【手続補正書】
【提出日】令和1年11月14日(2019.11.14)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
多発性骨髄腫の治療に対する個体の応答をモニタリングすることを補助するための方法であって、該方法が：
−多発性骨髄腫の治療を受けた個体からの末梢血サンプルから得られたセルフリー核酸を準備し；
−ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からの任意の１もしくは複数のヌクレオチド配列における突然変異に関してセルフリー核酸を評価すること、
を含み、
ここで、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からのヌクレオチド配列における突然変異の不存在または数の減少が、多発性骨髄腫の治療に対する個体の応答を示すか；あるいは、ここで、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からのヌクレオチド配列の突然変異の存在または数の増大が、多発性骨髄腫の治療に対する個体の非応答を示す、前記方法。
【請求項２】
多発性骨髄腫の治療に対する個体の応答をモニタリングすることを補助するための方法であって、該方法が：
−多発性骨髄腫の治療を受けた個体からの末梢血サンプルから得られたセルフリー核酸を準備し；
−該個体の骨髄単核細胞からの核酸を準備し；
−ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からの任意の１もしくは複数のヌクレオチド配列における突然変異に関してセルフリー核酸を評価し；
−ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からの任意の１もしくは複数のヌクレオチド配列における突然変異に関して骨髄単核細胞からの核酸を評価すること、
を含み、
ここで、セルフリー核酸または骨髄単核細胞からの核酸のいずれかまたはその両方におけるＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からのヌクレオチド配列における突然変異の不存在または数の減少が、多発性骨髄腫の治療に対する個体の応答を示すか；あるいは、ここで、セルフリー核酸または骨髄単核細胞からの核酸のいずれかまたはその両方におけるＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からのヌクレオチド配列における突然変異の存在または数の増大が、多発性骨髄腫の治療に対する個体の非応答を示す前記方法。
【請求項３】
前記検出された突然変異が、表１−１及び１−２に示されたものから成る群から選択される突然変異をコードする、請求項１または２に記載の方法。
【表１−１】
2018537128.tif 000001
【表１−２】
2018537128.tif 000002
【請求項４】
前記方法が、該個体からのセルフリー核酸を、多発性骨髄腫の治療前に該個体から得られたセルフリー核酸と比較することを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記方法が、個体からの骨髄単核細胞からの核酸を、多発性骨髄腫の治療前に該個体から得られた骨髄単核細胞からの核酸と比較することを含む、請求項２〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記検出された突然変異が、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｓ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ， ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｃ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｈ＿１、ＮＲＡＳ Ｇ１３Ｄ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｈ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｌ、ＮＲＡＳ Ｇ１３Ｒ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、およびＴＰ５３ Ｒ２７３Ｈから成る群から選択される突然変異をコードする、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
個体が、多発性骨髄腫に罹患しているかまたはそれを発症するリスクが有るかを決定することを補助するための方法であって、該方法が：
−多発性骨髄腫の診断が決定されるべき個体からの末梢血の試験サンプルを準備し；
−セルフリーＤＮＡのレベルに関して試験サンプルを評価し、それによって、試験サンプルプロファイルを形成し；
−多発性骨髄腫に罹患していない個体の末梢血中のセルフリーＤＮＡのレベルに関するデータを含む対照プロファイルを準備し；
−試験サンプルプロファイルを対照プロファイルと比較し、試験サンプルプロファイルと対照プロファイルとの間にセルフリーＤＮＡのレベルの差があるかを確認し；
−試験サンプルプロファイルのセルフリーＤＮＡのレベルが対照プロファイルより高い場合に、個体が多発性骨髄腫に罹患しているか、またはそれを発症するリスクを有すると決定すること、
を含む前記方法。
【請求項８】
前記セルフリーＤＮＡのレベルに関して試験サンプルを評価するステップが、末梢血からセルフリーＤＮＡを抽出し、そして、セルフリーＤＮＡ以外の末梢血の全成分を除去することを含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
多発性骨髄腫に罹患しているかまたはそれを発症するリスクを有すると個体を診断することを補助するための方法であって、該方法が：
−多発性骨髄腫の診断が決定されるべき個体からの末梢血の試験サンプルを準備し；
