【手続補正書】
【提出日】平成31年1月29日(2019.1.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列５’−ＫＰＧＲＭＰＤＶＤｎＬＰＡＷＰＳＶＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５２）を含む、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーであって、
Ｋが、Ｃ−５修飾ピリミジン、Ｃ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、または３炭素スペーサーであり、
各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、
各Ｒが、各出現において、それぞれ独立して、ＡまたはＧであり、
Ｍが、Ｃ、Ｕ、Ｔ、Ｃ−５修飾ピリミジン、または３炭素スペーサーであり、
各Ｄが、各出現において、それぞれ独立して、Ａ、Ｃまたは３炭素スペーサーあり、  各Ｖが、各出現において、それぞれ独立して、Ａ、Ｇ、Ｃまたは３炭素スペーサーであり、
Ｌが、Ｕ、ＴまたはＣ−５修飾ピリミジンであり、
Ｗが、Ｇまたは３炭素スペーサーであり、
Ｓが、Ｃまたは３炭素スペーサーであり、
Ｙが、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、
ｎが０または１である、前記Ｃ３タンパク質に結合するアプタマー。
【請求項２】
前記アプタマーが、配列５’−ＫＰＧＲＭＰＤＶＤｎＬＰＡＷＰＳＶＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３１）を含む、請求項１に記載のアプタマー。
【請求項３】
前記アプタマーが、配列５’−ＫＰＧＲＭＰＤＶＤｎＬＰＡＷＰＳＶＧＰＡＣＧＰＰＭ−３’（配列番号：１３５）または５’−ＫＰＧＲＭＰＤＶＤｎＬＰＡＷＰＳＶＧＰＡＹＲＰＰＭ−３’（配列番号：１５３）を含む、請求項１または請求項２に記載のアプタマー。
【請求項４】
配列５’−ＫＰＧＲＭＰＸＰＡＷＰＳＶＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５４）を含む、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーであって、
Ｋが、Ｃ−５修飾ピリミジン、Ｃ、Ｕ、Ｔ、Ｇ、または３炭素スペーサーであり、
各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、
Ｒが、ＡまたはＧであり、
Ｍが、Ｃ、Ｕ、Ｔ、Ｃ−５修飾ピリミジン、または３炭素スペーサーであり、
Ｖが、Ａ、Ｇ、Ｃまたは３炭素スペーサーであり、
Ｗが、Ｇまたは３炭素スペーサーであり、
Ｓが、Ｃまたは３炭素スペーサーであり、
Ｙが、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、
Ｘが、置換または非置換のＣ２−Ｃ２０のリンカー、アルキレングリコール、及びポリアルキレングリコールから選択されるリンカーである、前記Ｃ３タンパク質に結合するアプタマー。
【請求項５】
前記アプタマーが、配列５’−ＫＰＧＲＭＰＸＰＡＷＰＳＶＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３６）を含む、請求項４に記載のアプタマー。
【請求項６】
前記アプタマーが、配列５’−ＫＰＧＲＭＰＸＰＡＷＰＳＶＧＰＡＣＧＰＰＭ−３’（配列番号：１３７）または５’−ＫＰＧＲＭＰＸＰＡＷＰＳＶＧＰＡＹＲＰＰＭ−３’（配列番号：１５５）を含む、請求項４または請求項５に記載のアプタマー。
【請求項７】
Ｋが、Ｃ−５修飾ピリミジン、Ｃ、またはＧであり、
各Ｍが、各出現において、それぞれ独立して、ＣまたはＣ−５修飾ピリミジンであり、及び／または
Ｌが、ＡまたはＣ−５修飾ピリミジンである、請求項１〜６のいずれか１項に記載のアプタマー。
【請求項８】
配列５’−ＰＡＷＰＳＶＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５６）を含む、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーであって、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｗが、Ｇまたは３炭素スペーサーであり、Ｓが、Ｃまたは３炭素スペーサーであり、ＶがＡ、ＧまたはＣであり、ＹがＣ、ＵまたはＴであり、及びＲがＧまたはＡである、前記Ｃ３タンパク質に結合するアプタマー。
【請求項９】
配列５’−ＰＡＷＰＳＶＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３４）を含む、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーであって、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｗが、Ｇまたは３炭素スペーサーであり、及びＳが、Ｃまたは３炭素スペーサーであり、ＶがＡ、ＧまたはＣである、前記Ｃ３タンパク質に結合するアプタマー。
【請求項１０】
配列番号：４〜２８、３２〜３４、３７〜７５、７８〜１１８、１２１〜１３０、及び１３９〜１５１から選択される、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９９％、または１００％同一である配列を含む、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーであって、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである、前記Ｃ３タンパク質に結合するアプタマー。
【請求項１１】
第１の領域及び第２の領域を含む、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーであって、前記第１の領域が、配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含み、前記第２の領域が、配列５’−ＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５７）を含み、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｙが、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、及びＲがＧまたはＡである、前記Ｃ３タンパク質に結合するアプタマー。
