【手続補正書】
【提出日】平成19年6月1日(2007.6.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】請求項１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項１】 ［１］コリネ型細菌の変異株由来の遺伝子の変異点の同定、［２］コリネ型細菌由来の遺伝子の発現量を測定、［３］コリネ型細菌由来の遺伝子の発現プロファイルの解析、［４］コリネ型細菌由来の遺伝子の発現パターンを分析、または［５］被検遺伝子と相同な遺伝子をコリネ型細菌で検索するための、下記（ａ）〜（ｄ）の工程を有する方法；
（ａ）配列番号1〜3501のいずれか１に示される塩基配列からなる第１のポリヌクレオチド類、該ポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする第２のポリヌクレオチド類、または第１または第２のポリヌクレオチド類の連続する少なくとも10〜200塩基配列からなる第３のポリヌクレオチド類からなる群から選ばれる2種類以上のポリヌクレオチドを固体支持体に固着し、ポリヌクレオチドアレイを作製する工程、（ｂ）該ポリヌクレオチドアレイに固着されたポリヌクレオチドと、コリネ型細菌由来の標識化ポリヌクレオチド、コリネ型細菌の変異株由来の標識化ポリヌクレオチドまたは被検標識化ポリヌクレオチドの少なくとも一つとをハイブリダイズ条件下でインキュベートする工程、（ｃ）ハイブリダイゼーションを検出する検出工程、および（ｄ）ハイブリダイゼーション結果を解析する解析工程。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】請求項６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項６】 配列番号1〜3501のいずれか１に示される塩基配列からなる第１のポリヌクレオチド類、該第１のポリヌクレオチド類とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする第２のポリヌクレオチド類、または第１または第２のポリヌクレオチド類の連続する少なくとも10〜200塩基配列からなる第３のポリヌクレオチド類からなる群の中から選ばれる２種類以上のポリヌクレオチドを、固体支持体に固着したポリヌクレオチドアレイ。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】請求項８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項８】 配列番号2〜3431のいずれか１に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】請求項９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項９】 配列番号3502〜6931のいずれか１に示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】請求項２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項２１】 請求項１６〜１９のいずれか１項に記載のポリペプチドおよび該ポリペプチドの部分断片ポリペプチドから選ばれるポリペプチドまたは部分断片ポリペプチドを１種類以上、個体支持体に固着したポリペプチドアレイ。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】請求項２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項２２】 請求項１６〜１９のいずれか１項に記載のポリペプチドおよび該ポリペプチドの部分断片ポリペプチドから選ばれるポリペプチドまたは部分断片ポリペプチドを認識する抗体を１種類以上、個体支持体に固着したポリペプチドアレイ。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】請求項２８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項２８】 コリネ型細菌由来の標的塩基配列を有するポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドの機能を決定するための、下記(i)〜(iv)の工程を含むことを特徴とするコンピュータを用いた方法；
(i)配列番号2〜3501から選ばれる１以上の塩基配列情報および該塩基配列がコードするポリペプチドの機能情報、並びに標的塩基配列情報を入力する工程、(ii)入力された情報を少なくとも一時的に記録する工程、(iii)該データ記録手段により記録された、配列番号2〜3501から選ばれる1以上の塩基配列情報と標的塩基配列情報とを比較する工程、(iv)配列番号2〜3501から選ばれる1以上の塩基配列を有するポリヌクレオチドと一致または類似する標的塩基配列を有するポリヌクレオチドがコードするポリペプチドの機能を決定する工程。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】請求項５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項５８】 配列番号2〜3431に示される塩基配列情報を用いた、下記(i)〜(iv)の工程を有するコリネ型細菌の育種方法；
