【手続補正書】
【提出日】平成31年4月23日(2019.4.23)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）対象からの生体試料からの少なくとも１つの腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）からの免疫グロブリン（Ｉｇ）またはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記対象からの前記生体試料からの少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをシーケンシングすることにより、配列情報を得るステップ；ならびに
（ｂ）前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞のうちの１つのＴＩＬからのＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列を前記配列情報に基づいて選択するステップ
を含む方法。
【請求項２】
（ａ）対象からの生体試料からの少なくとも１つの腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）からの免疫グロブリン（Ｉｇ）またはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記対象からの前記生体試料からの少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをシーケンシングすることにより、配列情報を得るステップ；
（ｂ）前記配列情報を、対応する正常隣接組織試料から得た配列情報と比較するステップ；ならびに
（ｃ）前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞のうちの１つのＴＩＬからのＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列を前記比較に基づいて選択するステップ
を含む方法。
【請求項３】
（ａ）第１の対象からの生体試料からの少なくとも１つの腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）からの免疫グロブリン（Ｉｇ）またはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記第１の対象からの前記生体試料からの少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをシーケンシングすることにより、配列情報を得るステップ；
（ｂ）前記配列情報を、第２の対象からの生体試料から得た配列情報と比較するステップであって、前記第１および第２の対象が同じ疾患を有するステップ；
（ｃ）前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞のうちの１つのＴＩＬからのＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列を前記比較に基づいて選択するステップ
を含む方法。
【請求項４】
前記生体試料が、組織試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされるＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを産生するステップをさらに含み、前記産生するステップが、前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを合成すること、または組換え発現させることを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの標的抗原を識別するステップをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも１つのＴＩＬおよび前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、前記生体試料中に１：１０，０００またはそれ未満、１：１００，０００またはそれ未満あるいは１：１，０００，０００またはそれ未満の比で存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも１つのＴＩＬからの前記ＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド、および前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの前記ＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチドが、前記シーケンシングするステップ中に１：１０，０００またはそれ未満、１：１００，０００またはそれ未満あるいは１：１，０００，０００またはそれ未満の比で存在する、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記選択するステップが、ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの発現レベル、ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの生殖系列配列からの変異のパターン、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの生殖系列配列からの変異レベル、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在、および正常細胞からの配列情報セットの中の前記選択されたポリヌクレオチド配列の非存在、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの濃縮、および正常細胞からの配列情報セットの中の前記ポリヌクレオチド配列の非存在、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのアイソタイププロファイル、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの系統発生的クラスター、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの系統発生的クラスターのサイズ、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列と、疾患にかかった生体試料からの配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列との間の類似性、ならびに前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列と、正常生体試料からの配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列との間の類似性の欠如からなる群から選択される少なくとも１つのバイオインフォマティクス解析に基づく、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの疾患にかかった生体試料または疾患にかかった細胞への特異性を判定するステップをさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項１１】
特異性を判定する前記ステップが、前記疾患にかかった生体試料または前記疾患にかかった細胞に対する前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの親和性、および同じ組織型の、対応する正常隣接組織または対応する正常生体試料または対応する正常細胞に対する前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの親和性を判定することを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
疾患にかかった細胞を殺滅する産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを識別するステップをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、上皮細胞、リンパ球、がん細胞、またはこれらの組合せを含み、前記少なくとも１つのＴＩＬが、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはこれらの組合せを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記選択されたポリヌクレオチド配列が、１〜５００の固有のＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記生体試料の前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、前記シーケンシングするステップの前に選別、分離または選択されない、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、Ｉｇ重鎖（ＩｇＨ）、Ｉｇ軽鎖（ＩｇＬ）、Ｉｇ定常ドメイン領域、Ｉｇ重鎖可変領域（ＶＨ）、またはＩｇ軽鎖可変領域（ＶＬ）のうちの少なくとも１つをコードするＩｇポリヌクレオチドを含み、前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、ＴＣＲα鎖、ＴＣＲβ鎖、ＴＣＲγ鎖、ＴＣＲδ鎖、ＴＣＲα鎖可変領域（Ｖα）、ＴＣＲβ鎖可変領域（Ｖβ）、ＴＣＲγ鎖可変領域（Ｖγ）、ＴＣＲδ鎖可変領域（Ｖδ）、ＴＣＲα定常ドメイン、ＴＣＲβ定常ドメイン、ＴＣＲγ定常ドメイン、またはＴＣＲδ定常ドメインのうちの少なくとも１つをコードするＴＣＲポリヌクレオチドを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＩｇＨを同じＢ細胞からの前記Ｉｇ軽鎖（ＩｇＬ）とペアリングするステップ、前記ＴＣＲα鎖を同じＴ細胞からのＴＣＲβ鎖とペアリングするステップ、または前記ＴＣＲγ鎖を同じＴ細胞からのＴＣＲδ鎖とペアリングするステップのうちの少なくとも１つをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記選択されたＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列が、１つまたは複数の変異フレームワーク残基を含むフレームワーク領域配列を含むＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、疾患関連タンパク質または疾患特異的タンパク質に関して約１×１０−７Ｍ、１×１０−８Ｍ、１×１０−９Ｍ、１×１０−１０Ｍ、１×１０−１１Ｍ、１×１０−１２Ｍまたはそれ未満のＫＤを有する、請求項５に記載の方法。
【請求項２０】
前記シーケンシングするステップの前に、
（ａ）（ｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞のうちの単一細胞、および
（ｉｉ）単一の固体支持体
を各々が含む、複数の第１の容器を形成するステップと；
（ｂ）前記単一の固体支持体上に、
（ｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第１のポリヌクレオチドの第１のコピー、および
（ｉｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第２のポリヌクレオチドの第２のコピー
をコピーするステップと；
（ｃ）（ｉ）前記複数の第１の容器からの単一の固体支持体、および
（ｉｉ）バーコード化ポリヌクレオチド
を各々が含む、複数の第２の容器を形成するステップと；
（ｄ）前記第１のコピー、前記第２のコピーおよび前記バーコードを、
（ｉ）第１のプライマーセット、および
（ｉｉ）第２のプライマーセット
を用いて増幅することによって、第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬバーコード化配列のライブラリーを形成するステップであって、前記第１のセットのプライマーが前記第２のセットのプライマーに相補的である、ステップと
