【手続補正書】
【提出日】平成19年12月17日(2007.12.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  １０〜４０ヌクレオチドサブユニットを含有している実質的に非荷電のアンチセンスオリゴマーからなる、抗細菌性化合物であって、該サブユニットの各々が、それぞれのヌクレオチド塩基に対してワトソン−クリック塩基対合によって結合するために有効である塩基対合部分を支持する５員環または６員環を含み、該塩基対合部分は、（ｉ）細菌性ｔＲＮＡ配列、または（ｉｉ）細胞分裂もしくは細胞周期に関連するタンパク質をコードする細菌性核酸の中にある翻訳開始コドンを含む標的配列とハイブリダイズするのに有効な少なくとも１０ヌクレオチドの長さの標的化核酸配列を含み、
該タンパク質は、ｚｉｐＡタンパク質、ｓｕｌＡタンパク質、ｓｅｃＡタンパク質、ｄｉｃＡタンパク質、ｄｉｃＢタンパク質、ｄｉｃＣタンパク質、ｄｉｃＦタンパク質、ｆｔｓＡタンパク質、ｆｔｓＩタンパク質、ｆｔｓＮタンパク質、ｆｔｓＫタンパク質、ｆｔｓＬタンパク質、ｆｔｓＱタンパク質、ｆｔｓＷタンパク質、ｆｔｓＺタンパク質、ｍｕｒＣタンパク質、ｍｕｒＤタンパク質、ｍｕｒＥタンパク質、ｍｕｒＦタンパク質、ｍｕｒＧタンパク質、ｍｉｎＣタンパク質、ｍｉｎＤタンパク質、ｍｉｎＥタンパク質、ｍｒａＹタンパク質、ｍｒａＷタンパク質、ｍｒａＺタンパク質、ｓｅｑＡタンパク質、およびｄｄｌＢタンパク質、カルバメートキナーゼ、Ｄ−ａｌａ  Ｄ−ａｌａリガーゼ、トポイソメラーゼ、アルキルヒドロペルオキシドレダクターゼ、チオレドキシンレダクターゼ、ジヒドロ葉酸還元酵素、ならびに細胞壁酵素からなる群より選択され、
ここで、隣接しているサブユニットは、非荷電のホスホルアミデート、ホスホロジアミデート、カルボネート、カルバメート、アミド、ホスホトリエステル、アルキルホスホネート、シロキサン、スルホン、スルホンアミド、スルファメート、チオホルムアセチル、およびメチレン−Ｎ−メチルヒドロキシルアミノからなる群より選択される非荷電の結合によってか、あるいは、ホスフェート、荷電したホスホルアミデート、およびホスホロチオエートからなる群より選択される荷電結合によって連結され、
そして、該オリゴマー中での非荷電結合：荷電結合の比は、少なくとも４：１である、抗細菌性化合物。
【請求項２】  前記標的化核酸配列が、翻訳開始コドンを含む標的配列に対して相補的である、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】  前記オリゴマーがモルホリノオリゴマーである、請求項１に記載の化合物。
【請求項４】  請求項３に記載の化合物であって、ここで各非荷電結合が図２Ｂで表されるようなホスホロジアミデート結合であり、ここでＸ＝ＮＲ２であり、ここでＲは水素またはメチルであり、Ｙ＝Ｏであり、そしてＺ＝Ｏである、化合物。
【請求項５】  請求項３に記載の化合物であって、ここで各結合が図２Ｂで表すようなホスホロジアミデート結合であり、ここでＸ＝ＮＲ２であり、ここでＲは水素またはメチルであり、Ｙ＝Ｏであり、そしてＺ＝Ｏである、化合物。
【請求項６】  前記標的化核酸配列が１３〜２０塩基の長さを有する、請求項１の化合物。
【請求項７】  請求項２に記載の化合物であって、ここで前記標的配列が、ｚｉｐＡ、ｓｕｌＡ、ｓｅｃＡ、ｄｉｃＡ、ｄｉｃＢ、ｄｉｃＣ、ｄｉｃＦ、ｆｔｓＡ、ｆｔｓＩ、ｆｔｓＮ、ｆｔｓＫ、ｆｔｓＬ、ｆｔｓＱ、ｆｔｓＷ、ｆｔｓＺ、ｍｕｒＣ、ｍｕｒＤ、ｍｕｒＥ、ｍｕｒＦ、ｍｕｒＧ、ｍｉｎＣ、ｍｉｎＤ、ｍｉｎＥ、ｍｒａＹ、ｍｒａＷ、ｍｒａＺ、ｓｅｑＡ、およびｄｄｌＢからなる群より選択される細菌遺伝子から転写されたｍＲＮＡ中の翻訳開始領域である、化合物。
【請求項８】  前記標的配列が、ｄｉｃＡ、ｄｉｃＢ、ｄｉｃＣ、およびｄｉｃＦからなる群より選択されるｄｉｃ遺伝子から転写されたｍＲＮＡ中の翻訳開始領域である、請求項７に記載の化合物。
