【手続補正書】
【提出日】平成20年2月22日(2008.2.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  細胞プロセスに関与する遺伝子又は遺伝子産物を同定するための差次的発現スクリーニング法であって、以下：
（ａ）関心のある第１細胞内の遺伝子発現；及び
（ｂ）関心のある第２細胞内の遺伝子発現であって、該細胞が、ポリペプチドの発現を指揮する異種核酸の該第２細胞中への導入のため、生理的レベルに比べて増強したレベルの、前記細胞プロセスに関係する生物学的分子を含む、遺伝子発現を比較する工程；及び
その発現が異なる遺伝子又は遺伝子産物を同定する工程を含み、前記関心のある第１及び／又は第２細胞内の遺伝子発現が、前記細胞プロセスに関連する少なくとも２種の異なる環境条件下で比較される方法。
【請求項２】  遺伝子発現が、前記関心のある第１及び第２の両細胞内で、前記細胞プロセスに関連する少なくとも２種の異なる環境条件下で比較される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  以下：
（ａ）関心のある第１細胞内の遺伝子発現；
（ｂ）第１タイプの環境変化にさらされた前記関心のある第１細胞内の遺伝子発現；
（ｂ）第２タイプの環境変化にさらされた前記関心のある第１細胞内の遺伝子発現；及び
（ｄ）関心のある第２細胞内の遺伝子発現であって、該細胞が、ポリペプチドの発現を指揮する異種核酸の該第２細胞中への導入のため、該細胞が前記第１及び／又は第２タイプの環境変化にさらされた、又はさらされていない条件下で、生理的レベルに比べて増強したレベルの、その活性がｂ）及びｃ）記載の環境変化の一方又は両方に応答性である生物学的分子を含む、遺伝子発現を比較する工程；及び
その発現が異なる遺伝子又は遺伝子産物を同定する工程を含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】  前記異なる環境条件が、異なるレベルの生物学的シグナルである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項５】  以下：
（ａ）関心のある第１細胞内の遺伝子発現；
（ｂ）細胞プロセスに関連する生物学的シグナルにさらされた前記関心のある第１細胞内の遺伝子発現であって、前記生物学的シグナルが第１レベルである、遺伝子発現；
（ｃ）細胞プロセスに関連する生物学的シグナルにさらされた前記関心のある第１細胞内の遺伝子発現であって、前記生物学的シグナルが第２レベルである、遺伝子発現；及び
（ｄ）関心のある第２細胞内の遺伝子発現であって、該細胞が、ポリペプチドの発現を指揮する異種核酸の該第２細胞中への導入のため、生理的レベルに比べて増強したレベルの、その活性が前記生物学的シグナルに対して応答性である生物学的分子を含み、前記シグナルが第１レベル又は第２レベルで不在である、遺伝子発現を比較する工程；及び
その発現が異なる遺伝子又は遺伝子産物を同定する工程を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】  以下：
（ａ）関心のある第１細胞内の遺伝子発現；
（ｂ）該細胞が、前記細胞プロセスに関連する生物学的シグナルにさらされた、前記関心のある第１細胞内の遺伝子発現；
（ｃ）前記関心のある第１細胞内の遺伝子発現であって、該細胞が、ポリペプチドの発現を指揮する異種核酸の該第１細胞中への導入のため、生理的レベルに比べて増強したレベルの、その活性が前記生物学的シグナルに応答性である生物学的分子を含み、この生物学的分子の増強したレベルが第１レベルであり、かつ前記生物学的シグナルが存在するか又は不在である、遺伝子発現；
（ｄ）関心のある第２細胞内の遺伝子発現；
（ｅ）該細胞が、前記細胞プロセスに関連する生物学的シグナルにさらされた、前記関心のある第２細胞内の遺伝子発現；
（ｆ）前記関心のある第２細胞内の遺伝子発現であって、該細胞が、ポリペプチドの発現を指揮する異種核酸の該第２細胞中への導入のため、生理的レベルに比べて増強したレベルの生物学的分子を含み、この生物学的分子の増強したレベルが第２レベルであり、かつ前記生物学的シグナルが存在するか又は不在である、遺伝子発現を比較する工程；及び
その発現が異なる遺伝子又は遺伝子産物を同定する工程を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】  以下：
（ａ）関心のある第１細胞内の遺伝子発現；
（ｂ）該細胞が、前記細胞プロセスに関連する生物学的シグナルにさらされた、前記関心のある第１細胞内の遺伝子発現；
（ｃ）前記関心のある第１細胞内の遺伝子発現であって、該細胞が、第１ポリペプチドの発現を指揮する異種核酸の該第１細胞中への導入のため、生理的レベルに比べて増強したレベルの、その活性が前記生物学的シグナルに応答性である第１生物学的分子を含み、前記生物学的シグナルが存在するか又は不在である、遺伝子発現；
（ｄ）関心のある第２細胞内の遺伝子発現；
（ｅ）該細胞が、前記細胞プロセスに関連する生物学的シグナルにさらされた、前記関心のある第２細胞内の遺伝子発現；
（ｆ）前記関心のある第２細胞内の遺伝子発現であって、該細胞が、第２ポリペプチドの発現を指揮する異種核酸の該第２細胞中への導入のため、生理的レベルに比べて増強したレベルの第２生物学的分子を含み、前記生物学的シグナルが存在するか又は不在である、遺伝子発現を比較する工程；及び
その発現が異なる遺伝子又は遺伝子産物を同定する工程を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項８】  その発現がシグナルによって制御される遺伝子又は遺伝子産物を同定するための、請求項１記載の差次的発現スクリーニング法であって、前記シグナルの２つの異なるレベルで、以下：
