(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）配列番号４において示されるアミノ酸配列；または
（ｂ）（ａ）において規定されるアミノ酸配列において１個または数個のアミノ酸が置換、欠失もしくは付加された（ａ）のタンパク質であって、かつ免疫原性である、タンパク質；
を含む、タンパク質。
【請求項２】
請求項１に記載のタンパク質に結合する、抗体。
【請求項３】
請求項１に記載のタンパク質をコードする、核酸分子。
【請求項４】
配列番号３において規定されるヌクレオチド配列を含む、請求項３に記載の核酸分子。
【請求項５】
請求項３〜４のいずれか１つに記載の核酸分子に相補的なヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項６】
請求項１に記載のタンパク質、請求項２に記載の抗体または請求項３〜５のいずれか１つに記載の核酸分子を含む、診断組成物。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
本発明はＮｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ細菌由来の抗原に関する。
【０００２】
（背景）
Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、ヒトにおいて病原性である非運動性のグラム陰性双球菌である。Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、咽頭にコロニー形成をし、髄膜炎（および、時折、髄膜炎のない敗血症）を引き起こす。Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅに密接に関係しているが、髄膜炎菌が淋病菌と明らかに異なる１つの特徴は、全ての病原性髄膜炎菌に存在する多糖類性莢膜の存在である。
【０００３】
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、風土病および伝染病を引き起こす。米国において、発病率は１年間に１００，０００人中０．６〜１人の割合であり、そして大発生によりずっと大きくなり得る（Ｌｉｅｂｅｒｍａｎら（１９９６）Ｓａｆｅｔｙ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ａ  Ｓｅｒｏｇｒｏｕｐｓ  Ａ／Ｃ  Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ  Ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｅ−Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｖａｃｃｉｎｅ
ｉｎ  Ｙｏｕｎｇ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎ．ＪＡＭＡ  ２７５（１９）：１４９９−１５０３；Ｓｃｈｕｃｈａｔら（１９９７）Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  ｉｎ  １９９５，Ｎ
Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３７７（１４）：９７０−９７６）。発展途上国では、風土病の割合は、よりずっと大きくそして伝染病発生率は１年間あたり１００，０００人あたり５００件に達し得る。死亡率は極めて高く、米国では１０〜２０％、そして発展途上国においてはよりずっと高い。Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅに対する共役ワクチンの導入の結果、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓは、米国において全ての年齢における細菌性髄膜炎の主な原因である（Ｓｃｈｕｃｈａｔ（１９９７）前出）。
【０００４】
この生物の莢膜多糖類に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの１２血清群が同定されている。Ａ群はサハラアフリカ周縁での伝染病において最も頻繁に関与している病原体である。血清型Ｂ群および血清型Ｃ群は、米国および大部分の先進国における症例の大部分の原因である。血清型Ｗ１３５およびＹは、米国および先進国における症例の残りの原因である。現在使用される髄膜炎ワクチンは、血清型Ａ、Ｃ、Ｙ、およびＷ１３５で構成される４価の多糖類ワクチンである。これは、青年および成人には効果があるが、弱い免疫応答および短い保護持続期間を誘導し、そして乳児には使用され得ない（例えば、Ｍｏｒｂｉｄｉｔｙ
ａｎｄ  Ｍｏｒｔａｌｉｔｙ  ｗｅｅｋｌｙ  ｒｅｐｏｒｔ，Ｖｏｌ．４６，Ｎｏ．ＰＲ−５（１９９７））。これは、多糖類が、繰り返し免疫処置により増強され得ない弱い免疫応答を誘導するＴ細胞独立性抗原であるからである。Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａに対するワクチン接種の成功に続き、血清型Ａおよび血清型Ｃに対する共役ワクチンが開発されており、そして臨床試験の最終段階である（Ｚｏｌｌｉｎｇｅｒ  ＷＤ「Ｎｅｗ  ａｎｄ  Ｉｍｐｒｏｖｅｄ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ  Ａｇａｉｎｓｔ  Ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃａｌ  Ｄｉｓｅａｓｅ」Ｎｅｗ
Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  Ｖａｃｃｉｎｅｓ，前出，４６９−４８８頁；Ｌｉｅｂｅｒｍａｎら（１９９６）前出；Ｃｏｓｔａｎｔｉｎｏら（１９９２）Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｐｈａｓｅ  Ｉ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｔｅｓｔｉｎｇ  ｏｆ  ａ  ｃｏｎｊｕｇａｔｅ  ｖａｃｃｉｎｅ  ａｇａｉｎｓｔ  ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃｕｓ  ＡおよびＣ．Ｖａｃｃｉｎｅ  １０：６９１−６９８）。
【０００５】
しかし、髄膜炎菌Ｂは問題を残している。この血清型は現在、米国、欧州、および南アメリカにおける全髄膜炎のおおよそ５０％の原因である。この多糖類アプローチは使用され得ない。なぜなら、ｍｅｎＢ莢膜多糖類は、哺乳動物組織にもまた存在するα（２−８）−結合型Ｎ−アセチルノイラミン酸のポリマーであるからである。これは抗原に対する寛容性を生ずる；実際、免疫応答が惹起された場合、それは抗−自己であり、それ故、所望されない。自己免疫の誘導を回避しそして保護的免疫応答を誘導するために、この莢膜性多糖類は、例えば、Ｎ−アセチル基をＮ−プロピオニル基と置換するように化学的に改変されるが、特異的抗原性は不変のままである（ＲｏｍｅｒｏおよびＯｕｔｓｃｈｏｏｒｎ（１９９４）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｓｔａｔｕｓ  ｏｆ  Ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃａｌ  ｇｒｏｕｐ  Ｂ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｃａｎｄｉｄａｔｅｓ：ｃａｐｓｕｌａｒ  ｏｒ  ｎｏｎ−ｃａｐｓｕｌａｒ？  Ｃｌｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｒｅｖ  ７（４）：５５９−５７５）。
【０００６】
ｍｅｎＢワクチンに対する代替のアプローチは、外膜タンパク質（ＯＭＰ）の複合体混合物（ＯＭＰのみを含むかまたはポーリンに富むＯＭＰのいずれかを含む）を使用するか、または細菌活性をブロックする抗体を誘導すると考えられるクラス４ＯＭＰを欠失した。このアプローチは、十分に特徴付けられていないワクチンを産生する。それらワクチンは、相同な菌株に対して保護し得えるが、外膜タンパク質の多くの抗原性改変体が多く存在する場合、全体として効果がない。抗原変異性を克服するために、９つまでの異なるポーリンを含む多価ワクチンが構築されている（例えば、Ｐｏｏｌｍａｎ  ＪＴ（１９９２）Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ａ  ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃａｌ  ｖａｃｃｉｎｅ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ａｇｅｎｔｓ  Ｄｉｓ．４：１３−２８）。外膜ワクチンで使用されるさらなるタンパク質は、ｏｐａおよびｏｐｃタンパク質であるが、これらのアプローチは抗原変異性を克服し得ない（例えば、Ａｌａ’ＡｌｄｅｅｎおよびＢｏｒｒｉｅｌｌｏ（１９９６）Ｔｈｅ  ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃａｌ  ｔｒａｎｆｅｒｒｉｎ−ｂｉｎｄｉｎｇ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  １  ａｎｄ  ２  ａｒｅ  ｂｏｔｈ  ｓｕｒｆａｃｅ  ｅｘｐｏｓｅｄ  ａｎｄ  ｇｅｎｅｒａｔｅ  ｂａｃｔｅｒｉｃｉｄａｌ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｃａｐａｂｌｅ  ｏｆ  ｋｉｌｌｉｎｇ  ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ  ａｎｄ  ｈｅｔｅｒｏｌｏｇｏｕｓ  ｓｔｒａｉｎｓ．Ｖａｃｃｉｎｅ  １４（１）：４９−５３）。
【０００７】
特定の量の配列データは、髄膜炎菌および淋病菌の遺伝子ならびにタンパク質（例えば、ＥＰ−Ａ−０４６７７１４，ＷＯ９６／２９４１２）について利用可能であるが、これは決して完全ではない。さらなる配列の供給は、免疫系に対する標的と推測され、そして抗原的に変異し得ることのない分泌タンパク質または表面露出タンパク質を同定するための機会を提供し得た。例えば、同定されたタンパク質のいくつかは、髄膜炎菌Ｂに対して効果のあるワクチンの成分であり、いくつかは全ての髄膜炎菌血清型に対するワクチンの成分であり、そして他は全ての病原性Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｅに対するワクチンの成分であり得た。
【０００８】
（本発明）
本発明は、本実施例で開示されたＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓアミノ酸配列を含むタンパク質を提供する。
【０００９】
これはまた、本実施例で開示されるＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓアミノ酸配列と相同な（すなわち、配列同一性を有する）配列を含むタンパク質を提供する。この特定の配列に依存して、配列同一性の程度は、好ましくは５０％よりも大きい（例えば、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％以上）。これらの相同なタンパク質は、本実施例で開示される配列の変異体および対立遺伝子の改変体を含む。代表的には、２つのタンパク質の間の５０％の同一性またはそれより大きい同一性は、機能的に等価であることの表示であると考えられる。タンパク質間の同一性は、好ましくはパラメーターｇａｐ  ｏｐｅｎ  ｐｅｎａｌｔｙ＝１２およびｇａｐ  ｅｘｔｅｎｔｉｏｎ  ｐｅｎａｌｔｙ＝１を有するａｆｆｉｎｅ変換ギャップ検索を使用して，ＭＰＳＲＣＨプログラム（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行されるようなＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。
【００１０】
本発明はさらに、本実施例で開示されるＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓアミノ酸配列のフラグメントを含むタンパク質を提供する。このフラグメントは、その配列由来の少なくともｎ個の連続したアミノ酸を含み、そしてその特定の配列に依存して、ｎは７以上（例えば８、１０、１２、１４、１６、１８、２０以上）である。好ましくはこのフラグメントは、その配列に由来するエピトープを含む。
【００１１】
本発明のタンパク質は、もちろん、種々の手段（例えば、組換え発現、細胞培養物からの精製、化学合成など）によっておよび種々の型で（例えば、天然型、融合型など）調製され得る。これらは、好ましくは実質的に純粋な型で調製される（すなわち、他のＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質または宿主細胞タンパク質を実質的に含まない）。
【００１２】
さらなる局面に従って、本発明は、これらのタンパク質に結合する抗体を提供する。これらは、ポリクローナルまたはモノクローナルであり、そして任意の適切な手段により産生され得る。
【００１３】
さらなる局面に従って、本発明は、本実施例で開示されるＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。さらに、本発明は、本実施例で開示されるＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓヌクレオチド配列と相同な（すなわち、配列同一性を有する）配列を含む核酸を提供する。
【００１４】
さらに、本発明は、本実施例で開示されるＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ核酸に、好ましくは「高ストリンジェンシー」な条件下で（例えば、０．１×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ溶液中６５℃）ハイブリダイズし得る核酸を提供する。
【００１５】
これらの配列のフラグメントを含む核酸もまた、提供される。これらは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ配列由来の少なくともｎ個の連続するヌクレオチドを含有すべきであり、そして特定の配列に依存して、ｎは１０以上（例えば、１２、１４、１５、１８、２０、２５、３０、３５、４０以上）である。
【００１６】
さらなる局面に従って、本発明は、本発明のタンパク質およびタンパク質フラグメントをコードする核酸を提供する。
【００１７】
本発明が上記の配列に相補的な配列を含む核酸を提供することもまた、認識されるべきである（例えば、アンチセンスの目的またはプローブの目的において）。
【００１８】
本発明に従う核酸は、もちろん、多くの様式（例えば、化学合成により、ゲノムライブラリーまたはｃＤＮＡライブラリーから、生物体自体などから）で調製され得、そして種々の型（例えば、一本鎖、二本鎖、ベクター、プローブなど）をとり得る。
【００１９】
さらに、用語「核酸」は、ＤＮＡおよびＲＮＡ、そしてまた改変された骨格を含むＤＮＡおよびＲＮＡのようなそれらのアナログ、そしてまたペプチド核酸（ＰＮＡ）などを含む。
【００２０】
さらなる局面に従って、本発明は、本発明のヌクレオチド配列を含むベクター（例えば、発現ベクター）およびこのようなベクターで形質転換された宿主細胞を提供する。
【００２１】
さらなる局面に従って、本発明は、本発明に従うタンパク質、抗体および／または核酸を含む組成物を提供する。これらの組成物は、例えばワクチンとして、または診断用試薬として、または免疫原性組成物として適切であり得る。
【００２２】
本発明はまた、医薬品として（例えばワクチンとして）または診断用試薬として使用するための、本発明に従う核酸、タンパク質、または抗体を提供する。また、以下の製造における、本発明に従う核酸、タンパク質、または抗体の使用を提供する：（ｉ）ナイセリア細菌に起因する感染の処置または予防のための医薬品；（ｉｉ）ナイセリア細菌またはナイセリア細菌に対して惹起された抗体の存在を検出するための診断用試薬；および／または（ｉｉｉ）ナイセリア細菌に対する抗体を惹起し得る試薬。上記のナイセリア細菌は、任意の種または菌株であり得る（例えば、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）が、好ましくは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ、特に菌株Ａ、菌株Ｂ、または菌株Ｃである。
【００２３】
本発明はまた、治療的有効量の、本発明に従う核酸、タンパク質、および／または抗体を患者に投与する工程を含む、患者の処置の方法を提供する。
【００２４】
さらなる局面に従って、本発明は、種々のプロセスを提供する。
【００２５】
本発明のタンパク質を産生するためのプロセスであって、タンパク質の発現を誘導する条件下において、本発明に従う宿主細胞を培養する工程を包含する、プロセスが提供される。
【００２６】
本発明のタンパク質または核酸を産生するためのプロセスであって、ここでそのタンパク質または核酸は、化学的手段を使用して、一部または全体が合成されるプロセスが提供される。
【００２７】
本発明のポリヌクレオチドを検出するためのプロセスであって、（ａ）本発明に従う核プローブを、二重鎖を形成させるハイブリダイズの条件下で生物学的サンプルと接触させる工程；および（ｂ）上記の二重鎖を検出する工程を包含する、プロセスが提供される。
【００２８】
本発明のタンパク質を検出するためのプロセスであって、（ａ）本発明に従う抗体を、抗体−抗原複合体の形成に適した条件下で生物学的サンプルと接触させる工程；および（ｂ）上記の複合体を検出する工程を包含する、プロセスが提供される。
【００２９】
ＰＣＴ／ＩＢ９８／０１６６５に開示される配列とは異なり、本願に開示される配列は、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅに、いかなる有意なホモログも有しないと考えられている。従って、本発明の配列はまた、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓとＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅとの間を識別するための試薬の調製における用途を見出す。
【００３０】
本発明を実行するために用いられ得る標準的な技術および手順（例えば、ワクチン接種目的または診断目的のために、開示された配列を利用するための）の要旨は以下の通りである。この要旨は、本発明に対する限定ではなく、むしろ使用され得るが使用する必要があるわけではない例を与えるものである。
【００３１】
（概説）
本発明の実施は、特に示されなければ、分子生物学、微生物学、組換えＤＮＡ、および免疫学の従来的な技術を使用し、これらは当該分野の当業者の技術範囲内である。このような技術は以下の文献で十分説明されている（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ
Ｍａｎｕａｌ  第２版（１９８９）；ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ  ａｎｄ  ｉｉ（Ｄ．Ｎ  Ｇｌｏｖｅｒ編  １９８５）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ編  １９８４）；Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｄ．ＨａｍｅｓおよびＳ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ編  １９８４）；Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｄ．ＨａｍｅｓおよびＳ．Ｊ．Ｈｉｇｇｉｎｓ編  １９８４）；Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ編  １９８６）；Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ（ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，１９８６）；Ｂ．Ｐｅｒｂａｌ，Ａ  Ｐｒａｃｔｉａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ（１９８４）；ｔｈｅ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  ｓｅｒｉｅｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．），特に１５４および１５５巻；Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｈ．ＭｉｌｌｅｒおよびＭ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ編  １９８７，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ）；ＭａｙｅｒおよびＷａｌｋｅｒ，編（１９８７），Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ）；Ｓｃｏｐｅｓ，（１９８７）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ，第２版（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．）、およびＨａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  Ｉ−ＩＶ（Ｄ．Ｍ．ＷｅｉｒおよびＣ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ編  １９８６）。
【００３２】
ヌクレオチドおよびアミノ酸についての標準的な略語が、本明細書において使用される。
【００３３】
本明細書中で引用される全ての刊行物、特許、および特許出願は参考としてその全体が援用される。特に、英国特許出願９８００７６０．２、９８１９０１５．０、および９８２２１４３．５の内容が本明細書中に援用される。
【００３４】
（定義）
Ｘを含む組成物は、組成物中の全Ｘ＋Ｙの少なくとも８５重量％がＸであるとき、Ｙを「実質的に含まない」。好ましくは、Ｘは、組成物中の全Ｘ＋Ｙの少なくとも９０重量％を、さらに好ましくは少なくとも約９５重量％または９９重量％さえを含む。
【００３５】
用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「からなる」を意味する。例えば、Ｘを「含む」組成物は、もっぱらＸからなり得るか、またはＸ＋ＹのようなＸに付加したものも含み得る。
【００３６】
用語「異種」とは、天然では共に見られない２つの生物学的成分をいう。この成分は、宿主細胞、遺伝子、調節領域（例えば、プロモーター）であり得る。異種成分は天然では共に見られないが、遺伝子に対して異種のプロモーターがその遺伝子に作動可能に連結されるときのように、それらは共に機能し得る。別の例は、ナイセリア配列がマウス宿主細胞に対して異種であることである。さらなる例は、天然においてみられない配置で単一タンパク質に組み立てられる同じタンパク質または異なるタンパク質由来の２つのエピトープである。
【００３７】
「複製起点」とは、発現ベクターのような、ポリヌクレオチドの複製を開始および調節するポリヌクレオチド配列である。複製起点は、細胞内でのポリヌクレオチド複製の自律性ユニットとして振る舞い、それ自体の制御下で複製し得る。複製起点は、ベクターが特定の宿主細胞において複製するために必要であり得る。特定の複製起点を有せば、発現ベクターは、細胞内の適切なタンパク質の存在下で高いコピー数で再生され得る。起点の例は、酵母において有効な自律性複製配列；およびＣＯＳ−７細胞で有効であるウイルスＴ抗原である。
【００３８】
「変異体」配列は、天然の配列または開示された配列とは異なるが配列同一性を有するＤＮＡ配列、ＲＮＡ配列またはアミノ酸配列として規定される。特定の配列に依存して、天然の配列または開示された配列と変異体配列との間の配列同一性の程度は、好ましくは５０％より大きい（例えば、上記記載のＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを使用して算出して６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％またはそれ以上）。本明細書中で使用されるように、本明細書で核酸分子配列が提供される核酸分子、または領域の「対立遺伝子改変体」は、別のもしくは２番目の単離体のゲノム中の同じ遺伝子座で本質的に生ずる核酸分子または領域および、例えば、変異または組換えにより生ずる天然変化に起因して、類似するが、しかし同一でない核酸配列を有する核酸分子、または領域である。コード領域の対立遺伝子改変体は、代表的には、比較される遺伝子によってコードされるタンパク質の活性と類似した活性を有するタンパク質をコードする。対立遺伝子改変体はまた、遺伝子の５’または３’非翻訳領域（例えば、調節制御領域）での変化を含み得る（例えば、米国特許第５，７５３，２３５号）。
【００３９】
（発現系）
ナイセリアヌクレオチド配列は、種々の異なる発現系；例えば、哺乳動物細胞、バキュロウイルス、植物、細菌、および酵母と共に使用される発現系において発現され得る。
【００４０】
（ｉ．哺乳動物系）
哺乳動物発現系は当該分野において公知である。哺乳動物プロモーターは、哺乳動物ＲＮＡポリメラーゼを結合し得、そしてコード配列（例えば、構造遺伝子）のｍＲＮＡへの下流（３’）転写を開始し得る任意のＤＮＡ配列である。プロモーターは、転写開始領域（これはコード配列の５’末端の近位に通常位置する）およびＴＡＴＡボックス（転写開始部位の２５〜３０塩基対（ｂｐ）上流に通常位置する）を有する。ＴＡＴＡボックスは、その正しい部位においてＲＮＡポリメラーゼＩＩにＲＮＡ合成を開始させるよう指示すると考えられている。哺乳動物プロモーターはまた、ＴＡＴＡボックスの１００〜２００ｂｐ上流以内に通常位置する上流プロモーターエレメントを含む。上流プロモーターエレメントは、転写が開始され、そしていずれかの方向において作用し得る速度を決定する（Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）「Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｌｏｎｅｄ
Ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ」  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第２版）
哺乳動物ウイルス遺伝子は、しばしば高度に発現され、そして広い宿主範囲を有する；従って、哺乳動物ウイルス遺伝子をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する。例は、ＳＶ４０初期プロモーター、マウス乳癌ウイルスＬＴＲプロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター（Ａｄ  ＭＬＰ）、および単純疱疹ウイルスプロモーターを含む。さらに、マウスのメタロチオネイン遺伝子のような非ウイルス性遺伝子に由来する配列もまた、有用なプロモーター配列を提供する。発現は、構成性であるかまたは調節される（誘導可能）かのいずれかであり得る、プロモーターに依存して、ホルモン応答性細胞においてグルココルチコイドで誘導され得る。
【００４１】
上記に記載されるプロモーターエレメントと組み合わされるエンハンサーエレメント（エンハンサー）の存在は、通常発現レベルを増大させる。エンハンサーは、相同性プロモーターまたは異種プロモーターに連結されるとき、転写を１０００倍まで刺激し得る調節ＤＮＡ配列であり、合成は、通常のＲＮＡ開始部位で開始する。エンハンサーはまた、それらが、通常方向もしくはｆｌｉｐｐｅｄ方向のいずれかで転写開始部位より上流または下流に、もしくはプロモーターから１０００ヌクレオチドを超える距離で位置するとき、活性である（Ｍａｎｉａｔｉｓら（１９８７）  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３６：１２３７；Ａｌｂｅｒｔｓら（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃｅｌｌ，第２版）。ウイルス由来のエンハンサーエレメントは、それらは通常、より広い宿主範囲を有するため、特に有用であり得る。
【００４２】
例としては、ＳＶ４０初期遺伝子エンハンサー（Ｄｉｊｋｅｍａら（１９８５）ＥＭＢＯ  Ｊ．４：７６１）およびラウス肉腫ウイルスの長末端反復（ＬＴＲ）に由来するエンハンサー／プロモーター（Ｇｏｒｍａｎら（１９８２ｂ）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．７９：６７７７）およびヒトサイトメガウイルスに由来するエンハンサー／プロモーター（Ｂｏｓｈａｒｔら（１９８５）Ｃｅｌｌ  ４１：５２１）が挙げられる。さらに、いくつかのエンハンサーは調節可能であり、そしてホルモンまたは金属イオンのような誘導因子の存在下のみで活性になる（Ｓａｓｓｏｎｅ−ＣｏｒｓｉおよびＢｏｒｅｌｌｉ（１９８６）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．２：２１５；Ｍａｎｉａｔｉｓら（１９８７）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３６：１２３７）。
【００４３】
ＤＮＡ分子は、哺乳動物細胞において細胞内で発現され得る。プロモーター配列は、組換えタンパク質のＮ末端における最初のアミノ酸が常にＡＴＧ開始コドンによりコードされるメチオニンである場合、ＤＮＡ分子と直接連結され得る。所望される場合、Ｎ末端は、臭化シアンとのインビトロでのインキュベーションによりタンパク質から切断され得る。
【００４４】
あるいは、外来タンパク質もまた、哺乳動物細胞において外来タンパク質の分泌を提供するリーダー配列フラグメントで構成される融合タンパク質をコードするキメラＤＮＡ分子を作製することにより、細胞から成長培地へ分泌され得る。好ましくは、インビボまたはインビトロのいずれかにおいて切断され得る、リーダーフラグメントおよび外来遺伝子との間にコードされるプロセシング部位が存在する。リーダー配列フラグメントは通常、細胞からのタンパク質の分泌を指示する疎水性アミノ酸で構成される単一のペプチドをコードする。アデノウイルス３分割リーダーは、哺乳動物細胞における外来タンパク質の分泌を提供するリーダー配列の例である。
【００４５】
通常、哺乳類細胞によって認識される転写終結配列およびポリアデニル化配列は、翻訳終止コドンの３’側に存在する調節領域であり、従って、プロモーターエレメントと共に、コード配列に隣接する。成熟ｍＲＮＡの３’末端は、部位特異的転写後切断およびポリアデニル化により形成される（Ｂｉｒｎｓｔｉｅｌら、（１９８５）Ｃｅｌｌ  ４１：３４９；ＰｒｏｕｄｆｏｏｔおよびＷｈｉｔｅｌａｗ（１９８８）「Ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ３’ｅｎｄ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  ｏｆ  ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ  ＲＮＡ．」Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｓｐｌｉｃｉｎｇ（Ｂ．Ｄ．ＨａｍｅｓおよびＤ．Ｍ．Ｇｌｏｖｅｒ編）；Ｐｒｏｕｄｆｏｏｔ（１９８９）Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１４：１０５）。これらの配列は、ｍＲＮＡの転写を指示し、そのｍＲＮＡは、そのＤＮＡにコードされるポリペプチドに翻訳され得る。転写終結／ポリアデニル化シグナルの例としては、ＳＶ４０由来のシグナルが挙げられる（Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）「Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｃｌｏｎｅｄ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｃｕｌｔｕｒｅｄ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ｃｅｌｌｓ．」Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ）。
【００４６】
通常、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、および転写終結配列を含む上記の構成要素は、発現構築物内に共に導入される。エンハンサー、機能的なスプライス供与部位および受容部位を有するイントロン、ならびにリーダー配列もまた、所望される場合、発現構築物内に含まれ得る。発現構築物はしばしば、哺乳類細胞または細菌のような宿主内で安定して維持し得る染色体外エレメント（例えば、プラスミド）のような、レプリコン内で維持される。哺乳類の複製系としては、複製にトランス作用性の因子を必要とする、動物ウイルス由来の複製系が挙げられる。例えば、ＳＶ４０（Ｇｌｕｚｍａｍ（１９８１）Ｃｅｌｌ  ２３：１７５）、またはポリオーマウイルスのようなパポバウイルスの複製系を含むプラスミドは、適切なウイルスのＴ抗原の存在下で極めて高いコピー数で複製する。哺乳類レプリコンのさらなる例としては、ウシパピローマウイルスおよびエプスタイン−バーウイルス由来のレプリコンが挙げられる。さらに、このレプリコンは、二つの複製系を有し得、従って、例えば、発現用の哺乳類細胞内で、ならびにクローニングおよび増幅用の原核生物の宿主内で、そのレプリコンを維持することが可能である。このような哺乳類−細菌シャトルベクターの例としては、ｐＭＴ２（Ｋａｕｆｍａｎら．（１９８９）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．９：９４６）およびｐＨＥＢＯ（Ｓｈｉｍｉｚｕら．（１９８６）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．６：１０７４）が挙げられる。
【００４７】
使用される形質転換の手順は、形質転換される宿主に依存する。異種のポリヌクレオチドの哺乳類細胞への導入方法は、当該分野で公知であり、その方法としては、デキストラン媒介トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ポリブレン媒介トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、リポソーム内でのポリヌクレオチドの封入、およびＤＮＡの核内への直接微量注入が挙げられる。
【００４８】
発現用宿主として利用可能な哺乳類細胞株は、当該分野で公知であり、そのような細胞株としては、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＨｅＬａ細胞、乳仔ハムスター腎臓（ＢＨＫ）細胞、サル腎臓細胞（ＣＯＳ）、ヒト肝細胞癌細胞（例えば、Ｈｅｐ  Ｇ２）および多くの他の細胞株を含むが、これらに限定されない、アメリカンタイプカルチャーコレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）（ＡＴＣＣ）から入手可能な多くの不死化細胞株が含まれる。
【００４９】
（ｉｉ  バキュロウイルス系）
タンパク質をコードしているポリヌクレオチドはまた、適切な昆虫の発現ベクター内に挿入され得、そしてそのベクター内で、制御エレメントに作動可能に連結される。ベクターの構築には、当該分野で公知の技術を使用する。一般に、その発現系の構成要素として、以下のものが挙げられる：バキュロウイルスゲノムのフラグメント、および発現させる異種遺伝子の挿入のための簡便な制限部位の両方を含む転移ベクター（通常は細菌ベクター）；転移ベクター内のバキュロウイルスに特異的なフラグメントに相同性のある配列を有する野生型バキュロウイルス（これは、バキュロウイルスゲノム内への異種遺伝子の相同組換えを可能にする）；ならびに適切な昆虫宿主細胞および生育培地。
【００５０】
転移ベクターにタンパク質をコードするＤＮＡ配列を挿入した後、そのベクターおよび野生型ウイルスゲノムを、昆虫宿主細胞にトランスフェクトし、そこでベクターとウイルスゲノムを組換え可能にする。パッケージングされた組換えウイルスは発現され、そして組換えプラークが同定されそして精製される。バキュロウイルス／昆虫細胞発現系の材料および方法は、特に、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ  ＣＡからキット形態（「ＭａｘＢａｃ」キット）で市販される。これらの技術は、一般に当業者に公知であり、そしてＳｕｍｍｅｒｓおよびＳｍｉｔｈ，Ｔｅｘａｓ  Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ  Ｓｔａｔｉｏｎ  Ｂｕｌｌｅｔｉｎ  Ｎｏ．１５５５（１９８７）（以下、「Ｓｕｍｍｅｒｓ  ａｎｄ  Ｓｍｉｔｈ」）に十分に記載されている。
【００５１】
タンパク質をコードするＤＮＡ配列をバキュロウイルスゲノムに挿入するのに先立って、プロモーター配列、リーダー配列（所望される場合）、目的のコード配列、および転写終結配列を含む上記の構成要素を、通常、中間転移構築物（転移ベクター）に構築する。この構築物は、単一の遺伝子および作動可能に連結された調節エレメント；操作可能に連結された調節エレメントのセットを各々が所有する複数の遺伝子；あるいは同じ調節エレメントのセットにより調節される複数の遺伝子を含み得る。中間転移構築物は、しばしば、細菌のような宿主内で安定的に維持し得る染色体外エレメント（例えば、プラスミド）のような、レプリコン内で維持される。レプリコンは、複製系を有しており、従って、それはクローニングおよび増幅用の適切な宿主内で維持され得る。
【００５２】
現在、外来遺伝子のＡｃＮＰＶへの導入のために最も一般に使用される転移ベクターは、ｐＡｃ３７３である。当業者に公知の多くの他のベクターもまた設計される。これらのベクターとしては、例えば、ｐＶＬ９８５（ポリへドリンの開始コドンをＡＴＧからＡＴＴに変化させ、そしてそのＡＴＴから３２塩基対下流に、ＢａｍＨＩクローニング部位を導入する；（ＬｕｃｋｏｗおよびＳｕｍｍｅｒｓ，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（１９８９）１７：３１を参照のこと）が挙げられる。
【００５３】
このプラスミドも通常、ポリへドリンポリアデニル化シグナル（Ｍｉｌｌｅｒら、（１９８８）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，４２：１７７）、および原核生物のアンピシリン耐性（ａｍｐ）遺伝子、およびＥ．ｃｏｌｉ．における選抜ならびに増殖のための複製起点を含む。
【００５４】
バキュロウイルス転移ベクターは通常、バキュロウイルスプロモーターを含む。バキュロウイルスプロモーターは、バキュロウイルスＲＮＡポリメラーゼに結合し、そしてコード配列（例えば、構造遺伝子）のｍＲＮＡへの下流（５’〜３’）方向の転写を開始し得る任意のＤＮＡ配列である。プロモーターは、通常、コード配列の５’末端に近接して存在する転写開始領域を有する。この転写開始領域は通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位および転写開始点を含む。バキュロウイルス転移ベクターはまた、エンハンサーと呼ばれる第２のドメインを有し得、存在する場合は、通常、構造遺伝子に対し遠位にある。発現は調節され得るか、あるいは構成的であり得る。
【００５５】
ウイルスの感染周期の後期で大量に転写される構造遺伝子は、特に有用なプロモーター配列を提供する。例としては、ウイルス多面体タンパク質をコードする遺伝子（Ｆｒｉｅｓｅｎら、（１９８６）「Ｔｈｅ  Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，」：Ｔｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓｅｓ（Ｗａｌｔｅｒ  Ｄｏｅｒｆｌｅｒ編）；ＥＰＯ公開番号第１２７８３９号および同第１５５４７６号；ならびにｐ１０タンパク質をコードする遺伝子（Ｖｌａｋら，（１９８８），Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．６９：７６５）由来の配列が挙げられる。
【００５６】
適切なシグナル配列をコードするＤＮＡは、分泌昆虫タンパク質、あるいはバキュロウイルスポリへドリン遺伝子（Ｃａｒｂｏｎｅｌｌら，（１９９８）Ｇｅｎｅ，７３：４０９）のような、分泌バキュロウイルスタンパク質の遺伝子に由来し得る。あるいは、哺乳類細胞の翻訳後修飾（シグナルペプチド切断、タンパク質分解性切断、およびリン酸化のような）のシグナルは、昆虫細胞に認識されると考えられ、そして分泌および核蓄積に必要なシグナルはまた、無脊椎動物細胞および脊椎動物細胞間で保存されると考えられるために、ヒトインターフェロンα（Ｍａｅｄａら，（１９８５），Ｎａｔｕｒｅ  ３１５：５９２）；ヒトガストリン放出ペプチド（Ｌｅｂａｃｑ−Ｖｅｒｈｅｙｄｅｎら，（１９８８），Ｍｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．８：３１２９）；ヒトＩＬ−２（Ｓｍｉｔｈら，（１９８５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８２：８４０４）；マウスＩＬ−３（Ｍｉｙａｊｉｍａら，（１９８７）Ｇｅｎｅ  ５８：２７３）；およびヒトグルコセレブロシダーゼ（Ｍａｒｔｉｎら，（１９８８）ＤＮＡ、７：９９）をコードする遺伝子由来のような、非昆虫起源のリーダーもまた、昆虫での分泌を与えるために使用され得る。
【００５７】
組換えポリペプチドあるいは組換えポリタンパク質は、細胞内に発現され得るか、あるいは適切な調節配列と共に発現される場合、分泌され得る。非融合の外来タンパク質の優れた細胞内発現は、通常、ＡＴＧ開始シグナルに先行する適切な翻訳開始シグナルを含む、短いリーダー配列を完全に有する異種遺伝子が必要である。所望であれば、Ｎ末端のメチオニンは、臭化シアンとのインビトロでのインキュベーションにより、成熟タンパク質から切断され得る。
【００５８】
あるいは、自然に分泌されない組換えポリタンパク質または組換えタンパク質は、昆虫において外来タンパク質の分泌を与えるリーダー配列フラグメントを含む、融合タンパク質をコードするキメラＤＮＡ分子を作成することにより、昆虫細胞から分泌され得る。リーダー配列フラグメントは通常、タンパク質の小胞体内へのトランスロケーションを指示する疎水性アミノ酸からなるシグナルペプチドをコードしている。
【００５９】
タンパク質の発現産物前駆体をコードするＤＮＡ配列および／または遺伝子の挿入後、昆虫細胞宿主に、転移ベクターの異種ＤＮＡおよび野生型バキュロウイルスのゲノムＤＮＡを（通常は、同時トランスフェクションによって）同時形質転換する。構築物のプロモーターおよび転写終結配列は、通常バキュロウイルスゲノムの２〜５ｋｂの区域を含む。バキュロウイルスウイルスの望ましい部位に異種ＤＮＡを導入する方法は、当該分野で公知である（ＳｕｍｍｅｒｓおよびＳｍｉｔｈ、前出；Ｊｕら（１９８７）；Ｓｍｉｔｈら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．（１９８３）３：２１５６；ならびにＬｕｃｋｏｗおよびＳｕｍｍｅｒｓ（１９８９）を参照のこと）。例えば、その挿入は、相同二重交差組換え（ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ  ｄｏｕｂｌｅ  ｃｒｏｓｓｏｖｅｒ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ）により、ポリへドリン遺伝子のような遺伝子内に対してであり得る；挿入はまた、所望のバキュロウイルス遺伝子に設計された制限酵素部位内に対してであり得る。Ｍｉｌｌｅｒら、（１９８９）、Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ  ４；９１。発現ベクター内のポリへドリン遺伝子の代わりにクローン化される場合のＤＮＡ配列は、５’側および３’側の両側でポリへドリン特異的配列に隣接し、そしてポリへドリンプロモーターの下流に配置される。
【００６０】
新規に形成されたバキュロウイルス発現ベクターは続いて、感染性の組換えバキュロウイルス内にパッケージングされる。相同組換えは、低い頻度で起こる（約１％と約５％との間）；それゆえ、同時トランスフェクション後に産生されたウイルスの大半は、依然として野生型ウイルスである。従って、組換えウイルスを同定するための方法が必要である。その発現系の利点は、組換えウイルスを区別し得る可視的スクリーニングである。天然のウイルスにより産生されるポリへドリンタンパク質は、ウイルス感染後の後期で、その感染された細胞の核内で非常に高いレベルで産生される。蓄積されたポリへドリンタンパク質は、閉塞体を形成し、またそれは包理された粒子を含む。これらの閉塞体は、最大１５μｍの大きさで、高度に屈折性であり、明るく輝く外見を与え、容易に光学顕微鏡下で可視化される。組換えウイルスに感染された細胞は、閉塞体を欠く。組換えウイルスと野生型ウイルスとを区別するために、トランスフェクションの上清を、当業者に公知の技術により昆虫細胞の単層にプラーク形成させた。すなわち、プラークを、光学顕微鏡下で閉塞体の存在（野性型ウイルスを示す）または非存在（組換えウイルスを示す）についてスクリーニングする。「Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ」第２巻（Ａｕｓｕｂｅｌら編）１６．８（増補１０、１９９０）；ＳｕｍｍｅｒｓおよびＳｍｉｔｈ、前出；Ｍｉｌｌｅｒら（１９８９）。
【００６１】
組換えバキュロウイルス発現ベクターは、いくつかの昆虫細胞への感染用に開発された。例えば、組換えバキュロウイルスは、特に以下に示すもののために開発された：Ａｅｄｅｓ  ａｅｇｙｐｔｉ、Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ  ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ、Ｂｏｍｂｙｘ  ｍｏｒｉ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ、およびＴｒｉｃｈｏｐｌｕｓｉａ  ｎｉ（ＷＯ８９／０４６６９９；Ｃａｒｂｏｎｅｌｌら，（１９８５）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．５６：１５３；Ｗｒｉｇｈｔ（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：７１８；Ｓｍｉｔｈら，（１９８３）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．３：２１５６；ならびにおよびＦｒａｓｅｒら，（１９８９）Ｉｎ  Ｖｉｔｒｏ  Ｃｅｌｌ．Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．２５：２２５を一般に参照のこと）。
【００６２】
細胞および細胞培養培地は、バキュロウイルス／発現系における異種ポリペプチドの直接発現および融合物発現の両方のために市販される；細胞培養技術は、一般に当業者に公知である。例えば、ＳｕｍｍｅｒｓおよびＳｍｉｔｈ（前出）を参照のこと。
【００６３】
次いで、改変した昆虫細胞を、適切な栄養培地で増殖し得、このことは、その改変した昆虫宿主内で存在するプラスミドの安定的維持を可能にする。発現産物の遺伝子が、誘導性の制御下にある場合、宿主は高密度になるまで増殖され得、そして発現は誘導され得る。あるいは、発現が構成的である場合、その産物は培地中に連続的に発現され、そして栄養培地を連続的に循環させながら、目的産物を取り出し、そして枯渇した栄養を補給しなければならない。その産物は、クロマトグラフィー（例えば、ＨＰＬＣ、アフィニティークロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィーなど）；電気泳動；密度勾配遠心；溶媒抽出などのような技術により精製され得る。適切な場合、その産物をさらに精製し、必要ならば、培地中に分泌された、または昆虫細胞の溶解から生じた任意の昆虫タンパク質を実質的に除去し、その結果、宿主細片（例えば、タンパク質、脂質および多糖類）を少なくとも実質的に含まない産物を供給し得る。
【００６４】
タンパク質の発現を得るために、形質転換体に由来する組換え宿主細胞は、組換えタンパク質をコードする配列の発現を可能にする条件下でインキュベートされる。これらの条件は、選択された宿主細胞に依存して変動する。しかし、その条件は、当該分野で公知のことに基づいて、当業者に容易に確かめられ得る。
【００６５】
（ｉｉｉ．植物系）
当該分野で公知の多くの植物細胞培養および全植物遺伝子発現系が存在する。例示的な植物細胞遺伝子発現系としては、米国特許第５，６９３，５０６号；米国特許第５，６５９，１２２号；および米国特許第５，６０８，１４３号のような特許に記載されるものが挙げられる。植物細胞培養における遺伝子発現の別の例は、Ｚｅｎｋ，Ｐｈｙｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３０：３８６１−３８６３（１９９１）に記載された。植物タンパク質のシグナルペプチドの記載は、上記の参考文献に加え、以下に示すものの中においても見出され得る：Ｖａｕｌｃｏｍｂｅら，Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．２０９：３３−４０（１９８７）；Ｃｈａｎｄｌｅｒら，Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ３：４０７−４１８（１９８４）；Ｒｏｇｅｒｓ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６０：３７３１−３７３８（１９８５）；Ｒｏｔｈｓｔｅｉｎら，Ｇｅｎｅ  ５５：３５３−３５６（１９８７）；Ｗｈｉｔｔｉｅｒら，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １５：２５１５−２５３５（１９８７）；Ｗｉｒｓｅｌら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ３：３−１４（１９８９）；Ｙｕら，Ｇｅｎｅ  １２２：２４７−２５３（１９９２）。植物ホルモン（ジベレリン酸およびジベレリン酸により誘導される分泌酵素）による植物遺伝子発現の調節の記載は、Ｒ．Ｌ．ＪｏｎｅｓおよびＪ．ＭａｃＭｉｌｌｉｎ，Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌｉｎｓ：Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ，Ｍａｌｃｏｌｍ  Ｂ．Ｗｉｌｋｉｎｓ編、１９８４  Ｐｉｔｍａｎ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｌｉｍｉｔｅｄ，Ｌｏｎｄｏｎ，２１−５２頁の中に見出され得る。他の代謝調節性遺伝子が記載される参考文献は：Ｓｈｅｅｎ，Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ，２：１０２７−１０３８（１９９０）；Ｍａａｓら，ＥＭＢＯ  Ｊ．９：３４４７−３４５２（１９９０）；ＢｅｎｋｅｌおよびＨｉｃｋｅｙ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８４：１３３７−１３３９（１９８７）。
【００６６】
代表的に、当該分野で公知の技術を使用して、所望のポリヌクレオチド配列は、植物内で操作するために設計された遺伝子調節エレメントを含む発現カセットの中に挿入される。その発現カセットは、植物宿主内での発現に適切な発現カセットの上流および下流にコンパニオン配列を有する望ましい発現ベクターの中に挿入される。そのコンパニオン配列は、プラスミドまたはウイルス起源のものであり、そしてそのベクターが、細菌のような本来のクローニング宿主から、所望の植物宿主へとＤＮＡを移動させるために必要とされる特徴をベクターに提供する。基本的な細菌／植物ベクター構築物は、好ましくは、広い宿主範囲の原核生物の複製起点；原核生物の選択マーカー；および、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの形質転換については、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ媒介移入のためのＴ  ＤＮＡ配列を植物染色体に提供する。異種遺伝子が容易に検出できない場合は、好ましくは、その構築物はまた、植物細胞が形質転換されたかどうかを決定するために適した選択マーカー遺伝子を有する。適切なマーカーの一般的な総説は、例えば、イネ科のメンバーについては、ＷｉｌｍｉｎｋおよびＤｏｎｓ，１９９３，Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｔｒ，１１（２）：１６５−１８５に見られる。
【００６７】
植物ゲノムへの異種配列の組み込みを可能にするために適した配列もまた、推奨される。これらは、相同組換えのためのトランスポゾン配列など、および植物ゲノム内への異種発現カセットのランダム挿入を可能にするＴｉ配列を含み得る。適切な原核生物選択マーカーとしては、アンピシリンまたはテトラサイクリンのような抗生物質に対する耐性が挙げられる。さらなる機能をコードしている他のＤＮＡ配列もまた、当該分野で公知のように、そのベクターの中に存在し得る。
【００６８】
本発明の核酸分子は、目的のタンパク質の発現用の発現カセットに含まれ得る。２つ以上も可能であるが、通常はただ一つの発現カセットである。組換え発現カセットは、異種タンパク質のコード配列に加え、以下のエレメントを含む：プロモーター領域、植物５’非翻訳配列、構造遺伝子がそれを備えているかどうかに依存する開始コドン、ならびに転写および翻訳終結配列。そのカセットの５’末端および３’末端の独特な制限酵素部位は、既存のベクター内への容易な挿入を可能にする。
【００６９】
異種のコード配列は、本発明に関係する任意のタンパク質のための配列であり得る。目的のタンパク質をコードする配列は、適切な場合には、そのタンパク質のプロセシングおよびトランスロケーションを可能にするシグナルペプチドをコードし、そして通常、本発明の所望のタンパク質の膜への結合を生じ得る任意の配列を欠いている。転写開始領域は、大部分は、発芽中に発現およびトランスロケーションされる遺伝子のためのものであるから、トランスロケーションを与えるシグナルペプチドを使用することにより、目的のタンパク質のトランスロケーションもまた提供し得る。このようにして、目的のタンパク質は、それらが発現される細胞からトランスロケーションされ、そして効率的に収集され得る。代表的には、種子における分泌は、種子の胚乳内へ、アリューロン層または胚盤上皮層を通過する。タンパク質を産生する細胞からそのタンパク質が分泌される必要はないが、このことは組換えタンパク質の分離および精製を容易にする。
【００７０】
所望の遺伝子産物の最終的な発現が、真核生物細胞におけるものであるために、クローン化した遺伝子の任意の部分が、宿主のスプライソソーム（ｓｐｌｉｃｏｓｏｍｅ）機構により、プロセシングによりイントロンとして取り出される配列を含むかどうかを決定することが望ましい。そのような場合、「イントロン」領域の部位特異的変異誘発は、誤ったイントロンコードとして遺伝情報の一部を欠失することを防ぐために実施され得る。ＲｅｅｄおよびＭａｎｉａｔｉｓ、Ｃｅｌｌ  ４１：９５−１０５、１９８５。
【００７１】
ベクターは、組換えＤＮＡを機械的に転移するためにマイクロピペットを用いて植物細胞内に直接的に微量注入され得る（Ｃｒｏｓｓｗａｙ、Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ，２０２：１７９−１８５、１９８５）。遺伝子物質はまた、ポリエチレングリコールを用いて植物細胞内に転移され得る（Ｋｒｅｎｓら、Ｎａｔｕｒｅ，２９６、７２−７４、１９８２）。核酸部分の導入の別の方法は、小さいビーズまたは微粒子のいずれかのマトリックスの内部に、あるいは表面に核酸を有する小さな微粒子による高速バリスティック（ｂａｌｌｉｓｔｉｃ）穿通法である（Ｋｌｅｉｎら，Ｎａｔｕｒｅ，３２７，７０−７３，１９８７ならびにＫｎｕｄｓｅｎおよびＭｕｌｌｅｒ，１９９１，Ｐｌａｎｔａ，１８５：３３０−３３６は、大麦胚乳の粒子の照射（ｂｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ）によりトランスジェニック大麦を作製することを教示している）。さらに別の導入方法は、他の物体、いずれかのミニ細胞、細胞、リソソームあるいは他の易融な脂肪表面体とのプロトプラストの融合である（Ｆｒａｌｅｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７９，１８５９−１８６３，１９８２）。
【００７２】
ベクターはまた、エレクトロポレーションにより植物細胞内に導入され得る（Ｆｒｏｍｍら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｉ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８２：５８２４，１９８５）。この技術において、植物プロトプラストは、遺伝子構築物を含むプラスミドの存在下でエレクトロポレートされる。高い電界の強さの電気衝撃により、生体膜を可逆的に通過できるようにし、プラスミドの導入を可能にする。エレクトロポレートされた植物プロトプラストは細胞壁を再形成し、分裂し、植物カルス形成する。
【００７３】
プロトプラストが単離され得、そして培養されて完全な再生植物を与え得る全ての植物は、本発明により形質転換され得、転移した遺伝子を保持する完全な植物が再生される。実際に、全ての植物は、さとうきび、甜菜、綿、果実および他の樹木、マメ科植物および野菜の全ての主要な種を含むがそれらに限定されない培養細胞あるいは組織から再生され得る。いくつかの適応した植物としては、例えば、以下の属由来の種が挙げられる；Ｆｒａｇａｒｉａ，Ｌｏｔｕｓ，Ｍｅｄｉｃａｇｏ，Ｏｎｏｂｒｙｃｈｉｓ，Ｔｒｉｆｏｌｉｕｍ，Ｔｒｉｇｏｎｅｌｌａ，Ｖｉｇｎａ，Ｃｉｔｒｕｓ，Ｌｉｎｕｍ，Ｇｅｒａｎｉｕｍ，Ｍａｎｉｈｏｔ，Ｄａｕｃｕｓ，Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ，Ｂｒａｓｓｉｃａ，Ｒａｐｈａｎｕｓ，Ｓｉｎａｐｉｓ，Ａｔｒｏｐａ，Ｃａｐｓｉｃｕｍ，Ｄａｔｕｒａ，Ｈｙｏｓｃｙａｍｕｓ，Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｏｎ，Ｎｉｃｏｔｉａｎａ，Ｓｏｌａｎｕｍ，Ｐｅｔｕｎｉａ，Ｄｉｇｉｔａｌｉｓ，Ｍａｊｏｒａｎａ，Ｃｉｃｈｏｒｉｕｍ，Ｈｅｌｉａｎｔｈｕｓ，Ｌａｃｔｕｃａ，Ｂｒｏｍｕｓ，Ａｓｐａｒａｇｕｓ，Ａｎｔｉｒｒｈｉｎｕｍ，Ｈｅｒｅｒｏｃａｌｌｉｓ，Ｎｅｍｅｓｉａ，Ｐｅｌａｒｇｏｎｉｕｍ，Ｐａｎｉｃｕｍ，Ｐｅｎｎｉｓｅｔｕｍ，Ｒａｎｕｎｃｕｌｕｓ，Ｓｅｎｅｃｉｏ，Ｓａｌｐｉｇｌｏｓｓｉｓ，Ｃｕｃｕｍｉｓ，Ｂｒｏｗａａｌｉａ，Ｇｌｙｃｉｎｅ，Ｌｏｌｉｕｍ，Ｚｅａ，Ｔｒｉｔｉｃｕｍ，Ｓｏｒｇｈｕｍ，およびＤａｔｕｒａ。
【００７４】
再生のための手法は、植物の種によって変化するが、しかし一般に異種遺伝子のコピーを含む形質転換されたプロトプラストの懸濁液が最初に提供される。カルス組織が形成され、そしてシュートがカルスから誘導され得、続いて発根され得る。あるいは、胚形成がプロトプラスト懸濁液から誘導され得る。これらの胚は、天然の胚として発芽し、植物を形成する。培養培地は、一般に種々のアミノ酸、ならびにオーキシンおよびサイトカイニンのようなホルモンを含有する。またグルタミン酸およびプロリンを培地に添加することは、特にコーンおよびアルファルファのような種にとって有用である。シュートおよび根は通常、同時に発生する。効果的な再生は培地、遺伝子型、および培養遍歴に依存する。これらの３つの変数が制御される場合は、再生は十分に再現性がありそして繰り返し可能である。
【００７５】
いくつかの植物細胞培養系において、本発明の所望のタンパク質は排出され得、あるいはこのタンパク質は植物全体から抽出され得る。本発明の所望のタンパク質は培地内に分泌される場合、これは回収され得る。あるいは、胚および胚のない不完全な種子または他の植物組織は、機械的に破壊され細胞と組織との間の任意の分泌されたタンパク質を放出し得る。その混合物は緩衝液に懸濁され、可溶タンパクを回収し得る。次いで、従来のタンパク質単離および精製方法が組換えタンパク質を精製するために使用される。時間、温度、ｐＨ、酸素、および容量のパラメーターは、異種タンパク質の適切な発現および回収のために慣用的な方法により調整される。
【００７６】
（ｉｖ．細菌系）
細菌の発現技術は、当該分野で公知である。細菌のプロモーターは、細菌のＲＮＡポリメラーゼに結合し得、そしてコード配列（例えば、構造遺伝子）の下流方向（３’方向）へのｍＲＮＡへの転写を開始し得る任意のＤＮＡ配列である。プロモーターは、通常、コード配列の５’末端に近接して存在する転写開始領域を有する。この転写開始領域は、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位および転写開始部位を含む。細菌のプロモーターはまた、オペレーターと呼ばれる第二のドメインを有し得、ＲＮＡ合成が始まる近接のＲＮＡポリメラーゼ結合部位と重複し得る。オペレーターは、遺伝子リプレッサータンパク質が、オペレーターに結合し、そのため特定の遺伝子の転写を阻害し得るような、負の調節された（誘導性の）転写を可能にする。構成的発現は、オペレーターのような負の調節エレメントの非存在下で起こり得る。さらに、正の調節は、遺伝子アクチベータータンパク質結合配列により達成され得、その配列が存在する場合は通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合配列の（５’）側に近接している。遺伝子アクチベータータンパク質の例としては、異化活性化タンパク質（ＣＡＰ）があり、それはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（Ｅ．Ｃｏｌｉ）におけるｌａｃオペロンの転写の開始を助ける（Ｒａｉｂａｕｄら（１９８４）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．１８：１７３）。調節される発現は、それゆえ正または負のいずれかであり、それにより、転写を増強するかまたは低下するかのいずれかをし得る。
【００７７】
代謝経路の酵素をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する。例としては、ガラクトース、ラクトース（ｌａｃ）（Ｃｈａｎｇら．（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ  １９８：１０５６）、およびマルトースのような糖代謝の酵素由来のプロモーター配列が挙げられる。さらなる例としては、トリプトファン（ｔｒｐ）（Ｇｏｅｄｄｅｌら．（１９８０）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．８：４０５７；Ｙｅｌｖｅｒｔｏｎら．（１９８１）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．９：７３１；米国特許第４，７３８，９２１号；ＥＰ−Ａ−００３６７７６号およびＥＰ−Ａ−０１２１７７５）のような生合成酵素由来のプロモーター配列が挙げられる。ｇ−ラクタマーゼ（ｇ−ｌａｏｔａｍａｓｅ）（ｂｌａ）プロモーター系（Ｗｅｉｓｓｍａｎｎ（１９８１）「Ｔｈｅ  ｃｌｏｎｉｎｇ  ｏｆ
Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ａｎｄ  ｏｔｈｅｒ  ｍｉｓｔａｋｅｓ．」Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ３（Ｉ．Ｇｒｅｓｓｅｒ編））、バクテリオファージλＰＬ（Ｓｈｉｍａｔａｋｅら．（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ  ２９２：１２８）およびＴ５（米国特許第４，６８９，４０６号）プロモーター系もまた有用なプロモーター配列を提供する。
【００７８】