(i)アミノ酸、核酸、ビタミン、糖、有機酸、およびそれらの類縁体から選ばれる少なくとも一種の化合物の生合成に関与するアイソザイムを配列番号2〜3431に示される塩基配列情報に基づき同定する工程、(ii)（i）の工程で同定したアイソザイムを同じ活性を有するアイソザイムに分類する工程、(iii)同じ活性を有するアイソザイムをコードしている全ての遺伝子を一括して変異させる工程、および(iv)(iii)の工程で得られた遺伝子を用いて形質転換したコリネ型細菌の、(i)で選ばれた化合物の発酵法による生産性を調べる工程。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００９】
本発明は、以下の（１）〜（６８）に関する。
（１） ［１］コリネ型細菌の変異株由来の遺伝子の変異点の同定、［２］コリネ型細菌由来の遺伝子の発現量を測定、［３］コリネ型細菌由来の遺伝子の発現プロファイルの解析、［４］コリネ型細菌由来の遺伝子の発現パターンを分析、または［５］被検遺伝子と相同な遺伝子をコリネ型細菌で検索するための、下記（ａ）〜（ｄ）の工程を有する方法；
（ａ）配列番号1〜3501のいずれか１に示される塩基配列からなる第１のポリヌクレオチド類、該ポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする第２のポリヌクレオチド類、または第１または第２のポリヌクレオチド類の連続する少なくとも10〜200塩基配列からなる第３のポリヌクレオチド類からなる群から選ばれる2種類以上のポリヌクレオチドを固体支持体に固着し、ポリヌクレオチドアレイを作製する工程、（ｂ）該ポリヌクレオチドアレイに固着されたポリヌクレオチドと、コリネ型細菌由来の標識化ポリヌクレオチド、コリネ型細菌の変異株由来の標識化ポリヌクレオチドまたは被検標識化ポリヌクレオチドの少なくとも一つとをハイブリダイズ条件下でインキュベートする工程、（ｃ）ハイブリダイゼーションを検出する検出工程、および（ｄ）ハイブリダイゼーション結果を解析する解析工程。ここで、２種類以上のポリヌクレオチドは、例えば、第１のポリヌクレオチド類から選ばれる２種類以上、第２のポリヌクレオチド類から選ばれる２種類以上、第３のポリヌクレオチド類から選ばれる２種類以上、第１、第２および第３のポリヌクレオチド類を組合わせて選ばれる２種類以上のいずれでもよい。
（２） コリネ型細菌が、Corynebacterium属、Brevibacterium属、またはMicrobacterium属に属する微生物である、上記（１）記載の方法。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
（３） Corynebacterium属に属する微生物がCorynebacterium glutamicum、Corynebacterium acetoacidophilum、Corynebacterium acetoglutamicum、Corynebacterium callunae、Corynebacterium herculis、Corynebacterium lilium、Corynebacterium melassecola、Corynebacterium thermoaminogenes、およびCorynebacterium ammoniagenesから選ばれる微生物である、上記（２）記載の方法。
（４） コリネ型細菌由来の該ポリヌクレオチド、コリネ型細菌の変異株由来の該ポリヌクレオチドまたは該被検ポリヌクレオチドが、アミノ酸、核酸、ビタミン、糖、有機酸、およびそれらの類縁体から選ばれる少なくとも一種の生合成に関わる遺伝子である上記（１）記載の方法。
（５） 該被検ポリヌクレオチドがEscherichia coli由来である、上記（１）記載の方法。
（６） 配列番号1〜3501のいずれか１に示される塩基配列からなる第１のポリヌクレオチド類、該第１のポリヌクレオチド類とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする第２のポリヌクレオチド類、または第１または第２のポリヌクレオチド類の連続する少なくとも10〜200塩基配列からなる第３のポリヌクレオチド類からなる群の中から選ばれる２種類以上のポリヌクレオチドを、固体支持体に固着したポリヌクレオチドアレイ。ここで、２種類以上のポリヌクレオチドは、例えば、第１のポリヌクレオチド類から選ばれる２種類以上、第２のポリヌクレオチド類から選ばれる２種類以上、第３のポリヌクレオチド類から選ばれる２種類以上、第１、第２および第３のポリヌクレオチド類を組合わせて選ばれる２種類以上のいずれでもよい。
（７） 配列番号1に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドと80％以上の相同性を有するポリヌクレオチド。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
（８） 配列番号2〜3431のいずれか１に示される塩基配列からなるポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
（９） 配列番号3502〜6931のいずれか１に示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド。
（１０） 配列番号1に示される塩基配列を有するポリヌクレオチドにおいて、配列番号2〜3431から選ばれる塩基配列を有するポリヌクレオチドの５’上流または３’下流に位置し、該ポリヌクレオチドの発現を調節する活性を有するポリヌクレオチド。
（１１） 上記（７）〜（１０）のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドが有する塩基配列中の連続する少なくとも10〜200塩基からなる配列を有するポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドと相補的な配列を有するポリヌクレオチド。
