【手続補正書】
【提出日】令和1年10月15日(2019.10.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
サンプルの標的核酸分子を検出する方法であって、
（ａ）サンプルを反応液とインキュベートするステップであり、ここで前記反応液が、
（ｉ）複数のＤＮＡポリメラーゼ分子、
（ｉｉ）複数の検出器核酸分子であって、各検出器核酸分子が標的核酸分子の第２の核酸配列に相補的な第１の核酸配列および前記ＤＮＡポリメラーゼ分子に特異的に結合するアプタマーを含む、複数の検出器核酸分子、および、
（ｉｉｉ）複数のレポーター分子であって、各レポーター分子が第３の核酸配列、前記レポーター分子の前記第３の核酸配列に結合したプライマー分子、および前記レポーター分子の前記第３の核酸配列に結合したフルオロフォアを含む、複数のレポーター分子を含み、
前記複数の検出器核酸分子の各検出器核酸分子は、１つ以上の対応する標的核酸分子とハイブリダイズするように構成されており、
各ハイブリダイズした検出器核酸分子は、前記ＤＮＡポリメラーゼ分子が不活性化されるように１つ以上の前記ＤＮＡポリメラーゼ分子に結合するように構成されている、ステップ、
（ｂ）励起光を前記サンプルに向けて前記フルオロフォアによる蛍光を誘導するステップ、
（ｃ）前記蛍光の異方性のレベルを測定するステップ、および、
（ｄ）前記蛍光の異方性のレベルに基づいて、前記サンプルの前記標的核酸分子の存在または非存在を判定するステップを含む、方法。
【請求項２】
前記複数のレポーター分子の各レポーター分子について、前記複数のＤＮＡポリメラーゼ分子は、前記レポーター分子から前記フルオロフォアを切断するように構成され、
ＤＮＡポリメラーゼ分子を不活性化することにより、前記フルオロフォアの前記レポーター分子からの切断が阻害される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
励起光を前記サンプルに向けるステップが、偏光を前記サンプルに向けるステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記蛍光の異方性のレベルを測定するステップは、
第１の偏光を有する蛍光を検出するステップと、
前記第１の偏光とは異なる第２の偏光を有する蛍光を検出するステップと、
前記第１の偏光を有する前記検出された蛍光および前記第２の偏光を有する前記検出された蛍光に基づいて、前記蛍光の異方性のレベルを判定するステップとを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記サンプルの前記標的核酸分子の存在または非存在を判定するステップは、
前記測定された異方性のレベルが閾値以上であると判定するステップ、および、
前記測定された異方性のレベルが前記閾値以上であると判定するステップに応答して、前記標的核酸分子が前記サンプルに存在すると判定するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記サンプルの前記標的核酸分子の存在または非存在を判定するステップは、
前記測定された異方性のレベルが閾値未満であると判定するステップ、および、
前記測定された異方性のレベルが前記閾値未満であると判定するステップに応答して、前記標的核酸分子が前記サンプルに非存在であると判定するステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記標的核酸分子がリボ核酸（ＲＮＡ）分子である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記測定された異方性のレベルに基づいて、前記サンプルの細菌の存在を判定するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記測定された異方性のレベルに基づいて、前記サンプルの２つ以上のタイプの細菌を区別するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記測定された異方性のレベルに基づいて癌の徴候を検出するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
（ａ）前記サンプルを第２の反応液とインキュベートするステップであり、ここで前記反応液が、
