【手続補正書】
【提出日】令和1年7月31日(2019.7.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物を生成する方法であって、
開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物を設計するステップであって、前記ペプチド原性タンパク質が前記開始タンパク質と比べて変化した立体構造動力学を有し、前記ペプチド原性タンパク質が立体構造において前記開始ペプチドに類似している、ステップを含み、
ここで、前記ペプチド原性タンパク質の混合物は、前記ペプチド原性タンパク質の混合物を導入した動物において免疫応答を生成する、
方法。
【請求項２】
前記立体構造動力学を、
ａ．前記開始タンパク質の３−Ｄ構造を調べ、前記開始タンパク質の非表面アミノ酸残基を同定し、前記開始タンパク質中の少なくとも１つの非表面アミノ酸残基を置き換えて前記ペプチド原性タンパク質を作成すること；または
ｂ．前記開始タンパク質の３−Ｄ構造のモデルを調べ、前記開始タンパク質の非表面アミノ酸残基を同定し、前記開始タンパク質中の少なくとも１つの非表面アミノ酸残基を置き換えて前記ペプチド原性タンパク質を作成すること；または
ｃ．異なる種由来の前記開始タンパク質にオルソロガスなタンパク質にわたって保存されたアミノ酸相同性のパターンを比較して前記開始タンパク質の非表面アミノ酸残基を同定し、前記開始タンパク質中の少なくとも１つの非表面アミノ酸残基を置き換えて前記ペプチド原性タンパク質を作成すること；または
ｄ．前記開始タンパク質の少なくとも１つの非表面アミノ酸残基を置き換えて、前記ペプチド原性タンパク質を作成すること；または
ｅ．少なくとも１つの非表面アミノ酸残基をより小さなアミノ酸残基で置き換えること；または
ｆ．少なくとも１つの非表面アミノ酸残基をアラニンもしくはグリシンで置き換えること；または
ｇ．前記開始タンパク質中の少なくとも１つのジスルフィド結合を取り除くこと
により変化させる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記開始タンパク質内で、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸を置き換える、請求項１または２のいずれかに記載の方法。
【請求項４】
前記開始タンパク質の立体構造動力学を、
ａ．少なくとも１つのスレオニンをバリン、アラニン、グリシンもしくはセリンで；または
ｂ．少なくとも１つのシステインをアラニン、バリン、グリシン、セリンもしくはスレオニンで；または
ｃ．少なくとも１つのバリンをアラニン、グリシン、ロイシンもしくはイソロイシンで；または
ｄ．少なくとも１つのロイシンをアラニン、バリン、グリシン、もしくはイソロイシンで；または
ｅ．少なくとも１つのイソロイシンをアラニン、バリン、ロイシン、もしくはグリシンで；または
ｆ．少なくとも１つのプロリンをメチオニン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、もしくはグリシンで；または
ｇ．少なくとも１つのメチオニンをアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはグリシンで；または
ｈ．少なくとも１つのフェニルアラニンをチロシン、メチオニン、ヒスチジン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはグリシンで；または
ｉ．少なくとも１つのチロシンをフェニルアラニン、メチオニン、ヒスチジン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはグリシンで；または
ｊ．少なくとも１つのトリプトファンをチロシン、フェニルアラニン、メチオニン、ヒスチジン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはグリシンで；または
ｋ．少なくとも１つのアスパラギン酸を、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｌ．少なくとも１つのアスパラギンをグリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、グルタミン、グルタミン酸もしくはアスパラギン酸で；または