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬバーコード化配列が、同じバーコードを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記第１の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬバーコード化配列と第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬバーコード化配列を融合させるステップをさらに含む、請求項２０に記載の方法。    
【請求項２３】
前記シーケンシングするステップの前に、
（ａ）（ｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの単一細胞、および
（ｉｉ）固体支持体
を各々が含む、複数の第１の容器を形成するステップと；
（ｂ）前記固体支持体上に、
（ｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第１のポリヌクレオチドの第１のコピーであって、第１のバーコード化ポリヌクレオチドに付着している第１のコピー、および
（ｉｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第２のポリヌクレオチドの第２のコピーであって、第２のバーコード化ポリヌクレオチドに付着している第２のコピー
をコピーするステップと；
（ｃ）（ｉ）前記第１のコピーおよび第１のバーコード化ポリヌクレオチドの第１のバーコード、ならびに
（ｉｉ）前記第２のコピーおよび第２のバーコード化ポリヌクレオチドの第２のバーコードを、
（Ａ）フォワードプライマー、および
（Ｂ）リバースプライマー
を用いて増幅することにより、前記単一細胞からの一意的にペアリングされたバーコード化配列のライブラリーを形成するステップと；
（ｄ）前記複数の第１の容器からの単一の固体支持体を各々が含む、複数の第２の容器を形成するステップと；
（ｅ）前記第２の容器内で、
（ｉ）第１のフォワードバーコードプライマーおよび第１のリバースバーコードプライマーを用いて前記第１のバーコードを、
（ｉｉ）第２のフォワードバーコードプライマーおよび第２のリバースバーコードプライマーを用いて前記第２のバーコードを
増幅することによって、増幅された第１および第２のバーコードのライブラリーを形成するステップであって、第１のバーコードプライマーが、第２のバーコードプライマーと相補的であるか、または第１のバーコードプライマー配列が、第２のバーコードプライマー配列のパリンドロームである、ステップと
をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項２４】
（ｅ）からの前記増幅された第１および第２のバーコードを融合させるステップをさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記第１および第２のバーコードが、同じバーコードを含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
前記シーケンシングするステップの前に、
（ａ）（ｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの単一細胞、
（ｉｉ）複数の分子バーコード化ポリヌクレオチド、および
（ｉｉｉ）容器バーコード化ポリヌクレオチド
を各々が含む、複数の容器を形成するステップと；
（ｂ）（ｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第１のポリヌクレオチドに相補的である第１の相補的ポリヌクレオチド、および
（ｉｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第２のポリヌクレオチドに相補的である第２の相補的ポリヌクレオチド
を産生するステップと；
（ｃ）（ｉ）前記複数の分子バーコード化ポリヌクレオチドのうちの１つの第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドを前記第１の相補的ポリヌクレオチドに、および
（ｉｉ）前記複数の分子バーコード化ポリヌクレオチドのうちの１つの第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドを前記第２の相補的ポリヌクレオチドに
付着させることによって、第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｄ）前記容器バーコード化ポリヌクレオチド、またはその増幅産物を、
（ｉ）前記第１の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドに、および
（ｉｉ）前記第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドに
付着させることによって、第１および第２の単一細胞二重バーコード化配列のライブラリーを形成するステップと
をさらに含む、請求項３に記載の方法。
【請求項２７】
前記シーケンシングするステップの前に、
（ａ）（ｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＶＨまたはＴＣＲαをコードするポリヌクレオチドから第１の相補的ポリヌクレオチドを、および
（ｉｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＶＬまたはＴＣＲβをコードするポリヌクレオチドから第２の相補的ポリヌクレオチドを、
（Ａ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードするポリヌクレオチドに存在する同じ領域に相補的な領域を含む第１のプライマー、
（Ｂ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードするポリヌクレオチドに存在する同じ領域に相補的な領域を含む第２のプライマー、
（Ｃ）３つまたはそれ超の同一の非鋳型ヌクレオチドを前記第１および第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加させる非鋳型ターミナルトランスフェラーゼ活性を含む逆転写酵素、
（Ｄ）（１）分子バーコード、
（２）容器バーコード化ポリヌクレオチドに存在する領域に相補的な５’末端領域、および
（３）前記３つまたはそれ超の同一の非鋳型ヌクレオチドに相補的な３’末端領域を各々が含む、複数の分子バーコード化ポリヌクレオチド、ならびに
（Ｅ）容器バーコード化ポリヌクレオチド
を用いて産生することにより、第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｂ）前記容器バーコード化ポリヌクレオチドを増幅することにより、第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ二重バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｃ）前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ二重バーコード化ポリヌクレオチドを増幅することにより、前記ＶＨ、ＶＬ、ＴＣＲαまたはＴＣＲβポリヌクレオチドの可変領域を含む配列のライブラリーを形成するステップと；
（ｄ）前記試料の免疫状態を表す前記ライブラリーの前記配列のうちの１つまたは複数をシーケンシングするステップと
をさらに含み、（ａ）が、複数の容器のうちの１つの容器で行われ、前記容器が、前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの単一細胞を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
（ｉ）前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドが、異なる分子バーコードを含み、（ｉｉ）前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ二重バーコード化ポリヌクレオチドが、異なる分子バーコードを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記疾患が、自己免疫疾患、がんまたは前がん性疾患である、請求項３に記載の方法。    
【請求項３０】
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、正常隣接組織の細胞または前記疾患を有さない対象における同じ組織からの細胞と実質的に相互作用しないか、または結合しない、請求項３に記載の方法。
【請求項３１】
前記識別するステップが、全ゲノムｓｉＲＮＡスクリーニング、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドに関してタンパク質ディスプレイスクリーニング、酵母ツーハイブリッドスクリーニング、２Ｄゲル電気泳動、タンパク質アレイ、プロテオームスクリーニング、免疫沈降、質量分析、細胞介在性細胞傷害アッセイ、または結合アッセイを行うことを含む、請求項６に記載の方法。
【請求項３２】
抗原結合ドメインと膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように遺伝子改変された細胞であって、前記抗原結合ドメインが、請求項１に記載の選択されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの抗原結合ドメインを含む、細胞。
【請求項３３】
抗原結合ドメインと膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように遺伝子改変された細胞であって、前記抗原結合ドメインが、請求項６に記載の産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの識別された標的抗原のエピトープを認識する、細胞。
【請求項３４】
請求項１に記載の選択されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの抗原結合ドメインを発現するように遺伝子改変された細胞。
【請求項３５】
請求項２に記載の選択されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを発現する細胞。
【請求項３６】
請求項３に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを含む、処置を必要とする対象を処置するための組成物。
【請求項３７】
請求項１に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの識別された標的抗原の阻害剤を含む、処置を必要とする対象を処置するための組成物。
【請求項３８】
請求項３２に記載の細胞を含む、処置を必要とする対象を処置するための組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７１】
本明細書で説明される新規特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載される。本明細書で説明される特徴の原理が用いられる実例を示す後続の詳細な説明、および以下の添付の図面を参照することにより、本明細書で説明される特徴および特徴の利点についての理解を深められるであろう。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
（ａ）対象からの生体試料からの少なくとも１つのＴＩＬからのＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記対象からの前記生体試料からの少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをシーケンシングすることにより、配列情報を得るステップ；
（ｂ）前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞のうちの１つのＴＩＬからのＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列を前記配列情報に基づいて選択するステップ
を含む方法。
（項目２）
（ａ）対象からの生体試料からの少なくとも１つのＴＩＬからのＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記対象からの前記生体試料からの少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをシーケンシングすることにより、配列情報を得るステップ；
