【手続補正書】
【提出日】平成30年12月27日(2018.12.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍不均一性を癌のための治療介入の指標とする方法であって、前記方法は、
（ａ）対象の生物学的試料由来の癌細胞からのポリヌクレオチドを配列決定するステップと、
（ｂ）前記ポリヌクレオチドにおける体細胞変異を識別および定量化するステップと、
（ｃ）前記ポリヌクレオチドにおける複数の前記体細胞変異の存在および相対量を示す、前記対象における腫瘍不均一性のプロファイルを展開するステップであって、異なる相対量が、腫瘍不均一性を示すステップと、
を含み、前記治療介入が、腫瘍不均一性の前記プロファイルを有する癌に対して有効である、方法。
【請求項２】
コンピュータプロセッサによる実行により、
（ａ）遺伝子座にマッピングされる、対象の生物学的試料由来の癌細胞からのポリヌクレオチドの配列読み取り値をメモリに受け取るステップと、
（ｂ）前記配列読み取り値の間で、前記遺伝子座にマッピングされる総ての数の配列読み取り値において、前記遺伝子座における参照配列の塩基とは異なる１つまたは複数の塩基の同一性を決定するステップと、
（ｃ）前記１つまたは複数の塩基の前記決定された同一性、相対量および前記参照配列における位置を報告するステップと
（ｄ）前記１つまたは複数の塩基の前記決定された同一性、前記相対量および前記参照配列における前記位置に基づき、前記生物学的試料由来の前記癌細胞の腫瘍不均一性を推定するステップと
を含む方法を実装する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を含むシステム。
【請求項３】
ａ）対象由来の複数の核酸試料を提供するステップであって、前記核酸試料が、連続的時点で収集されるステップと、
ｂ）前記複数の核酸試料由来のポリヌクレオチドを配列決定するステップであって、配列を生成するステップと、
ｃ）前記複数の核酸試料のそれぞれからの前記ポリヌクレオチドの間で複数の遺伝子バリアントのそれぞれの定量的測定値を決定するステップと、
ｄ）コンピュータにより、前記連続的時点のうちの少なくとも１つについての非ゼロ量で存在する体細胞変異に関して、前記連続的時点の各々における前記複数の遺伝子バリアントのそれぞれの相対量をグラフ表示するステップと
を含む方法。
【請求項４】
前記定量的測定値が、同じ遺伝子座にマッピングされる全配列の間の前記遺伝子バリアントの頻度である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記相対量が、積み重ね面積グラフとしてグラフ表示される、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記相対量が、前記連続的時点の最も早い時点において、最高から最低へと、前記グラフの下から上に積み重ねられ、前記連続的時点の後の時点において非ゼロ量で最初に出現する遺伝子バリアントが、前記グラフの最上位に積み重ねられる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
遺伝子分析計によって生成されたデータから書面または電子的患者検査報告を生成するための方法であって、
ａ）２つまたはそれを超える検査時点由来のデータを要約するステップであって、それによって、全ての非ゼロ検査結果の結合が、前記２つまたはそれを超える時点の第１の検査時点後の、前記２つまたはそれを超える時点のその後の検査時点のそれぞれにおいて報告され、検査結果が生成されるステップと、
ｂ）前記書面または電子的患者検査報告上に前記検査結果をレンダリングするステップとを含む方法。
【請求項８】
要約するステップおよびレンダリングするステップが、コンピュータプロセッサによりコードを実行して、（ｉ）全ての非ゼロ検査結果を識別し、（ｉｉ）前記電子的患者検査報告を生成し、（ｉｉｉ）グラフィカル・ユーザー・インターフェース上に前記電子的患者検査報告を表示することにより、コンピュータにおいて行われる、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
遺伝子分析計によって生成されたデータから、対象における腫瘍の遺伝子バリアントの進化をグラフ表示する方法であって、
ａ）コンピュータによって、前記対象における複数の時点のそれぞれにおいて検出される前記遺伝子バリアントの積み重ねられた表示を生成するステップであって、遺伝子バリアントに対応する前記積み重ねられた表示における各層の高さまたは幅が、前記複数の時点のそれぞれにおける前記遺伝子バリアントの総量に対する前記遺伝子バリアントの定量的寄与を表すステップと、
