【手続補正書】
【提出日】平成30年11月29日(2018.11.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
異性化可能な有機分子である第１の結合メンバーと、
ペプチドアプタマーを含む異性体特異的親和性因子である第２の結合メンバーと
を含み、
前記異性化可能な有機分子が、第１の条件下で前記第２の結合メンバーに対してある結合親和性を有し、かつ第２の条件下で前記第２の結合メンバーに対して異なる結合親和性を有し、前記第１の結合メンバーと前記第２の結合メンバーは、第１の条件下および第２の条件下のいずれかで会合するが、両方の条件下で会合するわけではない、結合対。
【請求項２】
結合親和性の差異は、前記第１の結合メンバーと前記第２の結合メンバーとが第１の条件下で会合し、かつ第２の条件下で解離するようなものである、請求項１に記載の結合対。
【請求項３】
前記異性体特異的親和性因子が、前記ペプチドアプタマーに共有結合的に連結されているリンカーを更に含み、前記リンカーは目的の分子に非共有結合的にまたは共有結合的に結合可能である、請求項１に記載の結合対。
【請求項４】
前記ペプチドアプタマーが、
ａ）ジペプチド、
ｂ）３〜６個のアミノ酸を有するポリペプチド、
ｃ）７個のアミノ酸を有するポリペプチド、
ｄ）８〜１１個のアミノ酸を有するポリペプチド、
ｅ）１２個のアミノ酸を有するポリペプチド、
ｆ）１３〜５２個のアミノ酸を有するポリペプチド、または
ｇ）５２個を超えるアミノ酸を有するポリペプチド
である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の結合対。
【請求項５】
前記ペプチドアプタマーが、３〜１８個のアミノ酸を有するポリペプチドである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の結合対。
【請求項６】
前記リンカーがプロテアーゼ感受性の切断部位を含む、請求項３〜５のいずれか一項に記載の結合対。
【請求項７】
前記第１の条件が、光、低輝度の光、暗闇、熱、ｐＨ、ストレス、イオン、前記異性体特異的親和性因子またはこれらの組合せへの曝露であり、および前記第２の条件が、前記第１の条件と異なる光、低輝度の光、暗闇、熱、ｐＨ、ストレス、イオン、前記異性体特異的親和性因子またはこれらの組合せへの曝露である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の結合対。
【請求項８】
ａ）前記第１の条件が、可視スペクトルもしくはその一部上の広範囲の波長の光への曝露であり、および前記第２の条件が、紫外スペクトルもしくはその一部上の広範囲の波長の光への曝露であるか、
ｂ）前記第１の条件が、可視スペクトルもしくはその一部上の波長の光への曝露であり、および前記第２の条件が、前記第１の条件と異なる低輝度の光もしくは暗闇への曝露であるか、または
ｃ）前記第１の条件が、ある波長の光への曝露であり、および前記第２の条件が、前記第１の条件と１０ナノメートル超の波長だけ異なる波長の光への曝露である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の結合対。
【請求項９】
前記異性化可能な有機分子が光異性化可能な有機分子である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の結合対。
【請求項１０】
前記光異性化可能な有機分子がスピロピランコア構造を有する、請求項９に記載の結合対。
【請求項１１】
前記光異性化可能な有機分子が、式（Ｉ）：
【化１】
2018507164.tif 000001
のスピロピラン構造を有し、
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８およびＲ９が同一であるか、または異なり、かつそれぞれ独立して、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキルもしくは置換アルキル、（Ｃ２〜Ｃ２０）アルケニル、（Ｃ２〜Ｃ２０）アルキニル、（Ｃ６〜Ｃ１０）アリール、（５〜１２個の原子の）ヘテロアリール、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルコキシ、アミノ、ハロゲン、シアノ、トリクロロメチル、トリフルオロメチル、ニトロ、マレイミド、硫黄、−Ｃ（Ｏ）−ＯＨ、アジドまたはＨＯ−（Ｏ）Ｃ−（Ｃ１〜Ｃ３）アルキルから選択され、
