【手続補正書】
【提出日】令和1年11月8日(2019.11.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡライブラリーを構築する方法であって、
（ａ）１つ以上のＤＮＡ断片の末端リン酸残基を除去すること；
（ｂ）前記脱リン酸化ＤＮＡ断片を１種以上の末端修復酵素で処理して、末端修復ＤＮＡを生成すること；
（ｃ）１つ以上の二重鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）プレアダプターを前記末端修復ＤＮＡ断片の各鎖の３’末端に対しライゲーションして、プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各ｄｓＤＮＡプレアダプターが、（ｉ）前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端にライゲーションされ、アンカー配列を含むライゲーション鎖オリゴヌクレオチドと、（ｉｉ）非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドとを含む、前記ライゲーションすること；
（ｄ）前記プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体から前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドを離し、修復オリゴヌクレオチドで置き換えてアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各アダプターが前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチド及び前記修復オリゴヌクレオチドを含む、前記置き換えること；ならびに
（ｅ）前記アダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を１種以上の酵素で処理して、連続したｄｓＤＮＡ断片のライブラリーを形成すること；
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドが、３’末端において、前記末端修復ＤＮＡ断片の５’末端に対するライゲーション及び／またはアダプターダイマー形成を防止する修飾を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１つ以上のＤＮＡ断片の供与源が、ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）、相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、及びセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）からなる群から選択されるＤＮＡである、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＤＮＡの供与源が、羊水試料、血液試料、皮膚試料、毛髪試料、毛包試料、唾液試料、粘液試料、口腔粘液試料、腟粘液試料、汗試料、涙試料、上皮組織試料、尿試料、精液試料、精漿試料、前立腺液試料、射精前液（カウパー腺液）試料、排泄物試料、生検試料、腹水試料、脳脊髄液試料、リンパ液試料、組織抽出物試料、生検試料、血漿試料、血清試料、リンパ液試料、眼球液試料、便試料、及びホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）試料からなる群から選択される生体試料である、請求項４に記載の方法。
【請求項５】
前記生体試料から前記ＤＮＡを単離すること、前記ＤＮＡを断片化すること、及びステップ（ｃ）の前に前記１つ以上のＤＮＡ断片の損傷を修復することをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記損傷が、脱アミノ化シトシン（ウラシル）、脱塩基部位、グアニンのＯ６ＭｅＧへのメチル化、ＤＮＡニック、ギャップ、またはチミンダイマーである、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドが、
（ｉ）１つ以上のユニークリードコード；
（ｉｉ）１つ以上の連続したｄｓＤＮＡライブラリー分子をＰＣＲ増幅するためのＰＣＲプライマー結合部位；
（ｉｉｉ）試料多重化のための１つ以上の試料コード；
（ｉｖ）ＤＮＡシークエンシングのための１つ以上のプライマー結合部位
の１つ以上をさらに含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記修復オリゴヌクレオチドがアンカー配列と、
（ｉ）１つ以上のユニークリードコード
（ｉｉ）１つ以上の連続したｄｓＤＮＡライブラリー分子をＰＣＲ増幅するための１つ以上のプライマー結合部位
（ｉｉｉ）試料多重化のための１つ以上の試料コード
（ｉｖ）ＤＮＡシークエンシングのための１つ以上のプライマー結合部位
の１つ以上とを含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドおよび前記修復オリゴヌクレオチドのそれぞれがアンカー配列を含み、前記ライゲーション鎖の前記アンカー配列が、前記修復オリゴヌクレオチドの前記アンカー配列の少なくとも一部に対し相補的である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドおよび前記修復オリゴヌクレオチドのそれぞれが、１つ以上のタグ付きｄｓＤＮＡ断片を増幅させるためのＰＣＲプライマー結合部位をさらに含み、前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドの前記ＰＣＲプライマー結合部位が、前記修復オリゴヌクレオチドの前記ＰＣＲプライマー結合部位に対し相補的である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記１つ以上のアダプターが、複数のライゲーション鎖オリゴヌクレオチド種及び／または複数の修復オリゴヌクレオチド種を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドおよび前記修復オリゴヌクレオチドのそれぞれが、１つ以上のタグ付きｄｓＤＮＡ断片を増幅させるためのＰＣＲプライマー結合部位をさらに含み、前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドの前記ＰＣＲプライマー結合部位が、前記修復オリゴヌクレオチドの前記ＰＣＲプライマー結合部位に対し相補的ではない、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドの前記ＰＣＲプライマー結合部位に結合するプライマーが、前記修復オリゴヌクレオチドの前記ＰＣＲプライマー結合部位に実質的に結合しない、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
アダプターライゲーションの効率が、脱リン酸化アダプター分子がリン酸化ＤＮＡ断片にライゲーションされる方法と比較して増大する、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＤＮＡライブラリーを増幅してＤＮＡクローンライブラリーを生成し、定量的遺伝子解析を、前記ＤＮＡクローンライブラリーにおける複数の遺伝子座上で実施する、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
定量的遺伝子解析が、複数のシークエンシングリードを生成するためのＤＮＡシークエンシングを含み、前記複数のシークエンシングリードのバイオインフォマティクス解析をさらに含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記複数のシークエンシングリードのバイオインフォマティクス解析をさらに含み、前記バイオインフォマティクス解析を、以下の目的：
（ａ）前記ＤＮＡクローンライブラリー内で解析されるゲノム当量数の定量化；
（ｂ）ターゲット遺伝子座における遺伝子バリアントの検出；
（ｃ）ターゲット遺伝子座の中の突然変異の検出；
（ｄ）ターゲット遺伝子座の中の遺伝子融合の検出；及び／または
（ｅ）ターゲット遺伝子座の中のコピー数変動の測定；
で使用する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記定量的遺伝子解析を、遺伝子疾患の原因となるまたは遺伝子疾患に関連する、１つ以上の遺伝子病変を識別または検出するために使用する、請求項１７に記載の方法であって、前記遺伝子病変が、ヌクレオチドのトランジションもしくはトランスバージョン、ヌクレオチドの挿入もしくは欠失、ゲノム再編成、コピー数の変化、または遺伝子融合を含む、方法。
【請求項１９】
１つ以上のターゲット遺伝子座における１つ以上の遺伝子病変を、対象における遺伝子疾患の予測、診断、またはモニターのための指標とする方法であって、
（ａ）対象の生体試料からＤＮＡを単離または取得すること；
（ｂ）前記ＤＮＡの末端リン酸残基を除去すること；
（ｃ）前記脱リン酸化ＤＮＡを１種以上の末端修復酵素で処理して、末端修復ＤＮＡを生成すること；
（ｄ）１つ以上の二重鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）プレアダプターを前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端に対しライゲーションして、プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各ｄｓＤＮＡプレアダプターが、前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端にライゲーションされたライゲーション鎖オリゴヌクレオチドと、非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドとを含む、前記ライゲーションすること；
（ｅ）前記プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体から前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドを離し、修復オリゴヌクレオチドで置き換えてアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各アダプターが前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチド及び前記修復オリゴヌクレオチドを含む、前記置き換えること；
（ｆ）前記アダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を１種以上の酵素で処理して、連続した二重鎖のＤＮＡ断片のライブラリーを形成すること；
（ｇ）前記ＤＮＡライブラリーを増幅してＤＮＡクローンライブラリーを生成すること；
（ｈ）前記ＤＮＡクローンライブラリーにおけるゲノム当量数を決定すること；ならびに
（ｉ）前記ＤＮＡクローンライブラリーにおける前記遺伝子疾患に関連する１つ以上のターゲット遺伝子座の定量的遺伝子解析を実施することであって、前記１つ以上のターゲット遺伝子座における１つ以上の遺伝子病変の識別または検出が、前記遺伝子疾患の予後判定、診断、または進行のモニターである、前記実施すること；
を含む、前記方法。
【請求項２０】
ＤＮＡクローンライブラリーにおける遺伝子疾患に関連する１つ以上のバイオマーカーを、対象に遺伝子疾患の治療をすべきかどうかの指標とする方法であって、
（ａ）対象の生体試料からＤＮＡを単離または取得すること；
（ｂ）前記ＤＮＡの末端リン酸残基を除去すること；
（ｃ）前記脱リン酸化ＤＮＡを１種以上の末端修復酵素で処理して、末端修復ＤＮＡを生成すること；
（ｄ）１つ以上の二重鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）プレアダプターを前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端に対しライゲーションして、プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各ｄｓＤＮＡプレアダプターが、前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端にライゲーションされたライゲーション鎖オリゴヌクレオチドと、非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドとを含む、前記ライゲーションすること；
（ｅ）前記プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体から前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドを離し、修復オリゴヌクレオチドで置き換えてアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各アダプターが前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチド及び前記修復オリゴヌクレオチドを含む、前記置き換えること；
