【手続補正書】
【提出日】令和1年8月15日(2019.8.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
目的の標的核酸配列を捕捉する方法であって、
（ａ）複数の核酸配列を含む試料を提供するステップであって、前記核酸配列はメチル化ヌクレオチドを含み、前記核酸配列は５’および３’末端でアダプターにライゲートされている、ステップ；
（ｂ）前記試料を複数の核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させ、それによって前記核酸配列のサブセットで目的の複数のニック入りの部位を生成するステップであって、前記ｇＮＡは前記核酸配列のサブセットの目的の標的化部位に相補的であり、そして前記標的核酸配列は５’および３’末端でアダプターにライゲートされている、ステップ；
（ｃ）前記試料をニック入りの部位でＤＮＡ合成を開始することが可能な酵素およびメチル化されていないヌクレオチドと接触させ、それによって、目的の前記標的化部位にメチル化されていないヌクレオチドを含む複数の核酸配列を生成するステップであって、前記核酸配列は５’および３’末端でアダプターにライゲートされている、ステップ；および
（ｄ）前記試料を、メチル化核酸を切断することが可能な酵素と接触させ、それによってメチル化核酸を含む複数の核酸断片を生成するステップであって、メチル化核酸を含む複数の前記核酸断片は５’および３’末端のうち最大１つでアダプターにライゲートされている、ステップ
を含む、方法。
【請求項２】
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、ＣＡＳクラスＩタイプＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＶニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩニッカーゼおよびＣＡＳクラスＩＩタイプＶニッカーゼからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、Ｃａｓ９ニッカーゼ、Ｃｐｆ１ニッカーゼ、Ｃａｓ３ニッカーゼ、Ｃａｓ８ａ−ｃニッカーゼ、Ｃａｓ１０ニッカーゼ、Ｃｓｅ１ニッカーゼ、Ｃｓｙ１ニッカーゼ、Ｃｓｎ２ニッカーゼ、Ｃａｓ４ニッカーゼ、Ｃｓｍ２ニッカーゼ、Ｃｍｒ５ニッカーゼ、Ｃｓｆ１ニッカーゼ、Ｃ２Ｃ２ニッカーゼおよびＮｇＡｇｏニッカーゼからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ＤＮＡが二本鎖ＤＮＡである、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記二本鎖ＤＮＡがゲノムＤＮＡからのものである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記ゲノムＤＮＡがヒトのものである、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記ＤＮＡ配列が２０ｂｐから５０００ｂｐの長さである、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
目的の前記標的化部位が一塩基多型（ＳＮＰ）、ショートタンデムリピート（ＳＴＲ）、がん遺伝子、挿入断片、欠失、構造的異形、エクソン、遺伝子変異または調節領域である、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
目的の前記標的化部位が前記試料中の全ＤＮＡの５０％未満を占める、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料から得られる、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
ニック入りの部位で核酸合成を開始することが可能な前記酵素が、ＤＮＡポリメラーゼＩ、クレノウ断片、ＴＡＱポリメラーゼまたはＢｓｔＤＮＡポリメラーゼである、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが前記ＤＮＡ配列の５’末端にニックを入れる、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
メチル化ＤＮＡを切断することが可能な前記酵素がＤｐｎＩである、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
目的の標的ＤＮＡ配列を捕捉する方法であって、
（ａ）前記試料を複数の核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させ、それによって目的の領域に隣接する部位で複数のニック入りのＤＮＡを生成するステップであって、前記ｇＮＡが、前記ＤＮＡ配列のサブセット中の目的の前記領域に隣接する目的の標的化部位に相補的である、ステップ；
（ｂ）前記試料を６５℃まで加熱し、それによって、近接するニックに二本鎖切断を起こすステップ；
（ｃ）前記二本鎖切断を耐熱性のリガーゼと接触させ、それによってこれらの部位にのみアダプター配列のライゲーションを可能にするステップ；および
（ｄ）ステップａ〜ｃを反復して、第２のアダプターを目的の前記領域の反対側に置き、こうして目的の前記領域の濃縮を可能にするステップ
を含む、方法。
【請求項１７】
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼがＣＡＳクラスＩタイプＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＶニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩニッカーゼおよびＣＡＳクラスＩＩタイプＶニッカーゼからなる群より選択される、請求項１６から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼがＣａｓ９ニッカーゼ、Ｃｐｆ１ニッカーゼ、Ｃａｓ３ニッカーゼ、Ｃａｓ８ａ−ｃニッカーゼ、Ｃａｓ１０ニッカーゼ、Ｃｓｅ１ニッカーゼ、Ｃｓｙ１ニッカーゼ、Ｃｓｎ２ニッカーゼ、Ｃａｓ４ニッカーゼ、Ｃｓｍ２ニッカーゼ、Ｃｍｒ５ニッカーゼ、Ｃｓｆ１ニッカーゼ、Ｃ２Ｃ２ニッカーゼおよびＮｇＡｇｏニッカーゼからなる群より選択される、請求項１６から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＤＮＡが二本鎖ＤＮＡである、請求項１６に記載の方法。
【請求項２２】
前記二本鎖ＤＮＡがゲノムＤＮＡからのものである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ゲノムＤＮＡがヒトのものである、請求項２２に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１６】
