【手続補正書】
【提出日】平成20年7月18日(2008.7.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  生理学的条件下で配列番号１〜３８が天然に存在するＣ型肝炎タンパク質に特異的に結合する、実質的に配列番号１〜３８のアミノ酸配列またはその変異体からなるポリペプチドをコードする核酸、またはそれに相補的な配列。
【請求項２】  実質的に配列番号１〜３８のアミノ酸配列からなるポリペプチドと少なくとも９５％のアミノ酸が同一であるポリペプチドをコードする、請求項１記載の核酸配列またはそれに相補的な配列。
【請求項３】  実質的に配列番号３９〜７６またはその相補配列からなる、請求項１記載の核酸配列。
【請求項４】  実質的に配列番号３９〜７６からなる核酸と少なくとも９５％の核酸が同一である、請求項１記載の核酸。
【請求項５】  実質的に、
−配列番号１の４５個の連続アミノ酸、
−配列番号２の３０個の連続アミノ酸、
−配列番号３の６５個の連続アミノ酸、
−配列番号４の３０個の連続アミノ酸、
−配列番号５の１３０個の連続アミノ酸、
−配列番号６の２５個の連続アミノ酸、
−配列番号７の２３個の連続アミノ酸、
−配列番号８の４８個の連続アミノ酸、
−配列番号９の３６個の連続アミノ酸、
−配列番号１０の２５個の連続アミノ酸、
−配列番号１１の２４個の連続アミノ酸、
−配列番号１２の３７個の連続アミノ酸、
−配列番号１３の２５個の連続アミノ酸、
−配列番号１４の３０個の連続アミノ酸、
−配列番号１５の２７個の連続アミノ酸、
−配列番号１６の６９個の連続アミノ酸、
−配列番号１７の１３０個の連続アミノ酸、
−配列番号１８の３３個の連続アミノ酸、
−配列番号１９の２５個の連続アミノ酸、
−配列番号２０の４０個の連続アミノ酸、
−配列番号２１の７８個の連続アミノ酸、
−配列番号２２の３９個の連続アミノ酸、
−配列番号２３の５７個の連続アミノ酸、
−配列番号２４の２６個の連続アミノ酸、
−配列番号２５の６８個の連続アミノ酸、
−配列番号２６の３４個の連続アミノ酸、
−配列番号２７の４２個の連続アミノ酸、
−配列番号２８の４８個の連続アミノ酸、
−配列番号２９の１０２個の連続アミノ酸、
−配列番号３０の４９個の連続アミノ酸、
−配列番号３１の９２個の連続アミノ酸、
−配列番号３２の４９個の連続アミノ酸、
−配列番号３３の５５個の連続アミノ酸、
−配列番号３４の６９個の連続アミノ酸、
−配列番号３５の２３個の連続アミノ酸、
−配列番号３６の３３個の連続アミノ酸、
−配列番号３７の３２個の連続アミノ酸、または
−配列番号３８の２２個の連続アミノ酸、
からなるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする、請求項１記載の核酸。
【請求項６】  配列番号１〜３８の１つのアミノ酸が１〜３つの置換、付加、または欠失を含むアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする、請求項１記載の核酸またはその相補配列、または請求項５記載のポリペプチドをコードする核酸またはその相補配列。
【請求項７】  生理学的条件下で配列番号１〜３８が天然に存在するＣ型肝炎タンパク質に特異的に結合する、実質的に配列番号１〜３８のアミノ酸配列またはその変異体からなるポリペプチド。
【請求項８】  該ポリペプチドが配列番号１〜３８のアミノ酸配列またはその変異体と少なくとも９５％のアミノ酸が同一である、請求項７記載のポリペプチド。
【請求項９】  実質的に、
−配列番号１の４５個の連続アミノ酸、
−配列番号２の３０個の連続アミノ酸、
−配列番号３の６５個の連続アミノ酸、
−配列番号４の３０個の連続アミノ酸、
−配列番号５の１３０個の連続アミノ酸、
−配列番号６の２５個の連続アミノ酸、
