(57)【要約】複数の遺伝子に存在する一塩基多型（ＳＮＰｓ）について、歯周炎疾患との関連を調べた。その結果、歯周炎疾患に関連するＳＮＰｓおよびハプロタイプを見出した。それぞれの遺伝子領域におけるＳＮＰｓおよびハプロタイプを指標とすることにより、歯周炎疾患の検査が可能となった。【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の（１）〜（５２）のいずれかの領域における多型を検出する工程を含む、歯周疾患の検査方法。
（１）ＤＰＰ４、（２）ＴＥＰ１、（３）ＰＩＫ３Ｒ１、（４）ＣＡＴ、（５）ＥＤＮ３、（６）ＦＧＬ２、（７）ＰＯＮ１、（８）ＹＷＨＡＺ、（９）ＣＯＬ１８Ａ１、（１０）ＣＯＬ３Ａ１、（１１）ＣＯＬ４Ａ１、（１２）ＣＯＬ１６Ａ１、（１３）ＣＴＳＢ、（１４）ＩＬ１０ＲＢ、（１５）ＩＬ１Ａ、（１６）ＩＬ６ＳＴ、（１７）ＫＲＴＨＡ２、（１８）ＬＡＭＡ４、（１９）ＬＡＭＲ１、（２０）ＰＬＯＤ２、（２１）ＰＲＧ４、（２２）ＰＴＧＤＳ、（２３）ＰＴＧＥＲ１、（２４）ＰＴＧＦＲ、（２５）ＴＧＦＢＲ３、（２６）ＴＩＭＰ３、（２７）ＴＮＦＡ、（２８）ＡＤＣＹ９、（２９）ＧＮＲＨ１、（３０）ＳＣＡＲＢ１、（３１）ＣＯＬ１Ａ１、（３２）ＥＧＦ、（３３）ＥＬＮ、（３４）ＫＲＴ２３、（３５）ＬＡＭＢ１、（３６）Ｆ５、（３７）ＦＧＬ１、（３８）ＬＥＰ、（３９）ＣＯＬ１２Ａ１、（４０）ＣＯＬ１７Ａ１、（４１）ＣＯＬ９Ａ１、（４２）ＣＴＳＤ、（４３）ＣＴＳＧ、（４４）ＥＧＦＲ、（４５）ＦＧＦ１２、（４６）ＦＵＴ１、（４７）ＨＳＰＧ２、（４８）ＬＡＭＡ２、（４９）ＰＬＯＤ、（５０）ＰＴＧＥＲ２、（５１）ＰＴＧＥＲ３、（５２）（１）〜（５１）のいずれかに記載の領域と塩基対をなす相補鎖における領域
【請求項２】
請求項１に記載の（１）〜（３５）のいずれかの領域の多型、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出する工程を含む、侵襲性歯周炎の検査方法。
【請求項３】
請求項１に記載の（２８）〜（５１）のいずれかの領域の多型、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出する工程を含む、慢性歯周炎の検査方法。
【請求項４】
請求項１に記載の（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基種を決定する工程を含む、歯周疾患の検査方法。
【請求項５】
請求項１に記載の（１）〜（３５）のいずれかの領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程を含む、侵襲性歯周炎の検査方法。
【請求項６】
請求項１に記載の（１）〜（３５）のいずれかの領域の多型部位が、それぞれ以下の（１’）〜（３５’）に記載の多型部位である、請求項５に記載の方法。
（１’）配列番号：１に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（２’）配列番号：３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３’）配列番号：５に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（４’）配列番号：７に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（５’）配列番号：９に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（６’）配列番号：１１に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（７’）配列番号：１３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（８’）配列番号：１５に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（９’）配列番号：１１５に記載の塩基配列における１７４８位、３８１３位、４３１３位、４３６２位、４３９７位、４６１３位、４７２７位、４７３７位、４９４４位、５５７７位、５６９０位、６００３位、６４６９位、６５８２位、６９４８位、７００８位、７０３３位、７０６０位、７１５１位、７４７３位、８２０２位、９２０９位、１０００１位、１０５５９位、１０５９２位、１０７７７位、１０７８７位、１０９０９位、１５６３６位、１７４８１位、１７７２４位、２０８９４位、２１１４７位、２１５９０位、２１８１１位、２２１２７位、２３１１１位、２３７５５位、２３８１０位、２４０７９位、２４７８５位、２４８８８位、２５９４５位、２６２５３位、２６２８８位、２７６９０位、２７８５０位、３０４５６位、または３０４６１位のいずれかの多型部位
（１０’）配列番号：１１６に記載の塩基配列における４７３位、１１３８位、２８７５位、３９３０位、６００５位、６１５４位、６１７９位、７２２６位、８６４２位、９４７５位、１０００１位、１０１４５位、１１００７位、１４４６８位、１５２８３位、１７５３９位、または１９２２３位のいずれかの多型部位
（１１’）配列番号：１１７に記載の塩基配列における７６位、６８２位、９１８位、１１０８位、１２０２位、１３１３位、１６１２位、１８３１位、２１２２位、４０６７位、４０７６位、４２５３位、４９０９位、４９７０位、５６６４位、５９４４位、６２１７位、６６４１位、７３３５位、７３８５位、７７１５位、８８７６位、９６８７位、９９０６位、１０００１位、１０００４位、１０１３０位、１０３９８位、１０４９６位、１０４９９位、１０５３５位、１０６６９位、１０７０４位、１１０５８位、１３７２２位、１３９３１位、１４１３５位、１５３６７位、１５５１８位、１５８１８位、１５８７２位、１５８７４位、１６９４３位、１７２１５位、１７５５１位、１７８４７位、１７８６２位、１７９３２位、１８１１８位、１８１２４位、１８４５９位、１９２４９位、１９４３５位、１９４６６位、２０６３４位、２１３８２位、２１９９５位、２２０７８位、２２３８１位、２３０１０位、２４６３５位、２６５８８位、２７１９３位、２７３５４位、２８０００位、２８０５９位、２８０９７位、２８１２９位、２９１９０位、２９２４７位、３００９４位、３０５７２位、３０９５６位、３１０８２位、３１１６８位、３１４０４位、３２５６２位、３３１２５位、３４５２９位、３５２６５位、３５５８７位、３５８５８位、３６０４９位、３６２３９位、３７０６５位、３７７３４位、３７７７１位、３８８３５位、３８８９８位、３９２７８位、３９４６１位、４０３０９位、４０３３４位、４０６２５位、４１３１４位、４１３８６位、４１５５８位、４１５８０位、４１９８０位、４２０２６位、４２０３９位、４２０５９位、４２３５２位、４２３６５位、４２３７０位、４２３７６位、４２４２８位、４２５８５位、４２７６４位、４３０５１位、４３４１９位、４５９７３位、４６１５１位、４６２２１位、４６６２９位、４６６９７位、４６７２４位、４６８１５位、４８０４６位、４８３６７位、４８４３９位、４８８６４位、４９３１６位、５００７８位、５０２３４位、５０２８７位、または５０７６３位のいずれかの多型部位
（１２’）配列番号：１１８に記載の塩基配列における１３３５位、１９８０位、２９９１位、３０６０位、３３４７位、３４６３位、３５８２位、４３５５位、５６３９位、５８２５位、６６５４位、１０００１位、１３５７７位、１４４８７位、または１９７６８位のいずれかの多型部位
（１３’）配列番号：１１９に記載の塩基配列における１２０７位、１２１４位、１２４０位、１２５６位、１３５４位、１５３９位、２０４９位、２０５０位、２３０４位、２４２３位、３０６６位、３１９９位、３２９８位、３６０９位、４２８６位、４４９４位、４５６９位、４８５０位、４９６３位、５５９９位、５６０７位、５７６３位、５９５８位、６０６０位、６１１５位、６１４０位、６４６４位、６６０５位、６７０４位、６７４４位、６７５０位、６７５１位、６７９５位、６８１８位、６８６８位、６９８４位、７０６６位、７１３９位、７１４８位、７１７５位、７２３７位、７３０３位、７４０４位、７４５６位、７７０２位、７８７０位、７９１０位、８１９８位、８２８２位、８３５９位、８３８５位、８５１９位、８５２１位、９１５８位、９１６０位、９２１２位、９３１９位、９５８１位、９７４０位、９７５９位、１０００１位、１０２０４位、１０２４４位、１０３０４位、１０３１０位、１０５３９位、１０７３２位、１１０９１位、１１１７０位、１１４４３位、１１８７０位、１１８８９位、１１８９４位、１１９０４位、１２０３６位、１２４５１位、１２６６２位、１２８１３位、１３１２２位、１３２１７位、１３３１２位、１３６６２位、１３６９２位、１４０６０位、１４８０７位、１４８１９位、１５１６３位、１５２３１位、１５４９１位、１５５６５位、１５９２１位、１６０１１位、１６０１９位、１６３３５位、１７３０５位、または１７５０１位のいずれかの多型部位
（１４’）配列番号：１２０に記載の塩基配列における３３８３位、３４５８位、７８２３位、８５１７位、９１７３位、９９２４位、１０００１位、１０４６１位、１０５５６位、１０６６７位、１０６６９位、１０９６５位、１１９３０位、１２３３９位、１２３４１位、１３８９８位、１４３５６位、１４４０６位、１４４０７位、１５２２４位、１５３６４位、１６７７４位、１６９５０位、１９２６５位、１９６５９位、１９６６５位、１９９５０位、２０２６５位、２０７７１位、２０９４８位、２１０８３位、２１９３３位、２１９９１位、２２２４６位、２２２７０位、２３２３８位、２３５９９位、２３８１７位、２３９８９位、２４０６３位、２４１００位、２４３７２位、２４８０８位、２４９９２位、２５１６４位、２５１９１位、２５６４１位、２６７６５位、２７２１２位、２７４９２位、２７７９５位、２８１６１位、２８５５８位、２８８２９位、２８９４８位、２８９７２位、または３００１１位のいずれかの多型部位
