【手続補正書】
【提出日】平成19年12月27日(2007.12.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  内因性の細胞性ｍＲＮＡタンパク質（ｍＲＮＰ）複合体を区別する方法であって、ここで、該方法が、以下：
内因性に生成されるｍＲＮＡタンパク質（ｍＲＮＰ）複合体を有する生物学的サンプルを提供する工程；
該ｍＲＮＰ複合体を含む該生物学的サンプルを該ｍＲＮＰ複合体の少なくとも１つの成分を特異的に結合する少なくとも１つのリガンドと接触させる工程；
該リガンドに対して特異的な結合分子を用いて該リガンドを結合することによって該ｍＲＮＰ複合体を分離する工程であって、ここで該結合分子が固体支持体に付着される、工程；および次いで、
該固体支持体から該ｍＲＮＰ複合体を取り外すことによって該ｍＲＮＰ複合体を収集する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】  前記生物学的サンプルが細胞培養物または細胞抽出物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  前記生物学的サンプルが組織全体を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】  前記生物学的サンプルが器官体全体を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】  前記生物学的サンプルが腫瘍を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】  前記生物学的サンプルが腫瘍細胞または腫瘍細胞抽出物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】  前記生物学的サンプルがニューロンの集団を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】  前記リガンドが抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】  前記リガンドが癌を有する被験体の血清を使用して単離された抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】  前記リガンドが自己免疫障害を有する被験体の血清を使用して単離された抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】  前記結合分子が抗体である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】  前記結合分子がプロテインＡ、プロテインＧ、およびストレプトアビジンからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分が核酸である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分がＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分がｍＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分が成熟ｍＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分がＲＮＡ結合タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分がＲＮＡ関連タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】  前記ＲＮＡ関連タンパク質が前記ｍＲＮＰ複合体と約１０−６〜約１０−９のＫｄで関連する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】  前記ＲＮＡ関連タンパク質が前記ｍＲＮＰ複合体と約１０−７〜約１０−９のＫｄで関連する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】  前記ＲＮＡ関連タンパク質が前記ｍＲＮＰ複合体と約１０−８〜約１０−９のＫｄで関連する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分が炭水化物、脂質、およびビタミンからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】  前記ｍＲＮＰ複合体から前記ｍＲＮＡを分離することによって該ｍＲＮＰ内に結合される該ｍＲＮＡを同定する工程、該ｍＲＮＡのｃＤＮＡを得る工程、次いで該ｃＤＮＡを配列決定する工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】  前記同定する工程が、ｃＤＮＡマイクロアレイ上で実施される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】  前記リガンドが、ＨｕＡ、ＨｕＢ、ＨｕＣおよびＨｕＤからなる群より選択されるＥＬＡＶ／Ｈｕタンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】  前記リガンドが、前記ｍＲＮＰ複合体の少なくとも１つの成分に対して特異的な抗体であり、該ｍＲＮＰ複合体が免疫沈降によって分離される、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】  多数のリガンドが前記生物学的サンプルと接触され、多数のｍＲＮＰ複合体を単離する、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】  前記ｍＲＮＰ複合体を前記リガンドと接触させる前に、該ｍＲＮＰ複合体を架橋させる工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】  前記ｍＲＮＰ複合体を前記リガンドと接触させた後に、該リガンドを該ｍＲＮＰ複合体と架橋させる工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】  細胞の遺伝子発現プロフィールを作製する方法であって、ここで該方法が以下：
