【事件の表示】
　特願２００２−１６８８９４「遺伝子データベース作成方法、遺伝子データベース作成装置、遺伝子データベース作成プログラム、および遺伝子データベース作成プログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体」拒絶査定不服審判事件〔平成１６年　１月　８日出願公開、特開２００４−　　５３１９〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
第１．手続きの経緯
　本願は、平成１４年４月２４日の出願である特願２００２−１２３１７６号に基づく優先権を主張して平成１４年６月１０日になされた出願であって、平成１６年２月６日（発送日同年２月２４日）に拒絶理由が通知され、これに対して同年４月２６日に手続補正がなされた後、同年１１月１９日（発送日同年１１月２４日）に拒絶査定がなされ、これに対し、同年１２月２４日に拒絶査定不服審判の請求がなされるとともに、平成１７年１月２４日付で手続補正がなされたが、当審において平成２０年１月２８日付で平成１７年１月２４日付手続補正の却下の決定がなされ（発送日同年２月１２日）ると共に、同日付で最後の拒絶理由が通知され（発送日同年１月２９日）、これに対し、同年３月２８日付けで手続補正がなされたものである。
　
第２．平成２０年３月２８日付け手続補正の却下
　
[補正却下の決定の結論]
　平成２０年３月２８日付けの手続補正（以下、「本件補正」という。）を却下する。
　
[理由]
１．補正の概要
　本件補正は、特許請求の範囲を
「【請求項１】
　プライマ・プローブ設計部、相同性検索部、採択保存部、インデックス作成グループ化部、マスク部、および、塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースと第２の遺伝子データベースとを格納する記憶装置を備えた遺伝子データベース作成装置における遺伝子データベース作成方法であって、
　上記塩基配列には当該塩基配列を説明する注釈情報が対応づけられており、
　上記インデックス作成グループ化部が、上記注釈情報に基づいて、上記塩基配列をグループ化するグループ化ステップと、
　上記インデックス作成グループ化部が、上記グループ化ステップで得られたグループごとに、グループを代表する塩基配列であるグループ代表塩基配列を決定する代表配列決定ステップと、
　上記プライマ・プローブ設計部が、上記第１の遺伝子データベースから、上記グループ代表塩基配列を選択配列として選択し、選択した選択配列を上記マスク部に送るステップと、
　上記マスク部が、受け取った上記選択配列から、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を除き、上記プライマ・プローブ設計部に送るステップと、
　上記プライマ・プローブ設計部が、受け取ったマスク処理後の上記選択配列の一部を候補配列として決定し、さらに、当該候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を設計するステップと、
　上記プライマ・プローブ設計部が、決定した上記候補配列を上記相同性検索部に送り、かつ、設計した上記増幅用配列を上記採択保存部に送るステップと、
　上記相同性検索部が、受け取った上記候補配列と、上記第２の遺伝子データベース内の、当該候補配列の決定に用いた選択配列が属するグループとは別のグループのグループ代表塩基配列との相同性の有無を判定する相同性判定ステップと、
　上記採択保存部が、上記相同性検索部により相同性ありと判定された上記候補配列に対応する上記増幅用配列を破棄し、一方、上記相同性検索部により相同性なしと判定された上記候補配列に対応する上記増幅用配列を、上記グループ代表塩基配列を含むグループの各塩基配列に対応付けて上記第１の遺伝子データベースに保存する増幅用配列保存ステップと、を含むことを特徴とする遺伝子データベース作成方法。
  　
【請求項２】
　プライマ・プローブ設計部、相同性検索部、採択保存部、インデックス作成グループ化部、マスク部、および、塩基配列を格納した遺伝子データベースを格納する記憶装置を備えた遺伝子データベース作成装置における遺伝子データベース作成方法であって、
　上記塩基配列には当該塩基配列を説明する注釈情報が対応づけられており、
　上記インデックス作成グループ化部が、上記注釈情報に基づいて、上記塩基配列をグループ化するグループ化ステップと、
　上記インデックス作成グループ化部が、上記グループ化ステップで得られたグループごとに、グループを代表する塩基配列であるグループ代表塩基配列を決定する代表配列決定ステップと、
　上記プライマ・プローブ設計部が、上記遺伝子データベースから、上記グループ代表塩基配列を選択配列として選択し、選択した選択配列を上記マスク部に送るステップと、
　上記マスク部が、受け取った上記選択配列から、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を除き、上記プライマ・プローブ設計部に送るステップと、
　上記プライマ・プローブ設計部が、受け取ったマスク処理後の上記選択配列の一部を候補配列として決定し、さらに、当該候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を設計するステップと、
　上記プライマ・プローブ設計部が、決定した上記候補配列を上記相同性検索部に送り、かつ、設計した上記増幅用配列を上記採択保存部に送るステップと、
　上記相同性検索部が、受け取った上記候補配列と、上記第２の遺伝子データベース内の、当該候補配列の決定に用いた選択配列が属するグループとは別のグループのグループ代表塩基配列との相同性の有無を判定する相同性判定ステップと、
　上記採択保存部が、上記相同性検索部により相同性ありと判定された上記候補配列に対応する上記増幅用配列を破棄し、一方、上記相同性検索部により相同性なしと判定された上記候補配列に対応する上記増幅用配列を、上記グループ代表塩基配列を含むグループの各塩基配列に対応付けて上記遺伝子データベースに保存する増幅用配列保存ステップと、を含むことを特徴とする遺伝子データベース作成方法。
    　
【請求項３】
　上記遺伝子データベース作成装置はさらにアセンブル部を備えており、
　上記インデックス作成グループ化部が上記代表配列決定ステップにおいてグループ代表塩基配列を決定する際に、グループ内のいずれの塩基配列もグループ代表塩基配列となるための条件を満たしていないことを確認した場合、上記アセンブル部がグループ内の塩基配列を加工して、仮想塩基配列を作成する仮想配列作成ステップをさらに含むことを特徴とする請求項１または２に記載の遺伝子データベース作成方法。
      　
【請求項４】
