【手続補正書】
【提出日】平成30年12月11日(2018.12.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞または個体内のゲノム配列を修飾する方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記ゲノム配列の編集を補助する追加の外因性タンパク質または核酸を用いずに、前記細胞または前記個体に、一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドを導入するステップを含み、前記修飾（複数可）が、１個以上の骨格修飾（複数可）、糖修飾（複数可）、および／または核酸塩基修飾（複数可）であり、前記オリゴヌクレオチドが、前記ゲノム配列内の標的配列に実質的に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの前記修飾が、未修飾オリゴヌクレオチドまたは各末端上に３個のホスホロチオエートを有するオリゴヌクレオチドと比較してヌクレアーゼ安定性を増加させることによって、編集の効率を上昇させる方法である医薬組成物。
【請求項２】
前記一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドが、薬学的担体を含む薬学的組成物である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
前記薬学的担体が、水、食塩水、または生理緩衝食塩水である、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
医学的状態の治療を必要とする個体の健康を改善する方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記ゲノム配列の編集を補助する追加のタンパク質または核酸を用いずに、個体に、一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドを投与することを含み、前記修飾が、ホスホロチオエート骨格修飾であり、前記オリゴヌクレオチドが、前記ゲノム配列内の標的配列に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの前記修飾が、未修飾オリゴヌクレオチドまたは各末端上に３個のホスホロチオエートを有するオリゴヌクレオチドと比較してヌクレアーゼ安定性を増加させることによって、編集の効率を上昇させる方法である医薬組成物。
【請求項５】
医学的状態の治療を必要とする個体における前記状態を低減させるか、または排除するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記ゲノム配列の編集を補助する追加のタンパク質または核酸を用いずに、個体に、一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドを投与することを含み、前記修飾が、ホスホロチオエート骨格修飾であり、前記オリゴヌクレオチドが、前記ゲノム配列内の標的配列に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの前記修飾が、未修飾オリゴヌクレオチドまたは各末端上に３個のホスホロチオエートを有するオリゴヌクレオチドと比較してヌクレアーゼ安定性を増加させることによって、編集の効率を上昇させる方法である医薬組成物。
【請求項６】
前記投与が、筋肉内注射、腹腔内注射、皮下注射、または静脈内注射によるものである、請求項４〜５に記載の医薬組成物。
【請求項７】
前記投与が、経皮送達、エアロゾル吸入、直腸坐剤、または膣坐剤によるものである、請求項４〜５に記載の医薬組成物。
【請求項８】
標的核酸内の変異ヌクレオチドを野生型ヌクレオチドに復帰させるための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記ゲノム配列の編集を補助する追加のタンパク質または核酸を用いずに、前記変異ヌクレオチドを有するかもしくは有する疑いのある細胞または個体に、一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドを投与するステップを含み、前記修飾が、ホスホロチオエート骨格修飾であり、前記オリゴヌクレオチドが、前記ゲノム配列内の標的配列に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの前記修飾が、未修飾オリゴヌクレオチドまたは各末端上に３個のホスホロチオエートを有するオリゴヌクレオチドと比較してヌクレアーゼ安定性を増加させることによって、編集の効率を上昇させ、前記変異ヌクレオチドのうち少なくとも１つが、前記野生型ヌクレオチドに復帰する方法である医薬組成物。
