【手続補正書】
【提出日】平成31年2月15日(2019.2.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生体分子プロセッサであって、各前記生体分子プロセッサは：
固体基板によって画定されたバイオリアクタチャンバ；
前記バイオリアクタチャンバ内の、前記固体基板に取り付けられた、複数の離間した支持構造体；
前記複数の離間した支持構造体の一部又は全てに対して不動化された、１つ又は複数の捕集分子であって、前記１つ又は複数の捕集分子は、試料中の標的核酸分子の一部分に結合するのに好適である、１つ又は複数の捕集分子
を備える、生体分子プロセッサ；
前記固体基板によって画定され、また前記バイオリアクタチャンバに流体接続された、１つ又は複数のナノチューブであって、前記１つ又は複数のナノチューブはそれぞれ、前記バイオリアクタチャンバの近位の入力端部と、前記バイオリアクタチャンバの遠位の出力端部との間に延在する通路を有し、また前記通路内に１つ又は複数のナノ細孔を備え、各前記ナノ細孔は、前記通路より小さい直径を有する、１つ又は複数のナノチューブ；並びに
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、１つ又は複数のユニットであって、前記１つ又は複数のユニットは、試料調製を実行するよう構成される、１つ又は複数のユニット
を備える、デバイス。
【請求項２】
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、セパレータユニット
を更に備え、
前記セパレータユニットは：
複数の固体表面を含む分離チャンバであって、前記固体表面は、前記固体表面の間にチャネルを画定し、また前記固体表面には細胞特異的捕集剤が付着している、分離チャンバ；
前記チャンバへの入口；及び
前記チャンバからの出口
を備える、請求項１に記載のデバイス。
【請求項３】
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、抽出器ユニット
を更に備え、
前記抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、
前記固体支持体は、核酸又はエキソソーム又は小胞を不動化するのに好適な材料を設けられる、請求項１に記載のデバイス。
【請求項４】
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニット
を更に備え、
前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、請求項１に記載のデバイス。
【請求項５】
試料中の標的核酸分子の存在を検出するための方法であって、
前記方法は：
生体分子プロセッサであって、各前記生体分子プロセッサは：
固体基板によって画定されたバイオリアクタチャンバ；
前記バイオリアクタチャンバ内の、前記固体基板に取り付けられた、複数の離間した支持構造体；
前記複数の離間した支持構造体の一部又は全てに対して不動化された、１つ又は複数の捕集分子であって、前記１つ又は複数の捕集分子は、試料中の標的核酸分子の一部分に結合するのに好適である、１つ又は複数の捕集分子
を備える、生体分子プロセッサ；  
前記固体基板によって画定され、また前記バイオリアクタチャンバに流体接続された、１つ又は複数のナノチューブであって、前記１つ又は複数のナノチューブはそれぞれ、前記バイオリアクタチャンバの近位の入力端部と、前記バイオリアクタチャンバの遠位の出力端部との間に延在する通路を有し、また前記通路内に１つ又は複数のナノ細孔を備え、各前記ナノ細孔は、前記通路より小さい直径を有する、１つ又は複数のナノチューブ；
前記バイオリアクタチャンバの上流及び前記１つ又は複数のナノチューブの下流の位置に位置決めされた、電極；  
前記バイオリアクタチャンバの上流の位置と、前記１つ又は複数のナノチューブの下流との間に、電圧勾配を確立することによって、前記バイオリアクタチャンバから前記１つ又は複数のナノチューブを通して前記出力端部へと分子を通過させるために、前記電極に電気的に接続された、電圧源；並びに
分子が前記１つ又は複数のナノチューブを通過する際の、前記１つ又は複数のナノ細孔に亘る電流レベルの変化を測定するよう位置決めされた、検出器
を備えるデバイス、を提供するステップ；
前記標的核酸分子を含む前記試料を、前記標的核酸分子が捕集分子に結合して、離間した支持構造体に対して不動化されるのに効果的な条件下において、生体分子プロセッサに供給するステップ；
前記不動化された標的核酸分子又は前記標的核酸分子の不動化された伸長産物を、リガーゼ検出反応に供して、前記不動化された標的核酸分子又は前記標的核酸分子の不動化された伸長産物に対してハイブリダイズされたライゲーション産物を生成するステップ；
前記ライゲーション産物を、前記不動化された標的核酸分子又は前記標的核酸分子の不動化された伸長産物から変性させることによって、前記ライゲーション産物を前記離間した支持構造体から放出させるステップ；
前記ライゲーション産物を、前記１つ又は複数のナノチューブに通過させるステップ；
前記検出器を用いて、前記１つ又は複数のナノチューブを通過した前記ライゲーション産物の同定シグニチャを検出するステップ；及び
前記検出に基づいて、前記試料中の他の核酸分子とは異なる、前記試料中の前記標的核酸分子の存在を同定するステップ
を含む、方法。
【請求項６】
前記デバイスは：
前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流の、試料調製のための１つ又は複数のユニット
を更に備え、
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、セパレータユニットであって、前記セパレータユニットは：
複数の固体表面を含む分離チャンバであって、前記固体表面は、前記固体表面の間にチャネルを画定し、また前記固体表面には細胞特異的捕集剤が付着している、分離チャンバ；前記チャンバへの入口；及び前記チャンバからの出口
を備える、セパレータユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記セパレータユニットに通過させるステップ
を更に含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流の、試料調製のための１つ又は複数のユニット
を更に備え、
