【手続補正書】
【提出日】令和1年8月29日(2019.8.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
イディオタイプ特異的モノクローナル抗体又はその断片を含む、白血病又はリンパ腫を有する対象を治療するための医薬組成物であって、前記イディオタイプ特異的モノクローナル抗体は、
ａ．白血病又はリンパ腫を有する対象由来の生物学的試料を得るステップと、ここで、前記生物学的試料は、悪性リンパ球を含む、
ｂ．ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ１−２、ＩＧＨＶ４−３９、ＩＧＨＶ３−３０、ＩＧＨＶ４−３４、ＩＧＨＶ３−１１、ＩＧＨＶ３−４８、ＩＧＨＶ１−３、ＩＧＨＶ３−２１、ＩＧＨＶ３−２３、ＩＧＨＶ１−１８、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ３−３３、ＩＧＨＶ３−７、ＩＧＨＶ３−９、ＩＧＨＶ４−５９、ＩＧＨＶ１−２４、ＩＧＨＶ２−５、ＩＧＨＶ２−７０、ＩＧＨＶ３−１５、ＩＧＨＶ３−３０−３、ＩＧＨＶ３−７４、ＩＧＨＶ５−１０−１、ＩＧＨＶ５−５１、ＩＧＨＶ３−４８、ＩＧＨＶ１−４５、ＩＧＨＶ１−８、ＩＧＨＶ２−２６、ＩＧＨＶ３−２０、ＩＧＨＶ３−４９、ＩＧＨＶ３−５３、ＩＧＨＶ３−７２、ＩＧＨＶ３−７３、ＩＧＨＶ４−３１、ＩＧＨＶ４−３８−２及びＩＧＨＶ７−４からなる群から選択されるクローン系統特異的マーカータンパク質（ＣＬＳＭＰ）を含む複数のリンパ球に対して前記生物学的試料を濃縮するステップと、ここで、前記ＣＬＳＭＰは、Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）イディオタイプを含む、
ｃ．前記濃縮された複数のリンパ球から調製される複数のアンプリコンを配列決定し、それにより第１の配列分析を生じさせるステップと、
ｄ．コンピューターを用いて、前記第１の配列分析と基準を比較するステップと、
ｅ．比較に基づいて、前記対象における白血病又はリンパ腫の治療のためのイディオタイプ特異的モノクローナル抗体又はその断片を選択するステップと
により作成される、医薬組成物。
【請求項２】
白血病又はリンパ腫が、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＢＬＢＣＬ）及び濾胞性リンパ腫（ＦＬ）からなる群から選択される、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
配列決定が、
ａ．濃縮された複数のリンパ球において発現されたＣＬＳＭＰに対応する複数のＲＮＡ分子について逆転写を行い、それにより複数のｃＤＮＡ分子を生成するステップと、
ｂ．前記複数のｃＤＮＡ分子を増幅し、それにより複数のアンプリコンを生成するステップと、
ｃ．複数のアンプリコンを配列決定し、それにより複数の配列読み取りを生成するステップと
を含む、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
配列決定後、類似性によって複数の配列読み取りをクラスタリングして、一連のクラスター代表配列を生成させるステップがさらに行われる、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項５】
クラスタリングの後、
ａ．基準に対して、一連のクラスター代表配列を整列させるステップと、
ｂ．存在量によって一連のクラスター代表配列をランク付けするステップと、
ｃ．濃縮された複数のリンパ球において発現されたＣＬＳＭＰを選択するステップと
がさらに行われる、請求項４に記載の医薬組成物。
【請求項６】
基準が、対象由来の基準生物学的試料から調製された第２の複数の核酸分子を配列決定することによって生成された第２の配列分析に対応し、前記基準生物学的試料が、第２の複数の細胞を含み、前記基準生物学的試料が、ＣＬＳＭＰを含む複数の細胞について濃縮されていない、請求項４に記載の医薬組成物。
【請求項７】
イディオタイプ特異的モノクローナル抗体又はその断片を選択するステップが、濃縮された複数の細胞において発現された、存在量が多いＣＬＳＭＰに基づく、請求項５に記載の医薬組成物。
【請求項８】
イディオタイプ特異的モノクローナル抗体又はその断片が、一本鎖可変断片（ｓｃＦＶ）ドメインを含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項９】
一本鎖可変断片（ｓｃＦＶ）ドメインが、複数のｓｃＦｖドメインを含む複合ライブラリーから選択される、請求項８に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
複合ライブラリーが、ファージミドディスプレイライブラリーを含む、請求項９に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
複合ライブラリーが、複数のｓｃＦｖドメインを含むｓｃＦｖライブラリーを含む、請求項９に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
ＣＬＳＭＰが、遺伝子クラスから選択される遺伝子に少なくとも部分的に由来し、前記遺伝子クラスは、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ１、ＩＧＨＶ２、ＩＧＨＶ３、ＩＧＨＶ４、ＩＧＨＶ５、ＩＧＨＶ６及びＩＧＨＶ７遺伝子からなる群から選択される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
ＣＬＳＭＰは、ＩＧＨＶ１−６９遺伝子、又はその遺伝子断片に少なくとも部分的に由来する、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
ＢＣＲイディオタイプが、ＩＧＬＶ遺伝子産物又はＩＧＫＶ遺伝子産物の少なくとも一方に関連するＩＧＨＶ遺伝子産物を含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
ＣＬＳＭＰが、腫瘍ネオエピトープ、腫瘍特異的抗原、腫瘍関連抗原又は系統特異的タンパク質変化を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
ＣＬＳＭＰが、一又は複数の細胞上に位置する、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
抗がん療法又は放射線療法と組み合わせて、対象に投与される、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１８】