【請求項９】  前記標的化配列が、配列番号４５（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｄｉｃＦ）、配列番号４８（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｄｉｃＡ）、配列番号４９（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｄｉｃＢ）、配列番号５０（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｄｉｃＣ）；および配列番号６１（Ｓ．ｔｈｙｐｈｉ．ｄｉｃＡ）からなる群より選択される配列を有する、請求項８に記載の化合物。
【請求項１０】  前記標的化配列が配列番号４５（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｄｉｃＦ）として表される配列を有する、請求項９に記載の化合物。
【請求項１１】  前記アンチセンスオリゴマーがモルホリノオリゴマーである、請求項１０に記載の化合物。
【請求項１２】  請求項２に記載の化合物であって、ここで前記標的化配列がｓｅｃＡ遺伝子から転写されたｍＲＮＡ中の翻訳開始領域と相補的であり、そして、配列番号４７（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｓｅｃＡ）、配列番号６７（Ｓｔａｐｈ．ａｕｒｅｕｓ  ｓｅｃＡ）、配列番号７９（Ｈ．ｐｙｌｏｒｉ  ｓｅｃＡ）および配列番号９１（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ  ｓｅｃＡ）からなる群より選択された配列を有する、化合物。
【請求項１３】  前記標的化配列が配列番号４７（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｓｅｃＡ）に表された配列を有する、請求項１２に記載の化合物。
【請求項１４】  前記オリゴマーがモルホリノオリゴマーである、請求項１３に記載の化合物。
【請求項１５】  請求項２に記載の化合物であって、ここで前記標的化配列が、配列番号１０３（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ  カルバメートキナーゼ）、配列番号１０４（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ  Ｄ−ａｌａ  Ｄ−ａｌａリガーゼ）；配列番号１０５（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  トポイソメラーゼ）；配列番号１０７（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ、ｒｅｐＡ）；配列番号１０８（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  アルキルハイドロジェンペルオキシドレダクターゼ）；配列番号１０９（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  チオレドキシンレダクターゼ）；配列番号１１０（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  ジヒドロ葉酸還元酵素）；配列番号１１１（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  ｆｔｓＡ）および配列番号１１２（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  細胞壁酵素）からなる群より選択された配列を有する、化合物。
【請求項１６】  前記オリゴマーが、モルホリノオリゴマーである、請求項１５に記載の化合物。
【請求項１７】  ヒト被験体または哺乳動物被験体における細菌感染を処置するための組成物であって、該組成物は
１０〜４０ヌクレオチドサブユニットを含有している実質的に非荷電のアンチセンスオリゴマー
