【誤訳訂正書】
【提出日】平成20年5月26日(2008.5.26)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００８】
本発明は、アミラーゼ及びアミラーゼをコードするポリヌクレオチドに関する。本明細書で用いられる「アミラーゼ」という用語は、例えばポリサッカライド中の内部α-1,4-グルカン結合を加水分解し得るαアミラーゼといったαアミラーゼ活性を有する酵素を含み、アルカリ性pH又は酸性pHにおいてデンプンを糖に加水分解し得るアミラーゼを含む。本発明のアミラーゼは、トウモロコシ湿式粉砕加工、洗浄剤、パン焼き加工、飲料及び油田（燃料エタノール）において、特に有用である。アミラーゼは、繊維製品の糊抜き、醸造加工、紙及びパルプ産業におけるデンプン変性及び本技術分野で記述されるその他加工にも有用である。
本発明のポリヌクレオチドは、αアミラーゼ活性又はアルカリ性アミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードしているものとして同定された。本発明のアルカリ性アミラーゼとしては、配列番号115、配列番号207、配列番号139、配列番号127、配列番号137、配列番号113、配列番号205、配列番号179、配列番号151、配列番号187、配列番号97、配列番号153、配列番号69、配列番号135、配列番号189、配列番号119、配列番号209及び配列番号211が挙げられるが、これだけに限られない。
本発明の変異体で達成され得る性質における変化は、例えば、基質特異性、基質結合性、基質切断パターン、熱安定性、pH/活性特性、pH/安定性特性[低い(例えばpH<6、特にpH<5)pH値又は高い(例えばpH>9)pH値における増加した安定性のような]、酸化に対する安定性、Ca2+依存性、比活性及びその他所定の性質における変化である。一例を挙げると、その変化は、親(parent)アミラーゼと比較して、減少したCa2+依存性及び/又は変化したpH/活性特性を有する変異体を生じ得る。
本発明は、αアミラーゼ及びαアミラーゼをコードするポリヌクレオチドに関する。本明細書で用いられる「αアミラーゼ」という用語は、例えばデンプンを糖に加水分解し得る酵素といった、αアミラーゼ活性を有する酵素を含む。多数の既知アミラーゼと異なり、本発明のアミラーゼは、カルシウム依存性酵素でなくてもよい。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１３】
本明細書で用いられる「アミノ酸」又は「アミノ酸配列」は、天然に存在する分子若しくは合成分子のオリゴペプチド配列、ペプチド配列、ポリペプチド配列若しくはタンパク質配列、又は、それらの断片、一部分若しくはサブユニットを言う。
本明細書で用いられる「ポリペプチド」という用語は、ペプチド結合又は改変ペプチド結合によって互いに連結するアミノ酸、すなわちペプチドイソスターを言い、遺伝子がコードする20アミノ酸の他に改変アミノ酸を含み得る。ポリペプチドは、翻訳後プロセッシングのような天然処理、又は、本技術分野でよく知られる化学改変技術のいずれかによって改変され得る。改変は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖、アミノ末端及びカルボキシ末端を含む、ポリペプチド上どの位置にも起り得る。同じ種類の改変は、所定のポリペプチド上の種々の部位に同じ又は異なる程度で存在し得ることが理解されるであろう。また所定のポリペプチドは、多くの種類の改変を有し得る。改変は、アセチル化、アシル化、ADP-リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合性付着、ヘム分子の共有結合性付着、ヌクレオチド又はヌクレオチド誘導体の共有結合性付着、脂質又は脂質誘導体の共有結合性付着、フォスファチジルイノシトールの共有接合性付着、架橋環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合性架橋の形成、システインの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、γ-カルボキシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、PEG化、タンパク質分解性プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、及び、アルギニル化のようなタンパク質へのトランスファーRNA媒介性アミノ酸付加を含む（Creighton, T.E., Proteins-Structure and Molecular Properties 2nd Ed., W.H.Freeman and Company, New York(1993)；Posttranslational Covalent Modification of Proteins, B.C.Johnson, Ed.,Academic Press, New York, pp.1-12(1983)を参照）。
本明細書で用いられる「単離された」という用語は、物質が本来の環境（例えば、天然に存在する物質である場合は、自然環境）から取り出されたことを意味する。例えば、生きている動物に存在している天然に存在するポリヌクレオチド又はポリペプチドは単離されないが、自然分類において共存する物質の一部又は全部から分離されたそれと同じポリヌクレオチド又はポリペプチドは単離されている。そのようなポリヌクレオチドはベクターの一部であってもよく、及び/又は、そのようなポリヌクレオチド又はポリペプチドは組成物の一部であってもよく、それらは前記ベクター又は前記組成物が自然環境の一部でないという点で、なお単離されている。
本明細書で用いられる「精製された」という用語は、絶対的な純度を要求せず、むしろ相対的定義として意図されている。ライブラリーから得られる個々の核酸は、通常電気泳動的に均質に精製されている。それらのクローンから得られる配列は、ライブラリー又は全ヒトDNAのいずれからも直接的に得ることはできない。本発明の精製された核酸は、生物中に存在するゲノムDNAの残物から、少なくとも104〜106倍まで精製されている。しかしながら、「精製された」という用語は、ライブラリー又は他の環境に存在するゲノムDNAの残物又はその他の配列から、少なくとも1オーダー分、典型的には2又は3オーダー分、より典型的には4又は5オーダー分精製された核酸も含む。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７１】
実施例1：熱安定性αアミラーゼの同定及び特徴付け
