【手続補正書】
【提出日】平成19年4月27日(2007.4.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
基板上にポリヌクレオチドアレイを製作する方法であって、
(a)ポリヌクレオチドデポジションシステムを作動させて、前記基板上にポリヌクレオチドを含有する流体小滴のアレイをデポジットし、乾燥すると、ポリヌクレオチドを含有するスポットのターゲット・パターンを提供するステップと、
(b)前記システムによってデポジットした小滴が乾燥するのに十分な時間を経過させ、実際のパターンの乾燥スポットが生じるようにするステップと、
(c)前記実際のパターンを観察するステップと、
(d)前記実際のパターンと、ポリヌクレオチドを含有するスポットの前記ターゲット・パターンを比較するステップ、とを含む方法。
【請求項２】
前記実際のパターンが、前記実際のパターンのイメージを捕捉することによって観察される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記システムがデポジットする流体小滴の少なくとも幾つかが、それぞれ異なるポリヌクレオチドを含有する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
１つ又は複数のポリヌクレオチドを含有する流体が、それぞれ、ポリヌクレオチド溶液と、ポリヌクレオチドのイメージングを強化するのに十分な量の塩を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記比較が、ターゲット位置若しくは寸法と、乾燥した実際のスポット位置若しくは寸法との比較を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記イメージの捕捉が、乾燥したスポットの光散乱特性をイメージングすることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記イメージの捕捉が、乾燥したスポットの蛍光特性をイメージングすることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記比較の結果に関する信号を発生することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
アレイについての１つ又は複数の比較の結果が所定の許容差を超える場合に、スポットに関連付けてエラー表示を記憶することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記デポジションシステムが複数のポリヌクレオチドアレイを製作するように操作され、前記方法がさらに、記憶されたエラー表示に関連するアレイを排除してエラー源を修正することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記エラー表示がメモリ内に記憶され、前記方法がさらに、エラー表示に関連するアレイの識別子を媒体に書き込み、その媒体とアレイを物理的に関連付け、メモリに識別子を記憶することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記エラー表示が、エラーの大きさの表示を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
基板上にポリヌクレオチドアレイを製作する方法であって、
(a)ポリヌクレオチドをデポジットするシステムを作動させて、前記基板上にポリヌクレオチドを含有する流体小滴のアレイをデポジットし、デポジットされる実際のパターンとは異なる可能性のある、ポリヌクレオチドを含有するスポットのターゲット・パターンを提供するステップと、
(b)前記実際のパターンのイメージを捕捉するステップと、
(d)前記実際のパターンとポリヌクレオチドを含有するスポットの前記ターゲット・パターンを比較するステップと、
(e)或るアレイについての１つ又は複数の比較の結果が所定の許容差を超えると、前記アレイに関連したエラー表示を発生するステップと、
(f)媒体にエラー表示又はエラー表示の識別子を書き込み、前記媒体と前記アレイを物理的に関連させ、前記エラー表示の識別子が前記媒体に書き込まれると、前記エラー表示に関連したメモリに前記識別子を記憶するステップと、
を含む方法。
【請求項１４】
