【手続補正書】
【提出日】令和1年6月27日(2019.6.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＤＮＡ認識部分およびｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分を有する、２９〜３２個の結合ヌクレオシドからなる修飾ｃｒＲＮＡを含む化合物であって、修飾ｃｒＲＮＡの各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、化合物。
【請求項２】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記５’末端ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記３’末端ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項４】
前記化合物は、前記修飾ｃｒＲＮＡからなる、請求項１〜３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項５】
前記修飾ｃｒＲＮＡの少なくとも１つの核酸塩基は、チミンである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項６】
前記修飾ｃｒＲＮＡの少なくとも１つの核酸塩基は、修飾核酸塩基である、請求項１〜５のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項７】
前記修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである、請求項６に記載の化合物。
【請求項８】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記５’末端ヌクレオシドは、非二環式２’−修飾糖部分を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項９】
前記非二環式２’−修飾糖部分は、２’−Ｏ−メチル、２’−ＭＯＥ、及び２’−Ｆの中から選択される２’修飾を含む、請求項８に記載の化合物。
【請求項１０】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記３’末端ヌクレオシドは、二環式糖部分を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１１】
前記二環式糖部分は、ｃＥｔ及びＬＮＡの中から選択される、請求項１０に記載の化合物。
【請求項１２】
前記修飾ｃｒＲＮＡのＤＮＡ認識部分は、少なくとも７つの修飾ヌクレオシドを含み、前記少なくとも７つの修飾ヌクレオシドは各々、修飾糖部分を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１３】
前記少なくとも７つの修飾ヌクレオシドは、７つの５’末端ヌクレオシドである、請求項１２に記載の化合物。
【請求項１４】
前記少なくとも７つの修飾ヌクレオシドの前記修飾糖部分は、互いに同じである、請求項１２または１３に記載の化合物。
【請求項１５】
前記少なくとも７つの修飾ヌクレオシドの前記修飾糖部分は各々、２’−Ｏ−メチル及び２’−Ｆの中から独立して選択される、請求項１２または１３に記載の化合物。
【請求項１６】
前記少なくとも７つの修飾ヌクレオシドの前記修飾糖部分は、２’−Ｏ−メチルと２’−Ｆとが交互になっている、請求項１２または１３に記載の化合物。
【請求項１７】
修飾ｃｒＲＮＡが２９個の結合ヌクレオシドからなり、該ｃｒＲＮＡが、f7r6kr3kr3kr3krk2、mf6r6kr3kr3kr3krk2、mf6r10k6r2k4、mr16k6r2k4、mr6f10k6r2k4、mf6r10f6r2k4、mf6r10l6r2k4、mr6f10l6r2k4、mf6r10k6r2l4、mr16k6r2l4、mr6f10k6r2l4、及びmf6r10f6r2l4から選択される修飾モチーフを有し；ここで、「ｍ」は２’−Ｏ−メチル修飾ヌクレオシドを示し、「ｆ」は２’−Ｆ修飾ヌクレオシドを示し、「ｒ」は非修飾の２’−ヒドロキシ糖含有ヌクレオシドを示し、「ｋ」はｃＥｔ二環式糖含有ヌクレオシドを示し、そして「ｌ」はＬＮＡ二環式糖含有ヌクレオシドを示す、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１８】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分は、非修飾糖部分を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１９】
前記修飾ｃｒＲＮＡのｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、少なくとも４つの修飾ヌクレオシドを含み、前記修飾ヌクレオシドは各々、修飾糖部分を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２０】
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の前記修飾糖部分の各々は、互いに同じである、請求項１９に記載の化合物。
【請求項２１】
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の前記修飾糖部分の各々は、ｃＥｔ及びＬＮＡの中から選択される、請求項１９に記載の化合物。
【請求項２２】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、非修飾糖部分を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２３】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、アルキンまたはアジドから選択される修飾を含む、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２４】
前記化合物は、共役基を含む、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２５】
前記共役基は、ＧａｌＮＡｃを含む、請求項２４に記載の化合物。
【請求項２６】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分の前記核酸塩基配列は、標的ＤＮＡに少なくとも９０％相補的である、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２７】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分の前記核酸塩基配列は、標的ＤＮＡに１００％相補的である、請求項２６に記載の化合物。
【請求項２８】
前記修飾ｃｒＲＮＡは、非修飾ｃｒＲＮＡと比べて標的ＤＮＡに対する改善された選択性を有する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２９】
前記修飾ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の配列は、配列番号１９、２０、２１、２２、２３、２４、及び２５の中から選択される配列の少なくとも１２個の連続核酸塩基を含む、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３０】
前記修飾ｃｒＲＮＡは、２’−デオキシヌクレオシドを含まない、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３１】
細胞を、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の化合物と接触させることを含む、インビトロの方法。
【請求項３２】
前記細胞は、Ｃａｓ９を発現する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
細胞を、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の化合物、及びＣａｓ９遺伝子をコードするプラスミド、Ｃａｓ９をコードするｍＲＮＡ、またはＣａｓ９遺伝子及びｔｒａｃｒＲＮＡをコードするプラスミドと接触させることを含む、インビトロの方法。
【請求項３４】
細胞内の標的遺伝子が編集される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記修飾ｃｒＲＮＡは、前記標的遺伝子が編集された後に分解される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記Ｃａｓ９は、前記修飾ｃｒＲＮＡの非存在下でヌクレアーゼ活性を示さない、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記ｔｒａｃｒＲＮＡは、非修飾である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
前記ｔｒａｃｒＲＮＡは、修飾されている、請求項３３に記載の方法。
【請求項３９】
請求項１〜３０のいずれか一項に記載の化合物を含む、薬学的組成物。
【請求項４０】
前記薬学的組成物は、皮下注射用またはクモ膜下注入用に製剤化されている、請求項３９に記載の薬学的組成物。
【請求項４１】
