【手続補正書】
【提出日】平成20年5月26日(2008.5.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体が癌に罹っているかまたは癌を発症する危険性があるかどうかを評価するためのインビトロでの方法であって、該方法は
被験体サンプル中の最小共通領域（ＭＣＲ）のコピー数を、該ＭＣＲの正常なコピー数と比較する工程
を包含し、ここで、該ＭＣＲは表１に列挙されたＭＣＲからなる群より選択され、そしてここで、該サンプル中の該ＭＣＲのコピー数の変化は、該被験体が癌に罹っているかまたは癌を発症する危険性があることを示す、方法。
【請求項２】
前記コピー数が蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって評価されるか、または前記コピー数が定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）によって評価されるか、または前記正常なコピー数がコントロールサンプルから得られる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
被験体が癌に罹っているかまたは癌を発症する危険性があるかどうかを評価するためのインビトロでの方法であって、該方法は：
ａ）被験体サンプル中のマーカーの量、構造および／または活性と、
ｂ）該マーカーの正常な量、構造および／または活性
を比較する工程を包含し、
ここで、該マーカーは表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーであり
ここで、該サンプル中の該マーカーの量、構造および／または活性と、該正常な量、構造および／または活性との間の有意な差は、該被験体が癌に罹っているかまたは癌を発症する危険性があることを示す、方法。
【請求項４】
（ｉ）前記マーカーが表４または表５に列挙されたマーカーからなる群より選択されるか；または（ｉｉ）前記マーカーの量が比較され、必要に応じて、該マーカーの量は、該マーカーの発現のレベルを測定することによって決定されるか；または（ｉｉｉ）前記マーカーの構造が比較されるか；または（ｉｖ）前記マーカーの活性が比較されるか；または（ｖ）前記マーカーの量が、該マーカーのコピー数を測定することによって決定されるか；または（ｖｉ）前記正常な量／構造、および／または活性がコントロールサンプルから得られる、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記サンプルが組織、全血、血清、血漿、頬掻取物、唾液、脳脊髄液、尿、糞、胆汁、膵液および膵臓組織からなる群より選択される、請求項１または３に記載の方法。
【請求項６】
前記コピー数が比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）によって評価され、必要に応じて、該ＣＧＨはアレイで行われる、請求項１または３（ｖ）に記載の方法。
【請求項７】
前記サンプル中の前記マーカーの発現レベルが、該マーカーに対応するタンパク質の該サンプル中での存在を検出することによって評価され、必要に応じて、該タンパク質の存在は、該タンパク質に特異的に結合する試薬を用いて検出され、必要に応じて、該試薬は、抗体、抗体誘導体、および抗体フラグメントからなる群より選択される、請求項３（ｉｉ）に記載の方法。
【請求項８】
前記サンプル中の前記マーカーの発現レベルが、転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の該サンプル中での存在を検出することによって評価され、ここで、該転写されたポリヌクレオチドは該マーカーを含み、必要に応じて、（ｉ）該転写されたポリヌクレオチドはｍＲＮＡであるか；または（ｉｉ）該転写されたポリヌクレオチドはｃＤＮＡであるか；または（ｉｉｉ）該検出する工程は、該転写されたポリヌクレオチドを増幅することをさらに包含する、請求項３（ｉｉ）に記載の方法。
【請求項９】
前記サンプル中の前記マーカーの発現レベルが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で該マーカーとアニールするかまたはポリヌクレオチドの一部とアニールする、転写されたポリヌクレオチドの該サンプル中での存在を検出することによって評価され、ここで、該ポリヌクレオチドは該マーカーを含む、請求項３（ｉｉ）に記載の方法。
【請求項１０】
被験体における癌の進行をモニタリングするためのインビトロでの方法であって、該方法は：
ａ）第１の時点で、被験体サンプルにおいてマーカーの量および／または活性を検出する工程であって、ここで、該マーカーは表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーである、工程；
ｂ）その後の時点で工程ａ）を反復する工程；ならびに
