【手続補正書】
【提出日】平成20年5月28日(2008.5.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
近年、染色体上の構造遺伝子または遺伝子間領域の部分配列を有するＤＮＡ断片またはヌクレオチド・オリゴマーを固定支持体に固定したＤＮＡアレイを用いて、トランスクリプトーム解析が行われている。例えば、Ｏｌｅｓｅｎらは、ＧｅｎｅＦｉｌｔｅｒｓ（Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ社製）を用いて、醸造中の下面発酵酵母の網羅的遺伝子発現解析を行った（例えば非特許文献３参照）。しかしながら、下面発酵酵母のゲノム配列が、いまだに解明されていないことから、正確にはどの遺伝子の発現をモニターしたのかは不明である。したがって、代謝解析および有用酵母の育種、ならびにビール醸造プロセス制御に適用するには、下面発酵酵母に関わる情報は極めて不十分である。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７９】
（ａ）で調製したゲノムＤＮＡにＴＥ緩衝液を加え、そしてＨｙｄｒｏｓｈｅａｒ（ＧｅｎｅＭａｃｈｉｎｅｓ製）等を用いてゲノムＤＮＡを断片化する。ＤＮＡ平滑化キット（タカラバイオ製）等を用いて、ゲノム断片の末端を平滑化し、そしてアガロースゲル電気泳動により分画する。次いで、約１．５〜２．５ｋｂのゲノム断片をゲルから切り出し、そして該ゲルにＤＮＡ溶出用緩衝液、例えばＭＧ溶出緩衝液（０．５ｍｏｌ／ｌ酢酸アンモニウム、１０ｍｍｏｌ／ｌ酢酸マグネシウム、１ｍｍｏｌ／ｌ  ＥＤＴＡおよび０．１％ＳＤＳ）等を加えた後、約２５〜４０℃で終夜振盪してＤＮＡを溶出する。ＤＮＡ溶出液をフェノール／クロロホルム処理し、そしてエタノール沈殿して、ゲノムライブラリー挿入物を得る。上記挿入物全量と、適当なベクター、例えばｐＵＣ１８  ＳｍａＩ／ＢＡＰ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ製）等とを約１０〜２０℃で、約２０〜５０時間、Ｔ４リガーゼ（タカラバイオ製）を用いて連結に供する。連結反応産物をエタノール沈殿し、そして生じた組換えベクターＤＮＡを適量のＴＥ緩衝液に溶解する。エレクトロポレーション等の手段により、大腸菌、例えばＥｌｅｃｔｒｏ  Ｃｅｌｌ  ＤＨ５α株（タカラバイオ製）を組換えベクターＤＮＡで形質転換する。エレクトロポレーションを添付実験マニュアルに示された条件下で行うことが推奨される。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８１】
（ｃ）コスミド・ライブラリーの調製
（ａ）で調製したゲノムＤＮＡを適切な制限酵素、例えばＳａｕ３ＡＩ（タカラバイオ製）を用いた部分消化に供する。Ｓａｕ３ＡＩによって消化したＤＮＡ断片を、Ｓｕｐｅｒ  ＣｏｓＩベクター（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ製）などのコスミド・ベクターのＢａｍＨＩ部位に挿入することが可能である。制限酵素処理および連結は、添付のプロトコールにしたがって行ってもよい。こうした方法によって得た連結産物を、例えばＧｉｇａｐａｃｋ  ＩＩＩ  Ｇｏｌｄ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ製）を用いたパッケージングに供し、そして添付実験手順マニュアルにしたがい、大腸菌、例えばＸＬ１−Ｂｌｕｅ  ＭＲ株（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ製）に導入する。これをアンピシリンを含有するＬＢ平板培地に塗布し、そして約３０〜３７℃で終夜培養して、形質転換体を得る。生じた形質転換体を、約０．１ｍｇ／ｍｌのアンピシリンを含有するＬＢ培地中、９６ウェルタイタープレートを用いて、約３０〜３７℃終夜培養し、ＬＢと等容量の５０％グリセロール水溶液を加え、そして攪拌してグリセロールストックを得る。グリセロールストックは通常約−８０℃で保存が可能である。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８２】
（ｄ）ＤＮＡ配列決定用のＤＮＡ断片の調製
工業用酵母のゲノム配列は、主にゲノム・ショットガン法を用いて決定可能である。上記（ｂ）で調製したショットガン・ライブラリーを用いたＰＣＲによって、ＤＮＡ配列を決定するＤＮＡ断片を調製してもよい。具体的には、アンピシリンを含有するＬＢ培地を、各ウェルに、各々、約５０μｌずつ入れた３８４ウェルタイタープレートに、レプリケーター（Ｇｅｎｅ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ製）を用いて、ゲノム・ショットガン・ライブラリーのクローンを接種し、そして約３０〜３７℃で振盪させずに終夜培養する。