【手続補正書】
【提出日】平成30年12月5日(2018.12.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
II型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド組成物であって:
5’から3’の方向に、第一のステムエレメントヌクレオチド配列I及びネクサスステム
エレメントヌクレオチド配列Iを含む5’末端及び3’末端を含む第一のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド(sn1-casPN);
5’から3’の方向に、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列IIを含む5’末端及
び3’末端を含む第二のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド(sn2-casPN)
［ここで、sn1-casPNのネクサスステムエレメントヌクレオチド配列I及びsn2-casPNのネ
クサスステムエレメントヌクレオチド配列IIは、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列Iとネクサスステムエレメントヌクレオチド配列IIとの間の塩基対水素結合によりネ
クサスステムエレメントを形成することができる］;並びに
5’から3’の方向に、核酸標的結合配列及び第一のステムエレメントヌクレオチド配列IIを含む5’末端及び3’末端を含む第三のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレ
オチド(sn3-casPN)［ここで、sn1-casPNの第一のステムエレメントヌクレオチド配列I及
びsn3-casPNの第一のステムエレメントヌクレオチド配列IIは、第一のステムエレメント
ヌクレオチド配列Iと第一のステムエレメントヌクレオチド配列IIとの間の塩基対水素結
合により第一のステムエレメントを形成することができる］
を含む、上記組成物。
【請求項２】
sn1-casPNの第一のステムエレメントヌクレオチド配列Iが、5’から3’の方向に、上部ステムエレメントヌクレオチド配列I、バルジエレメントヌクレオチド配列I、及び下部ステムエレメントヌクレオチド配列Iをさらに含み、そして
sn3-casPNの第一のステムエレメントヌクレオチド配列IIが、5’から3’の方向に、下
部ステムエレメントヌクレオチド配列II、バルジエレメントヌクレオチド配列II、及び上部ステムエレメントヌクレオチド配列IIをさらに含み、こここで、sn1-casPNの上部ステ
ムエレメントヌクレオチド配列I及びsn3-casPNの上部ステムエレメントヌクレオチド配列IIは、上部ステムエレメントヌクレオチド配列Iと上部ステムエレメントヌクレオチド配
列IIとの間の塩基対水素結合により上部ステムエレメントを形成することができ、そしてsn1-casPNの下部ステムエレメントヌクレオチド配列I及びsn3-casPNの下部ステムエレメ
ントヌクレオチド配列IIは、下部ステムエレメントヌクレオチド配列Iと下部ステムエレ
メントヌクレオチド配列IIとの間の塩基対水素結合により下部ステムエレメントを形成することができる、
請求項1に記載の組成物。
【請求項３】
第二のステムエレメントヌクレオチド配列IIを含む5’末端及び3’末端を含む第一の付属ポリヌクレオチドをさらに含み; ここで
sn2-casPNは、5’から3’の方向に、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列II及
び第二のステムエレメントヌクレオチド配列Iを含み、かつ
sn2-casPNの第二のステムエレメントヌクレオチド配列I及び第一の付属ポリヌクレオチドの第二のステムエレメントヌクレオチド配列IIは、第二のステムエレメントヌクレオチド配列Iと第二のステムエレメントヌクレオチド配列IIとの間の塩基対水素結合により第
二のステムエレメントを形成することができる、
請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項４】
第一の付属ポリヌクレオチドは、5’から3’の方向に、ループエレメントヌクレオチド配列及び第二のステムエレメントヌクレオチド配列IIをさらに含み、そしてここで第一の付属ポリヌクレオチドの5’末端は、sn2-casPNの3'末端に共有結合で結合される、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
第三のステムエレメントヌクレオチド配列IIを含む5’末端及び3’末端を含む第二の付属ポリヌクレオチドをさらに含み;ここで
第一の付属ポリヌクレオチドは、5’から3’の方向に、ループエレメントヌクレオチド配列、第二のステムエレメントヌクレオチド配列II、及び第三のステムエレメントヌクレオチド配列Iを含み、かつ
第一の付属ポリヌクレオチドの第三のステムエレメントヌクレオチド配列I及び第二の
付属ポリヌクレオチドの第三のステムエレメントヌクレオチド配列IIは、第三のステムエレメントヌクレオチド配列Iと第三のステムエレメントヌクレオチド配列IIとの間の塩基
対水素結合により第三のステムエレメントを形成することができる、
請求項３または４に記載の組成物。
