【手続補正書】
【提出日】令和1年10月18日(2019.10.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ｉ．リピート領域を増幅すること；
ｉｉ．高分解能断片分析を実施すること；
ｉｉｉ．増幅産物のラダーを得ること；および
ｉｖ．増幅産物のラダーを用いて、リピート領域をサイズ分類すること
を含む、核酸試料のリピート領域をサイズ分類する方法。
【請求項２】
リピート領域をサイズ分類することが、内部サイズ分類標準を使用することを含み、内部サイズ分類標準が：
チャネルにおいて増幅産物のラダーのリピートプロファイルを同定すること；
前のピーク位置および区間値を用いて、リピートプロファイルにおいて予想されるピーク位置を決定すること、
予想されるピーク位置を含む第１のウィンドウ内にピーク位置を同定すること、および
同定されたピーク位置におけるシグナル強度が振幅基準を満たす場合、同定されたピーク位置をリピートピーク位置のセットに加えること
を含む、リピートピーク位置のセットを繰り返し、作成すること；ならびに
リピートピーク位置のセットおよび対応する断片サイズのセットを用いて、リピートピーク位置とリピート断片サイズとの間の線形関係を推定し、それによって内部サイズ分類標準を作成すること
によって作成される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
（ａ）リピートピーク位置のセットを繰り返し、作成すると同時に、リピートピーク位置のセットの１つまたは複数のシグナル強度を用いて、振幅基準を反復して、アップデートすること；
（ｂ）リピートピーク位置のセットを繰り返し、作成すると同時に、リピートピーク位置のセットの１つまたは複数のピーク位置を用いて、区間値を反復して、アップデートすること；
（ｃ）リピートピーク位置のセットを繰り返し、作成する前に、リピートプロファイルの第１の部分の統計的尺度を用いて振幅基準を初期化すること；および／または
（ｄ）リピートピーク位置のセットを繰り返し、作成する前に、リピートプロファイルの第２の部分の周期性を用いて区間値を初期化すること
をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
リピート領域をサイズ分類することが、外部サイズ分類標準を使用することを含み、外部サイズ分類標準が：
チャネルにおいて増幅産物のラダーのピークを同定することであって、ピークが局所的ノイズ閾値を超える、同定すること；
断片サイズの第１セットおよび対応するピーク位置の第１のセットを用いるピーク位置と断片サイズとの間の線形関係を、チャネルの第１の領域における同定されたピークを用いて、繰り返し、再推定することであって、繰り返す再推定が、
漸減する断片サイズを断片サイズの第１のセットへ含めること、および
漸減する断片サイズに対応するピーク位置を、対応するピーク位置の第１のセットへ含めること
を含む、繰り返し、再推定すること；
断片サイズの第２のセットおよび対応するピーク位置の第２のセットを用いる、チャネルの第２の領域についてのピーク位置と断片サイズとの間の非線形関係を、チャネルの第２の領域における同定されたピークを用いて、推定すること；および
線形関係と非線形関係を組み合わせて、それによって外部サイズ分類標準を作成すること
によって作成される、請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
繰り返し再推定が、
漸減する断片サイズの１つ、およびピーク位置と断片サイズとの間の再推定された線形関係を用いて、予想されるピーク位置を決定すること；
予想されるピーク位置を含むウィンドウ内にチャネルにおける実際のピーク位置を決定すること；ならびに
実際のピーク位置を、対応するピーク位置の第１のセットへ含めること
をさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
チャネルにおいて増幅産物のラダーのリピートプロファイルを同定すること、リピートピーク位置のセットを繰り返し、作成すること、ならびにリピートピーク位置のセットおよび対応する断片サイズのセットを用いて、リピートピーク位置とリピート断片サイズとの間の線形関係を推定すること、によって、内部サイズ分類標準を作成すること；ならびに
