【手続補正書】
【提出日】平成19年10月31日(2007.10.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ローダミン色素で標識されたポリヌクレオチドであって、該ローダミン色素が、以下の構造：
【化１】
2006056885.tif 000001
を含み：
ここでｎは、１、２または３であり；
Ｙは、キサンテンのＣ９炭素上で、図示されるフェニル基に結合したローダミン型親キサンテン環であり；
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より独立して選択され；
Ｒ24は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24'
と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであ
り；
Ｒ24'は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24
と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであ
り；
Ｓはイオウであり；
Ｚは、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、１以上の同じＷ1基もしくは異なるＷ1基で置換された
（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールおよびヘテロアリール、ならびに１以上の同じＷ2基もしくは異なるＷ2基で置換された（Ｃ5〜Ｃ20）アリールおよびヘテロアリ
ールであり；
Ｗ1が、−Ｘ、−Ｒ、＝Ｏ、−ＯＲ、−ＳＲ、＝Ｓ、−ＮＲＲ、＝ＮＲ、−ＣＸ3、−ＣＮ、−ＯＣＮ、−ＳＣＮ、−ＮＣＯ、−ＮＣＳ、−ＮＯ、−ＮＯ2、＝Ｎ2、−Ｎ3、−Ｓ
（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）Ｓ
Ｒ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲＲ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
Ｗ2が、−Ｒ、−ＯＲ、−ＳＲ、−ＮＲＲ、−Ｓ（Ｏ）2Ｏ-、−Ｓ（Ｏ）2ＯＨ、−Ｓ（Ｏ）2Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｒ、−Ｃ（Ｏ）Ｘ、−Ｃ（Ｓ）Ｒ、−Ｃ（Ｓ）Ｘ、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ
、−Ｃ（Ｏ）Ｏ-、−Ｃ（Ｓ）ＯＲ、−Ｃ（Ｏ）ＳＲ、−Ｃ（Ｓ）ＳＲ、−Ｃ（Ｏ）ＮＲ
Ｒ、−Ｃ（Ｓ）ＮＲＲおよび−Ｃ（ＮＲ）ＮＲＲからなる群より選択され；
各々のＲは、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリール、（Ｃ6〜Ｃ26）アリールアルキル、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールアリールからなる群より独立して選択されるか、また
は同じ窒素原子上の２つのＲ基が一緒になる場合は、これらの２つのＲ基は、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、および（Ｃ4〜Ｃ10）アルキレノであり；そして
各々のＸは、独立してハロゲンであり、
ここで、該ローダミン色素が、アジド、一置換第一級アミン、二置換第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシルおよび活性型エステルからなる群より選択される１つ以上の結合部分を必要に応じて含む、ローダミン色素またはその塩。
【請求項２】
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26が水素であり、そしてＲ24およびＲ24'がメチルである、請
求項１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３】
Ｚが形式Ｚ1−Ｌ−Ｒxを有する、請求項１に記載のポリヌクレオチドであって、ここで
Ｙは、ローダミン型親キサンテン環であって、該キサンテンのＣ９炭素で図示されるフェニル基に結合しており；
Ｚ1は、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１以上の同じＷ1基もしくは異なるＷ1基で独立して置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、あるいは（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロジイル、ならびに１以上の同じＷ2基または異なるＷ2基により独立して置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロジイルであり；
Ｌは、結合または（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイルであり；そして
Ｒxは、アジド、一置換第一級アミン、二置換第二級アミン、チオール、ヒドロキシル
、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシルまたは活性型エステルである、
ローダミン色素またはその塩。
【請求項４】
請求項３に記載のポリヌクレオチドであって、Ｙが以下：
【化２】
2006056885.tif 000002
ならびにこれらの塩から選択され、ここで：
Ｒ1およびＲ2は、単独の場合は、独立して、水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり、またはＲ2とＲ1が一緒になることから形成されるアリーレノ架橋が、ベンゾまたはナフトであり；
Ｒ3およびＲ3'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より独立して選択され、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであるか、またはＲ2もしくはＲ4とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ4は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、あ
るいはＲ3またはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノで
あり；
Ｒ5は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、あ
るいはＲ6またはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノで
あり；
Ｒ6およびＲ6'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より選択され、あるいは一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであるか、あるいはＲ5またはＲ7とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノであり；
Ｒ7は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、あ
るいはＲ6またはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノで
あり；
