【手続補正書】
【提出日】令和1年11月7日(2019.11.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
妊娠女性が身籠っている胎児の染色体異数性を検出するための方法であって、
前記方法が：
（ａ）  前記妊娠女性から取られたサンプルを提供し、このサンプルが、胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡを、母親起源の異なってメチル化されたＤＮＡとの混合物として含むステップと；
（ｂ）  前記サンプル中に存在するＤＮＡを、メチル化されたＤＮＡおよびメチル化されていないＤＮＡを差次的に改変する試薬によって処理するステップと；
（ｃ）  前記サンプル中の染色体異数性に関わる染色体である第１の標的ＤＮＡ種の量を、前記サンプル中の前記染色体上に位置する２つ以上の第１の標的の差次的にメチル化される領域（ＤＭＲ）におけるメチル化の存在を検出することによって決定し、前記第１の標的ＤＭＲは、胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化され、前記試薬による第１の標的ＤＭＲのＤＮＡの改変はＤＮＡのメチル化に対して感受性であり、前記第１の標的ＤＭＲの１つ以上におけるメチル化されたＤＮＡの検出量は、前記サンプル中の第１の標的ＤＮＡ種の前記量を指示するステップと；
（ｄ）  前記サンプル中の１つ以上の参照染色体である参照ＤＮＡ種の量を、前記サンプル中の前記参照染色体上に位置する２つ以上の参照ＤＭＲにおけるメチル化の存在を検出することによって決定し、前記参照ＤＭＲは、胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化され、前記試薬によるかかる参照ＤＭＲのＤＮＡの改変は、ＤＮＡのメチル化に対して感受性であり、前記参照ＤＭＲの１つ以上におけるメチル化されたＤＮＡの検出量が、前記サンプル中の参照ＤＮＡ種の前記量を指示するステップと；
（ｅ）  ステップ（ｃ）から決定される量およびステップ（ｄ）から決定される量の相対量、好ましくは比を決定し、前記相対量の１つ以上が胎児の染色体異数性の存在または不在を指示するステップと、
を含み、
ステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）における前記検出が、前記第１の標的ＤＭＲおよび前記参照ＤＭＲについて、前記サンプルのＤＮＡの同じアリコートを用いて、同じベッセル中において、有効に同時になされ、（ｘ）同じ検出可能な標識を前記参照ＤＭＲの少なくとも２つに；（ｙ）異なる検出可能な標識を前記第１の標的ＤＭＲの少なくとも２つに用いる、
方法。
【請求項２】
ステップ（ｅ）において、前記相対量または比が閾値および／または参照分布と比較され、
前記閾値および／または参照分布よりも高いかまたは低い前記相対量または比の１つ以上は、胎児の染色体異数性の存在を指示する、
請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記参照ＤＭＲの２つ以上が異なる参照染色体上に位置する、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
（ｆ）  胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化されない少なくとも１つの他の領域（ＯＲ）を検出することによって、前記サンプル中のトータルＤＮＡの量を決定し、前記試薬によるＯＲの改変がＤＮＡのメチル化に対して非感受性であるステップ、
を含み、
ステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）およびステップ（ｆ）における前記検出が、前記第１の標的ＤＭＲおよび前記参照ＤＭＲおよび前記他の領域について、前記サンプルのＤＮＡの同じアリコートを用いて、同じベッセル中において、有効に同時になされ、（ｘ）同じ検出可能な標識を前記参照ＤＭＲの少なくとも２つに；（ｙ）異なる検出可能な標識を前記第１の標的ＤＭＲの少なくとも２つおよび前記ＯＲの少なくとも１つに用いる、
請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＯＲが１つ以上の参照染色体上に位置し、好ましくは前記ＯＲの少なくとも１つが前記参照ＤＭＲの少なくとも１つと同じ参照染色体上に位置する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