さらに、天然に存在しない合成プロモーターもまた、細菌のプロモーターとして機能する。例えば、あるバクテリアあるいはバクテリオファージプロモーターの転写活性化配列は、別のバクテリアあるいはバクテリオファージプロモーターのオペロン配列と結合し得、合成ハイブリッドプロモーターを形成する。（米国特許第４，５５１，４３３号）。例えば、ｔａｃプロモーターは、ｌａｃリプレッサーにより調節されるｔｒｐプロモーター配列およびｌａｃオペロン配列の両方から構成される、ハイブリッドｔｒｐ−ｌａｃプロモーターである（Ａｍａｎｎら．（１９８３）Ｇｅｎｅ  ２５：１６７；ｄｅ  Ｂｏｅｒら．（１９８３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８０：２１）。さらに、ある細菌のプロモーターは、細菌のＲＮＡポリメラーゼに結合し、そして転写を開始させる能力を有する非細菌起源の天然に存在するプロモーターを含み得る。非細菌起源の天然に存在するプロモーターはまた、原核生物内でいくらかの遺伝子の高いレベルでの発現を生じるために、適合性のあるＲＮＡポリメラーゼと結合され得る。バクテリオファージＴ７  ＲＮＡポリメラーゼ／プロモーター系は、連結したプロモーター系の例である（Ｓｔｕｄｉｅｒら．（１９８６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１８９：１１３；Ｔａｂｏｒら．（１９８５）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８２：１０７４）。さらに、ハイブリッドプロモーターはまた、バクテリオファージプロモーターおよびＥ．ｃｏｌｉオペレーター領域から構成され得る（ＥＰＯ−Ａ−０２６７８５１）。
【００７９】
機能性のプロモーター配列に加え、効果的なリボソーム結合部位はまた、原核生物における外来遺伝子の発現に有用である。Ｅ．ｃｏｌｉにおいて、リボソーム結合部位は、シャイン−ダルガノ（ＳＤ）配列と呼ばれ、そして開始コドン（ＡＴＧ）および開始コドンの３〜１１ヌクレオチド上流に位置する長さ３〜９ヌクレオチドの配列を含む（Ｓｈｉｎｅら．（１９７５）Ｎａｔｕｒｅ  ２５４：３４）。ＳＤ配列は、ＳＤ配列とＥ．ｃｏｌｉの１６ＳｒＲＮＡの３’側との間の塩基対形成によりｍＲＮＡのリボソームへの結合を促進すると考えられている（Ｓｔｅｉｔｚら．（１９７９）「Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｓｉｇｎａｌｓ  ａｎｄ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｉｎ  ｍｅｓｓｅｎｇｅｒ  ＲＮＡ．」Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ：Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（Ｒ．Ｆ．Ｇｏｌｄｂｅｒｇｅｒ編））。弱いリボソーム結合部位を有する真核遺伝子および原核遺伝子の発現のためには（Ｓａｍｂｒｏｏｋら．（１９８９）「Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｃｌｏｎｅｄ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ．」Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ）。
【００８０】
ＤＮＡ分子は、細胞内で発現され得る。プロモーター配列は、直接的にそのＤＮＡ分子と連結され得、この場合、Ｎ末端の最初のアミノ酸は、常に、ＡＴＧ開始コドンによりコードされるメチオニンである。所望される場合、Ｎ末端のメチオニンは、臭化シアンとのインビトロインキュベーション、あるいは細菌のメチオニンＮ末端ペプチダーゼとのインビボまたはインビトロのいずれかでのインキュベーションによりタンパク質から切断され得る（ＥＰＯ−Ａ−０２１９２３７）。
【００８１】
融合タンパク質は、直接的発現に代わるものを提供する。通常、内在性の細菌のタンパク質、あるいは他の安定なタンパク質のＮ末端部分をコードするＤＮＡ配列は、異種のコード配列の５’末端と融合される。発現の際に、この構築物は、２つのアミノ酸配列の融合を提供する。例えば、バクテリオファージλ細胞遺伝子は、外来遺伝子の５’末端と連結し得、そして細菌において発現され得る。生じた融合タンパク質は、好ましくは、外来遺伝子由来のバクテリオファージタンパク質を切断するためのプロセシング酵素（第Ｘａ因子）用の部位を保持する（Ｎａｇａｉら．（１９８４）Ｎａｔｕｒｅ  ３０９：８１０）。融合タンパク質はまた、ｌａｃＺ（Ｊｉａら．（１９８７）Ｇｅｎｅ  ６０：１９７）、ｔｒｐＥ（Ａｌｌｅｎら．（１９８７）Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．５：９３；Ｍａｋｏｆｆら．（１９８９）Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１３５：１１）、およびＣｈｅｙ（ＥＰ−Ａ−０３２４６４７）遺伝子由来の配列を用いて作製され得る。２つのアミノ酸配列の接合部でのＤＮＡ配列は、切断部位をコードしてもよいし、あるいはコードしなくてもよい。別の例は、ユビキチン融合タンパク質である。そのような融合タンパク質は、好ましくは、外来タンパク質からユビキチンを切断するためのプロセシング酵素（例えば、ユビキチン特異的プロセシングプロテアーゼ）用の部位を保持するユビキチン領域と共に作製され得る。この方法を通して、天然外来タンパク質は単離され得る（Ｍｉｌｌｅｒら．（１９８９）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ７：６９８）。
【００８２】
あるいは、外来タンパク質はまた、細菌における外来タンパク質の分泌を提供するシグナルペプチド配列フラグメントから構成される、融合タンパク質をコードするキメラＤＮＡ分子を作製することによって、細胞から分泌され得る(米国特許４，３３６，３３６）。シグナル配列フラグメントは、通常、細胞からのタンパク質の分泌を指向する、疎水性アミノ酸から構成されるシグナルペプチドをコードする。このタンパク質は、増殖培地（グラム陽性細菌）、または細胞の内膜と外膜との間に位置する細胞周辺腔（グラム陰性細菌）のいずれかへ分泌される。好ましくは、インビボまたはインビトロのいずれかで切断され得る、このシグナルペプチドフラグメントと外来遺伝子との間にコードされるプロセシング部位がある。
【００８３】
適切なシグナル配列をコードするＤＮＡは、Ｅ．ｃｏｌｉ外膜タンパク質遺伝子（ｏｍｐＡ）（Ｍａｓｕｉら（１９８３）、Ｅｘｐｅｒｉｍｅｔａｌ  Ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ；Ｇｈｒａｙｅｂら、（１９８４）ＥＭＢＯ  Ｊ．３：２４３７）およびＥ．ｃｏｌｉアルカリホスファターゼシグナル配列（ｐｈｏＡ）（Ｏｋａら（１９８５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８２：７２１２）のような、分泌性細菌タンパク質に関する遺伝子由来であり得る。さらなる例として、種々のＢａｃｉｌｌｕｓ株由来のα−アミラーゼ遺伝子のシグナル配列は、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ由来の異種タンパク質を分泌するために使用され得る（Ｐａｌｖａら（１９８２）Ｐｒｏｃ.Ｎａｔｌ.Ａｃａｄ.Ｓｃｉ.ＵＳＡ  ７９：５５８２；ＥＰ−Ａ−０２４４０４２）。
【００８４】
通常、細菌によって認識される転写終結配列は、翻訳終止コドンの３’側に位置する調節領域であり、そして従って、プロモーターとともに、コード配列に隣接する。これらの配列は、そのＤＮＡによってコードされるポリペプチドへと翻訳され得るｍＲＮＡの転写を指向する。転写終結配列は、しばしば、転写の終結を補助するステムループ構造を形成し得る、約５０ヌクレオチドのＤＮＡ配列を含む。例は、強力なプロモーターを有する遺伝子（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｔｒｐ遺伝子および他の生合成遺伝子）由来の転写終結配列を含む。
【００８５】
通常、上記の成分（プロモーター、シグナル配列（もし所望ならば）、目的のコード配列、および転写終結配列を含む）は、ともに組み立てられて発現構築物となる。発現構築物は、しばしば、宿主（例えば細菌）における安定な保持が可能である染色体外エレメント（例えばプラスミド）のような、レプリコンに保持される。このレプリコンは複製系を有し、従って、このことが、発現またはクローニングおよび増幅のいずれかのために、レプリコンが原核生物宿主において保持されることを可能にする。さらに、レプリコンは、高コピー数プラスミドまたは低コピー数プラスミドのいずれかであり得る。高コピー数プラスミドは、一般に約５〜約２００、そして通常約１０〜約１５０の範囲のコピー数を有する。高コピー数プラスミドを含む宿主は、好ましくは少なくとも約１０個、そしてより好ましくは少なくとも約２０個のプラスミドを含む。高コピー数ベクターまたは低コピー数ベクターのいずれかが選択され得、それは、宿主に対するベクターおよび外来タンパク質の効果に依存する。
【００８６】
あるいは、発現構築物は、組み込みベクターを用いて、細菌のゲノムへ組み込まれ得る。組み込みベクターは、通常、ベクターが組み込むのを可能にする、細菌の染色体と相同な少なくとも１つの配列を含む。組み込みは、ベクターにおける相同なＤＮＡと細菌の染色体との間の組換えから生じるようである。例えば、種々のＢａｃｉｌｌｕｓ株からのＤＮＡによって構築される組み込みベクターは、Ｂａｃｉｌｌｕｓ染色体に組み込まれる（ＥＰ−Ａ−０  １２７  ３２８）。組み込みベクターはまた、バクテリオファージまたはトランスポゾン配列から構成され得る。
【００８７】
通常、染色体外発現構築物および組み込み発現構築物は、選択マーカーを含んで、形質転換された細菌株の選択を可能にし得る。選択マーカーは、細菌宿主において発現され得、そして細菌が薬物（例えば、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カナマイシン（ネオマイシン）、およびテトラサイクリン）に耐性になるようにする遺伝子を含み得る（Ｄａｖｉｅｓら（１９７８）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３２：４６９）。選択マーカーはまた、ヒスチジン、トリプトファン、およびロイシンの生合成経路における生合成遺伝子のような、生合成遺伝子を含み得る。
【００８８】
あるいは、上記の成分のいくつかは、形質転換ベクターにおいてともに組み立てられ得る。形質転換ベクターは、通常、上記のように、レプリコンにおいて保持されるか、または組み込みベクターへと開発されるかのいずれかの選択マーカー（ｍａｒｋｅｔ）から構成され得る。
【００８９】
発現ベクターまたは形質転換ベクターは、染色体外レプリコンまたは組み込みベクターのいずれも、多くの細菌への形質転換のために開発されてきた。例えば、発現ベクターは、とりわけ、以下の細菌のために開発されてきた：Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ（Ｐａｌｖａら（１９８２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７９：５５８２；ＥＰ−Ａ−０  ０３６  ２５９およびＥＰ−Ａ−０  ０６３  ９５３；ＷＯ  ８４／０４５４１）、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ（Ｓｈｉｍａｔａｋｅら（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ  ２９２：１２８；Ａｍａｎｎら（１９８５）Ｇｅｎｅ  ４０：１８３；Ｓｔｕｄｉｅｒら（１９８６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１８９：１１３；ＥＰ−Ａ−０  ０３６
７７６、ＥＰ−Ａ−０  １３６  ８２９およびＥＰ−Ａ−０  １３６  ９０７）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｅｍｏｒｉｓ（Ｐｏｗｅｌｌら（１９８８）Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５４：６５５）；Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｉｖｉｄａｎｓ（Ｐｏｗｅｌｌら（１９８８）Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５４：６５５）、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｖｉｄａｎｓ（米国特許４，７４５，０５６）。
【００９０】
外来ＤＮＡを細菌宿主へ導入する方法は、当該分野において周知であり、そして通常、ＣａＣｌ2または他の薬剤（例えば、２価の陽イオンおよびＤＭＳＯ）のいずれかで処理された細菌の形質転換を含む。ＤＮＡはまた、エレクトロポレーションによって、細菌細胞へ導入され得る。形質転換の手順は、通常、形質転換される細菌の種によって変化する。例えば以下を参照のこと：（Ｍａｓｓｏｎら（１９８９）ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．６０：２７３；Ｐａｌｖａら（１９８２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７９：５５８２；ＥＰ−Ａ−０  ０３６  ２５９およびＥＰ−Ａ−０６３  ９５３；ＷＯ  ８４／０４５４１、Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、（Ｍｉｌｌｅｒら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８５：８５６；Ｗａｎｇら（１９９０）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７２：９４９、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、（Ｃｏｈｅｎら（１９７３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６９：２１１０；Ｄｏｗｅｒら（１９８８）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１６：６１２７；Ｋｕｓｈｎｅｒ（１９７８）「ＣｏｌＥ１由来のプラスミドによるＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉの形質転換のための改良された方法」Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  ｏｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ（Ｈ．Ｗ．ＢｏｙｅｒおよびＳ．Ｎｉｃｏｓｉａ編）；Ｍａｎｄｅｌら（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５３：１５９；Ｔａｋｅｔｏ（１９８８）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ  ９４９：３１８；Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、（Ｃｈａｓｓｙら（１９８７）ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．４４：１７３  Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）；（Ｆｉｅｄｌｅｒら（１９８８）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  １７０：３８、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）；（Ａｕｇｕｓｔｉｎら（１９９０）ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｌｅｔｔ．６６：２０３、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、（Ｂａｒａｎｙら（１９８０）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１４４：６９８；Ｈａｒｌａｎｄｅｒ（１９８７）「エレクトロポレーションによるＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓの形質転換」Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｌ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（Ｊ．ＦｅｒｒｅｔｔｉおよびＲ．Ｃｕｒｔｉｓｓ  ＩＩＩ編）；Ｐｅｒｒｙら（１９８１）Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．３２：１２９５；Ｐｏｗｅｌｌら（１９８８）Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．５４：６５５；Ｓｏｍｋｕｔｉら（１９８７）Ｐｒｏｃ．４ｔｈ  Ｅｖｒ．Ｃｏｎｇ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １：４１２、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）。
【００９１】
（ｖ．酵母発現）
酵母発現系もまた、当業者に公知である。酵母プロモーターは、酵母ＲＮＡポリメラーゼに結合可能であり、そしてコード配列（例えば、構造遺伝子）からｍＲＮＡへの下流の（３’側の）転写を開始し得る、任意のＤＮＡ配列である。プロモーターは、通常、コード配列の５’末端の近位に位置する転写開始領域を有する。この転写開始領域は、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位（「ＴＡＴＡボックス」）および転写開始部位を含む。酵母プロモーターはまた、上流アクチベーター配列（ＵＡＳ）と呼ばれる第２のドメインを有し得、これは、もし存在するならば、通常、構造遺伝子とは遠位である。このＵＡＳは、調節される（誘導できる）発現を可能にする。構成的発現は、ＵＡＳの非存在下で生じる。調節される発現は、正または負のいずれかであり得、それによって転写を増加させるかまたは減少させるかのいずれかであり得る。
【００９２】
酵母は、活性な代謝経路を有する発酵性微生物であり、従って、代謝経路における酵素をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する。例としては、以下が挙げられる：アルコールデヒドロゲナーゼ（ＡＤＨ）（ＥＰ−Ａ−０  ２８４  ０４４）、エノラーゼ、グルコキナーゼ、グルコース−６−リン酸イソメラーゼ、グリセルアルデヒド−３−リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰまたはＧＡＰＤＨ）、ヘキソキナーゼ、ホスホフルクトキナーゼ、３−ホスホグリセリン酸ムターゼ、およびピルビン酸キナーゼ（ＰｙＫ）（ＥＰＯ−Ａ−０  ３２９  ２０３）。酵母ＰＨＯ５遺伝子はまた、酸性ホスファターゼをコードし、有用なプロモーター配列を提供する（Ｍｙａｎｏｈａｒａら（１９８３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８０：１）。
【００９３】
さらに、天然には生じない合成プロモーターもまた、酵母のプロモーターとして機能する。例えば、ある１つの酵母プロモーターのＵＡＳ配列は、別の酵母プロモーターの転写活性化領域と連結され得、合成ハイブリッドプロモーターを生成し得る。このようなハイブリッドプロモーターの例は、ＧＡＰ転写活性化領域と連結されるＡＤＨ調節配列（米国特許第４，８７６，１９７号および同第４，８８０，７３４号）を含む。ハイブリッドプロモーターの他の例は、ＡＤＨ２、ＧＡＬ４、ＧＡＬ１０、またはＰＨＯ５遺伝子のいずれかの調節配列からなり、ＧＡＰまたはＰｙＫ（ＥＰ−Ａ−０  １６４  ５５６）のような解糖酵素遺伝子の転写活性化領域に結合されているプロモーターを含む。さらに、酵母プロモーターは、酵母ＲＮＡポリメラーゼと結合し、そして転写を開始する能力を有する、天然に生じる非酵母起源のプロモーターを含み得る。このようなプロモーターの例としては、とりわけ、以下が挙げられる：（Ｃｏｈｅｎら、（１９８０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７７：１０７８；Ｈｅｎｉｋｏｆｆら（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ  ２８３：８３５；Ｈｏｌｌｅｎｂｅｒｇら（１９８１）Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐｉｃｓ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．９６：１１９；Ｈｏｌｌｅｎｂｅｒｇら（１９７９）「酵母Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅにおける細菌の抗生物質耐性遺伝子の発現」、Ｐｌａｓｍｉｄｓ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃａｌ，Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ  ａｎｄ
Ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ  Ｉｍｐｏｒｔａｎｃｅ（Ｋ．Ｎ．ＴｉｍｍｉｓおよびＡ．Ｐｕｈｌｅｒ編）；Ｍｅｒｃｅｒａｕ−Ｐｕｉｇａｌｏｎら（１９８０）Ｇｅｎｅ  １１：１６３；Ｐａｎｔｈｉｅｒら（１９８０）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．２：１０９；）。
【００９４】
ＤＮＡ分子は、酵母において、細胞内で発現され得る。プロモーター配列は、ＤＮＡ分子と直接連結され得、その場合、組換えタンパク質のＮ末端にある最初のアミノ酸は常にＡＴＧ開始コドンによってコードされているメチオニンである。もし所望ならば、Ｎ末端のメチオニンは、臭化シアンとのインビトロインキュベーションによって、タンパク質から切断され得る。
【００９５】
融合タンパク質は、酵母発現系について、ならびに哺乳動物、バキュロウイルス、および細菌の発現系において、代替物を提供する。通常、内因性酵母タンパク質、または他の安定なタンパク質のＮ末端部分をコードするＤＮＡ配列は、異種コード配列の５’末端に融合される。発現において、この構築物は、２つのアミノ酸配列の融合物を提供する。例えば、酵母またはヒトのスーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ）遺伝子は、外来遺伝子の５’末端に連結され、そして酵母において発現し得る。２つのアミノ酸配列の連結部にあるＤＮＡ配列は、切断部位をコードしてもよいし、コードしなくてもよい。例えば、ＥＰ−Ａ−０  １９６  ０５６を参照のこと。別の例はユビキチン融合タンパク質である。このような融合タンパク質は、外来タンパク質からユビキチンを切断するプロセシング酵素（例えば、ユビキチン特異的プロセシングプロテアーゼ）のための部位を好ましくは保持する、ユビキチン領域を伴って作製される。従って、この方法を通じて、ネイティブな融合タンパク質は、単離され得る（例えば、ＷＯ８８／０２４０６６）。
【００９６】
あるいは、外来タンパク質はまた、酵母における外来タンパク質の分泌を提供する、リーダー配列フラグメントから構成される融合タンパク質をコードする、キメラＤＮＡ分子を作製することによって、細胞から増殖培地へ分泌され得る。好ましくは、インビボまたはインビトロのいずれかで切断され得る、リーダーフラグメントと外来遺伝子との間にコードされるプロセシング部位が存在する。リーダー配列フラグメントは、通常、細胞からのタンパク質の分泌を指向する、疎水性アミノ酸から構成されるシグナルペプチドをコードする。
【００９７】
適切なシグナル配列をコードするＤＮＡは、分泌性酵母タンパク質に関する遺伝子由来であり得、その遺伝子は例えば、酵母インベルターゼ遺伝子（ＥＰ−Ａ−０  ０１２  ８７３；ＪＰＯ．６２，０９６，０８６）およびＡ因子遺伝子（米国特許第４，５８８，６８４号）である。あるいは、インターフェロンリーダーのような、酵母における分泌もまた提供する、非酵母起源のリーダーが存在する（ＥＰ−Ａ−０  ０６０  ０５７）。
【００９８】
好ましいクラスの分泌リーダーは、酵母α因子遺伝子のフラグメントを使用するリーダーであり、これは「プレ」シグナル配列、および「プロ」領域の両方を含む。用いられ得るこの型のα因子フラグメントは、完全長の、プレプロα因子リーダー(約８３アミノ酸残基）ならびに短縮されたα因子リーダー（通常約２５〜約５０アミノ酸残基）を含む（米国特許第４，５４６，０８３号および同第４，８７０，００８号；ＥＰ−Ａ−０  ３２４  ２７４）。分泌を提供するα因子リーダーフラグメントを使用するさらなるリーダーは、第１の酵母のプレ配列を有するが、第２の酵母α因子からのプロ領域を有さないで作製される、ハイブリッドα因子リーダーを含む（例えば、ＷＯ８９／０２４６３を参照のこと）。
【００９９】
通常、酵母によって認識される転写終結配列は、翻訳終止コドンの３’側に位置する調節領域であり、そして従って、プロモーターと共にコード配列に隣接する。これらの配列は、そのＤＮＡによってコードされるポリペプチドへと翻訳され得る、ｍＲＮＡの転写を指向する。転写終結配列および他の酵母に認識される終結配列の例は、例えば、解糖酵素をコードする転写終結配列である。
【０１００】
通常、上記の成分（プロモーター、リーダー（もし所望であれば）、目的のコード配列、および転写終結配列を含む）は、組み立てられて発現構築物になる。発現構築物は、宿主（例えば、酵母または細菌）において安定に保持され得る染色体外エレメント（例えば、プラスミド）のような、レプリコンにおいてしばしば保持される。このレプリコンは、２つの複製系を有し得、従って、レプリコンが、例えば、発現のために酵母において、ならびにクローニングおよび増幅のために原核生物宿主において保持されることを可能にする。このような酵母−細菌シャトルベクターの例としては、以下が挙げられる：ＹＥｐ２４（Ｂｏｔｓｔｅｉｎら（１９７９）Ｇｅｎｅ  ８：１７〜２４）、ｐＣｌ／１（Ｂｒａｋｅら（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：４６４２〜４６４６）、およびＹＲｐ１７（Ｓｔｉｎｃｈｃｏｍｂら（１９８２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１５８：１５７）。さらに、レプリコンは、高コピー数プラスミドまたは低コピー数プラスミドのいずれかであり得る。高コピー数プラスミドは、一般に約５〜約２００、そして通常約１０〜約１５０の範囲のコピー数を有する。高コピー数プラスミドを含む宿主は、好ましくは少なくとも約１０個、そしてより好ましくは少なくとも約２０個を有する。高コピー数ベクターまたは低コピー数ベクターのいずれかが選択され得、それは、宿主に対するベクターおよび外来タンパク質の効果に依存する。例えば、Ｂｒａｋｅら、前出を参照のこと。
【０１０１】
あるいは、発現構築物は、組み込みベクターを用いて、酵母のゲノムへ組み込まれ得る。組み込みベクターは、通常、ベクターが組み込むのを可能にする、酵母の染色体に相同な少なくとも１つの配列を含み、そして好ましくは、発現構築物に隣接する２つの相同配列を含む。組み込みは、ベクターにおける相同なＤＮＡと酵母の染色体との間の組換えから生じるようである（Ｏｒｒ−Ｗｅａｖｅｒら（１９８３）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．１０１：２２８〜２４５）。組み込みベクターは、そのベクター中に含有するために適切な相同配列を選択することによって、酵母における特定の遺伝子座に指向され得る。Ｏｒｒ−Ｗｅａｖｅｒら、前出を参照のこと。１つ以上の発現構築物が組み込まれ得、産生される組換えタンパク質のレベルにおそらく影響を与え得る（Ｒｉｎｅら（１９８３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８０：６７５０）。ベクターに含まれる染色体配列は、ベクターにおける単一セグメント（これは、ベクター全体の組み込みを生じる）、または染色体における隣接セグメントに相同でかつベクターにおける発現構築物に隣接する２つのセグメント（これは、発現構築物のみの安定した組み込みを生じ得る）のいずれかとして生じ得る。
【０１０２】
通常、染色体外発現構築物および組み込み発現構築物は、選択マーカーを含み得、形質転換された酵母株の選択を可能にする。選択マーカーは、酵母宿主において発現され得る生合成遺伝子を含み得、それは例えば、ＡＤＥ２、ＨＩＳ４、ＬＥＵ２、ＴＲＰ１、およびＡＬＧ７、ならびにＧ４１８耐性遺伝子であり、それぞれ、酵母細胞においてツニカマイシンおよびＧ４１８に対して耐性を与える。さらに、適切な選択マーカーはまた、金属のような毒性化合物の存在下において増殖する能力を、酵母に提供し得る。例えば、ＣＵＰ１の存在は、酵母が、銅イオンの存在下において増殖することを可能にする（Ｂｕｔｔら（１９８７）Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．５１：３５１）。
【０１０３】
あるいは、上記成分のうちのいくつかは、組み立てられて形質転換ベクターになり得る。形質転換ベクターは、通常、上記のように、レプリコンにおいて保持されるか、または組み込みベクターに開発されるかのいずれかである、選択マーカーから構成される。
【０１０４】
発現ベクターおよび形質転換ベクターは、染色体外レプリコンまたは組み込みベクターのいずれかであり、多くの酵母への形質転換のために開発されてきた。例えば、発現ベクターは、とりわけ、以下の酵母のために開発されてきた：Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ（Ｋｕｒｔｚら（１９８６）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．６：１４２）、Ｃａｎｄｉｄａ  ｍａｌｔｏｓａ（Ｋｕｎｚｅら（１９８５）Ｊ.Ｂａｓｉｃ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２５：１４１）、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ（Ｇｌｅｅｓｏｎら（１９８６）Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１３２：３４５９；Ｒｏｇｇｅｎｋａｍｐら（１９８６）Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．２０２：３０２）、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ（Ｄａｓら（１９８４）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５８：１１６５）、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ（Ｄｅ  Ｌｏｕｖｅｎｃｏｕｒｔら（１９８３）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５４：７３７；Ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｂｅｒｇら（１９９０）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ８：１３５）、Ｐｉｃｈｉａ  ｇｕｉｌｌｅｒｉｍｏｎｄｉｉ（Ｋｕｎｚｅら（１９８５）Ｊ．Ｂａｓｉｃ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２５：１４１）、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ（Ｃｒｅｇｇら（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：３３７６；米国特許第４，８３７，１４８号および同第４，９２９，５５５号）、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ（Ｈｉｎｎｅｎら（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７５：１９２９；Ｉｔｏら（１９８３）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５３：１６３）、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ（ＢｅａｃｈおよびＮｕｒｓｅ（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ  ３００：７０６）、およびＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ（Ｄａｖｉｄｏｗら（１９８５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．１０：３８０４７１；Ｇａｉｌｌａｒｄｉｎら（１９８５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．１０：４９）。
【０１０５】
外来ＤＮＡを酵母宿主へ導入する方法は、当該分野において周知であり、そして通常、スフェロプラストの、またはアルカリ陽イオンで処置された無傷の酵母細胞のいずれかの形質転換を含む。形質転換の手順は、通常、形質転換される酵母の種によって変化する。例えば以下を参照のこと：（Ｋｕｒｔｚら（１９８６）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．６：１４２；Ｋｕｎｚｅら（１９８５）Ｊ．Ｂａｓｉｃ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２５：１４１；Ｃａｎｄｉｄａ）；（Ｇｌｅｅｓｏｎら（１９８６）Ｊ．Ｇｅｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１３２：３４５９；Ｒｏｇｇｅｎｋａｍｐら（１９８６）Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．２０２：３０２；Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）；（Ｄａｓら（１９８４）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５８：１１６５；Ｄｅ  Ｌｏｕｖｅｎｃｏｕｒｔら（１９８３）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５４：１１６５；Ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｂｅｒｇら（１９９０）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ８：１３５；Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）；（Ｃｒｅｇｇら（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：３３７６；Ｋｕｎｚｅら（１９８５）Ｊ．Ｂａｓｉｃ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２５：１４１；米国特許第４，８３７，１４８号および同第４，９２９，５５５号；Ｐｉｃｈｉａ）；（Ｈｉｎｎｅｎら（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ
７５：１９２９；Ｉｔｏら（１９８３）Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５３：１６３  Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）；（ＢｅａｃｈおよびＮｕｒｓｅ（１９８１）Ｎａｔｕｒｅ  ３００：７０６；Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）；（Ｄａｖｉｄｏｗら（１９８５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．１０：３９；Ｇａｉｌｌａｒｄｉｎら（１９８５）Ｃｕｒｒ．Ｇｅｎｅｔ．１０：４９；Ｙａｒｒｏｗｉａ）。
【０１０６】
（抗体）
本明細書中で使用される場合に、用語「抗体」とは、少なくとも１つの抗体結合部位から構成されるポリペプチドまたはポリペプチド群をいう。「抗体結合部位」は、抗原のエピトープの特徴に相補的な内部表面形状および電荷分布を有する、３次元結合空間であり、これが、抗体と抗原の結合を可能にする。「抗体」は、例えば、脊椎動物抗体、ハイブリッド抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、変化した抗体、一価抗体、Ｆａｂタンパク質、および単一ドメイン抗体を含む。
【０１０７】
本発明のタンパク質に対する抗体は、アフィニティークロマトグラフィー、免疫アッセイ、およびＮｅｉｓｓｅｒｉａのタンパク質の識別／同定に有用である。
【０１０８】
本発明のタンパク質に対する抗体（ポリクローナルおよびモノクローナルの両方）は、従来の方法によって調製され得る。一般に、タンパク質は、最初に、適切な動物、好ましくはマウス、ラット、ウサギ、またはヤギを免疫するために使用される。ウサギおよびヤギは、得られ得る血清の容量、および標識された抗ウサギ抗体および抗ヤギ抗体の入手可能性に起因して、ポリクローナル血清の調製のために好ましい。免疫は、一般的に、タンパク質を生理食塩水（好ましくはフロイント完全アジュバントのようなアジュバント）に混合または乳化し、そして混合物または乳化物を非経口的に（一般的に皮下、または筋肉内に）注射することによって、行われる。５０〜２００μｇ／注射の用量が、代表的に十分である。免疫は、一般的に、２〜６週後に生理食塩水（好ましくはフロイント不完全アジュバントを用いて）中のタンパク質の１回以上の注射でブーストされる。あるいは、当該分野において公知の方法を使用するインビトロ免疫によって抗体を産生し得る。これは、本発明の目的にとっては、インビボ免疫に等しいと考えられる。ポリクローナル抗血清は、免疫された動物からガラスまたはプラスチック製容器へ採血し、その血液を２５℃で１時間インキュベートし、その後４℃で２〜１８時間インキュベートすることによって得られる。この血清は、遠心分離（例えば１，０００ｇ、１０分間）によって回収される。ウサギから、１回の採血につき約２０〜５０ｍｌが得られ得る。
【０１０９】
モノクローナル抗体は、ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ（Ｎａｔｕｒｅ（１９７５）２５６：４９５〜９６）の標準的方法、またはその改変版を使用して調製される。代表的には、マウスまたはラットが、上記のように免疫される。しかし、血清を抽出するために動物から採血するよりも、脾臓（および必要に応じていくつかの大きなリンパ節）が取り出され、そして単細胞へ解離される。もし所望ならば、脾臓細胞は、（非特異的付着細胞の回収後）細胞懸濁液をタンパク質抗原でコーティングされたプレートまたはウェルへアプライすることによって、スクリーニングされ得る。この抗原に特異的な膜結合免疫グロブリンを発現するＢ細胞は、このプレートに結合し、そして残りの懸濁液によって、洗い落とされない。生じるＢ細胞、または全ての解離された脾臓細胞は、次に骨髄腫細胞と融合するように誘導されてハイブリドーマを形成し、そして選択培地（例えばヒポキサンチン、アミノプテリン、チミジン培地、「ＨＡＴ」）において培養される。生じるハイブリドーマは、限界希釈によってプレーティングされ、そして免疫する抗原に対して特異的に結合する（かつ関連しない抗原に結合しない）抗体の産生についてアッセイされる。選択されるＭＡｂ分泌ハイブリドーマは、次にインビトロ（例えば、組織培養瓶または中空繊維リアクター中で）、またはインビボ（マウスにおける腹水として）のいずれかで培養される。
【０１１０】
もし所望ならば、抗体は（ポリクローナルまたはモノクローナルいずれであっても）、従来技術を使用して標識され得る。適切な標識としては、以下が挙げられる：発蛍光団、発色団、放射性原子（特に32Ｐおよび125Ｉ）、電子密度試薬、酵素、および特異的結合パートナーを有するリガンド。酵素は、代表的に、その活性によって検出される。例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼは、通常、３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）を青い色素（分光光度計を用いて定量可能）へ変換するその能力によって、検出される。「特異的結合パートナー」とは、高い特異性でリガンド分子に結合し得るタンパク質をいい、例えば抗原およびそれに特異的なモノクローナル抗体の場合である。他の特異的結合パートナーは、ビオチンおよびアビジンまたはストレプトアビジン、ＩｇＧおよびプロテインＡ、ならびに当該分野において公知の多くのレセプター−リガンド対を含む。同じ標識がいくつかの異なる様式で働き得るので、以上の記載が、種々の標識を別個のクラスへ分類することを意味しないことは、理解されるべきである。例えば、125Ｉは、放射性標識として、または電子密度試薬として働き得る。ＨＲＰは、酵素として、またはＭＡｂについての抗原として働き得る。さらに、所望の効果のために、種々の標識を組合せ得る。例えば、ＭＡｂおよびアビジンはまた、本発明の実施において、標識を必要とする。従って、ＭＡｂをビオチンで標識して、そして125Ｉで標識したアビジン、またはＨＲＰで標識した抗ビオチンＭＡｂで、その存在を検出し得る。他の置換および可能性は、当業者に容易に明らかであり、そして本発明の範囲内に等しいと考えられる。
【０１１１】
（薬学的組成物）
薬学的組成物は、本発明のポリペプチド、抗体または核酸のいずれかを含み得る。この薬学的組成物は、治療上有効な量の、本願発明のポリペプチド、抗体、またはポリヌクレオチドのいずれかを含む。
【０１１２】
本明細書において使用される用語「治療上有効な量」とは、所望の疾患または状態を処置、改善、または予防するための治療薬剤の量、または、検出可能な治療効果または予防効果を示すための治療薬剤の量をいう。この効果は、例えば、キメラマーカーまたは抗原レベルによって検出され得る。治療効果はまた、体温低下のような、身体の症状における減少を含む。被験体に関する正確な有効量は、被験体の大きさおよび健康、状態の性質および程度、および投与のために選択される治療または治療の組合せに依存する。従って、あらかじめ正確な有効量を特定することは有用ではない。しかし、所定状況のための有効量は、慣用的な実験によって決定され得、そして臨床医の判断内である。
【０１１３】
本発明の目的のために、有効な用量は、ＤＮＡ構築物が投与される個体において、ＤＮＡ構築物の約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇまたは０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇである。
【０１１４】
薬学的組成物はまた、薬学的に受容可能なキャリアを含み得る。用語「薬学的に受容可能なキャリア」とは、抗体またはポリペプチド、遺伝子、および他の治療薬剤のような治療薬剤の投与のための、キャリアをいう。この用語は、この組成物を受け取る個体に有害な抗体の産生をそれ自体誘導しない、任意の薬学的キャリアをいい、そして、過度の毒性を伴わずに投与され得る。適切なキャリアは、タンパク質、多糖、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、重合アミノ酸、アミノ酸コポリマー、および不活性ウイルス粒子のように、大きく、緩徐に代謝される高分子であり得る。このようなキャリアは、当業者に周知である。
【０１１５】
薬学的に受容可能な塩が、その中で使用され得る。例えば、塩酸塩、臭化水素塩、リン酸塩、硫酸塩などのような鉱酸塩；および酢酸塩、プロピオン酸塩、マロン酸塩、安息香酸塩などのような有機酸の塩である。薬学的に受容可能な賦形剤の徹底的な議論は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ
Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｍａｃｋ  Ｐｕｂ．Ｃｏ．、Ｎ．Ｊ．１９９１）にて利用可能である。
【０１１６】
治療組成物における薬学的に受容可能なキャリアは、水、生理食塩水、グリセロールおよびエタノールのような液体を含み得る。さらに、湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝物質などのような補助物質が、このようなビヒクルに存在し得る。代表的には、治療組成物は、液体溶液または懸濁液のいずれかの、注射可能物質として調製される；注射前に液体ビヒクルに溶解または懸濁するのに適切な固体形態もまた、調製され得る。リポソームは、薬学的に受容可能なキャリアの定義中に含まれる。
【０１１７】
（送達方法）
一旦処方されると、本発明の組成物は、その被験体へ直接投与され得る。処置される被験体は、動物であり得；特に、ヒト被験体が処置され得る。
【０１１８】
その組成物直接送達は、一般的に、皮下的に、腹腔内に、静脈内に、または筋内のいずれかでの注入によって達成されるか、あるいは、組織の間隙空間へ送達される。この組成物はまた、病巣へ投与され得る。他の投与様式には、経口投与、および肺投与、坐剤、および経皮（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）適用または経皮（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）適用（例えば、ＷＯ９８／２０７３４を参照のこと）、針、および遺伝子銃またはハイポスプレー（ｈｙｐｏｓｐｒａｙ）が含まれる。投薬処置は、単回用量スケジュール、または多数回用量スケジュールであり得る。
【０１１９】
（ワクチン）
本発明に従うワクチンは、予防用（すなわち、感染を予防するため）または治療用（すなわち、感染後の疾患を処置するため）のいずれかであり得る。
【０１２０】
このようなワクチンは、免疫抗原、免疫原、ポリペプチド、タンパク質または核酸を、通常「薬学的に受容可能なキャリア」との組み合わせにおいて含み、これは、キャリア自体は、その組成物を受ける個体に有害である抗体の産生を誘発しない任意のキャリアを含む。適切なキャリアは、代表的に、大きく、緩徐に代謝される高分子（例えば、タンパク質、ポリサッカリド、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、重合アミノ酸、アミノ酸コポリマー、脂質凝集物（例えば、油小滴またはリポソーム）、および不活性ウイルス粒子である。このようなキャリアは、当業者に周知である。さらに、これらのキャリアは免疫刺激薬剤（「アジュバント」）として機能し得る。さらに、この抗原または免疫原は、細菌毒素（例えば、ジフテリア、破傷風、コレラ、Ｈ．ｐｙｌｏｒｉなどの病原因子からの毒素）と結合体化され得る。
【０１２１】
この組成物の効力を増強するために好ましいアジュバントは、（１）アルミニウム塩（「ミョウバン」）（例えば、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、硫酸アルミニウムなど）、（２）水中油乳剤処方物（他の特定の免疫刺激薬剤（例えば、ムラミルペプチド（以下を参照のこと）または細菌細胞壁成分）を伴うか伴わない）を包含するが、それらに限定されず、例えば、以下：（ａ）５％スクアレン、０．５％  Ｔｗｅｅｎ  ８０、および０．５％  Ｓｐａｎ８５（必要に応じて、種々の量のＭＴＰ−ＰＥ（以下を参照のこと）を含有するが、必要ではない）を含み、モデル１１０Ｙ微小流体化器（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ、Ｎｅｗｔｏｎ、ＭＡ）のような微小流体化器を用いてμ未満の粒子へと処方されたＭＦ５９TM（ＷＯ９０／１４８３７；Ｖａｃｃｉｎｅ  ｄｅｓｉｇｎ：ｔｈｅ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｎｄ  ａｄｊｕｖａｎｔ  ａｐｐｒｏａｃｈ、Ｐｏｗｅｌｌ  ＆  Ｎｅｗｍａｎ編、Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ  １９９５の第１０章）；（ｂ）μ未満のエマルジョンへと微小流体化されたか、またはボルテックスして、より大きな粒子径エマルジョンを生成したかのいずれかである、１０％スクアレン、０．４％Ｔｗｅｅｎ８０、５％プルロニックブロックポリマーＬ１２１、およびｔｈｒ−ＭＤＰ（以下を参照のこと）を含有するＳＡＦ、ならびに（ｃ）２％スクアレン、０．２％Ｔｗｅｅｎ８０、およびモノホスホリピドＡ（ＭＰＬ）、トレハロースジミコレート（ＴＤＭ）、および細胞壁骨格（ＣＷＳ）。好ましくはＭＰＬおよびＣＷＳ（ＤｅｔｏｘTM）からなる群由来の１つ以上の細菌細胞壁成分を含むＲｉｂｉTMアジュバント系（ＲＡＳ）、（Ｒｉｂｉ  Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍ、Ｈａｍｉｌｔｏｎ、ＭＴ）；（３）サポニンアジュバント（例えば、ＳｔｉｍｕｌｏｎTM）（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ、ＭＡ）を使用し得るか、またはそれから粒子（例えば、ＩＳＣＯＭ（免疫刺激性複合体）を生成し得る；（４）完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）および不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）；（５）サイトカイン（例えば、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２など）、インターフェロン（例えば、γインターフェロン）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）など；および（６）その組成物の効力を増強するための免疫刺激因子として作用する他の物質を包含するがそれらに限定されない。ミョウバンおよびＭＦ５９TMが好ましい。
【０１２２】
上記で言及したように、ムラミルペプチドは、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−スレオニル−Ｄ−イソグルタミン（ｔｈｒ−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチル−ノルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ノル−ＭＤＰ）、Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミニル−Ｌ−アラニン−２−（１’−２’−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ヒドロキシホスホリルオキシ）−エチルアミン（ＭＴＰ−ＰＥ）などを包含するがそれらに限定されない。
【０１２３】
免疫原性組成物（例えば、免疫化抗原／免疫原／ポリペプチド／タンパク質／核酸、薬学的に受容可能なキャリア、およびアジュバント）は、代表的に、希釈剤（例えば、水、生理食塩水、グリセロール、エタノールなど）を含有する。さらに、補助物質（例えば、湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝物質など）は、このようなビヒクルにおいて存在し得る。
【０１２４】
代表的に、免疫原性組成物は、液体溶液または懸濁物のいずれかとして、注射剤として調製され；注射前に液体ビヒクルにおける溶液または懸濁物として適切な固体形態もまた調製され得る。この調製物はまた、薬学的に受容可能なキャリアの下で、上記に記載のように、アジュバント効果の増強のために乳化され得るかまたはリポソーム中にカプセル化され得る。
【０１２５】
ワクチンとして使用される免疫原性組成物は、免疫学的有効量の抗原性または免疫原性のポリペプチド、および任意の他の上記の成分を必要に応じて含む。「免疫学的有効量」とは、その量の個体への投与が、単回用量であれ、一連の一部としてであれ、処置または予防に有効であることを意味する。この量は、処置される個体の健康および身体状態、処置される個体の分類学上の群（例えば、非ヒト霊長類、霊長類など）、個体の免疫系が抗体を合成する能力、所望される防御の程度、そのワクチンの処方、処置する医師の医療的状況の評価、および他の関連する因子に依存して変動する。その量は、比較的広い範囲に入り、この量が慣用的な試行を通して決定され得ることが予想される。
【０１２６】
免疫原性組成物は、従来のように、非経口的（例えば、皮下、筋肉内または経皮（ｔｒａｎｓｕｄｅｒｍａｌｌｙ）／経皮（ｔｒａｎｓｕｃｕｔａｎｅｏｕｓｌｙ）のいずれかでの注射による）（例えば、ＷＯ９８／２０７３４）に投与される）。他の投与様式に適切なさらなる処方物は、経口処方物および肺処方物、坐剤、および経皮適用を含む。投薬処置は、単回用量スケジュールまたは多数回用量スケジュールであり得る。ワクチンは、他の免疫調節剤とともに投与され得る。
【０１２７】
タンパク質ベースのワクチンの代替として、ＤＮＡワクチン接種を使用し得る（例えば、ＲｏｂｉｎｓｏｎおよびＴｏｒｒｅｓ（１９９７）Ｓｅｍｉｎａｒｓ
ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ９：２７１−２８３；Ｄｏｎｎｅｌｌｙら（１９９７）Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １５：６１７−６４８；本明細書中後半部を参照のこと）。
【０１２８】
（遺伝子送達ビヒクル）
哺乳動物における発現のためにその哺乳動物へ送達される、本発明の治療剤のコード配列を含む構築物の送達のための遺伝子治療ビヒクルは、局所または全身的のいずれかで投与され得る。これらの構築物は、ウイルスベクターアプローチまたは非ウイルスベクターアプローチを、インビボまたはエキソビボの様式で利用し得る。このようなコード配列の発現は、内因性哺乳動物プロモーターまたは異種プロモーターを用いて誘導され得る。このコード配列のインビボでの発現は、構成性または調節性のいずれかであり得る。
【０１２９】
本発明は、意図された核酸配列を発現し得る遺伝子送達ビヒクルを含む。この遺伝子送達ビヒクルは、好ましくは、ウイルスベクター、およびより好ましくはレトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、ヘルペスウイルスベクターまたはアルファウイルスベクターである。このウイルスベクターはまた、アストロウイルスベクター、コロナウイルスベクター、オルソミクソウイルスベクター、パポバウイルスベクター、パラミクソウイルスベクター、パルボウイルスベクター、ピコルナウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、またはトガウイルスベクターであり得る。一般には、Ｊｏｌｌｙ（１９９４）Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  １：５１−６４；Ｋｉｍｕｒａ（１９９４）Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ５：８４５−８５２；Ｃｏｎｎｅｌｌｙ（１９９５）Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ６：１８５−１９３；およびＫａｐｌｉｔｔ（１９９４）Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ６：１４８−１５３を参照のこと。
【０１３０】
レトロウイルスベクターは、当該分野で周知であり、そして本発明者らは、任意のレトロウイルス遺伝子治療ベクターが本発明において使用可能であることを意図する。これには、Ｂ型、Ｃ型およびＤ型のレトロウイルス、異種栄養性ウイルス（例えば、ＮＺＢ−Ｘ１、ＮＺＢ−Ｘ２およびＮＺＢ９−１（Ｏ’Ｎｅｉｌｌ（１９８５）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．５３：１６０を参照のこと）、多栄養性レトロウイルス（ｐｏｌｙｔｒｏｐｉｃ  ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ）（例えば、ＭＣＦおよびＭＣＦ−ＭＬＶ（Ｋｅｌｌｙ（１９８３）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．４５：２９１を参照のこと）、スプマウイルスおよびレンチウイルスが含まれる。ＲＮＡ  Ｔｕｍｏｒ  Ｖｉｒｕｓｅｓ、第２版、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８５を参照のこと。
【０１３１】
レトロウイルス遺伝子治療ベクターの部分は、異なるレトロウイルスに由来し得る。例えば、レトロウイルスＬＴＲは、マウス肉腫ウイルスに由来し得、ｔＲＮＡ結合部位はラウス肉腫ウイルスに由来し得、パッケージングシグナルはマウス白血病ウイルスに由来し得、そして第二鎖合成の起源はニワトリ白血病ウイルスに由来し得る。
【０１３２】
これらの組換えレトロウイルスベクターを使用して、適切なパッケージング細胞株へそれらを導入することによって形質導入コンピテントレトロウイルスベクター粒子を生成し得る（米国特許第５，５９１，６２４号を参照のこと）。レトロウイルスベクターは、レトロウイルス粒子へのキメラインテグラーゼ酵素の組込みによって宿主細胞ＤＮＡへの部位特異的組込みのために構築され得る（ＷＯ９６／３７６２６号を参照のこと）。この組換えウイルスベクターは複製欠損組換えウイルスであることが好ましい。
【０１３３】
上記のレトロウイルスベクターに関する使用について適切なパッケージング細胞株は、当該分野で周知であり、容易に調製され（ＷＯ９５／３０７６３号およびＷＯ９２／０５２６６号を参照のこと）、そしてこれを使用して、組換えベクター粒子の生産のためのプロデューサー細胞株（これは、ベクター細胞株または「ＶＣＬ」とも称される）を作製し得る。好ましくは、このパッケージング細胞株は、ヒトの親細胞（例えば、ＨＴ１０８０細胞）またはミンク親細胞株から作製され、これは、ヒト血清における不活化を除去する。
【０１３４】
レトロウイルス遺伝子治療ベクターの構築のために好ましいレトロウイルスは、ニワトリ白血病ウイルス、ウシ白血病ウイルス、マウス白血病ウイルス、ミンク細胞フォーカス形成ウイルス、マウス肉腫ウイルス、細網内皮症ウイルス、およびラウス肉腫ウイルスを含む。特に好ましいマウス白血病ウイルスは、４０７０Ａおよび１５０４Ａ（ＨａｒｔｌｅｙおよびＲｏｗｅ（１９７６）Ｊ．  Ｖｉｒｏｌ．１９：１９−２５）、Ａｂｅｌｓｏｎ（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−９９９）、Ｆｒｉｅｎｄ（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−２４５）、Ｇｒａｆｆｉ、Ｇｒｏｓｓ（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−５９０）、Ｋｉｒｓｔｅｎ、Ｈａｒｖｅｙ肉腫ウイルスおよびＲａｕｓｃｈｅｒ（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−９９８）およびモロニーマウス白血病ウイルス（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−１９０）を含む。このようなレトロウイルスは、寄託機関または収集機関（例えば、アメリカンタイプカルチャーコレクション（「ＡＴＣＣ」）、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、Ｍａｒｙｌａｎｄ）から入手し得るか、または一般に利用可能な技術を用いて公知の供給源から単離され得る。
【０１３５】
本発明において使用可能な例示的な公知のレトロウイルス遺伝子治療ベクターは、特許出願ＧＢ２２００６５１、ＥＰ０４１５７３１、ＥＰ０３４５２４２、ＥＰ０３３４３０１、ＷＯ８９／０２４６８；ＷＯ８９／０５３４９、ＷＯ８９／０９２７１．ＷＯ９０／０２８０６、ＷＯ９０／０７９３６、ＷＯ９４／０３６２２、ＷＯ９３／２５６９８、ＷＯ９３／２５２３４、ＷＯ９３／１１２３０、ＷＯ９３／１０２１８、ＷＯ９１／０２８０５、ＷＯ９１／０２８２５、ＷＯ９５／０７９９４、米国特許第５，２１９，７４０号、同４，４０５，７１２号、同４，８６１，７１９号、同４，９８０，２８９号、同４，７７７，１２７号、同５，５９１，６２４号に記載されるものを含む。Ｖｉｌｅ（１９９３）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５３：３８６０−３８６４；Ｖｉｌｅ（１９９３）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５３：９６２−９６７；Ｒａｍ（１９９３）Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ５３（１９９３）８３−８８；Ｔａｋａｍｉｙａ（１９９２）Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｃｉ  Ｒｅｓ  ３３：４９３−５０３；Ｂａｂａ（１９９３）Ｊ  Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ  ７９：７２９−７３５；Ｍａｎｎ（１９８３）Ｃｅｌｌ  ３３：１５３；Ｃａｎｅ（１９８４）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ８１；６３４９；およびＭｉｌｌｅｒ（１９９０）Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  １もまた参照のこと。
【０１３６】
ヒトアデノウイルス遺伝子治療ベクターもまた当該分野で公知であり、そして本発明において使用可能である。例えば、Ｂｅｒｋｎｅｒ（１９８８）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：６１６およびＲｏｓｅｎｆｅｌｄ（１９９１）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５２：４３１；ならびにＷＯ９３／０７２８３、ＷＯ９３／０６２２３、およびＷＯ９３／０７２８２を参照のこと。本発明において使用可能な例示的な公知のアデノウイルス遺伝子治療ベクターは、上記に参照される文書およびＷＯ９４／１２６４９、ＷＯ９３／０３７６９、ＷＯ９３／１９１９１、ＷＯ９４／２８９３８、ＷＯ９５／１１９８４、ＷＯ９５／００６５５、ＷＯ９５／２７０７１、ＷＯ９５／２９９９３、ＷＯ９５／３４６７１、ＷＯ９６／０５３２０、ＷＯ９４／０８０２６、ＷＯ９４／１１５０６、ＷＯ９３／０６２２３、ＷＯ９４／２４２９９、ＷＯ９５／１４１０２、ＷＯ９５／２４２９７、ＷＯ９５／０２６９７、ＷＯ９４／２８１５２、ＷＯ９４／２４２９９、ＷＯ９５／０９２４１，ＷＯ９５／２５８０７、ＷＯ９５／０５８３５、ＷＯ９４／１８９２２およびＷＯ９５／０９６５４において記載されるものを含む。あるいは、Ｃｕｒｉｅｌ（１９９２）Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．３：１４７−１５４に記載されるような殺傷したアデノウイルスに連結したＤＮＡの投与が使用され得る。本発明の遺伝子送達ビヒクルはまた、アデノウイルス随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含む。本発明における使用のためのこのようなベクターの主要なおよび好ましい例は、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ  ＷＯ９３／０９２３９に開示されるＡＡＶ−２ベースのベクターである。最も好ましいＡＡＶベクターは、２つのＡＡＶ逆方向末端反復を含む。ここで、ネイティブＤ配列は、ヌクレオチドの置換によって改変され、その結果、少なくとも５つのネイティブなヌクレオチドから１８までのネイティブヌクレオチド、好ましくは少なくとも１０のネイティブヌクレオチドから１８までのネイティブヌクレオチド、最も好ましくは１０のネイティブヌクレオチドが維持され、そしてＤ配列の残りのヌクレオチドが欠失またはネイティブでないヌクレオチドで置換されている。ＡＡＶ逆方向末端反復のネイティブなＤ配列は、各ＡＡＶ逆方向末端反復において（すなわち、各末端に１つの配列が存在する）２０の連続するヌクレオチドの配列であって、これは、ＨＰ形成に関与しない。ネイティブでない置換ヌクレオチドは、同じ位置でのネイティブなＤ配列に見出されるヌクレオチド以外の任意のヌクレオチドであり得る。他の使用可能な例示的なＡＡＶベクターは、、ｐＷＰ−１９、ｐＷＮ−１であり、これらは両方ともＮａｈｒｅｉｎｉ（１９９３）Ｇｅｎｅ  １２４：２５７−２６２に開示される。このようなＡＡＶベクターの別の例は、ｐｓｕｂ２０１（Ｓａｍｕｌｓｋｉ（１９８７）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６１：３０９６を参照のこと）である。別の例示的なＡＡＶベクターは、Ｄｏｕｂｌｅ−Ｄ  ＩＴＲベクターである。Ｄｏｕｂｌｅ−Ｄ  ＩＴＲベクターの構築は、米国特許第５，４７８，７４５号に開示される。なお他のベクターは、Ｃａｒｔｅｒ  米国特許第４，７９７，３６８号およびＭｕｚｙｃｚｋａ  米国特許第５，１３９，９４１号、Ｃｈａｒｔｅｊｅｅ  米国特許第５，４７４，９３５号ならびにＫｏｔｉｎ  ＷＯ９４／２８８１５７に開示されるものである。本発明において使用可能なＡＡＶベクターのなおさらなる例は、ＳＳＶ９ＡＦＡＢＴＫｎｅｏであり、これは、ＡＦＰエンハンサーおよびアルブミンプロモーターを含み、そして肝臓において優性に発現を指向する。その構造および構築は、Ｓｕ（１９９６）Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ７：４６３−４７０に開示される。さらなるＡＡＶ遺伝子治療ベクターは、米国特許第５，３５４，６７８号、同５，１７３，４１４号、同５，１３９，９４１号、および同５，２５２，４７９号に開示される。
