【手続補正書】
【提出日】令和1年10月1日(2019.10.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）ＤＮＡ分子を、ＤＮＡシーケンサーでシーケンシングして、配列のコレクションを生成するステップと；
（ｂ）前記配列のコレクションを、基準ゲノムへとマッピングするステップと；
（ｃ）融合リードを、前記マッピングコレクションから識別するステップであって、融合リードが、部分配列を含有し、第１の部分配列が、第１の遺伝子座へとマッピングされ、第２の部分配列が、第２の別個の遺伝子座へとマッピングされる、ステップと；
（ｄ）前記融合リードについて、前記第１の遺伝子座における第１の切断点と、前記第２の遺伝子座における第２の切断点とを識別するステップであって、切断点が、融合リードの配列が切り詰められた前記基準ゲノム上の点であり、前記第１の切断点と、第２の切断点とが、切断点対を形成する、ステップと；
（ｅ）融合リードのセットを生成するステップであって、各セットが、同じ切断点対を有する融合リードを含む、ステップと；
（ｆ）融合リードのセットをクラスタリングするステップであって、各クラスターを、第１の所定のヌクレオチド距離内の、第１の切断点と、第２の所定のヌクレオチド距離内の、第２の切断点とを有する融合リードのセットから形成し、前記第１の所定の距離と、第２の所定の距離とが各々、２５を超えないヌクレオチドである、ステップと；
（ｇ）１または複数のクラスターについて、遺伝子融合を決定するステップであって、クラスターの遺伝子融合が、第１の融合遺伝子の切断点として、前記クラスター内の、前記第１の切断点から選択される切断点を有し、かつ、第２の融合遺伝子の切断点として、前記クラスター内の、前記第２の切断点から選択される切断点を有し、前記第１の融合遺伝子切断点と、第２の融合遺伝子切断点とが各々、選択基準に基づき選択され、前記選択基準が、前記クラスター内で、最も多くの融合リードを有する切断点を含む、ステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記別個の遺伝子座が、異なる染色体上、または同じ染色体の、異なる遺伝子上に位置する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１の所定の距離と、第２の所定の距離とが各々、５を超えないヌクレオチド、または１０を超えないヌクレオチドである、請求項１または請求項２に記載の方法。
【請求項４】
複数の遺伝子クラスターについて、遺伝子融合を決定するステップを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＤＮＡ分子が、シーケンシングの前に処理するステップに供され、必要に応じて、前記処理するステップが、得るステップ、単離するステップ、断片化するステップ、増幅ステップ、および／またはバーコード処理するステップである、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記ＤＮＡ分子が、生物から直接得られるか、生物から得られる生物学的試料、例えば、血液、血清、血漿、尿、脳脊髄液、唾液、糞便、リンパ液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する流体、胎盤試料、子宮頸部／膣洗浄液および子宮頸部／膣液、間質液、口腔スワブ試料、痰、気管支洗浄液、パップスメア試料、または眼液から得られる、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記ＤＮＡ分子が、非細胞由来から単離される、請求項５または請求項６に記載の方法。
【請求項８】
バーコード処理するステップは、前記ＤＮＡ分子の一方または両方の末端にバーコード配列を接合させるステップを含む、請求項５〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記生物が、がんを有するか、がんを有すると疑われている、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
固有の分子またはリード識別子（リードＩＤ）を各々のリードに割り当てるステップを含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
適切な符号を伴う２つの切断点に属する共通のリードＩＤを伴う２つのマッピングリード部分を、潜在的な融合候補として選択するステップを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
