【手続補正書】
【提出日】平成20年1月10日(2008.1.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体の癌の診断を助けるための方法であって、該方法は、該被験体からのサンプル中の１つ以上のバイオマーカーの発現を該１つ以上のバイオマーカーのそれぞれに対する所定のスタンダードと比較する工程を含み；
ここで該１つ以上のバイオマーカーが、６Ｃｋｉｎｅ、ＡＣＥ、ＢＤＮＦ、ＣＡ１２５、Ｅ−セレクチン、ＥＧＦ、Ｅｏｔ２、ＥｒｂＢ１、フォリスタチン、ＨＣＣ４、ＨＶＥＭ、ＩＧＦ−ＩＩ、ＩＧＦＢＰ−１、ＩＬ−１７、ＩＬ−１ｓｒＩＩ、ＩＬ−２ｓＲａ、レプチン、Ｍ−ＣＳＦ  Ｒ、ＭＩＦ、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ３ｂ、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ７、ＭＰＩＦ−１、ＯＰＮ、ＰＡＲＣ、ＰＤＧＦ  Ｒｂ、プロラクチン、プロテインＣ、ＴＧＦ−ｂ  ＲＩＩＩ、ＴＮＦ−Ｒ１、ＴＮＦ−ａ、ＶＡＰ−１、ＶＥＧＦ  Ｒ２およびＶＥＧＦ  Ｒ３からなる群から選択され；該１つ以上のバイオマーカーのそれぞれの所定のスタンダードと比較したとき、該サンプル中の該１つ以上のバイオマーカーの発現における有意差が癌の診断を助ける、方法。
【請求項２】
前記所定のスタンダードが、（ａ）健康な被験体中の前記バイオマーカーの発現レベルまたは（ｂ）同じ被験体からの非癌性組織中の該バイオマーカーの発現レベルに対応する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
２つ以上のバイオマーカーの発現を比較する工程を含み、癌の診断がスコアに基づく分類方法に基づく、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ｍ個の異なるバイオマーカーの発現を比較する工程を含み；各バイオマーカーが０または１のスコアを割り当てられ、バイオマーカーの発現が所定のスタンダードにおける該バイオマーカーの発現と有意差がない場合、該バイオマーカーには０のスコアが割り当てられ、バイオマーカーの発現が所定のスタンダードにおけるバイオマーカーの発現と有意差がある場合、該バイオマーカーには１のスコアが割り当てられ；前記被験体にはｍ個の異なるマーカーの割り当てられたスコアの合計に対応する総合スコアが割り当てられ；所与の閾値（ｔ）を用いて、癌の診断を助ける、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
２つ以上のバイオマーカーに対する所定のスタンダードプロフィールに対して、該２つ以上のバイオマーカーの発現を比較する工程を含み、該プロフィールの差異が癌の診断を助ける、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記所定のスタンダードプロフィールが、癌被験体の前記２つ以上のバイオマーカーの発現を健康な被験体中の該２つ以上のバイオマーカーの発現と、機械学習技術を用いて比較することにより決定される、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記所定のスタンダードプロフィールが、癌被験体および健康な被験体の前記２つ以上のバイオマーカーの発現を、サポートベクターマシン、Ｋ−近傍分類法、または分類樹解析を用いて比較することにより決定される、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
前記癌が卵巣癌である請求項１に記載の方法。
【請求項９】
卵巣癌に対するさらなるバイオマーカーを検出する工程をさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
卵巣癌に対する前記さらなるバイオマーカーが、ヒト角質層キモトリプシン酵素（ＨＳＣＣＥ）、カリクレイン４、カリクレイン５、カリクレイン６（プロテアーゼＭ）、カリクレイン８、カリクレイン９、カリクレイン１０、ＣＡ１２５、ＣＡ１５−３、ＣＡ１９−９、ＯＶＸ１、リゾホスファチジン酸（ＬＰＡ）、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、プロスタシン、ＣＡ５４−６１、ＣＡ７２、ＨＭＦＧ２、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＬＳＡ、Ｍ−ＣＳＦ、ＮＢ７０Ｋ、ＰＬＡＰ、ＴＡＧ７２、ＴＮＦ、ＴＰＡ、ＵＧＴＦ、ＷＡＰ４ジスルフィドコアドメイン２（ＨＥ４）、マトリックス金