（１２） 上記（８）〜（１１）のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含む組換え体ＤＮＡ。
（１３） 上記（８）〜（１１）のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドまたは上記（１２）記載の組換え体ＤＮＡを含む形質転換体。
（１４） 上記（１３）記載の形質転換体を培地に培養し、培養物中に上記（８）または（９）に記載のポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドを生成蓄積させ、該培養物から該ポリペプチドを採取することを特徴とする該ポリペプチドの製造方法。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
（２０） 上記（１６）〜（１９）のいずれか1項に記載のポリペプチドを認識する抗体。
（２１） 上記（１６）〜（１９）のいずれか１項に記載のポリペプチドおよび該ポリペプチドの部分断片ポリペプチドから選ばれるポリペプチドまたは部分断片ポリペプチドを１種類以上、個体支持体に固着したポリペプチドアレイ。
（２２） 上記（１６）〜（１９）のいずれか１項に記載のポリペプチドおよび該ポリペプチドの部分断片ポリペプチドから選ばれるポリペプチドまたは部分断片ポリペプチドを認識する抗体を１種類以上、個体支持体に固着したポリペプチドアレイ。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
（２８） コリネ型細菌由来の標的塩基配列を有するポリヌクレオチドにコードされるポリペプチドの機能を決定するための、下記(i)〜(iv)の工程を含むことを特徴とするコンピュータを用いた方法；
(i)配列番号2〜3501から選ばれる１以上の塩基配列情報および該塩基配列がコードするポリペプチドの機能情報、並びに標的塩基配列情報を入力する工程、(ii)入力された情報を少なくとも一時的に記録する工程、(iii)該データ記録手段により記録された、配列番号2〜3501から選ばれる1以上の塩基配列情報と標的塩基配列情報とを比較する工程、(iv)配列番号2〜3501から選ばれる1以上の塩基配列を有するポリヌクレオチドと一致または類似する標的塩基配列を有するポリヌクレオチドがコードするポリペプチドの機能を決定する工程。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
（５６） 遺伝子が、生合成経路あるいはシグナル伝達経路上の酵素をコードする遺伝子である、上記（５５）記載の育種方法。
（５７） 変異点が、生産性を低下あるいは不安定にさせる変異に関わる変異点である、上記（５５）記載の育種方法。
（５８） 配列番号2〜3431に示される塩基配列情報を用いた、下記(i)〜(iv)の工程を有するコリネ型細菌の育種方法；
(i)アミノ酸、核酸、ビタミン、糖、有機酸、およびそれらの類縁体から選ばれる少なくとも一種の化合物の生合成に関与するアイソザイムを配列番号2〜3431に示される塩基配列情報に基づき同定する工程、(ii)（i）の工程で同定したアイソザイムを同じ活性を有するアイソザイムに分類する工程、(iii)同じ活性を有するアイソザイムをコードしている全ての遺伝子を一括して変異させる工程、および(iv)(iii)の工程で得られた遺伝子を用いて形質転換したコリネ型細菌の、(i)で選ばれた化合物の発酵法による生産性を調べる工程。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５７】
（７）配列番号１で表される塩基配列を利用した微生物ゲノムＤＮＡの塩基配列の決定上記で決定された、配列番号１記載のCorynebacterium glutamicumATCC13032株ゲノムの全塩基配列と80％以上の相同性を有するポリヌクレオチドの塩基配列を配列番号１で表される塩基配列を利用して決定することができ、本発明の配列番号１で表される塩基配列と80％以上の相同性を有する塩基配列を有するポリヌクレオチドも本発明のポリヌクレオチドである。本発明の配列番号１で表される塩基配列と80％以上の相同性を有する塩基配列を有するポリヌクレオチドとは、配列番号１で表される塩基配列において、連続した５〜５０塩基からなるオリゴヌクレオチドをプライマーとして用いて、例えば染色体ＤＮＡを鋳型としたＰＣＲ法を利用して、その染色体ＤＮＡの全塩基配列を決定できるポリヌクレオチドである。全塩基配列を決定する上で特に好ましいプライマーとしては、互いに300〜500bp程度離れて位置する塩基配列を有するオリゴヌクレオチドであり、該オリゴヌクレオチドの中でも主要代謝経路に関わる蛋白質をコードするＤＮＡから選ばれる塩基配列を有するオリゴヌクレオチドは特に好ましい。該オリゴヌクレオチドを用いて染色体ＤＮＡの全塩基配列を決定できるポリヌクレオチドとしては、例えばコリネ属に属する微生物由来の染色体ＤＮＡを構成するポリヌクレオチドをあげることができ、好ましくはCorynebacterium属に属する微生物由来の染色体ＤＮＡを構成するポリヌクレオチド、より好ましくは、Corynebacterium glitamicumの染色体ＤＮＡを構成するポリヌクレオチドをあげることができる。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００６９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００６９】
