【手続補正書】
【提出日】平成31年4月5日(2019.4.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
バイオフィルムを作製する方法であって、
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする核酸配列を含む細菌細胞を増殖させるステップであって、前記融合物を発現し、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが付着したバイオフィルムを形成する細菌細胞の集団を産生するステップを含み、
前記リンカーが、ＣｓｇＡタンパク質のＣ末端またはＮ末端のいずれかに付着した７つまたはそれ超のアミノ酸を含むポリペプチドである、方法。
【請求項２】
前記核酸配列を前記細菌細胞に導入する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記細菌細胞がＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記細菌細胞が、ｃｓｇＡ遺伝子のゲノム欠失を含み；
前記細菌細胞が、ゲノムｃｓｇＡ遺伝子の発現を欠失しており、必要に応じて前記ゲノムｃｓｇＡ遺伝子の発現を欠く前記細菌細胞が、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）、ＭＧ１６５５、ＬＳＲ１０またはＰＨＬ６２８である；
前記細菌細胞が、ゲノムＣｓｇＡタンパク質をコードする核酸（単数または複数）が除去されるように遺伝子改変されている；
前記細菌細胞が、ゲノムＣｓｇＡタンパク質が除去されるように遺伝子改変されている；または
前記細菌細胞が、ゲノムｃｓｇＡ遺伝子に関してノックアウトである、
請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記リンカーが、
７アミノ酸〜２５０アミノ酸である；
柔軟なリンカーまたは剛性リンカーである；
親水性または疎水性である；
反復アミノ酸サブユニットを含み、必要に応じて前記リンカーが、３つまたはそれ超の反復アミノ酸サブユニットを含む；
［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含み、必要に応じて前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、３、６、または１２である整数である）（配列番号５〜７）を含む；
［Ｐ］ｎ（式中、ｎは、７から３０までの整数である）（配列番号１３）を含み、必要に応じて前記リンカーが、［Ｐ］ｎ（式中、ｎは、１２または２４である整数である）（配列番号８〜９）を含む；
［ＥＡＡＡＫ］ｎ（式中、ｎは、２から１５までの整数である）（配列番号１５）を含み、必要に応じて前記リンカーが、［ＥＡＡＡＫ］ｎ（式中、ｎは、３または９である整数である）（配列番号１０〜１１）を含む；
グリシン、セリン、アラニンまたはロイシンのうちの１つまたは複数を含む；かつ／または
切断可能であり、必要に応じて前記リンカーが、酵素により切断可能である、
請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、放出可能である、または、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、治療用ポリペプチド、診断用ポリペプチド、組織結合性ポリペプチド、細胞結合性ポリペプチド、抗菌性ポリペプチド、抗がん性ポリペプチド、抗炎症性ポリペプチド、ポリマー結合性ポリペプチド、代謝産物結合性ポリペプチド、標的化ポリペプチドまたは分子の結合対の第１の対であるポリペプチドである、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記細菌細胞がＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）であり、前記リンカーが［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、３、６、または１２である整数である）（配列番号５〜７）である、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の天然に存在しない融合物であって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、融合物。
【請求項９】
請求項８に記載の融合物をコードする核酸配列。
【請求項１０】
請求項９に記載の核酸配列を含むベクター。
【請求項１１】
請求項９に記載の核酸配列を含む細菌細胞。
【請求項１２】
請求項８に記載の融合物を発現する細菌細胞。
【請求項１３】
請求項１１に記載の細菌細胞を含むバイオフィルム。
【請求項１４】
細菌細胞を生物内の組織に送達するための医薬組成物であって、
請求項１１に記載の細菌細胞を有効成分として含み、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、組織結合性ポリペプチドである、医薬組成物。
【請求項１５】
前記細菌細胞が増殖し、前記組織に付着するバイオフィルムを産生することができる、請求項１４に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
前記生物内の組織が、胃腸管上皮組織、パイエル板、感染部位、上皮の損傷を受けた領域、腫瘍組織、炎症部位、結腸癌細胞、腸粘膜またはＭ細胞である、請求項１４に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
胃腸管の炎症を有する生物を処置するための医薬組成物であって、
請求項１１に記載の細菌細胞を含み、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、組織結合性ポリペプチドであり、前記細菌細胞が、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞であり、
前記細菌細胞が、胃腸管の組織に前記組織結合性ポリペプチドによって付着することができ、それにより、前記細菌細胞が前記組織に、炎症を軽減する様式で局在化する、医薬組成物。
【請求項１８】
前記炎症が、炎症性腸疾患、クローン病または潰瘍性大腸炎に由来する、請求項１７に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
胃腸管の炎症を有する生物を処置するための医薬組成物であって、