（１５’）配列番号：１２１に記載の塩基配列における４６６２位、５５８７位、５８５４位、６２８２位、６６４６位、６７９９位、８１７２位、９１３９位、９９５８位、１０００１位、１０２１６位、１０３７２位、１０４９６位、１１７５３位、１１７８６位、１１９０２位、１１９１５位、１３０５３位、１３３４５位、１４４４４位、１４５３５位、１４６４７位、１４７４０位、１４７６８位、１６４８８位、１７５２３位、１７８３６位、１８９９７位、１９０３０位、１９３８９位、１９４７６位、または１９７４８位のいずれかの多型部位
（１６’）配列番号：１２２に記載の塩基配列における１１５位、１１９位、１２３位、１３９位、２５１７位、２８１３位、５７５０位、５７６９位、または１０００１位のいずれかの多型部位
（１７’）配列番号：１２３に記載の塩基配列における１７９６位、１８６７位、１９６４位、４９４２位、５０２０位、５３２３位、５８４１位、６１１３位、６１３２位、６１６４位、６３４７位、６３８０位、７３１６位、７９０５位、８０２５位、８０９５位、８２５２位、８４０５位、８８３８位、８９４０位、８９８５位、９６０６位、９７６３位、９９６４位、９９７９位、９９８０位、１０００１位、１００７２位、１０１０５位、１０３２６位、１０９２０位、１１６１９位、１１７９６位、１２２１７位、１２２１８位、１２６７２位、１２９５４位、１３２７１位、１４０１０位、１４０１１位、１４５０８位、１４５９４位、１４７７１位、１４７７２位、１５０４３位、１５１２６位、１５２１２位、１５２９３位、１５３０９位、１５３１１位、１５５０２位、１９７７３位、１９８３６位、２００７７位、２００８３位、または２０６４１位のいずれかの多型部位
（１８’）配列番号：１２４に記載の塩基配列における９６４位、３６４５位、５５８１位、５５８７位、５６０９位、５６１０位、６６０５位、６６１６位、６８４３位、６８５０位、６９３１位、７３７０位、１０００１位、１０１０８位、１２３４２位、１２５３６位、１４２７２位、または１６１１６位のいずれかの多型部位
（１９’）配列番号：１２５に記載の塩基配列における１３４位、６３８２位、６５１９位、６７０１位、９０３５位、９３６８位、１０００１位、１２２６９位、１２３３７位、１２３５４位、１２３６０位、１３００３位、１３２８８位、１３３９１位、１３８２５位、１３８４１位、１４００６位、１４００７位、２２０５８位、または２２２２３位のいずれかの多型部位
（２０’）配列番号：１２６に記載の塩基配列における９０２位、９３１位、３２０４位、６６７６位、７６８２位、７６８６位、７６９３位、８８５９位、９１９５位、９５１８位、９９７１位、１０００１位、１００８８位、１００９１位、１１１９５位、１３４２１位、１３４３７位、１３６８６位、１３８０３位、１３９７４位、１４２１７位、１８７０２位、または１９１７９位のいずれかの多型部位
（２１’）配列番号：１２７に記載の塩基配列における１３６４位、２２９９位、２４６４位、２４８０位、９６３３位、９８５０位、１０００１位、１１７３０位、１４６６６位、または１５７５９位のいずれかの多型部位
（２２’）配列番号：１２８に記載の塩基配列における４６２７位、６０３５位、６３３６位、６６４４位、１０００１位、１２７４８位、１２９２０位、１３０１３位、１８４４４位、１８４５７位、１９４３２位、または２０００１位のいずれかの多型部位
（２３’）配列番号：１２９に記載の塩基配列における２１１位、２４７位、２６４位、３４１位、８５９位、４９０３位、７２９２位、８６９７位、８７６８位、８８６６位、９２９３位、９４９３位、９５６７位、１０００１位、１０１２８位、１１１５１位、１２２４４位、１２４７４位、１２６３４位、１４７０５位、１６８４１位、１７１４８位、１７７１０位、１７７６０位、１７９６６位、１９７６０位、または１９７９３位のいずれかの多型部位
（２４’）配列番号：１３０に記載の塩基配列における３９８０位、４４９８位、６５００位、６６８０位、７０２８位、８２７１位、８３５７位、９５７６位、１０００１位、１０３７４位、１０４７０位、１０６４７位、１０７３２位、１０７８９位、１０９８１位、１０９８９位、１１２７８位、１１９２８位、１２５４３位、１３３２６位、１３４５２位、１３４７２位、１３４７２位、１３５６７位、１４１６６位、１４３９０位、１４６０９位、１４６５５位、１５２１４位、１６８４０位、１７１８７位、１７６３９位、１７８８３位、１８８１４位、または１９０９３位のいずれかの多型部位
（２５’）配列番号：１３１に記載の塩基配列における９５６位、２５０６位、２５７４位、３６１６位、４７４１位、５２３５位、６２５０位、６６８６位、６９３３位、７０５７位、９１６８位、９３７２位、９４２７位、９４４３位、９５１３位、１０００１位、１００６４位、１０７７８位、１０９２９位、１１１６５位、１１２７０位、１１４０６位、１１８１６位、１１８２９位、１２２７２位、１２８２２位、１２９８４位、１４１１２位、１５４２７位、１６８５０位、１８８８７位、１９１３０位、１９１９４位、１９７５３位、２０５８３位、２２２８２位、２２７４６位、２２９０１位、２３０４９位、２３４９４位、２４７９１位、２５４９８位、２５９７８位、２６０９８位、２６４２４位、２６７４５位、２６７４６位、２６８２１位、２７８６９位、３００４３位、３０１５６位、または３０１６４位のいずれかの多型部位
（２６’）配列番号：１３２に記載の塩基配列における３４０位、４７５５位、７１３１位、９１５４位、１０００１位、１２３７８位、１６４５５位、１６５７６位、１６７７６位、１８２６２位、１８２７５位、１８４７７位、１９１４９位、１９３１６位、１９３８７位、１９８７６位、１９８８５位、１９８９６位、または１９９５５位のいずれかの多型部位
（２７’）配列番号：１３３に記載の塩基配列における２８７位、５１５位、８８９位、３１２７位、３６９９位、５１４５位、５１７８位、５３９７位、５３９８位、５９１０位、６３３５位、６５４５位、６６６７位、６６６８位、６９７１位、７０４１位、７０４２位、７３２９位、７４５６位、７５９３位、７６５７位、７６６１位、７６８４位、８６７９位、８７４８位、９２０８位、９３５４位、９３７６位、９３８２位、９５５３位、９５５５位、９５９１位、９６６４位、９６７１位、９７２０位、９９３１位、９９９５位、１０００１位、１０３０６位、１０３９１位、１０５０５位、１０５７２位、１０６５８位、１０７２７位、１０９２７位、１１０８９位、１１１２５位、１１４０６位、１１４９１位、１１５４２位、１１８１８位、１２２９１位、１２６３３位、１２６６７位、１３３９５位、１３６６２位、１３６８９位、１３７５０位、１３８５４位、１３８８０位、１４０１５位、１４２６７位、１４３２０位、１４３６０位、１４３７４位、１４４１４位、１４５１１位、１４５４７位、１４５８９位、１４６９２位、１４７１９位、１５０９６位、１５２６８位、１５３５１位、１５７５６位、１５７９０位、１６３０７位、１６４５６位、１６７０１位、１７３５２位、１７４３９位、１７４６０位、１７９６６位、１８０９５位、１８４２４位、または１８４３７位のいずれかの多型部位
（２８’）配列番号：１７または配列番号：１９に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（２９’）配列番号：２１に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３０’）配列番号：１３４に記載の塩基配列における１２０位、１３６位、１６２位、４２７位、５３０位、１３６２位、１３６３位、１４１２位、１５６７位、２３４１位、２６１０位、３５２４位、３９５９位、４２９６位、４９４０位、５４０９位、５８２４位、６５２２位、６５６４位、６７５５位、７６４６位、７７９８位、７８１９位、８０１５位、８１２２位、８８４８位、９０９６位、９４１３位、９４２４位、９４４１位、１０００１位、１１６３９位、１１９８２位、１１９９０位、１２０７７位、１２０９０位、１３７３７位、１３７５５位、１４５５４位、１５０６６位、１５２９２位、１５４５７位、１５６４６位、１５９４３位、１７１１４位、１７２８７位、１７７１４位、１８２９１位、１９４０３位、１９４２５位、２０１４３位、２０４０４位、２０５２２位、２１７２６位、２２９２０位、２３０７１位、２４２７６位、２４３６０位、２５４３４位、２５５３９位、２５７０３位、２５９７１位、２６４３１位、２６７３９位、２６７６０位、２６７６４位、２６９２７位、２８３０８位、２８６１９位、２８７６０位、２９１７９位、２９３２９位、２９５６０位、３０２５１位、３０７３６位、３０９９８位、３１２０７位、３１９２０位、３２２１８位、３７２００位、３７６９２位、４２３２７位、または５０９３５位のいずれかの多型部位
（３１’）配列番号：１３５に記載の塩基配列における１０９位、６５４位、７３２位、１７９８位、２７０８位、２９０３位、４０７９位、４２２８位、４２５２位、４７９２位、５１２０位、５３０１位、７４０９位、７６１０位、８３４６位、８３７３位、８６９０位、８８３２位、９０９９位、９７５５位、９７８６位、９８２９位、９９４２位、９９４７位、１０００１位、１００６９位、１０１９６位、１０２３２位、１０５１９位、１０８８３位、１０９７７位、１１０４３位、１１０４５位、１１３１０位、１１６２２位、１１６９７位、１２１８９位、１２４０６位、１２４７５位、１２７０４位、１３６４９位、１４２７１位、１４４３４位、１４５６５位、１５２０３位、１５４１９位、１５４２３位、１５６０６位、１６００１位、１６１７１位、１６２８２位、１６４０６位、１６５８２位、１６７０５位、１６８８３位、１６９６０位、１７８２５位、１８２８７位、１８３６０位、１８４１３位、１８７５６位、１９０３５位、２０１３５位、２０４１９位、２０４４４位、２１２２６位、２１２７１位、２１２８９位、２２６４１位、２２６７８位、２２６９６位、２２７０９位、２２７１９位、２３８９７位、２３９５１位、２４２１５位、２４７１４位、２４７２９位、２４７４３位、２４７６７位、２４７９６位、２５４５５位、２５４７５位、２５４９９位、２５５２９位、２５５３０位、２５９１１位、２６１９９位、２６２０４位、２７３３６位、２７６３５位、２７６３６位、または２７９７０位のいずれかの多型部位
