【誤訳訂正書】
【提出日】平成20年9月16日(2008.9.16)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプル分子を標識する方法であって、以下の工程：
（ａ）サンプル分子と、切断可能な官能基、タグおよび反応性基を含む化学基に結合された固体支持体を含む構成物とを接触させる工程であって、
ここで、該切断可能な官能基は、共有結合により該固体支持体に結合しており、
該タグは、共有結合により該切断可能な官能基に結合しており、そして
該反応性基は、共有結合により、該タグに結合しており、
そしてここで、該サンプル分子が該反応性基に共有結合することを可能にする条件下で、該切断可能な官能基、該タグおよび該反応性基は、該切断可能な官能基の切断の際に該タグの該サンプル分子への移動および該固体支持体からの該サンプル分子の放出が可能になるように互いに対して配置されており、それにより該サンプル分子が該固体支持体に共有結合する、工程；ならびに
（ｂ）該切断可能な官能基を切断し、それにより該タグを該サンプル分子に移動させ、そして該タグ化されたサンプル分子を該固体支持体から放出し、それにより該サンプル分子を該タグで標識する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
前記サンプル分子が、ポリペプチド、核酸、脂質、セカンドメッセンジャー、および代謝産物からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記サンプル分子が、ポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
請求項３に記載の方法であって、前記ポリペプチドが、リン酸化、グリコシル化、ユビキチン化、アセチル化、プレニル化、パルミチル化、ミリスチル化、硫酸化、およびヒドロキシル化からなる群より選択される改変を有する、方法。
【請求項５】
前記ポリペプチドが、ホスホポリペプチドである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記固体支持体が、ガラスビーズである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記切断可能な官能基が、光、酸、塩基、または酵素により切断可能な化学リンカーである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記タグが、質量分析タグである、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記タグが、安定同位体タグ、同位体分布タグ、および荷電アミノ酸からなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記タグが、安定同位体コード化アミノ酸である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記タグが、重水素化アミノ酸、または重水素化されていないアミノ酸である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記官能基の１つが、特徴的な同位体分布を有する元素を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１３】
前記化学基の前記反応性基が、スクシンイミドエステル基およびヨードアセチル基からなる群より選択される、請求項３に記載の方法。
【請求項１４】
前記ポリペプチドの第一級アミン基がＮ−スクシンイミジル  Ｓ−アセチルチオアセテート、ヒドロキシルアミン、およびトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィンを用いる処理によって改変されている、請求項３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ポリペプチドが前記固体支持体に接触する前に単離され、ここで、該ポリペプチドが、該ポリペプチドの前記改変に対する特異的な結合活性を有する抗体を用いて単離されている、請求項４に記載の方法。
【請求項１６】
前記方法の工程が、自動化プロセスにより実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記固体支持体に接触された前記サンプル分子の少なくとも５０％が、放出される、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記放出されたサンプル分子を、質量分析法を用いて分析する工程をさらに包含する、請求項８に記載の方法。
【請求項１９】
サンプル分子を標識する方法であって、以下の工程：
（ａ）サンプル分子と、以下の構造を有する構成物
【化１】
2005503540.tif 000001
を、該サンプル分子の、該I反応性基への共有結合および該サンプル分子のスルフヒドリル基との反応を可能にする条件下で、接触させる工程であって、
