【手続補正書】
【提出日】平成31年4月12日(2019.4.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子発現ベースサブタイプと形態学ベースサブタイプとの間の一致を、肺がんに罹患している患者についての疾患アウトカムの指標とする方法であって、遺伝子発現ベースサブタイプを形態学ベースサブタイプと比較するステップを含み、ここで、前記遺伝子発現ベースサブタイプは、前記患者から得た第１の試料の遺伝子発現分析を介して決定された前記肺がんのサブタイプであり、前記形態学ベースサブタイプは、前記患者から得た第２の試料の形態学的分析を介して決定された前記肺がんのサブタイプであり、前記遺伝子発現ベースサブタイプと前記形態学ベースサブタイプとの間の一致の存在または非存在は、前記疾患アウトカムを示す、方法。
【請求項２】
前記遺伝子発現ベースサブタイプと前記形態学ベースサブタイプとの間の不一致が、不良な疾患アウトカムを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記疾患アウトカムが全生存である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記遺伝子発現ベースサブタイプおよび／または前記形態学ベースサブタイプが、腺癌、扁平上皮細胞癌腫、または神経内分泌癌腫腫である、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記神経内分泌癌腫腫が、小細胞癌腫およびカルチノイドを包含する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記第１の試料および／または前記第２の試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮または凍結組織試料である、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記第１の試料および前記第２の試料が、同一の試料の部分である、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記遺伝子発現分析が、ＲＮＡ配列決定、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、またはハイブリダイゼーションベース分析を実施することによって、前記第１の試料において、核酸レベルで表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現レベルを決定することを含む、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記ＲＴ−ＰＣＲが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ＲＴ−ＰＣＲが、前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーに特異的なプライマーを用いて実施され；前記遺伝子発現分析が、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、もしくは表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現の検出されたレベルを、少なくとも１つの試料訓練セット（単数または複数）における前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現と比較するステップであって、前記少なくとも１つの試料訓練セットは、参照腺癌試料の、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、もしくは表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現データ、参照扁平上皮細胞癌腫試料の、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、もしくは表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現データ、参照神経内分泌癌腫腫試料の、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、もしくは表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現データ、またはこれらの組合せを含む、ステップと；前記比較するステップの結果に基づいて前記第１の試料を腺癌、扁平上皮細胞癌腫、または神経内分泌癌腫サブタイプとして分類するステップとを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記比較するステップが、前記第１の試料から得た発現データと、前記少なくとも１つの訓練セット（単数または複数）からの発現データとの間の相関を決定することを含む統計的アルゴリズムを適用することと；前記統計的アルゴリズムの結果に基づいて前記第１の試料を腺癌、扁平上皮細胞癌腫、または神経内分泌癌腫サブタイプとして分類することとを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記ハイブリダイゼーションベース分析が、
（ａ）前記患者から得られる肺がん試料において、核酸レベルで表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
（ｉ）前記試料を、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドと、前記５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドをこれらの相補体または実質的な相補体のハイブリダゼーションに適した条件下で混合すること；
（ｉｉ）ハイブリダイゼーションが、前記５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドとこれらの相補体または実質的な相補体との間で起こるか否かを検出すること；
（ｉｉｉ）前記検出するステップに基づいて前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと；
（ｂ）前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの前記ハイブリダイゼーション値を、少なくとも１つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値（単数または複数）と比較するステップであって、前記少なくとも１つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮細胞癌腫試料からのハイブリダイゼーション値、参照神経内分泌癌腫試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと；
を含み、前記遺伝子発現ベースサブタイプが、前記比較するステップの結果に基づく、腺癌、扁平上皮細胞癌腫、または神経内分泌癌腫サブタイプとして分類された前記肺がんのサブタイプである、請求項８に記載の方法。
【請求項１３】
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの前記ハイブリダイゼーション値と、前記参照ハイブリダイゼーション値との間の相関を決定することを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比を決定することと、前記平均発現比を、前記試料訓練セットにおける前記参照値から得られる前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比と比較することとをさらに含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記第２の試料の前記形態学的分析が、組織学的分析である、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４４】
これらの変更および他の変更を、上記詳細な説明を踏まえると実施形態に行うことができる。一般に、以下の特許請求の範囲において、使用した用語は、本明細書および特許請求の範囲に開示した具体的な実施形態に特許請求の範囲を限定するように解釈されるべきでないが、このような特許請求の範囲が権利を与えられる均等物の全範囲とともにすべての可能な実施形態を含むように解釈されるべきである。したがって、特許請求の範囲は、本開示によって限定されない。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
（項目１）
患者の腺癌の肺がんサブタイプが、スクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、またはマグノイド（近位増殖性）であるか否かを評価する方法であって、