請求項１１に記載の細菌細胞を含み、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、抗炎症性ポリペプチドであり、前記細菌細胞が、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞であり、
前記細菌細胞が前記胃腸管内で増殖し、産生することができ、前記抗炎症性ポリペプチドを含むバイオフィルムを、炎症を軽減する様式で形成することができる、医薬組成物。
【請求項２０】
前記炎症が、炎症性腸疾患またはクローン病に由来する、請求項１９に記載の医薬組成物。
【請求項２１】
胃腸管のがんを有する生物を処置するための医薬組成物であって、
請求項１１に記載の細菌細胞を含み、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、抗がんポリペプチドであり、前記細菌細胞が、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞であり、
前記細菌細胞が胃腸管内で増殖し、産生することができ、抗がんポリペプチドを含むバイオフィルムを、がんの増殖を低減する様式で形成することができる、医薬組成物。
【請求項２２】
胃腸管内に微生物病原体を有する生物を処置するための医薬組成物であって、
請求項１１に記載の細菌細胞を含み、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、抗微生物性ポリペプチドであり、前記細菌細胞が、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞であり、
前記細菌細胞が胃腸管内で増殖し、産生することができ、前記抗微生物性ポリペプチドを含むバイオフィルムを、前記微生物病原体の増殖を低減する様式で形成することができる、医薬組成物。
【請求項２３】
診断用ポリペプチドを生物の胃腸管に送達するための医薬組成物であって、
請求項１１に記載の細菌細胞を含み、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、診断用ポリペプチドであり、前記細菌細胞が、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞であり、
前記細菌細胞が胃腸管内で増殖し、産生することができ、前記診断用ポリペプチドを含むバイオフィルムを形成することができる、医薬組成物。
【請求項２４】
生物の胃腸管内の標的を結合捕捉するための医薬組成物であって、
請求項１１に記載の細菌細胞を含み、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、捕捉剤ポリペプチドであり、前記細菌細胞が、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞であり、
前記細菌細胞が胃腸管内で増殖し、産生することができ、前記捕捉剤ポリペプチドを含むバイオフィルムを形成することができ、
前記捕捉標的が前記捕捉剤ポリペプチドに結合する、医薬組成物。
【請求項２５】
機能性薬剤を生物の胃腸管に送達するための医薬組成物であって、
請求項１１に記載の細菌細胞を含み、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、分子の結合対の第１のメンバーであるポリペプチドであり、前記細菌細胞が、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞であり、
前記細菌細胞が胃腸管内で増殖し、産生することができ、分子の結合対の第１のメンバーを含むバイオフィルムを形成することができ、
前記組成物が、機能性薬剤が付着した、前記分子の結合対の第２のメンバーをさらに含み、
前記分子の結合対の第１のメンバーおよび第２のメンバーが互いと結合し、それにより、前記機能性薬剤が前記バイオフィルムに付着することができる、医薬組成物。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
本特許または出願のファイルは、カラーで製作された少なくとも１つの図面を含有する。カラーの図面（単数または複数）を伴う本特許または特許出願公開のコピーは、要請し、必要な料金を支払えば、特許庁により提供される。本実施形態の前述および他の特徴および利点は、以下の例示的な実施形態の詳細な説明を付属の図面と併せて利用して、より詳細に理解される。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
バイオフィルムを作製する方法であって、
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする核酸配列を含む細菌細胞を増殖させるステップであって、前記融合物を発現し、前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが付着したバイオフィルムを形成する細菌細胞の集団を産生するステップを含み、
前記リンカーが、ＣｓｇＡタンパク質のＣ末端またはＮ末端のいずれかに付着した７つまたはそれ超のアミノ酸を含むポリペプチドである、方法。
（項目２）
前記核酸配列を前記細菌細胞に導入する、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記細菌細胞がＥ．ｃｏｌｉである、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記細菌細胞が非病原性細菌である、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記細菌細胞が、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）、ＭＧ１６５５、ＬＳＲ１０またはＰＨＬ６２８である、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記細菌細胞が、ＣｓｇＡ遺伝子のゲノム欠失を含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記細菌細胞が、前記ＣｓｇＡタンパク質をコードする核酸（単数または複数）が除去されるように遺伝子改変されている、項目１に記載の方法。
（項目８）
前記細菌細胞が、前記ＣｓｇＡタンパク質が除去されるように遺伝子改変されている、項目１に記載の方法。
（項目９）