エラー表示の識別子を担持する媒体に結合された、基板上におけるポリヌクレオチドアレイのエラーを識別する方法であって、前記識別子と前記エラー表示が記憶されている遠隔サーバに前記識別子を伝達するステップと、それに応答して、前記遠隔サーバから前記エラー表示を受信するステップと、前記アレイを生物学的試料に曝露するステップと、前記曝露されたアレイの観察結合パターンを判定するステップと、前記受信エラー表示に基づいて前記判定を修正するか、又は、前記判定結果を変更するステップを含む方法。
【請求項１５】
基板上にポリヌクレオチドのアレイを製作する方法であって、
(a)ポリヌクレオチドをデポジットするシステムを作動させて、前記基板上にポリヌクレオチドを含有する流体小滴のアレイをデポジットし、ポリヌクレオチドを含有するスポットのターゲット・パターンを提供するステップと、
(b)デポジットされたスポットの実際のパターンを観察するステップと、
(d)デポジットされたスポットの前記実際のパターンとポリヌクレオチドを含有するスポットの前記ターゲット・パターンとを比較するステップを含み、
前記ポリヌクレオチドデポジットするシステムに、多数の小滴ディスペンサを備えた流体分配ヘッドが含まれていることと、さらに、
アレイに対する１回又はより多くの比較結果が所定の許容差を超えると、エラー表示を発生するステップが含まれる方法。
【請求項１６】
多数のエラー状態が発生した場合、同じ小滴ディスペンサに原因があるか否かを評価するステップと、
前記評価によって、同じ小滴ディスペンサに原因があることが明らかになると、前記原因となった小滴ディスペンサの表示を含む、可視又は可聴オペレータ警報を発生するステップが含まれる、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記原因となった小滴ディスペンサの前記表示に、その小滴ディスペンサによって分配されるようにあらかじめ選択された、ポリヌクレオチドを含有する流体における潜在的エラーの表示が含まれる、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記ポリヌクレオチドをデポジットするシステムに、多数の小滴ディスペンサと制御プロセッサを備えた流体分配ヘッドが含まれることと、さらに、
前記制御プロセッサが、前記ディスペンサの少なくともいくつかに同じ流体が装填されるパターンをなすように、前記ディスペンサに装填することと、
複数のエラー表示が発生すると、前記制御プロセッサがエラー表示のパターンと前記ディスペンサの前記装填ターンとの比較を行い、前記エラー表示の原因が、１つ又はより多くの小滴ディスペンサとポリヌクレオチドを含有する流体におけるエラーのいずれにあるかを評価するステップを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
ポリヌクレオチドデポジションシステムに、多数の小滴ディスペンサを備えた流体分配ヘッドが含まれていることと、上記多数のディスペンサから分配される初期小滴パターンを使用して、各アレイのデポジションが実施されることになることと、さらに、
多数エラー標示が発生すると、同じ小滴ディスペンサに原因がある可能性があるか否かを評価するステップと、
前記評価によって、同じ小滴ディスペンサに原因がある可能性があることが明らかになると、同じ小滴ディスペンサが用いられないように、前記初期パターンを変更するステップが含まれる、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
基板上にポリヌクレオチドアレイを製作するための装置であって、
(a)前記基板上にポリヌクレオチドを含有する流体小滴のアレイをデポジットし、乾燥すると、ポリヌクレオチドを含有するスポットのターゲット・パターンを提供するポリヌクレオチドデポジションシステムと、
(c)前記基板上にデポジットされた小滴が乾燥して得られる乾燥スポットのイメージを捕捉するイメージング・システムと、
(d)前記デポジションシステムを制御して、前記アレイの小滴をデポジットし、且つ小滴の乾燥のための所定の時間が経過して実際のパターンが得られた後に、前記イメージング・システムに前記実際のパターンを捕捉させて、前記実際のパターンとポリヌクレオチドを含有するスポットの前記ターゲット・パターンとを比較するプロセッサを含む、装置。
【請求項２１】
前記デポジションシステムが、１０００ｐＬ未満の小滴をデポジットする、請求項２０に記載の装置。
【請求項２２】
