【手続補正書】
【提出日】平成31年4月24日(2019.4.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
宿主からの核酸サンプル中の非宿主配列を濃縮する方法であって、
（ａ）前記宿主からの前記核酸サンプルを用意するステップであって、前記宿主からの前記核酸サンプルは宿主核酸および非宿主核酸を含むステップと；
（ｂ）１つまたは複数の長さ間隔のＤＮＡを除去または単離し、それによって、前記宿主からの前記核酸サンプル中の前記非宿主核酸を濃縮するステップと
を含む方法。
【請求項２】
ステップ（ｂ）が１つまたは複数の長さ間隔のＤＮＡを除去することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ステップ（ｂ）が１つまたは複数の長さ間隔のＤＮＡを単離することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記１つまたは複数の長さ間隔が約１８０塩基対、約３６０塩基対、約５４０塩基対、約７２０塩基対および約９００塩基対からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記１つまたは複数の長さ間隔が１５０塩基対またはその倍数、１６０塩基対またはその倍数、１７０塩基対またはその倍数、１９０塩基対またはその倍数、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ステップ（ｂ）が約３００塩基長を超えるＤＮＡを除去することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
ステップ（ｂ）が最大約３００塩基長であるＤＮＡを単離することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
シーケンシングアッセイを行うステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記宿主からの前記核酸サンプルが少なくとも５つの非宿主核酸配列を含む、前記少なくとも５つの非宿主核酸配列を検出するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記宿主がヒトである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環核酸サンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環無細胞核酸サンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
宿主中の病原体を同定する方法であって、
前記宿主からのサンプルを用意するステップと；
前記サンプルを非宿主由来核酸について宿主由来核酸に対して濃縮するステップであって、前記濃縮は前記サンプルから約３００塩基長を超える長さの核酸を優先的に除去することを含むステップと；
前記非宿主由来核酸を分析するステップと；
前記非宿主核酸から前記宿主中の病原体を同定するステップと
を含む方法。
【請求項１４】
前記濃縮するステップが、約２００塩基長を超える核酸を前記サンプルから優先的に除去することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記濃縮するステップが、約１５０塩基長を超える核酸を前記サンプルから優先的に除去することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記濃縮するステップが、約１２０塩基長を超える核酸を前記サンプルから優先的に除去することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記濃縮するステップが、前記サンプルからの約１０塩基長〜約１２０塩基長の核酸を優先的に濃縮することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
前記濃縮するステップが、宿主由来核酸を優先的に消化することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記濃縮するステップが、前記非宿主由来核酸を優先的に複製することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記宿主がヒトである、請求項１３に記載の方法。
【請求項２１】
前記非宿主由来核酸が病原性生物から得られたものである、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記宿主由来のサンプルについて、ハイスループットシーケンシングを行うことをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記宿主サンプルについて、大量並列シーケンシングを行うことをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記非宿主由来核酸がＤＮＡを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記非宿主核酸が細菌ＤＮＡ、ウイルスＤＮＡ、真菌ＤＮＡ、寄生生物ＤＮＡおよびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるものを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記非宿主核酸がＲＮＡを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２７】
前記非宿主核酸がウイルスＲＮＡを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記宿主核酸または非宿主核酸が、人工的に断片化されていない、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記宿主核酸または非宿主核酸が、人工的に酵素的に断片化されていない、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記１つまたは複数の長さ間隔が、１１０〜１０００塩基を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項３１】
前記無細胞核酸が循環無細胞核酸を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項３２】
前記宿主サンプルが血漿を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記サンプルが無細胞核酸を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項３４】
