【手続補正書】
【提出日】平成20年6月2日(2008.6.2)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト患者において治療に対して感受性である腫瘍を同定する方法において、上記腫瘍の試料中の突然変異したＥＧＦＲ遺伝子又は突然変異したＥＧＦＲタンパク質の存在を決定することを含み、上記突然変異がＥＧＦＲのエキソン１８−２１に位置しており、Ｔ７９０Ｍ以外の突然変異ＥＧＦＲ遺伝子又は突然変異ＥＧＦＲタンパク質の存在が、腫瘍が治療に対して感受性であることを示す方法。
【請求項２】
上記治療が化学療法剤である請求項１に記載の方法。
【請求項３】
上記化学療法剤が、シタラビン、フルダラビン、５-フルオロ-２'-デオキシウリジン、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア、メトトレキセート；ブレオマイシン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ミトキサントロン；カンプトセシン、トポテカン；テニポシド；コルセミド、コルヒチン、パクリタキセル、ビンブラスチン、ビンクリスチン又はタモキシフェンの一又は複数である請求項２に記載の方法。
【請求項４】
上記化学療法剤がカルボプラチン及び／又はパクリタキセルである請求項２に記載の方法。
【請求項５】
上記治療がＥＧＦＲ阻害剤である請求項１に記載の方法。
【請求項６】
上記ＥＧＦＲ阻害剤がセツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブの一又は複数である請求項５に記載の方法。
【請求項７】
上記ＥＧＦＲ阻害剤がエルロチニブである請求項５に記載の方法。
【請求項８】
上記突然変異がＥＧＦＲのキナーゼドメインに位置している請求項１に記載の方法。
【請求項９】
上記突然変異が、Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｇ７１９Ｓ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｖ７６５Ｍ、Ｈ７７３Ｙ、Ｓ７６８Ｉ、Ｓ７８４Ｆ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８６１Ｑ、Ｅ７４６−Ａ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ａ７５０ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｅ７４６Ｖ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ＳＶＡｉｎｓ、Ｐ７７２−Ｈ７７３ＮＳｉｎｓ及びＰ７７２−Ｈ７７３Ｖｉｎｓの少なくとも一つである請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
上記突然変異が、Ｇ７１９Ａ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｖ７６５Ｍ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｅ７４６−Ａ７４８ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ＳＶＡｉｎｓ及びＰ７７２−Ｈ７７３ＮＳｉｎｓの少なくとも一つである請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
上記突然変異が、２４０２Ｇ＞Ｃ；２４０１Ｇ＞Ｔ；２４０１Ｇ＞Ａ；２４８２Ｇ＞Ａ；２４８６Ｔ＞Ｃ；２４９１Ｇ＞Ｃ；２４９４Ｇ＞Ｃ；２５１０Ｃ＞Ｔ；２５３９Ｇ＞Ａ；２５５６Ｃ＞Ｔ；２５６３Ｃ＞Ｔ；２５７６Ｔ＞Ａ；２８１９Ｔ＞Ｇ；２８１９Ｔ＞Ｃ；２４８２−２４９０ｄｅｌ；２４８１−２４９５ｄｅｌ；２４８２−２４９０ｄｅｌ；２４８５−２４９３ｄｅｌ；２４９４Ｇ＞Ｃ；２４８６−２５０３ｄｅｌ；２４８５−２５０２ｄｅｌ；２４８３Ａ＞Ｔ；２４８６−２４９４ｄｅｌ；２４９９−２５２２ｄｅｌ；２５４４−２５４５ｉｎｓＧＣＣＡＴＡ；２５５４−２５５５ｉｎｓＣＣＡＧＣＧＴＧＧ；２５６１−２５６２ｉｎｓＧＧＴ；及び２５６２−２５６３ｉｎｓＡＡＣＴＣＣの少なくとも一つである請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
上記突然変異が、２４０２Ｇ＞Ｃ；２４８２Ｇ＞Ａ；２４８６Ｔ＞Ｃ；２４９１Ｇ＞Ｃ；２４９４Ｇ＞Ｃ；２５１０Ｃ＞Ｔ；２５３９Ｇ＞Ａ；２５４９Ｇ＞Ｔ；２５６３Ｃ＞Ｔ；２８１９Ｔ＞Ｃ；２４８２−２４９０ｄｅｌ；２４８６−２５０３ｄｅｌ；２５４４−２５４５ｉｎｓＧＣＣＡＴＡ；２５５４−２５５５ｉｎｓＣＣＡＧＣＧＴＧＧ；及び２５６２−２５６３ｉｎｓＡＡＣＴＣＣの少なくとも一つである請求項８に記載の方法。
