【手続補正書】
【提出日】平成20年2月18日(2008.2.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  以下の工程を含む、細胞または細胞可溶化物中に存在する活性化転写因子と非活性化転写因子の中から１種または複数種の活性化転写因子（１）をスクリーニングおよび／または定量する方法：
不溶性固体支持体（３）に二本鎖ＤＮＡ配列（２）を前記固体支持体表面１ｃｍ２当たり少なくとも０．０１ピコモルの濃度で結合させ、前記二本鎖ＤＮＡ配列（２）は転写因子に結合できる特定配列を含み、かつ、少なくとも６．８ｎｍの長さを有するスペーサーに連結され；
転写因子を前記結合された二本鎖ＤＮＡ配列（２）と接触させ；
二本鎖ＤＮＡ配列（２）への活性化転写因子（１）の結合から生じるシグナルを同定および／または定量し；
ここで、二本鎖ＤＮＡ配列（２）上への活性化転写因子の結合から生じるシグナルは、まず一次抗体（４）または活性化転写因子に対して特異的なその超可変部分を使用して、そして次に一次抗体（４）またはその特異的超可変部分に対して指向された標識された二次抗体（５）を使用して検出され；そして
二本鎖ＤＮＡ配列（２）上への活性化転写因子および非活性化転写因子の結合から生じるシグナルを所望により同定および／または定量し；
ここで、二本鎖ＤＮＡ配列（２）上への活性化転写因子および非活性化転写因子の結合から生じるシグナルは、まず一次抗体（４）または活性化転写因子および非活性化転写因子に対して特異的なその超可変部分を使用して、そして次に一次抗体（４）またはその特異的超可変部分に対して指向された標識された二次抗体（５）を使用して検出される。
【請求項２】  活性化転写因子（１）は、リン酸化されたまたは脱リン酸化された転写因子である、請求項１記載の方法。
【請求項３】  活性化転写因子（１）は、その活性複合体の一部であるタンパク質に結合された転写因子である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】  タンパク質は転写因子活性化の活性化剤または阻害剤である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】  標識化された二次抗体（５）はペルオキシダーゼの如き酵素とコンジュゲートされている、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】  スペーサーは少なくとも２０塩基対の二本鎖ＤＮＡ配列に対応する、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】  スペーサーは少なくとも５０、１００、１５０または２５０塩基対の二本鎖ＤＮＡ配列に対応する、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】  スペーサーは少なくとも１０原子の化学スペーサーに対応する、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】  スペーサーは少なくとも４４原子の化学スペーサーに対応する、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】  不溶性固体支持体（３）への二本鎖ＤＮＡ配列（２）の結合は、共有結合型である、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】  不溶性固体支持体（３）への二本鎖ＤＮＡ配列（２）の結合は、非共有結合型でありかつ第１要素（６）と第２メンバー（７）を含む結合対に対応し、前記第１要素は二本鎖ＤＮＡ配列に結合され、前記第２メンバー（７）は固体支持体（３）の表面に結合され、前記第１メンバー（６）は前記第２メンバー（７）と相互作用することができる、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】  結合対は、ビオチン／ストレピトアビジン、ハプテン／受容体および抗原／抗体からなる群から選択される、請求項１１記載の方法。
【請求項１３】  転写因子は２０ナノモル（ｎＭ）未満の濃度で溶液中に存在する、請求項１〜１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】  二本鎖ＤＮＡ配列（２）上への活性化転写因子（１）の結合から生じるシグナルは、非放射性生成シグナルである、請求項１〜１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】  二本鎖ＤＮＡ配列（２）上への活性化転写因子（１）の結合から生じるシグナルは、酵素反応から得られる、請求項１〜１４のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】  多数の異なる転写因子が同じ生物学的試料中に存在する、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】  転写因子は、ＮＦ−ＫＢ、ＡＰ−１、ＣＲＥＢ、ＳＰ−１、Ｃ／ＥＢＰ、ＧＲ、ＨＩＦ−１、Ｍｙｃ、ＮＦ−ＡＴ、Ｏｃｔ、ＴＢＰおよびＣＢＦ−１または表１に記載される因子からなる群から選択される、請求項１〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】  