【手続補正書】
【提出日】令和1年10月9日(2019.10.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
がんに罹患している被験体を処置するための、レチノイン酸受容体−α（ＲＡＲＡ）のアゴニストを含む組成物または該アゴニストを含む包装された医薬組成物であって、該被験体から取得されたがん細胞は、
（ａ）所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る強度、順位ランク、または分布ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；または
（ｂ）所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る、該ＲＡＲＡ遺伝子および／またはそれに関連するスーパーエンハンサーの一部からの一次ＲＮＡ転写産物のレベル
のうちの１つまたは複数を有することが決定されている、組成物または包装された医薬組成物。
【請求項２】
前記ＲＡＲＡ遺伝子が、ｇｅｎｏｍｅ  ｂｕｉｌｄ  ｈｇ１９においてｃｈｒ１７：３８４５８１５２−３８５１６６８１に位置する、請求項１に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項３】
前記スーパーエンハンサーの前記強度が、解析したゲノムＤＮＡセグメントの長さに対してプロットしたＨ３Ｋ２７Ａｃヒストン修飾または他のゲノムマーカー読み取りの数の曲線下面積を定量することによって、または前記一次ＲＮＡ転写産物を定量することによって決定される、請求項１に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項４】
前記スーパーエンハンサーの前記強度が、ＣｈＩＰ−配列決定を使用して決定される、請求項３に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項５】
前記一次ＲＮＡ転写産物が、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡまたはそこから逆転写されたｃＤＮＡによって特徴付けられる、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項６】
（ａ）前記スーパーエンハンサーが、
対照細胞におけるＲＡＲＡ遺伝子と関連する対応するエンハンサーより少なくとも１．５倍高い強度；および／または
ＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度；および／または
所定のＲＡＲＡ遺伝子強度カットオフと等しいまたはそれを上回る強度；および／または
所定のＲＡＲＡ遺伝子強度順位分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度の順位；および／または
所定のＲＡＲＡ遺伝子強度順位カットオフと等しいまたはそれを上回る強度の順位；
を有する、かつ／または
（ｂ）前記一次ＲＮＡ転写産物の前記レベルが、
ＲＡＲＡアゴニストに対して非応答性であることが公知であるヒト細胞もしくはヒト細胞株における、対応するＲＡＲＡ一次転写産物レベルまたはｍＲＮＡレベルより少なくとも１．５倍高い；かつ／または
所定の一次ＲＮＡ転写産物またはｍＲＮＡレベルカットオフと等しいまたはそれを上回る；かつ／または
所定の一次ＲＮＡ転写産物またはｍＲＮＡ分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する、
請求項１に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項７】
前記対照細胞が、ＲＡＲＡのアゴニストに対して非応答性であることが公知であるヒト細胞もしくはヒト細胞株である、請求項６に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項８】
前記一次ＲＮＡ転写産物が、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡによって特徴付けられる、請求項６または７に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項９】
前記所定の分布カットオフ、前記ＲＡＲＡ遺伝子強度カットオフ、前記ＲＡＲＡ遺伝子強度順位分布カットオフ、前記ＲＡＲＡ遺伝子強度順位カットオフ、前記一次ＲＮＡ転写産物またはｍＲＮＡレベルカットオフ、または前記一次ＲＮＡ転写産物またはｍＲＮＡ分布カットオフが、
（ａ）同じ型のがん細胞に由来する試料の集団におけるＲＡＲＡスーパーエンハンサー強度のランク付けであって、少なくとも１つの試料が前記ＲＡＲＡのアゴニストに対して応答性であることが決定されている、ランク付け；および／または
（ｂ）同じ型のがん細胞に由来する試料の集団におけるＲＡＲＡスーパーエンハンサー強度順位のランク付けであって、少なくとも１つの試料が前記ＲＡＲＡのアゴニストに対して応答性であることが決定されている、ランク付け；および／または
（ｃ）同じ型のがん細胞の試料の集団におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルのランク付けであって、少なくとも１つの試料が前記ＲＡＲＡのアゴニストに対して応答性であることが決定されている、ランク付け
から決定される、請求項６〜８のいずれか一項に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項１０】
前記ＲＡＲＡのアゴニストが、タミバロテンまたは以下の表
【表Ａ−１】
2018514517.tif 000001
【表Ａ−２】
2018514517.tif 000002
【表Ａ−３】
2018514517.tif 000003
【表Ａ−４】
2018514517.tif 000004
【表Ａ−５】
2018514517.tif 000005
【表Ａ−６】
2018514517.tif 000006
【表Ａ−７】
2018514517.tif 000007
に示される別のＲＡＲＡのアゴニストである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項１１】
前記がんが、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫または骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項１２】