　プライマ・プローブ設計部、相同性検索部、採択保存部、インデックス作成グループ化部、マスク部、および、塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースと第２の遺伝子データベースとを格納する記憶装置を備えた遺伝子データベース作成装置であって、
　上記塩基配列には当該塩基配列を説明する注釈情報が対応づけられており、
　上記インデックス作成グループ化部が、上記注釈情報に基づいて、上記塩基配列をグループ化し、
　上記インデックス作成グループ化部が、上記グループ化ステップで得られたグループごとに、グループを代表する塩基配列であるグループ代表塩基配列を決定し、
　上記プライマ・プローブ設計部が、上記第１の遺伝子データベースから、上記グループ代表塩基配列を選択配列として選択し、選択した選択配列を上記マスク部に送り、
　上記マスク部が、受け取った上記選択配列から、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を除き、上記プライマ・プローブ設計部に送り、
　上記プライマ・プローブ設計部が、受け取ったマスク処理後の上記選択配列の一部を候補配列として決定し、さらに、当該候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を設計し、
　上記プライマ・プローブ設計部が、決定した上記候補配列を上記相同性検索部に送り、かつ、設計した上記増幅用配列を上記採択保存部に送り、
　上記相同性検索部が、受け取った上記候補配列と、上記第２の遺伝子データベース内の、当該候補配列の決定に用いた選択配列が属するグループとは別のグループのグループ代表塩基配列との相同性の有無を判定し、
　上記採択保存部が、上記相同性検索部により相同性ありと判定された上記候補配列に対応する上記増幅用配列を破棄し、一方、上記相同性検索部により相同性なしと判定された上記候補配列に対応する上記増幅用配列を、上記グループ代表塩基配列を含むグループの各塩基配列に対応付けて上記第１の遺伝子データベースに保存する、ことを特徴とする遺伝子データベース作成装置。
        　
【請求項５】
　プライマ・プローブ設計部、相同性検索部、採択保存部、インデックス作成グループ化部、マスク部、および、塩基配列を格納した遺伝子データベースを格納する記憶装置を備えた遺伝子データベース作成装置であって、
　上記塩基配列には当該塩基配列を説明する注釈情報が対応づけられており、
　上記インデックス作成グループ化部が、上記注釈情報に基づいて、上記塩基配列をグループ化し、
　上記インデックス作成グループ化部が、上記グループ化ステップで得られたグループごとに、グループを代表する塩基配列であるグループ代表塩基配列を決定し、
　上記プライマ・プローブ設計部が、上記遺伝子データベースから、上記グループ代表塩基配列を選択配列として選択し、選択した選択配列を上記マスク部に送り、
　上記マスク部が、受け取った上記選択配列から、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を除き、上記プライマ・プローブ設計部に送り、
　上記プライマ・プローブ設計部が、受け取ったマスク処理後の上記選択配列の一部を候補配列として決定し、さらに、当該候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を設計し、
　上記プライマ・プローブ設計部が、決定した上記候補配列を上記相同性検索部に送り、かつ、設計した上記増幅用配列を上記採択保存部に送り、
　上記相同性検索部が、受け取った上記候補配列と、上記第２の遺伝子データベース内の、当該候補配列の決定に用いた選択配列が属するグループとは別のグループのグループ代表塩基配列との相同性の有無を判定し、
　上記採択保存部が、上記相同性検索部により相同性ありと判定された上記候補配列に対応する上記増幅用配列を破棄し、一方、上記相同性検索部により相同性なしと判定された上記候補配列に対応する上記増幅用配列を、上記グループ代表塩基配列を含むグループの各塩基配列に対応付けて上記遺伝子データベースに保存する、ことを特徴とする遺伝子データベース作成装置。
         　
【請求項６】
　プローブおよび／またはプライマの設計を支援することを特徴とする請求項４または５に記載の遺伝子データベース作成装置。
           　
【請求項７】
　マイクロアレイの設計を支援することを特徴とする請求項４または５に記載の遺伝子データベース作成装置。
          　
【請求項８】
　請求項４から７のいずれか１項に記載の遺伝子データベース作成装置を動作させる遺伝子データベース作成プログラムであって、コンピュータを上記の各部として実行させる遺伝子データベース作成プログラム。
           　
【請求項９】
　請求項８に記載の遺伝子データベース作成プログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
」とするものである。
            　
２．補正の適否
　本件補正は、下記の点でこの出願の願書に最初に添付された明細書又は図面（以下、「当初明細書等」という。）に記載された事項の範囲内でなされたものではないので、特許法第１７条の２第３項に規定する要件を満たしていない。
      
　すなわち、補正後の請求項１には「上記プライマ・プローブ設計部が、上記第１の遺伝子データベースから、上記グループ代表塩基配列を選択配列として選択し、選択した選択配列を上記マスク部に送るステップ」との記載があり、「プライマ・プローブ設計部」が「第１の遺伝子データベースから、上記グループ代表塩基配列を選択配列として選択」すること、及び、「選択した選択配列を上記マスク部に送る」ことを行うように記載されている。
　
　一方、この補正の「プライマ・プローブ設計部」、「マスク部」、及び、「選択配列」に関する記載として、当初明細書等には、以下の記載がある。
  
 （ア）「次に、図１を用いて、データベース作成装置２の遺伝子配列設計部４を説明する。図１は、遺伝子配列設計部４の機能を示している。つまり、遺伝子配列設計部４には、マスク部３１と、プライマ・プローブ設計部３２と、相同性検索部３４と、採択保存部３５とが設けられている。また、プライマ・プローブ設計部３２には、プライマ設計用条件入力部３３が接続されている。マスク部３１には、繰り返し配列データベース３６および不要配列データベース３７が接続されている。なお、プライマ設計用条件入力部３３は、図３の入力装置８に設けられている。」（段落００６９）
　「遺伝子配列設計部４は、塩基配列を格納した遺伝子データベース１０から、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を、候補配列であるプローブ候補配列として決定する。また、遺伝子配列設計部４は、プローブ候補配列を増幅するための増幅用配列であるプライマとを決定する。さらに、遺伝子配列設計部４は、決定されたプローブ候補配列の相同性を検索し、プローブ候補配列の相同性の有無を判定する。さらに、プローブ候補配列が相同性なしと判定されたとき、遺伝子配列設計部４は、その判定を受けたプローブ候補配列を増幅するプライマを、遺伝子データベース１０に保存する。」（段落００７０） 