該培養液を、ＰＣＲ用反応溶液（タカラバイオ製のＴａＫａＲａ  Ｅｘ  Ｔａｑ）を、各々、約１０μｌずつ入れた３８４ウェル反応プレート（ＡＢ  Ｇｅｎｅ製）に、レプリケーター（Ｇｅｎｅ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ製）等を用いて移し、そしてＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  ９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ製）等を用い、牧野らによるプロトコール（ＤＮＡ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  第５巻，  １−９ページ（１９９８））等にしたがってＰＣＲを行い、挿入された断片の増幅を行う。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００８７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００８７】
該反応溶液およびＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  ９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ製）を用いて、約５０〜７０サイクルのダイターミネーター配列決定反応を行ってもよい。商業的に入手可能なキット、例えばＤＹＥｎａｍｉｃ  ＥＴ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ配列決定キットを用いる場合には、サイクルパラメータは、その添付マニュアルにしたがう。ＭｕｌｔｉＳｃｒｅｅｎ  ＨＶプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ製）等を用い、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅのマニュアルにしたがって試料の精製を行う。精製した反応産物をエタノール沈殿し、そして生じた沈殿物を乾燥させ、そして約４℃の暗所で保存する。商業的に入手可能な配列決定装置および解析装置、例えばＭｅｇａＢＡＣＥ  １０００  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ製）およびＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ３７００  ＤＮＡ  Ａｎａｌｙｓｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ製）等を用い、添付のマニュアルにしたがって、乾燥産物を解析する。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００９８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００９８】
解析用ソフトウェア（Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ｓｕｉｔｅ  ５．０）を用いて、醸造用酵母のＤＮＡとハイブリダイズした各プローブのシグナルを、半数体実験室酵母株Ｓ２８８Ｃのものに対して標準化して、そしてシグナル対数比（２ｎ）として示す。表計算プログラム（マイクロソフトＥｘｃｅｌ  ２０００）を用いて、各染色体中の遺伝子順にしたがってシグナル対数比を並べ、そしてシグナル対数比を棒グラフで表す（例えば図５参照）。非Ｓｃ型遺伝子は、Ｓ．セレビシエ・アレイにハイブリダイズせず、したがってＳｃ型遺伝子量（ｇｅｎｅ  ｄｏｓａｇｅ）はシグナル対数比に影響を及ぼし、そしてシグナル対数比が顕著な変化を示す箇所は、Ｓｃ型および非Ｓｃ型染色体間の転座位置と見なされる。
【手続補正７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０６】
例えば、ＳＳＵ１遺伝子およびＭＥＴ１４遺伝子は、それぞれ、亜硫酸輸送活性およびアデニル硫酸キナーゼ活性を有することが知られる。どちらの遺伝子も、ビールの香味を安定化させるために重要な役割を果たすことが知られる。ビール製造工程において、何らかの役割を果たすことが知られるＳｃ遺伝子との相同性解析から得られた他の遺伝子を、以下の実施例７の表２に列挙する。しかし、これらの遺伝子は、風味があるビールの製造に十分な活性を発揮しない。したがって、いかなる限定も伴わず、アルコールまたは酒類の製造において、生産性の向上および／または香味の改善に関わる遺伝子を、工業用酵母から同定する目的のため、これらのＳｃ型遺伝子に対応する非Ｓｃ型遺伝子を選択してもよい。
【手続補正８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５２】
配列番号３３〜６２３６は、本発明の非ＳＣタンパク質をコードするＯＲＦに相当する。これらの配列を、ｃＤＮＡプローブとして、ＤＮＡアレイに固定してもよい。配列番号６２３７〜７５３３６は、配列番号３３〜６２３６の各々から選択される約２５の連続ヌクレオチドの短いヌクレオチド配列である。配列番号１６６１８２〜１６６４８９は、配列番号１６６１５４〜１６６１８１のＤＮＡ配列に基づくオリゴヌクレオチドの配列に相当する。
【手続補正９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５８】
