【手続補正書】
【提出日】平成31年1月10日(2019.1.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組換えタンパク質をコードする核酸；
該核酸に機能的に連結された修飾転写後調節エレメント(post-transcriptional regulatory element)(PRE)であって、該修飾PREが野生型肝炎ウイルスX遺伝子の変種を含み、変種X遺伝子が、該野生型X遺伝子中に存在しない停止コドンを含む、修飾転写後調節エレメント
を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項２】
前記停止コドンが、
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する前記変種X遺伝子中の位置から3’方向に36もしくは24ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン；ならびに／または
SEQ ID NO:1に示されるウッドチャック肝炎ウイルス(woodchuck hepatitis virus)(WHV)転写後調節エレメント(WHV post-transcriptional regulatory element)(WPRE)配列の残基411および／もしくはSEQ ID NO:2として示されるWHV配列の残基1503に対応する位置から3’方向に36もしくは24ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン
の中より選択される少なくとも1つの停止コドンを含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３】
修飾転写後調節エレメント(PRE)を含むポリヌクレオチドであって、
該修飾PREが野生型肝炎ウイルスX遺伝子の変種を含み、変種X遺伝子が、該野生型X遺伝子中に存在しない停止コドンを含み、該停止コドンが、
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に32もしくは30ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン；ならびに／または
SEQ ID NO:1に示されるウッドチャック肝炎ウイルス(WHV)転写後調節エレメント(WPRE)配列の残基411および／もしくはSEQ ID NO:2として示されるWHV配列の残基1503に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に32もしくは30ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン
の中より選択される少なくとも1つの停止コドンを含む、ポリヌクレオチド。
【請求項４】
前記停止コドンが、複数の停止コドンを含み、任意で、前記複数の停止コドンが、前記変種X遺伝子中に存在する各リーディングフレーム中に少なくとも1つの停止コドンを含み、かつ／または、同じリーディングフレーム中に少なくとも2つの停止コドンを含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項５】
修飾転写後調節エレメント(PRE)を含むポリヌクレオチドであって、
該修飾PREが野生型肝炎ウイルスX遺伝子の変種を含み、変種X遺伝子が、該野生型X遺伝子中に存在しない複数の停止コドンを含む、ポリヌクレオチド。
【請求項６】
前記複数の停止コドンが、
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する前記変種X遺伝子中の位置から3’方向に36、30、もしくは24ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン；ならびに／または
SEQ ID NO:1に示されるウッドチャック肝炎ウイルス(WHV)転写後調節エレメント(WPRE)配列の残基411および／またはSEQ ID NO:2として示されるWHV配列の残基1503に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に36、30、もしくは24ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン
の中より選択される少なくとも1つの停止コドンを含む、請求項4または請求項5に記載のポリヌクレオチド。
【請求項７】
前記変種X遺伝子が、少なくとも2つの停止コドン、少なくとも3つの停止コドン、または少なくとも4つの停止コドンを含み、かつ／または前記変種X遺伝子が、該変種X遺伝子中に存在する各リーディングフレーム中に1つの停止コドンを含む、請求項4〜6のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項８】
前記停止コドンが、
Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する前記変種X遺伝子中の位置から3’方向に9、12、15、もしくは18ヌクレオチド以内または少なくとも9、12、15、もしくは18ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン；ならびに／または
SEQ ID NO:1に示されるウッドチャック肝炎ウイルス(WHV)転写後調節エレメント(WPRE)配列の残基411および／またはSEQ ID NO:2として示されるWHV配列の残基1503に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に9、12、15、もしくは18ヌクレオチド以内または少なくとも9、12、15、もしくは18ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン
の中より選択される少なくとも1つの停止コドンを含む、請求項1〜7のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
前記停止コドンが、
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する前記変種X遺伝子中の位置から3’方向に位置9から、および／または、SEQ ID NO:1に示される配列中の位置420に対応するヌクレオチド位置から始まる、停止コドン；
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に位置13から、および／または、SEQ ID NO:1に示される配列中の位置424に対応するヌクレオチド位置から始まる、停止コドン；
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に位置17から、および／または、SEQ ID NO:1に示される配列中の位置428に対応するヌクレオチド位置から始まる、停止コドン；
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に位置21から、および／または、SEQ ID NO:1に示される配列中の位置432に対応するヌクレオチド位置から始まる、停止コドン
の中より選択される、請求項1〜8のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