を含み、該サブユニットの各々が、それぞれのヌクレオチド塩基に対してワトソン−クリック塩基対合によって結合するために有効である塩基対合部分を支持する５員環または６員環を含み、該塩基対合部分は、（ｉ）細菌性ｔＲＮＡ配列、または（ｉｉ）細胞分裂もしくは細胞周期に関連するタンパク質をコードする細菌性核酸配列の中に翻訳開始コドンを含む標的配列と、ハイブリダイズするのに有効な少なくとも１０ヌクレオチドの長さの標的化核酸配列を含み、
該タンパク質は、ｚｉｐＡタンパク質、ｓｕｌＡタンパク質、ｓｅｃＡタンパク質、ｄｉｃＡタンパク質、ｄｉｃＢタンパク質、ｄｉｃＣタンパク質、ｄｉｃＦタンパク質、ｆｔｓＡタンパク質、ｆｔｓＩタンパク質、ｆｔｓＮタンパク質、ｆｔｓＫタンパク質、ｆｔｓＬタンパク質、ｆｔｓＱタンパク質、ｆｔｓＷタンパク質、ｆｔｓＺタンパク質、ｍｕｒＣタンパク質、ｍｕｒＤタンパク質、ｍｕｒＥタンパク質、ｍｕｒＦタンパク質、ｍｕｒＧタンパク質、ｍｉｎＣタンパク質、ｍｉｎＤタンパク質、ｍｉｎＥタンパク質、ｍｒａＹタンパク質、ｍｒａＷタンパク質、ｍｒａＺタンパク質、ｓｅｑＡタンパク質、およびｄｄｌＢタンパク質、カルバメートキナーゼ、Ｄ−ａｌａ  Ｄ−ａｌａリガーゼ、トポイソメラーゼ、アルキルヒドロペルオキシドレダクターゼ、チオレドキシンレダクターゼ、ジヒドロ葉酸還元酵素、ならびに細胞壁酵素からなる群より選択され、
ここで、隣接しているサブユニットは、非荷電のホスホルアミデート、ホスホロジアミデート、カルボネート、カルバメート、アミド、ホスホトリエステル、アルキルホスホネート、シロキサン、スルホン、スルホンアミド、スルファメート、チオホルムアセチル、およびメチレン−Ｎ−メチルヒドロキシルアミノからなる群より選択される非荷電の結合によってか、または、ホスフェート、荷電したホスホルアミデート、およびホスホロチオエートからなる群より選択される荷電結合によって連結され、
そして、該オリゴマー中での非荷電結合：荷電結合の比は、少なくとも４：１である、組成物。
【請求項１８】  前記標的化核酸配列が、翻訳開始コドンを含む標的配列と相補的である、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】  前記オリゴマーがモルホリノオリゴマーである、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２０】  前記非荷電結合が、図２Ａ〜２Ｄで表される構造からなる群より選択される、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】  非荷電結合の各々が図２Ｂで表されるようなホスホロジアミデート結合であり、ここで、Ｘ＝ＮＲ２であり、ここでＲが水素またはメチルであり、Ｙ＝Ｏであり、そしてＺ＝Ｏである、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２２】  結合の各々が、図２Ｂに表されるようなホスホロジアミデート結合であり、ここでＸ＝ＮＲ２であり、ここでＲが水素またはメチルであり、Ｙ＝Ｏであり、そしてＺ＝Ｏである、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】  前記標的化核酸配列が、１３〜２０塩基の長さを有する、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２４】  請求項１７に記載の組成物であって、ここで前記標的配列が、ｚｉｐＡ、ｓｕｌＡ、ｓｅｃＡ、ｄｉｃＡ、ｄｉｃＢ、ｄｉｃＣ、ｄｉｃＦ、ｆｔｓＡ、ｆｔｓＩ、ｆｔｓＮ、ｆｔｓＫ、ｆｔｓＬ、ｆｔｓＱ、ｆｔｓＷ、ｆｔｓＺ、ｍｕｒＣ、ｍｕｒＤ、ｍｕｒＥ、ｍｕｒＦ、ｍｕｒＧ、ｍｉｎＣ、ｍｉｎＤ、ｍｉｎＥ、ｍｒａＹ、ｍｒａＷ、ｍｒａＺ、ｓｅｑＡ、およびｄｄｌＢからなる群より選択される遺伝子から転写されたｍＲＮＡ中の翻訳開始領域である、組成物。
【請求項２５】  前記標的配列が、ｄｉｃＡ、ｄｉｃＢ、ｄｉｃＣ、およびｄｉｃＦからなる群より選択されるｄｉｃ遺伝子から転写されたｍＲＮＡ中の翻訳開始領域である、請求項２４に記載の組成物。
