【手続補正書】
【提出日】平成20年11月7日(2008.11.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリヌクレオチドRTUを含むレポーター転写単位(RTU)集団であって、各RTUは、
該レポーター配列、
該レポーター配列内に位置するプロセシングタグ、及び
レポーター配列に機能的に結合したシス調節エレメントを含み、該レポーター配列の転写は該シス調節エレメントによって調整され；かつ
非同一のシス調節エレメントに機能的に結合した任意の2つのRTUのレポーター配列が、該レポーター配列内のプロセシングタグの位置によって識別可能である、前記RTU集団。
【請求項２】
トランス作用性因子が前記シス調節エレメントに結合する、請求項1又は40記載のRTU集団。
【請求項３】
ポリヌクレオチドRTUを含むレポーター転写単位(RTU)集団であって、各RTUは、
レポーター配列、
該レポーター配列内に位置するプロセシングタグ、及び
該レポーター配列に機能的に結合したシス調節エレメントを含み、該レポーター配列の転写が該シス調節エレメントへのトランス作用性因子の結合によって調整され；かつ
非同一のトランス作用性因子によって調整されたシス調節エレメントに機能的に結合した任意の2つのRTUのレポーター配列が、該レポーター配列内のプロセシングタグの位置によって識別可能である、前記RTU集団。
【請求項４】
前記レポーター配列内のプロセシングタグの位置は、非同一シス調節エレメントを有する任意の2つのRTUを区別する、請求項1記載のRTU集団。
【請求項５】
前記実質的に同一のレポーター配列は1ヌクレオチド異なる、請求項1記載のRTU集団。
【請求項６】
前記プロセシングタグ外のレポーター配列は該集団内の任意の2つのRTUの間で同一である、請求項1記載のRTU集団。
【請求項７】
前記集団内の任意の2つのRTUの間で、プロセシングタグを含む該レポーター配列が同数のヌクレオチドを含む、請求項1記載のRTU集団。
【請求項８】
集団内の各RTUのプロセシングタグが、
a)特有のチミン、アデニン、シトシン又はグアニンヌクレオチド残基、
b)エンドヌクレアーゼ認識部位、
c)プライマー配列、
d)ポリアデニル化終止シグナル、及び
e)欠失、挿入又は置換を含むレポーター配列内の変異
からなる群から選択される、請求項1記載のRTU集団。
【請求項９】
前記プロセシングタグが特有のチミン、アデニン、シトシン又はグアニンヌクレオチド残基、及びエンドヌクレアーゼ認識部位からなる群から選択される、請求項8記載のRTU集団。
【請求項１０】
前記プロセシングタグは集団内の任意の2つのRTUの間で同一である、請求項9記載のRTU集団。
【請求項１１】
前記集団内の各RTUについて、シス調節エレメントはプロモーター又はエンハンサーを含み、DNA結合タンパク質のための少なくとも1つの結合部位を有する、請求項1記載のRTU集団。
【請求項１２】
前記シス調節エレメントは該レポーター種の安定性又は成熟を調整する、請求項11記載のRTU集団。
【請求項１３】
前記集団内の各RTUはレポーター配列の両端に位置する5'及び3'プライマー配列を更に含む、請求項1記載のRTU集団。
【請求項１４】
請求項1記載のRTU集団を含むベクターの集団。
【請求項１５】
集団の各検出プローブは、請求項1のRTU集団のRTU内にプロセシングタグを含むレポーター配列のある領域に相補性である配列を含む、オリゴヌクレオチド検出プローブの集団。
【請求項１６】
各検出プローブは蛍光標識を含み、該標識の蛍光は検出プローブのプロセシングによって調整される、請求項15記載の検出プローブ集団。
【請求項１７】
請求項1記載のRTU集団を含む細胞。
【請求項１８】
請求項17記載の細胞を含む組織。
【請求項１９】
請求項1記載のRTU集団を含む細胞集団であって、該細胞集団の各細胞はRTU集団の各メンバーを含む細胞集団。
【請求項２０】
請求項17記載の細胞を含むヒト以外の生物。
【請求項２１】
生物系で複数のトランス作用性因子の活性を測定する方法であって、該生物系は請求項3記載のRTU集団を含み、
a)レポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、及び
b)プロセシングしたレポーター種の少なくとも2つを検出することによって複数のトランス作用性因子の相対活性を測定することを含む、前記方法。
【請求項２２】
生物系内の請求項1記載のRTU集団内で複数のシス調節エレメントの活性を測定する方法であって、
