【手続補正書】
【提出日】令和1年7月18日(2019.7.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子において少なくとも１つの改変染色体配列を含む、非ヒト動物またはその子孫または動物細胞。
【請求項２】
前記改変は、ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子において改変染色体配列を含まない動物、子孫、または細胞のブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス（ＰＲＲＳＶ）による感染に対する感受性と比べて、動物、子孫、または細胞の、ＰＲＲＳＶによる感染に対する感受性を低減させる、請求項１に記載の動物、子孫、または細胞。
【請求項３】
前記改変は、前記動物、子孫、または細胞の１型ＰＲＲＳＶウイルス、２型ＰＲＲＳＶ、または１型および２型ＰＲＲＳＶウイルスの両方に対する感受性を低減させる、および所望により、前記動物、子孫または細胞の、ＮＶＳＬ９７−７８９５、ＫＳ０６−７２１０９、Ｐ１２９、ＶＲ２３３２、ＣＯ９０、ＡＺ２５、ＭＬＶ−ＲｅｓＰＲＲＳ、ＫＳ６２−０６２７４、ＫＳ４８３（ＳＤ２３９８３）、ＣＯ８４、ＳＤ１３−１５、Ｌｅｌｙｓｔａｄ、０３−１０５９、０３−１０６０、ＳＤ０１−０８、４３５３ＰＺ、およびそれらの組み合わせからなる群より選択されるＰＲＲＳＶ分離株に対する感受性を低減させる、請求項２に記載の動物、子孫、または細胞。
【請求項４】
前記動物または子孫は胚、幼若体、または成体であり、または前記細胞は胚細胞、幼若動物由来の細胞、または成体動物由来の細胞を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の動物、子孫、または細胞。
【請求項５】
前記動物または子孫は、ブタ動物を含み、または前記細胞は、ブタ動物由来の細胞を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の動物、子孫、または細胞。
【請求項６】
前記動物または子孫は、遺伝学的に編集された動物または子孫を含み、または前記細胞は、遺伝学的に編集された細胞を含み、前記動物または細胞はホーミングエンドヌクレアーゼ（所望により設計されたホーミングエンドヌクレアーゼ）を用いて遺伝学的に編集されており、所望により、前記ホーミングエンドヌクレアーゼは、クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓシステム、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、リコンビナーゼ融合タンパク質、メガヌクレアーゼ、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の動物、子孫、または細胞。
【請求項７】
前記改変染色体配列は、前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子における挿入、ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子における欠失（所望により、インフレーム欠失）、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の動物、子孫、または細胞。
【請求項８】
前記改変染色体配列により、前記動物、子孫、または細胞による実質的に機能的でないＣＤ１６３タンパク質の産生が得られる、請求項１〜７のいずれか一項に記載の動物、子孫、または細胞。
【請求項９】
前記動物または子孫は、ブタ動物を含み、または前記細胞は、ブタ動物由来の細胞を含み、前記改変染色体配列は、前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子のエクソン７、前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子のエクソン８、前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子のエクソン７またはエクソン８と近接するイントロン、またはそれらの組み合わせにおける改変を含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の動物、子孫、または細胞。
【請求項１０】
前記改変染色体配列はエクソン７におけるインフレーム欠失を含む、請求項９に記載のブタ動物、子孫、または細胞。
【請求項１１】
前記改変染色体配列は、
下記からなる群より選択される改変：
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１３７からヌクレオチド３，１４７までの１１塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４９と３，１５０の間の２塩基対挿入、かつ、同じアレル上での、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，５７３からヌクレオチド２，９４９までの３７７塩基対欠失、所望により、２塩基対挿入は、ジヌクレオチドＡＧの挿入を含む；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，０２４からヌクレオチド３，１４７までの１２４塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，０２４からヌクレオチド３，１４６までの１２３塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４７と３，１４８の間の１塩基対挿入、所望により、１塩基対挿入は、単一アデニン残基の挿入を含む；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，０３０からヌクレオチド３，１５９までの１３０塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，０３０からヌクレオチド３，１６１までの１３２塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド１，５２５からヌクレオチド３，０３０までの１５０６塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４８とヌクレオチド３，１４９の間の７塩基対挿入、所望により、前記７塩基対挿入は配列ＴＡＣＴＡＣＴ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１５）を含む；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，８１８からヌクレオチド４，０９７までの１２８０塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，７２４からヌクレオチド４，０９６までの１３７３塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，４３１からヌクレオチド３，８９７までの１４６７塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド４８８からヌクレオチド２，４１７までの１９３０塩基対欠失であって、前記欠失配列は、ヌクレオチド４８８で始まる１２塩基対挿入で置き換えられ（所望により、１２塩基対挿入は配列ＴＧＴＧＧＡＧＡＡＴＴＣ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１１６）を含む）、ならびに、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，０４４からヌクレオチド３，１７２までのエクソン７におけるさらなる１２９塩基対欠失が存在する、欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４５からヌクレオチド３，１７２までの２８塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４５からヌクレオチド４，５３１までの１３８７塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１１３からヌクレオチド４，４９４までの１３８２塩基対欠失であって、前記欠失配列は、ヌクレオチド３，１１３で始まる１１塩基対挿入で置き換えられる、欠失、所望により、１１塩基対挿入が配列ＡＧＣＣＡＧＣＧＴＧＣ（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：  １１７）を含む；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，４４０からヌクレオチド４，１６０までの１７２０塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，０１５からヌクレオチド３，４６６までの４５２塩基対欠失；
およびそれらの組み合わせ、
を含む、請求項９に記載のブタ動物、子孫、または細胞。
【請求項１２】
前記挿入または欠失は、