（ａ）前記患者から得られる肺がん試料において、核酸レベルで表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６のクラシファイヤーバイオマーカーの少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
（ｉ）前記試料を、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドと、前記５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドのこれらの相補体または実質的な相補体へのハイブリダイゼーションに適した条件下で混合すること；
（ｉｉ）ハイブリダイゼーションが、前記５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドとこれらの相補体または実質的な相補体との間で起こるか否かを検出すること；
（ｉｉｉ）前記検出するステップに基づいて前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと；
（ｂ）前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの前記ハイブリダイゼーション値を、少なくとも１つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値（単数または複数）と比較するステップであって、前記少なくとも１つの試料訓練セットは、（ｉ）前記少なくとも５種のバイオマーカーを過剰発現する試料、もしくは前記少なくとも５種のバイオマーカーのサブセットを過剰発現する試料からの前記少なくとも５種のバイオマーカーのハイブリダイゼーション値（単数または複数）、（ｉｉ）参照スクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、もしくはマグノイド（近位増殖性）試料からのハイブリダイゼーション値、または（ｉｉｉ）無腺癌肺試料から得たハイブリダイゼーション値を含む、ステップと；
（ｃ）前記比較するステップの結果に基づいて前記腺癌試料をスクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、またはマグノイド（近位増殖性）サブタイプとして分類するステップと
を含む方法。
（項目２）
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの前記ハイブリダイゼーション値と、前記参照ハイブリダイゼーション値との間の相関を決定することを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比を決定することと、前記平均発現比を、前記試料訓練セットにおける前記参照値から得られる前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比と比較することとをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記プローブするステップが、前記混合するステップの前に前記核酸またはその部分を単離することを含む、項目１から３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記ハイブリダイゼーションが、ｃＤＮＡプローブへのｃＤＮＡバイオマーカーのハイブリダイゼーション、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目１から４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
前記ハイブリダイゼーションが、ｃＤＮＡプローブのｍＲＮＡバイオマーカーへのハイブリダイゼーション、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目１から４のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記プローブするステップが、前記試料中の前記核酸を増幅することを含む、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃの少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２の少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３の少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表４の６種のバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表５の６種のバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６の少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃの約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１５〜約４０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２の約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１５〜約４０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３の約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１５〜約４０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６の約５〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記試料が、パラフィン中に包埋された肺細胞を含む、項目１から２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記試料が、新鮮凍結試料である、項目１から２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
肺組織試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮および凍結組織試料から選択される、項目１から２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２６）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ｂに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２７）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ｃに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２８）
肺がんに罹患している患者について疾患アウトカムを決定するための方法であって、前記患者から得た第１の試料の遺伝子発現分析を介して前記肺がんのサブタイプを決定して、遺伝子発現ベースサブタイプを生成するステップと；前記患者から得た第２の試料の形態学的分析を介して前記肺がんのサブタイプを決定して、形態学ベースサブタイプを生成するステップと；前記遺伝子発現ベースサブタイプを前記形態学ベースサブタイプと比較するステップであって、前記遺伝子発現ベースサブタイプと前記形態学ベースサブタイプとの間の一致の存在または非存在は、前記疾患アウトカムを予測する、ステップとを含む方法。
（項目２９）
前記遺伝子発現ベースサブタイプと前記形態学ベースサブタイプとの間の不一致が、不良な疾患アウトカムを予測する、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記疾患アウトカムが全生存である、項目２８または２９に記載の方法。
（項目３１）
