【手続補正書】
【提出日】令和1年5月24日(2019.5.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
疾患または症状を有する対象向けの個別免疫療法組成物を作成するための方法であって、
（ａ）  前記対象の疾患担持生体試料より抽出された核酸配列内の１つ以上のオープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦ）を健常生体試料より抽出された核酸配列内の１つ以上のＯＲＦと比較し、前記疾患担持試料の１つ以上のＯＲＦ内にコードされる１つ以上のネオエピトープを含む１つ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸配列を前記比較により特定するステップ、および
（ｂ）  ステップ（ａ）において特定された前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸配列を備えるベクターで弱毒化リステリア株を形質転換して、弱毒化組換えリステリア株を生成するステップ
を含む前記方法。
【請求項２】
対象における疾患または症状に対する個別免疫療法のための組成物の調製における弱毒化組換えリステリア株の使用であって、前記組成物中の前記弱毒化組換えリステリア株は、
（ａ）  前記対象の疾患担持生体試料より抽出された核酸配列内の１つ以上のオープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦ）を健常生体試料より抽出された核酸配列内の１つ以上のＯＲＦと比較し、前記疾患担持試料の１つ以上のＯＲＦ内にコードされる１つ以上のネオエピトープを含む１つ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸配列を前記比較により特定するステップ、および
（ｂ）  ステップ（ａ）において特定された前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸配列を備えるベクターで弱毒化リステリア株を形質転換して、前記組成物に含まれる前記弱毒化組換えリステリア株を生成するステップ
を含む方法において調製される、前記使用。
【請求項３】
請求項１に記載の方法であって、
（ｃ）  所定の時間にわたって、前記対象への投与および前記１つ以上のネオエピトープに対する個別化Ｔ細胞免疫応答の生成のために、前記弱毒化組換えリステリア株を保存するステップ、
（ｄ）  前記対象から得られた、且つ、ステップ（ｃ）の前記Ｔ細胞免疫応答に由来するＴ細胞クローンまたはＴ浸潤細胞を含む第２生体試料において、Ｔ細胞上のＭＨＣクラスＩ分子またはＭＨＣクラスＩＩ分子が結合する１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む特定のペプチドの特徴を分析すること、
（ｅ）  ステップ（ｄ）において特定された前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸コンストラクトをスクリーニングし、且つ、選択すること、
（ｆ）  前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸配列を含むベクターで第２弱毒化組換えリステリア株を形質転換すること、および
（ｇ）  所定の時間にわたって点で前記対象への投与のために第２弱毒化組換え型リステリアを保存することをさらに含む前記方法。
【請求項４】
前記弱毒化組換えリステリア株を含む個別免疫療法組成物が前記対象に投与され得、前記個別免疫療法組成物の投与が、前記１つ以上のネオエピトープに対する個別化Ｔ細胞免疫応答の生成をもたらす、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
請求項２に記載の使用であって、前記方法がさらに、
（ｃ）  前記対象から得られた、且つ、前記対象における前記１つ以上のネオエピトープに対する個別化Ｔ細胞免疫応答に由来するＴ細胞クローンまたはＴ浸潤細胞を含む第２生体試料において、Ｔ細胞上のＭＨＣクラスＩ分子またはＭＨＣクラスＩＩ分子が結合する１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む特定のペプチドの特徴を分析することであって、前記個別化Ｔ細胞応答が前記対象への前記組成物の投与によって生成される、こと、
（ｄ）  ステップ（ｃ）において特定された前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸コンストラクトをスクリーニングし、且つ、選択すること、および
（ｅ）  前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸配列を含むベクターで第２弱毒化組換えリステリア株を形質転換して、第２弱毒化組換えリステリア株を生成すること
を含む、前記使用。
【請求項６】
前記１つ以上のネオエピトープのそれぞれが、前記疾患担持生体試料には存在するが前記健常生体試料には存在しないアミノ酸置換を生じる非同義体細胞突然変異を含み、
所望により、前記疾患または症状が腫瘍または癌であり、および
所望により、前記健常生体試料が、前記疾患または症状を有する前記対象から得られる、
請求項１、３および４のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２または５に記載の使用。
【請求項７】
前記疾患担持生体試料より抽出された前記核酸配列と前記健常生体試料より抽出された前記核酸配列がエクソームシーケンシングまたはトランスクリプトームシーケンシングを用いて決定される、請求項１、３、４および６のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２、５および６のいずれか一項に記載の使用。
【請求項８】
請求項１、３、４、６および７のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２および５〜７のいずれか一項に記載の使用であって、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約５〜１０アミノ酸長であり、
所望により、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約８〜２７アミノ酸長であり、
所望により、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約２１アミノ酸長であり、および
所望により、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが両側に約１０個の隣接アミノ酸を伴う突然変異を含む、
前記方法または使用。
【請求項９】
請求項１、３、４および６〜８のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２および５〜８のいずれか一項に記載の使用であって、前記１つ以上のネオエピトープが、少なくとも２つの異なるネオエピトープを含み、所望により、前記１つ以上のネオエピトープが、１０個またはそれより多くのネオエピトープを含み、所望により、前記１つ以上のネオエピトープが、約１０〜３０個、約３０〜５０個、または、約１５〜３５個のネオエピトープを含み、
所望により、前記１つ以上のネオエピトープが、リンカー配列を介して機能的であるように連結されており、および、所望により、前記１つ以上のネオエピトープの間に異なるリンカー配列が配置される、
前記方法または使用。
【請求項１０】