ｍ．少なくとも１つのグルタミン酸をアスパラギン酸、アスパラギン、グルタミン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｎ．少なくとも１つのグルタミンを、グルタミン酸、アスパラギン酸、アスパラギン、グルタミン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｏ．少なくとも１つのリシンをアルギニン、ヒスチジン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、メチオニン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｐ．少なくとも１つのアルギニンをリシン、ヒスチジン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、メチオニン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｑ．少なくとも１つのヒスチジンをフェニルアラニン、チロシン、リシン、アルギニン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、グルタミン、アスパラギン、ロイシン、メチオニンもしくはイソロイシンで；または
ｒ．少なくとも１つのアラニンをグリシンまたはプロリンで；または
ｓ．少なくとも１つのグリシンをアラニンもしくはプロリンで；または
ｔ．少なくとも１つのセリンをアラニンもしくはグリシンで；または
ｕ．少なくとも１つの残基を非天然アミノ酸で；または
ｖ．上記の組み合わせのいずれか
で置き換えることによって変化させる、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ペプチド原性タンパク質の立体構造動力学の変化が：
ａ．前記開始タンパク質と比べた場合の融解温度の変化；または
ｂ．安定化のギブズ自由エネルギーもしくはタンパク質分解感受性アッセイの変化；または
ｃ．安定化のギブズ自由エネルギーの変化が、尿素もしくはグアニジニウム塩酸塩アンフォールディングなどの変性剤調節平衡アンフォールディングにより測定される、ギブズ自由エネルギーの変化
により測定される、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
類似の立体構造が：
ａ．前記ペプチド原性タンパク質と前記開始タンパク質の両方に結合する交差反応抗体；または
ｂ．交差反応性が、免疫沈降アッセイ、表面プラズモン共鳴、等温滴定熱量測定、斜入射反射差（ＯＩ−ＲＤ）、ウェスタンブロット、放射免疫アッセイ、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、「サンドイッチ」免疫アッセイ、ゲル拡散沈降反応、免疫拡散アッセイ、凝集アッセイ、補体固定アッセイ、免疫放射定量アッセイ、蛍光免疫アッセイ、および／もしくはプロテインＡ免疫アッセイにより測定される、（ａ）の前記交差反応抗体；または
ｃ．交差反応性が結合アッセイにより測定される、（ａ）の前記交差反応抗体；または
ｄ．１０−９Ｍ未満もしくはこれに等しい解離定数（ＫＤ）を有する、（ａ）の前記交差反応抗体；または
ｅ．１０−８Ｍ未満もしくはこれに等しい、１０−７Ｍ未満もしくはこれに等しい、もしくは１０−６Ｍ未満もしくはこれに等しい解離定数（ＫＤ）を有する、（ａ）の前記交差反応抗体；
により測定される、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記開始タンパク質が：
ａ．ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）のエンベロープ糖タンパク質、ＨＩＶ  ｇｐ１２０、ＨＩＶ  ｇｐ４１、ＨＩＶ  ｇｐ１６０、エボラ抗原、ウイルス抗原、細菌抗原、寄生虫抗原、アレルゲン、毒液、毒素、腫瘍関連抗原、膜貫通ドメインタンパク質、Ｇタンパク質共役受容体、イオンチャネル、Ｃ型肝炎ウイルス抗原、Ｂ型肝炎ウイルス抗原、ＭＥＲＳ−ＣｏＶ抗原、Ｚｉｋａウイルス抗原、インフルエンザウイルス抗原、マラリア抗原；および／または
ｂ．表２に収載されるマラリア抗原のうちのいずれか１つ；および／または
ｃ．表５に収載される標的のうちのいずれか１つ；および／または
ｄ．ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ５、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ７、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＧＡＧＥ−Ｉ、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ−７、ＧＡＧＥ−８、ＢＡＧＥ−Ｉ、ＲＡＧＥ−１、ＬＢ３３／ＭＵＭ−１、ＰＲＡＭＥ、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ−Ｘｐ２（ＭＡＧＥ−Ｂ２）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ３（ＭＡＧＥ−Ｂ３）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ４（ＭＡＧＥ−Ｂ４）、ＭＡＧＥ−Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＮＹ−ＥＳＯ−Ｉ、ＬＡＧＥ−Ｉ、ＳＳＸ−Ｉ、ＳＳＸ−２（ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０）、ＳＳＸ−３、ＳＳＸ−４、ＳＳＸ−５、ＳＣＰ−ＩおよびＸＡＧＥ、メラニン細胞分化抗原、ｐ５３、ｒａｓ、ＣＥＡ、ＭＵＣ１、ＰＭＳＡ、ＰＳＡ、チロシナーゼ、メランＡ、ＭＡＲＴ−１、ｇｐ１００、ｇｐ７５、アルファ−アクチニン−４、Ｂｃｒ−Ａｂｌ融合タンパク質、Ｃａｓｐ−８、ベータ−カテニン、ｃｄｃ２７、ｃｄｋ４、ｃｄｋｎ２ａ、ｃｏａ−１、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＥＦ２、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−Ａ１１、ｈｓｐ７０−２、ＫＩＡＡＯ２０５、Ｍａｒｔ２、Ｍｕｍ−２、および３、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ミオシンクラスＩ、ＯＳ−９、ｐｍｌ−ＲＡＲアルファ融合タンパク質、ＰＴＰＲＫ、Ｋ−ｒａｓ、Ｎ−ｒａｓ、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＧｎＴＶ、Ｈｅｒｖ−Ｋ−ｍｅｌ、ＮＡ−８８、ＳＰ１７、およびＴＲＰ２−Ｉｎｔ２、（ＭＡＲＴ−Ｉ）、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲ、エプスタインバーウイルス抗原、ＥＢＮＡ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原Ｅ６およびＥ７、ＴＳＰ−１８０、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｎｍ−２３Ｈ１、ＰＳＡ、ＴＡＧ−７２−４、ＣＡ  １９−９、ＣＡ  ７２−４、ＣＡＭ  １７．１、ＮｕＭａ、Ｋ−ｒａｓ、アルファ−フェトタンパク質、１３ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＡ  １２５、ＣＡ  １５−３（ＣＡ  ２７．２９＼ＢＣＡＡ）、ＣＡ  １９５、ＣＡ  ２４２、ＣＡ−５０、ＣＡＭ４３、ＣＤ６８＼ＫＰ１、ＣＯ−０２９、ＦＧＦ−５、Ｇ２５０、Ｇａ７３３（ＥｐＣＡＭ）、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＡ−５０、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ＼１７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０（Ｍａｃ−２結合タンパク質＼シクロフィリンＣ関連タンパク質）、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ、ＴＰＳ、チロシナーゼ関連タンパク質、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、またはサイトメガロウイルスリンタンパク質６５（ｐｐ６５）から選択される腫瘍関連抗原
から選択される、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記ペプチド原性タンパク質が：
ａ．同じ開始タンパク質；または
ｂ．複数の開始タンパク質；または
ｃ．複数の関連する開始タンパク質
由来である、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記ペプチド原性タンパク質をコードするポリヌクレオチドの混合物を得るステップをさらに含み、
ここで、ポリヌクレオチドの前記混合物は、ポリヌクレオチドの前記混合物を導入した動物において免疫応答を生成し、前記ペプチド原性タンパク質が前記ポリヌクレオチドから発現される、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチドが：
ａ．ｉｎ  ｖｉｔｒｏで合成される；または
ｂ．ＤＮＡ；または
ｃ．ｉｎ  ｖｉｔｒｏで転写された（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ；または
ｄ．ポリ（Ａ）テイルを含むＩＶＴ  ｍＲＮＡ；または
ｅ．５’キャップを含むＩＶＴ  ｍＲＮＡ
であり、
好ましくは、前記ポリヌクレオチドが：
ｆ．いかなるターゲティング構成成分とも会合していない；または
ｇ．細胞もしくは臓器を標的に前記ポリヌクレオチドを向けることができるターゲティング構成成分と会合している；または
ｈ．細胞もしくは臓器を標的に前記ポリヌクレオチドを向けることができるターゲティング構成成分と会合しており、前記ターゲティング構成成分がベクターである、