請求項１に記載の細胞から多数のｍＲＮＰ複合体を区別する工程；
該ｍＲＮＰ複合体を単離する工程であって、ここで各ｍＲＮＰに結合されるｍＲＮＡが該細胞の該ｍＲＮＡのサブセットを含む、工程；ならびに次いで、
該ｍＲＮＡの各サブセットを同定する工程であって、それによって該細胞の該遺伝子発現プロフィールがｍＲＮＡの各サブセットの存在およびｍＲＮＡの各サブセットの同一性を含む、工程、
を包含する、方法。
【請求項３１】  細胞において遺伝子発現を調節する試験化合物の能力について該試験化合物をスクリーニングする方法であって、該方法が以下：
請求項３０に記載の方法に従って細胞の第１の遺伝子発現プロフィールを作製する工程であって、ここで該細胞は試験化合物と接触している、工程；
請求項３０に記載の方法に従って細胞の第２の遺伝子発現プロフィールを作製する工程であって、ここで、該細胞は該試験化合物と接触している、工程；および次いで、
該第１の遺伝子発現プロフィールと該第２の遺伝子発現プロフィールとの間の差異を、存在する場合、観察する工程であって、該第１の遺伝子発現プロフィールと該第２の遺伝子発現プロフィールとの間の差異の存在が、該試験化合物が該細胞において遺伝子発現を調節し得ること示す、工程
を包含する、方法。
【請求項３２】  請求項１、３０または３１に記載の方法であって、前記タンパク質に結合または関連している前記少なくとも１つのｍＲＮＡが、前記細胞のｍＲＮＡのサブセットを含み、該方法は、前記少なくとも１つのｍＲＮＰ複合体に対して該ｍＲＮＡサブセットを同定し、それによって該ｍＲＮＡサブセットの同一性をさらに含む遺伝子発現プロフィールを作製する工程をさらに包含する、方法。
【請求項３３】  請求項１、３０または３１に記載の方法であって、細胞から少なくとも１つのｍＲＮＡ−タンパク質（ｍＲＮＰ）複合体を区別する工程が、該細胞から、多数のｍＲＮＰ複合体を一度に区別する工程を包含する、方法。
【請求項３４】  請求項１、３０または３１に記載の方法であって、細胞から少なくとも１つのｍＲＮＡ−タンパク質（ｍＲＮＰ）複合体を区別する工程が、該細胞から、多数のｍＲＮＰ複合体を連続的に区別する工程を包含する、方法。
【請求項３５】  請求項１、３０または３１に記載の方法であって、前記ｍＲＮＡ複合体における前記ｍＲＮＡを同定する前に、少なくとも１つのｍＲＮＰ複合体の各々を単離する工程を包含する、方法。
【請求項３６】  ＲＮＡ−タンパク質複合体のタンパク質成分を単離する方法であって、該方法は、以下：
目的のＲＮＡからｃＤＮＡを得る工程；
該ｃＤＮＡを、タグ化ＤＮＡに連結する工程であって、該タグ化ＤＮＡは、細胞において発現されたときにリガンドに対する結合パートナーをコードしている、工程；
細胞中で該ｃＤＮＡおよび該タグ化ＤＮＡを発現させて、該目的のＲＮＡと該リガンドに対する該結合パートナーとを含むＲＮＡ融合分子を含む溶解物を作製する工程；
該溶解物を該リガンドに接触させる工程であって、該リガンドは、固体支持体に付着されており、それによって該ＲＮＡ融合分子を該固体支持体に付着させる、工程；
該ＲＮＡ融合分子を該固体支持体から分離する工程；ならびに
該ＲＮＡ融合分子に結合または関連している少なくとも１つのタンパク質を単離する工程、
を包含する、方法。
【請求項３７】  ＲＮＡ−タンパク質複合体のタンパク質成分を単離する方法であって、該方法は、以下：
目的のＲＮＡおよびリガンドに対する結合パートナーを含むＲＮＡ融合分子を得る工程；
細胞溶解物と該リガンドとを接触させる工程であって、該リガンドは固体支持体に付着されており、それによって該ＲＮＡ融合分子を該固体支持体に付着している、工程；
該ＲＮＡ融合分子を、該固体支持体から分離する工程；ならびに
該ＲＮＡ融合分子に結合または関連している少なくとも１つのタンパク質を単離する工程、
を包含する、方法。
【請求項３８】  前記ＲＮＡに結合または関連しているタンパク質を同定する工程をさらに包含する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】  前記同定されたタンパク質に対する抗体を生成する工程をさらに包含する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】  前記ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項３６に記載の方法。
【請求項４１】  前記ＲＮＡが成熟ｍＲＮＡである、請求項３６に記載の方法。
【請求項４２】  前記タグ化ＤＮＡが、前記ｃＤＮＡの３’末端に連結される、請求項３６に記載の方法。
【請求項４３】  前記タグ化ＤＮＡが、前記ｃＤＮＡの５’末端に連結される、請求項３６に記載の方法。
【請求項４４】  前記タグ化ＤＮＡが、前記ｃＤＮＡの内部に連結される、請求項３６に記載の方法。
【請求項４５】  前記リガンドが核酸である、請求項３６に記載の方法。
【請求項４６】  前記リガンドがタンパク質である、請求項３６に記載の方法。
【請求項４７】  前記リガンドが抗体である、請求項３６に記載の方法。
