【手続補正書】
【提出日】平成31年4月5日(2019.4.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
任意の特定データセットから独立したモデルに従って科学データを処理するためのコンピュータプログラム製品であって、前記コンピュータプログラム製品は、
非一時的コンピュータ可読記憶媒体上に存在するデータ発見ノードデータ構造と、
非一時的コンピュータ可読記憶媒体上に存在する複数のプロセッサ実行可能命令と、
を備え、
前記データ発見ノードデータ構造は、（１）反復型科学データ解析を受けるべき科学データの仕様、（２）前記反復型科学データ解析のための出力フォーマットの仕様、及び（３）前記反復型科学データ解析を制御するための複数の動作変数の仕様を含み、指定された前記動作変数は、（ｉ）前記反復型科学データ解析の一部として、指定された前記科学データに対して実行されるべきアルゴリズムの仕様、（ｉｉ）メタデータの仕様であって、指定された前記メタデータが、指定された前記アルゴリズムが指定された前記科学データに適用される条件を定義するように構成される、前記メタデータの仕様、及び（ｉｉｉ）充足変数の仕様であって、指定された前記充足変数が、前記反復型科学データ解析の一部として実行される反復の回数を制御するように構成される、前記充足変数の仕様を含み、
前記命令は、コンピュータのプロセッサによる実行時に、前記コンピュータに、前記データ発見ノードデータ構造を読み出し及び呼び出して、指定された前記動作変数に従って指定された前記科学データに対応する特定データセットに対し前記反復型科学データ解析を実行させ、指定された前記出力フォーマットで結果を生成させるように構成される、
コンピュータプログラム製品。
【請求項２】
前記命令が、前記プロセッサによる実行時に、前記読み出し及び呼び出し動作の一部として前記コンピュータに、
指定された前記動作変数をメモリにロードさせ、
ロードされた前記メタデータを前記特定データセットに対してテストさせ、
前記メタデータテスト動作に基づいて、前記特定データセットに対して実行されるべき指定されたアルゴリズムを決定させ、
決定された前記アルゴリズムを指定された前記データセットに適用してデータ解析結果を生成させ、
前記結果及び前記反復型科学データ解析についての状態を記憶するメモリ内に一時データオブジェクトを作成させ、
ロードされた前記充足変数に基づいて前記反復型科学データ解析の別の反復が必要かどうかを判断させ、
前記反復型科学データ解析の別の反復が必要であるという判断に応答して、（１）ロードされた前記充足変数が充足したという判断が行われるまで、前記メタデータテスト動作、前記指定されたアルゴリズム決定、前記アルゴリズム適用動作、及び前記別の反復判断動作を繰り返させ、（２）繰り返される前記アルゴリズム適用動作に基づいて前記一時データオブジェクトを更新させ、
前記科学データ解析の別の反復が必要でないという判断に応答して、指定された前記出力フォーマットに従って前記反復型科学データ解析の結果をワークスペースに書き込ませる、
ようにさらに構成される、請求項１に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項３】
前記非一時的コンピュータ可読記憶媒体上に存在する複数の前記データ発見ノードデータ構造をさらに備え、複数の前記データ発見ノードデータ構造が、互いに対して異なる仕様を含み、前記命令が、前記プロセッサによる実行時に、前記コンピュータに、
ユーザ入力に応答して、前記複数のデータ発見ノードデータ構造の中からデータ発見ノードデータ構造を選択させ、
選択された前記データ発見ノードデータ構造に対して前記読み出し及び呼び出し動作を実行させるようにさらに構成される、
請求項１または２に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項４】
前記命令が、前記プロセッサによる実行時に、前記コンピュータに、
ユーザ入力に応答して、選択された前記データ発見ノードデータ構造についての指定された前記動作変数のうちの少なくとも１つを定義させるようにさらに構成される、
請求項３に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項５】
