【手続補正書】
【提出日】令和1年5月28日(2019.5.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ウイルス由来の治療剤を、ウイルス配列改変体についてアッセイする方法であって、
核酸分子を、マスターウイルスバンクまたはワーキングセルバンクから抽出するステップであって、前記マスターウイルスバンクまたは前記ワーキングセルバンクが、前記ウイルス由来の治療剤を含有する宿主細胞を含む、ステップと；
前記抽出された核酸分子を、宿主細胞ゲノムＤＮＡおよび宿主細胞ミトコンドリアＤＮＡは実質的に消化するが、ウイルス核酸分子は実質的に消化しない条件下で、ＤＮアーゼと接触させ、これにより、濃縮されたウイルス核酸分子を生成するステップと；
前記濃縮されたウイルス核酸分子がＲＮＡである場合、二本鎖ｃＤＮＡを、濃縮されたウイルス核酸分子から作製し、これにより、ウイルス二本鎖ＤＮＡを生成するステップと；
前記ウイルス二本鎖ＤＮＡを増幅するステップと；
前記ウイルス二本鎖ＤＮＡを定量化するステップと；
シーケンシングライブラリーを、少なくとも５００ｐｇの前記ウイルス二本鎖ＤＮＡから作製するステップであって、前記シーケンシングライブラリーが、前記ウイルス二本鎖ＤＮＡへと接合させた５’アダプターおよび３’アダプターを含む、ステップと；
複数の配列リードを含む、生の配列データセットを作製するように、次世代シーケンシングを使用して、前記シーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップと；
前記複数の配列リードを、前記ウイルス由来の治療剤の基準配列とアラインメントして、複数のアラインメントされた配列リードを含有する、アラインメントされた配列を作製するステップと；
前記ウイルス配列改変体を、前記アラインメントされた配列から決定するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
前記ウイルス由来の治療剤を、哺乳動物の宿主細胞へと導入するステップと；
前記ウイルス由来の治療剤の繁殖を可能とする条件下で、前記哺乳動物の宿主細胞を増殖させるステップと；
ウイルス核酸分子を、前記哺乳動物の宿主細胞から抽出するステップと；
任意選択で、前記抽出された核酸分子を、哺乳動物の宿主細胞ゲノムＤＮＡおよび哺乳動物の宿主細胞ミトコンドリアＤＮＡは実質的に消化するが、ウイルス核酸分子は実質的に消化しない条件下で、ＤＮアーゼと接触させるステップと；
前記抽出されたウイルス核酸分子がＲＮＡである場合、前記抽出されたウイルス核酸分子を逆転写し、第２のウイルス核酸鎖を生成し、これにより、ウイルス二本鎖ＤＮＡを生成するステップと；
前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを増幅するステップと；
前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを定量化するステップと；
シーケンシングライブラリーを、少なくとも５００ｐｇの前記ウイルス二本鎖ＤＮＡから作製するステップであって、前記シーケンシングライブラリーが、前記ウイルス二本鎖ＤＮＡへと接合させた５’アダプターおよび３’アダプターを含む、ステップと；
複数の配列リードを含む、生の配列データセットを作製するように、次世代シーケンシングを使用して、前記シーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップと；
前記複数の配列リードを、前記ウイルス由来の治療剤の基準配列とアラインメントして、複数のアラインメントされた配列リードを含有する、アラインメントされた配列を作製するステップと；
前記ウイルス配列改変体を、前記アラインメントされた配列から決定するステップと
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
少なくとも２つの異なるウイルス由来の治療剤についてアッセイし、
前記シーケンシングライブラリーを作製するステップが、各ウイルス由来の治療剤について、１または複数のシーケンシングライブラリーを作製し、前記１または複数のシーケンシングライブラリーをプールすることを含み、前記１または複数のシーケンシングライブラリーが、５’アダプターおよび３’アダプターを含み、前記１または複数のシーケンシングライブラリーの各々が、同定のためのバーコードを含み；
前記シーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップが、前記プールされたシーケンシングライブラリーをシーケンシングすることを含み；