属プロテアーゼ２、テトラネクチン、インヒビン、メソセリン、ＭＵＣ１、ＶＥＧＦ、ＣＬＤＮ３、ＮＯＴＣＨ３、Ｅ２Ｆ転写因子３（Ｅ２Ｆ３）、ＧＴＰａｓｅ活性化タンパク質（ＲＡＣＧＡＰ１）、血液学的神経学的発現１（ＨＮ１）、アポリポタンパク質Ａ１、ラミニン、クローディン３、クローディン４、腫瘍関連カルシウムシグナルトランスデューサー１（ＴＲＯＰ−１／Ｅｐ−ＣＡＭ）、腫瘍関連カルシウムシグナルトランスデューサー２（ＴＲＯＰ−２）、ラジニン１、Ｓ１００Ａ２、ＳＥＲＰＩＮ２（ＰＡＩ−２）、ＣＤ２４、リポカリン２、マトリプターゼ（ＴＡＤＧ−１５）、ストラチフィン、トランスフォーミング増殖因子−βレセプターＩＩＩ、血小板由来増殖因子レセプターα、ＳＥＭＡＣＡＰ３、ｒａｓ相同遺伝子ファミリーメンバーＩ（ＡＲＨＩ）、トロンボスポンジン２、障害２／卵巣癌中の差次的発現２（Ｄａｂ２／ＤＯＣ２）およびハプトグロビン−αサブユニットからなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
卵巣癌に対する前記さらなるバイオマーカーがＣＡ１２５である請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記癌が乳癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記癌が結腸癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記１つ以上のバイオマーカーがプロラクチンおよび／またはＯＰＮであり、所定のスタンダードと比較したとき、該バイオマーカーの発現の増加が癌の診断を助ける、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記１つ以上のバイオマーカーがレプチンおよび／またはＩＧＦ−ＩＩであり、所定のスタンダードと比較したとき、該バイオマーカーの発現の減少が癌の診断を助ける、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
２つ以上のバイオマーカーの発現を比較する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記２つ以上のバイオマーカーが、プロラクチン、ＭＩＦ、ＯＰＮ、ＩＧＦ−ＩＩ、Ｅ−セレクチン、レプチン、ＥＧＦ、ＩＬ−１７、ＭＰＩＦ−１およびＩＬ−２ｓＲａからなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記２つ以上のバイオマーカーがレプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩからなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
前記２つ以上のバイオマーカーの少なくとも２つの発現の有意差が、癌の診断を助ける、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
３つ以上のバイオマーカーの発現を比較する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記３つ以上のバイオマーカーが、レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩからなる群から選択される、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記３つ以上のバイオマーカーの少なくとも２つの発現の有意差が、癌の診断を助ける、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
４つ以上のバイオマーカーの発現を比較する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記４つ以上のバイオマーカーが、レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記４つ以上のバイオマーカーの少なくとも２つの発現の有意差が、癌の診断を助ける、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記１つ以上のバイオマーカーの発現が、該１つ以上のバイオマーカーを検出する試薬を用いて検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記試薬が前記バイオマーカーに特異的な抗体またはそのフラグメントである請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記試薬が検出可能な物質により直接または間接に標識される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記１つ以上のバイオマーカーの発現が質量分析を用いて検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記１つ以上のバイオマーカーの発現が、該１つ以上のバイオマーカーをコードする遺伝子のｍＲＮＡ転写レベルを測定することにより検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
