【手続補正書】
【提出日】令和1年10月28日(2019.10.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＲＬ２遺伝子、ＲＳ１遺伝子、及びＬＡＴ遺伝子からなる群から選択される単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ウイルス遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含むｇＲＮＡ分子、及び
Ｃａｓ９分子
を含むゲノム編集系。
【請求項２】
前記標的指向性ドメインは、ＨＳＶ標的位置の約５００ｂｐ、約４５０ｂｐ、約４００ｂｐ、約３５０ｂｐ、約３００ｂｐ、約２５０ｂｐ、約２００ｂｐ、約１５０ｂｐ、約１００ｂｐ、約５０ｂｐ、約２５ｂｐ、又は約１０ｂｐ以内に二本鎖切断又は一本鎖切断を形成し、それにより前記ＨＳＶウイルス遺伝子を変更するように構成されている、請求項１に記載のゲノム編集系。
【請求項３】
前記ＨＳＶウイルス遺伝子の前記変更は、前記ＨＳＶウイルス遺伝子をノックアウトすること、前記ＨＳＶウイルス遺伝子をノックダウンすること、又は前記ＨＳＶウイルス遺伝子を同時にノックアウト及びノックダウンすることを含む、請求項２に記載のゲノム編集系。
【請求項４】
前記標的指向性ドメインは、前記ＨＳＶウイルス遺伝子のコード化領域又は非コード化領域を標的とするように構成されており、前記非コード化領域は、前記ＨＳＶウイルス遺伝子のプロモーター領域、エンハンサー領域、イントロン、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、又はポリアデニル化シグナル領域を含み、前記コード化領域は、前記ＨＳＶウイルス遺伝子の初期コード化領域を含む、請求項１から３のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項５】
前記標的指向性ドメインは、配列番号２０８−５８７４９から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか、又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む、請求項１から４のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項６】
（ａ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号２０８−２５０９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｂ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号７０９８−９２９２からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｃ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号２１３２４−２２７４４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｄ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号２６６１３−２８０３７からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｅ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号３１７３０−３２７４６からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｆ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号３５６１７−３６９２６からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｇ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号２５１０−７０７３からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含み、任意選択的に、前記標的指向性ドメインは、配列番号２４３、２５１５、３３６２、及び３３６３からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む；
（ｈ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号９２９３−１３６１４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｉ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号２２７４５−２６６０１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含み、任意選択的に、前記標的指向性ドメインは、配列番号２３５１９、２３５２７、２３５３５、２３５７１、及び２３５８３からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む；
（ｊ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号２８０３８−３１７２０からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｋ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号３２７４７−３５６００からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｌ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子をノックアウトし、前記標的指向性ドメインは、配列番号３６９２７−４０８７１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｍ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号１３６３７−１４７９４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｎ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号１７７５３−１８７８４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｏ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号４０８８６−４２０７８からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｐ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号４９４９８−５０６５２からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｑ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号４５３４０−４６４７９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｒ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号５３８５８−５５０５６からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｓ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号１４７９５−１７７４１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｔ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号１８７８５−２１３１１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｕ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号４２０７９−４５３１５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｖ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号５０６５３−５３８２４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｗ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号４６４８０−４９４７９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；又は
