【事件の表示】
　平成１１年特許願第５０４６４３号「多重拮抗逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応を使用して遺伝子発現を定量的に測定する方法」拒絶査定不服審判事件〔平成１０年１２月２３日国際公開、ＷＯ９８／５８０８３、平成１３年１０月２３日国内公表、特表２００１−５１９６７２〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明　
　本願は、平成１０年６月１５日（パリ条約による優先権主張１９９７年６月１６日、米国）に国際出願されたものであって、その請求項に係る発明は、平成１６年７月６日付の手続補正書により補正された本願明細書の特許請求の範囲の請求項１〜６に記載された事項により特定されるとおりのものであるところ、その請求項５の記載は以下のとおりである（以下、これを「本願発明」という。）。　
「【請求項５】　組織試料における遺伝子発現を定量的に測定する方法であって、　
　ａ）少なくとも１種のハウスキーピング遺伝子の、少なくとも１対のオリゴヌクレオチド・プライマーを合成すること、　
　ｂ）各標的遺伝子の、少なくとも１対のオリゴヌクレオチド・プライマーを合成すること、　
　ｃ）各ハウスキーピング遺伝子の少なくとも１種の拮抗鋳型を合成すること、　
　ｄ）各標的遺伝子の少なくとも１種の拮抗鋳型を合成すること、　
　ｅ）前記組織試料からＲＮＡ配列の少なくとも一部を単離すること、　
　ｆ）ＲＮＡ配列を逆転写して、少なくとも１種の天然のｃＤＮＡを得ること、　
　ｇ）ｉ）一定量のｃＤＮＡ、拮抗鋳型混合物、ｄＮＴＰｓ、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ、および測定される遺伝子数に対応する緩衝液を含有する十分なマスター混合物を調製し、ｉｉ）評価するべき遺伝子数に相当する数の氷上の反応容器に一定量の反応混合物を入れ、ｉｉｉ）各反応容器中の評価するべき遺伝子の１つに特異的な蛍光標識したプライマーを一定量入れ、分離管にハウスキーピング遺伝子のためのプライマーを入れることによって増幅された後に、評価される標的遺伝子およびハウスキーピング遺伝子の天然鋳型および拮抗鋳型の両方が視覚化できるように、互いに相対的な既知の濃度で異なる遺伝子に対する拮抗鋳型の混合物を適切な量、かつ標的遺伝子に対するハウスキーピング遺伝子を異なる定量された量だけ含有する混合物が適切な量だけＰＣＲ増幅混合物に含まれるように天然のｃＤＮＡのポリメラーゼ連鎖反応による増幅を、各標的遺伝子のオリゴヌクレオチド・プライマー、各ハウスキーピング遺伝子のオリゴヌクレオチド・プライマー、および所定量の各ハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型と各標的遺伝子の拮抗鋳型の存在下で行うこと、　
　ｈ）拮抗鋳型は、ハウスキーピング遺伝子の内部突然変異標準拮抗遺伝子として役割を果たす、ハウスキーピング遺伝子の人為的に短縮された拮抗鋳型であり、　
　ｉ）ＰＣＲ生成物を高密度オリゴヌクレオチド・アレイにかけること、　
　ｊ）ハウスキーピング遺伝子および標的遺伝子の天然および拮抗鋳型におけるアレイの蛍光強度を比較することによって、標的遺伝子の発現を定量することを含む方法。」　
　
２．原査定の拒絶の理由　
　これに対する、原査定の拒絶の理由は、　
「この出願の請求項１〜６に係る発明は、その出願前日本国内又は外国において頒布された下記Ａ．の刊行物に記載された発明に基いて、その出願前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。　
　　　　　　　　　　　　　　　　記　
Ａ．特開平７−１３２１００号公報　」　
というものである。　
　
３．当審の判断　
　以下、本願発明について、原査定の理由によって拒絶すべきものであるかどうか、検討する。　
（３−１）引用文献Ａ．に記載された事項　
（ｉ）　引用文献Ａ．は、「多重拮抗逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応を使用した遺伝子の発現の定量的測定方法」という名称の発明に関する特許公開公報であり、　
（ｉｉ）　特許請求の範囲に、　
（ｉｉ−１）　「【請求項14】遺伝子の発現を定量的に測定するに当たって、　
ａ）少なくとも１種のハウスキ−ピング遺伝子の、少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマ−を合成し、　
