【手続補正書】
【提出日】平成31年4月4日(2019.4.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物学的試料の核酸を空間的にタグ付けするための方法であって、
（ａ）固体支持体に異なる核酸プローブを付着させて、固体支持体上でランダムに配置されたプローブを生産する工程であって、異なる核酸プローブはそれぞれ、バーコード配列を含み、ランダムに配置されたプローブのそれぞれは、固体支持体上に他のランダムに配置されたプローブとは異なるバーコード配列を含む、工程；
（ｂ）固体支持体上で核酸検出反応を実行して、固体支持体上でランダムに配置されたプローブのバーコード配列を決定する工程；
（ｃ）生物学的試料を、ランダムに配置されたプローブを含む固体支持体と接触させる工程；
（ｄ）ランダムに配置されたプローブを、ランダムに配置されたプローブの近位にある生物学的試料の部分からの標的核酸にハイブリダイズさせる工程；および
（ｅ）ランダムに配置されたプローブを伸長させて、バーコード配列と標的核酸からの配列とを含む伸長したプローブを生産し、それによって生物学的試料の核酸を空間的にタグ付けする工程
を含む方法。
【請求項２】
工程（ａ）が、固体支持体上でランダムに配置されたプローブのそれぞれを増幅して、固体支持体上に核酸プローブの複数のアンプリコンを含むクラスターを形成することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
固体支持体が、複数のクラスターを含み、複数のクラスターの平均ピッチが、１０μｍ未満であり、及び／又は、クラスターの平均面積が、１００μｍ2未満である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
核酸検出反応が、シーケンシング反応を含むか、又は、デコーダープローブのハイブリダイゼーション反応を含む、請求項１から３までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
固体支持体が、ビーズのアレイを含み、ここで、
（ｉ）異なる核酸プローブが、アレイ中の異なるビーズに付着されており、任意に工程（ａ）が、固体支持体上に異なるビーズをランダムに分配させることを含んでいてもよく、或いは、固体支持体が、複数の前記ビーズの１個のビーズのみを受け入れる寸法を有するウェルを含んでいてもよく、好ましくは異なるビーズが、異なるバーコード配列に付着されており、異なるバーコード配列の数が、ウェルの数を超えており；及び／又は
（ｉｉ）固体支持体が、少なくとも１×１０6個の、異なる核酸プローブを含む異なるビーズを含み；及び／又は
（ｉｉｉ）ビーズのアレイが、１０μｍ未満の平均ピッチを含み；及び／又は
（ｉｖ）ビーズが、１０μｍ未満の平均直径を含む、請求項１から４までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
（ｉ）固体支持体に異なる核酸プローブを付着させることが、異なる核酸プローブの流体混合物を固体支持体と接触させることを含み、任意に、固体支持体が、別個のフィーチャのパターンを含んでいてもよく、且つ、異なる核酸プローブが、パターン中の別個のフィーチャにランダムに分配されていてもよく、更に、異なるバーコード配列の数が、流体混合物と接触するフィーチャの数を超えていてもよく；及び／又は
（ｉｉ）固体支持体が、少なくとも１×１０6個の異なる核酸プローブを含む、請求項１から５までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
固体支持体が、ゲルコーティングを含み、
任意に、複数の核酸プライマーが、ゲルコーティングに付着されていてもよく、複数のもののうちの核酸プライマーが、複数のもののうちの核酸プライマーに共通のユニバーサルプライマー配列を含んでいてもよく、
異なる核酸プローブが、ユニバーサルプライマー配列にハイブリダイズするユニバーサルプライマー結合性配列を含んでいてもよい、
請求項１から６までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
工程（ａ）が、核酸プライマーの伸長によって異なる核酸プローブを増幅し、それによって固体支持体上に核酸プローブの複数のアンプリコンを含む核酸クラスターを生産することをさらに含み、