（ｃ）’  前記サンプル中の異なる染色体異数性に関わる染色体である第２の標的ＤＮＡ種の量を、前記サンプル中の前記異なる染色体異数性に関わる染色体上に位置する２つ以上の第２の標的ＤＭＲにおけるメチル化の存在を検出することによって決定し、前記第２の標的ＤＭＲが、胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化され、前記試薬による第２の標的ＤＭＲのＤＮＡの改変がＤＮＡのメチル化に対して感受性であり、前記第２の標的ＤＭＲの１つ以上におけるメチル化されたＤＮＡの検出量が、前記サンプル中の第２の標的ＤＮＡ種の前記量を指示するステップと；
（ｅ）’  ステップ（ｃ）’から決定される量およびステップ（ｄ）から決定される量の相対量、好ましくは比を決定し、前記相対量の１つ以上が胎児の異なる染色体異数性の存在または不在を指示するステップと、
を含み、
ステップ（ｃ）およびステップ（ｃ）’およびステップ（ｄ）および任意のステップ（ｆ）における前記検出が、前記第１の標的ＤＭＲおよび前記第２の標的ＤＭＲおよび前記参照ＤＭＲについて、前記サンプルのＤＮＡの同じアリコートを用いて、同じベッセル中において、有効に同時になされ、（ｘ）同じ検出可能な標識を前記参照ＤＭＲの少なくとも２つに；（ｙ）異なる検出可能な標識を前記第１の標的ＤＭＲの少なくとも２つおよび前記第２の標的ＤＭＲの少なくとも２つおよび任意のＯＲに用いる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
ステップ（ｃ）および／または任意のステップ（ｃ）’における前記検出が、前記第１の標的ＤＭＲおよび／または任意の第２の標的ＤＭＲの１つに特異的な少なくとも１つの標識プローブを用いる、定量的リアルタイムＰＣＲを含む、
請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
ステップ（ｄ）における前記検出が、そのそれぞれが前記参照ＤＭＲの１つに特異的である少なくとも２つの標識プローブを用いる、プローブに基づく定量的多重リアルタイムＰＣＲを含む、
請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
（ｆ）  胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化されない少なくとも１つの他の領域（ＯＲ）を検出することによって、前記サンプル中のトータルＤＮＡの量を決定し、前記試薬によるＯＲの改変がＤＮＡのメチル化に対して非感受性であるステップ、
を含み、
ステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）およびステップ（ｆ）における前記検出が、前記第１の標的ＤＭＲおよび前記参照ＤＭＲおよび前記他の領域について、前記サンプルのＤＮＡの同じアリコートを用いて、同じベッセル中において、有効に同時になされ、（ｘ）同じ検出可能な標識を前記参照ＤＭＲの少なくとも２つに；（ｙ）異なる検出可能な標識を前記第１の標的ＤＭＲの少なくとも２つおよび前記ＯＲの少なくとも１つに用いて；そして
前記ＯＲが、前記参照ＤＭＲの少なくとも１つの約２０ｂｐおよび２０ｋｂの間上流または下流に、および／またはそれと同じ遺伝子内に位置する、
請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
（ｆ）  胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化されない少なくとも１つの他の領域（ＯＲ）を検出することによって、前記サンプル中のトータルＤＮＡの量を決定し、前記試薬によるＯＲの改変がＤＮＡのメチル化に対して非感受性であるステップ、
を含み、
ステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）およびステップ（ｆ）における前記検出が、前記第１の標的ＤＭＲおよび前記参照ＤＭＲおよび前記他の領域について、前記サンプルのＤＮＡの同じアリコートを用いて、同じベッセル中において、有効に同時になされ、（ｘ）同じ検出可能な標識を前記参照ＤＭＲの少なくとも２つに；（ｙ）異なる検出可能な標識を前記第１の標的ＤＭＲの少なくとも２つおよび前記ＯＲの少なくとも１つに用いて；そして