（ｆ）前記アダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を１種以上の酵素で処理して、連続した二重鎖のＤＮＡライブラリーを形成すること；
（ｇ）前記ＤＮＡライブラリーを増幅してＤＮＡクローンライブラリーを生成すること；
（ｈ）前記ＤＮＡクローンライブラリーにおけるゲノム当量数を決定すること；ならびに
（ｉ）前記ＤＮＡクローンライブラリーにおける遺伝子疾患に関連する１つ以上のバイオマーカーの定量的遺伝子解析を実施することであって、前記１つ以上のバイオマーカーのうちの少なくとも１つの検出または検出失敗が、前記対象に前記遺伝子疾患の治療をすべきかどうかを指示するものである、前記実施すること；
を含む、前記方法。
【請求項２１】
前記ＤＮＡが、ゲノムＤＮＡ、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）試料からのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、またはｃｆＤＮＡである、請求項１９または２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記バイオマーカーが、ヌクレオチドのトランジションもしくはトランスバージョン、ヌクレオチドの挿入もしくは欠失、ゲノム再編成、コピー数の変化、または遺伝子融合から選択される遺伝子病変である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記遺伝子疾患ががんである、請求項１８〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６８】
あるいくつかの実施形態では、遺伝子疾患はがんである。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
１つ以上のＤＮＡ断片に対するアダプターライゲーションの効率を高める方法であって、
（ａ）１つ以上のＤＮＡ断片の末端リン酸残基を除去すること；
（ｂ）前記脱リン酸化ＤＮＡ断片を１種以上の末端修復酵素で処理して、末端修復ＤＮＡを生成すること；
（ｃ）１つ以上の二重鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）プレアダプターを前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端に対しライゲーションして、プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各ｄｓＤＮＡプレアダプターが、前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端にライゲーションされたライゲーション鎖オリゴヌクレオチドと、非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドとを含む、前記ライゲーションすること；
（ｄ）前記プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体から前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドを離し、修復オリゴヌクレオチドで置き換えてアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各アダプターが前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチド及び前記修復オリゴヌクレオチドを含む、前記置き換えること；ならびに
（ｅ）前記アダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を１種以上の酵素で処理して、連続した二重鎖のＤＮＡライブラリーを形成すること；
を含み、
アダプターライゲーションの効率が、脱リン酸化アダプター分子がリン酸化ＤＮＡ断片に対しライゲーションされる方法よりも高められる、前記方法。
（項目２）
ＤＮＡライブラリーを構築する方法であって、
（ａ）１つ以上のＤＮＡ断片の末端リン酸残基を除去すること；
（ｂ）前記脱リン酸化ＤＮＡ断片を１種以上の末端修復酵素で処理して、末端修復ＤＮＡを生成すること；
（ｃ）１つ以上の二重鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）プレアダプターを前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端に対しライゲーションして、プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各ｄｓＤＮＡプレアダプターが、前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端にライゲーションされたライゲーション鎖オリゴヌクレオチドと、非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドとを含む、前記ライゲーションすること；
（ｄ）前記プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体から前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドを離し、修復オリゴヌクレオチドで置き換えてアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各アダプターが前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチド及び前記修復オリゴヌクレオチドを含む、前記置き換えること；ならびに
（ｅ）前記アダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を１種以上の酵素で処理して、連続した二重鎖のＤＮＡライブラリーを形成すること；
を含む、前記方法。
（項目３）
前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドが、３’末端において、前記末端修復ＤＮＡの５’末端に対するライゲーション及び／またはアダプターダイマー形成を防止する修飾を含む、項目１または項目２に記載の方法。
（項目４）
