【手続補正書】
【提出日】平成20年7月31日(2008.7.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
２以上のポリペプチド間の相互作用に対する関心のある物質の影響を検出するための方法であって：
ａ．２以上のポリペプチド（例えば、第一のポリペプチドおよび第二のポリペプチド）を、該ポリペプチドが、互いに、内在性タンパク質と、またはその組み合わせと相互作用する条件下で細胞に導入し（ここで少なくとも該第一のポリペプチドが、１以上のポリペプチド、内在性タンパク質、またはその組み合わせと相互作用する相互作用ドメインを含み、且つレポータードメインをさらに含むバイオセンサーである）、且つ該ポリペプチドの１以上、該内在性タンパク質の１以上、またはその組み合わせ間の相互作用を定量化すること、
ｂ．該細胞を関心のある物質と接触させ、且つ該ポリペプチド、内在性タンパク質、またはその組み合わせ間の相互作用を定量化すること、ならびに
ｃ．工程（ａ）の結果を工程（ｂ）のものと比較すること、
を含む方法。
【請求項２】
該第二のポリペプチドもまたポリペプチド、内在性タンパク質、またはその組み合わせと相互作用する相互作用ドメインを含み、且つレポータードメインをさらに含むバイオセンサーである、請求項１の方法。
【請求項３】
レポータードメインが発光性または蛍光性部分を含む、請求項１または２の方法。
【請求項４】
発光性または蛍光性部分がＧＦＰである、請求項３の方法。
【請求項５】
該ポリペプチド間の相互作用が蛍光または発光シグナル変化を評価することにより判断される、請求項３の方法。
【請求項６】
２以上のポリペプチド間の相互作用に対する関心のある物質の影響を検出するための方法であって：
ａ．２以上のポリペプチド（例えば、第一のポリペプチドおよび第二のポリペプチド）を、該ポリペプチドが互いに、内在性タンパク質と、またはその組み合わせと相互作用する条件下で細胞に導入し（ここで少なくとも該第一のポリペプチドが発光性または蛍光性部分を含むレポーターを含むバイオセンサーである）、且つ可逆的な蛍光または発光シグナル変化を評価することにより該ポリペプチドの１以上、該内在性タンパク質の１以上、またはその組み合わせ間の相互作用を定量化すること、
ｂ．該細胞を関心のある物質と接触させ、且つ蛍光または発光シグナル変化を評価することにより該ポリペプチドの１以上、該内在性タンパク質の１以上、またはその組み合わせ間の相互作用を定量化すること、ならびに
ｃ．工程（ａ）の結果を工程（ｂ）のものと比較すること、
を含む方法。
【請求項７】
該第二のポリペプチドもまた発光性または蛍光性部分を含むレポーターを含むバイオセンサーである、請求項６の方法。
【請求項８】
発光性または蛍光性部分がＧＦＰである、請求項７の方法。
【請求項９】
該第一のおよび／または該第二のポリペプチドが該ポリペプチドの１以上、該内在性タンパク質の１以上、またはその組み合わせと相互作用する相互作用ドメインをさらに含む、請求項６または７の方法。
【請求項１０】
該物質が化学的、物理的刺激、環境的刺激、電気的刺激、または照射である、請求項１の方法。
【請求項１１】
該物質が化学的、物理的刺激、環境的刺激、電気的刺激、または照射である、請求項６の方法。
【請求項１２】
少なくとも２の関心のある分子間の相互作用を定量化するための方法であって：
ａ．各関心のある分子を個別に細胞内に導入し（ここで該関心のある分子の少なくとも１つが発光性または蛍光性部分を含むレポーターを含む）、且つ発光または蛍光のレベルを定量化すること、
ｂ．該関心のある分子を同時に細胞に導入し、且つ発光または蛍光のレベルを定量化すること、ならびに
