【手続補正書】
【提出日】平成20年8月12日(2008.8.12)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
微細加工構造であって、
１つの熱循環チャンバ内に１つだけのマイクロキャリア要素が入るように、クローン配列決定テンプレートの複数の複製物を運ぶマイクロキャリア要素を複数の熱循環チャンバに分配する分配流路を備え、
マイクロキャリア要素から熱循環伸長断片が生成され、
前記微細加工構造は、さらに、
前記熱循環チャンバに接続され、前記伸長断片を捕捉および濃縮する精製チャンバと、
前記精製チャンバに接続され、前記伸長断片を分析する成分分離流路と、を備える、微細加工構造。
【請求項２】
請求項１に記載の微細加工構造であって、前記マイクロキャリア要素は、前記クローン配列決定テンプレートの前記複数の複製物を運ぶ、微細加工構造。
【請求項３】
請求項１に記載の微細加工構造であって、前記マイクロキャリア要素は、マイクロスフィアすなわちビーズである、微細加工構造。
【請求項４】
請求項１に記載の微細加工構造であって、前記配列決定テンプレートは、ＤＮＡまたはＲＮＡの配列決定テンプレートである、微細加工構造。
【請求項５】
配列決定を実行するためのシステムであって、
各々が配列決定テンプレートの複数のクローン複製物を運ぶ複数のマイクロキャリア要素を、複数の熱循環チャンバに分配するマイクロ流体分配手段であって、前記分配手段と前記複数の熱循環チャンバとは微細加工構造に集積されている、マイクロ流体分配手段と、
１つの熱循環チャンバ内に１つだけのマイクロキャリア要素が流れ込むことを保証する手段と、
前記熱循環チャンバを備え、前記配列決定テンプレートの複数の複製物を運ぶ前記マイクロキャリア要素から熱循環伸長断片を生成する伸長手段と、
前記伸長断片を捕捉、精製、および、濃縮する精製チャンバ手段と、
前記伸長断片を分析する成分分離手段と、を備える、システム。
【請求項６】
請求項５に記載のシステムであって、前記マイクロキャリア要素は、マイクロスフィアすなわちビーズである、システム。
【請求項７】
請求項５に記載のシステムであって、さらに、少なくともいくつかは１つのマイクロキャリア要素を含む複数のマイクロリアクタ要素を備える、システム。
【請求項８】
請求項７に記載のシステムであって、前記複数のマイクロリアクタ要素のそれぞれは、ボーラスすなわちマイクロエマルジョン液滴を備える、システム。
【請求項９】
微細加工構造であって、
クローン配列決定テンプレートの複数の複製物を運ぶ複数のマイクロスフィアを複数の熱循環チャンバに分配する分配流路と、
熱循環チャンバの出口ポートに配置され、１つの熱循環チャンバ内に１つだけのマイクロスフィアが流れ込むことを保証する自動弁と、を備え、
マイクロスフィアから熱循環伸長断片が生成され、
前記微細加工構造は、さらに、
前記熱循環チャンバに接続され、前記伸長断片を捕捉および濃縮する精製チャンバと、
前記精製チャンバに接続され、前記伸長断片を分析する成分分離流路と、を備える、微細加工構造。
【請求項１０】
請求項９に記載の微細加工構造であって、マイクロスフィアの直径は、約１から１００ミクロンの間である、微細加工構造。
【請求項１１】
請求項１０に記載の微細加工構造であって、マイクロスフィアの直径は、約１０ミクロンである、微細加工構造。
【請求項１２】
請求項９に記載の微細加工構造であって、各熱循環チャンバと、分離流路との間で、流体が行き来するようになっている、微細加工構造。
【請求項１３】
請求項９に記載の微細加工構造であって、前記配列決定テンプレートは、ＤＮＡまたはＲＮＡの配列決定テンプレートである、微細加工構造。
【請求項１４】
微細加工構造であって、
配列決定テンプレートを運ぶマイクロスフィアを熱循環チャンバに分配するマイクロ流体分配流路手段と、
