【手続補正書】
【提出日】平成31年4月8日(2019.4.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００５６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００５６】
非蛍光性であるが発光性のレポーターの例としては、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるThorne et al., Chemistry and Biology, vol. 17, issue 6, pp. 646-657 (2010) に開示されるような、ルシフェラーゼ及びその誘導体が挙げられる。当業者に公知の非蛍光レポーターの例としては、Ｆｉｒｅｆｌｙ（ＦＬｕｃ）、改変Ｆｉｒｅｆｌｙ（Ｕｌｔｒａ−Ｇｌｏ）、Ｃｌｉｃｋ  ｂｅｅｔｌｅ（ＣＢＬｕｃ）、Ｓｅａ  ｐａｎｓｙ（ＲＬｕｃ）、Ｃｏｐｅｐｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＧＬｕｃ）、Ｏｓｔｒａｃｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＣＬｕｃ）などが挙げられる。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１２３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１２３】
【表１１】
2018517403.tif 000001
本発明の態様は以下を含む。
付記１
微生物の集団を提供すること、
ここで、前記微生物の集団は、レポーターをコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物の集団は、発現すると微生物による前記レポーターの発現を制御するセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物の集団は、前記センサーの代謝産物結合パートナーを産生するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は前記代謝産物結合パートナーを産生し、産生された代謝産物結合パートナーは前記センサーに結合して、産生された代謝産物の濃度に依存した態様で前記レポーターの発現を誘導する；及び
前記レポーターの検出により微生物の集団をスクリーニングして微生物のサブセットを同定すること、
を含む、代謝産物の産生のための微生物のサブセットを選択する方法。
付記２
前記レポーターが蛍光タンパク質である、付記１に記載の方法。
付記３
前記レポーターが、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｆｉｒｅｆｌｙ（ＦＬｕｃ）、改変Ｆｉｒｅｆｌｙ（Ｕｌｔｒａ−Ｃｌｏ）、Ｃｌｉｃｋ  ｂｅｅｔｌｅ（ＣＢＬｕｃ）、Ｓｅａ  ｐａｎｓｙ（ＲＬｕｃ）、Ｃｏｐｅｐｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＧＬｕｃ）、及びＯｓｔｒａｃｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＣＬｕｃ）からなる群から選択される、付記１に記載の方法。
付記４
前記スクリーニングが、蛍光活性化細胞選別、顕微鏡観察、マイクロタイタープレートアッセイ、エマルジョンアッセイ、マイクロ流体アッセイ、プルダウンアッセイ、又はルシフェラーゼハイスループットスクリーニングによって行われる、付記１に記載の方法。
付記５
前記センサー生体分子及び前記代謝産物結合パートナーが、ｃｄａＲ／グルカル酸、ｔｔｇＲ／ナリンゲニン、ｂｔｕＢリボスイッチ／コバラミン、ｍｐｈＲ／マクロライド、ｔｅｔＲ／テトラサイクリン誘導体、ｂｅｎＭ／ムコン酸、ａｌｋＳ／中鎖ｎ−アルカン、ｘｙｌＲ／キシロース、ａｒａＣ／アラビノース、ｇｎｔＲ／グルコン酸塩、ｇａｌＳ／ガラクトース、ｔｒｐＲ／トリプトファン、ｑａｃＲ／ベルベリン、ｒｍｒＲ／フィトアレキシン、ｃｙｍＲ／クミン酸、ｍｅｌＲ／メリビオース、ｒａｆＲ／ラフィノース、ｎａｈＲ／サリチル酸塩、ｎｏｃＲ／ノパリン、ｃｌｃＲ／クロロ安息香酸、ｖａｒＲ／ヴァージニアマイシン、ｒｈａＲ／ラムノース、ＰｈｏＲ／リン酸塩、ＭａｌＫ／リンゴ酸塩、ＧｌｎＫ／グルタミン、レチノイン酸受容体／レチノイン酸、エストロゲン受容体／エストロゲン、及びエクジソン受容体／エクジソンからなる群から選択されるペアである、付記１に記載の方法。
付記６
前記微生物のサブセットを遺伝子改変して前記代謝産物の産生に直接的又は間接的に影響する遺伝子又は遺伝子群を変化させること、及び、
前記レポーターを検出することによって微生物のサブセットをスクリーニングして微生物のさらなるサブセットを同定すること、
をさらに含む、付記１に記載の方法。
付記７
タンパク質をコードする遺伝子の微生物による発現を制御するセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように微生物を遺伝子改変すること、及び
前記センサーに対応する代謝産物を産生するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように前記微生物を遺伝子改変することを含み、
ここで、前記微生物は前記代謝産物を産生し、産生された代謝産物は前記センサーに結合して、産生された代謝産物の濃度に依存した態様でタンパク質の発現を誘導し、
前記センサーはＡｃｕＲであり、前記代謝産物はアクリレートであるか、又は、
前記センサーはｔｔｇＲであり、前記代謝産物はフェノールである、
代謝産物に対応するセンサー生体分子を含むように微生物を改変する方法。
