【手続補正書】
【提出日】平成20年5月19日(2008.5.19)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  癌性結腸細胞を検出するための方法であって、該方法は、以下：
試験結腸細胞から得られたサンプルを、結腸癌において差次的に発現される遺伝子の遺伝子産物の検出のためのプローブと接触させる工程であって、ここで、該遺伝子が、配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９からなる群から選択される配列を含み、該遺伝子産物と該プローブとの結合のために十分な時間、接触させる、工程；および
該サンプルと該プローブとの結合のレベルを、コントロール結腸細胞から得られたコントロールサンプルとのプローブ結合のレベルと比較する工程であって、ここで、該コントロール結腸細胞は、既知の癌性状態である、工程、
を包含し、
ここで、コントロールサンプルにおける結合のレベルに比較した、該試験結腸細胞サンプルにおける該プローブの結合のレベルの増大は、該試験結腸細胞の該癌性状態の指標である、方法。
【請求項２】  前記プローブが、ポリヌクレオチドプローブであり、そして前記遺伝子産物が、核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記遺伝子産物が、ポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】  前記遺伝子産物が、アレイ上に固定化されている、請求項１に記載の方法。
【請求項５】  前記プローブが、アレイ上に固定化されている、請求項１に記載の方法。
【請求項６】  癌性結腸細胞を同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
少なくとも１つの差次的に発現される遺伝子産物を検出する工程であって、該遺伝子産物が、試験サンプルにおける配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９の配列を含む遺伝子によってコードされ、該試験サンプルが、癌性結腸細胞であると疑われる試験細胞に由来する、工程；および
該検出された差次的に発現される遺伝子産物の発現レベルをコントロールサンプルにおける該差次的に発現される遺伝子産物の発現レベルと比較する工程であって、該コントロールサンプルが、癌性結腸細胞に由来する、工程
を包含し、
ここで、該コントロールサンプルにおける該遺伝子産物の発現レベルに類似する該試験サンプルにおける該差次的に発現される遺伝子産物の発現レベルの検出は、該試験細胞が癌性結腸細胞であることを示す、方法。
【請求項７】  請求項６に記載の方法であって、前記検出する工程が、参照アレイへの前記試験サンプルのハイブリダイゼーションによってであり、ここで該参照アレイが、配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９の少なくとも１つの識別配列を含む、方法。
【請求項８】  前記検出される遺伝子産物が、ポリペプチドである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】  癌性結腸細胞を同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
少なくとも１つの差次的に発現される遺伝子産物を検出する工程であって、該遺伝子産物が、試験サンプルにおける配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９の配列を含む遺伝子によってコードされ、該試験サンプルが、癌性結腸細胞であると疑われる試験細胞に由来する、工程；および
該検出された差次的に発現される遺伝子産物の発現レベルをコントロールサンプルにおける該差次的に発現される遺伝子産物の該発現レベルと比較する工程であって、該コントロールサンプルが、正常結腸細胞に由来する、工程
を包含し、
ここで、該コントロールサンプルにおける該遺伝子産物の発現レベルに類似する該試験サンプルにおける該差次的に発現される該遺伝子産物の発現レベルの検出が、該試験細胞は、癌性結腸細胞であることを示す、方法。
【請求項１０】  請求項９に記載の方法であって、前記コントロールサンプルにおける前記差次的に発現される遺伝子産物の発現レベルよりも大きい前記試験サンプルにおける該遺伝子産物の発現レベルの検出は、前記試験細胞が結腸腫瘍細胞であることを示す、方法。
【請求項１１】  請求項９に記載の方法であって、前記コントロールサンプルにおける前記差次的に発現される遺伝子産物の発現レベルよりも大きい前記試験サンプルにおける該遺伝子産物の発現レベルの検出は、前記試験細胞が転移性結腸腫瘍細胞であることを示す、方法。
【請求項１２】  癌性結腸細胞を同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
少なくとも１つの差次的に発現される遺伝子産物を検出する工程であって、該検出が、試験サンプルにおける配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５，１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９の配列を含むポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションを検出することによってであり、該試験サンプルが、癌性結腸細胞であると疑われる試験細胞に由来する、工程；および
該検出された差次的に発現される遺伝子産物のハイブリダイゼーションレベルをコントロールサンプルにおける該差次的に発現される遺伝子産物のハイブリダイゼーションレベルと比較する工程であって、該コントロールサンプルは、癌性結腸細胞に由来する、工程
を包含し、