請求項１、３、４および６〜９のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２および５〜９のいずれか一項に記載の使用であって、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが、カイト・ドゥーリトル・ハイドロパシーインデックス２１アミノ酸ウィンドウによりスコアを付けた場合に、最大で１．６付近のカットオフであり、および
所望により、前記１つ以上のネオエピトープが、複数のネオエピトープを含み、ステップ（ｂ）がさらに、ステップ（ｂ）の前記核酸配列内の前記複数のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドの順序のランダム化を１回以上繰り返すことを含む、
前記方法または使用。
【請求項１１】
請求項１、３、４および６〜１０のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２および５〜１０のいずれか一項に記載の使用であって、前記方法が、それぞれが異なるセットの１つ以上のネオエピトープを含む複数の弱毒化組換えリステリア株を作成するために繰り返され、
所望により、前記複数の弱毒化組換えリステリア株が、５〜１０株、１０〜１５株、１５〜２０株、１０〜２０株、２０〜３０株、３０〜４０株、または４０〜５０株の弱毒化組換えリステリア株を含み、および
所望により、前記複数の弱毒化組換えリステリア株の混合株が、約５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、１０〜２０個、２０〜３０個、３０〜４０個、４０〜５０個、５０〜６０個、６０〜７０個、７０〜８０個、８０〜９０個、９０〜１００個、または１００〜２００個のネオエピトープを含む、
前記方法または使用。
【請求項１２】
請求項１、３、４および６〜１１のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２および５〜１１のいずれか一項に記載の使用であって、前記ベクターが、染色体外マルチコピープラスミドであり、および
所望により、抗生物質選択が無い状態で前記プラスミドが前記弱毒化組換えリステリア株内で安定的に維持される、
前記方法または使用。
【請求項１３】
請求項１、３、４および６〜１２のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２および５〜１２のいずれか一項に記載の使用であって、前記弱毒化組換えリステリア株が１つ以上の内在性遺伝子に突然変異を含み、前記突然変異が、前記１つ以上の内在性遺伝子の不活性化、短縮化、欠失、置換、または分断を含み、および、所望により、前記突然変異が、ａｃｔＡ遺伝子突然変異、ｐｒｆＡ突然変異、ａｃｔＡおよびｉｎｌＢ二重突然変異、ｄａｌ／ｄａｌ遺伝子二重突然変異、ｄａｌ／ｄａｔ／ａｃｔＡ遺伝子三重突然変異、またはそれらの組合せから選択され、且つ
前記ベクターが代謝酵素をコードするオープン・リーディング・フレームをさらに備え、および、所望により、前記代謝酵素が、アラニンラセマーゼ酵素またはＤ−アミノ酸トランスフェラーゼ酵素である、
前記方法または使用。
【請求項１４】
請求項１、３、４および６〜１３のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２および５〜１３のいずれか一項に記載の使用であって、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドの組合せが、免疫原性ポリペプチドまたはその断片と融合しており、および
所望により、前記免疫原性ポリペプチドが、変異型リステリオリジンＯ（ＬＬＯ）タンパク質、短縮型ＬＬＯ（ｔＬＬＯ）タンパク質、短縮型ＡｃｔＡタンパク質、またはＰＥＳＴアミノ酸配列である、
前記方法または使用。
【請求項１５】
前記弱毒化リステリア株が、弱毒化リステリア・モノサイトゲネス株である、請求項１、３、４および６〜１４のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２および５〜１４のいずれか一項に記載の使用。
【請求項１６】
請求項１、３、４および６〜１５のいずれか一項に記載の方法、または、請求項２および５〜１５のいずれか一項に記載の使用であって、
（Ｉ）  前記弱毒化リステリア株が弱毒化リステリア・モノサイトゲネス株である；
（ＩＩ）  前記弱毒化リステリア株がｄａｌ／ｄａｔ／ａｃｔＡ遺伝子三重突然変異を含む；
（ＩＩＩ）  前記ベクターが、アラニンラセマーゼ酵素またはＤ−アミノ酸トランスフェラーゼ酵素をコードするオープン・リーディング・フレームを備える；
（ＩＶ）  前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドの組合せが、短縮型リステリオリジンＯ（ｔＬＬＯ）タンパク質と融合している；
（Ｖ）  前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約８〜２７アミノ酸長であり、および、所望により、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約２１アミノ酸長である；
（ＶＩ）  前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが、カイト・ドゥーリトル・ハイドロパシーインデックス２１アミノ酸ウィンドウによりスコアを付けた場合に、最大で１．６付近のカットオフである、
（ＶＩＩ）  前記１つ以上のネオエピトープが、１０〜３０個、または１５〜３５個のネオエピトープを含み、および、所望により、前記ネオエピトープが、リンカー配列を介して機能的であるように連結されている；且つ
（ＶＩＩＩ）  前記１つ以上のネオエピトープのそれぞれが、前記疾患担持生体試料には存在するが前記健常生体試料には存在しないアミノ酸置換を生じる非同義体細胞突然変異を含む、
前記方法または使用。
【請求項１７】
請求項１、３、４および６〜１６のいずれか一項に記載の方法によって生成される、弱毒化組換えリステリア株。
【請求項１８】
対象の疾患担持生体試料の１つ以上のオープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦ）によりコードされるが、健常生体試料の１つ以上のＯＲＦによりコードされない、１つ以上のネオエピトープを含む１つ以上のペプチドをコードする核酸を含む、弱毒化組換えリステリア株。
【請求項１９】
前記１つ以上のネオエピトープのそれぞれが、前記疾患担持生体試料には存在するが前記健常生体試料には存在しないアミノ酸置換を生じる非同義体細胞突然変異を含み、
所望により、前記疾患または症状が腫瘍または癌であり、および
所望により、前記健常生体試料が、前記疾患または症状を有する前記対象から得られる、
請求項１７または１８に記載の弱毒化組換えリステリア株。
【請求項２０】
請求項１７〜１９のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株であって、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約５〜１０アミノ酸長であり、
所望により、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約８〜２７アミノ酸長であり、
所望により、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約２１アミノ酸長であり、および
