【手続補正書】
【提出日】令和1年5月9日(2019.5.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（a）SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、レポーター部分にコンジュゲートされたプローブ；（b）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むフォワードプライマー；および（c）SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むリバースプライマーを含み、該フォワードプライマーおよび該リバースプライマーのそれぞれが、標的配列を増幅するために該標的配列にアニーリングすることができる、組成物。
【請求項２】
（a）SEQ ID NO: 10のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、レポーター部分にコンジュゲートされたプローブ；（b）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むフォワードプライマー；および（c）SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むリバースプライマーを含み、該フォワードプライマーおよび該リバースプライマーのそれぞれが、標的配列を増幅するために該標的配列にアニーリングすることができる、組成物。
【請求項３】
（a）SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、レポーター部分にコンジュゲートされたプローブ；（b）SEQ ID NO: 4のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むフォワードプライマー；および（c）SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むリバースプライマーを含み、該フォワードプライマーおよび該リバースプライマーのそれぞれが、標的配列を増幅するために該標的配列にアニーリングすることができる、組成物。
【請求項４】
レポーター部分が、Tex-615、Tye-563、Tye-665、Joe、Cy3、Max、Rox、Tet、Texas Red-X、Tamara、およびYakima Yellowからなる群より選択される、請求項1、2、および3のいずれか一項記載の組成物。
【請求項５】
(i)請求項1記載の組成物；および(ii)請求項2記載の組成物または請求項3記載の組成物の一方を含む、試料中のレンチウイルス核酸とHIV核酸とを識別するためのキット。
【請求項６】
試料中のレンチウイルス核酸および／またはHIV核酸を検出する方法であって、
（a）
（i）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第1のフォワードプライマー、
SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第1のリバースプライマー、および
SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第1のレポーター部分を有する第1のプローブ；
（ii）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のフォワードプライマー、
SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のリバースプライマー、および
SEQ ID NO: 10のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第2のレポーター部分を有する第2のプローブ
を使用して、該試料中のレンチウイルス核酸鋳型およびHIV核酸鋳型を用いるマルチプレックスリアルタイムPCRを実施する工程であって、該第1のレポーター部分と該第2のレポーター部分とが異なる、工程；
（b）
（i）第1のフォワードおよびリバースプライマー、ならびに（ii）第2のフォワードおよびリバースプライマーによって産生されたアンプリコンを検出する工程
を含み、検出する工程が、該第1および第2のレポーター部分からの第1および第2のシグナルを検出する工程を含む、方法。
【請求項７】
試料中のレンチウイルス核酸および／またはHIV核酸を検出する方法であって、
（a）
（i）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第1のフォワードプライマー、
SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第1のリバースプライマー、および
SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第1のレポーター部分を有する第1のプローブ；
（ii）SEQ ID NO: 4のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のフォワードプライマー、
SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のリバースプライマー、および
SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第2のレポーター部分を有する第2のプローブ
