【手続補正書】
【提出日】令和1年8月23日(2019.8.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、対象において癌が再発する可能性を判定するための方法：
対象から得られた生物学的サンプル中の核酸分子の配列を分析し、変異誘発物質によって認識または標的指向される1つまたは複数のモチーフにおけるある変異タイプの複数の変異について該複数の変異のコドン文脈を決定し、それによって、該核酸分子内の複数の変異コドンの各々について変異の位置および変異タイプを同定する工程であって、対応する変異コドンの3つの位置のいずれにおいて個々の変異が生じているかを決定することによって、個々の変異のコドン文脈が決定される、工程、および
複数の変異コドンの3つの位置のうちの1つにおけるある変異タイプの変異のレベルが、癌の再発と相関する既定のしきい値を上回る場合に、対象において癌が再発する可能性があると判定する工程。
【請求項２】
変異誘発物質が、内因性デアミナーゼである、請求項1記載の方法。
【請求項３】
変異誘発物質が、AID、APROBEC3B、APOBEC3GおよびADARからなる群より選択される、請求項1または2記載の方法。
【請求項４】
ADARが、ADAR1またはADAR2である、請求項3記載の方法。
【請求項５】
生物学的サンプルが、癌もしくは腫瘍を有するまたは癌もしくは腫瘍の発症リスクを有する組織を含む、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
癌が卵巣癌である、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項７】
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるWRCGSSモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる； 
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるTCGAモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる； 
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-3部位におけるATCSモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる； 
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるGCGGCモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる； 
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるCCGXモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる； 
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるZCCSモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる； 
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるSGGRRモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる； 
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるTCCGモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-2部位におけるGCGCモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-2部位におけるCCGGCモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるRAWAモチーフにおけるAからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるWTAWモチーフにおけるAからGへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるSARAモチーフにおけるAからGへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-2部位におけるTWTYモチーフにおけるTからCへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；または
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-3部位におけるTWTYモチーフにおけるTからCへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、
請求項6記載の方法。
【請求項８】
癌が急性骨髄性白血病（AML）である、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-1部位におけるCCZモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-2部位におけるSWCSモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-3部位におけるXNGNSモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-2部位におけるGSAモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-1部位におけるSGXWモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-3部位におけるCXGSモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-3部位におけるYXGNXモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-3部位におけるYYGNXモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる；または
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-1部位におけるWNGNZモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、
請求項8記載の方法。
【請求項１０】
1.87個を超える変異を有する生物学的サンプルは、癌または腫瘍が再発する可能性があることを意味する、請求項1〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
再発が60ヵ月以内に起こる可能性がある、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
