（優性マーカー）および両親のバンドのサイズが異なるもの（サイズ多型マーカー）を選抜した。【０２０９】  両親とも同サイズのバンド（アガロースゲル上で目視によりサイズの違いが認識できないバンド）が出現したものについては、塩基配列を解析し、一塩基多型（ＳＮＰ）を検出した。ＳＮＰマーカーのうち、いずれかの多型部位に制限酵素サイトがあるものはＣＡＰＳマーカーとし、制限酵素サイトのないものはＳＮＰタイピングマーカーとして選抜した。【０２１０】  ＰＣＲ産物の精製をするためにＳｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−５０（Ａｍｅｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）をＣｏｌｕｍ  Ｌｏａｄｅｒに充填し、ガラス板で平らにした後、Ｃｏｌｕｍ  Ｌｏａｄｅｒ上にＨＶ  ｐｌａｔｅ（ＭＩＬＬＩＰＯＲＥ）を乗せた状態で逆転し、ＨＶ  ｐｌａｔｅにＳｅｐｈａｄｅｘ  Ｇ−５０を移した。ＨＶ  ｐｌａｔｅには超純水３００μｌを加え、室温で３時間放置し、９００×Ｇで２分間遠心をした後、超純水１５０μｌを加え、９００×Ｇで２分間の遠心を３回以上繰り返した。各ｗｅｌｌの中央にＰＣＲ産物を入れた後、タイタープレート（ＰＳ−ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ；Ｇｒｅｉｎｅｒ）、遠心用アダプター、ＨＶ  ｐｌａｔｅ、ＨＶ  ｐｌａｔｅ蓋の順に重ねて、９００×Ｇで３分間遠心し、さらに向きを変えてさらに３分間遠心をした。【０２１１】  シーケンス反応には、ＢｉｏＤｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  ｖ１．１  Ｃｙｃｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ＲＲ−１００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）１．０μｌ、５×ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｂｕｆｆｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）１．０μｌおよびｒｅｖｅｒｓｅプライマー１．６ｍＭを用い、精製したＰＣＲ産物５ｎｇを加えて超純水で全量を１０．０μｌにした。ＰＣＲの条件は９６℃２分の後、９６℃１０秒、５０℃５秒、６０℃４分を２５サイクル行った。シーケンス産物は、プレートを数秒遠心にかけた後、１２５ｍＭ  ＥＤＴＡを２．５μｌと１００％エタノールを３０μｌ加え、シールで密閉して数回転倒混和した後、アルミ箔で覆い、室温で１５分間放置した。さらに、３，１００ｇ×Ｇで３０分間遠心後、すぐにｐｌａｔｅを逆転して上清を取り除き、７０％エタノールを３０μｌ加え、１，７００ｇ×Ｇで１５分間遠心後、再度上清を除去し、Ｈｉ−Ｄｉ  Ｆｏｒｍａｍｉｄｅ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を１０μｌ加え、ＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍで９５℃５分間反応後、直ちに氷上にプレートを移し遮光した。精製したシーケンス産物はＡＢＩ  Ｐｒｉｓｍ  ３１０  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎａｌｙｚｅｒ（ＰＥ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）または３１００  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）で分析した。配列データの解析には市販パッケージソフトＤＮＡ  ＳＩＳ  Ｐｒｏ  Ｖｅｒ．２．０（日立ソフト）を用いてアライメントし、両親の塩基配列の相違からｃｌｅａｖｅｄ  ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ（ＣＡＰＳ）を検出した。【０２１２】  （４）遺伝地図（連鎖地図）の構築
