【手続補正書】
【提出日】平成30年12月3日(2018.12.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における、対象区間、例えばサブゲノム区間および／または発現サブゲノム区間（またはそれを含有する細胞）のクローンプロファイルを評価または提供する方法であって、下記（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、および、任意に（ｃ）を含む方法：
（ａ）各メンバーが前記対象からの核酸を含む複数のメンバー、例えば固形腫瘍または血液悪性腫瘍の試料からの複数の腫瘍メンバー、を含む核酸ライブラリを得ること；
（ｂ）それぞれが前記対象区間を含む複数の選択メンバーまたはその一部を提供し、ライブラリキャッチを提供するために、前記ライブラリをベイトセットと接触させること；
任意に、（ｃ）例えば、前記対象区間の増幅配列を提供するために、前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅すること；および
（ｄ）前記対象区間の１回以上の出現の配列を得て、それによって前記対象区間のクローンプロファイルを提供または評価すること。
【請求項２】
下記（ｉ）〜（ｖｉｉ）のうちの１または複数を有する、請求項１に記載の方法：
（ｉ）段階（ａ）が前記対象からの核酸を断片化する、例えばせん断することを含む、
（ｉｉ）段階（ｂ）が、溶液ハイブリダイゼーションの条件下で前記ライブラリを前記ベイトセットと接触させることを含む、
（ｉｉｉ）段階（ｂ）が、表面ベースのハイブリダイゼーションの条件下で前記ライブラリを前記ベイトセットと接触させることを含み、任意に、段階（ｂ）が、表面上の前記ベイトセット、例えば複数のベイトを含む基材上に配置されたベイトセットと前記ライブラリを接触させる段階を含み、
（ｉｖ）段階（ｃ）が、
（１）前記メンバー中の標的／対象核酸との配列特異的相互作用に依存するかまたはそれを含む方法によって、例えば、前記メンバー中の標的／対象核酸に結合するプライマーを用いて、前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅することによって、前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅すること、
（２）プライマー対を用いて前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅すること（前記メンバー中の標的／対象核酸に前記プライマー対の少なくとも１つのメンバーが結合しない）、
（３）前記メンバー中の標的／対象核酸との配列特異的相互作用に依存しないか、またはそれを含まない方法によって前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅すること、または、
（４）前記メンバー中の標的／対象核酸に結合しないプライマー対を用いて前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅することによって、前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅すること、
（ｖ）段階（ｃ）または前記方法が、メンバー中の標的／対象核酸との配列特異的相互作用に依存する方法によって、例えば、前記メンバー中の標的／対象核酸に結合するプライマーを用いて、前記複数のものの各メンバーを増幅することによって、前記複数のものの各メンバーまたは何れかのメンバーを増幅することを含まない、
（ｖｉ）段階（ｄ）が、
前記ライブラリからのメンバー（またはライブラリキャッチ）からの対象区間に対する読み取り（read）を得ること；
複数のメンバーのそれぞれについて、前記対象区間内のヌクレオチド位置に対する前記読み取り（read）からヌクレオチド値を割り当てること
を含む、または
（ｖｉｉ）段階（ｄ）が、
例えば、配列決定を含む方法によって、例えば次世代配列決定法で、メンバー、例えば前記ライブラリまたはライブラリキャッチからの腫瘍メンバーからサブゲノム区間に対する読み取り（read）を得ること；
アライメント方法によって前記読み取り（read）をアライメントすること；および
予め選択されたヌクレオチド位置に対して前記読み取り（read）からヌクレオチド値を割り当てる（例えば、ベイジアン法を用いて、例えば突然変異を呼び出す）こと
を含む。
【請求項３】
前記対象区間での第１の対立遺伝子またはシグネチャー（例えば第１のＶセグメント）の配列を比較値、例えば予め選択された値、例えば第２の対立遺伝子またはシグネチャー（例えば第２のＶセグメント）の配列の関数である値と比較すること、および／または、下記（ｅ）をさらに含む、請求項１または２に記載の方法：
（ｅ）（ｉ）前記対象区間での配列、シグネチャーまたは対立遺伝子の分布、発現（サブゲノムシグネチャーの転写コピーの出現またはレベル）、存在量または同一性、例えば配列、シグネチャーもしくは対立遺伝子の相対的存在量、または前記対象区間での複数の配列、シグネチャーもしくは対立遺伝子のそれぞれの相対的存在量についての値；または
（ｉｉ）可変性、例えば、体細胞高頻度変異から生じる配列可変性、例えば連結部でのインデルの形成による、ＶＤ、ＤＪもしくはＶＪ連結、またはＣＤＲ、例えば重鎖ＣＤＲ３から生じる配列可変性、シグネチャーまたは対象区間内の配列可変性についての値であって、例えば、可変性についての値が、対象または試料中の前記対象区間について存在する異なる変異体の数の関数である、値
を得ること、
任意に、（ｉ）が、下記を含み、
（ａ）前記対象区間での複数の配列、対立遺伝子またはシグネチャーの存在量に対する、前記対象区間での第１の配列、対立遺伝子またはシグネチャーの相対的存在量についての値を得ること、
（ｂ）第２の対象区間での第２の配列、対立遺伝子またはシグネチャーの存在量に対する、前記対象区間での第１の配列、対立遺伝子またはシグネチャーの相対的存在量についての値を得ること、または、
（ｃ）発現サブゲノム区間での、配列、対立遺伝子またはシグネチャー、例えば再編成、例えば転座の出現またはレベルについての値を得ること（任意に、段階（ｃ）は、対応するサブゲノム区間で、配列、対立遺伝子またはシグネチャー、例えば再編成、例えば転座の出現またはレベル、についての値を得ることをさらに含む）、
