【手続補正書】
【提出日】令和1年8月22日(2019.8.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
相補性決定領域(CDR)：HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2及びLCDR3のセットを含む、MrkAに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片であって、
HCDR1が配列番号１、４、２９、３２、３５又は３８のアミノ酸配列を有し、
HCDR2が配列番号２、５、３０、３３、３６又は３９のアミノ酸配列を有し、
HCDR3が配列番号３、６、３１、３４、３７又は４０のアミノ酸配列を有し、
LCDR1が配列番号７、１０、４１、４４、４７又は５０のアミノ酸配列を有し、
LCDR2が配列番号８、１１、４２、４５、４８又は５１のアミノ酸配列を有し、且つ、
LCDR3が配列番号９、１２、４３、４６、４９又は５２のアミノ酸配列を有する、
前記単離抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項２】
配列番号１３、１４、５３、５４、５５又は５６を含むVH、及び
配列番号１５、１６、５７、５８、５９又は６０を含むVL
を含む、請求項１記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項３】
配列番号１７のアミノ酸1〜40及び171〜202中のエピトープに結合するか；又はMrkA(配列番号１７)に結合するが、配列番号２６若しくは配列番号２７のいずれにも結合しない、MrkAに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項４】
オリゴマーMrkAに結合する、請求項１〜３のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項５】
オリゴマーMrkAに特異的に結合するが、単量体MrkAに結合しない、請求項１〜４のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項６】
マウス、非ヒト、ヒト化、キメラ、リサーフェシング又はヒトである、請求項１〜５のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項７】
抗体である、請求項１〜６のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項８】
抗体の抗原結合断片である、請求項１〜６のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項９】
モノクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体又はそれらの抗原結合断片である、請求項１〜８のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１０】
Fab、Fab'、F(ab')2、Fd、単鎖Fv若しくはscFv、ジスルフィド連結Fv、V-NARドメイン、IgNar、イントラボディ、IgGΔCH2、ミニボディ、F(ab')3、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、シングルドメイン抗体、DVD-Ig、Fcab、mAb2、(scFv)2又はscFv-Fcを含む、請求項１〜９のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１１】
1.0〜10nMのKdでMrkAに結合する、請求項１〜１０のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１２】
1.0nM以下のKdでMrkAに結合する、請求項１〜１０のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１３】
結合親和性がフローサイトメトリー、表面プラズモン共鳴、動的排除アッセイ(kinetic exclusion assay)、ラジオイムノアッセイ又はバイオレイヤー干渉法(BLI)によって測定される、請求項１１又は１２記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１４】
(a)IgA定常ドメイン、
(b)IgD定常ドメイン、
(c)IgE定常ドメイン、
(d)IgG1定常ドメイン、
(e)IgG2定常ドメイン、
(f)IgG3定常ドメイン、
(g)IgG4定常ドメイン、及び
(h)IgM定常ドメイン
から成る群より選択される重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む、請求項１〜１３のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１５】
(a)Igカッパ定常ドメイン、及び
(b)Igラムダ定常ドメイン
から成る群より選択される軽鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む、請求項１〜１３のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１６】
ヒトIgG1定常ドメイン及びヒトラムダ定常ドメインを含む、請求項１４又は１５記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１７】
IgG1定常ドメインを含む、請求項１〜１３のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１８】
IgG1/IgG3キメラ定常ドメインを含む、請求項１〜１３のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項１９】
請求項１〜１８のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片を産生するハイブリドーマ。
