【手続補正書】
【提出日】平成20年8月18日(2008.8.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  一以上のドメインが完全長で正しく折り畳まれており且つＮ末端又はＣ末端の何れかに一以上のマーカー部分が各々タグ標識された一以上のタンパク質を作製する方法であって、
（ａ）前記タンパク質をコードするオープンリーディングフレームを、５’及び／又は３’非翻訳領域とともに有する一以上のＤＮＡ分子を準備することと、
（ｂ）前記ＤＮＡ分子の５’又は３’末端をヌクレアーゼ消化から特異的に保護することと、
（ｃ）まず一群の入れ子型欠失物を生じる条件下で、５’→３’ヌクレアーゼ又は３’→５’ヌクレアーゼを用いて前記ＤＮＡ分子を処理した後、前記オープンリーディングフレームの開始又は停止コドンを含む前記５’又は３’非翻訳領域を除去せしめる条件下で、一本鎖ヌクレアーゼで処理することと、
（ｄ）一以上の５’又は３’マーカー部分のコード配列を含有する発現ベクターの中に、工程（ｃ）で得た前記断片をクローニングすることと、
（ｅ）前記コードされているタンパク質を発現させることとを備えた方法。
【請求項２】  工程（ｂ）に先立って、前記反応混合物にα−Ｓ−ｄＮＴＰを添加することによって、α−Ｓ−ｄＮＴＰ並びにｄＮＴＰを娘ＤＮＡの中に統計的に組込む条件下で前記ＤＮＡ分子が増幅され、また工程（ｃ）において、一群の入れ子型欠失物を生じるためにエキソヌクレアーゼＩＩＩが使用される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記ＤＮＡ分子の前記増幅が統計学的に単一のα−Ｓ−ｄＮＴＰを取り込む請求項２に記載の方法。
【請求項４】  前記単一のα−Ｓ−ｄＮＴＰがα−Ｓ−ｄＴＴＰ又はα−Ｓ−ｄＡＴＰの何れかである請求項３に記載の方法。
【請求項５】  前記ヌクレアーゼがλエキソヌクレアーゼである請求項１に記載の方法。
【請求項６】  前記一本鎖ヌクレアーゼがリョクトウヌクレアーゼ又はＴ４ＤＮＡポリメラーゼである請求項５に記載の方法。
【請求項７】  前記マーカー部分によって前記オープンリーディングフレームの発現を確認することが可能となる請求項１〜６の何れか１項に記載の方法。
【請求項８】  前記マーカー部分によって前記オープンリーディングフレームの折り畳みを確認することが可能となる請求項１〜６の何れか１項に記載の方法。
【請求項９】  前記マーカー部分が緑色蛍光タンパク質をコードする請求項１〜８の何れか１項に記載の方法。
【請求項１０】  前記マーカー部分が、ペプチド配列（例えば、ヘキサヒスチジンタグ）、完全なタンパク質、又はタンパク質ドメイン（例えば、マルトース結合タンパク質ドメイン）である請求項１〜８の何れか１項に記載の方法。
【請求項１１】  前記タグが前記アレイ中の各タンパク質の精製を可能とする請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】  前記各タンパク質の開始又は停止コドンが置換されるように、前記タグが挿入される請求項１〜１１の何れか１項に記載の方法。
【請求項１３】  前記各タンパク質の末端に近接する折り畳みと機能にとって重要でない領域内に、前記タグがインフレームに挿入される請求項１〜１１の何れか１項に記載の方法。
【請求項１４】  オープンリーディングフレームの中であるが、特定のドメイン境界の外側に位置する折り畳みと機能にとって重要でない領域の中に、前記タグがインフレームに挿入される請求項１〜１１の何れか１項に記載の方法。
【請求項１５】  工程（ａ）における前記ＤＮＡ分子の増幅が、非プルーフリーディングポリメラーゼ（例えば、Ｔａｑポリメラーゼ又はＤＮＡポリメラーゼＩのクレノー断片）によって行われる請求項１〜１４の何れか１項に記載の方法。
【請求項１６】  ｄＮＴＰに対する前記α―Ｓ−ｄＮＴＰの比率が１：１乃至１：３の間にある請求項２〜４の何れか１項に記載の方法。
