【手続補正書】
【提出日】平成31年4月26日(2019.4.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
イメージングシステム（１００）であって、
ピンホールマスク（１０８）を介して励起光（１０４）を用いてサンプル（１１４）を照明するよう構成された照明源と、
前記ピンホールマスク（１０８）または前記サンプル（１１４）を第一の位置に移動させるよう構成された移動装置（９００）と、
前記第一の位置で前記サンプルの画像をキャプチャして、前記画像をデータに変換するよう構成されたセンサ（１２０）と、
画像処理モジュール（４０４）であって、
前記ピンホールマスク（１０８）のピンホールの既知の間隔を用いて前記データをフィルタして、前記間隔に対応するデータを取得し、
閾値を用いて、ピンホールに関連付けるのに十分に明るい残存データの領域を特定し、
前記領域の重心を算出し、
前記ピンホールマスク（１０８）に対する既知のパターンを、前記ピンホールの位置に関する、前記データに対する最良適合を特定するために前記領域に適合させるよう構成された画像処理モジュール（４０４）と、
前記最良適合データを保存するよう構成された記憶媒体と、
以後の共焦点キャプチャルーチンで用いるために前記サンプルの複数の画像を取得するために、前記照明源および前記移動装置（９００）を制御するよう構成された制御モジュール（４０２）と
を備える、システム。
【請求項２】
前記画像処理モジュール（４０４）はさらに、前記キャプチャした画像に対応する前記データを高めるよう構成される、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記データを高めることが、前記データの鮮鋭度およびコントラストをブーストすることを含む、請求項２に記載のシステム。
【請求項４】
前記データをフィルタすることが、前記データを周波数ドメインに変換し、バンドパスフィルタを前記変換したデータに適用することを含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記画像処理モジュール（４０４）はさらに、雑音を除去し、前記フィルタされたデータにおける輝度変化を算出するよう構成される、請求項１に記載のシステム。
【請求項６】
前記画像処理モジュール（４０４）はさらに、輝度閾値を上回るデータのみを維持するよう構成される、請求項５に記載のシステム。
【請求項７】
前記画像処理モジュール（４０４）はさらに、ヒストグラムビニング技法を適用して前記輝度閾値を上回るデータを特定するよう構成される、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
前記画像処理モジュール（４０４）はさらに、回転、スケールおよびオフセット係数のうちの少なくとも１つを、反復プロセスにおいて一対の重心に適用して、前記最良適合を特定することを助けるよう構成される、請求項１に記載のシステム。
【請求項９】
前記画像処理モジュール（４０４）はさらに、前記ピンホールの前記位置に対する前記最良適合データを用いて、前記ピンホールの前記位置に関連付けられたデータを処理し、前記ピンホールの前記位置に関連しないデータは無視することで、前記サンプルの共焦点合成画像を取得するよう構成される、請求項１に記載のシステム。
【請求項１０】
前記センサ（１２０）は電荷結合素子（ＣＣＤ）またはＣＭＯＳ素子を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項１１】
前記画像処理モジュール（４０４）はさらに、前記複数の画像および前記最良適合データを用いて合成共焦点画像を生成するよう構成される、請求項１に記載のシステム。
【請求項１２】
前記ピンホールマスク（１０８）は矩形、四角形、または円筒状マスクである、請求項１に記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
別の態様によると、蛍光イメージングシステムにおいて取得される合成共焦点画像をキャプチャする方法は、ピンホールマスクを介して励起光を用いてサンプルを照明することと、移動装置を用いてピンホールマスクまたはサンプルを第一の位置に移動することと、第一の位置においてサンプルの画像をキャプチャすることと、画像をデータに変換することと、画像処理モジュールにおいて、ピンホールマスクのピンホールの既知の間隔を用いてデータをフィルタして間隔に対応するデータを取得し、閾値を用いてピンホールに関連付けるに十分に明るい残存データの領域を特定し、領域の重心を算出し、データに対する最良適合を特定するためにピンホールマスクに対する既知のパターンを領域に適合させることと、記憶媒体に最良適合データを保存することと、制御モジュールにおいて、以後の共焦点キャプチャルーチンで用いるためのサンプルの複数の画像を取得するために、最良適合データを用いて照明源と移動装置を制御することと、を含む。