a)レポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、及び
b)プロセシングしたレポーター種の少なくとも2つを検出することによって複数のシス調節エレメントの相対活性を測定することを含む、前記方法。
【請求項２３】
生物系内の請求項3記載のRTU集団内で複数のトランス作用性因子又は複数のシス調節エレメントの活性に及ぼす治療の影響を評価する方法であって、
a)生物系に治療を受けさせること、
b)レポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、及び
c)プロセシングしたレポーター種の少なくとも2つを検出することによって生物系で複数のトランス作用性因子又は複数のシス調節エレメントの活性に及ぼす治療の影響を評価することを含む、前記方法。
【請求項２４】
生物系のためにシス調節活性プロファイルを作成する方法であって、該生物系は請求項1記載のRTU集団を含み、
a)該RTU集団のレポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、
b)プロセシングしたレポーター種を検出すること、及び
c)検出されたレポーター種の量を表す有形媒体値で記録することによって、
生物系のためにシス調節活性プロファイルを作成することを含み、プロファイル中のシス調節活性はRTU集団内のシス調節エレメントの活性に対応する、前記方法。
【請求項２５】
請求項1記載のRTU集団を生物系に導入することを含む、少なくとも1つのトランス作用性因子又は少なくとも1つのシス調節エレメントの活性を検出することができる系の生成方法。
【請求項２６】
細胞型を特定するための方法であって、
請求項24記載の方法に従って対象となる細胞のために生成された第1のシス調節活性プロファイルを、請求項24記載の方法に従って既知細胞型の細胞のために生成された第2のシス調節活性プロファイルと比較して、第1のシス調節活性プロファイルが第2のシス調節活性プロファイルと一致するかを決定することを含み、第1のシス調節活性プロファイルを第2のシス調節活性プロファイルと比較したときにマッチングが存在すると判断された場合は対象となる細胞の細胞型が特定される、前記方法。
【請求項２７】
疾病状態を特定するための方法であって、
請求項24記載の方法に従って、対象となる細胞のために生成された第1のシス調節活性プロファイルを、請求項24記載の方法に従って疾病状態の細胞のために生成された第2のシス調節活性プロファイルと比較して、第1のシス調節活性プロファイルが第2のシス調節活性プロファイルと一致するかを決定することを含み、第1のシス調節活性プロファイルを第2のシス調節活性プロファイルと比較したときにマッチングが存在すると判断された場合は、対象となる細胞の疾病状態が特定される前記方法。
【請求項２８】
対象となるポリヌクレオチド又はポリペプチドの機能を評価するための方法であって、
請求項24記載の方法に従って第1の細胞のために生成された第1のシス調節活性プロファイルを、請求項24記載の方法に従って第2の細胞のために生成された第2のシス調節活性プロファイルと比較して、第1のシス調節活性プロファイルが第2のシス調節活性プロファイルと一致するかを決定することを含み、但し第1の細胞内の対象となるポリヌクレオチド又はポリペプチドの活性又は量は調整され、第2の細胞内の対象となるポリヌクレオチド又はポリペプチドの活性又は量は調整されず、第1のシス調節活性プロファイルが第2のシス調節活性プロファイルと一致しないと判断された場合は、対象となるポリヌクレオチド又はポリペプチドの機能が評価される、前記方法。
【請求項２９】
生物系内の所定の細胞型の細胞内でのトランス作用性因子活性の変化をモニタリングする方法であって、
a)   i)該RTU集団のレポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、
ii)プロセシングしたレポーター種を検出すること、及び
iii)検出されたレポーター種の量を表す有形媒体値で記録することによって、
生物系のためにトランス作用性因子活性プロファイルを作成することを含み、プロファイル中のトランス作用性因子活性は生物系のトランス作用性因子の活性に対応する方法に従って、請求項3記載のRTU集団を含む生物系のために第1のトランス作用性因子活性プロファイルを生成することであって、該生物系は所定の細胞型の細胞を含み、該所定の細胞型の細胞はRTU集団を含むこと、
