【手続補正書】
【提出日】平成20年4月24日(2008.4.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制性をモデュレーションするための、Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインにおける少なくとも１つのアミノ酸の突然変異の使用。
【請求項２】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制特性を阻害するための、Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインにおける少なくとも１つのアミノ酸の突然変異の、請求項１に記載の使用。
【請求項３】
ウイルス疾患の予防および／または処置を意図した医薬またはワクチンの製造のための、Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインにおいて突然変異したＮｅｆタンパク質、またはそのフラグメントであって、該Ｎｅｆタンパク質の突然変異した免疫抑制ドメインを含むフラグメントを得るための、請求項１または２に記載の使用。
【請求項４】
Ｎｅｆタンパク質の構造が実質的に保存されている、請求項１〜３のいずれか１項に記載の使用。
【請求項５】
Ｎｅｆタンパク質のエピトープ、特に立体配座エピトープが実質的に保存されている、請求項１〜４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制特性を解消するための方法であって、
−  少なくとも１つのアミノ酸の欠失、置換または挿入により該Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインを突然変異させ、
−  該免疫抑制活性の解消を、ｉｎ  ｖｉｖｏ免疫抑制性アッセイにより調べる、
ことを含む方法。
【請求項７】
Ｎｅｆタンパク質の構造および／またはエピトープが実質的に保存されていることをさらなる工程で調べる、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
薬学的に許容される担体と共に、Ｎｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントを含むまたはＮｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントから構成されるタンパク質またはポリペプチドを、活性物質として含む医薬組成物またはワクチン組成物であって、
●  該Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインは、少なくとも１つのアミノ酸の欠失、置換および／または挿入により突然変異されており、但し該Ｎｅｆタンパク質は実質的に免疫抑制活性を持たないものとし、そして
●  該フラグメントは、該Ｎｅｆタンパク質の突然変異した免疫抑制ドメインを含みそして実質的に免疫抑制活性を持たない、
医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項９】
Ｎｅｆタンパク質の突然変異した免疫抑制ドメインの配列が、Ｎｅｆタンパク質の第１αヘリックスのＮ末端から第２αヘリックスのＣ末端まで延びているアミノ酸配列に含まれる、請求項８に記載の医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項１０】
Ｎｅｆタンパク質の突然変異した免疫抑制ドメインの配列が、該Ｎｅｆタンパク質の配列の位置８０のアミノ酸から位置１５０のアミノ酸までの範囲の配列、特に：
●  ＨＩＶ−１Ｎｅｆタンパク質の配列の位置８０のアミノ酸から位置１２０のアミノ酸までの範囲の配列、又は
●  ＨＩＶ−２Ｎｅｆタンパク質の配列の位置１０４のアミノ酸から位置１５０のアミノ酸までの範囲の配列、
に含まれる、請求項８または９に記載の医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項１１】
Ｎｅｆタンパク質の突然変異した免疫抑制ドメインの配列が、配列番号１の位置８０のアミノ酸から位置１２０のアミノ酸まで、特に配列番号１の位置９０のアミノ酸から位置１１２のアミノ酸までの範囲のアミノ酸配列に相同的な配列に含まれる、請求項８〜１０のいずれか１項に記載の医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項１２】
Ｎｅｆタンパク質の突然変異した免疫抑制ドメインの配列が、該Ｎｅｆタンパク質の長さ２６もしくは２７アミノ酸の配列、該Ｎｅｆタンパク質のＮ末端端部に含まれ、該長さ２６もしくは２７アミノ酸の配列のＮ末端端部はペンタペプチドＡＸ１ＤＸ２Ｓでありそして該長さ２６もしくは２７アミノ酸の配列のＣ末端端部はアミノ酸Ｌである（式中、Ｘ１は、任意のアミノ酸、特にＩ、Ｖ、Ｌ、ＦまたはＲを表し、そしてＸ２は任意のアミノ酸、特にＭ、ＬまたはＦを表す）、請求項８〜１１のいずれか１項に記載の医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項１３】
下記の配列：
【表１】
2008509691.tif 000001
（式中、
Ｘ１はＩ、Ｌ、Ｖ、ＦまたはＲを表し、
Ｘ２はＭ、ＬまたはＦを表し、
Ｘ３はＨ、ＤまたはＦを表し、