白血病又はリンパ腫が、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）であり、ＣＬＳＭＰが、ＩＧＨＶ１−６９に少なくとも部分的に由来する、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
イディオタイプ特異的モノクローナル抗体を作成する方法であって、
ａ．クローン系統特異的マーカータンパク質（ＣＬＳＭＰ）を含む複数のリンパ球に対して、白血病又はリンパ腫を有する対象から得られた生物学的試料を濃縮するステップと、ここで、前記生物学的試料は、悪性リンパ球を含み、前記ＣＬＳＭＰは、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ１−２、ＩＧＨＶ４−３９、ＩＧＨＶ３−３０、ＩＧＨＶ４−３４、ＩＧＨＶ３−１１、ＩＧＨＶ３−４８、ＩＧＨＶ１−３、ＩＧＨＶ３−２１、ＩＧＨＶ３−２３、ＩＧＨＶ１−１８、ＩＧＨＶ１−４６、ＩＧＨＶ３−３３、ＩＧＨＶ３−７、ＩＧＨＶ３−９、ＩＧＨＶ４−５９、ＩＧＨＶ１−２４、ＩＧＨＶ２−５、ＩＧＨＶ２−７０、ＩＧＨＶ３−１５、ＩＧＨＶ３−３０−３、ＩＧＨＶ３−７４、ＩＧＨＶ５−１０−１、ＩＧＨＶ５−５１、ＩＧＨＶ３−４８、ＩＧＨＶ１−４５、ＩＧＨＶ１−８、ＩＧＨＶ２−２６、ＩＧＨＶ３−２０、ＩＧＨＶ３−４９、ＩＧＨＶ３−５３、ＩＧＨＶ３−７２、ＩＧＨＶ３−７３、ＩＧＨＶ４−３１、ＩＧＨＶ４−３８−２及びＩＧＨＶ７−４からなる群から選択され、前記ＣＬＳＭＰは、Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）イディオタイプを含む、
ｂ．前記濃縮された複数のリンパ球から調製される複数のアンプリコンを配列決定し、それにより第１の配列分析を生じさせるステップと、
ｃ．コンピューターを用いて、前記第１の配列分析と基準を比較するステップと、
ｄ．比較に基づいて、前記対象における白血病又はリンパ腫の治療のためのイディオタイプ特異的モノクローナル抗体又はその断片を選択するステップと
を含む、方法。
【請求項２０】
白血病又はリンパ腫が、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、びまん性大Ｂ細胞リンパ腫（ＢＬＢＣＬ）及び濾胞性リンパ腫（ＦＬ）からなる群から選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
配列決定が、
ａ．濃縮された複数のリンパ球において発現されたＣＬＳＭＰに対応する複数のＲＮＡ分子について逆転写を行い、それにより複数のｃＤＮＡ分子を生成するステップと、
ｂ．前記複数のｃＤＮＡ分子を増幅し、それにより複数のアンプリコンを生成するステップと、
ｃ．複数のアンプリコンを配列決定し、それにより複数の配列読み取りを生成するステップと
を含む、請求項１９又は２０に記載の方法。
【請求項２２】
類似性によって複数の配列読み取りをクラスタリングして、一連のクラスター代表配列を生成させるステップをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
クラスタリングの後、
ａ．基準に対して、一連のクラスター代表配列を整列させるステップと、
ｂ．存在量によって一連のクラスター代表配列をランク付けするステップと、
ｃ．濃縮された複数のリンパ球において発現されたＣＬＳＭＰを選択するステップと
をさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
基準が、対象由来の基準生物学的試料から調製された第２の複数の核酸分子を配列決定することによって生成された第２の配列分析に対応し、前記基準生物学的試料が、第２の複数の細胞を含み、前記基準生物学的試料が、ＣＬＳＭＰを含む複数の細胞について濃縮されていない、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
イディオタイプ特異的モノクローナル抗体又はその断片を選択するステップが、濃縮された複数の細胞において発現された、存在量が多いＣＬＳＭＰに基づく、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
イディオタイプ特異的モノクローナル抗体又はその断片が、一本鎖可変断片（ｓｃＦＶ）ドメインを含む、請求項１９〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
一本鎖可変断片（ｓｃＦＶ）ドメインが、複数のｓｃＦｖドメインを含む複合ライブラリーから選択される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
複合ライブラリーが、ファージミドディスプレイライブラリーを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
複合ライブラリーが、複数のｓｃＦｖドメインを含むｓｃＦｖライブラリーを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
ＣＬＳＭＰが、遺伝子クラスから選択される遺伝子に少なくとも部分的に由来し、前記遺伝子クラスは、ＩＧＨＶ１−６９、ＩＧＨＶ１、ＩＧＨＶ２、ＩＧＨＶ３、ＩＧＨＶ４、ＩＧＨＶ５、ＩＧＨＶ６及びＩＧＨＶ７遺伝子からなる群から選択される、請求項１９〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
ＣＬＳＭＰは、ＩＧＨＶ１−６９遺伝子、又はその遺伝子断片に少なくとも部分的に由来する、請求項１９〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
ＢＣＲイディオタイプが、ＩＧＬＶ遺伝子産物又はＩＧＫＶ遺伝子産物の少なくとも一方に関連するＩＧＨＶ遺伝子産物を含む、請求項１９〜３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
ＣＬＳＭＰが、腫瘍ネオエピトープ、腫瘍特異的抗原、腫瘍関連抗原又は系統特異的タンパク質変化を含む、請求項１９〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
ＣＬＳＭＰが、一又は複数の細胞上に位置する、請求項１９〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
白血病又はリンパ腫が、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）であり、ＣＬＳＭＰが、ＩＧＨＶ１−６９に少なくとも部分的に由来する、請求項１９〜３４のいずれか一項に記載の方法。