疾患の治療のための、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の化合物を含有する薬学的組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０４２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０４２９】
実施例１３：修飾ｃｒＲＮＡの遺伝子編集がエクスビボでＰｃｓｋ９に対する与える影響
エクスビボでのＰｃｓｋ９の遺伝子編集について修飾ｃｒＲＮＡの試験を行った。Ｃａｓ９を発現するマウス由来幹細胞（Ｐｌａｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  １５９，４４０−４５５（２０１４）に記載される）を、１０％ＦＢＳ、４ｍＭ  Ｌ−グルタミン、及び２５ｍＭ  ＨＥＰＥＳを添加したウィリアム培地Ｅで培養した。リポフェクタミンＲＮＡｉＭａｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ）を使用して、肝細胞をＩｏｎ番号９２７７２０（実施例１２を参照）及びｔｒａｃｒＲＮＡまたはｓｇＲＮＡ陽性対照単独でトランスフェクトした。ＳＵＲＶＥＹＯＲアッセイを使用してＰｃｓｋ９  遺伝子破壊を測定した。結果が図７に示される。その結果は、修飾ｃｒＲＮＡが、エクスビボで肝細胞においてｓｇＲＮＡ陽性対照に対するのと同様の能力でＰｃｓｋ９遺伝子を破壊したことを示している。
国際出願時の特許請求の範囲
〔態様１〕
２０〜５０個の結合ヌクレオシドからなる修飾ｃｒＲＮＡを含む、化合物。
〔態様２〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、５’−安定化である、態様１に記載の化合物。
〔態様３〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、３’−安定化である、態様１または２に記載の化合物。
〔態様４〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、標的ＤＮＡに対する前記ｃｒＲＮＡの親和性を高める少なくとも１つの修飾を含む、態様１〜３のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様５〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡに対する前記ｃｒＲＮＡの親和性を高める少なくとも１つの修飾を含む、態様１〜４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様６〕
前記修飾ｃｒＲＮＡの少なくとも１つの核酸塩基は、チミンである、態様１〜５のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様７〕
前記修飾ｃｒＲＮＡの少なくとも１つの核酸塩基は、修飾核酸塩基である、態様１〜５のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様８〕
前記修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである、態様７に記載の化合物。
〔態様９〕
前記修飾ｃｒＲＮＡの少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合である、態様１〜８のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１０〕
前記修飾ｃｒＲＮＡの各ヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合である、請求項９に記載の化合物。
〔態様１１〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、中性ヌクレオシド間結合である、態様９または１０に記載の化合物。
〔態様１２〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、メトキシプロピル基を含む、態様１１に記載の化合物。
〔態様１３〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホノ酢酸を含む、態様９〜１２のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１４〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、メチルホスホン酸を含む、態様９〜１３のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１５〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様９〜１４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１６〕
前記修飾ｃｒＲＮＡの各ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合またはホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様１〜８のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１７〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１個のリン酸ジエステルヌクレオシド間結合を有する、態様１６に記載の化合物。
〔態様１８〕
前記修飾ｃｒＲＮＡの少なくとも２つの結合は、修飾ヌクレオシド間結合である、請求項９〜１７のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１９〕
前記修飾ｃｒＲＮＡの少なくとも２つの修飾結合は、互いに同じである、態様１８に記載の化合物。
〔態様２０〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、前記ｃｒＲＮＡの５’末端に２〜５つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む、態様９〜１９に記載の化合物。
〔態様２１〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、前記ｃｒＲＮＡの３’末端に２〜５つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む、態様９〜２０に記載の化合物。
〔態様２２〕
前記ｃｒＲＮＡの各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様９に記載の化合物。
〔態様２３〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、２’−デオキシヌクレオシドを含まない、態様１〜２２のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２４〕
前記修飾ｃｒＲＮＡの少なくとも１つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、態様１〜２３のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２５〕
前記ｃｒＲＮＡの前記５’末端ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、態様２４に記載の化合物。
〔態様２６〕
前記５’末端ヌクレオシドは、非二環式２’−修飾糖部分を含む、態様２５に記載の化合物。
〔態様２７〕
前記５’末端ヌクレオシドは、二環式糖部分を含む、態様２５に記載の化合物。
〔態様２８〕
前記５’末端ヌクレオシドは、２’−Ｏ−メチル、２’−ＭＯＥ、２’−Ｆ、ｃＥｔ、及びＬＮＡの中から選択される修飾糖部分を含む、態様２５に記載の化合物。
〔態様２９〕
前記ｃｒＲＮＡの前記５’末端の前記ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様２４〜２８のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様３０〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、
式５’−ＮｙｚＮｙｓ−Ｒ−３’を有し、
式中、
各Ｎｙは、非修飾２’−デオキシ糖部分、非修飾２’−ヒドロキシ糖部分、２’−Ｏ−メチル修飾糖部分、２’−Ｆ修飾糖部分、及びｃＥｔ修飾糖部分の中から独立して選択される糖部分を含むヌクレオシドであり、
ｚは、メトキシプロピルホスホネート及びメチルホスホネートの中から選択される中性ヌクレオシド間結合であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
Ｒは、前記ｃｒＲＮＡの残りの部分である、態様２４に記載の化合物。
〔態様３１〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、
式５’−ＮｍｓＮｘｓ−Ｒ−３’を有し、
式中、
Ｎｍは、２’−Ｏ−メチル修飾糖部分を含むヌクレオシドであり、
Ｎｘは、非修飾２’−ヒドロキシ糖部分及び２’−Ｆ修飾糖部分の中から選択される修飾糖部分を含むヌクレオシドであり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
Ｒは、前記ｃｒＲＮＡの残りの部分である、態様２４に記載の化合物。
〔態様３２〕
