【手続補正書】
【提出日】平成20年4月11日(2008.4.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  細胞における遺伝子発現を分析するために１セットの核酸を選択する方法であって、該方法は、以下：
ａ）複数の核酸配列を含むデータベースを提供する工程であって、該核酸配列の各々が、タンパク質コード配列の全長または部分長、ならびに該タンパク質コード配列の下流に隣接している３’非翻訳領域配列を含む、工程；
ｂ）３’非翻訳領域（ＵＴＲ）の上流に隣接して位置する１セットのタンパク質コード配列を同定することによって、該データベースから該タンパク質コード配列を抽出する工程であって、該３’非翻訳領域（ＵＴＲ）が、以下の標的配列：
ｉ）第一標的配列ＷＵ／Ｔ（ＡＵ／ＴＵ／ＴＵ／ＴＡ）Ｕ／ＴＷＷＷであって、ここでこの括弧の外側のヌクレオチドが、異なるヌクレオチドで置換されていないか、またはそのうち１つが異なるヌクレオチドで置換されており、ここでＷがＡ，Ｕ、もしくはＴを示す、第一標的配列；または
ｉｉ）第二標的配列Ｕ／Ｔ（ＡＵ／ＴＵ／ＴＵ／Ｔ）ｎであって、ここでｎは、該第二標的配列がこの括弧内の四量体配列のうち３〜１２を含むことを示す、第二標的配列、
の１つを含む、工程、
を包含する、方法。
【請求項２】  前記データベースが、ｍＲＮＡ配列、ｃＤＮＡ配列、またはその両方を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記データベースがゲノム配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】  前記データベースがゲノム配列を含む、請求項１に記載の方法であって、該方法はさらに、前記セットから、前記３’ＵＴＲ以外の領域において標的配列を有する遺伝子の前記タンパク質コード配列を除外する工程、
を包含する、方法。
【請求項５】  細胞における遺伝子発現を分析するための核酸分子のライブラリーを調製する方法であって、以下：
ａ）２つ以上の核酸分子の群を獲得する工程であって、ここで該核酸分子のタンパク質コード配列は、請求項１に記載の方法によって選択され、該核酸分子の各々の該タンパク質コード配列は、該群における他の核酸分子のタンパク質コード配列とは異なる、工程、および
ｂ）該核酸分子の各々を別々の核酸ベクターに組み込んで該ライブラリーを提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項６】  前記核酸分子を配列決定する工程をさらに包含する、請求項５に記載の方法。
【請求項７】  請求項５に記載の方法によって調製された、核酸ライブラリー。
【請求項８】  細胞中のＡＲＥ遺伝子の発現を分析するための、カスタマイズされたアレイを調製する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項１に記載の方法によって選択した複数の前記核酸分子の前記タンパク質コード配列を決定する工程；
（ｂ）該核酸分子の各々についての遺伝子プローブを固体支持体に結合させて該アレイを提供する工程、
を包含し、
ここで該プローブの各々が、該タンパク質コード配列またはその相補体内の標的領域に対して、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、
ここで、該プローブの各々が、ヌクレオチドを含む、オリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ分子、または合成遺伝子プローブである、方法。
【請求項９】  請求項８に記載の方法によって調製された、カスタマイズされたアレイ。
【請求項１０】  ３’非翻訳領域がＡＲＥ配列を含む遺伝子の開始領域に標的化されたプライマーセットを同定するための方法であって、以下：
ａ）複数の遺伝子のタンパク質コード配列の開始コドンを位置付ける工程であって、該遺伝子の３’ＵＴＲが以下の標的配列：