【請求項１２】
第１の領域及び第２の領域を含む、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーであって、前記第１の領域が、配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含み、前記第２の領域が、配列５’−ＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３３）を含み、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである、前記Ｃ３タンパク質に結合するアプタマー。
【請求項１３】
前記第１の領域の前記３’末端が、前記第２の領域の前記５’末端に共有連結されている、請求項１１または請求項１２に記載のアプタマー。
【請求項１４】
前記第１領域及び前記第２領域が、少なくとも１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのリンカーによって共有連結されており、各リンカーが、ヌクレオチド、置換または非置換のＣ２−Ｃ２０リンカー、アルキレングリコール、及びポリアルキレングリコールから独立して選択される、請求項１３に記載のアプタマー。
【請求項１５】
各リンカーが、ヌクレオチド、３炭素スペーサー、及びヘキサエチレングリコールから独立して選択される、請求項１４に記載のアプタマー。
【請求項１６】
配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含む、Ｃ３に結合するアプタマーであって、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである、前記Ｃ３に結合するアプタマー。
【請求項１７】
配列５’−ＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５７）を含む、Ｃ３に結合するアプタマーであって、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｙが、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、及びＲがＧまたはＡである、前記Ｃ３に結合するアプタマー。
【請求項１８】
配列５’−ＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３３）を含む、Ｃ３に結合するアプタマーであって、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである、前記Ｃ３に結合するアプタマー。
【請求項１９】
配列番号：１２５の配列を含む、Ｃ３に結合するアプタマーであって、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである、前記Ｃ３に結合するアプタマー。
【請求項２０】
各Ｃ−５修飾ピリミジンがそれぞれ独立して、５−（Ｎ−ベンジルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５−（Ｎ−ベンジルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−ベンジルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−フェネチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５−（Ｎ−チオフェニルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、５−（Ｎ−イソブチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５−（Ｎ−チロシルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５−（Ｎ−３、４−メチレンジオキシベンジルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ）、５−（Ｎ−４−フルオロベンジルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５−（Ｎ−３−フェニルプロピルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５−（Ｎ−イミジゾリルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５−（Ｎ−イソブチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−イソブチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−トリプトアミノカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５−（Ｎ−Ｒ−トレオニニルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５−（Ｎ−トリプトアミノカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−トリプトアミノカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−［１−（３−トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）−２’−デオキシウリジンクロリド、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−［１−（２、３−ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン）、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、及び５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジンから選択される、先行請求項のいずれか１項に記載のアプタマー。
【請求項２１】
各Ｃ−５修飾ピリミジンがそれぞれ独立して、５−（Ｎ−１−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−１−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、及び５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジンから選択される、先行請求項のいずれか１項に記載のアプタマー。