前記ｃｒＲＮＡの前記３’末端ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、態様２４〜３１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様３３〕
前記ｃｒＲＮＡの前記３’末端ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様３２に記載の化合物。
〔態様３４〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、
式５’−Ａ−ＮｒｓＮｒ−３’を有し、
式中、
各Ｎｒは、２’−Ｏ−メチル、２’−ＭＯＥ、２’−Ｆ、ｃＥｔ、及びＬＮＡの中から独立して選択される修飾糖部分を含むヌクレオシドであり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
Ａは、ｃｒＲＮＡの残りの部分である、態様３３に記載の化合物。
〔態様３５〕
前記修飾ｃｒＲＮＡは、
式５’−Ａ−ＮｒｚＮｒ−３’を有し、
式中、
各Ｎｒは、２’−Ｏ−メチル、２’−ＭＯＥ、２’−Ｆ、ｃＥｔ、及びＬＮＡの中から独立して選択される修飾糖部分を含むヌクレオシドであり、
ｚは、メトキシプロピルホスホネート及びメチルホスホネートの中から選択されるヌクレオシド間リン酸結合または中性ヌクレオシド間結合であり、
Ａは、ｃｒＲＮＡの残りの部分であるが、
但し、前記３’末端Ｎｒが２’−Ｆ糖部分を含む場合、ｚはヌクレオシド間リン酸結合ではないものとする、態様３２に記載の化合物。
〔態様３６〕
前記修飾ｃｒＲＮＡのＤＮＡ認識部分は、少なくとも７つの修飾ヌクレオシドを含み、前記修飾ヌクレオシドは各々、修飾糖部分を含む、態様２４〜３５のいずれか一項に記
載の化合物。
〔態様３７〕
前記７つの５’末端ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、態様３６に記載の化合物。
〔態様３８〕
前記７つの５’末端ヌクレオシドの前記修飾糖部分は、互いに同じである、態様３７に記載の化合物。
〔態様３９〕
前記７つの５’末端ヌクレオシドの前記修飾糖部分は各々、２’−Ｏ−メチル及び２’−Ｆの中から独立して選択される、態様３６に記載の化合物。
〔態様４０〕
前記７つの５’末端ヌクレオシドの前記修飾糖部分は、２’−Ｏ−メチルと２’−Ｆとが交互になっている、態様３９に記載の化合物。
〔態様４１〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分は、非修飾糖部分を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む、態様１〜４０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様４２〕
前記修飾ｃｒＲＮＡのｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、少なくとも４つの修飾ヌクレオシドを含み、前記修飾ヌクレオシドは各々、修飾糖部分を含む、態様１〜４１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様４３〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の前記修飾糖部分の各々は、互いに同じである、態様４２に記載の化合物。
〔態様４４〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の各修飾糖部分は、ｃＥｔである、態様４２に記載の化合物。
〔態様４５〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、非修飾糖部分を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む、態様１〜４４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様４６〕
前記ｃｒＲＮＡは、４２個の結合ヌクレオシドからなる、態様１〜４５のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様４７〕
前記ｃｒＲＮＡは、２０〜４２個の結合ヌクレオシドからなる、態様１〜４５のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様４８〕
前記ｃｒＲＮＡは、２９〜３２個の結合ヌクレオシドからなる、態様４７に記載の化合物。
〔態様４９〕
前記ｃｒＲＮＡは、３２個の結合ヌクレオシドからなる、態様４７に記載の化合物。
〔態様５０〕
前記ｃｒＲＮＡは、２９個の結合ヌクレオシドからなる、態様４７に記載の化合物。
〔態様５１〕
前記ｃｒＲＮＡは、２０〜２８の結合ヌクレオシドからなる、態様４７に記載の化合物。
〔態様５２〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、１２個以下の結合ヌクレオシドからなる、態様１〜５１ののいずれか一項に記載の化合物。
〔態様５３〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分は、１７個以下の結合ヌクレオシドからなる、請
求項１〜５２のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様５４〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、アルキンまたはアジドから選択される修飾を含む、態様１〜５２のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様５５〕
前記化合物は、前記ｃｒＲＮＡからなる、態様１〜５４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様５６〕
前記化合物は、共役基を含む、態様１〜５４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様５７〕
前記共役基は、ＧａｌＮＡｃを含む、態様５４に記載の化合物。
〔態様５８〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分の前記核酸塩基配列は、標的ＤＮＡに少なくとも９０％相補的である、態様１〜５７のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様５９〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分の前記核酸塩基配列は、標的ＤＮＡに１００％相補的である、態様５８に記載の化合物。
〔態様６０〕
細胞を、態様１〜５９のいずれか一項に記載の化合物と接触させることを含む、方法。
〔態様６１〕
前記細胞は、Ｃａｓ９を発現する、態様６０に記載の方法。
〔態様６２〕
細胞を、態様１〜５９のいずれか一項に記載の化合物、及びＣａｓ９遺伝子をコードするプラスミドと接触させることを含む、方法。
〔態様６３〕
細胞を、態様１〜５９のいずれか一項に記載の化合物、及びＣａｓ９をコードするｍＲＮＡと接触させることを含む、方法。
〔態様６４〕
細胞を、態様１〜５９のいずれか一項に記載の化合物、ならびにＣａｓ９遺伝子をコードするプラスミド及びｔｒａｃｒＲＮＡと接触させることを含む、方法。
〔態様６５〕
細胞を、態様１〜５９のいずれか一項に記載の化合物、Ｃａｓ９遺伝子をコードするプラスミド、及びｔｒａｃｒＲＮＡと接触させることを含む、方法。
〔態様６６〕
前記ｃｒＲＮＡは、２０〜３２個のヌクレオシドからなる、態様６０〜６５のいずれか一項に記載の方法。
〔態様６７〕
前記ｃｒＲＮＡは、トランスフェクション試薬の非存在下で前記細胞に取り込まれる、
態様６０〜６６のいずれか一項に記載の方法。
〔態様６８〕
細胞を、態様５４に記載の前記修飾ｃｒＲＮＡ、ならびにアルキン及びアジドの中から選択される修飾を含むｔｒａｃｒＲＮＡと接触させることを含む、方法。
〔態様６９〕
前記細胞を、Ｃａｓ９遺伝子をコードするプラスミドと接触させることを含む、態様６８に記載の方法。
〔態様７０〕
前記細胞は、Ｃａｓ９を発現する、態様６８に記載の方法。
〔態様７１〕
前記細胞は、動物細胞である、態様６０〜７０のいずれか一項に記載の方法。
〔態様７２〕
動物に、態様１〜５９のいずれか一項に記載の修飾化合物を投与することを含む、方法。
〔態様７３〕
前記投与は皮下である、態様７２に記載の方法。
〔態様７４〕
前記投与は、くも膜下腔内投与である、態様７２に記載の方法。
〔態様７５〕
Ｃａｓ９遺伝子をコードするプラスミドを投与することを含む、態様７２〜７４のいずれか一項に記載の方法。
〔態様７６〕
前記動物は、Ｃａｓ９を発現する、態様７２〜７４のいずれか一項に記載の方法。
〔態様７７〕
Ｃａｓ９遺伝子をコードするプラスミド、及びｔｒａｃｒＲＮＡを投与することを含む、態様７２〜７４のいずれか一項に記載の方法。
〔態様７８〕
前記プラスミドは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）を介して前記動物内の細胞に送達される、態様７７に記載の方法。
〔態様７９〕
前記プラスミドは、レンチウイルスを介して前記動物内の細胞に送達される、態様７７に記載の方法。
〔態様８０〕
標的遺伝子は、編集される、態様７２〜７９のいずれか一項に記載の方法。
〔態様８１〕
前記ｃｒＲＮＡは、前記標的遺伝子が編集された後に分解される、態様８０に記載の方法。
〔態様８２〕
前記Ｃａｓ９は、前記ｃｒＲＮＡの非存在下でヌクレアーゼ活性を示さない、態様８１に記載の方法。
〔態様８３〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡは、非修飾である、態様５に記載の化合物。