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４９と３，１５０の間の前記２塩基対挿入、かつ、同じアレルでの、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，５７３からヌクレオチド２，９４９までの前記３７７塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４５からヌクレオチド３，１７２までの前記２８塩基対欠失；
参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，０１５からヌクレオチド３，４６６までの前記４５２塩基対欠失；
およびそれらの組み合わせ
からなる群より選択される、請求項１１に記載のブタ動物、子孫、または細胞。
【請求項１３】
前記動物、子孫、または細胞は、
（ａ）前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４８とヌクレオチド３，１４９の間の前記７塩基対挿入；および
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１３７からヌクレオチド３，１４７までの前記１１塩基対欠失；
（ｂ）前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４８とヌクレオチド３，１４９の間の前記７塩基対挿入；および
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１１３からヌクレオチド４，４９４までの前記１３８２塩基対欠失であって、前記欠失配列は、ヌクレオチド３，１１３で始まる１１塩基対挿入で置き換えられる、欠失；
（ｃ）前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，８１８からヌクレオチド４，０９７までの前記１２８０塩基対欠失；および
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１３７からヌクレオチド３，１４７までの前記１１塩基対欠失；
（ｄ）  前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，８１８からヌクレオチド４，０９７までの前記１２８０塩基対欠失；および
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４９と３，１５０の間の前記２塩基対挿入、かつ、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，５７３からヌクレオチド２，９４９までの前記３７７塩基対欠失；
（ｅ）  前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド４８８からヌクレオチド２，４１７までの前記１９３０塩基対欠失であって、前記欠失配列は、ヌクレオチド４８８で始まる１２塩基対挿入で置き換えられ、ならびに、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，０４４からヌクレオチド３，１７２までのエクソン７におけるさらなる１２９塩基対欠失が存在する、欠失；および
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４９と３，１５０の間の前記２塩基対挿入、かつ、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，５７３からヌクレオチド２，９４９までの前記３７７塩基対欠失；および
（ｆ）前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド４８８からヌクレオチド２，４１７までの前記１９３０塩基対欠失であって、前記欠失配列は、ヌクレオチド４８８で始まる１２塩基対挿入で置き換えられ、ならびに、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，０４４からヌクレオチド３，１７２までのエクソン７におけるさらなる１２９塩基対欠失が存在する、欠失；および
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１３７からヌクレオチド３，１４７までの前記１１塩基対欠失；
（ｇ）前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，４３１からヌクレオチド３，８９７までの前記１４６７塩基対欠失；および
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４９と３，１５０の間の前記２塩基対挿入、かつ、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，５７３からヌクレオチド２，９４９までの前記３７７塩基対欠失；
（ｈ）前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，４３１からヌクレオチド３，８９７までの前記１４６７塩基対欠失；および
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１３７からヌクレオチド３，１４７までの前記１１塩基対欠失；
（ｉ）前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１３７からヌクレオチド３，１４７までの前記１１塩基対欠失；
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４９と３，１５０の間の前記２塩基対挿入、かつ、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド２，５７３からヌクレオチド２，９４９までの前記３７７塩基対欠失；または
（ｊ）前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の１つのアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４５からヌクレオチド３，１７２までの前記２８塩基対欠失；および
前記ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子の他のアレルにおいて、参照配列ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７と比べて、ヌクレオチド３，１４５からヌクレオチド４，５３１までの前記１３８７塩基対欠失
を含む、請求項１１に記載のブタ動物、子孫、または細胞。
【請求項１４】
前記動物、子孫、または細胞は、前記挿入または欠失の外側の前記染色体配列の領域において、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４７に対して少なくとも８０％配列同一性を有する染色体配列を含む、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載のブタ動物、子孫、または細胞。
【請求項１５】
前記動物、子孫、または細胞はＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、または１１９を含む染色体配列を含む、請求項１１〜１４のいずれか一項に記載のブタ動物、子孫、または細胞。
【請求項１６】
前記細胞は、精細胞、卵細胞（所望により、受精卵）、または体細胞（所望により、線維芽細胞）を含む群から選択される、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の細胞。
【請求項１７】
ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子における改変染色体配列を卵母細胞および精細胞の少なくとも１つに導入するように、卵母細胞または精細胞を遺伝子改変させ、前記卵母細胞を前記精細胞と受精させ、ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子における前記改変染色体配列を含む受精卵を作製すること；または
ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子における改変染色体配列を前記受精卵に導入するように、受精卵を遺伝子改変させること；
前記受精卵を代理雌動物に移植することであって、妊娠および正期産により子孫動物が産生されること；
前記子孫動物を病原体に対する感受性についてスクリーニングすること；および
ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子において改変染色体配列を含まない動物と比べて、前記病原体に対する感受性が低減した子孫動物を選択すること
を含む、病原体による感染に対する感受性が低減した動物または系統を作製するための繁殖方法。
【請求項１８】
ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子由来の少なくとも１つの染色体配列を遺伝学的に編集し、よって、ＣＤ１６３タンパク質をコードする遺伝子において編集染色体配列を含まない家畜動物におけるＣＤ６３タンパク質産生または活性と比べて、ＣＤ１６３タンパク質産生または活性が低減されるようにすることを含む、家畜動物の病原体の感染に対する抵抗性を増加させる方法。