【請求項１３】
試料中のＥＧＦＲ突然変異を同定する方法において、上記試料からの核酸を、突然変異したＥＧＦＲタンパク質をコードする核酸、又は突然変異を含むその断片に特異的にハイブリダイズ可能な核酸プローブと接触させ、上記ハイブリダイゼーションを検出することを含む方法。
【請求項１４】
上記突然変異がＥＧＦＲのキナーゼドメインに存在している請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
上記ＥＧＦＲ突然変異が、２４０２Ｇ＞Ｃ；２４０１Ｇ＞Ｔ；２４０１Ｇ＞Ａ；２４８２Ｇ＞Ａ；２４８６Ｔ＞Ｃ；２４９１Ｇ＞Ｃ；２４９４Ｇ＞Ｃ；２５１０Ｃ＞Ｔ；２５３９Ｇ＞Ａ；  ２５５６Ｃ＞Ｔ；２５６３Ｃ＞Ｔ；２５７６Ｔ＞Ａ；２８１９Ｔ＞Ｇ；２８１９Ｔ＞Ｃ；２４８２−２４９０ｄｅｌ；２４８１−２４９５ｄｅｌ；２４８２−２４９０  ｄｅｌ；２４８５−２４９３ｄｅｌ；２４９４Ｇ＞Ｃ；２４８６−２５０３  ｄｅｌ；２４８５−２５０２ｄｅｌ；２４８３Ａ＞Ｔ；２４８６−２４９４ｄｅｌ；２４９９−２５２２ｄｅｌ；２５４４−２５４５ｉｎｓＧＣＣＡＴＡ；２５５４−２５５５ｉｎｓＣＣＡＧＣＧＴＧＧ；２５６１−２５６２ｉｎｓＧＧＴ；及び２５６２−２５６３ｉｎｓＡＡＣＴＣＣの少なくとも一つである請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
上記ＥＧＦＲ突然変異が、２４０２Ｇ＞Ｃ；２４８２Ｇ＞Ａ；２４８６Ｔ＞Ｃ；２４９１Ｇ＞Ｃ；２４９４Ｇ＞Ｃ；２５１０Ｃ＞Ｔ；２５３９Ｇ＞Ａ；２５４９Ｇ＞Ｔ；２５６３Ｃ＞Ｔ；  ２８１９Ｔ＞Ｃ；２４８２−２４９０ｄｅｌ；２４８６−２５０３ｄｅｌ；２５４４−２５４５ｉｎｓＧＣＣＡＴＡ；２５５４−２５５５ｉｎｓＣＣＡＧＣＧＴＧＧ；及び２５６２−２５６３ｉｎｓＡＡＣＴＣＣの少なくとも一つである請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
上記プローブが検出可能に標識される請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
上記プローブがアンチセンスオリゴマーである請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
上記試料中の上記核酸中のＥＧＦＲ遺伝子又はその断片が増幅され、上記プローブと接触せしめられる請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
ＥＧＦＲ突然変異を有する腫瘍の治療のための医薬であって、抗癌剤を含有してなり、上記腫瘍中の上記ＥＧＦＲ突然変異が、Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｇ７１９Ｓ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｖ７６５Ｍ、Ｈ７７３Ｙ、Ｓ７６８Ｉ、Ｓ７８４Ｆ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８６１Ｑ、Ｅ７４６−Ａ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ａ７５０ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｅ７４６Ｖ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ＳＶＡｉｎｓ、Ｐ７７２−Ｈ７７３ＮＳｉｎｓ及びＰ７７２−Ｈ７７３Ｖｉｎｓの少なくとも一つである医薬。
【請求項２１】
上記抗癌剤が化学療法剤である請求項２０に記載の医薬。
【請求項２２】
上記抗癌剤がＥＧＦＲ阻害剤である請求項２０に記載の医薬。
【請求項２３】
上記化学療法剤が、シタラビン、フルダラビン、５-フルオロ-２'-デオキシウリジン、ゲムシタビン、ヒドロキシウレア、メトトレキセート、ブレオマイシン、クロラムブシル、シスプラチン、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ミトキサントロン、カンプトセシン、トポテカン；テニポシド；コルセミド、コルヒチン、パクリタキセル、ビンブラスチン、ビンクリスチン又はタモキシフェンの一又は複数である請求項２１に記載の医薬。
【請求項２４】
上記化学療法剤が、メトトレキセート；ブレオマイシン、シスプラチン、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ミトキサントロン、パクリタキセル、ビンブラスチン、ビンクリスチン又はタモキシフェンの一又は複数である請求項２１に記載の医薬。
【請求項２５】
上記化学療法剤が、セツキシマブ、パニツムマブ、エルロチニブ又はゲフィチニブの一又は複数である請求項２２に記載の医薬。
【請求項２６】