（ｉ）複数の第２のＤＮＡポリメラーゼ分子、
（ｉｉ）複数の第２の検出器核酸分子であって、各第２の検出器核酸分子が第２の標的核酸分子の第５の核酸配列に相補的な第４の核酸配列および前記第２のＤＮＡポリメラーゼ分子に特異的に結合する第２のアプタマーを含む、複数の第２の検出器核酸分子、および、
（ｉｉｉ）複数の第２のレポーター分子であって、各第２のレポーター分子が第７の核酸配列、前記第２のレポーター分子の前記第７の核酸配列に結合した第２のプライマー分子、および前記第７のレポーター分子の前記第７の核酸配列に結合した第２のフルオロフォアを含む、複数の第２のレポーター分子を含み、
前記複数の第２の検出器核酸分子の各第２の検出器核酸分子は、１つ以上の対応する第２の標的核酸分子とハイブリダイズするように構成されており、
各ハイブリダイズした第２の検出器核酸分子は、前記第２のＤＮＡポリメラーゼ分子が不活性化されるように１つ以上の前記第２のＤＮＡポリメラーゼ分子に結合するように構成されている、ステップ、
（ｂ）第２の励起光を前記サンプルに向けて前記第２のフルオロフォアによる第２の蛍光を誘導するステップ、
（ｃ）前記第２の蛍光の異方性のレベルを測定するステップ、および、
（ｄ）前記第２の蛍光の異方性のレベルに基づいて、前記サンプルの前記第２の標的核酸分子の存在または非存在を判定するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
サンプルの標的核酸分子を検出するためのシステムであって、
１つ以上のコンピュータプロセッサ、および、
前記１つ以上のコンピュータプロセッサに通信可能に連結された１つ以上の測定アセンブリであって、各測定アセンブリが、
サンプルを受け入れるように構成された検出領域と、
前記１つ以上のコンピュータプロセッサによって構成および制御されて、励起光を前記検出領域内の前記サンプルに向けるライトアセンブリと、
第１の光検出器アセンブリと、
第２の光検出器アセンブリであって、前記第１および第２の光検出器アセンブリは、前記１つ以上のコンピュータプロセッサによって構成および制御され、前記検出領域の前記サンプルから放出される蛍光の異方性のレベルを測定する、第２の光検出器アセンブリとを含む１つ以上の測定アセンブリを含み、
前記１つ以上のコンピュータプロセッサは、前記蛍光の異方性のレベルに基づいて、前記サンプルの前記標的核酸分子の存在または非存在を判定するように構成される、システム。
【請求項１３】
前記ライトアセンブリは、光源と、前記光源と前記検出領域との間に配置された第１の偏光子とを含む、請求項１２に記載のシステム。
【請求項１４】
前記第１の光検出器アセンブリは、第１のフォトダイオードと、前記第１のフォトダイオードと前記検出領域との間に配置された第２の偏光子とを含む、請求項１３に記載のシステム。
【請求項１５】
前記第２の光検出器アセンブリは、第２のフォトダイオードと、前記第２のフォトダイオードと前記検出領域との間に配置された第３の偏光子とを含み、前記第２の偏光子の偏光が前記第３の偏光子の偏光とは異なる、請求項１４に記載のシステム。
【請求項１６】
前記１つ以上のコンピュータプロセッサがハウジングに封入され、前記１つ以上の測定アセンブリが、通信インターフェースを介して前記ハウジングに可逆的に取り付け可能である、請求項１２に記載のシステム。
【請求項１７】
前記システムは、複数の測定アセンブリを含む、請求項１２に記載のシステム。
【請求項１８】
加熱アセンブリをさらに備え、前記加熱アセンブリは、前記システムの動作中に、前記１つ以上の測定アセンブリのそれぞれの前記検出領域に熱を加えるように構成される、請求項１３に記載のシステム。
【請求項１９】
前記システムの外部の計算装置からデータを送信し、および／またはデータを受信するように構成された無線トランシーバをさらに備える、請求項１２に記載のシステム。
【請求項２０】
前記コンピュータ装置は、スマートフォンまたはタブレットコンピュータである、請求項１９に記載のシステム。
【請求項２１】
前記ライトアセンブリは、前記１つ以上のコンピュータプロセッサによって構成および制御されて、
前記検出領域の前記サンプルに第１の波長を有する励起光を向け、
第２の波長を有する励起光を前記検出領域の前記サンプルに向け、前記第１の波長は前記第２の波長とは異なる、請求項１２に記載のシステム。
