【手続補正書】
【提出日】平成20年3月19日(2008.3.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】キシリトールの製造方法であって、前記方法は：
（Ａ）Ｄ−キシロース、Ｄ−キシルロース、Ｄ−キシロースとＤ−キシルロースの混合物、及び主要な成分としてＤ−キシロース又はＤ−キシルロースを含有するポリマー及びオリゴマー以外の炭素源において、遺伝子的に変性されたキシルロース−５−ホスフェートを生成する微生物、酵母又は真菌宿主を培養することであって、該遺伝子変性は、培養の間に前記宿主中のキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼの発現が、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の前記活性と比較して増加している宿主を培養すること；
（Ｂ）アラビトールが中間体でない経路により、前記宿主中の一つ又はそれ以上のペントースリン酸回路中間体を前記キシリトールへと変換する為に、前記宿主を使用することにより（Ａ）部の前記培養の間に前記キシリトールを生成すること；及び
（Ｃ）（Ｂ）部において生成された前記キシリトールを回収すること；
を含む方法。
【請求項２】
発現増加が、該宿主中へキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子を導入することにより達成される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】前記キリトールデヒドロゲナーゼは、ラクトバシラス．ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）キシリトール１−ホスフェートデヒドロゲナーゼである請求項１記載の方法。
【請求項４】前記Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号４９のアミノ酸配列を含む請求項３記載の方法。
【請求項５】前記Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号４８の核酸配列を含む遺伝子によりコードされる請求項４記載の方法。
【請求項６】前記キシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、バシラス．ハロドゥランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓ）キシリトール１−ホスフェートデヒドロゲナーゼである請求項１記載の方法。
【請求項７】前記Ｂ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号５０のアミノ酸配列を含む請求項６記載の方法。
【請求項８】前記キシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、クロストリディウム．ディフィサイル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）キシリトール１−ホスフェートデヒドロゲナーゼである請求項１記載の方法。
【請求項９】前記Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号５１、５２及び５３からなる群から選択される配列のアミノ酸配列を含む請求項８記載の方法。
【請求項１０】前記宿主は前記遺伝子変性される前の前記宿主と比較した場合、（Ａ）部の前記培養の間のペントースリン酸回路の酸化的分枝への増加された炭素原子フラックスをさらに有する請求項１ないし９のいずれか1項記載の方法。
【請求項１１】前記宿主はリン酸供与体としてＡＴＰを使用するグルコース取り込み系を含む為に遺伝子的に変性されている請求項１０記載の方法。
【請求項１２】前記系は、グルコキナーゼ−ヘキソキナーゼ系である請求項１１記載の方法。
【請求項１３】前記宿主はｇｌｃＵｇｄｈオペロンの発現を高める為に遺伝子的に変性されている請求項１０記載の方法。
【請求項１４】前記ｇｌｃＵｇｄｈオペロンは、バシラス．サブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ｇｌｃＵｇｄｈオペロンである請求項１３記載の方法。
【請求項１５】前記宿主は、前記遺伝子変性される前の前記宿主における利用と比較した場合、（Ａ）部の前記培養の間に解糖系におけるグルコース−６−Ｐの利用を減少させるような方法で遺伝子的に変性されている請求項１０記載の方法。
【請求項１６】前記宿主は、前記遺伝子変性される前の前記宿主と比較した場合、（Ａ）部の前記培養の間にホスホグルコイソメラーゼ活性が不足している請求項１１記載の方法。
【請求項１７】前記宿主は、前記遺伝子変性される前の前記宿主と比較した場合、（Ａ）部の前記培養の間にホスホフルクトキナーゼ活性が不足している請求項１１記載の方法。
