【手続補正書】
【提出日】平成31年1月7日(2019.1.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの少なくとも一方の存在を、被験体における細菌性膣症（ＢＶ）の指標とする方法であって、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの少なくとも一方の存在は、
ＢＶを有すると疑われる被験体からの試料中のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ属およびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ属のそれぞれにおける選ばれた細菌種を検出するためのアッセイを実施することによって決定され、
該アッセイは、配列番号１に示した配列と少なくとも９８％同一である核酸塩基配列を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の存在によって特徴付けられるＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ種を検出するが、他のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ種を検出せず、
該アッセイは、Ｐ．ａｍｎｉｉ、Ｐ．ｄｉｓｉｅｎｓ、およびＰ．ｂｉｖｉａを検出するが、他のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ種を検出しない、方法。
【請求項２】
ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａを検出するための前記アッセイが、核酸に基づく検出アッセイである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸に基づく検出アッセイが、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド位置６１５〜６７９に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、および／または
（ｉｉ）配列番号２のヌクレオチド位置９５４〜１０３７に対応するＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域
を標的とする、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記核酸に基づくアッセイが、切断に基づくアッセイである、請求項２または３に記載の方法。
【請求項５】
前記核酸に基づく検出アッセイが、
（ｉ）前記試料を、
（Ａ）配列番号１内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的プライマー、および
（Ｂ）配列番号２内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的プライマー
と接触させるステップであって、
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡまたはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ
ｒＲＮＡが存在する場合、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡまたはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ内のそのそれぞれの１６Ｓ  ｒＲＮＡ標的配列にそれぞれのプライマーが特異的にハイブリダイズする反応条件下で実施される、ステップと、
（ｉｉ）それぞれのハイブリダイズしたプライマーの３’末端が伸長され、それによって該ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａまたはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡの領域に相補的な配列を有する一本鎖ｃＤＮＡを生成する反応条件を提供するステップであって、該領域は、該それぞれのプライマー標的配列の５’に位置する、ステップと、
（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）からの任意のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡまたはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡを
（Ａ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｂ）該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｃ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の、第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、ならびに
（Ｄ）該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド
と接触させるステップであって、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドは、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの線状の二重鎖切断構造を形成するように該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で、および
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドは、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの線状二重鎖切断構造を形成するように該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で実施される、ステップと、
（ｉｖ）該試料を
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造が存在する場合、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造の切断が起きて、該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物を生成する反応条件下で、
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造が存在する場合、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造の切断が起きて、該第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を生成する反応条件下で、ステップ（ｉｉｉ）からの任意の切断構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼと接触させるステップと、
（ｖ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物およびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物の存在または非存在を検出するステップと
を含む切断に基づくアッセイである、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的プライマーが、配列番号６に示した配列を含む、および／または
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的プライマーが、配列番号９に示した配列を含む、および／または
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記３’部分が、配列番号４の残基１１〜２７に示した配列を含む、および／または
前記第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記３’部分が、配列番号７の残基１１〜２５に示した配列を含む、および／または
前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記５’部分が、配列番号５の残基１〜２０に示した配列を含む、および／または
前記第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記５’部分が、配列番号８の残基１〜２４に示した配列を含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物およびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を検出するステップが、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物を第１の蛍光標識および第１のクエンチャーを含む第１のＦＲＥＴカセットと接触させ、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を第２の蛍光標識および第２のクエンチャーを含む第２のＦＲＥＴカセットと接触させることであって、
それぞれのＦＲＥＴカセットが、前記フラップエンドヌクレアーゼによって切断され得る第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造またはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造を形成するように該それぞれの切断生成物とハイブリダイズし、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物が存在する場合、該第１の蛍光標識が、該第１のクエンチャーを含む該第１のＦＲＥＴカセットから放出され、
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物が存在する場合、該第２の蛍光標識が、該第２のクエンチャーを含む該第２のＦＲＥＴカセットから放出されることと、
該放出された第１または第２の蛍光標識を検出することと
を含み、
