【手続補正書】
【提出日】令和1年10月23日(2019.10.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
リグノセルロース系ポリマーを検出する方法であって、
リグノセルロース系ポリマー検出プローブとバイオマス材料とを接触させることと、
ここで、該リグノセルロース系ポリマー検出プローブは、少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーに特異的に結合する結合モジュールa）と、分光学的に検出可能であるレポーターモジュールb）とを含み、前記結合モジュールは、ポリペプチド型結合モジュールであり、かつ前記レポーターモジュールは、ポリペプチド型レポーターモジュールであり、ポリペプチド型レポーターモジュールは蛍光性タンパク質を含み、前記レポーターモジュールは、抗体若しくはそのフラグメントではなく、前記ポリペプチド型結合モジュールは、抗体又はそのフラグメントではなく、そして、
前記レポーターモジュールと関連する特性を測定して、前記バイオマス材料中の少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーの有無を、前記プローブの前記少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーへの特異的な結合に基づいて判定すること、
ここで、前記蛍光性タンパク質は、Sirius、TagBFP、mTagBFP2、Azurite、EBFP2、mKalama1、Sirius、Sapphire、T-Sapphire、ECFP、mAmetrine、Cerulean、mCerulean3、SCFP3A、CyPet、mTurguoise(mTurquoise)、mTurquoise2、単量体Midoriishi-Cyan、Aquamarine、eCFP、TagCFP、mTFP1、AmCyan1、EGFP、Emerald、Superfolder GFP、単量体Azami Green、TurboGFP、TagGFP2、mUKG、mWasabi、Clover、mNeonGreen、eGFP、AcGFP1、ZGreen1、ZsYellow1、mBanana、EYFP、Topaz、Citrine、Venus、SYFP2、Ypet、IanRFP-deltaS83、mPapaya1、TagYFP、mOrange、mOrange2、単量体Kusabira-Orange、mKOk、mKO2、mTangerine、mNectarine、TagRFP、TagRFP-T、mApple、mRuby、mRuby2、DsRed-Express2、DsRed-Express、tdTomato、DsRed-単量体、DsRed-単量体、DsRed2、AsRed2、mStrawberry、mCherry、HcRed1、FusionRed、mRaspberry、E2-Crimson、mPlum、HcRed-Tandem、mKate2、mNeptune、NirFP、TagRFP657、TagRFP675、iFP1.4、iRFP（iRFP713）、iRFP670、iRFP682、iRFP702、iRFP720、iFP2.0、mIFP、mKeimaRed、LSS-mKate1、LSS-mKate2、LSSmOrange、mBeRFP、PA-GFP、PATag RFP、Dendra2、Timer、PAmCherry、Kaede（緑色）、Kaeda（赤色）、KikGR1（緑色）、KikGR1（赤色）、PS-CFP2、mEos2（緑色）、mEos2（赤色）、mEos3.2（緑色）、mEos3.2（赤色）、PSmOrange、Dropna、又はそれらの任意の組み合わせを含み、
及び、
前記結合モジュールは、CBM1、CBM2、CBM3、CBM3a、CBM4、CBM5、CBM6、CBM9、CBM10、CBM11、CBM12、CBM14、CBM15、CBM17、CBM18、CBM19、CBM20、CBM21、CBM25、CBM27、CBM28、CBM33、CBM48、CBM49を含む炭水化物結合モジュール（CBM）、又はそれらの任意の組み合わせである、
とを含む、方法。
【請求項２】
前記測定される特性は、蛍光である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーの量を計算すること、前記少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーの種類を特定すること、又はその両方を更に含む、請求項１若しくは２に記載の方法。
【請求項４】
前記バイオマス材料は、木質バイオマス材料を含む、請求項１〜３のいずれか一に記載の方法。
【請求項５】
前記木質バイオマス材料は、パルプ、完成紙料、紙、又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記木質バイオマス材料（生産物）から少なくとも1つの手すき紙を形成することを更に含み、ここで前記測定は、該手すき紙において行われる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記測定は、処理の前に、処理の間に、若しくは処理の後に、又はそれらの任意の組み合わせにおいて行われる、請求項１〜６のいずれか一に記載の方法。
【請求項８】
