【手続補正書】
【提出日】令和1年6月10日(2019.6.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
血球中のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子の第１の対立遺伝子の細胞表面発現を低減する方法であって、以下：
第１の対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と前記血球を接触させて、これにより、前記ＨＬＡ遺伝子の前記第１の対立遺伝子の前記細胞表面発現を低減するステップであって、
前記第１の対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子が、前記ＨＬＡ遺伝子中の標的ドメインと相補的である標的化ドメインを含み、
前記対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子および前記Ｃａｓ９分子が、前記ＨＬＡ遺伝子の前記第１の対立遺伝子と結合する、
ステップ
を含む方法。
【請求項２】
対立遺伝子特異的遺伝子修飾を有する細胞の集団を含む組成物を製造する方法であって、前記方法は、
対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と血球の集団を接触させて、前記対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子および前記Ｃａｓ９分子を、同定可能なＨＬＡ遺伝子産物をコードするＨＬＡ遺伝子の単一対立遺伝子と結合させるステップであって、前記対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子が、前記ＨＬＡ遺伝子中の標的ドメインと相補的である標的化ドメインを含むステップ；ならびに
前記同定可能なＨＬＡ遺伝子産物を発現するが、前記ＨＬＡ遺伝子の前記単一対立遺伝子は発現しない細胞を富化するステップ
を含む方法。
【請求項３】
前記血球が、一次血球、幹細胞、または造血幹／前駆細胞（ＨＳＣ）である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記細胞が、循環血球、動員血球、骨髄細胞、骨髄系前駆細胞、リンパ球系前駆細胞、リンパ球、複能性前駆細胞、系列特異的前駆細胞、内皮細胞、または間葉系間質細胞からなる群から選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記ＨＬＡ遺伝子が、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３／４／５、ＨＬＡ−ＤＱ、およびＨＬＡ−ＤＰからなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記細胞を、第２のｇＲＮＡ分子と接触させるステップをさらに含み、ここで、前記第２のｇＲＮＡ分子は、表１６に記載される遺伝子を標的化する、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
データベーススキーマを用いて、第１の対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子を選択するステップをさらに含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
データベーススキーマを用いて、前記第１の対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子を選択するステップが、以下：
コンピューターシステムのインターフェースを介して、第１の対象の前記内在性免疫原性遺伝子の第１の複数の対立遺伝子の一覧を受信するステップ；
前記コンピューターシステムのインターフェースを介して、第２の対象の前記内在性免疫原性遺伝子の第２の複数の対立遺伝子の一覧を受信するステップ；
前記第１および第２の複数の対立遺伝子の一覧を処理して、前記第１の複数の対立遺伝子と第２の複数の対立遺伝子との間で１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を同定するステップ；
１つまたは複数のｇＲＮＡ分子が、前記第２の複数の対立遺伝子の前記１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を編集するのに好適であるか否かを決定するためにデータベースに問い合わせるステップ；
前記データベースからの１つまたは複数のｇＲＮＡ分子が、前記１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を編集するのに好適であるという決定に応じて、好適であることが判明した前記１つまたは複数のｇＲＮＡ分子を同定するｇＲＮＡ分子のリストを作成するステップ；
ｇＲＮＡ分子のリストをランク付けするステップ；ならびに
前記ｇＲＮＡ分子のランク付けリストを表示するステップ
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｃａｓ９分子が、
（ａ）酵素的に活性なＣａｓ９（ｅａＣａｓ９）分子であって、前記ｅａＣａｓ９分子が、前記内在性免疫原性遺伝子内に一本鎖切断または二本鎖切断を生成する、ｅａＣａｓ９分子；
（ｂ）野生型Ｃａｓ９；
（ｃ）Ｃａｓ９ニッカーゼ；
（ｄ）不活性型Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）；
（ｅ）分割型Ｃａｓ９；
（ｆ）誘導性Ｃａｓ９；
（ｇ）Ｎ末端ＲｕｖＣ様ドメイン切断活性を含むがＨＮＨ様ドメイン切断活性は含まないＣａｓ９分子；
（ｈ）ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９のアミノ酸位置Ｎ８６３に対応するアミノ酸位置にアミノ酸突然変異を含むＣａｓ９分子；
（ｉ）ＨＮＨ様ドメイン切断活性を含むがＮ末端ＲｕｖＣ様ドメイン切断活性を含まないＣａｓ９分子；および
（ｊ）ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９のアミノ酸位置Ｄ１０に対応するアミノ酸位置にアミノ酸突然変異を含むＣａｓ９分子
