【事件の表示】
　特願２０００−５５１０４０「微生物における抗生物質耐性の検出」拒絶査定不服審判事件〔平成１１年１２月　２日国際公開、ＷＯ９９／６１６６０、平成１４年　６月１１日国内公表、特表２００２−５１６６６５〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯 
　本願は、平成１１年５月２１日（パリ条約による優先権主張１９９８年５月２２日、独国，１９９９年４月１３日、独国）に国際出願されたものであって、平成１５年１０月１５日付で拒絶査定がなされ、これに対し平成１６年１月２１日に拒絶査定に対する審判請求がなされるとともに、同年２月１９日付で特許請求の範囲について手続補正がなされ、これに対して、前置審査において平成１６年５月１８日付で拒絶理由が通知され、同年１１月２４日付で特許請求の範囲について手続補正がなされ、当審より平成１９年７月２５日付で拒絶理由が通知され、平成２０年１月２４日付で特許請求の範囲について手続補正がなされたものである。 
 　 
２．本願発明 
　本願の請求項１に係る発明は、平成２０年１月２４日付の手続補正書により補正された本願明細書の特許請求の範囲の請求項１に記載された、以下の通りのものと認められる（以下、「本願発明」という。）。 
「【請求項１】　以下の工程： 
　ａ）微生物を含有するサンプルの準備、 
　ｂ）プローブの特異的なハイブリダイゼーションを可能にする条件下での、サンプルと、ペプチジルトランスフェラーゼ中心を有する領域のＥ．コリの２３Ｓ　ｒＲＮＡのヌクレオチド２０５７、２０５８および２０５９の１つ以上に相応する領域を含む核酸配列に対して特異的である少なくとも１つのハイブリダイゼーションプローブと、ヘリコバクター・ピロリの野生型と関連する核酸配列に対して特異的であるハイブリダイゼーションプローブとの組合せとの接触および 
　ｃ）ハイブリダイゼーションが出現するか、または出現しないかの測定によるインサイチューでのサンプルの評価 
を包含する、ヘリコバクター・ピロリにおけるクラリスロマイシン耐性の検出方法。」 
 　 
３．本願優先日前に頒布された刊行物記載の発明 
　これに対して、本願の優先日前である１９９８年４月１６日に頒布された「国際公開第９８／１５６４８号」（以下、「引用文献１」という。）には、次の事項が記載されている（以下、対応する公表公報である特表２００１−５０１８３５号の頁に基いて摘記する。）。 
（１−１）「１．マイコバクテリアｒＤＮＡ、前駆体ｒＲＮＡ、またはｒＲＮＡ形成性の検出可能なハイブリッドの標的配列にハイブリダイズすることができる、試料中に随時存在する１つまたはそれ以上のマイコバクテリアの標的配列を検出するためのペプチド核酸プローブ、およびそのようなプローブの混合物。」（特許請求の範囲第１項） 
（１−２）「２．マイコバクテリアｒＤＮＡ、前駆体ｒＲＮＡ、または２３Ｓ、１６Ｓ、もしくは５Ｓ ｒＲＮＡ形成性の検出可能なハイブリッドの標的配列にハイブリダイズすることができる、請求の範囲第１項に記載のペプチド核酸プローブ、およびそのようなプローブの混合物。」（特許請求の範囲第２項） 
（１−３）「２８．試料中に随時存在する１つまたはそれ以上のマイコバクテリアの標的配列を検出するための方法であって、 
（１）プローブとｒＲＮＡもしくはｒＤＮＡとの間でハイブリダイゼーションが起きる条件下で、試料中に存在するｒＲＮＡまたはｒＤＮＡを、請求の範囲第１項〜２４項までのいずれか１項に記載の１つまたはそれ以上のペプチド核酸プローブまたはその混合物と、接触させ、そして 
（２）形成された検出可能なハイブリッドを観察または測定し、該観察または測定値を、試料中の１つまたはそれ以上のマイコバクテリアの標的配列の存在と関連付ける、 
 ことを含んでなる上記方法。」（特許請求の範囲第２８項） 
（１−４）「３１．ハイブリダイゼーションはｉｎ ｓｉｔｕで起きる、請求の範囲第２８項〜３０項のいずれか１項に記載の方法。」（特許請求の範囲第３１項） 
