【手続補正書】
【提出日】平成31年3月8日(2019.3.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体のがんを治療するための、活性化Ｔ細胞を含む組成物であって、前記個体に有効量の活性化Ｔ細胞が投与されることを特徴とし、前記活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製されている、組成物。
【請求項２】
（ｉ）前記個体が、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を事前に投与されているか；又は
（ｉｉ）前記個体に、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞が更に投与されることを特徴とし、必要に応じて、
（ａ）前記樹状細胞が、前記活性化Ｔ細胞の投与に先立って投与されるか；又は
（ｂ）前記樹状細胞が、前記活性化Ｔ細胞の投与の約７日間〜約２１日間前に投与されることを特徴とする、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
（ｉ）前記Ｔ細胞集団が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日〜約２１日間共培養されているか；
（ｉｉ）前記共培養に先立って、前記Ｔ細胞集団が、免疫チェックポイント阻害剤と接触させられており、必要に応じて、前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤であるか；及び／または
（ｉｉｉ）前記Ｔ細胞集団が、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養されており、必要に応じて、前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項４】
前記活性化Ｔ細胞の調製が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することを更に含み、必要に応じて、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団が、樹状細胞集団を前記複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製されており、必要に応じて、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団が、前記樹状細胞集団を、前記樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、前記複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製されている、請求項１〜３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５】
前記Ｔ細胞集団及び前記樹状細胞集団が、同一個体由来であり、必要に応じて、前記Ｔ細胞集団及び前記樹状細胞集団が、治療されている個体由来である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６】
活性化Ｔ細胞集団を調製する方法であって、
ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、
ｂ）前記樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、
ｃ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含み、
前記単球集団及び前記非付着性ＰＢＭＣ集団が個体由来のＰＢＭＣ集団から得られる、方法。
【請求項７】
（ｉ）前記活性化Ｔ細胞が、少なくとも３回個体に投与され、必要に応じて、前記活性化Ｔ細胞の各投与間隔が、約０．５ヶ月〜約５ヶ月であるか；
（ｉｉ）前記活性化Ｔ細胞が静脈内投与のために製剤化されているか；及び／または
（ｉｉｉ）前記活性化Ｔ細胞が、個体当たり少なくとも約３×１０９個の用量で投与され、必要に応じて、前記活性化Ｔ細胞が、個体当たり約１×１０９〜約１×１０１０個で投与されることを特徴とする、請求項１〜５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８】
（ｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞が少なくとも３回投与され、必要に応じて、前記樹状細胞の各投与間隔が、約０．５ヶ月〜約５ヶ月であるか；
（ｉｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞が皮下投与されるか；及び／又は
（ｉｉｉ）前記樹状細胞が、個体当たり約１×１０６〜約５×１０６個の用量で投与されることを特徴とする、請求項２〜５及び７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
個体のがんを治療するための、ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって得られた活性化ＰＢＭＣ集団を含む組成物であって、前記個体に、有効量の前記活性化ＰＢＭＣが投与されることを特徴とし、必要に応じて、
（ｉ）活性化ＰＢＭＣが、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製されており、必要に応じて、前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤であるか；
（ｉｉ）前記活性化ＰＢＭＣが少なくとも３回個体に投与され、必要に応じて、前記活性化ＰＢＭＣの各投与間隔が、約０．５ヶ月〜約５ヶ月であるか；
（ｉｉｉ）前記活性化ＰＢＭＣが静脈内投与のために製剤化されているか；及び／又は
（ｉｖ）前記活性化ＰＢＭＣが、個体当たり約１×１０９〜約１×１０１０個の用量で投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項１０】
（ｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、それぞれ約２０〜約４０のアミノ酸長であるか；
（ｉｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、ＭＨＣ−Ｉエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含むか；
（ｉｉｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、ＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含み、必要に応じて、ＭＨＣ−Ｉエピトープ又はＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む前記少なくとも１つのペプチドが、Ｎ末端、Ｃ末端、又は両方において、エピトープに隣接する追加のアミノ酸を更に含むか；
（ｉｖ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループを含み、必要に応じて、
（ａ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループを更に含み、必要に応じて、前記第１コアグループが、約１０〜約２０個の一般的腫瘍抗原ペプチドを含むか；及び／又は
（ｂ）前記第２グループが、約１〜約１０個のがん種特異的抗原ペプチドを含むか；
（ｖ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドがネオ抗原ペプチドを含み、必要に応じて、前記ネオ抗原ペプチドが、個体由来の腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルに基づいて選択されているか；
（ｖｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含むか；及び／又は
（ｖｉｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、それぞれがｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つまたは２つ以上のエピトープを含む少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、請求項１〜５および７〜９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１】
前記がんが、肝細胞がん、子宮頸がん、肺がん、結腸直腸がん、リンパ腫、腎がん、乳がん、膵がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、前立腺がん、上咽頭がん、黒色腫及び脳がんからなる群から選択される、請求項１〜５及び７〜１０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１２】
前記個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤が更に投与されることを特徴とし、必要に応じて、前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、請求項１〜５及び７〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
（ｉ）前記個体が、がん中の突然変異荷重に基づいて治療に対して選択されるか；及び／又は
（ｉｉ）前記個体のがんにおける突然変異荷重が低く、必要に応じて、
（ａ）前記個体の１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子における突然変異荷重が低い；
（ｂ）前記個体が、前記１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中で、約１０ヶ所以下の突然変異を有する；
（ｃ）前記個体が、Ｂ２Ｍ中に突然変異を持たない；
（ｄ）前記個体が、前記１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子の機能性領域中に突然変異を持たない；及び／又は
（ｅ）前記がんの突然変異荷重が、前記個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される、請求項１〜５及び７〜１２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４】
（ｉ）前記個体が、がん中に１つ又は２つ以上のネオ抗原を有することに基づいて治療に対して選択され、必要に応じて、前記個体が少なくとも５つのネオ抗原を有するか；及び／又は
（ｉｉ）前記活性化Ｔ細胞または活性化ＰＢＭＣの調製が、前記がんのネオ抗原を同定することと、ネオ抗原ペプチドを前記複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、前記ネオ抗原ペプチドが、前記ネオ抗原中のネオエピトープを含み、必要に応じて、
（ａ）前記ネオ抗原が、前記個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により同定され、必要に応じて、前記配列決定が、がん関連遺伝子のターゲットシークエンシングである；
（ｂ）前記調製が、前記ネオエピトープのＭＨＣ分子への親和性を測定することを更に含むか；及び／又は
（ｃ）前記調製が、前記ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴ細胞受容体への親和性を測定することを更に含み、必要に応じて、前記ＭＨＣ分子がＭＨＣクラスＩ分子である、及び／又は、前記ＭＨＣ分子が前記個体由来である、請求項１〜５及び７〜１３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１５】
前記活性化Ｔ細胞又は前記活性化ＰＢＭＣの投与後に、前記個体が観察されることを特徴とし、必要に応じて、
（ｉ）前記観察が、前記個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む；及び／又は
（ｉｉ）前記観察が、前記個体において前記複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含み、必要に応じて、
（ａ）複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、前記複数の腫瘍抗原ペプチドが前記特異的免疫応答に基づいて調整される；及び／又は
（ｂ）前記治療が、前記複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返されることを特徴とする、請求項１〜５及び７〜１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１６】
腫瘍特異的Ｔ細胞受容体のクローニング方法であって、Ｔ細胞からＴ細胞受容体をクローニングし、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を提供することを含み、前記Ｔ細胞は、請求項１〜５及び７〜１５のいずれか一項に記載の組成物を投与された個体から単離されており、前記Ｔ細胞は、複数の腫瘍抗原ペプチド中のある腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識し、必要に応じて、
（ｉ）前記個体が、前記腫瘍抗原ペプチドに対する強い特異的免疫応答を有する；
（ｉｉ）前記Ｔ細胞が、前記個体のＰＢＭＣサンプルから単離されている；及び／または
（ｉｉｉ）前記腫瘍抗原ペプチドがネオ抗原ペプチドである、方法。
【請求項１７】
（ｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、それぞれ約２０〜約４０のアミノ酸長であるか；
（ｉｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、ＭＨＣ−Ｉエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含むか；
（ｉｉｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、ＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含み、必要に応じて、ＭＨＣ−Ｉエピトープ又はＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む前記少なくとも１つのペプチドが、Ｎ末端、Ｃ末端、又は両方において、エピトープに隣接する追加のアミノ酸を更に含むか；
（ｉｖ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループを含み、必要に応じて、
（ａ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループを更に含み、必要に応じて、前記第１コアグループが、約１０〜約２０個の一般的腫瘍抗原ペプチドを含むか；及び／又は
（ｂ）前記第２グループが、約１〜約１０個のがん種特異的抗原ペプチドを含むか；
（ｖ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドがネオ抗原ペプチドを含み、必要に応じて、前記ネオ抗原ペプチドが、個体由来の腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルに基づいて選択されているか；
（ｖｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含むか；及び／又は