ここで、（１）は固体支持体を表し、そしてここで、該構造のロイシル基が同位体タグを含み、それにより、該サンプル分子が該固体支持体に共有結合する、工程；ならびに
（ｂ）該構造の該切断可能な官能基を切断する工程であって、それにより該同位体タグを含有する該ロイシル基を該サンプル分子に移動させ、そして該タグ化されたサンプル分子を該固体支持体から放出し、それにより該サンプル分子を該同位体タグで標識する、工程、
を包含する、方法。
【請求項２０】
前記サンプル分子が、ポリペプチド、核酸、脂質、セカンドメッセンジャー、および代謝産物からなる群より選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記サンプル分子が、ポリペプチドである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
請求項２１に記載の方法であって、前記ポリペプチドが、リン酸化、グリコシル化、ユビキチン化、アセチル化、プレニル化、パルミチル化、ミリスチル化、硫酸化、およびヒドロキシル化からなる群より選択される改変を有する、方法。
【請求項２３】
前記ポリペプチドが、ホスホポリペプチドである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記固体支持体が、ガラスビーズである、請求項１９に記載の方法。
【請求項２５】
前記ロイシル基が重水素を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２６】
前記ロイシル基が１３Ｃを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２７】
前記ポリペプチドの第一級アミン基がＮ−スクシンイミジル  Ｓ−アセチルチオアセテート、ヒドロキシルアミン、およびトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィンを用いる処理によって改変されている、請求項２１に記載の方法。
【請求項２８】
前記ポリペプチドが前記固体支持体に接触する前に単離され、ここで、該ポリペプチドが、該ポリペプチドの前記改変に対する特異的な結合活性を有する抗体を用いて単離される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２９】
前記方法の工程が、自動化プロセスにより実施される、請求項１９に記載の方法。
【請求項３０】
前記固体支持体に接触された前記サンプル分子の少なくとも５０％が、放出される、請求項１９に記載の方法。
【請求項３１】
前記放出されたサンプル分子を、質量分析法を用いて分析する工程をさらに包含する、請求項１９に記載の方法。
【請求項３２】
サンプル分子に共有結合した反応性基、タグおよび切断可能な官能基を含む、化学基に結合された固体支持体を含む構成物であって
ここで、該切断可能な官能基は該固体支持体に共有結合し、該タグは該切断可能な官能基に共有結合し、そして該反応性基は前記タグに共有結合し、そして、ここで該切断可能な官能基、該タグおよび該反応性基は、該切断可能な官能基の切断の際に、該サンプル分子への該タグの移動および該サンプル分子の該固体支持体からの放出を可能にするように互いに対して配置されている、構成物。
【請求項３３】
請求項３２に記載の構成物であって、前記サンプル分子が、ポリペプチド、核酸、脂質、セカンドメッセンジャー、および代謝産物からなる群より選択される、構成物。
【請求項３４】
前記サンプル分子が、ホスホポリペプチドである、請求項３３に記載の構成物。
【請求項３５】
請求項３４に記載の構成物であって、前記ポリペプチドが、リン酸化、グリコシル化、ユビキチン化、アセチル化、パルミチル化、プレニル化、硫酸化、ヒドロキシル化、およびミリスチル化からなる群より選択される改変を有する、構成物。
【請求項３６】
前記ポリペプチドが、ホスホポリペプチドである、請求項３５に記載の構成物。
【請求項３７】
前記固体支持体が、ガラスビーズである、請求項３２に記載の構成物。
【請求項３８】
前記切断可能な官能基が、光、酸、塩基、または酵素により切断可能な化学リンカーである、請求項３２に記載の構成物。
【請求項３９】
前記タグが、質量分析タグである、請求項３２に記載の構成物。
【請求項４０】
前記タグが、安定同位体タグ、同位体分布タグ、および荷電アミノ酸からなる群より選択される、請求項３２に記載の構成物。
【請求項４１】
前記タグが、安定同位体コード化アミノ酸である、請求項４０に記載の構成物。
【請求項４２】
前記タグが、重水素化アミノ酸、または重水素化されていないアミノ酸である、請求項４１に記載の構成物。
【請求項４３】
前記タグが、特徴的な同位体分布を有する元素を含む、請求項３２に記載の構成物。
【請求項４４】
前記共有結合された反応性基が、スクシンイミドエステル基またはヨードアセチル基から誘導される、請求項３２に記載の構成物。
【請求項４５】
前記ポリペプチドの第一級アミン基がＮ−スクシンイミジル  Ｓ−アセチルチオアセテート、ヒドロキシルアミン、およびトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィンを用いる処理によって改変されている、請求項３４に記載の構成物。
