【手続補正書】
【提出日】平成20年5月16日(2008.5.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
比較ハイブリダイゼーションを実施する方法であって、単一の核酸アレイに共ハイブリダイズした、試験核酸及び参照核酸の量を比較することを含み、ハイブリダイズした試験核酸及び参照核酸の前記量は、同一の検出可能な標識で標識されたハイブリダイズした核酸からのシグナルを検出することにより決定され、ハイブリダイズした試験核酸及び参照核酸の前記量が比較ハイブリダイゼーションの指標である、前記方法。
【請求項２】
ハイブリダイズした試験核酸及び参照核酸の量は、
ａ）試験核酸及び参照核酸を同一の検出可能な標識で標識し；
ｂ）ハイブリダイズした試験核酸及び参照核酸の総量を表す、アレイにハイブリダイズした検出可能な標識のシグナルを測定し；
ｃ）ハイブリダイズした核酸を処理して、前記試験核酸又は参照核酸の一方から前記検出可能な標識を選択的に除去し、ここで、前記検出可能な標識は、第一及び第二の化学結合を通じてそれぞれ試験核酸及び参照核酸に結合しており、前記第一の結合又は前記の第二結合の一方は処理工程に対して感受性であり； 
ｄ）工程ｂ）の後に、アレイにハイブリダイズした検出可能な標識のための、前記ハイブリダイズした試験核酸又は参照核酸の一方を表わすシグナルを検出し；
ｅ）ｂ）及びｄ）からのシグナルを用いることにより、ハイブリダイズした試験又は参照の他方のシグナルを検出し；そして
ｆ)試験核酸および参照核酸のアレイへのハイブリダイゼーションの量を比較する
ことにより決定される、請求項１記載の方法。
【請求項３】
ハイブリダイズした試験核酸及び参照核酸の量は、
ａ）ハイブリダイズしたアレイを、検出可能な標識及び第一の構成要素を含む第一の複合体を検出することにより、アレイにハイブリダイズした試験核酸又は参照核酸の一方を表わすシグナルを測定し、ここで、前記第一の複合体は、前記試験核酸又は参照核酸と結合している第一のタグを介して前記試験核酸又は参照核酸の一方と選択的に結合し、前記第一の構成要素及びタグは特異的結合ペアのメンバーであり； 
ｂ）工程ａ）のハイブリダイズしたアレイを、検出可能な標識及び第二の構成要素を含む第二の複合体と接触させることにより、ハイブリダイズした試験核酸及び参照核酸の総量を表すシグナルを測定し、ここで、前記第二の複合体は、工程ｂ）で検出された前記試験核酸又は参照核酸の他方と結合している第二のタグを介して、前記試験核酸又は参照核酸の他方と選択的に反応し、前記第二の構成要素及び第二のタグは特異的結合ペアのメンバーであり；
ｃ）ａ）及びｂ）からのシグナルを用いて、ａ）で検出されない、前記ハイブリダイズした試験核酸又は参照核酸の他方のシグナルを得て；そして
ｄ）試験核酸および参照核酸のアレイへのハイブリダイゼーションの量を比較する
ことにより決定される、請求項１記載の方法。
【請求項４】
ハイブリダイズした、試験核酸及び参照核酸の量は、
ａ）アレイにハイブリダイズした、試験核酸又は参照核酸の一方を表わすシグナルを測定し、ここで、前記検出可能な標識は、ハイブリダイゼーションの前に結合されており；
ｂ）ハイブリダイズしたアレイを、検出可能な標識及び構成要素を含む第一の複合体と接触させることによって、ハイブリダイズした試験核酸及び参照核酸の総量を表すシグナルを測定し、ここで、前記第一の複合体は、前記試験核酸又は参照核酸の前記他方と結合したタグを介して、前記試験核酸又は参照核酸の他方と選択的に反応し；そして
ｃ）ａ）及びｂ）からのシグナルを用いて、ａ）で検出されない、前記ハイブリダイズした試験核酸又は参照核酸の他方のシグナルを得る
ことにより決定される、請求項３記載の方法。
【請求項５】
前記検出可能な標識は、ハイブリダイゼーションの前に、試験核酸及び参照核酸に結合される、請求項１〜４記載の方法。
【請求項６】
前記検出可能な標識は、ハイブリダイゼーションの後に、試験核酸及び参照核酸に結合される、請求項１〜４記載の方法。
【請求項７】
前記検出可能な標識は、リガンド−レセプター相互作用により、又は相補的なヌクレオチド配列の間のハイブリダイゼーションにより、試験核酸及び参照核酸に結合される、請求項１〜４記載の方法。
【請求項８】
前記試験核酸又は参照核酸の一方は、ハイブリダイゼーションの間、検出可能な標識に結合しており、ハイブリダイゼーションの後、検出可能な標識は前記試験核酸又は参照核酸の他方に結合される、請求項１〜４記載の方法。
【請求項９】
前記第一のタグ及び前記第二のタグは、それぞれ、ユニークなオリゴヌクレオチド捕獲配列を含む、請求項３記載の方法。
【請求項１０】
前記第一の複合体及び前記第二の複合体は、それぞれ、前記ユニークなオリゴヌクレオチド捕獲配列の一方に相補的なオリゴヌクレオチドを含む、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
前記第一の複合体及び前記第二の複合体は、それぞれ、デンドリマーコンストラクト中の前記ユニークなオリゴヌクレオチド捕獲配列の一方に相補的なオリゴヌクレオチドを含む、請求項９記載の方法。
【請求項１２】
前記第一の構成要素及び前記第一のタグは、それぞれ、第一の特異的結合ペアのメンバーと結合しており、前記第二の構成要素及び第二のタグは、それぞれ、第二の特異的結合ペアのメンバーと結合しており、ここで、前記第一及び第二の結合ペアのメンバーは交差反応しない、請求項３記載の方法。
【請求項１３】
前記核酸アレイが、それぞれ人工染色体中に含まれる複数の核酸断片を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記人工染色体が、細菌の人工染色体（ＢＡＣ）又はＰ−１由来の人工染色体（ＰＡＣ）である、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