細菌細胞が、天然のＣｓｇＡ遺伝子の発現を欠き、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）、ＭＧ１６５５、ＬＳＲ１０またはＰＨＬ６２８である、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記天然のＣｓｇＡ遺伝子の発現を欠く細菌細胞が、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）、ＭＧ１６５５、ＬＳＲ１０またはＰＨＬ６２８である、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記細菌細胞が、前記ＣｓｇＡ遺伝子に関してノックアウトである、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記リンカーが、７アミノ酸〜２５０アミノ酸である、項目１に記載の方法。
（項目１３）
前記リンカーが、柔軟なリンカーまたは剛性リンカーである、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記リンカーが、親水性または疎水性である、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記リンカーが、反復アミノ酸サブユニットを含む、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記リンカーが、２つまたはそれ超の反復アミノ酸サブユニットを含む、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記リンカーが、３つまたはそれ超の反復アミノ酸サブユニットを含む、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、３、６、または１２である整数である）（配列番号５〜７）を含む、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記リンカーが、［Ｐ］ｎ（式中、ｎは、１から３０までの整数である）（配列番号１３）を含む、項目１に記載の方法。
（項目２１）
前記リンカーが、［Ｐ］ｎ（式中、ｎは、１２または２４である整数である）（配列番号８〜９）を含む、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記リンカーが、［ＥＡＡＡＫ］ｎ（式中、ｎは、１から１５までの整数である）（配列番号１５）を含む、項目１に記載の方法。
（項目２３）
前記リンカーが、［ＥＡＡＡＫ］ｎ（式中、ｎは、３または９である整数である）（配列番号１０〜１１）を含む、項目１に記載の方法。
（項目２４）
前記リンカーが、グリシン、セリン、アラニンまたはロイシンのうちの１つまたは複数を含む、項目１に記載の方法。
（項目２５）
前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）、［Ｐ］ｎ（式中、ｎは、１から３０までの整数である）（配列番号１３）または［ＥＡＡＡＫ］ｎ（式中、ｎは、１から１５までの整数である）（配列番号１５）のうちの１つまたは複数を含む、項目１に記載の方法。
（項目２６）
前記リンカーが、切断可能である、項目１に記載の方法。
（項目２７）
前記リンカーが、酵素により切断可能である、項目１に記載の方法。
（項目２８）
前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、放出可能である、項目１に記載の方法。
（項目２９）
前記リンカーが、
【化３】
2018517398.tif 000001
である、項目１に記載の方法。
（項目３０）
前記ネイティブでない機能性ポリペプチドが、治療用ポリペプチド、診断用ポリペプチド、組織結合性ポリペプチド、細胞結合性ポリペプチド、抗菌性ポリペプチド、抗がん性ポリペプチド、抗炎症性ポリペプチド、ポリマー結合性ポリペプチド、代謝産物結合性ポリペプチド、標的化ポリペプチドまたは分子の結合対の第１の対であるポリペプチドである、項目１に記載の方法。
（項目３１）
前記細菌細胞がＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）であり、前記リンカーが［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、３、６、または１２である整数である）（配列番号５〜７）である、項目１に記載の方法。
（項目３２）
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の天然に存在しない融合物であって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、融合物。
（項目３３）
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする核酸配列であって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、核酸配列。
（項目３４）
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする核酸配列を含むベクターであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ベクター。
（項目３５）
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を含む細菌細胞であって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、細菌細胞。
（項目３６）
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする核酸配列を含むベクターを含む細菌細胞であって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、細菌細胞。
（項目３７）
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現する細菌細胞であって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、細菌細胞。
（項目３８）
ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現する細菌細胞を含むバイオフィルムであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含、バイオフィルム。
（項目３９）
細菌細胞を生物内の組織に送達する方法であって、
前記生物に、組織結合性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現する細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記細菌細胞が、前記組織に前記組織結合性ポリペプチドによって付着し、それにより、前記細菌細胞が前記組織に局在化する、方法。