請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
請求項１から８のいずれか一項に記載のペプチド原性タンパク質または請求項９もしくは１０に記載のポリヌクレオチドを含む非ヒト動物。
【請求項１２】
前記動物が哺乳動物、マウス、ウサギ、ラマ、またはウシである、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法または請求項１１に記載の動物。
【請求項１３】
前記ポリヌクレオチドが前記動物への注射用に設計されており、
好ましくは、前記ポリヌクレオチドが、
ａ．前記動物の筋肉内への直接注射用に設計されており、
ｂ．前記動物内への複数回注射用に設計されている、
請求項９から１０もしくは１２のいずれか一項に記載の方法または請求項１１に記載の動物。
【請求項１４】
前記免疫応答が抗体を産生する、請求項１から１１または１３から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
抗体を生成するための方法であって、
ａ．開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物を設計するステップであって、前記ペプチド原性タンパク質が前記開始タンパク質と比べて変化した立体構造動力学を有し、前記ペプチド原性タンパク質が立体構造において前記開始ペプチドに類似している、ステップと、
ｂ．非ヒト動物にペプチド原性タンパク質の前記混合物を導入するステップと、
ｃ．抗体を生成する免疫応答を生成するステップと、
ｄ．前記抗体を単離するステップと
を含む、方法。
【請求項１６】
前記抗体が完全ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、モノクローナル抗体、および／またはポリクローナル抗体であり、好ましくは、前記ポリクローナル抗体は、単一の単離された抗体種を得るためにさらに分画される、請求項１４または１５に記載の方法。
【請求項１７】
請求項１４から１６のいずれか一項に記載の方法により産生される抗体であって、好ましくは、請求項１６に記載の方法により産生される単一抗体種である、抗体。
【請求項１８】
前記抗体が親和性成熟している、請求項１４から１６のいずれか一項に記載の方法または請求項１７で産生される抗体または請求項１７で産生される単一抗体種であって、
好ましくは、前記親和性成熟が：
ａ．ファージディスプレイ、酵母ディスプレイ、もしくはリボソームディスプレイ；または
ｂ．パニング技法
により起こる、
方法または抗体。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法により産生される抗体。
【請求項２０】
請求項１７または１９に記載の抗体をコードするポリヌクレオチド。
【請求項２１】
異種プロモーターをさらに含み、好ましくは、ベクター配列をさらに含む、請求項２０に記載のポリヌクレオチド。
【請求項２２】
請求項１０または１９から２１のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む宿主細胞。
【請求項２３】
ペプチド原性タンパク質の混合物をコードするポリヌクレオチドの混合物であって、
好ましくは、前記ポリヌクレオチドが：
ａ．同じ開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物をコードする；または
ｂ．複数の開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物をコードする；またはｃ．複数の関連する開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物をコードする；または
ｄ．ｉｎ  ｖｉｔｒｏで合成される；または
ｅ．ＤＮＡである；または
ｆ．ｉｎ  ｖｉｔｒｏで転写された（ＩＶＴ）ｍＲＮＡである；または
ｇ．ポリ（Ａ）テイルを含むＩＶＴ  ｍＲＮＡである；または
ｈ．５’キャップを含むＩＶＴ  ｍＲＮＡである、
ポリヌクレオチドの混合物。
【請求項２４】
請求項１から８のいずれか一項に記載のペプチド原性タンパク質、
請求項９または１０に記載のポリヌクレオチド、および/または
請求項１７から１９のいずれか一項に記載の抗体
を含む、医薬組成物。
【請求項２５】
請求項１から８のいずれか一項に記載のペプチド原性タンパク質の混合物、および/または
請求項９または１０に記載のポリヌクレオチドの混合物、
を含む、ワクチン。
【請求項２６】
免疫応答の生成に使用するための、開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物、前記ペプチド原性タンパク質の混合物をコードするポリヌクレオチドの混合物、または前記ペプチド原性タンパク質の混合物をコードするポリヌクレオチドの混合物がトランスフェクトされた抗原提示細胞であって、
