【手続補正書】
【提出日】平成30年12月4日(2018.12.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＢＨ３プロファイルおよび１つ以上の臨床学的因子を、患者のための癌処置の決定のための指標とする方法であって、
患者の腫瘍または患者の骨髄から採取した癌細胞検体の前記ＢＨ３プロファイルを提供するステップと；
前記患者の前記１つ以上の臨床学的因子を提供するステップと、
を包含し、ここで、前記ＢＨ３プロファイルおよび前記１つ以上の臨床学的因子は、１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率について患者を分類するために使用され、
ここで前記１つ以上の臨床学的因子が、臨床反応との関連についてＢＨ３プロファイルの特異性および／または感度を増大するように選択される、方法。
【請求項２】
前記癌が血液癌であり、
必要に応じて、
ａ）前記血液癌が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、多発性骨髄腫、濾胞性リンパ腫、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、慢性リンパ球性白血病、および非ホジキンリンパ腫から選択され、好ましくは、前記非ホジキンリンパ腫が、マントル細胞リンパ腫、およびびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫から選択される；または
ｂ）前記血液癌が、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である；または
ｃ）前記血液癌が、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記値が、末梢血から採取された患者サンプルのＢＨ３プロファイリング値、および処置をガイドするために用いられる相違と比較される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ａ）癌処置が、ＩＬ−６障害剤、サイクリン依存性キナーゼインヒビター、およびキネシンスピンドルタンパク質安定化剤のうちの１つ以上である；または
ｂ）癌処置が、プロテアソームインヒビターである；または
ｃ）癌処置が、細胞周期調節の修飾因子である；必要に応じて、前記細胞周期調節の修飾因子が、サイクリン依存性キナーゼインヒビターである、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
癌処置が、細胞のエピジェネティック機構の修飾因子であり；
必要に応じて、ａ）前記細胞のエピジェネティック機構の修飾因子が、ボリノスタットまたはエンチノスタットの１つ以上を含むヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）のインヒビターである；または
ｂ）前記細胞のエピジェネティック機構の修飾因子がアザシチジンである；または
ｃ）前記細胞のエピジェネティック機構の修飾因子がデシタビンである、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
ａ）癌処置が、アントラサイクリンまたはアントラセネジオンであり、
必要に応じて、前記アントラサイクリンまたはアントラセネジオンが、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、およびイダルビシンのうちの１つ以上である；または
ｂ）癌処置が、白金ベースの治療であり、必要に応じて、前記白金ベースの治療が、アルボシジブである；または
ｃ）癌処置がＦＬＡＭである；または
ｄ）癌処置が、ＢＨ３模倣剤であり、必要に応じて、前記ＢＨ３模倣剤が、ＢＣＬ２、ＢＣＬＸＬ、およびＭＣＬ１のうちの１つ以上である；または
ｅ）癌処置が、ＭＣＬ１のインヒビターである、請求項３に記載の方法。
【請求項７】
ａ）前記ＢＨ３プロファイルを提供するステップが、患者の癌細胞を透過処理するステップと、前記透過処理された細胞と１つ以上のＢＨ３ドメインペプチドとを接触させる際のミトコンドリア膜電位の変化を決定するステップと、ミトコンドリア膜電位の喪失とアポトーシス誘発性化学療法剤に対する細胞の化学的感受性とを関連付けるステップと、を包含し、必要に応じて、前記ペプチドが、０．１μΜ〜２００μΜの濃度で用いられる；または
ｂ）前記ＢＨ３プロファイルを提供するステップが、ペプチドの使用を包含し、ここで前記ペプチドが、ＢＩＭ、ＢＩＭ２Ａ、ＢＡＤ、ＢＨ３、ＨＲＫ、ＰＵＭＡ、ＮＯＸＡ、ＢＭＦ、ＢＩＫ、およびＰＵＭＡ２Ａのうちの１つ以上である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
