【手続補正書】
【提出日】平成20年3月27日(2008.3.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  転移性結腸直腸癌細胞あるいは原発性および／または転移性の胃癌または食道癌の細胞について個体をスクリーニングするインビトロ方法であって、個体からの腸外組織および／または体液の試料を検査して、該試料中の細胞がＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くを発現しているか判定する工程を含み、その際、ＳＩ、ＣＤＸ１またはＣＤＸ２の発現は試料中に転移性結腸直腸癌細胞あるいは原発性および／または転移性の胃癌または食道癌の細胞がある可能性を指示するものである方法。
【請求項２】  細胞によるＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くの発現を、遺伝子転写生成物の存在を検出することにより判定する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】  細胞によるＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くの発現を、試料と遺伝子転写体またはそれから形成されたｃＤＮＡを選択的に増幅するプライマーとを接触させるポリメラーゼ連鎖反応により判定する、請求項１に記載の方法。
【請求項４】  細胞によるＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くの発現を、試料とＳＩ遺伝子翻訳生成物に特異的に結合する抗体とを接触させる免疫アッセイにより判定する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】  試料が体液である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】  試料が血液である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】  試料がリンパ組織および／またはリンパ液である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】  試料がリンパ節試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】  個体が結腸直腸癌、胃癌または食道癌を伴うと以前に診断されたことがある、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】  個体が結腸直腸癌、胃癌または食道癌を伴うと以前に診断され、かつそれに対する処置を受けたことがある、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】  転移性結腸直腸癌細胞あるいは原発性および／または転移性の胃癌または食道癌の細胞について個体をスクリーニングするインビトロ方法であって、個体からの腸外組織および／または体液の試料を検査して、該試料中にＳＩ、ＣＤＸ１またはＣＤＸ２遺伝子転写または翻訳生成物が存在するか判定する工程を含み、その際、該試料中のＳＩ、ＣＤＸ１またはＣＤＸ２遺伝子転写または翻訳生成物の存在はその個体が試料中に転移性結腸直腸癌細胞あるいは原発性および／または転移性の胃癌または食道癌の細胞を有する可能性を指示するものである方法。
【請求項１２】  個体からの腸外組織および／または体液の試料を検査して、該試料中に遺伝子転写生成物が存在するか判定する工程を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】  遺伝子転写生成物の存在を、試料と遺伝子転写体またはそれから形成されたｃＤＮＡを選択的に増幅するプライマーとを接触させるポリメラーゼ連鎖反応により判定する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】  遺伝子翻訳生成物の存在を、試料と遺伝子翻訳生成物に特異的に結合する抗体とを接触させる免疫アッセイにより判定する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】  試料が体液である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】  試料が血液である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１７】  試料がリンパ組織および／またはリンパ液である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１８】  試料がリンパ節試料である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１９】  個体が結腸直腸癌、胃癌または食道癌を伴うと以前に診断されたことがある、請求項１１に記載の方法。
【請求項２０】  個体が結腸直腸癌、胃癌または食道癌を伴うと以前に診断され、かつそれに対する処置を受けたことがある、請求項１１に記載の方法。