前記方法が、各シーケンシングライブラリーについて、デマルチプレックス化された生の配列データセットを作製するように、前記バーコードを使用して、プールされた生の配列データセットをデマルチプレックス化するステップをさらに含み；
前記複数の配列リードをアラインメントするステップが、前記デマルチプレックス化された生の配列データセットの各々を、前記ウイルス由来の治療剤の適切な基準配列とアラインメントすることを含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
ポリオウイルス由来の治療剤を、ポリオウイルス配列改変体についてアッセイする方法であって、
ＲＮＡを、マスターウイルスバンクまたはワーキングセルバンクから抽出するステップであって、前記マスターウイルスバンクまたは前記ワーキングセルバンクが、前記ポリオウイルス由来の治療剤を含有する宿主細胞を含む、ステップと；
前記抽出されたＲＮＡを、宿主細胞ゲノムＤＮＡおよび宿主細胞ミトコンドリアＤＮＡは実質的に消化するが、ウイルスＲＮＡ分子は実質的に消化しない条件下、２Ｕ／μｌで４ＵのＤＮアーゼと、３７℃で２０〜４０分間にわたり接触させ、これにより、濃縮されたウイルスＲＮＡを生成するステップと；
二本鎖ｃＤＮＡを、前記濃縮されたウイルスＲＮＡから作製し、これにより、ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを生成するステップと；
前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを増幅するステップと；
前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを定量化するステップと；
前記二本鎖ｃＤＮＡをランダムに断片化して、ｃＤＮＡ断片を作製し、５’アダプターおよび３’アダプターを、前記ｃＤＮＡ断片へとライゲーションして、アダプターをライゲーションされたｃＤＮＡ断片を作製し、前記アダプターをライゲーションされたｃＤＮＡ断片を増幅して、シーケンシングライブラリーを作製することにより、前記シーケンシングライブラリーを、５００ｐｇ〜１ｎｇの前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡから作製するステップと；
クローン増幅されたシーケンシングライブラリーを作製するように、前記５’アダプターおよび前記３’アダプターと相補的な表面結合オリゴヌクレオチドを使用して、前記シーケンシングライブラリーをクローン増幅するステップと；
複数の配列リードを含む、生の配列データセットを作製するように、パラレルシングルエンドまたはペアドエンドシーケンシングを使用して、前記クローン増幅されたシーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップと；
前記複数の配列リードを、前記ポリオウイルス由来の治療剤の基準ポリオ配列とアラインメントして、複数のアラインメントされた配列リードを含有する、アラインメントされた配列を作製するステップと；
ポリオウイルス配列改変体を、前記アラインメントされた配列から決定するステップとを含む、方法。
【請求項５】
前記ポリオウイルス由来の治療剤を、Ｖｅｒｏ宿主細胞へと導入するステップと；
前記ポリオウイルス由来の治療剤の繁殖を可能とする条件下で、前記Ｖｅｒｏ宿主細胞を増殖させるステップと；
ポリオＲＮＡ分子を、前記Ｖｅｒｏ宿主細胞から抽出するステップと；
任意選択で、前記抽出されたポリオＲＮＡを、Ｖｅｒｏ宿主細胞ゲノムＤＮＡおよびＶｅｒｏ宿主細胞ミトコンドリアＤＮＡは実質的に消化するが、ポリオＲＮＡは実質的に消化しない条件下で、ＤＮアーゼと接触させるステップと；
抽出されたウイルス性ポリオＲＮＡを逆転写し、これにより、ポリオ二本鎖ＤＮＡを生成するステップと；
前記ポリオ二本鎖ｃＤＮＡを増幅するステップと；
前記ポリオ二本鎖ｃＤＮＡを定量化するステップと；
前記ポリオ二本鎖ｃＤＮＡをランダムに断片化して、ポリオｃＤＮＡ断片を作製し、５’アダプターおよび３’アダプターを、前記ポリオｃＤＮＡ断片へとライゲーションして、アダプターをライゲーションされたポリオｃＤＮＡ断片を作製し、前記アダプターをライゲーションされたポリオｃＤＮＡ断片を増幅して、シーケンシングライブラリーを作製することにより、前記シーケンシングライブラリーを、５００ｐｇ〜１ｎｇの前記ポリオ二本鎖ｃＤＮＡから作製するステップと；
