【手続補正書】
【提出日】平成20年10月24日(2008.10.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
質量分析データを処理する方法であって、
ａ．質量電荷比の範囲に関して時間領域の質量分析データのセットを取得するステップと、
ｂ．その取得された時間領域データのサブセットを周波数領域に変換するステップと、
ｃ．第１のしきい値を前記周波数領域データのサブセットに適用して、前記範囲の質量電荷比を有するイオンの存在を示すピークデータからノイズデータを識別するステップと、
ｄ．前記取得された時間領域データの全データセットを実質的に周波数領域に変換するステップと、
ｅ．ピークデータを含めるためにステップ（ｃ）において識別された前記変換済みデータサブセットの領域に対応するその変換済み全データセット内の領域を識別するステップとを備えることを特徴とする方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、
前記ステップ（ｅ）において識別された領域内にある前記変換済み全データセットからデータを格納するステップおよび／または表示するステップと、それらの領域外のデータをノイズとして拒否するステップとをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項３】
請求項１または請求項２に記載の方法であって、第２のしきい値を周波数領域の前記変換済み全データセットに適用するが、その前記識別された領域のみに適用するステップをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項４】
質量分析データを処理する方法であって、
ａ．質量電荷比（ｍ／ｚ）の範囲に関して時間領域において取得された質量分析データの第１のセットを周波数領域に変換するステップと、
ｂ．質量分析データの前記第１のセットとは異なる、時間領域の質量分析データの第２のセットを周波数領域に変換するステップと、
ｃ．周波数領域のデータの各セットに共通のピークを識別するように、周波数領域の質量分析データの前記第１のセットを周波数領域の質量分析データの前記第２のセットと相関させるステップとを備えることを特徴とする方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、時間領域の質量分析データの前記第１および第２のセットは各々時間領域の全データセットの異なるサブセットを備え、前記方法は、質量分析データの前記第１および第２のセットを相関させるステップ（ｃ）の後に、
ｄ．前記時間領域からの全データセットのすべてを実質的に周波数領域に変換するステップと、
ｅ．前記範囲内の質量電荷比を有するイオンの存在を示すピークデータからノイズデータを識別する第１のしきい値を前記変換済み全データセットに適用するステップであって、前記第１のしきい値は前記ピークの領域のみに適用されるステップとをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法であって、各識別されたピークの領域外にある前記変換済み全データセットのデータをノイズデータとして拒否するステップをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項７】
請求項５または請求項６に記載の方法であって、前記第１および第２の時間領域データセットは実質的に、時間領域の前記全データセットの非重複サブセットであることを特徴とする方法。
【請求項８】
請求項５または請求項６に記載の方法であって、前記第１および第２の時間領域データセットは相互に重複することを特徴とする方法。
【請求項９】
請求項８に記載の方法であって、時間領域の前記第１のデータセットは前記第２のセットのサブセットであるか、またはその逆であることを特徴とする方法。
【請求項１０】
請求項５または請求項６に記載の方法であって、質量分析データの前記第１および第２のセットのうちの少なくとも１つは、前記全データセットのサブセットではないことを特徴とする方法。
【請求項１１】
請求項４から請求項１０のいずれかに記載の方法であって、周波数領域の質量分析データの前記第１および第２のセットを相関させるステップ（ｃ）は、
ｆ．周波数領域の質量分析データの前記第１のセットのピークの位置を、周波数領域の質量分析データの前記第２のセットのピークの位置と比較するステップと、
ｇ．周波数領域データの前記第１および第２のセットの各々で実質的に同じ位置を有するピークを識別するステップとを備えることを特徴とする方法。
【請求項１２】
請求項４から請求項１１のいずれかに記載の方法であって、周波数領域の質量分析データの前記第１および第２のセットを相関させるステップ（ｃ）は、
ｈ．周波数領域の質量分析データの前記第１のセットのピークの位相を、周波数領域の質量分析データの前記第２のセットのピークの位相と比較するステップと、
ｉ．周波数領域データの前記第１および第２の各セットの間で整合性のある位相を有するピークを識別するステップとを備えることを特徴とする方法。
【請求項１３】