【請求項４８】  前記リガンドが、ＲＮＡ−タンパク質複合体のＲＮＡ成分の少なくとも一部に結合する、請求項３６に記載の方法。
【請求項４９】  前記リガンドが、ＲＮＡ−タンパク質複合体の少なくとも１つの成分に結合するアプタマーである、請求項３６に記載の方法。
【請求項５０】  前記リガンドが、ＲＮＡ−タンパク質複合体の少なくとも１つの成分に特異的なタンパク質である、請求項３６に記載の方法。
【請求項５１】  前記リガンドが、ＲＮＡ−タンパク質複合体の少なくとも１つの成分に特異的な抗体である、請求項３６に記載の方法。
【請求項５２】  前記リガンドが、癌の被験体の血清から単離された抗体である、請求項３６に記載の方法。
【請求項５３】  前記リガンドが、自己免疫疾患の被験体の血清から単離された抗体である、請求項３６に記載の方法。
【請求項５４】  前記結合パートナーが前記リガンドに間接的に結合する、請求項３６に記載の方法。
【請求項５５】  前記タンパク質が、ＲＮＡ結合タンパク質である、請求項３６に記載の方法。
【請求項５６】  前記タンパク質が、ＲＮＡ関連タンパク質である、請求項３６に記載の方法。
【請求項５７】  前記細胞が化合物で処理される、請求項３６に記載の方法。
【請求項５８】  前記細胞が、腫瘍細胞、一次細胞、および培養細胞からなる群より選択される、請求項３６に記載の方法。
【請求項５９】  前記ＲＮＡ融合分子と前記リガンドとを接触させる前に、ＲＮＡ融合タンパク質と、１つ以上の結合タンパク質または関連タンパク質とを架橋する工程をさらに包含する、請求項３６に記載の方法。
【請求項６０】  前記固体支持体が、ビーズ、プレートおよびカラムからなる群より選択される、請求項３６に記載の方法。
【請求項６１】  多数の細胞性ＲＮＡ−タンパク質（ＲＮＰ）複合体およびそれに関連している多数のＲＮＡを同定する方法であって、該方法は、以下：
多数のＲＮＰ複合体を含む生物学的サンプルを、ＲＮＰ複合体の少なくとも１つの成分に特異的に結合する少なくとも１つのリガンドに接触させる工程；
該リガンドを、該リガンドに特異的な結合分子に結合させることによって、該ＲＮＰ複合体を分離する工程であって、ここで、該結合分子は、固体支持体に付着されている、工程；
該固体支持体から該ＲＮＰ複合体を取り外すことによって、該ＲＮＰ複合体を収集する工程；ならびに
多数のＲＮＡまたは該ＲＮＰ複合体に関連している他の成分を同定する工程、
を包含する、方法。
【請求項６２】  前記生物学的サンプルが、細胞培養物または細胞抽出物を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】  前記生物学的サンプルが、組織全体を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６４】  前記生物学的サンプルが、器官体全体を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６５】  前記生物学的サンプルが、腫瘍を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６６】  前記生物学的サンプルが、腫瘍細胞または腫瘍細胞抽出物を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６７】  前記生物学的サンプルが、ニューロンの集団を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６８】  前記リガンドが抗体である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６９】  前記リガンドが、癌の被験体の血清から単離された抗体である、請求項６１に記載の方法。
【請求項７０】  前記リガンドが、自己免疫疾患の被験体の血清から単離された抗体である、請求項６１に記載の方法。
【請求項７１】  前記結合分子が、抗体である、請求項６１に記載の方法。
【請求項７２】  前記結合分子が、プロテインＡ、プロテインＧ、およびストレプトアビジンからなる群より選択される、請求項６１に記載の方法。
【請求項７３】  前記ＲＮＰ複合体の成分が、核酸である、請求項６１に記載の方法。
【請求項７４】  前記ＲＮＰ複合体の成分が、ＲＮＡである、請求項６１に記載の方法。
【請求項７５】  前記ＲＮＰ複合体の成分が、ｍＲＮＡである、請求項６１に記載の方法。
【請求項７６】  前記ＲＮＰ複合体の成分が、成熟ｍＲＮＡである、請求項６１に記載の方法。
【請求項７７】  前記ＲＮＰ複合体の成分が、ＲＮＡ結合タンパク質である、請求項６１に記載の方法。
【請求項７８】  前記ＲＮＰ複合体の成分が、ＲＮＡ関連タンパク質である、請求項６１に記載の方法。
【請求項７９】  前記ＲＮＡ関連タンパク質が、前記ＲＮＰ複合体に、約１０−６〜約１０−９のＫｄで関連している、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】  前記ＲＮＡ関連タンパク質が、前記ＲＮＰ複合体に、約１０−７〜約１０−９のＫｄで関連している、請求項７８に記載の方法。
【請求項８１】  前記ＲＮＡ関連タンパク質が、前記ＲＮＰ複合体に、約１０−８〜約１０−９のＫｄで関連している、請求項７８に記載の方法。
【請求項８２】  前記ＲＮＰ複合体の成分が、炭水化物、脂質、およびビタミンからなる群より選択される、請求項６１に記載の方法。
【請求項８３】  前記ＲＮＰ複合体から前記ＲＮＡを分離することによって、該ＲＮＰ内に結合しているＲＮＡを同定する工程、該ＲＮＡからｃＤＮＡを得る工程、次いで該ｃＤＮＡから配列決定する工程、をさらに包含する、請求項６１に記載の方法。
