【手続補正書】
【提出日】令和1年11月15日(2019.11.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０４】
（実施例）
（質量標識の合成）
（実施例１：２−プロピル−ピロリジン−１−イル酢酸の合成）
図１はこの発明の２−プロピル-ピロリジン-1-イル酢酸レポーターの模式図を示す。ブロモエタンをエトキシエタン中のマグネシウムとの反応によりＧｒｉｇｎａｒｄ試薬に変換して生成物１を得る。並行して、プロリンをアミノ基でＣＢｚ保護基により保護して生成物２を得る。プロリンカルボン酸をその後、ワインレブアミンと反応させて対応するアミド（３）を得る。これを生成物１と反応させて、ケトン生成物４を得ることができる。ＣＢｚ基を、メタノール中でパラジウム／木炭触媒を用いる水素による還元により除去して生成物５を得る。ケトンをその後、水素化アルミニウムリチウムで還元して２−プロピル−ピロリジン（生成物６）を得る。２−プロピル−ピロリジンをその後、ブロモ酢酸ベンジルエステルと反応させて生成物７を得る。ベンジル保護基を、メタノール中でパラジウム／木炭触媒を用いる水素による還元により除去して、所望の２−プロピル−ピロリジン−１−イル酢酸レポーターである、生成物８を得る。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
（構成１）
２以上の質量標識のセットであって、各質量標識が下記式：
Ｘ−Ｌ−Ｍ−Ｒｅ
を含み
式中：
Ｘは精密質量を有するレポーター部分であり、
Ｌは質量分析計における衝突によって開裂可能な結合であり、
Ｍは質量修飾因子であり、ならびに
Ｒｅはａ）前記質量標識を分析物に付着させるための反応性官能基またはｂ）前記分析物であり、
前記セット中の各質量標識は整数質量を有し、
前記セット中の各質量標識は同じ整数質量を有し、
前記セットは質量標識の２以上のサブセットを含み、各サブセットは１つ、２つまたはそれより多くの質量標識を含み、
前記サブセットが２以上の質量標識を含む場合、前記サブセット中の各質量標識のレポーター部分Ｘの精密質量は同じサブセット中のおよび他の全てのサブセット中の質量標識のレポーター部分Ｘの精密質量と異なり、
各質量標識は質量分析によって区別可能であり、
各質量標識は下記一般式：
（化１）
2019501382.tif 000001
を含むレポーター部分Ｘを有し
式中、Ｒ１はＨ、置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ１０アルキル基、あるいはメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ペンチル、ネオペンチル、ｔｅｒｔ−ペンチル、ｉｓｏ−ペンチル、ｓｅｃ−ペンチルおよび３−ペンチルから選択される構造である、２以上の質量標識のセット。
（構成２）
２以上の質量標識のセットであって、各標識が下記式：
Ｘ−Ｌ−Ｍ−Ｒｅ
を有し
式中、Ｘは精密質量を有するレポーター部分であり、Ｌは質量分析計における衝突によって開裂可能な結合であり、Ｍは質量修飾因子であり、ならびにＲｅは前記質量標識を分析物に付着させるための反応性官能基または前記分析物であり、およびＸは下記一般式：
（化２）
2019501382.tif 000002
を含み
式中、Ｒ１はＨ、置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ１０アルキル基、あるいはメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ペンチル、ネオペンチル、ｔｅｒｔ−ペンチル、ｉｓｏ−ペンチル、ｓｅｃ−ペンチルおよび３−ペンチルから選択される構造である、２以上の質量標識のセット。
（構成３）
Ｒ１はエチルである、構成１または２のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成４）
Ｒ２はプロピルである、構成１または２のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成５）
Ｒ１はイソプロピルである、構成１または２のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成６）
Ｒ２はブチルである、構成１または２のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成７）
Ｒ１はイソブチルである、構成１または２のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成８）
前記質量修飾因子Ｍは下記構造：
（化３）
2019501382.tif 000003
を有し、
式中：  各Ｒ１０は独立してＨ、置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ６アルキル基、置換または非置換脂肪族環状基、置換または非置換芳香族基あるいは置換または非置換複素環基あるいはアミノ酸側鎖であり、
ａは０−１０の整数であり、
ｂは少なくとも１であり、および
ｃは少なくとも１である
構成１〜７のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成９）
