【手続補正書】
【提出日】平成31年3月6日(2019.3.6)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
分析物を検出するための表面増強ラマン分光法（ＳＥＲＳ）活性試薬であって、
（ａ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｂ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｃ）１または複数のラマン活性マーカーを含む、試薬。
【請求項２】
前記ＳＥＲＳ活性表面が、金属（銀、金、Ｃｕ、ある特定の他の遷移金属および窒化チタンを含むがこれらに限定されない）、半導体基材（酸化チタン、酸化亜鉛、セレン化亜鉛を含むがこれらに限定されない）または半金属（グラフェンおよび二硫化モリブデンを含むがこれらに限定されない）からなる群から選択される、請求項１に記載の試薬。
【請求項３】
前記アプタマーが官能化されている、請求項１に記載の試薬。
【請求項４】
前記アプタマーが、前記ＳＥＲＳ活性表面に共有結合により、または非共有結合により付加されている、請求項３に記載の試薬。
【請求項５】
前記アプタマーが、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５および６６からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の試薬。
【請求項６】
前記ラマン活性マーカーが、色素、蛍光マーカー、カーボンナノチューブ、フラーレン、アルケン、アルキンまたはアジドを含む、請求項１に記載の試薬。
【請求項７】
前記ラマン活性マーカーが、蛍光または非蛍光ラマン高感度マーカーであり、前記マーカーが、アジド、アルキン、フルオレセイン（ＦＡＭ）、カルボキシテトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、Ｃｙ３、Ｔｅｘａｓ−Ｒｅｄ（ＴＲ）、Ｃｙ３．５、ローダミン６Ｇ、Ｃｙ５、ＴＲＩＴ（テトラメチルローダミンイソチオール）、ＮＢＤ（７−ニトロベンズ−２−オキサ−１，３−ジアゾール）、フタル酸、テレフタル酸、イソフタル酸、クレシルファストバイオレット、クレシルブルーバイオレット、ブリリアントクレシルブルー、パラ−アミノ安息香酸、エリスロシン、ビオチン、ジゴキシゲニン、５−カルボキシ−４’，５’−ジクロロ−２’，７’−ジメトキシフルオレセイン、５−カルボキシ−２’，４’，５’，７’−テトラクロロフルオレセイン、５−カルボキシフルオレセイン、５−カルボキシローダミン、６−カルボキシローダミン、６−カルボキシテトラメチルアミノフタロシアニン、アゾメチン、シアニン、キサンチン、スクシニルフルオレセイン、アミノアクリジンおよび量子ドットからなる群から選択される、請求項６に記載の試薬。
【請求項８】
前記アプタマーが、前記分析物の結合の際にコンフォメーション変化を起こす、請求項１に記載の試薬。
【請求項９】
前記コンフォメーション変化が、前記ラマン活性マーカーを、前記ＳＥＲＳ活性表面の表面に近接近させ、ラマンシグナルにおける増強をもたらす、請求項８に記載の試薬。
【請求項１０】
前記ラマン活性マーカーが、前記アプタマーに共有結合により付加されている、請求項１に記載の試薬。
【請求項１１】
前記分析物が、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖タンパク質、リポタンパク質、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、核酸、糖、炭水化物、オリゴ糖、多糖、脂肪酸、脂質、ホルモン、代謝物、サイトカイン、ケモカイン、受容体、神経伝達物質、抗原、アレルゲン、抗体、基質、代謝物、補因子、阻害剤、薬物、医薬品、栄養素、プリオン、毒素、毒物、爆薬、農薬、化学兵器剤、バイオハザード剤、放射性同位体、ビタミン、複素環式芳香族化合物、発癌物質、変異原、麻薬、アンフェタミン、バルビツレート、幻覚剤、廃棄物および夾雑物からなる群から選択される、請求項１に記載の試薬。
【請求項１２】
ａ）（ｉ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｉｉ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｉｉｉ）１または複数のラマン活性マーカー
を含む少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬；
ｂ）少なくとも１つのラマン高感度マーカー対照；
ｃ）少なくとも１つの陽性生物学的流体または組織対照；ならびに
ｄ）少なくとも１つの陰性生物学的流体または組織対照
を含む診断キット。
【請求項１３】