b)    i)該RTU集団のレポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、
ii)プロセシングしたレポーター種を検出すること、及び
iii)検出されたレポーター種の量を表す有形媒体値で記録することによって、
生物系のためにトランス作用性因子活性プロファイルを作成することを含み、プロファイル中のトランス作用性因子活性は生物系のトランス作用性因子の活性に対応する方法に従って、請求項3記載のRTU集団を含む生物系のために第2のトランス作用性因子活性プロファイルを生成することであって、該第2のトランス作用性因子活性プロファイルは生物系の後の発達時点で、又は生物系への治療の後に生成されること、及び
c)第1のトランス作用性因子活性プロファイルを第2のトランス作用性因子活性プロファイルと比較して第1のトランス作用性因子活性プロファイルは第2のトランス作用性因子活性プロファイルと一致するかを決定することであって、
それによって、該生物系内の所定の細胞型の細胞内でトランス作用性因子活性の変化をモニタリングすることを含む、前記方法。
【請求項３０】
生物系内の所定の細胞型の細胞内でのシス調節活性の変化をモニタリングする方法であって、
a)請求項24記載の方法に従って生物系のために第1のシス調節活性プロファイルを生成することであって、該生物系は所定の細胞型の細胞を含み、所定の細胞型の細胞はRTU集団を含むこと、
b)請求項24記載の方法に従って生物系のために第2のトランス作用性因子活性プロファイルを生成することであって、第2のシス調節活性プロファイルは生物系の後の発達時点で、又は生物系への治療の後に生成されること、及び
c)第1のシス調節活性プロファイルを第2のシス調節活性プロファイルと比較して第1のシス調節活性プロファイルは第2のシス調節活性プロファイルと一致するかを決定することであって、
それによって、該生物系内の所定の細胞型の細胞内でシス調節活性の変化をモニタリングすることを含む、前記方法。
【請求項３１】
請求項1記載のRTU集団を含むキット。
【請求項３２】
細胞を含むキットであって、細胞は請求項1記載のRTU集団を含むキット。
【請求項３３】
ベクター集団を含むキットであって、ベクター集団は請求項1記載のRTU集団を含むキット。
【請求項３４】
使用者が読取可能な記憶媒体及び内部に埋め込まれたコンピュータプログラム機構を含む、コンピュータシステムとの連携使用のためのコンピュータプログラム製品であって、コンピュータプログラム機構は生物系内の所定の細胞型の細胞内でのトランス作用性因子活性の変化をモニタリングするためのものであり、コンピュータプログラム機構は、
第1のトランス作用性因子活性プロファイルを第2のトランス作用性因子活性プロファイルと比較して第1のトランス作用性因子活性プロファイルは第2のトランス作用性因子活性プロファイルと一致するかを決定することにより所定の細胞型の細胞内でのトランス作用性因子活性の変化をモニタリングするための命令を含み、
第1のトランス作用性因子活性プロファイルは、
i)該RTU集団のレポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、
ii)プロセシングしたレポーター種を検出すること、及び
iii)検出されたレポーター種の量を表す有形媒体値で記録することによって、
生物系のためにトランス作用性因子活性プロファイルを作成することを含み、プロファイル中のトランス作用性因子活性は生物系のトランス作用性因子の活性に対応する方法に従って、請求項3記載のRTU集団を含む生物系のために生成され、該生物系は所定の細胞型の細胞を含み、該所定の細胞型の細胞はRTU集団を含み、
第2のトランス作用性因子活性プロファイルは、
i)該RTU集団のレポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、
ii)プロセシングしたレポーター種を検出すること、及び
iii)検出されたレポーター種の量を表す有形媒体値で記録することによって、
生物系のためにトランス作用性因子活性プロファイルを作成することを含み、プロファイル中のトランス作用性因子活性は生物系のトランス作用性因子の活性に対応する方法に従って、請求項3記載のRTU集団を含む生物系のために生成され、該第2のトランス作用性因子活性プロファイルは生物系の後の発達時点で、又は生物系への治療の後に生成される、コンピュータプログラム製品。
【請求項３５】
