【手続補正書】
【提出日】令和1年9月24日(2019.9.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、複数の抗原提示細胞（ＡＰＣ）に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドを発現し、前記ＴＣＲポリペプチドが、対象由来の単一の免疫細胞の、ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｂ）前記複数のＡＰＣの選択されたＡＰＣにより提示される抗原ポリペプチドを決定するステップ；および
（ｃ）前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップであって、決定される標的抗原が、前記複数のＡＰＣの前記選択されたＡＰＣにより提示された決定される抗原ポリペプチドである、ステップ；
を含む、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、（ａ）の前に：
（ａ’）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ
をさらに含む、方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、（ａ’）の前に：
ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ
をさらに含む、方法。
【請求項４】
（ａ）の前記複数のＡＰＣが、操作されたＡＰＣである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、（ｂ）の前記選択された操作されたＡＰＣが：
（ｉ）前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞に対する反応性を有し、そして／もしくは、前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞に対する応答を示す、操作された反応性ＡＰＣであるか、または、
（ｉｉ）前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞を活性化する、操作された活性化ＡＰＣである、
方法。
【請求項６】
請求項４または５に記載の方法であって、（ａ）の後に：
（ｂ’）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する、前記複数のＡＰＣのうちのＡＰＣの反応性についてアッセイするステップ
をさらに含む、方法。
【請求項７】
請求項６に記載の方法であって、ＡＰＣを選択するステップをさらに含み、選択された細胞が、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞に対する反応性を有する、方法。
【請求項８】
請求項４または５に記載の方法であって、（ａ）の後に：
（ｂ’’）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞を活性化する、前記複数のＡＰＣのうちの活性化しているＡＰＣについてアッセイするステップ、および任意選択で、ＡＰＣを選択するステップであって、選択された細胞が、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞を活性化する、ステップ
をさらに含む、方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法であって、ＡＰＣを選択するステップをさらに含み、選択された細胞が、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞を活性化する、方法。
【請求項１０】
前記複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖が、同時に、または単一の反応から識別される、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＴＣＲポリペプチドが、第１のＴＣＲ鎖と第２のＴＣＲ鎖とをコードする外因性ポリヌクレオチド配列から発現され、ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数のＡＰＣのうちの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原をコードする外因性ポリヌクレオチド配列から発現される抗原ポリペプチドを含む、請求項４〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記操作されたＡＰＣが、前記対象とマッチしたＭＨＣ遺伝子を発現するように操作される、請求項４〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記操作されたＡＰＣが、Ｋ５６２細胞株に由来し、そして／または、前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞が、Ｊｕｒｋａｔ細胞株に由来する、請求項４〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
請求項４〜１４のいずれかに一項に記載の方法であって、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）により、前記選択された操作されたＡＰＣを単離するステップをさらに含む、方法。
【請求項１６】
前記操作されたＡＰＣの前記抗原を決定するステップが、前記操作されたＡＰＣによって提示される抗原をコードする前記操作されたＡＰＣの配列を配列決定することを含む、請求項４〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記操作された細胞が、内在性ＴＣＲポリペプチドを発現しない操作されたＴ細胞であるか、またはＴＣＲノックアウト細胞であり、任意選択で、ＣＤ４またはＣＤ８を発現する、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記操作されたＡＰＣが、レポーター遺伝子をコードする外因性レポーター配列を含み、前記レポーター遺伝子が、蛍光タンパク質、細胞表面タンパク質、ルシフェラーゼレポーターシステム、ＩＬ−６、ＩＬ−１２、ＩＦＮα、ＩＬ−２３、ＩＬ−１、ＴＮＦ、ＩＬ−１０、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＭＨＣＩ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ８α、ＯＸ４０−Ｌ、ＩＣＯＳ−１、またはＣＤ４０をコードする、請求項４〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記選択された操作されたＡＰＣの識別が、ｃＤＮＡアレイ、ｍＲＮＡ検出、またはタンパク質検出により、前記レポーター遺伝子の発現についてアッセイするステップを含み、前記レポーター遺伝子の発現が、（ａ）前記ＡＰＣによる前記操作された細胞の活性化、（ｂ）前記ＡＰＣに対する前記操