ａ）（ｉ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｉｉ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｉｉｉ）１または複数のラマン活性マーカー
を含む１または複数のＳＥＲＳ活性試薬；ならびに
ｂ）ラマン検出器
を含む検出システム。
【請求項１４】
前記ラマン検出器が、携帯型であるか、または携帯型でない、請求項１３に記載のシステム。
【請求項１５】
試料収集装置をさらに含む、請求項１３に記載のシステム。
【請求項１６】
生物学的試料中の１または複数の分析物の存在を決定するための方法であって、
ａ）生物学的試料を受け取るステップ；
ｂ）前記生物学的試料を、
（ｉ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｉｉ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｉｉｉ）１または複数のラマン活性マーカー
を含む少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬と接触させるステップ；
ｃ）前記分析物を前記アプタマーと接触させるステップ；
ｄ）前記分析物を前記アプタマーを結合させるステップであって、前記結合が、前記アプタマーにコンフォメーション変化を起こさせる、ステップ；
ｅ）前記１または複数の分析物に結合した前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬を照射するステップ；
ｆ）ラマンシグナルを検出して、ラマンスペクトル（単数または複数）を生成するステップ；ならびに
ｇ）（ｆ）において検出された前記ラマンシグナルを、対照の参照ラマンシグナルと比較するステップであって、（ｆ）において検出された前記ラマンシグナルが、前記参照ラマンシグナルとは異なる場合に、前記生物学的試料中の１または複数の分析物の存在が決定される、ステップ、
を含む方法。
【請求項１７】
対照と比較した、（ｆ）における前記ラマンスペクトル中の前記ラマンシグナルにおける増加が、前記１または複数の分析物の量と相関し得る、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記分析物の結合の際の前記アプタマーにおける前記コンフォメーション変化が、前記ラマン活性マーカーを、前記ＳＥＲＳ活性表面に近接近させる、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬のラマンシグナルを、対象における疾患または障害の指標とする方法であって、
（ａ）対象から受け取った生物学的試料を、
（ｉ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｉｉ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｉｉｉ）１または複数のラマン活性マーカー
を含む少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬と接触させるステップ；
（ｂ）前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬の、前記生物学的試料中の１または複数の分析物への結合を可能にするステップであって、前記結合が、前記ＳＥＲＳ活性試薬の前記１または複数のアプタマーにおいてコンフォメーション変化を引き起こす、ステップ；
（ｃ）前記１または複数の分析物に結合した前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬を照射するステップ；
（ｄ）前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬のラマンシグナルを検出するステップ；ならびに
（ｅ）（ｄ）において検出された前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬の前記ラマンシグナルを、実験室で得られた陰性対照試料、対照対象（健康な対象）から受け取った生物学的試料、または多数の対照対象（健康な対象）からのプールされた生物学的試料において検出された前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬の参照ラマンシグナルと比較するステップであって、（ｄ）において検出された前記ラマンシグナルが、位置および／または強度において前記参照ラマンシグナルとは異なる場合に、前記疾患が示される、ステップ
を含む方法。
【請求項２０】
前記疾患または障害が、感染性疾患、増殖性疾患、神経変性疾患、がん、心理的疾患、代謝疾患、自己免疫疾患、性行為感染症、胃腸疾患、肺疾患、心血管疾患、ストレス関連障害および疲労関連障害、真菌性疾患、病原体疾患ならびに肥満関連障害からなる群から選択される、請求項１９に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５９】
