【手続補正書】
【提出日】平成19年12月18日(2007.12.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組換え核酸分子であって、該組換え核酸分子は、
（ａ）細菌本来のシグナルペプチドをコードする第一のポリヌクレオチドであって、該第一のポリヌクレオチドは細菌における発現に対してコドン最適化されている、第一のポリヌクレオチド；および
（ｂ）ポリペプチドをコードする第二のポリヌクレオチドであって、該第二のポリヌクレオチドは該第一のポリヌクレオチドと同一の翻訳リーディングフレームにある、第二のポリヌクレオチドを含み、
該組換え核酸分子は該シグナルペプチドおよび該ポリペプチドを含む融合タンパク質をコードする、組換え核酸分子。
【請求項２】
前記細菌がＬｉｓｔｅｒｉａ細菌である、請求項１に記載の組換え核酸分子。
【請求項３】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、腫瘍関連抗原、腫瘍関連抗原に由来するポリペプチド、感染症抗原、および感染症抗原に由来するポリペプチドからなる群より選択される抗原を含む、請求項１に記載の組換え核酸分子。
【請求項４】
組換え核酸分子を含む組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌であって、該組換え核酸分子は、
（ａ）シグナルペプチドをコードする第一のポリヌクレオチドであって、該第一のポリヌクレオチドは、Ｌｉｓｔｅｒｉａ細菌における発現に対してコドン最適化されている、第一のポリヌクレオチド；および
（ｂ）ポリペプチドをコードする第二のポリヌクレオチドであって、該第二のポリヌクレオチドは該第一のポリヌクレオチドと同一の翻訳リーディングフレームにある、第二のポリヌクレオチドを含み、
該組換え核酸分子は、該シグナルペプチドおよび該ポリペプチドを含む融合タンパク質をコードする、組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項５】
前記Ｌｉｓｔｅｒｉａ細菌が、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ種に属する、請求項４に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項６】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、腫瘍関連抗原、腫瘍関連抗原に由来するポリペプチド、感染症抗原、および感染症抗原に由来するポリペプチドからなる群より選択される抗原を含む、請求項４に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項７】
前記シグナルペプチドが、Ｌｉｓｔｅｒｉａ細菌本来のものである、請求項４に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項８】
前記シグナルペプチドが、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓからのＬＬＯシグナルペプチド、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓからのＵｓｐ４５シグナルペプチド、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓからの保護抗原シグナルペプチド、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓからのｐ６０シグナルペプチド、およびＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓからのＰｈｏＤシグナルペプチドからなる群より選択されるシグナルペプチドである、請求項４に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項９】
ＡｃｔＡ、インターナリンＢ、またはＡｃｔＡおよびインターナリンＢ双方が欠損した、請求項４に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項１０】
請求項４に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌を含む、免疫原性組成物またはワクチン。
【請求項１１】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための組成物であって、該組成物は、
請求項４に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌
を含み、前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、該抗原を含む、組成物。
【請求項１２】
宿主において疾患を予防または処置するための組成物であって、該組成物は、
請求項４に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌
を含む、組成物。
【請求項１３】
組換え核酸分子であって、該組換え核酸分子は、
（ａ）非ｓｅｃＡ１細菌シグナルペプチドをコードする第一のポリヌクレオチド；および
（ｂ）該シグナルペプチドに対して異種であるポリペプチドをコードする第二のポリヌクレオチドであって、該第二のポリヌクレオチドは、該第一のポリヌクレオチドと同一の翻訳リーディングフレームにある、第二のポリヌクレオチドを含み、
該組換え核酸分子は、該シグナルペプチドおよび該ポリペプチドを含む融合タンパク質をコードする、組換え核酸分子。
【請求項１４】
前記シグナルペプチドが、ｓｅｃＡ２シグナルペプチドまたはＴａｔシグナルペプチドである、請求項１３に記載の組換え核酸分子。
【請求項１５】
請求項１３に記載の組換え核酸分子を含む、組換え細菌。
【請求項１６】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための組成物であって、該組成物は、
請求項１５に記載の組換え細菌
を含み、前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、該抗原を含む、組成物。
【請求項１７】
組換え核酸分子を含む組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌であって、該組換え核酸分子は、
（ａ）非ｓｅｃＡ１細菌シグナルペプチドをコードする第一のポリヌクレオチド；および
（ｂ）該シグナルペプチドに対して異種であるか、または該細菌に対して外来性であるか、または双方であるポリペプチドをコードする第二のポリヌクレオチドであって、該第二のポリヌクレオチドは該第一のポリヌクレオチドと同一の翻訳リーディングフレームにある、第二のポリヌクレオチドを含み、
