【手続補正書】
【提出日】令和1年11月15日(2019.11.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１５０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１５０】
本明細書で記載される実施例は、発明の質量標識の第１のセットとの関連で前に記載される実施形態１〜６で設定される質量標識および質量標識のセットを作製するための手段を提供する。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
（構成１）
２以上の質量標識のセットであって、各質量標識が下記式：
Ｘ−Ｌ−Ｍ−Ｒｅ
を含み
式中：
Ｘは精密質量を有するレポーター部分であり、
Ｌは質量分析計における衝突によって開裂可能な結合であり、
Ｍは質量修飾因子であり、ならびに
Ｒｅはａ）前記質量標識を分析物に付着させるための反応性官能基またはｂ）前記分析物であり、
前記セット中の各質量標識は整数質量を有し、
前記セット中の各質量標識は同じ整数質量を有し、
前記セットは質量標識の２以上のサブセットを含み、各サブセットは１つ、２つまたはそれより多くの質量標識を含み、
前記サブセットが２以上の質量標識を含む場合、前記サブセット中の各質量標識のレポーター部分Ｘの精密質量は同じサブセット中のおよび他の全てのサブセット中の質量標識のレポーター部分Ｘの精密質量と異なり、
各質量標識は質量分析によって区別可能であり、
各質量標識は下記一般式：
（化１）
2019505764.tif 000001
を含むレポーター部分Ｘを有し
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ５の各々は独立してＨ、置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ１０アルキル基、あるいはメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ペンチル、ネオペンチル、ｔｅｒｔ−ペンチル、ｉｓｏ−ペンチル、ｓｅｃ−ペンチルおよび３−ペンチルから選択される構造である、２以上の質量標識のセット。
（構成２）
２以上の質量標識のセットであって、各標識が下記式：
Ｘ−Ｌ−Ｍ−Ｒｅ
を有し
式中、Ｘは精密質量を有するレポーター部分であり、Ｌは質量分析計における衝突によって開裂可能な結合であり、Ｍは質量修飾因子であり、ならびにＲｅは前記質量標識を分析物に付着させるための反応性官能基または前記分析物であり、およびＸは下記一般式：
（化２）
2019505764.tif 000002
を含み
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４およびＲ５の各々は独立してＨ、置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ１０アルキル基、あるいはメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ｓｅｃ−ブチル、ｔｅｒｔ−ブチル、ペンチル、ネオペンチル、ｔｅｒｔ−ペンチル、ｉｓｏ−ペンチル、ｓｅｃ−ペンチルおよび３−ペンチルから選択される構造である、２以上の質量標識のセット。
（構成３）
Ｒ１およびＲ４はメチルである、構成１または２のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成４）
Ｒ２はＨである、構成１〜３のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成５）
Ｒ３はＨ、メチル、イソプロピル、イソブチルからなる群より選択される、構成１〜４のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成６）
Ｒ５はＨまたはメチルである、構成１〜５のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成７）
前記レポーター部分Ｘは下記：
（化３）
2019505764.tif 000003
2019505764.tif 000004
から選択される、構成１〜６のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成８）
前記レポーター部分Ｘは下記：
（化４）
2019505764.tif 000005
2019505764.tif 000006
から選択され
式中、＊は同位体質量調整部分でありかつ酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい、構成７に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成９）
前記質量修飾因子Ｍは下記：
（化５）
2019505764.tif 000007
から選択され
式中：
各Ｒ１０は独立してＨ、置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ６アルキル基、置換または非置換脂肪族環状基、置換または非置換芳香族基あるいは置換または非置換複素環基あるいはアミノ酸側鎖であり、
各Ｒ１１は独立してＨ、置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ６アルキル基、置換または非置換脂肪族環状基、置換または非置換芳香族基あるいは置換または非置換複素環基あるいはアミノ酸側鎖であり、
ｂは１−１０の整数であり、
ｃは０−１０の整数であり、
ｄは１−１０の整数であり、および
ｅは１−１０の整数である、構成４〜８のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１０）
前記質量修飾因子Ｍは下記：
（化６）
2019505764.tif 000008
から選択され
式中、＊は同位体質量調整部分でありかつ酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい、構成９に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１１）
各質量標識は少なくとも１つの質量系列修飾基をさらに含み、前記質量系列修飾基は前記レポーター部分Ｘの一部および／または前記質量修飾因子Ｍの一部である、構成１〜１０のいずれか一項に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１２）