Ｒ8は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され；
Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルボトム環への結合の点を示し；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より、それぞれ独立して選択されるか、あるいはＲ10、Ｒ11、Ｒ12、およびＲ13が一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１
つ以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであるか、あるいはＲ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が、一緒に
なって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異
なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換されたアリーレノである、
ローダミン色素。
【請求項５】
請求項４に記載のポリヌクレオチドであって、ここでＲ2が、Ｒ3またはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルまたはアルキレノである、ローダミン色素。
【請求項６】
請求項５に記載のポリヌクレオチドであって、ここで：
アルキルがメチル、エチルまたはプロピルであり；
アリールがフェニルまたはナフチルであり；
アリールアリールがビフェニルであり；
Ｒ3もしくはＲ3'とＲ2が一緒になるか、Ｒ6もしくはＲ6'とＲ7が一緒になるか、またはＲ3もしくはＲ3'とＲ4が一緒になることにより形成されるアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋が、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノであり；
Ｒ2とＲ1が一緒になることから形成されるアリーレノ架橋が、ベンゾまたはナフトであり；
Ｒ3'とＲ3が一緒になるかまたはＲ6'とＲ6が一緒になることから形成されるアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋が、ブタノであり；
Ｒ6またはＲ6'とＲ5が一緒になることにより形成されるアルキルジイル架橋またはアルキレノ架橋が、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノであり；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12およびＲ13が一緒になるか、またはＲ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21と一緒になることにより形成されるアリーレノ架橋がベンゾである、
ローダミン色素。
【請求項７】
Ｌが結合である、請求項５に記載のポリヌクレオチド。
【請求項８】
Ｚ1が、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフタジイル、ナフタ−２，６−ジ
イル、ピリジンジイルおよびプリンジイルからなる群より選択される、請求項３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
請求項３に記載のポリヌクレオチドであって、ここでＹが、以下：
【化３−１】
2006056885.tif 000003
【化３−２】
2006056885.tif 000004
【化３−３】
2006056885.tif 000005
【化３−４】
2006056885.tif 000006
からなる群より選択され、ここで、Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への
結合の点を示す、ポリヌクレオチド。
【請求項１０】
前記ローダミン色素が、以下の構造：
【化４】
2006056885.tif 000007
またはそれらの塩を含む、請求項３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１１】
請求項１０に記載のポリヌクレオチドであって、Ｙが、以下の構造：
【化５】
2006056885.tif 000008
ならびにそれらの塩からなる群より選択され、ここで：
Ｒ1およびＲ2が、単独の場合は、独立して水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり；
Ｒ3およびＲ3'が、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より独立して選択されるか、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ2もしくはＲ4とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ4は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、ま
たはＲ3もしくはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノ
であり；
Ｒ5は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、ま
たはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノ
であり；
Ｒ6およびＲ6'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より選択され、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ5もしくはＲ7とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ7は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、ま
たはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノ
であり；
Ｒ8は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され；
Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示し；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より、それぞれ独立して選択されるか、または
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、およびＲ13が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１
以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであるか、または
Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１つ
以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換されたアリーレノである、
ポリヌクレオチド。
【請求項１２】
請求項１０に記載のポリヌクレオチドであって、ここで、Ｙは、以下の構造：
【化６−１】
2006056885.tif 000009
【化６−２】
2006056885.tif 000010
【化６−３】