【請求項９】
標的核酸内の変異コドンの非変異ヌクレオチドを修飾して、野生型コドンを生成するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記ゲノム配列の編集を補助する追加のタンパク質または核酸を用いずに、前記変異コドンを有するかもしくは有する疑いのある個体に、一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドを投与するステップを含み、前記修飾が、ホスホロチオエート骨格修飾であり、前記オリゴヌクレオチドが、前記ゲノム配列内の標的配列に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの前記修飾が、未修飾オリゴヌクレオチドまたは各末端上に３個のホスホロチオエートを有するオリゴヌクレオチドと比較してヌクレアーゼ安定性を増加させることによって、編集の効率を上昇させ、前記変異コドンが、前記野生型コドンになるように修飾される方法である医薬組成物。
【請求項１０】
標的核酸内の終止コドンをリードスルー非野生型コドンに変換するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記ゲノム配列の編集を補助する追加のタンパク質または核酸を用いずに、前記終止コドンを有するかもしくは有する疑いのある個体に、一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドを投与するステップを含み、前記修飾が、ホスホロチオエート骨格修飾であり、前記オリゴヌクレオチドが、前記ゲノム配列内の標的配列に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの前記修飾が、未修飾オリゴヌクレオチドまたは各末端上に３個のホスホロチオエートを有するオリゴヌクレオチドと比較してヌクレアーゼ安定性を増加させることによって、編集の効率を上昇させ、前記終止コドンが、前記リードスルー非野生型コドンになるように修飾される方法である医薬組成物。
【請求項１１】
標的核酸内の変異コドンを修飾して、疾患を引き起こさないアミノ酸を生じる非野生型コドンを生成するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、前記ゲノム配列の編集を補助する追加のタンパク質または核酸を用いずに、前記変異コドンを有するかもしくは有する疑いのある個体に、一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドを投与するステップを含み、前記修飾が、ホスホロチオエート骨格修飾であり、前記オリゴヌクレオチドが、前記ゲノム配列内の標的配列に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの前記修飾が、未修飾オリゴヌクレオチドまたは各末端上に３個のホスホロチオエートを有するオリゴヌクレオチドと比較してヌクレアーゼ安定性を増加させることによって、編集の効率を上昇させ、前記変異コドンが、疾患を引き起こさないアミノ酸を生じる非野生型コドンになるように修飾される方法である医薬組成物。
【請求項１２】
タンパク質をコードする核酸を修飾して、前記タンパク質の活性を調整するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記ゲノム配列の編集を補助する追加の外因性タンパク質または核酸を用いずに、個体に、一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドを投与するステップを含み、前記修飾が、ホスホロチオエート骨格修飾であり、前記オリゴヌクレオチドが、前記ゲノム配列内の標的配列に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの前記修飾が、未修飾オリゴヌクレオチドまたは各末端上に３個のホスホロチオエートを有するオリゴヌクレオチドと比較してヌクレアーゼ安定性を増加させることによって、編集の効率を上昇させ、前記タンパク質の活性が調整される方法である医薬組成物。
【請求項１３】
