【手続補正書】
【提出日】平成31年3月20日(2019.3.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数のパーティション中の標的ポリヌクレオチドに、コンビナトリアルバーコードのセットでバーコードを付ける方法であって、前記方法は、
コンポーネントバーコードがコンポーネントバーコードのセットから選択される条件で、前記複数のパーティションのそれぞれにいくつかのコンポーネントバーコードを導入する工程、および
前記複数のパーティションのそれぞれの中の２つ以上のコンポーネントバーコードを、前記２つ以上のコンポーネントバーコードおよび標的ポリヌクレオチドを伸長させるおよび／または増幅して前記２つ以上のコンポーネントバーコードの配列を含む転写物および／またはアンプリコンを生成することにより、サンプルの標的ポリヌクレオチドの存在下で互いに接続してコンビナトリアルバーコードを形成する工程、
を含み、
前記コンビナトリアルバーコードが、確率バーコードを含み、前記確率バーコードが、ユニバーサル標識、細胞標識、分子標識、サンプル標識、プレート標識、空間標識、プレ空間標識またはそれらの任意の組合せを含み、
前記２つ以上のコンポーネントバーコードがそれぞれ、バーコードサブユニット配列を含む、方法。
【請求項２】
コンビナトリアルバーコードのセットを使用する、複数のパーティション中の単一細胞シーケンシングの方法であって、前記方法は、
複数の単一細胞を複数のパーティションに導入する工程、
前記単一細胞を溶解して、前記細胞の核酸含有分を放出させる工程、および
それぞれの細胞の前記核酸含有分を、いくつかのコンポーネントバーコードを含むコンビナトリアルバーコード試薬と関連付け、そして前記細胞の核酸含有分および前記コンビナトリアルバーコード試薬を伸長および／または増幅して、２つ以上のコンポーネントバーコードを含むユニークコンビナトリアルバーコードを含む転写物および／またはアンプリコンを生成させる工程
を含み、
前記コンビナトリアルバーコードが、確率バーコードを含み、前記確率バーコードが、ユニバーサル標識、細胞標識、分子標識、サンプル標識、プレート標識、空間標識、プレ空間標識またはそれらの任意の組合せを含み、
前記確率バーコードが前記２つ以上のコンポーネントバーコードの２つ以上のバーコードサブユニット配列を含む、方法。
【請求項３】
前記標的ポリヌクレオチドまたは前記核酸含有分が、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡを含み、
必要に応じて、前記ＤＮＡが、ゲノムＤＮＡを含むことができ、そして／または
前記ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＲＮＡ分解産物、それぞれポリ（Ａ）テールを含むＲＮＡ、またはそれらの任意の組合せを含むことができる、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記パーティションが、チューブ、マイクロタイタープレート中のウェル、フローセル、中空繊維、スライド上のマイクロウェル、中空の閉粒子または開粒子、閉ドロップレット、ビーズなどの粒子または他の固体もしくは液体もしくはゲルの粒子、あるいは三次元の固体またはスキャフォールド中の二次元の表面上または基材上で個別のサンプルの位置分離を含むか、または前記複数のパーティションが、複数のマイクロウェルである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
任意の所定のバーコードを付けたポリヌクレオチドについて、前記パーティションが確定可能であるように、それぞれのパーティション中の前記コンビナトリアルバーコードがユニークである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記２つ以上のバーコードサブユニット配列が、リンカー配列および／または標的ヌクレオチド配列を通して互いに接続されており、
必要に応じて、１つ以上のリンカー配列のハイブリダイゼーションおよび続く伸長を介して互いに接続することにより、前記２つ以上のバーコードサブユニット配列が、前記コンビナトリアルバーコードを形成する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記コンビナトリアルバーコードが、バーコードサブユニット配列の第１のセットから選択された細胞標識を含む第１のコンポーネントバーコード、及びバーコードサブユニット配列の第２のセットから選択された分子標識を含む第２のコンポーネントバーコードを含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記コンビナトリアルバーコードが、ｍ個のバーコードサブユニット配列を有し、
必要に応じて、前記コンビナトリアルバーコードが、ｍ−１個またはｍ−２個のリンカー配列を有し、
ｍが整数≧２である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記コンビナトリアルバーコードが、
式：バーコードサブユニット配列ａ−リンカー１−バーコードサブユニット配列ｂ−リンカー２−…バーコードサブユニット配列ｃ−リンカーｍ−１−バーコードサブユニット配列ｄを含むオリゴヌクレオチド、または
式：バーコードサブユニット配列ａ−リンカー１−バーコードサブユニット配列ｂ−リンカー２−…−バーコードサブユニット配列ｃを含む第１のオリゴヌクレオチドと、
バーコードサブユニット配列ｄ−…−リンカー３−バーコードサブユニット配列ｅ−リンカーｍ−２−バーコードサブユニット配列ｆを含む第２のオリゴヌクレオチドと
を含み、
必要に応じて、前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のオリゴヌクレオチドが、標的ヌクレオチド配列によって互いに接続され得る、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記２つ以上のコンポーネントバーコードの少なくとも１つが、標的特異的領域を含み、
