【手続補正書】
【提出日】平成31年2月7日(2019.2.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
一生体試料から取得される試験用核酸において起こる構造変異の尤度を決定する方法であって、
１つまたは複数のプロセッサと、前記１つまたは複数のプロセッサにより実行される１つまたは複数のプログラムを記憶するメモリとを有するコンピュータシステムにおいて、
（Ａ）前記試験用核酸が断片化される複数の配列決定反応から複数の配列リードを取得することであって、
前記複数の配列リード内の各配列リードは、前記試験用核酸のサブセットに対応する第１部分と、複数のバーコード内の前記各配列リードの各バーコードを符号化する第２部分とを備え、
各バーコードは、前記試験用核酸の前記配列データに依存せず、
前記複数の配列リードは、前記複数のバーコードを集合的に含む、取得することと、
（Ｂ）複数のビンに関するビン情報を取得することであって、
前記複数のビン内の各ビンは、前記試験用核酸の異なる部分を表し、
前記ビン情報は、前記複数のビン内のビンごとに、前記複数の配列リードに含まれる複数の配列リードセット内の配列リードセットを特定し、
前記複数の配列リードセット内の各配列リードセットに含まれる各配列リードの前記各第１部分は、前記試験用核酸のサブセットに対応し、前記各配列リードセットに対応する前記ビンにより表される前記試験用核酸の前記異なる部分と少なくとも部分的にオーバーラップする、取得することと、
（Ｃ）前記複数のビンの中から、前記試験用核酸の部分に対応し、かつオーバーラップしない第１ビン及び第２ビンを特定することであって、
前記第１ビンは前記複数の配列リード内の配列リード第１セットにより表され、前記第２ビンは前記複数の配列リード内の配列リード第２セットにより表される、特定することと、
（Ｄ）前記第１セット及び前記第２セットに共通する前記バーコードの数が偶然に起因している数値的可能性または見込みを表す第１値を決定することと、
（Ｅ）前記第１値が所定のカットオフ値を満たすという判定に応じて、前記第１ビン及び前記第２ビンに共通のバーコードごとに断片対を取得することにより、１つまたは複数の断片対を取得することであって、
前記１つまたは複数の断片対内の各断片対は、（ｉ）前記第１ビン及び前記第２ビンに共通の異なるバーコードに対応し、（ｉｉ）異なる第１計算断片と異なる第２計算断片とで構成され、
前記１つまたは複数の断片対内の断片対ごとに、
前記異なる第１計算断片は、前記各断片対に対応する前記バーコードを有する、前記複数の配列リード内の各配列リード第１サブセットで構成され、
前記各配列リード第１サブセット内の各配列リードは、前記各配列リード第１サブセット内の別の配列リードの定義済み遺伝距離内にあり、
前記各断片対の前記異なる第１計算断片は、前記第１ビン内の前記各断片対に対応する前記バーコードを有する第１配列リードに起因し、
前記各配列リード第１サブセット内の各配列リードは  前記第１ビンに由来し、
前記異なる第２計算断片は、前記各断片対に対応する前記バーコードを有する、前記複数の配列リード内の各配列リード第２サブセットで構成され、
前記各配列リード第２サブセット内の各配列リードは、前記各配列リード第２サブセット内の別の配列リードの定義済み遺伝距離内にあり、
前記各断片対の前記異なる第２計算断片は、前記第２ビン内の前記各断片対に対応する前記バーコードを有する第２配列リードに起因し、
前記各配列リード第２サブセット内の各配列リードは前記第２ビンに由来する、取得することと、
（Ｆ）前記１つまたは複数の断片対に関して、第１モデルの発生確率及び第２モデルの発生確率に基づいて各尤度を計算することにより、前記試験用核酸における構造変異の尤度を提供することであって、
（ｉ）前記第１モデルは、前記１つまたは複数の断片対の前記各第１計算断片及び前記各第２計算断片が、前記対象核酸配列内に構造変異はないと観察され、かつ共通分子の一部であることを明示し、
（ｉｉ）前記第２モデルは、前記１つまたは複数の断片対の前記各第１計算断片及び前記各第２計算断片が、前記対象核酸配列内に構造変異があると観察されることを明示する、提供することと
を含む前記方法。  
【請求項２】
前記計算（Ｆ）において計算される前記尤度の表現は、前記第１モデルの前記発生確率と前記第２モデルの前記発生確率との比率スコアである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記第１ビン及び前記第２ビンは、前記試験用核酸上で少なくとも所定数のキロ塩基分、離れている、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記第１ビン及び前記第２ビンは、前記試験用核酸上で少なくとも５０キロ塩基分、離れている、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記決定（Ｄ）は２項検定を用いて前記第１値を計算する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
