【手続補正書】
【提出日】令和1年7月22日(2019.7.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者における低毒性感染症の検出方法であって、
低毒性感染症の原因となる片利共生微生物が患者試料中に存在するかどうかまたは前記試料中の濃度を試験することと、
前記試料由来の宿主細胞ＲＮＡプロファイルを特定することと、
前記ＲＮＡプロファイルを低毒性感染症を示すＲＮＡシグニチャについて評価して、偽陽性及び／または偽陰性と真正の低毒性感染症とを判別することと
を含み
ＲＮＡシグニチャが、前記片利共生微生物の存在に対して試験結果が陽性（すなわち高含量）である臨床試料又は感染性臨床試料、及び、前記片利共生微生物の存在に対して試験結果が陰性（すなわち低含量）である非感染性臨床試料由来のＲＮＡプロファイルでトレーニングされている、
前記方法。
【請求項２】
前記患者が炎症状態の症状を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記炎症状態の症状が、変性椎間板疾患（ＤＤＤ）、慢性腰痛（ＣＬＢＰ）、関節もしくは軟骨の炎症、インプラントもしくは補綴に付随する炎症、心内膜炎、感染の疑いのある静脈ポートシステム、または胃潰瘍、前立腺炎、前立腺癌から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記試料が軟骨、または好気性環境からの組織もしくは細胞を含み、任意に、前記試料が椎間板組織である、請求項２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記患者が慢性腰痛（ＣＬＢＰ）及び／または脊椎手術後疼痛症及び／または偽関節症の既往歴を有する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記試料が手術時又は手術前に生検で採取される、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記試料の一部にＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ種、Ｅ．ｃｏｌｉ，Ｍｏｒａｘｅｌｌａ種、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ種、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｅｎｔｒｏｂａｃｔｅｒ種、及びＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ種のうちの１種以上がが存在するかどうかまたは前記試料中の濃度を試験する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記試料の少なくとも一部が消化され、且つＤＮＡが単離され、任意に前記片利共生微生物のＤＮＡが増幅される、請求項７記載の方法。
【請求項９】
前記試料中の前記片利共生微生物（複数可）が、ＰＣＲ、培養、免疫化学法、分光法、インサイチュ・ハイブリダイゼーションもしくはメタゲノム分析で検出または定量される、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記片利共生微生物が存在するかどうかが、定量的ＰＣＲまたはシークエンシング（培養、免疫化学法、分光法もしくはインサイチュ・ハイブリダイゼーションの少なくとも１つを用いたもの）から任意選択的に選択される少なくとも２つの検出方法により判別される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＲＮＡシグニチャがマイクロＲＮＡシグニチャである、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＲＮＡシグニチャが、長いノンコーディングＲＮＡシグニチャであり、任意選択的にｌｎｃＲＮＡ、ｌｉｎｃＲＮＡまたはＴ−ＵＣＲの１つ以上を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＲＮＡシグニチャが、小型ノンコーディングＲＮＡを含み、任意選択的にｐｉＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、及びｃｉｒｃＲＮＡの１つ以上を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＲＮＡシグニチャがｍＲＮＡシグニチャである、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＲＮＡシグニチャが、教師付き、教師無し、または半教師付きクラシファイア・アルゴリズムを使用する、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＲＮＡシグニチャが、１００以下のＲＮＡ、または７５以下のＲＮＡ、または５０以下のＲＮＡ、または２５以下のＲＮＡ、または１０以下のＲＮＡ、または５以下のＲＮＡ、または４以下のＲＮＡの相対的発現を含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＲＮＡが、表２、表４、表５、または図８から選択されるｍｉＲＮＡである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＲＮＡシグニチャが、ｍｉＲ−２９ａ−３ｐ及びｍｉＲ−５７４−３ｐの一方または両方の相対的発現量を含む、請求項１６〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
臨床組織試料中の片利共生微生物の低毒性感染症を検出する方法であって、前記方法が、
前記宿主組織中のｍｉＲＮＡプロファイルを検出することと、
低毒性感染症を示すｍｉＲＮＡシグニチャに対して前記ｍｉＲＮＡプロファイルを評価することと
を含み、
前記ｍｉＲＮＡシグニチャは、少なくとも２つの検出方法で前記片利共生微生物の存在に対して陽性（すなわち高含量）である組織試料由来のｍｉＲＮＡプロファイル、及び前記少なくとも２つの方法で前記片利共生微生物の存在に対して陰性（すなわち低含量）である組織試料由来のｍｉＲＮＡプロファイルを用いてトレーニングされる、前記方法。
【請求項２０】
前記ＲＮＡシグニチャが、教師付き、教師無し、または半教師付きクラシファイア・アルゴリズムを使用する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＲＮＡシグニチャが、１０以下のＲＮＡ、または５以下のＲＮＡ、または４以下のＲＮＡの相対的発現を含む、請求項１９〜２０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＲＮＡが、表２、表４または表５から選択されるｍｉＲＮＡである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＲＮＡシグニチャが、ｍｉＲ−２９ａ−３ｐ及びｍｉＲ−５７４−３ｐの一方または両方の相対的発現量を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
前記患者が、慢性腰痛（ＣＬＢＰ）、関節もしくは軟骨の炎症、インプラントもしくは補綴に付随する炎症、心内膜炎、感染の疑いのある静脈ポートシステム、または胃潰瘍から選択される炎症状態を有する、請求項１９〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記試料が軟骨、または好気性環境からの組織もしくは細胞を含み、任意選択的に前記試料が椎間板組織である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記患者が慢性腰痛（ＣＬＢＰ）及び／または脊椎手術後疼痛症及び／または偽関節症の既往歴を有する、請求項２４〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記試料が手術時又は手術前に生検で採取される、請求項１９〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
前記試料中にＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ種、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ種、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ種、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｅｎｔｒｏｂａｃｔｅｒ種、及びＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ種のうちの１種以上が存在するかどうかまたは前記試料中の濃度を更に試験する、請求項１９〜２７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２９】
前記試料の一部が消化され、且つＤＮＡが単離され、任意にＤＮＡが増幅される、請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
前記試料中の前記片利共生微生物（複数可）が、ＰＣＲ、培養、免疫化学法、分光法、インサイチュ・ハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、及びメタゲノム分析の１つ以上で検出または定量される、請求項２８〜２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記試料中に前記片利共生病原体が存在するかどうかが他の技法又はＰＣＲ及び／または培養では試験されない、請求項１９に記載の方法。