からなる群から選択される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記Ｃａｓ９分子が、Ｃａｓ９ポリペプチドである、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９ポリペプチドまたはストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９ポリペプチドである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記ｇＲＮＡ分子と前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、事前に形成されたリボヌクレオチド複合体中で結合されている、請求項１０〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記細胞をテンプレート核酸と接触させるステップをさらに含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記テンプレート核酸が、一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド（ｓｓＯＤＮ）である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記細胞をトランスジーンと接触させるステップをさらに含み、ここで、前記接触ステップは、前記トランスジーンが、前記細胞の前記ゲノム、または前記細胞の集団の細胞に組み込まれることを可能にする条件下で行う、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
（ａ）前記トランスジーンが、免疫同一ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）をコードする遺伝子、化学療法選択マーカー、細胞表面抗原、または自殺遺伝子である遺伝子である；
（ｂ）前記トランスジーンが、ＨＬＡ遺伝子またはその断片である；または
（ｃ）前記トランスジーンが、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３／４／５、ＨＬＡ−ＤＱ、およびＨＬＡ−ＤＰからなる群から選択されるＨＬＡ遺伝子またはその断片である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記方法が、血球の集団中の前記ＨＬＡ遺伝子の前記第１の対立遺伝子の前記細胞表面発現を低減するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記方法が、前記対立遺伝子特異的抗体を用いて、前記細胞の集団を選別することにより、前記ＨＬＡ遺伝子の特定の対立遺伝子を発現する細胞を選択するステップをさらに含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法により改変される細胞または細胞の集団。
【請求項２０】
請求項１９に記載の細胞または細胞の集団を含む医薬組成物。
【請求項２１】
対象の疾患を治療または予防する際に使用するための、請求項１９に記載の細胞もしくは細胞の集団を含む組成物または請求項２０に記載の医薬組成物。
【請求項２２】
ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子の第１の対立遺伝子に修飾を含む血球または血球の集団であって、前記血球が、第１の対立遺伝子特異的修飾ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と接触している血球または血球の集団。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９８】
さらに、処理装置による実行の命令を保存する非一時的コンピューター可読記憶媒体も提供され、命令の実行によって、処理装置はスキーマに従いデータベースを作成し、スキーマは、以下を規定する：ＨＬＡ対立遺伝子に関するデータを保存する対立遺伝子テーブル；ｇＲＮＡに関するデータを保存するｇＲＮＡテーブル；対立遺伝子テーブルの記録とｇＲＮＡテーブルの記録とのリレーションシップを保存する対立遺伝子ｇＲＮＡリレーションテーブル（ここで、対立遺伝子テーブルは、対立遺伝子ｇＲＮＡリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、ｇＲＮＡテーブルは、対立遺伝子ｇＲＮＡリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する）；ハプロタイプに関するデータを保存するハプロタイプテーブル（ここで、対立遺伝子テーブルは、ハプロタイプテーブルと１対多のリレーションシップを有する）；系統情報に関するデータを保存する系統テーブル；ハプロタイプテーブルの記録と系統テーブルの記録とのリレーションシップを保存する系統ハプロタイプリレーションテーブル（ここで、ハプロタイプテーブルは、系統ハプロタイプリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、系統テーブルは、系統ハプロタイプリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する）；複数の系統内に発生する対立遺伝子の頻度に関するデータを保存する対立遺伝子頻度テーブル（ここで、対立遺伝子テーブルは、対立遺伝子頻度テーブルと１対多のリレーションシップを有する）；ならびに対立遺伝子頻度テーブルの記録と系統テーブルの記録とのリレーションシップを保存する対立遺伝子系統リレーションテーブル（ここで、対立遺伝子頻度テーブルは、対立遺伝子系統リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、系統テーブルは、対立遺伝子系統リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する）。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