付記８
前記微生物が、前記タンパク質をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変される、付記７に記載の方法。
付記９
前記タンパク質が蛍光タンパク質である、付記８に記載の方法。
付記１０
前記タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｆｉｒｅｆｌｙ（ＦＬｕｃ）、改変Ｆｉｒｅｆｌｙ（Ｕｌｔｒａ−Ｃｌｏ）、Ｃｌｉｃｋ  ｂｅｅｔｌｅ（ＣＢＬｕｃ）、Ｓｅａ  ｐａｎｓｙ（ＲＬｕｃ）、Ｃｏｐｅｐｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＧＬｕｃ）、及びＯｓｔｒａｃｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＣＬｕｃ）からなる群から選択される、付記８に記載の方法。
付記１１
前記タンパク質が毒素に対する解毒剤である、付記８に記載の方法。
付記１２
前記タンパク質が、ＳＤＳとｔｏｌＣ、コリシンとｔｏｌＣ、カナマイシンとカナマイシンヌクレオチジルトランスフェラーゼ、クロラムフェニコールとクロラムフェニコールアシルトランスフェラーゼ、アンピシリンとβラクタマーゼ、テトラサイクリンとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、塩化ニッケルとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、及び５−フルオロオロチン酸とＵＲＡ３の解毒剤と毒素の組み合わせからなる群から選択される、毒素に対する解毒剤である、付記８に記載の方法。
付記１３
微生物であって、
ここで、前記微生物は、タンパク質をコードする遺伝子の前記微生物による発現を制御するセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は、代謝産物を産生するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は前記代謝産物を産生し、産生された代謝産物は前記センサー生体分子に結合して、産生されたアクリレートの濃度に依存した態様で前記タンパク質の発現を誘導し、
前記センサーはＡｃｕＲであり、前記代謝産物はアクリレートであるか、又は
前記センサーはｔｔｇＲであり、前記代謝産物はフェノールである、微生物。
付記１４
前記微生物が、前記タンパク質をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されている、付記１３に記載の微生物。
付記１５
前記タンパク質が蛍光タンパク質である、付記１４に記載の方法。
付記１６
前記タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｆｉｒｅｆｌｙ（ＦＬｕｃ）、改変Ｆｉｒｅｆｌｙ（Ｕｌｔｒａ−Ｃｌｏ）、Ｃｌｉｃｋ  ｂｅｅｔｌｅ（ＣＢＬｕｃ）、Ｓｅａ  ｐａｎｓｙ（ＲＬｕｃ）、Ｃｏｐｅｐｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＧＬｕｃ）、及びＯｓｔｒａｃｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＣＬｕｃ）からなる群から選択される、付記１４に記載の方法。
付記１７
前記タンパク質が毒素に対する解毒剤である、付記１４に記載の方法。
付記１８
前記タンパク質が、ＳＤＳとｔｏｌＣ、コリシンとｔｏｌＣ、カナマイシンとカナマイシンヌクレオチジルトランスフェラーゼ、クロラムフェニコールとクロラムフェニコールアシルトランスフェラーゼ、アンピシリンとβラクタマーゼ、テトラサイクリンとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、塩化ニッケルとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、及び５−フルオロオロチン酸とＵＲＡ３の解毒剤と毒素の組み合わせからなる群から選択される、毒素に対する解毒剤である、付記１４に記載の方法。
付記１９
タンパク質をコードする遺伝子の微生物による発現を制御するｐｒｐＲセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように微生物を遺伝子改変すること、
３−ヒドロキシプロピオン酸を産生して３−ヒドロキシプロピオン酸を２−メチルクエン酸に変換するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように前記微生物を遺伝子改変することを含み、
ここで、前記微生物は前記２−メチルクエン酸を産生し、産生された２−メチルクエン酸は前記ｐｒｐＲセンサーに結合して、２−メチルクエン酸の濃度に依存した態様でタンパク質の発現を誘導する、
代謝産物に対応するセンサー生体分子を含むように微生物を改変する方法。
付記２０
前記微生物が、タンパク質をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されている、付記１９に記載の方法。
付記２１
前記タンパク質が蛍光タンパク質である、付記１９に記載の方法。
付記２２
前記タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｆｉｒｅｆｌｙ（ＦＬｕｃ）、改変Ｆｉｒｅｆｌｙ（Ｕｌｔｒａ−Ｃｌｏ）、Ｃｌｉｃｋ  ｂｅｅｔｌｅ（ＣＢＬｕｃ）、Ｓｅａ  ｐａｎｓｙ（ＲＬｕｃ）、Ｃｏｐｅｐｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＧＬｕｃ）、及びＯｓｔｒａｃｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＣＬｕｃ）からなる群から選択される、付記１９に記載の方法。