【請求項２０】
請求項１〜１８のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片を産生する単離宿主細胞。
【請求項２１】
請求項１〜１８のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片を作製する方法であって、
(a)前記抗原結合タンパク質又はその断片を発現する宿主細胞を培養するステップ、及び
(b)前記抗原結合タンパク質又はその断片を前記培養宿主細胞から単離するステップ
を含む、前記方法。
【請求項２２】
請求項２１記載の方法を使用して産生される抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片。
【請求項２３】
請求項１〜１８又は２２のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片と薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物であって、前記薬学的に許容可能な賦形剤が保存剤、安定剤又は酸化防止剤であってもよい、前記医薬組成物。
【請求項２４】
医薬として使用される、請求項２３記載の医薬組成物。
【請求項２５】
クレブシエラ感染症に関連する状態の治療又は予防方法において使用するための、請求項１〜１８若しくは２２のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質若しくはその抗原結合断片又は請求項２３若しくは２４記載の医薬組成物であって、前記方法において抗生物質がまた投与されてもよい、前記抗原結合タンパク質若しくはその抗原結合断片又は医薬組成物。
【請求項２６】
前記状態が、肺炎、尿路感染症、敗血症、新生児敗血症、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍(PLA)、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎及び脊椎関節症から成る群より選択され、前記状態が院内感染症であってもよい、請求項２５記載の使用のための抗原結合タンパク質若しくはその抗原結合断片又は医薬組成物。
【請求項２７】
前記クレブシエラが肺炎桿菌、K.オキシトカ、K.プランチコラ及び/又はK.グラニュロマティスであり、前記クレブシエラがセファロスポリン、アミノグリコシド、キノロン、及び/又はカルバペネムに対して抵抗性であってもよい、請求項２５又は２６記載の使用のための抗原結合タンパク質若しくはその抗原結合断片又は医薬組成物。
【請求項２８】
請求項１〜１８又は２２のいずれか１項記載の抗原結合タンパク質又はその抗原結合断片をコードする単離核酸分子。
【請求項２９】
配列番号１３、１４、５３、５４、５５及び５６から成る群より選択される重鎖可変領域(VH)配列；又は配列番号１５、１６、５７、５８、５９及び６０から成る群より選択される軽鎖可変領域(VL)配列をコードする単離核酸分子。
【請求項３０】
制御配列に作動可能に連結される、請求項２８又は２９記載の核酸分子。
【請求項３１】
請求項２８〜３０のいずれか１項記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項３２】
請求項２８〜３０のいずれか１項記載の核酸分子又は請求項３１記載のベクターで形質転換された宿主細胞であって、哺乳類宿主細胞であってもよく、NS0マウス骨髄腫細胞、PER.C6(登録商標)ヒト細胞又はチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞であってもよい、前記宿主細胞。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２８３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２８３】
いくつかの実施形態では、産生の方法が、宿主細胞またはハイブリドーマから産生される抗原結合タンパク質（抗体もしくはその抗原結合断片を含む）、ＭｒｋＡポリペプチド、または免疫原性断片を単離および／または精製するステップをさらに含む。
以下、本発明の実施形態を示す。
（１）ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、ａ）少なくとも２つの肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）血清型に結合するか、ｂ）肺炎桿菌のオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導するか、またはｃ）少なくとも２つの肺炎桿菌血清型に結合し、かつ肺炎桿菌のＯＰＫを誘導する、単離抗原結合タンパク質。
（２）Ｏ１：Ｋ２、Ｏ１：Ｋ７９、Ｏ２ａ：Ｋ２８、Ｏ５：Ｋ５７、Ｏ３：Ｋ５８、Ｏ３：Ｋ１１、Ｏ３：Ｋ２５、Ｏ４：Ｋ１５、Ｏ５：Ｋ６１、Ｏ７：Ｋ６７、およびＯ１２：Ｋ８０からなる群から選択される、少なくとも２つの肺炎桿菌血清型に結合する、（１）に記載の抗原結合タンパク質。
（３）Ｏ１：Ｋ２、Ｏ１：Ｋ７９、Ｏ２ａ：Ｋ２８、Ｏ５：Ｋ５７、Ｏ３：Ｋ５８、Ｏ３：Ｋ１１、Ｏ３：Ｋ２５、Ｏ４：Ｋ１５、Ｏ５：Ｋ６１、Ｏ７：Ｋ６７、およびＯ１２：Ｋ８０からなる群から選択される、少なくとも１つまたは２つの肺炎桿菌血清型においてＯＰＫを誘導する、（１）または（２）に記載の抗原結合タンパク質。
（４）生物発光ＯＰＫアッセイを使用して測定されるように、肺炎桿菌株９１４８（Ｏ２ａ：Ｋ２８）、９１７８（Ｏ３：Ｋ５８）、および９１３５（Ｏ４：Ｋ１５）において１００％のＯＰＫを誘導し、かつ／または肺炎桿菌株２９０１１（Ｏ１：Ｋ２）において８０％のＯＰＫを誘導する、（３）に記載の抗原結合タンパク質。
