【手続補正書】
【提出日】平成20年7月11日(2008.7.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
核酸ポリマーの配列を決定する方法であり、
核酸ポリマーの相補鎖を形成することおよび
粒子線を使って核酸ポリマーおよび／または相補鎖におけるヌクレオチドの配列を同定することを含み、
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖がＤＮＡまたはＲＮＡであり；
任意に核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖を核酸ポリメラーゼ酵素により形成し；および／または
任意に核酸ポリマーの相補鎖をポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使って形成する、前記方法。
【請求項２】
核酸ポリマーおよび／または相補鎖のヌクレオチドを、標識を含むように修飾し、
任意に標識がヌクレオチド各種に特異的であり、好ましくはヌクレオチド特異的標識を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖形成中、核酸ポリマーおよび／または相補鎖中に取り込むか、またはヌクレオチド特異的標識が、核酸ポリマーおよび／または相補鎖形成後、核酸ポリマーおよび／または相補鎖のヌクレオチドに結合し；
任意に標識が１または２以上の原子を含み、好ましくは原子がハロゲン原子であり；
任意に標識が３または２以下の原子を含み、好ましくは標識が単一原子を含み；
任意に原子が単独でまたは全体で５５より大きい原子番号を有するか、又は原子が単独でまたは全体で５５以下の原子番号を有し；および／または
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を基質に固着させ、同定のステップの前に核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖のヌクレオチドを実質的に基質から除去し、標識ヌクレオチドの標識を基質に固着させたままにする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ヌクレオチドの配列を同定するステップが、粒子線を発生させ、核酸ポリマーおよび／または相補鎖を粒子線に曝露し、粒子線への特徴的変化によってヌクレオチドを同定することを含み、
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖のヌクレオチドを、標識を含むように修飾し；および／または
任意にヌクレオチドを同定するステップが、粒子線への特徴的変化を検出することを含み、好ましくは粒子線が軽粒子線であり、より好ましくは電子線である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
粒子線が軽粒子線であり、好ましくは電子線である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
核酸ポリマーおよび／または相補鎖を基質に固着させ、
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖の片端で基質に固着させ；
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖の両端で基質に固着させ；
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖に沿った複数の位置で基質に固着させ；
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、配列を同定する前に実質的に真っ直ぐにし、好ましくは核酸ポリマーおよび／または相補鎖を流体により真っ直ぐにし、より好ましくは流体が分子コーミングを含み、任意に流動体が１または２以上の液体、気体、位相またはそれらの組合せを含み、および／または
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を基質に付着させ、および基質に付着させたオリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションにより流体の中で真っ直ぐにする、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖におけるヌクレオチドを同定するステップが、核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖におけるヌクレオチドを検出するためのヌクレオチドとの相互作用による粒子線の変化を解釈することを含み、それにより核酸ポリマーの配列を決定し、
任意にヌクレオチドが標識され；
任意に粒子線の変化が、吸収、反射、偏向、エネルギーまたは方向の変化であり、
任意に粒子線の変化が、空間パターンの変化であり、好ましくは空間パターンが、一次元パターン、二次元パターンまたは三次元パターンである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
さらに相補鎖および／または核酸ポリマーを基質に付着させることを含み、
任意に付着が核酸配列特異的分子によるものであり、好ましくは核酸配列特異的分子がオリゴヌクレオチドであり；
任意に基質を誘導体化し、配列非特異的である付着点を提供し；
任意に相補鎖および任意に核酸ポリマーを格子パターンの基質に付着させ；および／または
任意に基質が炭素薄膜を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
ヌクレオチドの配列を同定するステップが、粒子線を使って核酸ポリマーおよび／または相補鎖の複数の走査を行うことを含み、
任意に少なくとも１００のヌクレオチドが、各走査において同定される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
核酸ポリマーの配列を決定する方法であり、