【請求項８４】  前記同定する工程が、マイクロアレイ上で実施される、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】  前記リガンドが、ＨｕＡ、ＨｕＢ、ＨｕＣおよびＨｕＤからなる群より選択されるＥＬＡＶ／Ｈｕタンパク質である、請求項６１に記載の方法。
【請求項８６】  前記リガンドが、前記ＲＮＰ複合体の少なくとも1つの成分に特異的な抗体であり、そして該ＲＮＰ複合体は免疫沈降によって分離される、請求項６１に記載の方法。
【請求項８７】  多数のリガンドが、多数のＲＮＰ複合体を単離するために前記生物学的サンプルに接触される、請求項６１に記載の方法。
【請求項８８】  前記ＲＮＰ複合体を前記リガンドに接触させる前に、該ＲＮＰ複合体を架橋させる工程をさらに包含する、請求項６１に記載の方法。
【請求項８９】  前記ＲＮＰ複合体を前記リガンドに接触させた後に、該ＲＮＰ複合体を架橋させる工程をさらに包含する、請求項６１に記載の方法。
【請求項９０】  ＲＮＡ−タンパク質複合体を単離する方法であって、該方法は、以下：
ＲＮＡとＲＮＡ−タンパク質複合体を形成することができる、ＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質をコードする、トランスフェクトされた核酸を発現させる工程であって、ここで、該核酸は、細胞型特異的プロモーターまたは組織型特異的プロモーターに作動可能に連結されている、工程、
該ＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質を、ＲＮＡに曝露し、それによって、該ＲＮＡと、該ＲＮＡ結合タンパク質または該ＲＮＡ関連タンパク質とを含むＲＮＡ−タンパク質複合体を形成する、工程、
該ＲＮＡ−タンパク質複合体を、該ＲＮＡ−タンパク質複合体に結合するリガンドに接触させる工程；ならびに
該リガンドから該ＲＮＡ−タンパク質複合体を分離して、該ＲＮＡ−タンパク質複合体を単離する工程、
を包含する、方法。
【請求項９１】  前記リガンドが、固体支持体に付着されている、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】  前記核酸が、細胞において発現される、請求項９０に記載の方法。
【請求項９３】  前記細胞を溶解する工程をさらに包含する、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】  前記細胞は、ニューロン細胞およびｐ１９細胞からなる群より選択される、請求項９２に記載の方法。
【請求項９５】  前記細胞は、Ｈｕタンパク質をコードする核酸を発現することができる、請求項９２に記載の方法。
【請求項９６】  前記Ｈｕタンパク質は、ＥＬＡＶ／Ｈｕ、ＨｕＡ、ＨｕＢ、ＨｕＣおよびＨｕＤからなる群より選択される、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】  前記核酸をベクター中にクローニングする工程をさらに包含する、請求項９０に記載の方法。
【請求項９８】  前記ベクターを細胞または組織中に導入する工程をさらに包含する、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】  非ヒト生物中に前記ベクターを導入する工程を包含する、請求項９７に記載の方法。
【請求項１００】  前記生物が、動物または植物である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】  前記ベクターが、組み換えベクター、プラスミドベクター、およびウイルスベクターからなる群より選択される、請求項９７に記載の方法。
【請求項１０２】  前記核酸が、一般的に結合するＲＮＡ結合タンパク質または一般的に結合するＲＮＡ関連タンパク質をコードしている、請求項９０に記載の方法。
【請求項１０３】  前記核酸が、細胞型特異的ＲＮＡ結合タンパク質をコードする核酸または細胞型特異的ＲＮＡ関連タンパク質をコードする核酸からなる群より選択される、請求項９０に記載の方法。
【請求項１０４】  前記核酸が、組織特異的ＲＮＡ結合タンパク質をコードする核酸または組織特異的ＲＮＡ関連タンパク質をコードする核酸からなる群より選択される、請求項９０に記載の方法。
【請求項１０５】  前記ＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質は、細胞において、ＲＮＡのサブセットと複合体を形成する、請求項９２に記載の方法。
【請求項１０６】  前記核酸は、疾患関連ＲＮＡ結合タンパク質または疾患関連ＲＮＡ関連タンパク質をコードする核酸である、請求項９０に記載の方法。
【請求項１０７】  ＲＮＡ−タンパク質複合体を単離する方法であって、該方法は、以下：
ＲＮＡとＲＮＡ−タンパク質複合体を形成することができる、ＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質をコードする核酸を発現させる工程；
該ＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質をＲＮＡに曝露して、それによって、該ＲＮＡと、該ＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質とを含むＲＮＡ−タンパク質複合体を形成させる工程；
該ＲＮＡ−タンパク質複合体を、該ＲＮＡ−タンパク質複合体に結合するリガンドと接触させる工程；ならびに
該リガンドから該ＲＮＡ−タンパク質複合体を分離して該ＲＮＡ−タンパク質複合体を単離する工程、
を包含し、ここで該核酸は、ポリＡ結合タンパク質、トリステトラプロリンおよびポリピリミジントラクト結合タンパク質からなる群より選択されるタンパク質をコードしている、方法。
