【手続補正書】
【提出日】平成20年6月6日(2008.6.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む結晶性抗体。
【請求項２】
結晶性抗体が空間群Ｐ２１２１２１を有する、請求項１に記載の結晶性抗体。
【請求項３】
結晶性抗体が単位格子寸法ａ＝５４．４、ｂ＝９８．０、ｃ＝１０８．５、およびα＝β＝γ＝９０°を有する、請求項１または２のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項４】
抗体が哺乳動物に由来する、請求項１〜３のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項５】
抗体がマウス、ラット、ウサギ、またはヤギに由来する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項６】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドをさらに含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項７】
ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項６に記載の結晶性抗体。
【請求項８】
抗体が配列番号１のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項９】
抗体が配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項１０】
抗体がモノクローナル抗体である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項１１】
抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項１２】
抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項１３】
抗体が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合するＩＬ−１３の領域に結合する能力がある、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項１４】
結晶性抗体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項１５】
結晶性抗体が、表１０の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項１６】
抗体の軽鎖が配列番号１のアミノ酸配列を含み、
抗体の重鎖が配列番号２のアミノ酸配列を含み、
結晶性抗体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折する、
請求項１〜１５のいずれか一項に記載の結晶性抗体。
【請求項１７】
抗体を含む結晶性組成物であって、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む結晶性組成物。
【請求項１８】
少なくとも１個の水分子をさらに含む、請求項１７に記載の結晶性組成物。
【請求項１９】
亜鉛の塩をさらに含む、請求項１７または１８のいずれか一項に記載の結晶性組成物。
【請求項２０】
抗ＩＬ−１３抗体またはＦａｂフラグメントに結合したＩＬ−１３ポリペプチドをさらに含む、請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の結晶性組成物。
【請求項２１】
ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項２０に記載の結晶性組成物。
【請求項２２】
ＩＬ−１３ポリペプチドと、
抗体と
を含む結晶性複合体であって、
抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む結晶性複合体。
【請求項２３】
結晶性複合体が空間群Ｐ２１３を有する、請求項２２に記載の結晶性複合体。
【請求項２４】
結晶性複合体が単位格子寸法ａ＝ｂ＝ｃ＝１２５．３Å、およびα＝β＝γ＝９０°を有する、請求項２２または２３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項２５】
抗体が哺乳動物に由来する、請求項２２〜２４のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項２６】
抗体がマウスに由来する、請求項２２〜２５のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項２７】
ＩＬ−１３ポリペプチドが哺乳動物に由来する、請求項２２〜２６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項２８】
ＩＬ−１３ポリペプチドがヒトに由来する、請求項２２〜２７のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項２９】
抗体が配列番号１のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項２２〜２８のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３０】
抗体が配列番号２のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項２２〜２９のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３１】
抗体がモノクローナル抗体である、請求項２２〜３０のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３２】
抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項２２〜３１のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３３】
抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項２２〜３２のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３４】
抗体が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合するＩＬ−１３ポリペプチドの領域に結合している、請求項２２〜３３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３５】
ＩＬ−１３ポリペプチドがＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合する領域を含む、請求項２２〜３４のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３６】
ＩＬ−１３ポリペプチドが配列番号４のアミノ酸配列を含む、請求項２２〜３５のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３７】
抗体が、配列番号４のアミノ酸配列で定義される残基Ｓｅｒ７、Ｔｈｒ８、Ａｌａ９、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ４８、Ｇｌｕ４９、Ｉｌｅ５２、Ａｓｎ５３、Ａｒｇ６５、Ｓｅｒ６８、Ｇｌｙ６９、Ｐｈｅ７０、Ｃｙｓ７１、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１つまたは複数と相互作用する、請求項２２〜３６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３８】
