【手続補正書】
【提出日】平成20年5月30日(2008.5.30)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】    ゲノムにおいて遺伝子の異なるコレクションの発現を調節するＤＮＡ配列を同定する方法であって、ある遺伝子に隣接する、プロモーター、エクソンおよびイントロンを除く、選択されたＤＮＡ配列を検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項２】    遺伝子の異なるコレクションの発現を調節するＤＮＡ配列を同定する方法であって、２つのＲＮＡ配列に結合している、プロモーターを除く、非隣接ＤＮＡ配列の１以上の対で構成されるコネクトロンを、コンピュータによって検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項３】    ゲノムにおいて遺伝子の異なるコレクションの発現を調節するＤＮＡ配列を同定する方法であって、ゲノムにおけるコネクトロンの振る舞いの変化を検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項４】    ゲノムにおいて異なる遺伝子コレクションの発現を修飾する方法であって、外因性刺激の結果としての、コネクトロンの振る舞いの変化を検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項５】    宿主ゲノムのどこに、そしていつ、新規遺伝子が組み込まれているかを検出する方法であって、前記宿主ゲノムにおいて、コネクトロンを検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項６】    既定の組織体（ｂｏｄｙ）における異なる遺伝子コレクションの発現効果を検出する方法であって、その染色体間のコネクトロンの往復する流れを検出することを含んでなる、前記方法。
【請求項７】    既定の組織体を修飾する方法であって、その中のコネクトロン編成を修飾することを含んでなる、前記方法。
【請求項８】    既定のゲノムにおいてコネクトロン調節および標的配列を検出する方法であって：
前記ゲノムの塩基組成を決定し、
調節配列編成の１以上の部位を決定し、そして
標的適用の１以上の部位を決定する
ことを含んでなる、前記方法。
【請求項９】    細胞の環境および／または遺伝子組成の変化に対する、いずれかの組織中の細胞の反応を決定する方法であって、生物に関する完全ゲノムＤＮＡ配列を提供し、そしてゲノムへの既定の外因性刺激の適用による、コネクトロンの変化の影響を決定することを含んでなる、前記方法。
【請求項１０】    原核生物、古細菌（ａｒｃｈｅａ）、単細胞真核生物および多細胞真核生物における、四つ組の関係、Ｔ１＝Ｃ１およびＴ２＝Ｃ２であって、Ｔ１およびＴ２は長さ２０塩基以上のＤＮＡ配列であり、Ｃ１配列はＣ２配列に隣接し、Ｔ１およびＴ２配列は同一染色体上にあり、そしてＣ１／Ｃ２配列はＴ１およびＴ２と同一染色体上にあるか、またはＣ１／Ｃ２配列はＴ１およびＴ２と異なる染色体上にあって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１１】    原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、多くの異なるＣ１／Ｃ２短ループが、１つのＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容し、そして前記Ｃ１／Ｃ２短ループが、該Ｔ１−Ｔ２長ループと同一染色体上または異なる染色体上にあることが可能である、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１２】    原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、多くのＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容し、該Ｃ１／Ｃ２短ループが、該Ｔ１−Ｔ２長ループと同一染色体上または異なる染色体上にあることが可能である、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１３】    原核生物およびそれらのプラスミド間のコネクトロン関係であって、前記コネクトロンが、それらから共生関係を形成することを可能にする、２ゲノム間の調節機構を実行し、そしてＤ．ラディオデュランス（Ｄ．  ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ）の場合、該関係は対称でなく、そしてＤ．ラディオデュランスゲノムが、Ｃ１／Ｃ２短ループをＭＰ１プラスミドに送り：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１４】    植物およびより高次の動物に存在する、コネクトロン関係。
【請求項１５】    原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、Ｃ１／Ｃ２が３’ＵＴＲである遺伝子のもの以外のいかなる発現調節にもさらされることなく、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、１以上のＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
３’ＵＴＲ−ｍＲＮＡの非翻訳３’端は最後のエクソンの終端より先であり、ｍＲＮＡ中の停止コドンが、リボソームがｍＲＮＡをタンパク質に翻訳するのを停止させる
の、前記関係。
【請求項１６】    原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、Ｃ１／Ｃ２短ループが、それ自体、それを取り巻く別のＴ１−Ｔ２長ループによる発現調節にさらされるように、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、１以上のＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１７】    原核生物、古細菌、単細胞真核生物および多細胞真核生物において、１つのＣ１／Ｃ２短ループが、それを取り巻くＴ１−Ｔ２長ループの存在を調節するのを許容する、コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１８】    Ｔ１−Ｔ２長ループ内にいかなる遺伝子も持たない、コネクトロン関係であって：
Ｔ１配列は、Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれかである、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、そしてＴ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。
【請求項１９】    １つのＣ１／Ｃ２短ループが、多くの無遺伝子Ｔ１−Ｔ２長ループの存在を調節する、無遺伝子コネクトロン関係であって：
Ｃ１配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ２配列はＣ１配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ２配列−２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｃ１配列はＣ２配列と同一染色体中に存在しなければならない、
Ｃ１／Ｃ２−Ｃ１配列がＣ２配列に隣接するような、４０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、
Ｔ１配列−Ｔ２配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ１およびＴ２配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない、および
Ｔ２配列−Ｔ１配列と同一染色体上にある、２０塩基以上のプラスまたはマイナス鎖ＤＮＡ配列いずれか、Ｔ２またはＴ１配列は、約１ｋｂから１０５ｋｂの間、離れていなければならない
の、前記関係。