【０１３７】
本発明の遺伝子治療ベクターはまた、ヘルペスベクターを含む。主要なおよび好ましい例は、チミジンキナーゼポリペプチドをコードする配列を含む単純ヘルペスウイルスベクター（例えば、米国特許第５，２８８，６４１号、およびＥＰ０１７６１７０（Ｒｏｉｚｍａｎ）に開示されるもの）である。さらなる例示的な単純ヘルペスウイルスベクターは、ＷＯ９５／０４１３９（Ｗｉｓｔａｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）に開示されるＨＦＥＭ／ＩＣＰ６−ｌａｃＺ、Ｇｅｌｌｅｒ（１９８８）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：１６６７−１６６９ならびにＷＯ９０／０９４４１およびＷＯ９２／０７９４５に記載されるｐＨＳＶｌａｃ、Ｆｉｎｋ（１９９２）Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ３：１１−１９に記載されるＨＳＶ  Ｕｓ３：：ｐｇＣ−ｌａｃＺ、ならびにＥＰ０４５３２４２（Ｂｒｅａｋｅｆｉｅｌｅｄ）に記載されるＨＳＶ  ７１３４、２ＲＨ  １０５およびＧＡＬ４、ならびにＡＴＣＣに受託番号ＡＴＣＣ  ＶＲ−９７７およびＡＴＣＣ
ＶＲ−２６０として寄託されたものを含む。
【０１３８】
意図されるのはまた、本発明において使用され得るアルファウイルス遺伝子治療ベクターである。好ましいアルファウイルスベクターは、シンドビスウイルスベクターである。トガウイルス、セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−６７；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４７）、ミッデルブルグ（Ｍｉｄｄｌｅｂｅｒｇ）ウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−３７０）、ロスリバーウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−３７３；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４６）、ヴェネズエラウマ脳脊髄炎ウイルス（ＡＴＣＣ  ＶＲ−９２３；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４９；ＡＴＣＣ  ＶＲ−５３２）および米国特許第５，００９１，３０９号、同５，２１７，８７９号、およびＷＯ９２／１０５７８に記載されるもの。より詳細には、米国特許出願第０８／４０５，６２７号（１９９５年３月１５日出願）、ＷＯ９４／２１７９２号、ＷＯ９２／１０５７８号、ＷＯ９５／０７９９４号、米国特許第５，０９１，３０９号、および米国特許第５，２１７，８７９号に記載されるそれらのアルファウイルスベクターが使用可能である。このようなアルファウイルスは、ＡＴＣＣ、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ、Ｍａｒｙｌａｎｄのような寄託機関または収集機関から入手し得るか、または一般的に利用可能な技術を用いて公知の供給源から単離され得る。好ましくは、細胞傷害性が減少したアルファウイルスベクターを使用する（米国特許出願番号０８／６７９６４０を参照のこと）。
【０１３９】
ＤＮＡベクター系（例えば、真核細胞層状発現系）もまた、本発明の核酸の発現について有用である。真核生物層状発現系の詳細な説明についてはＷＯ９５／０７９９４を参照のこと。好ましくは、本発明の真核細胞層状発現系はアルファウイルスベクターに由来し、そして最も好ましくはシンドビスウイルスベクターに由来する。
【０１４０】
本発明における使用に適切な他のウイルスベクターは、ポリオウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−５８およびＥｖａｎｓ、Ｎａｔｕｒｅ  ３３９（１９８９）３８５およびＳａｂｉｎ（１９７３）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｓｔａｎｄａｒｄｉｚａｔｉｏｎ  １：１１５に記載されるもの；リノウイルス、例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−１１１０およびＡｒｎｏｌｄ（１９９０）Ｊ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｌ４０１に記載されるもの；ポックスウイルス（例えば、カナリアポックスウイルスまたはワクシニアウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−１１１およびＡＴＣＣ  ＶＲ−２０１０ならびにＦｉｓｈｅｒ−Ｈｏｃｈ（１９８９）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ８６：３１７；Ｆｌｅｘｎｅｒ（１９８９）Ａｎｎ
ＮＹ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ５６９：８６、Ｆｌｅｘｎｅｒ（１９９０）Ｖａｃｃｉｎｅ  ８：１７；米国特許第４，６０３，１１２号および同第４，７６９，３３０号ならびにＷＯ８９／０１９７３号に記載されるもの））；ＳＶ４０ウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−３０５およびＭｕｌｌｉｇａｎ（１９７９）Ｎａｔｕｒｅ  ２７７：１０８およびＭａｄｚａｋ（１９９２）Ｊ  Ｇｅｎ  Ｖｉｒｏｌ  ７３：１５３３に記載されるもの）；インフルエンザウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−７９７および米国特許第５，１６６，０５７号およびＥｎａｍｉ（１９９０）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ８７：３８０２−３８０５；ＥｎａｍｉおよびＰａｌｅｓｅ（１９９１）Ｊ  Ｖｉｒｏｌ  ６５：２７１１−２７１３およびＬｕｙｔｊｅｓ（１９８９）Ｃｅｌｌ  ５９：１１０（ＭｃＭｉｃｈａｅｌ（１９８３）ＮＥＪ  Ｍｅｄ  ３０９：１３ならびにＹａｐ（１９７８）Ｎａｔｕｒｅ  ２７３：２３８およびＮａｔｕｒｅ（１９７９）２７７：１０８もまた参照のこと）に記載されるような逆遺伝子技術を使用して作製した組換えインフルエンザウイルス）；ＥＰ−０３８６８８２およびＢｕｃｈｓｃｈａｃｈｅｒ（１９９２）Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６６：２７３１に記載されるようなヒト免疫不全ウイルス；麻疹ウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−６７およびＶＲ−１２４７ならびにＥＰ−０４４０２１９に記載されるもの）；アウラウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−３６８）；ベバルウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−６００およびＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４０）；カバス（Ｃａｂａｓｓｏｕ）ウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−９２２）；チクングンヤウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−６４およびＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４１）；フォートモーガン（Ｆｏｒｔ  Ｍｏｒｇａｎ）ウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−９２４）；ゲタウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−３６９およびＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４３）；キジラガハ（Ｋｙｚｙｌａｇａｃｈ）ウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−９２７）；マヤロウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−６６）；ムカンボウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−５８０およびＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４４）；ヌヅムウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−３７１）；ピクスナウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−３７２およびＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４５）；トナテ（Ｔｏｎａｔｅ）ウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−９２５）；トリニティウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−４６９）；ユナウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−３７４）；ワタロアウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−９２６）；Ｙ−６２−３３ウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−３７５）；オニオンウイルス、東部ウマ脳脊髄炎ウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−６５およびＡＴＣＣ  ＶＲ−１２４２）；西部ウマ脳脊髄炎ウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−７０、ＡＴＣＣ  ＶＲ−１２５１、ＡＴＣＣ  ＶＲ−６２２およびＡＴＣＣ  ＶＲ−１２５２）；ならびにコロナウイルス（例えば、ＡＴＣＣ  ＶＲ−７４０およびＨａｍｒｅ（１９６６）Ｐｒｏｃ  Ｓｏｃ  Ｅｘｐ  Ｂｉｏｌ  Ｍｅｄ  １２１：１９０に記載のもの）に由来のものを含む。
【０１４１】
本発明の組成物の細胞への送達は、上記に言及したウイルスベクターに限定されない。他の送達方法および媒体が使用され得る（例えば、核酸発現ベクター、殺傷したアデノウイルスに連結したかまたは連結してないポリカチオン性縮合ＤＮＡ単独（例えば、米国特許出願番号０８／３６６，７８７（１９９４年１２月３０日出願）およびＣｕｒｉｅｌ（１９９２）Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  ３：１４７−１５４を参照のこと）、リガンド連結ＤＮＡ（例えば、Ｗｕ（１９８９）Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６４：１６９８５−１６９８７を参照のこと）、真核生物細胞送達ビヒクル細胞（例えば、米国特許出願番号０８／２４０，０３０（１９９４年５月９日出願）および米国特許出願番号０８／４０４，７９６を参照のこと）、光重合化ヒドロゲル物質の沈着、手動の遺伝子送達粒子銃（米国特許第５，１４９，６５５号に記載されるような）、米国特許第５，２０６，１５２号およびＷＯ９２／１１０３３に記載されるような電離放射線、核酸電荷中和または細胞膜との融合）。さらなるアプローチは、Ｐｈｉｌｉｐ（１９９４）Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ  １４：２４１１−２４１８およびＷｏｆｆｅｎｄｉｎ（１９９４）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ９１：１５８１−１５８５に記載される。
【０１４２】
粒子媒介遺伝子転移が使用され得る（例えば、米国特許出願番号６０／０２３，８６７を参照のこと）。手短には、配列を、高レベル発現のための従来の制御配列を含む従来のベクターに挿入し得、次いで細胞標的化リガンド（例えば、アシアロオロソムコイド（ＷｕおよびＷｕ（１９８７）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：４４２９−４４３２に記載されるような）、Ｈｕｃｋｅｄ（１９９０）Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  ４０：２５３−２６３に記載されるようなインスリン、Ｐｌａｎｋ（１９９２）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ  ３：５３３−５３９に記載されるようなガラクトース、ラクトースまたはトランスフェリン）に連結された合成遺伝子転移分子（例えば、重合ＤＮＡ結合カチオン様ポリリジン、プロタミンおよびアルブミン）とともにインキュベートされ得る。
【０１４３】
裸のＤＮＡもまた使用され得る。例示的な裸のＤＮＡ導入方法は、ＷＯ９０／１１０９２および米国特許第５，５８０，８５９号に記載される。取り込み効率は、生体分解性のラテックスビーズを用いて改良され得る。ＤＮＡコートラテックスビーズは、ビーズによるエンドサイトーシス開始の後に効率よく細胞へと輸送される。この方法は、ビーズを処理して疎水性を高め、それによってエンドソームの破壊および細胞質へのＤＮＡの放出を容易にすることによってさらに改良され得る。
【０１４４】
遺伝子送達ビヒクルとして作用し得るリポソームは、米国特許第５，４２２，１２０号、ＷＯ９５／１３７９６、ＷＯ９４／２３６９７、ＷＯ９１／１４４４５、およびＥＰ５２４，９６８に記載される。米国特許出願６０／０２３，８６７に記載されるように、非ウイルス性送達において、ポリペプチドをコードする核酸配列は、高レベル発現のための従来の制御配列を含む従来のベクターへと挿入され得、次いで細胞標的化リガンド（例えば、アシアロオロソムコイド、インスリン、ガラクトース、ラクトースまたはトランスフェリン）に連結された、重合性ＤＮＡ結合カチオン（例えば、ポリリジン、プロタミン、およびアルブミン）のような合成遺伝子転移分子とともにインキュベートされ得る。他の送達系は、種々の組織特異的または普遍的作用性のプロモーターの制御下に遺伝子を含むＤＮＡをカプセル化するためのリポソームの使用を含む。さらに、使用に適切な非ウイルス送達は、機械的送達系（例えば、Ｗｏｆｆｅｎｄｉｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１（２４）：１１５８１−１１５８５に記載されるアプローチを含む。さらに、コード配列およびそのようなものの発現産物は、光重合化ヒドロゲル物質の沈着を介して送達され得る。コード配列の送達について使用され得る、遺伝子送達のための他の従来の方法は、例えば、手動の遺伝子転移粒子銃（米国特許第５，１４９，６５５号に記載されるような）；移入された遺伝子を活性化するための電離放射線の使用（米国特許第５，２０６，１５２号およびＷＯ９２／１１０３３に記載されるような）を含む。
【０１４５】
例示的なリポソームおよびポリカチオン性遺伝子送達ビヒクルは、米国特許第５，４２２，１２０号および同第４，７６２，９１５号；ＷＯ９５／１３７９６；ＷＯ９４／２３６９７；およびＷＯ９１／１４４４５；ＥＰ−０５２４９６８；およびＳｔｒｙｅｒ、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、２３６−２４０頁（１９７５）、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ、Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ；Ｓｚｏｋａ（１９８０）Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ  ６００：１；Ｂａｙｅｒ（１９７９）Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ  ５５０：４６４；Ｒｉｖｎａｙ（１９８７）Ｍｅｔｈ  Ｅｎｚｙｍｏｌ  １４９：１１９；Ｗａｎｇ（１９８７）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ８４：７８５１；Ｐｌａｎｔ（１９８９）Ａｎａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  １７６：４２０に記載されるものである。
【０１４６】
ポリヌクレオチド組成物は、治療有効量（この用語は上記に定義されるとおりである）の遺伝子治療ビヒクルを含み得る。本発明の目的のために、有効用量は、投与される個体において、約０．０１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇまたは０．０５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇのＤＮＡ構築物である。
【０１４７】
（送達方法）
一旦処方されると、本発明のポリヌクレオチド組成物は、（１）被験体に直接；（２）エキソビボで被験体由来の細胞に送達されて；または（３）組換えタンパク質の発現のためにインビトロで、投与され得る。処置される被験体は、哺乳動物または鳥類であり得る。ヒト被験体もまた処置され得る。
【０１４８】
この組成物の直接送達は、皮下、腹腔内、静脈内、または筋肉内の注射によって、または組織の間質空間への送達のいずれかによって一般的に達成される。この組成物はまた、病巣へ投与され得る。他の投与様式は、経口投与および肺投与、坐剤、および経皮または経皮適用（例えば、ＷＯ９８／２０７３４を参照のこと）、針、ならびに遺伝子銃またはハイポスプレーを含む。投薬処置は、単回用量スケジュールまたは多数回用量スケジュールであり得る。
【０１４９】
エキソビボ送達および被験体への形質転換細胞の再移植のための方法は、当該分野で公知であり、そして例えばＷＯ９３／１４７７８に記載されている。エキソビボ適用に有用である細胞の例は、例えば、幹細胞、特に、造血細胞、リンパ細胞、マクロファージ、樹状細胞または腫瘍細胞を含む。
【０１５０】
一般的に、エキソビボ適用およびインビトロ適用の両方のための核酸の送達は、以下の手順：例えば、デキストラン媒介トランスフェクション、リン酸カルシウム沈降、ポリブレン媒介トランスフェクション、原形質融合、エレクトロポレーション、ポリヌクレオチドのリポソーム内へのカプセル化、およびＤＮＡの核への直接の微量注入（これらはすべて当該分野で周知である）で達成され得る。
【０１５１】
（ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの薬学的組成物）
上記に記載の薬学的に受容可能なキャリアおよび塩に加えて、以下のさらなる薬剤がポリヌクレオチド組成物および／またはポリペプチド組成物とともに使用され得る。
【０１５２】
（Ａ．ポリペプチド）
１つの例は、限定することなく以下を包含するポリペプチドである：アシアロオロソムコイド（ＡＳＯＲ）；トランスフェリン；アシアロ糖タンパク質；抗体；抗体フラグメント；フェリチン；インターロイキン；インターフェロン；顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ−ＣＳＦ）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、幹細胞因子およびエリスロポエチン。ウイルス抗原（例えば、エンベロープタンパク質）もまた、使用され得る。また、他の侵襲性生物由来のタンパク質（例えば、ＲＩＩとして知られるＰｌａｓｍｏｄｉｕｍ  ｆａｌｃｉｐａｒｕｍの環境スポロゾイト（ｃｉｒｃｕｍｓｐｏｒｏｚｏｉｔｅ）タンパク質由来の１７アミノ酸ペプチド）。
【０１５３】
（Ｂ．ホルモン、ビタミンなど）
包含され得る他の群は、例えば、ホルモン、ステロイド、アンドロゲン、エストロゲン、甲状腺ホルモン、またはビタミン、葉酸である。
【０１５４】
（Ｃ．ポリアルキレン、ポリサッカリドなど）
また、ポリアルキレングリコールが、所望のポリヌクレオチド／ポリペプチドとともに含有され得る。好ましい実施態様において、ポリアルキレングリコールは、ポリエチレングリコールである。さらに、モノサッカリド、ジサッカリド、またはポリサッカリドが含有され得る。この局面の好ましい実施態様において、このポリサッカリドは、デキストランまたはＤＥＡＥデキストランである。また、キトサンおよびポリ（乳酸−コ−グリコリド）。
【０１５５】
（Ｄ．脂質およびリポソーム）
所望のポリヌクレオチド／ポリペプチドはまた、被験体またはそれに由来する細胞への送達の前に、脂質中にカプセル化され得るか、またはリポソーム中にパッケージングされ得る。
【０１５６】
脂質カプセル化は、一般的に核酸を安定に結合し得るか、または核酸を捕捉および維持し得るリポソームを用いて達成される。縮合ポリヌクレオチドの脂質調製物に対する比は、変動し得るが、一般的に約１：１（ｍｇＤＮＡ：マイクロモル脂質）であるか、または脂質がより多いかである。核酸の送達のためのキャリアとしてのリポソーム使用の概説については、ＨｕｇおよびＳｌｅｉｇｈｔ（１９９１）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．１０９７：１−１７；Ｓｔｒａｕｂｉｎｇｅｒ（１９８３）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１０１：５１２−５２７を参照のこと。
【０１５７】
本発明における使用のためのリポソーム調製物は、カチオン性（正に荷電した）、アニオン性（負に荷電した）および中性の調製物を含む。カチオン性リポソームは、機能的な形態で、プラスミドＤＮＡ（Ｆｅｌｇｎｅｒ（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８４：７４１３−７４１６）；ｍＲＮＡ（Ｍａｌｏｎｅ（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６０７７−６０８１；および精製した転写因子（Ｄｅｂｓ（１９９０）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６５：１０１８９−１０１９２）の細胞内送達を媒介することが示されている。
【０１５８】
カチオン性リポソームは容易に入手可能である。例えば、Ｎ［１−２，３−ジオレイルオキシ）プロピル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリエチルアンモニウム（ＤＯＴＭＡ）リポソームは、ＧＩＢＣＯ  ＢＲＬ、Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ、ＮＹからの商標リポフェクチン（Ｌｉｐｏｆｅｃｔｉｎ）の下で入手可能である（Ｆｅｌｇｎｅｒ（前出）もまた参照のこと）。他の市販されているリポソームは、トランスフェクテース（ｔｒａｎｓｆｅｃｔａｃｅ）（ＤＤＡＢ／ＤＯＰＥ）およびＤＯＴＡＰ／ＤＯＰＥ（Ｂｏｅｒｈｉｎｇｅｒ）を含む。他のカチオン性リポソームは、当該分野で周知の技法を使用して、容易に利用可能な物質から調製され得る。例えば、ＤＯＴＡＰ（１，２−ビス（オレイルオキシ）−３−（トリメチルアンモニオ）プロパン）リポソームの合成の記載について、Ｓｚｏｋａ（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７５：４１９４−４１９８；ＷＯ９０／１１０９２を参照のこと。
【０１５９】
同様に、アニオン性および中性リポソームは、例えば、Ａｖａｎｔｉ  Ｐｏｌａｒ  Ｌｉｐｉｄｓ（Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＡＬ）から容易に入手可能であるか、または容易に入手可能な物質を使用してたやすく調製され得る。このような物質には、とりわけ、ホスファチジルコリン、コレステロール、ホスファチジルエタノールアミン、ジオレオイルホスファチジルコリン（ＤＯＰＣ）、ジオレオイルホスファチジルグリセロール（ＤＯＰＧ）、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）が含まれる。これらの物質はまた、適切な比率のＤＯＴＭＡおよびＤＯＴＡＰの出発物質と混合され得る。これらの物質を使用してリポソームを作製する方法は、当該分野で周知である。
【０１６０】
このリポソームは、多重膜のベシクル（ＭＬＶ）、小さな単一膜ベシクル（ＳＵＶ）、または大きな単一膜のベシクル（ＬＵＶ）を含み得る。種々のリポソーム−核酸複合体は当該分野で公知の方法を使用して調製される。例えば、Ｓｔｒａｕｂｉｎｇｅｒ（１９８３）Ｍｅｔｈ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１０１：５１２−５２７；Ｓｚｏｋａ（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ
７５：４１９４−４１９８；Ｐａｐａｈａｄｊｏｐｏｕｌｏｓ（１９７５）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ  ３９４：４８３；Ｗｉｌｓｏｎ（１９７９）Ｃｅｌｌ  １７：７７）；ＤｅａｍｅｒおよびＢａｎｇｈａｍ（１９７６）Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ  ４４３：６２９；Ｏｓｔｒｏ（１９７７）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．７６：８３６；Ｆｒａｌｅｙ（１９７９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７６：３３４８）；ＥｎｏｃｈおよびＳｔｒｉｔｔｍａｔｔｅｒ（１９７９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７６：１４５；Ｆｒａｌｅｙ（１９８０）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．（１９８０）２５５：１０４３１；ＳｚｏｋａおよびＰａｐａｈａｄｊｏｐｏｕｌｏｓ（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７５：１４５；ならびにＳｃｈａｅｆｅｒ−Ｒｉｄｄｅｒ（１９８２）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２１５：１６６を参照のこと。
【０１６１】
（Ｅ．リポタンパク質）
さらに、リポタンパク質が、送達されるポリヌクレオチド／ポリペプチドとともに含まれ得る。利用されるリポタンパク質の例は、キロミクロン、ＨＤＬ、ＩＤＬ、ＬＤＬ、およびＶＬＤＬを含む。これらのタンパク質の変異体、フラグメント、または融合物もまた、使用され得る。また、天然に存在するリポタンパク質の改変体（例えば、アセチル化されたＬＤＬ）が使用され得る。これらのリポタンパク質は、リポタンパク質レセプターを発現する細胞へのポリヌクレオチドの送達を標的化し得る。好ましくは、リポタンパク質が、送達されるポリヌクレオチドとともに含まれる場合、他の標的化リガンドはその組成物中には含まれない。
【０１６２】
天然に存在するリポタンパク質は、脂質部分およびタンパク質部分を含む。このタンパク質部分は、アポタンパク質として知られる。現在では、アポタンパク質Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、およびＥが単離および同定されている。少なくともこれらのうちの２つはいくつかのタンパク質を含み、ローマ数字によって、ＡＩ、ＡＩＩ、ＡＩＶ；ＣＩ、ＣＩＩ、ＣＩＩＩと命名されている。
【０１６３】
１つのリポタンパク質は、１より多くのアポタンパク質を含み得る。例えば、天然に存在するキロミクロンはＡ、Ｂ、Ｃ、およびＥからなり、そして時間が経てばこれらのリポタンパク質はＡアポタンパク質を欠失し、そしてＣおよびＥアポタンパク質を獲得する。ＶＬＤＬは、Ａ、Ｂ、Ｃ、およびＥアポタンパク質を含み、ＬＤＬはアポタンパク質Ｂを含み；そしてＨＤＬはアポタンパク質Ａ、Ｃ、およびＥを含む。
【０１６４】
これらのアポタンパク質のアミノ酸は公知であり、そして例えば、Ｂｒｅｓｌｏｗ（１９８５）Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ  ５４：６９９；Ｌａｗ（１９８６）Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．１５１：１６２；Ｃｈｅｎ（１９８６）Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ  ２６１：１２９１８；Ｋａｎｅ（１９８０）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ７７：２４６５；およびＵｔｅｒｍａｎｎ（１９８４）Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ  ６５：２３２に記載されている。
【０１６５】
リポタンパク質は、トリグリセリド、コレステロール（遊離およびエステル）、およびリン脂質を含む、種々の脂質を含む。この脂質の組成は、天然に存在するリポタンパク質において変化する。例えば、キロミクロンは主としてトリグリセリドを含む。天然に存在するリポタンパク質の脂質含有物のより詳細な記載は、例えば、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１２８（１９８６）に見いだされ得る。この脂質の組成は、レセプター結合活性についてアポタンパク質の立体構造において補助するために選択される。脂質組成はまた、ポリヌクレオチド結合分子との疎水性相互作用および会合を容易にするように選択され得る。
【０１６６】
天然に存在するリポタンパク質は、例えば、血清から超遠心分離によって単離され得る。そのような方法は、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（前出）；Ｐｉｔａｓ（１９８０）Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．２５５：５４５４−５４６０およびＭａｈｅｙ（１９７９）Ｊ  Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ  ６４：７４３−７５０に記載される。リポタンパク質はまた、インビトロまたは所望の宿主細胞中のアポタンパク質遺伝子の発現による組換え方法によって産生され得る。例えば、Ａｔｋｉｎｓｏｎ（１９８６）Ａｎｎｕ  Ｒｅｖ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ｃｈｅｍ  １５：４０３およびＲａｄｄｉｎｇ（１９５８）Ｂｉｏｃｈｉｍ  Ｂｉｏｐｈｙｓ  Ａｃｔａ  ３０：４４３を参照のこと。リポタンパク質はまた、Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ
Ｔｅｃｈｎｉｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｓｔｏｕｇｈｔｏｎ，Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ，ＵＳＡのような商業的な供給者から購入され得る。さらなるリポタンパク質の記載は、Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら、ＰＣＴ／ＵＳ９７／１４４６５に見い出され得る。
【０１６７】
（Ｆ．ポリカチオン性薬剤）
ポリカチオン性薬剤は、送達される所望のポリヌクレオチド／ポリペプチドを有する組成物中に、リポタンパク質を伴って、またはリポタンパク質を伴わずに含まれ得る。
【０１６８】
ポリカチオン性薬剤は、代表的には、生理的に適切なｐＨにおいて正味の正電荷を示し、そして所望の位置への送達を容易にするために核酸の電荷を中和し得る。これらの薬剤は、インビトロ、エキソビボ、およびインビボ適用のいずれもを有する。ポリカチオン性薬剤は、生きている被験体に、筋肉内、皮下などのいずれかで核酸を送達するために使用され得る。
【０１６９】
以下は、ポリカチオン性薬剤として有用なポリペプチドの例である：ポリリジン、ポリアルギニン、ポリオルニチン、およびプロタミン。他の例は、ヒストン、プロタミン、ヒト血清アルブミン、ＤＮＡ結合タンパク質、非ヒストン染色体タンパク質、ＤＮＡウイルス由来のコートタンパク質（例えば、Ｘ１７４）を含む。転写因子もまた、ＤＮＡに結合するドメインを含み、従って核酸縮合薬剤として有用であり得る。手短に言えば、転写因子（例えば、Ｃ／ＣＥＢＰ、ｃ−ｊｕｎ、ｃ−ｆｏｓ、ＡＰ−１、ＡＰ−２、ＡＰ−３、ＣＰＦ、Ｐｒｏｔ−１、Ｓｐ−１、Ｏｃｔ−１、Ｏｃｔ−２、ＣＲＥＰ、およびＴＦＩＩＤ）は、ＤＮＡ配列に結合する塩基性ドメインを含む。
【０１７０】
有機ポリカチオン性薬剤は、スペルミン、スペルミジン、およびプトレシン（ｐｕｒｔｒｅｓｃｉｎｅ）を含む。
【０１７１】
ポリカチオン性薬剤の大きさおよびその物理的特性は、上記の表から外挿されて、他のポリペプチドポリカチオン性薬剤が構築され得るか、または合成ポリカチオン性薬剤が産生され得る。
【０１７２】
有用な合成ポリカチオン性薬剤は、例えば、ＤＥＡＥ−デキストラン、ポリブレンを含む。ＬｉｐｏｆｅｃｔｉｎTM、およびｌｉｐｏｆｅｃｔＡＭＩＮＥTMは、ポリヌクレオチド／ポリペプチドと組み合わせた場合にポリカチオン性複合体を形成するモノマーである。
【０１７３】
（免疫診断アッセイ）
本発明のＮｅｉｓｓｅｒｉａ抗原は、抗体レベルを検出するためのイムノアッセイにおいて使用され得る（または、逆に抗Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ抗体は抗原レベルを検出するために使用され得る）。充分に規定された組換え抗原に基づくイムノアッセイは、侵襲性の診断方法と置き換えるために開発され得る。生物学的サンプル（例えば、血液サンプルまたは血清サンプルを含む）内のＮｅｉｓｓｅｒｉａタンパク質に対する抗体が検出され得る。このイムノアッセイの設計は、多くのバリエーションの対象であり、そして種々のこれらは当該分野で公知である。イムノアッセイのプロトコルは、例えば、競合アッセイ、または直接反応アッセイ、またはサンドイッチ型アッセイに基づき得る。プロトコルはまた、例えば、固体支持体を使用し得、または免疫沈降によってなされ得る。ほとんどのアッセイは、標識された抗体またはポリペプチドの使用を含み、その標識は、例えば、蛍光分子、化学発光分子、放射性分子、または色素分子であり得る。プローブからのシグナルを増幅するアッセイもまた公知である；これらの例は、ビオチンおよびアビジンを利用するアッセイ、ならびに酵素標識および酵素媒介イムノアッセイ（例えば、ＥＬＡＳＡアッセイ）である。
【０１７４】
免疫診断に適切でありそして適切な標識試薬を備えるキットは、適切な容器中に、アッセイの実行に必要とされる残りの試薬および物質（例えば、適切な緩衝液、塩溶液など）ならびに適切なアッセイのセットの説明書と共に、本発明の組成物を含む適切な物質を詰めることによって構築される。
【０１７５】
（核酸ハイブリダイゼーション）
「ハイブリダイゼーション」とは、水素結合により２つの核酸配列が互いに会合することをいう。代表的には、１つの配列は、固体支持体に固定され、そして他方は溶液中で遊離している。次いで、２つの配列を水素結合に好ましい条件下で互いに接触させる。この結合に影響を与える因子は以下を含む：溶媒のタイプおよび容量；反応温度；ハイブリダイゼーションの時間；撹拌；液体相の配列の固体支持体への非特異的な付着をブロックする薬剤（Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ試薬またはＢＬＯＴＴＯ）；配列の濃縮；配列の会合の速度を増大させる化合物（硫酸デキストランまたはポリエチレングリコール）の使用；およびハイブリダイゼーション後の洗浄条件のストリンジェンシー。Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）第２巻、第９章、９．４７〜９．５７頁を参照のこと。
【０１７６】
「ストリンジェンシー」とは、異なる配列よりも非常に類似する配列の会合に好ましいハイブリダイゼーション反応における条件をいう。例えば、研究中のハイブリッドの計算されたＴｍより約１２０〜２００℃低い、温度および塩濃度の組み合わせが選択されるべきである。温度および塩条件はしばしば、フィルターに固定したゲノムＤＮＡのサンプルが目的の配列にハイブリダイズし、次いで異なるストリンジェンシーの条件下で洗浄される、予備的な実験において経験的に決定され得る。Ｓａｍｂｒｏｏｋら、９．５０頁を参照のこと。
【０１７７】
例えば、サザンブロットを行う場合、考慮する変数は、（１）ブロットされるＤＮＡの複雑さ、および（２）プローブおよび検出される配列の間の相同性である。研究されるフラグメントの全量は、プラスミドまたはファージ消化物についての０．１〜１μｇから、高度に複雑な真核生物ゲノム中の単一コピーについては１０-9〜１０-8ｇまで、１０倍変化し得る。より低い複雑さのポリヌクレオチドについては、実質的により短いブロッティング、ハイブリダイゼーション、および曝露時間、より少量の出発ポリヌクレオチド、およびより低い比活性のプローブが使用され得る。例えば、単一コピーの酵母遺伝子は、１μｇの酵母ＤＮＡを用いて開始し、２時間ブロットし、そして４〜８時間１０8ｃｐｍ／μｇのプローブを用いてハイブリダイズして、わずか１時間の曝露時間を用いて検出され得る。単一コピーの哺乳動物遺伝子について、保守的なアプローチは、１０μｇのＤＮＡを用いて開始し、一晩ブロットし、そして１０8ｃｐｍ／μｇより多いプローブを用いて１０％硫酸デキストランの存在下で一晩ハイブリダイズし、約２４時間露光時間を生じる。
【０１７８】
いくつかの因子が、プローブと目的のフラグメントとの間のＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドの融解温度（Ｔｍ）、ならびに、結果として、ハイブリダイゼーションおよび洗浄についての適切な条件に影響を与え得る。多くの場合において、そのプローブはフラグメントに対して１００％相同なわけではない。他の共通して直面する変化には、ハイブリダイズする配列の長さおよび全Ｇ＋Ｃ含量、ならびにイオン強度およびハイブリダイゼーション緩衝液のホルムアミド含量が含まれる。これらのすべての因子の効果は、一つの式によって近似され得る：
Ｔｍ＝８１＋１６．６（ｌｏｇ10Ｃｉ）＋０．４［％（Ｇ＋Ｃ）］−０．６（％ホルムアミド）−６００／ｎ−１．５（％ミスマッチ）。
ここでＣｉは塩濃度（一価イオン）であり、およびｎは塩基対内のハイブリッドの長さである（ＭｅｉｎｋｏｔｈおよびＷａｈｌ（１９８４）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１３８：２６７〜２８４からわずかに改変した）。
【０１７９】
ハイブリダイゼーション実験の設計において、核酸ハイブリダイゼーションに影響を与えるいくつかの因子が簡便に変更され得る。ハイブリダイゼーションおよび洗浄の温度ならびに洗浄の間の塩濃度を調整するのが最も単純である。ハイブリダイゼーション温度（すなわち、ストリンジェンシー）が上昇するにつれて、非相同的な鎖の間で起こるハイブリダイゼーションは起こりにくくなるようであり、結果として、バックグラウンドが減少する。放射標識したプローブが固定化されたフラグメントと完全に相同ではない場合（遺伝子ファミリーおよび種間のハイブリダイゼーション実験における場合で頻繁であるように）、ハイブリダイゼーション温度は低下されなければならず、そしてバックグラウンドが増大する。洗浄の温度は、類似の様式で、ハイブリダイゼーションバンドの強度、およびバックグラウンドの程度に影響を与える。洗浄のストリンジェンシーはまた、塩濃度の減少とともに増大する。
【０１８０】
一般的に、５０％ホルミアミドの存在下で都合よいハイブリダイゼーション温度は、標的フラグメントに９５％〜１００％相同であるプローブについて４２℃、９０％〜９５％相同性では３７℃、および８５％〜９０％相同性については３２℃である。より低い相同性については、上記の式を用いて、適切にホルムアミド含量が低減され、そして温度が調整されるべきである。プローブと標的フラグメントとの間の相同性が未知である場合、最も単純なアプローチは、ともにストリンジェントではないハイブリダイゼーション条件および洗浄条件で開始することである。オートラジオグラフィー後に非特異的バンドまたは高いバックグラウンドが観察される場合、フィルターは高ストリンジェンシーで洗浄され得、そして再び露光され得る。露光のために必要な時間がこのアプローチを非実用的にする場合、いくつかのハイブリダイゼーションおよび／または洗浄ストリンジェンシーが並行して試験されるべきである。
【０１８１】
（核酸プローブアッセイ）
本発明に従う核酸プローブを利用する、ＰＣＲ、分枝ＤＮＡプローブアッセイ、またはブロッティング技術のような方法は、ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの存在を決定し得る。プローブは、検出されるに十分に安定な、二重鎖または二本鎖複合体を形成し得る場合に、本発明の配列に「ハイブリダイズする」といわれる。
【０１８２】
核酸プローブは、本発明のＮｅｉｓｓｅｒｉａヌクレオチド配列（センス鎖およびアンチセンス鎖の両方を含む）にハイブリダイズする。多くの異なるヌクレオチド配列がアミノ酸配列をコードするが、ネイティブなＮｅｉｓｓｅｒｉａ配列は、細胞に存在する実際の配列であるので、好ましい。ｍＲＮＡは、コード配列を表し、従ってプローブはコード配列に相補的であるべきであり、一本鎖ｃＤＮＡはｍＲＮＡに相補的であり、従ってｃＤＮＡプローブは非コード配列に相補的であるべきである。
【０１８３】
プローブ配列はＮｅｉｓｓｅｒｉａ配列（またはその相補物）に同一である必要はない。核酸プローブが標的ヌクレオチドと検出され得る二重鎖を形成し得る場合、配列および長さのいくらかの変動は、アッセイの感受性の増加をもたらし得る。また、核酸プローブは、形成された二重鎖を安定化するためにさらなるヌクレオチドを含み得る。さらなるＮｅｉｓｓｅｒｉａ配列もまた、形成された二重鎖を検出するための標識として役立ち得る。例えば、非相補的ヌクレオチド配列が、そのプローブの５’末端に付着され得、ここでそのプローブ配列の残りはＮｅｉｓｓｅｒｉａ配列に相補的である。あるいは、プローブ配列が、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ配列とハイブリダイズし、そしてそれによって検出され得る二重鎖を形成するためにＮｅｉｓｓｅｒｉａ配列との十分な相補性を有する場合、非相補的塩基またはより長い配列が、プローブ中に分散され得る。
【０１８４】
プローブの正確な長さおよび配列は、ハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、塩条件など）に依存する。例えば、診断的適用については、分析物の配列の複雑さに依存して、核酸プローブは、代表的には、少なくとも１０〜２０ヌクレオチド、好ましくは１５〜２５、そしてより好ましくは少なくとも３０ヌクレオチドを含むが、これよりも短くもあり得る。短いプライマーは、一般的には、鋳型との十分に安定なハイブリッド複合体を形成するのにより低い温度を必要とする。
【０１８５】
プローブは、合成的手順（例えば、Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらのトリエステル法、（Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．（１９８１）１０３：３１８５）、またはＵｒｄｅａら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８３）８０：７４６１）に従って、または市販の自動オリゴヌクレオチド合成機を使用して、生成され得る。
【０１８６】
プローブの化学的性質は、優先度に従って選択され得る。特定の適用については、ＤＮＡまたはＲＮＡが適切である。他の適用については、改変（例えば、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートのようなバックボーンの改変）が組み込まれ得、インビボの半減期を増大させるため、ＲＮＡ親和性を変化させるため、ヌクレアーゼ耐性などを増大させるために使用され得る（例えば、ＡｇｒａｗａｌおよびＩｙｅｒ（１９９５）Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ
６：１２−１９；Ａｇｒａｗａｌ（１９９６）ＴＩＢＴＥＣＨ  １４：３７６−３８７を参照のこと）；ペプチド核酸のようなアナログもまた使用され得る（例えば、Ｃｏｒｅｙ（１９９７）ＴＩＢＴＥＣＨ１５  ２２４−２２９；Ｂｕｃｈａｒｄｔら（１９９３）ＴＩＢＴＥＣＨ  １１：３８４−３８６を参照のこと）。
【０１８７】
あるいは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、少量の標的核酸を検出する別の周知の手段である。そのアッセイは、Ｍｕｌｌｉｓら、（Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．（１９８７）１５５：３３５−３５０）；米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号に記載されている。２つの「プライマー」ヌクレオチドは、標的核酸とハイブリダイズし、そして反応を開始するために使用される。このプライマーは、増殖標的（またはその相補物）の配列にハイブリダイズしない、二重鎖の安定性を補助するための、または、例えば、都合のよい制限部位を組み込むための配列を含み得る。代表的には、このような配列は、所望のＮｅｉｓｓｅｒｉａ配列に隣接する。
【０１８８】
熱安定性のポリメラーゼは、もともとの標的核酸を鋳型として使用して、プライマーから標的核酸のコピーを作製する。標的核酸の閾値量がポリメラーゼによって産生された後、それらはより従来的な方法（例えば、サザンブロット）によって検出され得る。サザンブロット法を使用する場合、標識されたプローブは、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ配列（またはその相補物）にハイブリダイズする。
【０１８９】
また、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡは、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（前出）に記載される、従来的なブロッティング技術によって検出され得る。ｍＲＮＡ、またはｍＲＮＡからポリメラーゼ酵素を使用して生成されたｃＤＮＡは、ゲル電気泳動を使用して精製および分離され得る。次いで、ゲル上のこの核酸は、ニトロセルロースのような固体支持体にブロットされる。この固体支持体は、標識されたプローブに曝露され、次いですべてのハイブリダイズしていないプローブを洗浄して除去する。次に、標識プローブを含む二重鎖を検出する。代表的には、そのプローブは、放射活性部分で標識される。
【０１９０】
（実施例）
本実施例は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定された核酸配列を、それらの推定の翻訳産物と共に記載する。すべての核酸配列が完全なわけではなく、すなわち、それらは、全長の野生型タンパク質より短い配列をコードする。現在、本明細書に記載されるＤＮＡ配列のいずれもＮ．ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅの有意なホモログを有するとは考えられていない。
【０１９１】
本実施例は一般的には以下の様式である：
・Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ｂ株）において同定されたヌクレオチド配列
・この配列の推定の翻訳産物
・データベースの比較に基づく翻訳産物のコンピューター分析
・Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）において同定された対応する遺伝子およびタンパク質配列
・適切に抗原性であることを示すタンパク質の性質の記載
・生化学的分析の結果（発現、精製、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳなど）。
【０１９２】
本実施例は、代表的には種および株の間の配列同一性の詳細を含む。配列において類似のタンパク質は、一般的に構造および機能の両方において類似し、そして配列相同性はしばしば、共通の進化の起源を示す。公知の機能のタンパク質の配列との比較は、新しい配列に対する推定のタンパク質の機能の割り当てのための指針として広く使用され、そして、特に全ゲノム分析において有用であることが証明されている。
【０１９３】
配列比較を、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ２、ＢＬＡＳＴｎ、ＢＬＡＳＴｐ、ｔＢＬＡＳＴｎ、ＢＬＡＳＴｘ、およびｔＢＬＡＳＴｘの各アルゴリズム（例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、（１９９７）Ｇａｐｐｅｄ  ＢＬＡＳＴ  ａｎｄ  ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴ：ａ  ｎｅｗ  ｇｅｎｅｒａｉｏｎ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｐｒｏｇｒａｍｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ
Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２５：２２８９−３４０２もまた参照のこと）を使用して、ＮＣＢＩ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）で行った。検索を、以下のデータベースに対して行った：縮重しないＧｅｎＢａｎｋ＋ＥＭＢＬ＋ＤＤＢＪ＋ＰＤＢ配列および縮重しないＧｅｎＢａｎｋ  ＣＤＳ  翻訳物＋ＰＤＢ＋ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ＋ＳＰｕｐｄａｔｅ＋ＰＩＲ配列。
【０１９４】
ヌクレオチド配列中のドット（例えば、実施例１２中の２８８位）は、リーディングフレームを維持するために任意に導入したヌクレオチドを示す。同様に、二重下線を付したヌクレオチドを取り除いた。小文字（例えば、実施例１２の５８９位）は、独立した配列決定反応のアラインメントの間に生じたあいまいさを示す（本実施例におけるヌクレオチド配列のいくつかは２つ以上の実験の結果を合わせて得られる）。
【０１９５】
ヌクレオチド配列を全部で６つのリーディングフレームで走査して、Ｅｓｐｏｓｔｉら（Ｃｒｉｔｉｃａｌ  ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｙｄｒｏｐａｔｈｙ  ｏｆ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ（１９９０）Ｅｕｒ
Ｊ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９０：２０７−２１９）の統計学的な研究に基づくアルゴニズムを用いて、疎水性ドメインの存在を予測した。これらのドメインは、潜在的な膜貫通領域または疎水性リーダー配列を表す。
【０１９６】
オープンリーディングフレームを、プログラムＯＲＦＦＩＮＤＥＲ（ＮＣＢＩ）を使用して、フラグメント化されたヌクレオチド配列から予測した。
【０１９７】
下線を付したアミノ酸配列は、ＰＳＯＲＴアルゴリズム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｓｏｒｔ．ｎｉｂｂ．ａｃ．ｊｐ）によって予測される、ＯＲＦ中の可能な膜貫通ドメインまたはリーダー配列を示す。機能的なドメインもまた、ＭＯＴＩＦＳプログラム（ＧＣＧ  ＷｉｓｃｏｎｓｉｎおよびＰＲＯＳＩＴＥ）を使用して予測した。
【０１９８】
種々の試験を使用して、本実施例で同定されたタンパク質のインビボの免疫原性を評価し得る。例えば、そのタンパク質は、組換え的に発現され得、そしてイムノブロットによって患者の血清をスクリーニングするために使用し得る。タンパク質と患者の血清との間の陽性反応は、この患者が以前に問題のタンパク質に対する免疫応答を引き起こしたことを示す（すなわち、このタンパク質は免疫原である）。この方法はまた、免疫優性タンパク質を同定するために使用され得る。
【０１９９】
この組み換えタンパク質をまた、例えばマウスで抗体を調製するために簡便に使用し得る。タンパク質が細胞表面に局在することの直接的な確認のために、これらを使用し得る。標識された抗体（例えば、ＦＡＣＳのための蛍光標識）をインタクトな細菌とインキュベートし得、そして細菌表面における標識の存在がこのタンパク質の局在を確認する。
【０２００】
特に、以下の方法（Ａ）〜（Ｓ）を使用して、本発明のタンパク質の発現、精製、および生化学的特徴付けを行った。
【０２０１】
（Ａ．染色体ＤＮＡ調製）
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ株２９９６を、１００ｍｌのＧＣ培地中で対数増殖期まで増殖させ、遠心分離によって収集し、そして５ｍｌ緩衝液（２０％スクロース、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、５０ｍＭ  ＥＤＴＡ、ｐＨ８）に再懸濁した。氷上で１０分間インキュベーションした後、その細菌を１０ｍｌ溶解溶液（５０ｍＭ  ＮａＣｌ、１％  Ｎａ−サルコシル、５０μｇ／ｍｌ  プロテイナーゼＫ）の添加によって溶菌し、そしてその懸濁液を３７℃で２時間インキュベートした。２回のフェノール抽出（ｐＨ８に平衡化）および１回のクロロホルム／イソアミルアルコール（２４：１）抽出を行った。ＤＮＡを、０．３Ｍ  酢酸ナトリウムおよび２容量のエタノールの添加によって沈殿させ、そして遠心分離によって収集した。ペレットを、７０％エタノールで１回洗浄し、そして４ｍｌ緩衝液（１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１ｍＭ  ＥＤＴＡ、ｐＨ８）に再溶解した。ＤＮＡ濃度を、２６０ｎｍにおけるＯＤを読みとることによって測定した。
【０２０２】
（Ｂ．オリゴヌクレオチド設計）
合成オリゴヌクレオチドプライマーを、（ａ）利用可能な場合にはｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃｕｓＢ配列、または（ｂ）ｇｏｎｏｃｏｃｃｕｓ／ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃｕｓＡ配列を使用して、必要に応じて、ｍｅｎｉｎｇｏｃｏｃｃｕｓの好ましいコドン使用頻度に適合させて、各々のＯＲＦのコード配列に基づいて設計した。予測されるリーダー配列の直後の下流の５’末端増幅プライマー配列を推定することによって、任意の予測されるシグナルペプチドを除外した。
【０２０３】
５’プライマーは２つの制限酵素部位を含んだ（その遺伝子自体の制限パターンに依存して、ＢａｍＨＩ−ＮｄｅＩ、ＢａｍＨＩ−ＮｈｅＩ、またはＥｃｏＲＩ−ＮｈｅＩ）；３’プライマーは、ＸｈｏＩ制限部位を含んだ。この手順を、各々の増幅産物（各々のＯＲＦに一致する）のクローニングを２つの異なる発現系：ｐＧＥＸ−ＫＧ（ＢａｍＨＩ−ＸｈｏＩまたはＥｃｏＲＩ−ＸｈｏＩのいずれかを使用する）、およびｐＥＴ２１ｂ＋（ＮｄｅＩ−ＸｈｏＩまたはＮｈｅＩ−ＸｈｏＩのいずれかを使用する）に指向させるために確立した。
【０２０４】
５’末端プライマーテイル：ＣＧＣＧＧＡＴＣＣＣＡＴＡＴＧ      （ＢａｍＨＩ−ＮｄｅＩ）
ＣＧＣＧＧＡＴＣＣＧＣＴＡＧＣ      （ＢａｍＨＩ−ＮｈｅＩ）
ＣＣＧＧＡＡＴＴＣＴＡＧＣＴＡＧＣ  （ＥｃｏＲＩ−ＮｈｅＩ）
３’末端プライマーテイル：      ＣＣＣＧＣＴＣＧＡＧ        （ＸｈｏＩ）。
【０２０５】
制限酵素認識配列を含むのと同様に、プライマーは、増幅される配列にハイブリダイズするヌクレオチドを含んだ。ハイブリダイズするヌクレオチドの数は、プライマー全体の融解温度に依存し、そして各々のプライマーについて以下の式を使用して決定した：
Ｔm＝４（Ｇ＋Ｃ）＋２（Ａ＋Ｔ）                                      （テイルを除外）
Ｔm＝６４．９＋０．４１（％ＧＣ）−６００／Ｎ
（プライマー全体）
選択したオリゴの平均融解温度は、オリゴ全体について６５〜７０℃であり、そしてハイブリダイズ領域単独では５０〜５５℃であった。
【０２０６】
表１は、各増幅のために使用される正方向および逆方向のプライマーを示す。Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  ３９４  ＤＮＡ／ＲＮＡ合成機によってオリゴを合成し、２ｍｌのＮＨ4ＯＨ中でカラムから溶出し、そして５６℃での５時間のインキュベートにより脱保護した。このオリゴを０．３Ｍ  酢酸ナトリウムおよび２容量のエタノールの添加によって沈殿させた。次に、このサンプル遠心分離し、そしてそのペレットを１００μｌまたは１ｍｌの水のいずれかに再懸濁した。ＯＤ260を、Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  Ｌａｍｂｄａ  Ｂｉｏ分光光度計を使用して決定し、濃度を決定し、そして２〜１０ｐｍｏｌ／μｌに調整した。
【０２０７】
（Ｃ．増幅）
標準ＰＣＲプロトコールは、以下のとおりである：５０〜２００ｎｇのゲノムＤＮＡを、２０〜４０μＭの各オリゴ、４００〜８００μＭのｄＮＴＰｓ溶液、１×ＰＣＲ緩衝液（１．５ｍＭ  ＭｇＣｌ2を含む）、２．５単位のＴａｑＩ  ＤＮＡポリメラーゼ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  ＡｍｐｌｉＴａｑ、ＧＩＢＣＯ  Ｐｌａｔｉｎｕｍ、Ｐｗｏ  ＤＮＡポリメラーゼ、またはＴａｋａｒａ  Ｓｈｕｚｏ  Ｔａｑポリメラーゼを使用する）の存在下でテンプレートとして使用した。
【０２０８】
いくつかの場合において、ＰＣＲを１０μｌのＤＭＳＯまたは５０μｌの２Ｍベタインの添加によって最適化した。
【０２０９】
ホットスタート（全混合物を９５℃で予め３分間インキュベーションしている間にポリメラーゼを添加する）の後に、各サンプルに二工程増幅を行った：最初の５サイクルを、制限酵素のテールを除く１つのオリゴのハイブリダイゼーション温度を使用して行い、次にオリゴ全長のハイブリダイゼーション温度に従って３０サイクルを行った。このサイクルの次に、７２℃で最後の１０分間の伸長工程を行った。
【０２１０】
標準サイクルは、以下のとおりである：
変性      ハイブリダイゼーション      伸長
最初の５サイクル      ３０秒            ３０秒            ３０〜６０秒
９５℃          ５０〜５５℃          ７２℃
最後の３０サイクル    ３０秒            ３０秒            ３０〜６０秒
９５℃          ６５〜７０℃          ７２℃
伸長時間は、増幅されるＯＲＦの長さに従って変化する。
【０２１１】
増幅を９６００または２４００のいずれかのＰｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ  ＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲシステムを使用して行った。結果を確認するために、増幅容量の１／１０を１〜１．５％アガロースゲルにロードし、そして各増幅フラグメントのサイズをＤＮＡ分子量マーカーと比較した。
【０２１２】
増幅したＤＮＡを、１％アガロースゲルに直接ロードしたか、またはまずエタノール沈殿し、そして適切な容量に再懸濁し、１％アガロースゲルにロードした。次に、正確なサイズのバンドに対応するＤＮＡフラグメントを、Ｑｉａｇｅｎ
Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  Ｋｉｔを使用し、製造業者の指示に従い、ゲルから溶出して精製した。ＤＮＡフラグメントの最終容量は、水または１０ｍＭ
Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．５の、３０μｌまたは５０μｌのいずれかであった。
【０２１３】
（Ｄ．ＰＣＲフラグメントの切断）
増幅フラグメントに対応する精製ＤＮＡを２つのアリコートに分け、そして以下を用いて二重に消化した：
−ｐＥＴ−２１ｂ＋へのクローニングおよびＣ末端Ｈｉｓ−タグ融合物としてのタンパク質のさらなる発現のためのＮｄｅＩ／ＸｈｏＩまたはＮｈｅＩ／ＸｈｏＩ
−ｐＧＥＸ−ＫＧへのクローニングおよびＮ末端ＧＳＴ融合物としてのタンパク質のさらなる発現のためのＢａｍＨＩ／ＸｈｏＩまたはＥｃｏＲＩ／ＸｈｏＩ
−ｐＧｅｘ−ＨｉｓへのクローニングおよびＮ末端Ｈｉｓ−タグ融合物としてのタンパク質のさらなる発現のためのＥｃｏＲＩ／ＰｓｔＩ、ＥｃｏＲＩ／ＳａｌＩ、ＳａｌＩ／ＰｓｔＩ。
【０２１４】
各精製ＤＮＡフラグメントを、各制限酵素（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ）２０単位を用い、適切な緩衝液の存在下の３０または４０μｌのいずれかの最終容量中で、インキュベートした（３７℃で３時間〜オーバーナイト）。次に、消化産物をＱＩＡｑｕｉｃｋ  ＰＣＲ精製キットを使用して、製造業者の指示に従い、精製し、そして、水または１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．５）のいずれかの３０または５０μｌの最終容量中で溶出した。最終ＤＮＡ濃度を、適定した分子量マーカーの存在下での１％アガロースゲル電気泳動によって決定した。
【０２１５】
（Ｅ）クローニングベクター（ｐＥＴ２２Ｂ、ｐＧＥＸ−ＫＧ、ｐＴＲＣ−ＨｉｓＡ、およびｐＧｅｘ−Ｈｉｓ）の消化）
１０μｇのプラスミドを、適切な緩衝液の存在下で、２００μｌの反応容量中で、５０単位の各制限酵素を用いて、３７℃で一晩のインキュベーションで２重に消化した。消化物全体を１％アガロースゲルにロードした後に、消化したベクターに対応するバンドを、Ｑｉａｇｅｎ  ＱＩＡｑｕｉｃｋ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  Ｋｉｔを使用してゲルから精製し、そのＤＮＡを５０μｌの１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．５）中に溶出した。ＤＮＡ濃度をサンプルのＯＤ260を測定することにより評価し、そして５０μｇ／μｌに調整した。１μｌのプラスミドを、各クローニング手順に使用した。
【０２１６】
ベクターｐＧＥＸ−Ｈｉｓは、トロンビン切断部位の上流に６つのヒスチジン残基をコードする領域を有し、ベクターｐＴＲＣ９９（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）の多重クローニング部位を含有する改変したｐＧＥＸ−２Ｔベクターである。
【０２１７】
（Ｆ）クローニング）
以前に消化して精製した各ＯＲＦに対応するフラグメントを、ｐＥＴ２２ｂおよびｐＧＥＸ−ＫＧの両方にライゲーションした。最終容量２０μｌ中で、分子比３：１のフラグメント／ベクターを、０．５μｌのＮＥＢ  Ｔ４  ＤＮＡリガーゼ（４００単位／μｌ）を使用して、製造業者から供給された緩衝液の存在下でライゲーションした。この反応物を、室温で３時間、インキュベートした。いくつかの実験において、ライゲーションを、Ｂｏｈｅｒｉｎｇｅｒの「Ｒａｐｉｄ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ」を使用して、製造業者の指示に従い、行った。
【０２１８】
適切な株に組換えプラスミドを導入するために、１００μｌのＥ．ｃｏｌｉ  ＤＨ５コンピテント細胞を、リガーゼ反応溶液とともに、４０分間氷上でインキュベートし、次に、３７℃で３分間インキュベートし、次に、８００μｌのＬＢブロスを添加した後、再度３７℃で２０分間インキュベートした。次に細胞を、Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆの微量遠心機において最大速度で遠心分離し、そして約２００μｌの上清に再懸濁した。次に、その懸濁物をＬＢアンピシリン（１００ｍｇ／ｍｌ）上にプレーティングした。
【０２１９】
組換えクローンのスクリーニングを、無作為に選択した５つのコロニーを、１００μｇ／ｍｌのアンピシリンを加えた２ｍｌ（ｐＧＥＸまたはｐＴＣクローン）または５ｍｌ（ｐＥＴクローン）のＬＢブロスのいずれかにおいて３７℃で一晩増殖させて、行った。次に、細胞をペレットにして、Ｑｉａｇｅｎ  ＱＩＡｐｒｅｐ  Ｓｐｉｎ  Ｍｉｎｉｐｒｅｐ  Ｋｉｔを使用し、製造業者の指示に従い、ＤＮＡを最終容量３０μｌに抽出した。各々個々のミニプレップ（約１ｇ）の５μｌを、ＮｄｅＩ／ＸｈｏＩまたはＢａｍＨＩ／ＸｈｏＩのいずれかを用いて消化し、そして全消化物を、１〜１．５％アガロースゲル（予想インサートのサイズに依存する）に、分子量マーカー（１Ｋｂ  ＤＮＡ  Ｌａｄｄｅｒ、ＧＩＢＣＯ）と並行してロードした。陽性クローンのスクリーニングを、正確なインサートのサイズに基づいて行った。
