【手続補正書】
【提出日】平成20年8月13日(2008.8.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のレポーターシグナル（ｒｅｐｏｒｔｅｒ  ｓｉｇｎａｌ）を含むレポーターシグナルのセットであって、
レポーターシグナルは共通する特性、すなわち、レポーターシグナルを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能にする特性を有し、
レポーターシグナルを改変することができ、そしてそれぞれのレポーターシグナルの改変体はレポーターシグナルの他の改変体のそれぞれと識別できるものであるセット。
【請求項２】
共通する特性が質量電荷比（ｍａｓｓ−ｔｏ−ｃｈａｒｇｅ  ｒａｔｉｏ）であり、レポーターシグナルはそれらの質量が変えられることによって改変され、レポーターシグナルの改変体をレポーターシグナルの改変体の質量電荷比の違いによって識別できる請求項１に記載のセット。
【請求項３】
レポーターシグナルの質量が断片化によって変えられる請求項２に記載のセット。
【請求項４】
レポーターシグナルの改変によってそれらの電荷も変化する請求項２に記載のセット。
【請求項５】
共通する特性が質量電荷比であり、レポーターシグナルはそれらの電荷の変化によって改変され、標識化タンパク質の改変体をレポーターシグナルの改変体の質量電荷比の違いによって識別できる請求項１に記載のセット。
【請求項６】
請求項１に記載のセットであって、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、６０以上、７０以上、８０以上、９０以上又は１００以上の異なるレポーターシグナルを含むセット。
【請求項７】
セットが１０以上の異なるレポーターシグナルを含む請求項６に記載のセット。
【請求項８】
レポーターシグナルがペプチド、オリゴヌクレオチド、炭水化物、ポリマー、オリゴペプチド又はペプチド核酸である請求項１に記載のセット。
【請求項９】
レポーターシグナルが特異的結合分子と会合するか又は結合し、それぞれのレポーターシグナルが異なる特異的結合分子と会合するか又は結合する請求項１に記載のセット。
【請求項１０】
レポーターシグナルがデコーディングタグ（ｃｏｄｉｎｇ  ｔａｇ）と会合するか又は結合し、それぞれのレポーターシグナルが異なるデコーディングタグ（ｄｅｃｏｄｉｎｇ  ｔａｇ）と会合するか又は結合する請求項１に記載のセット。
【請求項１１】
レポーターシグナルがペプチドを含み、ペプチドは同一の質量電荷比を有する請求項１に記載のセット。
【請求項１２】
ペプチドが同一のアミノ酸組成を有する請求項１１に記載のセット。
【請求項１３】
ペプチドが同一のアミノ酸配列を有する請求項１２に記載のセット。
【請求項１４】
それぞれのペプチドの重い同位体の分布が異なっている請求項１３に記載のセット。
【請求項１５】
それぞれのレポーターシグナルペプチドの置換基の分布が異なっている請求項１３に記載のセット。
【請求項１６】
それぞれのペプチドが異なるアミノ酸配列を有する請求項１２に記載のセット。
【請求項１７】
それぞれのペプチドが不安定な又は開裂しやすい結合を異なる位置に有する請求項１２に記載のセット。
【請求項１８】
レポーターシグナルがタンパク質又はペプチドに結合している請求項１に記載のセット。
【請求項１９】
共通する特性が、標識化タンパク質を、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能にする特性である請求項１に記載のセット。
【請求項２０】
共通する特性がアフィニティータグではない請求項１に記載のセット。
【請求項２１】
一つ以上のアフィニティータグがレポーターシグナルと会合する請求項２０に記載のセット。
【請求項２２】
（ａ）  それぞれのレポーターシグナルが共通する特性を有するところのレポーターシグナルのセットを、共通する特性を欠く分子から分離する工程、
（ｂ）  レポーターシグナルを改変する工程、
（ｃ）  レポーターシグナルの改変体を他のそれぞれの改変体から検出し、識別する工程
を含む方法。
【請求項２３】
共通する特性が質量電荷比であり、レポーターシグナルはそれらの質量が変えられることによって改変を受けており、レポーターシグナルの改変体をレポーターシグナルの改変体の質量電荷比の違いによって識別する請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
レポーターシグナルの質量が断片化によって変えられる請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
レポーターシグナルが、光で開裂可能なアミノ酸の位置で切断することによって改変を受ける請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
レポーターシグナルが衝突セル内で断片化する請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
レポーターシグナルがアスパラギン−プロリン結合の位置で断片化する請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
レポーターシグナルの改変によりそれらの電荷も変化する請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
共通する特性が質量電荷比であり、レポーターシグナルの電荷の変化によりそれらが改変され、レポーターシグナルの改変体の質量電荷比の差異によって標識化タンパク質の改変体を識別することができる請求項２２に記載の方法。
【請求項３０】
レポーターシグナルのセットが、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、６０以上、７０以上、８０以上、９０以上又は１００以上の異なるレポーターシグナルを含む請求項２２に記載の方法。
【請求項３１】
レポーターシグナルのセットが、１０以上の異なるレポーターシグナルを含む請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
レポーターシグナルがペプチド、オリゴヌクレオチド、炭水化物、ポリマー、オリゴペプチド又はペプチド核酸である請求項２２に記載の方法。
【請求項３３】
レポーターシグナルが特異的結合分子と会合するか又は結合し、それぞれのレポーターシグナルが異なる特異的結合分子と会合するか又は結合する請求項２２に記載の方法。
【請求項３４】
レポーターシグナルがデコーディングタグと会合するか又は結合し、それぞれのレポーターシグナルが異なるデコーディングタグと会合するか又は結合する請求項２２に記載の方法。
【請求項３５】
レポーターシグナルがペプチドを含み、該ペプチドは同一の質量電荷比を有する請求項２２に記載の方法。
【請求項３６】
ペプチドが同一のアミノ酸組成を有する請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
ペプチドが同一のアミノ酸配列を有する請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
それぞれのペプチドの重い同位体の分布が異なっている請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
それぞれのレポーターシグナルペプチドの置換基の分布が異なっている請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
それぞれのペプチドが異なるアミノ酸配列を有する請求項３６に記載の方法。
【請求項４１】
それぞれのペプチドが不安定な又は開裂しやすい結合を異なる位置に有する請求項３６に記載の方法。
【請求項４２】
レポーターシグナルがタンパク質又はペプチドに結合している請求項２２に記載の方法。
【請求項４３】
共通する特性が、標識化タンパク質を、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能にする特性である請求項２２に記載の方法。
【請求項４４】
共通する特性がアフィニティータグではない請求項２２に記載の方法。
【請求項４５】
一つ以上のアフィニティータグがレポーターシグナルと会合する請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
工程（ａ）の前に、
レポーターシグナルを一つ以上の検体と会合させる工程であって、
それぞれのレポーターシグナルが種々の特異的結合分子と会合又は結合し、それぞれの特異的結合分子が異なる検体のうちの一つと特異的な相互作用が可能であり、特異的結合分子の検体との相互作用を介して、レポーターシグナルが検体と会合する工程をさらに含む請求項２２に記載の方法。
【請求項４７】
工程（ａ）の前に、
一つ以上のレポーターシグナルを、一つ以上のサンプルのそれぞれからの一つ以上のタンパク質、一つ以上のペプチド、又は一つ以上のタンパク質及びペプチドと会合させる工程をさらに含む請求項２２に記載の方法。
【請求項４８】
レポーターシグナルが単一のサンプルと会合する請求項２２に記載の方法。
【請求項４９】
サンプルが分離手段によって生じ、分離手段が、液体クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、二次元クロマトグラフィー、二次元ゲル電気泳動、等電点電気泳動、薄層クロマトグラフィー、遠心分離、ろ過、イオンクロマトグラフィー、イムノアフィニティークロマトグラフィー、膜分離又はこれらの組み合わせを含む請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
それぞれの時点でのレポーターシグナルの異なるセットを用いて、工程（ａ）〜工程（ｃ）を一回以上繰り返す請求項２２に記載の方法。
【請求項５１】
工程（ａ）の前に、レポーターシグナルの異なるセットを異なるサンプルと会合させる請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
レポーターシグナルの異なるセットがそれぞれ同一のレポーターシグナルを含む請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