（１−５）「クラリスロマイシン（clarithromycin）やアジスロマイシン（azithromycin）のようなマクロライド剤による単独治療は、しばしば臨床的に重要な薬剤耐性を引き起こす。クラリスロマイシンやアジスロマイシンは、特にマイコバクテリウム・アビウム（M．avium）による感染症の治療において重要な薬剤である。クラリスロマイシンやアジスロマイシンに対する獲得耐性を有するマイコバクテリウム・アビウム（M．avium）とマイコバクテリウム・イントラセルラレ（M．intracellulare）の分離株の２３Ｓ ｒＲＮＡ配列と、非耐性株からの２３Ｓ ｒＲＮＡ配列との比較により、耐性株の大多数は、大腸菌（E.coli）２３Ｓ ｒＲＮＡ中の２０５８および２０５９に対応する位置に２３Ｓ ｒＲＮＡの単一の点突然変異を有することが明らかになった。マイコバクテリウム・アビウム（M．avium）２３Ｓ ｒＲＮＡ配列（ジーンバンク（GenBank）受け入れ番号Ｘ７４４９４）では、図６に示すように対応する塩基は、それぞれ２５６８と２５６９位にある。多くの感受性株はこれらの位置の１つにＡ残基を有するが、耐性株は、２０５８位（ジーンバンク（GenBank）受け入れ番号Ｘ７４４９４のマイコバクテリウム・アビウム（M．avium）中の２５６８に対応する大腸菌（E．coli）の番号）にＣ、ＧまたはＴを有するか、または２０５９位（ジーンバンク（GenBank）受け入れ番号Ｘ７４４９４のマイコバクテリウム・アビウム（M．avium）中の２５６９に対応する大腸菌（E．coli）の番号）にＧまたはＣを有する。」（第４４頁第２〜２０行） 
（１−６）「 １つのｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション測定法の例では、分析される試料は、実質的に平面の固体支持体（顕微鏡スライド、フィルターメンブラン、ポリマー膜、または平面の表面を有する他の型の固体支持体）上に塗抹される。好適な固体支持体は、顕微鏡スライドである。塗抹試料が調製された後、これは随時さらに、殺菌剤による処理または例えばエタノールへの浸漬によるさらなる固定のような前処理を受ける。試料はまた、主要な機能として細胞を透過性にし、および／または試料の粘度を低下させる酵素で前処理される。」（第５８頁第１０〜１６行） 
（１−７）「例１１ 
 前駆体ｒＲＮＡにハイブリダイズし、さらに結核菌（M．tuberculosis）の前駆体ｒＲＮＡとマイコバクテリウム・アビウム（M．avium）の前駆体ｒＲＮＡを区別する、ペプチド核酸プローブの能力を、蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションにより試験した。 
 例５に記載のように塗抹試料を調製し、結核菌（M．tuberculosis）（ＯＫ７４９）の前駆体ｒＲＮＡをターゲティングするフルオレセイン標識プローブを使用して、例７に記載のようにＦＩＳＨを行なった。結果を表１３に示す。 
 結果から、前駆体ｒＲＮＡを検出することが可能であり、かつさらに異なるマイコバクテリア種からの前駆体ｒＲＮＡを区別することが可能であると結論できる。前駆体ｒＲＮＡをターゲティングするペプチド核酸の応用は、マイコバクテリアの増殖を測定するのに特に有用であり、従ってマイコバクテリアの生存活性の指標である。これは、結核の治療と薬剤感受性試験に関連して、抗生物質の作用を追跡するために特に重要である。」（第９６頁第１３行〜第９７頁第４行） 
（１−８）「例１２ 