好ましい態様において、（５）のＤＮＡは、配列番号７５３３７〜８２７８４、または配列番号８２７８５〜１６６１５３のいずれか１つのヌクレオチド配列を有する。配列番号７５３３７〜８２７８４は、本発明のＳｃタンパク質をコードするＯＲＦに相当する。配列番号８２７８５〜１６６１５３は、配列番号７５３３７〜８２７８４の各々から選択される、約２５の連続ヌクレオチドの短いヌクレオチド配列である。
【手続補正１０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７１】
固体支持体へポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドを高密度で付着させることにより、後述の解析を効率よく実施可能であるが、高い固定密度は常に必要なわけではない。高密度を達成するためのアレイヤーロボット等の装置は、タカラバイオ（ＧＭＳ４１７  Ａｒｒａｙｅｒ）等から商業的に入手可能であり、そして商業的に入手可能な該製品を用いることも可能である。また、光リソグラフ法等により本発明のオリゴヌクレオチドを固体支持体上で直接合成してもよい（Ｎａｔ．  Ｇｅｎｅｔ．  ２１，  ２０−２４（１９９９））。この方法では、光照射によって除去可能な保護基を有するリンカーをまず、スライドガラス等の固体支持体に付着させる。次いで、マスク（光リソグラフマスク）を通じて光を照射して、付着部分の限定された部分にのみ、光を透過させる。次に、光照射によって除去可能な保護基を有するオリゴヌクレオチドをこの部分に添加する。したがって、ヌクレオチドとの連結反応は、照射された部分でのみ生じる。
【手続補正１１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９１】
（ｍ）−５  データ解析
技術マニュアルにしたがって、商業的に入手可能なソフトウェア（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ製のＧＣＯＳ（ＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ）；Ｓｉｌｉｃｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ製のＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ；タカラバイオ製のＩｍａＧｅｎｅ；富士フィルム製のＡｒｒａｙ  Ｇａｕｇｅ；Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｐｈａｒｍａｃｉａ  Ｂｉｏｔｅｃｈ製のＩｍａｇｅＱｕａｎｔ等）を用い、ＤＮＡアレイのデータ解析を行うことも可能である。特徴的な発現プロフィールを示す遺伝子を同定し、そして機能解析のために選択してもよい。
【手続補正１２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２５７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２５７】
形質転換に用いる選択マーカーに関しては、醸造用酵母の場合は栄養要求性マーカーが利用不能であり、そしてしたがって、Ｇ４１８耐性遺伝子（Ｇ４１８ｒ）、銅耐性遺伝子（ＣＵＰ１）“Ｍ．  Ｋａｒｉｎら，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  第８１巻，  ３３７ページ（１９８４）”、セルレニン（ｃｅｒｕｌｅｎｉｎ）耐性遺伝子（ｆａｓ２ｍ、ＰＤＲ４）（「猪腰淳嗣ら，  生化学，  第６４巻，  ６６０ページ（１９９２）」、“Ｍ．  Ｈｕｓｓａｉｎら，  Ｇｅｎｅ，  第１０１巻，  １４９ページ（１９９１）”）等が適用可能である。
【手続補正１３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２６１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２６１】
（実施例２）
ショットガン・ライブラリーの調製
ＴＥ緩衝液を用いて、実施例１で調製した３４／７０株のゲノム溶液濃度を１ｍｇ／ｍｌに調整した。その０．１ｍｌをＨｙｄｒｏｓｈｅａｒ（ＧｅｎｅＭａｃｈｉｎｅｓ製；スピード：６；周期：２０）で処理して、ゲノムＤＮＡを断片化した。ＤＮＡ平滑化キット（タカラバイオ製）を用いて、ゲノム断片の末端を平滑化し、０．８％アガロースゲル電気泳動によって分画した。１．５〜２．５ｋｂのゲノム断片をゲルから切り出し、そしてＤＮＡを溶出した。ＤＮＡ溶出液をフェノール／クロロホルム処理し、そしてエタノール沈殿してゲノムライブラリー挿入物を得た。Ｔ４リガーゼ（タカラバイオ社製）を用いて、上記挿入物全量およびｐＵＣ１８  ＳｍａＩ／ＢＡＰ（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ製）０．５μｇを、１５℃で１５時間の連結に供した。
【手続補正１４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２６２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２６２】