ここで、前記開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物は、請求項１から１０のいずれか一項に方法に従って設計されており、前記ペプチド原性タンパク質は前記開始タンパク質と比べて変化した立体構造動力学を有し、前記ペプチド原性タンパク質は立体構造において前記開始ペプチドに類似しており、前記ペプチド原性タンパク質の混合物は、前記ペプチド原性タンパク質の混合物を導入した動物において導入した場合に免疫応答を生成する、
ペプチド原性タンパク質の混合物、ポリヌクレオチドの混合物、または抗原提示細胞。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３１】
好ましい実施形態では、抗原提示細胞は樹状細胞、Ｂ細胞、単球またはマクロファージである。さらなる好ましい実施形態では、方法はｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏで行われる。さらなる好ましい実施形態では、抗原提示細胞はペプチド原性タンパク質（単数または複数）をコードするポリヌクレオチドをトランスフェクトされるおよび／またはペプチド原性タンパク質（単数または複数）と接触させる。さらなる好ましい実施形態では、抗原提示細胞はペプチド原性タンパク質（単数または複数）またはポリヌクレオチド（単数または複数）の食作用または飲作用を受ける。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
免疫応答を生成する方法であって、
ａ．開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物を設計するステップであって、前記ペプチド原性タンパク質が前記開始タンパク質と比べて変化した立体構造動力学を有し、前記ペプチド原性タンパク質が立体構造において前記開始ペプチドに類似している、ステップと
ｂ．動物にペプチド原性タンパク質の前記混合物を導入するステップと、
ｃ．免疫応答を生成するステップと
を含む、方法。
（項目２）
前記立体構造動力学を、
ａ．前記開始タンパク質の３−Ｄ構造を調べ、前記開始タンパク質の非表面アミノ酸残基を同定し、前記開始タンパク質中の少なくとも１つの非表面アミノ酸残基を置き換えて前記ペプチド原性タンパク質を作成すること；または
ｂ．前記開始タンパク質の３−Ｄ構造のモデルを調べ、前記開始タンパク質の非表面アミノ酸残基を同定し、前記開始タンパク質中の少なくとも１つの非表面アミノ酸残基を置き換えて前記ペプチド原性タンパク質を作成すること；または
ｃ．異なる種由来の前記開始タンパク質にオルソロガスなタンパク質にわたって保存されたアミノ酸相同性のパターンを比較して前記開始タンパク質の非表面アミノ酸残基を同定し、前記開始タンパク質中の少なくとも１つの非表面アミノ酸残基を置き換えて前記ペプチド原性タンパク質を作成すること；または
ｄ．前記開始タンパク質の少なくとも１つの非表面アミノ酸残基を置き換えて、前記ペプチド原性タンパク質を作成すること；または
ｅ．少なくとも１つの非表面アミノ酸残基をより小さなアミノ酸残基で置き換えること；または
ｆ．少なくとも１つの非表面アミノ酸残基をアラニンもしくはグリシンで置き換えること；または
ｇ．前記開始タンパク質中の少なくとも１つのジスルフィド結合を取り除くこと
により変化させる、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記開始タンパク質内で、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０のアミノ酸を置き換える、項目１または２のいずれかに記載の方法。
（項目４）
前記開始タンパク質の立体構造動力学を、
ａ．少なくとも１つのスレオニンをバリン、アラニン、グリシンもしくはセリンで；または
ｂ．少なくとも１つのシステインをアラニン、バリン、グリシン、セリンもしくはスレオニンで；または
ｃ．少なくとも１つのバリンをアラニン、グリシン、ロイシンもしくはイソロイシンで；または
ｄ．少なくとも１つのロイシンをアラニン、バリン、グリシン、もしくはイソロイシンで；または
ｅ．少なくとも１つのイソロイシンをアラニン、バリン、ロイシン、もしくはグリシンで；または
ｆ．少なくとも１つのプロリンをメチオニン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、もしくはグリシンで；または
ｇ．少なくとも１つのメチオニンをアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはグリシンで；または
ｈ．少なくとも１つのフェニルアラニンをチロシン、メチオニン、ヒスチジン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはグリシンで；または