（ｂ）前記配列情報を、対応する正常隣接組織試料から得た配列情報と比較するステップ；
（ｃ）前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞のうちの１つのＴＩＬからのＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列を前記比較に基づいて選択するステップ
を含む方法。
（項目３）
（ａ）対象からの生体試料からの少なくとも１つのＴＩＬからのＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記対象からの前記生体試料からの少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドをシーケンシングすることにより、配列情報を得るステップ；
（ｂ）前記配列情報を、第２の対象からの生体試料から得た配列情報と比較するステップであって、第１および第２の対象が同じ疾患を有するステップ；
（ｃ）前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞のうちの１つのＴＩＬからのＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列を前記比較に基づいて選択するステップ
を含む方法。
（項目４）
前記生体試料が、組織試料である、項目１〜３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされるＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを産生するステップをさらに含む、項目１〜４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６）
前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの標的抗原を識別するステップをさらに含む、項目１〜５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記少なくとも１つの腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）と前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞とを含む組織試料を提供するステップを含む、項目１〜６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記少なくとも１つのＴＩＬの形態が未知である、項目１〜７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞の形態が未知である、項目１〜８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記少なくとも１つのＴＩＬの表現型が未知である、項目１〜９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞の表現型が未知である、項目１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２）
前記少なくとも１つのＴＩＬおよび前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、前記生体試料中に１：１０，０００またはそれ未満の比で存在する、項目１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記少なくとも１つのＴＩＬおよび前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、前記生体試料中に１：１００，０００またはそれ未満の比で存在する、項目１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
前記少なくとも１つのＴＩＬおよび前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、前記生体試料中に１：１，０００，０００またはそれ未満の比で存在する、項目１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記少なくとも１つのＴＩＬからの前記ＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド、および前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの前記ＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチドが、前記シーケンシングするステップ中に１：１０，０００またはそれ未満の比で存在する、項目１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記少なくとも１つのＴＩＬからの前記ＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド、および前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの前記ＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチドが、前記シーケンシングするステップ中に１：１００，０００またはそれ未満の比で存在する、項目１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７）
前記少なくとも１つのＴＩＬからの前記ＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド、および前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの前記ＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチドが、前記シーケンシングするステップ中に１：１，０００，０００またはそれ未満の比で存在する、項目１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記選択するステップが、前記配列情報のバイオインフォマティクス解析を行うことを含む、項目１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記選択するステップが、前記配列情報のポリヌクレオチドの発現レベルを決定することを含む、項目１〜１８に記載の方法。
（項目２０）
前記選択するステップが、前記配列情報のポリヌクレオチド配列をアライメントすることを含む、項目１〜１９に記載の方法。
（項目２１）
前記選択するステップが、ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドの発現レベルに基づく、項目１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記選択するステップが、ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの生殖系列配列からの変異のパターンに基づく、項目１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記選択するステップが、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの生殖系列配列からの変異レベルに基づく、項目１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記選択するステップが、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの存在、および正常細胞からの配列情報セットの中の前記選択されたポリヌクレオチド配列の非存在に基づく、項目１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
前記選択するステップが、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの濃縮、および正常細胞からの第２の配列情報セットの中の前記選択されたポリヌクレオチド配列の非存在に基づく、項目１〜２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６）
前記選択するステップが、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのアイソタイププロファイルに基づく、項目１〜２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２７）
前記選択するステップが、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの系統発生的クラスターに基づく、項目１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２８）
前記選択するステップが、前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの系統発生的クラスターのサイズに基づく、項目１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記選択するステップが、
（ａ）前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列と、
（ｂ）疾患にかかった生体試料からの別の配列情報セットの配列と
の間の類似性に基づく、項目１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記疾患にかかった生体試料が、
（ａ）前記疾患を有する第１の対象からの疾患にかかった生体試料からの複数のリンパ球、および
（ｂ）前記疾患を有する第２の対象からの疾患にかかった生体試料からの複数のリンパ球
を含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記選択するステップが、
（ａ）前記配列情報の中のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列と、
（ｂ）正常生体試料からの別の配列情報セットの配列と
の間の類似性の欠如に基づく、項目１〜３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目３２）
前記正常生体試料が、正常隣接組織試料である、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記正常生体試料が、
（ａ）前記疾患を有さない第１の対象からの正常生体試料からの複数のリンパ球、および
（ｂ）前記疾患を有さない第２の対象からの正常生体試料からの複数のリンパ球
を含む、項目３１に記載の方法。
（項目３４）
前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの疾患にかかった生体試料または疾患にかかった細胞への特異性を判定するステップを含む、項目１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
特異性を判定する前記ステップが、前記疾患にかかった生体試料または前記疾患にかかった細胞に対する前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの親和性、および同じ組織型の、対応する正常隣接組織または対応する正常生体試料または対応する正常細胞に対する前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの親和性を判定することを含む、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
疾患にかかった細胞を殺滅する前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを識別するステップを含む、項目１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記識別された産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、前記疾患にかかった細胞と直接結合することによって前記疾患にかかった細胞を殺滅する、項目３６に記載の方法。