（５）Ｋｐ２９０１１、Ｋｐ９１７８、およびＫｐ４３８１６からなる群から選択される肺炎桿菌株に暴露された動物において延命効果を与える、（１）〜（４）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（６）クレブシエラバイオフィルム形成を阻害するかまたは低下させる、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（７）クレブシエラ細胞吸着を阻害するかまたは低下させる、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（８）相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、
ＨＣＤＲ１が配列番号１のアミノ酸配列を有し、
ＨＣＤＲ２が配列番号２のアミノ酸配列を有し、
ＨＣＤＲ３が配列番号３のアミノ酸配列を有し、
ＬＣＤＲ１が配列番号７のアミノ酸配列を有し、
ＬＣＤＲ２が配列番号８のアミノ酸配列を有し、および
ＬＣＤＲ３が配列番号９のアミノ酸配列を有する、単離抗原結合タンパク質。
（９）配列番号１３と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および／または配列番号１５と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（１０）配列番号１３を含むＶＨおよび配列番号１５を含むＶＬを含む、（９）に記載の抗原結合タンパク質。
（１１）配列番号１３を含むＶＨを含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（１２）配列番号１５を含むＶＬを含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（１３）相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質であって、
ＨＣＤＲ１が配列番号４のアミノ酸配列を有し、
ＨＣＤＲ２が配列番号５のアミノ酸配列を有し、
ＨＣＤＲ３が配列番号６のアミノ酸配列を有し、
ＬＣＤＲ１が配列番号１０のアミノ酸配列を有し、
ＬＣＤＲ２が配列番号１１のアミノ酸配列を有し、および
ＬＣＤＲ３が配列番号１２のアミノ酸配列を有する、単離抗原結合タンパク質。
（１４）配列番号１４と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および／または配列番号１６と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（１５）配列番号１４を含むＶＨおよび配列番号１６を含むＶＬを含む、（１４）に記載の抗原結合タンパク質。
（１６）配列番号１４を含むＶＨを含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（１７）配列番号１６を含むＶＬを含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（１８）配列番号１７のアミノ酸１〜４０および１７１〜２０２中のエピトープに結合する、（１）〜（１７）のいずれか一に記載の単離抗原結合タンパク質。
（１９）ＭｒｋＡ（配列番号１７）に特異的に結合するが、配列番号２６または配列番号２７のいずれにも結合しない、（１）〜（１８）のいずれか一に記載の単離抗原結合タンパク質。
（２０）配列番号１７のアミノ酸１〜４０および１７１〜２０２中のエピトープに結合する、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（２１）ＭｒｋＡ（配列番号１７）に特異的に結合するが、配列番号２６または配列番号２７のいずれにも結合しない単離抗原結合タンパク質。
（２２）（ｉ）それぞれ配列番号２９〜３１および４１〜４３、
（ｉｉ）それぞれ配列番号３２〜３４および４４〜４６、
（ｉｉｉ）それぞれ配列番号３５〜３７および４７〜４９、ならびに
（ｉｖ）それぞれ配列番号３８〜４０および５０〜５２
からなる群から選択される相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３のセットを含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（２３）配列番号５３、５４、５５、もしくは５６と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な重鎖可変領域（ＶＨ）および／または配列番号５７、５８、５９、もしくは６０と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％同一な軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（２４）配列番号５３、５４、５５、または５６を含むＶＨおよび配列番号５７、５８、５９、または６０を含むＶＬを含む、（２３）に記載の抗原結合タンパク質。
（２５）配列番号５３、５４、５５、または５６を含むＶＨを含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（２６）配列番号５７、５８、５９、または６０を含むＶＬを含む、ＭｒｋＡに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（２７）（ａ）配列番号１３を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号１５を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、
（ｂ）配列番号１４を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号１６を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、
（ｃ）配列番号５３を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号５７を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、
