【手続補正書】
【提出日】令和1年6月25日(2019.6.25)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
生物学的試料を特徴づけるための方法であって、
（ａ）ヒト個体の生物学的試料におけるＥＬＭＯ１、ＡＲＨＧＥＦ４、ＥＭＸ１、ＳＰ９、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＢＭＰ３、ＫＣＮＡ３、ＤＭＲＴＡ２、ＫＣＮＫ１２、ＣＤ１Ｄ、ＰＲＫＣＢ、ＣＹＰ２６Ｃ１、ＺＮＦ５６８、ＡＢＣＢ１、ＥＬＯＶＬ２、ＰＫＩＡ、ＳＦＭＢＴ２  （８９３）、ＰＣＢＰ３、ＭＡＴＫ、ＧＲＮ２Ｄ、ＮＤＲＧ４、ＤＬＸ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ、ＦＧＦ１４、ＺＮＦ１３２、ＣＨＳＴ２  （７８９０）、ＦＬＩ１、ｃ１３ｏｒｆ１８およびＺＮＦ５６９から選択される２つ以上の遺伝子についてＣｐＧ部位のメチル化レベルを、
上記生物学的試料におけるゲノムＤＮＡを、バイスルファイトを用いて処理すること、
上記選択された上記２つ以上の遺伝子に対するプライマーの以下の組：
配列番号２１および２２からなる、ＥＬＭＯ１に対するプライマーの組、
配列番号２３および２４からなる、ＡＲＨＧＥＦ４に対するプライマーの組、
配列番号２５および２６からなる、ＥＭＸ１に対するプライマーの組、
配列番号２７および２８からなる、ＳＰ９に対するプライマーの組、
配列番号２９および３０からなる、ＣＬＥＣ１１Ａに対するプライマーの組、
配列番号１３および１４からなる、ＳＴ８ＳＩＡ１に対するプライマーの組、
配列番号３１および３２からなる、ＢＭＰ３に対するプライマーの組、
配列番号３３および３４からなる、ＫＣＮＡ３に対するプライマーの組、
配列番号３５および３６からなる、ＤＭＲＴＡ２に対するプライマーの組、
配列番号３７および３８からなる、ＫＣＮＫ１２に対するプライマーの組、
配列番号３９および４０からなる、ＣＤ１Ｄに対するプライマーの組、
配列番号４１および４２からなる、ＰＲＫＣＢに対するプライマーの組、
配列番号４３および４４からなる、ＣＹＰ２６Ｃ１に対するプライマーの組、
配列番号４５および４６からなる、ＺＮＦ５６８に対するプライマーの組、
配列番号９および１０からなる、ＡＢＣＢ１に対するプライマーの組、
配列番号４７および４８からなる、ＥＬＯＶＬ２に対するプライマーの組、
配列番号４９および５０からなる、ＰＫＩＡに対するプライマーの組、
配列番号５および６からなる、ＳＦＭＢＴ２（８９３）に対するプライマーの組、
配列番号５１および５２からなる、ＰＣＢＰ３に対するプライマーの組、
配列番号５３および５４からなる、ＭＡＴＫに対するプライマーの組、
配列番号５５および５６からなる、ＧＲＮ２Ｄに対するプライマーの組、
配列番号５７および５８からなる、ＮＤＲＧ４に対するプライマーの組、
配列番号５９および６０からなる、ＤＬＸ４に対するプライマーの組、
配列番号６１および６２からなる、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃに対するプライマーの組、
配列番号６３および６４からなる、ＦＧＦ１４に対するプライマーの組、
配列番号６５および６６からなる、ＺＮＦ１３２に対するプライマーの組、
配列番号６７および６８からなる、ＣＨＳＴ２（７８９０）に対するプライマーの組、
配列番号６９および７０からなる、ＦＬＩ１に対するプライマーの組、
配列番号１９および２０からなる、ｃ１３ｏｒｆ１８に対するプライマーの組、
配列番号１１および１２からなる、ＺＮＦ５６９に対するプライマーの組、
を用いて、上記バイスルファイト処理済のゲノムＤＮＡを増幅すること、および
メチル化特異的ＰＣＲ、定量的なメチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的なバイスルファイトパイロシークエンシングまたはバイスルファイトゲノムシークエンシングＰＣＲによって上記ＣｐＧ部位の上記メチル化レベルを決定すること
によって、測定すること；
（ｂ）上記メチル化レベルを、胃がんなしのコントロール試料における、遺伝子の対応する組のメチル化レベルと比較すること；ならびに
（ｃ）上記２つ以上の遺伝子において測定された上記メチル化レベルが、それぞれの上記コントロール試料において測定された上記メチル化レベルより高いときに、上記個体が胃がんを有していることを、決定することを含んでいる、
方法。
【請求項２】
上記生物学的試料が糞便試料または組織試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
上記組織が胃部組織である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
上記ＣｐＧ部位がコード領域または制御領域に存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