免疫適合性血球を生成する方法であって、以下：
第１の対立遺伝子特異的修飾ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と血球を接触させて、前記第１対立遺伝子特異的修飾ｇＲＮＡ分子および前記Ｃａｓ９分子を、内在性免疫原性遺伝子の第１の対立遺伝子と結合させ、
これにより、前記内在性免疫原性遺伝子の第１の対立遺伝子を修飾して、前記免疫適合性血球を生成するステップ
を含む方法。
（項目２）
血球中の内在性免疫原性遺伝子を修飾する方法であって、以下：
データベーススキーマを用いて、第１の対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子を選択するステップ、ならびに
前記第１の対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と前記血球を接触させて、前記対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子および前記Ｃａｓ９分子を、内在性免疫原性遺伝子の第１の対立遺伝子と結合させ、これにより、前記内在性免疫原性遺伝子の第１の対立遺伝子を修飾するステップ
を含む方法。
（項目３）
血球中の内在性免疫原性遺伝子の第１の対立遺伝子の前記細胞表面発現を低減する方法であって、以下：
第１の対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と前記血球を接触させて、前記対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子および前記Ｃａｓ９分子を、前記内在性免疫原性遺伝子の第１対立遺伝子と結合させ、
これにより、前記内在性免疫原性遺伝子の第１の対立遺伝子の前記細胞表面発現を低減するステップ
を含む方法。
（項目４）
ハプロタイプ修飾血球を対象に移植する方法であって、以下：
内在性免疫原性遺伝子に第１ハプロタイプを有する第１の対象から血球を単離するステップ、
第１対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と前記血球を接触させて、前記第１対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子を、内在性免疫原性遺伝子の第１対立遺伝子と結合させ、これにより、前記内在性免疫原性遺伝子の第１の対立遺伝子を修飾するステップ、ならびに
内在性免疫原性遺伝子に第２ハプロタイプを有する第２の対象に前記血球を移入するステップ
を含む方法。
（項目５）
対立遺伝子特異的遺伝子修飾を有する細胞の集団を含む組成物を製造する生体外の方法であって、以下：
対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と細胞の集団を接触させて、前記対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子および前記Ｃａｓ９分子を、同定可能な遺伝子産物をコードする遺伝子の単一対立遺伝子と結合させるステップ；ならびに
前記同定可能な遺伝子産物を発現するが、前記第１対立遺伝子は発現しない細胞を富化するステップ
を含む方法。
（項目６）
前記細胞の集団が、血球の集団である、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記血球が、造血幹／前駆細胞（ＨＳＣ）である、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記細胞の集団が、循環血球の集団、動員血球の集団、骨髄細胞の集団、骨髄系前駆細胞の集団、リンパ球系前駆細胞の集団、リンパ球の集団、複能性前駆細胞の集団、系列特異的前駆細胞の集団、内皮細胞の集団、もしくは間葉系間質細胞の集団、またはこれらの組合せからなる群から選択される、項目５〜７のいずれか１項に記載の方法。
（項目９）
前記血球が、幹細胞である、項目１〜４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１０）
前記幹細胞が、造血幹／前駆細胞（ＨＳＣ）である、項目４に記載の方法。
（項目１１）
前記細胞が、循環血球、動員血球、骨髄細胞、骨髄系前駆細胞、リンパ球系前駆細胞、リンパ球、複能性前駆細胞、系列特異的前駆細胞、内皮細胞、または間葉系間質細胞からなる群から選択される、項目１〜４、９および１０のいずれか１項に記載の方法。
（項目１２）
前記ｇＲＮＡ分子が、修飾ｇＲＮＡ分子である、項目２〜１１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３）
前記ｇＲＮＡ分子が、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子中の標的ドメインと相補的である標的化ドメインを含む、項目１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
（項目１４）
前記ＨＬＡ遺伝子が、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３／４／５、ＨＬＡ−ＤＱ、およびＨＬＡ−ＤＰからなる群から選択される、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記細胞、または細胞の集団を、第２のｇＲＮＡ分子と接触させるステップをさらに含み、ここで、前記第２のｇＲＮＡ分子は、表１６に記載される遺伝子を標的化する、項目１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
前記第２のｇＲＮＡ分子が、修飾ｇＲＮＡ分子である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記細胞を第２のＣａｓ９分子と接触させるステップをさらに含む、項目１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
（項目１８）
前記Ｃａｓ９分子が、酵素的に活性なＣａｓ９（ｅａＣａｓ９）分子である、項目１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