標識リボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチド三リン酸を使って核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖を合成すること、および
粒子線を使って核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖における標識リボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドを同定すること
を含み、
標識リボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドが、核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖に取り込まれたとき、粒子線を使って同定可能であり、
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖がＤＮＡまたはＲＮＡであり；
任意に核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖を核酸ポリメラーゼ酵素によって合成し、好ましくはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用し；
任意に標識が、各種のヌクレオチドに対して特異的であり、好ましくは標識を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖の合成に使われるリボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチド三リン酸に取り込むか、またはヌクレオチド特異的標識を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖へのリボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチド三リン酸の取り込み後、核酸ポリマーおよび／または相補鎖のヌクレオチドに結合させ；好ましくは標識が１または２以上の原子を含み、より好ましくは原子が単独でまたは全体で５５より大きい原子番号を有するか、または原子が単独でまたは全体で５５以下の原子番号を有し、および／または原子がハロゲン原子であり；
好ましくは標識が３または２以下の原子を含み、より好ましくは標識が単一原子を含み、および／または
任意に標識リボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドを同定するステップが、粒子線を発生させ、核酸ポリマーおよび／または相補鎖を粒子線に曝露し、粒子線への特徴的変化によってリボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドを同定することを含み、好ましくはリボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドを検出するステップが、粒子線への特徴的変化を検出することを含む、前記方法。
【請求項１０】
粒子線が軽粒子線であり、好ましくは軽粒子線が電子線である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
核酸ポリマーおよび／または相補鎖を基質に固着させ、
任意に同定のステップの前に、核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖のリボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドを実質的に基質から除去し、標識リボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドの標識を基質に固着させたままにし；
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖の片端で基質に固着させ；
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖の両端で基質に固着させ；
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖の全長に沿った複数の位置で基質に固着させ；
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、標識リボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドを同定する前に実質的に真っ直ぐにし、好ましくは核酸ポリマーおよび／または相補鎖を流体により真っ直ぐにし、より好ましくは流体が分子コーミングを含み、任意に流動体が１または２以上の液体、気体、位相またはそれらの組合せを含み；および／または
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を基質に付着させ、および基質に付着させたオリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションにより流体の中で真っ直ぐにする、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖における標識リボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドリン酸を同定するステップが、核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖における標識リボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドリン酸を検出するためのヌクレオチドとの相互作用による粒子線の変化を解釈することを含み、それにより核酸ポリマーの配列を決定し；
任意に粒子線の変化が、吸収、反射、偏向、エネルギーまたは方向の変化であり；および／または
任意に粒子線の変化が、空間パターンの変化であり、好ましくは空間パターンが、一次元パターン、二次元パターンまたは三次元パターンである、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