ステップ（ｆ）における前記検出が、前記ＯＲの少なくとも２つを用いることを含み；好ましくは、前記ＯＲの数がステップ（ｄ）において用いられる参照ＤＭＲの数と同じであり；より好ましくは、前記ＯＲの１つが、ステップ（ｄ）において用いられる参照ＤＭＲと同じ染色体上に、例えばその約２０ｂｐおよび約２０ｋｂの間上流または下流に位置し、前記ＯＲの互いが、前記参照ＤＭＲの別のものと同じ染色体上に、例えばその約２０ｂｐおよび約２０ｋｂの間上流または下流に位置する、
請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ステップ（ｆ）における前記検出が：（ｘ）同じ検出可能な標識を前記ＯＲのそれぞれに用いてなされる、
請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記検出ステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）および任意のステップ（ｃ）’および任意のステップ（ｆ）が、前記サンプルのＤＮＡの同じアリコートを用いて、同じ反応／検出ベッセル中において、有効に互いと同時に、前記ＤＭＲおよび任意のＯＲのそれぞれに特異的な少なくとも１つの標識プローブを用いる、プローブに基づく定量的多重リアルタイムＰＣＲによってなされる、
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とする前記ＤＮＡ種が循環セルフリーＤＮＡであり、前記サンプルが血液画分、例えば血漿または血清である、
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
メチル化されたＤＮＡおよびメチル化されていないＤＮＡを差次的に改変する前記試薬は、メチル化されていないＤＮＡをメチル化されたＤＮＡよりも選択的に消化する主剤を含み、好ましくは、前記主剤は：
・  少なくとも１つのメチル化感受性の酵素；
・  少なくとも１つのメチル化感受性の制限酵素；ならびに／または
ＡａｔＩＩ、ＡｃｉＩ、ＡｃｌＩ、ＡｆｅＩ、ＡｇｅＩ、ＡｇｅＩ−ＨＦ、ＡｓｃＩ、ＡｓｉＳＩ、ＡｖａＩ、ＢｃｅＡＩ、ＢｍｇＢＩ、ＢｓａＡＩ、ＢｓａＨＩ、ＢｓｉＥＩ、ＢｓｉＷＩ、ＢｓｍＢＩ、ＢｓｐＤＩ、ＢｓｒＦＩ、ＢｓｓＨＩＩ、ＢｓｔＢＩ、ＢｓｔＵＩ、ＣｌａＩ、ＥａｇＩ、ＦａｕＩ、ＦｓｅＩ、ＦｓｐＩ、ＨａｅＩＩ、ＨｇａＩ、ＨｈａＩ、ＨｉｎＰ１Ｉ、ＨｐａＩＩ、Ｈｐｙ９９Ｉ、ＨｐｙＣＨ４ＩＶ、ＫａｓＩ、ＭｌｕＩ、ＮａｅＩ、ＮａｒＩ、ＮｇｏＭＩＶ、ＮｏｔＩ、ＮｏｔＩ−ＨＦ、ＮｒｕＩ、Ｎｔ．ＢｓｍＡＩ、Ｎｔ．ＣｖｉＰＩＩ、ＰａｅＲ７Ｉ、ＰｌｕＴＩ、ＰｍｌＩ、ＰｖｕＩ、ＰｖｕＩ−ＨＦ、ＲｓｒＩＩ、ＳａｃＩＩ、ＳａｌＩ、ＳａｌＩ−ＨＦ、ＳｆｏＩ、ＳｇｒＡＩ、ＳｍａＩ、ＳｎａＢＩ、ＴｓｐＭＩ、およびＺｒａＩからなる群から選択される主剤、
を含む、
請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記染色体異数性に関わる染色体が：２１番染色体、１８番染色体、１３番染色体、Ｘ染色体、およびＹ染色体、好ましくは２１番染色体、１８番染色体、１３番染色体、最も好ましくは２１番染色体からなるリストから選択されるヒト染色体であり；前記染色体異数性が、前記染色体の異数性、好ましくは前記染色体のトリソミーである、
請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
１つの参照ＤＭＲがヒト５番染色体上に位置し、別の参照ＤＭＲがヒト１２番染色体上に位置する、
請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記第１の標的ＤＭＲのそれぞれがヒト２１番染色体、ヒト１８番染色体、またはヒト１３番染色体、好ましくはヒト２１番染色体上に位置し；任意に、存在する場合には、前記第２の標的ＤＭＲのそれぞれがヒト１８番染色体またはヒト１３番染色体上に位置する、
請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＤＭＲが胎児ＤＮＡにおいて高メチル化され、母親ＤＮＡにおいて低メチル化される、
請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＤＭＲが、前記試薬に特異的な少なくとも１つの、好ましくは少なくとも２つのメチル化部位を含む、