【請求項１０８】  前記ＲＮＡ結合タンパク質または前記ＲＮＡ関連タンパク質の発現は、該ＲＮＡ結合タンパク質ＲＮＡまたはＲＮＡ関連タンパク質ＲＮＡの５’または３’非翻訳領域の少なくとも一方によって制御される、請求項９０に記載の方法。
【請求項１０９】  前記ＲＮＡ結合タンパク質または前記ＲＮＡ関連タンパク質の発現は、ＲＮＡ調節性タンパク質によって制御される、請求項９０に記載の方法。
【請求項１１０】  前記ＲＮＡ調節性タンパク質は、ＲＮＡ安定化タンパク質、翻訳調節タンパク質、ＲＮＡ局在化タンパク質、ＲＮＡ輸送タンパク質、転写因子、細胞型特異的転写因子、転写活性化因子、および転写抑制因子からなる群より選択される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】  前記ＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質は、選択性および／または親和性タグを含む、請求項９０に記載の方法。
【請求項１１２】  前記タグはエピトープタグである、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】  前記エピトープタグは、前記リガンドに対する結合パートナーである、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】  前記エピトープタグは、前記ＲＮＡ結合タンパク質または前記ＲＮＡ関連タンパク質に融合されている、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１５】  前記タグは、ビオチン、ＭＳ２タンパク質結合部位配列、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ  ７０ｋ結合部位配列、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ  Ａ結合部位配列、ｇ１０結合部位配列、およびＦＬＡＧＳ（登録商標）タグからなる群より選択される、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１６】  前記ＲＮＡを同定および／または特徴付けする工程をさらに包含する、請求項９０に記載の方法。
【請求項１１７】  遺伝子発現プロフィールを生成する工程をさらに包含する、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】  少なくとも１つのＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質を、非ヒト生物の１つより多い細胞型または組織型において発現される工程を包含する、請求項９０に記載の方法。
【請求項１１９】  前記核酸は、少なくとも２つの異なる細胞型を含む、非ヒト生物または細胞培養系において発現される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１２０】  前記生物はトランスジェニック器官である、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】  前記ＲＮＡ結合タンパク質または前記ＲＮＡ関連タンパク質が特異的な細胞型の遺伝子発現プロフィールを生成する工程を包含する、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２２】  ＲＮＡ−タンパク質複合体を単離する方法であって、該方法は、以下：
ＲＮＡとＲＮＡ−タンパク質複合体を形成することができるＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質をコードする核酸を発現させる工程；
該ＲＮＡ結合タンパク質または該ＲＮＡ関連タンパク質をＲＮＡに曝露し、それによって、該ＲＮＡと、該ＲＮＡ結合タンパク質または該ＲＮＡ関連タンパク質とを含むＲＮＡ−タンパク質複合体を形成する工程；
該ＲＮＡ−タンパク質複合体を、該ＲＮＡ−タンパク質複合体に結合するリガンドに接触させる工程；ならびに
該リガンドから該ＲＮＡ−タンパク質複合体を分離し、該ＲＮＡ−タンパク質複合体を単離する工程、
を包含し、さらに
病原体またはウイルスに該核酸を導入する工程を包含し、ここで、発現される該ＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質は、タグ化されており、該タグ化ＲＮＡ結合タンパク質またはＲＮＡ関連タンパク質は、該病原体またはウイルスに対して内因性である、方法。
【請求項１２３】  細胞または組織を前記病原体に感染させる工程をさらに包含する、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】  器官または生物を前記病原体で感染させる工程をさらに包含する、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２５】  前記ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１２６】  前記ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２７】  前記ＲＮＡを同定および／または特徴付けする工程をさらに包含する、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１２８】  前記ＲＮＡを同定および／または特徴付けする工程をさらに包含する、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２９】  前記タンパク質を同定および／または特徴付けする工程をさらに包含する、請求項９９に記載の方法。