付記２３
前記タンパク質が毒素に対する解毒剤である、付記１９に記載の方法。
付記２４
前記タンパク質が、ＳＤＳとｔｏｌＣ、コリシンとｔｏｌＣ、カナマイシンとカナマイシンヌクレオチジルトランスフェラーゼ、クロラムフェニコールとクロラムフェニコールアシルトランスフェラーゼ、アンピシリンとβラクタマーゼ、テトラサイクリンとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、塩化ニッケルとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、及び５−フルオロオロチン酸とＵＲＡ３の解毒剤と毒素の組み合わせからなる群から選択される、毒素に対する解毒剤である、付記１９に記載の方法。
付記２５
微生物であって、
ここで、前記微生物は、タンパク質をコードする遺伝子の前記微生物による発現を制御するｐｒｐＲセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は、３−ヒドロキシプロピオン酸を産生して３−ヒドロキシプロピオン酸を２−メチルクエン酸に変換するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は前記２−メチルクエン酸を産生し、産生された２−メチルクエン酸は前記ｐｒｐＲセンサー生体分子に結合して、産生された２−メチルクエン酸の濃度に依存した態様でタンパク質の発現を誘導する、微生物。
付記２６
前記微生物が、タンパク質をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されている、付記２５に記載の微生物。
付記２７
前記タンパク質が蛍光タンパク質である、付記２５に記載の方法。
付記２８
前記タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｆｉｒｅｆｌｙ（ＦＬｕｃ）、改変Ｆｉｒｅｆｌｙ（Ｕｌｔｒａ−Ｃｌｏ）、Ｃｌｉｃｋ  ｂｅｅｔｌｅ（ＣＢＬｕｃ）、Ｓｅａ  ｐａｎｓｙ（ＲＬｕｃ）、Ｃｏｐｅｐｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＧＬｕｃ）、及びＯｓｔｒａｃｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＣＬｕｃ）からなる群から選択される、付記２５に記載の方法。
付記２９
前記タンパク質が毒素に対する解毒剤である、付記２５に記載の方法。
付記３０
前記タンパク質が、ＳＤＳとｔｏｌＣ、コリシンとｔｏｌＣ、カナマイシンとカナマイシンヌクレオチジルトランスフェラーゼ、クロラムフェニコールとクロラムフェニコールアシルトランスフェラーゼ、アンピシリンとβラクタマーゼ、テトラサイクリンとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、塩化ニッケルとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、及び５−フルオロオロチン酸とＵＲＡ３の解毒剤と毒素の組み合わせからなる群から選択される、毒素に対する解毒剤である、付記２５に記載の方法。
付記３１
タンパク質をコードする遺伝子の微生物による発現を制御するａｃｕＲセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように微生物を遺伝子改変すること、
３−ヒドロキシプロピオン酸を産生して３−ヒドロキシプロピオン酸をアクリレートに変換するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように前記微生物を遺伝子改変することを含み、
ここで、前記微生物は前記アクリレートを産生し、産生されたアクリレートは前記ａｃｕＲセンサーに結合して、アクリレートの濃度に依存した態様でタンパク質の発現を誘導する、
代謝産物に対応するセンサー生体分子を含むように微生物を改変する方法。
付記３２
前記微生物が、タンパク質をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されている、付記３１に記載の方法。
付記３３
前記タンパク質が蛍光タンパク質である、付記３１に記載の方法。
付記３４
前記タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｆｉｒｅｆｌｙ（ＦＬｕｃ）、改変Ｆｉｒｅｆｌｙ（Ｕｌｔｒａ−Ｃｌｏ）、Ｃｌｉｃｋ  ｂｅｅｔｌｅ（ＣＢＬｕｃ）、Ｓｅａ  ｐａｎｓｙ（ＲＬｕｃ）、Ｃｏｐｅｐｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＧＬｕｃ）、及びＯｓｔｒａｃｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＣＬｕｃ）からなる群から選択される、付記３１に記載の方法。
付記３５
前記タンパク質が毒素に対する解毒剤である、付記３１に記載の方法。
付記３６
前記タンパク質が、ＳＤＳとｔｏｌＣ、コリシンとｔｏｌＣ、カナマイシンとカナマイシンヌクレオチジルトランスフェラーゼ、クロラムフェニコールとクロラムフェニコールアシルトランスフェラーゼ、アンピシリンとβラクタマーゼ、テトラサイクリンとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、塩化ニッケルとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ及び５−フルオロオロチン酸とＵＲＡ３の解毒剤と毒素の組み合わせからなる群から選択される、毒素に対する解毒剤である、付記３１に記載の方法。
