【手続補正書】
【提出日】平成20年2月6日(2008.2.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）SEQ ID No. 35に示されるヌクレオチド配列；または（ｂ）SEQ ID No. 35の相補物であるヌクレオチド配列；または（ｃ）SEQ ID No. 35の縮重物であるヌクレオチド配
列；または（ｄ）SEQ ID No. 35またはSEQ ID No. 35の相補物に対して、高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；または（ｅ）SEQ ID No. 35と
少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列；または（ｆ）SEQ ID No. 35
と少なくとも７０％の配列同一性を有し、当該配列が好ましくはナイスタチンＰＫＳ酵素またはその部分をコードするか、またはそれらをコードする配列と相補的であるヌクレオチド配列を有する核酸分子。
【請求項２】
請求項１に記載の核酸分子であって、該分子が、（ａ）SEQ ID No. 1および／またはSEQ ID No. 2に示されるヌクレオチド配列；または（ｂ）SEQ ID No. 1および／またはSEQ ID No. 2の相補物であるヌクレオチド配列；または（ｃ）SEQ ID No. 1および／またはSEQ ID No. 2の縮重物であるヌクレオチド配列；または（ｄ）SEQ ID No. 1および／またはSEQ ID No. 2に対して、あるいはSEQ ID No. 1および／またはSEQ ID No. 2の相補物に対して、高ストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列；または（ｅ）SEQ ID No. 1および／またはSEQ ID No. 2と少なくとも７０％の配列同一性を有し、当該配列が好ましくはナイスタチンＰＫＳ酵素またはその部分をコードするか、またはそれらをコードする配列と相補的であるヌクレオチド配列を有する請求項１に記載の核酸分子。
【請求項３】
SEQ ID No. 35、あるいはSEQ ID No. 1および／またはSEQ ID No. 2と少なくとも８０
％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を有し、当該配列が好ましくはナイスタチンＰＫＳ酵素またはその部分をコードするか、またはそれらをコードする配列と相補的であることを特徴とする請求項１または２に記載の核酸分子。
【請求項４】
請求項１または２で定義されたヌクレオチド配列の部分を有し、当該部分が少なくとも１５ヌクレオチド長であることを特徴とする核酸分子。
【請求項５】
表１に示されたＯＲＦ１をコードするヌクレオチド配列を有さない請求項１に記載の核酸分子。
【請求項６】
表１に示されたＯＲＦ２をコードするヌクレオチド配列を有さない請求項１に記載の核酸分子。
【請求項７】
マクロライド抗生物質またはポリケチド部分の合成において機能性活性を有する、一以上のポリペプチドをコードするか、または一以上の遺伝子要素を有する、請求項１〜６のいずれかに記載の核酸分子。
【請求項８】
前記マクロライド抗生物質またはポリケチド部分がナイスタチンまたはナイスタチン誘導体であることを特徴とする請求項７に記載の核酸分子。
【請求項９】
請求項１〜６のいずれかに記載の核酸分子であって、当該分子が、一以上の遺伝子、および／または一以上の調節配列、および／または一以上のモジュール、あるいは酵素ドメイン、あるいはＰＫＳ遺伝子クラスターの非コードの、またはコード機能性の遺伝子要素を有することを特徴とする請求項１〜６のいずれかに記載の核酸分子。
【請求項１０】
表１に示されたSEQ ID No. 35、1または2内の、いずれか一以上のヌクレオチド「始点
」および「終点」の位置により定義されるヌクレオチド配列を有する請求項３〜９のいずれかに記載の核酸分子。
【請求項１１】
表１に示されたSEQ ID No. 35、1または2内の、「始点」および「終点」位置を有する
、いずれかの一以上のヌクレオチド配列の間に存在するとして定義されるヌクレオチド配列を有する請求項３〜９のいずれかに記載の核酸分子。
【請求項１２】
SEQ ID No 3〜20または36〜43から選択されるアミノ酸配列の一以上をコードするヌク
レオチド配列、あるいはそれに相補的であるかまたはそれと縮重するヌクレオチド配列を有するか、あるいはSEQ ID No 3〜20または36〜43のいずれか一つと少なくとも７０％の
配列同一性を示すアミノ酸配列の一以上をコードするヌクレオチド配列を有する核酸分子。
【請求項１３】
SEQ ID No 3〜20または36〜43のいずれか一つと少なくとも８５％の配列同一性を示す
アミノ酸配列の一以上をコードする請求項１２に記載の核酸分子。
【請求項１４】
請求項１〜１３のいずれかで定義された核酸分子によりコードされたポリペプチド。
【請求項１５】
（ａ）SEQ ID No 3〜20または36〜43のいずれか一つ以上に示されるアミノ酸配列の全
部または一部；または（ｂ）SEQ ID No 3〜20または36〜43のいずれか一つ以上と少なく
とも７０％の配列同一性を有するアミノ酸配列の全部または一部を有する請求項１４に記載のポリペプチド。
【請求項１６】
前記（ｂ）のアミノ酸配列が、SEQ ID No 3〜20または36〜43のいずれか一つ以上と少
