【手続補正書】
【提出日】令和1年8月1日(2019.8.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
固体支持体上に固定化された微粒子であって、前記微粒子は、
（ｉ）第１のリンカーを介してリガンドドメイン、および
（ｉｉ）第２のリンカーを介して核酸ドメイン
に共有結合しており、
ここで、前記核酸ドメインは、前記リガンドドメインを同定し、
前記第２のリンカーは、アシル基、スルホンアミド基、または光切断可能な基を含み、
前記第２のリンカーは、前記第１のリンカーが切断しない条件下で切断可能である、微粒子。
【請求項２】
リガンドドメインが、反応性部分に共有結合している除去可能な保護化部分を含む、請求項１に記載の微粒子。
【請求項３】
除去可能な保護化部分が、アミノ酸側鎖、アミノ末端、またはカルボキシ末端を含む、請求項２に記載の微粒子。
【請求項４】
除去可能な保護化部分が、フルオレニルメチルオキシカルボニル、ｔｅｒｔ−ブチル、およびカルボキシベンジルからなる群から選択される、請求項２に記載の微粒子。
【請求項５】
微粒子が、マイクロビーズ、官能化されたマイクロビーズ、磁気マイクロビーズ、金属性マイクロビーズ、シリカマイクロビーズ、ポリマーマイクロビーズ、およびデンドリマーからなる群から選択される、請求項１に記載の微粒子。
【請求項６】
反応性部分が、カルボン酸、アミン、チオール、またはアルコールからなる群から選択される、請求項２に記載の微粒子。
【請求項７】
条件が、ＵＶ照射、光照射、トリフルオロ酢酸、水酸化アンモニウム、アンモニア、メチルアミン、および水酸化アンモニウムとメチルアミンとの混合物からなる群から選択される、請求項１から５のいずれか一項に記載の微粒子。
【請求項８】
リガンドドメインが、ペプチド、小分子、またはタンパク質である、請求項１から５のいずれか一項に記載の微粒子。
【請求項９】
リガンドドメインが、リガンドバインダーに結合する、請求項８に記載の微粒子。
【請求項１０】
リガンドバインダーが、生体分子である、請求項９に記載の微粒子。
【請求項１１】
生体分子が、核酸またはタンパク質である、請求項１０に記載の微粒子。
【請求項１２】
リガンドドメインが、リガンドバインダーに結合していない、請求項８に記載の微粒子。
【請求項１３】
リガンドドメインが、複数の第１のリンカーを介して結合している複数のリガンドドメインを含む、請求項８に記載の微粒子。
【請求項１４】
核酸ドメインが、複数の第２のリンカーを介して結合している複数の核酸ドメインを含む、請求項８に記載の微粒子。
【請求項１５】
固体支持体が、平面支持体である、請求項１から５のいずれか一項に記載の微粒子。
【請求項１６】
微粒子が、第３のリンカーを介して固体支持体に連結している、請求項１５に記載の微粒子。
【請求項１７】
微粒子が、固体支持体に非共有結合している、請求項１５に記載の微粒子。
【請求項１８】
微粒子が、固体支持体に機械的に結合している、請求項１５に記載の微粒子。
【請求項１９】
複数の微粒子が、固体支持体に固定化されて、アレイを形成する、請求項１５に記載の微粒子。
【請求項２０】
アレイが、不規則アレイである、請求項１９に記載の微粒子。
【請求項２１】
アレイが、規則アレイである、請求項１９に記載の微粒子。
【請求項２２】
アレイが、六角形のアレイである、請求項１９に記載の微粒子。
【請求項２３】
アレイが、正方形の充填アレイである、請求項１９に記載の微粒子。
【請求項２４】
アレイが、１平方ミリメートル当たり少なくとも１００００個の微粒子を含む、請求項１９に記載の微粒子。
【請求項２５】
固相支持体上に固定化された複数の微粒子が、少なくとも約１０６個の微粒子を含む、請求項１９に記載の微粒子。
【請求項２６】
複数の微粒子のそれぞれが異なっている、請求項２５に記載の微粒子。
【請求項２７】
固相支持体上に固定化された複数の微粒子が、１０６から１０９個の微粒子を含む、請求項２５に記載の微粒子。
【請求項２８】
固体支持体が複数のウェルを含み、複数のウェルのそれぞれが固定化された微粒子を含む、請求項１９に記載の微粒子。
【請求項２９】
核酸ドメインが、相補的核酸配列に結合している、請求項１から５のいずれか一項に記載の微粒子。
【請求項３０】
相補的核酸配列が、検出可能な部分を含む、請求項２９に記載の微粒子。
【請求項３１】
検出可能な部分が、蛍光部分である、請求項３０に記載の微粒子。
【請求項３２】
複数のウェルを含む固体支持体であって、前記複数のウェルのそれぞれはさらに固定化された微粒子を含み、それによって規則アレイを形成し、
前記固定化された微粒子のそれぞれは、
（ｉ）第１のリンカーを介してリガンドドメイン、および
（ｉｉ）第２のリンカーを介して核酸ドメイン
に共有結合しており、