【請求項１８】前記宿主は、前記遺伝子変性される前の前記宿主と比較した場合、（Ａ）部の前記培養の間にフルクトースジホスフェートアルドラーゼ活性が不足している請求項１１記載の方法。
【請求項１９】前記宿主は、前記宿主におけるペントースリン酸回路の酸化的分枝中のＮＡＤＰＨの再生に関与し得る酵素を発現することが出来る少なくとも一つの遺伝子の導入によりさらに遺伝子的に変性されている請求項１ないし１８のいずれか１項記載の方法。
【請求項２０】前記酵素はトランスヒドロゲナーゼである請求項１９記載の方法。
【請求項２１】前記酵素はＮＡＤ（Ｐ）Ｈ依存性デヒドロゲナーゼ及びＮＡＤ（Ｐ）Ｈ依存性リダクターゼからなる群より選択される請求項１９記載の方法。
【請求項２２】前記遺伝子的に変性された宿主は、グルコキナーゼ又はヘキソキナーゼをコードする遺伝子によりさらに形質転換されている請求項１ないし２１のいずれか１項記載の方法。
【請求項２３】前記宿主は、前記遺伝子変性される前の前記宿主と比較した場合、（Ａ）部の前記培養の間にリボース−５−Ｐイソメラーゼ活性が不足している請求項１ないし２２のいずれか１項記載の方法。
【請求項２４】前記遺伝子的に変性された宿主は、前記遺伝子変性される前の前記宿主と比較した場合、（Ａ）部の前記培養の間にトランスケトラーゼ活性が不足している請求項１ないし２３のいずれか１項記載の方法。
【請求項２５】前記前記遺伝子的に変性された宿主は、前記遺伝子変性される前の前記宿主と比較した場合、（Ａ）部の前記培養の間にトランスアルドラーゼ活性が不足している請求項１ないし２４のいずれか１項記載の方法。
【請求項２６】前記遺伝子的に変性された宿主の遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間の脱リン酸酵素の総活性が、遺伝子変性される前の前記宿主中の前記活性と比較して増加している請求項１ないし２５のいずれか１項記載の方法。
【請求項２７】前記脱リン酸酵素は、ＤＯＧ１、ＤＯＧ２、ＬＰＴ１、ＰＰアーゼ１、ＰＰアーゼ２及び低分子量のタンパク質−チロシンホスファターゼからなる群より選択される請求項２５記載の方法。
【請求項２８】前記脱リン酸酵素は、配列識別番号３８及び配列識別番号４０からなる群
より選択される配列又はそれらの部分を含む遺伝子によりコードされている請求項２５記載の方法。
【請求項２９】前記遺伝子的に変性された宿主は、ペントース糖キナーゼ、ペンツロース糖キナーゼが欠損するか、又は両方が欠損している請求項１ないし２８のいずれか１項記載の方法。
【請求項３０】前記微生物宿主は、アラビトールホスフェートデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子により形質転換されている請求項１ないし２９のいずれか１項記載の方法。
【請求項３１】前記アラビトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、エンテロコッカス．アビウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ．ａｖｉｕｍ）由来である請求項３０記載の方法。
【請求項３２】前記アラビトールホスフェートデヒドロゲナーゼは配列識別番号６９のアミノ酸配列を含む請求項３０記載の方法。
【請求項３３】前記アラビトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号６８の核酸配列を含む遺伝子によりコードされている請求項３０記載の方法。
【請求項３４】前記アラビトール５−ホスフェートデヒドロゲナーゼはＢ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓ由来であり、及び前記アラビトールホスフェートデヒドロゲナーゼは配列識別番号６９のアミノ酸配列を含む請求項３０記載の方法。
【請求項３５】前記微生物宿主はバクテリアである請求項１ないし３４のいずれか1項記
載の方法。
【請求項３６】前記微生物宿主はＢａｃｉｌｌｕｓである請求項３５記載の方法。
【請求項３７】前記Ｂａｃｉｌｌｕｓは、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓである請求項３６記載の方法。
【請求項３８】前記微生物宿主は真菌である請求項１ないし３４のいずれか1項記載の方
法。
【請求項３９】前記真菌は酵母である請求項３８記載の方法。
【請求項４０】前記代謝経路は中間体としてリブロース−５−Ｐを含む請求項１ないし３９のいずれか1項記載の方法。
【請求項４１】前記代謝経路は中間体としてリブロース−５−Ｐ、キシルロース−５−Ｐ及びキシリトール−５−Ｐを含む請求項４０のいずれか1項記載の方法。
【請求項４２】前記遺伝子的に変性された宿主の遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間に、リブロース−５−Ｐ３−エピメラーゼの総活性が、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の前記活性と比較してさらに増加している請求項１ないし４１のいずれか1項記載の