【請求項２２】
各Ｃ−５修飾ピリミジンが、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）である、先行請求項のいずれか１項に記載のアプタマー。
【請求項２３】
前記アプタマーが、少なくとも１つの２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドを含む、先行請求項のいずれか１項に記載のアプタマー。
【請求項２４】
前記アプタマーが、２４〜１００ヌクレオチドの長さ、または３０〜６０ヌクレオチドの長さ、または長さ２８〜６０ヌクレオチドの長さ、または２８〜５０ヌクレオチドの長さ、または２８〜４０ヌクレオチドの長さ、または４０〜５０ヌクレオチドの長さ、または２８〜３２ヌクレオチドの長さである、先行請求項のいずれか１項に記載のアプタマー。
【請求項２５】
前記アプタマーが、Ｃ３タンパク質の切断を阻害する、先行請求項のいずれか１項に記載のアプタマー。
【請求項２６】
前記Ｃ３タンパク質が、ヒトＣ３タンパク質である、先行請求項のいずれか１項に記載のアプタマー。
【請求項２７】
先行請求項のいずれか１項に記載のアプタマー及び補体成分３（Ｃ３）タンパク質を含む組成物。
【請求項２８】
前記補体成分３（Ｃ３）タンパク質が、ヒト補体成分３（Ｃ３）タンパク質である、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
請求項１〜２６のいずれか１項に記載のアプタマーとＣ３タンパク質を接触させることを含む、補体成分３（Ｃ３）タンパク質の切断を阻害するための方法。
【請求項３０】
前記Ｃ３タンパク質が、インビトロ試料内にある、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記Ｃ３タンパク質が、対象内にある、請求項２９に記載の方法。
【請求項３２】
請求項１〜２６のずれか１項に記載のアプタマーを有する補体系の接触成分を含む、補体系の少なくとも１つの活性を阻害するための方法。
【請求項３３】
前記補体系の成分が、インビトロ試料内にある、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記補体系の成分が、対象内にある、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
請求項１〜２６のいずれか１項に記載のアプタマーの有効量を対象に投与することを含む、前記対象の前記補体成分３（Ｃ３）タンパク質の切断を阻害するための方法。
【請求項３６】
請求項１〜２６のいずれか１項に記載のアプタマーの有効量を対象に投与することを含む、前記対象の前記補体系の少なくとも１つの活性を阻害する方法。
【請求項３７】
請求項１〜２６のいずれか１項に記載のアプタマーの有効量を対象に投与することを含む、加齢性黄斑変性症、自己免疫疾患、血液疾患、感染症、敗血症、炎症性疾患、または神経変性疾患を治療する方法。
【請求項３８】
前記自己免疫疾患が、エリテマトーデス及び関節リウマチから選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記血液疾患が、発作性夜間血色素尿症である、請求項３７に記載の方法。
【請求項４０】
前記炎症性疾患が、虚血／再灌流傷害、関節炎、及び腎炎から選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４１】
前記神経変性疾患が、ハンチントン病及びパーキンソン病から選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項４２】
Ｃ３タンパク質の切断を阻害するための請求項１〜２６のいずれか１項に記載のアプタマーの使用。
【請求項４３】
前記補体系の少なくとも１つの活性を阻害するための請求項１〜２６のいずれか１項に記載のアプタマーの使用。
【請求項４４】
加齢性黄斑変性症、自己免疫疾患、血液疾患、感染症、敗血症、炎症性疾患、または神経変性疾患を治療するための請求項１〜２６のいずれか１項に記載のアプタマーの使用。
【請求項４５】
Ｃ３タンパク質の結合親和性を有するアプタマーを選択するための方法であって
（ａ）Ｃ３タンパク質と候補混合物を接触させることであって、前記候補混合物が、前記候補混合物の核酸の少なくとも１つ、またはそれぞれに含まれる１つ、いくつかまたはすべてのピリミジンがＣ―５修飾ピリミジンを含む修飾核酸を含み
（ｂ）遅いオフ速度の濃縮プロセスで前記候補混合物を露出することであって、前記候補混合物のその他の核酸に関連する標的分子からの遅いオフ速度を有する核酸が前記Ｃ３タンパク質に結合して、核酸−標的分子複合体を形成し
（ｃ）前記候補混合物からの遅いオフ速度の核酸を分離すること
（ｄ）遅いオフ速度を有する前記Ｃ３タンパク質に結合可能な核酸配列で濃縮された核酸の混合物を産生するために、前記遅いオフ速度の核酸を増幅することによって、前記Ｃ３タンパク質分子への遅いオフ速度のアプタマーが選択される、前記方法。
【請求項４６】
前記候補混合物が、前記配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含む核酸を含み、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記候補混合物が、前記配列５’−ＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５７）または５’−ＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３３）を含む核酸を含み、各Ｐが、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｙが、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、及びＲが、ＧまたはＡである、請求項４５または請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
各核酸が独立して、約２４〜約１００ヌクレオチドの長さ、または約３０〜約６０ヌクレオチドの長さ、または約２８〜約６０ヌクレオチドの長さ、または約４０〜約５０ヌクレオチドの長さ、または約２８ヌクレオチドの長さである、請求項４５〜４７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４９】