前記停止コドンがアンバー(TAG)またはオパール(TGA)停止コドンである、請求項1〜9のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１１】
前記変種X遺伝子が、前記野生型肝炎ウイルスX遺伝子中に存在しない翻訳後修飾シグナルをコードする配列をさらに含む、請求項1〜10のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１２】
修飾転写後調節エレメント(PRE)を含むポリヌクレオチドであって、
該修飾PREが野生型肝炎ウイルスX遺伝子の変種を含み、変種X遺伝子が、該野生型肝炎ウイルスX遺伝子中に存在しない翻訳後修飾シグナルをコードする配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項１３】
前記翻訳後修飾シグナルがユビキチン化部位または1つもしくは複数のPEST配列を含む、請求項11または請求項12に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１４】
前記修飾PREに機能的に連結された組換えタンパク質をコードする核酸をさらに含む、請求項3〜13のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１５】
前記変種X遺伝子が、野生型哺乳動物肝炎ウイルスX遺伝子の変種であり、任意で、野生型哺乳動物肝炎ウイルスX遺伝子が野生型ウッドチャック肝炎ウイルス(WHV)X遺伝子である、請求項1〜14のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１６】
前記修飾PREが、哺乳動物肝炎ウイルスPREである野生型または未修飾肝炎ウイルスPREと比較して、ヌクレオチド修飾を含み、任意で、前記野生型または未修飾哺乳動物肝炎ウイルスPREが、野生型ウッドチャック肝炎ウイルスPRE(WPRE)である、請求項1〜15のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１７】
前記野生型または未修飾肝炎ウイルスPREが、
(a)SEQ ID NO:1もしくは125に示されるヌクレオチドの配列、またはSEQ ID NO:1もしくは125に対して少なくとも94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を示すヌクレオチドの配列；または
(b)転写後活性を示す、(a)のヌクレオチドの配列の部分
を含む、請求項16に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１８】
前記修飾PREが、
(a)SEQ ID NO:1または125に対して少なくとも85％の配列同一性を示すヌクレオチドの配列を含む修飾PREであって、SEQ ID NO:1または125中に存在しない少なくとも1つの停止コドンを含む変種X遺伝子を含有する、修飾PRE；および
(b)(a)のヌクレオチドの配列の部分を含む修飾PREであって、該部分が、該少なくとも1つの停止コドンを含む変種X遺伝子を含み、該部分が転写後活性を示す、修飾PRE
の中より選択される、請求項1〜11および14〜17のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１９】
前記変種X遺伝子が、SEQ ID NO:44〜58もしくは141〜155のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含み、かつ／または、前記修飾PREが、SEQ ID NO:29〜43もしくは126〜140のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含む、請求項1〜11および14〜18のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２０】
前記変種X遺伝子が、野生型肝炎ウイルスX遺伝子開始コドンと比較しておよび／またはSEQ ID NO:1のヌクレオチド位置411〜413に対応する開始コドンと比較して1つまたは複数のヌクレオチド相違を含む開始コドンの変種をさらに含み、前記1つまたは複数のヌクレオチド相違が、前記開始コドンからの制限または阻止された翻訳開始をもたらす、請求項1〜19のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
前記変種X遺伝子が、該変種X遺伝子に機能的に連結された変種プロモーターを含み、該変種プロモーターが、野生型肝炎ウイルスX遺伝子プロモーターと比較しておよび／またはSEQ ID NO:11のプロモーターと比較して、1つまたは複数のヌクレオチド相違を含み、前記1つまたは複数の相違が、前記プロモーターからの転写の制限または阻止をもたらす、請求項1〜20のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
真核細胞中への導入により、前記変種X遺伝子によってコードされる12、11、10、9、もしくは8アミノ酸長を超える長さのポリペプチドが産生されず；かつ／または
該ポリヌクレオチドが、該変種X遺伝子によってコードされる12、11、10、9、もしくは8アミノ酸長を超える長さのポリペプチドを産生することができない、請求項1〜11および14〜21のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２３】
前記修飾PREが、RNA核外輸送を促進しかつ／またはmRNA安定性を増大させるRNAをコードする、請求項1〜22のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２４】
変種フラップ（Flap）を含むウイルス核酸をさらに含み、
該変種フラップが、野生型または未修飾フラップ配列の中央ポリプリン区域（central polypurine tract）(cPPT)および／または中央終結配列（central termination sequence）(CTS)領域に対応するヌクレオチドの全部または部分の欠失を含有する、請求項1〜23のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５】
変種フラップを含むウイルス核酸を含むポリヌクレオチドであって、
該変種フラップが、野生型または未修飾フラップ配列の中央ポリプリン区域(cPPT)および／または中央終結配列(CTS)領域に対応するヌクレオチドの全部または部分の欠失を含有する、ポリヌクレオチド。
【請求項２６】
前記変種フラップが、SEQ ID NO:123に示されるcPPT領域中のヌクレオチドに対応するヌクレオチドの全部または連続部分の欠失を含み、かつ、SEQ ID NO:124に示されるCTS領域中のヌクレオチドに対応するヌクレオチドの全部または連続部分の欠失を含み、および／または
前記変種フラップを含む前記ウイルス核酸が、SEQ ID NO:121に対して少なくとも70％の配列同一性を示すヌクレオチドの配列を含み、該変種フラップが、cPPTおよびCTS領域の全部または部分を欠いている、
請求項24または請求項25に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２７】
