【手続補正書】
【提出日】令和1年6月26日(2019.6.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記の構造：
【化７８】
2019500324.tif 000001
［式中、Ｄは、アジド、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基、ジスルフィドアリルおよびジスルフィド置換アリル基からなる群から選択され；Ｂは、核酸塩基であり；Ａは、環外アミン、プロパルギルアミンおよびプロパルギルヒドロキシルからなる群から選択される結合基であり；Ｃは、
【化７９】
2019500324.tif 000002
からなる群から選択される開裂可能な部位のコアであり、ここで、Ｒ１およびＲ２は、独立して選択されるアルキル基であり；Ｌ１およびＬ２は、接続基であり；Ｌａｂｅｌは、フルオロフォア色素、エネルギー移動色素、質量タグ、ビオチンおよびハプテンからなる群から選択される標識である］
に従う、標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２】
前記核酸塩基が、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、２−アミノ−７−デアザアデニンおよび２−アミノアデニンからなる群から選択される非天然核酸塩基類似体である、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項３】
Ｌ１が、−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯＮＨ−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−および−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−［ここで、ｘは、０〜１０である］からなる群から選択される、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項４】
Ｌ２が、
【化Ａ】
2019500324.tif 000003
、−ＮＨ−、−（ＣＨ２）ｘ−ＮＨ−、−Ｃ（Ｍｅ）２（ＣＨ２）ｘＮＨ−、−ＣＨ（Ｍｅ）（ＣＨ２）ｘＮＨ−、−Ｃ（Ｍｅ）２（ＣＨ２）ｘＣＯ−、−ＣＨ（Ｍｅ）（ＣＨ２）ｘＣＯ−、−（ＣＨ２）ｘＯＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｙＯ（ＣＨ２）ｚＮＨ−、−（ＣＨ２）ｘＣＯＮＨ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｙ（ＣＨ２）ｚＮＨ−、−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、および−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−［ここで、ｘ、ｙおよびｚは、０〜１０からそれぞれ独立して選択される］からなる群から選択される、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項５】
構造：
【化８０】
2019500324.tif 000004
［式中、前記標識は色素である］を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項６】
構造：
【化８１】
2019500324.tif 000005
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項７】
構造：
【化８２】
2019500324.tif 000006
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項８】
構造：
【化８３】
2019500324.tif 000007
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項９】
構造：
【化８４】
2019500324.tif 000008
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１０】
構造：
【化８５】
2019500324.tif 000009
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１１】
構造：
【化８６】
2019500324.tif 000010
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１２】
構造：
【化８７】
2019500324.tif 000011
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１３】
構造：
【化８８】
2019500324.tif 000012
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１４】
構造：
【化８９】
2019500324.tif 000013
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１５】
構造：
【化９０】
2019500324.tif 000014
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１６】
構造：
【化９１】
2019500324.tif 000015
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１７】
構造：
【化９２】
2019500324.tif 000016
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１８】
構造：
【化９３】
2019500324.tif 000017
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項１９】
構造：
【化９４】
2019500324.tif 000018
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２０】
構造：
【化９５】
2019500324.tif 000019
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２１】
構造：
【化９６】
2019500324.tif 000020
を有する、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２２】
下記の構造：
【化９８】
2019500324.tif 000021
［式中、Ｄは、アジド、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基、ジスルフィドアリルおよびジスルフィド置換アリル基からなる群から選択され；Ｂは、核酸塩基であり；リンカーは、開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有部位のコアを含み、前記開裂可能な部位のコアは、
【化９９】
2019500324.tif 000022
（式中、Ｒ１およびＲ２は、独立して選択されるアルキル基である）
からなる群から選択され；Ｌａｂｅｌは、フルオロフォア色素、エネルギー移動色素、質量タグ、ビオチンおよびハプテンからなる群から選択される検出可能な標識である］