前記サンプルが循環無細胞核酸を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項３５】
前記サンプルが血漿を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項３６】
約１５０塩基長を超える宿主核酸を前記宿主サンプルから除去することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３７】
前記約１５０塩基長を超える宿主ＤＮＡは、約１５０塩基対長の長さを有する、請求項６に記載の方法。
【請求項３８】
前記濃縮は、約１５０塩基未満の長さを有する核酸を優先的に濃縮することを含む、請求項１３に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３５】
本発明の新規な特徴を添付の特許請求の範囲に具体的に示す。本発明の特徴および利点
のより良い理解は、本発明の原理が利用される例示的な実施形態を示す以下の詳細な説明
および添付の図面を参照することによって得られるであろう。
１形態において本発明は以下を提供する。
[項目１]
宿主からの核酸サンプル中の非宿主配列をプライミングまたは捕捉する方法であって、
（ａ）前記宿主からの核酸サンプルを用意するステップであって、前記宿主からの前記核酸サンプルは宿主核酸および非宿主核酸を含むステップと；
（ｂ）前記宿主からの前記核酸サンプルをオリゴヌクレオチドのコレクションと混合し、それによって、混合物を得るステップであって、前記オリゴヌクレオチドのコレクションは異なるヌクレオチド配列を有する少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドを含み、前記異なるヌクレオチド配列は、少なくとも１０ヌクレオチド長の非宿主核酸配列を含有するよう特異的に選択されるステップと；
（ｃ）前記混合物中で、前記オリゴヌクレオチドのコレクションを前記核酸サンプルと接触させるステップであって、前記接触によって前記混合物中の非宿主核酸を少なくとも１０ヌクレオチド長の前記非宿主核酸配列に結合させ、それによって、非宿主核酸をプライミングまたは捕捉し、前記接触によって前記宿主核酸の最大１０％を少なくとも１０ヌクレオチド長の前記非宿主核酸配列に結合させるステップと
を含む方法。
[項目２]
反応において前記プライミングまたは捕捉された非宿主核酸を優先的に増幅するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
[項目３]
シーケンシングアッセイを行うことによって前記プライミングまたは捕捉された非宿主核酸を配列決定するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
[項目４]
前記シーケンシングアッセイが次世代シーケンシングアッセイ、ハイスループットシーケンシングアッセイ、大量並列シーケンシングアッセイ、ナノポアシーケンシングアッセイまたはサンガーシーケンシングアッセイである、項目３に記載の方法。
[項目５]
前記プライミングまたは捕捉された非宿主核酸を優先的に単離するステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
[項目６]
前記優先的に単離するステップが、プルダウンアッセイを行うことを含む、項目５に記載の方法。
[項目７]
前記プライミングまたは捕捉された非宿主核酸に対してプライマー伸長反応を行うステップをさらに含む、項目１に記載の方法。
[項目８]
異なるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが核酸標識を含有する、項目７に記載の方法。
[項目９]
前記プライミングまたは捕捉された非宿主核酸がＲＮＡ非宿主核酸である、項目１に記載の方法。
[項目１０]
前記プライミングまたは捕捉されたＲＮＡ非宿主核酸に対して重合反応を行うステップをさらに含む、項目９に記載の方法。
[項目１１]
前記重合反応が逆転写酵素によって行われる、項目１０に記載の方法。
[項目１２]
宿主からの核酸サンプル中の非宿主配列を配列決定する方法であって、
（ａ）前記宿主からの核酸サンプルを用意するステップであって、前記宿主からの前記核酸サンプルは宿主核酸および非宿主核酸を含むステップと；
（ｂ）前記宿主からの核酸サンプルをオリゴヌクレオチドのコレクションと混合し、それによって、混合物を得るステップであって、前記オリゴヌクレオチドのコレクションは異なるヌクレオチド配列を有する少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドを含み、前記異なるヌクレオチド配列は、少なくとも１０ヌクレオチド長の非宿主核酸配列を含有するよう特異的に選択されるステップと；
（ｃ）前記混合物中で、前記オリゴヌクレオチドのコレクションを前記核酸サンプルと接触させるステップであって、前記接触によって前記混合物中の非宿主核酸を少なくとも１０ヌクレオチド長の前記非宿主核酸配列に結合させ、前記接触によって前記宿主核酸の最大１０％を少なくとも１０ヌクレオチド長の前記非宿主核酸配列に結合させるステップと；
（ｄ）シーケンシングアッセイを行うことによって、少なくとも１０ヌクレオチド長の前記非宿主核酸配列に結合した前記非宿主核酸を配列決定するステップと
を含む方法。
[項目１３]
反応において前記非宿主核酸を優先的に増幅するステップをさらに含む、項目１２に記載の方法。
[項目１４]
前記シーケンシングアッセイが次世代シーケンシングアッセイ、ハイスループットシーケンシングアッセイ、大量並列シーケンシングアッセイ、ナノポアシーケンシングアッセイまたはサンガーシーケンシングアッセイである、項目１２に記載の方法。
[項目１５]
前記非宿主核酸を優先的に単離するステップをさらに含む、項目１２に記載の方法。
[項目１６]
前記単離するステップが、プルダウンアッセイを行うことを含む、項目１５に記載の方法。
[項目１７]
前記非宿主核酸に対してプライマー伸長反応を行うステップをさらに含む、項目１２に記載の方法。
[項目１８]
異なるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが核酸標識を含有する、項目１７に記載の方法。
[項目１９]
前記非宿主核酸がＲＮＡ非宿主核酸である、項目１２に記載の方法。
[項目２０]
前記ＲＮＡ非宿主核酸に対して重合反応を行うステップをさらに含む、項目１９に記載の方法。
[項目２１]
前記重合反応が逆転写酵素によって行われる、項目２０に記載の方法。
[項目２２]
異なるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが、異なるヌクレオチド配列を有する少なくとも１００００個のオリゴヌクレオチドである、項目１または１２に記載の方法。
[項目２３]
異なるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが、異なるヌクレオチド配列を有する少なくとも１０００００個のオリゴヌクレオチドである、項目１または１２に記載の方法。
[項目２４]
異なるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが、異なるヌクレオチド配列を有する少なくとも１００００００個のオリゴヌクレオチドである、項目１または１２に記載の方法。
[項目２５]
異なるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが、固体支持体にコンジュゲートされない、項目１または１２に記載の方法。
[項目２６]
異なるヌクレオチド配列を有する前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが、最大２００ヌクレオチドの長さを有する、項目１または１２に記載の方法。
[項目２７]
異なるヌクレオチド配列を有する少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドの各々が、１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドのドメインを含み、１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドの各ドメインが異なるヌクレオチド配列を含む、項目１または１２に記載の方法。
[項目２８]
１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドの各ドメインが１２〜１５ヌクレオチド長である、項目２７に記載の方法。
[項目２９]
１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドの各ドメインが１３〜１５ヌクレオチド長である、項目２７に記載の方法。
[項目３０]
１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドの各ドメインが哺乳動物核酸配列でない、項目２７に記載の方法。
[項目３１]
前記宿主が哺乳動物宿主であり、前記哺乳動物宿主からの前記核酸サンプルが哺乳動物宿主核酸および非哺乳動物核酸を含む、項目１または１２に記載の方法。
[項目３２]
前記宿主がヒト宿主であり、前記ヒト宿主からの前記核酸サンプルがヒト宿主核酸および非ヒト核酸を含む、項目１または１２に記載の方法。
[項目３３]
前記非ヒト核酸が微生物核酸を含む、項目３２に記載の方法。
[項目３４]
前記非ヒト核酸が細菌核酸を含む、項目３２に記載の方法。
[項目３５]
前記宿主からの前記核酸サンプルが少なくとも５つの非宿主核酸配列を含み、前記少なくとも５つの非宿主核酸配列を検出するステップをさらに含む、項目１または１２に記載の方法。
[項目３６]
前記宿主からの前記核酸サンプルが血液、血漿、血清、唾液、脳脊髄液、滑液、洗浄液、尿および便からなる群から選択される、項目１または１２に記載の方法。
[項目３７]
前記サンプルが血液、血漿および血清からなる群から選択される、項目３６に記載の方法。
[項目３８]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環核酸サンプルである、項目１または１２に記載の方法。
[項目３９]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環無細胞核酸サンプルである、項目１または１２に記載の方法。
[項目４０]
前記宿主からの前記核酸サンプルが核酸配列決定可能なライブラリーを含む、項目１または１２に記載の方法。
[項目４１]
前記宿主からの前記核酸サンプルが一本鎖ＤＮＡまたはｃＤＮＡを含む、項目１または１２に記載の方法。
[項目４２]
前記核酸がＤＮＡである、項目１または項目１２に記載の方法。
[項目４３]
前記核酸がＲＮＡである、項目１または項目１２に記載の方法。
[項目４４]
前記宿主からの前記核酸サンプルが人工的に断片化された核酸を含まない、項目１または１２に記載の方法。
[項目４５]
前記オリゴヌクレオチドのコレクションがＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、ＬＮＡ、ＢＮＡまたはこれらの任意の組み合わせを含む、項目１または１２に記載の方法。
[項目４６]
前記オリゴヌクレオチドのコレクションがＤＮＡオリゴヌクレオチドを含む、項目１または１２に記載の方法。
[項目４７]
前記オリゴヌクレオチドのコレクションがＲＮＡオリゴヌクレオチドを含む、項目１または１２に記載の方法。
[項目４８]
前記オリゴヌクレオチドのコレクションが核酸標識または化学標識で標識される、項目１または１２に記載の方法。
[項目４９]
前記化学標識がビオチンである、項目４８に記載の方法。
[項目５０]
前記オリゴヌクレオチドのコレクションが人工的に断片化された核酸を含まない、項目１または１２に記載の方法。
[項目５１]
前記非宿主核酸が病原体核酸、微生物核酸、細菌核酸、ウイルス核酸、真菌核酸、寄生生物核酸およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、項目１または１２に記載の方法。
[項目５２]
前記非宿主核酸が微生物核酸である、項目１または１２に記載の方法。
[項目５３]
前記非宿主核酸が細菌核酸である、項目１または１２に記載の方法。
[項目５４]
前記非宿主核酸がウイルス核酸である、項目１または１２に記載の方法。
[項目５５]
宿主からの核酸サンプル中の非宿主配列を濃縮する方法であって、
（ａ）前記宿主からの核酸サンプルを用意するステップであって、前記宿主からの前記核酸サンプルは前記宿主からの一本鎖核酸サンプルであり、宿主核酸および非宿主核酸を含むステップと；
（ｂ）前記宿主からの前記一本鎖核酸の少なくとも一部を再生し、それによって、前記サンプル中に二本鎖核酸の集団を生成するステップと；
（ｃ）ヌクレアーゼを用いて前記サンプル中の前記二本鎖核酸の少なくとも一部を除去し、それによって、前記宿主からの前記核酸サンプル中の非宿主配列を濃縮するステップと
を含む方法。
[項目５６]
シーケンシングアッセイを行うステップをさらに含む、項目５５に記載の方法。
[項目５７]
前記宿主からの前記核酸サンプルが少なくとも５つの非宿主核酸配列を含み、前記少なくとも５つの非宿主核酸配列を検出するステップをさらに含む、項目５５に記載の方法。