必要に応じて、前記標的特異的領域が、オリゴｄＴ、遺伝子特異的配列またはランダムマルチマー配列を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記コンビナトリアルバーコードのセットが、少なくとも１，０００、少なくとも１０，０００、少なくとも１００，０００、少なくとも２００，０００、少なくとも３００，０００、少なくとも４００，０００、少なくとも５００，０００、少なくとも１，０００，０００、少なくとも１０，０００，０００、少なくとも１００，０００，０００、少なくとも１，０００，０００，０００種またはそれ以上のユニークコンビナトリアルバーコードを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
各パーティション中の前記２つのコンポーネントバーコードの１つを、前記パーティション中の前記標的ポリヌクレオチドにハイブリダイズする工程をさらに含み、
必要に応じて、前記標的ポリヌクレオチドにハイブリダイズした前記コンポーネントバーコードが、伸長反応のプライマーとして使用されて、前記標的および前記コンビナトリアルバーコードを含む伸長産物が生成され、
必要に応じて、前記伸長産物を増幅およびシーケンスする工程をさらに含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
伸長および／または増幅後に前記複数のパーティションの内容物をプールする工程をさらに含み、
必要に応じて、前記プール内容物が、シーケンスされる、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記２つ以上のコンポーネントバーコードの少なくとも１つが、ビーズやマイクロウェルアレイ中のマイクロウェルなどの固体担体上に固定される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
請求項１〜１４のいずれか一項に従ってコンビナトリアルバーコードのセットを生成するためのコンポーネントバーコードのセットを含む組成物であって、
前記コンビナトリアルバーコードが、確率バーコードを含み、前記確率バーコードが、ユニバーサル標識、細胞標識、分子標識、サンプル標識、プレート標識、空間標識、プレ空間標識またはそれらの任意の組合せを含み、
前記確率バーコードが、コンポーネントバーコードのセットの２つ以上のコンポーネントバーコードの２つ以上のバーコードサブユニット配列を含む、組成物。
【請求項１６】
コンビナトリアルバーコードのセットを生成するためのコンポーネントバーコードのセットを含む組成物であって、
ｎ×ｍ種のユニークコンポーネントバーコードであって、ｎおよびｍは正の整数であるユニークコンポーネントバーコード、
を含み、
前記コンポーネントバーコードのそれぞれが、
ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列の１つと、
１もしくは２つのリンカー配列またはその相補体と、
を含み、
前記コンポーネントバーコードが、前記１もしくは２つのリンカー配列またはその相補体を介して互いに接続してコンビナトリアルバーコードのセットを生成するように構成される、組成物。
【請求項１７】
ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列のセットのそれぞれ１つが、分子標識、細胞標識、次元標識、ユニバーサル標識、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項１６に記載の組成物。
【請求項１８】
異なるリンカー配列の全数がｍ−１またはｍ−２である、請求項１６または１７に記載の組成物。
【請求項１９】
前記コンポーネントバーコードのそれぞれが、
バーコードサブユニット配列−リンカー、
リンカーの相補体−バーコードサブユニット配列−リンカー、または
リンカーの相補体−バーコードサブユニット配列、
を含む、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２０】
コンビナトリアルバーコードのセットのそれぞれ１つが、式：バーコードサブユニット配列ａ−リンカー１−バーコードサブユニット配列ｂ−リンカー２−…バーコードサブユニット配列ｃ−リンカーｍ−１−バーコードサブユニット配列ｄを含むオリゴヌクレオチドを含む、請求項１６〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２１】
前記オリゴヌクレオチドが標的特異的領域を含む、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
コンビナトリアルバーコードのセットのそれぞれ１つが、
式：バーコードサブユニット配列ａ−リンカー１−バーコードサブユニット配列ｂ−リンカー２−…−バーコードサブユニット配列ｃを含む第１のオリゴヌクレオチドと、
バーコードサブユニット配列ｄ−…−リンカー３−バーコードサブユニット配列ｅ−リンカーｍ−２−バーコードサブユニット配列ｆを含む第２のオリゴヌクレオチドと、
を含む、請求項１６〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２３】
前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが標的特異的領域を含む、請求項２２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記標的特異的領域がオリゴｄＴである、請求項２１または２３に記載の組成物。
【請求項２５】
前記１もしくは２つのリンカー配列のそれぞれ１つが異なる、請求項１６〜２４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項２６】
コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも１００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、請求項１６〜２５のいずれか一項に記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１５】