 薬剤感受性および薬剤耐性マイコバクテリアを区別するためのペプチド核酸プローブの能力を、マイコバクテリウム・アビウム（M．avium）とマイコバクテリウム・イントラセルラレ（M．intracellulare）のマクロライド剤耐性に関連する単一点突然変異をターゲティングするローダミン標識プローブとともに、マイコバクテリウム・アビウム（M．avium）とマイコバクテリウム・イントラセルラレ（M．intracellulare）の２３Ｓ ｒＲＮＡの野生型配列をターゲティングするフルオレセイン標識プローブを使用して、評価した。マイコバクテリウム・アビウム（M．avium）（ＡＴＣＣ ２５２９２）とマイコバクテリウム・イントラセルラレ（M．intracellulare）（ＡＴＣＣ １３９５０）の培養物から、例５に記載のように塗抹試料を調製した。これらの株は、ｒＲＮＡの野生型配列を含有すると予想される。マクロライド剤耐性変種は入手できなかった。野生型２３Ｓ ｒＲＮＡ（ＯＫ７４５）をターゲティングするフルオレセイン標識ペプチド核酸プローブと、ジーンバンク（GenBank）エントリ−Ｘ５２９１７（図６を参照）のマイコバクテリウム・アビウム（M．avium）２３Ｓ ｒＤＮＡの２５６８位（ＯＫ７４６）と２５６９位（ＯＫ７４７）で３つの可能な突然変異をターゲティングするローダミン標識ペプチド核酸プローブの混合物とを使用して、例７に記載のようにＦＩＳＨを行なった。結果を表１４に示す。表１４：略 
 ＯＫ７４６とＯＫ７４７は、それぞれ３つの単一点突然変異プローブの混合物である。 
 表１４の結果は、マイコバクテリウム・アビウム（M．avium）とマイコバクテリウム・イントラセルラレ（M．intracellulare）は、マイコバクテリウム・アビウム（M．avium）とマイコバクテリウム・イントラセルラレ（M．intracellulare）野生型をターゲティングするフルオレセイン標識プローブ（ＯＫ７４５）により検出されるが、マクロライド剤耐性に関する単一点突然変異をターゲティングするローダミン標識プローブ（ＯＫ７４６とＯＫ７４７）の混合物では検出できないことを示す。それぞれ野生型と薬剤耐性変種をターゲティングするこのようなペプチド核酸プローブは、効率的な治療法の予測ならびに治療の効果の追跡のための重要な手段になる可能性がある。」（第９７頁第５行〜第９８頁第１７行） 
 　 
　また、本願の優先日前である１９９７年に頒布された「Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Vol.40, p.283-296, 1997」（以下、「引用文献２」という。）には、以下の事項が記載されている。 
（２−１）「異なる患者由来の、ヘリコバクターピロリの、分離された５９のクラリスロマイシン耐性菌のうち５４（９１．５％）は、２３Ｓ　ｒＲＮＡをコードする遺伝子において、Ａ２１４３Ｇ（以前は、Ａ２０５８Ｇ）あるいはＡ２１４４Ｇ（以前は、Ａ２０５９Ｇ）のいずれかの変異を有していた。」（Ａｂｓｔｒａｃｔ第１〜３行） 
（２−２）「最近、胃十二指腸疾患の患者から分離されたヘリコバクターピロリ菌の２３Ｓ　ｒＲＮＡ遺伝子の変異は、クラリスロマイシン耐性と関連づけられてきた。２つの変異は、もともと、Ｅ．コリの２３Ｓ　ｒＲＮＡのナンバリングされた残基に相応する位置におけるヌクレオチドの置換に基づいて、Ａ２０５８ＧあるいはＡ２０５９Ｇと詳述されていた。最近、ヘリコバクターピロリの２３Ｓ　ｒＲＮＡの全配列が入手可能となったので（ＧｅｎＢａｎｋ　アクセッション番号Ｕ２７２２７０）、対応する最近確定したヘリコバークターピロリ菌の配列に従って、変異の名称が、Ａ２１４３Ｇ（もとは、Ａ２０５８Ｇ）とＡ２１４４Ｇ（もとは、Ａ２０５９Ｇ）に変更された。」（第２８３頁左欄第４〜１０行） 
 　 
４．対比 
　引用文献１には、上記摘記事項（１−３）に示されるように、試料中に随時存在する１つまたはそれ以上のマイコバクテリアの標的配列を検出するための方法であって、 
（１）プローブとｒＲＮＡとの間でハイブリダイゼーションが起きる条件下で、試料中に存在するｒＲＮＡを、ペプチド核酸プローブまたはその混合物と接触させ、そして 
（２）形成された検出可能なハイブリッドを観察または測定し、該観察または測定値を、試料中の１つまたはそれ以上のマイコバクテリアの標的配列の存在と関連付けることを含んでなる方法が記載されており、当該方法においては、上記摘記事項（１−４）に示されるように、ハイブリダイゼーションをｉｎ ｓｉｔｕで起こさせるものであることも記載されている。 
