【手続補正書】
【提出日】平成20年10月23日(2008.10.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生殖細胞のゲノム不安定性を検出する方法であって、
（a）少なくとも1つの生殖細胞から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは、Y染色体マイクロサテライト遺伝子座、少なくとも41のリピートを有する伸長モノヌクレオチドリピート遺伝子座、並びに、AAAAG、AAAAC及びAAAATから成る群から選択される反復ユニットを有するAに富む短いタンデムリピートから成る群から選択される少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座を含み；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーと、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて第一の増幅産物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座にフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅産物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅産物のサイズを増幅産物の予想されるサイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅産物のサイズと増幅産物の予想されるサイズとの間の相違はゲノム不安定性の指標である；
を含む前記方法。
【請求項２】
生殖細胞が精子細胞である、請求項1記載の方法。
【請求項３】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、Y染色体マイクロサテライト遺伝子座を含み、MONO-27、NR-24、BAT-25、BAT-26、D7S3070及びD7S1808から成る群の少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座をさらに含む、請求項1記載の方法。
【請求項４】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、モノヌクレオチドリピート遺伝子座、ジヌクレオチドリピート遺伝子座、トリヌクレオチドリピート遺伝子座、テトラヌクレオチドリピート遺伝子座、及びペンタヌクレオチドリピート遺伝子座から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項1記載の方法。
【請求項５】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、DYS438、DYS389-II、DYS390、DYS439、DYS392、DYS385b、DYS19、DYS389-I、DYS385a、DYS393、及びDYS437から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項1記載の方法。
【請求項６】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、表3に記載の伸長モノヌクレオチドリピート遺伝子座から成る群から選択される、請求項1記載の方法。
【請求項７】
ゲノム不安定性を検出する方法であって、
（a）少なくとも1つの生殖細胞又は精巣細胞から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは、Y染色体マイクロサテライト遺伝子座、少なくとも38のリピートを有する伸長モノヌクレオチドリピート遺伝子座、並びに、AAAAG、AAAAC及びAAAATから成る群から選択される反復ユニットを有するAに富む短いタンデムリピートから成る群から選択される少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座を含み；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーに、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて第一の増幅産物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座にフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅産物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅産物のサイズを増幅産物の予想されるサイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅産物のサイズと増幅産物の予想されるサイズとの間の相違は、不妊性の指標であるゲノム不安定性の指標である；
を含む前記方法。
【請求項８】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、DYS438、DYS389-II、DYS390、DYS439、DYS392、DYS385b、DYS19、DYS389-I、DYS385a、DYS393、及びDYS437から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項7記載の方法。
【請求項９】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、さらにBAT-40、MONO-27、NR-24、PENTA D、BAT-25、BAT-26、D7S3070、及びD7S1808の少なくとも1つを含む、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
生殖細胞系列特異的ゲノム不安定性を検出する方法であって、
（a）対象者の少なくとも1つの生殖細胞から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座を含み；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーに、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて、第一の増幅産物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座にフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）少なくとも1つの対照細胞から第二のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第二のDNAサンプルは少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座を含み；
（d）前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で、工程（b）の第一及び第二のプライマーと前記第二のDNAサンプルを接触させて第二の増幅産物を形成する工程； 
（e）前記第一及び第二の増幅産物のサイズを決定する工程；及び
（f）前記第二の増幅産物のサイズを前記第一の増幅産物のサイズと比較する工程、ここで前記第一及び第二の増幅産物のサイズ間の相違は、精巣癌のリスクの増加の指標である生殖細胞系列特異的ゲノム不安定性の指標である；
を含む前記方法。
【請求項１１】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、Y染色体マイクロサテライト遺伝子座、BAT-40、MONO-27、NR-24、PENTA D、BAT-25、BAT-26、D7S3070、及びD7S1808から成る群から選択される、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、モノヌクレオチドリピート遺伝子座、ジヌクレオチドリピート遺伝子座、トリヌクレオチドリピート遺伝子座、テトラヌクレオチドリピート遺伝子座、及びペンタヌクレオチドリピート遺伝子座から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項10記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、DYS438、DYS389-II、DYS390、DYS439、DYS392、DYS385b、DYS19、DYS389-I、DYS385a、DYS393、及びDYS437から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項10記載の方法。
【請求項１４】
個体のゲノム不安定性を検出する方法であって、
（a）少なくとも1つの精巣細胞から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座を含み、前記少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座は、Y染色体マイクロサテライト遺伝子座、少なくとも41のリピートを有する伸長モノヌクレオチドリピート遺伝子座、MONO-27、NR-24、PENTA D、BAT-25、D7S3070及びD7S1808から成る群から選択され；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーに、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて、第一の増幅産物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座にフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅産物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅産物のサイズを増幅産物の予想されるサイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅産物のサイズと増幅産物の予想されるサイズとの間の相違はゲノム不安定性の指標である；
を含む前記方法。