ＩＬ−１３ポリペプチドが、配列番号１のアミノ酸配列で定義される残基Ａｓｎ３１、Ｔｙｒ３２、Ｌｙｓ３４、Ａｒｇ５４、Ａｓｎ９６、Ａｓｐ９８、およびＴｒｐ１００の１つまたは複数、ならびに配列番号２のアミノ酸配列で定義される残基Ｉｌｅ３０、Ｓｅｒ３１、Ａｌａ３３、Ｔｒｐ４７、Ｓｅｒ５０、Ｓｅｒ５２、Ｓｅｒ５３、Ｔｙｒ５８、Ｌｅｕ９８、Ａｓｐ９９、Ｇｌｙ１００、Ｔｙｒ１０１、Ｔｙｒ１０２、およびＰｈｅ１０３の１つまたは複数と相互作用する、請求項２２〜３７のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項３９】
結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる、請求項２２〜３８のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項４０】
結晶性複合体が、表１１の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項２２〜３９のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項４１】
ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項２２〜４０のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項４２】
ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと、
ＩＬ−１３ポリペプチドと
を含む結晶性複合体。
【請求項４３】
結晶性複合体が空間群Ｉ４を有する、請求項４２に記載の結晶性複合体。
【請求項４４】
結晶性複合体が単位格子寸法ａ＝ｂ＝１６４．９Å、ｃ＝７４．８Å、およびα＝β＝γ＝９０°を有する、請求項４２または４３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項４５】
さらに抗体を含み、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む、請求項４２、４３、または４４のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項４６】
抗体が哺乳動物に由来する、請求項４５に記載の結晶性複合体。
【請求項４７】
抗体がマウスに由来する、請求項４５または４６いずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項４８】
ＩＬ−１３ポリペプチドが哺乳動物に由来する、請求項４２〜４７のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項４９】
ＩＬ−１３ポリペプチドがヒトに由来する、請求項４２〜４８のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５０】
抗体がモノクローナル抗体である、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５１】
抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５２】
抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５３】
抗体が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合するＩＬ−１３ポリペプチドの領域に結合している、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５４】
ＩＬ−１３ポリペプチドがＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合する領域を含む、請求項４２〜５３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５５】
ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドが哺乳動物に由来する、請求項４２〜５４のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５６】
ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドがヒトに由来する、請求項４２〜５５のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５７】
ＩＬ−１３ポリペプチドが配列番号４のアミノ酸配列を含む、請求項４２〜５６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５８】
ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドが配列番号１２のアミノ酸配列を含む、請求項４２〜５７のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項５９】
抗体が、配列番号４のアミノ酸配列で定義される残基Ｓｅｒ７、Ｔｈｒ８、Ａｌａ９、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ４８、Ｇｌｕ４９、Ｉｌｅ５２、Ａｓｎ５３、Ａｒｇ６５、Ｓｅｒ６８、Ｇｌｙ６９、Ｐｈｅ７０、Ｃｙｓ７１、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１つまたは複数と相互作用する、請求項４４または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項６０】
ＩＬ−１３ポリペプチドが、配列番号１のアミノ酸配列で定義される残基Ａｓｎ３１、Ｔｙｒ３２、Ｌｙｓ３４、Ａｒｇ５４、Ａｓｎ９６、Ａｓｐ９８、およびＴｒｐ１００の１つまたは複数、ならびに配列番号２のアミノ酸配列で定義される残基Ｉｌｅ３０、Ｓｅｒ３１、Ａｌａ３３、Ｔｒｐ４７、Ｓｅｒ５０、Ｓｅｒ５２、Ｓｅｒ５３、Ｔｙｒ５８、Ｌｅｕ９８、Ａｓｐ９９、Ｇｌｙ１００、Ｔｙｒ１０１、Ｔｙｒ１０２、およびＰｈｅ１０３の１つまたは複数と相互作用する、請求項４５または４６のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項６１】
ＩＬ−１３ポリペプチドが、配列番号１２のアミノ酸配列で定義される残基Ｉｌｅ２５４、Ｓｅｒ２５５、Ａｒｇ２５６、Ｌｙｓ３１８、Ｃｙｓ３２０、Ｔｙｒ３２１、Ｌｙｓ７６、Ｌｙｓ７７、Ｉｌｅ７８、およびＡｌａ７９の１つまたは複数と相互作用する、請求項４２〜６０のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項６２】
ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドが、配列番号４のアミノ酸配列で定義される残基Ａｒｇ１１、Ｇｌｕ１２、Ｌｅｕ１３、Ｉｌｅ１４、Ｇｌｕ１５、Ｔｈｒ８８、Ｌｙｓ８９、Ｉｌｅ９０、Ｇｌｕ９１、Ｌｙｓ１０４、Ｌｙｓ１０５、Ｌｅｕ１０６、Ｐｈｅ１０７、およびＡｒｇ１０８の１つまたは複数と相互作用する、請求項４２〜５９のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項６３】