本実施例は、新規酸性アミラーゼの同定を示す。スクリーニング処理は、中性及び低いpHの条件下で行った。低いpHのサンプルから作製したDNAライブラリーを、発見のための標的とした。この試みは、デンプンを分解する能力を有する数百のクローンの発見を提供した。DNA配列解析及びバイオインフォマティック解析は、それらの遺伝子の多くを以前に同定されていないアミラーゼとして分類した。
生化学研究
アミラーゼゲノムクローンの生化学的分析は、その大部分がpH 6より低い最適pHを有することを示した。それらのゲノムクローンのライセートは、70℃、80℃、90℃又は100℃でインキュベーションしてからpH 4.5で残留活性を測定することによって、熱寛容性に対して試験した。80℃の熱処理後に50%より高く活性を維持しているクローンを、さらなる分析のために選択した。これらのクローンを90℃にて10分間、pH 6.0及びpH 4.5でインキュベートし、残留活性に対してpH 4.5で試験した（図１）。幾つかのクローンは、その処理後に40%より高い活性を維持していた。比較として、進化したアミラーゼであるクローンcの残留活性は、第二世代酵素の最高値と等価であった。クローンcの比活性は、より強力であった。
90℃、pH 4.5の熱処理後に残留活性を有するクローンの熱安定性を、pH 4.5において室温、70℃及び90℃で測定した。表1は、配列番号87（B.ステアロサーモフィルスのアミラーゼ）及び配列番号113（B.リケニホルミスのアミラーゼ）の加水分解率は高温で減少するが、一方配列番号125に対する加水分解率は、温度が70℃に上昇されるまで増加し続け90℃で50%付近まで減少しただけであることを示している。
候補の評価
B.リケニホルミスのアミラーゼと90℃でのデンプン加水分解の比活性及びデンプン加水分解率を比較した際の90℃の熱処理後のpH 4.5における残留活性に基づいて、デンプン液化アッセイにおいて配列番号125を進化したアミラーゼのクローンcと比較した。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７３】
実施例2：アルカリ性pHにおいて活性を有する熱安定性アミラーゼ
本実施例の最初の焦点は、市販の自動食器洗浄(ADW)組成物に含まれるアミラーゼの既存するパネル(panel)を評価することであった。この試みは、2つの候補を同定した：一つは高いpHにおける活性を有しており（配列番号115）、もう一つはADW組成物における安定性を有していた（配列番号207）。研究には、高いpHアミラーゼの同定も含まれた。この試みは、デンプンを分解する能力を有する何百ものクローンの発見を与えた。DNA配列解析及びバイオインフォマティックス解析は、それらの遺伝子の多数を以前に同定されていないアミラーゼとして分類した。残存しているオープンリーディングフレームは、ネオプルラナーゼ、アミロプルラナーゼ及びアミロマルターゼであった。3つの候補：クローンB、配列番号147及び配列番号139は、pH 10において高い比活性を有するが不運なことにADW組成物における安定性を欠くことが、広範な生化学的応用研究によって示された。
要約すれば、各々がADW応用に対して所望の表現型を有する新規アミラーゼのパネルを同定した。
生化学的研究
アミラーゼゲノムクローンの生化学的分析によって、それらのうちの多数がpH 10、50℃でデンプンを加水分解したことが示された。さらなる生化学的応用試験を行うために充分な量の酵素を生産するために、40の最も活性を有するゲノムクローンのアミラーゼのオープンリーディングフレームを、発現ベクターにサブクローニングした。この試みには、推定シグナル配列を含むそれらクローンに対する2つの構築物を作製すること、及び、各サブクローン（±アミラーゼシグナルペプチド）に対する増殖及び誘導の条件を確立することが含まれた。
可溶性の活性タンパク質を34のサブクローンから均一に精製することが成功し、2%デンプンを含む緩衝液を用いて、比活性（ユニット/mg、このとき1ユニット＝μmol還元糖/分）をpH 8及びpH 10（40℃及び50℃）で測定した。これらの研究に対する基準として、バチルス・リケニホルミス由来のアミラーゼ（配列番号113）を選択した。30分の反応の間に種々の時点でサンプルを取り出して還元糖に対する分析を行うことによって、比活性を測定した。プログレス曲線を一次方程式に適合させることによって、初速度を決定した。上位候補の比較を表2に示す。
加水分解速度のpHへの依存性を決定するための研究によって、クローンBのみが約8の最適pHを有する「アルカリ性アミラーゼ」であって、その他は7以下の最適pHを有することが示された。それにもかかわらず、ヒットのパネルにはpH 10、50℃でかなりの活性を有する種々のリードアミラーゼが含まれていたことが明らかである。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７４】
2004533219.tif 000001
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
(a)αアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号42に記載の配列を有する核酸に対して少なくとも90％、95％、97％又は100％の配列同一性を有する前記配列；
(b)配列同一性が、配列比較アルゴリズムを用いた解析又は目視検査によって決定される、（ａ）記載の核酸配列、
(c)αアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸配列であって、配列番号41記載の配列を有する核酸と高ストリンジェンシー条件下においてハイブリダイズし、前記高ストリンジェンシー条件が、150 mM NaCl、20 mM Tris-HCl、pH 7.8、1 mM Na2EDTA、0.5％ SDSを含むバッファー中、室温にて30分間の洗浄に続いて、前記配列の融解温度(Tm)よりも約５℃低い温度にて新しいバッファー中で30分間洗浄することを含む、前記配列、
(d)αアミラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸配列であって、前記ポリペプチドが配列番号42に記載のアミノ酸配列と少なくとも95％、97％又は100％の配列同一性を有する配列を含むポリペプチドである、前記配列、
(e)配列比較アルゴリズムがデフォルトパラメーターのFASTAバージョン3.0t78またはBLASTである、(a)、(b)または(d)記載の核酸配列、
(f)(a)〜(e)のいずれかの核酸配列によってコードされるポリペプチドの酵素的に活性な断片をコードする核酸配列、