【請求項１５】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、モノヌクレオチドリピート遺伝子座、ジヌクレオチドリピート遺伝子座、トリヌクレオチドリピート遺伝子座、テトラヌクレオチドリピート遺伝子座、及びペンタヌクレオチドリピート遺伝子座から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、DYS438、DYS389-II、DYS390、DYS439、DYS392、DYS385b、DYS19、DYS389-I、DYS385a、DYS393、及びDYS437から成る群から選択されるY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項14記載の方法。
【請求項１７】
生殖細胞系列特異的ゲノム不安定性を検出する方法であって、
（a）対象者の少なくとも1つの精巣細胞から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座を含み、前記少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座は、Y染色体マイクロサテライト遺伝子座、少なくとも41のリピートを有する伸長モノヌクレオチドリピート遺伝子座、MONO-27、NR-24、PENTA D、BAT-25、D7S3070及びD7S1808から成る群から選択される少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座を含み；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーに、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて第一の増幅産物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座にフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅産物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅産物のサイズを増幅産物の予想されるサイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅産物のサイズと第一の増幅産物の予想されるサイズとの間の相違は、生殖細胞系列特異的ゲノム不安定性の指標であり、ここで前記生殖細胞系列特異的ゲノム不安定性は精巣癌のリスク増加の指標である；
を含む前記方法。
【請求項１８】
請求項1又は14記載の方法にしたがってゲノム不安定性を検出するキットであって、DYS438、DYS389-II、DYS390、DYS439、DYS392、DYS385b、DYS19、DYS389-I、DYS385a、DYS393、及びDYS437から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を増幅するための少なくとも1つのプライマー対を含む、前記キット。
【請求項１９】
キットが、DYS438、DYS389-II、DYS390、DYS439、DYS392、DYS385b、BAT-40、及びMONO-27を増幅するためのプライマー対を含む、請求項18記載のキット。
【請求項２０】
推定的癌細胞若しくは前癌細胞又は腫瘍でマイクロサテライト不安定性を検出する方法であって、
（a）少なくとも1つの推定的癌若しくは前癌細胞又は腫瘍細胞から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含み；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーに、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて、第一の増幅産物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座にフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅産物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅産物のサイズを増幅産物の予想されるサイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅産物のサイズと第一の増幅産物の予想されるサイズとの間の相違はマイクロサテライト不安定性の指標である；
を含む前記方法。
【請求項２１】
培養多能性細胞又は幹細胞株のゲノム安定性をモニターする方法であって、
（a）少なくとも1つの幹細胞又は少なくとも1つの多能性細胞から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座を含み；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーに、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて、第一の増幅産物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座にフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅産物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅産物のサイズを増幅産物の予想されるサイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅産物のサイズと増幅産物の予想されるサイズとの間の相違はゲノム不安定性の指標である；
を含む前記方法。
【請求項２２】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、Y染色体マイクロサテライト遺伝子座、BAT-40、MONO-27、NR-24、PENTA D、BAT-25、BAT-26、D7S3070、及びD7S1808から成る群から選択される、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、モノヌクレオチドリピート遺伝子座、ジヌクレオチドリピート遺伝子座、トリヌクレオチドリピート遺伝子座、テトラヌクレオチドリピート遺伝子座、及びペンタヌクレオチドリピート遺伝子座から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含み、さらに胚性幹細胞がY染色体を含む、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、DYS438、DYS389-II、DYS390、DYS439、DYS392、DYS385b、DYS19、DYS389-I、DYS385a、DYS393、及びDYS437から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項22記載の方法。
【請求項２５】
少なくとも1つの伸長モノヌクレオチドリピート遺伝子座が、表3に記載の伸長モノヌクレオチドリピート遺伝子座から成る群から選択される、請求項21記載の方法。
【請求項２６】
変異原又は潜在的変異原への曝露をモニターする方法であって、
（a）少なくとも1つの生殖細胞から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座を含み、前記少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座は、Y染色体マイクロサテライト遺伝子座、少なくとも41のリピートを有する伸長モノヌクレオチドリピート遺伝子座、MONO-27、PENTA C及びD7S3070から成る群から選択され；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーに、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて、第一の増幅産物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は、前記少なくとも１つのマイクロサテライト遺伝子座にフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅産物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅産物のサイズを増幅産物の予想されるサイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅産物のサイズと増幅産物の予想されるサイズとの間の相違はゲノム不安定性の指標であり、ここでゲノム不安定性は変異原又は潜在的変異原への曝露の指標である；
を含む前記方法。
【請求項２７】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、モノヌクレオチドリピート遺伝子座、ジヌクレオチドリピート遺伝子座、トリヌクレオチドリピート遺伝子座、テトラヌクレオチドリピート遺伝子座、及びペンタヌクレオチドリピート遺伝子座から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項26記載の方法。
【請求項２８】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座が、DYS438、DYS389-II、DYS390、DYS439、DYS392、DYS385b、DYS19、DYS389-I、DYS385a、DYS393、及びDYS437から成る群から選択される少なくとも1つのY染色体マイクロサテライト遺伝子座を含む、請求項26記載の方法。
【請求項２９】
請求項10又は17記載の方法にしたがって精巣癌のリスクを評価するキットであって、前記マイクロサテライト遺伝子座を増幅するための少なくとも1つのプライマー対を含む、前記キット。
【請求項３０】
請求項26記載の方法にしたがって変異原又は潜在的変異原への曝露を評価するキットであって、前記マイクロサテライト遺伝子座を増幅するための少なくとも1つのプライマー対を含む、前記キット。
【請求項３１】
請求項20記載の方法にしたがって推定的癌細胞若しくは前癌細胞又は腫瘍のマイクロサテライト不安定性を検出するキットであって、前記マイクロサテライト遺伝子座を増幅するための少なくとも1つのプライマー対を含む、前記キット。
【請求項３２】
請求項21記載の方法にしたがって多能性細胞又は培養幹細胞のゲノム安定性をモニターするキットであって、前記マイクロサテライト遺伝子座を増幅するための少なくとも1つのプライマー対を含む、前記キット。
【請求項３３】
請求項7記載の方法にしたがって不妊性を評価するキットであって、前記マイクロサテライト遺伝子座を増幅するための少なくとも1つのプライマー対を含む、前記キット。