【手続補正書】
【提出日】令和1年9月24日(2019.9.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗原の病原体またはがんに対する免疫原性を特徴づけるための方法であって：
複数の個体から得られたそれぞれの細胞を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏの培養条件下で培養し、前記細胞を、病原体またはがんからの１つより多くの抗原に、前記抗原を認識する細胞の量的な増殖を可能ならしめる条件下で曝露するステップ、
増殖した前記細胞の培養物を別々に分けたものに前記抗原の１つを添加するステップ、
判定された生物学的活性の大きさを閾値と比較して、前記抗原が、免疫原性か非免疫原性かを判定するステップ、および
前記生物学的活性が前記閾値を超えた場合、前記抗原を免疫原性と同定するステップを含む方法。
【請求項２】
前記病原体が、ウイルス、真菌または細菌である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生物学的活性が、ＩＦＮγ、ＩＬ２、グランザイムＢ、ＧＭ−ＣＳＦ、および／またはＴＮＦαの産生を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記閾値を決定するステップをさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記閾値を決定する数式が、
【数１】
2018529339.tif 000001
である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記ウイルスが、呼吸器ウイルスである、請求項２〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記呼吸器ウイルスが、パラインフルエンザウイルスまたはメタニューモウイルスである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記パラインフルエンザウイルスが、ＩＩＩ型である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記メタニューモウイルスが、ヒトメタニューモウイルスである、請求項７に記載の方法。
【請求項１０】
前記情報が、前記病原体に曝露された、前記病原体に曝露されるリスクがある、前記病原体に罹患しやすい、前記病原体からの疾患を有する、前記がんのリスクがある、または前記がんを有する個体に対する免疫療法の決定に用いられる、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記免疫療法が、ワクチン、免疫原性組成物、モノクローナル抗体、二重特異性Ｔ細胞エンゲージャー（ＢｉＴＥ）、腫瘍溶解性ウイルス、養子Ｔ細胞移植、またはこれらの組み合わせを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記免疫療法が、同じ細胞上の１つより多くの抗原を標的にする、請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項１３】
Ｔ細胞培養物を産生する方法であって、
抗原特異的Ｔ細胞を増殖させるために、複数の個体からのＰＢＭＣおよび／またはＴ細胞を病原体もしくは腫瘍の一部または完全病原体もしくは腫瘍に少なくとも４８時間曝露するステップ、その後、
前記細胞を同じ病原体または腫瘍の個々の抗原で再処理するステップを含む方法。
【請求項１４】
前記培養物中の前記細胞および／または前記培養物からの培地の１つ以上の変化に関係する１つ以上の生物学的測定値（Ｔｂｉｏ）がアッセイされる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
１つ以上の生物学的測定値が、前記細胞からの１つ以上の可溶性産物を測定するものである、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記１つ以上の可溶性産物が、１つ以上のサイトカインである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記１つ以上のサイトカインが、ＩＬ１α、ＩＬ１β、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２（ｐ３５＋ｐ４０）、ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７ａ、ＩＬ−１７Ｂ、ＩＬ−１７Ｆ、ＩＬ−１８、ＩＬ−１９、ＩＬ−２０、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３（ｐ９０＋ｐ４３）、ＩＬ−２５、ＩＬ−２６、ＩＬ−２７（ｐ２８＋ＥＢＩ３）、ＩＬ−２８Ａ／Ｂ／ＩＬ２９Ａ、ＩＬ−３０（ＩＬ−２７のｐ２８サブユニット）、ＩＬ−３１、ＩＬ−３２、ＩＬ−３３、ＩＬ−３５（ｐ３５＋ＥＢＩ３）、ＴＮＦα、ＬＴα、ＬＴβ、ＬＩＧＨＴ、ＯＸ４０Ｌ、ＣＤ４０Ｌ、ＦＡＳＬ、ＣＤ２７Ｌ、ＣＤ３０Ｌ、４−１ＢＢＬ、ＴＲＡＩＬ、ＲＡＮＫリガンド、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＬＩＦ、ＭＩＦ、ＴＧＦβ１、ＴＧＦβ２、ＴＧＦβ３、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
１つ以上の生物学的測定値が、前記培養物における細胞内でまたは細胞の表面で同定される１つ以上の表現型変化を含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
細胞表面表現型変化が、ＣＤ１１ａ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１６、ＣＤ２５、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ３１、ＣＤ３８、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４３、ＣＤ４４、ＣＤ４５、ＣＤ４９ｄ、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ６９、ＣＤ９５、ＣＤ１０７、ＣＤ１２２、ＣＤ１２７、ＣＸＣＲ３、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ７、ＫＬＲＧ−１またはこれらの組み合わせの発現および／または発現増加を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
細胞内表現型変化が、ＩＬ−１β、ＩＬ２、ＩＬ４、ＩＬ６、ＩＬ１２、ＩＬ１５、ＩＬ２１、ＩＦＮα、ＩＦＮγ、ＴＮＦα、ＴＧＦβ、ＣＤ１０７およびＧＭ−ＣＳＦの発現および／または発現増加を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