指定された前記アルゴリズムが、外部アルゴリズムを含み、前記命令が、前記プロセッサによる実行時に、前記コンピュータに、
外部アルゴリズムプラグインインタフェースフレームワークを介して前記外部アルゴリズムを呼び出させるようにさらに構成される、
請求項１〜４のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項６】
指定された前記アルゴリズムが、リモートコンピュータによって実行され、前記命令が、前記プロセッサによる実行時に、前記コンピュータに、
リモートコンピュータプラグインインタフェースフレームワークを介して指定された前記アルゴリズムを呼び出させるようにさらに構成される、
請求項１〜５のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項７】
前記科学データが、実験からの細胞データを含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項８】
前記細胞データが、フローサイトメータによって取得される単一細胞データを含む、請求項７に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項９】
指定された前記アルゴリズムが、集団同定アルゴリズムを含む、請求項７または８に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項１０】
指定された前記アルゴリズムが、幾何学的ゲーティングアルゴリズムを含む、請求項７〜９のいずれか１項に記載のコンピュータプログラム製品。
【請求項１１】
科学データを解析するための方法であって、
データ発見ノードデータ構造をデータファイルに適用するステップであって、前記データファイルが、取得機器によって収集される科学データを含み、前記データファイルが、関連付けられるメタデータを有するステップを含み、
前記適用するステップが、
前記データ発見ノードに関連付けられる複数の動作変数及び前記データファイルに関連付けられる前記メタデータをメモリにロードするステップと、
前記メタデータが前記複数の動作変数のうちの１つによって指定されるメタデータルール基準を満たすかどうかを判断するステップと、
前記メタデータが前記メタデータルール基準を満たすという判断に応答して、
前記データファイルに関連付けられる前記科学データをメモリにロードするステップと、
前記データファイルに関連付けられる前記科学データに対して第１の解析アルゴリズムを実行するステップであって、前記複数の動作変数のうちの１つが前記第１の解析アルゴリズムを指定するステップと、
充足変数を定義する一時データオブジェクトを作成するステップと、
前記一時データオブジェクトの充足変数が、前記複数の動作変数のうちの１つによって指定される充足閾値を充足するかどうかを判断するステップと、
前記一時データオブジェクトの充足変数が前記充足閾値を充足しないという判断に応答して、（１）前記データファイルに関連付けられる前記科学データのフルセットまたはサブセットに対して前記第１の解析アルゴリズムまたは第２の解析アルゴリズムのいずれかを実行するステップであって、前記複数の動作変数のうちの１つが、前記第１の解析アルゴリズムまたは前記第２の解析アルゴリズムを生データの前記フルセットまたは前記サブセットに適用するかどうかを定義するステップと、（２）前記第１の解析アルゴリズムまたは前記第２の解析アルゴリズムの前記実行に基づいて前記一時データオブジェクトを更新するステップと、
（１）前記一時データオブジェクトの充足変数が前記充足閾値を充足するかどうかを判断するステップと、（２）前記第１の解析アルゴリズムまたは前記第２の解析アルゴリズムのいずれかを実行するステップと、（３）更新済みの前記一時データオブジェクトの充足変数が前記充足閾値を充足するまで、前記一時データオブジェクトを更新するステップと、を繰り返し実行するステップと、
を含み、
前記方法のステップが、プロセッサによって実行される、方法。
【請求項１２】
