【手続補正書】
【提出日】平成18年7月5日(2006.7.5)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
組み換え生成された２−Ｏスルファターゼ。
【請求項２】
以下からなる群より選択される、単離された核酸分子：
（ａ）配列番号１および配列番号３に示されるヌクレオチド配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列を有する核酸分子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ２−Ｏスルファターゼをコードする核酸分子、
（ｂ）遺伝子コードの縮重に起因して、コドン配列において（ａ）の核酸分子と異なる核酸分子、および
（ｃ）（ａ）または（ｂ）の相補体。
【請求項３】
配列番号３に示される核酸配列を含む、請求項２に記載の単離された核酸分子。
【請求項４】
配列番号４をコードする、請求項２に記載の単離された核酸分子。
【請求項５】
配列番号１および配列番号３からなる群より選択されるヌクレオチド配列に対して、少なくとも約９０％同一なヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子。
【請求項６】
少なくとも約９５％同一なヌクレオチド配列を含む、請求項５に記載の単離された核酸分子。
【請求項７】
少なくとも約９７％同一なヌクレオチド配列を含む、請求項５に記載の単離された核酸分子。
【請求項８】
少なくとも約９８％同一なヌクレオチド配列を含む、請求項５に記載の単離された核酸分子。
【請求項９】
少なくとも約９９％同一なヌクレオチド配列を含む、請求項５に記載の単離された核酸分子。
【請求項１０】
少なくとも約９９．５％同一なヌクレオチド配列を含む、請求項５に記載の単離された核酸分子。
【請求項１１】
少なくとも約９９．９％同一なヌクレオチド配列を含む、請求項５に記載の単離された核酸分子。
【請求項１２】
請求項２〜１１のいずれか１項に記載の核酸分子を発現させることにより生成される、２−Ｏスルファターゼ。
【請求項１３】
前記核酸分子が組み換え発現される、請求項１２に記載の２−Ｏスルファターゼ。
【請求項１４】
Ｅ．ｃｏｌｉ中で組み換え発現される、請求項１３に記載の２−Ｏスルファターゼ。
【請求項１５】
プロモーターに作動可能に連結された、請求項２〜１１のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含む、発現ベクター。
【請求項１６】
請求項１５に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項１７】
配列番号２および配列番号４からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する２−Ｏスルファターゼまたはその機能的改変体を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項１８】
前記２−Ｏスルファターゼが、配列番号４に示されるアミノ酸配列を有する、請求項１７に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項１９】
前記単離されたポリペプチドのアミノ酸配列が以下：
ａ）Ａｒｇ８６、Ａｓｐ４２、Ａｓｐ１５９、Ａｓｐ２９５、Ｃｙｓ８２、ＦＧｌｙ８２、Ｇｌｎ４３、Ｇｌｎ２３７、Ｇｌｕ１０６、Ｇｌｎ３０９、Ｈｉｓ１３６、Ｈｉｓ２９６、Ｌｅｕ３９０、Ｌｅｕ３９１、Ｌｅｕ３９２、Ｌｙｓ１０７、Ｌｙｓ１３４、Ｌｙｓ１７５、Ｌｙｓ２３８、Ｌｙｓ３０８、およびＴｈｒ１０４からなる群より選択される残基、ならびに
ｂ）少なくとも１つのアミノ酸置換、
を含む、請求項１７または１８に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２０】
前記単離されたポリペプチドのアミノ酸配列が、Ｃｙｓ８２残基を含む、請求項１９に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２１】
前記Ｃｙｓ８２残基が、ホルミルグリシンに改変されている、請求項２０に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２２】
前記単離されたポリペプチドのアミノ酸配列が、ＦＧｌｙ８２残基を含む、請求項１９に記載の単離されたポリペプチド。
【請求項２３】
配列番号２および配列番号４からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する単離された２−Ｏスルファターゼまたはその機能的改変体。