該組換え核酸分子は、該シグナルペプチドおよび該ポリペプチドを含む融合タンパク質をコードする、組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項１８】
前記組換え核酸分子を含む発現カセットを含み、該発現カセットは、該組換え核酸分子の第一のポリヌクレオチドおよび第二のポリヌクレオチド双方に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項１９】
前記第一のポリヌクレオチド、前記第二のポリヌクレオチド、または該第一のポリヌクレオチドおよび第二のポリヌクレオチド双方が、Ｌｉｓｔｅｒｉａ細菌における発現に対してコドン最適化されている、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２０】
前記細菌が、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ種に属する、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２１】
前記非ｓｅｃＡ１シグナルペプチドが、非Ｌｉｓｔｅｒｉａシグナルペプチドである、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２２】
前記非ｓｅｃＡ１シグナルペプチドが、Ｌｉｓｔｅｒｉａシグナルペプチドである、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２３】
前記シグナルペプチドが、ｓｅｃＡ２シグナルペプチドである、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２４】
前記組換え核酸分子が、さらに、
（ｃ）前記第一のポリヌクレオチドおよび第二のポリヌクレオチドと同一の翻訳リーディングフレームにある、ｓｅｃＡ２自己溶解素、またはそのフラグメントをコードする第三のポリヌクレオチド
を含み、該第二のポリヌクレオチドは、該第三のポリヌクレオチド内に位置するか、または該第一のポリヌクレオチドと該第三のポリヌクレオチドとの間に位置する、請求項２３に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２５】
前記シグナルペプチドが、Ｔａｔシグナルペプチドである、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２６】
前記シグナルペプチドが、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓからのＰｈｏＤシグナルペプチドであるか、またはＬｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓからのｐ６０シグナルペプチドである、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２７】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリヌクレオチドが、腫瘍関連抗原、腫瘍関連抗原に由来するポリペプチド、感染症抗原、および感染症抗原に由来するポリペプチドからなる群より選択される抗原を含む、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２８】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、Ｋ−Ｒａｓ、Ｈ−Ｒａｓ、Ｎ−Ｒａｓ、１２−Ｋ−Ｒａｓ、メソセリン、ＰＳＣＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＷＴ−１、スルビビン、ｇｐ１００、ＰＡＰ、プロテイナーゼ３、ＳＰＡＳ−１、ＳＰ−１７、ＰＡＧＥ−４、ＴＡＲＰ、およびＣＥＡからなる群より選択される抗原を含むか、あるいはＫ−Ｒａｓ、Ｈ−Ｒａｓ、Ｎ−Ｒａｓ、１２−Ｋ−Ｒａｓ、メソセリン、ＰＳＣＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＷＴ−１、スルビビン、ｇｐ１００、ＰＡＰ、プロテイナーゼ３、ＳＰＡＳ−１、ＳＰ−１７、ＰＡＧＥ−４、ＴＡＲＰ、およびＣＥＡからなる群より選択される抗原に由来するポリペプチドを含む、請求項２７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項２９】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、メソセリン、またはその抗原性フラグメントもしくは抗原性改変体を含む、請求項２８に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項３０】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、そのシグナルペプチドおよびＧＰＩアンカーを欠失したヒトメソセリンを含む、請求項２９に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項３１】
細胞間拡大、非食細胞への進入、または増殖に対して減弱化されている、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項３２】
ＡｃｔＡ、インターナリンＢ、またはＡｃｔＡおよびインターナリンＢ双方が欠損している、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項３３】
前記組換え細菌の核酸が、核酸標的化合物との反応によって修飾されている、請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項３４】
請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌を含む、免疫原性組成物またはワクチン。
【請求項３５】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための組成物であって、該組成物は、
請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌
を含み、前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、該抗原を含む、組成物。
【請求項３６】
宿主において疾患を予防または処置するための組成物であって、該組成物は、
請求項１７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌
を含む、組成物。
【請求項３７】
