【手続補正書】
【提出日】平成20年7月7日(2008.7.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
CEA、CK19、CK20、TACSTD1、VIL1、PVAおよびCK7の一つに特異的な第一のmRNA種が患者のリンパ節から調製したRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定することを含む、リンパ節中の食道癌細胞の存在の指標であるマーカーの発現を同定する方法であって、その場合、それらのmRNA種の過剰がリンパ節中の転移性の食道癌細胞の存在の指標である、前記方法。
【請求項２】
CEA、CK19、CK20、TACSTD1、VIL1、PVAおよびCK7の1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上の追加の第二のmRNA種であって第一のmRNA種とは異なるものが、リンパ節から調製したRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定することをさらに含み、その場合、それらの第一のmRNA種の過剰および1またはそれ以上の追加の第二のmRNA種の過剰がリンパ節中での転移性の食道癌細胞の存在の指標である、請求項1に記載の方法。
【請求項３】
第一のmRNA種がCEAに対して特異的であり、そして第二のmRNA種がCK19に対して特異的である、請求項2に記載の方法。
【請求項４】
第一のmRNA種がCK19に対して特異的であり、そして第二のmRNA種がCEAに対して特異的である、請求項2に記載の方法。
【請求項５】
第一のmRNA種がCK20に対して特異的であり、そして第二のmRNA種がCK19に対して特異的である、請求項2に記載の方法。
【請求項６】
第一のmRNA種がTACSTD1に対して特異的であり、そして第二のmRNA種がCEA、CK7、CK19、CK20、またはVIL1のいずれか一つに対して特異的である、請求項2に記載の方法。
【請求項７】
第一のmRNA種がVIL1に対して特異的であり、そして第二のmRNA種がCK19に対して特異的である、請求項2に記載の方法。
【請求項８】
核酸増幅アッセイを使用して、1またはそれ以上のmRNA種がRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定する、請求項1または2に記載の方法。
【請求項９】
核酸増幅アッセイが、PCRアッセイ、等温性増幅アッセイ、RT-PCRアッセイ、QRT-PCRアッセイ、ローリングサークル増幅アッセイ、および核酸配列ベースの増幅アッセイからなる群から選択されるアッセイである、請求項8に記載の方法。
【請求項１０】
核酸増幅アッセイが、パドロックプライマーを使用するローリングサークル増幅アッセイである、請求項9に記載の方法。
【請求項１１】
核酸増幅アッセイが多重化アッセイである、請求項8または9に記載の方法。
【請求項１２】
核酸増幅アッセイが、CEA、CK19、CK20、TACSTD1、VIL1、およびCK7の1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上のプライマー対を使用するRT-PCRアッセイである、請求項9または11に記載の方法。
【請求項１３】
プライマー対が、以下の表に示されるCEA、CK19、CK20、TACSTD1、VIL1、およびCK7プライマーの少なくとも約10個の連続する核酸から本質的に構成される、請求項12に記載の方法。
【表１】
2008505644.tif 000001
【請求項１４】
CEA、CK19、PTHrP、PVA、TACSTD1およびSCCA1.2の一つに対して特異的な第一のmRNA種が患者のリンパ節から調製されたRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定することを含む、リンパ節中における頭頸部の扁平上皮細胞癌の細胞の存在の指標であるマーカーの発現を同定する方法であって、その場合、それらのmRNA種の過剰がリンパ節中での頭頸部の扁平上皮細胞癌の転移性の細胞の存在の指標である、前記方法。
【請求項１５】
CEA、CK19、PTHrP、PVA、TACSTD1およびSCCA1.2の1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上の追加の第二のmRNA種であって第一のmRNA種とは異なるものが、リンパ節から調製されたRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定することをさらに含み、その場合、それらの第一のmRNA種の過剰および1またはそれ以上の追加の第二のmRNA種の過剰がリンパ節中での頭頸部の扁平上皮細胞癌の細胞の存在の指標である、請求項25に記載の方法。
【請求項１６】
第一のmRNA種がPTHrPに対して特異的であり、そして第二のmRNA種がSCCA1.2またはPVAに対して特異的である、請求項15に記載の方法。
【請求項１７】
第一のmRNA種がPVAに対して特異的であり、そして第二のmRNA種がSCCA1.2に対して特異的である、請求項15に記載の方法。
【請求項１８】
第一のmRNA種がTACSTD1に対して特異的であり、そして第二のmRNA種がSCCA1.2、PVA、またはPTHrPのいずれか一つに対して特異的である、請求項15に記載の方法。
【請求項１９】
核酸増幅アッセイを使用して、1またはそれ以上のmRNA種がRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定する、請求項14または15に記載の方法。
【請求項２０】
核酸増幅アッセイが、PCRアッセイ、等温性増幅アッセイ、RT-PCRアッセイ、QRT-PCRアッセイ、ローリングサークル増幅アッセイ、および核酸配列ベースの増幅アッセイからなる群から選択されるアッセイである、請求項19に記載の方法。
【請求項２１】
核酸増幅アッセイが、パドロックプライマーを使用するローリングサークル増幅アッセイである、請求項20に記載の方法。
【請求項２２】
核酸増幅アッセイが多重化アッセイである、請求項19または20に記載の方法。
【請求項２３】
核酸増幅アッセイが、CEA、CK19、PTHrP、PVA、TACSTD1およびSCCA1.2の1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上のプライマー対を使用するRT-PCRアッセイである、請求項20または22に記載の方法。
【請求項２４】
プライマー対が、以下の表に示されるCEA、CK19、PTHrP、PVA、TACSTD1およびSCCA1.2プライマーの少なくとも約10個の連続した核酸から本質的に構成される、請求項23に記載の方法。