（項目１９）
前記ｅａＣａｓ９分子が、前記内在性免疫原性遺伝子内に一本鎖切断を生成する、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記ｅａＣａｓ９分子が、前記内在性免疫原性遺伝子内に二本鎖切断を生成する、項目１５に記載の方法。
（項目２１）
前記Ｃａｓ９分子が、野生型Ｃａｓ９、Ｃａｓ９ニッカーゼ、不活性型Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）、分割型Ｃａｓ９、および誘導性Ｃａｓ９からなる群から選択される、項目１〜２０のいずれか１項に記載の方法。
（項目２２）
前記Ｃａｓ９分子が、Ｎ末端ＲｕｖＣ様ドメイン切断活性を含むが、ＨＮＨ様ドメイン切断活性は含まない、項目１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
（項目２３）
前記Ｃａｓ９分子が、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９のアミノ酸位置Ｎ８６３に対応するアミノ酸位置にアミノ酸突然変異を含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記Ｃａｓ９分子が、ＨＮＨ様ドメイン切断活性を含むが、Ｎ末端ＲｕｖＣ様ドメイン切断活性を含まない、項目１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
（項目２５）
前記Ｃａｓ９分子が、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９のアミノ酸位置Ｄ１０に対応するアミノ酸位置にアミノ酸突然変異を含む、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記Ｃａｓ９分子が、Ｃａｓ９ポリペプチドである、項目１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
（項目２７）
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９ポリペプチドである、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９ポリペプチドである、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
前記ｇＲＮＡ分子と前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、事前に形成されたリボヌクレオチド複合体中で結合されている、項目２６〜２８のいずれか１項に記載の方法。
（項目３０）
前記Ｃａｓ９分子が、Ｃａｓ９ポリペプチドをコードする核酸である、項目１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
（項目３１）
前記修飾ｇＲＮＡ分子が、５’末端キャップ構造を含む、項目１または１２〜３０のいずれか１項に記載の方法。
（項目３２）
前記５’末端キャップ構造が、３’−Ｏ−Ｍｅ−ｍ７Ｇ（５’）ｐｐｐ（５’）Ｇ抗リバースキャップアナログ（ＡＲＣＡ）である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記修飾ｇＲＮＡ分子が、３’末端ポリ−Ａテールを含む、項目１または１２〜３２のいずれか１項に記載の方法。
（項目３４）
前記細胞、または前記細胞の集団をテンプレート核酸と接触させるステップをさらに含む、項目１〜３３のいずれか１項に記載の方法。
（項目３５）
前記テンプレート核酸が、一本鎖オリゴデオキシヌクレオチド（ｓｓＯＤＮ）である、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記テンプレート核酸が、アデノ関連ウイルス（ＡＡＶ）または組込み欠陥レンチウイルス（ＩＬＤＶ）を用いて、細胞、または細胞の集団に送達される、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記ｓｓＯＤＮが、５’ホスホロチオエート修飾を含む、項目３５に記載の方法。
（項目３８）
前記ｓｓＯＤＮが、３’ホスホロチオエート修飾を含む、項目３５に記載の方法。
（項目３９）
前記ｓｓＯＤＮが、５’ホスホロチオエート修飾と３’ホスホロチオエート修飾を含む、項目３５に記載の方法。
（項目４０）
前記細胞、または前記細胞の集団をトランスジーンと接触させるステップをさらに含み、ここで、前記接触ステップは、前記トランスジーンが、前記細胞の前記ゲノム、または前記細胞の集団の細胞に組み込まれることを可能にする条件下で行う、項目１〜３９のいずれか１項に記載の方法。
（項目４１）
前記トランスジーンが、免疫同一ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）をコードする遺伝子、化学療法選択マーカー、細胞表面抗原、または自殺遺伝子である遺伝子である、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記トランスジーンが、ＨＬＡ遺伝子またはその断片である、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記ＨＬＡ遺伝子が、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３／４／５、ＨＬＡ−ＤＱ、およびＨＬＡ−ＤＰからなる群から選択される、項目３９に記載の方法。
（項目４４）
前記細胞、または前記細胞の集団をｅｉＣａｓ９分子と接触させるステップをさらに含む、項目１〜４３のいずれか１項に記載の方法。
（項目４５）
前記ｅｉＣａｓ９を転写レプレッサーまたは転写アクチベーターと融合させる、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記細胞が、細胞の集団を含む、項目１〜４、および５〜８のいずれか１項に記載の方法。
（項目４７）