変異タンパク質をコードする核酸を修飾して、その疾患を引き起こす情動を抑制するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、前記ゲノム配列の編集を補助する追加の外因性タンパク質または核酸を用いずに、個体に、一本鎖の化学修飾オリゴヌクレオチドを投与するステップを含み、前記修飾が、ホスホロチオエート骨格修飾であり、前記オリゴヌクレオチドが、前記ゲノム配列内の標的配列に相補的であり、前記オリゴヌクレオチドの前記修飾が、未修飾オリゴヌクレオチドまたは各末端上に３個のホスホロチオエートを有するオリゴヌクレオチドと比較してヌクレアーゼ安定性を増加させることによって、編集の効率を上昇させ、前記変異タンパク質の疾患を引き起こす情動が、減少するか、抑制されるか、または排除される方法である医薬組成物。
【請求項１４】
前記疾患が、ベータサラセミア、嚢胞性線維症、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはハーラー症候群である、請求項１３に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
前記医学的状態が、アルツハイマー病、乳がん素因変異、嚢胞性線維症デルタ５０８変異、２型糖尿病（標的遺伝子ＰＴＰ−１Ｂ）、家族性自律神経障害、家族性高コレステロール血症（ＰＣＳＫ９）、卵巣がん素因変異、鎌状赤血球症、および脊髄性筋萎縮症から成る群から選択される、請求項１４に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
前記医学的状態が、２型糖尿病であり、前記編集オリゴヌクレオチドが、前記ＰＴＰ−１Ｂ遺伝子を標的にする、請求項１５に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
前記鎌状赤血球症が、鎌状赤血球貧血である、請求項１５に記載の医薬組成物。
【請求項１８】
前記医学的状態が、アデノシンデアミナーゼ欠損症、アルファ１アンチトリプシン欠損症、アミロイド病、ベッカー型筋ジストロフィー、カナバン病、シャルコー・マリー・トゥース病、嚢胞性線維症、１型糖尿病、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ファブリー病、家族性大腸腺腫症、家族性アミロイド心筋症、家族性アミロイド多発ニューロパチー、フリートライヒ運動失調症、ゴーシェ病Ｉ型、ゴーシェ病ＩＩ、糖原貯蔵障害ＩＩ型、ＧＭ２ガングリオシドーシス、血色素症、血友病Ａ、血友病Ｂ、血友病Ｃ、ヘキソサミニダーゼＡ欠損症、フェニルケトン尿症、多嚢胞性腎疾患、プリオン病、老人性全身性アミロイドーシス、スミス・レムリ・オピッツ症候群、ウィルソン病、および遺伝性盲目から成る群から選択される、請求項１４に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
標的核酸の部位特異的修飾のための編集オリゴヌクレオチドであって、
【化１】
2018506297.tif 000001
オリゴヌクレオチド
の構造を含み、式中、
各オリゴヌクレオチドが、前記標的核酸に実質的に相補的であり、約１０〜約５０ヌクレオチドであり、
Ｘが、Ｈ、ＯＨ、ハロゲン、Ｒ１、ＳＲ１、またはＯＲ１であり、
ハロゲンが、Ｃｌ、Ｆ、Ｂｒ、またはＩであり、
Ｒ１が、−ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ３、または−ＣＨ２ＯＣＨ３である、編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２０】
標的核酸の部位特異的修飾のための編集オリゴヌクレオチドであって、
【化２】
2018506297.tif 000002
の構造を含み、式中、
各オリゴヌクレオチドが、前記標的核酸に実質的に相補的であり、約１０〜約５０ヌクレオチドであり、
Ｘが、Ｈ、ＯＨ、ハロゲン、Ｒ１、ＳＲ１、またはＯＲ１であり、
ハロゲンが、Ｃｌ、Ｆ、Ｂｒ、またはＩであり、
Ｒ１が、−ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ３、または−ＣＨ２ＯＣＨ３である、編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２１】
標的核酸の部位特異的修飾のための編集オリゴヌクレオチドであって、
【化３】
2018506297.tif 000003
の構造を含み、式中、
各オリゴヌクレオチドが、前記標的核酸に実質的に相補的であり、約１０〜約５０ヌクレオチドであり、
Ｘが、Ｈ、ＯＨ、ハロゲン、Ｒ１、ＳＲ１、またはＯＲ１であり、
ハロゲンが、Ｃｌ、Ｆ、Ｂｒ、またはＩであり、
Ｒ１が、−ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ３、または−ＣＨ２ＯＣＨ３である、編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２２】
標的核酸の部位特異的修飾のための編集オリゴヌクレオチドであって、
【化４】