（ｉ）前記がんが白血病である場合、該白血病が、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性骨髄球性白血病（ＡＭＬ）、または慢性骨髄球性白血病（ＣＭＬ）であるか、または（ｉｉ）前記がんがリンパ腫である場合、該リンパ腫が、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫である、請求項１１に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項１３】
前記がんがＡＭＬであり、該ＡＭＬが、非ＡＰＬ  ＡＭＬである、請求項１２に記載の組成物または包装された医薬組成物。
【請求項１４】
被験体由来の生体試料におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡのレベルを決定する方法であって、
（ａ）該生体試料から総ｍＲＮＡを取得するステップ；各ｍＲＮＡ分子に、そのようなｍＲＮＡ分子に天然には付加されていない追加のヌクレオチドを付加して、該ｍＲＮＡ分子を固体支持体に結合できるようにするステップ；該固体支持体に結合された該ｍＲＮＡ分子を配列決定するステップ；およびＲＡＲＡ  ｍＲＮＡのレベルを決定するステップ；あるいは
（ｂ）該生体試料から総ｍＲＮＡを取得するステップ；該総ｍＲＮＡからｃＤＮＡライブラリーを作製するステップ；および該ｃＤＮＡライブラリーを、（ｉ）ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡに対応するｃＤＮＡに対して特異的であるプライマー対；（ｉｉ）ＤＮＡポリメラーゼ；および（ｉｉｉ）該プライマー対および該ＤＮＡポリメラーゼから生成するＤＮＡ分子の検出用の構成成分と組み合わせるステップ
を含む、方法。
【請求項１５】
（ｂ）のＤＮＡ分子の検出用の前記構成成分が、色素または標識したオリゴヌクレオチドであるかまたはこれを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
がんに罹患している被験体から取得されたがん細胞における（ａ）ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの強度、順位ランクまたは分布ランク、あるいは（ｂ）ＲＡＲＡ遺伝子および／またはそれに関連するスーパーエンハンサーの一部からの一次ＲＮＡ転写産物のレベルを、該被験体がＲＡＲＡのアゴニストまたは該ＲＡＲＡのアゴニストを含む包装された医薬組成物による処置に応答する可能性が高いかどうかの指標とする方法であって、
該方法は、
（ａ）該被験体由来のがん細胞におけるＲＡＲＡ遺伝子に関連する該スーパーエンハンサーの該強度、順位ランクまたは分布ランク；または
（ｂ）該被験体由来のがん細胞における該ＲＡＲＡ遺伝子および／またはそれに関連する該スーパーエンハンサーの一部からの一次ＲＮＡ転写産物の該レベル
のうちの１つまたは複数に関連する情報を受け取るステップを含み、
該情報が、
該スーパーエンハンサーが、所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る強度、順位ランクまたは分布ランクを有する；かつ／または
該一次ＲＮＡ転写産物の該レベルが、所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る
ことを示す場合に、該ＲＡＲＡのアゴニストまたは該包装された医薬組成物が、該被験体に投与されるべきことが示される、方法。
【請求項１７】
前記一次ＲＮＡ転写産物が、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡまたはそこから逆転写されたｃＤＮＡによって特徴付けられる、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記方法が、
ｉ．前記スーパーエンハンサーの強度および／もしくは該強度が対応する集団における該スーパーエンハンサー強度の分布ランク；ならびに／または
ｉｉ．前記細胞における他のスーパーエンハンサーと比較した、前記スーパーエンハンサーの前記強度の前記順位ランクおよび／または該順位ランクが対応する集団における該スーパーエンハンサー強度順位の分布ランク；ならびに／または
ｉｉｉ．前記一次ＲＮＡ転写産物またはｍＲＮＡレベルが対応する集団における前記ＲＡＲＡ遺伝子由来の前記一次ＲＮＡ転写産物のレベルおよび／または分布ランク
のうちの１つまたは複数に関連する情報を受け取るステップを含む、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記情報が、
（ａ）前記スーパーエンハンサーが、
集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回る強度；および／または
集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度；および／または
集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定の順位カットオフ値と等しいまたはそれを上回るＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの強度の順位ランク；および／または
集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度の順位ランク
を有する、かつ／または
（ｂ）前記一次ＲＮＡ転写産物が、
集団における該一次ＲＮＡ転写産物またはＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回るレベル；および／または
集団における該一次ＲＮＡ転写産物またはＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランク
を有する
ことを示す場合に、前記ＲＡＲＡのアゴニストまたは前記包装された医薬組成物が、前記被験体に投与されるべきことが示される、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項２０】