結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる、請求項４２〜６２のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項６４】
結晶性複合体が、表１２の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項４２〜６３のいずれか一項に記載の結晶性複合体。
【請求項６５】
抗体の３次元モデルを用いて、ＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法であって、
抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む方法。
【請求項６６】
３次元モデルが抗体のＣＤＲを含む、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
抗体が抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントである、請求項６５または６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
抗体が、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖ポリペプチドと、配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖ポリペプチドとを含む、請求項６５〜６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項６５〜６８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項６５〜６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
３次元モデルが抗体の原子の構造座標を含む、請求項６５〜７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
構造座標が実験的に決定された座標である、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
３次元モデルが、配列番号１のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ａｓｎ３１、Ｔｙｒ３２、Ｌｙｓ３４、Ａｒｇ５４、Ａｓｎ９６、Ａｓｐ９８、およびＴｒｐ１００、ならびに配列番号２のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ｉｌｅ３０、Ｓｅｒ３１、Ａｌａ３３、Ｔｒｐ４７、Ｓｅｒ５０、Ｓｅｒ５２、Ｓｅｒ５３、Ｔｙｒ５８、Ｌｅｕ９８、Ａｓｐ９９、Ｇｌｙ１００、Ｔｙｒ１０１、Ｔｙｒ１０２、およびＰｈｅ１０３の原子からなる群から選択される原子の構造座標を含む、請求項６５〜７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
作用薬が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドと結合するＩＬ−１３ポリペプチドの領域に結合する、請求項６５〜７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
ＩＬ−４ＲポリペプチドがＩＬ−４Ｒαポリペプチドである、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
３次元モデルが、抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドを含む、請求項６５〜７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
３次元モデルが、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
ＩＬ−１３ポリペプチドの３次元モデルを用いて、ＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法。
【請求項７９】
３次元モデルがＩＬ−１３ポリペプチドに結合した抗体をさらに含み、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
３次元モデルが抗体の原子の構造座標を含む、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
３次元モデルが、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドに結合するＩＬ−１３ポリペプチドの領域を含む、請求項７８〜８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
作用薬が、ＩＬ−４Ｒポリペプチドに対するＩＬ−１３ポリペプチドの結合を阻害する、請求項７８〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８３】
３次元モデルが、ＩＬ−１３ポリペプチドの原子の構造座標を含む、請求項７５〜７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８４】
構造座標が実験的に決定された座標である、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
構造座標が、表１１、α炭素原子について最大１．５Åの根平均二乗偏位による、請求項８３または８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８６】
３次元モデルが、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるＩＬ−１３ポリペプチドのアミノ酸Ｇｌｕ４９、Ａｓｎ５３、Ｓｅｒ６８、Ｇｌｙ６９、Ｐｈｅ７０、Ｃｙｓ７１、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の原子からなる群から選択される原子の構造座標を含む、請求項７８〜８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
３次元モデルが、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項７８〜８６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８８】
３次元モデルが、ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの原子の構造座標を含む、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドに結合したＩＬ−１３ポリペプチドの３次元モデルを用いて、ＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法。
【請求項９０】
３次元モデルがＩＬ−１３ポリペプチドに結合した抗体をさらに含み、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む、請求項８９に記載の方法。
【請求項９１】
作用薬が、ＩＬ−４Ｒポリペプチドに対するＩＬ−１３ポリペプチドの結合を阻害する、請求項８９または９０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９２】
３次元モデルが、ＩＬ−１３ポリペプチドおよびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの原子の構造座標を含む、請求項８９〜９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９３】