サンプルが分離手段によって生じ、分離手段が、液体クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、二次元クロマトグラフィー、二次元ゲル電気泳動、等電点電気泳動、薄層クロマトグラフィー、遠心分離、ろ過、イオンクロマトグラフィー、イムノアフィニティークロマトグラフィー、膜分離又はこれらの組み合わせを含む請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
ある一つのサンプルには存在するが他のサンプルには存在しないタンパク質又はペプチドに対応するタンパク質又はペプチドを同定する工程又は調製する工程をさらに含む請求項５１に記載の方法。
【請求項５５】
異なるサンプル中に存在するタンパク質又はペプチドの相対量を測定するする工程をさらに含む請求項５１に記載の方法。
【請求項５６】
レポーターシグナルのセットのそれぞれが単一のレポーターシグナルを含む請求項５０に記載の方法。
【請求項５７】
セットの中に存在するレポーターシグナルのすべてを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離するわけではなく、レポーターシグナルのすべてが改変を受けるわけではなく、そしてレポーターシグナルの改変体のすべてが同時に検出されるわけではない請求項２２に記載の方法。
【請求項５８】
共通する特性を欠く分子から、セット中のすべてのレポーターシグナルを識別又は分離し、すべてのレポーターシグナルが改変を受け、レポーターシグナルのすべての改変体を異なる時点で検出する請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
それぞれのレポーターシグナルについて個別に工程（ａ）〜工程（ｃ）を実施する請求項２２に記載の方法。
【請求項６０】
検出される標識化タンパク質の改変体が共同でタンパク質の目録を構成する請求項２２に記載の方法。
【請求項６１】
工程（ｂ）及び工程（ｃ）を同時に実施する請求項２２に記載の方法。
【請求項６２】
標的タンパク質断片の改変体を質量分析装置を用いて検出する請求項２２に記載の方法。
【請求項６３】
該工程をタンデム質量分析装置で実施する請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
タンデム質量分析装置が最初の段階及び最後の段階を含み、タンデム質量分析装置の最初の段階を利用して工程（ａ）を実施して質量電荷の狭い範囲のイオンを選択し、ガスによる衝突によって工程（ｂ）を実施し、そしてタンデム質量分析装置の最後の段階を利用して工程（ｃ）を実施する請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
タンデム質量分析装置の最初の段階が四重極質量フィルターである請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
タンデム質量分析装置の最後の段階が飛行時間アナライザーである請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
タンデム質量分析装置の最後の段階が飛行時間アナライザーである請求項６４に記載の方法。
【請求項６８】
それぞれの標的タンパク質断片の質量電荷比を網羅するために、質量電荷比の範囲を変える請求項６３に記載の方法。
【請求項６９】
（ａ）  レポーター分子のセットであって、それぞれのレポーター分子はレポーターシグナル及びデコーディングタグを含み、
レポーターシグナルは共通する特性、すなわち、レポーターシグナルを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能とする特性を有し、
レポーターシグナルを改変することができ、そしてそれぞれのレポーターシグナルの改変体はレポーターシグナルの他の改変体のそれぞれと識別でき、
異なるレポーター分子のそれぞれは異なるデコーディングタグ及び異なるレポーターシグナルを含むものであるセット、
（ｂ）  コーディング分子のセットであって、それぞれのコーディング分子は特異的結合分子及びコーディングタグを含み、それぞれの特異的結合分子は異なる検体と特異的に相互作用することができ、それぞれのコーディングタグは異なるデコーディングタグと特異的に相互作用することができるものであるセット
を含むキット。
【請求項７０】
（ａ）  それぞれのレポーターシグナルが共通する特性を有するところのレポーターシグナルの一つ以上を、複数のサンプルのそれぞれに存在する、共通する特性を欠く分子から分離する工程、
（ｂ）  レポーターシグナルを改変する工程、
（ｃ）  レポーターシグナルの改変体を他のそれぞれの改変体から検出し、識別する工程
を含む方法。
【請求項７１】
標識化タンパク質のセットであって、それぞれの標識化タンパク質はタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドに結合したレポーターシグナルとを含み、
レポーターシグナルは共通する特性であって、同一のタンパク質又はペプチドを含む標識化タンパク質を、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能とする特性を有し、
レポーターシグナルを改変することができ、レポーターシグナルのそれぞれの改変体はレポーターシグナルの他の改変体のそれぞれと識別でき、
レポーターシグナルの改変によって標識化タンパク質が改変を受け、標識化タンパク質のそれぞれの改変体は標識化タンパク質の他の改変体のそれぞれと識別できるものである標識化タンパク質のセット。
【請求項７２】
レポーター分子のセットを含むキットであって、それぞれのレポーター分子はレポーターシグナル及びカップリングタグを含み、
レポーターシグナルは共通する特性、すなわち、レポーターシグナルを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能とする特性を有し、
レポーターシグナルを改変することができ、レポーターシグナルのそれぞれの改変体はレポーターシグナルの他の改変体のそれぞれと識別でき、
異なるレポーター分子のそれぞれは異なるカップリングタグ及び異なるレポーターシグナルを含むものであるキット。
【請求項７３】
標識化タンパク質のセットであって、それぞれの標識化タンパク質はタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドに結合したレポーターシグナルとを含み、
標識化タンパク質は共通する特性、すなわち、同一のタンパク質又はペプチドを含む標識化タンパク質を、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能とする特性を有し、
レポーターシグナルを改変することができ、レポーターシグナルのそれぞれの改変体はレポーターシグナルの他の改変体のそれぞれと識別でき、
レポーターシグナルの改変によって標識化タンパク質が改変を受け、標識化タンパク質のそれぞれの改変体は標識化タンパク質の他の改変体のそれぞれと識別できるものであるセット。
【請求項７４】
標識化タンパク質のセットであって、それぞれの標識化タンパク質はタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドに結合したレポーターシグナルとを含み、
レポーターシグナルを改変することができ、レポーターシグナルのそれぞれの改変体はレポーターシグナルの他の改変体のそれぞれと識別でき、
レポーターシグナルの改変によって標識化タンパク質が改変を受け、標識化タンパク質のそれぞれの改変体は標識化タンパク質の他の改変体のそれぞれと識別できるものであるセット。
【請求項７５】
標識化タンパク質のセットであって、それぞれの標識化タンパク質はタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドに結合したレポーターシグナルとを含み、
レポーターシグナルは共通する特性を有し、共通する特性は、同一のタンパク質又はペプチドを含む標識化タンパク質を、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能とするものであるセット。
【請求項７６】
標識化タンパク質であって、標識化タンパク質はタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドに結合したレポーターシグナルとを含み、
標識化タンパク質は共通する特性を有し、その共通する特性によって、標識化タンパク質を、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能とし、
レポーターシグナルを改変することができ、
レポーターシグナルの改変によって標識化タンパク質が改変を受け、標識化タンパク質の改変体を標識化タンパク質の非改変体から識別できるものである標識化タンパク質。
【請求項７７】
（ａ）  標識化タンパク質のセットを分離する工程であって、それぞれの標識化タンパク質はタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドに結合したレポーターシグナルとを含み、
それぞれのレポーターシグナルは共通する特性であって、同一のタンパク質又はペプチドを含む標識化タンパク質を、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することを可能にする特性を有する工程、
（ｂ）  レポーターシグナルを改変し、それによって標識化タンパク質を改変する工程、
（ｃ）  標識化タンパク質の改変体を他のそれぞれの改変体から検出し、識別する工程
を含む方法。
【請求項７８】
工程（ａ）の前に、レポーターシグナルを、一つ以上のタンパク質、一つ以上のペプチド、又は一つ以上のタンパク質及びペプチドに結合する工程をさらに含む請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
それぞれの時点でのレポーターシグナルの異なるセットを用いて、工程を一回以上繰り返す請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
工程（ａ）の前に、レポーターシグナルの異なるセットを異なるサンプル中のタンパク質又はペプチドに結合する請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