【請求項２４】
前記単離された２−Ｏスルファターゼが合成性である、請求項２３に記載の単離された２−Ｏスルファターゼ。
【請求項２５】
前記単離された２−Ｏスルファターゼのアミノ酸配列が、以下：
ａ）Ａｒｇ８６、Ａｓｐ４２、Ａｓｐ１５９、Ａｓｐ２９５、Ｃｙｓ８２、ＦＧｌｙ８２、Ｇｌｎ４３、Ｇｌｎ２３７、Ｇｌｕ１０６、Ｇｌｎ３０９、Ｈｉｓ１３６、Ｈｉｓ２９６、Ｌｅｕ３９０、Ｌｅｕ３９１、Ｌｅｕ３９２、Ｌｙｓ１０７、Ｌｙｓ１３４、Ｌｙｓ１７５、Ｌｙｓ２３８、Ｌｙｓ３０８、およびＴｈｒ１０４からなる群より選択される残基、ならびに
ｂ）少なくとも１つのアミノ酸置換、
を含む、請求項２３または２４に記載の単離された２−Ｏスルファターゼ。
【請求項２６】
前記単離された２−Ｏスルファターゼのアミノ酸配列が、Ｃｙｓ８２残基を含む、請求項２５に記載の単離された２−Ｏスルファターゼ。
【請求項２７】
前記Ｃｙｓ８２残基が、ホルミルグリシンに改変されている、請求項２６に記載の単離された２−Ｏスルファターゼ。
【請求項２８】
前記単離された２−Ｏスルファターゼのアミノ酸配列が、ＦＧｌｙ８２残基を含む、請求項２５に記載の単離された２−Ｏスルファターゼ。
【請求項２９】
請求項１、２、または２３のいずれか１項に記載の２−Ｏスルファターゼおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的調製物。
【請求項３０】
請求項１５または１６のいずれか１項に記載のベクターまたは宿主細胞、および薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的調製物。
【請求項３１】
請求項１７に記載の単離されたポリペプチドおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的調製物。
【請求項３２】
グリコサミノグリカンを分解する方法であって：
グリコサミノグリカンと、該グリコサミノグリカンを分解するのに有効な量の請求項１、２、または２３のいずれか１項に記載の２−Ｏスルファターゼを接触させる工程、
を包含する、方法。
【請求項３３】
前記グリコサミノグリカンと、少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素を接触させる工程をさらに包含する、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記グリコサミノグリカンが、前記２−Ｏスルファターゼと同時に、前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素と接触される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素が、ヘパリナーゼまたはグリクロニダーゼである、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記グリコサミノグリカンが、前記ヘパリナーゼと接触された後に、前記２−Ｏスルファターゼと接触される、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記グリコサミノグリカンが、非還元末端で２−Ｏ硫酸化されたウロン酸を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３８】
前記グリコサミノグリカンが、高度に硫酸化されたグリコサミノグリカンである、請求項３２に記載の方法。
【請求項３９】
前記高度に硫酸化されたグリコサミノグリカンが、６−Ｏ硫酸化されたグルコサミンを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記高度に硫酸化されたグリコサミノグリカンが、Ｎ位で硫酸化されたグルコサミンを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
前記グリコサミノグリカンが、β１→４結合を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項４２】
前記グリコサミノグリカンが、コンドロイチン硫酸である、請求項３２に記載の方法。
【請求項４３】
前記グリコサミノグリカンが、四糖である、請求項３２に記載の方法。
【請求項４４】
前記グリコサミノグリカンが、十糖である、請求項３２に記載の方法。
【請求項４５】
請求項３２または３３に記載の方法に従って調製された、分解されたグリコサミノグリカン。
