【誤訳訂正書】
【提出日】平成20年4月9日(2008.4.9)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸分子の配列を改変するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）第１の核酸分子を、ファージアニーリングタンパク質、またはその機能的等価物もしくはフラグメントの存在下で第２の核酸分子に、該第１の核酸分子と該第２の核酸分子との間で修復組換えが生じるに適切な条件下で接触させる工程であって、該第１の核酸分子は、該第２の核酸分子と共有された配列相同性の少なくとも２つの領域を含む、工程；ならびに
ｂ）該第２の核酸分子由来の配列を含むように配列が改変された核酸分子を選択する工程、
を包含し、
ＲｅｃＥタンパク質もＲｅｄαタンパク質も、原核生物細胞において行われるいずれの配列改変反応の間にも存在しないことを条件とする、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記ファージアニーリングタンパク質が、宿主種内に含まれるか、または宿主種によりコードされる、方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、前記宿主種が、ウイルス、寄生生物、原核生物または真核生物細胞である、方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、前記宿主種が、グラム陰性細菌細胞である、方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、前記細菌細胞が、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ細胞である、方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、前記Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ細胞が、ＪＣ５５１９株、ＪＣ８６７９株、またはＪＣ９６０４株のようなＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｋ１２株の細胞である、方法。
【請求項７】
請求項３に記載の方法であって、前記宿主種が、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、真菌、およびＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅからなる群より選択される、方法。
【請求項８】
請求項３に記載の方法であって、前記宿主種がＥＳ細胞である、方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法であって、前記宿主がマウスＥＳ細胞である、方法。
【請求項１０】
請求項２〜９のいずれか１項に記載の方法であって、前記宿主種が、ファージアニーリングタンパク質、その機能的等価物またはフラグメントをコードする遺伝子を発現し得る少なくとも１つのベクターで形質転換される、方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、前記ファージアニーリングタンパク質、機能的等価物またはフラグメントをコードする遺伝子の発現が、調節可能なプロモーターの制御下にある、方法。
【請求項１２】
請求項２〜９のいずれか１項に記載の方法であって、前記ファージアニーリングタンパク質、機能的等価物またはフラグメントが、前記宿主種に導入されたメッセンジャーＲＮＡ分子から発現される、方法。
【請求項１３】
請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法であって、前記ファージアニーリングタンパク質が、ＲｅｃＴ（ｒａｃプロファージ）、Ｒｅｄβ（ファージλ）、およびＥｒｆ（ｐ２２）、またはその機能的等価物もしくは活性なフラグメントからなる群より選択される、方法。
【請求項１４】
請求項１３に記載の方法であって、前記ファージアニーリングタンパク質が、ＲｅｃＴであり、該ファージアニーリングタンパク質は、配列番号１に示される配列を有する、方法。
【請求項１５】
請求項１３に記載の方法であって、前記ファージアニーリングタンパク質が、Ｒｅｄβであり、該ファージアニーリングタンパク質は、配列番号２に示される配列を有する、方法。
【請求項１６】
請求項１３に記載の方法であって、前記ファージアニーリングタンパク質が、Ｅｒｆであり、該ファージアニーリングタンパク質は、Ｇｅｎｂａｎｋ  ＩＤ  Ｘ０５２６８（Ｖ０１１５２）に示される配列を有する、方法。
【請求項１７】
請求項１〜１６のうちのいずれか１項に記載の方法であって、前記相同性の領域のうちの一方または両方が、前記第１の核酸分子の内部に位置する、方法。
【請求項１８】
