【手続補正書】
【提出日】平成20年9月12日(2008.9.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】  以下の段階を含む、新規の薬物標的として適当である蛋白質または部分蛋白質を同定する方法：
（1）選択された標的化合物に対して所望の親和性および特異性をもつ複数の蛋白質または部分蛋白質を選択する段階；
（2）該蛋白質または該部分蛋白質の構造および機能を特定する段階；および
（3）所望の機能をもつ単一蛋白質または単一部分蛋白質を選択する段階。
【請求項2】  以下の段階を含む、薬物の発見方法：
（1）請求項1に記載の方法を用いて選択された該標的化合物の化学構造を検討する段階；および
（2）選択された該標的化合物の構造を化学的に修飾して、請求項1に記載の新規の薬物標的として適当である該蛋白質または該部分蛋白質に対して、修飾された化合物の親和性および特異性を最適化する段階。
【請求項3】  選択された該標的化合物の分子量が1,600未満である、請求項1に記載の新規の薬物標的として適当である蛋白質または部分蛋白質の同定方法。
【請求項4】  選択された該標的化合物の分子量が1,000未満である、請求項1に記載の新規の薬物標的として適当である蛋白質または部分蛋白質の同定方法。
【請求項5】  選択された該標的化合物の分子量が600未満である、請求項1に記載の新規の薬物標的として適当である蛋白質または部分蛋白質の同定方法。
【請求項6】  選択された該標的化合物の分子量が500未満である新規の薬物標的として適当である、請求項1に記載の蛋白質または部分蛋白質の同定方法。
【請求項7】  選択された該標的化合物が医療用として承認されたものである、請求項1に記載の新規の薬物標的として適当である蛋白質または部分蛋白質の同定方法。
【請求項8】  選択された該標的化合物が医療用として承認されたものである、請求項3から請求項6のいずれか一項に記載の新規の薬物標的として適当である蛋白質または部分蛋白質の同定方法。
【請求項9】  選択された該標的化合物の分子量が1,600未満である、請求項2に記載の薬物の発見方法。
【請求項10】  選択された該標的化合物の分子量が1,000未満である、請求項2に記載の薬物の発見方法。
【請求項11】  選択された該標的化合物の分子量が600未満である、請求項2に記載の薬物の発見方法。
【請求項12】  選択された該標的化合物の分子量が500未満である、請求項2に記載の薬物の発見方法。
【請求項13】  選択された該標的化合物が医療用として承認されたものである、請求項2に記載の薬物の発見方法。
【請求項14】  選択された該標的化合物が医療用として承認されたものである、請求項9から請求項12のいずれか一項に記載の薬物の発見方法。
【請求項15】  該蛋白質または該部分蛋白質が微生物、植物、動物、昆虫、哺乳動物またはヒトを起源とするものである、請求項1および請求項3から請求項8のいずれか一項に記載の新規の薬物標的として適当である蛋白質または部分蛋白質の同定方法。
【請求項16】  該蛋白質または該部分蛋白質が微生物、植物、動物、昆虫、哺乳動物またはヒトを起源とするものである、請求項2および請求項9から請求項14のいずれか一項に記載の薬物の発見方法。
【請求項17】  選択された該標的化合物が創薬研究の過程で得られたものである、請求項1および請求項3から請求項8のいずれか一項に記載の新規の薬物標的として適当である蛋白質または部分蛋白質の同定方法。
【請求項18】  選択された該標的化合物が創薬研究の過程で得られたものである、請求項2および請求項9から請求項14のいずれか一項に記載の薬物の発見方法。
【請求項19】  化合物が分子量1,600未満の化合物からなる集団から選択されることを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項20】  化合物が分子量1,000未満の化合物からなる集団から選択されることを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項21】  化合物が分子量600未満の化合物からなる集団から選択されることを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項22】  化合物が分子量500未満の化合物からなる集団から選択されることを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項23】  化合物が医療用として承認された薬物の集団から選択されたものであることを特徴とする、請求項19から請求項22のいずれか一項に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項24】  蛋白質または部分蛋白質が細胞溶解液に由来することを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項25】  蛋白質または部分蛋白質が遺伝子工学的に人工的に調製されたものであることを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項26】  蛋白質または部分蛋白質が全長cDNAから発現されたものであることを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項27】  蛋白質または部分蛋白質がクラス、活性または局在性に関して焦点をあてたものであることを特徴とする、請求項24から請求項26のいずれか一項に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項28】  該活性が酵素的であることを特徴とする、請求項27に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項29】  該局在性が細胞表面、細胞質または核のいずれかであることを特徴とする、請求項27に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項30】  該局在性が細胞型、起源の組織および／または起源の器官であることを特徴とする、請求項27に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項31】  蛋白質または部分蛋白質が細胞の膜構造に結合しているものであることを特徴とする、請求項24から請求項26のいずれか一項に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項32】  蛋白質または部分蛋白質がGPCRであるか、またはそれに由来するものであることを特徴とする、請求項31に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項33】  蛋白質または部分蛋白質のキャリアーが細胞であることを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項34】  蛋白質または部分蛋白質のキャリアーが細胞外ヴィリオンであることを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項35】  蛋白質または部分蛋白質が、緩和な界面活性剤または緩和な界面活性剤の混合物を含む溶液によって物理化学的に細胞を処理することによって得られたものであることを特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項36】  相互作用が親和性の強度のパラメターおよび／または相互作用の様式および／または相互作用の構造的要素によって定義される、請求項19から請求項35のいずれか一項に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項37】  親和性の強度の該パラメターが(a)結合速度定数および／もしくは解離速度定数、ならびに／または(b)平衡時の結合定数および／もしくは平衡時の解離定数を意味する、請求項36に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項38】  