【手続補正書】
【提出日】令和1年7月22日(2019.7.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
融合遺伝子の切断点断片を含む無細胞核酸分子を含有するかまたは前記融合遺伝子の前記切断点断片を含む無細胞核酸分子を含有することが疑われる生物学的試料から、融合遺伝子の切断点断片を捕捉するための方法であって、
（ａ）前記生物学的試料を、１つまたは複数のロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドを含むポリヌクレオチドプローブと、
ｉ．前記ポリヌクレオチドプローブと前記切断点断片との間のハイブリダイゼーションを可能にして、混合物中にプローブ捕捉ポリヌクレオチドを提供するのに十分な条件であって、前記ポリヌクレオチドプローブが、前記切断点断片との配列相補性を有し；前記配列相補性を有し、かつ未改変ヌクレオチドのみを含有するポリヌクレオチドより大きい、前記融合遺伝子に対する親和性を有する、条件、および
ｉｉ．前記混合物からの前記プローブ捕捉ポリヌクレオチドの濃縮または単離を可能にするのに十分な条件であって、前記ポリヌクレオチドプローブが、前記切断点断片との配列相補性を有する、条件下で接触させるステップと
（ｂ）前記プローブ捕捉ポリヌクレオチドを溶出して、前記プローブから前記捕捉ポリヌクレオチドを単離するステップと、
（ｃ）前記溶出したポリヌクレオチドを直接配列決定するか、または前記溶出したポリヌクレオチドを使用して、配列決定ライブラリーを生成するステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記ポリヌクレオチドプローブが、複数のＬＮＡヌクレオチドを含み、前記ＬＮＡヌクレオチドのうちの少なくとも２つが、３０ヌクレオチド以下の間隔を置いている、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＬＮＡヌクレオチドのうちの前記少なくとも２つが、１５ヌクレオチド以下の間隔を置いている、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ポリヌクレオチドプローブの内の少なくとも９０％、少なくとも７０％、少なくとも５０％、少なくとも２０％、少なくとも１０％、少なくとも５％、または少なくとも１％のヌクレオチドがＬＮＡヌクレオチドである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチドプローブが、未改変ヌクレオチドのみを含有する同じ配列のポリヌクレオチドと比較して、少なくとも１℃、２℃、３℃、４℃、５℃、１０℃、１５℃または２０℃高い、ハイブリダイゼーション反応における融解温度を有する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチドプローブが、がん融合遺伝子にハイブリダイズするように構成されている、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記がん融合遺伝子が、図２Ａ〜図２Ｂに存在するか、または図３から選択される２またはそれより多くの遺伝子間の融合遺伝子である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ポリヌクレオチドプローブが、前記融合遺伝子の切断点から５００ヌクレオチド以内の配列に対して配列相補性を有する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記ポリヌクレオチドプローブが、前記融合遺伝子の切断点の両側のいずれかの配列の一部に対して配列相補性を有する、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチドプローブが、最大約５００ヌクレオチドの長さ、最大約４５０ヌクレオチドの長さ、最大約４２５ヌクレオチドの長さ、最大約４００ヌクレオチドの長さ、最大約３７５ヌクレオチドの長さ、最大約３５０ヌクレオチドの長さ、最大約３２５ヌクレオチドの長さ、最大約３００ヌクレオチドの長さ、最大約２７５ヌクレオチドの長さ、最大約２５０ヌクレオチドの長さ、最大約２２５ヌクレオチドの長さ、最大約２００ヌクレオチドの長さ、最大約１８０ヌクレオチドの長さ、最大約１６０ヌクレオチドの長さ、最大約１４０ヌクレオチドの長さ、最大約１２０ヌクレオチドの長さ、最大約１００ヌクレオチドの長さ、最大約８０ヌクレオチドの長さ、最大約６０ヌクレオチドの長さ、最大約４０ヌクレオチドの長さ、または最大約２０ヌクレオチドの長さである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記生物学的試料が、血液、血清、血漿、硝子体、痰、尿、涙液、汗、唾液、精液、粘膜排泄物、粘液、脊髄液、羊水、またはリンパ液である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記無細胞核酸分子が、最大５００ヌクレオチドの長さ、最大４００ヌクレオチドの長さ、最大３００ヌクレオチドの長さ、最大２５０ヌクレオチドの長さ、最大２２５ヌクレオチドの長さ、最大２００ヌクレオチドの長さ、最大１９０ヌクレオチドの長さ、最大１８０ヌクレオチドの長さ、最大１７０ヌクレオチドの長さ、最大１６０ヌクレオチドの長さ、最大１５０ヌクレオチドの長さ、最大１４０ヌクレオチドの長さ、最大１３０ヌクレオチドの長さ、最大１２０ヌクレオチドの長さ、最大１１０ヌクレオチドの長さ、または最大１００ヌクレオチドの長さである、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００４２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００４２】
