【手続補正書】
【提出日】令和1年7月31日(2019.7.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
確率スコアをびまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）を分類するための指標とする方法であって、
対象から得た試料中のＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳの発現を測定し、それにより、ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳについての発現値を得るステップと、
各発現値に重み付けし、それにより、重み付き発現値を生成するステップと、
前記重み付き発現値を合計し、それにより、合計重み付き発現値を生成するステップと、
前記合計重み付き発現値を使用して確率スコアを算出するステップと、
前記確率スコアを閾値と比較するステップと
を含み、
活性化Ｂ細胞様（ＡＢＣ）の範囲内の前記確率スコアの値は、前記ＤＬＢＣＬがＡＢＣに分類できることの指標であり、
胚中心Ｂ細胞様（ＧＣＢ）の範囲内の前記確率スコアの値は、前記ＤＬＢＣＬがＧＣＢに分類できることの指標であり、または
未分類の範囲内の前記確率スコアの値は、前記ＤＬＢＣＬが未分類に分類できることの指標である、方法。
【請求項２】
核酸発現を測定する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸が、ｍＲＮＡおよび／またはｍｉＲＮＡである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記試料が、固定された試料である、請求項１から３のいずれかに記載の方法。
【請求項５】
発現を測定するステップが、ヌクレアーゼに基づくアッセイを使用して前記試料を分析することを含む、請求項１から４のいずれかに記載の方法。
【請求項６】
発現を測定するステップが、配列決定することを含み、前記発現値が、前記試料中に存在する分子の数を表す計数である、請求項１から５のいずれかに記載の方法。
【請求項７】
発現を測定するステップが、発現を定量化することを含む、請求項１から６のいずれかに記載の方法。
【請求項８】
各発現値に重み付けするステップが、前記発現値に表５に示されている係数を掛けることを含む、請求項１から７のいずれかに記載の方法。
【請求項９】
確率スコアを算出するステップが、式：
【化７】
2018536387.tif 000001
を使用し、ここで式中、β０は定数であり、βは、分類指標となる遺伝子に対する重みのベクトルであり、ｘＴは、所与の試料についての前記分類指標となる遺伝子の測定値のベクトルである、請求項１から８のいずれかに記載の方法。
【請求項１０】
前記閾値が、確率スコアｔカットオフである、請求項１から９のいずれかに記載の方法。
【請求項１１】
前記確率スコアｔカットオフが、ＡＢＣについて＜０．４３、ＧＣＢについて＞０．５７、未分類について０．４３〜０．５７である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記対象が、ＤＬＢＣＬを有することが分かっているまたは有する疑いがある、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記試料の６％未満を未分類に分類する、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記発現値が、
前記試料を、隣接配列を含むヌクレアーゼ保護プローブ（ＮＰＰＦ）と、各ＮＰＰＦがその標的核酸分子に特異的に結合するのに十分な条件下で接触させること、
前記試料を、前記隣接配列と相補的な配列（ＣＦＳ）を含む核酸分子と、前記隣接配列が前記ＣＦＳに特異的に結合するのに十分な条件下で接触させること、
前記試料を、一本鎖核酸分子に特異的なヌクレアーゼと、結合していない核酸分子を除去するために十分な条件下で接触させ、それにより、前記標的核酸分子および前記ＣＦＳ（複数可）とハイブリダイズしたＮＰＰＦを含む消化された試料を生成すること、
前記消化された試料中のＮＰＰＦを、増幅プライマーを用いて増幅し、それにより、ＮＰＰＦアンプリコンを生成すること、
前記ＮＰＰＦアンプリコンの少なくとも一部について配列決定すること、ならびに
ＮＰＰＦアンプリコンの数を計数し、それにより、前記試料中のＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳについての発現値を決定すること、
によって得られる、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記発現値が、
前記試料を、ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳ標的核酸分子に特異的なＮＰＰＦと接触させることであって、
各ＮＰＰＦが、
５’末端および３’末端、
