【手続補正書】
【提出日】平成31年4月22日(2019.4.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗原ペプチドに結合した精製ストレスタンパク質の少なくとも２つの異なる複合体を含む第１の組成物であって、該複合体それぞれが異なる抗原ペプチドを含み、該異なる抗原ペプチドのそれぞれ１つががん細胞由来の１つまたはそれ以上の突然変異ＭＨＣ結合エピトープを含み、該組成物が野生型ＭＨＣ結合エピトープのみを含有する５以下の異なる抗原ペプチドを含み、抗原ペプチドの少なくとも１つは、１つまたはそれ以上の突然変異ＭＨＣ結合エピトープに対してＣ終端にある熱ショックタンパク質結合配列を含む、組成物。
【請求項２】
（ａ）野生型ＭＨＣ結合エピトープのみを含有するいかなる抗原ペプチドも含まない；
（ｂ）少なくとも１０の異なる抗原ペプチドを含む；及び／又は
（ｃ）１００以下の異なる抗原ペプチドを含む
請求項１に記載の組成物であって、場合により、
（ａ）抗原ペプチドの少なくとも１つは、５００ｎＭまたはそれ未満のＩＣ５０でＭＨＣ  Ｉ分子に結合し、場合により、ＭＨＣ  Ｉ分子はヒトＭＨＣ分子である；
（ｂ）抗原ペプチドの少なくとも１つは、１０００ｎＭまたはそれ未満のＩＣ５０でＭＨＣ  ＩＩ分子に結合し、場合により、ＭＨＣ  ＩＩ分子はヒトＭＨＣ分子である；
（ｃ）抗原ペプチドの少なくとも１つは、５００ｎＭ未満のＩＣ５０で１よりも多い異なるＭＨＣ分子に結合する；
（ｄ）抗原ペプチドの少なくとも１つは、がん細胞由来の１よりも多い突然変異ＭＨＣ結合エピトープを含む；及び／又は
（ｅ）突然変異ＭＨＣ結合エピトープの少なくとも１つは、対象のがん細胞において、該対象の正常細胞と比べて高いレベルで発現される
より場合により、突然変異ＭＨＣ結合エピトープの少なくとも１つは、
（ａ）アミノ酸突然変異または遺伝子融合突然変異を含み、場合により、アミノ酸突然変異はアミノ酸置換、欠失または挿入であり、場合により、アミノ酸突然変異は０．０５より大きな対立遺伝子頻度で対象の腫瘍に存在する；
（ｂ）同じ徴候の複数のがんにわたり１ＲＰＫＭ（Ｒｅａｄｓ  Ｐｅｒ  Ｋｉｌｏｂａｓｅ  ｏｆ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ  ｐｅｒ  Ｍｉｌｌｉｏｎ  ｍａｐｐｅｄ  ｒｅａｄｓ：マップされたリード１００万本あたりの転写物１キロベースあたりのリード数）よりも大きな発現レベル中央値を有する；及び／又は
（ｃ）対象腫瘍において１０ＮＭＲＣ（Ｎｏｒｍａｌｉｚｅｄ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  Ｒｅａｄ  Ｃｏｕｎｔｓ：正規化突然変異含有リードカウント）よりも大きな発現レベルを有する
請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
突然変異ＭＨＣ結合エピトープの少なくとも１つは、
（ａ）改変アミノ酸を含み、場合により、側鎖ヒドロキシルまたはアミンでリン酸化されているＴｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓを含む；及び／又は
（ｂ）側鎖ヒドロキシルまたはアミンでリン酸化されているＴｙｒ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ、またはＨｉｓアミノ酸の模倣物を含む
請求項１または２に記載の組成物であって、場合により、
（Ｉ）
（ａ）抗原ペプチドの少なくとも１つは、該抗原ペプチドが投与される対象において１つまたはそれ以上の突然変異ＭＨＣ結合エピトープを発現している腫瘍細胞に対するＴ細胞応答を刺激する；