レポーターシグナルの異なるセットがそれぞれ同一のレポーターシグナルを含む請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
レポーターシグナルのセットのそれぞれが単一のレポーターシグナルを含む請求項７９に記載の方法。
【請求項８３】
それぞれの標識化タンパク質がタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドが結合したレポーターシグナルとを含み、
レポーターシグナルがペプチドを含み、レポーターシグナルペプチドが同一の質量電荷比を有する標識化タンパク質のセット。
【請求項８４】
（ａ）  一つ以上の標識化タンパク質を分離する工程であって、それぞれの標識化タンパク質がタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドが結合したレポーターシグナルとを含み、それぞれのレポーターシグナルが共通する特性を有し、共通する特性により、一つ以上のサンプルのそれぞれの中において、同一のタンパク質又はペプチドを含む標識化タンパク質を、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となる工程、
（ｂ）  レポーターシグナルを改変して、それにより標識化タンパク質を改変する工程、
（ｃ）  標識化タンパク質の改変体を他のそれぞれのものから検出し識別する工程
を含む方法。
【請求項８５】
サンプルのうちの一つの標識化タンパク質の存在、量、存在および量又は欠如のパターンが、サンプル中のタンパク質の目録を構成する請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
二番目のサンプルの標識化タンパク質の存在、量、存在および量又は欠如のパターンが二番目のサンプル中のタンパク質の目録を構成し、最初のサンプル中のタンパク質の目録が最初の目録であり、そして二番目のサンプル中のタンパク質の目録が二番目の目録であり、
そして最初の目録と二番目の目録とを比較する工程をさらに含む請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
（ａ）  標識化タンパク質のセットを分離する工程であって、それぞれの標識化タンパク質がタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドが結合したレポーターシグナルとを含み、
それぞれの標識化タンパク質が共通する特性を有し、共通する特性により、同一のタンパク質又はペプチドを含む標識化タンパク質を、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となる工程、
（ｂ）  レポーターシグナルを改変して、それにより標識化タンパク質を改変する工程、
（ｃ）  標識化タンパク質の改変体を他のそれぞれのものから検出し識別する工程を含む方法。
【請求項８８】
（ａ）  標識化タンパク質を改変する工程であって、それぞれの標識化タンパク質がタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドが結合したレポーターシグナルとを含み、レポーターシグナルの改変によって標識化タンパク質が改変を受ける工程、
（ｂ）  標識化タンパク質の改変体を他のそれぞれのものから検出し識別する工程
を含む方法。
【請求項８９】
（ａ）標識化タンパク質を改変する工程であって、標識化タンパク質がタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドが結合したレポーターシグナルとを含み、レポーターシグナルの改変によって標識化タンパク質が改変を受ける工程、
（ｂ）  標識化タンパク質の改変体を標識化タンパク質の非改変体から検出し識別する工程
を含む、タンパク質又はペプチドを検出する方法。
【請求項９０】
標識化タンパク質の非改変体を検出する工程をさらに含む請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
標識化タンパク質を検出する工程であって、標識化タンパク質がタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドが結合したレポーターシグナルとを含み、レポーターシグナルの改変によって標識化タンパク質が改変を受ける工程、
標識化タンパク質の改変体を検出する工程であって、レポーターシグナルの改変によって標識化タンパク質が改変を受ける工程、並びに
標識化タンパク質及び標識化タンパク質の改変体の特徴に基づいてタンパク質を同定する工程を含むタンパク質を検出する方法。
【請求項９２】
標識化タンパク質の質量電荷比及び標識化タンパク質の改変体の質量電荷比又はレポーターシグナルの改変体の質量電荷比を検出することによって、標識化タンパク質及び標識化タンパク質の改変体を検出する請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
（ａ）  他の分子から一つ以上の標識化タンパク質を分離する工程であって、標識化タンパク質が一つ以上のサンプルに由来し、それぞれの標識化タンパク質がタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドが結合したレポーターシグナルとを含む工程、
（ｂ）  レポーターシグナルを改変して、それにより標識化タンパク質を改変する工程、
（ｃ）  標識化タンパク質の改変体を他のそれぞれのものから検出し識別する工程
を含む方法。
【請求項９４】
工程（ａ）の前に、
一つ以上のレポーターシグナルを、一つ以上のサンプルのそれぞれからの一つ以上のタンパク質、一つ以上のペプチド、又は一つ以上のタンパク質及びペプチドと会合させる工程をさらに含む請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
一つ以上の標識化タンパク質が単一のサンプルに由来する請求項９３に記載の方法。
【請求項９６】
単一の標識化タンパク質を他の分子から識別又は分離する請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
複数の標識化タンパク質を他の分子から識別又は分離する請求項９５に記載の方法。
【請求項９８】
検出された標識化タンパク質の改変体がサンプル中のタンパク質の目録を構成する請求項９５に記載の方法。
【請求項９９】
一つ以上の標識化タンパク質が複数のサンプルのそれぞれに由来する請求項９３に記載の方法。
【請求項１００】
それぞれのサンプルに由来する単一の標識化タンパク質を他の分子から識別又は分離する請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
それぞれのサンプルに由来する複数の標識化タンパク質を他の分子から識別又は分離する請求項９９に記載の方法。
【請求項１０２】
検出された、それぞれのサンプルに由来する標識化タンパク質の改変体が、サンプル中のタンパク質の目録を構成する請求項９９に記載の方法。
【請求項１０３】
（ａ）  他の分子から一つ以上の標識化タンパク質を分離する工程であって、標識化タンパク質がサンプルに由来し、それぞれの標識化タンパク質がタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドが結合したレポーターシグナルとを含む工程、
（ｂ）  レポーターシグナルを改変して、それにより標識化タンパク質を改変する工程、
（ｃ）  標識化タンパク質の改変体を他のそれぞれのものから検出し識別する工程
によって検出される、サンプル中のタンパク質及びペプチドを含むタンパク質及びペプチドの目録。
【請求項１０４】
（ａ）  他の分子から一つ以上の標識化タンパク質を分離する工程であって、標識化タンパク質が一つ以上のサンプルに由来し、それぞれの標識化タンパク質がタンパク質又はペプチドと、タンパク質又はペプチドが結合したレポーターシグナルとを含む工程、
（ｂ）  レポーターシグナルを改変して、それにより標識化タンパク質を改変する工程、
（ｃ）  標識化タンパク質の改変体を他のそれぞれのものから検出し識別する工程
によって検出される、一つ以上のサンプル中のタンパク質及びペプチドを含むタンパク質及びペプチドの目録。
【請求項１０５】
（ａ）  タンパク質サンプルを処理してタンパク質断片を生産する工程であって、
タンパク質断片が標的タンパク質断片のセットを含み、標的タンパク質断片を改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体を標的タンパク質断片の他の改変体から識別できる工程、
（ｂ）  標的タンパク質断片をレポーターシグナルキャリブレーターのセットと混合する工程であって、
それぞれの標的タンパク質断片が、少なくとも一つのレポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
レポーターシグナルキャリブレーターを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができる工程、
（ｃ）  標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターの共通する特性に基づいて、標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、他の分子から分離する工程、
（ｄ）  標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを改変する工程、
（ｅ）  標的タンパク質断片の改変体及びレポーターシグナルキャリブレーターの改変体を検出する工程であって、
標的タンパク質断片の改変体の存在、欠如、量又は存在および量が、タンパク質サンプル中の、標的タンパク質断片の改変体が由来するところの標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量を示し、タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量がタンパク質サンプルのタンパク質シグニチャーを構成する工程
を含む、タンパク質シグニチャーを得るための方法。
【請求項１０６】