方法。
【請求項４３】前記遺伝子的に変性された宿主の遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間に、キシルロースキナーゼの総活性を、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の前記活性と比較してさらに低減している請求項１ないし４２のいずれか1項記載の方法。
【請求項４４】前記遺伝子変性された宿主の遺伝子変性は、前記（Ａ）部の培養の間に、キシリトールデヒドロゲナーゼの総活性を、遺伝子変性される前の前記宿主中の前記活性と比較して増加している請求項１ないし４３のいずれか1項記載の方法。
【請求項４５】前記キリトールデヒドロゲナーゼは、トリコダルマ．レーセイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ．ｒｅｅｓｅｉ）キシリトールデヒドロゲナーゼである請求項４４記載の方法。
【請求項４６】キシリトールに加え、キシルロース−５−Ｐ誘導生成物、リブロース−５−Ｐ誘導生成物、及びリボース−５−Ｐ誘導生成物からなる群より選択される化合物が調製される請求項１ないし４５のいずれか1項記載の方法。
【請求項４７】前記化合物は、Ｄ−キシルロース、Ｄ−キシロース、Ｄ−リキソース、リブロース、Ｄ−アラビトール、Ｄ−アラビノース、リビトール、リボース−５−Ｐ、リボース及びそれらの混合物からなる群より選択される請求項４６記載の方法。
【請求項４８】前記生成物は、リブロース、Ｄ−アラビトール、Ｄ−アラビノース及びリビトールからなる混合物である請求項４７記載の方法。
【請求項４９】前記化合物はリブロースである請求項４７記載の方法。
【請求項５０】前記化合物はリビトールである請求項４７記載の方法。
【請求項５１】前記遺伝子的に変性された宿主の遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間にリビトールデヒドロゲナーゼの総活性を、遺伝子変性される前の前記宿主中の前記活性と比較してまた増加している請求項４６記載の方法。
【請求項５２】前記遺伝子変性された宿主は、Ｌ−フコースイソメラーゼを発現し、及び他の生成物はＤ−アラビノースを含む請求項４６記載の方法。
【請求項５３】前記遺伝子的に変性された宿主は、タガトースエピメラーゼをまた発現し及び他の生成物はキシルロースを含む請求項４６記載の方法。
【請求項５４】前記遺伝子的に変性された宿主は、タガトースエピメラーゼ及びキシロースイソメラーゼをまた発現し、及び他の生成物はＤ−キシロースを含む請求項４６記載の方法。
【請求項５５】前記遺伝子的に変性された宿主の遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間に、リブロース−５−Ｐ３−エピメラーゼの総活性が、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の前記活性と比較してさらに減少している請求項４６記載の方法。
【請求項５６】前記遺伝子的に変性された宿主の遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間に、リブロースリダクターゼ（ＮＡＤＰＨ）の総活性が、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の前記活性と比較してさらに増加している請求項４５記載の方法。
【請求項５７】配列識別番号４９のアミノ酸配列を有するキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼ又は同様の機能性を有するその相同体をコードするヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５８】アミノ酸配列が配列識別番号４９のアミノ酸配列と少なくとも９５％同一であるキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼをコードするヌクレオチド配列を含む請求項５７記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項５９】アミノ酸配列が配列識別番号４９のアミノ酸配列と少なくとも８５％同一であるキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼをコードするヌクレオチド配列を含む請求項５７記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６０】アミノ酸配列が配列識別番号４９のアミノ酸配列と少なくとも７５％が同一であるキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼをコードするヌクレオチド配列を含む請求項５７記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６１】アミノ酸配列が配列識別番号４９のアミノ酸配列と少なくとも６５％同一であるキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼをコードするヌクレオチド配列を含む請求項５７記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６２】アミノ酸配列が配列識別番号４９のアミノ酸配列と少なくとも５５％同一であるキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼをコードするヌクレオチド配列を含む請求項５７記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６３】アミノ酸配列が配列識別番号４９のアミノ酸配列と少なくとも３５％同一であるキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼをコードするヌクレオチド配列を含む請求項５７記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６４】前記配列は配列識別番号４９のアミノ酸配列をコードする請求項５７記載の記載のポリヌクレオチド。
【請求項６５】前記配列識別番号４９の前記アミノ酸配列は、配列識別番号４８のポリヌクレオチド配列によりコードされている請求項５７記載の記載のポリヌクレオチド。
【請求項６６】請求項５７ないし６５のいずれか１項記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項６７】前記ポリヌクレオチドは、プロモーター配列に操作可能に結合されている請求項６６記載のベクター。
【請求項６８】遺伝子的に変性された微生物宿主であって、前記宿主は、Ｄ−キシロース、Ｄ−キシルロース、Ｄ−キシロースとＤ−キシルロースの混合物、及び主要な成分としてＤ−キシロース又はＤ−キシルロースを含有するポリマー及びオリゴマー以外の炭素源において培養される場合に、アラビトールが中間体ではない代謝経路による一つ又はそれ
以上のペントースリン酸回路中間体のキシリトールへの変換によりキシリトールを生成し得、そして前記遺伝子的に変性された宿主は、前記遺伝子的に変性される前の宿主中の総活性と比較してキシリトール−１−Ｐデヒドロゲナーゼの高められた総活性を有する宿主。
【請求項６９】請求項５７ないし６５のいずれか１項記載のポリヌクレオチドを含む宿主細胞。
【請求項７０】前記キシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼである請求項６８記載の宿主。
【請求項７１】前記Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号４９のアミノ酸配列を含む請求項７０記載の宿主。
【請求項７２】前記Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号４８の核酸配列を含む遺伝子によりコードされる請求項７１記載の宿主。
【請求項７３】前記キシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、Ｂ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼである請求項６８記載の宿主。
【請求項７４】前記Ｂ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号５０のアミノ酸配列を含む請求項７３記載の宿主。
【請求項７５】前記キシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼである請求項６８記載の宿主。
【請求項７６】前記Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号５１、５２及び５３からなる群より選択される配列のアミノ酸配列を含む請求項７５記載の宿主。
【請求項７７】前記遺伝子変性された宿主は、ペントース糖キナーゼ、ペンツロース糖キナーゼが欠損しているか、又は両方が欠損している請求項６８ないし７６のいずれか１項記載の宿主。
【請求項７８】前記遺伝子的に変性された宿主は、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の活性と比較してグルコキナーゼ又はヘキソキナーゼの増加された総活性を有する請求項６８ないし７７のいずれか１項記載の宿主。
【請求項７９】前記遺伝子的に変性された宿主は、リボース−５−Ｐイソメラーゼ活性が、前記遺伝子変性の前の前記宿主中に見られる活性と比較して不足している請求項６８ないし７８のいずれか１項記載の宿主。
