【手続補正書】
【提出日】平成20年7月8日(2008.7.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の段階を含む、ファージディスプレイされたポリペプチドに結合する試験分子を同定するための方法：
(a)ファージディスプレイされたポリペプチドを試験分子の存在および非存在下で基準成分と接触させる段階であって、該基準成分が、ファージディスプレイされたポリペプチドに結合し、固形支持体に固定化される、段階；
(b)未結合のファージディスプレイされたポリペプチドを除去する段階；ならびに
(c)固定化された基準成分に結合された、ファージディスプレイされたポリペプチドの存在を検出する段階；
これにより、試験分子の非存在下と比較して試験分子の存在下での、固定化された基準成分に結合された、ファージディスプレイされたポリペプチドにおける減少が、該ファージディスプレイされたポリペプチドに試験分子が結合することを示す。
【請求項２】
ファージディスプレイされたポリペプチドの存在が、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（qPCR）によって検出される、請求項1記載の方法。
【請求項３】
固定化された基準成分に結合された、ファージディスプレイされたポリペプチドの量を定量する段階をさらに含む、請求項1または2記載の方法。
【請求項４】
定量する段階が、qPCR、ファージプラーク検定、または蛍光偏光によるものである、請求項3記載の方法。
【請求項５】
基準成分がキナーゼポリペプチドに結合する、請求項1〜4のいずれか一項記載の方法。
【請求項６】
基準成分がキナーゼポリペプチドのATP部位に結合する、請求項5記載の方法。
【請求項７】
基準成分が、purvalanol B、SU5402、SU6668、PD-173955、SB202190、スタウロスポリン、SB202190、SB203580、VX-745、BIRB-796、CC-401、メシル酸イマチニブ（グリベック（登録商標））、ゲフィチニブ（イレッサ（登録商標））、エルロチニブ（タルセバ（登録商標））、CI-1033、GW-2016、EKB-569、ZD-6474、バタラニブ/PTK-787、SU11248、MLN-518、ロスコビチン/CYC202、またはフラボピリドールである、請求項6記載の方法。
【請求項８】
ファージディスプレイされたポリペプチドがタンパク質キナーゼポリペプチドである、請求項1〜7のいずれか一項記載の方法。
【請求項９】
タンパク質キナーゼポリペプチドが、MAPK12、MAP2K6、GPRK7、CDK7、CDK9、PCTKl、JNK、JNKlα/MAPK8α、JNK3/MAPK8、JNK2a/MAPK9a、JNK3/MAPK10、CDK2、DAPK2、DMPK、NEK2、PAM、PAK6、KIAA1048、STK16、RS6KA2、RS6KA3、RS6KA5、LCK、PRKAA2、CSK、DAPK3、PRKACA、PAM、PAK3、PAK7、BIKE、STK3、STK4、STK15/STK6(BTAK)/AURORA2、PIMI、PIM2、CAMK1、LOC57118、CamKIG、CamK2A、CamK2B、CamK2D、CamK2G、CamKKI、CamKK2、FGFRl、PDGFRβ、カゼインキナーゼ1、γ1、MAPK14/p38、STK18、STK25、VEGFR2、ABL、ABL変異体、BRAF、BRAF変異体、EGFR、EGFR変異体、ERBB2、ERBB4、p38α、FLT3、CDK1、またはCDK4である、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
試験分子の非存在下で結合される量に対して、ファージディスプレイされたポリペプチドの約50%が基準成分に結合される、試験分子の濃度を決定する段階であって、ファージディスプレイされたポリペプチドの50%が基準成分に結合される濃度が、解離定数（Kd）の値である、段階をさらに含む、請求項1〜9のいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
固形支持体がビーズである、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
【請求項１２】
ビーズがカラム中またはマルチウェルプレートのウェル中にある、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
固形支持体がマルチウェルプレートのウェルである、請求項1〜10のいずれか一項記載の方法。
【請求項１４】
以下の段階を含む、ファージディスプレイされたポリペプチドのパネルからの二つ以上の異なるファージディスプレイされたポリペプチドに試験分子が結合するかどうかを決定するための方法：
(a)単一のウェルにおいて、二つ以上の異なるファージディスプレイされたポリペプチドを基準成分と接触させる段階であって、基準成分が、二つ以上の異なるファージディスプレイされたポリペプチドに結合し、固形支持体に固定化される、段階；
(b)未結合のファージディスプレイされたポリペプチドを除去する段階；および
(c)固定化された基準成分に結合された、ファージディスプレイされたポリペプチドの存在を検出する段階；
これにより、試験分子の非存在下と比較して試験分子の存在下での、固定化された基準成分に結合された二つ以上の異なるファージディスプレイされたポリペプチドにおける減少が、ファージディスプレイされたポリペプチドのパネルの二つ以上の異なるファージディスプレイされたポリペプチドに試験分子が結合することを示す。
【請求項１５】
ファージディスプレイされたポリペプチドの存在がqPCRによって検出される、請求項14記載の方法。
【請求項１６】
固定化された基準成分に結合された、ファージディスプレイされたポリペプチドの量を定量する段階をさらに含む、請求項14または15記載の方法。