１つの熱循環チャンバに１つだけのマイクロスフィアが流れ込むことを保証する自動弁手段と、
前記熱循環チャンバを備え、配列決定テンプレートを運ぶマイクロスフィアから熱循環伸長断片を生成する伸長手段と、
前記伸長断片を捕捉、精製、および、濃縮する集積精製チャンバ手段と、
前記伸長断片を分析する成分分離手段と、を備える、微細加工構造。
【請求項１５】
請求項１４に記載の微細加工構造であって、前記伸長手段は、複数の熱循環チャンバを備えるサンガー伸長手段である、微細加工構造。
【請求項１６】
請求項１５に記載の微細加工構造であって、前記自動弁手段は、前記熱循環チャンバの出口ポートの自動弁を含む、微細加工構造。
【請求項１７】
請求項１６に記載の微細加工構造であって、前記精製チャンバ手段は、前記熱循環チャンバに接続された精製チャンバを備える、微細加工構造。
【請求項１８】
請求項１７に記載の微細加工構造であって、前記成分分離手段は、前記精製チャンバに接続された複数のマイクロ流路を備えるキャピラリアレイ電気泳動手段である、微細加工構造。
【請求項１９】
請求項１４に記載の微細加工構造であって、前記配列決定テンプレートは、ＤＮＡまたはＲＮＡの配列決定テンプレートである、微細加工構造。
【請求項２０】
微細加工装置であって、
クローンテンプレートを運ぶマイクロスフィアを受け入れるよう構成され、流入ポートと流出ポートとを有する熱循環チャンバを備え、前記流出ポートは、前記チャンバ内でマイクロスフィアを捕捉して前記熱循環チャンバへのさらなる流入を実質的に遮断するよう構成された狭窄部を備える、微細加工装置。
【請求項２１】
請求項２０に記載の微細加工装置であって、前記狭窄部の形状は、実質的に円形である、微細加工装置。
【請求項２２】
請求項２０に記載の微細加工装置であって、前記狭窄部の形状は、実質的に半円形である、微細加工装置。
【請求項２３】
請求項２０に記載の微細加工装置であって、前記流入ポートとの間で流体が行き来する流入路には、第１の弁が配置されており、前記流出ポートとの間で流体が行き来する流出路には、第２の弁が配置されている、微細加工装置。
【請求項２４】
請求項２０に記載の微細加工装置であって、動作中、前記第２の弁が前記第１の弁より前に閉じられることで、熱循環の前に、マイクロスフィアを、前記狭窄部から前記熱循環チャンバの本体部分の中に移動させる、微細加工装置。
【請求項２５】
請求項２０に記載の微細加工装置であって、さらに、前記熱循環チャンバの前記流出ポートとの間で流体が行き来する精製チャンバと、成分分離装置との間で流体が行き来する前記精製チャンバの出力ポートとを備える、微細加工装置。
【請求項２６】
配列決定を実行するためのシステムであって、
ＤＮＡまたはＲＮＡを断片にせん断する手段と、
前記断片をライゲーションさせて、所望の環状産物と不純物である線形産物との混合物を形成する手段と、
前記不純物である線形産物を選択的に除去する手段と、
１つの配列決定テンプレートの複数のクローン複製物を運ぶマイクロスフィアを生成する手段と、
配列決定テンプレートを有するマイクロスフィアを選択する手段と、
配列決定テンプレートを有する選択されたマイクロスフィアを熱循環チャンバに分配するマイクロ流体分配流路手段と、
統計的に１つの熱循環チャンバに１つだけのマイクロスフィアが流れ込むことを保証する手段と、
前記熱循環チャンバを備え、前記配列決定テンプレートの複数の複製物を運ぶ前記マイクロスフィアから熱循環伸長断片を生成する伸長手段と、
前記伸長断片を捕捉、精製、および、濃縮する精製チャンバ手段と、
前記伸長断片を分析する成分分離手段と、を備える、システム。
【請求項２７】
請求項２６に記載のシステムであって、前記保証手段は、前記熱循環チャンバに配置された自動弁と、光学検出器と、タイミング機構との内の少なくとも１つである、システム。
【請求項２８】