ここで、該コントロールサンプルにおける該遺伝子産物のハイブリダイゼーションレベルに類似する該試験サンプルにおける該差次的に発現される遺伝子産物のハイブリダイゼーションレベルの検出は、該試験細胞が癌性結腸細胞であることを示す、方法。
【請求項１３】  癌性結腸細胞を同定する方法であって、該方法は、以下の工程：
少なくとも１つの差次的に発現される遺伝子産物を検出する工程であって、ここで、検出が、試験サンプルにおける配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９の配列を含むポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションを検出することによってであり、該試験サンプルが、癌性結腸細胞であると疑われる試験細胞に由来する、工程；および
該検出された差次的に発現した遺伝子産物のハイブリダイゼーションレベルをコントロールサンプルにおける該差次的に発現される遺伝子産物のハイブリダイゼーションレベルと比較する工程であって、該コントロールサンプルが、正常結腸細胞由来である、工程
を包含し、
ここで、該コントロールサンプルにおける該遺伝子産物のハイブリダイゼーションレベルに類似する該試験サンプルにおける該差次的に発現される遺伝子産物のハイブリダイゼーションレベルの検出は、該試験細胞が癌性結腸細胞であることを示す、方法。
【請求項１４】  癌性細胞の癌性表現型を抑制または阻害するための組成物であって、該組成物は、
配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９からなる群から選択される配列を含む遺伝子の発現の阻害のためのアンチセンスポリヌクレオチド
を含み、該遺伝子の発現の阻害は、該細胞における癌性表現型の発生を阻害する、組成物。
【請求項１５】  前記癌性表現型が、転移である、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】  前記癌性表現型が、正常細胞と比較した異常な細胞増殖である、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１７】  前記癌性表現型が、細胞増殖の接触阻止の損失である、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１８】  腫瘍増殖を阻害するための組成物であって、該組成物は、
薬剤
を含み、該組成物は、配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９からなる群から選択される配列を含む遺伝子を発現される腫瘍を有する被験体に投与され、該薬剤は、該遺伝子によってコードされる遺伝子産物の活性を減少し、それによって該被験体において腫瘍増殖を阻害することを特徴とする、組成物。
【請求項１９】  前記腫瘍が、上皮癌細胞を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２０】  前記上皮癌細胞が、結腸癌細胞である、請求項１８に記載の組成物。
【請求項２１】  被験体の腫瘍負荷量を評価するための方法であって、該方法は、以下：
腫瘍の疑いがあるか、または腫瘍を有する被験体由来の試験サンプルにおける差次的に発現される遺伝子産物のレベルを検出する工程であって、該差次的に発現される遺伝子産物は、配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９から群から選択される配列を含む、工程
を包含し、
ここで、該試験サンプルにおける該遺伝子産物のレベルの検出は、該被験体の腫瘍負荷量の指標である、方法。
【請求項２２】  癌治療剤のための標的として遺伝子産物を同定する方法であって、該方法は、以下：
候補遺伝子産物を発現される癌性細胞を抗癌剤と接触させる工程であって、ここで、該候補遺伝子産物は、配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９からなる群から選択される配列に対応する、工程；および
該候補遺伝子産物の生物学的活性および該癌性細胞の癌性表現型に対する該抗癌剤の効果を分析する工程、
を包含し、
ここで、該候補遺伝子産物の該生物学的活性の調節および該癌性細胞の該癌性表現型の調節は、該候補遺伝子産物が、癌治療剤のための標的であることを示す、方法。
【請求項２３】  前記癌性細胞が、癌性結腸細胞である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】  インヒビターが、アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】  前記癌性表現型が、正常細胞と比較した異常な細胞増殖である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】  前記癌性表現型が、増殖の接触阻止の損失に起因するコロニー形成である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２７】  癌性細胞において差次的に発現される遺伝子産物の生物学的活性を減少する薬剤を同定するための方法であって、該方法は、以下：
候補薬剤と差次的に発現される遺伝子産物を接触させる工程であって、該差次的に発現される遺伝子産物が、配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９からなる群から選択される配列に対応する、工程；および
該候補薬剤の非存在下における該遺伝子産物の生物学的活性のレベルと比較した該遺伝子産物の生物学的活性の減少を検出する工程、
を包含する、方法。
【請求項２８】  請求項２７に記載の方法であって、前記検出する工程が、前記差次的に発現される遺伝子産物の発現の減少の検出によってである、方法。
