【手続補正書】
【提出日】令和1年8月26日(2019.8.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも９５％同一であり、以下の位置：Ｙ２１１、Ｙ２１２、Ｗ２２９、Ｙ２３０、Ｒ２４５、Ｔ３９２、Ｎ４１９、Ｙ６５１またはＲ６５４のうちの１、２、３、４、５、６つまたはそれ以上における突然変異を有する、単離黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９（ＳａＣａｓ９）タンパク質。
【請求項２】
以下の突然変異：Ｙ２１１Ａ、Ｙ２１２Ａ、Ｗ２２９、Ｙ２３０Ａ、Ｒ２４５Ａ、Ｔ３９２Ａ、Ｎ４１９Ａ、Ｙ６５１Ａ、および／またはＲ６５４Ａの１つ以上を含む、請求項１に記載の単離タンパク質。
【請求項３】
Ｎ４１９および／またはＲ６５４における突然変異、ならびに任意選択的にＹ２１１、Ｙ２１２、Ｗ２２９、Ｙ２３０、Ｒ２４５、Ｔ３９２およびＹ６５１における追加の突然変異のうちの１、２、３、４つまたはそれ以上を含む、請求項１に記載の単離タンパク質。
【請求項４】
Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２１２Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２３０Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｙ２３０Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２３０Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｗ２２９Ａ／Ｒ６５４Ａ、
Ｙ２１１Ａ／Ｙ２１２Ａ／Ｙ２３０Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２１２Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２１２Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２３０Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２３０Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｙ２３０Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｙ２３０Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２３０Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｔ３９２Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、
Ｒ２４５Ａ／Ｔ３９２Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｗ２２９Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｔ３９２Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、またはＹ２１１Ａ／Ｗ２２９Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ
における突然変異を含む、請求項３に記載の単離タンパク質。
【請求項５】
Ｎ４４；Ｒ４５；Ｒ５１；Ｒ５５；Ｒ５７；Ｒ５９；Ｒ６０；Ｒ６１；Ｈ１１１；Ｋ１１４；Ｒ１１６；Ｖ１６４；Ｒ１６５；Ｎ１６９；Ｒ２０８；Ｒ２０９；Ｔ２３８；Ｙ２３９；Ｋ２４８；Ｙ２５６；Ｒ３１４；Ｎ３９４；Ｑ４１４；Ｌ４４６；Ｑ４８８Ａ；Ｎ４９２Ａ；Ｑ４９５Ａ；Ｒ４９７Ａ；Ｎ４９８Ａ；Ｒ４９９；Ｑ５００；Ｋ５１８；Ｋ５２３；Ｋ５２５；Ｈ５５７；Ｒ５６１；Ｋ５７２；Ｒ６３４；Ｇ６５５；Ｎ６５８；Ｓ６６２；Ｎ６６７；Ｒ６８６；Ｋ６９２；Ｒ６９４；Ｈ７００；Ｋ７５１；Ｄ７８６；Ｔ７８７；Ｌ７８８；Ｙ７８９；Ｓ７９０；Ｒ７９２；Ｎ８０４；Ｙ８６８；Ｋ８７０；Ｋ８７８；Ｋ８７９；Ｋ８８１；Ｔ８８２；Ｋ８８６；Ｙ８９７；Ｎ８８８；Ａ８８９；Ｒ９０１；Ｋ９０６；Ｌ９０９；Ｎ９８５；Ｎ９８６；Ｒ９９１；および／またはＲ１０１５における突然変異をさらに含む、請求項１に記載の単離タンパク質。
【請求項６】
以下の突然変異：Ｅ７８２Ｋ；Ｋ９２９Ｒ；Ｎ９６８Ｋ；Ｒ１０１５Ｈ；Ｅ７８２Ｋ／Ｎ９６８Ｋ／Ｒ１０１５Ｈ（ＫＫＨバリアント）；Ｅ７８２Ｋ／Ｋ９２９Ｒ／Ｒ１０１５Ｈ（ＫＲＨバリアント）；またはＥ７８２Ｋ／Ｋ９２９Ｒ／Ｎ９６８Ｋ／Ｒ１０１５Ｈ（ＫＲＫＨバリアント）のうちの１つ以上をさらに含む、請求項１に記載の単離タンパク質。