（ｖｉｉ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、それぞれがｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つまたは２つ以上のエピトープを含む少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む、請求項６に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４４】
本発明のこれらの及びその他の態様及び利点は、後続の発明を実施するための形態及び付属の特許請求の範囲から明らかとなるだろう。本明細書に記載される様々な実施形態の特性のうち１つ、一部、又は全てを組み合わせて、本発明の別の実施形態を形成できることが理解されよう。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
（項目１）
個体のがんを治療する方法であって、前記個体に有効量の活性化Ｔ細胞を投与することを含み、前記活性化Ｔ細胞が、Ｔ細胞集団を、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって調製される、方法。
（項目２）
前記個体が、有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を事前に投与されている、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記個体に有効量の複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞を投与することを更に含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記樹状細胞が、前記活性化Ｔ細胞の投与に先立って投与される、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記樹状細胞が、前記活性化Ｔ細胞の投与の約７日間〜約２１日間前に投与される、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記方法が、前記Ｔ細胞集団を前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養することによって、前記活性化Ｔ細胞を調製することを更に含む、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記Ｔ細胞集団が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と、約７日〜約２１日間共培養される、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記共培養に先立って、前記Ｔ細胞集団を免疫チェックポイント阻害剤と接触させる、項目１〜７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記Ｔ細胞集団が、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団と共培養される、項目１〜８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、項目８又は項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記方法が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することを更に含む、項目１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団が、樹状細胞集団を前記複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団が、前記樹状細胞集団を、前記樹状細胞による複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、前記複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることによって調製される、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記Ｔ細胞集団及び前記樹状細胞集団が、同一個体由来である、項目１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記Ｔ細胞集団及び前記樹状細胞集団が、治療されている個体由来である、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
活性化Ｔ細胞集団を調製する方法であって、
ａ）単球集団の樹状細胞集団への分化を誘導することと、
ｂ）前記樹状細胞集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を調製することと、
Ｃ）前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び非付着性ＰＢＭＣ集団を共培養し、活性化Ｔ細胞集団を得ることと、を含み、
前記単球集団及び前記非付着性ＰＢＭＣ集団が個体由来のＰＢＭＣ集団から得られる、方法。
（項目１７）
工程ｂ）が、前記樹状細胞集団を、前記樹状細胞による前記複数の腫瘍抗原ペプチドの取り込みを促進する組成物の存在下で、前記複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
工程ｂ）が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団を、複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストと接触させ、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団の成熟化を誘導することを更に含む、項目１６又は項目１７に記載の方法。
（項目１９）
工程ｃ）が、前記活性化Ｔ細胞集団を複数のサイトカインと接触させ、前記活性化Ｔ細胞集団の増殖及び分化を誘導することを更に含む、項目１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記複数のサイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−７、ＩＬ−１５又はＩＬ−２１を含む、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記共培養に先立って、前記非付着性ＰＢＭＣ集団を免疫チェックポイント阻害剤と接触させる、項目１６〜２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
工程ｃ）が、前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞集団及び前記非付着性ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で共培養することを含む、項目１６〜２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、項目２１又は項目２２に記載の方法。
（項目２４）
個体のがんを治療する方法であって、個体に、項目１６〜２３のいずれか一項に記載の方法によって調製された有効量の前記活性化Ｔ細胞集団を投与することを含む、方法。
（項目２５）
前記ＰＢＭＣ集団が、治療されている個体から得られる、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記活性化Ｔ細胞が、少なくとも３回個体に投与される、項目１〜１５及び２４〜２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