−配列番号７の２３個の連続アミノ酸、
−配列番号８の４８個の連続アミノ酸、
−配列番号９の３６個の連続アミノ酸、
−配列番号１０の２５個の連続アミノ酸、
−配列番号１１の２４個の連続アミノ酸、
−配列番号１２の３７個の連続アミノ酸、
−配列番号１３の２５個の連続アミノ酸、
−配列番号１４の３０個の連続アミノ酸、
−配列番号１５の２７個の連続アミノ酸、
−配列番号１６の６９個の連続アミノ酸、
−配列番号１７の１３０個の連続アミノ酸、
−配列番号１８の３３個の連続アミノ酸、
−配列番号１９の２５個の連続アミノ酸、
−配列番号２０の４０個の連続アミノ酸、
−配列番号２１の７８個の連続アミノ酸、
−配列番号２２の３９個の連続アミノ酸、
−配列番号２３の５７個の連続アミノ酸、
−配列番号２４の２６個の連続アミノ酸、
−配列番号２５の６８個の連続アミノ酸、
−配列番号２６の３４個の連続アミノ酸、
−配列番号２７の４２個の連続アミノ酸、
−配列番号２８の４８個の連続アミノ酸、
−配列番号２９の１０２個の連続アミノ酸、
−配列番号３０の４９個の連続アミノ酸、
−配列番号３１の９２個の連続アミノ酸、
−配列番号３２の４９個の連続アミノ酸、
−配列番号３３の５５個の連続アミノ酸、
−配列番号３４の６９個の連続アミノ酸、
−配列番号３５の２３個の連続アミノ酸、
−配列番号３６の３３個の連続アミノ酸、
−配列番号３７の３２個の連続アミノ酸、または
−配列番号３８の２２個の連続アミノ酸からなる、請求項７記載のポリペプチド。
【請求項１０】  配列番号１〜３８のアミノ酸配列または請求項９記載の該ポリペプチドの１つのアミノ酸の１〜３つの置換、付加、または欠失を含むアミノ酸配列を有する、請求項７記載のポリペプチド。
【請求項１１】  請求項７〜１０のいずれか一項記載のポリペプチドに対する抗体。
【請求項１２】  請求項１〜６のいずれか一項記載の核酸を挿入されて含む、組換えベクター。
【請求項１３】  ｐＡＣＴＩＩｓｔプラスミドまたはｐＡＳ２ΔΔプラスミドである、請求項１２記載の組換えベクター。
【請求項１４】  ｐＴ２５、ｐＫＴ２５、ｐＵＴ１８、またはｐＵＴ１８Ｃである、請求項１２記載の組換えベクター。
【請求項１５】  ｐＰ６またはｐＢ５である、請求項１２記載の組換えベクター。
【請求項１６】  請求項１２〜１５のいずれか一項記載のベクターまたは請求項１〜６のいずれか一項記載の核酸で形質転換された細胞宿主。
【請求項１７】  ａ）適切な培地中で請求項１６記載の宿主細胞を培養する工程と、
ｂ）培養上清または細胞溶解物から組換えポリペプチドを回収する工程とを含む、請求項７〜１０のいずれか一項記載のポリペプチドの産生方法。
【請求項１８】  ａ）アッセイすべきプレイポリヌクレオチドを含むプラスミドで形質転換された組換え酵母細胞クローンコレクションの少なくとも１つの第１の組換え酵母細胞クローンを請求項７〜１０のいずれか一項記載のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードするベイトポリペプチドを含むプラスミドで形質転換された第２の半数体組換えサッカロマイセス・セレビジエ（Saccharomyces cerevisiae）細胞クローンと交配させる工程と、
ｂ）選択培地にて工程ａ）で得られた二倍体細胞を培養する工程と、
ｃ）該選択培地で増殖した組換え細胞クローンを選択する工程とを含む、選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドに結合するプレイポリペプチドをコードする核酸インサートを含むベクターを含む組換え細胞クローンを選択するための、酵母ツーハイブリッドシステム方法。
【請求項１９】  ｄ）工程ｃ）で選択された各組換え細胞クローン中に含まれるプレイポリペプチドを特徴付ける工程をさらに含む、請求項１８記載の酵母ツーハイブリッド方法。