ｂ）少なくとも１種の標的遺伝子の、少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマ−を合成し、　
ｃ）ハウスキ−ピング遺伝子の少なくとも１種の拮抗鋳型を合成し、　
ｄ）標的遺伝子の少なくとも１種の突然変異拮抗鋳型を合成し、　
ｅ）サンプル細胞あるいはビリオンから、ＲＮＡ配列の少なくとも一部を単離し、　
ｆ）ＲＮＡ配列を逆転写して少なくとも１種の天然のｃＤＮＡを得、　
ｇ）天然のｃＤＮＡのポリメラ−ゼ連鎖反応による増幅を、標的遺伝子のオリゴヌクレオチドプライマ−、ハウスキ−ピング遺伝子のオリゴヌクレオチドプライマ−、並びに、所定量のハウスキ−ピング遺伝子の拮抗鋳型及び標的遺伝子の拮抗鋳型の存在下で行ない、　
ｈ）上記工程ｇ）で得られた増幅ｃＤＮＡ生成物を、少なくとも１種の制限酵素で消化し、　
ｉ）消化したｃＤＮＡを電気泳動にかけ、臭化エチディウムで染色し、そして増幅した標的遺伝子及び増幅したハウスキ−ピング遺伝子を、増幅した標的遺伝子の拮抗鋳型及び増幅したハウスキ−ピング遺伝子の拮抗鋳型から分離し、そして、　
ｊ）標的遺伝子並びに標的遺伝子の拮抗鋳型の量を、ハウスキ−ピング遺伝子、並びに、ハウスキ−ピング遺伝子の拮抗鋳型の量に対して比較することによって、標的遺伝子のハウスキ−ピング遺伝子に対する相対的な発現量を測定する　
ことを特徴とする多重拮抗逆転写酵素ポリメラ−ゼ連鎖反応を使用した遺伝子の発現の定量的測定方法。」　
及び、　
（ｉｉ−２）　「【請求項15】人為的に短縮した拮抗鋳型を突然変異内部標準拮抗鋳型として用いて、増幅したｃＤＮＡを制限酵素で消化しなくて済むようにしたことを特徴とする請求項１４に記載の多重拮抗逆転写酵素ポリメラ−ゼ連鎖反応を使用した遺伝子の発現の定量的測定方法。」　
と記載され、
（ｉｉｉ）　また、発明の詳細な説明には、　
（ｉｉｉ−１）　ポリメラ−ゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法を用いてサンプル中の標的遺伝子の初期濃度を定量することに関して、　
「【０００４】ＰＣＲによって得られる生成物の収量は、ある不特定数のサイクルに亘って指数的に増加するものの、理由は不明であるが、ある時点で反応が限定されるようになり、ＰＣＲ生成物が未知の割合で増加するようになる。その結果、同一のサンプルを同時に増幅した場合でも、増幅生成物の収量が６倍も異なることが報告されている。…　
【０００５】従って、ＰＣＲサイクルをある回数繰り返した後は、標的ＤＮＡの初期濃度を、外挿によって正確に決定することはできない。ＰＣＲを定量的に進行させる目的で、さまざまな研究者が、指数的増幅が進行することが分かっているサイクル数だけ増幅したサンプルの分析を行なってきた。」　
と、通常のＰＣＲ法により標的ＤＮＡの初期濃度を定量するためには、指数的増幅過程において分析を行わなければならないことが記載され、　
（ｉｉｉ−２）　一方、　
「【０００７】拮抗（ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ）ＰＣＲも開発されており、この方法では、ＰＣＲを単一塩基突然変異拮抗鋳型の存在下で行ない、既知量の拮抗鋳型を未知量の標的配列と共に増幅する。拮抗鋳型は、標的配列と同一である配列で（単一塩基突然変異、あるいは、配列の一部の欠失の場合を除く）、増幅に当たって標的ｃＤＮＡ（相補性ＤＮＡ）と同じプライマ−を使用し、標的ｃＤＮＡと同じ効率で増幅する。スタ−ト時の標的／標準の比は、全増幅の過程を通じて保持され、指数フェ−ズが終了した後についても、この比が保たれる。　
【０００８】…しかし、拮抗ＰＣＲ単独では、スタ−ト時の鋳型の量のばらつきを適切に制御することができない。サンプルの劣化やピペット時の誤差によって、こうしたばらつきは容易に生じる。」　
と、拮抗ＰＣＲ法においては、指数的増幅過程に限られず、全増幅の過程において分析が可能であるが、拮抗鋳型の初期濃度の誤差が標的ＤＮＡの初期濃度の定量の誤差の原因となる旨が記載され、
（ｉｉｉ−３）　また、　
「【０００９】ノ−ザン分析を使用して遺伝子の発現を測定する場合には、同一ブロットを、標的遺伝子と組織サンプル間でばらつきがあったり、刺激に応答して変化したりすることがないとされるハウスキ−ピング遺伝子の両方についてプロ−ブすることによって、こうした問題を解決することができる。ハウスキ−ピング遺伝子は、標的遺伝子の相対的な発現を測定する際の分母として作用するのである。　