【請求項２１】  結腸直腸癌、胃癌または食道癌の細胞を有する疑いがある患者から採取した腫瘍細胞が結腸直腸、胃または食道の腫瘍細胞であることを確認するインビトロ方法であって、腫瘍細胞がＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くを発現するか判定する工程を含み、その際、ＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くの発現は該腫瘍細胞が胃または食道の腫瘍細胞であることを指示するものである方法。
【請求項２２】  腫瘍細胞によるＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くの発現を、ＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くの遺伝子転写生成物の存在の検出により判定する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】  腫瘍細胞によるＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くの発現を、腫瘍細胞からのｍＲＮＡまたはそれから形成されたｃＤＮＡと遺伝子転写体またはそれから形成されたｃＤＮＡを選択的に増幅するプライマーとを接触させるポリメラーゼ連鎖反応により判定する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】  腫瘍細胞によるＳＩ、ＣＤＸ１およびＣＤＸ２のうち１又はそれより多くの発現を、腫瘍細胞からのタンパク質と遺伝子翻訳生成物に特異的に結合する抗体とを接触させる免疫アッセイにより判定する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】  胃癌を伴う個体の診断方法であって、胃組織の試料を検査してＳＩ転写体または翻訳生成物の存在を検出する工程を含み、その際、胃試料中におけるＳＩ転写体または翻訳生成物の存在は胃癌を指示するものである方法。
【請求項２６】  胃組織の試料を検査して該試料中にＳＩ遺伝子転写生成物が存在するか判定する工程を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】  ＳＩ遺伝子転写生成物の存在を、試料とＳＩ遺伝子転写体またはそれから形成されたｃＤＮＡを選択的に増幅するプライマーとを接触させるポリメラーゼ連鎖反応により判定する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】  ＳＩ遺伝子翻訳生成物の存在を、試料とＳＩ遺伝子翻訳生成物に特異的に結合する抗体とを接触させる免疫アッセイにより判定する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】  食道癌を伴う個体の診断方法であって、食道組織の試料を検査してＳＩ転写体または翻訳生成物の存在を検出する工程を含み、その際、食道試料中におけるＳＩ転写体または翻訳生成物の存在は食道癌を指示するものである方法。
【請求項３０】  食道組織の試料を検査して該試料中にＳＩ遺伝子転写生成物が存在するか判定する工程を含む、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】  ＳＩ遺伝子転写生成物の存在を、試料とＳＩ遺伝子転写体またはそれから形成されたｃＤＮＡを選択的に増幅するプライマーとを接触させるポリメラーゼ連鎖反応により判定する、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】  ＳＩ遺伝子翻訳生成物の存在を、試料とＳＩ遺伝子翻訳生成物に特異的に結合する抗体とを接触させる免疫アッセイにより判定する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】  結腸直腸癌、胃癌および／または食道癌を伴う個体を診断するための、下記のいずれかを含むキット：
ａ）ＳＩ遺伝子転写体またはそれから形成されたｃＤＮＡを選択的に増幅するポリメラーゼ連鎖反応プライマーを含む容器；
ならびに下記のうち１又はそれより多く：
陽性ＰＣＲアッセイ対照試料を含む容器、
陰性ＰＣＲアッセイ対照試料を含む容器、
試料を入手および／または処理するための指示書、
ＰＣＲ診断アッセイを実施するための指示書、ならびに
ＰＣＲ診断アッセイの陽性結果および／または陰性結果を表わす写真または図；
あるいは
ｂ）ＳＩ遺伝子翻訳生成物に特異的に結合する抗体を含む容器；
ならびに下記のうち１又はそれより多く：
陽性免疫アッセイ対照試料を含む容器、
陰性免疫アッセイ対照試料を含む容器、
試料を入手および／または処理するための指示書、
免疫診断アッセイを実施するための指示書、ならびに
免疫診断アッセイの陽性結果および／または陰性結果を表わす写真または図。
【請求項３４】  転移性結腸直腸癌あるいは原発性および／または転移性の胃癌または食道癌に罹患している疑いがある個体を処置するための医薬組成物であって、該個体に
ｉ）ＳＩリガンド；および
ｉｉ）有効物質
を含む有効量の組成物を投与する工程を含む前記医薬組成物。
【請求項３５】  ＳＩリガンドが有効物質にコンジュゲートしている、請求項３４に記載の医薬組成物。