　「次に、遺伝子配列設計部４の各構成について説明する。マスク部３１は、繰り返し配列データベース３６および不要配列データベース３７を用いて、プローブ候補配列の決定に使用する選択配列が、プローブ候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を含んでいるかを確認する。その確認により、プローブ候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を含んでいることが分かったとき、マスク部３１は、選択配列に含まれているマスク配列の部分をマスクする。そのマスクされた部分は、プローブ候補配列に含まれないように処理される。なお、本実施の形態において、マスク処理には、例えば、cross＿match(P.Green,　Univ　Washington,USA)を用いることができる。」（段落００７１） 
　「繰り返し配列データベース３６および不要配列データベース３７には、「プローブ候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列」が保存されている。具体的には、繰り返し配列データベース３６には、繰り返し配列などのプローブとして望ましくない塩基配列が保存されている。また、不要配列データベース３７には、解析対象ではない塩基配列が保存されている。」（段落００７２） 
　「プライマ・プローブ設計部３２は、マスク部処理後の選択配列を用いて、候補配列であるプローブ候補配列と、プローブ候補配列を増幅するための増幅用配列であるプライマとを設計する。さらに、プライマ・プローブ設計部３２は、プローブ候補配列を相同性検索部３４へ送り、プライマを採択保存部３５へ送る。」（段落００７３） 
　「プライマ設計用条件入力部３３では、プライマ設計者がプライマ設計の条件を入力する。その入力された条件を、プライマ設計用条件入力部３３はプライマ・プローブ設計部３２に伝える。プライマ設計用条件入力部３３は、その条件に合わせてプライマを設計する。なお、上記プローブ候補配列とプライマとの決定には、例えば、primer3(S.Rozen,MIT,USA)を用いることができる。」（段落００７４） 
 「相同性検索部３４は、プライマ・プローブ設計部３２が決定したプローブ候補配列と、遺伝子データベース１０内に格納されている塩基配列であってプローブ候補配列を含んでいたものとは別の塩基配列（選択配列以外の塩基配列）との相同性を検索し、相同性の有無を判定する。なお、上記相同性の検索には、ソフトウェア（ＢＬＡＳＴ（S.Altschl,NCBI,USA））を用いることができる。」（段落００７５） 
 「採択保存部３５は、上記相同性検索部３４での相同性の有無の判定により、相同性なしと判定されたとき、その判定を受けたプローブ候補配列を増幅するためのプライマを、遺伝子データベース１０に保存する。」（段落００７６）
　　 
 （イ）「次に、図１を用いて、プライマ設計工程の各ステップについて説明する。候補配列決定ステップでは、情報収集工程で遺伝子データベース１０に格納した塩基配列から選択した選択配列をプライマ・プローブ設計部３２に送って、候補配列であるプローブ候補配列と、そのプローブ候補配列を増幅するための増幅用配列であるプライマとを決定する。」（段落０１２１） 
 「なお、本実施の形態では、塩基配列のグループ化を行っているので、グループ代表塩基配列をプライマ・プローブ設計部３２に送って、そのグループ代表塩基配列から、プローブ候補配列とプライマとを決定している。つまり、グループ化を行っている場合、選択配列は、あるグループのグループ代表塩基配列である。」（段落０１２２） 
 「また、本実施の形態のプライマ設計工程は、選択配列から候補配列を決定する際、選択配列から、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を除くマスクステップをさらに含んでいる。つまり、選択配列をプライマ・プローブ設計部３２に送る前に、選択配列をマスク部３１に送って、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列、つまり、プローブとして望ましくない配列にマスクする処理を行う。」（段落０１２３） 
 「候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列は、繰り返し配列データベース３６および不要配列データベース３７に保存されている。繰り返し配列データベース３６には、既知の繰り返し塩基配列が保存されている。また、不要配列データベース３７には、解析の対象ではない遺伝子のデータが保存されている。」（段落０１２４） 
 「マスク部３１は、送られてきた選択配列と、繰り返し配列データベース３６および不要配列データベース３７に保存されている塩基配列とを比較して、送られてきた選択配列にマスク配列があれば、その選択配列に含まれるマスク配列の部分にマスク処理をする。さらに、マスク部３１は、マスク処理後の塩基配列をプライマ・プローブ設計部３２に送る。」（段落０１２５） 
 「また、プライマ・プローブ設計部３２は、マスク部３１から受け取ったマスク処理後の選択配列を用いて、プローブ候補配列および増幅用配列（プライマ）を決定する。さらに、プライマ設計用条件入力部３３で入力された決定の条件に基づいて、プライマ・プローブ設計部３２は、プローブ候補配列および増幅用配列を決定する。」（段落０１２６） 
 　 
 （ウ）「プライマ設計工程は下記の（１）〜（７）の手順で行った。」（段落０１５８） 
 「（１）情報収集工程で構築した遺伝子データベースより、各グループのグループ代表塩基配列を選択した。」（段落０１５９） 
 「（２）上記（１）で選択した塩基配列が、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を含まないかを確認した。なお、マスク配列である繰り返し配列の情報は、繰り返しデータベースに保存されており、その情報は、RepBase(Genetic　Information　Research,USA)から取得した。」（段落０１６０） 
 「また、マスク配列である不要配列は、不要配列データベースに保存されている。また、その不要配列とは、解析の対象ではない遺伝子の配列であって、ヒトのミトコンドリア塩基配列、ヒトのリボソームＲＮＡをコードする塩基配列などである。なお、ヒトのミトコンドリア塩基配列の情報およびヒトのリボソームＲＮＡをコードする塩基配列の情報は、ＧｅｎＢａｎｋより取得した。」（段落０１６１） 