ｃ）工程ａ）およびｂ）で検出された量および／または活性を比較し、それから、該被験体における癌の進行をモニタリングする工程
を包含する、方法。
【請求項１１】
（ｉ）前記マーカーが表４または表５に列挙されたマーカーからなる群より選択されるか；または（ｉｉ）前記サンプルが組織、全血、血清、血漿、頬掻取物、唾液、脳脊髄液、尿、糞、胆汁、膵液および膵臓組織からなる群より選択されるか；または（ｉｉｉ）前記マーカーの活性が測定されるか；または（ｉｖ）前記マーカーの量が測定され、必要に応じて、（ａ）該マーカーの量は、該マーカーの発現のレベルを測定することによって決定されるか、もしくは（ｂ）前記サンプル中の前記マーカーの発現レベルが、該マーカーに対応するタンパク質の該サンプル中での存在を検出することによって評価され、必要に応じて、該タンパク質の存在は、該タンパク質と特異的に結合する試薬を用いて検出され、必要に応じて、該試薬は、抗体、抗体誘導体、および抗体フラグメントからなる群より選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記サンプル中の前記マーカーの発現レベルが、転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の該サンプル中での存在を測定することによって評価され、ここで、該転写されたポリヌクレオチドは該マーカーを含み、必要に応じて、（ｉ）該転写されたポリヌクレオチドはｍＲＮＡであるか、または（ｉｉ）該転写されたポリヌクレオチドはｃＤＮＡであるか、または（ｉｉｉ）該検出する工程は、該転写されたポリヌクレオチドを増幅することをさらに包含する、請求項１１（ｉｖ）（ａ）に記載の方法。
【請求項１３】
前記サンプル中の前記マーカーの発現レベルが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で該マーカーとアニールするかまたはポリヌクレオチドの一部とアニールする、転写されたポリヌクレオチドの該サンプル中での存在を検出することによって評価され、ここで、該ポリヌクレオチドは該マーカーを含む、請求項１１（ｉｖ）（ａ）に記載の方法。
【請求項１４】
（ｉ）前記サンプルが前記被験体から得られた細胞を含むか、または（ｉｉ）前記第１の時点と前記その後の時点との間に、前記被験体が癌の治療を受けているか、癌の治療を完了しているか、かつ／もしくは寛解期である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
被験体において癌を阻害するための試験化合物の効力を評価するためのインビトロでの方法であって、該方法は：
ａ）該被験体から得られかつ該試験化合物の存在下で維持された、第１のサンプル中のマーカーの量および／または活性と、
ｂ）該被験体から得られかつ該試験化合物の非存在下で維持された、第２のサンプル中のマーカーの量および／または活性
とを比較する工程を包含し、
ここで、該マーカーは表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーであり、
ここで、該第２のサンプルに対して、癌において欠失されるＭＣＲに存在する該第１のサンプル中のマーカーの有意に高い量および／または活性は、該試験化合物が癌を阻害するのに有効であることを示し、そしてここで、該第２のサンプルに対して、癌において増幅されるＭＣＲに存在する該第１のサンプル中のマーカーの有意に低い量および／または活性は、該試験化合物が該被験体において癌を阻害するのに有効であることを示す、方法。
【請求項１６】
（ｉ）前記マーカーが表４または表５に列挙されたマーカーからなる群より選択されるか；または（ｉｉ）前記第１のサンプルおよび第２のサンプルが、前記被験体から得られた単一サンプルの一部であるか；または（ｉｉｉ）前記第１のサンプルおよび第２のサンプルが、前記被験体から得られたプールされたサンプルの一部である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
被験体において癌を阻害するための治療の効力を評価するためのインビトロでの方法であって、該方法は：
ａ）該被験体に対して該治療の少なくとも一部を提供する前に該被験体から得られた、第１のサンプル中のマーカーの量および／または活性と、
ｂ）該治療の一部を提供した後に該被験体から得られた、第２のサンプル中の該マーカーの量および／または活性；
とを比較する工程を包含し、
ここで、該マーカーは表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーであり、
ここで、該第２のサンプルに対して、癌において欠失されるＭＣＲに存在する該第１のサンプル中のマーカーの有意に高い量および／または活性は、該試験化合物が癌を阻害するのに有効であることを示し、そしてここで、該第２のサンプルに対して、癌において増幅されるＭＣＲに存在する該第１のサンプル中のマーカーの有意に低い量および／または活性は、該治療が該被験体において癌を阻害するのに有効であることを示す、方法。