Ｘが酸素であり、および
ＹがＳｅまたはＣ（ＣＨ３）２である、請求項１０に記載の結合対。
【請求項１２】
目的の分子を選択的に結合および遊離させる方法であって、
ａ）第１の異性体立体配置における異性化可能な有機分子で被覆されているか、またはそれに共有結合的に連結されている固体基材を準備すること、ここで、任意に、前記固体基材は、ストリップ、棒、粒子、ビーズ（固体またはゲル）、メッシュ、膜およびゲル、例えばアガロースゲルから選択される、
ｂ）第１の条件下で、前記固体基材と、ペプチドアプタマーを含む異性体特異的親和性因子に結合している目的の分子を含む溶液とを接触させて、前記親和性因子と前記固体基材上を被覆する前記異性化可能な有機分子との間に複合体を形成すること、
ｃ）（ｂ）で形成された前記複合体を洗浄して、前記複合体と会合していない物質を除去すること、および
ｄ）前記第１の異性体立体配置における前記異性化可能な有機分子を、（例えば適切な異性化誘発因子の適用により）第２のまたは更なる条件下で第２のまたは更なる異性体立体配置へと変換すること、ここで、前記有機分子の前記第２のまたは更なる異性体立体配置への前記変換により、前記目的の分子が前記異性化可能な有機分子から解離することが可能となる、
を含む方法。
【請求項１３】
前記異性化可能な有機分子および前記異性体特異的親和性因子が共に請求項１〜１１のいずれか一項に記載の結合対である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記異性化可能な有機分子が光異性化可能な有機分子、例えばスピロピランコア構造を有する有機分子である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
前記適切な異性化誘発因子が、特定のまたは広範囲の波長の光を照射するように構成されている光源、例えば発光ダイオードまたはランプである、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記適切な異性化誘発因子が熱源または冷却源である、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記目的の分子を精製、分離、単離、またはパターン化するために実施される、請求項１２〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
（ａ）の前に、前記固体基材を、前記第１の異性体立体配置における前記異性化可能な有機分子で被覆するか、またはそれと共有結合的に連結させることを更に含む、請求項１２〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記第１の異性体立体配置における前記異性化可能な有機分子が式（ＩＶ−１ａ）または（Ｖ−１ａ）：
【化２】
2018507164.tif 000002
の化合物であり、
前記第２のまたは更なる異性体立体配置における前記異性化可能な有機分子が式（ＩＶ−１）または（Ｖ−１）：
【化３】
2018507164.tif 000003
の化合物であり、
式中、Ｒ１が、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキルもしくは置換アルキル、（Ｃ２〜Ｃ２０）アルケニル、（Ｃ２〜Ｃ２０）アルキニル、（Ｃ６〜Ｃ１０）アリール、（５〜１２個の原子の）ヘテロアリール、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルコキシ、アミノ、ハロゲン、シアノ、トリクロロメチル、トリフルオロメチル、ニトロ、マレイミド、硫黄、−Ｃ（Ｏ）−ＯＨ、アジドまたはＨＯ−（Ｏ）Ｃ−（Ｃ１〜Ｃ３）アルキルから選択される、請求項１２に記載の方法。
【請求項２０】
前記固体基材がハウジング中に配置され、および（ｃ）の洗浄が、前記ハウジングを通して溶液を洗浄して、前記固体基材複合体と会合していない物質を除去することを更に含む、請求項１２〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記目的の分子が、タンパク質、抗体、薬剤、核酸、ポリマー、有機分子、金属イオンまたはペプチドである、請求項１２〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記異性体特異的親和性因子が、ＬＡＲＥＰＴＳ（配列番号１）、ＨＥＬＶＲＳＰ（配列番号２）、ＷＡＬＤＲＧＡ（配列番号３）、ＡＰＳＴＰＴＰ（配列番号４）、ＳＭＰＱＴＡＧ（配列番号５）、ＥＰＬＱＬＫＭ（配列番号６）、ＡＴＰＬＷＬＫ（配列番号７）、ＡＫＩＤＡＲＴ（配列番号８）、ＹＮＨＱＲＰＰ（配列番号９）、ＡＬＩＰＫＰＲ（配列番号１０）、ＱＬＩＴＫＰＬ（配列番号１１）、ＳＴＰＩＱＱＰ（配列番号１２）、ＴＦＡＫＳＡＹ（配列番号１３）、ＳＴＦＴＫＳＰ（配列番号１４）、ＴＰＡＨＮＤＹ（配列番号１５）、ＳＬＳＬＩＱＴ（配列番号１６）、ＮＱＤＶＰＬＦ（配列番号１７）、ＧＰＨＬＧＬＫ（配列番号１８）、ＬＡＧＰＱＭＨ（配列番号１９）、ＳＱＡＳＳＬＫ（配列番号２０）、ＳＤＬＳＳＰＹ（配列番号２１）、ＬＶＴＴＷＰＡ（配列番号２２）、ＡＬＹＫＮＴＳ（配列番号２３）、ＱＱＩＳＴＱＭ（配列番号２４）、ＡＷＬＰＡＧＡ（配列番号２５）、ＧＴＷＬＳＲＧ（配列番号２６）、ＧＨＱＶＳＲＬ（配列番号２７）、ＧＰＭＬＡＲＧ（配列番号２８）、ＴＡＳＬＶＲＰ（配列番号２９）、ＴＤＳＬＲＬＬ（配列番号３０）、ＡＫＰＤＷＲＦ（配列番号３１）、ＶＱＴＹＡＲＶ（配列番号３２）、ＹＴＥＰＶＲＥ（配列番号３３）、ＭＳＬＱＱＥＨ（配列番号３４）、ＭＫＷＱＴＶ（配列番号３５）、ＮＥＲＡＬＴＬ（配列番号３６）、ＳＰＳＴＨＷＫ（配列番号３７）、ＷＳＴＴＮＶＰ（配列番号３８）、ＹＨＫＬＤＰＬ（配列番号３９）、ＬＳＮＮＮＬＲ（配列番号４０）、ＬＰＡＧＲＶＬ（配列番号４１）、ＳＴＳＦＷＩＴ（配列番号４２）、ＬＧＳＰＭＳＮ（配列番号４３）、ＷＥＬＲＰＲＴ（配列番号４４）、ＴＮＩＥＳＬＫ（配列番号４５）、ＬＹＡＥＶＩＲ（配列番号４６）、ＮＨＳＴＱＭＹ（配列番号４７）、ＮＬＱＩＹＡＶ（配列番号４８）、ＹＤＴＳＳＡＳ（配列番号４９）、ＭＨＳＮＴＷＤ（配列番号５０）、ＴＰＴＴＶＳＹ（配列番号５１）、ＴＳＨＳＩＬＱ（配列番号５２）、ＴＬＲＶＰＰＮＰＮＭＮＶ（配列番号５３）、ＨＶＫＬＶＡＶＡＤＬＭＮ（配列番号５４）、ＹＨＰＮＧＭＮＰＹＴＫＡ（配列番号５５）、ＥＹＳＰＫＬＦＰＰＨＲＬ（配列番号５６）、ＨＨＬＴＨＡＮＳＬＴＮＴ（配列番号５７）、ＷＨＷＧＬＬＹＰＡＳＡＮ（配列番号５８）、ＫＰＬＭＴＹＫＶＩＨＹＶ（配列番号５９）、ＱＰＤＬＳＨＰＳＴＮＡＹ（配列番号６０）、ＦＰＴＮＬＡＴＲＳＡＭＶ（配列番号６１）、ＬＡＧＰＱＭＨＧＫ（配列番号６２）、ＰＬＲＰＫＳＥＹＰＦＨＹ（配列番号６３）、ＳＹＳＰＫＬＦＰＰＨＲＬ（配列番号６４）、ＳＤＬＳＳＰＹＧ（配列番号６５）、ＳＤＬＳＳＰＹＧＧ（配列番号６６）、ＳＤＬＳＳＰＹＧＧＣ（配列番号６７）もしくはＥＹＳＰＫＬＦＰＰＨＲＬＧＫ（配列番号６８）、またはグリシンがＣ末端に付加されている配列番号１〜６８のいずれか１つ、または１種もしくは複数のアミノ酸がＮ末端もしくはＣ末端のいずれかに付加されている配列番号１〜６８のいずれか１つから選択されるペプチドアプタマーを含む、請求項１２〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記固体基材が、ストリップ、棒、粒子、ゲル、メッシュ、ビーズ（固体またはゲル）、例えばアガロースビーズである、請求項１３〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
目的の分子を選択的に結合および遊離させるためのクロマトグラフ装置であって、
ハウジング、
前記ハウジング内に充填されている被覆固体基材、ここで、前記被覆が、第１の異性体立体配置、第２のもしくは更なる異性体立体配置またはこれらの組合せにおける光異性化可能な有機分子である、
前記第１の異性体立体配置における前記光異性化可能な有機分子を第２のまたは更なる異性体立体配置へと変換するのに適した波長の少なくとも１個の光源
を含み、
前記被覆固体基材が前記少なくとも１個の光源と光接触する、クロマトグラフ装置。
【請求項２５】
前記被覆固体基材が、ストリップ、棒、粒子、ゲル、メッシュ、複数の被覆ビーズ（固体またはゲル）、例えばアガロースビーズである、請求項２４に記載の装置。
【請求項２６】
カラム、多孔質膜またはフィルタである、請求項２５に記載の装置。
【請求項２７】
前記第１の異性体立体配置における前記光異性化可能な有機分子が式（ＩＶ−１ａ）または（Ｖ−１ａ）：
【化４】
2018507164.tif 000004
の化合物であり、および
前記第２のまたは更なる異性体立体配置における前記光異性化可能な有機分子が式（ＩＶ−１）または（Ｖ−１）：
【化５】
2018507164.tif 000005
の化合物であり、
