【手続補正書】
【提出日】平成18年3月13日(2006.3.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  少なくとも２つの部分を含む組成物であって、
第１の部分は、
（ｉ）少なくとも１つの第１のエネルギー移動要素と
（ii）目的の核酸の少なくとも一部の配列に相補的な核酸配列とを含む、
少なくとも１つの第１の核酸プライマーまたは核酸構築体を含み、
第２の部分は、
（ｉ）少なくとも１つの第２のエネルギー移動要素と
（ii）目的の核酸の少なくとも一部の核酸配列と同一である核酸配列とを含む、
少なくとも１つの第２の核酸プライマーまたは核酸構築体を含み、
ここで、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体は第２のエネルギー移動要素を含まず、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体は第１のエネルギー移動要素を含まない、上記組成物。
【請求項２】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１の組成物。
【請求項３】  第１の核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第１のエネルギー移動要素を含む、請求項１の組成物。
【請求項４】  第２の核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む、請求項１の組成物。
【請求項５】  第１の部分は、２つ以上の核酸プライマーまたは核酸構築体を含むか、第２の部分は、２つ以上の核酸プライマーまたは核酸構築体を含むか、または第１の部分と第２の部分の両方は、２つ以上の核酸プライマーまたは核酸構築体を含む、請求項１の組成物。
【請求項６】  ２つ以上の核酸プライマーまたは核酸構築体は、同一のまたは異なる核酸配列を含む、請求項５の組成物。
【請求項７】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１の組成物。
【請求項８】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項７の組成物。
【請求項９】  核酸プライマーまたは構築体の少なくとも１つは、固体支持体に固定または固定化されている、請求項１の組成物。
【請求項１０】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項９の組成物。
【請求項１１】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項１の組成物。
【請求項１２】  少なくとも２つの部分を含む組成物であって、
第１の部分は、少なくとも２つのセグメントを含み、
ここで、第１のセグメントは、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体と、少なくとも１つの第１のエネルギー移動要素を含み、第２のセグメントは、目的の核酸の少なくとも一部に相補的なプライマー伸長を含み、そして
第２の部分は、少なくとも２つのセグメントを含み、
ここで、第２の部分の第１のセグメントは、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体と、少なくとも１つの第２のエネルギー移動要素を含み、第２の部分の第２のセグメントは、目的の核酸の少なくとも一部と同一のプライマー伸長核酸配列を含み、
ここで、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体は第２のエネルギー移動要素を含まず、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体は第１のエネルギー移動要素を含まない、上記組成物。
【請求項１３】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１２の組成物。
【請求項１４】  第１の核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第１のエネルギー移動要素を含む、請求項１２の組成物。
【請求項１５】  第２の核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む、請求項１２の組成物。
【請求項１６】  第１の部分は、２つ以上の核酸プライマーまたは核酸構築体を含むか、第２の部分は、２つ以上の核酸プライマーまたは核酸構築体を含むか、または第１の部分と第２の部分の両方は、２つ以上の核酸プライマーまたは核酸構築体を含む、請求項１の組成物。
【請求項１７】  ２つ以上の核酸プライマーまたは核酸構築体は、同一のまたは異なる核酸配列を含む、請求項１６の組成物。
【請求項１８】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１２の組成物。
【請求項１９】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項１８の組成物。
【請求項２０】  核酸プライマーまたは構築体の少なくとも１つは、固体支持体に固定または固定化されている、請求項１２の組成物。
【請求項２１】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項２０の組成物。
【請求項２２】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項１２の組成物。
【請求項２３】  プライマー伸長配列は、ＤＮＡポリメラーゼにより付加されるかまたは影響を受ける、請求項１２の組成物。
【請求項２４】  プライマー伸長配列は、リガーゼにより付加されるかまたは影響を受ける、請求項１２の組成物。
【請求項２５】  ２つの核酸鎖を含む組成物であって、２つの鎖の第１は少なくとも１つの第１のエネルギー移動要素を含み、２つの鎖の第２は少なくとも１つの第２のエネルギー移動要素を含み、ここで第１の鎖またはその一部は、第２の鎖またはその一部にハイブリダイズしており、第１の鎖は第２のエネルギー移動要素が欠如し、第２の鎖は第２のエネルギー移動要素が欠如している、上記組成物。
【請求項２６】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項２５の組成物。
【請求項２７】  第１の鎖は、２つ以上の第１のエネルギー移動要素を含む、請求項２５の組成物。
【請求項２８】  第２の鎖は、２つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む、請求項２５の組成物。
【請求項２９】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項２５の組成物。
【請求項３０】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項２９の組成物。
【請求項３１】  鎖の少なくとも１つは、固体支持体に固定または固定化されている、請求項２５の組成物。
【請求項３２】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項３１の組成物。
【請求項３３】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項２５の組成物。
【請求項３４】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）請求項１の組成物、
（ii）目的の核酸を含有することが疑われる試料、および
（iii）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（ｉ）、（ii）および（iii）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ｉ）中の第１の核酸プライマーに目的の核酸の１つの鎖を接触させ、そしてハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ｉ）中の第２の核酸プライマーに目的の核酸の相補鎖（存在するなら）を接触させる工程；
（ｄ）第１の核酸プライマーと第２の核酸プライマーとを伸長して、第１のプライマー伸長核酸配列と、第２のプライマー伸長核酸配列（もし相補鎖が存在するなら）を形成させる工程；
（ｅ）第１のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸から分離し、第２のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）から分離する工程；
（ｆ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ｉ）中の第１の核酸プライマーに、目的の核酸または工程（ｅ）からの第２のプライマー伸長核酸配列を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ｉ）中の第２の核酸プライマーに、工程（ｅ）からの第１のプライマー伸長核酸配列を接触させる工程；そして
（ｇ）組成物（ｉ）中の第１と第２のエネルギー移動要素により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項３５】  目的の核酸の相補鎖が存在する、請求項３４の方法。
【請求項３６】  接触工程（ｆ）後の、処理は伸長工程（ｅ）を繰り返すことをさらに含む、請求項３４の方法。
【請求項３７】  処理は、第２のプライマー伸長核酸配列から第１のプライマー伸長核酸配列を分離し、次に工程（ｆ）を繰り返すことをさらに含む、請求項３６の方法。
【請求項３８】  工程（ｄ）、（ｅ’）および（ｆ）が繰り返される、請求項３７の方法。
【請求項３９】  検出工程（ｇ）は、伸長工程（ｄ）、分離工程（ｅ’）、または接触工程（ｆ）の間、またはその後に行われる、請求項３８の方法。
【請求項４０】  提供工程（ａ）において、試薬（iii）はＤＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡリガーゼ、またはこの両方を含む、請求項３４、３６、３７または３８の方法。
【請求項４１】  ＤＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡリガーゼ、またはこの両方は、熱安定性である、請求項４０の方法。
【請求項４２】  分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項３４、３６、３７または３８の方法。
【請求項４３】  目的の核酸（ii）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項３４の方法。
【請求項４４】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項３４の方法。
【請求項４５】  提供工程（ａ）において、第１の核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第１のエネルギー移動要素を含む、請求項３４の方法。
【請求項４６】  提供工程（ａ）において、第２の核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む、請求項３４の方法。
【請求項４７】  提供工程（ａ）において、２つ以上の第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、または２つ以上の第２の核酸プライマーまたは核酸構築体、またはこの両方が提供される、請求項３４の方法。
【請求項４８】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項３４の方法。
【請求項４９】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項４８の方法。
【請求項５０】  第１のまたは第２の核酸プライマーまたは構築体の少なくとも１つは、固体支持体に固定または固定化されている、請求項３４の方法。
【請求項５１】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項５０の方法。
【請求項５２】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項５０の方法。
【請求項５３】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項３４、３６、３７または３８の方法。
【請求項５４】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項５３の方法。
【請求項５５】  プライマーまたは核酸構築体を含む第１のセグメントと、プライマー伸長配列を含む第２のセグメントとの、２つのセグメントを含む核酸鎖を含む組成物であって、
ここで、プライマーまたは核酸構築体は、第１のエネルギー移動要素を含み、プライマー伸長配列は第２のエネルギー移動要素を含み、プライマー伸長配列は２つ以上のヌクレオチドを含む、上記組成物。
【請求項５６】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターである、請求項５５の組成物。
【請求項５７】  第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項５５の組成物。
【請求項５８】  第１の核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第１のエネルギー移動要素を含む、請求項５５、５６または５７のいずれかの組成物。
【請求項５９】  プライマー伸長配列は、２つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む、請求項５５、５６または５７のいずれかの組成物。
【請求項６０】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項５５の組成物。
【請求項６１】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項６０の組成物。
【請求項６２】  プライマーまたは核酸構築体を含む第１のセグメントと、プライマー伸長配列を含む第２のセグメントとの、２つのセグメントを含む第２の核酸鎖をさらに含む、請求項５５の組成物であって、
ここで、プライマーまたは核酸構築体は、第１のエネルギー移動要素を含み、プライマー伸長配列は第２のエネルギー移動要素を含む、上記組成物。
【請求項６３】  核酸プライマーまたは構築体は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項５５または６２の組成物。
【請求項６４】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項６３の組成物。
【請求項６５】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項６３または６４の組成物。
【請求項６６】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）（Ａ）目的の核酸の少なくとも一部に相補的な核酸配列と
（Ｂ）第１のエネルギー移動要素とを含む、核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）第２のエネルギー移動要素を含む標識ヌクレオチド；および