本発明は、例えば、以下を提供する。
（項目１）
イメージングシステムを較正する方法であって、
ピンホールマスクを介して励起光を用いてサンプルを照明すること、
センサを用いて、前記サンプルの画像をキャプチャすること、
前記画像をデータに変換すること、
処理モジュールにおいて、
ピンホールマスクのピンホールの既知の間隔を用いて前記データをフィルタして、前記間隔に対応するデータを取得することと、
閾値を用いて、ピンホールに関連付けるのに十分に明るい残存データの領域を特定することと、
前記領域の重心を算出することと、
前記ピンホールマスクに対する既知のパターンを、前記ピンホールの位置に関する、前記データに対する最良適合を特定するために前記領域に適合させること、そして、
記憶媒体に、前記最良適合データを以後の共焦点キャプチャルーチンで用いるために保存すること、を含む、方法。
（項目２）
前記処理モジュールにおいて、前記キャプチャした画像に対応する前記データを高めることをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記データを高めることが、前記データの鮮鋭度およびコントラストをブーストすることを含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記データをフィルタすることが、前記データを周波数ドメインに変換し、バンドパスフィルタを前記変換したデータに適用することを含む、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記処理モジュールにおいて、雑音を除去し、前記フィルタされたデータにおける輝度変化を算出することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記処理モジュールにおいて、輝度閾値を上回る前記フィルタされたデータにおけるデータのみを維持することをさらに含む、項目５に記載の方法。
（項目７）
ヒストグラムビニング技法を用いて、前記輝度閾値を上回るデータを特定する、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記処理モジュールにおいて、回転、スケールおよびオフセット係数のうちの少なくとも１つを、反復プロセスにおいて一対の重心に適用して、前記最良適合を特定することを助けることをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記ピンホールの前記位置に対する前記最良適合データを用いて、前記ピンホールの前記位置に関連付けられたデータを処理し、前記ピンホールの前記位置に関連しないデータは無視することで、前記サンプルの共焦点合成画像を取得することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
蛍光イメージングシステムであって、
ピンホールマスクを介して励起光を用いてサンプルを照明するよう構成された照明源と、前記ピンホールマスクまたは前記サンプルを第一の位置に移動させるよう構成された移動装置と、
前記第一の位置で前記サンプルの画像をキャプチャして、前記画像をデータに変換するよう構成されたセンサと、
画像処理モジュールであって、
前記ピンホールマスクのピンホールの既知の間隔を用いて前記データをフィルタして、前記間隔に対応するデータを取得し、
閾値を用いて、ピンホールに関連付けるのに十分に明るい残存データの領域を特定し、
前記領域の重心を算出し、
前記ピンホールマスクに対する既知のパターンを、前記ピンホールの位置に関する、前記データに対する最良適合を特定するために前記領域に適合させるよう構成された画像処理モジュールと、
前記最良適合データを保存するよう構成された記憶媒体と、
以後の共焦点キャプチャルーチンで用いるために前記サンプルの複数の画像を取得するために、前記照明源および前記移動装置を制御するよう構成された制御モジュールと、を備える、システム。
（項目１１）
前記画像処理モジュールはさらに、前記キャプチャした画像に対応する前記データを高めるよう構成される、項目１０に記載のシステム。
（項目１２）
前記データを高めることが、前記データの鮮鋭度およびコントラストをブーストすることを含む、項目１１に記載のシステム。
（項目１３）
前記データをフィルタすることが、前記データを周波数ドメインに変換し、バンドパスフィルタを前記変換したデータに適用することを含む、項目１０に記載のシステム。
（項目１４）
前記画像処理モジュールはさらに、雑音を除去し、前記フィルタされたデータにおける輝度変化を算出するよう構成される、項目１０に記載のシステム。