作された細胞の反応性、または（ｃ）前記操作された細胞上のＣＤ２８への、前記操作されたＡＰＣ上のＣＤ８０／ＣＤ８６の結合を示す、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記レポーター遺伝子が、ＮＯＴＣＨシグナル伝達活性化の下流で、ＰＩ３Ｋ−ＡＫＴシグナル伝達活性化の下流で、ＮＦ−κＢ経路の下流で、または第２の受容体の下流で活性化され、ここで、前記第２の受容体は、前記操作された細胞によって分泌されるリガンドを結合した後に活性化され、前記リガンドの発現は、前記操作されたＡＰＣ上の合成ＮＯＴＣＨ受容体の結合により誘導される、請求項１８または１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記操作されたＡＰＣが、内因性ＭＨＣポリペプチドを発現しない、請求項４〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖が、第１のＴＣＲ鎖と第２のＴＣＲ鎖とを含み、そしてここで、前記第１のＴＣＲ鎖がＴＣＲ−アルファ鎖を含み、前記第２のＴＣＲ鎖がＴＣＲ−ベータ鎖を含むか、または、前記第１のＴＣＲ鎖がＴＣＲ−ガンマ鎖を含み、前記第２のＴＣＲ鎖がＴＣＲ−デルタ鎖を含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記操作されたＡＰＣによって提示される前記抗原ポリペプチドが、疾患、がん、またはウイルス感染と関連する、請求項４〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記１つまたは複数の操作された細胞が、第１の対象由来の第１の複数の操作された細胞と、第２の対象由来の第２の複数の操作された細胞とを含み、前記複数の操作されたＡＰＣが、第１の複数の操作されたＡＰＣと第２の複数の操作されたＡＰＣとを含む、請求項４〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
請求項２４に記載の方法であって、前記第１の複数の操作された細胞を前記第１の複数のＡＰＣに接触させるステップ、および、前記第２の複数の操作された細胞を前記第２の複数のＡＰＣに接触させるステップを含む、方法。
【請求項２６】
前記第１の複数の操作されたＡＰＣと第２の複数の操作されたＡＰＣとが、同じ抗原ポリペプチドを提示する、請求項２４または２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記第１の複数の操作されたＡＰＣが、第１のＭＨＣ型を発現し、前記第２の複数の操作されたＡＰＣが、第２のＭＨＣ型を発現する、請求項２４〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記第１の複数の操作された細胞が、前記第１の複数の操作されたＡＰＣによって発現される前記第１のＭＨＣ型に特異的な第１のＴＣＲポリペプチドを発現し、前記第２の複数の操作された細胞が、前記第２の複数の操作されたＡＰＣによって発現される前記第２のＭＨＣ型に特異的な第２のＴＣＲポリペプチドを発現する、請求項２４〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
請求項２７または２８に記載の前記第１のＴＣＲポリペプチドおよび前記第２のＴＣＲポリペプチドを含む、ＴＣＲポリペプチドのライブラリー。
【請求項３０】
前記第１のＴＣＲポリペプチドが、前記抗原ポリペプチドと前記第１のＭＨＣ型のＭＨＣとを含む複合体に特異的であり、前記第２のＴＣＲポリペプチドが、前記抗原ポリペプチドと前記第２のＭＨＣ型のＭＨＣとを含む複合体に特異的である、請求項２９に記載のライブラリー。
【請求項３１】
前記抗原を含むタンパク質に対して標的化された治療薬を必要とする対象を処置するための医薬の製造における、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法に従って決定される抗原の使用。
【請求項３２】
前記治療薬が、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその断片、細胞療法、または免疫療法である、請求項３１に記載の使用。
【請求項３３】
前記細胞治療法が、養子細胞療法を含む、請求項３２に記載の使用。
【請求項３４】
前記抗原を含むタンパク質に対して標的化された治療薬を必要とする対象の処置における使用のための、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法に従って決定された抗原を含む組成物。
【請求項３５】
前記治療薬が、低分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその断片、細胞療法、または免疫療法である、請求項３４に記載の組成物。
【請求項３６】
前記細胞療法が、養子細胞療法を含む、請求項３５に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４８】
本明細書に記載されている新規特徴は、特に添付の特許請求の範囲に示されている。本明細書に記載されている特徴および特徴の利点に関するより良好な理解は、本明細書に記載されている特徴の原理が利用されている説明例が示されている以下の詳細な記載および添付の図面を参照することにより得られ得る。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
（ａ）ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ；
（ｂ）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｃ）前記１つまたは複数の操作された細胞を、複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原ポリペプチドを含む、ステップ；
（ｄ）前記複数の操作されたＡＰＣのうちの反応性の操作されたＡＰＣを識別するステップであって、前記反応性の操作されたＡＰＣが、前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞に対する反応性を有し、そして／または前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞に対する応答を示す、ステップ；および
（ｅ）選択されたＡＰＣの前記抗原ポリペプチドを決定するステップであって、それによって、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップ
を含む、方法。
（項目２）
（ａ）ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ；
（ｂ）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｃ）前記１つまたは複数の操作された細胞を、複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原ポリペプチドを含む、ステップ；