さらに相補鎖および／または核酸ポリマーを基質に付着させることを含み；
任意に付着が核酸配列特異的分子によるものであり、好ましくは核酸配列特異的分子がオリゴヌクレオチドであり；
任意に基質を誘導体化し、配列非特異的である付着点を提供し；
任意に相補鎖および任意に核酸ポリマーを格子パターンの基質に付着させ；および／または
任意に基質が炭素薄膜を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
標識リボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドリン酸を同定するステップが、粒子線を使って核酸ポリマーおよび／または相補鎖の複数の走査を行うことを含み、
任意に少なくとも１００のヌクレオチドが、各走査において同定される、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
核酸ポリマーの配列を決定する方法であり、
標識リボヌクレオチド三リン酸および／またはデオキシリボヌクレオチド三リン酸を使って核酸ポリマーの相補鎖を合成すること、
核酸ポリマーおよび／または相補鎖を基質に付着させること、
分子コーミングを使って核酸ポリマーおよび／または相補鎖を実質的に真っ直ぐにすること、
粒子線を発生させること、
基質上の相補鎖を通して核酸ポリマーおよび相補鎖を粒子線に曝露すること、および
相補鎖における標識ヌクレオチドを検出するための、ヌクレオチドとの相互作用による粒子線の変化を解釈し、それにより核酸ポリマーの配列を決定すること
を含む、前記方法。
【請求項１６】
核酸ポリマーの存在を検出するおよび／または同定する方法であり、
核酸ポリマーの相補鎖を形成すること、
相補鎖および、任意に、核酸ポリマーを基質に付着させること、および
粒子線を使って相補鎖および／または核酸ポリマーの存在を検出するおよび／または同定すること
を含み；
任意に同定するステップが、相補鎖および／または核酸ポリマーの長さを測定することまたは少なくとも部分配列を決定することを含み；
任意に核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖がＤＮＡまたはＲＮＡであり；
任意に核酸ポリメラーゼ酵素が、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼまたはＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼであり；
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖のヌクレオチドを、標識を含むよう修飾し、好ましくは標識が各種のヌクレオチドに対して特異的であり、より好ましくはヌクレオチド特異的標識を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖形成中、核酸ポリマーおよび／または相補鎖に取り込むか、またはヌクレオチド特異的標識を、核酸ポリマーおよび／または相補鎖形成後、核酸ポリマーおよび／または相補鎖のヌクレオチドに結合させる、および／または
好ましくは標識が１または２以上の原子を含み、より好ましくは原子が単独でまたは全体で５５より大きい原子番号を有するか、または原子が単独でまたは全体で５５以下の原子番号を有し、任意に原子がハロゲン原子であり、および／または
好ましくは標識が３または２以下の原子を含み、より好ましくは標識が単一原子を含み、および／または
さらに、相補鎖および／または核酸ポリマーの量を定量することを含む、方法。
【請求項１７】
粒子線を使って相補鎖および／または核酸ポリマーの存在を検出するおよび／または同定するステップが、粒子線を発生させ、核酸ポリマーおよび／または相補鎖を粒子線に曝露し、粒子線への特徴的変化によって相補鎖および／または核酸ポリマーのヌクレオチドを同定することを含み、
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖のヌクレオチドを、標識を含むよう修飾し、および／または
任意にヌクレオチドを検出するステップが、粒子線への特徴的変化を検出することを含み、好ましくは粒子線が軽粒子線であり、より好ましくは電子線である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
粒子線が軽粒子線であり、より好ましくは電子線である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、配列を検出する前に実質的に真っ直ぐにし、
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を、流体により真っ直ぐにし、好ましくは流体が、分子コーミングを含み、
任意に１または２以上の液体、気体、位相またはそれらの組合せを含み；および／または
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を基質に付着させ、および基質に付着させたオリゴヌクレオチドへのハイブリダイゼーションにより流体の中で真っ直ぐにする、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖におけるヌクレオチドを同定するステップが、核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖におけるヌクレオチドを検出するためのヌクレオチドとの相互作用による粒子線の変化を解釈することを含み、それにより核酸ポリマーの存在、長さおよび／または配列を決定し；
任意にヌクレオチドが標識されており、
任意に粒子線の変化が、吸収、反射、偏向、エネルギーまたは方向の変化であり、および／または
任意に粒子線の変化が、空間パターンの変化であり、好ましくは空間パターンが、一次元パターン、二次元パターンまたは三次元パターンである、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
さらに相補鎖および任意に核酸ポリマーを基質に付着させることを含み；