（ｘ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ゲノム編集系は、前記ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子をノックダウンし、前記標的指向性ドメインは、配列番号５５０５７−５８７３１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む
請求項１から５のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項７】
前記化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子は、ＮＧＧのプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）を認識し、又は前記黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子は、ＮＮＧＲＲＴ（配列番号２０４）又はＮＮＧＲＲＶ（配列番号２０５）のいずれかのＰＡＭを認識する、請求項６に記載のゲノム編集系。
【請求項８】
前記Ｃａｓ９分子は、酵素的に活性なＣａｓ９（ｅａＣａｓ９）分子、酵素的に不活性なＣａｓ９（ｅｉＣａｓ９）分子、及びｅｉＣａｓ９融合タンパク質からなる群から選択される、請求項１から７のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項９】
（ａ）前記ｅａＣａｓ９分子は、ＨＮＨ様ドメイン切断活性を含むが、Ｎ末端ＲｕｖＣ様ドメイン切断活性を含まないか又は顕著なＮ末端ＲｕｖＣ様ドメイン切断活性を含まない；
（ｂ）前記ｅａＣａｓ９分子は、ＨＮＨ様ドメインニッカーゼである；
（ｃ）前記ｅａＣａｓ９分子は、Ｎ末端ＲｕｖＣ様ドメイン切断活性を含むが、ＨＮＨ様ドメイン切断活性を含まないか又は顕著なＨＮＨ様ドメイン切断活性を含まない；又は
（ｄ）前記ｅａＣａｓ９分子は、Ｎ末端ＲｕｖＣ様ドメインニッカーゼである
請求項８に記載のゲノム編集系。
【請求項１０】
前記Ｃａｓ９分子は、野生型Ｃａｓ９分子、変異Ｃａｓ９分子、又はそれらの組合せを含み、任意選択的に、前記変異Ｃａｓ９分子は、Ｄ１０、Ｅ７６２、Ｄ９８６、Ｈ８４０、Ｎ８５４、Ｎ８６３、及びＮ５８０からなる群から選択される突然変異を含む、請求項１から９のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項１１】
前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子又は化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子である、請求項１から１０のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項１２】
前記ｇＲＮＡは、モジュール型ｇＲＮＡ分子又はキメラｇＲＮＡ分子である、請求項１から１１のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項１３】
前記標的指向性ドメインは、長さが１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、又は２６個のヌクレオチドである、請求項１から１２のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項１４】
前記ｇＲＮＡ分子は、５’から３’に向かって、
標的指向性ドメイン、
第１の相補性ドメイン、
連結ドメイン、
第２の相補性ドメイン、
近位ドメイン、及び
尾部ドメイン
を含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項１５】
前記連結ドメインは、長さが２５個ヌクレオチド以下である、請求項１４に記載のゲノム編集系。
【請求項１６】
前記近位及び尾部ドメインは、合計で、長さが、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、又は少なくとも４０個のヌクレオチドである、請求項１４又は１５に記載のゲノム編集系。
【請求項１７】
２、３、又は４つのｇＲＮＡ分子を含む、請求項１から１６のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項１８】
細胞内の前記ＨＳＶウイルス遺伝子を変更するために使用され、任意選択的に、前記細胞は、ＨＳＶに感染している、請求項１から１７のいずれか一項に記載のゲノム編集系。
【請求項１９】
ＲＬ２遺伝子、ＲＳ１遺伝子、及びＬＡＴ遺伝子からなる群から選択されるＨＳＶウイルス遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含むｇＲＮＡ分子を含む、組成物。
【請求項２０】
前記標的指向性ドメインは、配列番号２０８−５８７４９から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
１、２、３、又は４つのｇＲＮＡ分子を含む、請求項１９又は２０に記載の組成物。
【請求項２２】
少なくとも１つのＣａｓ９分子をさらに含む、請求項１９から２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記少なくとも１つのＣａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子又は黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子である、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記少なくとも１つのＣａｓ９分子は、野生型Ｃａｓ９分子、変異Ｃａｓ９分子、又はそれらの組合せを含む、請求項２２又は２３に記載の組成物。
【請求項２５】
前記変異Ｃａｓ９分子は、Ｄ１０、Ｅ７６２、Ｄ９８６、Ｈ８４０、Ｎ８５４、Ｎ８６３、及びＮ５８０からなる群から選択される突然変異を含む、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】
（ａ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２０８−２５０９及び１３６３７−１４７９４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｂ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号７０９８−９２９２及び１７７５３−１８７８４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｃ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２１３２４−２２７４４及び４０８８６−４２０７８からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｄ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２６６１３−２８０３７及び４９４９８−５０６５２からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｅ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３１７３０−３２７４６及び４５３４０−４６４７９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｆ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３５６１７−３６９２６及び５３８５８−５５０５６からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｇ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２５１０−７０７３及び１４７９５−１７７４１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含み、任意選択的に、前記標的指向性ドメインは、配列番号２４３、２５１５、３３６２、及び３３６３からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む；