(g)シグナル配列を欠くαアミラーゼをコードする、(a)〜(f)のいずれかに記載の核酸配列、
(h)さらに、非アミラーゼシグナル配列をコードする配列を含む、(g)記載の核酸配列、または、
(i)(a)〜（h）のいずれかに完全に相補的な核酸配列、
を含む単離、合成又は組換え核酸。
【請求項２】
(i)(a)請求項１記載の核酸を提供し、
(b)ポリペプチドをコードする前記核酸を前記ポリペプチド発現を可能にする条件下で宿主細胞に導入する工程、を含む、組換えポリペプチドを生産する方法、
または、
(ii)さらに、請求項１記載の核酸によって発現された前記ポリペプチドを単離することを含む、（ｉ）記載の工程、
を含む、前記方法。
【請求項３】
（ｉ）(a)請求項１に記載の核酸を提供すること；及び
(b)前記核酸において一つ以上のヌクレオチド残基を別のヌクレオチド残基に改変すること、前記核酸において一つ以上のヌクレオチド残基を欠失すること、又は前記核酸に一つ以上のヌクレオチド残基を付加すること、を含む変異ポリヌクレオチドを作製する方法；
(ii)請求項１記載の核酸がαアミラーゼをコードし、作製された変異核酸もまたαアミラーゼをコードする、(i)記載の方法、または、
(iii)ヌクレオチド残基の改変、付加および／または欠失が、変異性PCR、シャッフリング、オリゴヌクレオチド特異的変異誘発、アセンブリーPCR、有性PCR変異誘発、in vivo変異誘発、カセット変異誘発、帰納的アンサンブル変異誘発、指数的アンサンブル変異誘発、部位特異的変異誘発、遺伝子リアセンブリー、遺伝子部位飽和変異誘発及びこれらの方法の組合せからなる群より選択される方法によって導入される、(i)または(ii)に記載の方法。
【請求項４】
(a)請求項１に記載の核酸を含むベクター；または、
(b)クローニングベクター若しくは発現ベクター、哺乳動物発現ベクター、ウイルス粒子、バキュロウイルス、ファージ、プラスミド、ファージミド、コスミド、フォスミド、細菌人工染色体、または細菌人工染色体（BAC）ベクターである、(a)記載のベクター。
【請求項５】
(a)請求項１に記載の核酸、または請求項４記載のベクターを含む宿主細胞、または、
(b)原核細胞、真核細胞、真菌細胞、酵母細胞、哺乳動物細胞又は植物細胞である、(a)記載の宿主細胞。
【請求項６】
(a)配列番号42記載のアミノ酸配列と少なくとも95％、97％又は100％の配列同一性を有するアミノ酸配列、
(b)配列同一性が配列比較アルゴリズムを用いた解析又は目視検査によって決定される、(a)記載のアミノ酸配列、
(c)配列比較アルゴリズムがデフォルトパラメーターのFASTAバージョン3.0t78またはBLASTである、(a)記載のアミノ酸配列、
(d)請求項１の(a)〜(h)のいずれかに記載の配列を含む核酸によってコードされるアミノ酸配列、
(e)(a)〜(d)記載の配列の酵素的に活性な断片であるアミノ酸配列、
(f)ポリペプチドがシグナル配列を欠く、(a)〜(e)のいずれかのアミノ酸配列、
(g)ポリペプチドが非アミラーゼシグナル配列を更に含む(f)に記載のアミノ酸配列、または、
(h)さらに、アセチル化、アシル化、ADP-リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合性付着、ヘム分子の共有結合性付着、ヌクレオチド又はヌクレオチド誘導体の共有結合性付着、脂質又は脂質誘導体の共有結合性付着、フォスファチジルイノシトールの共有接合性付着、架橋環化、ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合性架橋の形成、システインの形成、ピログルタメートの形成、ホルミル化、γ-カルボキシル化、グリコシル化、GPIアンカー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、PEG化、タンパク質分解性プロセッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、及び、アルギニル化を含む改変を含む、(a)〜(e)のいずれかに記載のアミノ酸配列、
を含む、αアミラーゼ活性を有する単離、合成又は組換えポリペプチド。
【請求項７】
（a）プロセッサおよび請求項１記載の核酸の核酸配列または請求項６記載のポリペプチドのアミノ酸配列を含む配列が保存されているデータ記憶デバイス、を含むコンピューターシステム、または前記配列が保存されたコンピューターで読み取り可能な媒体、を含む、コンピューターシステムまたはコンピューターで読み取り可能な媒体、
(b)第1の配列と参照配列または配列のデータベースとを比較するために使用することができる、(a)記載のコンピューターシステムまたはコンピューターで読み取り可能な媒体、
(c)さらに配列比較アルゴリズムおよび少なくとも１つの参照配列を保存したデータ記憶デバイスを含む、（a）記載のコンピューターシステムまたはコンピューターで読み取り可能な媒体、
(d)配列比較アルゴリムが多型性を表示するコンピュタープログラムを含む、(c)記載のコンピューターシステムまたはコンピューターで読み取り可能な媒体、または、
(e)さらに配列中の１以上の特徴を同定するアイデンティファイアーを含む、(a)記載のコンピューターシステムまたはコンピューターで読み取り可能な媒体。
【請求項８】
(a)請求項６記載のポリペプチドに特異的に結合し得る、単離または組換え抗体、または、
(b)モノクローナル若しくはポリクローナル抗体、または単一鎖抗体である、(a)記載の抗体。
【請求項９】
(a)請求項１記載の核酸を含む核酸プローブ、
(b)さらに検出可能な同位体標識または非同位体標識を含む、(a)記載の核酸プローブ、または、
(c)さらに、蛍光分子、化学発光分子、酵素、コファクター、酵素基質またはハプテンを含む、(a)記載の核酸プローブ。
【請求項１０】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライド結合を加水分解することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、
を含む、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドをアミラーゼ活性を有するポリプチドと接触させることを含む、ポリサッカライド結合またはオリゴサッカライド結合を加水分解する方法、および、
(b)前記組成物を、ポリサッカライド結合またはオリゴサッカライド結合の加水分解を促進する条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、
または、
(ii)ポリサッカライド結合またはオリゴサッカライド結合がデンプン結合である、(i)記載の方法、
