【誤訳訂正書】
【提出日】令和1年10月10日(2019.10.10)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０００４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０００４】
本発明の技術は、核酸試験分析のような連続分析を実施する方法および装置に関する。幾つかの実施態様は、自動機器において実施する１種以上の試験標本に関する連続分析に関する。本明細書において提示する技術の幾つかの実施態様においては、自動機器において複数の試験標本の分析の信頼性の改良および使用の容易性を可能にする複数のサンプルに関する自動分析の実施方法を提供する。これらの方法は、a) １種以上の標的分析物に関連する上記複数の試験標本に由来する複数のサンプルを１以上のそれぞれの分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を準備する段階；b) 試験すべき複数のサンプルを準備する段階；c) 試験すべき上記複数のサンプルの各々の第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に自動的に移す段階；d) 上記複数のサンプルの一部に関する上記第１の試験を第１の分析ワークフローに従って自動的に実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；e) 上記第１の標的分析物の存在を決定した上記複数のサンプルからサブセットサンプルを選択する段階；f) 第２の標的分析物の存在を決定するため、段階e)からの選択したサンプルサブセットの第２の部分を、第２の分析ワークフローに従って第２試験用の試薬を含む第２容器に自動的に移す段階；および、g) 選択したサンプルサブセットの前記第２の部分に関する前記第２の試験を自動的に実施する段階を含み得る。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１２】
また、本明細書においては、それぞれ複数の試験標本に由来する複数のサンプルに関する自動分析を実施する装置も提示し、該装置は、複数のサンプルを１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を含む；該機器は、複数の試験ストリップ、プロセッサ、記憶容量、および自動分析を実施するためのプログラムを含み、該プログラムは、以下各段階に関する命令を含む：a) 複数のサンプルを１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を準備する段階(該機器は、複数の試験ストリップを含む)；b) 各サンプルの第１の部分を、第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に自動的に移す段階；c) 上記第１試験を実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；d) 上記各サンプルの第２の部分または上記各サンプルの選択されたサブセットを、第２試験用の試薬を含むそれぞれの第２容器に自動的に移す段階；および、e) 上記各サンプルの上記第２の部分をまたは上記各サンプルの選択したサブセットに関する第２試験を実施して第２標的分析物の存在を決定する段階。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１６】
また、本明細書においては、複数の試験標本に関する反射試験(reflex testing)の実施方法も提示する；該方法は、a) 試験すべき複数の試験標本を準備する段階；b) 上記複数試験標本を処理してそれぞれ複数のサンプルを取得する段階；c) 試験すべき上記複数のサンプルの各々の第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に移す段階；d) 上記複数のサンプルの一部に関する上記第１試験を実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；e) 上記第１の標的分析物の存在を決定した上記複数のサンプルからサブセットサンプルを反射試験において選択する段階；f) 第２の標的分析物の存在を決定するため、段階e)からの選択したサンプルサブセットの第２の部分を、第２試験用の試薬を含む第２容器に移す段階；および、g) 選択したサンプルサブセットの上記第２の部分に関する上記第２の試験を実施する段階を含む。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１７】
上記方法の幾つかの実施態様においては、上記第１試験は、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）と黄色ブドウ球菌の同時検出に関する試験を含み；上記第２試験は、ムピロシン耐性に対する決定因子の検出のための試験を含む。幾つかの実施態様においては、ムピロシン耐性に対する上記決定因子はmupA遺伝子を含む。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１８】