クローン増幅されたシーケンシングライブラリーを作製するように、前記５’アダプターおよび前記３’アダプターと相補的な表面結合オリゴヌクレオチドを使用して、前記シーケンシングライブラリーをクローン増幅するステップと；
複数の配列リードを含む、生の配列データセットを作製するように、パラレルシングルエンドまたはペアドエンドシーケンシングを使用して、前記クローン増幅されたシーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップと；
前記複数の配列リードを、前記ポリオウイルス由来の治療剤の基準ポリオ配列とアラインメントして、複数のアラインメントされた配列リードを含有する、アラインメントされた配列を作製するステップと；
ポリオウイルス配列改変体を、前記アラインメントされた配列から決定するステップとをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記アラインメントされた配列リードについて、平均リード長、アラインメントされたリードの百分率、カバレッジ、ＳＮＰ、またはこれらの組合せを決定するステップをさらに含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
アラインメントされていない配列リードを作製する場合、前記アラインメントされていない配列リードを、同定のために、アラインメントされていない配列リードのプールに加える、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記ウイルス由来の治療剤の、前記ウイルス由来の治療剤の前記基準配列とのコンセンサスの相同性、位置１カ所当たり、塩基１つ当たりのカバレッジ、リードに対して０．１％を超える不均一塩基、またはこれらの組合せについて報告するステップをさらに含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記シーケンシングライブラリーを、前記二本鎖ＤＮＡから作製するステップが、
前記二本鎖ＤＮＡをランダムに断片化して、ＤＮＡ断片を作製し、５’アダプターおよび３’アダプターを、前記ＤＮＡ断片へとライゲーションして、アダプターをライゲーションされたＤＮＡ断片を作製し、前記アダプターをライゲーションされたＤＮＡ断片を増幅して、前記シーケンシングライブラリーを作製することと；
クローン増幅されたシーケンシングライブラリーを作製するように、前記５’アダプターおよび前記３’アダプターと相補的な表面結合オリゴヌクレオチドまたは粒子結合オリゴヌクレオチドを使用して、前記シーケンシングライブラリーをクローン増幅することとを含み；
複数の配列リードを含む、前記生の配列データセットを作製するように、前記クローン増幅されたシーケンシングライブラリーをシーケンシングする、請求項１から３または６から８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記決定されたウイルス配列改変体が、禁忌でない場合、シーケンシングされたウイルス由来の治療剤が被験体へと投与されるべきことが示される、請求項１から９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記宿主細胞が、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞またはＶｅｒｏ細胞である、請求項１から４または６から１０のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】
前記抽出された核酸分子を、ＤＮアーゼと接触させるステップが、前記抽出された核酸分子を、前記ＤＮアーゼと、３７℃で３０分間にわたりインキュベートすることを含む、請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
前記シーケンシングライブラリーを、前記５’アダプターおよび前記３’アダプターと相補的なプライマーを使用してクローン増幅する、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記シーケンシングライブラリーを増幅することが、増幅時に、前記アダプターをライゲーションされたｃＤＮＡ断片へと、バーコードを付加することをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記シーケンシングライブラリーをクローン増幅するステップが、ブリッジ増幅を含み、前記表面が、フローセルの表面を含む、請求項１１または１４に記載の方法。
【請求項１６】