予め定められた量のレポーターシグナルキャリブレーターを標的タンパク質断片と混合し、検出されるレポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれの量が、対応する標的タンパク質断片の改変体の量を評価するための標準を提供する請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
少なくとも二つのレポーターシグナルキャリブレーターの量が異なる請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターの相対量が、タンパク質サンプル中にあると予想される、対応するそれぞれの標的タンパク質断片の相対量に基づく請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０９】
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターの量が同一である請求項１０６に記載の方法。
【請求項１１０】
タンパク質サンプルのプロテアーゼ消化によりタンパク質断片を生産する請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１１】
セリンプロテアーゼによるタンパク質サンプルの消化によってタンパク質断片を生産する請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
セリンプロテアーゼがトリプシンである請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
因子Ｘａ又はエンテロキナーゼによるタンパク質サンプルの消化によってタンパク質断片を生産する請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１４】
光で開裂可能なアミノ酸の位置での切断によってタンパク質断片を生産する請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１５】
標的タンパク質断片のセットが、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、６０以上、７０以上、８０以上、９０以上又は１００以上の異なる標的タンパク質断片を含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１６】
タンパク質シグニチャーを一つ以上の他のタンパク質シグニチャーと比較する工程をさらに含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１７】
少なくとも一つの標的タンパク質断片が、少なくとも一つの修飾されたアミノ酸を含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１８】
修飾されたアミノ酸が、リン酸化アミノ酸、アシル化アミノ酸又はグリコシル化アミノ酸である請求項１１７に記載の方法。
【請求項１１９】
少なくとも一つの標的タンパク質断片が、修飾されたアミノ酸を含む標的タンパク質断片と、修飾されたアミノ酸以外の点で同一である請求項１１７に記載の方法。
【請求項１２０】
コントロールタンパク質サンプルに関して工程（ａ）〜工程（ｅ）を実施する工程、
タンパク質サンプルとコントロールタンパク質サンプルとから生じるタンパク質シグニチャー間の差異を確認する工程
をさらに含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１２１】
複数のタンパク質サンプルに関して工程（ａ）〜工程（ｅ）を実施する工程をさらに含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１２２】
タンパク質サンプルから生じるタンパク質シグニチャー間の差異を確認する工程をさらに含む請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
コントロールタンパク質サンプルに関して工程（ａ）〜工程（ｅ）を実施する工程、
タンパク質サンプルとコントロールタンパク質サンプルとから生じるタンパク質シグニチャー間の差異を確認する工程
をさらに含む請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２４】
差異が、タンパク質サンプル及びコントロールタンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の存在、量、存在および量又は欠如についての差異である請求項１２３に記載の方法。
【請求項１２５】
コントロールタンパク質サンプル及びテスタータンパク質サンプルに関して工程（ａ）〜工程（ｅ）が実施され、
テスタータンパク質サンプル中の一つ以上のタンパク質分子を破壊、分裂又は除去できるように、テスタータンパク質サンプル又はテスタータンパク質サンプルの起源を工程（ａ）の前に処理し、
破壊され、分裂し又は除去されたタンパク質分子に対応する標的タンパク質断片が、テスタータンパク質サンプルからではなくコントロールタンパク質サンプルから生じることになる請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２６】
テスタータンパク質サンプル中の一つ以上のタンパク質分子を破壊、分裂又は除去できるように、テスタータンパク質サンプルを処理する請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
テスタータンパク質サンプルから一つ以上のタンパク質分子を分離することによって、テスターサンプル中の一つ以上のタンパク質分子を除去する請求項１２６に記載の方法。
【請求項１２８】
アフィニティー分離によって一つ以上のタンパク質分子を分離する請求項１２６に記載の方法。
【請求項１２９】
テスタータンパク質サンプル中の一つ以上のタンパク質分子を破壊、分裂又は除去できるように、テスタータンパク質サンプルの起源を処理する請求項１２５に記載の方法。
【請求項１３０】
一つ以上の遺伝子の発現を減少させるか又は除去する化合物、組成物又は状態に、テスターサンプルが由来するところの細胞をさらすことによって、起源への処理を成し遂げる請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
コントロールタンパク質サンプル及びテスタータンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の差異を確認する工程をさらに含む請求項１２５に記載の方法。
【請求項１３２】
タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片間の差異を確認する工程をさらに含む請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３３】
複数のタンパク質サンプルが分離手段によって生じ、分離手段は、液体クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、二次元クロマトグラフィー、二次元ゲル電気泳動、等電点電気泳動、薄層クロマトグラフィー、遠心分離、ろ過、イオンクロマトグラフィー、イムノアフィニティークロマトグラフィー、膜分離又はこれらの組み合わせを含む請求項１２１に記載の方法。
【請求項１３４】
タンパク質サンプルが、同一の分離手段によって生産される異なる画分又は異なるサンプルである請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
二番目のタンパク質サンプルに関して工程（ａ）〜工程（ｅ）を実施する工程をさらに含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１３６】
二番目のタンパク質サンプルからの二番目のタンパク質シグニチャーを得る工程、及び最初のタンパク質シグニチャーと二番目のタンパク質シグニチャーとを比較する工程であって、最初のタンパク質シグニチャーと二番目のタンパク質シグニチャーとの差異が、最初のタンパク質サンプルと二番目のタンパク質サンプルとの起源又は起源の条件の差異を示す工程をさらに含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１３７】
二番目のタンパク質サンプルからの二番目のタンパク質シグニチャーを得る工程、及び最初のタンパク質シグニチャーと二番目のタンパク質シグニチャーとを比較する工程であって、最初のタンパク質シグニチャーと二番目のタンパク質シグニチャーとの差異が、最初のタンパク質サンプルと二番目のタンパク質サンプルとのタンパク質修飾の差異を示す工程をさらに含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１３８】
タンパク質サンプルが分離手段によって生じ、分離手段は、液体クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、二次元クロマトグラフィー、二次元ゲル電気泳動、等電点電気泳動、薄層クロマトグラフィー、遠心分離、ろ過、イオンクロマトグラフィー、イムノアフィニティークロマトグラフィー、膜分離又はこれらの組み合わせを含む請求項１０５に記載の方法。
【請求項１３９】
レポーターシグナルキャリブレーターのセットが単一のレポーターシグナルキャリブレーターから成る請求項１０５に記載の方法。
【請求項１４０】
タンパク質サンプルのタンパク質シグニチャーが、タンパク質サンプル中の、レポーターシグナルキャリブレーターに対応する標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量を意味する請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４１】
標的タンパク質断片の改変体及びレポーターシグナルキャリブレーターの改変体を検出する工程であって、
標的タンパク質断片の改変体を標的タンパク質断片の他の改変体から識別でき、それぞれの標的タンパク質断片が、少なくとも一つのレポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができ、
