【手続補正書】
【提出日】平成20年8月25日(2008.8.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号：８又は配列番号：１０に記載された配列と少なくとも９０％の配列同一性を示すアミノ酸配列、又は
（ｂ）スクロース・イソメラーゼ活性を有し、かつ少なくとも２０アミノ酸長の、生物活性のある（ａ）の断片
を含む単離されたポリペプチド。
【請求項２】
アミノ酸配列が配列番号：８又は配列番号：１０に記載された配列と少なくとも９５％の配列同一性を示す、請求項１記載のポリペプチド。
【請求項３】
該生物活性断片が配列番号：１９、配列番号：２０、配列番号：２１、配列番号：２２、配列番号：２３又は配列番号：２４から選択される少なくとも一つのコンセンサス配列を含む、請求項１記載のポリペプチド。
【請求項４】
該アミノ酸配列が配列番号：１９、配列番号：２０、配列番号：２１、配列番号：２２、配列番号：２３又は配列番号：２４のいずれか一つ以上に記載されたコンセンサス配列を含む、請求項１記載のポリペプチド。
【請求項５】
請求項１記載のポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６】
配列番号：７もしくは配列番号：９に記載された配列又は配列番号：７もしくは配列番号：９の補体と少なくとも９０％の配列同一性を示すヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７】
該ヌクレオチド配列が、配列番号：７もしくは配列番号：９又は配列番号：７もしくは配列番号：９の補体と高ストリンジェントな条件下でハイブリダイズできる、請求項５又は請求項６記載のポリヌクレオチド。
【請求項８】
該ヌクレオチド配列が、配列番号：１９、配列番号：２０、配列番号：２１、配列番号：２２、配列番号：２３及び配列番号：２４のいずれか一つ以上に記載されたコンセンサス配列をコードする配列を含む、請求項５又は請求項６記載のポリヌクレオチド。
【請求項９】
該ヌクレオチド配列が、配列番号：２７、配列番号：２８、配列番号：２９、配列番号：３０、配列番号：３１、配列番号：３２、配列番号：３３、配列番号：３４、配列番号：３５又は配列番号：３６から選択される配列を含む、請求項８記載のポリヌクレオチド。
【請求項１０】
調節ポリヌクレオチドに機能しうるように連結した請求項５から９のいずれか一項記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
【請求項１１】
請求項１０記載の該発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項１２】
細菌又は他の原核細胞である、請求項１１記載の宿主細胞。
【請求項１３】
植物細胞又は他の真核細胞である請求項１１記載の宿主細胞。
【請求項１４】
請求項１０記載の発現ベクターを含む植物細胞であって、該植物がスクロースを合成及び／又は蓄積できる種である細胞。
【請求項１５】
該植物がサトウキビ又は砂糖大根から選択される、請求項１４記載の植物細胞。
【請求項１６】
該植物がサトウキビである、請求項１４記載の植物細胞。
【請求項１７】
請求項１に定義されるポリペプチドを含む組換えポリペプチドを生産する方法であって、
−  該組換えポリペプチドが該ポリヌクレオチドから発現されるように請求項１０記載の発現ベクターを含む宿主細胞を培養する工程、及び
−  該組換えポリペプチドを単離する工程、
を含む方法。
【請求項１８】
（ａ）配列番号：８又は配列番号：１０に記載された配列と少なくとも９０％の配列同一性を示すアミノ酸配列を含むポリペプチドの生物活性断片を生産する方法であって、
−  該ポリペプチドの断片を生産する工程、及び
−  該断片と関連するスクロース・イソメラーゼ活性を検出し、それが、該断片が該生物活性断片であることを示す工程、
を含む方法。
【請求項１９】
請求項１８に定義されるポリペプチドの生物活性断片を生産する方法であって、
−  該ポリペプチドの断片がそれから生じ得るポリヌクレオチドを細胞に導入する工程、
−  該断片を該ポリペプチドから生産する工程、及び
−  該断片の生産と関連するスクロース・イソメラーゼ活性を検出し、それが、該断片が該生物活性断片であることを示す工程