任意に、第２の複数の核酸プライマーが、ゲルコーティングに付着されていてもよく、第２の複数のもののうちの核酸プライマーが、第２の複数のもののうちの核酸プライマーに共通の第２のユニバーサルプライマー配列を含んでいてもよく、
異なる核酸プローブが、第２のユニバーサルプライマー配列にハイブリダイズする第２のユニバーサルプライマー結合性配列を含んでいてもよく、増幅することは、架橋増幅を含んでいてもよい、
請求項７に記載の方法。
【請求項９】
異なる核酸プローブが、生物学的試料からの異なる標的核酸配列にハイブリダイズする異なる標的捕獲配列を含む、請求項１から８までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
異なる核酸プローブが、固体支持体上でランダムに配置されたプローブに共通の標的捕獲配列を含み、
任意に、標的捕獲配列が、ポリＴまたはポリＡ配列を含んでいてもよい、
請求項１から８までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
固体支持体と接触する生物学的試料の画像を獲得する工程をさらに含み、
任意に、ランダムに配置されたプローブで決定されたバーコード配列を、生物学的試料の画像における配置と相関させる工程をさらに含んでいてもよい、
請求項１から１０までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
固体支持体から伸長したプローブを除去する工程をさらに含み、
任意に、伸長したプローブをプールして、固体支持体から除去された伸長したプローブの混合物を形成する工程をさらに含んでいてもよく、及び／又は
固体支持体から除去された伸長したプローブの標的核酸からの配列およびバーコード配列を決定する工程をさらに含んでいてもよく、標的核酸からの配列及びバーコード配列は、合成によるシーケンシング技術により決定されてもよい、
請求項１又は１１に記載の方法。
【請求項１３】
固体支持体から除去された伸長したプローブを、第２の固体支持体に付着させる工程をさらに含み、
任意に、標的核酸からの配列およびバーコード配列が、合成によるシーケンシング技術によって決定されてもよい、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
工程（ｂ）の間、固体支持体が、フローセル中またはその上に配置されており、
任意に、工程（ｃ）の間、固体支持体が、フローセルから除去されていてもよく、或いは
工程（ｃ）の間、フローセルを開放して、固体支持体を露出させていてもよい、
請求項１から１３までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
固体支持体と接触させる生物学的試料が、細胞の混合物であり、
任意に、工程（ｃ）が、細胞を固体支持体に付着させることをさらに含んでいてもよく、及び／又は
工程（ｃ）が、細胞を溶解させて、細胞から標的核酸を放出させることをさらに含んでいてもよい、請求項１から１４までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
固体支持体と接触させる生物学的試料が、組織であり、
任意に、工程（ｃ）が、組織を固体支持体に付着させることをさらに含んでいてもよく、及び／又は
工程（ｃ）が、組織を透過化して、組織から標的核酸を放出させることをさらに含んでいてもよい、請求項１から１４までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
標的核酸が、ｍＲＮＡ、ｇＤＮＡ、ｒＲＮＡまたはｔＲＮＡからなる群より選択される、請求項１から１６までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
生物学的試料の核酸を空間的にタグ付けするための方法であって、
（ａ）固体支持体に付着した複数の核酸プライマーを提供する工程であって、複数のもののうちの核酸プライマーは、複数のもののうちの核酸プライマーに共通のユニバーサルプライマー配列を含む、工程；
（ｂ）核酸プローブの集団を、複数の核酸プライマーに結合させる工程であって、核酸プローブは、ユニバーサルプライマー配列にハイブリダイズするユニバーサルプライマー結合性配列、標的捕獲配列および集団中の他の核酸プローブのバーコード配列とは異なるバーコード配列を含み、それによって固体支持体上でランダムに配置された位置に異なる核酸プローブを付着させる、工程；