マッピングする前における、元のリード内の、前記潜在的な融合候補の場所が、前記リード部分を、元々互いに隣接して位置するリード部分として示す、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
リード部分が、１つの鎖にマッピングされる場合、前記切断点の符号の差違について点検するステップを含む、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記基準が、クラスター内に、１つを超える分子を有するか、またはワトソン−クリック鎖の両方を伴う、少なくとも１つの分子を有することを含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
遺伝子情報を解析するシステムであって、
ＤＮＡシーケンサーと；
前記ＤＮＡシーケンサーに結合されたプロセッサーであって、
融合染色体ＤＮＡ分子の、一部のシーケンシングデータを含有する融合リードを決定すること；
前記融合リードの少なくとも１つのマッピング部分が切り詰められる、ゲノム上の少なくとも１つの所定の点（切断点）を決定すること；
２つの切断点（切断点対）からの２つのマッピングリード部分を、潜在的な融合候補として識別すること；
切断点対に基づき、１または複数の融合セットを創出し、前記融合セットを、１または複数の融合クラスターへとクラスタリングすること；および
所定の基準を満たす各融合クラスターを、遺伝子融合として識別すること
のための命令を含むコンピュータコードを実行して、試料に由来する遺伝子配列リードデータを処理するプロセッサーと
を含むシステム。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１４】
一部の実施形態では、状態は、がんである。一部の実施形態では、がんは、血液がん、肉腫、および前立腺がんからなる群から選択される。一部の実施形態では、方法は、処置を、対象へと投与するステップをさらに含む。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
試料に由来する遺伝子配列リードデータを処理するための方法であって、
融合染色体ＤＮＡ分子の少なくとも一部のシーケンシングデータを含有する融合リードを決定するステップと；
前記融合リードの少なくとも１つのマッピング部分が切り詰められる、ゲノム上の所定の点（切断点）を決定するステップと；
２つの切断点（切断点対）からの２つのマッピングリード部分を、潜在的な融合候補として識別するステップと；
切断点対に基づき、１または複数の融合セットを創出し、前記融合セットを、１または複数の融合クラスターへとクラスタリングするステップと；
所定の基準を満たす各融合クラスターを、遺伝子融合として識別するステップと
を含む方法。
（項目２）
固有の分子またはリード識別子（リードＩＤ）を、各リードへと割り当てるステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記リードの各マッピング部分を、片側または両側から切り詰めるステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目４）
前記切断点が、アイデンティティにおいて、前記リードから独立しており、符号、染色体、および位置により識別される、項目１に記載の方法。
（項目５）
前記切断点が、前記切断点で切り詰められるかまたは分割された多数のリードおよび分子と、前記切断点を通り越す、多数の野生型のリードおよび分子とを含む統計を保持する、項目４に記載の方法。
（項目６）
適切な符号を伴う２つの切断点に属する共通のリードＩＤを伴うあらゆる２つのマッピングリード部分を、潜在的な融合候補として選択するステップを含む、項目２に記載の方法。
（項目７）
マッピングする前における、元のリード内の、前記潜在的な融合候補の場所が、前記リード部分を、元々互いに隣接して位置するリード部分として示す、項目６に記載の方法。
（項目８）
リード部分が、１つの鎖にマッピングされる場合、前記切断点の符号の差違について点検するステップを含む、項目６に記載の方法。
（項目９）
融合セット統計を追跡するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記融合セット統計が、切断点ＩＤ、前記セット内に含有されている、分子またはリードの数である、項目９に記載の方法。
（項目１１）
融合クラスター内の、同様の切断点により、融合セットを群分けするステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１２）