を使用して、該試料中のレンチウイルス核酸鋳型およびHIV核酸鋳型を用いるマルチプレックスリアルタイムPCRを実施する工程であって、該第1のレポーター部分と該第2のレポーター部分とが異なる、工程；
（b）
（i）第1のフォワードおよびリバースプライマー、ならびに（ii）第2のフォワードおよびリバースプライマーによって産生されたアンプリコンを検出する工程
を含み、検出する工程が、該第1および第2のレポーター部分からの第1および第2のシグナルを検出する工程を含む、方法。
【請求項８】
試料中のレンチウイルス核酸の量を検出する方法であって、
（a）該試料を第1のフォワードプライマーおよび第1のリバースプライマーと接触させる工程；
（b）該試料を、該レンチウイルス核酸の3'LTR内のジャンクション部位に特異的なジャンクションプローブと接触させる工程であって、該ジャンクションプローブが、該レンチウイルス核酸3'LTRのU3領域内の配列の少なくとも一部分にハイブリダイズすることができる第1の部分および該レンチウイルス核酸3'LTRのR領域内の配列の少なくとも一部分にハイブリダイズすることができる第2の部分を含み、かつ該ジャンクションプローブが第1の検出可能な部分を含む、工程；ならびに
該第1の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程
を含み、該ジャンクションプローブが、SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、方法。
【請求項９】
ジャンクションプローブの第1の部分が、SEQ ID NO: 12のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列にハイブリダイズし、ジャンクションプローブの第2の部分が、SEQ ID NO: 13のヌクレオチド配列にハイブリダイズする、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
ジャンクションプローブのヌクレオチド配列が、SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有する、請求項8記載の方法。
【請求項１１】
試料中のHIV核酸の量を検出する工程をさらに含む、請求項8記載の方法。
【請求項１２】
試料中のレンチウイルス核酸の量およびHIV核酸の量の検出が同じ反応チューブ中で実施され、かつ、
HIV核酸の量の検出が、
試料を、HIV核酸配列の3'LTR内のTATAボックス配列に特異的な第2のプローブと接触させる工程であって、第2のプローブが第2の検出可能な部分にコンジュゲートされている、工程；および
該第2の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程
を含む、
請求項11記載の方法。
【請求項１３】
第2のプローブが、SEQ ID NO: 10のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
第1のフォワードプライマーがNuAfプライマーであり、第1のリバースプライマーがLTR-revプライマーである、請求項12記載の方法。
【請求項１５】
試料中のレンチウイルス核酸の量およびHIV核酸の量の検出が異なる反応チューブ中で実施され、かつ
HIV核酸の量の検出が、
試料を、第2のフォワードプライマー、第2のリバースプライマー、および、SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第2の検出可能な部分を含む第2のプローブと接触させる工程；ならびに
該第2の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程
を含む、請求項11記載の方法。
【請求項１６】
第2のフォワードプライマーが、SEQ ID NO: 4のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、かつ第2のリバースプライマーが、SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項15記載の方法。
【請求項１７】
試料中のレンチウイルス核酸を検出する方法であって、
（a）該試料を第1のフォワードプライマーおよび第1のリバースプライマーと接触させる工程；
（b）該試料を、該レンチウイルス核酸の3'LTR内のジャンクション部位に特異的なジャンクションプローブと接触させる工程
を含み、該レンチウイルス核酸の3'LTRがTATAボックス配列を含まず、該ジャンクション部位が、該レンチウイルス核酸3'LTRのU3領域の一部分および該レンチウイルス核酸3'LTRのR領域の一部分に及び、かつ該ジャンクションプローブの少なくとも一部分がSEQ ID NO: 13のヌクレオチド配列にハイブリダイズし、該方法が、試料を、HIV核酸配列の3'LTR内のTATAボックス配列に特異的な第2のプローブと接触させる工程であって、第2のプローブが第2の検出可能な部分を有し、第1の検出可能な部分と第2の検出可能な部分とが異なる、工程、および、該第2の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程をさらに含む、方法。
【請求項１８】