（ｂ）抗原ペプチドの少なくとも１つは、対象から単離された末梢血単核球（ＰＢＭＣ）においてＴ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ増殖を誘導する；及び／または
（ｃ）対象に投与された場合、該対象の細胞表面でのＭＨＣ分子による１つまたはそれ以上の突然変異ＭＨＣ結合エピトープの提示を達成することができ、場合により、対象はヒト対象であり、及び／又はＭＨＣ分子はヒトＭＨＣ分子である
並びに／あるいは
（ＩＩ）抗原ペプチドのそれぞれ１つは、
（ａ）タンパク質の全アミノ酸配列を含まない；
（ｂ）化学合成ペプチドである；
（ｃ）５から５０アミノ酸長である；
（ｄ）２５から４０アミノ酸長である；
（ｅ）２７から３１アミノ酸長である；及び／又は
（ｆ）２１から３１アミノ酸長である
請求項１または２に記載の組成物。
【請求項４】
抗原ペプチドの少なくとも１つは、
（ａ）アミノ酸配列の中央付近に腫瘍特異的突然変異を有する；
（ｂ）２７アミノ酸長であり、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７位に腫瘍特異的突然変異を有する；
（ｃ）２９アミノ酸長であり、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８位に腫瘍特異的突然変異を有する；及び／又は
（ｄ）３１アミノ酸長であり、１３、１４、１５、１６、１７、１８または１９位に腫瘍特異的突然変異を有する
場合により、抗原ペプチドの少なくとも１つは、
（ａ）配列番号４３９〜４４６からなる群から選択される熱ショックタンパク質結合配列；
（ｂ）熱ショックタンパク質結合配列を抗原ペプチドの残部に連結しているペプチドリンカーであって、場合により、配列番号４４７のアミノ酸配列を含むペプチドリンカー；及び／又は
（ｃ）Ｃ終端で配列番号４７７のアミノ酸配列
を含み、より場合により、抗原ペプチドの少なくとも１つは、
（ａ）腫瘍特異的突然変異を含む第１の部分を含み、場合により、第１の部分は、
（ｉ）２７〜３１アミノ酸長であり、場合により、該第１の部分のアミノ酸配列の中央付近に腫瘍特異的突然変異を有する；
（ｉｉ）２７アミノ酸長であり、場合により、１１、１２、１３、１４、１５、１６、または１７位に腫瘍特異的突然変異を有する；
（ｉｉｉ）２９アミノ酸長であり、場合により、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８位に腫瘍特異的突然変異を有する；及び／又は
（ｉｖ）３１アミノ酸長であり、場合により、１３、１４、１５、１６、１７、１８または１９位に腫瘍特異的突然変異を有する；並びに
（ｂ）熱ショックタンパク質結合配列、および場合によりペプチドリンカーを含む第２の部分を含み、場合により、抗原ペプチドは、３８、４０または４２アミノ酸長である、請求項１から３のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項５】
（Ｉ）
（ａ）それぞれの複合体におけるストレスタンパク質と抗原ペプチドのモル比は、少なくとも１対１である；又は
（ｂ）それぞれの複合体におけるストレスタンパク質と抗原ペプチドのモル比は、１対１またはそれ未満であり、場合により、１対２、１対４、１対５、１対１０、１対２０、１対５０である；又は
（ＩＩ）抗原ペプチドの少なくとも１つは、
（ａ）ＭＹＣ、Ｋ−ＲＡＳ、Ｎ−ＲＡＳ、ＴＰ５３、ＫＤＭ６Ａ、ＮＰＭ１、Ｈ−ＲＡＳ、ＦＧＦＲ３、ＭＳＨ６、ＴＰ５３、ＥＧＦＲ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＢＬ１、ＣＴＮＮＢ１、ＫＩＴ、ＨＮＦ１Ａ、ＪＡＫ２、ＢＲＡＦ、ＩＤＨ１、ＲＥＴ、ＰＤＧＦＲＡ、ＭＥＴ、またはＡＰＣの１つまたはそれ以上の突然変異ＭＨＣ結合エピトープ；及び／又は