（ｄ）配列番号５４を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号５８を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、
（ｅ）配列番号５５を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号５９を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、ならびに
（ｆ）配列番号５６を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号６０を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片
からなる群から選択される抗体と同じＭｒｋＡエピトープに特異的に結合する単離抗原結合タンパク質。
（２８）ＭｒｋＡへの参照抗体の結合を競合的に阻害する単離抗原結合タンパク質であって、前記参照抗体が、
（ａ）配列番号１３を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号１５を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、
（ｂ）配列番号１４を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号１６を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、
（ｃ）配列番号５３を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号５７を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、
（ｄ）配列番号５４を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号５８を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、
（ｅ）配列番号５５を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号５９を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片、ならびに
（ｆ）配列番号５６を含む重鎖可変領域（ＶＨ）および配列番号６０を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む抗体またはその抗原結合断片
からなる群から選択される、単離抗原結合タンパク質。
（２９）前記抗原結合タンパク質またはその抗原結合断片がオリゴマーＭｒｋＡに結合する、（１）〜（２８）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（３０）オリゴマーＭｒｋＡに特異的に結合するが、単量体ＭｒｋＡに結合しない単離抗原結合タンパク質。
（３１）マウス、非ヒト、ヒト化、キメラ、リサーフェシング、またはヒトである、（１）〜（３０）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（３２）抗体である、（１）〜（３１）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（３３）抗体の抗原結合断片である、（１）〜（３１）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（３４）モノクローナル抗体、組換え抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、多重特異性抗体、またはその抗原結合断片である、（１）〜（３３）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（３５）Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、単鎖ＦｖもしくはｓｃＦｖ、ジスルフィド連結Ｆｖ、Ｖ−ＮＡＲドメイン、ＩｇＮａｒ、イントラボディ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、シングルドメイン抗体、ＤＶＤ−Ｉｇ、Ｆｃａｂ、ｍＡｂ２、（ｓｃＦｖ）２、またはｓｃＦｖ−Ｆｃを含む、（１）〜（３４）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（３６）約１．０〜約１０ｎＭのＫｄでＭｒｋＡに結合する、（１）〜（３５）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（３７）１．０ｎＭ以下のＫｄでＭｒｋＡに結合する、（１）〜（３５）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（３８）結合親和性がフローサイトメトリー、Ｂｉａｃｏｒｅ、ＫｉｎＥｘａ、ラジオイムノアッセイ、またはバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって測定される、（３６）または（３７）に記載の抗原結合タンパク質。
（３９）ａ）少なくとも２つの肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）血清型に結合するか、ｂ）肺炎桿菌のオプソニン作用による死滅（ＯＰＫ）を誘導するか、またはｃ）少なくとも２つの肺炎桿菌血清型に結合し、かつ肺炎桿菌のＯＰＫを誘導する、（６）〜（３８）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質。
（４０）前記抗原結合タンパク質がクレブシエラバイオフィルム形成を阻害するかまたは低下させる、（１）〜（５）または（７）〜（３９）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体。