2006056885.tif 000011
【化６−４】
2006056885.tif 000012
からなる群より選択され、ここで、Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への
結合の点を示す、ポリヌクレオチド。
【請求項１３】
請求項１に記載のポリヌクレオチドであって、前記ローダミン色素が、以下の構造：
【化７】
2006056885.tif 000013
を有し、ここで：
Ｙ1は、ローダミン型親キサンテン環であって、該キサンテンのＣ９炭素上で図示され
るフェニル基に結合しており；
Ｌは、キサンテンの窒素原子またはキサンテンのＣ４炭素に結合し、ここで、Ｌは、結合、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、１以上の同じＷ1基もしくは異なるＷ1基により独立
して置換された（Ｃ1〜Ｃ12）アルキルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイル、１以上の同じＷ2基もしくは異なるＷ2基により独立して置換されたアリールジイル、（Ｃ6〜Ｃ26
）アリールアルキルジイル−（ＣＨ2）i−φ−および−（ＣＨ2）i−ψ−からなる群より選択され、ここで各々のｉは、独立して１〜６の整数であり、φは、（Ｃ5〜Ｃ20）アリ
ールジイル、フェニルジイルまたはフェナ−１，４−ジイルであり、そしてψは、ナフチルジイル、ナフト−２，６−ジイルまたはナフト−２，７−ジイルであり；そして
Ｒxは、アジド、一置換第一級アミン、二置換第二級アミン、チオール、ヒドロキシル
、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシルまたは活性型エステルである、
ポリヌクレオチド。
【請求項１４】
請求項１３に記載のポリヌクレオチドであって、Ｙ1が、以下：
【化８−１】
2006056885.tif 000014
【化８−２】
2006056885.tif 000015
からなる群より選択され、
Ｒ1およびＲ2が、単独の場合は、独立して水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルであり；
Ｒ3およびＲ3'が、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より独立して選択されるか、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ2もしくはＲ4とそれぞれ一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくは（Ｃ2〜Ｃ6）アルキレノであり；
Ｒ4は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、ま
たはＲ3もしくはＲ3'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノ
であり；
Ｒ5は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、ま
たはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノ
であり；
Ｒ6およびＲ6'は、単独の場合は、水素、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールおよびアリールアリールからなる群より選択され、または一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり、またはＲ5もしくはＲ7とそれぞれ一緒になっ
て、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノであり；
Ｒ7は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、ま
たはＲ6もしくはＲ6'と一緒になって、（Ｃ2〜Ｃ6）アルキルジイルもしくはアルキレノ
であり；
Ｒ8は、単独の場合は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され；
Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への結合の点を示し；そして
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、Ｒ13、Ｒ14、Ｒ15、Ｒ16、Ｒ17、Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より、それぞれ独立して選択されるか、または
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12、およびＲ13が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１
以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換された（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノであるか、または
Ｒ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が、一緒になって、（Ｃ5〜Ｃ14）アリーレノまたは１つ
以上の同じ（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルもしくは異なる（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルにより置換されたアリーレノであり、
ここで、窒素原子またはＣ４原子での点線は、Ｌの結合点を示す、ローダミン色素。
【請求項１５】
請求項３に記載のポリヌクレオチドであって、ここで：
アルキルがメチル、エチルまたはプロピルであり；
アリールがフェニルまたはナフチルであり；
アリールアリールがビフェニルであり；
Ｒ2とＲ3が一緒になるか、Ｒ4とＲ3'が一緒になるか、Ｒ5とＲ6が一緒になるか、また
はＲ7とＲ6'が一緒になることにより形成されるアルキルジイル架橋またはアルキレノ架
橋が、エタノ、プロパノ、１，１−ジメチルエタノ、１，１−ジメチルプロパノおよび１，１，３−トリメチルプロパノであり；
Ｒ10、Ｒ11、Ｒ12およびＲ13が一緒になるか、またはＲ18、Ｒ19、Ｒ20およびＲ21が一緒になって形成されるアリーレノ架橋がベンゾである、
ポリヌクレオチド。
【請求項１６】
請求項１３に記載のポリヌクレオチドであって、Ｌは、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイル、（Ｃ1〜Ｃ6）アルカノ、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイル、フェナ−１，４
−ジイル、ナフチルジイル、ナフタ−２，６−ジイル、ナフタ−２，７−ジイル、（Ｃ6
〜Ｃ26）アリールアルキルジイル−（ＣＨ2）i−φ−および−（ＣＨ2）i−ψ−、からなる群より選択され、ここで各々のｉは、独立して１〜６の整数であり、φは、（Ｃ5〜Ｃ20）アリールジイル、フェニルジイルまたはフェナ−１，４−ジイルであり、そしてψは
、ナフチルジイル、ナフト−２，６−ジイルまたはナフト−２，７−ジイルである、ポリヌクレオチド。
【請求項１７】
請求項１３に記載のポリヌクレオチドであって、Ｚは、（Ｃ5〜Ｃ10）ヘテロアリール、
フェニル、ナフチル、ナフト−１−イル、ナフト−２−イル、ピリジルおよびプリニルからなる群より選択される、ポリヌクレオチド。
【請求項１８】
Ｙ1が以下：