【請求項７】
ヌクレアーゼ活性を減少させる突然変異である、Ｈ５５７またはＮ５８０における突然変異、およびＤ１０、Ｅ４７７、Ｄ５５６、Ｈ７０１またはＤ７０４における突然変異をさらに含む、請求項１に記載の単離タンパク質。
【請求項８】
前記突然変異が、
Ｄ１０における突然変異がＤ１０ＡもしくはＤ１０Ｎであるか、
Ｄ５５６における突然変異がＤ５５６Ａであるか、
Ｈ５５７における突然変異がＨ５５７Ａ、Ｈ５５７Ｎ、もしくはＨ５５７Ｙであるか、または
Ｎ５８０における突然変異がＮ５８０Ａである、
請求項７に記載の単離タンパク質。
【請求項９】
前記ＳａＣａｓ９タンパク質が、核局在化配列、細胞浸透ペプチド配列および／または親和性タグのうちの１つ以上と融合されている、請求項１に記載の単離タンパク質。
【請求項１０】
任意選択の介在リンカーにより異種機能ドメインに融合されている請求項１〜９のいずれか一項に記載の単離タンパク質を含む融合タンパク質であって、前記リンカーが前記融合タンパク質の活性を妨害しない、融合タンパク質。
【請求項１１】
前記異種機能ドメインが転写活性化ドメインである、請求項１０に記載の融合タンパク質。
【請求項１２】
前記転写活性化ドメインがＶＰ６４またはＮＦ−κＢ  ｐ６５からのものである、請求項１１に記載の融合タンパク質。
【請求項１３】
前記異種機能ドメインが転写サイレンサーまたは転写抑制ドメインである、請求項１０に記載の融合タンパク質。
【請求項１４】
前記転写抑制ドメインが、クルッペル関連ボックス（ＫＲＡＢ）ドメイン、ＥＲＦリプレッサードメイン（ＥＲＤ）、またはｍＳｉｎ３Ａ相互作用ドメイン（ＳＩＤ）である、請求項１３に記載の融合タンパク質。
【請求項１５】
前記転写サイレンサーがヘテロクロマチンタンパク質１（ＨＰ１）である、請求項１３に記載の融合タンパク質。
【請求項１６】
前記ＨＰ１がＨＰ１αまたはＨＰ１βである、請求項１５に記載の融合タンパク質。
【請求項１７】
前記異種機能ドメインが、ＤＮＡのメチル化状態を改変する酵素である、請求項１０に記載の融合タンパク質。
【請求項１８】
前記ＤＮＡのメチル化状態を改変する前記酵素がＤＮＡメチルトランスフェラーゼ（ＤＮＭＴ）またはテンイレブントランスロケーション（ＴＥＴ）タンパク質である、請求項１７に記載の融合タンパク質。
【請求項１９】
前記ＴＥＴタンパク質がＴＥＴ１である、請求項１８に記載の融合タンパク質。
【請求項２０】
前記異種機能ドメインが、ヒストンサブユニットを改変する酵素である、請求項１０に記載の融合タンパク質。
【請求項２１】
ヒストンサブユニットを改変する前記酵素が、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ（ＨＡＴ）、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）、ヒストンメチルトランスフェラーゼ（ＨＭＴ）、またはヒストンデメチラーゼである、請求項２０に記載の融合タンパク質。
【請求項２２】
前記異種機能ドメインが生物学的係留物である、請求項１０に記載の融合タンパク質。
【請求項２３】
前記生物学的係留物がＭＳ２、Ｃｓｙ４またはラムダＮタンパク質である、請求項２２に記載の融合タンパク質。
【請求項２４】
前記異種機能ドメインがＦｏｋＩである、請求項１０に記載の融合タンパク質。
【請求項２５】
請求項１〜９のいずれか一項に記載のタンパク質をコードする単離核酸。
【請求項２６】
請求項２５に記載の単離核酸を含み、任意選択的に前記単離核酸が１つ以上の調節ドメインに作動可能に結合されている、ベクター。
【請求項２７】
請求項２５に記載の核酸を含む宿主細胞。
【請求項２８】
細胞のゲノムまたはエピゲノムを変更する方法であって、前記細胞中で、請求項１〜９のいずれか一項に記載の単離タンパク質および前記細胞の前記ゲノムの選択部分に相補的な領域を有するガイドＲＮＡを発現させるか、または前記単離タンパク質および前記ガイドＲＮＡと前記細胞とを接触させることを含む方法。
【請求項２９】
細胞のゲノムまたはエピゲノムを変更する方法であって、前記細胞中で、請求項１０〜２４のいずれか一項に記載の単離融合タンパク質および前記細胞の前記ゲノムの選択部分に相補的な領域を有するガイドＲＮＡを発現させるか、または前記単離タンパク質および前記ガイドＲＮＡと前記細胞とを接触させることを含む方法。
【請求項３０】
二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）分子を変更する方法であって、前記ｄｓＤＮＡ分子を請求項１〜９のいずれか一項に記載の単離タンパク質および前記ｄｓＤＮＡ分子の選択部分に相補的な領域を有するガイドＲＮＡと接触させることを含む方法。