【０２２０】
（Ｇ）発現）
発現ベクターにクローニングした各ＯＲＦを、組換えタンパク質産物の発現に適切な株に形質転換した。各構築物の１μｌを使用して、３０μｌのＥ．ｃｏｌｉ  ＢＬ２１（ｐＧＥＸベクター）、Ｅ．ｃｏｌｉ  ＴＯＰ１０（ｐＴＲＣベクター）またはＥ．ｃｏｌｉ  ＢＬ２１−ＤＥ３（ｐＥＴベクター）を、上記のように形質転換した。ｐＧＥＸ−Ｈｉｓベクターの場合、同一のＥ．ｃｏｌｉ株（Ｗ３１１０）を初期のクローニングおよび発現のために使用した。単一の組換えコロニーを２ｍｌのＬＢおよびアンピシリン（１００μｇ／ｍｌ）に接種し、３７℃で一晩インキュベートし、次に、１００ｍｌのフラスコ中で２０ｍｌのＬＢおよびアンピシリン（１００μｇ／ｍｌ）中に１：３０で希釈した（ＯＤ600の範囲が０．１〜０．１５の間であることを確認する）。このフラスコをＯＤが発現の誘導に適切な指数増殖期を示すまで（ｐＥＴおよびｐＴＲＣベクターについて、０．４〜０．８  ＯＤ；ｐＧＥＸおよびｐＧＥＸ−Ｈｉｓベクターについて０．８〜１  ＯＤ）、回転型水浴振とう機中で３０℃でインキュベートした。ｐＥＴ、ｐＴＲＣおよびｐＧＥＸ−Ｈｉｓベクターについて、タンパク質の発現を１ｍＭ  ＩＰＴＧの添加によって誘導し、一方、ｐＧＥＸ系の場合、ＩＰＴＧの最終濃度は、０．２ｍＭであった。３０℃での３時間のインキュベーションの後、サンプルの最終濃度を、ＯＤによって確認した。発現を確認するために、１ｍｌの各サンプルを取り出し、微量遠心機で遠心分離し、ペレットをＰＢＳ中で再懸濁し、そしてクマシーブルー染色を用いる１２％  ＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析した。全サンプルを６０００ｇで遠心分離し、そしてペレットをさらなる使用のためにＰＢＳ中に再懸濁した。
【０２２１】
（Ｈ）ＧＳＴ融合タンパク質の大規模精製）
単一のコロニーをＬＢおよびアンピシリンアガープレート上で３７℃で一晩増殖させた。細菌を、水浴振とう機中の２０ｍｌのＬＢおよびアンピシリン液体培養物中に接種し、一晩増殖させた。細菌を、６００ｍｌの新鮮な培地中に１：３０に希釈し、最適な温度（２０〜３７℃）でＯＤ550０．８〜１まで増殖させた。タンパク質の発現を０．２ｍＭのＩＰＴＧを用いて誘導し、続いて、３時間インキュベートした。培養物を８０００ｒｐｍで４℃で遠心分離した。上清を捨て、細菌のペレットを７．５ｍｌの冷ＰＢＳ中に懸濁した。この細胞を、Ｂｒａｎｓｏｎ  ｓｏｎｉｆｉｅｒ  Ｂ−１５を使用し、氷上で、３０秒間、４０Ｗで超音波処理して、破砕し、２回凍結融解して、再度遠心分離した。この上清を回収し、１５０μｌのグルタチオン−Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ４Ｂ樹脂（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）（前もってＰＢＳで洗浄）と混合し、室温で３０分間インキュベートした。このサンプルを７００ｇで５分間４℃で遠心分離した。この樹脂を１０ｍｌの冷ＰＢＳを用いて、１０分間、２回洗浄し、１ｍｌの冷ＰＢＳに再懸濁し、そして使い捨てカラムにロードした。この樹脂をフロースルーが０．０２〜０．０６のＯＤ280に到達するまで２ｍｌの冷ＰＢＳで２回洗浄した。ＧＳＴ融合タンパク質を、７００μｌの冷グルタチオン溶出緩衝液（１０ｍＭ  還元グルタチオン、５０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ）の添加によって溶出し、そして画分をＯＤ280が０．１になるまで回収した。各画分の２１μｌを、Ｂｉｏｒａｄ  ＳＤＳ−ＰＡＧＥ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｗｅｉｇｈｔ  ｓｔａｎｄａｒｄ  ｂｒｏａｄ
ｒａｎｇｅ（Ｍ１）（２００、１１６．２５、９７．４、６６．２、４５、３１、２１．５、１４．４、６．５ｋＤａ）またはＡｍｅｒｓｈａｍ  Ｒａｉｎｂｏｗ  Ｍａｒｋｅｒ（Ｍ２）（２２０、６６、４６、３０、２１．５、１４．３ｋＤａ）のいずれかを標準として使用する１２％ＳＤＳゲル上にロードした。ＧＳＴの分子量が２６ｋＤａなので、この値を各ＧＳＴ融合タンパク質の分子量に添加しなければならない。
【０２２２】
（Ｉ）Ｈｉｓ−融合物の溶解度分析）
Ｈｉｓ融合発現産物の溶解度を分析するために、３ｍｌ培養物のペレットを、緩衝液Ｍ１［５００μｌ  ＰＢＳ  ｐＨ７．２］中に再懸濁した。２５μｌのリゾチーム（１０ｍｇ／ｍｌ）を添加し、細菌を１５分間、４℃でインキュベートした。このペレットを、Ｂｒａｎｓｏｎ  ｓｏｎｉｆｉｅｒ  Ｂ−１５を使用し、４０Ｗで３０秒間、超音波処理して、２回凍結融解して、次いで再度、遠心分離工程によってペレットと上清に分離した。この上清を回収し、そしてこのペレットを緩衝液Ｍ２［８Ｍ  尿素、０．５Ｍ  ＮａＣｌ、２０ｍＭ  イミダゾールおよび０．１Ｍ  ＮａＨ2ＰＯ4］に再懸濁し、４℃で３〜４時間、インキュベートした。遠心分離の後、上清を回収し、そしてペレットを緩衝液Ｍ３［６Ｍ  グアニジニウム−ＨＣｌ、０．５Ｍ  ＮａＣｌ、２０ｍＭ  イミダゾールおよび０．１Ｍ  ＮａＨ2ＰＯ4］に４℃、一晩再懸濁した。全工程からの上清を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥで分析した。
【０２２３】
（Ｊ）Ｈｉｓ−融合物の大規模精製）
単一のコロニーをＬＢおよびアンピシリンアガープレート上で３７℃で一晩増殖させた。細菌を、２０ｍｌのＬＢおよびアンピシリン液体培養物中に接種し、水浴振とう機中で一晩インキュベートした。細菌を、６００ｍｌの新鮮な培地中に１：３０に希釈し、最適な温度（２０〜３７℃）でＯＤ550が０．６〜０．８まで増殖させた。タンパク質の発現を１ｍＭのＩＰＴＧの添加によって誘導し、そして、培養物をさらに３時間インキュベートした。培養物を４℃で８０００ｒｐｍ、遠心分離した。上清を捨て、細菌のペレットを７．５ｍｌの（ｉ）可溶性タンパク質について冷緩衝液Ａ（３００ｍＭ  ＮａＣｌ、５０ｍＭ  リン酸緩衝液、１０ｍＭ  イミダゾール、ｐＨ８）、または（ｉｉ）不溶性タンパク質について緩衝液Ｂ（尿素８Ｍ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１００ｍＭ  リン酸緩衝液、ｐＨ８．８）中に懸濁した。
【０２２４】
この細胞を、Ｂｒａｎｓｏｎ  ｓｏｎｉｆｉｅｒ  Ｂ−１５を使用し、氷上で、３０秒間、４０Ｗで超音波処理して、破砕し、２回凍結融解して、そして再度遠心分離した。
【０２２５】
不溶性タンパク質について、上清を−２０℃に保存し、一方、ペレットを２ｍｌの緩衝液Ｃ（６Ｍ  塩酸グアニジン、１００ｍＭ  リン酸緩衝液、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ―ＨＣｌ、ｐＨ７．５）に再懸濁し、そしてホモジナイザーで１０サイクル処理した。この産物を１３０００ｒｐｍで４０分間遠心分離した。
【０２２６】
上清を回収し、１５０μｌのＮｉ2+−樹脂（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）（適切なように、緩衝液Ａまたは緩衝液Ｂのいずれかで前もって洗浄する）と混合し、３０分間、穏やかな撹拌をしながら、室温でインキュベートした。このサンプルを４℃で５分間、７００ｇで遠心分離した。この樹脂を１０ｍｌの緩衝液ＡまたはＢを用いて１０分間、２回洗浄し、１ｍｌの緩衝液ＡまたはＢ中に再懸濁し、使い捨てカラムにロードした。この樹脂を、（ｉ）２ｍｌの冷緩衝液Ａを用いて４℃で、または（ｉｉ）２ｍｌの緩衝液Ｂを用いて室温でのいずれかで、フロースルーが０．０２〜０．０６のＯＤ280に達するまで洗浄した。
【０２２７】
この樹脂を、（ｉ）２ｍｌの冷２０ｍＭのイミダゾール緩衝液（３００ｍＭ  ＮａＣｌ、５０ｍＭ  リン酸緩衝液、２０ｍＭ  イミダゾール、ｐＨ８）、または（ｉｉ）緩衝液Ｄ（尿素８Ｍ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１００ｍＭ  リン酸緩衝液、ｐＨ６．３）のいずれかで、フロースルーが０．０２〜０．０６のＯＤ280に達するまで洗浄した。このＨｉｓ−融合タンパク質を、７００μｌの（ｉ）冷溶出緩衝液Ａ（３００ｍＭ  ＮａＣｌ、５０ｍＭ  リン酸緩衝液、２５０ｍＭ  イミダゾール、ｐＨ８）、または（ｉｉ）溶出緩衝液Ｂ（尿素８Ｍ、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１００ｍＭ  リン酸緩衝液、ｐＨ４．５）のいずれかの添加によって溶出し、ＯＤ280が０．１になるまで、画分を回収した。２１μｌの各画分を、１２％ＳＤＳゲルにロードした。
【０２２８】
（Ｋ）Ｈｉｓ−融合タンパク質の再生）
１０％グリセロールを、変性タンパク質に添加した。次にこのタンパク質を透析緩衝液Ｉ（１０％グリセロール、０．５Ｍ  アルギニン、５０ｍＭ  リン酸緩衝液、５ｍＭ  還元型グルタチオン、０．５ｍＭ  酸化型グルタチオン、２Ｍ  尿素、ｐＨ８．８）を使用して２０μｇ／ｍｌまで希釈し、同じ緩衝液に対して、４℃で１２〜１４時間透析した。このタンパク質をさらに透析緩衝液ＩＩ（１０％グリセロール、０．５Ｍ  アルギニン、５０ｍＭ  リン酸緩衝液、５ｍＭ  還元型グルタチオン、０．５ｍＭ  酸化型グルタチオン、ｐＨ８．８）に対して４℃で１２〜１４時間透析した。タンパク質濃度を、以下の式を用いて推定した：
タンパク質（ｍｇ／ｍｌ）＝（１．５５×ＯＤ280）−（０．７６×ＯＤ260）。
【０２２９】
（Ｌ）Ｈｉｓ−融合物の大規模精製）
５００ｍｌの細菌培養物を誘導し、そして融合タンパク質を、上記の手順を使用して、緩衝液Ｍ１、Ｍ２またはＭ３中で可溶化した。細菌の粗抽出物を、この融合タンパク質の可溶化緩衝液に依存して、緩衝液Ｍ１、Ｍ２またはＭ３を用いて平衡化したＮｉ−ＮＴＡスーパーフローカラム（Ｑｉａｇｅｎ）上にロードした。結合しない物質を、カラムを同一の緩衝液で洗浄することにより溶出した。対応する５００ｍＭのイミダゾールを含有する緩衝液を用いて、特異的なタンパク質を溶出し、イミダゾールを含有しない対応する緩衝液に対して、透析した。各操作の後、このカラムを、少なくとも２カラム容量の０．５Ｍ  水酸化ナトリウムを用いて洗浄することにより、消毒し、次の使用の前に再度平衡化した。
【０２３０】
（Ｍ）マウスの免疫化）
２０μｇの各精製タンパク質を使用して、マウスの腹腔内で免疫した。ＯＲＦ４４の場合、ＣＤ１マウスを、Ａｌ（ＯＨ）3をアジュバントとして用いて、１、２１および４２日目に免疫し、そして５６日目に採取したサンプルにおける免疫応答をモニターした。ＯＲＦ４０について、ＣＤ１マウスを、ＡＬ（ＯＨ）3ではなくフロイントアジュバントを用いて免疫し、そして免疫応答を５６日目ではなく４２日目に測定したことを除いて、同一の免疫プロトコールを使用した。同様に、ＯＲＦ３８について、ＣＤ１マウスをフロイントアジュバントを用いて免疫したが、免疫応答を４９日目に測定した。
【０２３１】
（Ｎ）ＥＬＩＳＡアッセイ（血清分析））
無莢膜のＭｅｎＢ  Ｍ７株を、チョコレートアガープレート上にプレートし、３７℃でオーバーナイトでインキュベートした。細菌のコロニーをアガープレートから滅菌ドラコン（ｄｒａｃｏｎ）スワブを使用して回収し、０．２５％グルコースを含有する７ｍｌのＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎブロス（Ｄｉｆｃｏ）中に接種した。細菌の増殖を３０分毎に、ＯＤ620を追跡することによりモニターした。細菌をＯＤが０．３〜０．４の値に達するまで増殖させた。培養物を１０分間１００００ｒｐｍで遠心分離した。上清を捨て、細菌をＰＢＳで１回洗浄し、０．０２５％のホルムアルデヒドを含有するＰＢＳ中に再懸濁し、室温で２時間インキュベートし、次に４℃でオーバーナイトで攪拌しながらインキュベートした。１００μｌの細菌細胞を、９６ウェルＧｒｅｉｎｅｒプレートの各ウェルに添加し、そして４℃でオーバーナイトでインキュベートした。次にそのウェルをＰＢＴ洗浄緩衝液（ＰＢＳ中の０．１％  Ｔｗｅｅｎ−２０）を用いて３回洗浄した。２００μｌの飽和緩衝液（水中に２．７％のポリビニルピロリドン  １０）を各ウェルに添加し、そしてプレートを３７℃で２時間インキュベートした。ウェルをＰＢＴで３回洗浄した。２００μｌの希釈血清（希釈緩衝液：ＰＢＳ中に１％  ＢＳＡ、０．１％  Ｔｗｅｅｎ−２０、０．１％  ＮａＮ3）を各ウェルに添加し、そしてそのプレートを３７℃で９０分間インキュベートした。ウェルをＰＢＴで３回洗浄した。希釈緩衝液中に１：２０００に希釈した１００μｌのＨＲＰ−結合体化ウサギ抗マウス（Ｄａｋｏ）血清を、各ウェルに添加し、そのプレートを３７℃で９０分間インキュベートした。ウェルを、ＰＢＴ緩衝液で３回洗浄した。１００μｌのＨＲＰのための基質緩衝液（２５ｍｌのクエン酸緩衝液、ｐＨ５、１０ｍｇのＯ−フェニルジアミンおよび１０μｌのＨ2Ｏ）を各ウェルに添加し、このプレートを室温に２０分間放置した。１００μｌのＨ2ＳＯ4を各ウェルに添加し、ＯＤ490を追跡した。ＯＤ490が対応する免疫前血清の２．５倍である場合、ＥＬＩＳＡが陽性であると考慮した。
【０２３２】
（Ｏ）ＦＡＣＳｃａｎ細菌結合アッセイ手順）
無莢膜ＭｅｎＢ  Ｍ７株をチョコレートアガープレートにプレートし、３７℃でオーバーナイトでインキュベートした。細菌のコロニーをアガープレートから滅菌ドラコン（ｄｒａｃｏｎ）スワブを使用して回収し、０．２５％グルコースを含有する各々８ｍｌのＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎブロス（Ｄｉｆｃｏ）を含む４本のチューブに中に接種した。細菌の増殖を３０分毎に、ＯＤ620を追跡することによりモニターした。細菌を、ＯＤが０．３５〜０．５の値に達するまで増殖させた。培養物を１０分間４０００ｒｐｍで遠心分離した。上清を捨て、ペレットをブロッキング緩衝液（１％  ＢＳＡ、０．４％  ＮａＮ3）中に再懸濁し、５分間４０００ｒｐｍで遠心分離した。細胞をＯＤ620が０．０７に達するようにブロッキング緩衝液に再懸濁した。１００μｌの細菌細胞を、Ｃｏｓｔｅｒ９６ウェルプレートの各ウェルに添加した。１００μｌの希釈（１：２００）血清（ブロッキング緩衝液中）を各ウェルに添加し、そしてそのプレートを４℃で２時間インキュベートした。細胞を５分間４０００ｒｐｍで遠心分離し、その上清を吸引し、各ウェルに２００μｌ／ウェルのブロッキング緩衝液を添加することにより、細胞を洗浄した。１００μｌのＲ−フィコエリトリン結合体化Ｆ（ａｂ）2ヤギ抗マウス（１：１００希釈）を各ウェルに添加し、そしてプレートを１時間４℃でインキュベートした。細胞を、４０００ｒｐｍ５分間の遠心分離によって遠心沈殿し、２００μｌ／ウェルのブロッキング緩衝液を添加することにより、洗浄した。その上清を吸引し、そして細胞を２００μｌ／ウェルのＰＢＳ、０．２５％のホルムアルデヒドに再懸濁した。そのサンプルをＦＡＣＳｃａｎチューブに移して、読み取った。ＦＡＣＳｃａｎ設定の条件は、以下のとおりである：ＦＬ１  オン、ＦＬ２およびＦＬ３  オフ；ＦＳＣ−Ｈ閾値：９２；ＦＳＣ  ＰＭＴ電圧：Ｅ  ０２；ＳＳＣ  ＰＭＴ：４７４；増幅利得  ７．１：ＦＬ−２  ＰＭＴ：５３９；補償値：０。
【０２３３】
（Ｐ）ＯＭＶ調製）
細菌を５ＧＣプレート上でオーバーナイトで増殖させ、白金耳を用いて採取し、そして１０ｍｌの２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌに再懸濁した。５６℃、３０分間の熱不活化を行い、そして細菌を１０分間氷上で超音波処理することにより破壊した（５０％  衝撃係数、５０％  出力）。未破壊細胞を５０００ｇ、１０分間の遠心分離によって除去し、そして全細胞エンベロープ画分を５００００ｇ、４℃、７５分間の遠心分離によって回収した。細胞質膜タンパク質を粗外膜から抽出するために、全画分を２％サルコシル（Ｓｉｇｍａ）中に再懸濁し、そして室温で２０分間インキュベートした。この懸濁液を、１００００ｇで１０分間遠心し、凝集物を除去し、そしてこの上清をさらに５００００ｇで７５分間、超遠心分離して、外膜をペレット化した。この外膜を、１０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）に再懸濁し、そしてそのタンパク質濃度をＢｉｏ−Ｒａｄ  Ｐｒｏｔｅｉｎアッセイによって、ＢＳＡを標準として用いて測定した。
【０２３４】
（Ｑ）全抽出物の調製）
細菌をＧＣプレート上でオーバーナイトで増殖させ、白金耳を用いて採取し、そして１ｍｌの２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌに再懸濁した。５６℃、３０分の熱不活化を行った。
【０２３５】
（Ｒ）ウェスタンブロッティング）
ＭｅｎＢ株２９９６由来の精製タンパク質（５００ｎｇ／レーン）、外膜ベシクル（５μｇ）および全細胞抽出物（２５μｇ）を、１５％ＳＤＳ−ＰＡＧＥ上にロードし、ニトロセルロース膜上に転写した。この転写を、２時間、１５０ｍＡ、４℃、転写緩衝液中（０．３％  Ｔｒｉｓ塩基、１．４４％  グリシン、２０％  メタノール）で行った。この膜を飽和緩衝液（ＰＢＳ中の１０％  スキムミルク、０．１％  Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ１００）中での４℃のオーバーナイトのインキュベートにより飽和させた。この膜を洗浄緩衝液（ＰＢＳ中の３％  スキムミルク、０．１％  Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ１００）を用いて２回洗浄し、洗浄緩衝液中に１：２００に希釈したマウス血清とともに、２時間３７℃でインキュベートした。この膜を２回洗浄し、１：２０００希釈の西洋わさびペルオキシダーゼ標識化抗マウスＩｇとともに９０分間インキュベートした。この膜をＰＢＳ中の０．１％  Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ１００を用いて２回洗浄し、Ｏｐｔｉ−４ＣＮ基質キット（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を用いて、発色させた。この反応を水を添加して停止した。
【０２３６】
（Ｓ）殺菌性アッセイ）
ＭＣ５８株をチョコレートアガープレート上で、３７℃でオーバーナイトで増殖させた。５〜７のコロニーを回収し、そして７ｍｌのＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎブロスに接種するために使用した。この懸濁液を、旋回装置上で３７℃でインキュベートし、ＯＤ620が０．５〜０．８になるまで増殖させた。この培養物を滅菌１．５ｍｌエッペンドルフチューブに等分し、微量遠心機中で最大速度で２０分間遠心分離した。このペレットをＧｅｙ緩衝液（Ｇｉｂｃｏ）中で１回洗浄し、そして同一の緩衝液中でＯＤ620を０．５に再懸濁し、Ｇｅｙ緩衝液中に１：２００００に希釈し、２５℃で保存した。
【０２３７】
５０μｌのＧｅｙ緩衝液／１％  ＢＳＡを９６ウェル組織培養プレートの各ウェルに添加した。２５μｌの希釈マウス血清（Ｇｅｙ緩衝液／０．２％  ＢＳＡ中に１：１００）を各ウェルに添加し、そのプレートを４℃でインキュベートした。上記記載の細菌懸濁液の２５μｌを各ウェルに添加した。熱不活化（５６℃水浴中に３０分）または正常乳児ウサギ補体のいずれかの２５μｌを各ウェルに添加した。乳児ウサギ補体の添加の直後に、１ウェルあたり２２μｌの各サンプルをＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎアガープレート上にプレートした（時間０）。この９６ウェルプレートを１時間３７℃で回転しながらインキュベートし、次に、１ウェルあたり２２μｌの各サンプルをＭｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎアガープレート上にプレートした（時間１）。オーバーナイトのインキュベートの後、時間０および時間１に対応するコロニーを計数した。
【０２３８】
表２は、クローニング、発現および精製結果の概要を示す。
【０２３９】
（実施例１）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定された（配列番号１）：
【０２４０】
【化１】
0004399112.tif 000002
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２；ＯＲＦ４０）に対応する：
【０２４１】
【化２】
0004399112.tif 000003
さらなる研究は、以下の完全ＤＮＡ配列を明らかにした（配列番号３）
【０２４２】
【化３】
0004399112.tif 000004
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４；ＯＲＦ４０−１）に対応する：
【０２４３】
【化４】
0004399112.tif 000005
さらなる研究は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株における対応遺伝子を同定した(配列番号５)：
【０２４４】
【化５】
0004399112.tif 000006
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６；ＯＲＦ４０ａ）を有するタンパク質をコードする：
【０２４５】
【化６】
0004399112.tif 000007
初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ４０）は、ＯＲＦ４０ａとの２５４アミノ酸重複にわたって６５．７％の同一性を示す：
【０２４６】
【化７】
0004399112.tif 000008
系統Ｂ完全配列（ＯＲＦ４０−１）およびＯＲＦ４０ａは、６０１アミノ酸重複において８３．７％の同一性を示す：
【０２４７】
【化８】
0004399112.tif 000009
これらのアミノ酸配列のコンピューター解析は、以下の結果を与えた。
【０２４８】
（Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ（受託番号Ｕ４１８５２）のｂ型表面筋原繊維遺伝子座によりコードされるＨｓｆタンパク質との相同性）
ＯＲＦ４０およびＨｓｆタンパク質は、２５１アミノ酸重複において５４％のアミノ酸同一性を示す：
【０２４９】
【化９】
0004399112.tif 000010
ＯＲＦ４０ａはまた、Ｈｓｆに対しても相同性を示す：
【０２５０】
【化１０】
0004399112.tif 000011
Ｈｓｆとの相同性に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質、ならびにそれらのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のための有用な抗原になり得ることが予測された。
【０２５１】
ＯＲＦ４０−１（６１ｋＤａ）を上記のように、ｐＥＴベクターおよびｐＧｅｘベクターにクローン化し、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて発現させた。タンパク質発現および精製の産物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図１ＡはＨｉｓ融合タンパク質のアフィニティ−精製の結果を示し、そして図１ＢはＥ．ｃｏｌｉにおけるＧＳＴ融合体の発現の結果を示す。精製Ｈｉｓ融合タンパク質を使用してマウスを免疫し、その血清をＦＡＣＳ分析のため（図１Ｃ）、殺菌性アッセイのため（図１Ｄ）およびＥＬＩＳＡのため（陽性結果）に使用した。これらの実験は、ＯＲＦ４０−１が表面露出タンパク質であり、そして有用な免疫原であることを確認する。
【０２５２】
図１Ｅは、ＯＲＦ４０−１についての親水性、抗原性指標、およびＡＭＰＨＩ領域のプロットを示す。
【０２５３】
（実施例２）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された（配列番号７）：
【０２５４】
【化１１】
0004399112.tif 000012
これは、アミノ酸配列（配列番号８；ＯＲＦ３８）に対応する：
【０２５５】
【化１２】
0004399112.tif 000013
さらなる研究が、完全ヌクレオチド配列（配列番号９）を明らかにした：
【０２５６】
【化１３】
0004399112.tif 000014
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１０；ＯＲＦ３８−１）に対応する：
【０２５７】
【化１４】
0004399112.tif 000015
このアミノ酸配列のコンピューター解析が、推定の原核生物膜リポタンパク質の脂質付着部位（下線）を明らかにする。
【０２５８】
さらなる研究は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統における対応遺伝子を同定した（配列番号１１）：
【０２５９】
【化１５】
0004399112.tif 000016
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１２；ＯＲＦ３８ａ）を有するタンパク質をコードする：
【０２６０】
【化１６】
0004399112.tif 000017
初めに同定されたＢ系統部分配列（ＯＲＦ３８）は、ＯＲＦ３８ａとの１６５アミノ酸重複にわたって９５．２％の同一性を示す：
【０２６１】
【化１７】
0004399112.tif 000018
Ｂ系統完全配列（ＯＲＦ３８−１）およびＯＲＦ３８ａは３２１アミノ酸の重複内で９８．４％の同一性を示す：
【０２６２】
【化１８】
0004399112.tif 000019
これらのアミノ酸配列のコンピューター解析は、以下の結果を与えた。
【０２６３】
（Ｃ．ｊｅｊｕｎｉ（受託番号Ｘ８２４２７）のリポタンパク質（リポ）との相同性）
ＯＲＦ３８およびリポは、９６アミノ酸の重複内で３８％のアミノ酸同一性を示す：
【０２６４】
【化１９】
0004399112.tif 000020
この解析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質、ならびにそのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のための有用な抗原になり得ることが予測された。
【０２６５】
ＯＲＦ３８−１（３２ｋＤａ）を上記のように、ｐＥＴベクターおよびｐＧｅｘベクターにクローン化し、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて発現させた。タンパク質発現および精製の産物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図２ＡはＨｉｓ融合タンパク質のアフィニティ−精製の結果を示し、そして図２ＢはＥ．ｃｏｌｉにおけるＧＳＴ融合体の発現の結果を示す。精製Ｈｉｓ融合タンパク質を使用してマウスを免疫し、その血清をウェスタンブロット分析のため（図２Ｃ）、およびＦＡＣＳ分析のため（図２Ｄ）に使用した。これらの実験は、ＯＲＦ３８−１が表面露出タンパク質であり、そして有用な免疫原であることを確認する。
【０２６６】
図２Ｅは、ＯＲＦ３８−１についての親水性、抗原性指標、およびＡＭＰＨＩ領域のプロットを示す。
【０２６７】
（実施例３）
以下のＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓＤＮＡ配列が、同定された（配列番号１３）：
【０２６８】
【化２０】
0004399112.tif 000021
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１４；ＯＲＦ４４）に対応する：
【０２６９】
【化２１】
0004399112.tif 000022
このアミノ酸配列のコンピューター解析が、下線で示したリーダーペプチドを推定した。
【０２７０】
さらなる研究は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統における対応遺伝子を同定した（配列番号１５）：
【０２７１】
【化２２】
0004399112.tif 000023
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１６；ＯＲＦ４４ａ）を有するタンパク質をコードする：
【０２７２】
【化２３】
0004399112.tif 000024
Ｂ系統の配列（ＯＲＦ４４）は、ＯＲＦ４４ａとの１２４アミノ酸の重複にわたって９９．２％の同一性を示す：
【０２７３】
【化２４】
0004399112.tif 000025
コンピューター分析は、以下の結果を与えた：
（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ  ｃｏｒｒｏｄｅｎｓのＬｅｃＡ付着因子（受託番号Ｄ７８１５３）との相同性）
ＯＲＦ４４およびＬｅｃＡタンパク質は、９１アミノ酸の重複内で４５％のアミノ酸同一性を示す：
【０２７４】
【化２５】
0004399112.tif 000026
付着因子との相同性に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質、ならびにそのエピトープは、ワクチンもしくは診断薬のための有用な抗原になり得ることが予測された。
【０２７５】
ＯＲＦ４４−１（１１．２ｋＤａ）を上記のように、ｐＥＴベクターおよびｐＧｅｘベクターにクローン化し、Ｅ．ｃｏｌｉにおいて発現させた。タンパク質発現および精製の産物を、ＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析した。図３ＡはＨｉｓ融合タンパク質のアフィニティ−精製の結果を示し、そして図３ＢはＥ．ｃｏｌｉにおけるＧＳＴ融合体の発現の結果を示す。精製Ｈｉｓ融合タンパク質を使用してマウスを免疫し、その血清をＥＬＩＳＡのために使用し、陽性の結果を得、そして殺菌性アッセイのため（図３Ｃ）に使用した。これらの実験は、ＯＲＦ４４−１が表面露出タンパク質であり、そして有用な免疫原であることを確認する。
【０２７６】
図３Ｄは、ＯＲＦ４４−１についての親水性、抗原性指標、およびＡＭＰＨＩ領域のプロットを示す。
【０２７７】
（実施例４）
以下の部分ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された（配列番号１７）：
【０２７８】
【化２６】
0004399112.tif 000027
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号１８；ＯＲＦ４９）に対応する：
【０２７９】
【化２７】
0004399112.tif 000028
さらなる研究が、完全ヌクレオチド配列（配列番号１９）を明らかにした：
【０２８０】
【化２８】
0004399112.tif 000029
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２０；ＯＲＦ４９−１）に対応する：
【０２８１】
【化２９】
0004399112.tif 000030
コンピューター解析は、膜貫通ドメインを予想し、そしてまたＯＲＦ４９が、公知のタンパク質と有意なアミノ酸相同性を有さないことを示す。しかし、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来の対応するＯＲＦが、同定された：
ＯＲＦ４９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ系統由来のＯＲＦ（ＯＲＦ４９ａ）と、１７３アミノ酸の重複にわたって、８６．１％の同一性を示す：
【０２８２】
【化３０】
0004399112.tif 000031
ＯＲＦ４９−１およびＯＲＦ４９ａは、４５７アミノ酸の重複内で８３．２％の同一性を示す：
【０２８３】
【化３１】
0004399112.tif 000032
完全長ＯＲＦ４９ａのヌクレオチド配列（配列番号２１）は、以下である：
【０２８４】
【化３２】
0004399112.tif 000033
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２２）を有するタンパク質をコードする：
【０２８５】
【化３３】
0004399112.tif 000034
推定膜貫通ドメインの存在に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこれらのタンパク質およびこれらのエピトープは、ワクチンまたは診断のための有用な抗原であり得ることが推定される。
【０２８６】
（実施例５）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓで同定した（配列番号２３）。
【０２８７】
【化３４】
0004399112.tif 000035
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２４；ＯＲＦ５０）に対応する：
【０２８８】
【化３５】
0004399112.tif 000036
コンピューター分析は、２つの膜貫通ドメインを推定し、そしてまたＯＲＦ５０が公知のタンパク質との有意なアミノ酸相同性を有さないことを示す。
【０２８９】
推定膜貫通ドメインの存在に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質、およびそのエピトープがワクチンまたは診断のために有用な抗原であり得ることが推定される。
【０２９０】
（実施例６）
以下の部分配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番号２５）。
【０２９１】
【化３６】
0004399112.tif 000037
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２６；ＯＲＦ３９）に対応する：
【０２９２】
【化３７】
0004399112.tif 000038
さらなる研究は、以下の完全ヌクレオチド配列（配列番号２７）を明らかにした：
【０２９３】
【化３８】
0004399112.tif 000039
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号２８；ＯＲＦ３９−１）に対応する：
【０２９４】
【化３９】
0004399112.tif 000040
このアミノ酸配列のコンピュータ分析は、以下の結果を与えた；
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ３９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ３９ａと１６５アミノ酸重複にわたって１００％の同一性を示す：
【０２９５】
【化４０】
0004399112.tif 000041
ＯＲＦ３９−１およびＯＲＦ３９ａは、以下の７１０アミノ酸重複において９９．４％の同一性を示す：
【０２９６】
【化４１】
0004399112.tif 000042
完全長ＯＲＦ３９ａヌクレオチド配列（配列番号２９）は、以下である：
【０２９７】
【化４２】
0004399112.tif 000043
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号３０）を有するタンパク質をコードする：
【０２９８】
【化４３】
0004399112.tif 000044
ＯＲＦ３９ａは、以下のＡ．ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ由来の細胞溶解素と相同性である：
【０２９９】
【化４４】
0004399112.tif 000045
（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ（寄託番号Ｘ５３９５５）のＨｌｙＢロイコトキシン分泌ＡＴＰ結合タンパク質との相同性）
ＯＲＦ３９およびＨｌｙＢタンパク質は、Ｎ末端およびＣ末端領域でそれぞれ、１６７および５５重複において７１％および６９％のアミノ酸同一性を示す。
【０３００】
【化４５】
0004399112.tif 000046
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびこのエピトープがワクチンまたは診断のために有用な抗原であり得ることが推定される。
【０３０１】
（実施例７）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番号３１）：
【０３０２】
【化４６】
0004399112.tif 000047
これは、以下のアミノ酸配列に対応する（配列番号３２、ＯＲＦ５２）：
【０３０３】
【化４７】
0004399112.tif 000048
さらなる研究は、以下の完全なヌクレオチド配列を明らかにした（配列番号３３）：
【０３０４】
【化４８】
0004399112.tif 000049
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号３４、ＯＲＦ５２−１）に対応する：
【０３０５】
【化４９】
0004399112.tif 000050
このアミノ酸配列のコンピュータ分析は、原核生物膜リポタンパク質脂質付着部位（下線）を推定する。
【０３０６】
ＯＲＦ５２−１（７ｋＤａ）を上記のようにｐＧｅｘベクター中にクローン化し、そしてＥ．ｃｏｌｉ中で発現した。タンパク質の発現および精製の産物をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析した。図４Ａは、ＧＳＴ融合体のアフィニティー精製の結果を示す。図４Ｂは、親水性、抗原性指標、およびＯＲＦ５２−１のＡＭＰＨＩ領域のプロットを示す。
【０３０７】
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のタンパク質およびこのエピトープがワクチンまたは診断のための有用な抗原であり得ることが推測される。
【０３０８】
（実施例８）
以下のＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番号３５）：
【０３０９】
【化５０】
0004399112.tif 000051
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号３６、ＯＲＦ５６）に対応する：
【０３１０】
【化５１】
0004399112.tif 000052
さらなる研究は、以下の完全なヌクレオチド配列（配列番号３７）を明らかにした：
【０３１１】
【化５２】
0004399112.tif 000053
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号３８；ＯＲＦ５６−１）に対応する：
【０３１２】
【化５３】
0004399112.tif 000054
このアミノ酸配列のコンピュータ分析は、リーダーペプチド（下線）を推定し、そしてＯＲＦ５６が膜タンパク質またはペリプラズミック（ｐｅｒｉｐｌａｓｍｉｃ）なタンパク質であり得ることを示唆する。
【０３１３】
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープは、ワクチンまたは診断のための有用な抗原であり得ることが推定される。
【０３１４】
（実施例９）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番号３９）：
【０３１５】
【化５４】
0004399112.tif 000055
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４０；ＯＲＦ６３）に対応する：
【０３１６】
【化５５】
0004399112.tif 000056
このアミノ酸配列のコンピュータ分析は、膜貫通領域を推測する。
【０３１７】
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープがワクチンまたは診断のための有用な抗原であり得ることを推定する。
【０３１８】
（実施例１０）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番号４１）：
【０３１９】
【化５６】
0004399112.tif 000057
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４２；ＯＲＦ６９）に対応する：
【０３２０】
【化５７】
0004399112.tif 000058
このアミノ酸配列のコンピュータ分析は、膜貫通領域を推定する。
【０３２１】
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来の対応ＯＲＦもまた同定された：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ６９は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ６９ａ）と以下の７８アミノ酸重複にわたって９６．２％の同一性を示す：
【０３２２】
【化５８】
0004399112.tif 000059
ＯＲＦ６９ａヌクレオチド配列（配列番号４３）は、以下である：
【０３２３】
【化５９】
0004399112.tif 000060
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４４）を有するタンパク質をコードする：
【０３２４】
【化６０】
0004399112.tif 000061
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープがワクチンまたは診断のために有用な抗原であることが推定される。
【０３２５】
（実施例１１）
以下のＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番号４５）：
【０３２６】
【化６１】
0004399112.tif 000062
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号４６；ＯＲＦ７７）に対応する：
【０３２７】
【化６２】
0004399112.tif 000063
さらなる研究は、完全なヌクレオチド配列（配列番号４７）を明らかにした：
【０３２８】
【化６３】
0004399112.tif 000064
これは、アミノ酸配列（配列番号４８；ＯＲＦ７７−１）に対応する：
【０３２９】
【化６４】
0004399112.tif 000065
アミノ酸配列のコンピュータ分析は、推定リーダー配列およびいくつかの膜貫通ドメインを明らかにする。
【０３３０】
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来の対応ＯＲＦもまた同定した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ７７は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ７７ａ）と以下の１７３アミノ酸重複にわたって９６．５％の同一性を示す：
【０３３１】
【化６５】
0004399112.tif 000066
ＯＲＦ７７−１およびＯＲＦ７７ａは、以下の１８５アミノ酸重複において９６．８％の同一性を示す：
【０３３２】
【化６６】
0004399112.tif 000067
以下のＯＲＦ７７ａ部分ヌクレオチド配列（配列番号４９）を同定した：
【０３３３】
【化６７】
0004399112.tif 000068
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号５０）を有するタンパク質をコードする：
【０３３４】
【化６８】
0004399112.tif 000069
この分析に従って、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープがワクチンまたは診断のための有用な抗原であり得ることが推定される。
【０３３５】
（実施例１２）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番号５１）。
【０３３６】
【化６９】
0004399112.tif 000070
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号５２；ＯＲＦ１１２）に対応する：
【０３３７】
【化７０】
0004399112.tif 000071
さらなる研究は、さらなる部分ヌクレオチド配列（配列番号５３）を明らかにした：
【０３３８】
【化７１】
0004399112.tif 000072
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号５４；ＯＲＦ１１２−１）に対応する：
【０３３９】
【化７２】
0004399112.tif 000073
このアミノ酸配列のコンピュータ分析は、２つの膜貫通ドメインを推定する。
【０３４０】
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来の対応ＯＲＦもまた同定された：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１２は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１１２ａ）と以下の１６６アミノ酸重複にわたって９６．４％の同一性を示す：
【０３４１】
【化７３】
0004399112.tif 000074
以下の部分ＯＲＦ１１２ａヌクレオチド配列（配列番号５５）を同定した：
【０３４２】
【化７４】
0004399112.tif 000075
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号５６）を有するタンパク質をコードする：
【０３４３】
【化７５】
0004399112.tif 000076
ＯＲＦ１１２ａおよびＯＲＦ１１２−１は、以下の３２６アミノ酸重複にわたって９６．３％の同一性を示す：
【０３４４】
【化７６】
0004399112.tif 000077
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびこのエピトープがワクチンまたは診断のための有用な抗原であり得ることが推定される。
【０３４５】
（実施例１３）
以下の部分ＤＮＡ配列をＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定した（配列番号５７）：
【０３４６】
【化７７】
0004399112.tif 000078
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号５８；ＯＲＦ１１４）に対応する：
【０３４７】
【化７８】
0004399112.tif 000079
さらなる研究は、以下の完全なヌクレオチド配列（配列番号５９）を明らかにした（配列番号５９）：
【０３４８】
【化７９】
0004399112.tif 000080
【０３４９】
【化８０】
0004399112.tif 000081
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６０；ＯＲＦ１１４−１）に対応する：
【０３５０】
【化８１】
0004399112.tif 000082
このアミノ酸配列のコンピュータ分析は、膜貫通領域を推定し、そしてまた以下の結果を与える：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（株Ａ）由来の推定ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１１４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの株Ａ由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１１４ａ）と以下の２８４アミノ酸配列重複にわたって９１．９％の同一性を示す：
【０３５１】
【化８２】
0004399112.tif 000083
完全長のＯＲＦ１１４ａヌクレオチド配列（配列番号６１）は、以下である：
【０３５２】
【化８３】
0004399112.tif 000084
【０３５３】
【化８４】
0004399112.tif 000085
これは、以下のアミノ酸配列（配列番号６２）を有するタンパク質をコードする：
【０３５４】
【化８５】
0004399112.tif 000086
ＯＲＦ１１４−１およびＯＲＦ１１４ａは、以下の１５６４アミノ酸重複において８９．８％の同一性を示す：
【０３５５】
【化８６】
0004399112.tif 000087
【０３５６】
【化８７】
0004399112.tif 000088
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（受託番号ＡＦ０３０９４１）の推定分泌タンパク質ｐｓｐＡとの相同性）
ＯＲＦ１１４およびｐｓｐＡタンパク質は、３０２アミノ酸の重複部分において３６％のアミノ酸同一性を示す：
【０３５７】
【化８８】
0004399112.tif 000089
ＯＲＦ１１４ａはまた、ｐｓｐＡと相同である。
【０３５８】
【化８９】
0004399112.tif 000090
【０３５９】
【化９０】
0004399112.tif 000091
ＯＲＦ１１４−１のアミノ酸１〜１４２３を、上記のように、ｐＧｅｘベクターにクローニングし、Ｅ．ｃｏｌｉ．中で発現させた。ＧＳＴ−融合発現をＳＤＳ−ＰＡＧＥを用いて可視化した、そして図５は、ＯＲＦ１１４−１についての親水性、抗原性指標およびＡＭＰＨＩ領域のプロットを示す。
【０３６０】
これらの結果（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの推定分泌タンパク質との相同性を含む）および、膜貫通ドメインの存在に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープが、ワクチンまたは診断剤のために有用な抗原であり得ることが予想される。
【０３６１】
（実施例１４）
以下の部分的なＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された＜配列番号６３＞。
【０３６２】
【化９１】
0004399112.tif 000092
これは、アミノ酸配列＜配列番号６４；ＯＲＦ１１６＞と対応する。
【０３６３】
【化９２】
0004399112.tif 000093
このアミノ酸配列のコンピューター分析は、以下の結果を示した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（受託番号ＡＦ０３０９４１）の推定分泌タンパク質ｐｓｐＡとの相同性）
ＯＲＦ１１６およびｐｓｐＡタンパク質は、５０２アミノ酸の重複において３８％のアミノ酸同一性を示す：
【０３６４】
【化９３】
0004399112.tif 000094
ｐｓｐＡとの相同性に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープが、ワクチンまたは診断剤のための有用な抗原であり得ることが予想される。
【０３６５】
（実施例１５）
以下の部分的なＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された＜配列番号６５＞。
【０３６６】
【化９４】
0004399112.tif 000095
これは、アミノ酸配列＜配列番号６６；ＯＲＦ１１８＞と対応する。
【０３６７】
【化９５】
0004399112.tif 000096
このアミノ酸配列のコンピューター分析は、２つの推定膜貫通ドメインを表す。
【０３６８】
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープが、ワクチンまたは診断剤のための有用な抗原であり得ることが予想される。
【０３６９】
（実施例１６）
以下の部分的なＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された＜配列番号６７＞。
【０３７０】
【化９６】
0004399112.tif 000097
これは、アミノ酸配列＜配列番号６８；ＯＲＦ４１＞と対応する。
【０３７１】
【化９７】
0004399112.tif 000098
さらなる研究により、完全なヌクレオチド配列＜配列番号６９＞を明らかにした。
【０３７２】
【化９８】
0004399112.tif 000099
これは、アミノ酸配列＜配列番号７０；ＯＲＦ４１−１＞と対応する。
【０３７３】
【化９９】
0004399112.tif 000100
このアミノ酸配列のコンピューター分析は、膜貫通ドメインを予想し、そしてＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来のＯＲＦとの相同性がまた見出された。
【０３７４】
ＯＲＦ４１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ４１ａ）と２７９アミノ酸の重複にわたって９２．８％の同一性を示す。
【０３７５】
【化１００】
0004399112.tif 000101
部分的なＯＲＦ４１ａヌクレオチド配列＜配列番号７１＞は以下である：
【０３７６】
【化１０１】
0004399112.tif 000102
これは、部分的アミノ酸配列＜配列番号７２＞を有するタンパク質をコードする：
【０３７７】
【化１０２】
0004399112.tif 000103
ＯＲＦ４１ａおよびＯＲＦ４１−１は、５９５アミノ酸の重複において９４．８％の同一性を示す。
【０３７８】
【化１０３】
0004399112.tif 000104
ＯＲＦ４１−１のアミノ酸２５〜６１９を上記のように増幅した。図６は、ＯＲＦ４１−１についての親水性、抗原性指標、およびＡＭＰＨＩ領域のプロットを示す。
【０３７９】
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープが、ワクチンまたは診断剤のための有用な抗原であり得ることが予想される。
【０３８０】
（実施例１７）
以下のＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された＜配列番号７３＞。
【０３８１】
【化１０４】
0004399112.tif 000105
これは、アミノ酸配列＜配列番号７４；ＯＲＦ５１＞と対応する。
【０３８２】
【化１０５】
0004399112.tif 000106
さらなる研究により、完全なヌクレオチド配列＜配列番号７５＞を明らかにした。
【０３８３】
【化１０６】
0004399112.tif 000107
これは、アミノ酸配列＜配列番号７６；ＯＲＦ５１−１＞と対応する。
【０３８４】
【化１０７】
0004399112.tif 000108
このアミノ酸配列のコンピューター分析は、３つの推定膜貫通ドメインを表す。Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来の対応するＯＲＦをまた同定した。
【０３８５】
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予想ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ５１は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ５１ａ）と１５０アミノ酸の重複にわたって９６．７％の同一性を示す。
【０３８６】
【化１０８】
0004399112.tif 000109
ＯＲＦ５１−１およびＯＲＦ５１ａは２５５アミノ酸の重複において９９．２％の同一性を示す：
【０３８７】
【化１０９】
0004399112.tif 000110
完全長ＯＲＦ５１ａヌクレオチド配列＜配列番号７７＞は以下である：
【０３８８】
【化１１０】
0004399112.tif 000111
これは、アミノ酸配列＜配列番号７８＞を有するタンパク質をコードする：
【０３８９】
【化１１１】
0004399112.tif 000112
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープが、ワクチンまたは診断剤のための有用な抗原であり得ることが予想される。
【０３９０】
（実施例１８）
以下の部分的なＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された＜配列番号７９＞。
【０３９１】
【化１１２】
0004399112.tif 000113
これは、アミノ酸配列＜配列番号８０；ＯＲＦ８２＞と対応する。
【０３９２】
【化１１３】
0004399112.tif 000114
さらなる研究により、完全なヌクレオチド配列＜配列番号８１＞を明らかにした。
【０３９３】
【化１１４】
0004399112.tif 000115
これは、アミノ酸配列＜配列番号８２；ＯＲＦ８２−１＞と対応する。
【０３９４】
【化１１５】
0004399112.tif 000116
このアミノ酸配列のコンピューター分析は、予想リーダーペプチドを明らかにする。Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来の対応するＯＲＦをまた同定した。
【０３９５】
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予想ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ８２は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ８２ａ）と１７２アミノ酸の重複にわたって９７．１％の同一性を示す。
【０３９６】
【化１１６】
0004399112.tif 000117
ＯＲＦ８２ａおよびＯＲＦ８２−１は、２４２アミノ酸の重複において９９．２％の同一性を示す：
【０３９７】
【化１１７】
0004399112.tif 000118
完全長ＯＲＦ８２ａヌクレオチド配列＜配列番号８３＞は以下である：
【０３９８】
【化１１８】
0004399112.tif 000119
これは、アミノ酸配列＜配列番号８４＞を有するタンパク質をコードする：
【０３９９】
【化１１９】
0004399112.tif 000120
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープが、ワクチンまたは診断剤のための有用な抗原であり得ることが予想される。
【０４００】
（実施例１９）
以下の部分的ＤＮＡ配列は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓにおいて同定された＜配列番号８５＞。
【０４０１】
【化１２０】
0004399112.tif 000121
これは、アミノ酸配列＜配列番号８６；ＯＲＦ１２４＞と対応する。
【０４０２】
【化１２１】
0004399112.tif 000122
このアミノ酸配列のコンピューター分析は、膜貫通ドメインを予想する。
【０４０３】
さらなる研究により、完全なヌクレオチド配列＜配列番号８７＞を明らかにした。
【０４０４】
【化１２２】
0004399112.tif 000123
これは、アミノ酸配列＜配列番号８８；ＯＲＦ１２４−１＞と対応する。
【０４０５】
【化１２３】
0004399112.tif 000124
Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来の対応ＯＲＦをまた、同定した：
（Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（Ａ株）由来の予想ＯＲＦとの相同性）
ＯＲＦ１２４は、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓのＡ株由来のＯＲＦ（ＯＲＦ１２４ａ）との１５２アミノ酸の重複にわたって８７．５％の同一性を示す：
【０４０６】
【化１２４】
0004399112.tif 000125
ＯＲＦ１２４ａおよびＯＲＦ１２４−１は、１５２アミノ酸の重複において８９．５％の同一性を示す。
【０４０７】
【化１２５】
0004399112.tif 000126
完全長ＯＲＦ１２４ａのヌクレオチド配列＜配列番号８９＞は以下である：
【０４０８】
【化１２６】
0004399112.tif 000127
これは、アミノ酸配列＜配列番号９０＞を有するタンパク質をコードする。
【０４０９】
【化１２７】
0004399112.tif 000128
ＯＲＦ１２４−１を、上記のように増幅した。図７は、ＯＲＦ１２４−１についての親水性、抗原性指標、およびＡＭＰＨＩ領域のプロットを示す。
【０４１０】
この分析に基づいて、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ由来のこのタンパク質およびそのエピトープが、ワクチンまたは診断剤のための有用な抗原であり得ることが予想される。
【０４１１】
本発明が実施例のみにより記載されたこと、およびその改変が本発明の精神および範囲内にとどまったままでなされ得ることが理解される。
【０４１２】
【表１】
0004399112.tif 000129
【０４１３】
【表２】
0004399112.tif 000130
【図面の簡単な説明】
【０４１４】
【図１Ａ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図１Ｂ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図１Ｃ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図１Ｄ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図１Ｅ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図２Ａ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図２Ｂ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図２Ｃ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図２Ｄ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図２Ｅ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図３Ａ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図３Ｂ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図３Ｃ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図３Ｄ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図４Ａ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図４Ｂ】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図５】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図６】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【図７】  図１〜７は、それぞれＯＲＦ４０、３８、４４、５２、１１４、４１、および１２４を用いる、実施例１、２、３、７、１３、１６、および１９に関する生化学的データ、ならびに配列解析を示す。Ｍ１およびＭ２は分子量マーカーである。矢印は、ウェスタンブロッティングにおける主要な組換え産物の位置を示すか、または主要なＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ免疫活性バンドの位置を示す。ＴＰは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓの総タンパク質抽出物を示す；ＯＭＶは、Ｎ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ外膜ベシクル調製物を示す。殺菌性アッセイの結果において：菱形は、免疫前のデータを示し；三角形は、ＧＳＴコントロールデータを示し；丸は、組換えＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓタンパク質のデータを示す。コンピューター分析は、親水性プロット（上段）、抗原性指標プロット（中段）、およびＡＭＰＨＩ分析（下段）を示す。ＡＭＰＨＩプログラムは、Ｔ細胞エピトープを予測するために使用されており（Ｇａｏら（１９８９）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４３：３００７；Ｒｏｂｅｒｔｓら（１９９６）ＡＩＤＳ  Ｒｅｓ  Ｈｕｍ  Ｒｅｔｒｏｖｉｒ  １２：５９３；Ｑｕａｋｙｉら（１９９２）Ｓｃａｎｄ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  補遺  １１：９）、そしてＤＮＡＳＴＡＲ，Ｉｎｃ．（１２２８  Ｓｏｕｔｈ  Ｐａｒｋ  Ｓｔｒｅｅｔ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  ５３７１５  ＵＳＡ）のＰｒｏｔｅａｎ  ｐａｃｋａｇｅで利用可能である。
【配列表】
【０４１５】
SEQUENCE LISTING
<110> Chiron S.r.l.