【請求項２６】  前記標的化配列が、配列番号４５（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｄｉｃＦ）、配列番号４８（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｄｉｃＡ）、配列番号４９（Ｅ．ｃｏｌｉ
ｄｉｃＢ）、配列番号５０（Ｅ．ｃｏｌｉ  ｄｉｃＣ）；および配列番号６１（Ｓ．ｔｈｙｐｈｉ．ｄｉｃＡ）からなる群より選択される配列を有する、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】  前記標的化配列が配列番号４５として表される配列を有する、請求項２６に記載の組成物。
【請求項２８】  前記アンチセンスオリゴマーがモルホリノオリゴマーである、請求項２７の組成物。
【請求項２９】  請求項２４の組成物であって、ここで前記標的化配列がｓｅｃＡ遺伝子から転写されたｍＲＮＡ中の翻訳開始領域と相補的であり、そして、配列番号４７（Ｅ．ｃｏｌｉ  ＳｅｃＡ）、配列番号６７（Ｓｔａｐｈ．ａｕｒｅｕｓ  ｓｅｃＡ）、配列番号７９（Ｈ．ｐｙｌｏｒｉ  ｓｅｃＡ）および配列番号９１（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ  ｓｅｃＡ）からなる群より選択された配列を有する、組成物。
【請求項３０】  前記標的化配列が配列番号４７として表された配列を有する、請求項２９の組成物。
【請求項３１】  前記オリゴマーがモルホリノオリゴマーである、請求項３０の組成物。
【請求項３２】  請求項１８に記載の組成物であって、ここで前記標的化配列が、配列番号１０３（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ  カルバメートキナーゼ）、配列番号１０４（Ｅ．ｆａｅｃｉｕｍ  Ｄ−ａｌａ  Ｄ−ａｌａリガーゼ）；配列番号１０５（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  トポイソメラーゼ）；配列番号１０７（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ、ｒｅｐＡ）；配列番号１０８（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  アルキルハイドロジェンペルオキシドレダクターゼ）；配列番号１０９（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  チオレドキシンレダクターゼ）；配列番号１１０（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  ジヒドロ葉酸還元酵素）；配列番号１１１（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  ｆｔｓＡ）および配列番号１１２（Ｅ．ｆａｅｃａｌｉｓ  細胞壁酵素）からなる群より選択された配列を有する、組成物。
【請求項３３】  前記オリゴマーが、モルホリノオリゴマーである、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３４】  局所経路により投与される、皮膚の細菌感染の処置のための、請求項１７に記載の組成物。
【請求項３５】  吸入により投与される、呼吸器細菌感染を処置する際に使用するための、請求項１７に記載の組成物。
【請求項３６】  抗細菌性化合物の治療量未満の量を補充した穀類食品を含有している、家畜および家禽動物の飼料組成物であって、該化合物が、１０〜４０ヌクレオチドサブユニットを含有している実質的に非荷電のアンチセンスオリゴマーからなり、該サブユニットの各々が、それぞれのヌクレオチド塩基に対してワトソン−クリック塩基対合によって結合するために有効である塩基対合部分を支持する５員環または６員環を含み、該塩基対合部分は、（ｉ）細菌性ｔＲＮＡ配列、または（ｉｉ）細胞分裂もしくは細胞壁合成に関連するタンパク質をコードする細菌性核酸配列の中に翻訳開始コドンを含む標的配列と、ハイブリダイズするのに有効な少なくとも１０ヌクレオチドの長さの標的化核酸配列を含み、