[項目５８]
前記宿主がヒトである、項目５５に記載の方法。
[項目５９]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環核酸サンプルである、項目５５に記載の方法。
[項目６０]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環無細胞核酸サンプルである、項目５５に記載の方法。
[項目６１]
前記宿主からの前記核酸サンプルが血液、血漿、血清、唾液、脳脊髄液、滑液、洗浄液、尿および便からなる群から選択される、項目５５に記載の方法。
[項目６２]
前記核酸がＤＮＡである、項目５５に記載の方法。
[項目６３]
前記核酸がＲＮＡである、項目５５に記載の方法。
[項目６４]
一本鎖宿主配列を前記宿主からの前記一本鎖核酸サンプルに添加するステップをさらに含む、項目５５に記載の方法。
[項目６５]
熱を用いて前記核酸サンプル中の前記核酸の少なくとも一部を変性させて、前記一本鎖核酸サンプルを作製するステップをさらに含む、項目５５に記載の方法。
[項目６６]
前記核酸の少なくとも一部の再生が、設定された時間枠内で起こる、項目５５に記載の方法。
[項目６７]
前記核酸の少なくとも一部の再生が、９６時間以内で起こる、項目５５に記載の方法。
[項目６８]
前記再生がトリメチルアンモニウムクロリドの存在下での再生を含む、項目５５に記載の方法。
[項目６９]
前記ヌクレアーゼが二本鎖特異性ヌクレアーゼ、ＢＡＬ−３１、二本鎖特異的ＤＮアーゼまたはこれらの組み合わせである、項目５５に記載の方法。
[項目７０]
前記ヌクレアーゼが二本鎖特異的ヌクレアーゼである、項目５５に記載の方法。
[項目７１]
前記ヌクレアーゼがＢＡＬ−３１である、項目５５に記載の方法。
[項目７２]
前記ヌクレアーゼが二本鎖核酸に対して活性である、項目５５に記載の方法。
[項目７３]
前記ヌクレアーゼが一本鎖核酸に対して活性でない、項目５５に記載の方法。
[項目７４]
前記核酸が人工的に断片化されていない、項目５５に記載の方法。
[項目７５]
宿主からの核酸サンプル中の非宿主配列を濃縮する方法であって、
（ａ）前記宿主からの前記核酸サンプルを用意するステップであって、前記宿主からの前記核酸サンプルはヌクレオソームと会合した宿主核酸および非宿主核酸を含むステップと；
（ｂ）ヌクレオソームと会合した前記宿主核酸の少なくとも一部を除去し、それによって、前記宿主からの前記核酸サンプル中の前記非宿主核酸を濃縮するステップと
を含む方法。
[項目７６]
シーケンシングアッセイを行うステップをさらに含む、項目７５に記載の方法。
[項目７７]
前記宿主からの前記核酸サンプルが少なくとも５つの非宿主核酸配列を含み、前記少なくとも５つの非宿主核酸配列を検出するステップをさらに含む、項目７５に記載の方法。
[項目７８]
前記宿主がヒトである、項目７５に記載の方法。
[項目７９]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環核酸サンプルである、項目７５に記載の方法。
[項目８０]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環無細胞核酸サンプルである、項目７５に記載の方法。
[項目８１]
前記宿主からの前記核酸サンプルが血液、血漿、血清、唾液、脳脊髄液、滑液、洗浄液、尿および便からなる群から選択される、項目７５に記載の方法。
[項目８２]
ステップ（ｂ）における前記除去が電気泳動を行うことを含む、項目７５に記載の方法。
[項目８３]
ステップ（ｂ）における前記除去が等速電気泳動を行うことを含む、項目７５に記載の方法。
[項目８４]
ステップ（ｂ）における前記除去が多孔質フィルタを使用することを含む、項目７５に記載の方法。
[項目８５]
ステップ（ｂ）における前記除去がイオン交換カラムを使用することを含む、項目７５に記載の方法。
[項目８６]
ステップ（ｂ）における前記除去が１つまたは複数のヒストンに特異的な１つまたは複数の抗体を使用することを含む、項目７５に記載の方法。
[項目８７]
前記１つまたは複数のヒストンが、ヒストンＨ２Ａ  Ｎ末端、ヒストンＨ２Ａ溶媒露出エピトープ、ヒストンＨ３中のＬｙｓ９上のモノメチル化、ヒストンＨ３中のＬｙｓ９上のジメチル化、ヒストンＨ３中のＬｙｓ５６上のトリメチル化、ヒストンＨ２Ｂ中のＳｅｒ１４上のリン酸化およびヒストンＨ２Ａ．Ｘ中のＳｅｒ１３９上のリン酸化からなる群から選択される、項目８６に記載の方法。
[項目８８]
前記１つまたは複数の抗体がカラム上に固定化される、項目８６に記載の方法。
[項目８９]
前記１つまたは複数の抗体を除去するステップをさらに含む、項目８６に記載の方法。
[項目９０]
宿主からの核酸サンプル中の非宿主配列を濃縮する方法であって、
（ａ）前記宿主からの前記核酸サンプルを用意するステップであって、前記宿主からの前記核酸サンプルは宿主核酸および非宿主核酸を含むステップと；
（ｂ）１つまたは複数の長さ間隔のＤＮＡを除去または単離し、それによって、前記宿主からの前記核酸サンプル中の前記非宿主核酸を濃縮するステップと
を含む方法。
[項目９１]
ステップ（ｂ）が１つまたは複数の長さ間隔のＤＮＡを除去することを含む、項目９０に記載の方法。
[項目９２]
ステップ（ｂ）が１つまたは複数の長さ間隔のＤＮＡを単離することを含む、項目９０に記載の方法。
[項目９３]
前記１つまたは複数の長さ間隔が約１８０塩基対、約３６０塩基対、約５４０塩基対、約７２０塩基対および約９００塩基対からなる群から選択される、項目９０に記載の方法。
[項目９４]
前記１つまたは複数の長さ間隔が１５０塩基対またはその倍数、１６０塩基対またはその倍数、１７０塩基対またはその倍数、１９０塩基対またはその倍数、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、項目９０に記載の方法。
[項目９５]
ステップ（ｂ）が約３００塩基長を超えるＤＮＡを除去することを含む、項目９０に記載の方法。
[項目９６]
ステップ（ｂ）が最大約３００塩基長であるＤＮＡを単離することを含む、項目９０に記載の方法。
[項目９７]
シーケンシングアッセイを行うステップをさらに含む、項目９０に記載の方法。
[項目９８]
前記宿主からの前記核酸サンプルが少なくとも５つの非宿主核酸配列を含む、前記少なくとも５つの非宿主核酸配列を検出するステップをさらに含み、項目９０に記載の方法。
[項目９９]
前記宿主がヒトである、項目９０に記載の方法。
[項目１００]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環核酸サンプルである、項目９０に記載の方法。