〔態様８４〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡは、修飾されている、態様５に記載の化合物。
〔態様８５〕
１０個の５’末端ヌクレオシドが修飾糖部分を含む、態様３６に記載の化合物。
〔態様８６〕
前記１０個の５’末端ヌクレオシドの前記修飾糖部分は、互いに同じである、態様８５に記載の化合物。
〔態様８７〕
前記１０個の５’末端ヌクレオシドの前記修飾糖部分は各々、２’−Ｆ及び２’−Ｏ−メチルの中から独立して選択される、態様８５に記載の化合物。
〔態様８８〕
前記１０個の５’末端ヌクレオシドの前記修飾糖部分は、２’−Ｆである、態様８６に記載の化合物。
〔態様８９〕
ｃｒＲＮＡモチーフは、表Ａに列挙されるモチーフの中から選択される、態様４に記載の化合物。
〔態様９０〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の前記少なくとも４つの修飾ヌクレオシドは、前記ｃｒＲＮＡの４つの３’末端ヌクレオシドである、態様４２または８３〜８９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様９１〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の前記少なくとも４つの修飾ヌクレオシドは、２’−Ｏ−メチル修飾糖部分を含む、態様９０に記載の化合物。
〔態様９２〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、５つの修飾ヌクレオシドを含む、態様４２または８３〜９１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様９３〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、６個の修飾ヌクレオシドを含む、態様４２または８３〜９１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様９４〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、少なくとも７つの修飾ヌクレオシドを含む、態様４２または８３〜９１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様９５〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、９つの修飾ヌクレオシドを含む、態様４２、８３〜８８、または９０〜９１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様９６〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の少なくとも１つの修飾糖部分は、二環式糖部分である、態様４２または８３〜９５のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様９７〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の２つの３’末端ヌクレオシドは、二環式糖部分を含む、態様９６に記載の化合物。
〔態様９８〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、５つの二環式糖部分を含む、態様９７に記載の化合物。
〔態様９９〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、６つの二環式糖部分を含む、態様９７に記載の化合物。
〔態様１００〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、９つの二環式糖部分を含む、態様９５に記載の化合物。
〔態様１０１〕
各二環式糖部分は、ｃＥｔ及びＬＮＡの中から独立して選択される、態様９６〜１００のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１０２〕
各二環式糖部分は、ｃＥｔである、態様１０１に記載の化合物。
〔態様１０３〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の前記５’末端のヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、態様４２または９０〜１０２のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１０４〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の前記５’末端のヌクレオシドは、二環式糖部分を含む、態様１０３に記載の化合物。
〔態様１０５〕
前記二環式糖部分は、ｃＥｔまたはＬＮＡである、態様１０４に記載の化合物。
〔態様１０６〕
二環式糖部分は、ｃＥｔである、態様１０５に記載の化合物。
〔態様１０７〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分は、非修飾糖部分を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む、態様８３〜１０６のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１０８〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の前記修飾糖部分の各々は、互いに同じである、態様９０に記載の化合物。
〔態様１０９〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、非修飾糖部分を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む、態様８３〜１０８のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１１０〕
前記ｃｒＲＮＡは、４２個の結合ヌクレオシドからなる、態様８３〜１０９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１１１〕
前記ｃｒＲＮＡは、２０〜４２個の結合ヌクレオシドからなる、態様８３〜１０９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１１２〕
前記ｃｒＲＮＡは、２９〜３２個の結合ヌクレオシドからなる、態様１１１に記載の化合物。
〔態様１１３〕
前記ｃｒＲＮＡは、３２個の結合ヌクレオシドからなる、態様８３〜８８または９０〜１１１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１１４〕
前記ｃｒＲＮＡは、２９個の結合ヌクレオシドからなる、態様１１１に記載の化合物。
〔態様１１５〕
前記ｃｒＲＮＡは、２０〜２８個の結合ヌクレオシドからなる、態様８３〜８８または９０〜１１１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１１６〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、１２個以下の結合ヌクレオシドからなる、態様８３〜１１５のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１１７〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分は、１７個以下の結合ヌクレオシドからなる、請求項８３〜１１６のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１１８〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分は、アルキンまたはアジドから選択される修飾を含む、態様８３〜１１７のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１１９〕
前記化合物は、ｃｒＲＮＡからなる、態様８３〜１１８のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１２０〕
前記化合物は、共役基を含む、態様８３〜１１８のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１２１〕
前記共役基は、ＧａｌＮＡｃを含む、態様１２０に記載の化合物。
〔態様１２２〕
前記共役基は、親油性である、態様５６または１２０に記載の化合物。
〔態様１２３〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分の前記核酸塩基配列は、標的ＤＮＡに少なくとも９０％相補的である、態様８３〜１２２のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１２４〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ＤＮＡ認識部分の前記核酸塩基配列は、標的ＤＮＡに１００％相同的である、態様１２３に記載の化合物。
〔態様１２５〕
細胞を、態様８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物と接触させることを含む、方法。
〔態様１２６〕
前記細胞は、Ｃａｓ９を発現する、態様１２５に記載の方法。
〔態様１２７〕
