【手続補正書】
【提出日】平成20年9月11日(2008.9.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａｔｐＥタンパク質の耐性を賦与する突然変異部位を含んでなることを特徴とする、ＡＴＰアーゼのＦ0部分の結合部位。
【請求項２】
耐性を賦与する突然変異部位が、Ｍｔｂ＿Ｓ（配列番号１）若しくはＭｔｂ＿Ｒ（配列番号２）の番号付けを参照として採用して、ａｔｐＥタンパク質のアミノ酸１４ないし３４およびアミノ酸５３ないし６９を指す、請求項１に記載の結合部位。
【請求項３】
１個のＣサブユニットの少なくともアミノ酸Ａｌａ24、Ｇｌｙ27、Ｐｈｅ53、Ｖａｌ57、Ｇｌｙ58、Ｇｌｕ61、Ｔｙｒ64およびＰｈｅ65、ならびに１個のＡサブユニットのアミノ酸Ｓｅｒ182、Ｌｅｕ183、Ｌｅｕ185、Ａｒｇ186を含んでなる、請求項１に記載の結合部位。
【請求項４】
アミノ酸が、表３、４若しくは５のいずれかの原子座標、または約１．５Å未満の水素以外の原子の二乗平均偏差を含んでなる相同な構造座標を有する、請求項４に記載の結合部位。
【請求項５】
ＡＴＰアーゼのＦ0部分と相互作用する化合物、および抗菌化合物としてのそれらの潜在能力の同定方法における、請求項１ないし４のいずれか１つに記載の結合部位の使用。
【請求項６】
ａｔｐＥタンパク質と相互作用する試験化合物の潜在能力の評価方法であって、前記方法が；
−請求項１ないし４のいずれかに記載の結合部位の三次元構造を生成させるための分子モデル化技術；
−コンピュータによる手段を使用して試験化合物と該結合部位の三次元構造の間のフィッティング操作を実施すること；および
−前記フィッティング操作の結果を解析して、試験化合物の該結合部位の三次元構造との会合を定量化すること
を含んでなる、上記方法。
【請求項７】
三次元構造が、表３、４若しくは５のいずれかの原子座標、または約１．５Å未満の水素以外の原子の二乗平均偏差を含んでなる相同な構造座標を使用して、１個のＣサブユニットの少なくともアミノ酸Ａｌａ24、Ｇｌｙ27、Ｐｈｅ53、Ｖａｌ57、Ｇｌｙ58、Ｇｌｕ61、Ｔｙｒ64およびＰｈｅ65、ならびに１個のＡサブユニットのアミノ酸Ｓｅｒ182、Ｌｅｕ183、Ｌｅｕ185およびＡｒｇ186を伴い生成される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
三次元構造が、表３、４若しくは５のいずれかのＡ鎖のアミノ酸Ａｌａ21、Ｇｌｙ25；表３、４若しくは５のいずれかのＫ鎖のアミノ酸Ａｌａ24、Ｇｌｙ27、Ｐｈｅ53、Ｐｈｅ54、Ｖａｌ57、Ｇｌｙ58、Ｇｌｕ61、Ｔｙｒ64、Ｐｈｅ65：表３、４若しくは５のいずれかのＬ鎖のアミノ酸Ｍｅｔ17、Ｇｌｙ19、Ｇｌｙ20、Ａｌａ21、Ｉｌｅ22、Ｇｌｙ23、Ａｌａ24、Ｇｌｙ25、Ｉｌｅ26、Ｇｌｙ27、Ａｓｐ28、Ｇｌｙ29、Ａｌａ31、Ｐｈｅ53、Ｔｈｒ56、Ｖａｌ57、Ｇｌｙ58、Ｌｅｕ59、Ｖａｌ60、Ｇｌｕ61、Ａｌａ62、Ａｌａ63／Ｐｒｏ63、Ｔｙｒ64、Ｐｈｅ65；ならびに表３、４若しくは５のいずれかのＭ鎖のアミノ酸Ｓｅｒ182、Ｌｅｕ183、Ｌｅｕ185およびＡｒｇ186の原子座標を使用して生成される、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
耐性を賦与する突然変異部位でａｔｐＥタンパク質と相互作用する化合物を有効成分として含んでなる、微生物に基づく感染症を伴う被験体の処置用製薬学的製剤。
【請求項１０】
耐性を賦与する突然変異部位が、Ｍｔｂ＿Ｓ（配列番号１）若しくはＭｔｂ＿Ｒ（配列番号２）の番号付けを参照として採用して、ａｔｐＥタンパク質のアミノ酸１４ないし３４およびアミノ酸５３ないし６９を指す、請求項９に記載の製剤。