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、抽出器ユニットであって、前記抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸又はエキソソームを不動化するのに好適な材料を設けられる、抽出器ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記抽出器ユニットに通過させるステップ
を更に含む、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流の、試料調製のための１つ又は複数のユニット
を更に備え、
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニットであって、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、血漿単離ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記血漿単離ユニットに通過させるステップ
を更に含む、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
試料からの標的核酸分子内のヌクレオチドを同定するための方法であって、
前記方法は：
生体分子プロセッサであって、各前記生体分子プロセッサは：
固体基板によって画定されたバイオリアクタチャンバ；
前記バイオリアクタチャンバ内の、前記固体基板に取り付けられた、複数の離間した支持構造体；
前記複数の離間した支持構造体の一部又は全てに対して不動化された、１つ又は複数の捕集分子であって、前記１つ又は複数の捕集分子は、試料中の標的核酸分子の一部分に結合するのに好適である、１つ又は複数の捕集分子
を備える、生体分子プロセッサ；  
前記固体基板によって画定され、また前記バイオリアクタチャンバに流体接続された、１つ又は複数のナノチューブであって、前記１つ又は複数のナノチューブはそれぞれ、前記バイオリアクタチャンバの近位の入力端部と、前記バイオリアクタチャンバの遠位の出力端部との間に延在する通路を有し、また前記通路内に１つ又は複数のナノ細孔を備え、各前記ナノ細孔は、前記通路より小さい直径を有する、１つ又は複数のナノチューブ；
前記バイオリアクタチャンバの上流及び前記１つ又は複数のナノチューブの下流の位置に位置決めされた、電極；
前記バイオリアクタチャンバの上流の位置と、前記１つ又は複数のナノチューブの下流との間に、電圧勾配を確立することによって、前記バイオリアクタチャンバから前記１つ又は複数のナノチューブを通して前記出力端部へと分子を通過させるために、前記電極に電気的に接続された、電圧源；並びに
分子が前記１つ又は複数のナノチューブを通過する際の、前記１つ又は複数のナノ細孔に亘る電流レベルの変化を測定するよう位置決めされた、検出器
を備える、デバイスを提供するステップ；
前記標的核酸分子を含む試料を、捕集分子に前記標的核酸分子を結合させることによって、前記標的核酸分子を離間した支持構造体に対して不動化するために効果的な条件下で、前記生体分子プロセッサに供給するステップ；
不動化された前記標的核酸分子、又は前記標的核酸分子に対して相補的な不動化された伸長産物を、溶液と接触させて、ヌクレオチド伸長反応混合物を形成するステップであって、前記溶液は、前記不動化された標的核酸分子又はその不動化された伸長産物の一部分に対して相補的な１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプライマ、ポリメラーゼ、及びヌクレオチド三リン酸の集合を含み、各タイプのヌクレオチド三リン酸は：（１）異なる切断可能な同定シグニチャ生成部分；及び（２）更なるヌクレオチド伸長反応をブロックする切断可能なブロッキング部分を有する、ステップ；
前記ヌクレオチド伸長反応混合物をハイブリダイゼーション処理に供するステップであって、前記１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプライマは、塩基特異的な様式で、前記１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプライマの相補的な不動化された標的核酸分子、又は前記標的核酸分子の不動化された伸長産物に対してハイブリダイズするステップ；
ハイブリダイズした前記オリゴヌクレオチドプライマを、前記ヌクレオチド三リン酸の集合からのあるヌクレオチド三リン酸の、前記ハイブリダイズしたプライマの３’末端に対する、単一塩基特異的な追加によって、伸長させるステップ；
前記同定シグニチャ生成部分を、前記伸長後に、ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドプライマに追加された各ヌクレオチドから切断するステップ；
切断された前記同定シグニチャ生成部分を、前記１つ又は複数のナノチューブに通過させるステップ；
前記検出器を用いて、前記切断された同定シグニチャ生成部分が前記１つ又は複数のナノチューブを通過する際に、前記切断された同定シグニチャ生成部分によって生成された、前記同定シグニチャを検出するステップ；並びに
前記伸長中に追加された前記ヌクレオチドの集合からのヌクレオチドを同定することによって、前記試料中の前記標的核酸分子中の１つ又は複数のヌクレオチドを同定するステップ
を含む、方法。
【請求項１０】
前記デバイスは：
前記固体基板によって画定され、前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、試料調製のための１つ又は複数のユニット；並びに
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、セパレータユニットであって、前記セパレータユニットは：
複数の固体表面を含む分離チャンバであって、前記固体表面は、前記固体表面の間にチャネルを画定し、また前記固体表面には細胞特異的捕集剤が付着している、分離チャンバ；
前記チャンバへの入口；
及び前記チャンバからの出口
を備える、セパレータユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記セパレータユニットに通過させるステップ
を更に含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記デバイスは：
前記固体基板によって画定され、前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、試料調製のための１つ又は複数のユニット；並びに