前記対立遺伝子特異的抗体を用いて、前記細胞の集団を選別することにより、１遺伝子の特定の対立遺伝子を発現する細胞を選択するステップをさらに含む、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記遺伝子が、免疫原性遺伝子である、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
前記細胞の集団が、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）または免疫原性マイクロビーズ媒介性細胞選別によって選別される、項目４７または項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記内在性免疫原性遺伝子に第１ハプロタイプを有する第１の対象から前記血球を単離するステップをさらに含む、項目１〜４のいずれか１項に記載の方法。
（項目５１）
前記接触ステップ後に、前記内在性免疫原性遺伝子に第２ハプロタイプを有する第２の対象に前記血球を移入するステップをさらに含む、項目１〜４または５０のいずれか１項に記載の方法。
（項目５２）
前記接触ステップ後に、生体外で前記細胞または細胞の集団を拡大するステップをさらに含む、項目１〜５１のいずれか１項に記載の方法。
（項目５３）
Ｔ細胞補充療法をさらに含む、項目１〜５２のいずれか１項に記載の方法。
（項目５４）
前記ハプロタイプ修飾血球が、ドナーとレシピエントの細胞間のマッチングの増大に基づく第２の対象による拒絶の低い尤度、ならびに混合リンパ球または白血球反応アッセイにより決定される低い免疫原性を有する、項目４に記載の方法。
（項目５５）
前記ハプロタイプ修飾血球が、前記第２の対象により拒絶されない、項目４に記載の方法。
（項目５６）
前記遺伝子を発現するが、前記第１対立遺伝子は発現しない細胞を富化する前記ステップが、フローサイトメトリーによって前記細胞を選別するステップを含む、項目５に記載の方法。
（項目５７）
前記遺伝子を発現するが、前記第１対立遺伝子は発現しない細胞を富化する前記ステップが、前記遺伝子の第１対立遺伝子によりコードされる前記同定可能な遺伝子産物の第１変異体と特異的に結合する第１抗体および前記同定可能な産物の第２変異体と結合する第２抗体と、前記複数の細胞の各々を接触させるステップを含む、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
前記同定可能な遺伝子産物が、細胞表面マーカーである、項目５、５６、または５７のいずれか１項に記載の方法。
（項目５９）
前記同定可能な遺伝子産物が、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）である、項目５８に記載の方法。
（項目６０）
前記遺伝子の第１対立遺伝子が、前記同定可能な遺伝子産物の非機能性変異体をコードする、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
前記遺伝子を発現するが、前記第１対立遺伝子は発現しない細胞を富化する前記ステップが、前記複数の細胞の各細胞において、前記同定可能な遺伝子産物の機能性変異体と結合した物質またはシグナルを検出するステップを含む、項目５６に記載の方法。
（項目６２）
前記細胞または細胞の集団が、一次血球または一次血球の集団である、項目１〜６１のいずれか１項に記載の方法。
（項目６３）
項目１〜６２のいずれか１項に記載の方法により製造される組成物。
（項目６４）
薬剤として使用するための項目６３に記載の組成物。
（項目６５）
移植に使用するための項目６３に記載の組成物。
（項目６６）
項目１〜６２のいずれか１項に記載の方法により改変される細胞または細胞の集団。
（項目６７）
項目６６に記載の細胞または細胞の集団を含む医薬組成物。
（項目６８）
対象の疾患を治療または予防する方法であって、修飾細胞または項目１〜６２のいずれか１項に記載の方法により改変された細胞を前記対象に投与するステップを含む方法。
（項目６９）
内在性免疫原性遺伝子の第１対立遺伝子に修飾を含む血球であって、前記血球が、第１対立遺伝子特異的修飾ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と接触している血球。
（項目７０）
内在性免疫原性遺伝子の第１対立遺伝子に修飾を含む血球の集団であって、前記血球の集団が、第１対立遺伝子特異的修飾ｇＲＮＡ分子およびＣａｓ９分子と接触している血球の集団。
（項目７１）
前記免疫原性遺伝子が、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子である、項目６９に記載の血球、または項目７０に記載の血球の集団。
（項目７２）
データベーススキーマを用いて、第１対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子を選択するステップをさらに含む、項目１または３〜５のいずれか１項に記載の方法。
（項目７３）
データベーススキーマを用いて、前記第１対立遺伝子特異的ｇＲＮＡ分子を選択するステップが、以下：
コンピューターシステムのインターフェースを介して、第１の対象の前記内在性免疫原性遺伝子の第１の複数の対立遺伝子の一覧を受信するステップ；
前記コンピューターシステムのインターフェースを介して、第２の対象の前記内在性免疫原性遺伝子の第２の複数の対立遺伝子の一覧を受信するステップ；
前記第１および第２の複数の対立遺伝子の一覧を処理して、前記第１の複数の対立遺伝子と第２の複数の対立遺伝子との間で１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を同定するステップ；
１つまたは複数のｇＲＮＡ分子が、前記第２の複数の対立遺伝子の前記１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を編集するのに好適であるか否かを決定するためにデータベースに問い合わせるステップ；
前記データベースからの１つまたは複数のｇＲＮＡ分子が、前記１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を編集するのに好適であるという決定に応じて、好適であることが判明した前記１つまたは複数のｇＲＮＡ分子を同定するｇＲＮＡ分子のリストを作成するステップ；