【００１０】この考え方を応用する目的で、他の研究者は、ＰＣＲによる増幅を別々の試験管内で行なった。しかし、これらの２種の遺伝子を別々の試験管内で増幅すると、試験管ごとの増幅条件のばらつきやピペット時の誤差を避けることができない。上掲のヌ−ナン（Ｋ．Ｅ．Ｎｏｏｎａｎ）らには、標的遺伝子とハウスキ−ピング遺伝子を同一の試験管内で増幅する非拮抗多重ＰＣＲも記載されているが、この方法は、増幅物ごとの指数範囲を決定するのに標準曲線を作成する必要があるので好都合とは言い難い。」　
と、組織間でバラツキなく安定に発現するハウスキーピング遺伝子とともに増幅することにより、標的遺伝子の相対的な発現を測定する多重ＰＣＲ法については、それぞれ指数的増幅過程において分析を行わなければならず、増幅物ごとの指数範囲を決定するのに標準曲線を作成する必要がある旨が記載されている。　
（ｉｉｉ−４）　そして、これらの欠点を解消するものである、引用文献Ａ．の出願に係る発明について、　
「【００１２】…本発明の目的は、遺伝子の発現を定量的に測定する優れた方法を提供することにある。…　
【００１３】【課題を解決するための手段】本発明に係る方法は、ＰＣＲによる増幅方法を改善したもので、「標的遺伝子」、「ハウスキ−ピング遺伝子」、並びに、これらの各遺伝子と拮抗する鋳型を同時に増幅させるものである。本発明における「標的ＤＮＡ配列」並びに「標的遺伝子」という用語は、その遺伝子あるいはＤＮＡ配列を選択的に増幅することを意図されている目標遺伝子のことを総称するものである。　
【００１４】「ハウスキ−ピング遺伝子」という用語は、ＰＣＲの反応一回当りのＲＮＡの量の内部標準として適当な遺伝子のことを意味する。総論として、本発明で最も重要なのは、標的遺伝子に対するプライマ−、ハウスキ−ピング遺伝子に対するプライマ−、そして標的遺伝子並びにハウスキ−ピング遺伝子の突然変異生成物から成る２種の内部標準拮抗鋳型プライマ−を同時に使用することである。これらの突然変異は、点突然変異、挿入、欠失などであってもよい。」　
と、説明され、　
（ｉｉｉ−５）　当該発明において、上記遺伝子及び拮抗鋳型を多重拮抗ＰＣＲ増幅し、これにより得られた生成物をそれぞれ定量し、それぞれの相対的な存在量を決定することについて、　
「【００１７】標的遺伝子のプライマ−（標的遺伝子の天然型鋳型と拮抗鋳型の両方に対するプライマ−の役目を果たす）、ハウスキ−ピング遺伝子のプライマ−（ハウスキ−ピング遺伝子の天然型鋳型と拮抗鋳型の両方に対するプライマ−の役目を果たす）、標的遺伝子の拮抗鋳型、並びにハウスキ−ピング遺伝子の拮抗鋳型を、標的遺伝子並びにハウスキ−ピング遺伝子の双方のＤＮＡを含む天然ｃＤＮＡと共に、ＰＣＲで増幅する。　
【００１８】このＰＣＲの過程で、ｃＤＮＡ生成物として、１）標的遺伝子及びハウスキ−ピング遺伝子の天然型ｃＤＮＡ、並びに、２）標的遺伝子及びハウスキ−ピング遺伝子の突然変異型拮抗鋳型が得られる。このｃＤＮＡ生成物を、ｃＤＮＡ生成物の単離に適した方法を使用することによって単離する。標的遺伝子をコピ−する天然型ｃＤＮＡの量、並びに、標的遺伝子の拮抗鋳型をコ−ドする突然変異型ｃＤＮＡの量を、ハウスキ−ピング遺伝子をコ−ドする天然型ｃＤＮＡの量、並びに、ハウスキ−ピング遺伝子の拮抗鋳型をコ−ドする突然変異型ｃＤＮＡの量と比較して測定することによって、天然型ｃＤＮＡ生成物と突然変異型ｃＤＮＡ生成物の相対的な存在量を決定する。」　
と記載され、　
（ｉｉｉ−６）　この際に用いられる拮抗鋳型として、　
「【００２４】本発明の一実施態様では、遺伝子の定量的な発現を、ａ）少なくとも１種の目標とする標的遺伝子、及び、少なくとも１種のハウスキ−ピング遺伝子のｃＤＮＡ、並びに、ｂ）目標とする標的遺伝子及びハウスキ−ピング遺伝子のｃＤＮＡが、制限エンドヌクレア−ゼ認識部位の欠失、あるいは、創出を生じるような塩基突然変異を生じた生成物である内部標準突然変異拮抗鋳型を、多重拮抗ＰＣＲで増幅することによって測定する。　
【００２５】本発明の別の実施態様の方法は、ａ）少なくとも１種の目標とする標的遺伝子、及び、少なくとも１種のハウスキ−ピング遺伝子のｃＤＮＡ、並びに、ｂ）人為的に短縮された目標とする標的遺伝子、及び、ハウスキ−ピング遺伝子の配列を有する拮抗鋳型を、ＰＣＲで増幅する工程から成る。これらの短縮された配列は、ＰＣＲによる増幅で使用する標的遺伝子、並びに、ハウスキ−ピング遺伝子のプライマ−の両方と相同な各配列を保持している。」　