標的タンパク質断片の改変体の存在、欠如、量又は存在および量が、タンパク質サンプル中の、標的タンパク質断片の改変体が由来するところの標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量を示し、タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量がタンパク質サンプルのタンパク質シグニチャーを構成する工程を含むタンパク質シグニチャーを得る方法。
【請求項１４２】
標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターの共通する特性に基づいて、標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、他の分子から識別又は分離する請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４３】
分離の後で標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを改変する請求項１４２に記載の方法。
【請求項１４４】
タンパク質サンプルの処理によって標的タンパク質断片を生産する請求項１４１に記載の方法。
【請求項１４５】
（ａ）  タンパク質サンプルを処理してタンパク質断片を生産する工程であって、
タンパク質断片が標的タンパク質断片のセットを含み、標的タンパク質断片を改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体を標的タンパク質断片の他の改変体から識別できる工程、
（ｂ）  タンパク質サンプル中の他のタンパク質断片から標的タンパク質断片を分離する工程、
（ｃ）  標的タンパク質断片を改変する工程、
（ｄ）  標的タンパク質断片の改変体を検出する工程であって、
標的タンパク質断片の改変体の存在、欠如、量又は存在および量が、タンパク質サンプル中の、標的タンパク質断片の改変体が由来するところの標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量を示し、タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量がタンパク質サンプルのタンパク質シグニチャーを構成する工程
を含む、タンパク質シグニチャーを得る方法。
【請求項１４６】
工程（ｂ）の前に又は工程（ｂ）と同時に、標的タンパク質断片をレポーターシグナルキャリブレーターのセットと混合する工程であって、
それぞれの標的タンパク質断片が、少なくとも一つのレポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、
レポーターシグナルキャリブレーターを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができる工程をさらに含む請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
（ａ）  タンパク質サンプル中の他のタンパク質断片から複数の標的タンパク質断片を分離する工程、
（ｂ）  標的タンパク質断片を改変する工程、
（ｃ）  標的タンパク質断片の改変体を検出する工程であって、
標的タンパク質断片の改変体の存在、欠如、量又は存在および量が、タンパク質サンプル中の、標的タンパク質断片の改変体が由来するところの標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量を示し、タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量がタンパク質サンプルのタンパク質シグニチャーを構成する工程
を含む、タンパク質シグニチャーを得る方法。
【請求項１４８】
（ａ）  タンパク質サンプルを予め定められた量のレポーターシグナルキャリブレーターと混合する工程であって、
タンパク質サンプルが既知量のタンパク質を有し、タンパク質サンプルが標的タンパク質断片を含み、
標的タンパク質断片を改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体を、標的タンパク質断片の改変体から識別することができる工程、
（ｂ）  標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを改変する工程、
（ｃ）  標的タンパク質断片の改変体及びレポーターシグナルキャリブレーターの改変体を検出する工程
を含む、タンパク質サンプルを分析する方法。
【請求項１４９】
標的タンパク質断片の量の割合と検出されるレポーターシグナルキャリブレーターの量の割合とを測定する工程、
標的タンパク質断片の量及びレポーターシグナルキャリブレーターの量の測定された割合と予想される割合とを比較する工程であって、
予想される割合が、タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の予想される量とレポーターシグナルキャリブレーターの予め定められた量とに基づくものであり、標的タンパク質断片の予想される量が、タンパク質サンプル中の既知量のタンパク質が標的タンパク質断片から成る場合にタンパク質サンプルが有している標的タンパク質断片の量であり、
測定された割合と予想される割合との差異が、標的タンパク質断片についてのタンパク質サンプルの純度の指標であり、測定された割合が予想される割合に近ければ近いほど、タンパク質サンプルがより純粋である工程
をさらに含む請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５０】
（ａ）  タンパク質サンプルを処理してタンパク質断片を生産する工程であって、タンパク質サンプルが既知量のタンパク質を有し、タンパク質サンプルが標的タンパク質を含み、タンパク質断片が標的タンパク質に由来する標的タンパク質断片を含む工程、
（ｂ）  タンパク質サンプルを、予め定められた量のレポーターシグナルキャリブレーターと混合する工程であって、
標的タンパク質断片を改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体を、標的タンパク質断片の改変体から識別することができる工程、
（ｃ）  標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを改変する工程、
（ｄ）  標的タンパク質断片の改変体及びレポーターシグナルキャリブレーターの改変体を検出する工程
を含む、タンパク質サンプルを分析する方法。
【請求項１５１】
標的タンパク質断片の量の割合と検出されるレポーターシグナルキャリブレーターの量の割合とを測定する工程、
標的タンパク質断片の量及びレポーターシグナルキャリブレーターの量の測定された割合と予想される割合とを比較する工程であって、
予想される割合が、タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の予想される量とレポーターシグナルキャリブレーターの予め定められた量とに基づくものであり、標的タンパク質断片の予想される量が、タンパク質サンプル中の既知量のタンパク質が標的タンパク質から成る場合にタンパク質サンプルが有している標的タンパク質断片の量であり、
測定された割合と予想される割合との差異が、標的タンパク質についてのタンパク質サンプルの純度の指標であり、測定された割合が予想される割合に近ければ近いほど、タンパク質サンプルがより純粋である工程をさらに含む請求項１５０に記載の方法。
【請求項１５２】
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターが、標的タンパク質断片のセットの中の標的タンパク質断片と共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
標的タンパク質断片を改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体を、標的タンパク質断片の他の改変体から識別することができ、
レポーターシグナルキャリブレーターを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができる、レポーターシグナルキャリブレーターのセット。
【請求項１５３】
予め定められた量のレポーターシグナルキャリブレーターを含む請求項１５２に記載のセット。
【請求項１５４】
少なくとも二つのレポーターシグナルキャリブレーターの量が異なる請求項１５３に記載のセット。
【請求項１５５】
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターの相対量が、タンパク質サンプル中にあると予想される、対応するそれぞれの標的タンパク質断片の相対量に基づく請求項１５３に記載のセット。
【請求項１５６】
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターの量が同一である請求項１５３に記載のセット。
【請求項１５７】
（ａ）  レポーターシグナルキャリブレーターのセットであって、
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターが、標的タンパク質断片のセットの中の標的タンパク質断片と共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
標的タンパク質断片を改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体を、標的タンパク質断片の他の改変体から識別することができ、
レポーターシグナルキャリブレーターを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができるセット、
（ｂ）  タンパク質サンプルを処理してタンパク質断片を生産するための一つ以上の試薬
を含む、タンパク質シグニチャーを得るためのキット。
【請求項１５８】
レポーターシグナルキャリブレーターのセット及び標的タンパク質断片のセットを含む混合物であって、
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターが、標的タンパク質断片のセットの中の標的タンパク質断片と共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