相互作用様式がファン・デル・ワールス力による相互作用、水素結合、静電気的相互作用、チャージ・トランスファー、疎水的、親水的、親油的相互作用、および協調的結合もしくは協調的相互作用のいずれかまたはそのいずれかの組み合わせを意味する、請求項36または請求項37に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項39】  相互作用の該構造的要素が、相互作用部位、相互作用部位の構造、相互作用する群、相互作用するアミノ酸残基、相互作用する原子、相互作用表面、ならびに相互作用する群、相互作用するアミノ酸残基、相互作用する原子および／もしくは相互作用表面の、1次元、2次元もしくは3次元空間における相対的な位置のいずれかまたはそのいずれかの組み合わせを意味する、請求項36から請求項38のいずれか一項に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項40】  該蛋白質または該部分蛋白質が微生物、植物、動物、昆虫、哺乳動物またはヒトを起源とするものである、請求項19から請求項39のいずれか一項に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用の評価方法。
【請求項41】  該化合物が創薬研究の過程で得られたものである、請求項19から請求項39のいずれか一項に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用の評価方法。
【請求項42】  以下の段階を含む、化合物の毒性または副作用の原因となる蛋白質または部分蛋白質を同定する方法：
（1）該化合物に対して高い親和性および特異性をもつ複数の蛋白質または部分蛋白質を選択する段階；
（2）該蛋白質または該部分蛋白質の構造および機能を特定する段階；および
（3）該化合物の毒性または副作用の原因となる単一蛋白質または単一部分蛋白質を選択する段階。
【請求項43】  以下の段階を含む、毒性および副作用が低減した化合物を発見する方法：
（1）請求項42に記載の方法に用いられた該化合物の化学構造を検討する段階；および
（2）該化合物の構造を化学的に修飾して修飾された化合物の毒性または副作用の原因となる蛋白質への親和性を最小化する段階。
【請求項44】  該化合物が創薬研究の過程で得られたものであるか、または環境にとって有害なものである、請求項42に記載の化合物の毒性または副作用の原因となる蛋白質または部分蛋白質の同定方法。
【請求項45】  該化合物が創薬研究の過程で得られたものであるか、または環境にとって有害なものである、請求項43に記載の毒性および副作用が低減した化合物を発見する方法。
【請求項46】  (a) 請求項1および請求項3から請求項8のいずれか一項に記載の方法を用いて選択された該標的化合物の化学構造を検討する段階；および(b) 計算化学的合成技術を用いることによって選択された該標的化合物から誘導可能な薬物様（drug-like）の化合物を仮想的に合成する段階を特徴とする、薬物様の化合物のリストの作成方法。
【請求項47】  蛋白質または部分蛋白質の可動構造の運動に対する障害物として作用する化合物の使用を特徴とする、蛋白質または部分蛋白質の活性の修飾方法。
【請求項48】  蛋白質の蝶番様または関節様構造のなかに挿入されてクサビとして作用する化合物による蛋白質または部分蛋白質の活性の修飾方法。
【請求項49】  蛋白質または部分蛋白質に協調的に結合する、異なる化合物の組み合わせの使用を特徴とする、蛋白質または部分蛋白質の活性の修飾方法。
【請求項50】  異なる化合物の組み合わせの使用を特徴とする、蛋白質−蛋白質相互作用の修飾方法。
【請求項51】  複数の該化合物が複数の蛋白質の相互作用表面の異なる部位に結合するものである、請求項50に記載の蛋白質−蛋白質相互作用の修飾方法。
【請求項52】  少なくとも1つの該化合物がいずれかの蛋白質の相互作用表面には存在しない部位に結合するものである、請求項50に記載の蛋白質−蛋白質相互作用の修飾方法。
【請求項53】  いずれかの蛋白質の可動構造の運動に対する障害物として作用する少なくとも1つの該化合物の使用を特徴とする、請求項50に記載の蛋白質−蛋白質相互作用の修飾方法。
【請求項54】  少なくとも1つの該化合物がいずれかの蛋白質の蝶番様または関節様構造のなかに挿入されてクサビとして作用する、請求項50に記載の蛋白質−蛋白質相互作用の修飾方法。
【請求項55】  複数の該化合物がいずれか一方の蛋白質または両方の蛋白質に協調的に結合するものである、請求項50に記載の蛋白質−蛋白質相互作用の修飾方法。
【請求項56】  請求項47から請求項55のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載の方法の治療的使用。
【請求項57】  蛋白質または部分蛋白質の可動構造の運動に対する障害物として作用して該蛋白質の活性を修飾する、化合物の治療的使用。
【請求項58】  蛋白質の蝶番様または関節様構造のなかに挿入されてクサビとして作用して蛋白質の活性を修飾する、化合物の治療的使用。
【請求項59】  蛋白質に協調的に結合して蛋白質の活性を修飾する複数の異なる化合物の組み合わせの治療的使用。
【請求項60】  蛋白質−蛋白質相互作用を修飾する複数の異なる化合物の組み合わせの治療的使用。
【請求項61】  複数の該化合物が複数の蛋白質の相互作用表面の複数の異なる結合部位に結合するものである、請求項60に記載の複数の異なる化合物の組み合わせの治療的使用。
【請求項62】  少なくとも1つの該化合物がいずれかの蛋白質の相互作用表面には存在しない部位に結合するものである、請求項60または請求項61に記載の複数の異なる化合物の組み合わせの治療的使用。
【請求項63】  少なくとも1つの該化合物がいずれかの蛋白質の可動構造の運動に対する障害物として作用するものである、請求項60から請求項62のいずれか一項に記載の複数の異なる化合物の組み合わせの治療的使用。
【請求項64】  少なくとも1つの該化合物がいずれかの蛋白質の蝶番様または関節様構造のなかに挿入されてクサビとして作用するものである、請求項60から請求項63のいずれか一項に記載の複数の異なる化合物の組み合わせの治療的使用。
【請求項65】  複数の該化合物がいずれか一方の蛋白質または両方の蛋白質に協調的に結合するものである、請求項60から請求項64のいずれか一項に記載の複数の異なる化合物の組み合わせの治療的使用。
【請求項66】  以下の段階を含む、化合物と蛋白質との相互作用の生物学的意義を評価する方法：
（1）化合物が蛋白質に対して有意に高い親和性および特異性をもっている場合に、十分に低濃度の化合物で処理された試験細胞のmRNAレベルにおける発現プロファイルを対照の発現プロファイルと比較する段階、および／または
（2）該化合物の代わりに該蛋白質に対応するアンチセンス分子（AS）を用いて、アンチセンス分子を該細胞に処理した場合の発現プロファイルの変化が、該化合物を該細胞に処理した場合の変化と類似または反対の方向かどうかを調べる段階、および／または
（3）該蛋白質の発現を欠くノックアウト細胞または該蛋白質を過剰発現する細胞を用いて、対応する正常細胞において該化合物によって起こされた生物学的変化がこれらの遺伝子工学的に作成された細胞のいずれかに生じる変化と類似または反対の方向かどうかを調べる段階、および／または
（4）配列情報を用いてデータベースを検索することにより、該蛋白質を分類または同定する段階、および／または
（5）該蛋白質のクラスにしたがって以下の評価を行う段階：
1）酵素（キナーゼを含む）：酵素活性を測定する方法を工夫するか、または既存の方法を使用して、評価すべき該化合物の存在および非存在下での活性を比較する；
2）分泌蛋白質：(a) 該蛋白質の機能が知られている場合には、該化合物の存在によって機能が影響を受けるかどうかを調べる適当なアッセイ法を工夫し、(b) 該蛋白質の機能が知られていない場合には、最初に該蛋白質の存在下で試験細胞の形態、物理化学的性質、生化学的性質、光学的変化、または電気生理学的性質に何が生じるかを見出し、ある変化が同定されたら、そのような変化が該化合物の存在によって影響を受けるかどうかを検討し、さらにまたはその代わりに、細胞表面膜結合蛋白質について記載の方法を使用する；