（ｂ）配列番号１〜４７８からなる群から選択されるアミノ酸配列
を含む、請求項１から４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項６】
ストレスタンパク質は
（ａ）組換えストレスタンパク質である；
（ｂ）ｈｓｃ７０、ｈｓｐ７０、ｈｓｐ９０、ｈｓｐ１１０、ｇｒｐ１７０、ｇｐ９６、カルレティキュリン、その突然変異体、およびその２つまたはそれ以上の組合せからなる群から選択される；
（ｃ）ヒトｈｓｃ７０である；及び／又は
（ｄ）ヒトｈｓｐ７０である
請求項１から４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項７】
単位用量形態で存在し、単位用量形態中のストレスタンパク質の量は１０μｇから６００μｇであり、場合により、２５μｇまたは２４０μｇである、請求項１から６のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項８】
アジュバンドをさらに含み、場合により、アジュバンドは、
（ａ）サポニンまたは免疫賦活性核酸を含む；あるいは
（ｂ）ＱＳ−２１を含み、場合により、１０μｇ、２５μｇ、または５０μｇのＱＳ−２１を含む、請求項１から７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項９】
（ａ）がんを有する対象において抗原ペプチドへの細胞性免疫応答を誘導するための方法であって、請求項１から８のいずれか１項に記載の組成物の有効量を該対象に投与することを含む前記方法；及び／又は
（ｂ）がんを有する対象を処置する方法であって、請求項１から８のいずれか１項に記載の組成物の治療有効量を該対象に投与することを含む前記方法、場合により、前記がんは、多発性骨髄腫、多形神経膠芽腫、またはメラノーマである方法
における使用のための、請求項１から８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項１０】
（Ｉ）
（ａ）突然変異ＭＨＣ結合エピトープの１つまたはそれ以上は対象自身のがん細胞に存在していると確認された；
（ｂ）突然変異ＭＨＣ結合エピトープのすべては対象自身のがん細胞に存在していると確認された；
（ｃ）腫瘍細胞から少なくとも約６５％純度まで精製されたストレスタンパク質の少なくとも１５０μｇの単離を可能にするために対象から入手可能である腫瘍細胞の量では不十分である；又は
（ｄ）対象は湿重量が６ｇまたはそれ未満である腫瘍を有する
あるいは、（ＩＩ）
（ａ）対象から単離された末梢血単核球（ＰＢＭＣ）においてＴ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ増殖を誘導する組成物の能力は、該対象への組成物の投与に先立って判定される；及び／又は
（ｂ）対象から単離された末梢血単核球（ＰＢＭＣ）においてＴ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ増殖を誘導する組成物の能力は、該対象への組成物の投与後に判定される
請求項９に記載の使用のための組成物。
【請求項１１】
（Ｉ）組成物は４週間の間、毎週１回対象に投与され、場合により、
（ａ）組成物は、組成物の少なくとも２回のさらなる用量が対象に隔週で投与される；及び／又は
（ｂ）組成物は、最終の週１回または隔週投与の３ヶ月後にブースターとしてさらに投与され、場合により、少なくとも１年間３ヶ月毎にさらに投与される
