【手続補正書】
【提出日】令和1年7月4日(2019.7.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験体において眼の組織に影響する障害を治療するための組み合わせ物であって、前記組み合わせ物はゲノム標的化ヌクレアーゼと少なくとも１つの標的化ゲノム配列を含むガイドＤＮＡとを含み、前記被験体の眼の領域に、前記組み合わせ物を含むヌクレアーゼ系の治療的有効量が投与されることを特徴とする、組み合わせ物。
【請求項２】
被験体において眼の組織に影響する障害を治療するための組成物であって、前記組成物はゲノム標的化ヌクレアーゼを含み、前記被験体の眼の領域に、前記組成物と少なくとも１つの標的化ゲノム配列を含むガイドＤＮＡとを含むヌクレアーゼ系の治療的有効量が投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項３】
被験体において眼の組織に影響する障害を治療するための組成物であって、前記組成物は少なくとも１つの標的化ゲノム配列を含むガイドＤＮＡを含み、前記被験体の眼の領域に、前記組成物とゲノム標的化ヌクレアーゼとを含むヌクレアーゼ系の治療的有効量が投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項４】
前記ヌクレアーゼが、タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡまたは前記ヌクレアーゼをコードする核酸を含む発現ベクターとして提供される、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項５】
前記ガイドＤＮＡが、ＲＮＡ分子（ｇＲＮＡ）、ＤＮＡ分子または前記ｇＲＮＡをコードする核酸を含む発現ベクターとして提供される、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項６】
前記ヌクレアーゼ系がＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９である、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項７】
前記ヌクレアーゼ系が遺伝子変異を不活性化または切り出す、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項８】
ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）修復系と組み合わせて使用されることをさらに特徴とする、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項９】
前記ＤＳＢ修復系が、１つまたは複数のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９開裂部位に標的化される非相同的末端連結（ＮＨＥＪ）または相同性誘導型修復（ＨＤＲ）と組み合わせてまたはそれらなしに修復鋳型を含み、前記部位は遺伝子変異を補正または編集する、請求項８に記載の組み合わせ物または組成物。
【請求項１０】
前記ゲノム標的化ヌクレアーゼがＣａｓ９である、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項１１】
前記障害が角膜ジストロフィーまたはマイクロサテライト拡張疾患である、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項１２】
前記眼の領域が角膜である、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項１３】
前記ガイドＤＮＡが少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個の標的化ゲノム配列を含む、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項１４】
前記標的ゲノム配列が、配列番号９５、配列番号１〜１７２、配列番号１７４〜１９４、配列番号１９６〜３４２に示すヌクレオチド配列のいずれか１つまたはその任意の組合せから選択される、請求項１３に記載の組み合わせ物または組成物。
【請求項１５】
