【手続補正書】
【提出日】平成18年7月11日(2006.7.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項１】
固相上に複数のプローブスポットを配置したアレイを用いた、検体核酸中の変異の有無を判定する方法であって、
（ｉ）固相上に変異のない該検体核酸の塩基配列に対する完全対合プローブスポット、１塩基ミスマッチプローブスポット、及び２塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブスポットが配置されているアレイを用意する工程と、
（ｉｉ）該アレイと検体とをハイブリダイゼーション反応させる工程と、
（ｉｉｉ）前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイのスポットからのシグナルを、アレイ上の複数のスポットを含む領域内の、該複数のスポットからのシグナルの総和として検出する検出装置を用いて検出する工程と、
を有するものであり、
該アレイは、前記領域を複数備え、
前記領域の第１に前記完全対合プローブスポットを含み、
前記領域の第２に前記２塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブを含み、前記完全対合プローブ及び該１塩基ミスマッチプローブを含まず、
各領域が含むスポット数は互いに同じであり、
各々の領域内のスポットと標識を付した検体核酸とをハイブリダイゼーション反応させたときに各領域内のスポットの各々が示すシグナルの総和を各領域のシグナル強度としたときの、各スポットと変異のない該検体核酸とを所定の条件でハイブリダイズさせた結果として各領域から得るシグナル強度が、該第１の領域で最大となり、且つ該第２の領域で実質的にゼロとなるものであり、
前記工程（ｉｉ）におけるハイブリダイゼーション反応は、前記所定の条件の下で行うものであり、更に
前記工程（ｉｉｉ）は、前記（ｉｉ）によって得られたアレイの各領域のシグナル強度を、該ＤＮＡアレイと変異のない該検体核酸とを上記所定の条件でハイブリダイズさせた結果として得られる各領域のシグナル強度と対比し、各領域におけるシグナル強度の変化に基づき該検体核酸の変異の有無を判定する工程を含む
ことを特徴とする検体核酸中の変異の有無を判定する方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項４】
固相上に複数のプローブスポットを配置したアレイを用いた、検体核酸中の変異の有無を検出する方法であって、
（ｉ）固相上に変異のない該検体核酸の塩基配列に対する完全対合プローブスポット、１塩基ミスマッチプローブスポット、２塩基ミスマッチプローブスポット及び３塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブスポットが配置されているアレイを用意する工程と、
（ｉｉ）該アレイと検体とをハイブリダイゼーション反応させる工程と、
（ｉｉｉ）前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイのスポットからのシグナルを、アレイ上の複数のスポットを含む領域内の、該複数のスポットからのシグナルの総和として検出する検出装置を用いて検出する工程と、
を有するものであり、
該アレイは、前記領域を複数備え、
前記領域の第１に前記完全対合プローブスポットを含み、
前記領域の第２に前記１塩基ミスマッチプローブスポットを含み前記完全対合プローブを含まず、
前記領域の第３に前記２塩基ミスマッチプローブスポットを含み前記完全対合プローブスポットを含まず、
前記領域の第４に前記３塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブを含み前記完全対合プローブスポット及び前記１塩基ミスマッチプローブスポットを含まず、
各領域が含むスポット数は互いに同じであり、
各々の領域内のスポットと標識を付した検体核酸とをハイブリダイゼーション反応させたときに各領域内のスポットの各々が示すシグナルの総和を各領域のシグナル強度としたときの、各スポットと変異のない該検体核酸とを所定の条件でハイブリダイズさせた結果として各領域から得るシグナル強度が、該第１の領域で最大となり、該第４の領域で実質的にゼロとなるものであり、
前記工程（ｉｉ）におけるハイブリダイゼーション反応は、前記所定の条件の下で行うものであり、更に
前記工程（ｉｉｉ）は、前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイの各領域のシグナル強度を、該アレイと変異の無い該検体核酸とを上記所定の条件でハイブリダイゼーション反応させた結果として得られるアレイの各領域のシグナル強度と対比し、各領域におけるシグナル強度の変化に基づき該検体核酸中の変異の有無を判定する工程を含む