または、
(iii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモを含む、または、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモである、(i)または(ii)記載の方法。
(iv)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物、サツマイモ、マイロ、ソルガム、ライムギ、ブルガーまたはこれらの組合せから単離される、またはこれらに由来する、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法、または、
(v)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加することを含む、(i)〜(iv)のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライド結合を分解（加水分解）することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物をポリサッカライド結合またはオリゴサッカライド結合の分解（加水分解）を促進する条件下で前記ポリペプチドと接触させる工程、
を含む、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの分解（加水分解）を触媒する方法、
(ii)ポリサッカライド結合またはオリゴサッカライド結合がデンプン結合である若しくはデンプン結合を含む、(i)記載の方法、
(iii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモを含む若しくはコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモである、(i)または(ii)記載の方法、
(iv)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物、サツマイモ、マイロ、ソルガム、ライムギ、ブルガーまたはこれらの組合せから単離される、またはこれらに由来する、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法、または、
(v)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加することを含む、(i)〜(iv)のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの分解（加水分解）を触媒することのできるアミラーゼポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む基質、を提供する工程であって、前記アミラーゼポリペプチドが請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコード、前記工程、および、
(b)前記ポリペプチドを酵素活性を促進する条件下で前記基質と接触させる工程、
を含む、酵素的に活性なポリペプチドを同定するためのアッセイ方法、
(ii)基質の量の減少、または、前記アミラーゼポリペプチドと前記基質との反応によって生じる反応産物の量の増加、を検出することを含み、前記基質の量が減少または前記反応産物の量の増加によって酵素的に活性なアミラーゼが同定される、(i)記載の方法、または、
(iii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモを含む若しくはコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモである、（ｉ）または(ii)記載の方法。
【請求項１３】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b) 前記組成物を、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）の触媒作用を促進する条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、
を含む、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを液化する方法、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含むまたはデンプンである、(i)記載の方法、
(iii)液化（加水分解）反応が液化シロップを生成する、(i)記載の方法、
(iv)液化（加水分解）反応が18 DEにおいて2.0未満であって、12 DEにて約4.0未満のMn/Mw比を有する液化シロップを生成する、(iii)記載の方法、
(v)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモを含む若しくはコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモである、(i)〜(iv)のいずれかに記載の方法、
(vi)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドが、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物、サツマイモ、マイロ、ソルガム、ライムギ、ブルガーまたはこれらの組合せから単離される、またはこれらに由来する、(i)〜(v)のいずれかに記載の方法、または、
（vii）さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加することを含む、(i)〜(vi)のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
(i)(a) ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b) 前記組成物を、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）の触媒作用を促進する条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程であって、前記液化反応が18 DEにおいて2.0未満であって、12 DEにて約4.0未満のMn/Mw比を有する液化シロップを生成する、前記工程、
を含む方法によって生成されるシロップ、または、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモを含む若しくはコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモである、(i)記載の液化シロップ。