生物学的サンプルが、癌に冒された組織タイプから得られる、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項１３】
生物学的サンプルが、卵巣、乳房、前立腺、肝臓、結腸、胃、膵臓、皮膚、甲状腺、子宮頸部、リンパ、造血、膀胱、肺、腎臓、直腸、子宮および頭頸部の組織または細胞を含む、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
癌が、乳癌、前立腺癌、肝臓癌、結腸癌、胃癌、膵臓癌、皮膚癌、甲状腺癌、子宮頸癌、リンパ癌、造血癌、膀胱癌、肺癌、腎臓癌、直腸癌、卵巣癌、子宮癌および頭頸部癌より選択される、請求項1〜5のいずれか一項記載の方法。
【請求項１５】
対象における癌を処置または予防するための療法の使用であって、請求項1にしたがい癌または腫瘍が再発する可能性があると判定されていることに基づき、該対象が該療法に供される、使用。
【請求項１６】
以下の工程を含む、対象における癌の再発の可能性を示す癌進行関連指標（C-PAS）を同定するための方法：
第1の対象グループについて核酸配列を分析して、変異誘発物質によって認識または標的指向される1つまたは複数のモチーフにおけるある変異タイプの複数の変異について該複数の変異のコドン文脈を決定し、それによって、該核酸配列内の複数の変異コドンの各々について変異の位置および変異タイプを同定する工程であって、個々の変異のコドン文脈が、対応する変異コドンの3つの位置のいずれにおいて個々の変異が生じているかを決定することによって決定され、第1の対象グループが、癌を有するまたは以前に癌を有していた対象からなる、工程、
複数の変異コドンの3つの位置のうちの1つにおけるある変異タイプの変異のレベルが、変異が無作為かつコドン文脈非依存的に起こった場合に生じ得る予想数値を超えている場合に、標的指向された体細胞変異誘発（TSM）が起こったと判定する工程、および
TSMまたはTSMを含む核酸配列が第2の対象グループと第3の対象グループの間で区別可能である場合に、TSMをC-PASの一部であると同定する工程であって、第2の対象グループは、癌を有する対象または癌が再発することが分かっている対象からなり、第3の対象グループは、癌が再発しないことが分かっている対象からなる、工程。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３４】
[本発明1001]
以下の工程を含む、対象において癌が再発する可能性を判定するための方法：
対象から得られた生物学的サンプル中の核酸分子の配列を分析し、変異誘発物質によって認識または標的指向される1つまたは複数のモチーフにおけるある変異タイプの複数の変異について、該複数の変異のコドン文脈を決定し、それによって、該核酸分子内の複数の変異コドンの各々について変異の位置および変異タイプを同定する工程であって、対応する変異コドンの3つの位置のいずれにおいて個々の変異が生じているかを決定することによって、個々の変異のコドン文脈が決定される、工程、
複数の変異コドンの3つの位置のうちの1つにおけるある変異タイプの変異のレベルが、癌の再発と相関する既定のしきい値を上回る場合に、対象において癌が再発する可能性があると判定する工程。
[本発明1002]
変異誘発物質が、内因性デアミナーゼである、本発明1001の方法。
[本発明1003]
変異誘発物質が、AID、APROBEC3B、APOBEC3GおよびADARからなる群より選択される、本発明1001および1002のいずれかの方法。
[本発明1004]
ADARが、ADAR1またはADAR2である、本発明1003の方法。
[本発明1005]
生物学的サンプルが、癌もしくは腫瘍を有するまたは癌もしくは腫瘍の発症リスクを有する組織を含む、本発明1001〜1004のいずれかの方法。
[本発明1006]
癌が卵巣癌である、本発明1001〜1005のいずれかの方法。
[本発明1007]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるWRCGSSモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1008]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるTCGAモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1009]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-3部位におけるATCSモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1010]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるGCGGCモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1011]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるCCGXモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1012]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるZCCSモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1013]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるSGGRRモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1014]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるTCCGモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1015]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-2部位におけるGCGCモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1016]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-2部位におけるCCGGCモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1017]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるRAWAモチーフにおけるAからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1018]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるWTAWモチーフにおけるAからGへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1019]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-1部位におけるSARAモチーフにおけるAからGへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1020]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-2部位におけるTWTYモチーフにおけるTからCへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1021]
