【手続補正書】
【提出日】令和1年7月5日(2019.7.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
電気泳動によりドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル上で決定される８２ｋＤａ、７８ｋＤａ、７２ｋＤａ、または６８ｋＤａの分子量を有する少なくとも２つの単離されたタンパク質であって、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅから、鉄キレート剤を含む培地中でインキュベートするときは単離可能であり、前記鉄キレート剤を含まない前記培地中で増殖するときは単離可能でない前記タンパク質、及び
薬学的に許容され得るキャリアを含み、
Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染症から動物を防護する、組成物。
【請求項２】
３５ｋＤａ及び３３ｋＤａの分子量を有する１つまたは２つのタンパク質をさらに含み、分子量が、電気泳動によりドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル上で決定される、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記動物が、マウス、ウシ、例えば酪牛、及びヒトから選択される、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記タンパク質のうちの少なくとも１つが、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、または配列番号４４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
配列番号４５、配列番号４６、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５８、配列番号６１、または配列番号６４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含むタンパク質をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅから、鉄キレート剤を含む培地中でインキュベートするときに単離可能である８７ｋＤａタンパク質をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、及び配列番号４４から選択されるタンパク質と構造的に類似する、または１００％同一性を有する少なくとも２つの単離されたタンパク質；ならびに
薬学的に許容され得るキャリアを含む、組成物。
【請求項８】
配列番号４５、配列番号４６、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５８、配列番号６１、または配列番号６４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含むタンパク質をさらに含む、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
配列番号４１、配列番号５８、配列番号６１、及び配列番号６４から選択されるタンパク質と構造的に類似する、または１００％同一性を有する少なくとも２つのタンパク質；及び
薬学的に許容され得るキャリアを含む、組成物。
【請求項１０】
配列番号４５、配列番号４６、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５８、配列番号６１、または配列番号６４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含むタンパク質をさらに含む、請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
アジュバントをさらに含む、請求項１〜１０のいずれかに記載の組成物。
【請求項１２】
対象における前記組成物の少なくとも１つのタンパク質に特異的に結合する抗体の生成を誘発するのに有効な量の前記組成物が前記対象に投与されることを特徴とする、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１３】
対象における感染症を処置するための請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物であって、有効量の前記組成物がグラム陰性微生物により引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある対象に投与されることを特徴とする、前記組成物。
【請求項１４】
対象における症状を処置するための請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物であって、有効量の前記組成物がグラム陰性微生物により引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある対象に投与されることを特徴とする、前記組成物。
【請求項１５】
対象におけるコロニー形成を低減させるための請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物であって、有効量の前記組成物がグラム陰性微生物によりコロニー形成された対象に投与されることを特徴とする、前記組成物。
【請求項１６】
前記グラム陰性微生物が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．．Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｓｐｐ．、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項１２〜１５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１７】
対象における状態を処置するための請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物であって、有効量の前記組成物が、それを必要とする対象に投与されることを特徴とする、前記組成物。
【請求項１８】
前記対象が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐにより引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
前記状態が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｓｐｐ．、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、またはそれらの組み合わせにより引き起こされる、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２０】
前記状態が、乳房炎を含む、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２１】
前記状態が、対象の乳汁中の高体細胞数を含む、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２２】
前記状態が、低産乳量を含む、請求項１７に記載の組成物。
【請求項２３】
対象における感染症を処置するための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する抗体を含み、
有効量の前記組成物が、グラム陰性微生物により引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある対象に投与されることを特徴とする、前記組成物。
【請求項２４】
対象における症状を処置するための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する抗体を含み、
有効量の前記組成物が、グラム陰性微生物により引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある対象に投与されることを特徴とする、前記組成物。
【請求項２５】
対象におけるコロニー形成を低減するための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する抗体を含み、
有効量の前記組成物が、グラム陰性微生物によりコロニー形成された対象に投与されることを特徴とする、前記組成物。
【請求項２６】
前記グラム陰性微生物が、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｓｐｐ．、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２７】
対象における状態を処置するための組成物であって、前記組成物は、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する抗体を含み、
有効量の前記組成物が、それを必要とする対象に投与されることを特徴とする、前記組成物。
【請求項２８】
前記対象が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐにより引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