標的タンパク質断片を改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体を、標的タンパク質断片の他の改変体から識別することができ、
レポーターシグナルキャリブレーターを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができるセットを含む混合物。
【請求項１５９】
それぞれの標的タンパク質断片が、レポーターシグナルキャリブレーターのセットの中のレポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
標的タンパク質断片を改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体を、標的タンパク質断片の他の改変体から識別することができ、
レポーターシグナルキャリブレーターを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができる、標的タンパク質断片のセット。
【請求項１６０】
（ａ）  タンパク質サンプルを処理してタンパク質断片を生産する工程であって、
タンパク質断片が標的タンパク質断片のセットを含み、標的タンパク質断片のそれぞれを改変することが可能であり、標的タンパク質断片のそれぞれの改変体を標的タンパク質断片の他のすべての改変体から識別できる工程、
（ｂ）  標的タンパク質断片をレポーターシグナルキャリブレーターのセットと混合する工程であって、
それぞれの標的タンパク質断片が、少なくとも一つのレポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
レポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを改変することが可能であり、それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターの改変体を、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができる工程、
（ｃ）  標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターの共通する特性に基づいて、標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを、他の分子から分離する工程、
（ｄ）  標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターを改変する工程、
（ｅ）  標的タンパク質断片の改変体及びレポーターシグナルキャリブレーターの改変体を検出する工程であって、
標的タンパク質断片の改変体の存在、欠如、量又は存在および量が、タンパク質サンプル中の、標的タンパク質断片の改変体が由来するところの標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量を示し、タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量がタンパク質サンプルのタンパク質シグニチャーを構成する工程
を含む、タンパク質シグニチャーを得る方法。
【請求項１６１】
標的タンパク質断片の改変体及びレポーターシグナルキャリブレーターの改変体を検出する工程であって、
標的タンパク質断片の改変体のそれぞれを標的タンパク質断片の改変体の他のすべてから識別することができ、それぞれの標的タンパク質断片が、少なくとも一つのレポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができ、
標的タンパク質断片の改変体の存在、欠如、量又は存在および量が、タンパク質サンプル中の、標的タンパク質断片の改変体が由来するところの標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量を示し、タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量がタンパク質サンプルのタンパク質シグニチャーを構成する工程を含む、タンパク質シグニチャーを得る方法。
【請求項１６２】
（ａ）  タンパク質サンプルを処理してタンパク質断片を生産する工程であって、
タンパク質断片が標的タンパク質断片のセットを含み、標的タンパク質断片のそれぞれを改変することが可能であり、標的タンパク質断片のそれぞれの改変体を標的タンパク質断片の他のすべての改変体から識別できる工程、
（ｂ）  タンパク質サンプル中の他のタンパク質断片から標的タンパク質断片を分離する工程、
（ｃ）  標的タンパク質断片を改変する工程、
（ｄ）  標的タンパク質断片の改変体を検出する工程であって、
標的タンパク質断片の改変体の存在、欠如、量又は存在および量が、タンパク質サンプル中の、標的タンパク質断片の改変体が由来するところの標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量を示し、タンパク質サンプル中の標的タンパク質断片の存在、欠如、量又は存在および量がタンパク質サンプルのタンパク質シグニチャーを構成する工程を含む、タンパク質シグニチャーを得る方法。
【請求項１６３】
工程（ｂ）の前に又は工程（ｂ）と同時に、標的タンパク質断片をレポーターシグナルキャリブレーターのセットと混合する工程であって、
それぞれの標的タンパク質断片が、少なくとも一つのレポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、
レポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができる工程をさらに含む、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６４】
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターが、標的タンパク質断片のセットの中の標的タンパク質断片と共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
標的タンパク質断片のそれぞれを改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体のそれぞれを、標的タンパク質断片の他のすべての改変体から識別することができ、
レポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができる、レポーターシグナルキャリブレーターのセット。
【請求項１６５】
（ａ）  レポーターシグナルキャリブレーターのセットであって、
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターが、標的タンパク質断片のセットの中の標的タンパク質断片と共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
標的タンパク質断片のそれぞれを改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体のそれぞれを、標的タンパク質断片の他のすべての改変体から識別することができ、
レポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができるセット、
（ｂ）  タンパク質サンプルを処理してタンパク質断片を生産するための一つ以上の試薬
を含む、タンパク質シグニチャーを得るためのキット。
【請求項１６６】
レポーターシグナルキャリブレーターのセット及び標的タンパク質断片のセットを含む混合物であって、
それぞれのレポーターシグナルキャリブレーターが、標的タンパク質断片のセットの中の標的タンパク質断片と共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
標的タンパク質断片のそれぞれを改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体のそれぞれを、標的タンパク質断片の他のすべての改変体から識別することができ、
レポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができるセットを含む混合物。
【請求項１６７】
それぞれの標的タンパク質断片が、レポーターシグナルキャリブレーターのセットの中のレポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有し、共通する特性により、共通する特性を有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを、共通する特性を欠く分子から識別又は分離することが可能となり、共通する特性を共有する標的タンパク質断片及びレポーターシグナルキャリブレーターが互いに対応しあい、
標的タンパク質断片のそれぞれを改変することが可能であり、標的タンパク質断片の改変体のそれぞれを、標的タンパク質断片の他のすべての改変体から識別することができ、
レポーターシグナルキャリブレーターのそれぞれを改変することが可能であり、レポーターシグナルキャリブレーターの改変体のそれぞれを、レポーターシグナルキャリブレーターと共通する特性を共有する標的タンパク質断片の改変体から識別することができる標的タンパク質断片のセット。
【請求項１６８】
（ａ）  複数のレポーターシグナルのうちの一つと、複数のサンプルのそれぞれの中にある一つ以上の検体とを会合させる工程であって、
それぞれのレポーターシグナルが共通する特性、すなわち、それぞれのレポーターシグナルが共通する特性を欠く分子から分離するのを可能にする特性を有するものである工程、
（ｂ）  それぞれのサンプル中に含まれる検体を分離する工程、
（ｃ）  レポーターシグナルを改変する工程、並びに
（ｄ）  レポーターシグナルの改変体を検出する工程
を含む方法。
【請求項１６９】
工程（ａ）の直後かつ工程（ｂ）の前に、二以上のサンプルを混合する工程をさらに含む請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７０】
それぞれのサンプル中の検体を一つのレポーターシグナルのみと会合させる方法であって、それぞれのサンプル中の検体と会合するレポーターシグナルが異なるものである請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７１】
