【手続補正書】
【提出日】平成20年5月7日(2008.5.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  複数のタンパク質試料中のタンパク質含量の違いを分析するための方法において、
少なくとも第1のタンパク質試料及び第2のタンパク質試料を断片化して、第1のペプチドプール及び第2のペプチドプールを生成する工程；
質量分析による第１及び第２のペプチドプール中の別の同一ペプチドの解像を可能にするために、少なくとも１つのプール中のペプチドの少なくとも一部を同位体標識する工程；
両方のペプチドプールの少なくとも一部からのペプチドと、捕獲成分とを接触させて、アフィニティーリガンドを含んで成るアフィニティー選択ペプチドを生成する工程であって、ここで該捕獲成分がアフィニティーリガンドを選択する工程；及び
質量分析により該アフィニティー選択ペプチドを分析して、第1の試料と第2の試料における１又は複数の違いを決定する工程、
を含んで成る方法。
【請求項２】  第1の試料及び第2の試料中に元から存在するタンパク質の濃度差を検出する方法において、各試料は、該試料中に元から存在するタンパク質の断片から誘導される複数のペプチドを含み、該方法は：
第1の化学成分の同位体変異体を第1の試料中のペプチドへ共有結合させて、少なくとも1つの第1の同位体標識ペプチドを生成する工程；
第2の化学成分の同位体変異体を第2の試料中のペプチドへ共有結合させて、少なくとも1つの第2の同位体標識ペプチドを生成する工程であって、ここで該第1及び第2の同位体標識ペプチドは化学的に等価であるが、同位体的には相違する工程；
第1及び第2の試料の少なくとも一部を混合して、混合試料を生成する工程；及び
該混合試料を質量分析にかけて、第1及び第2の試料において濃度が同じであるタンパク質から誘導されるペプチドを特徴づける標準化(normalized)された同位体比、及び第1及び第2の同位体標識ペプチドの同位体比を決定する工程であって、ここで該第1及び第2の同位体標識ペプチドの同位体比と標準化された同位体比との差が、該ペプチドから誘導されるタンパク質の第1及び第2の試料中の濃度差を指示している工程；
を含んで成る方法。
【請求項３】  第1の試料及び第2の試料中に存在するタンパク質の濃度差を検出するための方法において、各試料は複数のタンパク質を含んで成り、該方法は：
第1及び第2の試料中のタンパク質を断片化し、各試料中に少なくとも1つのペプチドを生成する工程；
第1の化学成分の同位体変異体を、第1の試料中のペプチドへ共有結合させて、少なくとも1つの第1の同位体標識ペプチドを生成する工程；
第2の化学成分の同位体変異体を、第2の試料中におけるペプチドへ共有結合させて、少なくとも1つの第2の同位体標識ペプチドを生成する工程であって、ここで該第1及び第2の同位体標識ペプチドは化学的に等価であるが、同位体的には相違する工程；
第1と第2の試料の少なくとも一部を混合して、混合試料を生成する工程；及び
該混合試料を質量分析にかけて、第1及び第2の試料中の濃度が同じであるタンパク質から誘導されるペプチドを特徴づける標準化された同位体比、及び第1及び第2の同位体標識ペプチドの同位体比を決定する工程であって、ここで該記第1及び第2の同位体標識ペプチドの同位体比と標準化された同位体比との差が、ペプチドから誘導されるタンパク質の第1及び第2の試料中の濃度差を指示している工程；
を含んで成る方法。
【請求項４】  第1の試料及び第2の試料中に存在するタンパク質の濃度差を検出するための方法において、各試料は複数のタンパク質を含んで成り、該方法は：
第1の化学成分の同位体変異体を第1の試料中のタンパク質へ共有結合させて、少なくとも1つの第1の同位体標識タンパク質を生成する工程；
第2の化学成分の同位体変異体を第2の試料中におけるタンパク質へ共有結合させて、少なくとも1つの第2の同位体標識タンパク質を生成する工程であって、ここで該第1及び第2の同位体標識タンパク質は化学的に等価であるが、同位体的には相違する工程；
第1及び第2の試料の少なくとも一部を混合して、混合試料を生成する工程；及び
該混合試料を質量分析にかけて、第1及び第2の試料中の濃度が同じであるタンパク質を特徴づける標準化された同位体比、及び第1及び第2の同位体標識タンパク質の同位体比を決定する工程であって、ここで該記第1及び第2の同位体標識タンパク質の同位体比と標準化された同位体比との差が、第1及び第2の試料中のタンパク質の濃度差を指示している工程；
を含んで成る方法。
【請求項５】  第1の試料及び第2の試料中に存在するタンパク質の濃度差を検出するための方法において、各試料は複数のタンパク質を含んで成り、該方法は：
第1の化学成分の同位体変異体を第1の試料中のタンパク質へ共有結合させて、少なくとも1つの第1の同位体標識タンパク質を生成する工程；
第2の化学成分の同位体変異体を第2の試料中におけるタンパク質へ共有結合させて、少なくとも1つの第2の同位体標識タンパク質を生成する工程であって、ここで該第1及び第2の同位体標識タンパク質は化学的に等価であるが、同位体的には相違する工程；
第1及び第2の試料中のタンパク質を断片化し、第１及び第２試料中に第１及び第２の同位体標識ペプチドをそれぞれ生成する工程；
第1と第2の試料の少なくとも一部を混合して、混合試料を生成する工程であって、ここで該混合が、断片化の前又は後に行われる工程；及び