<120> Neisseria meningitidis Antigens
<130> F100811D43
<140> JP 2000-540246
<141> 1999-01-14
<150> GB 9800760.2
<151> 1998-01-14
<150> GB 9819015.0
<151> 1998-09-01
<150> GB 9822143.5
<151> 1998-10-09
<160> 90
<170> PatentIn Ver. 3.1
<210> 1
<211> 736
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 1
acactgttgt ttgcaacggt tcaggcaagt gctaaccaat gaagagcaag aagaagattt 60
atatttagac cccgtacaac gcactgttgc cgtgttgata gtcaattccg ataaagaagg 120
cacgggagaa aaagaaaaag tagaagaaaa ttcagattgg gcagtatatt tcaacgagaa 180
aggagtacta acagccagag aaatcaccyt caaagccggc gacaacctga aaatcaaaca 240
aaacggcaca aacttcacct actcgctgaa aaaagacctc acagatctga ccagtgttgg 300
aactgaaaaa ttatcgttta gcgcaaacgg caataaagtc aacatcacaa gcgacaccaa 360
aggcttgaat tttgcgaaag aaacggctgg sacgaacggc gacaccacgg ttcatctgaa 420
cggtattggt tcgactttga ccgatacgct gctgaatacc ggagcgacca caaacgtaac 480
caacgacaac gttaccgatg acgagaaaaa acgtgcggca agcgttaaag acgtattaaa 540
cgctggctgg aacattaaag gcgttaaacc cggtacaaca gcttccgata acgttgattt 600
cgtccgcact tacgacacag tcgagttctt gagcgcagat acgaaaacaa cgactgttaa 660
tgtggaaagc aaagacaacg gcaagaaaac cgaagttaaa atcggtgcga agacttctgt 720
tattaaagaa aaagac                                                 736
<210> 2
<211> 245
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (70)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 2
Thr Leu Leu Phe Ala Thr Val Gln Ala Ser Ala Asn Gln Glu Glu Gln
1               5                  10                  15
Glu Glu Asp Leu Tyr Leu Asp Pro Val Gln Arg Thr Val Ala Val Leu
20                  25                  30
Ile Val Asn Ser Asp Lys Glu Gly Thr Gly Glu Lys Glu Lys Val Glu
35                  40                  45
Glu Asn Ser Asp Trp Ala Val Tyr Phe Asn Glu Lys Gly Val Leu Thr
50                  55                  60
Ala Arg Glu Ile Thr Xaa Lys Ala Gly Asp Asn Leu Lys Ile Lys Gln
65                  70                  75                  80
Asn Gly Thr Asn Phe Thr Tyr Ser Leu Lys Lys Asp Leu Thr Asp Leu
85                  90                  95
Thr Ser Val Gly Thr Glu Lys Leu Ser Phe Ser Ala Asn Gly Asn Lys
100                 105                 110
Val Asn Ile Thr Ser Asp Thr Lys Gly Leu Asn Phe Ala Lys Glu Thr
115                 120                 125
Ala Gly Thr Asn Gly Asp Thr Thr Val His Leu Asn Gly Ile Gly Ser
130                 135                 140
Thr Leu Thr Asp Thr Leu Leu Asn Thr Gly Ala Thr Thr Asn Val Thr
145                 150                 155                 160
Asn Asp Asn Val Thr Asp Asp Glu Lys Lys Arg Ala Ala Ser Val Lys
165                 170                 175
Asp Val Leu Asn Ala Gly Trp Asn Ile Lys Gly Val Lys Pro Gly Thr
180                 185                 190
Thr Ala Ser Asp Asn Val Asp Phe Val Arg Thr Tyr Asp Thr Val Glu
195                 200                 205
Phe Leu Ser Ala Asp Thr Lys Thr Thr Thr Val Asn Val Glu Ser Lys
210                 215                 220
Asp Asn Gly Lys Lys Thr Glu Val Lys Ile Gly Ala Lys Thr Ser Val
225                 230                 235                 240
Ile Lys Glu Lys Asp
245
<210> 3
<211> 1776
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 3
atgaacaaaa tataccgcat catttggaat agtgccctca atgcctgggt cgtcgtatcc 60
gagctcacac gcaaccacac caaacgcgcc tccgcaaccg tgaagaccgc cgtattggcg 120
acactgttgt ttgcaacggt tcaggcaagt gctaacaatg aagagcaaga agaagattta 180
tatttagacc ccgtacaacg cactgttgcc gtgttgatag tcaattccga taaagaaggc 240
acgggagaaa aagaaaaagt agaagaaaat tcagattggg cagtatattt caacgagaaa 300
ggagtactaa cagccagaga aatcaccctc aaagccggcg acaacctgaa aatcaaacaa 360
aacggcacaa acttcaccta ctcgctgaaa aaagacctca cagatctgac cagtgttgga 420
actgaaaaat tatcgtttag cgcaaacggc aataaagtca acatcacaag cgacaccaaa 480
ggcttgaatt ttgcgaaaga aacggctggg acgaacggcg acaccacggt tcatctgaac 540
ggtattggtt cgactttgac cgatacgctg ctgaataccg gagcgaccac aaacgtaacc 600
aacgacaacg ttaccgatga cgagaaaaaa cgtgcggcaa gcgttaaaga cgtattaaac 660
gctggctgga acattaaagg cgttaaaccc ggtacaacag cttccgataa cgttgatttc 720
gtccgcactt acgacacagt cgagttcttg agcgcagata cgaaaacaac gactgttaat 780
gtggaaagca aagacaacgg caagaaaacc gaagttaaaa tcggtgcgaa gacttctgtt 840
attaaagaaa aagacggtaa gttggttact ggtaaagaca aaggcgagaa tggttcttct 900
acagacgaag gcgaaggctt agtgactgca aaagaagtga ttgatgcagt aaacaaggct 960
ggttggagaa tgaaaacaac aaccgctaat ggtcaaacag gtcaagctga caagtttgaa 1020
accgttacat caggcacaaa tgtaaccttt gctagtggta aaggtacaac tgcgactgta 1080
agtaaagatg atcaaggcaa catcactgtt atgtatgatg taaatgtcgg cgatgcccta 1140
aacgtcaatc agctgcaaaa cagcggttgg aatttggatt ccaaagcggt tgcaggttct 1200
tcgggcaaag tcatcagcgg caatgtttcg ccgagcaagg gaaagatgga tgaaaccgtc 1260
aacattaatg ccggcaacaa catcgagatt acccgcaacg gtaaaaatat cgacatcgcc 1320
acttcgatga ccccgcagtt ttccagcgtt tcgctcggcg cgggggcgga tgcgcccact 1380
ttgagcgtgg atggggacgc attgaatgtc ggcagcaaga aggacaacaa acccgtccgc 1440
attaccaatg tcgccccggg cgttaaagag ggggatgtta caaacgtcgc acaacttaaa 1500
ggcgtggcgc aaaacttgaa caaccgcatc gacaatgtgg acggcaacgc gcgtgcgggc 1560
atcgcccaag cgattgcaac cgcaggtctg gttcaggcgt atttgcccgg caagagtatg 1620
atggcgatcg gcggcggcac ttatcgcggc gaagccggtt acgccatcgg ctactccagt 1680
atttccgacg gcggaaattg gattatcaaa ggcacggctt ccggcaattc gcgcggccat 1740
ttcggtgctt ccgcatctgt cggttatcag tggtaa                           1776
<210> 4
<211> 591
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 4
Met Asn Lys Ile Tyr Arg Ile Ile Trp Asn Ser Ala Leu Asn Ala Trp
1               5                  10                  15
Val Val Val Ser Glu Leu Thr Arg Asn His Thr Lys Arg Ala Ser Ala
20                  25                  30
Thr Val Lys Thr Ala Val Leu Ala Thr Leu Leu Phe Ala Thr Val Gln
35                  40                  45
Ala Ser Ala Asn Asn Glu Glu Gln Glu Glu Asp Leu Tyr Leu Asp Pro
50                  55                  60
Val Gln Arg Thr Val Ala Val Leu Ile Val Asn Ser Asp Lys Glu Gly
65                  70                  75                  80
Thr Gly Glu Lys Glu Lys Val Glu Glu Asn Ser Asp Trp Ala Val Tyr
85                  90                  95
Phe Asn Glu Lys Gly Val Leu Thr Ala Arg Glu Ile Thr Leu Lys Ala
100                 105                 110
Gly Asp Asn Leu Lys Ile Lys Gln Asn Gly Thr Asn Phe Thr Tyr Ser
115                 120                 125
Leu Lys Lys Asp Leu Thr Asp Leu Thr Ser Val Gly Thr Glu Lys Leu
130                 135                 140
Ser Phe Ser Ala Asn Gly Asn Lys Val Asn Ile Thr Ser Asp Thr Lys
145                 150                 155                 160
Gly Leu Asn Phe Ala Lys Glu Thr Ala Gly Thr Asn Gly Asp Thr Thr
165                 170                 175
Val His Leu Asn Gly Ile Gly Ser Thr Leu Thr Asp Thr Leu Leu Asn
180                 185                 190
Thr Gly Ala Thr Thr Asn Val Thr Asn Asp Asn Val Thr Asp Asp Glu
195                 200                 205
Lys Lys Arg Ala Ala Ser Val Lys Asp Val Leu Asn Ala Gly Trp Asn
210                 215                 220
Ile Lys Gly Val Lys Pro Gly Thr Thr Ala Ser Asp Asn Val Asp Phe
225                 230                 235                 240
Val Arg Thr Tyr Asp Thr Val Glu Phe Leu Ser Ala Asp Thr Lys Thr
245                 250                 255
Thr Thr Val Asn Val Glu Ser Lys Asp Asn Gly Lys Lys Thr Glu Val
260                 265                 270
Lys Ile Gly Ala Lys Thr Ser Val Ile Lys Glu Lys Asp Gly Lys Leu
275                 280                 285
Val Thr Gly Lys Asp Lys Gly Glu Asn Gly Ser Ser Thr Asp Glu Gly
290                 295                 300
Glu Gly Leu Val Thr Ala Lys Glu Val Ile Asp Ala Val Asn Lys Ala
305                 310                 315                 320
Gly Trp Arg Met Lys Thr Thr Thr Ala Asn Gly Gln Thr Gly Gln Ala
325                 330                 335
Asp Lys Phe Glu Thr Val Thr Ser Gly Thr Asn Val Thr Phe Ala Ser
340                 345                 350
Gly Lys Gly Thr Thr Ala Thr Val Ser Lys Asp Asp Gln Gly Asn Ile
355                 360                 365
Thr Val Met Tyr Asp Val Asn Val Gly Asp Ala Leu Asn Val Asn Gln
370                 375                 380
Leu Gln Asn Ser Gly Trp Asn Leu Asp Ser Lys Ala Val Ala Gly Ser
385                 390                 395                 400
Ser Gly Lys Val Ile Ser Gly Asn Val Ser Pro Ser Lys Gly Lys Met
405                 410                 415
Asp Glu Thr Val Asn Ile Asn Ala Gly Asn Asn Ile Glu Ile Thr Arg
420                 425                 430
Asn Gly Lys Asn Ile Asp Ile Ala Thr Ser Met Thr Pro Gln Phe Ser
435                 440                 445
Ser Val Ser Leu Gly Ala Gly Ala Asp Ala Pro Thr Leu Ser Val Asp
450                 455                 460
Gly Asp Ala Leu Asn Val Gly Ser Lys Lys Asp Asn Lys Pro Val Arg
465                 470                 475                 480
Ile Thr Asn Val Ala Pro Gly Val Lys Glu Gly Asp Val Thr Asn Val
485                 490                 495
Ala Gln Leu Lys Gly Val Ala Gln Asn Leu Asn Asn Arg Ile Asp Asn
500                 505                 510
Val Asp Gly Asn Ala Arg Ala Gly Ile Ala Gln Ala Ile Ala Thr Ala
515                 520                 525
Gly Leu Val Gln Ala Tyr Leu Pro Gly Lys Ser Met Met Ala Ile Gly
530                 535                 540
Gly Gly Thr Tyr Arg Gly Glu Ala Gly Tyr Ala Ile Gly Tyr Ser Ser
545                 550                 555                 560
Ile Ser Asp Gly Gly Asn Trp Ile Ile Lys Gly Thr Ala Ser Gly Asn
565                 570                 575
Ser Arg Gly His Phe Gly Ala Ser Ala Ser Val Gly Tyr Gln Trp
580                 585                 590
<210> 5
<211> 1779
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> misc_feature
<222> (48)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (420)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (608)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (682)..(684)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (763)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (774)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1473)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1492)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1560)
<223> any nucleotide
<400> 5
atgaacaaaa tataccgcat catttggaat agtgccctca atgcctgngt cgccgtatcc 60
gagctcacac gcaaccacac caaacgcgcc tccgcaaccg tgaagaccgc cgtattggcg 120
acactgttgt ttgcaacggt tcaggcgaat gctaccgatg aagatgaaga agaagagtta 180
gaatccgtac aacgctctgt cgtagggagc attcaagcca gtatggaagg cagcggcgaa 240
ttggaaacga tatcattatc aatgactaac gacagcaagg aatttgtaga cccatacata 300
gtagttaccc tcaaagccgg cgacaacctg aaaatcaaac aaaacaccaa tgaaaacacc 360
aatgccagta gcttcaccta ctcgctgaaa aaagacctca caggcctgat caatgttgan 420
actgaaaaat tatcgtttgg cgcaaacggc aagaaagtca acatcataag cgacaccaaa 480
ggcttgaatt tcgcgaaaga aacggctggg acgaacggcg acaccacggt tcatctgaac 540
ggtatcggtt cgactttgac cgatacgctt gcgggttctt ctgcttctca cgttgatgcg 600
ggtaaccnaa gtacacatta cactcgtgca gcaagtatta aggatgtgtt gaatgcgggt 660
tggaatatta agggtgttaa annnggctca acaactggtc aatcagaaaa tgtcgatttc 720
gtccgcactt acgacacagt cgagttcttg agcgcagata cgnaaacaac gacngttaat 780
gtggaaagca aagacaacgg caagagaacc gaagttaaaa tcggtgcgaa gacttctgtt 840
attaaagaaa aagacggtaa gttggttact ggtaaaggca aaggcgagaa tggttcttct 900
acagacgaag gcgaaggctt agtgactgca aaagaagtga ttgatgcagt aaacaaggct 960
ggttggagaa tgaaaacaac aaccgctaat ggtcaaacag gtcaagctga caagtttgaa 1020
accgttacat caggcacaaa tgtaaccttt gctagtggta aaggtacaac tgcgactgta 1080
agtaaagatg atcaaggcaa catcactgtt atgtatgatg taaatgtcgg cgatgcccta 1140
aacgtcaatc agctgcaaaa cagcggttgg aatttggatt ccaaagcggt tgcaggttct 1200
tcgggcaaag tcatcagcgg caatgtttcg ccgagcaagg gaaagatgga tgaaaccgtc 1260
aacattaatg ccggcaacaa catcgagatt agccgcaacg gtaaaaatat cgacatcgcc 1320
acttcgatgg cgccgcagtt ttccagcgtt tcgctcggcg cgggggcaga tgcgcccact 1380
ttaagcgtgg atgacgaggg cgcgttgaat gtcggcagca aggatgccaa caaacccgtc 1440
cgcattacca atgtcgcccc gggcgttaaa ganggggatg ttacaaacgt cncacaactt 1500
aaaggcgtgg cgcaaaactt gaacaaccgc atcgacaatg tggacggcaa cgcgcgtgcn 1560
ggcatcgccc aagcgattgc aaccgcaggt ctggttcagg cgtatctgcc cggcaagagt 1620
atgatggcga tcggcggcgg cacttatcgc ggcgaagccg gttacgccat cggctactcc 1680
agtatttccg acggcggaaa ttggattatc aaaggcacgg cttccggcaa ttcgcgcggc 1740
catttcggtg cttccgcatc tgtcggttat cagtggtaa                        1779
<210> 6
<211> 592
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (16)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (140)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (203)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (228)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (255)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (491)
<223> Xaa=any amino acidn
<220>
<221> SITE
<222> (498)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 6
Met Asn Lys Ile Tyr Arg Ile Ile Trp Asn Ser Ala Leu Asn Ala Xaa
1               5                  10                  15
Val Ala Val Ser Glu Leu Thr Arg Asn His Thr Lys Arg Ala Ser Ala
20                  25                  30
Thr Val Lys Thr Ala Val Leu Ala Thr Leu Leu Phe Ala Thr Val Gln
35                  40                  45
Ala Asn Ala Thr Asp Glu Asp Glu Glu Glu Glu Leu Glu Ser Val Gln
50                  55                  60
Arg Ser Val Val Gly Ser Ile Gln Ala Ser Met Glu Gly Ser Gly Glu
65                  70                  75                  80
Leu Glu Thr Ile Ser Leu Ser Met Thr Asn Asp Ser Lys Glu Phe Val
85                  90                  95
Asp Pro Tyr Ile Val Val Thr Leu Lys Ala Gly Asp Asn Leu Lys Ile
100                 105                 110
Lys Gln Asn Thr Asn Glu Asn Thr Asn Ala Ser Ser Phe Thr Tyr Ser
115                 120                 125
Leu Lys Lys Asp Leu Thr Gly Leu Ile Asn Val Xaa Thr Glu Lys Leu
130                 135                 140
Ser Phe Gly Ala Asn Gly Lys Lys Val Asn Ile Ile Ser Asp Thr Lys
145                 150                 155                 160
Gly Leu Asn Phe Ala Lys Glu Thr Ala Gly Thr Asn Gly Asp Thr Thr
165                 170                 175
Val His Leu Asn Gly Ile Gly Ser Thr Leu Thr Asp Thr Leu Ala Gly
180                 185                 190
Ser Ser Ala Ser His Val Asp Ala Gly Asn Xaa Ser Thr His Tyr Thr
195                 200                 205
Arg Ala Ala Ser Ile Lys Asp Val Leu Asn Ala Gly Trp Asn Ile Lys
210                 215                 220
Gly Val Lys Xaa Gly Ser Thr Thr Gly Gln Ser Glu Asn Val Asp Phe
225                 230                 235                 240
Val Arg Thr Tyr Asp Thr Val Glu Phe Leu Ser Ala Asp Thr Xaa Thr
245                 250                 255
Thr Thr Val Asn Val Glu Ser Lys Asp Asn Gly Lys Arg Thr Glu Val
260                 265                 270
Lys Ile Gly Ala Lys Thr Ser Val Ile Lys Glu Lys Asp Gly Lys Leu
275                 280                 285
Val Thr Gly Lys Gly Lys Gly Glu Asn Gly Ser Ser Thr Asp Glu Gly
290                 295                 300
Glu Gly Leu Val Thr Ala Lys Glu Val Ile Asp Ala Val Asn Lys Ala
305                 310                 315                 320
Gly Trp Arg Met Lys Thr Thr Thr Ala Asn Gly Gln Thr Gly Gln Ala
325                 330                 335
Asp Lys Phe Glu Thr Val Thr Ser Gly Thr Asn Val Thr Phe Ala Ser
340                 345                 350
Gly Lys Gly Thr Thr Ala Thr Val Ser Lys Asp Asp Gln Gly Asn Ile
355                 360                 365
Thr Val Met Tyr Asp Val Asn Val Gly Asp Ala Leu Asn Val Asn Gln
370                 375                 380
Leu Gln Asn Ser Gly Trp Asn Leu Asp Ser Lys Ala Val Ala Gly Ser
385                 390                 395                 400
Ser Gly Lys Val Ile Ser Gly Asn Val Ser Pro Ser Lys Gly Lys Met
405                 410                 415
Asp Glu Thr Val Asn Ile Asn Ala Gly Asn Asn Ile Glu Ile Ser Arg
420                 425                 430
Asn Gly Lys Asn Ile Asp Ile Ala Thr Ser Met Ala Pro Gln Phe Ser
435                 440                 445
Ser Val Ser Leu Gly Ala Gly Ala Asp Ala Pro Thr Leu Ser Val Asp
450                 455                 460
Asp Glu Gly Ala Leu Asn Val Gly Ser Lys Asp Ala Asn Lys Pro Val
465                 470                 475                 480
Arg Ile Thr Asn Val Ala Pro Gly Val Lys Xaa Gly Asp Val Thr Asn
485                 490                 495
Val Xaa Gln Leu Lys Gly Val Ala Gln Asn Leu Asn Asn Arg Ile Asp
500                 505                 510
Asn Val Asp Gly Asn Ala Arg Ala Gly Ile Ala Gln Ala Ile Ala Thr
515                 520                 525
Ala Gly Leu Val Gln Ala Tyr Leu Pro Gly Lys Ser Met Met Ala Ile
530                 535                 540
Gly Gly Gly Thr Tyr Arg Gly Glu Ala Gly Tyr Ala Ile Gly Tyr Ser
545                 550                 555                 560
Ser Ile Ser Asp Gly Gly Asn Trp Ile Ile Lys Gly Thr Ala Ser Gly
565                 570                 575
Asn Ser Arg Gly His Phe Gly Ala Ser Ala Ser Val Gly Tyr Gln Trp
580                 585                 590
<210> 7
<211> 492
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 7
atgttacgtt tgactgcttt agccgtatgc accgccctcg ctttgggcgc gtgttcgccg 60
caaaattccg actctgcccc acaagccaaa gaacaggcgg tttccgccgc acaaaccgaa 120
ggcgcgtccg ttaccgtcaa aaccgcgcgc ggcgacgttc aaataccgca aaaccccgaa 180
cgcatcgccg tttacgattt gggtatgctc gacaccttga gcaaactggg cgtgaaaacc 240
ggtttgtccg tcgataaaaa ccgcctgccg tatttagagg aatatttcaa aacgacaaaa 300
cctgccggca ctttgttcga gccggattac gaaacgctca acgcttacaa accgcagctc 360
atcatcatcg gcagccgcgc cgccaaggcg tttgacaaat tgaacgaaat cgcgccgacc 420
atcgrmwtga ccgccgatac cgccaacctc aaagaaagtg ccaargaggc atcgacgctg 480
gcgcaaatct tc                                                     492
<210> 8
<211> 164
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (142)..(143)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 8
Met Leu Arg Leu Thr Ala Leu Ala Val Cys Thr Ala Leu Ala Leu Gly
1               5                  10                  15
Ala Cys Ser Pro Gln Asn Ser Asp Ser Ala Pro Gln Ala Lys Glu Gln
20                  25                  30
Ala Val Ser Ala Ala Gln Thr Glu Gly Ala Ser Val Thr Val Lys Thr
35                  40                  45
Ala Arg Gly Asp Val Gln Ile Pro Gln Asn Pro Glu Arg Ile Ala Val
50                  55                  60
Tyr Asp Leu Gly Met Leu Asp Thr Leu Ser Lys Leu Gly Val Lys Thr
65                  70                  75                  80
Gly Leu Ser Val Asp Lys Asn Arg Leu Pro Tyr Leu Glu Glu Tyr Phe
85                  90                  95
Lys Thr Thr Lys Pro Ala Gly Thr Leu Phe Glu Pro Asp Tyr Glu Thr
100                 105                 110
Leu Asn Ala Tyr Lys Pro Gln Leu Ile Ile Ile Gly Ser Arg Ala Ala
115                 120                 125
Lys Ala Phe Asp Lys Leu Asn Glu Ile Ala Pro Thr Ile Xaa Xaa Thr
130                 135                 140
Ala Asp Thr Ala Asn Leu Lys Glu Ser Ala Lys Glu Ala Ser Thr Leu
145                 150                 155                 160
Ala Gln Ile Phe
<210> 9
<211> 966
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 9
atgttacgtt tgactgcttt agccgtatgc accgccctcg ctttgggcgc gtgttcgccg 60
caaaattccg actctgcccc acaagccaaa gaacaggcgg tttccgccgc acaaaccgaa 120
ggcgcgtccg ttaccgtcaa aaccgcgcgc ggcgacgttc aaataccgca aaaccccgaa 180
cgcatcgccg tttacgattt gggtatgctc gacaccttga gcaaactggg cgtgaaaacc 240
ggtttgtccg tcgataaaaa ccgcctgccg tatttagagg aatatttcaa aacgacaaaa 300
cctgccggca ctttgttcga gccggattac gaaacgctca acgcttacaa accgcagctc 360
atcatcatcg gcagccgcgc cgccaaggcg tttgacaaat tgaacgaaat cgcgccgacc 420
atcgaaatga ccgccgatac cgccaacctc aaagaaagtg ccaaagagcg catcgacgcg 480
ctggcgcaaa tcttcggcaa acaggcggaa gccgacaagc tgaaggcgga aatcgacgcg 540
tcttttgaag ccgcgaaaac tgccgcacaa ggtaagggca aaggtttggt gattttggtc 600
aacggcggca agatgtcggc tttcggcccg tcttcacgct tgggcggctg gctgcacaaa 660
gacatcggcg ttcccgctgt cgatgaatca attaaagaag gcagccacgg tcagcctatc 720
agctttgaat acctgaaaga gaaaaatccc gactggctgt ttgtccttga ccgaagcgcg 780
gccatcggcg aagagggtca ggcggcgaaa gacgtgttgg ataatccgct ggttgccgaa 840
acaaccgctt ggaaaaaagg acaggtcgtg tacctcgttc ctgaaactta tttggcagcc 900
ggtggcgcgc aagagctgct gaatgcaagc aaacaggttg ccgacgcttt taacgcggca 960
aaataa                                                            966
<210> 10
<211> 321
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 10
Met Leu Arg Leu Thr Ala Leu Ala Val Cys Thr Ala Leu Ala Leu Gly
1               5                  10                  15
Ala Cys Ser Pro Gln Asn Ser Asp Ser Ala Pro Gln Ala Lys Glu Gln
20                  25                  30
Ala Val Ser Ala Ala Gln Thr Glu Gly Ala Ser Val Thr Val Lys Thr
35                  40                  45
Ala Arg Gly Asp Val Gln Ile Pro Gln Asn Pro Glu Arg Ile Ala Val
50                  55                  60
Tyr Asp Leu Gly Met Leu Asp Thr Leu Ser Lys Leu Gly Val Lys Thr
65                  70                  75                  80
Gly Leu Ser Val Asp Lys Asn Arg Leu Pro Tyr Leu Glu Glu Tyr Phe
85                  90                  95
Lys Thr Thr Lys Pro Ala Gly Thr Leu Phe Glu Pro Asp Tyr Glu Thr
100                 105                 110
Leu Asn Ala Tyr Lys Pro Gln Leu Ile Ile Ile Gly Ser Arg Ala Ala
115                 120                 125
Lys Ala Phe Asp Lys Leu Asn Glu Ile Ala Pro Thr Ile Glu Met Thr
130                 135                 140
Ala Asp Thr Ala Asn Leu Lys Glu Ser Ala Lys Glu Arg Ile Asp Ala
145                 150                 155                 160
Leu Ala Gln Ile Phe Gly Lys Gln Ala Glu Ala Asp Lys Leu Lys Ala
165                 170                 175
Glu Ile Asp Ala Ser Phe Glu Ala Ala Lys Thr Ala Ala Gln Gly Lys
180                 185                 190
Gly Lys Gly Leu Val Ile Leu Val Asn Gly Gly Lys Met Ser Ala Phe
195                 200                 205
Gly Pro Ser Ser Arg Leu Gly Gly Trp Leu His Lys Asp Ile Gly Val
210                 215                 220
Pro Ala Val Asp Glu Ser Ile Lys Glu Gly Ser His Gly Gln Pro Ile
225                 230                 235                 240
Ser Phe Glu Tyr Leu Lys Glu Lys Asn Pro Asp Trp Leu Phe Val Leu
245                 250                 255
Asp Arg Ser Ala Ala Ile Gly Glu Glu Gly Gln Ala Ala Lys Asp Val
260                 265                 270
Leu Asp Asn Pro Leu Val Ala Glu Thr Thr Ala Trp Lys Lys Gly Gln
275                 280                 285
Val Val Tyr Leu Val Pro Glu Thr Tyr Leu Ala Ala Gly Gly Ala Gln
290                 295                 300
Glu Leu Leu Asn Ala Ser Lys Gln Val Ala Asp Ala Phe Asn Ala Ala
305                 310                 315                 320
Lys
<210> 11
<211> 966
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 11
atgttacgtt tgactgcttt agccgtatgc accgccctcg ctttgggcgc gtgttcgccg 60
caaaattccg actctgcccc acaagccaaa gaacaggcgg tttccgccgc acaatccgaa 120
ggcgtgtccg ttaccgtcaa aacggcgcgc ggcgatgttc aaataccgca aaaccccgaa 180
cgtatcgccg tttacgattt gggtatgctc gacaccttga gcaaactggg cgtgaaaacc 240
ggtttgtccg tcgataaaaa ccgcctgccg tatttagagg aatatttcaa aacgacaaaa 300
cctgccggaa ctttgttcga gccggattac gaaacgctca acgcttacaa accgcagctc 360
atcatcatcg gcagccgcgc agccaaagcg tttgacaaat tgaacgaaat cgcgccgacc 420
atcgaaatga ccgccgatac cgccaacctc aaagaaagtg ccaaagagcg tatcgacgcg 480
ctggcgcaaa tcttcggcaa aaaggcggaa gccgacaagc tgaaggcgga aatcgacgcg 540
tcttttgaag ccgcgaaaac tgccgcgcaa ggcaaaggca agggtttggt gattttggtc 600
aacggcggca agatgtccgc cttcggcccg tcttcacgac tgggcggctg gctgcacaaa 660
gacatcggcg ttcccgctgt tgacgaagcc atcaaagaag gcagccacgg tcagcctatc 720
agctttgaat acctgaaaga gaaaaatccc gactggctgt ttgtccttga ccgcagcgcg 780
gccatcggcg aagagggtca ggcggcgaaa gacgtgttga acaatccgct ggttgccgaa 840
acaaccgctt ggaaaaaagg acaagtcgtt taccttgttc ctgaaactta tttggcagcc 900
ggtggcgcgc aagagctact gaatgcaagc aaacaggttg ccgacgcttt taacgcggca 960
aaataa                                                            966
<210> 12
<211> 321
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 12
Met Leu Arg Leu Thr Ala Leu Ala Val Cys Thr Ala Leu Ala Leu Gly
1               5                  10                  15
Ala Cys Ser Pro Gln Asn Ser Asp Ser Ala Pro Gln Ala Lys Glu Gln
20                  25                  30
Ala Val Ser Ala Ala Gln Ser Glu Gly Val Ser Val Thr Val Lys Thr
35                  40                  45
Ala Arg Gly Asp Val Gln Ile Pro Gln Asn Pro Glu Arg Ile Ala Val
50                  55                  60
Tyr Asp Leu Gly Met Leu Asp Thr Leu Ser Lys Leu Gly Val Lys Thr
65                  70                  75                  80
Gly Leu Ser Val Asp Lys Asn Arg Leu Pro Tyr Leu Glu Glu Tyr Phe
85                  90                  95
Lys Thr Thr Lys Pro Ala Gly Thr Leu Phe Glu Pro Asp Tyr Glu Thr
100                 105                 110
Leu Asn Ala Tyr Lys Pro Gln Leu Ile Ile Ile Gly Ser Arg Ala Ala
115                 120                 125
Lys Ala Phe Asp Lys Leu Asn Glu Ile Ala Pro Thr Ile Glu Met Thr
130                 135                 140
Ala Asp Thr Ala Asn Leu Lys Glu Ser Ala Lys Glu Arg Ile Asp Ala
145                 150                 155                 160
Leu Ala Gln Ile Phe Gly Lys Lys Ala Glu Ala Asp Lys Leu Lys Ala
165                 170                 175
Glu Ile Asp Ala Ser Phe Glu Ala Ala Lys Thr Ala Ala Gln Gly Lys
180                 185                 190
Gly Lys Gly Leu Val Ile Leu Val Asn Gly Gly Lys Met Ser Ala Phe
195                 200                 205
Gly Pro Ser Ser Arg Leu Gly Gly Trp Leu His Lys Asp Ile Gly Val
210                 215                 220
Pro Ala Val Asp Glu Ala Ile Lys Glu Gly Ser His Gly Gln Pro Ile
225                 230                 235                 240
Ser Phe Glu Tyr Leu Lys Glu Lys Asn Pro Asp Trp Leu Phe Val Leu
245                 250                 255
Asp Arg Ser Ala Ala Ile Gly Glu Glu Gly Gln Ala Ala Lys Asp Val
260                 265                 270
Leu Asn Asn Pro Leu Val Ala Glu Thr Thr Ala Trp Lys Lys Gly Gln
275                 280                 285
Val Val Tyr Leu Val Pro Glu Thr Tyr Leu Ala Ala Gly Gly Ala Gln
290                 295                 300
Glu Leu Leu Asn Ala Ser Lys Gln Val Ala Asp Ala Phe Asn Ala Ala
305                 310                 315                 320
Lys
<210> 13
<211> 375
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 13
atgaaacttc tgaccaccgc aatcctgtct tccgcaatcg cgctcagcag tatggctgcc 60
gccgctggca cggacaaccc cactgttgca aaaaaaaccg tcagctacgt ctgccagcaa 120
ggtaaaaaag tcaaagtaac ctacggcttc aacaaacagg gtctgaccac atacgcttcc 180
gccgtcatca acggcaaacg cgtgcaaatg cctgtcaatt tggacaaatc cgacaatgtg 240
gaaacattct acggcaaaga aggcggttat gttttgggta ccggcgtgat ggatggcaaa 300
tcctaccgca aacagcccat tatgattacc gcacctgaca accaaatcgt cttcaaagac 360
tgttccccac gttaa                                                  375
<210> 14
<211> 124
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 14
Met Lys Leu Leu Thr Thr Ala Ile Leu Ser Ser Ala Ile Ala Leu Ser
1               5                  10                  15
Ser Met Ala Ala Ala Ala Gly Thr Asp Asn Pro Thr Val Ala Lys Lys
20                  25                  30
Thr Val Ser Tyr Val Cys Gln Gln Gly Lys Lys Val Lys Val Thr Tyr
35                  40                  45
Gly Phe Asn Lys Gln Gly Leu Thr Thr Tyr Ala Ser Ala Val Ile Asn
50                  55                  60
Gly Lys Arg Val Gln Met Pro Val Asn Leu Asp Lys Ser Asp Asn Val
65                  70                  75                  80
Glu Thr Phe Tyr Gly Lys Glu Gly Gly Tyr Val Leu Gly Thr Gly Val
85                  90                  95
Met Asp Gly Lys Ser Tyr Arg Lys Gln Pro Ile Met Ile Thr Ala Pro
100                 105                 110
Asp Asn Gln Ile Val Phe Lys Asp Cys Ser Pro Arg
115                 120
<210> 15
<211> 375
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 15
atgaaacttc tgaccaccgc aatcctgtct tccgcaatcg cgctcagcag tatggctgct 60
gctgccggca cgaacaaccc caccgttgcc aaaaaaaccg tcagctacgt ctgccagcaa 120
ggtaaaaaag tcaaagtaac ctacggcttt aacaaacagg gcctgaccac atacgcttcc 180
gccgtcatca acggcaaacg tgtgcaaatg cctgtcaatt tggacaaatc cgacaatgtg 240
gaaacattct acggcaaaga aggcggttat gttttgggta ccggcgtgat ggatggcaaa 300
tcctatcgca aacagcctat tatgattacc gcacctgaca accaaatcgt cttcaaagac 360
tgttccccac gttaa                                                  375
<210> 16
<211> 124
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 16
Met Lys Leu Leu Thr Thr Ala Ile Leu Ser Ser Ala Ile Ala Leu Ser
1               5                  10                  15
Ser Met Ala Ala Ala Ala Gly Thr Asn Asn Pro Thr Val Ala Lys Lys
20                  25                  30
Thr Val Ser Tyr Val Cys Gln Gln Gly Lys Lys Val Lys Val Thr Tyr
35                  40                  45
Gly Phe Asn Lys Gln Gly Leu Thr Thr Tyr Ala Ser Ala Val Ile Asn
50                  55                  60
Gly Lys Arg Val Gln Met Pro Val Asn Leu Asp Lys Ser Asp Asn Val
65                  70                  75                  80
Glu Thr Phe Tyr Gly Lys Glu Gly Gly Tyr Val Leu Gly Thr Gly Val
85                  90                  95
Met Asp Gly Lys Ser Tyr Arg Lys Gln Pro Ile Met Ile Thr Ala Pro
100                 105                 110
Asp Asn Gln Ile Val Phe Lys Asp Cys Ser Pro Arg
115                 120
<210> 17
<211> 519
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> misc_feature
<222> (425)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (485)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (489)
<223> any nucleotide
<400> 17
ggcaccgaat tcaaaaccac cctttccgga gccgacatac aggcaggggt gggtgaaaaa 60
gcccgagccg atgcgaaaat tatcctaaaa ggcatcgtta accgcatcca aaccgaagaa 120
aagctggaat ccaactcgac cgtatggcaa aagcaggccg gaagcggcag cacggttgaa 180
acgctgaagc taccgagctt tgaagggccg gcactgccta agctgaccgc tcccggcggc 240
tatatcgccg acatccccaa aggcaacctc aaaaccgaaa tcgaaaagct ggccaaacag 300
cccgaatatg cctatctgaa acagcttcag acggtcaagg acgtgaactg gaaccaagta 360
cagctcgctt acgacaaatg ggactataaa caggaaggcc taaccggagc cggagccgca 420
attancgcac tggccgttac cgtggtcacc tcaggcgcag gaaccggagc cgtattggga 480
ttaanacgng tggccgccgc cgcaaccgat gcagcattt                        519
<210> 18
<211> 173
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (142)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (162)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 18
Gly Thr Glu Phe Lys Thr Thr Leu Ser Gly Ala Asp Ile Gln Ala Gly
1               5                  10                  15
Val Gly Glu Lys Ala Arg Ala Asp Ala Lys Ile Ile Leu Lys Gly Ile
20                  25                  30
Val Asn Arg Ile Gln Thr Glu Glu Lys Leu Glu Ser Asn Ser Thr Val
35                  40                  45
Trp Gln Lys Gln Ala Gly Ser Gly Ser Thr Val Glu Thr Leu Lys Leu
50                  55                  60
Pro Ser Phe Glu Gly Pro Ala Leu Pro Lys Leu Thr Ala Pro Gly Gly
65                  70                  75                  80
Tyr Ile Ala Asp Ile Pro Lys Gly Asn Leu Lys Thr Glu Ile Glu Lys
85                  90                  95
Leu Ala Lys Gln Pro Glu Tyr Ala Tyr Leu Lys Gln Leu Gln Thr Val
100                 105                 110
Lys Asp Val Asn Trp Asn Gln Val Gln Leu Ala Tyr Asp Lys Trp Asp
115                 120                 125
Tyr Lys Gln Glu Gly Leu Thr Gly Ala Gly Ala Ala Ile Xaa Ala Leu
130                 135                 140
Ala Val Thr Val Val Thr Ser Gly Ala Gly Thr Gly Ala Val Leu Gly
145                 150                 155                 160
Leu Xaa Arg Val Ala Ala Ala Ala Thr Asp Ala Ala Phe
165                 170
<210> 19
<211> 1923
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 19
atgcaactgc tggcagccga aggcattcac caacaccaat tgaatgttca gaaaagtacc 60
cgtttcatcg gcatcaaagt gggtaaaagc aattacagca aaaacgagct gaacgaaacc 120
aaactgcccg tacgcgttat cgcccaaaca gccaaaaccc gttccggctg ggataccgta 180
ctcgaaggca ccgaattcaa aaccaccctt tccggagccg acatacaggc aggggtgggt 240
gaaaaagccc gagccgatgc gaaaattatc ctaaaaggca tcgttaaccg catccaaacc 300
gaagaaaagc tggaatccaa ctcgaccgta tggcaaaagc aggccggaag cggcagcacg 360
gttgaaacgc tgaagctacc gagctttgaa gggccggcac tgcctaagct gaccgctccc 420
ggcggctata tcgccgacat ccccaaaggc aacctcaaaa ccgaaatcga aaagctggcc 480
aaacagcccg aatatgccta tctgaaacag cttcagacgg tcaaggacgt gaactggaac 540
caagtacagc tcgcttacga caaatgggac tataaacagg aaggcctaac cggagccgga 600
gccgcaatta tcgcactggc cgttaccgtg gtcacctcag gcgcaggaac cggagccgta 660
ttgggattaa acggtgcggc cgccgccgca accgatgcag catttgcctc tttggccagc 720
caggcttccg tatcgttcat caacaacaaa ggcaatatcg gtaacaccct gaaagagctg 780
ggcagaagca gcacggtgaa aaatctgatg gttgccgtcg ctaccgcagg cgtagccgac 840
aaaatcggtg cttcggcact gaacaatgtc agcgataagc agtggatcaa caacctgacc 900
gtcaacctgg ccaatgcggg cagtgccgca ctgattaata ccgctgtcaa cggcggcagc 960
ctgaaagaca atctggaagc gaatatcctt gcggctttgg tgaatactgc gcatggagag 1020
gcagcaagta aaatcaaaca gttggatcag cactacattg cccataagat tgcccatgcc 1080
atagcgggct gtgcggcagc ggcggcgaat aagggcaagt gtcaagatgg tgcgatcggt 1140
gcggcggtcg gtgaaatcct tggcgaaacc ctactggacg gcagagaccc tggcagcctg 1200
aatgtgaagg acagggcaaa aatcattgct aaggcgaagc tggcagcagg ggcggttgcg 1260
gcgttgagta agggggatgt gagtacggcg gcgaatgcgg ctgctgtggc ggtagagaat 1320
aattctttaa atgatataca ggatcgtttg ttgagtggaa attatgcttt atgtatgagt 1380
gcaggaggag cagaaagctt ttgtgagtct tatcgaccac tgggcttgcc acactttgta 1440
agtgtttcag gagaaatgaa attacctaat aaattcggga atcgtatggt taatggaaaa 1500
ttaattatta acactagaaa tggcaatgta tatttctctg taggtaaaat atggagtact 1560
gtaaaatcaa caaaatcaaa tataagtggg gtatctgtcg gttgggtttt aaatgtttcc 1620
cctaatgatt atttaaaaga agcatctatg aatgatttca gaaatagtaa tcaaaataaa 1680
gcctatgcag aaatgatttc ccagactttg gtaggtgaga gtgttggtgg tagtctttgt 1740
ctgacaagag cctgcttttc ggtaagttca acaatatcta aatctaaatc tccttttaaa 1800
gattcaaaaa ttattgggga aatcggtttg ggaagtggtg ttgctgcagg agtagaaaaa 1860
acaatataca taggtaacat aaaagatatt gataaattta ttagtgcaaa cataaaaaaa 1920
tag                                                               1923
<210> 20
<211> 640
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 20
Met Gln Leu Leu Ala Ala Glu Gly Ile His Gln His Gln Leu Asn Val
1               5                  10                  15
Gln Lys Ser Thr Arg Phe Ile Gly Ile Lys Val Gly Lys Ser Asn Tyr
20                  25                  30
Ser Lys Asn Glu Leu Asn Glu Thr Lys Leu Pro Val Arg Val Ile Ala
35                  40                  45
Gln Thr Ala Lys Thr Arg Ser Gly Trp Asp Thr Val Leu Glu Gly Thr
50                  55                  60
Glu Phe Lys Thr Thr Leu Ser Gly Ala Asp Ile Gln Ala Gly Val Gly
65                  70                  75                  80
Glu Lys Ala Arg Ala Asp Ala Lys Ile Ile Leu Lys Gly Ile Val Asn
85                  90                  95
Arg Ile Gln Thr Glu Glu Lys Leu Glu Ser Asn Ser Thr Val Trp Gln
100                 105                 110
Lys Gln Ala Gly Ser Gly Ser Thr Val Glu Thr Leu Lys Leu Pro Ser
115                 120                 125
Phe Glu Gly Pro Ala Leu Pro Lys Leu Thr Ala Pro Gly Gly Tyr Ile
130                 135                 140
Ala Asp Ile Pro Lys Gly Asn Leu Lys Thr Glu Ile Glu Lys Leu Ala
145                 150                 155                 160
Lys Gln Pro Glu Tyr Ala Tyr Leu Lys Gln Leu Gln Thr Val Lys Asp
165                 170                 175
Val Asn Trp Asn Gln Val Gln Leu Ala Tyr Asp Lys Trp Asp Tyr Lys
180                 185                 190
Gln Glu Gly Leu Thr Gly Ala Gly Ala Ala Ile Ile Ala Leu Ala Val
195                 200                 205
Thr Val Val Thr Ser Gly Ala Gly Thr Gly Ala Val Leu Gly Leu Asn
210                 215                 220
Gly Ala Ala Ala Ala Ala Thr Asp Ala Ala Phe Ala Ser Leu Ala Ser
225                 230                 235                 240
Gln Ala Ser Val Ser Phe Ile Asn Asn Lys Gly Asn Ile Gly Asn Thr
245                 250                 255
Leu Lys Glu Leu Gly Arg Ser Ser Thr Val Lys Asn Leu Met Val Ala
260                 265                 270
Val Ala Thr Ala Gly Val Ala Asp Lys Ile Gly Ala Ser Ala Leu Asn
275                 280                 285
Asn Val Ser Asp Lys Gln Trp Ile Asn Asn Leu Thr Val Asn Leu Ala
290                 295                 300
Asn Ala Gly Ser Ala Ala Leu Ile Asn Thr Ala Val Asn Gly Gly Ser
305                 310                 315                 320
Leu Lys Asp Asn Leu Glu Ala Asn Ile Leu Ala Ala Leu Val Asn Thr
325                 330                 335
Ala His Gly Glu Ala Ala Ser Lys Ile Lys Gln Leu Asp Gln His Tyr
340                 345                 350
Ile Ala His Lys Ile Ala His Ala Ile Ala Gly Cys Ala Ala Ala Ala
355                 360                 365
Ala Asn Lys Gly Lys Cys Gln Asp Gly Ala Ile Gly Ala Ala Val Gly
370                 375                 380
Glu Ile Leu Gly Glu Thr Leu Leu Asp Gly Arg Asp Pro Gly Ser Leu
385                 390                 395                 400
Asn Val Lys Asp Arg Ala Lys Ile Ile Ala Lys Ala Lys Leu Ala Ala
405                 410                 415
Gly Ala Val Ala Ala Leu Ser Lys Gly Asp Val Ser Thr Ala Ala Asn
420                 425                 430
Ala Ala Ala Val Ala Val Glu Asn Asn Ser Leu Asn Asp Ile Gln Asp
435                 440                 445
Arg Leu Leu Ser Gly Asn Tyr Ala Leu Cys Met Ser Ala Gly Gly Ala
450                 455                 460
Glu Ser Phe Cys Glu Ser Tyr Arg Pro Leu Gly Leu Pro His Phe Val
465                 470                 475                 480
Ser Val Ser Gly Glu Met Lys Leu Pro Asn Lys Phe Gly Asn Arg Met
485                 490                 495
Val Asn Gly Lys Leu Ile Ile Asn Thr Arg Asn Gly Asn Val Tyr Phe
500                 505                 510
Ser Val Gly Lys Ile Trp Ser Thr Val Lys Ser Thr Lys Ser Asn Ile
515                 520                 525
Ser Gly Val Ser Val Gly Trp Val Leu Asn Val Ser Pro Asn Asp Tyr
530                 535                 540
Leu Lys Glu Ala Ser Met Asn Asp Phe Arg Asn Ser Asn Gln Asn Lys
545                 550                 555                 560
Ala Tyr Ala Glu Met Ile Ser Gln Thr Leu Val Gly Glu Ser Val Gly
565                 570                 575
Gly Ser Leu Cys Leu Thr Arg Ala Cys Phe Ser Val Ser Ser Thr Ile
580                 585                 590
Ser Lys Ser Lys Ser Pro Phe Lys Asp Ser Lys Ile Ile Gly Glu Ile
595                 600                 605
Gly Leu Gly Ser Gly Val Ala Ala Gly Val Glu Lys Thr Ile Tyr Ile
610                 615                 620
Gly Asn Ile Lys Asp Ile Asp Lys Phe Ile Ser Ala Asn Ile Lys Lys
625                 630                 635                 640
<210> 21
<211> 2291
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (85)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (149)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (238)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (426)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (679)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (863)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (971)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1336)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1388)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1837)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1909)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1939)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1941)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1959)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2079)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2084)..(2085)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2113)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2120)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2236)..(2238)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2242)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2244)
<223> any nucleotide
<400> 21
ntgcaactgc tggcagaaga aggcatccac aagcacgagt tggatgtcca aaaaagccgc 60
cgctttatcg gcatcaaggt aggtnagagc aattacagta aaaacgaact gaacgaaacc 120
aaattgcctg tccgcgtcgt cgcccaaant gcagccaccc gttcaggctg ggataccgtg 180
ctcgaaggta ccgaattcaa aaccacgctg gccggtgccg acattcaggc aggtgtangc 240
gaaaaagccc gtgtcgatgc gaaaattatc ctcaaaggca ttgtgaaccg tatccagtcg 300
gaagaaaaat tagaaaccaa ctcaaccgta tggcagaaac aggccggacg cggcagcact 360
atcgaaacgc taaaactgcc cagcttcgaa agccctactc cgcccaaatt gtccgcaccc 420
ggcggntata tcgtcgacat tccgaaaggc aatctgaaaa ccgaaatcga aaagctgtcc 480
aaacagcccg agtatgccta tctgaaacag ctccaagtag cgaaaaacat caactggaat 540
caggtgcagc ttgcttacga cagatgggac tacaaacagg agggcttaac cgaagcaggt 600
gcggcgatta tcgcactggc cgttaccgtg gtcacctcag gcgcaggaac cggagccgta 660
ttgggattaa acggtgcgnc cgccgccgca accgatgcag cattcgcctc tttggccagc 720
caggcttccg tatcgttcat caacaacaaa ggcgatgtcg gcaaaaccct gaaagagctg 780
ggcagaagca gcacggtgaa aaatctggtg gttgccgccg ctaccgcagg cgtagccgac 840
aaaatcggcg cttcggcact gancaatgtc agcgataagc agtggatcaa caacctgacc 900
gtcaacctag ccaatgcggg cagtgccgca ctgattaata ccgctgtcaa cggcggcagc 960
ctgaaagaca ntctggaagc gaatatcctt gcggctttgg tcaataccgc gcatggagaa 1020
gcagccagta aaatcaaaca gttggatcag cactacatag tccacaagat tgcccatgcc 1080
atagcgggct gtgcggcagc ggcggcgaat aagggcaagt gtcaggatgg tgcgataggt 1140
gcggctgtgg gcgagatagt cggggaggct ttgacaaacg gcaaaaatcc tgacactttg 1200
acagctaaag aacgcgaaca gattttggca tacagcaaac tggttgccgg tacggtaagc 1260
ggtgtggtcg gcggcgatgt aaatgcggcg gcgaatgcgg ctgaggtagc ggtgaaaaat 1320
aatcagctta gcgacnaaga gggtagagaa tttgataacg aaatgactgc atgcgccaaa 1380
cagaatantc ctcaactgtg cagaaaaaat actgtaaaaa agtatcaaaa tgttgctgat 1440
aaaagacttg ctgcttcgat tgcaatatgt acggatatat cccgtagtac tgaatgtaga 1500
acaatcagaa aacaacattt gatcgatagt agaagccttc attcatcttg ggaagcaggt 1560
ctaattggta aagatgatga atggtataaa ttattcagca aatcttacac ccaagcagat 1620
ttggctttac agtcttatca tttgaatact gctgctaaat cttggcttca atcgggcaat 1680
acaaagcctt tatccgaatg gatgtccgac caaggttata cacttatttc aggagttaat 1740
cctagattca ttccaatacc aagagggttt gtaaaacaaa atacacctat tactaatgtc 1800
aaatacccgg aaggcatcag tttcgataca aacctanaaa gacatctggc aaatgctgat 1860
ggttttagtc aagaacaggg cattaaagga gcccataacc gcaccaatnt tatggcagaa 1920
ctaaattcac gaggaggang ngtaaaatct gaaacccana ctgatattga aggcattacc 1980
cgaattaaat atgagattcc tacactagac aggacaggta aacctgatgg tggatttaag 2040
gaaatttcaa gtataaaaac tgtttataat cctaaaaant tttnngatga taaaatactt 2100
caaatggctc aanatgctgn ttcacaagga tattcaaaag cctctaaaat tgctcaaaat 2160
gaaagaacta aatcaatatc ggaaagaaaa aatgtcattc aattctcaga aacctttgac 2220
ggaatcaaat ttagannnta tntngatgta aatacaggaa gaattacaaa cattcaccca 2280
gaataattta a                                                      2291
<210> 22
<211> 761
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (1)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (29)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (50)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (80)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (227)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (288)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (324)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (446)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (463)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (613)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (637)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (647)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (653)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (693)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (695)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (705)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (707)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (746)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (748)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 22
Xaa Gln Leu Leu Ala Glu Glu Gly Ile His Lys His Glu Leu Asp Val
1               5                  10                  15
Gln Lys Ser Arg Arg Phe Ile Gly Ile Lys Val Gly Xaa Ser Asn Tyr
20                  25                  30
Ser Lys Asn Glu Leu Asn Glu Thr Lys Leu Pro Val Arg Val Val Ala
35                  40                  45
Gln Xaa Ala Ala Thr Arg Ser Gly Trp Asp Thr Val Leu Glu Gly Thr
50                  55                  60
Glu Phe Lys Thr Thr Leu Ala Gly Ala Asp Ile Gln Ala Gly Val Xaa
65                  70                  75                  80
Glu Lys Ala Arg Val Asp Ala Lys Ile Ile Leu Lys Gly Ile Val Asn
85                  90                  95
Arg Ile Gln Ser Glu Glu Lys Leu Glu Thr Asn Ser Thr Val Trp Gln
100                 105                 110
Lys Gln Ala Gly Arg Gly Ser Thr Ile Glu Thr Leu Lys Leu Pro Ser
115                 120                 125
Phe Glu Ser Pro Thr Pro Pro Lys Leu Ser Ala Pro Gly Gly Tyr Ile
130                 135                 140
Val Asp Ile Pro Lys Gly Asn Leu Lys Thr Glu Ile Glu Lys Leu Ser
145                 150                 155                 160
Lys Gln Pro Glu Tyr Ala Tyr Leu Lys Gln Leu Gln Val Ala Lys Asn
165                 170                 175
Ile Asn Trp Asn Gln Val Gln Leu Ala Tyr Asp Arg Trp Asp Tyr Lys
180                 185                 190
Gln Glu Gly Leu Thr Glu Ala Gly Ala Ala Ile Ile Ala Leu Ala Val
195                 200                 205
Thr Val Val Thr Ser Gly Ala Gly Thr Gly Ala Val Leu Gly Leu Asn
210                 215                 220
Gly Ala Xaa Ala Ala Ala Thr Asp Ala Ala Phe Ala Ser Leu Ala Ser
225                 230                 235                 240
Gln Ala Ser Val Ser Phe Ile Asn Asn Lys Gly Asp Val Gly Lys Thr
245                 250                 255
Leu Lys Glu Leu Gly Arg Ser Ser Thr Val Lys Asn Leu Val Val Ala
260                 265                 270
Ala Ala Thr Ala Gly Val Ala Asp Lys Ile Gly Ala Ser Ala Leu Xaa
275                 280                 285
Asn Val Ser Asp Lys Gln Trp Ile Asn Asn Leu Thr Val Asn Leu Ala
290                 295                 300
Asn Ala Gly Ser Ala Ala Leu Ile Asn Thr Ala Val Asn Gly Gly Ser
305                 310                 315                 320
Leu Lys Asp Xaa Leu Glu Ala Asn Ile Leu Ala Ala Leu Val Asn Thr
325                 330                 335
Ala His Gly Glu Ala Ala Ser Lys Ile Lys Gln Leu Asp Gln His Tyr
340                 345                 350
Ile Val His Lys Ile Ala His Ala Ile Ala Gly Cys Ala Ala Ala Ala
355                 360                 365
Ala Asn Lys Gly Lys Cys Gln Asp Gly Ala Ile Gly Ala Ala Val Gly
370                 375                 380
Glu Ile Val Gly Glu Ala Leu Thr Asn Gly Lys Asn Pro Asp Thr Leu
385                 390                 395                 400
Thr Ala Lys Glu Arg Glu Gln Ile Leu Ala Tyr Ser Lys Leu Val Ala
405                 410                 415
Gly Thr Val Ser Gly Val Val Gly Gly Asp Val Asn Ala Ala Ala Asn
420                 425                 430
Ala Ala Glu Val Ala Val Lys Asn Asn Gln Leu Ser Asp Xaa Glu Gly
435                 440                 445
Arg Glu Phe Asp Asn Glu Met Thr Ala Cys Ala Lys Gln Asn Xaa Pro
450                 455                 460
Gln Leu Cys Arg Lys Asn Thr Val Lys Lys Tyr Gln Asn Val Ala Asp
465                 470                 475                 480
Lys Arg Leu Ala Ala Ser Ile Ala Ile Cys Thr Asp Ile Ser Arg Ser
485                 490                 495
Thr Glu Cys Arg Thr Ile Arg Lys Gln His Leu Ile Asp Ser Arg Ser
500                 505                 510
Leu His Ser Ser Trp Glu Ala Gly Leu Ile Gly Lys Asp Asp Glu Trp
515                 520                 525
Tyr Lys Leu Phe Ser Lys Ser Tyr Thr Gln Ala Asp Leu Ala Leu Gln
530                 535                 540
Ser Tyr His Leu Asn Thr Ala Ala Lys Ser Trp Leu Gln Ser Gly Asn
545                 550                 555                 560
Thr Lys Pro Leu Ser Glu Trp Met Ser Asp Gln Gly Tyr Thr Leu Ile
565                 570                 575
Ser Gly Val Asn Pro Arg Phe Ile Pro Ile Pro Arg Gly Phe Val Lys
580                 585                 590
Gln Asn Thr Pro Ile Thr Asn Val Lys Tyr Pro Glu Gly Ile Ser Phe
595                 600                 605
Asp Thr Asn Leu Xaa Arg His Leu Ala Asn Ala Asp Gly Phe Ser Gln
610                 615                 620