キャプチャーアレイ（ｃａｐｔｕｒｅ  ａｒｒａｙ）との接触により検体が分離される請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７２】
（ａ）  複数のコーディングタグのうちの一つと、少なくとも一つのサンプルの中に存在する一つ以上の検体とを会合させる工程、
（ｂ）  それぞれのサンプル中に含まれる検体を分離する工程、
（ｃ）  コーディングタグを一つ以上のレポーター分子と会合させる工程であって、それぞれのレポーター分子がレポーターシグナル及びデコーディングタグを含み、
それぞれのレポーターシグナルが共通する特性、すなわち、それぞれのレポーターシグナルが共通する特性を欠く分子から分離するのを可能にする特性を有し、
そしてそれぞれのデコーディングタグが一つ以上のコーディングタグについて特異的である工程、
（ｄ）  レポーターシグナルを改変する工程、並びに
（ｅ）  レポーターシグナルの改変体を検出する工程
を含む方法。
【請求項１７３】
コーディングタグがオリゴヌクレオチドであり、デコーディングタグがペプチド核酸であり、そしてレポーターシグナルがレポーターシグナルペプチドである請求項１７２に記載の方法。
【請求項１７４】
（ａ）  複数のコーディングタグのうちの一つと、少なくとも一つのサンプルの中に存在する一つ以上の検体とを会合させる工程、
（ｂ）  それぞれのサンプル中に含まれる検体を分離する工程、
（ｃ）  コーディングタグを一つ以上のレポーターシグナルと会合させる工程であって、
それぞれのレポーターシグナルが共通する特性、すなわち、それぞれのレポーターシグナルが共通する特性を欠く分子から分離するのを可能にする特性を有し、
そしてそれぞれのレポーターシグナルが一つ以上のコーディングタグについて特異的である工程、
（ｄ）  レポーターシグナルを改変する工程、並びに
（ｅ）  レポーターシグナルの改変体を検出する工程
を含む方法。
【請求項１７５】
コーディングタグがオリゴヌクレオチドであり、そしてレポーターシグナルがペプチド核酸である請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７６】
（ａ）  複数のレポーターシグナルのうちの一つと、複数のサンプルのそれぞれの中に存在する一つ以上の検体とを会合させて、レポーターシグナル／検体複合体を形成させる工程であって、
それぞれのレポーターシグナル／検体複合体が共通する特性、すなわち、それぞれのレポーターシグナル／検体複合体が共通する特性を欠く分子から分離するのを可能にする特性を有するものである工程、
（ｂ）  それぞれのサンプル中に含まれる検体を分離する工程であって、分離はレポーターシグナル／検体複合体に共通する特性に基づくものではない工程、
（ｃ）  レポーターシグナルを改変し、それによってレポーターシグナル／検体複合体を改変する工程、並びに
（ｄ）  レポーターシグナル／検体複合体の改変体を検出する工程
を含む方法。
【請求項１７７】
（ａ）  複数のコーディングタグと、少なくとも一つのサンプル中に存在する一つ以上の検体とを会合させる工程、
（ｂ）  それぞれのサンプル中に含まれる検体を分離する工程、
（ｃ）  コーディングタグを一つ以上のレポーター分子と会合させる工程であって、それぞれのレポーター分子がレポーターシグナルとデコーディングタグを含み、
それぞれのレポーター分子が共通する特性、すなわち、それぞれのレポーター分子が共通する特性を欠く分子から分離するのを可能にする特性を有し、
そしてそれぞれのデコーディングタグが一つ以上のコーディングタグについて特異的である工程、
（ｄ）  レポーターシグナルを改変し、それによってレポーター分子を改変する工程、並びに
（ｅ）  レポーター分子の改変体を検出する工程
を含む方法。
【請求項１７８】
唯一のアミノ酸配列Ａｓｐ−Ｐｒｏを含む約１０個ないし約３５個のアミノ酸からなるレポーターシグナルペプチドであって、イオントラップ型質量分析装置において衝突により誘発される開裂によってＡｓｐ−Ｐｒｏペプチド結合が切断されるものである、レポーターシグナルペプチド。
【請求項１７９】
タンパク質またはペプチドへの共有結合のためのカップリング剤をさらに含む請求項１７８記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８０】
カップリング剤が化学的に反応性のある基を含むものである請求項１７９記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８１】
カップリング剤が、化学的に反応性のある基をサポーターシグナルペプチドに結合させるリンカーをさらに含むものである、請求項１８０記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８２】
化学的に反応性のある基が、システイン残基の遊離スルフヒドリル基と共有結合しうるものである、請求項１８０記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８３】
化学的に反応性のある基が、チオール、エポキシドおよびニトリルからなる群より選択されるものである、請求項１８１記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８４】
化学的に反応性のある基が、タンパク質またはペプチドの遊離アミノ末端の第１級アミノ基と反応しうるものである、請求項１８０記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８５】
化学的に反応性のある基が、ＮＨＳエステルおよびイソチオシアネートからなる群より選択されるものである、請求項１８４記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８６】
化学的に反応性のある基がＮＨＳエステルである請求項１８５記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８７】
カップリング剤がさらにリンカーを含むものである請求項１８０記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８８】
配列（Ａａ）ｎ−Ａｓｐ−Ｐｒｏ−（Ａａ）ｍを含み、Ａａがアミノ酸残基であり、ｎおよびｍがそれぞれ独立して２またはそれ以上の整数であり、ｎ＋ｍの合計が約８個ないし約３３個のアミノ酸である、請求項１７８記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１８９】
レポーターシグナルペプチド配列が配列番号：２４、配列番号：２５および配列番号：２６からなる群より選択されるものである、請求項１８８記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１９０】
配列（Ａａ）ｎ−Ａｓｐ−Ｐｒｏ−（Ａａ）ｍを含み、ｎおよびｍがそれぞれ独立して２ないし５の整数であり、Ａａがアミノ酸残基である、請求項１７８記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１９１】
各アミノ酸残基Ａａが独立して、グリシン、アラニン、バリン、ロイシンおよびイソロイシンからなる群より選択されるものである、請求項１９０記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１９２】
各アミノ酸残基Ａａが同じアミノ酸残基である請求項１９１記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１９３】
アミノ酸残基Ａａがグリシンである請求項１９２記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１９４】
ｍがｎに等しい請求項１９１記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１９５】
少なくとも１つのアミノ酸が、放射性同位元素エンリッチメント、メチル化、リン酸化、硫酸化、あるいはメチオニンに代えてセレノメチオニンを用いることによって修飾されているものである、請求項１７８記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１９６】
少なくとも１つの修飾されたアミノ酸が放射性同位元素エンリッチメントにより修飾されているものである、請求項１９５記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１９７】
放射性同位元素エンリッチメントが１３Ｃ原子、１５Ｎ原子、重水素原子、またはそれらのいずれかの組合せを含むものである、請求項１９６記載のレポーターシグナルペプチド。
【請求項１９８】
請求項１７８７記載の２つまたはそれ以上のレポーターシグナルペプチドを含むレポーターシグナルペプチドのセット。
【請求項１９９】
各レポーターシグナルペプチドが、質量分析装置におけるイオン化後に同じ質量電荷比を有するものである、請求項１９８記載のレポーターシグナルペプチドのセット。
【請求項２００】
セット中の各断片化レポーターシグナルペプチドの質量電荷比が、セット中の他の断片化されたレポーターシグナルペプチドの質量電荷比と区別できるものである、請求項１９９記載のレポーターシグナルペプチドのセット。
【請求項２０１】
レポーターシグナルペプチドが、標的タンパク質またはペプチドへの共有結合のための化学的に反応性のある基を有するカップリング剤をさらに含むものである、請求項２００記載のレポーターシグナルペプチドのセット。
【請求項２０２】
化学的に反応性のある基が、標的タンパク質またはペプチドの遊離スルフヒドリル基と共有結合するものである、請求項２０１記載のレポーターシグナルペプチドのセット。
【請求項２０３】
化学的に反応性のある基が、チオール、エポキシドおよびニトリルからなる群より選択されるものである、請求項２０２記載のレポーターシグナルペプチドのセット。
【請求項２０４】
化学的に反応性のある基が、標的タンパク質またはペプチドのアミノ末端の第１級アミノ基に共有結合するものである、請求項２０１記載のレポーターシグナルペプチドのセット。
【請求項２０５】