一態様では、本発明は、メチル化ヌクレオチドを含む核酸断片、核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼ−ｇＮＡ複合体および非メチル化ヌクレオチドを含む組成物を提供する。一つの実施形態では、前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、ＣＡＳクラスＩタイプＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＶニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩニッカーゼおよびＣＡＳクラスＩＩタイプＶニッカーゼからなる群より選択される。一つの実施形態では、前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、Ｃａｓ９ニッカーゼ、Ｃｐｆ１ニッカーゼ、Ｃａｓ３ニッカーゼ、Ｃａｓ８ａ−ｃニッカーゼ、Ｃａｓ１０ニッカーゼ、Ｃｓｅ１ニッカーゼ、Ｃｓｙ１ニッカーゼ、Ｃｓｎ２ニッカーゼ、Ｃａｓ４ニッカーゼ、Ｃｓｍ２ニッカーゼ、Ｃｍ５ニッカーゼ、Ｃｓｆ１ニッカーゼ、Ｃ２Ｃ２ニッカーゼおよびＮｇＡｇｏニッカーゼからなる群より選択される。一つの実施形態では、前記ｇＮＡがｇＲＮＡである。一つの実施形態では、前記ｇＮＡがｇＤＮＡである。一つの実施形態では、前記核酸断片がＤＮＡを含む。一つの実施形態では、前記核酸断片がＲＮＡを含む。一つの実施形態では、前記ヌクレオチドがビオチンで標識される。一つの実施形態では、前記ヌクレオチドが抗体コンジュゲート対の一部である。一つの実施形態では、組成物は、メチル化ヌクレオチドを含むＤＮＡ断片、ニッカーゼであるＣａｓ９−ｇＲＮＡ複合体および非メチル化ヌクレオチドを含む。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
標的核酸配列を捕捉する方法であって、
（ａ）アダプターにライゲートされた複数の核酸を含む試料を提供するステップであって、前記核酸は一方の末端で第１のアダプターにライゲートされており、他方の末端で第２のアダプターにライゲートされている、ステップ；
（ｂ）前記試料を複数の核酸ガイド化ヌクレアーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させ、それによって一方の末端で第１または第２のアダプターにライゲートされ、他方の末端にアダプターがない複数の核酸断片を生成するステップであって、前記ｇＮＡは前記核酸のサブセットに含有される目的の標的化部位に相補的である、ステップ；および
（ｃ）前記複数の核酸断片を第３のアダプターと接触させ、それによって、一方の末端で前記第１または第２のアダプターに、他方の末端で前記第３のアダプターにライゲートした複数の核酸断片を生成するステップ
を含む、方法。
（項目２）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼがＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系タンパク質である、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼが非ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系タンパク質である、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼがＣＡＳクラスＩタイプＩ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＶ、ＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩおよびＣＡＳクラスＩＩタイプＶからなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼがＣａｓ９、Ｃｐｆ１、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８ａ−ｃ、Ｃａｓ１０、Ｃｓｅ１、Ｃｓｙ１、Ｃｓｎ２、Ｃａｓ４、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃｓｆ１、Ｃ２ｃ２およびＮｇＡｇｏからなる群より選択される、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７）
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、項目１から５のいずれか一項に記載の方法。
（項目８）
前記複数の核酸ガイド化ヌクレアーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させるステップが、前記核酸のサブセットに含有される目的の前記標的化部位を切断し、それによって一方の末端に第１または第２のアダプターを含み、他方の末端にアダプターがない複数の核酸断片を生成する、項目１から７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９）
第１または第２および第３のアダプターに特異的なＰＣＲを使用してステップ（ｃ）の生成物を増幅するステップをさらに含む、項目１から８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記核酸が、一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡおよびＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドからなる群より選択される、項目１から９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１）
前記核酸が二本鎖ＤＮＡである、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記核酸がゲノムＤＮＡからのものである、項目１から１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
前記ゲノムＤＮＡがヒトのものである、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
アダプターにライゲートされる前記核酸が２０ｂｐから５０００ｂｐの長さである、項目１から１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１５）
目的の前記標的化部位が一塩基多型（ＳＮＰ）、ショートタンデムリピート（ＳＴＲ）、がん遺伝子、挿入断片、欠失、構造的異形、エクソン、遺伝子変異または調節領域である、項目１から１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１６）
増幅される生成物がクローニング、配列決定または遺伝子型決定のために使用される、項目９に記載の方法。
（項目１７）
前記アダプターが２０ｂｐから１００ｂｐの長さである、項目１から１６のいずれか一項に記載の方法。
（項目１８）