請求項２７に記載のシステムであって、前記光学検出器は、マイクロスフィアからの光を検出する光学スキャナである、システム。
【請求項２９】
請求項２６に記載のシステムであって、前記タイミング機構は、熱循環チャンバの流入口に隣接して配置された弁を備える、システム。
【請求項３０】
ＤＮＡ配列決定を実行するためのシステムであって、
ＤＮＡをＤＮＡ断片にせん断する手段と、
前記ＤＮＡ断片をライゲーションさせて、所望の環状産物と不純物である線形産物との混合物を形成する手段と、
前記不純物である線形産物を選択的に除去するエキソヌクレアーゼ分解手段と、
１つのＤＮＡ配列決定テンプレートの複数のクローン複製物を運ぶマイクロスフィアを生成するエマルジョンＰＣＲ反応手段と、
ＤＮＡ配列決定テンプレートを有するマイクロスフィアを選択する蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）手段と、
ＤＮＡ配列決定テンプレートを有する選択されたマイクロスフィアを熱循環チャンバに分配するマイクロ流体分配流路手段と、
統計的に１つの熱循環チャンバに１つだけのマイクロスフィアが流れ込むことを保証する自動弁手段と、
前記熱循環チャンバを備え、前記ＤＮＡ配列決定テンプレートの複数の複製物を運ぶ前記マイクロスフィアから熱循環伸長断片を生成するサンガー伸長手段と、
前記伸長断片を捕捉、精製、および、濃縮する集積精製チャンバ手段と、
前記伸長断片を分析するキャピラリアレイ電気泳動手段と、を備える、システム。
【請求項３１】
配列決定を実行するための処理であって、
ＤＮＡまたはＲＮＡを断片にせん断する工程と、
前記断片をライゲーションさせて、所望の環状産物と不純物である線形産物との混合物を形成する工程と、
前記不純物である線形産物を選択的に除去する工程と、
配列決定テンプレートの複数のクローン複製物を運ぶマイクロキャリア要素を生成する工程と、
配列決定テンプレートを有するマイクロキャリア要素を選択する工程と、
前記配列決定テンプレートを有する前記マイクロキャリア要素を熱循環チャンバ内に分配する工程と、
前記配列決定テンプレートの複数の複製物を運ぶ前記マイクロキャリア要素から熱循環伸長断片を生成する工程と、
前記伸長断片を捕捉および濃縮する工程と、
前記熱循環伸長断片を分析する工程と、を備える、処理。
【請求項３２】
請求項３１に記載の処理であって、各々がクローン配列決定テンプレートの複数の複製物を運ぶマイクロキャリア要素の前記生成は、マイクロキャリア要素を含むマイクロリアクタ要素の生成を含む、処理。
【請求項３３】
請求項３１に記載の処理であって、前記マイクロキャリア要素は、マイクロスフィアすなわちビーズである、処理。
【請求項３４】
請求項３３に記載の処理であって、前記マイクロリアクタ要素は、ボーラスすなわちマイクロエマルジョン液滴である、処理。
【請求項３５】
請求項３１に記載の処理であって、前記分配工程は、１つの熱循環チャンバに１つだけのマイクロキャリア要素が入るように実行される、処理。
【請求項３６】
請求項３５に記載の処理であって、さらに、前記熱循環チャンバの出口ポートに配置された自動弁を用いて、１つの熱循環チャンバに１つだけのマイクロキャリア要素が流れ込むことを保証する工程を備える、処理。
【請求項３７】
請求項３１に記載の処理であって、前記生成工程は、エマルジョンＰＣＲ反応またはフロースルー型ＰＣＲ処理によって、配列決定テンプレートの複数のクローン複製物を生成する工程を備える、処理。
【請求項３８】
請求項３１に記載の処理であって、前記選択工程は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を含む、処理。
【請求項３９】
ＤＮＡ配列決定を実行するための処理であって、
ＤＮＡをＤＮＡ断片にせん断する工程と、