前記１つ以上のＤＮＡ断片の供与源が、ゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）、相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）、及びセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）からなる群から選択されるＤＮＡである、項目１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（項目５）
前記ＤＮＡの供与源が、血液、皮膚、毛髪、毛包、唾液、口腔粘液、腟粘液、汗、涙、上皮組織、尿、精液、精漿、前立腺液、射精前液（カウパー腺液）、排泄物、生検、腹水、脳脊髄液、リンパ液、及び組織抽出物試料または生検試料からなる群から選択される生体試料である、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記ＤＮＡの供与源が、羊水、血液、血漿、血清、精液、リンパ液、脳脊髄液、眼球液、尿、唾液、便、粘液、及び汗からなる群から選択される生体試料である、項目４に記載の方法。
（項目７）
対象の生体試料から前記ＤＮＡを単離することをさらに含む、項目５または項目６に記載の方法。
（項目８）
対象の生体試料から前記ＤＮＡを断片化することをさらに含む、項目５または項目６に記載の方法。
（項目９）
ステップ（ｃ）の前に前記１つ以上のＤＮＡ断片の損傷を修復することをさらに含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０）
前記損傷が、脱アミノ化シトシン（ウラシル）、脱塩基部位、グアニンのＯ６ＭｅＧへのメチル化、ＤＮＡニック、ギャップ、またはチミンダイマーである、項目９に記載の方法。
（項目１１）
ｃｆＤＮＡライブラリーを構築する方法であって、
（ａ）対象の生体試料からｃｆＤＮＡを単離または取得すること；
（ａ）前記ｃｆＤＮＡの末端リン酸残基を除去すること；
（ｂ）前記脱リン酸化ｃｆＤＮＡを１種以上の末端修復酵素で処理して、末端修復ｃｆＤＮＡを生成し、任意選択によりＤＮＡ損傷を修復すること；
（ｃ）１つ以上の二重鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）プレアダプターを前記末端修復ｃｆＤＮＡの各鎖の３’末端に対しライゲーションして、プレアダプター／末端修復ｃｆＤＮＡ複合体を形成することであって、各ｄｓＤＮＡプレアダプターが、前記末端修復ｃｆＤＮＡの各鎖の３’末端にライゲーションされたライゲーション鎖オリゴヌクレオチドと非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドとを含む、前記ライゲーションすること；
（ｄ）前記プレアダプター／末端修復ｃｆＤＮＡ複合体から前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドを離し、修復オリゴヌクレオチドで置き換えてアダプター／末端修復ｃｆＤＮＡ複合体を形成することであって、各アダプターが前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチド及び前記修復オリゴヌクレオチドを含む、前記置き換えること；
（ｅ）前記アダプター／末端修復ｃｆＤＮＡ複合体を１種以上の酵素で処理して、連続した二重鎖のｃｆＤＮＡライブラリーを形成すること；ならびに
（ｆ）前記ｃｆＤＮＡライブラリーを増幅して、セルフリーＤＮＡクローンライブラリーを生成すること；
を含む、前記方法。
（項目１２）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドがアダプターダイマー形成を防止する１つ以上の修飾を含み、任意選択により、前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドの３’末端の修飾がアダプターダイマー形成を防止する、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドが、アンカー配列、リードコード、またはＰＣＲプライマー結合部位を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドが、アンカー配列、リードコード、及びＰＣＲプライマー結合部位を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドが、１つ以上の連続した二重鎖のＤＮＡライブラリー分子をＰＣＲ増幅するための１つ以上のＰＣＲプライマー結合部位を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドが、１つ以上のユニークリードコードを含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１７）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドが、試料多重化のための１つ以上の試料コードを含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡシークエンシングのための１つ以上の配列を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドが、アンカー配列を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０）
前記修復オリゴヌクレオチドが、アンカー配列、リードコード、またはＰＣＲプライマー結合部位を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２１）
前記修復オリゴヌクレオチドが、アンカー配列、リードコード、及びＰＣＲプライマー結合部位を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２２）
前記修復オリゴヌクレオチドが、１つ以上の連続した二重鎖のＤＮＡライブラリー分子をＰＣＲ増幅するための１つ以上のプライマー結合部位を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２３）
前記修復オリゴヌクレオチドが、１つ以上のユニークリードコードを含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２４）
前記修復オリゴヌクレオチドが、試料多重化のための１つ以上の試料コードを含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２５）