前記アダプターがプライマー結合部位を含む、項目１から１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９）
前記アダプターが配列決定アダプターまたは制限部位を含む、項目１から１８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０）
目的の前記標的化部位が前記試料中の全核酸の５０％未満を占める、項目１から１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料から得られる、項目１から２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記第１および第２のアダプターが同一である、項目１から２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３）
前記第１および第２のアダプターが異なる、項目１から２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４）
前記試料が配列決定ライブラリーを含む、項目１から２３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５）
目的の標的化部位に標識ヌクレオチドを導入する方法であって、
（ａ）複数の核酸断片を含む試料を提供するステップ；
（ｂ）前記試料を複数の核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させ、それによって目的の前記標的化部位で複数のニック入りの核酸断片を生成するステップであって、前記ｇＮＡは前記核酸断片中の目的の標的化部位に相補的である、ステップ；および
（ｃ）前記複数のニック入りの核酸断片を、ニック入りの部位で核酸合成を開始することが可能な酵素および標識ヌクレオチドと接触させ、それによって目的の前記標的化部位において標識ヌクレオチドを含む複数の核酸断片を生成するステップ
を含む、方法。
（項目２６）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、ＣＡＳクラスＩタイプＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＶニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩニッカーゼおよびＣＡＳクラスＩＩタイプＶニッカーゼからなる群より選択される、項目２５に記載の方法。
（項目２７）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、Ｃａｓ９ニッカーゼ、Ｃｐｆ１ニッカーゼ、Ｃａｓ３ニッカーゼ、Ｃａｓ８ａ−ｃニッカーゼ、Ｃａｓ１０ニッカーゼ、Ｃｓｅ１ニッカーゼ、Ｃｓｙ１ニッカーゼ、Ｃｓｎ２ニッカーゼ、Ｃａｓ４ニッカーゼ、Ｃｓｍ２ニッカーゼ、Ｃｍ５ニッカーゼ、Ｃｓｆ１ニッカーゼ、Ｃ２Ｃ２ニッカーゼ、ＣＰＦ１ニッカーゼおよびＮｇＡｇｏニッカーゼからなる群より選択される、項目２５に記載の方法。
（項目２８）
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、項目２５から２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２９）
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、項目２５から２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記核酸断片が、一本鎖ＤＮＡ断片、二本鎖ＤＮＡ断片、一本鎖ＲＮＡ断片、二本鎖ＲＮＡ断片およびＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド断片からなる群より選択される、項目２５から２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目３１）
前記核酸断片が二本鎖ＤＮＡ断片である、項目３０に記載の方法。
（項目３２）
二本鎖ＤＮＡ断片がゲノムＤＮＡからのものである、項目３１に記載の方法。
（項目３３）
前記ゲノムＤＮＡがヒトのものである、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記核酸断片が２０ｂｐから５０００ｂｐの長さである、項目２５から３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
目的の前記標的化部位が一塩基多型（ＳＮＰ）、ショートタンデムリピート（ＳＴＲ）、がん遺伝子、挿入断片、欠失、構造的異形、エクソン、遺伝子変異または調節領域である、項目２５から３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
目的の前記標的化部位が前記試料中の全核酸の５０％未満を占める、項目２５から３５のいずれか一項に記載の方法。
（項目３７）
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料から得られる、項目２５から３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目３８）
前記標識ヌクレオチドがビオチン化ヌクレオチドである、項目２５から３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記標識ヌクレオチドが抗体コンジュゲート対の一部である、項目２５から３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目４０）
ビオチン化ヌクレオチドを含む前記核酸断片をアビジンまたはストレプトアビジンと接触させ、それによって目的の前記標的化部位を捕捉するステップをさらに含む、項目３８に記載の方法。
（項目４１）
ニック入りの部位で核酸合成を開始することが可能な前記酵素が、ＤＮＡポリメラーゼＩ、クレノウ断片、ＴＡＱポリメラーゼまたはＢｓｔＤＮＡポリメラーゼである、項目２５から４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが前記核酸断片の５’末端にニックを入れる、項目２５から４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
前記核酸断片が２０ｂｐから５０００ｂｐの長さである、項目２５から４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料から得られる、項目２５から４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目４５）
目的の標的核酸配列を捕捉する方法であって、
（ａ）アダプターにライゲートされた複数の核酸を含む試料を提供するステップであって、前記核酸は一方の末端で第１のアダプターにライゲートされており、他方の末端で第２のアダプターにライゲートされている、ステップ；および