前記デポジションシステムが、基板上に流体小滴を噴射する複数のパルスジェットを有するヘッドを備えており、各ジェットが、オリフィスを有するチャンバを備え且つ起動されると前記オリフィスから小滴を噴射させるエジェクタを備える、請求項２０に記載の装置。
【請求項２３】
前記プロセッサが自動的に、前記デポジションシステムを作動させて複数のポリヌクレオチドアレイをデポジットさせ、前記イメージングシステムに１つ又は複数のイメージを捕捉させ、且つアレイについての比較ステップを実行する、請求項２０に記載の装置。
【請求項２４】
さらにメモリを含み、或るアレイについての１つ又は複数の比較の結果が所定の許容差を超える場合に、前記プロセッサが、前記アレイの識別子に関連付けてエラー表示をメモリ内に記憶する、請求項２０に記載の装置。
【請求項２５】
前記エラー表示が、エラーの大きさの表示を含む、請求項２４に記載の装置。
【請求項２６】
前記ポリヌクレオチドデポジションシステムが複数の小滴ディスペンサを有する流体分配ヘッドを備えており、且つ前記プロセッサが：
或るアレイの１つ又は複数の比較の結果が所定の許容差を超える場合にエラー表示を発生し；且つ
複数のエラー状態が発生した場合、同じ小滴ディスペンサに原因があるか否かを評価する、請求項２０に記載の装置。
【請求項２７】
さらにメモリを含み、且つ前記プロセッサが：
前記メモリに格納されている初期パターンに従って前記小滴ディスペンサを起動させ；且つ
エラー表示のパターンを、格納されている分配パターンと比較することによって、同じ小滴ディスペンサに原因があるのか又はポリヌクレオチドを含有する流体に原因があるのかを評価する、請求項２６に記載の装置。
【請求項２８】
基板上にポリヌクレオチドアレイを製作するための装置であって、
(a)前記基板上にポリヌクレオチドを含有する流体小滴のアレイをデポジットし、実際のデポジションパターンとは異なる可能性のある、ポリヌクレオチドを含有するスポットのターゲット・パターンを提供するポリヌクレオチドデポジションシステムと、
(c)前記スポットの実際のパターンのイメージを捕捉するイメージング・システムと、
(d)前記デポジションシステムを制御して、前記アレイの小滴をデポジットし、前記イメージング・システムに前記実際のパターンを捕捉させて、前記実際のパターンとポリヌクレオチドを含有するスポットの前記ターゲット・パターンとを比較するプロセッサを含み、
前記デポジションシステムに、流体分配ヘッドを受けるヘッド・リテーナと、前記ヘッド・リテーナを前記基板に対して移動させるトランスポータを含み、
前記イメージング・システムに、前記トランスポータによって移動するように装着されたセンサを含む装置。
【請求項２９】
基準動作パラメータに基づくターゲット駆動パターンに従って作動すると、基板上にターゲットアレイパターンをなすようにフィーチャーの形のプローブを提供するデポジション装置を用いて、前記ターゲットアレイパターンに従って、前記基板上にバイオポリマー・プローブのアドレス可能アレイを製作する方法であって、
(a)少なくとも１つの動作パラメータを検査して、前記基板上の様々なフィーチャーに応じてそれぞれに異なる、前記ターゲットアレイパターンと実際のアレイパターンとの相違を生じさせる前記ターゲット駆動パターンを利用することになる、基準値からのエラーを求めるステップと、
(b)エラーが検出されると、前記エラーに基づいて、前記ターゲット駆動パターンとは異なる修正駆動パターンを導き出し、前記修正駆動パターンを用いることによって、前記ターゲットアレイパターンと前記実際のアレイパターンとの相違が減少するようにするステップを含む方法。
【請求項３０】
前記相違が、フィーチャー又は前記フィーチャーを製作するためにデポジットされた反応物のサイズである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
さらに、前記修正駆動パターンに従って前記デポジション装置を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
さらに、前記デポジション装置のメモリ内に前記ターゲット駆動パターンを記憶することを含み、この場合、前記修正駆動パターンが、前記メモリ内に記憶されている、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