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、抽出器ユニットであって、前記抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸又はエキソソームを不動化するのに好適な材料を設けられる、抽出器ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記抽出器ユニットに通過させるステップ
を更に含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記デバイスは：
前記固体基板によって画定され、前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、試料調製のための１つ又は複数のユニット；並びに
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニットであって、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、血漿単離ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記長手方向に延在する血漿単離ユニットに通過させるステップ
を更に含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項１３】
固体基板によって画定された、長手方向に延在する血漿単離ユニットを備えるデバイスであって、
前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、デバイス。
【請求項１４】
固体基板によって画定される抽出器ユニットを備えるデバイスであって、
前記抽出器ユニットは：
入口；
出口；
前記入口と前記出口との間に延在して前記入口及び前記出口を共有する、複数の別個のチャンバ；及び
各前記チャンバ内の複数の固体支柱であって、前記固体支柱は、前記支柱間に通路を有し、また前記支柱は、試料からの細胞、核酸又はエキソソームを不動化するために好適な材料を設けられる、複数の固体支柱
を備える、デバイス。
【請求項１５】
固体基板によって画定されるセンサユニットを備えるデバイスであって、
前記センサユニットは：
入口；
出口；
前記センサユニットの前記入口から前記出口へと通過する細胞をカウントするために位置決めされた、細胞カウンタ；
底面及び上面を有する第１の層であって、前記第１の層は：
前記上面上の入口ポート及び出口ポート；並びに
前記底面上の１つ又は複数の電極
を備える、第１の層；
上面及び底面を有する第２の層であって、前記第２の層は：
前記上面上の１つ又は複数の電極
を備える、第２の層；並びに
中間層であって、前記中間層は：
前記第１の層に接続され、前記第１の層の前記入口ポートと前記出口ポートとの間に長手方向に延在する、流体チャネルであって、前記流体チャネルは、前記第１の層及び前記第２の層の前記電極と垂直に交差し、前記第１の層の前記底面上の前記電極は、前記第２の層の前記上面上の前記電極と対向し、前記チャネルと、前記第１の層及び前記第２の層の前記電極とは、前記細胞カウンタを構成する、流体チャネル
を備える、中間層
を備える、デバイス。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９７】
本発明について、例示を目的として詳細に説明したが、このような詳細は上記目的のためだけのものであり、当業者は、以下の請求項によって定義される本発明の精神及び範囲から逸脱することなく、本発明において変形を行うことができることが理解される。
〔付記１〕
生体分子プロセッサであって、各前記生体分子プロセッサは：
固体基板によって画定されたバイオリアクタチャンバ；
前記バイオリアクタチャンバ内の、前記固体基板に取り付けられた、複数の離間した支持構造体；
前記複数の離間した支持構造体の一部又は全てに対して不動化された、１つ又は複数の捕集分子であって、前記１つ又は複数の捕集分子は、試料中の標的核酸分子の一部分に結合するのに好適である、１つ又は複数の捕集分子
を備える、生体分子プロセッサ；並びに
前記固体基板によって画定され、また前記バイオリアクタチャンバに流体接続された、１つ又は複数のナノチューブであって、前記１つ又は複数のナノチューブはそれぞれ、前記バイオリアクタチャンバの近位の入力端部と、前記バイオリアクタチャンバの遠位の出力端部との間に延在する通路を有し、また前記通路内に１つ又は複数のナノ細孔を備え、各前記ナノ細孔は、前記通路より小さい直径を有する、１つ又は複数のナノチューブ
を備える、デバイス。
〔付記２〕
前記バイオリアクタチャンバの上流及び前記１つ又は複数のナノチューブの下流の位置に位置決めされた、電極；並びに
前記バイオリアクタチャンバの上流の位置と、前記１つ又は複数のナノチューブの下流との間に、電圧勾配を確立することによって、前記バイオリアクタチャンバから前記１つ又は複数のナノチューブを通して前記出力端部へと分子を通過させるために、前記電極に電気的に接続された、電圧源
を更に備える、付記１に記載のデバイス。
〔付記３〕
分子が前記１つ又は複数のナノチューブを通過する際の、前記１つ又は複数のナノ細孔に亘る電流レベルの変化を測定するよう位置決めされた、検出器
を更に備える、付記２に記載のデバイス。
〔付記４〕
前記検出器は、電流測定装置を備える、付記３に記載のデバイス。
〔付記５〕
前記デバイスは、全て前記固体基板によって画定された、複数の前記生体分子プロセッサ及び複数の前記ナノチューブを備え、
前記デバイスは：
入力ポート；並びに
前記固体基板によって画定され、また、試料を前記入力ポートから前記複数の生体分子プロセッサへと送達するために、前記入力ポートと前記複数の生体分子プロセッサとを流体接続する、供給側チャネル
を更に備える、付記１に記載のデバイス。
〔付記６〕
前記供給側チャネルに入る試料を、前記入力ポートから前記複数の生体分子プロセッサ間で分散させるための、前記供給側チャネル内の複数のバッフル
を更に備える、付記５に記載のデバイス。
〔付記７〕
前記基板によって画定された複数のセパレータであって、各前記セパレータは、ある特定の前記バイオリアクタチャンバからある特定の前記ナノチューブへと材料を配向するために、隣接する前記バイオリアクタチャンバ間に位置決めされる、複数のセパレータ
を更に備える、付記５に記載のデバイス。
〔付記８〕
前記支持構造体は、離間した支柱の形態である、付記１に記載のデバイス。
〔付記９〕
前記１つ又は複数のナノチューブはそれぞれ、前記通路内に２つ以上の離間した前記ナノ細孔を有し、前記離間したナノ細孔は飛行時間チャネルを形成し、