前記活性化Ｔ細胞の各投与間隔が、約０．５ヶ月〜約５ヶ月である、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記活性化Ｔ細胞が静脈内投与される、項目１〜１５及び２４〜２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記活性化Ｔ細胞が、個体当たり少なくとも約３×１０９個の用量で投与される、項目１〜１５及び２４〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記活性化Ｔ細胞が、個体当たり約１×１０９〜約１×１０１０個で投与される、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞が少なくとも３回投与される、項目２〜１５及び２４〜３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記樹状細胞の各投与間隔が、約０．５ヶ月〜約５ヶ月である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドを取り込んだ樹状細胞が皮下投与される、項目２〜１５及び２４〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記樹状細胞が、個体当たり約１×１０６〜約５×１０６個の用量で投与される、項目２〜１５及び２４〜３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
個体のがんを治療する方法であって、
ａ）ＰＢＭＣ集団を複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させ、活性化ＰＢＭＣ集団を得ることと、
ｂ）個体に、有効量の前記活性化ＰＢＭＣを投与することと、を含む、方法。
（項目３６）
工程（ａ）が、前記ＰＢＭＣ集団を、免疫チェックポイント阻害剤の存在下で複数の腫瘍抗原ペプチドと接触させることを含む、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記活性化ＰＢＭＣが少なくとも３回個体に投与される、項目３５〜３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記活性化ＰＢＭＣの各投与間隔が、約０．５ヶ月〜約５ヶ月である、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記活性化ＰＢＭＣが静脈内投与される、項目３５〜３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
前記活性化ＰＢＭＣが、個体当たり約１×１０９〜約１×１０１０個の用量で投与される、項目３５〜４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、それぞれ約２０〜約４０のアミノ酸長である、項目１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、ＭＨＣ−Ｉエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む、項目１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、ＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む少なくとも１つのペプチドを含む、項目１〜４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
ＭＨＣ−Ｉエピトープ又はＭＨＣ−ＩＩエピトープを含む前記少なくとも１つのペプチドが、Ｎ末端、Ｃ末端、又は両方において、エピトープに隣接する追加のアミノ酸を更に含む、項目４３又は項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、一般的腫瘍抗原ペプチドである第１コアグループを含む、項目１〜４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドが、がん種特異的抗原ペプチドである第２グループを更に含む、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記第１コアグループが、約１０〜約２０個の一般的腫瘍抗原ペプチドを含む、項目４６又は項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記第２グループが、約１〜約１０個のがん種特異的抗原ペプチドを含む、項目４７又は項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記複数の腫瘍抗原ペプチドがネオ抗原ペプチドを含む、項目１〜４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記ネオ抗原ペプチドが、個体由来の腫瘍サンプルの遺伝子プロファイルに基づいて選択される、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記がんが、肝細胞がん、子宮頸がん、肺がん、結腸直腸がん、リンパ腫、腎がん、乳がん、膵がん、胃がん、食道がん、卵巣がん、前立腺がん、上咽頭がん、黒色腫及び脳がんからなる群から選択される、項目１〜１５及び２４〜５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
前記個体に有効量の免疫チェックポイント阻害剤を投与することを更に含む、項目１〜１５及び２４〜５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
前記免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＩＤＯ、ＴＩＭ−３、ＢＴＬＡ、ＶＩＳＴＡ、及びＬＡＧ−３からなる群から選択される免疫チェックポイント分子の阻害剤である、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記個体が、がん中の突然変異荷重に基づく治療方法に対して選択される、項目１〜１５及び２４〜５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５６）
前記個体のがんにおける突然変異荷重が低い、項目１〜１５及び２４〜５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
前記個体の１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子における突然変異荷重が低い、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記個体が、前記１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子中で、約１０ヶ所以下の突然変異を有する、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記個体が、Ｂ２Ｍ中に突然変異を持たない、項目５７又は項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記個体が、前記１つ又は２つ以上のＭＨＣ遺伝子の機能性領域中に突然変異を持たない、項目５７〜５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
前記がんの突然変異荷重が、前記個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により判定される、項目５５〜６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記個体が、がん中に１つ又は２つ以上のネオ抗原を有することに基づく治療方法に対して選択される、項目１〜１５及び２４〜６１のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