前記データ発見ノードが、データベースに保存された予め定義されたデータ構造である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記データ発見ノードが、ユーザによって作成される、新たに定義されたデータ構造である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
非一時的コンピュータ可読記憶媒体上に存在する複数のプロセッサ実行可能命令であって、前記命令が、前記コンピュータにノードデータ構造をデータファイルに適用させることによって科学データを解析するように、前記プロセッサによる実行のために構成され、
前記データファイルが、取得機器によって収集される科学データを含み、前記データファイルが、関連付けられるメタデータを有し、前記適用動作が、
前記データ発見ノードに関連付けられる複数の動作変数及び前記データファイルに関連付けられる前記メタデータをメモリにロードし、
前記メタデータが前記複数の動作変数のうちの１つによって指定されるメタデータルール基準を満たすかどうかを判断し、
前記メタデータが前記メタデータルール基準を満たすという判断に応答して、
前記データファイルに関連付けられる前記科学データをメモリにロードし、
前記データファイルに関連付けられる前記科学データに対して第１の解析アルゴリズムを実行し、前記複数の動作変数のうちの１つが前記第１の解析アルゴリズムを指定し、
充足変数を定義する一時データオブジェクトを作成し、
前記一時データオブジェクトの充足変数が、前記複数の動作変数のうちの１つによって指定される充足閾値を充足するかどうかを判断し、
前記一時データオブジェクトの充足変数が前記充足閾値を充足しないという判断に応答して、（１）前記データファイルに関連付けられる前記科学データのフルセットまたはサブセットに対して前記第１の解析アルゴリズムまたは第２の解析アルゴリズムのいずれかを実行し、前記複数の動作変数のうちの１つが、前記第１の解析アルゴリズムまたは前記第２の解析アルゴリズムを生データの前記フルセットまたは前記サブセットに適用するかどうかを定義し、（２）前記第１の解析アルゴリズムまたは前記第２の解析アルゴリズムの前記実行に基づいて前記一時データオブジェクトを更新し、
（１）前記一時データオブジェクトの充足変数が前記充足閾値を充足するかどうかとの判断動作と、（２）前記第１の解析アルゴリズムまたは前記第２の解析アルゴリズム実行動作と、（３）更新済みの前記一時データオブジェクトの充足変数が前記充足閾値を充足するまで、前記更新動作を繰り返し実行する、
ように構成される、
コンピュータプログラム製品。
【請求項１５】
科学データを解析するための方法であって、
複数の動作変数の仕様を受信するステップであって、前記仕様が、（１）充足基準の仕様、（２）第１の解析アルゴリズムの仕様、（３）第２の解析アルゴリズムの仕様、ならびに（４）前記第１の及び第２の解析アルゴリズムが前記科学データに適用されるべき条件の仕様を含むステップと、
前記第１の解析アルゴリズムを指定する前記動作変数、及び前記第１の解析アルゴリズムが前記科学データに適用されるべき条件を指定する前記動作変数に基づいて、前記科学データの少なくとも一部に対して前記第１の解析アルゴリズムを実行するステップと、
前記充足基準が満たされるまで、前記実行ステップの前記結果及び前記動作変数に基づいて前記科学データの少なくとも一部に対し前記第１の解析アルゴリズムまたは第２の解析アルゴリズムを繰り返し実行するステップと、
を含み、
前記方法のステップが、プロセッサによって実行される、方法。
【請求項１６】
メモリ内のデータ発見ノードデータ構造にアクセスするステップであって、前記データ発見ノードデータ構造が、複数のデータセットのうちのいずれかに対して実行されるべき複数の処理動作を定義するように構成され、前記データ発見ノードデータ構造が、任意の特定データセットから独立した処理のためのモデルとして構成されるステップと、
データセットを選択するステップと、
プロセッサによって、選択された前記データセットについての処理結果を生成するために、アクセスされた前記データ発見ノードデータ構造を選択された前記データセット内のデータに適用するステップと、
を含む方法。
【請求項１７】
前記データ発見ノードデータ構造が、（１）充足基準の仕様、（２）第１の解析アルゴリズムの仕様、（３）第２の解析アルゴリズムの仕様、ならびに（４）前記第１の及び第２の解析アルゴリズムがデータセットに適用されるべき条件の仕様を含み、