任意に、（ｉｉ）が、
対象区間で生じる異なる配列、対立遺伝子またはシグネチャーの数についての値を得ること
を含む。
【請求項４】
第１の対象区間での、配列、対立遺伝子またはシグネチャー、例えばＶセグメント、またはＶＤＪもしくはＶＪ再編成のクローンプロファイルおよび下記を提供する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法：
ｉ）前記対象の表現型、例えば疾患状態；または
ｉｉ）第２の対象区間での遺伝子型、例えば表１〜４もしくは表５Ａ〜９のいずれかにおける遺伝子またはＭＨＣ遺伝子、例えばＭＨＣクラスＩもしくはＭＨＣクラスＩＩ遺伝子、の遺伝子型、
任意には、前記表現型が、
感染因子、例えば、細菌、ウイルス、原生動物または真菌による感染；
疾患のステージ；
障害、例えば癌の遺伝子型の変化；
障害の発現における変化、例えば癌の場合、処置に対する攻撃性もしくは耐性における変化、例えば癌の場合、転移の発現；
処置への反応性；
疾患または障害の進行、再燃、再発または持続；
疾患に関連する薬剤への事前の曝露；
抗原またはワクチンへの事前の曝露もしくは反応；
対象からのプロテオミクスデータ；
年齢；
性別；
体重；
病歴、例えば、疾患の既往歴もしくは以前の処置；または
環境的もしくは職業的要因
を含み、
任意には、前記第２の対象区間での遺伝子型が、体細胞突然変異、例えば再編成、例えば転座、例えば表１〜４または表５Ａ〜９のいずれかにおける遺伝子における体細胞突然変異を含む。
【請求項５】
段階（ｄ）が、下記を含む、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法：
（ｉ）前記対象区間の複数の出現のそれぞれの配列を得ること、例えば、Ｖセグメントを含む対象区間の第１の出現および前記Ｖセグメントを含む対象区間の第２の出現の配列を得ること（ここで、前記第１および第２の出現が、ＶＤ、ＤＪまたはＶＪ連結部での多様性によって異なる）、
（ｉｉ）前記対象区間および第２の異なる対象区間の配列を得ること（例えば、ここで、前記第１の対象区間が第１の遺伝子からの配列を含み、前記第２の対象区間が第２の遺伝子からの配列を含む）、または
（ｉｉｉ）前記対象区間の複数の出現、例えば、ＶＤＪ配列を含む対象区間の複数の出現、例えば、特定のＶセグメント、特定のＤセグメントおよび特定のＪセグメントを含むＶＤＪ配列を含む対象区間の複数の出現、のそれぞれの配列を得ること、
任意に、
（ａ）前記対象区間の複数の出現の第１の出現がサブゲノム区間を含み、任意に、前記対象区間の複数の出現の第２の出現がサブゲノム区間を含み、
（ｂ）前記対象区間の複数の出現の第１の出現が発現サブゲノム区間を含み、任意に、前記対象区間の複数の出現の第２の出現が発現サブゲノム区間を含み、
（ｃ）前記対象区間の複数の出現の第１の出現が、サブゲノム区間、例えば再編成、例えば転座を含み；
前記対象区間の複数の出現の第２の出現が、発現サブゲノム区間、例えばそのサブゲノム区間に対応する発現サブゲノム区間を含み、これが例えば、ゲノム再編成、例えば体細胞ゲノムの再編成の発現の評価を可能にし、例えばゲノム再編成およびその発現の相対的存在量の評価を可能にし、
任意に、サブゲノム区間に存在するシグネチャーの発現の出現またはレベルを評価することを含み、
（ｉｖ）前記対象区間および第２の異なる対象区間の配列を得ること（例えば、ここで、前記第１および第２の対象区間が、前記対象からの異なるゲノム配列、例えば第１の遺伝子からの配列および第２の遺伝子からの配列に対応する）、
任意に、
（ａ）前記第１の対象区間がＶＤＪセグメントの第１の組み合わせを含み、前記第２の対象区間がＶＤＪセグメントの第２の組み合わせを含み、例えば前記第１の対象区間が第１のＶセグメントを含み、前記第２の対象区間が第２のＶセグメントを含み、
（ｂ）前記第１の対象区間が第１のサブゲノム区間を含み、前記第２の対象区間が第２のサブゲノム区間を含み、
（ｃ）前記第１の対象区間が第１の発現サブゲノム区間を含み、前記第２の対象区間が第２の発現サブゲノム区間を含み、または
（ｄ）前記第１の対象区間がサブゲノム区間を含み、前記第２の対象区間が発現サブゲノム区間を含む。
【請求項６】
評価することが、下記（ｉ）〜（ｘｉ）のうちの１または複数を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法：
（ｉ）癌のクローンに対するクローンプロファイルを提供すること、任意に、癌の第２のクローンに対するクローンプロファイルを提供すること、さらに任意に、例えば参照物に対する、例えば癌の前記第２のクローンの存在量に対する、前記癌の第１クローンの存在量についての値を提供すること、
さらに任意に、
（ａ）遺伝子型を含む癌の第１のクローンおよび第２の遺伝子型を含む癌の第２のクローンの相対的存在量、
（ｂ）第１の突然変異、例えば再編成を含む癌の第１のクローンおよび前記の突然変異を含まない癌の第２のクローンの相対的存在量、または
（ｃ）第１の突然変異、例えば再編成、例えば転座を含む癌の第１のクローンおよび第２の突然変異、例えば異なる再編成、例えば異なる転座を含む癌の第２のクローンの相対的存在量
を提供すること、
（ｉｉ）第１のＶセグメントに対するクローンプロファイルを提供すること、
任意に、
（ａ）第２のＶセグメントに対するクローンプロファイル、または
（ｂ）前記第１のＶセグメントおよび前記第２のＶセグメントの相対的存在量についての値
を提供すること、
（ｉｉｉ）第１のＤセグメントに対するクローンプロファイルを提供すること、
任意に、
（ａ）第２のＤセグメントに対するクローンプロファイル、または
（ｂ）前記第１のＤセグメントおよび前記第２のＤセグメントの相対的存在量についての値
を提供すること、
（ｉｖ）第１のＪセグメントに対するクローンプロファイルを提供すること、
任意に、
（ａ）第２のＪセグメントに対するクローンプロファイル、または
（ｂ）前記第１のＪセグメントおよび前記第２のＪセグメントの相対的存在量についての値
を提供すること、
（ｖ）第１のＶＤＪまたはＶＪの組み合わせに対するクローンプロファイルを提供すること、