請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法であって、前記第１の核酸分子が直鎖状である、方法。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法であって、前記第１の核酸分子は、一本鎖ＤＮＡ分子、一本鎖ＲＮＡ分子、ＲＮＡ分子、二本鎖ＤＮＡ分子、５’オーバーハングを有する二本鎖ＤＮＡ分子、および３’オーバーハングを有する二本鎖ＤＮＡ分子からなる群より選択される、方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載の方法であって、前記第１の核酸分子が、一本鎖核酸分子である、方法。
【請求項２１】
請求項１８〜２０のいずれか１項に記載の方法であって、前記第１のＤＮＡ分子が、増幅反応により得られる、方法。
【請求項２２】
請求項１〜２１のうちのいずれか１項に記載の方法であって、核酸分子の異種性集団が、前記第１の核酸分子として使用される、方法。
【請求項２３】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載の方法であって、前記第２の核酸分子が、環状である、方法。
【請求項２４】
請求項２３に記載の方法であって、前記第２の核酸分子が、宿主細胞において作動する複製起点を含む染色体外核酸分子である、方法。
【請求項２５】
請求項２３または請求項２４に記載の方法であって、前記第２の核酸分子が、プラスミド、コスミド、Ｐ１ベクター、ＢＡＣベクターおよびＰＡＣベクターからなる群より選択される、方法。
【請求項２６】
請求項２３〜２５のいずれか１項に記載の方法であって、前記第２の核酸分子が宿主細胞染色体である、方法。
【請求項２７】
請求項２６に記載の方法であって、前記宿主細胞染色体が、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ染色体、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ染色体、またはＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ染色体である、方法。
【請求項２８】
請求項２３に記載の方法であって、前記第２の核酸分子が、二本鎖ＲＮＡである、方法。
【請求項２９】
請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法であって、前記第１の核酸分子と前記第２の核酸分子との間で共有される配列相同性の領域が、各々少なくとも９ヌクレオチドである、方法。
【請求項３０】
請求項２〜２９のいずれか１項に記載の方法であって、前記第１および／または前記第２の核酸分子が、形質転換により前記宿主種に導入される、方法。
【請求項３１】
請求項３０に記載の方法であって、前記形質転換法がエレクトロポレーションである、方法。
【請求項３２】
請求項２〜３１のいずれか１項に記載の方法であって、前記第１および前記第２の核酸分子が、同時形質転換により前記宿主種に導入される、方法。
【請求項３３】
請求項２〜３２のいずれか１項に記載の方法であって、前記第１の核酸分子が、前記第２の核酸分子が既に存在する宿主細胞に導入される、方法。
【請求項３４】
請求項１〜３３のいずれか１項に記載の方法であって、前記組換え事象がインビトロで生じる、方法。
【請求項３５】
請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法であって、前記組換え事象がインビボで生じる、方法。
【請求項３６】
請求項１〜３５のうちのいずれか１項に記載の方法であって、ｒｅｃＢＣＤが不活化されておらず、従って、前記組換え事象が、ｒｅｃＢＣＤ＋バックグラウンドにおいて生じる、方法。
【請求項３７】
請求項１〜３６のうちのいずれか１項に記載の方法であって、ＲｅｃＡが発現しない宿主細胞において実施される、方法。
【請求項３８】
多キロ塩基対の長さの核酸分子の欠失、挿入、または置換のための、請求項１〜３７のうちのいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
ファージアニーリングタンパク質、またはその機能的等価物もしくはフラグメントをコードする遺伝子を発現し得る細胞の、修復組換えを含むクローニング法のための宿主としての使用であって、
該細胞が原核生物でありかつ該細胞がＲｅｃＥもＲｅｄαも含まないことを条件とする、使用。
【請求項４０】
ファージアニーリングタンパク質、またはその機能的等価物もしくはフラグメントをコードする遺伝子を発現し得るベクターの、修復組換えを含むクローニング法のための宿主種における使用であって、
該宿主種が原核生物でありかつ該宿主種がＲｅｃＥもＲｅｄαも含まないことを条件とする、使用。
【請求項４１】
核酸分子の配列を改変するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）第１の核酸分子を、第２の核酸分子の存在下で、ファージアニーリングタンパク質、またはその機能的等価物もしくはフラグメントに曝して、結合分子を生成する工程であって、該第１および該第２の核酸分子は、配列相同性の少なくとも２つの領域を共有する、工程；
ｂ）該結合分子を、該第１の核酸分子と該第２の核酸分子との間に組換え修復が生じるに適切な条件下でインキュベートする工程；ならびに