を含む方法。
【請求項２０】
配列番号：８もしくは配列番号：１０に記載された配列を含む親ポリペプチドのポリペプチド変異型、又は少なくとも２０アミノ酸長でありかつスクロース・イソメラーゼ活性を有するその生物活性断片を生産する方法であって、
−  その配列が少なくとも一つのアミノ酸の置換、欠失又は付加により親ポリペプチドから識別される改変ポリペプチドを作成する工程、及び
−  該改変ポリペプチドと関連するスクロース・イソメラーゼ活性を検出して、それが、該改変ポリペプチドが該ポリペプチド変異型であることを示す工程、
を含む方法。
【請求項２１】
請求項２０に定義される配列を含む親ポリペプチドのポリペプチド変異型の生物活性断片を生産する方法であって、
−  改変されたポリペプチドがそれから生産され得るポリヌクレオチドを作成する工程であって、該改変されたポリペプチドが少なくとも一つのアミノ酸の置換、欠失又は付加によりその親ポリペプチドから識別される配列を持つ工程、
−  該ポリヌクレオチドを細胞内に導入する工程、及び
−  スクロース・イソメラーゼ活性を検出して、該改変ポリペプチドが該ポリペプチド変異型であることを示す工程、
を含む方法。
【請求項２２】
試料中のスクロース・イソメラーゼを検出する方法であって、
−  該試料を、配列番号：１９、配列番号：２０、配列番号：２１、配列番号：２２、配列番号：２３及び配列番号：２４から選択されるアミノ酸配列と免疫相互作用をする抗原結合分子と接触させる工程、及び
−  該接触試料中で、請求項１に定義されるポリペプチドと該抗原結合分子とを含む複合体の存在を検出する工程、
を含む方法。
【請求項２３】
請求項１に定義されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの該試料中での発現を検出する工程を含む、試料中のスクロース・イソメラーゼを検出する方法。
【請求項２４】
発現が、配列番号：１９、配列番号：２０、配列番号：２１、配列番号：２２、配列番号：２３又は配列番号：２４から選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むプローブを用いて検出される、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】
請求項１０記載の発現ベクターを含む形質転換された植物細胞。
【請求項２６】
該植物がスクロースを合成及び／又は蓄積できる種である、請求項２５記載の植物細胞。
【請求項２７】
該植物がサトウキビ又は砂糖大根から選択される、請求項２５記載の植物細胞。
【請求項２８】
該植物がサトウキビである、請求項２５記載の植物細胞。
【請求項２９】
請求項１０に記載された発現ベクターを含む植物細胞を含む分化した植物。
【請求項３０】
−  請求項１０に記載された発現ベクターを含む植物細胞を含む分化した植物を栽培する工程、及び
−  該栽培した植物からイソマルチュロースを収集する工程、
を含む、イソマルチュロースを生産する方法。
【請求項３１】
請求項１記載のポリペプチドを生産する、イソマルチュロースを生産する単離された生物。
【請求項３２】
請求項５から９のいずれか一項記載のポリヌクレオチドが該ポリペプチドをコードする、請求項３１記載の生物。
【請求項３３】
細菌である、請求項３１記載の生物。
【請求項３４】
請求項１記載のポリペプチドを生産する、単離された細胞培養物。
【請求項３５】
該細胞が細菌細胞である、請求項３４記載の培養物。
【請求項３６】
請求項５から９のいずれか一項記載のポリヌクレオチドが該ポリペプチドをコードする、請求項３４記載の培養物。
【請求項３７】
請求項１１から１３のいずれか一項記載の宿主細胞、または請求項３１から３３のいずれか一項記載の生物、または請求項３４から３６のいずれか一項記載の細胞培養物の、抽出物。
【請求項３８】
スクロースまたはスクロースを含有する基質と、請求項１から４のいずれか一項記載のポリペプチド、または請求項１１から１３のいずれか一項記載の宿主細胞、または請求項３１から３３のいずれか一項記載の生物、または請求項３４から３６のいずれか一項記載の細胞培養物、または請求項３７記載の抽出物とを、イソマルチュロースを生産するのに十分な時間と条件の下で接触させる工程を含む、
スクロースからイソマルチュロースを生産する方法。