試料を、第2のフォワードプライマー、第2のリバースプライマー、および、SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のプローブと接触させる工程であって、第2のプローブが第2の検出可能な部分を含み、第1の検出可能な部分と第2の検出可能な部分とが異なる、工程；ならびに該第2の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程をさらに含む、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
試料中のレンチウイルス核酸の量およびHIV核酸の量を定量化する方法であって、該レンチウイルス核酸および該HIV核酸が異なる3'LTRを含み、該方法が、該レンチウイルス核酸および該HIV核酸の両方を、該レンチウイルス核酸の3'LTRおよび該HIV核酸の3'LTRの双方の内部の配列にハイブリダイズするフォワードプライマーならびに該レンチウイルス核酸の3'LTRおよび該HIV核酸の3'LTRの双方の内部の配列にハイブリダイズするリバースプライマーを用いて増幅する工程を含み、該レンチウイルス核酸および該HIV核酸の両方の増幅が1つの反応チューブ中で行われる、該方法。
【請求項２０】
レンチウイルス核酸の3'LTRが、HIV核酸の3'LTRよりも少ない、少なくとも50ヌクレオチドを含む、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
レンチウイルス核酸の3'LTRがTATAボックス配列を含まない、請求項19記載の方法。
【請求項２２】
増幅が、第1のサイズを有するレンチウイルス核酸アンプリコンおよび第2のサイズを有するHIV核酸アンプリコンを産生し、該レンチウイルス核酸のアンプリコンが該HIV核酸のアンプリコンよりも小さい、請求項19記載の方法。
【請求項２３】
電気泳動分離を使用してレンチウイルス核酸アンプリコンとHIV核酸アンプリコンとを分離する、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
レンチウイルス核酸3'LTRが、SEQ ID NO: 15のヌクレオチド配列を有するU3領域を含み、かつHIV核酸3'LTRが、SEQ ID NO: 16のヌクレオチド配列を有するU3領域を含む、請求項19記載の方法。
【請求項２５】
一対のプライマーである、SEQ ID NO: 2を有するプライマーおよびSEQ ID NO: 6を有するプライマーを用いた、レンチウイルス核酸含有試料の増幅によって得られるアンプリコンであって、TATAボックス配列を含まない3'LTRを含む、アンプリコン。
【請求項２６】
SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、検出可能な部分にコンジュゲートされている、単離された核酸。
【請求項２７】
SEQ ID NO: 12のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列にハイブリダイズすることができる第1の部分、およびSEQ ID NO: 13のヌクレオチド配列に少なくとも90%の同一性を有するヌクレオチド配列にハイブリダイズすることができる第2の部分を有し、検出可能な部分にコンジュゲートされている、単離された核酸。
【請求項２８】
SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、Tex-615、Tye-563、Tye-665、Joe、Cy3、Max、Rox、Tet、Texas Red-X、Tamara、およびYakima Yellowからなる群より選択される検出可能な部分にコンジュゲートされている、単離された核酸。
【請求項２９】
SEQ ID NO: 10のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、Tex-615、Tye-563、Tye-665、Joe、Cy3、Max、Rox、Tet、Texas Red-X、Tamara、およびYakima Yellowからなる群より選択される検出可能な部分にコンジュゲートされている、単離された核酸。
【請求項３０】
(a)第1のレポーター部分にコンジュゲートされたジャンクションプローブであって、レンチウイルス核酸3'LTRのU3領域内のヌクレオチド配列にハイブリダイズする第1の部分および該レンチウイルス核酸3'LTRのR領域内のヌクレオチド配列にハイブリダイズする第2の部分を有する核酸配列を含む、ジャンクションプローブ；
(b)フォワードプライマー；および
(c)リバースプライマー
を含む、組成物であって、該ジャンクションプローブの第1の部分がハイブリダイズするレンチウイルス核酸3'LTRのU3領域内のヌクレオチド配列が、SEQ ID NO:12を含み、かつ該ジャンクションプローブの第2の部分がハイブリダイズするレンチウイルス核酸3'LTRのR領域内のヌクレオチド配列が、SEQ ID NO: 13を含む、組成物。
【請求項３１】
ジャンクションプローブが、SEQ ID NO: 14と少なくとも90％の配列同一性を含む、請求項30記載の組成物。
【請求項３２】
第1のレポーター部分とは異なる第2のレポーター部分にコンジュゲートされたTATAプローブをさらに含む、請求項31記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３３】
本開示のもう1つの局面は、レンチウイルス核酸が、TATAボックス配列を含まないU3領域を有する3'LTRを含む、試料中に存在するレンチウイルス核酸とHIV核酸とを識別する方法であって、レンチウイルス核酸を、レンチウイルス核酸の3'LTR内の配列に特異的な第1のプローブによって増幅する工程、およびHIV核酸を、HIV核酸の3'LTR内の配列に特異的な第2のプローブによって増幅する工程を含む、方法である。