Glu Gln Gly Ile Lys Gly Ala His Asn Arg Thr Asn Xaa Met Ala Glu
625                 630                 635                 640
Leu Asn Ser Arg Gly Gly Xaa Val Lys Ser Glu Thr Xaa Thr Asp Ile
645                 650                 655
Glu Gly Ile Thr Arg Ile Lys Tyr Glu Ile Pro Thr Leu Asp Arg Thr
660                 665                 670
Gly Lys Pro Asp Gly Gly Phe Lys Glu Ile Ser Ser Ile Lys Thr Val
675                 680                 685
Tyr Asn Pro Lys Xaa Phe Xaa Asp Asp Lys Ile Leu Gln Met Ala Gln
690                 695                 700
Xaa Ala Xaa Ser Gln Gly Tyr Ser Lys Ala Ser Lys Ile Ala Gln Asn
705                 710                 715                 720
Glu Arg Thr Lys Ser Ile Ser Glu Arg Lys Asn Val Ile Gln Phe Ser
725                 730                 735
Glu Thr Phe Asp Gly Ile Lys Phe Arg Xaa Tyr Xaa Asp Val Asn Thr
740                 745                 750
Gly Arg Ile Thr Asn Ile His Pro Glu
755                 760
<210> 23
<211> 336
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 23
cggatcgttg taggtttgcg gatttcttgc gccgtagtca ccgtagtccc aagtataacc 60
caaggctttg tcttcgcctt tcattccgat aagggatatg acgctttggt cggtatagcc 120
gtcttgggaa cctttgtcca cccaacgcat atctgcctgc ggattctcat tgccgcttct 180
tggctgctga tttttctgcc ttcgcgtttt tcaacttcgc gcttgagggc ttcggcatat 240
ttgtcggcca acgccatttc tttcggatgc agctgcctat tgttccaatc tacattcgca 300
cccaccacag caccaccact accaccagtt gcatag                           336
<210> 24
<211> 111
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 24
Arg Ile Val Val Gly Leu Arg Ile Ser Cys Ala Val Val Thr Val Val
1               5                  10                  15
Pro Ser Ile Thr Gln Gly Phe Val Phe Ala Phe His Ser Asp Lys Gly
20                  25                  30
Tyr Asp Ala Leu Val Gly Ile Ala Val Leu Gly Thr Phe Val His Pro
35                  40                  45
Thr His Ile Cys Leu Arg Ile Leu Ile Ala Ala Ser Trp Leu Leu Ile
50                  55                  60
Phe Leu Pro Ser Arg Phe Ser Thr Ser Arg Leu Arg Ala Ser Ala Tyr
65                  70                  75                  80
Leu Ser Ala Asn Ala Ile Ser Phe Gly Cys Ser Cys Leu Leu Phe Gln
85                  90                  95
Ser Thr Phe Ala Pro Thr Thr Ala Pro Pro Leu Pro Pro Val Ala
100                 105                 110
<210> 25
<211> 1716
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> unsure
<222> (496)..(1542)
<223> N = Unknown
<220>
<221> unsure
<222> (1673)..(1674)
<223> N= Unknown
<400> 25
aagtttgact ttacctggtt tattccggcg gtaatcaaat accgccggtt gttttttgaa 60
gtattggtgg tgtcggtggt gttgcagctg tttgcgctga ttacgcctct gtttttccaa 120
gtggtgatgg acaaggtgct ggtacatcgg ggattctcta ctttggatgt ggtgtcggtg 180
gctttgttgg tggtgtcgct gtttgagatt gtgttgggcg gtttgcggac gtatctgttt 240
gcacatacga cttcacgtat tgatgtggaa ttgggcgcgc gtttgttccg gcatctgctt 300
tccctgcctt tatcctattt cgagcacaga cgagtgggtg atacggtggc tcgggtgcgg 360
gaattggagc agattcgcaa tttcttgacc ggtcaggcgc tgacttcggt gttggatttg 420
gcgttttcgt ttatctttct ggcggtgatg tggtattaca gctccactct gacttgggtg 480
gtattggctt cgttgnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 540
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 600
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 660
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 720
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 780
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 840
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 900
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 960
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 1020
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 1080
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 1140
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 1200
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 1260
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 1320
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 1380
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 1440
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 1500
nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnatttgcgc caaccggacg 1560
gtgctgatta tcgcccaccg tctgtccact gttaaaacgg cacaccggat cattgccatg 1620
gataaaggca ggattgtgga agcgggaaca cagcaggaat tgctggcgaa cgnnaacgga 1680
tattaccgct atctgtatga tttacagaac gggtag                           1716
<210> 26
<211> 571
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> UNSURE
<222> (166)..(514)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (558)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 26
Lys Phe Asp Phe Thr Trp Phe Ile Pro Ala Val Ile Lys Tyr Arg Arg
1               5                  10                  15
Leu Phe Phe Glu Val Leu Val Val Ser Val Val Leu Gln Leu Phe Ala
20                  25                  30
Leu Ile Thr Pro Leu Phe Phe Gln Val Val Met Asp Lys Val Leu Val
35                  40                  45
His Arg Gly Phe Ser Thr Leu Asp Val Val Ser Val Ala Leu Leu Val
50                  55                  60
Val Ser Leu Phe Glu Ile Val Leu Gly Gly Leu Arg Thr Tyr Leu Phe
65                  70                  75                  80
Ala His Thr Thr Ser Arg Ile Asp Val Glu Leu Gly Ala Arg Leu Phe
85                  90                  95
Arg His Leu Leu Ser Leu Pro Leu Ser Tyr Phe Glu His Arg Arg Val
100                 105                 110
Gly Asp Thr Val Ala Arg Val Arg Glu Leu Glu Gln Ile Arg Asn Phe
115                 120                 125
Leu Thr Gly Gln Ala Leu Thr Ser Val Leu Asp Leu Ala Phe Ser Phe
130                 135                 140
Ile Phe Leu Ala Val Met Trp Tyr Tyr Ser Ser Thr Leu Thr Trp Val
145                 150                 155                 160
Val Leu Ala Ser Leu Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
165                 170                 175
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
180                 185                 190
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
195                 200                 205
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
210                 215                 220
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
225                 230                 235                 240
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
245                 250                 255
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
260                 265                 270
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
275                 280                 285
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
290                 295                 300
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
305                 310                 315                 320
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
325                 330                 335
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
340                 345                 350
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
355                 360                 365
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
370                 375                 380
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
385                 390                 395                 400
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
405                 410                 415
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
420                 425                 430
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
435                 440                 445
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
450                 455                 460
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
465                 470                 475                 480
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
485                 490                 495
Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa
500                 505                 510
Xaa Xaa Ile Cys Ala Asn Arg Thr Val Leu Ile Ile Ala His Arg Leu
515                 520                 525
Ser Thr Val Lys Thr Ala His Arg Ile Ile Ala Met Asp Lys Gly Arg
530                 535                 540
Ile Val Glu Ala Gly Thr Gln Gln Glu Leu Leu Ala Asn Xaa Asn Gly
545                 550                 555                 560
Tyr Tyr Arg Tyr Leu Tyr Asp Leu Gln Asn Gly
565                 570
<210> 27
<211> 2133
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 27
atgtctatcg tatccgcacc gctccccgcc ctttccgccc tcatcatcct cgcccattac 60
cacggcattg ccgccaatcc tgccgatata cagcatgaat tttgtacttc cgcacagagc 120
gatttaaatg aaacgcaatg gctgttagcc gccaaatctt tgggattgaa ggcaaaggta 180
gtccgccagc ctattaaacg tttggctatg gcgactttac ccgcattggt atggtgtgat 240
gacggcaacc atttcatttt ggccaaaaca gacggtgagg gtgagcatgc ccaatttttg 300
atacaggatt tggttacgaa taagtctgcg gtattgtctt ttgccgaatt ttctaacaga 360
tattcgggca aactgatatt ggttgcttcc cgcgcttcgg tattgggcag tttggcaaag 420
tttgacttta cctggtttat tccggcggta atcaaatacc gccggttgtt ttttgaagta 480
ttggtggtgt cggtggtgtt gcagctgttt gcgctgatta cgcctctgtt tttccaagtg 540
gtgatggaca aggtgctggt acatcgggga ttctctactt tggatgtggt gtcggtggct 600
ttgttggtgg tgtcgctgtt tgagattgtg ttgggcggtt tgcggacgta tctgtttgca 660
catacgactt cacgtattga tgtggaattg ggcgcgcgtt tgttccggca tctgctttcc 720
ctgcctttat cctatttcga gcacagacga gtgggtgata cggtggctcg ggtgcgggaa 780
ttggagcaga ttcgcaattt cttgaccggt caggcgctga cttcggtgtt ggatttggcg 840
ttttcgttta tctttctggc ggtgatgtgg tattacagct ccactctgac ttgggtggta 900
ttggcttcgt tgcctgccta tgcgttttgg tcggcattta tcagtccgat actgcggacg 960
cgtctgaacg ataagttcgc gcgcaatgca gacaaccagt cgtttttagt agaaagcatc 1020
actgcggtgg gtacggtaaa ggcgatggcg gtggagccgc agatgacgca gcgttgggac 1080
aatcagttgg cggcttatgt ggcttcggga tttcgggtaa cgaagttggc ggtggtcggc 1140
cagcaggggg tgcagctgat tcagaagctg gtgacggtgg cgacgttgtg gattggcgca 1200
cggctggtaa ttgagagcaa gctgacggtg gggcagctga ttgcgtttaa tatgctctcg 1260
ggacaggtgg cggcgcctgt tatccgtttg gcgcagttgt ggcaggattt ccagcaggtg 1320
gggatttcgg tggcgcgttt gggggatatt ctgaatgcgc cgaccgagaa tgcgtcttcg 1380
catttggctt tgcccgatat ccggggggag attacgttcg aacatgtcga tttccgctat 1440
aaggcggacg gcaggctgat tttgcaggat ttgaacctgc ggattcgggc gggggaagtg 1500
ctggggattg tgggacgttc ggggtcgggc aaatccacac tcaccaaatt ggtgcagcgt 1560
ctgtatgtac cggagcaggg acgggtgttg gtggacggca acgatttggc tttggccgct 1620
cctgcctggc tgcggcggca ggtcggcgtg gtcttgcagg agaatgtgct gctcaaccgc 1680
agcatacgcg acaatatcgc gctgacggat acgggtatgc cgctggaacg cattatcgaa 1740
gcagccaaac tggcgggcgc acacgagttt attatggagc tgccggaagg ctacggcacc 1800
gtggtgggcg aacaaggggc cggcttgtcg ggcggacagc ggcagcgtat tgcgattgcc 1860
cgcgcgttaa tcaccaatcc gcgcattctg atttttgatg aagccaccag cgcgctggat 1920
tatgaaagtg aacgagcgat tatgcagaac atgcaggcca tttgcgccaa ccggacggtg 1980
ctgattatcg cccaccgtct gtccactgtt aaaacggcac accggatcat tgccatggat 2040
aaaggcagga ttgtggaagc gggaacacag caggaattgc tggcgaagcc gaacggatat 2100
taccgctatc tgtatgattt acagaacggg tag                              2133
<210> 28
<211> 710
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 28
Met Ser Ile Val Ser Ala Pro Leu Pro Ala Leu Ser Ala Leu Ile Ile
1               5                  10                  15
Leu Ala His Tyr His Gly Ile Ala Ala Asn Pro Ala Asp Ile Gln His
20                  25                  30
Glu Phe Cys Thr Ser Ala Gln Ser Asp Leu Asn Glu Thr Gln Trp Leu
35                  40                  45
Leu Ala Ala Lys Ser Leu Gly Leu Lys Ala Lys Val Val Arg Gln Pro
50                  55                  60
Ile Lys Arg Leu Ala Met Ala Thr Leu Pro Ala Leu Val Trp Cys Asp
65                  70                  75                  80
Asp Gly Asn His Phe Ile Leu Ala Lys Thr Asp Gly Glu Gly Glu His
85                  90                  95
Ala Gln Phe Leu Ile Gln Asp Leu Val Thr Asn Lys Ser Ala Val Leu
100                 105                 110
Ser Phe Ala Glu Phe Ser Asn Arg Tyr Ser Gly Lys Leu Ile Leu Val
115                 120                 125
Ala Ser Arg Ala Ser Val Leu Gly Ser Leu Ala Lys Phe Asp Phe Thr
130                 135                 140
Trp Phe Ile Pro Ala Val Ile Lys Tyr Arg Arg Leu Phe Phe Glu Val
145                 150                 155                 160
Leu Val Val Ser Val Val Leu Gln Leu Phe Ala Leu Ile Thr Pro Leu
165                 170                 175
Phe Phe Gln Val Val Met Asp Lys Val Leu Val His Arg Gly Phe Ser
180                 185                 190
Thr Leu Asp Val Val Ser Val Ala Leu Leu Val Val Ser Leu Phe Glu
195                 200                 205
Ile Val Leu Gly Gly Leu Arg Thr Tyr Leu Phe Ala His Thr Thr Ser
210                 215                 220
Arg Ile Asp Val Glu Leu Gly Ala Arg Leu Phe Arg His Leu Leu Ser
225                 230                 235                 240
Leu Pro Leu Ser Tyr Phe Glu His Arg Arg Val Gly Asp Thr Val Ala
245                 250                 255
Arg Val Arg Glu Leu Glu Gln Ile Arg Asn Phe Leu Thr Gly Gln Ala
260                 265                 270
Leu Thr Ser Val Leu Asp Leu Ala Phe Ser Phe Ile Phe Leu Ala Val
275                 280                 285
Met Trp Tyr Tyr Ser Ser Thr Leu Thr Trp Val Val Leu Ala Ser Leu
290                 295                 300
Pro Ala Tyr Ala Phe Trp Ser Ala Phe Ile Ser Pro Ile Leu Arg Thr
305                 310                 315                 320
Arg Leu Asn Asp Lys Phe Ala Arg Asn Ala Asp Asn Gln Ser Phe Leu
325                 330                 335
Val Glu Ser Ile Thr Ala Val Gly Thr Val Lys Ala Met Ala Val Glu
340                 345                 350
Pro Gln Met Thr Gln Arg Trp Asp Asn Gln Leu Ala Ala Tyr Val Ala
355                 360                 365
Ser Gly Phe Arg Val Thr Lys Leu Ala Val Val Gly Gln Gln Gly Val
370                 375                 380
Gln Leu Ile Gln Lys Leu Val Thr Val Ala Thr Leu Trp Ile Gly Ala
385                 390                 395                 400
Arg Leu Val Ile Glu Ser Lys Leu Thr Val Gly Gln Leu Ile Ala Phe
405                 410                 415
Asn Met Leu Ser Gly Gln Val Ala Ala Pro Val Ile Arg Leu Ala Gln
420                 425                 430
Leu Trp Gln Asp Phe Gln Gln Val Gly Ile Ser Val Ala Arg Leu Gly
435                 440                 445
Asp Ile Leu Asn Ala Pro Thr Glu Asn Ala Ser Ser His Leu Ala Leu
450                 455                 460
Pro Asp Ile Arg Gly Glu Ile Thr Phe Glu His Val Asp Phe Arg Tyr
465                 470                 475                 480
Lys Ala Asp Gly Arg Leu Ile Leu Gln Asp Leu Asn Leu Arg Ile Arg
485                 490                 495
Ala Gly Glu Val Leu Gly Ile Val Gly Arg Ser Gly Ser Gly Lys Ser
500                 505                 510
Thr Leu Thr Lys Leu Val Gln Arg Leu Tyr Val Pro Glu Gln Gly Arg
515                 520                 525
Val Leu Val Asp Gly Asn Asp Leu Ala Leu Ala Ala Pro Ala Trp Leu
530                 535                 540
Arg Arg Gln Val Gly Val Val Leu Gln Glu Asn Val Leu Leu Asn Arg
545                 550                 555                 560
Ser Ile Arg Asp Asn Ile Ala Leu Thr Asp Thr Gly Met Pro Leu Glu
565                 570                 575
Arg Ile Ile Glu Ala Ala Lys Leu Ala Gly Ala His Glu Phe Ile Met
580                 585                 590
Glu Leu Pro Glu Gly Tyr Gly Thr Val Val Gly Glu Gln Gly Ala Gly
595                 600                 605
Leu Ser Gly Gly Gln Arg Gln Arg Ile Ala Ile Ala Arg Ala Leu Ile
610                 615                 620
Thr Asn Pro Arg Ile Leu Ile Phe Asp Glu Ala Thr Ser Ala Leu Asp
625                 630                 635                 640
Tyr Glu Ser Glu Arg Ala Ile Met Gln Asn Met Gln Ala Ile Cys Ala
645                 650                 655
Asn Arg Thr Val Leu Ile Ile Ala His Arg Leu Ser Thr Val Lys Thr
660                 665                 670
Ala His Arg Ile Ile Ala Met Asp Lys Gly Arg Ile Val Glu Ala Gly
675                 680                 685
Thr Gln Gln Glu Leu Leu Ala Lys Pro Asn Gly Tyr Tyr Arg Tyr Leu
690                 695                 700
Tyr Asp Leu Gln Asn Gly
705                 710
<210> 29
<211> 2133
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 29
atgtctatcg tatccgcacc gctccccgcc ctttccgccc tcatcatcct cgcccattac 60
cacggcattg ccgccaatcc tgccgatata cagcatgaat tttgtacttc cgcacagagc 120
gatttaaatg aaacgcaatg gctgttagcc gccaaatctt tgggattgaa ggcaaaggta 180
gtccgccagc ctattaaacg tttggctatg gcgactttac ccgcattggt atggtgtgat 240
gacggcaacc attttatttt ggctaaaaca gacggtgggg gtgagcatgc ccaatatcta 300
atacaggatt taactacgaa taagtctgcg gtattgtctt ttgccgaatt ttctaacaga 360
tattcgggca aactgatatt ggttgcttcc cgcgcttcgg tattgggcag tttggcaaag 420
tttgacttta cctggtttat tccggcggta atcaaatacc gccggttgtt ttttgaagta 480
ttggtggtgt cggtggtgtt gcagctgttt gcgctgatta cgcctctgtt tttccaagtg 540
gtgatggaca aggtgctggt acatcgggga ttctctactt tggatgtggt gtcggtggct 600
ttgttggtgg tgtcgctgtt tgagattgtg ttgggcggtt tgcggacgta tctgtttgca 660
catacgactt cacgtattga tgtggaattg ggcgcgcgtt tgttccggca tctgctttcc 720
ctgcctttat cctatttcga gcacagacga gtgggtgata cggtggctcg ggtgcgggaa 780
ttggagcaga ttcgcaattt cttgaccggt caggcgctga cttcggtgtt ggatttggcg 840
ttttcgttta tctttctggc ggtgatgtgg tattacagct ccactctgac ttgggtggta 900
ttggcttcgt tgcctgccta tgcgttttgg tcggcattta tcagtccgat actgcggacg 960
cgtctgaacg ataagttcgc gcgcaatgca gacaaccagt cgtttttagt agaaagcatc 1020
actgcggtgg gtacggtaaa ggcgatggcg gtggagccgc agatgacgca gcgttgggac 1080
aatcagttgg cggcttatgt ggcttcggga tttcgggtaa cgaagttggc ggtggtcggc 1140
cagcaggggg tgcagctgat tcagaagctg gtgacggtgg cgacgttgtg gattggcgca 1200
cggctggtaa ttgagagcaa gctgacggtg gggcagctga ttgcgtttaa tatgctctcg 1260
ggacaggtgg cggcgcctgt tatccgtttg gcgcagttgt ggcaggattt ccagcaggtg 1320
gggatttcgg tggcgcgttt gggggatatt ctgaatgcgc cgaccgagaa tgcgtcttcg 1380
catttggctt tgcccgatat ccggggggag attacgttcg aacatgtcga tttccgctat 1440
aaggcggacg gcaggctgat tttgcaggat ttgaacctgc ggattcgggc gggggaagtg 1500
ctggggattg tgggacgttc ggggtcgggc aaatccacac tcaccaaatt ggtgcagcgt 1560
ctgtatgtac cggcgcaggg acgggtgttg gtggacggca acgatttggc tttggccgct 1620
cctgcttggc tgcggcggca ggtcggcgtg gtcttgcagg agaatgtgct gctcaaccgc 1680
agcatacgcg acaatatcgc gctgacggat acgggtatgc cgctggaacg cattatcgaa 1740
gcagccaaac tggcgggcgc acacgagttt attatggagc tgccggaagg ctacggcacc 1800
gtggtgggcg aacaaggggc cggcttgtcg ggcggacagc ggcagcgtat tgcgattgcc 1860
cgcgcgttaa tcaccaatcc gcgcattctg atttttgatg aagccaccag cgcgctggat 1920
tatgaaagtg aacgagcgat tatgcagaac atgcaggcca tttgcgccaa ccggacggtg 1980
ctgattatcg cccaccgtct gtccactgtt aaaacggcac accggatcat tgccatggat 2040
aaaggcagga ttgtggaagc gggaacacag caggaattgc tggcgaagcc gaacggatat 2100
taccgctatc tgtatgattt acagaacggg tag                              2133
<210> 30
<211> 710
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 30
Met Ser Ile Val Ser Ala Pro Leu Pro Ala Leu Ser Ala Leu Ile Ile
1               5                  10                  15
Leu Ala His Tyr His Gly Ile Ala Ala Asn Pro Ala Asp Ile Gln His
20                  25                  30
Glu Phe Cys Thr Ser Ala Gln Ser Asp Leu Asn Glu Thr Gln Trp Leu
35                  40                  45
Leu Ala Ala Lys Ser Leu Gly Leu Lys Ala Lys Val Val Arg Gln Pro
50                  55                  60
Ile Lys Arg Leu Ala Met Ala Thr Leu Pro Ala Leu Val Trp Cys Asp
65                  70                  75                  80
Asp Gly Asn His Phe Ile Leu Ala Lys Thr Asp Gly Gly Gly Glu His
85                  90                  95
Ala Gln Tyr Leu Ile Gln Asp Leu Thr Thr Asn Lys Ser Ala Val Leu
100                 105                 110
Ser Phe Ala Glu Phe Ser Asn Arg Tyr Ser Gly Lys Leu Ile Leu Val
115                 120                 125
Ala Ser Arg Ala Ser Val Leu Gly Ser Leu Ala Lys Phe Asp Phe Thr
130                 135                 140
Trp Phe Ile Pro Ala Val Ile Lys Tyr Arg Arg Leu Phe Phe Glu Val
145                 150                 155                 160
Leu Val Val Ser Val Val Leu Gln Leu Phe Ala Leu Ile Thr Pro Leu
165                 170                 175
Phe Phe Gln Val Val Met Asp Lys Val Leu Val His Arg Gly Phe Ser
180                 185                 190
Thr Leu Asp Val Val Ser Val Ala Leu Leu Val Val Ser Leu Phe Glu
195                 200                 205
Ile Val Leu Gly Gly Leu Arg Thr Tyr Leu Phe Ala His Thr Thr Ser
210                 215                 220
Arg Ile Asp Val Glu Leu Gly Ala Arg Leu Phe Arg His Leu Leu Ser
225                 230                 235                 240
Leu Pro Leu Ser Tyr Phe Glu His Arg Arg Val Gly Asp Thr Val Ala
245                 250                 255
Arg Val Arg Glu Leu Glu Gln Ile Arg Asn Phe Leu Thr Gly Gln Ala
260                 265                 270
Leu Thr Ser Val Leu Asp Leu Ala Phe Ser Phe Ile Phe Leu Ala Val
275                 280                 285
Met Trp Tyr Tyr Ser Ser Thr Leu Thr Trp Val Val Leu Ala Ser Leu
290                 295                 300
Pro Ala Tyr Ala Phe Trp Ser Ala Phe Ile Ser Pro Ile Leu Arg Thr
305                 310                 315                 320
Arg Leu Asn Asp Lys Phe Ala Arg Asn Ala Asp Asn Gln Ser Phe Leu
325                 330                 335
Val Glu Ser Ile Thr Ala Val Gly Thr Val Lys Ala Met Ala Val Glu
340                 345                 350
Pro Gln Met Thr Gln Arg Trp Asp Asn Gln Leu Ala Ala Tyr Val Ala
355                 360                 365
Ser Gly Phe Arg Val Thr Lys Leu Ala Val Val Gly Gln Gln Gly Val
370                 375                 380
Gln Leu Ile Gln Lys Leu Val Thr Val Ala Thr Leu Trp Ile Gly Ala
385                 390                 395                 400
Arg Leu Val Ile Glu Ser Lys Leu Thr Val Gly Gln Leu Ile Ala Phe
405                 410                 415
Asn Met Leu Ser Gly Gln Val Ala Ala Pro Val Ile Arg Leu Ala Gln
420                 425                 430
Leu Trp Gln Asp Phe Gln Gln Val Gly Ile Ser Val Ala Arg Leu Gly
435                 440                 445
Asp Ile Leu Asn Ala Pro Thr Glu Asn Ala Ser Ser His Leu Ala Leu
450                 455                 460
Pro Asp Ile Arg Gly Glu Ile Thr Phe Glu His Val Asp Phe Arg Tyr
465                 470                 475                 480
Lys Ala Asp Gly Arg Leu Ile Leu Gln Asp Leu Asn Leu Arg Ile Arg
485                 490                 495
Ala Gly Glu Val Leu Gly Ile Val Gly Arg Ser Gly Ser Gly Lys Ser
500                 505                 510
Thr Leu Thr Lys Leu Val Gln Arg Leu Tyr Val Pro Ala Gln Gly Arg
515                 520                 525
Val Leu Val Asp Gly Asn Asp Leu Ala Leu Ala Ala Pro Ala Trp Leu
530                 535                 540
Arg Arg Gln Val Gly Val Val Leu Gln Glu Asn Val Leu Leu Asn Arg
545                 550                 555                 560
Ser Ile Arg Asp Asn Ile Ala Leu Thr Asp Thr Gly Met Pro Leu Glu
565                 570                 575
Arg Ile Ile Glu Ala Ala Lys Leu Ala Gly Ala His Glu Phe Ile Met
580                 585                 590
Glu Leu Pro Glu Gly Tyr Gly Thr Val Val Gly Glu Gln Gly Ala Gly
595                 600                 605
Leu Ser Gly Gly Gln Arg Gln Arg Ile Ala Ile Ala Arg Ala Leu Ile
610                 615                 620
Thr Asn Pro Arg Ile Leu Ile Phe Asp Glu Ala Thr Ser Ala Leu Asp
625                 630                 635                 640
Tyr Glu Ser Glu Arg Ala Ile Met Gln Asn Met Gln Ala Ile Cys Ala
645                 650                 655
Asn Arg Thr Val Leu Ile Ile Ala His Arg Leu Ser Thr Val Lys Thr
660                 665                 670
Ala His Arg Ile Ile Ala Met Asp Lys Gly Arg Ile Val Glu Ala Gly
675                 680                 685
Thr Gln Gln Glu Leu Leu Ala Lys Pro Asn Gly Tyr Tyr Arg Tyr Leu
690                 695                 700
Tyr Asp Leu Gln Asn Gly
705                 710
<210> 31
<211> 186
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 31
atgaaatact tgatccgcac cgccttactc gcagtcgcag ccgccggcat ctacgcctgc 60
caaccgcaat ccgaagccgc agtgcaagtc aaggctgaaa acagcctgac cgctatgcgc 120
ttagccgtcg ccgacaaaca ggcagagatt gacgggttga acgcccaaak sgacgccgaa 180
atcaga                                                            186
<210> 32
<211> 62
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (57)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 32
Met Lys Tyr Leu Ile Arg Thr Ala Leu Leu Ala Val Ala Ala Ala Gly
1               5                  10                  15
Ile Tyr Ala Cys Gln Pro Gln Ser Glu Ala Ala Val Gln Val Lys Ala
20                  25                  30
Glu Asn Ser Leu Thr Ala Met Arg Leu Ala Val Ala Asp Lys Gln Ala
35                  40                  45
Glu Ile Asp Gly Leu Asn Ala Gln Xaa Asp Ala Glu Ile Arg
50                  55                  60
<210> 33
<211> 261
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 33
atgaaatact tgatccgcac cgccttactc gcagtcgcag ccgccggcat ctacgcctgc 60
caaccgcaat ccgaagccgc agtgcaagtc aaggctgaaa acagcctgac cgctatgcgc 120
ttagccgtcg ccgacaaaca ggcagagatt gacgggttga acgcccaaat cgacgccgaa 180
atcagacaac gcgaagccga agaattgaaa gactaccgat ggatacacgg cgacgcggaa 240
gtgccggagc tggaaaaatg a                                           261
<210> 34
<211> 86
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 34
Met Lys Tyr Leu Ile Arg Thr Ala Leu Leu Ala Val Ala Ala Ala Gly
1               5                  10                  15
Ile Tyr Ala Cys Gln Pro Gln Ser Glu Ala Ala Val Gln Val Lys Ala
20                  25                  30
Glu Asn Ser Leu Thr Ala Met Arg Leu Ala Val Ala Asp Lys Gln Ala
35                  40                  45
Glu Ile Asp Gly Leu Asn Ala Gln Ile Asp Ala Glu Ile Arg Gln Arg
50                  55                  60
Glu Ala Glu Glu Leu Lys Asp Tyr Arg Trp Ile His Gly Asp Ala Glu
65                  70                  75                  80
Val Pro Glu Leu Glu Lys
85
<210> 35
<211> 279
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 35
atggttatcg gaatattact cgcatcaagc aagcatgctc ttgtcattac tctattgtta 60
aatcccgtct tccatgcatc cagttgcgta tcgcgttsgg caatacggaa taaaatctgc 120
tgttctgctt tggctaaatt tgccaaattg tttattgttt ctttaggagc agcttgctta 180
gccgccttcg ctttcgacaa cgcccccaca ggcgcttccc aagcgttgcc taccgttacc 240
gcacccgtgg cgattcccgc gcccgcttcg gcagcctga                        279
<210> 36
<211> 92
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (33)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 36
Met Val Ile Gly Ile Leu Leu Ala Ser Ser Lys His Ala Leu Val Ile
1               5                  10                  15
Thr Leu Leu Leu Asn Pro Val Phe His Ala Ser Ser Cys Val Ser Arg
20                  25                  30
Xaa Ala Ile Arg Asn Lys Ile Cys Cys Ser Ala Leu Ala Lys Phe Ala
35                  40                  45
Lys Leu Phe Ile Val Ser Leu Gly Ala Ala Cys Leu Ala Ala Phe Ala
50                  55                  60
Phe Asp Asn Ala Pro Thr Gly Ala Ser Gln Ala Leu Pro Thr Val Thr
65                  70                  75                  80
Ala Pro Val Ala Ile Pro Ala Pro Ala Ser Ala Ala
85                  90
<210> 37
<211> 312
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 37
atggcttgta caggtttgat ggtttttccg ttaatggtta tcggaatatt acttgcatca 60
agcaagcctg ctcctttcct tactctattg ttaaatcccg tcttccatgc atccagttgc 120
gtatcgcgtt gggcaatacg gaataaaatc tgctgttctg ctttggctaa atttgccaaa 180
ttgtttattg tttctttagg agcagcttgc ttagccgcct tcgctttcga caacgccccc 240
acaggcgctt cccaagcgtt gcctaccgtt accgcacccg tggcgattcc cgcgcccgct 300
tcggcagcct ga                                                     312
<210> 38
<211> 103
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 38
Met Ala Cys Thr Gly Leu Met Val Phe Pro Leu Met Val Ile Gly Ile
1               5                  10                  15
Leu Leu Ala Ser Ser Lys Pro Ala Pro Phe Leu Thr Leu Leu Leu Asn
20                  25                  30
Pro Val Phe His Ala Ser Ser Cys Val Ser Arg Trp Ala Ile Arg Asn
35                  40                  45
Lys Ile Cys Cys Ser Ala Leu Ala Lys Phe Ala Lys Leu Phe Ile Val
50                  55                  60
Ser Leu Gly Ala Ala Cys Leu Ala Ala Phe Ala Phe Asp Asn Ala Pro
65                  70                  75                  80
Thr Gly Ala Ser Gln Ala Leu Pro Thr Val Thr Ala Pro Val Ala Ile
85                  90                  95
Pro Ala Pro Ala Ser Ala Ala
100
<210> 39
<211> 255
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 39
atgttcagta ttttaaatgt gtttcttcat tgtattctgg cttgtgtagt ctctggtgag 60
acgcctacta tatttggtat ccttgctctt ttttacttat tgtatctttc ttatcttgct 120
gtttttaaga ttttcttttc ttttttctta gacagagttt cactccggtc tcccaggctg 180
gagtgcaaat ggcatgaccc tttggctcac tggctcacgg ccacttctgc tattctgccg 240
cctcagcctc caggg                                                  255
<210> 40
<211> 85
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 40
Met Phe Ser Ile Leu Asn Val Phe Leu His Cys Ile Leu Ala Cys Val
1               5                  10                  15
Val Ser Gly Glu Thr Pro Thr Ile Phe Gly Ile Leu Ala Leu Phe Tyr
20                  25                  30
Leu Leu Tyr Leu Ser Tyr Leu Ala Val Phe Lys Ile Phe Phe Ser Phe
35                  40                  45
Phe Leu Asp Arg Val Ser Leu Arg Ser Pro Arg Leu Glu Cys Lys Trp
50                  55                  60
His Asp Pro Leu Ala His Trp Leu Thr Ala Thr Ser Ala Ile Leu Pro
65                  70                  75                  80
Pro Gln Pro Pro Gly
85
<210> 41
<211> 237
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 41
gtgcggacgt ggttggtttt ttggttgcag cgtttgaaat acccgttgtt gctttggatt 60
gcggatatgt tgctgtaccg gttgttgggc ggcgcggaaa tcgaatgcgg ccgttgccct 120
gtgccgccga tgacggattg gcagcatttt ttgccggcga tgggaacggt gtcggcttgg 180
gtggcggtga tttgggcata cctgatgatt gaaagtgaaa aaaacggaag atattga    237
<210> 42
<211> 78
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 42
Val Arg Thr Trp Leu Val Phe Trp Leu Gln Arg Leu Lys Tyr Pro Leu
1               5                  10                  15
Leu Leu Trp Ile Ala Asp Met Leu Leu Tyr Arg Leu Leu Gly Gly Ala
20                  25                  30
Glu Ile Glu Cys Gly Arg Cys Pro Val Pro Pro Met Thr Asp Trp Gln
35                  40                  45
His Phe Leu Pro Ala Met Gly Thr Val Ser Ala Trp Val Ala Val Ile
50                  55                  60
Trp Ala Tyr Leu Met Ile Glu Ser Glu Lys Asn Gly Arg Tyr
65                  70                  75
<210> 43
<211> 237
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 43
gtgcggacgt ggttggtttt ttggttgcag cgtttgaaat acccgttgtt gctttgtatt 60
gcggatatgc tgctgtaccg gttgttgggc ggcgcggaaa tcgaatgcgg ccgttgccct 120
gtaccgccga tgacggattg gcagcatttt ttgccgacga tgggaacggt ggcggcttgg 180
gtggcggtga tttgggcata cctgatgatt gaaagtgaaa aaaacggaag atattga    237
<210> 44
<211> 78
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 44
Val Arg Thr Trp Leu Val Phe Trp Leu Gln Arg Leu Lys Tyr Pro Leu
1               5                  10                  15
Leu Leu Cys Ile Ala Asp Met Leu Leu Tyr Arg Leu Leu Gly Gly Ala
20                  25                  30
Glu Ile Glu Cys Gly Arg Cys Pro Val Pro Pro Met Thr Asp Trp Gln
35                  40                  45
His Phe Leu Pro Thr Met Gly Thr Val Ala Ala Trp Val Ala Val Ile
50                  55                  60
Trp Ala Tyr Leu Met Ile Glu Ser Glu Lys Asn Gly Arg Tyr
65                  70                  75
<210> 45
<211> 660
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 45
atgtttcaaa attttgattt gggcgtgttc ctgcttgccg tcctccccgt gctgccctcc 60
attaccgtct cgcacgtggc gcgcggctat acggcgcgct actggggaga caacactgcc 120
gaacaatacg gcaggctgac actgaacccc ctgccccata tcgatttggt cggcacaatc 180
atcgtaccgc tgcttacttt gatgttcacg cccttcctgt tcggctgggc gcgtccgatt 240
cctatcgatt cgcgcaactt ccgcaacccg cgccttgcct ggcgttgcgt tgccgcgtcc 300
ggcccgctgt cgaatctagc gatggctgtw ctgtggggcg tggttttggt gctgactccg 360
tatgtcggcg gggcgtatca gatgccgttg gctcaaatgg caaactacgg tattctgatc 420
aatgcgattc tgttcgcgct caacatcatc cccatcctgc cttgggacgg cggcattttc 480
atcgacacct tcctgtcggc gaaatattcg caagcgttcc gcaaaatcga accttatggg 540
acgtggatta tcctactgct gatgctgacc sgggttttgg gtgcgtttat wgcaccgatt 600
stgcggmtgc gtgattgcrt ttgtgcagat gtwcgtctga ctggctttca gacggcataa 660
<210> 46
<211> 219
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (191)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (201)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (203)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (207)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 46
Met Phe Gln Asn Phe Asp Leu Gly Val Phe Leu Leu Ala Val Leu Pro
1               5                  10                  15
Val Leu Pro Ser Ile Thr Val Ser His Val Ala Arg Gly Tyr Thr Ala
20                  25                  30
Arg Tyr Trp Gly Asp Asn Thr Ala Glu Gln Tyr Gly Arg Leu Thr Leu
35                  40                  45
Asn Pro Leu Pro His Ile Asp Leu Val Gly Thr Ile Ile Val Pro Leu
50                  55                  60
Leu Thr Leu Met Phe Thr Pro Phe Leu Phe Gly Trp Ala Arg Pro Ile
65                  70                  75                  80
Pro Ile Asp Ser Arg Asn Phe Arg Asn Pro Arg Leu Ala Trp Arg Cys
85                  90                  95
Val Ala Ala Ser Gly Pro Leu Ser Asn Leu Ala Met Ala Val Leu Trp
100                 105                 110
Gly Val Val Leu Val Leu Thr Pro Tyr Val Gly Gly Ala Tyr Gln Met
115                 120                 125
Pro Leu Ala Gln Met Ala Asn Tyr Gly Ile Leu Ile Asn Ala Ile Leu
130                 135                 140
Phe Ala Leu Asn Ile Ile Pro Ile Leu Pro Trp Asp Gly Gly Ile Phe
145                 150                 155                 160
Ile Asp Thr Phe Leu Ser Ala Lys Tyr Ser Gln Ala Phe Arg Lys Ile
165                 170                 175
Glu Pro Tyr Gly Thr Trp Ile Ile Leu Leu Leu Met Leu Thr Xaa Val
180                 185                 190
Leu Gly Ala Phe Ile Ala Pro Ile Xaa Arg Xaa Arg Asp Cys Xaa Cys
195                 200                 205
Ala Asp Val Arg Leu Thr Gly Phe Gln Thr Ala
210                 215
<210> 47
<211> 639
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 47
atgtttcaaa attttgattt gggcgtgttt ctgcttgccg tcctgcccgt gctgctctcc 60
attaccgtca gggaggtggc gcgcggctat acggcgcgct actggggaga caacactgcc 120
gaacaatacg gcaggctgac actgaacccc ctgccccata tcgatttggt cggcacaatc 180
atcgtaccgc tgcttacttt gatgttcacg cccttcctgt tcggctgggc gcgtccgatt 240
cctatcgatt cgcgcaactt ccgcaacccg cgccttgcct ggcgttgcgt tgccgcgtcc 300
ggcccgctgt cgaatctagc gatggctgtt ctgtggggcg tggttttggt gctgactccg 360
tatgtcggcg gggcgtatca gatgccgttg gctcaaatgg caaactacgg tattctgatc 420
aatgcgattc tgttcgcgct caacatcatc cccatcctgc cttgggacgg cggcattttc 480
atcgacacct tcctgtcggc gaaatattcg caagcgttcc gcaaaatcga accttatggg 540
acgtggatta tcctactgct gatgctgacc ggggttttgg gtgcgtttat tgcaccgatt 600
gtgcggctgg tgattgcgtt tgtgcagatg ttcgtctga                        639
<210> 48
<211> 212
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 48
Met Phe Gln Asn Phe Asp Leu Gly Val Phe Leu Leu Ala Val Leu Pro
1               5                  10                  15
Val Leu Leu Ser Ile Thr Val Arg Glu Val Ala Arg Gly Tyr Thr Ala
20                  25                  30
Arg Tyr Trp Gly Asp Asn Thr Ala Glu Gln Tyr Gly Arg Leu Thr Leu
35                  40                  45
Asn Pro Leu Pro His Ile Asp Leu Val Gly Thr Ile Ile Val Pro Leu
50                  55                  60
Leu Thr Leu Met Phe Thr Pro Phe Leu Phe Gly Trp Ala Arg Pro Ile
65                  70                  75                  80
Pro Ile Asp Ser Arg Asn Phe Arg Asn Pro Arg Leu Ala Trp Arg Cys
85                  90                  95
Val Ala Ala Ser Gly Pro Leu Ser Asn Leu Ala Met Ala Val Leu Trp
100                 105                 110
Gly Val Val Leu Val Leu Thr Pro Tyr Val Gly Gly Ala Tyr Gln Met
115                 120                 125
Pro Leu Ala Gln Met Ala Asn Tyr Gly Ile Leu Ile Asn Ala Ile Leu
130                 135                 140
Phe Ala Leu Asn Ile Ile Pro Ile Leu Pro Trp Asp Gly Gly Ile Phe
145                 150                 155                 160
Ile Asp Thr Phe Leu Ser Ala Lys Tyr Ser Gln Ala Phe Arg Lys Ile
165                 170                 175
Glu Pro Tyr Gly Thr Trp Ile Ile Leu Leu Leu Met Leu Thr Gly Val
180                 185                 190
Leu Gly Ala Phe Ile Ala Pro Ile Val Arg Leu Val Ile Ala Phe Val
195                 200                 205
Gln Met Phe Val
210
<210> 49
<211> 558
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> misc_feature
<222> (312)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (328)..(330)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (353)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (420)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (426)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (473)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (506)
<223> any nucleotide
<400> 49
cgcggctata cagcgcgcta ctggggtgac aacactgccg aacaatacgg caggctgaca 60
ctgaaccccc tgccccatat cgatttggtc ggcacaatca tcgtaccgct gcttactttg 120
atgtttacgc ccttcctgtt cggctgggcg cgtccgattc ctatcgattc gcgcaacttc 180
cgcaacccgc gccttgcctg gcgttgcgtt gccgcgtccg gcccgctgtc gaatctggcg 240
atggctgttc tgtggggcgt ggttttggtg ctgactccgt atgtcggtgg ggcgtatcag 300
atgccgttgg cncaaatggc aaactacnnn attctgatca atgcgattct gtncgcgctc 360
aacatcatcc ccatcctgcc ttgggacggc ggcattttca tcgacacctt cctgtcggcn 420
aaatantcgc aagcgttccg caaaatcgaa ccttatggga cgtggattat ccngctgctt 480
atgctgaccg gggttttggg tgcgtntatt gcaccgattg tgcagctggt gattgcgttt 540
gtgcagatgt tcgtctga                                               558
<210> 50
<211> 185
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (110)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (118)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (142)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (158)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (169)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 50
Arg Gly Tyr Thr Ala Arg Tyr Trp Gly Asp Asn Thr Ala Glu Gln Tyr
1               5                  10                  15
Gly Arg Leu Thr Leu Asn Pro Leu Pro His Ile Asp Leu Val Gly Thr
20                  25                  30
Ile Ile Val Pro Leu Leu Thr Leu Met Phe Thr Pro Phe Leu Phe Gly
35                  40                  45
Trp Ala Arg Pro Ile Pro Ile Asp Ser Arg Asn Phe Arg Asn Pro Arg
50                  55                  60
Leu Ala Trp Arg Cys Val Ala Ala Ser Gly Pro Leu Ser Asn Leu Ala
65                  70                  75                  80
Met Ala Val Leu Trp Gly Val Val Leu Val Leu Thr Pro Tyr Val Gly
85                  90                  95
Gly Ala Tyr Gln Met Pro Leu Ala Gln Met Ala Asn Tyr Xaa Ile Leu
100                 105                 110
Ile Asn Ala Ile Leu Xaa Ala Leu Asn Ile Ile Pro Ile Leu Pro Trp
115                 120                 125
Asp Gly Gly Ile Phe Ile Asp Thr Phe Leu Ser Ala Lys Xaa Ser Gln
130                 135                 140
Ala Phe Arg Lys Ile Glu Pro Tyr Gly Thr Trp Ile Ile Xaa Leu Leu
145                 150                 155                 160
Met Leu Thr Gly Val Leu Gly Ala Xaa Ile Ala Pro Ile Val Gln Leu
165                 170                 175
Val Ile Ala Phe Val Gln Met Phe Val
180                 185
<210> 51
<211> 498
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 51
atgaacctga tttcacgtta catcatccgt caaatggcgg ttatggcggt ttacgcgctc 60
cttgccttcc tcgctttgta cagctttttt gaaatcctgt acgaaaccgg caacctcggc 120
aaaggcagtt acggcatatg ggaaatgctg ggctacaccg ccctcaaaat gcccgcccgc 180
gcctacgaac tgattcccct cgccgtcctt atcggcggac tggtctccct cagccagctt 240
gccgccggca gcgaactgac cgtcatcaaa gccagcggca tgagcaccaa aaagctgctg 300
ttgattctgt cgcagttcgg ttttattttt gctattgcca ccgtcgcgct cggcgaatgg 360
gttgcgccca cactgagcca aaaagccgaa aacatcaaag ccgccgccat caacggcaaa 420
atcagcaccg gcaataccgg cctttggctg aaagaaaaaa acagcgtgat caatgtgcgc 480
gaaatgttgc ccgaccat                                               498
<210> 52
<211> 166
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 52
Met Asn Leu Ile Ser Arg Tyr Ile Ile Arg Gln Met Ala Val Met Ala
1               5                  10                  15
Val Tyr Ala Leu Leu Ala Phe Leu Ala Leu Tyr Ser Phe Phe Glu Ile
20                  25                  30
Leu Tyr Glu Thr Gly Asn Leu Gly Lys Gly Ser Tyr Gly Ile Trp Glu
35                  40                  45
Met Leu Gly Tyr Thr Ala Leu Lys Met Pro Ala Arg Ala Tyr Glu Leu
50                  55                  60
Ile Pro Leu Ala Val Leu Ile Gly Gly Leu Val Ser Leu Ser Gln Leu
65                  70                  75                  80
Ala Ala Gly Ser Glu Leu Thr Val Ile Lys Ala Ser Gly Met Ser Thr
85                  90                  95
Lys Lys Leu Leu Leu Ile Leu Ser Gln Phe Gly Phe Ile Phe Ala Ile
100                 105                 110
Ala Thr Val Ala Leu Gly Glu Trp Val Ala Pro Thr Leu Ser Gln Lys
115                 120                 125
Ala Glu Asn Ile Lys Ala Ala Ala Ile Asn Gly Lys Ile Ser Thr Gly
130                 135                 140
Asn Thr Gly Leu Trp Leu Lys Glu Lys Asn Ser Val Ile Asn Val Arg
145                 150                 155                 160
Glu Met Leu Pro Asp His
165
<210> 53
<211> 980
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 53
atgaacctga tttcacgtta catcatccgt caaatggcgg ttatggcggt ttacgcgctc 60
cttgccttcc tcgctttgta cagctttttt gaaatcctgt acgaaaccgg caacctcggc 120
aaaggcagtt acggcatatg ggaaatgctg ggctacaccg ccctcaaaat gcccgcccgc 180
gcctacgaac tgattcccct cgccgtcctt atcggcggac tggtctccct cagccagctt 240
gccgccggca gcgaactgac cgtcatcaaa gccagcggca tgagcaccaa aaagctgctg 300
ttgattctgt cgcagttcgg ttttattttt gctattgcca ccgtcgcgct cggcgaatgg 360
gttgcgccca cactgagcca aaaagccgaa aacatcaaag ccgccgccat caacggcaaa 420
atcagcaccg gcaataccgg cctttggctg aaagaaaaaa acagcrtkat caatgtgcgc 480
gaaatgttgc ccgaccatac gcttttgggc atcaaaattt gggcgcgcaa cgataaaaac 540
gaattggcag aggcagtgga agccgattcc gccgttttga acagcgacgg cagttggcag 600
ttgaaaaaca tccgccgcag cacgcttggc gaagacaaag tcgaggtctc tattgcggct 660
gaagaaaact ggccgatttc cgtcaaacgc aacctgatgg acgtattgct cgtcaaaccc 720
gaccaaatgt ccgtcggcga actgaccacc tacatccgcc acctccaaaa caacagccaa 780
aacacccgaa tctacgccat cgcatggtgg cgcaaattgg tttaccccgc cgcagcctgg 840
gtgatggcgc tcgtcgcctt tgcctttacc ccgcaaacca cccgccacgg caatatgggc 900
ttaaaactct tcggcggcat ctgtstcgga ttgctgttcc accttgccgg acggctcttt 960
gggtttacca gccaactcgg                                             980
<210> 54
<211> 326
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (156)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (309)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 54
Met Asn Leu Ile Ser Arg Tyr Ile Ile Arg Gln Met Ala Val Met Ala
1               5                  10                  15
Val Tyr Ala Leu Leu Ala Phe Leu Ala Leu Tyr Ser Phe Phe Glu Ile
20                  25                  30
Leu Tyr Glu Thr Gly Asn Leu Gly Lys Gly Ser Tyr Gly Ile Trp Glu
35                  40                  45
Met Leu Gly Tyr Thr Ala Leu Lys Met Pro Ala Arg Ala Tyr Glu Leu
50                  55                  60
Ile Pro Leu Ala Val Leu Ile Gly Gly Leu Val Ser Leu Ser Gln Leu
65                  70                  75                  80
Ala Ala Gly Ser Glu Leu Thr Val Ile Lys Ala Ser Gly Met Ser Thr
85                  90                  95
Lys Lys Leu Leu Leu Ile Leu Ser Gln Phe Gly Phe Ile Phe Ala Ile
100                 105                 110
Ala Thr Val Ala Leu Gly Glu Trp Val Ala Pro Thr Leu Ser Gln Lys
115                 120                 125
Ala Glu Asn Ile Lys Ala Ala Ala Ile Asn Gly Lys Ile Ser Thr Gly
130                 135                 140
Asn Thr Gly Leu Trp Leu Lys Glu Lys Asn Ser Xaa Ile Asn Val Arg
145                 150                 155                 160
Glu Met Leu Pro Asp His Thr Leu Leu Gly Ile Lys Ile Trp Ala Arg
165                 170                 175
Asn Asp Lys Asn Glu Leu Ala Glu Ala Val Glu Ala Asp Ser Ala Val
180                 185                 190
Leu Asn Ser Asp Gly Ser Trp Gln Leu Lys Asn Ile Arg Arg Ser Thr
195                 200                 205
Leu Gly Glu Asp Lys Val Glu Val Ser Ile Ala Ala Glu Glu Asn Trp
210                 215                 220
Pro Ile Ser Val Lys Arg Asn Leu Met Asp Val Leu Leu Val Lys Pro
225                 230                 235                 240
Asp Gln Met Ser Val Gly Glu Leu Thr Thr Tyr Ile Arg His Leu Gln
245                 250                 255
Asn Asn Ser Gln Asn Thr Arg Ile Tyr Ala Ile Ala Trp Trp Arg Lys
260                 265                 270
Leu Val Tyr Pro Ala Ala Ala Trp Val Met Ala Leu Val Ala Phe Ala
275                 280                 285
Phe Thr Pro Gln Thr Thr Arg His Gly Asn Met Gly Leu Lys Leu Phe
290                 295                 300
Gly Gly Ile Cys Xaa Gly Leu Leu Phe His Leu Ala Gly Arg Leu Phe
305                 310                 315                 320
Gly Phe Thr Ser Gln Leu
325
<210> 55
<211> 1071
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> misc_feature
<222> (148)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (153)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (172)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (229)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (260)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (669)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (770)..(772)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (907)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (951)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (961)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1001)
<223> any nucleotide
<400> 55
atgaacctga tttcacgtta catcatccgt caaatggcgg ttatggcggt ttacgcgctc 60
cttgccttcc tcgctttgta cagctttttt gaaatcctgt acgaaaccgg caacctcggc 120
aaaggcagtt acggcatatg ggaaatgntg ggntacaccg ccctcaaaat gnccgcccgc 180
gcctacgaac tgatgcccct cgccgtcctt atcggcggac tggtctctnt cagccagctt 240
gccgccggca gcgaactgan cgtcatcaaa gccagcggca tgagcaccaa aaagctgctg 300
ttgattctgt cgcagttcgg ttttattttt gctattgcca ccgtcgcgct cggcgaatgg 360
gttgcgccca cactgagcca aaaagccgaa aacatcaaag ccgcggccat caacggcaaa 420
atcagtaccg gcaataccgg cctttggctg aaagaaaaaa acagcattat caatgtgcgc 480
gaaatgttgc ccgaccatac cctgctgggc attaaaatct gggcccgcaa cgataaaaac 540
gaactggcag aggcagtgga agccgattcc gccgttttga acagcgacgg cagttggcag 600
ttgaaaaaca tccgccgcag cacgcttggc gaagacaaag tcgaggtctc tattgcggct 660
gaagaaaant ggccgatttc cgtcaaacgc aacctgatgg acgtattgct cgtcaaaccc 720
gaccaaatgt ccgtcggcga actgaccacc tacatccgcc acctccaaan nnacagccaa 780
aacacccgaa tctacgccat cgcatggtgg cgcaaattgg tttaccccgc cgcagcctgg 840
gtgatggcgc tcgtcgcctt tgcctttacc ccgcaaacca cccgccacgg caatatgggc 900
ttaaaantct tcggcggcat ctgtctcgga ttgctgttcc accttgccgg ncggctcttc 960
nggtttacca gccaactcta cggcatcccg cccttcctcg ncggcgcact acctaccata 1020
gccttcgcct tgctcgccgt ttggctgata cgcaaacagg aaaaacgcta a          1071
<210> 56
<211> 356
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (50)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (58)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (77)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (87)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (223)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (257)..(258)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (303)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (321)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (334)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 56
Met Asn Leu Ile Ser Arg Tyr Ile Ile Arg Gln Met Ala Val Met Ala
1               5                  10                  15
Val Tyr Ala Leu Leu Ala Phe Leu Ala Leu Tyr Ser Phe Phe Glu Ile
20                  25                  30
Leu Tyr Glu Thr Gly Asn Leu Gly Lys Gly Ser Tyr Gly Ile Trp Glu
35                  40                  45