各Ｃ−５修飾ピリミジンがそれぞれ独立して、５−（Ｎ−ベンジルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５−（Ｎ−ベンジルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−ベンジルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−フェネチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５−（Ｎ−チオフェニルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、５−（Ｎ−イソブチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５−（Ｎ−チロシルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５−（Ｎ−３、４−メチレンジオキシベンジルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ）、５−（Ｎ−４−フルオロベンジルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５−（Ｎ−３−フェニルプロピルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５−（Ｎ−イミジゾリルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５−（Ｎ−イソブチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−イソブチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−トリプトアミノカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５−（Ｎ−Ｒ−トレオニニルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５−（Ｎ−トリプトアミノカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−トリプトアミノカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−［１−（３−トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）−２’−デオキシウリジンクロリド、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−［１−（２、３−ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン）、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、及び５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジンから選択される、請求項４５〜４８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５０】
各Ｃ−５修飾ピリミジンがそれぞれ独立して、５−（Ｎ−１−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−１−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、及び５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジンから選択される、請求項４５〜４９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５１】
各Ｃ−５修飾ピリミジンが、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）である、請求項４５〜４８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５２】
前記混合物の複数の核酸が、少なくとも１つの２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドを含む、請求項４５〜５１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５３】
前記混合物の複数の核酸が、Ｃ３スペーサー、ＨＥＧリンカーまたはＰＥＧリンカーを含む、請求項４５〜５２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５４】
前記Ｃ３タンパク質が、ヒトＣ３タンパク質である、請求項４５〜５３のいずれか１項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１７】
いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーは、第１の領域及び第２の領域を含み、第１の領域は、配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含み、第２の領域は、配列５’−ＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５７）を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｙは、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、及びＲはＧまたはＡである。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２０】
いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーは、配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである。いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーは、配列５’−ＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３３）を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである。いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーは、配列５’−ＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５７）を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｙは、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、及びＲはＧまたはＡである。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３３】
いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質の結合親和性を有するアプタマーを選択するための方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は以下を含む。（ａ）Ｃ３タンパク質と候補混合物を接触させることであって、候補混合物が、候補混合物の核酸の少なくとも１つ、またはそれぞれに含まれる１つ、いくつかまたはすべてのピリミジンがＣ―５修飾ピリミジンを含む修飾核酸を含み、（ｂ）遅いオフ速度の濃縮プロセスで候補混合物を露出することであって、候補混合物のその他の核酸に関連する標的分子からの遅いオフ速度を有する核酸がＣ３タンパク質に結合して、核酸−標的分子複合体を形成し、（ｃ）候補混合物からの遅いオフ速度の核酸を分離すること、及び（ｄ）遅いオフ速度を有するＣ３タンパク質に結合可能な核酸配列で濃縮された核酸の混合物を産生するために、遅いオフ速度の核酸を増幅することによって、Ｃ３タンパク質分子への遅いオフ速度のアプタマーが選択される。いくつかの実施形態では、候補混合物は、配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含む核酸を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである。いくつかの実施形態では、候補混合物は、配列５’−ＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３３）を含む核酸を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである。いくつかの実施形態では、候補混合物は、配列５’−ＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５７）を含む核酸を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｙは、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、及びＲは、ＧまたはＡである。いくつかの実施形態では、各核酸は独立して、約２４〜約１００ヌクレオチドの長さ、または約３０〜約６０ヌクレオチドの長さ、または約２８〜約６０ヌクレオチドの長さ、または約４０〜約５０ヌクレオチドの長さ、または約２８ヌクレオチドの長さでも良い。いくつかの実施形態では、各Ｃ−５修飾ピリミジンは、５−（Ｎ−ベンジルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢｎｄＵ）、５−（Ｎ−ベンジルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−ベンジルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−フェネチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＰＥｄＵ）、５−（Ｎ−チオフェニルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｈｄＵ）、５−（Ｎ−イソブチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ｉＢｕｄＵ）、５−（Ｎ−チロシルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｙｒｄＵ）、５−（Ｎ−３、４−メチレンジオキシベンジルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＭＢｎｄＵ）、５−（Ｎ−４−フルオロベンジルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＦＢｎｄＵ）、５−（Ｎ−３−フェニルプロピルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＰＰｄＵ）、５−（Ｎ−イミジゾリルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＩｍｄＵ）、５−（Ｎ−イソブチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−イソブチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−トリプトアミノカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｒｐｄＵ）、５−（Ｎ−Ｒ−トレオニニルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＴｈｒｄＵ）、５−（Ｎ−トリプトアミノカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−トリプトアミノカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−［１−（３−トリメチルアンモニウム）プロピル］カルボキシアミド）−２’−デオキシウリジンクロリド、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２）−２’−デ−フルオロウリジン、５−（Ｎ−［１−（２、３−ジヒドロキシプロピル）］カルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン）、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２）−２’−デ−Ｏ−メチルウリジン、及び５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジンから独立して選択される。