前記決定（Ｄ）は２項検定を用いて、以下の形式の前記第１値を計算し
2018513445.tif 000001
ｐはｐ値と表される前記第１値であり、
ｎは前記配列リード第１及び第２セットの両方に存在する前記一意的バーコードの数であり、
ｎ１は、前記配列リード第１セット内の前記一意的バーコードの数であり、
ｎ２は、前記配列リード第２セット内の前記一意的バーコードの数であり、
Ｂは前記複数のビンにわたる前記一意的バーコードの総数である、
請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７】
前記一生体試料はヒトであり、前記試験用核酸は前記生体試料の前記ゲノムであり、前記第１値が１０−１４以下である時に前記第１値は前記所定のカットオフ値を満たす、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記一生体試料はヒトであり、前記試験用核酸は前記生体試料の前記ゲノムであり、前記第１値が１０−１５以下である時に前記第１値は前記所定のカットオフ値を満たす、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記構造変異は、前記配列リード第１セットにより表される前記試験用核酸の前記異なる部分に対する、５０連続塩基以上の挿入または欠失である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記構造変異は、前記配列リード第１セットにより表される前記試験用核酸の前記異なる部分に対する、５００連続塩基以上の挿入または欠失である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記構造変異は、前記配列リード第１セットにより表される前記試験用核酸の前記異なる部分に対する、５０００連続塩基以上の挿入または欠失である、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記構造変異は、遺伝子疾患に関連する、請求項１〜１１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数のビン内の各ビンは、前記試験用核酸の少なくとも２０キロ塩基、前記試験用核酸の少なくとも５０キロ塩基、前記試験用核酸の少なくとも１００キロ塩基、前記試験用核酸の少なくとも２５０キロ塩基、または前記試験用核酸の少なくとも５００キロ塩基を表す、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数の配列リード内の各配列リードセットに含まれる各配列リードは、前記試験用核酸のサブセットに対応する各第１部分を有し、前記各第１部分は、前記各配列リードセットに対応する前記ビンにより表される前記試験用核酸の前記異なる部分と完全にオーバーラップする、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記複数のビンは、１０，０００個以上のビンを含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記複数のビンは、１００，０００個以上のビンを含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記複数のビンは、１，０００，０００個以上のビンを含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記生体試料は複数染色体生物種に由来し、前記試験用核酸は、前記複数染色体生物種に含まれる複数の染色体を集合的に表す複数の核酸を含む、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記複数の配列リード内の各配列リードの前記第２部分における前記バーコードは、前記セット｛１、・・・、１０２４｝から選択される、前記セット｛１、・・・、４０９６｝から選択される、前記セット｛１、・・・、１６３８４｝から選択される、前記セット｛１、・・・、６５５３６｝から選択される、前記セット｛１、・・・、２６２１４４｝から選択される、前記セット｛１、・・・、１０４８５７６｝から選択される、前記セット｛１、・・・、４１９４３０４｝から選択される、前記セット｛１、・・・、１６７７７２１６｝から選択される、前記セット｛１、・・・、６７１０８８６４｝から選択される、または前記セット｛１、・・・、１×１０１２｝から選択される一意的な所定値を符号化する、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２０】
前記複数の配列リード内の各配列リードの前記第２部分における前記バーコードは、前記各配列リード内のオリゴヌクレオチド連続セットに局所化される、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２１】