前記状態が、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｓｐｐ．、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、またはそれらの組み合わせにより引き起こされる、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３０】
前記状態が、乳房炎を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３１】
前記状態が、対象の乳汁中の高体細胞数を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３２】
前記状態が、低産乳量を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項３３】
前記対象が哺乳類である、請求項１２〜３２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３４】
前記哺乳類が、ヒトまたはウシである、請求項３３に記載の組成物。
【請求項３５】
前記Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．が、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａまたはＫ．ｏｘｙｔｏｃａである、請求項１２〜３２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３６】
少なくとも１００マイクログラム（μｇ）及び１，８００μｇ以下の前記少なくとも２つの単離されたタンパク質または前記抗体が投与されることを特徴とする、請求項１２〜３２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３７】
タンパク質と特異的に結合する抗体を検出するためのキットであって、別々の容器内に：
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物の単離されたタンパク質；及び
前記タンパク質と特異的に結合する抗体を検出する試薬を含む、前記キット。
【請求項３８】
タンパク質を検出するためのキットであって、別々の容器内に：
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物の単離されたタンパク質と特異的に結合する抗体；及び
前記タンパク質と特異的に結合する第二の試薬を含む、前記キット。
【請求項３９】
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する単離された抗体を含む、組成物。
【請求項４０】
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質を含む単離された全細胞を含む、組成物。
【請求項４１】
請求項４０に記載の全細胞に特異的に結合する単離された抗体を含む、組成物。
【請求項４２】
組成物を作製するための方法であって、
Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．から請求項１に記載の少なくとも２つの単離されたタンパク質を含む組成物を単離すること；及び
前記組成物に第二の細胞により発現される少なくとも１つの組換えタンパク質を補充することを含む、前記方法。
【請求項４３】
前記第二の細胞が、Ｅ  ｃｏｌｉである、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記少なくとも１つの組換えタンパク質が、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５８、配列番号６１、または配列番号６４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含むタンパク質から選択される、請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染症から動物を防護するための組成物であって、前記組成物は、８２ｋＤａ、７８ｋＤａ、７２ｋＤａ、または６８ｋＤａの分子量を有する第１の単離されたタンパク質、及び薬学的に許容され得るキャリアを含み、前記組成物は、８２ｋＤａ、７８ｋＤａ、７２ｋＤａ、または６８ｋＤａの分子量を有する１つまたは複数の第２の単離されたタンパク質と組み合わせて使用されることを特徴とし、前記第１の単離されたタンパク質は、前記１つまたは複数の第２の単離されたタンパク質とは異なり、前記分子量は、電気泳動によりドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル上で決定され、前記第１および第２のタンパク質は、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅから、鉄キレート剤を含む培地中でインキュベートするときは単離可能であり、前記鉄キレート剤を含まない前記培地中で増殖するときは単離可能でない、組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
本発明の上記概要は、本発明のそれぞれの開示された実施形態またはすべての実装を記載することを意図しない。以下の説明は、例示的な実施形態をより具体的に例示する。本明細書中のいくつかの箇所では、例の列挙によりガイダンスが提供され、その例は様々な組み合わせにおいて使用することができる。それぞれの例では、列挙したリストは、代表的な群としてのみ機能し、排他的なリストとして解釈されるべきではない。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
電気泳動によりドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル上で決定される８２ｋＤａ、７８ｋＤａ、７２ｋＤａ、または６８ｋＤａの分子量を有する少なくとも２つの単離されたタンパク質であって、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅから、鉄キレート剤を含む培地中でインキュベートするときは単離可能であり、前記鉄キレート剤を含まない前記培地中で増殖するときは単離可能でない前記タンパク質、及び
薬学的に許容され得るキャリアを含み、
Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅによる感染症から動物を防護する、組成物。
（項目２）
３５ｋＤａ及び３３ｋＤａの分子量を有する１つまたは２つのタンパク質をさらに含み、分子量が、電気泳動によりドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲル上で決定される、項目１に記載の組成物。
（項目３）
前記動物が、マウス、ウシ、例えば酪牛、及びヒトから選択される、項目１に記載の組成物。
（項目４）
前記タンパク質のうちの少なくとも１つが、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、または配列番号４４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含む、項目１に記載の組成物。
（項目５）
配列番号４５、配列番号４６、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５８、配列番号６１、または配列番号６４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含むタンパク質をさらに含む、項目１に記載の組成物。
（項目６）
Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅから、鉄キレート剤を含む培地中でインキュベートするときに単離可能である８７ｋＤａタンパク質をさらに含む、項目１に記載の組成物。
（項目７）
配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、及び配列番号４４から選択されるタンパク質と構造的に類似する、または１００％同一性を有する少なくとも２つの単離されたタンパク質；ならびに
薬学的に許容され得るキャリアを含む、組成物。
（項目８）
配列番号４５、配列番号４６、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５８、配列番号６１、または配列番号６４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含むタンパク質をさらに含む、項目７に記載の組成物。
（項目９）
配列番号４１、配列番号５８、配列番号６１、及び配列番号６４から選択されるタンパク質と構造的に類似する、または１００％同一性を有する少なくとも２つのタンパク質；及び
薬学的に許容され得るキャリアを含む、組成物。
（項目１０）
配列番号４５、配列番号４６、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５８、配列番号６１、または配列番号６４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含むタンパク質をさらに含む、項目９に記載の組成物。