前記サンプルが体液サンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
前記体液サンプルが血液または血清である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記１つ以上のバイオマーカーの発現が、（ａ）該１つ以上のバイオマーカーにより調節されるポリペプチドの発現を検出するか、（ｂ）該バイオマーカーを調節するポリペプチドの発現を検出するか、または（ｃ）該バイオマーカーの代謝産物の発現を検出することにより検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
被験体からのサンプル中の１つ以上のバイオマーカーの発現を、その後の時点で該被験体から得られたサンプル中の該１つ以上のバイオマーカーの発現と比較する工程を含む、被験体の癌の進行をモニタリングすることを補助するための方法であって；
ここで、該１つ以上のバイオマーカーが、６Ｃｋｉｎｅ、ＡＣＥ、ＢＤＮＦ、ＣＡ１２５、Ｅ−セレクチン、ＥＧＦ、Ｅｏｔ２、ＥｒｂＢ１、フォリスタチン、ＨＣＣ４、ＨＶＥＭ、ＩＧＦ−ＩＩ、ＩＧＦＢＰ−１、ＩＬ−１７、ＩＬ−１ｓｒＩＩ、ＩＬ−２ｓＲａ、レプチン、Ｍ−ＣＳＦ  Ｒ、ＭＩＦ、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ３ｂ、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ７、ＭＰＩＦ−１、ＯＰＮ、ＰＡＲＣ、ＰＤＧＦ  Ｒｂ、プロラクチン、プロテインＣ、ＴＧＦ−ｂ  ＲＩＩＩ、ＴＮＦ−Ｒ１、ＴＮＦ−ａ、ＶＡＰ−１、ＶＥＧＦ  Ｒ２およびＶＥＧＦ  Ｒ３からなる群から選択され；そして該１つ以上のバイオマーカーの発現の差が該被験体の癌の進行をモニタリングすることを助ける、方法。
【請求項３５】
２つ以上のバイオマーカーの発現を比較する工程を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記２つ以上のバイオマーカーが、レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩからなる群から選択される請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
３つ以上のバイオマーカーの発現を比較する工程を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
４つ以上のバイオマーカーの発現を測定する工程を含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３９】
前記４つ以上のバイオマーカーが、レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
処置の少なくとも一部を提供する前に、被験体からのサンプル中の１つ以上のバイオマーカーの発現を、該被験体が治療の少なくとも一部を受けた後に該被験体から得られたサンプル中の該１つ以上のバイオマーカーの発現と比較する工程を含む、癌に対する治療の有効性をモニタリングすることを補助するための方法であって；
ここで、該１つ以上のバイオマーカーが、６Ｃｋｉｎｅ、ＡＣＥ、ＢＤＮＦ、ＣＡ１２５、Ｅ−セレクチン、ＥＧＦ、Ｅｏｔ２、ＥｒｂＢ１、フォリスタチン、ＨＣＣ４、ＨＶＥＭ、ＩＧＦ−ＩＩ、ＩＧＦＢＰ−１、ＩＬ−１７、ＩＬ−１ｓｒＩＩ、ＩＬ−２ｓＲａ、レプチン、Ｍ−ＣＳＦ  Ｒ、ＭＩＦ、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ３ｂ、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ７、ＭＰＩＦ−１、ＯＰＮ、ＰＡＲＣ、ＰＤＧＦ  Ｒｂ、プロラクチン、プロテインＣ、ＴＧＦ−ｂ  ＲＩＩＩ、ＴＮＦ−Ｒ１、ＴＮＦ−ａ、ＶＡＰ−１、ＶＥＧＦ  Ｒ２およびＶＥＧＦ  Ｒ３からなる群から選択され；そして
