【手続補正書】
【提出日】平成20年7月23日(2008.7.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｉ）組換え宿主細胞又は生物において組換えタンパク質又はペプチドを発現すること；
ｉｉ）前記組換え細胞の遺伝的プロフィールを分析し、前記組換えタンパク質を発現するように修飾されていない宿主細胞又は前記組換えタンパク質を発現していない組換え細胞におけるよりも高いレベルで前記組換え細胞において発現される１又はそれ以上の補償遺伝子又は遺伝子産物を特定すること；及び
ｉｉｉ）前記組換え細胞における前記特定された補償遺伝子又は遺伝子産物の発現を遺伝子修飾によって変化させ、組換えタンパク質の発現、活性又は溶解度の上昇を達成する修飾組換え細胞を提供すること、
を含む、宿主細胞又は生物における組換えタンパク質又はペプチドの発現を改善する方法。
【請求項２】
前記修飾組換え細胞において前記タンパク質又はペプチドを発現することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
（ａ）前記修飾組換え細胞において前記組換えタンパク質又はペプチドを発現すること；
（ｂ）前記修飾組換え細胞の遺伝的プロフィールを分析し、前記修飾組換え細胞において区別して発現される少なくとも１つの第二遺伝子又は遺伝子産物を特定すること；
（ｃ）前記修飾組換え細胞における第前記二の特定された遺伝子産物の発現を変化させ、二重修飾された細胞を提供すること；及び
（ｄ）前記二重修飾組換え細胞において前記タンパク質又はペプチドを発現すること
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
工程ａ）−ｄ）を反復することをさらに含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記特定された遺伝子又は遺伝子産物の発現を変化させることによって、細胞生存率が影響を受けるまで、あるいは、前記組換えタンパク質又はペプチドの発現が標的エンドポイントに達するまで、工程ａ）−ｄ）を反復することを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記遺伝的プロフィールが、前記組換え細胞の遺伝的プロフィールを前記宿主細胞の第二の遺伝的プロフィールと比較することによって分析される、請求項１からの５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
前記遺伝的プロフィールがトランスクリプトームプロフィールであって、該トランスクリプトームプロフィールはマイクロアレイを通して決定されてもよい、請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
前記トランスクリプトームプロフィールが、マイクロアレイを通して決定され、該マイクロアレイが、
（ｉ）前記宿主細胞のゲノムの少なくとも５０％に対する結合パートナーの試料、
（ii）前記宿主細胞のゲノムの少なくとも８０％に対する結合パートナーの試料、
（iii）前記宿主細胞のゲノムの少なくとも９０％に対する結合パートナーの試料、または
（iv）前記宿主細胞のゲノムの少なくとも９５％に対する結合パートナーの試料、
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記遺伝的プロフィールがプロテオームプロフィールであり、該プロテオームプロフィールが二次元ゲル電気泳動、ＩＣＡＴ又はＬＣ／ＭＳを通して、あるいはペプチドアレイを通して決定されてもよい、請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記プロテオームプロフィールがペプチドアレイを通して決定され、該ペプチドアレイが抗体アレイである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記特定される遺伝子産物が、プロテアーゼ、プロテアーゼのサブユニット、プロテアーゼの補因子、プロテアーゼの発現に影響を及ぼす細胞又は遺伝子調節剤である、請求項１から１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記特定される遺伝子産物が、Ｄ−アラニル−メソ−ジアミノピメリン酸エンドペプチダーゼ、亜鉛プロテアーゼ、ミクロソームジペプチダーゼ、細胞外メタロプロテアーゼ前駆体、細胞分裂タンパク質ｆｔｓＨ及び、遺伝子ｈｓｌＶ、ｈｓｌＵ、ｃｌｐＸ、ｃｌｐＡ及びｃｌｐＢ由来の遺伝子産物から成る群より選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記組換えタンパク質又はペプチドが前記宿主細胞において発現されるとき、特定される遺伝子産物のｍＲＮＡレベルが上方調節される、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記特定された遺伝子産物を宿主細胞ゲノムから除去し、場合によって相同的組換えによって除去する、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記特定される遺伝子産物が、フォールディング調節剤、フォールディング調節剤のサブユニット、フォールディング調節剤の補因子、又はフォールディング調節剤の発現に影響を及ぼす細胞又は遺伝子調節剤である、請求項１から１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】
前記フォールディング調節剤がシャペロンタンパク質である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記フォールディング調節剤が、遺伝子ｃｂｐＡ、ｈｔｐＧ、ｄｎａＫ、ｄｎａＪ、ｆｋｂＰ２、ｇｒｏＥＳ及びｇｒｏＥＬの遺伝子産物から成る群より選択される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記特定される遺伝子産物の発現が、前記特定遺伝子、特定遺伝子の補因子、又は特定遺伝子の細胞又は遺伝子調節剤の発現を上昇させることによって変化する、請求項１５から１７のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
前記発現上昇が、（ｉ）前記特定遺伝子産物をコードするＤＮＡの組込みによる、（ｉｉ）宿主細胞ゲノムへのプロモーターの挿入による、及び／又は（iii）前記宿主細胞への外来性ベクターの組込みによる、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記宿主細胞が微生物細胞であり、場合によっては、シュードモナス菌（Pseudomonad）、Ｐ．フルオレセンス（P. fluorescence）細胞、または大腸菌細胞である、請求項１から１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記宿主細胞が、昆虫細胞、哺乳動物細胞、酵母細胞、真菌細胞及び植物細胞から成る群より選択される、請求項１から１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記改善された発現が、（ｉ）組換えタンパク質又はペプチドの量の上昇である、(ｉｉ) 前記組換えタンパク質又はペプチドの溶解度の上昇である、（iii）前記組換えタンパク質又はペプチドの活性の上昇である、請求項１から２１のいずれかに記載の方法。
【請求項２３】
前記遺伝的プロフィールが、遺伝子ファミリーにおける遺伝子のプロフィールである、請求項１から２２のいずれかに記載の方法。
【請求項２４】
前記遺伝的プロフィールが、プロテアーゼ及びフォールディング調節剤を含む、請求項１から２３のいずれかに記載の方法。
【請求項２５】
前記プロフィールが本質的にプロテアーゼから成る、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
少なくとも２つのプロテアーゼの発現を低下させるように遺伝的に修飾された組換えタンパク質を発現する宿主細胞又は生物。
【請求項２７】
Ｄ−アラニル−メソ−ジアミノピメリン酸エンドペプチダーゼ、亜鉛プロテアーゼ、ミクロソームジペプチダーゼ、細胞外メタロプロテアーゼ前駆体、細胞分裂タンパク質ｆｔｓＨ、及び遺伝子ｈｓｌＶ、ｈｓｌＵ、ｃｌｐＸ、ｃｌｐＡ及びｃｌｐＢ由来の遺伝子産物から成る群より選択される少なくとも１つのプロテアーゼの発現を低下させるように遺伝的に修飾された組換えタンパク質を発現する宿主細胞又は生物。
【請求項２８】
少なくとも１つのプロテアーゼの発現を低下させるように遺伝的に修飾された哺乳動物由来の組換えタンパク質を発現する宿主細胞又は生物。
【請求項２９】
前記組換えタンパク質がヒト成長ホルモンである、請求項２６から２８のいずれかに記載の宿主細胞又は生物。
【請求項３０】
フォールディング調節剤サブユニットではない少なくとも２つのフォールディング調節剤の発現を上昇させるように遺伝的に修飾された組換えタンパク質を発現する宿主細胞又は生物。