前記一次ＲＮＡが、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡによって特徴付けられる、請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＲＡＲＡ遺伝子が、ｇｅｎｏｍｅ  ｂｕｉｌｄ  ｈｇ１９においてｃｈｒ１７：３８４５８１５２−３８５１６６８１に位置する、請求項１６〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＲＡＲＡスーパーエンハンサーの前記強度が、解析したゲノムＤＮＡセグメントの長さに対してプロットしたＨ３Ｋ２７Ａｃヒストン修飾または他のゲノムマーカー読み取りの数の曲線下面積を定量することによって、または前記一次ＲＮＡ転写産物を定量することによって決定されている、請求項１６〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＲＡＲＡスーパーエンハンサーの前記強度が、ＣｈＩＰ−配列決定を使用して決定されている、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記一次ＲＮＡ転写産物が、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡまたはそこから逆転写されたｃＤＮＡによって特徴付けられる、請求項２２または２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＲＡＲＡのアゴニストが、タミバロテンまたは以下の表
【表Ｂ−１】
2018514517.tif 000008
【表Ｂ−２】
2018514517.tif 000009
【表Ｂ−３】
2018514517.tif 000010
【表Ｂ−４】
2018514517.tif 000011
【表Ｂ−５】
2018514517.tif 000012
【表Ｂ−６】
2018514517.tif 000013
【表Ｂ−７】
2018514517.tif 000014
に示されるＲＡＲＡの別のアゴニストである、請求項１６〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記がんが、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫または骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、請求項１６〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
（ｉ）前記がんが白血病である場合、該白血病が、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性骨髄球性白血病（ＡＭＬ）、または慢性骨髄球性白血病（ＣＭＬ）であるか、または（ｉｉ）前記がんがリンパ腫である場合、該リンパ腫が、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記がんがＡＭＬであり、該ＡＭＬが、非ＡＰＬ  ＡＭＬである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
ＲＡＲＡアゴニストと、
がんに罹患している被験体であって、該被験体のがん細胞が、
（ａ）所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る強度、順位ランクまたは分布ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；または
（ｂ）所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る、該ＲＡＲＡ遺伝子および／またはそれに関連するスーパーエンハンサーの一部からの一次ＲＮＡ転写産物のレベル
のうちの１つまたは複数を有することが決定されている被験体において該ＲＡＲＡアゴニストを使用するための指示を含む折込み書面またはラベルと
を含む、包装された医薬組成物。
【請求項３０】
前記一次ＲＮＡ転写産物が、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡまたはそこから逆転写されたｃＤＮＡによって特徴付けられる、請求項２９に記載の包装された医薬組成物。
【請求項３１】
（ａ）ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー、または（ｂ）ＲＡＲＡ遺伝子および／またはそれに関連するスーパーエンハンサーの一部からの一次ＲＮＡ転写産物のレベルを、ＲＡＲＡアゴニストまたは該アゴニストを含む包装された医薬組成物のがんの処置における有効性を予測するための指標とする方法であって、
該方法は、該がんが、
（ａ）所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る強度、順位ランクまたは分布ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；または
（ｂ）所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る、該ＲＡＲＡ遺伝子および／またはそれに関連するスーパーエンハンサーの一部からの一次ＲＮＡ転写産物のレベル
のうちの１つまたは複数によって特徴付けられるかどうかを決定するステップを含み、
（ａ）および／または（ｂ）の存在が、該ＲＡＲＡアゴニストまたは該医薬組成物のがんの処置における有効性を示す、方法。
【請求項３２】
（ａ）前記スーパーエンハンサーが、
集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回る強度；および／または
集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度；および／または
集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回る強度の順位ランク；および／または
集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度の順位ランク
を有する、かつ／または
（ｂ）前記一次ＲＮＡ転写産物が、
集団における該一次ＲＮＡ転写産物または前記ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回るレベル；および／または
集団における該一次ＲＮＡ転写産物または前記ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランク
を有する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＲＡＲＡ遺伝子が、ｇｅｎｏｍｅ  ｂｕｉｌｄ  ｈｇ１９においてｃｈｒ１７：３８４５８１５２−３８５１６６８１に位置する、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記スーパーエンハンサーの前記強度が、解析したゲノムＤＮＡセグメントの長さに対してプロットしたＨ３Ｋ２７Ａｃヒストン修飾または他のゲノムマーカー読み取りの数の曲線下面積を定量することによって、または前記一次ＲＮＡ転写産物を定量することによって決定される、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３５】