（iv）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（ｉ）、（ii）、（iii）および（iv）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の核酸プライマーに目的の核酸を接触させる工程；
（ｄ）２つ以上のヌクレオチドにより核酸プライマーを伸長させ、こうして標識ヌクレオチドを取り込む工程；そして
（ｅ）核酸プライマー中の第１のエネルギー移動要素と、取り込まれたヌクレオチド中の第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項６７】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項６６の方法。
【請求項６８】  検出工程（ｅ）の前に、（ｂ’）伸長された核酸を目的の核酸から分離する工程と、接触工程（ｃ）と伸長工程（ｄ）とをさらに含む、請求項６６の方法。
【請求項６９】  分離工程（ｂ’）、接触工程（ｃ）、および伸長工程（ｄ）は、１回以上繰り返される、請求項６８の方法。
【請求項７０】  提供工程（ａ）において、試薬（ｖ）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項６６の方法。
【請求項７１】  分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項６８または６９の方法。
【請求項７２】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項６６の方法。
【請求項７３】  提供工程（ａ）において、核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第１のエネルギー移動要素を含む、請求項６６の方法。
【請求項７４】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項６６の方法。
【請求項７５】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項７４の方法。
【請求項７６】  核酸プライマーまたは構築体は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項６６の方法。
【請求項７７】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項７６の方法。
【請求項７８】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項７６の方法。
【請求項７９】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項６６、６８、または６９の方法。
【請求項８０】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項７９の方法。
【請求項８１】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）目的の核酸の１つの鎖の少なくとも一部に相補的な核酸配列を含む、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）１つの鎖の少なくとも一部と同一の核酸配列を含む、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iv）第１のエネルギー移動要素を含む標識ヌクレオチド；および
（ｖ）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程であって、
ここで（ii）、（iii）または（ii）と（iii）の両方は第２のエネルギー移動要素を含む、工程；
（ｂ）上記（i）、（ii）、（iii）、（iv）および（ｖ）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに目的の核酸の１つの鎖を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（iii）中の第２の核酸プライマーに目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）を接触させる工程；
（ｄ）第１の核酸プライマーと第２の核酸プライマーとを伸長して、第１のプライマー伸長核酸配列と第２のプライマー伸長核酸配列（もし相補鎖が存在するなら）を形成させて、こうして標識ヌクレオチドを取り込む工程；
（ｅ）第１のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸から分離し、第２のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）から分離する工程；
（ｆ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに、目的の核酸または工程（ｅ）からの第２のプライマー伸長核酸配列を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（iii）中の第２の核酸プライマーに、工程（ｅ）からの第１のプライマー伸長核酸配列を接触させる工程；そして
（ｇ）第１の核酸プライマー、第２の核酸プライマー、またはこの両方中の第２のエネルギー移動要素と、取り込まれたヌクレオチド中の第１のエネルギー要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項８２】  目的の核酸の相補鎖が存在する、請求項８１の方法。
【請求項８３】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項８２の方法。
【請求項８４】  検出工程（ｆ）の後に、伸長工程（ｄ）とをさらに繰り返すことを含む、請求項８１の方法。
【請求項８５】  第１のプライマー伸長核酸配列を第２のプライマー伸長核酸配列から分離する工程（ｅ’）と、次に工程（ｆ）を繰り返すことをさらに含む、請求項８４の方法。
【請求項８６】  工程（ｄ）、（ｅ’）および（ｆ）は繰り返される、請求項８５の方法。
【請求項８７】  検出工程（ｇ）は、伸長工程（ｄ）、分離工程（ｅ’）、または接触工程（ｆ）の間またはその後に、特定の間隔で行われる、請求項８１、８４、８５、または８６の方法。
【請求項８８】  提供工程（ａ）において、試薬（ｖ）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項８１、８４、８５、または８６の方法。
【請求項８９】  分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項８１、８４、８５、または８６の方法。
【請求項９０】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項８１の方法。
【請求項９１】  提供工程（ａ）において、第１の核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第１のエネルギー移動要素を含む、請求項８１の方法。
【請求項９２】  提供工程（ａ）において、第２の核酸プライマーまたは構築体は、２つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む、請求項８１の方法。
【請求項９３】  提供工程（ａ）において、２つ以上の第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、または２つ以上の第２の核酸プライマーまたは核酸構築体、またはこの両方が提供される、請求項８１の方法。
【請求項９４】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項８１の方法。
【請求項９５】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項９４の方法。
【請求項９６】  少なくとも１つの第１のまたは第２の核酸プライマーまたは構築体は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項８１の方法。
【請求項９７】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項９６の方法。
【請求項９８】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項９６の方法。
【請求項９９】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項８１、８４、８５、または８６の方法。
【請求項１００】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項９９の方法。
【請求項１０１】  プライマーまたは核酸構築体を含む第１のセグメントと、プライマー伸長配列を含む第２のセグメントとの、２つのセグメントを含む核酸鎖を含む組成物であって、
ここで、プライマー伸長配列は、１つ以上の第１のエネルギー移動要素と１つ以上の第２のエネルギー移動要素とを含む、上記組成物。
【請求項１０２】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターである、請求項１０１の組成物。
【請求項１０３】  第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１０１の組成物。
【請求項１０４】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１０１の組成物。
【請求項１０５】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項１０４の組成物。
【請求項１０６】  ２つのセグメントを含む第２の鎖をさらに含む、請求項１０１の組成物であって、第２の鎖の第１のセグメントはプライマーまたは核酸構築体を含み、第２の鎖の第２のセグメントは、プライマー伸長配列を含み、
ここで、第２のセグメントのプライマー伸長配列は、１つ以上の第１のエネルギー移動要素と１つ以上の第２のエネルギー移動要素とを含む、上記組成物。
【請求項１０７】  少なくとも１つの核酸プライマーまたは構築体は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項１０１または１０６の組成物。
【請求項１０８】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項１０７の組成物。
【請求項１０９】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項１０７の組成物。
【請求項１１０】  少なくとも１つの核酸プローブまたは構築体は、消光物質をさらに含む、請求項１０１または１０６の組成物。
【請求項１１１】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）目的の核酸の少なくとも一部に相補的な核酸配列を含む、核酸プライマーまたは核酸構築体、および
（iii）第１のエネルギー移動要素を含む１つ以上の第１のヌクレオチドと、第２のエネルギー移動要素を含む１つ以上の第２のヌクレオチド；
（iv）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（ｉ）、（ii）、（iii）および（iv）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の核酸プライマーに、目的の核酸を接触させる工程；
（ｄ）核酸プライマーを伸長させ、こうして第１および第２のヌクレオチドを取り込む工程；そして
（ｅ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項１１２】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項１１１の方法。
【請求項１１３】  第１のヌクレオチドと第２のヌクレオチドは同一の塩基を含む、請求項１１１の方法。
【請求項１１４】  第１のヌクレオチドと第２のヌクレオチドは異なる塩基を含む、請求項１１１の方法。
【請求項１１５】  検出工程（ｅ）において、（ｂ’）伸長核酸を目的の核酸から分離する工程と、接触工程（ｃ）と伸長工程（ｄ）とを繰り返すことをさらに含む、請求項１１１の方法。
【請求項１１６】  分離工程（ｂ’）において、接触工程（ｃ）と伸長工程（ｄ）は、１回以上繰り返される、請求項１１５の方法。
【請求項１１７】  提供工程（ａ）において、試薬（ｖ）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項１１１の方法。
【請求項１１８】  分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項１１５または１１６の方法。
【請求項１１９】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１１１の方法。
【請求項１２０】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１１１の方法。
【請求項１２１】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項１２０の方法。
【請求項１２２】  核酸プライマーまたは構築体は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項１１１の方法。
【請求項１２３】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項１２２の方法。
【請求項１２４】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項１２２の方法。
【請求項１２５】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項１１１、１１５、または１１６の方法。
【請求項１２６】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項１２５の方法。
【請求項１２７】  核酸プライマーまたは構築体は、消光物質をさらに含む、請求項１１１の方法。
【請求項１２８】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）目的の核酸の１つの鎖の少なくとも一部に相補的な核酸配列を含む、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）１つの鎖の少なくとも一部と同一の核酸配列を含む、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iv）第１のエネルギー移動要素を含む１つ以上の第１のヌクレオチドと、第２のエネルギー移動要素を含む１つ以上の第２のヌクレオチド；および
（ｖ）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（i）、（ii）、（iii）、（iv）および（ｖ）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに目的の核酸の１つの鎖を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（iii）中の第２の核酸プライマーに目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）を接触させる工程；