２つ以上の遺伝子についての上記メチル化レベル  ＣｐＧ部位を、上記測定することが、上記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを決定すること、および上記ＣｐＧ部位のメチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含んでいる、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
血漿試料を特徴づけるための方法であって、
（ａ）ヒト個体の血漿試料におけるＥＬＭＯ１、ＺＮＦ５６９、Ｃ１３ｏｒｆ１８、ＣＤ１Ｄ、ＡＲＨＧＥＦ４、ＳＦＭＢＴ２、ＰＰＰ２５ＲＣ、ＣＹＰ２６Ｃ１、ＰＫＩＡ、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＬＲＲＣ４およびＳＴ８ＳＩＡ１から選択される２つ以上の遺伝子についてＣｐＧ部位のメチル化レベルを、
上記生物学的試料におけるゲノムＤＮＡを、バイスルファイトを用いて処理すること、
上記選択された２つ以上の遺伝子に対するプライマーの以下の組：
配列番号８０および８１からなる、ＥＬＭＯ１に対するプライマーの対、
配列番号８６および８７からなる、ＺＮＦ５６９に対するプライマーの対、
配列番号７４および７５からなる、Ｃ１３ｏｒｆ１８に対するプライマーの対、
配列番号９８および９９からなる、ＣＤ１Ｄに対するプライマーの対、
配列番号９５および９６からなる、ＡＲＨＧＥＦ４に対するプライマーの対、
配列番号８３および８４からなる、ＳＦＭＢＴ２に対するプライマーの対、
配列番号９２および９３からなる、ＰＰＰ２５ＲＣに対するプライマーの対、
配列番号１０４および１０５からなる、ＣＹＰ２６Ｃ１に対するプライマーの対、
配列番号７１および７２からなる、ＰＫＩＡに対するプライマーの対、
配列番号７７および７８からなる、ＣＬＥＣ１１Ａに対するプライマーの対、
配列番号１０７および１０８からなる、ＬＲＲＣ４に対するプライマーの対、
配列番号１０１および１０２からなる、ＳＴ８ＳＩＡ１に対するプライマーの対
を用いて、上記バイスルファイト処理済のゲノムＤＮＡを増幅すること、および
メチル化特異的ＰＣＲ、定量的なメチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的なバイスルファイトパイロシークエンシングまたはバイスルファイトゲノムシークエンシングＰＣＲによって上記ＣｐＧ部位の上記メチル化レベルを決定すること
によって測定すること；
（ｂ）上記メチル化レベルを、胃がんなしのコントロール試料における、遺伝子の対応する組のメチル化レベルと比較すること；ならびに
（ｃ）上記２つ以上の遺伝子において測定された上記メチル化レベルが、それぞれの上記コントロール試料において測定された上記メチル化レベルより高いときに、上記個体が胃がんを有していることを、決定することを含んでいる、方法。
【請求項７】
上記ＣｐＧ部位がコード領域または制御領域に存在する、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
２つ以上の遺伝子についての上記メチル化レベル  ＣｐＧ部位を、上記測定することが、上記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを決定すること、および上記ＣｐＧ部位のメチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含んでいる、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
生物学的試料を特徴づけるための方法であって、
ヒトの生物学的試料（当該生物学的試料が当該ヒト個体からの組織試料である）におけるＥＬＭＯ１、ＡＲＨＧＥＦ４、ＥＭＸ１、ＳＰ９、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＢＭＰ３、ＫＣＮＡ３、ＤＭＲＴＡ２、ＫＣＮＫ１２、ＣＤ１Ｄ、ＰＲＫＣＢ、ＣＹＰ２６Ｃ１、ＺＮＦ５６８、ＡＢＣＢ１、ＥＬＯＶＬ２、ＰＫＩＡ、ＳＦＭＢＴ２  （８９３）、ＰＣＢＰ３、ＭＡＴＫ、ＧＲＮ２Ｄ、ＮＤＲＧ４、ＤＬＸ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ、ＦＧＦ１４、ＺＮＦ１３２、ＣＨＳＴ２  （７８９０）、ＦＬＩ１、ｃ１３ｏｒｆ１８およびＺＮＦ５６９、または
ヒト個体の生物学的試料（当該生物学的試料が当該ヒト個体からの血漿試料である）におけるＥＬＭＯ１、ＺＮＦ５６９、Ｃ１３ｏｒｆ１８、ＣＤ１Ｄ、ＡＲＨＧＥＦ４、ＳＦＭＢＴ２、ＰＰＰ２５ＲＣ、ＣＹＰ２６Ｃ１、ＰＫＩＡ、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＬＲＲＣ４およびＳＴ８ＳＩＡ１
いずれかから選択される２つ以上の遺伝子についてのＣｐＧ部位のメチル化レベルを、
上記生物学的試料におけるゲノムＤＮＡを、バイスルファイトを用いて処理すること；
上記選択された２つ以上の遺伝子に対するプライマーの組を用いて、上記バイスルファイト処理済のゲノムＤＮＡを増幅すること；および
メチル化特異的ＰＣＲ、定量的なメチル化特異的ＰＣＲ、メチル化感受性ＤＮＡ制限酵素分析、定量的なバイスルファイトパイロシークエンシングまたはバイスルファイトゲノムシークエンシングＰＣＲによって、上記ＣｐＧ部位の上記メチル化レベルを決定することによって、測定することを含んでいる、方法。
