【手続補正書】
【提出日】令和1年8月29日(2019.8.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞内の合成モジュールポリペプチドに関連する選択した表現型を同定する方法であって、
ａ）核酸のバーコードライブラリを宿主細胞へと導入することにより、遺伝子組換え宿主細胞の不均質な集団を生成することと、このとき核酸の前記バーコードライブラリは複数のメンバーを含み、複数のメンバーのそれぞれは、異なる合成モジュールポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含み、
ｂ）刺激物に応答して前記選択した表現型を示す遺伝子組換え宿主細胞を前記不均質な集団内において同定することと、
を含む、方法。
【請求項２】
前記合成モジュールポリペプチドは
ａ）モジュール受容体ポリペプチド、場合によって、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）ポリペプチドまたはキメラＮｏｔｃｈ受容体ポリペプチド、
ｂ）モジュール足場タンパク質、
ｃ）モジュールタンパク質キナーゼまたはホスファターゼタンパク質、
ｄ）モジュール転写制御因子タンパク質、
ｅ）モジュールエピジェネティック制御因子タンパク質、または、
ｆ）モジュールリコンビナーゼまたはヌクレアーゼタンパク質
である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記合成モジュールポリペプチドはＣＡＲであり、前記刺激物は、その表面に前記ＣＡＲが結合した抗原を提示する抗原提示細胞である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記同定した遺伝子組換え宿主細胞の前記バーコードをシークエンシングして、前記表現型に関連する前記合成モジュールポリペプチドを同定することを更に含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
宿主動物を、遺伝子組換え宿主細胞の前記不均質な集団と接触させることを更に含み、前記同定はエクスビボで行われる、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記表現型は、
ａ）増殖、
ｂ）サイトカイン産生、
ｃ）細胞表面マーカーの発現、
ｄ）レポータータンパク質の発現、
の１つまたは複数である、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記複数のメンバーは、抗原結合ドメイン、特異的結合ドメイン、特異的結合パートナータンパク質、共刺激ドメイン、共抑制ドメイン、細胞内シグナル伝達ドメイン、膜貫通ドメイン、足場タンパク質ドメイン、タンパク質キナーゼタンパク質ドメイン、タンパク質ホスファターゼタンパク質ドメイン、受容体チロシンキナーゼタンパク質ドメイン、脂質キナーゼタンパク質ドメイン、脂質ホスファターゼタンパク質ドメイン、ユビキチン化酵素タンパク質ドメイン、脱ユビキチン化酵素タンパク質ドメイン、ＳＵＭＯ化酵素タンパク質ドメイン、アセチル化酵素タンパク質ドメイン、脱アセチル化酵素タンパク質ドメイン、メチル化酵素タンパク質ドメイン、脱メチル化酵素タンパク質ドメイン、ヌクレアーゼタンパク質ドメイン、リコンビナーゼタンパク質ドメイン、転写因子タンパク質ドメイン、及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるモジュールドメインを含む合成モジュールポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
核酸のバーコードライブラリであって、
それぞれが、固有合成モジュールポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、複数の固有ポリヌクレオチドを含み、それぞれの固有ポリヌクレオチドは、
ｉ）第２のモジュールをコードする第２のコード配列にインフレームで連結した第１のモジュールをコードする第１のコード配列を含む、前記固有合成モジュールポリペプチドをコードするコード領域と、
ｉｉ）前記第２のコード配列に特異的な第２のバーコードに連結した前記第１のコード配列に特異的な第１のバーコードを含むバーコード領域と、