ａ）前記検体が、凍結された腫瘍組織検体、培養された細胞、循環中の腫瘍細胞、およびホルマリン固定されたパラフィン包埋腫瘍組織検体から選択される生検である；または
ｂ）前記検体が、ヒト腫瘍由来細胞株である；または
ｃ）前記検体が、癌幹細胞である；または
ｄ）前記検体が、固形腫瘍の生検由来であり、必要に応じて、前記検体が、結腸直腸、乳房、前立腺、肺、膵臓、腎臓または卵巣の原発性腫瘍の生検由来である；または
ｅ）前記検体が、非固形腫瘍の生検由来であり、必要に応じて、前記検体が、多発性骨髄腫、急性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、慢性リンパ性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫を有する患者の生検由来であり、好ましくは、
ｉ）前記検体が、固体マトリクスまたはビーズに結合した抗ＣＤ１３８抗体を用いた生検サンプルからの選択によって富化される多発性骨髄腫細胞である；または
ｉｉ）前記癌細胞が、ＣＤ４５指向性抗体に対する結合によって富化される急性骨髄性白血病である；または
ｉｉｉ）前記癌細胞が、非Ｂ細胞除去によって富化される、慢性リンパ性白血病またはびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
ａ）前記臨床学的因子が、年齢、細胞遺伝学的状況、能力、組織学的小分類、性別、および病期のうちの１つ以上である；または
ｂ）前記方法が、突然変異状態、一塩基多型、定常状態タンパク質レベル、および動的タンパク質レベルから選択される追加のバイオマーカーの測定をさらに包含する；または
ｃ）前記ＢＨ３プロファイルおよび前記１つ以上の臨床学的因子が、患者における臨床反応を予測するためにさらに用いられ、必要に応じて、前記臨床反応が、少なくとも約１、約２、約３、または約５年の無増悪生存／イベントフリー生存である、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記臨床反応の確率が、以下の式：
【数１】
2018503092.tif 000001
によって規定され、
式中：
ＡＵＣが、曲線下面積またはシグナル強度のいずれかを含み；
ＤＭＳＯがベースラインの陰性対照を含み；かつ
ＣＣＣＰ（カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン）が、ミトコンドリア内の電子伝達鎖の電子伝達体の正常活性中に形成されたプロトン勾配の脱共役剤として機能することによるタンパク質合成のエフェクターを含み、ベースラインの陽性対照を含み、
必要に応じて、
ａ）前記曲線下面積が、均一性時間分解蛍光測定（ＨＴＲＦ）によって確立される；または
ｂ）前記時間が、約０〜約３００分〜約０〜約３０分の間ウインドウにまたがって生じる；または
ｃ）前記曲線下面積が、蛍光活性化細胞選別装置（ＦＡＣＳ）で確立される；または
ｄ）前記シグナル強度が、約５分と約３００分との間で行う一時点測定値である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
ａ）前記方法が、ＢＨ３プロファイル、ならびに細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢＣＬ−２の７０位のセリンのリン酸化のうちの１つ以上を提供するステップ；ならびにシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンとＡＭＬ患者を処置するのにおける有効性とを相関させるステップを包含する；または
ｂ）前記方法が、ＢＨ３プロファイル、ならびに細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢＣＬ−２の７０位のセリンのリン酸化のうちの１つ以上を提供するステップ；ならびに化学療法とＭＭ患者を処置するのにおける有効性とを相関させるステップを包含する；または
ｃ）前記癌が、ＡＭＬおよび／またはＭＭであり、かつ前記臨床学的因子が、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況である；または
ｄ）前記癌がＡＭＬおよび／またはＭＭであり、かつ前記癌処置が、シタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンである；