前記適用するステップは、前記プロセッサが、（１）指定された前記条件に基づいて、指定された前記解析アルゴリズムのうちのどれを実行するかを決定するステップと、（２）選択された前記データセット内のデータに関して、決定された前記解析アルゴリズムを実行するステップと、（３）決定された前記解析アルゴリズムの前記実行が、指定された前記充足基準の充足をもたらしたかどうかを判断するステップと、（４）指定された前記充足基準が充足したという判断が行われるまで、（ｉ）指定された前記条件に基づいて、指定された前記解析アルゴリズムのうちのどれを実行するかを決定するステップと、（ｉｉ）選択された前記データセット内のデータに関して、決定された前記解析アルゴリズムを実行するステップと、（ｉｉｉ）決定された前記解析アルゴリズムの前記実行が、指定された前記充足基準の充足をもたらしたかどうかを判断するステップと、を繰り返すステップと、
を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
非一時的コンピュータ可読記憶媒体上に存在する複数のプロセッサ実行可能な命令を含み、前記命令が、前記コンピュータに、
複数の動作変数の仕様を受信させ、前記仕様が、（１）充足基準の仕様、（２）第１の解析アルゴリズムの仕様、（３）第２の解析アルゴリズムの仕様、ならびに（４）前記第１の及び第２の解析アルゴリズムが科学データに適用されるべき条件の仕様を含み、
前記第１の解析アルゴリズムを指定する前記動作変数、及び前記第１の解析アルゴリズムが前記科学データに適用されるべき条件を指定する前記動作変数に基づいて、前記科学データの少なくとも一部に対して前記第１の解析アルゴリズムを実行させ、
前記充足基準が満たされるまで、前記実行ステップの前記結果及び前記動作変数に基づいて前記科学データの少なくとも一部に対し前記第１の解析アルゴリズムまたは第２の解析アルゴリズムを繰り返し実行させることによって前記科学データを解析するように、前記プロセッサによる実行のために構成される、
コンピュータプログラム製品。
【請求項１９】
非一時的コンピュータ可読記憶媒体上に存在する複数のプロセッサ実行可能な命令を含
み、前記命令が、前記コンピュータに、
メモリ内のデータ発見ノードデータ構造にアクセスさせ、前記データ発見ノードデータ
構造が、複数のデータセットのうちのいずれかに対して実行されるべき複数の処理動作を
定義するように構成され、前記データ発見ノードデータ構造が、任意の特定データセット
から独立した処理のためのモデルとして構成され、
データセットを選択させ、
プロセッサによって、選択された前記データセットについての処理結果を生成するため
に、アクセスされた前記データ発見ノードデータ構造を選択された前記データセット内の
データに適用させることによって科学データを解析するように、前記プロセッサによる実
行のために構成される、
コンピュータプログラム製品。
【請求項２０】
コンピュータによって実行されるデータ解析ソフトウェアと前記データ解析ソフトウェアの外部アルゴリズムとの間で、プラグインインタフェースフレームワークを提供するためのコンピュータプログラム製品であって、前記コンピュータプログラム製品が、
非一時的コンピュータ可読記憶媒体上に存在し、前記プラグインインタフェースフレームワークを定義する複数のプロセッサ実行可能な命令を含み、前記命令が、前記コンピュータのプロセッサによる実行時に、前記コンピュータに、
前記データ解析ソフトウェアの実行セッション中にサンプルデータの解析に関するワークスペースを開かせ、
前記外部アルゴリズムへの前記インタフェースのためのラッパーを作成させ、
前記外部アルゴリズムの呼び出しのための要求を構成させ、前記要求が、前記外部アルゴリズムの識別及び前記外部アルゴリズムのためのデータ入力の仕様を含み、
サンプルデータ、前記サンプルデータについてのメタデータ、及び前記外部アルゴリズムが、前記要求に従って前記外部アルゴリズムを呼び出すために結果を前記外部アルゴリズムに保存すべき出力先を提供させ、
前記出力先において、前記外部アルゴリズムから結果を受信させ、
受信された前記結果を前記ワークスペース内に保存させ、