SEQ ID NO:122の配列またはSEQ ID NO:122に対して少なくとも90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％もしくは少なくとも約90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む、変種フラップ；および
SEQ ID NO:29もしくは126の配列またはSEQ ID NO:29もしくは126に対して少なくとも90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％もしくは少なくとも約90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む、修飾PRE
を含む、請求項24〜26のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２８】
組換えタンパク質をコードする核酸をさらに含む、請求項25〜27のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２９】
前記組換えタンパク質が組換え受容体を含む、請求項1、2、14〜24、および28のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３０】
前記組換え受容体が抗原受容体および／またはキメラ受容体である、請求項29に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３１】
請求項1、2、14〜24、および28〜30のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドと、組換えタンパク質をコードする核酸に機能的に連結されたプロモーターとを含む、発現カセット。
【請求項３２】
請求項1〜30のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたは請求項31に記載の発現カセットを含み、任意で、ウイルスベクターである、ベクター。
【請求項３３】
請求項31に記載の発現カセットまたは請求項32に記載のベクターを含む、細胞。
【請求項３４】
請求項32に記載のベクターを含む、ウイルス粒子。
【請求項３５】
細胞において組換えタンパク質の発現を引き起こす条件下で、請求項31に記載の発現カセット、請求項32に記載のベクター、または請求項34に記載のウイルス粒子を該細胞に導入する工程を含む、方法。
【請求項３６】
請求項35に記載の方法によって製造された細胞。
【請求項３７】
請求項33または請求項36に記載の細胞と、薬学的に有効な担体とを含む、薬学的組成物。
【請求項３８】
疾患または状態を治療するための、請求項37に記載の薬学的組成物の使用。
【請求項３９】
疾患または状態を治療するための医薬の調製における使用のための、請求項37に記載の薬学的組成物。
【請求項４０】
疾患または状態を治療するための、請求項37に記載の薬学的組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６３】
任意の提供される処置方法のいくつかの態様において、この方法は、ポリヌクレオチドによってコードされる組換えタンパク質の発現をもたらす。いくつかの態様において、組換えタンパク質は、疾患もしくは状態またはそれらの細胞もしくは組織によって発現したリガンドに特異的に結合する組換え受容体を含む。任意の提供される方法のいくつかの態様において、受容体は、抗原受容体であり、リガンドは、疾患または状態に特異的および／またはそれらに関連する抗原である。任意の提供される方法のいくつかの態様において、疾患または状態は、癌、および自己免疫障害、または感染疾患である。
[本発明1001]
組換えタンパク質をコードする核酸；
該核酸に機能的に連結された修飾転写後調節エレメント(post-transcriptional regulatory element)(PRE)であって、該修飾PREが野生型肝炎ウイルスX遺伝子の変種を含み、変種X遺伝子が、該野生型X遺伝子中に存在しない停止コドンを含む、修飾転写後調節エレメント
を含む、ポリヌクレオチド。
[本発明1002]
前記停止コドンが、
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する前記変種X遺伝子中の位置から3’方向に36もしくは24ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン；ならびに／または
SEQ ID NO:1に示されるWHV転写後調節エレメント(WHV post-transcriptional regulatory element)(WPRE)配列の残基411および／もしくはSEQ ID NO:2として示されるWHV配列の残基1503に対応する位置から3’方向に36もしくは24ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン
の中より選択される少なくとも1つの停止コドンを含む、本発明1001のポリヌクレオチド。
[本発明1003]
39ヌクレオチド長を超えるもしくは約39ヌクレオチド長を超えるまたは27ヌクレオチド長を超えるもしくは約27ヌクレオチド長を超えるオープンリーディングフレームを、前記変種X遺伝子が含まない、本発明1001または本発明1002のポリヌクレオチド。
[本発明1004]
修飾転写後調節エレメント(PRE)を含むポリヌクレオチドであって、
該修飾PREが野生型肝炎ウイルスX遺伝子の変種を含み、変種X遺伝子が、該野生型X遺伝子中に存在しない停止コドンを含み、該停止コドンが、
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に32もしくは30ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン；ならびに／または
SEQ ID NO:1に示されるWHV転写後調節エレメント(WPRE)配列の残基411および／もしくはSEQ ID NO:2として示されるWHV配列の残基1503に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に32もしくは30ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン
の中より選択される少なくとも1つの停止コドンを含む、ポリヌクレオチド。
[本発明1005]
前記変種X遺伝子が、33ヌクレオチド長未満または33ヌクレオチド長であるオープンリーディングフレームを含む、本発明1004のポリヌクレオチド。
[本発明1006]
前記停止コドンが、複数の停止コドンを含む、本発明1001〜1005のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1007]
前記複数の停止コドンが、前記変種X遺伝子中に存在する各リーディングフレーム中に少なくとも1つの停止コドンを含み、かつ／または、同じリーディングフレーム中に少なくとも2つの停止コドンを含む、本発明1006のポリヌクレオチド。
[本発明1008]
修飾転写後調節エレメント(PRE)を含むポリヌクレオチドであって、