 「（３）マスク処理後の塩基配列について、プローブとしての用件を満たし、かつマスクされない領域を増幅するＰＣＲプライマを設計した。」（段落０１６２） 
　
 　上記記載（ア）の段落００６９には、「プライマ・プローブ設計部」は、「マスク部」、「相同性検索部」、「採択保存部」とともに「データベース作成装置」の「遺伝子配列設計部」に設けられていることが記載されている。同段落００７０には、遺伝子データベースから１つの塩基配列を選択配列として選択することが「遺伝子配列設計部」で行われることが記載されている。同段落００７１には、「マスク部」についての説明として、「選択配列」が、不適当な塩基配列を含んでいるか、「繰り返し配列データベース」及び「不要配列データベース」を用いて確認し、含んでいる時はマスクすることが記載されている。同段落００７３には、「プライマ・プローブ設計部」が「マスク部処理後の選択配列」を用いてプローブ候補配列とプライマとを設計することが記載されている。
　一方、上記記載（ア）には、何が「マスク部」に「選択配列」を送るのか、その動作の主体について具体的な記載はない。また、上記記載（ア）が参照する図１には、「１０：遺伝子データベース」から「マスク部」に向かって「配列」と書き添えられた矢印が記載され、同じく「マスク部」から、「プライマ・プローブ設計部」に向かって、「マスク処理後の配列」と書き添えられた矢印が記載されている。「図面の簡単な説明」の図１についての説明は「図３に示した遺伝子データベース装置が備える遺伝子配列設計部の構成の概略を示す機能ブロック図である。」と記載されていることから、図１が「遺伝子配列設計部」が備える各構成要素間の機能的なつながりを示した図であると解されるところ、図１には、「プライマ・プローブ設計部」が「遺伝子データベース」から「配列」を「マスク部」に「送る」という機能を備えると解釈できるような記載はされていない。
　
 　上記記載（イ）には、「プライマ設計工程の各ステップ」として、「選択配列をプライマ・プローブ設計部３２に送る前に、選択配列をマスク部３１に送って、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列、つまり、プローブとして望ましくない配列にマスクする処理を行う」ステップ、及び「プライマ・プローブ設計部３２は、マスク部３１から受け取ったマスク処理後の選択配列を用いて、プローブ候補配列および増幅用配列（プライマ）を決定する」ステップが記載されている。上記記載（イ）、及び、記載（イ）が参照する図１の記載を参酌すれば、「プライマ設計工程」は、「マスク部」が「マスクする処理（マスクステップ）」を行い、その次に「プライマ・プローブ設計部」が「プローブ候補配列および増幅用配列（プライマ）を決定する」ステップが行われると解釈するほかない。
　また、「プライマ・プローブ設計部」に送る前に「選択配列」を「マスク部」に送るように記載されていることから、「プライマ・プローブ設計部」に送られる前の時点で「選択配列」の選択がされていることは明らかである。
  　
 　上記記載（ウ）には、遺伝子データベースよりグループ代表塩基配列を選択し、該選択した塩基配列がマスク配列を含まないか確認し、マスク処理後の塩基配列についてプローブとしての用件を満たし、かつマスクされない領域を増幅するＰＣＲプライマを設計したことが記載されている。また、上記記載（ウ）には、各手順がいかなる主体によって行われるのかについての記載はない。
　　 
　してみると、当初明細書等には、「プライマ・プローブ設計部」が、「第１の遺伝子データベースから、上記グループ代表塩基配列を選択配列として選択」する構成、及び、「選択した選択配列を上記マスク部に送る」構成は、いずれも記載されておらず、また、該構成を示唆する記載もない。
 　 
　したがって、請求項１についての上記補正は、当初明細書等に記載された事項の範囲内においてしているとはいえない。
　したがって、他の請求項について判断するまでもなく、本件補正は却下すべきものである。　
　
　審判請求人は、補正書と同時に提出した意見書で、請求項１の上記補正箇所の根拠として、段落０１２３を挙げている。しかし、記載（ウ）についてで述べたとおり、段落０１２３の記載は、「プライマ設計工程」が、「プライマ・プローブ設計部」による処理の前のステップとして「マスク部」による「マスクする処理（マスクステップ）」を含むことについて述べたものであり、遺伝子データベースから選択配列を選択してマスク部に送る動作の主体は明示されておらず、「プライマ・プローブ設計部」がそのような動作を行うことを示唆する記載もない。したがって、当該記載をもって「上記プライマ・プローブ設計部が、上記第１の遺伝子データベースから、上記グループ代表塩基配列を選択配列として選択し、選択した選択配列を上記マスク部に送るステップ」が、当初明細書等に記載された事項の範囲内であるとする審判請求人の主張は採用できない。
　
３．むすび
　上記のとおり、本件補正は、特許法第１７条の２第３項の規定に適合しないものであり、特許法第１５９条第１項において準用する同法第５３条項の規定により、却下すべきものである。 
　
　
第３．本願発明について
１．本願発明
　平成２０年３月２８日付けの手続補正は、上記のとおり却下された。また、その前の平成１７年１月２４日付けの手続補正は平成２０年１月２８日付けで却下されているので、本願の請求項１〜１４に係る発明は、平成１６年４月２６日付け手続補正書の特許請求の範囲の請求項１〜１４に記載された事項によって特定される以下のとおりのものと認められる。
「【請求項１】
　プライマ・プローブ設計部、相同性検索部、および採択保存部を備えた遺伝子データベース作成装置における遺伝子データベース作成方法であって、
　上記プライマ・プローブ設計部が、塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定する候補配列決定ステップと、
　上記相同性検索部が、上記候補配列と、第２の遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索する相同性検索ステップと、
　上記相同性検索部が、上記相同性検索ステップでの相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性判定ステップと、
　上記採択保存部が、上記相同性判定ステップによって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を、当該候補配列を含む選択配列と対応づけて、上記第１の遺伝子データベースに保存する増幅用配列保存ステップと、を含むことを特徴とする遺伝子データベース作成方法。
　
【請求項２】
　プライマ・プローブ設計部、相同性検索部、および採択保存部を備えた遺伝子データベース作成装置における遺伝子データベース作成方法であって、