（ｄ）前記複数の操作されたＡＰＣのうちの活性化している操作されたＡＰＣを識別するステップであって、前記活性化している操作されたＡＰＣが、前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞を活性化する、ステップ；および
（ｅ）選択され操作されたＡＰＣの前記抗原ポリペプチドを決定するステップであって、それによって、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップ
を含む、方法。
（項目３）
（ａ）ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ；
（ｂ）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｃ）前記１つまたは複数の操作された細胞を、複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原ポリペプチドを提示する、ステップ；
（ｄ）前記複数の操作されたＡＰＣのうちの反応性の操作されたＡＰＣを識別するステップであって、前記反応性の操作されたＡＰＣが、前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞に対する反応性を有し、そして／または前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞に対する応答を示す、ステップ；および
（ｅ）選択され操作されたＡＰＣの細胞表面上に提示される前記抗原ポリペプチドを決定するステップであって、それによって、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップ
を含む、方法。
（項目４）
（ａ）ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ；
（ｂ）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｃ）前記１つまたは複数の操作された細胞を、複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原ポリペプチドを提示する、ステップ；
（ｄ）前記複数の操作されたＡＰＣのうちの活性化している操作されたＡＰＣを識別するステップであって、前記活性化している操作されたＡＰＣが、前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞を活性化する、ステップ；および
（ｅ）選択され操作されたＡＰＣの細胞表面上に提示される前記抗原ポリペプチドを決定するステップであって、それによって、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップ
を含む、方法。
（項目５）
（ａ）ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ；
（ｂ）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｃ）前記１つまたは複数の操作された細胞を、複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）に接触させるステップであって、前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原ポリペプチドを含む、ステップ；
（ｄ）前記複数の操作されたＡＰＣのうちの反応性の操作されたＡＰＣを識別するステップであって、前記反応性の操作されたＡＰＣが、前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞に対する反応性を有し、そして／または前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞に対する応答を示す、ステップ；ならびに
（ｅ）選択されたＡＰＣの前記抗原ポリペプチドを決定するステップであって、それによって、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップ
を含む、方法。
（項目６）
（ａ）ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ；
（ｂ）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｃ）前記１つまたは複数の操作された細胞を、複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原ポリペプチドを含む、ステップ；
（ｄ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する反応性を有し、そして／またはＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する応答を示す、操作されたＡＰＣの前記抗原ポリペプチドを決定するステップ、
（ｅ）前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップであって、前記決定された標的抗原が、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞に対する反応性を有し、そして／またはＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞に対する応答を示す、前記操作されたＡＰＣの前記抗原ポリペプチドである、ステップ
を含む、方法。
（項目７）
（ａ）ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ；
（ｂ）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記識別されたネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｃ）前記１つまたは複数の操作された細胞を、複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原ポリペプチドを提示する、ステップ；
（ｄ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する反応性を有し、そして／またはＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する応答を示す、操作されたＡＰＣの細胞表面上に提示される前記抗原ポリペプチドを決定するステップ；
（ｅ）前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップであって、前記決定された標的抗原が、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞に対する反応性を有し、そして／またはＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞に対する応答を示す、前記操作されたＡＰＣの細胞表面上に提示される前記抗原ポリペプチドである、ステップ
を含む、方法。
（項目８）