ｉ．少なくとも１つのチロシンをフェニルアラニン、メチオニン、ヒスチジン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはグリシンで；または
ｊ．少なくとも１つのトリプトファンをチロシン、フェニルアラニン、メチオニン、ヒスチジン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシンもしくはグリシンで；または
ｋ．少なくとも１つのアスパラギン酸を、グルタミン酸、グルタミン、アスパラギン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｌ．少なくとも１つのアスパラギンをグリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、グルタミン、グルタミン酸もしくはアスパラギン酸で；または
ｍ．少なくとも１つのグルタミン酸をアスパラギン酸、アスパラギン、グルタミン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｎ．少なくとも１つのグルタミンを、グルタミン酸、アスパラギン酸、アスパラギン、グルタミン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｏ．少なくとも１つのリシンをアルギニン、ヒスチジン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、メチオニン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｐ．少なくとも１つのアルギニンをリシン、ヒスチジン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、メチオニン、ロイシン、もしくはイソロイシンで；または
ｑ．少なくとも１つのヒスチジンをフェニルアラニン、チロシン、リシン、アルギニン、グリシン、セリン、スレオニン、アラニン、バリン、グルタミン、アスパラギン、ロイシン、メチオニンもしくはイソロイシンで；または
ｒ．少なくとも１つのアラニンをグリシンまたはプロリンで；または
ｓ．少なくとも１つのグリシンをアラニンもしくはプロリンで；または
ｔ．少なくとも１つのセリンをアラニンもしくはグリシンで；または
ｕ．少なくとも１つの残基を非天然アミノ酸で；または
ｖ．上記の組み合わせのいずれか
で置き換えることによって変化させる、項目１から３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記ペプチド原性タンパク質の立体構造動力学の変化が：
ａ．前記開始タンパク質と比べた場合の融解温度の変化；または
ｂ．安定化のギブズ自由エネルギーもしくはタンパク質分解感受性アッセイの変化；または
ｃ．安定化のギブズ自由エネルギーの変化が、尿素もしくはグアニジニウム塩酸塩アンフォールディングなどの変性剤調節平衡アンフォールディングにより測定される、ギブズ自由エネルギーの変化
により測定される、項目１から４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
類似の立体構造が：
ａ．前記ペプチド原性タンパク質と前記開始タンパク質の両方に結合する交差反応抗体；または
ｂ．交差反応性が、免疫沈降アッセイ、表面プラズモン共鳴、等温滴定熱量測定、斜入射反射差（ＯＩ−ＲＤ）、ウェスタンブロット、放射免疫アッセイ、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、「サンドイッチ」免疫アッセイ、ゲル拡散沈降反応、免疫拡散アッセイ、凝集アッセイ、補体固定アッセイ、免疫放射定量アッセイ、蛍光免疫アッセイ、および／もしくはプロテインＡ免疫アッセイにより測定される、（ａ）の前記交差反応抗体；または
ｃ．交差反応性が結合アッセイにより測定される、（ａ）の前記交差反応抗体；または
ｄ．１０−９Ｍ未満もしくはこれに等しい解離定数（ＫＤ）を有する、（ａ）の前記交差反応抗体；または
ｅ．１０−８Ｍ未満もしくはこれに等しい、１０−７Ｍ未満もしくはこれに等しい、もしくは１０−６Ｍ未満もしくはこれに等しい解離定数（ＫＤ）を有する、（ａ）の前記交差反応抗体；
により測定される、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記開始タンパク質が：
ａ．ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）のエンベロープ糖タンパク質、ＨＩＶ  ｇｐ１２０、ＨＩＶ  ｇｐ４１、ＨＩＶ  ｇｐ１６０、エボラ抗原、ウイルス抗原、細菌抗原、寄生虫抗原、アレルゲン、毒液、毒素、腫瘍関連抗原、膜貫通ドメインタンパク質、Ｇタンパク質共役受容体、イオンチャネル、Ｃ型肝炎ウイルス抗原、Ｂ型肝炎ウイルス抗原、ＭＥＲＳ−ＣｏＶ抗原、Ｚｉｋａウイルス抗原、インフルエンザウイルス抗原、マラリア抗原；および／または