ｂ）コンピュータモニタまたは書面の報告上に前記積み重ねられた表示を表示するステップと
を含む方法。
【請求項１０】
表示するステップが、
ａ）検出された腫瘍遺伝子バリアントを表すデータをコンピュータメモリに受け取ることと、
ｂ）コンピュータプロセッサによりコードを実行することであって、ある時点における各遺伝子バリアントの定量的寄与を、前記定量的寄与の相対寄与に比例する線または面積としてグラフ表示することと、
ｃ）グラフィカル・ユーザー・インターフェース上に前記グラフ表示を表示することと
を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記グラフ表示が、各時点について、前記複数の遺伝子バリアントの間の優勢な遺伝子バリアントの定量的測定値をさらに示す、請求項３に記載の方法。
【請求項１２】
グラフ表示するステップが、前記定量的測定値を正規化およびスケーリングすることを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項１３】
前記ポリヌクレオチドが、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項１４】
前記遺伝子座が、癌遺伝子に位置する、請求項４に記載の方法。
【請求項１５】
前記複数の遺伝子バリアントが、（ｉ）前記ゲノムにおける異なる遺伝子にマッピングされるか、または（ｉｉ）前記ゲノムにおける同じ遺伝子にマッピングされる、請求項３に記載の方法。
【請求項１６】
前記書面または電子的患者検査報告が、医者が前記検査結果または推奨される処置選択肢を解釈するのに役立つ１つまたは複数の注釈を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項１７】
前記積み重ねられた表示が、医者が前記積み重ねられた表示または推奨される処置選択肢を解釈するのに役立つ１つまたは複数の注釈を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１８】
疾患負荷を推定するために体液に基づく検査を使用して検出された前記検出された遺伝子バリアントの対立遺伝子フラクション、前記検出された遺伝子バリアントの対立遺伝子不均衡、および前記検出された遺伝子バリアントの遺伝子特異的カバレージを使用するステップをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１９】
全体的な積み重ねの高さは、前記対象における全体的な疾患負荷または疾患負荷スコアの表示である、請求項９に記載の方法。
【請求項２０】
前記検出された遺伝子バリアントのサブセットのみがプロットされ、前記サブセットが、（ｉ）ドライバー変化である遺伝子バリアントの見込みまたは（ｉｉ）処置に対する応答の増加もしくは低減との関連に基づき選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項２１】
各検査結果の変化の速度および／または定量的精度に基づき疾患進行または寛解を推定するステップを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項２２】
介在する検査ポイントの間に治療介入を表示するステップを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項２３】
前記ポリヌクレオチドを配列決定するステップが、親ポリヌクレオチドについての複数の配列読み取り値を生成することと、前記複数の配列読み取り値を縮小して、各親ポリヌクレオチドにおける塩基についてのコンセンサスコールを生成することを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項２４】
前記連続的時点が、処置が前記対象に施される前の第１の時点および前記処置が前記対象に施された後の第２の時点を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項２５】
前記連続的時点が、第１の時点および第２の時点を含み、前記第２の時点が、前記第１の時点の約１ヶ月後である、請求項３に記載の方法。
【請求項２６】
前記積み重ね面積グラフが、異なる色によって表される面積を含む、請求項５に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４９】