本開示の別の態様は、１つまたは複数のコンピュータプロセッサ、およびそれらにカップリングされた非一時的なコンピュータ可読媒体を含むシステムを提供する。非一時的なコンピュータ可読媒体が、１つまたは複数のコンピュータプロセッサにより実行されると、上記または本明細書の他の箇所の方法のうちのいずれかを実行する、機械により実行可能なコードを含む。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
がんを有するかまたはがんを有することが疑われる対象に診断または治療の介入を提供するための方法であって、
（ａ）対象からの無細胞核酸分子を含む生物学的試料を提供するステップと、
（ｂ）プローブ捕捉ポリヌクレオチドを生成するのに十分なハイブリダイゼーション条件下で、前記生物学的試料からの前記無細胞核酸分子をプローブセットと接触させるステップであって、前記プローブセットが複数のポリヌクレオチドプローブを含み、前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、（ｉ）融合遺伝子との配列相補性、および（ｉｉ）前記融合遺伝子と相補的な配列を有し、かつ未改変ヌクレオチドのみを含有するポリヌクレオチドより大きい、前記融合遺伝子に対する親和性を有する、ステップと、
（ｃ）混合物から前記プローブ捕捉ポリヌクレオチドを単離して、前記融合遺伝子の切断点断片を含む単離ポリヌクレオチドが濃縮された試料を生成するステップと、
（ｄ）前記単離ポリヌクレオチドを配列決定して、配列を生成するステップと、
（ｅ）前記配列に基づいて、融合遺伝子の切断点を含むポリヌクレオチドを検出するステップと、
（ｆ）切断点断片の前記検出に基づいて、前記診断または治療の介入を提供するステップと
を含む方法。
（項目２）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、１つまたは複数のロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、複数のＬＮＡヌクレオチドを含み、前記ＬＮＡヌクレオチドのうちの少なくとも２つが、３０ヌクレオチド以下の間隔を置いている、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記ＬＮＡヌクレオチドのうちの前記少なくとも２つが、１５ヌクレオチド以下の間隔を置いている、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記複数のポリヌクレオチドプローブの少なくともサブセットのそれぞれのヌクレオチドのうちの少なくとも５０％が、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドである、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記複数のポリヌクレオチドプローブの少なくともサブセットのそれぞれのヌクレオチドのうちの少なくとも７５％が、ロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドである、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、前記融合遺伝子と相補的な配列を有し、かつ未改変ヌクレオチドのみを含有する前記ポリヌクレオチドよりも少なくとも約１℃高い融解温度を有する、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記融解温度が、少なくとも約１０℃より高い、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、前記融合遺伝子と相補的な配列を有し、かつ未改変ヌクレオチドのみを含有する前記ポリヌクレオチドよりも少なくとも約２％高い融解温度を有する、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記融解温度が、少なくとも約１０％より高い、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記融合遺伝子が、がん融合遺伝子である、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、図２Ａ〜図２Ｂの融合遺伝子の対の遺伝子または図３から選択される２つもしくはそれよりも多くの遺伝子間の融合遺伝子との配列相補性を有する、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、前記融合遺伝子の切断点から５００ヌクレオチド以下で離れた切断点領域との配列相補性を有する、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、前記融合遺伝子中の切断点にわたる配列との配列相補性を有する、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、約５００ヌクレオチド未満の長さを有する、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、約２０〜約２００ヌクレオチドの間の長さを有する、