【手続補正書】
【提出日】平成19年3月29日(2007.3.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  以下（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれるタンパク質。
（ａ）配列番号１記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
（ｂ）配列番号１において、１以上のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を有するタンパク質であり、かつ配列番号２〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
（ｃ）配列番号１記載のアミノ酸配列と７０％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有し、かつ配列番号２〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
【請求項２】  以下（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれるタンパク質。
（ａ）配列番号２記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
（ｂ）配列番号２において、１以上のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を有するタンパク質であり、かつ配列番号１および３〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
（ｃ）配列番号２記載のアミノ酸配列と７０％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有し、かつ配列番号１および３〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
【請求項３】  以下（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれるタンパク質。
（ａ）配列番号３記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
（ｂ）配列番号３において、１以上のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を有するタンパク質であり、かつ配列番号１、２および４〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
（ｃ）配列番号３記載のアミノ酸配列と７０％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有し、かつ配列番号１、２および４〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
【請求項４】  以下（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれるタンパク質。
（ａ）配列番号４記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
（ｂ）配列番号４において、１以上のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を有するタンパク質であり、かつ配列番号１〜３および５〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
（ｃ）配列番号４記載のアミノ酸配列と７０％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有し、かつ配列番号１〜３および５〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
【請求項５】  以下（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれるタンパク質。
（ａ）配列番号５記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
（ｂ）配列番号５において、１以上のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を有するタンパク質であり、かつ配列番号１〜４および６〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
（ｃ）配列番号５記載のアミノ酸配列と７０％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有し、かつ配列番号１〜４および６〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
【請求項６】  以下（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれるタンパク質。
（ａ）配列番号６記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
（ｂ）配列番号６において、１以上のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を有するタンパク質であり、かつ配列番号１〜５、７および８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
（ｃ）配列番号６記載のアミノ酸配列と７０％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有し、かつ配列番号１〜５、７および８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
【請求項７】  以下（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれるタンパク質。
（ａ）配列番号７記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
（ｂ）配列番号７において、１以上のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を有するタンパク質であり、かつ配列番号１〜６および８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
（ｃ）配列番号７記載のアミノ酸配列と７０％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有し、かつ配列番号１〜６および８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
【請求項８】  以下（ａ）〜（ｃ）からなる群より選ばれるタンパク質。
（ａ）配列番号８記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
（ｂ）配列番号８において、１以上のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列を有するタンパク質であり、かつ配列番号１〜７のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
（ｃ）配列番号８記載のアミノ酸配列と７０％以上の相同性を有するアミノ酸配列を有し、かつ配列番号１〜７のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することにより、F0F1-ATPase活性を示すタンパク質
【請求項９】  請求項１〜８記載のタンパク質からなるタンパク質複合体。
【請求項１０】  請求項１〜８いずれか１項に記載のタンパク質をコードするＤＮＡ。
【請求項１１】    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号９記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号９記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号２〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【請求項１２】    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１０記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１０記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１および３〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【請求項１３】    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１１記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１１記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１、２および４〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【請求項１４】    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１２記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１２記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜３および５〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【請求項１５】    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１３記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１３記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜４および６〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【請求項１６】    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１４記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１４記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜５、７および８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【請求項１７】    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１５記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１５記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜６および８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【請求項１８】    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１６記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１６記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜７のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【請求項１９】  請求項１１〜１８記載のＤＮＡを含むＤＮＡ。