（ｄ）第１の核酸プライマーと第２の核酸プライマーとを伸長して、第１のプライマー伸長核酸配列と第２のプライマー伸長核酸配列（もし相補鎖が存在するなら）を形成させて、こうして第１および第２のヌクレオチドを取り込む工程；そして
（ｅ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項１２９】  以下をさらに含む請求項１２８の方法：
（ｂ’）第１のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸から分離し、第２のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）から分離する；
（ｃ’）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに、工程（ｂ’）からの第２のプライマー伸長核酸配列を接触させ（もし鎖が存在するなら）、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（iii）中の第２の核酸プライマーに、工程（ｂ’）からの第１のプライマー伸長核酸配列を接触させ、次に伸長工程（ｄ）を繰り返す。
【請求項１３０】  請求項１２９の方法であって、第１のプライマー伸長核酸配列を、第２のプライマー伸長核酸配列から分離する工程（ｂ”）と、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに、工程（ｂ”）からの第２のプライマー伸長核酸配列を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（iii）中の第２の核酸プライマーに、工程（ｂ”）からの第１のプライマー伸長核酸配列を接触させる工程（ｃ”）を含み、次に伸長工程（ｄ）を繰り返す、上記方法。
【請求項１３１】  分離した（ｂ”）、接触工程（ｃ”）、および伸長工程（ｄ）は繰り返される、請求項１３０の方法。
【請求項１３２】  目的の核酸の相補鎖は存在する、請求項１２８の方法。
【請求項１３３】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項１３２の方法。
【請求項１３４】  検出工程（ｅ）は、接触工程、伸長工程、または分離工程の間またはその後に、特定の間隔で行われる、請求項１２８、１２９、１３０または１３１の方法。
【請求項１３５】  提供工程（ａ）において、試薬（ｖ）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項１２８の方法。
【請求項１３６】  分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項１２９、１３０、または１３１の方法。
【請求項１３７】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１２８の方法。
【請求項１３８】  提供工程（ａ）において、２つ以上の第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、または２つ以上の第２の核酸プライマーまたは核酸構築体、またはこの両方が提供される、請求項１２８の方法。
【請求項１３９】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１２８の方法。
【請求項１４０】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項１３９の方法。
【請求項１４１】  少なくとも１つの第１のまたは第２の核酸プライマーまたは構築体または任意のプライマー伸長核酸配列は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項１２８の方法。
【請求項１４２】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項１４１の方法。
【請求項１４３】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項１４１の方法。
【請求項１４４】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項１２８、１２９、１３０、または１３１の方法。
【請求項１４５】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項１４４の方法。
【請求項１４６】  少なくとも１つの核酸プライマーまたは構築体は、消光物質をさらに含む、請求項１２８の方法。
【請求項１４７】  ２つ以上のリボヌクレオチドを含む核酸鎖を含む組成物であって、少なくとも１つのリボヌクレオチドは第１のエネルギー移動要素を含み、少なくとも１つの他のリボヌクレオチドは第２のエネルギー移動要素を含む、上記組成物。
【請求項１４８】  第１のエネルギー移動要素はエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素はエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１４７の組成物。
【請求項１４９】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１４８の組成物。
【請求項１５０】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項１４９の組成物。
【請求項１５１】  核酸鎖は、固体支持体に固定または間接的に固定化されている、請求項１４７の組成物。
【請求項１５２】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項１５１の組成物。
【請求項１５３】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、または場合により第２の核酸プライマーまたは核酸構築体は、ＲＮＡプロモーター配列を含む、少なくとも１つの第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、および場合により第２の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）第１のエネルギー移動要素を含む１つ以上の第１のリボヌクレオチド、および第２のエネルギー移動要素を含む１つ以上の第２のリボヌクレオチド、
（iv）核酸鎖伸長とＲＮＡ転写とを実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（i）、（ii）、および（iii）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体（ii）に、目的の核酸の１つの鎖を接触させる工程；
（ｄ）核酸プライマーを伸長して、プライマー伸長核酸配列を形成させる工程；
（ｅ）プライマー伸長核酸配列またはその一部に相補的な第２の核酸鎖を合成し、こうして２本鎖核酸を形成する工程；
（ｆ）工程（ｅ）で形成した２本鎖核酸を転写して、第１および第２のリボヌクレオチド（iii）を転写体中に取り込む工程；
（ｇ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程とを含み、
ここで転写工程（ｆ）は、工程（ｅ）で合成されたプライマー伸長核酸配列または第２の核酸鎖中のＲＮＡプロモーター配列により行われる、上記方法。
【請求項１５４】  合成工程（ｅ）において、第２の核酸鎖は、ＲＮａｓｅＨの作用により産生されるＲＮＡ断片のプライマー伸長により合成される、請求項１５３の方法。
【請求項１５５】  合成工程（ｅ）において、第２の核酸鎖は、随時の第２の核酸プライマーまたは核酸構築体のプライマー伸長により合成される、請求項１５３の方法。
【請求項１５６】  合成工程（ｅ）において、第２の核酸鎖は、プライマー伸長核酸配列への末端付加または末端結合により合成される、請求項１５３の方法であって、この末端付加または結合の後に、末端付加または結合した配列に、末端付加または結合した配列に相補的な１つ以上の随時の第２の核酸プライマーまたは構築体を接触させ、次に随時の第２の核酸プライマーまたは構築体を伸長する、上記方法。
【請求項１５７】  ＲＮＡプロモーターは、Ｔ３プロモーター、Ｔ７プロモーターまたはＳＰ６プロモーターを含む、請求項１５３の方法。
【請求項１５８】  転写工程（ｆ）は、同種のＲＮＡポリメラーゼにより行われる、請求項１５７の方法。
【請求項１５９】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項１５３の方法。
【請求項１６０】  検出工程（ｅ）は、特定の間隔で１回以上行われる、請求項１５３の方法。
【請求項１６１】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１５３の方法。
【請求項１６２】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１５３の方法。
【請求項１６３】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項１６２の方法。
【請求項１６４】  工程（ｆ）で得られる転写体は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項１５３の方法。
【請求項１６５】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項１６４の方法。
【請求項１６６】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項１６４の方法。
【請求項１６７】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項１５３の方法。
【請求項１６８】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項１６７の方法。
【請求項１６９】  ２つの部分を含む組成物であって、第１の部分は、少なくとも２つのセグメントを含み、ここで、第１のセグメントは、核酸プライマーまたは核酸構築体を含み、第２のセグメントは、プライマー伸長配列を含み、そして
第２の部分は、核酸結合物質を含み、ここで、核酸プライマーまたは核酸構築体は、１つ以上の蛍光性第１のエネルギー移動要素を含み、核酸結合物質は、１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む、上記組成物。
【請求項１７０】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターである、請求項１６９の組成物。
【請求項１７１】  第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１６９の組成物。
【請求項１７２】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１６９の組成物。
【請求項１７３】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項１７２の組成物。
【請求項１７４】  核酸結合物質はタンパク質またはポリペプチドを含む、請求項１６９の組成物。
【請求項１７５】  タンパク質またはポリペプチドは、Ｔ４遺伝子３２タンパク質、ＳＳＢタンパク質、または抗体を含む、請求項１７４の組成物。
【請求項１７６】  核酸結合物質は、１本鎖核酸結合色素を含む、請求項１６９の組成物。
【請求項１７７】  核酸鎖は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項１６９の組成物。
【請求項１７８】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項１７７の組成物。
【請求項１７９】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項１７７の組成物。
【請求項１８０】  以下を含む組成物
（ａ）２つの核酸鎖、
ここで、鎖の少なくとも１つは２つのセグメントを含み、第１のセグメントは核酸プライマーまたは核酸構築体を含み、第２のセグメントはプライマー伸長配列を含む、および
（ｂ）核酸結合物質、
ここで、核酸プライマーまたは核酸構築体は１つ以上の蛍光性第１のエネルギー移動要素を含み、核酸結合物質は１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む。
【請求項１８１】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターである、請求項１８０の組成物。
【請求項１８２】  第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１８０の組成物。
【請求項１８３】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１８０の組成物。
【請求項１８４】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項１８３の組成物。
【請求項１８５】  第２の鎖は２つのセグメントを含み、第１のセグメントは第２の核酸プライマーまたは核酸構築体を含み、第２のセグメントはプライマー伸長配列を含む、請求項１８０の組成物。
【請求項１８６】  第２のプライマーまたは核酸構築体は、１つ以上の第１のエネルギー移動要素を含む、請求項１８５の組成物。
【請求項１８７】  核酸結合物質は、タンパク質またはポリペプチドを含む、請求項１８０の組成物。
【請求項１８８】  タンパク質またはポリペプチドは、ヒストンまたは抗体を含む、請求項１８７の組成物。
【請求項１８９】  核酸結合物質は、インターカレーターを含む、請求項１８０の組成物。
【請求項１９０】  インターカレーターは、ＳＹＢＲグリーンＩ、臭化エチジウム、臭化エチジウムまたはその誘導体を含むホモダイマーまたはヘテロダイマーを含む、請求項１８９の組成物。
【請求項１９１】  少なくとも１つの核酸鎖は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項１８０の組成物。
【請求項１９２】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項１９１の組成物。
【請求項１９３】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項１９１の組成物。
【請求項１９４】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）（Ａ）目的の核酸の少なくとも一部に相補的な核酸配列と
（Ｂ）１つ以上の蛍光性の第１のエネルギー移動要素とを含む、核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む核酸結合物質；
（iv）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（ｉ）、（ii）、（iii）および（iv）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の核酸プライマーに目的の核酸を接触させる工程；
