【手続補正書】
【提出日】令和1年6月12日(2019.6.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子に変異が存在することを、がん患者がオーロラＡキナーゼインヒビターで治療されるのに適するかの指標とする方法であって、
前記患者から得たがん細胞試料の、ＬＥＦ１、ＭＡＰ３Ｋ７、ＡＰＣ、ＦＺＤ２、ＰＲＫＣＡ、ＲＯＲＡ、ＣＡＭＫ２Ｇ、ＪＵＮ、ＸＰＯ１、ＲＯＲ２、ＣＣＮＤ１及びＣＴＮＮＢ１からなる群から選択したＷＮＴ経路遺伝子のいずれかならびに／またはＡＭＯＴ、ＤＶＬ２、ＬＡＴＳ１、ＬＡＴＳ２、ＭＯＢ１Ｂ、ＮＰＨＰ４、ＴＪＰ１、ＴＪＰ２、ＷＷＣ１、ＷＷＴＲ１及びＹＡＰ１からなる群から選択したＨｉｐｐｏ経路遺伝子のいずれかが、前記遺伝子に対応する各野生型配列と比べて、変異を含むか判断するステップを含み、
ＬＥＦ１、ＭＡＰ３Ｋ７、ＡＰＣ、ＦＺＤ２、ＰＲＫＣＡ、ＲＯＲＡ、ＣＡＭＫ２Ｇ、ＪＵＮ、ＸＰＯ１、ＲＯＲ２、ＣＣＮＤ１、ＣＴＮＮＢ１、ＡＭＯＴ、ＤＶＬ２、ＬＡＴＳ１、ＬＡＴＳ２、ＭＯＢ１Ｂ、ＮＰＨＰ４、ＴＪＰ１、ＴＪＰ２、ＷＷＣ１、ＷＷＴＲ１及びＹＡＰ１からなる群から選択した少なくとも１つの遺伝子が、変異していることが明らかになった場合に、このことは、前記患者が、前記オーロラＡキナーゼインヒビターに良好な応答を示し得ることを示す、前記方法。
【請求項２】
前記比較によって、前記がん細胞試料の前記オーロラＡキナーゼインヒビターに対する感受性が予測される場合に、前記患者は、前記オーロラＡキナーゼインヒビターで治療されるのに適している、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記比較によって、前記がん細胞試料の前記オーロラＡキナーゼインヒビターに対する耐性が予測される場合に、前記患者は、前記オーロラＡキナーゼインヒビターで治療するのに適していない、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
マイクロアレイ、ＰＣＲ及び次世代シーケンシングからなる群から選択した方法によって、前記遺伝子の変異解析を判断する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記がんが、固形腫瘍または血液悪性腫瘍である、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記固形腫瘍が、乳がん、頭頸部扁平上皮がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん及び胃食道接合部がんからなる群から選択されている、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記がん細胞試料が、血液試料または腫瘍生検標本から得た試料である、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記オーロラＡキナーゼインヒビターが、アリセルチブ、その製薬学的に許容可能な塩またはその医薬組成物である、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
アリセルチブが、アリセルチブナトリウムまたはその医薬組成物である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
遺伝子に変異が存在することを、がん患者がオーロラＡキナーゼインヒビターによる治療の対象候補であるかの指標とする方法であって、
前記患者から得たがん細胞試料の、ＬＥＦ１、ＭＡＰ３Ｋ７、ＡＰＣ、ＦＺＤ２、ＰＲＫＣＡ、ＲＯＲＡ、ＣＡＭＫ２Ｇ、ＪＵＮ、ＸＰＯ１、ＲＯＲ２、ＣＣＮＤ１及びＣＴＮＮＢ１からなる群から選択したＷＮＴ経路遺伝子のいずれかならびに／またはＡＭＯＴ、ＤＶＬ２、ＬＡＴＳ１、ＬＡＴＳ２、ＭＯＢ１Ｂ、ＮＰＨＰ４、ＴＪＰ１、ＴＪＰ２、ＷＷＣ１、ＷＷＴＲ１及びＹＡＰ１からなる群から選択したＨｉｐｐｏ経路遺伝子のいずれかが、前記遺伝子に対応する各野生型配列と比べて、変異を含むか判断するステップを含み、
変異解析によって、ＬＥＦ１、ＭＡＰ３Ｋ７、ＡＰＣ、ＦＺＤ２、ＰＲＫＣＡ、ＲＯＲＡ、ＣＡＭＫ２Ｇ、ＪＵＮ、ＸＰＯ１、ＲＯＲ２、ＣＣＮＤ１、ＣＴＮＮＢ１、ＡＭＯＴ、ＤＶＬ２、ＬＡＴＳ１、ＬＡＴＳ２、ＭＯＢ１Ｂ、ＮＰＨＰ４、ＴＪＰ１、ＴＪＰ２、ＷＷＣ１、ＷＷＴＲ１及びＹＡＰ１からなる群から選択した少なくとも１つの遺伝子に１つの変異が存在することまたはいくつかの変異が存在することが示されている場合に、前記患者は、前記オーロラＡキナーゼインヒビターによる治療の対象候補である、前記方法。
【請求項１１】