3）細胞表面膜結合蛋白質：評価すべき該蛋白質と配列が類似の蛋白質が知られている場合には、さらにその類似蛋白質に対するアゴニストまたはアンタゴニストが知られている場合には、無細胞系または細胞系のいずれかにおいて該化合物の存在とアゴニストまたはアンタゴニストの存在が生ずる変化が類似または反対の方向かどうかを調べる実験を行う；
4）核内受容体、細胞内シグナル蛋白質、転写因子および転写に関係する蛋白質：細胞表面膜結合蛋白質について記載されたものと同じ方法を用いる。
【請求項67】  限定された数またはクラスの蛋白質または部分蛋白質に対して生物学的に有意義な親和性をもつ化合物を選択する段階を特徴とする、薬物または毒性物質の候補を同定する方法。
【請求項68】  請求項67の方法によって同定された蛋白質への親和性を該候補の化学的修飾によってそれぞれ最適化するかまたは最小化することを特徴とする、薬物または毒性物質の無毒化代替物の発見方法。
【請求項69】  化合物が生物学的に有意義な様式で相互作用する蛋白質の機能を同定することを特徴とする、化合物の薬理学的性質または毒性を定義する方法。
【請求項70】  被検化合物の親和性プロファイルを、既知の化合物と既知の蛋白質との相互作用に関するデータを用いて作成された親和性プロファイルのモデル行列と比較する段階を特徴とする、被検化合物の薬理学的活性と毒性を予測する方法。
【請求項71】  蛋白質−化合物相互作用が生物学的に有意義であることを特徴とする、蛋白質−化合物相互作用に関与する蛋白質の機能に関して化合物をアゴニストまたはアンタゴニストのいずれかとして同定する方法。
【請求項72】  生物学的に有意義な蛋白質−化合物相互作用に関与する蛋白質を薬物標的として用いることを特徴とする、化合物のスクリーニング方法。
【請求項73】  生物学的に有意義な蛋白質−化合物相互作用に関与する蛋白質を薬物標的として用いて該蛋白質の機能に関してアゴニストまたはアンタゴニストのいずれかを見出すことを特徴とする、化合物のスクリーニング方法。
【請求項74】  親和性評価が用いられる、請求項72または請求項73に記載の化合物のスクリーニング方法。
【請求項75】  細胞による系、組織による系、器官による系、および動物全体による系を別々に、またはその組み合わせて用いるものである、請求項72から請求項74のいずれか一項に記載の化合物のスクリーニング方法。
【請求項76】  機能インディケーターを用いる評価法の使用を特徴とする、請求項72から請求項75のいずれか一項に記載のスクリーニング方法の使用によって見出された化合物をアゴニストまたはアンタゴニストのいずれかとして同定する方法。
【請求項77】  請求項72から請求項75のいずれか一項に記載のスクリーニング方法の使用によって見出された化合物を請求項76に記載のアゴニストまたはアンタゴニストのいずれかとして同定する方法であって、該機能インディケーターが(a) 細胞外および／または細胞内pH、(b) 細胞外および／または細胞内の(b1) カルシウム、(b2) サイクリックAMPおよび／または(b3) その他生物学的意義がある物質の濃度、(c) 光学的変化、(d) 形態学的変化、ならびに(e) 電気生理学的変化のいずれかまたはそのいずれかの組み合わせである方法。
【請求項78】  化合物の使用によって得られたmRNAレベルの発現プロファイルを、蛋白質―化合物相互作用に関与する蛋白質に対応するアンチセンス分子の使用によって得られたものと比較する段階を特徴とする、生物学的に有意義な蛋白質−化合物相互作用に関与する化合物をアゴニストまたはアンタゴニストのいずれかとして同定する方法。
【請求項79】  化合物の使用によって得られたmRNAレベルの発現プロファイルを蛋白質―化合物相互作用に関与する蛋白質に対応するアンチセンス分子の使用によって得られたものと比較する段階を特徴とする、請求項72から請求項75のいずれか一項に記載のスクリーニング方法の使用によって見出された化合物をアゴニストまたはアンタゴニストのいずれかとして同定する方法。
【請求項80】  化合物に対して親和性を有する蛋白質および／または部分蛋白質の分離における、該化合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項81】  該固相支持体がビーズの形であってクロマトグラフィー・カラムに充填されるものである、請求項80に記載の化合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項82】  該固相支持体がプレートの形である、請求項80に記載の化合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項83】  該固相支持体がウェルの形である、請求項82に記載の化合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項84】  化合物に親和性をもつ蛋白質または部分蛋白質の溶出が該化合物のフリー体溶液を用いることによってなされるものである、請求項80から請求項83のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載の該化合物に親和性を有する蛋白質および／または部分蛋白質の分離における該化合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項85】  複数の化合物が結合している固相支持体を含む多重システムであって、結合している化合物の各々が分離して配置されているシステム。
【請求項86】  複数の化合物が結合している固相支持体を含む多重システムであって、請求項85に記載の固相支持体が多重化したウェルの形であるシステム。
【請求項87】  複数の化合物が結合している固相支持体を含む多重システムであって、請求項86に記載の親和性反応が終了した後各ウェルに単数または複数の小孔が作られるものであるシステム。
【請求項88】  複数の化合物が結合している固相支持体を含む多重システムであって、請求項85に記載の固相支持体が多重化したミニ−クロマトグラフィー・カラムからなるプレートの形であるシステム。
【請求項89】  結合している複数の化合物に親和性をもつ蛋白質または部分蛋白質の分離における請求項86から請求項88のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載の多重システムの使用。
【請求項90】  複数の異なる化合物に親和性がある蛋白質または部分蛋白質の分別分離における、異なる化合物の混合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項91】  蛋白質または部分蛋白質の分別溶出が複数の化合物のフリー体溶液を段階的に適用することによってなされるものである、請求項90に記載の複数の異なる化合物に親和性がある蛋白質または部分蛋白質の分別分離における異なる化合物の混合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項92】  固相支持体がビーズの形であり各種類のビーズは単一化合物を結合していてクロマトグラフィー・カラムに充填されるものである、請求項90もしくは請求項91またはその組み合わせに記載の複数の異なる化合物に親和性がある蛋白質または部分蛋白質の分別分離における複数の異なる化合物の混合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項93】  固相支持体がプレートの形である、請求項90もしくは請求項91またはその組み合わせに記載の複数の異なる化合物に親和性がある蛋白質または部分蛋白質の分別分離における複数の異なる化合物の混合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項94】  固相支持体がウェルの形である、請求項90もしくは請求項91またはその組み合わせに記載の複数の異なる化合物に親和性がある蛋白質または部分蛋白質の分別分離における複数の異なる化合物の混合物を結合した固相支持体の使用。