任意に、
（ａ）第２のＶＤＪまたはＶＪの組み合わせに対するクローンプロファイル、または
（ｂ）前記第１のＶＤＪまたはＶＪの組み合わせおよび前記第２のＶＤＪまたはＶＪの組み合わせの相対的存在量についての値
を提供すること、
（ｖｉ）抗体軽鎖に対するクローンプロファイルを提供すること、
任意に、
（ａ）抗体重鎖に対するクローンプロファイル、または
（ｂ）抗体軽鎖および抗体重鎖の相対的存在量についての値
を提供すること、
（ｖｉｉ）サブゲノム区間における配列、対立遺伝子またはシグネチャーに対するクローンプロファイルを提供すること、
任意に、
（ａ）発現サブゲノム区間における配列、対立遺伝子またはシグネチャーに対するクローンプロファイル、または
（ｂ）サブゲノム区間中の配列、対立遺伝子またはシグネチャーについての、および発現サブゲノム区間中の配列、対立遺伝子またはシグネチャーについての、相対的存在量に対する値
を提供すること、
（ｖｉｉｉ）対象区間中の遺伝子座、例えばＶ、ＤまたはＪセグメントにおける高頻度変異に対する可変性を提供すること、
（ｉｘ）例えば対象区間で連結部にインデルを形成することによって、ＶＤ、ＤＪまたはＶＪ連結部から生じる可変性を提供すること、
（ｘ）対象区間中のＣＤＲ、例えば重鎖ＣＤＲ３における可変性を提供すること、
（ｘｉ）表１０中の配列（または当該配列を含む細胞）に対するクローンプロファイルを提供すること。
【表１】
2018502563.tif 000001
【請求項７】
以下を含む、請求項３に記載の方法：
（Ａ）（ｅ）（ｉ）についての値を得ること、
任意に、（ｅ）（ｉ）は、下記（１）〜（１５）の１または複数を有する：
（１）前記（ｅ）（ｉ）の値が、比較値、例えば予め選択された値、例えば第２の配列、シグネチャーまたは対立遺伝子（例えば第２のＶセグメント）の存在量の関数である値に対する、対象区間における配列、シグネチャーまたは対立遺伝子（例えば第１のＶセグメント）の存在量についての値、
（２）前記（ｅ）（ｉ）の値が、比較値、例えば予め選択された値、例えば事象を欠く配列、例えば対象区間中の非突然変異配列または非再編成配列の存在量の関数である値に対する、前記対象区間における事象、例えば配列、対立遺伝子またはシグネチャー（例えば突然変異または再編成）の存在量についての値、
（３）前記（ｅ）（ｉ）の値が、対象区間でＸ個の固有の（すなわち互いに異なる）配列、シグネチャーまたは対立遺伝子のそれぞれについての相対的存在量の値（ここで、Ｘは、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００または２００以上であり、任意に、Ｘは、１，０００、１０，０００、１００，０００、１，０００，０００、１０，０００，０００または５０，０００，０００以上である）、
（４）例えば、存在量の関数、例えば相対的存在量として、例えばヒストグラムとして、前記（ｅ）（ｉ）の値を表示することをさらに含む、
（５）前記対象区間が、Ｉｇスーパーファミリー受容体、例えばＴ細胞受容体またはＢ細胞受容体からの配列を含む、
（６）前記対象区間が、Ｖセグメント、ＤセグメントまたはＪセグメントからの配列を含む、
（７）前記対象区間が表１０中の配列を含む、
（８）Ｖセグメント配列、シグネチャーまたは対立遺伝子についての相対的存在量を提供することを含む、
（９）複数のＶセグメント配列、シグネチャーまたは対立遺伝子についての相対的存在量を提供することを含む、
（１０）Ｊセグメント配列、シグネチャーまたは対立遺伝子についての相対的存在量を提供することを含む、
（１１）複数のＪセグメント配列、シグネチャーまたは対立遺伝子についての相対的存在量を提供することを含む、
（１２）Ｄセグメント配列、シグネチャーまたは対立遺伝子についての相対的存在量を提供することを含む、
（１３）複数のＤセグメント配列、シグネチャーまたは対立遺伝子についての相対的存在量を提供することを含む、
（１４）クラススイッチ領域配列、シグネチャーまたは対立遺伝子についての相対的存在量を提供することを含む、または
（１５）複数のクラススイッチ領域配列、シグネチャーまたは対立遺伝子についての相対的存在量を提供することを含む、
および／または
（Ｂ）（ｅ）（ｉｉ）についての値を得ること、
任意に、（ｅ）（ｉｉ）は、下記（１）〜（１９）の１または複数を有する：
（１）体細胞高頻度変異からの可変性についての値を得ることを含む、
（２）例えば、連結部でのインデルの形成によってＶＤ、ＤＪまたはＶＪ連結部から生じる可変性についての値を得ることを含む、
（３）ＣＤＲの、例えば重鎖ＣＤＲ３の、可変性から生じる可変性についての値を得ることを含む、
（４）前記対象区間が表１０中の配列を含む、
（５）前記対象区間の複数の固有のコピーの配列、例えば、前記対象区間における複数の固有のシグネチャーを得ることを含む、
（６）前記（ｅ）（ｉｉ）における値が、前記対象区間に対する複数の、例えばＸ個のシグネチャーにおける配列多様性についての値を含む、
（７）前記値が、前記対象区間における固有のシグネチャーの数を含む、
（８）前記値が、前記対象区間における固有のシグネチャーの表示、記録または一覧を含む、
（９）前記値が、例えば、前記対象区間の全コピーの関数としての固有のコピーの数の尺度を含む、
（１０）Ｘが、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、１００、２００、３００、４００または５００以上である、
（１１）Ｘが１，０００、１０，０００、１００，０００、１，０００，０００、１０，０００，０００または５０，０００，０００以上である、
（１２）複数のシグネチャーが全て、単一のＶＤＪまたはＶＪの組み合わせに対するものであり、例えば、選択されたＶＤＪまたはＶＪの組み合わせにおける配列多様性についての値を提供する、
（１３）前記可変性が、セグメント連結、例えば、ＶＤ、ＤＪまたはＶＪ連結部における多様性、例えば前記連結部における挿入または欠損からの可変性を含む、
（１４）前記可変性が、体細胞高頻度変異からの可変性を含む、
（１５）複数のシグネチャーのそれぞれが、異なるＶＤＪまたはＶＪの組み合わせに対するものである、
（１６）前記可変性が、セグメント連結、例えば、ＶＤ、ＤＪまたはＶＪ連結部における多様性、例えば前記連結部における挿入または欠損からの可変性を含む、