ｃ．工程（ａ）の結果を工程（ｂ）のものと比較すること、
を含む方法。
【請求項１３】
関心のある分子の１つがＳＨ２である、請求項１２の方法。
【請求項１４】
関心のある分子がポリペプチドである、請求項１２の方法。
【請求項１５】
ポリペプチドが該ポリペプチドの１以上、該内在性タンパク質の１以上、またはその組み合わせと相互作用する相互作用ドメインをさらに含む、請求項１４の方法。
【請求項１６】
相互作用が蛍光共鳴エネルギー転移、蛍光偏光測定法、回転差、蛍光寿命変化、蛍光溶媒感受性、および蛍光消光を用いて定量化される、請求項５、６、１０、または１１の方法。
【請求項１７】
相互作用がデバイスにより自動的に定量化される、請求項１、６、１０、または１１の方法。
【請求項１８】
請求項１７の方法であって、ここでデバイスは多細胞を含む部位のアレイを提供し、細胞内の少なくとも１の発光性または蛍光性レポーターポリペプチドからの発光性または蛍光性シグナルを得るために細胞を含む各部位で多細胞をスキャンし；細胞内の特定の部位内の少なくとも１の発光性または蛍光性レポーターポリペプチドからの発光性または蛍光性シグナルの発光または蛍光強度を測定し；且つ以下の１以上の関心のあるポリペプチドにより誘導された変化を自動的に計算する、方法：
ａ．細胞内の特定の部位における少なくとも１の発光性または蛍光性レポーターポリペプチドからの発光性または蛍光性シグナル強度の、細胞内の異なる特定の部位における少なくとも１の発光性または蛍光性レポーターポリペプチドからの発光性または蛍光性シグナル強度に対する割合；ならびに
ｂ．細胞内の特定の部位における少なくとも１の発光性または蛍光性レポーターポリペプチドからの発光性または蛍光性シグナル強度と、細胞内の異なる特定の部位における少なくとも１の発光性または蛍光性レポーターポリペプチドからの発光性または蛍光性シグナル強度との間の差異（ここで関心のある物質により誘導された変化が、細胞内の第一の部位から細胞内の第二の特定の部位へのポリペプチドの局在化に対する関心のある物質の影響を示している）。
【請求項１９】
同じ細胞における細胞成分または機能に対する関心のある物質の影響を検出するための方法であって：
ａ．相互作用する２以上の分子を細胞内に導入し且つ関心のある細胞成分または機能を定量化すること、
ｂ．該細胞を関心のある物質と接触させ且つ関心のある細胞成分または機能を定量化すること、ならびに
ｃ．工程（ａ）の結果を工程（ｂ）のものと比較すること、
を含む方法。
【請求項２０】
分子がポリペプチドである、請求項１９の方法。
【請求項２１】
同じ細胞における細胞成分または機能に対する２の関心のある分子間の相互作用の影響を定量化するための方法であって：
ａ．各関心のある分子を細胞内に個別に導入し、且つ関心のある細胞成分または機能を定量化すること、
ｂ．該関心のある分子を該細胞に同時に導入し、且つ関心のある細胞成分または機能を定量化すること、ならびに
ｃ．工程（ａ）の結果を工程（ｂ）のものと比較すること、
を含む方法。
【請求項２２】
分子がポリペプチドである、請求項２１の方法。
【請求項２３】
関心のある細胞成分または機能が、アポトーシス；ネクローシス；細胞周期調節；核形態；細胞ＤＮＡ含量；ヒストンＨ３リン酸化レベル；他のキナーゼまたはホスファターゼ活性；転写因子活性化；腫瘍抑制因子活性化または誘導；ミトコンドリア電位、ペルオキシソーム数およびサイズ、またはエンドソームのｐＨを含むオルガネラの機能；アクチン、微小管、または中間径フィラメント細胞骨格の組織化；受容体内部移行または転位；細胞運動性；プロテアーゼ活性化；熱ショック応答；エキソサイトーシス；エンドサイトーシス；細胞肥大または他の形態変化；ならびにタンパク質と同様にコードおよび非コードＲＮＡｓを含む遺伝子発現からなる群より選択される、請求項１９または２１の方法。
