【手続補正書】
【提出日】令和1年8月27日(2019.8.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
新生物疾患を有する患者を治療するための、ＳＦ３Ｂ１調節化合物を含む組成物であって、患者からの試料が、配列番号４１、配列番号６１、配列番号１０１、配列番号１６０及び配列番号２３０からなる群から選択される１つ又は複数のスプライスバリアントを発現する場合に患者に投与されるためのものであることを特徴とする、組成物。
【請求項２】
前記試料が、配列番号１０１、配列番号１６０及び配列番号２３０からなる群から選択される１つ又は複数のスプライスバリアントを発現する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記試料が、配列番号４１、配列番号６１、配列番号１０１、配列番号１６０及び配列番号２３０を含む５つのスプライスバリアントを発現する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項４】
前記試料が、少なくとも一つの追加的なスプライスバリアントを発現する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５】
前記試料が、１つ又は複数の細胞、血液若しくは血液画分、及び／又は組織生検を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６】
前記試料が、血液がん又は固形腫瘍からのものである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７】
血液がんが、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、骨髄異形成症候群、及び多発性骨髄腫から選択され、並びに／又は、
固形腫瘍が、乳がん、肺がん、肝臓がん、前立腺がん、膵臓がん、結腸がん、結腸直腸がん、皮膚がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸部がん、及び腎がんから選択される、請求項６の組成物。
【請求項８】
ＳＦ３Ｂ１調節化合物が、プラジエノライド又はプラジエノライド類似体を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９】
プラジエノライド類似体が、プラジエノライドＢ、プラジエノライドＤ、Ｅ７１０７、式１：
2018525994.tif 000001
の化合物、式２：
2018525994.tif 000002
の化合物、式３：
2018525994.tif 000003
の化合物、及び式４：
2018525994.tif 000004
の化合物から選択される、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
ＳＦ３Ｂ１調節化合物が、式２：
2018525994.tif 000005
の化合物を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１１】
１つ又は複数のスプライスバリアントの発現を、ネオモルフィックＳＦ３Ｂ１変異を有する新生物疾患を有する患者を同定するための指標として使用する方法であって、
ａ）患者からの試料における、配列番号４１、配列番号６１、配列番号１０１、配列番号１６０及び配列番号２３０から選択される１つ又は複数のスプライスバリアントの発現を決定すること、並びに
ｂ）前記試料が１つ又は複数のスプライスバリアントを発現する場合には、前記患者をネオモルフィックＳＦ３Ｂ１変異を有する新生物疾患を有すると同定すること、を含む、方法。
【請求項１２】
１つ又は複数のスプライスバリアントの発現を決定することが、前記試料を、前記１つ又は複数のスプライスバリアントと特異的にハイブリダイズすることができる１つ又は複数の核酸プローブと接触させることと、前記１つ又は複数のプローブの前記１つ又は複数のスプライスバリアントへの結合を検出することとを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記１つ又は複数のプローブが、標識及び／又は分子バーコードを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記ネオモルフィックＳＦ３Ｂ１変異が、Ｅ６２２Ｄ、Ｅ６２２Ｋ、Ｅ６２２Ｑ、Ｅ６２２Ｖ、Ｙ６２３Ｃ、Ｙ６２３Ｈ、Ｙ６２３Ｓ、Ｒ６２５Ｃ、Ｒ６２５Ｇ、Ｒ６２５Ｈ、Ｒ６２５Ｌ、Ｒ６２５Ｐ、Ｒ６２５Ｓ、Ｎ６２６Ｄ、Ｎ６２６Ｈ、Ｎ６２６Ｉ、Ｎ６２６Ｓ、Ｎ６２６Ｙ、Ｈ６６２Ｄ、Ｈ６６２Ｌ、Ｈ６６２Ｑ、Ｈ６６２Ｒ、Ｈ６６２Ｙ、Ｔ６６３Ｉ、Ｔ６６３Ｐ、Ｋ６６６Ｅ、Ｋ６６６Ｍ、Ｋ６６６Ｎ、Ｋ６６６Ｑ、Ｋ６６６Ｒ、Ｋ６６６Ｓ、Ｋ６６６Ｔ、