【手続補正書】
【提出日】令和1年7月17日(2019.7.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
動物（ヒトなど）のがんの処置における治療手段を設計および、場合により調製する方法であって、
ａ）悪性組織由来の細胞または細胞集団由来のＤＮＡの配列を決定すること、
ｂ）次いで、工程ａで得られたＤＮＡ配列情報を、前記動物の健常細胞由来または前記動物種の完全に配列決定された健常なゲノム由来のＤＮＡ配列情報と比較すること、
ｃ）前記動物の健常細胞には現れない細胞または細胞集団由来のＤＮＡ配列を同定すること、および
ｄ）以下の１つを少なくとも含む治療手段を設計および、場合により調製すること、
１）工程ｃで同定した少なくとも１つのＤＮＡ配列を特異的に認識する認識分子をコードする第１の核酸配列を含み、かつ工程ｃで同定した前記少なくとも１つのＤＮＡ配列が前記認識分子に結合した場合に、前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を選択的に破壊する分子をコードする第２の核酸配列を含む発現ベクター、または
２）工程ｃで同定した前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を特異的に認識する分子をコードする第１の核酸配列を含む第１の発現ベクター、および工程ｃで同定した前記少なくとも１つのＤＮＡ配列が前記認識分子に結合した場合に、前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を選択的に破壊する分子をコードする第２の核酸配列を含む第２の発現ベクター、または
３）工程ｃで同定した少なくとも１つのＤＮＡ配列を特異的に認識する認識分子、および工程ｃで同定した前記少なくとも１つのＤＮＡ配列が前記認識分子に結合した場合に、前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を選択的に破壊する分子をコードする核酸配列を含む発現ベクター、または
４）工程ｃで同定した少なくとも１つのＤＮＡ配列を特異的に認識する認識分子をコードする核酸配列を含む発現ベクター、および工程ｃで同定した前記少なくとも１つのＤＮＡ配列が前記認識分子に結合した場合に、前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を選択的に破壊する分子、または
５）工程ｃで同定した少なくとも１つのＤＮＡ配列を特異的に認識する認識分子、および工程ｃで同定した前記少なくとも１つのＤＮＡ配列が前記認識分子に結合した場合に、前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を選択的に破壊する分子、
を含む方法。
【請求項２】
工程ｃがまた、同定した配列を順位付けすることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
請求項１または２において定義される治療手段を設計し、場合により調製する、コンピュータまたはコンピュータシステムであって、
ｉ）動物の健常細胞由来または前記動物種の完全に配列決定された健常なゲノム由来のＤＮＡ配列データを含む、第１のコンピュータメモリーまたはメモリーセグメント、
ｉｉ）悪性細胞由来のＤＮＡ配列データを含む、第２のコンピュータメモリーまたはメモリーセグメント、
ｉｉｉ）第２のコンピュータメモリー由来のＤＮＡ配列データと第１のメモリーにおけるＤＮＡ配列データのセット全体とを比較し、第１のコンピュータメモリーにおけるＤＮＡ配列データに現れない第２のコンピュータメモリー由来のＤＮＡ配列を同定するのに適した実行コード、
ｉｖ）ｉｉｉにおいて規定されたコンピュータによって同定したＤＮＡ配列データまたはＤＮＡ配列データのポインターを含むのに適した、第３のコンピュータメモリーまたはメモリーセグメント、および
ｖ）１）第３のコンピュータメモリーまたはメモリーセグメントに保存され、または示されたＤＮＡ配列データ、および２）エフェクター分子をコードする核酸における配列データに基づいて発現ベクターを設計するのに適した実行コード、および場合により、
ｖｉ）ｖの実行コードで設計したＤＮＡ配列を合成するのに適した核酸シンセサイザーを含む、コンピュータまたはコンピュータシステム。
【請求項４】
ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓシステムの合成（Ｃａｓ９、ｅＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９−ＨＦまたはＣｐｆ１を含むＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓシステムなど）、あるいは、ゲノムに対する正確な標的とする変化を作成する相同組換え、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）および転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）において、所定の設計および／または配列を用いるように構成された、請求項３に記載のコンピュータまたはコンピュータシステム。
【請求項５】
請求項１の工程ｂ〜ｄに記載の方法を実行する、請求項３または４に記載のコンピュータまたはコンピュータシステム。
【請求項６】
動物（ヒトなど）のがんを処置する方法における使用のための医薬組成物であって、方法が前記動物の健常細胞に存在しない、または実質的な量存在しない少なくとも１つのＤＮＡ配列を含む悪性細胞の優先的な死滅の誘導を含み、前記医薬組成物が、
１）有効量の少なくとも１つの発現ベクター、ここで前記少なくとも１つの発現ベクターはそれぞれ、前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する認識分子をコードする第１の核酸配列を含み、かつ前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する分子をコードする第２の核酸配列を含む、または
２）有効量の少なくとも１つの第１の発現ベクター、ここで前記少なくとも１つの発現ベクターはそれぞれ、前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する認識分子をコードする第１の核酸配列を含む、および前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する分子をコードする第２の核酸配列を含む有効量の少なくとも１つの第２の発現ベクター、または
３）前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する有効量の少なくとも１つの認識分子、および前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する有効量の少なくとも１つの分子、または
４）前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する認識分子をコードする核酸配列を含む有効量の少なくとも１つの発現ベクター、および前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する有効量の少なくとも１つの第２の分子、または、