前記ＮＰＰＦと前記標的核酸分子との特異的な結合を可能にする、前記ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳ標的核酸分子の領域と相補的な配列
を含み、
前記隣接配列が、前記標的核酸分子と相補的な配列に対して５’側、３’側、またはその両方に位置し、５’隣接配列は前記標的核酸分子と相補的な配列の５’側にあり、３’隣接配列は前記標的核酸分子と相補的な配列の３’側にあり、
前記隣接配列が、前記試料中に存在する核酸分子には見いだされない少なくとも１２個の連続したヌクレオチドを含み、
前記ＮＰＰＦが５’隣接配列を含む場合には、前記試料を、前記５’隣接配列と相補的な配列（５ＣＦＳ）、５’末端リン酸を含む核酸分子と、前記５’隣接配列が前記５ＣＦＳと特異的にハイブリダイズするのに十分な条件下で接触させ、
前記ＮＰＰＦが３’隣接配列を含む場合には、前記試料を、前記３’隣接配列と相補的な配列（３ＣＦＳ）を含む核酸分子と、前記３’隣接配列が前記３ＣＦＳと特異的にハイブリダイズするのに十分な条件下で接触させ、
前記３ＣＦＳおよび前記５ＣＦＳの少なくとも一方が、捕捉用部分を含む、接触させること、
前記標的核酸分子とハイブリダイズした、前記３ＣＦＳとハイブリダイズした、前記５ＣＦＳとハイブリダイズした、または前記３ＣＦＳおよび前記５ＣＦＳの両方とハイブリダイズしたＮＰＰＦを生成すること、
前記試料を、一本鎖核酸分子に特異的なヌクレアーゼと、結合していない核酸分子を除去するために十分な条件下で接触させ、それにより、前記標的核酸分子とハイブリダイズした、前記３ＣＦＳとハイブリダイズした、前記５ＣＦＳとハイブリダイズした、または前記３ＣＦＳおよび前記５ＣＦＳの両方とハイブリダイズしたＮＰＰＦを含む、消化された試料を生成すること、
前記標的核酸分子とハイブリダイズした、前記３ＣＦＳとハイブリダイズした、前記５ＣＦＳとハイブリダイズした、または前記３ＣＦＳおよび前記５ＣＦＳの両方とハイブリダイズした前記ＮＰＰＦを捕捉すること、
前記３ＣＦＳの５’リン酸と前記標的核酸分子の３’末端をライゲーションし、そして前記５ＣＦＳの３’末端と前記標的核酸分子の５’末端をライゲーションし、それにより、ライゲーションした標的核酸分子を生成すること、
前記ライゲーションした標的核酸分子から前記ＮＰＰＦを分離し、それにより、一本鎖のＮＰＰＦと一本鎖のライゲーションした標的核酸分子とを含む混合物を生成すること、ならびに
前記一本鎖のライゲーションした標的核酸分子の少なくとも一部分の配列決定をして、それにより、前記試料中の前記ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳ標的核酸分子の配列を決定すること
によって得られる、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＮＰＰＦが少なくとも１つのｄＵＴＰを含み、前記方法が、変性後かつ配列決定前に、一本鎖のＮＰＰＦと一本鎖のライゲーションした標的核酸分子とを含む前記混合物を、ウラシルＤＮＡデグリコシラーゼ（ＵＤＧ）と、前記一本鎖のＮＰＰＦを分解するために十分な条件下で接触させるステップをさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＤＬＢＣＬがＧＣＢに分類されることは、治療有効量の（１）シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、およびプレドニゾンもしくはプレドニゾロン（ＣＨＯＰ）化学療法、（２）リツキシマブ＋ＣＨＯＰ（Ｒ−ＣＨＯＰ）化学療法、または（３）エトポシド＋Ｒ−ＣＨＯＰ（Ｒ−ＥＰＯＣＨ）化学療法が前記対象に投与されるべきであることの指標である、請求項１から１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１８】
前記ＤＬＢＣＬがＡＢＣに分類されることは、治療有効量の、ベンダムスチン、ピキサントロン、ゲムシタビン／オキサリプラチン、リポソームビンクリスチン、抗ＣＤ２０  ｍＡｂ、抗ＣＤ２２  ｍＡｂ、抗ＣＤ７４  ｍＡｂ、抗ＣＤ４０  ｍＡｂ、単鎖二重特異性抗ＣＤ１９およびＣＤ３  ｍＡｂ構築物、Ｉ−１３１トシツモマブ、イノツズマブオゾガマイシン、９０Ｙ−エプラツズマブテトラキセタン、サリドマイド、レナリドマイド、ボルテゾミブ、ＮＰＩ−００５２、エベロリムス、テムシロリムス、ボリノスタット、オブリメルセンナトリウム、ＰＦ−３５１２６７６、１７−ＡＡＧ、ベバシズマブ、アフリベルセプト、ＣＡＬ−１０１、バルプロ酸、ジナシクリブ、ホスタマチニブ、ダサチニブ、エンザスタウリン、ＰＣＩ−３２７６５、ＳＢ１５１８、ならびにソラフェニブの１つまたは複数が前記対象に投与されるべきであることの指標である、請求項１から１６のいずれかに記載の方法。
【請求項１９】
プログラムされたときにそれにより計算処理システムに請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法を実施させるための、コンピューターで実行可能な指示が記憶された１つまたは複数のコンピューター可読記憶媒体。