前記処理は、酵素的処理、漂白、形態破壊、粉砕、若しくはPFI叩解、又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記処理は、セルラーゼ、キシラナーゼ、マンナーゼ、リグナーゼを含む少なくとも1種の酵素、又はそれらの任意の組み合わせによる酵素的処理を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記バイオマス材料の少なくとも1つの処理を、測定された少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーの量、測定されたリグノセルロース系ポリマーの種類、又はその両方に基づいて行うことを更に含む、請求項３に記載の方法。
【請求項１１】
前記測定されたリグノセルロース系ポリマーの量は、前記バイオマス材料の少なくとも1つの物理的特性と負の相関又は正の相関を有する、請求項３に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも1種の物理的特性は、比破裂強さ、濾水速度、比引裂強さ、比引張強さ、若しくは内部結合強さ、又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも1種の酵素を、測定されたリグノセルロース系ポリマーの量、測定されたリグノセルロース系ポリマーの種類、又はその両方に基づいて供給することを更に含む、請求項３に記載の方法。
【請求項１４】
ミル速度を、測定されたリグノセルロース系ポリマーの量、測定されたリグノセルロース系ポリマーの種類、又はその両方に基づいて調節することを更に含む、請求項３に記載の方法。
【請求項１５】
前記バイオマス材料の全含水量を、測定されたリグノセルロース系ポリマーの量、測定されたリグノセルロース系ポリマーの種類、又はその両方に基づいて調節することを更に含む、請求項３に記載の方法。
【請求項１６】
前記プローブは、複数のプローブを含む、請求項１〜１５のいずれか一に記載の方法。
【請求項１７】
パルプ製品又は紙製品に対する工業的処理の有効性を判定する方法であって、
リグノセルロース系ポリマー検出プローブとパルプ若しくは紙製品とを接触させることと、
ここで、該リグノセルロース系ポリマー検出プローブは、少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーに特異的に結合する結合モジュールa）と、分光学的に検出可能であるレポーターモジュールb）とを含み、前記結合モジュールは、ポリペプチド型結合モジュールであり、かつ前記レポーターモジュールは、ポリペプチド型レポーターモジュールであり、ポリペプチド型レポーターモジュールは蛍光性タンパク質を含み、前記レポーターモジュールは、抗体若しくはそのフラグメントではなく、前記ポリペプチド型結合モジュールは、抗体又はそのフラグメントではなく、そして、
前記プローブの前記パルプ製品又は紙製品への特異的な結合を検出することと、
前記パルプ製品又は紙製品の表面上の少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーの量を計算することと、
前記パルプ製品又は紙製品に対する工業的処理の有効性を、検出された少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーの量に基づいて判定すること、
ここで、前記蛍光性タンパク質は、Sirius、TagBFP、mTagBFP2、Azurite、EBFP2、mKalama1、Sirius、Sapphire、T-Sapphire、ECFP、mAmetrine、Cerulean、mCerulean3、SCFP3A、CyPet、mTurguoise(mTurquoise)、mTurquoise2、単量体Midoriishi-Cyan、Aquamarine、eCFP、TagCFP、mTFP1、AmCyan1、EGFP、Emerald、Superfolder GFP、単量体Azami Green、TurboGFP、TagGFP2、mUKG、mWasabi、Clover、mNeonGreen、eGFP、AcGFP1、ZGreen1、ZsYellow1、mBanana、EYFP、Topaz、Citrine、Venus、SYFP2、Ypet、IanRFP-deltaS83、mPapaya1、TagYFP、mOrange、mOrange2、単量体Kusabira-Orange、mKOk、mKO2、mTangerine、mNectarine、TagRFP、TagRFP-T、mApple、mRuby、mRuby2、DsRed-Express2、DsRed-Express、tdTomato、DsRed-単量体、DsRed-単量体、DsRed2、AsRed2、mStrawberry、mCherry、HcRed1、FusionRed、mRaspberry、E2-Crimson、mPlum、HcRed-Tandem、mKate2、mNeptune、NirFP、TagRFP657、TagRFP675、iFP1.4、iRFP（iRFP713）、iRFP670、iRFP682、iRFP702、iRFP720、iFP2.0、mIFP、mKeimaRed、LSS-mKate1、LSS-mKate2、LSSmOrange、mBeRFP、PA-GFP、PATag RFP、Dendra2、Timer、PAmCherry、Kaede（緑色）、Kaeda（赤色）、KikGR1（緑色）、KikGR1（赤色）、PS-CFP2、mEos2（緑色）、mEos2（赤色）、mEos3.2（緑色）、mEos3.2（赤色）、PSmOrange、Dropna、又はそれらの任意の組み合わせを含み、
