【手続補正書】
【提出日】令和1年6月3日(2019.6.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
原発癌を有するが転移が判明していない対象における癌の特徴付けおよび／または予後診断の方法であって、
対象からの原発腫瘍からの核酸を含むサンプルにおける表１からの少なくとも１２遺伝子の発現レベルを決定すること、ここで、該決定された発現レベルを癌の特徴付けおよび／または予後診断を提供するために使用し、
ここで、癌の特徴付けおよび／または予後診断が、高い再発の可能性の予測および／または高い転移および／または予後不良の可能性の予測からなる
を含む、方法。
【請求項２】
原発癌を有するが転移が判明していない対象における癌の処置を選択する方法であって、
（ａ）対象からの原発腫瘍からの核酸を含むサンプルにおける表１からの少なくとも１２遺伝子の発現レベルを決定すること、ここで、該決定された発現レベルを癌の特徴付けおよび／または予後診断の提供のために使用する、そして
（ｂ）癌の特徴付けおよび／または予後診断に対して適する処置を選択すること、
ここで、癌の特徴付けおよび／または予後診断が、高い再発の可能性の予測および／または高い転移および／または予後不良の可能性の予測からなる
を含む、方法。
【請求項３】
癌の特徴付けおよび／または予後診断が高い再発および／または転移および／または予後不良の可能性であるならば、選択される処置が
ａ）抗ホルモン処置、好ましくはビカルタミドおよび／またはアビラテロン
ｂ）細胞毒性剤
ｃ）生物学的製剤、好ましくは抗体および／またはワクチン、より好ましくはシプロイセルＴ
ｄ）放射線療法、所望により拡大放射線療法、好ましくは広範囲放射線療法
ｅ）標的療法
ｆ）手術
の１以上である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
癌の特徴付けおよび／または予後診断が高くない再発および／または転移および／または予後不良の可能性であれば、処置またはさらなる処置を選択しない、所望により癌を、その後に処置またはさらなる処置が必要であるか否かについてモニターする、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
（ａ）癌が前立腺癌またはＥＲ陽性乳癌を含むか、またはそれである；
（ｂ）方法がさらに対象におけるＰＳＡレベルおよび／またはグリーソンスコアの決定を含み、決定したＰＳＡレベルおよび／またはグリーソンスコアを決定した発現レベルと組み合わせて使用して、癌の特徴付けおよび／または予後診断（癌が転移の可能性を増大させたかどうかの診断を含む）を提供する；または
（ｃ）癌が前立腺癌またはＥＲ陽性乳癌を含むか、またはそれであり、かつ方法がさらに対象におけるＰＳＡレベルおよび／またはグリーソンスコアの決定を含み、決定したＰＳＡレベルおよび／またはグリーソンスコアを決定した発現レベルと組み合わせて使用して、癌の特徴付けおよび／または予後診断（癌が転移の可能性を増大させたかどうかの診断を含む）を提供する、請求項１〜４の何れかに記載の方法。
【請求項６】
発現レベルの決定が
（ａ）表１からの完全配列または標的配列の少なくとも一つとハイブリダイズするプライマー（プライマー対）および／またはプローブ；および／または
（ｂ）表１／１Ａからの少なくとも１プローブおよび／またはプローブセット；および／または
（ｃ）表１Ｂからのおよび／または配列番号３１５１〜３１５４の少なくとも１プライマーおよび／またはプライマー対
を用いる、請求項１〜５の何れかに記載の方法。
【請求項７】
発現レベルと参照値または１以上の対照サンプルにおける発現レベルとの比較を含む、請求項１〜６の何れかに記載の方法。
【請求項８】
（ａ）発現レベルと１以上の対照サンプルにおける同じ遺伝子の発現レベルとを比較する；
（ｂ）発現レベルをマイクロアレイ、ノーザンブロッティング、ＲＮＡ−ｓｅｑ（ＲＮＡ配列決定）、インサイチュＲＮＡ検出または核酸増幅により決定する；または
（ｃ）発現レベルと１以上の対照サンプルにおける同じ遺伝子の発現レベルとを比較し、かつ発現レベルをマイクロアレイ、ノーザンブロッティング、ＲＮＡ−ｓｅｑ（ＲＮＡ配列決定）、インサイチュＲＮＡ検出または核酸増幅により決定する
、請求項１〜７の何れかに記載の方法。
【請求項９】
さらに総ＲＮＡをサンプルから抽出することを含む、請求項１〜８の何れかに記載の方法。
【請求項１０】
シグネチャースコアを、測定された発現レベルから、所望により式
【数１】
2018527886.tif 000001
〔ここで、ｗｉは各遺伝子の荷重であり、ｂｉは遺伝子特異的バイアスであり、ｇｅｉは前処理後の遺伝子発現であり、そしてｋは一定のオフセットである〕
に従って誘導する、請求項１〜９の何れかに記載の方法。
【請求項１１】
サンプルが
（ａ）前立腺細胞および／または組織または乳房細胞および／または組織；
（ｂ）ホルマリン固定パラフィン包埋生検サンプルまたは摘出サンプル；または
（ｃ）前立腺細胞および／または組織または乳房細胞および／または組織を含む、ホルマリン固定パラフィン包埋生検サンプルまたは摘出サンプル
を含む、本質的にそれらからなるまたはそれらからなる、請求項１〜１０の何れかに記載の方法。
【請求項１２】
（ａ）正の荷重を有する表１から選択した少なくとも１遺伝子の高い発現レベルが高い再発および／または転移および／または予後不良の可能性を示す；または