Met Xaa Gly Tyr Thr Ala Leu Lys Met Xaa Ala Arg Ala Tyr Glu Leu
50                  55                  60
Met Pro Leu Ala Val Leu Ile Gly Gly Leu Val Ser Xaa Ser Gln Leu
65                  70                  75                  80
Ala Ala Gly Ser Glu Leu Xaa Val Ile Lys Ala Ser Gly Met Ser Thr
85                  90                  95
Lys Lys Leu Leu Leu Ile Leu Ser Gln Phe Gly Phe Ile Phe Ala Ile
100                 105                 110
Ala Thr Val Ala Leu Gly Glu Trp Val Ala Pro Thr Leu Ser Gln Lys
115                 120                 125
Ala Glu Asn Ile Lys Ala Ala Ala Ile Asn Gly Lys Ile Ser Thr Gly
130                 135                 140
Asn Thr Gly Leu Trp Leu Lys Glu Lys Asn Ser Ile Ile Asn Val Arg
145                 150                 155                 160
Glu Met Leu Pro Asp His Thr Leu Leu Gly Ile Lys Ile Trp Ala Arg
165                 170                 175
Asn Asp Lys Asn Glu Leu Ala Glu Ala Val Glu Ala Asp Ser Ala Val
180                 185                 190
Leu Asn Ser Asp Gly Ser Trp Gln Leu Lys Asn Ile Arg Arg Ser Thr
195                 200                 205
Leu Gly Glu Asp Lys Val Glu Val Ser Ile Ala Ala Glu Glu Xaa Trp
210                 215                 220
Pro Ile Ser Val Lys Arg Asn Leu Met Asp Val Leu Leu Val Lys Pro
225                 230                 235                 240
Asp Gln Met Ser Val Gly Glu Leu Thr Thr Tyr Ile Arg His Leu Gln
245                 250                 255
Xaa Xaa Ser Gln Asn Thr Arg Ile Tyr Ala Ile Ala Trp Trp Arg Lys
260                 265                 270
Leu Val Tyr Pro Ala Ala Ala Trp Val Met Ala Leu Val Ala Phe Ala
275                 280                 285
Phe Thr Pro Gln Thr Thr Arg His Gly Asn Met Gly Leu Lys Xaa Phe
290                 295                 300
Gly Gly Ile Cys Leu Gly Leu Leu Phe His Leu Ala Gly Arg Leu Phe
305                 310                 315                 320
Xaa Phe Thr Ser Gln Leu Tyr Gly Ile Pro Pro Phe Leu Xaa Gly Ala
325                 330                 335
Leu Pro Thr Ile Ala Phe Ala Leu Leu Ala Val Trp Leu Ile Arg Lys
340                 345                 350
Gln Glu Lys Arg
355
<210> 57
<211> 854
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 57
gcagtagccg aaactgccaa cagccagggc aaaggtaaac aggcaggcag ttcggtttct 60
gtttcactga aaacttcagg cgacctttgc ggcaaactca aaaccaccct taaaactttg 120
gtctgctctt tggtttccct gagtatggta ttgcctgccc atgcccaaat taccaccgac 180
aaatcagcac ctaaaaacca gcaggtcgtt atccttaaaa ccaacactgg tgcccccttg 240
gtgaatatcc aaactccgaa tggacgcgga ttgagccaca accgctatac gcatttgatg 300
ttgacaacaa aggggcagtg ttaaacaacg accgtaacaa taatccgttt gtggtcaaag 360
gcagtgcgca attgattttg aacgaggtac gcggtacggc tagcaaactc aacggcatcg 420
ttaccgtagg cggtcaaaag gccgacgtga ttattgccaa ccccaacggc attaccgtta 480
atggcggcgg ctttaaaaat gtcggtcggg gcatcttaac taccggtgcg ccccaaatcg 540
gcaaagacgg tgcactgaca ggatttgatg tgcgtcaagg cacattggac cgtagragca 600
gcaggttgga atgataaagg cggagcmrmy tacaccgggg tacttgctcg tgcagttgct 660
ttgcagggga aattwmmggg taaaaactgg cggtttctac cggtcctcag aaagtagatt 720
acgccagcgg cgaaatcagt gcaggtacgg cagcgggtac gaaaccgact attgcccttg 780
atactgccgc actgggcggt atgtacgccg acagcatcac actgattgcc aatgaaaaag 840
gcgtaggcgt ctaa                                                   854
<210> 58
<211> 284
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (96)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (199)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (210)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (225)..(226)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (229)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 58
Ala Val Ala Glu Thr Ala Asn Ser Gln Gly Lys Gly Lys Gln Ala Gly
1               5                  10                  15
Ser Ser Val Ser Val Ser Leu Lys Thr Ser Gly Asp Leu Cys Gly Lys
20                  25                  30
Leu Lys Thr Thr Leu Lys Thr Leu Val Cys Ser Leu Val Ser Leu Ser
35                  40                  45
Met Val Leu Pro Ala His Ala Gln Ile Thr Thr Asp Lys Ser Ala Pro
50                  55                  60
Lys Asn Gln Gln Val Val Ile Leu Lys Thr Asn Thr Gly Ala Pro Leu
65                  70                  75                  80
Val Asn Ile Gln Thr Pro Asn Gly Arg Gly Leu Ser His Asn Arg Xaa
85                  90                  95
Tyr Ala Phe Asp Val Asp Asn Lys Gly Ala Val Leu Asn Asn Asp Arg
100                 105                 110
Asn Asn Asn Pro Phe Val Val Lys Gly Ser Ala Gln Leu Ile Leu Asn
115                 120                 125
Glu Val Arg Gly Thr Ala Ser Lys Leu Asn Gly Ile Val Thr Val Gly
130                 135                 140
Gly Gln Lys Ala Asp Val Ile Ile Ala Asn Pro Asn Gly Ile Thr Val
145                 150                 155                 160
Asn Gly Gly Gly Phe Lys Asn Val Gly Arg Gly Ile Leu Thr Thr Gly
165                 170                 175
Ala Pro Gln Ile Gly Lys Asp Gly Ala Leu Thr Gly Phe Asp Val Val
180                 185                 190
Lys Ala His Trp Thr Val Xaa Ala Ala Gly Trp Asn Asp Lys Gly Gly
195                 200                 205
Ala Xaa Tyr Thr Gly Val Leu Ala Arg Ala Val Ala Leu Gln Gly Lys
210                 215                 220
Xaa Xaa Gly Lys Xaa Leu Ala Val Ser Thr Gly Pro Gln Lys Val Asp
225                 230                 235                 240
Tyr Ala Ser Gly Glu Ile Ser Ala Gly Thr Ala Ala Gly Thr Lys Pro
245                 250                 255
Thr Ile Ala Leu Asp Thr Ala Ala Leu Gly Gly Met Tyr Ala Asp Ser
260                 265                 270
Ile Thr Leu Ile Ala Asn Glu Lys Gly Val Gly Val
275                 280
<210> 59
<211> 5937
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 59
atgaataaag gtttacatcg cattatcttt agtaaaaagc acagcaccat ggttgcagta 60
gccgaaactg ccaacagcca gggcaaaggt aaacaggcag gcagttcggt ttctgtttca 120
ctgaaaactt caggcgacct ttgcggcaaa ctcaaaacca cccttaaaac tttggtctgc 180
tctttggttt ccctgagtat ggtattgcct gcccatgccc aaattaccac cgacaaatca 240
gcacctaaaa accagcaggt cgttatcctt aaaaccaaca ctggtgcccc cttggtgaat 300
atccaaactc cgaatggacg cggattgagc cacaaccgct atacgcagtt tgatgttgac 360
aacaaagggg cagtgttaaa caacgaccgt aacaataatc cgtttgtggt caaaggcagt 420
gcgcaattga ttttgaacga ggtacgcggt acggctagca aactcaacgg catcgttacc 480
gtaggcggtc aaaaggccga cgtgattatt gccaacccca acggcattac cgttaatggc 540
ggcggcttta aaaatgtcgg tcggggcatc ttaactaccg gtgcgcccca aatcggcaaa 600
gacggtgcac tgacaggatt tgatgtgcgt caaggcacat tgaccgtagg agcagcaggt 660
tggaatgata aaggcggagc cgactacacc ggggtacttg ctcgtgcagt tgctttgcag 720
gggaaattac agggtaaaaa cctggcggtt tctaccggtc ctcagaaagt agattacgcc 780
agcggcgaaa tcagtgcagg tacggcagcg ggtacgaaac cgactattgc ccttgatact 840
gccgcactgg gcggtatgta cgccgacagc atcacactga ttgccaatga aaaaggcgta 900
ggcgtcaaaa atgccggcac actcgaagcg gccaagcaat tgattgtgac ttcgtcaggc 960
cgcattgaaa acagcggccg catcgccacc actgccgacg gcaccgaagc ttcaccgact 1020
tatctctcca tcgaaaccac cgaaaaagga gcggcaggca catttatctc caatggtggt 1080
cggatcgaga gcaaaggctt attggttatt gagacgggag aagatatcag cttgcgtaac 1140
ggagccgtgg tgcagaataa cggcagtcgc ccagctacca cggtattaaa tgctggtcat 1200
aatttggtga ttgagagcaa aactaatgtg aacaatgcca aaggcccggc tactctgtcg 1260
gccgacggcc gtaccgtcat caaggaggcc agtattcaga ctggcactac cgtatacagt 1320
tccagcaaag gcaacgccga attaggcaat aacacacgca ttaccggggc agatgttacc 1380
gtattatcca acggcaccat cagcagttcc gccgtaatag atgccaaaga caccgcacac 1440
atcgaagcag gcaaaccgct ttctttggaa gcttcaacag ttacctccga tatccgctta 1500
aacggaggca gtatcaaggg cggcaagcag cttgctttac tggcagacga taacattact 1560
gccaaaacta ccaatctgaa tactcccggc aatctgtatg ttcatacagg taaagatctg 1620
aatttgaatg ttgataaaga tttgtctgcc gccagcatcc atttgaaatc ggataacgct 1680
gcccatatta ccggcaccag taaaaccctc actgcctcaa aagacatggg tgtggaggca 1740
ggctcgctga atgttaccaa taccaatctg cgtaccaact cgggtaatct gcacattcag 1800
gcagccaaag gcaatattca gcttcgcaat accaagctga acgcagccaa ggctctcgaa 1860
accaccgcat tgcagggcaa tatcgtttca gacggccttc atgctgtttc tgcagacggt 1920
catgtatcct tattggccaa cggtaatgcc gactttaccg gtcacaatac cctgacagcc 1980
aaggccgatg tcaatgcagg atcggttggt aaaggccgtc tgaaagcaga caataccaat 2040
atcacttcat cttcaggaga tattacgttg gttgccggca acggtattca gcttggtgac 2100
ggaaaacaac gcaattcaat caacggaaaa cacatcagca tcaaaaacaa cggtggtaat 2160
gccgacttaa aaaaccttaa cgtccatgcc aaaagcgggg cattgaacat tcattccgac 2220
cgggcattga gcatagaaaa taccaagctg gagtctaccc ataatacgca tcttaatgca 2280
caacacgagc gggtaacgct caaccaagta gatgcctacg cacaccgtca tctaagcatt 2340
accggcagcc agatttggca aaacgacaaa ctgccttctg ccaacaagct ggtggctaac 2400
ggtgtattgg cactcaatgc gcgctattcc caaattgccg acaacaccac gctgagagcg 2460
ggtgcaatca accttactgc cggtaccgcc ctagtcaagc gcggcaacat caattggagt 2520
accgtttcga ccaaaacttt ggaagataat gccgaattaa aaccattggc cggacggctg 2580
aatattgaag caggtagcgg cacattaacc atcgaacctg ccaaccgcat cagtgcgcat 2640
accgacctga gcatcaaaac aggcggaaaa ttgctgttgt ctgcaaaagg aggaaatgca 2700
ggtgcgccta gtgctcaagt ttcctcattg gaagcaaaag gcaatatccg tctggttaca 2760
ggagaaacag atttaagagg ttctaaaatt acagccggta aaaacttggt tgtcgccacc 2820
accaaaggca agttgaatat cgaagccgta aacaactcat tcagcaatta ttttcctaca 2880
caaaaagcgg ctgaactcaa ccaaaaatcc aaagaattgg aacagcagat tgcgcagttg 2940
aaaaaaagct cgcctaaaag caagctgatt ccaaccctgc aagaagaacg cgaccgtctc 3000
gctttctata ttcaagccat caacaaggaa gttaaaggta aaaaacccaa aggcaaagaa 3060
tacctgcaag ccaagctttc tgcacaaaat attgacttga tttccgcaca aggcatcgaa 3120
atcagcggtt ccgatattac cgcttccaaa aaactgaacc ttcacgccgc aggcgtattg 3180
ccaaaggcag cagattcaga ggcggctgct attctgattg acggcataac cgaccaatat 3240
gaaattggca agcccaccta caagagtcac tacgacaaag ctgctctgaa caagccttca 3300
cgtttgaccg gacgtacagg ggtaagtatt catgcagctg cggcactcga tgatgcacgt 3360
attattatcg gtgcatccga aatcaaagct ccctcaggca gcatagacat caaagcccat 3420
agtgatattg tactggaggc tggacaaaac gatgcctata ccttcttaaa aaccaaaggt 3480
aaaagcggca aaatcatcag aaaaaccaag tttaccagca cccgcgacca cctgattatg 3540
ccagcccccg tcgagctgac cgccaacggc ataacgcttc aggcaggcgg caacatcgaa 3600
gctaatacca cccgcttcaa tgcccctgca ggtaaagtta ccctggttgc gggtgaagag 3660
ctgcaactgc tggcagaaga aggcatccac aagcacgagt tggatgtcca aaaaagccgc 3720
cgctttatcg gcatcaaggt aggcaagagc aattacagta aaaacgaact gaacgaaacc 3780
aaattgcctg tccgcgtcgt cgcccaaact gcagccaccc gttcaggctg ggataccgtg 3840
ctcgaaggta ccgaattcaa aaccacgctg gccggtgcgg acattcaggc aggtgtaggc 3900
gaaaaagccc gtgccgatgc gaaaattatc ctcaaaggca ttgtgaaccg tatccagtcg 3960
gaagaaaaat tagaaaccaa ctcaaccgta tggcagaaac aggccggacg cggcagcact 4020
atcgaaacgc tgaaactgcc cagcttcgaa agccctactc cgcccaaact gaccgccccc 4080
ggtggctata tcgtcgacat tccgaaaggc aatttgaaaa ccgaaatcga aaagctggcc 4140
aaacagcccg agtatgccta tctgaaacag ctccaagtag cgaaaaacgt caactggaac 4200
caggtgcaac tggcttacga taaatgggac tataagcagg aaggcttaac cagagccggt 4260
gcagcgattg ttaccataat cgtaaccgca ctgacttatg gatacggcgc aaccgcagcg 4320
ggcggtgtag ccgcttcagg aagtagtaca gccgcagctg ccggaacagc cgccacaacg 4380
acagcagcag ctactaccgt ttctacagcg actgccatgc aaaccgctgc tttagcctcc 4440
ttgtatagcc aagcagctgt atccatcatc aataataaag gtgatgtcgg caaagcgttg 4500
aaagatctcg gcaccagtga tacggtcaag cagattgtca cttctgccct gacggcgggt 4560
gcattaaatc agatgggcgc agatattgcc caattgaaca gcaaggtaag aaccgaactg 4620
ttcagcagta cgggcaatca aactattgcc aaccttggag gcagactggc taccaatctc 4680
agtaatgcag gtatctcagc tggtatcaat accgccgtca acggcggcag cctgaaagac 4740
aacttaggca atgccgcatt aggagcattg gttaatagct tccaaggaga agccgccagc 4800
aaaatcaaaa caaccttcag cgacgattat gttgccaaac agttcgccca cgctttggct 4860
gggtgtgtta gcggattggt acaaggaaaa tgtaaagacg gggcaattgg cgcagcagtt 4920
ggggaaatcg tagccgactc catgcttggc ggcagaaacc ctgctacact cagcgatgcg 4980
gaaaagcata aggttatcag ttactcgaag attattgccg gcagcgtggc ggcactcaac 5040
ggcggcgatg tgaatactgc ggcgaatgcg gctgaggtgg cggtagtgaa taatgctttg 5100
aattttgaca gtacccctac caatgcgaaa aagcatcaac cgcagaagcc cgacaaaacc 5160
gcactggaaa aaattatcca aggtattatg cctgcacatg cagcaggtgc gatgactaat 5220
ccgcaggata aggatgctgc catttggata agcaatatcc gtaatggcat cacaggcccg 5280
attgtgatta ccagctatgg ggtttatgct gcaggttgga cagctccgct gatcggtaca 5340
gcgggtaaat tagctatcag cacctgcatg gctaatcctt ctggttgtac tgtcatggtc 5400
actcaggctg ccgaagcggg cgcgggaatc gccacgggtg cggtaacggt aggcaacgct 5460
tgggaagcgc ctgtgggggc gttgtcgaaa gcgaaggcgg ccaagcaggc tataccaacc 5520
cagacagtta aagaacttga tggcttacta caagaatcaa aaaatatagg tgctgtaaat 5580
acacgaatta atatagcgaa tagtactact cgatatacac caatgagaca aacgggacaa 5640
ccggtatctg ctggctttga gcatgttctt gaggggcact tccataggcc tattgcgaat 5700
aaccgttcag tttttaccat ctccccaaat gaattgaagg ttatacttca aagtaataaa 5760
gtagtttctt ctcccgtatc gatgactcct gatggccaat atatgcggac tgtcgatgta 5820
ggaaaagtta ttggtactac ttctattaaa gaaggtggac aacccacaac tacaattaaa 5880
gtatttacag ataagtcagg aaatttgatt actacatacc cagtaaaagg aaactaa    5937
<210> 60
<211> 1978
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 60
Met Asn Lys Gly Leu His Arg Ile Ile Phe Ser Lys Lys His Ser Thr
1               5                  10                  15
Met Val Ala Val Ala Glu Thr Ala Asn Ser Gln Gly Lys Gly Lys Gln
20                  25                  30
Ala Gly Ser Ser Val Ser Val Ser Leu Lys Thr Ser Gly Asp Leu Cys
35                  40                  45
Gly Lys Leu Lys Thr Thr Leu Lys Thr Leu Val Cys Ser Leu Val Ser
50                  55                  60
Leu Ser Met Val Leu Pro Ala His Ala Gln Ile Thr Thr Asp Lys Ser
65                  70                  75                  80
Ala Pro Lys Asn Gln Gln Val Val Ile Leu Lys Thr Asn Thr Gly Ala
85                  90                  95
Pro Leu Val Asn Ile Gln Thr Pro Asn Gly Arg Gly Leu Ser His Asn
100                 105                 110
Arg Tyr Thr Gln Phe Asp Val Asp Asn Lys Gly Ala Val Leu Asn Asn
115                 120                 125
Asp Arg Asn Asn Asn Pro Phe Val Val Lys Gly Ser Ala Gln Leu Ile
130                 135                 140
Leu Asn Glu Val Arg Gly Thr Ala Ser Lys Leu Asn Gly Ile Val Thr
145                 150                 155                 160
Val Gly Gly Gln Lys Ala Asp Val Ile Ile Ala Asn Pro Asn Gly Ile
165                 170                 175
Thr Val Asn Gly Gly Gly Phe Lys Asn Val Gly Arg Gly Ile Leu Thr
180                 185                 190
Thr Gly Ala Pro Gln Ile Gly Lys Asp Gly Ala Leu Thr Gly Phe Asp
195                 200                 205
Val Arg Gln Gly Thr Leu Thr Val Gly Ala Ala Gly Trp Asn Asp Lys
210                 215                 220
Gly Gly Ala Asp Tyr Thr Gly Val Leu Ala Arg Ala Val Ala Leu Gln
225                 230                 235                 240
Gly Lys Leu Gln Gly Lys Asn Leu Ala Val Ser Thr Gly Pro Gln Lys
245                 250                 255
Val Asp Tyr Ala Ser Gly Glu Ile Ser Ala Gly Thr Ala Ala Gly Thr
260                 265                 270
Lys Pro Thr Ile Ala Leu Asp Thr Ala Ala Leu Gly Gly Met Tyr Ala
275                 280                 285
Asp Ser Ile Thr Leu Ile Ala Asn Glu Lys Gly Val Gly Val Lys Asn
290                 295                 300
Ala Gly Thr Leu Glu Ala Ala Lys Gln Leu Ile Val Thr Ser Ser Gly
305                 310                 315                 320
Arg Ile Glu Asn Ser Gly Arg Ile Ala Thr Thr Ala Asp Gly Thr Glu
325                 330                 335
Ala Ser Pro Thr Tyr Leu Ser Ile Glu Thr Thr Glu Lys Gly Ala Ala
340                 345                 350
Gly Thr Phe Ile Ser Asn Gly Gly Arg Ile Glu Ser Lys Gly Leu Leu
355                 360                 365
Val Ile Glu Thr Gly Glu Asp Ile Ser Leu Arg Asn Gly Ala Val Val
370                 375                 380
Gln Asn Asn Gly Ser Arg Pro Ala Thr Thr Val Leu Asn Ala Gly His
385                 390                 395                 400
Asn Leu Val Ile Glu Ser Lys Thr Asn Val Asn Asn Ala Lys Gly Pro
405                 410                 415
Ala Thr Leu Ser Ala Asp Gly Arg Thr Val Ile Lys Glu Ala Ser Ile
420                 425                 430
Gln Thr Gly Thr Thr Val Tyr Ser Ser Ser Lys Gly Asn Ala Glu Leu
435                 440                 445
Gly Asn Asn Thr Arg Ile Thr Gly Ala Asp Val Thr Val Leu Ser Asn
450                 455                 460
Gly Thr Ile Ser Ser Ser Ala Val Ile Asp Ala Lys Asp Thr Ala His
465                 470                 475                 480
Ile Glu Ala Gly Lys Pro Leu Ser Leu Glu Ala Ser Thr Val Thr Ser
485                 490                 495
Asp Ile Arg Leu Asn Gly Gly Ser Ile Lys Gly Gly Lys Gln Leu Ala
500                 505                 510
Leu Leu Ala Asp Asp Asn Ile Thr Ala Lys Thr Thr Asn Leu Asn Thr
515                 520                 525
Pro Gly Asn Leu Tyr Val His Thr Gly Lys Asp Leu Asn Leu Asn Val
530                 535                 540
Asp Lys Asp Leu Ser Ala Ala Ser Ile His Leu Lys Ser Asp Asn Ala
545                 550                 555                 560
Ala His Ile Thr Gly Thr Ser Lys Thr Leu Thr Ala Ser Lys Asp Met
565                 570                 575
Gly Val Glu Ala Gly Ser Leu Asn Val Thr Asn Thr Asn Leu Arg Thr
580                 585                 590
Asn Ser Gly Asn Leu His Ile Gln Ala Ala Lys Gly Asn Ile Gln Leu
595                 600                 605
Arg Asn Thr Lys Leu Asn Ala Ala Lys Ala Leu Glu Thr Thr Ala Leu
610                 615                 620
Gln Gly Asn Ile Val Ser Asp Gly Leu His Ala Val Ser Ala Asp Gly
625                 630                 635                 640
His Val Ser Leu Leu Ala Asn Gly Asn Ala Asp Phe Thr Gly His Asn
645                 650                 655
Thr Leu Thr Ala Lys Ala Asp Val Asn Ala Gly Ser Val Gly Lys Gly
660                 665                 670
Arg Leu Lys Ala Asp Asn Thr Asn Ile Thr Ser Ser Ser Gly Asp Ile
675                 680                 685
Thr Leu Val Ala Gly Asn Gly Ile Gln Leu Gly Asp Gly Lys Gln Arg
690                 695                 700
Asn Ser Ile Asn Gly Lys His Ile Ser Ile Lys Asn Asn Gly Gly Asn
705                 710                 715                 720
Ala Asp Leu Lys Asn Leu Asn Val His Ala Lys Ser Gly Ala Leu Asn
725                 730                 735
Ile His Ser Asp Arg Ala Leu Ser Ile Glu Asn Thr Lys Leu Glu Ser
740                 745                 750
Thr His Asn Thr His Leu Asn Ala Gln His Glu Arg Val Thr Leu Asn
755                 760                 765
Gln Val Asp Ala Tyr Ala His Arg His Leu Ser Ile Thr Gly Ser Gln
770                 775                 780
Ile Trp Gln Asn Asp Lys Leu Pro Ser Ala Asn Lys Leu Val Ala Asn
785                 790                 795                 800
Gly Val Leu Ala Leu Asn Ala Arg Tyr Ser Gln Ile Ala Asp Asn Thr
805                 810                 815
Thr Leu Arg Ala Gly Ala Ile Asn Leu Thr Ala Gly Thr Ala Leu Val
820                 825                 830
Lys Arg Gly Asn Ile Asn Trp Ser Thr Val Ser Thr Lys Thr Leu Glu
835                 840                 845
Asp Asn Ala Glu Leu Lys Pro Leu Ala Gly Arg Leu Asn Ile Glu Ala
850                 855                 860
Gly Ser Gly Thr Leu Thr Ile Glu Pro Ala Asn Arg Ile Ser Ala His
865                 870                 875                 880
Thr Asp Leu Ser Ile Lys Thr Gly Gly Lys Leu Leu Leu Ser Ala Lys
885                 890                 895
Gly Gly Asn Ala Gly Ala Pro Ser Ala Gln Val Ser Ser Leu Glu Ala
900                 905                 910
Lys Gly Asn Ile Arg Leu Val Thr Gly Glu Thr Asp Leu Arg Gly Ser
915                 920                 925
Lys Ile Thr Ala Gly Lys Asn Leu Val Val Ala Thr Thr Lys Gly Lys
930                 935                 940
Leu Asn Ile Glu Ala Val Asn Asn Ser Phe Ser Asn Tyr Phe Pro Thr
945                 950                 955                 960
Gln Lys Ala Ala Glu Leu Asn Gln Lys Ser Lys Glu Leu Glu Gln Gln
965                 970                 975
Ile Ala Gln Leu Lys Lys Ser Ser Pro Lys Ser Lys Leu Ile Pro Thr
980                 985                 990
Leu Gln Glu Glu Arg Asp Arg Leu Ala Phe Tyr Ile Gln Ala Ile Asn
995                1000                1005
Lys Glu Val Lys Gly Lys Lys Pro Lys Gly Lys Glu Tyr Leu Gln Ala
1010                1015                1020
Lys Leu Ser Ala Gln Asn Ile Asp Leu Ile Ser Ala Gln Gly Ile Glu
1025               1030                1035                1040
Ile Ser Gly Ser Asp Ile Thr Ala Ser Lys Lys Leu Asn Leu His Ala
1045                1050                1055
Ala Gly Val Leu Pro Lys Ala Ala Asp Ser Glu Ala Ala Ala Ile Leu
1060                1065                1070
Ile Asp Gly Ile Thr Asp Gln Tyr Glu Ile Gly Lys Pro Thr Tyr Lys
1075                1080                1085
Ser His Tyr Asp Lys Ala Ala Leu Asn Lys Pro Ser Arg Leu Thr Gly
1090                1095                1100
Arg Thr Gly Val Ser Ile His Ala Ala Ala Ala Leu Asp Asp Ala Arg
1105               1110                1115                1120
Ile Ile Ile Gly Ala Ser Glu Ile Lys Ala Pro Ser Gly Ser Ile Asp
1125                1130                1135
Ile Lys Ala His Ser Asp Ile Val Leu Glu Ala Gly Gln Asn Asp Ala
1140                1145                1150
Tyr Thr Phe Leu Lys Thr Lys Gly Lys Ser Gly Lys Ile Ile Arg Lys
1155                1160                1165
Thr Lys Phe Thr Ser Thr Arg Asp His Leu Ile Met Pro Ala Pro Val
1170                1175                1180
Glu Leu Thr Ala Asn Gly Ile Thr Leu Gln Ala Gly Gly Asn Ile Glu
1185               1190                1195                1200
Ala Asn Thr Thr Arg Phe Asn Ala Pro Ala Gly Lys Val Thr Leu Val
1205                1210                1215
Ala Gly Glu Glu Leu Gln Leu Leu Ala Glu Glu Gly Ile His Lys His
1220                1225                1230
Glu Leu Asp Val Gln Lys Ser Arg Arg Phe Ile Gly Ile Lys Val Gly
1235                1240                1245
Lys Ser Asn Tyr Ser Lys Asn Glu Leu Asn Glu Thr Lys Leu Pro Val
1250                1255                1260
Arg Val Val Ala Gln Thr Ala Ala Thr Arg Ser Gly Trp Asp Thr Val
1265               1270                1275                1280
Leu Glu Gly Thr Glu Phe Lys Thr Thr Leu Ala Gly Ala Asp Ile Gln
1285                1290                1295
Ala Gly Val Gly Glu Lys Ala Arg Ala Asp Ala Lys Ile Ile Leu Lys
1300                1305                1310
Gly Ile Val Asn Arg Ile Gln Ser Glu Glu Lys Leu Glu Thr Asn Ser
1315                1320                1325
Thr Val Trp Gln Lys Gln Ala Gly Arg Gly Ser Thr Ile Glu Thr Leu
1330                1335                1340
Lys Leu Pro Ser Phe Glu Ser Pro Thr Pro Pro Lys Leu Thr Ala Pro
1345               1350                1355                1360
Gly Gly Tyr Ile Val Asp Ile Pro Lys Gly Asn Leu Lys Thr Glu Ile
1365                1370                1375
Glu Lys Leu Ala Lys Gln Pro Glu Tyr Ala Tyr Leu Lys Gln Leu Gln
1380                1385                1390
Val Ala Lys Asn Val Asn Trp Asn Gln Val Gln Leu Ala Tyr Asp Lys
1395                1400                1405
Trp Asp Tyr Lys Gln Glu Gly Leu Thr Arg Ala Gly Ala Ala Ile Val
1410                1415                1420
Thr Ile Ile Val Thr Ala Leu Thr Tyr Gly Tyr Gly Ala Thr Ala Ala
1425               1430                1435                1440
Gly Gly Val Ala Ala Ser Gly Ser Ser Thr Ala Ala Ala Ala Gly Thr
1445                1450                1455
Ala Ala Thr Thr Thr Ala Ala Ala Thr Thr Val Ser Thr Ala Thr Ala
1460                1465                1470
Met Gln Thr Ala Ala Leu Ala Ser Leu Tyr Ser Gln Ala Ala Val Ser
1475                1480                1485
Ile Ile Asn Asn Lys Gly Asp Val Gly Lys Ala Leu Lys Asp Leu Gly
1490                1495                1500
Thr Ser Asp Thr Val Lys Gln Ile Val Thr Ser Ala Leu Thr Ala Gly
1505               1510                1515                1520
Ala Leu Asn Gln Met Gly Ala Asp Ile Ala Gln Leu Asn Ser Lys Val
1525                1530                1535
Arg Thr Glu Leu Phe Ser Ser Thr Gly Asn Gln Thr Ile Ala Asn Leu
1540                1545                1550
Gly Gly Arg Leu Ala Thr Asn Leu Ser Asn Ala Gly Ile Ser Ala Gly
1555                1560                1565
Ile Asn Thr Ala Val Asn Gly Gly Ser Leu Lys Asp Asn Leu Gly Asn
1570                1575                1580
Ala Ala Leu Gly Ala Leu Val Asn Ser Phe Gln Gly Glu Ala Ala Ser
1585               1590                1595                1600
Lys Ile Lys Thr Thr Phe Ser Asp Asp Tyr Val Ala Lys Gln Phe Ala
1605                1610                1615
His Ala Leu Ala Gly Cys Val Ser Gly Leu Val Gln Gly Lys Cys Lys
1620                1625                1630
Asp Gly Ala Ile Gly Ala Ala Val Gly Glu Ile Val Ala Asp Ser Met
1635                1640                1645
Leu Gly Gly Arg Asn Pro Ala Thr Leu Ser Asp Ala Glu Lys His Lys
1650                1655                1660
Val Ile Ser Tyr Ser Lys Ile Ile Ala Gly Ser Val Ala Ala Leu Asn
1665               1670                1675                1680
Gly Gly Asp Val Asn Thr Ala Ala Asn Ala Ala Glu Val Ala Val Val
1685                1690                1695
Asn Asn Ala Leu Asn Phe Asp Ser Thr Pro Thr Asn Ala Lys Lys His
1700                1705                1710
Gln Pro Gln Lys Pro Asp Lys Thr Ala Leu Glu Lys Ile Ile Gln Gly
1715                1720                1725
Ile Met Pro Ala His Ala Ala Gly Ala Met Thr Asn Pro Gln Asp Lys
1730                1735                1740
Asp Ala Ala Ile Trp Ile Ser Asn Ile Arg Asn Gly Ile Thr Gly Pro
1745               1750                1755                1760
Ile Val Ile Thr Ser Tyr Gly Val Tyr Ala Ala Gly Trp Thr Ala Pro
1765                1770                1775
Leu Ile Gly Thr Ala Gly Lys Leu Ala Ile Ser Thr Cys Met Ala Asn
1780                1785                1790
Pro Ser Gly Cys Thr Val Met Val Thr Gln Ala Ala Glu Ala Gly Ala
1795                1800                1805
Gly Ile Ala Thr Gly Ala Val Thr Val Gly Asn Ala Trp Glu Ala Pro
1810                1815                1820
Val Gly Ala Leu Ser Lys Ala Lys Ala Ala Lys Gln Ala Ile Pro Thr
1825               1830                1835                1840
Gln Thr Val Lys Glu Leu Asp Gly Leu Leu Gln Glu Ser Lys Asn Ile
1845                1850                1855
Gly Ala Val Asn Thr Arg Ile Asn Ile Ala Asn Ser Thr Thr Arg Tyr
1860                1865                1870
Thr Pro Met Arg Gln Thr Gly Gln Pro Val Ser Ala Gly Phe Glu His
1875                1880                1885
Val Leu Glu Gly His Phe His Arg Pro Ile Ala Asn Asn Arg Ser Val
1890                1895                1900
Phe Thr Ile Ser Pro Asn Glu Leu Lys Val Ile Leu Gln Ser Asn Lys
1905               1910                1915                1920
Val Val Ser Ser Pro Val Ser Met Thr Pro Asp Gly Gln Tyr Met Arg
1925                1930                1935
Thr Val Asp Val Gly Lys Val Ile Gly Thr Thr Ser Ile Lys Glu Gly
1940                1945                1950
Gly Gln Pro Thr Thr Thr Ile Lys Val Phe Thr Asp Lys Ser Gly Asn
1955                1960                1965
Leu Ile Thr Thr Tyr Pro Val Lys Gly Asn
1970                1975
<210> 61
<211> 4599
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> misc_feature
<222> (203)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (207)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (209)..(212)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (214)..(215)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (217)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (255)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (887)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1026)..(1027)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1029)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1053)..(1054)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1130)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1249)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1341)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1993)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2078)..(2081)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2244)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2342)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2413)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2708)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2765)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2876)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2888)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2890)..(2892)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2894)..(2895)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (2954)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3469)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3491)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3495)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3507)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3523)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3528)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3549)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3658)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3661)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3745)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3809)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (3898)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (4086)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (4339)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (4523)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (4577)
<223> any nucleotide
<400> 61
atgaataaag gtttacatcg cattatcttt agtaaaaagc acagcaccat ggttgcagta 60
gccgaaactg ccaacagcca gggcaaaggt aaacaggcag gcagttcggt ttctgtttca 120
ctgaaaactt caggcgacct ttgcggcaaa ctcaaaacca cccttaaaac cttggtctgc 180
tctttggttt ccctgagtat ggnattncnn nncnntnccc aaattaccac cgacaaatca 240
gcacctaaaa accancaggt cgttatcctt aaaaccaaca ctggtgcccc cttggtgaat 300
atccaaactc cgaatggacg cggattgagc cacaaccgct atacgcagtt tgatgttgac 360
aacaaagggg cagtgttaaa caacgaccgt aacaataatc cgtttctggt caaaggcagt 420
gcgcaattga ttttgaacga ggtacgcggt acggctagca aactcaacgg catcgttacc 480
gtaggcggtc aaaaggccga cgtgattatt gccaacccca acggcattac cgttaatggc 540
ggcggcttta aaaatgtcgg tcggggcatc ttaactatcg gtgcgcccca aatcggcaaa 600
gacggtgcac tgacaggatt tgatgtgcgt caaggcacat tgaccgtagg agcagcaggt 660
tggaatgata aaggcggagc cgactacacc ggggtacttg ctcgtgcagt tgctttgcag 720
gggaaattac agggtaaaaa cctggcggtt tctaccggtc ctcagaaagt agattacgcc 780
agcggcgaaa tcagtgcagg tacggcagcg ggtacgaaac cgactattgc ccttgatact 840
gccgcactgg gcggtatgta cgccgacagc atcacactga ttgccantga aaaaggcgta 900
ggcgtcaaaa atgccggcac actcgaagcg gccaagcaat tgattgtgac ttcgtcaggc 960
cgcattgaaa acagcggccg catcgccacc actgccgacg gcaccgaagc ttcaccgact 1020
tatctnncna tcgaaaccac cgaaaaagga gcnncaggca catttatctc caatggtggt 1080
cggatcgaga gcaaaggctt attggttatt gagacgggag aagatatcan cttgcgtaac 1140
ggagccgtgg tgcagaataa cggcagtcgc ccagctacca cggtattaaa tgctggtcat 1200
aatttggtga ttgagagtaa aactaatgtg aacaatgcca aaggctcgnc taatctgtcg 1260
gccggcggtc gtactacgat caatgatgct actattcaag cgggcagttc cgtgtacagc 1320
tccaccaaag gcgatactga nttgggtgaa aatacccgta ttattgctga aaacgtaacc 1380
gtattatcta acggtagtat tggcagtgct gctgtaattg aggctaaaga cactgcacac 1440
attgaatcgg gcaaaccgct ttctttagaa acctcgaccg ttgcctccaa catccgtttg 1500
aacaacggta acattaaagg cggaaagcag cttgctttac tggcagacga taacattact 1560
gccaaaacta ccaatctgaa tactcccggc aatctgtatg ttcatacagg taaagatctg 1620
aatttgaatg ttgataaaga tttgtctgcc gccagcatcc atttgaaatc ggataacgct 1680
gcccatatta ccggcaccag taaaaccctc actgcctcaa aagacatggg tgtggaggca 1740
ggcttgctga atgttaccaa taccaatctg cgtaccaact cgggtaatct gcacattcag 1800
gcagccaaag gcaatattca gcttcgcaat accaagctga acgcagccaa ggctctcgaa 1860
accaccgcat tgcagggcaa tatcgtttca gacggccttc atgctgtttc tgcagacggt 1920
catgtatcct tattggccaa cggtaatgcc gactttaccg gtcacaatac cctgacagcc 1980
aaggccgatg tcnatgcagg atcggttggt aaaggccgtc tgaaagcaga caataccaat 2040
atcacttcat cttcaggaga tattacgttg gttgccgnnn ncggtattca gcttggtgac 2100
ggaaaacaac gcaattcaat caacggaaaa cacatcagca tcaaaaacaa cggtggtaat 2160
gccgacttaa aaaaccttaa cgtccatgcc aaaagcgggg cattgaacat tcattccgac 2220
cgggcattga gcatagaaaa tacnaagctg gagtctaccc ataatacgca tcttaatgca 2280
caacacgagc gggtaacgct caaccaagta gatgcctacg cacaccgtca tctaagcatt 2340
ancggcagcc agatttggca aaacgacaaa ctgccttctg ccaacaagct ggtggctaac 2400
ggtgtattgg cantcaatgc gcgctattcc caaattgccg acaacaccac gctgagagcg 2460
ggtgcaatca accttactgc cggtaccgcc ctagtcaagc gcggcaacat caattggagt 2520
accgtttcga ccaagacttt ggaagataat gccgaattaa aaccattggc cggacggctg 2580
aatattgaag caggtagcgg cacattaacc atcgaacctg ccaaccgcat cagtgcgcat 2640
accgacctga gcatcaaaac aggcggaaaa ttgctgttgt ctgcaaaagg aggaaatgca 2700
ggtgcgcnta gtgctcaagt ttcctcattg gaagcaaaag gcaatatccg tctggttaca 2760
ggagnaacag atttaagagg ttctaaaatt acagccggta aaaacttggt tgtcgccacc 2820
accaaaggca agttgaatat cgaagccgta aacaactcat tcagcaatta ttttcntaca 2880
caaaaagngn nngnnctcaa ccaaaaatcc aaagaattgg aacagcagat tgcgcagttg 2940
aaaaaaagct cgcntaaaag caagctgatt ccaaccctgc aagaagaacg cgaccgtctc 3000
gctttctata ttcaagccat caacaaggaa gttaaaggta aaaaacccaa aggcaaagaa 3060
tacctgcaag ccaagctttc tgcacaaaat attgacttga tttccgcaca aggcatcgaa 3120
atcagcggtt ccgatattac cgcttccaaa aaactgaacc ttcacgccgc aggcgtattg 3180
ccaaaggcag cagattcaga ggcggctgct attctgattg acggcataac cgaccaatat 3240
gaaattggca agcccaccta caagagtcac tacgacaaag ctgctctgaa caagccttca 3300
cgtttgaccg gacgtacggg ggtaagtatt catgcagctg cggcactcga tgatgcacgt 3360
attattatcg gtgcatccga aatcaaagct ccctcaggca gcatagacat caaagcccat 3420
agtgatattg tactggaggc tggacaaaac gatgcctata ccttcttana aaccaaaggt 3480
aaaagcggca naatnatcag aaaaacnaag tttaccagca ccngcganca cctgattatg 3540
ccagccccng tcgagctgac cgccaacggt atcacgcttc aggcaggcgg caacatcgaa 3600
gctaatacca cccgcttcaa tgcccctgca ggtaaagtta ccctggttgc gggtgaanag 3660
ntgcaactgc tggcagaaga aggcatccac aagcacgagt tggatgtcca aaaaagccgc 3720
cgctttatcg gcatcaaggt aggtnagagc aattacagta aaaacgaact gaacgaaacc 3780
aaattgcctg tccgcgtcgt cgcccaaant gcagccaccc gttcaggctg ggataccgtg 3840
ctcgaaggta ccgaattcaa aaccacgctg gccggtgccg acattcaggc aggtgtangc 3900
gaaaaagccc gtgtcgatgc gaaaattatc ctcaaaggca ttgtgaaccg tatccagtcg 3960
gaagaaaaat tagaaaccaa ctcaaccgta tggcagaaac aggccggacg cggcagcact 4020
atcgaaacgc taaaactgcc cagcttcgaa agccctactc cgcccaaatt gtccgcaccc 4080
ggcggntata tcgtcgacat tccgaaaggc aatctgaaaa ccgaaatcga aaagctgtcc 4140
aaacagcccg agtatgccta tctgaaacag ctccaagtag cgaaaaacat caactggaat 4200
caggtgcagc ttgcttacga cagatgggac tacaaacagg agggcttaac cgaagcaggt 4260
gcggcgatta tcgcactggc cgttaccgtg gtcacctcag gcgcaggaac cggagccgta 4320
ttgggattaa acggtgcgnc cgccgccgca accgatgcag cattcgcctc tttggccagc 4380
caggcttccg tatcgttcat caacaacaaa ggcgatgtcg gcaaaaccct gaaagagctg 4440
ggcagaagca gcacggtgaa aaatctggtg gttgccgccg ctaccgcagg cgtagccgac 4500
aaaatcggcg cttcggcact gancaatgtc agcgataagc agtggatcaa caacctgacc 4560
gtcaacctag ccaatgncgg gcagtgccgc actgattaa                        4599
<210> 62
<211> 1532
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (68)..(73)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (85)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (296)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (343)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (352)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (377)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (417)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (477)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (665)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (693)..(694)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (781)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (805)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (903)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (922)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (959)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (963)..(965)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (985)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1157)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1164)..(1165)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1175)..(1176)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1220)..(1221)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1249)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1270)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1300)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1447)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1508)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (1526)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 62
Met Asn Lys Gly Leu His Arg Ile Ile Phe Ser Lys Lys His Ser Thr
1               5                  10                  15
Met Val Ala Val Ala Glu Thr Ala Asn Ser Gln Gly Lys Gly Lys Gln
20                  25                  30
Ala Gly Ser Ser Val Ser Val Ser Leu Lys Thr Ser Gly Asp Leu Cys
35                  40                  45
Gly Lys Leu Lys Thr Thr Leu Lys Thr Leu Val Cys Ser Leu Val Ser
50                  55                  60
Leu Ser Met Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Xaa Gln Ile Thr Thr Asp Lys Ser
65                  70                  75                  80
Ala Pro Lys Asn Xaa Gln Val Val Ile Leu Lys Thr Asn Thr Gly Ala
85                  90                  95
Pro Leu Val Asn Ile Gln Thr Pro Asn Gly Arg Gly Leu Ser His Asn
100                 105                 110
Arg Tyr Thr Gln Phe Asp Val Asp Asn Lys Gly Ala Val Leu Asn Asn
115                 120                 125
Asp Arg Asn Asn Asn Pro Phe Leu Val Lys Gly Ser Ala Gln Leu Ile
130                 135                 140
Leu Asn Glu Val Arg Gly Thr Ala Ser Lys Leu Asn Gly Ile Val Thr
145                 150                 155                 160
Val Gly Gly Gln Lys Ala Asp Val Ile Ile Ala Asn Pro Asn Gly Ile
165                 170                 175
Thr Val Asn Gly Gly Gly Phe Lys Asn Val Gly Arg Gly Ile Leu Thr
180                 185                 190
Ile Gly Ala Pro Gln Ile Gly Lys Asp Gly Ala Leu Thr Gly Phe Asp
195                 200                 205
Val Arg Gln Gly Thr Leu Thr Val Gly Ala Ala Gly Trp Asn Asp Lys
210                 215                 220
Gly Gly Ala Asp Tyr Thr Gly Val Leu Ala Arg Ala Val Ala Leu Gln
225                 230                 235                 240
Gly Lys Leu Gln Gly Lys Asn Leu Ala Val Ser Thr Gly Pro Gln Lys
245                 250                 255
Val Asp Tyr Ala Ser Gly Glu Ile Ser Ala Gly Thr Ala Ala Gly Thr
260                 265                 270
Lys Pro Thr Ile Ala Leu Asp Thr Ala Ala Leu Gly Gly Met Tyr Ala
275                 280                 285
Asp Ser Ile Thr Leu Ile Ala Xaa Glu Lys Gly Val Gly Val Lys Asn
290                 295                 300
Ala Gly Thr Leu Glu Ala Ala Lys Gln Leu Ile Val Thr Ser Ser Gly
305                 310                 315                 320
Arg Ile Glu Asn Ser Gly Arg Ile Ala Thr Thr Ala Asp Gly Thr Glu
325                 330                 335
Ala Ser Pro Thr Tyr Leu Xaa Ile Glu Thr Thr Glu Lys Gly Ala Xaa
340                 345                 350
Gly Thr Phe Ile Ser Asn Gly Gly Arg Ile Glu Ser Lys Gly Leu Leu
355                 360                 365
Val Ile Glu Thr Gly Glu Asp Ile Xaa Leu Arg Asn Gly Ala Val Val
370                 375                 380
Gln Asn Asn Gly Ser Arg Pro Ala Thr Thr Val Leu Asn Ala Gly His
385                 390                 395                 400
Asn Leu Val Ile Glu Ser Lys Thr Asn Val Asn Asn Ala Lys Gly Ser
405                 410                 415
Xaa Asn Leu Ser Ala Gly Gly Arg Thr Thr Ile Asn Asp Ala Thr Ile
420                 425                 430
Gln Ala Gly Ser Ser Val Tyr Ser Ser Thr Lys Gly Asp Thr Xaa Leu
435                 440                 445
Gly Glu Asn Thr Arg Ile Ile Ala Glu Asn Val Thr Val Leu Ser Asn
450                 455                 460
Gly Ser Ile Gly Ser Ala Ala Val Ile Glu Ala Lys Asp Thr Ala His
465                 470                 475                 480
Ile Glu Ser Gly Lys Pro Leu Ser Leu Glu Thr Ser Thr Val Ala Ser
485                 490                 495
Asn Ile Arg Leu Asn Asn Gly Asn Ile Lys Gly Gly Lys Gln Leu Ala
500                 505                 510
Leu Leu Ala Asp Asp Asn Ile Thr Ala Lys Thr Thr Asn Leu Asn Thr
515                 520                 525
Pro Gly Asn Leu Tyr Val His Thr Gly Lys Asp Leu Asn Leu Asn Val
530                 535                 540
Asp Lys Asp Leu Ser Ala Ala Ser Ile His Leu Lys Ser Asp Asn Ala
545                 550                 555                 560
Ala His Ile Thr Gly Thr Ser Lys Thr Leu Thr Ala Ser Lys Asp Met
565                 570                 575
Gly Val Glu Ala Gly Leu Leu Asn Val Thr Asn Thr Asn Leu Arg Thr
580                 585                 590
Asn Ser Gly Asn Leu His Ile Gln Ala Ala Lys Gly Asn Ile Gln Leu
595                 600                 605
Arg Asn Thr Lys Leu Asn Ala Ala Lys Ala Leu Glu Thr Thr Ala Leu
610                 615                 620
Gln Gly Asn Ile Val Ser Asp Gly Leu His Ala Val Ser Ala Asp Gly
625                 630                 635                 640
His Val Ser Leu Leu Ala Asn Gly Asn Ala Asp Phe Thr Gly His Asn
645                 650                 655
Thr Leu Thr Ala Lys Ala Asp Val Xaa Ala Gly Ser Val Gly Lys Gly
660                 665                 670
Arg Leu Lys Ala Asp Asn Thr Asn Ile Thr Ser Ser Ser Gly Asp Ile
675                 680                 685
Thr Leu Val Ala Xaa Xaa Gly Ile Gln Leu Gly Asp Gly Lys Gln Arg
690                 695                 700
Asn Ser Ile Asn Gly Lys His Ile Ser Ile Lys Asn Asn Gly Gly Asn
705                 710                 715                 720
Ala Asp Leu Lys Asn Leu Asn Val His Ala Lys Ser Gly Ala Leu Asn
725                 730                 735
Ile His Ser Asp Arg Ala Leu Ser Ile Glu Asn Thr Lys Leu Glu Ser
740                 745                 750
Thr His Asn Thr His Leu Asn Ala Gln His Glu Arg Val Thr Leu Asn
755                 760                 765
Gln Val Asp Ala Tyr Ala His Arg His Leu Ser Ile Xaa Gly Ser Gln
770                 775                 780
Ile Trp Gln Asn Asp Lys Leu Pro Ser Ala Asn Lys Leu Val Ala Asn
785                 790                 795                 800
Gly Val Leu Ala Xaa Asn Ala Arg Tyr Ser Gln Ile Ala Asp Asn Thr
805                 810                 815
Thr Leu Arg Ala Gly Ala Ile Asn Leu Thr Ala Gly Thr Ala Leu Val
820                 825                 830
Lys Arg Gly Asn Ile Asn Trp Ser Thr Val Ser Thr Lys Thr Leu Glu
835                 840                 845
Asp Asn Ala Glu Leu Lys Pro Leu Ala Gly Arg Leu Asn Ile Glu Ala
850                 855                 860
Gly Ser Gly Thr Leu Thr Ile Glu Pro Ala Asn Arg Ile Ser Ala His
865                 870                 875                 880
Thr Asp Leu Ser Ile Lys Thr Gly Gly Lys Leu Leu Leu Ser Ala Lys
885                 890                 895
Gly Gly Asn Ala Gly Ala Xaa Ser Ala Gln Val Ser Ser Leu Glu Ala
900                 905                 910
Lys Gly Asn Ile Arg Leu Val Thr Gly Xaa Thr Asp Leu Arg Gly Ser
915                 920                 925
Lys Ile Thr Ala Gly Lys Asn Leu Val Val Ala Thr Thr Lys Gly Lys
930                 935                 940
Leu Asn Ile Glu Ala Val Asn Asn Ser Phe Ser Asn Tyr Phe Xaa Thr
945                 950                 955                 960
Gln Lys Xaa Xaa Xaa Leu Asn Gln Lys Ser Lys Glu Leu Glu Gln Gln
965                 970                 975
Ile Ala Gln Leu Lys Lys Ser Ser Xaa Lys Ser Lys Leu Ile Pro Thr
980                 985                 990
Leu Gln Glu Glu Arg Asp Arg Leu Ala Phe Tyr Ile Gln Ala Ile Asn
995                1000                1005
Lys Glu Val Lys Gly Lys Lys Pro Lys Gly Lys Glu Tyr Leu Gln Ala
1010                1015                1020
Lys Leu Ser Ala Gln Asn Ile Asp Leu Ile Ser Ala Gln Gly Ile Glu
1025               1030                1035                1040
Ile Ser Gly Ser Asp Ile Thr Ala Ser Lys Lys Leu Asn Leu His Ala
1045                1050                1055
Ala Gly Val Leu Pro Lys Ala Ala Asp Ser Glu Ala Ala Ala Ile Leu
1060                1065                1070
Ile Asp Gly Ile Thr Asp Gln Tyr Glu Ile Gly Lys Pro Thr Tyr Lys
1075                1080                1085
Ser His Tyr Asp Lys Ala Ala Leu Asn Lys Pro Ser Arg Leu Thr Gly
1090                1095                1100
Arg Thr Gly Val Ser Ile His Ala Ala Ala Ala Leu Asp Asp Ala Arg
1105               1110                1115                1120
Ile Ile Ile Gly Ala Ser Glu Ile Lys Ala Pro Ser Gly Ser Ile Asp
1125                1130                1135
Ile Lys Ala His Ser Asp Ile Val Leu Glu Ala Gly Gln Asn Asp Ala
1140                1145                1150
Tyr Thr Phe Leu Xaa Thr Lys Gly Lys Ser Gly Xaa Xaa Ile Arg Lys
1155                1160                1165
Thr Lys Phe Thr Ser Thr Xaa Xaa His Leu Ile Met Pro Ala Pro Val
1170                1175                1180
Glu Leu Thr Ala Asn Gly Ile Thr Leu Gln Ala Gly Gly Asn Ile Glu
1185               1190                1195                1200
Ala Asn Thr Thr Arg Phe Asn Ala Pro Ala Gly Lys Val Thr Leu Val
1205                1210                1215
Ala Gly Glu Xaa Xaa Gln Leu Leu Ala Glu Glu Gly Ile His Lys His
1220                1225                1230
Glu Leu Asp Val Gln Lys Ser Arg Arg Phe Ile Gly Ile Lys Val Gly
1235                1240                1245
Xaa Ser Asn Tyr Ser Lys Asn Glu Leu Asn Glu Thr Lys Leu Pro Val
1250                1255                1260
Arg Val Val Ala Gln Xaa Ala Ala Thr Arg Ser Gly Trp Asp Thr Val
1265               1270                1275                1280
Leu Glu Gly Thr Glu Phe Lys Thr Thr Leu Ala Gly Ala Asp Ile Gln
1285                1290                1295
Ala Gly Val Xaa Glu Lys Ala Arg Val Asp Ala Lys Ile Ile Leu Lys
1300                1305                1310
Gly Ile Val Asn Arg Ile Gln Ser Glu Glu Lys Leu Glu Thr Asn Ser
1315                1320                1325
Thr Val Trp Gln Lys Gln Ala Gly Arg Gly Ser Thr Ile Glu Thr Leu
1330                1335                1340
Lys Leu Pro Ser Phe Glu Ser Pro Thr Pro Pro Lys Leu Ser Ala Pro
1345               1350                1355                1360
Gly Gly Tyr Ile Val Asp Ile Pro Lys Gly Asn Leu Lys Thr Glu Ile
1365                1370                1375
Glu Lys Leu Ser Lys Gln Pro Glu Tyr Ala Tyr Leu Lys Gln Leu Gln
1380                1385                1390
Val Ala Lys Asn Ile Asn Trp Asn Gln Val Gln Leu Ala Tyr Asp Arg
1395                1400                1405
Trp Asp Tyr Lys Gln Glu Gly Leu Thr Glu Ala Gly Ala Ala Ile Ile
1410                1415                1420
Ala Leu Ala Val Thr Val Val Thr Ser Gly Ala Gly Thr Gly Ala Val
1425               1430                1435                1440
Leu Gly Leu Asn Gly Ala Xaa Ala Ala Ala Thr Asp Ala Ala Phe Ala
1445                1450                1455
Ser Leu Ala Ser Gln Ala Ser Val Ser Phe Ile Asn Asn Lys Gly Asp
1460                1465                1470
Val Gly Lys Thr Leu Lys Glu Leu Gly Arg Ser Ser Thr Val Lys Asn
1475                1480                1485
Leu Val Val Ala Ala Ala Thr Ala Gly Val Ala Asp Lys Ile Gly Ala
1490                1495                1500
Ser Ala Leu Xaa Asn Val Ser Asp Lys Gln Trp Ile Asn Asn Leu Thr
1505               1510                1515                1520
Val Asn Leu Ala Asn Xaa Gly Gln Cys Arg Thr Asp
1525                1530
<210> 63
<211> 1782
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> misc_feature
<222> (89)
<223> any nucleotide
<220>
<221> unsure
<222> (697)
<223> N = Unknown
<220>
<221> unsure
<222> (862)
<223> N = Unknown
<220>
<221> misc_feature
<222> (959)..(960)
<223> any nucleotide
<400> 63
cgcttcattc atgatgaagc agtcggcagc aacatcggcg gcggcaaaat gattgttgca 60
gccgggcagg atatcaatgt acgcggcana agccttattt ctgataaggg cattgtttta 120
aaagcaggac acgacatcga tatttctact gcccataatc gctataccgg caatgaatac 180
cacgagagca waaawtcagg cgtcatgggt actggcggat tgggctttac tatcggtaac 240
cggaaaacta ccgatgacac tgatcgtacc aatattgtsc atacaggcag cattataggc 300
agcctgaatg gagacaccgt tacagttgca ggaaaccgct accgacaaac cggcagtacc 360
