【手続補正書】
【提出日】令和1年10月15日(2019.10.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の進行が高リスクであるかまたは低リスクであるかを評価する方法であって、前記個体から得られる全血試料中の２個以上の遺伝子の発現レベルを測定することにより、前記個体が高リスク（ＩＢＤ１）表現型を有するかまたは低リスク（ＩＢＤ２）表現型を有するかを確認することを含み、
ここで、前記２個以上の遺伝子が、
アレスチンドメイン含有４（ＡＲＲＤＣ４）；
グアニル酸結合タンパク質５（ＧＢＰ５）；
プリン作動性受容体Ｐ２Ｙ  Ｇタンパク質共役、１４（Ｐ２ＲＹ１４）；
ヴォールトＲＮＡ１−１（ＶＴＲＮＡ１−１）；
インターロイキン１８受容体アクセサリータンパク質（ＩＬ１８ＲＡＰ）；
ハプトグロビン（ＨＰ）；
ｎｕｄｉｘ（ヌクレオシド二リン酸連結部分Ｘ）型モチーフ７（ＮＵＤＴ７）；
グランザイムＨ（ＧＺＭＨ）；
Ｔ細胞受容体γ定常２（ＴＲＧＣ２）；
レクチン、ガラクトシド結合様（ＬＧＡＬＳＬ）；
Ｆｃ受容体様５（ＦＣＲＬ５）；
インターフェロン誘導タンパク質４４様（ＩＦＩ４４Ｌ）；
長い遺伝子間非タンパク質コードＲＮＡ１１３６（ＬＩＮＣ０１１３６）；
リンパ球抗原９６（ＬＹ９６）；
グランザイムＫ（ＧＺＭＫ）；および
Ｔ細胞受容体γ可変３（ＴＲＧＶ３）
からなる群から選択され、
ＩＢＤ１表現型が、ＩＢＤ２表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、および／またはＧＺＭＫの上方制御発現、ならびに遺伝子ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、および／またはＴＲＧＶ３の下方制御発現を特徴としている、方法。
【請求項２】
前記個体におけるＩＢＤの進行の前記リスクが、
ａ）前記選択遺伝子の前記測定された発現レベルを重み付けすること；
ｂ）前記リスクスコアを決定するために、ロジスティック回帰モデルを前記重み付けした発現レベルに適用すること、ここで、０．５未満のリスクスコアがＩＢＤの進行の低リスクを示し、かつ０．５超のリスクスコアがＩＢＤの進行の高リスクを示す、および
ｃ）前記決定の結果をまとめた報告を作成すること、
によって前記患者におけるリスクスコアを計算することにより決定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記２個以上の遺伝子の発現レベルが、リアルタイム定量ＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）、デジタルＰＣＲ、マイクロアレイ分析、全トランスクリプトームショットガン配列決定、または直接多重遺伝子発現解析を用いて測定される、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記２個以上の遺伝子の発現レベルが、ＲＴ−ｑＰＣＲを用いて測定される、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
（ｉ）前記個体から得られる全血試料を準備すること；
（ｉｉ）前記全血試料からＲＮＡを抽出すること；
（ｉｉｉ）前記ＲＮＡをｃＤＮＡに変換すること；および
（ｉｖ）前記２個以上の遺伝子の発現レベルを決定するため、ＲＴ−ｑＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、または全トランスクリプトームショットガン配列決定を実施すること、
を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法における使用のための自己免疫性疾患の進行リスク評価システムであって、
ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、ＧＺＭＫ、ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３からなる群から選択される２個以上の遺伝子の発現を測定するための１つまたは複数のツールと、ならびに
前記被験者の前記遺伝子発現データからＩＢＤの進行リスクスコアを計算するようにプログラムされたコンピュータと、を含む、システム。
【請求項７】
２個以上の遺伝子の前記発現を、ＲＴ−ｑＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、マイクロアレイ分析、全トランスクリプトームショットガン配列決定、または直接多重遺伝子発現解析により測定するための１つまたは複数のツールを含む、請求項６に記載の自己免疫性疾患の進行リスク評価システム。
【請求項８】
（ｉｉ）ＩＢＤに対する治療におけるステップ（ｉ）において、ＩＢＤの進行が高リスクまたは低リスクである者として識別された個体を選択することをさらに含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
個体におけるＩＢＤを治療するための方法で使用するための抗炎症薬または免疫抑制剤であって、
（ｉ）ＩＢＤの進行が高リスクまたは低リスクである個体を、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法を用いて識別することと、
（ｉｉ）前記個体にＩＢＤに対する治療を、前記抗炎症薬または免疫抑制剤を投与することにより施すことと、
を含む、方法。
【請求項１０】
ＩＢＤの進行について高リスクまたは低リスクであると判定される個体におけるＩＢＤを治療するための方法で使用するための抗炎症薬または免疫抑制剤であって、
（ｉ）前記個体をＩＢＤ１（高リスクのＩＢＤの進行）またはＩＢＤ２（低リスクのＩＢＤの進行）として分類する試験結果をレビューすることと、
ここで、前記試験は、前記個体から得られる全血試料中の、ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、ＧＺＭＫ、ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３からなる群から選択される２個以上の遺伝子の発現レベルを測定し、