に従う、標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２３】
前記リンカーが、０よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、請求項２２に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２４】
前記リンカーが、０．１よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、請求項２２に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２５】
前記リンカーが、１．０よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、請求項２２に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２６】
ポリメラーゼとの混合物中にある、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２７】
前記核酸塩基が、非天然である、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２８】
前記非天然核酸塩基が、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、２−アミノ−７−デアザアデニンおよび２−アミノアデニンからなる群から選択される、請求項２７に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項２９】
前記混合物が、プライマーをさらに含む、請求項２６に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項３０】
前記プライマーが、核酸鋳型にハイブリダイズされている、請求項２９に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項３１】
前記核酸鋳型が、固定化されている、請求項３０に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項３２】
下記の構造：
【化７８】
2019500324.tif 000023
［式中、Ｄは、アジド、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基、ジスルフィドアリルおよびジスルフィド置換アリル基からなる群から選択され；Ｂは、核酸塩基であり；Ａは、プロパルギル、ヒドロキシメチル、環外アミン、プロパルギルアミンおよびプロパルギルヒドロキシルからなる群から選択される化学基である結合基であり；Ｃは、
【化７９】
2019500324.tif 000024
からなる群から選択される開裂可能な部位のコアであり、ここで、Ｒ１およびＲ２は、独立して選択されるアルキル基であり；Ｌ１およびＬ２は、接続基であり、Ｌ１は、−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯＮＨ−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−および−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−からなる群から選択され、ここで、ｘは０〜１０であり、Ｌ２は−ＣＯ−、−ＣＯＮＨ−、−ＮＨＣＯＮＨ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ＝Ｎおよび−Ｎ＝Ｎ−、アルキル、アリール、分枝鎖アルキル、分枝鎖アリールならびにそれらの組合せからなる群から選択され、Ｌａｂｅｌは、フルオロフォア色素、エネルギー移動色素、質量タグ、ビオチンおよびハプテンからなる群から選択される検出可能な標識である］
に従う、標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項３３】
前記標識が、検出可能な標識である、請求項３２に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項３４】
Ｌ２が、−Ｓ−ではない、請求項３２に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項３５】
ＤＮＡポリメラーゼと、核酸塩基および糖を含む少なくとも１つのデオキシヌクレオシドトリホスフェートとを含むキットであって、前記糖が、３’−Ｏ上に開裂可能な保護基を含み、前記開裂可能な保護基が、メチレンジスルフィドを含み、前記ヌクレオシドが、開裂可能なオキシメチレンジスルフィドリンカーを介して前記ヌクレオシドの前記核酸塩基に結合した検出可能な標識をさらに含む、キット。
【請求項３６】
プライマーがハイブリダイズされている核酸鋳型と、ＤＮＡポリメラーゼと、核酸塩基および糖を含む少なくとも１つのデオキシヌクレオシドトリホスフェートとを含む反応混合物であって、前記糖が、３’−Ｏ上に開裂可能な保護基を含み、前記開裂可能な保護基が、メチレンジスルフィドを含み、前記ヌクレオシドが、開裂可能なオキシメチレンジスルフィドリンカーを介して前記ヌクレオシドの前記核酸塩基に結合した検出可能な標識をさらに含む、反応混合物。
【請求項３７】
ＤＮＡ合成反応を実施する方法であって、ａ）プライマーがハイブリダイズされている核酸鋳型、ＤＮＡポリメラーゼ、少なくとも１つのデオキシヌクレオシドトリホスフェートを用意するステップであって、前記少なくとも１つのデオキシヌクレオシドトリホスフェートは、下記の構造：
【化９８】
2019500324.tif 000025
［式中、Ｄは、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基、ジスルフィドアリルおよびジスルフィド置換アリル基からなる群から選択される開裂可能な保護基であり；Ｂは、核酸塩基であり；リンカーは開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有部位のコアを含み、前記開裂可能な部位のコアは、
【化７９】
2019500324.tif 000026
からなる群から選択され、ここで、Ｒ１およびＲ２は、独立して選択されるアルキル基であり；Ｌａｂｅｌは、フルオロフォア色素、エネルギー移動色素、質量タグ、ビオチンおよびハプテンからなる群から選択される検出可能な標識である］
を有する、ステップと、ｂ）反応混合物を、ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応を可能にする条件に供するステップとを含む、方法。
【請求項３８】
前記ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応が、配列決定反応の一部である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
ＤＮＡ配列を分析するための方法であって、
ａ）プライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成している、プライマーがハイブリダイズされている核酸鋳型を用意するステップと、
ｂ）ＤＮＡポリメラーゼと、第１のデオキシヌクレオシドトリホスフェートとを添加するステップであり、前記第１のデオキシヌクレオシドトリホスフェートは、下記の構造：
【化９８】
2019500324.tif 000027