（１７）前記ライブラリが、Ｂ細胞、例えば、Ｂ細胞悪性腫瘍を含む対象、例えばマントル細胞癌を含む対象、から作製される、
（１８）前記対象区間が、Ｂ細胞受容体からの、Ｖ、ＤもしくはＪセグメントまたはＶＤもしくはＤＪ連結部をコードする配列を含む、
（１９）可変性、例えば体細胞高頻度変異、の量を比較値と比較することをさらに含み、前記比較値との予め選択された関係、例えば前記比較値より大きいことが、疾患の、転帰、予後またはステージを示す。
【請求項８】
前記ライブラリを以下と接触させることを含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法：
（ｉ）単一のベイトセット、
（ｉｉ）複数のベイトセット、
（ｉｉｉ）前記対象区間での配列；
前記対象区間でのシグネチャー；または
前記対象区間での対立遺伝子
を、捕捉する、特異的に捕捉する、予め選択された効率で捕捉する、捕捉するように最適化されている、またはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｉｖ）前記対象区間での第２の配列；
前記対象区間での第２のシグネチャー；または
前記対象区間での第２の対立遺伝子
を、捕捉する、特異的に捕捉する、予め選択された効率で捕捉する、捕捉するように最適化されている、またはそれとハイブリッド形成する、第２のベイトセット、
（ｖ）複数の、例えば少なくともＸ個の固有のベイトセット
（ここで、前記複数のベイトセットのそれぞれが、
前記対象区間からの異なる配列；
前記対象区間での異なるシグネチャー；または
前記対象区間での異なる対立遺伝子
を捕捉する、特異的に捕捉する、予め選択された効率で捕捉する、捕捉するように最適化されている、またはそれとハイブリッド形成し、
Ｘが、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００または２００と同等である）、
（ｖｉ）前記対象区間での第１の配列および第２の配列；
前記対象区間での第１のシグネチャーおよび第２のシグネチャー；または
前記対象区間での第１の対立遺伝子および第２の対立遺伝子
を捕捉する、特異的に捕捉する、予め選択された効率で捕捉する、捕捉するように最適化されている、またはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｖｉｉ）前記対象区間からの少なくともＸ個の配列；
前記対象区間での少なくともＸ個のシグネチャー；または
前記対象区間での少なくともＸ個の対立遺伝子
（ここでＸが、独立に、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００または２００と同等である）
を捕捉する、特異的に捕捉する、予め選択された効率で捕捉する、捕捉するように最適化されている、またはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｖｉｉｉ）前記対象もしくは試料中において対象区間で存在しない、第１の配列、対立遺伝子またはシグネチャーを、捕捉する、特異的に捕捉する、予め選択された効率で捕捉する、捕捉するように最適化されている、またはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｉｘ）第１のＶ、ＤまたはＪセグメントからの配列および第２のＶ、ＤまたはＪセグメントからの配列を、捕捉する、特異的に捕捉する、予め選択された効率で捕捉する、捕捉するように最適化されている、またはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｘ）Ｖセグメント（ＤまたはＪセグメントではない。）を捕捉するように最適化されているかまたはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｘｉ）Ｄセグメント（ＶまたはＪセグメントではない。）を捕捉するように最適化されているかまたはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｘｉｉ）Ｊセグメント（ＶまたはＤセグメントではない。）を捕捉するように最適化されているかまたはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｘｉｉｉ）Ｖセグメントを捕捉するように最適化されているかまたはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｘｉｖ）Ｄセグメントを捕捉するように最適化されているかまたはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｘｖ）Ｊセグメントを捕捉するように最適化されているかまたはそれとハイブリッド形成する、ベイトセット、
（ｘｖｉ）ＶＤ、ＤＪまたはＶＪ連結部にまたがる（１つまたは複数の）ベイトを含む、ベイトセット、
（ｘｖｉｉ）再編成されたＶＤＪまたはＶＪ配列にまたがる（１つまたは複数の）ベイトを含む、ベイトセット、
（ｘｖｉｉｉ）核酸類似体、例えばロックド核酸（ＬＮＡ）、ペプチド核酸（ＰＮＡ）または二環式核酸（ＢＮＡ）を含む（１つまたは複数の）ベイトを含む、ベイトセット、または、
（ｘｉｘ）機能的であるために十分に長いが、メンバーに対する最適化された親和性を有するのに十分短い（１つまたは複数の）ベイトを含む、ベイトセット。
【請求項９】
以下（ｉ）〜（ｘｉｉｉ）のうちの１または複数を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法：
（ｉ）サブゲノム区間の配列を得ることおよび発現サブゲノム区間の配列を得ること、
（ｉｉ）サブゲノム区間のクローンプロファイルを評価すること、
（ｉｉｉ）発現サブゲノム区間のクローンプロファイルを評価すること、
（ｉｖ）  サブゲノム区間のクローンプロファイルを評価することおよび発現サブゲノム区間のクローンプロファイルを評価すること、
（ｖ）サブゲノム区間に存在するシグネチャー（例えば、前記シグネチャー、例えば再編成、例えば転座が、対応するサブゲノム区間に存在する）の発現の出現またはレベルを評価すること、