【請求項１８】
前記マーカーが表４または表５に列挙されたマーカーからなる群より選択される、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
癌を調節し得る組成物を選択する方法であって、該方法は：
ａ）癌細胞を含むサンプルを得る工程；
ｂ）該細胞を試験化合物と接触させる工程；ならびに
ｃ）該試験化合物がマーカーの量および／または活性を調節する能力を決定し、それによって、癌のモジュレータを同定する工程であって、ここで、該マーカーは表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーである、工程
を包含する、方法。
【請求項２０】
（ｉ）前記マーカーが表４または表５に列挙されたマーカーからなる群より選択されるか；または（ｉｉ）前記細胞が癌の動物モデルから単離されるか；または（ｉｉｉ）前記細胞が癌細胞株に由来し、必要に応じて、該細胞は、膵臓腫瘍に由来する膵臓癌細胞株に由来するか；または（ｉｖ）該細胞は、癌に罹った被験体に由来する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
癌を調節し得る組成物を選択する方法であって、該方法は：
ａ）表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーを試験化合物と接触させる工程；ならびに
ｂ）該試験化合物が、表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーの量および／または活性を調節する能力を決定し、それによって、癌を調節し得る組成物を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項２２】
前記マーカーが表４または表５に列挙されたマーカーからなる群より選択される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記試験化合物を癌の動物モデルに投与する工程をさらに包含する、請求項１９または２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記モジュレータが、（ｉ）表５に列挙されたマーカーから選択されるマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の量および／または活性を阻害するか；あるいは（ｉｉ）表４に列挙されたマーカーから選択されるマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の量および／または活性を増加させる、請求項１９または２１に記載の方法。
【請求項２５】
化合物が癌を阻害する能力を評価するためのキットであって、該キットは、
表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーの量、構造および／または活性を評価するための試薬
を備える、キット。
【請求項２６】
被験体が癌に罹っているかどうかを評価するためのキットであって、該キットは、
（ｉ）表１に列挙されたＭＣＲからなる群より選択されるＭＣＲのコピー数を評価するための試薬；あるいは
（ｉｉ）表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーの量、構造および／または活性を評価するための試薬
を備える、キット。
【請求項２７】
（ｉ）ヒト癌細胞の存在を評価するためのキットであって、該キットは、抗体またはそのフラグメントを含み、ここで、該抗体またはそのフラグメントは、表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーに対応するタンパク質に特異的に結合するか；あるいは
（ｉｉ）癌細胞の存在を評価するためのキットであって、該キットは、核酸プローブを含み、ここで、該プローブは、表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーに対応する転写されたポリヌクレオチドに特異的に結合し、必要に応じて、該核酸プローブは分子ビーコンプローブである、
キット。
【請求項２８】
前記マーカーが表４または表５に列挙されたマーカーからなる群より選択される、請求項２５〜２７のうちのいずれか１項に記載のキット。
【請求項２９】
癌に罹った被験体を処置するための医薬の製造における、表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の量および／または活性のモジュレータの使用。
【請求項３０】
前記マーカーが表４または表５に列挙されたマーカーからなる群より選択される、請求項２９に記載の使用。
【請求項３１】
