【手続補正書】
【提出日】平成20年5月22日(2008.5.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な影響を与えない化合物と、血液製剤を接触させる段階を含む、ヒト血液製剤を処理する方法。
【請求項２】
阻害が、化合物で処理された感染細胞から放出されるビリオンの量を有意に減少させない、請求項1記載の方法。
【請求項３】
阻害が、化合物で処理された感染細胞から放出されるビリオンへのRNAの取り込みの量に対して有意な効果を有さない、請求項1記載の方法。
【請求項４】
化合物が、化合物で処理された感染細胞から放出されたビリオンの成熟を阻害する、請求項1記載の方法。
【請求項５】
処理された感染細胞から放出されたビリオンの大部分が、野生型ビリオンと比較して変化した表現型を示し、該表現型が以下からなる群より選択される、請求項1記載の方法:
(a)ウイルス粒子に関して非中心性である球状の高電子密度コアを有するビリオン;
(b)ウイルス膜のすぐ内側に位置する半月状高電子密度層を有するビリオン;
(c)減少した感染性を有するかまたは感染性を有さないビリオン;および
(d)(a)から(c)までのいずれか1つの組み合わせ。
【請求項６】
変異型レンチウイルスの複製を3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)に対してより感受性を低くする、Gagをコードする核酸配列中の変異を含む、変異型レンチウイルス。
【請求項７】
ウイルスのGagポリペプチドが3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸に結合しない、請求項6記載の変異型レンチウイルス。
【請求項８】
変異が、変異型レンチウイルスの複製をDSBによるp25(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングの阻害に対しての感受性をさらにより低くする、請求項6記載の該変異型レンチウイルス。
【請求項９】
Gag p25タンパク質(CA-SP1)をコードするヌクレオチド配列中の変異を含む、請求項6記載の変異型レンチウイルス。
【請求項１０】
Gagポリペプチドをコードし、1つまたは複数のアミノ酸が、CA-SP1領域におけるアミノ酸配列から欠失しているか、またはその中で置換されている、請求項9記載の変異型レンチウイルス。
【請求項１１】
変異が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列中で起こる、請求項6記載の変異型レンチウイルス:
2008504808.tif 000001
。
【請求項１２】
変異が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列中で起こる、請求項6記載の変異型レンチウイルス:
2008504808.tif 000002
。
【請求項１３】
変異が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるヌクレオチド配列中で起こる、請求項6記載の変異型レンチウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項１４】
変異が、以下からなる群より選択されるヌクレオチド配列中で起こる、請求項6記載の変異型レンチウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項１５】
CA-SP1における変異が、以下からなる群より選択されるアミノ酸をコードするコドン中で起こる、請求項6記載の変異型レンチウイルス:
(a)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸1(グリシン);
(b)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸2(ヒスチジン);
(c)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸6(バリンまたはイソロイシン);
(d)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸7(ロイシン);
(e)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸8(アラニン);
(f)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸10(アラニン);
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸11(メチオニン);
(h)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸12(セリン);
(i)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸13(グルタミン);
(j)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸14(バリン);
(k)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸15(スレオニン);
(l)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸16(アスパラギン);および
(m)
2008504808.tif 000003
中のアミノ酸45(アラニン)。
【請求項１６】
CA-SP1配列中の変異が以下からなる群より選択されるコードされたアミノ酸配列の変化を生じる、請求項6記載の変異型レンチウイルス:
(a)GHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のグリシン;
(b)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸2におけるヒスチジンからグルタミン;
(c)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸2におけるヒスチジンからチロシン;
(d)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸6におけるバリンまたはイソロイシンからロイシン;