【請求項１３０】  前記タンパク質を同定および／または特徴付けする工程をさらに包含する、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１３１】  前記タンパク質を同定および／または特徴付けする工程をさらに包含する、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１３２】  化合物で処理された細胞のプロフィールが、未処理の細胞と比較される、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１３３】  疾患細胞のプロフィールが、疾患に関係のない細胞のプロフィールと比較される、請求項１１７に記載の方法。
【請求項１３４】  細胞におけるｍＲＮＡのプロフィールを生成する方法であって、該方法は、以下：
生物学的サンプル由来の細胞から多数のｍＲＮＡ−タンパク質（ｍＲＮＰ）複合体を単離する工程であって、該ｍＲＮＰの各々が、タンパク質に結合または関連している少なくとも１つのｍＲＮＡを含む、工程；および
該ｍＲＮＰ複合体における該ｍＲＮＡの各々を同定して、それによって、該ｍＲＮＰ複合体における該ｍＲＮＡの同一性を含む遺伝子発現プロフィールを作製する工程、
を包含し、該単離する工程は、
該細胞由来の該多数のｍＲＮＰ複合体を、該ｍＲＮＰ複合体の各々の少なくとも１つの成分に結合する少なくとも１つのリガンドに接触させ、ここで、該リガンドは固体支持体に付着されている、工程、および
該少なくとも１つのリガンドから該ｍＲＮＰ複合体を分離して、該ｍＲＮＰ複合体を単離する工程、
を包含する、方法。
【請求項１３５】  前記タンパク質に結合または関連している前記少なくとも１つのｍＲＮＡは、前記細胞のｍＲＮＡのサブセットを含み、前記方法は、前記多数のｍＲＮＰ複合体に対して該ｍＲＮＰサブセットを同定し、それによって該ｍＲＮＡサブセットの同一性をさらに含む遺伝子発現プロフィールを作製する工程をさらに包含する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】  前記単離する工程は、細胞抽出物を作製する工程を包含する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３７】  前記細胞は腫瘍細胞である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３８】  前記細胞はニューロン細胞である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３９】  前記リガンドは抗体である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４０】  前記リガンドは、癌の被験体の血清を使用して単離された抗体である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４１】  前記リガンドは、自己免疫疾患の被験体の血清を使用して単離された抗体である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４２】  前記成分は核酸である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４３】  前記成分はＲＮＡである、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４４】  前記成分はｍＲＮＡである、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４５】  前記成分は成熟ｍＲＮＡである、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４６】  前記成分は、ＲＮＡ結合タンパク質である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４７】  前記成分は、ＲＮＡ関連タンパク質である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４８】  前記同定する工程は、前記少なくとも１つのｍＲＮＡをマイクロアレイ上に配する工程を包含する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１４９】  前記リガンドは、ＨｕＡ、ＨｕＢ、ＨｕＣおよびＨｕＤからなる群より選択されるＥＬＡＶ／Ｈｕタンパク質である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５０】  前記リガンドは、前記成分に特異的な抗体である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５１】  前記分離する工程は、前記ｍＲＮＰ複合体の免疫沈降を包含する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５２】  前記ｍＲＮＰ複合体を前記リガンドに接触させる前に、該ｍＲＮＰ複合体を架橋する工程をさらに包含する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５３】  前記ｍＲＮＰ複合体を前記リガンドに接触させた後に、該ｍＲＮＰ複合体を架橋する工程をさらに包含する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５４】  