前記検出器は、前記離間したナノ細孔に亘る電流レベルの変化、及びある特定の分子に関する前記電流変化の間の時間を測定する、付記３に記載のデバイス。
〔付記１０〕
前記飛行時間チャネルは、幅１０〜２００ｎｍ及び深さ１０〜２００ｎｍである、付記９に記載のデバイス。
〔付記１１〕
前記飛行時間チャネルは、長さ５〜２５０μｍである、付記９に記載のデバイス。
〔付記１２〕
前記離間したナノ細孔は、直径１〜１５０ｎｍである、付記９に記載のデバイス。
〔付記１３〕
前記２つ以上の離間したナノ細孔はそれぞれ、長さ５〜５００ｎｍである、付記９に記載のデバイス。
〔付記１４〕
前記２つ以上の離間したナノ細孔はそれぞれ寸法が異なり、これにより、ある特定の分子に関して、前記検出器が前記離間した２つ以上のナノ細孔に亘る前記電流レベルの変化を測定した場合、前記２つ以上の離間したナノ細孔の間の電流変化の差によって、前記分子が前記２つ以上の離間したナノ細孔を順次通過していること、及び前記電流変化の間の時間前記が確立される、付記９に記載のデバイス。
〔付記１５〕
前記１つ又は複数のナノチューブは、先細の入口を有する、付記１に記載のデバイス。
〔付記１６〕
前記生体分子プロセッサと、前記１つ又は複数のナノチューブと、前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブが直接的又は間接的に流体接続される、いずれの更なるユニットとを内包する、ベースプレート；並びに
前記ベースプレート上に嵌合することによって、前記生体分子プロセッサ、前記１つ又は複数のナノチューブ及び前記更なるユニットを封止するコンパートメントを形成する、カバープレート
を更に備える、付記１に記載のデバイス。
〔付記１７〕
前記カバープレート及び前記ベースプレートは、溝内に嵌合する複数のピンによって一体に取り付けられ、
前記ピンは前記カバープレート内にあり、かつ前記溝は前記ベースプレート内にあるか、又は前記ピンは前記ベースプレート内にあり、かつ前記溝は前記カバープレート内にある、付記１６に記載のデバイス。
〔付記１８〕
前記ベースプレート及び前記カバープレートは併せて、前記生体分子プロセッサ、前記１つ又は複数のナノチューブ及び前記更なるユニットに接続された、リザーバ、通路及びバルブの組み合わせを備える、付記１６に記載のデバイス。
〔付記１９〕
前記バルブは：
固体台座に対して移動可能な１つ又は複数の可撓性膜；及び
前記１つ又は複数の膜を前記固体台座と接触させたり接触を解除したりするように移動させるための、前記１つ又は複数の可撓性膜と係合可能なユニット
を備える、付記１８に記載のデバイス。
〔付記２０〕
リンカーは、前記捕集分子を前記複数の支持構造体に連結する、付記１に記載のデバイス。
〔付記２１〕
前記１つ又は複数のナノチューブは、幅１０〜２００ｎｍ及び深さ１０〜２００ｎｍである、付記１に記載のデバイス。
〔付記２２〕
前記１つ又は複数のナノチューブは、長さ５〜２５０μｍである、付記１に記載のデバイス。
〔付記２３〕
前記１つ又は複数のナノ細孔は、直径１〜１５０ｎｍである、付記１に記載のデバイス。
〔付記２４〕
前記１つ又は複数のナノ細孔はそれぞれ、長さ５〜５００ｎｍである、付記１に記載のデバイス。
〔付記２５〕
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、１つ又は複数のユニットであって、前記１つ又は複数のユニットは、試料調製を実行するよう構成される、１つ又は複数のユニット
を更に備える、付記１に記載のデバイス。
〔付記２６〕
試料調製のための前記１つ又は複数のユニットは：
前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、流れ精製ユニットであって：
チャンバを画定するハウジング；
前記チャンバに接続された１つ又は複数の入口；
前記チャンバに接続された産物出口；
前記チャンバに接続された廃棄物出口；並びに
前記チャンバ内で産物を前記産物出口へと好ましく配向するため、及び前記チャンバ内で廃棄物を前記廃棄物出口へと配向するために、前記チャンバ内に位置決め及び配向された、複数の障害物
を備える、流れ精製ユニット
を備える、付記２５に記載のデバイス。
〔付記２７〕
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、１つ又は複数のリアクタユニットであって、前記１つ又は複数のリアクタユニットは、ヒータを備えた反応チャネルを備える、１つ又は複数のリアクタユニット
を更に備える、付記２５に記載のデバイス。
〔付記２８〕
前記チャネルは、蛇行パターンを有する、付記２７に記載のデバイス。
〔付記２９〕
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、セパレータユニット
を更に備え、
前記セパレータユニットは：
複数の固体表面を含む分離チャンバであって、前記固体表面は、前記固体表面の間にチャネルを画定し、また前記固体表面には細胞特異的捕集剤が付着している、分離チャンバ；
前記チャンバへの入口；及び
前記チャンバからの出口
を備える、付記２５に記載のデバイス。
〔付記３０〕
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、センサユニット
を更に備え、
前記センサユニットは：
入口；
出口；及び
前記センサユニットの前記入口から前記出口へと通過する細胞をカウントするために位置決めされた、細胞カウンタ
を備える、付記２５に記載のデバイス。
〔付記３１〕
前記細胞カウンタは：
前記入口と前記出口との間に長手方向に延在する、流体チャネル；及び
前記流体チャネル内で互いに向かい合って位置決めされた、電極のペア
を備える、付記３０に記載のデバイス。
〔付記３２〕
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、抽出器ユニット
を更に備え、
前記抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、
前記固体支持体は、核酸又はエキソソーム又は小胞を不動化するのに好適な材料を設けられる、付記２５に記載のデバイス。
〔付記３３〕
前記抽出器ユニットは、前記固体支持体の複数のベッドを備え、前記ベッドは、前記ベッドへの共通の入口、及び前記ベッドからの共通の出口を備える、付記３２に記載のデバイス。
〔付記３４〕
前記抽出器ユニット内の前記固体支持体は、光活性化ポリマー材料から作製される、付記３２に記載のデバイス。
〔付記３５〕
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニット
を更に備え、
前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、付記２５に記載のデバイス。
〔付記３６〕
前記固体基板によって画定されるセパレータユニットであって、前記セパレータユニットは：
固体表面を含む分離チャンバであって、前記固体表面は、前記固体表面の間にチャネルを画定し、また前記固体表面には細胞特異的捕集剤が付着している、分離チャンバ；
前記チャンバへの入口；及び
前記チャンバからの出口
を備える、セパレータユニット；
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニットであって、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは、前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニットを備え、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、長手方向に延在する血漿単離ユニット；
前記固体基板によって画定され、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットに流体接続される、第１の抽出器ユニットであって、前記第１の抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸又はエキソソーム又は小胞を不動化するのに好適な材料を設けられる、第１の抽出器ユニット；
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、センサユニットであって、前記センサユニットは：
入口；
出口；及び
前記センサユニットの前記入口から前記出口へと通過する細胞をカウントするために位置決めされた、細胞カウンタ
を備える、センサユニット；
前記固体支持体によって画定され、前記センサユニットに流体接続される、第２の抽出器ユニットであって、前記第２の抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸を不動化するのに好適な材料を設けられる、第２の抽出器ユニット；
前記固体基板によって画定され、前記第２の抽出器ユニットに流体接続される、１つ又は複数のリアクタユニットであって、前記１つ又は複数のリアクタユニットは、ヒータを備えた反応チャネルを備える、１つ又は複数のリアクタユニット；並びに
前記固体基板によって画定され、前記１つ又は複数のリアクタユニット及び前記生体分子プロセッサに流体接続される、流れ精製ユニットであって、前記流れ精製ユニットは：
チャンバを画定するハウジング；
前記チャンバに接続された１つ又は複数の入口；
前記チャンバに接続された産物出口；
前記チャンバに接続された廃棄物出口；並びに
前記チャンバ内で産物を前記産物出口へと好ましく配向するため、及び前記チャンバ内で廃棄物を前記廃棄物出口へと配向するために、前記チャンバ内に位置決め及び配向された、複数の障害物
を備える、流れ精製ユニット
を更に備える、付記１に記載のデバイス。
〔付記３７〕
試料中の標的核酸分子の存在を検出するための方法であって、
前記方法は：
付記３に記載のデバイスを提供するステップ；
前記標的核酸分子を含む前記試料を、前記標的核酸分子が捕集分子に結合して、離間した支持構造体に対して不動化されるのに効果的な条件下において、生体分子プロセッサに供給するステップ；
前記不動化された標的核酸分子又は前記標的核酸分子の不動化された伸長産物を、リガーゼ検出反応に供して、前記不動化された標的核酸分子又は前記標的核酸分子の不動化された伸長産物に対してハイブリダイズされたライゲーション産物を生成するステップ；
前記ライゲーション産物を、前記不動化された標的核酸分子又は前記標的核酸分子の不動化された伸長産物から変性させることによって、前記ライゲーション産物を前記離間した支持構造体から放出させるステップ；
前記ライゲーション産物を、前記１つ又は複数のナノチューブに通過させるステップ；
前記検出器を用いて、前記１つ又は複数のナノチューブを通過した前記ライゲーション産物の同定シグニチャを検出するステップ；及び
前記検出に基づいて、前記試料中の他の核酸分子とは異なる、前記試料中の前記標的核酸分子の存在を同定するステップ
を含む、方法。
〔付記３８〕
前記デバイスは：
前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流の、試料調製のための１つ又は複数のユニット
を更に備える、付記３７に記載の方法。
〔付記３９〕
試料調製のための前記１つ又は複数のユニットは：
チャンバを画定するハウジング；
前記チャンバに接続された１つ又は複数の入口；
前記チャンバに接続された産物出口；
前記チャンバに接続された廃棄物出口；並びに
前記チャンバ内で産物を前記産物出口へと好ましく配向するため、及び前記チャンバ内で廃棄物を前記廃棄物出口へと配向するために、前記チャンバ内に位置決め及び配向された、複数の障害物
を備える、流れ精製ユニットを備え、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記流れ精製ユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記３８に記載の方法。
〔付記４０〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、１つ又は複数のリアクタユニットであって、前記１つ又は複数のリアクタユニットは、ヒータを備えた反応チャネルを備える、１つ又は複数のリアクタユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記１つ又は複数のリアクタユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記３８に記載の方法。
〔付記４１〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、セパレータユニットであって、前記セパレータユニットは：
複数の固体表面を含む分離チャンバであって、前記固体表面は、前記固体表面の間にチャネルを画定し、また前記固体表面には細胞特異的捕集剤が付着している、分離チャンバ；前記チャンバへの入口；及び前記チャンバからの出口
を備える、セパレータユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記セパレータユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記３８に記載の方法。