（ｈ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号９２９３−１３６１４及び１８７８５−２１３１１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｉ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２２７４５−２６６０１及び４２０７９−４５３１５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含み、任意選択的に、前記標的指向性ドメインは、配列番号２３５１９、２３５２７、２３５３５、２３５７１、及び２３５８３からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む；
（ｊ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２８０３８−３１７２０及び５０６５３−５３８２４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｋ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３２７４７−３５６００及び４６４８０−４９４７９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；又は
（ｌ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３６９２７−４０８７１及び５５０５７−５８７３１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む
請求項２２に記載の組成物。
【請求項２７】
前記化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子は、ＮＧＧのプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）を認識する；又は、前記黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子は、ＮＮＧＲＲＴ（配列番号２０４）又はＮＮＧＲＲＶ（配列番号２０５）のいずれかのＰＡＭを認識する、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】
細胞内の前記ＨＳＶウイルス遺伝子を変更するために使用され、任意選択的に、前記細胞は、ＨＳＶに感染している、請求項１９から２７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２９】
ＲＬ２遺伝子、ＲＳ１遺伝子、及びＬＡＴ遺伝子からなる群から選択されるＨＳＶウイルス遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含むｇＲＮＡ分子をコードするポリヌクレオチドを含む、ベクター。
【請求項３０】
前記標的指向性ドメインは、配列番号２０８−５８７４９から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む、請求項２９に記載のベクター。
【請求項３１】
Ｃａｓ９分子をコードするポリヌクレオチドをさらに含む、請求項２９又は３０のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３２】
前記少なくとも１つのＣａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子又は黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子である、請求項３１に記載のベクター。
【請求項３３】
前記少なくとも１つのＣａｓ９分子は、野生型Ｃａｓ９分子、変異Ｃａｓ９分子、又はそれらの組合せを含む、請求項３１又は３２に記載のベクター。
【請求項３４】
前記変異Ｃａｓ９分子は、Ｄ１０、Ｅ７６２、Ｄ９８６、Ｈ８４０、Ｎ８５４、Ｎ８６３、及びＮ５８０からなる群から選択される突然変異を含む、請求項３３に記載のベクター。
【請求項３５】
（ａ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２０８−２５０９及び１３６３７−１４７９４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｂ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号７０９８−９２９２及び１７７５３−１８７８４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｃ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２１３２４−２２７４４及び４０８８６−４２０７８からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｄ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２６６１３−２８０３７及び４９４９８−５０６５２からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｅ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３１７３０−３２７４６及び４５３４０−４６４７９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｆ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３５６１７−３６９２６及び５３８５８−５５０５６からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｇ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２５１０−７０７３及び１４７９５−１７７４１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含み、任意選択的に、前記標的指向性ドメインは、配列番号２４３、２５１５、３３６２、及び３３６３からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む；
（ｈ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号９２９３−１３６１４及び１８７８５−２１３１１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｉ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２２７４５−２６６０１及び４２０７９−４５３１５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含み、任意選択的に、前記標的指向性ドメインは、配列番号２３５１９、２３５２７、２３５３５、２３５７１、及び２３５８３からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む；
（ｊ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２８０３８−３１７２０及び５０６５３−５３８２４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｋ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３２７４７−３５６００及び４６４８０−４９４７９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；又は
（ｌ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３６９２７−４０８７１及び５５０５７−５８７３１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む
請求項３１に記載のベクター。
【請求項３６】