（ａ）ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ；
（ｂ）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記識別されたネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｃ）前記１つまたは複数の操作された細胞を、複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原ポリペプチドを含む、ステップ；
（ｄ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞を活性化する操作されたＡＰＣの前記抗原ポリペプチドを決定するステップ；
（ｅ）前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップであって、前記決定された標的抗原が、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞を活性化する前記操作されたＡＰＣの前記抗原ポリペプチドである、ステップ
を含む、方法。
（項目９）
（ａ）ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップ；
（ｂ）１つまたは複数の操作された細胞においてＴＣＲポリペプチドを発現させるステップであって、前記ＴＣＲポリペプチドが、前記識別されたネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含む、ステップ；
（ｃ）前記１つまたは複数の操作された細胞を、複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原ポリペプチドを提示する、ステップ；
（ｄ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞を活性化する操作されたＡＰＣの細胞表面上に提示される前記抗原ポリペプチドを決定するステップ；
（ｅ）前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップであって、前記決定された標的抗原が、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞を活性化する前記操作されたＡＰＣの細胞表面上に提示される前記抗原ポリペプチドである、ステップ
を含む、方法。
（項目１０）
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、複数の抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、対象由来の単一の免疫細胞のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドを発現する、ステップ；
（ｂ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する前記複数のＡＰＣのうちのＡＰＣの反応性についてアッセイするステップ；
（ｃ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞に対する反応性を有するＡＰＣを選択するステップ；および
（ｄ）前記選択されたＡＰＣの抗原ポリペプチドを決定するステップであって、それによって、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップ
を含む、方法。
（項目１１）
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、複数の抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、対象由来の単一の免疫細胞のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドを発現する、ステップ；
（ｂ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞による前記複数のＡＰＣのうちのＡＰＣの活性化についてアッセイするステップ；
（ｃ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞を活性化するＡＰＣを選択するステップ；および
（ｄ）前記選択されたＡＰＣの抗原ポリペプチドを決定するステップであって、それによって、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップ
を含む、方法。
（項目１２）
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、複数の抗原提示細胞（ＡＰＣ）のうちの１つまたは複数に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、対象由来の単一の免疫細胞のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドを発現する、ステップ；
（ｂ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する反応性を有する前記複数のＡＰＣのうちのＡＰＣによって提示される抗原ポリペプチドを決定するステップ；および
（ｃ）前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップであって、前記決定された標的抗原が、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する反応性を有する前記複数のＡＰＣのうちの前記ＡＰＣによって提示される前記決定された抗原ポリペプチドである、ステップ
を含む、方法。
（項目１３）
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、複数の抗原提示細胞（ＡＰＣ）に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、対象由来の単一の免疫細胞のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドを発現する、ステップ；
（ｂ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞によって活性化される前記複数のＡＰＣのうちの活性化されたＡＰＣによって提示される抗原ポリペプチドを決定するステップ；および
（ｃ）天然ＴＣＲ鎖ペアの標的抗原を決定するステップであって、前記決定された標的抗原が、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞によって活性化される前記複数のＡＰＣのうちの前記活性化されたＡＰＣによって提示される前記決定された抗原ポリペプチドである、ステップ
を含む、方法。
（項目１４）
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、疾患と関連する抗原ポリペプチドを提示する複数の操作された抗原提示細胞（ＡＰＣ）に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、対象由来の単一の免疫細胞のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドを発現する、ステップ；