好ましくは、該第１のクエンチャーおよび該第２のクエンチャーが同じである、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物が、配列番号４の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号４の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する、
好ましくは、前記第１のＦＲＥＴカセットが、配列番号１４に示した配列を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物が、配列番号７の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号７の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する、請求項７または請求項８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記第２のＦＲＥＴカセットが、配列番号１５に示した配列を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記アッセイが、前記被験体において選ばれたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種をさらに検出するが、Ｌ．ｉｎｅｒｓを検出せず、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓが検出されない場合、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの少なくとも一方の検出が、該被験体におけるＢＶを示し、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓが検出される場合、そのときは、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの両方の検出が、該被験体におけるＢＶを示し、
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓを検出するためのアッセイが、核酸に基づく検出アッセイであり、
好ましくは、該核酸に基づく検出アッセイが、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡを標的とし、
好ましくは、該核酸に基づく検出アッセイが、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド位置６１５〜６７９に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、
（ｉｉ）配列番号２のヌクレオチド位置９５４〜１０３７に対応するＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、および／または
（ｉｉｉ）配列番号３のヌクレオチド位置８３７〜９４４に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域
を標的とする、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記アッセイが、前記被験体において選ばれたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種をさらに検出するが、Ｌ．ｉｎｅｒｓを検出せず、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓが検出されない場合、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの少なくとも一方の検出が、該被験体におけるＢＶを示し、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓが検出される場合、そのときは、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの両方の検出が、該被験体におけるＢＶを示し、そして
前記核酸に基づく検出アッセイが、
（ｉ）前記試料を、
（Ａ）配列番号１内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的プライマー、
（Ｂ）配列番号２内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的プライマー、および
（Ｃ）配列番号３内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的プライマー
と接触させるステップであって、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡが存在する場合、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ内のそのそれぞれの１６Ｓ  ｒＲＮＡ標的配列にそれぞれのプライマーが特異的にハイブリダイズする反応条件下で実施される、ステップと、
（ｉｉ）それぞれのハイブリダイズしたプライマーの３’末端が伸長され、それによって該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡの領域に相補的な配列を有する一本鎖ｃＤＮＡを生成する反応条件を提供するステップであって、該領域は、該それぞれのプライマー標的配列の５’に位置する、ステップと、
（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）からの任意のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡを
（Ａ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｂ）該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｃ）該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｄ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｅ）該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、ならびに
（Ｆ）該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡ内の第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチド
と接触させるステップであって、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドは、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの線状二重鎖切断構造を形成するように該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で、
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドは、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの線状二重鎖切断構造を形成するように該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で、および
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの線状二重鎖切断構造を形成するように該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で実施される、ステップと、
（ｉｖ）該試料を、
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造が存在する場合、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造の切断が起きて、該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物を生成する反応条件下で、
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造が存在する場合、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造の切断が起きて、該第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を生成する反応条件下で、
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断構造が存在する場合、該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断構造の切断が起きて、該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物を生成する反応条件下で、ステップ（ｉｉｉ）からの任意の切断構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼと接触させるステップと、
（ｖ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物の存在または非存在を検出するステップと
を含む切断に基づくアッセイであり；
好ましくは、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的プライマーが、配列番号６に示した配列を含む；ならびに／あるいは
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的プライマーが、配列番号９に示した配列を含む；ならびに／あるいは
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的プライマーが、配列番号１３に示した配列を含む；ならびに／あるいは
該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該３’部分が、配列番号４の残基１１〜２７に示した配列を含む；ならびに／あるいは