同じ支持体（３）上の多数の異なる転写因子（１）のスクリーニングおよび／または定量のための、請求項１〜１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】  固体支持体（３）は、固体支持体表面１ｃｍ２当たり少なくとも４スポットを担持するアレーであり、各スポットは転写因子（１）の結合のための二本鎖ＤＮＡ配列（２）を含む、請求項１〜１８のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】  支持体表面上に固定化された二本鎖ＤＮＡ配列は、表１に示される１種または数種のコンセンサスＤＮＡ配列を一部分または全体として含む、請求項１〜１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】  転写因子は、ＨＩＶインテグラーゼである、請求項１〜２０のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】  活性化転写因子に結合できるか、あるいは前記固体支持体（３）へ結合された二本鎖ＤＮＡ配列（２）上の特定配列への活性化転写因子（１）の結合を阻害できる化合物をスクリーニング、定量および／または回収する工程を含む、請求項１〜２１のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】  転写因子活性化の特徴的なレベルの改変によって前記活性化転写因子（１）の活性を調節することができる化合物をスクリーニングおよび／または定量する工程を含む、請求項１〜２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】  細胞、組織または生物に接触される場合、前記活性化転写因子の結合性および／または活性を調節する化合物をスクリーニング、定量および／または回収する工程を含む、請求項１〜２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】  転写因子に作用し、次いで、前記転写因子の活性について分析される酵素またはタンパク質の活性を調節する化合物をスクリーニング、定量および／または回収する工程を含む、請求項１〜２４のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】  転写因子および／またはその活性複合体の一部分であるペプチドの同定工程を含む、請求項１〜２５のいずれかに記載の方法。
【請求項２７】  細胞可溶化物中に、外部から添加された転写因子またはコンセンサス配列に結合できる化合物を添加する工程を含む、請求項１〜２６のいずれかに記載の方法。
【請求項２８】  細胞または細胞可溶化物中に存在する活性化または非活性化転写因子の中から活性化転写因子（１）をスクリーニングおよび／または定量するための、または活性化転写因子に結合することができるかもしくは特定ヌクレオチド配列への活性化転写因子の結合を阻害することができる化合物をスクリーニングおよび／または定量するためのキットであって、以下のものを含むキット：
転写因子に対して特異的な二本鎖ＤＮＡ配列（２）、
少なくとも６．８ｎｍの長さを有するスペーサーを介して二本鎖ＤＮＡ配列に結合されることができる不溶性固体支持体（３）、および
一次抗体（４）またはその特異的超可変性部分、ただし両者は活性化形態の転写因子に対して特異的である、および
所望により、一次抗体（４）またはその特異的超可変性部分に対して指向された標識化二次抗体（５）。
【請求項２９】  二本鎖ＤＮＡ配列（２）は、固体支持体表面（３）１ｃｍ２当たり少なくとも０．０１ピコモルの濃度で、少なくとも６．８ｎｍの長さを有するスペーサーを介して不溶性固体支持体（３）に結合される、請求項２８記載のキット。
【請求項３０】  二本鎖ＤＮＡ配列（２）は、固体支持体（３）の表面に結合された結合対の第２メンバー（７）と相互作用することができる結合対の第１メンバー（６）に結合される、請求項２８または２９に記載のキット。
【請求項３１】  表１に記載される１種または数種のコンセンサス配列を一部分または全体として含む１種または数種の二本鎖ＤＮＡコンセンサス配列を少なくとも０．０１ピコモル／ｃｍ２の濃度で表面に担持する固体支持体を含み、溶液中に存在する転写因子の結合およびその検出および／または定量を可能とする、請求項２９記載のキット。
【請求項３２】  固体支持体は、活性化転写因子（１）の結合のための二本鎖ＤＮＡ配列（２）を含む、固体支持体表面１ｃｍ２当たり少なくとも４スポットを有するアレーである、請求項２９記載のキット。
【請求項３３】  前記スペーサーは少なくとも２０塩基対の二本鎖ＤＮＡヌクレオチド配列である、請求項２９記載のキット。
【請求項３４】  前記スペーサーは少なくとも４０塩基対の二本鎖ＤＮＡヌクレオチド配列である、請求項２９記載のキット。
【請求項３５】  二本鎖ＤＮＡ配列（２）は、固体支持体の表面に共有結合される、請求項２９記載のキット。
【請求項３６】  コンピューター制御可能な電磁手段およびロボットを所望により含む高処理能力スクリーニング装置である、請求項２８〜３５のいずれかに記載のキット。