【手続補正書】
【提出日】平成18年2月20日(2006.2.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】  乳房腫瘍細胞に特徴的な発現プロファイルの作製方法であって、以下の段階：
(a)該乳房腫瘍細胞及び正常乳房細胞から発現産物を単離し、
(b)腫瘍細胞及び正常乳房細胞双方の発現産物を、表6aまたは表5aから選択される少なくとも10種の遺伝子の発現産物に特異的に結合し得る複数の結合メンバーと接触させて腫瘍細胞及び正常細胞双方についてこれらの遺伝子の発現プロファイルを作製し、
(c)腫瘍細胞及び正常細胞の発現プロファイルを比較し、そして
(b)乳房腫瘍細胞に特徴的な発現プロファイルを決定する、
を含む、上記方法。
【請求項２】  乳房腫瘍細胞に特徴的な発現プロファイルの作製方法であって、以下の段階：
(a)乳房腫瘍細胞から発現産物を単離し、該発現産物を、表6aまたは表5aから選択される少なくとも10種の遺伝子の発現産物に特異的かつ独立して結合し得る複数の結合メンバーと接触させて腫瘍細胞の第1発現プロファイルを作製し、
(b)正常乳房細胞から発現産物を単離し、該発現産物を、段階(a)で使用する複数の結合メンバーと接触させて比較し得る正常乳房細胞の第2発現プロファイルを作製し、
(c)第1及び第2の発現プロファイルを比較して乳房腫瘍細胞に特徴的な発現プロファイルを決定する、
を含む、上記方法。
【請求項３】  乳房腫瘍細胞に特徴的な核酸発現プロファイルの作製方法であって、以下の段階：
(a)第１の乳房腫瘍細胞から発現産物を単離し、該発現産物を、表6aまたは表5aから選択される少なくとも10種の遺伝子の発現産物に特異的かつ独立して結合し得る複数の結合メンバーと接触させて第１の発現プロファイルを作製し、
(b)少なくとも第2の乳房腫瘍細胞からの発現産物で段階(a)を繰り返して少なくとも第2の発現プロファイルを作製し、
(c)少なくとも第1と第2の発現プロファイルを比較して乳房腫瘍細胞に特徴的な標準的核酸発現プロファイルを作製する、
を含む、上記方法。
【請求項４】  結合メンバーが表6aまたは表5aに挙げる遺伝子それぞれに特異的かつ独立して結合し得るものである、請求項1〜3のいずれか1項に記載の方法。
【請求項５】  発現産物がmRNAまたはcDNAである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
【請求項６】  結合メンバーが核酸プローブである、請求項1〜5のいずれか1項に記載の方法。
【請求項７】  発現産物がポリペプチドである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
【請求項８】  結合メンバーが抗体結合ドメインである、請求項7に記載の方法。
【請求項９】  結合メンバーが標識されている、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１０】  発現産物が標識されている、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１１】  個体における乳癌の存在または危険性を決定する方法であって、以下の段階：
(a)乳癌のおそれがあるか、または乳癌の危険性がある個体から得た乳房組織の細胞から発現産物を取得し、
(b)該発現産物を、表6aまたは表5aにおいて同定される少なくとも10種の遺伝子に対応する発現産物に特異的かつ独立して結合し得る結合メンバーと接触させ、そして
(c)乳房組織の細胞からの発現産物の、１以上の結合メンバーへの結合に基づいて該個体における乳癌の存在または危険性を決定する、
を含む、上記方法。
【請求項１２】  結合メンバーが表6aまたは表5aにおいて同定される遺伝子のそれぞれに対応する発現産物に結合し得るものである、請求項11に記載の方法。
【請求項１３】  上記個体における乳癌の存在または危険性の決定を、対象の乳房組織細胞からの発現産物の結合を乳房腫瘍細胞に特徴的な発現プロファイルと比較することによって行う、請求項11または12に記載の方法。