（ｂ）前記試料を複数の触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させるステップであって、前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼはトランスポザーゼに融合されており、ｇＲＮＡは前記核酸のサブセットに含有される目的の標的化部位に相補的であり、一方の末端に第１または第２のアダプターを含み、他方の末端に第３のアダプターを含む複数の核酸断片を生成するために、前記複合体に複数の第３のアダプターを負荷する、ステップ
を含む、方法。
（項目４６）
第１または第２および第３のアダプターに特異的なＰＣＲを使用してステップ（ｂ）の生成物を増幅するステップをさらに含む、項目４５に記載の方法。
（項目４７）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼがＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系タンパク質に由来する、項目４５に記載の方法。
（項目４８）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが非ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系タンパク質に由来する、項目４５に記載の方法。
（項目４９）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが、不活性なＣＡＳクラスＩタイプＩ、不活性なＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩ、不活性なＣＡＳクラスＩタイプＩＶ、不活性なＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩおよび不活性なＣＡＳクラスＩＩタイプＶからなる群より選択される、項目４５に記載の方法。
（項目５０）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが、ｄＣａｓ９、ｄＣｐｆ１、ｄＣａｓ３、ｄＣａｓ８ａ−ｃ、ｄＣａｓ１０、ｄＣｓｅ１、ｄＣｓｙ１、ｄＣｓｎ２、ｄＣａｓ４、ｄＣｓｍ２、ｄＣｍｒ５、ｄＣｓｆ１、ｄＣ２Ｃ２およびｄＮｇＡｇｏからなる群より選択される、項目４５に記載の方法。
（項目５１）
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、項目４５から５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５２）
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、項目４５から５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
核酸配列がゲノムＤＮＡからのものである、項目４５から５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
前記ゲノムＤＮＡがヒトのものである、項目５３に記載の方法。
（項目５５）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが前記トランスポザーゼのＮ末端に融合されている、項目４５から５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５６）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが前記トランスポザーゼのＣ末端に融合されている、項目４５から５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
アダプターにライゲートされる前記核酸が２０ｂｐから５０００ｂｐの長さである、項目４５から５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５８）
（ｂ）の接触させるステップが標的化核酸配列への前記第２のアダプターの挿入を可能にする、項目４５から５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目５９）
目的の前記標的化部位が一塩基多型（ＳＮＰ）、ショートタンデムリピート（ＳＴＲ）、がん遺伝子、挿入断片、欠失、構造的異形、エクソン、遺伝子変異または調節領域である、項目４５から５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目６０）
増幅される生成物がクローニング、配列決定または遺伝子型決定のために使用される、項目４６に記載の方法。
（項目６１）
前記アダプターが２０ｂｐから１００ｂｐの長さである、項目４５から５９のいずれか一項に記載の方法。
（項目６２）
前記アダプターがプライマー結合部位を含む、項目４５から６１のいずれか一項に記載の方法。
（項目６３）
前記アダプターが配列決定アダプターまたは制限部位を含む、項目４５から６２のいずれか一項に記載の方法。
（項目６４）
目的の前記標的化部位が前記試料中の全核酸の５０％未満を占める、項目４５から６３のいずれか一項に記載の方法。
（項目６５）
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料から得られる、項目４５から６４のいずれか一項に記載の方法。
（項目６６）
目的の標的核酸配列を捕捉する方法であって、
（ａ）アダプターにライゲートされた複数の核酸を含む試料を提供するステップであって、前記核酸は５’末端および３’末端で前記アダプターにライゲートされている、ステップ；
（ｂ）前記試料を複数の触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させ、それによって触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼ−ｇＮＡ複合体に結合した、５’および３’末端でアダプターにライゲートされた複数の核酸を生成するステップであって、前記ｇＮＡは前記核酸のサブセットに含有される目的の標的化部位に相補的である、ステップ；および
（ｃ）前記試料を複数の触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させ、それによって５’または３’末端のうち一方のみでアダプターにライゲートされた、目的外の核酸配列を含む複数の核酸断片を生成するステップであって、前記ｇＮＡは前記核酸中の目的の標的化部位と目的外の標的化部位の両方に相補的である、ステップ
を含む、方法。
（項目６７）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼがＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系タンパク質である、項目６６に記載の方法。
（項目６８）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが非ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ系タンパク質である、項目６６に記載の方法。