各質量標識は少なくとも１つの質量系列修飾基をさらに含み、前記質量系列修飾基は前記レポーター部分Ｘの一部および／または前記質量修飾因子Ｍの一部である、構成１〜８のいずれか一項に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１０）
前記少なくとも１つの質量系列修飾基は前記レポーター部分Ｘおよび前記質量修飾因子Ｍの一部である、構成９に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１１）
前記少なくとも１つの質量系列修飾基は下記：
ｄ）重同位体２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎまたは１８Ｏ；あるいは
ｅ）任意で１つ以上の重同位体置換を含む置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ１０アルキル基；あるいは
ｆ）ａ）およびｂ）の組み合わせ
から選択される、構成９または１０に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１２）
前記質量系列修飾基は−ＣＨ３、−１３ＣＨ３、−ＣＨＤ２、−１３ＣＨＤ２、−１３ＣＤ３または−ＣＤ３である、構成１１に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１３）
前記少なくとも１つの質量標識の各々は下記構造：
（化４）
2019501382.tif 000004
を有する質量系列修飾基を含み、
式中：
各Ｒ１１は独立してＨ、置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ６アルキル基、置換または非置換脂肪族環状基、置換または非置換芳香族基あるいは置換または非置換複素環基あるいはアミノ酸側鎖であり；
ｄは１〜１０の整数であり；
ｅは１〜１０であり；および
ｆは１〜１０の整数である
構成９〜１２のいずれかに記載の、セット。
（構成１４）
Ｒｅが前記分析物であるとき、前記分析物はアミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、炭水化物、脂質、リン脂質またはそれらの組み合わせの群から選択される１つ以上の分析物を含む、構成１〜１３のいずれか一項に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１５）
各質量標識は下記構造：
（化５）
2019501382.tif 000005
の１つを有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１４のいずれか一項に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１６）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
（化６）
2019501382.tif 000006
2019501382.tif 000007
2019501382.tif 000008
2019501382.tif 000009
2019501382.tif 000010
を有するｎ＝１８の質量標識を含む、構成１５に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１７）
各質量標識は下記構造：
（化７）
2019501382.tif 000011
を有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１４のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１８）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
（化８）
2019501382.tif 000012
2019501382.tif 000013
2019501382.tif 000014
2019501382.tif 000015
を有するｎ＝１６の質量標識を含む、構成１７に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１９）
各質量標識は下記構造：
（化９）
2019501382.tif 000016
を有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１４のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２０）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
（化１０）
2019501382.tif 000017
2019501382.tif 000018
2019501382.tif 000019
2019501382.tif 000020
2019501382.tif 000021
を有するｎ＝１８の質量標識を含む、構成１９に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２１）
各質量標識は下記構造：
（化１１）
2019501382.tif 000022