一部の実施形態では、本方法は、ゲノム検査に関する検査報告を生成するステップを含む。一部の実施形態では、非線形スケールが、表された遺伝子バリアントのそれぞれの高さまたは幅を表すために使用される。一部の実施形態では、以前の検査ポイントのプロットが、報告上に描写される。一部の実施形態では、本方法は、各検査結果の変化の速度および／または定量的精度に基づき疾患進行または寛解を推定するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、介在する検査ポイントの間に治療介入を表示するステップを含む。一部の実施形態では、表示するステップは、ａ）検出された腫瘍遺伝子バリアントを表すデータをコンピュータメモリへと受け取るステップと、ｂ）コンピュータプロセッサによりコードを実行するステップであって、時点における各遺伝子バリアントの定量的寄与を、相対寄与に比例する線または面積としてグラフ表示するステップと、ｃ）グラフィカル・ユーザー・インターフェース上にグラフ表示を表示するステップとを含む。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
（ａ）対象の生物学的試料由来の癌細胞からのポリヌクレオチドを配列決定するステップと、
（ｂ）前記ポリヌクレオチドにおける体細胞変異を識別および定量化するステップと、
（ｃ）前記ポリヌクレオチドにおける複数の前記体細胞変異の存在および相対量を示す、前記対象における腫瘍不均一性のプロファイルを展開するステップであって、異なる相対量が、腫瘍不均一性を示すステップと、
（ｄ）前記腫瘍不均一性を示す癌のための治療介入を決定するステップであって、前記治療介入が、決定された腫瘍不均一性の前記プロファイルを有する癌に対して有効であるステップと
を含む方法。
（項目２）
配列決定によって生成された配列読み取り値が、識別および定量化前にノイズ低減に付される、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記治療介入を決定するステップが、腫瘍関連の遺伝子変化の相対頻度を考慮に入れる、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記治療介入が、組み合わせてまたは順次、複数の薬物を投与することを含み、各薬物が、異なる相対頻度で生じる体細胞変異の異なる１種を提示する癌に対して相対的により有効である、項目１に記載の方法。
（項目５）
より高い相対頻度で生じる体細胞変異を提示する癌に対して相対的により有効な薬物が、より多い量で投与される、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記薬物が、ＤＮＡにおけるバリアントの相対量を反映するように層別化された用量で送達される、項目４に記載の方法。
（項目７）
前記遺伝子バリアントのうちの少なくとも１種を提示する癌が、前記薬物のうちの少なくとも１種に対し抵抗性である、項目４に記載の方法。
（項目８）
前記治療介入を決定するステップが、前記癌の起源の組織を考慮に入れる、項目１に記載の方法。
（項目９）
腫瘍不均一性が推定され得る腫瘍プロファイルを有する癌を有する対象に、治療介入を提供するステップであって、前記治療介入が、前記腫瘍プロファイルを有する癌に対して有効であるステップを含む方法。
（項目１０）
前記腫瘍プロファイルが、複数のさらなる体細胞変異の相対頻度を示す、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記対象における前記相対頻度の変化を経時的にモニタリングするステップ、および前記変化に基づき異なる治療介入を経時的に決定するステップをさらに含む、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記治療介入が、前記体細胞変異の全てではなくいずれか１種を提示する癌に対するよりも、前記体細胞変異のそれぞれを提示する癌に対して有効である、項目１０に記載の方法。
（項目１３）
前記治療介入が、組み合わせてまたは順次、複数の薬物を投与することを含み、各薬物が、異なる相対頻度で生じる体細胞変異の異なる１種を提示する癌に対して相対的により有効である、項目１０に記載の方法。
（項目１４）
腫瘍不均一性を示す腫瘍に対して有効な治療介入を対象に投与するステップであって、前記治療介入が、ポリヌクレオチドにおける複数の体細胞変異の存在および相対量を示す、前記対象における腫瘍不均一性のプロファイルに基づき、異なる相対量が、腫瘍不均一性を示すステップを含む方法。
（項目１５）
コンピュータプロセッサによる実行により、
（ａ）遺伝子座にマッピングされるポリヌクレオチドの配列読み取り値をメモリに受け取るステップと、
（ｂ）前記配列読み取り値の間で、遺伝子座にマッピングされる総ての数の配列読み取り値の、前記遺伝子座における参照配列の塩基とは異なる塩基の同一性を決定するステップと、