両親で多型がみられたオオムギＥＳＴ由来マーカーをＲＩＬ集団の多型解析に用いた。すなわち、ＲＩＬ集団のゲノムＤＮＡを鋳型として、選抜されたプライマーセットを用いてＰＣＲを行った。その結果、ＲＩＬ集団でＰＣＲ増幅したオオムギＥＳＴ由来マーカーは２４３個であった。【０２１３】  ＲＩＬ集団における、２４３個のオオムギＥＳＴ由来マーカーおよび９６個の既知ＲＦＬＰマーカー分離データを、ＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＥＸＰ  ｖｅｒ．３．０（Ｌａｎｄｅｒ  ＥＳ，Ｇｒｅｅｎ  Ｐ，Ａｂｒａｈａｍｓｏｎ  Ｊ，Ｂａｒｌｏｗ  Ａ，Ｄａｌｙ  ＭＪ（１９８７）ＭＡＰＭＡＫＥＲ：ａｎ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｖｅ  ｃｏｍｐｕｔｅｒ  ｐａｃｋａｇｅ  ｆｏｒ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｌｉｎｋａｇｅ  ｍａｐｓ  ｏｆ  ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ  ｎａｔｕｒａｌ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ．）を用いて検出し、上述のＳｈｉｎｄｏら（２００２）のＲＦＬＰ情報に加えて遺伝地図を作製した。各連鎖群でのマーカー連鎖の閾値はＬＯＤ  ３．０とし、Ｋｏｓａｍｂｉ地図関数を地図距離に用いた（Ｋｏｓａｍｂｉ  ＤＤ（１９９４）Ｔｈｅ  ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍａｐ  ｄｉｓｔａｎｃｅｓ  ｆｒｏｍ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ  ｖａｌｕｅｓ．Ａｎｎａｌｓ  ｏｆ  Ｅｕｇｅｎｉｃｓ  １２；１７２−１７５）。【０２１４】  その結果、１Ａｍ染色体に４９個（ＥＳＴ由来：３８、ＲＦＬＰ：１１）、２Ａｍ染色体に５７個（ＥＳＴ由来：４２、ＲＦＬＰ：１５）、３Ａｍ染色体に４９個（ＥＳＴ由来：３６、ＲＦＬＰ：１３）、４Ａｍ染色体に５４個（ＥＳＴ由来：４０、ＲＦＬＰ：１４）、５Ａｍ染色体に６７個（ＥＳＴ由来：３９、ＲＦＬＰ：２８）、６Ａｍ染色体に２７個（ＥＳＴ由来：１９、ＲＦＬＰ：８）、７Ａｍ染色体に３６個（ＥＳＴ由来：３８、ＲＦＬＰ：１１）が座乗した。【０２１５】  地図の距離の合計は１，０３８．５ｃＭで、平均マーカー密度は３．０ｃＭ／ｌｏｃｕｓであった。【０２１６】  なお、図１に作製された二倍体コム遺伝地図を示した。図１において、各染色体とも上が短腕末端である。また、各染色体の右側がマーカー名、左側が短腕末端からの距離（ｃＭ）を表している。【０２１７】  〔実施例２：二倍体コムギの農業形質遺伝子座の解析〕
上記実施例１で作製した二倍体コムギ遺伝地図を用いて、１６種類の農業形質についてＱＴＬ解析を実施した。【０２１８】  （１）対象形質
１３種類の量的形質および３種類の質的形質を対象とした。【０２１９】  具体的には、量的形質は、穂長（Ｅａｒ  ｌｅｎｇｔｈ）、稈長（Ｃｕｌｍ  ｌｅｎｇｔｈ）、小穂段数（Ｎｕｍｂｅｒ  ｏｆ  ｓｐｉｋｅｌｅｔｓ）、第一節間長（Ｔｏｐ−ｉｎｔｅｒｎｏｄｅ  ｌｅｎｇｔｈ）、穂軸節間長（Ｒａｃｈｉｓ−ｉｎｔｅｒｎｏｄｅ  ｌｅｎｇｔｈ）、出穂日（Ｈｅａｄｉｎｇ  ｄａｔｅ（ｄａｙ  ｆｒｏｍ  Ａｐｒｉｌ））、芒長（Ａｗｎ  ｌｅｎｇｔｈ）、護頴長（Ｇｌｕｍｅ  ｌｅｎｇｔｈ）、草型（Ｐｌａｎｔ  ｔｙｐｅ）、千粒重（Ｔｈｏｕｓａｎｄ−ｋｅｎｅｌ  ｗｅｉｇｈｔ）、穂軸脱落性（Ｒａｃｈｉｓ  ｂｒｉｔｔｌｅｎｅｓｓ）、０週間後の休眠性（Ｄｏｒｍａｎｃｙ  ａｔ  ０  ｗｅｅｋ）および３週間後の休眠性（Ｄｏｒｍａｎｃｙ  ａｔ  ３  ｗｅｅｋｓ）の合計１３形質である。質的形質は、糊粉層色（Ａｌｅｕｒｏｎｅ  ｌａｙｅｒ  ｃｏｌｏｒ）、葉身毛茸（Ｌｅａｆ  ｈａｉｒｉｎｅｓｓ）および秋播性程度（Ｖｅｒｎａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔ）の３形質である。【０２２０】  （２）植物の栽培