区別する工程が、前記細胞を一度に前記多数のｍＲＮＰ複合体を区別する工程を包含する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５５】  区別する工程が、前記細胞を連続的に前記多数のｍＲＮＰ複合体を区別する工程を包含する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５６】  前記単離する工程が、前記ｍＲＮＰ複合体における前記ｍＲＮＡを同定する前に、該ｍＲＮＰ複合体の各々を単離する工程を包含する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１５７】  前記生物学的サンプルが、細胞培養物または細胞抽出物を含む、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１５８】  前記生物学的サンプルが組織全体を含む、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１５９】  前記生物学的サンプルが器官体全体を含む、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６０】  前記生物学的サンプルが腫瘍を含む、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６１】  前記生物学的サンプルが腫瘍細胞または腫瘍細胞抽出物を含む、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６２】  前記生物学的サンプルがニューロンの集団を含む、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６３】  前記リガンドが抗体である、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６４】  前記リガンドが癌の被験体の血清を使用して単離された抗体である、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６５】  前記リガンドが自己免疫障害の被験体の血清を使用して単離された抗体である、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６６】  前記結合分子が抗体である、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６７】  前記結合分子がプロテインＡ、プロテインＧ、およびストレプトアビジンからなる群より選択される、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６８】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分が核酸である、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１６９】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分がＲＮＡである、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１７０】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分がｍＲＮＡである、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１７１】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分が成熟ｍＲＮＡである、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１７２】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分がＲＮＡ結合タンパク質である、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１７３】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分がＲＮＡ関連タンパク質である、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１７４】  前記ＲＮＡ関連タンパク質が前記ｍＲＮＰ複合体と約１０−６〜約１０−９のＫｄで関連する、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７５】  前記ＲＮＡ関連タンパク質が前記ｍＲＮＰ複合体と約１０−７〜約１０−９のＫｄで関連する、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７６】  前記ＲＮＡ関連タンパク質が前記ｍＲＮＰ複合体と約１０−８〜約１０−９のＫｄで関連する、請求項１７３に記載の方法。
【請求項１７７】  前記ｍＲＮＰ複合体の成分が炭水化物、脂質、およびビタミンからなる群より選択される、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１７８】  前記ｍＲＮＰ複合体から前記ｍＲＮＡを分離することによって該ｍＲＮＰ内に結合される該ｍＲＮＡを同定する工程、該ｍＲＮＡのｃＤＮＡを得る工程、次いで該ｃＤＮＡを配列決定する工程をさらに包含する、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１７９】  前記同定する工程が、ｃＤＮＡマイクロアレイ上で実施される、請求項１７８に記載の方法。