【請求項１５】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む対象物または組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記対象物または組成物を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒し得る、洗浄に十分な条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、
を含む、対象物を洗滌するための方法、または、
(ii)対象物が繊維製品である、(i)記載の方法。
【請求項１６】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む繊維製品、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記繊維製品を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することを可能とする、前記繊維製品の処理に十分な条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む、繊維製品の処理方法、
(ii)繊維製品の処理方法が繊維製品の糊抜きを含む、(i)記載の方法、または、
（iii）さらに、第2のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼ、または他の酵素を使用すること含む、(i)または（ii）記載の方法。
【請求項１７】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、リグノセルロース繊維を含む組成物、を提供する工程であって、前記アミラーゼポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記リグノセルロース繊維を、前記ポリペプチドがリグノセルロース繊維の液化(加水分解)を触媒し得る条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む、リグノセルロース繊維の処理方法、または、
(ii)リグノセルロース繊維がリグノセルロース繊維特性を改善するに十分な量で液化（加水分解）される、(i)記載の方法。
【請求項１８】
(i)(a)リグノセルロース繊維、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、紙パルプ、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記リグノセルロース繊維、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを、前記ポリペプチドがリグノセルロース繊維、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化(加水分解)を触媒し得る、酵素的脱インクに十分な条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む、紙パルプの脱インキ方法、
(ii)ポリペプチドが紙パルプ繊維表面の脱インクに効果的な量で適用される、(i)記載の方法、
(iii)紙パルプが再生紙パルプである、(i)または（ii）記載の方法、
(iv)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含むまたはデンプンである、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法、または、
(v)さらに、第2のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加することを含む、（i）〜(iv)のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物を、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）の触媒作用を促進する条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、
を含むポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化方法、
（ii）ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含むまたはデンプンである、(i)記載の方法、
(iii)液化（加水分解）反応が液化シロップを生成する、(i)記載の方法、
(iv)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモを含む、若しくはコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモである、(i)〜（iii）のいずれかに記載の方法、
(v)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物、サツマイモ、マイロ、ソルガム、ライムギ、ブルガーまたはこれらの組合せから単離される、またはこれらに由来する、(i)〜(iv)のいずれかに記載の方法、または、
(vi)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加することを含む、(i)〜(v)のいずれかに記載の方法。
【請求項２０】
(i)(a)請求項６記載のポリペプチドを含むポリペプチド、または請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、および、洗浄剤または洗浄性添加物、を含む洗浄剤または洗浄性添加物、または、
(b)さらに第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを含む、(a)記載の洗浄剤または洗浄性添加物。
【請求項２１】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒するに十分な条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む、高マルトースシロップ又は高グルコースシロップ又は混合シロップを製造する方法、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含み、加水分解が可溶性デンプン加水分解物を生成する、(i)記載の方法、