【請求項６】
第二の付属ポリヌクレオチドが、5’から3’の方向に、ループエレメントヌクレオチド配列及び第三のステムエレメントヌクレオチド配列IIをさらに含み、ここで第二の付属ポリヌクレオチドの5’末端は、第一の付属ポリヌクレオチドの3’末端に共有結合で結合される、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
sn1-casPNが、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列Iと3’で隣接した第一の補
助ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項８】
sn2-casPNが、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列IIと5'で隣接した第二の補
助ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項９】
sn1-casPNは、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列Iと3’で隣接した第一の補
助ポリヌクレオチドをさらに含み、そして第一の補助ポリヌクレオチドは、エフェクター結合エレメントヌクレオチド配列Iをさらに含み、
sn2-casPNは、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列IIと5’で隣接した第二の補助ポリヌクレオチドをさらに含み、そして第二の補助ポリヌクレオチドは、エフェクター結合エレメントヌクレオチド配列IIをさらに含み、かつ
第一の補助ポリヌクレオチドのエフェクター結合エレメントヌクレオチド配列I及び第
二の補助ポリヌクレオチドのエフェクター結合エレメントヌクレオチド配列IIは、エフェ
クター結合エレメントヌクレオチド配列Iとエフェクター結合エレメントヌクレオチド配
列IIとの間の塩基対水素結合によりエフェクター結合エレメントを形成することができる、
請求項１〜６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１０】
第一の補助ポリヌクレオチドが、5’から3’の方向に、リンカーエレメントヌクレオチド配列I及びエフェクター結合エレメントヌクレオチド配列Iをさらに含み、
第二の補助ポリヌクレオチドが、5’から3’の方向に、エフェクター結合エレメントヌクレオチド配列II及びリンカーエレメントヌクレオチド配列IIを含み、そして第一の補助ポリヌクレオチドのリンカーエレメントヌクレオチド配列I及び第二の補助ポリヌクレオ
チドのリンカーエレメントヌクレオチド配列IIは、リンカーエレメントヌクレオチド配列Iとリンカーエレメントヌクレオチド配列IIとの間の塩基対水素結合によりリンカーエレ
メントを形成することができる、
請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
エフェクター結合エレメントが二本鎖RNAであり、かつエフェクター結合エレメントがCsy4タンパク質結合部位を含む、請求項９又は１０に記載の組成物。
【請求項１２】
第一の補助ポリヌクレオチドがヘアピンを含む、請求項７に記載の組成物。
【請求項１３】
第二の補助ポリヌクレオチドがヘアピンを含む、請求項８に記載の組成物。
【請求項１４】
sn1-casPNが、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列Iと3’で隣接した第一の補助ポリヌクレオチドをさらに含み、および第一の補助ポリヌクレオチドが、5’から3’の方向に、リンカーエレメントヌクレオチド配列I及びヘアピンをさらに含み、
sn2-casPNが、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列IIと5'で隣接した第二の補助ポリヌクレオチドをさらに含み、および第二の補助ポリヌクレオチドが、5’から3’の方向に、ヘアピン及びリンカーエレメントヌクレオチド配列IIをさらに含み、かつ
第一の補助ポリヌクレオチドのリンカーエレメントヌクレオチド配列I及び第二の補助ポリヌクレオチドのリンカーエレメントヌクレオチド配列IIは、リンカーエレメントヌクレオチド配列Iとリンカーエレメントヌクレオチド配列IIとの間の塩基対水素結合によりリンカーエレメントを形成することができる、
請求項１〜６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１５】
sn1-casPNの5’末端およびsn3-casPNの3’末端が、ループエレメントヌクレオチド配列により接続される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１６】
5’から3’の方向に、上部ステムエレメントヌクレオチド配列I、バルジエレメントヌ
クレオチド配列I、下部ステムエレメントヌクレオチド配列I、及びネクサスステムエレメントヌクレオチド配列Iを含む5’末端及び3’末端を含む第一のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド(sn1-casPN);