前記外部アルゴリズムからの前記結果を前記データ解析ソフトウェアワークスペースに統合するために、前記ワークスペースを前記データ解析ソフトウェアに復元させるように構成される、
前記コンピュータプログラム製品。
【請求項２１】
科学データを解析するための方法であって、
外部集団ノードを作成するステップであって、前記外部集団ノードが、（１）取得機器により収集されるデータを表すデータセット、（２）出力フォルダ先、及び（３）前記データセットのマークアップ言語記述を含み、前記マークアップ言語記述が、（ｉ）前記データセットについてのメタ情報、及び（ｉｉ）前記データセットに到達するために使用される以前の計算の仕様を含むステップと、
前記外部集団ノードに基づいて外部アルゴリズムを呼び出すステップであって、前記外部アルゴリズムが、前記データセットに対する処理を実行するように構成され、前記出力フォルダ先が、前記外部アルゴリズムがその処理からの結果を保存するべき場所を定義するステップと、
前記データセットに対して前記外部アルゴリズムにより実行される前記処理の結果として、前記外部アルゴリズムから結果を受信するステップと、
前記外部アルゴリズムからの前記結果を解析ワークスペースファイルに統合するステップと、
を含み、
前記方法のステップが、プロセッサによって実行される、方法。
【請求項２２】
科学データを解析するための方法であって、
（１）取得機器によって収集される科学データに関連付けられるメタデータ、及び（２）リモートコンピュータシステムに接続するためのインタフェースに関連付けられるメタデータを読み出すステップと、
前記科学データに関連付けられる前記メタデータ、及び前記インタフェースに関連付けられる前記メタデータに基づいて、生データ解析の方法を指示するステップと、
前記ワークスペース及び前記インタフェースの状態を保存するステップと、
前記リモートコンピュータシステムについてのネットワークアドレスを参照すること及び前記リモートコンピュータシステムとの接続を生成することによって、前記インタフェースを通して前記リモートコンピュータシステムと通信するステップと、
前記ワークスペースに関連付けられるワークスペースデータを前記リモートコンピュータシステムに送信するステップと、
前記リモートコンピュータシステムからデータを受信するステップと、
前記リモートコンピュータシステムとの前記接続を終了するステップと、
を含み、
前記方法のステップが、プロセッサによって実行される、方法。
【請求項２３】
第１のコンピュータによって実行されるデータ解析ソフトウェアが第２のコンピュータによって実行される動作関数を呼び出すことを可能にするために、前記第１のコンピュータと前記第２のコンピュータとの間でプラグインインタフェースフレームワークを提供するためのコンピュータプログラム製品であって、前記コンピュータプログラム製品が、
非一時的コンピュータ可読記憶媒体上に存在し、前記プラグインインタフェースフレームワークを定義する複数のプロセッサ実行可能命令を含み、前記命令が、前記第１のコンピュータのプロセッサによる実行時に、前記第１のコンピュータに、
前記データ解析ソフトウェアの実行セッション中にサンプルデータの解析に関するワークスペースを開かせ、
前記ワークスペースのデータ記述を読み出させ、前記ワークスペースデータ記述が、前記サンプルデータについてのメタデータを含み、
前記プラグインインタフェースフレームワークのデータ記述を読み出させ、前記インタフェースデータ記述が、前記第２のコンピュータについてのアドレスを識別するメタデータを含み、
前記アドレスに基づいて前記第２のコンピュータへの接続を確立させ、
前記サンプルデータに関して前記第２のコンピュータの動作関数を呼び出すために、前記接続を通して前記第２のコンピュータと通信させ、
前記呼び出しに応答して前記接続を通して前記第２のコンピュータからデータを受信させ、
受信された前記データに基づいて前記ワークスペースを修正させ、
修正された前記ワークスペースに基づいて前記ワークスペースメタデータを修正させ、
前記データ解析ソフトウェアセッション内で、修正された前記ワークスペースをメモリに保存させ、
修正された前記ワークスペースメタデータをメモリに保存させ、
前記セッションを終了させるように構成される、
コンピュータプログラム製品。