請求項４から請求項１２のいずれかに記載の方法であって、周波数領域の質量分析データの前記第１および第２のセットを相関させるステップ（ｃ）は、前記第１の周波数領域セットの質量分析データの実質的にすべてを、前記第２の周波数領域セットの質量分析データの実質的にすべてと比較するステップを備えることを特徴とする方法。
【請求項１４】
請求項４に記載の方法であって、前記質量分析データを相関させるステップ（ｃ）は、
周波数領域のデータの前記第１のセットに第１のしきい値を適用するステップと、
周波数領域のデータの前記第２のセットに第２のしきい値を適用するステップと、
前記第１のしきい値を超える周波数領域の前記第１のセットの前記データを、前記第２のしきい値を超える周波数領域の前記第２のセットの前記データと比較するステップとを備えることを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項１から請求項１４のいずれか一項に記載の方法であって、
前記第１のしきい値の適用に続いて、前記全データセットからのピークデータのみを格納するステップをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項１６】
請求項５に記載の方法であって、前記範囲内の質量電荷比を有するイオンの存在を示すピークを識別するために周波数領域の前記第１および第２のデータセットを相関させる前記ステップ（ｃ）に加えて、前記方法は、前記ステップ（ｄ）に先立ち、
ｈ．周波数領域の前記第１および第２のデータセットのうちの少なくとも１つに前記第１のしきい値よりも高い第２のしきい値を適用して、前記範囲内の質量電荷比を有するイオンの存在を示すが前記第１および第２のデータセットを相関させる前記ステップ（ｃ）を通じて見い出されていないピークを識別するステップをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項５に記載の方法であって、前記範囲内の質量電荷比を有するイオンの存在を示すピークを識別するために周波数領域の前記第１および第２のデータセットを相関させる前記ステップ（ｃ）に加えて、前記方法は、前記ステップ（ｅ）に先立ち、
（ｉ）前記全データセットから、各識別されたピークに関連するデータを差し引くステップと、
（ｊ）第２のしきい値を前記全データセットの残りのデータに適用するステップとをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項１８】
請求項１４または請求項１５に記載の方法であって、前記第１のしきい値を超えるピークデータおよび前記第２のしきい値を超えるピークデータを格納するステップと、前記全データセットからの前記残りのデータをノイズとして拒否するステップとをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項１９】
質量分析データを処理する方法であって、
（ａ）質量電荷比の範囲に関して時間領域の質量分析データのセットを取得するステップと、
（ｂ）その取得された時間領域データの第１のサブセットを周波数領域に変換するステップと、
（ｃ）その取得された時間領域データの第２サブセットを周波数領域に変換するステップと、
（ｄ）前記取得された時間領域データの全データセットを実質的に周波数領域に変換するステップと、
（ｅ）周波数領域の前記第１および第２のサブセットのうちの少なくとも１つに第１のしきい値を適用して、ピークデータを含むそのデータの１つまたは複数の領域を識別するステップと、
（ｆ）周波数領域のデータの前記第１のサブセットを周波数領域のデータの前記第２のサブセットと相関させて、各々の前記サブセットに共通のデータの１つまたは複数の領域を識別するステップとを備えることを特徴とする方法。
【請求項２０】
請求項１９に記載の方法であって、前記ステップ（ｅ）または前記ステップ（ｆ）によって識別された前記領域または各領域に対応する前記変換済み全データセットのデータの１つまたは複数の領域を識別するステップをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項２１】
請求項１９に記載の方法であって、前記ステップ（ｅ）、およびさらに前記ステップ（ｆ）によって識別された前記領域または各領域に対応する前記変換済み全データセットのデータの１つまたは複数の領域を識別するステップをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項２２】
請求項２０または請求項２１に記載の方法であって、前記ステップ（ｅ）および／または前記ステップ（ｆ）によって識別された前記変換済み全データセットからのデータの前記領域を格納するステップをさらに備えることを特徴とする方法。
【請求項２３】
プログラム要素を備えるコンピュータプログラムであって、前記プログラムは実行されると、請求項１から請求項２２のいずれか一項に記載の方法を実施することを特徴とするコンピュータプログラム。
【請求項２４】
請求項２３に記載のコンピュータプログラムを含むことを特徴とするコンピュータプログラム製品。
【請求項２５】
請求項１から請求項２２のいずれかに記載の方法を実施するように構成されたデータ処理手段を含むことを特徴とするフーリエ変換質量分析機。