（ｂ）負の荷重を有する表１から選択した少なくとも１遺伝子の低い発現レベルが高い再発および／または転移および／または予後不良の可能性を示す；または
（ｃ）正の荷重を有する表１から選択した少なくとも１遺伝子の高い発現レベルおよび負の荷重を有する表１から選択した少なくとも１遺伝子の低い発現レベルが、高い再発および／または転移および／または予後不良の可能性を示す
、請求項１〜１１の何れかに記載の方法。
【請求項１３】
（ａ）シグネチャー閾値を越えるスコアが高い再発および／または転移および／または予後不良の可能性を示す；
（ｂ）閾値以上のシグネチャースコアが高い再発および／または転移および／または予後不良の可能性を示す；および／または
（ｃ）シグネチャースコアを、表１および１１〜２４のシグネチャーから選択したシグネチャーにおける測定した遺伝子の発現レベルについて計算する
請求項１０−１２の何れかに記載の方法。
【請求項１４】
対象における癌の処置に使用するための化学療法剤であって、
ここで、対象が請求項２〜１３の何れかに記載の方法に基づく処置について選択される、化学療法剤。
【請求項１５】
請求項１４に記載の使用のための化学療法剤であって、
ここで、化学療法剤が
ａ）抗ホルモン処置、好ましくはビカルタミドおよび／またはアビラテロン
ｂ）細胞毒性剤
ｃ）生物学的製剤、好ましくは抗体および／またはワクチン、より好ましくはシプロイセルＴおよび／または
ｄ）標的化治療剤
を含む、本質的にそれらからなるまたはそれらからなる、化学療法剤。
【請求項１６】
細胞毒性剤が白金ベースの薬剤および／またはタキサンである、
所望により
（ａ）白金ベースの薬剤がシスプラチン、カルボプラチンおよびオキサリプラチンから選択される；または
（ｂ）タキサンがパクリタキセルまたはドセタキセルである
、請求項３〜１５に記載の方法。
【請求項１７】
原発癌を有するが転移が判明していない対象における癌の特徴付けおよび／または予後診断のためのシステム、デバイスまたは試験キットであって、
ａ）対象からの原発腫瘍からの核酸を含むサンプルにおいて表１から選択される少なくとも１２遺伝子の発現レベルを決定するための１以上の試験デバイス、
ｂ）プロセッサー；および
ｃ）コンピューターアプリケーションを含む記憶媒体であって、プロセッサーにより実行されたとき、
（ｉ）１以上の試験デバイスにおけるサンプル中の表１から選択される少なくとも１２遺伝子の決定された発現レベルにアクセスするおよび／またはそれを計算する
（ii）サンプル中の表１から選択される少なくとも１２遺伝子のレベルに上昇または減少があるか計算する；および
（iii）プロセッサーから癌の特徴付けをアウトプットする
ように設定されているもの
ここで、癌の特徴付けおよび／または予後診断が、高い再発の可能性の予測および／または高い転移および／または予後不良の可能性の予測からなる
を含む、システム、デバイスまたは試験キット。
【請求項１８】
請求項１〜１６の何れかに記載の方法の実施に適応される、請求項１７に記載のシステム、デバイスまたは試験キット。
【請求項１９】
請求項１７または１８に定義した、コンピューターアプリケーションまたはコンピューターアプリケーションを含む記憶媒体。
【請求項２０】
原発癌を有するが転移が判明していない対象における癌の特徴付けおよび／または予後診断のためのコンピュータープログラム製品であって、コンピューターに
（ｉ）１以上の試験デバイス上のサンプルにおける表１から選択された少なくとも１２遺伝子の決定された発現レベルにアクセスするおよび／またはそれを計算する；
（ii）原発腫瘍からの核酸を含むサンプルにおける表１から選択される少なくとも１２遺伝子のレベルに上昇または減少があるか計算する；および
（iii）癌の特徴付けおよび／または予後診断に関するアウトプットを提供する
ことをさせる、組み込まれたコンピューター読取可能プログラム指示を有し、
ここで、癌の特徴付けおよび／または予後診断が、高い再発の可能性の予測および／または高い転移および／または予後不良の可能性の予測からなる、
非一過性コンピューター読取可能記憶デバイス。
【請求項２１】
表１から選択される少なくとも１２遺伝子のＲＮＡ生成物と特異的にハイブリダイズするまたは表１からの完全配列または標的配列と特異的にハイブリダイズする１または好ましくは１２以上のオリゴヌクレオチドプローブを含み、さらに次の成分ａ）遮断プローブ
ｂ）プレアンプリファイヤー
ｃ）アンプリファイヤーおよび／または
ｄ）標識分子
の１以上を含む、原発癌を有するが転移が判明していない対象における癌の特徴付けおよび／または予後診断のためのキット。
【請求項２２】
（ａ）表１から選択される少なくとも１遺伝子、完全配列または標的配列と特異的にハイブリダイズする１２以上のプローブおよび／またはプローブセット、所望により、キットは表１から選択されるヌクレオチド配列を含む、本質的にそれからなるまたはそれからなるプローブおよび／またはプローブセットを含む；または
（ｂ）表１から選択される少なくとも１２遺伝子、完全配列または標的配列を増幅するための１２以上のプライマーおよび／またはプライマー対、所望により、表１Ｂに定義するおよび／または配列番号３１５１〜３１５４のヌクレオチド配列を含む、本質的にそれからなるまたはそれからなるプライマーおよび／またはプライマー対を含む
を含む、原発癌を有するが転移が判明していない対象における癌の特徴付けおよび／または予後診断のためのキット。