（３２’）配列番号：１３６に記載の塩基配列における５９４４位、９３９２位、９６９６位、１０００１位、１０５１７位、１０７９６位、１１２４０位、１１３３５位、１１４８３位、１１５２６位、１１６２０位、１２０７９位、１３９０７位、１４８９９位、１４９７９位、１５９７３位、１６３６２位、１６８３７位、１７３８１位、２０３３２位、２０４７０位、２０７４９位、２１７４２位、２５０８９位、４３１９９位、４８３２６位、４９０６６位、４９５４３位、５０５２２位、５２２１８位、５４３１７位、５５４４７位、または５７２９７位のいずれかの多型部位
（３３’）配列番号：１３７に記載の塩基配列における１１４２位、２６５７位、２９７５位、３６５０位、３７５１位、３８０３位、５３６７位、５５１９位、１０００１位、１０１２４位、１２４９０位、１３２４５位、１４５０９位、１５４５１位、２０１７８位、２７０３０位、２８５７５位、２８６４３位、３１３５５位、３４０９７位、３４１１０位、または３６６１４位のいずれかの多型部位
（３４’）配列番号：１３８に記載の塩基配列における３４２位、２０２９位、２１１８位、６５００位、６７５２位、８７０９位、８８２３位、１０００１位、１０２７７位、１０７９４位、１０８０５位、１０８１０位、１１４３０位、１１５９７位、１２５２５位、１２８３０位、１４３８８位、１４６４５位、１５０２９位、１５１８６位、１６５６５位、１６８１６位、１７１７６位、２１７９０位、２１８２７位、２１９４７位、２１９６４位、２２６４０位、２２７５２位、２５９００位、２６５０２位、２７６３５位、２７７７７位、２７７９１位、３０６１６位、３０６５０位、または３０９５７位のいずれかの多型部位
（３５’）配列番号：１３９に記載の塩基配列における４８０位、１２３０位、２２２１位、２４１４位、２７８１位、２８７５位、４９９９位、５０５５位、５９０１位、８１０７位、１０００１位、１０１３９位、１０２７５位、１０８９７位、１０９６２位、１１１９０位、１１３９３位、１１９４２位、１２７３４位、１２８４９位、１４８４５位、１５１６５位、１５６９９位、１６５３０位、１８３２３位、または１８３３３位のいずれかの多型部位
【請求項７】
（９’）〜（２７’）および（３０’）〜（３５’）に記載の多型部位における塩基種が、それぞれ以下の（９″）〜（２７″）および（３０″）〜（３５″）である場合に、侵襲性歯周炎にかかりやすいと判定される請求項６に記載の検査方法。
（９″）配列番号：１１５に記載の塩基配列における２４０７９位の塩基種がＡ
（１０″）配列番号：１１６に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（１１″）配列番号：１１７に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ、１５３６７位の塩基種がＴ、または２１９９５位の塩基種がＣ
（１２″）配列番号：１１８に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（１３″）配列番号：１１９に記載の塩基配列における１０２０４位の塩基種がＣ
（１４″）配列番号：１２０に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（１５″）配列番号：１２１に記載の塩基配列における１１９１５位の塩基種がＧ
（１６″）配列番号：１２２に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（１７″）配列番号：１２３に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（１８″）配列番号：１２４に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（１９″）配列番号：１２５に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＴ、または１３２８８位の塩基種がＴ
（２０″）配列番号：１２６に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＴ
（２１″）配列番号：１２７に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（２２″）配列番号：１２８に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（２３″）配列番号：１２９に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（２４″）配列番号：１３０に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＣ
（２５″）配列番号：１３１に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（２６″）配列番号：１３２に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（２７″）配列番号：１３３に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（３０″）配列番号：１３４に記載の塩基配列における４２３２７位の塩基種がＴ
（３１″）配列番号：１３５に記載の塩基配列における２０１３５位の塩基種がＣ
（３２″）配列番号：１３６に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（３３″）配列番号：１３７に記載の塩基配列における２８５７５位の塩基種がＧ
（３４″）配列番号：１３８に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ、１１５９７位の塩基種がＧ、または１４３８８位の塩基種がＣ
（３５″）配列番号：１３９に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
【請求項８】
請求項１に記載の（２８）〜（５１）のいずれかの領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程を含む、慢性歯周炎の検査方法。
【請求項９】
請求項１に記載の（２８）〜（５１）のいずれかの領域の多型部位が、それぞれ以下の（２８’）〜（５１’）に記載の多型部位である、請求項８に記載の方法。
（２８’）配列番号：１７または配列番号：１９に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（２９’）配列番号：２１に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３０’）配列番号：１３４に記載の塩基配列における１２０位、１３６位、１６２位、４２７位、５３０位、１３６２位、１３６３位、１４１２位、１５６７位、２３４１位、２６１０位、３５２４位、３９５９位、４２９６位、４９４０位、５４０９位、５８２４位、６５２２位、６５６４位、６７５５位、７６４６位、７７９８位、７８１９位、８０１５位、８１２２位、８８４８位、９０９６位、９４１３位、９４２４位、９４４１位、１０００１位、１１６３９位、１１９８２位、１１９９０位、１２０７７位、１２０９０位、１３７３７位、１３７５５位、１４５５４位、１５０６６位、１５２９２位、１５４５７位、１５６４６位、１５９４３位、１７１１４位、１７２８７位、１７７１４位、１８２９１位、１９４０３位、１９４２５位、２０１４３位、２０４０４位、２０５２２位、２１７２６位、２２９２０位、２３０７１位、２４２７６位、２４３６０位、２５４３４位、２５５３９位、２５７０３位、２５９７１位、２６４３１位、２６７３９位、２６７６０位、２６７６４位、２６９２７位、２８３０８位、２８６１９位、２８７６０位、２９１７９位、２９３２９位、２９５６０位、３０２５１位、３０７３６位、３０９９８位、３１２０７位、３１９２０位、３２２１８位、３７２００位、３７６９２位、４２３２７位、または５０９３５位のいずれかの多型部位
（３１’）配列番号：１３５に記載の塩基配列における１０９位、６５４位、７３２位、１７９８位、２７０８位、２９０３位、４０７９位、４２２８位、４２５２位、４７９２位、５１２０位、５３０１位、７４０９位、７６１０位、８３４６位、８３７３位、８６９０位、８８３２位、９０９９位、９７５５位、９７８６位、９８２９位、９９４２位、９９４７位、１０００１位、１００６９位、１０１９６位、１０２３２位、１０５１９位、１０８８３位、１０９７７位、１１０４３位、１１０４５位、１１３１０位、１１６２２位、１１６９７位、１２１８９位、１２４０６位、１２４７５位、１２７０４位、１３６４９位、１４２７１位、１４４３４位、１４５６５位、１５２０３位、１５４１９位、１５４２３位、１５６０６位、１６００１位、１６１７１位、１６２８２位、１６４０６位、１６５８２位、１６７０５位、１６８８３位、１６９６０位、１７８２５位、１８２８７位、１８３６０位、１８４１３位、１８７５６位、１９０３５位、２０１３５位、２０４１９位、２０４４４位、２１２２６位、２１２７１位、２１２８９位、２２６４１位、２２６７８位、２２６９６位、２２７０９位、２２７１９位、２３８９７位、２３９５１位、２４２１５位、２４７１４位、２４７２９位、２４７４３位、２４７６７位、２４７９６位、２５４５５位、２５４７５位、２５４９９位、２５５２９位、２５５３０位、２５９１１位、２６１９９位、２６２０４位、２７３３６位、２７６３５位、２７６３６位、または２７９７０位のいずれかの多型部位
（３２’）配列番号：１３６に記載の塩基配列における５９４４位、９３９２位、９６９６位、１０００１位、１０５１７位、１０７９６位、１１２４０位、１１３３５位、１１４８３位、１１５２６位、１１６２０位、１２０７９位、１３９０７位、１４８９９位、１４９７９位、１５９７３位、１６３６２位、１６８３７位、１７３８１位、２０３３２位、２０４７０位、２０７４９位、２１７４２位、２５０８９位、４３１９９位、４８３２６位、４９０６６位、４９５４３位、５０５２２位、５２２１８位、５４３１７位、５５４４７位、または５７２９７位のいずれかの多型部位
