【手続補正書】
【提出日】平成19年3月6日(2007.3.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
１つ以上の生体高分子を含む試料中のある生体高分子を同定する方法であって、
前記１つ以上の生体高分子の測定質量を含む第１のデータセットから、ある質量を選択するステップと、
前記１つ以上の生体高分子のフラグメント集合に関する測定質量を含む第２のデータセットの質量と前記選択質量とを整合させ、整合した質量が前記選択質量を備える前記生体高分子のフラグメントを表わすようにするステップと、
前記整合した質量を比較して、前記選択質量を備える前記生体高分子の単量体配列を決定するステップとを有することを特徴とする方法。
【請求項２】
さらに、前記１つ以上の生体高分子を非フラグメント形態で検出可能にする条件下で、前記第１のデータセットの生成に用いられる、前記１つ以上の生体高分子に関する第１の質量スペクトルを求めるステップと、
検出前に、前記１つ以上の生体高分子をフラグメント化して、フラグメント集合にする条件下で、前記第２のデータセットの生成に用いられる、前記１つ以上の生体高分子に関する第２の質量スペクトルを求めるステップとを有することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１と第２の質量スペクトルは、同じ質量分析計を用いて連続して求められることと、
前記質量分析計が、単一段質量分析計であることと、
前記第２の質量スペクトルは、異なるフラグメント化エネルギーによって得られる２つの異なる質量スペクトルの和から生じるか、または、前記第２の質量スペクトルは、異なるフラグメント化メカニズムによって得られる２つの異なる質量スペクトルの和から生じることと、さらに、
オプションにより、検出前に、前記１つ以上の生体高分子をフラグメント化して、フラグメント集合にする条件下で、前記第２のデータセットの生成に用いられる、前記１つ以上の生体高分子に関する第３の質量スペクトルを求めるステップを有し、前記第２及び第３の質量スペクトルは、異なるフラグメント化エネルギーまたは異なるフラグメント化メカニズムを用いて得られることを特徴とする、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記第１及び第２のデータセットにおける質量は、中性質量であることと、
前記第１及び第２のデータセットにおける質量は、モノアイソトピック質量であることと、
前記方法は、さらに、前記第１のデータセットからある質量を選択する前記ステップの前に、前記第１のデータセットから前記第２のデータセットにも存在する質量を取り除くステップを有することと、
さらに、前記第１のデータセットからある質量を選択する前記ステップの前に、前記第２のデータセットから前記第１のデータセットにも存在する質量を取り除くステップを有することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記第２のデータセットの質量と前記選択質量との前記整合ステップは、
前記選択質量から前記第２のデータセットにおける第１の質量を引いて、質量デルタが得られるようにし、前記第２のデータセットについて前記質量デルタと一致する第２の質量を確認し、オプションにより、前記第１または第２の質量が５００Ｄａ未満の場合、前記第１または第２の質量に対して奏効する式決定を実施するステップ、または、
前記選択質量から前記第２のデータセットにおける第１の質量を引いて、質量デルタが得られるようにし、オプションにより、前記質量デルタが５００Ｄａ未満の場合、前記質量データに奏効する式決定を実施し、さらに、オプションにより、前記第２のデータセットについて前記質量デルタと一致する第２の質量を確認するステップが含まれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記第２のデータセットの質量と前記選択質量との前記整合ステップは、さらに、
前記第２のデータセットについて、１つ以上の単量体単位の理論上の質量だけ前記第１または第２の質量と異なる質量を確認するステップ、または、
前記第２のデータセットについて、１つ以上の単量体単位の理論上の質量だけ前記第１または第２の質量と異なる質量、及び、生体高分子修飾を確認するステップ、または、
前記第２のデータセットについて、理論上の系列オフセット質量だけ前記第１または第２の質量と異なる質量を確認するステップを有することを特徴とする、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記第２のデータセットについて、１つ以上の単量体単位の理論上の質量だけ前記第１または第２の質量と異なる質量を確認する前記ステップは、
前記第１または第２の質量に１つ以上の単量体単位の理論上の質量の和を加算して、あるいは、前記第１または第２の質量から１つ以上の単量体単位の理論上の質量の和を減算して、合成質量を生成し、前記第２のデータセットについて、前記合成質量と一致する第３の質量を確認するステップ、または、