　引用文献１には、さらに、上記摘記事項（１−５）に示されるように、クラリスロマイシンやアジスロマイシンのようなマクロライド剤による単独治療は、しばしば臨床的に重要な薬剤耐性を引き起こすこと、及び、これらクラリスロマイシンやアジスロマイシンに対して獲得耐性を有するマイコバクテリウム・アビウム（M．avium）とマイコバクテリウム・イントラセルラレ（M．intracellulare）の分離株の２３Ｓ ｒＲＮＡ配列と、非耐性株からの２３Ｓ ｒＲＮＡ配列との比較により、耐性株の大多数は、大腸菌（E.coli）２３Ｓ ｒＲＮＡ中の２０５８および２０５９に対応する位置に２３Ｓ ｒＲＮＡの単一の点突然変異を有することが明らかになったことが記載されており、上記摘記事項（１−８）には、マイコバクテリウム・アビウム（M．avium）とマイコバクテリウム・イントラセルラレ（M．intracellulare）のマクロライド剤耐性に関連する単一点突然変異をターゲティングするローダミン標識プローブとともに、マイコバクテリウム・アビウム（M．avium）とマイコバクテリウム・イントラセルラレ（M．intracellulare）の２３Ｓ ｒＲＮＡの野生型配列をターゲティングするフルオレセイン標識プローブを使用して、薬剤感受性および薬剤耐性マイコバクテリアを区別するためのペプチド核酸プローブの能力を評価したことが記載されており、上記ローダミン標識ペプチド核酸プローブは、マイコバクテリウム・アビウム（M.avium）２３Ｓ　ｒＤＮＡの２５６８位と２５６９位の単一点突然変異をターゲティングするものであることが記載されている。 
   引用文献１には、さらに、上記摘記事項（１−１）及び（１−２）に示されるように、プローブを混合物として用いることが記載され、そして、上記摘記事項（１−７）及び（１−８）に示されるように、薬剤感受性および薬剤耐性マイコバクテリアを区別するために、野生型２３Ｓ ｒＲＮＡをターゲティングするフルオレセイン標識ペプチド核酸プローブと、突然変異をターゲティングするローダミン標識ペプチド核酸プローブの混合物とを使用したことが記載されている。
　本願発明１と引用文献１に記載の事項とを対比すると、引用文献１に記載の発明における、「マイコバクテリウム」、「試料」、及び「ｉｎ　ｓｉｔｕ」は、それぞれ、本願発明における「微生物」、「サンプル」、及び「インサイチュー」に相当し、かつ、「マイコバクテリウム・アビウム（M.avium）２３Ｓ　ｒＤＮＡの２５６８位と２５６９位」は、上記摘記事項（１−８）に示されるように「大腸菌（E.coli）２３Ｓ ｒＲＮＡ中の２０５８および２０５９に対応する位置」であって、当該位置がペプチジルトランスフェラーゼ中心を有する領域中に存在することは、技術常識から明らかであり（要すれば、「ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY, Vol.41, No.5, p.1162-1165, 1997」のＡｂｓｔｒａｃｔ及び第１１６２頁左欄下２行〜右欄第３行を参照）、また、引用文献１に記載の「野生型２３Ｓ　ｒＲＮＡをターゲティングするフルオレセイン標識ペプチド核酸プローブ」は、本願発明１における「野生型と関連する核酸配列に対して特異的であるハイブリダイゼーションプローブ」に相当するから、本願発明１と引用文献１に記載の事項とは、 
 「以下の工程： 
　ａ）微生物を含有するサンプルの準備、 
　ｂ）プローブの特異的なハイブリダイゼーションを可能にする条件下での、サンプルと、ペプチジルトランスフェラーゼ中心を有する領域のＥ．コリの２３Ｓ　ｒＲＮＡのヌクレオチド２０５７、２０５８および２０５９の１つ以上に相応する領域を含む核酸配列に対して特異的である少なくとも１つのハイブリダイゼーションプローブと、野生型と関連する核酸配列に対して特異的であるハイブリダイゼーションプローブとの組合せとの接触および
　ｃ）ハイブリダイゼーションが出現するか、または出現しないかの測定によるインサイチューでのサンプルの評価 
 を包含する、微生物におけるマクロライド系抗生物質耐性の検出方法。」である点で一致し、以下の点で相違する。