（４１）前記抗原結合タンパク質がクレブシエラ細胞吸着を阻害するかまたは低下させる、（１）〜（６）または（８）〜（４０）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体。
（４２）（ａ）ＩｇＡ定常ドメイン、
（ｂ）ＩｇＤ定常ドメイン、
（ｃ）ＩｇＥ定常ドメイン、
（ｄ）ＩｇＧ１定常ドメイン、
（ｅ）ＩｇＧ２定常ドメイン、
（ｆ）ＩｇＧ３定常ドメイン、
（ｇ）ＩｇＧ４定常ドメイン、および
（ｈ）ＩｇＭ定常ドメイン
からなる群から選択される重鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む、（１）〜（４１）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体。
（４３）前記抗原結合タンパク質が、
（ａ）Ｉｇカッパ定常ドメイン、および
（ｂ）Ｉｇラムダ定常ドメイン
からなる群から選択される軽鎖免疫グロブリン定常ドメインを含む、（１）〜（４１）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体。
（４４）前記抗原結合タンパク質がヒトＩｇＧ１定常ドメインおよびヒトラムダ定常ドメインを含む、（４２）または（４３）に記載の抗原結合タンパク質または抗体。
（４５）前記抗原結合タンパク質がＩｇＧ１定常ドメインを含む、（１）〜（４１）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体。
（４６）前記抗原結合タンパク質がＩｇＧ１／ＩｇＧ３キメラ定常ドメインを含む、（１）〜（４１）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体。
（４７）（１）〜（４６）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体を産生するハイブリドーマ。
（４８）（１）〜（４６）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体を産生する単離宿主細胞。
（４９）（１）〜（４６）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体を作製する方法であって、（ａ）前記抗原結合タンパク質または抗体を発現する宿主細胞を培養するステップ、および（ｂ）前記抗原結合タンパク質または抗体を前記培養宿主細胞から単離するステップを含む方法。
（５０）（４９）に記載の方法を使用して産生される抗原結合タンパク質または抗体。
（５１）（１）〜（４６）または（５０）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体および薬学的に許容可能な賦形剤を含む医薬組成物。
（５２）前記薬学的に許容可能な賦形剤が保存剤、安定剤、または酸化防止剤である、（５１）に記載の医薬組成物。
（５３）医薬として使用される、（５１）に記載の医薬組成物。
（５４）標識基またはエフェクター基をさらに含む、（１）〜（４６）もしくは（４９）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質もしくは抗体または（５１）〜（５３）のいずれか一に記載の医薬組成物。
（５５）前記標識基が、同位体標識、磁気標識、レドックス活性成分、光学色素、ビオチン化基、ビオチンシグナル伝達ペプチド、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）、シアン蛍光タンパク質（ＣＦＰ）、および黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）などの蛍光成分、ならびにヒスチジンペプチド（ｈｉｓ）、ヘマグルチニン（ＨＡ）、金結合ペプチド、およびＦｌａｇなどの二次レポーターによって認識されるポリペプチドエピトープからなる群から選択される、（５４）に記載の抗原結合タンパク質、抗体、または医薬組成物。
（５６）前記エフェクター基が、放射性同位体、放射性核種、毒素、治療薬、および化学療法剤からなる群から選択される、（５４）に記載の抗原結合タンパク質、抗体、または医薬組成物。
（５７）クレブシエラ感染症に関連する状態を治療または予防するための、（１）〜（４６）または（５０）〜（５６）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質、抗体、または医薬組成物の使用。
（５８）クレブシエラ感染症に関連する状態の治療、予防、または回復を、それを必要としている対象において行う方法であって、有効量の（１）〜（４６）または（５０）〜（５６）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質、抗体、または医薬組成物を前記対象に投与するステップを含む方法。
（５９）対象におけるクレブシエラの増殖を阻害する方法であって、（１）〜（４６）または（５０）〜（５６）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質、抗体、または医薬組成物を、それを必要としている対象に投与するステップを含む方法。
（６０）クレブシエラ感染症に関連する状態の治療、予防、または回復を、それを必要としている対象において行う方法であって、有効量の抗ＭｒｋＡ抗体またはその抗原結合断片を前記対象に投与するステップを含む方法。
（６１）対象におけるクレブシエラの増殖を阻害する方法であって、有効量の抗ＭｒｋＡ抗体またはその抗原結合断片を、それを必要としている対象に投与するステップを含む方法。
（６２）前記抗ＭｒｋＡ抗体またはその抗原結合断片が肺炎桿菌、Ｋ．オキシトカ、Ｋ．プランチコラ、および／またはＫ．グラニュロマティスＭｒｋＡに特異的に結合する、（６１）に記載の方法。
（６３）前記抗ＭｒｋＡ抗体またはその抗原結合断片が肺炎桿菌ＭｒｋＡに特異的に結合する、（６２）に記載の方法。