（３３’）配列番号：１３７に記載の塩基配列における１１４２位、２６５７位、２９７５位、３６５０位、３７５１位、３８０３位、５３６７位、５５１９位、１０００１位、１０１２４位、１２４９０位、１３２４５位、１４５０９位、１５４５１位、２０１７８位、２７０３０位、２８５７５位、２８６４３位、３１３５５位、３４０９７位、３４１１０位、または３６６１４位のいずれかの多型部位
（３４’）配列番号：１３８に記載の塩基配列における３４２位、２０２９位、２１１８位、６５００位、６７５２位、８７０９位、８８２３位、１０００１位、１０２７７位、１０７９４位、１０８０５位、１０８１０位、１１４３０位、１１５９７位、１２５２５位、１２８３０位、１４３８８位、１４６４５位、１５０２９位、１５１８６位、１６５６５位、１６８１６位、１７１７６位、２１７９０位、２１８２７位、２１９４７位、２１９６４位、２２６４０位、２２７５２位、２５９００位、２６５０２位、２７６３５位、２７７７７位、２７７９１位、３０６１６位、３０６５０位、または３０９５７位のいずれかの多型部位
（３５’）配列番号：１３９に記載の塩基配列における４８０位、１２３０位、２２２１位、２４１４位、２７８１位、２８７５位、４９９９位、５０５５位、５９０１位、８１０７位、１０００１位、１０１３９位、１０２７５位、１０８９７位、１０９６２位、１１１９０位、１１３９３位、１１９４２位、１２７３４位、１２８４９位、１４８４５位、１５１６５位、１５６９９位、１６５３０位、１８３２３位、または１８３３３位のいずれかの多型部位
（３６’）配列番号：２３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３７’）配列番号：２５に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３８’）配列番号：２７に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３９’）配列番号：１４０に記載の塩基配列における２１９８位、２６９９位、６５１１位、６７８９位、７５５４位、８４４２位、８７１５位、１０００１位、１１２５４位、１２２８８位、１６００１位、または１７０７７位のいずれかの多型部位
（４０’）配列番号：１４１に記載の塩基配列における９６位、８１３位、８４８位、１０３３位、１４４２位、１５９３位、１８１５位、１９１９位、４０９４位、４２９６位、４３３９位、４７５９位、５６７０位、５８８６位、６５４２位、６７０１位、７８８６位、７９５０位、９１５１位、９７２５位、９８７３位、１０００１位、１００２９位、１０９６９位、１１１６５位、１１２５５位、１４１９５位、１４２４５位、１４５３４位、１４６１５位、１４９７１位、１５１７４位、１６５２０位、１６６６８位、１７０１２位、１９７８４位、２０８７６位、２１７４７位、２２８９３位、２２９５８位、２３０５１位、２３１０６位、２３２３２位、２３２９３位、２４１０６位、２８１９６位、２８６７５位、２９４６４位、３０４８６位、３１９３５位、３２２５５位、３２６２２位、３２７３３位、３３０００位、３３０３７位、３３１２０位、３３２５０位、３３８６２位、３４４８１位、３４６８８位、３４７１２位、３４８３９位、３６９９４位、３７２５９位、３７７５２位、３８２３１位、３８３０１位、３８６６１位、３８９３２位、３９０９０位、３９６３２位、４０９０５位、４２０６５位、４２１２９位、４３７６１位、４４０８５位、４４３２９位、４４７５６位、４５８４８位、４６２７７位、４６４５４位、４９７３８位、４９７７８位、４９９７２位、５４７４４位、５４７９６位、５６４９９位、５７７９９位、５７９１５位、６０５７６位、６１６８８位、６３０２３位、６３８２２位、６３８３４位、または６３８７０位のいずれかの多型部位
（４１’）配列番号：１４２に記載の塩基配列における４９８位、５５５位、１３６６位、１６４０位、１７８２位、２５１７位、３１１０位、３２６４位、３６５０位、４２７９位、４５８１位、４６２２位、５０５６位、５４３１位、５６３５位、６９７３位、７０１８位、７６８７位、８０７１位、８１２８位、８８０３位、８８５２位、８９５４位、９３１０位、１０００１位、１００２４位、１０３８９位、１０４２４位、１０４２６位、１０５６５位、１０６００位、１０８１９位、１１１０１位、１１１７５位、１１６３４位、１２１７２位、１２５８１位、１３０７９位、１３７４０位、１４２６７位、１４７７８位、１４８１８位、１６２０２位、１６５２８位、１６５７８位、１９７８２位、２２９０５位、２３１６４位、２３８１８位、２４１６３位、２４２４４位、２４４８９位、２４８２８位、２４８８２位、２５２７４位、２６３２７位、２６４５１位、２７９５２位、２９５４６位、２９５７２位、２９７３０位、２９７７７位、３２９９２位、３３１１９位、３６３９６位、３６８８４位、３９６２７位、３９７４９位、４１４３９位、４２１５５位、４２４４９位、４３７５９位、４３９９４位、４４７６３位、４５４１２位、４５５００位、４５７０６位、４５７１１位、４５８８６位、４５９０６位、４６０９８位、４６１０６位、４６８２３位、４６８９９位、４６９４６位、４７１８８位、４７２１１位、４７６０８位、４７９６４位、４８００３位、４８２７９位、４８７７４位、４８７９２位、４９１６１位、４９１６７位、４９４９４位、４９６４０位、４９７８７位、４９８４０位、５０３４４位、５０４１６位、５０４１９位、５０４６１位、５０６１９位、５１１５４位、５１３４４位、５１３７９位、５１７１３位、５１９４３位、５２４８６位、５２６２０位、５２６８８位、５３３１９位、５３９６６位、５４７５７位、５７３４３位、５９１７９位、５９４４９位、５９４５９位、５９７６６位、６０２０５位、６０４７０位、６０５９４位、６０６９７位、６１４１１位、６２６２０位、６２７９２位、６２８６０位、６２９５０位、６３９１４位、６４０５５位、６４１２５位、６４５２３位、６４９２９位、６５４５３位、６５７８２位、６６９４６位、６７６３０位、６８１０３位、６８２２９位、６８２３０位、６８３１５位、７００１６位、７０８６７位、７１１３７位、７１８８６位、７２３３１位、７２３５３位、７２５７９位、または７２６１６位のいずれかの多型部位
（４２’）配列番号：１４３に記載の塩基配列における８２２位、８２４位、８５３位、８７０位、９６３位、１０３５位、１１６９位、１３０８位、７１４６位、７７０９位、７７２８位、７７４１位、７７８０位、７８０５位、７８４３位、７８４４位、７８８８位、７９４１位、７９６５位、８０６０位、８３３５位、９９４８位、１０００１位、１１９９０位、１２３４２位、１２８０７位、１６２６３位、または１６７６８位のいずれかの多型部位
（４３’）配列番号：１４４に記載の塩基配列における７５７位、９８４位、１３６０位、２０９２位、８９８０位、１０００１位、１０６２４位、１１０４２位、または１５９５３位のいずれかの多型部位
（４４’）配列番号：１４５に記載の塩基配列における７５位、２８００位、３０１０位、３９５７位、４６２７位、４７２２位、４８２５位、４８８１位、５２５３位、７３１９位、８０８７位、８３９６位、８８３４位、９１００位、９１０５位、９８２６位、９８３５位、１０００１位、１００７０位、１０５９８位、１０６１８位、１０６３１位、１０６４２位、１０７１８位、１１３２９位、１１６１５位、１２０９８位、１３２５６位、１３２７９位、１５４５８位、１７４２２位、１８６３５位、１９９２０位、２３２３３位、２３７１０位、２４０５０位、２４７５１位、２５４１７位、２６２０９位、２６４４１位、２８８２６位、２９２５５位、２９２９６位、３０１１９位、３１３７７位、３１５１２位、３１６９９位、３２７７５位、３２８２５位、３３３０３位、３３３８７位、３３４３７位、３３５７３位、３４６８０位、３６１４５位、３６３７１位、３６５７３位、３６５９７位、３６６８３位、３６７５９位、３６７６３位、３６７８７位、３７０３８位、３９３１７位、３９９７０位、４２６９７位、４３６３０位、または４３６３８位のいずれかの多型部位
（４５’）配列番号：１４６に記載の塩基配列における３１９位、２５３０位、６２７２位、７９３７位、８２０５位、１０００１位、１１２７４位、１３４０２位、１４４７６位、１４８０１位、１４８５２位、１７８８２位、１８２１７位、１８５２２位、１８６７４位、１８８１２位、または１８９８９位のいずれかの多型部位
（４６’）配列番号：１４７に記載の塩基配列における２２２位、２４６５位、２４６６位、４６２４位、５１１２位、６２９８位、６９７６位、８４８５位、９４５７位、９９４５位、１０００１位、１０３９７位、１０８２１位、１０９４４位、１１５０７位、１１６３５位、１１９６３位、１２７５０位、１２８１９位、１４６３４位、１４７０９位、１５９８５位、１６９６８位、１７１２４位、１７３１２位、１７５６７位、１７６２１位、１７７７５位、１８１３７位、１８２２５位、１８３４７位、１８８７９位、１８９２３位、１９２８４位、１９６０９位、１９７１４位、１９７５３位、または１９７５４位のいずれかの多型部位
（４７’）配列番号：１４８に記載の塩基配列における３８３１位、３８８２位、３９２５位、３９２８位、４０１０位、４１９７位、４５４５位、４７０１位、４８８０位、４９４９位、１０００１位、１２１５１位、１３１３４位、１５７３７位、１６２８９位、１６３１８位、２０９１５位、２１００１位、２２７９９位、２２８００位、２３００２位、２５８４２位、２９４４０位、３１３３１位、３１３４７位、３１８４５位、３１９７３位、３３９２５位、３７１８７位、３８７５３位、４０４７４位、４０４９３位、４４４６１位、４５８４０位、４６０４５位、４６４６８位、または４８６２７位のいずれかの多型部位
（４８’）配列番号：１４９に記載の塩基配列における３７２８位、５０３３位、５７７０位、９８０３位、１０００１位、１００７１位、１５３６８位、１６１７４位、１６３７９位、１６５８４位、または１９６２３位のいずれかの多型部位