シーケンシングが、パラレルペアドエンドシーケンシングである、請求項１から１５のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】
報告が、位置１カ所当たり、塩基１つ当たりのカバレッジを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１８】
前記アラインメントされた配列中の各塩基の前記カバレッジが、４回またはこれを超える場合、前記アラインメントされた配列は、前記ウイルス由来の治療剤のスクリーニングに許容可能であると決定するステップをさらに含む、請求項１から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記アラインメントされた配列中の各塩基の前記カバレッジが、４回未満であると決定するステップと、前記アラインメントされた配列の全体にわたり、４回またはこれを超えるカバレッジをもたらすように、サンガーシーケンシングを実施するステップとをさらに含む、請求項１から１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記ウイルス由来の治療剤が、ＲＮＡウイルスであるかまたはこれに由来する、請求項１から３または６から１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２１】
前記ウイルス由来の治療剤が、ポリオウイルス、麻疹ウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ムンプスウイルス、インフルエンザウイルス、風疹ウイルス、ＨＩＶ、もしくはＨＴＬＶであるかもしくはこれに由来するか；またはＭＭＲワクチン、ＭＭＲＶワクチン、Ａ型肝炎ワクチン、Ｃ型肝炎ワクチン、インフルエンザワクチン、ＨＩＶワクチン、ＨＴＬＶワクチン、ヒトパピローマウイルス、もしくはポリオワクチンである、請求項１から３または６から１９のいずれかに記載の方法。
【請求項２２】
前記ポリオワクチンが、ＰＶＳ−ＲＩＰＯである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ウイルス配列改変体が、内部リボソーム侵入部位（ＩＲＥＳ）内の変異を含む、請求項２２に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６７】
本開示の原理を適用しうる、多くの可能な実施形態を念頭に、例示される実施形態は、本開示の例であるに過ぎず、本発明の範囲を限定するものとして理解すべきではないことを認識されたい。そうではなくて、本発明の範囲は、以下の特許請求の範囲により規定される。したがって、本発明者らは、これらの特許請求の範囲の範囲および精神の中に収まる全てを、本発明であると主張する。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
（項目１）
ウイルス由来の治療剤を、ウイルス配列改変体についてアッセイする方法であって、
核酸分子を、マスターウイルスバンクまたはワーキングセルバンクから抽出するステップであって、前記マスターウイルスバンクまたは前記ワーキングセルバンクが、前記ウイルス由来の治療剤を含有する宿主細胞を含む、ステップと；
前記抽出された核酸分子を、宿主細胞ゲノムＤＮＡおよび宿主細胞ミトコンドリアＤＮＡは実質的に消化するが、ウイルス核酸分子は実質的に消化しない条件下で、ＤＮアーゼと接触させ、これにより、濃縮されたウイルス核酸分子を生成するステップと；
前記濃縮されたウイルス核酸分子がＲＮＡである場合、二本鎖ｃＤＮＡを、濃縮されたウイルス核酸分子から作製し、これにより、ウイルス二本鎖ＤＮＡを生成するステップと；
前記ウイルス二本鎖ＤＮＡを増幅するステップと；
前記ウイルス二本鎖ＤＮＡを定量化するステップと；
シーケンシングライブラリーを、少なくとも５００ｐｇの前記ウイルス二本鎖ＤＮＡから作製するステップであって、前記シーケンシングライブラリーが、前記ウイルス二本鎖ＤＮＡへと接合させた５’アダプターおよび３’アダプターを含む、ステップと；
複数の配列リードを含む、生の配列データセットを作製するように、次世代シーケンシングを使用して、前記シーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップと；
前記複数の配列リードを、前記ウイルス由来の治療剤の基準配列とアラインメントして、複数のアラインメントされた配列リードを含有する、アラインメントされた配列を作製するステップと；