及び、
前記結合モジュールは、CBM1、CBM2、CBM3、CBM3a、CBM4、CBM5、CBM6、CBM9、CBM10、CBM11、CBM12、CBM14、CBM15、CBM17、CBM18、CBM19、CBM20、CBM21、CBM25、CBM27、CBM28、CBM33、CBM48、CBM49を含む炭水化物結合モジュール（CBM）、又はそれらの任意の組み合わせである、
とを含む、方法。
【請求項１８】
前記工業的処理は、酵素的処理、化学的処理、若しくは物理的処理、又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記方法は、工業的処理の前に、工業的処理の間に、若しくは工業的処理の後に、又はそれらの任意の組み合わせにおいて行われる、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記リグノセルロース系ポリマー検出プローブは、異なる波長で検出可能である、請求項１７〜１９のいずれか一に記載の方法。
【請求項２１】
パルプ製品又は紙製品の物理的特性を測定する方法であって、
リグノセルロース系ポリマー検出プローブとパルプ若しくは紙製品とを接触させることと、
ここで、該リグノセルロース系ポリマー検出プローブは、少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーに特異的に結合する結合モジュールa）と、分光学的に検出可能であるレポーターモジュールb）とを含み、前記結合モジュールは、ポリペプチド型結合モジュールであり、かつ前記レポーターモジュールは、ポリペプチド型レポーターモジュールであり、ポリペプチド型レポーターモジュールは蛍光性タンパク質を含み、前記レポーターモジュールは、抗体若しくはそのフラグメントではなく、前記ポリペプチド型結合モジュールは、抗体又はそのフラグメントではなく、そして、
前記プローブの前記パルプ製品又は紙製品への特異的な結合を検出することと、
前記パルプ製品又は紙製品の表面上の少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーの量を計算することと、
前記パルプ製品又は紙製品の少なくとも1つの物理的特性を、検出された少なくとも1種のリグノセルロース系ポリマーの量に基づいて測定すること、
ここで、前記蛍光性タンパク質は、Sirius、TagBFP、mTagBFP2、Azurite、EBFP2、mKalama1、Sirius、Sapphire、T-Sapphire、ECFP、mAmetrine、Cerulean、mCerulean3、SCFP3A、CyPet、mTurguoise(mTurquoise)、mTurquoise2、単量体Midoriishi-Cyan、Aquamarine、eCFP、TagCFP、mTFP1、AmCyan1、EGFP、Emerald、Superfolder GFP、単量体Azami Green、TurboGFP、TagGFP2、mUKG、mWasabi、Clover、mNeonGreen、eGFP、AcGFP1、ZGreen1、ZsYellow1、mBanana、EYFP、Topaz、Citrine、Venus、SYFP2、Ypet、IanRFP-deltaS83、mPapaya1、TagYFP、mOrange、mOrange2、単量体Kusabira-Orange、mKOk、mKO2、mTangerine、mNectarine、TagRFP、TagRFP-T、mApple、mRuby、mRuby2、DsRed-Express2、DsRed-Express、tdTomato、DsRed-単量体、DsRed-単量体、DsRed2、AsRed2、mStrawberry、mCherry、HcRed1、FusionRed、mRaspberry、E2-Crimson、mPlum、HcRed-Tandem、mKate2、mNeptune、NirFP、TagRFP657、TagRFP675、iFP1.4、iRFP（iRFP713）、iRFP670、iRFP682、iRFP702、iRFP720、iFP2.0、mIFP、mKeimaRed、LSS-mKate1、LSS-mKate2、LSSmOrange、mBeRFP、PA-GFP、PATag RFP、Dendra2、Timer、PAmCherry、Kaede（緑色）、Kaeda（赤色）、KikGR1（緑色）、KikGR1（赤色）、PS-CFP2、mEos2（緑色）、mEos2（赤色）、mEos3.2（緑色）、mEos3.2（赤色）、PSmOrange、Dropna、又はそれらの任意の組み合わせを含み、
及び、
前記結合モジュールは、CBM1、CBM2、CBM3、CBM3a、CBM4、CBM5、CBM6、CBM9、CBM10、CBM11、CBM12、CBM14、CBM15、CBM17、CBM18、CBM19、CBM20、CBM21、CBM25、CBM27、CBM28、CBM33、CBM48、CBM49を含む炭水化物結合モジュール（CBM）、又はそれらの任意の組み合わせである、