[項目１０１]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環無細胞核酸サンプルである、項目９０に記載の方法。
[項目１０２]
宿主からの核酸サンプル中の非宿主配列を濃縮する方法であって、
（ａ）前記宿主からの核酸サンプルを用意するステップであって、前記宿主からの前記核酸サンプルは宿主核酸、非宿主核酸およびエキソソームを含むステップと；
（ｂ）前記エキソソームの少なくとも一部を除去または単離し、それによって、前記宿主からの前記核酸サンプル中の非宿主配列を濃縮するステップと
を含む方法。
[項目１０３]
ステップ（ｂ）が前記エキソソームの少なくとも一部を除去することを含む、項目１０２に記載の方法。
[項目１０４]
ステップ（ｂ）が前記エキソソームの少なくとも一部を単離することを含む、項目１０２に記載の方法。
[項目１０５]
シーケンシングアッセイを行うステップをさらに含む、項目１０２に記載の方法。
[項目１０６]
前記宿主からの前記核酸サンプルが少なくとも５つの非宿主核酸配列を含み、前記少なくとも５つの非宿主核酸配列を検出するステップをさらに含む、項目１０２に記載の方法。
[項目１０７]
前記宿主がヒトである、項目１０２に記載の方法。
[項目１０８]
前記宿主からの前記核酸サンプルが血液、血漿、血清、唾液、脳脊髄液、滑液、洗浄液、尿および便からなる群から選択される、項目１０２に記載の方法。
[項目１０９]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環核酸サンプルである、項目１０２に記載の方法。
[項目１１０]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環無細胞核酸サンプルである、項目１０２に記載の方法。
[項目１１１]
前記エキソソーム内の前記宿主核酸を除去するステップをさらに含む、項目１０２に記載の方法。
[項目１１２]
非宿主核酸を単離するステップをさらに含む、項目１０２に記載の方法。
[項目１１３]
ステップ（ｂ）における前記除去または単離が白血球由来エキソソームを除去または単離することを含む、項目１０２に記載の方法。
[項目１１４]
前記白血球がマクロファージである、項目１１３に記載の方法。
[項目１１５]
ステップ（ｂ）における前記除去または単離が前記白血球由来エキソソームを除去または単離するために免疫沈降を使用することを含む、項目１１３に記載の方法。
[項目１１６]
１つまたは複数の核酸バーコードを１つまたは複数のサンプルに添加するステップをさらに含む、項目１から１１５のいずれか一項に記載の方法。
[項目１１７]
１つまたは複数の病原性遺伝子座；抗微生物剤耐性マーカー；抗生物質耐性マーカー；抗ウイルス剤耐性マーカー；抗寄生生物剤耐性マーカー；有益な遺伝子型決定領域；２つ以上の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物に共通する配列；宿主ゲノムに組み込まれた非宿主配列；マスキング非宿主配列；非宿主模倣配列；マスキング宿主配列；宿主模倣配列；ならびに１つまたは複数の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物に特異的な配列に特異的な１つまたは複数の核酸を前記サンプルに添加するステップをさらに含む、項目１から１１５のいずれか一項に記載の方法。
[項目１１８]
宿主からの核酸サンプル中の配列をプライミングまたは捕捉する方法であって、
（ａ）前記宿主からの核酸サンプルを用意するステップと；
（ｂ）前記宿主からの前記核酸サンプルを１つまたは複数の病原性遺伝子座；抗微生物剤耐性マーカー；抗生物質耐性マーカー；抗ウイルス剤耐性マーカー；抗寄生生物剤耐性マーカー；有益な遺伝子型決定領域；２つ以上の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物に共通する配列；宿主ゲノムに組み込まれた非宿主配列；マスキング非宿主配列；非宿主模倣配列；マスキング宿主配列；宿主模倣配列；ならびに１つまたは複数の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物に特異的な配列に特異的な、対象となる１つまたは複数の領域の核酸と混合し、それによって、混合物を得るステップと；
（ｃ）前記混合物中で、対象となる前記１つまたは複数の領域の核酸を前記核酸サンプルと接触させるステップであって、前記接触によって前記核酸サンプル中の核酸を対象となる前記１つまたは複数の領域の核酸に結合させ、それによって、前記核酸をプライミングまたは捕捉するステップと
を含む方法。
[項目１１９]
１つまたは複数の病原性遺伝子座；抗微生物剤耐性マーカー；抗生物質耐性マーカー；抗ウイルス剤耐性マーカー；抗寄生生物剤耐性マーカー；有益な遺伝子型決定領域；２つ以上の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物に共通する配列；宿主ゲノムに組み込まれた非宿主配列；マスキング非宿主配列；非宿主模倣配列；マスキング宿主配列；宿主模倣配列；ならびに１つまたは複数の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物に特異的な配列に特異的な１つまたは複数の核酸を使用して核酸増幅反応を行うステップをさらに含む、項目１１８に記載の方法。
[項目１２０]
前記核酸増幅反応がポリメラーゼ連鎖反応、逆転写、転写媒介増幅またはリガーゼ連鎖反応を含む、項目１１９に記載の方法。
[項目１２１]
１つまたは複数の病原性遺伝子座；抗微生物剤耐性マーカー；抗生物質耐性マーカー；抗ウイルス剤耐性マーカー；抗寄生生物剤耐性マーカー；有益な遺伝子型決定領域；２つ以上の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物に共通する配列；宿主ゲノムに組み込まれた非宿主配列；マスキング非宿主配列；非宿主模倣配列；マスキング宿主配列；宿主模倣配列；ならびに１つまたは複数の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物に特異的な配列に特異的な核酸を単離するステップをさらに含む、項目１１８に記載の方法。
[項目１２２]
前記単離するステップが、プルダウンアッセイを行うことを含む、項目１２１に記載の方法。
[項目１２３]
シーケンシングアッセイを行うステップをさらに含む、項目１１８に記載の方法。
[項目１２４]
前記宿主がヒトである、項目１１８に記載の方法。
[項目１２５]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環核酸サンプルである、項目１１８に記載の方法。
[項目１２６]
前記宿主からの前記核酸サンプルが循環無細胞核酸サンプルである、項目１１８に記載の方法。
