【手続補正書】
【提出日】平成18年6月28日(2006.6.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
所定のプローブ配列を有するDNAチップを使用して行ったハイブリダイゼーションの実験に関するデータを入力するデータ入力ステップと、
上記プローブ配列の位置の表示を含む所定の長さのゲノム配列を図形的に表示するゲノム配列表示ステップと、
上記プローブ配列とハイブリダイズするスプライスバリアントの候補を上記ゲノム配列に対応して表示するスプライスバリアント候補表示ステップと、
を有する遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２】
上記ゲノム配列表示ステップは、所定の長さのゲノム配列を帯状に表示することと、上記ゲノム配列上にプローブ配列の位置を表示することと、を含むことを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項３】
上記ゲノム配列表示ステップは、更に、染色体番号及び生物種、ゲノム配列の開始位置のゲノム番号及び終了位置のゲノム番号、上記プローブ配列の開始位置及び終了位置のゲノム番号、及び、上記プローブ配列の識別番号を表示することを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項４】
上記ゲノム配列表示ステップは、ハイブリダイゼーションによる発現値を数字及び色によって表示することを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項５】
上記ゲノム配列表示ステップは、ハイブリダイゼーションによる発現値が複数ある場合にはその平均値を発現値とし、ゲノム配列上の同一の位置に異なるプローブが存在する場合には、複数のプローブに対する発現値の平均値を計算するステップを有することを特徴とする請求項４記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項６】
上記スプライスバリアント候補表示ステップは、スプライスバリアントの候補のmRNA配列及びEST配列を表示することと、該スプライスバリアントの候補のイントロン配列とエキソン配列を表示することと、を含むことを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項７】
上記スプライスバリアント候補表示ステップは、イントロン配列の長さがエキソン配列の長さより相対的に短くなるようにイントロン配列の長さを圧縮して表示することを特徴とする請求項６記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項８】
上記スプライスバリアント候補表示ステップは、スプライスバリアントの候補であるmRNA配列及びEST配列の転写産物に関する情報源であるリンク情報を表示することを特徴とする請求項６記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項９】
更に、染色体番号と染色体の長腕及び短腕の長さを図形的に表示した染色体を含む染色体マップを上記ゲノム配列に対応して表示する染色体マップ表示ステップを有することを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１０】
上記染色体マップ表示ステップは、染色体上にハイブリダイゼーションによる発現値を色によって表示することを特徴とする請求項９記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１１】
上記ハイブリダイゼーションを識別するハイブリダイゼーション識別情報と上記ハイブリダイゼーションの実験を識別する実験識別情報とを上記ゲノム配列に対応して表示する実験情報表示ステップを有することを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１２】
上記実験情報表示ステップにて表示された上記ハイブリダイゼーション識別情報の１つ又は上記実験識別情報の１つを選択する命令を入力したとき、上記ゲノム配列表示ステップは、選択されたハイブリダイゼーション識別情報又は実験識別情報に対応するゲノム配列を表示し、上記スプライスバリアント候補表示ステップは、選択されたハイブリダイゼーション識別情報又は実験識別情報に対応するスプライスバリアント候補を表示することを特徴とする請求項１１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１３】
上記ゲノム配列表示ステップにて表示された上記プローブ配列の識別番号を選択する命令を入力したとき、別ウィンドウにて、プローブ配列の識別番号、プローブ配列、アクセッション番号、遺伝子名、及び、プローブ定義情報を表示することを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１４】
上記スプライスバリアント候補表示ステップにて表示された上記mRNA配列又はEST配列を選択する命令を入力したとき、別ウィンドウにて、アクセッション番号、mRNA又はESTの定義情報、たんぱく質識別番号、及び、たんぱく質定義情報を含む基本情報を表示することを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１５】
上記基本情報に基づいて行ったBlast検索結果を表示することを特徴とする請求項１４記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１６】
