【手続補正書】
【提出日】令和1年10月28日(2019.10.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下を含む、薬学的組成物：
（i）その必要性のある個体に投与されたときに食物アレルギーを処置または防止するのに十分な量で、4菌種〜11菌種の生存可能な腸内細菌から本質的になる最小の微生物コンソーシアムを含む調製物であって、該組成物が、以下の：クロストリジウム・ラモスム（Clostridium ramosum）、クロストリジウム・シンデンス（Clostridium scindens）、クロストリジウム・ヒラノンシス（Clostridium hiranonsis）、クロストリジウム・ビフェルメンタンス（Clostridium bifermentans）、クロストリジウム・レプツム（Clostridium leptum）、およびクロストリジウム・サルジニエンシス（Clostridium sardiniensis）のうち少なくとも4種を含む、調製物；および
（ii）薬学的に許容される担体。
【請求項２】
前記生存可能な細菌を小腸に送達するために配合される、請求項1記載の薬学的組成物。
【請求項３】
前記薬学的に許容される担体が、前記最小の微生物コンソーシアムまたは前記生存可能な腸内細菌をカプセル封入する腸溶性被覆組成物を含む、請求項1記載の薬学的組成物。
【請求項４】
カプセル封入されている、再構成された凍結乾燥物である、食品である、あるいは、液状物、ゲル、流動ゲル、または液状物におけるナノ粒子として配合される、請求項1〜3のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項５】
前記生存可能な細菌が、バクテロイデス・フラギリス（Bacteroides fragilis）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン （Bacteroides thetaiotaomicron）、バクテロイデス・オバツス（Bacteroides ovatus）、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ（Parabacetroides goldsteinii）またはプレボテラ・タンネラエ（Prevotella tannerae）をさらに含む、請求項1記載の薬学的組成物。
【請求項６】
前記生存可能な腸内細菌の種が：クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、およびクロストリジウム・サルジニエンシスを含む、請求項1記載の薬学的組成物。
【請求項７】
前記生存可能な腸内細菌の種が：クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツムおよびクロストリジウム・サルジニエンシスである、請求項1記載の薬学的組成物。
【請求項８】
少なくとも約1×109CFUの用量を送達するために配合される、請求項1〜7のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項９】
前記生存可能な細菌が、少なくとも約1×108CFU/mlの総量で存在する、請求項1〜7のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項１０】
前記生存可能な腸内細菌が、実質的に等しいバイオマスにおいて存在する、請求項1〜9のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項１１】
経口投与のために配合される、請求項1〜10のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【請求項１２】
前記食物アレルギーが、ダイズ、コムギ、卵、乳製品、ピーナッツ、堅果、甲殻類、魚類、キノコ、または核果に対するアレルギーである、請求項1記載の薬学的組成物。
【請求項１３】
食物アレルギーを処置するのに使用するための、請求項1〜12のいずれか一項記載の薬学的組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１６７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１６７】
本明細書において記載される別の局面は、
（a）4菌株〜6菌株の生存可能な非病原性腸内細菌から本質的になる第1の微生物コンソーシアムであり、生存可能な非病原性腸内細菌の前記菌株が、クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシスからなる群より選択される第1の微生物コンソーシアムと、
（b）4菌株〜5菌株の生存可能な非病原性腸内細菌から本質的になる第2の微生物コンソーシアムであり、生存可能な非病原性腸内細菌の前記菌株が、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエからなる群より選択される第2の微生物コンソーシアムと
を含む相乗的な微生物組成物であって、前記第2の微生物コンソーシアムの1つまたは複数のメンバーが前記第1の微生物コンソーシアムの1つまたは複数のメンバーのコロニー形成および/または持続性を哺乳動物宿主において増大させる相乗的な微生物組成物に関連する。
[本発明1001]
（i）その必要性のある個体に投与されたときに食物アレルギーを処置または防止するのに十分な量で、4菌株〜11菌株の生存可能な腸内細菌から本質的になる最小の微生物コンソーシアムを含む調製物、および
（ii）薬学的に許容される担体
を含む、薬学的組成物。
[本発明1002]
培養可能な種の最小の微生物コンソーシアムと、薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物であって、
前記コンソーシアムが、以下:
（i）調節性T細胞（Treg）の発達を促進させる菌体外多糖、リポテイコ酸（LTA）、リポ多糖（LPS）または他の微生物アジュバント分子を発現する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（ii）発酵産物である酪酸および/またはプロピオン酸を炭水化物および他の炭素源の発酵により腸管内腔において産生する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（iii）胆汁酸変換の完全な補完を単独または組合せで行う、1つまたは複数の生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（iv）アリール炭化水素受容体（AhR）受容体経路を腸上皮細胞、抗原提示細胞および/またはT細胞において刺激して、調節性T細胞応答の発達を刺激することができる化合物を産生する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（v）有益な効果を腸管バリア機能に対しておよび/または調節性T細胞応答の発達に対して有するプレグナンX受容体を刺激することができる化合物を産生する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（vi）RORガンマ（RAR関連オーファン受容体ガンマ）経路を刺激して、直接的な刺激またはRORガンマ活性化経路を介する調節性T細胞応答の発達を、調節性T細胞応答を結果的には刺激する腸管の抗原提示細胞および/または上皮細胞において刺激することができる化合物を産生する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（vii）腸管バリア機能および保護的な共生種によるコロニー形成を改善するムチン類および複合糖質の宿主産生を刺激する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（viii）腸管内腔の環境を変化させて、食物抗原に対する健康に良くないアレルギー性T細胞応答の発達を促進させるディスバイオティック（dysbiotic）種の有害な活性を低下させる、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（ix）腸管内腔の環境を変化させて、上記効果のいずれかのための前記投与されたコンソーシアムの他のメンバーによる改善されたコロニー形成、および/または、患者の基礎となる微生物叢における現存する有益な種によるコロニー形成を促進させる、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（x）上記の（i）〜（ix）の調製物における細菌菌株のコロニー形成または成長をインビボにおいて促進させる、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物