前記個体が少なくとも５つのネオ抗原を有する、項目１〜１５及び２３〜６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記がんのネオ抗原を同定することと、ネオ抗原ペプチドを前記複数の腫瘍抗原ペプチド中に組み入れることと、を更に含み、前記ネオ抗原ペプチドが、前記ネオ抗原中のネオエピトープを含む、項目６２又は項目６３に記載の方法。
（項目６５）
前記ネオ抗原が、前記個体由来の腫瘍サンプルの配列決定により同定される、項目６２〜６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
前記配列決定が、がん関連遺伝子のターゲットシークエンシングである、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記ネオエピトープのＭＨＣ分子への親和性を測定することを更に含む、項目６４〜６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記ネオエピトープ及びＭＨＣ分子を含む複合体のＴ細胞受容体への親和性を測定することを更に含む、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
前記ＭＨＣ分子がＭＨＣクラスＩ分子である、項目６７又は項目６８に記載の方法。
（項目７０）
前記ＭＨＣ分子が前記個体由来である、項目６７〜６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
前記活性化Ｔ細胞又は前記活性化ＰＢＭＣの投与後に、前記個体を観察することを更に含む、項目１〜１５及び２４〜７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記観察が、前記個体における血中循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）数を測定することを含む、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記観察が、前記個体において前記複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的免疫応答を検出することを含む、項目７１又は項目７２に記載の方法。
（項目７４）
複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを提供するため、前記複数の腫瘍抗原ペプチドが前記特異的免疫応答に基づいて調整される、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
前記治療方法が、前記複数のカスタマイズした腫瘍抗原ペプチドを用いて繰り返される、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
前記個体がヒト個体である、項目１〜１５及び２４〜７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７７）
腫瘍特異的Ｔ細胞受容体のクローニング方法であって、
（ａ）項目１〜１５及び２４〜７６のいずれか一項に記載の方法を用いて個体を治療することと、
（ｂ）前記個体からＴ細胞を単離することであって、前記Ｔ細胞が、複数の腫瘍抗原ペプチド中のある腫瘍抗原ペプチドを特異的に認識する、ことと、
（ｃ）前記Ｔ細胞からＴ細胞受容体をクローニングし、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を提供することと、を含む、方法。
（項目７８）
前記個体が、前記腫瘍抗原ペプチドに対する強い特異的免疫応答を有する、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記Ｔ細胞が、前記個体のＰＢＭＣサンプルから単離される、項目７７又は項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記腫瘍抗原ペプチドがネオ抗原ペプチドである、項目７７〜７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
項目７７〜８０のいずれか一項に記載の方法を用いてクローニングされる、腫瘍特異的Ｔ細胞受容体。
（項目８２）
項目８１に記載の腫瘍特異的Ｔ細胞受容体を含む、単離されたＴ細胞。
（項目８３）
個体に、有効量の項目８２に記載の単離されたＴ細胞を投与することを含む、個体のがんを治療する方法。
（項目８４）
項目１６〜２３及び４２〜５１のいずれか一項に記載の方法によって調製される、単離された細胞集団。
（項目８５）
活性化Ｔ細胞を含み、前記活性化Ｔ細胞の約１％未満が制御性Ｔ（ＴＲＥＧ）細胞である、単離された細胞集団。
（項目８６）
約０．３％〜約０．５％のＣＤ４＋ＣＤ２５＋Ｆｏｘｐ３＋細胞を含む、項目８４又は項目８５に記載の単離された細胞集団。
（項目８７）
約６５％〜約７５％のＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞を含む、項目８４〜８６のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
（項目８８）
約１６％〜約２２％のＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞を含む、項目８４〜８７のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
（項目８９）
約１３％〜約１５％のＣＤ３＋ＣＤ５６＋細胞を含む、項目８４〜８８のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
（項目９０）
前記活性化Ｔ細胞が、ｉｎ  ｖｉｖｏ又はｅｘ  ｖｉｖｏで、複数の腫瘍抗原ペプチドに対する特異的応答を誘発する能力がある、項目８４〜８９のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
（項目９１）
前記活性化Ｔ細胞が、複数の炎症性分子を発現する、項目９０に記載の単離された細胞集団。
（項目９２）
前記複数の炎症性分子が、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、グランザイムＢ、又はパーフォリンを含む、項目９１に記載の単離された細胞集団。
（項目９３）
前記活性化Ｔ細胞が、複数の免疫抑制サイトカインを発現しないか、又はその発現が低い、項目８４〜９２のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
（項目９４）
前記複数の免疫抑制サイトカインがＩＬ−１０又はＩＬ−４を含む、項目９３に記載の単離された細胞集団。
（項目９５）
前記活性化Ｔ細胞の約５％未満が免疫抑制分子ＰＤ−１を発現する、項目８４〜９４のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
（項目９６）
前記単離された細胞集団中の少なくとも約９０％の細胞が活性化Ｔ細胞である、項目８４〜９５のいずれか一項に記載の単離された細胞集団。
（項目９７）
少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドを含む組成物であって、前記少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドのうちそれぞれが、配列番号１〜４０からなる群から選択される少なくとも１つのエピトープを含む、組成物。
（項目９８）
前記少なくとも１０個の腫瘍抗原ペプチドが、ｈＴＥＲＴ、ｐ５３、サバイビン、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＣＥＡ、ＣＣＮＤ１、ＭＥＴ、ＲＧＳ５、ＭＭＰ７、ＶＥＧＦＲ、ＡＦＰ、ＧＰＣ３、ＨＢＶｃ、ＨＢＶｐ、ＣＤＣＡ、ＫＲＡＳ、ＰＡＲＰ４、ＭＬＬ３、及びＭＴＨＦＲからなる群から選択される、がん関連遺伝子によってコードされる、１つ又は２つ以上のエピトープをそれぞれ含む、項目９７に記載の組成物。