前記オリゴヌクレオチド連続セットはＮ塩基長であり、Ｎは前記セット｛４、・・・、２０｝から選択される整数である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記複数の配列リード内の配列リードの前記第２部分における前記バーコードは、前記配列リード内の所定のヌクレオチド非連続セットに局所化される、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記所定のヌクレオチド非連続セットは合わせてＮ個のヌクレオチドで構成され、Ｎは前記セット｛４、・・・、２０｝内の整数である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記第１配列リードは、１０キロ塩基より大きい前記試験用核酸の第１サブセットに対応する、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記第１配列リードは、２０キロ塩基より大きい前記試験用核酸の第１サブセットに対応する、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
前記構造変異が起こったとみなされると、前記構造変異に応じる治療方式で前記生体試料の由来する対象者を治療することをさらに含む請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記治療方式は、食事改善を含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記治療方式は、前記構造変異に関連する生物学的経路を抑制または増強する医薬組成物の適用を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記第１及び第２ビンの識別は、疎行列乗算を使用する前記特定（Ｃ）により決定される、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
前記第１及び第２ビンの識別は、以下の形式の疎行列乗算を使用する前記特定（Ｃ）により決定され、
2018513445.tif 000002
Ａ１は前記第１ビンを含む第１Ｂ×Ｎ１バーコード行列であり、
Ａ２は前記第２ビンを含む第２Ｂ×Ｎ２バーコード行列であり、
Ｂは前記複数のビンにわたる前記一意的バーコードの数であり、
Ｎ１はＡ１内の前記ビンの数であり、
Ｎ２はＡ２内の前記ビンの数であり、
2018513445.tif 000003
は前記行列Ａ１の転置行列である、
請求項１〜２８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記第１ビンは前記生体試料の第１染色体に対応付けられ、
前記第２ビンは前記生体試料の第２染色体に対応付けられ、
Ｎ１は前記第１染色体に対応付けられた前記ビンの数であり、
Ｎ２は前記第２染色体に対応付けられた前記ビンの数である、
請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記第１及び第２ビンは両方とも、前記生体試料の第１染色体に対応付けられ、
Ｎ１は前記第１染色体に対応付けられた前記ビンの数であり、
Ｎ２はＮ１と等しい、
請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記試験用核酸の複数のブラックアウト領域を含むブラックアウトリストを保持することをさらに含む前記方法であって、前記特定（Ｃ）の前に、
配列リードの前記第１部分が前記複数のブラックアウト領域内のブラックアウト領域とオーバーラップする場合、前記複数の配列リードから、前記配列リードを除くことをさらに含む請求項１〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
前記計算（Ｆ）において前記計算尤度は、以下のように計算され
2018513445.tif 000004
ＬＲは複数の項の積に等しく、前記複数の項内の各項は（ｉ）前記１つまたは複数の断片対内の各断片対を表し、（ｉｉ）以下の形式を有し
2018513445.tif 000005
ｒ１は、前記各断片対の前記第１計算断片における前記各配列リード第１サブセット内の配列リードの数であり、
ｌ１は、前記各断片対の前記配列リード第１サブセットにより決定される前記第１計算断片の長さであり、
ｒ２は、前記各断片対の前記第２計算断片における前記各配列リード第２サブセット内のリードの数であり、
ｌ２は、前記各断片対の前記配列リード第２サブセットにより決定される前記第２計算断片の長さであり、
ｄは前記試験用核酸内の前記各断片対の前記第１計算断片と前記第２計算断片との間の距離であり、
ａｂは前記複数の配列リードにわたる前記第１バーコードのリードレートであり、
ＳＶは前記第１モデルに従って前記第１計算断片及び前記第２計算断片が観察されたことを示し、
ｎｏ  ＳＶは前記第２モデルに従って前記第１計算断片及び前記第２計算断片が観察されたことを示す、
請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