(iii)さらに、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたは可溶性デンプン加水分解物の糖化を含み、それによりシロップが生成されることを含む、(i)または（ii）記載の方法、
(iv)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモを含む若しくはコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモである、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法、または、
(v)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加することを含む、(i)〜(iv)のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
産出作業の間に形成され、完成した掘削穴を囲む地下構造物内に見出される、粘着性でデンプンを含む有害な流体を除去することによって、前記地下構造物からの産出流体の流量を増加させる方法であって、
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)産出流体を掘削穴から流れ出させること、
(c)前記前記構造物からの前記産出流体の流量を期待流速より減少させること、
(d)水溶性流体と(a)記載のポリペプチドとを一緒に混合することによって、酵素処理剤を調剤すること、
(e)前記掘削穴内部の所望する位置に前記酵素処理剤をポンプで注入すること、および、
(f)前記酵素処理剤に前記粘着性でデンプンを含む有害な流体を分解させること、を含む、
産出作業の間に形成され、完成した掘削穴を囲む地下構造物内に見出される、粘着性でデンプンを含む有害な流体を除去することによって、前記地下構造物からの産出流体の流量を増加させる方法、
(ii)流体が地下構造物から前記掘削穴の表層に移動する、(i)記載の方法、
(iii)酵素処理剤がポリサッカライドまたはオリゴサッカライド中のαグルコシド結合に効果的に作用する、(i)または(ii)記載の方法、または、
(iv)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含む、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒するに十分な条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含むアルコールの製造方法、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含み、加水分解が可溶性デンプン加水分解物を生成する、(i)記載の方法、
(iii)さらに、液化または加水分解されたポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの発酵を含む、(i)または(ii)記載の方法、
(iv)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンが、コメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモを含む若しくはコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモである、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法、
(v)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加することを含む、(i)〜(iv)のいずれかに記載の方法、または、
(vi)製造されるアルコールが燃料エタノールを含む、(iii)記載の方法。
【請求項２４】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒するに十分な条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む，トウモロコシの湿式粉砕方法、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含む、(i)記載の方法、または、
(iii)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたは他の酵素を使用することを含む、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒するに十分な条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含むパン焼き方法、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含む、(i)記載の方法、
(iii)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたは他の酵素を使用することを含む、(i)または(ii)記載の方法、または、
(iv)組成物が生地または生地から調製されたベークド製品を含む、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法。
【請求項２６】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒するに十分な条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む掘削方法、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含む、(i)記載の方法、または、
(iii)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたは他の酵素を使用することを含む、(i)または(ii)記載の方法。
【請求項２７】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒するに十分な条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む醸造加工方法、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含む、(i)記載の方法、または、
(iii)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたは他の酵素を使用することを含む、(i)または(ii)記載の方法。