上記実験情報表示ステップにて表示された上記mRNA配列又はEST配列を選択する命令を入力したとき、上記DNAチップに関する情報と上記ハイブリダイゼーションに関する情報を上記ゲノム配列に対応して表示することを特徴とする請求項１１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１７】
上記ゲノム配列表示ステップは、ゲノム配列上の上記プローブ配列の位置に関する情報を外部データベースから検索するプローブ配列位置検索ステップを含むことを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１８】
上記プローブ配列位置検索ステップは、ローカルなDNAチップデータベースよりゲノム配列上の上記プローブ配列の位置に関する情報を検索し、上記DNAチップデータベースに該情報が格納されていない場合に、外部データベースを検索することを特徴とする請求項１７記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項１９】
上記プローブ配列位置検索ステップは、外部データベースを検索して得たゲノム配列上の上記プローブ配列の位置に関する情報をローカルなDNAチップデータベースに格納することを特徴とする請求項１７記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２０】
上記プローブ配列位置検索ステップにおいて、プローブの定義情報を検索キーとし、外部データベースを検索し、遺伝子情報（ｍRNA、EST）からプローブ配列の位置情報を取得することと、DNAチップ上の全てのプローブ配列を問い合わせ配列とし、プローブの位置と同一位置のゲノム配列を対象配列としてマルチプルアライメントを実行し、ゲノム配列上のプローブの位置を決定するステップを含むことを特徴とする請求項１７記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２１】
上記プローブ配列位置検索ステップにおいて、検索キーの遺伝子（mRNA）を問い合わせ配列とし、外部データベースの解析生物種におけるmRNA及びEST配列すべてを対象配列とし、Blast検索プログラムによる検索を実行するステップと、
取得したmRNA又はESTを問い合わせ配列とし、外部データベースの解析生物種におけるゲノム配列を対象配列とし、Blast検索プログラムによる検索を実行するステップを含むことを特徴とする請求項１７記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２２】
上記スプライスバリアント候補表示ステップは、上記スプライスバリアントの候補を外部データベースから検索するスプライスバリアント検索ステップを含むことを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２３】
上記スプライスバリアント検索ステップは、外部データベースを検索して得た上記スプライスバリアントの候補の情報をローカルなDNAチップデータベースに格納することを特徴とする請求項２２記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２４】
上記スプライスバリアント検索ステップはBlast検索プログラムを使用してスプライスバリアントの候補を検索することを特徴とする請求項２２記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２５】
上記スプライスバリアント検索ステップにおいて、検索対象となるデータベースの配列データすべてを対象配列とし、塩基配列同士におけるBlast検索プログラムを使用し、指定パラメータの条件に従ってプログラムを実行するステップと、
問い合わせ配列の対象配列に対する位置を決定し、対象配列の問い合わせ配列に対する位置を決定し、算出されたBlast検索結果を選別し、それをDNAチップデータベースに格納するステップを含むことを特徴とする請求項２２記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２６】
上記染色体マップ表示ステップは、上記染色体に関する情報を外部データベースから検索する染色体検索ステップを含むことを特徴とする請求項９記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２７】
上記染色体検索ステップは、外部データベースを検索して得た上記染色体に関する情報をローカルなDNAチップデータベースに格納することを特徴とする請求項２６記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２８】
更に、上記データの前処理及び標準化を行う前処理及び標準化ステップと、
上記データの統計解析を行う統計解析ステップと、を有することを特徴とする請求項１記載の遺伝子発現解析システムにおけるデータ処理及び表示方法。
【請求項２９】
所定のプローブ配列を有するDNAチップを使用して行ったハイブリダイゼーションの実験に関するデータを入力するデータ入力部と、上記データの前処理及び標準化を行う前処理及び標準化部と、上記プローブ配列の位置の表示を含む所定の長さのゲノム配列を図形的に表示するデータを生成するゲノム配列表示処理部と、上記プローブ配列とハイブリダイズするスプライスバリアントの候補を上記ゲノム配列に対応して表示するデータを生成するスプライスバリアント候補表示部と、上記データの統計解析を行う統計解析部と、を有する遺伝子発現解析システム。