該修飾PREが野生型肝炎ウイルスX遺伝子の変種を含み、変種X遺伝子が、該野生型X遺伝子中に存在しない複数の停止コドンを含む、ポリヌクレオチド。
[本発明1009]
前記複数の停止コドンが、
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する前記変種X遺伝子中の位置から3’方向に36、30、もしくは24ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン；ならびに／または
SEQ ID NO:1に示されるWHV転写後調節エレメント(WPRE)配列の残基411および／またはSEQ ID NO:2として示されるWHV配列の残基1503に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に36、30、もしくは24ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン
の中より選択される少なくとも1つの停止コドンを含む、本発明1008のポリヌクレオチド。
[本発明1010]
39ヌクレオチド長を超えるもしくは約39ヌクレオチド長を超える、33ヌクレオチド長を超えるもしくは約33ヌクレオチド長を超える、または27ヌクレオチド長を超えるもしくは約27ヌクレオチド長を超えるオープンリーディングフレームを、前種変種X遺伝子が含まない、本発明1009のポリヌクレオチド。
[本発明1011]
前記変種X遺伝子が、少なくとも2つの停止コドン、少なくとも3つの停止コドン、または少なくとも4つの停止コドンを含む、本発明1008〜1010のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1012]
前記変種X遺伝子が、該変種X遺伝子中に存在する各リーディングフレーム中に1つの停止コドンを含む、本発明1008〜1011のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1013]
前記修飾PREに機能的に連結された組換えタンパク質をコードする核酸をさらに含む、本発明1004〜1012のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1014]
前記停止コドンが、
Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する前記変種X遺伝子中の位置から3’方向に9、12、15、もしくは18ヌクレオチド以内または少なくとも9、12、15、もしくは18ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン；ならびに／または
SEQ ID NO:1に示されるWHV転写後調節エレメント(WPRE)配列の残基411および／またはSEQ ID NO:2として示されるWHV配列の残基1503に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に9、12、15、もしくは18ヌクレオチド以内または少なくとも9、12、15、もしくは18ヌクレオチド以内の位置から始まる、停止コドン
の中より選択される少なくとも1つの停止コドンを含む、本発明1001〜1013のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1015]
21ヌクレオチド長を超えるもしくは約21ヌクレオチド長を超える、18ヌクレオチド長を超えるもしくは約18ヌクレオチド長を超える、15ヌクレオチド長を超えるもしくは約15ヌクレオチド長を超える、または12ヌクレオチド長を超えるもしくは約12ヌクレオチド長を超えるオープンリーディングフレームを、前記変種X遺伝子が含まない、本発明1014のポリヌクレオチド。
[本発明1016]
前記修飾PREが、SEQ ID NO:1のヌクレオチド残基448〜470に対応するβステムループを含有し；かつ／または
該修飾PREが、SEQ ID NO:1のヌクレオチド448〜470に対応するβステムループ内の位置においてヌクレオチド変化を含有せず；かつ／または
1つもしくは複数の前記停止コドンが、SEQ ID NO:1のヌクレオチド448〜470に対応するβステムループ内の位置におけるヌクレオチドを含まない、本発明1001〜1015のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1017]
前記停止コドンが、アンバー(TAG)、オーカー(TAA)、またはオパール(TGA)停止コドンより選択される、本発明1001〜1016のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1018]
前記停止コドンが、ヌクレオチドの置換、欠失、または挿入によって導入されている、本発明1001〜1017のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1019]
前記停止コドンが、
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する前記変種X遺伝子中の位置から3’方向に位置9から、および／または、SEQ ID NO:1に示される配列中の位置420に対応するヌクレオチド位置から始まる、停止コドン；
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に位置13から、および／または、SEQ ID NO:1に示される配列中の位置424に対応するヌクレオチド位置から始まる、停止コドン；
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に位置17から、および／または、SEQ ID NO:1に示される配列中の位置428に対応するヌクレオチド位置から始まる、停止コドン；
野生型Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に位置21から、および／または、SEQ ID NO:1に示される配列中の位置432に対応するヌクレオチド位置から始まる、停止コドン
の中より選択される、本発明1001〜1018のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1020]
前記停止コドンがアンバー(TAG)またはオパール(TGA)停止コドンである、本発明1017〜1019のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1021]
前記修飾PREが、SEQ ID NO:28を含む変種X遺伝子を含む、本発明1001〜1020のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1022]
前記変種X遺伝子が、180ヌクレオチド長以下であるか、または210ヌクレオチド長以下もしくは約210ヌクレオチド長以下であり；かつ／または
該変種X遺伝子が、少なくとも90ヌクレオチド長もしくは少なくとも約90ヌクレオチド長または少なくとも約120ヌクレオチド長であるか、または少なくとも180ヌクレオチド長もしくは少なくとも約180ヌクレオチド長である、本発明1001〜1021のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1023]
