【手続補正書】
【提出日】平成20年10月24日(2008.10.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の工程を含む、変異原への暴露について生物集団又は細胞集団をモニターする方法：
（a）前記生物集団又は細胞集団から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは、少なくとも38リピートを有するモノヌクレオチドリピート遺伝子座；1−6bpのY染色体短タンデムリピート；及びAAAAG、AAAAC及びAAAATから成る群から選択される反復ユニットを有するAに富む短タンデムリピートから成る群から選択される少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座のセットを含み；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーと、前記マイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて第一の増幅生成物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は前記マイクロサテライト遺伝子座とフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅生成物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅生成物のサイズを前記増幅生成物の予想サイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅生成物のサイズと前記増幅生成物の予想サイズとの間の相違は変異原への暴露の指標である。
【請求項２】
工程（d）の増幅生成物の予想サイズが以下の工程によって決定される、請求項1記載の方法：
（e）工程（a）の第一のDNAサンプルを得る前に、前記生物集団又は細胞集団からコントロールDNAサンプルを得る工程、ここで前記コントロールDNAサンプルは、工程（a）の少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座のセットを含み；
（f）前記コントロールDNAサンプルを、工程（b）の第一及び第二のプライマーと、工程（e）のマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて第二の増幅生成物を形成する工程； 及び
（g）前記第二の増幅生成物のサイズを決定する工程、ここで前記第二の増幅生成物のサイズは工程（d）の増幅生成物の予想サイズである。
【請求項３】
以下の工程を含む、ある物質の変異生成能を判定する方法：
（a）生物又は細胞培養を前記物質に暴露する工程；
（b）工程（a）の生物又は細胞培養から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは、少なくとも38リピートを有するモノヌクレオチドリピート遺伝子座；1−6bpのY染色体短タンデムリピート；及び、AAAAG、AAAAG及びAAAATから成る群から選択される反復ユニットを有するAに富む短タンデムリピートから成る遺伝子座群から選択される少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座のセットを含み；
（c）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーと、前記遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて第一の増幅生成物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は前記マイクロサテライト遺伝子座とフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅生成物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅生成物のサイズを前記増幅生成物の予想サイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅生成物のサイズと前記増幅生成物の予想サイズとの間の相違は変異生成能の指標である。
【請求項４】
以下の工程を含む、ヒトの推定的癌細胞若しくは前癌細胞又は腫瘍でマイクロサテライト不安定性を検出する方法：
（a）前記推定的癌細胞若しくは前癌細胞又は腫瘍から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは、少なくとも41リピートを有するモノヌクレオチドリピート遺伝子座及び1−6bpのY染色体短タンデムリピートから成る群から選択される少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座のセットを含み；
（b）前記第一のDNAサンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーと、前記マイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて第一の増幅生成物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は前記マイクロサテライト遺伝子座とフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅生成物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅生成物のサイズを前記増幅生成物の予想サイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅生成物のサイズと前記増幅生成物の予想サイズとの間の相違はマイクロサテライト不安定性の指標であり、
工程（d）の増幅生成物の予想サイズが以下の工程によって決定される：
（e）工程（a）の少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座のセットを含む正常細胞からコントロールDNAサンプルを得る工程；
（f）前記コントロールDNAサンプルを、工程（g）の第一及び第二のプライマーと、少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座のセットの増幅を可能にする条件下で接触させて第二の増幅生成物を形成する工程； 
（h）前記第二の増幅生成物のサイズを決定する工程、ここで前記第二の増幅生成物のサイズは工程（d）の増幅生成物の予想サイズである。
【請求項５】
以下の工程を含む、マイクロサテライト遺伝子座で変異を検出する方法：
（a）ヒトの細胞株又は個体から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは、少なくとも41リピートを有するモノヌクレオチドリピート遺伝子座から選択される少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座のセットであって、下記表１Ｃ−Ｄに記載される遺伝子座群から選択される少なくとも一つの遺伝子座を含むセットを含み；
【表１Ｃ】
2008517606.tif 000001
【表１Ｃ−２】
2008517606.tif 000002
【表１Ｄ】
2008517606.tif 000003
（b）前記サンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーと、前記少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて第一の増幅生成物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は前記マイクロサテライト遺伝子座とフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅生成物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅生成物のサイズを前記増幅生成物の予想サイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅生成物のサイズと前記増幅生成物の予想サイズとの間の相違はマイクロサテライトリピート遺伝子座の変異の指標である。
【請求項６】
以下の工程を含む、マイクロサテライト遺伝子座で変異を検出する方法：
（a）マウス又はマウスの細胞株から第一のDNAサンプルを得る工程、ここで前記第一のDNAサンプルは、少なくとも48リピートを有する少なくとも1つのモノヌクレオチドリピート遺伝子座のセットを含み；
（b）前記サンプルを、第一のDNA配列及び第二のDNA配列とそれぞれハイブリダイズする第一のプライマー及び第二のプライマーと、前記少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座の増幅を可能にする条件下で接触させて第一の増幅生成物を形成する工程、ここで前記第一及び第二のDNA配列は前記マイクロサテライト遺伝子座とフランキングするか又は部分的にオーバーラップし；
（c）前記第一の増幅生成物のサイズを決定する工程；及び
（d）前記第一の増幅生成物のサイズを前記増幅生成物の予想サイズと比較する工程、ここで前記第一の増幅生成物のサイズと前記増幅生成物の予想サイズとの間の相違はマイクロサテライトリピート遺伝子座の変異の指標である。
【請求項７】
前記少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座のセットが、下記表1A−Bに記載の遺伝子座群から選択される少なくとも1つの遺伝子座を含む、請求項６記載の方法。
【表１Ａ】
2008517606.tif 000004
【表１Ａ−２】
2008517606.tif 000005
【表１Ｂ】
2008517606.tif 000006
【請求項８】
以下の工程を含む、変異と人工産物とを識別する方法：
（a）モノ-、ジ-、トリ-、テトラ-、ペンタ-、又はヘキサヌクレオチドリピート遺伝子座を含む標的DNA配列を含むサンプルを、第一のプライマー、第二のプライマー及び第三のプライマーと、前記第一のプライマーと第二のプライマーとの間の標的DNAを増幅させて第一の増幅生成物を形成し、さらに第一のプライマーと第三のプライマーとの間の標的DNAを増幅させて第二の増幅生成物を形成する条件下で接触させる工程、ここで前記第一のプライマーは第一の配列とハイブリダイズし、前記第二のプライマーは第二の配列とハイブリダイズし、前記第一及び第二の配列は前記標的DNA配列とフランキングするか又は部分的にオーバーラップし、さらに第三のプライマーは前記第一と第二の配列との間の第三の配列とハイブリダイズし；
（b）前記第一及び第二の増幅生成物のサイズを決定する工程；及び
（c）前記第一の増幅生成物の測定サイズと予想サイズとの間のサイズの相違を、前記第二の増幅生成物の測定サイズと予想サイズとの間のサイズの相違と比較する工程、ここで前記第一及び第二の増幅生成物のそれらの対応する予想サイズに対するサイズの相違が同等である場合は変異を示す。
【請求項９】
少なくとも1つのマイクロサテライト遺伝子座のセットを増幅させるプライマーを含む、請求項1、3、4、5、6又は8に記載の方法にしたがって変異を検出するためのキット。