（項目３８）
前記産生するステップが、前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを合成すること、または組換え発現させることを含む、項目１〜３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、上皮細胞、リンパ球、がん細胞、またはこれらの組合せを含む、項目１〜３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
前記少なくとも１つのＴＩＬが、少なくとも１つのＴ細胞、少なくとも１つのＢ細胞、またはこれらの組合せを含む、項目１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目４１）
前記生体試料が、がん生検材料である、項目１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記生体試料が、正常組織生検材料である、項目１〜４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
前記生体試料が、血管外組織を含む、項目１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、組換えポリペプチドである、項目１〜４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
標的分析物が、疾患にかかった生体試料または疾患にかかった組織に特異的である、項目１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４６）
標的分析物が、前記生体試料の疾患にかかった細胞に特異的である、項目１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４７）
標的分析物が、がん細胞に特異的である、項目１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記シーケンシングするステップが、ハイスループットシーケンシングである、項目１〜４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
前記シーケンシングするステップが、合成、ハイブリダイゼーションまたはライゲーションによるシーケンシングである、項目１〜４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記シーケンシングするステップが、全免疫レパトアをシーケンシングすることを含まない、項目１〜４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記シーケンシングするステップが、大規模並行シーケンシングである、項目１〜５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
多数のプライマーまたは固体支持体に付着している多数のプライマーの使用を含まない、項目１〜５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
ＩｇまたはＴＣＲ可変ドメイン領域に相補的である配列を含む非常に多数のプライマーを用いない、項目１〜５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
前記シーケンシングするステップの前に、前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からポリヌクレオチドを単離するステップを用いない、項目１〜５３のいずれか一項に記載の方法。
（項目５５）
前記生体試料が、血液ではない、項目１〜５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５６）
前記生体試料が、固形組織試料である、項目１〜５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
前記生体試料が、臓器からのものである、項目１〜５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５８）
前記生体試料が、三次元構造を含む、項目１〜５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目５９）
前記生体試料が、がん性細胞または前がん性細胞を含む、項目１〜５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
前記生体試料が、前記対象の免疫系によって異常標的化される健常組織を含む、項目１〜５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６１）
前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２もしくはそれ超の非ＴＩＬ細胞を含む、項目１〜６０のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記少なくとも１つのＴＩＬが、１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２もしくはそれ超のＴＩＬを含む、項目１〜６１のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
前記選択されたポリヌクレオチド配列が、１〜５００の固有のＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列を含む、項目１〜６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
前記選択されたポリヌクレオチド配列が、最大で１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、または５００の固有のＩｇまたはＴＣＲポリヌクレオチド配列を含む、項目１〜６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記選択されたポリヌクレオチド配列が、Ｔ細胞からのＴＣＲポリヌクレオチド配列を含む、項目１〜６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
前記選択されたポリヌクレオチド配列が、Ｂ細胞からのＩｇポリヌクレオチド配列を含む、項目１〜６５のいずれか一項に記載の方法。
（項目６７）
前記生体試料の前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、前記シーケンシングするステップの前に細胞外細胞マーカーに基づいて選別または分離または選択されない、項目１〜６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目６８）
前記生体試料の前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、前記シーケンシングするステップの前に細胞マーカーに基づいて選別または分離または選択されない、項目１〜６７のいずれか一項に記載の方法。
（項目６９）
前記生体試料の前記少なくとも１つのＴＩＬおよび少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、前記シーケンシングするステップの前に選別または分離または選択されない、項目１〜６８のいずれか一項に記載の方法。
（項目７０）
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、Ｉｇ重鎖（ＩｇＨ）をコードするＩｇポリヌクレオチドを含む、項目１〜６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目７１）
前記ＩｇＨを同じＢ細胞からのＩｇ軽鎖（ＩｇＬ）とペアリングするステップをさらに含む、項目７０に記載の方法。
（項目７２）
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、ＩｇＬをコードするＩｇポリヌクレオチドを含む、項目１〜７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
前記ＩｇＬを同じＢ細胞からのＩｇＨとペアリングするステップをさらに含む、項目７２に記載の方法。
（項目７４）
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、ＩｇＨをコードするＩｇポリヌクレオチド、およびＩｇＬをコードするＩｇポリヌクレオチドを含む、項目１〜７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記ＩｇＬが、同じＢ細胞からの前記ＩｇＨとペアリングされる、項目７４に記載の方法。
（項目７６）
ＩｇＬを同じＢ細胞からのＩｇＨとペアリングするステップをさらに含む、項目１〜７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７７）
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、ＴＣＲα鎖をコードするＴＣＲポリヌクレオチドを含む、項目１〜７６のいずれか一項に記載の方法。
（項目７８）
前記ＴＣＲα鎖を同じＴ細胞からのＴＣＲβ鎖とペアリングするステップをさらに含む、項目７７に記載の方法。
（項目７９）
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、ＴＣＲβ鎖をコードするＴＣＲポリヌクレオチドを含む、項目１〜７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目８０）
前記ＴＣＲβ鎖を同じＴ細胞からのＴＣＲα鎖とペアリングするステップをさらに含む、項目７９に記載の方法。
（項目８１）
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、ＴＣＲα鎖をコードするＴＣＲポリヌクレオチド、およびＴＣＲβ鎖をコードするＴＣＲポリヌクレオチドを含む、項目１〜８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目８２）
前記ＴＣＲα鎖が、同じＴ細胞からの前記ＴＣＲβ鎖とペアリングされる、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
ＴＣＲα鎖を同じＴ細胞からのＴＣＲβ鎖とペアリングするステップをさらに含む、項目１〜８２のいずれか一項に記載の方法。
（項目８４）
ペアリングされたＩｇＬとＩｇＨのデータベースを生成するステップをさらに含む、項目１〜８３のいずれか一項に記載の方法。
（項目８５）
ペアリングされたＴＣＲα鎖とＴＣＲβ鎖のデータベースを生成するステップをさらに含む、項目１〜８４のいずれか一項に記載の方法。
（項目８６）
ペアリングされたＴＣＲα鎖とＴＣＲβ鎖のデータベースを生成するステップをさらに含む、項目１〜８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、ＴＣＲγ鎖をコードするＴＣＲポリヌクレオチドを含む、項目１〜８６のいずれか一項に記載の方法。
（項目８８）
前記ＴＣＲγ鎖を同じＴ細胞からのＴＣＲδ鎖とペアリングするステップをさらに含む、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、ＴＣＲδ鎖をコードするＴＣＲポリヌクレオチドを含む、項目１〜８８のいずれか一項に記載の方法。
（項目９０）
前記ＴＣＲδ鎖を同じＴ細胞からのＴＣＲγ鎖とペアリングするステップをさらに含む、項目８９に記載の方法。
（項目９１）
前記シーケンシングされるポリヌクレオチドが、ＴＣＲγ鎖をコードするＴＣＲポリヌクレオチド、およびＴＣＲδ鎖をコードするＴＣＲポリヌクレオチドを含む、項目１〜９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目９２）
前記ＴＣＲγ鎖が、同じＴ細胞からの前記ＴＣＲδ鎖とペアリングされる、項目９１に記載の方法。
（項目９３）
ＴＣＲγ鎖を同じＴ細胞からのＴＣＲδ鎖とペアリングするステップをさらに含む、項目１〜９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、可変領域を含む、項目１〜９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目９５）