2018513445.tif 000006
であり、
ＳＭは、前記複数の配列決定反応において前記第１計算分子及び前記第２計算分子が前記試験用核酸の同一断片に由来しているという前記仮定であり、
ＤＭは、前記複数の配列決定反応において前記第１計算分子及び前記第２計算分子が前記試験用核酸の異なる断片に由来しているという前記仮定であり、
2018513445.tif 000007
であり、
2018513445.tif 000008
は、長さが不明の第１分子から、観察された長さｌ１に及ぶｒ１個のリードを観察する前記確率であり、
2018513445.tif 000009
は、長さが不明の第２分子から、観察された長さｌ２に及ぶｒ２個のリードを観察する前記確率である、
請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
2018513445.tif 000010
及び
2018513445.tif 000011
はそれぞれ以下のように計算され
2018513445.tif 000012
はパラメータｂによるポアソン分布の前記確率質量関数であり、
2018513445.tif 000013
は前記各分子の前記実分子長がｍである前記（予測）確率である、
請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
2018513445.tif 000014
は、以下のように計算され
2018513445.tif 000015
ｍは前記実分子長の前記長さであり、
2018513445.tif 000016
はｒ１に対するパラメータｂによるポアソン分布の確率質量関数であり、
2018513445.tif 000017
はｒ２に対するパラメータｂによるポアソン分布の確率質量関数であり、
2018513445.tif 000018
はパラメータｂによるポアソン分布の確率質量関数であり、
2018513445.tif 000019
は前記実の共通分子長がｍである予測確率である、
請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
2018513445.tif 000020
であり、
ＳＭは、前記複数の配列決定反応において前記第１計算分子及び前記第２計算分子が前記試験用核酸の同一断片に由来しているという前記仮定であり、
ＤＭは、前記複数の配列決定反応において前記第１計算分子及び前記第２計算分子が前記試験用核酸の異なる断片に由来しているという前記仮定であり、
2018513445.tif 000021
であり、
2018513445.tif 000022
は、長さが不明の第１分子から、観察された長さｌ１に及ぶｒ１個のリードを観察する前記確率であり、
2018513445.tif 000023
は、長さが不明の第２分子から、観察された長さｌ２に及ぶｒ２個のリードを観察する前記確率であり、
２ｄ’＝は、前記第１計算分子及び前記第２計算分子に対応付けられた構造変異の前記ブレークポイントの推定を考慮した、前記試験用核酸内の前記各断片対の前記第１計算断片と前記第２計算断片との間の距離である、
請求項３４に記載の方法。
【請求項３９】
2018513445.tif 000024
及び
2018513445.tif 000025
はそれぞれ以下のように計算され
2018513445.tif 000026
はパラメータｂによるポアソン分布の前記確率質量関数であり、
2018513445.tif 000027
は前記各分子の前記実分子長がｍである前記（予測）確率である、
請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
2018513445.tif 000028
は、以下のように計算され
2018513445.tif 000029
ｍは前記実分子長の前記長さであり、
2018513445.tif 000030
はｒ１に対するパラメータｂによるポアソン分布の確率質量関数であり、
2018513445.tif 000031
はｒ２に対するパラメータｂによるポアソン分布の確率質量関数であり、
2018513445.tif 000032
はパラメータｂによるポアソン分布の確率質量関数であり、
2018513445.tif 000033
は前記実の共通分子長がｍである予測確率である、
請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
２ｄ’は、
2018513445.tif 000034
となる前記最大限ｄ’を計算することにより推定される、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
前記複数の配列リードは、全ゲノム配列データを表す、請求項１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４３】
前記複数の配列リードは、ゲノムのサブセットの標的配列を表し、
前記複数の配列リードの第１サブセットは、前記ゲノムの前記サブセット内に由来し、