該タンパク質は、ｚｉｐＡタンパク質、ｓｕｌＡタンパク質、ｓｅｃＡタンパク質、ｄｉｃＡタンパク質、ｄｉｃＢタンパク質、ｄｉｃＣタンパク質、ｄｉｃＦタンパク質、ｆｔｓＡタンパク質、ｆｔｓＩタンパク質、ｆｔｓＮタンパク質、ｆｔｓＫタンパク質、ｆｔｓＬタンパク質、ｆｔｓＱタンパク質、ｆｔｓＷタンパク質、ｆｔｓＺタンパク質、ｍｕｒＣタンパク質、ｍｕｒＤタンパク質、ｍｕｒＥタンパク質、ｍｕｒＦタンパク質、ｍｕｒＧタンパク質、ｍｉｎＣタンパク質、ｍｉｎＤタンパク質、ｍｉｎＥタンパク質、ｍｒａＹタンパク質、ｍｒａＷタンパク質、ｍｒａＺタンパク質、ｓｅｑＡタンパク質、およびｄｄｌＢタンパク質、カルバメートキナーゼ、Ｄ−ａｌａ  Ｄ−ａｌａリガーゼ、トポイソメラーゼ、アルキルヒドロペルオキシドレダクターゼ、チオレドキシンレダクターゼ、ジヒドロ葉酸還元酵素、ならびに細胞壁酵素からなる群より選択され，
ここで、隣接しているサブユニットは、非荷電のホスホルアミデート、ホスホロジアミデート、カルボネート、カルバメート、アミド、ホスホトリエステル、アルキルホスホネート、シロキサン、スルホン、スルホンアミド、スルファメート、チオホルムアセチル、およびメチレン−Ｎ−メチルヒドロキシルアミノからなる群より選択される非荷電結合によってか、または、ホスフェート、荷電したホスホルアミデート、およびホスホロチオエートからなる群より選択される荷電結合によって連結され、
そして、該オリゴマー中での非荷電結合：荷電結合の比は、少なくとも４：１である、飼料組成物。
【請求項３７】  前記オリゴマーがモルホリノオリゴマーである、請求項３６に記載の組成物。
【請求項３８】  請求項３７に記載の組成物であって、ここで各結合が、図２Ｂで表すようなホスホロジアミデート結合であり、ここでＸ＝ＮＲ２であり、ここでＲは水素またはメチルであり、Ｙ＝Ｏであり、そしてＺ＝Ｏである、化合物。
【請求項３９】  前記標的化核酸配列が１３〜２０塩基の長さを有する、請求項３６に記載の組成物。
【請求項４０】  選択した細菌に対するワクチンを調製する方法であって、複製が損なわれた、形態学的に異常な細菌細胞を産生するのに有効なオリゴマーの量のアンチセンスモルホリノベースのアンチセンスオリゴマーの存在下で、該細菌をインキュベートする工程を包含し、該アンチセンスモルホリノベースのアンチセンスオリゴマーは、
（ａ）ｚｉｐＡ、ｓｕｌＡ、ｓｅｃＡ、ｄｉｃＡ、ｄｉｃＢ、ｄｉｃＣ、ｄｉｃＦ、ｆｔｓＡ、ｆｔｓＩ、ｆｔｓＮ、ｆｔｓＫ、ｆｔｓＬ、ｆｔｓＱ、ｆｔｓＷ、ｆｔｓＺ、ｍｕｒＣ、ｍｕｒＤ、ｍｕｒＥ、ｍｕｒＦ、ｍｕｒＧ、ｍｉｎＣ、ｍｉｎＤ、ｍｉｎＥ、ｍｒａＹ、ｍｒａＷ、ｍｒａＺ、ｓｅｑＡ、およびｄｄｌＢからなる群より選択される該選択された細菌配列の遺伝子から転写されたｍＲＮＡ中の翻訳開始領域にハイブリダイズするのに有効な標的化塩基配列を含む、８〜４０ヌクレオチドサブユニット、および
（ｂ）本明細書中の図２Ａ〜図２Ｄに示されるような、非荷電のリン含有サブユニット間結合
を有する、方法。
【請求項４１】  選択された細菌に対して、ヒト被験体または動物被験体にワクチン接種するための組成物であって、
モルホリノベースのアンチセンスオリゴマーの存在下で該細菌をインキュベーションすることにより調製された、複製が損なわれた、形態学的に異常な細菌の細胞
を含み、該モルホリノベースのアンチセンスオリゴマーが、
（ａ）ｚｉｐＡ、ｓｕｌＡ、ｓｅｃＡ、ｄｉｃＡ、ｄｉｃＢ、ｄｉｃＣ、ｄｉｃＦ、ｆｔｓＡ、ｆｔｓＩ、ｆｔｓＮ、ｆｔｓＫ、ｆｔｓＬ、ｆｔｓＱ、ｆｔｓＷ、ｆｔｓＺ、ｍｕｒＣ、ｍｕｒＤ、ｍｕｒＥ、ｍｕｒＦ、ｍｕｒＧ、ｍｉｎＣ、ｍｉｎＤ、ｍｉｎＥ、ｍｒａＹ、ｍｒａＷ、ｍｒａＺ、ｓｅｑＡ、およびｄｄｌＢからなる群より選択される該選択された細菌配列の遺伝子から転写されたｍＲＮＡ中の翻訳開始領域にハイブリダイズするのに有効な標的化塩基配列を含む、８〜４０ヌクレオチドのサブユニット、および
（ｂ）本明細書中の図２Ａ〜図２Ｄに示されるような、非荷電のリン含有キラルサブユニット間結合
を有する、組成物。