[本発明1001]
（a）SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、レポーター部分にコンジュゲートされたプローブ；（b）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むフォワードプライマー；および（c）SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むリバースプライマーを含み、該フォワードプライマーおよび該リバースプライマーのそれぞれが、標的配列を増幅するために該標的配列にアニーリングすることができる、組成物。
[本発明1002]
レポーター部分が、Tex-615、Tye-563、Tye-665、Joe、Cy3、Max、Rox、Tet、Texas Red-X、Tamara、およびYakima Yellowからなる群より選択される、本発明1001の組成物。
[本発明1003]
（a）SEQ ID NO: 10のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、レポーター部分にコンジュゲートされたプローブ；（b）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むフォワードプライマー；および（c）SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むリバースプライマーを含み、該フォワードプライマーおよび該リバースプライマーのそれぞれが、標的配列を増幅するために該標的配列にアニーリングすることができる、組成物。
[本発明1004]
レポーター部分が、Tex-615、Tye-563、Tye-665、Joe、Cy3、Max、Rox、Tet、Texas Red-X、Tamara、およびYakima Yellowからなる群より選択される、本発明1003の組成物。
[本発明1005]
（a）SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、レポーター部分にコンジュゲートされたプローブ；（b）SEQ ID NO: 4のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むフォワードプライマー；および（c）SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むリバースプライマーを含み、該フォワードプライマーおよび該リバースプライマーのそれぞれが、標的配列を増幅するために該標的配列にアニーリングすることができる、組成物。
[本発明1006]
レポーター部分が、Tex-615、Tye-563、Tye-665、Joe、Cy3、Max、Rox、Tet、Texas Red-X、Tamara、およびYakima Yellowからなる群より選択される、本発明1005の組成物。
[本発明1007]
本発明1001の組成物および本発明1003または本発明1005のいずれかの組成物を含む、試料中のレンチウイルス核酸とHIV核酸とを識別するためのキット。
[本発明1008]
第1の標的配列を定量化するための方法であって、該第1の標的配列を含む第1の試料を、本発明1001の組成物のプローブおよびプライマーと接触させる工程；該第1の標的配列を鋳型として使用してリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応を実施する工程；および産生された第1のアンプリコンの量を定量化する工程を含む、方法。
[本発明1009]
第2の標的配列を含む第2の試料を、本発明1002または本発明1003のいずれかの組成物のプローブおよびプライマーと接触させる工程；および該第2の標的配列を鋳型として使用してリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応を実施する工程；および産生された第2のアンプリコンの量を定量化する工程
を含む、該第2の標的配列を定量化する工程をさらに含む、本発明1008の方法。
[本発明1010]
第1および第2の試料が同じ供給源に由来し、かつ第1および第2の標的配列の定量化が1つの反応チャンバ中で実施される、本発明1009の方法。
[本発明1011]
第1および第2の試料が同じ供給源に由来し、かつ第1および第2の標的配列の定量化が別々の反応チャンバ中で実施される、本発明1009の方法。
[本発明1012]
第1の標的配列がレンチウイルス核酸配列であり、かつ第2の標的配列がHIV核酸配列である、本発明1009の方法。
[本発明1013]
産生された第1のアンプリコンの量を定量化する工程が、第1のレポーター部分からのシグナルを検出する工程を含み、かつ産生された第2のアンプリコンの量を定量化する工程が、第2のレポーター部分からのシグナルを検出する工程を含み、該第1のレポーター部分と該第2のレポーター部分とが異なる、本発明1009の方法。
[本発明1014]
（i）第1の時点における、産生された第2のアンプリコンの定量化量に対する産生された第1のアンプリコンの定量化量の第1の比率と；（ii）第2の時点における、産生された第2のアンプリコンの定量化量に対する産生された第1のアンプリコンの定量化量の第2の比率を比較することによってレンチウイルスベクターからの遺伝子導入の効果を評価する工程をさらに含み、HIV核酸に対するレンチウイルス核酸の比率増大が治療効果を示す、本発明1013の方法。