［式中、Ｄは、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基、ジスルフィドアリルおよびジスルフィド置換アリル基からなる群から選択される開裂可能な保護基であり；Ｂは、核酸塩基であり；リンカーは開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有部位のコアを含み、前記開裂可能な部位のコアは、
【化７９】
2019500324.tif 000028
からなる群から選択され、ここで、Ｒ１およびＲ２は、独立して選択されるアルキル基であり；Ｌａｂｅｌは、フルオロフォア色素、エネルギー移動色素、質量タグ、ビオチンおよびハプテンからなる群から選択される検出可能な標識である］
を有する、ステップと、
ｃ）改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体が生じるように、反応混合物を、ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応を可能にする条件に供するステップと、
ｄ）前記改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体における前記デオキシヌクレオシドトリホスフェートの前記第１の検出可能な標識を検出するステップと
を含む、方法。
【請求項４０】
ｅ）前記開裂可能な保護基を除去するステップと、ｆ）ステップｂ）からｅ）を少なくとも１回繰り返すステップとをさらに含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
ステップｂ）の繰り返し中に第２のデオキシヌクレオシドトリホスフェートを添加するステップをさらに含み、前記第２のデオキシヌクレオシドトリホスフェートが、開裂可能なオキシメチレンジスルフィドリンカーを介して結合している第２の検出可能な標識を含み、前記第２の検出可能な標識が、前記第１の検出可能な標識とは異なる、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有リンカーが、０よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有リンカーが、０．１よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４４】
前記開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有リンカーが、１．０よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、請求項４１に記載の方法。
【請求項４５】
前記第２のデオキシヌクレオシドトリホスフェートの前記核酸塩基が、前記第１のデオキシヌクレオシドトリホスフェートの前記核酸塩基とは異なる、請求項４１に記載の方法。
【請求項４６】
アデノシン、グアノシン、シチジンおよびチミジンまたはウリジンの類似体を表す、少なくとも４つの異なって標識された３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物の混合物が、ステップｂ）において使用される、請求項４０に記載の方法。
【請求項４７】
少なくとも４つの異なって標識された３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物の混合物が、ステップｂ）において使用され、前記化合物が、構造：
【化１０１】
2019500324.tif 000029
を有する、請求項４０に記載の方法。
【請求項４８】
構造：
【化１０２】
2019500324.tif 000030
を有する非標識３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物も、ステップｂ）において使用される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
ステップｅ）が、前記改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体を、還元剤に曝露することによって実施される、請求項４０に記載の方法。
【請求項５０】
前記還元剤が、トリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン）である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを調製する方法であって、ａ）ｉ）３’−Ｏ−（メチルチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシド、およびｉｉ）Ｒ−ＳＨ［ここで、Ｒは、アルキルまたは置換アルキルを含む］を用意するステップと、ｂ）前記３’−Ｏ−（メチルチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを、３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドが生じるような条件下で処理するステップとを含む、方法。
【請求項５２】
前記Ｒ−ＳＨが、エタンチオールである、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
前記条件が、塩基性条件を含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドを調製する方法であって、ａ）３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを用意するステップと、ｂ）前記３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを、３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドが生じるような条件下で処理するステップとを含む、方法。
【請求項５５】
前記条件が、前記３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドをＮＨ４Ｆに曝露することを含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドのトリホスフェートを調製する方法であって、ａ）３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドを用意するステップと、ｂ）前記３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドを、３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドのトリホスフェートが生じるような条件下で処理するステップとを含む、方法。
【請求項５７】
前記条件が、前記３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドを、ＰＯＣｌ３およびＢｕ３Ｎをとともに（ＭｅＯ）３ＰＯに曝露することを含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
ｃ）前記核酸塩基保護基の除去のステップをさらに含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５９】
