【手続補正書】
【提出日】令和1年9月27日(2019.9.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つ以上の微生物、微生物ペプチド、又は微生物由来化合物を検出、同定、及び／又は定量する方法であって、以下のステップ：
（ａ）対象体、物質、又は試料を発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）と接触させること；
（ｂ）ａ）の前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）の少なくとも１つの信号を検出すること；及び
（ｃ）ｂ）における前記検出された少なくとも１つの信号に基づいて、前記対象体上又は前記物質若しくは試料中の前記１つ以上の微生物ペプチド、微生物、又は微生物由来化合物の有無、アイデンティティー、及び／又は量を決定すること
を含む方法。
【請求項２】
１つ以上の微生物、微生物ペプチド、又は微生物由来化合物を生じる感染症を同定する方法であって、以下のステップ：
（ａ’）対象体、物質、又は試料を発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）と接触させること；
（ｂ’）ａ’）の前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）の少なくとも１つの信号を検出すること；及び
（ｃ’）ｂ’）において得られた前記検出された少なくとも１つの信号を、微生物ペプチドの既知試料の検出信号のデータを含むデータベースと比較すること
を含む方法。
【請求項３】
前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）が微生物、微生物ペプチド、又は微生物由来化合物に結合している又は微生物、微生物ペプチド、又は微生物由来化合物と接触しており、ＬＣＯ結合又は接触が、感染症の同定のためにデータベースと比較できる独自の信号を生じさせる請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記データベースが、少なくとも１つの微生物、微生物ペプチド、又は微生物由来化合物の以前に得られた試料のデータを含み、前記データが、少なくとも１つの微生物、微生物ペプチド、又は微生物由来化合物の前記以前に得られた試料の検出信号を含み、前記データが、複数の以前に得られた試料の平均又は単一試料のデータである請求項２又は３に記載の方法。
【請求項５】
以下のステップ：
（ａ’’）前記対象体、物質、又は試料の前記少なくとも１つの検出信号を既知試料の検出信号のデータを含むデータベースと比較すること；
（ｂ’’）前記検出信号を前記データベースの以前の試料のデータに関連させて統計分析すること；並びに
（ｃ’’）ステップ（ｂ’’）から得られた結果に基づいて同定及び／又は定量すること
をさらに含む請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）が、四量体〜十五量体発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）である請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）が、五量体又は七量体発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）である請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）が、チオフェン単量体及び／又は１つ以上の官能基若しくは側鎖を有するチオフェン単量体を含む請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記官能基又は側鎖が、カルボン酸、酢酸、プロピオン酸、アミノ酸、アミノ酸誘導体、神経伝達物質、単糖類、多糖類、核酸及び誘導体、並びにそれらの組み合わせからなる群から選択される請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）が、少なくとも１つのチオフェン−構成単位を含み、前記チオフェン−構成単位が、インドール、セレノフェン、チアゾール、フェニルエン、フルオレン、ピロール、キノキサリン、又はベンゾジチアゾールからなる群から選択される他の複素環構成単位と交換される請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも１つの検出信号が、光信号、電気信号、電気化学信号、又は磁気信号である請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
細菌、ウイルス、藻類、又は真菌類の微生物ペプチドを検出、同定、及び／又は定量するための請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
少なくとも２つの相異なる微生物、微生物ペプチド、微生物由来化合物、細菌、ウイルス、藻類、又は真菌類を区別することができる請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
グラム陽性菌とグラム陰性菌を区別することができる請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、プロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クラミジア門（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｅ）、アクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、及びスピロヘータ門（Ｓｐｉｒｏｃｈａｅｔｅｓ）のうち少なくとも１つを検出、同定、及び／又は定量する請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）とプロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）を区別することができる請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ボルデテラ属（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）、ボレリア属（Ｂｏｒｒｅｌｉａ）、ブルセラ属（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、エシェリヒア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、フランシセラ属（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、レジオネラ属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）、レプトスピラＬｅｐｔｏｓｐｉｒａ）、ナイセリアＮｅｉｓｓｅｒｉａ）、シュードモーナスＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、リケッチア属（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、シェワネラ属（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ））、ウレアプラズマ属（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ））、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、ビブリオ属（Ｖｉｂｒｉｏ）、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、クラミジア属（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、コリネバクテリウム属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、リステリア属（Ｌｉｓｔｅｒｉａ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ミクロコッカス属（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、又はマイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）からなる群から選択される属の細菌を検出、同定、及び／又は定量する請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