前記修復オリゴヌクレオチドが、ＤＮＡシークエンシングのための１つ以上の配列を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２６）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドが、前記修復オリゴヌクレオチドに対し相補的である、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２７）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドの前記アンカー配列が、前記修復オリゴヌクレオチドの前記アンカー配列に対し相補的である、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２８）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドの前記ＰＣＲプライマー結合部位が、前記修復オリゴヌクレオチドの前記ＰＣＲプライマー結合部位に対し相補的である、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目２９）
前記１つ以上のアダプターが、複数のライゲーション鎖オリゴヌクレオチド種を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３０）
前記１つ以上のアダプターが、複数の修復オリゴヌクレオチド種を含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３１）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドの前記プライマー結合部位が、前記修復オリゴヌクレオチドの前記プライマー結合部位に対し相補的ではない、項目１〜２６のいずれか１項に記載の方法。
（項目３２）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドの前記プライマー結合部位が、前記修復オリゴヌクレオチドの前記プライマー結合部位とは実質的に異なる、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチドの前記プライマー結合部位に結合するプライマーが、前記修復オリゴヌクレオチドの前記プライマー結合部位に実質的に結合しない、項目３１に記載の方法。
（項目３４）
前記ＤＮＡライブラリーを増幅してＤＮＡクローンライブラリーを生成する、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３５）
ｑＰＣＲを前記ＤＮＡクローンライブラリー上で実施し、ｑＰＣＲ測定値を既知のゲノム当量の標準物質と比較して、前記ＤＮＡクローンライブラリーのゲノム当量を決定する、項目１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
（項目３６）
前記ｑＰＣＲを、Ａｌｕ配列に結合するプライマー及びアダプター内の配列に結合するプライマーを用いて実施する、項目３４に記載の方法。
（項目３７）
定量的遺伝子解析を、前記ＤＮＡクローンライブラリーにおける複数の遺伝子座上で実施する、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３８）
定量的遺伝子解析を、複数のＤＮＡクローンライブラリーにおける複数の遺伝子座上で実施する、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目３９）
定量的遺伝子解析が、１つ以上のキャプチャープローブをターゲット遺伝子座とハイブリダイズして、キャプチャープローブモジュール−ＤＮＡクローン複合体を形成することを含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目４０）
定量的遺伝子解析が、前記キャプチャープローブ−ＤＮＡクローン複合体を単離することを含む、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記定量的遺伝子解析が、前記単離したキャプチャープローブ−ＤＮＡクローン複合体内のＤＮＡクローン配列を増幅することを含む、項目４９に記載の方法。
（項目４２）
定量的遺伝子解析が、複数のシークエンシングリードを生成するためのＤＮＡシークエンシングを含む、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目４３）
前記複数のシークエンシングリードのバイオインフォマティクス解析をさらに含む、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
定量的遺伝子解析を、前記ＤＮＡクローンライブラリーにおける複数の遺伝子座上で実施し、バイオインフォマティクス解析を、以下の目的：
（ａ）前記ＤＮＡクローンライブラリー内で解析されるゲノム当量数の定量化；
（ｂ）ターゲット遺伝子座における遺伝子バリアントの検出；
（ｃ）ターゲット遺伝子座の中の突然変異の検出；
（ｄ）ターゲット遺伝子座の中の遺伝子融合の検出；及び／または
（ｅ）ターゲット遺伝子座の中のコピー数変動の測定；
で使用する、先行項目のいずれか１項に記載の方法。
（項目４５）
前記定量的遺伝子解析を、遺伝子疾患の原因となるまたは遺伝子疾患に関連する、１つ以上の遺伝子病変を識別または検出するために使用する、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記遺伝子病変が、ヌクレオチドのトランジションもしくはトランスバージョン、ヌクレオチドの挿入もしくは欠失、ゲノム再編成、コピー数の変化、または遺伝子融合を含む、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記遺伝子疾患ががんである、項目４５に記載の方法。
（項目４８）
前記定量的遺伝子解析を、胎児ｃｆＤＮＡ内の１つ以上のターゲット遺伝子座における１つ以上の遺伝子バリアントまたは遺伝子病変を識別または検出するために使用する、項目４４に記載の方法。
（項目４９）
前記キャプチャープローブが、任意選択によりハプテン標識パートナーオリゴヌクレオチドと共に二重鎖形成されたキャプチャープローブモジュールの構成成分であり、前記ハプテン標識パートナーオリゴヌクレオチドが前記キャプチャープローブモジュール内のテール配列とハイブリダイズする、項目３８〜４８のいずれか１項に記載の方法。
（項目５０）
対象における遺伝子疾患の予測、診断、またはモニターの方法であって、
（ａ）対象の生体試料からＤＮＡを単離または取得すること；
（ｂ）前記ＤＮＡの末端リン酸残基を除去すること；
（ｃ）前記脱リン酸化ＤＮＡを１種以上の末端修復酵素で処理して、末端修復ＤＮＡを生成すること；