付記３７
微生物であって、
ここで、前記微生物は、タンパク質をコードする遺伝子の前記微生物による発現を制御するａｃｕＲセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は、３−ヒドロキシプロピオン酸を産生して３−ヒドロキシプロピオン酸をアクリレートに変換するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は前記アクリレートを産生し、産生されたアクリレートは前記ａｃｕＲセンサー生体分子に結合して、産生されたアクリレートの濃度に依存した態様で前記タンパク質の発現を誘導する、微生物。
付記３８
前記微生物が、前記タンパク質をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されている、付記３７に記載の微生物。
付記３９
前記タンパク質が蛍光タンパク質である、付記３７に記載の方法。
付記４０
前記タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｆｉｒｅｆｌｙ（ＦＬｕｃ）、改変Ｆｉｒｅｆｌｙ（Ｕｌｔｒａ−Ｃｌｏ）、Ｃｌｉｃｋ  ｂｅｅｔｌｅ（ＣＢＬｕｃ）、Ｓｅａ  ｐａｎｓｙ（ＲＬｕｃ）、Ｃｏｐｅｐｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＧＬｕｃ）、及びＯｓｔｒａｃｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＣＬｕｃ）からなる群から選択される、付記３７に記載の方法。
付記４１
前記タンパク質が毒素に対する解毒剤である、付記３７に記載の方法。
付記４２
前記タンパク質が、ＳＤＳとｔｏｌＣ、コリシンとｔｏｌＣ、カナマイシンとカナマイシンヌクレオチジルトランスフェラーゼ、クロラムフェニコールとクロラムフェニコールアシルトランスフェラーゼ、アンピシリンとβラクタマーゼ、テトラサイクリンとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ、塩化ニッケルとテトラサイクリン排出ポンプｔｅｔＡ及び５−フルオロオロチン酸とＵＲＡ３の解毒剤と毒素の組み合わせからなる群から選択される、毒素に対する解毒剤である、付記３７に記載の方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物の集団を提供すること、
ここで、前記微生物の集団は、レポーターをコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、前記レポーターが蛍光タンパク質であり、
前記微生物の集団は、発現すると微生物による前記レポーターの発現を制御する転写因子であるセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物の集団は、前記センサー生体分子の代謝産物結合パートナーを産生するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は前記代謝産物結合パートナーを産生し、産生された代謝産物結合パートナーは前記センサー生体分子に結合して、産生された代謝産物の濃度に依存した態様で前記レポーターの発現を誘導する；及び
前記レポーターの検出により微生物の集団をスクリーニングして微生物のサブセットを同定すること、
を含む、代謝産物の産生のための微生物のサブセットを選択する方法。
【請求項２】
前記蛍光タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、Ｔ−Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｆｉｒｅｆｌｙ（ＦＬｕｃ）、改変Ｆｉｒｅｆｌｙ（Ｕｌｔｒａ−Ｇｌｏ）、Ｃｌｉｃｋ  ｂｅｅｔｌｅ（ＣＢＬｕｃ）、Ｓｅａ  ｐａｎｓｙ（ＲＬｕｃ）、Ｃｏｐｅｐｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＧＬｕｃ）、及びＯｓｔｒａｃｏｄ  ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ（ＣＬｕｃ）からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記スクリーニングが、蛍光活性化細胞選別、顕微鏡観察、マイクロタイタープレートアッセイ、エマルジョンアッセイ、マイクロ流体アッセイ、プルダウンアッセイ、又はルシフェラーゼハイスループットスクリーニングによって行われる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記センサー生体分子及び前記代謝産物結合パートナーが、ｃｄａＲ／グルカル酸、ｔｔｇＲ／ナリンゲニン、ｂｔｕＢリボスイッチ／コバラミン、ｍｐｈＲ／マクロライド、ｔｅｔＲ／テトラサイクリン誘導体、ｂｅｎＭ／ムコン酸、ａｌｋＳ／中鎖ｎ−アルカン、ｘｙｌＲ／キシロース、ａｒａＣ／アラビノース、ｇｎｔＲ／グルコン酸塩、ｇａｌＳ／ガラクトース、ｔｒｐＲ／トリプトファン、ｑａｃＲ／ベルベリン、ｒｍｒＲ／フィトアレキシン、ｃｙｍＲ／クミン酸、ｍｅｌＲ／メリビオース、ｒａｆＲ／ラフィノース、ｎａｈＲ／サリチル酸塩、ｎｏｃＲ／ノパリン、ｃｌｃＲ／クロロ安息香酸、ｖａｒＲ／ヴァージニアマイシン、ｒｈａＲ／ラムノース、ＰｈｏＲ／リン酸塩、ＭａｌＫ／リンゴ酸塩、ＧｌｎＫ／グルタミン、レチノイン酸受容体／レチノイン酸、エストロゲン受容体／エストロゲン、及びエクジソン受容体／エクジソンからなる群から選択されるペアである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記微生物のサブセットを遺伝子改変して前記代謝産物の産生に直接的又は間接的に影響する遺伝子又は遺伝子群を変化させること、及び、