前記ウイルス配列改変体を、前記アラインメントされた配列から決定するステップと
を含む、方法。
（項目２）
前記ウイルス由来の治療剤を、哺乳動物の宿主細胞へと導入するステップと；
前記ウイルス由来の治療剤の繁殖を可能とする条件下で、前記哺乳動物の宿主細胞を増殖させるステップと；
ウイルス核酸分子を、前記哺乳動物の宿主細胞から抽出するステップと；
任意選択で、前記抽出された核酸分子を、哺乳動物の宿主細胞ゲノムＤＮＡおよび哺乳動物の宿主細胞ミトコンドリアＤＮＡは実質的に消化するが、ウイルス核酸分子は実質的に消化しない条件下で、ＤＮアーゼと接触させるステップと；
前記抽出されたウイルス核酸分子がＲＮＡである場合、前記抽出されたウイルス核酸分子を逆転写し、第２のウイルス核酸鎖を生成し、これにより、ウイルス二本鎖ＤＮＡを生成するステップと；
前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを増幅するステップと；
前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを定量化するステップと；
シーケンシングライブラリーを、少なくとも５００ｐｇの前記ウイルス二本鎖ＤＮＡから作製するステップであって、前記シーケンシングライブラリーが、前記ウイルス二本鎖ＤＮＡへと接合させた５’アダプターおよび３’アダプターを含む、ステップと；
複数の配列リードを含む、生の配列データセットを作製するように、次世代シーケンシングを使用して、前記シーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップと；
前記複数の配列リードを、前記ウイルス由来の治療剤の基準配列とアラインメントして、複数のアラインメントされた配列リードを含有する、アラインメントされた配列を作製するステップと；
前記ウイルス配列改変体を、前記アラインメントされた配列から決定するステップと
をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
少なくとも２つの異なるウイルス由来の治療剤についてアッセイし、
前記シーケンシングライブラリーを作製するステップが、各ウイルス由来の治療剤について、１または複数のシーケンシングライブラリーを作製し、前記１または複数のシーケンシングライブラリーをプールすることを含み、前記１または複数のシーケンシングライブラリーが、５’アダプターおよび３’アダプターを含み、前記１または複数のシーケンシングライブラリーの各々が、同定のためのバーコードを含み；
前記シーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップが、前記プールされたシーケンシングライブラリーをシーケンシングすることを含み；
前記方法が、各シーケンシングライブラリーについて、デマルチプレックス化された生の配列データセットを作製するように、前記バーコードを使用して、プールされた生の配列データセットをデマルチプレックス化するステップをさらに含み；
前記複数の配列リードをアラインメントするステップが、前記デマルチプレックス化された生の配列データセットの各々を、前記ウイルス由来の治療剤の適切な基準配列とアラインメントすることを含む、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
ポリオウイルス由来の治療剤を、ポリオウイルス配列改変体についてアッセイする方法であって、
ＲＮＡを、マスターウイルスバンクまたはワーキングセルバンクから抽出するステップであって、前記マスターウイルスバンクまたは前記ワーキングセルバンクが、前記ポリオウイルス由来の治療剤を含有する宿主細胞を含む、ステップと；
前記抽出されたＲＮＡを、宿主細胞ゲノムＤＮＡおよび宿主細胞ミトコンドリアＤＮＡは実質的に消化するが、ウイルスＲＮＡ分子は実質的に消化しない条件下、２Ｕ／μｌで４ＵのＤＮアーゼと、３７℃で２０〜４０分間にわたり接触させ、これにより、濃縮されたウイルスＲＮＡを生成するステップと；
二本鎖ｃＤＮＡを、前記濃縮されたウイルスＲＮＡから作製し、これにより、ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを生成するステップと；
前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを増幅するステップと；
前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡを定量化するステップと；