（項目１５）
前記画像処理モジュールはさらに、輝度閾値を上回るデータのみを維持するよう構成される、項目１４に記載のシステム。
（項目１６）
前記画像処理モジュールはさらに、ヒストグラムビニング技法を適用して前記輝度閾値を上回るデータを特定するよう構成される、項目１５に記載のシステム。
（項目１７）
前記画像処理モジュールはさらに、回転、スケールおよびオフセット係数のうちの少なくとも１つを、反復プロセスにおいて一対の重心に適用して、前記最良適合を特定することを助けるよう構成される、項目１０に記載のシステム。
（項目１８）
前記画像処理モジュールはさらに、前記ピンホールの前記位置に対する前記最良適合データを用いて、前記ピンホールの前記位置に関連付けられたデータを処理し、前記ピンホールの前記位置に関連しないデータは無視することで、前記サンプルの共焦点合成画像を取得するよう構成される、項目１０に記載のシステム。
（項目１９）
前記センサは電荷結合素子（ＣＣＤ）またはＣＭＯＳ素子を含む、項目１０に記載のシステム。
（項目２０）
前記画像処理モジュールはさらに、前記複数の画像および前記最良適合データを用いて合成共焦点画像を生成するよう構成される、項目１０に記載のシステム。
（項目２１）
前記ピンホールマスクは矩形、四角形、または円筒状マスクである、項目１０に記載のシステム。
（項目２２）
蛍光イメージングシステムにおいて取得される合成共焦点画像をキャプチャする方法であって、
ピンホールマスクを介して励起光を用いてサンプルを照明すること、
前記ピンホールマスクまたは前記サンプルを移動装置を用いて第一の位置に移動させること、
前記第一の位置において前記サンプルの画像をキャプチャすること、
前記画像をデータに変換すること、
画像処理モジュールにおいて、
前記ピンホールマスクのピンホールの既知の間隔を用いて前記データをフィルタして、前記間隔に対応するデータを取得することと、
閾値を用いて、ピンホールに関連付けるのに十分に明るい残存データの領域を特定することと、
前記領域の重心を算出することと、
前記ピンホールマスクに対する既知のパターンを、前記ピンホールの位置に関して、前記データに対する最良適合を特定するために前記領域に適合させること、
前記最良適合データを記憶媒体に保存すること、そして、
制御モジュールにおいて、以後の共焦点キャプチャルーチンで用いるために前記サンプルの複数の画像を取得するために、前記照明源および前記移動装置を制御すること、を含む、方法。
（項目２３）
前記画像処理モジュールにおいて、前記キャプチャした画像に対応する前記データを高めることをさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目２４）
前記データを高めることが、前記データの鮮鋭度およびコントラストをブーストすることを含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記データをフィルタすることが、前記データを周波数ドメインに変換し、バンドパスフィルタを前記変換したデータに適用することを含む、項目２２に記載の方法。
（項目２６）
前記画像処理モジュールにおいて、雑音を除去し、前記フィルタされたデータにおける輝度変化を算出することをさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目２７）
前記画像処理モジュールにおいて、輝度閾値を上回るデータのみを維持することをさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目２８）
前記画像処理モジュールにおいて、ヒストグラムビニング技法を適用して前記輝度閾値を上回るデータを特定することをさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目２９）
前記画像処理モジュールにおいて、回転、スケールおよびオフセット係数のうちの少なくとも１つを、反復プロセスにおいて一対の重心に適用して、前記最良適合を特定することを助けることをさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目３０）
前記画像処理モジュールにおいて、前記ピンホールの前記位置に対する前記最良適合データを用いて、前記ピンホールの前記位置に関連付けられたデータを処理し、前記ピンホールの前記位置に関連しないデータは無視することで、前記サンプルの共焦点合成画像を取得することをさらに含む、項目２２に記載の方法。
（項目３１）
前記画像処理モジュールにおいて、前記複数の画像および前記最良適合データを用いて合成共焦点画像を生成することをさらに含む、項目２２に記載のシステム。