所望により、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが両側に約１０個の隣接アミノ酸を伴う突然変異を含む、
前記弱毒化組換えリステリア株。
【請求項２１】
請求項１７〜２０のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株であって、前記１つ以上のネオエピトープが、少なくとも２つの異なるネオエピトープを含み、所望により、前記１つ以上のネオエピトープが、１０個またはそれより多くのネオエピトープを含み、所望により、前記１つ以上のネオエピトープが、約１０〜３０個、約３０〜５０個、または、約１５〜３５個のネオエピトープを含み、
所望により、前記ネオエピトープが、リンカー配列を介して機能的であるように連結されており、および、所望により、前記１つ以上のネオエピトープの間に異なるリンカー配列が配置される、
前記弱毒化組換えリステリア株。
【請求項２２】
前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが、カイト・ドゥーリトル・ハイドロパシーインデックス２１アミノ酸ウィンドウによりスコアを付けた場合に、最大で１．６付近のカットオフである、請求項１７〜２１のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株。
【請求項２３】
請求項１７〜２２のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株であって、前記核酸が、染色体外マルチコピープラスミド内にあり、および
所望により、抗生物質選択が無い状態で前記プラスミドが前記弱毒化組換えリステリア株内で安定的に維持される、
前記弱毒化組換えリステリア株。
【請求項２４】
請求項１７〜２３のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株であって、前記弱毒化組換えリステリア株が１つ以上の内在性遺伝子に突然変異を含み、前記突然変異が、前記１つ以上の内在性遺伝子の不活性化、短縮化、欠失、置換、または分断を含み、および、所望により、前記突然変異が、ａｃｔＡ遺伝子突然変異、ｐｒｆＡ突然変異、ａｃｔＡおよびｉｎｌＢ二重突然変異、ｄａｌ／ｄａｌ遺伝子二重突然変異、ｄａｌ／ｄａｔ／ａｃｔＡ遺伝子三重突然変異、またはそれらの組合せから選択され、且つ
前記ベクターが代謝酵素をコードするオープン・リーディング・フレームをさらに備え、および、所望により、前記代謝酵素が、アラニンラセマーゼ酵素またはＤ−アミノ酸トランスフェラーゼ酵素である、
前記弱毒化組換えリステリア株。
【請求項２５】
請求項１７〜２４のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株であって、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドの組合せが、免疫原性ポリペプチドまたはその断片と融合しており、および
所望により、前記免疫原性ポリペプチドが、変異型リステリオリジンＯ（ＬＬＯ）タンパク質、短縮型ＬＬＯ（ｔＬＬＯ）タンパク質、短縮型ＡｃｔＡタンパク質、またはＰＥＳＴアミノ酸配列である、
前記弱毒化組換えリステリア株。
【請求項２６】
前記弱毒化リステリア株が、弱毒化リステリア・モノサイトゲネス株である、請求項１７〜２５のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株。
【請求項２７】
請求項１７〜２６のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株であって、
（Ｉ）  前記弱毒化リステリア株が弱毒化リステリア・モノサイトゲネス株である；
（ＩＩ）  前記弱毒化リステリア株がｄａｌ／ｄａｔ／ａｃｔＡ遺伝子三重突然変異を含む；
（ＩＩＩ）  前記ベクターが、アラニンラセマーゼ酵素またはＤ−アミノ酸トランスフェラーゼ酵素をコードするオープン・リーディング・フレームを備える；
（ＩＶ）  前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドの組合せが、短縮型リステリオリジンＯ（ｔＬＬＯ）タンパク質と融合している；
（Ｖ）  前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約８〜２７アミノ酸長であり、および、所望により、前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約２１アミノ酸長である；
（ＶＩ）  前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが、カイト・ドゥーリトル・ハイドロパシーインデックス２１アミノ酸ウィンドウによりスコアを付けた場合に、最大で１．６付近のカットオフである、
（ＶＩＩ）  前記１つ以上のネオエピトープが、１０〜３０個、または１５〜３５個のネオエピトープを含み、および、所望により、前記ネオエピトープが、リンカー配列を介して機能的であるように連結されている；且つ
（ＶＩＩＩ）  前記１つ以上のネオエピトープのそれぞれが、前記疾患担持生体試料には存在するが前記健常生体試料には存在しないアミノ酸置換を生じる非同義体細胞突然変異を含む、
前記弱毒化組換えリステリア株。
【請求項２８】
請求項１７〜２７のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株を２株以上含む免疫原性組合せ物であって、それぞれの弱毒化組換えリステリア株が、異なるセットの１つ以上のネオエピトープを含む、前記免疫原性組合せ物。
【請求項２９】
前記２株以上の弱毒化組換えリステリア株が、５〜１０株、１０〜１５株、１５〜２０株、１０〜２０株、２０〜３０株、３０〜４０株、または４０〜５０株の弱毒化組換えリステリア株を含む、請求項２８に記載の免疫原性組合せ物。
【請求項３０】
前記２株以上の弱毒化組換えリステリア株の混合株が、約５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、１０〜２０個、２０〜３０個、３０〜４０個、４０〜５０個、５０〜６０個、６０〜７０個、７０〜８０個、８０〜９０個、９０〜１００個、または１００〜２００個のネオエピトープを含む、請求項２８または２９に記載の免疫原性組合せ物。
【請求項３１】
前記免疫原性組合せ物中の前記弱毒化組換えリステリア株のそれぞれが１〜２０個のネオエピトープを発現する、請求項２８〜３０のいずれか一項に記載の免疫原性組合せ物。
【請求項３２】
前記２株以上の弱毒化組換えリステリア株が、２株の弱毒化組換えリステリア株を含み、および、前記２株以上の弱毒化リステリア株の混合株が、約３０〜４０個、または４０〜５０個のネオエピトープを含む、請求項２８〜３１のいずれか一項に記載の免疫原性組合せ物。
【請求項３３】
対象における疾患または症状を予防または治療するための医薬の製造における、請求項１７〜２７のいずれか一項に記載の弱毒化リステリア株の使用であって、前記医薬が前記弱毒化組換えリステリア株を含む個別免疫療法組成物であり、前記医薬が前記対象に投与され得、前記個別免疫療法組成物の投与が、前記１つ以上のネオエピトープに対する個別化Ｔ細胞免疫応答の生成をもたらす、前記使用。
【請求項３４】
対象において１つ以上のネオエピトープに対する個別化免疫応答を誘発するための医薬の製造における、請求項１７〜２７のいずれか一項に記載の弱毒化リステリア株の使用。
【請求項３５】