該第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該３’部分が、配列番号７の残基１１〜２５に示した配列を含む；ならびに／あるいは
該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドの該３’部分が、配列番号１０の残基１１〜２７に示した配列を含む；ならびに／あるいは
該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分が、配列番号５の残基１〜２０に示した配列を含む；ならびに／あるいは
該第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分が、配列番号８の残基１〜２４に示した配列を含む；ならびに／あるいは
該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分が、（１）配列番号１１の残基１〜２７に示した配列および（２）配列番号１２の残基１〜３２に示した配列からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物を検出するステップが、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物を第１の蛍光標識および第１のクエンチャーを含む第１のＦＲＥＴカセットと接触させること、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を第２の蛍光標識および第２のクエンチャーを含む第２のＦＲＥＴカセットと接触させること、および該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物を第３の蛍光標識および第３のクエンチャーを含む第３のＦＲＥＴカセットと接触させることであって、
それぞれのＦＲＥＴカセットが、前記フラップエンドヌクレアーゼによって切断され得る第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断構造を形成するように該それぞれの切断生成物とハイブリダイズし、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物が存在する場合、該第１の蛍光標識が、該第１のクエンチャーを含む該第１のＦＲＥＴカセットから放出され、
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物が存在する場合、該第２の蛍光標識が、該第２のクエンチャーを含む該第２のＦＲＥＴカセットから放出され、
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物が存在する場合、前記第３の蛍光標識が、該第３のクエンチャーを含む該第３のＦＲＥＴカセットから放出されることと、
該放出された第１、第２、または第３の蛍光標識を検出することと
を含み；
好ましくは、該第１、第２、および第３のクエンチャーが同じである；ならびに／あるいは
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物が、配列番号４の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号４の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する；
好ましくは、該第１のＦＲＥＴカセットが、配列番号１４に示した配列を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物が、配列番号７の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号７の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する；
好ましくは、前記第２のＦＲＥＴカセットが、配列番号１５に示した配列を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物が、配列番号１０の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号１０の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する、請求項１３または１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記第３のＦＲＥＴカセットが、配列番号１６に示した配列を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの標的核酸およびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの標的核酸を検出するための反応混合物であって、
配列番号１に示した配列と少なくとも９８％同一である核酸塩基配列を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の存在によって特徴付けられるＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズするが、他のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ種由来の核酸内の配列に特異的にハイブリダイズしないＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチド、および
Ｐ．ａｍｎｉｉ、Ｐ．ｄｉｓｉｅｎｓ、およびＰ．ｂｉｖｉａの標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズするが、他のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ種由来の核酸内の配列に特異的にハイブリダイズしない、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチド
を含む反応混合物。
【請求項１８】
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズするが、Ｌ．ｉｎｅｒｓ由来の核酸内の配列に特異的にハイブリダイズしない、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチドをさらに含む；あるいは
（ｉ）前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、ヌクレオチド位置６１５〜６７９に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とし、かつ／または
（ｉｉ）前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号２のヌクレオチド位置９５４〜１０３７に対応するＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とする；
好ましくは、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号６に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号４の残基１１〜２７に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号５の残基１〜２０に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
からなる群から選択される；
好ましくは、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号９に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号７の残基１１〜２５に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号８の残基１〜２４に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド
からなる群から選択される、請求項１７に記載の反応混合物。
【請求項１９】
（ｉ）前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、ヌクレオチド位置６１５〜６７９に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とし、
（ｉｉ）前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号２のヌクレオチド位置９５４〜１０３７に対応するＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とし、かつ／または
（ｉｉｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号３のヌクレオチド位置８３７〜９４４に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とする；あるいは
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号６に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号４の残基１１〜２７に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号５の残基１〜２０に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド
からなる群から選択される；
好ましくは、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号９に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号７の残基１１〜２５に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号８の残基１〜２４に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド
からなる群から選択される；ならびに／あるいは
