【事件の表示】
　平成１０年特許願第２６０７０１号「シュードモナス・アエルギノザの外部膜タンパク質Ｆ」拒絶査定不服審判事件〔平成１２年　３月１４日出願公開、特開２０００−　７４９２２〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
〔１〕本願は、昭和63年6月3日（優先権主張、1987年6月3日、DE）に特許出願された特願昭63-137206号をもとの出願として、特許法第44条の規定に基づき分割出願した特願平10-260701号に係るものであり、請求項１乃至９に係る発明は、平成13年11月28日付で手続補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１乃至９に記載された事項により特定されている。そのうち、請求項１には以下のように記載されている（以下、請求項１に係る発明を「本件発明」ともいう。）。
　
　「配列番号１に示したDNA配列を有する、Pseudomonas　aeruginosaの外部膜タンパク質F（OMPF）をコードするヌクレオチド、またはE．coli細胞に対して毒性である免疫原性ポリペプチドをコードするそのフラグメント。」
　　
〔２〕これに対する原査定の拒絶の理由の概要は、本件発明は引用文献１（J.Bacteriol.,Vol.167,p.473-479(1986)）の記載に基づいて当業者が容易になし得たものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないというものである。
　
〔３〕本件発明には、配列番号１に示したDNA配列を有するP.aeruginosa由来OMPF遺伝子に係る発明が典型的な発明として包含されているので、まず、本件優先日前に引用文献１の記載に基づいてP.aeruginosa由来OMPF遺伝子をクローニングし、配列決定することが当業者にとって容易であるか否かについて検討する。
　
１．上記引用文献１には、P.aeruginosaのPAO1株由来のゲノムDNAコスミドバンクから、プロテインF（OMPF）に特異的なモノクローナル抗体を用いてスクリーニングし、OMPF遺伝子を含むプラスミドpHN4を得てポリン不全大腸菌JF733を形質転換したこと（同第474頁右欄下から8行〜第475頁左欄2行）が記載されており、当該形質転換ポリン不全大腸菌JF733（pHN4）と共に、正常な大腸菌宿主HB101株を形質転換したHB101（pHN4）株の発現産物のいずれもが、2種類のエピト−プを認識するOMPF特異的モノクローナル抗体との反応性、及びSDSゲル電気泳動上での挙動が天然のP.aeruginosaの外膜蛋白OMPFと同一であったことをもって、大腸菌宿主において天然と同一のOMPFが外膜蛋白として発現できたと結論づけている（第473頁「要約」2〜7行、第475頁左欄3行〜最下行など）。
　そして、プラスミドpHN4のサブクローニングにより11kbのEcoRI断片を得、当該断片を挿入したプラスミドpWW13で形質転換した大腸菌HB101（pWW13）において、外膜でOMPFが発現することを確認しているのだから、OMPF遺伝子は、既にその全長を含む11kbフラグメントとしてクローニングされているというべきである（第476頁FIG.4など）。さらに、OMPF遺伝子のうち、OMPF特異的エピトープの１つを有するポリペプチド（分子量24,000）をコードするDNAを含む4.7kbのSalI断片及び同2kbのSalI-PstI断片がそれぞれpWW4及びpWW5に挿入されてサブクローニングされている（同FIG.4、左欄1〜23行）。
　また、引用文献１で用いられているPAO1株は本件優先日前の他の文献（例えば、J.Bacteriology,vol.136,no.1(1978)p.381-390、J.Biochem.,vol.86no.4,(1979)p.979-989等）においても典型的なP.aeruginosaに属する微生物として広く利用されており、明らかに容易に入手できる微生物である。
