【手続補正書】
【提出日】平成20年1月7日(2008.1.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
試料に存在する標的部分の量を定量するための提示システムの使用であって、この提示システムは、結合パートナーによって認識されうる標的部分またはその一部の少なくとも１つのコピーと、前記標的部分に共有結合している骨格材料の少なくとも１つのドメインとを備えており、この骨格材料は、制御可能な特性を有しているとともに、前記骨格の少なくとも１つのドメインは、前記標的部分またはその一部に対して特異的な結合パートナーと無反応性である、使用。
【請求項２】
前記標的部分またはその一部のコピーが、ＤＮＡもしくはＲＮＡの配列、ペプチド、抗原構造または化学物質または部分を含む群から選択される請求項１に記載の使用。
【請求項３】
前記標的部分が、さらに、サッカライド、代謝産物補助因子、ハプテンまたはホスフェート、ニトロシル基、硫酸基もしくはグリコシルホスファチジルイノシトール（ＧＰＩ）基による修飾を含む請求項１または２に記載の使用。
【請求項４】
前記制御可能な特性が、相対的分子質量（Ｍｒ）もしくは分子量（Ｍｗｔ）または等電点（ｐＩ）である請求項１〜３のいずれかに記載の使用。
【請求項５】
前記骨格材料がタンパク質である請求項１〜４のいずれかに記載の使用。
【請求項６】
前記骨格材料が、残基の側鎖内に少なくとも１つ以上の化学基を有する少なくとも１つの天然型または非天然型アミノ酸を含む請求項１〜５のいずれかに記載の使用。
【請求項７】
化学的反応性がある酸性基が、グルタミン酸、アスパラギン酸のカルボニル、チロシン、システインおよびリジンのヒドロキシルを含む群から選択される請求項６に記載の使用。
【請求項８】
前記骨格が、１つ以上の化学的反応性があるシステインおよび／またはリジンアミノ酸残基を含む請求項１〜７のいずれかに記載の使用。
【請求項９】
前記反応性システインおよび／またはリジン残基の数が、望ましい数の反応性システインおよび／またはリジン基を含有する天然起源から骨格タンパク質を選択することによって、またはタンパク質配列に反応性残基を導入またはタンパク質から反応性残基を脱離させて選択的に突然変異することによって、および／または選択した骨格タンパク質の反応性システインおよび／またはリジン残基の任意の１つ以上を無効にすることによって、制御される請求項８に記載の使用。
【請求項１０】
前記骨格が、タイチンのＩ２７ドメイン、スプライシングファクター３ｂのサブユニット（サブユニット５）であるＩ３９ドメイン、コルチ器官のタンパク質（Ｍｕｓ筋）、ヒートショックタンパク質、ミトコンドリア（Ｍｕｓ筋）、スプライシングファクター３Ｂサブユニット５（Ｍｕｓ筋）、ユビキノール−チトクロームＣ還元酵素複合体ユビキノン−結合タンパク質、Ｅ１Ｂタンパク質（ヒトアデノウイルスタイプ１１）、シャペロニン（アラビトプシス  サリアナ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ｔｈａｌｉａｎａ））、光化学系ＩＩ反応中心Ｈタンパク質（アラビトプシス  サリアナ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ｔｈａｌｉａｎａ））、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシリダクターゼサブユニット、ミトコンドリア［前駆体］（ヒト（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ））、信号認識粒子タンパク質（Ｍｕｓ筋）、ＤＮＡポリメラーゼδサブユニット（Ｍｕｓ筋）を含む群から選択される請求項１〜９のいずれかに記載の使用。
【請求項１１】
請求項１０に記載の骨格の任意の１つ以上の組み合わせを含む請求項１０に記載の使用。
【請求項１２】
複数の同一の骨格を含む請求項１０に記載の使用。
【請求項１３】
複数の同一または同一でないドメインを混合物またはブレンドとして含む請求項１０に記載の使用。
【請求項１４】
タイチンの複数の骨格Ｉ２７ドメインを含み、少なくとも１つのドメインまたは単位は、ペプチド結合のために１つのシステイン残基を有するように工作されているが、他の全てのまたは選択した数のＩ２７ドメインまたは単位は、リジン、グルタメートおよびアスパルテートを含む基から選択される他の反応性残基を欠損している請求項１０に記載の使用。
【請求項１５】
スプライシングファクター３ｂのサブユニット（サブユニット５）である少なくとも１つ以上の骨格Ｉ３９ドメインを含む請求項１０に記載の使用。
【請求項１６】
前記骨格ドメインが約１０ｋＤａである請求項１〜１５のいずれかに記載の使用。
【請求項１７】
前記骨格の直鎖状単位またはドメインがタンデムに接続されている請求項１〜１６のいずれかに記載の使用。
【請求項１８】
少なくとも１つの生物または非生物ポリマーを含む請求項１〜１７のいずれかに記載の使用。
【請求項１９】
前記非生物ポリマーがＰＥＧ（ポリエチレングリコール）である請求項１８に記載の使用。
【請求項２０】