（４９’）配列番号：１５０に記載の塩基配列における８６９位、１０４８位、１１０３位、５０９２位、５３３３位、５７９５位、６３２８位、６４５５位、６４８９位、６６１６位、８０６１位、１０００１位、１２６１８位、１２７４６位、１５８８２位、１５９７０位、１６９６１位、１７７４６位、１７７５１位、１８００４位、２２９４５位、２４７９６位、２９６２２位、２９８７７位、３０５８０位、３１５００位、３２３９７位、３２４０６位、３２５２８位、３３００４位、３３０５６位、３３０７１位、または３３１２７位のいずれかの多型部位
（５０’）配列番号：１５１に記載の塩基配列における３６０位、３１５１位、４３２１位、６８０４位、８０６９位、８９３１位、９０９４位、９１１１位、９７８９位、１０００１位、１０７１５位、１０７２０位、１０９０９位、１１１０７位、１１３１８位、１１５５７位、１１６５１位、１１７９７位、１４８１９位、１４８２５位、１５０５７位、１５８６２位、１８３９０位、１８４９４位、１８７６９位、１８８４１位、１８９２８位、１９２１５位、１９２７３位、１９５１６位、１９５９８位、２０００７位、２０２０３位、２０２５４位、２０３２４位、２１３０２位、２１４９６位、２１５３６位、２１７５２位、２２９５６位、２３７３２位、２３７５５位、２３８３９位、２３９２３位、２４２６８位、２４６９０位、２４８３７位、２５５５６位、２６０２４位、２６５０９位、２６７０３位、２７３０２位、２８２５７位、２８４７３位、２８７２２位、２８８５５位、２９４０９位、３０１６７位、３１９４３位、３４１５９位、３４７５１位、３５９５４位、３６２９０位、３６３８４位、または３６４８７位のいずれかの多型部位
（５１’）配列番号：１５２に記載の塩基配列における４３１位、１６２５位、１７１０位、１８１３位、２７５７位、４８２２位、７８０９位、８４３５位、９５１８位、９８２７位、１０００１位、１００２２位、１１５８２位、１２１５６位、１２３７９位、１２７００位、１２９９９位、１３６４９位、１３７２６位、１４２２４位、１５７７０位、１５７７３位、１５８７９位、１６２４２位、１７７５９位、１９５１４位、１９７４３位、２０００５位、２０１３３位、２０４２５位、２０６０９位、２１３５０位、２１３５８位、２１９７５位、２２９１６位、２３２７９位、２３２８３位、２３４７５位、２５４６４位、２５７１５位、２５９４１位、２５９９５位、２６２２９位、２６３００位、２６３８５位、２６４０８位、２６６５７位、２７２５０位、２７３４７位、２７４０７位、２７６１３位、２７６１３位、２７８９２位、２８３４８位、２８６４８位、２８９８９位、２９１６１位、２９３９２位、２９６１１位、３０４０７位、３０７０３位、３０７７７位、３１０５１位、３１７３５位、３２０３７位、３２２２５位、３２２３９位、３２３８８位、３４３４９位、３７６１０位、３８２２５位、３８３９３位、４１４２０位、４２１１６位、４２３０６位、４８２０４位、４８４６４位、４８５５０位、４８６５６位、５１７１０位、５１７５１位、５２７７４位、５２８４１位、５３０７７位、５５０３９位、５５２０８位、５７０４９位、５７３４５位、５８０４０位、５８１４０位、５８３２１位、５８３５３位、５８９０５位、５８９６８位、５９２６９位、５９７０４位、５９８０９位、６００２０位、６００３０位、６０１２８位、６０１３０位、６０５７０位、６０５７３位、６０５７５位、６０６２０位、６０６３８位、６０６５６位、６０７９７位、６０８６８位、６１０９９位、６１１２３位、６１８５０位、６１８６９位、６３５４３位、６３９０７位、６４３０８位、６４３０８位、６５７２２位、６５７４３位、６６１３１位、６６８８５位、６７１６２位、６７２０９位、６７８２５位、６８２９４位、６８３１７位、６８５５７位、６８６７２位、６８９１３位、６９０９１位、６９２１２位、６９３６９位、６９４２６位、６９４６０位、６９６４０位、６９９６０位、７００３０位、７０３７３位、７０６２０位、７０６４３位、７０６５１位、７０６６５位、７０７４９位、７０８７２位、７１０４８位、７１０７０位、７２２４８位、７２５１０位、７２５３７位、７２６７１位、７２６９６位、７２７５４位、７３２３２位、７３３８０位、７３４００位、７３５４５位、７３５９４位、７４０７２位、７４８６４位、または７６９５０位のいずれかの多型部位
【請求項１０】
請求項９の（３０’）〜（３５’）および（３９’）〜（５１’）に記載の多型部位における塩基種が、それぞれ以下の（３０″）〜（３５″）および（３９″）〜（５１″）である場合に、慢性歯周炎にかかりやすいと判定される請求項７に記載の検査方法。
（３０″）配列番号：１３４に記載の塩基配列における２３０７１位の塩基種がＡ、または１０００１位の塩基種がＴ
（３１″）配列番号：１３５に記載の塩基配列における２０１３５位の塩基種がＣ
（３２″）配列番号：１３６に記載の塩基配列における４３１９９位の塩基種がＧ、または４８３２６位の塩基種がＴ
（３３″）配列番号：１３７に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＢ
（３４″）配列番号：１３８に記載の塩基配列における２２６４０位の塩基種がＣ
（３５″）配列番号：１３９に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（３９″）配列番号：１４０に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（４０″）配列番号：１４１に記載の塩基配列における２３２９３位の塩基種がＣ
（４１″）配列番号：１４２に記載の塩基配列における６２８６０位の塩基種がＣ
（４２″）配列番号：１４３に記載の塩基配列における１２８０７位の塩基種がＴ
（４３″）配列番号：１４４に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＴ
（４４″）配列番号：１４５に記載の塩基配列における３７０３８位の塩基種がＧ
（４５″）配列番号：１４６に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＣ
（４６″）配列番号：１４７に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（４７″）配列番号：１４８に記載の塩基配列における２１００１位の塩基種がＧ、１５７３７位の塩基種がＧ、２１００１位の塩基種がＧ、または２９４４０位の塩基種がＴ
（４８″）配列番号：１４９に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（４９″）配列番号：１５０に記載の塩基配列における２４７９６位の塩基種がＴ
（５０″）配列番号：１５１に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（５１″）配列番号：１５２に記載の塩基配列における４１４２０位の塩基種がＴ、４８２０４位の塩基種がＡ、または６８２９４位の塩基種がＣ
【請求項１１】
ＡＤＣＹ９遺伝子領域、ＣＡＬＣＲ遺伝子領域、ＬＡＭＣ２遺伝子領域もしくはＩＬ４遺伝子領域、または、それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域のハプロタイプを検出する工程を含む、歯周疾患の検査方法。
【請求項１２】
ハプロタイプが、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５および９７に記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ハプロタイプが、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１および１１３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
ハプロタイプが、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、および２０６４７位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
ハプロタイプが、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、および１５３８２位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む、歯周疾患の検査方法。
（ａ）  ＡＤＣＹ９遺伝子領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５および９７に記載の塩基配列における１５１位のそれぞれの塩基種が、以下の（ｉ）〜（ｉｖ）のいずれかに記載のハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
（ｉ）Ｃ、Ｔ、Ａ、Ｇ、Ａ、ＣおよびＣであるハプロタイプ
（ｉｉ）Ｔ、Ａ、Ａ、Ｔ、Ａ、ＣおよびＣであるハプロタイプ
（ｉｉｉ）Ｔ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ａ、ＣおよびＡであるハプロタイプ
（ｉｖ）Ｔ、Ａ、Ｔ、Ｔ、Ｇ、ＣおよびＣであるハプロタイプ
【請求項１７】
工程（ａ）に記載のＡＤＣＹ９遺伝子領域における多型部位が、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５または９７のいずれかに記載の塩基配列における１５１位の多型部位である、請求項１６に記載の検査方法。
【請求項１８】
以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む、歯周疾患の検査方法。
（ａ）  ＣＡＬＣＲ遺伝子領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１および１１３に記載の塩基配列における１５１位のそれぞれの塩基種が、以下の（ｉ）または（ｉｉ）に記載のハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
（ｉ）Ｔ、Ｃ、Ｔ、Ｔ、Ｔ、Ｔ、ＴおよびＧであるハプロタイプ
（ｉｉ）Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｃ、ＧおよびＣであるハプロタイプ
【請求項１９】