あるいは、（ＩＩ）対象は更に以下を受け取る：
（ａ）レナリドミド、デキサメタゾン、シクロホスファミド、インターロイキン−２、コビメチニブ、ダブラフェニブ、ダカルバジン、タリモジーンラハーパレプベック、組換えインターフェロンアルファ−２ｂ、ペグインターフェレオン（peginterfereon）アルファ−２ｂ、トラメチニブ、またはベムラフェニブ；
（ｂ）インドールアミンジオキシゲナーゼ−１阻害剤、場合により、インドールアミンジオキシゲナーゼ−１阻害剤は４−アミノ−Ｎ−（３−クロロ−４−フルオロフェニル）−Ｎ’−ヒドロキシ−１，２，５−オキサジアゾール−３−カルボキシイミドアミドを含む；
（ｃ）チェックポイント抗体、場合により、チェックポイント抗体は、抗ＧＩＴＲ、抗ＯＸ４０、抗ＰＤ−１、抗ＣＴＬＡ−４、抗ＴＩＭ−３、および抗ＬＡＧ−３からなる群から選択される；
（ｄ）抗原ペプチドに結合した精製ストレスタンパク質の少なくとも２つの異なる複合体を含む第２の組成物であって、該複合体それぞれが異なる抗原ペプチドを含み、該異なる抗原ペプチドのそれぞれ１つが対象のがんと同じタイプのがんに頻繁に見出される１つまたはそれ以上の突然変異ＭＨＣ結合エピトープを含む、前記組成物であり、場合により、
（ｉ）第２の組成物は少なくとも５つの異なる抗原ペプチドを含む；
（ｉｉ）第２の組成物中のストレスタンパク質は組換えストレスタンパク質である；
（ｉｉｉ）第２の組成物中の抗原ペプチドのそれぞれ１つは化学合成ペプチドである；
（ｉｖ）第２の組成物は、野生型ＭＨＣ結合エピトープのみを含有する５以下の異なる抗原ペプチドを含む；
（ｖ）第２の組成物は、野生型ＭＨＣ結合エピトープのみを含有するいかなる抗原ペプチドも含まない；及び／又は
（ｖｉ）第２の組成物は１００以下の異なる抗原ペプチドを含む
並びに、場合により、第１の組成物は第２の組成物と同時に、逐次に、又は第２の組成物に先立って投与される、第２の組成物
請求項９または１０に記載の使用のための組成物。
【請求項１２】
がん細胞由来の１つまたはそれ以上の突然変異ＭＨＣ結合エピトープを含む抗原ペプチドを製造する方法であって：
（ａ）対象のがん細胞由来のゲノムＤＮＡの１つまたはそれ以上のエキソームの配列を決定する工程であって、場合により、がん細胞は多発性骨髄腫または多形神経膠芽腫細胞である工程；
（ｂ）基準ゲノムＤＮＡと比べた場合、突然変異タンパク質をコードする１つまたはそれ以上の非同義突然変異対立遺伝子を該エキソームから同定する工程；
（ｃ）工程（ｂ）で同定された該突然変異対立遺伝子が該対象のがん細胞で発現されているかどうかを判定する工程；
（ｄ）工程（ｂ）で同定された該突然変異対立遺伝子の対立遺伝子頻度を決定する工程；
（ｅ）該対象の１つまたはそれ以上のＭＨＣタイプを決定する工程；
（ｆ）工程（ｂ）で同定された突然変異対立遺伝子によりコードされる突然変異ペプチドを選択する工程であって、
該突然変異対立遺伝子が０．０５よりも大きな対立遺伝子頻度を有し、該対象のがん細胞で発現され、
該突然変異ペプチドが、該対象に投与された場合、該対象のＭＨＣ分子の少なくとも１つにより提示することができると予想される、工程、および
（ｇ）工程（ｆ）で選択された該ペプチドのうちの１つまたはそれ以上を含む１つまたはそれ以上のペプチドを合成し、それによってがん細胞由来の１つまたはそれ以上の突然変異ＭＨＣ結合エピトープを含む抗原ペプチドを製造する工程
を含み、場合により、工程（ｂ）で同定された突然変異対立遺伝子を含有するｍＲＮＡの発現レベルを決定する工程をさらに含み、場合により、工程（ｇ）で合成されたペプチドは、
（ｉ）５から５０アミノ酸長である；
（ｉｉ）２５から４０アミノ酸長である；及び／又は