連結反応産物をエタノール沈殿し、そして１０μｌのＴＥ緩衝液に溶解した。添付実験マニュアルに示された条件下で、エレクトロポレーションによって、連結溶液（１μｌ）を、大腸菌Ｅｌｅｃｔｒｏ  Ｃｅｌｌ  ＤＨ５α（タカラバイオ製）４０μｌ挿入した。０．１ｍｇ／ｍｌのアンピシリン、０．１ｍｇ／ｍｌのＸ−ｇａｌおよび１ｍｍｏｌ／ｌのイソプロピル−β−Ｄ−チオガラクトピラノシド（ＩＰＴＧ）を含有し、１．６％の寒天を含有するＬＢ平板培地（ＬＢ培地（１％バクトトリプトン、０．５％酵母エキスおよび１％塩化ナトリウム；ｐＨ７．０））に、生じた産物を塗布し、そして３７℃終夜インキュベーションした。
【手続補正１５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２６４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２６４】
（実施例３）
コスミド・ライブラリーの作製
実施例１で得たゲノムＤＮＡ約０．１ｍｇをＳａｕ３ＡＩ（タカラバイオ社製）で部分消化した。マニュアルにしたがって、この断片を、Ｓｕｐｅｒ  Ｃｏｓ  Ｉベクター（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ製）のＢａｍＨＩ部位に挿入した。Ｇｉｇａｐａｃｋ  ＩＩＩ  Ｇｏｌｄ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ製）を用いて、この方法によって調製した連結産物を、パッケージングに供し、そしてマニュアルにしたがって、大腸菌ＸＬ１−Ｂｌｕｅ  ＭＲ株（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ製）に導入した。アンピシリン０．１ｍｇ／ｍｌを含有するＬＢ平板培地にこれを塗布し、そして３７℃で終夜インキュベーションした。９６ウェルタイタープレートを用いて、０．１ｍｇ／ｍｌのアンピシリンを含有するＬＢ培地（各ウェル：５０μｌ）中、生じた形質転換体を３７℃で終夜培養し、そして次いで、５０％グリセロール溶液５０μｌを加えた後、攪拌し、そして混合物をグリセロールストックとして用いた。
【手続補正１６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２６５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２６５】
（実施例４）
ＤＮＡ配列の決定
（４−１）ＤＮＡ断片の調製
主にゲノム・ショットガン法を用いて、３４／７０株のゲノム配列を決定した。上記実施例２で調製したショットガン・ライブラリーから、ＰＣＲ法を用いて、該方法によってＤＮＡ配列を決定しようとするＤＮＡ断片を調製した。具体的には、０．１ｍｇ／ｍｌのアンピシリンを含有するＬＢ培地５０μｌを各ウェルに入れた３８４ウェルタイタープレートに、レプリケーター（ＧｅｎｅＳｏｌｕｔｉｏｎ製）を用いて、ゲノム・ショットガン・ライブラリー由来クローンを接種し、振盪せずに、３７℃で終夜培養した。１０μｌのＰＣＲ用反応混合物（タカラバイオ製のＴａＫａＲａ  Ｅｘ  Ｔａｑ）を含有する３８４ウェル反応プレート（ＡＢ  Ｇｅｎｅ製）に、レプリケーター（Ｇｅｎｅ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ製）を用いて、該培養液を移し、そしてＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  ９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ製）を用い、牧野らのプロトコール“ＤＮＡ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，  第５巻，  １−９ページ（１９９８）”にしたがってＰＣＲを行い、挿入断片の増幅を行った。その後、ＰＣＲ産物精製用キット（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ製）によって過剰なプライマーおよびヌクレオチドの除去を行い、そしてこれをテンプレートとして用いて、配列決定反応を行った。
【手続補正１７】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２６７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２６７】
（４−２）配列決定反応
２μｌのＤＹＥｎａｍｉｃ  ＥＴ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ配列決定キット（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ製）および適切なプライマーと、上記（４−１）で調製したＰＣＲ産物またはコスミドＤＮＡを混合して、約８μｌの反応混合物を得た。ショットガンＤＮＡ由来のＰＣＲ産物の配列決定反応には、Ｍ１３順方向（Ｍ１３−２１）プライマーおよびＭ１３逆方向（Ｍ１３ＲＶ）プライマー（タカラバイオ製）を用い、一方、コスミドＤＮＡには、順方向プライマー、ＳＳ−ｃｏｓＦ．１（配列番号７）および逆方向プライマー、ＳＳ−ｃｏｓＲ．１（配列番号８）を用いる。プライマーおよびＤＮＡ断片の量は、それぞれ、３．