式中、Ｒ１が、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキルもしくは置換アルキル、（Ｃ２〜Ｃ２０）アルケニル、（Ｃ２〜Ｃ２０）アルキニル、（Ｃ６〜Ｃ１０）アリール、（５〜１２個の原子の）ヘテロアリール、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルコキシ、アミノ、ハロゲン、シアノ、トリクロロメチル、トリフルオロメチル、ニトロ、マレイミド、硫黄、−Ｃ（Ｏ）−ＯＨ、アジドまたはＨＯ−（Ｏ）Ｃ−（Ｃ１〜Ｃ３）アルキルから選択される、請求項２４〜２６のいずれか一項に記載の装置。
【請求項２８】
目的の分子を選択的に結合させるためのキットであって、
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の結合対と、
前記親和性因子を目的の分子に結合させ、かつ前記異性化可能な有機分子に更に選択的に結合させ、および任意選択的にそれから前記親和性因子を遊離させるための説明書と
を含むキット。
【請求項２９】
前記異性化可能な有機分子が光異性化可能な有機分子である場合に、前記第１の異性体立体配置における前記光異性化可能な有機分子を第２のまたは更なる立体配置へと変換するのに適した広範囲のまたは特定の波長の光源を更に含む、請求項２８に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２６】
「光異性化可能な有機分子」は、本明細書で使用する場合、光に反応して１種または複数の構造的変化または化学的変化を起こす分子を意味する。光異性化可能な有機分子の一例は、少なくとも第１の異性体立体配置および第２のまたは更なる異性体立体配置を有するスピロピランである。「スピロピラン」は、本明細書で使用する場合、下記式（Ｉ）：
【化１】
2018507164.tif 000006
のスピロピランコア構造で示されるように、２位の水素原子がスピロ様式で第２の環系に置き換えられている、任意選択的に置換されている２Ｈ−ピランを意味しており、式中、第２の環系は炭素環または複素環であり得る。少なくとも第１の異性体立体配置および第２のまたは更なる異性体立体配置を有するスピロピランの一例は、下記式（ＩＩ）：
【化２】
2018507164.tif 000007
の化合物であり、式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８およびＲ９は同一であるか、または異なり、かつそれぞれ独立して、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルキルもしくは置換アルキル、（Ｃ２〜Ｃ２０）アルケニル、（Ｃ２〜Ｃ２０）アルキニル、（Ｃ６〜Ｃ１０）アリール、（５〜１２個の原子の）ヘテロアリール、（Ｃ１〜Ｃ２０）アルコキシ、アミノ、ハロゲン、シアノ、トリクロロメチル、トリフルオロメチル、ニトロ、硫黄、マレイミド、−Ｃ（Ｏ）−ＯＨ、アジドまたはＨＯ−（Ｏ）Ｃ−（Ｃ１〜Ｃ３）アルキルから選択され、
Ｘは酸素であり、および
ＹはＳｅまたはＣ（ＣＨ３）２である。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２９】
第１の異性体立体配置の一例は式（ＩＩＩａ）の化合物であり、第１の条件（例えば可視スペクトル中の光）に曝露された場合に式（ＩＩＩ）の化合物に変わる。第２の異性体立体配置の一例は式（ＩＩＩ）の化合物であり、第２の条件（例えば紫外光）に曝露された場合に式（ＩＩＩａ）の化合物に変わる。下記に表す異性化は、この概念を説明することのみを意図しており、下記に示す反応または構造に限定することを意図するものではなく、図５Ａに同様に表す。
【化５】
2018507164.tif 000008
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３０】
本明細書で説明する異性体は平衡状態で存在することが理解され、換言すると、所与の試料として式（ＩＩＩ）の例示的化合物を使用する場合には式（ＩＩＩ）の化合物と式（ＩＩＩａ）の化合物との両方の濃度が存在することが理解される。これは、式（ＩＶ−１）および（ＩＶ−１ａ）、（ＩＶ−２）および（ＩＶ−２ａ）、（Ｖ−１）および（Ｖ−１ａ）、ならびに（Ｖ−２）および（Ｖ−２ａ）の化合物の場合にも当てはまり、（ＩＶ−１ａ）、（ＩＶ−２ａ）、（Ｖ−１ａ）および（Ｖ−２ａ）は下記の通りである。
【化６】
2018507164.tif 000009