　そうしてみると、引用文献１に接した本件優先日前の当業者にとっては、公知微生物であるP.aeruginosaに属するPAO1株ゲノムから、確実にOMPF遺伝子の全長を含むDNAが11kbのEcoRIフラグメントとしてクローニングされている上に、OMPF遺伝子の１部配列を確実に含むフラグメントも各種得られている以上、既にOMPF遺伝子自体がクローニングされているに等しいといえ、その塩基配列及び推定アミノ酸配列を知りたければ、必要に応じてこれらのフラグメントから適宜ルーチン的作業で機械的に読み取ればよいことであると理解するはずである。
　してみれば、少なくとも、P.aeruginosaのPAO1株由来のOMPF遺伝子については、それをクローニングし、次いでDNA配列及び推定アミノ酸配列を決定することに何らの困難性を見いだすことはできない。
　
２．ところで、P.aeruginosaは周知の微生物であって多数の公知菌株が存在し、ATCCカタログにおいても多数の菌株が販売されており、本出願明細書で用いられた菌株（ATCC33354株）もそのうちの１つである。
  そして、引用文献１では、OMPF遺伝子の2.0kb部分断片から作成した標識プローブ（「32P-labeled-2.0kb-probe」）を用いてPAO1株由来ゲノムDNAの種々の制限酵素による分解物とのハイブリダイゼーション実験を行い、その実験結果に基づいて、「これらのデータから、P.aeruginosaPAO1株の染色体中に存在するプロテインF遺伝子は１コピ−のみであることを推測させる。」とし、この観察が、従来からの大腸菌のポリンOmpF，OmpCおよびPhoEの構造遺伝子がすべて単一コピーで存在するという知見と一致することも示されている。（第476頁右欄1〜11行）
　OMPFは外膜上に存在して菌体内の浸透圧などを調節するポリンチャンネルの１種であり、P.aeruginosa微生物の生存にとって重要な蛋白質の１つであるといえるにもかかわらず、OMPF遺伝子が染色体中に１コピーしか存在しないのであるから、当然に同属同種内での遺伝子の保存性も高いと考えられる。塩基配列レベルでは菌株ごとに多少の相違が見られたととしても、アミノ酸配列レベルでの大幅な相違、少なくとも活性に関わるような立体構造の主要部分での相違が存在するとは考えにくい。
  そうなので、引用文献１のP.aeruginosaに属するPAO1株以外の菌株、例えば本件明細書中のATCC33354株も、そのゲノム中には１コピーのOMPF遺伝子を有し、かつそのDNA配列はPAO1株由来OMPF遺伝子と極めて相同性の高いものであると予測できるから、これらの菌株のゲノムDNAをライブラリー化して、引用文献１中のOMPF遺伝子の全長もしくは部分長を含むフラグメントから作成されたプローブ（例えば、上記「32P-labeled-2.0kb-probe」）を用いるハイブリダイゼーション法、または引用文献１に記載されたと同様のOMPF特異的抗体を用いる抗体スクリーニング法などを適用することで、P.aeruginosaに属するPAO1株以外の菌株由来のOMPF遺伝子をクローニングすることも、さらにそのDNA配列を決定することも当業者が容易になし得ることである。
　
３．そして、このように、引用文献１に基づいてP.aeruginosaに属するPAO1株由来OMPF遺伝子のみならず、同属同種内の他の菌株由来のOMPF遺伝子もクローニングし、配列決定することが当業者にとって容易であるときに、その結果として、P.aeruginosaに属する公知菌株に由来するOMPF遺伝子のDNA配列が「配列番号１」であると解析した程度のことをもって、進歩性を担保するほどの格別の効果として評価することはできない。
　しかも、当該DNA配列は、既に引用文献１でpHN4、pWW13中の挿入配列としてクローニングされていたPAO1株由来OMPF遺伝子のDNA配列とは、同一もしくはきわめて類似したDNA配列を有していると予測されることは上述の如くであり、請求人は、当該DNA配列がPAO1株由来OMPF遺伝子と比較して予測を超えるほどに多数の相違箇所を含むものであることを立証したわけではない。
　むしろ、請求人自身が原審の拒絶理由通知に対する意見書（平成13年1月7日付）と共に提出した甲第３号証(NCBIprotein検索：AAD11568)によれば、PAO1株由来OMPFのアミノ酸配列は本件明細書中の「配列番号１」（【表１】）のアミノ酸配列と同一であるから、まさに引用文献１で用いられたPAO1 株由来OMPF遺伝子と本件発明のOMPF遺伝子とは、同一のアミノ酸配列をコードする同一もしくはきわめて類似したDNA配列であったことが実証されたことになる。
