【誤訳訂正書】
【提出日】平成31年2月28日(2019.2.28)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００３７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００３７】
病原性寄生生物には、トリコモナス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ）、トキソプラズマ（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ）、ジアルジア（Ｇｉａｒｄｉａ）、クリプトスポリジウム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ）、プラスモジウム（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ）、リーシュマニア（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ）、トリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ）、エントアメーバ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ）、シストソーマ（Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ）、フィラリエ（Ｆｉｌａｒｉａｅ）、アスカリア（Ａｓｃａｒｉａ）、ファスシオラ（Ｆａｓｃｉｏｌａ）が含まれ、限定的なものではないが、トリコモナス・バジナリス（Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、トキソプラズマ・ゴンジ（Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ）、ジアルジア・インテスチナリス（Ｇｉａｒｄｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、クリプトスポリジウム・パルバ（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒｖａ）、プラスモジウム・ファルシパラム（Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍ）、トリパノソーマ・クルージ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｃｒｕｚｉ）、エントアメーバ・ヒストリチカ（Ｅｎｔａｍｏｅｂａ  ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ）、ジアルジア・ランブリア（Ｇｉａｒｄｉａ  ｌａｍｂｌｉａ）、ファスシオラ・ヘパチカ（Ｆａｓｃｉｏｌａ  ｈｅｐａｔｉｃａ）などが含まれる。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１８５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１８５】
本明細書には本発明の好ましい実施形態が示され記載されているが、そのような実施形態は単なる例示として記載されているに過ぎないことが当業者に明らかであろう。本発明から逸脱することなく多数の変更、変化および置換が今や当業者に認識されるであろう。
本明細書に記載されている本発明の実施形態の種々の代替物が本発明の実施において使用されうると理解されるべきである。以下の特許請求の範囲は本発明の範囲を定めるものであり、これらの特許請求の範囲の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物が本発明に含まれると意図される。
本発明は一態様において、以下のものを提供する。
[項目１]
非微生物宿主からの無細胞核酸のサンプルにおける微生物配列の存在および保有率を決定する方法であって、
（ｉ）個体からの無細胞核酸のサンプルを準備し、
（ｉｉ）該核酸のハイスループット配列決定を行い、
（ｉｉｉ）バイオインフォマティクス分析を行って、分析から宿主配列を差し引き、
（ｉｖ）該非微生物宿主のミクロビオーム評価のために微生物配列の存在および保有率を決定することを含む方法。
[項目２]
複数の微生物の存在および保有率を決定する、項目１記載の方法。
[項目３]
不偏性方法により増幅された核酸サンプルに関してハイスループット配列決定を行う、項目１記載の方法。
[項目４]
少なくとも１０６個の配列リードを行う、項目１記載の方法。
[項目５]
工程（ｉｖ）が、微生物参照配列に位置づけられる配列の被覆率を宿主参照配列の被覆率と比較することを含む、項目１記載の方法。
[項目６]
工程（ｉｉｉ）が、参照宿主配列を特定し、参照宿主ゲノム内に存在する微生物配列または微生物擬態配列をマスクすることを含む、項目１記載の方法。
[項目７]
工程（ｉｉｉ）が、参照微生物配列を特定し、参照微生物ゲノム内に存在する宿主配列または宿主擬態配列をマスクすることを含む、項目１記載の方法。
[項目８]
１以上の病原性微生物の存在を確認する、項目１記載の方法。
[項目９]
２以上の時点で分析を行う、項目１記載の方法。
[項目１０]
前記の１以上の微生物核酸の量が感染状態または治療結果の指標となる、項目１記載の方法。
[項目１１]
所定閾値を超える前記の１以上の核酸の量が感染状態または治療結果の指標となる、項目１０記載の方法。
[項目１２]
該サンプルが、血液、血清、尿および糞便からなる群から選択される、項目１記載の方法。
[項目１３]
該核酸が、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡヘアピン、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡおよびＲＮＡヘアピンからなる群から選択される、項目１記載の方法。
[項目１４]
該核酸が、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡおよびｃＤＮＡからなる群から選択される、項目１記載の方法。
[項目１５]
該ミクロビオームの評価を該個体に提供することを更に含む、項目１記載の方法。
[項目１６]
該ミクロビオームの評価が治療に対する応答の決定をもたらす、項目１記載の方法。
[項目１７]
該ミクロビオームの評価が人間生理機能の測定をもたらす、項目１記載の方法。
[項目１８]
該ミクロビオームの評価を、該非微生物宿主に存在する微生物に関する病原性スコアを計算するために用いる、項目１記載の方法。
[項目１９]
コンピュータ可読媒体であって、
（ｉ）被験者からのサンプルにおいて検出された１以上の無細胞核酸からのハイスループットデータを受け取り、
（ｉｉｉ）バイオインフォマティクス分析を行って、分析から宿主配列を差し引き、