（ｄ）核酸プライマーまたは核酸構築体を伸長させて、プライマー伸長配列を形成する工程；
（ｅ）核酸結合物質（iii）を、プライマー伸長配列に、または目的の核酸とプライマー伸長配列とを含む複合体に結合させる工程；および
（ｆ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項１９５】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（iii）はタンパク質またはポリペプチドを含む、請求項１９４の方法。
【請求項１９６】  タンパク質またはポリペプチドは、Ｔ４遺伝子３２タンパク質、ＳＳＢタンパク質、ヒストンまたは抗体を含む、請求項１９５の方法。
【請求項１９７】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（iii）は、１本鎖核酸結合色素を含む、請求項１９４の方法。
【請求項１９８】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（iii）は、インターカレーターを含む、請求項１９４の方法。
【請求項１９９】  インターカレーターは、ＳＹＢＲグリーンＩ、臭化エチジウム、臭化エチジウムまたはその誘導体を含むホモダイマーまたはヘテロダイマーを含む、請求項１９８の方法。
【請求項２００】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項１９４の方法。
【請求項２０１】  伸長工程（ｄ）で形成されるプライマー伸長配列は、結合工程（ｅ）の前に１本鎖にされている、請求項１９４の方法。
【請求項２０２】  検出工程（ｆ）の前に、（ｂ’）伸長された核酸を目的の核酸から分離する工程と、接触工程（ｃ）、伸長工程（ｄ）および結合工程（ｅ）を繰り返す工程をさらに含む、請求項１９４の方法。
【請求項２０３】  分離工程（ｂ’）、接触工程（ｃ）、および伸長工程（ｄ）、および結合工程（ｅ）は、１回以上繰り返される、請求項２０２の方法。
【請求項２０４】  提供工程（ａ）において、試薬（iv）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項１９４の方法。
【請求項２０５】  １本鎖にする工程または分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項２０１、２０２、または２０３の方法。
【請求項２０６】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項１９４の方法。
【請求項２０７】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項１９４の方法。
【請求項２０８】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項２０７の方法。
【請求項２０９】  核酸プライマーまたは構築体は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項１９４の方法。
【請求項２１０】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項２０９の方法。
【請求項２１１】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項２０９の方法。
【請求項２１２】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項１９４、２０１、２０２、または２０３の方法。
【請求項２１３】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項２１２の方法。
【請求項２１４】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）目的の核酸の１つの鎖の少なくとも一部に相補的な核酸配列を含む、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）１つの鎖の少なくとも一部と同一の核酸配列を含む、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iv）１つ以上の第１のエネルギー移動要素を含む核酸結合物質；および
（ｖ）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程であって、
（ii）、（iii）または（ii）と（iii）の両方は１つ以上の蛍光性の第２のエネルギー移動要素を含む、工程；
（ｂ）上記（i）、（ii）、（iii）、（iv）および（ｖ）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに目的の核酸の１つの鎖を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（iii）中の第２の核酸プライマーに目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）を接触させる工程；
（ｄ）第１の核酸プライマーと第２の核酸プライマーとを伸長して、第１のプライマー伸長核酸配列と第２のプライマー伸長核酸配列（もし相補鎖が存在するなら）を形成させる工程；
（ｅ）核酸結合物質（iv）を、プライマー伸長核酸配列に、または目的の核酸とプライマー伸長配列とを含む複合体に結合させる工程；そして
（ｆ）第１の核酸プライマー、第２の核酸プライマー、またはこの両方中の第２のエネルギー移動要素と、核酸結合物質（iv）中の第１のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項２１５】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質(iv）はタンパク質またはポリペプチドを含む、請求項２１４の方法。
【請求項２１６】  タンパク質またはポリペプチドは、Ｔ４遺伝子３２タンパク質、ＳＳＢタンパク質、ヒストンまたは抗体を含む、請求項２１５の方法。
【請求項２１７】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（iv）は、１本鎖核酸結合色素を含む、請求項２１４の方法。
【請求項２１８】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（iii）は、インターカレーターを含む、請求項２１４の方法。
【請求項２１９】  インターカレーターは、ＳＹＢＲグリーンＩ、臭化エチジウム、臭化エチジウムまたはその誘導体を含むホモダイマーまたはヘテロダイマーを含む、請求項２１８の方法。
【請求項２２０】  以下をさらに含む、請求項２１４の方法：
（ｂ’）第１のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸から分離し、第２のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）から分離する；
（ｃ’）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに、工程（ｂ’）からの第２のプライマー伸長核酸配列（もし第２の鎖が存在するなら）を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（iii）中の第２の核酸プライマーに、工程（ｂ’）からの第１のプライマー伸長核酸配列を接触させ、そして工程（ｄ）の伸長と以後の結合工程（ｅ）を繰り返す。
【請求項２２１】  （ｂ”）第１のプライマー伸長核酸配列を第２のプライマー伸長核酸配列から分離する工程、および（ｃ”）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに、工程（ｂ”）からの第２のプライマー伸長核酸配列を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（iii）中の第２の核酸プライマーに、工程（ｂ”）からの第１のプライマー伸長核酸配列を接触させ、そして伸長工程（ｄ）と結合工程（ｅ）を繰り返す工程を含む、請求項２２０の方法。
【請求項２２２】  分離工程（ｂ”）、接触工程（ｃ”）、伸長工程（ｄ）および結合工程（ｅ）が繰り返される、請求項２２１の方法。
【請求項２２３】  目的の核酸の相補鎖が存在する、請求項２１４の方法。
【請求項２２４】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその再中に１本鎖にされている、請求項２１４の方法。
【請求項２２５】  結合工程（ｅ）は、分離または変性工程後に行われる、請求項２１４、２２０、２２１、または２２２の方法。
【請求項２２６】  検出工程（ｅ）は、結合工程（ｅ）の最中または後に、特定の間隔で行われる、請求項２１４、２２０、２２１、または２２２の方法。
【請求項２２７】  提供工程（ａ）において、試薬（ｖ）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項２１４の方法。
【請求項２２８】  分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項２１４、２２０、２２１、または２２２の方法。
【請求項２２９】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項２１４の方法。
【請求項２３０】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項２１４の方法。
【請求項２３１】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項２３０の方法。
【請求項２３２】  少なくとも１つの第１のまたは第２の核酸プライマーまたは構築体または任意のプライマー伸長核酸配列は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項２１４の方法。
【請求項２３３】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項２３２の方法。
【請求項２３４】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項２３２の方法。
【請求項２３５】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項２１４、２２０、２２１、または２２２の方法。
【請求項２３６】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項２３５の方法。
【請求項２３７】  以下を含む組成物
（ａ）２つのセグメントを含む核酸鎖であって、第１のセグメントはプライマーまたは核酸構築体を含み、第２のセグメントはプライマー伸長配列を含む、および
（ｂ）核酸結合物質、
ここで、プライマー伸長配列は１つ以上の第１のエネルギー移動要素を含み、核酸結合物質は１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む。
【請求項２３８】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターである、請求項２３７の組成物。
【請求項２３９】  第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項２３７の組成物。
【請求項２４０】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項２３７の組成物。
【請求項２４１】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項２４０の組成物。
【請求項２４２】  核酸結合物質（ｂ）は、タンパク質またはポリペプチドを含む、請求項２３７の組成物。
【請求項２４３】  タンパク質またはポリペプチドは、Ｔ４遺伝子３２タンパク質、ＳＳＢタンパク質、または抗体を含む、請求項２３０の組成物。
【請求項２４４】  核酸結合物質（ｂ）は、１本鎖核酸結合色素を含む、請求項２３７の組成物。
【請求項２４５】  核酸鎖（ａ）は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項２３７の組成物。
【請求項２４６】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項２４５の組成物。
【請求項２４７】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項２４５の組成物。
【請求項２４８】  以下を含む組成物
（ａ）２つの核酸鎖、
ここで、鎖の少なくとも１つは２つのセグメントを含み、第１のセグメントは核酸プライマーまたは核酸構築体を含み、第２のセグメントはプライマー伸長配列を含む、および
（ｂ）核酸結合物質、
ここで、プライマー伸長配列は１つ以上の第１のエネルギー移動要素を含み、核酸結合物質は１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む。
【請求項２４９】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターである、請求項２４８の組成物。
【請求項２５０】  第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項２４８の組成物。
【請求項２５１】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項２４８の組成物。
【請求項２５２】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項２５１の組成物。
【請求項２５３】  核酸結合物質（ｂ）は、タンパク質またはポリペプチドを含む、請求項２４８の組成物。
【請求項２５４】  タンパク質またはポリペプチドは、ヒストンまたは抗体を含む、請求項２５３の組成物。
【請求項２５５】  核酸結合物質（ｂ）は、インターカレーターを含む、請求項２４８の組成物。
【請求項２５６】  インターカレーターは、ＳＹＢＲグリーンＩ、臭化エチジウム、臭化エチジウムまたはその誘導体を含むホモダイマーまたはヘテロダイマーを含む、請求項２５５の組成物。
【請求項２５７】  核酸鎖（ａ）は２つのセグメントを含み、第１のセグメントは核酸プライマーまたは核酸構築体を含み、第２のセグメントはプライマー伸長配列を含む、請求項２４８の組成物。
【請求項２５８】  プライマー伸長配列は第１のエネルギー移動要素を含む、請求項２５７の組成物。
【請求項２５９】  核酸鎖（ａ）の少なくとも１つは、固体支持体に固定または固定化されている、請求項２４８の組成物。
【請求項２６０】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項２５９の組成物。
【請求項２６１】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項２５９の組成物。
【請求項２６２】  核酸プライマーまたは構築体は、消光物質をさらに含む、請求項２４８の組成物。
【請求項２６３】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）目的の核酸の少なくとも一部に相補的な少なくとも１つの核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）第１のエネルギー移動要素を含む標識ヌクレオチド；