前記変種X遺伝子が、前記野生型肝炎ウイルスX遺伝子中に存在しない翻訳後修飾シグナルをコードする配列をさらに含む、本発明1001〜1022のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1024]
修飾転写後調節エレメント(PRE)を含むポリヌクレオチドであって、
該修飾PREが野生型肝炎ウイルスX遺伝子の変種を含み、変種X遺伝子が、該野生型肝炎ウイルスX遺伝子中に存在しない翻訳後修飾シグナルをコードする配列を含む、ポリヌクレオチド。
[本発明1025]
前記翻訳後修飾シグナルがユビキチン化部位を含む、本発明1023または本発明1024のポリヌクレオチド。
[本発明1026]
前記翻訳後修飾シグナルが、
Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する前記変種X遺伝子中の位置から3’方向に2、3、4、5、もしくは6ヌクレオチド以内または少なくとも2、3、4、もしくは6ヌクレオチド以内の位置から始まる、第1のコドンであって、N末端則に従ってグリシン、アルギニン、グルタミン酸、フェニルアラニン、アスパラギン酸、システイン、リジン、アスパラギン、セリン、チロシン、トリプトファン、ヒスチジン、またはロイシン残基をコードする、第1のコドン；および任意で
Xタンパク質オープンリーディングフレームの開始コドンの5’位に対応する該変種X遺伝子中の位置から3’方向に2、3、4、5、もしくは6ヌクレオチド以内または少なくとも2、3、4、5、もしくは6ヌクレオチド以内の位置から始まる、第2のコドンであって、N末端則に従ってグルタミン酸またはアスパラギン残基をコードする、第2のコドン
を含む、本発明1023または本発明1024のポリヌクレオチド。
[本発明1027]
前記翻訳後修飾シグナルが、1つまたは複数のPEST配列を含む、本発明1023または本発明1024のポリヌクレオチド。
[本発明1028]
前記修飾PREに機能的に連結された組換えタンパク質をコードする核酸をさらに含む、本発明1024〜1027のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1029]
翻訳後修飾シグナルをコードする配列を含む前記変種X遺伝子が、SEQ ID NO:1のヌクレオチド残基448〜470に対応するβステムループを含有し；かつ／または
翻訳後修飾シグナルをコードする配列を含む該変種X遺伝子が、SEQ ID NO:1のヌクレオチド448〜470に対応するβステムループ内の位置においてヌクレオチド変化を含有しない、本発明1024〜1028のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1030]
前記変種X遺伝子が、180ヌクレオチド長以下であるか、または210ヌクレオチド長以下もしくは約210ヌクレオチド長以下であり；かつ／または
該変種X遺伝子が、少なくとも90ヌクレオチド長もしくは少なくとも約90ヌクレオチド長または少なくとも約120ヌクレオチド長であるか、または少なくとも180ヌクレオチド長もしくは少なくとも約180ヌクレオチド長である、本発明1024〜1029のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1031]
前記変種X遺伝子が、野生型哺乳動物肝炎X遺伝子の変種である、本発明1001〜1030のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1032]
前記野生型哺乳動物肝炎X遺伝子が、野生型ウッドチャック肝炎ウイルス(woodchuck hepatitis virus)(WHV)X遺伝子である、本発明1031のポリヌクレオチド。
[本発明1033]
前記野生型WHV X遺伝子が、SEQ ID NO:1および12〜20のいずれかのヌクレオチド411〜592として示されるヌクレオチドの配列を含む、本発明1032のポリヌクレオチド。
[本発明1034]
前記野生型WHV X遺伝子が、SEQ ID NO:9のヌクレオチド配列を含む、本発明1032または本発明1033のポリヌクレオチド。
[本発明1035]
前記修飾PREが、野生型肝炎ウイルスPREについての少なくとも2つもしくは少なくとも3つのシス作用転写後調節サブエレメントまたはそれらの機能的変種を含む、本発明1001〜1034のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1036]
前記少なくとも2つもしくは少なくとも3つのサブエレメントが、野生型PREαサブエレメントもしくはその機能的変種、野生型PREβサブエレメントの機能的変種、および／または野生型PREγサブエレメントもしくはその機能的変種を含む、本発明1035のポリヌクレオチド。
[本発明1037]
前記修飾PREが、野生型肝炎ウイルスPREのαサブエレメントまたはその機能的変種、および野生型PREβサブエレメントの機能的変種を含む、本発明1001〜1036のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1038]
前記αサブエレメントが、SEQ ID NO:3の配列もしくはその変種を含み、前記βサブエレメントが、SEQ ID NO:6の配列の変種を含み、かつ／または、前記γサブユニットが、SEQ ID NO:8の配列もしくはその変種を含む、本発明1036または本発明1037のポリヌクレオチド。
[本発明1039]
前記修飾PREが、哺乳動物肝炎PREである野生型または未修飾肝炎ウイルスPREと比較して、ヌクレオチド修飾を含む、本発明1001〜1038のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1040]
野生型または未修飾哺乳動物肝炎ウイルスPREが、SEQ ID NO:1および12〜27のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含む、本発明1039のポリヌクレオチド。
[本発明1041]
前記野生型または未修飾哺乳動物肝炎PREが、野生型ウッドチャック肝炎ウイルスPRE(WPRE)である、本発明1039または本発明1040のポリヌクレオチド。
[本発明1042]
前記野生型または未修飾肝炎PREが、
(a)SEQ ID NO:1に示されるヌクレオチドの配列、またはSEQ ID NO:1に対して少なくとも94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を示すヌクレオチドの配列；または
(b)転写後活性を示す、(a)のヌクレオチドの配列の部分
を含む、本発明1039〜1041のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1043]
前記野生型または未修飾肝炎PREが、SEQ ID NO:1および12〜20のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含む、本発明1039〜1042のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1044]
前記野生型または未修飾肝炎PREが、SEQ ID NO:1のヌクレオチド配列を含む、本発明1039〜1043のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1045]