細胞を、態様８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物、及びＣａｓ９遺伝子をコードするプラスミドと接触させることを含む、方法。
〔態様１２８〕
細胞を、態様８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物、及びＣａｓ９をコードするｍＲＮＡと接触させることを含む、方法。
〔態様１２９〕
細胞を、態様８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物、ならびにＣａｓ９遺伝子をコードするプラスミド及びｔｒａｃｒＲＮＡと接触させることを含む、方法。
〔態様１３０〕
細胞を、態様８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物、ならびにＣａｓ９遺伝子をコードするプラスミド及びｔｒａｃｒＲＮＡと接触させることを含む、方法。
〔態様１３１〕
前記ｃｒＲＮＡは、トランスフェクション試薬の非存在下で前記細胞に取り込まれる、態様１２５〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１３２〕
前記細胞は、動物細胞である、態様１２５〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１３３〕
動物に、態様８３〜１２４のいずれか一項に記載の修飾化合物を投与することを含む、方法。
〔態様１３４〕
前記投与は、皮下投与である、態様１３３に記載の方法。
〔態様１３５〕
前記投与は、くも膜下腔内投与である、態様１３３に記載の方法。
〔態様１３６〕
前記投与は、中枢神経系に対する投与である、態様７２または１３３に記載の方法。
〔態様１３７〕
Ｃａｓ９遺伝子をコードするプラスミドを投与することを含む、態様１３３〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１３８〕
前記動物は、Ｃａｓ９を発現する、態様１３３〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１３９〕
Ｃａｓ９遺伝子をコードするプラスミド及びｔｒａｃｒＲＮＡを投与することを含む、態様１３３〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１４０〕
前記プラスミドは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）を介して前記動物内の細胞に送達さ
れる、態様１３７または１３９に記載の方法。
〔態様１４１〕
前記プラスミドは、レンチウイルスを介して前記動物内の細胞に送達される、態様１３７または１３９に記載の方法。
〔態様１４２〕
標的遺伝子は、編集される、態様１３３〜１４１のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１４３〕
前記ｃｒＲＮＡは、前記標的遺伝子が編集された後に分解される、態様１４２に記載の方法。
〔態様１４４〕
前記Ｃａｓ９は、前記ｃｒＲＮＡの非存在下でヌクレアーゼ活性を示さない、態様１４３に記載の方法。
〔態様１４５〕
前記動物は、ヒトである、態様７１〜８２または１３２〜１４４のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１４６〕
細胞を、態様１〜５９または８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物と接触させることと、標的遺伝子を編集することと、前記細胞を、前記ｃｒＲＮＡ、ｔｒａｃｒＲＮＡまたはＣａｓ９ヌクレアーゼの活性または発現を低下させるまたは阻害する第２の化合物と接触させることと、を含む、方法。
〔態様１４７〕
前記細胞は、前記標的遺伝子が編集された後に前記第２の化合物と接触させられる、請求項１４６に記載の方法。
〔態様１４８〕
前記第２の化合物は、前記ｃｒＲＮＡに相補的なオリゴヌクレオチドを含む、態様１４６または１４７に記載の方法。
〔態様１４９〕
前記ｃｒＲＮＡは、分解される、態様１４８に記載の方法。
〔態様１５０〕
前記第２の化合物は、前記ｔｒａｃｒＲＮＡに相補的なオリゴヌクレオチドを含む、請求項１４６または１４７に記載の方法。
〔態様１５１〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡは、分解される、態様１５０に記載の方法。
〔態様１５２〕
前記第２の化合物は、前記Ｃａｓ９ヌクレアーゼ遺伝子を標的とするｃｒＲＮＡを含む、態様１４６または１４７に記載の方法。
〔態様１５３〕
前記第２の化合物は、Ｃａｓ９転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む、態様１４６または１４７に記載の方法。
〔態様１５４〕
前記Ｃａｓ９ヌクレアーゼの発現が阻害される、態様１５２または１５３に記載の方法。
〔態様１５５〕
前記細胞は、動物細胞である、態様１４６〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１５６〕
前記動物は、ヒトである、態様１５５に記載の方法。
〔態様１５７〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡは、非修飾である、態様６５または１３０に記載の方法。
〔態様１５８〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡは、修飾されている、態様６５または１３０に記載の方法
〔態様１５９〕
前記ｃｒＲＮＡ及び前記ｔｒａｃｒＲＮＡの両方が、トランスフェクション試薬の非存在下で前記細胞に取り込まれる、態様６５、１３０、または１５７〜１５８に記載の方法。
〔態様１６０〕
前記細胞は、動物細胞である、態様１５７〜１５９のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１６１〕
前記動物は、ヒトである、態様１６０に記載の方法。
〔態様１６２〕
ゲノムを、態様１〜５９または８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物と接触させることを含む、ゲノム遺伝子座可視化の方法。
〔態様１６３〕
オフターゲット遺伝子の編集が、２０〜５０個の結合ヌクレオシドからなる前記修飾ｃｒＲＮＡを含む化合物の代わりに５０個超のヌクレオシドを含む非修飾ｃｒＲＮＡまたは化合物が使用された場合のオフターゲット遺伝子の編集と比べて低下する、態様６０〜８２または１２５〜１６１のいずれか一項に記載の方法。
〔態様１６４〕
２０〜５０個の結合ヌクレオシドからなる修飾ｓｃｒＲＮＡを含む、化合物。
〔態様１６５〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、５’−安定化である、態様１６４に記載の化合物。
〔態様１６６〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、３’−安定化である、態様１６４または１６５に記載の化合物。
〔態様１６７〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、ｓｃｒＲＮＡ標的ＤＮＡに対する前記ｓｃｒＲＮＡの親和性を高める少なくとも１つの修飾を含む、態様１６４〜１６６のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１６８〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、ヌクレアーゼに対する前記ｓｃｒＲＮＡの親和性を高める少なくとも１つの修飾を含む、態様１６４〜１６７のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１６９〕
前記ヌクレアーゼは、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼである、態様１６８に記載の化合物。
〔態様１７０〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡの少なくとも１つの核酸塩基は、チミンである、態様１６４〜１６９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１７１〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡの少なくとも１つの核酸塩基は、修飾核酸塩基である、態様１６４〜１７０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１７２〕
前記修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである、態様１７１に記載の化合物。
〔態様１７３〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡの少なくとも１つのヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合である、態様１６４〜１７２のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１７４〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡの各ヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合である、請求項１７３に記載の化合物。