ｉ）第一標的配列ＷＵ／Ｔ（ＡＵ／ＴＵ／ＴＵ／ＴＡ）Ｕ／ＴＷＷＷ（配列番号１）であって、ここでこの括弧の外側の該ヌクレオチドが、異なるヌクレオチドで置換されていないか、またはそのうち１つが異なるヌクレオチドで置換されており、ここでＷがＡ，Ｕ、もしくはＴを示す、第一標的配列；または
ｉｉ）第二標的配列Ｕ／Ｔ（ＡＵ／ＴＵ／ＴＵ／Ｔ）ｎ（配列番号２）であって、ここでｎは、該第二標的配列がこの括弧内の四量体配列のうち３〜１２を含むことを示す、第二標的配列、
のうち１つを含む、工程；
ｂ）該遺伝子を以下：
ｉ）開始コドンが３’末端に結合されたＡを有するＡＴＧａ遺伝子、および
ｉｉ）開始コドンが３’末端に結合されたＣを有するＡＴＧｃ遺伝子、
ｉｉｉ）開始コドンが３’末端に結合されたＧを有するＡＴＧｇ遺伝子、
ｉｖ）開始コドンが３’末端に結合されたＴを有するＡＴＧｔ遺伝子、
からなる群より選択されるクラスにグループ分けする工程；ならびに
ｃ）該開始コドンの直ぐ上流に位置する９ヌクレオチド、および該開始コドンの直ぐ下流に位置する該ヌクレオチドを分析することによって該クラスの各々についてのコンセンサス配列を構築する工程、
を包含し、
ここで該コンセンサス配列の各々は１３ヌクレオチド長であり、
該コンセンサス配列の各々は、関連のクラスにおける遺伝子の少なくとも７５％を包含し、そして
該４つのコンセンサス配列の各々によって包含される該オリゴヌクレオチドが１つのプライマーセットである、
方法。
【請求項１１】  ＡＲＥ遺伝子転写物を選択的に増幅する方法であって、該方法は、以下：
ａ）オリゴｄＴプライマーおよび逆転写酵素を用いて、１つ以上のＡＲＥ遺伝子を発現する細胞から得たＲＮＡ分子を逆転写して、一本鎖ＤＮＡ分子のプールを提供する工程；
ｂ）ポリメラーゼ連鎖反応によって、該プール内のＡＲＥ含有ＤＮＡ分子の一部を増幅する工程であって、該ポリメラーゼ連鎖反応は、以下：
ｉ）１３〜５０ヌクレオチド長であり、そしてＴＡＡＡＴ配列を有する２〜１０のペンタマーを含む３’プライマーであって、該ペンタマー配列は重複しているかまたは重複していない、３’プライマー；および
ｉｉ）請求項１０に記載の方法によって得られた５’プライマーセットのうち１つによって包含される１つ以上のプライマー、
を使用する、工程、
を包含する、方法。
【請求項１２】  細胞における遺伝子発現を分析するための核酸分子のライブラリーを調製する方法であって、該方法は、以下：
ａ）２つ以上の核酸分子の群を獲得する工程であって、該核酸分子のタンパク質コード配列は、請求項１１に記載の方法によって同定され、該２つ以上の核酸分子の各々の該タンパク質コード配列は、該群における他の核酸分子のタンパク質コード配列とは異なる、工程、および
ｂ）該核酸分子の各々を別々の核酸ベクターに組み込んで該ライブラリーを提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項１３】  請求項１２に記載の方法によって調製された、核酸ライブラリー。
【請求項１４】  細胞中のＡＲＥ遺伝子の発現を分析するためのカスタマイズされたアレイを調製する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項１１に記載の方法によって増幅した複数のＡＲＥ核酸分子の前記タンパク質コード配列を決定する工程；
（ｂ）該核酸分子の各々についての遺伝子プローブを固体支持体に結合させて該アレイを提供する工程、
を包含し、
ここで、該プローブの各々が、ストリンジェントな条件下で、該タンパク質コード配列またはその相補体内の標的領域にハイブリダイズし、そして
該プローブの各々が、核酸塩基を含む、オリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ分子、または合成遺伝子プローブである、方法。
【請求項１５】  請求項１４に記載の方法によって調製された、カスタマイズされたアレイ。
【請求項１６】  請求項１５に記載のカスタマイズされたアレイであって、前記プローブが少なくとも１０ヌクレオチド長であるオリゴヌクレオチドであり、該オリゴヌクレオチドのＧＣ含量が少なくとも４０％であり、そして該オリゴヌクレオチドがヘアピン構造を形成しない、カスタマイズされたアレイ。