【請求項４６】
切断可能な官能基、質量分析タグおよびサンプル分子に共有結合するための反応性基を含む化学基に共有結合された固体支持体を含む構成物であって、
ここで、該切断可能な官能基は該固体支持体に共有結合しており、該タグは該切断可能な官能基に共有結合しており、そして該反応性基は該タグに共有結合しており、そしてここで、
該切断可能な官能基、該タグおよび該反応性基は、該切断可能な官能基の切断の際に、該反応性基に結合した該サンプル分子への該タグの移動および該固体支持体からの該サンプル分子の放出を可能にするように互いに対して配置されている、構成物。
【請求項４７】
前記固体支持体が、ガラスビーズである、請求項４６に記載の構成物。
【請求項４８】
前記切断可能な官能基が、光、酸、塩基、または酵素により切断可能な化学リンカーである、請求項４６に記載の構成物。
【請求項４９】
前記タグが、安定同位体タグ、同位体分布タグ、および荷電アミノ酸からなる群より選択される、請求項４６に記載の構成物。
【請求項５０】
前記タグが、安定同位体コード化アミノ酸である、請求項４９に記載の構成物。
【請求項５１】
前記タグが、重水素化アミノ酸、または重水素化されていないアミノ酸である、請求項５０に記載の構成物。
【請求項５２】
前記タグが、特徴的な同位体分布を有する元素を含む、請求項４６に記載の構成物。
【請求項５３】
前記化学基の反応性基が、スクシンイミドエステル基およびヨードアセチル基からなる郡から選択される、請求項４６に記載の構成物。
【請求項５４】
前記切断可能な基が、光切断可能な基であり、該官能基が質量タグであり、そして該反応性基がスルフヒドリル基と反応する、請求項４６に記載の構成物。
【請求項５５】
前記サンプル分子が、ポリペプチド、核酸、脂質、セカンドメッセンジャー、および代謝産物からなる群より選択される、請求項５４に記載の構成物。
【請求項５６】
前記サンプル分子が、ポリペプチドである、請求項５５に記載の構成物。
【請求項５７】
請求項５６に記載の構成物であって、前記ポリペプチドが、リン酸化、グリコシル化、ユビキチン化、アセチル化、パルミチル化、プレニル化、硫酸化、ヒドロキシル化およびミリスチル化からなる群より選択される改変を有する、構成物。
【請求項５８】
前記ポリペプチドが、ホスホポリペプチドである、請求項５７に記載の構成物。
【請求項５９】
前記固体支持体が、ガラスビーズである、請求項５４に記載の構成物。
【請求項６０】
前記質量タグが、アミノ酸である、請求項５４に記載の構成物。
【請求項６１】
前記質量タグが、ロイシンである、請求項６０に記載の構成物。
【請求項６２】
前記質量タグが、安定同位体タグ、同位体分布タグ、および荷電アミノ酸からなる群より選択される、請求項５４に記載の構成物。
【請求項６３】
前記質量タグが、安定同位体コード化アミノ酸である、請求項６２に記載の構成物。
【請求項６４】
前記質量タグが、重水素化アミノ酸、または重水素化されていないアミノ酸である、請求項６３に記載の構成物。
【請求項６５】
前記質量タグが、特徴的な同位体分布を有する元素を含む、請求項５４に記載の構成物。
【請求項６６】
前記反応性基が、ヨードアセチル基である、請求項５４に記載の構成物。
【請求項６７】
前記光切断可能な基が、アミノ（エチル）−２−メトキシ−５−ニトロフェノキシを含む、請求項５４に記載の構成物。
【請求項６８】
前記ポリペプチドの第一級アミン基がＮ−スクシンイミジル  Ｓ−アセチルチオアセテート、ヒドロキシルアミン、およびトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィンを用いる処理によって改変されている、請求項５６に記載の構成物。
【請求項６９】
以下の構造を有する構成物であって、
【化２】
2005503540.tif 000002
ここで、（１）は固体支持体を表し、ここで、前記構造のロイシル基が同位体タグを含み、そしてここで、該Ｉ反応性基がサンプル分子のスルフヒドリル基に共有結合する、構成物。
【請求項７０】
請求項６９に記載の構成物であって、前記サンプル分子が、ポリペプチド、核酸、脂質、セカンドメッセンジャー、および代謝産物からなる群より選択される、構成物。
【請求項７１】
前記サンプル分子が、ポリペプチドである、請求項７０に記載の構成物。
【請求項７２】
請求項７１に記載の構成物であって、前記ポリペプチドが、リン酸化、グリコシル化、ユビキチン化、アセチル化、パルミチル化、プレニル化、硫酸化、ヒドロキシル化、およびミリスチル化からなる群より選択される改変を有する、構成物。
【請求項７３】
前記ポリペプチドが、ホスホポリペプチドである、請求項７２に記載の構成物。
【請求項７４】
前記固体支持体が、ガラスビーズである、請求項６９に記載の構成物。
【請求項７５】
前記ポリペプチドの第一級アミン基がＮ−スクシンイミジル  Ｓ−アセチルチオアセテート、ヒドロキシルアミン、およびトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィンを用いる処理によって改変されている、請求項７１に記載の構成物。