【請求項２０】  ａ）細菌細胞クローンを請求項７〜１０のいずれか一項記載のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードするＳＩＤ（登録商標）ポリヌクレオチドを含むプラスミドで形質転換する工程と、
ｂ）各プレイポリヌクレオチドが、所望の生物ゲノム由来のＤＮＡフラグメントであり、各プレイプラスミドが、組換え酵母細胞クローンコレクションの１つの組換え酵母細胞クローン中に含まれる、プレイポリヌクレオチドを含むプレイプラスミドをレスキューする工程と、
ｃ）工程ａ）で得られた組換え細菌細胞クローンを工程ｂ）でレスキューしたプラスミドで形質転換する工程と、
ｄ）選択培地にて工程ｃ）で得られた細菌組換え細胞を培養する工程と、
ｅ）該選択培地で増殖した組換え細胞クローンを選択する工程とを含む、選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドに結合するプレイポリペプチドをコードするプレイポリヌクレオチドを含む組換え細胞クローンを同定するための、細菌ツーハイブリッド方法。
【請求項２１】  ｆ）工程ｅ）で選択された各組換え細胞クローン中に含まれるプレイポリペプチドを特徴付ける工程をさらに含む、請求項２０記載の細菌ツーハイブリッド方法。
【請求項２２】  該ポリペプチドが、ヒトポリペプチドである、請求項１８〜２１のいずれか一項記載の方法。
【請求項２３】  該プレイポリペプチドが、ＨＣＶポリペプチドである、請求項１８〜２１のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】  該プレイポリペプチドが、ヒトに病原性であるＨＣＶ株によってコードされる、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】  実質的に、
（ｉ）請求項７〜１０のいずれか一項記載のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする第１核酸と、
（ｉｉ）（ｉ）で定義のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドに特異的に結合するプレイポリペプチドをコードする第２の核酸とからなる、２つの核酸の組。
【請求項２６】  実質的に、
配列番号77/ 配列番号1; 配列番号78/ 配列番号2; 配列番号78/ 配列番号3; 配列番号79/ 配列番号4; 配列番号80/ 配列番号5;配列番号81/ 配列番号6; 配列番号82/ 配列番号7; 配列番号83/ 配列番号8; 配列番号84/ 配列番号9; 配列番号85/ 配列番号10; 配列番号86/ 配列番号11; 配列番号87/ 配列番号12; 配列番号88/ 配列番号13; 配列番号89/ 配列番号14; 配列番号90/ 配列番号15; 配列番号91/ 配列番号16; 配列番号92/ 配列番号17; 配列番号93/ 配列番号18; 配列番号94/ 配列番号19; 配列番号95/ 配列番号20; 配列番号96/ 配列番号21; 配列番号97/ 配列番号22; 配列番号98/ 配列番号23; 配列番号99/ 配列番号24; 配列番号100/ 配列番号25; 配列番号101/ 配列番号26; 配列番号102/ 配列番号27; 配列番号103/ 配列番号28; 配列番号104/ 配列番号29; 配列番号105/ 配列番号30; 配列番号106/ 配列番号31; 配列番号107/ 配列番号32; 配列番号108/ 配列番号33; 配列番号109/ 配列番号34; 配列番号110/ 配列番号35; 配列番号111/ 配列番号36; 配列番号112/ 配列番号37; 配列番号113/ 配列番号38; 又は配列番号114/ 配列番号39. 