【請求項１８０】  前記リガンドが、ＨｕＡ、ＨｕＢ、ＨｕＣおよびＨｕＤからなる群より選択されるＥＬＡＶ／Ｈｕタンパク質である、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１８１】  前記リガンドが、前記ｍＲＮＰ複合体の少なくとも１つの成分に対して特異的な抗体であり、該ｍＲＮＰ複合体が免疫沈降によって分離される、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１８２】  多数のリガンドが前記生物学的サンプルと接触され、多数のｍＲＮＰ複合体を単離する、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１８３】  前記ｍＲＮＰ複合体を前記リガンドと接触させる前に、該ｍＲＮＰ複合体を架橋させる工程をさらに包含する、請求項３０または３１に記載の方法。
【請求項１８４】  前記ｍＲＮＰ複合体を前記リガンドと接触させた後に、該リガンドを該ｍＲＮＰ複合体と架橋させる工程をさらに包含する、請求項３０または３１に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９１】
【表２】
2004520002.tif 000001
その３’ＵＴＲ配列が利用可能なｍＲＮＡの多数は、インビトロでＨｕタンパク質に結合することが以前に見出されているような同様のウリジレートリッチ（ｕｒｉｄｙｌａｔｅ−ｒｉｃｈ）モチーフを含む（Ｌｅｖｉｎｅら、（１９９３）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１３，３４９４−３５０４；Ｇａｏら、（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１，１１２０７−１１２１１：Ｋｉｎｇら、（１９９４）Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１４，１９４３−１９５２；Ｌｉｕら、（１９９５）Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ  ４５，５４４−５５０；Ｍａら、（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５，３５６４−３５６９；Ｆａｎら、（１９９７）Ｇｅｎｅｓ  Ｄｅｖ．１１，２５５７−２５６８）。さらに、これらのｍＲＮＡの大部分は、ニューロン組織において発現されるか、またはＲＡで誘導したニューロン分化後に上方制御されることが公知である（Ｂｅｃｋら、（１９９５）Ｎｅｕｒｏｎ  １４，７１７−７３０；Ｃｏｌｏｎ  ａｎｄ  Ｒｏｓｓａｎｔ（１９９２）Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  １１６，３５７−３６８；Ｇｒａｈａｍら、（１９９１）Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  １１２、２５５−２６４；Ｈｉｒｓｃｈら、（１９９４）Ｄｅｖ．Ｄｙｎ．２０１、１０８−１２０；Ｈｕｎｔら、（１９９１）Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  １１２，４３−５０；Ｊａｎｓｓｅｎ−Ｔｉｍｍｅｎら、（１９８９）Ｇｅｎｅ  ８０、３２５−３３６；Ｋｏｎｄｏら、（１９９２）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０，５７２９−５７３５；Ｋｏｎｉｓｈｉら、（１９９４）Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．６４９，５３−６１；Ｎｅｕｍａｎら、（１９９３）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．５，３１１−３１８；Ｏｋｕｄａら、（１９９５）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２９，６２３−６３０；Ｓｏｏｓａａｒら、（１９９４）Ｂｒａｎ  Ｒｅｓ．Ｍｏｌ．Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．２５，１７６−１８０；Ｔａｋｅｃｈｉら、（１９９２）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２０６，３２３−３２９；Ｔｅｌｆｏｒｄら、（１９９０）Ｍｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．Ｄｅｖ．２７，８１−９２；Ｚｗａｒｔｋｒｉｕｓら、（１９９３）Ｅｘｐ．Ｃｅｌｌ  Ｒｅｓ．２０５、４２２−４２５；Ｔｏｍａｓｅｌｌｉら、（１９８８）Ｎｅｕｒｏｎ  １、３３−４３；Ｒｅｄｉｅｓ（１９９５）Ｅｘｐ．Ｃｅｌｌ  Ｒｅｓ．２２０，２４３−２５６；Ｒｏｓｓら（１９９６）Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１６．２１０−２１９）。表３に示される配列アライメントは、ＨｕＢについてのコンセンサスＲＮＡ結合配列を誘導するためにインビトロ選択を使用するＬｅｖｉｎｅら、（（１９９３）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１３，２４９４−３５０４）およびＧａｏら、（（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１、１１２０７−１１２１１）の以前の結果と一致している。本明細書中に記載の方法を使用して、他のＲＮＡ結合配列についてのインビボ標的配列優先度を区別することが可能である。