(e)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸7におけるロイシンからメチオニン;
(f)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸8におけるアラニンからバリン;
(g)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸10におけるアラニンからバリン;
(h)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸11におけるメチオニンからロイシン;
(i)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸12におけるセリンからロイシン;
(j)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸13におけるグルタミンからグルタミン酸;
(k)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸14におけるバリンからアラニン;
(l)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸15におけるスレオニンからロイシン;
(m)SHKARILAEAMSQVTN(SEQ ID NO:116)またはGHKARVLAEAMSQVTN(SEQ ID NO:117)中のアミノ酸16におけるアスパラギンからアラニン;
(n)
2008504808.tif 000004
中のアミノ酸45におけるアラニンからスレオニン。
【請求項１７】
変異がSEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド中で起こる、請求項6記載の変異型レンチウイルス。
【請求項１８】
変異型HIV-1である、請求項6〜17のいずれか1項に記載の変異型レンチウイルス。
【請求項１９】
その複製が3-O-(3'-3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)によって阻害される、組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項２０】
DSBがウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが他のGagプロセシング段階を有意に阻害しない、請求項19記載の組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項２１】
ウイルスのGagポリペプチドが3-O-(3',-3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸に結合する、請求項19記載の組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項２２】
以下からなる群に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列を含むp25(CA-SP1)タンパク質を含む、請求項19記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
2008504808.tif 000005
。
【請求項２３】
以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むp25(CA-SP1)タンパク質を含む、請求項22記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
2008504808.tif 000006
。
【請求項２４】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である、CA-SP1をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項19記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項２５】
以下からなる群より選択される配列を有する、CA-SP1をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項19記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項２６】
SEQ ID NO:121〜443のいずれかから選択されるアミノ酸配列を含むp25(CA-SP1)を含む、請求項19記載の組換え非HIV-1レトロウイルス。
【請求項２７】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるヌクレオチド配列を有する、請求項19記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:90;
(b)SEQ ID NO:92;
(c)SEQ ID NO:94;
(d)SEQ ID NO:96;および
(e)SEQ ID NO:98。
【請求項２８】
以下からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有する、請求項19記載の組換え非HIV-1レトロウイルス:
(a)SEQ ID NO:90;
(b)SEQ ID NO:92;
(c)SEQ ID NO:94;
(d)SEQ ID NO:96;および
(e)SEQ ID NO:98。
【請求項２９】
HIV-2、HTLV-I、HTLV-II、SIV、トリ白血病ウイルス(ALV)、内因性トリレトロウイルス(EAV)、マウス乳腺癌ウイルス(MMTV)、ネコ免疫不全ウイルス(FIV)、ウシ免疫不全ウイルス(BIV)、ヤギ関節炎脳炎ウイルス(CAEV)、ビスナ-マエディウイルス、およびネコ白血病ウイルス(FeLV)からなる群より選択されるウイルスから誘導される、請求項19記載の組換え非HIV-Iレトロウイルス。
【請求項３０】
以下からなる群より選択されるウイルスから誘導される、請求項29記載の組換え非HIV-Iレトロウイルス:
(a)SIV;
(b)FIV;
(c)EAIV;
(d)BIV;
(e)CAEV;および
(f)ビスナ-マエディウイルス。
【請求項３１】