【請求項２０】
請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法の実施に適合させた計算処理システム。
【請求項２１】
以下：
少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦおよび対応するＣＦＳを含む容器であって、前記少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦが、ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳに特異的である、容器、ならびに、
前記少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦのアンプリコンに特異的に結合することが可能なビーズを含む容器、
一本鎖核酸に特異的なヌクレアーゼを含む容器、
溶解緩衝液を含む容器、
洗浄緩衝液を含む容器、
ＰＣＲ用試薬を含む容器、
エタノールを含む容器、
リガーゼを含む容器、
ライゲーション緩衝液を含む容器、
変性用油を含む容器、および
プロテイナーゼＫを含む容器
の１つまたは複数
を含む、キット。
【請求項２２】
少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦおよび対応するＣＦＳを含む前記容器であって、前記少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦが、ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳに特異的である、容器、
一本鎖核酸に特異的なヌクレアーゼを含む容器、
溶解緩衝液を含む容器、ならびに
ヌクレアーゼ終結緩衝液を含む容器
を含む、請求項２１に記載のキット。
【請求項２３】
ＤＬＢＣＬの亜型に対する分類指標を実装する計算処理システムをさらに含む、請求項２１または２２に記載のキット。
【請求項２４】
前記計算処理システムが、２種またはそれより多いＤＬＢＣＬシグネチャー遺伝子についての発現値を受信し、多数の値を各遺伝子についての対応する閾値に対してスコア化し、試料を前記試料のＤＬＢＣＬの亜型を示すフレームワーク内に分類するソフトウェアまたはコンピューター可読媒体を含む、請求項２３に記載のキット。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０３０９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０３０９】
本開示の原理を適用することができる多くの可能性のある実施形態を考慮して、例示されている実施形態は単に例であり、本発明の範囲を限定するものとみなされるべきではないことが認識されるべきである。そうではなく、本発明の範囲は、以下の特許請求の範囲によって定義される。したがって、これらの特許請求の範囲の範囲および主旨に入る全てが本発明者らの発明であることを主張する。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
（項目１）
びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）を分類する方法であって、
対象から得た試料中のＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳの発現を測定し、それにより、ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳについての発現値を得るステップと、
各発現値に重み付けし、それにより、重み付き発現値を生成するステップと、
前記重み付き発現値を合計し、それにより、合計重み付き発現値を生成するステップと、
前記合計重み付き発現値を使用して確率スコアを算出するステップと、
前記確率スコアを閾値と比較するステップと、
前記確率スコアがＡＢＣの範囲内の値であれば前記ＤＬＢＣＬを活性化Ｂ細胞様（ＡＢＣ）に分類する、
前記確率スコアがＧＣＢの範囲内の値であれば前記ＤＬＢＣＬを胚中心Ｂ細胞様（ＧＣＢ）に分類する、または
前記確率スコアが未分類の範囲内の値であれば前記ＤＬＢＣＬを未分類に分類するステップと
を含む、方法。
（項目２）
核酸発現を測定する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記核酸が、ｍＲＮＡおよび／またはｍｉＲＮＡである、項目２に記載の方法。
（項目４）
前記試料が、固定された試料である、項目１から３のいずれかに記載の方法。
（項目５）
発現を測定するステップが、ヌクレアーゼに基づくアッセイを使用して前記試料を分析することを含む、項目１から４のいずれかに記載の方法。
（項目６）
発現を測定するステップが、配列決定することを含み、前記発現値が、前記試料中に存在する分子の数を表す計数である、項目１から５のいずれかに記載の方法。