対象における疾患または症状を予防または治療するための医薬の製造における、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の免疫原性組合せ物の使用であって、前医薬が前記対象に投与され得、前記医薬の投与が、前記１つ以上のネオエピトープに対する個別化Ｔ細胞免疫応答の生成をもたらす、前記使用。
【請求項３６】
対象において１つ以上のネオエピトープに対する個別化免疫応答を誘発するための医薬の製造における、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の免疫原性組合せ物の使用。
【請求項３７】
前記組合せ物中の前記異なる弱毒化組換えリステリア株が同時に投与される、請求項３５または３６に記載の使用。
【請求項３８】
前記組合せ物中の前記異なる弱毒化組換えリステリア株が順次投与される、請求項３５または３６に記載の使用。
【請求項３９】
前記疾患または症状が腫瘍または癌である、請求項３３、３５、３７および３８のいずれか一項に記載の使用。
【請求項４０】
対象における疾患または症状を予防または治療するための、請求項１７〜２７のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株を含む個別免疫療法組成物であって、前記個別免疫療法組成物は前記対象に投与されることを特徴とし、前記個別免疫療法組成物の投与が、前記１つ以上のネオエピトープに対する個別化Ｔ細胞免疫応答の生成をもたらす、前記個別免疫療法組成物。
【請求項４１】
対象において１つ以上のネオエピトープに対する個別化免疫応答を誘発するための、請求項１７〜２７のいずれか一項に記載の弱毒化組換えリステリア株を含む組成物。
【請求項４２】
対象における疾患または症状を予防または治療するための、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の免疫原性組合せ物であって、前記免疫原性組合せ物は前記対象に投与されることを特徴とし、前記免疫原性組合せ物の投与が、前記１つ以上のネオエピトープに対する個別化Ｔ細胞免疫応答の生成をもたらす、前記免疫原性組合せ物。
【請求項４３】
対象において１つ以上のネオエピトープに対する個別化免疫応答を誘発するための、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の免疫原性組合せ物。
【請求項４４】
前記組合せ物中の前記異なる弱毒化組換えリステリア株が同時に投与されることを特徴とする、請求項４２または４３に記載の免疫原性組合せ物。
【請求項４５】
前記組合せ物中の前記異なる弱毒化組換えリステリア株が順次投与されることを特徴とする、請求項４２または４３に記載の免疫原性組合せ物。
【請求項４６】
前記疾患または症状が腫瘍または癌である、請求項４０に記載の個別免疫療法組成物、または、請求項４２、４４および４５のいずれか一項に記載の免疫原性組合せ物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７４】
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される：
（項目１）
疾患または症状を有する対象向けの個別免疫療法を作成するための方法であって、
（ａ）  前記対象の疾患担持生体試料より抽出された核酸配列内の１つ以上のオープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦ）を健常生体試料より抽出された核酸配列内の１つ以上のＯＲＦと比較し、前記疾患担持試料の１つ以上のＯＲＦ内にコードされる１つ以上のネオエピトープを含む１つ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸配列を前記比較により特定するステップ、
（ｂ）  ステップ（ａ）において特定された前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸配列を備えるベクターで弱毒化リステリア株を形質転換するステップ、および
（ｃ）  二者択一的に、（ｉ）所定の時点で前記対象に投与するために前記弱毒化組換えリステリア株を保存するか、あるいは（ｉｉ）前記弱毒化組換えリステリア株を含む組成物を前記対象に投与し、前記投与によって前記疾患または症状に対する個別化Ｔ細胞免疫応答を生じさせるステップを含む前記方法。
（項目２）
をさらに含む項目１に記載の方法。
（ｄ）  ステップ（ｃ）の前記Ｔ細胞免疫応答に由来するＴ細胞クローンまたはＴ浸潤細胞を含む前記対象の第２生体試料を獲得し、前記Ｔ細胞上のＭＨＣクラスＩ分子またはＭＨＣクラスＩＩ分子が結合する１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む特定のペプチドの特徴を分析すること、
（ｅ）  ステップ（ｄ）において特定された前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸コンストラクトをスクリーニングし、且つ、選択すること、
（ｆ）  前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸配列を含むベクターで第２弱毒化組換えリステリア株を形質転換すること、および
（ｇ）  二者択一的に、（ｉ）所定の時点で前記対象に投与するために第２弱毒化組換え型リステリアを保存するか、あるいは（ｉｉ）前記第２弱毒化組換え型リステリア株を含む第２組成物を前記対象に投与すること
（項目３）
ステップ（ｄ）において前記対象より第２生体試料を獲得する工程が、前記弱毒化組換え型リステリア株を含む前記組成物の投与の後に増殖するＴ細胞クローンまたはＴ浸潤細胞を含む生体試料の獲得を含む、項目２に記載の方法。
（項目４）
ステップ（ｄ）の前記特徴分析過程が
（ｉ）  前記疾患に対して応答するＴ細胞クローンまたはＴ浸潤細胞を特定し、単離し、且つ、増殖させるステップ、および
（ｉｉ）  前記Ｔ細胞上のＴ細胞受容体が結合する特定のＭＨＣクラスＩ分子またはＭＨＣクラスＩＩ分子上に負荷された１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む１つ以上のペプチドをスクリーニングし、且つ、特定するステップを含む、項目２または３に記載の方法。
（項目５）
ステップ（ｉｉ）の前記スクリーニングおよび特定がＴ細胞受容体シーケンシング、マルチプレックスベースフローサイトメトリー、または高速液体クロマトグラフィーを含む、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記シーケンシングが関連デジタルソフトウェアおよびデータベースの使用を含む、項目５に記載の方法。
（項目７）
それぞれが異なるセットの１つ以上のネオエピトープを含む複数の弱毒化組換えリステリア株を作成するために前記方法が繰り返される、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記複数の弱毒化組換えリステリア株が５〜１０株、１０〜１５株、１５〜２０株、１０〜２０株、２０〜３０株、３０〜４０株、または４０〜５０株の弱毒化組換えリステリア株を含む、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記複数の弱毒化組換えリステリア株の混合株が約５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、１０〜２０個、２０〜３０個、３０〜４０個、４０〜５０個、５０〜６０個、６０〜７０個、７０〜８０個、８０〜９０個、９０〜１００個、または１００〜２００個のネオエピトープを含む、項目７または８に記載の方法。
（項目１０）