からなる、生理学的条件下で天然に存在するＣ型肝炎タンパク質に特異的に結合する、２つの核酸の組。
【請求項２７】  実質的に、
ｉ）請求項７〜１０のいずれか一項記載のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドからなる第１のポリペプチドと、
ｉｉ）第１のポリペプチドに特異的に結合するプレイポリペプチドとも呼ばれる第２のポリペプチドとからなる、２つのポリペプチドの組。
【請求項２８】  実質的に、
配列番号114/ 配列番号39; 配列番号115/ 配列番号40; 配列番号115/ 配列番号41; 配列番号116/ 配列番号42; 配列番号117/ 配列番号43; 配列番号118/ 配列番号44; 配列番号119/ 配列番号45; 配列番号120/ 配列番号46; 配列番号121/ 配列番号47; 配列番号122/ 配列番号48; 配列番号123/ 配列番号49; 配列番号124/ 配列番号50; 配列番号125/ 配列番号51; 配列番号126/ 配列番号52; 配列番号127/ 配列番号53; 配列番号128/ 配列番号54; 配列番号129/ 配列番号55; 配列番号130/ 配列番号56; 配列番号131/ 配列番号57; 配列番号132/ 配列番号58; 配列番号133/ 配列番号59; 配列番号134/ 配列番号60; 配列番号135/ 配列番号61; 配列番号136/ 配列番号62; 配列番号137/ 配列番号63; 配列番号138/ 配列番号64; 配列番号139/ 配列番号65; 配列番号140/ 配列番号66; 配列番号141/ 配列番号67; 配列番号142/ 配列番号68; 配列番号143/ 配列番号69; 配列番号144/ 配列番号70; 配列番号145/ 配列番号71; 配列番号146/ 配列番号72; 配列番号147/ 配列番号73; 配列番号148/ 配列番号74; 配列番号149/ 配列番号75; 又は配列番号150/ 配列番号76
からなる、生理学的条件下で天然に存在するＣ型肝炎タンパク質に特異的に結合する、２つのポリペプチドの組。
【請求項２９】  請求項２７または２８記載の２つのポリペプチドの間で形成された複合体。
【請求項３０】  ａ）試験すべき分子を含む選択培地にて、その発現が組換え宿主細胞に有毒であるレポーター遺伝子を含む組換え宿主細胞を培養する工程において、該宿主細胞が、
ｉ）第１のベクターが、該２つのポリペプチドの１つとＤＮＡ結合ドメインとを含む第１のハイブリッドポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む核酸を含み、
ｉｉ）第２のベクターが、該２つのポリペプチドのうちの第２のポリペプチドを含む第２のハイブリッドポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む核酸と該第１および該第２のハイブリッドポリペプチドが相互作用した場合に該有毒レポーター遺伝子を活性化することができる活性化ドメインとを含む、２つのベクターで形質転換されており、そして有毒レポーター遺伝子が活性化されない場合に該組換え宿主細胞を増殖可能にする工程と、
ｂ）工程ａ）で定義の組換え宿主細胞の増殖を阻害する分子を選択する工程とを含む、請求項２７または２８記載の２つのポリペプチドの組の間の結合を阻害する分子の選択方法。
【請求項３１】  ａ）試験すべき分子を含む選択培地にて、その発現が組換え宿主細胞に有毒であるレポーター遺伝子を含む組換え宿主細胞を培養し、該宿主細胞が、
ｉ）第１のベクターが、該２つのポリペプチドの１つと酵素の第１のドメインとを含む第１のハイブリッドポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む核酸を含み、
ｉｉ）第２のベクターが、該２つのポリペプチドのうちの第２のポリペプチドを含む第２のハイブリッドポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む核酸と該第１および該第２のハイブリッドポリペプチドが、相互作用した場合に該有毒レポーター遺伝子を活性化することができる該酵素の第２の部分とを含み、該相互作用により酵素の触媒活性が回復となり、２つのベクターで形質転換されており、有毒遺伝子が活性化されない場合に該組換え宿主細胞が増殖する工程と、
ｂ）工程ａ）で定義の該組換え宿主細胞の増殖を阻害する分子を選択する工程とを含む、請求項２７または２８記載の２つのポリペプチドの組のタンパク質−タンパク質相互作用を阻害する分子の選択方法。
【請求項３２】  請求項２７または２８記載の２つのポリペプチドの組のタンパク質−タンパク質相互作用を阻害する分子をスクリーニングするためのキットであって、該キットは、その発現が組換え該細胞宿主に有毒なレポーター遺伝子を含む組換え細胞宿主を含み、該細胞宿主が、
ｉ）第１のベクターが、２つのポリペプチドのうちの１つを含む第１のハイブリッドポリペプチドをコードするポリペプチドおよびＤＮＡ結合ドメインを含む核酸を含み、
ｉｉ）第２のベクターが、該２つのポリペプチドのうちの第２のポリペプチドを含む第２のハイブリッドポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび該第１および該第２のハイブリッドポリペプチドが相互作用した場合に該有毒レポーター遺伝子を活性化することができる活性化ドメインを含む核酸を含む、２つのベクターで形質転換されている、キット。