低リスク（ＩＢＤ２）表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、およびＧＺＭＫの上方制御発現、ならびに遺伝子ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３の下方制御発現が、前記個体が高リスク（ＩＢＤ１）表現型を有することを示し、かつ
高リスク（ＩＢＤ１）表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、およびＧＺＭＫの下方制御発現、ならびに遺伝子ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３の上方制御発現が、前記個体が低リスク（ＩＢＤ２）表現型を有することを示す、
（ｉｉ）ＩＢＤにおけるＩＢＤ１またはＩＢＤ２表現型を有すると判定された前記個体を、前記抗炎症薬または免疫抑制剤を投与することにより治療することと、
を含む、方法。
【請求項１１】
ステップ（ｉ）が、ＲＴ−ｑＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、マイクロアレイ分析、全トランスクリプトームショットガン配列決定、または直接多重遺伝子発現解析により２個以上の遺伝子の発現レベルを測定するための分析の結果を提供する試験を要求することを含む、請求項１０に記載の抗炎症薬または免疫抑制剤。
【請求項１２】
個体が高リスクのＩＢＤ１表現型を有するかまたは低リスクのＩＢＤ２表現型を有するかを評価するためのキットであって、ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、ＧＺＭＫ、ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３からなる群から選択される２個以上の遺伝子の全血試料中での発現レベルを確認するための試薬を含み、
ＩＢＤ１表現型が、ＩＢＤ２表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、および／またはＧＺＭＫの上方制御発現、ならびに遺伝子ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、および／またはＴＲＧＶ３の下方制御発現を特徴としており、かつ
ＩＢＤ２表現型が、ＩＢＤ１表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、および／またはＧＺＭＫの下方制御発現、ならびに遺伝子ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、および／またはＴＲＧＶ３の上方制御発現を特徴としている、キット。
【請求項１３】
前記キットが、前記２個以上の遺伝子の発現レベルを、ＲＴ−ｑＰＣＲ、マイクロアレイ分析、デジタルＰＣＲ、全トランスクリプトームショットガン配列決定、または直接多重遺伝子発現解析により確認するための試薬を含む、請求項１２に記載のキット。
【請求項１４】
前記ＩＢＤが、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）またはクローン病である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法、抗炎症薬または免疫抑制剤、自己免疫性疾患の進行リスク評価システム、あるいはキット。
【請求項１５】
ＩＢＤ患者における低リスク（ＩＢＤ２）表現型を誘導する能力がある物質を同定するインビトロ方法であって、
（ｉ）目的の物質を用いる治療前にＩＢＤ患者から得られる全血試料、および（ｉｉ）目的の前記物質を用いる治療後に前記ＩＢＤ患者から得られる全血試料を準備することと、
ここで、前記ＩＢＤ患者は、請求項１〜４に記載の方法、または請求項１３に記載のキットを用いて、高リスク（ＩＢＤ１）表現型を有することが判定されている；
試料（ｉ）および（ｉｉ）中の、ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、ＧＺＭＫ、ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３からなる群から選択される２個以上の遺伝子の発現レベルを測定することと、
を含み；
試料（ｉ）に対して試料（ｉｉ）中での、遺伝子ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、およびＧＺＭＫのより低い発現、ならびに遺伝子ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３のより高い発現が、前記物質がＩＢＤ患者において低リスク（ＩＢＤ２）表現型を誘導する能力があることを示す、方法。
【請求項１６】
ＩＢＤ患者において低リスク（ＩＢＤ２）表現型を誘導する能力があるとして同定された物質を薬剤に配合することをさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
個体におけるＩＢＤを治療する能力がある物質を同定するインビトロ方法であって、
（ｉ）ＩＢＤの進行が高リスクまたは低リスクである個体を、請求項１〜５または１４のいずれか一項に記載の方法を用いて同定することと；
（ｉｉ）目的の前記物質を用いる治療後の前記個体におけるＩＢＤの進行の前記レベルを対照と比較することとを含み、ここで、前記対照と比べての前記個体におけるＩＢＤの進行のより低いレベルは、前記物質がＩＢＤを治療する能力があることを示す、方法。
【請求項１８】
ＩＢＤを治療する能力があるとして同定された物質を薬剤に配合することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
炎症性腸疾患を示している患者の全血試料由来の患者が識別された選択遺伝子の発現産物のアレイ上で遺伝子発現産物を定量化する方法であって、
ａ）前記患者の前記全血試料からＲＮＡを準備することと；
ｂ）前記ＲＮＡをｃＤＮＡに変換することと；
ｃ）前記ｃＤＮＡの各一定分量を前記ｃＤＮＡの一定分量が患者試料ｃＤＮＡの一定分量として同定されるようにアレイ上に置くことと；