〔付記４２〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、センサユニットであって、前記センサユニットは：
入口；
出口；及び
前記センサユニットの前記入口から前記出口へと通過する細胞をカウントするために位置決めされた、細胞カウンタ
を備える、センサユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記センサユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記３８に記載の方法。
〔付記４３〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、抽出器ユニットであって、前記抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸又はエキソソームを不動化するのに好適な材料を設けられる、抽出器ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記抽出器ユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記３８に記載の方法。
〔付記４４〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニットであって、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、血漿単離ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記血漿単離ユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記３８に記載の方法。
〔付記４５〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定されるセパレータユニットであって、前記セパレータユニットは：
固体表面を含む分離チャンバであって、前記固体表面は、前記固体表面の間にチャネルを画定し、また前記固体表面には細胞特異的捕集剤が付着している、分離チャンバ；
前記チャンバへの入口；及び
前記チャンバからの出口
を備える、セパレータユニット；
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニットであって、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、長手方向に延在する血漿単離ユニット；
前記固体基板によって画定され、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットに流体接続される、第１の抽出器ユニットであって、前記第１の抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸を不動化するのに好適な材料を設けられる、第１の抽出器ユニット；
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、センサユニットであって、前記センサユニットは：
入口；
出口；及び
前記センサユニットの前記入口から前記出口へと通過する細胞をカウントするために位置決めされた、細胞カウンタ
を備える、センサユニット；
前記固体支持体によって画定され、前記センサユニットに流体接続される、第２の抽出器ユニットであって、前記第２の抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸を不動化するのに好適な材料を設けられる、第２の抽出器ユニット；
前記固体基板によって画定され、前記第２の抽出器ユニットに流体接続される、１つ又は複数のリアクタユニットであって、前記１つ又は複数のリアクタユニットは、ヒータを備えた反応チャネルを備える、１つ又は複数のリアクタユニット；並びに
前記固体基板によって画定され、前記１つ又は複数のリアクタユニット及び前記生体分子プロセッサに流体接続される、流れ精製ユニットであって、前記流れ精製ユニットは：
チャンバを画定するハウジング；
前記チャンバに接続された１つ又は複数の入口；
前記チャンバに接続された産物出口；
前記チャンバに接続された廃棄物出口；並びに
前記チャンバ内で産物を前記産物出口へと好ましく配向するため、及び前記チャンバ内で廃棄物を前記廃棄物出口へと配向するために、前記チャンバ内に位置決め及び配向された、複数の障害物
を備える、流れ精製ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を、前記セパレータユニット、前記長手方向に延在する血漿単離ユニット、前記第１の抽出器ユニット、前記センサユニット、前記第２の抽出器ユニット、前記１つ又は複数のリアクタユニット、及び前記流れ精製ユニットに、連続して順次通過させるステップ
を更に含む、付記３７に記載の方法。
〔付記４６〕
前記同定シグニチャは、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、ペプチドヌクレオチド類似体（ＰＮＡ）マルチマー、ペプトイド及びポリエーテルからなる群から選択される、電気泳動移動性修飾因子を含有してよい、前記ライゲーション産物の同定シグニチャによって生成される、付記３７に記載の方法。
〔付記４７〕
前記試料は、組織、細胞、血清、血液、血漿、羊水、喀痰、尿、体液、身体分泌物及び身体排泄物からなる群から選択される、付記３７に記載の方法。
〔付記４８〕
試料からの標的核酸分子内のヌクレオチドを同定するための方法であって、
前記方法は：
付記３に記載のデバイスを提供するステップ；
前記標的核酸分子を含む試料を、捕集分子に前記標的核酸分子を結合させることによって、前記標的核酸分子を離間した支持構造体に対して不動化するために効果的な条件下で、前記生体分子プロセッサに供給するステップ；
不動化された前記標的核酸分子、又は前記標的核酸分子に対して相補的な不動化された伸長産物を、溶液と接触させて、ヌクレオチド伸長反応混合物を形成するステップであって、前記溶液は、前記不動化された標的核酸分子又はその不動化された伸長産物の一部分に対して相補的な１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプライマ、ポリメラーゼ、及びヌクレオチド三リン酸の集合を含み、各タイプのヌクレオチド三リン酸は：（１）異なる切断可能な同定シグニチャ生成部分；及び（２）更なるヌクレオチド伸長反応をブロックする切断可能なブロッキング部分を有する、ステップ；