また、本明細書においては、１種の試験標本に関する反射試験を実施する方法も提示する；該方法は、a) 試験すべき試験標本を準備する段階；b) 上記試験標本を処理してそれぞれのサンプルを取得する段階；c) 試験すべき上記サンプルの第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１の試験用の試薬を含む第１容器に移す段階；d) 上記サンプルの上記第１の部分に関する上記第１試験を実施して上記第１の標的分析物の存在を決定する段階；f) 上記第１標的分析物を上記サンプルの上記第１の部分において検出した場合、第２の標的分析物の存在を決定するため、上記サンプルの第２の部分を、第２試験用の試薬を含む第２容器に移す段階；および、g) 上記サンプルの上記第２の部分に関する上記第２試験を実施する段階を含む。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１９】
上記方法の幾つかの実施態様においては、上記第１試験は、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌と黄色ブドウ球菌の同時検出に関する試験を含み；上記第２試験は、ムピロシン耐性に対する決定因子の検出のための試験を含む。幾つかの実施態様においては、ムピロシン耐性に対する上記決定因子はmupA遺伝子を含む。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２３】
診断試験は、本来、仮説主導性(hypothesis-driven)である。特定の分析物に関するサンプルの試験のような仮説主導試験を実施する場合、その試験の結果は、もう１つのターゲットについての試験、即ち、反射試験の必要性に至り得る。しかしながら、多くの場合、原サンプルのサブセットを試験することのみが有用であり、サンプル全てを試験するにはコスト効率性ではない。例えば、臨床環境においては、１種以上の病原体に関する試験標本を試験することが望ましくあり得る。試験によって特定の病原体の存在が明らかになった場合、さらなる試験を実施すること、例えば、抗生物質耐性決定因子の存在を決定することが望ましくあり得る。例えばその試験標本を特定の病原体の存在を指示する分析物について陽性であると試験した患者からさらなる試験用の追加の試験標本を入手することは、困難であり得、望ましいさらなる試験を遅らせ得る。試験用の複数の試験標本を入手することの潜在的な困難性に加え、複数試験標本を試験する場合、患者試験標本または試験(例えば、核酸試験)用の試験標本から調製したサンプルを新たな反応容器へ移すための手作業による処方は、間違いの元或いは非効率且つ労働集約的であり得る。さらに、試験標本を、試験する前に処理する必要がある場合、処理に関連するコスト(例えば、試薬等)を最低限にすることが望ましい。従って、反射試験を自動化した形で実施する改良された方法に関する多大な要求が存在する。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２８】
幾つかの実施態様においては、上記の試験、例えば、本明細書において説明する第１試験および反射試験は、試験標本またはサンプル中の標的分析物の存在を決定する試験である。本明細書において使用するとき、用語“標的分析物”とは、例えば、標的核酸、標的タンパク質または興味ある他の標的分子のような興味ある各種タイプの分析物を称し得る。幾つかの実施態様においては、本明細書において説明する装置および方法は、標的核酸の存在を決定する反射試験を実施するのに使用する；但し、熟練技術者であれば、本明細書において開示する各実施態様は、他のタイプの標的分析物についての試験に容易に適応させ得ることは承知しているであろう。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２９】
上記によれば、本明細書において提示する各実施態様は、有利なことに、試験標本およびサンプルを標的分析物について自動的に試験する改良された方法を提供する。複数のサンプルに関する自動分析の実施方法。幾つかの実施態様においては、上記方法は、a) １種以上の標的分析物に関する上記複数の試験標本に由来する複数のサンプルを１以上のそれぞれの分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器を準備すること；b) 試験すべき複数のサンプルを準備すること；c) 試験すべき上記複数のサンプルの各々の第１の部分を、第１の標的分析物に関する第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に自動的に移す段階；d) 上記複数のサンプルの一部に関する上記第１の試験を第１の分析ワークフローに従って自動的に実施して第１の標的分析物の存在を決定する段階；e) 上記第１の標的分析物の存在を決定した上記複数のサンプルからサブセットサンプルを選択すること；f) 第２の標的分析物の存在を決定するため、段階e)からの選択したサンプルサブセットの第２の部分を、第２の分析ワークフローに従って第２試験用の試薬を含む第２容器に自動的に移すこと；および、g) 選択したサンプルサブセットの上記第２の部分に関する上記第２の試験を自動的に実施することを可能にする。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４４】
核酸試験(NAT)アッセイおよびNAT用の試薬