前記核酸アレイが複数の核酸断片を含み、前記複数の核酸断片はそれぞれ、約１，０００〜約１，０００，０００ヌクレオチド長である、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記核酸アレイが、少なくとも１つの染色体の核酸配列を集合的に含む、複数の核酸断片を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記複数の核酸断片が、細胞の全ての染色体の核酸配列を集合的に含む、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
前記検出可能な標識が、光学的手段によって検出される、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記検出可能な標識が蛍光団である、請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
前記第一の結合及び前記第二の結合が、温度に対する感受性において異なるものである、請求項２又は５〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記第一の結合及び前記第二の結合が、両方とも、異なる融点（Ｔｍ）を有するオリゴヌクレオチドを含む、請求項２０記載の方法。
【請求項２２】
前記第一の結合及び第二の結合が、ｐＨ加水分解に対する感受性において異なるものである、請求項２又は５〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記第一の結合及び前記第二の結合が、両方ともペプチドを含む、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
前記第一の結合及び前記第二の結合が、放射線に対する感受性において異なるものである、請求項２又は５〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記第一の結合及び前記第二の結合が、両方とも、紫外線に対する感受性が異なるヌクレオチドストレッチを含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
前記第一の結合及び前記第二の結合が、酸化的条件中の変化に対する感受性において異なるものである、請求項２又は５〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記第一の結合及び前記第二の結合が、大気条件の変化に対する感受性において異なるものである、請求項２又は５〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
大気条件の前記変化が、前記表面をオゾンに曝露することを含む、請求項２７記載の方法。
【請求項２９】
前記第一の結合及び前記第二の結合のいずれかが、加水分解を引き起こす試薬と接触させることにより加水分解される、請求項２又は５〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
前記第一の結合及び前記第二の結合のいずれかが、酵素と接触させることにより加水分解される、請求項２又は５〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記第一の結合及び前記第二の結合のいずれかが、制限エンドヌクレアーゼ又はホーミングエンドヌクレアーゼの認識部位を含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項３０記載の方法。
【請求項３２】
制限酵素又はホーミングエンドヌクレアーゼに対する認識部位を含む前記オリゴヌクレオチドが、デンドリマーコンストラクトである、請求項３記載の方法。
【請求項３３】
前記試験試料が患者から得られる、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
患者から得られた前記試験試料が、癌性細胞を含むと疑われるものである、請求項１〜３３記載の方法。
【請求項３５】
前記試験試料が胎児標本から得られる、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３６】
前記試験試料が個人から得られ、方法が遺伝的異常を検出するために用いられる、請求項１〜３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
試験試料中の遺伝子発現と参照試料中の遺伝子発現とを比較する方法であって、
単一の核酸アレイに共ハイブリダイズした、試験試料のｍＲＮＡから調製されたｃＤＮＡと、参照試料のｍＲＮＡから調製されたｃＤＮＡとの量を比較し、ハイブリダイズした試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡの前記量は、同一の検出可能な標識で標識された、ハイブリダイズされたｃＤＮＡからのシグナルを検出することにより決定され、検出されたハイブリダイズした試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡの前記量が遺伝子発現の比較に使用される、前記方法。
【請求項３８】
ハイブリダイズした、試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡの量は、
ａ)試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡを同一の検出可能な標識で標識し；