（ｂ）前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞によって活性化されるか、または前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する反応性を有する前記複数のＡＰＣのうちの操作されたＡＰＣを決定するステップ；
（ｃ）前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞によって活性化されるか、または前記１つもしくは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する反応性を有する前記複数のＡＰＣのうちの前記操作されたＡＰＣを選択するステップ
を含む、方法。
（項目１５）
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、複数の細胞を含む試料に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、対象由来の単一の免疫細胞のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドを発現する、ステップ；
（ｂ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する反応性と、前記複数の細胞のうちの細胞の前記複数の細胞を含む前記試料中の細胞に対する反応性とについてアッセイするステップ；
（ｃ）前記複数の細胞を含む前記試料から、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞に対する反応性を有する細胞を選択するステップ；および
（ｄ）前記選択された細胞の抗原ポリペプチドを決定するステップであって、それによって、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップ
を含む、方法。
（項目１６）
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、複数の細胞を含む試料に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、対象由来の単一の免疫細胞のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現する、ステップ；
（ｂ）ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞による前記複数の細胞のうちの細胞の活性化と、前記複数の細胞を含む前記試料中の細胞による前記複数の細胞のうちの細胞の活性化とについてアッセイするステップ；
（ｃ）前記複数の細胞を含む前記試料から、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの前記操作された細胞を活性化する細胞を選択するステップ；および
（ｄ）前記選択された細胞の抗原ポリペプチドを決定するステップであって、それによって、前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップ
を含む、方法。
（項目１７）
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、複数の細胞を含む試料に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、対象由来の単一の免疫細胞のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドを発現する、ステップ；
（ｂ）前記複数の細胞を含む前記試料中の、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する反応性を有する細胞によって提示される抗原ポリペプチドを決定するステップ、
（ｃ）前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップであって、前記決定された標的抗原が、前記複数の細胞を含む前記試料中の、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞に対する反応性を有する細胞によって提示される前記決定された抗原ポリペプチドである、ステップ
を含む、方法。
（項目１８）
（ａ）１つまたは複数の操作された細胞を、複数の細胞を含む試料に接触させるステップであって、前記１つまたは複数の操作された細胞が、対象由来の単一の免疫細胞のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つのペアを含むＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドを発現する、ステップ；
（ｂ）前記複数の細胞を含む前記試料中の、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞を活性化する細胞によって提示される抗原ポリペプチドを決定するステップ、
（ｃ）前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の標的抗原を決定するステップであって、前記決定された標的抗原が、前記複数の細胞を含む前記試料中の、ＴＣＲポリペプチドを発現する前記１つまたは複数の操作された細胞のうちの操作された細胞を活性化する前記細胞によって提示される前記決定された抗原ポリペプチドである、ステップ
を含む、方法。
（項目１９）
前記複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖が、同時に、または単一の反応から識別される、項目１から１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記ＡＰＣが、操作されたＡＰＣである、項目１０から１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記ＴＣＲポリペプチドが、外因性ポリヌクレオチドから発現される、項目１から２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記抗原ポリペプチドが、外因性ポリヌクレオチド配列から発現される、項目１から２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記複数の操作されたＡＰＣの各操作されたＡＰＣが、異なる抗原をコードする外因性ポリヌクレオチド配列から発現される抗原ポリペプチドを含む、項目１から９および１４から２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記１つまたは複数の操作された細胞が、外因性ポリヌクレオチド配列からＴＣＲポリペプチドを発現する、項目１から２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
