【手続補正書】
【提出日】令和1年8月9日(2019.8.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍特異的Ｔ細胞調製物を提供するための方法であって、以下の工程：
ａ  腫瘍特異的Ｔ細胞クローンを以下により選択する工程：
−  患者から得られた腫瘍試料を提供する工程；
−  核酸単離工程において該腫瘍試料から核酸調製物を単離する工程；
−  該核酸調製物から複数のＴ細胞受容体核酸配列を得る工程又は該複数のＴ細胞受容体核酸配列によってコードされる複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列を得る工程；
−  配列選択工程において、前記複数のＴ細胞受容体核酸配列から腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列を選択する工程、又は前記複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列から腫瘍特異的Ｔ細胞受容体アミノ酸配列を選択する工程；
ｂ  腫瘍特異的Ｔ細胞クローンを以下により選別する工程：
−  前記患者から得られたリンパ球調製物を提供する工程；
−  前記選択された腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列又は前記選択された腫瘍特異的Ｔ細胞受容体アミノ酸配列を含む細胞を、単離工程において前記リンパ球調製物から単離する工程
を含む、腫瘍特異的Ｔ細胞調製物を提供するための方法。
【請求項２】
前記単離工程は、以下の工程：
−  前記リンパ球調製物を、前記選択された腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列又は前記選択されたＴ細胞受容体アミノ酸配列に対応するＴ細胞受容体のＶセグメント内に含まれるアミノ酸配列に特異的に結合することができる反応性リガンドと、接触させる工程であって、前記リガンドが検出可能な標識に結合し、及び前記リガンドは、１０−７、１０−８又は１０−９ｍｏｌ／ｌ以下の解離定数で前記アミノ酸配列に結合する工程、及び
−  前記リンパ球調製物から、前記検出可能な標識を有するＴ細胞を単離する工程
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記単離工程は、以下の工程：
−  前記リンパ球調製物を、前記選択された腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列に特異的に結合する核酸プローブと接触させる工程であって、前記核酸プローブが検出可能な標識に結合する工程、
−  前記リンパ球調製物から、前記検出可能な標識を有するＴ細胞を単離する工程
を含み、又は
前記単離工程は、以下の工程：
−  前記リンパ球調製物を複数の画分に分離する、分離工程、
−  前記複数の画分に含まれる細胞を細胞培養条件下で増殖させる、増殖工程、及び
−  前記選択された腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列又は選択された腫瘍特異的Ｔ細胞受容体アミノ酸配列を含む前記複数の画分の少なくとも１つの画分が選択される、選択工程
を含む、請求項１記載の方法。
【請求項４】
前記選択工程は、以下の工程：
−  前記複数の画分を、前記選択された腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列に特異的に結合する核酸プローブと接触させ、ここで前記核酸プローブが検出可能な標識に結合しており、かつ前記選択された腫瘍特異的Ｔ細胞受容体配列を含む画分を同定する工程、又は
−  前記複数の画分からＴ細胞受容体核酸配列を得て、及び前記選択された腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列を含む画分を同定する工程
を含む、請求項３記載の方法。
【請求項５】
前記配列選択工程は、以下の工程：
−  前記複数のＴ細胞受容体核酸配列又は前記複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列を整列させる工程；
−  前記複数のＴ細胞受容体核酸配列に含まれるＴ細胞受容体核酸配列、前記複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列に含まれるＴ細胞受容体アミノ酸配列を、複数の腫瘍試料クローン型に分類する工程であって、ここで、特定のクローン型内に含まれる核酸配列又はアミノ酸配列は、実質同一又は同一の配列を表す工程；
−  各クローン型に関連するＴ細胞受容体核酸配列の数を決定し、又は各クローン型に関連するＴ細胞受容体アミノ酸配列の数を決定し、それにより前記クローン型の各々についてクローン型頻度を取得する工程；
−  前記複数の腫瘍試料クローン型から腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで前記腫瘍特異的クローン型は、前記複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度のクローン型１００個のうちの１つである、及び／又は前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度１００個のクローン型のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体核酸配列によりコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるＴ細胞受容体アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である工程、及び
−  前記選択された腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体核酸配列を、前記腫瘍特異的受容体核酸配列として選択する工程、又は前記選択された腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体アミノ酸配列を、前記腫瘍特異的アミノ酸配列として選択する工程
を含む、請求項１〜４のいずれか一項を含む方法。
【請求項６】
更に以下の工程：
−  前記患者から得られた非腫瘍試料を提供する工程；
−  核酸単離工程において前記非腫瘍試料から核酸調製物を単離する工程；
−  前記核酸調製物から複数のＴ細胞受容体核酸配列を得て、又は該Ｔ細胞受容体核酸配列によってコードされる複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列を得て、複数の非腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列又は複数の非腫瘍特異的Ｔ細胞受容体アミノ酸配列を取得する工程；
−  前記複数の非腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列又は前記複数の非腫瘍特異的Ｔ細胞受容体アミノ酸配列を整列させる工程；
−  前記複数の非腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列又は前記複数の非腫瘍特異的Ｔ細胞受容体アミノ酸配列に含まれるＴ細胞受容体核酸配列を、複数の非腫瘍特異的クローン型に分類する工程であって、ここで、特定のクローン型に含まれるＴ細胞受容体核酸配列又はＴ細胞受容体アミノ酸配列は、同一又は実質的に同一の配列を表す工程、
−  前記複数の腫瘍試料クローン型から腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで、