ことを特徴とする検体核酸中の変異の有無を判定する方法。
【手続補正３】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】請求項７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【請求項７】
固相上に複数のプローブスポットを配置したアレイを用いた、検体核酸中の変異の有無を判定する方法であって、
（ｉ）固相上に変異のない該検体核酸の塩基配列に対する完全対合プローブスポット、１塩基ミスマッチプローブスポット、及び２塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブスポットが配置されているアレイを用意する工程と、
（ｉｉ）該アレイと検体とをハイブリダイゼーション反応させる工程と、
（ｉｉｉ）前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイのスポットからのシグナルを、アレイ上の複数のスポットを含む領域内の、該複数のスポットからのシグナルの総和として検出する検出装置を用いて検出する工程と、
を有するものであり、
該アレイは、前記領域を複数備え、
前記領域の第１に前記完全対合プローブスポットを含み、
前記領域の第２に前記２塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブを含み、前記完全対合プローブ及び該１塩基ミスマッチプローブを含まず、
各々の領域内のスポットと標識を付した検体核酸とをハイブリダイゼーション反応させたときに各領域内のスポットの各々が示すシグナルの総和を各領域のシグナル強度としたときの、各スポットと変異のない該検体核酸とを所定の条件でハイブリダイズさせた結果として各領域から得るシグナル強度が、該第１の領域で最大となり、且つ該第２の領域で実質的にゼロとなるものであり、
前記工程（ｉｉ）におけるハイブリダイゼーション反応は、前記所定の条件の下で行うものであり、更に
前記工程（ｉｉｉ）は、前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイの検体核酸との反応の結果として得られる第１の領域と第２の領域のシグナル強度の関係と、該アレイと変異のない該検体核酸との上記所定の条件でのハイブリダイゼーション反応の結果として得られる第１の領域と第２の領域のシグナル強度の関係との違いから変異の有無を判定する工程を含む
ことを特徴とする検体核酸中の変異の有無を判定する方法。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１１】
本発明の検体核酸中の変異の有無を判定する方法の第１の態様は、
固相上に複数のプローブスポットを配置したアレイを用いた、検体核酸中の変異の有無を判定する方法であって、
（ｉ）固相上に変異のない該検体核酸の塩基配列に対する完全対合プローブスポット、１塩基ミスマッチプローブスポット、及び２塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブスポットが配置されているアレイを用意する工程と、
（ｉｉ）該アレイと検体とをハイブリダイゼーション反応させる工程と、
（ｉｉｉ）前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイのスポットからのシグナルを、アレイ上の複数のスポットを含む領域内の、該複数のスポットからのシグナルの総和として検出する検出装置を用いて検出する工程と、
を有するものであり、
該アレイは、前記領域を複数備え、
前記領域の第１に前記完全対合プローブスポットを含み、
前記領域の第２に前記２塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブを含み、前記完全対合プローブ及び該１塩基ミスマッチプローブを含まず、
各領域が含むスポット数は互いに同じであり、
各々の領域内のスポットと標識を付した検体核酸とをハイブリダイゼーション反応させたときに各領域内のスポットの各々が示すシグナルの総和を各領域のシグナル強度としたときの、各スポットと変異のない該検体核酸とを所定の条件でハイブリダイズさせた結果として各領域から得るシグナル強度が、該第１の領域で最大となり、且つ該第２の領域で実質的にゼロとなるものであり、
前記工程（ｉｉ）におけるハイブリダイゼーション反応は、前記所定の条件の下で行うものであり、更に
前記工程（ｉｉｉ）は、前記（ｉｉ）によって得られたアレイの各領域のシグナル強度を、該ＤＮＡアレイと変異のない該検体核酸とを上記所定の条件でハイブリダイズさせた結果として得られる各領域のシグナル強度と対比し、各領域におけるシグナル強度の変化に基づき該検体核酸の変異の有無を判定する工程を含む
ことを特徴とする。