（項目４０）
前記細菌細胞が増殖し、前記組織に付着する、細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが形成される、項目３９に記載の方法。
（項目４１）
前記細菌細胞がＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）である、項目３９に記載の方法。
（項目４２）
前記組織結合性ポリペプチドが、ＣＰ１５、Ｐ８、Ａ１、Ｔ１８、ＴＴＦ１、ＴＴＦ２またはＴＴＦ３である、項目３９に記載の方法。
（項目４３）
前記生物内の組織が、胃腸管上皮組織である、項目３９に記載の方法。
（項目４４）
前記生物内の組織が、パイエル板である、項目３９に記載の方法。
（項目４５）
前記生物内の組織が、感染部位である、項目３９に記載の方法。
（項目４６）
前記生物内の組織が、上皮の損傷を受けた領域である、項目３９に記載の方法。
（項目４７）
前記生物内の組織が、腫瘍組織である、項目３９に記載の方法。
（項目４８）
前記生物内の組織が、炎症部位である、項目３９に記載の方法。
（項目４９）
前記生物内の組織が、結腸癌細胞を含む、項目３９に記載の方法。
（項目５０）
前記生物内の組織が、腸粘膜である、項目３９に記載の方法。
（項目５１）
前記生物内の組織が、Ｍ細胞を含む、項目３９に記載の方法。
（項目５２）
胃腸管の炎症を有する生物を処置する方法であって、
前記生物に、組織結合性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞が、胃腸管の組織に前記組織結合性ポリペプチドによって付着し、それにより、前記Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞が前記組織に、炎症を軽減する様式で局在化する、方法。
（項目５３）
前記Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞が増殖し、前記組織に付着した、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが形成される、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記組織結合性ポリペプチドが、ＣＰ１５、Ｐ８、Ａ１、Ｔ１８、ＴＴＦ１、ＴＴＦ２またはＴＴＦ３である、項目５２に記載の方法。
（項目５５）
前記炎症が、炎症性腸疾患に由来する、項目５２に記載の方法。
（項目５６）
前記炎症が、クローン病または潰瘍性大腸炎に由来する、項目５２に記載の方法。
（項目５７）
胃腸管の炎症を有する生物を処置する方法であって、
前記生物に、抗炎症性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞が前記胃腸管内で増殖し、前記抗炎症性ポリペプチドを含む、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが、炎症を軽減する様式で形成される、方法。
（項目５８）
前記抗炎症性ポリペプチドが、ＴＴＦ１、ＴＴＦ２またはＴＴＦ３である、項目５７に記載の方法。
（項目５９）
前記炎症が、炎症性腸疾患またはクローン病に由来する、項目５７に記載の方法。
（項目６０）
前記抗炎症性ポリペプチドが放出される、項目５７に記載の方法。
（項目６１）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗炎症性ポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目５７に記載の方法。
（項目６２）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗炎症性ポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目５７に記載の方法。
（項目６３）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗炎症性ポリペプチドが、炎症の結果として産生されるプロテアーゼによる前記リンカーの切断によって放出される、項目５７に記載の方法。
（項目６４）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗炎症性ポリペプチドが、ＭＭＰプロテアーゼによる前記リンカーの切断によって放出される、項目５７に記載の方法。
（項目６５）
胃腸管のがんを有する生物を処置する方法であって、
前記生物に、抗がんポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞が胃腸管内で増殖し、抗がんポリペプチドを含む、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが、がんの増殖を低減する様式で形成される、方法。
（項目６６）
前記抗がんポリペプチドが、成長阻害性の生物学的製剤である、項目６５に記載の方法。
（項目６７）
前記抗がんポリペプチドが放出される、項目６５に記載の方法。
（項目６８）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗がんポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目６５に記載の方法。
（項目６９）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗がんポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目６５に記載の方法。
（項目７０）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗がんポリペプチドが、胃腸管内の酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目６５に記載の方法。
（項目７１）
胃腸管内に微生物病原体を有する生物を処置する方法であって、
前記生物に、抗微生物性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞が胃腸管内で増殖し、前記抗微生物性ポリペプチドを含む、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが、前記微生物病原体の増殖を低減する様式で形成される、方法。
（項目７２）