Ｘ４はＦまたはＬを表し、
Ｘ５はＩまたはＬを表し、
Ｘ６はＥとは異なる任意のアミノ酸を、特にＲを表し、
Ｘ７はＫ、ＱまたはＲを表し、
Ｘ８はＧを表すかまたはアミノ酸を表さず、
Ｘ９はＥ、ＤまたはＲを表す）
を含むＮｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントを含むかまたは該Ｎｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントから構成されるタンパク質またはポリペプチドを、活性物質として含む、請求項８〜１２のいずれか１項に記載の医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項１４】
配列番号１の位置９３のアミノ酸に相同的なアミノ酸が、Ｅとは異なるアミノ酸、特にＷ、Ｆ、Ｍ、Ｙ、Ｒ、ＨまたはＫ、さらに特定的にはＲ、ＨまたはＫ、好ましくはＲにより置き換えられている、Ｎｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントを含むかまたは該Ｎｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントから構成されるタンパク質またはポリペプチドを、活性物質として含む、請求項８〜１３のいずれか１項に記載の医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項１５】
配列番号１の位置９３のアミノ酸に相同的なアミノ酸が、Ｅとは異なるアミノ酸、特にＷ、Ｆ、Ｍ、Ｙ、Ｒ、ＨまたはＫ、さらに特定的にはＲ、ＨまたはＫ、好ましくはＲにより置き換えられている、Ｎｅｆタンパク質を活性物質として含む、請求項８〜１４のいずれか１項に記載の医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項１６】
配列番号２に対応する突然変異したＮｅｆタンパク質を活性物質として含む、請求項８〜１５のいずれか１項に記載の医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項１７】
Ｎｅｆタンパク質が該医薬組成物またはワクチン組成物に含まれているとき、Ｎｅｆタンパク質の構造は実質的に保存されていることを特徴とする、請求項８〜１６のいずれか１項に記載の医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項１８】
Ｎｅｆタンパク質が該医薬組成物またはワクチン組成物に含まれているとき、Ｎｅｆタンパク質のエピトープ、特に立体配座エピトープが実質的に保存されていることを特徴とする、請求項８〜１７のいずれか１項に記載の医薬組成物又はワクチン組成物。
【請求項１９】
請求項８〜１８のいずれか１項に記載の如きタンパク質またはポリペプチドをコードする核酸を活性物質として含む医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項２０】
ＨＩＶ感染などのウイルス疾患の予防および／または処置を意図した医薬またはワクチンの製造のための、請求項８〜１８のいずれかに記載のタンパク質もしくはポリペプチドまたは請求項１９に記載の核酸の使用。
【請求項２１】
−  請求項８〜１８のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドに対して指向させたポリクローナル抗体もしくはモノクローナル抗体またはそのフラグメント、例えばＦａｂまたはＦ（ａｂ）’２フラグメント、
−  請求項８〜１８のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドに対して指向させたｓｃＦｖポリペプチド、
−  請求項８〜１８のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドに対して指向させたアプタマー、
−  請求項８〜１８のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドに対して指向させた結合ペプチド、
の製造のための、請求項８〜１８のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドの使用。
【請求項２２】
請求項８〜１８のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドに対して指向させた抗体もしくはそのフラグメント、ｓｃＦｖポリペプチド、アプタマーまたは結合ペプチドであって、但し該抗体もしくはそのフラグメント、ｓｃＦｖポリペプチドまたはアプタマーは、請求項８〜１８のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドとは異なるタンパク質またはポリペプチドに結合しないものとする、抗体もしくはそのフラグメント、ｓｃＦｖポリペプチド、アプタマーまたは結合ペプチド。
【請求項２３】
Ｎｅｆタンパク質の突然変異体を製造するための方法であって、
−  第１工程で、該Ｎｅｆタンパク質の配列の位置８０のアミノ酸から位置１５０のアミノ酸までの範囲の配列を少なくとも１つのアミノ酸の欠失、挿入または置換により突然変異させ、
−  第２工程において、第１工程で得られた突然変異したＮｅｆタンパク質の免疫抑制特性を調べそして免疫抑制特性を欠いている突然変異体を選ぶ、