からなる群より選択される調製物のうちの少なくとも4つに含まれる、薬学的組成物。
[本発明1003]
調節性T細胞（Treg）の発達を促進させる菌体外多糖を発現する前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、ユーバクテリウム・レクタレ（Eubacterium rectale）、クロストリジウム・ラモスム（Clostridium ramosum）、ブチロビブリオ・クロッサツス（Butyrovibrio crossatus）、ロセブリア・インテスチナリス（Roseburia intestinalis）、クロストリジウム・シンデンス（Clostridium scindens）、クロストリジウム・ヒレモナエ（Clostridium hylemonae）、フンガテラ・ハタワイ（Hungatella hathawayi）、クロストリジウム・シンビオスム（Clostridium symbiosum）、フェカリバクテリウム・プラウスニッチイ（Faecalibacterium prausnitzii）、スブドリグラヌルム・バリアビレ（Subdoligranulum variabile）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Bacteroides thetaiotaomicron）、バクテロイデス・フラギリス（Bacteroides fragilis）、バクテロイデス・オバツス（Bacteroides ovatus）、パラバセトロイデス・ゴルドステイニイ（Parabacetroides goldsteinii）、パラバクテロイデス・メルダエ（Parabacteroides merdae）、パラバクテロイデス・ジスタソニス（Parabacteroides distasonis）およびプレボテラ・タンネラエ（Prevotella tannerae）からなる群より選択される、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1004]
発酵産物である酪酸、プロピオン酸および/またはコハク酸を炭水化物の発酵により腸管内腔において産生する前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、クロストリジウム・サルジニエンシス（Clostridium sardiniensis）、クロストリジウム・ヒラノンシス（Clostridium hiranonsis）、フェカリバクテリウム・プラウスニッチイ、ブチロビブリオ属菌種（Butyrovibrio spp.）、ユーバクテリウム・レクタレおよびロセブリア・インテスチナリスからなる群より選択される、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1005]
胆汁酸変換の完全な補完を単独または組合せで行う前記1つまたは複数の生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・サルジニエンシスおよび/またはバクテロイデス属菌種（Bacteroides spp.）である、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1006]
宿主アリール炭化水素受容体経路を刺激するのに十分であるアリール炭化水素受容体アゴニストを産生する前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、トリプトファン、チロシンの合成、またはキノン分子の合成に関連する少なくとも1つの遺伝子を含む、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1007]
本発明1002に記載される調製物における細菌菌株のコロニー形成または成長を促進させる前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、バクテロイデス・テタイオタオミクロンまたはバクテロイデス・フラギリスである、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1008]
有益な効果を腸管バリア機能に対しておよび/または調節性T細胞応答の発達に対して有するプレグナンX受容体を刺激することができる、摂取された前駆体を代謝することによってまたは内因的に化合物を産生する前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、デスモラーゼおよび/またはヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼを発現する菌株である、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1009]
RORガンマ（RAR関連オーファン受容体ガンマ）経路を刺激して、調節性T細胞応答の発達を刺激することができる、摂取された前駆体を代謝することによってまたは内因的に化合物を産生する前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、ステロール化合物を代謝することができる少なくとも1つのコレステロールレダクターゼまたは他の酵素を発現する菌株である、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1010]
腸管バリア機能および保護的な共生種によるコロニー形成を改善する宿主のムチン類および複合糖質を刺激することができる前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、バクテロイデス・テタイオタオミクロンまたはバクテロイデス・フラギリスである、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1011]
腸管内腔の環境を変化させて、食物抗原に対する病原性アレルギー性T細胞応答の発達に寄与するディスバイオティック種の有害な活性を低下させる前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・フラギリスまたはバクテロイデス属菌種である、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1012]
腸管内腔の環境を変化させて、上記効果のいずれかのための前記投与されたコンソーシアムの他のメンバーによる改善されたコロニー形成、および/または、患者の基礎となる微生物叢における現存する有益な種によるコロニー形成を促進させる前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株が、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・フラギリスおよびバクテロイデス属菌種である、本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1013]