前記微生物病原体がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである、項目７１に記載の方法。
（項目７３）
前記抗微生物性ポリペプチドが、コプリシン、ツリシンＣＤ、ランチビオティクス（lanibiotic）、ナイシン、アクタガルジン（ａｃｔａｇａｒｄｉｎｅ）、カテリシジンまたはＬＬ−３７である、項目７１に記載の方法。
（項目７４）
前記抗微生物性ポリペプチドが放出される、項目７１に記載の方法。
（項目７５）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目７１に記載の方法。
（項目７６）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目７１に記載の方法。
（項目７７）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、胃腸管内の酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目７１に記載の方法。
（項目７８）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、胃腸管内のプロテアーゼＣＤ２８３０による前記リンカーの切断によって放出される、項目７１に記載の方法。
（項目７９）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、微生物病原体に曝露すると放出される、項目７１に記載の方法。
（項目８０）
診断用ポリペプチドを生物の胃腸管に送達する方法であって、
前記生物に、診断用ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞が胃腸管内で増殖し、前記診断用ポリペプチドを含む、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが形成される、方法。
（項目８１）
前記診断用ポリペプチドを検出する、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記診断用ポリペプチドが、造影剤または色素をさらに含む、項目８０に記載の方法。
（項目８３）
前記診断用ポリペプチドが放出される、項目８０に記載の方法。
（項目８４）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記診断用ポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目８０に記載の方法。
（項目８５）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記診断用ポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目８０に記載の方法。
（項目８６）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記診断用ポリペプチドが、胃腸管内の酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目８０に記載の方法。
（項目８７）
生物の胃腸管内の標的を結合捕捉する方法であって、
前記生物に、捕捉剤ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞が胃腸管内で増殖し、前記捕捉剤ポリペプチドを含む、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが形成され、
前記捕捉標的が前記捕捉剤ポリペプチドに結合する、方法。
（項目８８）
結合した捕捉標的を含むバイオフィルムが前記生物から排出される、項目８７に記載の方法。
（項目８９）
結合した捕捉標的を含むバイオフィルムが組織から除去され、前記生物から排出される、項目８７に記載の方法。
（項目９０）
結合した捕捉標的を含むバイオフィルムが天然のプロセスによって組織から除去され、前記生物から排出される、項目８７に記載の方法。
（項目９１）
前記捕捉剤ポリペプチドが放出される、項目８７に記載の方法。
（項目９２）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記捕捉剤ポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目８７に記載の方法。
（項目９３）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記捕捉剤ポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目８７に記載の方法。
（項目９４）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記捕捉剤ポリペプチドが、胃腸管内の酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目８７に記載の方法。
（項目９５）
機能性薬剤を生物の胃腸管に送達する方法であって、
前記生物に、分子の結合対の第１のメンバーであるポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＮｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップであって、
前記Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞が胃腸管内で増殖し、分子の結合対の第１のメンバーを含む、Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが形成される、ステップと、
機能性薬剤が付着した、前記分子の結合対の第２のメンバーを胃腸管に導入するステップと、を含み、
前記分子の結合対の第１のメンバーおよび第２のメンバーが互いと結合し、それにより、前記機能性薬剤が前記バイオフィルムに付着する、方法。
（項目９６）
ＣｓｇＡタンパク質をコードするネイティブな配列を欠くように遺伝子改変された細菌細胞。
（項目９７）
Ｅ．ｃｏｌｉである、項目９６に記載の細菌。
（項目９８）
Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７株（ＥｃＮ）である、項目９６に記載の細菌。
（項目９９）
ＣｓｇＡタンパク質をコードするネイティブな配列を欠くように遺伝子改変されており、ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を含む細菌細胞であって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、細菌細胞。