【請求項３１】
前記ｄｓＤＮＡ分子がインビトロで存在する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）分子を変更する方法であって、前記ｄｓＤＮＡ分子を請求項１０〜２４のいずれか一項に記載の融合タンパク質および前記ｄｓＤＮＡ分子の選択部分に相補的な領域を有するガイドＲＮＡと接触させることを含む方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５１】
他の実施形態
本発明をその詳細な説明とともに記載した一方、上記の説明は、添付の特許請求の範囲
の範囲により定義される本発明の範囲を説明するものであり、限定するものではないこと
を理解すべきである。他の態様、利点、および改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内で
ある。
上記の開示に基づく発明の例として、以下のものが挙げられる。
[１]  以下の位置：Ｌ１６９、Ｙ４５０、Ｎ４９７、Ｒ６６１、Ｑ６９５、Ｑ９２６、および／またはＤ１１３５の１、２、３、４、５、６、または７つ全てにおける突然変異を有し、好ましくは、以下の位置：Ｌ１６９、Ｙ４５０、Ｎ４９７、Ｒ６６１、Ｑ６９５、Ｑ９２６、Ｄ１１３５の１、２、３、４、５、６、または７つにおける突然変異を有する配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも８０％同一である配列ならびに任意選択的に核局在化配列、細胞浸透ペプチド配列、および／または親和性タグの１つ以上を含む単離化膿性連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）Ｃａｓ９（ＳｐＣａｓ９）タンパク質。
[２]  以下：Ｎ４９７、Ｒ６６１、Ｑ６９５、およびＱ９２６の１、２、３、または４つ全てにおける突然変異、好ましくは、以下の突然変異：Ｎ４９７Ａ、Ｒ６６１Ａ、Ｑ６９５Ａ、およびＱ９２６Ａの１、２、３、または４つ全てを含む、[１]に記載の単離タンパク質。
[３]  Ｑ６９５および／またはＱ９２６の一方または両方ならびに任意選択的にＬ１６９、Ｙ４５０、Ｎ４９７、Ｒ６６１、およびＤ１１３５の１、２、３、４、または５つ全てにおける突然変異、好ましくは、Ｙ４５０Ａ／Ｑ６９５Ａ、Ｌ１６９Ａ／Ｑ６９５Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｄ１１３５Ｅ、Ｑ９２６Ａ／Ｄ１１３５Ｅ、Ｙ４５０Ａ／Ｄ１１３５Ｅ、Ｌ１６９Ａ／Ｙ４５０Ａ／Ｑ６９５Ａ、Ｌ１６９Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ、Ｙ４５０Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ、Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ、Ｙ４５０Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｄ１１３５Ｅ、Ｙ４５０Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｄ１１３５Ｅ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｄ１１３５Ｅ、Ｌ１６９Ａ／Ｙ４５０Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ、Ｌ１６９Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ，Ｙ４５０Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｄ１１３５Ｅ、Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｄ１１３５Ｅ、またはＹ４５０Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｄ１１３５Ｅを含む、[１]に記載の単離タンパク質。