【請求項１１】
請求項１ないし４のいずれか１つに記載の結合部位と相互作用する化合物を有効成分として含んでなる、微生物に基づく感染症を伴う被験体の処置用製薬学的製剤。
【請求項１２】
請求項６ないし８のいずれかに記載の方法により潜在能力の評価された化合物を有効成分として含んでなる微生物に基づく感染症を伴う被検体の処置用製薬学的製剤。
【請求項１３】
感染症が、グラム陽性細菌、より具体的にはミコバクテリウムにより引き起こされる感染症、ならびに最も具体的にはＭ．アフリカヌム（Ｍ．ａｆｒｉｃａｎｕｍ）、トリ結核菌（Ｍ．ａｖｉｕｍ）、ウシ結核菌（Ｍ．ｂｏｖｉｓ）、ウシ結核菌−ＢＣＧ（Ｍ．ｂｏｖｉｓ−ＢＣＧ）、カメ結核菌（Ｍ．ｃｈｅｌｏｎａｅ）、Ｍ．フォルツイタム（Ｍ．ｆｏｒｔｕｉｔｕｍ）、Ｍ．ゴルドネ（Ｍ．ｇｏｒｄｏｎａｅ）、Ｍ．イントラセルラレ（Ｍ．ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、Ｍ．カンサシイ（Ｍ．ｋａｎｓａｓｉｉ）、Ｍ．ミクロティ（Ｍ．ｍｉｃｒｏｔｉ）、Ｍ．スクロフラセウム（Ｍ．ｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ）、パラ結核菌（Ｍ．ｐａｒａｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、らい菌（Ｍ．ｌｅｐｒｅａ）、ヒト結核菌（Ｍ．ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、Ｍ．ウルセランス（Ｍ．ｕｌｃｅｒａｎｓ）およびＭ．ラネ（Ｍ．ｒａｎａｅ）からなる群より選ばれる微生物により引き起こされる感染症である、請求項９ないし１２のいずれかに記載の製剤。
【請求項１４】
中枢神経系の感染症、外耳感染症、急性中耳炎のような中耳の感染症、硬膜静脈洞の感染症、眼の感染症、歯、歯肉および粘膜の感染症のような口腔の感染症、上気道感染症、下気道感染症、泌尿生殖器感染症、胃腸感染症、産婦人科感染症、敗血症、骨および関節の感染症、皮膚および皮膚構造の感染症、細菌性心内膜炎、火傷、手術の抗菌的予防、ならびに癌化学療法を受領している患者若しくは臓器移植患者のような免疫抑制患者における抗菌的予防を処置するための、請求項９ないし１２のいずれかに記載の製剤。
【請求項１５】
細菌感染症（但し、前記感染症がミコバクテリウム感染症以外である）を処置するための医薬品の製造におけるＤＡＲＱ  Ｊの使用。
【請求項１６】
突然変異が、図２の配列アライメントに示されるところのアミノ酸２０ないし４０、とりわけ３０ないし４０、若しくはアミノ酸６０ないし７５、とりわけ６２ないし７３のいずれか１つに位置する最低１個の点突然変異よりなる、単離された変異体ａｔｐＥタンパク質。
【請求項１７】
突然変異が、図２の配列アライメントに示されるところのアミノ酸３４若しくはアミノ酸６９の最低１個の点突然変異よりなる、請求項１６に記載の単離された変異体ａｔｐＥタンパク質。
【請求項１８】
Ｍｔｂ＿Ｒ（配列番号２）、Ｍｓｍ＿Ｒ０９（配列番号４）、Ｍｓｍ＿Ｒ１０（配列番号５）、およびＭｔｂ＿Ｒ、Ｍｓｍ＿Ｒ０９若しくはＭｓｍ＿Ｒ１０に対する最低７０、８０、９０、９５、９７若しくは９８％の配列同一性を有するアミノ酸配列から選択される、請求項１７に記載の単離された変異体ａｔｐＥタンパク質。
【請求項１９】
請求項１６ないし１８のいずれか１つに記載の単離された変異体ａｔｐＥタンパク質をコードする単離された核酸配列。
【請求項２０】
請求項１９に記載の核酸配列を含んでなるベクター。
【請求項２１】