前記ヌクレオチド伸長反応混合物をハイブリダイゼーション処理に供するステップであって、前記１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプライマは、塩基特異的な様式で、前記１つ又は複数のオリゴヌクレオチドプライマの相補的な不動化された標的核酸分子、又は前記標的核酸分子の不動化された伸長産物に対してハイブリダイズするステップ；
ハイブリダイズした前記オリゴヌクレオチドプライマを、前記ヌクレオチド三リン酸の集合からのあるヌクレオチド三リン酸の、前記ハイブリダイズしたプライマの３’末端に対する、単一塩基特異的な追加によって、伸長させるステップ；
前記同定シグニチャ生成部分を、前記伸長後に、ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドプライマに追加された各ヌクレオチドから切断するステップ；
切断された前記同定シグニチャ生成部分を、前記１つ又は複数のナノチューブに通過させるステップ；
前記検出器を用いて、前記切断された同定シグニチャ生成部分が前記１つ又は複数のナノチューブを通過する際に、前記切断された同定シグニチャ生成部分によって生成された、前記同定シグニチャを検出するステップ；並びに
前記伸長中に追加された前記ヌクレオチドの集合からのヌクレオチドを同定することによって、前記試料中の前記標的核酸分子中の１つ又は複数のヌクレオチドを同定するステップ
を含む、方法。
〔付記４９〕
反復させるステップ、前記伸長させるステップ、前記切断するステップ、前記通過させるステップ、前記検出するステップ、及び前記同定するステップによって、前記標的ヌクレオチド配列を配列決定するステップ
を更に含む、付記４８に記載の方法。
〔付記５０〕
前記ヌクレオチド伸長反応混合物中の前記オリゴヌクレオチドプライマは、３’切断可能なヌクレオチド又はヌクレオチド類似体及びブロッキング基を有し、
前記ブロッキング基は、前記プライマの３’ポリメラーゼ伸長をブロックすることによって、前記オリゴヌクレオチドプライマの前記切断可能なヌクレオチド又はヌクレオチド類似体を切断し、
前記ブロッキング基は除去され、
前記オリゴヌクレオチドプライマの３’ＯＨ末端は、前記ハイブリダイゼーション処理に供するステップ中に自由にされ、これにより、ハイブリダイズされた前記オリゴヌクレオチドプライマが、前記伸長させるステップに好適なものとなる、付記４８に記載の方法。
〔付記５１〕
前記デバイスは：
前記固体基板によって画定され、前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、試料調製のための１つ又は複数のユニット
を更に備える、付記４８に記載の方法。
〔付記５２〕
前記１つ又は複数のユニットは：
チャンバを画定するハウジング；
前記チャンバに接続された１つ又は複数の入口；
前記チャンバに接続された産物出口；
前記チャンバに接続された廃棄物出口；並びに
前記チャンバ内で産物を前記産物出口へと好ましく配向するため、及び前記チャンバ内で廃棄物を前記廃棄物出口へと配向するために、前記チャンバ内に位置決め及び配向された、複数の障害物
を備える、流れ精製ユニットを備え、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記流れ精製ユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記５１に記載の方法。
〔付記５３〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、１つ又は複数のリアクタユニットであって、前記１つ又は複数のリアクタユニットは、ヒータを備えた反応チャネルを備える、１つ又は複数のリアクタユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記１つ又は複数のリアクタユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記４８に記載の方法。
〔付記５４〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、セパレータユニットであって、前記セパレータユニットは：
複数の固体表面を含む分離チャンバであって、前記固体表面は、前記固体表面の間にチャネルを画定し、また前記固体表面には細胞特異的捕集剤が付着している、分離チャンバ；前記チャンバへの入口；及び前記チャンバからの出口
を備える、セパレータユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記セパレータユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記４８に記載の方法。
〔付記５５〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、センサユニットであって、前記センサユニットは：
入口；
出口；及び
前記センサユニットの前記入口から前記出口へと通過する細胞をカウントするために位置決めされた、細胞カウンタ
を備える、センサユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記センサユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記５４に記載の方法。
〔付記５６〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、抽出器ユニットであって、前記抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸又はエキソソームを不動化するのに好適な材料を設けられる、抽出器ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記抽出器ユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記４８に記載の方法。
〔付記５７〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニットであって、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、血漿単離ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を前記長手方向に延在する血漿単離ユニットに通過させるステップ