【請求項２４】
該ポリペプチドの１以上が該ポリペプチドを細胞内で特異的な局在化パターンで発現させる局在化ドメインを含み、且つ関心のある物質が該局在化パターンを崩壊する、請求項１、６、１４、２０または２２の方法。
【請求項２５】
該ポリペプチドの１以上が１を上まわる局在化ドメインを含む、請求項２４の方法。
【請求項２６】
該局在化ドメインがＮＥＳおよびＮＬＳからなる群より選択される、請求項２４の方法。
【請求項２７】
局在化ドメインがＫＲＴＡＤＧＳＥＦＥＳＰＫＫＡＲＫＶＥ（配列番号：１）、ＱＱＭＧＲＧＳＥＦＥＰＡＡＫＲＡＫＬＤＥ（配列番号：２）、ＱＱＭＧＲＧＳＥＦＥＳＰＫＫＡＲＫＶＥ（配列番号：３）、ＮＳＮＥＬＡＬＫＬＡＧＬＤＩＮＫＴＥ（配列番号：４）、ＨＡＥＫＶＡＥＫＬＥＡＬＳＶＫＥＥＴ（配列番号：５）、およびＰＳＴＲＩＱＱＱＬＧＱＬＴＬＥＮＬＱ（配列番号：６）からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むまたは本質的にからなる、請求項２４の方法。
【請求項２８】
該ポリペプチドの少なくとも１つがタンパク質、タンパク質フラグメント、またはタンパク質相互作用ドメインを含む、請求項１、６、１４、２０、または２２の方法。
【請求項２９】
該ポリペプチドの少なくとも１つがタンパク質を含み、且つ誘導性プロモーターの転写調節下で細胞内において発現する、請求項１、６、１４、２０、または２２の方法。
【請求項３０】
該ポリペプチドの少なくとも１つが細胞の外で産生され、且つ次いで細胞内に導入される、請求項１、６、１４、２０、または２２の方法。
【請求項３１】
該ポリペプチドの少なくとも１つが該細胞に対して外来性である、請求項１、６、１４、２０、または２２の方法。
【請求項３２】
該ポリペプチドの少なくとも１つが該細胞に対して内在性である、請求項１、６、１４、２０、または２２の方法。
【請求項３３】
該ポリペプチドの少なくとも２つがｐ５３およびＨＤＭ２である、請求項１、６、１４、２０、または２２の方法。
【請求項３４】
該ポリペプチドの少なくとも１つが配列番号：７、８、９、１０、１１または１２の配列を有する、請求項１、６、１４、２０、または２２の方法。
【請求項３５】
測定がハイコンテントスクリーニング（ＨＣＳ）技術を用いてなされる、請求項１、６、１０、１１、１９、または２１のいずれかの方法を含むＨＣＳの方法。
【請求項３６】
該方法が異なる分子および／または関心のある物質を用いて繰り返され、それによって該繰り返されたアッセイの結果が定量化された比較のデータベース中へと編集される、請求項１、６、１０、１１、１９、または２１のいずれかの方法。
【請求項３７】
請求項３６の方法を用いて作成したデータベース。
【請求項３８】
関心のある分子と他の分子または物質との相互作用に関する情報を含み且つ該相互作用がさらなる細胞成分および細胞における機能に関連する、請求項３７のデータベース。
【請求項３９】
２以上の関心のある分子間の相互作用への影響を有する分子または物質を求めてライブラリをスクリーニングすることにより構築される、請求項３７のデータベース。
【請求項４０】
２以上の細胞分子間の相互作用を崩壊する分子または物質を求めてライブラリをスクリーニングすることにより構築される、請求項３７のデータベース。
【請求項４１】
配列番号：８、１０、または１２を含むアミノ酸の配列を含むポリペプチドを含むバイオセンサー。
【請求項４２】
請求項４１のバイオセンサーをコードしている核酸。
【請求項４３】
配列番号：７、９、または１１を含むＤＮＡ配列を含む、請求項４２の核酸。