前記保護基が、Ｎ−トリフルオロアセチル−アミノプロパルギル保護基を含む、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記Ｎ−トリフルオロアセチル−アミノプロパルギル保護基を、加溶媒分解によって除去して、５’−Ｏ−（トリホスフェート）−３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５−（アミノプロパルギル）−２’−デオキシヌクレオシドを生成する、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
構造が、
【化１０５】
2019500324.tif 000031
である、化合物。
【請求項６２】
構造が、
【化１０６】
2019500324.tif 000032
である、化合物。
【請求項６３】
構造が、
【化１０７】
2019500324.tif 000033
である、化合物。
【請求項６４】
構造が、
【化１０８】
2019500324.tif 000034
である、化合物。
【請求項６５】
前記改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体由来の前記検出可能な標識が、ステップｅ）の前に除去される、請求項４０に記載の方法。
【請求項６６】
Ｌ１が、−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯＮＨ−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−および−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−［ここで、ｘは、０〜１０である］からなる群から選択される、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項６７】
Ｌ２が、−ＣＯ−、−ＣＯＮＨ−、−ＮＨＣＯＮＨ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ＝Ｎおよび−Ｎ＝Ｎ−、アルキル、アリール、分枝鎖アルキルおよび分枝鎖アリールからなる群から選択される、請求項１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項６８】
ＤＮＡ合成反応を実施する方法であって、
ａ）プライマーがハイブリダイズされている核酸鋳型、ＤＮＡポリメラーゼ、少なくとも１つのデオキシヌクレオシドトリホスフェートを用意するステップであって、前記少なくとも１つのデオキシヌクレオシドトリホスフェートが、下記の構造：
【化７８】
2019500324.tif 000035
［式中、Ｄは、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基、ジスルフィドアリルおよびジスルフィド置換アリル基からなる群から選択される開裂可能な保護基であり；Ｂは、核酸塩基であり；Ａは、プロパルギル、環外アミン、プロパルギルアミンおよびプロパルギルヒドロキシルからなる群から選択される結合基であり；Ｃは、
【化７９】
2019500324.tif 000036
からなる群から選択される開裂可能な部位のコアであり、ここで、Ｒ１およびＲ２は、独立して選択されるアルキル基であり；Ｌ１およびＬ２は、接続基であり；Ｌａｂｅｌは、フルオロフォア色素、エネルギー移動色素、質量タグ、ビオチンおよびハプテンからなる群から選択される検出可能な標識である］
を有する、ステップと、
ｂ）反応混合物を、ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応を可能にする条件に供するステップとを含む、
方法。
【請求項６９】
前記ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応が、配列決定反応の一部である、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
Ｌ１が、−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯＮＨ−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−および−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−［ここで、ｘは、０〜１０である］からなる群から選択される、請求項６８に記載の方法。
【請求項７１】
Ｌ２が、
【化Ａ】
2019500324.tif 000037
、−ＮＨ−、−（ＣＨ２）ｘ−ＮＨ−、−Ｃ（Ｍｅ）２（ＣＨ２）ｘＮＨ−、−ＣＨ（Ｍｅ）（ＣＨ２）ｘＮＨ−、−Ｃ（Ｍｅ）２（ＣＨ２）ｘＣＯ−、−ＣＨ（Ｍｅ）（ＣＨ２）ｘＣＯ−、−（ＣＨ２）ｘＯＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｙＯ（ＣＨ２）ｚＮＨ−、−（ＣＨ２）ｘＣＯＮＨ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｙ（ＣＨ２）ｚＮＨ−、−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、および−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−［ここで、ｘ、ｙおよびｚは、０〜１０からそれぞれ独立して選択される］からなる群から選択される、請求項６８に記載の方法。
【請求項７２】
ＤＮＡ配列を分析するための方法であって、
ａ）プライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成している、プライマーがハイブリダイズされている核酸鋳型を用意するステップと、
ｂ）ＤＮＡポリメラーゼと、第１のデオキシヌクレオシドトリホスフェートとを添加するステップであり、前記第１のデオキシヌクレオシドトリホスフェートが、下記の構造：
【化７８】
2019500324.tif 000038
［式中、Ｄは、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基、ジスルフィドアリルおよびジスルフィド置換アリル基からなる群から選択される開裂可能な保護基であり；Ｂは、核酸塩基であり；Ａは、プロパルギル、環外アミン、プロパルギルアミンおよびプロパルギルヒドロキシルからなる群から選択される結合基であり；Ｃは、
【化７９】
2019500324.tif 000039
からなる群から選択される開裂可能な部位のコアであり、ここで、Ｒ１およびＲ２は、独立して選択されるアルキル基であり；Ｌ１およびＬ２は、接続基であり；Ｌａｂｅｌは、フルオロフォア色素、エネルギー移動色素、質量タグ、ビオチンおよびハプテンからなる群から選択される検出可能な標識である］
を有する、ステップと、
ｃ）改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体が生じるように、反応混合物を、ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応を可能にする条件に供するステップと、
ｄ）前記改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体における前記デオキシヌクレオシドトリホスフェートの前記第１の検出可能な標識を検出するステップと
を含む、方法。
【請求項７３】
Ｌ１が、−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯＮＨ−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−および−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−［ここで、ｘは、０〜１０である］からなる群から選択される、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