[項目１２７]
配列決定アダプター配列に連結した少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドのコレクションであって、
（ａ）前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドの各々はヌクレオチドのドメインを含み；
（ｂ）前記ヌクレオチドのドメインは１０〜２０ヌクレオチドの長さを有し；
（ｃ）１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインは異なるヌクレオチド配列を有し；
（ｄ）１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインは１つまたは複数のゲノムに存在しない
ように特異的に選択される、少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１２８]
前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが２００ヌクレオチド長以下である、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１２９]
前記１つまたは複数のゲノムが１つまたは複数の哺乳動物ゲノムである、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３０]
前記１つまたは複数の哺乳動物ゲノムがヒトゲノム、イヌゲノム、ネコゲノム、げっ歯動物ゲノム、ブタゲノム、ウシゲノム、ヒツジゲノム、ヤギゲノム、ウサギゲノム、ウマゲノムおよびこれらの任意の組み合わせから選択される、項目１２９に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３１]
前記１つまたは複数の哺乳動物ゲノムがヒトゲノムである、項目１３０に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３２]
前記１つまたは複数のゲノムが１つのゲノムである、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３３]
１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインが１２〜１５ヌクレオチド長である、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３４]
１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインが１３〜１５ヌクレオチド長である、項目１３３に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３５]
前記オリゴヌクレオチドがＤＮＡオリゴヌクレオチドである、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３６]
前記オリゴヌクレオチドがＲＮＡオリゴヌクレオチドである、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３７]
前記オリゴヌクレオチドが合成オリゴヌクレオチドである、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３８]
前記オリゴヌクレオチドが、人工的に断片化された核酸を含まない、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１３９]
前記オリゴヌクレオチドが核酸標識、化学標識または光学標識で標識される、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１４０]
前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが少なくとも５０００個のオリゴヌクレオチドである、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１４１]
前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが少なくとも１００００個のオリゴヌクレオチドである、項目１４０に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１４２]
前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが少なくとも１０００００個のオリゴヌクレオチドである、項目１４０に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１４３]
前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが少なくとも１００００００個のオリゴヌクレオチドである、項目１４０に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１４４]
前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物ゲノムに存在する異なる配列を含む１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドのドメインを含む、項目１２７に記載のオリゴヌクレオチドのコレクション。
[項目１４５]
オリゴヌクレオチドのコレクションを作製する方法であって、
（ａ）少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドを用意するステップであって、前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドは異なる配列を有する１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドのドメインを含むステップと；
（ｂ）宿主からの核酸サンプルを用意するステップと；
（ｃ）前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドを前記宿主からの前記核酸と混合するステップと；
（ｄ）前記宿主からの前記核酸とハイブリダイズしない前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドの少なくともサブセットを単離することを含むオリゴヌクレオチドのコレクションを作製するステップと
を含む方法。
[項目１４６]
前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが最大２００ヌクレオチドの長さを有する、項目１４５に記載の方法。