ボルデテラ・パーツシス（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ブルセラ・アボルタス（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ａｂｏｒｔｕｓ）、ブルセラ・カニス（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｃａｎｉｓ）、ブルセラ・メリテンシス（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ）、ブルセラ・スイス（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｕｉｓ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ）、カンジダ・グラブラータ（Ｃａｎｄｉｄａ  ｇｌａｂｒａｔａ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、フランシセラ・ツラレンシス（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、ヘモフィルス・インフルエンザ（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、レプトスピラ・インタロガンス（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ  ｉｎｔｅｒｒｏｇａｎｓ）、ミクロコッカス・ルテウス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｅｕｓ）、ナイセリア・ゴノレア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、ナイセリア・メニンジティディス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ）、シュードモーナス・エルジノーサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、リケッチア・リケッチイ（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ）、サルモネラ・エンテリティディス（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ）、サルモネラ・チフィ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ）、サルモネラ・チフィリウム（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、シゲラ・ソネイ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ）、トレポネーマ・パリズム（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ）、ビブリオ・コレラエ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ）、エルシニア・ペスティス（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ）、クロストリジウム・ボツリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、クロストリジウム・パーフリンゲンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・テタニ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、コリネバクテリウム・ジフテリアエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｕｍ）、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、スタフィロコッカス・エピデルミディス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・サプロフィティカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、ストレプトコッカス・アガラクティエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレプトコッカス・ニューモニエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、クラミジア・ニューモニエ（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、クラミジア・シッタシ（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｓｉｔｔａｃｉ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、マイコバクテリウム・レプラエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ）、マイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、及びマイコプラズマ・ニューモニエ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）からなる群から選択される細菌を検出、同定、及び／又は定量する請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１つ又はすべてのステップが、生体内、インビトロ、又はインサイチュで行われる請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
連続的に実行されうる請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）が、ポリエチレングリコール、ポリビニルアルコール、ポリアクリル酸、ポリメタクリル酸、ポリアクリルアミド、及びポリビニルピロリドンからなる群から選択される１つ以上からさらに構成される少なくとも１つのスペーサーを含む請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）が、金属、半導体材料、及びポリマー化合物からなる群から選択される１つ以上から構成される少なくとも１つの有機又は無機材料に結合する請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
処理能力を有する装置によって実行されたときに請求項５のステップｂ’’’）の前記分析を行うように適合された命令を有するコンピューター可読記録媒体を含むコンピュータープログラム製品。
【請求項２４】
前記コンピュータープログラム製品が、得られた結果について比率分析若しくは多変量解析又は機械学習を行うように適合された請求項２３に記載のコンピュータープログラム製品。
【請求項２５】
前記基本多変量解析が、主成分分析（ＰＣＡ）、及び階層的クラスタリングからなる群から選択される且つ／又は機械学習が、回帰法、好ましくは、線形判別分析である請求項２３又は２４に記載のコンピュータープログラム製品。
【請求項２６】
発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）と接触した試料から集められた検出信号のアルゴリズム変換／数学的変換／統計的変換を実行する且つ／又は発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）と接触した試料からの検出信号をユーザーに提示するように適合された命令を有するコンピューター可読記録媒体を含み、好ましくは、
ａ’’’）データエクスポート機能；
ｂ’’’）先行請求項のいずれかに記載の発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）相互作用のデータが入っているデータベースとのデータ比較機能；
ｃ’’’）グラフ描画及び／又はデータ提示のための機能
を含む請求項２３〜２５のいずれか一項に記載のコンピュータープログラム製品。
【請求項２７】
請求項１〜２２のいずれか一項に言及された前記発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）並びに１つ以上の微生物、微生物ペプチド、又は微生物由来化合物の検出、同定、及び／又は定量にその発光性共役オリゴチオフェンを使用するための取扱説明書を含むキット。
【請求項２８】
１つ以上の微生物、微生物ペプチド、又は微生物由来化合物を検出、同定、及び／若しくは定量するための少なくとも１つの発光性共役オリゴチオフェン（ＬＣＯ）の使用。