（ｖｉ）サブゲノム区間に存在するシグネチャー（例えば、前記シグネチャー、例えば再編成、例えば転座が、サブゲノム区間の存在量の関数である）の発現の出現またはレベルを評価すること、
（ｖｉｉ）サブゲノム区間中の配列、対立遺伝子またはシグネチャーについての、および発現サブゲノム区間中の配列、対立遺伝子またはシグネチャーについての相対的存在量に対する値を提供すること、
（ｖｉｉｉ）前記対象区間の複数の出現のそれぞれの配列を得ること
（ここで、請求項１の段階（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のうちの１つが、前記対象区間の第１の出現に対して、および前記対象区間の第２の出現に対して個別に行われ、例えば、請求項１の段階（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のうち１つが、前記第１の出現に対して第１の反応混合物中で、および前記第２の出現に対して第２の反応混合物中で行われ、
任意に、（ｖｉｉｉ）は、下記の１または複数を有する：
（１）請求項１の、（１つまたは複数の）段階（ａ）；（ｂ）；（ｃ）；（ａ）および（ｂ）；（ａ）および（ｃ）；（ｂ）および（ｃ）；または段階（ａ）、（ｂ）および（ｃ）が個別に行われる、
（２）前記対象区間の複数の固有のコピーの第１のコピーがサブゲノム区間を含む、
（３）前記対象区間の複数の固有のコピーの第２のコピーが、サブゲノム区間、例えば前記サブゲノム区間に対応する発現サブゲノム区間を含む、
（４）前記複数のうち第１の出現がサブゲノム区間を含み、例えば前記サブゲノム区間が、ＶＤＪ配列、例えば、特定のＶセグメント、特定のＤセグメントおよび特定のＪセグメントを含むＶＤＪ配列を含み；
前記複数のうち第２の出現が発現サブゲノム区間を含み、例えば前記発現サブゲノム区間が、ＶＤＪ配列、例えば特定のＶセグメント、特定のＤセグメントおよび特定のＪセグメントを含むＶＤＪ配列を含み、
任意に、前記対象区間の第１の出現が、発現サブゲノム区間を含み、
さらに任意に、前記対象区間の第２の出現が、発現サブゲノム区間を含む）、
（ｉｘ）前記対象区間の複数の出現のそれぞれの配列を得ること
（請求項１の段階（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のうちの少なくとも１つが、前記対象区間の第１の出現に対して、および対象区間の第２の出現に対して同じ反応混合物中で行われ、
任意に、（ｉｘ）は、下記の１または複数を有する：
（１）請求項１の、（１つまたは複数の）段階（ａ）；（ｂ）；（ｃ）；（ａ）および（ｂ）；（ａ）および（ｃ）；（ｂ）および（ｃ）；または段階（ａ）、（ｂ）および（ｃ）の全てが同じ反応混合物中で行われる、
（２）請求項１の段階（ｂ）において、前記対象区間の複数の出現の第１のコピーを第１のベイトセットと接触させ、請求項１の段階（ｂ）において、前記対象区間の複数の出現の第２のコピーを第２のベイトセット、例えば、前記第１のベイトセット中の何れのベイトとも異なる配列を含むベイトを含む第２のベイトセットと接触させる、または
（３）請求項１の段階（ｂ）において、前記対象区間の複数の固有のコピーの第１のコピーをベイトセットと接触させ、請求項１の段階（ｂ）において、前記対象区間の複数の固有のコピーの第２のコピーを同じベイトセットと接触させ、例えば両方のベイトセットが同じ（１つまたは複数の）ベイトを含む）、
（ｘ）前記対象区間および第２の異なる対象区間（異なるとは、異なる染色体位置から、を意味する。）の配列を得ること
（請求項１の、（１つまたは複数の）段階（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のうち１つが、前記第１の対象区間に対して第１の反応混合物、および前記第２の対象区間に対して第２の反応混合物中で行われ、
任意に、（ｘ）は、下記の１または複数を有する：
（１）請求項１の、（１つまたは複数の）段階（ａ）；（ｂ）；（ｃ）；（ａ）および（ｂ）；（ａ）および（ｃ）；（ｂ）および（ｃ）；または段階（ａ）、（ｂ）および（ｃ）の全てが個別に行われる、
（２）前記対象区間がサブゲノム区間を含む、
（３）前記第２の異なる対象区間がサブゲノム区間を含む、
（４）前記第１の対象区間が発現サブゲノム区間を含む、
（５）前記第２の異なる対象区間が発現サブゲノム区間を含む、または
（６）前記第１の対象区間がサブゲノム区間を含み、前記第２の異なる対象区間が発現サブゲノム区間を含む）、
（ｘｉ）前記対象区間および第２の異なる対象区間（異なるとは、異なる染色体位置から、を意味する。）の配列を得ること
(請求項１の段階（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のうち少なくとも１つが、前記第１の対象区間に対しておよび第２の対象区間に対して同じ反応混合物中で行われ、
任意に、（ｘｉ）は、下記の１または複数を含む：
（１）請求項１の、（１つまたは複数の）段階（ａ）；（ｂ）；（ｃ）；（ａ）および（ｂ）；（ａ）および（ｃ）；（ｂ）および（ｃ）；または段階（ａ）、（ｂ）および（ｃ）の全てが同じ反応混合物中で行われる、
（２）請求項１の段階（ｂ）において、第１の対象区間を第１のベイトセットと接触させ、請求項１の段階（ｂ）において、第２の対象区間を第２のベイトセット、例えば、前記第１のベイトセット中の何れのベイトとも異なる配列を含むベイトを含む第２のベイトセットと接触させる、
（３）請求項１の段階（ｂ）において、第１の対象区間をベイトセットと接触させ、請求項１の段階（ｂ）において、第２の対象区間を同じベイトセットと接触させ、例えば両方のベイトセットが（１つまたは複数の）同じベイトを含む）、
（ｘｉｉ）請求項１の段階（ａ）〜（ｄ）を反復すること、
任意に、
予め選択された期間の経過；
障害、例えば癌の遺伝子型における変化；
障害の発現における変化、例えば癌の場合、処置に対する攻撃性または耐性の変化、例えば癌の場合、転移の発現；
処置への反応性欠如；または
疾患もしくは障害の進行、再燃、再発または持続性
の後に、段階（ａ）〜（ｄ）を反復すること、
（ｘｉｉｉ）（ａ）染色体ＤＮＡから作製されたライブラリからのサブゲノム区間のクローンプロファイルを評価すること；および