2018506297.tif 000004
の構造を含み、式中、
各オリゴヌクレオチドが、前記標的核酸に実質的に相補的であり、約１０〜約５０ヌクレオチドであり、
Ｘが、Ｈ、ＯＨ、ハロゲン、Ｒ１、ＳＲ１、またはＯＲ１であり、
ハロゲンが、Ｃｌ、Ｆ、Ｂｒ、またはＩであり、
Ｒ１が、−ＣＨ３、−ＣＨ２ＣＨ３、または−ＣＨ２ＯＣＨ３である、編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２３】
標的核酸の部位特異的修飾のための編集オリゴヌクレオチドであって、
【化５】
2018506297.tif 000005
の構造を含み、式中、各オリゴヌクレオチドが、前記標的核酸に実質的に相補的であり、約１０〜約５０ヌクレオチドである、編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２４】
標的核酸の部位特異的修飾のための編集オリゴヌクレオチドであって、
【化６】
2018506297.tif 000006
の構造を含み、式中、各オリゴヌクレオチドが、前記標的核酸に実質的に相補的であり、約１０〜約５０ヌクレオチドである、編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２５】
標的核酸の部位特異的修飾のための編集オリゴヌクレオチドであって、
【化７】
2018506297.tif 000007
の構造を含み、式中、各オリゴヌクレオチドが、前記標的核酸に実質的に相補的であり、約１０〜約５０ヌクレオチドである、編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２６】
前記各オリゴヌクレオチドが、少なくとも１個のホスホジエステル、少なくとも１個のホスホトリエステル、少なくとも１個のメチルホスホネート、少なくとも１個のホスホロチオエート、またはメチルホスホロチオエートヌクレオシジル間リンカーを含む、請求項１９〜２５に記載の編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２７】
前記各オリゴヌクレオチドが、少なくとも１個のボラノホスフェートヌクレオチド間結合、アルキルホスホトリエステルヌクレオチド間結合、モルホリノヌクレオチド間結合、非架橋ジアルキルホスホロアミデートヌクレオチド間結合、架橋３’−ＮＨ−もしくは５’−ＮＨ−ヌクレオチド間結合、架橋３’−Ｓ−もしくは５’−Ｓ−ヌクレオチド間結合、架橋３’−ＣＨ２−もしくは５’−ＣＨ２−ヌクレオチド間結合、または架橋３’−アミド（−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−）もしくは５’−アミド（−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−）ヌクレオチド間結合を含む、請求項１９〜２５に記載の編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２８】
前記標的核酸が、ＲＮＡまたはＤＮＡである、請求項１９〜２５に記載の編集オリゴヌクレオチド。
【請求項２９】
前記ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項２８に記載の編集オリゴヌクレオチド。
【請求項３０】
薬学的担体と、請求項１９〜２５に記載の１つ以上の編集オリゴヌクレオチドと、を含む、薬学的組成物。
【請求項３１】
前記薬学的担体が、水、食塩水、または生理緩衝食塩水である、請求項３０に記載の薬学的組成物。
【請求項３２】
請求項１９〜２５に記載の編集オリゴヌクレオチドを含有する細胞。
【請求項３３】
医学的状態の治療を必要とする個体の健康を改善する方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、請求項１９〜２５に記載の編集オリゴヌクレオチドを少なくとも１つ含有する組成物を前記個体に投与することを含む方法である医薬組成物。
【請求項３４】
医学的状態の治療を必要とする個体における前記状態を低減させるか、または排除するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は請求項１９〜２５に記載の編集オリゴヌクレオチドを少なくとも１つ含有する組成物を前記個体に投与することを含む方法である医薬組成物。
【請求項３５】
前記投与が、筋肉内注射、腹腔内注射、皮下注射、または静脈内注射によるものである、請求項３３〜３４に記載の医薬組成物。
【請求項３６】
前記投与が、経皮送達、エアロゾル吸入、直腸坐剤、または膣坐剤によるものである、請求項３３〜３４に記載の医薬組成物。