5’から3’の方向に、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列II、ヘアピンを含む第二のステムエレメント、及びヘアピンを含む第三のステムエレメントを含む5’末端及
び3’末端を含む第二のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド(sn2-casPN)
［ここで、sn1-casPNのネクサスステムエレメントヌクレオチド配列I及びsn2-casPNのネ
クサスステムエレメントヌクレオチド配列IIは、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列Iとネクサスステムエレメントヌクレオチド配列IIとの間の塩基対水素結合によりネ
クサスステムエレメントを形成することができる］;並びに
5’から3’の方向に、DNA標的結合配列、下部ステムエレメントヌクレオチド配列II、
バルジエレメントヌクレオチド配列II、及び上部ステムエレメントヌクレオチド配列IIを
含む5’末端及び3’末端を含む第三のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチ
ド(sn3-casPN)［ここで、sn1-casPNの上部ステムエレメントヌクレオチド配列I及びsn3-PNの上部ステムエレメントヌクレオチド配列IIは、上部ステムエレメントヌクレオチド配
列Iと上部ステムエレメントヌクレオチド配列IIとの間の塩基対水素結合により上部ステ
ムエレメントを形成することができ、かつsn1-PNの下部ステムエレメントヌクレオチド配列I及びsn3-PNの下部ステムエレメントヌクレオチド配列IIは、下部ステムエレメントヌ
クレオチド配列Iと下部ステムエレメントヌクレオチド配列IIとの間の塩基対水素結合に
より下部ステムエレメントを形成することができる］
を含む、II型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド組成物。
【請求項１７】
sn1-casPNが、ネクサスステムエレメントヌクレオチド配列Iと3’で隣接した第一の補
助ポリヌクレオチドをさらに含み、そしてsn2-casPNは、ネクサスステムエレメントヌク
レオチド配列IIと5’で隣接した第二の補助ポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１６
に記載の組成物。
【請求項１８】
請求項１〜１５のいずれか１項に記載のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド組成物；及び
Cas9タンパク質又はCas9タンパク質をコードするポリヌクレオチド
を含む、II型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド/Cas9タンパク質系。
【請求項１９】
請求項１８に記載のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド/Casタンパク質系を含む、組み換え細胞。
【請求項２０】
細胞が、植物細胞、酵母細胞、細菌細胞、昆虫細胞、藻類細胞、又は哺乳動物細胞である、請求項１９に記載の組み換え細胞。
【請求項２１】
請求項１〜１５のいずれか１項に記載のII型CRISPR-Cas9関連分断分断ネクサスポリヌクレオチド組成物；及び
Cas9タンパク質
を含むII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド/Cas9タンパク質核タンパク質複合体であって；
ここで、II型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド/Cas9タンパク質核タンパク質複合体は、核酸標的結合に相補的な標的核酸への部位特異的結合をすることができる、上記複合体。
【請求項２２】
標的核酸を切除する方法であって:
標的核酸を含む核酸を、請求項２１に記載のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド/Cas9タンパク質核タンパク質複合体と接触させ、それによりII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド/Cas9タンパク質核タンパク質複合体の標的核酸への結合を促進することを含み、ここで結合したII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド/Cas9タンパク質核タンパク質複合体が、標的核酸を切除する、上記方法。
【請求項２３】
標的核酸を結合する方法であって:
標的核酸を含む核酸を、請求項２１に記載のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド/Cas9タンパク質核タンパク質複合体と接触させ、それによりII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド/Cas9タンパク質核タンパク質複合体の標的核酸への結合を促進することを含む、上記方法。
【請求項２４】
請求項１〜１５のいずれか１項に記載のII型CRISPR-Cas9関連分断ネクサスポリヌクレオチド組成物、及び
緩衝液
を含む、キット。
【請求項２５】
Cas9タンパク質又はCas9タンパク質をコードするポリヌクレオチドをさらに含む、請求項２４に記載のキット。