を含み、前記第１及び第２のバーコードは、前記第１及び第２のコード配列と比較して逆順の５´トゥ３´であり、
それぞれのバーコード領域をシークエンシングすることにより、それぞれの固有合成モジュールポリペプチドの前記同定が可能となり、前記第１及び第２のコード配列は非コードヌクレオチドを何ら介在させずに直接連結している、
バーコードライブラリ。
【請求項９】
前記固有合成モジュールポリペプチドは共刺激ドメインを含み、場合によって、前記第１及び第２のモジュールは、異なる共刺激ドメインを含む、請求項８に記載のライブラリ。
【請求項１０】
前記複数のそれぞれの固有ポリヌクレオチドによりコードされる前記固有合成モジュールポリペプチドは、
ａ）モジュール受容体ポリペプチド、場合によって、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）ポリペプチドまたはキメラＮｏｔｃｈ受容体ポリペプチド、
ｂ）モジュール足場タンパク質、
ｃ）モジュールタンパク質キナーゼまたはホスファターゼタンパク質、
ｄ）モジュール転写制御因子タンパク質、
ｅ）モジュールエピジェネティック制御因子タンパク質、または、
ｆ）モジュールリコンビナーゼまたはヌクレアーゼタンパク質
である、請求項８または９に記載のライブラリ。
【請求項１１】
前記複数のそれぞれの固有ポリヌクレオチドによりコードされる前記固有合成モジュールポリペプチドは、抗原結合ドメイン、特異的結合ドメイン、特異的結合パートナータンパク質、共刺激ドメイン、共抑制ドメイン、細胞内シグナル伝達ドメイン、膜貫通ドメイン、足場タンパク質ドメイン、タンパク質キナーゼタンパク質ドメイン、タンパク質ホスファターゼタンパク質ドメイン、受容体チロシンキナーゼタンパク質ドメイン、脂質キナーゼタンパク質ドメイン、脂質ホスファターゼタンパク質ドメイン、ユビキチン化酵素タンパク質ドメイン、脱ユビキチン化酵素タンパク質ドメイン、ＳＵＭＯ化酵素タンパク質ドメイン、アセチル化酵素タンパク質ドメイン、脱アセチル化酵素タンパク質ドメイン、メチル化酵素タンパク質ドメイン、脱メチル化酵素タンパク質ドメイン、ヌクレアーゼタンパク質ドメイン、リコンビナーゼタンパク質ドメイン、転写因子タンパク質ドメイン、及びこれらの組み合わせからなる群から選択されるモジュールドメインを含む、請求項８から１０のいずれか一項に記載のライブラリ。
【請求項１２】
細胞ライブラリであって、
それぞれが、請求項８から１１のいずれか一項に記載の核酸のバーコードライブラリの固有のポリヌクレオチドを含む複数の細胞を含み、
それぞれのバーコード領域をシークエンシングすることにより、ライブラリのそれぞれの細胞の、それぞれの固有合成モジュールポリペプチドの同定が可能となる、細胞ライブラリ。
【請求項１３】
それぞれが固有合成モジュールポリペプチドをコードする核酸のバーコードライブラリを作製する方法であって、
第１のバーコード配列に連結した第１のモジュールコード配列を含む第１のポリヌクレオチドを、第２のバーコード配列に連結した第２のモジュールコード配列を含む第２のポリヌクレオチドと、前記第２のコード配列と前記第２のバーコード配列との間の連結部において、前記第１のポリヌクレオチドを前記第２のポリヌクレオチドへと挿入して、バーコード化バイモジュールポリヌクレオチドを生成するのに十分な条件下で、接触させることを含み、
前記バーコード化バイモジュールポリヌクレオチドは、前記第２のバーコード配列に連結した前記第１のバーコード配列に連結した前記第１のモジュールコード配列にインフレームで連結した前記第２のモジュールコード配列を含む、
方法。
【請求項１４】
合成モジュールキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）ポリペプチドコード核酸のライブラリをスクリーニングすることにより同定されるキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）であって、前記ＣＡＲは、表３または表４に記載の共調節ドメインを少なくとも１つ含み、場合によって前記ＣＡＲは、抗ＣＤ１９抗原結合ドメインまたはＣＤ３ζ第１シグナル伝達ドメイン、またはその両方を含む、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）。
【請求項１５】
場合によって、前記核酸がバーコード化されている、請求項１４に記載のＣＡＲをコードする核酸。