ｇＲＮＡ分子のリストをランク付けするステップ；ならびに
前記ｇＲＮＡ分子のランク付けリストを表示するステップ
を含む、項目２または項目７２に記載の方法。
（項目７４）
データベーススキーマをインプリメントするための処理装置による実行の命令を保存する非一時的コンピューター可読記憶媒体であって、前記データスキーマが、以下：
主要ＨＬＡ対立遺伝子に関するデータを保存する対立遺伝子テーブル；
ｇＲＮＡに関するデータを保存するｇＲＮＡテーブル；
前記対立遺伝子テーブルの記録と前記ｇＲＮＡテーブルの記録とのリレーションシップを保存する対立遺伝子−ｇＲＮＡ−リレーションテーブルであって、ここで、前記対立遺伝子テーブルは、前記対立遺伝子−ｇＲＮＡ−リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記ｇＲＮＡテーブルは、前記対立遺伝子−ｇＲＮＡ−リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；
ハプロタイプに関するデータを保存するハプロタイプテーブルであって、ここで、前記対立遺伝子テーブルは、前記ハプロタイプテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；
複数の系統内で発生するハプロタイプの頻度に関するデータを保存するハプロタイプ−頻度テーブルであって、ここで、前記ハプロタイプテーブルは、前記ハプロタイプ−頻度テーブルと１対１のリレーションシップを有する、テーブル；
系統に関するデータを保存する系統テーブル；
前記ハプロタイプ−頻度テーブルの記録と前記系統テーブルの記録とのリレーションシップを保存する系統−ハプロタイプ−リレーションテーブルであって、ここで、前記ハプロタイプ−頻度テーブルは、前記系統−ハプロタイプ−リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記系統テーブルは、前記系統−ハプロタイプ−リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；
複数の系統内で発生する対立遺伝子の頻度に関するデータを保存する対立遺伝子頻度テーブルであって、ここで、前記対立遺伝子テーブルは、前記対立遺伝子頻度テーブルと１対１のリレーションシップを有する、テーブル；ならびに
前記対立遺伝子頻度テーブルの記録と前記系統テーブルの記録とのリレーションシップを保存する対立遺伝子系統リレーションテーブルであって、ここで、前記対立遺伝子頻度テーブルは、前記対立遺伝子−系統−リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記系統テーブルは、前記対立遺伝子−系統−リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有するテーブル
を含む、非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目７５）
前記データスキーマが、以下：
マイナー組織適合性抗原に関するデータを保存するマイナー−抗原テーブル；および
マイナー組織適合性抗原に対するＨＬＡ制限に関するデータを保存する主要−マイナー−制限テーブルをさらに含み、前記マイナー−抗原テーブルは、前記主要−マイナー−制限テーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記対立遺伝子テーブルは、前記主要−マイナー−制限テーブルと１対多のリレーションシップを有する、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目７６）
前記対立遺伝子テーブルが、対立遺伝子ｉｄキー、対立遺伝子属性、遺伝子名属性、および対立遺伝子配列属性を含む、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目７７）
前記ｇＲＮＡテーブルが、ｇＲＮＡｉｄキー、Ｃａｓ変異体属性、ｇＲＮＡ配列（ＰＡＭを含む）属性、ｇＲＮＡ配列（ＰＡＭを含まない）属性、鎖属性、直交性スコア属性、およびオフターゲットリスト情報属性を含む、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目７８）
前記対立遺伝子−ガイド−リレーションテーブルが、リレーションｉｄキー、前記対立遺伝子テーブルの対立遺伝子ｉｄキーに対応する対立遺伝子ｉｄ属性、および前記ｇＲＮＡテーブルのｇＲＮＡｉｄキーに対応するｇＲＮＡｉｄ属性を含む、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目７９）
前記ハプロタイプテーブルが、ハプロタイプｉｄキー、ＨＬＡ−Ａ−対立遺伝子属性、ＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子属性、ＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子属性、ＨＬＡ−ＤＲＢ１遺伝子座属性、ＨＬＡ−ＤＲＢ３／ＤＲＢ４／ＤＲＢ５遺伝子座属性、ＨＬＡ−ＤＱＢ１対立遺伝子遺伝子座属性を含む、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目８０）
前記ハプロタイプ−頻度テーブルが、ハプロタイプ頻度ｉｄキー、前記ハプロタイプテーブルのハプロタイプｉｄキーに対応するハプロタイプｉｄ属性、ヨーロッパ系統群におけるハプロタイプの発生頻度の属性、ヨーロッパ系統群におけるハプロタイプ発生のランクの属性、アフリカ系アメリカ人系統群におけるハプロタイプの発生頻度の属性、アフリカ系アメリカ人系統群におけるハプロタイプ発生のランクの属性、アジア系統群におけるハプロタイプの発生頻度の属性、アジア系統群におけるハプロタイプ発生のランクの属性、ヒスパニック系統群におけるハプロタイプの発生頻度の属性、ヒスパニック系統群におけるハプロタイプ発生のランクの属性、ユダヤ人系統群におけるハプロタイプの発生頻度の属性、およびユダヤ人系統群におけるハプロタイプ発生のランクの属性を含む、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目８１）