【請求項１７】  前記５’→３’ヌクレアーゼ又は３’→５’ヌクレアーゼがα−Ｓ−ホスホジエステル結合を加水分解できない請求項２〜４の何れか１項または請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】  前記ＤＮＡ分子がｍＲＮＡ配列からの逆転写によって得られたｃＤＮＡである請求項１〜１７の何れか１項に記載の方法。
【請求項１９】  前記方法が複数のＤＮＡ分子に対して平行して行われる請求項１〜１８の何れか１項に記載の方法。
【請求項２０】  前記方法が単一の容器中に存在するＤＮＡ分子の集団に対して行われる請求項１〜１９の何れか１項に記載の方法。
【請求項２１】  請求項１〜２０の何れか１項に記載の方法によって得られたタグ標識タンパク質のライブラリー。
【請求項２２】  タンパク質アレイを製造する方法であって、
（ａ）請求項２１の前記ライブラリーの各要素をクローン毎に分離することと、
（ｂ）空間的に離隔されたフォーマットで、前記タグ標識された各タンパク質を発現させることと、
（ｃ）前記マーカー部分によって、タグ標識された各タンパク質を精製することと、
（ｄ）空間的に規定されたアレイに各タンパク質を配置することとを備えた方法。
【請求項２３】  請求項１〜２０の何れか１項に記載の方法によって調製された、又は請求項２２に記載の方法によって作製されたタンパク質を備えたアレイであって、全てのタンパク質がタグ標識され、また前記アレイ上の少なくとも一つのタンパク質は、Ｎ末端またはＣ末端の何れかにおいてマーカー部分でタグ標識される全長タンパク質としては発現されないアレイ。
【請求項２４】  前記アレイの成分が例えば固相表面に固定化される請求項２３に記載のアレイ。
【請求項２５】  前記各タンパク質がタグ部分によって固定化される請求項２３又は２４に記載のアレイ。
【請求項２６】  一以上の化合物の生物活性をスクリーニングする方法であって、前記一以上の化合物を請求項２３〜２５の何れか１項に記載のタンパク質アレイと接触させる工程と、前記アレイ中の前記タンパク質への前記一以上の化合物の結合を測定する工程とを備えた方法。
【請求項２７】  一以上のタンパク質の特異的なタンパク質−タンパク質相互作用をスクリーニングする方法であって、前記一以上のタンパク質（例えば、細胞表面受容体）を請求項２３〜２５の何れか１項に記載のアレイと接触させる工程と、前記アレイの前記タンパク質への前記一以上の特異的タンパク質の結合を測定する工程とを備えた方法。
【請求項２８】  一以上のタンパク質の特異的なタンパク質−核酸相互作用をスクリーニングする方法であって、前記一以上の核酸プローブを請求項２３〜２５の何れか１項に記載のタンパク質アレイと接触させる工程と、前記アレイ中の前記タンパク質への前記プローブの結合を測定する工程とを備えた方法。
【請求項２９】  化合物、タンパク質、又は核酸の迅速なスクリーニングにおける、請求項２３〜２５の何れか１項に記載のアレイの使用。
【請求項３０】  前記アレイ中の各タンパク質を認識する分子のスクリーニングおける請求項２３〜２５の何れか１項に記載のアレイの使用であって、前記分子が好ましくは抗体である使用。
【請求項３１】  抗体アレイを作製する方法であって、タンパク質アレイ中の一以上のタンパク質が抗体ライブラリー中の少なくとも一つの抗体に結合するように、請求項２２〜２４の何れか１項に記載のタンパク質アレイを前記抗体ライブラリーに接触させることと、未結合の抗体を全て除去することと、前記タンパク質アレイ中のタンパク質に結合した抗体を固定化することとを備えた方法。
【請求項３２】  タンパク質の機能又は量をスクリーニングする方法であって、請求項３１に記載の抗体アレイを一以上のタンパク質の混合物に接触させる工程を備えた方法。
【請求項３３】  請求項２６〜２８の何れか１項又は３１に記載の方法であって、まず請求項２３〜２５の何れか１項に記載のタンパク質アレイを準備する工程も備えた方法。
【請求項３４】  前記アレイ中の前記タンパク質が、単一の工程で精製され固定化される請求項２２に記載の方法。