前記遺伝子発現ベースサブタイプおよび／または前記形態学ベースサブタイプが、腺癌、扁平上皮細胞癌腫、または神経内分泌癌腫腫である、項目２８から３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記神経内分泌癌腫腫が、小細胞癌腫およびカルチノイドを包含する、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記第１の試料および／または前記第２の試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮または凍結組織試料である、項目２８から３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記第１の試料および前記第２の試料が、同一の試料の部分である、項目２８から３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記遺伝子発現分析が、ＲＮＡ配列決定、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、またはハイブリダイゼーションベース分析を実施することによって、前記第１の試料において、核酸レベルで表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現レベルを決定することを含む、項目２８から３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記ＲＴ−ＰＣＲが、定量的リアルタイム逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記ＲＴ−ＰＣＲが、前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーに特異的なプライマーを用いて実施され；前記方法が、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、もしくは表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現の検出されたレベルを、少なくとも１つの試料訓練セット（単数または複数）における前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現と比較するステップであって、前記少なくとも１つの試料訓練セットは、参照腺癌試料の、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、もしくは表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現データ、参照扁平上皮細胞癌腫試料の、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、もしくは表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現データ、参照神経内分泌癌腫腫試料の、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、もしくは表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現データ、またはこれらの組合せを含む、ステップと；前記比較するステップの結果に基づいて前記第１の試料を腺癌、扁平上皮細胞癌腫、または神経内分泌癌腫サブタイプとして分類するステップとを含む、項目３５に記載の方法。
（項目３８）
前記比較するステップが、前記第１の試料から得た発現データと、前記少なくとも１つの訓練セット（単数または複数）からの発現データとの間の相関を決定することを含む統計的アルゴリズムを適用することと；前記統計的アルゴリズムの結果に基づいて前記第１の試料を腺癌、扁平上皮細胞癌腫、または神経内分泌癌腫サブタイプとして分類することとを含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーに特異的な前記プライマーが、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６に列挙された順方向プライマーおよび逆方向プライマーである、項目３７または３８に記載の方法。
（項目４０）
前記ハイブリダイゼーションベース分析が、
（ａ）前記患者から得られる肺がん試料において、核酸レベルで表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのレベルをプローブするステップであって、
（ｉ）前記試料を、表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの核酸分子の部分に実質的に相補的である５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドと、前記５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドをこれらの相補体または実質的な相補体のハイブリダゼーションに適した条件下で混合すること；
（ｉｉ）ハイブリダイゼーションが、前記５種またはそれ超のオリゴヌクレオチドとこれらの相補体または実質的な相補体との間で起こるか否かを検出すること；
（ｉｉｉ）前記検出するステップに基づいて前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーのハイブリダイゼーション値を得ること
を含むステップと；
（ｂ）前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの前記ハイブリダイゼーション値を、少なくとも１つの試料訓練セットからの参照ハイブリダイゼーション値（単数または複数）と比較するステップであって、前記少なくとも１つの試料訓練セットは、参照腺癌試料からのハイブリダイゼーション値、参照扁平上皮細胞癌腫試料からのハイブリダイゼーション値、参照神経内分泌癌腫試料からのハイブリダイゼーション値、またはこれらの組合せを含む、ステップと；
（ｃ）前記比較するステップの結果に基づいて前記肺がん試料を腺癌、扁平上皮細胞癌腫、または神経内分泌癌腫サブタイプとして分類するステップと
を含む、項目３５に記載の方法。
（項目４１）
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの前記ハイブリダイゼーション値と、前記参照ハイブリダイゼーション値との間の相関を決定することを含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比を決定することと、前記平均発現比を、前記試料訓練セットにおける前記参照値から得られる前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比と比較することとをさらに含む、項目４０に記載の方法。
（項目４３）
前記プローブするステップが、前記混合するステップの前に前記核酸またはその部分を単離することを含む、項目４０から４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記ハイブリダイゼーションが、ｃＤＮＡプローブのＤＮＡバイオマーカーへのハイブリダイゼーション、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目４０から４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
前記ハイブリダイゼーションが、ｃＤＮＡプローブのｍＲＮＡバイオマーカーへのハイブリダイゼーション、それによって非天然複合体を形成することを含む、項目４０から４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃの少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目４７）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２の少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目４８）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３の少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目４９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表４の６種のバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５０）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表５の６種のバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５１）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６の少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５２）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃの約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１５〜約４０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５３）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２の約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１５〜約４０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５４）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３の約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１５〜約４０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５５）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６の約５〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５６）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５７）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５８）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目３５に記載の方法。