請求項２０に記載のベクターを運搬する宿主細胞。
【請求項２２】
抗菌化合物の同定方法であって、前記方法が、
ａ）ａｔｐＥタンパク質を発現する細胞を、生理学的条件下で試験化合物と接触させること、および
ｂ）該試験化合物がａｔｐＥタンパク質と相互作用するかどうかを決定すること
を含んでなる、上記方法。
【請求項２３】
ａｔｐＥタンパク質が；
ＳｗｉｓｓＰｒｏｔエントリＱ１０５９８、またはＳｗｉｓｓＰｒｏｔエントリＱ１０５９８に対する最低７０、８０、９０、９５、９７若しくは９８％の配列同一性を有するタンパク質；および
請求項１ないし３のいずれか１つに記載の変異体ａｔｐＥタンパク質よりなる群から選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
単離されたａｔｐＥタンパク質に試験化合物が結合するかどうかの同定方法であって、
前記方法が；
ａ）ａｔｐＥタンパク質を発現する細胞（こうした細胞は前記ａｔｐＥタンパク質を通常は発現しない）を、ａｔｐＥタンパク質を結合することが既知の化合物の存在および非存在下で試験化合物と接触させること、
ｂ）ａｔｐＥタンパク質に結合することが既知の化合物を参照として使用して、ａｔｐＥタンパク質への該試験化合物の結合を測定すること
を含んでなる、上記方法。
【請求項２５】
ａｔｐＥタンパク質が；
ＳｗｉｓｓＰｒｏｔエントリＱ１０５９８、またはＳｗｉｓｓＰｒｏｔエントリＱ１０５９８に対する最低７０、８０、９０、９５、９７若しくは９８％の配列同一性を有するタンパク質；および
請求項１６ないし１８のいずれか１つに記載の変異体ａｔｐＥタンパク質
よりなる群から選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
ａｔｐＥタンパク質に結合することが既知の化合物が検出可能に標識されかつ（Ｊ）よりなる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
段階ａ）が、ａｔｐＥタンパク質を含んでなる細胞組成物を、ａｔｐＥタンパク質を結合することが既知の化合物の存在および非存在下で試験化合物と接触させることよりなる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
細胞組成物が、請求項２１に記載の細胞から得られる膜調製物よりなる、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
ａｔｐＥタンパク質と相互作用する試験化合物の潜在能力の評価方法であって、前記方法が；
ａ）分子モデル化技術を使用してａｔｐＥタンパク質の三次元構造を明確に表すこと、
ｂ）コンピュータによる手段を使用して、試験化合物とａｔｐＥタンパク質の三次元構造の間のフィッティング操作を実施すること、および
ｃ）前記フィッティング操作の結果を解析して、ａｔｐＥタンパク質の三次元構造との試験化合物の会合を定量化すること
を含んでなる、上記方法。
【請求項３０】
ａｔｐＥタンパク質の三次元構造が、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）（タンパク質データベース１Ｑ０１）のＩｌｅ２８、Ｇｌｕ６１およびＩｌｅ６３の原子座標＋／−１０Åを超えない前記アミノ酸のバックボーン原子の二乗平均偏差を使用して生成される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
ａｔｐＥタンパク質の三次元構造が、表６若しくは７の原子座標＋／−１．５Åを超えない前記アミノ酸のバックボーン原子の二乗平均偏差を使用して生成される、請求項２９に記載の方法。