【請求項３３】  請求項２７または２８記載の２つのポリペプチドの組のタンパク質−タンパク質相互作用を阻害する分子をスクリーニングするためのキットであって、該キットは、その発現が該組換え細胞宿主に有毒なレポーター遺伝子を含む組換え細胞宿主を含み、該細胞宿主が、
ｉ）第１のベクターが該２つのポリペプチド組のうちの１つを含む第１のハイブリッドポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび酵素の第１のドメインを含む核酸を含み、
ｉｉ）第２のベクターが該２つのポリペプチドのうちの第２のポリペプチドを含む第２のハイブリッドポリペプチドをコードするポリヌクレオチドおよび該第１および該第２のハイブリッドポリペプチドが相互作用した場合に該有毒レポーター遺伝子を活性化することができる酵素の第２の部分を含む核酸を含み、該相互作用により酵素の触媒活性が回復する、２つのベクターで形質転換されている、キット。
【請求項３４】  ａ）請求項７〜１０のいずれか一項記載の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体と、
ｂ）それに結合した検出可能分子とを含む、マーカー化合物。
【請求項３５】  前記検出可能分子が、蛍光タンパク質を含む、請求項３４記載のマーカー化合物。
【請求項３６】  前記検出タンパク質が、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）または黄色蛍光タンパク質（ＹＦＰ）である、請求項３５記載のマーカー化合物。
【請求項３７】  前記検出可能分子が、触媒活性を付与されている、請求項３４記載のマーカー化合物。
【請求項３８】  前記検出可能分子が、加水分解酵素、転移酵素、脱離酵素、異性化酵素、リガーゼ、合成酵素、または酸化還元酵素である、請求項３７記載のマーカー化合物。
【請求項３９】  前記検出可能分子が、放射性である、請求項３４記載のマーカー化合物。
【請求項４０】  前記検出可能分子が、化学発光性である、請求項３４記載のマーカー化合物。
【請求項４１】  前記検出可能分子が、選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体に共有結合している、請求項３４〜４０のいずれか一項記載のマーカー化合物。
【請求項４２】  前記検出可能分子が、選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体に非共有結合している、請求項３４〜４０のいずれか一項記載のマーカー化合物。
【請求項４３】  前記検出可能分子が、選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドに特異的な抗体である、請求項４２記載のマーカー化合物。
【請求項４４】  前記抗体が、放射性または非放射性標識されている、請求項４３記載のマーカー化合物。
【請求項４５】  ａ）前記選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体が、第１のリガンドに共有結合し、
ｂ）前記検出可能分子が、該第１のリガンドに特異的に結合する第２のリガンドを含む、請求項３４記載のマーカー化合物。
【請求項４６】  前記第１のリガンドが、ビオチンであり、前記第２のリガンドが、ストレプトアビジンである、請求項４５記載のマーカー化合物。
【請求項４７】  請求項３４〜４１のいずれか一項記載のマーカー化合物をコードする核酸。
【請求項４８】  請求項４５および４６で定義の第１のリガンドに共有結合した前記選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体をコードする核酸。
【請求項４９】  請求項４７および４８のいずれか一項記載の核酸が挿入されて含む、組換えベクター。
【請求項５０】  ｐＡＣＴＩＩｓｔ、ｐＡＳΔΔ、ｐＴ２５、ｐＫＴ２５、ｐＵＴ１８、ｐＵＴ１８Ｃ、ｐＰ６、またはｐＢ５である、請求項４８記載の組換えベクター。
【請求項５１】  請求項４７または４８記載の核酸、または請求項４９または５０記載の組換えベクターでトランスフェクションされている、組換え宿主細胞。
【請求項５２】  原核生物起源である、請求項５１記載の組換え宿主細胞。
【請求項５３】  真核生物起源である、請求項５１記載の組換え宿主細胞。
【請求項５４】  哺乳動物宿主細胞である、請求項５３記載の組換え宿主細胞。
【請求項５５】  ａ）請求項３４〜４６のいずれか一項記載のマーカー化合物をサンプルに接触させる工程と、
ｂ）該マーカー化合物と該目的のポリペプチドとの間で形成された複合体を検出する工程とを含む、サンプル中の目的のポリペプチドを検出する方法。
【請求項５６】  請求項３４〜４６のいずれか一項記載のマーカー化合物を含む、サンプル中の目的のポリペプチドを検出するためのキット。
【請求項５７】  ａ）アッセイすべき細胞宿主を得る工程と、
ｂ）前記宿主細胞を請求項４７または４８記載の核酸または請求項４９または５０記載の組換えベクターでトランスフェクションを行う工程と、
ｃ）前記トランスフェクション細胞宿主によって発現されたマーカー化合物と目的のポリペプチドとの間で形成された複合体を検出する工程とを含む、原核生物または真核生物宿主細胞中の目的のポリペプチドを検出する方法。
