【手続補正書】
【提出日】平成31年2月1日(2019.2.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
実験室用機器のキャリブレーションのための方法であって、前記方法は、
光源を備える光学系を提供することであって、前記光学系は、前記光源による励起の際に複数の生体試料からの蛍光発光をイメージングすることができ、各生体試料は、サンプルウェルプレート上の複数のサンプルウェルのうちの１つ内に含まれている、ことと、
前記光学系を使用して、各サンプルウェルからの１つ以上の蛍光閾値に関連する、前記複数のサンプルウェルにおける蛍光発光を検出することによって、少なくとも１つの初期の関心領域（ＲＯＩ）を推定することと、
各ＲＯＩの１つ以上の中心位置を推定することと、
各ＲＯＩのサイズを推定することと、
前記複数のサンプルウェルから前記ＲＯＩの平均的サイズを決定することと、
１つ以上の広域グリッディングモデルを導出することであって、前記広域グリッディングモデルは、各ＲＯＩの前記推定された中心位置を分析する、ことと、
前記広域グリッディングモデルを適用して、前記推定された中心位置を前記サンプルウェルプレートのレイアウトの１つ以上の位置座標に関連付けることによって、前記ＲＯＩ中心位置の精度を向上させることと、
前記広域グリッディングモデルの１つ以上のマッピング関数を用いて、見落としていたＲＯＩを回復させることと、
前記ＲＯＩのサイズを調整することであって、前記調整は、前記光学系のシグナル対ノイズ比を向上させることと
を含む、方法。
【請求項２】
各生体試料は、１つ以上のスペクトルで識別可能な色素を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記１つ以上のスペクトルで識別可能な色素は、ＦＡＭ、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ、ＶＩＣ、ＪＯＥ、ＴＡＭＲＡ、ＮＥＤ、ＣＹ−３、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、ＣＹ−５、Ｍｕｓｔａｎｇ  Ｐｕｒｐｌｅ、またはＲＯＸを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記生体試料は、前記励起に反応して所定の波長で蛍光を発する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記実験室用機器は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）プロセスを通して前記１つ以上の生体試料を分析するように構成されている、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記光源は、レーザ、発光ダイオード（ＬＥＤ）、または広域スペクトル光源を備える、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記広域グリッディングモデルは、前記ＲＯＩ間の中心間距離をウェルプレートレイアウトのグリッド座標と比較して、各ＲＯＩに対するＸグリッド座標およびＹグリッド座標を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
マッピング関数を決定および適用して、各グリッド座標をＲＯＩの中心にマップすることをさらに備える、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
実験室用機器における１つ以上の生体試料に対して関心領域（ＲＯＩ）位置をキャリブレーションするためのシステムであって、前記システムは、
光学検出システムであって、前記光学検出システムは、
複数のフィルタと、
少なくとも１つの励起源と、
前記少なくとも１つの励起源による励起の際に前記１つ以上の生体試料からの蛍光発光の１つ以上のイメージを収集するように構成された少なくとも１つの検出器と、
複数のサンプルウェルを備えるマイクロウェルトレイであって、各生体試料は、サンプルウェル内に含まれている、マイクロウェルトレイと
を備える、光学検出システムと、
コンピュータシステムであって、
少なくとも１つのプロセッサであって、前記少なくとも１つのプロセッサは、
前記１つ以上の生体試料からの蛍光発光の前記１つ以上のイメージと、ユーザから受信される１つ以上の入力パラメータとに基づいて、１つ以上のＲＯＩ中心位置の推定値を設定することと、
各ＲＯＩのサイズを推定することと、
複数のサンプルウェルから前記ＲＯＩの平均的サイズを決定することと、
前記推定されたＲＯＩ中心位置を分析して、隣接するＲＯＩを求めることと、
１つ以上のマッピング関数を適用して、前記推定された中心位置を前記マイクロウェルトレイのレイアウトの１つ以上の位置座標に関連付けることによって、前記ＲＯＩ中心位置の精度を向上させることと、
前記１つ以上のマッピング関数を用いて、見落としていたＲＯＩを回復させることと、
前記ＲＯＩのサイズを調整することであって、前記調整は、前記光学検出システムのシグナル対ノイズ比を向上させることと
を行うように構成されている、少なくとも１つのプロセッサと、
少なくとも１つのコンピュータ可読媒体と、
前記少なくとも１つのプロセッサに接続され、かつ前記ユーザからの前記１つ以上の入力パラメータを受信するように構成されている、少なくとも１つの入力装置と、
少なくとも１つのディスプレイと
を備える、コンピュータシステムと
を備える、システム。
【請求項１０】
前記少なくとも１つのコンピュータ可読媒体は、前記プロセッサに接続されている、請求項９に記載のシステム。
【請求項１１】
前記少なくとも１つのコンピュータ可読媒体は、前記プロセッサによって実行可能な命令を含む、請求項１０に記載のシステム。
【請求項１２】
前記プロセッサによって実行される前記命令は、前記ＲＯＩを決定し、前記ＲＯＩ位置のキャリブレーションを自動化するための少なくとも１つのステップを含む、請求項１１に記載のシステム。
