【手続補正書】
【提出日】平成19年12月18日(2007.12.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  インヒビターに対するキシラナーポリゼペプチドの感受性を変更するための方法であって、該方法は、
該ポリペプチドの１以上のアミノ酸残基を改変する工程；および
キシラナーゼインヒビターに対する該キシラナーゼポリペプチドの感受性を測定する工程；
を包含し、その結果、該ポリペプチドまたはそのフラグメントは、その親キシラナーゼ酵素と比べて、キシラナーゼインヒビターに対する変更された感受性を有するようになっており、
該キシラナーゼは、配列番号１として示されるＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓアミノ酸配列の１１位、１２位、１３位、１５位、１７位、２９位、３１位、３２位、３４位、１１３位、１１４位、１１９位、１２０位，１２１位、１２２位、１２３位、１２４位、もしくは１７５位、または他の相同なキシラナナーゼにおける等価な位置のうちのいずれか１つにおける該アミノ酸改変のうちの少なくとも１つを有し、該アミノ酸改変のうちの少なくとも１つは、配列番号１として示されるＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓアミノ酸配列の１１位、１２位、もしくは１３位、または他の相同なキシラナナーゼにおける等価な位置にある、方法。
【請求項２】  インヒビターに対するキシラナーポリゼペプチドの感受性を変更するための方法であって、該方法は、
該ポリペプチドの２以上のアミノ酸残基を改変する工程；および
必要に応じて、キシラナーゼインヒビターに対する該キシラナーゼポリペプチドの感受性を測定する工程；
を包含し、その結果、該ポリペプチドまたはそのフラグメントは、その親キシラナーゼ酵素と比べて、キシラナーゼインヒビターに対する変更された感受性を有するようになっており、
該改変は、配列番号１として示されるＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓアミノ酸配列の１１位、１２位、１３位、１５位、１７位、２９位、３１位、３２位、３４位、１１３位、１１４位、１１９位、１２０位，１２１位、１２２位、１２３位、１２４位、および１７５位、または他の相同なキシラナナーゼにおける等価な位置のうちの２つ以上に対するものであり、
該アミノ酸改変のうちの１つは、１１位にある、方法。
【請求項３】  請求項１〜２のうちのいずれか１項に記載の方法であって、前記アミノ酸改変が、部位特異的変異誘発により実行される、方法。
【請求項４】  インヒビターに対するキシラナーポリゼペプチドの感受性を変更するための方法であって、該方法は、
該ポリペプチドの２以上のアミノ酸残基を改変する工程；および
必要に応じて、キシラナーゼインヒビターに対する該キシラナーゼポリペプチドの感受性を測定する工程；
を包含し、その結果、該ポリペプチドまたはそのフラグメントは、その親キシラナーゼ酵素と比べて、キシラナーゼインヒビターに対する変更された感受性を有するようになっており、
該改変は、配列番号１として示されるＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓアミノ酸配列の１１位、１２位、１３位、１５位、１７位、２９位、３１位、３２位、３４位、１１３位、１１４位、１１９位、１２０位，１２１位、１２２位、１２３位、１２４位、および１７５位、または他の相同なキシラナナーゼにおける等価な位置のうちの２つ以上に対するものであり、
