【手続補正書】
【提出日】平成20年8月11日(2008.8.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者が前立腺癌に罹患しているか否かを評価するのを補助する方法であって、該方法は：
ａ）患者サンプルにおけるマーカーの発現レベルを決定する工程であって、該マーカーは表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される、工程と；
ｂ）コントロールサンプルからサンプル中の該マーカーの発現のレベルを決定する工程と；
ｃ）該マーカーの発現のレベルを、該患者サンプルと該コントロールサンプル由来のサンプルとにおいて比較する工程と；
を包含し、ここで、該患者サンプルと、該コントロールサンプル由来のサンプルとの間における該マーカーの発現のレベルの有意な相違が、該患者が前立腺癌に罹患している指標である、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、コントロールサンプル由来の発現のレベルが：
ａ）ガンでない患者由来の前立腺細胞から決定されたレベル；
ｂ）良性の前立腺肥大を有するかまたは前立腺腫瘍を有さない被験体由来の前立腺細胞から決定されたレベル；
ｃ）良性前立腺肥大を有するかまたは前立腺腫瘍を有さない被験体の集団からの発現の平均レベルを用いて予め決定されたレベル；
から選択される方法によって決定される、方法。
【請求項３】
前記マーカーが選択されたタンパク質に相当する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記マーカーが、転写されたポリヌクレオチドまたはその一部を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法であって、前記サンプルが：
ａ）前記患者から得られた細胞；ならびに
ｂ）血液、リンパ液、尿、前立腺液および精液からなる群より選択される液体；
から選択されるサンプルを含む、方法。
【請求項６】
前記マーカータンパク質の存在が、該タンパク質と特異的に結合する試薬を用いて検出される、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
前記試薬が、抗体、抗体誘導体、および抗体フラグメントからなる群より選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記サンプル中の前記マーカーの発現のレベルが、核酸マーカーに対応する、転写されたポリヌクレオチドまたはその一部の該サンプル中での存在を検出することによって、評価される、請求項４に記載の方法。
【請求項９】
転写されたポリヌクレオチドを検出する工程が、該転写されたポリヌクレオチドを増幅する工程を包含する、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記サンプル中の前記マーカーの発現レベルが、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で核酸マーカーまたはその一部とアニーリングする、転写されたポリヌクレオチドのサンプル中での存在を検出することによって評価される、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記サンプル中の前記マーカーの発現のレベルが、少なくとも約２つまたは少なくとも約５つの要因によって、前立腺癌に罹患していない患者におけるマーカーの発現の正常なレベルとは異なる、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
患者が前立腺癌に罹患しているか否かを評価するのを補助する方法であって：
ａ）表１に列挙されるマーカーから独立して選択される少なくとも２つのマーカーのサンプル中における発現のレベルを決定する工程と；
ｂ）コントロールサンプル中の各々のマーカーの発現のレベルを決定する工程と；
ｃ）該マーカーの発現のレベルを、該患者サンプルと該コントロールサンプル由来のサンプルとにおいて比較する工程と；
を包含し、ここで、該マーカーの発現の対応するコントロールレベルに対して、少なくとも２つのマーカーの発現のレベルにおける有意な相違が、該患者が前立腺癌に罹患している指標である、方法。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法であって、コントロールサンプル由来の発現のレベルが：
ａ）ガンでない患者由来の前立腺細胞から決定されたレベル；
ｂ）良性の前立腺肥大を有するかまたは前立腺腫瘍を有さない被験体由来の前立腺細胞から決定されたレベル；
ｃ）良性前立腺肥大を有するかまたは前立腺腫瘍を有さない被験体の集団からの発現のレベルの平均を用いて予め決定されたレベル；
から選択される方法によって決定される、方法。
【請求項１４】
前記少なくとも３つのマーカーの発現が決定される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記少なくとも５つのマーカーの発現が決定される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
患者における前立腺癌の進行をモニタリングするのを補助するための方法であって、
ａ）第１の時点由来の患者サンプルにおけるマーカーの発現のレベルを決定する工程であって、該マーカーが、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される、工程と；
ｂ）該患者由来のサンプル中におけるマーカーの発現のレベルを引き続く時点で決定する工程と；
ｃ）工程ａ）およびｂ）において検出された発現のレベルを比較して、これによって該患者における前立腺癌の進行をモニタリングする工程とを包含し、
該マーカーの発現における変化が、前立腺癌の進行または退行のいずれかの指標である、方法。
【請求項１７】
前記マーカーが分泌されたタンパク質に相当する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記マーカーが転写されたポリヌクレオチドまたはその部分を含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記サンプルが、
ａ）前記患者から得られた細胞；および
ｂ）血液、リンパ液、尿、前立腺液および精液からなる群より選択される液体；
から選択されるサンプルを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者が、第１の時点と引き続く時点との間で腫瘍を除去するための手術を受けている、請求項１６に記載の方法。
【請求項２１】
患者における前立腺癌を阻害するための候補試験化合物を同定する方法であって：
ａ）患者から得られ、試験化合物に曝された第１のサンプル中のマーカーの発現を決定する工程であって、該マーカーが、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される、工程と；
ｂ）該患者から得られた第２のサンプルにおける該マーカーの発現を決定する工程であって、該サンプルが該試験化合物に曝されない、工程と；
ｃ）マーカーの発現を、該試験化合物に曝されたサンプルと該試験化合物に曝されていないサンプルとにおいて比較する工程と；
ｄ）該試験化合物に曝されたサンプルにおける該マーカーの発現の、該第２のサンプルに比べて有意に低いレベルが、該試験化合物が患者における前立腺癌を阻害するために有効であることの指標である場合、該試験化合物が該患者における前立腺癌を阻害するための候補化合物であることを決定する工程と；
を包含する、方法。
【請求項２２】
前記第１および第２のサンプルが、前記患者から得られた単一のサンプルの一部であるか、または該第１および第２のサンプルが該患者から得られたプールされたサンプルの一部である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ある患者が前立腺癌に罹患しているか否かを評価するためのキットであって、該キットは、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーの発現を評価するための試薬を含み；
該キットは：
ａ）少なくとも１つの核酸プローブであって、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーに対応する転写されたポリヌクレオチドと、特異的に結合するプローブ（単数または複数）；および
ｂ）少なくとも１つの抗体であって、表１に列挙されるマーカーからなる群より選択される少なくとも１つのマーカーに対応するタンパク質と、特異的に結合する抗体（単数または複数）；
から選択される試薬を含む、キット。
【請求項２４】
配列番号３、配列番号５、配列番号９、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１５、配列番号１７、配列番号２１、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２９および配列番号４３からなる群より選択されるヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子。
【請求項２５】
配列番号４、配列番号６、配列番号１０、配列番号１２、配列番号１４、配列番号１６、配列番号１８、配列番号２２、配列番号２６、配列番号２８、配列番号３０および配列番号４４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２４に記載の核酸分子によってコードされる単離されたポリペプチド。
【請求項２６】
請求項２５に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。