【請求項１７】  ＡＲＥ遺伝子転写物を選択的に増幅する方法であって、該方法は、以下：
ａ）逆転写酵素および５’末端にＮＨ２基を有するオリゴｄＴプライマーを用いて、１つ以上のＡＲＥ遺伝子を発現する細胞から得たＲＮＡ分子を逆転写して、一本鎖ｃＤＮＡ分子のプールを提供する工程；
ｂ）オリゴマーを該ｃＤＮＡ分子に連結する工程であって、該オリゴマーは、５０〜７０ヌクレオチド長であり、該オリゴマーは３’末端でリン酸化されかつＮＨ２によって５’末端で保護されており、該オリゴマーは、ヒトｍＲＮＡ分子に対してストリンジェントな条件下でハイブリダイズしない配列を有する、工程
ｃ）ポリメラーゼ連鎖反応によって工程（ｂ）において生成された該ｃＤＮＡ分子内のＡＲＥ含有ＤＮＡ分子をＰＣＲ増幅する工程であって、該工程は、以下：
ｉ）１３〜５０ヌクレオチド長であり、そしてＴＡＡＡＴ配列を有する２〜１０のペンタマーを含む３’プライマーであって、該ペンタマー配列は重複しているかまたは重複していない、３’プライマー；および
ｉｉ）配列が該オリゴマー内に含まれる配列に対して同一である５’プライマー、を使用する、工程、
を包含する、方法。
【請求項１８】  前記３’プライマーのＣＧ含量が少なくとも４０％である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】  工程（ｄ）によって生成される前記ＡＲＥ含有ＤＮＡ分子を配列決定する工程をさらに包含する、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】  細胞における遺伝子発現を分析するための核酸分子のライブラリーを調製する方法であって、該方法は、以下：
ａ）２つ以上の核酸分子の群を獲得する工程であって、該核酸分子のタンパク質コード配列は、請求項１９に記載の方法によって同定され、該２つ以上の核酸分子の各々の該タンパク質コード配列は、該群における他の核酸分子のタンパク質コード配列とは異なる、工程、および
ｂ）該核酸分子の各々を別々の核酸ベクターに組み込んで該ライブラリーを提供する工程、
を包含する、方法。
【請求項２１】  請求項２０に記載の方法によって調製された、核酸ライブラリー。
【請求項２２】  細胞中の遺伝子発現を分析するためのカスタマイズされたアレイを調製する方法であって、該方法は、以下：
（ａ）請求項１７に記載の方法によって増幅した複数のＡＲＥ核酸分子の前記タンパク質コード配列を決定する工程；
（ｂ）該核酸分子の各々についての遺伝子プローブを固体支持体に結合させて該アレイを提供する工程、
を包含し、
ここで、該プローブが、ストリンジェントな条件下で、該タンパク質コード配列またはその相補体内の標的領域にハイブリダイズし、そして
該プローブが、核酸塩基を含む、オリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ分子、または合成遺伝子プローブである、方法。
【請求項２３】  請求項２２に記載の方法によって調製された、カスタマイズされたアレイ。
【請求項２４】  被験体におけるＡＲＥ発現プロフィールを得る方法であって、以下：
ａ）該被験体から得た組織サンプルからＲＮＡを抽出する工程；
ｂ）検出可能なタグを用いて該ＲＮＡを標識する工程；
ｃ）請求項９に記載のマイクロアレイ、請求項１５に記載のマイクロアレイ、請求項２３に記載のマイクロアレイからなる群より選択されるマイクロアレイと、該標識されたＲＮＡとを接触させる工程；および
ｄ）該マイクロアレイ上に存在するプローブとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする標識されたＲＮＡ分子の配列またはパターンを決定する工程、を包含する、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図６】
2004524801.tif 000001