Ｑ６９８＿Ｋ７００ｄｅｌｉｎｓＱ、Ｋ７００Ｅ、Ｋ７００＿Ｖ７０１ｄｅｌｉｎｓＮ、Ｖ７０１Ａ、Ｖ７０１Ｆ、Ｖ７０１Ｉ、Ｉ７０４Ｆ、Ｉ７０４Ｎ、Ｉ７０４Ｓ、Ｉ７０４Ｖ、Ｇ７４０Ｅ、Ｇ７４０Ｋ、Ｇ７４０Ｒ、Ｇ７４０Ｖ、Ｋ７４１Ｎ、Ｋ７４１Ｑ、Ｋ７４１Ｔ、Ｇ７４２Ｄ、Ｄ７８１Ｅ、Ｄ７８１Ｇ、及びＤ７８１Ｎから選択される、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記試料が少なくとも一つの追加的なスプライスバリアントを発現する、請求項１１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記試料が１つ又は複数の細胞、血液若しくは血液画分、及び／又は組織生検を含む、請求項１１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記試料が、血液がん又は固形腫瘍からのものである、請求項１１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
血液がんが、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、骨髄異形成症候群、及び多発性骨髄腫から選択され、並びに／又は、
固形腫瘍が、乳がん、肺がん、肝臓がん、前立腺がん、膵臓がん、結腸がん、結腸直腸がん、皮膚がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸部がん、及び腎がんから選択される、請求項１７の方法。
【請求項１９】
１つ又は複数のスプライスバリアントの発現レベルを、新生物疾患を有する患者における治療の有効性をモニタリングするための指標として使用する方法であって、
ａ）ＳＦ３Ｂ１調節化合物を投与する前の患者からの試料における、配列番号４１、配列番号６１、配列番号１０１、配列番号１６０及び配列番号２３０から選択される１つ又は複数のスプライスバリアントの発現レベルを決定すること、並びに
ｂ）ＳＦ３Ｂ１調節化合物を投与した後の患者からの試料における、前記１つ又は複数のスプライスバリアントの発現レベルを決定すること、を含み、
前記１つ又は複数のスプライスバリアントの発現レベルの低下が有効な治療を示す、方法。
【請求項２０】
１つ又は複数のスプライスバリアントの発現レベルを決定することが、核酸バーコーディング、ＲＴ−ＰＣＲ、マイクロアレイ、核酸シークエンシング、ナノ粒子プローブ、及び／又はｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
１つ又は複数のスプライスバリアントの発現レベルを決定することが、核酸バーコーディングを含む、請求項１９又は２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記試料が、少なくとも一つの追加的なスプライスバリアントを発現する、請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記試料が１つ又は複数の細胞、血液若しくは血液画分、及び／又は組織生検を含む、請求項１９〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記試料が、血液がん又は固形腫瘍からのものである、請求項１９〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
血液がんが、慢性リンパ球性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、骨髄異形成症候群、及び多発性骨髄腫から選択され、並びに／又は、
固形腫瘍が、乳がん、肺がん、肝臓がん、前立腺がん、膵臓がん、結腸がん、結腸直腸がん、皮膚がん、卵巣がん、子宮がん、子宮頸部がん、及び腎がんから選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
ＳＦ３Ｂ１調節化合物が、プラジエノライド又はプラジエノライド類似体を含む、請求項１９〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
プラジエノライド類似体が、プラジエノライドＢ、プラジエノライドＤ、Ｅ７１０７、式１：
2018525994.tif 000006
の化合物、式２：
2018525994.tif 000007
の化合物、式３：
2018525994.tif 000008
の化合物、及び式４：
2018525994.tif 000009
の化合物から選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
ＳＦ３Ｂ１調節化合物が、式２：
2018525994.tif 000010
の化合物を含む、請求項１９〜２７のいずれか一項に記載の方法。