一態様では、本開示は、全ゲノムシーケンシングの方法であって、核酸染色体を１つ以上の染色体断片に断片化する工程と、２つ以上の試薬バーコードを含む基材のウェル中に１つ以上の染色体断片を単離する工程と、試薬バーコードと共に染色体断片を増幅することによりコンビナトリアルバーコード付き断片を生成する工程と、コンビナトリアルバーコード付き断片の配列を決定することにより全ゲノムシーケンシングを行う工程と、を含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、染色体断片は少なくとも１００キロ塩基長である。いくつかの実施形態では、染色体断片は５０〜３００キロ塩基長である。いくつかの実施形態では、断片化する工程は１×１０６〜１×１０７断片を生成する。いくつかの実施形態では、単離する工程はウェル中に１〜５断片を単離する工程を含む。いくつかの実施形態では、１〜５断片はオーバーラップしない。いくつかの実施形態では、増幅する工程は多重鎖置換を含む。いくつかの実施形態では、増幅する工程は等温である。いくつかの実施形態では、本方法は、決定工程の前にコンビナトリアルバーコード付き断片をプールする工程をさらに含む。いくつかの実施形態では、決定工程は、コンビナトリアルバーコードの少なくとも一部と染色体断片の少なくとも一部とをシーケンスする工程を含む。いくつかの実施形態では、決定工程は、コンビナトリアルバーコード配列に基づいてシーケンスリードをいくつかのグループにグループ化する工程を含む。いくつかの実施形態では、グループは、基材のウェルに対応する。いくつかの実施形態では、本方法は、染色体断片からコンティグをアセンブルする工程をさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、コンティグを母系または父系染色体にマッピングする工程をさらに含む。いくつかの実施形態では、マッピング工程は、染色体断片のハプロタイプフェージングを決定する。
特定の実施形態において、例えば、以下が提供される：
（項目１）
コンビナトリアルバーコードのセットを生成するためのコンポーネントバーコードのセットを含む組成物であって、
ｎ×ｍ種のユニークコンポーネントバーコードであって、ｎおよびｍは正の整数であるユニークコンポーネントバーコード、
を含み、
前記コンポーネントバーコードのそれぞれが、
ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列の１つと、
１もしくは２つのリンカー配列またはその相補体と、
を含み、
前記コンポーネントバーコードが、前記１もしくは２つのリンカー配列またはその相補体を介して互いに接続してコンビナトリアルバーコードのセットを生成するように構成される、組成物。
（項目２）
ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列のセットのそれぞれ１つが、分子標識、細胞標識、次元標識、ユニバーサル標識、またはそれらの任意の組合せを含む、項目１に記載の組成物。
（項目３）
異なるリンカー配列の全数がｍ−１またはｍ−２である、項目１または２に記載の組成物。
（項目４）
前記コンポーネントバーコードのそれぞれが、
ａ）バーコードサブユニット配列−リンカー、
ｂ）リンカーの相補体−バーコードサブユニット配列−リンカー、または
ｃ）リンカーの相補体−バーコードサブユニット配列、
を含む、項目１〜３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５）
コンビナトリアルバーコードのセットのそれぞれ１つが、式：バーコードサブユニット配列ａ−リンカー１−バーコードサブユニット配列ｂ−リンカー２−…バーコードサブユニット配列ｃ−リンカーｍ−１−バーコードサブユニット配列ｄを含むオリゴヌクレオチドを含む、項目１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６）
前記オリゴヌクレオチドが標的特異的領域を含む、項目５に記載の組成物。
（項目７）
前記標的特異的領域がオリゴｄＴである、項目６に記載の組成物。
（項目８）
コンビナトリアルバーコードのセットのそれぞれ１つが、
式：バーコードサブユニット配列ａ−リンカー１−バーコードサブユニット配列ｂ−リンカー２−…−バーコードサブユニット配列ｃを含む第１のオリゴヌクレオチドと、
バーコードサブユニット配列ｄ−…−リンカー３−バーコードサブユニット配列ｅ−リンカーｍ−２−バーコードサブユニット配列ｆを含む第２のオリゴヌクレオチドと、
を含む、項目１〜４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９）
前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のオリゴヌクレオチドのそれぞれが標的特異的領域を含む、項目８に記載の組成物。
（項目１０）
前記標的特異的領域の１つがオリゴｄＴである、項目９に記載の組成物。
（項目１１）
前記１もしくは２つのリンカー配列のそれぞれ１つが異なる、項目１〜１０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１２）
ｍが２〜１０の整数である、項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１３）
ｍが２〜４の整数である、項目１〜１１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１４）
ｎが４〜１００の整数である、項目１〜１３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５）
ｎ＝２４である、項目１〜１３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６）
前記ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列が同一の長さである、項目１〜１５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１７）