（ｃ）核酸プライマーの伸長によって異なる核酸プローブを増幅し、それによって固体支持体上のランダムに配置された位置で、バーコード配列と標的捕獲配列のコピーを有する核酸クラスターを生産する工程；
（ｄ）シーケンシング反応を実行して、固体支持体上でランダムに配置された位置におけるバーコード配列を決定する工程；
（ｅ）生物学的試料を、固体支持体上で核酸クラスターと接触させる工程；
（ｆ）クラスターの標的捕獲配列を、クラスターの近位にある生物学的試料の部分からの標的核酸にハイブリダイズさせる工程；および
（ｇ）標的捕獲配列を伸長させて、標的核酸からの配列とバーコード配列のコピーとを含む伸長したプローブを生産し、それによって生物学的試料の核酸をタグ付けする工程
を含む、方法。
【請求項１９】
第２の複数の核酸プライマーが、固体支持体に付着されており、第２の複数のもののうちの核酸プライマーが、第２の複数のもののうちの核酸プライマーに共通の第２のユニバーサルプライマー配列を含み、
任意に、異なる核酸プローブが、第２のユニバーサルプライマー配列にハイブリダイズする第２のユニバーサルプライマー結合性配列を含んでいてもよく、
更に任意に、異なる核酸プローブを増幅することが、架橋増幅を含んでいてもよく、第１および第２の複数のもののうちの核酸プライマーが、伸長されてもよい、
請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
核酸プローブが、標的捕獲配列と第２のユニバーサルプライマー結合性配列との間に切断部位をさらに含み、
任意に、工程（ｇ）の前に、標的捕獲配列と第２のユニバーサルプライマー結合性配列との間の切断部位を切断する工程をさらに含んでいてもよい、請求項１８又は１９に記載の方法。
【請求項２１】
核酸プローブのそれぞれが、バーコード配列と核酸プローブの固体支持体への付着点との間に配置される切断部位を含み、
任意に、バーコード配列と核酸プローブの固体支持体への付着点との間に配置される切断部位で切断することによって、固体支持体から伸長したプローブを除去する工程をさらに含んでいてもよい、請求項１８から２０までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
生物学的試料の核酸を空間的にタグ付けするための方法であって、
（ａ）固体支持体上にビーズのアレイを提供する工程であって、異なる核酸プローブは、アレイ中の異なるビーズに付着され、異なる核酸プローブはそれぞれ、バーコード配列を含み、各ビーズは、固体支持体上に他のビーズからの異なるバーコード配列を含み、異なる核酸プローブのそれぞれは、標的捕獲配列を含む、工程；
（ｂ）固体支持体上でデコーダープローブのハイブリダイゼーション反応を実行して、固体支持体上でランダムに配置されたプローブにおけるバーコード配列を決定する工程；  （ｃ）生物学的試料をビーズのアレイと接触させる工程；
（ｄ）異なる核酸プローブを、ビーズの近位にある生物学的試料の部分からの標的核酸にハイブリダイズさせる工程；および
（ｅ）異なる核酸プローブを伸長させて、標的核酸からの配列とバーコード配列とを含む伸長したプローブを生産し、それによって生物学的試料の核酸をタグ付けする工程
を含む、方法。
【請求項２３】
工程（ａ）が、固体支持体上に異なるビーズをランダムに分配させることを含み、及び／又は
固体支持体が、複数の前記ビーズの１個のビーズのみを受け入れる寸法を有するウェルを含む、
請求項２２に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１５】
用語「含む」は、本明細書において、列挙された要素だけでなくあらゆる追加の要素をさらに包含するオープンエンドであることが意図される。
数々の実施形態が記載されている。それにもかかわらず、様々な改変がなされ得ることが理解されると予想される。したがって、他の実施形態は、以下の特許請求の範囲内である。
〔１〕  生物学的試料の核酸を空間的にタグ付けするための方法であって、
（ａ）固体支持体に異なる核酸プローブを付着させて、固体支持体上でランダムに配置されたプローブを生産する工程であって、異なる核酸プローブはそれぞれ、バーコード配列を含み、ランダムに配置されたプローブのそれぞれは、固体支持体上に他のランダムに配置されたプローブとは異なるバーコード配列を含む、工程；