該１つ以上のバイオマーカーの発現の差が治療の有効性をモニタリングすることを助ける、方法。
【請求項４１】
２つ以上のバイオマーカーの発現を検出する工程を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記２つ以上のバイオマーカーが、レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩからなる群から選択される請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
３つ以上のバイオマーカーの発現を検出する工程を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
４つ以上のバイオマーカーの発現を検出する工程を含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４５】
前記４つ以上のバイオマーカーが、レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩを含む請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
癌を診断するためのキットであって、以下：
（ａ）サンプルを受け取るための容器；
（ｂ）６Ｃｋｉｎｅ、ＡＣＥ、ＢＤＮＦ、ＣＡ１２５、Ｅ−セレクチン、ＥＧＦ、Ｅｏｔ２、ＥｒｂＢ１、フォリスタチン、ＨＣＣ４、ＨＶＥＭ、ＩＧＦ−ＩＩ、ＩＧＦＢＰ−１、ＩＬ−１７、ＩＬ−１ｓｒＩＩ、ＩＬ−２ｓＲａ、レプチン、Ｍ−ＣＳＦ  Ｒ、ＭＩＦ、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ３ｂ、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ７、ＭＰＩＦ−１、ＯＰＮ、ＰＡＲＣ、ＰＤＧＦ  Ｒｂ、プロラクチン、プロテインＣ、ＴＧＦ−ｂ  ＲＩＩＩ、ＴＮＦ−Ｒ１、ＴＮＦ−ａ、ＶＡＰ−１、ＶＥＧＦ  Ｒ２およびＶＥＧＦ  Ｒ３からなる群から選択される１つ以上のバイオマーカーを検出するための１つ以上の試薬；および
（ｃ）参照サンプル
を備える、キット。
【請求項４７】
レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩの検出のための１つ以上の試薬を備える、請求項４６に記載のキット。
【請求項４８】
２つ以上のバイオマーカーを検出するための１つ以上の試薬を含む、請求項４６に記載のキット。
【請求項４９】
前記２つ以上のバイオマーカーが、レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩからなる群から選択される、請求項４８に記載のキット。
【請求項５０】
癌を治療するために有用な候補化合物をスクリーニングする方法であって、以下：
（ａ）６Ｃｋｉｎｅ、ＡＣＥ、ＢＤＮＦ、ＣＡ１２５、Ｅ−セレクチン、ＥＧＦ、Ｅｏｔ２、ＥｒｂＢ１、フォリスタチン、ＨＣＣ４、ＨＶＥＭ、ＩＧＦ−ＩＩ、ＩＧＦＢＰ−１、ＩＬ−１７、ＩＬ−１ｓｒＩＩ、ＩＬ−２ｓＲａ、レプチン、Ｍ−ＣＳＦ  Ｒ、ＭＩＦ、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ３ｂ、ＭＭＰ−８、ＭＭＰ７、ＭＰＩＦ−１、ＯＰＮ、ＰＡＲＣ、ＰＤＧＦ  Ｒｂ、プロラクチン、プロテインＣ、ＴＧＦ−ｂ  ＲＩＩＩ、ＴＮＦ−Ｒ１、ＴＮＦ−ａ、ＶＡＰ−１、ＶＥＧＦ  Ｒ２およびＶＥＧＦ  Ｒ３からなる群から選択される１つ以上のバイオマーカーの発現を調節する候補化合物を同定する工程；および
（ｂ）そのような候補化合物が癌を治療するために効果的かどうかを決定する工程：
を含む、方法。
【請求項５１】
２つ以上のバイオマーカーの発現を調節する候補化合物を同定する工程を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記２つ以上のバイオマーカーが、レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩからなる群から選択される、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
候補癌バイオマーカーをスクリーニングする方法であって、以下：
（ａ）癌に潜在的に関連する一群のバイオマーカーを同定する工程；
（ｂ）工程（ａ）で同定されたバイオマーカーの発現のレベルを、癌被験体の第１集団および健康な被験体と比較する工程；
（ｃ）癌被験体の該第１集団において発現の有意差を示すバイオマーカーを選択する工程；