前記外因性ポリヌクレオチド配列が、第１のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）鎖および第２のＴＣＲ鎖をコードする、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記第１および第２のＴＣＲ鎖が、ネイティブに対合したＴＣＲ鎖の前記少なくとも１つのペアを含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記操作された細胞によって活性化されるか、または前記操作されたＡＰＣに対する反応性を有する前記操作されたＡＰＣが、免疫療法薬としての使用のためである、項目１４に記載の方法。
（項目２８）
前記操作されたＡＰＣが、複数の操作された細胞を認識する複数の操作されたＡＰＣを含む、項目１４または２７に記載の方法。
（項目２９）
前記複数の操作されたＡＰＣが、少なくとも１つのＭＨＣ型を発現する、項目１４、２７または２８に記載の方法。
（項目３０）
前記複数の操作されたＡＰＣが、少なくとも２つのＭＨＣ型を発現する、項目１４または２７から２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記操作された細胞によって活性化されるか、または前記操作された細胞に対する反応性を有する前記操作されたＡＰＣが、前記操作された細胞の前記ＴＣＲポリペプチドに特異的なＭＨＣ型を発現する、項目１４または２７から３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記複数の操作された細胞が、前記複数の操作されたＡＰＣ中の前記操作されたＡＰＣによって発現されるＭＨＣ型に特異的なＴＣＲポリペプチドを発現する、項目１４または２７から３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
疾患と関連する前記抗原ポリペプチドが既知である、項目１４または２７から３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記１つまたは複数の操作された細胞が、第１の対象由来の第１の複数の操作された細胞と第２の対象由来の第２の複数の操作された細胞とを含み、前記複数の操作されたＡＰＣが、第１の複数の操作されたＡＰＣと第２の複数の操作されたＡＰＣとを含む、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記第１の複数の操作された細胞を、前記第１の複数のＡＰＣに接触させるステップ、および前記第２の複数の操作された細胞を、前記第２の複数のＡＰＣに接触させるステップを含む、項目３３に記載の方法。
（項目３６）
前記第１の複数の操作されたＡＰＣと第２の複数の操作されたＡＰＣとが、同じ抗原ポリペプチドを提示する、項目３３または３５に記載の方法。
（項目３７）
前記第１の複数の操作されたＡＰＣが、第１のＭＨＣ型を発現し、前記第２の複数の操作されたＡＰＣが、第２のＭＨＣ型を発現する、項目３３から３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記第１の複数の操作された細胞が、前記第１の複数の操作されたＡＰＣによって発現される前記第１のＭＨＣ型に特異的な第１のＴＣＲポリペプチドを発現し、前記第２の複数の操作された細胞が、前記第２の複数の操作されたＡＰＣによって発現される前記第２のＭＨＣ型に特異的な第２のＴＣＲポリペプチドを発現する、項目３３から３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記ＴＣＲポリペプチドが、免疫療法薬としての使用のためである、項目１から３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
ハイスループット並行単一細胞配列決定を使用して、対象由来の生物学的試料から、複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を識別するステップであって、前記複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖が、同時に、または単一の反応から識別される、ステップをさらに含む、項目１から３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
同時に、または単一の反応から識別された前記識別されたネイティブに対合したＴＣＲ鎖の少なくとも１つを発現する１つまたは複数の操作された細胞を生成するステップをさらに含む、項目１から４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記ＡＰＣが、罹患対象由来である、項目１から４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
前記試料細胞が、対象由来である、項目１から４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記試料細胞が細胞株である、項目１から４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
前記試料細胞が、罹患対象由来である、項目１から４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
前記抗原提示細胞が、がんを有する対象由来である、項目１から４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
前記抗原提示細胞が、ウイルスが感染した対象由来である、項目１から４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記抗原提示細胞が、前記単一の免疫細胞と同じ対象由来である、項目１から４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
前記抗原提示細胞が、前記単一の免疫細胞を含む前記対象のＭＨＣレパートリーと類似の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）レパートリーを有する対象由来である、項目１から４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記抗原提示細胞が、前記単一の免疫細胞を含む前記対象のＭＨＣハプロタイプと類似の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）ハプロタイプを有する対象由来である、項目１から４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記抗原提示細胞が、前記単一の免疫細胞を含む前記対象と適合性の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）レパートリーを有する対象由来である、項目１から５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記操作されたＡＰＣが、前記対象とマッチしたＭＨＣ遺伝子を発現するように操作される、項目１から５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