【請求項４６】
請求項４５に記載の分解されたグリコサミノグリカンおよび薬学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的調製物。
【請求項４７】
グリコサミノグリカンを分析する方法であって：
グリコサミノグリカンと、該グリコサミノグリカンを分析するのに有効な量の請求項１、２、または２３のいずれか１項に記載の２−Ｏスルファターゼを接触させる工程、
を包含する、方法。
【請求項４８】
前記グリコサミノグリカンと、少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素を接触させる工程をさらに包含する、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記グリコサミノグリカンが、前記２−Ｏスルファターゼと同時に、前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素と接触される、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素が、ヘパリナーゼまたはグリクロニダーゼである、請求項４８に記載の方法。
【請求項５１】
サンプル中のグリコサミノグリカンの純度を決定するための方法である、請求項４７に記載の方法。
【請求項５２】
サンプル中の特定のグリコサミノグリカンの存在を決定するための方法である、請求項４７に記載の方法。
【請求項５３】
サンプル中のグリコサミノグリカンの組成を決定するための方法である、請求項４７に記載の方法。
【請求項５４】
グリコサミノグリカン中の糖単位の配列を決定するための方法である、請求項４７に記載の方法。
【請求項５５】
新脈管形成を阻害するための組成物であって：
ａ）請求項１、２、または２３のいずれか１項に記載の２−Ｏスルファターゼを含む薬学的調製物、およびｂ）請求項４６に記載の薬学的調製物からなる群より選択される、新脈管形成を阻害するのに有効な量の薬学的調製物を含む、組成物。
【請求項５６】
癌を処置するための組成物であって：
ａ）請求項１、２、または２３のいずれか１項に記載の２−Ｏスルファターゼを含む薬学的調製物、およびｂ）請求項４６に記載の薬学的調製物からなる群より選択される、癌を処置するのに有効な量の薬学的調製物を含む、組成物。
【請求項５７】
細胞増殖を阻害するための組成物であって：
ａ）請求項１、２、または２３のいずれか１項に記載の２−Ｏスルファターゼを含む薬学的調製物、およびｂ）請求項４６に記載の薬学的調製物からなる群より選択される、細胞増殖を阻害するのに有効な量の薬学的調製物を含む、組成物。
【請求項５８】
神経変性疾患を処置するための組成物であって：
ａ）請求項１、２、または２３のいずれか１項に記載の２−Ｏスルファターゼを含む薬学的調製物、およびｂ）請求項４６に記載の薬学的調製物からなる群より選択される、神経変性疾患を処置するのに有効な量の薬学的調製物を含む、組成物。
【請求項５９】
前記神経変性疾患が、アルツハイマー病である、請求項５８に記載の組成物。
【請求項６０】
アテローム硬化を処置するための組成物であって：
ａ）請求項１、２、または２３のいずれか１項に記載の２−Ｏスルファターゼを含む薬学的調製物、およびｂ）請求項４６に記載の薬学的調製物からなる群より選択される、アテローム硬化を処置するのに有効な量の薬学的調製物を含む、組成物。
【請求項６１】
微生物感染を処置または予防するための組成物であって：
ａ）請求項１、２、または２３のいずれか１項に記載の２−Ｏスルファターゼを含む薬学的調製物、およびｂ）請求項４６に記載の薬学的調製物からなる群より選択される、微生物感染を処置または予防するのに有効な量の薬学的調製物を含む、組成物。
【請求項６２】
ネイティブの２−Ｏスルファターゼと異なるアミノ酸で置換された、少なくとも１つのアミノ酸残基を含み、置換された該残基は、Ａｒｇ８６、Ａｓｐ４２、Ａｓｐ１５９、Ａｓｐ２９５、Ｇｌｎ４３、Ｇｌｎ２３７、Ｇｌｕ１０６、Ｇｌｎ３０９、Ｈｉｓ１３６、Ｈｉｓ２９６、Ｌｅｕ３９０、Ｌｅｕ３９１、Ｌｅｕ３９２、Ｌｙｓ１０７、Ｌｙｓ１３４、Ｌｙｓ１７５、Ｌｙｓ２３８、Ｌｙｓ３０８、およびＴｈｒ１０４からなる群より選択される、２−Ｏスルファターゼを含む、単離されたポリペプチド。
【請求項６３】
ネイティブのグリクロニダーゼよりも高い比活性を有する単離された２−Ｏスルファターゼを含む、組成物。
【請求項６４】
前記単離された２−Ｏスルファターゼが、ネイティブの２−Ｏスルファターゼの比活性よりも少なくとも約６倍高い比活性を有する、請求項６３に記載の組成物。