（ｉｖ）微生物配列の存在および保有率を決定する工程をコンピュータが実行するように該コンピュータ可読媒体に記録された一組の命令を含むコンピュータ可読媒体。
[項目２０]
被験者からのサンプルを準備し、
該サンプルにおける１以上のミクロビオーム核酸の存在または非存在を決定し、
前記の１以上のミクロビオーム核酸の存在に基づいて免疫能を評価することを含む、個体の免疫能を評価する方法。
[項目２１]
該ミクロビオームのウイローム成分を分析する、項目２０記載の方法。
[項目２２]
前記の１以上のウイローム核酸の量の時間的相違が免疫能状態の指標となる、項目２１記載の方法。
[項目２３]
該個体におけるウイルス負荷を定量することを含む、項目２１記載の方法。
[項目２４]
アネロウイルスのウイルス負荷に関してウイロームを分析する、項目２３記載の方法。
[項目２５]
該個体が免疫抑制レジメンを受けている、項目２０記載の方法。
[項目２６]
該個体が移植を受けている、項目２０記載の方法。
[項目２７]
該移植が、骨髄移植、腎臓移植、心臓移植、肝臓移植、膵臓移植、肺移植、腸移植および皮膚移植からなる群から選択される、項目２６記載の方法。
[項目２８]
該核酸が循環性無細胞ＤＮＡである、項目２０記載の方法。
[項目２９]
前記の１以上の核酸の存在または非存在を、配列決定、核酸アレイまたはＰＣＲからなる群から選択される方法により決定する、項目２０記載の方法。
[項目３０]
前記の１以上の核酸の量が移植状態または結果の指標となる、項目２０記載の方法。
[項目３１]
所定閾値を超える前記の１以上の核酸の量が移植状態または結果の指標となる、項目３０記載の方法。
[項目３２]
該閾値が、移植拒絶または他の病状の証拠を示さない臨床的に安定な移植後患者に関する規範値である、項目３０記載の方法。
[項目３３]
移植の結果または状態によって異なる所定閾値が存在する、項目３０記載の方法。
[項目３４]
免疫能の評価に従い該個体を治療することを更に含む、項目３０記載の方法。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
非微生物宿主からの無細胞核酸を含むサンプル中の、少なくとも一つの細菌、真菌または寄生生物を検出する方法であって、
（ｉ）前記非微生物宿主からの無細胞核酸を含む前記サンプルであって、前記無細胞核酸が微生物無細胞核酸であるサンプルを準備し、
（ｉｉ）前記無細胞核酸のハイスループット配列決定を行い、前記微生物無細胞核酸からの配列リード（Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｒｅａｄｓ）を含む、配列リードを生成し、
（ｉｉｉ）前記微生物無細胞核酸からの配列リードに基づいて、前記サンプル中の、前記少なくとも一つの細菌、真菌または寄生生物を、種または株レベルで検出すること
を含む方法。
【請求項２】
複数の細菌、真菌または寄生生物を検出する、請求項１記載の方法。
【請求項３】
不偏性方法により生成された核酸サンプルに関して前記ハイスループット配列決定を行う、請求項１記載の方法。
【請求項４】
少なくとも１０６個の配列リードを行う、請求項１記載の方法。
【請求項５】
前記（ｉｉｉ）が、微生物参照配列に位置づけられる配列の被覆率を宿主参照配列の被覆率と比較することを含む、請求項１記載の方法。
【請求項６】
前記微生物無細胞核酸からの配列リードについて、バイオインフォマティクス分析を行うことを更に含む、請求項１記載の方法。
【請求項７】
前記工程（ｉｉｉ）で検出される前記少なくとも一つの細菌、真菌または寄生生物が病原性である、請求項１記載の方法。
【請求項８】
２以上の時点で前記検出を行う、請求項１記載の方法。
【請求項９】
前記少なくとも一つの細菌、真菌または寄生生物の量が感染状態または治療結果の指標となる、請求項１記載の方法。
【請求項１０】
所定閾値を超える前記少なくとも一つの細菌、真菌または寄生生物の量が感染状態または治療結果の指標となる、請求項９記載の方法。
【請求項１１】
前記サンプルが、血液、血清および糞便からなる群から選択される、請求項１記載の方法。
【請求項１２】
前記微生物無細胞核酸が、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡおよびＲＮＡヘアピンからなる群から選択される、少なくとも一つの核酸を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１３】
前記微生物無細胞核酸が、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡからなる群から選択される、少なくとも一つの核酸を含む、請求項１記載の方法。
【請求項１４】
少なくとも１０００個の配列リードを行う、請求項１記載の方法。
【請求項１５】
前記不偏性方法が、ユニバーサルプライマーでの増幅を行うことを含む、請求項３記載の方法。
【請求項１６】
前記不偏性方法が、前記核酸にアダプターを連結し、前記アダプターに特異的なプライマーで増幅を行うことを含む、請求項３記載の方法。
【請求項１７】
前記真菌が検出される、請求項１記載の方法。
【請求項１８】
前記細菌が検出される、請求項１記載の方法。
【請求項１９】
前記無細胞核酸が、少なくとも５個の異なる標的核酸を含む、請求項１記載の方法。
【請求項２０】
前記無細胞核酸が、少なくとも２０個の異なる標的核酸を含む、請求項１記載の方法。
【請求項２１】
前記感染状態が、感染の存在または非存在である、請求項９記載の方法。
【請求項２２】
前記少なくとも一つの細菌、真菌または寄生生物の量が、前記感染状態を示し、前記感染状態が潜伏ウイルスの活発な感染である、請求項９記載の方法。
【請求項２３】
前記サンプルが血清または血漿である、請求項１記載の方法。
【請求項２４】
前記バイオインフォマティクス分析の実行が、前記バイオインフォマティクス分析において用いられるデータベースから、宿主参照配列を差し引くことを含む、請求項６記載の方法。
【請求項２５】
前記寄生生物が検出される、請求項１記載の方法。
【請求項２６】
前記少なくとも一つの細菌を、種または株レベルで同定することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記少なくとも一つの真菌を、種または株レベルで同定することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記少なくとも一つの寄生生物を、種または株レベルで同定することを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記工程（ｉｉ）の前に、前記微生物無細胞核酸にアダプターを付加し、アダプター付加微生物無細胞核酸を作り出すことを更に含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
第２のサンプルが、異なる時点で前記非微生物宿主から採取され、分析される、請求項１に記載の方法。