ここで、前記核酸ドメインは、前記リガンドドメインを同定し、および
前記第２のリンカーは、前記第１のリンカーを切断しない条件下で切断可能である、固体支持体。
【請求項３３】
リガンドドメインが、反応性部分に共有結合している除去可能な保護化部分を含む、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項３４】
リガンドドメインが、リガンドバインダーに結合している、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項３５】
リガンドドメインが、複数の第１のリンカーを介して結合している複数のリガンドドメインである、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項３６】
固体支持体が、平面支持体である、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項３７】
固定化された微粒子が、固体支持体に非共有結合している、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項３８】
固定化された微粒子が、第３のリンカーを介して固体支持体に連結している、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項３９】
固定化された微粒子が、固体支持体に機械的に結合している、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項４０】
規則アレイが、少なくとも１０６個の固定化された微粒子を含み、微粒子のそれぞれが異なっている、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項４１】
規則アレイが、１０６から１０９個の固定化された微粒子を含む、請求項４０に記載の固体支持体。
【請求項４２】
固体支持体が検出装置の内部にある、請求項３４に記載の固体支持体。
【請求項４３】
検出装置がリガンドドメインに結合しているリガンドバインダーを検出し、固体支持体上のリガンドバインダーの位置を同定する、請求項４２に記載の固体支持体。
【請求項４４】
（ｉ）微粒子を固体支持体に結合させ、それによって固定化された微粒子を形成するステップであって、前記固定化された微粒子はさらに、
(ａ)第１のリンカーを介してリガンドドメイン、および
(ｂ)第２のリンカーを介して核酸ドメイン
に共有結合しており、
ここで、前記第２のリンカーは、前記第１のリンカーを切断しない条件下で切断可能である、ステップ、ならびに
（ｉｉ）前記固定化された微粒子の核酸ドメインをデコードし、前記固体支持体上の核酸ドメインの位置を決定し、それによってデコードされかつマッピングされた微粒子を形成するステップ
を含む、方法。
【請求項４５】
デコードが、検出可能に標識された相補的核酸配列を、核酸ドメインに結合させるステップを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
（ｉ）複数のウェルを含む固体支持体を提供するステップ、
（ｉｉ）複数の微粒子を複数のウェルに結合させ、複数の固定化された微粒子の規則アレイを形成するステップであって、前記複数の固定化された微粒子のそれぞれはさらに、
(ａ)第１のリンカーを介してリガンドドメイン、および
(ｂ)第２のリンカーを介して核酸ドメイン
に共有結合しており、
ここで、前記第２のリンカーは、前記第１のリンカーを切断しない条件下で切断可能である、ステップ、ならびに
（ｉｉｉ）前記複数の固定化された微粒子のそれぞれの核酸ドメインをデコードし、前記固体支持体上の複数の固定化された微粒子のそれぞれの核酸ドメインの位置を決定し、それによってデコードされかつマッピングされた規則アレイを形成するステップ
を含む、方法。
【請求項４７】
規則アレイが、１平方ミリメートル当たり少なくとも１００００個の微粒子を含む、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項４８】
リガンドドメインが、小分子、ペプチド、およびタンパク質からなる群から選択される、請求項３２に記載の固体支持体。
【請求項４９】
デコードが、複数の検出可能に標識された相補的核酸を、前記核酸ドメインに連続的に結合させることを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項５０】
デコードされかつマッピングされた微粒子の第２のリンカーを切断し、それによって、マッピングされかつ切断された微粒子を形成することをさらに含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項５１】