　上記プライマ・プローブ設計部が、塩基配列を格納した遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定する候補配列決定ステップと、
　上記相同性検索部が、上記候補配列と、上記遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索する相同性検索ステップと、
　上記相同性検索部が、上記相同性検索ステップでの相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性判定ステップと、
　上記採択保存部が、上記相同性判定ステップによって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を、当該候補配列を含む選択配列と対応づけて、上記遺伝子データベースに保存する増幅用配列保存ステップと、を含むことを特徴とする遺伝子データベース作成方法。
　
【請求項３】
　上記遺伝子データベース作成装置はさらにインデックス作成グループ化部を備えており、
　上記塩基配列には当該塩基配列を説明する注釈情報が対応づけられており、上記候補配列決定ステップの前に、上記インデックス作成グループ化部が、上記注釈情報に基づいて、上記塩基配列をグループ化するグループ化ステップと、
　上記インデックス作成グループ化部が、上記グループ化ステップで得られたグループごとに、グループを代表する塩基配列であるグループ代表塩基配列を決定する代表配列決定ステップとを含み、
　上記候補配列決定ステップでは、上記プライマ・プローブ設計部が、グループ代表塩基配列から選択配列を選択し、
　上記相同性検索ステップでは、上記相同性検索部が、候補配列と、当該候補配列の決定に用いた選択配列が属するグループとは別のグループのグループ代表塩基配列との相同性を検索することを特徴とする請求項１または２に記載の遺伝子データベース作成方法。
　
【請求項４】
　上記遺伝子データベース作成装置はさらにアセンブル部を備えており、
　上記インデックス作成グループ化部が上記代表配列決定ステップにおいてグループ代表塩基配列を決定する際に、グループ内のいずれの塩基配列もグループ代表塩基配列となるための条件を満たしていないことを確認した場合、上記アセンブル部がグループ内の塩基配列を加工して、仮想塩基配列を作成する仮想配列作成ステップをさらに含むことを特徴とする請求項３に記載の遺伝子データベース作成方法。
　
【請求項５】
　上記遺伝子データベース作成装置はさらにマスク部を備えており、
　上記プライマ・プローブ設計部が選択配列から候補配列を決定する際、上記マスク部が、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を、選択配列から除くマスクステップをさらに含むことを特徴とする請求項１から４のいずれか１項に記載の遺伝子データベース作成方法。
　
【請求項６】
　塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定するプライマ・プローブ設計部と、
　上記候補配列と、第２の遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索し、当該相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性検索部と、
　上記相同性検索部によって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を、当該候補配列を含む選択配列と対応づけて、上記第１の遺伝子データベースに保存する採択保存部と、を備えることを特徴とする遺伝子データベース作成装置。
　
【請求項７】
　塩基配列を格納した遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定するプライマ・プローブ設計部と、
　上記候補配列と、上記遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索し、当該相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性検索部と、
　上記相同性検索部によって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を、当該候補配列を含む選択配列と対応づけて、上記遺伝子データベースに保存する採択保存部と、を備えることを特徴とする遺伝子データベース作成装置。
　
【請求項８】
　上記塩基配列には当該塩基配列を説明する注釈情報が対応づけられており、
　上記注釈情報に基づいて、上記塩基配列をグループ化し、得られたグループごとに、グループを代表する塩基配列であるグループ代表塩基配列を決定するインデックス作成グループ化部をさらに備えており、
　上記プライマ・プローブ設計部は、グループ代表塩基配列から選択配列を選択し、
　上記相同性検索部は、候補配列と、当該候補配列の決定に用いた選択配列が属するグループとは別のグループのグループ代表塩基配列との相同性を検索することを特徴とする請求項６または７に記載の遺伝子データベース作成装置。
　
【請求項９】
　グループ代表塩基配列を決定する際に、グループ内のいずれの塩基配列もグループ代表塩基配列となるための条件を満たしていないことを上記インデックス作成グループ化部が確認した場合、グループ内の塩基配列を加工して、仮想塩基配列を作成するアセンブル部をさらに備えることを特徴とする請求項８に記載の遺伝子データベース作成装置。
　
【請求項１０】
　上記プライマ・プローブ設計部が選択配列から候補配列を決定する際、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を選択配列から除くマスク部をさらに備えることを特徴とする請求項６から９のいずれか１項に記載の遺伝子データベース作成装置。
　
【請求項１１】
　プローブおよび／またはプライマの設計を支援することを特徴とする請求項６から１０のいずれか１項に記載の遺伝子データベース作成装置。
　
【請求項１２】
　マイクロアレイの設計を支援することを特徴とする請求項６から１０のいずれか１項に記載の遺伝子データベース作成装置。
　
【請求項１３】
　請求項６から１０のいずれか１項に記載の遺伝子データベース作成装置を動作させる遺伝子データベース作成プログラムであって、コンピュータを上記の各部として実行させる遺伝子データベース作成プログラム。
　
【請求項１４】
　請求項１３に記載の遺伝子データベース作成プログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体。」
　
２．当審の最後の拒絶理由
　これに対する当審の最後の拒絶理由の概要は、以下のとおりである。
　