【請求項８０】前記遺伝子的に変性された宿主は、リボース−５−Ｐイソメラーゼ活性及びトランスケトラーゼ活性が、前記遺伝子変性の前の前記宿主中に見られる活性と比較して不足している請求項６８ないし７９のいずれか１項記載の宿主。
【請求項８１】前記遺伝子的に変性された宿主は、前記遺伝子変性の前の前記宿主に見られる活性と比較してリブロース−５−Ｐ３−エピメラーゼ活性が不足している請求項６８記載の宿主。
【請求項８２】前記宿主は、前記遺伝子変性の前の前記宿主と比較した場合にペントースリン酸回路の酸化的分枝への増加された炭素原子フラックスを有する請求項６８ないし８１のいずれか１項記載の宿主。
【請求項８３】前記宿主はリン酸供与体としてＡＴＰを使用するグルコース取り込み系を含む為に遺伝子的に変性されている請求項８２記載の方法。
【請求項８４】前記系は、グルコキナーゼ−ヘキソキナーゼ系である請求項８３記載の宿主。
【請求項８５】前記宿主はｇｌｃＵｇｄｈオペロンの発現を高める為に遺伝子的に変性されている請求項８２記載の宿主。
【請求項８６】前記ｇｌｃＵｇｄｈオペロンは、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓのｇｌｃＵｇｄｈオペロンである請求項８３記載の方法。
【請求項８７】前記宿主は、解糖系におけるグルコース−６−Ｐの利用を、前記遺伝子変性の前の前記宿主における利用と比較して減少させるような方法で遺伝子的に変性されて
いる請求項８２記載の宿主。
【請求項８８】前記宿主は、ホスホグルコイソメラーゼ活性が前記遺伝子変性の前の前記宿主における活性と比較して不足している請求項８７記載の宿主。
【請求項８９】前記宿主は、ホスホフルクトキナーゼ活性が前記遺伝子変性の前の前記宿主における活性と比較して不足している請求項８７記載の宿主。
【請求項９０】前記宿主は、フルクトースジホスフェートアルドラーゼ活性が前記遺伝子変性の前の前記宿主における活性と比較して不足している請求項８７記載の宿主。
【請求項９１】前記宿主は、前記宿主におけるペントースリン酸回路の酸化的分枝中のＮＡＤＰＨの再生に関与し得る酵素を発現することが出来る少なくとも一つの遺伝子の導入により遺伝子的に変性されている請求項６８ないし９０のいずれか１項記載の宿主。
【請求項９２】前記酵素はトランスヒドロゲナーゼである請求項９１記載の宿主。
【請求項９３】前記酵素はＮＡＤ（Ｐ）Ｈ依存性デヒドロゲナーゼ又はＮＡＤ（Ｐ）Ｈ依存性リダクターゼである請求項９１記載の宿主。
【請求項９４】前記遺伝子的に変性された宿主は、トランスアルドラーゼが欠失している請求項６８ないし９１のいずれか１項記載の宿主。
【請求項９５】前記遺伝子的に変性された宿主は、トランスケトラーゼが欠失している請求項６８ないし９４のいずれか１項記載の宿主。
【請求項９６】前記遺伝子的に変性された宿主は、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の活性と比較して脱リン酸酵素の増加された総活性を有する請求項６８ないし９４のいずれか１項記載の宿主。
【請求項９７】前記脱リン酸酵素は、ＤＯＧ１、ＤＯＧ２、ＬＰＴ１、ＰＰアーゼ１、ＰＰアーゼ２及び低分子量タンパク質−チロシンホスファターゼからなる群より選択される請求項９６記載の宿主。
【請求項９８】前記脱リン酸酵素は、配列識別番号３８及び配列識別番号４０からなる群より選択される配列又はそれらの部分を含む遺伝子によりコードされている請求項９６記載の宿主。
【請求項９９】前記遺伝子的に変性された宿主は、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の活性と比較してキシリトールデヒドロゲナーゼの増加された総活性を有する請求項６８記載の宿主。
【請求項１００】前記キシリトールデヒドロゲナーゼは、Ｔ．ｒｅｅｓｅｉキシリトールデヒドロゲナーゼである請求項９９記載の宿主。
【請求項１０１】前記遺伝子的に変性された宿主は、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の活性と比較してタガトースエピメラーゼの増加された総活性を有する請求項６８ないし１００のいずれか１項記載の宿主。
【請求項１０２】前記微生物宿主はバクテリアである請求項６８ないし１０１のいずれか１項記載の宿主。
【請求項１０３】前記バクテリアはＢａｃｉｌｌｕｓである請求項１０２記載の宿主。
【請求項１０４】前記Ｂａｃｉｌｌｕｓは、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓである請求項１０３記載の宿主。
【請求項１０５】前記微生物宿主は真菌である請求項６８ないし１０１のいずれか１項記載の宿主。
【請求項１０６】前記真菌は酵母である請求項１０５記載の宿主。
【請求項１０７】キシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼの生成方法であって、前記デヒドロゲナーゼが発現され得る条件下、請求項６８ないし１０６のいずれか１項記載の宿主細胞を培養すること、及び前記デヒドロゲナーゼを発現することからなる前記方法。