（項目６９）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが不活性なＣＡＳクラスＩタイプＩ、不活性なＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩ、不活性なＣＡＳクラスＩタイプＩＶ、不活性なＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩおよび不活性なＣＡＳクラスＩＩタイプＶからなる群より選択される、項目６６に記載の方法。
（項目７０）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが、ｄＣａｓ９、ｄＣｐｆ１、ｄＣａｓ３、ｄＣａｓ８ａ−ｃ、ｄＣａｓ１０、ｄＣｓｅ１、ｄＣｓｙ１、ｄＣｓｎ２、ｄＣａｓ４、ｄＣｓｍ２、ｄＣｍ５、ｄＣｓｆ１、ｄＣ２Ｃ２、ｄＣＰＦ１およびｄＮｇＡｇｏからなる群より選択される、項目６６に記載の方法。
（項目７１）
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、項目６６から７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、項目６６から７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
（ｃ）の接触させるステップが、ステップ（ｂ）の触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼ−ｇＮＡ複合体に結合した、５’および３’末端でアダプターにライゲートされた複数の前記核酸を置換しない、項目６６から７２のいずれか一項に記載の方法。
（項目７４）
（ｄ）の接触させるステップが、前記核酸のサブセットに含有される目的外の前記標的化部位を切断し、それによって、５’または３’末端のうち一方のみでアダプターにライゲートされた、目的外の核酸配列を含む複数の核酸断片を生成する、項目６６から７３のいずれか一項に記載の方法。
（項目７５）
前記結合した触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼ−ｇＮＡ複合体を除去し、アダプターに特異的なＰＣＲを使用して（ｂ）の生成物を増幅するステップをさらに含む、項目６６から７４のいずれか一項に記載の方法。
（項目７６）
前記核酸が、一本鎖ＤＮＡ、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＲＮＡ、二本鎖ＲＮＡおよびＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドからなる群より選択される、項目６６から７５のいずれか一項に記載の方法。
（項目７７）
前記核酸が二本鎖ＤＮＡである、項目７６に記載の方法。
（項目７８）
前記核酸がゲノムＤＮＡからのものである、項目６６から７７のいずれか一項に記載の方法。
（項目７９）
前記ゲノムＤＮＡがヒトのものである、項目７８に記載の方法。
（項目８０）
前記５’末端および３’末端でアダプターにライゲートされた前記核酸が２０ｂｐから５０００ｂｐである、項目６６から７９のいずれか一項に記載の方法。
（項目８１）
目的の前記標的化部位が一塩基多型（ＳＮＰ）、ショートタンデムリピート（ＳＴＲ）、がん遺伝子、挿入断片、欠失、構造的異形、エクソン、遺伝子変異または調節領域である、項目６６から８０のいずれか一項に記載の方法。
（項目８２）
増幅される生成物がクローニング、配列決定または遺伝子型決定のために使用される、項目７５に記載の方法。
（項目８３）
前記アダプターが２０ｂｐから１００ｂｐの長さである、項目６６から８２のいずれか一項に記載の方法。
（項目８４）
前記アダプターがプライマー結合部位を含む、項目６６から８２のいずれか一項に記載の方法。
（項目８５）
前記アダプターが配列決定アダプターまたは制限部位を含む、項目６６から８２のいずれか一項に記載の方法。
（項目８６）
目的の前記標的化部位が前記試料中の全核酸の５０％未満を占める、項目６６から８２のいずれか一項に記載の方法。
（項目８７）
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料から得られる、項目６６から８２のいずれか一項に記載の方法。
（項目８８）
目的の標的核酸配列を捕捉する方法であって、
（ａ）複数の核酸配列を含む試料を提供するステップであって、前記核酸配列はメチル化ヌクレオチドを含み、前記核酸配列は５’および３’末端でアダプターにライゲートされている、ステップ；
（ｂ）前記試料を複数の核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させ、それによって前記核酸配列のサブセットで目的の複数のニック入りの部位を生成するステップであって、前記ｇＮＡは前記核酸配列のサブセットの目的の標的化部位に相補的であり、そして前記標的核酸配列は５’および３’末端でアダプターにライゲートされている、ステップ；
（ｃ）前記試料をニック入りの部位でＤＮＡ合成を開始することが可能な酵素およびメチル化されていないヌクレオチドと接触させ、それによって、目的の前記標的化部位にメチル化されていないヌクレオチドを含む複数の核酸配列を生成するステップであって、前記核酸配列は５’および３’末端でアダプターにライゲートされている、ステップ；および
（ｄ）前記試料を、メチル化核酸を切断することが可能な酵素と接触させ、それによってメチル化核酸を含む複数の核酸断片を生成するステップであって、メチル化核酸を含む複数の前記核酸断片は５’および３’末端のうち最大１つでアダプターにライゲートされている、ステップ
を含む、方法。
（項目８９）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、ＣＡＳクラスＩタイプＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＶニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩニッカーゼおよびＣＡＳクラスＩＩタイプＶニッカーゼからなる群より選択される、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、Ｃａｓ９ニッカーゼ、Ｃｐｆ１ニッカーゼ、Ｃａｓ３ニッカーゼ、Ｃａｓ８ａ−ｃニッカーゼ、Ｃａｓ１０ニッカーゼ、Ｃｓｅ１ニッカーゼ、Ｃｓｙ１ニッカーゼ、Ｃｓｎ２ニッカーゼ、Ｃａｓ４ニッカーゼ、Ｃｓｍ２ニッカーゼ、Ｃｍｒ５ニッカーゼ、Ｃｓｆ１ニッカーゼ、Ｃ２Ｃ２ニッカーゼおよびＮｇＡｇｏニッカーゼからなる群より選択される、項目８８に記載の方法。
（項目９１）
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、項目８８に記載の方法。
（項目９２）
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、項目８８に記載の方法。