【請求項95】  細胞表面上に蛋白質または部分蛋白質をもつ細胞を捕捉するための化合物結合固相支持体の使用。
【請求項96】  固相支持体が多重システムである、請求項95に記載の細胞表面上に蛋白質または部分蛋白質をもつ細胞を捕捉するための化合物結合固相支持体の使用。
【請求項97】  固相支持体がビーズ、プレート、またはウェルのいずれかの形である、請求項95または請求項96に記載の細胞表面上に蛋白質または部分蛋白質をもつ細胞を捕捉するための化合物結合固相支持体の使用。
【請求項98】  細胞が遺伝子工学的に特定の蛋白質を高濃度に細胞表面上に発現するように調製されたものである、請求項95から請求項97のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載の細胞表面上に蛋白質または部分蛋白質をもつ細胞を捕捉するための化合物結合固相支持体の使用。
【請求項99】  請求項95から請求項98のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載の細胞表面上に蛋白質または部分蛋白質をもつ細胞を捕捉するための化合物結合固相支持体の使用において、該蛋白質または該部分蛋白質をもつ結合した細胞を遊離させるための細胞表面上に存在する該蛋白質または該部分蛋白質に対する抗体の使用。
【請求項100】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用評価における、クラス、細胞内局在および／または機能に関して分別された蛋白質混合物の使用。
【請求項101】  分別された該蛋白質混合物が分泌可能蛋白質またはその部分蛋白質、細胞表面蛋白質またはその部分蛋白質、細胞内の核に移行することができる蛋白質またはその部分蛋白質、GPCR蛋白質またはその部分蛋白質、燐酸化蛋白質またはその部分蛋白質、キナーゼまたは部分キナーゼ、ビオチン化した燐酸化蛋白質またはその部分蛋白質、炎症性蛋白質またはその部分蛋白質、サイトカインまたは部分サイトカイン、およびインターロイキンまたは部分インターロイキンのいずれかまたはそのいずれかの組み合わせである、請求項100に記載の分別された蛋白質混合物の使用。
【請求項102】  細胞外ヴィリオンがバキュロ・ウイルスに由来するものである、請求項34に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項103】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用の評価における蛋白質または化合物のいずれかが固相支持体に結合している場合の表面プラズモン共鳴測定の使用。
【請求項104】  化合物の化学的修飾を必要としない蛋白質または部分蛋白質と該化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項105】  サイズ・フラクショネーションの技術が用いられるものである、請求項104に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項106】  以下の連続的な段階における請求項104または請求項105に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法：
（1）評価対象の化合物を複数の蛋白質および／または部分蛋白質を含むライブラリーと混合し、相互作用が起きるようにいくらかの時間放置して、対象化合物とライブラリー中の蛋白質または部分蛋白質の解離が避けられるような条件でゲルろ過またはウルトラフィルトレーションにかける；
（2）段階（1）を繰り返して、ライブラリー中の大部分の蛋白質または部分蛋白質が分画されて、各分画には一種の蛋白質または部分蛋白質しか含まないようにする；
（3）段階（1）および（2）で得られた、一種の蛋白質または一種の部分蛋白質を含む各分画を、ライブラリーの蛋白質または部分蛋白質から化合物を効果的に遊離させる条件に置き、さらにゲルろ過、ウルトラフィルトレーション、または透析法にかける；
（4）段階（3）から得られた各分画について対象化合物が存在するかどうかを調べ、存在する場合には、該化合物は一種の蛋白質または部分蛋白質に結合すると結論される；
（5）段階（4）で得られる対象化合物量の総和を段階（3）で得られる対応分画におけるもとの濃度に変換し、このもとの濃度と段階（3）で得られる各分画における対応する一種の蛋白質または部分蛋白質の濃度から該化合物のその一種の蛋白質または部分蛋白質への親和性の強度に関する定量的情報が得られる。
【請求項107】  化合物を蛋白質から効果的に遊離する条件がpHの調整、高イオン強度の適用、および水と混合できる有機溶媒の使用を、単一または組み合わせて行うものである、請求項106に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項108】  水と混合できる該有機溶媒がグリコール、メタノール、エタノール、プロパノール、アセトニトリル、ジメチル・スルフォキサイド、テトラヒドロフラン、およびトリフルオロ酢酸のいずれかまたはいずれかの組み合わせである、請求項107に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項109】  ゲルろ過を含むサイズ・エクスクルージョン・クロマトグラフィーが段階（1）および／または（2）において用いられ、ウルトラフィルトレーションが段階（3）で用いられるものである、請求項106から請求項108のいずれか一項に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項110】  評価が混合物対混合物モードでなされる、請求項105から請求項109のいずれか一項に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項111】  一群の異なる化合物を区別して検出または定量する手段が用いられるものである、請求項110に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項112】  固相支持体に結合した蛋白質または部分蛋白質の使用を特徴とする、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項113】  相互作用完了後に、蛋白質または部分蛋白質が結合したウェルまたはミニ−クロマトグラフィー・カラムに、
（1）洗浄段階、
（2）化合物を遊離させる条件を適用する段階、および
（3）遊離した化合物を評価する段階
を行うものである、請求項112に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用を評価する方法。
【請求項114】  化合物と蛋白質または部分蛋白質の間の相互作用を検出または定量化することにおける水晶発振子の共鳴振動数変化の測定、または表面弾性波変化の測定の使用。
【請求項115】  請求項19から請求項41、請求項80から請求項102、および請求項104から請求項113のいずれか一項に記載の方法、使用およびシステムにおける請求項114に記載の化合物と蛋白質または部分蛋白質の間の相互作用を検出または定量化することにおける水晶発振子の共鳴振動数変化の測定、または表面弾性波変化の測定の使用。
【請求項116】  請求項19から請求項41、請求項80から請求項102、および請求項104から請求項113のいずれか一項に記載の方法、使用およびシステムにおける請求項103に記載の蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用の評価における蛋白質または化合物のいずれかが固相支持体に結合している場合の表面プラズモン共鳴測定の使用。
【請求項117】  化合物と蛋白質または部分蛋白質の相互作用評価における蛋白質または部分蛋白質を分離するためのキャピラリー電気泳動の使用。