【請求項５８】  請求項４７または４８記載の核酸または請求項４９または５０記載の組換えベクターを含む原核生物または真核生物宿主細胞中の目的のポリペプチドを検出するためのキット。
【請求項５９】  ａ）アッセイすべき細胞宿主を得る工程と、
ｂ）該細胞宿主中に請求項３４〜４６のいずれか一項記載のマーカー化合物を導入する工程と、
ｃ）前記細胞中でマーカー化合物と目的のポリペプチドとの間で形成された複合体を検出する工程とを含む、
原核生物または真核生物宿主細胞中の目的のポリペプチドを検出する方法。
【請求項６０】  請求項３４〜４６のいずれか一項記載のマーカー化合物を含む、原核生物または真核生物宿主細胞中の目的のポリペプチドを検出するためのキット。
【請求項６１】  ａ）その上に、請求項７〜１０のいずれか一項記載の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体、または請求項７〜１０のいずれか一項記載の複数の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドが固定された基質を得る工程と、
ｂ）工程ａ）で定義の基質にアッセイすべきサンプルを接触させる工程と、
ｃ）選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体または複数の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドと最初からサンプル中に含まれる分子または複数の分子との間で形成された複合体を検出する工程とを含む、
サンプル中の目的のポリペプチドまたは複数のポリペプチドを検出する方法。
【請求項６２】  前記複数の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体が、規則正しい様式で基質に固定されている、請求項６１記載の方法。
【請求項６３】  前記選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体、または前記複数の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体が基質に共有結合されている、請求項６１記載の方法。
【請求項６４】  前記選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体または前記複数の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体が基質に非共有結合されている、請求項６１記載の方法。
【請求項６５】  前記選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体または前記複数の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体が第１のリガンドに共有結合されており、前記基質が前記第１のリガンドに特異的に結合する第２のリガンドでコートされている、請求項６１記載の方法。
【請求項６６】  前記第１のリガンドがビオチンであり、前記第２のリガンドがストレプトアビジンである、請求項６１記載の方法。
【請求項６７】  前記選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体または前記複数の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体がスペーサーに共有結合し、該スペーサーが前記選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体または該複数の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドを固定するために基質に共有結合している、請求項６１〜６６のいずれか一項記載の方法。
【請求項６８】  前記検出工程ｃ）が前記基質の光学的特徴の変化を検出することからなる、請求項６１〜６７のいずれか一項記載の方法。
【請求項６９】  請求項７〜１０のいずれか一項記載の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体または請求項７〜１０のいずれか一項記載の前記複数の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドまたはその変異体が固定されている基質を有する、サンプル中の目的のポリペプチドまたは複数のポリペプチドを検出するためのデバイス。
【請求項７０】  薬学的有効量の請求項７〜１０のいずれか一項記載の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む核酸を含む、薬学的組成物。
【請求項７１】  ヒトまたは動物のＣ型肝炎ウイルスによるウイルス感染症を予防または治療するための薬物を製造するための請求項７〜１０のいずれか一項記載の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む核酸の使用。
【請求項７２】  請求項７〜１０のいずれか一項記載の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む核酸の使用であって、該ポリヌクレオチドがヒトまたは動物のＣ型肝炎ウイルスによるウイルス感染症を予防または治療するための薬物を製造するための該ヒトまたは該動物で機能的な調節配列の制御下に置かれている、使用。