前記少なくとも１つの質量系列修飾基は前記レポーター部分Ｘおよび前記質量修飾因子Ｍの一部である、構成１１に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１３）
前記少なくとも１つの質量系列修飾基は下記：
ｄ）重同位体２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎまたは１８Ｏ；あるいは
ｅ）任意で１つ以上の重同位体置換を含む置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ１０アルキル基；あるいは
ｆ）ａ）およびｂ）の組み合わせ
から選択される、構成１１または１２に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１４）
前記質量系列修飾基は−ＣＨ３、−１３ＣＨ３、−ＣＨＤ２、−１３ＣＨＤ２、−１３ＣＤ３または−ＣＤ３である、構成１３に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１５）
前記質量標識の各々は下記構造：
（化７）
2019505764.tif 000009
を有する少なくとも１つの質量系列修飾基を含み、
式中：
各Ｒ１２は独立してＨ、置換または非置換直鎖または分枝Ｃ１−Ｃ６アルキル基、置換または非置換脂肪族環状基、置換または非置換芳香族基あるいは置換または非置換複素環基あるいはアミノ酸側鎖であり；
ｆは１〜１０の整数であり；
ｇは１〜１０の整数であり；ならびに
ｈは１〜１０の整数である
構成１１〜１４のいずれかに記載の、セット。
（構成１６）
Ｒｅが前記分析物であるとき、前記分析物はアミノ酸、ペプチド、ポリペプチド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、炭水化物、脂質、リン脂質またはそれらの組み合わせの群から選択される１つ以上の分析物を含む、構成１〜１５のいずれか一項に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１７）
各質量標識は下記構造：
（化８）
2019505764.tif 000010
の１つを有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１６のいずれか一項に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１８）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
（化９）
2019505764.tif 000011
2019505764.tif 000012
2019505764.tif 000013
2019505764.tif 000014
2019505764.tif 000015
を有するｎ＝２１の質量標識を含む、構成１７に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成１９）
各質量標識は下記構造：
（化１０）
2019505764.tif 000016
を有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１６のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２０）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
（化１１）
2019505764.tif 000017
2019505764.tif 000018
を有するｎ＝７の質量標識を含む、構成１９に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２１）
各質量標識は下記構造：
（化１２）
2019505764.tif 000019
を有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１５のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２２）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
（化１３）
2019505764.tif 000020
を有するｎ＝５の質量標識を含む、構成２０に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２３）
各質量標識は下記構造：
（化１４）
2019505764.tif 000021
を有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１６のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２４）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
サブセット
（化１５）
2019505764.tif 000022
を有するｎ＝３の質量標識を含む、構成２３に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２５）
各質量標識は下記構造：
（化１６）
2019505764.tif 000023
の１つを有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１６のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２６）
各質量標識は下記構造：
（化１７）
2019505764.tif 000024
を有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素は２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１６のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２７）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
（化１８）
2019505764.tif 000025
2019505764.tif 000026
2019505764.tif 000027
2019505764.tif 000028
2019505764.tif 000029
を有するｎ＝２４の質量標識を含む、構成２６に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２８）