上述したように、本明細書において説明する試験は、例えば、核酸試験を含み得る。幾つかの実施態様においては、上記試験は、サンプル中の標的核酸配列に関する試験を含む。限定するものではないが、核酸増幅反応を含む試験のような幾つかの形態の核酸試験が、本明細書において開示する実施態様において有用である。数通りの核酸増幅反応が既知であって、本明細書において開示する各実施態様に従って標的核酸の存在を決定するのに使用し得る。核酸増幅方法としては、限定するものではないが、以下がある：ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)；鎖置換増幅(SDA)、例えば、多置換増幅(MDA)；ループ等温増幅(LAMP)；リガーゼ連鎖反応(LCR)；免疫増幅；および、転写介在増幅(TMA)、核酸配列増幅(NASBA)、自家持続配列複製(3SR)およびローリングサークル増幅のような種々の転写増幅手順。例えば、Mullis、"Process for Amplifying, Detecting, and/or Cloning Nucleic Acid Sequences"、米国特許第4,683,195号；Walker、"Strand Displacement Amplification"、米国特許第5,455,166号；Dean等、“Multiple displacement amplification”、米国特許第6,977,148号；Notomi等、"Process for Synthesizing Nucleic Acid"、米国特許第6,410,278号；Landegren等、米国特許第4,988,617号、"Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids"；Birkenmeyer、"Amplification of Target Nucleic Acids Using Gap Filling Ligase Chain Reaction"、米国特許第5,427,930号；Cashman、"Blocked-Polymerase Polynucleotide Immunoassay Method and Kit"、米国特許第5,849,478号；Kacian等、"Nucleic Acid Sequence Amplification Methods"、米国特許第5,399,491号；Malek等、"Enhanced Nucleic Acid Amplification Process"、米国特許第5,130,238号；Lizardi等、BioTechnology, 6:1197 (1988)；Lizardi等、米国特許第5,854,033号、“Rolling circle replication reporter systems”を参照されたい。幾つかの実施態様においては、上記の核酸増幅法の２以上を、例えば、連続して実施する。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４８】
機器および装置
また、本明細書においては、自動分析を実施するシステムも提示する；該システムは、複数の試験標本またはサンプルを上記で説明した１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定した自動機器を含む。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４９】
また、上記システムは、プロセッサ、記憶容量、および自動分析を実施するためのプログラムを含む。例えば、上記プログラムは、複数のサンプルを本明細書において説明する１以上の分析ワークフローに従って受入れ且つ処理するように設定された自動機器に対する命令を含む。上記プログラムは、複数のサンプルを１以上のワークフローに従って受入れ且つ処理し、これらのサンプルを複数の試験ストリップ上で準備すること；各サンプルの第１の部分を、第１の試験用の試薬を含むそれぞれ複数の第１容器に自動的に移すこと；上記第１試験を実施して第１の標的分析物の存在を決定すること；上記各サンプルの第２の部分または上記各サンプルの選択されたサブセットを、第２試験用の試薬を含むそれぞれの第２容器に自動的に移すこと；および、上記各サンプルの上記第２の部分をまたは上記各サンプルの選択したサブセットについての第２試験を実施して第２標的分析物の存在を決定することに関する命令を含み得る。
【誤訳訂正１３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７０】
もう１つの典型的な実施態様は、嚢胞性線維症を示すまたは示す疑いのある対象者からの試験標本の試験に関する。例えば、第１試験を対象者からのサンプルまたは試験標本に対して実施して、標的分析物、例えば、緑膿菌(Psuedomonas aeruginosa)および/またバークホルデリア・セパシア(Burkholderia cepacia)と関連する標的核酸配列の存在について試験する。本明細書において説明する各実施態様において有用な緑膿菌および/またはバークホルデリア・セパシアの検出のためのアッセイの非限定的な例としては、例えば、Spilker et al. (2004), J. Clin. Microbiol. 42(5):2074−2079およびVonberg et al., (2006), J. Med. Micriobiol. 55(Pt. 6):721−727に記載されているアッセイがある。いずれかの病原体について陽性として試験しているサンプルにおいては、抗生物質耐性決定基についての反射試験、例えば、テトラサイクリン、ナリジクス酸、ノルフロアシン(norfloacin)、クロラムフェニコール、シルプフロキサシン(cirpfloxacin)等を示す標的核酸を決定する試験を実施し得る。