（iv）１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む核酸結合物質；および
（ｖ）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（i）、（ii）、（iii）、（iv）および（ｖ）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の核酸プライマーに目的の核酸を接触させる工程；
（ｄ）核酸プライマーを伸長して、標識ヌクレオチドを取り込む工程；
（ｅ）核酸結合物質をプライマー伸長核酸配列に結合させる工程；そして
（ｆ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項２６４】  提供工程（ａ）において、目的の核酸の異なる部分に相補的な少なくとも１つの他の核酸プライマーまたは核酸構築体がある、請求項２６３の方法。
【請求項２６５】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（iv）はタンパク質またはポリペプチドを含む、請求項２６３の方法。
【請求項２６６】  タンパク質またはポリペプチドは、Ｔ４遺伝子３２タンパク質、ＳＳＢタンパク質、ヒストンまたは抗体を含む、請求項２６５の方法。
【請求項２６７】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（iv）は、１本鎖核酸結合色素を含む、請求項２６３の方法。
【請求項２６８】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（iv）鎖は、インターカレーターを含む、請求項２６３の方法。
【請求項２６９】  インターカレーターは、ＳＹＢＲグリーンＩ、臭化エチジウム、臭化エチジウムまたはその誘導体を含むホモダイマーまたはヘテロダイマーを含む、請求項２６８の方法。
【請求項２７０】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項２６３の方法。
【請求項２７１】  検出工程（ｆ）の前に、（ｂ’）伸長された核酸を目的の核酸から分離する工程と、接触工程（ｃ）、伸長工程（ｄ）、および結合工程（ｅ）とをさらに含む、請求項２６３の方法。
【請求項２７２】  分離工程（ｂ’）、接触工程（ｃ）、伸長工程（ｄ）、および結合工程（ｅ）は、１回以上繰り返される、請求項２６３の方法。
【請求項２７３】  伸長工程（ｄ）で形成されるプライマー伸長配列は、結合工程（ｅ）の前に１本鎖にされている、請求項２６３、２７１、または２７２の方法。
【請求項２７４】  提供工程（ａ）において、試薬（ｖ）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項２６３の方法。
【請求項２７５】  分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項２７１または２７２の方法。
【請求項２７６】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項２６３の方法。
【請求項２７７】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項２６３の方法。
【請求項２７８】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項２７７の方法。
【請求項２７９】  核酸プライマー、核酸構築体またはプライマー伸長配列は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項２６３の方法。
【請求項２８０】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項２７９の方法。
【請求項２８１】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項２７９の方法。
【請求項２８２】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項２６３、２７１、または２７２の方法。
【請求項２８３】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項２８２の方法。
【請求項２８４】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）目的の核酸の１つの鎖の少なくとも一部に相補的な核酸配列を含む、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）１つの鎖の少なくとも一部と同一の核酸配列を含む、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体；
（iv）第１のエネルギー移動要素を含む１つ以上の標識ヌクレオチド；
（ｖ）１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む核酸結合物質；および
（vi）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（i）、（ii）、（iii）、（iv）、（ｖ）および（vi）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体（ii）に、目的の核酸の１つの鎖を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体（iii）に、目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）を接触させる工程；
（ｄ）第１の核酸プライマーと第２の核酸プライマーを伸長して、第１のプライマー伸長核酸配列と第２のプライマー伸長核酸配列（もし相補鎖が存在するなら）を形成させ、こうして標識ヌクレオチドを取り込む工程；
（ｅ）核酸結合物質（ｖ）を第１のプライマー伸長核酸配列、および第２のプライマー伸長核酸配列（もし相補鎖が存在するなら）に結合させる工程；そして
（ｆ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項２８５】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質(ｖ）はタンパク質またはポリペプチドを含む、請求項２８４の方法。
【請求項２８６】  タンパク質またはポリペプチドは、Ｔ４遺伝子３２タンパク質、ＳＳＢタンパク質、ヒストンまたは抗体を含む、請求項２８５の方法。
【請求項２８７】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（ｖ）は、１本鎖核酸結合色素を含む、請求項２８４の方法。
【請求項２８８】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（ｖ）は、インターカレーターを含む、請求項２８４の方法。
【請求項２８９】  インターカレーターは、ＳＹＢＲグリーンＩ、臭化エチジウム、臭化エチジウムまたはその誘導体を含むホモダイマーまたはヘテロダイマーを含む、請求項２８８の組成物。
【請求項２９０】  以下をさらに含む、請求項２８４の方法：
（ｂ’）第１のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸から分離し、第２のプライマー伸長核酸配列を目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）から分離する；
（ｃ’）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに、工程（ｂ’）からの第２のプライマー伸長核酸配列（もし第２の鎖が存在するなら）を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体（iii）に、工程（ｂ’）からの第１のプライマー伸長核酸配列を接触させ、そして工程（ｄ）の伸長と以後の結合工程（ｅ）を繰り返す。
【請求項２９１】  請求項２９０の方法であって、（ｂ”）第１のプライマー伸長核酸配列を第２のプライマー伸長核酸配列から分離する工程、および（ｃ”）ハイブリダイゼーション条件下で、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体（ii）に、工程（ｂ”）からの第２のプライマー伸長核酸配列を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体（iii）に、工程（ｂ”）からの第１のプライマー伸長核酸配列を接触させ、そして伸長工程（ｄ）と結合工程（ｅ）を繰り返す工程を含む、上記方法。
【請求項２９２】  分離工程（ｂ”）、接触工程（ｃ”）、伸長工程（ｄ）および結合工程（ｅ）が繰り返される、請求項２９１の方法。
【請求項２９３】  目的の核酸の相補鎖が存在する、請求項２８４の方法。
【請求項２９４】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその再中に１本鎖にされている、請求項２８４の方法。
【請求項２９５】  結合工程（ｅ）は、結合工程（ｅ）の最中または後に、特定の間隔で行われる、請求項２８４、２９０、２９１、または２９２の方法。
【請求項２９６】  提供工程（ａ）において、試薬（ｖ）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項２８４の方法。
【請求項２９７】  分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項２９０、２９１、または２９２の方法。
【請求項２９８】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項２８４の方法。
【請求項２９９】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項２８４の方法。
【請求項３００】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項２９９の方法。
【請求項３０１】  少なくとも１つの第１のまたは第２の核酸プライマーまたは構築体または任意のプライマー伸長核酸配列は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項２８４の方法。
【請求項３０２】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項３０１の方法。
【請求項３０３】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項３０１の方法。
【請求項３０４】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項２８４、２９０、２９１、または２９２の方法。
【請求項３０５】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項３０４の方法。
【請求項３０６】  以下を含む組成物
（ｉ）１つ以上のリボヌクレオチドを含み、少なくとも１つのリボヌクレオチドは第１のエネルギー移動要素を含む、核酸鎖、および
（ii）１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む核酸結合物質。
【請求項３０７】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターである、請求項３０６の組成物。
【請求項３０８】  第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項３０６の組成物。
【請求項３０９】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項３０６の組成物。
【請求項３１０】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項３０９の組成物。
【請求項３１１】  核酸結合物質（ｂ）は、タンパク質またはポリペプチドを含む、請求項３０６の組成物。
【請求項３１２】  タンパク質またはポリペプチドは、Ｔ４遺伝子３２タンパク質、ＳＳＢタンパク質、または抗体を含む、請求項３０６の組成物。
【請求項３１３】  核酸結合物質（ii）は、１本鎖核酸結合色素を含む、請求項３０６の組成物。
【請求項３１４】  核酸鎖は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項３０６の組成物。
【請求項３１５】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項３１４の組成物。
【請求項３１６】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）少なくとも１つの第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、および場合により第２の核酸プライマーまたは核酸構築体、ここで、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、または場合により第２の核酸プライマーまたは核酸構築体は、ＲＮＡプロモーター配列を含む、
（iii）第１のエネルギー移動要素を含む１つ以上の標識リボヌクレオチド、
（iv）第２のエネルギー移動要素を含む核酸結合物質、
（ｖ）核酸鎖伸長とＲＮＡ転写とを実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（i）、（ii）、（iii）、（iv）および（ｖ）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体（ii）に、目的の核酸の１つの鎖を接触させる工程；
（ｄ）核酸プライマーを伸長して、プライマー伸長核酸配列を形成させる工程；
（ｅ）プライマー伸長核酸配列またはその一部に相補的な第２の核酸鎖を合成し、こうして２本鎖核酸を形成する工程；
（ｆ）工程（ｅ）で形成した２本鎖核酸を転写して、標識リボヌクレオチド（iii）を標識転写体中に取り込む工程；
（ｇ）核酸結合物質（iv）を標識転写体に結合させる工程；
（ｈ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程とを含み、
ここで転写工程（ｆ）は、工程（ｅ）で合成されたプライマー伸長核酸配列または第２の核酸鎖中のＲＮＡプロモーターにより行われる、上記方法。
【請求項３１７】  合成工程（ｅ）において、第２の核酸鎖は、ＲＮａｓｅＨの作用により産生されるＲＮＡ断片のプライマー伸長により合成される、請求項３１６の方法。
【請求項３１８】  合成工程（ｅ）において、第２の核酸鎖は、随時の第２の核酸プライマーまたは核酸構築体のプライマー伸長により合成される、請求項３１６の方法。
【請求項３１９】  合成工程（ｅ）において、第２の核酸鎖は、プライマー伸長核酸配列への末端付加または末端結合により合成される、請求項３１６の方法であって、この末端付加または結合の後に、末端付加または結合した配列に、末端付加または結合した配列に相補的な１つ以上の第２の核酸プライマーまたは構築体を接触させ、次に第２の核酸プライマーまたは構築体を伸長する、上記方法。
【請求項３２０】  ＲＮＡプロモーターは、Ｔ３プロモーター、Ｔ７プロモーターまたはＳＰ６プロモーターを含む、請求項３１６の方法。