『 １．手続の経緯 
（略）
　
２．平成１７年１月２４日付手続補正について 
（略）
　
３．本願発明について 
 　平成１７年１月２４日付の手続補正は、上記のとおり却下されている。以下、平成１６年４月２６日付手続補正書で補正された、特許請求の範囲及び発明の詳細な説明について以下のとおり判断する。 
　 
 　平成１６年４月２６日付けでした手続補正は、下記の点で願書に最初に添付した明細書又は図面に記載した事項の範囲内においてしたものでないから、特許法第１７条の２第３項に規定する要件を満たしていない。 
 　 
 　　　　　　　　　　　　　　　　　記 
 　 
 　平成１６年４月２６日付手続補正によって、特許請求の範囲の請求項１が 
 「【請求項１】 
 　塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定する候補配列決定ステップと、 
 　上記候補配列と、第２の遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索する相同性検索ステップと、 
 　上記相同性検索ステップでの相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性判定ステップと、 
 　上記相同性判定ステップによって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列を増幅するための増幅用配列を、当該候補配列を含む選択配列と対応づけて、上記第１の遺伝子データベースに保存する増幅用配列保存ステップと、を含むことを特徴とする遺伝子データベース作成方法。」 
 であったものを 
 「【請求項１】 
 　プライマ・プローブ設計部、相同性検索部、および採択保存部を備えた遺伝子データベース作成装置における遺伝子データベース作成方法であって、 
 　上記プライマ・プローブ設計部が、塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定する候補配列決定ステップと、 
 　上記相同性検索部が、上記候補配列と、第２の遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索する相同性検索ステップと、 
 　上記相同性検索部が、上記相同性検索ステップでの相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性判定ステップと、 
 　上記採択保存部が、上記相同性判定ステップによって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を、当該候補配列を含む選択配列と対応づけて、上記第１の遺伝子データベースに保存する増幅用配列保存ステップと、を含むことを特徴とする遺伝子データベース作成方法。」 
 とし、また、請求項２が 
 「【請求項２】 
 　塩基配列を格納した遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定する候補配列決定ステップと、 
 　上記候補配列と、上記遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索する相同性検索ステップと、 
 　上記相同性検索ステップでの相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性判定ステップと、 
 　上記相同性判定ステップによって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列を増幅するための増幅用配列を、当該候補配列を含む選択配列と対応づけて、上記遺伝子データベースに保存する増幅用配列保存ステップと、を含むことを特徴とする遺伝子データベース作成方法。」 
 であったものを 
 「【請求項２】 
 　プライマ・プローブ設計部、相同性検索部、および採択保存部を備えた遺伝子データベース作成装置における遺伝子データベース作成方法であって、 
 　上記プライマ・プローブ設計部が、塩基配列を格納した遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定する候補配列決定ステップと、 
 　上記相同性検索部が、上記候補配列と、上記遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索する相同性検索ステップと、 
 　上記相同性検索部が、上記相同性検索ステップでの相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性判定ステップと、 
 　上記採択保存部が、上記相同性判定ステップによって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を、当該候補配列を含む選択配列と対応づけて、上記遺伝子データベースに保存する増幅用配列保存ステップと、を含むことを特徴とする遺伝子データベース作成方法。」 
 とし、新たに、請求項６ 
 「【請求項６】 
 　塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定するプライマ・プローブ設計部と、 
 　上記候補配列と、第２の遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索し、当該相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性検索部と、 
 　上記相同性検索部によって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を、当該候補配列を含む選択配列と対応づけて、上記第１の遺伝子データベースに保存する採択保存部と、を備えることを特徴とする遺伝子データベース作成装置。」 
 及び請求項７ 
 「【請求項７】 
 　塩基配列を格納した遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定するプライマ・プローブ設計部と、 
 　上記候補配列と、上記遺伝子データベース内に格納されている塩基配列であって当該選択配列以外の塩基配列との相同性を検索し、当該相同性検索の結果に基づき、上記候補配列の相同性の有無を判定する相同性検索部と、 
 　上記相同性検索部によって相同性なしと判定されたとき、その判定を受けた候補配列に対応する遺伝子断片を増幅するためのプライマの実物を表す増幅用配列を、当該候補配列 
 　を含む選択配列と対応づけて、上記遺伝子データベースに保存する採択保存部と、を備えることを特徴とする遺伝子データベース作成装置。」 
 を追加する補正を含むものである。 
 　 
