【手続補正書】
【提出日】平成31年1月15日(2019.1.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体が前立腺癌に罹患するリスクを評価するためのin vitro方法であって、前記被験体からの尿サンプルにおいて、hsa-miR-222-3p, hsa-miR-24-3p, hsa-miR-30a-5pおよびhsa-miR-30c-5pからなるmiRの群から選択される少なくとも2つのmiRの発現レベルを測定することを含み、健康なドナーと比較して前記少なくとも2つのmiRの変化した発現レベルが、前記被験体が前立腺癌に罹患している確率が高いことを示す方法。
【請求項２】
hsa-let-7a-5p, hsa-let-7b-5p, hsa-let-7c-5p, hsa-let-7e-5p, hsa-let-7f-5p, hsa-let-7g-5p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-106a-5p, hsa-miR-10a-5p, hsa-miR-10b-5p, hsa-miR-1238-3p, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-1260a, hsa-miR-130a-3p, hsa-miR-132-3p, hsa-miR-135a-5p, hsa-miR-135b-5p, hsa-miR-136-5p, hsa-miR-140-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-146a-5p, hsa-miR-148a-3p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-151a-5p, hsa-miR-15b-5p, hsa-miR-16-5p, hsa-miR-191-5p, hsa-miR-1972, hsa-miR-19a-3p, hsa-miR-19b-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-200b-3p, hsa-miR-200b-5p, hsa-miR-200c-3p, hsa-miR-203a, hsa-miR-204-5p, hsa-miR-205-5p, hsa-miR-20a-5p, hsa-miR-210, hsa-miR-223-3p, hsa-miR-22-5p, hsa-miR-23a-3p, hsa-miR-23b-3p, hsa-miR-25-3p, hsa-miR-26a-5p, hsa-miR-27b-3p, hsa-miR-29a-3p, hsa-miR-29b-3p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-30b-5p, hsa-miR-30e-5p, hsa-miR-31-3p, hsa-miR-31-5p, hsa-miR-320a, hsa-miR-320b, hsa-miR-320c, hsa-miR-331-3p, hsa-miR-362-3p, hsa-miR-362-5p, hsa-miR-363-3p, hsa-miR-375, hsa-miR-378a-3p, hsa-miR-425-3p, hsa-miR-425-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-490-3p, hsa-miR-660-5p, hsa-miR-93-5p, hsa-miR-99a-5pおよびhsa-miR-99b-5pからなる群から選択されるmiRの発現レベルを測定することを更に含む、請求項1に記載のin vitro方法。
【請求項３】
少なくとも2つのmiRが3、4、5またはそれ以上のmiRである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記miRが、hsa-miR-30c-5p, hsa-miR-222-3pおよびhsa-miR-24-3pである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記miRが、hsa-miR-30a-5p, hsa-miR-222-3pおよびhsa-miR-24-3pである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
発現レベルが正規化された発現レベルである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
発現レベルは正規化された発現レベルであり、正規化は、hsa-miR-20a-5p, hsa-miR-30b-5p, hsa-let-7a-5p, hsa-miR-27b-3pおよびhsa-miR-23b-3pという5つのmiRsの平均正規化値を計算することによって行われる、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
発現レベルは正規化された発現レベルであり、正規化は、hsa-miR-200b-3p, hsa-miR-27b-3pおよびhsa-miR-30b-5pという3つのmiRsの平均正規化値を計算することによって行われる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記miRの発現レベルは、前記尿サンプルから調製されたエキソソーム調製物中で測定される、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前立腺癌のリスクを評価される被験体は、事前の標準的な前立腺特異抗原（PSA）測定による血清PSAレベルが10ng/mL未満であることによって特徴付けられる、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記尿サンプルは、尿を採取する直前に前立腺マッサージを受けた被験体からのものである、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記被験体が前立腺癌に罹患しているリスクの評価は、前記試料中の前記少なくとも2つのmiRのレベルを検出し、前記少なくとも2つのmiRの発現レベルデータを含むデータセットに基づく診断スコア（S）を算出することを含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記miRの発現レベルは、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（Q-PCR）の方法によって決定される、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