各質量標識は下記構造：
（化１９）
2019505764.tif 000030
2019505764.tif 000031
の１つを有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１６のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成２９）
各質量標識は下記構造：
（化２０）
2019505764.tif 000032
を有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１６のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成３０）
＊は１３Ｃまたは１５Ｎでありかつ前記セットは下記構造：
（化２１）
2019505764.tif 000033
2019505764.tif 000034
2019505764.tif 000035
2019505764.tif 000036
2019505764.tif 000037
2019505764.tif 000038
を有するｎ＝２７の質量標識を含む、構成２９に記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成３１）
各質量標識は下記構造：
（化２２）
2019505764.tif 000039
の１つを有し、
式中、＊は酸素が１８Ｏであり、炭素が１３Ｃであり、窒素が１５Ｎでありまたは水素が２Ｈであることを表し、かつ１つ以上の＊が存在してもよい
構成１〜１６のいずれかに記載の、２以上の質量標識のセット。
（構成３２）
構成１〜３１のいずれかに定義される質量標識の２以上のセットを含む、質量標識のアレイ。
（構成３３）
前記アレイにおける任意の１つのセットの質量標識の各々の整数質量は前記アレイにおける全ての他のセットの質量標識の各々の整数質量とは異なる、構成３２に記載の、質量標識のアレイ。
（構成３４）
一セット中の各質量標識は下記：
ａ）前記セット中の全ての他の質量標識と同じ整数質量を有する質量系列修飾基、および
ｂ）前記アレイの全ての他のセットの質量標識と異なる整数質量
を含む、構成３２または３３に記載の、質量標識のアレイ。
（構成３５）
一セット中の各質量標識は同じ質量系列修飾基を含む、構成３２または３３に記載の、アレイ。
（構成３６）
一セット中の各質量標識は前記アレイの全ての他の質量標識の質量系列修飾基のアイソトポログである質量系列修飾基を含む、構成３２〜３３のいずれかに記載の、アレイ。
（構成３７）
分析物と関連付けることができる質量標識または質量標識の組合せを質量分析によって同定することにより分析物を検出することを含む、質量分析の方法であって、前記質量標識は構成１〜３６のいずれかに定義される質量標識のセットまたはアレイ由来の質量標識である、質量分析の方法。
（構成３８）
ａ）複数の試料を提供することであって、各試料は１つ以上の分析物を含み、各試料は１つの質量標識または質量標識の組み合わせで示差標識され、１つ以上の標識分析物を得；前記質量標識（複数可）は構成１〜３６のいずれかに定義される質量標識のセットまたはアレイに由来する、こと；
ｂ）前記複数の示差標識された試料を混合して標識分析物を含む分析混合物を形成すること；
ｃ）任意で前記標識分析物を質量分析計で検出すること；
ｄ）前記標識分析物を質量分析計で解離して質量標識および／または無傷の質量標識を含む分析物フラグメントを形成すること；
ｅ）前記質量標識および／または無傷の質量標識を含む分析物フラグメントを検出すること；
ｆ）任意で前記質量標識を前記質量分析計で解離して前記レポーター部分を放出すること、および前記レポーター部分を検出すること；
ｇ）任意で工程ｆ）で形成された前記レポーター部分を解離してフラグメントを形成すること、および前記フラグメントを検出すること；
ｈ）前記標識分析物の質量スペクトル；および／または前記質量標識および／または無傷の質量標識を含む分析物フラグメントの質量スペクトル；および／または前記レポーター部分もしくはレポーター部分のフラグメントの質量スペクトルに基づいて分析物を同定すること
を含む、構成３７に記載の、質量分析の方法。
（構成３９）
前記分析物は前記標識分析物の質量スペクトルに基づいて同定される、構成３８に記載の、質量分析の方法。
（構成４０）
前記分析物は前記質量標識および／または無傷の質量標識を含む分析物フラグメントの質量スペクトルに基づいて同定される、構成３８に記載の、質量分析の方法。
（構成４１）
無傷の質量標識を含む前記分析物フラグメントは無傷の質量標識を含むｂ系列イオン、好ましくはｂ１イオンである、構成４０に記載の、質量分析の方法。
（構成４２）
前記分析物は前記レポーター部分もしくはレポーター部分のフラグメントの質量スペクトルに基づいて同定される、構成３７に記載の、質量分析の方法。
（構成４３）
ａ）複数の試料を提供することであって、各試料は１つ以上の分析物を含み、各試料は１つの質量標識または質量標識の組み合わせで示差標識され、１つ以上の標識分析物を得；前記質量標識（複数可）は構成１〜３６のいずれかに定義される質量標識のセットまたはアレイに由来する、こと；
ｂ）前記複数の示差標識された試料を混合して標識分析物を含む分析混合物を形成すること；
ｃ）前記標識分析物を質量分析計で検出すること；
ｄ）前記標識分析物を質量分析計で解離して前記レポーター部分を放出すること、および前記分析物または前記分析物のフラグメントに付着した前記質量標識の残りを含む相補イオンを検出すること；
ｅ）任意で工程ｄで形成された前記相補イオンを解離してフラグメントを形成する、および前記フラグメントを検出する１つ以上のさらなる工程；
ｆ）前記標識分析物の質量スペクトルおよび／または前記相補イオンおよび／またはそのフラグメントの質量スペクトルに基づいて前記分析物を同定すること
を含む、構成３７に記載の、質量分析の方法。
（構成４４）
前記解離は質量分析計における衝突誘起解離である、構成３８〜４３のいずれかに記載の、方法。
（構成４５）
４００の質量対電荷比で６０，０００を超える分解能、好ましくは４００の質量対電荷比で１００，０００を超える、最も好ましくは４００の質量対電荷比で２５０，０００を超える分解能を有する質量分析計で実施される、構成３８〜４４のいずれかに記載の、方法。
（構成４６）
工程ｄ）において前記相補イオンは結合Ｌからの一酸化炭素のニュートラルロスによって形成される、構成３８〜４５のいずれかに記載の、方法。