[本発明1015]
第1の標的配列および第2の標的配列が、独立してDNAまたはRNAである、本発明1008の方法。
[本発明1016]
試料中のレンチウイルス核酸および／またはHIV核酸を検出する方法であって、
（a）
（i）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第1のフォワードプライマー、
SEQ ID NO: 6の配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第1のリバースプライマー、および
SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第1のレポーター部分を有する第1のプローブ；
（ii）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のフォワードプライマー、
SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のリバースプライマー、および
SEQ ID NO: 10のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第2のレポーター部分を有する第2のプローブ
を使用して、該試料中のレンチウイルス核酸鋳型およびHIV核酸鋳型を用いるマルチプレックスリアルタイムPCRを実施する工程であって、該第1のレポーター部分と該第2のレポーター部分とが異なる、工程；
（b）
（i）第1のフォワードおよびリバースプライマー、ならびに（ii）第2のフォワードおよびリバースプライマーによって産生されたアンプリコンを検出する工程
を含み、検出する工程が、該第1および第2のレポーター部分からの第1および第2のシグナルを検出する工程を含む、方法。
[本発明1017]
試料中のレンチウイルス核酸および／またはHIV核酸を検出する方法であって、
（a）
（i）SEQ ID NO: 2のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第1のフォワードプライマー、
SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第1のリバースプライマー、および
SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第1のレポーター部分を有する第1のプローブ；
（ii）SEQ ID NO: 4のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のフォワードプライマー、
SEQ ID NO: 6のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のリバースプライマー、および
SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第2のレポーター部分を有する第2のプローブ
を使用して、該試料中のレンチウイルス核酸鋳型およびHIV核酸鋳型を用いるマルチプレックスリアルタイムPCRを実施する工程であって、該第1のレポーター部分と該第2のレポーター部分とが異なる、工程；
（b）
（i）第1のフォワードおよびリバースプライマー、ならびに（ii）第2のフォワードおよびリバースプライマーによって産生されたアンプリコンを検出する工程
を含み、検出する工程が、該第1および第2のレポーター部分からの第1および第2のシグナルを検出する工程を含む、方法。
[本発明1018]
試料中のレンチウイルス核酸の量を検出する方法であって、
（a）該試料を第1のフォワードプライマーおよび第1のリバースプライマーと接触させる工程；
（b）該試料を、該レンチウイルス核酸の3'LTR内のジャンクション部位に特異的なジャンクションプローブと接触させる工程であって、該ジャンクションプローブが、該レンチウイルス核酸3'LTRのU3領域内の配列の少なくとも一部分にハイブリダイズすることができる第1の部分および該レンチウイルス核酸3'LTRのR領域内の配列の少なくとも一部分にハイブリダイズすることができる第2の部分を含み、かつ該ジャンクションプローブが第1の検出可能な部分を含む、工程；ならびに
該第1の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程
を含む、方法。
[本発明1019]
ジャンクションプローブの第1の部分が、SEQ ID NO: 12のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列にハイブリダイズする、本発明1018の方法。
[本発明1020]
ジャンクションプローブの第2の部分が、SEQ ID NO: 13のヌクレオチド配列にハイブリダイズする、本発明1018の方法。
[本発明1021]
ジャンクションプローブが、SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、本発明1186の方法。
[本発明1022]
ジャンクションプローブが、SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、本発明1018の方法。
[本発明1023]
試料中のHIV核酸の量を検出する工程をさらに含む、本発明1018の方法。
[本発明1024]
