【手続補正書】
【提出日】平成18年7月31日(2006.7.31)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
データ間の傾向、相関、またはその他有用な関係の識別を容易にするためにデータを表示して操作するための方法であって、
ｎをマトリクスの列数、ｍを該マトリクスの行数として、ｎ×ｍマトリクスに配置されたエンティティにおいて、観測すべきエンティティに関連するデータ項目を処理システムのメモリに入力するステップ(S1)と、
表示マトリクス中に表現すべき各エンティティに関するデータ項目を識別するステップであって、識別されるデータ項目の各々が各エンティティの同じ特徴を表わすものであるが、識別されるデータ項目の各々の値は異なるものであるステップと、
識別された前記データ項目を変換(S11)して表示すべき前記データ項目のグラフィカル表現を判定するステップであって、該グラフィカル表現が識別された前記データ項目の値の変動をグラフィカルに表現するものであるステップと、
ｃ＜＝ｎおよびｄ＜＝ｍとして、識別された前記データ項目のうちの最初のｃ×ｄグラフィカル表現(110)をｃ×ｄマトリクスに表示し、該最初のｃ×ｄ表現の各グラフィカル表現が、表示されたｃ×ｄマトリクスにおいて対応するセルを占めるようにするステップと、
表示された前記ｃ×ｄマトリクスにおいて行(S17)または列(S27)を選択するステップと、
表示された前記ｃ×ｄマトリクスの中から選択された前記行または列に対応する前記ｎ×ｍマトリクスの行または列において、識別された前記データ項目の値の比較に基づいて前記ｎ×ｍマトリクス中の前記エンティティの配置順序をソートする(S19,S29)ステップと、
実施された前記ソートに基づいて、前記ｎ×ｍマトリクス中のエンティティの配置順序を並び替えるステップ(S21,S31)と、
グラフィカル表現間の関係の変化の視覚的識別のユーザによる観測のため、並び替え後のｎ×ｍマトリクスの中から前記識別されたデータ項目の最初のｃ×ｄグラフィカル表現を表示するステップと、
からなる方法。
【請求項２】
前記ソートは、行が選択された場合、識別された項目を１からｎまで順位付けしてそれらを選択された行に割り当て、あるいは列が選択された場合、識別された項目を１からｍまで順位付けしてそれらを選択された列に割り当て、並び替えの際に、最初の順位に識別されたデータ項目が位置する列または行をｎ×ｍマトリクスの最初の列位置または行位置に移動させ、２番目の順位に識別されたデータ項目をｎ×ｍマトリクスの２番目の列位置または行位置に移動させ、後続の列または行に含まれるデータ項目であって前記選択された行または列にも含まれる識別されたデータ項目の順位に従って後続の列または行を並び替えた後、並び替え後のｍ×ｎマトリクスのうちの最初のｃ列または最初のｄ行を表示することを含む、請求項１の方法。
【請求項３】
前記ソートは前記ｎ×ｍマトリクスの行または列の類似度ソートを含み、前記選択された行または列を前記並び替え後のｎ×ｍマトリクスの行１または列１として並び替え、他の行または他の列全てを処理して前記選択された行または列に対する相対類似度の値を判定し、並び替えの際、行１または列１から開始して他の行または列すべてを前記相対類似度の値による順位付けに基づいて行１または列１から下り順で再配置した後、並び替え後のｍ×ｎマトリクスのうちの最初のｄ行またはｃ列を表示する、請求項１の方法。
【請求項４】
相対類似度の値は、前記選択された行または列と前記類似度の値が割り当てられる行または列との間の距離の値を計算し、前記選択された行または列の各セルを前記類似度の値が割り当てられる行または列にある対応するセルと比較することにより判定される、請求項３の方法。
【請求項５】
前記ソートは前記ｎ×ｍマトリクスの行または列の際近隣ソートを含み、前記選択された行または列を前記並び替え後のｎ×ｍマトリクスのうちの行１または列１に並び替え、全ての他の行または他の列を処理して前記選択された行または列に対する相対類似度の値を判定し、最も近い相対類似度の値を有する行または列を前記並び替え後のｎ×ｍマトリクスのうちの行２または列２として並び替え、まだ並び替えていない残りの行または列すべてを処理して並び替え後の行２または列２に対する相対類似度の値を判定し、行２または列２に最も近い相対類似度を有する行または列を行３または列３として並び替え、全ての行または列が最近隣によって並び替えられるまでこの処理を繰り返した後、並び替え後のｍ×ｎマトリクスを表示する、請求項１の方法。
【請求項６】