Ｉｇをコードする前記ポリヌクレオチドが、重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
Ｉｇをコードする前記ポリヌクレオチドが、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、項目９４または９５に記載の方法。
（項目９７）
ＴＣＲをコードする前記ポリヌクレオチドが、ＴＣＲα鎖可変領域（Ｖα）を含む、項目９４に記載の方法。
（項目９８）
ＴＣＲをコードする前記ポリヌクレオチドが、ＴＣＲβ鎖可変領域（Ｖβ）を含む、項目９４または９７に記載の方法。
（項目９９）
ＴＣＲをコードする前記ポリヌクレオチドが、ＴＣＲγ鎖可変領域（Ｖγ）を含む、項目９４に記載の方法。
（項目１００）
ＴＣＲをコードする前記ポリヌクレオチドが、ＴＣＲδ鎖可変領域（Ｖδ）を含む、項目９４または９９に記載の方法。
（項目１０１）
前記可変領域が、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、高頻度変異領域、またはこれらのいずれかの組合せを含む、項目９４〜１００のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０２）
前記可変領域が、Ｖセグメント、Ｄセグメント、Ｊセグメント、またはこれらのいずれかの組合せを含む、項目９４〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、ＴＣＲ定常ドメイン領域を含む、項目１〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０４）
前記ＴＣＲ定常ドメイン領域が、ＴＣＲα定常ドメイン、ＴＣＲβ定常ドメイン、ＴＣＲγ定常ドメイン、ＴＣＲδ定常ドメイン、またはこれらの組合せを含む、項目１０３に記載の方法。
（項目１０５）
ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの前記領域が、Ｉｇ定常ドメイン領域を含む、項目１〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０６）
前記Ｉｇ定常ドメイン領域が、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３およびＣＨ４からなる群から選択されるＩｇＨ定常ドメインを含む、項目１０５に記載の方法。
（項目１０７）
前記Ｉｇ定常ドメイン領域が、ＣＨ１、ＣＨ２、ＣＨ３およびＣＨ４からなる群から選択される２つ、３つまたは４つのＩｇＨ定常ドメインを含む、項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
前記Ｉｇ定常ドメイン領域が、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＧおよびこれらの組合せからなる群から選択されるＩｇアイソタイプからのＩｇＨ定常ドメインを含む、項目１０５〜１０７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０９）
前記選択されたポリヌクレオチド配列の前記Ｉｇアイソタイプが、ＩｇＧアイソタイプ配列である、項目１０８に記載の方法。
（項目１１０）
前記Ｉｇ定常ドメイン領域が、ＩｇＬ定常ドメイン（ＣＬ）を含む、項目１０５に記載の方法。
（項目１１１）
前記Ｉｇ定常ドメイン領域が、Ｉｇκ、Ｉｇλおよびこれらの組合せからなる群から選択されるＩｇＬアイソタイプからのＣＬを含む、項目１１０に記載の方法。
（項目１１２）
前記選択されたポリヌクレオチド配列の前記Ｉｇアイソタイプが、Ｉｇκである、項目１１１に記載の方法。
（項目１１３）
前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、生殖系列フレームワーク配列を含むフレームワーク領域配列を含む、項目１〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１４）
前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、生殖系列ＶＨ配列を含むＶＨ配列、生殖系列ＶＬ配列を含むＶＬ配列、生殖系列ＴＣＲα可変領域配列を含むＴＣＲα可変領域配列、生殖系列ＴＣＲβ可変領域配列を含むＴＣＲβ可変領域配列、生殖系列ＴＣＲγ可変領域配列を含むＴＣＲγ可変領域配列、生殖系列ＴＣＲδ可変領域配列を含むＴＣＲδ可変領域配列、またはこれらの組合せを含む、項目１〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１５）
前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、１つまたは複数の変異フレームワーク残基を含むフレームワーク領域配列を含む、項目１〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１６）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの前記１つまたは複数の変異フレームワーク残基のうちの１つの変異フレームワーク残基が、疾患を有する２つまたはそれ超の対象からの発現量上位５パーセントのＩｇＨ、ＩｇＬ、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲγまたはＴＣＲδポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数において見出される残基である、項目１〜１１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１７）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、特異的Ｉｇアイソタイプを含む、項目１〜１１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１８）
前記特異的Ｉｇアイソタイプが、ＩｇＡ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＤまたはＩｇＥである、項目１１７に記載の方法。
（項目１１９）
特異的アイソタイプが、ＩｇＧである、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
前記配列情報が、少なくとも約１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２の固有のＩｇまたはＴＣＲ配列を含む、項目１〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２１）
前記配列情報が、少なくとも約１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２の配列リードを含む、項目１〜１２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２２）
前記配列情報が、疾患関連タンパク質または疾患特異的タンパク質に関して約１×１０−７Ｍ、１×１０−８Ｍ、１×１０−９Ｍ、１×１０−１０Ｍ、１×１０−１１Ｍ、１×１０−１２Ｍまたはそれ未満のＫｄを有するＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記少なくとも１つのＴＩＬからの少なくとも１つのＩｇまたはＴＣＲ配列を含む、項目１〜１２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２３）
前記配列情報が、疾患関連タンパク質または疾患特異的タンパク質に関して１×１０−７Ｍ、１×１０−８Ｍ、１×１０−９Ｍ、１×１０−１０Ｍ、１×１０−１１Ｍ、１×１０−１２Ｍまたはそれ未満のＫＤを有するＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇ配列もＴＣＲ配列も含まない、項目１〜１２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２４）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、疾患関連タンパク質または疾患特異的タンパク質に関して約１×１０−７Ｍ、１×１０−８Ｍ、１×１０−９Ｍ、１×１０−１０Ｍ、１×１０−１１Ｍ、１×１０−１２Ｍまたはそれ未満のＫＤを有する、項目１〜１２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２５）
前記産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記選択されたポリヌクレオチド配列が、疾患関連タンパク質または疾患特異的タンパク質に関して約１×１０−７Ｍ、１×１０−８Ｍ、１×１０−９Ｍ、１×１０−１０Ｍ、１×１０−１１Ｍ、１×１０−１２Ｍまたはそれ未満のＫＤを有するＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする、項目１〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２６）
前記選択されたポリヌクレオチド配列を含むＴＩＬが、前記生体試料の前記少なくとも１つのＴＩＬおよび前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞の総数に対して約１〜５００の量で存在する、項目１〜１２５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２７）
前記選択されたポリヌクレオチド配列を含むＴＩＬが、前記生体試料の前記少なくとも１つのＴＩＬおよび前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞の総数に対して約１、２、３、４または５の量で存在する、項目１〜１２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２８）
前記選択されたポリヌクレオチド配列を含む前記少なくとも１つのＴＩＬのうちの１つのＴＩＬが、前記生体試料中に、全免疫細胞の少なくとも１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２当たり約１の量で存在する、項目１〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２９）
前記選択されたポリヌクレオチド配列を含む前記少なくとも１つのＴＩＬのうちの１つのＴＩＬが、前記生体試料中に、全リンパ球の少なくとも１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２当たり約１の量で存在する、項目１〜１２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３０）
前記選択されたポリヌクレオチド配列を含む前記少なくとも１つのＴＩＬのうちの１つのＴＩＬが、前記生体試料中に、前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞の少なくとも１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２当たり約１の量で存在する、項目１〜１２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３１）
前記少なくとも１つのＴＩＬが、前記生体試料中に、前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞の少なくとも１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２当たり約１の量で存在する、項目１〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３２）
前記生体試料中の全リンパ球に対する疾患関連リンパ球または疾患特異的リンパ球の比が、疾患関連リンパ球または疾患特異的リンパ球ではない前記生体試料中のリンパ球の少なくとも１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２当たり約１である、項目１〜１３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３３）