（ｃ）決定された塩基の前記同一性および相対量ならびにゲノムにおけるその位置を報告するステップと
（ｄ）（ｃ）における情報に基づき、所定の試料の不均一性を推定するステップと
を含む方法を実装する機械実行可能コードを含むコンピュータ可読媒体を含むシステム。
（項目１６）
実装される前記方法が、複数の異なる時点における試料に由来する配列読み取り値をメモリに受け取るステップ、および２種の試料の間の複数の塩基の相対量および同一性における差を計算するステップをさらに含む、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
第１の医薬物および第２の医薬物を含むキットであって、前記第１の薬物および前記第２の薬物の組合せが、体細胞変異の全てではなくいずれか１種を提示する癌に対するよりも、第１および第２の体細胞変異を提示する癌に対して治療上有効であるキット。
（項目１８）
前記組合せが、混合物中に含有されるか、または各薬物が、別々の容器内に含有される、項目１７に記載のキット。
（項目１９）
（ａ）対象由来の疾患細胞（例えば、空間的に別個の疾患細胞）由来の生体分子ポリマーの生体分子分析を行うステップと、
（ｂ）前記生体高分子における生体分子バリアントを識別および定量化するステップと、（ｃ）前記生体高分子における複数の前記バリアントの存在および相対量を示す、前記対象における疾患細胞不均一性のプロファイルを展開するステップであって、異なる相対量が、疾患細胞不均一性を示すステップと、
（ｄ）前記疾患細胞不均一性を示す疾患のための治療介入を決定するステップであって、前記治療介入が、決定された疾患細胞不均一性の前記プロファイルを有する疾患に対して有効であるステップと
を含む方法。
（項目２０）
対象における疾患細胞不均一性を検出する方法であって、
ａ）前記対象由来の試料からのポリヌクレオチドにおける複数の遺伝子座のそれぞれに配列バリアントを有するポリヌクレオチドを定量化するステップであって、前記試料が、体細胞および疾患細胞由来のポリヌクレオチドを含むステップと、
ｂ）各々の遺伝子座について、前記配列バリアントを有するポリヌクレオチドのコピー数バリエーション（ＣＮＶ）の測定値を決定するステップと、
ｃ）各々の遺伝子座について、前記遺伝子座におけるＣＮＶの関数として、前記遺伝子座に配列バリアントを有するポリヌクレオチドの量の加重された測定値を決定するステップと、
ｄ）前記複数の遺伝子座のそれぞれにおける前記加重された測定値を比較するステップとを含み、異なる加重された測定値が、疾患細胞不均一性を示す方法。
（項目２１）
ａ）１回または複数のパルス化治療サイクルに対象を付すステップであって、各パルス化治療サイクルが、（ｉ）１種または複数の薬物が第１の量で投与される第１の期間および（ｉｉ）前記１種または複数の薬物が第２の低減された（例えば、完全に投与されない）量で投与される第２の期間を含み、
（Ａ）前記第１の期間が、第１の臨床レベルを上回って検出される腫瘍負荷によって特徴付けられ、
（Ｂ）前記第２の期間が、第２の臨床レベルを下回って検出される腫瘍負荷によって特徴付けられるステップ
を含む方法。
（項目２２）
１種または複数の薬物が、複数の薬物であり、各サイクルにおける各薬物の各量が、腫瘍ポリヌクレオチドにおける複数の異なる選択された体細胞バリアントのそれぞれの量の関数として測定された腫瘍負荷に応じて決定される、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
ｂ）前記対象が、前記１種または複数の薬物に対し抵抗性を示す場合、１回または複数のパルス化治療サイクルに前記対象を付すステップであって、各パルス化治療サイクルが、（ｉ）異なる１種または複数の薬物が第１の量で投与される第１の期間および（ｉｉ）前記異なる１種または複数の薬物が第２の低減された（例えば、完全に投与されない）量で投与される第２の期間を含み、
（Ａ）前記第１の期間が、第１の臨床レベルを上回って検出される腫瘍負荷によって特徴付けられ、
（Ｂ）前記第２の期間が、第２の臨床レベルを下回って検出される腫瘍負荷によって特徴付けられるステップ
をさらに含む、項目２１に記載の方法。
（項目２４）
（ａ）対象由来の癌細胞由来のポリヌクレオチドを配列決定するステップと、
（ｂ）前記ポリヌクレオチドにおける体細胞変異を識別および定量化するステップと、
（ｃ）腫瘍不均一性を示す癌に有効な治療介入の決定における使用のための、前記対象における腫瘍不均一性のプロファイルを展開するステップであって、前記プロファイルが、前記ポリヌクレオチドにおける複数の前記体細胞変異の存在および相対量を示し、異なる相対量が、腫瘍不均一性を示すステップと
を含む方法。
（項目２５）