診断スコアSは、hsa-miR-30c-5pの発現レベル対hsa-miR-31-5pの発現レベルの比として算出される、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記診断スコアSは、hsa-miR-24-3pおよびhsa-miR-222-3pの発現レベル対hsa-miR-30a-5pの発現レベルの比として算出される、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記診断スコアSは、hsa-miR-24-3pおよびhsa-miR-222-3pの発現レベル対hsa-miR-30c-5pの発現レベルの比として算出される、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記診断スコアSが下記式により計算される:
【数１】
2018504915.tif 000001
（式中、「C」は閾値サイクル値（Ct）または交差点値（Cp）であり、XおよびYは線形回帰によって決定される係数である）
請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記診断スコアSが下記式により計算される:
【数２】
2018504915.tif 000002
（式中、「C」は、hsa-miR-24-3p, hsa-miR-222-3pおよびhsa-miR-30a-5pのそれぞれの定量的リアルタイムPCR（qRT-PCR）によって得られた閾値サイクル値（Ct）または交差点値（Cp）である）
請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記診断スコアSが下記式により計算される:
【数３】
2018504915.tif 000003
（式中、「C」は、hsa-miR-24-3p, hsa-miR-222-3pおよびhsa-miR-30c-5pのそれぞれの定量的リアルタイムPCR（qRT-PCR）によって得られた閾値サイクル値（Ct）または交差点値（Cp）である）
請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記診断スコアSが下記式により計算される:
【数４】
2018504915.tif 000004
（式中、X = (X1,…,Xp)は、各個々のサンプルについての正規化値から各個々のサンプルについての生データCq値を減算することによって得られた特定のmicroRNAアッセイのΔCq値であり、β0,…,βpは最尤法により推定された係数である）
請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項２１】
前立腺癌治療を必要とする患者を治療する方法であって、患者が前立腺癌に罹患する確率が増加しているかどうかを判定するために、請求項1〜20のいずれか一項に記載の診断テストを実行し、この情報に基づいて患者のための適切な治療法を選択することを含む方法。
【請求項２２】
被験体が前立腺癌に罹患するリスクをin vitroで評価するためのキットであって、前記験体からの尿サンプルにおいて、hsa-miR-222-3p, hsa-miR-24-3p, hsa-miR-30a-5pおよびhsa-miR-30c-5pからなるmiRの群から選択される少なくとも2つのmiRの発現レベルの測定に必要な試薬のアリコートを含み、ここで、健康なドナーと比較して前記少なくとも2つのmiRの変化した発現レベルが、前記被験体が前立腺癌に罹患している確率が高いことを示す、キット。
【請求項２３】
hsa-let-7a-5p, hsa-let-7b-5p, hsa-let-7c-5p, hsa-let-7e-5p, hsa-let-7f-5p, hsa-let-7g-5p, hsa-miR-100-5p, hsa-miR-106a-5p, hsa-miR-10a-5p, hsa-miR-10b-5p, hsa-miR-1238-3p, hsa-miR-125b-5p, hsa-miR-1260a, hsa-miR-130a-3p, hsa-miR-132-3p, hsa-miR-135a-5p, hsa-miR-135b-5p, hsa-miR-136-5p, hsa-miR-140-3p, hsa-miR-141-3p, hsa-miR-142-3p, hsa-miR-146a-5p, hsa-miR-148a-3p, hsa-miR-151a-3p, hsa-miR-151a-5p, hsa-miR-15b-5p, hsa-miR-16-5p, hsa-miR-191-5p, hsa-miR-1972, hsa-miR-19a-3p, hsa-miR-19b-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-200b-3p, hsa-miR-200b-5p, hsa-miR-200c-3p, hsa-miR-203a, hsa-miR-204-5p, hsa-miR-205-5p, hsa-miR-20a-5p, hsa-miR-210, hsa-miR-223-3p, hsa-miR-22-5p, hsa-miR-23a-3p, hsa-miR-23b-3p, hsa-miR-25-3p, hsa-miR-26a-5p, hsa-miR-27b-3p, hsa-miR-29a-3p, hsa-miR-29b-3p, hsa-miR-29c-3p, hsa-miR-30a-3p, hsa-miR-30b-5p, hsa-miR-30e-5p, hsa-miR-31-3p, hsa-miR-31-5p, hsa-miR-320a, hsa-miR-320b, hsa-miR-320c, hsa-miR-331-3p, hsa-miR-362-3p, hsa-miR-362-5p, hsa-miR-363-3p, hsa-miR-375, hsa-miR-378a-3p, hsa-miR-425-3p, hsa-miR-425-5p, hsa-miR-455-3p, hsa-miR-490-3p, hsa-miR-660-5p, hsa-miR-93-5p, hsa-miR-99a-5pおよびhsa-miR-99b-5pからなる群から選択されるmiRの発現レベルの測定に必要な試薬アリコートを更に含む、請求項２２に記載のキット。
【請求項２４】
少なくとも２つのmiRがhsa-miR-30c-5p, hsa-miR-222-3pおよびhsa-miR-24-3pから選択される、請求項２２または２３に記載のキット。
【請求項２５】
少なくとも２つのmiRがhsa-miR-30a-5p, hsa-miR-222-3pおよびhsa-miR-24-3pから選択される、請求項２２または２３に記載のキット。
【請求項２６】
1つまたはそれ以上の健常コントロール(s)からのmiRNA発現データの少なくとも1つの参照セットをさらに含む、請求項２１〜２５のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２７】
前記尿サンプルのエキソソーム調製物を得るために必要な試薬をさらに含む、請求項２２〜２６のいずれか一項に記載のキット。