請求項19記載の組換え非HIV-1レトロウイルスに感染した適切な非ヒト動物宿主を含む、レンチウイルス感染の動物モデル。
【請求項３２】
非ヒト動物宿主が以下からなる群より選択される、請求項31記載の動物モデル:
(a)ネコ;
(b)サル;
(c)類人猿;
(d)ウマ
(e)ヒツジ;
(f)ヤギ;
(g)ウシ;
(h)マウス;
(i)ラット;および
(j)鳥類。
【請求項３３】
3-O-(3',-3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)に対して感受性ではない非HIV-レンチウイルスからのCA-SP1をコードするポリヌクレオチド配列を、DSB感受性HIV-1ウイルスのCA-SP1をコードする配列で置き換える段階を含む、DSBによる阻害に対して感受性である組換え非HIV-1レンチウイルスを作製する方法。
【請求項３４】
組換え非HIV-1レンチウイルス中のCA-SP1をコードするポリヌクレオチド配列が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である配列を含む、請求項33記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項３５】
組換え非HIV-1レンチウイルス中のCA-SP1をコードするポリヌクレオチド配列が、以下からなる群より選択される配列を含む、請求項34記載の方法:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項３６】
組換えDSB感受性非HIV-1レンチウイルスのCA-SP1タンパク質が、以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列を含む、請求項33記載の方法:
2008504808.tif 000007
。
【請求項３７】
DSB感受性組換え非HIV-1レンチウイルスのCA-SP1タンパク質が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項33記載の方法:
2008504808.tif 000008
。
【請求項３８】
組換えDSB感受性非HIV-1レンチウイルスのCA-SP1タンパク質が、SEQ ID NO:121〜443のいずれかから選択されるアミノ酸配列を有する、請求項33記載の方法。
【請求項３９】
以下の段階を含む、請求項33記載の方法:
(a)レンチウイルスのゲノムから、SEQ ID NO:18のヌクレオチド1370〜1413に対応するヌクレオチドを除去する段階;および
(b)SEQ ID NO:18のヌクレオチド1370〜1413またはSEQ ID NO:19のヌクレオチド1857〜1899を、非HIV-1レンチウイルスの領域に挿入する段階。
【請求項４０】
請求項33〜39のいずれか1項に記載の方法によって産生された組換え非HIV-1レンチウイルス。
【請求項４１】
GagのCA-SP1切断部位またはその近傍において選択的に結合する抗体。
【請求項４２】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるアミノ酸配列を結合する、請求項41記載の抗体:
2008504808.tif 000009
。
【請求項４３】
以下からなる群より選択されるアミノ酸に結合する、請求項41記載の抗体:
2008504808.tif 000010
。
【請求項４４】
SEQ ID NO:121〜443のいずれかから選択されるアミノ酸配列に結合する、請求項41記載の抗体。
【請求項４５】
3-O-(3'3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングの阻害の減少を生じるHIV CA-SP1ポリペプチドにおける変異を含むポリペプチドを選択的に結合する、請求項41記載の抗体。
【請求項４６】
変異が、CA-SP1切断部位もしくはその近傍、またはCA-SP1のSP1ドメインに位置する、請求項45記載の抗体。
【請求項４７】
ポリペプチドが以下からなる群より選択される、請求項45記載の抗体:
2008504808.tif 000011
2008504808.tif 000012
。
【請求項４８】
SEQ ID NO:2およびSEQ ID NO:3からなる群より選択されるアミノ酸配列を選択的に結合する、請求項45記載の抗体。
【請求項４９】
以下からなる群より選択される請求項41記載の抗体:
(a)SP1を選択的に結合するがCA-SP1を結合しない抗体;
(b)CA-SP1を選択的に結合するがCAを結合しない抗体;および
(c)CAを選択的に結合するがCA-SP1を結合しない抗体。
【請求項５０】
Gagへの3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸の結合を阻害する、請求項41記載の抗体。
【請求項５１】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一である、単離されたCA-SP1ポリペプチド:
2008504808.tif 000013
。
【請求項５２】
以下からなる群より選択される配列と同一である、請求項51記載の単離されたCA-SP1ポリペプチド:
2008504808.tif 000014
。
【請求項５３】
以下からなる群より選択される配列に対して少なくとも約70%同一であるポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離されたCA-SP1ポリペプチド:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項５４】
以下からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされる、請求項53記載の単離されたCA-SP1ポリペプチド:
(a)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1243〜1435;
(b)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1729〜1920;
(c)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1344〜1435;