工程（ａ）に記載のＣＡＬＣＲ遺伝子領域における多型部位が、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１または１１３のいずれかに記載の塩基配列における１５１位の多型部位である、請求項１８に記載の検査方法。
【請求項２０】
以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む、歯周疾患の検査方法。
（ａ）  ＬＡＭＣ２遺伝子領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、および２０６４７位のそれぞれの塩基種が、Ｃ、ＧおよびＧであるハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
【請求項２１】
工程（ａ）に記載のＬＡＭＣ２遺伝子領域における多型部位が、配列番号：１５３に記載の塩基配列における３１０５位、３２０１位、３２９３位、３５２５位、３６３７位、３７９７位、４０８３位、４１２２位、４３０４位、４４６１位、８９４６位、９５８０位、９８２１位、１０００１位、１００４４位、１０９８１位、１１６０５位、１１７００位、１２２６１位、１２５１９位、１３２９６位、２０４１６位、２０６４７位、２１６０７位、２１６２８位、２３１５４位、２５２５０位、２６２８０位、２７５１９位、２７５２２位、２７７５６位、２７７６３位、２８３１０位、２９２４５位、２９８９６位、または３０３１１位のいずれかの多型部位である、請求項２０に記載の検査方法。
【請求項２２】
工程（ａ）に記載のＬＡＭＣ２遺伝子領域における多型部位が、配列番号：１３２に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、または１５３８２位のいずれかの多型部位である、請求項２０に記載の検査方法。
【請求項２３】
以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む、歯周疾患の検査方法。
（ａ）  ＩＬ４遺伝子領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、および１５３８２位のそれぞれの塩基種が、Ｇ、ＡおよびＴであるハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
【請求項２４】
工程（ａ）に記載のＩＬ４遺伝子領域における多型部位が、配列番号：１５４に記載の塩基配列における４２７６位、４６１７位、４８８２位、４９２７位、５４９１位、５６３３位、５７１０位、６３０２位、６４０８位、６４７５位、６５２４位、６５２７位、６５５４位、６７７７位、６８１９位、６８５７位、６９４６位、７３７４位、７９５０位、８１２０位、８４２８位、８５３６位、８８７４位、８９３８位、８９５１位、９０１９位、９９４８位、９９８７位、１０００１位、１０１９６位、１０２５６位、１０２６９位、１０２７８位、１０３３０位、１０４８１位、１０６０２位、１０６５３位、１０６９７位、１０８６８位、１１１２０位、１１３７３位、１１５１６位、１１６２９位、１１６４７位、１１６８７位、１１７１９位、１１７２１位、１１７７９位、１１７９２位、１１９４０位、１２２３３位、１２３２７位、１２４４８位、１２４７７位、１２５３７位、１２６１０位、１２６５０位、１２７８３位、１２８８５位、１３１６４位、１３４２５位、１３４３３位、１３６３０位、１３６７４位、１３８２１位、１４２１６位、１４２１７位、１４４４５位、１４５２１位、１４６４１位、１４６７７位、１４７５６位、１４９０２位、１４９２６位、１４９５１位、１５１６６位、１５３８２位、１６０３８位、１６１２２位、１６４３９位、１６６３０位、１６６３６位、１６８１９位、１６８５４位、１６９８３位、１７０９２位、１７２００位、１７２７５位、１７３２３位、１７７４７位、１７７８９位、１７８２２位、１７８４２位、１７９３４位、１７９４４位、１８０６１位、１８５０７位、１８６６６位、１８７０７位、１９０４２位、１９０５７位、１９２０３位、１９２６１位、１９２６９位、１９２７１位、１９４１６位、１９６１９位、１９７１５位、１９７３５位、１９８８５位、１９９８７位、２００８８位、２０１５１位、２０４５８位、２０５７１位、２０６８３位、２０８１５位、２１００２位、２１１１６位、２１１６２位、２１１６３位、２１３２４位、２１３２６位、２１４１５位、２１４２７位、２１４５２位、２１４９６位、２１５６１位、２１５８８位、２１６８７位、２２３３４位、２２３７９位、２２４２２位、２２６９３位、２３０８１位、２３０８４位、２３０９１位、２３１９８位、２３３２８位、２４０４３位、２４５２５位、２４７４７位、２４８３７位、２４９８６位、２５００９位、２５０１３位、２５１２８位、２５１６０位、または２５１７３位のいずれかの多型部位である、請求項２３に記載の検査方法。
【請求項２５】
工程（ａ）に記載のＩＬ４遺伝子領域における多型部位が、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、または１５３８２位のいずれかの多型部位である、請求項２３に記載の検査方法。
【請求項２６】
請求項１に記載の（１）〜（５２）のいずれかの領域における多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズし、少なくとも１５ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオチドを含む、歯周疾患の検査試薬。
【請求項２７】
請求項１に記載の（１）〜（５２）のいずれかの領域における多型部位を含むＤＮＡを増幅するように設計されたフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む、歯周疾患の検査試薬。
【請求項２８】
請求項１に記載の（１）〜（５２）のいずれかの領域における多型部位を含むＤＮＡとハイブリダイズするヌクレオチドプローブが固定された固相からなる、歯周疾患の検査試薬。
【請求項２９】
歯周疾患が侵襲性歯周炎であり、多型部位が請求項１に記載の（１）〜（３５）のいずれかの領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位である、請求項２６〜２８のいずれかに記載の検査試薬。
【請求項３０】
歯周疾患が慢性歯周炎であり、多型部位が請求項１に記載の（２８）〜（５１）のいずれかの領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位である、請求項２６〜２８のいずれかに記載の検査試薬。
【請求項３１】
多型部位が請求項６および請求項９に記載の（１’）〜（５１’）のいずれかに記載の多型部位である、請求項２６〜２８に記載の検査試薬。
【請求項３２】
多型部位が請求項６に記載の（１’）〜（３５’）のいずれかの多型部位である、請求項２９に記載の検査試薬。
【請求項３３】
多型部位が請求項９に記載の（２８’）〜（５１’）のいずれかの多型部位である、請求項３０に記載の検査試薬。
【請求項３４】
ＡＤＣＹ９遺伝子領域、ＣＡＬＣＲ遺伝子領域、ＬＡＭＣ２遺伝子領域もしくはＩＬ４遺伝子領域、または、それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域における多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズし、少なくとも１５ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオチドを含む、歯周疾患の検査試薬。
【請求項３５】
多型部位が配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５もしくは９７のいずれかに記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、請求項３４に記載の検査試薬。
【請求項３６】
多型部位が、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１もしくは１１３のいずれかに記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、請求項３４に記載の検査試薬。
【請求項３７】
多型部位が、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、もしくは２０６４７位のいずれかの多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、請求項３４に記載の検査試薬。
【請求項３８】
多型部位が配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、もしくは１５３８２位のいずれかの多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、請求項３４に記載の検査試薬。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】  本発明は、歯周疾患に関連する遺伝的多型またはハプロタイプを指標とした歯周疾患の検査方法に関する。
【背景技術】  歯周炎は、ＩＩ型糖尿病や高血圧症などと同様に生活習慣病の一つとされ、平成１１年歯科疾患実態調査によると、歯肉に歯周炎の所見のあるものは、平均すると国民の７２．９％に達するという調査結果がある。また、歯周炎は、糖尿病、心内膜炎、動脈硬化の悪化、肺炎およびリウマチ性関節炎など全身への影響が確認され、高齢社会を迎え、歯周炎の予防および適切な治療がＱＯＬ（Ｑｕａｌｉｔｙ  ｏｆ  Ｌｉｆｅ）には重要であるといえる。
歯周炎は、炎症性の感染疾患であり、デンタルプラークや咬合等の環境因子と免疫応答を中心とした宿主因子との相互作用により、発症および進行する。このことから、歯周炎は、口腔内環境因子の他に複数の遺伝子因子に起因する多因子性疾患である。