内部サイズ分類標準および外部サイズ分類標準を用いてアフィン変換を作成すること；およびアフィン変換を外部サイズ分類標準に適用して、移動度補正済みサイズ分類標準を得ること、によって、移動度補正済みサイズ分類標準を作成すること
をさらに含む、請求項４または５に記載の方法。
【請求項７】
リピート領域をサイズ分類することが、少なくとも１つの遺伝子特異的ピークを同定すること；および増幅産物のラダーを用いて少なくとも１つの遺伝子特異的ピークをサイズ分類することをさらに含む、請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
少なくとも１つの遺伝子特異的ピークをサイズ分類することが：
バックグラウンドモデルを区分的にスケーリングして、動的閾値を得ることによって、バックグラウンドモデルから動的閾値を作成すること；
動的閾値を用いて、リピートプロファイルにおいて遺伝子特異的ピーク位置を決定すること；
増幅産物のラダーを用いて、リピートサイズを遺伝子特異的ピーク位置に関連づけること；および
遺伝子特異的ピークサイズの表示をアウトプットすること
を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
バックグラウンドモデルを区分的にスケーリングすることが：
第１の断片サイズより上で、かつ第２の断片サイズより下のサイズを有する増幅産物に対応するバックグラウンドモデルの第１の領域を決定すること；
第２の断片サイズより上のサイズを有する増幅産物に対応するバックグラウンドモデルの第２の領域を決定すること；
最初のスケーリング因子から、最初のスケーリング因子より小さい第２のスケーリング因子まで変動する第１のスケーリング因子を、バックグラウンドモデルの第１の領域に掛けること；および
第２のスケーリング因子をバックグラウンドモデルの第２の領域に掛けること
を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
リピートプロファイルにおいて遺伝子特異的ピーク位置を決定することが、
リピートプロファイルにおいて第１の位置に第１のピークを同定すること、および
第１の位置におけるリピートプロファイルの第１の値が、第１の位置における動的閾値の第１の値を超えることを決定すること
を含む、請求項８または９に記載の方法。
【請求項１１】
リピートプロファイルにおいて遺伝子特異的ピーク位置を決定することが、
リピートプロファイルにおいて第２の位置に第２のピークを同定することであって、第２ピークが第１のピークに隣接している、同定すること；
第２の位置におけるリピートプロファイルの第２の値が振幅基準を満たすことを決定することであって、振幅基準が第１の値に基づいている、決定すること；および
第２の位置におけるリピートプロファイルの第２の値が、第２の位置における動的閾値の第２の値を超えることを決定すること
をさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
リピート領域を増幅することが少なくとも２つの異なるプライマーを含み、少なくとも２つの異なるプライマーが第１のプライマーおよび第２のプライマーを含む、請求項１から１１のいずれかに記載の方法。
【請求項１３】
（ａ）第１のプライマーがリピート領域の一部を含む；
（ｂ）第２のプライマーがリピート領域の外側の位置にアニールする；および／または
（ｃ）少なくとも２つの異なるプライマーが第３のプライマーおよび任意の第４のプライマーをさらに含む
請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
リピート領域をサイズ分類することが、
（ａ）リピートプロファイルにおいてピークをコールするための閾値を動的に決定すること；
（ｂ）スライドウィンドウを用いてリピートプロファイルにおいてピークをコールすること；
（ｃ）リピートプロファイルにおいて振幅閾値より下にピークを内挿すること；
（ｄ）リピートプロファイルにおいて推定上のピーク位置を用いてサンプリング単位から塩基対単位へマッピングする較正曲線を作成すること；
（ｅ）第１のチャネルをシグナルアーチファクトについて補正すること；
（ｆ）第１の電磁的に検出可能な部分を検出するように構成された、第１のチャネルの動的範囲を拡張すること；および／または
（ｇ）サイズ分類標準基準、リピートプロファイルシグナル・ノイズ比基準、リピートプロファイル混入基準、および／またはマイナーアレル感度基準の達成を決定すること、