構造座標が実験的に決定された座標である、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
構造座標が、表１２、α炭素原子について最大１．５Åの根平均二乗偏位による、請求項９２または９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９５】
ＩＬ−１３ポリペプチドを含む結晶性複合体の３次元構造を用いて合理的な薬剤設計を行うことにより作用薬を選択する工程と、
作用薬をＩＬ−１３ポリペプチドと接触させる工程と、
作用薬がＩＬ−１３ポリペプチドに結合する能力を検出する工程とを含む方法。
【請求項９６】
３次元構造の結晶性複合体がＩＬ−１３ポリペプチドに結合した抗体をさらに含み、抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントが、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある、請求項９６に記載の方法。
【請求項９８】
作用薬を、コンピュータモデリングにより選択する、請求項９５〜９７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９９】
３次元構造が、表１１の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項９５〜９８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１００】
３次元構造の結晶性複合体が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項９５〜９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
３次元構造が、表１２の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項９５〜１００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０２】
作用薬を得る工程をさらに含む、請求項９５〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０３】
ＩＬ−１３ポリペプチドおよび作用薬を含む追加の結晶性複合体を得る工程と、
追加の結晶性複合体の３次元構造を決定する工程と、
追加の結晶性複合体の３次元構造を用いて合理的な薬剤設計を行うことにより第２の作用薬を選択する工程と、
第２の作用薬をＩＬ−１３ポリペプチドと接触させる工程と、
第２の作用薬がＩＬ−１３ポリペプチドに結合する能力を検出する工程とをさらに含む、請求項９５〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０４】
第２の作用薬を、コンピュータモデリングにより選択する、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
第２の作用薬がＩＬ−１３活性を阻害する能力を検出する工程をさらに含む、請求項１０３または１０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０６】
ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体と接触させて組成物を形成する工程と、
組成物を結晶化させて、抗体がＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程と
を含む方法であって、
抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含み、結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる方法。
【請求項１０７】
方法が蒸気拡散を用いる工程を含む、請求項１０６に記載の方法。
【請求項１０８】
抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項１０６または１０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０９】
抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項１０６〜１０８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１０】
ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと接触させて組成物を形成する工程と、
組成物を結晶化させて、抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドがそれぞれＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程と
を含む方法であって、
抗体が抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含み、結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる方法。
【請求項１１１】
方法が蒸気拡散を用いる工程を含む、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
抗体がｍＡｂ１３．２である、請求項１１０〜１１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１３】
抗体がｍＡｂ１３．２Ｆａｂフラグメントである、請求項１１０〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１４】
コンピュータシステムに、
抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
候補薬に関する情報を受け入れさせ、
ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定させる命令を含むソフトウェアシステムであって、
決定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われるソフトウェアシステム。
【請求項１１５】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が結晶構造である、請求項１１４に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１１６】
結晶構造が、表１１の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項１１５に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１１７】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１０６〜１０８のいずれか一項に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１１８】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドおよびＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドの構造が結晶構造である、請求項１１７に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１１９】