２ｐｍｏｌおよび５０〜２００ｎｇであった。ＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  ９７００を用いて、前記反応溶液を、６０サイクルのダイターミネーター配列決定反応に供した。サイクルパラメータはＤＹＥｎａｍｉｃ  ＥＴ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ配列決定キットに添付されたマニュアルにしたがった。ＭｕｌｔｉＳｃｒｅｅｎ  ＨＶプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ製）を用い、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅのマニュアルにしたがって試料の精製を行った。精製した反応物を４℃の暗所で保存した。Ｍｅｇａ  ＢＡＣＥ  １０００配列決定システム（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ製）およびＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ３７００  ＤＮＡ解析装置（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ製）を用い、添付のマニュアルにしたがって、精製反応物を解析した。Ｍｅｇａ  ＢＡＣＥ  １０００配列決定システムで得た３３２，５９２配列、および３７００  ＤＮＡ解析装置で得た１３，４６１配列のデータを、サーバーＥｎｔｅｒｐｒｉｓｅ  ６５００（Ｓｕｎ  Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ製）へ転送し、そして保存した。３４６，０５３配列分のデータはゲノムサイズの約７倍に相当した。
【手続補正１８】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２７０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２７０】
（実施例６）
Ｓ．セレビシエ・ゲノム配列との比較データベースの作成
Ｓ．パストリアヌスは、Ｓ．セレビシエとその近縁種との自然交雑体であると信じられている“Ｉｎｔ．  Ｊ．  Ｓｙｓｔ．  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，  第３５巻，  ５０８−５１１ページ（１９８５）”。したがって、（４−２）で得たコスミドＤＮＡクローンの両端ＤＮＡ配列（１０，０４４塩基を含む）を、Ｓ．セレビシエ・ゲノム配列に対しての相同性検索アルゴリズムによる相同性検索に供して、各ＤＮＡ配列について、Ｓ．セレビシエ・ゲノム配列上での相同領域の配列並列およびその同一性を決定して、データベースを作成した。コスミドＤＮＡ配列に関して、対応するＳ．セレビシエ・ゲノムＤＮＡ配列との同一性分布図を図２に示す。コスミドのＤＮＡ配列は、Ｓ．セレビシエ・ゲノムＤＮＡ配列と９４％以上の同一性を示すＤＮＡ配列群、および８４％前後の同一性を示すＤＮＡ配列群に大別された。９４％以上の同一性を示すＤＮＡ配列群を、Ｓ．セレビシエ由来のＳｃ型ＤＮＡ配列と名づけ、そして８４％前後の同一性を示すＤＮＡ配列群を、近縁種のゲノム由来の非Ｓｃ型ＤＮＡ配列と名づける。同様に（４−２）で得たショットガン・クローンの両端ＤＮＡ配列とＳ．セレビシエ・ゲノムＤＮＡ配列との比較データベースを作成した（表１）。表１は、３，６４８個のコスミド・クローンの両端ＤＮＡ配列とＳ．セレビシエ・ゲノムＤＮＡ配列との比較データベースの例を示す。ＤＮＡ配列決定に供したコスミドの順方向配列および逆方向配列の各Ｓ．セレビシエ・ゲノムＤＮＡ配列上での相同領域およびその同一性を示す。
【手続補正１９】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２７６】
解析ソフトウェア（Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ｓｕｉｔｅ  ５．０：Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ製）を用いて、半数体実験室酵母株Ｓ２８８Ｃのものに標準化して、そしてシグナル対数比（２ｎ）として示す。表計算プログラム（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｅｘｃｅｌ  ２０００）を用いて、各染色体中の遺伝子順にしたがってシグナル対数比を並べ、そして図５に示すようにシグナル対数比を棒グラフで表す。非Ｓｃ型遺伝子は、Ｓ．セレビシエ・アレイにハイブリダイズせず、したがってＳｃ型遺伝子量はシグナル対数比に影響を及ぼし、そしてシグナル対数比が顕著な変化を示す点は、Ｓｃ型および非Ｓｃ型染色体間の転座位置であると見なされる。
【手続補正２０】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０４】
生じたＳｃ型ＭＥＴ１４および非Ｓｃ型ＭＥＴ１４遺伝子のＤＮＡ配列を、サンガーの方法“Ｓｃｉｅｎｃｅ，  第２１４巻，  １２１５ページ（１９８１）”によってチェックした（図１１）。