−循環する腫瘍遊離核酸に関して試験サンプルを評価すること、
を含み、
ここで、循環腫瘍遊離核酸の検出で、個体が多発性骨髄腫に罹患しているか、またはそれを発症するリスクを有すると示す、前記方法。
【請求項１０】
前記循環腫瘍遊離核酸は、少なくとも１つの突然変異がＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からのヌクレオチド配列内に存在するセルフリー核酸である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記突然変異が、表２−１及び２−２で列挙した突然変異のうちの任意の１もしくは複数である、請求項１０に記載の方法。
【表２−１】
2018537128.tif 000003
【表２−２】
2018537128.tif 000004
【請求項１２】
多発性骨髄腫に罹患しているかまたはそれを発症するリスクを有すると個体を診断することを補助するための方法であって、該方法が：
−多発性骨髄腫の診断が決定されるべき個体からの末梢血サンプルから得られたセルフリー核酸を準備し；
−ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からの任意の１もしくは複数のヌクレオチド配列における突然変異に関してセルフリー核酸を評価すること、
を含み、
ここで、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦまたはＴＰ５３のうちの任意の１もしくは複数における突然変異の検出は、個体が多発性骨髄腫に罹患しているか、またはそれを発症するリスクを有すると示す、前記方法。
【請求項１３】
前記検出された突然変異が、表３−１及び３−２に示されたものから成る群から選択される突然変異をコードする、請求項１２に記載の方法。
【表３−１】
2018537128.tif 000005
【表３−２】
2018537128.tif 000006
【請求項１４】
前記突然変異が、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｓ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｒ、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ａ， ＫＲＡＳ Ｇ１３Ｃ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｈ＿１、ＮＲＡＳ Ｇ１３Ｄ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｈ、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｌ、ＮＲＡＳ Ｇ１３Ｒ、ＢＲＡＦ Ｖ６００Ｅ、およびＴＰ５３ Ｒ２７３Ｈから選択される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
多発性骨髄腫に罹患しているかまたはそれを発症するリスクを有すると個体を診断することを補助するための方法であって、該方法が：
−多発性骨髄腫の診断が決定されるべき個体からの末梢血サンプルから得られたセルフリー核酸を準備し；
−ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からの任意の１もしくは複数の配列中の突然変異に関してセルフリー核酸を評価し；
−該個体からの骨髄単核細胞から核酸を準備し；
−ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からの任意の１もしくは複数のヌクレオチド配列における突然変異に関して骨髄単核細胞からの核酸を評価すること、
を含み、
ここで、セルフリー核酸と骨髄からの核酸の両方での突然変異の検出が、多発性骨髄腫に罹患している個体と示す、前記方法。
【請求項１６】
前記ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦ、および／またはＴＰ５３遺伝子からのヌクレオチド配列内の突然変異が、表４−１及び４−２で列挙されたものから成る群から選択される、請求項１５に記載の方法。
【表４−１】
2018537128.tif 000007
【表４−２】
2018537128.tif 000008
【請求項１７】
多発性骨髄腫に罹患している個体において進行疾患を診断することを補助するための方法であって、該方法が：
−進行疾病の診断が決定されるべき個体からの末梢血サンプルから得られたセルフリー核酸を準備し；
−ＴＰ５３遺伝子からのヌクレオチド配列中の１もしくは複数の突然変異に関してセルフリー核酸を評価すること、
を含み、
ここで、ＴＰ５３中の１もしくは複数の突然変異の検出が、進行疾患に罹患している個体と示す、前記方法。
【請求項１８】
前記ＴＰ５３の突然変異が、表５−１及び５−２で列挙されたものうちの任意の１もしくは複数である、請求項１７に記載の方法。
【表５−１】
2018537128.tif 000009
【表５−２】
2018537128.tif 000010
【請求項１９】
多発性骨髄腫に罹患している個体において進行疾患を診断することを補助するための方法であって、該方法が：
−多発性骨髄腫の診断が決定されるべき個体からの末梢血のサンプルから得られたセルフリー核酸および骨髄単核細胞を準備し；
−ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ＢＲＡＦまたはＴＰ５３のうちの任意の１もしくは複数における突然変異についてセルフリー核酸および骨髄由来核酸を評価すること、
を含み、
ここで、３つを超えるＴＰ５３突然変異の検出が、進行疾患に罹患している個体と示す、前記方法。
【請求項２０】
前記ＴＰ５３の突然変異が、表６−１及び６−２で列挙されたもののうちの任意の１もしくは複数である、請求項１９に記載の方法。
【表６−１】
2018537128.tif 000011
【表６−２】
2018537128.tif 000012