(d)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1828〜1920;
(e)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1370〜1413;
(f)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1857〜1899;
(g)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1419;
(h)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1905;
(i)SEQ ID NO:18のヌクレオチド約1372〜1434;および
(j)SEQ ID NO:19のヌクレオチド約1858〜1920。
【請求項５５】
SEQ ID NO:121〜443のいずれか1つから選択されるアミノ酸配列からなる、HIV-1のCA-SP1領域から単離されたポリペプチド。
【請求項５６】
3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25のプロセシングの阻害の減少を生じる変異を含む、HIV CA-SP1ポリペプチドから単離されたポリペプチド。
【請求項５７】
変異がCA-SP1切断部位またはSP1ドメインに位置する、請求項56記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５８】
SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:9からなる群より選択されるポリヌクレオチドによってコードされる、請求項56記載の単離されたポリペプチド。
【請求項５９】
3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25のプロセシングの阻害の減少を生じる変異を含み、該変異が以下からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸配列中で起こる、請求項56記載の単離されたポリペプチド:
2008504808.tif 000015
。
【請求項６０】
以下からなる群より選択される、請求項56記載の単離されたポリペプチド:
2008504808.tif 000016
2008504808.tif 000017
。
【請求項６１】
SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、および10からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対してストリンジェントな条件下でハイブリダイズする単離されたポリヌクレオチドによってコードされる、請求項56記載の単離されたポリペプチド。
【請求項６２】
キメラまたは融合タンパク質の一部である、請求項56記載の単離されたポリペプチド。
【請求項６３】
HIV Gag p25タンパク質(CA SP1)の変異を含むアミノ酸配列をコードし、該変異が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によるp25(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングの阻害の減少を生じる、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６４】
p25のプロセシングの阻害の減少が、GagとのHIV-1プロテアーゼの相互作用の阻害の減少に起因する、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６５】
p25のプロセシングの阻害の減少が、Gagへの3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸の結合の減少に起因する、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６６】
p25のプロセシングの阻害の減少が、GagのCA-SP1切断部位またはその近傍におけるDSBの結合の減少に起因する、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６７】
変異が、CA-SP1切断部位もしくはその近傍、またはCA-SP1のSP1ドメインに位置する、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項６８】
変異が、以下からなる群より選択されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドまたはその近傍に位置する、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド:
2008504808.tif 000018
。
【請求項６９】
SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:9からなる群より選択される、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７０】
SEQ ID NO:4およびSEQ ID NO:6からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対して少なくとも約95%の同一性を有する、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７１】
SEQ ID NO:8およびSEQ ID NO:9からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対して少なくとも約80%の同一性を有する、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７２】
SEQ ID NO:5およびSEQ ID NO:7からなる群より選択されるポリヌクレオチドに対して少なくとも約95%の同一性を有する、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７３】
SEQ ID NO:10のポリヌクレオチドに対して少なくとも約80%の同一性を有する、請求項63記載の単離されたポリヌクレオチド。
【請求項７４】