前記弱毒化組換え型リステリア株が前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドを分泌する、項目１〜９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
ステップ（ｂ）が、前記１つ以上のペプチドの発現および分泌を確認するために前記弱毒化組換えリステリア株を培養し、且つ、その特徴を分析することをさらに含む、項目１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
プラスミドベクターまたはファージベクターを使用してステップ（ｂ）の前記形質転換が行われる、項目１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
ミニ遺伝子核酸コンストラクトを備えるプラスミドベクターを使用してステップ（ｂ）の前記形質転換が行われ、前記コンストラクトがキメラタンパク質をコードする１つ以上のオープン・リーディング・フレームを含み、前記キメラタンパク質が
（ａ）  細菌分泌シグナル配列、
（ｂ）  ユビキチン（Ｕｂ）タンパク質、および
（ｃ）  前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドを含み、
前記細菌分泌シグナル配列、前記ユビキチンタンパク質、および前記１つ以上のペプチドがアミノ末端からカルボキシ末端へと機能的であるように連結されているか、または直列に配置されている、項目１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記プラスミドが組込み型プラスミドである、項目１２に記載の方法。
（項目１５）
前記プラスミドが染色体外マルチコピープラスミドである、項目１２に記載の方法。
（項目１６）
抗生物質選択が無い状態で前記プラスミドが前記組換え型リステリア株内で安定的に維持される、項目１４または１５に記載の方法。
（項目１７）
前記弱毒化組換え型リステリア株が１つ以上の内在性遺伝子に突然変異を含む、項目１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記突然変異がａｃｔＡ遺伝子突然変異、ｐｒｆＡ突然変異、ａｃｔＡおよびｉｎｌＢ二重突然変異、ｄａｌ／ｄａｌ遺伝子二重突然変異、ｄａｌ／ｄａｔ／ａｃｔＡ遺伝子三重突然変異、またはそれらの組合せから選択され、且つ、前記突然変異が前記１つ以上の内在性遺伝子の不活性化、短縮化、欠失、置換、または分断を含む、項目１７に記載の方法。
（項目１９）
前記ベクターが代謝酵素をコードするオープン・リーディング・フレームをさらに備える、項目１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
前記代謝酵素がアラニンラセマーゼ酵素またはＤ−アミノ酸トランスフェラーゼ酵素である、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記リステリアがリステリア・モノサイトゲネスである、項目１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
疾患または症状を有する対象向けの個別免疫療法を作成するための方法であって、
（ａ）  疾患担持生体試料より抽出された核酸配列内の１つ以上のオープン・リーディング・フレーム（ＯＲＦ）を健常生体試料より抽出された核酸配列内の１つ以上のＯＲＦと比較し、前記疾患担持試料の１つ以上のＯＲＦ内にコードされる１つ以上のネオエピトープを含む１つ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸配列を前記比較により特定するステップ、
（ｂ）  ステップ（ａ）において特定された前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸配列でベクターを形質転換するか、またはステップ（ａ）において特定された前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする前記核酸配列を使用してＤＮＡ免疫療法ベクターまたはペプチド免疫療法ベクターを作製するステップ、および
（ｃ）  二者択一的に、（ｉ）所定の時点で前記対象に投与するために前記ベクターまたは前記ＤＮＡ免疫療法または前記ペプチド免疫療法を保存するか、あるいは（ｉｉ）前記ベクター、前記ＤＮＡ免疫療法、または前記ペプチド免疫療法を含む組成物を前記対象に投与し、前記投与によって前記疾患または症状に対する個別化Ｔ細胞免疫応答を生じさせるステップを含む前記方法。
（項目２３）
をさらに含む項目２２に記載の方法。
（ｄ）  ステップ（ｃ）の前記Ｔ細胞免疫応答に由来するＴ細胞クローンまたはＴ浸潤細胞を含む前記対象の第２生体試料を獲得し、前記Ｔ細胞上のＭＨＣクラスＩ分子またはＭＨＣクラスＩＩ分子が結合する１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む特定のペプチドの特徴を分析すること、
（ｅ）  ステップ（ｄ）において特定された前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする核酸コンストラクトをスクリーニングし、且つ、選択すること、
（ｆ）  ステップ（ｄ）において特定された前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする前記１つ以上のオープン・リーディング・フレームを含む核酸配列で第２ベクターを形質転換するか、または前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドをコードする前記核酸配列を使用して第２ＤＮＡ免疫療法ベクターまたは第２ペプチド免疫療法ベクターを作製すること、および
（ｇ）  二者択一的に、（ｉ）所定の時点で前記対象に投与するために前記第２ベクターまたは前記第２ＤＮＡ免疫療法または前記第２ペプチド免疫療法を保存するか、あるいは前記第２ベクター、前記第２ＤＮＡ免疫療法、または前記第２ペプチド免疫療法を含む組成物を前記対象に投与すること
（項目２４）
ステップ（ｄ）における前記対象より第２生体試料を獲得する工程が、前記ベクター、前記ＤＮＡ免疫療法、または前記ペプチド免疫療法を含む前記組成物の投与の後に増殖するＴ細胞クローンまたはＴ浸潤細胞を含む第２生体試料の獲得を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
ステップ（ｄ）の前記特徴分析過程が
（ｉ）  前記疾患に対して応答するＴ細胞クローンまたはＴ浸潤細胞を特定し、単離し、且つ、増殖させるステップ、および
（ｉｉ）  前記Ｔ細胞上のＴ細胞受容体が結合する特定のＭＨＣクラスＩ分子またはＭＨＣクラスＩＩ分子上に負荷された１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む１つ以上のペプチドをスクリーニングし、且つ、特定するステップを含む、項目２３または２４に記載の方法。
（項目２６）
ステップ（ｉｉ）の前記スクリーニングおよび特定がＴ細胞受容体シーケンシング、マルチプレックスベースフローサイトメトリー、または高速液体クロマトグラフィーを含む、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記シーケンシングが関連デジタルソフトウェアおよびデータベースの使用を含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