と、２通りの形態のものがあることが記載され、　
（ｉｉｉ−７）　このうちの、１番目の形態の拮抗鋳型を用いる場合について、　
「【００１９】…本発明では、「サンプル」という用語は、植物、個体、あるいはイン・ビトロの細胞培養の成分から単離した組織、あるいは、液体のサンプルのことを一般に指称するものである。」、　
「【００２６】サンプル細胞あるいは組織から抽出したＲＮＡを逆転写する。ｃＤＮＡの連続希釈液を、標的遺伝子、及び、ハウスキ−ピング遺伝子と相同な各オリゴヌクレオチド、並びに、定量済みの内部標準突然変異拮抗鋳型の存在下でＰＣＲによって増幅する。増幅したＤＮＡを、制限エンドヌクレア−ゼで消化し、臭化エチディウムで染色したアガロ−スゲル上で電気泳動を行ない、天然型生成物を突然変異型生成物から分離する。デンシトメトリ−を行なって、各バンドを定量する。」　
と、増幅された遺伝子と拮抗鋳型を染色し、分離して、定量する手順が記載されている。　
（ｉｉｉ−８）　そして、この手法の特徴として、　
「【００２７】標的遺伝子のハウスキ−ピング遺伝子に対する相対的な発現を測定するこの技法は、同一の内部標準マスタ−混合物、並びに、希釈液を用いて実施した実験に関しては、正確で再現性がある。相対的な遺伝子の発現の比の平均値からの変異は、２５％以内である。この技法は、遺伝子の発現の変化を測定するのに有用である。この方法は、調べるサンプルの量が限られていたり、遺伝子の発現レベルが低かったりする場合に特に有用である。」　
と、当該多重拮抗ＰＣＲ法による定量は、同一の内部標準マスタ−混合物を用いて実施すると、正確で再現性がある旨が記載されており、　
（ｉｉｉ−９）　また、　
「【００１５】広義には、本発明は、ｃＤＮＡ分子の異種混合物中に存在する所定のｃＤＮＡ分子の特定の領域内の標的ＤＮＡ配列の量を定量する方法に関する。２種以上の標的遺伝子及び／又は２種以上のハウスキ−ピング遺伝子を使用することもできるが、こうした追加の標的遺伝子及び／又はハウスキ−ピング遺伝子を定量する場合には、この追加分の標的遺伝子及び／又はハウスキ−ピング遺伝子の突然変異生成物である内部標準拮抗鋳型を更に使用することが必要になると理解されたい。」　
と、当該手法において、２種以上の標的遺伝子及び／又は２種以上のハウスキ−ピング遺伝子と、それらの拮抗鋳型を用いることで、２種以上の標的遺伝子及び／又はハウスキ−ピング遺伝子の定量を行うことができる旨が記載されている。　
　
（３−２）本願発明との対比　
　上記摘記事項（ｉｉ−１）および（ｉｉ−２）によれば、引用文献Ａ．には、　
「遺伝子発現を定量的に測定する方法であって、　
　ａ）少なくとも１種のハウスキーピング遺伝子の、少なくとも１対のオリゴヌクレオチド・プライマーを合成すること、　
　ｂ）少なくとも１種の標的遺伝子の、少なくとも１対のオリゴヌクレオチド・プライマーを合成すること、　
　ｃ）ハウスキーピング遺伝子の少なくとも１種の拮抗鋳型を合成すること、　
　ｄ）標的遺伝子の少なくとも１種の拮抗鋳型を合成すること、　
　ｅ）サンプル細胞あるいはビリオンからＲＮＡ配列の少なくとも一部を単離すること、　
　ｆ）ＲＮＡ配列を逆転写して、少なくとも１種の天然のｃＤＮＡを得ること、　
　ｇ）天然のｃＤＮＡのポリメラーゼ連鎖反応による増幅を、標的遺伝子のオリゴヌクレオチド・プライマー、ハウスキーピング遺伝子のオリゴヌクレオチド・プライマー、および所定量のハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型と標的遺伝子の拮抗鋳型の存在下で行うこと、　
　ｈ）その際、拮抗鋳型は、遺伝子の内部突然変異標準拮抗遺伝子として役割を果たす、遺伝子の人為的に短縮された拮抗鋳型であること、　
　ｉ）上記工程ｇ）で得られた増幅ｃＤＮＡ生成物を電気泳動にかけ、臭化エチジウムで染色し、そして増幅した標的遺伝子及び増幅したハウスキーピング遺伝子を、増幅した標的遺伝子の拮抗鋳型及び増幅したハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型から分離し、そして、　
　ｊ）標的遺伝子並びに標的遺伝子の拮抗鋳型の量を、ハウスキーピング遺伝子、並びに、ハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型の量に対して比較することによって、標的遺伝子のハウスキーピング遺伝子に対する相対的な発現量を測定する　