【化９−１】
2006056885.tif 000016
【化９−２】
2006056885.tif 000017
【化９−３】
2006056885.tif 000018
【化９−４】
2006056885.tif 000019
【化９−５】
2006056885.tif 000020
【化９−６】
2006056885.tif 000021
【化９−７】
2006056885.tif 000022
からなる群から選択され、ここで、Ｒ9は、オルト−カルボキシフェニルのボトム環への
結合の点を示し、窒素またはＣ４原子での点線がＬの結合の点を示す、請求項１３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項１９】
前記ローダミン色素が、以下の構造：
【化１０】
2006056885.tif 000023
またはそれらの塩を有する、請求項１３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２０】
Ｙ1が、Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、お
よびＹ−４ｃからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、およびＹ−４ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１４に定義された通りである、請求項１４に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２１】
Ｙ1が、Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃからなる群から選択され、ここで、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りである、請求項１９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
エネルギー移動色素対で標識されたポリヌクレオチドであって、該エネルギー移動色素対が、アクセプター色素に結合したドナー色素を含み、ここで該ドナー色素または該アクセプター色素は請求項１に記載のローダミン色素であり、そして該ドナー色素および該アクセプター色素のいずれかまたは両方が任意の結合部分を含む、エネルギー移動色素対。
【請求項２３】
前記色素対が、以下の構造：
【化１１】
2006056885.tif 000024
またはそれらの塩を有する、請求項２２に記載のポリヌクレオチドであって、ここで：
Ｙは、キサンテンのＣ９炭素上で、図示されるフェニル基に結合したローダミン型親キサンテン環であり；
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より独立して選択され；
Ｒ24は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24'
と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであ
り；
Ｒ24'は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24
と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであ
り；
Ｌは、結合、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルジイルまたは（Ｃ１〜Ｃ３）アルカノであり；
Ｚ１は、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキルジイル、（Ｃ５〜Ｃ１４）アリールまたはヘテロアリールであり；
Ｒ41は、求核剤と求電子剤との間の反応で形成される共有結合であり；
Ｌ”は、結合またはリンカーであり；
ｎは、１、２、または３であり；そして
ＤＤ／ＡＤは、結合部分を含む、ドナー色素またはアクセプター色素である、ポリヌクレオチド。
【請求項２４】
Ｙが、Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、Ｙ−４、Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａ、およびＹ−４６ａからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４の化学構造および置換基の定義は、請求項４に定義された通りであり、該Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａ、およびＹ−４６ａの化学構造および置換基の定義は、請求項９に定義された通りである、請求項２３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２５】
Ｒ41が式−Ｃ（Ｏ）ＮＲ45−を有し、ここでＲ45は水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルである、請求項２３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２６】
Ｚ1が、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキレノ、（Ｃ1〜Ｃ12）アルカノ、（Ｃ5〜Ｃ10）アリールジイルおよびヘテロアリールジイル、フェニルジイル、フェナ−１，４−ジイル、ナフタジイル、ナフタ−２，６−ジイル、ピリジンジイル、ならびにプリンジイルからなる群から選択される、請求項２３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２７】
Ｌ”が−Ｒ43−Ｚ3−Ｃ（Ｏ）−Ｒ44−Ｒ45−であり、ここでＲ43は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイルであり、そしてＲ42に結合されており（ここでＲ42は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨである）；Ｚ3は、五〜六員環のアルケニルジイルおよびヘテロアルケニルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロアリールジイルであり；Ｒ44は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨであり；そしてＲ45は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイルである、請求項２３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２８】
ＤＤ／ＡＤがフルオレセイン色素であり、該フルオレセイン色素において結合部分が反応性官能基であり、そしてここでＬ”がキサンテンＣ４炭素でフルオレセイン色素に結合している、請求項２３に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２９】
前記色素対が、以下の構造：
【化１２】
2006056885.tif 000025
を有し、ここでＲ50は、カルボキシル、塩、エステル、またはその活性エステルである、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３０】
Ｙが、Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、Ｙ−４、Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａ、およびＹ−４６ａからなる群より選択され、