（ｂ）固体支持体上で核酸検出反応を実行して、固体支持体上でランダムに配置されたプローブのバーコード配列を決定する工程；
（ｃ）生物学的試料を、ランダムに配置されたプローブを含む固体支持体と接触させる工程；
（ｄ）ランダムに配置されたプローブを、ランダムに配置されたプローブの近位にある生物学的試料の部分からの標的核酸にハイブリダイズさせる工程；および
（ｅ）ランダムに配置されたプローブを伸長させて、バーコード配列と標的核酸からの配列とを含む伸長したプローブを生産し、それによって生物学的試料の核酸を空間的にタグ付けする工程
を含む方法。
〔２〕  工程（ａ）が、固体支持体上でランダムに配置されたプローブのそれぞれを増幅して、固体支持体上に核酸プローブの複数のアンプリコンを含むクラスターを形成することをさらに含む、〔１〕に記載の方法。
〔３〕  固体支持体が、複数のクラスターを含み、複数のクラスターの平均ピッチが、１０μｍ未満である、〔２〕に記載の方法。
〔４〕  固体支持体が、複数のクラスターを含み、クラスターの平均面積が、１００μｍ2未満である、〔２〕または〔３〕に記載の方法。
〔５〕  核酸検出反応が、シーケンシング反応を含む、〔１〕から〔４〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔６〕  核酸検出反応が、デコーダープローブのハイブリダイゼーション反応を含む、〔１〕に記載の方法。
〔７〕  固体支持体が、ビーズのアレイを含み、異なる核酸プローブが、アレイ中の異なるビーズに付着される、〔１〕から〔６〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔８〕  工程（ａ）が、固体支持体上に異なるビーズをランダムに分配させることを含む、〔７〕に記載の方法。
〔９〕  固体支持体が、複数の前記ビーズの１個のビーズのみを受け入れる寸法を有するウェルを含む、〔７〕に記載の方法。
〔１０〕  異なるビーズが、異なるバーコード配列に付着されており、異なるバーコード配列の数が、ウェルの数を超える、〔９〕に記載の方法。
〔１１〕  固体支持体が、少なくとも１×１０6個の、異なる核酸プローブを含む異なるビーズを含む、〔７〕から〔１０〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔１２〕  ビーズのアレイが、１０μｍ未満の平均ピッチを含む、〔７〕から〔１１〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔１３〕  ビーズが、１０μｍ未満の平均直径を含む、〔７〕から〔１２〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔１４〕  固体支持体に異なる核酸プローブを付着させることが、異なる核酸プローブの流体混合物を固体支持体と接触させることを含む、〔１〕から〔１３〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔１５〕  固体支持体が、別個のフィーチャのパターンを含み、異なる核酸プローブが、パターン中の別個のフィーチャにランダムに分配される、〔１４〕に記載の方法。
〔１６〕  異なるバーコード配列の数が、流体混合物と接触するフィーチャの数を超える、〔１５〕に記載の方法。
〔１７〕  固体支持体が、少なくとも１×１０6個の異なる核酸プローブを含む、〔１〕または〔１４〕から〔１６〕のいずれか１項に記載の方法。
〔１８〕  固体支持体が、ゲルコーティングを含む、〔１〕から〔１７〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔１９〕  複数の核酸プライマーが、ゲルコーティングに付着されており、複数のもののうちの核酸プライマーが、複数のもののうちの核酸プライマーに共通のユニバーサルプライマー配列を含む、〔１８〕に記載の方法。
〔２０〕  異なる核酸プローブが、ユニバーサルプライマー配列にハイブリダイズするユニバーサルプライマー結合性配列を含む、〔１９〕に記載の方法。
〔２１〕  工程（ａ）が、核酸プライマーの伸長によって異なる核酸プローブを増幅し、それによって固体支持体上に核酸プローブの複数のアンプリコンを含む核酸クラスターを生産することをさらに含む、〔２０〕に記載の方法。