　以上述べたとおり、P.aeruginosaに属する微生物のOMPF遺伝子を取得し、そのDNA配列を決定することは、本件優先日前の当業者であれば引用文献１の記載に基づいて容易になし得ることであり、そのDNA配列が「配列番号１」であったことをもって格別の効果とすることはできない。
　したがって、本件発明は、引用文献１に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができるものである。
　
４．ところで、請求人は、審判請求書補正書（平成14年2月1日付）において、引用文献１の第476頁左欄5-7行を示し、「引用文献１で単離された遺伝子は、引用文献１の著者らがOMPFをコードする遺伝子として実際に単離した遺伝子とは異なる。」旨主張している。
　なるほど、引用文献１の上記指摘箇所及びそれ以降の記載において、引用文献１の筆者は、pHN4をXhoIで消化してHB101株に形質転換して得られた発現産物がOMPF特異的モノクローナル抗体であるMA5-8とは反応するがMA4-4とは反応しなかったという実験結果に基づき、OMPF遺伝子のDNA配列中のC末側(3'側)にXhoI認識配列（CTCGAG）が存在する可能性を述べている。
　しかしながら、上述の如く、引用文献１全体の記載からみて、P.aeruginosa（PAO1株）のゲノム中に１コピーしか存在しないOMPF遺伝子の全長が、pHN4及びpWW13中に包まれていることを疑うべき理由はない。
　そして、上記指摘箇所は、pHN4のXhoI切断断片に対する実験結果を説明できる１つの可能性を推定したに留まり、しかもその推定が後に立証されたわけでもないから、当該記載が引用文献１に存在することによっては、何ら上記認定は左右されない。
　そもそも、請求人の上記主張中の「引用文献１の著者らがOMPFをコードする遺伝子として実際に単離した遺伝子」については、何ら配列情報を示していないのだから、「引用文献１で単離された遺伝子」と対比すること自体が失当であり、上記甲第３号証(NCBIprotein検索：AAD11568)に記載されているものを指すと解したとしても、当該甲第３号証でPAO1由来OMPF遺伝子に関して記載されているのはアミノ酸配列のみであってDNA配列ではないから、引用文献１のPAO1由来OMPF遺伝子のDNA配列中にXhoI認識配列（CTCGAG）が存在するか否かは不明であって、請求人の上記主張の根拠とはなり得ない。
　上述のように、本件出願後の上記甲第３号証によれば、引用文献１におけるPAO1 株由来OMPF遺伝子のDNA配列も、「配列番号１」と同一のアミノ酸配列をコードするものであったといえるところ、仮に引用文献１に記載されるPAO1由来OMPF遺伝子のDNA配列中にはXhoI認識配列が存在し、本件明細書で取得されたOMPF遺伝子のDNA配列（配列番号１）中には存在しなかったことが立証できたとしても、このことは、単にXhoI認識配列（CTCGAG）に関連した塩基配列中にアミノ酸配列には影響を与えない程度、すなわち１塩基程度の差異を有するアレル変異体が取得できたことでしかないから、格別の効果として評価できないことには変わりはない。
　
５．また、請求人は、上記意見書及び上記審判請求書補正書において、本願明細書【0016】の「この断片は遺伝子生成物が明らかに宿主細胞に対して毒性を有するために
高コピー数の
  そこで、「大腸菌宿主に対するOMPF遺伝子発現産物の
毒性
中−コピー
高−コピー
　そして、当該「毒性」は既に引用文献１においても十分に認識されていたことであり、本願明細書で用いられた特定の菌株においてはじめて見いだされた特別な性質というわけではない。
　すなわち、引用文献１の「要約」の項（第473頁）では、「プロテインFが
ポリン不全大腸菌
ポリンが十分な
　さらに、同「考察」の項においても、「プロテインFに対する構造的遺伝子を大腸菌に導入し、遺伝子産物の発現を調査した。
大量の