結晶構造が、表１２の構造座標、アルファ炭素原子について最大１．５Åの±根平均二乗偏位を含む、請求項１１８に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１２０】
コンピュータシステムに、
データベースからの候補薬に関する情報を適用させ、
データベースにおいて、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合できる候補薬を同定させる命令をさらに含むソフトウェアシステムであって、
該同定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われる、請求項１１４〜１１９のいずれか一項に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１２１】
コンピュータシステムに、ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性をモデリングさせる命令をさらに含む、請求項１１４〜１２０のいずれか一項に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１２２】
複数の命令が格納されているコンピュータ可読媒体に存在し、１つまたは複数のプロセッサで実行される場合、該１つまたは複数のプロセッサに、
抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
候補薬に関する情報を受け入れさせ、
ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定させるコンピュータプログラムであって、
該決定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われるコンピュータプログラム。
【請求項１２３】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１２２に記載のコンピュータプログラム。
【請求項１２４】
抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れる工程と、
ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする工程とを含む方法であって、
ソフトウェアシステムによって実行される方法。
【請求項１２５】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
候補薬のデータベースからの情報を適用して、ＩＬ−１３ポリペプチドと結合できる候補薬を同定する工程をさらに含む方法であって、
該同定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われる、請求項１２４または１２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２７】
複数の命令が格納されているコンピュータ可読媒体に存在するコンピュータプログラムであって、１つまたは複数のプロセッサで実行される場合、１つまたは複数のプロセッサに、
抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングさせる、コンピュータプログラム。
【請求項１２８】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１２７に記載のコンピュータプログラム。
【請求項１２９】
１つまたは複数のプロセッサに、
データベースからの候補薬に関する情報を適用させ、
データベースにおいて、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合できる候補薬を同定させる命令をさらに含むコンピュータプログラムであって、
該同定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報に基づいて行われる、請求項１２７または１２８のいずれか一項に記載のコンピュータプログラム。
【請求項１３０】
１つまたは複数のプロセッサに、ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングさせる命令をさらに含む、請求項１２７〜１２９のいずれか一項に記載のコンピュータプログラム。
【請求項１３１】
コンピュータシステムに、
抗ＩＬ−１３抗体または抗ＩＬ−１３抗体のＦａｂフラグメントを含む抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする命令を含むソフトウェアシステム。
【請求項１３２】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１３１に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１３３】
ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある結晶性抗体。
【請求項１３４】
ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体を含む結晶性組成物。
【請求項１３５】
ＩＬ−１３ポリペプチドと、
抗体と
を含む結晶性複合体であって、
該抗体が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある結晶性複合体。
【請求項１３６】
ＩＬ−１３ポリペプチドと、
ＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと、
抗体と
を含む結晶性複合体であって、
該抗体が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある結晶性複合体。
【請求項１３７】
抗体の３次元モデルを使ってＩＬ−１３ポリペプチドと相互作用する作用薬を設計する工程を含む方法であって、
該抗体が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある方法。
【請求項１３８】
３次元モデルが抗体の原子の構造座標を含む、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体と接触させて組成物を形成する工程と、
該組成物を結晶化させて、抗体がＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程と
を含む方法であって、
該抗体が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力があり、結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる方法。
【請求項１４０】
ＩＬ−１３ポリペプチドを抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドと接触させて組成物を形成する工程と、
組成物を結晶化させて、抗体およびＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドがそれぞれＩＬ−１３ポリペプチドに結合した結晶性複合体を形成する工程と
を含む方法であって、
該抗体が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力があり、該結晶性複合体が少なくとも約３．５Åの分解能までＸ線を回折することができる方法。
【請求項１４１】
コンピュータシステムに、
ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