該混合試料を質量分析にかけて、第1及び第2の試料中の濃度が同じであるタンパク質から誘導されるペプチドを特徴づける標準化された同位体比、及び第1及び第2の同位体標識ペプチドの同位体比を決定する工程であって、ここで該記第1及び第2の同位体標識ペプチドの同位体比と標準化された同位体比との差が、該ペプチドから誘導されるタンパク質の第1及び第2の試料中の濃度差を指示している工程；
を含んで成る方法。
【請求項６】  ある種のタンパク質が一方の試料に存在するか、もう一方の試料に存在するかどうかを決定するための方法において、各試料は複数のタンパク質を含んで成り、該方法は：
第1の試料は刺激をかけられる前に生物環境から得られ、そして第2の試料は刺激をかけられた後に生物環境から得られる、第1及び第２の試料を提供する工程；
第1及び第２の試料中のタンパク質を断片化してペプチドを生成する工程；
第1の副次試料及び第2の副次試料に第1の試料を分配する工程；
第1の同位体を含む第1のアシル化剤と第1の副次試料中のペプチドとを接触させる工程；
第2の同位体を含む第2のアシル化剤と第2の副次試料中のペプチドとを接触させる工程；
第３の同位体を含む第３のアシル化剤と第2の試料中のペプチドとを接触させる工程であって、ここで該第1、第2及び第3のアシル化剤は化学的に等価であるが、同位体的には相違する工程； 
少なくとも一部の第1及び第2の副次試料と第2の試料を混合して、混合試料を生成する工程；
混合試料中のペプチドを分画して、質量分析による同位体比の分析に適している複数のペプチド画分を生成する工程；及び
少なくとも１つのペプチド画分を質量分析による同位体比の分析にかける工程であって、ここでダブレットの存在が第２の試料中にタンパク質が存在しないことを示し、そしてシングルピークの存在が第1の試料中にタンパク質が存在しないことを示す工程、
を含んで成る方法。
【請求項７】  ペプチドを定量するための方法において：
同位体標識同重体ペプチドを含む試料を質量分析にかけて、断片イオンを生成する工程であって、ここで少なくとも2つの断片イオンは同位体標識されており、かつお互いに質量を異にする工程；及び
少なくとも2つの断片イオンの同位体比を決定する工程であって、ここで該同位体比は試料中の同重体ペプチドの相対量を指示している工程、
を含んで成る方法。
【請求項８】  ペプチドを定量するための方法において：
同位体標識ペプチドを含む試料を第1の質量分析にかけて、複数の同重体ペプチドを同定する工程；
複数の同位体標識同重体ペプチドを第2の質量分析にかけて、断片イオンを生成する工程であって、ここで少なくとも2つの断片イオンは同位体標識され、かつ互いに質量を異にする工程；及び
少なくとも2つの断片イオンの同位体比を決定する工程であって、ここで該同位体比は試料中の同重体ペプチドの相対量を指示している工程：
を含んで成る方法。
【請求項９】  ペプチドを定量するための方法において：
同位体標識ペプチドを含む試料を第1の質量分析にかけて、質量が重なる複数のペプチド同定する工程；
複数の同位体による標識化同重体ペプチドを第2の質量分析にかけて、断片ペプチドを生成する工程であって、ここで少なくとも2つの断片イオンは同位体標識され、かつ互いに質量を異にする工程；及び
少なくとも2つの断片イオンの同位体比を決定する工程であって、ここで該同位体比は試料中の同重体ペプチドの相対量を指示している工程：
を含んで成る方法。
【請求項１０】  複数のタンパク質を含む試料中のタンパク質を分析するための方法において、該方法が：
アフィニティーリガンドを含むサインペプチド（signature peptide)を含む少なくとも1つのタンパク質を含む試料を提供する工程；
試料中のタンパク質を断片化してペプチドプールを生成する工程；
該ペプチドプールの少なくとも一部からのペプチドを、サインペプチドを含むペプチドを選択するためにアフィニティーリガンドを選択する捕獲成分と接触させる工程であって、ここで該アフィニティーリガンドは同位体標識を含まない工程；及び
該ペプチドプールの少なくとも一部を質量分析により分析する工程；
を含む方法。
【請求項１１】  複数のタンパク質を含む試料中のタンパク質を同定するための方法において、該方法が：
複数のタンパク質を含む試料中のタンパク質の断片化から誘導されるペプチドを提供する工程であって、ここで同定されるタンパク質から誘導される少なくとも１つのペプチドは少なくとも1つのアフィニティーリガンドを含み、ここで該アフィニティーリガンドは同位体標識を含まない工程；
該アフィニティーリガンドを含むペプチドを選択するために捕獲成分と該ペプチドとを接触させる工程；
該選択されたペプチドを分画して、複数のペプチド画分を生成する工程；
少なくとも1つのペプチド画分中のペプチドを質量分析にかけて、同定されるタンパク質から誘導される少なくとも1つのペプチドを検出する工程；及び
該検出されたペプチドが誘導されたタンパク質を同定する工程；
を含む方法。
【請求項１２】  複数のタンパク質を含む試料中のタンパク質を同定するための方法において、該方法が：
複数のタンパク質を含む試料中タンパク質の断片化から誘導されるペプチドを提供する工程であって、ここで少なくとも1つのペプチドは少なくとも1つのアフィニティーリガンドを含む工程：
少なくとも1つのアフィニティーリガンドを含むペプチドを選択する捕獲成分と該ペプチドとを接触させる工程；
該タンパク質のサインペプチドである少なくとも1つのアフィニティーリガンドを含む少なくとも1つのペプチドの質量を決定する工程；及び
該サインペプチドの質量を用いて、該サインペプチドが誘導されたタンパク質を同定する工程、
を含む方法。