[項目１４７]
ヌクレオチドの前記ドメインが１２〜１５ヌクレオチド長である、項目１４５に記載の方法。
[項目１４８]
ヌクレオチドの前記ドメインが１３〜１５ヌクレオチド長である、項目１４７に記載の方法。
[項目１４９]
前記オリゴヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡである、項目１４５に記載の方法。
[項目１５０]
前記オリゴヌクレオチドが一本鎖である、項目１４５に記載の方法。
[項目１５１]
前記オリゴヌクレオチドが合成オリゴヌクレオチドである、項目１４５に記載の方法。
[項目１５２]
前記宿主からの前記核酸が核酸標識または化学標識で標識される、項目１４５に記載の方法。
[項目１５３]
前記化学標識がビオチンである、項目１５２に記載の方法。
[項目１５４]
ステップ（ｄ）における単離が電気泳動を行うことを含む、項目１４５に記載の方法。
[項目１５５]
ステップ（ｄ）における単離がプルダウンアッセイを行うことを含む、項目１４５に記載の方法。
[項目１５６]
熱を用いて前記宿主からの前記核酸の少なくとも一部を変性させるステップをさらに含む、項目１４５に記載の方法。
[項目１５７]
オリゴヌクレオチドのコレクションを作製する方法であって、
（ａ）ゲノム、エクソームおよびトランスクリプトームからなる群から選択されるバックグラウンド集団中に存在する１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドのドメインを決定するステップと；
（ｂ）前記バックグラウンド集団中に存在しない異なる配列を有する１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドのドメインを含む少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドを含む前記オリゴヌクレオチドのコレクションを作製するステップと
を含む方法。
[項目１５８]
前記少なくとも１０００個のオリゴヌクレオチドが最大２００ヌクレオチドの長さを有する、項目１５７に記載の方法。
[項目１５９]
ヌクレオチドの前記ドメインが１２〜１５ヌクレオチド長である、項目１５７に記載の方法。
[項目１６０]
ヌクレオチドの前記ドメインが１３〜１５ヌクレオチド長である、項目１５７に記載の方法。
[項目１６１]
前記宿主がヒトである、項目１５７に記載の方法。
[項目１６２]
前記バックグラウンド集団がゲノムである、項目１５７に記載の方法。
[項目１６３]
前記バックグラウンド集団がエクソームである、項目１５７に記載の方法。
[項目１６４]
前記バックグラウンド集団がトランスクリプトームである、項目１５７に記載の方法。
[項目１６５]
前記決定が計算的に行われる、項目１５７に記載の方法。
[項目１６６]
宿主中の病原体を同定する方法であって、
前記宿主からのサンプルを用意するステップと；
前記サンプルを非宿主由来核酸について宿主由来核酸に対して濃縮するステップであって、前記濃縮は前記サンプルから約３００塩基長を超える長さの核酸を優先的に除去することを含むステップと；
前記非宿主由来核酸を分析するステップと；
前記非宿主核酸から前記宿主中の病原体を同定するステップと
を含む方法。
[項目１６７]
前記濃縮するステップが、約２００塩基長を超える核酸を前記サンプルから優先的に除去することを含む、項目１６６に記載の方法。
[項目１６８]
前記濃縮するステップが、約１５０塩基長を超える核酸を前記サンプルから優先的に除去することを含む、項目１６６に記載の方法。
[項目１６９]
前記濃縮するステップが、約１２０塩基長を超える核酸を前記サンプルから優先的に除去することを含む、項目１６６に記載の方法。
[項目１７０]
前記濃縮するステップが、前記サンプルからの約１０塩基長〜約１２０塩基長の核酸を優先的に濃縮することを含む、項目１６６に記載の方法。
[項目１７１]
前記濃縮するステップが、前記サンプルからの約３０塩基長〜約１２０塩基長の核酸を優先的に濃縮することを含む、項目１６６に記載の方法。
[項目１７２]
前記濃縮するステップが、前記サンプルからの約１０塩基長〜約３００塩基長の核酸の相対的増加をもたらす、項目１６６に記載の方法。
[項目１７３]
前記濃縮するステップが、宿主由来核酸を優先的に消化することを含む、項目１６６に記載の方法。
[項目１７４]
前記濃縮するステップが、前記非宿主由来核酸を優先的に複製することを含む、項目１６６に記載の方法。
[項目１７５]
前記非宿主由来核酸が、前記宿主由来核酸中に存在しないヌクレオチドの１つまたは複数のドメインに相補的な１つまたは複数のプライミングオリゴヌクレオチドを使用して優先的に複製される、項目１７４に記載の方法。
[項目１７６]
ヌクレオチドの前記ドメインが１０〜２０ヌクレオチド長である、項目１７５に記載の方法。
[項目１７７]
ヌクレオチドの前記ドメインが１２〜１５ヌクレオチド長である、項目１７５に記載の方法。
[項目１７８]
ヌクレオチドの前記ドメインが１３ｍｅｒまたは１４ｍｅｒである、項目１７５に記載の方法。
[項目１７９]
前記宿主が真核生物宿主である、項目１６６に記載の方法。
[項目１８０]
前記宿主が脊椎動物宿主である、項目１６６に記載の方法。
[項目１８１]
前記宿主が哺乳動物宿主である、項目１６６に記載の方法。
[項目１８２]
前記非宿主由来核酸が病原性生物からのＤＮＡを含む、項目１６６に記載の方法。
[項目１８３]
前記サンプルが血液または血漿サンプルを含む、項目１６６に記載の方法。
[項目１８４]
前記サンプルが無細胞サンプルである、項目１６６に記載の方法。
[項目１８５]
単一オリゴヌクレオチド中に１０個のオリゴヌクレオチド配列を含むウルトラマーオリゴヌクレオチドであって、
（ａ）前記１０個のオリゴヌクレオチド配列の各々はウラシル残基またはアプリン／アピリミジン部位によって分離されており；
（ｂ）前記１０個のオリゴヌクレオチド配列の各々はヌクレオチドのドメインを含み；
（ｃ）前記ヌクレオチドのドメインは１０〜２０ヌクレオチドの長さを有し；
（ｄ）１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインは異なるヌクレオチド配列を有する
ウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１８６]
前記１０個のオリゴヌクレオチド配列が２００ヌクレオチド長以下である、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１８７]
前記１０個のオリゴヌクレオチド配列が同じ長さである、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１８８]