（ｄ）工程（ｃ）で同定されたバイオマーカーの発現のレベルを、癌被験体の第２集団および健康な被験体と比較する工程；および
（ｅ）癌被験体の該第２集団において発現の有意差を示すバイオマーカーを選択する工程を含み；
ここで、工程（ｅ）で同定されたバイオマーカーが候補癌バイオマーカーである、方法。
【請求項５４】
癌被験体の前記第１集団が新しく診断された癌を有し、かつ癌被験体の前記第２集団が再発癌を有する、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
癌被験体の前記第１集団が後期癌を有し、かつ癌被験体の前記第２集団が初期癌を有するかまたは；
癌患者の該第１集団が初期癌を有し、かつ癌被験体の該第２集団がより後期の癌を有する、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
請求項５３に記載の方法であって、以下：
（ｆ）工程（ｅ）で同定されたバイオマーカーの発現のレベルを、癌被験体の第３集団および健康な被験体と比較する工程であって、ここで該バイオマーカーの発現を請求項５３に用いられたものとは異なるアッセイフォーマットを用いて検出される工程；および
（ｇ）癌被験体の該第３集団の発現の有意差を示すバイオマーカーを選択する工程；
をさらに含み、
ここで、工程（ｇ）で同定されたバイオマーカーが癌に対する候補バイオマーカーである、方法。
【請求項５７】
工程（ｅ）で同定されたバイオマーカーが、盲検試験で癌被験体と健康被験体とを区別するかどうかを決定する工程をさらに含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５８】
工程（ｇ）で同定されたバイオマーカーが、盲検試験で癌被験体と健康被験体とを区別するかどうかを決定する工程をさらに含む、請求項５６に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１４６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１４６】
【図１】図１は、癌を有する被験体と健康な被験体との間を区別し得るバイオマーカーを同定するために使用されるスクリーニングプロセスの概略的な表示である。
【図２】図２は、１６個のサブアレイを有するサンプルタンパク質マイクロアレイスライドの概略的な表示である。サブアレイは、スライド上の１６個のウェルまたは環状分析部位を言及する。アレイは、ウェル内にプリントされた抗体含量を言及する。各マイクロアレイスライドは、１つの型のみのアレイを含む。
【図３】図３は、２つの異なるアッセイ（ＲＣＡマイクロアレイイムノアッセイおよびＥＬＩＳＡ）を使用した、卵巣癌を有する被験体中および健康な被験体におけるの４種類のタンパク質（レプチン、プロラクチン、ＯＰＮおよびＩＧＦ−ＩＩ）の発現の差を示す。
【図４】図４は、従来の二進法のデータセット分析に適合する最小二乗法を用いて、２０６の被験体における４種類のタンパク質（レプチン（「１」として同定）、プロラクチン（「２」として同定）、ＯＰＮ（「３」として同定）およびＩＧＦ−ＩＩ（「４」として同定））の発現データを分析した結果を示す。健康な被験体のタンパク質レベルは、黒色三角形（左）で示され、卵巣癌を有する被験体のタンパク質レベルは、灰色逆三角形（右）で示される。
【図５】図５は、ペアプロット（ｐａｉｒ  ｐｌｏｔ）を用いて、２０６の被験体における４種類のタンパク質（レプチン（「１」として同定）、プロラクチン（「２」として同定）、ＯＰＮ（「３」として同定）およびＩＧＦ−ＩＩ（「４」として同定））の発現データを分析した結果を示す。健康な被験体から得られたデータポイントは黒色三角形で示し、卵巣癌を有する被験体から得られたデータポイントは灰色逆三角形で示す。
【図６】図６は、本明細書中に記載されるスコアに基づく分類システムに基づいて、健康な１０６の被験体と卵巣癌を有する１００の被験体とを含む２０６の被験体に割り当てられたスコアを示す。２を超えるか、または２と等しいスコアを有する被験体は卵巣癌と診断され得、一方、１未満か、または１と等しいスコアを有する被験体は、卵巣癌がないと診断され得る。健康な被験体から得られたデータポイントは灰色で示し、卵巣癌を有する被験体から得られたデータポイントは黒色で示す。
【手続補正３】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】全図
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
2007523346.tif 000006