前記生物学的測定が、前記培養物を前記個々の病原体／抗原に曝露した後、少なくとも１５分後に行われる、請求項１４〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記生物学的測定が、前記培養物を前記個々の病原体／抗原に曝露した後７２時間以内に行われる、請求項１４〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
病原体またはがん細胞の所与の抗原に対する複数の個体の中のレスポンダーの百分率は、前記Ｔ細胞培養物中の前記細胞の生物学的測定値と関係のない標的の生物学的測定値との数学的関係によって決定されうる、請求項１３〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
病原体またはがん細胞の所与の抗原に対するレスポンダーの前記百分率は、前記Ｔ細胞培養物中の前記細胞の生物学的測定値を関係のない標的の生物学的測定値で割ることによって決定されうる、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
病原体またはがん細胞の所与の抗原に対する複数の個体の中のレスポンダーの百分率は、前記Ｔ細胞培養物中の前記細胞の生物学的測定値と未操作Ｔ細胞対応物の生物学的測定値との数学的関係によって決定することができる、請求項１３〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
病原体の所与の抗原に対するレスポンダーの前記百分率を、前記Ｔ細胞培養物中の前記細胞の前記生物学的測定値を未操作Ｔ細胞対応物の前記生物学的測定値で割ることによって決定することができる、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記未操作Ｔ細胞対応物が、ＰＢＭＣを含む、請求項２５または２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記複数の個体の中の一個体が、決定された前記数学的関係結果が１以上であった場合、レスポンダーとみなされる、請求項２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記複数の中の個体が、決定された前記数学的関係結果が１未満であった場合、ノンレスポンダーとみなされる、請求項２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
集団内のレスポンダー対ノンレスポンダーを決定するための閾値が、ＥＬＩｓｐｏｔアッセイで測定されるＩＦＮγ産生が前記生物学的測定値であった場合、２×１０５インプット細胞あたり２０超のＳＦＣである、請求項２３〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
集団内のレスポンダー対ノンレスポンダーを決定するための閾値が、ＥＬＩｓｐｏｔアッセイで測定されるグランザイムＢ産生が前記生物学的測定値であった場合、２×１０５インプット細胞あたり１０超のＳＦＣである、請求項２３〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
病原体の抗原の階層の確立が、血清反応陽性個体からの１０以上の試料を評価することにより、前記生物学的測定値の大きさと病原体の抗原に対する応答の百分率とを組み合わせることによって達成される、請求項１３〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
レスポンダーの百分率および大きさと生物学的測定値の関係が、数式で表される、請求項１３〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記数式が、
【数２】
2018529339.tif 000002
である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記式により病原体またはがんに存在する異なる抗原の各々に対するスコアが得られる、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記スコアが、前記病原体またはがんの抗原の１つ以上の免疫優性階層の確立に用いられる、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
免疫優性の前記階層が、１つ以上の抗原を標的として選択するために使用される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
１つ以上の抗原の選択が、
ａ）前記階層における１位の抗原；
ｂ）前記階層における１位と２位の抗原；
ｃ）前記階層における１位と３位の抗原；
ｄ）前記階層における１位と４位の抗原；
ｅ）前記階層における１位と２位および３位の抗原；または
ｆ）前記階層における１位と２位および４位の抗原の選択を含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記病原体が、ウイルス、真菌または細菌である、請求項１３〜３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
前記ウイルスが、ＰＩＶ３またはｈＭＰＶである、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記病原体が、ｈＭＰＶであり、前記標的抗原が、ＦとＮの組み合わせである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記病原体が、ＰＩＶ３であり、前記標的抗原選択が、
ａ）Ｆ；
ｂ）ＦおよびＮ；
ｃ）ＦおよびＭ２−１；
ｄ）ＦおよびＭ；
ｅ）Ｆ、Ｎ、およびＭ２−１；または
ｆ）Ｆ、ＮおよびＭのうちの１つである、請求項４０に記載の方法。
【請求項４３】
免疫優性の前記階層において同定された前記抗原または抗原の組み合わせが治療に使用される、請求項３６〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記治療が、ワクチン、モノクローナル抗体、ＢｉＴＥ、腫瘍溶解性ウイルス、養子細胞療法、またはこれらの組み合わせを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記Ｔ細胞が少なくとも１名の健常な血清反応陽性ドナーまたは患者由来である、請求項１３〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
Ｔ細胞のｅｘ  ｖｉｖｏ操作が、抗原特異的Ｔ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ増殖を含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