マイクロアレイ、ＰＣＲ及び次世代シーケンシングからなる群から選択した方法によって、前記遺伝子の変異解析を判断する請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記がんが、固形腫瘍または血液悪性腫瘍である、請求項１０〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記固形腫瘍が、乳がん、頭頸部扁平上皮がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん及び胃食道接合部がんからなる群から選択されている、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記がん細胞試料が、血液試料または腫瘍生検標本から得た試料である、請求項１０〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記オーロラＡキナーゼインヒビターが、アリセルチブ、その製薬学的に許容可能な塩またはその医薬組成物である、請求項１０〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
アリセルチブが、アリセルチブナトリウムまたはその医薬組成物である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
オーロラＡキナーゼインヒビターを含む、がん患者の治療のための組成物であって、前記患者は、
ａ）前記患者からがん細胞試料を得るステップと、
ｂ）前記がん細胞試料の、ＬＥＦ１、ＭＡＰ３Ｋ７、ＡＰＣ、ＦＺＤ２、ＰＲＫＣＡ、ＲＯＲＡ、ＣＡＭＫ２Ｇ、ＪＵＮ、ＸＰＯ１、ＲＯＲ２、ＣＣＮＤ１及びＣＴＮＮＢ１からなる群から選択したＷＮＴ経路遺伝子のいずれかならびに／またはＡＭＯＴ、ＤＶＬ２、ＬＡＴＳ１、ＬＡＴＳ２、ＭＯＢ１Ｂ、ＮＰＨＰ４、ＴＪＰ１、ＴＪＰ２、ＷＷＣ１、ＷＷＴＲ１及びＹＡＰ１からなる群から選択したＨｉｐｐｏ経路遺伝子のいずれかが、前記遺伝子に対応する各野生型配列と比べて、変異を含むか判断するステップと、
を含む方法によって同定されることを特徴とし、
変異解析によって、ＬＥＦ１、ＭＡＰ３Ｋ７、ＡＰＣ、ＦＺＤ２、ＰＲＫＣＡ、ＲＯＲＡ、ＣＡＭＫ２Ｇ、ＪＵＮ、ＸＰＯ１、ＲＯＲ２、ＣＣＮＤ１、ＣＴＮＮＢ１、ＡＭＯＴ、ＤＶＬ２、ＬＡＴＳ１、ＬＡＴＳ２、ＭＯＢ１Ｂ、ＮＰＨＰ４、ＴＪＰ１、ＴＪＰ２、ＷＷＣ１、ＷＷＴＲ１及びＹＡＰ１からなる群から選択した少なくとも１つの遺伝子に１つの変異が存在することまたはいくつかの変異が存在することが示されている場合に、前記患者は、オーロラＡキナーゼインヒビターで治療されるのに適する、前記組成物。
【請求項１８】
マイクロアレイ、ＰＣＲ及び次世代シーケンシングからなる群から選択した方法によって、前記遺伝子の変異解析を判断する、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
前記がんが、固形腫瘍または血液悪性腫瘍である、請求項１７〜１８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２０】
前記固形腫瘍が、乳がん、頭頸部扁平上皮がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん及び胃食道接合部がんからなる群から選択されている、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
前記がん細胞試料が、血液試料または腫瘍生検標本から得た試料である、請求項１７〜２０のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２２】
前記オーロラＡキナーゼインヒビターが、アリセルチブ、その製薬学的に許容可能な塩またはその医薬組成物である、請求項１７〜２１のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２３】
アリセルチブが、アリセルチブナトリウムまたはその医薬組成物である、請求項２２に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
一態様では、本開示は、がん患者の治療方法であって、（ａ）患者からがん細胞試料を得るステップと、（ｂ）表９に列挙されているＷＮＴ経路遺伝子のいずれか及び／または表１０に列挙されているＨｉｐｐｏ経路遺伝子のいずれかが、その遺伝子に対応する各野生型配列と比べて、変異を含むか判断するステップと、ｂ）における変異解析によって、表９及び／または１０の少なくとも１つの遺伝子に、１つの変異が存在することまたはいくつかの変異が存在することが示された場合に、対象をオーロラＡキナーゼインヒビターによって治療するステップとを含む方法を提供する。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
がん患者をオーロラＡキナーゼインヒビターで治療するかの判断方法であって、
ａ）前記患者からがん細胞試料を得るステップと、
ｂ）表９に列挙されているＷＮＴ経路遺伝子のいずれか及び／または表１０に列挙されているＨｉｐｐｏ経路遺伝子のいずれかが、前記遺伝子に対応する各野生型配列と比べて、変異を含むか判断するステップと、
ｃ）ステップｂ）における変異解析に基づき、前記オーロラＡキナーゼインヒビターで前記患者を治療するか判断するステップであって、表９及び／または１０の少なくとも１つの遺伝子が、変異していることが明らかになった場合に、前記患者が、前記オーロラＡキナーゼインヒビターに良好な応答を示し得るステップと、
を含む前記方法。
（項目２）