前記第１または第２の質量から前記第２のデータセット内のある質量を引くことによって、質量デルタを生成し、オプションにより、前記質量デルタが５００Ｄａ未満の場合、前記質量デルタに対して奏効する式決定を実施するステップを有することを特徴とする、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記第２のデータセットについて、１つ以上の単量体単位の理論上の質量だけ前記第１または第２の質量と異なる質量、及び、生体高分子修飾を確認する前記ステップは、
前記第１または第２の質量から前記第２のデータセット内のある質量を引くことによって、第１の質量デルタを生成するステップと、
前記第１の質量デルタから生体高分子修飾の理論上の質量を引くことによって、第２の質量デルタを生成するステップと、
前記第２の質量デルタに対して奏効する式決定を実施するステップとを有することを特徴とする、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記第２のデータセットについて、理論上の系列オフセット質量だけ前記第１または第２の質量と異なる質量を確認する前記ステップは、
前記第１または第２の質量に理論上の系列オフセット質量を加算して、或いは前記第１または第２の質量から理論上の系列オフセット質量を減算して、合成質量を生成するステップと、
前記第２のデータセットについて、前記合成質量と一致する第３の質量を確認するステップとを有することを特徴とする、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
前記整合した質量を比較して、前記選択質量を備える前記生体高分子の単量体配列を決定するステップは、
対応するフラグメントの系列タイプに従って、前記整合した質量を分類するステップと、
ある典型的な系列内における隣接位置のフラグメントに対応する、前記整合した質量対間の質量デルタを計算するステップと、
前記質量デルタに対して式決定を実施するステップと、
前記式決定に基づいて、前記質量デルタに関連した単量体を割り当てるステップと、
前記割り当てに基づいて、前記選択質量を備えた生体高分子に関する単量体配列を決定するステップとを有することを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
さらに、ある典型的な系列内における非隣接位置のフラグメントに対応する、整合した質量対間の質量デルタを計算し、前記質量デルタに対して式決定を実施し、前記式決定に基づいて、前記質量デルタに関連した単量体の組合せを割り当てるステップ、または、
異なる典型的な系列における隣接位置のフラグメントに対応する、整合した質量対間の質量デルタを計算し、前記質量デルタに対して式決定を実施し、前記式決定に基づいて、前記質量デルタに関連した単量体を割り当てるステップ、または、
異なる典型的な系列における非隣接位置のフラグメントに対応する、整合した質量対間の質量デルタを計算し、前記質量デルタに対して式決定を実施し、前記式決定に基づいて、前記質量デルタに関連した単量体の組み合わせを割り当てるステップを有することを特徴とする、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記単量体配列は、前記配列内の各位置毎に可能性のある単一の単量体を含むか、
前記単量体配列は、前記配列内のある位置に可能性のある２つ以上の単量体を含むか、
前記単量体配列は、前記配列内のある位置に未知の単量体を含むか、あるいは、
前記単量体配列は、前記配列内のある位置に生体高分子修飾を含むことを特徴とする、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記選択質量を備える生体高分子がポリペプチドで、前記単量体配列がアミノ酸配列であるか、
前記選択質量を備える生体高分子がポリヌクレオチドで、前記単量体配列がヌクレオチド配列であるか、あるいは、
前記選択質量を備える生体高分子が多糖類で、前記単量体配列が糖配列であり、多糖類は線状または分枝状とすることが可能であることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記試料に複数の生体高分子が含まれることと、
前記第１のデータセットに、前記複数の生体高分子の測定質量が含まれることと、
前記第２のデータセットに、前記複数の生体高分子のフラグメント集合に関する測定質量が含まれることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
１つ以上の生体高分子の測定質量を含む第１のデータセットからある質量を選択するための命令と、
前記１つ以上の生体高分子のフラグメント集合に関する測定質量を含む第２のデータセット内の質量と前記選択質量を突き合せて整合させる命令であって、前記整合した質量が前記選択質量を備えた前記生体高分子のフラグメントを表わすことと、さらに、
前記整合した質量を比較して、前記選択質量を備える前記生体高分子に関する単量体配列を決定する命令とを含むことを特徴とする、１組の機械に実行可能な命令によって構成されたコンピュータ可読媒体を具備する、１つ以上の生体高分子を含む試料中のある生体高分子を同定するためのコンピュータ・プログラム製品。