とを含む、方法。
【請求項２２】
前記少なくとも1種の物理的特性は、比破裂強さ、濾水速度、比引裂強さ、比引張強さ、若しくは内部結合強さ、又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ポリマーを検出する方法であって、
ポリマー検出プローブと材料とを接触させること、
ここで、前記ポリマー検出プローブは、少なくとも1種のポリマーに特異的に結合する結合モジュールa）と、分光学的に検出可能であるレポーターモジュールb）とを含み、
ここで、前記結合モジュールは、ポリペプチド型結合モジュールであり、かつ前記レポーターモジュールは、ポリペプチド型レポーターモジュールであり、ポリペプチド型レポーターモジュールは蛍光性タンパク質を含み、前記レポーターモジュールは、抗体若しくはそのフラグメントではなく、前記ポリペプチド型結合モジュールは、抗体又はそのフラグメントではなく、そして、
前記レポーターモジュールと関連する特性を測定して、前記材料中の少なくとも1種のポリマーの有無を、前記プローブの前記少なくとも1種のポリマーへの特異的な結合に基づいて判定すること、
ここで、前記蛍光性タンパク質は、Sirius、TagBFP、mTagBFP2、Azurite、EBFP2、mKalama1、Sirius、Sapphire、T-Sapphire、ECFP、mAmetrine、Cerulean、mCerulean3、SCFP3A、CyPet、mTurguoise(mTurquoise)、mTurquoise2、単量体Midoriishi-Cyan、Aquamarine、eCFP、TagCFP、mTFP1、AmCyan1、EGFP、Emerald、Superfolder GFP、単量体Azami Green、TurboGFP、TagGFP2、mUKG、mWasabi、Clover、mNeonGreen、eGFP、AcGFP1、ZGreen1、ZsYellow1、mBanana、EYFP、Topaz、Citrine、Venus、SYFP2、Ypet、IanRFP-deltaS83、mPapaya1、TagYFP、mOrange、mOrange2、単量体Kusabira-Orange、mKOk、mKO2、mTangerine、mNectarine、TagRFP、TagRFP-T、mApple、mRuby、mRuby2、DsRed-Express2、DsRed-Express、tdTomato、DsRed-単量体、DsRed-単量体、DsRed2、AsRed2、mStrawberry、mCherry、HcRed1、FusionRed、mRaspberry、E2-Crimson、mPlum、HcRed-Tandem、mKate2、mNeptune、NirFP、TagRFP657、TagRFP675、iFP1.4、iRFP（iRFP713）、iRFP670、iRFP682、iRFP702、iRFP720、iFP2.0、mIFP、mKeimaRed、LSS-mKate1、LSS-mKate2、LSSmOrange、mBeRFP、PA-GFP、PATag RFP、Dendra2、Timer、PAmCherry、Kaede（緑色）、Kaeda（赤色）、KikGR1（緑色）、KikGR1（赤色）、PS-CFP2、mEos2（緑色）、mEos2（赤色）、mEos3.2（緑色）、mEos3.2（赤色）、PSmOrange、Dropna、又はそれらの任意の組み合わせを含み、
及び、
前記結合モジュールは、CBM1、CBM2、CBM3、CBM3a、CBM4、CBM5、CBM6、CBM9、CBM10、CBM11、CBM12、CBM14、CBM15、CBM17、CBM18、CBM19、CBM20、CBM21、CBM25、CBM27、CBM28、CBM33、CBM48、CBM49を含む炭水化物結合モジュール（CBM）、又はそれらの任意の組み合わせである、
とを含む、方法。
【請求項２４】
前記測定される特性は、蛍光である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記少なくとも1種のポリマーの量を計算すること、前記少なくとも1種のポリマーの種類を特定すること、又はその両方を更に含む、請求項２３又は２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記材料は、血液試料を含む、請求項２３〜２５のいずれか一に記載の方法。
【請求項２７】
前記血液試料の血液抗原、種類、型、及び亜型の少なくとも1つを特定することを更に含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記プローブは、複数のプローブを含む、請求項２３〜２７のいずれか一に記載の方法。
【請求項２９】
前記ポリペプチド型結合モジュールは、前記ポリペプチド型レポーターモジュールへと直接的に融合されている、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３０】
前記ポリペプチド型結合モジュールは、前記ポリペプチド型レポーターへとリンカーポリペプチドを介して結合されている、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３１】