ＲＩＬ集団１１４系統と両親を、岡山大学資源生物科学研究所の網室で２００４年１１月中旬に播種し、育成した。各系統および両親は直径２４ｃｍ×深さ２１ｃｍのプラスチック製育成鉢に培養土（藤野実業）を入れ各２個体ずつ栽培した。このうち各１系統１個体は岡山大学資源生物科学研究所の実験圃場へ２００５年１月に移植し、畦幅９０ｃｍ、株間３０ｃｍで栽培した。【０２２１】  （３）形質の評価
出穂日、稈長、穂長、小穂段数、第一節間長、穂軸節間長、葉身毛茸、糊粉層色および草型は収穫前に測定し、穂軸脱落性、芒長、千粒重および護頴長は収穫後の穂で測定した。【０２２２】  出穂日は４月１日から最初に穂の基部が出るまでの日数とした。稈長は地面から穂の基部まで、穂長は穂の基部から先端までの長さ（ｃｍ）をそれぞれ各系統３穂ずつ測定した。小穂段数は穂基部から穂先端までの小穂数を各系統３穂ずつ数えた。第一節間長は穂首から上位第一節までの長さ（ｃｍ）を各系統３穂計測した。穂軸節間長は穂中央部１０小穂間の穂軸の長さ（ｍｍ）、芒長は穂中央部の芒の長さ（ｃｍ）を各系統３穂ずつ計測した。葉身毛茸は葉の表面の毛耳を触って確認し、疎の場合を０、密な場合を１とした。穂軸脱落性は非脱落性を０、自然脱落性を３とする４段階に分けた。糊粉層色は粒色が完全な白色を０とし、粒色が完全な青色を３とする４段階に分類した。また、草型は地面に対して葉全体の角度をほぼ垂直（０）からほふく（４）の５段階に指数化した。【０２２３】  秋播性程度の検定は種子を４日間４℃で吸水させた後、各系統２個体を５系統ずつ１鉢に播種して、最低室温１５℃以上の温室で２４時間日長の条件下で栽培し、止葉展開期と葉数を記録した。なお、調査期間は１２０日間とした。【０２２４】  休眠性の調査のため、黄化した直後の穂を収穫して乾燥し、ただちに−２０℃のフリーザーで保存した。なお、休眠０週目については各系統２０粒ずつ、３週目については各系統５０粒ずつを供試した。０週目のサンプルはシャーレで吸水後２５℃、４日後の発芽率、３週目では２５℃で３週間休眠覚醒後、吸水させ２５℃で４日後の発芽率を調べて休眠性とした。【０２２５】  （４）ＱＴＬ解析
ＱＴＬ解析用ソフトウエアにはＭＡＰＭＡＫＥＲ／ＱＴＬ  ｖｅｒ．１．１ｂ（Ｌａｎｄｅｒ  ＥＳ，Ｂｏｔｓｔｅｉｎ  Ｄ（１９８９）Ｍａｐｐｉｎｇ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  ｆａｃｔｏｒｓ  ｕｎｄｅｒｌｙｉｎｇ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ｔｒａｉｔｓ  ｕｓｉｎｇ  ＲＦＬＰ  ｌｉｎｋａｇｅ  ｍａｐｓ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １２１：１８５−１９９）を使用した。ＱＴＬ解析のアルゴリズムには、シンプルインターバルマッピング（ＳＩＭ：ｓｉｍｐｌｅ  ｉｎｔｅｒｖａｌ  ｍａｐｐｉｎｇ）を用いた。ＱＴＬの有無の判定にはＬＯＤ２．０を閾値として用い、ＱＴＬ推定のインターバルは０．１ｃＭで行った。【０２２６】  （５）結果
１３種類の量的形質のＱＴＬ解析結果を表５１に示した。表５１から明らかなように、１３種類の量的形質の全てにＱＴＬが検出された。【０２２７】  表５１においては、例えば、穂長（Ｅａｒ  ｌｅｎｇｔｈ）については、
（１）穂長に関与する４つのＱＴＬが検出されたこと
（２）４つのＱＴＬは、それぞれ染色体１Ａｍ、２Ａｍ、３Ａｍおよび４Ａｍに座乗すること