ことを特徴とする多重拮抗逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応を使用した遺伝子の発現の定量的測定方法。」　
の発明が記載されているといえる（以下、これを「引用発明１」という。）。　
　そして、上記摘記事項（ｉｉｉ−７）によれば、引用文献Ａ．においては、「サンプル細胞あるいは組織から抽出したＲＮＡを逆転写して得たｃＤＮＡ」中の標的遺伝子等を増幅・定量の対象とすることが記載されているから、引用発明１はｅ）に規定されているような「サンプル細胞あるいはビリオン」のみならず、「組織試料における遺伝子の発現を定量的に測定」することにも適用し得るものであり、　
　また、引用発明１のｉ）の特定事項、及び上記摘記事項（ｉｉｉ−７）によれば、引用発明１においては、増幅ｃＤＮＡ生成物を分離し、臭化エチジウムで染色・視覚化して、各増幅生成物の定量を行うものであるから、引用発明１のｇ）における「天然のｃＤＮＡのポリメラーゼ連鎖反応による増幅」は、「増幅された後に、評価される標的遺伝子およびハウスキーピング遺伝子の天然鋳型および拮抗鋳型の両方が視覚化できるように、互いに相対的な既知の濃度で異なる遺伝子に対する拮抗鋳型の混合物を適切な量、かつ標的遺伝子に対するハウスキーピング遺伝子を異なる定量された量だけ含有する混合物が適切な量だけＰＣＲ増幅混合物に含まれるように、」行われるものであると認められ、　
　更にまた、上記摘記事項（ｉｉｉ−２）に記載されているように、「拮抗ＰＣＲにおいては、スタート時の標的／標準の比は、全増幅の過程を通じて保持される」ことに鑑みれば、引用発明１の多重拮抗ＰＣＲにおいては、標的遺伝子とその拮抗鋳型の量の相対比は増幅の前後で変わらず、また、ハウスキーピング遺伝子とその拮抗鋳型の量の相対比も増幅の前後で変わらないといえるから、増幅の前後におけるこれらの相対比同士の相対比もまた変わらないこととなり、このことに基づき、当該多重拮抗ＰＣＲにおいては、「増幅後の標的遺伝子とその拮抗鋳型の量の相対比」と「増幅後のハウスキーピング遺伝子とその拮抗鋳型の量の相対比」との相対比を、これらの量の測定値に基づいて算出し、当該算出値に、「増幅前に系に加えた標的遺伝子の拮抗鋳型とハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型の量の相対比」を掛ければ、「増幅前の試料中における標的遺伝子とハウスキーピング遺伝子の量の相対比」が算出できることとなるところ、引用発明１における「ｊ）標的遺伝子並びに標的遺伝子の拮抗鋳型の量を、ハウスキーピング遺伝子、並びに、ハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型の量に対して比較することによって、標的遺伝子のハウスキーピング遺伝子に対する相対的な発現量を測定する」とは、このことを記載したものであり、また、その際に、増幅前のハウスキーピング遺伝子の発現量が分かれば、上記の関係に基づき、増幅前の標的遺伝子の発現量を算出できることは明らかであるから、引用発明１の上記ｊ）の特定事項は、換言すれば、「多重拮抗ＰＣＲによる増幅によって得られた、ハウスキーピング遺伝子および標的遺伝子の天然および拮抗鋳型の定量された量に基づいて」、これらの値と増幅前の対応する値との間に存在する上記関係を利用して、増幅前の「標的遺伝子の発現を定量する」ことであるといえる。　
　そこで、本願発明５と引用発明１を対比すると、　
　本願発明５において定量に用いられている反応は、引用発明１と同じく、「多重拮抗逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応」であるから、　
　両者は、　
「組織試料における遺伝子発現を定量的に測定する方法であって、　
　ａ）少なくとも１種のハウスキーピング遺伝子の、少なくとも１対のオリゴヌクレオチド・プライマーを合成すること、　
　ｂ）各標的遺伝子の、少なくとも１対のオリゴヌクレオチド・プライマーを合成すること、　
　ｃ）各ハウスキーピング遺伝子の少なくとも１種の拮抗鋳型を合成すること、　
　ｄ）各標的遺伝子の少なくとも１種の拮抗鋳型を合成すること、　
　ｅ）前記組織試料からＲＮＡ配列の少なくとも一部を単離すること、　
　ｆ）ＲＮＡ配列を逆転写して、少なくとも１種の天然のｃＤＮＡを得ること、　