（項目１００）
ＣｓｇＡタンパク質をコードするネイティブな配列を欠くように遺伝子改変されており、ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする核酸配列を含むベクターを含む細菌細胞であって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、細菌細胞。
（項目１０１）
ＣｓｇＡタンパク質をコードするネイティブな配列を欠くように遺伝子改変されており、ネイティブでない機能性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質融合物をコードする外来核酸配列を発現する細菌細胞であって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、細菌細胞。
（項目１０２）
胃腸管の炎症を有する生物を処置する方法であって、
前記生物に、組織結合性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＥ．ｃｏｌｉ細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞が、胃腸管の組織に前記組織結合性ポリペプチドによって付着し、それにより、前記Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞が前記組織に、炎症を軽減する様式で局在化する、方法。
（項目１０３）
前記Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞が増殖し、前記組織に付着した、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが形成される、項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
前記組織結合性ポリペプチドが、ＣＰ１５、Ｐ８、Ａ１、Ｔ１８、ＴＴＦ１、ＴＴＦ２またはＴＴＦ３である、項目１０２に記載の方法。
（項目１０５）
前記炎症が、炎症性腸疾患に由来する、項目１０２に記載の方法。
（項目１０６）
前記炎症が、クローン病または潰瘍性大腸炎に由来する、項目１０２に記載の方法。
（項目１０７）
胃腸管の炎症を有する生物を処置する方法であって、
前記生物に、抗炎症性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＥ．ｃｏｌｉ細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞が前記胃腸管内で増殖し、前記抗炎症性ポリペプチドを含む、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが、炎症を軽減する様式で形成される、方法。
（項目１０８）
前記抗炎症性ポリペプチドが、ＴＴＦ１、ＴＴＦ２またはＴＴＦ３である、項目１０７に記載の方法。
（項目１０９）
前記炎症が、炎症性腸疾患またはクローン病に由来する、項目１０７に記載の方法。
（項目１１０）
前記抗炎症性ポリペプチドが放出される、項目１０７に記載の方法。
（項目１１１）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗炎症性ポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目１０７に記載の方法。
（項目１１２）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗炎症性ポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目１０７に記載の方法。
（項目１１３）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗炎症性ポリペプチドが、炎症の結果として産生されるプロテアーゼによる前記リンカーの切断によって放出される、項目１０７に記載の方法。
（項目１１４）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗炎症性ポリペプチドが、ＭＭＰプロテアーゼによる前記リンカーの切断によって放出される、項目１０７に記載の方法。
（項目１１５）
胃腸管のがんを有する生物を処置する方法であって、
前記生物に、抗がんポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＥ．ｃｏｌｉ細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞が胃腸管内で増殖し、抗がんポリペプチドを含む、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが、がんの増殖を低減する様式で形成される、方法。
（項目１１６）
前記抗がんポリペプチドが、成長阻害性の生物学的製剤である、項目１１５に記載の方法。
（項目１１７）
前記抗がんポリペプチドが放出される、項目１１５に記載の方法。
（項目１１８）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗がんポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目１１５に記載の方法。
（項目１１９）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗がんポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目１１５に記載の方法。
（項目１２０）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗がんポリペプチドが、胃腸管内の酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目１１５に記載の方法。
（項目１２１）
胃腸管内に微生物病原体を有する生物を処置する方法であって、
前記生物に、抗微生物性ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＥ．ｃｏｌｉ細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞が胃腸管内で増殖し、前記抗微生物性ポリペプチドを含む、
Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが前記微生物病原体の増殖を低減する様式で形成される、方法。
