【誤訳訂正書】
【提出日】令和1年6月14日(2019.6.14)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
新生物を有すると診断された対象用の個別化された新生物ワクチンを製造する方法であって、
前記新生物における突然変異を含む複数の配列を同定するステップと、
同定された突然変異を含む前記複数の配列を分析するステップにより、ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される突然変異を含む少なくとも５つのネオ抗原配列のサブセットを同定するステップであって、前記ネオ抗原突然変異が、ミスセンス突然変異、ネオＯＲＦ突然変異、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択され、
前記分析ステップが、新生物において同定された突然変異を含む複数の配列からネオ抗原突然変異を含む配列を同定すること、ならびに
下記（ｉ）から（ｖ）の順の優先順位でネオ抗原突然変異を含む配列によりコードされると予測されるネオ抗原ペプチドをランク付けすることを含み、
前記優先順位が、
（ｉ）ネオＯＲＦ突然変異を含む配列によりコードされる、対象のＨＬＡにＫｄ≦５００ｎＭのＫｄで結合するネオＯＲＦポリペプチド、
（ｉｉ）ミスセンス突然変異を含む配列によりコードされる、対象のＨＬＡにＫｄ≦１５０ｎＭのＫｄで結合するポリペプチドであって、その天然コグネイトタンパク質はＫｄ≧１０００ｎＭのＫｄを有するポリペプチド、
（ｉｉｉ）ミスセンス突然変異を含む配列によりコードされる、対象のＨＬＡにＫｄ≦１５０ｎＭのＫｄで結合するポリペプチドであって、その天然コグネイトタンパク質はＫｄ≦１５０ｎＭのＫｄを有するポリペプチド、
（ｉｖ）ネオＯＲＦ突然変異を含む配列によりコードされる、対象のＨＬＡにＫｄ＞５００ｎＭのＫｄで結合するネオＯＲＦポリペプチド、ならびに
（ｖ）ミスセンス突然変異を含む配列によりコードされる、対象のＨＬＡに１５０ｎＭ＜Ｋｄ≦５００ｎＭのＫｄで結合するポリペプチドであって、その天然コグネイトタンパク質は１５０ｎＭ＜Ｋｄ≦５００ｎＭのＫｄを有するポリペプチド
を含む、ステップと、
前記同定されたサブセットに基づき、ネオ抗原ペプチド、あるいはネオ抗原ペプチドを発現することができるDNA分子又はRNA分子を含む個別化された新生物ワクチンを作製するステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記新生物における突然変異を含む複数の配列を同定するステップが、
前記新生物のゲノム、トランスクリプトーム、又はプロテオームをシーケンシングするステップ、あるいは
ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される突然変異を含むネオ抗原配列と関連付けられる１つ以上の特徴を決定するステップであって、前記特徴が、分子量、システイン含量、親水性、疎水性、電荷、及び結合親和性からなる群から選択され、
前記決定された特徴に前記ランク付けが基づくステップ
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
上位５〜３０位以上にランク付けされたネオ抗原突然変異を前記個別化された新生物ワクチンに含める、あるいは
ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される突然変異を含む前記ネオ抗原配列が、突然変異タイプ、突然変異ペプチドのＫｄ、天然ペプチドのＫｄ及びRNAレベルに従いランク付けされる、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記個別化された新生物ワクチンが、
前記ネオ抗原突然変異を含む配列によりコードされる少なくとも１０個のネオ抗原ペプチドを含む、
前記ネオ抗原突然変異を含む配列によりコードされる少なくとも１０個のネオ抗原ペプチドの発現能を有する１つ以上のＤＮＡ分子を含む、あるいは
前記ネオ抗原突然変異を含む配列によりコードされる少なくとも１０個のネオ抗原ペプチドの発現能を有する１つ以上のＲＮＡ分子を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記個別化された新生物ワクチンが、
前記ネオ抗原突然変異を含む配列によりコードされる少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドを含む、
前記ネオ抗原突然変異を含む配列によりコードされる少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドの発現能を有する１つ以上のＤＮＡ分子を含む、あるいは
前記ネオ抗原突然変異を含む配列によりコードされる少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドの発現能を有する１つ以上のＲＮＡ分子を含む、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドが
５〜５０アミノ酸長の範囲である、または
１５〜３５アミノ酸長の範囲である、または
１８〜３０アミノ酸長の範囲である、または
６〜１５アミノ酸長の範囲である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記少なくとも２０個のネオ抗原ペプチドが、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、又は２５アミノ酸長である、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記個別化された新生物ワクチンがアジュバントをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記アジュバントが、ポリＩＣＬＣ、１０１８  ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ  ＩＭＰ３２１、ＩＳパッチ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＭＳ  １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ  ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ  ＩＳＡ−５１、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ．ＲＴＭ、ベクター系、ＰＬＧＡマイクロパーティクル、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及び他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、βグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、ＱＳ２１  ｓｔｉｍｕｌｏｎ、バジメザン、及びＡｓＡ４０４（ＤＭＸＡＡ）からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記アジュバントがポリＩＣＬＣである、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
新生物を有すると診断された対象を治療する方法で使用するための組成物であって、
請求項１から１０のいずれか一項の方法により作製される個別化された新生物ワクチンを含む組成物。
【請求項１２】
新生物を有すると診断された対象を治療する前記方法が、
前記作製されたワクチンを２つ以上のサブプールに分割するステップと、
前記サブプールの各々を前記患者の異なる部位に注入するステップと
をさらに含む、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
異なる部位に注入される前記サブプールの各々は、任意の単一の患者ＨＬＡを標的化する前記サブプール中の個々のペプチドの数が１個であるか、又は２個以上で可能な限り少ない個数となるようにネオ抗原ペプチドを含む、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１４】
前記方法が、前記作製されたワクチンを２つ以上のサブプールに分割するステップをさらに含み、各サブプールが、プール内相互作用を最適化するように選択された少なくとも５個のネオ抗原ペプチドを含む、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１５】
最適化が、同じプールの前記ネオ抗原ペプチド間における相互作用を低減することを含む、請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
前記方法が、樹状細胞（ＤＣ）ワクチンを送達するステップをさらに含み、前記ＤＣに、ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される突然変異を含む少なくとも５つのネオ抗原配列の１つ以上が負荷される、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１７】
請求項１に記載の方法により調製される個別化された新生物ワクチン。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００１１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００１１】
別の実施形態では、分析するステップが、ネオ抗原ペプチドをコードすると予測される少なくとも５つのネオ抗原突然変異のサブセットと関連付けられる１つ以上の特徴を決定するステップであって、特徴が、分子量、システイン含量、親水性、疎水性、電荷、及び結合親和性からなる群から選択される、ステップと；決定された特徴に基づき、少なくとも５つのネオ抗原突然変異の同定されたサブセット内のネオ抗原突然変異の各々をランク付けするステップとをさらに含み得る。ある実施形態では、上位５〜３０位以上にランク付けされたネオ抗原突然変異を、個別化された新生物ワクチンに含める。別の実施形態では、ネオ抗原突然変異は、図８に示す順序に従いランク付けされる。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００２１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００２１】
一実施形態において、上位５〜３０位以上にランク付けされたネオ抗原突然変異を、個別化された新生物ワクチンに含める。別の実施形態では、ネオ抗原突然変異は、図８に示す順序に従いランク付けされる。