請求項63記載の単離されたポリヌクレオチドを含むベクター。
【請求項７５】
請求項74記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項７６】
培地中で請求項75記載の宿主細胞をインキュベートする段階、および該培地からポリペプチドを回収する段階を含む、ポリペプチドを産生する方法。
【請求項７７】
以下の段階を含む、動物の細胞におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定する方法:
(a)CA-SP1切断部位を含むポリペプチドを試験化合物と接触させる段階;
(b)CA-SP1切断部位またはその近傍に選択的に結合する、標識された物質を加える段階;および
(c)該ポリペプチドへの該標識された物質の結合を測定する段階。
【請求項７８】
化合物がCA-SP1切断部位またはその近傍に結合する、請求項77記載の方法。
【請求項７９】
化合物が、HIV-1のCA-SP1切断部位との相互作用を阻害する、請求項77記載の方法。
【請求項８０】
CA-SP1切断部位を含むポリペプチドがポリペプチドフラグメントまたは組換えペプチドである、請求項77記載の方法。
【請求項８１】
標識された物質がCA-SP1に特異的な標識された抗体であり、対照と比較した、試験化合物の存在下でタンパク質に結合した標識された抗体の量の変化を測定する段階を含む、請求項77記載の方法。
【請求項８２】
標識された物質が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸であり、方法が対照と比較して、試験化合物の存在下でタンパク質に結合した標識された3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸の量の変化を測定する段階を含む、請求項77記載の方法。
【請求項８３】
標識された物質上の標識が、酵素、蛍光物質、化学発光物質、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ビオチン、アビジン、高電子密度物質、放射性同位元素、またはこれらの組み合わせである、請求項77記載の方法。
【請求項８４】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定するための方法:
(a)CA-SP1切断部位を含むポリペプチドを、試験化合物の存在下でプロテアーゼと接触させる段階;および
(b)該ポリペプチドとのプロテアーゼの相互作用を検出する段階。
【請求項８５】
プロテアーゼがHIV-1プロテアーゼから本質的になる、請求項84記載の方法。
【請求項８６】
ポリペプチドが2つの蛍光部分で標識され、各々がCA-SP1切断部位の反対側に結合し、ここで、検出する段階が、試験化合物の存在下で1つの部分から他の部分への蛍光エネルギーの移動の測定を含む、請求項84記載の方法。
【請求項８７】
ポリペプチドの切断に対する試験化合物の効果が、SP1、p24(CA)またはCA-SP1(p25)の少なくとも1つへの抗体の結合を測定することによって検出される、請求項84記載の方法。
【請求項８８】
標識された抗体が、酵素、蛍光物質、化学発光物質、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ビオチン、アビジン、高電子密度物質、放射性同位元素、およびこれらの組み合わせからなる群より選択される分子で標識される、請求項87記載の方法。
【請求項８９】
以下の段階を含む、請求項84記載の方法:
(a)試験化合物の存在下で、HIV-1野生型CA-SP1切断部位を含む第1のポリペプチドを、HIV-1プロテアーゼと接触させる段階;
(b)該試験化合物の存在下で、変異型CA-SP1切断部位または代替のプロテアーゼ切断部位を含む第2のポリペプチドを、HIV-1プロテアーゼと接触させ、ここで該変異型切断部位または代替のプロテアーゼ切断部位の切断は、3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸によって実質的に阻害されない段階;
(c)該第1のペプチドおよび第2のペプチドとのHIV-1の相互作用を検出する段階;ならびに
(d)該第1のポリペプチドの切断を、該第2のポリペプチドの切断と比較する段階。
【請求項９０】
野生型CA-SP1、変異型CA-SP1、または代替のプロテアーゼ切断部位領域が、ポリペプチドフラグメントまたは組換えペプチド中に含まれる、請求項89記載の方法。
【請求項９１】
ポリペプチドが蛍光部分および蛍光クエンチング部分で標識され、各々がCA-SP1切断部位の反対側に結合し、検出する段階が蛍光部分からのシグナルを測定することを含む、請求項89記載の方法。
【請求項９２】
第1のポリペプチドまたは第2のポリペプチドの少なくとも1つがエピトープタグをさらに含む、請求項89記載の方法。
【請求項９３】
(a)および(b)が細胞中で行われる、請求項89記載の方法。
【請求項９４】
第1のポリペプチドおよび第2のポリペプチドとの化合物の相互作用を検出する段階がゲル電気泳動を含む、請求項89記載の方法。
【請求項９５】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定するための方法:
(a)複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性である、第1のウイルスで感染した細胞と、試験化合物を接触させる段階;
(b)DSBに対して有意に減少した感受性を有する第2のウイルスで感染した細胞と、試験化合物を接触させる段階;
(c)第1のウイルスおよび第2のウイルスで感染した処理した細胞の表現型を決定する段階;ならびに
(d)第2のウイルスと比較して、第1のウイルスに対してより活性である試験化合物を選択する段階。
【請求項９６】
表現型が以下からなる群より選択される、請求項95記載の方法:
(a)ウイルス複製;
(b)CA-SP1の切断;および
(c)変化したビリオン表現型の産生。
【請求項９７】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定するための方法:
(a)複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性である、レンチウイルスで感染した細胞に試験化合物を適用する段階;および