５）前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する有効量の少なくとも１つの認識分子、および前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する分子をコードする核酸配列を含む有効量の少なくとも１つの発現ベクター、を含み、
１）〜５）のいずれかで定義された前記ベクターおよび／または分子の投与が、前記悪性細胞を前記がん細胞のゲノムにおける複数の破壊の導入によって、かつ／または前記がん細胞のゲノムの複数の塩基対の欠失によって致死的に損傷させる程度まで前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含む核酸分子の破壊をもたらす、医薬組成物。
【請求項７】
動物が、健常細胞において動物の自己ＤＮＡを認識するいかなる認識分子にも曝露されない、請求項６に記載の使用のための医薬組成物。
【請求項８】
認識分子が核酸であり、塩基対形成により前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を認識する、請求項６または７に記載の使用のための医薬組成物。
【請求項９】
認識分子がｃｒＲＮＡであり、前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列が結合した場合に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を選択的に破壊する前記分子がＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質（Ｃａｓ）である、請求項８に記載の使用のための医薬組成物。
【請求項１０】
Ｃａｓが、Ｃａｓ９、ｅＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９−ＨＦおよびＣｐｆ１のうちの１つである、請求項９に記載の使用のための医薬組成物。
【請求項１１】
核酸分子の破壊が、がん細胞の染色体ＤＮＡに十分な数の切断を導入し、がん細胞が生存不可能であることを保証することを含む、請求項８〜１０のいずれかに記載の使用のための医薬組成物。
【請求項１２】
核酸分子の破壊が、がん細胞に重要なタンパク質をコードする遺伝子にインデルフレームシフト変異を導入することを含む、請求項８〜１１のいずれかに記載の使用のための医薬組成物。
【請求項１３】
核酸分子の破壊がストップコドンを導入する数個の変異の導入を含む、請求項８〜１２のいずれかに記載の使用のための医薬組成物。
【請求項１４】
前記ベクターまたは分子が予防用デポ剤または治療用デポ剤に組み込まれている、請求項８〜１３のいずれかに記載の使用のための医薬組成物。
【請求項１５】
動物（ヒトなど）のがんを処置する方法における使用のための医薬組成物の調製のための、
１）有効量の少なくとも１つの発現ベクター、ここで前記少なくとも１つの発現ベクターはそれぞれ、前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する認識分子をコードする第１の核酸配列を含み、かつ前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する分子をコードする第２の核酸配列を含む、または
２）有効量の少なくとも１つの第１の発現ベクター、ここで前記少なくとも１つの発現ベクターはそれぞれ、前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する分子をコードする第１の核酸配列を含む、および前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する分子をコードする第２の核酸配列を含む有効量の少なくとも１つの第２の発現ベクター、または
３）前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する有効量の少なくとも１つの認識分子、および前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する有効量の少なくとも１つの分子、または
４）前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する認識分子をコードする核酸配列を含む有効量の少なくとも１つの発現ベクター、および前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する有効量の少なくとも１つの第２の分子、または、
５）前記少なくとも１つのＤＮＡ配列のうち少なくとも１つを特異的に認識する有効量の少なくとも１つの認識分子、および前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含むＤＮＡが結合した場合に、前記ＤＮＡを選択的に破壊する分子をコードする核酸配列を含む有効量の少なくとも１つの発現ベクター、
ここで該方法は、前記動物の健常細胞には存在しない、または実質的な量存在しない少なくとも１つのＤＮＡ配列を含む悪性細胞の優先的な死滅の誘導を含み、ここで１）〜５）のいずれかで定義された前記ベクターおよび／または分子の投与は、前記悪性細胞を前記がん細胞のゲノムにおける複数の破壊の導入によって、かつ／または前記がん細胞のゲノムの複数の塩基対の欠失によって致死的に損傷させる程度まで前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を含む核酸分子の破壊をもたらす。
【請求項１６】
動物が、健常細胞において動物の自己ＤＮＡを認識するいかなる認識分子にも曝露されない、請求項１４に記載の使用。
【請求項１７】
認識分子が核酸であり、塩基対形成により前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を認識する、請求項１４または１５に記載の使用。
【請求項１８】
認識分子がｃｒＲＮＡであり、前記認識分子に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列が結合した場合に前記少なくとも１つのＤＮＡ配列を選択的に破壊する前記分子がＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質（Ｃａｓ）である、請求項１７に記載の使用。
【請求項１９】
Ｃａｓが、Ｃａｓ９、ｅＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９−ＨＦおよびＣｐｆ１のうちの１つである、請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
核酸分子の破壊が、がん細胞の染色体ＤＮＡに十分な数の切断を導入し、がん細胞が生存不可能であることを保証することを含む、請求項１７〜１９のいずれかに記載の使用。
【請求項２１】
核酸分子の破壊が、がん細胞に重要なタンパク質をコードする遺伝子にインデルフレームシフト変異を導入することを含む、請求項１７〜２０のいずれかに記載の使用。
【請求項２２】
核酸分子の破壊がストップコドンを導入する数個の変異の導入を含む、請求項１７〜２１のいずれかに記載の使用。
【請求項２３】
前記ベクターまたは分子が予防用デポ剤または治療用デポ剤に組み込まれている、請求項７〜２２のいずれかに記載の使用のための医薬組成物。