【請求項３２１】  転写工程（ｆ）は、同種のＲＮＡポリメラーゼにより行われる、請求項３１６の方法。
【請求項３２２】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項３１６の方法。
【請求項３２３】  検出工程（ｈ）は、特定の間隔で１回以上行われる、請求項３１６の方法。
【請求項３２４】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項３１６の方法。
【請求項３２５】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項３１６の方法。
【請求項３２６】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項３２５の方法。
【請求項３２７】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（iv）はタンパク質またはポリペプチドを含む、請求項３１６の方法。
【請求項３２８】  タンパク質またはポリペプチドは、Ｔ４遺伝子３２タンパク質、ＳＳＢタンパク質、または抗体を含む、請求項３２７の方法。
【請求項３２９】  提供工程（ａ）において、核酸結合物質（ｖ）は、１本鎖核酸結合色素を含む、請求項３１６の方法。
【請求項３３０】  工程（ｆ）で得られる転写体は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項３１６の方法。
【請求項３３１】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項３３０の方法。
【請求項３３２】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項３３０の方法。
【請求項３３３】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項３１６の方法。
【請求項３３４】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項３３３の方法。
【請求項３３５】  第１および第２の核酸を含む組成物であって、
第１の鎖は２つのセグメントを含み、第１のセグメントはプライマーまたは核酸構築体を含み、第２のセグメントはプライマー伸長配列を含み、
第２の鎖は、プライマー伸長配列またはその一部にハイブリダイズした核酸プローブを含み、
ここで、プライマー伸長配列は、１つ以上の第１のエネルギー移動要素を含み、核酸プローブは、１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む、上記組成物。
【請求項３３６】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターである、請求項３３５の組成物。
【請求項３３７】  第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項３３５の組成物。
【請求項３３８】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項３３５の組成物。
【請求項３３９】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項３３８の組成物。
【請求項３４０】  少なくとも１つの核酸鎖は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項３３５の組成物。
【請求項３４１】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項３４０の組成物。
【請求項３４２】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項３４０の組成物。
【請求項３４３】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）目的の核酸の少なくとも一部に相補的な核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）第１のエネルギー移動要素を含む標識ヌクレオチド、
（iv）１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む核酸プローブ；および
（ｖ）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（i）、（ii）、（iii）、（iv）および（ｖ）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の核酸プライマーに目的の核酸を接触させる工程；
（ｄ）核酸プライマーを伸長して、こうして標識ヌクレオチドを取り込む工程；
（ｅ）プライマー伸長配列を目的の核酸（ｉ）から分離する工程；
（ｆ）核酸プローブをプライマー伸長配列にハイブリダイズさせる工程；そして
（ｇ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項３４４】  核酸プローブ（iv）は、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む、請求項３４３の方法。
【請求項３４５】  核酸プローブ（iv）は、リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチド、またはこの両方を含む、請求項３４３の方法。
【請求項３４６】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項３４３の方法。
【請求項３４７】  検出工程（ｇ）の前に、接触工程（ｃ）、伸長工程（ｄ）、分離工程（ｅ）、およびハイブリダイゼーション工程（ｆ）をさらに含む、請求項３４３の方法。
【請求項３４８】  接触工程（ｃ）、伸長工程（ｄ）、分離工程（ｅ）、およびハイブリダイゼーション工程（ｆ）は、１回以上繰り返される、請求項３４７の方法。
【請求項３４９】  提供工程（ａ）において、試薬（ｖ）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項３４３の方法。
【請求項３５０】  分離工程は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項３４７または３４８の方法。
【請求項３５１】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項３４３の方法。
【請求項３５２】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項３４３の方法。
【請求項３５３】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項３５２の方法。
【請求項３５４】  プライマー伸長配列またはプローブは、固体支持体に固定または固定化されている、請求項３５３の方法。
【請求項３５５】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項３５４の方法。
【請求項３５６】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項３５４の方法。
【請求項３５７】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項３４３、３４７、または３４８の方法。
【請求項３５８】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項３５７の方法。
【請求項３５９】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）目的の核酸の１つの鎖の少なくとも一部に相補的な核酸配列を含む、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）１つの鎖の少なくとも一部と同一の核酸配列を含む、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体；
（iv）第１のエネルギー移動要素を含む１つ以上の標識ヌクレオチド；
（ｖ）１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む核酸プローブ；および
（vi）核酸鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）上記（i）、（ii）、（iii）、（iv）、（ｖ）および（vi）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体（ii）に、目的の核酸の１つの鎖を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体（iii）に、目的の核酸の相補鎖（もし存在するなら）を接触させる工程；
（ｄ）第１の核酸プライマーと第２の核酸プライマーを伸長して、第１のプライマー伸長核酸配列と第２のプライマー伸長核酸配列（もし相補鎖が存在するなら）を形成させ、こうして標識ヌクレオチドを取り込む工程；
（ｅ）第１のプライマー伸長核酸配列と第２のプライマー伸長核酸配列（もし工程（ｄ）で産生されるなら）を分離する工程；
（ｆ）核酸プローブ（ｖ）を第１のプライマー伸長核酸配列または第２のプライマー伸長核酸配列にハイブリダイズさせる工程；および
（ｇ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程、とを含む上記方法。
【請求項３６０】  核酸プローブ（ｖ）は、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む、請求項３５９の方法。
【請求項３６１】  核酸プローブ（ｖ）は、リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチド、またはこの両方を含む、請求項３５９の方法。
【請求項３６２】  目的の核酸の相補鎖が存在する、請求項３５９の方法。
【請求項３６３】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項３６２の方法。
【請求項３６４】  以下をさらに含む請求項３５９の方法：
（ｃ’）ハイブリダイゼーション条件下で、組成物（ii）中の第１の核酸プライマーに、工程（ｅ）からの第２のプライマー伸長核酸配列（もし第２の鎖が存在するなら）を接触させ、ハイブリダイゼーション条件下で、第２の核酸プライマーまたは核酸構築体（iii）に、工程（ｅ）からの第１のプライマー伸長核酸配列を接触させ；そして、以後伸長工程（ｄ）、分離工程（ｅ）、およびハイブリダイゼーション工程（ｆ）を繰り返す。
【請求項３６５】  以後、接触工程（ｃ’）、伸長工程（ｄ）、分離工程（ｅ）、およびハイブリダイゼーション工程（ｆ）をさらに含む、請求項３６４の方法。
【請求項３６６】  検出工程（ｇ）は、ハイブリダイゼーション工程（ｆ）の最中またはその後に特定の間隔で行われる、請求項３５９、３６４、または３６５のいずれかの方法。
【請求項３６７】  提供工程（ａ）において、試薬（ｖ）は熱安定性ＤＮＡポリメラーゼを含む、請求項３５９の方法。
【請求項３６８】  分離工程（ｅ）は、熱変性または鎖置換により行われる、請求項３５９、３６４、または３６５の方法。
【請求項３６９】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項３５９の方法。
【請求項３７０】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項３５９の方法。
【請求項３７１】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項３７０の方法。
【請求項３７２】  プライマー伸長核酸配列または核酸プローブは、固体支持体に固定または固定化されている、請求項３５９の方法。
【請求項３７３】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項３７２の方法。
【請求項３７４】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項３７２の方法。
【請求項３７５】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項３５９、３６４、または３６５の方法。
【請求項３７６】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項３７５の方法。
【請求項３７７】  ハイブリダイズした第１および第２の核酸を含む組成物であって、第１の鎖は、第１のエネルギー移動要素を含む少なくとも１つのリボヌクレオチドを含み、
第２の鎖は、第１の鎖またはその一部にハイブリダイズした核酸プローブを含み、ここで核酸プローブは、１つ以上の第２のエネルギー移動要素を含む、上記組成物。
【請求項３７８】  核酸プローブ（ｖ）は、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む、請求項３７７の組成物。
【請求項３７９】  核酸プローブ（ｖ）は、リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチド、またはこの両方を含む、請求項３７７の組成物。
【請求項３８０】  第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターである、請求項３７７の組成物。
【請求項３８１】  第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項３７７の組成物。
【請求項３８２】  第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項３７７の組成物。
【請求項３８３】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項３８２の組成物。
【請求項３８４】  第１の鎖または核酸プローブは、固体支持体に固定または固定化されている、請求項３７７の組成物。
【請求項３８５】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項３８３の組成物。
【請求項３８６】  試料中の目的の１本鎖または２本鎖核酸の存在を、定性的または定量的に検出する方法であって、
（ａ）（ｉ）目的の核酸を含有することが疑われる試料、
（ii）第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、または場合により第２の核酸プライマーまたは核酸構築体は、ＲＮＡプロモーター配列を含む、少なくとも１つの第１の核酸プライマーまたは核酸構築体、および場合により第２の核酸プライマーまたは核酸構築体、
（iii）第１のエネルギー移動要素を含む１つ以上の標識リボヌクレオチド、
（iv）第２のエネルギー移動要素を含む核酸結合プローブ、
（ｖ）核酸鎖伸長とＲＮＡ転写とを実施するための試薬、を提供する工程；（ｂ）上記（i）、（ii）、（iii）、（iv）および（ｖ）を含む反応混合物を形成する工程；
（ｃ）ハイブリダイゼーション条件下で、第１の核酸プライマーまたは核酸構築体（ii）に、目的の核酸の１つの鎖を接触させる工程；
（ｄ）核酸プライマーを伸長して、プライマー伸長核酸配列を形成させる工程；
（ｅ）プライマー伸長核酸配列またはその一部に相補的な第２の核酸鎖を合成し、こうして２本鎖核酸を形成する工程；