〔態様１７５〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、中性ヌクレオシド間結合である、態様１７３または１７４に記載の化合物。
〔態様１７６〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、メトキシプロピル基を含む、態様１７５に記載の化合物。
〔態様１７７〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホノ酢酸を含む、態様１７３〜１７６のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１７８〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、メチルホスホン酸を含む、態様１７３〜１７７のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１７９〕
少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様１７３〜１７８のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１８０〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡの少なくとも２つの結合は、修飾ヌクレオシド間結合である、請求項１７３〜１７９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１８１〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡの少なくとも２つの修飾結合は、互いに同じである、態様１８０に記載の化合物。
〔態様１８２〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、前記ｓｃｒＲＮＡの５’末端に２〜５つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む、態様１７３〜１８１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１８３〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、前記ｓｃｒＲＮＡの３’末端に２〜５つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む、態様１７３〜１８２のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１８４〕
前記ｓｃｒＲＮＡの各ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様１７３に記載の化合物。
〔態様１８５〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、２’−デオキシヌクレオシドを含まない、態様１６４〜１８４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１８６〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡの少なくとも１つのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、態様１６４〜１８５のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１８７〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記５’末端ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、態様１８６に記載の化合物。
〔態様１８８〕
前記５’末端ヌクレオシドは、非二環式２’−修飾糖部分を含む、態様１８７に記載の化合物。
〔態様１８９〕
前記５’末端ヌクレオシドは、二環式糖部分を含む、態様１８７に記載の化合物。
〔態様１９０〕
前記５’末端ヌクレオシドは、２’−Ｏ−メチル、２’−ＭＯＥ、２’−Ｆ、ｃＥｔ、及びＬＮＡの中から選択される修飾糖部分を含む、態様１８７に記載の化合物。
〔態様１９１〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記５’末端の前記ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様１８６〜１９０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１９２〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、
式５’−ＮｙｚＮｙｓ−Ｒ−３’を有し、
式中、
各Ｎｙは、非修飾２’−デオキシ糖部分、非修飾２’−ヒドロキシ糖部分、２’−Ｏ−メチル修飾糖部分、２’−Ｆ修飾糖部分、及びｃＥｔ修飾糖部分の中から独立して選択される糖部分を含むヌクレオシドであり、
ｚは、メトキシプロピルホスホネート及びメチルホスホネートの中から選択される中性ヌクレオシド間結合であり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
Ｒは、前記ｓｃｒＲＮＡの残りの部分である、態様１８６に記載の化合物。
〔態様１９３〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、
式５’−ＮｍｓＮｘｓ−Ｒ−３’を有し、
式中、
Ｎｍは、２’−Ｏ−メチル修飾糖部分を含むヌクレオシドであり、
Ｎｘは、非修飾２’−ヒドロキシ糖部分及び２’−Ｆ修飾糖部分の中から選択される修飾糖部分を含むヌクレオシドであり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
Ｒは、前記ｓｃｒＲＮＡの残りの部分である、態様１８６に記載の化合物。
〔態様１９４〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記３’末端ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む、態様１８６〜１９３のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１９５〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記３’末端ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、態様１９４に記載の化合物。
〔態様１９６〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、
式５’−Ａ−ＮｒｓＮｒ−３’を有し、
式中、
各Ｎｒは、２’−Ｏ−メチル、２’−ＭＯＥ、２’−Ｆ、ｃＥｔ、及びＬＮＡの中から独立して選択される修飾糖部分を含むヌクレオシドであり、
ｓは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、
Ａは、前記ｓｃｒＲＮＡの残りの部分である、態様１９５に記載の化合物。
〔態様１９７〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡは、
式５’−Ａ−ＮｒｚＮｒ−３’を有し、
式中、
各Ｎｒは、２’−Ｏ−メチル、２’−ＭＯＥ、２’−Ｆ、ｃＥｔ、及びＬＮＡの中から独立して選択される修飾糖部分を含むヌクレオシドであり、
ｚは、メトキシプロピルホスホネート及びメチルホスホネートの中から選択されるヌクレオシド間リン酸結合または中性ヌクレオシド間結合であり、
Ａは、前記ｓｃｒＲＮＡの残りの部分であるが、
但し、前記３’末端Ｎｒが２’−Ｆ糖部分を含む場合、ｚはヌクレオシド間リン酸結合ではないものとする、態様１９４に記載の化合物。
〔態様１９８〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡの前記ｓｃｒＲＮＡ標的認識部分は、少なくとも７つの修飾ヌクレオシドを含み、前記修飾ヌクレオシドは各々、修飾糖部分を含む、態様１８６〜１９７のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様１９９〕
７つの３’末端ヌクレオシドが修飾糖部分を含む、態様１９８に記載の化合物。
〔態様２００〕
１０個の３’末端ヌクレオシドが修飾糖部分を含む、態様１９８に記載の化合物。
〔態様２０１〕
前記３’末端ヌクレオシドの前記修飾糖部分は、互いに同じである、態様１９９または２００に記載の化合物。
〔態様２０２〕
前記３’末端ヌクレオシドの前記修飾糖部分は各々、２’−Ｏ−メチル及び２’−Ｆの中から独立して選択される、態様１９９または２００に記載の化合物。
〔態様２０３〕
前記３’末端ヌクレオシドの前記修飾糖部分は、２’−Ｏ−メチルと２’−Ｆとが交互になっている、態様２０２に記載の化合物。
〔態様２０４〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ｓｃｒＲＮＡ標的認識部分は、非修飾糖部分を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む、態様１６４〜２０３のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２０５〕