前記ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列の少なくとも２つが異なる長さを有する、項目１〜１５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１８）
前記リンカー配列が同一の長さである、項目１〜１７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１９）
前記リンカー配列が異なる長さを有する、項目１〜１７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２０）
コンビナトリアルバーコードのセットがｎｍ種以下のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目１〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２１）
コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも１００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目１〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２２）
コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも２００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目１〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２３）
コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも３００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目１〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２４）
コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも４００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目１〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２５）
コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも１，０００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目１〜１９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２６）
複数のパーティションにバーコードを付ける方法であって、
ｍ種のコンポーネントバーコードがｎ×ｍ種の異なるコンポーネントバーコードのセットであって、ｎおよびｍは正の整数であるコンポーネントバーコードのセットから選択され、前記コンポーネントバーコードのそれぞれが、
ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列の１つと、
１もしくは２つのリンカー配列またはその相補体と、
を含む条件で、
複数のパーティションのそれぞれにｍ種のコンポーネントバーコードを導入する工程と、
前記ｍ種のコンポーネントバーコードを接続してコンビナトリアルバーコードを生成する工程と、
を含み、
それにより、前記複数のパーティションのそれぞれが、前記ｍ種のコンポーネントバーコードを含むユニークコンビナトリアルバーコードに関連付けられる、方法。
（項目２７）
前記複数のパーティションのそれぞれがサンプルを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記サンプルがＤＮＡサンプルである、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記サンプルがＲＮＡサンプルである、項目２７に記載の方法。
（項目３０）
前記サンプルが単一細胞である、項目２７に記載の方法。
（項目３１）
異なるリンカー配列の全数がｍ−１またはｍ−２である、項目２６〜３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記ｍ種のコンポーネントバーコードの１または２つを前記サンプルの標的にハイブリダイズする工程を含む、項目２７〜３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
前記標的にハイブリダイズした前記ｍ種のコンポーネントバーコードの１または２つを伸長させる工程を含み、それにより前記標的が前記コンビナトリアルバーコードで標識される、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
インクジェットプリンターを用いて前記複数のパーティションのそれぞれに前記コンポーネントバーコードが導入される、項目２６〜３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
複数のパーティション中の複数のＤＮＡ標的にバーコードを付ける方法であって、
ｍ種のコンポーネントバーコードがｎ×ｍ種の異なるコンポーネントバーコードのセットであって、ｎおよびｍは正の整数であるコンポーネントバーコードのセットから選択され、前記コンポーネントバーコードのそれぞれが、
ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列の１つと、
１もしくは２つのリンカー配列またはその相補体と、
を含む条件で、
ＤＮＡ標的を含む前記複数のパーティションのそれぞれに前記ｍ種のコンポーネントバーコードを堆積する工程と、
前記ｍ種のコンポーネントバーコードを接続してコンビナトリアルバーコードを生成する工程と、
を含み、