（３）染色体１Ａｍに座乗するＱＴＬは、オオムギＥＳＴクローン名ｋ０４０１６に基づいて設計されたプライマーセット（配列番号５８９および５９０）により増幅されるＤＮＡマーカーとオオムギＥＳＴクローン名ｋ００９５８に基づいて設計されたプライマーセット（配列番号５８９および５９０）により増幅されるＤＮＡマーカーとの間（インターバル：２４．６ｃＭ）に存在すること
（４）ｋ０４０１６に基づくＤＮＡマーカーから１４．３ｃＭの位置にＱＴＬのピークが存在すること
（５）ピークのＬＯＤスコアが２．２であること
（６）このＱＴＬで表現型の分散の１３．５％を説明できること
（７）このＱＴＬがＴｒｉｔｉｃｕｍ  ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．（ａｃｃｅｓｓｉｏｎ  Ｎｏ．ＫＴ３−５）型のアレルを有すると、穂長が１７．６ｍｍ短くなること
が示されている。他の形質についても同様に読み取ることができる。【０２２８】
【表５１】
2007020983.tif 000052
３種類の質的形質のＱＴＬ解析結果を表５２に示した。表５２から明らかなように、３種類の質的形質の座乗位置が特定された。【０２２９】  表５２においては、例えば、糊粉層色（Ａｌｅｕｒｏｎｅ  ｌａｙｅｒ  ｃｏｌｏｒ）については、
（１）染色体４Ａｍに座乗すること
（２）オオムギＥＳＴクローン名ｋ０４７２２に基づいて設計されたプライマーセット（配列番号１０５７および１０５８）により増幅されるＤＮＡマーカーとオオムギＥＳＴクローン名ｋ０９４７８に基づいて設計されたプライマーセット（配列番号１０６１および１０６２）により増幅されるＤＮＡマーカーとの間（インターバル：３．９ｃＭ）に存在すること
（３）ｋ０４７２２に基づくＤＮＡマーカーから２．３ｃＭの位置にＱＴＬのピークが存在すること
が示されている。他の形質についても同様に読み取ることができる。【０２３０】
【表５２】
2007020983.tif 000053
なお、両親（Ｔ．ｂｏｅｏｔｉｃｕｍ  Ｂｏｉｓｓ．およびＴ．ｍｏｎｏｃｏｃｃｕｍ  Ｌ．）を比較した場合の各形質の表現型は、表５３に示したとおりである。【０２３１】
【表５３】
2007020983.tif 000054
〔実施例３：オオムギＥＳＴ配列を利用した二倍体コムギ遺伝地図とオオムギ遺伝地図との比較〕
上記実施例１で構築した二倍体コムギ遺伝地図（連鎖地図）とオオムギＥＳＴマーカーが高密度にマップされたオオムギ遺伝地図（連鎖地図）との間で、マーカーの並びを比較した。【０２３２】  （１）オオムギ遺伝地図
比較に用いたオオムギ遺伝地図は、醸造用オオムギ「はるな二条」（Ｈｏｒｄｅｕｍ  ｖｕｌｇａｒｅ  ｓｓｐ．ｖｕｌｇａｒｅ  ｖａｒｉｅｔｙ  Ｈａｒｕｎａｎｉｊｏ）と野生オオムギ「Ｈ６０２」（Ｈｏｒｄｅｕｍ  ｖｕｌｇａｒｅ  ｓｓｐ．ｓｐｏｎｔａｎｅｕｍ  Ｈ６０２）との交配から得られた倍加半数体（ｄｏｕｂｌｅｄ  ｈａｐｌｏｉｄ）集団を用いて、約３，０００のオオムギＥＳＴマーカーがマップされており、地図の距離の合計は１，３６２．７ｃＭである（非特許文献５：Ｎａｎｋａｋｕ  Ｎ．，Ｍｏｔｏｉ  Ｙ．，Ｕｅｋｉ  Ｈ．，Ｓａｔｏ  Ｋ．ａｎｄ  Ｔａｋｅｄａ  Ｋ．（２００５）Ｈｉｇｈ  ｄｅｎｓｉｔｙ  ＳＮＰ  ｂａｓｅｄ  ＥＳＴ  ｍａｐ  ｉｎ  ｂａｒｌｅｙ．Ｐｒｏｃ．Ｐｌａｎｔ  ＆  Ａｎｉｍａｌ  Ｇｅｎｏｍｅｓ  ＸＩＩＩ  Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ，ｐ３１７．）。【０２３３】  （２）結果
二倍体コムギとオオムギの同祖の連鎖群では対応するマーカーの並びが同じになる場合が多かった。しかしながら、４Ａｍ染色体および５Ａｍ染色体の長腕末端部にそれぞれオオムギの５Ｈ染色体および４Ｈ染色体の長腕末端部に座乗するＤＮＡマーカーに対応するＤＮＡマーカーが座乗していた。【０２３４】  図２に二倍体コムギの４Ａｍ染色体および５Ａｍ染色体の遺伝地図に座乗するマーカーとオオムギ遺伝地図に座乗するマーカーとの対応を示した。図２において、各染色体とも上が短腕末端である。また、各染色体の右側がマーカー名、左側が短腕末端からの距離（ｃＭ）を表している。この結果から、Ｄｅｖｏｓら（Ｄｅｖｏｓ  Ｋ．