（ｆ）工程（ｅ）で形成した２本鎖核酸を転写して、標識リボヌクレオチド（iii）を標識転写体中に取り込む工程；
（ｇ）核酸プローブ（iv）を標識転写体に結合させる工程；
（ｈ）第１のエネルギー移動要素と第２のエネルギー移動要素の間のエネルギー移動により、目的の核酸の存在または量を検出する工程とを含み、
ここで転写工程（ｆ）は、工程（ｅ）で合成されたプライマー伸長核酸配列または第２の核酸鎖中のＲＮＡプロモーターにより行われる、上記方法。
【請求項３８７】  核酸プローブ（iv）は、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む、請求項３８６の方法。
【請求項３８８】  核酸プローブ（iv）は、リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチド、またはこの両方を含む、請求項３８６の方法。
【請求項３８９】  合成工程（ｅ）において、第２の核酸鎖は、ＲＮａｓｅＨの作用により産生されるＲＮＡ断片のプライマー伸長により合成される、請求項３８６の方法。
【請求項３９０】  合成工程（ｅ）において、第２の核酸鎖は、随時の第２の核酸プライマーまたは核酸構築体のプライマー伸長により合成される、請求項３８６の方法。
【請求項３９１】  合成工程（ｅ）において、第２の核酸鎖は、プライマー伸長核酸配列への末端付加または末端結合により合成される、請求項３８６の方法であって、この末端付加または結合の後に、末端付加または結合した配列に、末端付加または結合した配列に相補的な１つ以上の第２の核酸プライマーまたは構築体を接触させ、次に第２の核酸プライマーまたは構築体を伸長する、上記方法。
【請求項３９２】  ＲＮＡプロモーターは、Ｔ３プロモーター、Ｔ７プロモーターまたはＳＰ６プロモーターを含む、請求項３８６の方法。
【請求項３９３】  転写工程（ｆ）は、同種のＲＮＡポリメラーゼにより行われる、請求項３８６の方法。
【請求項３９４】  目的の核酸（ｉ）は、反応混合物形成工程（ｂ）の前またはその最中に、１本鎖にされている、請求項３８６の方法。
【請求項３９５】  検出工程（ｈ）は、特定の間隔で１回以上行われる、請求項３８６の方法。
【請求項３９６】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー移動要素がエネルギードナーであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであるか、または第１のエネルギー移動要素がエネルギーアクセプターであり、かつ第２のエネルギー移動要素がエネルギードナーである、請求項３８６の方法。
【請求項３９７】  提供工程（ａ）において、第１のエネルギー要素と第２のエネルギー要素は独立に、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（６−ＦＡＭ）、ナフトフルオレセイン、ローダミン、ローダミン６Ｇ、ローダミンＸ、ロドール、スルホローダミン１０１、テトラメチルローダミン（ＴＡＭＲＡ）、テトラメチルローダミンイソチオシアネート（ＴＲＩＴＣ）、４，７−ジクロロローダミン、エオシン、エオシンイソチオシアネート（ＥＩＴＣ）、ダンシル、ヒドロキシクマリン、メトキシクマリン、またはｐ−（ジメチルアミノフェニルアゾ）安息香酸（ＤＡＢＣＹＬ）、シアニン色素、または前記のいずれかの誘導体を含む、請求項３８６の方法。
【請求項３９８】  シアニン色素または誘導体は、Ｃｙ３またはＣｙ５を含む、請求項３９７の方法。
【請求項３９９】  工程（ｆ）で得られる転写体は、固体支持体に固定または固定化されている、請求項３８６の方法。
【請求項４００】  固体支持体は、ビーズ、試験管、マイクロタイタープレート、ガラススライド、プラスチックスライド、マイクロチップアレイ、ウェル、またはくぼみを含む、請求項３９９の方法。
【請求項４０１】  固定または固定化は、直接または間接である、請求項３９９の方法。
【請求項４０２】  いずれかまたはすべての工程が、閉じた容器系で行われる、請求項３８６の方法。
【請求項４０３】  閉じた容器系は、照射源と検出装置またはユニットを含む、請求項４０２の方法。
【請求項４０４】  少なくとも２つのセグメントを含むキメラ核酸構築体であって、第１のセグメントは５個以上のユニバーサル塩基を含み、第２のセグメントは、分かれた核酸配列を合成するための鋳型を含む、上記構築体。
【請求項４０５】  分かれた核酸配列は、少なくとも１つのプライマー結合配列またはプロモーター配列を含む、請求項４０４の構築体。
【請求項４０６】  プライマー結合配列はホモポリマー性またはヘテロポリマー性である、請求項４０５の構築体。
【請求項４０７】  ホモポリマー配列は、ポリＴ、ポリＵ、ポリＧ、ポリＣ、またはポリＡを含む、請求項４０６の構築体。
【請求項４０８】  ヘテロポリマー配列はＲＮＡプロモーター配列を含む、請求項４０６の構築体。
【請求項４０９】  ＲＮＡプロモーター配列は、Ｔ３プロモーター、Ｔ７プロモーターまたはＳＰ６プロモーターを含む、請求項４０８の構築体。
【請求項４１０】  第１のセグメントは、約８〜約１５個のユニバーサル塩基を含む、請求項４０４の構築体。
【請求項４１１】  ユニバーサル塩基は、イノシン、５−ニトロインドール、または３−ニトロピロールを含む、請求項４０４の構築体。
【請求項４１２】  第１のセグメントの５’末端は、第２のセグメントの３’末端に結合している、請求項４０４の構築体。
【請求項４１３】  所望の核酸配列をアナライトまたはアナライトのライブラリーに取り込む方法であって、
（ａ）（ｉ）アナライトまたはアナライトのライブラリー、
（ii）第１のセグメントは５個以上のユニバーサル塩基を含み、第２のセグメントは、所望の核酸配列を合成するための鋳型を含む、少なくとも２つのセグメントを含むキメラ核酸構築体；および
（iii）ハイブリダイゼーションと鋳型依存性鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；
（ｂ）キメラ核酸構築体（ii）をアナライトまたはアナライトのライブラリー（ｉ）に結合またはハイブリダイズさせる工程；および
（ｃ）アナライトまたはアナライトのライブラリーの３’末端を伸長させる工程とを含み、
第２のセグメントがアナライトまたはアナライトのライブラリーの３’末端の近傍にある時、第２のセグメントは伸長工程（ｃ）の鋳型である、上記方法。
【請求項４１４】  第１のセグメントの５’末端は、第２のセグメントの３’末端に結合している、請求項４１３の構築体。
【請求項４１５】  所望の核酸配列は、少なくとも１つのプライマー結合配列またはプロモーター配列を含む、請求項４１３の方法。
【請求項４１６】  プライマー結合配列はホモポリマー性またはヘテロポリマー性である、請求項４１５の方法。
【請求項４１７】  ホモポリマー配列は、ポリＴ、ポリＵ、ポリＧ、ポリＣ、またはポリＡを含む、請求項４１６の方法。
【請求項４１８】  ヘテロポリマー配列はＲＮＡプロモーター配列を含む、請求項４１６の方法。
【請求項４１９】  ＲＮＡプロモーター配列は、Ｔ３プロモーター、Ｔ７プロモーターまたはＳＰ６プロモーターを含む、請求項４１８の方法。
【請求項４２０】  提供工程（ａ）において、アナライトまたはアナライトのライブラリーはＤＮＡまたはＲＮＡを含む、請求項４１３の方法。
【請求項４２１】  ＤＮＡは、染色体ＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、またはウイルスＤＮＡを含む、請求項４２０の方法。
【請求項４２２】  ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、ｈＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、またはウイルスＲＮＡを含む、請求項４２０の方法。
【請求項４２３】  提供工程（ａ）において、ＤＮＡまたはＲＮＡは断片化されている、請求項４１３の方法。
【請求項４２４】  断片化は、化学的、物理的、または酵素的方法により行われる、請求項４２３の方法。
【請求項４２５】  酵素的方法は、エンドヌクレアーゼにより行われる、請求項４２４の方法。
【請求項４２６】  提供工程（ａ）において、第１のセグメントは、約８〜約１５個のユニバーサル塩基を含む、請求項４１３の方法。
【請求項４２７】  提供工程（ａ）において、ユニバーサル塩基は、イノシン、５−ニトロインドール、または３−ニトロピロールを含む、請求項４１３の方法。
【請求項４２８】  提供工程（ａ）において、試薬（iii）はポリメラーゼまたはリガーゼを含む、請求項４１３の方法。
【請求項４２９】  ポリメラーゼは、逆転写酵素、ＤＮＡ  ＰｏｌＩ、ＰｏｌＩのクレノウ断片を含む、請求項４２８の方法。
【請求項４３０】  リガーゼはＴ４ ＤＮＡリガーゼを含む、請求項４２８の方法。
【請求項４３１】  試薬（iii）は１つ以上の標識ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドを含む、請求項４１３の方法。
【請求項４３２】  結合またはハイブリダイゼーション工程（ｂ）は、キメラ核酸構築体（ii）とアナライトまたはアナライトのライブラリー（ｉ）との安定な複合体またはハイブリッドを形成するための温度に近い温度および条件下で行われる、請求項４１３の方法。
【請求項４３３】  アナライトまたはアナライトのライブラリーをホスファターゼで前処理する工程（ａ’）をさらに含む、請求項４１３の方法。
【請求項４３４】  提供工程（ａ）において、キメラ核酸構築体（ii）は鎖伸長が不可能である、請求項４１３の方法。
【請求項４３５】  キメラ核酸構築体のセットを含む組成物であって、そのような各構築体は少なくとも３つのセグメントを含み、第１のセグメントは４つ以上のユニバーサル塩基を含み、第２のセグメントは、１〜８個のヌクレオチドの並べ換えを含み、第３のセグメントは、所望の核酸配列を合成するための鋳型を含み、
ここで第２のセグメントでは、１〜８個のヌクレオチドの並べ換えは、
（Ｎ）n
（式中、Ｎは独立に、Ｇ、Ａ、ＴまたはＣであり、ｎは１〜８の整数である）を含む、上記組成物。
【請求項４３６】  各構築体において、第１のセグメントの５’末端は、第２のセグメントの３’末端に結合し、第２のセグメントの５’末端は、第３のセグメントの３’末端に結合している、請求項４３５の組成物。
【請求項４３７】  所望の核酸配列は、少なくとも１つのプライマー結合配列またはプロモーター配列を含む、請求項４３５の組成物。
【請求項４３８】  プライマー結合配列はホモポリマー性またはヘテロポリマー性である、請求項４３７の組成物。
【請求項４３９】  ホモポリマー配列は、ポリＴ、ポリＵ、ポリＧ、ポリＣ、またはポリＡを含む、請求項４３８の組成物。
【請求項４４０】  ヘテロポリマー配列はＲＮＡプロモーター配列を含む、請求項４３８の組成物。
【請求項４４１】  ＲＮＡプロモーター配列は、Ｔ３プロモーター、Ｔ７プロモーターまたはＳＰ６プロモーターを含む、請求項４４０の組成物。
【請求項４４２】  第１のセグメントは、約６〜約１５個のユニバーサル塩基を含む、請求項４３５の組成物。
【請求項４４３】  第１のセグメントは、４個のユニバーサル塩基を含み、ｎは４である、請求項４３５の組成物。
【請求項４４４】  第１のセグメントは、４個のユニバーサル塩基を含み、ｎは６である、請求項４３５の組成物。
【請求項４４５】  第１のセグメント中のユニバーサル塩基は、イノシン、５−ニトロインドール、または３−ニトロピロールを含む、請求項４３５の組成物。
【請求項４４６】  キメラ核酸構築体は、鎖伸長が不可能である、請求項４３５の組成物。
【請求項４４７】  所望の核酸配列をアナライトまたはアナライトのライブラリーに取り込む方法であって、（ａ）（ｉ）アナライトまたはアナライトのライブラリー、（ii）各構築体が少なくとも３つのセグメントを含む、キメラ核酸構築体のセットであって、第１のセグメントは４つ以上のユニバーサル塩基を含み、第２のセグメントは、１〜８個のヌクレオチドの並べ換えを含み、第３のセグメントは、所望の核酸配列を合成するための鋳型を含み、ここで第２のセグメントでは、１〜８個のヌクレオチドの並べ換えは、
（Ｎ）n
（式中、Ｎは独立に、Ｇ、Ａ、ＴまたはＣであり、ｎは１〜８の整数である）を含む、上記セット；および（iii）ハイブリダイゼーションと鋳型依存性鎖伸長を実施するための試薬、を提供する工程；（ｂ）キメラ核酸構築体（ii）をアナライトまたはアナライトのライブラリー（ｉ）に結合またはハイブリダイズさせる工程；および（ｃ）アナライトまたはアナライトのライブラリーの３’末端を伸長させる工程とを含み、第２のセグメントがアナライトまたはアナライトの３’末端にハイブリダイズしている時、第３のセグメントは伸長工程（ｃ）の鋳型である、上記方法。
【請求項４４８】  提供工程（ａ）、各構築体において、第１のセグメントの５’末端は、第２のセグメントの３’末端に結合し、第２のセグメントの５’末端は、第３のセグメントの３’末端に結合している、請求項４４７の方法。
【請求項４４９】  所望の核酸配列は、少なくとも１つのプライマー結合配列またはプロモーター配列を含む、請求項４４７の方法。
【請求項４５０】  プライマー結合配列はホモポリマー性またはヘテロポリマー性である、請求項４４９の方法。
【請求項４５１】  ホモポリマー配列は、ポリＴ、ポリＵ、ポリＧ、ポリＣ、またはポリＡを含む、請求項４５０の方法。
【請求項４５２】  ヘテロポリマー配列はＲＮＡプロモーター配列を含む、請求項４５０の方法。
【請求項４５３】  ＲＮＡプロモーター配列は、Ｔ３プロモーター、Ｔ７プロモーターまたはＳＰ６プロモーターを含む、請求項４５２の方法。
【請求項４５４】  提供工程（ａ）において、アナライトまたはアナライトのライブラリー（ｉ）はＤＮＡまたはＲＮＡを含む、請求項４４７の方法。
【請求項４５５】  ＤＮＡは、染色体ＤＮＡ、エピソームＤＮＡ、またはウイルスＤＮＡを含む、請求項４５４の方法。
【請求項４５６】  ＲＮＡは、ｍＲＮＡ、ｈＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、またはウイルスＲＮＡを含む、請求項４５４の方法。
【請求項４５７】  提供工程（ａ）において、ＤＮＡまたはＲＮＡは断片化されている、請求項４４７の方法。
【請求項４５８】  断片化は、化学的、物理的、または酵素的方法により行われる、請求項４５７の方法。
【請求項４５９】  酵素的方法は、エンドヌクレアーゼにより行われる、請求項４５８の方法。
【請求項４６０】  提供工程（ａ）において、第１のセグメントは、約６〜約１５個のユニバーサル塩基を含む、請求項４４７の方法。
【請求項４６１】  提供工程（ａ）において、第１のセグメントは、４個のユニバーサル塩基を含み、ｎは４である、請求項４４７の方法。
【請求項４６２】  提供工程（ａ）において、第１のセグメントは、４個のユニバーサル塩基を含み、ｎは６である、請求項４３５の方法。
【請求項４６３】  提供工程（ａ）において、ユニバーサル塩基は、イノシン、５−ニトロインドール、または３−ニトロピロールを含む、請求項４４７の方法。
【請求項４６４】  提供工程（ａ）において、試薬（iii）はポリメラーゼまたはリガーゼを含む、請求項４４７の方法。
【請求項４６５】  ポリメラーゼは、逆転写酵素、ＤＮＡ  ＰｏｌＩ、ＰｏｌＩのクレノウ断片を含む、請求項４６４の方法。
【請求項４６６】  リガーゼはＴ４ ＤＮＡリガーゼを含む、請求項４６５の方法。
【請求項４６７】  試薬（iii）は１つ以上の標識ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドを含む、請求項４４７の方法。