Ｌ２が、
【化Ａ】
2019500324.tif 000040
、−ＮＨ−、−（ＣＨ２）ｘ−ＮＨ−、−Ｃ（Ｍｅ）２（ＣＨ２）ｘＮＨ−、−ＣＨ（Ｍｅ）（ＣＨ２）ｘＮＨ−、−Ｃ（Ｍｅ）２（ＣＨ２）ｘＣＯ−、−ＣＨ（Ｍｅ）（ＣＨ２）ｘＣＯ−、−（ＣＨ２）ｘＯＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｙＯ（ＣＨ２）ｚＮＨ−、−（ＣＨ２）ｘＣＯＮＨ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｙ（ＣＨ２）ｚＮＨ−、−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、および−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−［ここで、ｘ、ｙおよびｚは、０〜１０からそれぞれ独立して選択される］からなる群から選択される、請求項７２に記載の方法。
【請求項７５】
下記の構造：
【化１００Ａ】
2019500324.tif 000041
［式中、Ｄは、アジド、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基からなる群から選択される開裂可能な保護基であり；前記Ｌａｂｅｌは色素であり、Ｂは核酸塩基である］
に従う、標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項７６】
下記の構造：
【化１００Ｂ】
2019500324.tif 000042
［式中、Ｄは、アジド、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基からなる群から選択される開裂可能な保護基であり；前記Ｌａｂｅｌは色素であり、Ｂは核酸塩基である］
に従う、標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項７７】
下記の構造：
【化１００Ｃ】
2019500324.tif 000043
［式中、Ｄは、アジド、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基からなる群から選択される開裂可能な保護基であり；前記Ｌａｂｅｌは色素であり、Ｂは核酸塩基である］
に従う、標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
【請求項７８】
ＤＮＡ配列を分析するための方法であって、
ａ）プライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成している、プライマーがハイブリダイズされている核酸鋳型を用意するステップと、
ｂ）ＤＮＡポリメラーゼと、核酸塩基および糖を含む第１の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェートを添加するステップであって、前記第１の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェートが、構造：
【化１０１】
2019500324.tif 000044
を有する、少なくとも４つの異なって標識された３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物の混合物から選択される、ステップと、
ｃ）改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体が生じるように、反応混合物を、ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応を可能にする条件に供するステップと、
ｄ）前記改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体における前記第１の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェートを検出するステップと
ｅ）前記３’−Ｏメチレンジスルフィド基を除去するステップと、
ｆ）ステップｂ）からｅ）を少なくとも１回繰り返すステップと、
を含む、方法。
【請求項７９】
改変ステップｂ）標識された３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物の代わりに、非標識３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物を添加するステップであって、前記非標識３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物が構造：
【化１０２】
2019500324.tif 000045
を有する、ステップをさらに含む、請求項７８に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８２】
本明細書に組み込まれてその一部を形成する添付図は、本発明のいくつかの実施形態を例証し、記述と一緒に、本発明の原理を説明する役割を果たす。図は、本発明の好ましい実施形態を例証することのみを目的としており、本発明を限定するものとして解釈すべきではない。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
下記の構造：
【化７８】
2019500324.tif 000046
［式中、Ｄは、アジド、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基からなる群から選択され；Ｂは、核酸塩基であり；Ａは、結合基であり；Ｃは、開裂可能な部位のコアであり；Ｌ１およびＬ２は、接続基であり；Ｌａｂｅｌは、標識である］
に従う、標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２）
前記核酸塩基が、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、２−アミノ−７−デアザアデニンおよび２−アミノアデニンからなる群から選択される非天然核酸塩基類似体である、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３）
前記結合基Ａが、プロパルギル、ヒドロキシメチル、環外アミン、プロパルギルアミンおよびプロパルギルヒドロキシルからなる群から選択される化学基である、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目４）
前記開裂可能な部位のコアが、
【化７９】
2019500324.tif 000047
［式中、Ｒ１およびＲ２は、独立して選択されるアルキル基である］
からなる群から選択される、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目５）
Ｌ１が、−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯＮＨ−（ＯＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−、−ＣＯ−Ｏ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｘ−および−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−［ここで、ｘは、０〜１０である］からなる群から選択される、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目６）