前記修飾ｓｃｒＲＮＡのヌクレアーゼ認識部分は、少なくとも４つの修飾ヌクレオシドを含み、前記修飾ヌクレオシドは各々、修飾糖部分を含む、態様１６４〜２０４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２０６〕
前記ヌクレアーゼ認識部分の前記４つの修飾ヌクレオシドは、前記ｓｃｒＲＮＡの４つの５’末端ヌクレオシドである、態様２０５に記載の化合物。
〔態様２０７〕
前記ヌクレアーゼ認識部分の前記修飾糖部分の各々は、互いに同じである、態様２０５または２０６に記載の化合物。
〔態様２０８〕
前記ヌクレアーゼ認識部分の各修飾糖部分は、ｃＥｔまたはＬＮＡである、態様２０７に記載の化合物。
〔態様２０９〕
前記少なくとも４つの修飾ヌクレオシドは各々、２’−Ｏ−メチル修飾糖部分を含む、態様２０５〜２０７のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２１０〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ヌクレアーゼ認識部分は、非修飾糖部分を含む少なくとも１つのヌクレオシドを含む、態様１６４〜２０９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２１１〕
前記ヌクレアーゼ認識部分は、５つの修飾ヌクレオシドを含む、態様１６４〜２１０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２１２〕
前記ヌクレアーゼ認識部分は、６つの修飾ヌクレオシドを含む、態様１６４〜２１０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２１３〕
前記ヌクレアーゼ認識部分は、少なくとも７つの修飾ヌクレオシドを含む、態様１６４〜２１０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２１４〕
前記ヌクレアーゼ認識部分は、９つの修飾ヌクレオシドを含む、態様１６４〜２１０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２１５〕
前記ヌクレアーゼ認識部分の少なくとも１つの修飾糖部分は、二環式糖部分である、請求項１６４〜２１４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２１６〕
前記ヌクレアーゼ認識部分の２つの５’末端ヌクレオシドが二環式糖部分を含む、請求項２１５に記載の化合物。
〔態様２１７〕
前記ヌクレアーゼ認識部分は、５つの二環式糖部分を含む、態様２１６に記載の化合物。
〔態様２１８〕
前記ヌクレアーゼ認識部分は、６つの二環式糖部分を含む、態様２１６に記載の化合物。
〔態様２１９〕
前記ヌクレアーゼ認識部分は、９つの二環式糖部分を含む、態様２１６に記載の化合物。
〔態様２２０〕
各二環式糖部分は、ｃＥｔ及びＬＮＡの中から独立して選択される、態様２１５〜２１９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２２１〕
各二環式糖部分は、ｃＥｔである、態様２２０に記載の化合物。
〔態様２２２〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、４２個の結合ヌクレオシドからなる、態様１６３〜２２１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２２３〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、２０〜４２個の結合ヌクレオシドからなる、態様１６３〜２２１のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２２４〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、２９〜３２個の結合ヌクレオシドからなる、態様２２３に記載の化合物。
〔態様２２５〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、３２個の結合ヌクレオシドからなる、態様２２３に記載の化合物。
〔態様２２６〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、２９個の結合ヌクレオシドからなる、態様２２３に記載の化合物。
〔態様２２７〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、２０〜２８個の結合ヌクレオシドからなる、態様２２３に記載の化合物。
〔態様２２８〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ヌクレアーゼ認識部分は、１７個以下の結合ヌクレオシドからなる、態様１６４〜２２７のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２２９〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ｓｃｒＲＮＡ標的認識部分は、１７個以下の結合ヌクレオシドからなる、態様１６４〜２２８のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２３０〕
前記化合物は、前記ｓｃｒＲＮＡからなる、態様１６４〜２２９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２３１〕
前記化合物は、共役基を含む、態様１６４〜２２９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２３２〕
前記共役基は、ＧａｌＮＡｃを含む、態様２３１に記載の化合物。
〔態様２３３〕
前記共役基は、親油性基を含む、態様２３１に記載の化合物。
〔態様２３４〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ｓｃｒＲＮＡ標的認識部分の核酸塩基配列は、ｓｃｒＲＮＡ標的ＤＮＡに少なくとも９０％相補的である、態様１６４〜２３３のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２３５〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ｓｃｒＲＮＡ標的認識部分の前記核酸塩基配列は、ｓｃｒＲＮＡ  標的ＤＮＡに１００％相同的である、態様２３４に記載の化合物。
〔態様２３６〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、自己相補的領域を含む、態様１６４〜２３５のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２３７〕
前記自己相補的領域は、前記ｓｃｒＲＮＡの前記ヌクレアーゼ認識部分内にある、請求項２３６に記載の化合物。
〔態様２３８〕
前記自己相補的領域は、ヘアピンを形成し得る、態様２３６または２３７に記載の化合物。
〔態様２３９〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記自己相補的領域は、前記自己相補的領域の安定性を高める少なくとも１つの修飾を含む、態様２３６〜２３８のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２４０〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記自己相補的領域は、前記自己相補的領域のハイブリダイゼーション親和性を高める少なくとも１つの修飾を含む、２３６〜２３９のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２４１〕
細胞を、態様１６４〜２４０のいずれか一項に記載の化合物と接触させることを含む、方法。
〔態様２４２〕
前記細胞は、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼを発現する、態様２４１に記載の方法。
〔態様２４３〕
細胞を、態様１６４〜２４０のいずれか一項に記載の化合物、及びヌクレアーゼ遺伝子をコードするプラスミドと接触させることを含む、方法。
〔態様２４４〕
細胞を、態様１６４〜２４０のいずれか一項に記載の化合物、及びヌクレアーゼをコードするｍＲＮＡと接触させることを含む、方法。
〔態様２４５〕
前記ヌクレアーゼは、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼである、態様２４３または２４４に記載の方法。
〔態様２４６〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、トランスフェクション試薬の非存在下で前記細胞に取り込まれる、態様２４１〜２４５のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２４７〕
前記細胞は、動物細胞である、態様２４１〜２４６のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２４８〕
動物に、態様１６３〜２４０のいずれか一項に記載の修飾化合物を投与することを含む、方法。
〔態様２４９〕
前記投与は、皮下投与である、態様２４８に記載の方法。
〔態様２５０〕
前記投与は、くも膜下腔内投与である、態様２４８に記載の方法。
〔態様２５１〕
前記投与は、中枢神経系に対する投与である、態様２４８に記載の方法。
〔態様２５２〕
ヌクレアーゼ遺伝子をコードするプラスミドを投与することを含む、態様２４８〜２５１のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２５３〕