（項目１２２）
前記微生物病原体がＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅである、項目１２１に記載の方法。
（項目１２３）
前記抗微生物性ポリペプチドが、コプリシン、ツリシンＣＤ、ランチビオティクス、ナイシン、アクタガルジン、カテリシジンまたはＬＬ−３７である、項目１２１に記載の方法。
（項目１２４）
前記抗微生物性ポリペプチドが放出される、項目１２１に記載の方法。
（項目１２５）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目１２１に記載の方法。
（項目１２６）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目１２１に記載の方法。
（項目１２７）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、胃腸管内の酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目１２１に記載の方法。
（項目１２８）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、胃腸管内のプロテアーゼＣＤ２８３０による前記リンカーの切断によって放出される、項目１２１に記載の方法。
（項目１２９）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記抗微生物性ポリペプチドが、微生物病原体に曝露すると放出される、項目１２１に記載の方法。
（項目１３０）
診断用ポリペプチドを生物の胃腸管に送達する方法であって、
前記生物に、診断用ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＥ．ｃｏｌｉ細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞が胃腸管内で増殖し、前記診断用ポリペプチドを含む、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが形成される、方法。
（項目１３１）
前記診断用ポリペプチドを検出する、項目１３０に記載の方法。
（項目１３２）
前記診断用ポリペプチドが、造影剤または色素をさらに含む、項目１３０に記載の方法。
（項目１３３）
前記診断用ポリペプチドが放出される、項目１３０に記載の方法。
（項目１３４）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記診断用ポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目１３０に記載の方法。
（項目１３５）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記診断用ポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目１３０に記載の方法。
（項目１３６）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記診断用ポリペプチドが、胃腸管内の酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目１３０に記載の方法。
（項目１３７）
生物の胃腸管内の標的を結合捕捉する方法であって、
前記生物に、捕捉剤ポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＥ．ｃｏｌｉ細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップを含み、
前記Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞が胃腸管内で増殖し、前記捕捉剤ポリペプチドを含む、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが形成され、
前記捕捉標的が前記捕捉剤ポリペプチドに結合する、方法。
（項目１３８）
結合した捕捉標的を含むバイオフィルムが前記生物から排出される、項目１３７に記載の方法。
（項目１３９）
結合した捕捉標的を含むバイオフィルムが組織から除去され、前記生物から排出される、項目１３７に記載の方法。
（項目１４０）
結合した捕捉標的を含むバイオフィルムが天然のプロセスによって組織から除去され、そして前記生物から排出される、項目１３７に記載の方法。
（項目１４１）
前記捕捉剤ポリペプチドが放出される、項目１３７に記載の方法。
（項目１４２）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記捕捉剤ポリペプチドが、前記リンカーの切断によって放出される、項目１３７に記載の方法。
（項目１４３）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記捕捉剤ポリペプチドが、酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目１３７に記載の方法。
（項目１４４）
前記リンカーが、切断可能なリンカーであり、前記捕捉剤ポリペプチドが、胃腸管内の酵素による前記リンカーの切断によって放出される、項目１３７に記載の方法。
（項目１４５）
機能性薬剤を生物の胃腸管に送達する方法であって、
前記生物に、分子の結合対の第１のメンバーであるポリペプチドにリンカーによって連結されたＣｓｇＡタンパク質の融合物をコードする外来核酸配列を発現するＥ．ｃｏｌｉ細菌細胞を導入するステップであって、前記リンカーが、［ＧＧＧＳ］ｎ（式中、ｎは、２から２０までの整数である）（配列番号１２）を含む、ステップであって、
前記Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞が胃腸管内で増殖し、分子の結合対の第１のメンバーを含む、Ｅ．ｃｏｌｉ細菌細胞の集団を含むバイオフィルムが形成される、ステップと、
機能性薬剤が付着した、前記分子の結合対の第２のメンバーを胃腸管に導入するステップと、を含み、
前記分子の結合対の第１のメンバーと第２のメンバーが互いと結合し、それにより、前記機能性薬剤が前記バイオフィルムに付着する、方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７６】
以下の表１に記載の通り、ＣｓｇＡとＦＬＡＧドメインとを接続するリンカーとして６種の異なるドメインをデザインした。
【表１】
2018517398.tif 000002