前記デポジション装置が、プローブ又はプローブ前駆物質を含有する流体小滴を分配するための分配ヘッドと、前記ヘッドから前記小滴を分配する際に前記分配ヘッドと基板の少なくとも一方を他方に対して移動させてアレイが形成されるようにする移送システムとを備えており；且つ
前記駆動パターンによって、前記移送システムの動作が制御される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３４】
前記デポジション装置が、プローブ又はプローブ前駆物質を含有する流体小滴を分配する複数のノズルを備えた分配ヘッドと、前記ヘッドから小滴を分配する際に、前記分配ヘッドと前記基板の一方を他方に対して移動させ、前記アレイが形成されるようにする移送システムとを備えており；、
前記駆動パターンによって、前記移送システムの動作が制御され；
前記動作パラメータが、前記基板の動的位置決めあるいは前記分配ヘッド若しくはノズルの位置であり、且つ前記基板、前記分配ヘッド、若しくは前記ノズル、又は前記ヘッドから予め分配された小滴パターン、を検分することによって検査される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３５】
前記デポジション装置がさらに、前記分配ヘッド又は前記基板の位置を検出するための位置エンコーダを備え、この場合、少なくとも１つのパラメータが前記エンコーダの精度である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記分配ヘッドが複数の小滴分配ノズルを有しており、この場合、少なくとも１つのパラメータが、ノズル位置である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
基準動作パラメータに基づくターゲット駆動パターンに従って作動すると、基板上にターゲットアレイパターンをなすようにプローブを生じさせる、前記ターゲットアレイパターンに従って、前記基板上にバイオポリマー・プローブのアドレス可能アレイを製作する装置であって、
(a)少なくとも１つの動作パラメータを検知して、前記基板上の様々なフィーチャーに応じてそれぞれに異なる、前記ターゲットアレイパターンとデポジットされた実際のアレイパターンとの相違を生じさせる前記ターゲット駆動パターンを使用することになる、基準値からのエラーを求めるセンサと、
(b)前記センサによってエラーが検出されると、前記エラーに基づいて、前記ターゲット駆動パターンとは異なる修正駆動パターンを導き出し、前記修正駆動パターンを用いることによって、前記ターゲットアレイパターンと前記実際のアレイパターンとの相違が減少するようにするプロセッサを含む装置。
【請求項３８】
さらに、プローブ又はプローブ前駆物質を含有する流体小滴を分配する分配ヘッドと、前記ヘッドから小滴を分配する際に、前記分配ヘッドと前記基板の一方を他方に対して移動させ、前記アレイが形成されるようにする移送システムとを備えており；且つ
前記駆動パターンによって、前記移送システムの動作が制御され；
前記動作パラメータが、前記基板又は前記分配ヘッドの動的位置決めであり、前記センサが、前記基板又は前記分配ヘッドを監視してその動的位置決めを得る、請求項３７に記載の装置。
【請求項３９】
前記センサが、前記分配ヘッドあるいは前記基板上の標準マークを監視する、請求項３８に記載の装置。
【請求項４０】
さらに、プローブ又はプローブ前駆物質を含有する流体小滴を分配する複数のノズルを備えた分配ヘッドと、前記ヘッドから小滴を分配する際に、前記分配ヘッドと前記基板の一方を他方に対して移動させ、前記アレイが形成されるようにする移送システムとを備えており；
前記駆動パターンによって、前記移送システムの動作が制御され；
前記動作パラメータが、前記分配ヘッドの位置又はノズルの向きであり；且つ
前記センサが、前記分配ヘッド、又はノズル、又は前記ヘッドから予め分配された小滴パターンを監視する、請求項３７に記載の装置。
【請求項４１】
さらに、プローブ又はプローブ前駆物質を含有する流体小滴を分配するための分配ヘッド；及び
前記ヘッドから小滴を分配する際に、前記分配ヘッドと前記基板の一方を他方に対して移動させ、前記アレイが形成されるようにする移送システム
を含み、且つ
前記プロセッサが、前記駆動パターンの１つに従って前記移送システムの動作を制御する、請求項３７に記載の装置。
【請求項４２】
前記分配ヘッドが、複数の小滴分配ノズルを有し、且つ少なくとも１つのパラメータが、ノズルの配向である、請求項４１に記載の装置。