前記野生型または未修飾肝炎PREが、
(a)SEQ ID NO:125に示されるヌクレオチドの配列、またはSEQ ID NO:125に対して少なくとも94％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を示すヌクレオチドの配列；または
(b)転写後活性を示す、(a)のヌクレオチドの配列の部分
を含む、本発明1039〜1042のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1046]
前記野生型または未修飾肝炎PREが、SEQ ID NO:125のヌクレオチド配列を含む、本発明1045のポリヌクレオチド。
[本発明1047]
前記変種X遺伝子が、SEQ ID NO:1の位置411に対応する位置から始まる開始コドンを含む、本発明1001〜1046のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1048]
前記開始コドンがATG開始コドンである、本発明1047のポリヌクレオチド。
[本発明1049]
前記変種X遺伝子が、該変種X遺伝子に機能的に連結されたプロモーターをさらに含む、本発明1001〜1048のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1050]
前記プロモーターが、SEQ ID NO:11に示される配列を含む野生型X遺伝子プロモーター、または野生型WHV X遺伝子プロモーター配列である、本発明1049のポリヌクレオチド。
[本発明1051]
前記修飾PREが、
(a)SEQ ID NO:1に対して少なくとも85％の配列同一性を示すヌクレオチドの配列を含む修飾PREであって、SEQ ID NO:1中に存在しない少なくとも1つの停止コドンを含む変種X遺伝子を含有する、修飾PRE；および
(b)(a)のヌクレオチドの配列の部分を含む修飾PREであって、該部分が、該少なくとも1つの停止コドンを含む変種X遺伝子を含み、該部分が転写後活性を示す、修飾PRE
の中より選択される、本発明1001〜1023および1031〜1050のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1052]
前記修飾PREが、
(a)SEQ ID NO:125に対して少なくとも85％の配列同一性を示すヌクレオチドの配列を含む修飾PREであって、SEQ ID NO:125中に存在しない少なくとも1つの停止コドンを含む変種X遺伝子を含有する、修飾PRE；および
(b)(a)のヌクレオチドの配列の部分を含む修飾PREであって、該部分が、該少なくとも1つの停止コドンを含む変種X遺伝子を含み、該部分が転写後活性を示す、修飾PRE
の中より選択される、本発明1001〜1023および1031〜1051のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1053]
前記変種X遺伝子が、少なくとも2つの停止コドン、少なくとも3つの停止コドン、または少なくとも4つの停止コドンを含む、本発明1051または本発明1052のポリヌクレオチド。
[本発明1054]
前記変種X遺伝子が、該変種X遺伝子中に存在する各リーディングフレーム中に1つの停止コドンを含む、本発明1051〜1053のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1055]
前記変種X遺伝子が、SEQ ID NO:44〜58のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含み、かつ／または、前記修飾PREが、SEQ ID NO:29〜43のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含む、本発明1001〜1023および1031〜1054のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1056]
前記変種X遺伝子が、SEQ ID NO:141〜155のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含み、かつ／または、前記修飾PREが、SEQ ID NO:126〜140のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含む、本発明1001〜1023および1031〜1054のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1057]
前記修飾PREが、前記野生型PRE中に存在しない少なくとも1つの停止コドンの他には、いかなる修飾も含有しない、本発明1001〜1021および1031〜1056のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1058]
前記修飾PREが、前記野生型PRE中に存在しない少なくとも1つの停止コドンの他に、追加の修飾を含有する、本発明1001〜1023および1031〜1056のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1059]
前記変種X遺伝子が、野生型肝炎ウイルスX遺伝子開始コドンと比較しておよび／またはSEQ ID NO:1のヌクレオチド位置411〜413に対応する開始コドンと比較して1つまたは複数のヌクレオチド相違を含む開始コドンの変種をさらに含む、本発明1001〜1023および1031〜1058のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1060]
前記1つまたは複数の相違が、前記開始コドンからの制限または阻止された翻訳開始をもたらす、本発明1059のポリヌクレオチド。
[本発明1061]
前記変種X遺伝子が、SEQ ID NO:74〜88のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含み、かつ／または、前記修飾PREが、SEQ ID NO:59〜73のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含む、本発明1058〜1060のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1062]
前記変種X遺伝子が、SEQ ID NO:171〜185のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含み、かつ／または、前記修飾PREが、SEQ ID NO:156〜170のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含む、本発明1058〜1060のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1063]
前記変種X遺伝子が、該変種X遺伝子に機能的に連結された変種プロモーターを含み、該変種プロモーターが、野生型肝炎ウイルスX遺伝子プロモーターと比較しておよび／またはSEQ ID NO:11のプロモーターと比較して、1つまたは複数のヌクレオチド相違を含む、本発明1001〜1023および1031〜1062のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1064]
