【手続補正書】
【提出日】平成18年4月7日(2006.4.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  構造的に特徴があるＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより、構造的に特徴があるＤＮＡ部分またはそのＤＮＡ部分を含む周辺ＤＮＡを濃縮する工程と、サブトラクション（ｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ）処理により、構造的に特徴があるＤＮＡ部分またはそのＤＮＡ部分を含む周辺ＤＮＡのみを選択的にクローニング（ｃｌｏｎｉｎｇ）する工程の組み合わせを含む、構造的に特徴があるＤＮＡ部分またはそのＤＮＡ部分を含む周辺ＤＮＡのクローニング方法。
【請求項２】  ミスマッチ（ｍｉｓｍａｔｃｈ）ＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程と、サブトラクション処理により変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程の組合せを含む微小変異ＤＮＡのクローニング方法。
【請求項３】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程によって、変異ＤＮＡを予め濃縮した後に、サブトラクション処理により該濃縮ＤＮＡから変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程を含む微小変異ＤＮＡのクローニング方法。
【請求項４】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することによりミスマッチＤＮＡを濃縮する工程と、サブトラクション処理により変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程の組合せを含む微小変異ＤＮＡの検出方法。
【請求項５】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程によって、変異ＤＮＡを予め濃縮した後に、サブトラクション処理により該濃縮ＤＮＡから変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程を含む微小変異ＤＮＡの検出方法。
【請求項６】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程と、サブトラクション処理により変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程の組合せを含むＤＮＡの変異に基づく疾病の診断手段。
【請求項７】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程に使用される試薬と、サブトラクション処理により変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程に使用される試薬によって構成された微小変異ＤＮＡの検出又はクローニング用キット。
【請求項８】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程が、２種類のＤＮＡを制限酵素で切断し、該切断断片を混合し、変性・再会合させた後に、ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用して、変異ＤＮＡ断片を回収する請求項２又は３に記載のクローニング方法。
【請求項９】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程が、２種類のＤＮＡを制限酵素で切断し、該切断断片を混合し、変性・再会合させた後に、ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用して、変異ＤＮＡ断片を回収する請求項４又は５に記載の微小変異ＤＮＡの検出方法。
【請求項１０】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程が、２種類のＤＮＡを制限酵素で切断し、該切断断片を混合し、変性・再会合させた後に、ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用して、変異ＤＮＡ断片を回収する請求項６に記載のＤＮＡの変異に基づく疾病の診断手段。
【請求項１１】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程が、２種類のＤＮＡを制限酵素で切断し、該切断断片を混合し、変性・再会合させた後に、ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用して、変異ＤＮＡ断片を回収する請求項７に記載の微小変異ＤＮＡの検出又はクローニング用キット。
