【手続補正書】
【提出日】令和1年10月18日(2019.10.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
視野に存在するすべての細胞の、またはオプションとして、その１つ以上のサブセットの、バイオマーカー陽性率（ＰＢＰ）の値を導き出す方法において、
（ｉ）視野に存在するすべての細胞の核を表す第１の蛍光信号の画像を生成し、前記第１の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第１のマスクを構築する工程と、
（ｉｉ）サブセットバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第２の蛍光信号の第２のマスクを構築する工程と、
（ｉｉｉ）オプションとして、目的の第１のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第３の蛍光信号の第３のマスクを構築する工程と、
（ｉｖ）やはり前記サブセットバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第４のマスクを提供するように、前記第１および第２のマスクを組み合わせる工程と、
（ｖ）オプションとして、やはり前記目的の第１のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第５のマスクを提供するように、前記第１および第３のマスクを組み合わせる工程と、
（ｖｉ）前記第４のマスクの総面積を前記第１のマスクの総面積で割ることによって、前記サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のＰＢＰの値を導き出す工程と、
（ｖｉｉ）オプションとして、
（ａ）前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第１のバイオマーカーを発現するか、または、
（ｂ）前記目的の第１のバイオマーカーの非存在下で前記サブセットバイオマーカーを発現する、
前記視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第６のマスクを提供するように、前記第４および第５のマスクを組み合わせる工程と、
（ｖｉｉｉ）オプションとして、前記第６のマスクの総面積を前記第４のマスクの総面積で割ることによって、（ａ）前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第１のバイオマーカーを発現するか、または（ｂ）前記目的の第１のバイオマーカーの非存在下で前記サブセットバイオマーカーを発現する、すべての細胞の第１のサブセットのＰＢＰの値を導き出す工程と、を含む、方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法において、
列挙されたすべてのオプション工程が実施される、方法。
【請求項３】
請求項１または２に記載の方法において、
（ｉｘ）目的の第２のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第４の蛍光信号の第７のマスクを構築する工程と、
（ｘ）やはり前記目的の第２のバイオマーカーを発現する、前記視野にあるすべての細胞の第２のサブセットを表す蛍光信号を含む第８のマスクを提供するように、前記第１および第７のマスクを組み合わせる工程と、
（ｘｉ）前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第２のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞の前記第２のサブセットを表す蛍光信号を含む第９のマスクを提供するように、前記第４および第８のマスクを組み合わせる工程と、
（ｘｉｉ）前記第９のマスクの総面積を前記第４のマスクの総面積で割ることにより、前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第２のバイオマーカーを発現するすべての細胞の前記第２のサブセットのＰＢＰの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
【請求項４】
請求項１または２に記載の方法において、
（ｉｘ）目的の第２のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第４の蛍光信号の第７のマスクを構築する工程と、
（ｘ）前記視野内で前記サブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第８のマスクを提供するように、前記第２のマスクを前記第１のマスクから減じる工程と、
（ｘｉ）前記視野内で前記目的の第２のバイオマーカーを発現するが前記サブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第９のマスクを提供するように、前記第７および第８のマスクを組み合わせる工程と、
（ｘｉｉ）前記第９のマスクの総面積を前記第８のマスクの総面積で割ることにより、前記目的の第２のバイオマーカーを発現するが前記サブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞のＰＢＰの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
【請求項５】
請求項１に記載の方法において、
（ｉｘ）目的の第２のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第４の蛍光信号の第７のマスクを構築する工程と、
（ｘ）前記第６および第７のマスクを、
（ａ）前記視野内で前記サブセットバイオマーカー、前記目的の第１のバイオマーカー、および前記目的の第２のバイオマーカーを発現するか、
（ｂ）前記視野内で前記目的の第２のバイオマーカーの非存在下で前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第１のバイオマーカーを発現するか、または、
（ｃ）前記視野内で前記目的の第１のバイオマーカーの非存在下で前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第２のバイオマーカーを発現する、
すべての細胞を表す蛍光信号を含む第８のマスクを提供するように、組み合わせる工程と、
（ｘｉｉ）前記第８のマスクの総面積を前記第４のマスクの総面積で割ることにより、前記目的の第１のバイオマーカーもしくは前記目的の第２のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせ、ならびに前記サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のＰＢＰの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法において、
前記目的の第１のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ３３、ＨＬＡ−ＤＲ、ＩＤＯ−１、ＡＲＧ１、グランザイムＢ、Ｂ２Ｍ、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ガレクチン９、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、４１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ２８、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
【請求項７】
請求項３〜５のいずれか一項に記載の方法において、
前記目的の第２のバイオマーカーは、前記目的の第１のバイオマーカーとは異なり、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ３３、ＨＬＡ−ＤＲ、ＩＤＯ−１、ＡＲＧ１、グランザイムＢ、Ｂ２Ｍ、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ガレクチン９、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、４１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ２８、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
【請求項８】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法において、
前記視野内のすべての前記細胞の前記第１のサブセットは、腫瘍細胞を含む、方法。
【請求項９】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法において、
前記視野内のすべての前記細胞の前記第１のサブセットは、非腫瘍細胞を含む、方法。
【請求項１０】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
【請求項１１】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、非腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
【請求項１２】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、ＣＤ３またはＣＤ１９を含む、方法。
【請求項１３】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、骨髄系細胞、骨髄由来のサプレッサー細胞、または腫瘍関連マクロファージにおいて発現される、方法。
【請求項１４】
癌と診断され、免疫療法を受けている患者の進行を監視する方法において、
（ｉ）１回は免疫療法の開始前、１回は免疫療法の開始後の、少なくとも２つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも２つのサンプルを用いて、前記少なくとも２つのサンプルのそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率（ＰＢＰ）の値を導き出して、少なくとも第１のＰＢＰの値および少なくとも第２のＰＢＰの値を得る工程と、
（ｉｉ）前記少なくとも第１のＰＢＰの値および前記少なくとも第２のＰＢＰの値を記録する工程であって、前記少なくとも第１のＰＢＰの値と前記少なくとも第２のＰＢＰの値との間での変化は、前記免疫療法の有効性を示す、工程と、を含み、
前記少なくとも第１のＰＢＰの値および前記少なくとも第２のＰＢＰの値は、請求項１〜１３のいずれか一項に従って導き出される、方法。
【請求項１５】
癌と診断され、免疫療法を受けている患者の進行を監視する方法において、
（ｉ）１回は免疫療法の開始前、１回は免疫療法の開始後の、少なくとも２つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも２つのサンプルを用いて、前記少なくとも２つのサンプルのそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率（ＰＢＰ）の値を導き出して、少なくとも第１のＰＢＰの値および少なくとも第２のＰＢＰの値を得る工程と、
（ｉｉ）前記少なくとも第１のＰＢＰの値および前記少なくとも第２のＰＢＰの値を記録する工程であって、前記少なくとも第１のＰＢＰの値と前記少なくとも第２のＰＢＰの値との間での変化は、前記免疫療法の有効性を示す、工程と、を含み、
前記少なくとも第１のＰＢＰの値および前記少なくとも第２のＰＢＰの値は、請求項１〜１３のいずれか一項に従って導き出される、方法。