前記薬学的に許容される担体が、前記最小の微生物コンソーシアムまたは前記生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株をカプセル封入する腸溶性被覆組成物を含む、本発明1001または本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1014]
前記生存可能な細菌を小腸に送達するために配合される、本発明1001または本発明1002の薬学的組成物。
[本発明1015]
前記腸溶性被覆組成物が、カプセル、ゲル、香錠、錠剤または丸剤の形態である、本発明1013の組成物。
[本発明1016]
生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌の前記菌株、または前記最小の微生物コンソーシアムの菌株がヒト腸内細菌である、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1017]
生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌の前記菌株、または前記最小の微生物コンソーシアムの菌株が、クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス（Clostridium bifermentans）、クロストリジウム・レプツム（Clostridium leptum）、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ（Parabacteroides goldsteinii）、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ（Clostridum hathewayi）、クロストリジウム・ネキシレ（Clostridum nexile）、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム（Clostridium glycyrrhizinilyticum）、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス（Clostridium lavalense）、クロストリジウム・フィメタリウム（Clostridum fimetarium）、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス（Clostridium sporosphaeroides）、ジアリスター・プロプリオニクファセインス（Dialister proprionicfaceins）、ジアリスター・スクシナチフィルス（Dialister succinatiphilus）、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス（Peptostreptococcus anaerobius）、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチ（Veilonella ratti）からなる群より選択される、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1018]
生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌の前記菌株、または前記最小の微生物コンソーシアムの菌株が、クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツム、C. サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエからなる群より選択される、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1019]
生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌の前記菌株、または前記最小の微生物コンソーシアムの菌株が、
（i）クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシス、または
（ii）バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエ
からなる群より選択される、本発明1018の組成物。
[本発明1020]
生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌の前記菌株、または前記最小の微生物コンソーシアムの菌株が、実質的に等しいバイオマスにおいて存在する、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1021]
少なくとも1×109コロニー形成単位（CFU）の用量を送達するために配合される、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1022]
1回の用量あたり30個未満のカプセルにおいて少なくとも1×109 CFUを送達するために配合される、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1023]
貯蔵のために凍結される、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1024]
生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌の前記菌株、または前記最小の微生物コンソーシアムの菌株が嫌気性条件のもとでカプセル封入される、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1025]
嫌気性条件が以下の1つまたは複数を含む、本発明1024の組成物:
（i）酸素不透過性カプセル、
（ii）N-アセチルシステイン、システインまたはメチレンブルーを含む還元剤を前記組成物に加えること、あるいは
（iii）胞子形成する生物については胞子の使用。
[本発明1026]
前記組成物が、クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシスからなる群より選択される参照菌株の操作的分類単位において存在する16S rDNA配列に対して少なくとも97％同一である16S rDNA配列を含む少なくとも1つの細菌菌株を含む、または
前記コンソーシアムが、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエからなる群より選択される参照菌株の操作的分類単位において存在する16S rDNA配列に対して少なくとも97％同一である16S rDNA配列を含む少なくとも1つの細菌菌株を含む、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1027]
大腸菌（Escherichia coli）、クレブシエラ・ニューモニエ（Klebsiella pneumoniae）、プロテウス・ミラビリス（Proteus mirabilis）、エンテロバクター・クロアカ（Enterobacter cloacae）、ビロフィラ・ワズウォルチア（Bilophila wadsworthia）、アリスチペス・オンデルドンキイ（Alistipes onderdonkii）、デスルホビブリオ属菌種（Desulfovibrio species）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Lactobacillus johnsonii）またはパラスッテレラ・エクスクレメンチホミニス（Parasutterella excrementihominis）である種のどれも含まない、本発明1026の組成物。