（ｂ）ＲＮＡ、例えばｍＲＮＡから作製されたライブラリからの発現サブゲノム区間のクローンプロファイルを評価すること
任意に、例えば対象区間の選択された配列、対立遺伝子またはシグネチャーが発現されるか否かを判定するために、段階（ａ）および（ｂ）で提供される評価を比較し、
任意に、請求項１の（ａ）および／または（ｂ）が、以下を得ることを含み：
（ｉ）前記対象区間での対立遺伝子の分布、発現（サブゲノムシグネチャーの転写コピーの出現またはレベル）、存在量または同一性、例えば、対立遺伝子の相対的存在量または前記対象区間での複数の対立遺伝子のそれぞれの相対的存在量についての値；または
（ｉｉ）前記対象区間でのシグネチャーの分布、発現（サブゲノムシグネチャーの転写コピーの出現またはレベル）存在量または同一性、例えば、シグネチャーの相対的存在量または前記対象区間での複数のシグネチャーのそれぞれの相対的存在量についての値；
または
（ｉｉｉ）シグネチャーまたは対象区間内の可変性、例えば体細胞高頻度変異についての値、
任意に、
段階（ａ）が（ｉ）を含み、段階（ｂ）が（ｉ）を含み；
段階（ａ）が（ｉ）を含み、段階（ｂ）が（ｉｉ）を含み；
段階（ａ）が（ｉ）を含み、段階（ｂ）が（ｉｉｉ）を含み；
段階（ａ）が（ｉｉ）を含み、段階（ｂ）が（ｉ）を含み；
段階（ａ）が（ｉｉ）を含み、段階（ｂ）が（ｉｉ）を含み；
段階（ａ）が（ｉｉ）を含み、段階（ｂ）が（ｉｉｉ）を含み；
段階（ａ）が（ｉｉｉ）を含み、段階（ｂ）が（ｉ）を含み；
段階（ａ）が（ｉｉｉ）を含み、段階（ｂ）が（ｉｉ）を含み；または
段階（ａ）が（ｉｉｉ）を含み、段階（ｂ）が（ｉｉｉ）を含む。）。
【請求項１０】
（ｉ）前記ライブラリが、染色体ＤＮＡから作製される、
（ｉｉ）前記ライブラリが、ＲＮＡ、例えばｍＲＮＡから作製される、
（ｉｉｉ）前記ライブラリが、疾患状態組織、例えば癌細胞から作製される、
（ｉｖ）前記ライブラリが、固形腫瘍からの細胞から作製される、
（ｖ）前記ライブラリが、浸潤固形腫瘍を有する細胞、例えばＢ細胞またはＴ細胞から作製される、
（ｖｉ）前記ライブラリが、血液悪性腫瘍からの細胞から作製される、
（ｖｉｉ）前記ライブラリが無細胞ＤＮＡから作製される、
（ｖｉｉｉ）前記ライブラリが、非疾患状態の組織から作製される、
（ｉｘ）前記ライブラリが、末梢血、骨髄、腫瘍組織、腫瘍浸潤物、リンパ球、Ｂ細胞、プレＢ細胞、成熟Ｂ細胞、Ｔ細胞または無細胞ＤＮＡから作製される、
（ｘ）前記ライブラリが、腫瘍浸潤細胞、例えば腫瘍浸潤Ｂ細胞、プレＢ細胞、成熟Ｂ細胞またはＴ細胞から作製される、
（ｘｉ）前記ライブラリが、末梢Ｂ細胞、プレＢ細胞、成熟Ｂ細胞またはＴ細胞、例えばＣＤ４＋またはＣＤ８＋、Ｔ細胞から作製される、
（ｘｉｉ）前記方法が、非疾患状態組織、例えば腫瘍を付随しない細胞、例えば非腫瘍細胞、または末梢血リンパ球に対するクローンプロファイルを評価することを含む、
（ｘｉｉｉ）前記方法が、疾患状態組織、例えば腫瘍細胞もしくは腫瘍浸潤細胞、または非癌性障害に対するクローンプロファイルを評価することを含むか、または
（ｘｉｖ）前記ライブラリがＴ細胞から作製され、前記サブゲノム区間がＴ細胞受容体、例えばアルファ／ベータまたはデルタ／ガンマ、ＴＣＲ鎖をコードする配列を含む、
請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
下記を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法：
（ｉ）（ａ）第１の細胞タイプからの、例えば、前記第１の細胞タイプから作製される、例えば、前記第１の細胞タイプからの染色体ＤＮＡまたはＲＮＡ、例えばｍＲＮＡから作製されたライブラリからの、対象区間のクローンプロファイルを評価すること；および
（ｂ）第２の細胞タイプからの、例えば、前記第２の細胞タイプから作製される、例えば、前記第２の細胞タイプからの染色体ＤＮＡまたはＲＮＡ、例えばｍＲＮＡから作製されたライブラリからの、対象区間のクローンプロファイルを評価すること；
任意に、例えば対象区間の対立遺伝子またはシグネチャーが発現されるか否かを判定するために、（ａ）および（ｂ）で提供される評価を比較すること、
（ｉｉ）（ａ）第１の細胞タイプからの対象区間のクローンプロファイルを評価すること；
（ｂ）第２の細胞タイプからの対象区間のクローンプロファイルを評価すること；および
任意に、例えば対象区間の対立遺伝子またはシグネチャーが発現されるか否かを判定するために、（ａ）および（ｂ）で提供される評価を比較すること、
（ｉｉｉ）（ａ）染色体ＤＮＡから作製されたライブラリからの対象区間のクローンプロファイルを評価すること；および
（ｂ）ＲＮＡ、例えばｍＲＮＡ、例えばｃＤＮＡから作製されたライブラリからの対象区間のクローンプロファイルを評価すること； 
任意に、例えば対象区間の対立遺伝子またはシグネチャーが発現されるか否かを判定するために、段階（ａ）および（ｂ）で提供される評価を比較すること、
（ｉｖ）（ａ）第１の期間に対象区間のクローンプロファイルを評価すること；および
（ｂ）第２の期間に対象区間のクローンプロファイルを評価すること； 
任意に、例えば対象区間の対立遺伝子またはシグネチャーが発現されるか否かを判定するために、段階（ａ）および（ｂ）で提供される評価を比較すること、
（ここで、任意に、前記第１の期間が予め選択された事象の前であり、第２の期間が予め選択された事象の後であり、前記予め選択された事象が、感染、医学的または外科的手順、例えば移植を受けること、診断または処置、例えば第１選択の処置もしくは第二選択の処置の投与、再発または再燃または疾患を含み得る）
（ｖ）疾患状態細胞からの対象区間からの、配列、対立遺伝子またはシグネチャーのクローンプロファイルを評価すること；および
疾患状態細胞からの前記対象区間からの、配列、対立遺伝子またはシグネチャーのクローンプロファイルを評価すること、
または
（ｖｉ）疾患状態細胞からの第１の対象区間からの、配列、対立遺伝子またはシグネチャーのクローンプロファイルを評価すること；および
疾患状態細胞からの第２の異なる対象区間からの、配列、対立遺伝子またはシグネチャーのクローンプロファイルを評価すること。
【請求項１２】
前記対象が、
（ｉ）癌を有するか、