前記対立遺伝子−頻度テーブルが、対立遺伝子頻度ｉｄキー、前記対立遺伝子テーブルの対立遺伝子ｉｄキーに対応する対立遺伝子ｉｄ属性、ヨーロッパ系統群における対立遺伝子の発生頻度の属性、ヨーロッパ系統群における対立遺伝子発生のランクの属性、アフリカ系アメリカ人系統群における対立遺伝子の発生頻度の属性、アフリカ系アメリカ人系統群における対立遺伝子発生のランクの属性、アジア系統群における対立遺伝子の発生頻度の属性、アジア系統群における対立遺伝子発生のランクの属性、ヒスパニック系統群における対立遺伝子の発生頻度の属性、ヒスパニック系統群における対立遺伝子発生のランクの属性、ユダヤ人系統群における対立遺伝子の発生頻度の属性、およびユダヤ人系統群における対立遺伝子発生のランクの属性を含む、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目８２）
前記対立遺伝子−頻度テーブルが、前記対立遺伝子テーブルと依存リレーションシップを有し、前記対立遺伝子テーブルに完全に依存的である、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目８３）
前記ハプロタイプ−頻度テーブルが、ハプロタイプテーブルと依存リレーションシップを有し、前記ハプロタイプテーブルに完全に依存的である、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目８４）
前記ｇＲＮＡが、ＨＬＡ対立遺伝子を編集するために設計される、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目８５）
前記ハプロタイプが、異なるＨＬＡ遺伝子の対立遺伝子群である、項目７４に記載の非一時的コンピューター可読記憶媒体。
（項目８６）
１つまたは複数の対立遺伝子を編集するためのｇＲＮＡを同定するコンピューターシステムを用いて実施される方法であって、以下：
前記コンピューターシステムのインターフェースを介して、標的化移植片レシピエントの第１の複数の対立遺伝子の一覧を受信するステップ；
前記コンピューターシステムのインターフェースを介して、標的化移植片ドナーの第２の複数の対立遺伝子の一覧を受信するステップ；
前記第１および第２の複数の対立遺伝子の一覧を処理して、前記第１の複数の対立遺伝子と前記第２の複数の対立遺伝子との間で１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を同定するステップ；
１つまたは複数のｇＲＮＡ分子が、前記第２の複数の対立遺伝子の前記１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を編集するのに好適であるか否かを決定するためにデータベースに問い合わせるステップ；
前記データベースからの１つまたは複数のｇＲＮＡが、前記１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を編集するのに好適であるという決定に応じて、好適であることが判明した前記１つまたは複数のｇＲＮＡを同定するｇＲＮＡのリストを作成するステップ；
前記ｇＲＮＡのリストをランク付けするステップ；ならびに
前記ｇＲＮＡのランク付けリストを表示するステップ
を含む方法。
（項目８７）
前記ｇＲＮＡのリストからのｇＲＮＡが、前記標的化移植片ドナーの前記第２の複数の対立遺伝子からのミスマッチ対立遺伝子を編集して、前記第１の複数の対立遺伝子と前記第２の複数の対立遺伝子間でマッチする対立遺伝子の数を増加させることができる、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記ｇＲＮＡのリストからのｇＲＮＡが、１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を編集して、標的化移植片レシピエントに移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）が発生する尤度を低減することができる、項目８６に記載の方法。
（項目８９）
前記第１の複数の対立遺伝子の各々について前記ＤＮＡ配列を表示するステップをさらに含む、項目８６に記載の方法。
（項目９０）
前記データベースが、１つの人種群に発生する対立遺伝子の尤度を示す数を保存する、項目８６に記載の方法。
（項目９１）
１系統内の前記第１の複数の対立遺伝子の各々の発生頻度を表示するステップをさらに含む、項目８６に記載の方法。
（項目９２）
前記第１の複数の対立遺伝子の各々とマイナー組織適合性抗原との制限リレーションシップを表示するステップをさらに含む、項目８６に記載の方法。
（項目９３）
前記第１の複数の対立遺伝子が、前記標的化移植片レシピエントの母系遺伝性主要ＨＬＡハプロタイプであり、前記第２の複数の対立遺伝子が、前記標的化移植片ドナーの母系遺伝性主要ＨＬＡハプロタイプである、項目８６に記載の方法。
（項目９４）
前記第１の複数の対立遺伝子の一覧が、１つの対立遺伝子、２つの対立遺伝子、３つの対立遺伝子、４つの対立遺伝子、５つの対立遺伝子、６つの対立遺伝子、７つの対立遺伝子、または８つの対立遺伝子を含む、項目８６に記載の方法。
（項目９５）
前記第２の複数の対立遺伝子の一覧が、１つの対立遺伝子、２つの対立遺伝子、３つの対立遺伝子、４つの対立遺伝子、５つの対立遺伝子、６つの対立遺伝子、７つの対立遺伝子、または８つの対立遺伝子を含む、項目８６に記載の方法。
（項目９６）
前記ｇＲＮＡのリストが、１つのミスマッチ対立遺伝子を編集するための１つのｇＲＮＡを同定する、項目８６に記載の方法。
（項目９７）
前記ｇＲＮＡのリストが、２つ以上のミスマッチ対立遺伝子を編集するための２つ以上のｇＲＮＡを同定する、項目８６に記載の方法。
（項目９８）
前記ｇＲＮＡのリストが、２つ以上のミスマッチ対立遺伝子を編集するための１つのｇＲＮＡを同定する、項目８６に記載の方法。
（項目９９）
前記データベースが、項目７４に記載のデータベーススキーマを用いてインプリメントされる、項目８６に記載の方法。
（項目１００）
データベーススキーマをインプリメントするためのシステムであって、前記システムが、以下：
プロセッサー；および