（項目１１）
アジュバントをさらに含む、項目１〜１０のいずれかに記載の組成物。
（項目１２）
対象に、ある量の項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物を投与することを含み、前記対象における前記組成物の少なくとも１つのタンパク質に特異的に結合する抗体の生成を誘発するのに有効である、方法。
（項目１３）
対象における感染症を処置するための方法であって、
有効量の項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物をグラム陰性微生物により引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある対象に投与することを含む、前記方法。
（項目１４）
対象における症状を処置するための方法であって、
有効量の項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物をグラム陰性微生物により引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある対象に投与することを含む、前記方法。
（項目１５）
対象におけるコロニー形成を低減させるための方法であって、
有効量の項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物をグラム陰性微生物によりコロニー形成された対象に投与することを含む、前記方法。
（項目１６）
前記グラム陰性微生物が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．．Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｓｐｐ．、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、またはそれらの組み合わせから選択される、項目１２〜１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
対象における状態を処置するための方法であって、
有効量の項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物を、それを必要とする対象に投与することを含む、前記方法。
（項目１８）
前記対象が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐにより引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記状態が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｓｐｐ．、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、またはそれらの組み合わせにより引き起こされる、項目１７に記載の方法。
（項目２０）
前記状態が、乳房炎を含む、項目１７に記載の方法。
（項目２１）
前記状態が、対象の乳汁中の高体細胞数を含む、項目１７に記載の方法。
（項目２２）
前記状態が、低産乳量を含む、項目１７に記載の方法。
（項目２３）
対象における感染症を処置するための方法であって、
有効量の組成物を、グラム陰性微生物により引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある対象に投与することを含み、前記組成物が、項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する抗体を含む、前記方法。
（項目２４）
対象における症状を処置するための方法であって、
有効量の組成物を、グラム陰性微生物により引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある対象に投与することを含み、前記組成物が、項目１〜１１のいずれか一項
に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する抗体を含む、前記方法。
（項目２５）
対象におけるコロニー形成を低減するための方法であって、
有効量の組成物を、グラム陰性微生物によりコロニー形成された対象に投与することを含み、前記組成物が、項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する抗体を含む、前記方法。
（項目２６）
前記グラム陰性微生物が、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｓｐｐ．、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、またはそれらの組み合わせから選択される、項目２３〜２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
対象における状態を処置するための方法であって、
有効量の組成物を、それを必要とする対象に投与することを含み、前記組成物が、項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する抗体を含む、前記方法。
（項目２８）
前記対象が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐにより引き起こされる感染症を有するまたは有するリスクがある、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記状態が、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｓｐｐ．、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐｐ．、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｐ．、またはそれらの組み合わせにより引き起こされる、項目２７に記載の方法。
（項目３０）
前記状態が、乳房炎を含む、項目２７に記載の方法。
（項目３１）
前記状態が、対象の乳汁中の高体細胞数を含む、項目２７に記載の方法。
（項目３２）
前記状態が、低産乳量を含む、項目２７に記載の方法。
（項目３３）
前記対象が哺乳類である、項目１２〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記哺乳類が、ヒトまたはウシである、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐｐ．が、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａまたはＫ．ｏｘｙｔｏｃａである、項目１２〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
少なくとも７００マイクログラム（μｇ）及び１，２００μｇ以下のタンパク質が投与される、項目１２〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
タンパク質と特異的に結合する抗体を検出するためのキットであって、別々の容器内に：
項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物の単離されたタンパク質；及び
前記タンパク質と特異的に結合する抗体を検出する試薬を含む、前記キット。
（項目３８）
タンパク質を検出するためのキットであって、別々の容器内に：
項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物の単離されたタンパク質と特異的に結合する抗体；及び
前記タンパク質と特異的に結合する第二の試薬を含む、前記キット。
（項目３９）
項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質に特異的に結合する単離された抗体を含む、組成物。
（項目４０）
項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物のタンパク質を含む単離された全細胞を含む、組成物。
（項目４１）
項目４０に記載の全細胞に特異的に結合する単離された抗体を含む、組成物。
（項目４２）
組成物を作製するための方法であって、
Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅから項目１に記載の組成物を単離すること；及び
前記組成物に第二の細胞により発現される少なくとも１つの組換えタンパク質を補充することを含む、前記方法。
（項目４３）
前記第二の細胞が、Ｅ  ｃｏｌｉである、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記少なくとも１つの組換えタンパク質が、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４９、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５８、配列番号６１、または配列番号６４と構造的に類似する、または１００％同一性を有する、アミノ酸配列を含むタンパク質から選択される、項目４２に記載の方法。