前記化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子は、ＮＧＧのプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）を認識する、又は前記黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子は、ＮＮＧＲＲＴ（配列番号２０４）又はＮＮＧＲＲＶ（配列番号２０５）のいずれかのＰＡＭを認識する、請求項３５に記載のベクター。
【請求項３７】
前記ベクターは、ウイルスベクターである、請求項２９から３６のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３８】
細胞内の前記ＨＳＶウイルス遺伝子を変更するために使用され、任意選択的に、前記細胞は、ＨＳＶに感染している、請求項２９から３７のいずれか一項に記載のベクター。
【請求項３９】
細胞内のＲＬ２遺伝子、ＲＳ１遺伝子、及びＬＡＴ遺伝子からなる群から選択されるＨＳＶウイルス遺伝子を変更するための方法であって、前記細胞に、
（ｉ）前記ＨＳＶウイルス遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含むｇＲＮＡ分子、及び少なくともＣａｓ９分子を含むゲノム編集系、
（ｉｉ）前記ＨＳＶウイルス遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含むｇＲＮＡ分子をコードするポリヌクレオチド、及びＣａｓ９分子をコードするポリヌクレオチドを含むベクター、又は
（ｉｉｉ）前記ＨＳＶウイルス遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含むｇＲＮＡ分子、及び少なくともＣａｓ９分子を含む組成物
のうちの１つを投与することを含む方法。
【請求項４０】
前記変更は、前記ＨＳＶウイルス遺伝子をノックアウトすること、若しくは前記ＨＳＶウイルス遺伝子をノックダウンすること、又は前記ＨＳＶウイルス遺伝子を同時にノックアウト及びノックダウンすることを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記細胞は、ＨＳＶに感染している、請求項３９又は４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記標的指向性ドメインは、配列番号２０８−５８７４９から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む、請求項３９から４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子又は黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子である、請求項３９から４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
（ａ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２０８−２５０９及び１３６３７−１４７９４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｂ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号７０９８−９２９２及び１７７５３−１８７８４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｃ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２１３２４−２２７４４及び４０８８６−４２０７８からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｄ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２６６１３−２８０３７及び４９４９８−５０６５２からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｅ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３１７３０−３２７４６及び４５３４０−４６４７９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｆ）前記Ｃａｓ９分子は、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３５６１７−３６９２６及び５３８５８−５５０５６からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｇ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２５１０−７０７３及び１４７９５−１７７４１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含み、任意選択的に、前記標的指向性ドメインは、配列番号２４３、２５１５、３３６２、及び３３６３からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む；
（ｈ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＳ１遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号９２９３−１３６１４及び１８７８５−２１３１１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｉ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２２７４５−２６６０１及び４２０７９−４５３１５からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含み、任意選択的に、前記標的指向性ドメインは、配列番号２３５１９、２３５２７、２３５３５、２３５７１、及び２３５８３からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む；
（ｊ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＲＬ２遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号２８０３８−３１７２０及び５０６５３−５３８２４からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；
（ｋ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−１  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３２７４７−３５６００及び４６４８０−４９４７９からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む；又は
（ｌ）前記Ｃａｓ９分子は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９分子であり、前記ｇＲＮＡ分子は、ＨＳＶ−２  ＬＡＴ遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含み、前記標的指向性ドメインは、配列番号３６９２７−４０８７１及び５５０５７−５８７３１からなる群から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む
請求項３９から４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
細胞内のＲＬ２遺伝子、ＲＳ１遺伝子、ＬＡＴ遺伝子からなる群から選択されるＨＳＶウイルス遺伝子の標的配列と相補的な標的指向性ドメインを含む、ｇＲＮＡ分子。
【請求項４６】
前記標的指向性ドメインは、配列番号２０８−５８７４９から選択されるヌクレオチド配列と同一であるか又は３つ以内のヌクレオチドが異なるヌクレオチド配列を含む、請求項４５に記載のｇＲＮＡ分子。
【請求項４７】
請求項１から１７のいずれか一項に記載のゲノム編集系、請求項１９から２７のいずれか一項に記載の組成物、又は請求項２９から３７のいずれか一項に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項４８】
上皮細胞、神経細胞、及び視細胞からなる群から選択される、請求項４７に記載の細胞。