【請求項１０】
上記メチル化レベルを、胃がんなしのコントロール試料における遺伝子の対応する組のメチル化レベルと比較すること；ならびに
上記２つ以上の遺伝子において測定された上記メチル化レベルが、それぞれの上記コントロール試料において測定された上記メチル化レベルより高いときに、上記個体が胃がんを有していることを、決定することをさらに含んでいる、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
上記選択された２つ以上の遺伝子に対するプライマーの以下の対：
配列番号２１および２２からなる、ＥＬＭＯ１に対するプライマーの対、
配列番号２３および２４からなる、ＡＲＨＧＥＦ４に対するプライマーの対、
配列番号２５および２６からなる、ＥＭＸ１に対するプライマーの対、
配列番号２７および２８からなる、ＳＰ９に対するプライマーの対、
配列番号２９および３０からなる、ＣＬＥＣ１１Ａに対するプライマーの対、
配列番号１３および１４からなる、ＳＴ８ＳＩＡ１に対するプライマーの対、
配列番号３１および３２からなる、ＢＭＰ３に対するプライマーの対、
配列番号３３および３４からなる、ＫＣＮＡ３に対するプライマーの対、
配列番号３５および３６からなる、ＤＭＲＴＡ２に対するプライマーの対、
配列番号３７および３８からなる、ＫＣＮＫ１２に対するプライマーの対、
配列番号３９および４０からなる、ＣＤ１Ｄに対するプライマーの対、
配列番号４１および４２からなる、ＰＲＫＣＢに対するプライマーの対、
配列番号４３および４４からなる、ＣＹＰ２６Ｃ１に対するプライマーの対、
配列番号４５および４６からなる、ＺＮＦ５６８に対するプライマーの対、
配列番号９および１０からなる、ＡＢＣＢ１に対するプライマーの対、
配列番号４７および４８からなる、ＥＬＯＶＬ２に対するプライマーの対、
配列番号４９および５０からなる、ＰＫＩＡに対するプライマーの対、
配列番号５および６からなる、ＳＦＭＢＴ２（８９３）に対するプライマーの対、
配列番号５１および５２からなる、ＰＣＢＰ３に対するプライマーの対、
配列番号５３および５４からなる、ＭＡＴＫに対するプライマーの対、
配列番号５５および５６からなる、ＧＲＮ２Ｄに対するプライマーの対、
配列番号５７および５８からなる、ＮＤＲＧ４に対するプライマーの対、
配列番号５９および６０からなる、ＤＬＸ４に対するプライマーの対、
配列番号６１および６２からなる、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃに対するプライマーの対、
配列番号６３および６４からなる、ＦＧＦ１４に対するプライマーの対、
配列番号６５および６６からなる、ＺＮＦ１３２に対するプライマーの対、
配列番号６７および６８からなる、ＣＨＳＴ２  （７８９０）に対するプライマーの対、
配列番号６９および７０からなる、ＦＬＩ１に対するプライマーの対、
配列番号１９および２０からなる、ｃ１３ｏｒｆ１８に対するプライマーの対、
配列番号１１および１２からなる、ＺＮＦ５６９に対するプライマーの対
は、上記生物学的試料が組織試料である場合に使用される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
上記選択された２つ以上の遺伝子に対するプライマーの以下の組：
配列番号８０および８１からなる、ＥＬＭＯ１に対するプライマーの対、
配列番号８６および８７からなる、ＺＮＦ５６９に対するプライマーの対、
配列番号７４および７５からなる、Ｃ１３ｏｒｆ１８に対するプライマーの対、
配列番号９８および９９からなる、ＣＤ１Ｄに対するプライマーの対、
配列番号９５および９６からなる、ＡＲＨＧＥＦ４に対するプライマーの対、
配列番号８３および８４からなる、ＳＦＭＢＴ２に対するプライマーの対、
配列番号９２および９３からなる、ＰＰＰ２５ＲＣに対するプライマーの対、
配列番号１０４および１０５からなる、ＣＹＰ２６Ｃ１に対するプライマーの対、
配列番号７１および７２からなる、ＰＫＩＡに対するプライマーの対、
配列番号７７および７８からなる、ＣＬＥＣ１１Ａに対するプライマーの対、
配列番号１０７および１０８からなる、ＬＲＲＣ４に対するプライマーの対、
配列番号１０１および１０２からなる、ＳＴ８ＳＩＡ１に対するプライマーの対
は、上記生物学的試料が組織試料であると場合に使用される、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
上記組織試料が胃部組織試料である、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
上記ＣｐＧ部位がコード領域または制御領域に存在する、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
２つ以上の遺伝子について上記メチル化レベル  ＣｐＧ部位を上記測定することが、上記ＣｐＧ部位のメチル化スコアを決定すること、および上記ＣｐＧ部位のメチル化頻度を決定することからなる群から選択される決定を含んでいる、請求項９に記載の方法。