（項目９３）
前記ＤＮＡが二本鎖ＤＮＡである、項目８８から９２のいずれか一項に記載の方法。
（項目９４）
前記二本鎖ＤＮＡがゲノムＤＮＡからのものである、項目９３に記載の方法。
（項目９５）
前記ゲノムＤＮＡがヒトのものである、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
前記ＤＮＡ配列が２０ｂｐから５０００ｂｐの長さである、項目８８から９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目９７）
目的の前記標的化部位が一塩基多型（ＳＮＰ）、ショートタンデムリピート（ＳＴＲ）、がん遺伝子、挿入断片、欠失、構造的異形、エクソン、遺伝子変異または調節領域である、項目８８から９６のいずれか一項に記載の方法。
（項目９８）
目的の前記標的化部位が前記試料中の全ＤＮＡの５０％未満を占める、項目８８から９７のいずれか一項に記載の方法。
（項目９９）
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料から得られる、項目８８から９８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１００）
ニック入りの部位で核酸合成を開始することが可能な前記酵素が、ＤＮＡポリメラーゼＩ、クレノウ断片、ＴＡＱポリメラーゼまたはＢｓｔＤＮＡポリメラーゼである、項目８８から９９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０１）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが前記ＤＮＡ配列の５’末端にニックを入れる、項目８８から１００のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０２）
メチル化ＤＮＡを切断することが可能な前記酵素がＤｐｎＩである、項目８８から１０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０３）
目的の標的ＤＮＡ配列を捕捉する方法であって、
（ａ）前記試料を複数の核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼ−ｇＮＡ複合体と接触させ、それによって目的の領域に隣接する部位で複数のニック入りのＤＮＡを生成するステップであって、前記ｇＮＡが、前記ＤＮＡ配列のサブセット中の目的の前記領域に隣接する目的の標的化部位に相補的である、ステップ；
（ｂ）前記試料を６５℃まで加熱し、それによって、近接するニックに二本鎖切断を起こすステップ；
（ｃ）前記二本鎖切断を耐熱性のリガーゼと接触させ、それによってこれらの部位にのみアダプター配列のライゲーションを可能にするステップ；および
（ｄ）ステップａ〜ｃを反復して、第２のアダプターを目的の前記領域の反対側に置き、こうして目的の前記領域の濃縮を可能にするステップ
を含む、方法。
（項目１０４）
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、項目１０３に記載の方法。
（項目１０５）
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、項目１０３に記載の方法。
（項目１０６）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼがＣＡＳクラスＩタイプＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＶニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩニッカーゼおよびＣＡＳクラスＩＩタイプＶニッカーゼからなる群より選択される、項目１０３から１０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０７）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼがＣａｓ９ニッカーゼ、Ｃｐｆ１ニッカーゼ、Ｃａｓ３ニッカーゼ、Ｃａｓ８ａ−ｃニッカーゼ、Ｃａｓ１０ニッカーゼ、Ｃｓｅ１ニッカーゼ、Ｃｓｙ１ニッカーゼ、Ｃｓｎ２ニッカーゼ、Ｃａｓ４ニッカーゼ、Ｃｓｍ２ニッカーゼ、Ｃｍｒ５ニッカーゼ、Ｃｓｆ１ニッカーゼ、Ｃ２Ｃ２ニッカーゼおよびＮｇＡｇｏニッカーゼからなる群より選択される、項目１０３から１０５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０８）
前記ＤＮＡが二本鎖ＤＮＡである、項目１０３に記載の方法。
（項目１０９）
前記二本鎖ＤＮＡがゲノムＤＮＡからのものである、項目１０８に記載の方法。
（項目１１０）
前記ゲノムＤＮＡがヒトのものである、項目１０９に記載の方法。
（項目１１１）
前記ＤＮＡ配列が２０ｂｐから５０００ｂｐの長さである、項目１０３から１１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１２）
目的の前記標的化部位が一塩基多型（ＳＮＰ）、ショートタンデムリピート（ＳＴＲ）、がん遺伝子、挿入断片、欠失、構造的異形、エクソン、遺伝子変異または調節領域である、項目１０３から１１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１３）
目的の前記標的化部位が前記試料中の全ＤＮＡの５０％未満を占める、項目１０３から１１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１４）
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料から得られる、項目１０３から１１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１５）
前記二本鎖切断を接触させることが可能な耐熱性の前記リガーゼが耐熱性の５’Ａｐｐ
ＤＮＡ／ＲＮＡリガーゼまたはＴ４  ＲＮＡリガーゼである、項目１０３から１１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１６）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが前記ＤＮＡ配列の５’末端にニックを入れる、項目１０３から１１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１１７）
目的の配列について試料を濃縮する方法であって、
（ａ）目的の配列および枯渇のための標的化配列を含む試料を提供するステップであって、目的の前記配列は前記試料の５０％未満を構成する、ステップ；および
（ｂ）複数の核酸ガイド化ＲＮＡエンドヌクレアーゼ−ｇＲＮＡ複合体または複数の核酸ガイド化ＤＮＡエンドヌクレアーゼ−ｇＤＮＡ複合体と前記試料を接触させるステップであって、前記ｇＲＮＡおよびｇＤＮＡは前記標的化配列に相補的であり、それによって前記標的化配列が切断される、ステップ