（ｉｉ）血液癌を有するか、
（ｉｉｉ）固形腫瘍を有するか、
（ｉｖ）Ｂ細胞悪性腫瘍、例えばマントル細胞癌を有するか、
（ｖ）癌以外の障害を有するか、
（ｖｉ）免疫障害、例えば自己免疫障害、免疫不全、例えば遺伝性または後天性免疫不全、例えばＡＩＤＳまたはＨＩＶ感染を有するか、
（ｖｉｉ）移植片レシピエント、例えば、骨髄レシピエント、実質臓器レシピエントまたは皮膚移植片レシピエントであるか、または、
（ｖｉｉｉ）感染または感染性疾患、例えば、ウイルス性、細菌性、原生動物性または真菌性の感染もしくは疾患を有し、および／または、
前記対象区間が、
（ｉ）表１０中の配列、
（ｉｉ）Ｖ、ＤまたはＪセグメント、
（ｉｉｉ）クローン事象を代表する、ヌクレオチド位置または連結部または配列
（ｉｖ）Ｔ細胞クローンまたはＢ細胞クローンを代表する、ヌクレオチド位置または連結部または配列
を含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
（ｉ）前記複数のメンバーの各メンバー中の対象からの核酸の５’または３’末端にアダプター配列を付着させる、例えば連結することを含む、
（ｉｉ）前記複数の核酸メンバーの各メンバー中の対象からの核酸の５’および３’末端にアダプター配列を付着させる、例えば連結することを含む、
（ｉｉｉ）前記複数のメンバーの各メンバーが、５’から３’方向に、５’アダプター配列、対象配列（例えば、ゲノムまたは転写配列）および３’アダプターを含む、
（ｉｖ）前記複数のメンバーの各メンバーが、５’から３’方向に、５’アダプター配列、対象配列（例えば、ゲノムまたは転写配列）および３’アダプター配列を含み、前記アダプター配列のうち１つが、識別子、例えばバーコードとして機能し得る配列を含む、
（ｖ）前記複数のものの各メンバーが、前記アダプター配列に特異的なプライマーで増幅される、
（ｖｉ）前記複数のものの各メンバーが、前記５’アダプター配列に結合するプライマーまたは前記３’アダプター配列に結合するプライマーを含むプライマーセットを用いて増幅される、
（ｖｉｉ）前記複数のものの各メンバーが、前記５’アダプター配列に結合するプライマーを含むプライマーセットを用いて増幅される、
（ｖｉｉｉ）前記複数のものの各メンバーが、前記３’アダプター配列に結合するプライマーを含むプライマーセットを用いて増幅される、
（ｉｘ）前記複数のものの各メンバーが、前記アダプター配列に特異的なプライマーおよび前記メンバーにおける標的／対象核酸に特異的なプライマーを用いて増幅される、
請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
下記の（ｉ）〜（ｉｖ）の１または複数をさらに含む、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法：
（ｉ）第２の対象区間、例えば表１〜４または表５Ａ〜９のいずれかにおける遺伝子からの配列を含む対象区間の配列を提供すること、
（ｉｉ）第２の対象区間、例えばｍｉＲＮＡ、プロモーターまたは他の要素をコードする配列を含む対象区間の配列を提供すること、
（ｉｉｉ）免疫グロブリンまたはＴ細胞もしくはＢ細胞受容体遺伝子以外の遺伝子からのものである第２の対象区間の配列を提供すること、
（ｉｖ）第３の、または少なくともＸ個（Ｘが４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０または５００と等しい）のさらなる対象区間の配列、例えば表１〜４または表５Ａ〜９のいずれかにおける遺伝子の配列を提供すること、
（任意に、前記第３の、またはＸ個のさらなる対象区間が、免疫グロブリン、Ｂ細胞受容体またはＴ細胞受容体遺伝子以外の遺伝子からのものであり、
任意に、Ｘが、５、１０、２０、３０、４０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０または５００以上である）。
【請求項１５】
下記を含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法：
（ｉ）（ａ）第１の対象区間のクローンプロファイル、例えば、第１の細胞タイプからの、例えば前記第１の細胞タイプ、例えば非癌細胞または非悪性細胞（例えば腫瘍浸潤リンパ球）から作製されたライブラリからの、表１０における配列を評価すること；および
（ｂ）第２の対象区間の配列、例えば、第２の細胞タイプからの、例えば前記第２の細胞タイプ、例えば癌細胞または悪性細胞から作製されたライブラリからの、表１〜９のいずれかにおける配列を提供すること、
（ｉｉ）（ａ）第１の対象区間のクローンプロファイル、例えば、第１の細胞タイプからの、例えば前記第１の細胞タイプ、例えば非癌細胞または非悪性細胞（例えば腫瘍浸潤リンパ球）から作製されたライブラリからの、表１０における配列を評価すること；および
（ｂ）第２、第３または少なくともＸ個のさらなる対象区間の配列、例えば、第２の細胞タイプからの、例えば前記第２の細胞タイプ、例えば癌細胞または悪性細胞から作製されたライブラリからの、例えば表１〜９における配列を提供すること（ここでＸは、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０または５００に等しい。）
（ｉｉｉ）（ａ）第１の、第２の、または少なくともＸ個のさらなる対象区間のクローンプロファイル、例えば、第１の細胞タイプからの、例えば前記第１の細胞タイプ、例えば非癌細胞または非悪性細胞（例えば腫瘍浸潤リンパ球）から作製されたライブラリからの、表１０における配列を評価すること（ここでＸは、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０または５００に等しい。）；および
（ｂ）（Ｘ＋１）番目の対象区間の配列、例えば、第２の細胞タイプからの、例えば前記第２の細胞タイプ、例えば癌細胞または悪性細胞から作製されたライブラリからの、表１〜９のいずれかにおける遺伝子の配列を提供すること、
（ｉｖ）（ａ）１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、またはそれ以上）の対象区間のクローンプロファイル、例えば、第１の細胞タイプからの、例えば前記第１の細胞タイプ、例えば非癌細胞または非悪性細胞（例えば腫瘍浸潤リンパ球）から作製されたライブラリからの、表１０における配列を評価すること；および