試料中のレンチウイルス核酸の量およびHIV核酸の量の検出が同じ反応チューブ中で実施される、本発明1023の方法。
[本発明1025]
HIV核酸の量の検出が、
試料を、HIV核酸配列の3'LTR内のTATAボックス配列に特異的な第2のプローブと接触させる工程であって、第2のプローブが第2の検出可能な部分にコンジュゲートされている、工程；および
該第2の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程
を含む、本発明1024の方法。
[本発明1026]
第2のプローブが、SEQ ID NO: 10のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する、本発明1026の方法。
[本発明1027]
第1のフォワードプライマーがNuAfプライマーであり、第1のリバースプライマーがLTR-revプライマーである、本発明1026の方法。
[本発明1028]
NuAfプライマーがSEQ ID NO: 2の配列を有する、本発明1027の方法。
[本発明1029]
LTR-revプライマーがSEQ ID NO: 6の配列を有する、本発明1027の方法。
[本発明1030]
試料中のレンチウイルス核酸の量およびHIV核酸の量の検出が異なる反応チューブ中で実施される、本発明1023の方法。
[本発明1031]
HIV核酸の量の検出が、試料を、第2のフォワードプライマー、第2のリバースプライマー、および、SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を有し、第2の検出可能な部分を含む第2のプローブと接触させる工程；ならびに該第2の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程を含む、本発明1030の方法。
[本発明1032]
第2のフォワードプライマーが、SEQ ID NO: 3のヌクレオチド配列にハイブリダイズする、本発明1031の方法。
[本発明1033]
第2のフォワードプライマーが、SEQ ID NO: 4のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、本発明1031の方法。
[本発明1034]
第2のリバースプライマーがSEQ ID NO: 6の配列を含む、本発明1031の方法。
[本発明1035]
試料中のレンチウイルス核酸を検出する方法であって、
（a）該試料を第1のフォワードプライマーおよび第1のリバースプライマーと接触させる工程；
（b）該試料を、該レンチウイルス核酸の3'LTR内のジャンクション部位に特異的なジャンクションプローブと接触させる工程
を含み、該レンチウイルス核酸の3'LTRがTATAボックス配列を含まず、該ジャンクション部位が、該レンチウイルス核酸3'LTRのU3領域の一部分および該レンチウイルス核酸3'LTRのR領域の一部分に及び、かつ該ジャンクションプローブの少なくとも一部分がSEQ ID NO: 13のヌクレオチド配列にハイブリダイズする、方法。
[本発明1036]
試料を、HIV核酸配列の3'LTR内のTATAボックス配列に特異的な第2のプローブと接触させる工程であって、第2のプローブが第2の検出可能な部分を有し、第1の検出可能な部分と第2の検出可能な部分とが異なる、工程、および、該第2の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程をさらに含む、本発明1035の方法。
[本発明1037]
試料を、第2のフォワードプライマー、第2のリバースプライマー、および、SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも80％の同一性を有するヌクレオチド配列を有する第2のプローブと接触させる工程であって、第2のプローブが第2の検出可能な部分を含み、第1の検出可能な部分と第2の検出可能な部分とが異なる、工程；ならびに該第2の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程をさらに含む、本発明1035の方法。
[本発明1038]
試料中のレンチウイルス核酸の量およびHIV核酸の量を定量化する方法であって、該レンチウイルス核酸および該HIV核酸が異なる3'LTRを含み、該方法が、該レンチウイルス核酸および該HIV核酸の両方を、該レンチウイルス核酸の3'LTRおよび該HIV核酸の3'LTRの双方の内部の配列にハイブリダイズするフォワードプライマーならびに該レンチウイルス核酸の3'LTRおよび該HIV核酸の3'LTRの双方の内部の配列にハイブリダイズするリバースプライマーを用いて増幅する工程を含み、該レンチウイルス核酸および該HIV核酸の両方の増幅が1つの反応チューブ中で行われる、該方法。
[本発明1039]
レンチウイルス核酸の3'LTRが、HIV核酸の3'LTRよりも少ない、少なくとも50ヌクレオチドを含む、本発明1038の方法。
[本発明1040]
レンチウイルス核酸の3'LTRがTATAボックス配列を含まない、本発明1039の方法。
[本発明1041]
増幅が、第1のサイズを有するレンチウイルス核酸アンプリコンおよび第2のサイズを有するHIV核酸アンプリコンを産生し、該レンチウイルス核酸のアンプリコンが該HIV核酸のアンプリコンよりも小さい、本発明1039の方法。
[本発明1042]
電気泳動分離を使用してレンチウイルス核酸アンプリコンとHIV核酸アンプリコンとを分離する、本発明1041の方法。
[本発明1043]
レンチウイルス核酸3'LTRが、SEQ ID NO: 15のヌクレオチド配列を有するU3領域を含む、本発明1038の方法。