請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記第１の標的ＤＭＲおよび／または前記任意の第２の標的ＤＭＲが、それぞれ：
・  ＷＯ２０１１／０９２５９２のＥＰ１、ＥＰ２、ＥＰ３、ＥＰ４、ＥＰ５、ＥＰ６、ＥＰ７、ＥＰ８、ＥＰ９、ＥＰ１０、ＥＰ１１、およびＥＰ１２［配列番号３３〜４４］からなるリストから選択されるものを包含する、ＷＯ２０１１／０９２５９２に開示されているもの；あるいは
・  ＡＩＲＥ、ＳＩＭ２、およびＥＲＧ、またはかかる領域および／もしくは遺伝子から１０ｋｂｐ、５ｋｂｐ、１ｋｂｐ、５００ｂｐ、２５０ｂｐ、１５０ｂｐ、１００ｂｐ、もしくは５０ｂｐ以下上流および／もしくは下流のＤＮＡ配列からなるリスト；あるいは
・  ＰＤＥ９Ａ、ＰＰＰ１Ｒ２Ｐ２、ＣＢＲ１、ＤＳＣＡＭ、Ｃ２１ｏｒｆ２９、およびＨＬＣＳ、またはかかる領域および／もしくは遺伝子から１０ｋｂｐ、５ｋｂｐ、１ｋｂｐ、５００ｂｐ、２５０ｂｐ、１５０ｂｐ、１００ｂｐ、もしくは５０ｂｐ以下上流および／もしくは下流のＤＮＡ配列からなるリスト；あるいは
・  Ｃ２１ｏｒｆ５７、またはかかる領域および／もしくは遺伝子から１０ｋｂｐ、５ｋｂｐ、１ｋｂｐ、５００ｂｐ、２５０ｂｐ、１５０ｂｐ、１００ｂｐ、もしくは５０ｂｐ以下上流および／もしくは下流のＤＮＡ配列；あるいは
・  ＷＯ２０１１／０３４６３１の配列番号ＮＯ３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、１７６、１７９、１８０、１８４、１８８、１８９、１９０、１９１、１９３、１９５、１９８、１９９、２００、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２０８、２０９、２１０、２１１、２１２、２１３、２１４、２２１、２２３、２２５、２２６、２３１、２３２、２３３、２３５、２３９、２４１、２５７、２５８、２５９、および２６１からなるリスト、
から独立して選択される領域および／または遺伝子中に位置する、
請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
・前記第１の標的ＤＭＲの少なくとも１つは、ＤＳＣＡＭおよび／もしくはＣ２１оｒｆ５７であるゲノムおよび／もしくは遺伝子のある部分、またはかかる領域および／もしくは遺伝子から１０ｋｂｐ、５ｋｂｐ、１ｋｂｐ、５００ｂｐ、２５０ｂｐ、１５０ｂｐ、１００ｂｐ、もしくは５０ｂｐ以下上流および／もしくは下流のＤＮＡ配列中に位置し、ならびに／または
・１つの前記第１の標的ＤＭＲは配列番号５１に位置し、そして、別の前記第１の標的ＤＭＲは配列番号１８５に位置する、
請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記第１の標的ＤＭＲおよび／または前記任意の第２の標的ＤＭＲが、それぞれ：
・  ＶＡＰＡ−ＡＰＣＤＤＩ、またはかかる領域および／もしくは遺伝子から１０ｋｂｐ、５ｋｂｐ、１ｋｂｐ、５００ｂｐ、２５０ｂｐ、１５０ｂｐ、１００ｂｐ、もしくは５０ｂｐ以下上流および／もしくは下流のＤＮＡ配列；あるいは
・  マスピン、またはかかる領域および／もしくは遺伝子から１０ｋｂｐ、５ｋｂｐ、１ｋｂｐ、５００ｂｐ、２５０ｂｐ、１５０ｂｐ、１００ｂｐ、もしくは５０ｂｐ以下上流および／もしくは下流のＤＮＡ配列、
・  ＷＯ２０１１／０３４６３１の配列番号ＮＯ２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、および３２からなるリスト、
から独立して選択される領域および／または遺伝子中に位置する、
請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記第１の標的ＤＭＲおよび／または前記任意の第２の標的ＤＭＲが、それぞれ：
・  ＷＯ２０１１／０３４６３１の配列番号ＮＯ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、および２０からなるリスト、
から独立して選択される領域および／または遺伝子中に位置する、
請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記参照ＤＭＲが、それぞれ：