前記ポリペプチド型プローブは、配列番号2、6、8、10、及び12のいずれか1つのアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３２】
前記ポリペプチド型結合モジュールは、配列番号14、16、18、20、及び22のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、かつ前記ポリペプチド型レポーターモジュールは、配列番号24、26、28、及び30のいずれか1つのアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３３】
前記レポーターモジュールは、約350 nmから約700 nmまでの蛍光励起ピーク（最大）を有する、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３４】
前記レポーターモジュールは、約400 nmから約750 nmまでの蛍光発光ピーク（最大）を有する、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３５】
前記結合モジュールは、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、キシラン、マンナン、又はそれらの任意の組み合わせに特異的に結合する、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３６】
前記結合モジュールは、結晶化されたセルロースに特異的に結合する、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３７】
前記リグノセルロース系ポリマー検出プローブは、各々のリグノセルロース系ポリマー検出プローブが、異なるリグノセルロース系ポリマーに特異的に結合する複数のリグノセルロース系ポリマー検出プローブを含む、請求項１に記載のプローブ。
【請求項３８】
各々のリグノセルロース系ポリマー検出プローブは、異なるレポーターモジュールを含む、請求項３７に記載のプローブ。
【請求項３９】
各々のレポーターモジュールは、異なる蛍光的特徴を有する、請求項３９に記載のプローブ。
【請求項４０】
前記レポーターモジュールは、eGFP、mCherry、mOrange2、及びeCFPの1種以上を含む、請求項３９に記載のプローブ。
【請求項４１】
前記結合モジュールは、CBM3a、CBM4-1、CBM15、及びCBM27の1種以上を含む、請求項３９に記載のプローブ。
【請求項４２】
前記リグノセルロース系ポリマー検出プローブは、eGFP-CBM3a、mCherry-CBM4-1、mOrange2-CBM15、eCFP-CBM27、又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１に記載のプローブ。
【請求項４３】
前記リグノセルロース系ポリマー検出プローブは、異なる波長で検出可能である、請求項１に記載のプローブ。
【請求項４４】
前記結合モジュールは、セルロース、ヘミセルロース、リグニン、キシラン、マンナン、グルクロノキシラン、アラビノキシラン、グルコマンナン、キシログルカン、若しくはそれらの任意の組み合わせ、若しくはそれらの線状断片、若しくはそれらの分岐状断片、若しくはそれらのオリゴマー、若しくはそれらのモノマー及び／又はマクロマー、例えばグルコース、D-グルコース、マンノース、キシロース、ガラクトース、ラムノース、アラビノース、モノリグノール、p-クマリルアルコール、コニフェリルアルコール、シナピルアルコール、p-ヒドロキシフェニルフェニルプロパノイド、グアイアシルフェニルプロパノイド、若しくはシリンギルフェニルプロパノイド、又はそれらの組み合わせに特異的に結合する、請求項２３に記載のプローブ。
【請求項４５】
前記結合モジュールは、糖タンパク質、炭水化物、又はその両方に特異的に結合し、特定の血液抗原、種類、型、又は亜型に特異的である、請求項２３に記載のプローブ。
【請求項４６】
前記結合モジュールは、ポリアリールエーテルケトン（PAEK）、ポリエーテルエーテルケトン（PEEK）、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリスチレン、ポリテトラフルオロエチレン、ポリ塩化ビニル、ポリアミド、パラアラミド、ポリエチレンテレフタレート、ポリイミド、ポリカーボネート、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、糖タンパク質、タンパク質、リン酸化タンパク質、修飾タンパク質、脂質、界面活性剤、レシチン、若しくは生物界面活性剤、又はそれらの任意の組み合わせに特異的に結合する、請求項２３に記載のプローブ。
【請求項４７】
前記ポリマー検出プローブは、各々のポリマー検出プローブが、異なるポリマーに特異的に結合する複数のポリマー検出プローブを含む、請求項２３に記載のプローブ。
【請求項４８】
各々のポリマー検出プローブは、異なるレポーターモジュールを含む、請求項４７に記載のプローブ。
【請求項４９】
各々のレポーターモジュールは、異なる蛍光的特徴を有する、請求項４７に記載のプローブ。
【請求項５０】
前記ポリマー検出プローブは、異なる波長で検出可能である、請求項４８に記載のプローブ。