ｂ．表２に収載されるマラリア抗原のうちのいずれか１つ；および／または
ｃ．表５に収載される標的のうちのいずれか１つ；および／または
ｄ．ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ５、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ７、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＧＡＧＥ−Ｉ、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ−７、ＧＡＧＥ−８、ＢＡＧＥ−Ｉ、ＲＡＧＥ−１、ＬＢ３３／ＭＵＭ−１、ＰＲＡＭＥ、ＮＡＧ、ＭＡＧＥ−Ｘｐ２（ＭＡＧＥ−Ｂ２）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ３（ＭＡＧＥ−Ｂ３）、ＭＡＧＥ−Ｘｐ４（ＭＡＧＥ−Ｂ４）、ＭＡＧＥ−Ｃ１／ＣＴ７、ＭＡＧＥ−Ｃ２、ＮＹ−ＥＳＯ−Ｉ、ＬＡＧＥ−Ｉ、ＳＳＸ−Ｉ、ＳＳＸ−２（ＨＯＭ−ＭＥＬ−４０）、ＳＳＸ−３、ＳＳＸ−４、ＳＳＸ−５、ＳＣＰ−ＩおよびＸＡＧＥ、メラニン細胞分化抗原、ｐ５３、ｒａｓ、ＣＥＡ、ＭＵＣ１、ＰＭＳＡ、ＰＳＡ、チロシナーゼ、メランＡ、ＭＡＲＴ−１、ｇｐ１００、ｇｐ７５、アルファ−アクチニン−４、Ｂｃｒ−Ａｂｌ融合タンパク質、Ｃａｓｐ−８、ベータ−カテニン、ｃｄｃ２７、ｃｄｋ４、ｃｄｋｎ２ａ、ｃｏａ−１、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＥＦ２、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−Ａ１１、ｈｓｐ７０−２、ＫＩＡＡＯ２０５、Ｍａｒｔ２、Ｍｕｍ−２、および３、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ミオシンクラスＩ、ＯＳ−９、ｐｍｌ−ＲＡＲアルファ融合タンパク質、ＰＴＰＲＫ、Ｋ−ｒａｓ、Ｎ−ｒａｓ、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＧｎＴＶ、Ｈｅｒｖ−Ｋ−ｍｅｌ、ＮＡ−８８、ＳＰ１７、およびＴＲＰ２−Ｉｎｔ２、（ＭＡＲＴ−Ｉ）、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲ、エプスタインバーウイルス抗原、ＥＢＮＡ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原Ｅ６およびＥ７、ＴＳＰ−１８０、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｎｍ−２３Ｈ１、ＰＳＡ、ＴＡＧ−７２−４、ＣＡ  １９−９、ＣＡ  ７２−４、ＣＡＭ  １７．１、ＮｕＭａ、Ｋ−ｒａｓ、アルファ−フェトタンパク質、１３ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＡ  １２５、ＣＡ  １５−３（ＣＡ  ２７．２９＼ＢＣＡＡ）、ＣＡ  １９５、ＣＡ  ２４２、ＣＡ−５０、ＣＡＭ４３、ＣＤ６８＼ＫＰ１、ＣＯ−０２９、ＦＧＦ−５、Ｇ２５０、Ｇａ７３３（ＥｐＣＡＭ）、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＡ−５０、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ＼１７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０（Ｍａｃ−２結合タンパク質＼シクロフィリンＣ関連タンパク質）、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ、ＴＰＳ、チロシナーゼ関連タンパク質、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、またはサイトメガロウイルスリンタンパク質６５（ｐｐ６５）から選択される腫瘍関連抗原
から選択される、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記ペプチド原性タンパク質が前記動物に直接投与される、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記ペプチド原性タンパク質が：
ａ．同じ開始タンパク質；または
ｂ．複数の開始タンパク質；または
ｃ．複数の関連する開始タンパク質
由来である、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