gtctccagcc ccgaggggcg caataccgtc acagccaaaw gcatagatgt agagttcgca 420
aacaaccggt atgccactga ctacgcccat acccagggaa caaaaaggcc ttaccgtcgc 480
cctcaatgtc ccggttgtcc aagctgcaca aaacttcata caagcagccc aaaatgtggg 540
caaaagtaaa aataaacgcg ttaatgccat ggctgcagcc aatgctgcat ggcagagtta 600
tcaagcaacc caacaaatgc aacaatttgc tccaagcagc agtgcgggac aaggtcaaaa 660
ctacaatcaa agccccagta tcagtgtgtc cattacntac ggcgaacaga aaagtcgtaa 720
cgagcaaaaa agacattaca ccgaagcggc agcaagtcaa attatcggca aagggcaaac 780
cacacttgcg gcaacaggaa gtggggagca gtccaatatc aatattacag gttccgatgt 840
catcggccat gcaggtactc cnctcattgc cgacaaccat atcagactcc aatctgccaa 900
acaggacggc agcgagcaaa gcaaaaacaa aagcagtggt tggaatgcag gcgtacgtnn 960
caaaataggc aacggcatca ggtttggaat taccgccgga ggaaatatcg gtaaaggtaa 1020
agagcaaggg ggaagtacta cccaccgcca cacccatgtc ggcagcacaa ccggcaaaac 1080
taccatccga agcggcgggg gataccaccc tcaaaggtgt gcagctcatc ggcaaaggca 1140
tacaggcaga tacgcgcaac ctgcatatag aaagtgttca agatactgaa acctatcaga 1200
gcaaacagca aaacggcaat gtccaagttt actgtcggtt acggattcag tgcaagcggc 1260
agttaccgcc aaagcaaagt caaagcagac catgcctccg taaccgggca aagcggtatt 1320
tatgccggag aagacggcta tcaaatyaaa gtyagagaca acacagacct yaagggcggt 1380
atcatcacgt ctagccaaag cgcagaagat aagggcaaaa acctttttca gacggccacc 1440
cttactgcca gcgacattca aaaccacagc cgctacgaag gcagaagctt cggcataggc 1500
ggcagtttcg acctgaacgg cggctgggac ggcacggtta ccgacaaaca aggcaggcct 1560
accgacagga taagcccggc agccggctac ggcagcgacg gagacagcaa aaacagcacc 1620
acccgcagcg gcgtcaacac ccacaacata cacatcaccg acgaagcggg acaacttgcc 1680
cgaacaggca ggactgcaaa agaaaccgaa gcgcgtatct acaccggcat cgacaccgaa 1740
actgcggatc aacactcagg ccatctgaaa aacagcttcg ac                    1782
<210> 64
<211> 593
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (30)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (64)..(65)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (134)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (232)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (287)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (320)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 64
Arg Phe Ile His Asp Glu Ala Val Gly Ser Asn Ile Gly Gly Gly Lys
1               5                  10                  15
Met Ile Val Ala Ala Gly Gln Asp Ile Asn Val Arg Gly Xaa Ser Leu
20                  25                  30
Ile Ser Asp Lys Gly Ile Val Leu Lys Ala Gly His Asp Ile Asp Ile
35                  40                  45
Ser Thr Ala His Asn Arg Tyr Thr Gly Asn Glu Tyr His Glu Ser Xaa
50                  55                  60
Xaa Ser Gly Val Met Gly Thr Gly Gly Leu Gly Phe Thr Ile Gly Asn
65                  70                  75                  80
Arg Lys Thr Thr Asp Asp Thr Asp Arg Thr Asn Ile Val His Thr Gly
85                  90                  95
Ser Ile Ile Gly Ser Leu Asn Gly Asp Thr Val Thr Val Ala Gly Asn
100                 105                 110
Arg Tyr Arg Gln Thr Gly Ser Thr Val Ser Ser Pro Glu Gly Arg Asn
115                 120                 125
Thr Val Thr Ala Lys Xaa Ile Asp Val Glu Phe Ala Asn Asn Arg Tyr
130                 135                 140
Ala Thr Asp Tyr Ala His Thr Gln Glu Gln Lys Gly Leu Thr Val Ala
145                 150                 155                 160
Leu Asn Val Pro Val Val Gln Ala Ala Gln Asn Phe Ile Gln Ala Ala
165                 170                 175
Gln Asn Val Gly Lys Ser Lys Asn Lys Arg Val Asn Ala Met Ala Ala
180                 185                 190
Ala Asn Ala Ala Trp Gln Ser Tyr Gln Ala Thr Gln Gln Met Gln Gln
195                 200                 205
Phe Ala Pro Ser Ser Ser Ala Gly Gln Gly Gln Asn Tyr Asn Gln Ser
210                 215                 220
Pro Ser Ile Ser Val Ser Ile Xaa Tyr Gly Glu Gln Lys Ser Arg Asn
225                 230                 235                 240
Glu Gln Lys Arg His Tyr Thr Glu Ala Ala Ala Ser Gln Ile Ile Gly
245                 250                 255
Lys Gly Gln Thr Thr Leu Ala Ala Thr Gly Ser Gly Glu Gln Ser Asn
260                 265                 270
Ile Asn Ile Thr Gly Ser Asp Val Ile Gly His Ala Gly Thr Xaa Leu
275                 280                 285
Ile Ala Asp Asn His Ile Arg Leu Gln Ser Ala Lys Gln Asp Gly Ser
290                 295                 300
Glu Gln Ser Lys Asn Lys Ser Ser Gly Trp Asn Ala Gly Val Arg Xaa
305                 310                 315                 320
Lys Ile Gly Asn Gly Ile Arg Phe Gly Ile Thr Ala Gly Gly Asn Ile
325                 330                 335
Gly Lys Gly Lys Glu Gln Gly Gly Ser Thr Thr His Arg His Thr His
340                 345                 350
Val Gly Ser Thr Thr Gly Lys Thr Thr Ile Arg Ser Gly Gly Asp Thr
355                 360                 365
Thr Leu Lys Gly Val Gln Leu Ile Gly Lys Gly Ile Gln Ala Asp Thr
370                 375                 380
Arg Asn Leu His Ile Glu Ser Val Gln Asp Thr Glu Thr Tyr Gln Ser
385                 390                 395                 400
Lys Gln Gln Asn Gly Asn Val Gln Val Thr Val Gly Tyr Gly Phe Ser
405                 410                 415
Ala Ser Gly Ser Tyr Arg Gln Ser Lys Val Lys Ala Asp His Ala Ser
420                 425                 430
Val Thr Gly Gln Ser Gly Ile Tyr Ala Gly Glu Asp Gly Tyr Gln Ile
435                 440                 445
Lys Val Arg Asp Asn Thr Asp Leu Lys Gly Gly Ile Ile Thr Ser Ser
450                 455                 460
Gln Ser Ala Glu Asp Lys Gly Lys Asn Leu Phe Gln Thr Ala Thr Leu
465                 470                 475                 480
Thr Ala Ser Asp Ile Gln Asn His Ser Arg Tyr Glu Gly Arg Ser Phe
485                 490                 495
Gly Ile Gly Gly Ser Phe Asp Leu Asn Gly Gly Trp Asp Gly Thr Val
500                 505                 510
Thr Asp Lys Gln Gly Arg Pro Thr Asp Arg Ile Ser Pro Ala Ala Gly
515                 520                 525
Tyr Gly Ser Asp Gly Asp Ser Lys Asn Ser Thr Thr Arg Ser Gly Val
530                 535                 540
Asn Thr His Asn Ile His Ile Thr Asp Glu Ala Gly Gln Leu Ala Arg
545                 550                 555                 560
Thr Gly Arg Thr Ala Lys Glu Thr Glu Ala Arg Ile Tyr Thr Gly Ile
565                 570                 575
Asp Thr Glu Thr Ala Asp Gln His Ser Gly His Leu Lys Asn Ser Phe
580                 585                 590
Asp
<210> 65
<211> 390
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 65
acgaccggca gcctcggcgg catactggcc ggcggcggca cttcccttgc cgcaccgtat 60
ttggacaaag cggcggaaaa cctcggtccg gcgggcaaag cggcggtcaa cgcactgggc 120
ggtgcggcca tcggctatgc aactggtggt agtggtggtg ctgtggtggg tgcgaatgta 180
gattggaaca ataggcagct gcatccgaaa gaaatggcgt tggccgacaa atatgccgaa 240
gccctcaagc gcgaagttga aaaacgcgaa ggcagaaaaa tcagcagcca agaagcggca 300
atgagaatcc gcaggcagat atgcgttggg tggacaaagg ttcccaagac ggctataccg 360
accaaagcgt catatccctt atcggaatga                                  390
<210> 66
<211> 129
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 66
Thr Thr Gly Ser Leu Gly Gly Ile Leu Ala Gly Gly Gly Thr Ser Leu
1               5                  10                  15
Ala Ala Pro Tyr Leu Asp Lys Ala Ala Glu Asn Leu Gly Pro Ala Gly
20                  25                  30
Lys Ala Ala Val Asn Ala Leu Gly Gly Ala Ala Ile Gly Tyr Ala Thr
35                  40                  45
Gly Gly Ser Gly Gly Ala Val Val Gly Ala Asn Val Asp Trp Asn Asn
50                  55                  60
Arg Gln Leu His Pro Lys Glu Met Ala Leu Ala Asp Lys Tyr Ala Glu
65                  70                  75                  80
Ala Leu Lys Arg Glu Val Glu Lys Arg Glu Gly Arg Lys Ile Ser Ser
85                  90                  95
Gln Glu Ala Ala Met Arg Ile Arg Arg Gln Ile Cys Val Gly Trp Thr
100                 105                 110
Lys Val Pro Lys Thr Ala Ile Pro Thr Lys Ala Ser Tyr Pro Leu Ser
115                 120                 125
Glu
<210> 67
<211> 960
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 67
caatgccgtc tgaaaagctc acaattttac agacggcatt tgttatgcaa gtacatatac 60
agattcccta tatactgccc agrkgcgtgc gtggctgaag acacccccta cgcttgctat 120
ttgraacagc tccaagtcac caaagacgtc aactggaacc aggtacwact ggcgtacgac 180
aaatgggact ataaacagga aggcttaacc ggagccggag cagcgattat tgcgctggct 240
gttaccgtgg ttactgcggg cgcgggagcc ggagccgcac tgggcttaaa cggcgcggcc 300
gcagcggcaa ccgatgccgc attcgcctcg ctggccagcc aggcttccgt atcgctcatc 360
aacaacaaag gcaatatcgg taacaccctg aaagagctgg gcagaagcag cacggtgaaa 420
aatctgatgg ttgccgtcgc taccgcaggc gtagccgaca aaatcggtgc ttcggcactg 480
aacaatgtca gcgataagca gtggatcaac aacctgaccg tcaacctggc caatgcgggc 540
agtgccgcac tgattaatac cgctgtcaac ggcggcagcc tgaaagacaa tctggaagcg 600
aatatccttg cggctttggt gaatactgcg catggagaag cagccagtaa aatcaaacag 660
ttggatcagc actacattac ccacaagatt gcccatgcca tagcgggctg tgcggctgcg 720
gcggcgaata agggcaagtg tcaggatggt gcgataggtg cggctgtggg cgagatagtc 780
ggggaggctt tgacaaacgg caaaaatcct gacactttga cagctaaaga acgcgaacag 840
attttggcat acagcaaact ggttgccggt acggtaagcg gtgtggtcgg cggcgatgta 900
aatgcggcgg cgaatgcggc tgaggtagcg gtgaaaaata atcagcttag cgacaaatga 960
<210> 68
<211> 319
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (28)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (42)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (56)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 68
Gln Cys Arg Leu Lys Ser Ser Gln Phe Tyr Arg Arg His Leu Leu Cys
1               5                  10                  15
Lys Tyr Ile Tyr Arg Phe Pro Ile Tyr Cys Pro Xaa Ala Cys Val Ala
20                  25                  30
Glu Asp Thr Pro Tyr Ala Cys Tyr Leu Xaa Gln Leu Gln Val Thr Lys
35                  40                  45
Asp Val Asn Trp Asn Gln Val Xaa Leu Ala Tyr Asp Lys Trp Asp Tyr
50                  55                  60
Lys Gln Glu Gly Leu Thr Gly Ala Gly Ala Ala Ile Ile Ala Leu Ala
65                  70                  75                  80
Val Thr Val Val Thr Ala Gly Ala Gly Ala Gly Ala Ala Leu Gly Leu
85                  90                  95
Asn Gly Ala Ala Ala Ala Ala Thr Asp Ala Ala Phe Ala Ser Leu Ala
100                 105                 110
Ser Gln Ala Ser Val Ser Leu Ile Asn Asn Lys Gly Asn Ile Gly Asn
115                 120                 125
Thr Leu Lys Glu Leu Gly Arg Ser Ser Thr Val Lys Asn Leu Met Val
130                 135                 140
Ala Val Ala Thr Ala Gly Val Ala Asp Lys Ile Gly Ala Ser Ala Leu
145                 150                 155                 160
Asn Asn Val Ser Asp Lys Gln Trp Ile Asn Asn Leu Thr Val Asn Leu
165                 170                 175
Ala Asn Ala Gly Ser Ala Ala Leu Ile Asn Thr Ala Val Asn Gly Gly
180                 185                 190
Ser Leu Lys Asp Asn Leu Glu Ala Asn Ile Leu Ala Ala Leu Val Asn
195                 200                 205
Thr Ala His Gly Glu Ala Ala Ser Lys Ile Lys Gln Leu Asp Gln His
210                 215                 220
Tyr Ile Thr His Lys Ile Ala His Ala Ile Ala Gly Cys Ala Ala Ala
225                 230                 235                 240
Ala Ala Asn Lys Gly Lys Cys Gln Asp Gly Ala Ile Gly Ala Ala Val
245                 250                 255
Gly Glu Ile Val Gly Glu Ala Leu Thr Asn Gly Lys Asn Pro Asp Thr
260                 265                 270
Leu Thr Ala Lys Glu Arg Glu Gln Ile Leu Ala Tyr Ser Lys Leu Val
275                 280                 285
Ala Gly Thr Val Ser Gly Val Val Gly Gly Asp Val Asn Ala Ala Ala
290                 295                 300
Asn Ala Ala Glu Val Ala Val Lys Asn Asn Gln Leu Ser Asp Lys
305                 310                 315
<210> 69
<211> 1860
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 69
atgcaagtaa atattcagat tccctatata ctgcccagat gcgtgcgtgc tgaagacacc 60
ccctacgctt gctatttgaa acagctccaa gtcaccaaag acgtcaactg gaaccaggta 120
caactggcgt acgacaaatg ggactataaa caggaaggct taaccggagc cggagcagcg 180
attattgcgc tggctgttac cgtggttact gcgggcgcgg gagccggagc cgcactgggc 240
ttaaacggcg cggccgcagc ggcaaccgat gccgcattcg cctcgctggc cagccaggct 300
tccgtatcgc tcatcaacaa caaaggcaat atcggtaaca ccctgaaaga gctgggcaga 360
agcagcacgg tgaaaaatct gatggttgcc gtcgctaccg caggcgtagc cgacaaaatc 420
ggtgcttcgg cactgaacaa tgtcagcgat aagcagtgga tcaacaacct gaccgtcaac 480
ctggccaatg cgggcagtgc cgcactgatt aataccgctg tcaacggcgg cagcctgaaa 540
gacaatctgg aagcgaatat ccttgcggct ttggtgaata ctgcgcatgg agaagcagcc 600
agtaaaatca aacagttgga tcagcactac attacccaca agattgccca tgccatagcg 660
ggctgtgcgg ctgcggcggc gaataagggc aagtgtcagg atggtgcgat aggtgcggct 720
gtgggcgaga tagtcgggga ggctttgaca aacggcaaaa atcctgacac tttgacagct 780
aaagaacgcg aacagatttt ggcatacagc aaactggttg ccggtacggt aagcggtgtg 840
gtcggcggcg atgtaaatgc ggcggcgaat gcggctgagg tagcggtgaa aaataatcag 900
cttagcgaca aagagggtag agaatttgat aacgaaatga ctgcatgcgc caaacagaat 960
aatcctcaac tgtgcagaaa aaatactgta aaaaagtatc aaaatgttgc tgataaaaga 1020
cttgctgctt cgattgcaat atgtacggat atatcccgta gtactgaatg tagaacaatc 1080
agaaaacaac atttgatcga tagtagaagc cttcattcat cttgggaagc aggtctaatt 1140
ggtaaagatg atgaatggta taaattattc agcaaatctt acacccaagc agatttggct 1200
ttacagtctt atcatttgaa tactgctgct aaatcttggc ttcaatcggg caatacaaag 1260
cctttatccg aatggatgtc cgaccaaggt tatacactta tttcaggagt taatcctaga 1320
ttcattccaa taccaagagg gtttgtaaaa caaaatacac ctattactaa tgtcaaatac 1380
ccggaaggca tcagtttcga tacaaaccta aaaagacatc tggcaaatgc tgatggtttt 1440
agtcaaaaac agggcattaa aggagcccat aaccgcacca attttatggc agaactaaat 1500
tcacgaggag gacgcgtaaa atctgaaacc caaactgata ttgaaggcat tacccgaatt 1560
aaatatgaga ttcctacact agacaggaca ggtaaacctg atggtggatt taaggaaatt 1620
tcaagtataa aaactgttta taatcctaaa aaattttctg atgataaaat acttcaaatg 1680
gctcaaaatg ctgcttcaca aggatattca aaagcctcta aaattgctca aaatgaaaga 1740
actaaatcaa tatcggaaag aaaaaatgtc attcaattct cagaaacctt tgacggaatc 1800
aaatttagat catattttga tgtaaataca ggaagaatta caaacattca cccagaataa 1860
<210> 70
<211> 619
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 70
Met Gln Val Asn Ile Gln Ile Pro Tyr Ile Leu Pro Arg Cys Val Arg
1               5                  10                  15
Ala Glu Asp Thr Pro Tyr Ala Cys Tyr Leu Lys Gln Leu Gln Val Thr
20                  25                  30
Lys Asp Val Asn Trp Asn Gln Val Gln Leu Ala Tyr Asp Lys Trp Asp
35                  40                  45
Tyr Lys Gln Glu Gly Leu Thr Gly Ala Gly Ala Ala Ile Ile Ala Leu
50                  55                  60
Ala Val Thr Val Val Thr Ala Gly Ala Gly Ala Gly Ala Ala Leu Gly
65                  70                  75                  80
Leu Asn Gly Ala Ala Ala Ala Ala Thr Asp Ala Ala Phe Ala Ser Leu
85                  90                  95
Ala Ser Gln Ala Ser Val Ser Leu Ile Asn Asn Lys Gly Asn Ile Gly
100                 105                 110
Asn Thr Leu Lys Glu Leu Gly Arg Ser Ser Thr Val Lys Asn Leu Met
115                 120                 125
Val Ala Val Ala Thr Ala Gly Val Ala Asp Lys Ile Gly Ala Ser Ala
130                 135                 140
Leu Asn Asn Val Ser Asp Lys Gln Trp Ile Asn Asn Leu Thr Val Asn
145                 150                 155                 160
Leu Ala Asn Ala Gly Ser Ala Ala Leu Ile Asn Thr Ala Val Asn Gly
165                 170                 175
Gly Ser Leu Lys Asp Asn Leu Glu Ala Asn Ile Leu Ala Ala Leu Val
180                 185                 190
Asn Thr Ala His Gly Glu Ala Ala Ser Lys Ile Lys Gln Leu Asp Gln
195                 200                 205
His Tyr Ile Thr His Lys Ile Ala His Ala Ile Ala Gly Cys Ala Ala
210                 215                 220
Ala Ala Ala Asn Lys Gly Lys Cys Gln Asp Gly Ala Ile Gly Ala Ala
225                 230                 235                 240
Val Gly Glu Ile Val Gly Glu Ala Leu Thr Asn Gly Lys Asn Pro Asp
245                 250                 255
Thr Leu Thr Ala Lys Glu Arg Glu Gln Ile Leu Ala Tyr Ser Lys Leu
260                 265                 270
Val Ala Gly Thr Val Ser Gly Val Val Gly Gly Asp Val Asn Ala Ala
275                 280                 285
Ala Asn Ala Ala Glu Val Ala Val Lys Asn Asn Gln Leu Ser Asp Lys
290                 295                 300
Glu Gly Arg Glu Phe Asp Asn Glu Met Thr Ala Cys Ala Lys Gln Asn
305                 310                 315                 320
Asn Pro Gln Leu Cys Arg Lys Asn Thr Val Lys Lys Tyr Gln Asn Val
325                 330                 335
Ala Asp Lys Arg Leu Ala Ala Ser Ile Ala Ile Cys Thr Asp Ile Ser
340                 345                 350
Arg Ser Thr Glu Cys Arg Thr Ile Arg Lys Gln His Leu Ile Asp Ser
355                 360                 365
Arg Ser Leu His Ser Ser Trp Glu Ala Gly Leu Ile Gly Lys Asp Asp
370                 375                 380
Glu Trp Tyr Lys Leu Phe Ser Lys Ser Tyr Thr Gln Ala Asp Leu Ala
385                 390                 395                 400
Leu Gln Ser Tyr His Leu Asn Thr Ala Ala Lys Ser Trp Leu Gln Ser
405                 410                 415
Gly Asn Thr Lys Pro Leu Ser Glu Trp Met Ser Asp Gln Gly Tyr Thr
420                 425                 430
Leu Ile Ser Gly Val Asn Pro Arg Phe Ile Pro Ile Pro Arg Gly Phe
435                 440                 445
Val Lys Gln Asn Thr Pro Ile Thr Asn Val Lys Tyr Pro Glu Gly Ile
450                 455                 460
Ser Phe Asp Thr Asn Leu Lys Arg His Leu Ala Asn Ala Asp Gly Phe
465                 470                 475                 480
Ser Gln Lys Gln Gly Ile Lys Gly Ala His Asn Arg Thr Asn Phe Met
485                 490                 495
Ala Glu Leu Asn Ser Arg Gly Gly Arg Val Lys Ser Glu Thr Gln Thr
500                 505                 510
Asp Ile Glu Gly Ile Thr Arg Ile Lys Tyr Glu Ile Pro Thr Leu Asp
515                 520                 525
Arg Thr Gly Lys Pro Asp Gly Gly Phe Lys Glu Ile Ser Ser Ile Lys
530                 535                 540
Thr Val Tyr Asn Pro Lys Lys Phe Ser Asp Asp Lys Ile Leu Gln Met
545                 550                 555                 560
Ala Gln Asn Ala Ala Ser Gln Gly Tyr Ser Lys Ala Ser Lys Ile Ala
565                 570                 575
Gln Asn Glu Arg Thr Lys Ser Ile Ser Glu Arg Lys Asn Val Ile Gln
580                 585                 590
Phe Ser Glu Thr Phe Asp Gly Ile Lys Phe Arg Ser Tyr Phe Asp Val
595                 600                 605
Asn Thr Gly Arg Ile Thr Asn Ile His Pro Glu
610                 615
<210> 71
<211> 1788
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> misc_feature
<222> (181)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (365)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (473)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (838)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (890)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1339)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1411)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1441)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1443)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1461)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1581)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1586)..(1587)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1615)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1622)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1738)..(1740)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1744)
<223> any nucleotide
<220>
<221> misc_feature
<222> (1746)
<223> any nucleotide
<400> 71
tatctgaaac agctccaagt agcgaaaaac atcaactgga atcaggtgca gcttgcttac 60
gacagatggg actacaaaca ggagggctta accgaagcag gtgcggcgat tatcgcactg 120
gccgttaccg tggtcacctc aggcgcagga accggagccg tattgggatt aaacggtgcg 180
nccgccgccg caaccgatgc agcattcgcc tctttggcca gccaggcttc cgtatcgttc 240
atcaacaaca aaggcgatgt cggcaaaacc ctgaaagagc tgggcagaag cagcacggtg 300
aaaaatctgg tggttgccgc cgctaccgca ggcgtagccg acaaaatcgg cgcttcggca 360
ctgancaatg tcagcgataa gcagtggatc aacaacctga ccgtcaacct agccaatgcg 420
ggcagtgccg cactgattaa taccgctgtc aacggcggca gcctgaaaga cantctggaa 480
gcgaatatcc ttgcggcttt ggtcaatacc gcgcatggag aagcagccag taaaatcaaa 540
cagttggatc agcactacat agtccacaag attgcccatg ccatagcggg ctgtgcggca 600
gcggcggcga ataagggcaa gtgtcaggat ggtgcgatag gtgcggctgt gggcgagata 660
gtcggggagg ctttgacaaa cggcaaaaat cctgacactt tgacagctaa agaacgcgaa 720
cagattttgg catacagcaa actggttgcc ggtacggtaa gcggtgtggt cggcggcgat 780
gtaaatgcgg cggcgaatgc ggctgaggta gcggtgaaaa ataatcagct tagcgacnaa 840
gagggtagag aatttgataa cgaaatgact gcatgcgcca aacagaatan tcctcaactg 900
tgcagaaaaa atactgtaaa aaagtatcaa aatgttgctg ataaaagact tgctgcttcg 960
attgcaatat gtacggatat atcccgtagt actgaatgta gaacaatcag aaaacaacat 1020
ttgatcgata gtagaagcct tcattcatct tgggaagcag gtctaattgg taaagatgat 1080
gaatggtata aattattcag caaatcttac acccaagcag atttggcttt acagtcttat 1140
catttgaata ctgctgctaa atcttggctt caatcgggca atacaaagcc tttatccgaa 1200
tggatgtccg accaaggtta tacacttatt tcaggagtta atcctagatt cattccaata 1260
ccaagagggt ttgtaaaaca aaatacacct attactaatg tcaaataccc ggaaggcatc 1320
agtttcgata caaacctana aagacatctg gcaaatgctg atggttttag tcaagaacag 1380
ggcattaaag gagcccataa ccgcaccaat nttatggcag aactaaattc acgaggagga 1440
ngngtaaaat ctgaaaccca nactgatatt gaaggcatta cccgaattaa atatgagatt 1500
cctacactag acaggacagg taaacctgat ggtggattta aggaaatttc aagtataaaa 1560
actgtttata atcctaaaaa nttttnngat gataaaatac ttcaaatggc tcaanatgct 1620
gnttcacaag gatattcaaa agcctctaaa attgctcaaa atgaaagaac taaatcaata 1680
tcggaaagaa aaaatgtcat tcaattctca gaaacctttg acggaatcaa atttagannn 1740
tatntngatg taaatacagg aagaattaca aacattcacc cagaataa              1788
<210> 72
<211> 595
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (61)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (122)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (158)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (280)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (297)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (447)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (471)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (481)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (487)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (527)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (529)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (539)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (541)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (580)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (582)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 72
Tyr Leu Lys Gln Leu Gln Val Ala Lys Asn Ile Asn Trp Asn Gln Val
1               5                  10                  15
Gln Leu Ala Tyr Asp Arg Trp Asp Tyr Lys Gln Glu Gly Leu Thr Glu
20                  25                  30
Ala Gly Ala Ala Ile Ile Ala Leu Ala Val Thr Val Val Thr Ser Gly
35                  40                  45
Ala Gly Thr Gly Ala Val Leu Gly Leu Asn Gly Ala Xaa Ala Ala Ala
50                  55                  60
Thr Asp Ala Ala Phe Ala Ser Leu Ala Ser Gln Ala Ser Val Ser Phe
65                  70                  75                  80
Ile Asn Asn Lys Gly Asp Val Gly Lys Thr Leu Lys Glu Leu Gly Arg
85                  90                  95
Ser Ser Thr Val Lys Asn Leu Val Val Ala Ala Ala Thr Ala Gly Val
100                 105                 110
Ala Asp Lys Ile Gly Ala Ser Ala Leu Xaa Asn Val Ser Asp Lys Gln
115                 120                 125
Trp Ile Asn Asn Leu Thr Val Asn Leu Ala Asn Ala Gly Ser Ala Ala
130                 135                 140
Leu Ile Asn Thr Ala Val Asn Gly Gly Ser Leu Lys Asp Xaa Leu Glu
145                 150                 155                 160
Ala Asn Ile Leu Ala Ala Leu Val Asn Thr Ala His Gly Glu Ala Ala
165                 170                 175
Ser Lys Ile Lys Gln Leu Asp Gln His Tyr Ile Val His Lys Ile Ala
180                 185                 190
His Ala Ile Ala Gly Cys Ala Ala Ala Ala Ala Asn Lys Gly Lys Cys
195                 200                 205
Gln Asp Gly Ala Ile Gly Ala Ala Val Gly Glu Ile Val Gly Glu Ala
210                 215                 220
Leu Thr Asn Gly Lys Asn Pro Asp Thr Leu Thr Ala Lys Glu Arg Glu
225                 230                 235                 240
Gln Ile Leu Ala Tyr Ser Lys Leu Val Ala Gly Thr Val Ser Gly Val
245                 250                 255
Val Gly Gly Asp Val Asn Ala Ala Ala Asn Ala Ala Glu Val Ala Val
260                 265                 270
Lys Asn Asn Gln Leu Ser Asp Xaa Glu Gly Arg Glu Phe Asp Asn Glu
275                 280                 285
Met Thr Ala Cys Ala Lys Gln Asn Xaa Pro Gln Leu Cys Arg Lys Asn
290                 295                 300
Thr Val Lys Lys Tyr Gln Asn Val Ala Asp Lys Arg Leu Ala Ala Ser
305                 310                 315                 320
Ile Ala Ile Cys Thr Asp Ile Ser Arg Ser Thr Glu Cys Arg Thr Ile
325                 330                 335
Arg Lys Gln His Leu Ile Asp Ser Arg Ser Leu His Ser Ser Trp Glu
340                 345                 350
Ala Gly Leu Ile Gly Lys Asp Asp Glu Trp Tyr Lys Leu Phe Ser Lys
355                 360                 365
Ser Tyr Thr Gln Ala Asp Leu Ala Leu Gln Ser Tyr His Leu Asn Thr
370                 375                 380
Ala Ala Lys Ser Trp Leu Gln Ser Gly Asn Thr Lys Pro Leu Ser Glu
385                 390                 395                 400
Trp Met Ser Asp Gln Gly Tyr Thr Leu Ile Ser Gly Val Asn Pro Arg
405                 410                 415
Phe Ile Pro Ile Pro Arg Gly Phe Val Lys Gln Asn Thr Pro Ile Thr
420                 425                 430
Asn Val Lys Tyr Pro Glu Gly Ile Ser Phe Asp Thr Asn Leu Xaa Arg
435                 440                 445
His Leu Ala Asn Ala Asp Gly Phe Ser Gln Glu Gln Gly Ile Lys Gly
450                 455                 460
Ala His Asn Arg Thr Asn Xaa Met Ala Glu Leu Asn Ser Arg Gly Gly
465                 470                 475                 480
Xaa Val Lys Ser Glu Thr Xaa Thr Asp Ile Glu Gly Ile Thr Arg Ile
485                 490                 495
Lys Tyr Glu Ile Pro Thr Leu Asp Arg Thr Gly Lys Pro Asp Gly Gly
500                 505                 510
Phe Lys Glu Ile Ser Ser Ile Lys Thr Val Tyr Asn Pro Lys Xaa Phe
515                 520                 525
Xaa Asp Asp Lys Ile Leu Gln Met Ala Gln Xaa Ala Xaa Ser Gln Gly
530                 535                 540
Tyr Ser Lys Ala Ser Lys Ile Ala Gln Asn Glu Arg Thr Lys Ser Ile
545                 550                 555                 560
Ser Glu Arg Lys Asn Val Ile Gln Phe Ser Glu Thr Phe Asp Gly Ile
565                 570                 575
Lys Phe Arg Xaa Tyr Xaa Asp Val Asn Thr Gly Arg Ile Thr Asn Ile
580                 585                 590
His Pro Glu
595
<210> 73
<211> 453
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 73
atggcaatca ttacattgta ttattctgtc aatggtattt taaatgtatg tgcaaaagca 60
aaaaatattc aagtagttgc caataataag aatatggttc tttttgggtt tttggsmrgc 120
atcatcggcg gttcaaccaa tgccatgtct cccatattgt taatattttt gcttagcgaa 180
acagaaaata aaaatcgtat cgtaaaatca agcaatctat gctatctttt ggcgaaaatt 240
gttcaaatat atatgctaag agaccagtat tggttattaa ataagagtga atacgdttta 300
atatttttac tgtccgtatt gtctgttatt ggattgtatg ttggaattcg gttaaggact 360
aagattagcc caaatttttt taaaatgtta atttttattg ttttattggt attggctctg 420
aaaatcgggc attcgggttt aatcaaactt taa                              453
<210> 74
<211> 150
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<220>
<221> SITE
<222> (39)..(40)
<223> Xaa=any amino acid
<220>
<221> SITE
<222> (99)
<223> Xaa=any amino acid
<400> 74
Met Ala Ile Ile Thr Leu Tyr Tyr Ser Val Asn Gly Ile Leu Asn Val
1               5                  10                  15
Cys Ala Lys Ala Lys Asn Ile Gln Val Val Ala Asn Asn Lys Asn Met
20                  25                  30
Val Leu Phe Gly Phe Leu Xaa Xaa Ile Ile Gly Gly Ser Thr Asn Ala
35                  40                  45
Met Ser Pro Ile Leu Leu Ile Phe Leu Leu Ser Glu Thr Glu Asn Lys
50                  55                  60
Asn Arg Ile Val Lys Ser Ser Asn Leu Cys Tyr Leu Leu Ala Lys Ile
65                  70                  75                  80
Val Gln Ile Tyr Met Leu Arg Asp Gln Tyr Trp Leu Leu Asn Lys Ser
85                  90                  95
Glu Tyr Xaa Leu Ile Phe Leu Leu Ser Val Leu Ser Val Ile Gly Leu
100                 105                 110
Tyr Val Gly Ile Arg Leu Arg Thr Lys Ile Ser Pro Asn Phe Phe Lys
115                 120                 125
Met Leu Ile Phe Ile Val Leu Leu Val Leu Ala Leu Lys Ile Gly His
130                 135                 140
Ser Gly Leu Ile Lys Leu
145                 150
<210> 75
<211> 768
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 75
atgcaagaaa taatgcaatc tatcgttttt gttgctgccg caatactgca cggaattaca 60
ggcatgggat ttccgatgct cggtacaacc gcattggctt ttatcatgcc attgtctaag 120
gttgttgcct tggtggcatt accaagcctg ttaatgagct tgttggttct atgcagcaat 180
aacaaaaagg gtttttggca agagattgtt tattatttaa aaacctataa attgcttgct 240
atcggcagcg tcgttggcag cattttgggg gtgaagttgc ttttgatact tccagtgtct 300
tggctgcttt tactgatggc aatcattaca ttgtattatt ctgtcaatgg tattttaaat 360
gtatgtgcaa aagcaaaaaa tattcaagta gttgccaata ataagaatat ggttcttttt 420
gggtttttgg caggcatcat cggcggttca accaatgcca tgtctcccat attgttaata 480
tttttgctta gcgaaacaga aaataaaaat cgtatcgtaa aatcaagcaa tctatgctat 540
cttttggcga aaattgttca aatatatatg ctaagagacc agtattggtt attaaataag 600
agtgaatacg gtttaatatt tttactgtcc gtattgtctg ttattggatt gtatgttgga 660
attcggttaa ggactaagat tagcccaaat ttttttaaaa tgttaatttt tattgtttta 720
ttggtattgg ctctgaaaat cgggcattcg ggtttaatca aactttaa              768
<210> 76
<211> 255
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 76
Met Gln Glu Ile Met Gln Ser Ile Val Phe Val Ala Ala Ala Ile Leu
1               5                  10                  15
His Gly Ile Thr Gly Met Gly Phe Pro Met Leu Gly Thr Thr Ala Leu
20                  25                  30
Ala Phe Ile Met Pro Leu Ser Lys Val Val Ala Leu Val Ala Leu Pro
35                  40                  45
Ser Leu Leu Met Ser Leu Leu Val Leu Cys Ser Asn Asn Lys Lys Gly
50                  55                  60
Phe Trp Gln Glu Ile Val Tyr Tyr Leu Lys Thr Tyr Lys Leu Leu Ala
65                  70                  75                  80
Ile Gly Ser Val Val Gly Ser Ile Leu Gly Val Lys Leu Leu Leu Ile
85                  90                  95
Leu Pro Val Ser Trp Leu Leu Leu Leu Met Ala Ile Ile Thr Leu Tyr
100                 105                 110
Tyr Ser Val Asn Gly Ile Leu Asn Val Cys Ala Lys Ala Lys Asn Ile
115                 120                 125
Gln Val Val Ala Asn Asn Lys Asn Met Val Leu Phe Gly Phe Leu Ala
130                 135                 140
Gly Ile Ile Gly Gly Ser Thr Asn Ala Met Ser Pro Ile Leu Leu Ile
145                 150                 155                 160
Phe Leu Leu Ser Glu Thr Glu Asn Lys Asn Arg Ile Val Lys Ser Ser
165                 170                 175
Asn Leu Cys Tyr Leu Leu Ala Lys Ile Val Gln Ile Tyr Met Leu Arg
180                 185                 190
Asp Gln Tyr Trp Leu Leu Asn Lys Ser Glu Tyr Gly Leu Ile Phe Leu
195                 200                 205
Leu Ser Val Leu Ser Val Ile Gly Leu Tyr Val Gly Ile Arg Leu Arg
210                 215                 220
Thr Lys Ile Ser Pro Asn Phe Phe Lys Met Leu Ile Phe Ile Val Leu
225                 230                 235                 240
Leu Val Leu Ala Leu Lys Ile Gly His Ser Gly Leu Ile Lys Leu
245                 250                 255
<210> 77
<211> 768
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 77
atgcaagaaa taatgcaatc tatcgttttt gttgctgccg caatactgca cggaattaca 60
ggcatgggat ttccgatgct cggtacaacc gcattggctt ttatcatgcc attgtctaag 120
gttgttgcct tggtggcatt accaagcctg ttaatgagct tgttggttct atgcagcaat 180
aacaaaaagg gtttttggca agagattgtt tattatttaa aaacctataa attgcttgct 240
atcggcagcg tcgttggcag cattttgggg gtgaagttgc ttttgatact tccagtgtct 300
tggctgcttt tactgatggc aatcattaca ttgtattatt ctgtcaatgg tattttaaat 360
gtatgtgcaa aagcaaaaaa tattcaagta gttgccaata ataagaatat ggttcttttt 420
gggtttttgg caggcatcat cggcggttca accaatgcca tgtctcccat attgttaata 480
tttttgctta gcgaaacaga gaataaaaat cgtatcgcaa aatcaagcaa tctatgctat 540
cttttggcaa aaattgttca aatatatatg ctaagagacc agtattggtt attaaataag 600
agtgaatacg gtttaatatt tttactgtcc gtattgtctg ttattggatt gtatgttgga 660
attcggttaa ggactaagat tagcccaaat ttttttaaaa tgttaatttt tattgtttta 720
ttggtattgg ctctgaaaat cgggtattca ggtttaatca aactttaa              768
<210> 78
<211> 255
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 78
Met Gln Glu Ile Met Gln Ser Ile Val Phe Val Ala Ala Ala Ile Leu
1               5                  10                  15
His Gly Ile Thr Gly Met Gly Phe Pro Met Leu Gly Thr Thr Ala Leu
20                  25                  30
Ala Phe Ile Met Pro Leu Ser Lys Val Val Ala Leu Val Ala Leu Pro
35                  40                  45
Ser Leu Leu Met Ser Leu Leu Val Leu Cys Ser Asn Asn Lys Lys Gly
50                  55                  60
Phe Trp Gln Glu Ile Val Tyr Tyr Leu Lys Thr Tyr Lys Leu Leu Ala
65                  70                  75                  80
Ile Gly Ser Val Val Gly Ser Ile Leu Gly Val Lys Leu Leu Leu Ile
85                  90                  95
Leu Pro Val Ser Trp Leu Leu Leu Leu Met Ala Ile Ile Thr Leu Tyr
100                 105                 110
Tyr Ser Val Asn Gly Ile Leu Asn Val Cys Ala Lys Ala Lys Asn Ile
115                 120                 125
Gln Val Val Ala Asn Asn Lys Asn Met Val Leu Phe Gly Phe Leu Ala
130                 135                 140
Gly Ile Ile Gly Gly Ser Thr Asn Ala Met Ser Pro Ile Leu Leu Ile
145                 150                 155                 160
Phe Leu Leu Ser Glu Thr Glu Asn Lys Asn Arg Ile Ala Lys Ser Ser
165                 170                 175
Asn Leu Cys Tyr Leu Leu Ala Lys Ile Val Gln Ile Tyr Met Leu Arg
180                 185                 190
Asp Gln Tyr Trp Leu Leu Asn Lys Ser Glu Tyr Gly Leu Ile Phe Leu
195                 200                 205
Leu Ser Val Leu Ser Val Ile Gly Leu Tyr Val Gly Ile Arg Leu Arg
210                 215                 220
Thr Lys Ile Ser Pro Asn Phe Phe Lys Met Leu Ile Phe Ile Val Leu
225                 230                 235                 240
Leu Val Leu Ala Leu Lys Ile Gly Tyr Ser Gly Leu Ile Lys Leu
245                 250                 255
<210> 79
<211> 516
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 79
atgagacata tgaaaataca aaattattta ctagtattta tagttttaca tatagccttg 60
atagtaatta atatagtgtt tggttatttt gtttttctat ttgatttttt tgcgtttttg 120
ttttttgcaa acgtctttct tgctgtaaat ttattatttt tagaaaaaaa cataaaaaac 180
aaattattgt ttttattgcc gatttctatt attatatgga tggtaattca tattagtatg 240
ataaatataa aattttataa atttgagcat caaataaagg aacaaaatat atcctcgatt 300
actggggtga taaaaccaca tgatagttat aattatgttt atgactcaaa tggatatgct 360
aaattaaaag ataatcatag atatggtagg gtaattagag aaacacctta tattgatgta 420
gttgcatctg atgttaaaaa taaatccata agattaagct tggtttgtgg tattcattca 480
tatgctccat gtgccaattt tataaaattt gtcagg                           516
<210> 80
<211> 172
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 80
Met Arg His Met Lys Ile Gln Asn Tyr Leu Leu Val Phe Ile Val Leu
1               5                  10                  15
His Ile Ala Leu Ile Val Ile Asn Ile Val Phe Gly Tyr Phe Val Phe
20                  25                  30
Leu Phe Asp Phe Phe Ala Phe Leu Phe Phe Ala Asn Val Phe Leu Ala
35                  40                  45
Val Asn Leu Leu Phe Leu Glu Lys Asn Ile Lys Asn Lys Leu Leu Phe
50                  55                  60
Leu Leu Pro Ile Ser Ile Ile Ile Trp Met Val Ile His Ile Ser Met
65                  70                  75                  80
Ile Asn Ile Lys Phe Tyr Lys Phe Glu His Gln Ile Lys Glu Gln Asn
85                  90                  95
Ile Ser Ser Ile Thr Gly Val Ile Lys Pro His Asp Ser Tyr Asn Tyr
100                 105                 110
Val Tyr Asp Ser Asn Gly Tyr Ala Lys Leu Lys Asp Asn His Arg Tyr
115                 120                 125
Gly Arg Val Ile Arg Glu Thr Pro Tyr Ile Asp Val Val Ala Ser Asp
130                 135                 140
Val Lys Asn Lys Ser Ile Arg Leu Ser Leu Val Cys Gly Ile His Ser
145                 150                 155                 160
Tyr Ala Pro Cys Ala Asn Phe Ile Lys Phe Val Arg
165                 170
<210> 81
<211> 729
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 81
atgagacata tgaaaaataa aaattattta ctagtattta tagttttaca tatagccttg 60
atagtaatta atatagtgtt tggttatttt gtttttctat ttgatttttt tgcgtttttg 120
ttttttgcaa acgtctttct tgctgtaaat ttattatttt tagaaaaaaa cataaaaaac 180
aaattattgt ttttattgcc gatttctatt attatatgga tggtaattca tattagtatg 240
ataaatataa aattttataa atttgagcat caaataaagg aacaaaatat atcctcgatt 300
actggggtga taaaaccaca tgatagttat aattatgttt atgactcaaa tggatatgct 360
aaattaaaag ataatcatag atatggtagg gtaattagag aaacacctta tattgatgta 420
gttgcatctg atgttaaaaa taaatccata agattaagct tggtttgtgg tattcattca 480
tatgctccat gtgccaattt tataaaattt gcaaaaaaac ctgttaaaat ttatttttat 540
aatcaacctc aaggagattt tatagataat gtaatatttg aaattaatga tggaaacaaa 600
agtttgtact tgttagataa gtataaaaca ttttttctta ttgaaaacag tgtttgtatc 660
gtattaatta ttttatattt aaaatttaat ttgcttttat ataggactta cttcaatgag 720
ttggaatag                                                         729
<210> 82
<211> 242
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 82
Met Arg His Met Lys Asn Lys Asn Tyr Leu Leu Val Phe Ile Val Leu
1               5                  10                  15
His Ile Ala Leu Ile Val Ile Asn Ile Val Phe Gly Tyr Phe Val Phe
20                  25                  30
Leu Phe Asp Phe Phe Ala Phe Leu Phe Phe Ala Asn Val Phe Leu Ala
35                  40                  45
Val Asn Leu Leu Phe Leu Glu Lys Asn Ile Lys Asn Lys Leu Leu Phe
50                  55                  60
Leu Leu Pro Ile Ser Ile Ile Ile Trp Met Val Ile His Ile Ser Met
65                  70                  75                  80
Ile Asn Ile Lys Phe Tyr Lys Phe Glu His Gln Ile Lys Glu Gln Asn
85                  90                  95
Ile Ser Ser Ile Thr Gly Val Ile Lys Pro His Asp Ser Tyr Asn Tyr
100                 105                 110
Val Tyr Asp Ser Asn Gly Tyr Ala Lys Leu Lys Asp Asn His Arg Tyr
115                 120                 125
Gly Arg Val Ile Arg Glu Thr Pro Tyr Ile Asp Val Val Ala Ser Asp
130                 135                 140
Val Lys Asn Lys Ser Ile Arg Leu Ser Leu Val Cys Gly Ile His Ser
145                 150                 155                 160
Tyr Ala Pro Cys Ala Asn Phe Ile Lys Phe Ala Lys Lys Pro Val Lys
165                 170                 175
Ile Tyr Phe Tyr Asn Gln Pro Gln Gly Asp Phe Ile Asp Asn Val Ile
180                 185                 190
Phe Glu Ile Asn Asp Gly Asn Lys Ser Leu Tyr Leu Leu Asp Lys Tyr
195                 200                 205
Lys Thr Phe Phe Leu Ile Glu Asn Ser Val Cys Ile Val Leu Ile Ile
210                 215                 220
Leu Tyr Leu Lys Phe Asn Leu Leu Leu Tyr Arg Thr Tyr Phe Asn Glu
225                 230                 235                 240
Leu Glu
<210> 83
<211> 729
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 83
atgagacata tgaaaaataa aaattattta ctagtattta tagttttaca tataaccttg 60
atagtaatta atatagtgtt tggttatttt gtttttctat ttgatttttt tgcgtttttg 120
ttttttgcaa acgtctttct tgctgtaaat ttattatttt tagaaaaaaa cataaaaaac 180
aaattattgt ttttattgcc gatttctatt attatatgga tggtaattca tattagtatg 240
ataaatataa aattttataa atttgagcat caaataaagg aacaaaatat atcctcgatt 300
actggggtga taaaaccaca tgatagttat aattatgttt atgactcaaa tggatatgct 360
aaattaaaag ataatcatag atatggtagg gtaattagag aaacacctta tattgatgta 420
gttgcatctg atgttaaaaa taaatccata agattaagct tggtttgtgg tattcattca 480
tatgctccat gtgccaattt tataaaattt gcaaaaaaac ctgttaaaat ttatttttat 540
aatcaacctc aaggagattt tatagataat gtaatatttg aaattaatga tggaaaaaaa 600
agtttgtact tgttagataa gtataaaaca ttttttctta ttgaaaacag tgtttgtatc 660
gtattaatta ttttatattt aaaatttaat ttgcttttat ataggactta cttcaatgag 720
ttggaatag                                                         729
<210> 84
<211> 242
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 84
Met Arg His Met Lys Asn Lys Asn Tyr Leu Leu Val Phe Ile Val Leu
1               5                  10                  15
His Ile Thr Leu Ile Val Ile Asn Ile Val Phe Gly Tyr Phe Val Phe
20                  25                  30
Leu Phe Asp Phe Phe Ala Phe Leu Phe Phe Ala Asn Val Phe Leu Ala
35                  40                  45
Val Asn Leu Leu Phe Leu Glu Lys Asn Ile Lys Asn Lys Leu Leu Phe
50                  55                  60
Leu Leu Pro Ile Ser Ile Ile Ile Trp Met Val Ile His Ile Ser Met
65                  70                  75                  80
Ile Asn Ile Lys Phe Tyr Lys Phe Glu His Gln Ile Lys Glu Gln Asn
85                  90                  95
Ile Ser Ser Ile Thr Gly Val Ile Lys Pro His Asp Ser Tyr Asn Tyr
100                 105                 110
Val Tyr Asp Ser Asn Gly Tyr Ala Lys Leu Lys Asp Asn His Arg Tyr
115                 120                 125
Gly Arg Val Ile Arg Glu Thr Pro Tyr Ile Asp Val Val Ala Ser Asp
130                 135                 140
Val Lys Asn Lys Ser Ile Arg Leu Ser Leu Val Cys Gly Ile His Ser
145                 150                 155                 160
Tyr Ala Pro Cys Ala Asn Phe Ile Lys Phe Ala Lys Lys Pro Val Lys
165                 170                 175
Ile Tyr Phe Tyr Asn Gln Pro Gln Gly Asp Phe Ile Asp Asn Val Ile
180                 185                 190
Phe Glu Ile Asn Asp Gly Lys Lys Ser Leu Tyr Leu Leu Asp Lys Tyr
195                 200                 205
Lys Thr Phe Phe Leu Ile Glu Asn Ser Val Cys Ile Val Leu Ile Ile
210                 215                 220
Leu Tyr Leu Lys Phe Asn Leu Leu Leu Tyr Arg Thr Tyr Phe Asn Glu
225                 230                 235                 240
Leu Glu
<210> 85
<211> 552
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 85
acccccaaca gcgtgaccgt cttgccgtct ttcggcggat tcgggcgtac cggcgcgacc 60
atcaatgcag caggcggggt cggcatgact gccttttcga caaccttaat ttccgtagcc 120
gagggcgcgg ttgtagagct gcaggccgtg agagccaaag ccgtcaatgc aaccgccgct 180
tgcattttta cggtcttgag taaggacatt ttcgatttcc tttttatttt ccgttttcag 240
acggctgact tccgcctgta ttttcgccaa agccatgccg acagcgtgcg ccttgacttc 300
atatttaaaa gcttccgcgc gtgccagttc cagttcgcgc gcatagtttt gagccgacaa 360
cagcagggct tgcgccttgt cgcgctccat cttgtcgatg accgcctgca gcttcgcaaa 420
tgccgacttg tagccttgat ggtgcgacac agccaagccc gtgccgacaa gcgcgataat 480
ggcaatcggt tgccagtaat tcgccagcag tttcacgaga ttcattctcg acctcctgac 540
gcttcacgct ga                                                     552
<210> 86
<211> 183
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 86
Thr Pro Asn Ser Val Thr Val Leu Pro Ser Phe Gly Gly Phe Gly Arg
1               5                  10                  15
Thr Gly Ala Thr Ile Asn Ala Ala Gly Gly Val Gly Met Thr Ala Phe
20                  25                  30
Ser Thr Thr Leu Ile Ser Val Ala Glu Gly Ala Val Val Glu Leu Gln
35                  40                  45
Ala Val Arg Ala Lys Ala Val Asn Ala Thr Ala Ala Cys Ile Phe Thr
50                  55                  60
Val Leu Ser Lys Asp Ile Phe Asp Phe Leu Phe Ile Phe Arg Phe Gln
65                  70                  75                  80
Thr Ala Asp Phe Arg Leu Tyr Phe Arg Gln Ser His Ala Asp Ser Val
85                  90                  95
Arg Leu Asp Phe Ile Phe Lys Ser Phe Arg Ala Cys Gln Phe Gln Phe
100                 105                 110
Ala Arg Ile Val Leu Ser Arg Gln Gln Gln Gly Leu Arg Leu Val Ala
115                 120                 125
Leu His Leu Val Asp Asp Arg Leu Gln Leu Arg Lys Cys Arg Leu Val
130                 135                 140
Ala Leu Met Val Arg His Ser Gln Ala Arg Ala Asp Lys Arg Asp Asn
145                 150                 155                 160
Gly Asn Arg Leu Pro Val Ile Arg Gln Gln Phe His Glu Ile His Ser
165                 170                 175
Arg Pro Pro Asp Ala Ser Arg
180
<210> 87
<211> 468
<212> DNA
<213> Neisseria meningitidis
<400> 87
atgactgcct tttcgacaac cttaatttcc gtagccgagg gcgcggttgt agagctgcag 60
gccgtgagag ccaaagccgt caatgcaacc gccgcttgca tttttacggt cttgagtaag 120
gacattttcg atttcctttt tattttccgt tttcagacgg ctgacttccg cctgtttttt 180
cgccaaagcc atgccgacag cgtgcgcctt gacttcatat tttttagctt ccgcgcgtgc 240
cagttccagt tcgcgcgcat agttttgagc cgacaacagc agggcttgcg ccttgtcgcg 300
ctccatcttg tcgatgaccg cctgctgctt cgcaaatgcc gacttgtagc cttgatggtg 360
cgacacagcc aagcccgtgc cgacaagcgc gataatggca atcggttgcc agttattcgc 420
cagcagtttc acgagattca ttctcgacct cctgacgctt cacgctga              468
<210> 88
<211> 155
<212> PRT
<213> Neisseria meningitidis
<400> 88
Met Thr Ala Phe Ser Thr Thr Leu Ile Ser Val Ala Glu Gly Ala Val
1               5                  10                  15
Val Glu Leu Gln Ala Val Arg Ala Lys Ala Val Asn Ala Thr Ala Ala
20                  25                  30
Cys Ile Phe Thr Val Leu Ser Lys Asp Ile Phe Asp Phe Leu Phe Ile
35                  40                  45
Phe Arg Phe Gln Thr Ala Asp Phe Arg Leu Phe Phe Arg Gln Ser His
50                  55                  60
Ala Asp Ser Val Arg Leu Asp Phe Ile Phe Phe Ser Phe Arg Ala Cys
65                  70                  75                  80
Gln Phe Gln Phe Ala Arg Ile Val Leu Ser Arg Gln Gln Gln Gly Leu
85                  90                  95
Arg Leu Val Ala Leu His Leu Val Asp Asp Arg Leu Leu Leu Arg Lys
100                 105                 110
Cys Arg Leu Val Ala Leu Met Val Arg His Ser Gln Ala Arg Ala Asp
115                 120                 125
Lys Arg Asp Asn Gly Asn Arg Leu Pro Val Ile Arg Gln Gln Phe His
130                 135                 140
Glu Ile His Ser Arg Pro Pro Asp Ala Ser Arg
145                 150                 155
<210>  89
<211>  462
<212>  DNA
<213>  Neisseria meningitidis
<400>  89
atgaccgcct tttcgacaac cttaatttcc gtagccgagg gcgcgcttgt agagctgcaa       60
gccgtgatgg ccaaagccgt caatacaacc gccgcctgca tttttacggt cttgagtaag      120
gacattttcg atttcctttt tattttccgt tttcagacgg ctgacttccg cctgtttttt      180
cgccaaagcc atgccgacgg cgtgcgcctt gacttcatat tttttagctt ccgcacgcgc      240
ctgttccagt tcgcgggcgt agttttgagc cgacaacagc agggcttgcg ccttgtcgcg      300
cttcattttc tcaatgaccg cctgctgctt cgcaaaagcc gacttgtagc cttgatggtg      360
cgacaccgcc aaacccgtgc cgacaagcgc gatgatggca atcggttgcc agttattcgc      420
cagcagtttc acgagattca ttctcgacct cctgacgttt ga                         462
<210>  90
<211>  153
<212>  PRT
<213>  Neisseria meningitidis
<400>  90
Met Thr Ala Phe Ser Thr Thr Leu Ile Ser Val Ala Glu Gly Ala Leu
1               5                   10                  15
Val Glu Leu Gln Ala Val Met Ala Lys Ala Val Asn Thr Thr Ala Ala
20                  25                  30
Cys Ile Phe Thr Val Leu Ser Lys Asp Ile Phe Asp Phe Leu Phe Ile
35                  40                  45
Phe Arg Phe Gln Thr Ala Asp Phe Arg Leu Phe Phe Arg Gln Ser His
50                  55                  60
Ala Asp Gly Val Arg Leu Asp Phe Ile Phe Phe Ser Phe Arg Thr Arg
65                  70                  75                  80
Leu Phe Gln Phe Ala Gly Val Val Leu Ser Arg Gln Gln Gln Gly Leu
85                  90                  95
Arg Leu Val Ala Leu His Phe Leu Asn Asp Arg Leu Leu Leu Arg Lys
100                 105                 110
Ser Arg Leu Val Ala Leu Met Val Arg His Arg Gln Thr Arg Ala Asp
115                 120                 125
Lys Arg Asp Asp Gly Asn Arg Leu Pro Val Ile Arg Gln Gln Phe His
130                 135                 140
Glu Ile His Ser Arg Pro Pro Asp Val
145                 150
【図１Ａ】
0004399112.tif 000131
【図１Ｂ】
0004399112.tif 000132
【図４Ａ】
0004399112.tif 000133
【図１Ｃ】
0004399112.tif 000134
【図１Ｄ】
0004399112.tif 000135
【図１Ｅ】
0004399112.tif 000136
【図２Ａ】
0004399112.tif 000137
【図２Ｂ】
0004399112.tif 000138
【図２Ｃ】
0004399112.tif 000139
【図２Ｄ】
0004399112.tif 000140
【図２Ｅ】
0004399112.tif 000141
【図３Ａ】
0004399112.tif 000142
【図３Ｂ】
0004399112.tif 000143
【図３Ｃ】
0004399112.tif 000144
【図３Ｄ】
0004399112.tif 000145
【図４Ｂ】
0004399112.tif 000146
【図５】
0004399112.tif 000147
【図６】
0004399112.tif 000148
【図７】
0004399112.tif 000149