前記操作されたＡＰＣが、Ｋ５６２細胞株に由来する、項目１から５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞が、Ｊｕｒｋａｔ細胞株に由来する、項目１から５３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５５）
前記抗原提示細胞が初代細胞である、項目１から５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５６）
前記抗原提示細胞が細胞株である、項目１から５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）が、前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞に対する反応性を有する、項目１から５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５８）
対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）が、前記ＴＣＲポリペプチドを発現する前記操作された細胞によって活性化される、項目１から５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目５９）
前記選択され操作されたＡＰＣを単離するステップをさらに含む、項目１から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
前記操作されたＡＰＣの前記抗原を決定する前記ステップが、前記操作されたＡＰＣによって提示される抗原をコードする前記操作されたＡＰＣの配列を配列決定することを含む、項目１から５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
前記操作されたＡＰＣが、蛍光活性化セルソーティングによって単離される、項目１から６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
第１のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）鎖および第２のＴＣＲ鎖をコードする前記外因性ポリヌクレオチド配列をトランスフェクトするステップをさらに含む、項目１から６１のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
異なる抗原をコードする前記外因性ポリヌクレオチド配列をトランスフェクトするステップをさらに含む、項目１から６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記操作されたＡＰＣの細胞表面に異なる抗原を添加するステップをさらに含む、項目１から６３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記接触させるステップの前に、前記対象由来の前記単一の免疫細胞の前記ネイティブに対合したＴＣＲ鎖配列を決定するステップをさらに含む、項目１から６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖の各々の前記標的抗原を決定するステップをさらに含む、項目１から６５のいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
前記操作された細胞が、ネイティブに対合したＴＣＲ鎖配列の異なるペアを各々が発現する複数の操作された細胞を含む、項目１から６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記操作された細胞が、内因性ＴＣＲポリペプチドを発現しない操作されたＴ細胞である、項目１から６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６９）
前記操作された細胞が、内因性ＴＣＲ遺伝子を転写しない操作されたＴ細胞である、項目１から６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記操作された細胞が、内因性ＴＣＲ遺伝子を含まない操作されたＴ細胞である、項目１から６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
前記操作された細胞が、ＴＣＲノックアウト細胞である操作されたＴ細胞である、項目１から７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記抗原提示細胞が、異なる抗原を各々が提示する複数の抗原提示細胞を含む、項目１から７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
前記アッセイするステップの前記抗原提示細胞が、別々のベッセル中にある、項目１から７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
前記操作された細胞がＴ細胞である、項目１から７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記操作された細胞が、ＣＤ４を発現する、項目１から７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目７６）
前記操作された細胞が、ＣＤ８を発現する、項目１から７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７７）
前記ＡＰＣが、外因性レポーター配列を含む、項目１から７６のいずれか一項に記載の方法。
（項目７８）
前記ＡＰＣが、レポーター遺伝子をコードする外因性レポーター配列を含む、項目１から７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
前記レポーター遺伝子がルシフェラーゼ遺伝子である、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記レポーター遺伝子が、蛍光タンパク質をコードする、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記レポーター遺伝子が、細胞表面タンパク質をコードする、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
細胞表面に発現されたタンパク質リガンドの、前記操作されたＡＰＣ上の合成Ｎｏｔｃｈ（ｓｙｎＮｏｔｃｈ）受容体への結合が、前記レポーター遺伝子の発現を引き起こす、項目７８から８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目８３）
前記細胞表面に発現されたタンパク質リガンドが、前記操作された細胞によって発現される、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記細胞表面に発現されたタンパク質リガンドが、誘導性プロモーターの制御下にある、項目８２または８３に記載の方法。