【請求項６５】
前記単離された２−Ｏスルファターゼが、ネイティブの２−Ｏスルファターゼの比活性よりも少なくとも約１０倍高い比活性を有する、請求項６３に記載の組成物。
【請求項６６】
請求項２〜１１のいずれか１項に記載の核酸および薬学的に受容可能なキャリアを含む、組成物。
【請求項６７】
前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素が、グリクロニダーゼである、請求項３４に記載の方法。
【請求項６８】
前記グリクロニダーゼがΔ４，５グリクロニダーゼである、請求項３５または６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記グリコサミノグリカンが、前記２−Ｏスルファターゼと接触される前または後に、前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素と接触される、請求項３３に記載の方法。
【請求項７０】
前記グリコサミノグリカンが、前記２−Ｏスルファターゼと接触される前に、前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素と接触され、ここで、該少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素がヘパリナーゼである、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記ヘパリナーゼが、ヘパリナーゼ−Ｉ、ヘパリナーゼ−ＩＩまたはヘパリナーゼ−ＩＩＩである、請求項３５または７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記グリコサミノグリカンが、ΔＵ２ＳＨＮＳ，６Ｓを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項７３】
前記グリコサミノグリカンが、Ｉ２ＳＨＮＳ，６Ｓを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項７４】
前記グリコサミノグリカンが、ΔＵ２ＳＨＮＳを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項７５】
前記グリコサミノグリカンが、ΔＵ２ＳＨＮＡｃ，６Ｓを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項７６】
前記グリコサミノグリカンが、ΔＵ２ＳＨＮＡｃを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項７７】
前記グリコサミノグリカンが、ΔＵ２ＳＨＮＳ，６ＳＩ２ＳＨＮＳ，６Ｓを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項７８】
前記グリコサミノグリカンが、ΔＵ２ＳＨＮＳ，６ＳＩ２ＳＨＮＳ，６ＳＩ２ＳＨＮＳ，６ＳＩＨＮＡｃ，６ＳＧＨＮＳ，３Ｓ，６Ｓを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項７９】
前記グリコサミノグリカンが、ヘパリン、低分子量ヘパリン（ＬＭＷＨ）またはヘパリン硫酸である、請求項３２に記載の方法。
【請求項８０】
前記グリコサミノグリカンが、切断される、請求項３２に記載の方法。
【請求項８１】
前記２−Ｏスルファターゼが、固体支持体上に固定される、請求項３２に記載の方法。
【請求項８２】
前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素が、固体支持体上に固定される、請求項３３に記載の方法。
【請求項８３】
グリコサミノグリカンを分解する方法であって：
該グリコサミノグリカンと２−Ｏスルファターゼとを接触させる工程、および
ΔＵＨＮＳ，６Ｓを生成する工程、
を包含する、方法。
【請求項８４】
グリコサミノグリカンを分解する方法であって：
該グリコサミノグリカンと、ヘパリナーゼI、ヘパリナーゼIIおよびヘパリナーゼIIIならびにΔ４，５グリクロニダーゼとを接触させる工程、および
ΔＵ２ＳＨＮＳ，６Ｓ；ΔＵＨＮＡｃ，６ＳＧＨＮＳ，３Ｓ，６Ｓ；ΔＵ２ＳＨＮＳ；ΔＵＨＮＳ，６Ｓ；ΔＵ２ＳＨＮＡｃ，６Ｓ；ΔＵＨＮＳ；ΔＵ２ＳＨＮＡｃおよびΔＵＨＮＡｃ，６Ｓを生成する工程、
を包含する、方法。
【請求項８５】
グリコサミノグリカンを分解する方法であって：
該グリコサミノグリカンと、ヘパリナーゼI、ヘパリナーゼIIおよびヘパリナーゼIIIならびに２−Ｏスルファターゼとを接触させる工程、および