化学的に反応性のある基が、ＮＨＳエステルおよびイソチオシアネートからなる群より選択されるものである、請求項２０４記載のレポーターシグナルペプチドのセット。
【請求項２０６】
２つまたはそれ以上のＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊ＤＰＧＧＧＧＲ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊ＧＤＰＧＧＧＧ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊ＧＧＤＰＧＧＧ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊ＧＧＧＤＰＧＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）およびＣＧＧＧＧＤＰＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）を含み、各Ｇ＊が少なくとも１つの重同位元素を有するグリシンである、請求項１９８記載のレポーターシグナルペプチドのセット。
【請求項２０７】
下記工程：
請求項１記載のレポーターシグナルペプチドでタンパク質またはペプチドを標識し；
質量分析装置において異なる質量電荷比を有する分子から標識されたタンパク質またはペプチドまたはそのフラグメントを分離し；
イオントラップ型質量分析装置において衝突により誘発される解離によってレポーターシグナルペプチドを断片化させ；次いで
断片化されたレポーターシグナルペプチドを検出する
を含む、方法。
【請求項２０８】
断片化されたレポーターシグナルペプチドを定量することをさらに含む、請求項２０７記載の方法。
【請求項２０９】
断片化されたレポーターシグナルペプチドの量を既知の値あるいは期待される値と比較することをさらに含む、請求項２０８記載の方法。
【請求項２１０】
レポーターシグナルペプチドで標識する前にタンパク質またはペプチドを変性させることをさらに含む、請求項２０７記載の方法。
【請求項２１１】
分離手段により試料を得ることをさらに含む、請求項２０７記載の方法。
【請求項２１２】
分離手段が、液体クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、二次元クロマトグラフィー、二次元ゲル電気泳動、等電点電気泳動、薄層クロマトグラフィー、遠心分離、ろ過、イオンクロマトグラフィー、イムノアフィニティークロマトグラフィー、膜分離又はこれらの組み合わせからなる群より選択されるものである、請求項２１１記載の方法。
【請求項２１３】
標識されたタンパク質またはペプチドまたはその断片を質量分析装置において分離する前に、標識されたタンパク質またはペプチドを断片化することさらに含む、請求項２０７記載の方法。
【請求項２１４】
標識されたタンパク質またはペプチドがプロテアーゼでの消化により断片化される、請求項２１３記載の方法。
【請求項２１５】
プロテアーゼがトリプシンである請求項２１４記載の方法。
【請求項２１６】
レポーターシグナルペプチドが、１つまたはそれ以上のＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊ＤＰＧＧＧＧＲ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊ＧＤＰＧＧＧＧ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊ＧＧＤＰＧＧＧ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊ＧＧＧＤＰＧＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）およびＣＧＧＧＧＤＰＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）を含み、各Ｇ＊が少なくとも１つの重同位元素を有するグリシンである、請求項２０７記載の方法。
【請求項２１７】
下記工程：
請求項１９８記載のレポーターシグナルペプチドのセットでタンパク質またはペプチドのセットを標識し；
質量分析装置において異なる質量電荷比を有する分子から標識されたタンパク質またはペプチドまたはそのフラグメントを分離し；
イオントラップ型質量分析装置において衝突により誘発される解離によってレポーターシグナルペプチドを断片化させ；
断片化されたレポーターシグナルペプチドを検出し；次いで
断片化されたレポーターシグナルペプチドを互いに区別する
を含む、方法。
【請求項２１８】
一番目の断片化されたレポーターシグナルペプチドを定量することをさらに含む、請求項２１７記載の方法。
【請求項２１９】
二番目の断片化されたレポーターシグナルペプチドを定量することをさらに含む、請求項２１７記載の方法。
【請求項２２０】
一番目および二番目の断片化されたレポーターシグナルペプチドを定量することをさらに含む、請求項２１９記載の方法。
【請求項２２１】
試料が複数の蛋白質を含む複合試料である請求項２１７記載の方法。
【請求項２２２】
分離手段により試料を得ることをさらに含む請求項２１７記載の方法。
【請求項２２３】
分離手段が、液体クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、二次元クロマトグラフィー、二次元ゲル電気泳動、等電点電気泳動、薄層クロマトグラフィー、遠心分離、ろ過、イオンクロマトグラフィー、イムノアフィニティークロマトグラフィー、膜分離又はこれらの組み合わせからなる群より選択されるものである、請求項２２２記載の方法。
【請求項２２４】
レポーターシグナルのセットでタンパク質またはペプチドのセットを標識する前に、タンパク質またはペプチドのセットを変性させることをさらに含む、請求項２１７記載の方法。
【請求項２２５】
標識されたタンパク質またはペプチドまたはその断片を質量分析装置において分離する前に、標識されたタンパク質またはペプチドを断片化することさらに含む、請求項２１７記載の方法。
【請求項２２６】
標識されたタンパク質またはペプチドがプロテアーゼでの消化により断片化される、請求項２１７記載の方法。
【請求項２２７】
プロテアーゼがトリプシンである請求項２１７記載の方法。
【請求項２２８】
レポーターシグナルペプチドのセットが、１つまたはそれ以上のＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊ＤＰＧＧＧＧＲ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊ＧＤＰＧＧＧＧ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊ＧＧＤＰＧＧＧ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊ＧＧＧＤＰＧＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）およびＣＧＧＧＧＤＰＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）を含み、各Ｇ＊が少なくとも１つの重同位元素を有するグリシンである、請求項２１７記載の方法。
【請求項２２９】
請求項１９８記載のレポーターシグナルペプチドのセット；および
使用説明書のセット
を含むキット。
【請求項２３０】
請求項１７８記載のレポーターシグナルペプチドで標識された少なくとも１つの標的ペプチドをさらに含む、請求項２２９記載のキット。
【請求項２３１】
タンパク質またはペプチドがシステインアミノ酸残基を含むものである請求項２３０記載のキット。
【請求項２３２】
レポーターシグナルのセットが、１つまたはそれ以上のＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊ＤＰＧＧＧＧＲ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊ＧＤＰＧＧＧＧ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊ＧＧＤＰＧＧＧ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊ＧＧＧＤＰＧＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）およびＣＧＧＧＧＤＰＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）を含み、各Ｇ＊が少なくとも１つの重同位元素を有するグリシンである、請求項２２９記載のキット。
【請求項２３３】
請求項１７８記載のレポーターシグナルペプチドで標識されたタンパク質またはペプチド。
【請求項２３４】
タンパク質またはペプチドがシステインアミノ酸残基を含むものである、請求項２３３記載のタンパク質またはペプチド。
【請求項２３５】
２つまたはそれ以上の請求項２３３記載の標識されたタンパク質またはペプチドのセット。
【請求項２３６】
請求項１９８記載のレポーターシグナルペプチドのセットで標識されたペプチドまたはタンパク質のセット。
【請求項２３７】
レポーターシグナルのセットで標識されたペプチドまたはタンパク質のセットであって、レポーターシグナルのセットが１つまたはそれ以上のＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊ＤＰＧＧＧＧＲ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊Ｇ＊ＧＤＰＧＧＧＧ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊Ｇ＊ＧＧＤＰＧＧＧ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）、ＣＧ＊ＧＧＧＤＰＧＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）およびＣＧＧＧＧＤＰＧ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｇ＊Ｒ（配列番号：１）を含み、各Ｇ＊が少なくとも１つの重同位元素を有するグリシンである、標識されたペプチドまたはタンパク質のセット。