[本発明1028]
ビロフィラ属（Bilophila）、エンテロバクター属（Enterobacter）、大腸菌属（Escherichia）、クレブシエラ属（Klebsiella）、プロテウス属（Proteus）、アリスチペス属（Alistipes）、ブラウチア属（Blautia）、デスルホビブリオ属（Desulfovibrio）Iおよびパラスッテレラ属（Parasutterella）の細菌を含まない、本発明1026の組成物。
[本発明1029]
デスルホビブリオ科（Desulfovibrionaceae）、エンテロバクター科（Enterobacteriaceae）、リケネラ科（Rikenellaceae）およびスッテレラ科（Sutterellaceae）の細菌を含まない本発明1026の組成物。
[本発明1030]
ラクトバチルス科（Lactobacillaceae）またはエンテロバクター科（Enterbacteriaceae）の細菌を含まない、本発明1026の組成物。
[本発明1031]
ブルクホルデリア目（Burkholdales）、デスルホビブリオ目（Desulfovibrionales）またはエンテロバクター目（Enterobacteriales）の細菌を含まない、本発明1026の組成物。
[本発明1032]
少なくとも5菌株の生存可能な非病原性腸内細菌を含む、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1033]
11菌株までの生存可能な非病原性腸内細菌を含む、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1034]
クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシスを含む、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1035]
バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエを含む、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1036]
クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツム、C. サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエを含む、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1037]
クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシスから本質的になる、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1038]
バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエから本質的になる、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1039]
クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツム、C. サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエから本質的になる、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1040]
前記腸溶性被覆が、ポリマー、ナノ粒子、脂肪酸、シェラックまたは植物繊維を含む、本発明1013の組成物。
[本発明1041]
プレバイオティック組成物をさらに含む、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1042]
カプセル封入されている、再構成された凍結乾燥物である、食品である、あるいは、液状物、ゲル、流動ゲル、または液状物におけるナノ粒子として配合される、本発明1001または本発明1002の組成物。
[本発明1043]
（i）その必要性のある個体に投与されたときに食物アレルギーを処置または防止するのに十分な量で、クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される少なくとも4菌株の生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌を含む調製物、および
（ii）薬学的に許容される担体
含む、薬学的組成物。
[本発明1044]
40菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043の薬学的組成物。
[本発明1045]
30菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043の薬学的組成物。
[本発明1046]
20菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043の薬学的組成物。
[本発明1047]
15菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043の薬学的組成物。
[本発明1048]
11菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043の薬学的組成物。
[本発明1049]
クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される少なくとも5菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043〜1048のいずれかの組成物。
[本発明1050]
クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される少なくとも6菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043〜1048のいずれかの組成物。
[本発明1051]
クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される少なくとも7菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043〜1048のいずれかの組成物。
[本発明1052]
クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される少なくとも8菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043〜1048のいずれかの組成物。
[本発明1053]
クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される少なくとも9菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043〜1048のいずれかの組成物。
[本発明1054]
クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される少なくとも10菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043〜1048のいずれかの組成物。
[本発明1055]
生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌の前記菌株が、
（i）クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシス、または