【請求項１２】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程が、ミスマッチＤＮＡとの特異的結合能を有する物質を利用する請求項２、３及び８のいずれか一項に記載のクローニング方法。
【請求項１３】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程が、ミスマッチＤＮＡとの特異的結合能を有する物質を利用する請求項４、５及び９のいずれか一項に記載の微小変異ＤＮＡの検出方法。
【請求項１４】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程が、ミスマッチＤＮＡとの特異的結合能を有する物質を利用する請求項６又は１０に記載のＤＮＡの変異に基づく疾病の診断手段。
【請求項１５】  ミスマッチＤＮＡを特異的に認識する物質を利用することにより変異ＤＮＡを濃縮する工程が、ミスマッチＤＮＡとの特異的結合能を有する物質を利用する請求項７又は１１に記載の微小変異ＤＮＡの検出又はクローニング用キット。
【請求項１６】  サブトラクション処理により変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程が、ゲノム内ミスマッチＤＮＡ等のノイズＤＮＡ断片をサブトラクション（ｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ）した後に、残った変異ＤＮＡを回収し、これをクローニングする工程を含む請求項２、３、８及び１２のいずれか一項に記載のクローニング方法。
【請求項１７】  サブトラクション処理により変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程が、ゲノム内ミスマッチＤＮＡ等のノイズＤＮＡ断片をサブトラクション（ｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ）した後に、残った変異ＤＮＡを回収し、これをクローニングする工程を含む請求項４、５、９及び１３のいずれか一項に記載の微小変異ＤＮＡの検出方法。
【請求項１８】  サブトラクション処理により変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程が、ゲノム内ミスマッチＤＮＡ等のノイズＤＮＡ断片をサブトラクション（ｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ）した後に、残った変異ＤＮＡを回収し、これをクローニングする工程を含む請求項６、１０及び１４のいずれか一項に記載のＤＮＡの変異に基づく疾病の診断手段。
【請求項１９】  サブトラクション処理により変異ＤＮＡのみを選択的にクローニングする工程が、ゲノム内ミスマッチＤＮＡ等のノイズＤＮＡ断片をサブトラクション（ｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ）した後に、残った変異ＤＮＡを回収し、これをクローニングする工程を含む請求項７、１１及び１５のいずれか一項に記載の微小変異ＤＮＡの検出又はクローニング用キット。
【請求項２０】  以下の塩基配列を含む緑膿菌の薬剤排出ポンプＭｅｘ  ＤのＤＮＡ：
【化１】ＧＡＧＧＣＧＧＴＧＧＣＴＴＣＧＧＴＧＣＴＣＣＴＧＡＴＣＴＣＧ（配列表、配列番号１）。
【請求項２１】  以下の塩基配列を含む緑膿菌の１６Ｓ  ｒＲＮＡのＤＮＡ：
【化２】ＴＡＣＣＴＴＧＴＴＡＣＧＡＴＴＴＣＡＣＣＣＣＡＧＴＣＡＴＧＡ（配列表、配列番号２）。
【請求項２２】  以下の塩基配列を含む緑膿菌の定常期特異的シグマ因子のＤＮＡ：
【化３】ＧＧＣＡＴＣＡＴＧＣＴＧＧＡＣＡＣＧＡＧＴＣＧＴＣＴＧ（配列表、配列番号３）
【請求項２３】  以下の塩基配列の少なくとも一の式から選択される塩基配列からなるＤＮＡ：
【化４】ＧＡＧＧＣＧＧＴＧＧＣＴＴＣＧＧＴＧＣＴＣＣＴＧＡＴＣＴＣＧ（配列表、配列番号１）。
【化５】ＴＡＣＣＴＴＧＴＴＡＣＧＡＴＴＴＣＡＣＣＣＣＡＧＴＣＡＴＧＡ（配列表、配列番号２）。
【化６】ＧＧＣＡＴＣＡＴＧＣＴＧＧＡＣＡＣＧＡＧＴＣＧＴＣＴＧ（配列表、配列番号３）
【化７】ＣＧＧＡＡＧＧＣＧＧＣＧＡＡＧＴＣＴＧＣＣＴＧＣＣＴＧＴＣＣＧＣＴＧ（配列表、配列番号４）
【請求項２４】  以下の塩基配列からなるＤＮＡ：
【化８】ＣＧＧＡＡＧＧＣＧＧＣＧＡＡＧＴＣＴＧＣＣＴＧＣＣＴＧＴＣＣＧＣＴＧ（配列表、配列番号４）。
【請求項２５】  請求項２０〜２４のいずれか一項に記載のＤＮＡの部分ＤＮＡであって、少なくとも緑膿菌野生株に対する変異部分を担持し、長さが６〜２０ヌクレオチドである、ＤＮＡ。
【請求項２６】  請求項２０〜２５のいずれか一項に記載のＤＮＡを利用する緑膿菌変異ＤＮＡの検出方法。
【請求項２７】  請求項２０〜２５のいずれか一項に記載のＤＮＡを利用する緑膿菌変異ＤＮＡの検出キット。
【請求項２８】  請求項２０〜２５のいずれか一項に記載のＤＮＡを利用する薬剤耐性緑膿菌のスクリーニング方法。
【請求項２９】  請求項２０〜２５のいずれか一項に記載のＤＮＡを利用する緑膿菌の薬剤耐性の診断手段。