前記ｎ×ｍマトリクスに関して、画面上にグラフィカルに表現されるデータ項目ではない第２のデータを識別するステップであって、識別される第２のデータ項目の各々が各エンティティの同じ特徴を表わすものであるが、識別される第２のデータ項目の各々の値は異なるものであるステップと、
表示された前記ｃ×ｄマトリクスにおいて行または列を選択するステップと、
表示された前記ｃ×ｄマトリクスの中から選択された行または列に対応する前記ｎ×ｍマトリクスの行または列において識別された第２のデータ項目の値の比較に基づいて、前記ｎ×ｍマトリクス中の前記エンティティの配置順序をソートするステップと、
前記第２のデータ項目に対するソートの実施に基づいて、前記ｎ×ｍマトリクス中のエンティティの配置順序を並び替えるステップと、
グラフィカル表現間の関係の変化のユーザによる視覚的観測のため、並び替え後のｎ×ｍマトリクスの中から前記識別されたデータ項目の第１のｃ×ｄグラフィカル表現を表示するステップと、
をさらに含む、請求項１の方法。
【請求項７】
選択された列の最初の行以外の行に表示された項目ｅまたは選択された行の最初の列以外の列に表示された項目ｆを選択するステップと、
前記選択された列または前記選択された行における識別された項目ｅ〜ｍ又はｆ〜ｎを順位付けし、該順位に従って項目ｅ〜ｍまたはｆ〜ｎを並び替えることにより前記ｎ×ｍマトリクスを部分ソートし、項目ｅ〜ｍまたはｆ〜ｎを並び替える際に、各項目ｅ〜ｍが位置している行または各項目ｆ〜ｎが位置している列を前記ｎ×ｍマトリクス中の対応する順位の位置に並び替えるステップと、
グラフィカル表現間の関係の変化の視覚的識別のユーザによる観測のため、並び替え後のｎ×ｍマトリクスの中から前記識別されたデータ項目の第１のｃ×ｄグラフィカル表現を表示するステップと、
をさらに含む、請求項１の方法。
【請求項８】
並び替え後の表示されたｃ×ｄマトリクスのうちの最初の行以外の行ｇ、または並び替え後の表示されたｃ×ｄマトリクスのうちの最初の列以外の列ｈを選択するステップと、
前記マトリクスｎ×ｍの行を行ｇから行ｍまで又は前記マトリクスｎ×ｍの列を列ｈから列ｎまで類似度ソートすることにより行ｇ〜ｈまたは列ｈ〜ｎを部分ソートして、並び替え後のｎ×ｍマトリクスにおいて前記選択された行が行位置ｇに維持され、前記選択された列が列位置ｈに維持されるようにし、行ｇよりも下の行すべてを処理して選択された行ｇに対する相対類似度の値を判定し、列ｈ＋１からｎまですべてを処理して選択された列ｈに対する相対類似度の値を判定し、並び替えの際、行ｇから開始して行ｇよりも下の行すべてを行ｇに対する相対類似度の値による順位に基づいて下り順に並び替え、列ｇ＋１からｎまでを列ｈから開始して列ｈに対する相対類似度の値による順位に基づいて下り順に並び替え、再配置後のｍ×ｎマトリクスのうちの最初のｄ行または最初のｃ列を表示するステップと、
をさらに含む、請求項１の方法。
【請求項９】
再配置後の表示されたｃ×ｄマトリクスの中から最初の行または最初の列以外の行ｇまたは列ｈを選択するステップと、
前記ｎ×ｍマトリクスの行ｇ〜ｍまたは列ｈ〜ｎを行ｇから行ｍまで又は列ｈから列ｍまで部分ソートし、前記行ｇを並び替え後のｎ×ｍマトリクスにおける行位置ｇに維持し、行ｇ＋１〜ｍを処理して行ｇに対する相対類似度を判定し、または列ｈを前記並び替え後のｎ×ｍマトリクスにおける列位置ｈに維持し、行ｇに最も近い相対類似度の値を有する行を行ｇ＋１として並び替え、または列ｈに最も近い相対類似度の値を有する列を並び替え後のｎ×ｍマトリクスの列ｈ＋１として並び替え、まだ処理されていない残りの行または列を処理して並び替え後の行ｇ＋１または並び替え後の列ｈ＋１に対する相対類似度の値を判定し、行ｇ＋１に最も近い相対類似度の値を有する行を行ｇ＋２として並び替え、または列ｈ＋１に最も近い相対類似度の値を有する列を列ｈ＋２として並び替え、行ｇからｍまで又は列ｈからｎまですべてが最近隣によって部分ソートされるまでこの処理を反復した後、並び替え後のｍ×ｎマトリクスのうちの最初のｄ行またはｃ列を表示するステップと、
をさらに含む、請求項１の方法。
【請求項１０】
表示された前記ｃ×ｄマトリクスのうちの少なくとも１列または１行を手動で再配置するステップをさらに含み、そのような手動の再配置が前記ｎ×ｍマトリクス全体のうちの対応する行および列を再配置する、請求項１の方法。
【請求項１１】
前記ｎ×ｍマトリクスのエンティティに対応する更なるデータであってｎ×ｙマトリクスまたはｚ×ｍマトリクスに構成された更なるデータを前記処理システムのメモリに入力するステップ(S3,S7)と、
前記ｎ×ｙマトリクスの列アドレス（ｎの値）または前記ｚ×ｙマトリクスの行アドレス（ｍの値）に前記ｎ×ｍマトリクスのそれらのアドレスを関連付けるステップ(S5,S9)と、