（ii）バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエ
からなる群より選択される、本発明1043〜1054のいずれかの組成物。
[本発明1056]
クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシスのそれぞれを含む生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043の組成物。
[本発明1057]
バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエのそれぞれを含む生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043の組成物。
[本発明1058]
クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツム、C. サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエのそれぞれを含む生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1043の組成物。
[本発明1059]
（i）以下:
クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシスからなる群より選択される参照菌株の操作的分類単位において存在する16S rDNA配列に対して少なくとも97％同一である16S rDNA配列を含む少なくとも1つの細菌菌株；または
バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエからなる群より選択される参照菌株の操作的分類単位において存在する16S rDNA配列に対して少なくとも97％同一である16S rDNA配列を含む少なくとも1つの細菌菌株
を含む、少なくとも4菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌であって、その必要性のある個体に投与されたときに食物アレルギーを処置または防止するのに十分な量で存在する、少なくとも4菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌、ならびに
（ii）薬学的に許容される担体
を含む、薬学的組成物。
[本発明1060]
40菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1061]
30菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1062]
20菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1063]
15菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1064]
11菌株以下の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1065]
少なくとも5菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1066]
少なくとも6菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1067]
少なくとも7菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1068]
少なくとも8菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1069]
少なくとも9菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1070]
少なくとも10菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1071]
11菌株の生存可能かつ嫌気性の培養可能な腸内細菌を含む、本発明1059の薬学的組成物。
[本発明1072]
前記微生物菌株が、大腸菌、クレブシエラ・ニューモニエ、プロテウス・ミラビリス、エンテロバクター・クロアカ、ビロフィラ・ワズウォルチア、アリスチペス・オンデルドンキイ、デスルホビブリオ属菌種、ラクトバチルス・ジョンソニイおよびパラスッテレラ・エクスクレメンチホミニスである種のどれも含まない、本発明1059〜1071のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1073]
前記微生物菌株が、ビロフィラ属、エンテロバクター属、大腸菌属、クレブシエラ属、プロテウス属、アリスチペス属、ブラウチア属、デスルホビブリオ属およびパラスッテレラ属の細菌を含まない、本発明1059〜1071のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1074]
前記微生物菌株が、デスルホビブリオ科、エンテロバクター科、リケネラ科およびスッテレラ科の細菌を含まない、本発明1059〜1071のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1075]
前記微生物菌株が、ラクトバチルス科またはエンテロバクター科の細菌を含まない、本発明1059〜1071のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1076]
前記微生物菌株が、ブルクホルデリア目、デスルホビブリオ目またはエンテロバクター目の細菌を含まない、本発明1059〜1071のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1077]
培養可能な種の微生物コンソーシアムと、薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物であって、以下：
（i）調節性T細胞（Treg）の発達を促進させる菌体外多糖、リポテイコ酸（LTA）、リポ多糖（LPS）または他の微生物アジュバント分子を発現する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（ii）発酵産物である酪酸および/またはプロピオン酸を炭水化物および他の炭素源の発酵により腸管内腔において産生する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（iii）胆汁酸変換の完全な補完を単独または組合せで行う、1つまたは複数の生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（iv）アリール炭化水素受容体（AhR）受容体経路を腸上皮細胞、抗原提示細胞および/またはT細胞において刺激して、調節性T細胞応答の発達を刺激することができる化合物を産生する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（v）有益な効果を腸管バリア機能に対しておよび/または調節性T細胞応答の発達に対して有するプレグナンX受容体を刺激することができる化合物を産生する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（vi）RORガンマ（RAR関連オーファン受容体ガンマ）経路を刺激して、直接的な刺激またはRPRガンマ活性化経路を介する調節性T細胞応答の発達を、調節性T細胞応答を結果的には刺激する腸管の抗原提示細胞および/または上皮細胞において刺激することができる化合物を産生する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（vii）腸管バリア機能および保護的な共生種によるコロニー形成を改善するムチン類および複合糖質の宿主産生を刺激する、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（viii）腸管内腔の環境を変化させて、食物抗原に対する健康に良くないアレルギー性T細胞応答の発達を促進させるディスバイオティック（dysbiotic）種の有害な活性を低下させる、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;