Ｌ２が、−ＮＨ−、−（ＣＨ２）ｘ−ＮＨ−、−Ｃ（Ｍｅ）２（ＣＨ２）ｘＮＨ−、−ＣＨ（Ｍｅ）（ＣＨ２）ｘＮＨ−、−Ｃ（Ｍｅ）２（ＣＨ２）ｘＣＯ−、−ＣＨ（Ｍｅ）（ＣＨ２）ｘＣＯ−、−（ＣＨ２）ｘＯＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｙＯ（ＣＨ２）ｚＮＨ−、−（ＣＨ２）ｘＣＯＮＨ（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｙ（ＣＨ２）ｚＮＨ−および−ＣＯＮＨ（ＣＨ２）ｘ−、−ＣＯ（ＣＨ２）ｘ−［ここで、ｘ、ｙおよびｚは、０〜１０からそれぞれ独立して選択される］からなる群から選択される、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目７）
前記標識が、フルオロフォア色素、エネルギー移動色素、質量タグ、ビオチンおよびハプテンからなる群から選択される、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目８）
前記化合物が、構造：
【化８０】
2019500324.tif 000048
［式中、前記標識は色素である］を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目９）
前記化合物が、構造：
【化８１】
2019500324.tif 000049
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１０）
前記化合物が、構造：
【化８２】
2019500324.tif 000050
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１１）
前記化合物が、構造：
【化８３】
2019500324.tif 000051
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１２）
前記化合物が、構造：
【化８４】
2019500324.tif 000052
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１３）
前記化合物が、構造：
【化８５】
2019500324.tif 000053
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１４）
前記化合物が、構造：
【化８６】
2019500324.tif 000054
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１５）
前記化合物が、構造：
【化８７】
2019500324.tif 000055
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１６）
前記化合物が、構造：
【化８８】
2019500324.tif 000056
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１７）
前記化合物が、構造：
【化８９】
2019500324.tif 000057
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１８）
前記化合物が、構造：
【化９０】
2019500324.tif 000058
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目１９）
前記化合物が、構造：
【化９１】
2019500324.tif 000059
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２０）
前記化合物が、構造：
【化９２】
2019500324.tif 000060
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２１）
前記化合物が、構造：
【化９３】
2019500324.tif 000061
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２２）
前記化合物が、構造：
【化９４】
2019500324.tif 000062
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２３）
前記化合物が、構造：
【化９５】
2019500324.tif 000063
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２４）
前記化合物が、構造：
【化９６】
2019500324.tif 000064
を有する、項目１に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２５）
下記の構造：
【化９７】
2019500324.tif 000065
［式中、Ｂは、核酸塩基である］
に従う、デオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２６）
下記の構造：
【化９８】
2019500324.tif 000066
［式中、Ｄは、アジド、ジスルフィドアルキル、ジスルフィド置換アルキル基、ジスルフィドアリルおよびジスルフィド置換アリル基からなる群から選択され；Ｂは、核酸塩基であり；リンカーは、開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有部位のコアを含み、前記開裂可能な部位のコアは、
【化９９】
2019500324.tif 000067
（式中、Ｒ１およびＲ２は、独立して選択されるアルキル基である）
からなる群から選択され；Ｌａｂｅｌは、標識である］
に従う、標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２７）
前記リンカーが、０よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、項目２６に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２８）
前記リンカーが、０．１よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、項目２６に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目２９）
前記リンカーが、１．０よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、項目２６に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３０）
核酸塩基および糖を含むデオキシヌクレオシドトリホスフェートであって、前記核酸塩基が、開裂可能なオキシメチレンジスルフィドリンカーを介して結合している検出可能な標識を含み、前記糖が、メチレンジスルフィドを含む開裂可能な保護基によってキャッピングされている３’−Ｏを含む、デオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３１）
前記ヌクレオシドが、ポリメラーゼとの混合物中にある、項目３０に記載のデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３２）