それにより、前記複数のパーティションのそれぞれのＤＮＡ標的が、前記ｍ種のコンポーネントバーコードを含むユニークコンビナトリアルバーコードに関連付けられる、方法。
（項目３６）
異なるリンカー配列の全数がｍ−１またはｍ−２である、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記ｍ種のコンポーネントバーコードの１または２つを前記ＤＮＡ標的にハイブリダイズする工程を含む、項目３５または３６に記載の方法。
（項目３８）
前記ＤＮＡ標的にハイブリダイズした前記ｍ種のコンポーネントバーコードの１または２つを伸長させて前記コンビナトリアルバーコードを含む伸長産物を生成する工程を含む、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記伸長産物を増幅する工程を含む、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記伸長産物を増幅する工程が等温多重鎖置換増幅を含む、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記複数のパーティションの増幅産物をプールする工程を含む、項目３９または４０に記載の方法。
（項目４２）
前記プールされた増幅産物をシーケンスする工程を含む、項目４１に記載の方法。
（項目４３）
前記コンビナトリアルバーコードを用いて前記配列をアセンブルする工程を含む、項目４２に記載の方法。
（項目４４）
前記アセンブルされた配列を用いてハプロタイプを生成する工程を含む、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
前記ハプロタイプが、少なくとも１００ｋｂをカバーするシーケンシングリードをオーバーラップさせる工程を用いて生成される、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
単一細胞シーケンシングの方法であって、
ｍ種のコンポーネントバーコードがｎ×ｍ種の異なるコンポーネントバーコードのセットであって、ｎおよびｍは正の整数であるコンポーネントバーコードのセットから選択され、前記コンポーネントバーコードのそれぞれが、
ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列の１つと、
１もしくは２つのリンカー配列またはその相補体と、
を含む条件で、
単一細胞を含む複数のパーティションのそれぞれに前記ｍ種のコンポーネントバーコードを堆積する工程と、
前記ｍ種のコンポーネントバーコードを接続してコンビナトリアルバーコードを生成する工程と、
を含み、
それにより、前記複数のパーティションのそれぞれの単一細胞の標的が、前記ｍ種のコンポーネントバーコードを含むユニークコンビナトリアルバーコードに関連付けられる、方法。
（項目４７）
異なるリンカー配列の全数がｍ−１またはｍ−２である、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記標的がＤＮＡである、項目４６または４７に記載の方法。
（項目４９）
前記標的がＲＮＡである、項目４６または４７に記載の方法。
（項目５０）
前記ｍ種のコンポーネントバーコードの１または２つを前記標的にハイブリダイズさせる工程を含む、項目４６〜４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記標的にハイブリダイズした前記ｍ種のコンポーネントバーコードの１または２つを伸長させて前記コンビナトリアルバーコードを含む伸長産物を生成する工程を含む、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
前記伸長産物を増幅させる工程を含む、項目５１に記載の方法。
（項目５３）
前記複数のパーティションからの増幅産物をプールする工程を含む、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記プールされた増幅産物をシーケンスする工程を含む、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記コンビナトリアルバーコードを用いて単一細胞からの配列をアセンブルする工程を含む、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
単一細胞の大規模並列特徴付けの工程を含む、項目５５に記載の方法。
（項目５７）
サンプル中の標的に空間バーコードを付ける方法であって、
基材上に固定された複数のオリゴヌクレオチドを提供する工程と、
サンプルと前記基材上に固定された複数のオリゴヌクレオチドとを接触させる工程と、
前記標的と前記標的に特異的に結合するプローブとをハイブリダイズさせる工程と、
前記標的の位置を示す画像をキャプチャーする工程と、
前記サンプルの画像をキャプチャーする工程と、
前記標的の位置を示す画像と前記サンプルの画像とを相関付けて前記サンプル中の標的に空間バーコードを付ける工程と、
を含む方法。
（項目５８）
前記基材上に固定されたオリゴヌクレオチドがオリゴｄＴプライマーである、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記基材上に固定されたオリゴヌクレオチドがランダムプライマーである、項目５７に記載の方法。
（項目６０）
前記基材上に固定されたオリゴヌクレオチドが標的特異的プライマーである、項目５７に記載の方法。
（項目６１）
前記標的を逆転写してｃＤＮＡを生成する工程を含む、項目５７〜６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記ｃＤＮＡにｄＡＴＰホモポリマーを付加する工程を含む、項目６１に記載の方法。
（項目６３）
ブリッジ増幅を用いてｃＤＮＡを増幅する工程を含む、項目６２に記載の方法。
（項目６４）
前記基材はフローセルの一部である、項目５７〜６３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記サンプルと前記基材上に固定された複数のオリゴヌクレオチドとを接触させる工程の前または後に前記サンプルを溶解する工程を含む、項目５７〜６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
