【手続補正書】
【提出日】平成19年12月18日(2007.12.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  サンプル中の生物に特異的なヌクレオチド配列を検出することによって前記生物またはその一部分を同定および／または定量する方法であって、前記特異的ヌクレオチド配列は、他の生物からの少なくとも４つの他の相同ヌクレオチド配列と３０％より高い相同性を示す場合において、前記方法が以下の工程を含むことを特徴とする方法：
−  他の生物からの前記相同ヌクレオチド配列のうち少なくとも２つを増幅することができるプライマー対を使用して前記特異的ヌクレオチド配列をＰＣＲによって２本鎖標的ヌクレオチド配列へと増幅して１００〜８００塩基を有する全長標的ヌクレオチド配列を製造し；
−  所望により前記標的ヌクレオチド配列を標識化し；
−  増幅工程から生じた前記（所望により標的化された）標的ヌクレオチド配列を１本鎖捕捉ヌクレオチド配列と接触させる、ただし、前記１本鎖捕捉ヌクレオチド配列は、スペーサーを介して不溶性固体支持体にアレーで共有結合されており、前記スペーサーは少なくとも４０塩基の長さを有し、前記アレーは固体支持体表面１ｃｍ２あたり少なくとも４つの異なった結合１本鎖捕捉ヌクレオチド配列を含み、前記捕捉ヌクレオチド配列は１５塩基と４０塩基の間に含まれるヌクレオチド配列を含み、前記ヌクレオチド配列は前記少なくとも４つの他の相同ヌクレオチド配列に結合することなしに前記標的ヌクレオチド配列に特異的に結合することができる；そして
−  前記標的ヌクレオチド配列の前記捕捉ヌクレオチド配列への特異的ハイブリダイゼーションを検出する。
【請求項２】  検出および／または定量されるべきヌクレオチド配列は、ＤＮＡヌクレオチド配列である、請求項１記載の方法。
【請求項３】  検出および／または定量されるべきヌクレオチド配列は、同じプライマー対を使用して、ｃＤＮＡへと最初に逆転写されたｍＲＮＡ配列である、請求項１記載の方法。
【請求項４】  特定位置で表面に結合された捕捉ヌクレオチド配列の密度は、固体支持体表面１ｃｍ２当たり、１０ｆｍｏｌｅより大きい、請求項１〜３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】  特異的ヌクレオチド配列は、他の生物からの少なくとも４つの他の相同ヌクレオチド配列と８０％より高い相同性を示す、請求項１〜４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】  生物学的試料中に存在する生物の定量は、シグナルの定量によって得られることを特徴とする、請求項１〜５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】  他のプライマーは、抗生物質抵抗決定配列などの、他のヌクレオチド配列の増幅のための増幅工程に存在することを特徴とする、請求項１〜６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】  不溶性固体支持体は、ガラス、電子機器、シリコーン支持体、プラスチック支持体、コンパクトディスク、フィルター、ゲル層、金属支持体またはこれらの混合体からなる群から選択される非多孔性固体支持体であることを特徴とする、請求項１〜７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】  試料中の同定および／または定量されるべきヌクレオチド配列は、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、スタフィロコッカス・エピデルミディス（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・サプロフィティカス（Ｓ．ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓ．ｈｏｍｉｎｉｓ）および／またはスタフィロコッカス・ヘモリティカス（Ｓ．ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）からなる群から選択されるスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ）種のＦｅｍＡ遺伝子配列である、請求項１〜８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】  固体支持体はスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）属同定のためのコンセンサス配列とともに、２種またはそれ以上のスタフィロコッカス種の同定に特異的な捕捉ヌクレオチド配列を担持する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】  試料中の同定および／または定量されるべき配列はＭＡＧＥ遺伝子ファミリーに属する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１２】  試料中の同定および／または定量されるべき配列はＨＬＡ−Ａ遺伝子ファミリーに属する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】  試料中の同定および／または定量されるべき配列はタンパク質Ｇ遺伝子ファミリーに結合されたドーパミン受容体に属する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】  試料中の同定および／または定量されるべき配列はタンパク質Ｇ遺伝子ファミリーに結合されたコリン受容体に属する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】  試料中の検出および／または定量されるべき配列はタンパク質Ｇ遺伝子ファミリーに結合されたヒスタミン受容体に属する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１６】  試料中の検出および／または定量されるべき配列はチトクロームＰ４５０型ファミリーに属する、請求項１〜９のいずれかに記載の方法。
【請求項１７】  請求項１〜１６のいずれかに記載の方法を実施するための手段および媒体を含む診断および／または定量キットであって、前記キットは不溶性固体支持体を含み、その上に１本鎖捕捉ヌクレオチド配列が結合されており、前記１本鎖捕捉ヌクレオチド配列は１５〜４０塩基の特異的配列を含み、前記特異的配列は、検出および／または定量されるべき対応する標的ヌクレオチド配列とハイブリダイズすることができ、前記特異的捕捉ヌクレオチド配列と固体支持体の表面との間に少なくとも４０塩基の長さを有するスペーサーが含まれており、前記１本鎖捕捉ヌクレオチド配列はアレーに従って特定位置で固体支持体の表面上に配置されており、前記アレーは固体支持体表面１ｃｍ２あたり少なくとも４つの１本鎖捕捉ヌクレオチド配列の密度を有することを特徴とするキット。
【請求項１８】  不溶性固体支持体は、ガラス、電子機器、シリコーン支持体、プラスチック支持体、コンパクトディスク、ゲル層、金属支持体またはこれらの混合体からなる群から選択される非多孔性固体支持体である、請求項１７記載の診断キット。
【請求項１９】  捕捉ヌクレオチド配列は、スタフィロコッカス種遺伝子、ＭＡＧＥ遺伝子ファミリー、ＨＬＡ−遺伝子ファミリー、タンパク質Ｇ遺伝子ファミリーに結合されたドーパミン、コリンまたはヒスタミン受容体、チトクロームＰ４５０型ファミリーまたはＧＭＯ植物ファミリーからなる群から選択される遺伝子に対して特異的である、検出および／または定量されるべき標的ヌクレオチド配列に特異的である、請求項１７または１８記載の診断キット。
【請求項２０】  １つのコンセンサスプライマーを使用するＤＮＡ配列のうちの１つの増幅およびアレー上での検出後に得られた５つの細菌種の同定および／または定量のための捕捉ヌクレオチド配列のアレーを含む、請求項１７〜１９のいずれかに記載の診断キット。
【請求項２１】  １つのコンセンサスプライマーを使用するＤＮＡまたはＲＮＡ配列のうちの１つの複製および／または増幅、およびアレー上での検出後に得られた細菌属の同定とともに、細菌種の同定および／または定量のための捕捉ヌクレオチド配列のアレーを含む、請求項１７〜１９のいずれかに記載の診断キット。
【請求項２２】  タンパク質Ｇ遺伝子ファミリーは、タンパク質Ｇに結合されたドーパミン受容体の３つまたはそれ以上の遺伝子配列である、請求項１９記載の診断キット。
【請求項２３】  タンパク質Ｇ遺伝子ファミリーは、タンパク質Ｇに結合されたセロトニン受容体の３つまたはそれ以上の遺伝子配列である、請求項１９記載の診断キット。
【請求項２４】  タンパク質Ｇ遺伝子ファミリーは、タンパク質Ｇに結合されたヒスタミン受容体の３種またはそれ以上の遺伝子配列のである、請求項１９記載の診断キット。