・  前記腫瘍特異的クローン型は、該複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度のクローン型１００個のうちの１つであるか、又は該複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記複数の腫瘍試料クローン型の１００個の最大頻度のクローン型のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体核酸配列によりコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるＴ細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である、及び
・  前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの１００個の最大頻度のクローン型のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型は、前記非腫瘍試料中には存在しないか、又は前記腫瘍特異的クローン型の頻度の２０％、１５％、１０％、又は５％以下の頻度を示す非腫瘍特異的クローン型に割り当てることができる、工程
を含む、請求項５記載の方法。
【請求項７】
更に以下の工程：
−  前記患者から得られた血液試料を提供する工程；
−  核酸単離工程において該血液試料から核酸調製物を単離する工程；
−  該核酸調製物から複数のＴ細胞受容体核酸配列、又は該複数のＴ細胞受容体核酸配列によってコードされる複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列を得る工程； 
−  該複数のＴ細胞受容体核酸配列又は該複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列を整列させる工程；
−  該複数のＴ細胞受容体核酸配列に含まれるＴ細胞受容体核酸配列又はＴ細胞受容体アミノ酸配列を、複数の血液試料クローン型に分類する工程であって、ここで特定のクローン型内に含まれるＴ細胞受容体核酸配列又はＴ細胞受容体アミノ酸配列は同一又は実質的に同一の配列を表す工程；
−  前記複数の腫瘍試料クローン型から腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで、
・  前記腫瘍特異的クローン型は、該複数の腫瘍試料のうち最大頻度のクローン型１００個のうちの１つであるか、又は該複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、該複数の腫瘍試料クローン型の１００個の最大頻度のクローン型のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体核酸配列によりコードされるＴ細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるＴ細胞受容体アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である、及び
・  前記複数の腫瘍試料のうちの１００個の最大頻度のクローン型のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型は、前記１つの腫瘍特異的クローン型の頻度未満の頻度を示す血液試料クローン型に割り当てることができる、工程
を含む、請求項５又は６記載の方法。
【請求項８】
更に以下の工程：
−  前記患者から得られた無細胞試料を提供する工程；
−  核酸単離工程において該無細胞試料から核酸調製物を単離する工程；
−  該核酸調製物から複数のＴ細胞受容体核酸配列、又は該複数のＴ細胞受容体核酸配列によってコードされる複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列を得る工程； 
−  該複数のＴ細胞受容体核酸配列又は該複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列を整列させる工程；
−  該複数のＴ細胞受容体核酸配列に含まれるＴ細胞受容体核酸配列又は該複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列に含まれるＴ細胞受容体アミノ酸配列を、複数の無細胞試料クローン型に分類する工程であって、ここで特定のクローン型内に含まれるＴ細胞受容体核酸配列又はＴ細胞受容体アミノ酸配列は同一又は実質的に同一の配列を表す工程；
−  前記複数の腫瘍試料クローン型から腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで、
・  前記腫瘍特異的クローン型は、該複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度のクローン型１００個のうちの１つであるか、又は該複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、該複数の腫瘍試料クローン型の１００個の最大頻度のクローン型のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体核酸配列によりコードされるＴ細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるＴ細胞受容体アミノ酸配列を含む、複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である、及び
・  前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの１００個の最大頻度のクローン型のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型は、無細胞試料クローン型に割り当てることができる、工程
を含む、請求項５〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記複数の腫瘍試料クローン型のうち最大頻度のクローン型１００個のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型は、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記１００個の最大頻度の腫瘍特異的クローン型のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体核酸酸配列にコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるＴ細胞アミノ酸配列、又は前記１００個の最大頻度の腫瘍特異的クローン型のうちの前記１つの腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるＴ細胞アミノ酸配列
を含む、複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型
に割り当てることができる、請求項５〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記腫瘍試料クローン型の最大頻度のクローン型、又は前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記最大頻度の腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体配列にコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一又は実質的に同一であるＴ細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型が、選択され、ここで前記最大頻度のクローン型が、前記非腫瘍試料中には存在しないか、又は前記腫瘍特異的クローン型の頻度の、２０％、１５％、１０％、又は５％以下の頻度を示す非腫瘍クローン型に割り当てることができ、及び／又は前記各腫瘍試料クローン型の頻度未満の頻度を示す血液試料クローン型に割り当てることができ、及び／又は無細胞クローン型に割り当てることができ、及び／又は前記最大頻度の腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体核酸配列によりコードされるＴ細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるＴ細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型に割り当てることができる、