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号１３に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号１０の残基１１〜２７に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号１１の残基１〜２７に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号１２の残基１〜３２に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
からなる群から選択される、請求項１８に記載の反応混合物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２４】
本発明のこれらおよび他の態様は、以下の本発明の詳細な説明および添付の図面を参照すると明白になる。
特定の実施形態において、例えば、以下が提供される：
（項目１）
被験体における細菌性膣症（ＢＶ）を診断するための方法であって、
（ａ）ＢＶを有すると疑われる被験体から試料を得るステップと、
（ｂ）該試料中のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ属およびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ属のそれぞれにおける選ばれた細菌種を検出するためのアッセイを実施するステップと
を含み、
該アッセイは、配列番号１に示した配列と少なくとも９８％同一である核酸塩基配列を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の存在によって特徴付けられるＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ種を検出するが、他のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ種を検出せず、
該アッセイは、Ｐ．ａｍｎｉｉ、Ｐ．ｄｉｓｉｅｎｓ、およびＰ．ｂｉｖｉａを検出するが、他のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ種を検出せず、
ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの少なくとも一方の検出が、該被験体におけるＢＶを示す、方法。
（項目２）
前記アッセイが、前記被験体において選ばれたＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種をさらに検出するが、Ｌ．ｉｎｅｒｓを検出せず、
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓが検出されない場合、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの少なくとも一方の検出が、該被験体におけるＢＶを示し、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓが検出される場合、そのときは、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの両方の検出が、該被験体におけるＢＶを示す、項目１に記載の方法。
（項目３）
ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａを検出するための前記アッセイが、核酸に基づく検出アッセイである、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記核酸に基づく検出アッセイが、ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡを標的とする、項目３に記載の方法。
（項目５）
前記核酸に基づく検出アッセイが、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド位置６１５〜６７９に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、および／または
（ｉｉ）配列番号２のヌクレオチド位置９５４〜１０３７に対応するＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域
を標的とする、項目４に記載の方法。
（項目６）
前記核酸に基づく検出アッセイが、増幅に基づかないアッセイである、項目３から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記増幅に基づかないアッセイが、切断に基づくアッセイである、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記切断に基づくアッセイが、ＲＮＡ標的核酸を検出し、ＲＮＡ：ＤＮＡ線状二重鎖構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼを利用する、項目７に記載の方法。
（項目９）
前記切断に基づくアッセイが、ＤＮＡ標的核酸を検出し、ＤＮＡ：ＤＮＡ線状二重鎖構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼを利用する、項目７に記載の方法。
（項目１０）
ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの検出が、ホモジニアス検出反応を使用して実施される、項目３から９のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの検出が、リアルタイムで実施される、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記核酸に基づく検出アッセイが、
（ｉ）前記試料を、
（Ａ）配列番号１内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的プライマー、および
（Ｂ）配列番号２内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的プライマー
と接触させるステップであって、
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡまたはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ
ｒＲＮＡが存在する場合、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡまたはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ内のそのそれぞれの１６Ｓ  ｒＲＮＡ標的配列にそれぞれのプライマーが特異的にハイブリダイズする反応条件下で実施される、ステップと、
（ｉｉ）それぞれのハイブリダイズしたプライマーの３’末端が伸長され、それによって該ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａまたはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡの領域に相補的な配列を有する一本鎖ｃＤＮＡを生成する反応条件を提供するステップであって、該領域は、該それぞれのプライマー標的配列の５’に位置する、ステップと、
（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）からの任意のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡまたはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡを
（Ａ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｂ）該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｃ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の、第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、ならびに
（Ｄ）該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド
と接触させるステップであって、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドは、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの線状の二重鎖切断構造を形成するように該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で、および
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドは、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの線状二重鎖切断構造を形成するように該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で実施される、ステップと、
（ｉｖ）該試料を
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造が存在する場合、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造の切断が起きて、該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物を生成する反応条件下で、
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造が存在する場合、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造の切断が起きて、該第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を生成する反応条件下で、ステップ（ｉｉｉ）からの任意の切断構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼと接触させるステップと、
（ｖ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物およびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物の存在または非存在を検出するステップと