対象に治療介入を提供するステップであって、前記治療介入が、前記対象における疾患細胞不均一性のプロファイルから決定され、前記プロファイルが、ポリヌクレオチドにおける複数の体細胞変異の存在および相対量を示し、異なる相対量が、疾患細胞不均一性を示し、前記治療介入が、決定された疾患細胞不均一性の前記プロファイルを有する疾患に対して有効である、例えば、前記体細胞変異の全てではなくいずれか１種を提示する疾患に対するよりも、前記複数の体細胞変異を提示する疾患に対して有効であるステップを含む方法。
（項目２６）
ａ）ゲノムの少なくとも１ｋｂ、少なくとも１０ｋｂ、少なくとも１００ｋｂ、少なくとも１ｍｂ、少なくとも１０ｍｂまたは少なくとも１００ｍｂの領域にわたり、試料におけるポリヌクレオチドにおけるコピー数の中心傾向の値からの偏差の測定値（例えば、標準偏差、分散）を決定するステップと、
ｂ）前記偏差の測定値に基づき、前記試料における細胞分裂を行っている細胞由来のＤＮＡの負荷の測定値を推定するステップと
を含む方法。
（項目２７）
前記中心傾向の値が、平均値、中央値または最頻値である、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記決定するステップが、前記領域を複数の非重複区間にパーティション化し、各区間におけるコピー数の測定値を決定し、各区間におけるコピー数の測定値に基づき前記偏差の測定値を決定することを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２９）
前記区間が、１塩基、１０塩基、１００塩基、１ｋｂ塩基または１０ｋｂのいずれか以下である、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
試料における細胞分裂を行っている細胞由来のＤＮＡの負荷の測定値を推定する方法であって、細胞の複製起点への１種または複数のゲノム遺伝子座の近接によって誘導されるコピー数バリエーションを測定するステップを含み、ＣＮＶ増加が、細胞分裂を行っている細胞を示す方法。
（項目３１）
複製起点に近接していることに起因するバリエーションの影響を和らげることにより、遺伝子関連のコピー数バリエーションの決定の感度および／または特異性を増加させる方法。
（項目３２）
ａ）１種または複数の対照試料由来の１種または複数の遺伝子座におけるＤＮＡ分子のコピーのベースライン測定値を決定するステップであって、前記遺伝子座のうちの１種または複数が、複製起点を含み、それぞれ、既定のレベルの細胞分裂を行っている細胞由来のＤＮＡを含有するステップと、
ｂ）被験試料におけるＤＮＡ分子の被験測定値を決定するステップであって、被験試料における前記測定値が、１種または複数のパーティションされる１種または複数の遺伝子座に由来し、前記遺伝子座のうちの１種または複数が、複製起点を含むステップと、
ｃ）前記被験測定値および前記ベースライン測定値を比較するステップであって、ベースライン測定値を上回る被験測定値が、前記対照試料にＤＮＡを提供する細胞よりも速い速度で分裂している細胞由来の前記被験試料におけるＤＮＡを示すステップと
を含む方法。
（項目３３）
前記測定値が、分子計数値、区画にわたる分子計数値の中心傾向の測定値、または区画にわたる分子計数値の変異の測定値から選択される、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
（ａ）対象の循環における腫瘍由来のＤＮＡの量を増加させる介入を前記対象に投与するステップと、
（ｂ）前記量が増加した場合、前記対象から腫瘍由来のＤＮＡを含有する試料を収集するステップと
を含む方法。
（項目３５）
データベースをコンパイルするステップであって、前記データベースが、癌を有する複数の対象のそれぞれに対して、対象につき２つまたはそれを超える時間間隔で収集された体細胞変化を含む腫瘍ゲノム検査データ、１つまたは複数の時点で前記対象のそれぞれに投与された１種または複数の治療介入、および前記治療介入の有効性を含み、前記データベースが、腫瘍ゲノムプロファイルを有する対象における前記治療介入の有効性を推定するために有用であるステップを含む方法。
（項目３６）
癌を有する対象のための１種または複数の有効な治療介入を識別するためのデータベースの使用を含む方法であって、前記データベースが、癌を有する複数の対象のそれぞれに対して、対象につき２つまたはそれを超える時間間隔で収集された体細胞変化を含む腫瘍ゲノム検査データ、１つまたは複数の時点で前記対象のそれぞれに投与された１種または複数の治療介入、および前記治療介入の有効性を含む、方法。
（項目３７）
識別された治療介入が、有効性によって層別化される、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