（項目７）
発現を測定するステップが、発現を定量化することを含む、項目１から６のいずれかに記載の方法。
（項目８）
各発現値に重み付けするステップが、前記発現値に表５に示されている係数を掛けることを含む、項目１から７のいずれかに記載の方法。
（項目９）
確率スコアを算出するステップが、式：
【化７】
2018536387.tif 000002
を使用し、ここで式中、β０は定数であり、βは、分類指標となる遺伝子に対する重みのベクトルであり、ｘＴは、所与の試料についての前記分類指標となる遺伝子の測定値のベクトルである、項目１から８のいずれかに記載の方法。
（項目１０）
前記閾値が、確率スコアｔカットオフである、項目１から９のいずれかに記載の方法。
（項目１１）
前記確率スコアｔカットオフが、ＡＢＣについて＜０．４３、ＧＣＢについて＞０．５７、未分類について０．４３〜０．５７である、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記対象が、ＤＬＢＣＬを有することが分かっているまたは有する疑いがある、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記試料の６％未満を未分類に分類する、項目１から１２のいずれかに記載の方法。
（項目１４）
前記発現値が、
前記試料を、隣接配列を含むヌクレアーゼ保護プローブ（ＮＰＰＦ）と、各ＮＰＰＦがその標的核酸分子に特異的に結合するのに十分な条件下で接触させること、
前記試料を、前記隣接配列と相補的な配列（ＣＦＳ）を含む核酸分子と、前記隣接配列が前記ＣＦＳに特異的に結合するのに十分な条件下で接触させること、
前記試料を、一本鎖核酸分子に特異的なヌクレアーゼと、結合していない核酸分子を除去するために十分な条件下で接触させ、それにより、前記標的核酸分子および前記ＣＦＳ（複数可）とハイブリダイズしたＮＰＰＦを含む消化された試料を生成すること、
前記消化された試料中のＮＰＰＦを、増幅プライマーを用いて増幅し、それにより、ＮＰＰＦアンプリコンを生成すること、
前記ＮＰＰＦアンプリコンの少なくとも一部について配列決定すること、ならびに
ＮＰＰＦアンプリコンの数を計数し、それにより、前記試料中のＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳについての発現値を決定すること、
によって得られる、項目１から１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
前記発現値が、
前記試料を、ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳ標的核酸分子に特異的なＮＰＰＦと接触させることであって、
各ＮＰＰＦが、
５’末端および３’末端、
前記ＮＰＰＦと前記標的核酸分子との特異的な結合を可能にする、前記ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳ標的核酸分子の領域と相補的な配列
を含み、
前記隣接配列が、前記標的核酸分子と相補的な配列に対して５’側、３’側、またはその両方に位置し、５’隣接配列は前記標的核酸分子と相補的な配列の５’側にあり、３’隣接配列は前記標的核酸分子と相補的な配列の３’側にあり、
前記隣接配列が、前記試料中に存在する核酸分子には見いだされない少なくとも１２個の連続したヌクレオチドを含み、
前記ＮＰＰＦが５’隣接配列を含む場合には、前記試料を、前記５’隣接配列と相補的な配列（５ＣＦＳ）、５’末端リン酸を含む核酸分子と、前記５’隣接配列が前記５ＣＦＳと特異的にハイブリダイズするのに十分な条件下で接触させ、
前記ＮＰＰＦが３’隣接配列を含む場合には、前記試料を、前記３’隣接配列と相補的な配列（３ＣＦＳ）を含む核酸分子と、前記３’隣接配列が前記３ＣＦＳと特異的にハイブリダイズするのに十分な条件下で接触させ、
前記３ＣＦＳおよび前記５ＣＦＳの少なくとも一方が、捕捉用部分を含む、接触させること、
前記標的核酸分子とハイブリダイズした、前記３ＣＦＳとハイブリダイズした、前記５ＣＦＳとハイブリダイズした、または前記３ＣＦＳおよび前記５ＣＦＳの両方とハイブリダイズしたＮＰＰＦを生成すること、
前記試料を、一本鎖核酸分子に特異的なヌクレアーゼと、結合していない核酸分子を除去するために十分な条件下で接触させ、それにより、前記標的核酸分子とハイブリダイズした、前記３ＣＦＳとハイブリダイズした、前記５ＣＦＳとハイブリダイズした、または前記３ＣＦＳおよび前記５ＣＦＳの両方とハイブリダイズしたＮＰＰＦを含む、消化された試料を生成すること、
前記標的核酸分子とハイブリダイズした、前記３ＣＦＳとハイブリダイズした、前記５ＣＦＳとハイブリダイズした、または前記３ＣＦＳおよび前記５ＣＦＳの両方とハイブリダイズした前記ＮＰＰＦを捕捉すること、
前記３ＣＦＳの５’リン酸と前記標的核酸分子の３’末端をライゲーションし、そして前記５ＣＦＳの３’末端と前記標的核酸分子の５’末端をライゲーションし、それにより、ライゲーションした標的核酸分子を生成すること、