を含む切断に基づくアッセイである、項目４に記載の方法。
（項目１３）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的プライマーが、配列番号６に示した配列を含む、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的プライマーが、配列番号９に示した配列を含む、項目１２または１３に記載の方法。
（項目１５）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記３’部分が、配列番号４の残基１１〜２７に示した配列を含む、項目１２から１４のいずれかに記載の方法。
（項目１６）
前記第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記３’部分が、配列番号７の残基１１〜２５に示した配列を含む、項目１２から１５のいずれかに記載の方法。
（項目１７）
前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記５’部分が、配列番号５の残基１〜２０に示した配列を含む、項目１２から１６のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記５’部分が、配列番号８の残基１〜２４に示した配列を含む、項目１２から１７のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物およびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を検出するステップが、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物を第１の蛍光標識および第１のクエンチャーを含む第１のＦＲＥＴカセットと接触させ、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を第２の蛍光標識および第２のクエンチャーを含む第２のＦＲＥＴカセットと接触させることであって、
それぞれのＦＲＥＴカセットが、前記フラップエンドヌクレアーゼによって切断され得る第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造またはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造を形成するように該それぞれの切断生成物とハイブリダイズし、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物が存在する場合、該第１の蛍光標識が、該第１のクエンチャーを含む該第１のＦＲＥＴカセットから放出され、
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物が存在する場合、該第２の蛍光標識が、該第２のクエンチャーを含む該第２のＦＲＥＴカセットから放出されることと、
該放出された第１または第２の蛍光標識を検出することと
を含む、項目１２から１８のいずれかに記載の方法。
（項目２０）
前記第１のクエンチャーおよび前記第２のクエンチャーが同じである、項目１９に記載の方法。
（項目２１）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物が、配列番号４の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号４の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する、項目１９または２０に記載の方法。
（項目２２）
前記第１のＦＲＥＴカセットが、配列番号１４に示した配列を含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物が、配列番号７の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号７の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する、項目１９から２２のいずれかに記載の方法。
（項目２４）
前記第２のＦＲＥＴカセットが、配列番号１５に示した配列を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓを検出するためのアッセイが、核酸に基づく検出アッセイである、項目２に記載の方法。
（項目２６）
前記核酸に基づく検出アッセイが、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡを標的とする、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記核酸に基づく検出アッセイが、
（ｉ）配列番号１のヌクレオチド位置６１５〜６７９に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、
（ｉｉ）配列番号２のヌクレオチド位置９５４〜１０３７に対応するＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域、および／または
（ｉｉｉ）配列番号３のヌクレオチド位置８３７〜９４４に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域
を標的とする、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記核酸に基づく検出アッセイが、増幅に基づかないアッセイである、項目２５から２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記増幅に基づかないアッセイが、切断に基づくアッセイである、項目２８に記載の方法。
（項目３０）
前記切断に基づくアッセイが、ＲＮＡ標的核酸を検出し、ＲＮＡ：ＤＮＡ線状二重鎖構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼを利用する、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記切断に基づくアッセイが、ＤＮＡ標的核酸を検出し、ＤＮＡ：ＤＮＡ線状二重鎖構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼを利用する、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの検出が、ホモジニアス検出反応を使用して実施される、項目２５から３１のいずれか
に記載の方法。
（項目３３）
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの検出が、リアルタイムで実施される、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記核酸に基づく検出アッセイが、
（ｉ）前記試料を、
（Ａ）配列番号１内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的プライマー、
（Ｂ）配列番号２内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的プライマー、および
（Ｃ）配列番号３内の標的配列に特異的にハイブリダイズするＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的プライマー
と接触させるステップであって、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡが存在する場合、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡ内のそのそれぞれの１６Ｓ  ｒＲＮＡ標的配列にそれぞれのプライマーが特異的にハイブリダイズする反応条件下で実施される、ステップと、
（ｉｉ）それぞれのハイブリダイズしたプライマーの３’末端が伸長され、それによって該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ標的１６Ｓ  ｒＲＮＡの領域に相補的な配列を有する一本鎖ｃＤＮＡを生成する反応条件を提供するステップであって、該領域は、該それぞれのプライマー標的配列の５’に位置する、ステップと、
（ｉｉｉ）ステップ（ｉｉ）からの任意のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡを
（Ａ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｂ）該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｃ）該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡ内の第１の標的配列に特異的にハイブリダイズする３’部分および該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズしない５’部分を有する第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｄ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、
（Ｅ）該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ内の第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチド、ならびに
（Ｆ）該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡ内の第２の標的配列に特異的にハイブリダイズする５’部分を有する第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドであって、該第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡ標的配列は、該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡ標的配列の３’に位置し、それに隣接する、第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチド
と接触させるステップであって、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドは、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの線状二重鎖切断構造を形成するように該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で、
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドは、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの線状二重鎖切断構造を形成するように該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で、および
該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡが存在する場合、該第１および第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドは、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの線状二重鎖切断構造を形成するように該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃＤＮＡに安定にハイブリダイズする反応条件下で実施される、ステップと、
（ｉｖ）該試料を、
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造が存在する場合、該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造の切断が起きて、該第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物を生成する反応条件下で、
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造が存在する場合、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造の切断が起きて、該第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を生成する反応条件下で、
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断構造が存在する場合、該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断構造の切断が起きて、該第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドの該５’部分を含むＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物を生成する反応条件下で、ステップ（ｉｉｉ）からの任意の切断構造を切断することができるフラップエンドヌクレアーゼと接触させるステップと、
（ｖ）該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物の存在または非存在を検出するステップと
を含む切断に基づくアッセイである、項目２に記載の方法。
（項目３５）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的プライマーが、配列番号６に示した配列を含む、項目３４に記載の方法。
（項目３６）
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的プライマーが、配列番号９に示した配列を含む、項目３４または３５に記載の方法。
（項目３７）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的プライマーが、配列番号１３に示した配列を含む、項目３４から３６のいずれかに記載の方法。
（項目３８）
前記第１のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの３’部分が、配列番号４の残基１１〜２７に示した配列を含む、項目３４から３７のいずれかに記載の方法。
（項目３９）
前記第１のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの３’部分が、配列番号７の残基１１〜２５に示した配列を含む、項目３４から３８のいずれかに記載の方法。
（項目４０）
前記第１のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドの３’部分が、配列番号１０の残基１１〜２７に示した配列を含む、項目３４から３９のいずれかに記載の方法。
（項目４１）
前記第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記５’部分が、配列番号５の残基１〜２０に示した配列を含む、項目３４から４０のいずれかに記載の方法。
（項目４２）
前記第２のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａプローブオリゴヌクレオチドの前記５’部分が、配列番号８の残基１〜２４に示した配列を含む、項目３４から４１のいずれかに記載の方法。
（項目４３）
前記第２のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓプローブオリゴヌクレオチドの前記５’部分が、（１）配列番号１１の残基１〜２７に示した配列および（２）配列番号１２の残基１〜３２に示した配列からなる群から選択される配列を含む、項目３４から４２のいずれかに記載の方法。
（項目４４）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物を検出するステップが、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物を第１の蛍光標識および第１のクエンチャーを含む第１のＦＲＥＴカセットと接触させること、該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物を第２の蛍光標識および第２のクエンチャーを含む第２のＦＲＥＴカセットと接触させること、および該Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物を第３の蛍光標識および第３のクエンチャーを含む第３の（thirs）ＦＲＥＴカセットと接触させることであって、
それぞれのＦＲＥＴカセットが、前記フラップエンドヌクレアーゼによって切断され得る第２のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断構造、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断構造、またはＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断構造を形成するように該それぞれの切断生成物とハイブリダイズし、
該Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物が存在する場合、該第１の蛍光標識が、該第１のクエンチャーを含む該第１のＦＲＥＴカセットから放出され、
該Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物が存在する場合、該第２の蛍光標識が、該第２のクエンチャーを含む該第２のＦＲＥＴカセットから放出され、
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物が存在する場合、前記第３の蛍光標識が、該第３のクエンチャーを含む該第３のＦＲＥＴカセットから放出されることと、
該放出された第１、第２、または第３の蛍光標識を検出することと
を含む、項目３４から４３のいずれかに記載の方法。
（項目４５）
前記第１、第２、および第３のクエンチャーが同じである、項目４４に記載の方法。
（項目４６）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの切断生成物が、配列番号４の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号４の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する、項目４４または４５に記載の方法。
（項目４７）
前記第１のＦＲＥＴカセットが、配列番号１４に示した配列を含む、項目４６に記載の方法。
（項目４８）
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの切断生成物が、配列番号７の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号７の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する、項目４４から４７のいずれかに記載の方法。
（項目４９）
前記第２のＦＲＥＴカセットが、配列番号１５に示した配列を含む、項目４８に記載の方法。
（項目５０）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの切断生成物が、配列番号１０の残基１〜１１に示した配列を含み、配列番号１０の残基１１が、該切断生成物の３’終末端に対応する、項目４４から４９のいずれかに記載の方法。
（項目５１）
前記第３のＦＲＥＴカセットが、配列番号１６に示した配列を含む、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
ＢＶに関連した１０種以下の細菌属の検出を含む、項目１から５１のいずれかに記載の方法。
（項目５３）
ＢＶに関連した５種以下の細菌属の検出を含む、項目１から５１のいずれかに記載の方法。
（項目５４）
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ以外のＢＶに関連した細菌属の検出を含まない、項目１から５１のいずれかに記載の方法。
（項目５５）
ＢＶが前記被験体において示される場合、該被験体にＢＶの処置レジメンを施すステップをさらに含む、項目１から５４のいずれかに記載の方法。
（項目５６）
前記被験体におけるＢＶを監視するための方法であり、該被験体が、ステップ（ａ）の前にＢＶの処置レジメンを受けている、項目１から５４のいずれかに記載の方法。