【請求項118】  請求項19から請求項41、請求項102、および請求項104のいずれか一項に記載の方法における請求項117に記載の化合物と蛋白質または部分蛋白質の相互作用評価における蛋白質または部分蛋白質を分離するためのキャピラリー電気泳動の使用。
【請求項119】  化合物と蛋白質または部分蛋白質の相互作用評価における検出または定量化のための質量分析の使用。
【請求項120】  請求項19から請求項41、請求項80から請求項113、請求項117、および請求項118のいずれか一項に記載の方法、使用およびシステムにおける請求項119に記載の化合物と蛋白質または部分蛋白質の相互作用の評価における検出または定量化のための質量分析の使用。
【請求項121】  化合物をすでに形成された複合体と相互作用させるか、または複合体を形成すべき蛋白質を含む混合液と相互作用させることを特徴とする、化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果を評価する方法。
【請求項122】  複合体の形成を開始させるのに構成蛋白質を加えるか、または該複合体の形成に必要な試薬を加えることを特徴とする、請求項121に記載の化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果を評価する方法。
【請求項123】  該試薬がATPである、請求項122に記載の化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果を評価する方法。
【請求項124】  細胞を利用することを特徴とする化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果を評価する方法。
【請求項125】  餌（bait）として作用する蛋白質をコードするDNA配列で細胞をトランスフェクトし、該蛋白質が該細胞中で発現された後、該蛋白質に対するアフィニティ・クロマトグラフィーを用いて該細胞の溶解液から該蛋白質をプル・ダウンすることを特徴とする請求項124に記載の細胞を利用することを特徴とする、化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果を評価する方法。
【請求項126】  餌として作用する蛋白質をコードするDNA配列、アフィニティかぎとして作用する蛋白質またはポリペプチドをコードするDNA配列、および特異的なペプチダーゼによって開裂するペプチドをコードするリンカーDNA配列を含む融合遺伝子で細胞をトランスフェクトすることを特徴とする請求項125に記載の細胞を利用することを特徴とする、化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果を評価する方法。
【請求項127】  該融合遺伝子が、餌として作用する蛋白質をコードするDNA配列、アフィニティかぎとして作用する複数の蛋白質および／またはポリペプチドをコードするDNA配列、およびそれぞれが特異的なペプチダーゼによって開裂する複数のペプチドをコードするリンカーDNA配列を含む、請求項126に記載の細胞を利用することを特徴とする化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果を評価する方法。
【請求項128】  該複合体の組成が該化合物の存在下および非存在下で比較されるものである、請求項121から請求項127のいずれか一項に記載の化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果を評価する方法。
【請求項129】  化合物の存在下および非存在下での複合体の組成の比較を特徴とする、化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果の生物学的意義を評価する方法。
【請求項130】  該比較が細胞を用いて行われるものである、請求項129に記載の化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果の生物学的意義を評価する方法。
【請求項131】  複合体の異なる構成蛋白質に結合する異なる低分子のコンビナトリアルな使用を特徴とする、複数の異なる蛋白質を含む複合体の機能を変化させる方法。
【請求項132】  複合体の異なる構成蛋白質に結合する異なる低分子を組み合わせて用いるものである、請求項131に記載の方法の治療的使用。
【請求項133】  治療的使用のための複合体の異なる構成蛋白質に結合する異なる低分子の組み合わせ。
【請求項134】  化合物結合固相支持体、蛋白質結合固相支持体、サイズ・フラクショネーション、液体クロマトグラフィー、アフィニティ・クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動、表面プラズモン共鳴測定、水晶発信子の共鳴振動数変化の測定、表面弾性波変化の測定、および質量分析の使用のいずれかまたはいずれかの組み合わせの使用を特徴とする、請求項121から請求項128のいずれか一項に記載の化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果を評価する方法。
【請求項135】  化合物結合固相支持体、蛋白質結合固相支持体、サイズ・フラクショネーション、液体クロマトグラフィー、アフィニティ・クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動、表面プラズモン共鳴測定、水晶発信子の共鳴振動数変化の測定、表面弾性波変化の測定、および質量分析の使用のいずれかまたはいずれかの組み合わせの使用を特徴とする、請求項129または請求項130に記載の化合物の蛋白質−蛋白質相互作用への効果または複数の異なる蛋白質を含む複合体への効果の生物学的意義を評価する方法。
【請求項136】  以下の連続的な段階を含む、蛋白質または部分蛋白質と化合物の相互作用を評価する方法：
（1）タグつきの遺伝子をもつベクターで細胞をトランスフェクトする段階；
（2）該細胞に対応するタグをもつ対応する蛋白質を発現させる段階；
（3）該細胞を化合物で処理する段階；
（4）該細胞を溶解する段階；
（5）生じた細胞溶解液を直接または蛋白質分画のための適当な精製段階を踏んだ後バッチ的にまたはクロマトグラフィーによって該タグに対するアフィニティ分離にかけて該化合物の蛋白質からの解離が避けられる条件で溶出液を得て、
（6）段階（5）から生じた該溶出液を質量分析にかける段階；および
（7）生じたマス・スペクトルを該化合物による処理を行なわないで得られたものと比較する段階。
【請求項137】  以下の連続的な段階を含む、蛋白質または部分蛋白質と複数の異なる化合物の相互作用を評価する方法：
（1）タグつきの遺伝子をもつベクターで細胞をトランスフェクトする段階；
（2）該細胞に対応するタグをもつ対応する蛋白質を発現させる段階；
（3）該細胞を該複数の異なる化合物で処理する段階；
（4）該細胞を溶解する段階；
（5）生じた細胞溶解液を直接または蛋白質分画のための適当な精製段階を踏んだ後バッチ的にまたはクロマトグラフィーによって該タグに対するアフィニティ分離にかけて該複数の化合物の蛋白質からの解離が避けられる条件で溶出液を得る段階；
（6）段階（5）から生じた該溶出液を質量分析にかける段階；および
（7）生じたマス・スペクトルを該複数の化合物による処理を行なわないで得られたものと比較する段階。
【請求項138】  化合物の識別表示Ci 、蛋白質または部分蛋白質の識別表示Pj 、親和性測定の環境Ek 、測定された親和性Aijk 、Ciの化学構造SCi 、Pjの構造SPj 、Ciの環境kにおける構造SCik 、Pjの環境kにおける構造SPjk 、Ciの機能FCi 、Pjの機能FPj 、 Ciがどのように得られたかGCi、 Pjがどのように得られたかGPj、 Ciの標的蛋白質TCi、Pjの標的蛋白質TPj、ならびにその他の化合物および蛋白質または部分蛋白質にかかわるすべてまたは部分的な情報の集まりであることを特徴とする、データベースまたはカタログを構築するための蛋白質または部分蛋白質と化合物の相互作用評価から得られたデータの収集方法。