【請求項１７】
定量する段階が、qPCR、ファージプラーク検定、または蛍光偏光によるものである、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
基準成分がキナーゼポリペプチドに結合する、請求項14〜17のいずれか一項記載の方法。
【請求項１９】
基準成分がキナーゼポリペプチドのATP部位に結合する、請求項18記載の方法。
【請求項２０】
基準成分が、purvalanol B、SU5402、SU6668、PD-173955、SB202190、スタウロスポリン、SB202190、SB203580、VX-745、BIRB-796、CC-401、メシル酸イマチニブ（グリベック（登録商標））、ゲフィチニブ（イレッサ（登録商標））、エルロチニブ（タルセバ（登録商標））、CI-1033、GW-2016、EKB-569、ZD-6474、バタラニブ/PTK-787、SU11248、MLN-518、ロスコビチン/CYC202、またはフラボピリドールである、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
二つ以上の異なるファージディスプレイされたポリペプチドが、二つ以上の異なるタンパク質キナーゼポリペプチドである、請求項14〜20のいずれか一項記載の方法。
【請求項２２】
二つ以上のタンパク質キナーゼポリペプチドが、MAPK12、MAP2K6、GPRK7、CDK7、CDK9、PCTKl、JNK、JNKlα/MAPK8α、JNK3/MAPK8、JNK2a/MAPK9a、JNK3/MAPK10、CDK2、DAPK2、DMPK、NEK2、PAM、PAK6、KIAA1048、STK16、RS6KA2、RS6KA3、RS6KA5、LCK、PRKAA2、CSK、DAPK3、PRKACA、PAM、PAK3、PAK7、BIKE、STK3、STK4、STK15/STK6(BTAK)/AURORA2、PIMI、PIM2、CAMK1、LOC57118、CamKIG、CamK2A、CamK2B、CamK2D、CamK2G、CamKKI、CamKK2、FGFRl、PDGFRβ、カゼインキナーゼ1、γ1、MAPK14/p38、STK18、STK25、VEGFR2、ABL、ABL変異体、BRAF、BRAF変異体、EGFR、EGFR変異体、ERBB2、ERBB4、p38α、FLT3、CDK1、およびCDK4からなる群より独立して選択される、請求項21記載の方法。
【請求項２３】
固形支持体がビーズである、請求項14〜22のいずれか一項記載の方法。
【請求項２４】
ビーズがカラム中またはマルチウェルプレートのウェル中にある、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
固形支持体がマルチウェルプレートのウェルである、請求項14〜22のいずれか一項記載の方法。
【請求項２６】
以下のものを含む、ファージディスプレイされたポリペプチドに結合する試験分子を同定するためのキット：
(a)ファージディスプレイされたポリペプチドをコードするファージ；および
(b)ファージディスプレイされたポリペプチドに結合する基準成分であって、任意に固形支持体に固定化される、基準成分。
【請求項２７】
ファージ中のPCR増幅配列にハイブリダイズすることができるqPCRプライマーをさらに含む、請求項26記載のキット。
【請求項２８】
基準成分がキナーゼポリペプチドに結合する、請求項26または27記載のキット。
【請求項２９】
基準成分がキナーゼポリペプチドのATP部位に結合する、請求項28記載のキット。
【請求項３０】
基準成分が、purvalanol B、SU5402、SU6668、PD-173955、SB202190、スタウロスポリン、SB202190、SB203580、VX-745、BIRB-796、CC-401、メシル酸イマチニブ（グリベック（登録商標））、ゲフィチニブ（イレッサ（登録商標））、エルロチニブ（タルセバ（登録商標））、CI-1033、GW-2016、EKB-569、ZD-6474、バタラニブ/PTK-787、SU11248、MLN-518、ロスコビチン/CYC202、またはフラボピリドールである、請求項29記載のキット。
【請求項３１】
ファージディスプレイされたポリペプチドがタンパク質キナーゼポリペプチドである、請求項26〜30のいずれか一項記載のキット。
【請求項３２】
タンパク質キナーゼポリペプチドが、MAPK12、MAP2K6、GPRK7、CDK7、CDK9、PCTKl、JNK、JNKlα/MAPK8α、JNK3/MAPK8、JNK2a/MAPK9a、JNK3/MAPK10、CDK2、DAPK2、DMPK、NEK2、PAM、PAK6、KIAA1048、STK16、RS6KA2、RS6KA3、RS6KA5、LCK、PRKAA2、CSK、DAPK3、PRKACA、PAM、PAK3、PAK7、BIKE、STK3、STK4、STK15/STK6(BTAK)/AURORA2、PIMI、PIM2、CAMK1、LOC57118、CamKIG、CamK2A、CamK2B、CamK2D、CamK2G、CamKKI、CamKK2、FGFRl、PDGFRβ、カゼインキナーゼ1、γ1、MAPK14/p38、STK18、STK25、VEGFR2、ABL、ABL変異体、BRAF、BRAF変異体、EGFR、EGFR変異体、ERBB2、ERBB4、p38α、FLT3、CDK1、またはCDK4である、請求項31記載のキット。
【請求項３３】
固形支持体がビーズである、請求項26〜32のいずれか一項記載のキット。
【請求項３４】
ビーズがカラム中またはマルチウェルプレートのウェル中にある、請求項33記載のキット。
【請求項３５】
固形支持体がマルチウェルプレートのウェルである、請求項26〜32のいずれか一項記載のキット。