リガンドバインダーを、マッピングされかつ切断された微粒子のリガンドドメインと接触させ、それによって、結合したリガンドバインダーを形成することをさらに含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
固体支持体上の結合したリガンドバインダーの位置を同定し、それによって、リガンドバインダーを検出することをさらに含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
リガンドバインダーが、検出可能な蛍光部分を含む、請求項５１または５２に記載の方法。
【請求項５４】
リガンドバインダーが、タンパク質または核酸である、請求項５１または５２に記載の方法。
【請求項５５】
リガンドドメインが、小分子、ペプチド、およびタンパク質からなる群から選択される、請求項４４に記載の方法。
【請求項５６】
リガンドドメインが、除去可能な保護化部分に共有結合した反応性部分を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項５７】
除去可能な保護化部分を化学的に除去することをさらに含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
反応性部分を、リガンドバインダーに結合可能なドメインと反応させ、それによってリガンドバインダーに結合可能なリガンドドメインを形成することをさらに含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
第２のリンカーが、光切断可能なリンカー、酸不安定リンカー、またはアルカリ不安定リンカーである、請求項４４に記載の方法。
【請求項６０】
第２のリンカーが、アシル基またはスルホンアミド基を含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項６１】
デコードが、ハイブリダイゼーションまたは酵素ベースの配列決定法によって、複数の固定化微粒子のそれぞれの核酸ドメインを配列決定することを含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項６２】
デコードが、検出可能に標識された相補的核酸を、固定化された微粒子のそれぞれの核酸ドメインに結合させることを含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項６３】
デコードが、複数の検出可能に標識された相補的核酸を、固定化された微粒子のそれぞれの核酸ドメインに、連続的に結合させることを含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項６４】
複数の固定化された微粒子のそれぞれの第２のリンカーを切断し、それによって、マッピングされかつ切断された規則アレイを形成することをさらに含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項６５】
切断が、複数の固定化された微粒子のそれぞれを、水酸化アンモニウムとメチルアミンとの混合物を含む切断剤と接触させることを含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
マッピングされかつ切断された規則アレイの複数の固定化された微粒子のそれぞれのリガンドドメインに、リガンドバインダーを接触させ、それによって複数の結合したリガンドバインダーを形成することをさらに含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
固体支持体上の複数の結合したリガンドバインダーの位置を同定し、それによって、複数の結合したリガンドバインダーを検出することをさらに含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項６８】
リガンドバインダーが、検出可能な蛍光部分を含む、請求項６６または６７に記載の方法。
【請求項６９】
リガンドバインダーが、タンパク質または核酸である、請求項６６または６７に記載の方法。
【請求項７０】
リガンドドメインが、小分子、ペプチド、およびタンパク質からなる群から選択される、請求項４６に記載の方法。
【請求項７１】
規則アレイが、六角形アレイまたは正方形充填アレイである、請求項４６に記載の方法。
【請求項７２】
規則アレイが、１平方ミリメートル当たり少なくとも１００００個の微粒子を含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項７３】
第２のリンカーが、光切断可能なリンカー、酸不安定リンカー、またはアルカリ不安定リンカーである、請求項４６に記載の方法。
【請求項７４】
第２のリンカーが、アシル基またはスルホンアミド基を含む、請求項４６に記載の方法。