【請求項139】  蛋白質または部分蛋白質のコンセンサス部分またはコンセンサス相当部分アミノ酸配列および／または構造が単一化合物に対して共通して高い親和性をもつことの原因でありうるという概念の使用。
【請求項140】  化合物のコンセンサスまたはコンセンサス相当部分構造および／または骨格が単一の蛋白質または部分蛋白質に対して共通して高い親和性をもつことの原因でありうるという概念の使用。
【請求項141】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースまたはカタログの検索を特徴とする、複数の蛋白質または部分蛋白質が単一化合物に対して高い親和性を共通してもつことの原因でありうるコンセンサスまたはコンセンサス相当部分アミノ酸配列または構造の同定方法。
【請求項142】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースまたはカタログの検索を特徴とする、複数の化合物が単一蛋白質または部分蛋白質に対して高い親和性を共通してもつことの原因でありうるコンセンサスまたはコンセンサス相当部分構造および／または骨格の同定方法。
【請求項143】  該部分アミノ酸配列が該蛋白質または部分蛋白質の可動構造に関係したものである、請求項141または請求項142に記載の複数の蛋白質または部分蛋白質が単一化合物に対して高い親和性を共通してもつことの原因でありうるコンセンサスまたはコンセンサス相当部分アミノ酸配列または構造の同定方法。
【請求項144】  対象化合物の構造に大きさの減少、置換、大きさの拡大の化学的修飾を段階的に加えてAijk における変化を調べることを特徴とする、複数の化合物が単一蛋白質または部分蛋白質に対して高い親和性を共通してもつことの原因でありうる必須のコンセンサスまたはコンセンサス相当部分構造または骨格の検証または発見方法。
【請求項145】  対象蛋白質または部分蛋白質にアミノ酸残基の段階的置換を加えてAijk における変化を調べることを特徴とする、複数の蛋白質または部分蛋白質が単一化合物に対して高い親和性を共通してもつことの原因でありうる必須のコンセンサスまたはコンセンサス相当部分アミノ酸配列または構造の検証または発見方法。
【請求項146】  請求項139から請求項145のいずれか一項に記載の方法および概念のいずれかまたはそのいずれかの組み合わせの使用を特徴とする選択された標的蛋白質に対して親和性および特異性を最大化または最小化する化合物の化学構造の予測方法。
【請求項147】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースまたはその組み合わせからの出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項148】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースおよび請求項147に記載のユーザーインターフェースまたはそのいずれかの組み合わせを用いることを特徴とする、化合物と相互作用する蛋白質もしくは部分蛋白質および／または他の蛋白質もしくは部分蛋白質と相互作用することができる蛋白質もしくは部分蛋白質および／または該化合物によって発現が影響を受ける蛋白質もしくは部分蛋白質および／または該蛋白質もしくは該部分蛋白質と該化合物が関与する相互作用のネットワークおよび／または相互作用の該ネットワークに関与する該化合物および蛋白質または部分蛋白質に関する情報に関して該化合物についての情報を探索する方法。
【請求項149】  請求項148に記載の方法を用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項150】  化合物と蛋白質または部分蛋白質の間を線で結び、蛋白質または部分蛋白質と他の蛋白質または他の部分蛋白質の間を別の線で結び、各化合物および蛋白質または部分蛋白質を結節として相互作用ネットワークのなかに表現することをさらに特徴とする、請求項148に記載のユーザーインターフェース。
【請求項151】  望ましくは結合および／または解離速度定数および／または平衡時結合定数として相互作用の強度を表したものを提示し、さらに相互作用ネットワークに含まれる蛋白質の発現に該相互作用が与える影響の程度を提示することをさらに特徴とする、請求項149または請求項150に記載のユーザーインターフェース。
【請求項152】  蛋白質をコードする遺伝子のエクソン内のSNPsおよび／または該蛋白質をコードする遺伝子を制御する制御領域内のSNPsおよび／または該蛋白質をコードする遺伝子の転写を開始する転写因子が結合するゲノムDNA配列上の部位内のSNPsに関する情報を表化および／またはグラフ化したフォーマットでさらに提示する、請求項149から請求項151のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェース。
【請求項153】  蛋白質をコードする遺伝子のエクソン内におけるSNPsの位置および／または該蛋白質をコードする遺伝子のエクソン内におけるSNPsの型および／または各SNPが対応する蛋白質のアミノ酸残基の変化を起こすかどうか、および／またはアミノ酸残基の該変化が該蛋白質の3次元構造および／または生物学的機能に影響するかどうかに関する情報を表化および／またはグラフ化したフォーマットでさらに提示する、請求項149から請求項152のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェース。
【請求項154】  蛋白質をコードする遺伝子を制御する制御領域内のSNPsの位置および／もしくは型、ならびに／または該蛋白質をコードする遺伝子の転写を開始する転写因子のゲノムDNA配列上の結合部位に関する情報を表化および／またはグラフ化したフォーマットでさらに提示する、請求項149から請求項153のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェース。
【請求項155】  まとめて「質問対象蛋白質」と呼ばれる蛋白質または部分蛋白質についての情報を検索する方法であって、該質問対象蛋白質と相互作用する複数の化合物、および／または該質問対象蛋白質と相互作用できる他の蛋白質もしくは他の部分蛋白質、および／または、該質問対象蛋白質によって発現が影響を受ける蛋白質、および／または、該質問対象蛋白質を含む該蛋白質もしくは部分蛋白質の一部またはすべてと該化合物を含む相互作用ネットワーク、および／または相互作用ネットワークに含まれる化合物の各々に関する情報および該相互作用ネットワークに含まれる蛋白質または部分蛋白質の各々に関して蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147および請求項149から請求項154のいずれか一項に記載のユーザーインターフェースまたはそのいずれかの組み合わせを用いることを特徴とする情報検索方法。
【請求項156】  請求項155に記載の方法を用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項157】  蛋白質または部分蛋白質との望ましくは結合および／または解離速度定数および／または平衡時結合定数として表わした相互作用の強度が同一または類似のプロファイルを持つ異なる化合物を検索し、かつ／または該化合物の各々についての情報を検索する方法であって、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154および請求項156のいずれか一項に記載のユーザーインターフェースまたはそのいずれかの組み合わせを用いることを特徴とする情報検索方法。
【請求項158】  化合物との望ましくは結合および／または解離速度定数および／または平衡時結合定数として表わした相互作用の強度が同一または類似のプロファイルを持つ異なる蛋白質または異なる部分蛋白質を検索し、かつ／または該蛋白質または部分蛋白質の各々についての情報を検索する方法であって、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154および請求項156のいずれか一項に記載のユーザーインターフェースまたはそのいずれかの組み合わせを用いることを特徴とする情報検索方法。