〔２２〕  第２の複数の核酸プライマーが、ゲルコーティングに付着されており、第２の複数のもののうちの核酸プライマーが、第２の複数のもののうちの核酸プライマーに共通の第２のユニバーサルプライマー配列を含む、〔２１〕に記載の方法。
〔２３〕  異なる核酸プローブが、第２のユニバーサルプライマー配列にハイブリダイズする第２のユニバーサルプライマー結合性配列を含み、増幅することは、架橋増幅を含む、〔２２〕に記載の方法。
〔２４〕  異なる核酸プローブが、生物学的試料からの異なる標的核酸配列にハイブリダイズする異なる標的捕獲配列を含む、〔１〕から〔２３〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔２５〕  異なる核酸プローブが、固体支持体上でランダムに配置されたプローブに共通の標的捕獲配列を含む、〔１〕から〔２３〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔２６〕  標的捕獲配列が、ポリＴまたはポリＡ配列を含む、〔２５〕に記載の方法。
〔２７〕  固体支持体と接触する生物学的試料の画像を獲得する工程をさらに含む、〔１〕から〔２６〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔２８〕  ランダムに配置されたプローブで決定されたバーコード配列を、生物学的試料の画像における配置と相関させる工程をさらに含む、〔２７〕に記載の方法。
〔２９〕  固体支持体から伸長したプローブを除去する工程をさらに含む、〔１〕、〔２７〕または〔２８〕に記載の方法。
〔３０〕  伸長したプローブをプールして、固体支持体から除去された伸長したプローブの混合物を形成する工程をさらに含む、〔２９〕に記載の方法。
〔３１〕  固体支持体から除去された伸長したプローブの標的核酸からの配列およびバーコード配列を決定する工程をさらに含む、〔２９〕または〔３０〕に記載の方法。
〔３２〕  固体支持体から除去された伸長したプローブを、第２の固体支持体に付着させる工程をさらに含む、〔２９〕、〔３０〕または〔３１〕に記載の方法。
〔３３〕  標的核酸からの配列およびバーコード配列が、合成によるシーケンシング技術によって決定される、〔３１〕または〔３２〕に記載の方法。
〔３４〕  工程（ｂ）の間、固体支持体が、フローセル中またはその上に配置されている、〔１〕から〔３３〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔３５〕  工程（ｃ）の間、固体支持体が、フローセルから除去される、〔３４〕に記載の方法。
〔３６〕  工程（ｃ）の間、フローセルを開放して、固体支持体を露出させる、〔３４〕に記載の方法。
〔３７〕  固体支持体と接触させる生物学的試料が、細胞の混合物である、〔１〕から〔３６〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔３８〕  工程（ｃ）が、細胞を固体支持体に付着させることをさらに含む、〔３７〕に記載の方法。
〔３９〕  工程（ｃ）が、細胞を溶解させて、細胞から標的核酸を放出させることをさらに含む、〔３７〕または〔３８〕に記載の方法。
〔４０〕  固体支持体と接触させる生物学的試料が、組織である、〔１〕から〔３６〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔４１〕  工程（ｃ）が、組織を固体支持体に付着させることをさらに含む、〔４０〕に記載の方法。
〔４２〕  工程（ｃ）が、組織を透過化して、組織から標的核酸を放出させることをさらに含む、〔４０〕または〔４１〕に記載の方法。
〔４３〕  標的核酸が、ｍＲＮＡ、ｇＤＮＡ、ｒＲＮＡまたはｔＲＮＡからなる群より選択される、〔１〕から〔４２〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔４４〕  生物学的試料の核酸を空間的にタグ付けするための方法であって、
（ａ）固体支持体に付着した複数の核酸プライマーを提供する工程であって、複数のもののうちの核酸プライマーは、複数のもののうちの核酸プライマーに共通のユニバーサルプライマー配列を含む、工程；