更に、上記で得られた、コリネ型細菌由来のＯＲＦ情報より、該微生物より対応するＯＲＦを、モレキュラー・クローニング第２版等に記載の常法により調製し、取得することができる。即ち、ＯＲＦに隣接する塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを合成し、それをプライマーとして、コリネ型細菌から得た染色体ＤＮＡを鋳型として用い、通常のＰＣＲクローニング技法によりＯＲＦを単離、取得することができる。このようにして取得されるＯＲＦ配列として、例えば、配列番号2〜3501のいずれか１に示される塩基配列を有するポリヌクレオチドをあげることができる。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７２】
具体的な例としては、配列番号2〜3431のいずれか１に示される塩基配列を有するポリヌクレオチド、該ポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド等をあげることができる。ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドとは、上記で同定されたＯＲＦの塩基配列を有するポリヌクレオチドをプローブとして、コロニー・ハイブリダイゼーション法、プラーク・ハイブリダイゼーション法あるいはサザンブロットハイブリダイゼーション法等を用いることにより得られるポリヌクレオチドを意味し、具体的には、コロニーあるいはプラーク由来のポリヌクレオチドを固定化したフィルターを用いて、0.7〜1.0mol/lの塩化ナトリウム存在下、65℃でハイブリダイゼーションを行った後、0.1〜2倍濃度のＳＳＣ溶液(１倍濃度のＳＳＣ溶液の組成は、150mmol/l 塩化ナトリウム、15mmol/l クエン酸ナトリウムよりなる）を用い、65℃条件下でフィルターを洗浄することにより同定できるポリヌクレオチドをあげることができる。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７３】
ハイブリダイゼーションは、モレキュラー・クローニング第２版、Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons (1987-1997)（以下、カレント・プロトコールズ・イン・モレキュラー・バイオロジーと略す）、DNA Cloning 1: Core Techniques, A Practical Approach, Second Edition, Oxford University (1995)等に記載されている方法に準じて行うことができる。ハイブリダイズ可能なポリヌクレオチドとして具体的には、FASTA、BLAST、Smith-Waterman〔Meth. Enzym., 164, 765 (1988)〕等の相同性検索ソフトウェアにより、デフォルト（初期設定）のパラメータを用いて計算したときに、配列番号2〜3431のいずれか１に示される塩基配列と少なくとも６０％以上の相同性を有するＤＮＡ、好ましくは８０％以上の相同性を有するＤＮＡ、更に好ましくは９５％以上の相同性を有するＤＮＡをあげることができる。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７４】
また、本発明のポリヌクレオチドとして、配列番号3502〜6931のいずれか１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたは該ポリヌクレチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドをあげることができる。更に、本発明のポリヌクレオチドとして、配列番号１に示される塩基配列を有するポリヌクレオチドにおいて、配列番号２〜3431から選ばれる塩基配列を有するポリヌクレオチドの５’上流または３’下流領域に位置し、該ポリヌクレオチドがコードするポリペプチドの発現を調節する活性を有するポリヌクレオチドをあげることができる。該ポリヌクレオチドがコードするポリペプチドの発現を調節する活性を有するポリヌクレオチドとして具体的には、上述したＥＭＦ即ち、プロモーター、オペレーター、エンハンサー、サイレンサー、リボソーム結合配列、転写終結配列等をコードするポリヌクレオチドをあげることができる。
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７５】
上記ＰＣＲクローニング技法によりＯＲＦを取得する際に用いるプライマーとしては、該ＯＲＦおよび隣接する領域の塩基配列中の連続した10〜200塩基と同じ配列を有するオリゴヌクレオチドまたは該オリゴヌクレオチドと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドをあげることができる。例えば、配列番号1〜3431の何れか１に示された塩基配列中の連続した10〜200塩基と同じ配列を有するオリゴヌクレオチドまたは該オリゴヌクレオチドと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドをあげることができる。センスプライマーおよびアンチセンスプライマーとして用いる場合には、両者の融解温度（Ｔｍ）および塩基数が極端に変わることのない上記のオリゴヌクレオチドが好ましい。
【手続補正２１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７６】
本発明のオリゴヌクレオチドとして、配列番号１〜3431の何れか１に示された塩基配列中の連続した10〜200塩基と同じ配列を有するオリゴヌクレオチドまたは該オリゴヌクレオチドと相補的な配列を有するオリゴヌクレオチドをあげることができる。
【手続補正２２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９７】