該アミノ酸改変は、部位特異的変異誘発により実行され、
該アミノ酸改変のうちの１つは、１１位、１２位、または１３位にある、方法。
【請求項５】  請求項１〜４のうちのいずれか１項に記載の方法であって、前記アミノ酸改変のうちの１つが、Ｄ１１Ｙ、Ｄ１１Ｎ、Ｄ１１Ｆ、Ｄ１１Ｋ、Ｄ１１Ｓ、Ｄ１１Ｗ、Ｇ１２Ｆ、Ｇ１３Ｆ、Ｉ１５Ｋ、Ｎ１７Ｋ、Ｎ１７Ｙ、Ｎ１７Ｄ、Ｎ２９Ｋ、Ｎ２９Ｙ、Ｎ２９Ｄ、Ｓ３１Ｋ、Ｓ３１Ｙ、Ｓ３１Ｄ、Ｎ３２Ｋ、Ｇ３４Ｄ、Ｇ３４Ｆ、Ｇ３４Ｔ、Ｙ１１３Ａ、Ｙ１１３Ｄ、Ｙ１１３Ｋ、Ｎ１１４Ａ、Ｎ１１４Ｄ、Ｎ１１４Ｆ、Ｎ１１４Ｋ、Ｄ１１９Ｋ、Ｄ１１９Ｙ、Ｄ１１９Ｎ、Ｇ１２０Ｋ、Ｇ１２０Ｄ、Ｇ１２０Ｆ、Ｇ１２０Ｙ、Ｇ１２０Ｎ、Ｄ１２１Ｎ、Ｄ１２１Ｋ、Ｄ１２１Ｆ、Ｄ１２１Ａ、Ｒ１２２Ｄ、Ｒ１２２Ｆ、Ｒ１２２Ａ、Ｔ１２３Ｋ、Ｔ１２３Ｙ、Ｔ１２３Ｄ、Ｔ１２４Ｋ、Ｔ１２４Ｙ、Ｔ１２４Ｄ、Ｑ１７５Ｅ、Ｑ１７５Ｓ、およびＱ１７５Ｌのうちのいずれかである、方法。
【請求項６】  請求項１〜５のうちのいずれか１項に記載の方法であって、前記アミノ酸改変のうちの１つが、Ｄ１１Ｙ、Ｄ１１Ｎ、Ｄ１１Ｆ、Ｄ１１Ｋ、Ｄ１１Ｓ、またはＤ１１Ｗのうちのいずれかである、方法。
【請求項７】  請求項１〜６のうちのいずれか１項に記載の方法であって、前記アミノ酸改変のうちの１つが、Ｄ１１Ｆである、方法。
【請求項８】  請求項１〜７のうちのいずれか１項に記載の方法であって、前記アミノ酸改変のうちの２つが、Ｄ１１ＦおよびＲ１２２Ｄである、方法。
【請求項９】  請求項１〜８のうちのいずれか１項に記載の方法であって、前記キシラナーゼがファミリー１１キシラナーゼである、方法。
【請求項１０】  キシラナーゼ活性を有する改変体ポリペプチドまたはそのフラグメントであって、
２以上のアミノ酸改変を含み、該アミノ酸改変は、配列番号１として示されるＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓアミノ酸配列の１１位、１２位、１３位、１５位、１７位、２９位、３１位、３２位、３４位、１１３位、１１４位、１１９位、１２０位，１２１位、１２２位、１２３位、１２４位、および１７５位、または他の相同なキシラナナーゼにおける等価な位置のうちの２つ以上にあり、その結果、該ポリペプチドまたはそのフラグメントは、その親キシラナーゼ酵素と比べて変更された感受性を有するようになっており、該アミノ酸改変のうちの１つは１１位にあり、該アミノ酸改変は、Ｄ１１Ｙ、Ｄ１１Ｎ、Ｄ１１Ｆ、Ｄ１１Ｋ、Ｄ１１Ｓ、Ｄ１１Ｗ、Ｇ１２Ｆ、Ｇ１３Ｆ、Ｉ１５Ｋ、Ｎ１７Ｋ、Ｎ１７Ｙ、Ｎ１７Ｄ、Ｎ２９Ｋ、Ｎ２９Ｙ、Ｎ２９Ｄ、Ｓ３１Ｋ、Ｓ３１Ｙ、Ｓ３１Ｄ、Ｎ３２Ｋ、Ｇ３４Ｄ、Ｇ３４Ｆ、Ｇ３４Ｔ、Ｙ１１３Ａ、Ｙ１１３Ｄ、Ｙ１１３Ｋ、Ｎ１１４Ａ、Ｎ１１４Ｄ、Ｎ１１４Ｆ、Ｎ１１４Ｋ、Ｄ１１９Ｋ、Ｄ１１９Ｙ、Ｄ１１９Ｎ、Ｇ１２０Ｋ、Ｇ１２０Ｄ、Ｇ１２０Ｆ、Ｇ１２０Ｙ、Ｇ１２０Ｎ、Ｄ１２１Ｎ、Ｄ１２１Ｋ、Ｄ１２１Ｆ、Ｄ１２１Ａ、Ｒ１２２Ｄ、Ｒ１２２Ｆ、Ｒ１２２Ａ、Ｔ１２３Ｋ、Ｔ１２３Ｙ、Ｔ１２３Ｄ、Ｔ１２４Ｋ、Ｔ１２４Ｙ、Ｔ１２４Ｄ、Ｑ１７５Ｅ、Ｑ１７５Ｓ、およびＱ１７５Ｌのうちのいずれかである、改変体ポリペプチド。
【請求項１１】  キシラナーゼ活性を有する改変体ポリペプチドまたはそのフラグメントであって、