前記ｎ×ｙマトリクスのデータまたは前記ｚ×ｍマトリクスのデータ(130,120)を、ｃ×ｄマトリクスにおいて識別されたデータ項目のうちの最初のｃ×（ｄ−ｙ）グラフィカル表現または（ｃ−ｚ）×ｄグラフィカル表現(100)と共に表示するステップと、
をさらに含み、
表示された前記ｃ×ｄマトリクス中の行または列をソートのために選択する際、前記ｎ×ｍマトリクス中のデータ項目だけをソート手順について考慮し、前記ｎ×ｍマトリクスにおいて列のデータがソート手順の結果に従って並び替えられた場合、前記ｎ×ｙマトリクス中の対応する列をそれに関連付けされたアドレスによって並び替えることにより、前記画面上でｃ×ｄマトリクス中に表示されたときに、前記ｎ×ｍマトリクスの並び替え後の列に対して同じ相対表示位置が維持されるようにし、前記ｎ×ｍマトリクスにおいて行のデータがソート手順の結果に従って並び替えられた場合、前記ｚ×ｍマトリクス中の対応する行をそれに関連付けされたアドレスによって並び替えることにより、前記画面上でｃ×ｄマトリクス中に表示されたときに、前記ｚ×ｍマトリクスの並び替え後の行に対して同じ相対表示位置が維持されるようにする、請求項１の方法。
【請求項１２】
前記ｎ×ｍマトリクス中のエンティティに対応するさらなる追加データであってｚ×ｍマトリクスまたはｎ×ｙマトリクスに構成されたさらなる追加データを前記処理システムのメモリに入力するステップ(S3,S7)と、
前記ｚ×ｍマトリクスの行アドレス（ｍの値）または前記ｎ×ｙマトリクスの列アドレス（ｎの値）に前記ｎ×ｍマトリクスのそれらのアドレスを関連付けるステップ(S5,S9)と、
前記ｚ×ｍマトリクスまたは前記ｎ×ｙマトリクスのデータ(120,130)を、前記ｎ×ｙマトリクスのデータおよびｃ×ｄマトリクスにおいて識別されたデータ項目のうちの最初の（ｃ−ｚ）×（ｄ−ｙ）グラフィカル表現と共に表示するステップと、
をさらに含み、
表示された前記ｃ×ｄマトリクスの行または列をソートのために選択する際、前記ｎ×ｍマトリクスのデータ項目だけをソート手順について考慮し、前記ｎ×ｍマトリクスにおいて行のデータがソート手順の結果に従って並び替えられた場合、前記ｚ×ｍマトリクスにおける対応する行をそれに関連付けされたアドレスによって並び替えることにより、前記画面上で前記ｃ×ｄマトリクス中に表示されたときに、前記ｎ×ｍマトリクスの並び替え後の列に対して同じ相対表示位置が維持されるようにし、前記ｎ×ｍマトリクスにおいて列のデータがソート手順の結果に従って並び替えられたときに、前記ｎ×ｙｍに対応する列をそれに関連付けされたアドレスによって並び替えることにより、前記画面上でｃ×ｄマトリクス中に表示されたときに、前記ｎ×ｍマトリクスの並び替え後の列に対して同じ相対表示位置が維持されるようにする、請求項１１の方法。
【請求項１３】
前記エンティティがマイクロアレイ実験から得られたものであり、識別される前記データ項目が遺伝子発現率であり、識別される前記データ項目がヒートマップで一般に使用されるカラーコーディングされたグラフィカル表現になっている、請求項１の方法。
【請求項１４】
プロセッサ、表示装置、及び、入力装置からなるデータ表示システムであって、前記プロセッサは、ｎ×ｍマトリクスからなる複数のデータ値を受け取り、該データ値を並び替えて関連するデータ値をグループ化し、該データ値をエンコードし、選択されたエンコードされたデータ値をヒートマップの形で前記表示装置に出力するように構成され、前記プロセッサは、表示サイズに応じて、選択されたデータ値に対応するデータ値のグループを出来る限り多く出力するように構成され、前記プロセッサは、前記入力装置を介して入力を受け取り、表示された前記ヒートマップを操作し、種々のグループを表示するように構成される、データ表示システム。
【請求項１５】
前記データ値に関するデータを有するデータベースを更に含み、前記プロセッサは、表示されたエンコードされたデータ値に関するユーザ入力を受け取り、前記データ値に関するデータベースからデータを取得し、該データを前記表示装置に出力するように構成される、請求項１４に記載のデータ表示システム。
【請求項１６】
前記プロセッサは、多数の異なる複数のデータ値を受け取り、各複数のデータ値が前記表示装置上のビューワに表示され、該データ値のビューワは、結合可能な同一又は類似の行ヘッダ又は列ヘッダを有し、データ値の結合されたセットを提供する、請求項１４又は請求項１５に記載のデータ表示システム。
【請求項１７】
請求項１〜１３のうちのいずれか一項に記載のステップを全て実施するコンピュータプログラムコード手段を含むコンピュータプログラム。
【請求項１８】
コンピュータ読取可能媒体上で実施される請求項１７に記載のコンピュータプログラム。