を含む、方法。
（項目１１８）
目的の前記配列および枯渇のための前記標的化配列を前記試料から抽出するステップをさらに含む、項目１１７に記載の方法。
（項目１１９）
抽出される前記配列を断片化するステップをさらに含む、項目１１８に記載の方法。
（項目１２０）
切断される前記標的化配列がサイズ排除によって除去される、項目１１７から１１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２１）
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料のいずれか１つである、項目１１７から１２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２２）
前記試料が、枯渇のために標的化される宿主核酸配列および目的の非宿主核酸配列を含む、項目１１７から１２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２３）
前記非宿主核酸配列が微生物の核酸配列を含む、項目１２２に記載の方法。
（項目１２４）
前記微生物核酸配列が、細菌、ウイルスまたは真核寄生生物の核酸配列である、項目１２３に記載の方法。
（項目１２５）
前記ｇＲＮＡおよびｇＤＮＡが、リボソームＲＮＡ配列、スプライシングされた転写物、スプライシングされていない転写物、イントロン、エクソンまたは非コードＲＮＡに相補的である、項目１１７から１２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２６）
抽出される前記核酸が、一本鎖または二本鎖のＲＮＡを含む、項目１１８に記載の方法。
（項目１２７）
抽出される前記核酸が、一本鎖または二本鎖のＤＮＡを含む、項目１１８に記載の方法。
（項目１２８）
目的の前記配列が抽出される前記核酸の１０％未満を構成する、項目１１７から１２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１２９）
前記核酸ガイド化ＲＮＡエンドヌクレアーゼがＣ２ｃ２を含む、項目１１７から１２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３０）
前記Ｃ２ｃ２が触媒活性がない、項目１２９に記載の方法。
（項目１３１）
前記核酸ガイド化ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＮｇＡｇｏを含む、項目１１７から１２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３２）
前記ＮｇＡｇｏが触媒活性がない、項目１３１に記載の方法。
（項目１３３）
前記試料が、全血、血漿、血清、涙、唾液、粘液、脳脊髄液、歯、骨、指の爪、糞便、尿、組織および生検材料から選択される、項目１１７から１３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３４）
試料を濃縮する方法であって、
（ａ）宿主核酸および非宿主核酸を含む試料を提供するステップ；
（ｂ）複数の核酸ガイド化ＲＮＡエンドヌクレアーゼ−ｇＲＮＡ複合体または複数の核酸ガイド化ＤＮＡエンドヌクレアーゼ−ｇＤＮＡ複合体と前記試料を接触させるステップであって、前記ｇＲＮＡおよびｇＤＮＡは前記宿主核酸の標的化部位に相補的である、ステップ、ならびに
（ｃ）非宿主核酸について前記試料を濃縮するステップ
を含む、方法。
（項目１３５）
前記核酸ガイド化ＲＮＡエンドヌクレアーゼがＣ２ｃ２を含む、項目１３４に記載の方法。
（項目１３６）
前記核酸ガイド化ＲＮＡエンドヌクレアーゼが触媒活性がないＣ２ｃ２を含む、項目１３４に記載の方法。
（項目１３７）
前記核酸ガイド化ＤＮＡエンドヌクレアーゼがＮｇＡｇｏを含む、項目１３４に記載の方法。
（項目１３８）
前記核酸ガイド化ＤＮＡエンドヌクレアーゼが触媒活性がないＮｇＡｇｏを含む、項目１３４に記載の方法。
（項目１３９）
前記宿主が、ヒト、ウシ、ウマ、ヒツジ、ブタ、サル、イヌ、ネコ、スナネズミ、トリ、マウスおよびラットからなる群より選択される、項目１３４から１３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４０）
前記非宿主が原核生物である、項目１３４から１３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４１）
前記非宿主が、真核生物、ウイルス、細菌、真菌および原生動物からなる群より選択される、項目１３４から１３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４２）
アダプターにライゲートされた前記宿主核酸および非宿主核酸が５０ｂｐから１０００ｂｐの範囲内である、項目１３４から１４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４３）
前記非宿主核酸が前記試料中の全核酸の５０％未満を構成する、項目１３４から１４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４４）
前記試料が生物学的試料、臨床試料、法医学試料または環境試料のいずれか１つである、項目１３４から１４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４５）
ステップ（ｃ）がステップ（ｂ）の生成物をｃＤＮＡに逆転写することを含む、項目１３４から１４４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４６）
ステップ（ｃ）がサイズ排除によって前記宿主核酸を除去することを含む、項目１３４から１４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４７）
ステップ（ｃ）がビオチンの使用によって前記宿主核酸を除去することを含む、項目１３４から１４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４８）
前記試料が、全血、血漿、血清、涙、唾液、粘液、脳脊髄液、歯、骨、指の爪、糞便、尿、組織および生検材料から選択される、項目１３４から１４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４９）
核酸断片、核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼ−ｇＮＡ複合体および標識ヌクレオチドを含む組成物。
（項目１５０）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、ＣＡＳクラスＩタイプＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＶニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩニッカーゼおよびＣＡＳクラスＩＩタイプＶニッカーゼからなる群より選択される、項目１４９に記載の組成物。