（６４）前記状態が、肺炎、尿路感染症、敗血症、新生児敗血症、下痢、軟部組織感染症、臓器移植後の感染症、外科手術による感染症、創傷感染症、肺感染症、化膿性肝膿瘍（ＰＬＡ）、眼内炎、髄膜炎、壊死性髄膜炎、強直性脊椎炎、および脊椎関節症からなる群から選択される、（５７）、（５８）または（６０）のいずれか一に記載の使用または方法。
（６５）前記状態が院内感染症である、（５７）、（５８）、（６０）または（６４）のいずれか一に記載の使用または方法。
（６６）前記クレブシエラが肺炎桿菌、Ｋ．オキシトカ、Ｋ．プランチコラ、および／またはＫ．グラニュロマティスである、（５７）〜（６５）のいずれか一に記載の使用または方法。
（６７）前記クレブシエラがセファロスポリン、アミノグリコシド、キノロン、および／またはカルバペネムに対して抵抗性である、（５７）〜（６６）のいずれか一に記載の使用または方法。
（６８）抗生物質を投与するステップをさらに含む、（５８）〜（６７）のいずれか一に記載の方法。
（６９）前記抗生物質がカルバペネムまたはコリスチンである、（６８）に記載の方法。
（７０）（１）〜（４６）または（５０）のいずれか一に記載の抗原結合タンパク質または抗体をコードする単離核酸分子。
（７１）配列番号１３、１４、５３、５４、５５、および５６からなる群から選択される重鎖可変領域（ＶＨ）配列をコードする単離核酸分子。
（７２）配列番号１５、１６、５７、５８、５９、および６０からなる群から選択される軽鎖可変領域（ＶＬ）配列をコードする単離核酸分子。
（７３）制御配列に作動可能に連結される、（７０）〜（７２）のいずれか一に記載の核酸分子。
（７４）（７０）〜（７３）のいずれか一に記載の核酸分子を含むベクター。
（７５）（７０）〜（７３）のいずれか一に記載の核酸分子または（７４）に記載のベクターで形質転換された宿主細胞。
（７６）（７１）に記載の核酸ならびに配列番号１５、１６、５７、５８、５９、および６０からなる群から選択されるＶＬ配列をコードする核酸分子で形質転換された宿主細胞。
（７７）哺乳類宿主細胞である、（７５）または（７６）に記載の宿主細胞。
（７８）ＮＳ０マウス骨髄腫細胞、ＰＥＲ．Ｃ６（登録商標）ヒト細胞、またはチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞である、（７７）に記載の哺乳類宿主細胞。
（７９）ＭｒｋＡ、その免疫原性断片、またはＭｒｋＡもしくはその免疫原性断片をコードするポリヌクレオチドを含む医薬組成物。
（８０）ＭｒｋＡ、その免疫原性断片、またはＭｒｋＡもしくはその免疫原性断片をコードするポリヌクレオチドを含むワクチン。
（８１）免疫学的有効量の前記ＭｒｋＡ、その免疫原性断片、またはＭｒｋＡもしくはその免疫原性断片をコードするポリヌクレオチドを含む、（７９）または（８０）に記載の医薬組成物またはワクチン。
（８２）アジュバントを含む、（７９）〜（８１）のいずれか一に記載の医薬組成物またはワクチン。
（８３）前記ＭｒｋＡまたはその免疫原性断片が単量体である、（７９）〜（８２）のいずれか一に記載の医薬組成物またはワクチン。
（８４）前記ＭｒｋＡまたはその免疫原性断片がオリゴマーである、（７９）〜（８２）のいずれか一に記載の医薬組成物またはワクチン。
（８５）前記ＭｒｋＡが肺炎桿菌ＭｒｋＡである、（７９）〜（８４）のいずれか一に記載の医薬組成物またはワクチン。
（８６）前記ＭｒｋＡもしくはその免疫原性断片が、配列番号１７において示される配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％同一な配列を含むか、またはＭｒｋＡもしくはその免疫原性断片をコードする前記ポリヌクレオチドが、配列番号１７において示される前記配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％同一な配列をコードする、（７９）〜（８４）のいずれか一に記載の医薬組成物またはワクチン。
（８７）前記ＭｒｋＡもしくはその免疫原性断片が、配列番号１７において示される配列を含むか、またはＭｒｋＡもしくはその免疫原性断片をコードする前記ポリヌクレオチドが、配列番号１７において示される前記配列をコードする、（７９）〜（８４）のいずれか一に記載の医薬組成物またはワクチン。
（８８）対象においてクレブシエラに対する免疫応答を誘導する方法であって、（７９）〜（８７）のいずれか一に記載の医薬組成物またはワクチンを前記対象に投与するステップを含む方法。
（８９）前記免疫応答が抗体応答を含む、（８８）に記載の方法。
（９０）前記免疫応答が細胞媒介性免疫応答を含む、（８８）に記載の方法。
（９１）前記免疫応答が細胞媒介性免疫応答および抗体応答を含む、（８８）に記載の方法。
（９２）前記免疫応答が粘膜免疫応答である、（８８）〜（９１）のいずれか一に記載の方法。
（９３）前記免疫応答が防御免疫応答である、（８８）に記載の方法。
（９４）クレブシエラに対して対象にワクチン接種する方法であって、（７９）〜（８７）のいずれか一に記載の医薬組成物またはワクチンを前記対象に投与するステップを含む方法。
（９５）クレブシエラ感染症に関連する状態の治療、予防、またはその発生率の低下を、それを必要としている対象において行う方法であって、ＭｒｋＡ、その免疫原性断片、またはＭｒｋＡもしくはその免疫原性断片をコードするポリヌクレオチドを前記対象に投与するステップを含む方法。
（９６）対象におけるクレブシエラの増殖を阻害する方法であって、ＭｒｋＡ、その免疫原性断片、またはＭｒｋＡもしくはその免疫原性断片をコードするポリヌクレオチドを、それを必要としている対象に投与するステップを含む方法。
（９７）前記クレブシエラが肺炎桿菌、Ｋ．オキシトカ、Ｋ．プランチコラ、および／またはＫ．グラニュロマティスである、（８８）〜（９６）のいずれか一に記載の方法。
（９８）前記クレブシエラが肺炎桿菌である、（９７）に記載の方法。
（９９）前記ＭｒｋＡまたはその免疫原性断片が単量体である、（９５）〜（９８）のいずれか一に記載の方法。
（１００）前記ＭｒｋＡまたはその免疫原性断片がオリゴマーである、（９５）〜（９８）のいずれか一に記載の方法。
（１０１）前記ＭｒｋＡが肺炎桿菌ＭｒｋＡである、（９５）〜（１００）のいずれか一に記載の方法。