（項目５９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目３５に記載の方法。
（項目６０）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目５６に記載の方法。
（項目６１）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ｂに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目５６に記載の方法。
（項目６２）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ｃに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目５６に記載の方法。
（項目６３）
前記第２の試料の前記形態学的分析が、組織学的分析である、項目２８から６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
ヒト患者からの肺組織試料が、スクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、またはマグノイド（近位増殖性）腺癌の肺がんサブタイプであるか否かを評価する方法であって、
クラシファイヤーバイオマーカーに特異的なオリゴヌクレオチドを用いたＲＮＡ−ｓｅｑ、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、またはハイブリダイゼーションアッセイによって、核酸レベルで表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現レベルを検出するステップと；
表１Ａ、表１Ｂ、表１Ｃ、表２、表３、表４、表５、または表６の前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現の検出されたレベルを、少なくとも１つの試料訓練セットからの前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーの発現レベルと比較するステップであって、前記少なくとも１つの試料訓練セットは、（ｉ）前記少なくとも５種のバイオマーカーを過剰発現する試料、もしくは前記少なくとも５種のバイオマーカーのサブセットを過剰発現する試料からの前記少なくとも５種のバイオマーカーの発現レベル（単数または複数）、（ｉｉ）参照スクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、もしくはマグノイド（近位増殖性）試料からの発現レベル、または（ｉｉｉ）無腺癌肺試料からの発現レベルを含む、ステップと；
前記比較するステップの結果に基づいて前記肺組織試料をスクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、またはマグノイド（近位増殖性）サブタイプとして分類するステップと
を含む方法。
（項目６５）
前記比較するステップが、前記肺組織試料から得た発現データと、前記少なくとも１つの訓練セット（単数または複数）からの発現データとの間の相関を決定することを含む統計的アルゴリズムを適用することと；前記統計的アルゴリズムの結果に基づいて前記肺組織試料をスクアモイド（近位炎症性）、ブロンコイド（終末呼吸単位）、またはマグノイド（近位増殖性）サブタイプとして分類することとを含む、項目６４に記載の方法。
（項目６６）
前記肺組織試料が、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）肺組織試料、新鮮および凍結組織試料から選択される、項目６４または６５に記載の方法。
（項目６７）
前記比較するステップが、前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比を決定することと、前記平均発現比を、前記試料訓練セットにおける前記参照値から得られる前記少なくとも５種のバイオマーカーの平均発現比と比較することとをさらに含む、項目６４に記載の方法。
（項目６８）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃの少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２の少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３の少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表４の６種のバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表５の６種のバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６の少なくとも１０種のバイオマーカー、少なくとも２０種のバイオマーカー、または少なくとも３０種のバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃの約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１５〜約４０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２の約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１５〜約４０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７６）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３の約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１５〜約４０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７７）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６の約５〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカー、または約１０〜約３０種のクラシファイヤーバイオマーカーを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７８）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａ、表１Ｂ、または表１Ｃに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表２に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目８０）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表３に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表６に示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目６４から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目８２）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ａに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目７８に記載の方法。
（項目８３）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ｂに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目７８に記載の方法。
（項目８４）
前記少なくとも５種のクラシファイヤーバイオマーカーが、表１Ｃに示したクラシファイヤーバイオマーカーのそれぞれを含む、項目７８に記載の方法。