前記ライゲーションした標的核酸分子から前記ＮＰＰＦを分離し、それにより、一本鎖のＮＰＰＦと一本鎖のライゲーションした標的核酸分子とを含む混合物を生成すること、ならびに
前記一本鎖のライゲーションした標的核酸分子の少なくとも一部分の配列決定をして、それにより、前記試料中の前記ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳ標的核酸分子の配列を決定すること
によって得られる、項目１から１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
前記ＮＰＰＦが少なくとも１つのｄＵＴＰを含み、前記方法が、変性後かつ配列決定前に、一本鎖のＮＰＰＦと一本鎖のライゲーションした標的核酸分子とを含む前記混合物を、ウラシルＤＮＡデグリコシラーゼ（ＵＤＧ）と、前記一本鎖のＮＰＰＦを分解するために十分な条件下で接触させるステップをさらに含む、項目１５に記載の方法。
（項目１７）
前記ＤＬＢＣＬがＧＣＢに分類される場合に、前記対象に、治療有効量の（１）シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、およびプレドニゾンもしくはプレドニゾロン（ＣＨＯＰ）化学療法、（２）リツキシマブ＋ＣＨＯＰ（Ｒ−ＣＨＯＰ）化学療法、または（３）エトポシド＋Ｒ−ＣＨＯＰ（Ｒ−ＥＰＯＣＨ）化学療法を投与するステップをさらに含む、項目１から１６のいずれかに記載の方法。
（項目１８）
前記ＤＬＢＣＬがＡＢＣに分類される場合に、前記対象に、治療有効量の、ベンダムスチン、ピキサントロン、ゲムシタビン／オキサリプラチン、リポソームビンクリスチン、抗ＣＤ２０  ｍＡｂ、抗ＣＤ２２  ｍＡｂ、抗ＣＤ７４  ｍＡｂ、抗ＣＤ４０  ｍＡｂ、単鎖二重特異性抗ＣＤ１９およびＣＤ３  ｍＡｂ構築物、Ｉ−１３１トシツモマブ、イノツズマブオゾガマイシン、９０Ｙ−エプラツズマブテトラキセタン、サリドマイド、レナリドマイド、ボルテゾミブ、ＮＰＩ−００５２、エベロリムス、テムシロリムス、ボリノスタット、オブリメルセンナトリウム、ＰＦ−３５１２６７６、１７−ＡＡＧ、ベバシズマブ、アフリベルセプト、ＣＡＬ−１０１、バルプロ酸、ジナシクリブ、ホスタマチニブ、ダサチニブ、エンザスタウリン、ＰＣＩ−３２７６５、ＳＢ１５１８、ならびにソラフェニブの１つまたは複数を投与するステップをさらに含む、項目１から１６のいずれかに記載の方法。
（項目１９）
プログラムされたときにそれにより計算処理システムに項目１から１６のいずれか一項に記載の方法を実施させるための、コンピューターで実行可能な指示が記憶された１つまたは複数のコンピューター可読記憶媒体。
（項目２０）
項目１から１６のいずれか一項に記載の方法の実施に適合させた計算処理システム。
（項目２１）
以下：
少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦおよび対応するＣＦＳを含む容器であって、前記少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦが、ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳに特異的である、容器、ならびに、
前記少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦのアンプリコンに特異的に結合することが可能なビーズを含む容器、
一本鎖核酸に特異的なヌクレアーゼを含む容器、
溶解緩衝液を含む容器、
洗浄緩衝液を含む容器、
ＰＣＲ用試薬を含む容器、
エタノールを含む容器、
リガーゼを含む容器、
ライゲーション緩衝液を含む容器、
変性用油を含む容器、および
プロテイナーゼＫを含む容器
の１つまたは複数
を含む、キット。
（項目２２）
少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦおよび対応するＣＦＳを含む前記容器であって、前記少なくとも１６種の異なるＮＰＰＦが、ＣＤ４７、ＣＤ８６、ＥＮＴＰＤ１、ＦＯＸＰ１、ＦＵＴ８、ＩＬ１６、ＩＴＰＫＢ、ＬＲＭＰ、ＭＭＥ、ＮＦ２、ＰＩＭ１、ＰＴＰＲＣ、ＲＥＬ、ＳＴＡＴ３、ＴＮＦＲＳＦ８、およびＴＹＭＳに特異的である、容器、
一本鎖核酸に特異的なヌクレアーゼを含む容器、
溶解緩衝液を含む容器、ならびに
ヌクレアーゼ終結緩衝液を含む容器
を含む、項目２１に記載のキット。
（項目２３）
ＤＬＢＣＬの亜型に対する分類指標を実装する計算処理システムをさらに含む、項目２１または２２に記載のキット。
（項目２４）
前記計算処理システムが、２種またはそれより多いＤＬＢＣＬシグネチャー遺伝子についての発現値を受信し、多数の値を各遺伝子についての対応する閾値に対してスコア化し、試料を前記試料のＤＬＢＣＬの亜型を示すフレームワーク内に分類するソフトウェアまたはコンピューター可読媒体を含む、項目２３に記載のキット。