前記シーケンシングするステップのエラー率が、０．００００１％、０．０００１％、０．００１％もしくは０．０１％またはそれら未満である、項目１〜１３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３４）
前記シーケンシングするステップが、少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、９９．９９％または１００％の精度または信頼度で配列を決定することを含む、項目１〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３５）
増幅エラーが、最小化されるか、除去されるか、または０．０１％、０．００１％、０．０００１％、０．００００１％、０．０００００１％もしくは０．００００００１％未満である、項目１〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３６）
前記シーケンシングするステップが、少なくとも１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２の前記少なくとも１つのＴＩＬおよび前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞のＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドをシーケンシングすることを含む、項目１〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３７）
ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする少なくとも１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２の前記ポリヌクレオチドがシーケンシングされる、項目１〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３８）
４週間、３週間、２週間、１週間、６日、５日、５日、４日、３日、２日、１日、１８時間、１２時間、９時間、６時間、３時間、２時間もしくは１時間またはそれら未満である正の量の時間中に行われる、項目１〜１３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３９）
前記生体試料からのＩｇまたはＴＣＲをコードする前記ポリヌクレオチドが、ＩｇまたはＴＣＲをコードする少なくとも１，０００、５，０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００、５０，０００、１０００，０００、５００，０００、または１×１０６、２×１０６、３×１０６、４×１０６、５×１０６、６×１０６、７×１０６、８×１０６、９×１０６、１×１０７、２×１０７、３×１０７、４×１０７、５×１０７、６×１０７、７×１０７、８×１０７、９×１０７、１×１０８、２×１０８、３×１０８、４×１０８、５×１０８、６×１０８、７×１０８、８×１０８、９×１０８、１×１０９、２×１０９、３×１０９、４×１０９、５×１０９、６×１０９、７×１０９、８×１０９、９×１０９、１×１０１０、２×１０１０、３×１０１０、４×１０１０、５×１０１０、６×１０１０、７×１０１０、８×１０１０、９×１０１０、１×１０１１、２×１０１１、３×１０１１、４×１０１１、５×１０１１、６×１０１１、７×１０１１、８×１０１１、９×１０１１、１×１０１２、２×１０１２、３×１０１２、４×１０１２、５×１０１２、６×１０１２、７×１０１２、８×１０１２、または９×１０１２のポリヌクレオチドを含む、項目１〜１３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４０）
前記シーケンシングするステップの前に、
（ａ）（ｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞のうちの単一細胞、および
（ｉｉ）単一の固体支持体
を各々が含む、複数の第１の容器を形成するステップと；
（ｂ）前記単一の固体支持体上に、
（ｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第１のポリヌクレオチドの第１のコピー、および
（ｉｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第２のポリヌクレオチドの第２のコピー
をコピーするステップと；
（ｃ）（ｉ）前記複数の第１の容器からの単一の固体支持体、および
（ｉｉ）バーコード化ポリヌクレオチド
を各々が含む、複数の第２の容器を形成するステップと；
（ｄ）前記第１のコピー、前記第２のコピーおよびバーコードを、
（ｉ）第１のプライマーセット、および
（ｉｉ）第２のプライマーセット
を用いて増幅することによって、第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬバーコード化配列のライブラリーを形成するステップであって、前記第１のセットのプライマーが前記第２のセットのプライマーに相補的である、ステップと
を含む、項目１〜１３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４１）
前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬバーコード化配列が、同じバーコードを含む、項目１４０に記載の方法。
（項目１４２）
前記第１の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬバーコード化配列と第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬバーコード化配列を融合させるステップをさらに含む、項目１４０または１４１に記載の方法。
（項目１４３）
前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬバーコード化配列が、（ｄ）の後に融合される、項目１４２に記載の方法。
（項目１４４）
前記シーケンシングするステップの前に、
（ａ）（ｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの単一細胞、および
（ｉｉ）固体支持体
を各々が含む、複数の第１の容器を形成するステップと；
（ｂ）前記固体支持体上に、
（ｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第１のポリヌクレオチドの第１のコピーであって、第１のバーコード化ポリヌクレオチドに付着している第１のコピー、および
（ｉｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第２のポリヌクレオチドの第２のコピーであって、第２のバーコード化ポリヌクレオチドに付着している第２のコピー
をコピーするステップと；
（ｃ）（ｉ）前記第１のコピーおよび第１のバーコード、ならびに
（ｉｉ）前記第２のコピーおよび第２のバーコードを、
（Ａ）フォワードプライマー、および
（Ｂ）リバースプライマー
を用いて増幅することにより、前記単一細胞からの一意的にペアリングされたバーコード化配列のライブラリーを形成するステップと；
（ｄ）前記複数の第１の容器からの単一の固体支持体を各々が含む、複数の第２の容器を形成するステップと；
（ｅ）前記第２の容器内で、
（ｉ）第１のフォワードバーコードプライマーおよび第１のリバースバーコードプライマーを用いて前記第１のバーコードを、
（ｉｉ）第２のフォワードバーコードプライマーおよび第２のリバースバーコードプライマーを用いて前記第２のバーコードを
増幅することによって、増幅された第１および第２のバーコードのライブラリーを形成するステップであって、第１のバーコードプライマーが、第２のバーコードプライマーと相補的であるか、または第１のバーコードプライマー配列が、第２のバーコードプライマー配列のパリンドロームである、ステップと
をさらに含む、項目１〜１３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４５）
（ｅ）からの前記増幅された第１および第２のバーコードを融合させるステップをさらに含む、項目１４４に記載の方法。
（項目１４６）
融合される増幅された第１および第２のバーコードが、前記第２の容器内で融合される、項目１４５に記載の方法。
（項目１４７）
前記第１および第２のバーコードが、異なるバーコードを含む、項目１４４〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４８）
前記異なるバーコードが、固有のものである、項目１４７に記載の方法。
（項目１４９）
前記異なるバーコードが、固有のバーコードペアである、項目１４７に記載の方法。
（項目１５０）
前記第１および第２のバーコードが、同じバーコードを含む、項目１４４〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５１）
前記第１および第２のバーコードの前記同じバーコードが、固有のものである、項目１５０に記載の方法。
（項目１５２）
前記シーケンシングするステップの前に、
（ａ）（ｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの単一細胞、
（ｉｉ）複数の分子バーコード化ポリヌクレオチド、および
（ｉｉｉ）容器バーコード化ポリヌクレオチド
を各々が含む、複数の容器を形成するステップと；
（ｂ）（ｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第１のポリヌクレオチドに相補的である第１の相補的ポリヌクレオチド、および
（ｉｉ）前記単一細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードする第２のポリヌクレオチドに相補的である第２の相補的ポリヌクレオチド
を産生するステップと；
（ｃ）（ｉ）前記複数の分子バーコード化ポリヌクレオチドのうちの１つの第１の分子バーコード化ポリヌクレオチドを前記第１の相補的ポリヌクレオチドに、および
（ｉｉ）第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドを前記第２の相補的ポリヌクレオチドに
付着させることによって、第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｄ）前記容器バーコード化ポリヌクレオチド、またはその増幅産物を、
（ｉ）前記第１の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドに、および
（ｉｉ）前記第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドに
付着させることによって、第１および第２の単一細胞二重バーコード化配列のライブラリーを形成するステップと
をさらに含む、項目１〜１３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５３）
前記シーケンシングするステップの前に、
（ａ）（ｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＶＨまたはＴＣＲαをコードするポリヌクレオチドから第１の相補的ポリヌクレオチドを、および
（ｉｉ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＶＬまたはＴＣＲβをコードするポリヌクレオチドから第２の相補的ポリヌクレオチドを、
（Ａ）前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からのＩｇまたはＴＣＲをコードするポリヌクレオチドの同じ領域に相補的な領域を含む第１のプライマー、
（Ｂ）ＩｇまたはＴＣＲをコードするポリヌクレオチドの同じ領域に相補的な領域を含む第２のプライマー、
（Ｃ）３つまたはそれ超の同一の非鋳型ヌクレオチドを前記第１および第２の相補的ポリヌクレオチドの３’末端に付加させる非鋳型ターミナルトランスフェラーゼ活性を含む逆転写酵素、
（Ｄ）（１）分子バーコード、
（２）容器バーコード化ポリヌクレオチドの領域に相補的な５’末端領域、および
（３）前記３つまたはそれ超の非鋳型ヌクレオチドに相補的な３’末端領域を各々が含む、複数の分子バーコード化ポリヌクレオチド、ならびに
（Ｅ）容器バーコード化ポリヌクレオチド