ｃ）該第２の核酸分子由来の配列を含むように配列が改変された核酸分子を選択する工程、
を包含し、
ＲｅｃＥタンパク質もＲｅｄαタンパク質も、原核生物細胞において行われる配列改変反応の過程の間に存在しないことを条件とする、方法。
【請求項４２】
核酸分子の配列を改変するための方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）第１の核酸分子を、ファージアニーリングタンパク質またはその機能的等価物もしくはフラグメントに曝して、コートされた核酸分子を生成する工程；
ｂ）該コートされた分子を、第２の核酸分子に、該第１の核酸分子と該第２の核酸分子との間に修復組換えが生じるに適切な条件下で接触させる工程であって、該第１および該第２の核酸分子は、配列相同性の少なくとも２つの領域を共有する、工程；ならびに
ｃ）該第２の核酸分子由来の配列を含むように配列が改変された核酸分子を選択する工程、
を包含し、
ＲｅｃＥタンパク質もＲｅｄαタンパク質も、原核生物細胞において行われる配列改変反応の過程の間に存在しないことを条件とする、方法。
【請求項４３】
酵母、古細菌、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ、Ｘ．ｌａｅｖｉｓ、ウイルス、および寄生生物から選択される宿主において外因性核酸分子および内因性核酸分子を操作するための、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
核酸をクローニングするための方法であって、
請求項１〜３８または請求項４１〜４３のいずれか１項に記載の核酸分子の配列を改変する方法を利用する、
方法。
【請求項４５】
核酸分子の配列を操作するための方法であって、
請求項１〜３８または請求項４１〜４３のいずれか１項に記載の方法の工程
を包含する、方法。
【請求項４６】
改変されたタンパク質リーディングフレームの作製のための、請求項１〜４５のうちのいずれか１項に記載の方法または使用。
【請求項４７】
核酸分子の混合物から所望の核酸分子を選択する方法であって、該方法は、以下の工程：
ａ）該所望の核酸分子の配列に相補的な配列を有するオリゴヌクレオチド分子を、コートされた分子または結合分子複合体の形成に適切な条件下で、ファージアニーリングタンパク質、またはその機能的等価物もしくはフラグメントに曝す工程；
ｂ）該コートされた分子または結合分子の複合体を、該核酸分子の混合物とともにインキュベートする工程；ならびに
ｃ）ファージアニーリングタンパク質に結合された核酸分子を選択する工程、を包含し、
ＲｅｃＥタンパク質もＲｅｄαタンパク質も、原核生物細胞において行われるいずれの配列改変反応の間にも存在しないことを条件とする、方法。
【請求項４８】
請求項４７に記載の方法であって、前記オリゴヌクレオチドがタグを含む、方法。
【請求項４９】
請求項４７または請求項４８に記載の方法であって、前記工程ｃ）において選択された核酸分子は、タグ化されたオリゴヌクレオチドを単離するためにアフィニティー分離方法を使用して選択される、方法。
【請求項５０】
遺伝子導入のための、請求項２５に記載のＢＡＣベクターの使用。
【請求項５１】
アンチセンス戦略のための、請求項４２に記載のコートされた核酸分子の使用。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１８】
この方法は、例えば、正確な部位特異的変異誘発（配列の欠失、挿入および置換を含む）のような多くの異なる適用に使用され得る。欠失、挿入または置換される配列の量は、１ヌクレオチド（点変異の導入の場合）と長さ多キロ塩基対の核酸分子との間で変化し得る。適切に操作され得る核酸分子型の例としては、プラスミド（例えば、ＥＳ細胞標的化のために使用される標的構築物）、細菌人工染色体（ＢＡＣ）（例えば、遺伝子導入（transgenesis）において使用される）、内因性の原核生物染色体および真核生物細胞染色体が挙げられる。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４８】
「コート分子」と本明細書中でいわれる、ファージアニーリングタンパク質またはその機能的等価物もしくはフラグメントによってコートされる核酸分子（例えば、ｓｓＤＮＡオリゴヌクレオチドまたはｄｓＤＮＡ分子）が、「裸の」コートされていない核酸分子と比較して高効率で組換え得ることが、本明細書において提唱される。これは、多くの種（原核生物および真核生物（酵母、マウス、植物、古細菌、ヒト細胞、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ、Ｘ．ｌａｅｖｉｓなどを含む）の両方を含む）ならびにウイルスおよび寄生生物における外因性核酸分子および内因性核酸分子の操作のような技術において重要な適用である。この方法で組み換えられ得る外因性核酸分子（本明細書中で使用される場合、第１の置換核酸分子）の例としては、トランスポゾン、ＨＡＣ、ＹＡＣ、プラスミドが挙げられるが、内因性核酸分子（本明細書中で使用される場合、第２の標的核酸分子）の１つの好ましい例は、染色体である。