いくつかの実施形態では、各Ｃ−５修飾ピリミジンは、５−（Ｎ−１−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−１−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮａｐｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−１−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（２ＮＥｄＵ）、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−２−ナフチルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＦｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−Ｏ−メチルウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾフラニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジン、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＢＴｄＵ）、５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２）−２’−デ−Ｏ−メチルウリジン、及び５−（Ｎ−３−ベンゾチオフェニルエチルカルボキシアミド）−２’−フルオロウリジンから独立して選択される。いくつかの実施形態では、各Ｃ−５修飾ピリミジンは、５−（Ｎ−ナフチルメチルカルボキシアミド）−２’−デオキシウリジン（ＮａｐｄＵ）である。いくつかの実施形態では、混合物の複数の核酸は、少なくとも１つの２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、混合物の複数の核酸は、Ｃ３スペーサー、ＨＥＧリンカーまたはＰＥＧリンカーを含む。いくつかの実施形態では、Ｃ３のタンパク質は、ヒトＣ３タンパク質である。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
【図１】図１Ａ及び図１Ｂは、（Ａ）２５個の独立して由来する活性パターン１アプタマー配列を示す。同一または同等の（５以下のヌクレオチド差異）アプタマーは、４０，０００を超える配列のラウンド９プールから配列決定された回数が表示される。パターン１の８４９１−３＿３の最も頻繁に配列決定されたアプタマーと同一のヌクレオチドが、各配列内で強調表示される。（Ｂ）アプタマーパターン１のヌクレオチド位置及びコンセンサス配列（配列番号１３５）は、上の２つの列に示されている。列Ａ、Ｃ、Ｇ、及びＰ（Ａはアデニンであり、Ｃはシトシンであり、Ｇはグアニンであり、ＰはＮａｐｄＵである）は、これらのヌクレオチドが、コンセンサス配列を定義する２３ヌクレオチド位置の各々でアプタマーパターン１において観察される頻度を示す。コンセンサス配列では、複数のヌクレオチドのコンセンサスが、次の一文字コードで示されている。Ｒ＝ＡまたはＧ、Ｍ＝ＰまたはＣ、Ｋ＝Ｃ、ＧまたはＰ、Ｌ＝ＡまたはＰ、Ｄ＝ＣまたはＡ、Ｖ＝Ａ、ＣまたはＧ。単一塩基の挿入は、位置８と９の間で可能である。この挿入は、０．１６の頻度で発生した。「挿入なし」頻度は０．８４だった。
【図２】タンパク質濃度（ｘ軸）の関数としてプロットする結合したＤＮＡ分子（ｙ軸）の画分のグラフ表示を示す。ヒトＣ３−タンパク質濃度は、１×１０−７Ｍから１×１０−１２Ｍまでの範囲にわたり、平衡結合定数（Ｋｄ）は、ｙ＝（最大−最小）（Ｐｔ）／（Ｋｄ＋Ｐｔ）＋最小を使用して計算した。アプタマー８４９１−９４＿３（配列番号：５）、８４９１−９４＿５３（配列番号：５８）、及び８４９１−９４＿９７（配列番号：１２５）は、それぞれ、３．１３×１０−１１Ｍ、３．３４×１０−１１Ｍ及び５．４９×１０−１１ＭのＫｄでＣ３に結合する。
【図３】制御タンパク質のヒトＣ５濃度（ｘ軸）の関数としてプロットする結合したＤＮＡ分子（ｙ軸）の画分のグラフ表示を示す。Ｃ５タンパク質濃度は、１×１０−７Ｍから１×１０−１２Ｍの範囲にわたる。８４９１−９４＿５３（配列番号：５８）または８４９１−９４＿９７（配列番号：１２５）は、ヒトＣ５タンパク質との識別可能な結合は検出されなかった。
【図４】パターン１の配列は、ヒト血清の抗体で覆われたヒツジ赤血球の補体媒介性溶血を阻害する。２５ｎＭのヒトＣ３−タンパク質及び指示されたアプタマーの１μＭを使用して、実施例３に記載したように実験を行った。各バーは、「阻害剤なしの制御」に関する２つの独立した実験の溶血パーセントの中央値を表示したものである。浸透溶解制御は、すべての赤血球が溶解されたときに４１２ｎｍでの吸光度の相対パーセントを示す。誤差バーは、２つの実験の範囲を示す。非結合アプタマーの８４９１−９４＿１４（配列番号：３５）、８４９１−９４＿１５（配列番号：３６）、８４９１−３９８＿３（配列番号：３０）及び８４９１−４０１＿３（配列番号：２９）は、２５％未満の溶解を阻害する。Ｃ３−タンパク質結合アプタマーの８４９１−３＿３（配列番号：４）、８４９１−９４＿３（配列番号：５）、８４９１−１８９＿３（配列番号：８）、８４９１−２８２＿３（配列番号：９）、８４９１−３８７＿３（配列番号：１６）、８４９１−３８８＿３（配列番号：１８）、８４９１−３８９＿３（配列番号：６）、８４９１−３９０＿３（配列番号：７）、８４９１−３９３＿３（配列番号：１４）、８４９１−３９４＿３（配列番号：１１）、８４９１−３９５＿３（配列番号：１０）、８４９１−３９６＿３（配列番号：１３）、８４９１−３９７＿３（配列番号：１２）、８４９１−３９９＿３（配列番号：２７）、８４９１−４００＿３（配列番号：２４）、８４９１−４０５＿３（配列番号：１７）、８４９１−４０６＿３（配列番号：１５）及び８４９１−４０９＿３（配列番号：２８）は、５０％超の溶解を阻害する。
【図５】図５Ａ及び図５Ｂは、８４９１−９４＿３（配列番号：５）及びその誘導体によるヒト血清の抗体で覆われたヒツジ赤血球の補体媒介性溶血の阻害。図に示すように、ヒトＣ３−タンパク質の固定濃度（２０ｎＭ）を有するアプタマーの様々な濃度を使用して、実施例３に記載したように実験を行った。ＩＣ５０を決定するために、データを４パラメータ  ロジスティック方程式に当てはめる。パネル（Ａ）は、８４９１−９４＿３が、１４．８ｎＭのＩＣ５０で阻害することを示し、その一方で、８４９１−９４＿２６（配列番号：５４）、８４９１−９４＿２７（配列番号：５５）、８４９１−９４＿３０（配列番号：６０）、８４９１−９４＿３６（配列番号：６６）、８４９１＿９４＿３７（配列番号：６７）及び８４９１−９４＿４３（配列番号：７３）がそれぞれ、１５．１ｎＭ、２４．６ｎＭ、２０．９ｎＭ、２５．０ｎＭ、２４．７ｎｍ及び１９．２ｎＭのＩＣ５０値で阻害することを示す。パネル（Ｂ）は、アプタマー、８４９１−９４＿５３（配列番号：５８）が、１７．１ｎＭのＩＣ５０で阻害することを示し、その一方で、アプタマー  ８４９１−９４＿９０（配列番号：１１８）、８４９１−９４＿９７（配列番号：１２５）及び８４９１−９４＿１００（配列番号：１２８）がそれぞれ、１８．９ｎＭ、１５．６ｎＭ、及び１９．７ｎＭのＩＣ５０値で阻害することを示す。