本発明の他の目的、特徴および利点は、以下の詳細な説明から明らかとなる。しかしこの詳細な説明から、本発明の精神および範囲の内の種々の変更および修正が当業者に明らかになるので、この詳細な説明および具体的な実施例は、本発明の好ましい実施形態を示してはいるものの、例示のみとして与えられていることを理解すべきである。
特定の実施形態において、例えば、以下が提供される：
（項目１）
分析物を検出するための表面増強ラマン分光法（ＳＥＲＳ）活性試薬であって、  （ａ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｂ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｃ）１または複数のラマン活性マーカーを含む、試薬。
（項目２）
前記ＳＥＲＳ活性表面が、金属（銀、金、Ｃｕ、ある特定の他の遷移金属および窒化チタンを含むがこれらに限定されない）、半導体基材（酸化チタン、酸化亜鉛、セレン化亜鉛を含むがこれらに限定されない）または半金属（グラフェンおよび二硫化モリブデンを含むがこれらに限定されない）からなる群から選択される、項目１に記載の試薬。
（項目３）
前記アプタマーが官能化されている、項目１に記載の試薬。
（項目４）
前記アプタマーが、前記ＳＥＲＳ活性表面に共有結合により、または非共有結合により付加されている、項目３に記載の試薬。
（項目５）
前記アプタマーが、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５および６６からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、項目１に記載の試薬。
（項目６）
前記ラマン活性マーカーが、色素、蛍光マーカー、カーボンナノチューブ、フラーレン、アルケン、アルキンまたはアジドを含む、項目１に記載の試薬。
（項目７）
前記ラマン活性マーカーが、蛍光または非蛍光ラマン高感度マーカーであり、前記マーカーが、アジド、アルキン、フルオレセイン（ＦＡＭ）、カルボキシテトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、Ｃｙ３、Ｔｅｘａｓ−Ｒｅｄ（ＴＲ）、Ｃｙ３．５、ローダミン６Ｇ、Ｃｙ５、ＴＲＩＴ（テトラメチルローダミンイソチオール）、ＮＢＤ（７−ニトロベンズ−２−オキサ−１，３−ジアゾール）、フタル酸、テレフタル酸、イソフタル酸、クレシルファストバイオレット、クレシルブルーバイオレット、ブリリアントクレシルブルー、パラ−アミノ安息香酸、エリスロシン、ビオチン、ジゴキシゲニン、５−カルボキシ−４’，５’−ジクロロ−２’，７’−ジメトキシフルオレセイン、５−カルボキシ−２’，４’，５’，７’−テトラクロロフルオレセイン、５−カルボキシフルオレセイン、５−カルボキシローダミン、６−カルボキシローダミン、６−カルボキシテトラメチルアミノフタロシアニン、アゾメチン、シアニン、キサンチン、スクシニルフルオレセイン、アミノアクリジンおよび量子ドットからなる群から選択される、項目６に記載の試薬。
（項目８）
前記アプタマーが、前記分析物の結合の際にコンフォメーション変化を起こす、項目１に記載の試薬。
（項目９）
前記コンフォメーション変化が、前記ラマン活性マーカーを、前記ＳＥＲＳ活性表面の表面に近接近させ、ラマンシグナルにおける増強をもたらす、項目８に記載の試薬。
（項目１０）
前記ラマン活性マーカーが、前記アプタマーに共有結合により付加されている、項目１に記載の試薬。
（項目１１）
前記分析物が、アミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、糖タンパク質、リポタンパク質、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、核酸、糖、炭水化物、オリゴ糖、多糖、脂肪酸、脂質、ホルモン、代謝物、サイトカイン、ケモカイン、受容体、神経伝達物質、抗原、アレルゲン、抗体、基質、代謝物、補因子、阻害剤、薬物、医薬品、栄養素、プリオン、毒素、毒物、爆薬、農薬、化学兵器剤、バイオハザード剤、放射性同位体、ビタミン、複素環式芳香族化合物、発癌物質、変異原、麻薬、アンフェタミン、バルビツレート、幻覚剤、廃棄物および夾雑物からなる群から選択される、項目１に記載の試薬。
（項目１２）
ａ）（ｉ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｉｉ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｉｉｉ）１または複数のラマン活性マーカー
を含む少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬；
ｂ）少なくとも１つのラマン高感度マーカー対照；
