【手続補正書】
【提出日】令和1年10月18日(2019.10.18)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
腫瘍組織試料において少なくとも１対の細胞間の近接を表すスコアを求めるためのシステムであって、前記システムがメモリを含む処理回路を備えており、前記メモリが、
イメージング装置から画像データを受信して、前記画像データを単純画像データへ分けて、前記画像データを複数のデータチャネルから供給するように設定された、分光分離装置であって、第１データチャネル内の前記単純画像データが、細胞核に起因する蛍光信号を表現し、第２データチャネル内の前記単純画像データが、腫瘍組織に起因する蛍光信号を表現し、また、第３データチャネル内の前記単純画像データが、第１バイオマーカーに起因する蛍光信号を表現し、第４データチャネル内の前記単純画像データが、第２バイオマーカーに起因する蛍光信号を表現する、前記分光分離装置と、
前記第１データチャネルから前記画像データを受信して、視野内に全核を表す画像を生成して、前記画像を拡張することによって、細胞マスクを生成するように設定された、細胞マスカーと、
前記第２データチャネルから前記画像データを受信して、前記視野内に全腫瘍領域マスクを生成するように設定された、腫瘍領域マスカーと、
前記第３データチャネルから前記画像データを受信して、前記第１バイオマーカーを発現する全細胞の第１バイオマーカーマスクを前記視野内に生成するように設定された、第１バイオマーカーマスカーと、
前記第４データチャネルから前記画像データを受信して、前記第２バイオマーカーを発現する全細胞の第２バイオマーカーマスクを前記視野内に生成するように設定された、第２バイオマーカーマスカーと、
前記細胞マスクと前記全腫瘍領域マスクを組み合わせて、非腫瘍細胞マスク及び腫瘍細胞マスクのうち少なくとも１つを生成するように設定された、腫瘍マスカーと、
前記第２バイオマーカーを発現する近接した細胞を取り囲むのに十分なマージン単位で前記第１バイオマーカーマスクを拡張して、拡張された第１バイオマーカーマスクを生成するように設定された、拡張装置と、
前記拡張された第１バイオマーカーマスクと前記第２バイオマーカーマスクとを組み合わせて相互作用マスクを生成するように設定された、相互作用マスカーと、
空間的近接スコアを計算するように設定された、相互作用計算機と、
を含む、前記システム。
【請求項２】
前記相互作用計算機が、前記相互作用マスクの面積を、前記非腫瘍細胞マスク、前記腫瘍細胞マスク及び前記細胞マスクのうち１つの面積で割るように設定されている、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記空間的近接スコアが、次の式にしたがって計算される、請求項１に記載のシステム。
【数１】
2018536852.tif 000001
（前記式中、ＡＩは、相互作用総面積（前記相互作用マスクの面積）であり、また、ＡＣは、前記非腫瘍細胞マスク、前記腫瘍細胞マスク及び前記細胞マスクのうちの少なくとも１つの総面積である。）
【請求項４】
前記第２バイオマーカーを発現する近接した細胞を取り囲むのに十分な前記マージンが約１画素〜約１００画素までの範囲である、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記少なくとも１対の細胞の第１メンバーが、腫瘍細胞を含み、また、前記少なくとも１対の細胞の第２メンバーが、非腫瘍細胞を含む、請求項１に記載のシステム。
【請求項６】
腫瘍組織試料においてバイオマーカー陽性値を求めるためのシステムであって、前記システムが、メモリを含む処理回路を備えており、前記メモリが、
イメージング装置から画像データを受信して、前記画像データを単純画像データへ分けて、前記画像データを複数のデータチャネルから供給するように設定された、分光分離装置であって、第１データチャネル内の前記単純画像データが、細胞核に起因する蛍光信号を表現し、第２データチャネル内の前記単純画像データが、対象であるサブセット組織に起因する蛍光信号を表現し、また、第３データチャネル内の前記単純画像データが、第１バイオマーカーに起因する蛍光信号を表現する、前記分光分離装置と、
前記第１データチャネルからの前記画像データを用いて、視野内に全核を表す画像を生成して、前記画像を拡張することによって、細胞マスクを生成するように設定された、細胞マスカーと、
前記第２データチャネルからの前記画像データを用いて、前記視野内に全サブセット組織領域マスクを生成するように設定された、サブセット領域マスカーと、
前記第３データチャネルからの前記画像データを用いて、前記第１バイオマーカーを発現する全細胞の第１バイオマーカーマスクを前記視野内に生成するように設定された、第１バイオマーカーマスカーと、
前記細胞マスクと前記全サブセット組織領域マスクを組み合わせて、非サブセット細胞マスク及びサブセット細胞マスクのうち少なくとも１つを生成するように設定された、サブセット細胞マスカーと、
前記第１バイオマーカーマスクを前記非サブセット細胞マスク又は前記サブセット細胞マスクと組み合わせて、前記第１バイオマーカーに陽性を示す非サブセット細胞又はサブセット細胞の組み合わせられたマスクを生成するように設定された、組み合わせマスカーと、
前記バイオマーカー陽性値を計算するように設定された、陽性計算装置と、
を含む、前記システム。
【請求項７】
前記陽性計算装置が、前記組み合わせられたマスクの面積を前記非サブセット細胞マスク又は前記サブセット細胞マスクの面積で割って、前記バイオマーカー陽性値を計算するように設定されている、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
前記陽性計算装置が、前記第１バイオマーカーマスクの面積を前記細胞マスクの面積で割って、前記バイオマーカー陽性値を計算するように設定されている、請求項６に記載のシステム。
【請求項９】
前記対象であるサブセット組織が腫瘍組織であり、前記サブセット細胞が腫瘍細胞であり、また、前記非サブセット細胞が非腫瘍細胞である、請求項６に記載のシステム。
【請求項１０】
前記マスクがそれぞれ、選択されたチャネルからの画像データの各画素に２進値を割り当てることによって生成される、請求項１又は６に記載のシステム。
【請求項１１】
前記２進値が、閾値関数によって各値に割り当てられるものであり、その場合、前記閾値関数が、所定の強度閾値以上の強度を有する各画素には値１を割り当てて、前記所定の強度閾値未満の強度を有する各画素には値０を割り当てる、請求項１０に記載のシステム。
【請求項１２】
前記２進値が、ヒストグラム閾値関数によって各値に割り当てられるものであり、その場合、前記ヒストグラム閾値関数が、画素強度のスライディングスケールを用いて閾値を求め、そして強度閾値以上の強度を有する各画素には値１を割り当てて、前記強度閾値未満の強度を有する各画素には値０を割り当てる、請求項１０に記載のシステム。
【請求項１３】
前記閾値が、
画素全ての強度を合計して合計強度とすることと、
閾値（％）に前記合計強度を掛けることによって、カットオフ合計を得ることと、
全画素をヒストグラムの強度によって分類することと、
前記カットオフ合計が得られるまであらゆる前記画素強度を合計すること
によって求められ、その場合、処理中に達した最後の最高画素強度が、前記強度閾値である、請求項１２に記載のシステム。
【請求項１４】
前記マスクの組み合わせが、「ａｎｄ」演算を用いて行われ、その場合、前記「ａｎｄ」演算は、第１マスク内の画素の画素強度に第２マスク内の画素の画素強度を掛け合わせることである、請求項１又は６に記載のシステム。
【請求項１５】
前記マスクの組み合わせが、「ｏｕｔ」演算を用いて行われ、その場合、前記「ｏｕｔ」演算は、第１マスクから第２マスクを除去するものである、請求項１又は６に記載のシステム。