前記二本鎖ｃＤＮＡをランダムに断片化して、ｃＤＮＡ断片を作製し、５’アダプターおよび３’アダプターを、前記ｃＤＮＡ断片へとライゲーションして、アダプターをライゲーションされたｃＤＮＡ断片を作製し、前記アダプターをライゲーションされたｃＤＮＡ断片を増幅して、シーケンシングライブラリーを作製することにより、前記シーケンシングライブラリーを、５００ｐｇ〜１ｎｇの前記ウイルス二本鎖ｃＤＮＡから作製するステップと；
クローン増幅されたシーケンシングライブラリーを作製するように、前記５’アダプターおよび前記３’アダプターと相補的な表面結合オリゴヌクレオチドを使用して、前記シーケンシングライブラリーをクローン増幅するステップと；
複数の配列リードを含む、生の配列データセットを作製するように、パラレルシングルエンドまたはペアドエンドシーケンシングを使用して、前記クローン増幅されたシーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップと；
前記複数の配列リードを、前記ポリオウイルス由来の治療剤の基準ポリオ配列とアラインメントして、複数のアラインメントされた配列リードを含有する、アラインメントされた配列を作製するステップと；
ポリオウイルス配列改変体を、前記アラインメントされた配列から決定するステップとを含む、方法。
（項目５）
前記ポリオウイルス由来の治療剤を、Ｖｅｒｏ宿主細胞へと導入するステップと；
前記ポリオウイルス由来の治療剤の繁殖を可能とする条件下で、前記Ｖｅｒｏ宿主細胞を増殖させるステップと；
ポリオＲＮＡ分子を、前記Ｖｅｒｏ宿主細胞から抽出するステップと；
任意選択で、前記抽出されたポリオＲＮＡを、Ｖｅｒｏ宿主細胞ゲノムＤＮＡおよびＶｅｒｏ宿主細胞ミトコンドリアＤＮＡは実質的に消化するが、ポリオＲＮＡは実質的に消化しない条件下で、ＤＮアーゼと接触させるステップと；
抽出されたウイルス性ポリオＲＮＡを逆転写し、これにより、ポリオ二本鎖ＤＮＡを生成するステップと；
前記ポリオ二本鎖ｃＤＮＡを増幅するステップと；
前記ポリオ二本鎖ｃＤＮＡを定量化するステップと；
前記ポリオ二本鎖ｃＤＮＡをランダムに断片化して、ポリオｃＤＮＡ断片を作製し、５’アダプターおよび３’アダプターを、前記ポリオｃＤＮＡ断片へとライゲーションして、アダプターをライゲーションされたポリオｃＤＮＡ断片を作製し、前記アダプターをライゲーションされたポリオｃＤＮＡ断片を増幅して、シーケンシングライブラリーを作製することにより、前記シーケンシングライブラリーを、５００ｐｇ〜１ｎｇの前記ポリオ二本鎖ｃＤＮＡから作製するステップと；
クローン増幅されたシーケンシングライブラリーを作製するように、前記５’アダプターおよび前記３’アダプターと相補的な表面結合オリゴヌクレオチドを使用して、前記シーケンシングライブラリーをクローン増幅するステップと；
複数の配列リードを含む、生の配列データセットを作製するように、パラレルシングルエンドまたはペアドエンドシーケンシングを使用して、前記クローン増幅されたシーケンシングライブラリーをシーケンシングするステップと；
前記複数の配列リードを、前記ポリオウイルス由来の治療剤の基準ポリオ配列とアラインメントして、複数のアラインメントされた配列リードを含有する、アラインメントされた配列を作製するステップと；
ポリオウイルス配列改変体を、前記アラインメントされた配列から決定するステップとをさらに含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記アラインメントされた配列リードについて、平均リード長、アラインメントされたリードの百分率、カバレッジ、ＳＮＰ、またはこれらの組合せを決定するステップをさらに含む、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
アラインメントされていない配列リードを作製する場合、前記アラインメントされていない配列リードを、同定のために、アラインメントされていない配列リードのプールに加える、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記ウイルス由来の治療剤の、前記ウイルス由来の治療剤の前記基準配列とのコンセンサスの相同性、位置１カ所当たり、塩基１つ当たりのカバレッジ、リードに対して０．１％を超える不均一塩基、またはこれらの組合せについて報告するステップをさらに含む、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記シーケンシングライブラリーを、前記二本鎖ＤＮＡから作製するステップが、