【請求項４６８】  結合またはハイブリダイゼーション工程（ｂ）は、キメラ核酸構築体（ii）とアナライトまたはアナライトのライブラリー（ｉ）との安定な複合体またはハイブリッドを形成するための温度に近い温度および条件下で行われる、請求項４４７の方法。
【請求項４６９】  アナライトまたはアナライトのライブラリーをホスファターゼで前処理する工程（ａ’）をさらに含む、請求項４４７の方法。
【請求項４７０】  提供工程（ａ）において、キメラ核酸構築体（ii）は鎖伸長が不可能にされている、請求項４４７の方法。
【請求項４７１】  ４つ以上のユニバーサル塩基を含む無第１のセグメントと、
目的の分かれた核酸配列に相補的な第２のセグメントの、
少なくとも２つのセグメントを含むキメラ核酸構築体であって、
第１のセグメントの５’末端は第２のセグメントの３’末端に結合し、第２のセグメントの５’末端は第３のセグメントの３’末端に結合している、上記キメラ核酸構築体。
【請求項４７２】  ユニバーサル塩基は、イノシン、５−ニトロインドール、または３−ニトロピロールを含む、請求項４７１の構築体。
【請求項４７３】  第１のセグメントは、約６〜約１０個のユニバーサル塩基を含む、請求項４７１の構築体。
【請求項４７４】  第２のセグメントは、少なくとも４個のヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む、請求項４７１の構築体。
【請求項４７５】  第２のセグメントは、制限酵素の認識配列を含む、請求項４７１の構築体。
【請求項４７６】  第２のセグメントは、第２のセグメントを制限酵素に対して耐性にする修飾ヌクレオチドを含む、請求項４７１の構築体。
【請求項４７７】  少なくとも４個のユニバーサル塩基を含む第３のセグメントをさらに含む、請求項４７１の構築体。
【請求項４７８】  所望の核酸配列を含む第３のセグメントをさらに含む、請求項４７１の構築体。
【請求項４７９】  所望の核酸配列は、少なくとも１つのプライマー結合配列またはプロモーター配列を含む、請求項４７８の構築体。
【請求項４８０】  プライマー結合配列はホモポリマー性またはヘテロポリマー性である、請求項４７９の構築体。
【請求項４８１】  ホモポリマー配列は、ポリＴ、ポリＵ、ポリＧ、ポリＣ、またはポリＡを含む、請求項４８０の構築体。
【請求項４８２】  ヘテロポリマー配列はＲＮＡプロモーター配列を含む、請求項４８０の構築体。
【請求項４８３】  ＲＮＡプロモーター配列は、Ｔ３プロモーター、Ｔ７プロモーターまたはＳＰ６プロモーターを含む、請求項４８２の構築体。
【請求項４８４】  キメラ核酸構築体は鎖伸長が不可能である、請求項４７１の構築体。
【請求項４８５】  アナライトまたはアナライトのライブラリーを選択された位置または配列で切断する方法であって、
（ａ）（ｉ）アナライトまたはアナライトのライブラリー、
（ii）請求項４７１の組成物、
（iii）特異的エンドヌクレアーゼ、
（iv）ハイブリダイゼーションとエンドヌクレアーゼ性分解消化のための試薬を、提供する工程；
（ｂ）組成物（ii）をアナライトまたはアナライトのライブラリー（ｉ）にハイブリダイズさせて、類似体またはアナライトのライブラリー（ｉ）中の第２のセグメントと選択された部位または配列の間でハイブリッドを形成する工程；および
（ｃ）ハイブリッドをエンドヌクレアーゼ性分解する工程を含む、上記方法。
【請求項４８６】  提供工程（ａ）において、組成物（ii）中のユニバーサル塩基は、イノシン、５−ニトロインドール、または３−ニトロピロールを含む、請求項４８５の方法。
【請求項４８７】  提供工程（ａ）において、組成物（ii）中の第２のセグメントは、制限酵素の認識配列を含む、請求項４８５の方法。
【請求項４８８】  提供工程（ａ）において、組成物（ii）中の第２のセグメントは、第２のセグメントを制限酵素に対して耐性にする修飾ヌクレオチドを含む、請求項４８７の方法。
【請求項４８９】  提供工程（ａ）において、組成物（ii）は、所望の核酸配列を含む第３のセグメントをさらに含む、請求項４８５の方法。
【請求項４９０】  所望の核酸配列は、少なくとも１つのプライマー結合配列またはプロモーター配列を含む、請求項４８９の方法。
【請求項４９１】  提供工程（ａ）において、組成物（ii）は鎖伸長が不可能にされている、請求項４８５の方法。
【請求項４９２】  ホスファターゼで前処理する工程（ｄ）をさらに含む、請求項４８５の方法。
【請求項４９３】  提供工程（ａ）において、鎖伸長のための試薬も提供される、請求項４８５の方法。
【請求項４９４】  残りのアナライトまたはアナライトのライブラリー中の３’末端を伸長する工程をさらに含み、ここで３’末端はエンドヌクレアーゼ性分解切断工程（ｃ）により産生されている、請求項４９３の方法。
【請求項４９５】  伸長工程は、１つ以上の標識ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの存在下で行われる、請求項４９４の方法。
【請求項４９６】  所望の核酸配列をアナライトまたはアナライトのライブラリーに取り込む方法であって、
（ａ）（ｉ）アナライトまたはアナライトのライブラリー、
（ii）少なくとも２つのセグメントを含むキメラ核酸構築体であって、２つのセグメントの第１は、第１のアナライト核酸配列に相補的であり、２つのセグメントの第２は、第２のアナライト核酸配列に相補的である、上記キメラ核酸構築体、
（iii）ハイブリダイゼーションとエンドヌクレアーゼ性分解消化のための試薬、
（iv）エンドヌクレアーゼ、および
（ｖ）鎖伸長のための試薬を、提供する工程；
（ｂ）上記（ｉ）、（ii）、（iii）および（iv）を含む混合物を形成する工程；
（ｃ）キメラ核酸構築体（ii）をアナライトまたはアナライトのライブラリー（ｉ）とハイブリダイズさせ、こうして第１のセグメントと第１のアナライト核酸配列の間で第１の複合体を形成させ、第２のセグメントと第２のアナライト核酸配列の間で第２の複合体を形成させる工程であって、
ここで、第１の複合体はエンドヌクレアーゼによる消化に対して耐性であり、第２の複合体は、エンドヌクレアーゼ性分解消化に感受性の１つ以上の部位を含む、上記工程；
（ｄ）第２の複合体をエンドヌクレアーゼ（iv）で消化する工程；および
（ｅ）３’末端はエンドヌクレアーゼ（iv）により生成された、第２のアナライト核酸配列の３’末端を伸長する工程であって、
ここで伸長工程（ｅ）は、鋳型依存性重合または連結により行われる、上記方法。
【請求項４９７】  提供工程（ａ）において、アナライトまたはアナライトのライブラリー（ｉ）は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡとＲＮＡの混合物を含む、請求項４９６の方法。
【請求項４９８】  提供工程（ａ）、第１のセグメントにおいて、第１のアナライト核酸配列はＲＮＡを含み、第２のセグメントはＤＮＡを含み、第２のアナライト核酸配列はＲＮＡを含み、エンドヌクレアーゼ（iv）をＲＮａｓｅＨを含む、請求項４９６の方法。
【請求項４９９】  提供工程（ａ）において、第２のセグメントおよび第２のアナライト核酸配列は、非対称制限酵素の認識配列を含む、請求項４９６の方法。
【請求項５００】  非対称制限酵素はＮ．ＢｓｔＮＢＩを含む、請求項４９９の方法。
【請求項５０１】  提供工程（ａ）において、第１のセグメントは、エンドヌクレアーゼ（iv）による消化に対して耐性を付与する、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む、請求項４９６の方法。
【請求項５０２】  形成工程（ｂ）において、（ｉ）、（ii）、および（iii）が混合され、次にハイブリダイゼーション工程（ｃ）後に（iv）と（ｖ）が加えられる、請求項４９６の方法。
【請求項５０３】  形成工程（ｂ）において、（ｉ）、（ii）、（iii）および（ｖ）が混合され、次にハイブリダイゼーション工程（ｃ）後に（iv）が加えられる、請求項４９６の方法。
【請求項５０４】  鎖伸長工程（ｅ）はまた、鎖置換を含む、請求項４９６の方法。
【請求項５０５】  脱リン酸化工程を実施する工程（ｆ）をさらに含む、請求項４９６の方法。
【請求項５０６】  請求項４９６の方法であって、キメラ核酸構築体（ii）は、第３のアナライト核酸配列に相補的な第３のセグメントをさらに含み、ハイブリダイゼーション工程（ｃ）は、第３のセグメントと第３のアナライト核酸配列との第３の複合体の形成をさらに含み、ここで第３の複合体は、エンドヌクレアーゼによる消化に対して耐性である、上記方法。
【請求項５０７】  提供工程（ａ）において、第３のセグメントは、エンドヌクレアーゼ（iv）による消化に対して耐性を付与する、修飾ヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体を含む、請求項５０６の方法。
【請求項５０８】  キメラ核酸構築体（ii）は、アナライトまたはアナライトのライブラリーに対して非相補的な第３のセグメントをさらに含む、請求項４９６の方法。
【請求項５０９】  第３のセグメントは、プライマー結合部位またはＲＮＡプロモーター配列を含む、請求項５０８の方法。
【請求項５１０】  提供工程（ａ）においてアナライトまたはアナライトのライブラリーは断片化されている、請求項４９６の方法。
【請求項５１１】  アナライトまたはアナライトのライブラリーはエンドヌクレアーゼにより断片化されている、請求項５１０の方法。
【請求項５１２】  エンドヌクレアーゼは、ＲＮａｓｅ、ＤＮａｓｅ、Ｓ１ヌクレアーゼ、大豆ヌクレアーゼまたは制限酵素を含む、請求項５１１の方法。
【請求項５１３】  鎖伸長のための試薬は、１つ以上の標識ヌクレオチドまたは標識オリゴヌクレオチドを含む、請求項４９６の方法。
【請求項５１４】  キメラ核酸構築体（ii）は、鎖伸長が不可能であるかまたは不可能にされている、請求項４９６の方法。
【請求項５１５】  少なくとも２つの核酸セグメントを含むキメラ核酸構築体であって、第１のセグメントと第２のセグメントは、それぞれ目的の核酸中のホモポリマー配列の異なる部分に相補的な配列を含み、
ホモポリマー配列の第１の部分への第１のセグメントのハイブリダイゼーションが、第１の複合体を産生し、
ホモポリマー配列の第２の部分への第２のセグメントのハイブリダイゼーションが、第２の複合体を産生し、
第２の複合体中のホモポリマー配列の第２の部分は、特異的エンドヌクレアーゼの基質であり、第１の複合体は特異的エンドヌクレアーゼに対して耐性である、上記キメラ核酸構築体。
【請求項５１６】  少なくとも２つの核酸セグメントは、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチドまたはこれらの組合せを含む、請求項５１５の構築体。
【請求項５１７】  リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドは、修飾リボヌクレオチド、リボヌクレオチド類似体、修飾デオキシリボヌクレオチド、またはデオキシリボヌクレオチド類似体を含む、請求項５１６の構築体。
【請求項５１８】  第１のセグメントの５’末端は、第２のセグメントの３’末端に結合している、請求項５１５の構築体。
【請求項５１９】  ホモポリマー配列はリボヌクレオチドを含む、請求項５１５の構築体。
【請求項５２０】  第１のセグメントはリボヌクレオチドを含み、第２のセグメントはデオキシリボヌクレオチドを含む、請求項５１６の構築体。
【請求項５２１】  特異的エンドヌクレアーゼはリボヌクレアーゼＨ（ＲＮａｓｅＨ）を含む、請求項５１５の構築体。
【請求項５２２】  ホモポリマー配列は、リボヌクレオチドを含み、第１のセグメントはリボヌクレオチドを含み、第２のセグメントはデオキシリボヌクレオチドを含み、そして特異的エンドヌクレアーゼはリボヌクレアーゼＨ（ＲＮａｓｅＨ）を含む、請求項５１６の構築体。
【請求項５２３】  ホモポリマー配列はオリゴＡまたはポリＡを含む、請求項５１６の構築体。
【請求項５２４】  所望の核酸配列を含む第３のセグメントをさらに含む、請求項５１５の構築体。
【請求項５２５】  所望の核酸配列は、プライマー結合配列またはプロモーター配列を含む、請求項５２４の構築体。
【請求項５２６】  所望の核酸配列は、１つ以上のユニバーサル塩基を含む、請求項５２４の構築体。
【請求項５２７】  アナライトまたはアナライトのライブラリーからホモポリマー配列の一部を除去する方法であって、
（ａ）（ｉ）アナライトまたはアナライトのライブラリー、
（ii）請求項１の構築体、
（iii）エンドヌクレアーゼ、
（iv）ハイブリダイゼーションとエンドヌクレアーゼ性分解消化のための試薬、を提供する工程；
（ｂ）構築体（ii）に、アナライトまたはアナライトのライブラリー（ｉ）をハイブリダイズさせて、ホモポリマー配列の一部にハイブリダイズした構築体（ii）中の第２のセグメントを含む少なくとも１つの第２の複合体と、ホモポリマー配列の異なる一部にハイブリダイズした構築体（ii）中の第１のセグメントを含む少なくとも１つの第１の複合体とを形成させる工程；
（ｃ）第２の複合体中の第２のセグメントにハイブリダイズしたホモポリマー配列の一部を、エンドヌクレアーゼ性分解により除去する工程を含む、上記方法。
【請求項５２８】  少なくとも２つの核酸セグメントは、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチドまたはこれらの組合せを含む、請求項５２７の方法。
【請求項５２９】  リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチドは、修飾リボヌクレオチド、リボヌクレオチド類似体、修飾デオキシリボヌクレオチド、またはデオキシリボヌクレオチド類似体を含む、請求項５２８の方法。
【請求項５３０】  第１のセグメントの５’末端は、第２のセグメントの３’末端に結合している、請求項５２７の方法。
【請求項５３１】  ホモポリマー配列はリボヌクレオチドを含む、請求項５２７の方法。
【請求項５３２】  第１のセグメントはリボヌクレオチドを含み、第２のセグメントはデオキシリボヌクレオチドを含む、請求項５２８の方法。
【請求項５３３】  特異的エンドヌクレアーゼはリボヌクレアーゼＨ（ＲＮａｓｅＨ）を含む、請求項５２７の方法。
【請求項５３４】  ホモポリマー配列は、リボヌクレオチドを含み、第１のセグメントはリボヌクレオチドを含み、第２のセグメントはデオキシリボヌクレオチドを含み、そして特異的エンドヌクレアーゼはリボヌクレアーゼＨ（ＲＮａｓｅＨ）を含む、請求項５２７、５２８、または５２９の方法。
【請求項５３５】  ホモポリマー配列はオリゴＡまたはポリＡを含む、請求項５２７の方法。
【請求項５３６】  所望の核酸配列を含む第３のセグメントをさらに含む、請求項５２７の方法。
【請求項５３７】  所望の核酸配列は、プライマー結合配列またはプロモーター配列を含む、請求項５３６の方法。
【請求項５３８】  所望の核酸配列は、１つ以上のユニバーサル塩基を含む、請求項５３６の方法。
【請求項５３９】  ホスファターゼで前処理する工程（ｄ’）をさらに含む、請求項５２７の方法。
【請求項５４０】  提供工程（ａ）において、鎖伸長のための試薬も提供される、請求項５２７の方法。
【請求項５４１】  残りのホモポリマー配列中の３’末端を伸長する工程（ｄ）をさらに含み、ここで３’末端はエンドヌクレアーゼ性分解切断工程（ｃ）により産生されている、請求項５４０の方法。
【請求項５４２】  伸長工程（ｄ）は、１つ以上の標識ヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの存在下で行われる、請求項５４１の方法。