ｅ）前記癌処置がシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンであり、かつ前記臨床学的因子が年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況である；または
ｆ）前記癌処置がシタラビンまたはシタラビンベースの化学療法および／またはアザシチジンであり；前記癌がＡＭＬおよび／またはＭＭであり；かつ前記臨床学的因子が年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
プライミングの程度および１つ以上の臨床学的因子を、患者のための癌処置の決定のための指標とする方法であって：
前記患者の透過処理された癌細胞と、１つ以上の  ＢＨ３ドメインペプチドとを接触させてプライミングの程度を決定するステップと；
前記患者の癌細胞の１つ以上の臨床学的因子の有無を、免疫組織化学および／または蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によって決定するステップと；
を包含し、ここで、前記プライミングの程度および前記１つ以上の臨床学的因子は、１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率に関して患者を分類するために使用される、方法。
【請求項１３】
ＢＨ３プロファイルおよび１つ以上の臨床学的因子を、シタラビンおよび／またはアザシチジンに対するＡＭＬ患者応答の決定のための指標とする方法であって：
前記患者のＡＭＬ癌細胞検体について前記ＢＨ３プロファイルを提供するステップと；
前記患者の１つ以上の臨床学的因子を提供するステップであって、
ここで、前記１つ以上の臨床学的因子は、年齢プロファイルおよび／または細胞遺伝学的状況から選択されるステップと；
を包含し、前記ＢＨ３プロファイルおよび前記１つ以上の臨床学的因子は、１つ以上の癌処置に対する臨床反応の確率に関して患者を分類するために使用され、
必要に応じて、前記ＢＨ３プロファイルを提供するステップが、前記患者のＡＭＬ癌細胞検体とＮＯＸＡとを接触させるステップを包含する、方法。
【請求項１４】
ＮＯＸＡプライミングの程度およびＢＩＭ  ０．１プライミングの程度を前処置ＡＭＬ患者における癌治療ストラテジーの選択のための指標とする方法であって、
（ａ）前記患者の骨髄（ＢＭ）サンプルにおけるＮＯＸＡプライミングを決定するステップと；
（ｂ）前記患者の末梢血（ＰＢ）サンプル中でＢＩＭ０．１プライミングを決定するステップと；
（ｃ）前記ＢＩＭ０．１プライミングに対して前記ＮＯＸＡプライミングを比較するステップと、
を包含し、ここで、
（ｉ）約１０．８％より大きいＢＭ  ＮＯＸＡプライミングかつ約３５％未満のＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１プライミングは、前記患者がＦＬＡＭ候補として特定されることを示す、または
（ｉｉ）約１０．８％未満のＢＭ  ＮＯＸＡプライミングかつ約１５％より大きいＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１は、前記患者が７＋３候補として特定されることを示す、または
（ｉｉｉ）約１０．８％未満のＢＭ  ＮＯＸＡかつ約３５％より大きいＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１は、前記患者が７＋３候補として特定されることを示す、または
（ｉｖ）１０．８％未満のＢＭ  ＮＯＸＡプライミングかつ約１５％未満のＢＭ／ＰＢ  ＢＩＭ  ０．１は、前記患者が別の治療の候補として特定されることを示す、方法。
【請求項１５】
ＮＯＸＡプライミングの程度をＦＬＡＭレジメントに対する完全寛解を有する可能性が
高いＡＭＬ患者の特定のための指標とする方法であって、
前記ＡＭＬ患者から得られる骨髄サンプル中でＮＯＸＡプライミングを決定するステップを包含し、
ここで、約１１％より大きい前記ＮＯＸＡプライミングは、前記患者がＦＬＡＭに対する完全寛解を有することを示し、
必要に応じて、
ａ）プライミングが、式
【数２】
2018503092.tif 000002
を用いて算出される；
ｂ）完全寛解が：全ての細胞株の正常な成熟を伴う５％未満の骨髄芽球、ＡＮＣ≧１０００／μＬおよび血小板数≧１００，０００／μＬ、末梢血中の芽球の非存在、骨髄中の白血病細胞の非存在、疾患に関連する細胞遺伝学の消失、および以前の髄外疾患の消失からなる群より選択される１つ以上の患者応答を含む；または
ｃ）ＮＯＸＡプライミングが、配列番号１を含むＮＯＸＡペプチドを用いて決定される；または
ｄ）ＮＯＸＡプライミングが、配列番号１からなるＮＯＸＡペプチドを用いて決定される、方法。