（項目５７）
ＢＶが前記被験体において示される場合、（ｉ）該被験体にＢＶの前記処置レジメンを施すステップ、または（ｉｉ）該被験体にＢＶの異なる処置レジメンを施すステップのいずれかをさらに含む、項目５６に記載の方法。
（項目５８）
ＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの検出が、前記標的のそれぞれについて、検出シグナルを該標的の所定の検出閾値と比較することを含む、項目１および３から２４のいずれかに記載の方法。
（項目５９）
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの検出が、前記標的のそれぞれについて、検出シグナルを該標的の所定の検出閾値と比較することを含む、項目２および２５から５１のいずれかに記載の方法。
（項目６０）
Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの標的核酸およびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの標的核酸を検出するための反応混合物であって、
配列番号１に示した配列と少なくとも９８％同一である核酸塩基配列を有する１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の存在によって特徴付けられるＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズするが、他のＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ種由来の核酸内の配列に特異的にハイブリダイズしないＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチド、および
Ｐ．ａｍｎｉｉ、Ｐ．ｄｉｓｉｅｎｓ、およびＰ．ｂｉｖｉａの標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズするが、他のＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ種由来の核酸内の配列に特異的にハイブリダイズしない、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的なオリゴヌクレオチド
を含む反応混合物。
（項目６１）
Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種の標的核酸内の標的配列に特異的にハイブリダイズするが、Ｌ．ｉｎｅｒｓ由来の核酸内の配列に特異的にハイブリダイズしない、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチドをさらに含む、項目６０に記載の反応混合物。
（項目６２）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの標的核酸およびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの標的核酸が、それぞれＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａおよびＰｒｅｖｏｔｅｌｌａの１６Ｓ  ｒＲＮＡである、項目６０に記載の反応混合物。
（項目６３）
（ｉ）前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、ヌクレオチド位置６１５〜６７９に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とし、かつ／または
（ｉｉ）前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号２のヌクレオチド位置９５４〜１０３７に対応するＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とする、
項目６２に記載の反応混合物。
（項目６４）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号６に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号４の残基１１〜２７に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号５の残基１〜２０に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
からなる群から選択される、項目６３に記載の反応混合物。
（項目６５）
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号９に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号７の残基１１〜２５に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号８の残基１〜２４に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド
からなる群から選択される、項目６３または６４に記載の反応混合物。
（項目６５）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの標的核酸内の２つの異なる標的配列に特異的にハイブリダイズする少なくとも２つのオリゴヌクレオチド、および／または前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの標的核酸内の２つの異なる標的配列に特異的にハイブリダイズする少なくとも２つのオリゴヌクレオチドを含む、項目６０から６５のいずれかに記載の反応混合物。
（項目６６）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの標的核酸、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの標的核酸、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの標的核酸が、それぞれＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、およびＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの１６Ｓ  ｒＲＮＡである、項目６１に記載の反応混合物。
（項目６７）
（ｉ）前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、ヌクレオチド位置６１５〜６７９に対応するＥｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とし、
（ｉｉ）前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号２のヌクレオチド位置９５４〜１０３７に対応するＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とし、かつ／または
（ｉｉｉ）前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチドが、配列番号３のヌクレオチド位置８３７〜９４４に対応するＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ領域内の配列を標的とする、
項目６６に記載の反応混合物。
（項目６８）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号６に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号４の残基１１〜２７に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号５の残基１〜２０に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド
からなる群から選択される、項目６７に記載の反応混合物。
（項目６９）
前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号９に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号７の残基１１〜２５に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号８の残基１〜２４に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド
からなる群から選択される、項目６７または６８に記載の反応混合物。
（項目７０）
前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ特異的オリゴヌクレオチドが、
配列番号１３に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号１０の残基１１〜２７に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
配列番号１１の残基１〜２７に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、および
配列番号１２の残基１〜３２に示した配列に実質的に対応する標的にハイブリダイズする配列を含むオリゴヌクレオチド、
からなる群から選択される、項目６７から６９のいずれかに記載の反応混合物。
（項目７１）
前記Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａの標的核酸内の２つの異なる標的配列に特異的にハイブリダイズする少なくとも２つのオリゴヌクレオチド、前記Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの標的核酸内の２つの異なる標的配列に特異的にハイブリダイズする少なくとも２つのオリゴヌクレオチド、および／または前記Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓの標的核酸内の２つの異なる標的配列に特異的にハイブリダイズする少なくとも２つのオリゴヌクレオチドを含む、項目６０および６６から７０のいずれかに記載の反応混合物。