１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインが１つまたは複数のゲノム中に存在しない、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１８９]
前記１つまたは複数のゲノムが１つまたは複数の哺乳動物ゲノムである、項目１８８に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９０]
前記１つまたは複数の哺乳動物ゲノムがヒトゲノム、イヌゲノム、ネコゲノム、げっ歯動物ゲノム、ブタゲノム、ウシゲノム、ヒツジゲノム、ヤギゲノム、ウサギゲノム、ウマゲノムおよびこれらの任意の組み合わせから選択される、項目１８８に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９１]
前記１つまたは複数の哺乳動物ゲノムがヒトゲノムである、項目１８８に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９２]
前記１つまたは複数のゲノムが１つのゲノムである、項目１８８に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９３]
１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインが１２〜１５ヌクレオチド長である、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９４]
１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインが１３〜１５ヌクレオチド長である、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９５]
１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインが混合塩基を含む、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９６]
前記混合塩基がＮ（Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ）、Ｄ（Ａ、Ｇ、Ｔ）、Ｖ（Ａ、Ｃ、Ｇ）、Ｂ（Ｃ、Ｇ、Ｔ）、Ｈ（Ａ、Ｃ、Ｔ）、Ｗ（Ａ、Ｔ）、Ｓ（Ｃ、Ｇ）、Ｋ（Ｇ、Ｔ）、Ｍ（Ａ、Ｃ）、Ｙ（Ｃ、Ｔ）、Ｒ（Ａ、Ｇ）、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、項目１９５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９７]
１０〜２０ヌクレオチドの長さを有するヌクレオチドの各ドメインが１個以上、２個以上、３個以上、４個以上、５個以上、６個以上、７個以上、８個以上、９個以上、１０個以上、１１個以上、１２個以上または１３個以上の混合塩基を含む、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９８]
前記１０個のオリゴヌクレオチド配列が同じ縮重度を有する、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目１９９]
前記１０個のオリゴヌクレオチド配列が２、３、４、６、８、９、１２、１６、１８、２４、２７、３２、３６、４８、５４、６４、７２、８１、９６、１０８、１２８、１４４、１６２、１９２、２１６、２４３または２５６の縮重度を有する、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目２００]
前記１０個のオリゴヌクレオチド配列がＤＮＡである、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目２０１]
前記１０個のオリゴヌクレオチド配列がＲＮＡである、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目２０２]
前記１０個のオリゴヌクレオチド配列が合成される、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目２０３]
５０個のオリゴヌクレオチド配列を含む、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目２０４]
１００個のオリゴヌクレオチド配列を含む、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目２０５]
５００個のオリゴヌクレオチド配列を含む、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目２０６]
前記１０個のオリゴヌクレオチド配列が、１つまたは複数の微生物、病原体、細菌、ウイルス、真菌または寄生生物ゲノムに存在する異なる配列を含む１０〜２０ヌクレオチド長のヌクレオチドのドメインを含む、項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチド。
[項目２０７]
オリゴヌクレオチドのコレクションを作製する方法であって、
（ａ）項目１８５に記載のウルトラマーオリゴヌクレオチドを用意するステップと；
（ｂ）前記ウルトラマーオリゴヌクレオチドを加水分解し、それによって、オリゴヌクレオチドのコレクションを作製するステップと
を含む方法。
[項目２０８]
ステップ（ｂ）が前記ウルトラマーオリゴヌクレオチド中のアプリン／アピリミジン部位を加水分解することを含む、項目２０７に記載の方法。
[項目２０９]
ステップ（ｂ）がエンドヌクレアーゼＩＶまたはエンドヌクレアーゼＶＩＩを用いて行われる、項目２０８に記載の方法。
[項目２１０]
前記ウルトラマーオリゴヌクレオチド中のウラシル残基を加水分解して、アプリン／アピリミジン部位を形成するステップをさらに含む、項目２０７に記載の方法。
[項目２１１]
前記ウラシル残基を加水分解するステップがウラシルＤＮＡグリコシラーゼを使用して行われる、項目２１０に記載の方法。
[項目２１２]
前記オリゴヌクレオチドのコレクション中の前記オリゴヌクレオチドをビオチン化するステップをさらに含む、項目２０７に記載の方法。
[項目２１３]
前記ビオチン化するステップが酵素的または化学的に行われる、項目２１２に記載の方法。
[項目２１４]
前記オリゴヌクレオチドのコレクション中の前記オリゴヌクレオチドにプローブを付着させるステップをさらに含む、項目２０７に記載の方法。
[項目２１５]
前記プローブがジゴキシゲニンまたは蛍光プローブである、項目２１４に記載の方法。