[４]  Ｎ１４；Ｓ１５；Ｓ５５；Ｒ６３；Ｒ７８；Ｈ１６０；Ｋ１６３；Ｒ１６５；Ｌ１６９；Ｒ４０３；Ｎ４０７；Ｙ４５０；Ｍ４９５；Ｎ４９７；Ｋ５１０；Ｙ５１５；Ｗ６５９；Ｒ６６１；Ｍ６９４；Ｑ６９５；Ｈ６９８；Ａ７２８；Ｓ７３０；Ｋ７７５；Ｓ７７７；Ｒ７７８；Ｒ７８０；Ｋ７８２；Ｒ７８３；Ｋ７８９；Ｋ７９７；Ｑ８０５；Ｎ８０８；Ｋ８１０；Ｒ８３２；Ｑ８４４；Ｓ８４５；Ｋ８４８；Ｓ８５１；Ｋ８５５；Ｒ８５９；Ｋ８６２；Ｋ８９０；Ｑ９２０；Ｑ９２６；Ｋ９６１；Ｓ９６４；Ｋ９６８；Ｋ９７４；Ｒ９７６；Ｎ９８０；Ｈ９８２；Ｋ１００３；Ｙ１０１３；Ｋ１０１４；Ｖ１０１５；Ｓ１０４０；Ｎ１０４１；Ｎ１０４４；Ｋ１０４７；Ｋ１０５９；Ｒ１０６０；Ｋ１１０７；Ｅ１１０８；Ｓ１１０９；Ｋ１１１３；Ｒ１１１４；Ｓ１１１６；Ｋ１１１８；Ｒ１１２２；Ｋ１１２３；Ｋ１１２４；Ｄ１１３５；Ｓ１１３６；Ｋ１１５３；Ｋ１１５５；Ｋ１１５８；Ｋ１２００；Ｑ１２２１；Ｈ１２４１；Ｑ１２５４；Ｑ１２５６；Ｋ１２８９；Ｋ１２９６；Ｋ１２９７；Ｒ１２９８；Ｋ１３００；Ｈ１３１１；Ｋ１３２５；Ｋ１３３４；Ｔ１３３７および／またはＳ１２１６における突然変異、好ましくは、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８１０Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８５５Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｒ７８０Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ９６８Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｈ９８２Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１０１４Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１０４７Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８１０Ａ／Ｋ９６８Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８１０Ａ／Ｋ８４８Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８１０Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８１０Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８５５Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８５５Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ９６８Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｈ９８２Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｈ９８２Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８１０Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｎ４９７Ａ／Ｒ６６１Ａ／Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／��７８０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８１０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｒ８３２Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８５５Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ９６８Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｒ９７６Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｈ９８２Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１０１４Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１０４７Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ／Ｋ９６８Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ／Ｋ８５５Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ／Ｈ９８２Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｒ８３２Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ９６８Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ９６８Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８５５Ａ／Ｈ９８２Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８５５Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８５５Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｈ９８２Ａ／Ｋ１００３Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｈ９８２Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８１０Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｋ１０４７Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ９６８Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｒ１０６０Ａ、Ｑ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｒ８３２Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｒ１０６０Ａ、またはＱ６９５Ａ／Ｑ９２６Ａ／Ｋ８４８Ａ／Ｋ１００３Ａ／Ｒ１０６０Ａをさらに含む、[１]に記載の単離タンパク質。
[５]  以下の突然変異：Ｄ１１３５Ｅ；Ｄ１１３５Ｖ；Ｄ１１３５Ｖ／Ｒ１３３５Ｑ／Ｔ１３３７Ｒ（ＶＱＲバリアント）；Ｄ１１３５Ｅ／Ｒ１３３５Ｑ／Ｔ１３３７Ｒ（ＥＱＲバリアント）；Ｄ１１３５Ｖ／Ｇ１２１８Ｒ／Ｒ１３３５Ｑ／Ｔ１３３７Ｒ（ＶＲＱＲバリアント）；またはＤ１１３５Ｖ／Ｇ１２１８Ｒ／Ｒ１３３５Ｅ／Ｔ１３３７Ｒ（ＶＲＥＲバリアント）の１つ以上をさらに含む、[１]に記載の単離タンパク質。
[６]  Ｄ１０、Ｅ７６２、Ｄ８３９、Ｈ９８３、またはＤ９８６；およびＨ８４０またはＮ８６３における突然変異からなる群から選択される、ヌクレアーゼ活性を減少させる１つ以上の突然変異をさらに含む、[１]に記載の単離タンパク質。
[７]  ヌクレアーゼ活性を減少させる前記突然変異が、
（ｉ）Ｄ１０ＡまたはＤ１０Ｎ、および
（ｉｉ）Ｈ８４０Ａ、Ｈ８４０Ｎ、またはＨ８４０Ｙ
である、[６に記載の単離タンパク質。
[８]  以下の位置：Ｙ２１１、Ｙ２１２、Ｗ２２９、Ｙ２３０、Ｒ２４５、Ｔ３９２、Ｎ４１９、Ｙ６５１、Ｒ６５４の１、２、３、４、５、６つ以上における突然変異を有し、好ましくは、以下の位置：Ｙ２１１、Ｙ２１２、Ｗ２２９、Ｙ２３０、Ｒ２４５、Ｔ３９２、Ｎ４１９、Ｙ６５１、Ｒ６５４の１、２、３、４、または５、６つ以上における突然変異を有する配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも８０％同一である配列ならびに任意選択的に核局在化配列、細胞浸透ペプチド配列、および／または親和性タグの１つ以上を含む単離黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）Ｃａｓ９（ＳａＣａｓ９）タンパク質。
[９]  以下の突然変異：Ｙ２１１Ａ、Ｙ２１２Ａ、Ｗ２２９、Ｙ２３０Ａ、Ｒ２４５Ａ、Ｔ３９２Ａ、Ｎ４１９Ａ、Ｙ６５１、および／またはＲ６５４Ａの１つ以上を含む、[８]に記載の単離タンパク質。
[１０]  Ｎ４１９および／またはＲ６５４における突然変異ならびに任意選択的に追加の突然変異Ｙ２１１、Ｙ２１２、Ｗ２２９、Ｙ２３０、Ｒ２４５およびＴ３９２の１、２、３、４つ以上、好ましくは、Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２１２Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２３０Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｙ２３０Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２３０Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｗ２２９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２１２Ａ／Ｙ２３０Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２１２Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２１２Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２３０Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｙ２３０Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｙ２３０Ａ／Ｒ２４５Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｙ２３０Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２１２Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｙ２３０Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｙ６５１Ａ、Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｔ３９２Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｒ２４５Ａ／Ｔ３９２Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｗ２２９Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、Ｙ２１１Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｔ３９２Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａ、またはＹ２１１Ａ／Ｗ２２９Ａ／Ｒ２４５Ａ／Ｎ４１９Ａ／Ｒ６５４Ａを含む、[８]に記載の単離タンパク質。
[１１]  Ｙ２１１；Ｙ２１２；Ｗ２２９；Ｙ２３０；Ｒ２４５；Ｔ３９２；Ｎ４１９；Ｌ４４６；Ｑ４８８Ａ；Ｎ４９２Ａ；Ｑ４９５Ａ；Ｒ４９７Ａ；Ｎ４９８Ａ；Ｒ４９９；Ｑ５００；Ｋ５１８；Ｋ５２３；Ｋ５２５；Ｈ５５７；Ｒ５６１；Ｋ５７２；Ｒ６３４；Ｙ６５１；Ｒ６５４；Ｇ６５５；Ｎ６５８；Ｓ６６２；Ｎ６６７；Ｒ６８６；Ｋ６９２；Ｒ６９４；Ｈ７００；Ｋ７５１；Ｄ７８６；Ｔ７８７；Ｙ７８９；Ｔ８８２；Ｋ８８６；Ｎ８８８；８８９；Ｌ９０９；Ｎ９８５；Ｎ９８６；Ｒ９９１；Ｒ１０１５；Ｎ４４；Ｒ４５；Ｒ５１；Ｒ５５；Ｒ５９；Ｒ６０；Ｒ１１６；Ｒ１６５；Ｎ１６９；Ｒ２０８；Ｒ２０９；Ｙ２１１；Ｔ２３８；Ｙ２３９；Ｋ２４８；Ｙ２５６；Ｒ３１４；Ｎ３９４；Ｑ４１４；Ｋ５７；Ｒ６１；Ｈ１１１；Ｋ１１４；Ｖ１６４；Ｒ１６５；Ｌ７８８；Ｓ７９０；Ｒ７９２；Ｎ８０４；Ｙ８６８；Ｋ８７０；Ｋ８７８；Ｋ８７９；Ｋ８８１；Ｙ８９７；Ｒ９０１；および／またはＫ９０６における突然変異をさらに含む、[８]に記載の単離タンパク質。
[１２]  以下の突然変異：Ｅ７８２Ｋ、Ｋ９２９Ｒ、Ｎ９６８Ｋ、またはＲ１０１５Ｈの１つ以上、具体的には、Ｅ７８２Ｋ／Ｎ９６８Ｋ／Ｒ１０１５Ｈ（ＫＫＨバリアント）；Ｅ７８２Ｋ／Ｋ９２９Ｒ／Ｒ１０１５Ｈ（ＫＲＨバリアント）；またはＥ７８２Ｋ／Ｋ９２９Ｒ／Ｎ９６８Ｋ／Ｒ１０１５Ｈ（ＫＲＫＨバリアント）をさらに含む、[８]に記載の単離タンパク質。
[１３]  Ｄ１０、Ｅ４７７、Ｄ５５６、Ｈ７０１、またはＤ７０４；およびＨ５５７またはＮ５８０における突然変異からなる群から選択される、ヌクレアーゼ活性を減少させる１つ以上の突然変異をさらに含む、[８]に記載の単離タンパク質。
[１４]  前記突然変異が、
（ｉ）Ｄ１０ＡもしくはＤ１０Ｎ、および／または
（ｉｉ）Ｈ５５７Ａ、Ｈ５５７Ｎ、もしくはＨ５５７Ｙ、および／または
（ｉｉｉ）Ｎ５８０Ａ、および／または
（ｉｖ）Ｄ５５６Ａ
である、[１３]に記載の単離タンパク質。
[１５]  任意選択の介在リンカーにより異種機能ドメインに融合されている[１]〜[１４]のいずれか一項に記載の単離タンパク質を含む融合タンパク質であって、前記リンカーが前記融合タンパク質の活性を妨害しない、融合タンパク質。
[１６]  前記異種機能ドメインが転写活性化ドメインである、[１５]に記載の融合タンパク質。
[１７]  前記転写活性化ドメインがＶＰ６４またはＮＦ−κＢ  ｐ６５からのものである、[１６に記載の融合タンパク質。