ｄ）ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、ＧＺＭＫ、ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３からなる群から選択される３個以上の遺伝子の各遺伝子における前記ｃＤＮＡの各一定分量に対してＲＴ−ｑＰＣＲ、デジタルＰＣＲ、または配列決定を実施し、ＲＴ−ｑＰＣＲ、デジタルＰＣＲまたは配列決定の産物を前記アレイ上に提供し、それにより前記３個以上の遺伝子発現産物を含む、患者が識別された選択遺伝子の発現産物のアレイを提供することと；
ｅ）前記３個以上の遺伝子の各選択遺伝子についての遺伝子発現産物の量を、各選択遺伝子についての対照との比較で定量するステップと、を含み、
ここで、各選択遺伝子についての対照が、ＩＢＤの進行を有すると診断された患者群における前記遺伝子の遺伝子発現産物の発現レベルの中央値である、方法。
【請求項２０】
前記ＲＴ−ｑＰＣＲ産物が、前記ｃＤＮＡを前記３個以上の遺伝子の各々に特異的なプライマーセットと接触させることにより提供される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記プライマーセットが、フォワードプライマー、リバースプライマー、およびプローブを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記アレイ上の選択された各遺伝子発現産物について、
ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、およびＧＺＭＫからなる群から選択される遺伝子における遺伝子発現産物の量が、前記遺伝子における前記対照よりも少なく；かつ
ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３からなる群から選択される遺伝子における遺伝子発現産物の量が、前記遺伝子における前記対照よりも多い、
請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記アレイ上の選択された各遺伝子発現産物について、
ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、およびＧＺＭＫからなる群から選択される遺伝子における遺伝子産物の量が、前記遺伝子における前記対照よりも多く；かつ
ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３からなる群から選択される遺伝子における遺伝子産物の量が、前記遺伝子における前記対照よりも少ない、
請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記遺伝子の４個、５個、１３個、１４個、または１６個が、ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、ＧＺＭＫ、ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３からなる群から選択される、請求項１９〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
ＩＢＤの進行を有すると診断された前記患者群が、
前記疾患の初期症状からの１２か月の期間にわたる平均０．５以上の再発(relapses)；
ＩＢＤ２群における患者との比較でのフォローアップの単位期間当たりのさらなる治療拡大；及び
ＩＢＤの維持段階中に投与される治療より、より高頻度もしくはより侵襲性である疾患の治療計画、
から成る群から選択される１又は複数の指標を経験した患者群である、請求項１９〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記患者群が、ＩＢＤの進行を有する１０人の患者を含む、請求項１９〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記患者群が、ＩＢＤの進行を有する１００人の患者を含む、請求項１９〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記配列決定が全トランスクリプトームショットガン配列決定を含む、請求項１９〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３３】
一態様では、本発明は、個体から得られる全血試料中の２個以上の遺伝子の発現レベルを測定することにより個体が高リスク（ＩＢＤ１）表現型を有するかまたは低リスク（ＩＢＤ２）表現型を有するかを確認することにより、個体における炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の進行が高リスクであるかまたは低リスクであるかを評価する方法に関し、ここで２個以上の遺伝子は、ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、ＧＺＭＫ、ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３からなる群から選択される。本発明の方法は、ＩＢＤ２表現型を有する個体における以下の遺伝子の発現のレベルとの比較での、遺伝子ＡＲＲＤＣ４、ＧＢＰ５、Ｐ２ＲＹ１４、ＶＴＲＮＡ１−１、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＨＰ、ＮＵＤＴ７、ＧＺＭＨ、ＴＲＧＣ２、およびＧＺＭＫの上方制御発現、ならびに遺伝子ＬＧＡＬＳＬ、ＦＣＲＬ５、ＩＦＩ４４Ｌ、ＬＩＮＣ０１１３６、ＬＹ９６、およびＴＲＧＶ３の下方制御発現によるＩＢＤ１表現型の特徴づけをさらに含んでもよい。本発明の方法は、個体におけるＩＢＤの進行のリスクを、ａ）選択遺伝子の測定された発現レベルを重み付けすること；ｂ）リスクスコアを決定するために、ロジスティック回帰モデルを重み付けた発現レベルに適用することであって、０．５未満のリスクスコアはＩＢＤの進行が低リスクであることを示し、０．５超のリスクスコアはＩＢＤの進行が高リスクであることを示す、適用すること；およびｃ）その決定の結果をまとめた報告を作成することにより、患者におけるリスクスコアを計算することによって判定することをさらに含んでもよい。