【請求項３７】
標的核酸内の変異ヌクレオチドを野生型ヌクレオチドに復帰させるための医薬組成物であって、該方法は、
前記変異ヌクレオチドを有するかもしくは有する疑いのある細胞または個体に、請求項１９〜２５に記載のオリゴヌクレオチドプローブを投与するステップを含み、前記変異ヌクレオチドのうち少なくとも１つが、前記野生型ヌクレオチドに復帰する方法である医薬組成物。
【請求項３８】
標的核酸内の変異コドンの非変異ヌクレオチドを修飾して、野生型コドンを生成するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記変異コドンを有するかもしくは有する疑いのある細胞または個体に、請求項１９〜２５に記載のオリゴヌクレオチドプローブを投与するステップを含み、前記変異コドンが、前記野生型コドンになるように修飾される方法である医薬組成物。
【請求項３９】
標的核酸内の終止コドンをリードスルー非野生型コドンに変換するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記終止コドンを有するかもしくは有する疑いのある細胞または個体に、請求項１９〜２５に記載のオリゴヌクレオチドプローブを投与するステップを含み、前記終止コドンが、前記リードスルー非野生型コドンになるように修飾される方法である医薬組成物。
【請求項４０】
標的核酸内の変異コドンを修飾して、疾患を引き起こさないアミノ酸を生じる非野生型コドンを生成するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
前記変異コドンを有するかもしくは有する疑いのある細胞または個体に、請求項１９〜２５に記載のオリゴヌクレオチドプローブを投与するステップを含み、前記変異コドンが、疾患を引き起こさないアミノ酸を生じる非野生型コドンになるように修飾される方法である医薬組成物。
【請求項４１】
タンパク質を修飾して、前記タンパク質の活性を調整するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
細胞または個体に、請求項１９〜２５に記載のオリゴヌクレオチドプローブを投与するステップを含み、前記タンパク質の活性が調整される方法に用いられる医薬組成物。
【請求項４２】
変異タンパク質を修飾して、その疾患を引き起こす情動を抑制するための方法に用いられる医薬組成物であって、該方法は、
細胞または個体に、請求項１９〜２５に記載のオリゴヌクレオチドプローブを投与するステップを含み、前記変異タンパク質の疾患を引き起こす情動が、減少するか、抑制されるか、または排除される方法に用いられる医薬組成物。
【請求項４３】
前記標的核酸が、ＲＮＡまたはＤＮＡである、請求項３７〜４２に記載の医薬組成物。
【請求項４４】
前記ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項４３に記載の医薬組成物。
【請求項４５】
前記疾患が、ベータサラセミア、嚢胞性線維症、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、またはハーラー症候群である、請求項４３に記載の医薬組成物。
【請求項４６】
前記医学的状態が、アルツハイマー病、乳がん素因変異、嚢胞性線維症デルタ５０８変異、２型糖尿病（標的遺伝子ＰＴＰ−１Ｂ）、家族性自律神経障害、家族性高コレステロール血症（ＰＣＳＫ９）、卵巣がん素因変異、鎌状赤血球症、および脊髄性筋萎縮症から成る群から選択される、請求項３４に記載の医薬組成物。
【請求項４７】
前記医学的状態が、２型糖尿病であり、前記編集オリゴヌクレオチドが、前記ＰＴＰ−１Ｂ遺伝子を標的にする、請求項３４に記載の医薬組成物。
【請求項４８】
前記鎌状赤血球症が、鎌状赤血球貧血または鎌形赤血球症である、請求項４６に記載の医薬組成物。
【請求項４９】
前記医学的状態が、アデノシンデアミナーゼ欠損症、アルファ１アンチトリプシン欠損症、アミロイド病、ベッカー型筋ジストロフィー、カナバン病、シャルコー・マリー・トゥース病、嚢胞性線維症、１型糖尿病、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ファブリー病、家族性大腸腺腫症、家族性アミロイド心筋症、家族性アミロイド多発ニューロパチー、フリートライヒ運動失調症、ゴーシェ病Ｉ型、ゴーシェ病ＩＩ、糖原貯蔵障害ＩＩ型、ＧＭ２ガングリオシドーシス、血色素症、血友病Ａ、血友病Ｂ、血友病Ｃ、ヘキソサミニダーゼＡ欠損症、フェニルケトン尿症、多嚢胞性腎疾患、プリオン病、老人性全身性アミロイドーシス、スミス・レムリ・オピッツ症候群、ウィルソン病、および遺伝性盲目から成る群から選択される、請求項３４に記載の医薬組成物。