（ｄ）１つ以上の二重鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）プレアダプターを前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端に対しライゲーションして、プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各ｄｓＤＮＡプレアダプターが、前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端にライゲーションされたライゲーション鎖オリゴヌクレオチドと、非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドとを含む、前記ライゲーションすること；
（ｅ）前記プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体から前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドを離し、修復オリゴヌクレオチドで置き換えてアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各アダプターが前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチド及び前記修復オリゴヌクレオチドを含む、前記置き換えること；
（ｆ）前記アダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を１種以上の酵素で処理して、連続した二重鎖のＤＮＡライブラリーを形成すること；
（ｇ）前記ＤＮＡライブラリーを増幅してＤＮＡクローンライブラリーを生成すること；
（ｈ）前記ＤＮＡクローンライブラリーにおけるゲノム当量数を決定すること；ならびに
（ｉ）前記ＤＮＡクローンライブラリーにおける前記遺伝子疾患に関連する１つ以上のターゲット遺伝子座の定量的遺伝子解析を実施することであって、前記１つ以上のターゲット遺伝子座における１つ以上の遺伝子病変の識別または検出が、前記遺伝子疾患の予後判定、診断、または進行のモニターである、前記実施すること；
を含む、前記方法。
（項目５１）
前記ＤＮＡが、ゲノムＤＮＡ、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）試料からのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、またはｃｆＤＮＡである、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記ｃｆＤＮＡが、羊水、血液、血漿、血清、精液、リンパ液、脳脊髄液、眼球液、尿、唾液、便、粘液、及び汗の群から選択される生体試料から単離される、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記遺伝子病変が、ヌクレオチドのトランジションもしくはトランスバージョン、ヌクレオチドの挿入もしくは欠失、ゲノム再編成、コピー数の変化、または遺伝子融合を含む、項目５１に記載の方法。
（項目５４）
前記遺伝子疾患ががんである、項目５０に記載の方法。
（項目５５）
遺伝子疾患のコンパニオン診断であって、
（ａ）対象の生体試料からＤＮＡを単離または取得すること；
（ｂ）前記ＤＮＡの末端リン酸残基を除去すること；
（ｃ）前記脱リン酸化ＤＮＡを１種以上の末端修復酵素で処理して、末端修復ＤＮＡを生成すること；
（ｄ）１つ以上の二重鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）プレアダプターを前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端に対しライゲーションして、プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各ｄｓＤＮＡプレアダプターが、前記末端修復ＤＮＡの各鎖の３’末端にライゲーションされたライゲーション鎖オリゴヌクレオチドと、非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドとを含む、前記ライゲーションすること；
（ｅ）前記プレアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体から前記非ライゲーションパートナー鎖オリゴヌクレオチドを離し、修復オリゴヌクレオチドで置き換えてアダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を形成することであって、各アダプターが前記ライゲーション鎖オリゴヌクレオチド及び前記修復オリゴヌクレオチドを含む、前記置き換えること；
（ｆ）前記アダプター／末端修復ＤＮＡ複合体を１種以上の酵素で処理して、連続した二重鎖のＤＮＡライブラリーを形成すること；
（ｇ）前記ＤＮＡライブラリーを増幅してＤＮＡクローンライブラリーを生成すること；
（ｈ）前記ＤＮＡクローンライブラリーにおけるゲノム当量数を決定すること；ならびに
（ｉ）前記ＤＮＡクローンライブラリーにおける遺伝子疾患に関連する１つ以上のバイオマーカーの定量的遺伝子解析を実施することであって、前記１つ以上のバイオマーカーのうちの少なくとも１つの検出または検出失敗が、前記対象に前記遺伝子疾患の治療をすべきかどうかを指示するものである、前記実施すること；
を含む、前記コンパニオン診断。
（項目５６）
前記ＤＮＡが、ゲノムＤＮＡ、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）試料からのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、またはｃｆＤＮＡである、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
前記ｃｆＤＮＡが、羊水、血液、血漿、血清、精液、リンパ液、脳脊髄液、眼球液、尿、唾液、便、粘液、及び汗からなる群から選択される生体試料から単離される、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記バイオマーカーが遺伝子病変である、項目５５に記載の方法。
（項目５９）
前記遺伝子病変が、ヌクレオチドのトランジションもしくはトランスバージョン、ヌクレオチドの挿入もしくは欠失、ゲノム再編成、コピー数の変化、または遺伝子融合を含む、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記遺伝子疾患ががんである、項目５５に記載の方法。