[本発明1044]
HIV核酸3'LTRが、SEQ ID NO: 16のヌクレオチド配列を有するU3領域を含む、本発明1038の方法。
[本発明1045]
レンチウイルス核酸含有試料から、一対のプライマーである、SEQ ID NO: 2を有するプライマーおよびSEQ ID NO: 6を有するプライマーを用いる増幅によって得られるアンプリコンであって、TATAボックス配列を含まない3'LTRを含む、アンプリコン。
[本発明1046]
SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、単離された核酸配列。
[本発明1047]
検出可能な部分にコンジュゲートされている、本発明1046の単離された核酸配列。
[本発明1048]
SEQ ID NO: 15のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、単離された核酸配列。
[本発明1049]
SEQ ID NO: 14のヌクレオチド配列と少なくとも70％の同一性を有するヌクレオチド配列を含み、SEQ ID NO: 15のヌクレオチド配列のフラグメントにハイブリダイズすることができる、単離された核酸配列。
[本発明1050]
SEQ ID NO: 12のヌクレオチド配列と少なくとも70％の同一性を有するヌクレオチド配列にハイブリダイズすることができる第1の部分、およびSEQ ID NO: 13のヌクレオチド配列にハイブリダイズすることができる第2の部分を有する、単離された核酸配列。
[本発明1051]
検出可能な部分にコンジュゲートされている、本発明1050の単離された核酸配列。
[本発明1052]
SEQ ID NO: 8のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、単離された核酸配列。
[本発明1053]
検出可能な部分にコンジュゲートされている、本発明1052の単離された核酸配列。
[本発明1054]
SEQ ID NO: 10のヌクレオチド配列と少なくとも90％の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、単離された核酸配列。
[本発明1055]
検出可能な部分にコンジュゲートされている、本発明1054の単離された核酸配列。
[本発明1056]
HIV陽性患者を治療する方法であって、
（i）該患者から細胞を得る工程；
（ii）得られた細胞を、該細胞中へのCal-1の取り込みに好都合な条件下で、Cal-1レンチウイルスベクターで処理する工程；
（iii）処理された細胞を、遺伝子修飾の存在についてアッセイする工程；
（iv）該処理された細胞が該遺伝子修飾の存在について陽性とアッセイされる場合、該処理された細胞を該患者に投与する工程
を含む、方法。
[本発明1057]
遺伝子修飾の存在についてアッセイする工程が、処理された細胞内のジャンクション部位を検出する工程を含む、本発明1056の方法。
[本発明1058]
ジャンクション部位の検出が、試料を、SEQ ID NO: 14の核酸配列と少なくとも90％の同一性を有する核酸配列を含むジャンクションプローブと接触させる工程を含む、本発明1057の方法。
[本発明1059]
遺伝子修飾の検出がDNAまたはRNAレベルで実施される、本発明1056の方法。
[本発明1060]
患者におけるHIVベースの組み換えベクターの治療効果を判定するための方法であって、
（i）該患者から細胞を得る工程；
（ii）得られた細胞を、該得られた細胞中へのCal-1の取り込みに好都合な条件下で、Cal-1レンチウイルスベクターで処理する工程；
（iii）第1の時点において、得られた細胞中に存在する野生型HIV核酸のレベルをアッセイする工程；
（iv）第2の時点において、該得られた細胞中に存在する該野生型HIV核酸のレベルをアッセイする工程；
（v）第1の時点において、該得られた細胞中に存在するCal-1核酸のレベルをアッセイする工程；
（vi）第2の時点において、該得られた細胞中に存在する該Cal-1核酸のレベルをアッセイする工程であって、該Cal-1核酸および該野生型HIV核酸のレベルのアッセイが、本発明1016および1017のいずれかのように実施される、工程
を含み、第2の時点における該野生型HIV核酸のレベルの低下および該Cal-1核酸のレベルの上昇がCal-1の治療効果を示す、方法。
[本発明1061]
工程（iii）〜（vi）をさらなる時点において繰り返す、本発明1006の方法。
[本発明1062]
試料中のレンチウイルスRNAの量を検出する方法であって、（a）該レンチウイルスRNAをcDNAに変換する工程；（b）該試料を第1のフォワードプライマーおよび第1のリバースプライマーと接触させる工程；（c）該試料を、レンチウイルス核酸の3'LTR内のジャンクション部位に特異的なジャンクションプローブと接触させる工程であって、該ジャンクションプローブが、レンチウイルス核酸3'LTRのU3領域内の配列の少なくとも一部分にハイブリダイズすることができる第1の部分および該レンチウイルス核酸3'LTRのR領域内の配列の少なくとも一部分にハイブリダイズすることができる第2の部分を含み、かつ該ジャンクションプローブが第1の検出可能な部分を含む、工程；ならびに該第1の検出可能な部分からのシグナルを検出する工程を含む、方法。
[本発明1063]
同一物中のHIV核酸の量を検出する工程をさらに含み、該HIV核酸がDNAまたはRNAである、本発明1061の方法。