近年、ヒトゲノム解析の進歩に伴い（非特許文献１、２）、歯科においても歯周炎に関連した遺伝子学的研究が注目されるようになってきた（非特許文献３〜１７）。そして、歯周炎のような多因子性疾患については、単一の遺伝子そのものが疾患発症および進行を決める決定因子は存在しないが、疾患易罹患性に関連した複数の遺伝子が危険因子として関連していると考えられる。これらのことから、現在、包括的に遺伝子全体を構造から検索することが可能になろうとしている一塩基多型（Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ：ＳＮＰｓ）が注目されている。
ＳＮＰｓはゲノム上に広く高密度に分布し、人種・個人・疾患の有無により異なる有益なゲノム多様性マーカーであると同時に、それ自身が遺伝子発現産物の質・量的な変化をもたらし、診断・治療のターゲットとなりえる。ＳＮＰｓの頻度は、数百塩基対から１，０００塩基対に１か所の割合で存在すると推測されている。つまり、ヒトゲノム全体では３００万から１，０００万のＳＮＰｓがあると考えられている（非特許文献１８〜２１）。ＳＮＰｓ解析はデータベースおよびタイピング技術の進歩により遺伝子全体の包括的な検索が可能となろうとしており、歯周炎のような多因子性疾患の複数存在する危険因子の解明には有用である。また、日本人のようなほぼ単一の民族は、人種等による個人差が少ないと考えられることから検索しやすく、また、日本人についての解析が必要と考えられる（非特許文献１９〜２１）。
ＳＮＰｓには、ｃＤＮＡをターゲットとしたｃＳＮＰｓとゲノムＤＮＡをターゲットとしたＳＮＰｓがある。ｃＤＮＡのＳＮＰｓは、タンパク質をコードするＳＮＰｓを見つけることができ、タンパク質のアミノ酸配列に変化を起すようなＳＮＰｓを見つけるのに有効である。それに対し、ゲノムＤＮＡのＳＮＰｓは、ｍＲＮＡの塩基配列に反映されないイントロンのＳＮＰｓや遺伝子発現を調整しているエンハンサーやサイレンサー配列などの検索に有効であるという利点がある。
ＳＮＰｓに関する分析技術とデータベースの新しい開発によって、歯周炎と多数のＳＮＰｓとの関係を調べることが可能である。歯周炎と候補遺伝子におけるＳＮＰｓとの関連を報告した研究がいくつかあるが、非候補遺伝子におけるＳＮＰｓとの関連を報告した研究はない。本発明者らは以前に、候補遺伝子アプローチを用いて、健康なボランティアと侵襲性歯周炎患者とのあいだの遺伝子型頻度（腫瘍壊死因子受容体関連因子１（ＴＲＡＦ１））、および健康なボランティアと慢性歯周炎患者とのあいだの遺伝子型頻度（マトリクスメタロプロテナーゼ９（ＭＭＰ９））に統計学的に有意な差（ｐ＜０．０２）を認めた（非特許文献２２）。
尚、本出願の発明に関連する先行技術文献情報としては以下のものがある。
〔非特許文献１〕Ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ＳＮＰ  Ｍａｐ  Ｗｏｒｋｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ，Ｎａｔｕｒｅ，４０９：９２８−９３３，２００１
〔非特許文献２〕Ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｍａｐｐｉｎｇ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，Ｎａｔｕｒｅ，４０９：９３４−９４１，２００１
〔非特許文献３〕Ｋｏｒｎｍａｎ，Ｋ．Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ．，２４：７２−７７，１９９７
〔非特許文献４〕Ｋｏｂａｙａｓｈｉ，Ｔ．ｅｔ  ａｌ，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．，６５：３５５６−３５６０，１９９７
〔非特許文献５〕Ｇｏｒｅ，Ｅ．Ａ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ．，２５：７８１−７８５，１９９８
〔非特許文献６〕Ｇａｌｂｒａｉｔｈ，Ｇ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ．，２６：７０５−７０９，１９９９
〔非特許文献７〕ＭｃＧｕｉｒｅ，Ｍ．Ｋ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ．，７０：４９−５６，１９９９
〔非特許文献８〕Ｅｎｇｅｂｒｅｔｓｏｎ，Ｓ．Ｐ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ．，７０：５６７−５７３，１９９９
〔非特許文献９〕Ｍａｒｋ，Ｌ．Ｌ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔ．Ｒｅｓ．，３５：１７２−１７７，２０００
〔非特許文献１０〕Ａｒｍｉｔａｇｅ，Ｇ．Ｃ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ．，７１：１６４−１７１，２０００
〔非特許文献１１〕Ｋｏｂａｙａｓｈｉ，Ｔ．ｅｔ  ａｌ，，Ｊ．Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ．，７１：１４２５−１４３２，２０００
〔非特許文献１２〕Ｓｈｉｒｏｄａｒｉａ，Ｓ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｄｅｎｔ．Ｒｅｓ．，７９：１８６４−１８６９，２０００
〔非特許文献１３〕Ｋｏｂａｙａｓｈｉ，Ｔ．，Ｙａｍａｎｏｔｏ，Ｋ．，Ｓｕｇｉｔａ，Ｎ．，ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｐｏｌ．Ｗ−Ｌ．，Ｙａｓｕｄａ，Ｋ．，Ｋａｎｅｋｏ，Ｓ．，ｖａｎ  ｄｅ  Ｗｉｎｋｅｌ，Ｊ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ．，７２：１３２４−１３３１，２００１
〔非特許文献１４〕Ｌａｉｎｅ，Ｍ．Ｌ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｄｅｎｔ．Ｒｅｓ．，８０：１６９５−１６９９，２００１
〔非特許文献１５〕Ｔｈｏｍｓｏｎ，Ｗ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｄｅｎｔ．Ｒｅｓ．，８０：１７００−１７０３，２００１
〔非特許文献１６〕加藤葉月，日歯周誌，４２：１−１２，２０００
〔非特許文献１７〕小林哲夫，吉江弘正，最新医学，５５：２３２９−２３３５，２０００
〔非特許文献１８〕Ａｎｔｈｏｎｙ，Ｊ．Ｂ．Ｇｅｎｅ，２３４：１７７−１８６，１９９９
〔非特許文献１９〕森谷眞紀，板倉光夫，遺伝，５４：３６−４１，２０００
〔非特許文献２０〕森谷眞紀，板倉光夫，実験医学，１８：１６６７−１６７２，２０００
〔非特許文献２１〕森谷眞紀，板倉光夫，実験医学，１８：１９０７−１９１１，２０００
〔非特許文献２２〕Ｓｕｚｕｋｉ  Ａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｊｐｎ  Ｓｏｃ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ（ｉｎ  Ｊａｐａｎｅｓｅ）２００２；４４：１５９−１６７
〔非特許文献２３〕第４４回日本歯周病学会秋季学術大会  日本人における歯周病患者の遺伝子解析の必要性への提言−歯周病患者のＳＮＰ解析−  鈴木麻美、沼部幸博、鴨井久一
〔非特許文献２４〕第４５回日本歯周病学会春季学術大会  日本人における一塩基多型（ＳＮＰｓ）と歯周炎との関連について  鈴木麻美、沼部幸博、鴨井久一
〔非特許文献２５〕鈴木麻美、沼部幸博、鴨井久一  日本歯周病学会誌４４（２）：１５９−１６７，２００２
〔非特許文献２６〕ＪＡＰＡＮＥＳＥ  ＡＳＳＯＣＩＡＴＩＯＮ  ＦＯＲ  ＤＥＮＴＡＬ  ＲＥＳＥＡＲＣＨ  ５０ｔｈ  ＡＮＮＵＡＬ  ＭＥＥＴＩＮＧ  Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  Ａｎａｌｙｓｅｓ  ｏｎ  Ｃａｎｄｉｄａｔｅ  ａｎｄ  Ｎｏｎ−Ｃａｎｄｉｄａｔｅ  Ｇｅｎｅｓ  ｏｆ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｔｉｓ．鈴木麻美、沼部幸博、鴨井久一
【発明の開示】
本発明は、このような状況に鑑みてなされたものであり、その目的は、歯周疾患に関連する遺伝的多型またはハプロタイプを見出し、該遺伝的多型または該ハプロタイプを指標とした歯周疾患の検査方法を提供することにある。
ＪＳＮＰデータベース（Ｈｉｒａｋａｗａ  Ｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２００２；３０：１５８−１６２）およびＳＮＰ分析技術の最近の発達は、歯周炎のような複雑な疾患に関連した多数の遺伝的要因を調べるために大いに役立つ。本発明者らは、ＳＮＰ分析およびＪＳＮＰデータベースを用いて、歯周炎に対する感受性に関して候補遺伝子と非候補遺伝子とを調べた。
具体的には、日本人の侵襲性歯周炎（ａｇｇｒｅｓｓｉｖｅ  ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｔｉｓ）患者１３人、慢性歯周炎（ｃｈｒｏｎｉｃ  ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｔｉｓ）患者９人、および健康なボランティア１９人からゲノムＤＮＡを得た。ＴａｑＭａｎポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法を用いて、被験者の非候補遺伝子２４４個におけるＳＮＰｓ６３７個の遺伝子型を調べた。遺伝子型頻度の統計学的有意差は、フィッシャーのイグザクト検定によって分析した。