使用者が読取可能な記憶媒体及び内部に埋め込まれたコンピュータプログラム機構を含む、コンピュータシステムとの連携使用のためのコンピュータプログラム製品であって、コンピュータプログラム機構は生物系内の所定の細胞型の細胞内でのシス調節活性の変化をモニタリングするためのものであり、コンピュータプログラム機構は、
第1のシス調節活性プロファイルを第2のシス調節因子活性プロファイルと比較して第1のシス調節活性プロファイルは第2のシス調節活性プロファイルと一致するかを決定することにより所定の細胞型の細胞内でのシス調節活性の変化をモニタリングするための命令を含み、
第1のシス調節活性プロファイルは請求項24記載の方法に従って生物系のために生成され、但し生物系は所定の細胞型の細胞を含み、所定の細胞型の細胞はRTU集団を含み、
第2のシス調節活性プロファイルは請求項24記載の方法に従って生物系のために生成され、但し第2のシス調節活性プロファイルは生物系の後の発達時点で、又は生物系への治療の後に生成される、コンピュータプログラム製品。
【請求項３６】
生物系内の所定の細胞型の細胞内でトランス作用性因子の変化をモニタリングするためのコンピュータシステムであって、プロセッサ、及びプロセッサに接続した1つ又は複数のプログラムをエンコードするメモリを含み、1つ又は複数のプログラムはプロセッサに、
第1のトランス作用性因子活性プロファイルを第2のトランス作用性因子活性プロファイルと比較して第1のトランス作用性因子活性プロファイルは第2のトランス作用性因子活性プロファイルと一致するかを決定することにより所定の細胞型の細胞内でのトランス作用性因子活性の変化をモニタリングすることを含む方法を実行させ、
第1のトランス作用性因子活性プロファイルは、
i)該RTU集団のレポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、
ii)プロセシングしたレポーター種を検出すること、及び
iii)検出されたレポーター種の量を表す有形媒体値で記録することによって、
生物系のためにトランス作用性因子活性プロファイルを作成することを含み、プロファイル中のトランス作用性因子活性は生物系のトランス作用性因子の活性に対応する方法に従って、請求項3記載のRTU集団を含む生物系のために生成され、該生物系は所定の細胞型の細胞を含み、該所定の細胞型の細胞はRTU集団を含み、
第2のトランス作用性因子活性プロファイルは、
i)該RTU集団のレポーター配列のレポーター種をプロセシングすること、
ii)プロセシングしたレポーター種を検出すること、及び
iii)検出されたレポーター種の量を表す有形媒体値で記録することによって、
生物系のためにトランス作用性因子活性プロファイルを作成することを含み、プロファイル中のトランス作用性因子活性は生物系のトランス作用性因子の活性に対応する方法に従って、請求項3記載のRTU集団を含む生物系のために生成され、該第2のトランス作用性因子活性プロファイルは生物系の後の発達時点で、又は生物系への治療の後に生成される、コンピュータシステム。
【請求項３７】
生物系内の所定の細胞型の細胞内でシス調節活性の変化をモニタリングするためのコンピュータシステムであって、プロセッサ、及びプロセッサに接続した1つ又は複数のプログラムをエンコードするメモリを含み、1つ又は複数のプログラムはプロセッサに、
第1のシス調節活性プロファイルを第2のシス調節因子活性プロファイルと比較して第1のシス調節活性プロファイルは第2のシス調節活性プロファイルと一致するかを決定することにより所定の細胞型の細胞内でのシス調節活性の変化をモニタリングすることを含む方法を実行させ、
第1のシス調節活性プロファイルは請求項24記載の方法に従って生物系のために生成され、生物系は所定の細胞型の細胞を含み、所定の細胞型の細胞はRTU集団を含み、
第2のシス調節活性プロファイルは請求項24記載の方法に従って生物系のために生成され、第2のシス調節活性プロファイルは生物系の後の発達時点で、又は生物系への治療の後に生成される、コンピュータシステム。
【請求項３８】
プロセッサ、及び
既知化合物と接触させた、請求項3記載のRTU集団を含む生物系内で生成した1つ又は複数のトランス作用性因子プロファイルを含むデータ構造と、
前記データ構造内でトランス作用性因子プロファイルを記憶するための命令とを記憶するメモリを含むコンピュータシステム。
【請求項３９】
プロセッサ、及び
既知化合物と接触させた、請求項3記載のRTU集団を含む生物系内で生成した1つ又は複数のシス調節活性プロファイルを含むデータ構造と、
前記データ構造内でシス調節活性プロファイルを記憶するための命令とを記憶するメモリを含むコンピュータシステム。