前記ヌクレオシドの前記核酸塩基が、非天然である、項目３０に記載のデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３３）
前記ヌクレオシドの前記非天然核酸塩基が、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、２−アミノ−７−デアザアデニンおよび２−アミノアデニンを含む群から選択される、項目３２に記載のデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３４）
前記開裂可能な保護基が、式−ＣＨ２−ＳＳ−Ｒ［式中、Ｒは、アルキルおよび置換アルキル基からなる群から選択される］のものである、項目３０に記載のデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３５）
前記混合物が、プライマーをさらに含む、項目３１に記載のデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３６）
前記プライマーが、核酸鋳型にハイブリダイズされている、項目３５に記載のデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３７）
前記検出可能な標識が、蛍光標識である、項目３０に記載のデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３８）
前記核酸鋳型が、固定化されている、項目３６に記載のデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目３９）
下記の構造：
【化１００】
2019500324.tif 000068
［式中、Ｂは、核酸塩基であり、Ｒは、アルキルおよび置換アルキル基からなる群から選択され、Ｌ１およびＬ２は、接続基である］
に従う、標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目４０）
Ｌ１およびＬ２が、−ＣＯ−、−ＣＯＮＨ−、−ＮＨＣＯＮＨ−、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｃ＝Ｎおよび−Ｎ＝Ｎ−、アルキル、アリール、分枝鎖アルキル、分枝鎖アリールならびにそれらの組合せからなる群から独立して選択される、項目３９に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目４１）
前記標識が、検出可能な標識である、項目３９に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目４２）
Ｌ２が、−Ｓ−ではない、項目４０に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目４３）
前記標識が、フルオロフォア色素、エネルギー移動色素、質量タグ、ビオチンおよびハプテンからなる群から選択される、項目３９に記載の標識されたデオキシヌクレオシドトリホスフェート。
（項目４４）
ＤＮＡポリメラーゼと、核酸塩基および糖を含む少なくとも１つのデオキシヌクレオシドトリホスフェートとを含むキットであって、前記糖が、３’−Ｏ上に開裂可能な保護基を含み、前記開裂可能な保護基が、メチレンジスルフィドを含み、前記ヌクレオシドが、開裂可能なオキシメチレンジスルフィドリンカーを介して前記ヌクレオシドの前記核酸塩基に結合した検出可能な標識をさらに含む、キット。
（項目４５）
プライマーがハイブリダイズされている核酸鋳型と、ＤＮＡポリメラーゼと、核酸塩基および糖を含む少なくとも１つのデオキシヌクレオシドトリホスフェートとを含む反応混合物であって、前記糖が、３’−Ｏ上に開裂可能な保護基を含み、前記開裂可能な保護基が、メチレンジスルフィドを含み、前記ヌクレオシドが、開裂可能なオキシメチレンジスルフィドリンカーを介して前記ヌクレオシドの前記核酸塩基に結合した検出可能な標識をさらに含む、反応混合物。
（項目４６）
ＤＮＡ合成反応を実施する方法であって、ａ）プライマーがハイブリダイズされている核酸鋳型、ＤＮＡポリメラーゼ、核酸塩基および糖を含む少なくとも１つのデオキシヌクレオシドトリホスフェートを用意するステップであって、前記糖が、３’−Ｏ上に開裂可能な保護基を含み、前記開裂可能な保護基が、メチレンジスルフィドを含み、前記ヌクレオシドが、開裂可能なオキシメチレンジスルフィドリンカーを介して前記ヌクレオシドの前記核酸塩基に結合した検出可能な標識をさらに含む、ステップと、ｂ）反応混合物を、ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応を可能にする条件に供するステップとを含む、方法。
（項目４７）
前記ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応が、配列決定反応の一部である、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
ＤＮＡ配列を分析するための方法であって、
ａ）プライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成している、プライマーがハイブリダイズされている核酸鋳型を用意するステップと、
ｂ）ＤＮＡポリメラーゼと、核酸塩基および糖を含む第１のデオキシヌクレオシドトリホスフェートとを添加するステップであり、前記糖が、３’−Ｏ上に開裂可能な保護基を含み、前記開裂可能な保護基が、メチレンジスルフィドを含み、前記ヌクレオシドが、開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有リンカーを介して前記ヌクレオシドの前記核酸塩基に結合した第１の検出可能な標識をさらに含む、ステップと、
ｃ）改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体が生じるように、反応混合物を、ＤＮＡポリメラーゼ触媒プライマー伸長反応を可能にする条件に供するステップと、
ｄ）前記改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体における前記デオキシヌクレオシドトリホスフェートの前記第１の検出可能な標識を検出するステップと
を含む、方法。
（項目４９）
ｅ）前記開裂可能な保護基と、任意選択で前記検出可能な標識とを、前記改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体から除去するステップと、ｆ）ステップｂ）からｅ）を少なくとも１回繰り返すステップとをさらに含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
ステップｂ）の繰り返し中に第２のデオキシヌクレオシドトリホスフェートを添加するステップをさらに含み、前記第２のデオキシヌクレオシドトリホスフェートが、開裂可能なオキシメチレンジスルフィドリンカーを介して結合している第２の検出可能な標識を含み、前記第２の検出可能な標識が、前記第１の検出可能な標識とは異なる、項目４９に記載の方法。
（項目５１）
前記開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有リンカーが、０よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有リンカーが、０．１よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、項目５０に記載の方法。