 　上記請求項１の補正によって、「遺伝子データベース作成方法」における「塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定する候補配列決定ステップ」を「遺伝子データベース作成装置」の「プライマ・プローブ設計部」が行うようにされた。 
 　また、請求項２の補正によって、「遺伝子データベース作成方法」における「塩基配列を格納した遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定する候補配列決定ステップ」を「遺伝子データベース作成装置」の「プライマ・プローブ設計部」が行うようにされた。 
 　また、請求項６の「遺伝子データベース作成装置」が、「塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定するプライマ・プローブ設計部」を備えるとされ、請求項７の「遺伝子データベース作成装置」が「塩基配列を格納した遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を候補配列として決定するプライマ・プローブ設計部」を備えるとされた。 
 　 
 　つまり、これらの補正によって、「プライマ・プローブ設計部」が「塩基配列を格納した第１の遺伝子データベースから、１つの塩基配列を選択配列として選択」する機能（請求項１，６）、又は、「塩基配列を格納した遺伝子データベースから１つの塩基配列を選択配列として選択」する機能（請求項２，７）を有するように補正されたが、この構成は、当初明細書等に記載されていない。（なお、以下では、請求項１及び６の「第１の遺伝子データベース」と、請求項２及び７の「遺伝子データベース」をまとめて「遺伝子データベース」と言う。） 
 　 
 　一方、「プライマ・プローブ設計部」及び「選択配列」に関する記載として、この出願の願書に最初に添付された明細書及び図面（以下、「当初明細書等」という）には、以下の記載がある。 
 　 
 （ア）「遺伝子配列設計部４は、塩基配列を格納した遺伝子データベース１０から、１つの塩基配列を選択配列として選択し、当該選択配列の一部を、候補配列であるプローブ候補配列として決定する。また、遺伝子配列設計部４は、プローブ候補配列を増幅するための増幅用配列であるプライマとを決定する。さらに、遺伝子配列設計部４は、決定されたプローブ候補配列の相同性を検索し、プローブ候補配列の相同性の有無を判定する。さらに、プローブ候補配列が相同性なしと判定されたとき、遺伝子配列設計部４は、その判定を受けたプローブ候補配列を増幅するプライマを、遺伝子データベース１０に保存する。」（段落００７０） 
 「次に、遺伝子配列設計部４の各構成について説明する。マスク部３１は、繰り返し配列データベース３６および不要配列データベース３７を用いて、プローブ候補配列の決定に使用する選択配列が、プローブ候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を含んでいるかを確認する。その確認により、プローブ候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を含んでいることが分かったとき、マスク部３１は、選択配列に含まれているマスク配列の部分をマスクする。そのマスクされた部分は、プローブ候補配列に含まれないように処理される。なお、本実施の形態において、マスク処理には、例えば、cross＿match(P.Green,　Univ　Washington,USA)を用いることができる。」（段落００７１） 
 「繰り返し配列データベース３６および不要配列データベース３７には、「プローブ候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列」が保存されている。具体的には、繰り返し配列データベース３６には、繰り返し配列などのプローブとして望ましくない塩基配列が保存されている。また、不要配列データベース３７には、解析対象ではない塩基配列が保存されている。」（段落００７２） 
 「プライマ・プローブ設計部３２は、マスク部処理後の選択配列を用いて、候補配列であるプローブ候補配列と、プローブ候補配列を増幅するための増幅用配列であるプライマとを設計する。さらに、プライマ・プローブ設計部３２は、プローブ候補配列を相同性検索部３４へ送り、プライマを採択保存部３５へ送る。」（段落００７３） 
 「プライマ設計用条件入力部３３では、プライマ設計者がプライマ設計の条件を入力する。その入力された条件を、プライマ設計用条件入力部３３はプライマ・プローブ設計部３２に伝える。プライマ設計用条件入力部３３は、その条件に合わせてプライマを設計する。なお、上記プローブ候補配列とプライマとの決定には、例えば、primer3(S.Rozen,MIT,USA)を用いることができる。」（段落００７４） 
 「相同性検索部３４は、プライマ・プローブ設計部３２が決定したプローブ候補配列と、遺伝子データベース１０内に格納されている塩基配列であってプローブ候補配列を含んでいたものとは別の塩基配列（選択配列以外の塩基配列）との相同性を検索し、相同性の有無を判定する。なお、上記相同性の検索には、ソフトウェア（ＢＬＡＳＴ（S.Altschl,NCBI,USA））を用いることができる。」（段落００７５） 
 「採択保存部３５は、上記相同性検索部３４での相同性の有無の判定により、相同性なしと判定されたとき、その判定を受けたプローブ候補配列を増幅するためのプライマを、遺伝子データベース１０に保存する。」（段落００７６） 
 （イ）「次に、図１を用いて、プライマ設計工程の各ステップについて説明する。候補配列決定ステップでは、情報収集工程で遺伝子データベース１０に格納した塩基配列から選択した選択配列をプライマ・プローブ設計部３２に送って、候補配列であるプローブ候補配列と、そのプローブ候補配列を増幅するための増幅用配列であるプライマとを決定する。」（段落０１２１） 
 「なお、本実施の形態では、塩基配列のグループ化を行っているので、グループ代表塩基配列をプライマ・プローブ設計部３２に送って、そのグループ代表塩基配列から、プローブ候補配列とプライマとを決定している。つまり、グループ化を行っている場合、選択配列は、あるグループのグループ代表塩基配列である。」（段落０１２２） 
 「また、本実施の形態のプライマ設計工程は、選択配列から候補配列を決定する際、選択配列から、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を除くマスクステップをさらに含んでいる。つまり、選択配列をプライマ・プローブ設計部３２に送る前に、選択配列をマスク部３１に送って、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列、つまり、プローブとして望ましくない配列にマスクする処理を行う。」（段落０１２３） 