それぞれ異なるセットの１つ以上のネオエピトープを含む複数のベクター、ＤＮＡ免疫療法、またはペプチド免疫療法を作製するために前記方法が繰り返される、項目２２〜２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記複数のベクター、ＤＮＡ免疫療法、またはペプチド免疫療法が５〜１０種類、１０〜１５種類、１５〜２０種類、１０〜２０種類、２０〜３０種類、３０〜４０種類、または４０〜５０種類のベクター、ＤＮＡ免疫療法、またはペプチド免疫療法を含む、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記複数のベクター、ＤＮＡ免疫療法、またはペプチド免疫療法の混合物が約５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、１０〜２０個、２０〜３０個、３０〜４０個、４０〜５０個、５０〜６０個、６０〜７０個、７０〜８０個、８０〜９０個、９０〜１００個、または１００〜２００個のネオエピトープを含む、項目２８または２９に記載の方法。
（項目３１）
前記ベクターがワクシニアウイルスまたはウイルス様粒子である、項目２２〜３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
ステップ（ｂ）が、前記１つ以上のペプチドの発現を確認するために前記ワクシニアウイルスまたはウイルス様粒子を培養し、且つ、その特徴を分析することをさらに含む、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記ＤＮＡ免疫療法が前記１つ以上の免疫原性ネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドを含む前記核酸配列を含む、項目２２〜３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
前記核酸配列がプラスミドの形態である、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
前記プラスミドが組込み型プラスミドまたは染色体外マルチコピープラスミドである、項目２２〜３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記ペプチド免疫療法が前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドを含み、各ペプチドが免疫原性ポリペプチドまたはその断片と融合しているか、または混合されている、項目２２〜３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約５〜５０アミノ酸長である、項目１〜３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドのそれぞれが約８〜２７アミノ酸長である、項目３７に記載の方法。
（項目３９）
前記１つ以上のネオエピトープが５〜１００個のネオエピトープを含む、項目１〜３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
前記１つ以上のネオエピトープが１５〜３５個のネオエピトープ、８〜１１個のネオエピトープまたは１１〜１６個のネオエピトープを含む、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記１つ以上のネオエピトープが複数のネオエピトープを含み、ステップ（ｂ）の前記核酸配列内の前記複数のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドの順序のランダム化を１回以上繰り返すことがステップ（ｂ）に含まれる、項目１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
ステップ（ａ）における前記比較がスクリーニングアッセイまたはスクリーニングツールの使用、および前記疾患担持生体試料から抽出された前記核酸配列内の前記１つ以上のＯＲＦを前記健常生体試料から抽出された前記核酸配列内の前記１つ以上のＯＲＦと比較するための関連のデジタルソフトウェアの使用を含み、前記関連デジタルソフトウェアが、前記ネオエピトープの免疫原性の特定のために前記疾患担持生体試料から抽出された前記核酸配列内の前記ＯＲＦ中の突然変異のスクリーニングを可能にする配列データベースへのアクセスを含む、項目１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
前記疾患担持生体試料が組織、細胞、血液、または血清である、項目１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記疾患または症状が感染症、腫瘍、または癌である、項目１〜４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
前記疾患または症状が感染症であり、前記感染症がウイルス感染症または細菌感染症を含む、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記疾患または症状が前記腫瘍または癌であり、前記腫瘍または癌が乳癌または乳房腫瘍、子宮頚部癌または子宮頚部腫瘍、Ｈｅｒ２発現性癌またはＨｅｒ２発現性腫瘍、黒色腫、膵臓癌または膵臓腫瘍、卵巣癌または卵巣腫瘍、胃癌または胃腫瘍、膵臓の癌病巣、肺腺癌、多形神経膠芽腫、大腸腺癌、肺扁平腺癌、胃腺癌、卵巣表面上皮性新生物、口腔扁平上皮癌、肺非小細胞癌、子宮内膜癌、膀胱癌または膀胱腫瘍、頭部頸部癌または頭部頸部腫瘍、前立腺癌、腎臓癌または腎臓腫瘍、骨癌または骨腫瘍、血液癌、または脳癌もしくは脳腫瘍を含む、項目４４に記載の方法。
（項目４７）
前記健常生体試料が前記疾患または症状を有する前記対象より獲得される、項目１〜４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記疾患担持生体試料より抽出された前記核酸配列と前記健常生体試料より抽出された前記核酸配列がエクソームシーケンシングまたはトランスクリプトームシーケンシングを用いて決定される、項目１〜４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
前記１つ以上のネオエピトープが直鎖状ネオエピトープを含む、項目１〜４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記１つ以上のネオエピトープが溶媒曝露エピトープを含む、項目１〜４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記１つ以上のネオエピトープがＴ細胞エピトープを含む、項目１〜５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記１つ以上のネオエピトープを含む前記１つ以上のペプチドがそれぞれ免疫原性ポリペプチドまたはその断片に融合している、項目１〜５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
前記免疫原性のポリペプチドが変異型リステリオリジンＯ（ＬＬＯ）タンパク質、短縮型ＬＬＯ（ｔＬＬＯ）タンパク質、短縮型ＡｃｔＡタンパク質、またはＰＥＳＴアミノ酸配列である、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記免疫原性ポリペプチドが配列番号３で表されるｔＬＬＯタンパク質である、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記免疫原性ポリペプチドが配列番号１２〜１３および配列番号１５〜１８のいずれか１つで表される短縮化ＡｃｔＡタンパク質である、項目５３に記載の方法。