前記サンプルを溶解する工程が、前記サンプルを加熱する工程、前記サンプルと界面活性剤とを接触させる工程、前記サンプルのｐＨを変化させる工程、またはそれらの任意の組合せを含む、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記サンプルが、組織スライス、細胞単層、固定細胞、組織切片、またはそれらの任意の組合せを含む、項目５７〜６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記サンプルが複数の細胞を含む、項目５７〜６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６９）
前記複数の細胞が１つ以上の細胞型を含む、項目６８に記載の方法。
（項目７０）
前記１つ以上の細胞型の少なくとも１つが、脳細胞、心臓細胞、癌細胞、循環腫瘍細胞、器官細胞、上皮細胞、転移細胞、良性細胞、一次細胞、循環細胞、またはそれらの任意の組合せである、項目６９に記載の方法。
（項目７１）
前記標的を増幅して前記基材上に固定された複数のアンプリコンを生成する工程を含む、項目５７〜７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記標的が、リボ核酸（ＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＲＮＡ分解産物、それぞれポリ（Ａ）テールを含むＲＮＡ、またはそれらの任意の組合せを含む、項目５７〜７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
複数の標的に空間バーコードを付ける工程を含む、項目５７〜７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
前記プローブが１８〜１００ｎｔの長さである、項目５７〜７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記プローブが蛍光標識を含む、項目５７〜７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目７６）
前記標的の位置を示す画像が蛍光画像である、項目７５に記載の方法。
（項目７７）
前記サンプルが、免疫組織化学染色、進行性染色、ヘマトキシリン−エオシン染色、またはそれらの組合せを含む、項目５７〜７６のいずれか一項に記載の方法。
（項目７８）
前記固体担体が、ポリマー、マトリックス、ヒドロゲル、ニードルアレイデバイス、抗体、またはそれらの任意の組合せを含む、項目５７〜７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
単一細胞シーケンシングの方法であって、
４０種のユニークバーコードの第１のセットから選択される第１のバーコードと第１のプライマーとを含む第１のオリゴヌクレオチドを、単一細胞を含む複数のパーティション中に堆積する工程と、
４０種のユニークバーコードの第２のセットから選択される第２のバーコードと第２のプライマーとを含む第２のオリゴヌクレオチドを、前記単一細胞を含む複数のパーティション中に堆積する工程と、
前記第１のオリゴヌクレオチドと前記単一細胞の標的とを接触させる工程と、
前記第１のオリゴヌクレオチドを伸長させて前記第１のバーコードを含む第１の鎖を生成する工程と、
前記第２のオリゴヌクレオチドと前記第１の鎖とを接触させる工程と、
前記第２のオリゴヌクレオチドを伸長させて前記第１のバーコードと前記第２のバーコードとを含む第２の鎖を生成する工程と、
を含み、
それにより、前記単一細胞の標的が前記第１のバーコードと前記第２のバーコードとで標識される、方法。
（項目８０）
前記第２の鎖を増幅して増幅産物を生成する工程を含む、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記複数のパーティションからの増幅産物をプールする工程を含む、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記プールされた増幅産物をシーケンスする工程を含む、項目８０または８１に記載の方法。
（項目８３）
前記第１のバーコードと前記第２のバーコードとを用いて単一細胞からの配列をアセンブルする工程を含む、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
単一細胞の大規模並列特徴付けの工程を含む、項目８３に記載の方法。
（項目８５）
前記複数のパーティションが１５３６マイクロウェルプレートで構成される、項目７９〜８４のいずれか一項に記載の方法。
（項目８６）
前記標的がｍＲＮＡである、項目７９〜８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
前記第１のプライマーがオリゴｄＴプライマーである、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記標的がＤＮＡである、項目７９〜８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８９）
コンビナトリアルバーコードのセットを含む組成物であって、
前記コンビナトリアルバーコードのセットの各コンビナトリアルバーコードが、
それぞれｎ種のユニークバーコードサブユニット配列のセットから選択されるｍ個のバーコードサブユニット配列であって、ｎおよびｍは正の整数であるバーコードサブユニット配列と、
ｍ−１またはｍ−２個のリンカー配列と、
を含み、
前記ｍ個のバーコードサブユニット配列がｍ−１またはｍ−２個のリンカー配列を介して互いに接続され、かつ前記コンビナトリアルバーコードのセット中のユニークコンビナトリアルバーコードの全数が３８４超である、組成物。
（項目９０）
前記ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列のセットのそれぞれ１つが、分子標識、細胞標識、次元標識、ユニバーサル標識、またはそれらの任意の組合せを含む、項目８９に記載の組成物。