（ａ）関心のある第１細胞内の遺伝子発現であって、前記シグナルが第１レベルである遺伝子発現；及び
（ｂ）関心のある第２細胞内の遺伝子発現であって、該細胞が、異種核酸の該第２細胞中への導入のため、生理的レベルに比べて増強したレベルの、その活性が前記シグナルに対して応答性である生物学的分子を含み、前記シグナルが第２レベルである、遺伝子発現を比較する工程；及び
その発現が異なる遺伝子又は遺伝子産物を同定する工程を含む方法。
【請求項９】  前記第１及び第２細胞が異なる細胞型である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】  前記生物学的分子と前記ポリペプチドが同一である、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】  前記異種核酸が、ウイルスベクターによって導入される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】  前記ウイルスベクターが、レトロウイルス、レンチウイルス（ウマ伝染性貧血ウイルス(Equine Infectious Anaemia Virus(EIAV))又はヒト免疫不全症ウイルス１型（HIV-1）のような）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス又はポックスウイルス（エントモポックスのような）である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】  遺伝子発現がプロテオミックス技法で決定される、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】  遺伝子発現がゲノム又はcDNA技法で決定される、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】  前記関心のある第１細胞が、正常な生理的レベルの前記生物学的分子を有する、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】  前記ポリペプチドが細胞プロセスに関与する、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】  前記第１細胞が正常患者由来であり、かつ前記第２細胞が病気患者由来である、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】  前記第１細胞が病気患者由来であり、かつ前記第２細胞が同一の病気患者由来である、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】  病気プロセスに関与する遺伝子又は遺伝子産物を同定するための、請求項１記載の差次的発現スクリーニング法であって、以下：
（ｉ）以下：
（ａ）正常患者由来の関心のある第１細胞；及び
（ｂ）病気患者由来の関心のある第２細胞内の遺伝子発現を比較する工程；
（ii）以下：
（ａ）前記関心のある第１細胞；及び
（ｂ）正常患者由来の関心のある第３細胞であって、該細胞が、候補遺伝子又は遺伝子産物の発現を指揮する異種核酸の該第３細胞中への導入のため、生理的レベルと比べて増強したレベルの候補遺伝子又は遺伝子産物を含む細胞内の遺伝子発現を比較する工程；及び
（iii）前記関心のある第１細胞に比べて、前記関心のある第３細胞内における第２遺伝子又は遺伝子産物の発現レベルの変化を惹起する、当該候補遺伝子又は遺伝子産物を選択する工程であって、該第２遺伝子又は遺伝子産物も、前記関心のある第１細胞に比べて前記関心のある第２細胞内における発現のレベルを増強させている、工程を含む方法。
【請求項２０】  前記候補遺伝子産物がポリペプチドである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】  前記遺伝子発現の比較が、核酸技法を用いて、そのレベルが前記関心のある第１細胞と前記関心のある第２細胞との間、及び前記関心のある第１細胞と前記関心のある第３細胞との間で変化している、当該mRNA転写物を同定することによって行われる、請求項１９又は２０に記載の方法。
【請求項２２】  前記遺伝子発現の比較が、タンパク質解析手順を用いて、そのレベルが前記関心のある第１細胞と前記関心のある第２細胞との間、及び前記関心のある第１細胞と前記関心のある第３細胞との間で変化している、当該ポリペプチドを同定することによって行われる、請求項１９又は２０に記載の方法。
【請求項２３】  前記遺伝子産物がシグナルによって制御され、かつ遺伝子発現が、該シグナルの２種の異なるレベルの前記細胞内で比較される、請求項１９〜２２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２４】  シグナルの２つの異なるレベルに応じて、関心のある第１及び第２細胞の遺伝子発現が比較される差次的発現スクリーニング法の感度を高める方法であって、前記第２細胞中に異種核酸を導入して、前記シグナルに対する該細胞の応答を調節する生物学的分子のレベルを高める工程を含む請求項１記載の方法を含む方法。
【請求項２５】  前記異種核酸が、以下：HIF1α、EPAS1、膜結合型のIL5αレセプター、可溶性型のIL5αレセプター、Bcl-2、Bcl-x、FasL、NGF、GDNF、熱ショックタンパク質（HSPs）、APP、プレセニリン1、プレセニリン2、α-シヌクレイン、タウ、パーキン(Parkin)及びユビキチンからなる群より選択される生物学的分子をコードする、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】  前記第１ポリペプチドがHIF-1αであり、かつ前記第２ポリペプチドがEPAS1である、請求項７に記載の方法。