相違点：本願は、ヘリコバクター・ピロリにおけるクラリスロマイシン耐性の検出方法であるのに対し、引用文献１に記載の事項においては、検出対象は、マイコバクテリウムのマクロライド薬剤耐性である点。
 
５．判断
　上記相違点について検討する。
　引用文献２には、上記摘記事項（２−１）及び（２−２）に示されるように、ヘリコバクターピロリのクラリスロマイシン耐性菌において、２３Ｓ　ｒＲＮＡをコードする遺伝子の、Ｅ．コリの２３Ｓ　ｒＲＮＡのナンバリングされた残基の２０５８あるいは２０５９に相応する位置に、Ａ２０５８ＧあるいはＡ２０５９Ｇという変異を有することが記載されている。 
　また、本願の段落番号【００１５】においても、Ｅ．コリの位置２０５８における突然変異が、系統発生学的に異なった一連の細菌、即ち、マイコバクテリウム・イントラセルラーレ、Ｈ．ピロリ、Ｅ．コリ、座瘡プロピオニバクテリウム、肺炎マイコプラズマの耐性表現型につながることが本願出願前に頒布された学術文献を引用して記載されているように、マイコバクテリア以外の菌においても、上記位置における変異が薬剤耐性に寄与することは、本願出願前当該技術分野において周知であった。 
　したがって、引用文献１に記載の事項において、微生物として、マイコバクテリアに代えて、クラリスロマイシン耐性株において、マイコバクテリアのマクロライド薬剤耐性株と同様に、「ペプチジルトランスフェラーゼ中心を有する領域のＥ．コリの２３Ｓ　ｒＲＮＡのヌクレオチド２０５７、２０５８および２０５９の１つ以上に相応する」位置に変異の存在することが知られているヘリコバクターピロリについて、クラリスロマイシン耐性を検出することは、当業者が容易に想到し得たことである。 
　そして、その効果も格別なものとは認められない。 
　
６．審判請求人の主張について
　審判請求人は、平成２０年１月２４日付意見書において、本願発明と、引用文献１に記載の発明とでは、インサイチューハイブリダイゼーションの対象とされる細菌の表層の構造が異なっており、外膜を有する三層の表層構造を有するグラム陰性菌であるヘリコバクター・ピロリにおいて、外膜を有していないグラム陽性菌であるマイコバクテリアにおける場合と同様に、核酸プローブが細胞壁を貫通し、ハイブリダイゼーションすることができるかは、決して当業者が容易に予測することができたものではない旨主張する。
　しかしながら、本願明細書の段落番号【００７９】において引用される「Journal of Bacteriology, Vol.172, No.2, 1990, p.762-770」にも記載されるように、グラム陰性菌に対して、核酸プローブを用いてインサイチュハイブリダイゼーションすることは知られており、ヘリコバクター・ピロリにおいても、例えば、「J. Clin. Pathol., Vol.47, 1994, p.862-866」、「Am. J. Clin. Pathol., Vol.106, No.3, 1996, p.305-311」に示されるように、核酸プローブを用いてインサイチュハイブリダイゼーションすることは本願出願前周知であった。
　また、引用文献１においても、上記摘記事項（１−６）に示されるように、上記周知技術と同様に、検査の前に細胞を透過性とすることも記載されている。
　してみれば、引用文献１に記載の発明の手法をヘリコバクター・ピロリに適用し、ヘリコバクター・ピロリについてクラリスロマイシン耐性を検査対象とした際に、核酸プローブが細胞壁を貫通し、ハイブリダイゼーションすることができることは、当業者の予測を超えるものであるとは認められない。 
　
７．むすび
　以上のとおりであるから、本願発明は、引用文献１〜２に記載の発明に基いて当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができないので、他の請求項に係る発明については検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。 　
　よって、結論のとおり審決する。