【手続補正５】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１２】
本発明の検体核酸中の変異の有無を判定する方法の第２の態様は、
固相上に複数のプローブスポットを配置したアレイを用いた、検体核酸中の変異の有無を検出する方法であって、
（ｉ）固相上に変異のない該検体核酸の塩基配列に対する完全対合プローブスポット、１塩基ミスマッチプローブスポット、２塩基ミスマッチプローブスポット及び３塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブスポットが配置されているアレイを用意する工程と、
（ｉｉ）該アレイと検体とをハイブリダイゼーション反応させる工程と、
（ｉｉｉ）前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイのスポットからのシグナルを、アレイ上の複数のスポットを含む領域内の、該複数のスポットからのシグナルの総和として検出する検出装置を用いて検出する工程と、
を有するものであり、
該アレイは、前記領域を複数備え、
前記領域の第１に前記完全対合プローブスポットを含み、
前記領域の第２に前記１塩基ミスマッチプローブスポットを含み前記完全対合プローブを含まず、
前記領域の第３に前記２塩基ミスマッチプローブスポットを含み前記完全対合プローブスポットを含まず、
前記領域の第４に前記３塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブを含み前記完全対合プローブスポット及び前記１塩基ミスマッチプローブスポットを含まず、
各領域が含むスポット数は互いに同じであり、
各々の領域内のスポットと標識を付した検体核酸とをハイブリダイゼーション反応させたときに各領域内のスポットの各々が示すシグナルの総和を各領域のシグナル強度としたときの、各スポットと変異のない該検体核酸とを所定の条件でハイブリダイズさせた結果として各領域から得るシグナル強度が、該第１の領域で最大となり、該第４の領域で実質的にゼロとなるものであり、
前記工程（ｉｉ）におけるハイブリダイゼーション反応は、前記所定の条件の下で行うものであり、更に
前記工程（ｉｉｉ）は、前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイの各領域のシグナル強度を、該アレイと変異の無い該検体核酸とを上記所定の条件でハイブリダイゼーション反応させた結果として得られるアレイの各領域のシグナル強度と対比し、各領域におけるシグナル強度の変化に基づき該検体核酸中の変異の有無を判定する工程を含む
ことを特徴とする。
【手続補正６】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１３】
本発明の検体核酸中の変異の有無を判定する方法の第３の態様は、
固相上に複数のプローブスポットを配置したアレイを用いた、検体核酸中の変異の有無を判定する方法であって、
（ｉ）固相上に変異のない該検体核酸の塩基配列に対する完全対合プローブスポット、１塩基ミスマッチプローブスポット、及び２塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブスポットが配置されているアレイを用意する工程と、
（ｉｉ）該アレイと検体とをハイブリダイゼーション反応させる工程と、
（ｉｉｉ）前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイのスポットからのシグナルを、アレイ上の複数のスポットを含む領域内の、該複数のスポットからのシグナルの総和として検出する検出装置を用いて検出する工程と、
を有するものであり、
該アレイは、前記領域を複数備え、
前記領域の第１に前記完全対合プローブスポットを含み、
前記領域の第２に前記２塩基若しくはそれ以上のミスマッチプローブを含み、前記完全対合プローブ及び該１塩基ミスマッチプローブを含まず、
各々の領域内のスポットと標識を付した検体核酸とをハイブリダイゼーション反応させたときに各領域内のスポットの各々が示すシグナルの総和を各領域のシグナル強度としたときの、各スポットと変異のない該検体核酸とを所定の条件でハイブリダイズさせた結果として各領域から得るシグナル強度が、該第１の領域で最大となり、且つ該第２の領域で実質的にゼロとなるものであり、
前記工程（ｉｉ）におけるハイブリダイゼーション反応は、前記所定の条件の下で行うものであり、更に
前記工程（ｉｉｉ）は、前記工程（ｉｉ）によって得られたアレイの検体核酸との反応の結果として得られる第１の領域と第２の領域のシグナル強度の関係と、該アレイと変異のない該検体核酸との上記所定の条件でのハイブリダイゼーション反応の結果として得られる第１の領域と第２の領域のシグナル強度の関係との違いから変異の有無を判定する工程を含む
ことを特徴とする。