【請求項２２】
前記ライトアセンブリは、前記１つ以上のコンピュータプロセッサによって構成および制御されて、交互に、前記検出領域の前記サンプルに前記第１の波長を有する励起光を向け、前記第２の波長を有する励起光を、ある期間、前記検出領域の前記サンプルに向ける、請求項２１に記載のシステム。
【請求項２３】
サンプルを封入するように構成された第１の区画と、
反応液を封入するように構成された第２の区画と、
前記第１の区画と前記第２の区画との間に配置された隔壁と、
前記第２の区画内に封入された前記反応液が前記第１の区画の前記サンプルと混合するように、加えられた力に応答して前記隔壁を穿刺するように構成されたプランジャとを含む、サンプル調製装置。
【請求項２４】
前記プランジャは、
前記サンプル調製装置の長手方向軸に沿って前記第２の区画の少なくとも一部を通って延びるシャフトと、
前記シャフトに機械的に連結されたフランジであって、前記第２の区画の外部にあるフランジとを含む、請求項２３に記載のサンプル調製装置。
【請求項２５】
前記プランジャは、前記力が前記フランジに加えられたときに前記シャフトを使用して前記隔壁を穿刺するように構成されている、請求項２４に記載のサンプル調製装置。
【請求項２６】
請求項１に記載のシステムと、請求項２３に記載の前記サンプル調製装置とを含む、キット。
【請求項２７】
ポリメラーゼ分子、フルオロフォアを含む受容体分子、および標的核酸の存在下で、前記ポリメラーゼ分子が前記フルオロフォアを切断するのを阻害するように構成された検出器分子を含むサンプルを提供するステップ、および、
前記サンプルからの蛍光異方性のレベルを検出して、前記サンプルの前記標的核酸の非存在または存在を判定するステップを含む、方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４８
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４８】
測定アセンブリ２５０は、ＤＡＣ２０４からアナログ搬送波信号を受信し、アナログ搬送波信号を増幅し、増幅された搬送波信号を照明アセンブリ２０８（例えば、１つ以上の発光ダイオード（ＬＥＤ）を含むアセンブリ）を供給するドライバ２０６を含む。照明アセンブリ２０８は、増幅された搬送波信号に応答して点灯し、搬送波信号に従って、時間において変化する励起光を生成する。励起光は、サンプル２１０（例えば、対象由来の生物学的サンプルを含む、検出器核酸分子およびレポーター分子を有する反応液と共にインキュベートされたサンプル）に向けられる。誘導された蛍光の強度は、光検出器アセンブリ２１２（例えば、１つ以上の光検出器（ＰＤ）を含むアセンブリ）を使用して測定される。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５３】
サンプルから放出された蛍光は、光検出器アセンブリ２１２によって測定される。この例では、サンプルの両側に２つの別個の光検出器アセンブリが設けられている。各光検出器アセンブリ２１２は、直線偏光子３１２と、フィルタ３１４と、レンズ３１６と、フォトダイオード３１８とを含む。レンズ３１６は、（蛍光に関連しない光の波長を減衰および／または除去するために）サンプル領域３０８からフィルタ３１４を経て、また直線偏光子３１２を通ってフォトダイオード３１８へと蛍光の焦点を合わせる。各直線偏光子３１２の偏光は異なる（例えば、１つの直線偏光子３１２の偏光は別の直線偏光子３１２の偏光に直交することができる）。したがって、各フォトダイオード３１８は、サンプル領域３０８の蛍光強度の異なる方向成分を測定する。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７３】
２つの異なるセットの検出器核酸分子、レポーター分子、およびＤＮＡポリメラーゼ分子の使用が上記に記載されているが、これは単なる例示である。場合によっては、３つ以上のセットの検出器核酸分子、レポーター分子、およびＤＮＡポリメラーゼ分子を用いて、３つ以上の異なる標的核酸分子を検出することができる。同様に、機器は、異なるタイプのフルオロフォアが選択的に励起でき、それらの蛍光異方性が観察できるように、任意の数の異なる波長に応じて励起光を生成するように構成された光アセンブリを含むことができる。