ΔＵ２ＳＨＮＳ，６Ｓ；ΔＵ２ＳＨＮＳ；ΔＵＨＮＳ，６Ｓ；ΔＵ２ＳＨＮＡｃ，６ＳおよびΔＵ２ＳＨＮＡｃを生成する工程、
を包含する、方法。
【請求項８６】
グリコサミノグリカンを分解する方法であって：
該グリコサミノグリカンと、ヘパリナーゼI、ヘパリナーゼIIおよびヘパリナーゼIII、Δ４，５グリクロニダーゼならびに２−Ｏスルファターゼとを接触させる工程、および
ΔＵＨＮＡｃ，６ＳＧＨＮＳ，３Ｓ，６Ｓ；ΔＵＨＮＳ，６Ｓ；ΔＵＨＮＳおよびΔＵＨＮＡｃ，６Ｓを生成する工程、
を包含する、方法。
【請求項８７】
前記サンプルが、質量分析、ゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動またはＨＰＬＣで分析される、請求項４７に記載の方法。
【請求項８８】
前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素が、グリクロニダーゼである、請求項４９に記載の方法。
【請求項８９】
前記グリクロニダーゼがΔ４，５グリクロニダーゼである、請求項５０または８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記サンプルが、前記２−Ｏスルファターゼと接触される前または後に、前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素と接触される、請求項４８に記載の方法。
【請求項９１】
前記サンプルが、前記２−Ｏスルファターゼと接触される前に、前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素と接触され、ここで、該少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素がヘパリナーゼである、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
前記少なくとも１つの他のグリコサミノグリカン分解酵素が、ヘパリナーゼ−Ｉ、ヘパリナーゼ−ＩＩまたはヘパリナーゼ−ＩＩＩである、請求項５０または９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記サンプル中のグリコサミノグリカンが、非還元末端で２−Ｏ硫酸化されたウロン酸を含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項９４】
前記サンプル中のグリコサミノグリカンが、高度に硫酸化されたグリコサミノグリカンを含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項９５】
前記高度に硫酸化されたグリコサミノグリカンが、６−Ｏ硫酸化されたグルコサミンを含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記高度に硫酸化されたグリコサミノグリカンが、Ｎ位で硫酸化されたグルコサミンを含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記サンプル中のグリコサミノグリカンが、β１→４結合を含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項９８】
前記サンプル中のグリコサミノグリカンが、四糖である、請求項４７に記載の方法。
【請求項９９】
前記サンプル中のグリコサミノグリカンが、十糖である、請求項４７に記載の方法。
【請求項１００】
前記グリコサミノグリカンが、ヘパリン、低分子量ヘパリン（ＬＭＷＨ）またはヘパリン硫酸である、請求項４７に記載の方法。
【請求項１０１】
コンドロイチン二糖を加水分解する方法であって、
該コンドロイチン二糖を配列番号２または配列番号４に記載のアミノ酸配列を有する２−Ｏスルファターゼと反応させる工程、
を包含する、方法。
【請求項１０２】
前記コンドロイチン二糖が、ΔＵ２ＳＧａｌＮＡｃ，６Ｓである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
前記コンドロイチン二糖が、ΔＵ２ＳＧａｌＮＡｃ，４Ｓである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０４】
前記コンドロイチン二糖が、ΔＵＧａｌＮＡｃ，４Ｓである、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０５】
前記反応させる工程が、１８時間行われる、請求項１０１に記載の方法。