前記1つまたは複数の相違が、前記プロモーターからの転写の制限または阻止をもたらす、本発明1063のポリヌクレオチド。
[本発明1065]
前記修飾PREが、SEQ ID NO:89〜118のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含む、本発明1063または本発明1064のポリヌクレオチド。
[本発明1066]
前記修飾PREが、SEQ ID NO:186〜215のいずれかに示されるヌクレオチドの配列を含む、本発明1065のポリヌクレオチド。
[本発明1067]
真核細胞中への導入により、前記変種X遺伝子によってコードされる12、11、10、9、もしくは8アミノ酸長を超える長さのポリペプチドが産生されず；かつ／または
該ポリヌクレオチドが、該変種X遺伝子によってコードされる12、11、10、9、もしくは8アミノ酸長を超える長さのポリペプチドを産生することができない、本発明1001〜1023および1031〜1066のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1068]
前記修飾PREが、
(a)SEQ ID NO:1に対して少なくとも85％の配列同一性を示すヌクレオチドの配列を含む修飾PREであって、SEQ ID NO:1中に存在しない翻訳後修飾シグナルをコードする配列を含む変種X遺伝子を含有する、修飾PRE；および
(b)(a)のヌクレオチドの配列の部分を含む修飾PREであって、該部分が、該翻訳後修飾シグナルをコードする配列を含む変種X遺伝子を含み、該部分が転写後活性を示す、修飾PRE
の中より選択される、本発明1024〜1050のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1069]
前記変種X遺伝子が、最大1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12個までのヌクレオチド変化を含む、本発明1001〜1068のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1070]
前記修飾PREが、前記翻訳後修飾シグナルをコードする配列の他には、いかなる修飾も含有しない、本発明1024〜1050、1068、および1069のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1071]
前記修飾PREが、前記野生型肝炎ウイルスX遺伝子中に存在しない前記翻訳後修飾シグナルをコードする配列の他に、追加の修飾を含有する、本発明1024〜1050、1068、および1069のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1072]
前記追加の修飾が前記変種X遺伝子中に存在する、本発明1071のポリヌクレオチド。
[本発明1073]
前記追加の修飾が、不活性Xタンパク質および／または切断型Xタンパク質をコードする変種X遺伝子をもたらす、本発明1072のポリヌクレオチド。
[本発明1074]
前記修飾PREが、RNA核外輸送を促進しかつ／またはmRNA安定性を増大させるRNAをコードする、本発明1001〜1073のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1075]
前記修飾PREが、RNA核外輸送を促進しかつ／またはmRNA安定性を増大させるRNAポリヌクレオチドをコードし、RNA核外輸送および／またはmRNA安定性の促進によって前記組換えタンパク質の発現が増大する、本発明1001〜1074のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1076]
前記修飾PREが、対応する前記野生型肝炎PREおよび／またはSEQ ID NO:1に示されるPREの転写後活性を保持する、本発明1001〜1075のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1077]
変種フラップ（Flap）を含むウイルス核酸をさらに含み、
該変種フラップが、野生型または未修飾フラップ配列の中央ポリプリン区域（central polypurine tract）(cPPT)および／または中央終結配列（central termination sequence）(CTS)領域に対応するヌクレオチドの全部または部分の欠失を含有する、本発明1001〜1076のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1078]
変種フラップを含むウイルス核酸を含むポリヌクレオチドであって、
該変種フラップが、野生型または未修飾フラップ配列の中央ポリプリン区域(cPPT)および／または中央終結配列(CTS)領域に対応するヌクレオチドの全部または部分の欠失を含有する、ポリヌクレオチド。
[本発明1079]
前記変種フラップが、cPPTおよびCTSに対応するヌクレオチドの全部または部分の欠失を含む、本発明1077または本発明1078のポリヌクレオチド。
[本発明1080]
前記野生型または未修飾フラップ配列が、任意でレンチウイルスであるレトロウイルスのcPPTまたはCTS領域を含む80〜200個または約80〜200個の連続ヌクレオチドを含む、本発明1077〜1079のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1081]
前記レトロウイルスが、HIV-1であるレンチウイルスである、本発明1080のポリヌクレオチド。
[本発明1082]
前記野生型または未修飾フラップ配列が、
(a)SEQ ID NO:121に示されるヌクレオチドの配列；
(b)cPPTおよびCTS領域を含有するSEQ ID NO:121に示されるヌクレオチドの配列に対して少なくとも85％の配列同一性を含むヌクレオチドの配列；または
(c)cPPTおよびCTS領域を含む、(a)もしくは(b)の連続部分
を含む、本発明1077〜1081のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1083]
前記変種フラップが、SEQ ID NO:123に示されるcPPT領域中のヌクレオチドに対応するヌクレオチドの全部または連続部分の欠失を含む、本発明1077〜1082のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1084]
前記変種フラップが、SEQ ID NO:124に示されるCTS領域中のヌクレオチドに対応するヌクレオチドの全部または連続部分の欠失を含む、本発明1077〜1083のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1085]
前記変種フラップが、SEQ ID NO:123に示されるcPPT領域中のヌクレオチドに対応するヌクレオチドの全部または連続部分の欠失を含み、かつ、SEQ ID NO:124に示されるCTS領域中のヌクレオチドに対応するヌクレオチドの全部または連続部分の欠失を含む、本発明1077〜1084のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1086]