【請求項２８】
(i)(a)リグノセルロース繊維またはポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、紙またはパルプ、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記リグノセルロース繊維またはポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを、前記ポリペプチドが前記リグノセルロース繊維またはポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできる条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む紙またはパルプ加工方法、
(ii)パルプが再生紙パルプである、(i)記載の方法、
(iii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含むまたはデンプンである、(i)または(ii)記載の方法、または、
(iv)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加することを含む、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法。
【請求項２９】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできる条件下で前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む、飲料の製造方法、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含むまたはデンプンである、(i)記載の方法、
(iii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドまたはデンプンがコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモを含む若しくはコメ、発芽米、トウモロコシ、オオムギ、コムギ、マメ科植物またはサツマイモである、(i)または(ii)に記載の方法、または、
(iv)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加することを含む、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法。
【請求項３０】
(a)請求項６記載のポリペプチド若しくは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、および、生地、ベーカリー製品若しくはベークド製品、または小麦粉を含むベーキング用プレミックス、またはパン焼き用添加物、を含むバーカリー製品若しくはベークド製品または小麦粉を含むベーキング用プレミックス、またはパン焼き用添加物、または、
(b)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたは他の酵素を含む、(a)記載のベーカリー製品若しくはベークド製品または小麦粉を含むベーキング用プレミックス、またはパン焼き用添加物。
【請求項３１】
（a）請求項６記載のポリペプチド若しくは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、および繊維製品、を含む繊維製品、または、
(b)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたは他の酵素を含む、(a)記載の繊維製品。
【請求項３２】
(a)請求項６記載のポリペプチド若しくは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、および、紙、パルプまたは再生紙、を含む紙、パルプまたは再生紙、または、
(b)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたは他の酵素を含む、(a)記載の紙、パルプまたは再生紙。
【請求項３３】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む組成物、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記組成物を、前記ポリペプチドが前記ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできる条件下で、前記ポリペプチドと接触させる工程、を含む、掘削方法、
(ii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含むまたはデンプンである、(i)記載の方法、または、
(iii)さらに、第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたはこれらの組合せを添加すること含む、(i)または(ii)記載の方法。
【請求項３４】
(a)請求項６記載のポリペプチド若しくは請求項１記載の核酸によってコードされるポリペプチド、を含む飼料、
(b)さらに第２のアミラーゼ、αアミラーゼまたはβアミラーゼまたは他の酵素を含む(a)記載の飼料組成物、
(c)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む、(a)または(b)記載の飼料組成物、
(d)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含む、(c)記載の飼料組成物、または、
(e)トウモロコシ、コムギ、マイロ、ソルガム、ライムギおよび／又はブルガーを含む、(a)〜(d)のいずれかに記載の飼料組成物。
【請求項３５】
(i)(a)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドの液化（加水分解）を触媒することのできるポリペプチド、および、飼料、を提供する工程であって、前記ポリペプチドが、請求項６記載のポリペプチドを含む、または請求項１記載の核酸によってコードされる、前記工程、および、
(b)前記飼料を前記ポリペプチドと接触または混合する工程、
を含む、飼料の製造方法、
(ii)飼料がポリサッカライドまたはオリゴサッカライドを含む、(i)記載の方法、
(iii)ポリサッカライドまたはオリゴサッカライドがデンプンを含む、(ii)記載の方法、または、
(iv)飼料組成物が、トウモロコシ、コムギ、マイロ、ソルガム、ライムギおよび／又はブルガーを含む、(i)〜(iii)のいずれかに記載の方法。