前記角膜ジストロフィーが、フックス内皮角膜ジストロフィー、上皮基底膜ジストロフィー、上皮再発性びらんジストロフィー、上皮下粘液性角膜ジストロフィー、メースマン角膜ジストロフィー、リッシュ上皮角膜ジストロフィー、膠様滴状角膜ジストロフィー、ライス−ビュックラース角膜ジストロフィー、ティール−ベーンケ角膜ジストロフィー、格子状角膜ジストロフィー、１型（古典的）、格子状角膜ジストロフィー、２型、格子状角膜ジストロフィー、ＩＩＩ型、格子状角膜ジストロフィー、ＩＩＩＡ型、格子状角膜ジストロフィー、Ｉ／ＩＩＩＡ型、格子状角膜ジストロフィー、ＩＶ型、多形性（角膜）アミロイドーシス、顆粒状角膜ジストロフィー、１型、顆粒状角膜ジストロフィー、２型、斑状角膜変性症、シュナイダー角膜ジストロフィー、先天性間質角膜ジストロフィー、斑状角膜ジストロフィー、後部無定形角膜ジストロフィー、フランソワの中心部雲状ジストロフィー、デスメ膜前角膜ジストロフィー、後部多形性角膜ジストロフィー、先天性遺伝性内皮ジストロフィーおよびＸ連鎖内皮角膜ジストロフィーからなる群より選択される、請求項１１に記載の組み合わせ物または組成物。
【請求項１６】
前記マイクロサテライト拡張疾患が、フックス内皮角膜ジストロフィー、瞼裂縮小、下垂および逆内眼角贅皮合指症、鎖骨頭蓋骨形成不全、先天性中心性低換気症候群、ハッダード症候群ＤＭ（筋強直性ジストロフィー）、ＦＲＡＸＡ（脆弱性Ｘ症候群）、ＦＲＡＸＥ（脆弱性ＸＥ精神遅滞）、ＦＲＤＡ（フリートライヒ運動失調）、ＦＸＴＡＳ（脆弱性Ｘ関連振戦／運動失調症候群）、手足生殖症候群、ＨＤ（ハンティングトン病）、全前脳症、成長ホルモン欠乏による精神遅滞、精神遅滞、てんかん、ウェスト症候群、パーチントン症候群、眼球咽頭筋ジストロフィー、ＳＢＭＡ（球脊髄性筋萎縮症）、ＳＣＡ１（脊髄小脳失調１型）、ＳＣＡ１２（脊髄小脳失調１２型）、ＳＣＡ１７（脊髄小脳失調１７型）、ＳＣＡ２（脊髄小脳失調２型）、ＳＣＡ３（脊髄小脳失調３型またはマチャド−ジョセフ疾患）、ＳＣＡ６（脊髄小脳失調６型）、ＳＣＡ７（脊髄小脳失調７型）、ＳＣＡ８（脊髄小脳失調８型）および合多指症からなる群より選択される、請求項１１に記載の組み合わせ物または組成物。
【請求項１７】
前記ヌクレアーゼ系が目の表面に局所投与される、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項１８】
前記ヌクレアーゼ系が、角膜、強膜の上か外側に、眼内、結膜下、テノン嚢下もしくは眼球後の空間に、または眼瞼内もしくはその周囲に投与される、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項１９】
前記ヌクレアーゼ系が移植、注射によって、またはウイルスで投与されることを特徴とする、請求項１に記載の組み合わせ物または請求項２もしくは３のいずれかに記載の組成物。
【請求項２０】
被験体において眼以外の組織に影響する障害を治療するための組み合わせ物であって、前記組み合わせ物はゲノム標的化ヌクレアーゼと少なくとも１つの標的化ゲノム配列を含むガイドＤＮＡとを含み、前記被験体の眼以外の前記組織に、前記組み合わせ物を含むヌクレアーゼ系の治療的有効量が投与されることを特徴とする、組み合わせ物。
【請求項２１】
被験体において眼以外の組織に影響する障害を治療するための組成物であって、前記組成物はゲノム標的化ヌクレアーゼを含み、前記被験体の眼以外の前記組織に、前記組成物と少なくとも１つの標的化ゲノム配列を含むガイドＤＮＡとを含むヌクレアーゼ系の治療的有効量が投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項２２】
被験体において眼以外の組織に影響する障害を治療するための組成物であって、前記組成物は少なくとも１つの標的化ゲノム配列を含むガイドＤＮＡを含み、前記被験体の眼以外の前記組織に、前記組成物とゲノム標的化ヌクレアーゼとを含むヌクレアーゼ系の治療的有効量が投与されることを特徴とする、組成物。
【請求項２３】
前記ヌクレアーゼが、タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡまたは前記ヌクレアーゼをコードする核酸を含む発現ベクターとして提供される、請求項２０に記載の組み合わせ物または請求項２１もしくは２２のいずれかに記載の組成物。
【請求項２４】
前記ガイドＤＮＡが、ＲＮＡ分子（ｇＲＮＡ）、ＤＮＡ分子または前記ｇＲＮＡをコードする核酸を含む発現ベクターとして提供される、請求項２０に記載の組み合わせ物または請求項２１もしくは２２のいずれかに記載の組成物。
【請求項２５】