Ｍ．ａｎｄ  Ｇａｌｅ  Ｍ．Ｄ．（２０００）Ｇｅｎｏｍｅ  ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ：ｔｈｅ  ｇｒａｓｓ  ｍｏｄｅｌ  ｉｎ  ｃｕｒｒｅｎｔ  ｒｅｓｅａｒｃｈ．Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  １２：６３７−６４６．）が過去に報告しているように、二倍体コムギとオオムギにおいて、同祖群４および５に逆位転座が存在することが明確に示された。【０２３５】  〔実施例４：網羅的ゲノムタイピングの検討〕
網羅的ゲノムタイピングにおいて高精度の解析結果を得るためには、何個のマーカーを用いればよいかを検討した。【０２３６】  （１）両親からの由来部分の同定
上記実施例１で作成した組換え近交系（ＲＩＬ）の１系統を対象として、ゲノムのどの部分がどちらの親に由来するかのタイピングを行った。【０２３７】  図３に上記実施例１で構築した二倍体コムギ遺伝地図の全範囲から選択した９６個のＤＮＡマーカーを用いて各マーカーの遺伝子型に基づいて、どの部分がどちらの親に由来するかを判定した結果を示した。図３において、各染色体とも上が短腕末端であり、用いたＤＮＡマーカーの短腕末端からの距離（ｃＭ）を各染色体の右側に示している。１Ａｍ染色体に３箇所、２Ａｍ染色体に４箇所、３Ａｍ染色体に４箇所、４Ａｍ染色体に３箇所、５Ａｍ染色体に２箇所、６Ａｍ染色体に０箇所、７Ａｍ染色体に１箇所の組換えが存在した。【０２３８】  図４に、用いるＤＮＡマーカー数を５０個、２５個、１４個としたときの結果を、９６個のＤＮＡマーカーを用いた場合と比較して示した。図４において、各染色体とも上が短腕末端であり、用いたＤＮＡマーカーの短腕末端からの距離（ｃＭ）を各染色体の右側に示している。ＤＮＡマーカー数を５０個とした場合は、１Ａｍ染色体および３Ａｍ染色体の狭い領域の組換えが検出できなかったが、それ以外の組み換え箇所は９６個の用いた場合と同じ結果を得た。一方、ＤＮＡマーカー数を２５個とした場合は、３Ａｍ染色体の組換えが全く検出できず、その他の染色体についても精度の低下が認められた。また、ＤＮＡマーカー数を１４個とした場合は、遺伝子型の同定が不可能である。【０２３９】  （２）０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの選抜効果の検討
１Ａｍ染色体に存在する０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの選抜効果について、上記実施例１で作成した組換え近交系（ＲＩＬ）の４０系統を対象として、用いるＤＮＡマーカーの数を９６個、５０個、２５個、１４個として比較した。具体的には、４０系統の各個体について、用いたＤＮＡマーカーの遺伝子型を判定するとともに、各個体から得られた収穫直後の種子の休眠性を、上記実施例２に記載の方法で調査した。これらの結果に基づいて、１Ａｍ染色体に存在する０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの遺伝子型による休眠性の選抜効果を評価した。なお、当該ＱＴＬの遺伝子型は、当該ＱＴＬに最も近いＤＮＡマーカーの遺伝子型とした。【０２４０】  図５、図６、図７および図８に、それぞれにＤＮＡマーカー９６個、５０個、２５個および１４個の結果を示した。図５より、ＤＮＡマーカーを９６個用いた場合、１Ａｍ染色体に存在する０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの遺伝子型がＡである個体は種子休眠性が１７．１％深くなり、選抜効果は大きかった。図６より、ＤＮＡマーカーを５０個用いた場合、１Ａｍ染色体に存在する０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの遺伝子型がＡである個体は種子休眠性が１０．９％深くなり、選抜効果が認められた。