（ｂ）核酸プローブの集団を、複数の核酸プライマーに結合させる工程であって、核酸プローブは、ユニバーサルプライマー配列にハイブリダイズするユニバーサルプライマー結合性配列、標的捕獲配列および集団中の他の核酸プローブのバーコード配列とは異なるバーコード配列を含み、それによって固体支持体上でランダムに配置された位置に異なる核酸プローブを付着させる、工程；
（ｃ）核酸プライマーの伸長によって異なる核酸プローブを増幅し、それによって固体支持体上でランダムに配置された位置で、バーコード配列のコピーと標的捕獲配列とを有する核酸クラスターを生産する工程；
（ｄ）シーケンシング反応を実行して、固体支持体上でランダムに配置された位置におけるバーコード配列を決定する工程；
（ｅ）生物学的試料を、固体支持体上で核酸クラスターと接触させる工程；
（ｆ）クラスターの標的捕獲配列を、クラスターの近位にある生物学的試料の部分からの標的核酸にハイブリダイズさせる工程；および
（ｇ）標的捕獲配列を伸長させて、標的核酸からの配列とバーコード配列のコピーとを含む伸長したプローブを生産し、それによって生物学的試料の核酸をタグ付けする工程
を含む、方法。
〔４５〕  第２の複数の核酸プライマーが、固体支持体に付着されており、第２の複数のもののうちの核酸プライマーが、第２の複数のもののうちの核酸プライマーに共通の第２のユニバーサルプライマー配列を含む、〔４４〕に記載の方法。
〔４６〕  異なる核酸プローブが、第２のユニバーサルプライマー配列にハイブリダイズする第２のユニバーサルプライマー結合性配列を含む、〔４５〕に記載の方法。
〔４７〕  異なる核酸プローブを増幅することが、架橋増幅を含み、第１および第２の複数のもののうちの核酸プライマーが、伸長される、〔４６〕に記載の方法。
〔４８〕  核酸プローブが、標的捕獲配列と第２のユニバーサルプライマー結合性配列との間に切断部位をさらに含む、〔４５〕から〔４７〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔４９〕  工程（ｇ）の前に、標的捕獲配列と第２のユニバーサルプライマー結合性配列との間の切断部位を切断する工程をさらに含む、〔４８〕に記載の方法。
〔５０〕  異なる核酸プローブが、生物学的試料からの異なる標的核酸配列にハイブリダイズする異なる標的捕獲配列を含む、〔４４〕から〔４９〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔５１〕  異なる核酸プローブが、固体支持体上でランダムに配置されたプローブに共通の標的相補配列を含む、〔４４〕から〔４９〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔５２〕  標的相補配列が、ポリＴまたはポリＡ配列を含む、〔５１〕に記載の方法。
〔５３〕  標的核酸が、工程（ｆ）において標的相補配列にハイブリダイズするポリＡテールを有するｍＲＮＡ分子を含む、〔５１〕に記載の方法。
〔５４〕  核酸プローブのそれぞれが、バーコード配列と核酸プローブの固体支持体への付着点との間に配置される切断部位を含む、〔４４〕から〔５３〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔５５〕  バーコード配列と核酸プローブの固体支持体への付着点との間に配置される切断部位で切断することによって、固体支持体から伸長したプローブを除去する工程をさらに含む、〔５４〕に記載の方法。
〔５６〕  伸長したプローブをプールして、固体支持体から除去された伸長したプローブの混合物を形成する工程をさらに含む、〔５５〕に記載の方法。
〔５７〕  固体支持体から除去された伸長したプローブの標的核酸からの配列およびバーコード配列を決定する工程をさらに含む、〔５５〕または〔５６〕に記載の方法。
〔５８〕  固体支持体から除去された伸長したプローブを、第２の固体支持体に付着させる工程をさらに含む、〔５５〕、〔５６〕または〔５７〕に記載の方法。
〔５９〕  標的核酸からの配列およびバーコード配列が、合成によるシーケンシング技術によって決定される、〔５７〕または〔５８〕に記載の方法。
〔６０〕  異なる核酸プローブが、シーケンシングプライマー結合性部位をさらに含み、合成によるシーケンシング技術が、シーケンシングプライマーをシーケンシングプライマー結合性部位にハイブリダイズすることを含む、〔５９〕に記載の方法。