（ｂ）１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、またはそれ以上）の対象区間の配列、例えば、第２の細胞タイプからの、例えば前記第２の細胞タイプ、例えば癌細胞または悪性細胞から作製されたライブラリからの、表１〜９のいずれかにおける遺伝子における配列を提供すること、
任意に、前記第１の細胞タイプまたは前記第１の細胞タイプから作製されたライブラリが、前記第２の細胞タイプまたは前記第２の細胞タイプから作製されたライブラリが得られる試料と同じ試料から得られるか、または、前記第２の細胞タイプまたは前記第２の細胞タイプから作製されたライブラリが得られる試料とは異なる試料から得られ、
任意に、（ｉ）〜（ｉｖ）のいずれかは、下記によって、前記第２の（または続く）対象区間の配列を提供することを含む：
（ａ）各メンバーが対象からの核酸を含む複数のメンバーを含む核酸ライブラリ、例えば請求項１に記載のライブラリを得ること；
（ｂ）それぞれが前記第２の（または続く）対象区間を含む複数の選択メンバーまたはその一部を提供し、ライブラリキャッチを提供するために、例えば溶液または表面ハイブリダイゼーションの条件下で、前記ライブラリをベイトセットと接触させること；
（ｃ）例えば前記メンバー中での標的／対象核酸との配列特異的相互作用に依存しない方法によって、例えば、前記メンバー中の標的／対象核酸に結合しないプライマーを用いて前記複数のものの各メンバーを増幅することによって、前記複数のものの各メンバーを増幅すること；および
（ｄ）対象区間のそれぞれの配列を得ること。
【請求項１６】
例えば、染色体腕の少なくとも５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０もしくは９０％または全てを含む、全腕または大きな再編成、例えば再編成、例えば転座、複製、挿入または欠失の出現について対象を評価する方法であって、以下を含む、方法：
（ａ）各メンバーが対象からの核酸を含む複数のメンバーを含む核酸ライブラリを得ること；
（ｂ）それぞれが対象区間を含む複数の選択メンバーまたはその一部を提供し、ライブラリキャッチを提供するために、例えば溶液ハイブリダイゼーションの条件下で前記ライブラリをベイトセットと接触させること；
（ｃ）例えば前記メンバー中での標的／対象核酸との配列特異的相互作用に依存しない方法によって、例えば、前記メンバー中の標的／対象核酸に結合しないプライマーを用いて前記複数のものの各メンバーを増幅することによって、前記複数のものの各メンバーを増幅すること；
（ｄ）全腕または大きな再編成の存在もしくは非存在の決定を可能にすることなどのために、染色体上に配置される複数の対象区間の配列を得ること、
任意に、前記大きな再編成が、例えば染色体の少なくとも約５％、１０％、２０％、３０％、４０％もしくは５０％、または染色体の腕（例えば長腕または短腕）の少なくとも約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％もしくは１００％に影響を及ぼす。
【請求項１７】
下記を含む、対象を評価する方法：
（ａ）各メンバーが前記対象からの核酸を含む複数のメンバー、例えば血液癌試料からの複数の腫瘍メンバーを含む核酸ライブラリを得ること；
（ｂ）それぞれが対象区間を含む複数の選択メンバーまたはその一部を提供し、ライブラリキャッチを提供するために、例えば溶液ハイブリダイゼーションの条件下で、前記ライブラリをベイトセットと接触させること；
（ｃ）例えば前記メンバー中での標的／対象核酸との配列特異的相互作用に依存しない方法によって、例えば、前記メンバー中の標的／対象核酸に結合しないプライマーを用いて前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅することによって、前記複数の選択メンバーの各メンバーを増幅すること；
（ｄ）サブゲノム区間および発現サブゲノム区間の配列を得ること；
それによって前記対象を評価すること；
ここで、
（ｉ）前記方法が、サブゲノム区間および発現サブゲノム区間の両方を提供するベイトセットと前記ライブラリを接触させることを含み；
（ｉｉ）前記方法が、サブゲノム区間を提供する第１のベイトセットおよび発現サブゲノム区間を提供する第２のベイトセットと前記ライブラリを接触させることを含み；
（ｉｉｉ）前記ライブラリがゲノムＤＮＡを含み、サブゲノム区間を提供するベイトセットと接触させられ、前記方法が、発現サブゲノム区間を提供するためにベイトセットと接触させられるｃＤＮＡを含む第２のライブラリをさらに含み；
（ｉｖ）前記ライブラリがゲノムＤＮＡを含み、サブゲノム区間を提供するベイトセットと接触させられ、前記方法が、発現サブゲノム区間を提供するために第２のベイトセットと接触させられるｃＤＮＡを含む第２のライブラリをさらに含み；
（ｖ）前記方法が、第１の反応混合物において、第１の対象区間、例えばサブゲノム区間を提供するために、および第２の反応混合物において、例えば前記サブゲノム区間に対応する、第２の対象区間、例えば発現サブゲノム区間を提供するために、段階（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のうち１つを実施することを含み、
任意に、前記方法は、下記の１または複数を有する：
（１）（１つまたは複数の）段階（ａ）；（ｂ）；（ｃ）；（ａ）および（ｂ）；（ａ）および（ｃ）；（ｂ）および（ｃ）；または段階（ａ）、（ｂ）および（ｃ）の全てが個別に行われるか、
（２）前記サブゲノム区間および発現サブゲノム区間が、独立して、表１〜４のいずれかにおける遺伝子の配列から選択されるか、
（３）少なくともＸ個（ここでＸが、２、３、４、５、１０、２０、３０、４０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００と等しいかまたはこれを超える）の対象区間の配列を提供することを含むか、
（４）前記サブゲノム区間および前記発現サブゲノム区間が、同じ対象区間に対応し、例えば、同じ遺伝子からの配列を含む。