・  ＲＡＳＳＦ１Ａ、ＴＢＸ３、ＺＦＹ、ＣＤＣ４２ＥＰ１、ＰＣＤＨＧＡ１、ＳＯＸ１４、およびＳＰＮ、またはかかる領域および／もしくは遺伝子から１０ｋｂｐ、５ｋｂｐ、１ｋｂｐ、５００ｂｐ、２５０ｂｐ、１５０ｂｐ、１００ｂｐ、もしくは５０ｂｐ以下上流および／もしくは下流のＤＮＡ配列からなるリスト；あるいは
・  ＷＯ２０１１／０３４６３１の配列番号：４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、および９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４６、１４７、１４８、１４９、１５０、１５１、１５２、１５３、１５４、１５５、１５６、１５７、１５８、１５９、１６０、１６１、１６２、および１６３からなるリスト、
から独立して選択される領域および／または遺伝子中に位置する、
請求項１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
・前記参照ＤＭＲの少なくとも１つは、ＲＡＳＳＦ１Ａおよび／もしくはＴＢＸ３および／もしくはＰＣＤＨＧＡ１であるゲノムおよび／もしくは遺伝子のある部分、またはかかる領域および／もしくは遺伝子から１０ｋｂｐ、５ｋｂｐ、１ｋｂｐ、５００ｂｐ、２５０ｂｐ、１５０ｂｐ、１００ｂｐ、もしくは５０ｂｐ以下上流および／もしくは下流のＤＮＡ配列中に位置し；ならびに／または
・１つの前記参照ＤＭＲは配列番号６６に位置し、そして別の前記参照ＤＭＲは配列番号１０２に位置する、
請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
決定の複数のセットがステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）および任意のステップ（ｃ）’および任意のステップ（ｆ）についてなされ、
前記決定の各セットは、前記サンプルのＤＮＡの異なるアリコートを用いて、異なるベッセル中において、有効に決定の複数のセットの互いのメンバーと同時になされる、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
ステップ（ｅ）および任意のステップ（ｅ）’において決定される相対量または比が、ステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）および任意のステップ（ｃ）’および任意のステップ（ｆ）についてなされる、決定の前記複数のセットから、好ましくは、各セットについて決定されるＤＮＡの平均量、例えば各セットについて決定されるＤＮＡの平均、中央値、またはモード量、好ましくは各セットについて決定されるＤＮＡの平均量を用いることにより、決定される、
請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記方法が、それぞれが異なる妊娠女性から取られた複数のサンプルに対して実施され、各方法が、別個のベッセル中において、有効に、複数のサンプルの互いのメンバーと同時に実施される、
請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
第１の標的ＤＮＡ種の量が、第１の標的ＤＭＲの１つにおけるメチル化の検出量から決定され、第１の標的ＤＮＡ種の量が、第１の標的ＤＭＲの別のものにおけるメチル化の検出量から決定される、
請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
２つ以上の相対量、好ましくは比が、ステップ（ｅ）において、第１の標的ＤＮＡ種の２つ以上の量について、それぞれ前記第１の標的ＤＭＲの１つ以上に関して決定される、
請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記相対量または比の２つ以上は胎児の染色体異数性の存在または不在を指示する、
請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ステップ（ｅ）において、前記相対量または比が閾値および／または参照分布と比較され、
前記閾値および／または参照分布よりも高いかまたは低い前記相対量または比の１つ以上は、胎児の染色体異数性の存在を指示し、
ステップ（ｅ）において、前記相対量または比の２つ以上が閾値および／または参照分布と比較され、
