【手続補正書】
【提出日】平成19年1月22日(2007.1.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
上記菌株のうち、ＦＥＲＭ番号が記載されているものは、独立行政法人産業技術総合研究所特許生物寄託センター（日本国茨城県つくば市東１丁目１番地１  中央第６）に寄託されており、各番号を参照して分譲を受けることができる。
上記菌株のうち、ＡＴＣＣ番号が記載されているものは、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（P.O.Box 1549 Manassas, VA 20110, the United States of America）に寄託されており、各番号を参照して分譲を受けることができる。
上記菌株のうち、ＩＦＯ番号が記載されているものは、財団法人発酵研究所（日本国大阪市淀川区十三本町２丁目１７−８５）に寄託されており、各番号を参照して分譲を受けることができる。
上記菌株のうち、ＮＢＲＣ番号が記載されているものは、独立行政法人製品評価機構生物遺伝資源部門（日本国千葉県木更津市かずさ鎌足２−５−８）に寄託されており、各番号を参照して分譲を受けることができる。
上記の菌株のうち、ＤＳＭＺ番号が記載されているものは、Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (German Collection of Microorganisms and Cell Cultures)（Mascheroder Weg 1b, 38124 Braunschweig, Germany)に寄託されており、各番号を参照して分譲を受けることができる。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
上記菌株のように、ＦＥＲＭ番号が記載されているものは、独立行政法人産業技術総合研究所特許微生物寄託センター（〒３０５−８５６６  日本国茨城県つくば市東１−１−１  中央第６）に寄託され、受託番号が付与された微生物である。アルカリゲネス  フェカリス  ＦＥＲＭ  Ｐ−８４６０は、１９８５年９月３０日に寄託がされ、受託番号ＦＥＲＭ  Ｐ−８４６０が付与された微生物である。プロピオニバクテリウム  シェルマーニ  ＦＥＲＭ  Ｐ−９７３７は、１９８７年１２月４日に原寄託がされ、２００２年７月１日にブダペスト条約に基づく国際寄託に移管され、受託番号ＦＥＲＭ  ＢＰ−８１００が付与された微生物である。キサントモナス  マルトフィリア  ＦＥＲＭ  ＢＰ−５５６８は、１９９５年６月１４日に原寄託がなされ、１９９６年６月１４日にブダペスト条約に基づく国際寄託に移管されている。ブレビバクテリウム  ミヌティフェルナ  ＦＥＲＭ  ＢＰ−８２７７は、２００３年１月２０日にブダペスト条約に基づく国際寄託に委託されている。エシェリヒア  コリ  ＦＥＲＭ  ＢＰ−８２７６は、２００３年１月２０日にブダペスト条約に基づく国際機関に委託されている。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４９】
また、本発明のＤＮＡである配列番号２２に記載の塩基番号６１〜１９９５の塩基配列からなるＤＮＡは、タキセオバクター  ゲルプルプルアッセンス  ＤＳＭＺ  １１１１６株（寄託機関；Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (German Collection of Microorganisms and Cell Cultures、寄託先住所；Mascheroder Weg 1b, 38124 Braunschweig, Germany）より単離されたものである。配列番号２２に記載の塩基番号６１〜１９９５の塩基配列からなるＤＮＡは、コードシーケンス（ＣＤＳ）部分である。塩基番号６１〜１９９５の塩基配列には、シグナル配列領域と成熟タンパク質領域とが含まれている。シグナル配列領域は塩基番号６１〜１２６の領域であり、成熟タンパク質領域は塩基番号１２７〜１９９５の領域である。すなわち、本発明は、シグナル配列を含むペプチド酵素タンパク質遺伝子と、成熟したタンパク質としてのペプチド酵素タンパク質遺伝子の双方を提供する。配列番号２２に記載の配列に含まれるシグナル配列は、リーダー配列の類であり、当該リーダー配列領域にコードされるリーダーペプチドの主たる機能は、細胞膜内から細胞膜外に分泌させることにあると推定される。塩基番号１２７〜１９９５でコードされるタンパク質、すなわちリーダーペプチドを除く部位が成熟タンパク質であり、高いペプチド生成活性を示すと推定される。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５３】
本発明で用いることができる酵素をコードするＤＮＡは、エンペドバクター  ブレビス、スフィンゴバクテリウム  エスピー、ペドバクター  ヘパリナス、タキセオバクター  ゲルプルプルアッセンス、サイクロバクテリウム  マリナム、もしくはサイクロセルペンス  ブルトネンシスなどの染色体ＤＮＡ、もしくはＤＮＡライブラリーから、ＰＣＲ（polymerase chain reaction、White,T.J. et al;Trends Genet., 5, 185(1989)参照）またはハイブリダイゼーションによって取得することができる。ＰＣＲに用いるプライマーは、上記（３）の欄で説明したようにして精製されたペプチド生成酵素に基づいて決定された内部アミノ酸配列に基づいて設計することができる。また、本発明によりペプチド生成酵素遺伝子（配列番号５、配列番号１１、配列番号１７、配列番号２２、配列番号２４および配列番号２６）の塩基配列が明らかになったので、これらの塩基配列に基づいてプライマーまたはハイブリダイゼーション用のプローブを設計することもでき、プローブを使って単離することもできる。ＰＣＲ用のプライマーとして、５'非翻訳領域及び３'非翻訳領域に対応する配列を有するプライマーを用いると、本酵素のコード領域全長を増幅することができる。配列番号５に記載された、リーダー配列および成熟タンパク質コード領域の双方を含む領域を増幅する場合を例にとると、具体的には、５'側プライマーとしては配列番号５において塩基番号６１よりも上流の領域の塩基配列を有するプライマーが、３'側プライマーとしては塩基番号１９０８よりも下流の領域の塩基配列に相補的な配列を有するプライマーが挙げられる。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２０２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２０２】
(実施例１０）タキセオバクター  ゲルプルプルアッセンス（Taxeobacter gelupurpurascens）  ＤＳＭＺ  １１１１６株由来のペプチド生成酵素遺伝子の単離
以下、ペプチド生成酵素遺伝子の単離について述べるが、微生物はタキセオバクター  ゲルプルプルアッセンス  ＤＳＭＺ  １１１１６株（寄託機関；Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH (German Collection of Microorganisms and Cell Cultures、寄託先住所；Mascheroder Weg 1b, 38124 Braunschweig, Germany）を用いた。遺伝子の単離にはエシェリヒア  コリ（Escherichia coli）ＪＭ１０９を宿主に用い、ベクターはｐＵＣ１１８を用いた。