ｂ）ハイブリダイズした、試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡの総量を表す、アレイにハイブリダイズした検出可能な標識のシグナルを測定し；
ｃ）ハイブリダイズした核酸を処理して、試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの一方から前記検出可能な標識を選択的に除去し、ここで、前記検出可能な標識は、第一及び第二の化学結合を通じて、それぞれ試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡに結合されており、前記第一の結合又は前記第二の結合は、処理工程に対して感受性であり； 
ｄ）工程ｂ）の後に、アレイにハイブリダイズした検出可能な標識のシグナルを測定し、これは前記ハイブリダイズした試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの一方を表わし；
ｅ）ｂ）からｄ）を引くことにより、ｃ）で選択的に除去された検出可能な標識のシグナルを決定し、ここで、ｄ）及びｅ）からの前記シグナルは、核酸アレイにハイブリダイズした、前記試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡの一方のシグナルを表し；そして
ｆ）ｄ）及びｅ）の結果を比較することにより、試験試料及び参照試料における遺伝子発現を比較する
ことにより決定される、請求項３７記載の方法。
【請求項３９】
前記検出可能な標識が、ハイブリダイゼーションの前に、前記試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡに結合される、請求項３７又は３８記載の方法。
【請求項４０】
前記検出可能な標識が、ハイブリダイゼーションの後に、前記試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡに結合される、請求項３７又は３８記載の方法。
【請求項４１】
前記検出可能な標識が、リガンド−レセプター相互作用により、又は相補的なヌクレオチド配列の間のハイブリダイゼーションにより、試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡに結合される、請求項３７〜４０記載の方法。
【請求項４２】
ハイブリダイズした、試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡの量は、
ａ）ハイブリダイズしたアレイを、検出可能な標識及び第一の構成要素を含む第一の複合体を検出することにより、アレイにハイブリダイズした試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの一方を表わすシグナルを測定し、ここで、前記第一の複合体は、前記試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡと結合されている第一のタグを介して、前記試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの一方と選択的に反応し、前記第一の構成要素及びタグは特異的結合ペアのメンバーであり； 
ｂ）工程ａ）のハイブリダイズしたアレイを、検出可能な標識及び第二の構成要素を含む第二の複合体と接触させることにより、ハイブリダイズした試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡの総量を表すシグナルを測定し、ここで、前記第二の複合体は、工程ｂ）で検出された前記試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの他方と結合されている第二のタグを介して、前記試験核酸又は参照核酸の他方と選択的に反応し、前記第二の構成要素及び第二のタグは特異的結合ペアのメンバーであり；そして
ｃ）ｂ）からａ）を引いて、ａ）で検出されない、前記ハイブリダイズした試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの他方のシグナルを得る
ことにより決定される、請求項３７記載の方法。
【請求項４３】
ハイブリダイズした、試験ｃＤＮＡ及び参照ｃＤＮＡの量は、
ａ）ハイブリダイズしたアレイを、検出可能な標識及び第一の構成要素を含む第一の複合体と接触させることにより、アレイにハイブリダイズした試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの一方を表わすシグナルを測定し、ここで、前記第一の複合体は、前記試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡと結合されている第一のタグを介して、前記試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの一方と選択的に反応し；
ｂ）ａ）で用いたハイブリダイズしたアレイの複製物を、検出可能な標識及び第二の構成要素を含む第二の複合体と接触させることにより、ａ）で検出されない、前記試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの他方を表すシグナルを測定し、ここで、前記第二の複合体は、前記試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの前記他方と結合されている第二のタグを介して、前記試験ｃＤＮＡ又は参照ｃＤＮＡの他方と選択的に結合する
ことにより決定される、請求項３７記載の方法。