【請求項１３】
前記複数のフィルタは、少なくとも１つの励起フィルタ、少なくとも１つの発光フィルタ、および少なくとも１つのビームスプリッタを含む、請求項９に記載のシステム。
【請求項１４】
前記少なくとも１つの生体試料は、少なくとも１つの蛍光色素を含む、請求項９に記載のシステム。
【請求項１５】
ユーザが前記１つ以上の入力パラメータを選択することを可能にするように構成されたグラフィックユーザインタフェース（ＧＵＩ）をさらに備える、請求項９に記載のシステム。
【請求項１６】
前記１つ以上の入力パラメータは、閾値範囲およびステップ、ウェルサイズ、ウェル中心間距離、サブアレイ間の間隔、ミリメータあたりの光学画素、およびプレートレイアウトのうちの１つ以上を含む、請求項９に記載のシステム。
【請求項１７】
前記少なくとも１つの入力装置は、前記プロセッサに情報を伝達するように構成されている英数字および他のキーを備える、請求項９に記載のシステム。
【請求項１８】
前記少なくとも１つの入力装置は、前記プロセッサに方向情報を伝達するカーソル制御部をさらに備える、請求項１７に記載のシステム。
【請求項１９】
前記複数のサンプルウェルは、１つ以上のプレートレイアウトパラメータを備えるグリッドパターンに配置されている、請求項９に記載のシステム。
【請求項２０】
前記１つ以上のプレートレイアウトパラメータは、ウェルの数、列の数、および行の数を含み、各ウェルは、ＸＹ座標のセットを備える、請求項１９に記載のシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
別の実施形態では、少なくとも１つの入力装置が、プロセッサに情報を伝達するように構成されている英数字および他のキーと、プロセッサに方向情報を伝達するカーソル制御部とを含む。
本願明細書は、例えば、以下の項目も提供する。
（項目１）
実験室用機器のキャリブレーションの方法であって、
複数のサンプル・ウェルからの蛍光発光をイメージングすることのできる光学系を設けることと、
前記サンプル・ウェルのそれぞれからの蛍光閾値から初期の関心領域（ＲＯＩ）を推定することと、
前記ＲＯＩのそれぞれの中心位置を推定することと、
前記ＲＯＩのそれぞれのサイズを推定することと、
前記複数のサンプル・ウェルから前記ＲＯＩの平均的サイズを測定することと、
広域グリッディング・モデルを導出することであって、前記広域グリッディング・モデルが前記ＲＯＩのそれぞれの位置をより良好に配置することと、
前記広域グリッディング・モデルを前記ＲＯＩに適用することであって、前記広域グリッディング・モデルの適用が前記ＲＯＩの中心位置の精度を向上させることと、
マッピング関数を用いて、見落としていたＲＯＩを回復させることと、
前記ＲＯＩの半径を調整することであって、前記調整によって光学系のシグナル対ノイズ比を向上させることができる、方法。
（項目２）
前記サンプル・ウェルのそれぞれが生体試料を含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記生体試料が前記光源によって励起される、項目１および２に記載の方法。
（項目４）
前記生体試料が励起に反応して所定の波長で蛍光を発する、項目１から３に記載の方法。
（項目５）
前記蛍光が光学系によって検出される、項目１から４に記載の方法。
（項目６）
前記生体試料がスペクトルで識別可能な色素を含む、項目１および２に記載の方法。
（項目７）
前記広域グリッディング・モデルが、前記ＲＯＩ間の中心間距離とウェル・プレート・レイアウトのグリッド座標とを比較して、前記ＲＯＩのそれぞれに対するＸグリッド座標およびＹグリッド座標を決定することを含む、項目１から６のいずれかに記載の方法。
（項目８）
マッピング関数を決定し適用して、各座標を各ＲＯＩの中心にマップすることをさらに備える、項目１および７に記載の方法。
（項目９）
関心領域（ＲＯＩ）をキャリブレーションするシステムであって、前記システムは、
コンピュータ・システムであって、
少なくとも１つのプロセッサと、
少なくとも１つのコンピュータ可読媒体と、を備えるコンピュータ・システムと、
少なくとも１つの入力装置と、
少なくとも１つのディスプレイと、
１つの光検出システムであって
複数のフィルタと、
少なくとも１つの励起源と、
少なくとも１つの検出器と、
１つのマイクロウェル・トレイと、を備える、１つの光検出システムと、
を備える、コンピュータ・システム。
（項目１０）
前記少なくとも１つのコンピュータ可読媒体が、前記プロセッサに接続されている、項目９に記載のシステム。
（項目１１）
前記少なくとも１つのコンピュータ可読媒体が、前記プロセッサによって実行可能な命令を含む、項目９および１０に記載のシステム。
（項目１２）
前記プロセッサによって実行可能な前記命令が、前記ＲＯＩを測定する少なくとも１つの工程を含み、前記ＲＯＩのキャリブレーションを自動化する、項目９から１１に記載のシステム。
（項目１３）
前記複数のフィルタが、少なくとも１つの励起フィルタと、少なくとも１つの放出フィルタと、少なくとも１つの分光器とを含む、項目９に記載のシステム。
（項目１４）
前記マイクロウェル・トレイが、少なくとも１つの蛍光色素を含む少なくとも１つの生体試料を含む、項目９に記載のシステム。
（項目１５）
前記少なくとも１つの検出器が、少なくとも１つの蛍光色素を含む前記少なくとも１つの生体試料をイメージングする、項目１４に記載のシステム。
（項目１６）
前記少なくとも１つのディスプレイが、ユーザに情報を提供する、項目９に記載のシステム。
（項目１７）
前記少なくとも１つの入力装置が、前記プロセッサに情報を伝達するように構成されている英数字および他のキーを備える、項目９に記載のシステム。
（項目１８）
前記少なくとも１つの入力装置が、前記プロセッサに方向情報を伝達するカーソル制御部をさらに備える、項目１７に記載のシステム。