　ｇ）増幅された後に、評価される標的遺伝子およびハウスキーピング遺伝子の天然鋳型および拮抗鋳型の両方が視覚化できるように、互いに相対的な既知の濃度で異なる遺伝子に対する拮抗鋳型の混合物を適切な量、かつ標的遺伝子に対するハウスキーピング遺伝子を異なる定量された量だけ含有する混合物が適切な量だけＰＣＲ増幅混合物に含まれるように、天然のｃＤＮＡのポリメラーゼ連鎖反応による増幅を、各標的遺伝子のオリゴヌクレオチド・プライマー、各ハウスキーピング遺伝子のオリゴヌクレオチド・プライマー、および所定量の各ハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型と各標的遺伝子の拮抗鋳型の存在下で行うこと、　
　ｈ）その際、拮抗鋳型は、遺伝子の内部突然変異標準拮抗遺伝子として役割を果たす、遺伝子の人為的に短縮された拮抗鋳型であること、　
によって得られた、増幅後のハウスキーピング遺伝子および標的遺伝子の天然および拮抗鋳型の定量された量に基づいて、標的遺伝子の発現を定量することを含む方法。」　
である点で一致するが、　
（３−２−１）本願発明５が、ｇ）の天然のｃＤＮＡのポリメラーゼ連鎖反応による増幅を、「ｉ）一定量のｃＤＮＡ、拮抗鋳型混合物、ｄＮＴＰｓ、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ、および測定される遺伝子数に対応する緩衝液を含有する十分なマスター混合物を調製し、ｉｉ）評価するべき遺伝子数に相当する数の氷上の反応容器に一定量の反応混合物を入れ、ｉｉｉ）各反応容器中の評価するべき遺伝子の１つに特異的な蛍光標識したプライマーを一定量入れ、分離管にハウスキーピング遺伝子のためのプライマーを入れる」ことによって行うのに対し、引用文献Ａ．には、そのようなことは記載されていない点（以下、「相違点１」という。）、　
（３−２−２）本願発明５が、ハウスキーピング遺伝子について、ｈ）に規定する「もとの遺伝子の人為的に短縮された拮抗鋳型」を用いるのに対し、引用文献Ａ．には、そのようなことは記載されていない点（以下、「相違点２」という。）、　
（３−２−３）本願発明５が、標的遺伝子の発現を、「ｉ）ＰＣＲ生成物を高密度オリゴヌクレオチド・アレイにかけること」、そして「ｊ）ハウスキーピング遺伝子および標的遺伝子の天然および拮抗鋳型におけるアレイの蛍光強度を比較すること」によって定量するものであるのに対し、引用文献Ａ．においては、「ｉ）増幅ｃＤＮＡ生成物を電気泳動にかけ、臭化エチジウムで染色し、そして増幅した標的遺伝子及び増幅したハウスキーピング遺伝子を、増幅した標的遺伝子の拮抗鋳型及び増幅したハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型から分離し」、デンシトメトリーによって、分離した各増幅物を定量している点（以下、「相違点３」という。）、　
で、相違する。　
　
（３−３）相違点についての判断　
（３−３−１）相違点１について　
　引用発明１において複数の標的遺伝子を定量する際に、全ての標的遺伝子およびその拮抗鋳型のＰＣＲ増幅を一つの反応容器の中で行うことは、意図しない副反応が生じるなどの可能性があるから、これをさけるためには、これらを標的遺伝子ごとに別々の反応容器で増幅させることが望ましいのは明らかなことであり、この事情は、標的遺伝子とハウスキーピング遺伝子との間でも同じであるところ、（３−２）において引用発明１を認定する際に上述したとおり、引用発明１は、『「増幅後の標的遺伝子とその拮抗鋳型の量の相対比」と「増幅後のハウスキーピング遺伝子とその拮抗鋳型の量の相対比」との相対比を、これらの量の測定値に基づいて算出し、当該算出値に、「増幅前に系に加えた標的遺伝子の拮抗鋳型とハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型の量の相対比」を掛ければ、「増幅前の試料中における標的遺伝子とハウスキーピング遺伝子の量の相対比」が算出できる』ことを利用して、標的遺伝子の発現量（増幅前の試料中における標的遺伝子の量）を定量するものであるから、引用発明１の手法で、複数の反応容器で別々に増幅反応を行って標的遺伝子の発現量を定量するためには、それぞれの容器中における「増幅前に系に加えた標的遺伝子の拮抗鋳型とハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型の量の相対比」および「増幅前の試料中における標的遺伝子とハウスキーピング遺伝子の量の相対比」が正確に同じものである必要があることは明らかであり、また、このことは、測定対象である全ての標的遺伝子とハウスキーピング遺伝子が含まれている試料に対し、全ての標的遺伝子の拮抗鋳型とハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型を所定の相対比で添加した、十分な量のマスター混合物を予め調製し、これを各反応容器に分注することで達成できることも明らかである。