ａ．前記ペプチド原性タンパク質をコードするポリヌクレオチドの混合物を得るステップと；
ｂ．ポリヌクレオチドの前記混合物を動物内に導入するステップであって、前記ペプチド原性タンパク質が前記ポリヌクレオチドから発現される、ステップと
をさらに含む、項目１から９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記ポリヌクレオチドが：
ａ．ｉｎ  ｖｉｔｒｏで合成される；または
ｂ．ＤＮＡ；または
ｃ．ｉｎ  ｖｉｔｒｏで転写された（ＩＶＴ）ｍＲＮＡ；または
ｄ．ポリ（Ａ）テイルを含むＩＶＴ  ｍＲＮＡ；または
ｅ．５’キャップを含むＩＶＴ  ｍＲＮＡ
である、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記ポリヌクレオチドが：
ａ．いかなるターゲティング構成成分とも会合していない；または
ｂ．細胞もしくは臓器を標的に前記ポリヌクレオチドを向けることができるターゲティング構成成分と会合している；または
ｃ．細胞もしくは臓器を標的に前記ポリヌクレオチドを向けることができるターゲティング構成成分と会合しており、前記ターゲティング構成成分がベクターである、
項目１０または１１のいずれかに記載の方法。
（項目１３）
項目１から９のいずれか一項に記載のペプチド原性タンパク質または項目１０から１２のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む動物。
（項目１４）
前記動物が哺乳動物、ヒト、マウス、ウサギ、ラマ、またはウシである、項目１から１２のいずれか一項に記載の方法または項目１３に記載の動物。
（項目１５）
前記動物が前記ポリヌクレオチドを注射されている、項目１０から１２もしくは１４のいずれか一項に記載の方法または項目１３に記載の動物。
（項目１６）
前記ポリヌクレオチドが
ａ．前記動物の筋肉内に直接注射される；
ｂ．前記動物内に複数回注射される、
項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記免疫応答が抗体を産生する、項目１から１２または１４から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記抗体を単離するステップをさらに含む、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記抗体が完全ヒト抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、モノクローナル抗体、および／またはポリクローナル抗体である、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
項目１７から１９のいずれか一項に記載の方法により産生される抗体。
（項目２１）
前記ポリクローナル抗体が、単一の単離された抗体種を得るためにさらに分画される、項目１９に記載の方法。
（項目２２）
項目２１に記載の方法により産生される単一抗体種。
（項目２３）
前記抗体が親和性成熟している、項目１７から１９もしくは２１のいずれか一項に記載の方法または項目２０で産生される抗体または項目２２で産生される単一抗体種。
（項目２４）
前記親和性成熟が：
ａ．ファージディスプレイ、酵母ディスプレイ、もしくはリボソームディスプレイ；または
ｂ．パニング技法
により起こる、項目２３に記載の方法または抗体。
（項目２５）
項目２３または２４のいずれかに記載の方法により産生される抗体。
（項目２６）
項目２０、２２、または２５のいずれか一項に記載の抗体をコードするポリヌクレオチド。
（項目２７）
異種プロモーターをさらに含む、項目２６に記載のポリヌクレオチド。
（項目２８）
ベクター配列をさらに含む項目２６または２７のいずれかに記載のポリヌクレオチド。
（項目２９）
項目１１から１２または２５から２８のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む宿主細胞。
（項目３０）
ペプチド原性タンパク質の混合物をコードするポリヌクレオチドの混合物。
（項目３１）
前記ポリヌクレオチドが：
ａ．同じ開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物をコードする；または
ｂ．複数の開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物をコードする；またはｃ．複数の関連する開始タンパク質由来のペプチド原性タンパク質の混合物をコードする；または
ｄ．ｉｎ  ｖｉｔｒｏで合成される；または
ｅ．ＤＮＡである；または
ｆ．ｉｎ  ｖｉｔｒｏで転写された（ＩＶＴ）ｍＲＮＡである；または
ｇ．ポリ（Ａ）テイルを含むＩＶＴ  ｍＲＮＡである；または
ｈ．５’キャップを含むＩＶＴ  ｍＲＮＡである、
項目３０に記載のポリヌクレオチドの混合物。