前記標的部分のコピーが、システイン残基のチオール基による共有結合を使用して提示システムに組み込まれている、または標的部分がタンパク質もしくはペプチドであり、提示システムもタンパク質もしくはペプチドである場合には、標的部分をコードするＤＮＡセグメントが提示システムをコードするＤＮＡに組み込まれており、結果として提示システムと共に発現される請求項１〜１９のいずれかに記載の使用。
【請求項２１】
前記提示システムのドメインが、前記標的部分またはその一部のコピーとは別に、実質的に不活性であるかまたは前記試料の標的部分またはその一部の特異的な結合パートナーに無反応性である請求項１〜２０のいずれかに記載の使用。
【請求項２２】
前記標的部分またはその一部のコピーが、前記試料に存在する標的部分と同一でない請求項１〜２１のいずれかに記載の使用。
【請求項２３】
前記標的部分の複数のコピーを含む請求項１〜２２のいずれかに記載の使用。
【請求項２４】
前記標的部分またはその一部のコピーが提示システム内で直鎖状または分岐鎖状である請求項１〜２３のいずれかに記載の使用。
【請求項２５】
前記共有結合が骨格材料の側鎖によるように、前記標的部分のコピーが分岐鎖状である請求項２４に記載の使用。
【請求項２６】
前記結合パートナーが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、ＲＮＡまたはＤＮＡまたはペプチドアプタマーまたは他の抗体等価物、染料、薬物および金属キレートを含む群から選択される請求項１〜２５のいずれかに記載の使用。
【請求項２７】
少なくとも１つのＩ２７ドメインおよび／または少なくとも１つのＩ３９ドメインおよびＡ１、ＰＳ−３８またはＰＴ１７ペプチドを含む群から選択される標的部分を含む請求項１〜２６のいずれかに記載の使用。
【請求項２８】
試料中に存在する可能性のある標的部分の量を定量するための産物の使用であって、この産物は複数の提示システムを含み、これら各提示システムは、標的部分またはその一部の少なくとも１つのコピーと、前記標的部分のコピーに共有結合している少なくとも１つのドメインとを備えており、このドメインは、前記標的部分またはその一部のコピーに対して特異的な結合パートナーに無反応性であり、さらに前記各提示システムは、他の提示システムとは前記産物において異なる分子量を有する、使用。
【請求項２９】
陽性対照もしくは内部標準としての、または検量線を作成するための請求項２８に記載の使用。
【請求項３０】
試料の標的部分の量を定量するためのキットであって、請求項１〜２７のいずれかに記載の提示システムを含むキット。
【請求項３１】
標的部分を含有する可能性のある試料における標的部分の量を定量する方法であって、
ａ）結合パートナーによって認識可能な標的部分またはその一部の少なくとも１つのコピーと、前記結合パートナーに無反応性の少なくとも１つのドメインとを備え、前記標的部分の少なくとも１つのコピーが、制御可能な特性を有している骨格材料の少なくとも１つのドメインに共有結合している、提示システムを提供するステップと、
ｂ）特定の量で存在する前記提示システムに分離検出法を実施するステップと、
ｃ）前記提示システムの量に対する前記提示システムによって形成される信号の強度を含む少なくとも１つの比較ポイントを作成するステップと
を含む方法。
【請求項３２】
前記提示システムが１つの特定の量で存在する請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
提示システムが一連の種々の量で存在する請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記種々の量が、ブロットの同じまたは異なるレーンまたはチャネルに存在する請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記比較ポイントが、一体として検量線を提供する複数の比較ポイントである請求項３３または３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記比較ポイントを前記試料と比較して、この試料に存在する標的部分の量を定量するステップをさらに含む請求項３３〜３５のいずれかに記載の方法。
【請求項３７】
前記提示システムが既知の分子量またはｐＩのものである、請求項３１〜３６のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
前記提示システムが非生物ポリマー、核酸分子、ペプチド、タンパク質またはそれらの組み合わせを含む、請求項３１〜３７のいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
前記提示システムがタンデムに接続されている複数のドメインを含む、請求項３１〜３８のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
前記提示システムが、同じ単位もしくはドメインまたは同じでない単位もしくはドメインを含む、請求項３１〜３９のいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
前記提示システムの単位が、前記標的部分またはその一部に特異的な結合パートナーに無反応性である請求項３１〜４０のいずれかに記載の方法。