前記二本鎖ＤＮＡをランダムに断片化して、ＤＮＡ断片を作製し、５’アダプターおよび３’アダプターを、前記ＤＮＡ断片へとライゲーションして、アダプターをライゲーションされたＤＮＡ断片を作製し、前記アダプターをライゲーションされたＤＮＡ断片を増幅して、前記シーケンシングライブラリーを作製することと；
クローン増幅されたシーケンシングライブラリーを作製するように、前記５’アダプターおよび前記３’アダプターと相補的な表面結合オリゴヌクレオチドまたは粒子結合オリゴヌクレオチドを使用して、前記シーケンシングライブラリーをクローン増幅することとを含み；
複数の配列リードを含む、前記生の配列データセットを作製するように、前記クローン増幅されたシーケンシングライブラリーをシーケンシングする、項目１から３または６から８のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記決定されたウイルス配列改変体が、禁忌でない場合、シーケンシングされたウイルス由来の治療剤を、被験体へと投与するステップ
をさらに含む、項目１から９のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記宿主細胞が、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞またはＶｅｒｏ細胞である、項目１から４または６から１０のいずれかに記載の方法。
（項目１２）
前記抽出された核酸分子を、ＤＮアーゼと接触させるステップが、前記抽出された核酸分子を、前記ＤＮアーゼと、３７℃で３０分間にわたりインキュベートすることを含む、項目１から１１のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
前記シーケンシングライブラリーを、前記５’アダプターおよび前記３’アダプターと相補的なプライマーを使用してクローン増幅する、項目１から１２のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記シーケンシングライブラリーを増幅することが、増幅時に、前記アダプターをライゲーションされたｃＤＮＡ断片へと、バーコードを付加することをさらに含む、項目１３に記載の方法。
（項目１５）
前記シーケンシングライブラリーをクローン増幅するステップが、ブリッジ増幅を含み、前記表面が、フローセルの表面を含む、項目１１または１４に記載の方法。
（項目１６）
シーケンシングが、パラレルペアドエンドシーケンシングである、項目１から１５のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
報告するステップが、位置１カ所当たり、塩基１つ当たりのカバレッジを含む、項目８に記載の方法。
（項目１８）
前記アラインメントされた配列中の各塩基の前記カバレッジが、４回またはこれを超える場合、前記アラインメントされた配列は、前記ウイルス由来の治療剤のスクリーニングに許容可能であると決定するステップをさらに含む、項目１から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記アラインメントされた配列中の各塩基の前記カバレッジが、４回未満であると決定するステップと、前記アラインメントされた配列の全体にわたり、４回またはこれを超えるカバレッジをもたらすように、サンガーシーケンシングを実施するステップとをさらに含む、項目１から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記ウイルス由来の治療剤が、ＲＮＡウイルスであるかまたはこれに由来する、項目１から３または６から１９のいずれかに記載の方法。
（項目２１）
前記ウイルス由来の治療剤が、ポリオウイルス、麻疹ウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、ムンプスウイルス、インフルエンザウイルス、風疹ウイルス、ＨＩＶ、もしくはＨＴＬＶであるかもしくはこれに由来するか；またはＭＭＲワクチン、ＭＭＲＶワクチン、Ａ型肝炎ワクチン、Ｃ型肝炎ワクチン、インフルエンザワクチン、ＨＩＶワクチン、ＨＴＬＶワクチン、ヒトパピローマウイルス、もしくはポリオワクチンである、項目１から３または６から１９のいずれかに記載の方法。
（項目２２）
前記ポリオワクチンが、ＰＶＳ−ＲＩＰＯである、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記ウイルス配列改変体が、内部リボソーム侵入部位（ＩＲＥＳ）内の変異を含む、項目２２に記載の方法。