 「候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列は、繰り返し配列データベース３６および不要配列データベース３７に保存されている。繰り返し配列データベース３６には、既知の繰り返し塩基配列が保存されている。また、不要配列データベース３７には、解析の対象ではない遺伝子のデータが保存されている。」（段落０１２４） 
 「マスク部３１は、送られてきた選択配列と、繰り返し配列データベース３６および不要配列データベース３７に保存されている塩基配列とを比較して、送られてきた選択配列にマスク配列があれば、その選択配列に含まれるマスク配列の部分にマスク処理をする。さらに、マスク部３１は、マスク処理後の塩基配列をプライマ・プローブ設計部３２に送る。」（段落０１２５） 
 「また、プライマ・プローブ設計部３２は、マスク部３１から受け取ったマスク処理後の選択配列を用いて、プローブ候補配列および増幅用配列（プライマ）を決定する。さらに、プライマ設計用条件入力部３３で入力された決定の条件に基づいて、プライマ・プローブ設計部３２は、プローブ候補配列および増幅用配列を決定する。」（段落０１２６） 
 　 
 （ウ）「プライマ設計工程は下記の（１）〜（７）の手順で行った。」（段落０１５８） 
 「（１）情報収集工程で構築した遺伝子データベースより、各グループのグループ代表塩基配列を選択した。」（段落０１５９） 
 「（２）上記（１）で選択した塩基配列が、候補配列として不適当な塩基配列であるマスク配列を含まないかを確認した。なお、マスク配列である繰り返し配列の情報は、繰り返しデータベースに保存されており、その情報は、RepBase(Genetic　Information　Research,USA)から取得した。」（段落０１６０） 
 「また、マスク配列である不要配列は、不要配列データベースに保存されている。また、その不要配列とは、解析の対象ではない遺伝子の配列であって、ヒトのミトコンドリア塩基配列、ヒトのリボソームＲＮＡをコードする塩基配列などである。なお、ヒトのミトコンドリア塩基配列の情報およびヒトのリボソームＲＮＡをコードする塩基配列の情報は、ＧｅｎＢａｎｋより取得した。」（段落０１６１） 
 「（３）マスク処理後の塩基配列について、プローブとしての用件を満たし、かつマスクされない領域を増幅するＰＣＲプライマを設計した。」（段落０１６２） 
 　 
 　上記記載（ア）の段落００７０には、遺伝子データベースから１つの塩基配列を選択配列として選択することが「遺伝子配列設計部」で行われることが記載されている。段落００７１から段落００７６には「遺伝子配列設計部」の備える「マスク部」、「繰り返し配列データベース」、「不要配列データベース」、「プライマ・プローブ設計部」、「プライマ設計用条件入力部」、「採択保存部」についての記載があるが、遺伝子データベースから１つの塩基配列を選択配列として選択することはそのいずれにも記載されていない。 
 　上記記載（イ）には、「情報収集工程で遺伝子データベース１０に格納した塩基配列から選択した選択配列」を「プライマ・プローブ設計部３２に送って」いると記載されていることから、プライマ・プローブ設計部には、選択された選択配列が送られる、つまりプライマ・プローブ設計部に送られる前の時点で選択配列が選択されているものと認められる。 
 　上記記載（ウ）には、遺伝子データベースよりグループ代表塩基配列を選択し、該選択した塩基配列がマスク配列を含まないか確認し、マスク処理後の塩基配列についてプローブとしての用件を満たし、かつマスクされない領域を増幅するＰＣＲプライマを設計したこたことが記載されている。また、上記記載（ウ）には、各手順がいかなる主体によって行われるのかについての記載はない。 
 　 
 　してみると、当初明細書等には、「プライマ・プローブ設計部」が「塩基配列を格納した遺伝子データベースから１つの塩基配列を選択配列として選択する」ことはなんら記載されておらず、また、当初明細書等の記載から自明であるともいえない。 
 　 
 　上記のとおり、「プライマ・プローブ設計部」が「塩基配列を格納した遺伝子データベースから１つの塩基配列を選択配列として選択する」構成を追加する本補正は、本願出願当初の明細書及び図面に記載した事項の範囲を超えたものであり、特許法第１７条の２第３項の規定に適合しない。 
 　 
 　なお、請求人は平成１６年４月２６日付の意見書において、当該補正の根拠として段落００７３を挙げている。しかし、段落００７３には、「プライマ・プローブ設計部」が「マスク処理後の選択配列」を用いて「プローブ候補配列」と「プライマ」を設計することが記載されているものの、「プライマ・プローブ設計部」が「塩基配列を格納した遺伝子データベースから１つの塩基配列を選択配列として選択する」ことは記載されていない。 
 　また、請求人は、審尋に対する平成１９年１０月３０日付の回答書において、『本発明の「１つの塩基配列を選択配列として選択する」という処理は、段落〔０１２０〕に明確に記載があります。また、段落〔０１２２〕には、「塩基配列のグループ化を行っている場合、選択配列は、あるグループのグループ代表塩基配列である」との記載があることから、この記載からも、本発明が１つの塩基配列を選択配列として選択していることが明白です。』と主張している。しかし、段落０１２０における「〜選択配列として選択」するとの記載はその動作の主体の記載がなく、また、段落０１２２の記載は、グループ化を行い、グループ代表塩基配列を選択配列としてプライマ・プローブ設計部に送ることが記載されているものであって、「プライマ・プローブ設計部」が「塩基配列を格納した遺伝子データベースから１つの塩基配列を選択配列として選択する」ものではない。 
 　したがって、請求人のこれらの主張は採用できない。 
 　 
 　拒絶の理由が新たに発見された場合には拒絶の理由が通知される。　 
 　 
 　　　　　　　　　　最後の拒絶理由通知とする理由 
 　 
 １．最初の拒絶理由通知に対する応答時の補正によって通知することが必要になった拒絶の理由のみを通知する拒絶理由通知である。 
』
　
　
３．当審の判断
　上記最後の拒絶理由は、妥当であり、審判請求人からの格別の反論はなされていない。
　なお、最後の拒絶理由に応答してなされた平成２０年３月２８日付け手続補正は、この審決の第２．において補正却下の決定がなされている。
　よって、平成１６年４月２６日付けでした手続補正は、願書に最初に添付した明細書及び図面に記載した事項の範囲内においてしたものとはいえないから、特許法第１７条の２第３項に規定する要件を満たしていない。
　
４．むすび
　以上のとおり、平成１６年４月２６日付けでした手続補正は特許法第１７条の２第３項に違反する。
　したがって、他の拒絶理由について論及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。