（項目１５１）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、Ｃａｓ９ニッカーゼ、Ｃｐｆ１ニッカーゼ、Ｃａｓ３ニッカーゼ、Ｃａｓ８ａ−ｃニッカーゼ、Ｃａｓ１０ニッカーゼ、Ｃｓｅ１ニッカーゼ、Ｃｓｙ１ニッカーゼ、Ｃｓｎ２ニッカーゼ、Ｃａｓ４ニッカーゼ、Ｃｓｍ２ニッカーゼ、Ｃｍｒ５ニッカーゼ、Ｃｓｆ１ニッカーゼ、Ｃ２Ｃ２ニッカーゼおよびＮｇＡｇｏニッカーゼからなる群より選択される、項目１４９に記載の組成物。
（項目１５２）
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、項目１４９から１５１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５３）
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、項目１４９から１５１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５４）
前記核酸断片がＤＮＡを含む、項目１４９から１５３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５５）
前記核酸断片がＲＮＡを含む、項目１４９から１５３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５６）
前記ヌクレオチドがビオチンで標識される、項目１４９から１５５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５７）
前記ヌクレオチドが抗体コンジュゲート対の一部である、項目１４９から１５６のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１５８）
核酸断片および触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼ−ｇＮＡ複合体を含む組成物であって、前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼはトランスポザーゼに融合されている、組成物。
（項目１５９）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが、不活性なＣＡＳクラスＩタイプＩ、不活性なＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩ、不活性なＣＡＳクラスＩタイプＩＶ、不活性なＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩおよび不活性なＣＡＳクラスＩＩタイプＶからなる群より選択される、項目１５８に記載の組成物。
（項目１６０）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが、ｄＣａｓ９、ｄＣｐｆ１、ｄＣａｓ３、ｄＣａｓ８ａ−ｃ、ｄＣａｓ１０、ｄＣｓｅ１、ｄＣｓｙ１、ｄＣｓｎ２、ｄＣａｓ４、ｄＣｓｍ２、ｄＣｍｒ５、ｄＣｓｆ１、ｄＣ２Ｃ２およびｄＮｇＡｇｏからなる群より選択される、項目１５８に記載の組成物。
（項目１６１）
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、項目１５８、１５９または１６０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６２）
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、項目１５８から１６１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６３）
前記核酸断片がＤＮＡを含む、項目１５８から１６２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６４）
前記核酸断片がＲＮＡを含む、項目１５８から１６３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６５）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが前記トランスポザーゼのＮ末端に融合されている、項目１５８から１６４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６６）
前記触媒活性がない核酸ガイド化ヌクレアーゼが前記トランスポザーゼのＣ末端に融合されている、項目１５８から１６５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１６７）
メチル化ヌクレオチドを含む核酸断片、核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼ−ｇＮＡ複合体および非メチル化ヌクレオチドを含む組成物。
（項目１６８）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、ＣＡＳクラスＩタイプＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＩＩニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩタイプＩＶニッカーゼ、ＣＡＳクラスＩＩタイプＩＩニッカーゼおよびＣＡＳクラスＩＩタイプＶニッカーゼからなる群より選択される、項目１６７に記載の組成物。
（項目１６９）
前記核酸ガイド化ヌクレアーゼであるニッカーゼが、Ｃａｓ９ニッカーゼ、Ｃｐｆ１ニッカーゼ、Ｃａｓ３ニッカーゼ、Ｃａｓ８ａ−ｃニッカーゼ、Ｃａｓ１０ニッカーゼ、Ｃｓｅ１ニッカーゼ、Ｃｓｙ１ニッカーゼ、Ｃｓｎ２ニッカーゼ、Ｃａｓ４ニッカーゼ、Ｃｓｍ２ニッカーゼ、Ｃｍｒ５ニッカーゼ、Ｃｓｆ１ニッカーゼ、Ｃ２Ｃ２ニッカーゼおよびＮｇＡｇｏニッカーゼからなる群より選択される、項目１６７に記載の組成物。
（項目１７０）
前記ｇＮＡがｇＲＮＡである、項目１６７、１６８または１６９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１７１）
前記ｇＮＡがｇＤＮＡである、項目１６７から１７０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１７２）
前記核酸断片がＤＮＡを含む、項目１６７から１７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１７３）
前記核酸断片がＲＮＡを含む、項目１６７から１７１のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１７４）
前記ヌクレオチドがビオチンで標識される、項目１６７から１７３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１７５）
前記ヌクレオチドが抗体コンジュゲート対の一部である、項目１６７から１７４のいずれか一項に記載の組成物。