前記ヌクレアーゼ系がＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９である、請求項２０に記載の組み合わせ物または請求項２１もしくは２２のいずれかに記載の組成物。
【請求項２６】
前記ヌクレアーゼ系が遺伝子変異を不活性化または切り出す、請求項２０に記載の組み合わせ物または請求項２１もしくは２２のいずれかに記載の組成物。
【請求項２７】
ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）修復系と組み合わせて使用されることをさらに特徴とする、請求項２０に記載の組み合わせ物または請求項２１もしくは２２のいずれかに記載の組成物。
【請求項２８】
前記ＤＳＢ修復系が、１つまたは複数のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９開裂部位に標的化される非相同的末端連結（ＮＨＥＪ）または相同性誘導型修復（ＨＤＲ）と組み合わせて修復鋳型を含み、前記部位はゲノム変異を補正または編集する、請求項２７に記載の組み合わせ物または組成物。
【請求項２９】
前記ゲノム標的化ヌクレアーゼがＣａｓ９である、請求項２０に記載の組み合わせ物または請求項２１もしくは２２のいずれかに記載の組成物。
【請求項３０】
前記障害がマイクロサテライト拡張疾患である、請求項２０に記載の組み合わせ物または請求項２１もしくは２２のいずれかに記載の組成物。
【請求項３１】
前記ガイドＤＮＡが少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個の標的化ゲノム配列を含む、請求項２０に記載の組み合わせ物または請求項２１もしくは２２のいずれかに記載の組成物。
【請求項３２】
前記標的ゲノム配列が、配列番号１９５、配列番号１〜１７２、配列番号１７４〜１９４、配列番号１９６〜３４２に示すヌクレオチド配列のいずれか１つまたはその任意の組合せから選択される、請求項３１に記載の組み合わせ物または組成物。
【請求項３３】
前記マイクロサテライト拡張疾患が、フックス内皮角膜ジストロフィー、瞼裂縮小、下垂および逆内眼角贅皮合指症、鎖骨頭蓋骨形成不全、先天性中心性低換気症候群、ハッダード症候群ＤＭ（筋強直性ジストロフィー）、ＦＲＡＸＡ（脆弱性Ｘ症候群）、ＦＲＡＸＥ（脆弱性ＸＥ精神遅滞）、ＦＲＤＡ（フリートライヒ運動失調）、ＦＸＴＡＳ（脆弱性Ｘ関連振戦／運動失調症候群）、手足生殖症候群、ＨＤ（ハンティングトン病）、全前脳症、成長ホルモン欠乏による精神遅滞、精神遅滞、てんかん、ウェスト症候群、パーチントン症候群、眼球咽頭筋ジストロフィー、ＳＢＭＡ（球脊髄性筋萎縮症）、ＳＣＡ１（脊髄小脳失調１型）、ＳＣＡ１２（脊髄小脳失調１２型）、ＳＣＡ１７（脊髄小脳失調１７型）、ＳＣＡ２（脊髄小脳失調２型）、ＳＣＡ３（脊髄小脳失調３型またはマチャド−ジョセフ疾患）、ＳＣＡ６（脊髄小脳失調６型）、ＳＣＡ７（脊髄小脳失調７型）、ＳＣＡ８（脊髄小脳失調８型）および合多指症からなる群より選択される、請求項３０に記載の組み合わせ物または組成物。
【請求項３４】
前記ヌクレアーゼ系が、局所的、血管内、皮内、経真皮的、非経口的、静脈内、筋肉内、鼻腔内、皮下、領域的、経皮的、気管内、腹腔内、動脈内、膀胱内、腫瘍内、吸入的、灌流的、洗浄的、注射を通して直接的、または投与および製剤を通して経口的に投与されることを特徴とする、請求項２０に記載の組み合わせ物または請求項２１もしくは２２のいずれかに記載の組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００３４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００３４】
本発明の他の目的、特徴および利点は、以下の詳細な記載から明らかとなる。しかし、本発明の精神および範囲内の様々な変更および改変がこの詳細な記載から当業者に明らかになるので、詳細な記載および具体例は本発明の好ましい実施形態を表しているものの、例示としてだけ与えられることを理解すべきである。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
被験体において眼の組織に影響する障害を治療するための方法であって、前記被験体の眼の領域に、ゲノム標的化ヌクレアーゼと少なくとも１つの標的化ゲノム配列を含むガイドＤＮＡとを含むヌクレアーゼ系の治療的有効量を投与することを含む、方法。
（項目２）