前記比較によって、前記がん細胞試料の前記オーロラＡキナーゼインヒビターに対する感受性が予測される場合に、前記患者を治療するように判断することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記比較によって、前記がん細胞試料の前記オーロラＡキナーゼインヒビターに対する耐性が予測される場合に、前記患者を治療しないように判断することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
マイクロアレイ、ＰＣＲ及び次世代シーケンシングからなる群から選択した方法によって、前記マーカー遺伝子候補の変異解析を判断する、項目１〜３のいずれか１項に記載の方法。
（項目５）
前記がんが、固形腫瘍または血液悪性腫瘍である、項目１〜４のいずれか１項に記載の方法。
（項目６）
前記固形腫瘍が、乳がん、頭頸部扁平上皮がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん及び胃食道接合部がんからなる群から選択されている、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記がん細胞試料が、血液試料または腫瘍生検標本から得た試料である、項目１〜６のいずれか１項に記載の方法。
（項目８）
前記オーロラＡキナーゼインヒビターが、アリセルチブ、その製薬学的に許容可能な塩またはその医薬組成物である、項目１〜７のいずれか１項に記載の方法。
（項目９）
アリセルチブが、アリセルチブナトリウムまたはその医薬組成物である、項目８に記載の方法。
（項目１０）
オーロラＡキナーゼインヒビターによる治療の対象候補としてのがん患者の同定方法であって、
ａ）前記患者からがん細胞試料を得るステップと、
ｂ）表９に列挙されているＷＮＴ経路遺伝子のいずれか及び／または表１０に列挙されているＨｉｐｐｏ経路遺伝子のいずれかが、前記遺伝子に対応する各野生型配列と比べて、変異を含むか判断するステップと、
ｃ）ステップｂ）における変異解析によって、表９及び／または１０の少なくとも１つの遺伝子に１つの変異が存在することまたはいくつかの変異が存在することが示されている場合に、前記オーロラＡキナーゼインヒビターによる治療の対象候補として前記患者を同定するステップと、
を含む前記方法。
（項目１１）
マイクロアレイ、ＰＣＲ及び次世代シーケンシングからなる群から選択した方法によって、前記マーカー遺伝子候補の変異解析を判断する項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記がんが、固形腫瘍または血液悪性腫瘍である、項目１０〜１１のいずれか１項に記載の方法。
（項目１３）
前記固形腫瘍が、乳がん、頭頸部扁平上皮がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん及び胃食道接合部がんからなる群から選択されている、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記がん細胞試料が、血液試料または腫瘍生検標本から得た試料である、項目１０〜１３のいずれか１項に記載の方法。
（項目１５）
前記オーロラＡキナーゼインヒビターが、アリセルチブ、その製薬学的に許容可能な塩またはその医薬組成物である、項目１０〜１４のいずれか１項に記載の方法。
（項目１６）
アリセルチブが、アリセルチブナトリウムまたはその医薬組成物である、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
がん患者の治療方法であって、
ａ）前記患者からがん細胞試料を得るステップと、
ｂ）表９に列挙されているＷＮＴ経路遺伝子のいずれか及び／または表１０に列挙されているＨｉｐｐｏ経路遺伝子のいずれかが、前記遺伝子に対応する各野生型配列と比べて、変異を含むか判断するステップと、
ｃ）ステップｂ）における変異解析によって、表９及び／または１０の少なくとも１つの遺伝子に１つの変異が存在することまたはいくつかの変異が存在することが示されている場合に、オーロラＡキナーゼインヒビターで前記対象を治療するステップと、
を含む前記方法。
（項目１８）
マイクロアレイ、ＰＣＲ及び次世代シーケンシングからなる群から選択した方法によって、前記マーカー遺伝子候補の変異解析を判断する、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記がんが、固形腫瘍または血液悪性腫瘍である、項目１７〜１８のいずれか１項に記載の方法。
（項目２０）
前記固形腫瘍が、乳がん、頭頸部扁平上皮がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん及び胃食道接合部がんからなる群から選択されている、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記がん細胞試料が、血液試料または腫瘍生検標本から得た試料である、項目１７〜２０のいずれか１項に記載の方法。
（項目２２）
前記オーロラＡキナーゼインヒビターが、アリセルチブ、その製薬学的に許容可能な塩またはその医薬組成物である、項目１７〜２１のいずれか１項に記載の方法。
（項目２３）
アリセルチブが、アリセルチブナトリウムまたはその医薬組成物である、項目２２に記載の方法。