（項目９１）
前記コンビナトリアルバーコードのセット中のユニークコンビナトリアルバーコードの全数がｎｍ以下である、項目８９または９０に記載の組成物。
（項目９２）
前記コンビナトリアルバーコードのセットのそれぞれ１つが、式：バーコードサブユニット配列ａ−リンカー１−バーコードサブユニット配列ｂ−リンカー２−…バーコードサブユニット配列ｃ−リンカーｍ−１−バーコードサブユニット配列ｄを含むオリゴヌクレオチドを含む、項目８９〜９１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９３）
前記コンビナトリアルバーコードのセットのそれぞれ１つが、
式：バーコードサブユニット配列ａ−リンカー１−バーコードサブユニット配列ｂ−リンカー２−…−バーコードサブユニット配列ｃを含む第１のオリゴヌクレオチドと、
バーコードサブユニット配列ｄ−…−リンカー３−バーコードサブユニット配列ｅ−リンカーｍ−２−バーコードサブユニット配列ｆを含む第２のオリゴヌクレオチドと、
を含む、項目８９〜９１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９４）
前記コンビナトリアルバーコードのセットのそれぞれ１つが１または２つの標的特異的領域を含む、項目８９〜９３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９５）
前記１または２つの標的特異的領域の１つがオリゴｄＴである、項目９４に記載の組成物。
（項目９６）
前記ｍ−１またはｍ−２個のリンカー配列のそれぞれ１つが異なる、項目８９〜９５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９７）
ｍが２〜１０の整数である、項目８９〜９６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９８）
ｍが２〜４の整数である、項目８９〜９６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９９）
ｎが４〜１００の整数である、項目８９〜９８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１００）
ｎ＝２４である、項目８９〜９８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０１）
前記ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列が同一の長さである、項目８９〜１００のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０２）
前記ｎ種のユニークバーコードサブユニット配列が異なる長さを有する、項目８９〜１００のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０３）
前記ｍ−１またはｍ−２個のリンカー配列が同一の長さである、項目８９〜１０２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０４）
前記ｍ−１またはｍ−２個のリンカー配列が異なる長さを有する、項目８９〜１０２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０５）
前記コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも１００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目８９〜１０４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０６）
前記コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも２００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目８９〜１０４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０７）
前記コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも３００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目８９〜１０４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０８）
前記コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも４００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目８９〜１０４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０９）
前記コンビナトリアルバーコードのセットが少なくとも１，０００，０００種のユニークコンビナトリアルバーコードを有する、項目８９〜１０４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１１０）
前記コンビナトリアルバーコードのセットのそれぞれ１つが固体担体に結合される、項目８９〜１０９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１１１）
前記コンビナトリアルバーコードのセットのそれぞれ１つがパーティションを標識するために使用される、項目８９〜１１０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１１２）
前記パーティションが、１０，０００個超のマイクロウェルを有するマイクロウェルアレイの一部である、項目１１１に記載の組成物。
（項目１１３）
前記マイクロウェルアレイの各マイクロウェルが前記コンビナトリアルバーコードのセットとは異なるコンビナトリアルバーコードを含む、項目１１２に記載の組成物。