【請求項159】  請求項157および／または請求項158に記載の方法を用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項160】  薬理学的活性および臨床的適応の点で同一または類似のプロファイルを持つ異なる化合物を検索し、かつ／または該化合物の各々についての情報を検索する方法であって、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156および請求項159のいずれか一項に記載のユーザーインターフェースまたはそのいずれかの組み合わせを用いることを特徴とする情報検索方法。
【請求項161】  毒性および副作用の点で同一または類似のプロファイルを持つ異なる化合物を検索し、かつ／または該化合物の各々についての情報を検索する方法であって、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156および請求項159のいずれか一項に記載のユーザーインターフェースまたはそのいずれかの組み合わせを用いることを特徴とする情報検索方法。
【請求項162】  請求項160および／または請求項161に記載の方法を用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項163】  薬理学的活性および毒性の両方の点で同一または類似のプロファイルを持つ異なる化合物を検索し、かつ／または該化合物の各々についての情報を検索する方法であって、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156、請求項159および請求項162のいずれか一項に記載のユーザーインターフェースまたはそのいずれかの組み合わせを用いることを特徴とする情報検索方法。
【請求項164】  請求項163に記載の方法を用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項165】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156、請求項159、請求項162および請求項164のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェースに記録された化合物の蛋白質または部分蛋白質との相互作用に関するプロファイルと、薬理学的活性および／または毒性に関するプロファイルを比較することによって(a) 該化合物と蛋白質または部分蛋白質との相互作用と (b) 該化合物の薬理学的活性および／または毒性との関係を抽出するデータマイニングの方法。
【請求項166】  化合物のプロファイルにおける蛋白質への親和性の強度のデータ、該蛋白質の機能の情報、該蛋白質がどのような組織および細胞から得られるかという情報が特定の薬理学的活性および／または毒性の原因となっている単数または複数の蛋白質を同定するために用いられるものである、請求項165に記載のデータマイニングの方法。
【請求項167】  請求項165または請求項166に記載の方法を用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項168】  一つのグループの異なる化合物の構造から共通の属性または類似の属性（構造的カテゴリーと呼ぶ）を任意のレベルおよび任意の側面で抽出し、非特異的構造的カテゴリーを除く構造的カテゴリーをリストアップすることによって作られる表化されたデータベースの構築方法。
【請求項169】  該グループの各化合物の蛋白質または部分蛋白質に対する親和性が特定のレベルより高いものである、請求項168に記載の構造的カテゴリーの表化されたデータベースを構築する方法。
【請求項170】  複数の該グループに対して請求項169に記載の方法によって構築されたデータベースのいずれかの組み合わせによって作られる構造的カテゴリー・データベースの表化構築方法。
【請求項171】  請求項168から請求項170のいずれか一項に記載の方法および／または請求項168から請求項170のいずれか一項に記載の方法を用いて構築された構造的カテゴリーのデータベースを用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項172】  蛋白質、化合物および／または構造的カテゴリーを特定した問合せに対する請求項168から請求項170のいずれか一項に記載の方法を用いて構築された構造的カテゴリーのデータベースからの回答および／または請求項171に記載のユーザーインターフェースからの回答を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項173】  化合物の構造的カテゴリーと蛋白質または部分蛋白質の1次元、2次元、および3次元構造を、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156、請求項159、請求項162、請求項164、請求項167、請求項171および請求項172のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェースに記録された相互作用のプロファイルと比較することを特徴とする、互いに親和性をもつ(a) 複数の化合物と (b) 複数の蛋白質または部分蛋白質の構造における関係を抽出するデータマイニングの方法。
【請求項174】  請求項168から請求項170のいずれか一項に記載の方法を用いて構築された構造的カテゴリーのデータベースおよび請求項171または請求項172に記載のユーザーインターフェースを用いることを特徴とする、 (a)複数の異なる化合物の各々が(b)単一蛋白質または部分蛋白質に対して親和性をもつ場合の(a)と(b)の構造における関係を抽出するデータマイニングの方法。
【請求項175】  請求項173または請求項174に記載の方法および／または請求項173または請求項174に記載の方法を用いて構築されたデータベースを用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項176】  蛋白質と親和性をもつ種々の化合物を用いて蛋白質をプローブし、該蛋白質を該化合物に共通または類似の構造的カテゴリーによって特定する方法。
【請求項177】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156、請求項159、請求項162、請求項164、請求項167、請求項171、請求項172および請求項175のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェースを用いることを特徴とする、(a)複数の異なる蛋白質または部分蛋白質の各々が(b)単一化合物に対して親和性をもつ場合の(a)と(b)の構造における関係を抽出するデータマイニングの方法。
【請求項178】  （a)複数の異なる蛋白質または部分蛋白質の各々が(b)単一化合物に対して親和性をもつ場合の(a)と(b)の構造における関係を抽出する請求項177に記載のデータマイニングの方法であって、該蛋白質のアミノ酸配列を比較して該蛋白質間で共通または類似の部分配列および残基を抽出することを特徴とするものである方法。
【請求項179】  (a)複数の異なる蛋白質または部分蛋白質の各々が(b)単一化合物に対して親和性をもつ場合の(a)と(b)の構造における関係を抽出する請求項178に記載のデータマイニングの方法であって、該蛋白質間で共通または類似の部分配列および残基を含む配列鎖を見出すことを特徴とするものである方法。
【請求項180】  関係する電場、水素結合の位置および／またはファン・デル・ワールス接触についての結晶学的データおよび／またはコンピューター・モデリングの使用による同定と特徴づけがある場合またはない場合における、化合物のための落着きサイトの2次元または3次元マップを構築する方法であって、該落着きサイトが請求項178に記載の該部分配列および残基または請求項179に記載の該配列鎖を含む方法。