２以上のアミノ酸改変を含み、該アミノ酸改変は、配列番号１として示されるＢ．ｓｕｂｔｉｌｉｓアミノ酸配列の１１位、１２位、１３位、１５位、１７位、２９位、３１位、３２位、３４位、１１３位、１１４位、１１９位、１２０位，１２１位、１２２位、１２３位、１２４位、および１７５位、または他の相同なキシラナナーゼにおける等価な位置のうちの２つ以上にあり、その結果、該ポリペプチドまたはそのフラグメントは、その親キシラナーゼ酵素と比べて変更された感受性を有するようになっており、該アミノ酸改変は、部位特異的変異誘発により導入されており、該アミノ酸改変のうちの少なくとも１つは、１１位、１２位、もしくは１３位にあり、該アミノ酸改変は、Ｄ１１Ｙ、Ｄ１１Ｎ、Ｄ１１Ｆ、Ｄ１１Ｋ、Ｄ１１Ｓ、Ｄ１１Ｗ、Ｇ１２Ｆ、Ｇ１３Ｆ、Ｉ１５Ｋ、Ｎ１７Ｋ、Ｎ１７Ｙ、Ｎ１７Ｄ、Ｎ２９Ｋ、Ｎ２９Ｙ、Ｎ２９Ｄ、Ｓ３１Ｋ、Ｓ３１Ｙ、Ｓ３１Ｄ、Ｎ３２Ｋ、Ｇ３４Ｄ、Ｇ３４Ｆ、Ｇ３４Ｔ、Ｙ１１３Ａ、Ｙ１１３Ｄ、Ｙ１１３Ｋ、Ｎ１１４Ａ、Ｎ１１４Ｄ、Ｎ１１４Ｆ、Ｎ１１４Ｋ、Ｄ１１９Ｋ、Ｄ１１９Ｙ、Ｄ１１９Ｎ、Ｇ１２０Ｋ、Ｇ１２０Ｄ、Ｇ１２０Ｆ、Ｇ１２０Ｙ、Ｇ１２０Ｎ、Ｄ１２１Ｎ、Ｄ１２１Ｋ、Ｄ１２１Ｆ、Ｄ１２１Ａ、Ｒ１２２Ｄ、Ｒ１２２Ｆ、Ｒ１２２Ａ、Ｔ１２３Ｋ、Ｔ１２３Ｙ、Ｔ１２３Ｄ、Ｔ１２４Ｋ、Ｔ１２４Ｙ、Ｔ１２４Ｄ、Ｑ１７５Ｅ、Ｑ１７５Ｓ、およびＱ１７５Ｌのうちのいずれかである、改変体ポリペプチド。
【請求項１２】  請求項１０または１１のうちのいずれか１項に記載の改変体ポリペプチドであって、前記アミノ酸改変のうちの１つが、Ｄ１１Ｙ、Ｄ１１Ｎ、Ｄ１１Ｆ、Ｄ１１Ｋ、Ｄ１１Ｓ、またはＤ１１Ｗである、改変体ポリペプチド。
【請求項１３】  請求項１０〜１２のうちのいずれか１項に記載の改変体ポリペプチドであって、前記アミノ酸改変のうちの１つが、Ｄ１１Ｆである、改変体ポリペプチド。
【請求項１４】  請求項１０〜１３のうちのいずれか１項に記載の改変体ポリペプチドであって、前記アミノ酸改変のうちの２つが、Ｄ１１ＦおよびＲ１２２Ｄである、改変体ポリペプチド。
【請求項１５】  請求項１０〜１４のうちのいずれか１項に記載の改変体ポリペプチドであって、前記インヒビターが、植物組織において天然に見出されるインヒビターである、改変体ポリペプチド。
【請求項１６】  請求項１０〜１５のうちのいずれか１項に記載の改変体ポリペプチドであって、前記インヒビターに対する感受性が減少している、改変体ポリペプチド。
【請求項１７】  請求項１０〜１６のうちのいずれか１項に記載の改変体ポリペプチドを含む、組成物。
【請求項１８】  植物の細胞壁を分解または改変するための方法であって、該方法は、
該植物の細胞壁に、請求項１０〜１６のうちのいずれか１項に記載のポリペプチドまたは請求項１７に記載の組成物を接触させる工程
を包含する、方法。
【請求項１９】  植物材料を処理するための方法であって、該方法は、
該植物材料に、請求項１０〜１６のうちのいずれか１項に記載のポリペプチドまたは請求項１７に記載の組成物を接触させる工程
を包含する、方法。
【請求項２０】  請求項１０〜１６のうちのいずれか１項に記載の改変体ポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列。
【請求項２１】  請求項２０に記載のヌクレオチド配列を含む、構築物。
【請求項２２】  植物材料を改変する方法における請求項１０〜１６のうちのいずれか１項に記載の改変体ポリペプチドの使用。
【請求項２３】  ベーキング、穀類加工、デンプン生産、木材加工、木材パルプの漂白増強のうちの１つ以上における請求項１０〜１６のうちのいずれか１項に記載の改変体ポリペプチドの使用。