【表２】
2008505644.tif 000002
【請求項２５】
PVAに対して特異的な第一のmRNA種が患者のリンパ節から調製されたRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定することを含む、リンパ節中における扁平上皮細胞癌の細胞の存在の指標であるマーカーの発現を同定する方法であって、その場合、そのmRNAの過剰がリンパ節中での扁平上皮細胞癌の転移性の細胞の存在の指標である、前記方法。
【請求項２６】
CDX1、TACSTD1およびVIL1の一つに対して特異的な第一のmRNA種が患者のリンパ節から調製されたRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定することを含む、リンパ節中における結腸癌細胞の存在の指標であるマーカーの発現を同定する方法であって、その場合、それらの第一のmRNA種の過剰がリンパ節中での転移性の結腸癌細胞の存在の指標である、前記方法。
【請求項２７】
CDX1、CEA、CK19、CK20、TACSTD1、およびVIL1の1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上の追加の第二のmRNA種であって第一のmRNA種とは異なるものが、リンパ節から調製されたRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定することをさらに含み、その場合、それらの第一のmRNA種の過剰および1またはそれ以上の追加の第二のmRNA種の過剰がリンパ節中での転移性の結腸癌細胞の存在の指標である、請求項26に記載の方法。
【請求項２８】
核酸増幅アッセイを使用して、1またはそれ以上のmRNA種がRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定する、請求項26または27に記載の方法。
【請求項２９】
核酸増幅アッセイが、PCRアッセイ、等温性増幅アッセイ、RT-PCRアッセイ、QRT-PCRアッセイ、ローリングサークル増幅アッセイ、および核酸配列ベースの増幅アッセイからなる群から選択されるアッセイである、請求項28に記載の方法。
【請求項３０】
核酸増幅アッセイが、パドロックプライマーを使用するローリングサークル増幅アッセイである、請求項29に記載の方法。
【請求項３１】
核酸増幅アッセイが多重化アッセイである、請求項28または29に記載の方法。
【請求項３２】
核酸増幅アッセイが、CEA、CK19、PTHrP、PVA、TACSTD1およびSCCA1.2の1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上のプライマー対を使用するRT-PCRアッセイである、請求項29または31に記載の方法。
【請求項３３】
プライマー対が、以下の表に示されたCEA、CK19、PTHrP、PVA、TACSTD1およびSCCA1.2プライマーの少なくとも約10個の連続した核酸から本質的に構成される、請求項32に記載の方法。
【表３】
2008505644.tif 000003
【請求項３４】
MAGEA136-plexに対して特異的な第一のmRNA種が患者のリンパ節から調製されたRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定することを含む、リンパ節中におけるメラノーマ細胞の存在の指標であるマーカーの発現を同定する方法であって、その場合、その第一のmRNA種の過剰がリンパ節中でのメラノーマ細胞の存在の指標である、前記方法。
【請求項３５】
MART1またはTYRに対して特異的な第二のmRNA種がRNAサンプル中で過剰であるかどうかを決定することをさらに含み、その場合、その第二のmRNA種の過剰がリンパ節中でのメラノーマ細胞の存在の指標である、請求項34に記載の方法。
【請求項３６】
（a）  CK19、CK20、SCCA1.2、TACSTD1、VIL1、PVAおよびCK7の1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上のプライマーまたはプローブ、および食道癌と診断されたかまたは食道癌を有すると疑われる患者のリンパ節から抽出したRNA；
（b）  CEA、CK19、PTHrP、PVA、TACSTD1およびSCCA1.2の1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上のプライマーまたはプローブ、および頭頸部の扁平上皮細胞癌と診断されたかまたは頭頸部の扁平上皮細胞癌を有すると疑われる患者のリンパ節から抽出したRNA；
（c）  CDX1、TACSTD1およびVIL1の1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上のプライマーまたはプローブ、および結腸癌と診断されたかまたは結腸癌を有すると疑われる患者のリンパ節から抽出したRNA;
（d）  MAGEA136-plex、MART1、およびTYRの1またはそれ以上に対して特異的な1またはそれ以上のプライマーまたはプローブ、およびメラノーマと診断されたかまたはメラノーマを有すると疑われる患者のリンパ節から抽出したRNA；または
（e）  PVAに対して特異的な1またはそれ以上のプライマーまたはプローブ、および扁平上皮細胞癌と診断されたかまたは扁平上皮細胞癌を有すると疑われる患者のリンパ節から抽出したRNA；
を含む、組成物。
【請求項３７】
以下の（a）〜（g）の配列：
（a）  GTGAGGAGGCAAGGTTYTSAG（SEQ ID NO: 18）；
（b）  AGACCCACWGGCAGATLTTGTC（SEQ ID NO: 19）；
（c）  AGGATTCCCTGGAGGCCACAGAGG（SEQ ID NO: 6、塩基80〜103）；
（d）  ACAGGCTGACCTGGAGGACCAGAGG（SEQ ID NO: 7、塩基90〜104）；
（e）  AAGCTGCAACATATCATGTTGATAGG（SEQ ID NO: 12、塩基267〜292）；
（f）  GGCGATCTTCAGCTCATATGC（SEQ ID NO: 29）；および
（g）  TGTTCATCACCAGTTTCAAAAGCTTCTGACT（SEQ ID NO: 12、塩基301〜331）；
の10またはそれ以上の連続した核酸から本質的に構成される単離・精製された核酸。
【請求項３８】
（a）〜（g）の一つの15個の連続した核酸から本質的に構成される、請求項37に記載の単離・精製された核酸。
【請求項３９】
（a）〜（g）の配列の一つから本質的に構成される、請求項37に記載の単離・精製された核酸。