【請求項７６】
前記同位体タグが、安定同位体タグおよび同位体分布タグからなる群より選択される、請求項４６に記載の構成物。
【請求項７７】
前記同位体タグが、重水素化されているか、または重水素化されていない、請求項７６に記載の構成物。
【請求項７８】
前記同位体タグが、特徴的な同位体分布を有する元素を含む、請求項４６に記載の構成物。
【請求項７９】
以下の構造を有する構成物であって、
【化３】
2005503540.tif 000003
ここで、（１）は固体支持体を表し、ここで、該構造のロイシル基が同位体タグを含み、そしてここで、Ｉが反応性基である、構成物。
【請求項８０】
前記固体支持体が、ガラスビーズである、請求項７９に記載の構成物。
【請求項８１】
前記ロイシル基が重水素を含む、請求項７９に記載の構成物。
【請求項８２】
第１の構成物および第２の構成物を含む組成物であって、該第１の構成物および第２の構成物のそれぞれが以下の構造を有し、
【化４】
2005503540.tif 000004
ここで、（１）は固体支持体を表し、ここで、該第１の構成物および該第２の構成物が示差的に該ロイシル基において同位体標識され、そしてここで、Ｉが反応性基である、組成物。
【請求項８３】
前記第１の構成物が示差的に重水素で同位体標識される、請求項８２に記載の組成物。
【請求項８４】
前記第１の構成物が示差的に１３Ｃで同位体標識される、請求項８２に記載の組成物。
【請求項８５】
前記ロイシル基が１３Ｃを含む、請求項６９に記載の構成物。
【請求項８６】
前記ロイシル基が１３Ｃを含む、請求項７９に記載の構成物。
【請求項８７】
前記ロイシル基が重水素を含む、請求項６９に記載の構成物。
【請求項８８】
前記ロイシル基が重水素を含む、請求項７９に記載の構成物。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００４２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００４２】
このようにして、本発明はさらに、化学基に結合された固体支持体を含有する構成物（ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ）を提供し、この化学基は、切断性官能基、タグのような官能基およびサンプル分子に共有結合された反応性基を含み、ここで、切断性官能基、タグおよび反応性基は互いに関して、切断性官能基の切断の際に、タグがサンプル分子に移動可能であるように配置される。本発明はさらに、化学基に共有結合された固体支持体を含有する構成物を提供し、この化学基は、切断性官能基、質量分析法タグおよびサンプル分子に共有結合された反応性基を含み、ここで、切断性官能基、タグおよび反応性基は互いに関して、切断性官能基の切断の際に、タグがサンプル分子に移動可能であるように配置される。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５９】
本発明の構成物および方法は、種々の適用において有利に使用され得る。１つの特に有用な適用は、定量的タンパク質発現分析である。例えば、本明細書中に開示される方法および試薬は、複雑なサンプル中に含まれるポリペプチドのような分子に特定の同位体サインを与えるために使用され得る。定量分析の１つの特定の適用において、２つ以上のサンプルが、比較され得る（図８、実施例ＩＩＩを参照のこと）。２つの異なるサンプル由来のペプチドの定量分析は、タンパク質発現の相対的定量化についてのＩＣＡＴ技術と同様な様式で、安定な同位体の希釈の概念に基づいて達成され得る（Ｇｙｇｉら、ＮａｔｕｒｅＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１７：９９４〜９９９（１９９９）；実施例Ｖを参照のこと）。示差的に同位体で標識した分子は、比較のために２つのサンプル（例えば、アミノ酸（例えば、重水素化ロイシンまたは非重水素化ロイシン）、または２つの異なるサンプルに対して質量タグとして組込まれ得る他のアミノ酸）を標識するために使用され得る。本発明の方法は、分子の単離およびタグ（例えば、安定な同位体）の組込みの両方が、両方達成される点で有利である。従って、本発明の方法は、定量的な質量スペクトル分析について特に有用である。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７４】
本発明はまた、本発明の試薬または構成物を備えるキットを提供する。従って、本発明は、固相捕捉物およびタグ試薬を伴うキットを提供し、これは図１に例示される。本発明のキットの内容物（例えば、固相捕捉物およびタグ試薬または本発明の構成物）は、包装材料中に、所望の場合滅菌され、汚染がない環境で含まれる。さらに、包装材料は、キット内の物がどのようにサンプル分子を標識するために用いられ得るかを示す指示書を備える。使用のための指示書は、代表的に、試薬濃度または少なくとも１つのアッセイ方法パラメータ（例えば、試薬の相対量）および混合されるべきサンプル、試薬／サンプル混合のための維持時間、温度、緩衝条件などを記載する具体的な表現を含む。