（項目５３）
前記開裂可能なオキシメチレンジスルフィド含有リンカーが、１．０よりも大きいｌｏｇＰ値を有する、項目５０に記載の方法。
（項目５４）
前記第２のデオキシヌクレオシドトリホスフェートの前記核酸塩基が、前記第１のデオキシヌクレオシドトリホスフェートの前記核酸塩基とは異なる、項目５０に記載の方法。
（項目５５）
Ａ、Ｇ、ＣおよびＴまたはＵの類似体を表す、少なくとも４つの異なって標識された３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物の混合物が、ステップｂ）において使用される、項目４９に記載の方法。
（項目５６）
少なくとも４つの異なって標識された３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物の混合物が、ステップｂ）において使用され、前記化合物が、構造：
【化１０１】
2019500324.tif 000069
を有する、項目４９に記載の方法。
（項目５７）
構造：
【化１０２】
2019500324.tif 000070
を有する非標識３’−Ｏメチレンジスルフィドでキャッピングされたデオキシヌクレオシドトリホスフェート化合物も、ステップｂ）において使用される、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
ステップｅ）が、前記改変されたプライマー／鋳型ハイブリダイゼーション複合体を、還元剤に曝露することによって実施される、項目４９に記載の方法。
（項目５９）
前記還元剤が、ＴＣＥＰである、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
３’−Ｏ−（メチルチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを調製する方法であって、ａ）５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシド［ここで、前記５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドは、核酸塩基および糖を含む］、およびｉｉ）メチルチオメチル供与体を用意するステップと、ｂ）前記５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを、３’−Ｏ−（メチルチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドが生じるような条件下で処理するステップとを含む、方法。
（項目６１）
前記メチルチオメチル供与体が、ＤＭＳＯである、項目６０に記載の方法。
（項目６２）
前記条件が、酸性条件を含む、項目６０に記載の方法。
（項目６３）
前記５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドが、前記ヌクレオシドの前記核酸塩基上に保護基を含む、項目６０に記載の方法。
（項目６４）
前記３’−Ｏ−（メチルチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを、カラムクロマトグラフィーで精製する、項目６０に記載の方法。
（項目６５）
３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを調製する方法であって、ａ）ｉ）３’−Ｏ−（メチルチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシド、およびｉｉ）Ｒ−ＳＨ［ここで、Ｒは、アルキルまたは置換アルキルを含む］を用意するステップと、ｂ）前記３’−Ｏ−（メチルチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを、３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドが生じるような条件下で処理するステップとを含む、方法。
（項目６６）
前記Ｒ−ＳＨが、エタンチオールである、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記条件が、塩基性条件を含む、項目６５に記載の方法。
（項目６８）
３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドを調製する方法であって、ａ）３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを用意するステップと、ｂ）前記３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５’−Ｏ−（ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル）−２’−デオキシヌクレオシドを、３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドが生じるような条件下で処理するステップとを含む、方法。
（項目６９）
前記条件が、前記３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドをＮＨ４Ｆに曝露することを含む、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドのトリホスフェートを調製する方法であって、ａ）３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドを用意するステップと、ｂ）前記３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドを、３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドのトリホスフェートが生じるような条件下で処理するステップとを含む、方法。
（項目７１）
前記条件が、前記３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−２’−デオキシヌクレオシドを、ＰＯＣｌ３およびＢｕ３Ｎをとともに（ＭｅＯ）３ＰＯに曝露することを含む、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
ｃ）前記核酸塩基保護基の除去のステップをさらに含む、項目７０に記載の方法。
（項目７３）
前記保護基が、Ｎ−トリフルオロアセチル−アミノプロパルギル保護基を含む、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記Ｎ−トリフルオロアセチル−アミノプロパルギル保護基を、加溶媒分解によって除去して、５’−Ｏ−（トリホスフェート）−３’−Ｏ−（Ｒ置換ジチオメチル）−５−（アミノプロパルギル）−２’−デオキシヌクレオシドを生成する、項目７３に記載の方法。
（項目７５）
構造が、
【化１０３】
2019500324.tif 000071
である、化合物。
（項目７６）
構造が、
【化１０４】
2019500324.tif 000072
である、化合物。
（項目７７）
構造が、
【化１０５】
2019500324.tif 000073
である、化合物。
（項目７８）
構造が、
【化１０６】
2019500324.tif 000074
である、化合物。
（項目７９）
構造が、
【化１０７】
2019500324.tif 000075
である、化合物。
（項目８０）
構造が、
【化１０８】
2019500324.tif 000076
である、化合物。