前記動物は、前記ｓｃｒＲＮＡの前記ヌクレアーゼ認識部分によって認識されるヌクレアーゼを発現する、態様２４８〜２５１のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２５４〕
ヌクレアーゼ遺伝子をコードするプラスミドを投与することを含む、態様２４８〜２５１のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２５５〕
前記プラスミドは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）を介して前記動物内の細胞に送達される、態様２５２または２５４に記載の方法。
〔態様２５６〕
前記プラスミドは、レンチウイルスを介して前記動物内の細胞に送達される、態様２５２または２５４に記載の方法。
〔態様２５７〕
前記ヌクレアーゼは、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼである、態様２５２〜２５６のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２５８〕
ｓｃｒＲＮＡ標的遺伝子が改変される、態様２４１〜２５７のいずれか一項に記載の
方法。
〔態様２５９〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、前記ｓｃｒＲＮＡ標的遺伝子が改変された後に分解される、請求項２５８に記載の方法。
〔態様２６０〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ヌクレアーゼ認識部分によって認識される前記ヌクレアーゼは、前記ｓｃｒＲＮＡの非存在下でヌクレアーゼ活性を示さない、態様２５９に記載の方法。
〔態様２６１〕
前記動物は、ヒトである、態様２４７〜２６０のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２６２〕
細胞を、態様１６３〜２４０のいずれか一項に記載の化合物と接触させることと、ｓｃｒＲＮＡ  標的遺伝子を改変することと、前記ｓｃｒＲＮＡまたはヌクレアーゼの活性または発現を低下させるまたは阻害する第２の化合物と接触させることと、を含む、方法。
〔態様２６３〕
前記ヌクレアーゼは、Ｃｐｆ１ヌクレアーゼである、態様２６２に記載の方法。
〔態様２６４〕
前記細胞は、前記ｓｃｒＲＮＡ標的遺伝子が改変された後に前記第２の化合物と接触させられる、態様２６２または２６３に記載の方法。
〔態様２６５〕
前記第２の化合物は、前記ｓｃｒＲＮＡに相補的なオリゴヌクレオチドを含む、態様２６２〜２６４のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２６６〕
前記ｓｃｒＲＮＡは、分解される、態様２６５に記載の方法。
〔態様２６７〕
前記第２の化合物は、前記ヌクレアーゼ遺伝子を標的とするｓｃｒＲＮＡを含む、請求項２６２〜２６４のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２６８〕
前記第２の化合物は、ヌクレアーゼ転写物に相補的なオリゴヌクレオチドを含む、請求項２６２〜２６４のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２６９〕
前記ヌクレアーゼの前記発現が阻害される、態様２６７または２６８に記載の方法。
〔態様２７０〕
前記細胞は、動物細胞である、態様２６２〜２６９のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２７１〕
前記動物は、ヒトである、態様２７０に記載の方法。
〔態様２７２〕
ゲノムを、態様１６３〜２４０のいずれか一項に記載の化合物と接触させることを含む、ゲノム遺伝子座可視化の方法。
〔態様２７３〕
オフターゲット遺伝子の改変が、２０〜５０個の結合ヌクレオシドからなる前記修飾ｓｃｒＲＮＡを含む化合物の代わりに５０個超のヌクレオシドを含む非修飾ｓｃｒＲＮＡまたは化合物が使用された場合のオフターゲット遺伝子の改変と比べて低下する、態様２４１〜２７１のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２７４〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の配列は、配列番号１９、２０、２１、２２、２３、２４、及び２５の中から選択される配列の少なくとも１２個の連続核酸塩基を含む、態様１〜５９または８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２７５〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の配列は、配列番号１９、２０、２１、２２、２３、２４、及び２５の中から選択される配列の最初の１２個の核酸塩基を含む
、態様１〜５９または８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２７６〕
前記ｃｒＲＮＡの前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分の配列は、配列番号１９、２０、２１、２２、２３、２４、及び２５の中から選択される配列の最初の１２個の核酸塩基からなる、態様１〜５９または８３〜１２４のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２７７〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ヌクレアーゼ認識部分の配列は、配列ＵＣＵＡＣＵを含む、請求項１６４〜２４０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２７８〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ヌクレアーゼ認識部分の配列は、配列ＧＵＡＧＡＵを含む、請求項１６４〜２４０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２７９〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ヌクレアーゼ認識部分の配列は、配列ＵＣＵＡＣＵ及び配列ＧＵＡＧＡＵを含む、態様１６４〜２４０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２８０〕
前記ｓｃｒＲＮＡの前記ヌクレアーゼ認識部分の配列は、配列番号２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、及び３９の中から選択される配列の少なくとも１２個の核酸塩基を含む、態様１６４〜２４０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２８１〕
前記ＤＮＡ認識部分は、７〜９つの２’−修飾糖部分を含む、態様１〜５９、８３〜８８、９０〜１２４、１６４〜２４０、または２７４〜２８０のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２８２〕
前記７〜９つの２’−修飾糖部分は、２’−Ｆ修飾糖部分である、態様２８１に記載の化合物。
〔態様２８３〕
前記ｔｒａｃｒＲＮＡ認識部分または前記ヌクレアーゼ認識部分は、５〜６つの二環式糖部分を含む、態様２８１または２８２のいずれか一項に記載の化合物。
〔態様２８４〕
前記５〜６つの二環式糖部分は、ｃＥｔである、態様２８３に記載の化合物。
〔態様２８５〕
態様１〜５９、８３〜１２４、１６４〜２４０、または２７４〜２８５のいずれか一項に記載の化合物を含む、薬学的組成物。
〔態様２８６〕
前記投与は、硝子体内投与である、態様７２、１３３、または２４８のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２８７〕
前記細胞は、植物細胞である、態様６０〜７０、１２５〜１３１、１４６〜１５４、１５７〜１５９、２４１〜２４６、または２６２〜２６９のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２８８〕
前記細胞は、動物細胞である、態様６０〜７０、１２５〜１３１、１４６〜１５４、１５７〜１５９、２４１〜２４６、または２６２〜２６９のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２８９〕
前記細胞は、Ｔ細胞である、６０〜７０、１２５〜１３１、１４６〜１５４、１５７〜１５９、２４１〜２４６、または２６２〜２６９のいずれか一項に記載の方法。
〔態様２９０〕
態様１〜５９、８３〜１２４、１６４〜２４０、若しくは２７４〜２８４のいずれか一項に記載の化合物、または態様２８５に記載の組成物を前記個体に投与すること、それによって前記個体における疾患を治療することを含む、個体における疾患を治療する方法。
〔態様２９１〕
疾患の治療のための、態様１〜５９、８３〜１２４、１６４〜２４０、若しくは２７４〜２８４のいずれか一項に記載の化合物、または態様２８５に記載の組成物の使用。
〔態様２９２〕
薬物の調製のための、態様１〜５９、８３〜１２４、１６４〜２４０、または２７４〜２８４のいずれか一項に記載の化合物の使用。
〔態様２９３〕
態様１〜５９、８３〜１２４、１６４〜２４０、若しくは２７４〜２８４のいずれか一項に記載の化合物、または態様２８５に記載の組成物を動物に投与すること、及びヒトへの移植のために前記動物から器官を採取する方法。