図７より、ＤＮＡマーカーを２５個用いた場合、１Ａｍ染色体に存在する０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの遺伝子型がＡである個体は種子休眠性が５．９％深くなり、選抜効果は小さかった。図８より、ＤＮＡマーカーを１４個用いた場合、１Ａｍ染色体に存在する０週間後の休眠性に関与するＱＴＬの遺伝子型がＡである個体は種子休眠性が−３．９％深くなり、選抜効果はなかった。したがって、５０個以上のＤＮＡマーカーを用いることにより、特定の形質について選抜効果が認められることが確認された。【０２４１】  以上のように、ゲノム全体を対象とする二倍体コムギ遺伝地図から少なくとも５０個以上のＤＮＡマーカーを適度なマーカー間距離で選択して用いることにより、網羅的ゲノムタイピングにおいて高精度の解析結果を得ることができることが確認された。したがって、本発明に係るコムギの育種方法により、育種目標の形質を効率よく選抜できることが実証された。さらに、以上の結果から、本発明に係るコムギの育種方法によれば、育種に必要なゲノム領域と、育種に不必要なゲノム領域（除外することが好ましいゲノム領域）とを区別して、必要な領域を有し、かつ、不必要な領域を有しない個体の選抜育種を効率よく行うことができることが容易に理解できる。【０２４２】  なお、発明を実施するための最良の形態の項においてなした具体的な実施態様または実施例は、あくまでも、本発明の技術内容を明らかにするものであって、そのような具体例にのみ限定して狭義に解釈されるべきものではなく、本発明の精神と次に記載する請求の範囲内で、いろいろと変更して実施することができるものである。
【産業上の利用可能性】
【０２４３】  本発明に係るコムギの育種方法は、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いるものである。当該二倍体コムギ遺伝地図は、２４３個のオオムギＥＳＴマーカーがコムギのＡゲノム全体にわたって座乗しており、マーカー間距離が０〜３３．４ｃＭ（平均マーカー密度：３．０ｃＭ／ｌｏｃｕｓ）であるので、ゲノム全体から複数のマーカーを適度なマーカー間距離で選択し、同時に各マーカーの多型を検出すれば、１回の試行でＡゲノム全体の組み換え情報を取得することができるという効果を奏する。【０２４４】  また、本発明に係るコムギの育種方法は、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図を用いるものであるため、オオムギＥＳＴマーカーにより構築されたオオムギの高密度遺伝地図によって得られたオオムギゲノム情報をコムギの育種に効率良く利用できるという効果を奏する。また、オオムギの遺伝子配列に基づいて開発されたＤＮＡアレイ等の高能率の育種システムをそのまま利用できるという効果を奏する。【０２４５】  さらに、オオムギＥＳＴ配列を利用して作製された二倍体コムギ遺伝地図には１６種類の有用な農業形質のＱＴＬまたは主働遺伝子がマップされているため、１６種類の農業上有用な形質を選抜対象とするコムギの育種を迅速・簡便に行うことができ、有用なコムギ品種の育成を短期間で効率よく行うことができるという効果を奏する。【０２４６】  本発明によれば、二倍体コムギの形質を選抜することによってそれぞれの農業形質に対して有用な品種を育成することができる。また、パンや麺を製造するために使用される六倍体コムギのゲノムは二倍体コムギのゲノムとも相同性が高いので、本発明で同定された形質および選抜システムはコムギ全体の育種にも利用することができる。また、オオムギの遺伝子配列に基づいて開発されたＤＮＡアレイ等の高能率の育種システムをそのまま利用し、オオムギのゲノム情報によってコムギの育種をすることができる。したがって、作物生産をはじめとする農業全般に利用可能である。さらには、コムギを原料とする食品産業においても有効である。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【国際調査報告】
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