【手続補正書】
【提出日】令和1年10月24日(2019.10.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
分析のための代表試料を調製するｉｎ  ｖｉｔｒｏでの方法であって、
ａ．少なくとも１の対象からの外科的切除組織試料を提供すること；及び
ｂ．外科的切除組織試料をホモジナイズして、ホモジナイズされた試料を取得すること
を含む方法。
【請求項２】
外科切除組織試料の少なくとも一部を固定することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
外科的切除試料の第１の部分を加工すること、及び一又は複数の固定、包埋された組織ブロックを生成することをさらに含み、
任意で、残りの外科的組織切除試料の第２の部分をホモジナイズすることをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
一又は複数の固定、包埋された組織ブロックの少なくとも一部を、ミクロトーム法により加工して、形態学的分析のための一又は複数の組織薄片を生産することをさらに含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
一又は複数の固定、包埋された組織ブロックのうちの少なくとも１つを脱パラフィン化すること、及び一又は複数の脱パラフィン化された固定、包埋された組織ブロックに由来する組織をホモジナイズすることをさらに含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
外科的切除組織試料が、一又は複数の別々の組織小片を含み、
一又は複数の別々の組織小片が、外科的切除試料を取得するために対象から事前に切除された一又は複数の原発性固形腫瘍組織塊の少なくとも一部、及び／又は、対象から事前に切除された一又は複数のリンパ節の少なくとも一部を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
別々の組織小片の少なくとも一部を別々にホモジナイズして、別々のホモジナイズされた試料を得ることをさらに含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
外科的切除組織試料が、単一の組織塊を含み、
単一の組織塊が、単一の組織塊の２以上の小片にさらに分割され、及び、
単一の組織塊の２以上の小片のうちの少なくとも１つがホモジナイズされ、残りの単一の組織塊の２以上の小片のうちの少なくとも１つが保存される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
ホモジナイズすることが、切断、細断、又はミンチによる物理的分離を含むか、
ホモジナイズすることが、ブレンドすること又はジュースにすることによる機械的解離を含むか、又は、
ホモジナイズすることが、プロテアーゼによる生化学的解離によるものである、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
ホモジナイズされた試料の少なくとも一部から一又は複数の生体分子を精製及び分析することをさらに含み、
一又は複数の生体分子が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、脂質、及び代謝物からなる群から選択され、
一又は複数の生体分子を分析することが、ＰＣＲ、質量分析、次世代配列決定、又はＥＬＩＳＡによるものであり、及び
分析が、少なくとも１つのデータセットを生産する、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
ホモジナイズされた試料の少なくとも一部をパラフィン中に包埋すること、
パラフィン包埋されたホモジナイズされた試料の一又は複数の薄片を調製すること、及び
Ｈ＆Ｅ染色、ＩＨＣ染色、ＩＳＨ染色又はＦＩＳＨ染色により、パラフィン包埋されたホモジナイズされた試料の薄片に対して組織学的分析を実施することをさらに含み、
パラフィン包埋されたホモジナイズされた試料の薄片に対する組織学的分析が、ヒトによって解釈されるか、又は、
パラフィン包埋されたホモジナイズされた試料の薄片に対する組織学的分析が、自動化されたデバイスによって定量される、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
物理的、機械的、化学的、又は酵素的方法によりホモジナイズされた試料の少なくとも一部をさらに加工して、細胞断片を生成することをさらに含み、
細胞断片が、核、細胞膜、及び細胞オルガネラからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
細胞断片の少なくとも一部が、少なくとも１つのスライドガラスに固定され、Ｈ＆Ｅ染色、ＩＨＣ染色、ＩＳＨ染色又はＦＩＳＨ染色により組織学的分析にかけられ、
少なくとも１つのスライドガラスに固定された細胞断片の少なくとも一部に対する組織学的分析が、ヒトによって解釈されるか、
又は、少なくとも１つのスライドガラスに固定された細胞断片の少なくとも一部に対する組織学的分析が、自動化されたデバイスによって定量される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
細胞断片の少なくとも一部が、フローサイトメトリー、ＦＡＣＳ、又は粒子分析装置によって分析され、
分析が、データセットを生産する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
細胞断片の少なくとも一部から少なくとも１つの細胞断片を、ＦＡＣＳ、アフィニティー精製、サイズ排除分画遠心分離、濾過、又は電気泳動により精製すること、
細胞断片の少なくとも一部から精製された少なくとも１つの細胞断片に由来する生体分子を単離すること、
生体分子を、ＰＣＲ、質量分析、次世代配列決定又はＥＬＩＳＡにより分析することをさらに含み、
分析が、少なくとも１つのデータセットを生産する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
ホモジナイズされた試料の少なくとも一部をさらに加工して、少なくとも１つの解離された細胞を生成することをさらに含み、
ホモジナイズされた試料の少なくとも一部の加工が、物理的、機械的、化学的、又は酵素的であり、及び
少なくとも１つの解離された細胞が、正常細胞、がん細胞、又は細菌細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも１つの解離された細胞が、少なくとも１つのスライドガラスに固定され、且つＨ＆Ｅ染色、ＩＨＣ染色、ＩＳＨ染色又はＦＩＳＨ染色により組織学的分析にかけられ、
少なくとも１つのスライドガラスに固定された少なくとも１つの解離された細胞に対する組織学的分析が、ヒトによって解釈されるか、又は
少なくとも１つのスライドガラスに固定された少なくとも１つの解離された細胞に対する組織学的分析が、自動化されたデバイスによって定量される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも１つの解離された細胞が、フローサイトメトリー、ＦＡＣＳ、又は粒子分析装置によって分析され、
分析が、データセットを生産する、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも１つの解離された細胞から少なくとも１つの細胞を、ＦＡＣＳ、アフィニティー精製、サイズ排除分画遠心分離、濾過又は電気泳動により精製することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも１つの解離された細胞から精製された少なくとも１つの細胞から生体分子を単離すること、及び
生体分子を、ＰＣＲ、質量分析、次世代配列決定又はＥＬＩＳＡにより分析することをさらに含み、
分析が、少なくとも１つのデータセットを生産する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
少なくとも１つの解離された細胞から精製された少なくとも１つの細胞が、少なくとも１つのスライドガラスに固定され、且つＨ＆Ｅ染色、ＩＨＣ染色、ＩＳＨ染色又はＦＩＳＨ染色による組織学的分析にかけられ、
少なくとも１つのスライドガラスに固定された少なくとも１つの解離された細胞から精製された少なくとも１つの細胞に対する組織学的分析が、ヒトによって解釈されるか、又は
少なくとも１つのスライドガラスに固定された少なくとも１つの解離された細胞から精製された少なくとも１つの細胞に対する組織学的分析が、自動化されたデバイスによって定量される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
ヒトによる解釈が、少なくとも１つのデータセットを生産するか、又は、
自動化されたデバイスによる定量化が、少なくとも１つのデータセットを生産する、請求項１１、１３、１７及び２１の何れか一項に記載の方法。
【請求項２３】
少なくとも１の対象に由来する少なくとも１つのデータセットを分析することをさらに含み、
分析が、バイオマーカーの多様性又は表現型の多様性のデータセットの決定、又は少なくとも１つの異なるバイオマーカー又は表現型の保有率の決定、又は少なくとも１つの臨床判断の決定を含み、
臨床判断が、少なくとも１の対象に関する、疾患予後の決定、疾患の再発の予測、疾患の療法の標的の予測、臨床治験の対象の組み入れ、又は治療的処置戦略である、請求項１０、１４、１５、１８、２０及び２２の何れか一項に記載の方法。