（ix）腸管内腔の環境を変化させて、上記効果のいずれかのための前記投与されたコンソーシアムの他のメンバーによる改善されたコロニー形成、および/または、患者の基礎となる微生物叢における現存する有益な種によるコロニー形成を促進させる、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物;ならびに
（x）上記の（i）〜（ix）の調製物における細菌菌株のコロニー形成または成長をインビボにおいて促進させる、生存可能かつ培養可能な嫌気性腸内細菌菌株の調製物
からなる群より選択される調製物のうちの少なくとも4つを含み、かつ
最大で40種の微生物種を含む、薬学的組成物。
[本発明1078]
最大で30種の微生物種を含む、本発明1077の薬学的組成物。
[本発明1079]
最大で20種の微生物種を含む、本発明1077の薬学的組成物。
[本発明1080]
最大で15種の微生物種を含む、本発明1077の薬学的組成物。
[本発明1081]
最大で11種の微生物種を含む、本発明1077の薬学的組成物。
[本発明1082]
前記調製物（i）〜（x）の少なくとも5つを含む、本発明1077〜1081のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1083]
前記調製物（i）〜（x）の少なくとも6つを含む、本発明1077〜1081のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1084]
前記調製物（i）〜（x）の少なくとも7つを含む、本発明1077〜1081のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1085]
前記調製物（i）〜（x）の少なくとも8つを含む、本発明1077〜1081のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1086]
前記調製物（i）〜（x）の少なくとも9つを含む、本発明1077〜1081のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1087]
前記調製物（i）〜（x）のそれぞれを含む、本発明1077〜1081のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1088]
調節性T細胞（Treg）の発達を促進させる菌体外多糖を発現する前記嫌気性腸内細菌菌株が、ユーバクテリウム・レクタレ、クロストリジウム・ラモスム、ブチロビブリオ・クロッサツス、ロセブリア・インテスチナリス、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒレモナエ、フンガテラ・ハタワイ、クロストリジウム・シンビオスム、フェカリバクテリウム・プラウスニッチイ、スブドリグラヌルム・バリアビレ、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・オバツス、パラバセトロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、パラバクテロイデス・ジスタソニスおよびプレボテラ・タンネラエからなる群より選択される、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1089]
発酵産物である酪酸、プロピオン酸および/またはコハク酸を炭水化物の発酵により内腔である腸管内腔において産生する前記嫌気性腸内細菌菌株が、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、クロストリジウム・サルジニエンシス、クロストリジウム・ヒラノンシス、フェカリバクテリウム・プラウスニッチイ、ブチロビブリオ属菌種、ユーバクテリウム・レクタレおよびロセブリア・インテスチナリスからなる群より選択される、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1090]
胆汁酸変換の完全な補完を単独または組合せで行う前記嫌気性腸内細菌菌株が、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・サルジニエンシスおよび/またはバクテロイデス属菌種である、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1091]
宿主アリール炭化水素受容体経路を刺激するのに十分であるアリール炭化水素受容体アゴニストを産生する前記嫌気性腸内細菌菌株が、トリプトファン、チロシンの合成、またはキノン分子の合成に関連する少なくとも1つの遺伝子を含む、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1092]
本発明1002に記載される調製物における細菌菌株のコロニー形成または成長を促進させる前記嫌気性腸内細菌菌株が、バクテロイデス・テタイオタオミクロンまたはバクテロイデス・フラギリスである、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1093]
有益な効果を腸管バリア機能に対しておよび/または調節性T細胞応答の発達に対して有するプレグナンX受容体を刺激することができる、摂取された前駆体を代謝することによってまたは内因的に化合物を産生する前記嫌気性腸内細菌菌株が、デスモラーゼおよび/またはヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼを発現する菌株である、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1094]
RORガンマ（RAR関連オーファン受容体ガンマ）経路を刺激して、調節性T細胞応答の発達を刺激することができる、摂取された前駆体を代謝することによってまたは内因的に化合物を産生する前記嫌気性消化細菌菌株が、ステロール化合物を代謝することができる少なくとも1つのコレステロールレダクターゼまたは別の酵素を発現する株である、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1095]
腸管バリア機能および保護的な共生種によるコロニー形成を改善する宿主のムチン類および複合糖質を刺激することができる前記嫌気性腸内細菌菌株が、バクテロイデス・テタイオタオミクロンまたはバクテロイデス・フラギリスである、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1096]
腸管内腔の環境を変化させて、食物抗原に対する病原性アレルギー性T細胞応答の発達に寄与するディスバイオティック種の有害な活性を低下させる前記嫌気性腸内細菌菌株（「例には、腸内細菌科またはデスルホノビブリオ科におけるディスバイオティック種のバイオマスを減少させる、かつ/あるいは、これらの種によって発現されるディスバイオティックな生化学的活性または微生物学的活性の完全な発現を妨げる、バクテロイデス属のコロニー形成から生じる腸内環境の変化が含まれる」）、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1097]