組換え核酸分子を含む組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌であって、該組換え核酸分子は、
（ａ）非Ｌｉｓｔｅｒｉａシグナルペプチドをコードする第一のポリヌクレオチド；および
（ｂ）該第一のポリヌクレオチドと同一の翻訳リーディングフレームにあるポリペプチドをコードする第二のポリヌクレオチド
を含み、該組換え核酸分子は、該非Ｌｉｓｔｅｒｉａシグナルペプチドおよび該ポリペプチド双方を含む融合タンパク質をコードする、組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項３８】
前記組換え核酸分子を含む発現カセットを含み、該発現カセットは、該組換え核酸分子の第一のポリヌクレオチドおよび第二のポリヌクレオチド双方に作動可能に連結されたプロモーターをさらに含む、請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項３９】
前記第一のポリヌクレオチド、前記第二のポリヌクレオチド、または該第一のポリヌクレオチドおよび第二のポリヌクレオチド双方が、Ｌｉｓｔｅｒｉａ細菌における発現に対してコドン最適化されている、請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４０】
前記細菌が、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓである、請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４１】
前記シグナルペプチドが細菌性である、請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４２】
前記シグナルペプチドがグラム陽性菌に由来する、請求項４１に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４３】
前記シグナルペプチドが、Ｂａｃｉｌｌｕｓ属、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属、またはＬａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ属に属する細菌に由来する、請求項４２に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４４】
前記シグナルペプチドが、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓに由来するＵｓｐ４５シグナルペプチド、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓに由来する保護抗原シグナルペプチド、およびＢａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓからのＰｈｏＤシグナルペプチドからなる群より選択されるシグナルペプチドである、請求項４３に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４５】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、腫瘍関連抗原、腫瘍関連抗原に由来するポリペプチド、感染症抗原、および感染症抗原に由来するポリペプチドからなる群より選択される抗原を含む、請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４６】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、Ｋ−Ｒａｓ、Ｈ−Ｒａｓ、Ｎ−Ｒａｓ、１２−Ｋ−Ｒａｓ、メソセリン、ＰＳＣＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＷＴ−１、スルビビン、ｇｐ１００、ＰＡＰ、プロテイナーゼ３、ＳＰＡＳ−１、ＳＰ−１７、ＰＡＧＥ−４、ＴＡＲＰ、およびＣＥＡからなる群より選択される抗原を含むか、またはＫ−Ｒａｓ、Ｈ−Ｒａｓ、Ｎ−Ｒａｓ、１２−Ｋ−Ｒａｓ、メソセリン、ＰＳＣＡ、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＷＴ−１、スルビビン、ｇｐ１００、ＰＡＰ、プロテイナーゼ３、ＳＰＡＳ−１、ＳＰ−１７、ＰＡＧＥ−４、ＴＡＲＰ、およびＣＥＡからなる群より選択される抗原に由来するポリペプチドを含む、請求項４５に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４７】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、メソセリン、またはその抗原性フラグメントまたは抗原性改変体を含む、請求項４６に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４８】
前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、そのシグナルペプチドおよびＧＰＩアンカーを欠失したヒトメソセリンを含む、請求項４７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項４９】
細胞間拡大、非食細胞への進入、または増殖に対して減弱化されている、請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項５０】
ＡｃｔＡ、インターナリンＢ、またはＡｃｔＡおよびインターナリンＢ双方が欠損している、請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項５１】
前記組換え細菌の核酸が、核酸標的化合物との反応によって修飾されている、請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項５２】
請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌を含む、免疫原性組成物またはワクチン。
【請求項５３】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための組成物であって、該組成物は、
請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌
を含み、前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、該抗原を含む、組成物。
【請求項５４】
宿主において疾患を予防または処置するための組成物であって、該組成物は、
請求項３７に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌
を含む、組成物。
【請求項５５】
組換え核酸分子であって、該組換え核酸分子は、
（ａ）細菌自己溶解素、またはその触媒的に活性なフラグメントもしくは触媒的に活性な改変体をコードする第一のポリヌクレオチド；および
（ｂ）該細菌自己溶解素に対して異種であるポリペプチドをコードする第二のポリヌクレオチドであって、該第二のポリヌクレオチドは、該第一のポリヌクレオチドと同一の翻訳リーディングフレームにある、第二のポリヌクレオチド
を含み、
該組換え核酸分子は、該第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド、および該自己溶解素、またはその触媒的に活性なフラグメントもしくは触媒的に活性な改変体を含むタンパク質キメラをコードし、該タンパク質キメラにおいて、該ポリペプチドは、該自己溶解素、またはその触媒的に活性なフラグメントもしくは触媒的に活性な改変体に融合しているか、あるいは該自己溶解素、またはその触媒的に活性なフラグメントもしくは触媒的に活性な改変体内に位置している、組換え核酸分子。
【請求項５６】
請求項５５に記載の組換え核酸分子を含む、組換え細菌。
【請求項５７】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための組成物であって、該組成物は、
請求項５６に記載の組換え細菌
を含み、該第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、該抗原を含む、組成物。
【請求項５８】
ポリシストロニック発現カセットを含む組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌であって、該ポリシストロニック発現カセットは、少なくとも２つの別個の非Ｌｉｓｔｅｒｉａポリペプチドをコードする、組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項５９】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための組成物であって、該組成物は、
請求項５８に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌
を含み、前記ポリシストロニック発現カセットによってコードされる非Ｌｉｓｔｅｒｉａポリペプチドの少なくとも１つが、該抗原を含む、組成物。
【請求項６０】
組換え核酸分子を含む組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌であって、該組換え核酸分子は、該Ｌｉｓｔｅｒｉａ細菌に対して外来性であるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドはＬｉｓｔｅｒｉａにおける発現に対してコドン最適化されている、組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌。
【請求項６１】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための組成物であって、該組成物は、
請求項６０に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌
を含み、前記外来性ポリペプチドが、該抗原を含む、組成物。
【請求項６２】
組換え核酸分子であって、該組換え核酸分子は、
（ａ）シグナルペプチドをコードする第一のポリヌクレオチド；
（ｂ）分泌されたタンパク質、またはそのフラグメントをコードする第二のポリヌクレオチドであって、該第二のポリヌクレオチドは、該第一のポリヌクレオチドと同一の翻訳リーディングフレームにある、第二のポリヌクレオチド；および
（ｃ）該分泌されたタンパク質、またはそのフラグメントに対して異種であるポリペプチドをコードする第三のポリヌクレオチドであって、該第三のポリヌクレオチドは、該第一のポリヌクレオチドおよび第二のポリヌクレオチドと同一の翻訳リーディングフレームにある、第三のポリヌクレオチド
を含み、
該組換え核酸分子は、該シグナルペプチド、該第三のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド、および該分泌されたタンパク質、またはそのフラグメントを含むタンパク質キメラをコードし、そして、該タンパク質キメラにおいて、該第三のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、該分泌されたタンパク質、またはそのフラグメントに融合しているか、あるいは該分泌されたタンパク質、またはそのフラグメント内に位置する、組換え核酸分子。
【請求項６３】
請求項６２に記載の組換え核酸分子を含む、組換え細菌。
【請求項６４】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための組成物であって、該組成物は、
請求項６３に記載の組換え細菌
を含み、前記第三のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、該抗原を含む、組成物。
【請求項６５】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための医薬の製造における、請求項１、４、１５、１７、３７または５６に記載の組換え細菌の使用であって、前記第二のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、該抗原を含む、使用。
【請求項６６】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための医薬の製造における、請求項５８に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌の使用であって、前記ポリシストロニック発現カセットによってコードされる非Ｌｉｓｔｅｒｉａポリペプチドの少なくとも１つは、該抗原を含む、使用。
【請求項６７】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための医薬の製造における、請求項６０に記載の組換えＬｉｓｔｅｒｉａ細菌の使用であって、前記外来性ポリペプチドは、該抗原を含む、使用。
【請求項６８】
抗原に対する宿主における免疫応答を誘導するための医薬の製造における、請求項６３に記載の組換え細菌の使用であって、前記第三のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、該抗原を含む、使用。
【請求項６９】
宿主において疾患を予防または処置するための医薬の製造における、請求項１、４、１５、１７、３７、５６、５８、６０または６３に記載の組換え細菌の使用。