前記ＤＮＡ断片をライゲーションさせて、所望の環状産物と不純物である線形産物との混合物を形成する工程と、
エキソヌクレアーゼ分解によって、前記不純物である線形産物を選択的に除去する工程と、
エマルジョンＰＣＲ反応によって、ＤＮＡ配列決定テンプレートの複数のクローン複製物を運ぶマイクロスフィアを生成する工程と、
蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）によって、ＤＮＡ配列決定テンプレートを有するマイクロスフィアを選択する工程と、
前記ＤＮＡ配列決定テンプレートを有する前記マイクロスフィアを熱循環チャンバに分配する工程と、
熱循環チャンバの出口ポートに配置された自動弁を用いて、統計的に１つの熱循環チャンバに１つだけのマイクロスフィアが流れ込むことを保証する工程と、
前記ＤＮＡ配列決定テンプレートの複数の複製物を運ぶ前記マイクロスフィアから熱循環伸長断片を生成する工程と、
前記伸長断片を捕捉、精製、および、濃縮する工程と、
前記熱循環伸長断片を分析する工程と、を備える、処理。
【請求項４０】
請求項３９に記載の処理であって、前記捕捉工程は、オリゴヌクレオチド捕捉マトリクスを用いる、処理。
【請求項４１】
配列決定で用いる処理であって、
熱循環チャンバの流入ポートにおいてクローンテンプレートを運ぶマイクロスフィアを受け入れる工程と、
前記チャンバの流出ポートに配置された狭窄部を用いて、前記チャンバ内で前記マイクロスフィアを捕捉して前記チャンバへのさらなる流入を実質的に遮断する工程と、を備える、処理。
【請求項４２】
分析のための方法であって、
配列決定テンプレートを運ぶマイクロスフィアを生成する工程と、
熱循環チャンバの出力ポートに配置された狭窄部を用いて、前記熱循環チャンバ内に前記マイクロスフィアを配置して、前記チャンバへのさらなる流入を実質的に遮断する工程と、を備える、方法。 
【請求項４３】
請求項４２に記載の方法であって、前記熱循環チャンバの流入ポートに、第１の弁が配置されると共に、前記熱循環チャンバの流出ポートに、第２の弁が配置されており、前記第２の弁が前記第１の弁より前に閉じられることで、熱循環の前に、マイクロスフィアを、前記狭窄部から前記熱循環チャンバの本体部分に移動させる、方法。
【請求項４４】
微細加工構造に集積された複数の第２流路と分配流路とを備える前記微細加工構造であって、
（ａ）前記第２流路のそれぞれは、前記分配流路に接続されており、
（ｂ）前記分配流路は、各々が配列決定テンプレートの複数のクローン複製物を運ぶ複数のマイクロキャリア要素を、複数の第２流路に分配するように構成されており、
（ｃ）前記複数の第２流路のそれぞれは、成分分離流路に接続された精製チャンバに接続された熱循環リアクタを備え、
（ｄ）前記熱循環リアクタのそれぞれは、その中に配置されたマイクロキャリア要素から熱循環伸長断片を生成するように構成されており、前記精製チャンバは、前記伸長断片を捕捉および濃縮するように構成されており、前記成分分離流路は、前記伸長断片を、それらの相対的なサイズに基づいて、互いに分離するように構成されており、
（ｅ）前記微細加工構造は、前記分配流路からの前記複数のマイクロキャリア要素の分配の間に１つだけのマイクロキャリア要素が個々の第２流路内に入り得るように、構成されている、
微細加工構造。
【請求項４５】
請求項４４に記載の微細加工構造であって、さらに、
前記分配流路内のマイクロキャリア要素の位置を決定するためのタイミング機構と光学検出器とのうちの少なくとも１つを備える、
微細加工構造
【請求項４６】
請求項４４に記載の微細加工構造であって、さらに、
まだマイクロキャリア要素を含んでいない熱循環リアクタにマイクロキャリア要素が流れ込むことを許容し、既にマイクロキャリア要素を含む熱循環リアクタにマイクロキャリア要素が流れ込むことを防止する弁とタイミング機構とを備える、
微細加工構造。