〔６１〕  シーケンシングプライマー結合性部位の配列が、異なる核酸プローブで同じである、〔６０〕に記載の方法。
〔６２〕  固体支持体が、ゲルコーティングを含む、〔４４〕から〔６１〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔６３〕  核酸プライマーが、ゲルを介して固体支持体に付着されている、〔６２〕に記載の方法。
〔６４〕  固体支持体が、複数のクラスターを含み、複数のクラスターの平均ピッチが、１０μｍ未満である、〔４４〕から〔６３〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔６５〕  固体支持体が、複数のクラスターを含み、クラスターの平均直径が、１００μｍ2未満である、〔４４〕から〔６４〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔６６〕  工程（ｂ）が、異なる核酸プローブの流体混合物を固体支持体と接触させることを含む、〔４４〕から〔６５〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔６７〕  固体支持体が、別個のフィーチャのパターンを含み、異なる核酸プローブが、パターン中の別個のフィーチャにランダムに分配される、〔４４〕から〔６６〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔６８〕  異なるバーコード配列の数が、流体混合物と接触するフィーチャの数を超える、〔６７〕に記載の方法。
〔６９〕  固体支持体が、少なくとも１×１０6個の異なる核酸プローブを含む、〔４４〕から〔６８〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔７０〕  固体支持体と接触する生物学的試料の画像を獲得する工程をさらに含む、〔４４〕から〔６６〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔７１〕  ランダムに配置された位置で決定されたバーコード配列を、生物学的試料の画像における配置と相関させる工程をさらに含む、〔７０〕に記載の方法。
〔７２〕  工程（ｄ）の間、固体支持体が、フローセル中またはその上に配置されている、〔４４〕から〔７１〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔７３〕  工程（ｅ）の間、固体支持体が、フローセルから除去される、〔７２〕に記載の方法。
〔７４〕  工程（ｅ）の間、フローセルを開放して、固体支持体を露出させる、〔７２〕に記載の方法。
〔７５〕  固体支持体と接触させる生物学的試料が、細胞の混合物である、〔４４〕から〔７４〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔７６〕  工程（ｅ）が、細胞を固体支持体に付着させることをさらに含む、〔７５〕に記載の方法。
〔７７〕  工程（ｅ）が、細胞を溶解させて、細胞から標的核酸を放出させることをさらに含む、〔７５〕または〔７６〕に記載の方法。
〔７８〕  固体支持体と接触させる生物学的試料が、組織である、〔４４〕から〔７７〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔７９〕  工程（ｅ）が、組織を固体支持体に付着させることをさらに含む、〔７８〕に記載の方法。
〔８０〕  工程（ｅ）が、組織を透過化して、組織から標的核酸を放出させることをさらに含む、〔７８〕または〔７９〕に記載の方法。
〔８１〕  標的核酸が、ｍＲＮＡ、ｇＤＮＡ、ｒＲＮＡまたはｔＲＮＡからなる群より選択される、〔４４〕から〔８０〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔８２〕  生物学的試料の核酸を空間的にタグ付けするための方法であって、
（ａ）固体支持体上にビーズのアレイを提供する工程であって、異なる核酸プローブは、アレイ中の異なるビーズに付着され、異なる核酸プローブはそれぞれ、バーコード配列を含み、各ビーズは、固体支持体上に他のビーズからの異なるバーコード配列を含み、異なる核酸プローブのそれぞれは、標的捕獲配列を含む、工程；