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、約８０〜約１６０ヌクレオチドの間の長さを有する、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記切断点断片のそれぞれが、約１４０〜１８０ヌクレオチドの間の長さを有する、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記複数のポリヌクレオチドプローブが、固体支持体にカップリングされている、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記プローブセットが、１つまたは複数の天然のポリヌクレオチドプローブを含む、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記複数のポリヌクレオチドプローブが、前記融合遺伝子中に含まれる核酸配列の切断点領域にハイブリダイズする少なくとも１つのポリヌクレオチドプローブ、および前記融合遺伝子中に含まれる前記核酸配列の非切断点領域にハイブリダイズする少なくとも１つの天然のポリヌクレオチドプローブを含む、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、前記融合遺伝子中に含まれる核酸配列の切断点領域の少なくとも５０％のカバレッジを提供する、項目１に記載の方法。
（項目２３）
ステップ（ｄ）が、前記単離ポリヌクレオチドに、明確に異なるバーコード配列を有するバーコードを含むタグを付着させ、タグ付き親ポリヌクレオチドを作り出すことを含む、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記タグ付き親ポリヌクレオチドを増幅して、タグ付き子孫ポリヌクレオチドを生成するステップをさらに含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
（ｉ）前記タグ付き子孫ポリヌクレオチドを配列決定して、配列リードを生成するステップであって、各配列リードが、バーコード配列と、前記単離ポリヌクレオチドのうちの所与の１つから誘導された配列とを含む、ステップと、（ｉｉ）少なくとも前記バーコード配列に基づいて、前記配列リードをファミリーにグループ分けするステップとをさらに含む、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
各ファミリー内にグループ分けされた前記配列リードを比較して、各ファミリーについてのコンセンサス配列を決定するステップであって、前記コンセンサス配列のそれぞれが、前記タグ付き親ポリヌクレオチド間で固有なポリヌクレオチドに対応する、ステップをさらに含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
融合遺伝子の切断点断片を捕捉するための方法であって、
（ａ）前記融合遺伝子の前記切断点断片を含む無細胞核酸分子を含有するかまたは前記融合遺伝子の前記切断点断片を含む無細胞核酸分子を含有することが疑われる生物学的試料を提供するステップと、
（ｂ）前記生物学的試料を、ポリヌクレオチドプローブと、
ｉ．前記ポリヌクレオチドプローブと前記切断点断片との間のハイブリダイゼーションを可能にして、混合物中にプローブ捕捉ポリヌクレオチドを提供するのに十分な条件であって、前記ポリヌクレオチドプローブが、前記切断点断片との配列相補性を有し；前記融合遺伝子と相補的な配列を有し、かつ未改変ヌクレオチドのみを含有するポリヌクレオチドより大きい、前記融合遺伝子に対する親和性を有する、条件、および
ｉｉ．前記混合物からの前記プローブ捕捉ポリヌクレオチドの濃縮または単離を可能にするのに十分な条件であって、前記ポリヌクレオチドプローブが、前記切断点断片との配列相補性を有する、条件下で接触させるステップと
を含む方法。
（項目２８）
前記ポリヌクレオチドプローブが、１つまたは複数のロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドを含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記ポリヌクレオチドプローブが、複数のＬＮＡヌクレオチドを含み、前記ＬＮＡヌクレオチドのうちの少なくとも２つが、３０ヌクレオチド以下の間隔を置いている、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記ＬＮＡヌクレオチドのうちの前記少なくとも２つが、１５ヌクレオチド以下の間隔を置いている、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
複数のポリヌクレオチドプローブを含むプローブセットであって、前記ポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、（ｉ）無細胞核酸分子の一部としての融合遺伝子との配列相補性、および（ｉｉ）前記融合遺伝子と相補的な配列を有し、かつ未改変ヌクレオチドのみを含有するポリヌクレオチドより大きい、前記融合遺伝子に対する親和性を有する、プローブセット。
（項目３２）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、１つまたは複数のロックド核酸ヌクレオチドを含む、項目３１に記載のプローブセット。
（項目３３）
１つまたは複数の天然のポリヌクレオチドプローブをさらに含む、項目３１に記載のプローブセット。