データベーススキーマを保存するメモリーを含み、このデータスキーマは、以下：
ＨＬＡ対立遺伝子に関するデータを保存する対立遺伝子テーブル；
ｇＲＮＡに関するデータを保存するｇＲＮＡテーブル；
前記対立遺伝子テーブルの記録と前記ｇＲＮＡテーブルの記録とのリレーションシップを保存する対立遺伝子ｇＲＮＡリレーションテーブルであって、ここで、前記対立遺伝子テーブルは、前記対立遺伝子ｇＲＮＡリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記ｇＲＮＡテーブルは、対立遺伝子ｇＲＮＡリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有するテーブル；
ハプロタイプに関するデータを保存するハプロタイプテーブルであって、ここで、前記対立遺伝子テーブルは、前記ハプロタイプテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；
系統情報に関するデータを保存する系統テーブル；
前記ハプロタイプテーブルの記録と前記系統テーブルの記録とのリレーションシップを保存する系統ハプロタイプリレーションテーブルであって、ここで、前記ハプロタイプテーブルは、前記系統ハプロタイプリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記系統テーブルは、前記系統ハプロタイプリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；
複数の系統内に発生する対立遺伝子の頻度に関するデータを保存する対立遺伝子頻度テーブルであって、ここで、前記対立遺伝子テーブルは、前記対立遺伝子頻度テーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；ならびに
前記対立遺伝子頻度テーブルの記録と前記系統テーブルの記録とのリレーションシップを保存する対立遺伝子系統リレーションテーブルであって、ここで、前記対立遺伝子頻度テーブルは、前記対立遺伝子系統リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記系統テーブルは、前記対立遺伝子系統リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル
を含むシステム。
（項目１０１）
１つまたは複数の対立遺伝子を編集するためのｇＲＮＡを同定するシステムであって、前記システムが、以下：
プロセッサー；および
命令を保存するメモリーを含み、これらの命令は、実行されると以下：
標的化移植片レシピエントの第１の複数の対立遺伝子の一覧を受信すること；
標的化移植片ドナーの第２の複数の対立遺伝子の一覧を受信すること；
前記第１および第２の複数の対立遺伝子の一覧を処理して、前記第１の複数の対立遺伝子と前記第２の複数の対立遺伝子との間で１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を同定すること；
データベースに問い合わせて、１つまたは複数のｇＲＮＡ分子が、前記第２の複数の対立遺伝子の１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を編集するのに好適であるか否かを決定すること；
前記データベースからの１つまたは複数のｇＲＮＡが、１つまたは複数のミスマッチ対立遺伝子を編集するのに好適であるという決定に応じて、好適であることが判明した１つまたは複数のｇＲＮＡを同定するｇＲＮＡのリストを作成すること；
ｇＲＮＡのリストをランク付けすること；ならびに
ｇＲＮＡの前記ランク付けリストを表示すること
を前記プロセッサーに行わせるシステム。
（項目１０２）
処理装置による実行の命令を保存する非一時的コンピューター可読記憶媒体であって、前記命令の実行によって、前記処理装置は、
前記スキーマに従いデータベースを作成し、前記スキーマは、以下：
ＨＬＡ対立遺伝子に関するデータを保存する対立遺伝子テーブル；
ｇＲＮＡに関するデータを保存するｇＲＮＡテーブル；
前記対立遺伝子テーブルの記録と前記ｇＲＮＡテーブルの記録とのリレーションシップを保存する対立遺伝子ｇＲＮＡリレーションテーブルであって、ここで、前記対立遺伝子テーブルは、前記対立遺伝子ｇＲＮＡリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記ｇＲＮＡテーブルは、前記対立遺伝子ｇＲＮＡリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；
ハプロタイプに関するデータを保存するハプロタイプテーブルであって、ここで、前記対立遺伝子テーブルは、前記ハプロタイプテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；
系統情報に関するデータを保存する系統テーブル；
前記ハプロタイプテーブルの記録と前記系統テーブルの記録とのリレーションシップの記録を保存する系統ハプロタイプリレーションテーブルであって、ここで、前記ハプロタイプテーブルは、前記系統ハプロタイプリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記系統テーブルは、前記系統ハプロタイプリレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；
複数の系統内に発生する対立遺伝子の頻度に関するデータを保存する対立遺伝子頻度テーブルであって、ここで、前記対立遺伝子テーブルは、前記対立遺伝子頻度テーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル；ならびに
前記対立遺伝子頻度テーブルの記録と前記系統テーブルの記録とのリレーションシップを保存する対立遺伝子系統リレーションテーブルであって、ここで、前記対立遺伝子頻度テーブルは、前記対立遺伝子系統リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有し、前記系統テーブルは、前記対立遺伝子系統リレーションテーブルと１対多のリレーションシップを有する、テーブル
を規定する、非一時的コンピューター可読記憶媒体。