ｃ）少なくとも１つの陽性生物学的流体または組織対照；ならびに
ｄ）少なくとも１つの陰性生物学的流体または組織対照
を含む診断キット。
（項目１３）
ａ）（ｉ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｉｉ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｉｉｉ）１または複数のラマン活性マーカー
を含む１または複数のＳＥＲＳ活性試薬；ならびに
ｂ）ラマン検出器
を含む検出システム。
（項目１４）
前記ラマン検出器が、携帯型であるか、または携帯型でない、項目１３に記載のシステム。
（項目１５）
試料収集装置をさらに含む、項目１３に記載のシステム。
（項目１６）
生物学的試料中の１または複数の分析物の存在を決定するための方法であって、
ａ）生物学的試料を受け取るステップ；
ｂ）前記生物学的試料を、
（ｉ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｉｉ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｉｉｉ）１または複数のラマン活性マーカー
を含む少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬と接触させるステップ；
ｃ）前記分析物を前記アプタマーと接触させるステップ；
ｄ）前記分析物を前記アプタマーを結合させるステップであって、前記結合が、前記アプタマーにコンフォメーション変化を起こさせる、ステップ；
ｅ）前記１または複数の分析物に結合した前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬を照射するステップ；
ｆ）ラマンシグナルを検出して、ラマンスペクトル（単数または複数）を生成するステップ；ならびに
ｇ）（ｆ）において検出された前記ラマンシグナルを、対照の参照ラマンシグナルと比較するステップであって、（ｆ）において検出された前記ラマンシグナルが、前記参照ラマンシグナルとは異なる場合に、前記生物学的試料中の１または複数の分析物の存在が決
定される、ステップ、
を含む方法。
（項目１７）
対照と比較した、（ｆ）における前記ラマンスペクトル中の前記ラマンシグナルにおける増加が、前記１または複数の分析物の量と相関し得る、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記分析物の結合の際の前記アプタマーにおける前記コンフォメーション変化が、前記ラマン活性マーカーを、前記ＳＥＲＳ活性表面に近接近させる、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
対象における疾患または障害を診断するための方法であって、
ａ）対象から生物学的試料を受け取るステップ；
ｂ）前記生物学的試料を、
（ｉ）１または複数のＳＥＲＳ活性表面であって；
（ｉｉ）１または複数のアプタマーで修飾されていないか、または修飾されている；および
（ｉｉｉ）１または複数のラマン活性マーカー
を含む少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬と接触させるステップ；
ｃ）前記少なくとも１つのＳＥＲＳ試薬の、前記生物学的試料中の１または複数の分析物への結合を可能にするステップであって、前記結合が、前記ＳＥＲＳ試薬の前記１または複数のアプタマーにおいてコンフォメーション変化を引き起こす、ステップ；
ｄ）前記１または複数の分析物に結合した前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬を照射するステップ；
ｅ）前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬のラマンシグナルを検出するステップ；ならびに
ｆ）（ｅ）において検出された前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬の前記ラマンシグナルを、実験室で得られた陰性対照試料、対照対象（健康な対象）から受け取った生物学的試料、または多数の対照対象（健康な対象）からのプールされた生物学的試料において検出された前記少なくとも１つのＳＥＲＳ活性試薬の参照ラマンシグナルと比較するステップであって、（ｅ）において検出された前記ラマンシグナルが、位置および／または強度において前記参照ラマンシグナルとは異なる場合に、前記疾患が診断される、ステップ
を含む方法。
（項目２０）
前記疾患または障害が、感染性疾患、増殖性疾患、神経変性疾患、がん、心理的疾患、代謝疾患、自己免疫疾患、性行為感染症、胃腸疾患、肺疾患、心血管疾患、ストレス関連障害および疲労関連障害、真菌性疾患、病原体疾患ならびに肥満関連障害からなる群から選択される、項目１９に記載の方法。