（項目３４）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、前記融合遺伝子中に含まれる核酸配列の切断点領域にハイブリダイズする少なくとも１つのポリヌクレオチドプローブ、および前記融合遺伝子中に含まれる前記核酸配列の非切断点領域にハイブリダイズする少なくとも１つの天然のポリヌクレオチドプローブを含む、項目３１に記載のプローブセット。
（項目３５）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、前記融合遺伝子中に含まれる核酸配列の切断点領域の少なくとも５０％のカバレッジを提供する、項目３１に記載のプローブセット。
（項目３６）
前記複数のポリヌクレオチドプローブが、前記融合遺伝子中の異なる遺伝子の一方または両方の部分にハイブリダイズする、項目３１に記載のプローブセット。
（項目３７）
固体支持体をさらに含み、前記複数のポリヌクレオチドプローブが、前記固体支持体にカップリングされている、項目３１に記載のプローブセット。
（項目３８）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、前記融合遺伝子と相補的な配列を有し、かつ未改変ヌクレオチドのみを含有する前記ポリヌクレオチドよりも少なくとも約１℃高い融解温度を有する、項目３１に記載のプローブセット。
（項目３９）
前記融解温度が、少なくとも約１０℃より高い、項目３８に記載のプローブセット。
（項目４０）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、前記融合遺伝子と相補的な配列を有し、かつ未改変ヌクレオチドのみを含有する前記ポリヌクレオチドよりも少なくとも約２％高い融解温度を有する、項目３１に記載のプローブセット。
（項目４１）
前記融解温度が、少なくとも約１０％より高い、項目４０に記載のプローブセット。
（項目４２）
前記融合遺伝子が、がん融合遺伝子である、項目３１に記載のプローブセット。
（項目４３）
前記複数のポリヌクレオチドプローブのそれぞれが、図２Ａ〜図２Ｂの融合遺伝子の対の遺伝子または図３から選択される２つもしくはそれよりも多くの遺伝子間の融合遺伝子との配列相補性を有する、項目３１に記載のプローブセット。
（項目４４）
無細胞核酸分子中の融合遺伝子と関連がある核酸配列に特異的にハイブリダイズするように構成されている配列を含む、高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目４５）
融合遺伝子に特異的にハイブリダイズするように構成されている、高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目４６）
１つまたは複数のロックド核酸ヌクレオチドを含む、項目４５に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目４７）
天然のヌクレオチドのみを含む、同じ配列を有するポリヌクレオチドよりも少なくとも１℃高い融解温度を有する、項目４５に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目４８）
天然のヌクレオチドのみを含む、同じ配列を有するポリヌクレオチドよりも少なくとも２％高い融解温度を有する、項目４５に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目４９）
がん融合遺伝子に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目４５に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目５０）
図２Ａ〜図２Ｂの融合遺伝子の対の遺伝子または図３から選択される２つもしくはそれよりも多くの遺伝子間の融合遺伝子に特異的にハイブリダイズするように構成されている、項目４５に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目５１）
前記融合遺伝子の切断点から５００ヌクレオチド以下で離れた切断点領域内でハイブリダイズするように構成されている、項目４５に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目５２）
前記融合遺伝子中の切断点にわたりハイブリダイズするように構成されている、項目４５に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目５３）
約５００ヌクレオチド未満の長さを有する、項目４５に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目５４）
複数のロックド核酸（ＬＮＡ）ヌクレオチドをさらに含み、前記ＬＮＡヌクレオチドのうちの少なくとも２つが、３０ヌクレオチド以下の間隔を置いている、項目４６に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目５５）
前記ポリヌクレオチド中の前記ヌクレオチドのうちの少なくとも１％が、ロックド核酸ヌクレオチドである、項目４６に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目５６）
前記融合遺伝子のヌクレオチド配列に完全または実質的に相補的なヌクレオチド配列を有する、項目４５に記載の高い親和性のポリヌクレオチド。
（項目５７）
融合遺伝子に特異的にハイブリダイズするように構成されている、高い親和性のポリヌクレオチドを含む、高い親和性のポリヌクレオチドプローブ。
