【手続補正書】
【提出日】令和1年5月20日(2019.5.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫原性組成物又はワクチン組成物である、複数のネオ抗原ペプチドと、薬学的に許容可能な担体とを含む医薬組成物であって、ネオ抗原ペプチドはそれぞれ、対象のＨＬＡタンパク質に結合することができる腫瘍特異的ネオエピトープを含み、腫瘍特異的ネオエピトープはそれぞれ、腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含み、前記複数のネオ抗原ペプチドは、複数のＨＬＡタンパク質に対して親和性を有し、
（ａ）前記組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも１％の腫瘍中に存在する腫瘍特異的突然変異を含む複数のネオ抗原ペプチドを含み、かつ
（ｂ）前記組成物は、癌に罹患している対象の集団中の対象の少なくとも５％に存在するＨＬＡタンパク質に５００ｎＭ未満の結合親和性で結合する腫瘍特異的ネオエピトープを含む複数のネオ抗原ペプチドを含む、
医薬組成物。
【請求項２】
（ａ）前記腫瘍特異的突然変異が、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、ブルトン型チロシンキナーゼ（ＢＴＫ）、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、及びＴＰ５３からなる群から選択されるタンパク質をコードする１つ以上の遺伝子中に存在し、又は
（ｂ）前記腫瘍特異的突然変異が、ＧＡＴＡ３のコーディング配列中の少なくとも１つのヌクレオチドの挿入に起因するフレームシフト突然変異を含む、
請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
前記対象の集団は、副腎皮質癌（ＡＣＣ）、膀胱尿路上皮癌（ＢＬＣＡ）、浸潤性乳癌（ＢＲＣＡ）、子宮頸部扁平上皮癌及び子宮頸管腺癌（ＣＥＳＣ）、結腸腺癌（ＣＯＡＤ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、多形性膠芽腫（ＧＢＭ）、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣ）、腎臓の嫌色素性細胞（ＫＩＣＨ）、腎臓の腎明細胞癌（ＫＩＲＣ）、腎臓の腎乳頭状細胞癌（ＫＩＲＰ）、急性骨髄性白血病（ＬＡＭＬ）、肝臓の肝細胞癌（ＬＩＨＣ）、肺腺癌（ＬＵＡＤ）、肺扁平上皮癌（ＬＵＳＣ）、多発性骨髄腫（ＭＭ）、卵巣の漿液性嚢胞腺癌（ＯＶ）、膵臓腺癌（ＰＡＡＤ）、前立腺腺癌（ＰＲＡＤ）、直腸腺癌（ＲＥＡＤ）、皮膚の皮膚黒色腫（ＳＫＣＭ）、胃腺癌（ＳＴＡＤ）、精巣の胚細胞腫瘍（ＴＧＣＴ）、甲状腺腺癌（ＴＨＣＡ）、子宮体部内膜癌（ＵＣＥＣ）又は子宮癌肉腫（ＵＣＳ）に罹患している、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
前記癌に罹患している集団は、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、ＲＡＦ／ＭＥＫ阻害剤又は抗エストロゲン療法で処置された、処置されている、又は処置するために選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５】
前記腫瘍特異的突然変異は、スプライスバリアント突然変異、点突然変異及び／又はフレームシフト突然変異を含むか、又は前記腫瘍特異的突然変異が薬物耐性突然変異を含む、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項６】
前記複数のネオ抗原ペプチドは、前記腫瘍特異的突然変異に隣接する及び前記腫瘍特異的突然変異を含むロングペプチド領域に由来する少なくとも１つのネオ抗原ペプチドを含み、前記ロングペプチド内の全ての隣接セグメントが含まれる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項７】
前記腫瘍特異的突然変異は、いずれかの表で列挙された１つ以上の遺伝子中に存在する、及び／又は前記組成物は、いずれかの表で定義された少なくとも１つのネオ抗原ペプチドを含む、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項８】
少なくとも１つの腫瘍特異的突然変異は、ＢＴＫ／Ｃ４８１Ｓ，ＥＧＦＲ／Ｔ７９０Ｍ，ＫＲＡＳ／Ｇ１２Ｖ／Ｄ，ＮＲＡＳ／Ｑ６１Ｋ／Ｌ／Ｒ，及びＮＲＡＳ／Ｔ５８Ｉからなる群から選択される薬物耐性突然変異である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項９】