【請求項２９】  前記遺伝子産物が、ｍＲＮＡまたはｍＲＮＡ遺伝子産物から調製されたｃＤＮＡである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】  前記遺伝子産物が、ポリペプチドである、請求項２７に記載の方法。
【請求項３１】  単離されたポリヌクレオチドであって、該単離されたポリヌクレオチドが、配列番号３、５、７、９、１１、１２、１５、１６、２０、２２、２４、２７および２９なる群から選択される識別配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列またはそれらの縮重改変体を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３２】  請求項３１に記載のポリヌクレオチドを含む、アレイ。
【請求項３３】  少なくとも２つの異なるポリヌクレオチドを含むアレイであって、ここで、該ポリヌクレオチドが、配列番号３、５、７、９、１１、１２、１５、１６、２０、２２、２４、２７および２９からなる群から選択される識別配列に少なくとも９０％の配列同一性を有する配列またはそれらの縮重改変体を含む、アレイ。
【請求項３４】  請求項３１に記載のポリヌクレオチドを含む、組換え宿主細胞。
【請求項３５】  請求項３１に記載のポリヌクレオチドによってコードされる、単離されたポリペプチド。
【請求項３６】  請求項３５に記載のポリペプチドに特異的に結合する、抗体。
【請求項３７】  ポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドは、以下：ａ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６０として寄託された、クローンＳＫ−１；ｂ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６１として寄託された、クローンＳＫ−２；ｃ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６２として寄託された、クローンＳＫ−５；ｄ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６３として寄託された、クローン１６６５ショート；ｅ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６３として寄託された、クローン１６６５ロング；ｆ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６４として寄託された、クローンＳＫ−１９；ｇ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６５として寄託された、クローンＪｕｎｃ２−６；ｈ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６６として寄託された、クローンＸＤ４ｂ；ｉ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６７として寄託された、クローンＸＤ１ｂ；ｊ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６８として寄託された、クローンＸＤ７ｃ；ｋ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３６９として寄託された、クローンＸＤ１０ｂ；ｌ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３７０として寄託された、クローンＸＤ１１ｂ；およびｍ）ＡＴＣＣ登録番号ＰＴＡ−１３７１として寄託された、クローンＪｕｎｃ４−２からなる群から選択されるクローンに含まれる挿入物のヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項３８】  配列番号２、４、６、８、１０、１４、１７、１９、２１、２３、２５および２８のポリペプチドをコードする配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項３９】  薬学的組成物であって、癌性結腸細胞または形成異常結腸細胞において差次的に発現される遺伝子の発現の調節のための活性薬剤を含み、ここで、該遺伝子は、配列番号１、３、５、７、１２、１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９の配列を含む、薬学的組成物。
【請求項４０】  薬学的組成物であって、配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９からなる群から選択される配列を有するポリヌクレオチドによってコードされる遺伝子産物の産生の阻害のためのアンチセンスポリヌクレオチドを含む、薬学的組成物。
【請求項４１】  請求項４０に記載の薬学的組成物であって、前記アンチセンスポリヌクレオチドが、配列番号６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９１、９２、９３、９４、９８、９９、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２４および１２６からなる群から選択される配列を含む、薬学的組成物。
【請求項４２】  単離されたｃＤＮＡであって、配列番号１、３、５、７、９、１１−１３、１５、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２７および２９からなる群から選択されるヌクレオチド配列の少なくとも１５個連続したヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを使用する増幅のプロセスによって得られる、単離されたｃＤＮＡ。