【図６】ザイモサンＡ誘発補体活性化後の８４９１−９４＿３（配列番号：５）、８４９１−９４＿５３（配列番号：５８）及び８４９１−９４＿９７（配列番号：１２５）によるＣ３ａの放出（３４％の正常ヒト血清）の阻害。実施例４に記載したように実験を行った。８４９１−９４＿３（配列番号：５）、８４９１−９４＿５３（配列番号：５８）及び８４９１−９４＿９７（配列番号：１２５）のそれぞれ、２μＭ、１．５μＭ、及び３μＭのＩＣ５０値を決定するためにデータを４パラメータ  ロジスティック方程式に当てはめる。
【図７】図７Ａ及び図７Ｂは、アプタマーの８４９１−９４＿５３（配列番号：５８）、８４９１−９４＿９０（配列番号：１１８）、８４９１−９４＿９７（配列番号：１２５）、８４９１−９４＿１００（配列番号：１２８）及び８４９１−９４＿１０２（配列番号：１３０）（２５０ｎＭ）は、実施例５に記載したように０．００２ｕｎｉｔｓ／μＬのＤＮアーゼＩ（Ａ）で指定された数時間、３７℃で消化され、消化産物は、ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離した。バンドはＳＹＢＲゴールドで可視化した。完全長（ＦＬ）アプタマー及びＮがヌクレオチドの数である選択された分子長マーカーのサイズを示す。（Ｂ）濃度測定によって測定される時間に対する各完全長アプタマー  バンド（ＳＯＭＡｍｅｒ）の残りのパーセント。接頭辞「ＯＨ」は、修飾されていない５’末端を示す。
【図８】図８Ａ及び図８Ｂは、  アプタマーの８４９１−９４＿５３（配列番号：５８）、８４９１−９４＿９０（配列番号：１１８）、８４９１−９４＿９７（配列番号：１２５）、８４９１−９４＿１００（配列番号：１２８）及び８４９１−９４＿１０２（配列番号：１３０）は、実施例５に記載したように０．０１４ｕｎｉｔｓ／μＬのＤＮアーゼＩＩで指定された数時間、３７℃で消化され、消化産物は、ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離した。消化産物は、ポリアクリルアミドゲル電気泳動により分離した。バンドはＳＹＢＲゴールドで可視化した。完全長（ＦＬ）アプタマー及びＮがヌクレオチドの数である選択された分子長マーカーのサイズを示す。（Ｂ）濃度測定によって測定される時間に対する各完全長アプタマー  バンド（ＳＯＭＡｍｅｒ）の残りのパーセント。接頭辞「ＯＨ」は、修飾されていない５’末端を示す。
【図９】実施例１５で説明するように、特定の例示的なＣ−５修飾ピリミジン（または５−ｄＵ修飾）を示す。たとえば、図１０に示すように、各修飾構造はｄＵに結合する。
【図１０】実施例の項で説明するように、特定のＣ−５ピリミジン及び骨格修飾を示す。
【図１１】遅いオフ速度のアプタマーなどのアプタマーに組み込み得る特定の例示的な修飾ピリミジン（またはＣ−５修飾ピリミジン）を示す。図１１は、Ｒ’、Ｒ’’、及びＲ’’’の定義を示す。
【図１２】図１２Ａ及び図１２Ｂは、（Ａ）ザイモサンＡ誘発補体活性化後のパターン１  ＳＯＭＡｍｅｒｓ８４９１−３＿３（配列番号：４）、８４９１−９４＿３（配列番号：５）、８４９１−１８９＿３（配列番号：８）、８４９１−３８７＿３（配列番号：１６）及び８４９１−３８９＿３（配列番号：６）による１０％正常ヒト血清のＣ３ａ放出の阻害。アプタマー濃度は２μＭで、実施例４に記載したように実験を行った。データは、阻害剤なしの制御から得られる信号のパーセントとして提示される。（Ｂ）８４９１−３＿３（配列番号：４）、（８４９１−９４＿３（配列番号：５）、８４９１−１８９＿３（配列番号：８）、８４９１−３８７＿３（配列番号：１６）及び８４９１−３８９＿３（配列番号：６）を実証する対照実験は、実質的にＣ３ａ放出のアッセイを妨害しない。データは、阻害剤なしの制御から得られる信号のパーセントとして提示される。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７６】
いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーが提供され、そのアプタマーは、第１の領域及び第２の領域を含み、第１の領域は、配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含み、第２の領域は、配列５’−ＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５７）を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｙは、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、及びＲはＧまたはＡである。いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーが提供され、そのアプタマーは、第１の領域及び第２の領域を含み、第１の領域は、配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含み、第２の領域は、配列５’−ＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３３）を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７８】
いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーが提供され、そのアプタマーは、配列５’−ＰＡＧＰＣ−３’（配列番号：１３２）を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである。いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーが提供され、そのアプタマーは、配列５’−ＧＰＡＣＧＰＰ−３’（配列番号：１３３）を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンである。いくつかの実施形態では、Ｃ３タンパク質に結合するアプタマーが提供され、そのアプタマーは、配列５’−ＧＰＡＹＲＰＰ−３’（配列番号：１５７）を含む。式中、各Ｐは、各出現において、それぞれ独立して、Ｃ−５修飾ピリミジンであり、Ｙは、Ｃ、Ｕ、またはＴであり、及びＲはＧまたはＡである。