【請求項３６】  有効物質が、メトトレキセート、ドキソルビシン、ダウノルビシン、シトシンアラビノシド、エトポシド、５−４フルオロウラシル、メルファラン、クロラムブシル、シスプラチン、ビンデシン、マイトマイシン、ブレオマイシン、ピューロチオニン、マクロモマイシン、１，４−ベンゾキノン誘導体、トレニモン、リシン、リシンＡ鎖、シュードモナス外毒素、ジフテリア毒素、クロストリジウム・パーフリンジェンスホスホリパーゼＣ、ウシ膵臓リボヌクレアーゼ、アメリカヤマゴボウ抗ウイルスタンパク質、アブリン、アブリンＡ鎖、コブラ毒因子、ゲロニン、サポリン、モデッシン、ビスキュミン、ボルケンシン、アルカリ性ホスファターゼ、ニトロイミダゾール、メトロニダゾール、ミソニダゾール、
【化１】
2003532389.tif 000001
よりなる群から選択される、請求項３４に記載の医薬組成物。
【請求項３７】  転移性結腸直腸癌細胞あるいは原発性および／または転移性の胃癌または食道癌の細胞のラジオイメージング方法であって、検出可能な物質に結合したＳＩリガンドを含む組成物を個体に投与する工程を含む方法。
【請求項３８】  検出可能な物質が
【化２】
2003532389.tif 000002
よりなる群から選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】  起源組織から到達組織または体液へ転移した腫瘍細胞を検出するのに有用な分子マーカーを同定するための、下記の工程を含む方法：
ａ）起源組織細胞集団において、最終分化した起源組織に関連する転写因子の活性をダウンレギュレートし；
ｂ）ダウンレギュレートされた起源細胞集団の発現プロフィールを、対照の起源細胞集団の発現プロフィールと比較し；
ｃ）対照の起源細胞集団において発現しているがダウンレギュレートされた起源細胞集団においては発現していない候補マーカーを同定し；そして
ｄ）対照の起源細胞集団、癌の起源細胞集団、および到達細胞集団における候補マーカーの発現を比較し、その際、対照の起源細胞集団および癌の起源細胞集団において発現しているが到達細胞集団においては発現していない候補マーカーは、起源組織から到達組織または体液へ転移した癌の検出のための分子マーカーとして有用である。
【請求項４０】  転写因子の活性を、転写因子遺伝子のダウンレギュレーション、転写因子活性のダウンレギュレーション、および転写因子を不活性化するシグナリング事象の活性化よりなる群から選択される方法でダウンレギュレートする、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】  ダウンレギュレーションされた起源細胞集団がｃｄｘ２−ｎｕｌｌ腸ポリープに由来する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】  分子マーカーがポリ核酸であり、発現プロフィールをディファレンシャルディスプレイ法、サブトラクティブハイブリダイゼーション、発現アレイ、遺伝子発現系列分析（ＳＡＧＥ）、遺伝子発現迅速分析（ＲＡＧＥ）、マッシブリイパラレルシグナチュアシーケンシング（ＭＰＳＳ）および発現配列タグタンデムアレイライゲーション（ＴＡＬＥＳＴ）よりなる群から選択される手法により比較する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４３】  分子マーカーがタンパク質であり、発現プロフィールを二次元ゲル電気泳動および同位体コードアフィニティータグ（ＩＣＡＴ）よりなる群から選択される手法により比較する、請求項３８に記載の方法。
【請求項４４】  起源組織および到達組織が哺乳動物のものである、請求項３８に記載の方法。
【請求項４５】  起源組織および到達組織がヒトのものである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】  対照の起源細胞が、結腸直腸、腸、胃、肝臓、口、食道、咽喉、甲状腺、皮膚、脳、腎臓、膵臓、胸部、頸、卵巣、子宮、精巣、前立腺、骨、筋肉、膀胱および肺よりなる群から選択される起源組織からのものである、請求項３８に記載の方法。
【請求項４７】  対照の起源細胞集団が、Ｔ８４、Ｃａｃｏ２、ＨＴ２９、ＳＷ４８０、ＳＷ６２０、ＮＣＩＨ５０８、ＳＷ１１１６、ＳＷ１４６３、ＨｅｐＧ２およびＨｅＬａよりなる群から選択される細胞系である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４８】  癌の起源細胞が、結腸、胃、肝臓、咽喉、甲状腺、皮膚、脳および肺よりなる群から選択される組織からの癌細胞である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４９】  癌の起源細胞集団が、Ｔ８４、Ｃａｃｏ２、ＨＴ２９、ＳＷ４８０、ＳＷ６２０、ＮＣＩＨ５０８、ＳＷ１１１６、ＳＷ１４６３、ＨｅｐＧ２およびＨｅＬａよりなる群から選択される細胞系である、請求項３８に記載の方法。
【請求項５０】  到達組織または体液が、リンパ節、血液、脳脊髄液および骨髄よりなる群から選択される、請求項３８に記載の方法。
【請求項５１】  転写因子が、Ｃｄｘ２、ＳＴＡＴ５、ＮＫＸ３．１、ＦＲＥＡＣ−１、ＦＲＥＡＣ−２、Ｐｉｔ１、ＨＮＦ４、ＬＦＢ１、ＩＰＦ１、Ｉｓｌ１およびＭｙｏＤよりなる群から選択される、請求項３８に記載の方法。
【請求項５２】  工程ｄの分子マーカーを単離する追加工程を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項５３】  転写因子遺伝子を
ａ）起源組織の最終分化に関連する遺伝子の調節領域に結合する転写因子を単離し；そして
ｂ）転写因子を発現する遺伝子を単離する
工程により単離する、請求項３８に記載の方法。