を用いて産生することにより、第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｂ）前記容器バーコード化ポリヌクレオチドを増幅することにより、第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ二重バーコード化ポリヌクレオチドを形成するステップと；
（ｃ）前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ二重バーコード化ポリヌクレオチドを増幅することにより、前記ＶＨ、ＶＬ、ＴＣＲαまたはＴＣＲβポリヌクレオチドの可変領域を含む配列のライブラリーを形成するステップと；
（ｄ）前記試料の免疫状態を表す前記ライブラリーの前記配列のうちの１つまたは複数をシーケンシングするステップと
をさらに含み、（ａ）が、複数の容器のうちの１つの容器で行われ、前記容器が、前記生体試料からの前記少なくとも１つのＴＩＬまたは前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞からの単一細胞を含む、項目１〜１３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５４）
前記第１および第２の分子バーコード化ポリヌクレオチドの前記分子バーコードが異なる、項目１５２または１５３に記載の方法。
（項目１５５）
前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ単一バーコード化ポリヌクレオチドが、異なる分子バーコードを含む、項目１５２〜１５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５６）
前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ二重バーコード化配列が、異なる分子バーコードを含む、項目１５２〜１５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５７）
前記第１および第２の単一ＴＩＬまたは非ＴＩＬ二重バーコード化配列が、同じ容器バーコードを含む、項目１５２〜１５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５８）
前記複数の分子バーコード化ポリヌクレオチドが増幅産物ではない、項目１５２〜１５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５９）
前記少なくとも１つのＴＩＬおよび前記少なくとも１つの非ＴＩＬ細胞が、疾患を有する対象からの生体試料からのものである、項目１〜１５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６０）
前記対象が、動物である、項目１５９に記載の方法。
（項目１６１）
前記動物が、哺乳動物である、項目１６０に記載の方法。
（項目１６２）
前記哺乳動物が、ヒトである、項目１６１に記載の方法。
（項目１６３）
ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、前記生体試料から単離される、項目１５９〜１６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６４）
ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドが、前記生体試料から単離されていない、項目１５９〜１６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６５）
前記疾患を有する対象からの前記生体試料が、前記疾患を有する２つまたはそれ超の対象からの複数の生体試料を含む、項目１５９〜１６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６６）
前記複数の生体試料が、少なくとも３、４、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１０，００００、１００，０００、または１，０００，０００もしくはそれ超の試料を含む、項目１６５に記載の方法。
（項目１６７）
前記疾患が、自己免疫疾患である、項目１５９〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６８）
前記疾患が、がんである、項目１５９〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６９）
前記疾患が、前がん性疾患である、項目１５９〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７０）
増幅エラーを補正するステップをさらに含む、項目１〜１６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７１）
シーケンシングエラーを補正するステップをさらに含む、項目１〜１６９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７２）
同じバーコード配列を含む配列をビニングまたはグループ化するステップをさらに含む、項目１〜１７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７３）
コンピュータまたはアルゴリズムを使用して同じバーコード配列を含む配列をビニングまたはグループ化するステップをさらに含む、項目１〜１７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７４）
少なくとも約９０％、９５％または９９％の配列相同性を有する配列をクラスター化するステップをさらに含む、項目１〜１７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７５）
少なくとも約９０％、９５％または９９％の配列相同性を有する配列をアライメントするステップをさらに含む、項目１〜１７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７６）
前記クラスター化するステップまたはアライメントするステップが、コンピュータまたはアルゴリズムを活用して行われる、項目１７４または１７５に記載の方法。
（項目１７７）
配列リードを生殖系列配列と比較し、前記配列リードの体細胞高頻度変異蓄積を判定するステップをさらに含む、項目１〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７８）
前記配列のアイソタイプ分布を判定するステップをさらに含む、項目１〜１７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１７９）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、正常隣接組織の細胞と実質的に相互作用しない、項目１〜１７８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８０）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、前記疾患を有さない対象における同じ組織からの細胞と実質的に結合しない、項目１〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８１）
前記産生するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる組換えＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを発現させることを含む、項目１〜１８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８２）
前記産生するステップが、選択されたポリヌクレオチド配列によって各々がコードされる、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、５０、１００、２００、３００、４００、または５００もしくはそれ超の組換えＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを発現させることを含む、項目１〜１８１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８３）
前記産生するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列の配列をベクターにクローニングすることを含む、項目１８１または１８２に記載の方法。
（項目１８４）
前記ベクターが、クローニングベクターである、項目１８３に記載の方法。
（項目１８５）
前記ベクターが、発現ベクターである、項目１８３または１８４に記載の方法。
（項目１８６）
前記産生するステップが、ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをコードする前記選択されたポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌクレオチドと細胞を接触させることを含む、項目１８１〜１８５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８７）
前記接触が、トランスフェクトすることを含む、項目１８６に記載の方法。
（項目１８８）
前記産生するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記組換えＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを細胞において発現させることを含む、項目１８１〜１８７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８９）
前記細胞が、哺乳動物細胞である、項目１８８に記載の方法。
（項目１９０）
前記哺乳動物細胞が、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはＨＥＫ２９３細胞である、項目１８９に記載の方法。
（項目１９１）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記産生された組換えＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを、精製するステップをさらに含む、項目１８１〜１９０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９２）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記産生された組換えＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを、単離するステップをさらに含む、項目１８１〜１９１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９３）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記組換えＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、異種タグを含む、項目１９１または１９２に記載の方法。
（項目１９４）
前記異種タグが、精製タグである、項目１９３に記載の方法。
（項目１９５）
前記細胞が、細菌細胞または昆虫細胞である、項目１８８に記載の方法。
（項目１９６）
前記識別するステップが、ＩｇまたはＴＣＲ配列を、ＩｇまたはＴＣＲ配列データを含むデータベースと比較することを含む、項目１〜１９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９７）
前記識別するステップが、全ゲノムｓｉＲＮＡスクリーニングを行うことを含む、項目１〜１９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９８）
前記識別するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドに関してタンパク質ディスプレイスクリーニングを行うことを含む、項目１〜１９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９９）
前記タンパク質ディスプレイスクリーニングが、ファージディスプレイスクリーニングである、項目１９８に記載の方法。
（項目２００）