【請求項７３】  ヒトまたは動物におけるウイルスまたは細菌感染症を予防または治療するための薬物を製造するための請求項７〜１０のいずれか一項記載の選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む組換え発現ベクターの使用。
【請求項７４】  １）所定の目的のベイトポリペプチドに特異的に結合する核酸（プレイ核酸）コレクションを選択する工程と、
２）下記
ａ）工程１）の最後で得られたプレイ核酸コレクションから、該ベイトポリペプチドと相互作用し、かつ共通の核酸フラグメントを含むことができるプレイポリペプチドをコードする全てのプレイヌクレオチドを選択する工程と、
ｂ）工程ａ）で選択したプレイポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を整列させて各核酸長の３０％以上が重複する配列を有するヌクレオチド配列を一組または複数の組の配列に集める工程であって、１組の配列中の各共通の重複ヌクレオチド配列によりプレＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列が定義され、
ｃ）２つの各プレＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする２つの配列を整列させる工程であって、
ｉ）重複配列が少なくとも３０ヌクレオチド長である場合、２つの各プレＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列の間の重複核酸配列を、ＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列と定義し、
ｉｉ）（１）非重複配列が３０以上のヌクレオチド長であり、かつ（２）非重複配列が各プレＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列の定義に使用されたプレイポリヌクレオチド組中に含まれる、任意の１つのポリヌクレオチドの長さの少なくとも３０％を示す場合、２つの各プレＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列の間の非重複核酸配列を、ＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列と定義する工程、
によってＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする核酸配列を決定する工程とを含む、
選択相互作用ドメイン（ＳＩＤ（登録商標））ポリペプチドの選択方法。
【請求項７５】  該選択工程１）が酵母ツーハイブリッド方法または細菌ツーハイブリッド方法を使用する、請求項７４記載の方法。
【請求項７６】  工程２）が、
ｄ）第１のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列を定義する第１のポリヌクレオチド組中に含まれる重複プレイポリヌクレオチド数を計数する工程と、
ｅ）前記第１のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列に重複する第２のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列を定義する第２のポリヌクレオチド組中に含まれる重複プレイポリヌクレオチド数を計数する工程と、
ｆ）前記第１のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドおよび前記第２のＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをそれぞれコードする配列のうちのどの配列が最も多数のプレイポリペプチドを使用して定義されたかを決定し、このプレイ配列組を選択する工程と、
ｇ）工程ｆ）で選択されたプレイ配列組に、最も少数のプレイ配列とＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドとをコードする配列の定義に使用するプレイ配列組中に含みかつ最も多数のプレイ配列とＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列に重複する配列を付加する工程と、
ｈ）工程ｇ）で付加したプレイ配列と最も多数のプレイ配列を含むＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列を定義したプレイ配列組中に既に含まれる配列とを整列させる工程と、
ｉ）工程ｈ）で整列させた全配列の間の重複配列を定義する工程をさらに含み、該重複配列がＳＩＤ（登録商標）ポリペプチドをコードする配列からなる、請求項７４または７５に記載の方法。
【請求項７７】  該生物が、ウイルスである、請求項７６記載の方法。
【請求項７８】  前記ウイルスが、Ｃ型肝炎ウイルスからなる、請求項７７記載の方法。
【請求項７９】  前記Ｃ型肝炎ウイルスが、ヒトを含む哺乳動物に病原性である、請求項７８記載の方法。
【請求項８０】  請求項７４〜７９のいずれか一項記載の方法によって選択された、ＳＩＤ（登録商標）核酸。
【請求項８１】  請求項８０記載の核酸によってコードされる、ＳＩＤ（登録商標）ポリペプチド。