そして、各遺伝子に対するプライマーの添加は、各反応容器でそれぞれ異なる遺伝子を増幅させるためには、反応容器に分注した後に、各反応容器ごとに行う必要があることは、自明であり、また、このようにしても引用発明１の手法による標的遺伝子の定量に差し支えないことも明らかである。また、増幅反応物を検出可能とするためにプライマーを蛍光標識することは、周知技術である。　
　そうすると、引用発明１において、ｇ）の天然のｃＤＮＡのポリメラーゼ連鎖反応による増幅を、「ｉ）一定量のｃＤＮＡ、拮抗鋳型混合物、ｄＮＴＰｓ、耐熱性ＤＮＡポリメラーゼ、および測定される遺伝子数に対応する緩衝液を含有する十分なマスター混合物を調製し、ｉｉ）評価するべき遺伝子数に相当する数の氷上の反応容器に一定量の反応混合物を入れ、ｉｉｉ）各反応容器中の評価するべき遺伝子の１つに特異的な蛍光標識したプライマーを一定量入れ、分離管にハウスキーピング遺伝子のためのプライマーを入れる」ことによって行うことは、当業者が容易に想到し得たことである。　
（３−３−２）相違点２について　
　（ｉｉｉ−６）で摘示したように、引用文献Ａ．には、「もとの遺伝子に制限エンドヌクレアーゼ認識部位の欠失、あるいは、創出を生じるような塩基突然変異を生じた拮抗鋳型」と「もとの遺伝子の人為的に短縮された拮抗鋳型」の２通りの形態の拮抗鋳型が記載されているところ、本願明細書をみても、「もとの遺伝子」の一方についてのみ、就中、ハウスキーピング遺伝子についてのみ、このうちの１形態である「もとの遺伝子の人為的に短縮された拮抗鋳型」を用いることにより格別の効果が得られるものともいえない。　
　そうすると、引用発明１において、「もとの遺伝子」のうち、ハウスキーピング遺伝子についてのみ、「もとの遺伝子の人為的に短縮された拮抗鋳型」を用いることは、当業者が適宜なし得たことである。　
（３−３−３）相違点３について　
　拒絶査定において指摘されているとおり、複数種のヌクレオチドを含む試料を高密度オリゴヌクレオチド・アレイにかけて、当該複数種のヌクレオチドを分別・同定する手法は、本願優先日には当業者に周知の手法であり、その際に同定されるヌクレオチドに予め蛍光標識をしておくことにより、それぞれを定量することも周知である。　
　すなわち、拒絶査定において示された、国際公開第９７／１０３６５号パンフレット、国際公開第９５／１１９９５号パンフレット、国際公開第９７／１８２２６号パンフレット（以下、それぞれ周知例１〜３という。）には、複数種のオリゴヌクレオチドの同定・定量を行うために高密度オリゴヌクレオチド・アレイを用いることが記載されており、例えば、周知例１には、「
Ｉ．遺伝子発現をモニターするための高密度アレー
ＶＩＩ．シグナル検出
Ａ）核酸サンプルの用意
ＩＩ．発現モニターの利用
　そうすると、引用発明１において、ＰＣＲによる増幅ｃＤＮＡ生成物を「電気泳動にかけ、臭化エチジウムで染色し、そして増幅した標的遺伝子及び増幅したハウスキーピング遺伝子を、増幅した標的遺伝子の拮抗鋳型及び増幅したハウスキーピング遺伝子の拮抗鋳型から分離し、デンシトメトリーによって、分離した各増幅物を定量する」ことに替えて、「高密度オリゴヌクレオチド・アレイにかけて、ハウスキーピング遺伝子および標的遺伝子の天然および拮抗鋳型を分別・同定し、アレイの蛍光強度に基づき、これらを定量する」ことは、当業者が容易に想起し得たことである。　
（３−３−４）請求人の主張、および、本願発明の効果について　
（３−３−４−１）これにつき、審判請求人は、平成１６年１２月６日及び平成１８年３月９日に受付けられた審判請求書の手続補正書において、　
「本願発明は引用文献Ａを基礎発明とし、これに改良を加えて一歩進めたもので、多重拮抗逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応での増幅による、一標的遺伝子の発現に関するもので、複数遺伝子の相対的な発現を分析するために、高密度オリゴヌクレオチド・アレイを使用することを特徴としている。…この多重定量ＲＴ−ＰＣＲ後のＰＣＲ生成物を測定するために高密度オリゴヌクレオチド・アレイを使用する手法は、引用文献Ａに記載されていないことは勿論、示唆さえもされていない。」　