前記閾値および／または参照分布よりも高いかまたは低い前記相対量または比の２つ以上が、胎児の染色体異数性の存在を指示する、
請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
ステップ（ｅ）において、前記相対量または比が閾値および／または参照分布と比較され、
前記閾値および／または参照分布よりも高いかまたは低い前記相対量または比の１つ以上は、胎児の染色体異数性の存在を指示し、
閾値および／または参照分布が複数のサンプルから決定され、例えば請求項２８に記載の方法をかかるサンプルに対して実施することにより、各サンプルは異なる妊娠女性から取られ、；任意に、例えば請求項２６または２７に記載の方法を実施することにより、決定の複数のセットが、ステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）および任意のステップ（ｃ）’および任意のステップ（ｆ）について、各サンプルについてなされる、
請求項１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
妊娠女性が妊娠に関連した医学的状態を患うかまたは発生する増大したリスクを検出するための方法であって、
前記方法が：
（ｉ）    （ａ）  前記妊娠女性から取られたサンプルを提供し、このサンプルが、胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡを、母親起源の異なってメチル化されたＤＮＡとの混合物として含むステップ；
（ｂ）  前記サンプル中に存在するＤＮＡを、メチル化されたＤＮＡおよびメチル化されていないＤＮＡを差次的に改変する試薬によって処理するステップ；
（ｃ）  前記サンプル中の染色体異数性に関わる染色体である第１の標的ＤＮＡ種の量を、前記サンプル中の前記染色体上に位置する２つ以上の第１の標的の差次的にメチル化される領域（ＤＭＲ）におけるメチル化の存在を検出することによって決定し、前記第１の標的ＤＭＲは、胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化され、前記試薬による第１の標的ＤＭＲのＤＮＡの改変はＤＮＡのメチル化に対して感受性であり、前記第１の標的ＤＭＲの１つ以上におけるメチル化されたＤＮＡの検出量は、前記サンプル中の第１の標的ＤＮＡ種の前記量を指示するステップ；
（ｄ）  前記サンプル中の１つ以上の参照染色体である参照ＤＮＡ種の量を、前記サンプル中の前記参照染色体上に位置する２つ以上の参照ＤＭＲにおけるメチル化の存在を検出することによって決定し、前記参照ＤＭＲは、胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化され、前記試薬によるかかる参照ＤＭＲのＤＮＡの改変は、ＤＮＡのメチル化に対して感受性であり、前記参照ＤＭＲの１つ以上におけるメチル化されたＤＮＡの検出量が、前記サンプル中の参照ＤＮＡ種の前記量を指示するステップ；および
（ｅ）  ステップ（ｃ）から決定される量およびステップ（ｄ）から決定される量の相対量、好ましくは比を決定し、前記相対量の１つ以上が胎児の染色体異数性の存在または不在を指示するステップ；および
（ｆ）  胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化されない少なくとも１つの他の領域（ＯＲ）を検出することによって、前記サンプル中のトータルＤＮＡの量を決定し、前記試薬によるＯＲの改変がＤＮＡのメチル化に対して非感受性であるステップ、
を実施するステップであって、
ステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）およびステップ（ｆ）における前記検出が、前記第１の標的ＤＭＲおよび前記参照ＤＭＲおよび前記他の領域について、前記サンプルのＤＮＡの同じアリコートを用いて、同じベッセル中において、有効に同時になされ、（ｘ）同じ検出可能な標識を前記参照ＤＭＲの少なくとも２つに；（ｙ）異なる検出可能な標識を前記第１の標的ＤＭＲの少なくとも２つおよび前記ＯＲの少なくとも１つに用いる、ステップと；
（ｉｉ）  サンプル中に存在する胎児ＤＮＡの少なくとも１つの量、例えば絶対または相対量を決定するステップと；
（ｉｉｉ）  決定される胎児ＤＮＡの量を閾値および／または参照分布と比較するステップと、
を含み、