Ｎｅｆタンパク質の突然変異体を製造するための方法。
【請求項２４】
第３工程において、第２工程で得られた突然変異したＮｅｆタンパク質のＣＤ４および／またはＭＨＣ−Ｉダウンレギュレーション機能を調べ、そして前記Ｎｅｆタンパク質に対して実質的に保存されたＣＤ４および／またはＭＨＣ−Ｉダウンレギュレーション機能を有する突然変異したＮｅｆタンパク質を選ぶ、請求項２３に記載のＮｅｆタンパク質の突然変異体を製造するための方法。
【請求項２５】
突然変異した配列が：
−  ＨＩＶ−１タンパク質の配列の、位置８０のアミノ酸から位置１２０のアミノ酸まで、さらに詳しくは位置９０のアミノ酸から位置１１２のアミノ酸まで、または
−  ＨＩＶ−２Ｎｅｆタンパク質の配列の位置１０４のアミノ酸から位置１５０のアミノ酸まで、
の範囲にある、請求項２３または２４に記載のＮｅｆタンパク質の突然変異体を製造するための方法。
【請求項２６】
請求項２３〜２５のいずれか１項に記載の方法により製造されやすいＮｅｆタンパク質の突然変異体。
【請求項２７】
薬学的に許容される担体と共に、請求項２６に記載のＮｅｆタンパク質の突然変異体を含む医薬組成物。
【請求項２８】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインを含むまたはＮｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインにより構成されるタンパク質またはポリペプチドであって、但し該タンパク質またはポリペプチドにおける免疫抑制ドメインのそれぞれＮ末端端部および／またはＣ末端端部に隣接した配列が、もし存在するならば、それが由来するＮｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインのそれぞれＮ末端端部および／またはＣ末端端部に隣接した配列とは異なるものとする、タンパク質またはポリペプチド。
【請求項２９】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインの配列が、Ｎｅｆタンパク質の第１αヘリックスのＮ末端から第２αヘリックスのＣ末端まで延びているアミノ酸配列に含まれる、請求項２８に記載のタンパク質またはポリペプチド。
【請求項３０】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインの配列が、該Ｎｅｆタンパク質の配列の位置８０のアミノ酸から位置１５０のアミノ酸までの範囲の配列、特に：
●  ＨＩＶ−１Ｎｅｆタンパク質の配列の位置８０のアミノ酸から位置１２０のアミノ酸まで範囲の配列、
●  ＨＩＶ−２Ｎｅｆタンパク質の配列の位置１０４のアミノ酸から位置１５０のアミノ酸までの範囲の配列、
に含まれる、請求項２８または２９に記載のタンパク質またはポリペプチド。
【請求項３１】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインの配列が、配列番号１の位置８０のアミノ酸から位置１２０のアミノ酸まで、さらに詳しくは配列番号１の位置９０のアミノ酸から位置１１２のアミノ酸までの範囲のアミノ酸配列に相同的な配列に含まれる、請求項２８〜３０のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチド。
【請求項３２】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインの配列が、Ｎｅｆタンパク質の長さ２６もしくは２７アミノ酸の配列、該Ｎｅｆタンパク質のＮ末端端部、に含まれ、該長さ２６もしくは２７アミノ酸の配列のＮ末端端部はペンタペプチドＡＸ１ＤＸ２Ｓでありそして該長さ２６もしくは２７アミノ酸の配列のＣ末端端部はアミノ酸Ｌである（式中、Ｘ１は、任意のアミノ酸、特にＩ、Ｖ、Ｌ、ＦまたはＲを表し、そしてＸ２は任意のアミノ酸、特にＭ、ＬまたはＦを表す）、請求項２８〜３１のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチド。
【請求項３３】
免疫抑制ドメインが、少なくとも１つのアミノ酸の欠失、置換および／または挿入により突然変異させられており、そして特に配列番号１の位置９３のアミノ酸に相同的なアミノ酸が、Ｅとは異なる任意のアミノ酸、特にＷ、Ｆ、Ｍ、Ｙ、Ｒ、ＨまたはＫ、さらに特定的にはＲ、ＨまたはＫ、好ましくはＲにより置き換えられている、請求項２８〜３２のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチド。
【請求項３４】
核酸が請求項２８〜３３のいずれか１項に記載のタンパク質又はポリペプチドをコードすることを特徴とする核酸。
【請求項３５】
Ｎｅｆタンパク質の位置８０のアミノ酸から位置１５０のアミノ酸までの範囲の配列に対して、特に：
●  ＨＩＶ−１Ｎｅｆタンパク質の配列の、位置８０のアミノ酸から位置１２０のアミノ酸まで、さらに詳しくは位置９０のアミノ酸から位置１２０のアミノ酸までの範囲の配列に対して、
●  ＨＩＶ−２Ｎｅｆタンパク質の配列の、位置１０４のアミノ酸から位置１５０のアミノ酸まで範囲の配列に対して、
指向させた抗体もしくはそのフラグメント、ｓｃＦｖポリペプチド、アプタマーまたは結合ペプチド。
【請求項３６】