（項目５６）
前記免疫原性ポリペプチドが配列番号５〜１０のいずれか１つで表されるＰＥＳＴアミノ酸配列である、項目５３に記載の方法。
（項目５７）
前記免疫原性ポリペプチドが前記変異型ＬＬＯタンパク質であり、前記変異型ＬＬＯタンパク質がコレステロール結合ドメイン（ＣＢＤ）内に突然変異を含む、項目５３に記載の方法。
（項目５８）
前記突然変異が、（ｉ）配列番号２の残基Ｃ４８４、Ｗ４９１、またはＷ４９２の置換、またはそれらのあらゆる組合せ、配列番号６８で表されるＣＢＤ内の１〜１１アミノ酸の１〜５０アミノ酸非ＬＬＯペプチドによる置換であって、前記非ＬＬＯペプチドがネオエピトープを含むペプチドを含む前記置換、または配列番号６８で表されるＣＢＤ内の１〜１１アミノ酸の欠失を含む、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記１つ以上のペプチドが前記疾患に関連する異種抗原または自己抗原を含む、項目１〜５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
前記異種抗原または前記自己抗原が腫瘍関連抗原またはその断片である、項目５９に記載の方法。
（項目６１）
前記１つ以上のネオエピトープが癌特異的または腫瘍特異的エピトープを含む、項目１〜６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記腫瘍関連抗原またはその断片がヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）−１６−Ｅ６、ＨＰＶ−１６−Ｅ７、ＨＰＶ−１８−Ｅ６、ＨＰＶ−１８−Ｅ７、Ｈｅｒ／２−ｎｅｕ抗原、キメラＨｅｒ２抗原、前立腺特異的抗原（ＰＳＡ）、二価ＰＳＡ、ＥＲＧ、アンドロゲン受容体（ＡＲ）、ＰＡＫ６、前立腺幹細胞抗原（ＰＳＣＡ）、ＮＹ−ＥＳＯ−１、角質層キモトリプシン酵素（ＳＣＣＥ）抗原、ウィルムス腫瘍抗原１（ＷＴ−１）、ＨＩＶ−１  Ｇａｇ、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素（ｈＴＥＲＴ）、プロテイナーゼ３、チロシナーゼ関連タンパク質２（ＴＲＰ２）、高分子量黒色腫関連抗原（ＨＭＷ−ＭＡＡ）、滑膜肉腫、Ｘ（ＳＳＸ）−２、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、黒色腫関連抗原Ｅ（ＭＡＧＥ−Ａ、ＭＡＧＥ１、ＭＡＧＥ２、ＭＡＧＥ３、ＭＡＧＥ４）、インターロイキン１３受容体α（ＩＬ１３−Ｒ  α）、炭酸脱水酵素ＩＸ（ＣＡＩＸ）、サバイビン、ＧＰ１００、血管新生抗原、ｒａｓタンパク質、ｐ５３タンパク質、ｐ９７黒色腫抗原、ＫＬＨ抗原、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、ｇｐ１００、ＭＡＲＴ１抗原、ＴＲＰ−２、ＨＳＰ−７０、β−ＨＣＧ、またはテスティシンを含む、項目６０または６１に記載の方法。
（項目６３）
前記１つ以上のネオエピトープが感染症関連エピトープ、感染性ウイルス病関連エピトープ、または感染性細菌病関連エピトープを含む、項目１〜６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記感染症が以下の病原体のうちの１つ、すなわち、リーシュマニア、赤痢アメーバ（アメーバ症を発生する）、鞭虫属、ＢＣＧ／結核、マラリア、熱帯熱マラリア原虫、四日熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、ロタウイルス、コレラ、ジフテリア−破傷風、百日咳、インフルエンザ菌、Ｂ型肝炎ウイルス、ヒトパピローマウイルス、季節性インフルエンザ）、汎発性インフルエンザＡ（Ｈ１Ｎ１）、麻疹および風疹、おたふく風邪、髄膜炎菌Ａ＋Ｃ、一価、二価、および三価の経口ポリオワクチン、肺炎球菌、狂犬病、破傷風トキソイド、黄熱病、バチルス・アントラシス（炭疽菌）、クロストリジウム・ボツリヌス毒素（ボツリヌス中毒症）、エルシニア・ペスチス（ペスト）、大痘瘡（天然痘）ウイルスおよび他の関連するポックスウイルス、フランシセラ・ツラレンシス（野兎病）、ウイルス性出血熱、アレナウイルス（ＬＣＭ、フニンウイルス、マチュポウイルス、グアナリトウイルス、ラッサ熱）、ブニヤウイルス（ハンタウイルス、リフトバレー熱）、フラビウイルス（デング）、フィロウイルス（エボラ、マールブルグ）、バークホルデリア・シュードマレイ、コクシエラ・バーネッティイ（Ｑ熱）、ブルセラ属の種（ブルセラ症）、バークホルデリア・マレイ（鼻疽）、クラミジア・シッタシ（オウム病）、リシン毒素（トウゴマ由来）、クロストリジウム・パーフリンゲンのイプシロン毒素、スタフィロコッカス・エンテロトキシンＢ、発疹チフス（リケッチア・プロワゼキ）、他のリケッチア、食品担持および水担持病原体、細菌（下痢原性大腸菌、病原性ビブリオ、シゲラ属の種、サルモネラＢＣＧ／、カンピロバクター・ジェジュニ、エルシニア・エンテロコリチカ）、ウイルス（カルシウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、西ナイル熱ウイルス、ラクロスウイルス、カリフォルニア脳炎ウイルス、ＶＥＥ、ＥＥＥ、ＷＥＥ、日本脳炎ウイルス、キャサヌールフォレストウイルス、ニパウイルス、ハンタウイルス、ダニ媒介出血熱ウイルス、チクングニアウイルス，クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、ダニ媒介脳炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス，Ｃ型肝炎ウイルス，単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ），ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ），ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ））、原虫（クリプトスポリジウム・パルバム、シクロスポラ・カイエタネンシス、ランブル鞭毛虫、赤痢アメーバ、トキソプラズマ）、真菌類（微胞子虫）、黄熱病、薬剤耐性ＴＢを含む結核、狂犬病、プリオン、重症急性呼吸器症候群関連コロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）、コクシジオイデス・ポサダシ、コクシジオイデス・イミチス、細菌性膣症、クラミジア・トラコマチス，サイトメガロウイルス，鼠径肉芽腫、軟性下疳菌、淋菌、梅毒トレポネーマ、ミュータンス菌、または腟トリコモナスによって引き起こされる、項目６３に記載の方法。
（項目６５）
ステップ（ｃ）（ｉｉ）が前記対象へのアジュバントの投与をさらに含む、項目１〜６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
前記アジュバントが顆粒球／マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）タンパク質、ＧＭ−ＣＳＦタンパク質をコードするヌクレオチド分子、サポニンＱＳ２１、モノホスホリルリピッドＡ、または非メチル化ＣｐＧ含有オリゴヌクレオチドを含む、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