前記変種フラップを含む前記ウイルス核酸が、SEQ ID NO:121に対して少なくとも70％の配列同一性を示すヌクレオチドの配列を含み、該変種フラップが、cPPTおよびCTS領域の全部または部分を欠いている、本発明1077〜1085のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1087]
前記変種フラップを含む前記ウイルス核酸が、SEQ ID NO:122に示される配列を含む、本発明1077〜1086のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1088]
SEQ ID NO:122の配列またはSEQ ID NO:122に対して少なくとも90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％もしくは少なくとも約90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む、変種フラップ；および
SEQ ID NO:29の配列またはSEQ ID NO:29に対して少なくとも90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％もしくは少なくとも約90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む、修飾PRE
を含む、本発明1077〜1087のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1089]
SEQ ID NO:122の配列またはSEQ ID NO:122に対して少なくとも90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％もしくは少なくとも約90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む、変種フラップ；および
SEQ ID NO:126の配列またはSEQ ID NO:126に対して少なくとも90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％もしくは少なくとも約90％、95％、96％、97％、98％、もしくは99％の配列同一性を有する配列を含む、修飾PRE
を含む、本発明1077〜1087のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1090]
組換えタンパク質をコードする核酸をさらに含む、本発明1078〜1089のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1091]
前記組換えタンパク質が組換え受容体を含む、本発明1001〜1003、1013〜1022、1027〜1077、および1090のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1092]
前記組換え受容体が抗原受容体および／またはキメラ受容体である、本発明1091のポリヌクレオチド。
[本発明1093]
前記組換え受容体が、機能的非TCR抗原受容体またはトランスジェニックTCRである、本発明1092のポリヌクレオチド。
[本発明1094]
前記組換え受容体がキメラ抗原受容体(CAR)である、本発明1091〜1093のいずれかのポリヌクレオチド。
[本発明1095]
本発明1001〜1003、1013〜1022、1027〜1077、および1090〜1094のいずれかのポリヌクレオチドと、組換えタンパク質をコードする核酸に機能的に連結されたプロモーターとを含む、発現カセット。
[本発明1096]
本発明1001〜1094のいずれかのポリヌクレオチドまたは本発明1095の発現カセットを含む、ベクター。
[本発明1097]
ウイルスベクターである、本発明1096のベクター。
[本発明1098]
前記ウイルスベクターがレトロウイルスベクターである、本発明1097のベクター。
[本発明1099]
前記ウイルスベクターがレンチウイルスベクターである、本発明1097または本発明1098のベクター。
[本発明1100]
前記レンチウイルスベクターがHIV-1に由来する、本発明1099のベクター。
[本発明1101]
本発明1095の発現カセットまたは本発明1096〜1100のいずれかのベクターを含む、細胞。
[本発明1102]
T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、iPS細胞、またはiPS由来細胞である、本発明1101の細胞。
[本発明1103]
本発明1096〜1100のいずれかのベクターを含む、ウイルス粒子。
[本発明1104]
細胞において組換えタンパク質の発現を引き起こす条件下で、本発明1095の発現カセット、本発明1096〜1100のいずれかのベクター、または本発明1103のウイルス粒子を該細胞に導入する工程を含む、方法。
[本発明1105]
前記導入が、前記ベクターまたは前記ウイルス粒子を前記細胞に形質導入することによって行われ；
該導入が、該ベクターを該細胞にトランスフェクトすることによって行われ；かつ／または
該導入が、該ベクターを用いる該細胞のエレクトロポレーションによって行われる、本発明1104の方法。
[本発明1106]
前記修飾PREを含有しないことまたはPREを含有しないこと以外は同じであるベクターの導入により達成されるレベルと比較して増大したレベルで、前記組換えタンパク質が発現する、本発明1104または本発明1105の方法。
[本発明1107]
本発明1104〜1106のいずれかの方法によって製造された細胞。
[本発明1108]
本発明1101、1102、または1107の細胞と、薬学的に有効な担体とを含む、薬学的組成物。
[本発明1109]
疾患または状態を有する対象に本発明1108の薬学的組成物を投与する工程を含む、治療方法。
[本発明1110]
前記細胞によって発現した組換えタンパク質が、前記疾患もしくは前記状態またはそれらの細胞もしくは組織によって発現したリガンドに特異的に結合する組換え受容体を含む、本発明1109の方法。
[本発明1111]
前記組換え受容体が抗原受容体であり、かつ、前記リガンドが、前記疾患または前記状態に特異的なかつ／または関連する抗原である、本発明1110の方法。
[本発明1112]
前記疾患または前記状態が、癌、自己免疫疾患、または感染症である、本発明1109〜1111のいずれかの方法。
[本発明1113]
疾患または状態を治療するための、本発明1108の薬学的組成物の使用。
[本発明1114]
疾患または状態を治療するための医薬の調製における使用のための、本発明1108の薬学的組成物。
[本発明1115]
前記細胞によって発現した組換えタンパク質が、前記疾患もしくは前記状態またはそれらの細胞もしくは組織によって発現したリガンドに特異的に結合する組換え受容体を含む、本発明1113の使用または本発明1114の薬学的組成物。
[本発明1116]
前記組換え受容体が抗原受容体であり、かつ、前記リガンドが、前記疾患または前記状態に特異的なかつ／または関連する抗原である、本発明1113〜1115のいずれかの使用または薬学的組成物。
[本発明1117]
前記疾患または前記状態が、癌、自己免疫疾患、または感染症である、本発明1113〜1116のいずれかの使用または薬学的組成物。