前記ヌクレアーゼが、タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡまたは前記ヌクレアーゼをコードする核酸を含む発現ベクターとして提供される、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記ガイドＤＮＡが、ＲＮＡ分子（ｇＲＮＡ）、ＤＮＡ分子または前記ｇＲＮＡをコードする核酸を含む発現ベクターとして提供される、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記ヌクレアーゼ系がＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９である、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記ヌクレアーゼ系が遺伝子変異を不活性化または切り出す、項目１に記載の方法。
（項目６）
ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）修復系をさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記ＤＳＢ修復系が、１つまたは複数のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９開裂部位に標的化される非相同的末端連結（ＮＨＥＪ）または相同性誘導型修復（ＨＤＲ）と組み合わせてまたはそれらなしに修復鋳型を含み、前記部位は遺伝子変異を補正または編集する、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記ゲノム標的化ヌクレアーゼがＣａｓ９である、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記障害が角膜ジストロフィーまたはマイクロサテライト拡張疾患である、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記眼の領域が角膜である、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記ガイドＤＮＡが少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個の標的化ゲノム配列を含む、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記標的ゲノム配列が、配列番号１〜１７２および１７４〜３４２に示すヌクレオチド配列のいずれか１つまたはその任意の組合せから選択される、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
前記角膜ジストロフィーが、上皮基底膜ジストロフィー、上皮再発性びらんジストロフィー、上皮下粘液性角膜ジストロフィー、メースマン角膜ジストロフィー、リッシュ上皮角膜ジストロフィー、膠様滴状角膜ジストロフィー、ライス−ビュックラース角膜ジストロフィー、ティール−ベーンケ角膜ジストロフィー、格子状角膜ジストロフィー、１型（古典的）、格子状角膜ジストロフィー、２型、格子状角膜ジストロフィー、ＩＩＩ型、格子状角膜ジストロフィー、ＩＩＩＡ型、格子状角膜ジストロフィー、Ｉ／ＩＩＩＡ型、格子状角膜ジストロフィー、ＩＶ型、多形性（角膜）アミロイドーシス、顆粒状角膜ジストロフィー、１型、顆粒状角膜ジストロフィー、２型、斑状角膜変性症、シュナイダー角膜ジストロフィー、先天性間質角膜ジストロフィー、斑状角膜ジストロフィー、後部無定形角膜ジストロフィー、フランソワの中心部雲状ジストロフィー、デスメ膜前角膜ジストロフィー、フックス内皮角膜ジストロフィー、後部多形性角膜ジストロフィー、先天性遺伝性内皮ジストロフィーおよびＸ連鎖内皮角膜ジストロフィーからなる群より選択される、項目９に記載の方法。
（項目１４）
前記マイクロサテライト拡張疾患が、瞼裂縮小、下垂および逆内眼角贅皮合指症、鎖骨頭蓋骨形成不全、先天性中心性低換気症候群、ハッダード症候群ＤＭ（筋強直性ジストロフィー）、ＦＲＡＸＡ（脆弱性Ｘ症候群）、ＦＲＡＸＥ（脆弱性ＸＥ精神遅滞）、ＦＲＤＡ（フリートライヒ運動失調）、フックス内皮角膜ジストロフィー、ＦＸＴＡＳ（脆弱性Ｘ関連振戦／運動失調症候群）、手足生殖症候群、ＨＤ（ハンティングトン病）、全前脳症、成長ホルモン欠乏による精神遅滞、精神遅滞、てんかん、ウェスト症候群、パーチントン症候群、眼球咽頭筋ジストロフィー、ＳＢＭＡ（球脊髄性筋萎縮症）、ＳＣＡ１（脊髄小脳失調１型）、ＳＣＡ１２（脊髄小脳失調１２型）、ＳＣＡ１７（脊髄小脳失調１７型）、ＳＣＡ２（脊髄小脳失調２型）、ＳＣＡ３（脊髄小脳失調３型またはマチャド−ジョセフ疾患）、ＳＣＡ６（脊髄小脳失調６型）、ＳＣＡ７（脊髄小脳失調７型）、ＳＣＡ８（脊髄小脳失調８型）および合多指症からなる群より選択される、項目９に記載の方法。