７．ポリヌクレオチドアレイの作製および利用（１）ポリヌクレオチドアレイの作製上記１．および２．で取得される本発明のポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチドを用い、ポリヌクレオチドアレイを作製することができる。具体的には、配列番号2〜3501のいずれか１に示される塩基配列からなるポリヌクレオチド、該ポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはこれらポリヌクレオチドの有する塩基配列中の連続する少なくとも10〜200塩基からなる配列を有するポリヌクレオチドを、１以上固体支持体に固着したポリヌクレオチドアレイ、並びに配列番号3502〜7001のいずれか１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、該ポリヌクレオチドとストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド、および/またはこれらポリヌクレオチドの有する塩基配列中の連続する少なくとも10〜200塩基からなる配列を有するポリヌクレオチドを、１以上固体支持体に固着したポリヌクレオチドアレイをあげることができる。
【手続補正２３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１３８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１３８】
本発明の形質転換体として、上記の組換えベクターを保持する形質転換体のみならず、本発明のポリヌクレオチドを組換えベクターとしてではなく、そのもの自体として保持する形質転換体、即ち、本発明のポリヌクレオチドが、宿主の染色体に組み込まれた状態で保持された形質転換体も含まれる。酵母、動物細胞、昆虫細胞または植物細胞により発現させた場合には、糖あるいは糖鎖が付加されたポリペプチドを得ることができる。
【手続補正２４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３５８】
第２表から明らかなように、hom内変異Val59Alaまたはpyc内変異Pro458Serの導入により、リジン生産性の付与あるいは向上が認められたことから、両変異はいずれもリジン生産に関わる有効変異であることが解明された。Corynebacterium glutamicumの野生型株ATCC13032に、hom遺伝子内変異Val59Alaとpyc遺伝子内変異Pro458Serを、lysC遺伝子内変異Thr331Ileと共に導入した菌株AHP-3は、通産省工業技術院生命工学工業技術研究所〔日本国茨城県つくば市日本国茨城県つくば市東１丁目１番３号（郵便番号３０５−８５６６）〕に、平成１２年１２月５日付けで、受託番号FERM BP−7382として寄託されている。
【手続補正２５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３８６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３８６】
（３）ＩＭＰデヒドロゲナーゼ（IMP dehydrogenase）の検索Swiss-protデータベースより、ＩＭＰデヒドロゲナーゼ（IMP dehydrogenase；EC1.1.1.205）としての機能が確認されている蛋白質のアミノ酸配列としてEscherichia coliＩＭＰデヒドロゲナーゼの配列（IMDH#ECOLI）を入手した。このアミノ酸配列の全長をクエリーとして、Corynebacterium glutamicumのゲノム配列からなる塩基配列データベースに対して、またはゲノム配列から予測したＯＲＦ領域のアミノ酸配列からなるデータベースに対して、ＦＡＳＴＡプログラムを用いて相同性検索を行った。E-valueが1e-10以下であることをもって有為な相同性を有すると判定した。その結果、Corynebacterium glutamicumのゲノム配列からなる塩基配列データベースまたはゲノム配列から予測したＯＲＦ領域のアミノ酸配列からなるデータベース内から、配列番号１で表される塩基配列において、塩基配列番号615336-616853の領域に存在するＯＲＦ（または配列番号672で表される塩基配列を有するＯＲＦ）、塩基配列番号616973-618094の領域に存在するＯＲＦ（または配列番号674で表される塩基配列を有するＯＲＦ）の２つのＯＲＦのよってコードされるアミノ酸配列に、大腸菌ＩＭＰデヒドロゲナーゼのＯＲＦとの有為な相同性が見出された。これらのＯＲＦにコードされるアミノ酸配列と他の生物種のＩＭＰデヒドロゲナーゼとの類似性をより詳細に調べるために、これらのアミノ酸配列をクエリーとして、GenBank（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)nr-aaデータベース（GenBankCDSの翻訳産物、PDBデータベース、Swiss-Protデータベース、PIRデータベース、PRFデータベースに登録されているものから、重複を除いて作成されたアミノ酸配列データベース）に対して、BLASTプログラムを用いて検索を行った。その結果、これら２つのアミノ酸配列のいずれも、他生物種のＩＭＰデヒドロゲナーゼに対して有為な相同性を示し、かつ他蛋白質のアミノ酸配列との相同性と比較して明らかにＩＭＰデヒドロゲナーゼに対する相同性が高かったことから、これら２つのＯＲＦがコードするアミノ酸配列を有する蛋白質はＩＭＰデヒドロゲナーゼとして機能していると推定された。これらのことから、Corynebacterium glutamicumにはＩＭＰデヒドロゲナーゼ活性を有する蛋白質をコードするＯＲＦが２つ存在することが推定された。