前記抗原特異的Ｔ細胞が、病原体またはがん細胞の免疫優性の前記階層における１位の抗原を認識する、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記抗原特異的Ｔ細胞が、病原体またはがん細胞の免疫優性の前記階層における１位および２位の抗原を認識する、請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
抗原特異的Ｔ細胞が、病原体またはがん細胞の免疫優性の前記階層における１位、２位および３位の抗原を認識する、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
抗原特異的Ｔ細胞が、病原体またはがん細胞の免疫優性の前記階層における１位、２位、３位および４位の抗原を認識する、請求項４６に記載の方法。
【請求項５１】
抗原特異的Ｔ細胞を増殖させることが、目的の抗原（複数可）を発現する抗原提示細胞
（ＡＰＣ）の刺激を含む、請求項４６〜５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
前記抗原（複数可）が、組換えタンパク質、重複ペプチド／ペプチドライブラリー、前記抗原（複数可）をコードするＤＮＡ、前記抗原（複数可）をコードするＲＮＡ、または前記抗原をコードするウイルスベクターを含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
抗原刺激に使用されるＡＰＣが、自家または同種異系ドナーから選択または増殖されるＢ細胞、Ｔ細胞、マクロファージ、単球、ＰＢＭＣまたは樹状細胞を含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】
ＡＰＣおよび抗原（複数可）が、単独で使用される、または１つ以上のサイトカインと併用される、請求項５１〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
前記１つ以上のサイトカインが、ＩＬ２、ＩＬ４、ＩＬ７、ＩＬ１２、ＩＬ１５、および／またはＩＬ２１を含む、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
抗原刺激が、１回以上行われる、請求項５１〜５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
抗原刺激が、抗原特異的Ｔ細胞産物を得るために少なくとも１回行われる、請求項３７〜５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
前記Ｔ細胞産物の臨床値を決定するステップであって、臨床値が、式（ＲＴＢ）＋（ＲＴＫ）で定義され、前記式の値が１以上であることが真であるとき、前記Ｔ細胞産物が臨床的に有効な臨床値を有するとみなすこと
をさらに含む、請求項１３〜５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
ＲＴＢが、［（Ｔｂｉｏ−Ｐ）＋１］／［（Ｔｂｉｏ−Ｕ）＋１］からなり、≧１の場合はＲＴＢ値が１であることに相当する、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
ＲＴＢが、［（Ｔｂｉｏ−Ｐ）＋１］／［（Ｔｂｉｏ−Ｕ）＋１］からなり、＜１の場合はＲＴＢ値が０であることに相当する、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
ＲＴＫが、［（ＴＳｐｅｃ−Ｐ）／（ＴＣＳｐｅｃ）］からなり、≧１の場合はＲＴＫ値が１であることに相当する、請求項５８に記載の方法。
【請求項６２】
ＲＴＫが、［（ＴＳｐｅｃ−Ｐ）／（ＴＣＳｐｅｃ）］からなり、＜１の場合はＲＴＫ値が０であることに相当する、請求項５８に記載の方法。
【請求項６３】
Ｔｂｉｏ−Ｐが、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  Ｔ細胞産物の１つ以上の生物学的特性を含む、請求項５９または６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
Ｔｂｉｏ−Ｕが、未操作ＰＢＭＣまたは無関係の対照の１つ以上の生物学的特性を含む、請求項５９または６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
前記１つ以上の生物学的特性が、同種抗原での刺激時に評定される１つ以上のサイトカインもしくはエフェクター分子の産生および／または１つ以上の細胞表面マーカーの発現増加を含む、請求項６３または６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記サイトカイン／エフェクター分子が、ＩＦＮγ、ＩＬ２、ＧＭＣＳＦ  ＴＮＦα、グランザイムＢ、および／またはパーフォリンである、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記細胞表面マーカーが、ＣＤ２５、ＣＤ４５、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ６９および／またはＣＤ１０７である、請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
ＴＳｐｅｃ−Ｐ（特異的殺滅）が、関係のないペプチド抗原を発現する標的細胞のＴＣＳｐｅｃ（非特異的殺滅）の百分率を減算した後の、同種抗原を発現する溶解されたＨＬＡ適合標的細胞の百分率を含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項６９】
前記関係のないペプチド抗原が、目的の病原体またはがん細胞内に存在しない抗原を含む、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
［（ＲＴＢ）＋（ＲＴＫ）］×Ｔｈ≧１であり、Ｔｈが、産物と患者間の共有アレル数である、請求項４３〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
［（ＲＴＢ）＋（ＲＴＫ）］×Ｔｈ≧１である場合、Ｔ細胞産物が個体に投与されるのに適する、請求項４３〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
Ｔｈ＝ＨＬＡＰ対ＨＬＡＰｔ、であり、≧１の場合はＴｈ値が１であることに相当する、請求項７０または７１に記載の方法。
【請求項７３】
Ｔｈ＝ＨＬＡＰ対ＨＬＡＰｔ、であり、＜１の場合はＴｈ値が０であることに相当する、請求項７０または７１に記載の方法。
【請求項７４】
ＨＬＡＰが、前記産物のＨＬＡ型である、請求項７２または７３に記載の方法。
【請求項７５】
ＨＬＡＰｔが、前記患者のＨＬＡ型である、請求項７２または７３に記載の方法。