（ｉｉｉ）２７から３１アミノ酸長である、方法。
【請求項１３】
工程（ｆ）でのペプチドの選択は、
（ａ）突然変異ペプチドをコードする突然変異対立遺伝子が対象のがん細胞において１０ＮＭＲＣよりも大きな発現レベルを有すること；
（ｂ）突然変異ペプチドをコードする突然変異対立遺伝子が他の個体の同じ徴候のがん細胞において１ＲＰＫＭよりも大きな発現レベル中央値を有すること；
（ｃ）突然変異ペプチドをコードする突然変異対立遺伝子が対象の正常細胞で発現されないこと；
（ｄ）突然変異対立遺伝子によりコードされる１つまたはそれ以上の突然変異ペプチドが対象のＭＨＣ分子の１つまたはそれ以上に対して５００ｎＭ未満のＩＣ５０を有すること；
（ｅ）突然変異ペプチドが対象のＭＨＣクラスＩ分子の１つまたはそれ以上に対して５００ｎＭ未満のＩＣ５０を有すること；
（ｆ）突然変異ペプチドが対象のＭＨＣクラスＩＩ分子の１つまたはそれ以上に対して１０００ｎＭ未満のＩＣ５０を有すること；
（ｇ）突然変異ペプチドが特定のタイプのがんに特徴的である突然変異対立遺伝子によりコードされていること；及び／又は
（ｈ）突然変異ペプチドが遺伝子融合突然変異、またはアミノ酸挿入、欠失、もしくは置換突然変異を含有すること
をさらに必要とする、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
対象のＭＨＣ分子の１つまたはそれ以上に対する１つまたはそれ以上の突然変異ペプチドの結合親和性を決定する工程をさらに含み、場合により、対象のＭＨＣ分子の１つまたはそれ以上に対する１つまたはそれ以上の突然変異ペプチドの結合親和性はコンピュータモデリングにより予測される、請求項１２または１３に記載の方法。
【請求項１５】
（Ｉ）工程（ｆ）で選択される突然変異ペプチドを
（ｉ）突然変異ペプチドに存在する予測されるＭＨＣ結合エピトープの数、ここで、突然変異ペプチドで予測されるＭＨＣ結合エピトープの数が多くなるに従って、順位は高くなる；
（ｉｉ）対象のＭＨＣに結合することに対する突然変異ペプチドのＩＣ５０、ここで、ＩＣ５０が低くなるに従って、順位は高くなる；
（ｉｉｉ）対象の正常細胞中の突然変異ペプチドの野生型等価物の発現の有無、ここで、突然変異ペプチドの野生型等価物が対象の正常細胞では発現されていない場合、突然変異ペプチドの順位は高くなる；
（ｉｖ）対象のＭＨＣへの突然変異ペプチドのＣ終端の結合の安定性、ここで、安定性が高くなるに従って、順位は高くなる；および／または
（ｖ）突然変異ペプチドのプロテアソーム分解の予測される動態、ここで、突然変異ペプチドがプロテアソームに対する基質として良好であると予測されるに従って、順位は高くなり、場合により、最高順位ペプチドの２０以下が工程（ｇ）で合成される
に基づいて順位付けする工程をさらに含む；又は
（ＩＩ）
（ｉ）ゲノムＤＮＡは対象由来の腫瘍試料または体液から単離される；
（ｉｉ）ゲノムＤＮＡは対象から得られるエキソソーム（exosomes）、または循環している腫瘍細胞から単離される；
（ｉｉｉ）ゲノムＤＮＡは対象から得られる循環している腫瘍細胞ＤＮＡである；
（ｉｖ）エキソームの配列は次世代シーケンシングにより決定される；
（ｖ）基準ゲノムＤＮＡは対象の正常細胞由来のゲノムＤＮＡであり、突然変異対立遺伝子の対立遺伝子頻度は次世代シーケンシングリード再マッピングにより工程（ｄ）で決定される；
（ｖｉ）非同義突然変異対立遺伝子の発現は、対象のがん細胞から単離されるｍＲＮＡの次世代シーケンシングにより工程（ｃ）で決定される；及び／又は
（ｖｉｉ）工程（ｂ）で同定された突然変異対立遺伝子は、対象でまたは少なくとも１０００ゲノムで見出される一塩基多型（ＳＮＰ）ではない
請求項１２から１４のいずれか１項に記載の方法。