【請求項１０８】キシリトールの組換え体生成の為の微生物宿主細胞中のキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼの使用。
【請求項１０９】前記生成はまたアラビトールホスフェートデヒドロゲナーゼを利用する請求項１０８の使用。
【請求項１１０】キシルロース−５−Ｐ誘導生成物の製造方法であって、前記方法は：
（Ａ）遺伝子的に変性された微生物宿主を培養することであって、該遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間にキシリトール−１−ホスフェートデヒドロゲナーゼの総活性が、Ｄ−キシロース、Ｄ−キシルロース、Ｄ−キシロースとＤ−キシルロースの混合物、及び主要な成分としてＤ−キシロース又はＤ−キシルロースを含有するポリマー及びオリゴマー以外の炭素源において遺伝子的に変性される前の前記宿主中の前記活性と比較して増加している宿主を培養すること；
（Ｂ）前記宿主中の一つ又はそれ以上のペントースリン酸回路中間体をキシルロース−５−Ｐへと変換する為に、前記宿主を使用することにより（Ａ）部の前記培養の間中に前記キシルロース−５−Ｐを生成すること；及び
（Ｃ）（Ａ）部の前記培養の間に前記宿主により前記キシルロース−５−Ｐを前記キシルロース−５−Ｐ誘導生成物へと変換すること；及び
（Ｄ）（Ｃ）部で生成される前記キシルロース−５−Ｐ誘導生成物を回収すること；
（ここで、前記遺伝子的に変性された微生物宿主中の前記キシルロース−５−Ｐ誘導生成物の生成の量又は速度は、前記遺伝子的に変性する前の前記宿主中の前記キシルロース−５−Ｐ誘導生成物の生成の前記量又は速度に比較して高められている。）
を含む方法。
【請求項１１１】前記遺伝子的に変性された宿主の遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間にリブロース−５−Ｐ３−エピメラーゼの総活性が、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の前記活性と比較してさらに増加している請求項１１０記載の方法。
【請求項１１２】前記遺伝子的に変性された宿主の遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間にキシロースイソメラーゼの総活性が、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の前記活性と比較して増加している請求項１８記載の方法。
【請求項１１３】前記遺伝子的に変性された宿主の遺伝子変性は、（Ａ）部の前記培養の間にマンノースイソメラーゼの総活性が、遺伝子的に変性される前の前記宿主中の前記活性と比較して増加している請求項１１０記載の方法。
【請求項１１４】前記キシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓキシリトール１−ホスフェートデヒドロゲナーゼである請求項１１０記載の方法。
【請求項１１５】前記Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号４９のアミノ酸配列を含む請求項１１４記載の方法。
【請求項１１６】前記Ｌ．ｒｈａｍｎｏｓｕｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号４８の核酸配列を含む遺伝子によりコードされる請求項１１５記載の方法。
【請求項１１７】前記キシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、Ｂ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓキシリトール１−ホスフェートデヒドロゲナーゼである請求項１１０記載の方法。
【請求項１１８】前記Ｂ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号５０のアミノ酸配列を含む請求項１１７記載の方法。
【請求項１１９】前記キシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼである請求項１１０記載の方法。
【請求項１２０】前記Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅキシリトールホスフェートデヒドロゲナーゼは、配列識別番号５１、５２及び５３からなる群から選択される配列のアミノ酸配列を含む請求項１１９記載の方法。
【請求項１２１】前記生成物は、Ｄ−キシルロースである請求項１１０記載の方法。
【請求項１２２】前記生成物は、Ｄ−キシロースである請求項１１０記載の方法。
【請求項１２３】前記生成物は、Ｄ−リキソースである請求項１１０記載の方法。