ポリン不全突然変異大腸菌JF733(pHN4)中で、外膜中のプロテインFの量がポリンの十分ある大腸菌HB101(pHN4)株中における場合より高かったことは興味深い。
　そもそも各種ポリンはグラム陰性菌の外膜の内と外との環境を直接結ぶチャンネルであり、浸透圧など菌の生存に関わる重要な調節機構を担うものであるところ、上記記載からみて、そのポリンの１種であるP.aeruginosa 由来のOMPFが、大腸菌外膜中のポリンが大量に存在する通常の大腸菌外膜内環境では発現量が少なく、ポリン不全大腸菌外膜内という、大腸菌由来の各種ポリン類が極めて少ない環境では発現量が高かったのであるから、このことは、P.aeruginosa 由来のOMPFがアミノ酸一次配列の類似性はともかく、チャンネルを構成する三次元構造的には極めて大腸菌のポリン類と類似していることを示唆するものであり、同時に、大腸菌の外膜中では許容される全ポリン量には（外来のポリンも含めて）一定の上限値があることも強く示唆するものである。
　そうなので、反対に正常なポリン生産能を有する大腸菌宿主において、外来のポリンであるOMPF を高コピーのベクターなどを用いて半ば強制的に大量のOMPFを発現させようとすれば、今度は大腸菌自身の生存に必要な本来の各ポリン類の発現が極度に抑制される可能性が高いことは充分に予測される。まさに、引用文献１の上記記載によれば、高コピーベクターを用いた場合に大腸菌宿主の生存が阻害される可能性が高いことが示唆されていることに他ならない。
　そして、OMPF遺伝子はP.aeruginosaの生存にとって重要な遺伝子であるといえるにもかかわらず、引用文献１には当該OMPF遺伝子がP.aeruginosaのゲノム中に１コピーしか存在しないとも記載されている（第476頁右欄1〜11行）のだから、当該記載に接した当業者は、OMPF遺伝子が本来有するプロモーター自体もかなり強力なプロモーターであると想定し、クローニングに際しても発現産物による大腸菌宿主への「毒性」を危惧するはずである。
　そのような場合のクローニング手法として、遺伝子を含むDNAをフラグメント化してサブクローニングすることが本件優先日前の当業者にとって常套の手段であるばかりでなく、宿主として引用文献１で用いられたようなポリン不全大腸菌を用いることもできるから、OMPF遺伝子クローニングに格別の困難性があったとする特段の事情は見いだない。
　よって、この点についての請求人の主張も採用できない。
　
〔４〕付記：
　なお、上記した如く、請求人自身が提出した甲第３号証に記載されるように、引用文献１のPAO1 株由来のOMPF遺伝子がコードするアミノ酸配列が、本願明細書の【表１】（配列番号１）に示されるATCC33354株由来のOMPF遺伝子がコードするアミノ酸配列と一致していることからみて、両遺伝子の遺伝子産物が同一物質であることは請求人自身が充分に認識していたことは明らかである。そして、その前提にたって、請求人は当該審判請求書においては、引用文献１に記載されるOMPF遺伝子をクローニングすることの困難性のみを主張していたはずである。
　そうであるにもかかわらず、請求人は、当審における平成15年4月21日付の審尋に対して、平成15年7月16日付回答書において、「・・・引用文献１に記載される遺伝子産物が、本願発明に係るOMPFとは
全く異なる
無関係なタンパク質
本願発明には無関係
　このような主張が、請求人本人も十分に理解しているはずの真実を無視して当審の判断をあえてミスリードしようしたのであれば、当業者としてあるまじき態度であり慎むべきである。そうでないとしても、本願出願後には引用文献１のproteinF と本願発明のOMPFが同一アミノ酸配列を有する同一のタンパク質であること、すなわち両者が「無関係なタンパク質」でなかったことは明らかのであるから、そもそも請求人の上記主張の前提が成り立たない。
　そうなので、上記回答書における主張も、添付された補正案についても検討しない。
　
〔５〕結語
　以上述べたとおりであるから、本件請求項に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶されるべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。