【手続補正書】
【提出日】平成19年11月7日(2007.11.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  特異的標的リガンドを用いる予備選択をしていないナイーブポリペプチドレパートリーから、該特異的標的リガンドと相互作用し得る対象のポリペプチドを単離する方法であって、標的リガンドを用いてナイーブポリペプチドレパートリーを直接スクリーニングして対象のポリペプチドを特定することを含む、上記方法。
【請求項２】  ナイーブポリペプチドレパートリーを、機能的に発現させたポリペプチドレパートリー中の分子と結合可能な一般的リガンドを用いて予備選択することを特徴とする、請求項１記載の方法。
【請求項３】  上記一般的リガンドがポリペプチドのレパートリーのサブセットに結合するものである、請求項１または２記載の方法。
【請求項４】  ２つ以上の上記サブセットが、ポリペプチドのレパートリーから選択されることを特徴とする、請求項３記載の方法。
【請求項５】  上記選択を２つ以上の一般的リガンドを用いて実施することを特徴とする、請求項４記載の方法。
【請求項６】  ２つ以上の上記サブセットを選択した後に組み合わせて、１つの別のポリペプチドのレパートリーを作製することを特徴とする、請求項４または５記載の方法。
【請求項７】  ２つ以上のポリペプチドのレパートリーを一般的リガンドと接触させて、そこで得られたポリペプチドのサブセットを組み合わせることを特徴とする、請求項１〜６のいずれか1項に記載の方法。
【請求項８】  機能的に発現された標的リガンドを、１種以上の一般的リガンドへの結合能に基づいて一群の標的リガンドから選択することを特徴とする、請求項１記載の方法。
【請求項９】  レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドが免疫グロブリンスーパーファミリーに属するものである、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】  レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドが抗体またはT細胞受容体ポリペプチドである、請求項８記載の方法。
【請求項１１】  レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドがVHまたはVβドメインである、請求項９記載の方法。
【請求項１２】  レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドがVLまたはVαドメインである、請求項９記載の方法。
【請求項１３】  請求項１１記載のポリペプチドのレパートリーと請求項１２記載のポリペプチドのレパートリーとを一般的リガンドと接触させて、そこで得られたサブセットを組み合わせることを特徴とする方法。
【請求項１４】  一般的リガンドが、金属イオンマトリクス、有機化合物の集団、タンパク質の集団、ペプチドの集団、モノクローナル抗体の集団、ポリクローナル抗体の集団およびスーパー抗原からなる群より選択されることを特徴とする、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】  請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法により選択されたポリペプチドのレパートリーの１つ以上のメンバーを、検出、固定化、精製または免疫沈降するための方法であって、一般的リガンドを該メンバーに結合させることを含む、上記方法。
【請求項１６】  ポリペプチドのレパートリーをコードする核酸分子をランダムに配置させてアレイを作製することを含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】  ポリペプチドのレパートリーをコードする核酸分子を規則正しく並べて配置させてアレイを作製することを含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】  ロボット工学的なトランスファーを用いてアレイ化することを特徴とする、請求項１７記載の方法。
【請求項１９】  ポリペプチドのレパートリーを２種以上の標的分子について別々にスクリーニングすることを特徴とする、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】  特異的標的リガンドを用いて直接スクリーニングするのに適していることを特徴とする、１種以上の一般的リガンドと結合させることにより非機能的なメンバーを完全にまたは部分的に排除したナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項２１】  一般的リガンドおよび標的リガンドの両方を用いて選択するために設計されたナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項２２】  免疫グロブリンスーパーファミリーのポリペプチドをコードするかまたは含む、請求項２０または２１記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項２３】  ポリペプチドが抗体またはT細胞受容体ポリペプチドである、請求項２２記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項２４】  ポリペプチドがVHまたはVβドメインである、請求項２３記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項２５】  ポリペプチドがVLまたはVαドメインである、請求項２４記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項２６】  請求項２４記載のポリペプチドのレパートリーおよび請求項２５記載のポリペプチドのレパートリーを一般的リガンドと接触させて、そこで得られたサブセットをまとめることを特徴とするナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項２７】  レパートリーの機能的なメンバーが既知の主鎖立体構造を有することを特徴とする、請求項２０〜２６のいずれか１項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項２８】  レパートリーの機能的なメンバーが単一の主鎖立体構造を有することを特徴とする、請求項２７記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項２９】  免疫グロブリン骨格が生殖細胞系列のV遺伝子断片の配列に基づくものであることを特徴とする、請求項２７または２８記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項３０】  ポリペプチドがランダムな位置で変異していることを特徴とする、請求項２０〜２８のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項３１】  ポリペプチドが選択された位置で変異していることを特徴とする、請求項２０〜２８のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項３２】  上記選択された位置が標的リガンドに対する結合部位を形成する位置であることを特徴とする、請求項３１記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項３３】  上記選択された位置が標的リガンドに対する結合部位を形成する位置のサブセットであることを特徴とする、請求項３２記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項３４】  請求項３３記載のポリペプチドのレパートリーをまず標的リガンドと接触させて標的リガンドに対して特異的なポリペプチドのサブセットを単離した後に、該ポリペプチドのサブセットを、その機能、標的リガンドの相互作用、特異性または親和性を変化させるために、その残基のさらなるサブセットを変異させていることを特徴とする、ナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項３５】  上記変異が、変異させる位置に、20種全種の異なるアミノ酸を組込むことにより達成される、請求項３１〜３４のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項３６】  上記変異が、変異させる位置に、20種全種ではなく数種の異なるアミノ酸を組込むことにより達成される、請求項３１〜３４のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項３７】  請求項２０〜３６のいずれか1項に記載のポリペプチドのレパートリーをコードする核酸ライブラリー。
【請求項３８】  固相支持体上にアレイの形態で固定化されていることを特徴とする、請求項２０〜３６のいずれか1項に記載のポリペプチドのレパートリー。
【請求項３９】  固相支持体上に固定化されている一般的リガンドに該レパートリーのポリペプチドが結合することによりアレイ化されていることを特徴とする、請求項３８記載のレパートリー。
【請求項４０】  固相支持体にポリペプチドが直接結合することによりアレイ化されていることを特徴とする、請求項３８記載のレパートリー。
【請求項４１】  溶液の形態でスクリーニングされることを特徴とする、請求項２０〜３６のいずれか1項に記載のポリペプチドのレパートリー。