【請求項１４】  乳房腫瘍細胞に特徴的な上記発現プロファイルが請求項１〜10のいずれか1項に記載の方法によって作製される、請求項13に記載の方法。
【請求項１５】  個体がアジア系である、請求項11〜14のいずれか1項に記載の方法。
【請求項１６】  乳癌の存在及び/または型に特徴的な標準的発現プロファイルを決定するために複数の遺伝子発現プロファイルを取得する方法であって、以下の段階：
a)複数の乳房腫瘍サンプルから細胞を取得し、
b)該細胞を破砕して遺伝子発現産物を暴露し、
c)該遺伝子発現産物を、表6aまたは表5aから選択される少なくとも10種の遺伝子の発現産物に特異的な複数の結合メンバーと接触させ、そして
d)複数の乳房腫瘍サンプルのそれぞれについて該発現産物の該結合メンバーへの結合に基づいて乳癌の存在及び/または型に特徴的な遺伝子発現プロファイルを決定する、
を含む、上記方法。
【請求項１７】  更に上記複数の乳房腫瘍サンプルから得られる複数の発現プロファイルを含有するデータベースを作製する段階を含む、請求項16に記載の方法。
【請求項１８】  更に複数の発現プロファイル間の統計的変化を決定する段階を含む、請求項16に記載の方法。
【請求項１９】  請求項16または18に記載の方法によって作製される、乳癌または乳癌の型に特異的な発現プロファイルを含むデータベース。
【請求項２０】  発現プロファイルが核酸発現プロファイルである、請求項19に記載のデータベース。
【請求項２１】  発現プロファイルがタンパク質発現プロファイルである、請求項19に記載のデータベース。
【請求項２２】  エストロゲン受容体（ER）の状態に基づいて乳房腫瘍細胞を判別する方法であって、以下の段階：
(a)乳房腫瘍細胞から発現産物を取得し、
(b)該発現産物を、表5ａにおいて同定される遺伝子に対応する発現産物に結合し得る結合メンバーと接触させ、そして
(c)該乳房腫瘍細胞からの発現産物の、１以上の結合メンバーへの結合に基づいてER状態によって乳房腫瘍を判別する、
を含む、上記方法。
【請求項２３】  分子サブタイプに基づいて乳房腫瘍細胞を判別する方法であって、以下の段階：
(a)乳房腫瘍細胞から発現産物を取得し、
(b)該発現産物を、表6aにおいて同定される少なくとも10種の遺伝子に対応する発現産物に結合し得る結合メンバーと接触させ、そして
(c)該腫瘍細胞からの発現産物と結合メンバーとの結合プロファイルに基づいてその分子サブタイプについて腫瘍細胞を判別する、
を含む、上記方法。
【請求項２４】  上記結合メンバーが表6aに挙げる少なくとも20種の遺伝子に特異的かつ独立して結合し得るものである、請求項23に記載の方法。
【請求項２５】  上記結合メンバーが少なくとも表6bに挙げる遺伝子に特異的かつ独立して結合し得るものである、請求項23に記載の方法。
【請求項２６】  分子サブタイプがLuminal A、ERBB2、Basal、ER-タイプII及び正常／正常様から選択される、請求項23〜25のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】  表5aから選択される少なくとも10種の遺伝子の発現産物に特異的かつ独立して結合し得る複数の結合メンバーを含む診断ツールであって、該複数の結合メンバーが固相支持体に固定されている、上記診断ツール。
【請求項２８】  表6aから選択される少なくとも10種の遺伝子の発現産物に特異的かつ独立して結合し得る複数の結合メンバーを含む診断ツールであって、該複数の結合メンバーが固相支持体に固定されている、上記診断ツール。
【請求項２９】  表6bに示す遺伝子の発現産物に特異的かつ独立して結合し得る複数の結合メンバーを含む診断ツールであって、該複数の結合メンバーが固相支持体に固定されている、上記診断ツール。
【請求項３０】  上記結合メンバーがcDNAまたはオリゴヌクレオチドである、請求項27〜29のいずれか１項に記載の診断ツール。