前記同様の切断点が、５を超えないヌクレオチド、１０を超えないヌクレオチド、または２５を超えないヌクレオチド離れた切断点である、項目１１に記載の方法。
（項目１３）
ゲノム内の２つの領域の間で、融合クラスターを規定するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１４）
前記融合クラスターに関して、各パートナーについて、多数の融合分子を決定するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１５）
前記融合クラスターに関して、各パートナーについて、融合リードの数を決定するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１６）
前記融合クラスターに関して、各パートナーについて、多数の野生型分子を決定するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１７）
前記融合クラスターに関して、各パートナーについて、多数の野生型リードまたは野生型分子を決定するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１８）
前記融合クラスターに関して、各パートナーについて、融合百分率を、各パートナーの、全分子に対する融合分子の比率として決定するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目１９）
前記全分子が、野生型構成要素と、切り詰められた構成要素とを含む、項目１に記載の方法。
（項目２０）
前記融合クラスターに関して、各パートナーについて、遺伝子情報を決定するステップを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２１）
前記融合クラスターの、下流の遺伝子を決定するステップを含む、項目１に記載の方法。
（項目２２）
前記基準が、前記クラスター内に、１つを超える分子を有すること、またはワトソン−クリック鎖の両方を伴う、少なくとも１つの分子を有することを含む、項目１に記載の方法。
（項目２３）
遺伝子情報を解析するシステムであって、
ＤＮＡシーケンサーと；
前記ＤＮＡシーケンサーに結合されたプロセッサーであって、
融合染色体ＤＮＡ分子の、一部のシーケンシングデータを含有する融合リードを決定すること；
前記融合リードの少なくとも１つのマッピング部分が切り詰められる、ゲノム上の少なくとも１つの所定の点（切断点）を決定すること；
２つの切断点（切断点対）からの２つのマッピングリード部分を、潜在的な融合候補として識別すること；
切断点対に基づき、１または複数の融合セットを創出し、前記融合セットを、１または複数の融合クラスターへとクラスタリングすること；および
所定の基準を満たす各融合クラスターを、遺伝子融合として識別すること
のための命令を含むコンピュータコードを実行して、試料に由来する遺伝子配列リードデータを処理するプロセッサーと
を含むシステム。
（項目２４）
（ａ）ＤＮＡ分子を、ＤＮＡシーケンサーでシーケンシングして、配列のコレクションを生成するステップと；
（ｂ）前記配列のコレクションを、基準ゲノムへとマッピングするステップと；
（ｃ）融合リードを、前記マッピングコレクションから識別するステップであって、融合リードが、部分配列を含有し、第１の部分配列が、第１の遺伝子座へとマッピングされ、第２の部分配列が、第２の別個の遺伝子座へとマッピングされる、ステップと；
（ｄ）各融合リードについて、前記第１の遺伝子座における第１の切断点と、前記第２の遺伝子座における第２の切断点とを識別するステップであって、切断点が、融合リードの配列が切り詰められた前記基準ゲノム上の点であり、前記第１の切断点と、第２の切断点とが、切断点対を形成する、ステップと；
（ｅ）融合リードのセットを生成するステップであって、各セットが、同じ切断点対を有する融合リードを含む、ステップと；
（ｆ）融合リードのセットをクラスタリングするステップであって、各クラスターを、第１の所定のヌクレオチド距離内の、第１の切断点と、第２の所定のヌクレオチド距離内の、第２の切断点とを有する融合リードのセットから形成する、ステップと；
（ｇ）１または複数のクラスターについて、遺伝子融合を決定するステップであって、クラスターの遺伝子融合が、第１の融合遺伝子の切断点として、前記クラスター内の、前記第１の切断点から選択される切断点を有し、かつ、第２の融合遺伝子の切断点として、前記クラスター内の、前記第２の切断点から選択される切断点を有し、前記第１の融合遺伝子切断点と、第２の融合遺伝子切断点とが各々、選択基準に基づき選択される、ステップと
を含む方法。