前記スーパーエンハンサーの前記強度が、ＣｈＩＰ−配列決定を使用して決定される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記一次ＲＮＡ転写産物が、ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡまたはそこから逆転写されたｃＤＮＡによって特徴付けられる、請求項３１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＲＡＲＡのアゴニストが、タミバロテンまたは以下の表
【表Ｃ−１】
2018514517.tif 000015
【表Ｃ−２】
2018514517.tif 000016
【表Ｃ−３】
2018514517.tif 000017
【表Ｃ−４】
2018514517.tif 000018
【表Ｃ−５】
2018514517.tif 000019
【表Ｃ−６】
2018514517.tif 000020
【表Ｃ−７】
2018514517.tif 000021
に示されるＲＡＲＡの別のアゴニストである、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３８】
前記がんが、白血病、リンパ腫、多発性骨髄腫または骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、請求項３１または３２に記載の方法。
【請求項３９】
（ｉ）前記がんが白血病である場合、該白血病が、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性骨髄球性白血病（ＡＭＬ）、または慢性骨髄球性白血病（ＣＭＬ）であるか、または（ｉｉ）前記がんがリンパ腫である場合、該リンパ腫が、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記がんがＡＭＬであり、該ＡＭＬが、非ＡＰＬ  ＡＭＬである、請求項３９に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４２】
本発明の１つまたは複数の実施形態の詳細が本明細書に記載されている。本発明の他の特徴、目的、および利点は、詳細な説明、図面、実施例、および実施形態から明らかである。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
がんに罹患しているヒト被験体を処置する方法であって、該被験体におけるがん細胞が、
ａ．所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る強度、順位ランク、または分布ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；または
ｂ．所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る、該ＲＡＲＡ遺伝子からのｍＲＮＡ転写産物のレベル
のうちの１つまたは複数を有することが決定されており、
該被験体に、ＲＡＲＡのアゴニストを投与するステップを含む、方法。
（項目２）
前記ＲＡＲＡ遺伝子が、ｇｅｎｏｍｅ  ｂｕｉｌｄ  ｈｇ１９においてｃｈｒ１７：３８４５８１５２−３８５１６６８１に位置する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ＲＡＲＡスーパーエンハンサーの前記強度が、ＣｈＩＰ−ｓｅｑを使用してＨ３Ｋ２７Ａｃヒストン修飾を定量することによって決定されたものである、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記被験体におけるがん細胞が、
ａ．ＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度についての所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度を有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｂ．所定のＲＡＲＡ遺伝子強度カットオフと等しいまたはそれを上回る強度を有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｃ．所定のＲＡＲＡ遺伝子強度順位分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する、強度の順位を有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｄ．所定のＲＡＲＡ遺伝子強度順位カットオフと等しいまたはそれを上回る強度の順位を有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｅ．所定のｍＲＮＡレベルカットオフと等しいまたはそれを上回るＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベル；および／または
ｆ．所定のＲＡＲＡ  ｍＲＮＡ分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応するＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベル
のうちの１つまたは複数を有することが決定されている、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記所定の分布カットオフのいずれかが、
ａ．同じ型のがん細胞に由来する試料の集団におけるＲＡＲＡスーパーエンハンサー強度のランク付けであって、少なくとも１つの試料がＲＡＲＡアゴニストに対して応答性であることが決定されている、ランク付け；および／または
ｂ．同じ型のがん細胞に由来する試料の集団におけるＲＡＲＡスーパーエンハンサー強度順位のランク付けであって、少なくとも１つの試料が該ＲＡＲＡアゴニストに対して応答性であることが決定されている、ランク付け；および／または
ｃ．同じ型のがん細胞の試料の集団におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルのランク付けであって、少なくとも１つの試料が該ＲＡＲＡアゴニストに対して応答性であることが決定されている、ランク付け
から決定される、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記ＲＡＲＡのアゴニストが、タミバロテンである、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記がんが、乳がんまたはＡＭＬから選択される、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