【請求項181】  複数の蛋白質と低分子との相互作用に共通に関与しているものとして請求項179に記載の方法によって見出される進化的に保存された、共通または類似の部分配列および残基を含む配列鎖の全体または部分で表わされるモデュールの同定方法であって、単一種について該化合物に親和性をもつ蛋白質を広汎に検索することを特徴とするものである方法。
【請求項182】  請求項181に記載の進化的に保存されたモデュールの同定方法であって、種を越えて広範囲の異なる種について検索することをさらに特徴とするものである方法。
【請求項183】  関係する電場、水素結合の位置および／またはファン・デル・ワールス接触についての結晶学的データおよび／またはコンピューター・モデリングの使用による同定と特徴づけがある場合またはない場合における、請求項181または請求項182に記載の方法によって見出された進化的に保存されたモデュールに対応する落着きサイトの2次元または3次元マップを構築する方法。
【請求項184】  請求項176から請求項183のいずれか一項に記載の方法および／または請求項176から請求項183のいずれか一項に記載の方法を用いて構築されたデータベースを用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項185】  （a)複数の異なる化合物の各々が(b)複数の異なる蛋白質または部分蛋白質の各々に対して親和性をもつときの(a)と(b)の構造における関係を抽出するデータマイニングの方法であって、以下の段階の実施を特徴とする方法：
（1）該蛋白質の各々に対して、事前に定められたカットオフ点より大きい親和性を有する化合物の共通または類似の構造的カテゴリーを抽出する段階；
（2）該蛋白質の各々と結合する化合物の共通または類似の構造的カテゴリーをリストアップした結合プロファイルと称する表を作成する段階；および
（3）一組の構造的カテゴリーに対して同一または類似の結合プロファイルを示す蛋白質がその組の構造的カテゴリーを示す化合物に対して親和性をもつということ、および、該複数の蛋白質が該化合物に対して互いに共通または類似する少なくとも一つの結合サイトを持っているということを予測する段階。
【請求項186】  該蛋白質の各々と該組の構造的カテゴリーを示す別の組の化合物との間の相互作用を検討することを特徴とする、請求項185に記載の方法を用いることによりなされる予測を検証する方法。
【請求項187】  (a)複数の異なる化合物の各々が(b)複数の異なる蛋白質または部分蛋白質の各々に対して親和性をもつときの(a)と(b)の構造における関係を抽出するデータマイニングの方法であって、該化合物と該蛋白質からなる2ｘ2表を作成し、事前に定められたカットオフ点より高い親和性を示す化合物−蛋白質対の交差ボックスに記号を付し、または該表を作成せずに以下の段階を実施することを特徴とする方法：
（1）各化合物に対して該カットオフ点より高い親和性を示す蛋白質の配列からコンセンサスまたはコンセンサス相当部分配列を抽出する段階；
（2）複数の該蛋白質のすべての配列のコンセンサスまたはコンセンサス相当部分配列からワードと称する連続したアミノ酸コードの連なりを摘出する段階；
（3）複数の該蛋白質が該カットオフ点より高い親和性を示す化合物の各々に対して複数の該蛋白質から摘出されたワードをリストアップする別の2ｘ2表を構築する段階、このとき起源となる蛋白質についての情報と起源となる蛋白質の配列における各ワードの位置の情報を保存しておく；および
（4）複数の該蛋白質の間で類似の位置にあって単一蛋白質内に共存するワードを含む配列鎖を化合物−蛋白質相互作用に関与しているものとして帰属させる段階。
【請求項188】  (a)複数の異なる化合物の各々が(b)複数の異なる蛋白質または部分蛋白質の各々に対して親和性をもつときの(a)と(b)の構造における関係を抽出する請求項187に記載のデータマイニングの方法であって、ワードの組の不完全な一致によって配列鎖が帰属されるものである方法。
【請求項189】  請求項187または請求項188に記載の方法の使用によって帰属される配列鎖の3次元構造を構築する方法であって、類似の配列鎖をもち結晶学的データが入手可能なモデル蛋白質を検索し該データを参照することを特徴とするものである方法。
【請求項190】  請求項185から請求項189のいずれか一項に記載の方法および／または請求項185から請求項189のいずれか一項に記載の方法を用いて構築されたデータベースを用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項191】  (a)蛋白質または部分蛋白質と化合物の相互作用と(b)蛋白質または部分蛋白質と他の蛋白質または部分蛋白質の相互作用との関係を抽出するデータマイニングの方法であって、蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156、請求項159、請求項162、請求項164、請求項167、請求項171、請求項172、請求項175、請求項184および請求項190のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェースに記録されている蛋白質または部分蛋白質と化合物の相互作用のプロファイルと、蛋白質または部分蛋白質と他の蛋白質または部分蛋白質の相互作用のプロファイルとを比較することを特徴とするものである方法。
【請求項192】  請求項191に記載の方法および／または請求項191に記載の方法を用いて構築されたデータベースを用いて得られる出力を表化および／またはグラフ化したフォーマットで提示するユーザーインターフェース。
【請求項193】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156、請求項159、請求項162、請求項164、請求項167、請求項171、請求項172、請求項175、請求項184、請求項190および請求項192のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェースを構築するソフトウエア。
【請求項194】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156、請求項159、請求項162、請求項164、請求項167、請求項171、請求項172、請求項175、請求項184、請求項190および請求項192のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェースの使用のためのソフトウエア。
【請求項195】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156、請求項159、請求項162、請求項164、請求項167、請求項171、請求項172、請求項175、請求項184、請求項190および請求項192から請求項194のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェースおよびソフトウエアを記録した媒体。
【請求項196】  蛋白質または部分蛋白質と化合物との相互作用に関するデータベースならびに請求項147、請求項149から請求項154、請求項156、請求項159、請求項162、請求項164、請求項167、請求項171、請求項172、請求項175、請求項184、請求項190および請求項192から請求項195のいずれか一項またはそのいずれかの組み合わせに記載のユーザーインターフェース、ソフトウエア、および媒体の使用に関連したサービス。
【請求項197】  該部分蛋白質が相当する非全長cDNA 分子から発現したものである、請求項1から請求項196のいずれか一項に記載のユーザーインターフェース、方法、ソフトウエア、媒体、およびサービス。
【請求項198】  該蛋白質が相当する完全長cDNA分子から発現され、翻訳後または別の様式で修飾されたものである、請求項1から請求項196のいずれか一項に記載のユーザーインターフェース、方法、ソフトウエア、媒体、およびサービス。