を有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１４のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２２）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
（化１２）
2019501382.tif 000023
2019501382.tif 000024
2019501382.tif 000025
を有するｎ＝７の質量標識を含む、構成２１に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２３）
構成１〜２２のいずれかに定義される質量標識の２以上のセットを含む、質量標識のアレイ。
（構成２４）
前記アレイにおける任意の１つのセットの質量標識の各々の整数質量は前記アレイにおける全ての他のセットの質量標識の各々の整数質量とは異なる、構成２３に記載の、質量標識のアレイ。
（構成２５）
一セット中の各質量標識は下記：
ａ）前記セット中の全ての他の質量標識と同じ整数質量を有する質量系列修飾基、および
ｂ）前記アレイの全ての他のセットの質量標識と異なる整数質量
を含む、構成２３または２４に記載の、質量標識のアレイ。
（構成２６）
一セット中の各質量標識は同じ質量系列修飾基を含む、構成２５に記載のアレイ。
（構成２７）
一セット中の各質量標識は前記アレイの全ての他の質量標識の質量系列修飾基のアイソトポログである質量系列修飾基を含む、構成２３〜２６のいずれかに記載の、アレイ。
（構成２８）
分析物と関連付けることができる質量標識または質量標識の組合せを質量分析によって同定することにより分析物を検出することを含む、質量分析の方法であって、前記質量標識は構成１〜２７のいずれかに定義される質量標識のセットまたはアレイ由来の質量標識である、質量分析の方法。
（構成２９）
ａ）複数の試料を提供することであって、各試料は１つ以上の分析物を含み、各試料は１つの質量標識または質量標識の組み合わせで示差標識され、１つ以上の標識分析物を得；前記質量標識（複数可）は構成１〜２７のいずれかに定義される質量標識のセットまたはアレイに由来する、こと；
ｂ）前記複数の示差標識された試料を混合して標識分析物を含む分析混合物を形成すること；
ｃ）任意で前記標識分析物を質量分析計で検出すること；
ｄ）前記標識分析物を質量分析計で解離して質量標識および／または無傷の質量標識を含む分析物フラグメントを形成すること；
ｅ）前記質量標識および／または無傷の質量標識を含む分析物フラグメントを検出すること；
ｆ）任意で前記質量標識を前記質量分析計で解離して前記レポーター部分を放出すること、および前記レポーター部分を検出すること；
ｇ）任意で工程ｆ）で形成された前記レポーター部分を解離してフラグメントを形成すること、および前記フラグメントを検出すること；
ｈ）前記標識分析物の質量スペクトル；および／または前記質量標識および／または無傷の質量標識を含む分析物フラグメントの質量スペクトル；および／または前記レポーター部分もしくはレポーター部分のフラグメントの質量スペクトルに基づいて分析物を同定すること
を含む、構成２８に記載の、質量分析の方法。
（構成３０）
前記分析物は前記標識分析物の質量スペクトルに基づいて同定される、構成２９に記載の、質量分析の方法。
（構成３１）
前記分析物は前記質量標識および／または無傷の質量標識を含む分析物フラグメントの質量スペクトルに基づいて同定される、構成２９に記載の、質量分析の方法。
（構成３２）
無傷の質量標識を含む前記分析物フラグメントは無傷の質量標識を含むｂ系列イオン、好ましくはｂ１イオンである、構成３１に記載の、質量分析の方法。
（構成３３）
前記分析物は前記レポーター部分もしくはレポーター部分のフラグメントの質量スペクトルに基づいて同定される、構成２９に記載の、質量分析の方法。
（構成３４）
ａ）複数の試料を提供することであって、各試料は１つ以上の分析物を含み、各試料は１つの質量標識または質量標識の組み合わせで示差標識され、１つ以上の標識分析物を得；前記質量標識（複数可）は構成１〜３４のいずれかに定義される質量標識のセットまたはアレイに由来する、こと；
ｂ）前記複数の示差標識された試料を混合して標識分析物を含む分析混合物を形成すること；
ｃ）前記標識分析物を質量分析計で検出すること；
ｄ）前記標識分析物を質量分析計で解離して前記レポーター部分を放出すること、および前記分析物または前記分析物のフラグメントに付着した前記質量標識の残りを含む相補イオンを検出すること；
ｅ）任意で工程ｄで形成された前記相補イオンを解離してフラグメントを形成する、および前記フラグメントを検出する１つ以上のさらなる工程；
ｆ）前記標識分析物の質量スペクトルおよび／または前記相補イオンおよび／またはそのフラグメントの質量スペクトルに基づいて前記分析物を同定すること
を含む、構成２８に記載の、質量分析の方法。
（構成３５）
前記解離は質量分析計における衝突誘起解離である、構成２９〜３４のいずれかに記載の、方法。
（構成３６）
４００の質量対電荷比で６０，０００を超える分解能、好ましくは４００の質量対電荷比で１００，０００を超える、最も好ましくは４００の質量対電荷比で２５０，０００を超える分解能を有する質量分析計で実施される、構成２９〜３５のいずれかに記載の、方法。
（構成３７）
工程ｄ）において前記相補イオンは結合Ｌからの一酸化炭素のニュートラルロスによって形成される、構成２９〜３６のいずれかに記載の、方法。