前記嫌気性腸内細菌菌株が腸管内腔の環境を変化させて、上記効果のいずれかのための前記投与されたコンソーシアムの他のメンバーによる改善されたコロニー形成、および/または、患者の基礎となる微生物叢における現存する有益な種によるコロニー形成を促進させる（「例には、腸内pHに、酸素分圧の低下に、または腸管内腔の還元電位を改善することに、ならびに、望ましいクロストリジウム綱菌種および他の非病原性共生種を含む他の種によるコロニー形成を改善するグリコシダーゼの分泌に影響を与えるためのバクテロイデス属菌種によるコロニー形成が含まれる」）、本発明1077〜1087のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1098]
前記薬学的に許容される担体が、前記最小の微生物コンソーシアムをカプセル封入する腸溶性被覆組成物を含む、本発明1043〜1097のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1099]
前記生存可能な細菌を小腸に送達するために配合される、本発明1043〜1097のいずれかの薬学的組成物。
[本発明1100]
前記腸溶性被覆組成物が、カプセル、ゲル、香錠、錠剤または丸剤の形態である、本発明1098の組成物。
[本発明1101]
生存可能な腸内細菌の前記菌株がヒト腸内細菌である、本発明1043〜1097のいずれかの組成物。
[本発明1102]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される、本発明1043〜1097のいずれかの組成物。
[本発明1103]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツム、C. サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエからなる群より選択される、本発明1043〜1097のいずれかの組成物。
[本発明1104]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、
（i）クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシス、または
（ii）バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエ
からなる群より選択される、本発明1043〜1097のいずれかの組成物。
[本発明1105]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、クロストリジウム・ラモサム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシスから本質的になる、本発明1043〜1097のいずれかの組成物。
[本発明1106]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエから本質的になる、本発明1043〜1097のいずれかの組成物。
[本発明1107]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエから本質的になる、本発明1043〜1097のいずれかの組成物。
[本発明1108]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、実質的に等しいバイオマスにおいて存在する、本発明1043〜1107のいずれかの組成物。
[本発明1109]
少なくとも1×109コロニー形成単位（CFU）の用量を送達するために配合される、本発明1043〜1107のいずれかの組成物。
[本発明1110]
1回の用量あたり30個未満のカプセルにおいて少なくとも1×109 CFUを送達するために配合される、本発明1043〜1107のいずれかの組成物。
[本発明1111]
貯蔵のために凍結される、本発明1043〜1107のいずれかの組成物。
[本発明1112]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が嫌気性条件のもとでカプセル封入される、本発明1043〜1107のいずれかの組成物。
[本発明1113]
嫌気性条件が以下の1つまたは複数を含む、本発明1112の組成物:
（i）酸素不透過性カプセル、
（ii）N-アセチルシステイン、システインまたはメチレンブルーを含む還元剤を前記組成物に加えること、あるいは
（iii）胞子形成する生物については胞子の使用。
[本発明1114]
前記腸溶性被覆が、ポリマー、ナノ粒子、脂肪酸、シェラックまたは植物繊維を含む、本発明1098の組成物。
[本発明1115]
プレバイオティック組成物をさらに含む、本発明1043〜1114のいずれかの組成物。
[本発明1116]
カプセル封入されている、再構成された凍結乾燥物である、食品である、あるいは、液状物、ゲル、流動ゲル、または液状物におけるナノ粒子として配合される、本発明1043〜1114のいずれかの組成物。
[本発明1117]
食物アレルギーの発症を対象において防止するための方法であって、本発明1001〜1116のいずれかの組成物を対象に投与し、それにより、食物アレルギーの発症を前記対象において防止することを含む、方法。
[本発明1118]
投与される前記少なくとも4菌株の腸内細菌が、クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される、本発明1117の方法。
[本発明1119]
投与される腸内細菌の前記菌株が、クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツム、C. サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエからなる群より選択される、本発明1117の方法。
[本発明1120]
投与される腸内細菌の前記菌株が、
（i）クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシス、または
（ii）バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエ
からなる群より選択される、本発明1117の方法。
[本発明1121]
前記組成物が、経口投与、浣腸、坐薬または経口胃チューブによって投与される、本発明1117の方法。
[本発明1122]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、選択された食物アレルゲンに対して寛容であることが既知の対象から単離および/または精製される、本発明1117の方法。
[本発明1123]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が嫌気性条件のもとで培養される、本発明1117の方法。
[本発明1124]
嫌気性条件が以下の1つまたは複数を含む、本発明1123の方法:
（i）酸素不透過性カプセル、
（ii）N-アセチルシステイン、システインまたはメチレンブルーを含む還元剤を前記組成物に加えること、あるいは
（iii）胞子形成する生物については胞子の使用。
[本発明1125]
投与される前記組成物が、プレバイオティック組成物をさらに含む、本発明1117の方法。
[本発明1126]
前記組成物が腸溶性被覆されている、本発明1117の方法。
[本発明1127]
施される前記処置が、Tregおよび他の粘膜T細胞集団のTH2プログラミングを妨げ、かつ/または逆行させる、本発明1117の方法。
[本発明1128]
前記対象がヒト対象である、本発明1117の方法。
[本発明1129]
前記対象を、食物アレルギーを発症する可能性が高いとして診断する工程をさらに含む、本発明1117の方法。
[本発明1130]
前記対象からの便サンプルを前記最小の微生物コンソーシアムにおける前記細菌の存在および/またはレベルについて試験する工程をさらに含む、本発明1117の方法。