候補薬に関する情報を受け入れさせ、
ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定させる命令を含むソフトウェアシステムであって、
該決定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われるソフトウェアシステム。
【請求項１４２】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４１に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１４３】
複数の命令が格納されているコンピュータ可読媒体に存在し、１つまたは複数のプロセッサで実行される場合、１つまたは複数のプロセッサに、
ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
候補薬に関する情報を受け入れさせ、
ＩＬ−１３ポリペプチドに対する候補薬の結合特性を決定させるコンピュータプログラムであって、
該決定が、ＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報と候補薬に関する情報に基づいて行われるコンピュータプログラム。
【請求項１４４】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４３に記載のコンピュータプログラム。
【請求項１４５】
ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れる工程と、
ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする工程とを含む方法であって、
ソフトウェアシステムによって実行される方法。
【請求項１４６】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
複数の命令が格納されているコンピュータ可読媒体に存在するコンピュータプログラムであって、１つまたは複数のプロセッサで実行される場合、１つまたは複数のプロセッサに、
ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングするコンピュータプログラム。
【請求項１４８】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４７に記載のコンピュータプログラム。
【請求項１４９】
コンピュータシステムに、
ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−４Ｒポリペプチドが結合するＩＬ−１３ポリペプチドの部位に結合する能力がある抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造に関する情報を受け入れさせ、
ＩＬ−１３ポリペプチドと候補薬との結合特性をモデリングする命令を含むソフトウェアシステム。
【請求項１５０】
抗体に結合したＩＬ−１３ポリペプチドの構造が、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合したＩＬ−１３Ｒα１ポリペプチドをさらに含む、請求項１４９に記載のソフトウェアシステム。
【請求項１５１】
ＩＬ−１３活性に伴う症状の予防または治療のための薬物の製造における、請求項６４〜９７または１２９または１３０のいずれか一項に従って設計されまたは選択された作用薬の使用。
【請求項１５２】
作用薬が、ＩＬ−１３活性を阻害する能力を持つ、請求項１５１に記載の使用。
【請求項１５３】
作用薬が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−１３活性を阻害する能力を持つ、請求項１５１または１５２のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１５４】
症状が喘息である、請求項１５１、１５２または１５３のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１５５】
症状が、アレルギー性喘息または非アレルギー性喘息である、請求項１５１〜１５４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１５６】
症状が、癌、気道炎、好酸球増加症、線維症、過剰な粘液産生、皮膚、消化管、血管または結合組織の炎症性症状、および皮膚、消化管、血管または結合組織の自己免疫性症状からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１５１〜１５４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１５７】
症状が、慢性閉塞性肺疾患、膵臓繊維症、肺線維症、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、炎症性腸疾患、クローン病、肝硬変、強皮症、およびホジキンリンパ腫からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１５１〜１５４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１５８】
作用薬が、約２．０Å内まで、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ｇｌｕ４９、Ａｓｎ５３、Ｇｌｙ６９、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１つまたは複数と相互作用することによって、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合する、請求項１５１〜１５７のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１５９】
ＩＬ−１３活性に伴う症状の予防または治療に使用するために、請求項６５〜１０５または１２９または１３０のいずれか一項に従って設計されまたは選択された作用薬。
【請求項１６０】
作用薬が、ＩＬ−１３活性を阻害する能力を持つ、請求項１５９に記載の作用薬。
【請求項１６１】
作用薬が、ｉｎ  ｖｉｖｏでＩＬ−１３活性を阻害する能力を持つ、請求項１５９または１６０のいずれか一項に記載の作用薬。
【請求項１６２】
症状が喘息である、請求項１５９、１６０または１６１のいずれか一項に記載の作用薬。
【請求項１６３】
症状が、アレルギー性喘息または非アレルギー性喘息である、請求項１５９〜１６２のいずれか一項に記載の作用薬。
【請求項１６４】
症状が、癌、気道炎、好酸球増加症、線維症、過剰な粘液産生、皮膚、消化管、血管または結合組織の炎症性症状、および皮膚、消化管、血管または結合組織の自己免疫性症状からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１５９〜１６１のいずれか一項に記載の作用薬。
【請求項１６５】
症状が、慢性閉塞性肺疾患、膵臓繊維症、肺線維症、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、炎症性腸疾患、クローン病、肝硬変、強皮症、およびホジキンリンパ腫からなる群から選択される少なくとも１つの症状である、請求項１５９〜１６１のいずれか一項に記載の作用薬。
【請求項１６６】
作用薬が、約２．０Å内まで、配列番号４のアミノ酸配列で定義されるアミノ酸Ｇｌｕ４９、Ａｓｎ５３、Ｇｌｙ６９、Ｐｒｏ７２、Ｈｉｓ７３、Ｌｙｓ７４、およびＡｒｇ８６の１つまたは複数と相互作用することによって、ＩＬ−１３ポリペプチドに結合する、請求項１５９〜１６５のいずれか一項に記載の作用薬。