【手続補正書】
【提出日】平成20年8月22日(2008.8.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つ又はそれ以上の因子の決定基を提示するための回路と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路と；
を具えることを特徴とするシステム。
【請求項２】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路が：
免疫応答又は免疫応答の進行の少なくとも１つの少なくとも一部分を誘導することに関連した前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基が：
アミノ酸残基、ヌクレオチド、炭水化物、タンパク質、脂質、カプシドタンパク質、多糖、リポ多糖、糖脂質、又は糖タンパク質の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
入力に応答して前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
ユーザ入力に応答して前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項６】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
ロボット入力に応答して前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項７】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基を宿主での免疫応答の少なくとも一部分の進行の予測パターンに関連づける回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項８】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基での１つ又はそれ以上のパターン変化を予測する回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項９】
請求項８に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基での１つ又はそれ以上のパターン変化を予測する回路が：
誘導された免疫応答の１つ又はそれ以上の進行に対して前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の前記１つ又はそれ以上のパターン変化を相関させる回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項１０】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基が、実体と、最大約８０％のアミノ酸配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１１】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実体と類似の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１２】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが少なくとも１つの決定基が、実体と、少なくとも８８％の配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１３】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実体と実質的に類似した機能的配列一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１４】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実体と実質的に類似した構造的一致を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１５】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが前記免疫応答に対して実質的に類似の効果を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１６】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実質的に類似の機能的効果を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１７】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットがアッセイで実質的に類似の結果を有する少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１８】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが実質的に抗原性の少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項１９】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが免疫学的に有効な少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項２０】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが前記因子によって提示された少なくとも１つの決定基を含む；
ことを特徴とするシステム。
【請求項２１】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが、少なくとも２つのコピー数を有し、前記因子によって提示された少なくとも１つの決定基を示す；
ことを特徴とするシステム。
【請求項２２】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが、少なくとも２つのコピー数を有し、認識される少なくとも１つの決定基を示す；
ことを特徴とするシステム。
【請求項２３】
請求項２２に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基からなるセット又はサブセットを形成するための回路を更に具え、前記セット又はサブセットが前記因子によって結合された少なくとも１つの決定基を示す；
ことを特徴とするシステム。
【請求項２４】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項２５】
請求項２４に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むための回路が：
植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウイルス・データベース、生物学的データベース、遺伝学的データベース、ゲノム・データベース、構造的データベース、ＳＮＰデータベース、又は免疫学的データベースの少なくとも１つに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項２６】
請求項２４に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むための回路が：
ヒト・データベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項２７】
請求項２４に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の選択に影響を与えるデータベースに由来するデータを含むための回路が：
病原体データベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項２８】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
植物データベース、動物データベース、細菌データベース、ウイルス・データベース、生物学的データベース、遺伝学的データベース、ゲノム・データベース、構造的データベース、ＳＮＰデータベース、又は免疫学的データベースの少なくとも１つに由来するデータを含むことによって少なくとも１つの前記免疫応答成分の選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項２９】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
ヒト・データベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３０】
請求項２９に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
病原体データベースに由来するデータを含むための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３１】
請求項２９に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記少なくとも１つの決定基に関連した少なくとも１つの前記免疫応答成分の選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３２】
請求項２９に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