【請求項２０】  配列番号９〜１６記載の塩基配列を含むＤＮＡ。
【請求項２１】  配列番号２１記載の塩基配列を有するＤＮＡ。
【請求項２２】  ＤＮＡが、コリネバクテリウム属に属する微生物由来のＤＮＡである、請求項１０〜２１いずれか１項に記載のＤＮＡ。
【請求項２３】  ＤＮＡが、コリネバクテリウム・アンモニアゲネスに属する微生物由来のＤＮＡである、請求項１０〜２１いずれか１項に記載のＤＮＡ。
【請求項２４】  請求項１０〜１８いずれか１項に記載のＤＮＡをベクターに組み込むことにより得られる組換え体ＤＮＡ。
【請求項２５】  請求項１９〜２１いずれか１項に記載のＤＮＡをベクターに組み込むことにより得られる組換え体ＤＮＡ。
【請求項２６】  請求項２４または２５記載の組換え体ＤＮＡを宿主細胞に導入して得られる形質転換体。
【請求項２７】  宿主細胞が、エシェリヒア・コリまたはコリネバクテリウム・グルタミクムまたはコリネバクテリウム・アンモニアゲネスである、請求項２６記載の形質転換体。
【請求項２８】  請求項２４記載の組換え体ＤＮＡを宿主細胞に導入して得られる形質転換体を培地に培養し、培養物中に請求項１〜８いずれか１項に記載のタンパク質を生成蓄積させ、該培養物から該タンパク質を採取することを特徴とする、請求項１〜８いずれか１項に記載のタンパク質を製造する方法。
【請求項２９】  請求項２５記載の組換え体ＤＮＡを宿主細胞に導入して得られる形質転換体を培地に培養し、培養物中にF0F1-ATPase活性を有するタンパク質複合体を生成蓄積させ、該培養物から該タンパク質複合体を採取することを特徴とするF0F1-ATPase活性を有するタンパク質複合体の製造方法。
【請求項３０】  請求項２５記載の組換え体ＤＮＡを宿主細胞に導入して得られる形質転換体の培養液、または該培養液の処理物を酵素源として用い、該酵素源およびヌクレオシド5'-三リン酸の前駆体を水性媒体中に存在せしめ、該水性媒体中でヌクレオシド5'-三リン酸を生成蓄積させ、該水性媒体中からヌクレオシド5'-三リン酸を採取することを特徴とするヌクレオシド5'-三リン酸の製造法。
【請求項３１】  ヌクレオシド5'-三リン酸の前駆体がアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、ヒポキサンチン、アデノシン、グアノシン、ウリジン、シチジン、イノシン、アデノシン5'-一リン酸、グアノシン5'-一リン酸、ウリジン5'-一リン酸、シチジン5'-一リン酸、イノシン5'-一リン酸であることを特徴とする、請求項３０記載のヌクレオシド5'-三リン酸の製造法。
【請求項３２】  ヌクレオシド5'-三リン酸がアデノシン5'-三リン酸、グアノシン5'-三リン酸、ウリジン5'-三リン酸、シチジン5'-三リン酸であることを特徴とする、請求項３０記載のヌクレオシド5'-三リン酸の製造法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１７】
（９）  上記（１）〜（８）のタンパク質からなるタンパク質複合体。
（１０）  上記（１）〜（８）いずれか１つのタンパク質をコードするＤＮＡ。
（１１）    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号９記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号９記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号２〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１８】
（１２）    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１０記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１０記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１および３〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１９】
（１３）    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１１記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１１記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１、２および４〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
（１４）    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１２記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１２記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜３および５〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２１】
（１５）    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１３記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１３記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜４および６〜８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
（１６）    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１４記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１４記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜５、７および８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２３】
（１７）    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１５記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１５記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜６および８のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
（１８）    以下の（ａ）または（ｂ）のＤＮＡ。
（ａ）配列番号１６記載の塩基配列を有するＤＮＡ
（ｂ）配列番号１６記載の塩基配列を有するＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ配列番号１〜７のそれぞれに記載のアミノ酸配列を有するタンパク質全てと複合体を形成することによりF0F1-ATPase活性を示すタンパク質をコードするＤＮＡ
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３９】
ＤＮＡライブラリーを作成するためのクローニングベクターとしては、大腸菌Ｋ１２株中で自律複製できるものであれば、ファージベクター、プラスミドベクター等いずれでも使用できる。具体的には、ZAP Express[ストラタジーン社製、Strategies, 5, 58 (1992)]、λzap II（ストラタジーン社製）、λgt10、λgt11[DNA Cloning, A Practical Approach, 1, 49 (1985)]、λ TriplEx（クロンテック社製）、λExCell（アマシャム・ファルマシア・バイオテク社製）、 pBluescript II KS(-)、pBluescript II SK(+)[ストラタジーン社製、Nucleic Acids Research, 17, 9494 (1989)]、 pUC18[Gene, 33, 103 (1985)]等をあげることができる。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４８】
すなわち、本発明のＤＮＡを適当な発現ベクターのプロモーターの下流に挿入した組換え体ＤＮＡを作製し、それを該発現ベクターに適合した宿主細胞に導入することにより、本発明のタンパク質またはタンパク質複合体を生産する形質転換体を得ることができる。宿主細胞としては、細菌、酵母、動物細胞、昆虫細胞、植物細胞等、目的とする遺伝子を発現できるものであればいずれも用いることができる。発現ベクターとしては、上記宿主細胞において自律複製可能ないしは染色体中への組込が可能で、本発明のタンパク質またはタンパク質複合体をコードするＤＮＡを転写できる位置にプロモーターを含有しているものが用いられる。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４９】
細菌等の原核生物を宿主細胞として用いる場合は、本発明のタンパク質またはタンパク質複合体をコードするＤＮＡを含有してなる組換え体ＤＮＡは細菌中で自律複製可能であると同時に、プロモーター、リボソーム結合配列、本発明のタンパク質またはタンパク質複合体をコードするＤＮＡ、転写終結配列、より構成されたベクターであることが好ましい。プロモーターを制御する遺伝子が含まれていてもよい。