（項目５８）
前記高い親和性のポリヌクレオチドが、１つまたは複数のロックド核酸ヌクレオチドを含む、項目５７に記載のプローブ。
（項目５９）
検出可能な標識、結合性部分または固体支持体から選択される機能性をさらに含む、項目５７に記載のプローブ。
（項目６０）
前記高い親和性のポリヌクレオチドが、融合遺伝子の切断点断片にハイブリダイズするように構成されている、項目５７に記載のプローブ。
（項目６１）
前記切断点断片が、約１４０〜約１８０ヌクレオチドの間の長さを有する、項目６０に記載のプローブ。
（項目６２）
前記切断点断片が、無細胞ＤＮＡまたはゲノムＤＮＡである、項目６０に記載のプローブ。
（項目６３）
前記高い親和性のポリヌクレオチドが、固体支持体に結合している、項目５７に記載のプローブ。
（項目６４）
複数のポリヌクレオチドプローブを含むプローブセットであって、各プローブが、融合遺伝子に特異的にハイブリダイズするように構成されており、１つまたは複数の高い親和性のポリヌクレオチドプローブを含む、プローブセット。
（項目６５）
前記高い親和性のポリヌクレオチドが、１つまたは複数のロックド核酸ヌクレオチドを含む、項目６４に記載のプローブセット。
（項目６６）
１つまたは複数の天然のポリヌクレオチドプローブを含む、項目６４に記載のプローブセット。
（項目６７）
前記融合遺伝子に関与する遺伝子の切断点領域に特異的にハイブリダイズする、少なくとも１つの高い親和性のポリヌクレオチドプローブ、および前記融合遺伝子に関与する前記遺伝子の非切断点領域にハイブリダイズする、少なくとも１つの天然のポリヌクレオチドプローブをさらに含む、項目６４に記載のプローブセット。
（項目６８）
前記プローブセット中の前記１つまたは複数の高い親和性のポリヌクレオチドプローブが、前記融合遺伝子に関与する遺伝子の切断点領域の少なくとも５０％（少なくとも０．５×〜５×）のカバレッジを提供する、項目６４に記載のプローブセット。
（項目６９）
前記ポリヌクレオチドプローブが、前記融合遺伝子中の異なる遺伝子の一方または両方の部分にハイブリダイズする、項目６４に記載のプローブセット。
（項目７０）
オリゴヌクレオチドのチップとして構成されている、項目６４に記載のプローブセット。
（項目７１）
標的配列が、高い親和性のポリヌクレオチドプローブおよび標準的な親和性のポリヌクレオチドプローブの両方により標的にされる、項目６４に記載のプローブセット。
（項目７２）
複数のプローブセットを含むキットであって、各プローブセットが、異なる遺伝子に特異的にハイブリダイズし、前記プローブセットのうちの少なくとも１つが、項目６４に記載のプローブセットである、キット。
（項目７３）
前記高い親和性のポリヌクレオチドが、１つまたは複数のロックド核酸ヌクレオチドを含む、項目７２に記載のキット。
（項目７４）
融合遺伝子の切断点断片を捕捉するための方法であって、前記切断点断片を、高い親和性のポリヌクレオチドプローブと、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で接触させるステップと、ハイブリダイゼーションさせるステップとを含み、前記ポリヌクレオチドプローブが、固体支持体に結合しており、前記ポリヌクレオチドプローブが、前記切断点断片のヌクレオチド配列に実質的または完全に相補的であるヌクレオチド配列を有する、方法。
（項目７５）
前記高い親和性のポリヌクレオチドが、１つまたは複数のロックド核酸ヌクレオチドを含む、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
試料を、融合遺伝子の切断点を含むポリヌクレオチドについて濃縮するための方法であって、
（ａ）ハイブリダイゼーション条件下で、項目６４に記載のプローブセットをポリヌクレオチドの混合物と接触させて、プローブ捕捉ポリヌクレオチドを生成するステップと、（ｂ）前記混合物から前記プローブ捕捉ポリヌクレオチドを単離して、前記融合遺伝子の切断点断片を含むポリヌクレオチドが濃縮された試料を生成するステップと
を含む方法。
（項目７７）
前記高い親和性のポリヌクレオチドが、１つまたは複数のロックド核酸ヌクレオチドを含む、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記ポリヌクレオチドが、無細胞ＤＮＡまたは断片化されたゲノムＤＮＡを含む、項目７６に記載の方法。
（項目７９）
前記プローブから捕捉ポリヌクレオチドを単離するステップをさらに含む、項目７６に記載の方法。
（項目８０）
前記単離ポリヌクレオチドを配列決定するステップをさらに含む、項目７６に記載の方法。
（項目８１）
対象におけるがんを診断する方法であって、
（ａ）対象からのポリヌクレオチドを含む試料を提供するステップと、
（ｂ）ハイブリダイゼーション条件下で、前記試料に由来する無細胞デオキシリボ核酸を項目６４に記載のプローブセットと接触させて、プローブ捕捉ポリヌクレオチドを生成するステップと、
（ｃ）前記混合物から前記プローブ捕捉ポリヌクレオチドを単離して、前記融合遺伝子の切断点断片を含むポリヌクレオチドが濃縮された試料を生成するステップと、
（ｄ）前記単離ポリヌクレオチドを配列決定して、配列を生成するステップと、
（ｅ）前記配列に基づいて、融合遺伝子の切断点を含むポリヌクレオチドを検出するステップと、
（ｆ）切断点断片の前記検出に基づいて、がんを診断するステップと
を含む方法。
（項目８２）
前記高い親和性のポリヌクレオチドが、１つまたは複数のロックド核酸ヌクレオチドを含む、項目８１に記載の方法。