【請求項４２】
前記標的部分またはその一部のコピーが、ＤＮＡ、ＲＮＡの配列、タンパク質またはペプチド、サッカライド、ハプテン、ホスフェート、ニトロシル基、硫酸基、ＧＰＩ基、エピトープ、抗原構造物または化学物質を含む請求項３１〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
前記標的部分のコピーが、ＳＥＲＣＡ２ａまたはセリン−３８がリン酸化されているＳＥＲＣＡ２ａを含む請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記提示システムが異なる標的部分またはその一部を含む請求項３１〜４３のいずれかに記載の方法。
【請求項４５】
前記標的部分またはその一部のコピーが前記提示システム内で直鎖状または分岐鎖状である、請求項３１〜４４のいずれかに記載の方法。
【請求項４６】
前記特異的な結合パートナーが、前記標的部分に特異的な結合親和性を有し、且つそれに結合することができる分子を含む請求項３１〜４５のいずれかに記載の方法。
【請求項４７】
前記結合パートナーが、抗体、ＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列、染料、金属キレートまたは薬物分子を含む請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記分離検出法が、ドットブロット、ウェスタンブロット、ＲＩＡ、蛍光偏光、ＥＬＩＳＡ、ノーザンブロット法、サザンブロット法、ＰＣＲ、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、キャピラリー電気泳動、１Ｄ電気泳動、等電点電気泳動法、質量分析法または上記の組み合わせを含む請求項３１〜４７のいずれかに記載の方法。
【請求項４９】
前記提示システムが、試料における標的部分の有無を検出するための陽性対照として作用する請求項３１〜４８のいずれかに記載の方法。
【請求項５０】
前記提示システムが、１ポイントキャリブレーションを提供することによって内部標準として作用する請求項３１〜４８のいずれかに記載の方法。
【請求項５１】
前記提示システムが、検量線を提供するために、多数の比較ポイントを作成するために使用される請求項３１〜４８のいずれかに記載の方法。
【請求項５２】
前記提示システムが、免疫沈降の効率および／または免疫沈降過程の段階をモニターするために使用される請求項３１〜４８のいずれかに記載の方法。
【請求項５３】
請求項２〜２７に記載の特徴の任意の１つ以上をさらに含む請求項３１〜５２のいずれかに記載の方法。
【請求項５４】
試料のタンパク質エピトープの量を定量する方法であって、
ａ）タンパク質エピトープの少なくとも１つのコピーと、少なくとも１つのさらに別のタンパク質ドメインとを備え、且つ既知の分子量を有するタンパク質提示システムを提供するステップと、
ｂ）前記提示システムにウェスタンブロット実験を実施するステップであって、前記提示システムが特定の濃度で存在し、前記ウェスタンブロット実験が標的部分に特異的な結合パートナーを使用し、さらに前記提示システムのタンパク質ドメインが前記結合パートナーに無反応性であるステップと、
ｃ）前記提示システムの濃度に対する前記技法において前記提示システムによって形成される信号の強度を含む比較ポイントを作成するステップと
を含む方法。
【請求項５５】
請求項２〜２７に記載の特徴の任意の１つ以上をさらに含む請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
結合パートナーによって認識されうる標的部分またはその一部の少なくとも１つのコピーと、前記標的部分に共有結合している骨格材料の少なくとも１つのドメインとを備えた産物であって、前記骨格材料が、制御可能な特性を有しているとともに、前記骨格の少なくとも１つのドメインが、前記標的部分またはその一部に対して特異的な結合パートナーと無反応性であり、前記標的部分が、Ａ１、ＰＳ−３８またはＰＴ１７ペプチドを含む群から選択されるものであり、前記骨格材料が、タイチンからのＩ２７ドメイン、スプライシングファクター３ｂのサブユニット（サブユニット５）であるＩ３９ドメイン、コルチタンパク質の器官（Ｍｕｓ筋）、ヒートショックタンパク質、ミトコンドリア（Ｍｕｓ筋）、スプライシングファクター３Ｂサブユニット５（Ｍｕｓ筋）、ユビキノール−チトクロームＣ還元酵素複合体ユビキノン−結合タンパク質、Ｅ１Ｂタンパク質（ヒトアデノウイルスタイプ１１）、シャペロニン（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ｔｈａｌｉａｎａ）、光化学系ＩＩ反応中心Ｈタンパク質（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ｔｈａｌｉａｎａ）、ＮＡＤＨ−ユビキノンオキシリダクターゼサブユニット、ミトコンドリア［前駆体］（ホモサピエンス）、信号認識粒子タンパク質（Ｍｕｓ筋）、およびＤＮＡポリメラーゼδサブユニット（Ｍｕｓ筋）を含む群から選択されるものである、産物。