[１８]  前記異種機能ドメインが転写サイレンサーまたは転写抑制ドメインである、[１５]に記載の融合タンパク質。
[１９]  前記転写抑制ドメインが、クルッペル関連ボックス（ＫＲＡＢ）ドメイン、ＥＲＦリプレッサードメイン（ＥＲＤ）、またはｍＳｉｎ３Ａ相互作用ドメイン（ＳＩＤ）である、[１８]に記載の融合タンパク質。
[２０]  前記転写サイレンサーがヘテロクロマチンタンパク質１（ＨＰ１）、好ましくはＨＰ１αまたはＨＰ１βである、[１８]に記載の融合タンパク質。
[２１]  前記異種機能ドメインが、ＤＮＡのメチル化状態を改変する酵素である、[１５]に記載の融合タンパク質。
[２２]  前記ＤＮＡのメチル化状態を改変する前記酵素がＤＮＡメチルトランスフェラーゼ（ＤＮＭＴ）またはＴＥＴタンパク質である、[２１]に記載の融合タンパク質。
[２３]  前記ＴＥＴタンパク質がＴＥＴ１である、[２２]に記載の融合タンパク質。
[２４]  前記異種機能ドメインが、ヒストンサブユニットを改変する酵素である、[１５]に記載の融合タンパク質。
[２５]  ヒストンサブユニットを改変する前記酵素が、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ（ＨＡＴ）、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）、ヒストンメチルトランスフェラーゼ（ＨＭＴ）、またはヒストンデメチラーゼである、[１５]に記載の融合タンパク質。
[２６]  前記異種機能ドメインが生物学的係留物である、[１５]に記載の融合タンパク質。
[２７]  前記生物学的係留物がＭＳ２、Ｃｓｙ４またはラムダＮタンパク質である、[２６]に記載の融合タンパク質。
[２８]  前記異種機能ドメインがＦｏｋＩである、[２６]に記載の融合タンパク質。
[２９]  [１]〜[１４]のいずれか一項に記載のタンパク質をコードする単離核酸。
[３０]  任意選択的に、[１]〜[２４]のいずれか一項に記載のタンパク質を発現させるための１つ以上の調節ドメインに作動可能に結合されている、[２９]に記載の単離核酸を含むベクター。
[３１]  [２９]に記載の核酸を含み、かつ任意選択的に[１]〜[１４]のいずれか一項に記載のタンパク質を発現する宿主細胞、好ましくは哺乳動物宿主細胞。
[３２]  細胞のゲノムまたはエピゲノムを変更する方法であって、前記細胞中で、[１]〜[１４]のいずれか一項に記載の単離タンパク質および前記細胞の前記ゲノムの選択部分に相補的な領域を有するガイドＲＮＡを発現させるか、またはそれらと前記細胞を接触させることを含む方法。
[３３]  [１５]に記載のタンパク質をコードする単離核酸。
[３４]  任意選択的に、[１５]に記載のタンパク質を発現させるための１つ以上の調節ドメインに作動可能に結合されている、[３３]に記載の単離核酸を含むベクター。
[３５]  [３３]に記載の核酸を含み、かつ任意選択的に[１５]に記載のタンパク質を発現する宿主細胞、好ましくは哺乳動物宿主細胞。
[３６]  細胞のゲノムまたはエピゲノムを変更する方法であって、前記細胞中で、[１]〜[１４]のいずれか一項に記載の単離タンパク質および前記細胞の前記ゲノムの選択部分に相補的な領域を有するガイドＲＮＡを発現させるか、またはそれらと前記細胞を接触させることを含む方法。
[３７]  細胞のゲノムまたはエピゲノムを変更する方法であって、前記細胞中で、[１５]〜[２８]のいずれか一項に記載の単離融合タンパク質および前記細胞の前記ゲノムの選択部分に相補的な領域を有するガイドＲＮＡを発現させるか、またはそれらと前記細胞を接触させることを含む方法。
[３８]  前記単離タンパク質または融合タンパク質が、核局在化配列、細胞浸透ペプチド配列、および／または親和性タグの１つ以上を含む、[３６]または[３７]に記載の方法。
[３９]  前記細胞が、幹細胞、好ましくは、胚性幹細胞、間葉系幹細胞、もしくは誘導多能性幹細胞であるか、生存動物中に存在するか、または胚中に存在する、[３６]または[３７]に記載の方法。
[４０]  二本鎖ＤＮＡ  Ｄ（ｄｓＤＮＡ）分子を変更する方法であって、前記ｄｓＤＮＡ分子を[１]〜[１４]のいずれか一項に記載の単離タンパク質および前記ｄｓＤＮＡ分子の選択部分に相補的な領域を有するガイドＲＮＡと接触させることを含む方法。
[４１]  前記ｄｓＤＮＡ分子がインビトロで存在する、[４０]に記載の方法。
[４２]  二本鎖ＤＮＡ  Ｄ（ｄｓＤＮＡ）分子を変更する方法であって、前記ｄｓＤＮＡ分子を[１５]に記載の融合タンパク質および前記ｄｓＤＮＡ分子の選択部分に相補的な領域を有するガイドＲＮＡと接触させることを含む方法。
[４３]  前記ｄｓＤＮＡ分子がインビトロで存在する、[４２]に記載の方法。