なくとも８５％の配列同一性を有するアミノ酸配列であることを特徴とする請求項１４に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
マクロライド抗生物質またはポリケチド部分の合成において機能性活性を有する請求項１４〜１６または請求項１１のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１８】
SEQ ID No. 3〜20または36〜43のいずれか一つの機能性領域を有し、該機能性領域は表２で定義されたものであることを特徴とする請求項１４〜１７のいずれかに記載のポリペプチド。
【請求項１９】
請求項１〜１３のいずれかで定義された核酸分子を有する発現ベクター。
【請求項２０】
請求項１〜１３のいずれかで定義された核酸分子または請求項１９で定義された発現ベクターを有する宿主細胞またはトランスジェニック生物体。
【請求項２１】
請求項１〜１３のいずれかで定義された核酸分子を宿主細胞内で発現させることを含むポリケチドまたはマクロライド分子を産生する方法。
【請求項２２】
修飾ＰＫＳ系の調製、または修飾ポリケチド分子の調製における請求項１〜１３のいずれかで定義された核酸分子の使用。
【請求項２３】
請求項１〜１３のいずれかで定義される核酸分子を修飾すること、または請求項１〜１３のいずれかで定義される核酸分子を、ＰＫＳをコードするさらなる核酸分子に導入することを含む修飾ＰＫＳ系または修飾ポリケチド分子の調製方法。
【請求項２４】
修飾ポリケチドシンターゼ酵素または酵素系をコードするヌクレオチド配列を有する核酸分子を調製する方法であって、（ａ）請求項１〜１３のいずれかで定義される核酸分子を足場として使用し、酵素活性または他の機能性活性をコードする核酸分子の一以上の部分を修飾すること；または（ｂ）酵素活性または他の機能性活性をコードするヌクレオチド配列の一以上の部分を、代りの（異なった第２の）ＰＫＳ足場に導入することを含むことを特徴とする請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
修飾ナイスタチンＰＫＳをコードするヌクレオチド配列を有する核酸分子の調製方法であって、前記修飾ナイスタチンＰＫＳが請求項１〜１３で定義される核酸分子によりコードされたナイスタチンＰＫＳから誘導されるものであり、当該核酸分子が酵素活性または他の機能性活性をコードする第１領域と、足場となるアミノ酸配列をコードする第２領域とを有し、該方法は、(a) 前記少なくとも一つの第１領域を修飾すること；あるいは(b) 前記少なくとも一つの第１領域を、異なるＰＫＳコードヌクレオチド配列からの、足場コードの第２領域に取り込ませることを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
請求項２５で定義されたように調製された核酸分子を、修飾ナイスタチンＰＫＳが発現するような条件下で宿主細胞内に発現させることを含む、請求項２５で定義された修飾ナイスタチンＰＫＳの調製方法。
【請求項２７】
請求項１〜１３のいずれかで定義された核酸分子から、請求項２３〜２６のいずれかで定義された方法により誘導される修飾ＰＫＳ系。
【請求項２８】
SEQ ID No. 3〜20または36〜43のポリペプチドの一以上、あるいはSEQ ID No. 5〜7、20、または37〜39の一以上のモジュールにおける酵素ドメインの一以上が、修飾されてい
ることを特徴とする修飾ナイスタチンＰＫＳを含む、請求項２７に記載の修飾ＰＫＳ系。
【請求項２９】
（ｉ）Nys Cのモジュール５内のＥＲドメイン（SEQ ID No. 7のアミノ酸4953-5239）が不活性化され；または
（ｉｉ）Nys Cの一モジュール（SEQ ID No. 7）が取り除かれ；または
（ｉｉｉ）Nys Cのモジュール８内のＤＨドメイン（SEQ ID No. 7のアミノ酸10086-10289）が不活性化され；または
（ｉｖ）Nys Cのモジュール７内のＫＲドメイン（SEQ ID No. 7のアミノ酸8812-9086）が不活性化された
ことを特徴とする修飾ナイスタチンＰＫＳを含む、請求項２７に記載の修飾ナイスタチンＰＫＳ系。
【請求項３０】
コロニーライブラリーを含む細胞コロニー群であって、該ライブラリーの各コロニーが請求項２７〜２９のいずれかで定義された、異なる修飾ＰＫＳを含む、多数の細胞コロニー群。
【請求項３１】
請求項３０で定義されたコロニーのライブラリーを培養することを含むことを特徴とするＰＫＳ複合体のライブラリーまたはポリケチド分子のライブラリーを構築する方法。
【請求項３２】
請求項３１で定義された方法により得られ、または得られ得るＰＫＳ複合体のライブラリーまたはポリケチド分子のライブラリー。
【請求項３３】
前記ライブラリーのポリケチドの一員が請求項２７〜２９のいずれかで定義された修飾ＰＫＳ系により合成されることを特徴とするポリケチドのコンビナトリアルライブラリー。
【請求項３４】
（ａ）請求項２３〜２５のいずれかで定義される方法により調製された核酸分子、または（ｂ）請求項２７〜２９のいずれかで定義された修飾ＰＫＳ系を含む宿主細胞またはトランスジェニック生物体。
【請求項３５】
請求項３４で定義される宿主細胞またはトランスジェニック生物体により産生され、または産生され得るポリケチド。
【請求項３６】
請求項３５で定義されたポリケチドから誘導される抗生物質。