2018513445.tif 000035
の第１リードレートを有し、
前記複数の配列リードの第２サブセットは、前記ゲノムの前記サブセット外に由来し、
2018513445.tif 000036
の第１リードレートを有し、
2018513445.tif 000037
は
2018513445.tif 000038
とは異なり、前記計算（Ｆ）の前記尤度により前記複数の配列リードの前記それぞれの第１及び第２サブセットの前記異なるリードレートは補正される、
請求項１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４４】
複数の第１及び第２ビンに関して前記（Ｄ）〜（Ｆ）が計算されることにより、前記試験用核酸内の１つまたは複数の構造変異がコールされ、前記方法はさらに、前記複数の配列リードと前記１つまたは複数の構造変異のコールを使用して、前記試験用核酸内のブレークポイント位置を精製することを含む、請求項１〜４３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４５】
前記複数のバーコードは、１０００個以上のバーコードを含む、請求項１〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
前記複数のバーコードは、１０，０００個以上のバーコードを含む、請求項１〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】
前記複数のバーコードは、１００，０００個以上のバーコードを含む、請求項１〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
前記複数のバーコードは、１×１０６個以上のバーコードを含む、請求項１〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４９】
１つまたは複数のプロセッサと、
前記１つまたは複数のプロセッサにより実行される１つまた複数のプログラムを記憶するメモリと
を備えるコンピューティングシステムであって、
前記１つまたは複数のプログラムは、
（Ａ）前記試験用核酸が断片化される複数の配列決定反応から複数の配列リードを取得する命令であって、
前記複数の配列リード内の各配列リードは、前記試験用核酸のサブセットに対応する第１部分と、複数のバーコード内の前記各配列リードの各バーコードを符号化する第２部分とを備え、
各バーコードは、前記試験用核酸の前記配列データに依存せず、
前記複数の配列リードは、前記複数のバーコードを集合的に含む、命令と、
（Ｂ）複数のビンに関するビン情報を取得する命令であって、
前記複数のビン内の各ビンは、前記試験用核酸の異なる部分を表し、
前記ビン情報は、前記複数のビン内のビンごとに、前記複数の配列リードに含まれる複数の配列リードセット内の配列リードセットを特定し、
前記複数の配列リードセット内の各配列リードセットに含まれる各配列リードの前記各第１部分は、前記試験用核酸のサブセットに対応し、前記各配列リードセットに対応する前記ビンにより表される前記試験用核酸の前記異なる部分と少なくとも部分的にオーバーラップする、命令と、
（Ｃ）前記複数のビンの中から、前記試験用核酸の部分に対応し、かつオーバーラップしない第１ビン及び第２ビンを特定する命令であって、
前記第１ビンは前記複数の配列リード内の配列リード第１セットにより表され、前記第２ビンは前記複数の配列リード内の配列リード第２セットにより表される、命令と、
（Ｄ）前記第１セット及び前記第２セットに共通する前記バーコードの数が偶然に起因している数値的可能性または見込みを表す第１値を決定する命令と、
（Ｅ）前記第１値が所定のカットオフ値を満たすという判定に応じて、前記第１ビン及び前記第２ビンに共通のバーコードごとに断片対を取得することにより、１つまたは複数の断片対を取得する命令であって、
前記１つまたは複数の断片対内の各断片対は、（ｉ）前記第１ビン及び前記第２ビンに共通の異なるバーコードに対応し、（ｉｉ）異なる第１計算断片と異なる第２計算断片とで構成され、
前記１つまたは複数の断片対内の断片対ごとに、
前記異なる第１計算断片は、前記各断片対に対応する前記バーコードを有する、前記複数の配列リード内の各配列リード第１サブセットで構成され、
前記各配列リード第１サブセット内の各配列リードは、前記各配列リード第１サブセット内の別の配列リードの定義済み遺伝距離内にあり、
前記各断片対の前記異なる第１計算断片は、前記第１ビン内の前記各断片対に対応する前記バーコードを有する第１配列リードに起因し、
前記各配列リード第１サブセット内の各配列リードは  前記第１ビンに由来し、
前記異なる第２計算断片は、前記各断片対に対応する前記バーコードを有する、前記複数の配列リード内の各配列リード第２サブセットで構成され、
前記各配列リード第２サブセット内の各配列リードは、前記各配列リード第２サブセット内の別の配列リードの定義済み遺伝距離内にあり、