前記少なくとも１つの腫瘍特異的突然変異は、癌に罹患している対象の集団において年間少なくとも５００例の患者の発症率を有し、前記少なくとも１つの突然変異は、表９で前記集団に関して列挙された突然変異を含む、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
前記少なくとも１つのネオ抗原ペプチドは、表９で列挙された少なくとも１つのペプチドを含む、請求項９に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
（ａ）前記対象の集団はＢＲＣＡに罹患しており、
（ｂ）前記少なくとも１つの腫瘍特異的突然変異は、ＧＡＴＡ３：ｐ．Ｌ３２８ｆｓ，ＧＡＴＡ３：ｐ．Ｎ３３４ｆｓ，ＧＡＴＡ３：ｐ．Ｌ３４４ｆｓ，ＧＡＴＡ３：ｐ．Ｈ４００ｆｓ，ＧＡＴＡ３：ｐ．Ｓ４０８ｆｓ，ＧＡＴＡ３：ｐ．Ｓ４３０ｆｓ，ＧＡＴＡ３：ｐ．Ｈ４３４ｆｓ，ＧＡＴＡ３：ｐ．Ｈ４３５ｆｓ，及びＧＡＴＡ３：ｐ．Ｓ４０８ｆｓからなる群から選択されるフレームシフト突然変異の任意の組み合わせを含む、
請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
前記組成物は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０のネオ抗原ペプチドを含み、好ましくは前記組成物は１５〜２０のネオ抗原ペプチドを含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
各ネオ抗原ペプチドは約８〜約５０アミノ酸長である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
各腫瘍特異的ネオエピトープは５００ｎＭ未満のＫＤでＨＬＡ−Ａ、−Ｂ又は−Ｃに結合する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
免疫調節薬又はアジュバントをさらに含み、好ましくは前記免疫調節薬又はアジュバントは、ポリＩＣＬＣ、１０１８  ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳ  Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）、ベクター系、ＰＬＧＡマイクロパーティクル、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、βグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、並びにＡｑｕｉｌａ社のＱＳ２１  ｓｔｉｍｕｌｏｎからなる群から選択される、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
それを必要としている対象の腫瘍を処置する又は予防する方法における使用のための、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
前記医薬組成物が、追加の癌治療との併用療法として投与され、好ましくは、前記追加の治療が、チェックポイント阻害剤、手術、化学療法又は標的療法である、請求項１６に記載の医薬組成物。
【請求項１８】
予防的な癌処置の方法における使用のための、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の医薬組成物であって、前記方法が、
（ａ）それを必要としている患者のために抗癌剤を選択することであり、前記剤を、イブルチニブ、エルロチニブ、イマチニブ、ゲフィチニブ、クリゾチニブ、トラスツズマブ、ベムラフェニブ、ＲＡＦ／ＭＥＫ阻害剤及び抗エストロゲン療法からなる群から選択する、選択すること、並びに
（ｂ）前記医薬組成物を前記対象に予防的に投与することであり、前記少なくとも１つのネオ抗原ペプチドは、前記選択した抗癌剤と関連する薬物耐性突然変異に由来する、投与すること
を含む、医薬組成物。
【請求項１９】
それを必要としている対象の集団での腫瘍を処置する又は予防する方法における使用のための薬剤であって、前記集団中の対象の少なくとも１％の発生率を有する腫瘍特異的突然変異を含む腫瘍特異的ネオエピトープを認識する細胞外リガンド結合ドメインを含む、薬剤。
【請求項２０】
前記薬剤は、抗体、抗体断片、抗体薬物コンジュゲート、アプタマー、ＣＡＲ又はＴ細胞受容体を含む、請求項１９に記載の薬剤。
【請求項２１】
前記抗体又は抗体断片はヒト化されている、完全にヒト化されている、又はキメラである、並びに／又は、前記抗体断片は、ナノボディ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、（Ｆａｂ’）２、Ｆｖ、ＳｃＦｖ、二重特異性抗体、三重特異性抗体、四重特異性抗体、Ｂｉｓ−ｓｃＦｖ、ミニボディ、Ｆａｂ２、若しくはＦａｂ３断片を含む、請求項２０に記載の薬剤。