（項目１５）
前記ヌクレアーゼ系が目の表面に局所投与される、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記ヌクレアーゼ系が、角膜、強膜の上か外側に、眼内、結膜下、テノン嚢下もしくは眼球後の空間に、または眼瞼内もしくはその周囲に投与される、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記ヌクレアーゼ系が移植、注射によって、またはウイルスで投与される、項目１に記載の方法。
（項目１８）
被験体において眼以外の組織に影響する障害を治療するための方法であって、前記被験体の眼以外の前記組織に、ゲノム標的化ヌクレアーゼと少なくとも１つの標的化ゲノム配列を含むガイドＤＮＡとを含むヌクレアーゼ系の治療的有効量を投与することを含む、方法。
（項目１９）
前記ヌクレアーゼが、タンパク質、ＲＮＡ、ＤＮＡまたは前記ヌクレアーゼをコードする核酸を含む発現ベクターとして提供される、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記ガイドＤＮＡが、ＲＮＡ分子（ｇＲＮＡ）、ＤＮＡ分子または前記ｇＲＮＡをコードする核酸を含む発現ベクターとして提供される、項目１８に記載の方法。
（項目２１）
前記ヌクレアーゼ系がＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９である、項目１８に記載の方法。
（項目２２）
前記ヌクレアーゼ系が遺伝子変異を不活性化または切り出す、項目１８に記載の方法。
（項目２３）
ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）修復系をさらに含む、項目１８に記載の方法。
（項目２４）
前記ＤＳＢ修復系が、１つまたは複数のＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９開裂部位に標的化される非相同的末端連結（ＮＨＥＪ）または相同性誘導型修復（ＨＤＲ）と組み合わせて修復鋳型を含み、前記部位はゲノム変異を補正または編集する、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記ゲノム標的化ヌクレアーゼがＣａｓ９である、項目１８に記載の方法。
（項目２６）
前記障害がマイクロサテライト拡張疾患である、項目１８に記載の方法。
（項目２７）
前記ガイドＤＮＡが少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個の標的化ゲノム配列を含む、項目１８に記載の方法。
（項目２８）
前記標的ゲノム配列が、配列番号１〜１７２および１７４〜３４２に示すヌクレオチド配列のいずれか１つまたはその任意の組合せから選択される、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
前記マイクロサテライト拡張疾患が、瞼裂縮小、下垂および逆内眼角贅皮合指症、鎖骨頭蓋骨形成不全、先天性中心性低換気症候群、ハッダード症候群ＤＭ（筋強直性ジストロフィー）、ＦＲＡＸＡ（脆弱性Ｘ症候群）、ＦＲＡＸＥ（脆弱性ＸＥ精神遅滞）、ＦＲＤＡ（フリートライヒ運動失調）、フックス内皮角膜ジストロフィー、ＦＸＴＡＳ（脆弱性Ｘ関連振戦／運動失調症候群）、手足生殖症候群、ＨＤ（ハンティングトン病）、全前脳症、成長ホルモン欠乏による精神遅滞、精神遅滞、てんかん、ウェスト症候群、パーチントン症候群、眼球咽頭筋ジストロフィー、ＳＢＭＡ（球脊髄性筋萎縮症）、ＳＣＡ１（脊髄小脳失調１型）、ＳＣＡ１２（脊髄小脳失調１２型）、ＳＣＡ１７（脊髄小脳失調１７型）、ＳＣＡ２（脊髄小脳失調２型）、ＳＣＡ３（脊髄小脳失調３型またはマチャド−ジョセフ疾患）、ＳＣＡ６（脊髄小脳失調６型）、ＳＣＡ７（脊髄小脳失調７型）、ＳＣＡ８（脊髄小脳失調８型）および合多指症からなる群より選択される、項目２６に記載の方法。
（項目３０）
前記ヌクレアーゼ系が、局所的、血管内、皮内、経真皮的、非経口的、静脈内、筋肉内、鼻腔内、皮下、領域的、経皮的、気管内、腹腔内、動脈内、膀胱内、腫瘍内、吸入的、灌流的、洗浄的、注射を通して直接的、または投与および製剤を通して経口的に投与される、項目１８に記載の方法。