癌が再発する可能性があるという判定が、前記核酸分子のMC-3部位におけるTWTYモチーフにおけるTからCへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1006の方法。
[本発明1022]
癌が急性骨髄性白血病（AML）である、本発明1001〜1005のいずれかの方法。
[本発明1023]
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-1部位におけるCCZモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1022の方法。
[本発明1024]
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-2部位におけるSWCSモチーフにおけるCからTへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1022の方法。
[本発明1025]
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-3部位におけるXNGNSモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1022の方法。
[本発明1026]
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-2部位におけるGSAモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1022の方法。
[本発明1027]
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-1部位におけるSGXWモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1022の方法。
[本発明1028]
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-3部位におけるCXGSモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1022の方法。
[本発明1029]
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-3部位におけるYXGNXモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1022の方法。
[本発明1030]
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-3部位におけるYYGNXモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1022の方法。
[本発明1031]
癌が再発する可能性があるという判定が、生物学的サンプル由来の前記核酸分子のMC-1部位におけるWNGNZモチーフにおけるGからAへの変異のレベルが既定のしきい値を上回る場合になされる、本発明1022の方法。
[本発明1032]
1.87個を超える変異を有する生物学的サンプルは、癌または腫瘍が再発する可能性があることを意味する、本発明1001〜1031のいずれかの方法。
[本発明1033]
再発が60ヵ月以内に起こる可能性がある、本発明1033の方法。
[本発明1034]
生物学的サンプルが、癌に冒された組織タイプから得られる、本発明1001〜1005のいずれかの方法。
[本発明1035]
生物学的サンプルが、卵巣、乳房、前立腺、肝臓、結腸、胃、膵臓、皮膚、甲状腺、子宮頸部、リンパ、造血、膀胱、肺、腎臓、直腸、子宮および頭頸部の組織または細胞を含む、本発明1034の方法。
[本発明1036]
癌が、乳癌、前立腺癌、肝臓癌、結腸癌、胃癌、膵臓癌、皮膚癌、甲状腺癌、子宮頸癌、リンパ癌、造血癌、膀胱癌、肺癌、腎臓癌、直腸癌、卵巣癌、子宮癌および頭頸部癌より選択される、本発明1001〜1005のいずれかの方法。
[本発明1037]
対象における癌を処置または予防するための療法の使用であって、本発明1001にしたがい癌または腫瘍が再発する可能性があると判定されていることに基づき、該対象が該療法に供される、使用。
[本発明1038]
療法が、放射線療法、手術、化学療法、ホルモン除去療法、アポトーシス促進療法および／または免疫療法を含む、本発明1037の使用。
[本発明1039]
化学療法がデアミナーゼ阻害剤である、本発明1038の使用。
[本発明1040]
デアミナーゼ阻害剤が、AID阻害剤、APOBEC3G阻害剤、APOBEC1阻害剤もしくはAPOBEC3H阻害剤またはADAR阻害剤から選択される、本発明1039の使用。
[本発明1041]
以下の工程を含む、対象における癌を処置または予防する方法：
（i）該対象における該癌が存在する組織について、本発明1001の方法によりC-PASを同定する工程、（ii）該対象から生物学的サンプルを得る工程であって、該生物学的サンプルが、該癌を有するまたは該癌を発症するリスクを有する細胞の組織を含む、工程、（iii）C-PASの有無について該生物学的サンプル中の核酸分子を分析し、該癌または腫瘍が再発する可能性があるかどうかを判定する工程、および（iv）該対象において該癌が再発する可能性があると判定されたことに基づき、該対象を療法に供する工程。
[本発明1042]
以下の工程を含む、対象における癌の再発の可能性を示す癌進行関連指標（C-PAS）を同定するための方法：
第1の対象グループについて核酸配列を分析して、変異誘発物質によって認識または標的指向される1つまたは複数のモチーフにおけるある変異タイプの複数の変異についてそれらの変異のコドン文脈を決定し、それによって、該核酸配列内の複数の変異コドンの各々について変異の位置および変異タイプを同定する工程であって、個々の変異のコドン文脈が、対応する変異コドンの3つの位置のいずれにおいて個々の変異が生じているかを決定することによって決定され、第1の対象グループが、癌を有するまたは以前に癌を有していた対象からなる、工程、
複数の変異コドンの3つの位置のうちの1つにおけるある変異タイプの変異のレベルが、変異が無作為かつコドン文脈非依存的に起こった場合に生じ得る予想数値を超えている場合に、標的指向された体細胞変異誘発（TSM）が起こったと判定する工程、および
TSMまたはTSMを含む核酸配列が第2の対象グループと第3の対象グループの間で区別可能である場合に、TSMをC-PASの一部であると同定する工程であって、第2の対象グループは、癌を有する対象または癌が再発することが分かっている対象からなり、第3の対象グループは、癌が再発しないことが分かっている対象からなる、工程。
本発明の例は、ここから、添付図面を参照して説明される。