予測される治療介入有効性またはその欠如に関する定量的限界が報告される、項目３６に記載の方法。
（項目３９）
前記治療介入が、処置に応答する同様の患者における予測される腫瘍ゲノム進化または獲得された抵抗性機構の情報を使用する、項目３６に記載の方法。
（項目４０）
１つまたは複数の遺伝子検査の結果を報告するための方法であって、
遺伝子分析計を使用して、１つまたは複数の検査ポイントにわたる遺伝子バリアントおよびその定量的測定値を含む遺伝子情報を捕捉するステップと、
前記１つまたは複数の検査ポイントによりレンダリングするために前記定量的測定値を正規化し、そしてスケールファクターを生成するステップと、
前記スケールファクターを適用して、腫瘍応答マップをレンダリングするステップと、
遺伝子バリアントの要約を生成するステップと
を含む方法。
（項目４１）
非ＣＮＶ（コピー数バリエーション）変異体対立遺伝子頻度を分析するステップを含む、項目４０に記載の方法。
（項目４２）
遺伝子報告を生成するための方法であって、
遺伝子分析計を使用して、非コピー数バリエーション（ＣＮＶ）データを生成するステップと、
各非ＣＮＶ変異体対立遺伝子頻度についてスケールファクターを決定するステップと、
第１の検査に対して、前記スケールファクターを使用して、各非ＣＮＶ変化の視覚的パネルを生成するステップと、
その後の検査のそれぞれに対して、前記スケールファクターを使用して、前記視覚的パネルのために前記非ＣＮＶ変化における変更を生成するステップと
を含む方法。
（項目４３）
ａ）対象由来の複数の核酸試料を提供するステップであって、前記試料が、連続的時点で収集されるステップと、
ｂ）前記試料由来のポリヌクレオチドを配列決定するステップであって、配列を生成するステップと、
ｃ）各試料における前記ポリヌクレオチドの間で複数の遺伝子バリアントのそれぞれの定量的測定値を決定するステップと、
ｄ）コンピュータにより、前記連続的時点のうちの少なくとも１つにおいて非ゼロ量で存在する体細胞変異に関して、連続的時点の各々における遺伝子バリアントの相対量をグラフ表示するステップと
を含む方法。
（項目４４）
前記定量的測定値が、同じ遺伝子座にマッピングされる全配列の間の前記遺伝子バリアントの頻度である、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記相対量が、積み重ね面積グラフとして表される、項目４３に記載の方法。
（項目４６）
前記相対量が、最も早い時点において、最高から最低へと、前記グラフの下から上に積み重ねられ、後の時点において非ゼロ量で最初に出現する遺伝子バリアントが、前記グラフの最上位に積み重ねられる、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
遺伝子分析計によって生成されたデータから書面または電子的患者検査報告を生成するための方法であって、
ａ）２つまたはそれを超える検査時点由来のデータを要約するステップであって、それによって、全ての非ゼロ検査結果の結合が、第１の検査後のその後の検査ポイントのそれぞれにおいて報告されるステップと、
ｂ）前記書面または電子的患者検査報告上に前記検査結果をレンダリングするステップとを含む方法。
（項目４８）
要約するステップおよびレンダリングするステップが、コンピュータプロセッサによりコードを実行して、（ｉ）全ての非ゼロ検査結果を識別し、（ｉｉ）前記検査報告を生成し、（ｉｉｉ）グラフィカル・ユーザー・インターフェース上に前記検査報告を表示することにより、コンピュータにおいて行われる、項目４７に記載の方法。
（項目４９）
遺伝子分析計によって生成されたデータから、対象における腫瘍の遺伝子バリアントの進化をグラフ表示する方法であって、
ａ）コンピュータによって、前記対象における複数の時点のそれぞれにおいて検出される遺伝子バリアントの積み重ねられた表示を生成するステップであって、遺伝子バリアントに対応する前記積み重ねにおける各層の高さまたは幅が、各時点における遺伝子バリアントの総量に対する前記遺伝子バリアントの定量的寄与を表すステップと、
ｂ）コンピュータモニタまたは書面の報告上に前記積み重ねられた表示を表示するステップと
を含む方法。
（項目５０）
表示するステップが、
ａ）検出された腫瘍遺伝子バリアントを表すデータをコンピュータメモリに受け取ることと、
ｂ）コンピュータプロセッサによりコードを実行することであって、ある時点における各遺伝子バリアントの定量的寄与を、相対寄与に比例する線または面積としてグラフ表示することと、
ｃ）グラフィカル・ユーザー・インターフェース上に前記グラフ表示を表示することと
を含む、項目４９に記載の方法。