と主張するとともに、本願発明の奏する効果が格別である旨を主張しているところ、その内容は、大別すると以下のとおりである。　
（ｉ）本願発明では、多数の遺伝子の発現を同時に測定できる。　
「本発明に係る方法によれば、…同じサンプル内の遺伝子間のｍＲＮＡの化学量論的関係も検出することができる。」　
「多重遺伝子の相対的発現量は、個々の遺伝子を１つずつ測定するよりも、または直接遺伝子同士を比較できない方法よりも、細胞の病態生理に関してより多くのメカニズム情報を提供する。」　
「多重標的遺伝子の発現の量により、研究者は遺伝子の相対的発現量を調べることができ、遺伝子発現のパターンを分析できる。」
「本発明に係る方法により、多くの遺伝子の発現を同時に測定することが可能になり、それによって、表現型に関連付けられる遺伝子発現のパターンが明らかになる。本発明者らは、例えば、遺伝子発現指標c-myc ×E2F1/p21が、ヒト気管支上皮細胞の悪性表現型を高度に予測することを見出した。」　
「本発明の方法は、潜在的な遺伝子治療標的ならびに標的遺伝子の治療に対する応答を他の方法より良好に明らかにする。本発明の方法の感度は、細針生検で得た組織の量が数百回の遺伝子発現の測定に十分な程である。多くの遺伝子を同時に定量的に測定できるので、個々の遺伝子の測定値よりメカニズム上もっと重要な他の指標を開発することができる。」　
（ｉｉ）本願発明では、多数の遺伝子の迅速な定量化が可能となる。　
「高密度オリゴヌクレオチド・アレイを使用することで、このような種類のアレイから素早く結果を記録することができるため、ＰＣＲ生成物の測定方法の迅速な自動化が可能になる。…従来の方法によって生成物をそれぞれ分離する場合は、各生成物を個別に定量しなければならないために作業が非常に困難で時間もかかっていたが、本願発明の高密度オリゴヌクレオチド・アレイを使用する方法によれば、多数の遺伝子の迅速な定量化が可能となり、このような効果は引用文献Ａを以てしては望めない。」　
（ｉｉｉ）本願発明では、遺伝子の発現を高感度で検出できる。　
「本発明に係る方法は、また、その他の遺伝子発現法よりも高感度である。したがって、本発明によれば、入手できる組織量が限られている場合に、多重遺伝子の発現試験をすることができる。」　
「本発明により（ノーザン・ブロットおよびＲＮアーゼ保護アッセイとは異なり）、より多くの複製物を得ることが可能となる。なぜなら、各実験には４日もかからず、４時間で済む上、本発明の方法は実験誤差がはるかに少ないからである。」　
「本発明に係る方法では、サンプル間の発現量の２倍以上の差異を検出することができる。これは、ノーザン・ブロットおよびＲＮアーゼ保護アッセイを含む遺伝子発現のその他大部分の手段で認められるものと同等以上のものである。」　
（３−３−４−２）しかしながら、　
（ｉ）引用発明１も、サンプル組織中の１種以上の標的遺伝子の発現の定量を包含するものであり、多数の遺伝子の発現を同時に測定できるものと認められる。そして、同一細胞、組織等において発現する多数の遺伝子を同時に定量することにより、細胞の病態生理等に関する情報を得ることは、上述のとおり、本願優先日には当業者によく知られていたことである。　
（ｉｉ）多数の遺伝子の定量を高密度オリゴヌクレオチド・アレイを使用して行うことは、上述のとおり、本願優先日には当業者によく知られた手法であり、当該手法によれば、これらの遺伝子の迅速な定量化が可能となることは明らかである。　
（ｉｉｉ）引用発明１は、組織で発現した遺伝子をＰＣＲ増幅し、増幅物を定量することにより、遺伝子の発現量を定量するものであり、このように遺伝子を増幅した後に定量すれば、遺伝子の発現を高感度で検出できることは明らかである。　
　従って、引用発明１において、ＰＣＲによる増幅ｃＤＮＡ生成物の定量に上記常套手段を採用したことにより、予測しがたい格別の効果が得られたものとは認められないから、審判請求人の上記主張は採用できない。　
　
４．むすび　
　以上のとおりであるから、本願発明は、本願優先日前に頒布された刊行物Ａ．に記載された発明並びに本願優先日当時の周知技術に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けられないものであり、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶すべきものである。　
　よって、結論のとおり審決する。