(b)該感染した細胞に由来する溶解物を分析して、CA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階。
【請求項９８】
溶解物が以下の少なくとも1つを溶解することによって得られる、請求項97記載の方法:
(a)感染した細胞;または
(b)放出されたウイルス粒子。
【請求項９９】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、p25の存在または非存在を測定することを含む、請求項97記載の方法。
【請求項１００】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、ウイルスタンパク質のウェスタンブロットを実行すること、およびp25に対する抗体を使用してp25を検出することを含む、請求項97記載の方法。
【請求項１０１】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、ウイルスタンパク質のゲル電気泳動を実行すること、および代謝的に標識されたタンパク質の画像処理を含む、請求項97記載の方法。
【請求項１０２】
分析してCA-SP1タンパク質の切断が起こったか否かを決定する段階が、イムノアッセイを実行することを含む、請求項97記載の方法。
【請求項１０３】
イムノアッセイが以下の段階を含む、請求項99記載の方法:
(a)24を選択的に結合する抗体を使用して、基材上でp25およびp24を捕捉する段階;
(b)p25を選択的に結合する抗体を用いて、基材上のp25の存在または非存在を検出する段階。
【請求項１０４】
エピトープタグ配列がSP1に挿入され、分析する段階が、エピトープタグへの抗体を使用するp25の選択的検出を含む、請求項97記載の方法。
【請求項１０５】
以下の段階を含む、動物の細胞中におけるHIV-1複製を阻害する化合物を同定する方法:複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性である、レンチウイルスで感染した細胞に試験化合物を適用する段階;およびその後に、細胞によって放出されたウイルス粒子を、変化したビリオン表現型について分析する段階。
【請求項１０６】
分析する段階が、透過型電子顕微鏡法を含む、請求項105記載の方法。
【請求項１０７】
変化した表現型が以下からなる群より選択される、請求項105記載の方法:
(a)ウイルス粒子に関して非中心性の球状高電子密度コアを有するビリオン;
(b)ウイルス膜のすぐ内部に位置する半月状の高電子密度層を有するビリオン;
(c)感染性が減少しているか、または感染性を有さないビリオン;および
(d)(a)〜(c)のいずれか1つの組み合わせ。
【請求項１０８】
複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性であるレンチウイルスがHIV-1である、請求項95、97または105のいずれか1項記載の方法。
【請求項１０９】
複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性であるレンチウイルスが、HIV-1由来のCA-SP1をコードするヌクレオチドを含む組換え非HIV-1レンチウイルスであり、該レンチウイルスが以下からなる群より選択されるレンチウイルスから誘導される、請求項95、97または105のいずれか1項記載の方法:
(a)SIV;
(b)FIV;
(c)EAIV;
(d)BIV;
(e)CAEV;
(f)ビスナ-マエディウイルス;および
(g)HIV-2。
【請求項１１０】
DSBに対して有意に減少した感受性を有するウイルスが以下からなる群より選択される、請求項97記載の方法:
(a)SIV;
(b)FIV;
(c)EAIV;
(d)BIV;
(e)CAEV;
(f)ビスナ-マエディウイルス;
(g)HIV-2;および
(h)変異型HIV-1。
【請求項１１１】
以下の段階を含む、化合物を同定する方法:
(a)3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)に対して感受性であるレンチウイルスに感染した処置した動物における疾患の進行を測定する段階;
(b)該レンチウイルスに感染した未処理の動物における疾患の進行を測定する段階;
(c)該処置した動物および該未処理の動物の応答を比較する段階。
【請求項１１２】
以下の段階を含む、化合物を同定する方法:
(a)第1のレンチウイルスで感染した動物に化合物を投与し、該第1のレンチウイルスの複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)によって阻害される段階;
(b)第2のレンチウイルスで感染した動物に化合物を投与し、該第2のレンチウイルスの複製が3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)によって実質的に阻害されない段階;
(c)該第2のレンチウイルスで感染した動物と比較して、該第1のレンチウイルスで感染した動物における疾患の進行を測定および比較する段階。
【請求項１１３】
以下からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する化合物の相互作用を測定する段階を含む、化合物を同定する方法:
2008504808.tif 000019
。
【請求項１１４】
以下の段階を含む、患者がp25プロセシングを阻害する化合物による処置に対して感受性であるHIV-1に感染しているか否かを決定する方法:
(a)患者からの試料を入手する段階;
(b)該試料からCA-SP1をコードするウイルス核酸を入手する段階;
(c)該ウイルス核酸を遺伝子型決定する段階;
(d)該核酸が、そのプロセシングが3-O-(3',3'-ジメチルスクシニル)ベツリン酸(DSB)による阻害に対して感受性であるCA-SP1改変体をコードしているか否かを決定する段階。
【請求項１１５】
以下の段階を含む、その必要がある患者における疾患を治療する方法:
(a)ウイルスGag p25タンパク質(CA-SP1)からp24(CA)へのプロセシングを阻害するが、他のGagプロセシング段階に対して有意な効果を有さない化合物を同定する段階;
(b)該化合物の販売および使用のための規制認可を得る段階;
販売およびその必要がある患者における疾患の治療のために該化合物をパッケージする段階。