任意に核酸ポリマーおよび／または相補鎖を核酸配列特異的分子によって固着させ、
好ましくは核酸配列特異的分子がオリゴヌクレオチドであり、および／または
好ましくは核酸配列特異的分子を、核酸配列特異的分子の片端で基質に固着させ；および／または
好ましくは核酸配列特異的分子を、核酸配列特異的分子の両端で基質に固着させ；および／または
好ましくは核酸配列特異的分子を、核酸配列特異的分子全長に沿った複数の位置で基質に固着させ、より好ましくは相補鎖および任意に核酸ポリマーを格子パターンの基質に付着させ、および／または基質が炭素薄膜を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
実質的に粒子線に透明である基質、および基質表面の核酸ポリマー結合部位を含むデバイスであって；
任意に基質が、実質的に電子線に透明であり；
任意に基質が炭素薄膜を含み；
任意に実質的に粒子線に透明である支持体をさらに含み；
任意に基質が５ｎｍ厚未満であり、好ましくは基質が２ｎｍ厚未満であり、より好ましくは基質が１．５ｎｍ厚未満であり、さらに好ましくは基質が１．１ｎｍ厚未満であり、
任意に核酸ポリマー結合部位が格子パターンであり；
任意に核酸ポリマー結合部位が配列特異的であり、好ましくは配列特異的核酸ポリマー結合部位がオリゴヌクレオチドであり、
任意に核酸ポリマー結合部位が配列特異的ではなく；および／または
任意に核酸ポリマー結合部位に固着させた１または２以上の核酸ポリマーをさらに含み、好ましくは１または２以上の核酸ポリマーを、標識を含むように修飾する、前記デバイス。
【請求項２３】
実質的に粒子線に透明である基質を得ること、および
基質表面に核酸ポリマー結合部位を形成すること
を含む、デバイスを作る方法であって、
任意に基質が実質的に電子線に透明であり；
任意に結合部位を基質表面の所定の位置に形成し；
任意に基質が炭素薄膜を含み；
任意に実質的に粒子線に透明である支持体を基質に付着させることをさらに含み；
任意に基質が５ｎｍ厚未満であり、好ましくは基質が２ｎｍ厚未満であり、より好ましくは基質が１．５ｎｍ厚未満であり、さらに好ましくは基質が１．１ｎｍ厚未満であり；
任意に核酸ポリマー結合部位を格子パターンに形成し；
任意に核酸ポリマー結合部位が配列特異的であり、好ましくは配列特異的核酸ポリマー結合部位がオリゴヌクレオチドであり；
任意に核酸ポリマー結合部位が配列特異的ではなく、および／または
任意に１または２以上の核酸ポリマーを核酸ポリマー結合部位に固着させることをさらに含み、好ましくは１または２以上の核酸ポリマーを標識を含むよう修飾する、前記方法。
【請求項２４】
核酸ポリマーの存在を検出するために、その配列を決定するためにおよび／またはそれを同定するために設計されたシステムであり：
サンプルチャンバー；
チャンバーを伴う粒子線発生装置；
核酸ポリマーの標識相補鎖を含むサンプル、ここで該サンプルは、チャンバー内に置かれたとき、粒子線発生装置により発生した粒子線に曝露され、粒子線および相補鎖の間で相互作用をもたらす；および
相互作用後、粒子線種を収集するよう構成し、配置した検出器
を含み、
任意に検出器からの信号を受信および分析するための作動可能なデータ解析モジュールをさらに含み、好ましくはデータ解析モジュールが、吸収、反射、偏向、エネルギーまたは方向に関する信号を分析するのに作動可能であり、および／またはデータ解析モジュールが、信号を分析するためのパターン認識法を分析するのに作動可能であり、および／またはデータ解析モジュールにより受信されたおよび／または生み出された情報の表示を制御するのに作動可能なユーザーインターフェースをさらに含み；
任意に粒子線発生装置が電子線発生装置であり、および／または任意に核酸ポリマーデータを基にシステムを較正するよう設計されたフィードバックモジュールをさらに含む、前記システム。
【請求項２５】
核酸ポリマーの存在を検出するために、その配列を決定するためにおよび／またはそれを同定するために設計されたシステムであり：
サンプルチャンバー；
チャンバーを伴う粒子線発生装置；
粒子線および核酸ポリマーおよび／または核酸ポリマーの相補鎖を含むサンプルの間の相互作用後、粒子線種を収集するよう構成し、配置した検出器；
核酸ポリマーに関する情報を決定するために粒子線種に関する信号を分析するよう設計されたデータ解析モジュール；および
情報を基にシステムを較正するよう設計されたフィードバックモジュール
を含み；
任意にサンプルが、核酸ポリマーの標識相補鎖を含み；
任意にフィードバックモジュールが、核酸ポリマーの塩基−塩基間距離を基にシステムを較正するよう設計され；および／または
フィードバックモジュールが、核酸ポリマーの既知の形状を基にシステムを較正するよう設計された、前記システム。
【請求項２６】
粒子線機器を較正する方法であり、
核酸ポリマーに関するデータを入手すること；および
データを基に機器を較正すること
を含み；
任意にデータが、核酸ポリマーの塩基−塩基間距離に関し；
任意に較正が、核酸ポリマーの既知の形状に基づき機器を較正することを含む、前記方法。
【請求項２７】
核酸ポリマーを検出器により検出される粒子線種を基に検出する、配列決定するおよび／または同定するシステムであり、粒子線種は核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖を含むサンプルの粒子線への曝露によるものであり：
検出器からの１または２以上の信号を受信し、１または２以上の信号は粒子線種を表し、および少なくとも一部は受信した１または２以上の信号に基づきサンプルに含まれる核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖を検出、配列決定および／または同定するのに作動可能なデータ解析モジュール
を含み、
任意に核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖が標識されており；
任意に粒子線種が１または２以上の以下の特性：吸収、反射、偏向、エネルギーおよび方向を有し、データ解析モジュールは、１または２以上の特性の値を決定するために１または２以上の信号を分析するのに作動可能であり；