上記ＥＧＦＲ突然変異が、Ｇ７１９Ａ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｖ７６５Ｍ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｐ、Ｅ７４６−Ａ７４８ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ＳＶＡｉｎｓ及びＰ７７２−Ｈ７７３ＮＳｉｎｓの少なくとも一つである請求項２０に記載の医薬。
【請求項２７】
突然変異したＥＧＦＲタンパク質をコードする核酸又は突然変異を含むその断片に特異的にハイブリダイズ可能な核酸プローブ。
【請求項２８】
上記プローブが、突然変異したＥＧＦＲをコードする上記核酸又はその上記断片に相補的である請求項２７に記載のプローブ。
【請求項２９】
約１０から約５０のヌクレオチド長を有する請求項２７に記載のプローブ。
【請求項３０】
検出可能な標識を更に含む請求項２７に記載のプローブ。
【請求項３１】
上記突然変異が、Ｇ７１９Ａ、Ｇ７１９Ｃ、Ｇ７１９Ｓ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｓ７６８Ｉ、Ｌ８５８Ｒ、Ｌ８５８Ｐ、Ｌ８６１Ｑ、Ｅ７４６−Ａ７４８ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ａ７５０ｄｅｌ、Ｅ７４６−Ｒ７４８ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｅ７４９ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｓ７５２ｄｅｌ、Ｅ７４６Ｖ、Ｌ７４７−Ｔ７５１ｄｅｌ、Ｌ７４７−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｓ７５２−Ｉ７５９ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ＡＩｉｎｓ、Ｓ７６８−Ｖ７６９ＳＶＡｉｎｓ、及びＰ７７２−Ｈ７７３Ｖｉｎｓの少なくとも一つである請求項２７に記載のプローブ。
【請求項３２】
上記突然変異が、Ｇ７１９Ａ、Ｅ７４６Ｋ、Ｌ７４７Ｓ、Ｅ７４９Ｑ、Ａ７５０Ｐ、Ａ７５５Ｖ、Ｖ７６５Ｍ、Ｓ７６８Ｉ、Ｈ７７３Ｙ、Ｓ７８４Ｆ、Ｔ７９０Ｍ、Ｌ８５８Ｐ、Ｅ７４６−Ａ７４８ｄｅｌ、Ｒ７４８−Ｐ７５３ｄｅｌ、Ｍ７６６−Ａ７６７ＡＩｉｎｓ、Ｐ７７２−Ｈ７７３ＮＳｉｎｓ及びＳ７６８−Ｖ７６９ＳＶＡｉｎｓの少なくとも一つである請求項２７に記載の使用。
【請求項３３】
試料中の突然変異したＥＧＦＲ遺伝子を検出する方法において、上記ＥＧＦＲ遺伝子のキナーゼドメインに対応する核酸又は突然変異を含むことが疑われるその断片を上記試料から増幅させ、増幅させた核酸の電気泳動移動度を、対応する野生型ＥＧＦＲ遺伝子又はその断片の電気泳動移動度と比較することを含む方法。
【請求項３４】
電気泳動移動度がポリアクリルアミドゲルで測定される請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
ＥＧＦＲ阻害剤での治療に対して感受性であるヒト患者における腫瘍を同定する方法であって、（ｉ）上記腫瘍の試料中の野生型ＲＡＳタンパク質又は遺伝子の存在を決定し、ここで、野生型ＲＡＳタンパク質又は遺伝子の存在が、腫瘍がＥＧＦＲ阻害剤での治療に感受性であることを示し、又は（ｉｉ）上記腫瘍の試料中の突然変異したＲＡＳタンパク質又は遺伝子の存在を決定し、突然変異したＲＡＳタンパク質又は遺伝子の不在が、腫瘍がＥＧＦＲ阻害剤での治療に感受性であることを示すことを含む方法。
【請求項３６】
上記ＲＡＳ突然変異が、Ｇ１２Ｃ；Ｇ１２Ａ；Ｇ１２Ｄ；Ｇ１２Ｒ；Ｇ１２Ｓ；Ｇ１２Ｖ；Ｇ１３Ｃ；Ｇ１３Ｄの少なくとも一つである請求項３６に記載の方法。
【請求項３７】
腫瘍を有する患者の予後を決定する方法において、上記腫瘍の試料中におけるＴ７９０ＭのＥＧＦＲ突然変異の有無を決定し、上記Ｔ７９０ＭのＥＧＦＲ突然変異の存在が上記Ｔ７９０ＭのＥＧＦＲ突然変異がない場合と比較してより乏しい予後を示す方法。
【請求項３８】
ＥＧＦＲ阻害剤での治療に対して耐性がある腫瘍を同定する方法であって、上記腫瘍の試料中においてＴ７９０ＭのＥＧＦＲ突然変異の有無を決定し、上記突然変異の存在が、腫瘍がＥＧＦＲ阻害剤での治療に対して耐性であることを示す方法。
【請求項３９】
Ｔ７９０Ｍ突然変異を含む突然変異型ＥＧＦＲタンパク質のシグナル伝達を阻害する化合物のスクリーニング方法であって、リン酸化基質とＡＴＰの存在下で上記突然変異型ＥＧＦＲを試験化合物と接触させ、上記基質のリン酸化量の変化を検出し、コントロールと比較した、又は試験化合物の不在下での基質のリン酸化と比較した上記基質のリン酸化の減少が、上記試験化合物が突然変異型ＥＦＧＲシグナル伝達の阻害剤であることを示す方法。