[本発明1131]
前記食物アレルギーが、ダイズ、コムギ、卵、乳製品、ピーナッツ、堅果、甲殻類、魚類、キノコ、核果および他の果実に対するアレルギーを含む、本発明1117の方法。
[本発明1132]
前記組成物が、潜在的な食物アレルゲンに対する最初の曝露の前に投与される、本発明1117の方法。
[本発明1133]
前記組成物がアトピー症状の臨床徴候の際に投与される、本発明1117の方法。
[本発明1134]
前記組成物が、診断された食物アレルギーを有する個体に投与される、本発明1117の方法。
[本発明1135]
前記対象が抗生物質による前処置を受ける、本発明1117の方法。
[本発明1136]
食物抗原に対する対象の免疫反応を軽減するためのまたは排除するための方法であって、本発明1001〜1116のいずれかの組成物を対象に投与し、それにより、食物アレルゲンに対する対象の免疫反応を軽減することまたは排除することを含む、方法。
[本発明1137]
投与される細菌の前記菌株が、クロストリジウム・ラモスム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ヒラノンシス、クロストリジウム・ビフェルメンタンス、クロストリジウム・レプツム、クロストリジウム・サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、バクテロイデス・オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、プレボテラ・タンネラエ、クロストリジウム・ハテワイ、クロストリジウム・ネキシレ、クロストリジウム・ヒレモナエ、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム、クロストリジウム・シンデンス、クロストリジウム・ラバレンス、クロストリジウム・フィメタリウム、クロストリジウム・シンビオスム、クロストリジウム・スポロスフェロイデス、ジアリスター・プロプリオニクファセインス、ジアリスター・スクシナチフィルス、パラバクテロイデス・ジスタソニス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ、パラバクテロイデス・メルダエ、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、スブドリグラヌルム・バリアビレおよびベイロネラ・ラッチからなる群より選択される、本発明1136の方法。
[本発明1138]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツム、C. サルジニエンシス、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエからなる群より選択される、本発明1136の方法。
[本発明1139]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、
（i）クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシス、または
（ii）バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエ
からなる群より選択される、本発明1136の方法。
[本発明1140]
前記組成物が、経口投与、浣腸、坐剤または経口胃チューブによって投与される、本発明1136の方法。
[本発明1141]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が、選択された食物アレルゲンに対して寛容であることが既知の対象から単離および/または精製される、本発明1136の方法。
[本発明1142]
生存可能な腸内細菌の前記菌株が嫌気性条件のもとで培養および/または維持される、本発明1136の方法。
[本発明1143]
嫌気性条件が以下の1つまたは複数を含む、本発明1142の方法:
（i）酸素不透過性カプセル、
（ii）N-アセチルシステイン、システイン、メチレンブルーもしくは還元性因子を前記組成物に加えること、または
（iii）胞子形成する生物については胞子の使用。
[本発明1144]
投与される前記組成物が、プレバイオティック組成物をさらに含む、本発明1136の方法。
[本発明1145]
前記組成物が腸溶性被覆されている、本発明1136の方法。
[本発明1146]
前記処置がTregのTH2プログラミングを妨げ、かつ/または逆行させる、本発明1136の方法。
[本発明1147]
前記対象がヒト対象である、本発明1136の方法。
[本発明1148]
IgE媒介食物アレルギーを有するとして前記対象を診断する工程をさらに含む、本発明1136の方法。
[本発明1149]
前記対象からの便サンプルを前記最小の微生物コンソーシアムにおける前記細菌の存在および/またはレベルについて試験する工程をさらに含む、本発明1136の方法。
[本発明1150]
前記食物アレルギーが、ダイズ、コムギ、卵、乳製品、ピーナッツ、堅果、甲殻類、魚類、キノコ、核果または他の果実に対するアレルギーを含む、本発明1136の方法。
[本発明1151]
前記組成物が、潜在的な食物アレルゲンに対する最初の曝露および/または反応の後に投与される、本発明1136の方法。
[本発明1152]
前記投与された組成物における前記微生物のそれぞれのバイオマスが、参照物に対する前記微生物のそれぞれのバイオマスよりも大きい、本発明1136の方法。
[本発明1153]
前記対象が抗生物質による前処置を受ける、本発明1136の方法。
[本発明1154]
前記対象が24時間以下の絶食期間による前処置を受ける、本発明1136の方法。
[本発明1155]
対象のミクロビオームをモニターする方法であって、
対象から得られる生物学的サンプルにおける最小の微生物コンソーシアムの少なくとも1つのメンバーの存在および/またはバイオマスを明らかにする工程を含み、
前記少なくとも1つのメンバーが存在しないか、または、前記少なくとも1つのメンバーの前記バイオマスが参照物に比べて少ないならば、前記対象が、本発明1001〜1116のいずれかの組成物により処置される、方法。
[本発明1156]
前記少なくとも1つのメンバーが存在しないとき、前記少なくとも1つのメンバーの前記バイオマスが参照物に比べて少ないとき、または、ディスバイオティック種の少なくとも1つのメンバーが存在するかもしくは参照物に比べて増大しているとき、対象は食物アレルゲンに対する免疫応答を有するであろうと予測する工程をさらに含む、本発明1155の方法。
[本発明1157]
少なくともさらに1回繰り返される、本発明1155の方法。
[本発明1158]
前記生物学的サンプルが便サンプルである、本発明1155の方法。
[本発明1159]
（a）4菌株〜6菌株の生存可能な腸内細菌から本質的になる第1の微生物コンソーシアムであり、生存可能な腸内細菌の前記菌株が、クロストリジウム・ラモスム、C. シンデンス、C. ヒラノンシス、C. ビフェルメンタンス、C. レプツムおよびC. サルジニエンシスからなる群より選択される、第1の微生物コンソーシアムと
（b）4菌株〜5菌株の生存可能な腸内細菌から本質的になる第2の微生物コンソーシアムであり、生存可能な腸内細菌の前記菌株が、バクテロイデス・フラギリス、B. テタイオタオミクロン、B. オバツス、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイおよびプレボテラ・タンネラエからなる群より選択される、第2の微生物コンソーシアムと
を含む、相乗的な微生物組成物であって、
前記第2の微生物コンソーシアムの1つまたは複数のメンバーが哺乳動物宿主における前記第1の微生物コンソーシアムの1つまたは複数のメンバーのコロニー形成および/または持続性を増大させる、相乗的な微生物組成物。