（項目８５）
前記誘導性プロモーターがＮＦＡＴプロモーターである、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記ｓｙｎＮｏｔｃｈ受容体が切断され、ＧＡＬ４−ＶＰ６４ドメインなどの転写アクチベータードメインが生成される、項目８２から８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
前記転写アクチベータードメインが、前記レポーター遺伝子の発現を誘導する、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記転写アクチベータードメインが、ＧＡＬ４−ＵＡＳ活性化性配列などの活性化性配列への結合によって、前記レポーター遺伝子の発現を誘導する、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
前記レポーター遺伝子の発現が、前記ＡＰＣによる前記操作された細胞の活性化を示す、項目７８から８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９０）
前記レポーター遺伝子の発現が、前記操作された細胞に対する前記操作されたＡＰＣの反応性を示す、項目７８から８９のいずれか一項に記載の方法。
（項目９１）
前記アッセイするステップが、前記レポーター遺伝子の発現についてアッセイすることを含む、項目１から９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目９２）
前記アッセイすることが、ｃＤＮＡアレイ、ｍＲＮＡ検出またはタンパク質検出を含む、項目９１に記載の方法。
（項目９３）
前記操作されたＡＰＣが、レポーター遺伝子をコードする外因性レポーター配列を含む、項目１から９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
前記レポーター遺伝子がルシフェラーゼ遺伝子である、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記レポーター遺伝子が、蛍光タンパク質をコードする、項目９３に記載の方法。
（項目９６）
前記レポーター遺伝子が、細胞表面タンパク質をコードする、項目９３に記載の方法。
（項目９７）
前記レポーター遺伝子が、ＩＬ６、ＩＬ−１２、ＩＦＮα、ＩＬ−２３、ＩＬ−１、ＴＮＦまたはＩＬ−１０をコードする、項目９３に記載の方法。
（項目９８）
前記細胞表面タンパク質が、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＭＨＣＩ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ８α、ＯＸ４０−Ｌ、ＩＣＯＳ−１またはＣＤ４０である、項目９６に記載の方法。
（項目９９）
前記レポーター遺伝子が、前記操作された細胞上のＣＤ２８への、前記操作されたＡＰＣ上のＣＤ８０／ＣＤ８６の結合に応答して活性化される、項目９３から９８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１００）
前記レポーター遺伝子が、前記操作されたＡＰＣ中のＮｏｔｃｈシグナル伝達活性化の下流で活性化される、項目９３から９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０１）
前記レポーター遺伝子が、前記操作されたＡＰＣ中のＰＩ３Ｋ／ＡＫＴシグナル伝達活性化の下流で活性化される、項目９３から１００のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０２）
前記レポーター遺伝子が、ＮＦ−κＢ経路またはＮＯＴＣＨ１シグナル伝達経路の下流で活性化される、項目９３から１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
前記レポーター遺伝子が、第２の受容体の下流で活性化される、項目９３から１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
前記第２の受容体が、前記操作された細胞によって分泌されるリガンドを結合した後に活性化される、項目１０３に記載の方法。
（項目１０５）
前記リガンドの発現が、前記操作されたＡＰＣ上の合成Ｎｏｔｃｈ（ｓｙｎＮｏｔｃｈ）受容体の結合後に誘導される、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
前記操作されたＡＰＣが、内因性ＭＨＣポリペプチドを発現しない、項目１から１０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記操作されたＡＰＣが、内因性ＭＨＣ遺伝子を転写しない、項目１から１０６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
前記操作されたＡＰＣが、内因性ＭＨＣ遺伝子を含まない、項目１から１０７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０９）
前記第１のＴＣＲ鎖が、ＴＣＲ−アルファ鎖を含み、前記第２のＴＣＲ鎖が、ＴＣＲ−ベータ鎖を含む、項目１から１０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１０）
前記第１のＴＣＲ鎖が、ＴＣＲ−ガンマ鎖を含み、前記第２のＴＣＲ鎖が、ＴＣＲ−デルタ鎖を含む、項目１から１０９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１１）
処置の方法であって、項目１から１１０のいずれか一項の方法に従って決定された前記抗原を含むタンパク質に対して標的化された治療薬を、それを必要とする対象に投与するステップを含む、方法。
（項目１１２）
前記対象がヒトである、項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
前記治療薬が、小分子、ペプチド、タンパク質、抗体もしくはその断片、細胞療法または免疫療法である、項目１１１または１１２に記載の方法。
（項目１１４）
前記細胞療法が、養子細胞療法を含む、項目１１３に記載の方法。
（項目１１５）
項目１から１１０のいずれか一項に記載の方法に従って識別された前記複数のＴＣＲ鎖のうちの１つまたは複数のネイティブに対合したＴＣＲ鎖を発現するように操作されたＴ細胞を投与するステップを含む、項目１１４に記載の方法。
（項目１１６）
前記対象が、疾患または病状を有する、項目１１１から１１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１７）
前記疾患または病状ががんである、項目１１６に記載の方法。
（項目１１８）
項目３８の前記第１のＴＣＲポリペプチドおよび前記第２のＴＣＲポリペプチドを含むＴＣＲポリペプチドのライブラリー。
（項目１１９）
前記第１のＴＣＲポリペプチドが、前記抗原ポリペプチドと前記第１のＭＨＣ型のＭＨＣとを含む複合体に特異的であり、前記第２のＴＣＲポリペプチドが、前記抗原ポリペプチドと前記第２のＭＨＣ型のＭＨＣとを含む複合体に特異的である、項目１１８に記載のライブラリー。