乳がんについての前記所定の分布カットオフのいずれかが、５０〜６０％の間である、項目７に記載の方法。
（項目９）
ＡＭＬについての前記所定の分布カットオフのいずれかが、２５〜４０％の間である、項目７に記載の方法。
（項目１０）
がんに罹患している被験体を処置する方法であって、
ａ．
ｉ．該被験体由来のがん細胞における、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの強度、順位ランク、もしくは分布ランク；または
ｉｉ．該被験体由来のがん細胞における該ＲＡＲＡ遺伝子からのｍＲＮＡ転写産物のレベル
のうちの１つまたは複数に関連する情報を受け取るステップ；および
ｂ．該情報が、
ｉ．該スーパーエンハンサーが、所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る強度、順位、または分布ランクを有すること；または
ｉｉ．該ｍＲＮＡ転写産物のレベルが所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回ること
のうちの１つまたは複数を示す場合、該被験体にＲＡＲＡのアゴニストを投与するステップ
を含む方法。
（項目１１）
ステップａ．が、
ｉ．ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの強度および／もしくは該強度が対応する集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の分布ランク；ならびに／または
ｉｉ．前記細胞における他のスーパーエンハンサーと比較した、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの該強度の順位ランクおよび／または該順位ランクが対応する集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の分布ランク；ならびに／または
ｉｉｉ．ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルおよび／または該ｍＲＮＡレベルが対応する集団におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの分布ランク
のうちの１つまたは複数に関連する情報を受け取るステップを含む、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
ステップｂ．が、前記情報が、
ｉ．ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの前記強度が、集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回ること；および／または
ｉｉ．ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの前記強度が、集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応すること；および／または
ｉｉｉ．ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの前記強度の順位ランクが、集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定の順位カットオフ値と等しいまたはそれを上回ること；および／または
ｉｖ．スーパーエンハンサーの強度の順位ランクが、集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応すること；および／または
ｖ．ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡのレベルが、集団におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定のカットオフ値に対応するＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルと等しいまたはそれを上回ること；および／または
ｖｉ．該ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルが、集団におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応すること
のうちの１つまたは複数を示す場合に、前記被験体にＲＡＲＡのアゴニストを投与するステップを含む、項目１０に記載の方法。
（項目１３）
前記ＲＡＲＡ遺伝子に関連する前記スーパーエンハンサーが、ｇｅｎｏｍｅ  ｂｕｉｌｄ  ｈｇ１９においてｃｈｒ１７：３８４５８１５２−３８５１６６８１に位置する、項目１０から１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記ＲＡＲＡスーパーエンハンサーの前記強度が、ＣｈＩＰ−ｓｅｑを使用してＨ３Ｋ２７Ａｃヒストン修飾を定量することによって決定されたものである、項目１０から１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記ＲＡＲＡのアゴニストが、タミバロテンである、項目１０から１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記がんが、乳がんまたはＡＭＬから選択される、項目１０から１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
乳がんについての前記所定の分布カットオフのいずれかが、５０〜６０％の間である、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
ＡＭＬについての前記所定の分布カットオフのいずれかが、２５〜４０％の間である、項目１６に記載の方法。
（項目１９）
がんの処置におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性を予測する方法であって、該がんが、
ａ．所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る強度、順位ランク、または分布ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；または
ｂ．所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る、該ＲＡＲＡ遺伝子からのｍＲＮＡ転写産物のレベル