任意にデータ解析モジュールが核酸ポリマー情報を含むデータ資源にアクセスするのに作動可能であり、データ資源は複数のエントリーを有するデータ構造を含み、各エントリーがそれぞれの核酸ポリマー配列についての情報を特定し、好ましくはデータ解析モジュールが、１または２以上の信号を基に核酸ポリマーを部分的に配列決定するのに作動可能であり、該データ解析モジュールは：
部分配列をデータ資源からアクセスされた核酸ポリマーの配列情報と組み合わせるための結合モジュールをさらに含み；
任意にデータ解析モジュールが、１または２以上の信号から決定された情報を１または２以上のデータ構造エントリーから特定された情報と比較するのに作動可能な比較モジュールを含み、好ましくは比較モジュールが、１または２以上の信号から決定された情報を１または２以上のデータ構造エントリーから特定された情報と比較するためのパターン認識法を使用するのに作動可能であり、
任意にデータ解析モジュールが、データ解析モジュールにより受信されたおよび／または生み出された情報をユーザーに表示するためのユーザーインターフェースモジュールを含み；
任意にサンプルを曝露する粒子線を、粒子線発生装置により発生させ、
データ解析モジュールが、１または２以上のフィードバック信号を粒子線発生装置および／または検出器に提供するのに作動可能なフィードバックモジュールを含み、１または２以上のフィードバック信号が少なくとも一部は検出器から受信した１または２以上の信号から決定した情報を特定し、好ましくは１または２以上のフィードバック信号が、粒子線発生装置を較正するための情報を含み、より好ましくはフィードバックモジュールが、少なくとも一部は核酸ポリマーの既知の形状に基づく１または２以上のフィードバック信号を発生させるのに作動可能であり、より好ましくはデータ解析モジュールが、コンピュータ可読の媒体におけるデータ解析モジュールにより受信および／または発生させる情報を記憶するのに作動可能な記憶モジュールを含み、および／または、
任意にサンプルが同じ核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖の分子を複数含み、複数の粒子線種が複数のサンプルの分子の粒子線への曝露によりもたらされ、１または２以上の信号は複数の粒子線種を表し、
データ解析モジュールが、第１の部分配列を作り出すために複数の分子の１番目を基に核酸ポリマーを部分的に配列決定するのに、および第２の部分配列を作り出すために複数の分子の２番目を基に核酸ポリマーを部分的に配列決定するのに作動可能であり、および
データ処理モジュールが、第１のおよび第２の部分配列を組み合わせるための結合モジュールをさらに含む、前記システム。
【請求項２８】
コンピュータ可読の媒体であり、コンピュータにより実行された結果、核酸ポリマーを検出器により検出された粒子線種を基に検出する、配列決定するおよび／または同定するプロセスを行うためにコンピュータを制御する指示を定義するそこに記憶されるコンピュータ可読の信号を有し、該プロセスは：
検出器からの１または２以上の信号を受信し、１または２以上の信号は粒子線種を表すこと、および
少なくとも一部は受信した１または２以上の信号に基づきサンプルに含まれる核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖を検出する、配列決定するおよび／または同定することを含み；
任意に核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖が標識されており；
任意に粒子線種が１または２以上の以下の特性：吸収、反射、偏向、エネルギーおよび方向を有し、
検出する、配列決定するおよび／または同定する行為が、１または２以上の特性の値を決定するために１または２以上の信号を分析することを含み；
任意に検出、配列決定および／または同定する行為が、核酸ポリマー情報を含むデータ資源にアクセスすることを含み、該データ資源は、複数のエントリーを有するデータ構造を含み、各エントリーがそれぞれの核酸ポリマー配列についての情報を特定し、好ましくは検出、配列決定および／または同定する行為が、
部分配列を作り出すための１または２以上の信号を基に核酸ポリマーを部分的に配列決定すること；
データ資源からの核酸ポリマーの部分配列情報にアクセスすること；および
部分配列を部分配列情報と組み合わせること、を含み、好ましくは検出、配列決定および／または同定する行為が、１または２以上の信号から決定された情報を１または２以上のエントリーから特定された情報と比較することを含み、より好ましくは検出、配列決定および／または同定する行為が、１または２以上の信号から決定された情報を１または２以上のデータ構造エントリーから特定された情報と比較するためのパターン認識法を使用することを含み；
任意にプロセスが、１または２以上の受信された信号から決定した情報をユーザーに表示することをさらに含み、
任意にサンプルを曝露する粒子線を、粒子線発生装置により発生させ、プロセスが、
１または２以上のフィードバック信号を粒子線発生装置および／または検出器に提供し、１または２以上のフィードバック信号が少なくとも一部は検出器から受信した１または２以上の信号から決定した情報を特定すること、
をさらに含み、好ましくは提供する行為が、粒子線発生装置を較正するための情報を含む１または２以上のフィードバック信号を提供することを含み、より好ましくはプロセスが、少なくとも一部は核酸ポリマーの既知の形状を基に１または２以上のフィードバック信号を発生させることをさらに含み；
任意にプロセスが、コンピュータ可読の媒体において１または２以上の信号から決定した情報を記憶させることをさらに含み、および／または
任意に  サンプルが同じ核酸ポリマーおよび／またはその相補鎖の分子を複数含み、複数の粒子線種が複数のサンプルの分子の粒子線への曝露によりもたらされ、１または２以上の信号は複数の粒子線種を表し、検出、配列決定および／または同定する行為が：
第１の部分配列を作り出すために複数の分子の１番目を基に核酸ポリマーを部分的に配列決定すること；
第２の部分配列を作り出すために複数の分子の２番目を基に核酸ポリマーを部分的に配列決定すること；
第１および第２の部分配列を組み合わせることを含む、前記媒体。