ステップ（ｃ）（ｉｉ）が免疫チェックポイント阻害薬アンタゴニストの投与をさらに含む、項目１〜６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記免疫チェックポイント阻害薬が抗ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−Ｌ２抗体もしくはその断片、抗ＰＤ−１抗体もしくはその断片、抗ＣＴＬＡ−４抗体もしくはその断片、または抗Ｂ７−Ｈ４抗体もしくはその断片である、項目６７に記載の方法。
（項目６９）
ステップ（ｃ）（ｉｉ）の投与により前記対象における個別化増強抗疾患免疫応答または抗症状免疫応答が生じ、前記対象における抗癌免疫応答または抗腫瘍免疫応答が生じ、前記対象における抗感染症免疫応答が生じ、前記対象におけるウイルス感染症を含む感染症に対する抗感染症免疫応答が生じ、または前記対象における細菌感染症を含む感染症に対する抗感染症免疫応答が生じる、項目１〜６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記方法により前記対象の前記疾患または症状の個別化治療または個別化予防が可能になる、項目１〜６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
項目１〜２１および項目３７〜７０のいずれか一項に記載の方法により作製される組換え型弱毒化リステリア株。
（項目７２）
項目２２〜７０のいずれか一項に記載の方法によって作製されるＤＮＡ免疫療法またはペプチド免疫療法。
（項目７３）
項目１〜２１および項目３７〜７０のいずれか一項に記載の方法により作製された１つ以上の弱毒化組換えリステリア株を含む組成物の免疫原性混合物。
（項目７４）
各弱毒化組換えリステリア株が疾患または症状を有する対象の疾患担持生体試料に存在する１つ以上のネオエピトープを含む１つ以上のペプチドをコードする核酸配列を含んでいる１つ以上の弱毒化組換えリステリア株を含む組成物の免疫原性混合物。
（項目７５）
前記１つ以上の弱毒化組換えリステリア株が複数の弱毒化組換えリステリア株を含み、各弱毒化組換えリステリア株の前記核酸配列が異なるセットの１つ以上のネオエピトープをコードする、項目７３または７４に記載の免疫原性混合物。
（項目７６）
前記複数の弱毒化組換えリステリア株が５〜１０株、１０〜１５株、１５〜２０株、１０〜２０株、２０〜３０株、３０〜４０株、または４０〜５０株の弱毒化組換えリステリア株を含む、項目７３〜７５のいずれか一項に記載の免疫原性混合物。
（項目７７）
前記複数の弱毒化組換えリステリア株の混合株が約５〜１０個、１０〜１５個、１５〜２０個、１０〜２０個、２０〜３０個、３０〜４０個、４０〜５０個、５０〜６０個、６０〜７０個、７０〜８０個、８０〜９０個、９０〜１００個、または１００〜２００個のネオエピトープを含む、項目７３〜７６のいずれか一項に記載の免疫原性混合物。
（項目７８）
前記混合物中の前記弱毒化組換えリステリア株の各々が１つ以上のネオエピトープを含む融合ポリペプチドまたはキメラタンパク質をコードする核酸分子を含む、項目７７に記載の免疫原性混合物。
（項目７９）
前記混合物中の前記組換えリステリア株の各々が１〜２０個のネオエピトープを発現する、項目７８に記載の組成物の免疫原性混合物。
（項目８０）
対象において個別化抗腫瘍応答を誘発する方法、または対象において腫瘍を予防または治療する方法であって、項目７３〜７９のいずれか一項に記載の免疫原性混合物を前記対象に同時または順次投与するステップを含む前記方法。
（項目８１）
次の要素、すなわち、免疫原性ポリペプチドが融合している第１ネオエピトープアミノ酸配列、第１リンカー配列を介して機能的であるように前記第１ネオエピトープアミノ酸配列が連結している第２ネオエピトープアミノ酸配列、および第２リンカー配列を介して機能的であるように前記第２ネオエピトープアミノ酸配列が連結している少なくとも１つの追加ネオエピトープアミノ酸配列を含むキメラタンパク質をコードする核酸コンストラクト。
（項目８２）
前記免疫原性ポリペプチドがＮ末端短縮型ＬＬＯ（ｔＬＬＯ）であり、且つ、最後のネオエピトープが第３リンカー配列を介して機能的であるようにＣ末端タグに連結している、項目８１に記載の核酸コンストラクト。
（項目８３）
前記核酸コンストラクトが前記タグをコードする配列の後に２つの終止コドンを含む、項目８１または８２に記載の核酸コンストラクト。
（項目８４）
前記ヒスチジンタグが、機能的であるようにＮ末端でＳＩＩＮＦＥＫＬペプチドに連結されている６×ヒスチジンタグである、項目８１〜８３のいずれか一項に記載の核酸コンストラクト。
（項目８５）
前記第１リンカー配列、前記第２リンカー配列、および前記第３リンカー配列のうちの１つ以上が４×グリシンリンカーである、項目８１〜８４のいずれか一項に記載の核酸コンストラクト。
（項目８６）
前記第１ネオエピトープアミノ酸配列、前記第２ネオエピトープアミノ酸配列、および前記少なくとも１つの追加ネオエピトープアミノ酸配列がそれぞれ約５〜５０アミノ酸である、項目８１〜８５のいずれか一項に記載の核酸コンストラクト。
（項目８７）
前記第１ネオエピトープアミノ酸配列、前記第２ネオエピトープアミノ酸配列、および前記少なくとも１つの追加ネオエピトープアミノ酸配列がそれぞれ約８〜２７アミノ酸、８〜１１アミノ酸、または１１〜１６アミノ酸である、項目８６に記載の核酸コンストラクト。
（項目８８）
前記第１ネオエピトープアミノ酸配列、前記第２ネオエピトープアミノ酸配列、および前記少なくとも１つの追加ネオエピトープアミノ酸配列がそれぞれ２１アミノ酸である、項目８７に記載の核酸コンストラクト。
（項目８９）
前記核酸コンストラクトが５〜１００個のネオエピトープをコードする、項目８１〜８８のいずれか一項に記載の核酸コンストラクト。
（項目９０）
前記核酸コンストラクトが１５〜３５個のネオエピトープをコードする、項目８９に記載の核酸コンストラクト。
（項目９１）
前記キメラタンパク質の前記要素がＮ末端からＣ末端へと配置されているか、または機能的であるように連結されている、項目８１〜９０のいずれか一項に記載の核酸コンストラクト。
（項目９２）
前記ｔＬＬＯが機能的であるようにプロモーター配列に連結されている、項目９１に記載の核酸コンストラクト。
（項目９３）
前記プロモーター配列がｈｌｙプロモーター配列である、項目９２に記載の核酸コンストラクト。
（項目９４）
前記コンストラクトが次の構成成分、すなわち、ｐＨｌｙ−ｔＬＬＯ−［第一２１ｍｅｒ］−［４×グリシンリンカーＧ１］−［第二２１ｍｅｒ］−［４×グリシンリンカーＧ２］−…−ＳＩＩＮＦＥＫＬ−［６×Ｈｉｓタグ］−［２×終止コドン］を含む、項目８１〜９３のいずれか一項に記載の核酸コンストラクト。
（項目９５）
項目８１〜９４のいずれか一項に記載の核酸コンストラクトによってコードされるキメラタンパク質。
（項目９６）
項目８１〜９４のいずれか一項に記載の核酸コンストラクトを含む、または項目９５に記載のキメラタンパク質を発現する組換えリステリア株。
以下の発明を実施するための形態、実施例、および図面から本発明の他の特徴および利点が明らかとなる。しかしながら、この発明を実施するための形態より本発明の趣旨および範囲内での様々な変更および修正が当業者に明らかとなるので、この発明を実施するための形態および具体的な実施例は本発明の好ましい実施形態を示す一方で、単に例示として提示されていることを理解するべきである。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2018515588000001.app
【手続補正４】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図４４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【図４４】
2018515588.tif 000001