のうちの１つまたは複数を特徴とするかどうかを決定するステップを含み、
ａ．またはｂ．のいずれかにより、該処置におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性が予測される、方法。
（項目２０）
被験体における前記がんの前記処置におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性を予測するステップが、該がんが、
ａ．集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回る強度を有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｂ．集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度を有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｃ．集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回る強度の順位ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｄ．集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度の順位ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｅ．集団におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回るＲＡＲＡ  ｍＲＮＡのレベル；および／または
ｆ．集団におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応するＲＡＲＡ  ｍＲＮＡのレベル
のうちの１つまたは複数を特徴とするかどうかを決定するステップを含み、
ａ．、ｂ．、ｃ．、ｄ．、ｅ．またはｆ．のいずれかにより、該処置におけるＲＡＲＡアゴニストの有効性が予測される、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
がんに罹患している被験体を診断、予後判定、または処置する方法であって、
ａ．該被験体から該がんの試料を得るステップ；
ｂ．該試料において、
ｉ．該被験体由来のがん細胞における、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの強度、順位ランク、もしくは分布ランク；または
ｉｉ．該被験体由来のがん細胞における該ＲＡＲＡ遺伝子からのｍＲＮＡ転写産物のレベル
のうちの１つまたは複数を決定するステップ；および
ｃ．
ｉ．該スーパーエンハンサーが、所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回る強度、順位ランク、または分布ランクを有するか；または
ｉｉ．該ｍＲＮＡ転写産物のレベルが所定の閾値レベルと等しいまたはそれを上回るか
のうちの１つまたは複数である場合に、ＲＡＲＡアゴニストを含む治療用組成物を投与するまたは投与を推奨するステップ
を含む方法。
（項目２２）
ステップｂ．が、前記試料において、
ｉ．ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの強度、および／または該強度が対応する集団におけるＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの強度の分布ランク；ならびに／または
ｉｉ．前記細胞における他のスーパーエンハンサーと比較した、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの前記強度の順位ランク、および／もしくは該順位ランクが対応する集団におけるＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの該強度の該順位ランクの分布ランク；ならびに／または
ｉｉｉ．ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡ一次転写産物レベル、および／もしくはｍＲＮＡレベルが対応する集団における該ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡ一次転写産物の分布ランク
のうちの１つまたは複数を決定するステップを含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーの強度が、集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定のカットオフ値に対応するＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度と等しいまたはそれを上回ること；および／または
ａ．ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサーが、集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回る強度を有すること；および／または
ｂ．集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度を有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｃ．集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回る強度の順位ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｄ．集団におけるＲＡＲＡ遺伝子スーパーエンハンサー強度順位の所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る分布ランクに対応する強度の順位ランクを有する、ＲＡＲＡ遺伝子に関連するスーパーエンハンサー；および／または
ｅ．ＲＡＲＡ  ｍＲＮＡのレベルが、集団におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定のカットオフ値と等しいまたはそれを上回ること；および／または
ｆ．集団におけるＲＡＲＡ  ｍＲＮＡレベルの所定の分布カットオフと等しいまたはそれを上回る、分布ランクに対応するＲＡＲＡ  ｍＲＮＡのレベル
のうちの１つまたは複数である場合に、ステップｃ．が、ＲＡＲＡアゴニストを含む治療用組成物を投与するまたは投与を推奨するステップを含む、項目２１または２２に記載の方法。