マクロファージ、リンパ球、Ｔリンパ球、キラーＴリンパ球、免疫応答修飾因子、ヘルパーＴリンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、細胞毒性Ｔリンパ球、Ｔ８リンパ球、細胞膜抗原（ＣＤ）分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３３】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
Ｂリンパ球の少なくとも１つの少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３４】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記免疫応答成分が：
Ｂリンパ球の少なくとも一部分の修飾因子の少なくとも１つ；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３５】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
マクロファージ、リンパ球、Ｔリンパ球、キラーＴリンパ球、免疫応答修飾因子、ヘルパーＴリンパ球、抗原受容体、抗原提示細胞、細胞毒性Ｔリンパ球、Ｔ８リンパ球、細胞膜抗原（ＣＤ）分子、ＣＤ３分子、又はＣＤ１分子の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分の少なくとも１つの修飾因子；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３６】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体，単一特異的抗体、二重特異性抗体、多特異的抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体，モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、又は抗体フラグメントの１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３７】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
抗体、組換え抗体、遺伝子改変抗体、キメラ抗体，単一特異的抗体、二重特異性抗体、多特異的抗体、ダイアボディ、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、異種抗体，モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、又は抗体フラグメントの１つ又はそれ以上の少なくとも一部分の少なくとも１つの修飾因子；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３８】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する前記少なくとも１つの免疫応答成分が：
合成抗体又は合成抗体の修飾因子の１つ又はそれ以上の少なくとも一部分；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項３９】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上のヒト又はヒト化抗体の形成を誘導することによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４０】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上のキメラ抗体の形成を誘導することによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４１】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記免疫応答の少なくとも一部分を修飾するために操作可能な前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した１つ又はそれ以上の組換え抗体の形成を誘導することで前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４２】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基の同定に影響を与えるためのデータベースに由来するデータを含むことによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４３】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
前記因子の少なくとも１つの決定基の同定に影響を与えるための遺伝学的データベース、免疫学的データベース、生物学的データベース、又はＳＮＰデータベースに由来するデータを含むことによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４４】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
病原体データベースに由来するデータを含むことによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４５】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
ヒト・データベースに由来するデータを含むことによって前記少なくとも１つの免疫応答成分の前記選択を指定するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４６】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路が：
プランを提供することで前記少なくとも１つの免疫応答成分の選択を補助するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４７】
請求項４６に記載のシステムにおいて、前記プランを提供することで前記少なくとも１つの免疫応答成分の選択を補助するための回路が：
前記免役応答の少なくとも一部分を管理するためのプランを提供するための回路；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４８】
請求項４６に記載のシステムにおいて、前記プランが：
投薬量、投薬パターン、有効経路、又は投薬期間の少なくとも１つ；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項４９】
請求項１に記載のシステムにおいて、前記因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路が：
応答に関連した１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路を更に具え、前記応答が管理を必要とする；
ことを特徴とするシステム。
【請求項５０】
システムであって、限定されないが、コンピュータシステムとともに使用するためのコンピュータ・プログラムを含むコンピュータ読み取り可能な媒体を具え、前記コンピュータ・プラグラムが：
因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための１つ又はそれ以上の命令と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための１つ又はそれ以上の命令と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための１つ又はそれ以上の命令と；
を含む複数の命令を含むことを特徴とするシステム。
【請求項５１】
プログラム・プロダクトであって、
因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための手段と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための手段と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための手段と；
を有する少なくとも１つのシグナル保持媒体を具えることを特徴とするプログラム・プロダクト。
【請求項５２】
請求項５１に記載のシステムにおいて、前記少なくとも１つのシグナル保持体が：
記録可能媒体又は伝送媒体の少なくとも１つ；
を更に具えることを特徴とするシステム。
【請求項５３】
免役応答に関連した方法であって：
因子と特定するステップと；
前記特定された因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するステップと；
を具えることを特徴とする免役応答に関連した方法。
【請求項５４】
免役応答に関連したシステムであって：
因子を特定するための回路と；
前記特定された因子の１つ又はそれ以上の決定基を提示するための回路と；
を具えることを特徴とする免役応答に関連したシステム。
【請求項５５】
免疫応答に関連した方法であって：
因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するステップと；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するステップと；
を具えることを特徴とする免疫応答に関連した方法。
【請求項５６】
免疫応答に関連したシステムであって：
因子の１つ又はそれ以上の決定基に関連した進行の予測パターンを提供するための回路と；
前記因子の前記１つ又はそれ以上の決定基に対応する少なくとも１つの免疫応答成分の選択を指定するための回路と；
を具えることを特徴とする免疫応答に関連したシステム。