請求項２８〜３３のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドに対して指向させた抗体もしくはそのフラグメント、ｓｃＦｖポリペプチド、アプタマーまたは結合ペプチドであって、但し該抗体もしくはそのフラグメント、ｓｃＦｖポリペプチド、アプタマーまたは結合ペプチドは、免疫抑制ドメインが請求項２８〜３３のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドの免疫抑制ドメインに相当するＮｅｆタンパク質に結合しないものとする、抗体もしくはそのフラグメント、ｓｃＦｖポリペプチド、アプタマーまたは結合ペプチド。
【請求項３７】
薬学的に許容される担体と共に、活性物質として、請求項２８〜３３のいずれか１項に記載のタンパク質もしくはポリペプチド、または請求項３４に記載の核酸を含む、医薬組成物またはワクチン組成物。
【請求項３８】
免疫系の阻害を必要とする病理、例えばアレルギー、自己免疫疾患または移植片拒絶の予防または処置を意図する医薬の製造のための、Ｎｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントを含むまたはＮｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントから構成されるタンパク質もしくはポリペプチドであって、免疫抑制活性を示すタンパク質もしくはポリペプチドの使用。
【請求項３９】
免疫系の阻害を必要とする病理、例えばアレルギー、自己免疫疾患または移植片拒絶の予防または処置を意図する医薬の製造のための、免疫抑制活性を示す請求項２８〜３２のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドの、請求項３６に記載の使用。
【請求項４０】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制活性を阻害しやすい化合物をスクリーニングするための、Ｎｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントを含むまたはＮｅｆタンパク質もしくはそのフラグメントから構成されるタンパク質またはポリペプチドの使用。
【請求項４１】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制活性を阻害しやすい化合物をスクリーニングするための、請求項２８〜３３のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドの、請求項４０に記載の使用。
【請求項４２】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインの配列が、突然変異していない配列に相当する、請求項２８〜３２のいずれか１項に記載のタンパク質またはポリペプチドの、請求項４０または４１に記載の使用。
【請求項４３】
Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制活性を阻害しやすい化合物をスクリーニングするための、Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインのリガンド、例えば抗体もしくはそのフラグメント、ｓｃＦｖポリペプチド、アプタマーまたは結合ペプチドの使用。
【請求項４４】
下記の工程：
−  Ｎｅｆタンパク質、もしくはＮｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインを含むそのフラグメント、または請求項２８〜３２のいずれか１項に記載のタンパク質もしくはポリペプチドを、スクリーニングするべき化合物と接触させ、
−  該Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメイン、もしくは該Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインを含むそのフラグメントの免疫抑制ドメイン、または請求項２８〜３２のいずれか１項に記載のタンパク質もしくはポリペプチドの免疫抑制ドメイン、に結合する化合物を選び、
−  場合により、選ばれた化合物がＮｅｆタンパク質の免疫抑制活性を阻害することを調べる、
工程を含む、Ｎｅｆタンパク質の免疫抑制活性を阻害しやすい化合物をスクリーニングするための方法。
【請求項４５】
下記の工程：
−  Ｎｅｆタンパク質、もしくはＮｅｆタンパク質の免疫抑制ドメインを含むそのフラグメント、または請求項２８〜３２のいずれかに１項記載のタンパク質もしくはポリペプチドを、スクリーニングするべき化合物および免疫抑制ドメインのリガンド、例えば抗体、ｓｃＦｖポリペプチド、アプタマーまたは結合ペプチドと接触させ、
−  該Ｎｅｆタンパク質もしくは該Ｎｅｆフラグメントまたは請求項２８〜３２のいずれか１項に記載のタンパク質もしくはポリペプチドへのリガンドの結合を阻止しそして該リガンドに結合しない化合物を選び、
−  場合により、選ばれた化合物がＮｅｆタンパク質の免疫抑制活性を阻害することを調べる、
工程を含む、請求項４４に記載のＮｅｆタンパク質の免疫抑制活性を阻害しやすい化合物をスクリーニングするための方法。
【請求項４６】
配列番号２または配列番号３１により表されるタンパク質。
【請求項４７】
配列番号２または配列番号３１により表されるタンパク質をコードする核酸。