を更に含む、付記４８に記載の方法。
〔付記５８〕
前記１つ又は複数のユニットは：
前記固体基板によって画定されるセパレータユニットであって、前記セパレータユニットは：
固体表面を含む分離チャンバであって、前記固体表面は、前記固体表面の間にチャネルを画定し、また前記固体表面には細胞特異的捕集剤が付着している、分離チャンバ；
前記チャンバへの入口；及び
前記チャンバからの出口
を備える、セパレータユニット；
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、長手方向に延在する血漿単離ユニットであって、前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、長手方向に延在する血漿単離ユニット；
前記固体基板によって画定され、前記基板によって画定される前記長手方向に延在する血漿単離ユニットに流体接続される、第１の抽出器ユニットであって、前記第１の抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸を不動化するのに好適な材料を設けられる、第１の抽出器ユニット；
前記固体基板によって画定され、また前記生体分子プロセッサ及び前記１つ又は複数のナノチューブの上流にある、センサユニットであって、前記センサユニットは：
入口；
出口；及び
前記センサユニットの前記入口から前記出口へと通過する細胞をカウントするために位置決めされた、細胞カウンタ
を備える、センサユニット；
前記固体支持体によって画定され、前記センサユニットに流体接続される、第２の抽出器ユニットであって、前記第２の抽出器ユニットは、固体支持体、及び前記固体支持体間の通路を備え、前記固体支持体は、核酸を不動化するのに好適な材料を設けられる、第２の抽出器ユニット；
前記固体基板によって画定され、前記第２の抽出器ユニットに流体接続される、１つ又は複数のリアクタユニットであって、前記１つ又は複数のリアクタユニットは、ヒータを備えた反応チャネルを備える、１つ又は複数のリアクタユニット；並びに
前記固体基板によって画定され、前記固体支持体及び前記生体分子プロセッサに流体接続される、流れ精製ユニットであって、前記流れ精製ユニットは：
チャンバを画定するハウジング；
前記チャンバに接続された１つ又は複数の入口；
前記チャンバに接続された産物出口；
前記チャンバに接続された廃棄物出口；並びに
前記チャンバ内で産物を前記産物出口へと好ましく配向するため、及び前記チャンバ内で廃棄物を前記廃棄物出口へと配向するために、前記チャンバ内に位置決め及び配向された、複数の障害物
を備える、流れ精製ユニット
を含み、
前記方法は：
前記試料を前記生体分子プロセッサに供給する前記ステップの前に、前記試料を、前記セパレータユニット、前記長手方向に延在する血漿単離ユニット、前記第１の抽出器ユニット、前記センサユニット、前記第２の抽出器ユニット、前記１つ又は複数のリアクタユニットに、連続して順次通過させるステップ
を更に含む、付記４８に記載の方法。
〔付記５９〕
前記同定シグニチャ生成部分は、酸性ポリペプチド、塩基性ポリペプチド、ジヌクレオチド、トリヌクレオチド、ペプチドヌクレオチド類似体（ＰＮＡ）、荷電ポリマー、ナノスフィア、ナノ結晶、荷電オリゴ糖、デンドリマー、蛍光染料、赤外線染料、発色団、キノロン、クマリン、ポルフィリン、ポルフィリン‐金属錯体、水溶性芳香族多環式化合物、遷移金属錯体、金属キレート、金属キレートポリマー、２‐ニトロベンジル誘導体、又はこれらのいずれの組み合わせである、付記５８に記載の方法。
〔付記６０〕
前記試料は、組織、細胞、血清、血液、血漿、羊水、喀痰、尿、体液、身体分泌物、身体排泄物、無細胞循環核酸、無細胞循環腫瘍核酸、妊娠中の女性の無細胞循環胎児核酸、循環腫瘍細胞、腫瘍、腫瘍生検及びエキソソームからなる群から選択される、付記５８に記載の方法。
〔付記６１〕
固体基板によって画定された、長手方向に延在する血漿単離ユニットを備えるデバイスであって、
前記長手方向に延在する血漿単離ユニットは：
投入通路；
前記投入通路より幅広く浅い排出通路；
前記投入通路と前記排出通路とを接続する移行部通路であって、前記移行部通路は、前記移行部通路が前記投入通路から前記排出通路へと進行するにつれて幅広く浅くなる、移行部通路；
前記投入通路から側方に延在する一次側部チャネルであって、前記投入通路と各前記一次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記一次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないよう、サイズ設定される、一次側部チャネル；及び
前記排出通路から側方に延在する二次側部チャネルであって、前記排出通路と各前記二次側部チャネルとの間に位置決めされたセパレータは、前記投入通路から前記二次側部チャネルへと血漿を通過させるが細胞は通過させないようサイズ設定される、二次側部チャネル
を備える、デバイス。
〔付記６２〕
固体基板によって画定される抽出器ユニットを備えるデバイスであって、
前記抽出器ユニットは：
入口；
出口；
前記入口と前記出口との間に延在して前記入口及び前記出口を共有する、複数の別個のチャンバ；及び
各前記チャンバ内の複数の固体支柱であって、前記固体支柱は、前記支柱間に通路を有し、また前記支柱は、試料からの細胞、核酸又はエキソソームを不動化するために好適な材料を設けられる、複数の固体支柱
を備える、デバイス。
〔付記６３〕
固体基板によって画定されるセンサユニットを備えるデバイスであって、
前記センサユニットは：
入口；
出口；及び
前記センサユニットの前記入口から前記出口へと通過する細胞をカウントするために位置決めされた、細胞カウンタ
を備える、デバイス。
〔付記６４〕
底面及び上面を有する第１の層であって、前記第１の層は：
前記上面上の入口ポート及び出口ポート；並びに
前記底面上の１つ又は複数の電極
を備える、第１の層；
上面及び底面を有する第２の層であって、前記第２の層は：
前記上面上の１つ又は複数の電極
を備える、第２の層；並びに
中間層であって、前記中間層は：
前記第１の層に接続され、前記第１の層の前記入口ポートと前記出口ポートとの間に長手方向に延在する、流体チャネルであって、前記流体チャネルは、前記第１の層及び前記第２の層の前記電極と垂直に交差し、前記第１の層の前記底面上の前記電極は、前記第２の層の前記上面上の前記電極と対向し、前記チャネルと、前記第１の層及び前記第２の層の前記電極とは、前記細胞カウンタを構成する、流体チャネル
を備える、中間層
を更に備える、付記６３に記載のデバイス。