前記閾値および／または参照分布からのＤＮＡの前記胎児の量の増大または外れが、妊娠女性が前記妊娠に関連した医学的状態を患うかまたは発生する増大したリスクを指示する、
方法。
【請求項３５】
前記検出可能な標識が蛍光標識である、
請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記試薬がメチル化感受性の制限酵素を含む、
請求項１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＤＭＲがメチル化感受性の制限酵素に対する少なくとも１つの、好ましくは少なくとも２つの制限部位を含み、そのそれぞれはメチル化部位を含む、
請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
・前記試薬がＢｓｔＵＩ、ＨｈａＩ、およびＨｐａＩＩおよびＡｃｉＩからなる群から選択される１つであり；
・前記試薬が２つ、３つ、４つ、５つ、またはより多くのメチル化感受性の制限酵素を含み；および／または
・前記試薬がＢｓｔＵＩ、ＨｈａＩ、およびＨｐａＩＩからなる群から選択されるメチル化感受性の制限酵素の２つまたは３つを含むかまたは本質的にそれからなる、
請求項３６または３７に記載の方法。
【請求項３９】
組成物であって：
・  請求項７に記載の２つ以上の標識プローブを含み、
各プローブは、前記２つ以上の第１の標的ＤＭＲの１つを検出するためのものである、
組成物。
【請求項４０】
・  ＰＣＲプライマーの２つ以上のペア（各ペアは、請求項１〜３３のいずれか一項に記載の前記２つ以上の第１の標的ＤＭＲの１つを増幅するためのものである）；および／または
・  請求項８に記載の２つ以上の標識プローブ（各プローブは、前記２つ以上の参照ＤＭＲの１つを検出するためのものである）；および／または
・  ＰＣＲプライマーの２つ以上のペア（各ペアは、請求項１〜３３のいずれか一項に記載の前記２つ以上の参照ＤＭＲの１つを増幅するためのものである）、
を含む、
請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
・２つまたはより多くの標識プローブを含み、各プローブは、染色体異数性に関わる染色体に位置する１つまたは２つ以上の第１の標的ＤＭＲに特異的であり、前記第１の標的ＤＭＲの１つを検出するためのものであり、ここで、標的ＤＭＲに特異的な前記プローブは、異なる検出可能な標識によって標識され；
前記第１の標的ＤＭＲは、胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡと母親起源のＤＮＡとの間において異なってメチル化される、
組成物。
【請求項４２】
キットであって、
好ましくは、妊娠女性が身籠っている胎児の染色体異数性を検出するためおよび／または妊娠女性が医学的状態を患うかもしくは発生する増大したリスクを検出するためであり、
前記キットが、
・  プライマーおよび／またはプローブの組み合わせ、
を含み（前記組み合わせは請求項３９〜４１のいずれか一項に記載の通りである）、
・  任意に、さらに：
（ｉ）  前記プライマーおよびプローブを用いて請求項１〜３３のいずれか一項に記載の方法を実施するためのおよび／または請求項３９〜４１のいずれか一項に記載の組成物を製造するかもしくは用いるための、印刷されたマニュアルまたは説明書を含むコンピュータ読み出し可能なメモリ；ならびに／あるいは
（ｉｉ）  請求項１〜３３のいずれか一項に記載の方法の実施および／または請求項３９〜４１のいずれか一項に記載の組成物の製造もしくは使用に有用な１つ以上の他のアイテム、コンポーネント、または試薬（かかる実施または製造に有用な、本願において開示されるいずれかのかかるアイテム、コンポーネント、または試薬を包含する）、
を含む、
キット。
【請求項４３】
・ＰＣＲプライマーの２つ以上のペアであって、各ペアが前記２つ以上の第１の標的ＤＭＲの１つを増幅するために設計された、前記ペア
をさらに含み、
任意に、
・第１の標的領域のためのＰＣＲプライマーの１つまたは他方、または一緒に考えられるときには両方が、メチル化感受性の制限酵素に対する２つのまたは３つの認識配列をオーバーラップし、そのそれぞれがメチル化部位を含み；および／または
・前記ＰＣＲプライマーは、メチル化感受性の制限酵素に対する１つ、２つ、３つ、またはより多くの認識配列をフランキングするように設計され、そのそれぞれはメチル化部位を含む、
請求項３９〜４１のいずれか一項に記載の組成物または請求項４２に記載のキット。
【請求項４４】
コンピュータプログラム製品であって：
計算システムをコントロールして、妊娠女性が身籠っている胎児の染色体異数性を、前記妊娠女性から取られたサンプルから検出するための演算を行うおよび／または管理するための、複数の命令をエンコードしたコンピュータ読み出し可能な媒体、
を含み、
そのサンプルは、胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡを、母親起源の異なってメチル化されたＤＮＡとの混合物として含み、前記サンプル中に存在するＤＮＡは、請求項１〜３３のいずれか一項に記載のようにメチル化されたＤＮＡおよびメチル化されていないＤＮＡを差次的に改変する試薬によって処理され；
前記演算が：
・  （ｉ）請求項１〜３３のいずれか一項のステップ（ｃ）に記載のように、前記サンプル中に存在する染色体異数性に関わる染色体である第１の標的ＤＮＡ種の量をそれぞれが表す２つのシグナルと；（ｉｉ）請求項１〜３３のいずれか一項のステップ（ｄ）に記載のように、前記サンプル中に存在する１つ以上の参照染色体である参照ＤＮＡ種の量を表す１つのシグナルとを受け取るステップと；
・  染色体異数性が、前記妊娠女性が身籠っている胎児に存在するかどうかのクラス分けを、（ｉｉ）において受け取られるシグナルによって表される参照染色体の量と比較した、（ｉ）において受け取られる少なくとも１つのシグナルによって表される染色体異数性に関わる染色体の少なくとも１つの相対量に基づいて決定し、少なくとも１つが、胎児の染色体異数性の存在または不在を指示するステップと、
を含む、
コンピュータプログラム製品。
【請求項４５】
ステップ（ｃ）およびステップ（ｄ）において決定されるＤＮＡの前記量を表すシグナルが、前記第１の標的ＤＭＲおよび前記参照ＤＭＲについて、前記サンプルのＤＮＡの同じアリコートを用いて、同じベッセル中において、有効に同時に生成され；任意に：（ｘ）同じ検出可能な標識を前記参照ＤＭＲの少なくとも２つに；（ｙ）異なる検出可能な標識を前記第１の標的ＤＭＲの少なくとも２つに用いる、
請求項４４に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４６】
前記演算が、閾値および／または参照分布との比較をなすことによってかかるクラス分けを実施し、
前記閾値および／または参照分布よりも高いかまたは低い前記相対量または比の１つ以上が、胎児の染色体異数性の存在を指示する、
請求項４４または４５に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４７】
妊娠女性から取られたサンプルであって、前記サンプルは胎児の細胞および／または胎児の胎盤を起源とするＤＮＡを、母親起源の異なってメチル化されたＤＮＡとの混合物として含み、前記サンプル中に存在するＤＮＡは、メチル化されたＤＮＡおよびメチル化されていないＤＮＡを差次的に改変する試薬によって処理される、前記サンプルから、妊娠女性が身籠っている胎児の染色体異数性を検出するための、および／または妊娠女性が医学的状態を患うかもしくは発生する増大したリスクを検出するための、
請求項３９〜４１および４３のいずれか一項に記載の組成物の使用、請求項４２もしくは４３に記載のキット、または請求項４４〜４６のいずれか一項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４８】
前記妊娠女性がヒトである、
請求項１〜３３のいずれか一項に記載の方法、請求項４４〜４６のいずれか一項に記載のコンピュータプログラム製品、または請求項４７に記載の使用。
【請求項４９】
前記妊娠女性がヒトであり、前記染色体異数性に関わる染色体が、２１番染色体、１８番染色体、および１３番染色体からなるリストから選択されるヒト染色体であり；好ましくは、前記染色体異数性に関わる染色体が、ヒト２１番染色体である、
請求項１〜３３のいずれか一項に記載の方法、請求項４４〜４６のいずれか一項に記載のコンピュータプログラム製品、または請求項４７に記載の使用。
【請求項５０】
前記サンプルが血漿または血清サンプルである、
請求項１〜３３、４８および４９のいずれか一項に記載の方法、請求項４４〜４６、４８および４９のいずれか一項に記載のコンピュータプログラム製品、または請求項４７〜４９のいずれか一項に記載の使用。