前記タンパク質ディスプレイスクリーニングが、リボソームディスプレイスクリーニングである、項目１９８に記載の方法。
（項目２０１）
前記識別するステップが、酵母ツーハイブリッドスクリーニングを行うことを含む、項目１〜２００のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０２）
前記識別するステップが、２Ｄゲル電気泳動を行うことを含む、項目１〜２０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０３）
前記識別するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドをタンパク質アレイでスクリーニングすることを含む、項目１〜２０２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０４）
前記タンパク質アレイが、ヒトプロテオームの少なくとも約１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、９５、９６、９７、９８、または９９パーセントもしくはそれ超のタンパク質を含む、項目２０３に記載の方法。
（項目２０５）
前記識別するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドに対してプロテオームスクリーニングを行うことを含む、項目１〜２０４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０６）
前記識別するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドに関して免疫沈降を行うことを含む、項目１〜２０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０７）
前記識別するステップが、質量分析を行うことを含む、項目１〜２０６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０８）
前記識別するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドに関して抗体依存性細胞介在性細胞傷害（ＡＤＣＣ）アッセイを行うことを含む、項目１〜２０７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０９）
前記識別するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの特異性を判定することを含む、項目１〜２０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１０）
前記識別するステップが、結合アッセイを行うことを含む、項目１〜２０９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１１）
前記識別するステップが、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを少なくとも１つの標的分析物候補と接触させることを含む、項目１〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１２）
前記標的分析物候補が、固体支持体上にある、項目２１１に記載の方法。
（項目２１３）
前記標的分析物候補が、溶液中にある（例えば、リボソームディスプレイ）、項目２１１に記載の方法。
（項目２１４）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、固体支持体上にある、項目２１１〜２１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１５）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、溶液中にある、項目２１１〜２１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１６）
前記固体支持体が、アレイである、項目２１２または２１４に記載の方法。
（項目２１７）
前記固体支持体が、ビーズである、項目２１２または２１４に記載の方法。
（項目２１８）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが結合する前記標的分析物が未知である、項目１〜２１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１９）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが結合する前記標的分析物が、前記選択されたポリヌクレオチド配列が選択される時点で未知である、項目１〜２１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２０）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の方法によって識別された標的分析物。
（項目２２１）
前記識別された標的分析物が、疾患関連または疾患特異的標的分析物である、項目２２０に記載の標的分析物。
（項目２２２）
前記識別された標的分析物が、細胞外領域を有するポリペプチドである、項目２２０または２２１に記載の標的分析物。
（項目２２３）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離され、精製された、ＩｇまたはＴＣＲポリペプチド。
（項目２２４）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列のＩｇポリヌクレオチドによってコードされる、単離され、精製された、ＩｇＬポリペプチド。
（項目２２５）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列のＩｇポリヌクレオチドによってコードされる、単離され、精製された、ＩｇＨポリペプチド。
（項目２２６）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列のＩｇＨおよびＩｇＬポリヌクレオチドによってコードされる、単離され、精製された、抗体。
（項目２２７）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチドによってコードされるＩｇポリペプチドの、単離され、精製された、Ｆａｂ断片。
（項目２２８）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされるＩｇポリペプチドの、単離され、精製された、Ｆ（ａｂ）２断片。
（項目２２９）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされるＩｇポリペプチドの、単離され、精製された、Ｆｖ断片。
（項目２３０）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされるＩｇポリペプチドの、単離され、精製された、ｓｃＦｖ断片。
（項目２３１）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離され、精製された、ＴＣＲγポリペプチド。
（項目２３２）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離され、精製された、ＴＣＲδポリペプチド。
（項目２３３）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離され、精製された、ＴＣＲγおよびＴＣＲδポリペプチド。
（項目２３４）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離され、精製された、ＴＣＲαポリペプチド。
（項目２３５）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離され、精製された、ＴＣＲβポリペプチド。
（項目２３６）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる、単離され、精製された、ＴＣＲαおよびＴＣＲβポリペプチド。
（項目２３７）
抗原結合ドメインと膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように遺伝子改変された細胞であって、前記抗原結合ドメインが、項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの抗原結合ドメインを含む、細胞。
（項目２３８）
抗原結合ドメインと膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように遺伝子改変された細胞であって、前記抗原結合ドメインが、項目１〜２１９のいずれか一項に記載の産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの識別された標的抗原のエピトープを認識する、細胞。
（項目２３９）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの抗原結合ドメインを発現する細胞。
（項目２４０）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを発現する細胞。
（項目２４１）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の産生されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの前記識別された標的抗原のエピトープを認識する抗原結合ドメインを発現する細胞。
（項目２４２）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの標的抗原を認識する抗原結合ドメインを発現する細胞。
（項目２４３）
項目１〜２１９のいずれか一項に記載の選択されたＩｇまたはＴＣＲポリペプチドを発現する細胞。
（項目２４４）
対象からのものではない、項目２３７〜２４３のいずれか一項に記載の細胞。
（項目２４５）
単離されている、項目２３７〜２４４のいずれか一項に記載の細胞。
（項目２４６）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドの前記識別された標的分析物が、前記疾患のバイオマーカーである、項目１〜２４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４７）
項目１〜２４６のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドまたはその断片を、疾患を有する対象に投与するステップを含む、処置を必要とする対象を処置する方法。
（項目２４８）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、ヒト治療用ポリペプチドである、項目１〜２４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４９）
前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドが、中和ポリペプチドである、項目１〜２４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５０）
項目１〜２４６のいずれか一項に記載の選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドまたはその断片の前記識別された標的分析物の阻害剤を、疾患を有する対象に投与するステップを含む、処置を必要とする対象を処置する方法。
（項目２５１）
前記阻害剤が、小分子、核酸、ポリペプチド、およびこれらの組合せからなる群から選択される、項目２５０に記載の方法。
（項目２５２）
前記阻害剤が、ポリペプチド阻害剤であり、前記ポリペプチド阻害剤が、前記選択されたポリヌクレオチド配列によってコードされる前記ＩｇまたはＴＣＲポリペプチドである、項目２５１に記載の方法。
（項目２５３）
前記阻害剤が、核酸阻害剤であり、前記核酸阻害剤が、ｓｉＲＮＡ核酸である、項目２５１に記載の方法。
（項目２５４）
前記阻害剤が、核酸阻害剤であり、前記核酸阻害剤が、遺伝子療法に使用される、項目２５１に記載の方法。
（項目２５５）
項目２３７〜２４５のいずれか一項に記載の細胞を、疾患を有する対象に投与するステップを含む、処置を必要とする対象を処置する方法。