（項目２５）
前記別個の遺伝子座が、異なる染色体上、または同じ染色体の、異なる遺伝子上に位置する、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記第１の所定の距離と、第２の所定の距離とが各々、５を超えないヌクレオチド、１０を超えないヌクレオチド、または２５を超えないヌクレオチドである、項目２４に記載の方法。
（項目２７）
前記選択基準が、前記クラスター内で、最も多くの融合リードを有する切断点を含む、項目２４に記載の方法。
（項目２８）
複数の遺伝子クラスターについて、遺伝子融合を決定するステップを含む、項目２４に記載の方法。
（項目２９）
（ａ）複数のＤＮＡ分子を、ＤＮＡシーケンサーでシーケンシングするステップと；
（ｂ）複数の配列の分子の各々を、識別子でタグ付けするステップと；
（ｃ）各タグ付き配列を、基準ゲノムへとマッピングするステップと；
（ｄ）切り詰められたリードを、前記マッピングされたタグ付き配列から識別するステップであって、切り詰められたリードが、マッピング部分と、切り詰められた部分とを含有するタグ付き配列であり、前記マッピング部分が、遺伝子座へとマッピングされ、前記切り詰められた部分が、前記遺伝子座へとマッピングされない、ステップと；
（ｅ）各切り詰められたリードの切断点を決定するステップであって、切断点が、切り詰められたリードの配列が切り詰められた前記基準ゲノム上の点である、ステップと；
（ｆ）切断点セットを創出するステップであって、各切断点セットが、同じ切断点を有する切り詰められたリードの識別子を含む、ステップと；
（ｇ）切断点セットの対を比較することにより、切断点対のセットを創出するステップであって、切断点対の各セットが、切断点セットの比較される対のいずれのメンバーにおいても存在する識別子を含む、ステップと；
（ｈ）切断点対のセットをクラスタリングするステップであって、各クラスターが、第１の所定の遺伝子距離内にある前記対の、第１の切断点と、第２の所定の遺伝子距離内にある前記対の、第２の切断点とを有する、切断点対のセットを含む、ステップと；
（ｉ）前記クラスターのうちの１または複数について、遺伝子融合を決定するステップであって、クラスターの遺伝子融合が、第１の融合遺伝子の切断点として、前記クラスター内の、前記第１の切断点から選択される切断点を有し、かつ、第２の融合遺伝子の切断点として、前記クラスター内の、前記第２の切断点から選択される切断点を有し、前記第１の融合遺伝子切断点と、第２の融合遺伝子切断点とは各々、選択基準に基づき選択される、ステップと
を含む方法。
（項目３０）
前記選択基準が、前記クラスター内で、最も多くの融合リードを有する切断点を含む、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
融合遺伝子切断点を識別するための方法であって、
（ａ）融合染色体ＤＮＡ分子の、少なくとも一部のシーケンシングデータを含有する融合リードを決定するステップと；
（ｂ）前記融合リードの少なくとも１つのマッピング部分が切り詰められる、ゲノム上の所定の点（切断点）を決定するステップと；
（ｃ）２つの切断点（切断点対）からの２つのマッピングリード部分を、潜在的な融合候補として識別するステップと；
（ｄ）切断点対に基づき、１または複数の融合セットを創出し、前記融合セットを、１または複数の融合クラスターへとクラスタリングするステップと；
（ｅ）所定の基準を満たす各融合クラスターを、遺伝子融合として識別するステップと；
（ｆ）前記遺伝子融合の切断点を、前記融合遺伝子切断点として識別するステップと
を含む方法。
（項目３２）
対象における状態を診断するための方法であって、
（ａ）融合染色体ＤＮＡ分子の、少なくとも一部のシーケンシングデータを含有する融合リードを決定するステップと；
（ｂ）前記融合リードの少なくとも１つのマッピング部分が切り詰められる、ゲノム上の所定の点（切断点）を決定するステップと；
（ｃ）２つの切断点（切断点対）からの２つのマッピングリード部分を、潜在的な融合候補として識別するステップと；
（ｄ）切断点対に基づき、１または複数の融合セットを創出し、前記融合セットを、１または複数の融合クラスターへとクラスタリングするステップと；
（ｅ）所定の基準を満たす各融合クラスターを、遺伝子融合として識別するステップとを含み、
前記遺伝子融合が、前記状態を指し示す、方法。
（項目３３）
前記状態が、がんである、項目３２に記載の方法。
（項目３４）
前記がんが、血液がん、肉腫、および前立腺がんからなる群から選択される、項目３３に記載の方法。
（項目３５）
処置を、前記対象へと投与するステップをさらに含む、項目３４に記載の方法。