（ｂ）固体支持体上でデコーダープローブのハイブリダイゼーション反応を実行して、固体支持体上でランダムに配置されたプローブにおけるバーコード配列を決定する工程；  （ｃ）生物学的試料をビーズのアレイと接触させる工程；
（ｄ）異なる核酸プローブを、ビーズの近位にある生物学的試料の部分からの標的核酸にハイブリダイズさせる工程；および
（ｅ）異なる核酸プローブを伸長させて、標的核酸からの配列とバーコード配列とを含む伸長したプローブを生産し、それによって生物学的試料の核酸をタグ付けする工程
を含む、方法。
〔８３〕  工程（ａ）が、固体支持体上に異なるビーズをランダムに分配させることを含む、〔８２〕に記載の方法。
〔８４〕  固体支持体が、複数の前記ビーズの１個のビーズのみを受け入れる寸法を有するウェルを含む、〔８２〕または〔８３〕に記載の方法。
〔８５〕  異なるバーコード配列の数が、ウェルの数を超える、〔８４〕に記載の方法。
〔８６〕  ビーズのアレイが、少なくとも１×１０6個の、異なる核酸プローブを含む異なるビーズを含む、〔８２〕から〔８５〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔８７〕  ビーズのアレイが、１０μｍ未満の平均ピッチを含む、〔８２〕から〔８６〕までのいずれか１項に記載の方法
〔８８〕  ビーズが、１０μｍ未満の平均直径を含む、〔８２〕から〔８７〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔８９〕  異なる核酸プローブが、生物学的試料からの異なる標的核酸配列にハイブリダイズする異なる標的捕獲配列を含む、〔８２〕から〔８８〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔９０〕  異なる核酸プローブが、ビーズのアレイ中の異なる核酸プローブに共通の標的捕獲配列を含む、〔８２〕から〔８８〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔９１〕  標的捕獲配列が、ポリＴまたはポリＡ配列を含む、〔９０〕に記載の方法。
〔９２〕  ビーズのアレイと接触する生物学的試料の画像を獲得する工程をさらに含む、〔８２〕から〔９１〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔９３〕  ビーズのバーコード配列を、生物学的試料の画像における配置と相関させる工程をさらに含む、〔９２〕に記載の方法。
〔９４〕  ビーズのアレイから伸長したプローブを除去する工程をさらに含む、〔８２〕、〔９２〕または〔９３〕に記載の方法。
〔９５〕  伸長したプローブをプールして、ビーズのアレイから除去された伸長したプローブの混合物を形成する工程をさらに含む、〔９４〕に記載の方法。
〔９６〕  固体支持体から除去された伸長したプローブの標的核酸からの配列およびバーコード配列を決定する工程をさらに含む、〔９４〕または〔９５〕に記載の方法。
〔９７〕  固体支持体から除去された伸長したプローブを、第２の固体支持体に付着させる工程をさらに含む、〔９４〕、〔９５〕または〔９６〕に記載の方法。
〔９８〕  標的核酸からの配列およびバーコード配列が、合成によるシーケンシング技術によって決定される、〔８２〕から〔９７〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔９９〕  固体支持体と接触させる生物学的試料が、細胞の混合物である、〔８２〕から〔９８〕までのいずれか１項に記載の方法。
〔１００〕  工程（ｃ）が、細胞を固体支持体に付着させることをさらに含む、〔９９〕に記載の方法。
〔１０１〕  工程（ｃ）が、細胞を溶解させて、細胞から標的核酸を放出させることをさらに含む、〔９９〕または〔１００〕に記載の方法。
〔１０２〕  固体支持体と接触させる生物学的試料が、組織である、〔８２〕に記載の方法。
〔１０３〕  工程（ｃ）が、組織を固体支持体に付着させることをさらに含む、〔１０２〕に記載の方法。
〔１０４〕  工程（ｃ）が、組織を透過化して、組織から標的核酸を放出させることをさらに含む、〔１０２〕または〔１０３〕に記載の方法。
〔１０５〕  標的核酸が、ｍＲＮＡ、ｇＤＮＡ、ｒＲＮＡまたはｔＲＮＡからなる群より選択される、〔８２〕から〔１０４〕までのいずれか１項に記載の方法。