癌に罹った被験体を処置するための医薬の製造における、癌において増幅される表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の量および／または活性を阻害する化合物の使用。
【請求項３２】
前記医薬が、薬学的に受容可能な処方物を含む、請求項３１に記載の使用。
【請求項３３】
前記化合物が、前記マーカーに対応するタンパク質に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメントであり、必要に応じて、（ｉ）該抗体はトキシンに結合されるか、または（ｉｉ）該抗体は化学治療剤に結合される、請求項３１に記載の使用。
【請求項３４】
前記化合物が、前記マーカーに対応する遺伝子の発現を阻害するＲＮＡ干渉因子であり、必要に応じて、該ＲＮＡ干渉因子は、ｓｉＲＮＡ分子またはｓｈＲＮＡ分子である、請求項３１に記載の使用。
【請求項３５】
前記化合物が、（ｉ）前記マーカーに対応する遺伝子に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドであるか；あるいは（ｉｉ）ペプチドまたはペプチド模倣物であるか；あるいは（ｉｉｉ）前記マーカーの活性を阻害する低分子であり、必要に応じて、該低分子は、マーカーと標的タンパク質との間のタンパク質−タンパク質相互作用を阻害するか；あるいは（ｉｖ）前記マーカーの発現または活性を阻害するアプタマーである、請求項３１に記載の使用。
【請求項３６】
前記マーカーが表５に列挙されたマーカーからなる群より選択される、請求項３１に記載の使用。
【請求項３７】
癌に罹った被験体を処置するための医薬の製造における、癌において欠失される表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーに対応する遺伝子またはタンパク質の発現または活性を増加させる化合物の使用。
【請求項３８】
癌に罹った被験体を処置するための医薬の製造における、癌において欠失される表１に列挙されたＭＣＲに存在するマーカーに対応するタンパク質の使用。
【請求項３９】
前記マーカーが表４に列挙されたマーカーからなる群より選択される、請求項３７または３８のいずれか１項に記載の使用。
【請求項４０】
前記タンパク質が、該タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むベクターによって、前記被験体の細胞に提供されることを特徴とする、請求項３８に記載の使用。
【請求項４１】
前記化合物が、薬学的に受容可能な処方物中にて投与されることを特徴とする、請求項３７に記載の使用。
【請求項４２】
表４または表５に列挙されたマーカーから選択されるマーカーに対応する、単離されたタンパク質またはそのフラグメント。
【請求項４３】
表４または表５に列挙されたマーカーから選択されるマーカーに対応する、単離された核酸分子またはそのフラグメント。
【請求項４４】
表４または表５に列挙されたマーカーから選択されるマーカーに対応するタンパク質に特異的に結合する、単離された抗体またはそのフラグメント。
【請求項４５】
表１に列挙されたＭＣＲから選択されるＭＣＲ内に含まれる単離された核酸分子またはそのフラグメントであって、ここで、該核酸分子は癌において変化した量、変化した構造、および／または変化した活性を有する、核酸分子またはそのフラグメント。
【請求項４６】
請求項４５に記載の核酸分子によってコードされる、単離されたポリペプチド。
【請求項４７】
癌に関連するマーカーを同定するための方法であって、該方法は：
ａ）癌細胞のゲノムのプロファイリングを行う工程；
ｂ）工程ａ）で同定されたプロフィールのセグメント化分析を行う工程；
ｃ）遺伝子座を同定する工程；
ｄ）該同定された遺伝子座で優先順位を決める工程；ならびに
ｅ）該同定された遺伝子座における遺伝子を問い合わせて、それによって、癌に関連するマーカーを同定する工程
を包含する、方法。
【請求項４８】
癌に関連する遺伝子座を同定するための方法であって、該方法は：
ａ）癌細胞のゲノムのプロファイリングを行う工程；
ｂ）工程ａ）で同定されたプロフィールのセグメント化分析を行う工程；
ｃ）遺伝子座を同定する工程；ならびに
ｄ）該同定された遺伝子座を優先順位を決め、それによって、癌に関連する遺伝子座を同定する工程
を包含する、方法。
【請求項４９】
前記同定された遺伝子座における遺伝子の前記問い合わせが、（ｉ）遺伝子発現データまたは（ｉｉ）インビトロスクリーニングアッセイに基づく、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
（ｉ）前記プロファイリングが、比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）を用いて行われるか；あるいは（ｉｉ）前記癌細胞が癌細胞株または腫瘍に由来する、請求項４７または４８に記載の方法。
【請求項５１】
請求項４７に記載の方法によって同定されたマーカー。