前記各断片対の前記異なる第２計算断片は、前記第２ビン内の前記各断片対に対応する前記バーコードを有する第２配列リードに起因し、
前記各配列リード第２サブセット内の各配列リードは前記第２ビンに由来する、命令と、
（Ｆ）前記１つまたは複数の断片対に関して、第１モデルの発生確率及び第２モデルの発生確率に基づいて各尤度を計算することにより、前記試験用核酸における構造変異の尤度を提供する命令であって、
（ｉ）前記第１モデルは、前記１つまたは複数の断片対の前記各第１計算断片及び前記各第２計算断片が、前記対象核酸配列内に構造変異はないと観察され、かつ共通分子の一部であることを明示し、
（ｉｉ）前記第２モデルは、前記１つまたは複数の断片対の前記各第１計算断片及び前記各第２計算断片が、前記対象核酸配列内に構造変異があると観察されることを明示する、命令と
を含む前記コンピューティングシステム。
【請求項５０】
前記複数のバーコードは、１０００個以上のバーコード、１０，０００個以上のバーコード、１００，０００個以上のバーコード、または１×１０６個以上のバーコードを含む、請求項４９に記載のコンピューティングシステム。
【請求項５１】
コンピュータにより実行されるように構成される１つまたは複数のプログラムを記憶する非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、前記１つまたは複数のプログラムは、
（Ａ）前記試験用核酸が断片化される複数の配列決定反応から複数の配列リードを取得する命令であって、
前記複数の配列リード内の各配列リードは、前記試験用核酸のサブセットに対応する第１部分と、複数のバーコード内の前記各配列リードの各バーコードを符号化する第２部分とを備え、
各バーコードは、前記試験用核酸の前記配列データに依存せず、
前記複数の配列リードは、前記複数のバーコードを集合的に含む、命令と、
（Ｂ）複数のビンに関するビン情報を取得する命令であって、
前記複数のビン内の各ビンは、前記試験用核酸の異なる部分を表し、
前記ビン情報は、前記複数のビン内のビンごとに、前記複数の配列リードに含まれる複数の配列リードセット内の配列リードセットを特定し、
前記複数の配列リードセット内の各配列リードセットに含まれる各配列リードの前記各第１部分は、前記試験用核酸のサブセットに対応し、前記各配列リードセットに対応する前記ビンにより表される前記試験用核酸の前記異なる部分と少なくとも部分的にオーバーラップする、命令と、
（Ｃ）前記複数のビンの中から、前記試験用核酸の部分に対応し、かつオーバーラップしない第１ビン及び第２ビンを特定する命令であって、
前記第１ビンは前記複数の配列リード内の配列リード第１セットにより表され、前記第２ビンは前記複数の配列リード内の配列リード第２セットにより表される、命令と、
（Ｄ）前記第１セット及び前記第２セットに共通する前記バーコードの数が偶然に起因している数値的可能性または見込みを表す第１値を決定する命令と、
（Ｅ）前記第１値が所定のカットオフ値を満たすという判定に応じて、前記第１ビン及び前記第２ビンに共通のバーコードごとに断片対を取得することにより、１つまたは複数の断片対を取得する命令であって、
前記１つまたは複数の断片対内の各断片対は、（ｉ）前記第１ビン及び前記第２ビンに共通の異なるバーコードに対応し、（ｉｉ）異なる第１計算断片と異なる第２計算断片とで構成され、
前記１つまたは複数の断片対内の断片対ごとに、
前記異なる第１計算断片は、前記各断片対に対応する前記バーコードを有する、前記複数の配列リード内の各配列リード第１サブセットで構成され、
前記各配列リード第１サブセット内の各配列リードは、前記各配列リード第１サブセット内の別の配列リードの定義済み遺伝距離内にあり、
前記各断片対の前記異なる第１計算断片は、前記第１ビン内の前記各断片対に対応する前記バーコードを有する第１配列リードに起因し、
前記各配列リード第１サブセット内の各配列リードは  前記第１ビンに由来し、
前記異なる第２計算断片は、前記各断片対に対応する前記バーコードを有する、前記複数の配列リード内の各配列リード第２サブセットで構成され、
前記各配列リード第２サブセット内の各配列リードは、前記各配列リード第２サブセット内の別の配列リードの定義済み遺伝距離内にあり、
前記各断片対の前記異なる第２計算断片は、前記第２ビン内の前記各断片対に対応する前記バーコードを有する第２配列リードに起因し、
前記各配列リード第２サブセット内の各配列リードは前記第２ビンに由来する、命令と、
（Ｆ）前記１つまたは複数の断片対に関して、第１モデルの発生確率及び第２モデルの発生確率に基づいて各尤度を計算することにより、前記試験用核酸における構造変異の尤度を提供する命令であって、
（ｉ）前記第１モデルは、前記１つまたは複数の断片対の前記各第１計算断片及び前記各第２計算断片が、前記対象核酸配列内に構造変異はないと観察され、かつ共通分子の一部であることを明示し、
（ｉｉ）前記第２モデルは、前記１つまたは複数の断片対の前記各第１計算断片及び前記各第２計算断片が、前記対象核酸配列内に構造変異があると観察されることを明示する、命令と
を含む、前記非一時的コンピュータ可読記憶媒体。