前記レポーターを検出することによって微生物のサブセットをスクリーニングして微生物のさらなるサブセットを同定すること、
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
蛍光タンパク質をコードする遺伝子の微生物による発現を制御する転写因子であるセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように微生物を遺伝子改変すること、及び
前記センサー生体分子に対応する代謝産物を産生するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように前記微生物を遺伝子改変することを含み、
ここで、前記微生物は前記代謝産物を産生し、産生された代謝産物は前記センサー生体分子に結合して、産生された代謝産物の濃度に依存した態様で前記蛍光タンパク質の発現を誘導し、
前記センサー生体分子はＡｃｕＲであり、前記代謝産物はアクリレートであるか、又は、
前記センサー生体分子はｔｔｇＲであり、前記代謝産物はフェノールである、
代謝産物に対応する転写因子であるセンサー生体分子を含むように微生物を改変する方法。
【請求項７】
前記蛍光タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、及びＴ−Ｓａｐｐｈｉｒｅからなる群から選択される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
微生物であって、
ここで、前記微生物は、蛍光タンパク質をコードする遺伝子の前記微生物による発現を制御する転写因子であるセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は、代謝産物を産生するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は前記代謝産物を産生し、産生された代謝産物は前記センサー生体分子に結合して、産生された代謝産物の濃度に依存した態様で前記蛍光タンパク質の発現を誘導し、
前記センサー生体分子はＡｃｕＲであり、前記代謝産物はアクリレートであるか、又は
前記センサー生体分子はｔｔｇＲであり、前記代謝産物はフェノールである、微生物。
【請求項９】
前記蛍光タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、及びＴ−Ｓａｐｐｈｉｒｅからなる群から選択される、請求項８に記載の微生物。
【請求項１０】
蛍光タンパク質をコードする遺伝子の微生物による発現を制御するｐｒｐＲセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように微生物を遺伝子改変すること、
３−ヒドロキシプロピオン酸を産生して３−ヒドロキシプロピオン酸を２−メチルクエン酸に変換するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように前記微生物を遺伝子改変することを含み、
ここで、前記微生物は前記２−メチルクエン酸を産生し、産生された２−メチルクエン酸は前記ｐｒｐＲセンサー生体分子に結合して、２−メチルクエン酸の濃度に依存した態様でタンパク質の発現を誘導する、
代謝産物に対応する転写因子であるセンサー生体分子を含むように微生物を改変する方法。
【請求項１１】
前記蛍光タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、及びＴ−Ｓａｐｐｈｉｒｅからなる群から選択される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
微生物であって、
ここで、前記微生物は、蛍光タンパク質をコードする遺伝子の前記微生物による発現を制御するｐｒｐＲセンサー生体分子をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は、３−ヒドロキシプロピオン酸を産生して３−ヒドロキシプロピオン酸を２−メチルクエン酸に変換するための遺伝子又は遺伝子群をコードする外来性ＤＮＡを含むように遺伝子改変されており、
前記微生物は前記２−メチルクエン酸を産生し、産生された２−メチルクエン酸は前記ｐｒｐＲセンサー生体分子に結合して、産生された２−メチルクエン酸の濃度に依存した態様で蛍光タンパク質の発現を誘導する、微生物。
【請求項１３】
前記蛍光タンパク質が、ｍＰｌｕｍ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｔｄＴｏｍａｔｏ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊ−Ｒｅｄ、ＤｓＲｅｄ−ｍｏｎｏｍｅｒ、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、ｍＣｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＥＹＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、ＥＧＦＰ、ＣｙＰｅｔ、ｍＣＦＰｍ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、及びＴ−Ｓａｐｐｈｉｒｅからなる群から選択される、請求項１２に記載の微生物。