をさらに含む、請求項１から１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
第１のチャネルをシグナルアーチファクトについて補正することが、
第１のチャネルにおいて、可能性のある気泡位置を含むウィンドウを同定すること；
ウィンドウ内で、チャネルについてのシグナル強度間の相関を決定すること；および
決定された相関に基づいて、ウィンドウ内のチャネルについてのシグナル強度を置き換えること；および／または
第１のチャネルについてのシグナル強度に基づいて漏出位置を同定すること；
第２のチャネルについてのシグナル強度に基づいて、漏出位置を含むウィンドウを決定すること；および
第２のチャネルについてのシグナル強度を置き換えること
を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
第１のチャネルの動的範囲を拡張することが、
第１のチャネルにおいて飽和領域を含むウィンドウを同定すること；
ウィンドウ内の第１のチャネルについてのシグナル強度、およびウィンドウ内の第２の電磁的に検出可能な部分を検出するように構成された、第２のチャネルについてのシグナル強度を用いて、組み合わされたシグナル強度を決定すること；および
第１のチャネルについてのシグナル強度を、組み合わされたシグナル強度に置き換えること
を含む、請求項１４または１５に記載の方法。
【請求項１７】
（ａ）サイズ分類標準基準が、内部サイズ分類標準適合度基準、外部サイズ分類標準適合度基準、および／または内部サイズ分類標準を外部サイズ分類標準と比較する一貫性基準を含む；
（ｂ）遺伝子特異的ピークの位置に関連づけられたリピートサイズがゼロ未満である時、リピートプロファイル混入基準に不合格である；
（ｃ）遺伝子特異的ピークの位置におけるリピートプロファイルの値の最大値に対するリピートプロファイルのノイズ値の比率が閾値を超える時、マイナーアレル感度基準が満たされている、
請求項１４〜１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
リピート領域の増幅のための少なくとも２つの異なるプライマー；
バッファー；ならびに
請求項１から１７のいずれかに記載の方法を実施する分析ソフトウェアについての少なくとも１つのソフトウェアキー；および／または
分析ソフトウェア
を記憶する少なくとも１つの非一過性媒体
を含む、核酸試料のリピート領域を分類するまたはジェノタイプピークサイズ分類するためのキット。
【請求項１９】
患者または患者の子孫において障害または障害のリスクを診断する方法であって、
ｉ．患者由来の核酸試料のリピート領域を増幅すること；
ｉｉ．高分解能断片分析を実施すること；
ｉｉｉ．増幅産物のラダーを得ること；および
ｉｖ．内部標準として増幅産物のラダーを用いて、リピート領域をサイズ分類すること
を含み、
伸長したリピート領域が、患者または患者の子孫において障害または障害のリスクの存在を示す、方法。
【請求項２０】
（ａ）障害が、脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）または脆弱Ｘ症候群Ｅ（ＦＲＡＸＥ）精神遅滞、脆弱Ｘ随伴振戦／運動失調症候群（ＦＸＴＡＳ）、脆弱Ｘ関連原発性卵巣機能低下症（ＦＸＰＯＩ）、脊髄小脳変性症１型、脊髄小脳変性症２型、脊髄小脳変性症３型、脊髄小脳変性症６型、脊髄小脳変性症７型、脊髄小脳変性症８型、フリードライヒ運動失調症、進行性ミオクローヌスてんかん、筋緊張性ジストロフィーＩ、筋緊張性ジストロフィーＩＩ、ハンチントン病、筋萎縮性側索硬化症、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症、脊髄小脳変性症、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、ドーパミン応答性パーキンソニズム、およびアルツハイマー病から選択される；および／または
（ｂ）リピート領域が、ＦＭＲ１、ＦＭＲ２、ＳＣＡ１、ＳＣＡ２、ＳＣＡ３、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＳＣＡ７、ＳＣＡ８、Ｘ２５、ＣＳＴＢ、Ｃ９ＯＲＦ７２、ＤＭＰＫ、ＺＮＦ９、ＨＴＴ、ＡＲ、ＡＴＮ１、ＡＴＸＮ１−３、ＡＴＸＮ７、ＡＴＸＮ１０、ＣＡＣＮＡ１Ａ、ＳＣＡ８、ＰＰＰ２Ｒ２Ｂ、ＣＮＢＰ、ＴＢＰ、およびＴＯＭＭ４０から選択される遺伝子座内である、
請求項１９に記載の方法。