請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
更に以下の工程：
−  前記腫瘍試料から５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型を選択する工程であって、ここで、
・  前記選択された腫瘍特異的クローン型は、該最大頻度のクローン型１００個のうちの５、１０、１５又は２０個であって、前記複数の腫瘍試料クローン型のうち該５個の最大頻度のクローン型、該１０個の最大頻度のクローン型、該１５個の最大頻度のクローン型、該２０個の最大頻度のクローン型であるか、及び／又は前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型であって、これは、前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型のいずれか１つに含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列のうちの１つのＴ細胞受容体核酸配列によってコードされるＴ細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるＴ細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型である、及び／又は
・  前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型は、非腫瘍試料中には存在しないか、又は前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型の頻度の、２０％、１５％、１０％、又は５％以下の頻度を表す非腫瘍特異的クローン型に割り当てることができる、及び／又は
・  前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型は、前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型の頻度未満の頻度を示す血液試料クローン型に割り当てることができる、及び／又は
・  前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型は、無細胞試料クローン型に割り当てることができる、及び／又は
・  前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型は、前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの別のクローン型に割り当てることができ、これは、前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体配列のうちの前記Ｔ細胞受容体核酸配列のいずれか一つにコードされるＴ細胞受容体アミノ酸と同一又は実質的に同一であるＴ細胞アミノ酸配列を含む、前記複数の腫瘍試料クローン型の中の別のクローン型に割り当てることができる、
請求項５〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
−  前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの、前記１００個の最大頻度のクローン型のうちの１つ、前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型のうちのいずれか１つが、以下の場合に非腫瘍特異的クローン型に割り当てられ、これは、前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列の中のＴ細胞受容体核酸配列にコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列、又は前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列のうちの１つのＴ細胞アミノ酸配列が、前記非腫瘍試料クローン型に含まれるＴ細胞受容体核酸配列によりコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合、又は前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体アミノ酸配列のＴ細胞アミノ酸配列が、前記非腫瘍試料クローン型に含まれるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合である、及び／又は
−  前記複数の腫瘍試料クローン型のうちの、前記１００個の最大頻度のクローン型のうちの１つ、前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型のうちのいずれか１つが、以下の場合に血液試料クローン型に割り当てられ、これは、前記腫瘍特異的クローン型に含まれるＴ細胞受容体配列にコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列が、前記血液試料クローン型に含まれるＴ細胞受容体核酸配列によりコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合、又は前記腫瘍特異的クローン型に含まれるＴ細胞アミノ酸配列が、前記血液試料クローン型に含まれるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合である、及び／又は
−  前記複数の腫瘍試料クローン型のうち前記最大頻度のクローン型１００個のうちの１つ、前記選択された５、１０、１５又は２０個の腫瘍特異的クローン型のうちのいずれか１つが、以下の場合に無細胞試料クローン型に割り当てられ、これは、前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞受容体核酸配列の中のＴ細胞受容体核酸配列にコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列が、前記無細胞試料クローン型に含まれるＴ細胞受容体核酸配列によりコードされるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合、又は前記腫瘍特異的クローン型に含まれる前記複数のＴ細胞アミノ酸配列のうちのＴ細胞アミノ酸配列が、前記無細胞試料クローン型に含まれるＴ細胞受容体アミノ酸配列と同一である場合である、
請求項５〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記核酸単離工程は、以下の工程：
ａ．  前記腫瘍試料からＴ細胞を単離し、前記単離されたＴ細胞から核酸を単離する工程、及び／又は
ｂ．  Ｔ細胞受容体核酸配列を特異的に増幅する核酸増幅反応を行う工程
を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記腫瘍特異的Ｔ細胞受容体核酸配列は、ヒトＴ細胞受容体の鎖のＣＤＲ３領域をコードし、又は前記腫瘍特異的Ｔ細胞受容体アミノ酸配列は、ヒトＴ細胞受容体の鎖のＣＤＲ３領域に含まれるか、又はそのものである、
請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。