ここで、該Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４の化学構造および置換基の定義は、請求項５に定義された通りであり、該Ｙ−２０ａ、Ｙ−２１ａ、Ｙ−２２ａ、Ｙ−２３ａ、Ｙ−２４ａ、Ｙ−２５ａ、Ｙ−３１ａ、Ｙ−３４ａ、Ｙ−３５ａ、Ｙ−３６ａ、Ｙ−３９ａ、Ｙ−４１ａ、Ｙ−４２ａ、Ｙ−４３ａ、Ｙ−４４ａ、Ｙ−４５ａ、およびＹ−４６ａの化学構造および置換基の定義は、請求項９に定義された通りである、請求項２９に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３１】
前記色素対が、以下の構造：
【化１３】
2006056885.tif 000026
を有し、ここで：
Ｒ22、Ｒ23、Ｒ25およびＲ26は、水素および（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より独立して選択され；
Ｒ24は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24'
と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであ
り；
Ｒ24'は、単独の場合は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルからなる群より選択され、またはＲ24と一緒になって、（Ｃ4〜Ｃ10）アルキルジイル、もしくは（Ｃ4〜Ｃ6）アルキレノであ
り；
Ｙ１は、構造式Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３またはＹ−４に従う化合物であって、ここで、ＬがＲ３’位に連結される、化合物であるか、または構造式Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−４１ｂ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、およびＹ−４６ｂに従う化合物であり；
ここで、該Ｙ−１、Ｙ−２、Ｙ−３、およびＹ−４の化学構造および置換基の定義は、請求項４に定義された通りであり、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−４１ｂ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、およびＹ−４６ｂの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りであり；
Ｚは、（Ｃ１〜Ｃ６）アルキル、（Ｃ１〜Ｃ６）アルカニル、（Ｃ５〜Ｃ１４）アリールまたはヘテロアリールであり；
Ｌは、−ＣＨ2−φ−または−ＣＨ2−ψ−であり、ここで、φは、フェニルジイルであり、そしてψは、ナフチルジイルであり、該メチレンは、Ｙに連結され；
Ｒ41は、求核剤と求電子剤との間の反応で形成される共有結合であり；
Ｌ’’は、結合またはリンカーであり；
ｎは、１、２、または３であり；そして
ＤＤ／ＡＤは、結合部分を含む、ドナー色素またはアクセプター色素である、請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３２】
Ｙ1が、Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、Ｙ−４ｃ、Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、およびＹ−４ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１４に定義された通りであり、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りである、請求項３１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３３】
Ｌが（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイル、または（Ｃ1〜Ｃ3）アルカノである、請求項３１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３４】
Ｒ41が、式Ｃ（Ｏ）ＮＲ45−（ここで、Ｒ45は水素または（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルである）のアミドである、請求項３１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３５】
Ｚが、（Ｃ1〜Ｃ12）アルキル、（Ｃ1〜Ｃ12）アルカニル、（Ｃ5〜Ｃ10）アリールおよびヘテロアリール、フェニル、ナフチル、ナフト−１イル、ナフト−２−イル、ピリジル、ならびにプリニルからなる群より選択される、請求項３１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３６】
Ｌ”が−Ｒ43−Ｚ3−Ｃ（Ｏ）−Ｒ44−Ｒ45−であり、ここでＲ43は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイルであり、かつＲ42に結合されており（ここでＲ42は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨである）；Ｚ3は、五〜六員環のアルケニルジイルおよびヘテロアルケニルジイル、（Ｃ5〜Ｃ14）アリールジイルおよびヘテロアリールジイルであり；Ｒ44は、Ｏ、Ｓ、またはＮＨであり；そしてＲ45は、（Ｃ1〜Ｃ6）アルキルジイルである、請求項３１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３７】
ＤＤ／ＡＤがフルオレセイン色素であり、該フルオレセイン色素において結合部分が反応基Ｒxであり、そしてここでＬ”がキサンテンＣ５炭素でフルオレセイン色素に結合している、請求項３１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３８】
前記色素対が、以下の構造：
【化１４】
2006056885.tif 000027
を有し、ここで：
Ｙ1は、Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りであり；そして
Ｒ50は、カルボキシル、塩、エステル、またはその活性エステルである、
請求項２２に記載のポリヌクレオチド。
【請求項３９】
Ｙ1が、Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、Ｙ−４ｃ、Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃからなる群から選択され、
ここで、該Ｙ−１ｂ、Ｙ−２ｂ、Ｙ−３ｂ、Ｙ−４ｂ、Ｙ−１ｃ、Ｙ−２ｃ、Ｙ−３ｃ、およびＹ−４ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１４に定義された通りであり、該Ｙ−２０ｂ、Ｙ−２０ｃ、Ｙ−２１ｂ、Ｙ−２１ｃ、Ｙ−２２ｂ、Ｙ−２２ｃ、Ｙ−２３ｂ、Ｙ−２３ｃ、Ｙ−２４ｂ、Ｙ−２４ｃ、Ｙ−２５ｂ、Ｙ−２５ｃ、Ｙ−３１ｂ、Ｙ−３１ｃ、Ｙ−３４ｂ、Ｙ−３４ｃ、Ｙ−３５ｂ、Ｙ−３５ｃ、Ｙ−３６ｂ、Ｙ−３６ｃ、Ｙ−３７ｂ、Ｙ−３９ｂ、Ｙ−３９ｃ、Ｙ−４１ｃ、Ｙ−４２ｂ、Ｙ−４３ｂ、Ｙ−４３ｃ、Ｙ−４６ｂ、およびＹ−４６ｃの化学構造および置換基の定義は、請求項１８に定義された通りである、請求項３８に記載のポリヌクレオチド。
【請求項４０】
明細書中に記載の、ポリヌクレオチド。