非候補遺伝子アプローチを用いて、本発明者らは、健康なボランティアと侵襲性歯周炎患者では、ジペプチジルペプチダーゼ４（ＤＰＰ４）、テロメラーゼ蛋白質成分１（ＴＥＰ１）、ホスホイノシチド−３−キナーゼ調節サブユニットポリペプチド１（ＰＩＫ３Ｒ１）、カタラーゼ（ＣＡＴ）、エンドセリン３（ＥＤＮ３）、フィブリノゲン様蛋白質２（ＦＧＬ２）、パラオキソナーゼ１（ＰＯＮ１）、チロシン３−モノオキシゲナーゼ（ＹＷＨＡＺ）、アデニレートシクラーゼ９（ＡＤＣＹ９）、および、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧＮＲＨ１）の遺伝子領域、ならびに、健康なボランティアと慢性歯周炎患者では、ＡＤＣＹ９、ＧＮＲＨ１、血液凝固第Ｖ因子（Ｆ５）、フィブリノゲン様蛋白質１（ＦＧＬ１）、および、レプチン（ＬＥＰ）の遺伝子領域における遺伝子型頻度に統計学的に有意な差（ｐ＜０．０２）を認めた。また、ＡＤＣＹ９遺伝子領域およびカルシトニンレセプター（ＣＡＬＣＲ）遺伝子領域において、歯周疾患に関連するハプロタイプを見出した。
さらに、日本人の侵襲性歯周炎患者１３４人、慢性歯周炎患者１１７人、および歯周に異常がなかった健常群１２５人からゲノムＤＮＡを得て、上述の方法でＳＮＰタイピングを行なった。遺伝子型頻度の統計学的有意差はフィッシャーの直接確率検定を用いて解析した。さらに、疾患を予測する最も有用な遺伝子の遺伝子型を抽出するため、疾患の発症率に影響する因子である年齢・性別で調整したロジスティック回帰分析を行い、ａｔ−ｒｉｓｋ  ｆａｃｔｏｒと考えられる遺伝子型を推定した。
その結果、歯周に異常がなかった健常群と侵襲性歯周炎患者では、１８型コラーゲンα１（ＣＯＬ１８Ａ１）、３型コラーゲンα１（ＣＯＬ３Ａ１）、４型コラーゲンα１（ＣＯＬ４Ａ１）、１６型コラーゲンα１（ＣＯＬ１６Ａ１）、カテプシンＢ（ＣＴＳＢ）、インターロイキン１０受容体β（ＩＬ１０ＲＢ）、インターロイキン１α（ＩＬ１Ａ）、インターロイキン６シグナルトランスデューサー（ＩＬ６ＳＴ）、毛特異的酸性ケラチン２（ＫＲＴＨＡ２）、ラミニンα４（ＬＡＭＡ４）、ラミニン受容体１（ＬＡＭＲ１）、プロコラーゲンリシン２オキソグルタレート５ジオキシゲナーゼ２（ＰＬＯＤ２）、プロテオグリカン４（ＰＲＧ４）、プロスタグランジンＤ２合成酵素（ＰＴＧＤＳ）、プロスタグランジンＥ受容体１（ＰＴＧＥＲ１）、プロスタグランジンＦ受容体（ＰＴＧＦＲ）、トランスフォーミング成長因子β受容体３（ＴＧＦＢＲ３）、メタロプロテイナーゼ組織阻害剤３（ＴＩＭＰ３）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦＡ）、スカベンジャー受容体クラスＢ１（ＳＣＡＲＢ１）、１型コラーゲンα１（ＣＯＬ１Ａ１）、上皮成長因子（ＥＧＦ）、エラスチン（ＥＬＮ）、ケラチン２３（ＫＲＴ２３）、ラミニンβ１（ＬＡＭＢ１）、１２型コラーゲンα１（ＣＯＬ１２Ａ１）、１７型コラーゲンα１（ＣＯＬ１７Ａ１）、９型コラーゲンα１（ＣＯＬ９Ａ１）、カテプシンＤ（ＣＴＳＤ）、カテプシンＧ（ＣＴＳＧ）、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、線維芽細胞成長因子１２（ＦＧＦ１２）、フコシルトランスフェラーゼ１（ＦＵＴ１）、ヘパラン硫酸プロテオグリカン２（ＨＳＰＧ２）、ラミニンα２（ＬＡＭＡ２）、プロコラーゲンリシン２オキソグルタレート５ジオキシゲナーゼ（ＰＬＯＤ）、プロスタグランジンＥ受容体２（ＰＴＧＥＲ２）、および、プロスタグランジンＥ受容体３（ＰＴＧＥＲ３）の遺伝子領域における遺伝子型頻度に有意差が認められ、ａｔ−ｒｉｓｋ  ｆａｃｔｏｒと考えられる遺伝子型が同定された。また、ラミニンγ２（ＬＡＭＣ２）およびインターロイキン４受容体（ＩＬ４）の遺伝子領域において、歯周疾患に関連するハプロタイプを見出した。
これらの結果は、歯周炎のゲノムリスクマーカーを同定するために、候補遺伝子のみならず、非候補遺伝子においてもＳＮＰｓを分析する必要性を証明している。
即ち、本発明は、歯周疾患に関連する遺伝的多型またはハプロタイプを指標とした歯周疾患の検査方法に関し、以下の〔１〕〜〔３８〕を提供するものである。
〔１〕  以下の（１）〜（５２）のいずれかの領域における多型を検出する工程を含む、歯周疾患の検査方法。
（１）ＤＰＰ４、（２）ＴＥＰ１、（３）ＰＩＫ３Ｒ１、（４）ＣＡＴ、（５）ＥＤＮ３、（６）ＦＧＬ２、（７）ＰＯＮ１、（８）ＹＷＨＡＺ、（９）ＣＯＬ１８Ａ１、（１０）ＣＯＬ３Ａ１、（１１）ＣＯＬ４Ａ１、（１２）ＣＯＬ１６Ａ１、（１３）ＣＴＳＢ、（１４）ＩＬ１０ＲＢ、（１５）ＩＬ１Ａ、（１６）ＩＬ６ＳＴ、（１７）ＫＲＴＨＡ２、（１８）ＬＡＭＡ４、（１９）ＬＡＭＲ１、（２０）ＰＬＯＤ２、（２１）ＰＲＧ４、（２２）ＰＴＧＤＳ、（２３）ＰＴＧＥＲ１、（２４）ＰＴＧＦＲ、（２５）ＴＧＦＢＲ３、（２６）ＴＩＭＰ３、（２７）ＴＮＦＡ、（２８）ＡＤＣＹ９、（２９）ＧＮＲＨ１、（３０）ＳＣＡＲＢ１、（３１）ＣＯＬ１Ａ１、（３２）ＥＧＦ、（３３）ＥＬＮ、（３４）ＫＲＴ２３、（３５）ＬＡＭＢ１、（３６）Ｆ５、（３７）ＦＧＬ１、（３８）ＬＥＰ、（３９）ＣＯＬ１２Ａ１、（４０）ＣＯＬ１７Ａ１、（４１）ＣＯＬ９Ａ１、（４２）ＣＴＳＤ、（４３）ＣＴＳＧ、（４４）ＥＧＦＲ、（４５）ＦＧＦ１２、（４６）ＦＵＴ１、（４７）ＨＳＰＧ２、（４８）ＬＡＭＡ２、（４９）ＰＬＯＤ、（５０）ＰＴＧＥＲ２、（５１）ＰＴＧＥＲ３、（５２）（１）〜（５１）のいずれかに記載の領域と塩基対をなす相補鎖における領域
〔２〕  〔１〕に記載の（１）〜（３５）のいずれかの領域の多型、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出する工程を含む、侵襲性歯周炎の検査方法。
〔３〕  〔１〕に記載の（２８）〜（５１）のいずれかの領域の多型、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出する工程を含む、慢性歯周炎の検査方法。
〔４〕  〔１〕に記載の（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基種を決定する工程を含む、歯周疾患の検査方法。
〔５〕  〔１〕に記載の（１）〜（３５）のいずれかの領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程を含む、侵襲性歯周炎の検査方法。
〔６〕  〔１〕に記載の（１）〜（３５）のいずれかの領域の多型部位が、それぞれ以下の（１’）〜（３５’）に記載の多型部位である、〔５〕に記載の方法。
（１’）配列番号：１に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（２’）配列番号：３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３’）配列番号：５に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（４’）配列番号：７に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（５’）配列番号：９に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（６’）配列番号：１１に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（７’）配列番号：１３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（８’）配列番号：１５に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（９’）配列番号：１１５に記載の塩基配列における１７４８位、３８１３位、４３１３位、４３６２位、４３９７位、４６１３位、４７２７位、４７３７位、４９４４位、５５７７位、５６９０位、６００３位、６４６９位、６５８２位、６９４８位、７００８位、７０３３位、７０６０位、７１５１位、７４７３位、８２０２位、９２０９位、１０００１位、１０５５９位、１０５９２位、１０７７７位、１０７８７位、１０９０９位、１５６３６位、１７４８１位、１７７２４位、２０８９４位、２１１４７位、２１５９０位、２１８１１位、２２１２７位、２３１１１位、２３７５５位、２３８１０位、２４０７９位、２４７８５位、２４８８８位、２５９４５位、２６２５３位、２６２８８位、２７６９０位、２７８５０位、３０４５６位、または３０４６１位のいずれかの多型部位
（１０’）配列番号：１１６に記載の塩基配列における４７３位、１１３８位、２８７５位、３９３０位、６００５位、６１５４位、６１７９位、７２２６位、８６４２位、９４７５位、１０００１位、１０１４５位、１１００７位、１４４６８位、１５２８３位、１７５３９位、または１９２２３位のいずれかの多型部位
（１１’）配列番号：１１７に記載の塩基配列における７６位、６８２位、９１８位、１１０８位、１２０２位、１３１３位、１６１２位、１８３１位、２１２２位、４０６７位、４０７６位、４２５３位、４９０９位、４９７０位、５６６４位、５９４４位、６２１７位、６６４１位、７３３５位、７３８５位、７７１５位、８８７６位、９６８７位、９９０６位、１０００１位、１０００４位、１０１３０位、１０３９８位、１０４９６位、１０４９９位、１０５３５位、１０６６９位、１０７０４位、１１０５８位、１３７２２位、１３９３１位、１４１３５位、１５３６７位、１５５１８位、１５８１８位、１５８７２位、１５８７４位、１６９４３位、１７２１５位、１７５５１位、１７８４７位、１７８６２位、１７９３２位、１８１１８位、１８１２４位、１８４５９位、１９２４９位、１９４３５位、１９４６６位、２０６３４位、２１３８２位、２１９９５位、２２０７８位、２２３８１位、２３０１０位、２４６３５位、２６５８８位、２７１９３位、２７３５４位、２８０００位、２８０５９位、２８０９７位、２８１２９位、２９１９０位、２９２４７位、３００９４位、３０５７２位、３０９５６位、３１０８２位、３１１６８位、３１４０４位、３２５６２位、３３１２５位、３４５２９位、３５２６５位、３５５８７位、３５８５８位、３６０４９位、３６２３９位、３７０６５位、３７７３４位、３７７７１位、３８８３５位、３８８９８位、３９２７８位、３９４６１位、４０３０９位、４０３３４位、４０６２５位、４１３１４位、４１３８６位、４１５５８位、４１５８０位、４１９８０位、４２０２６位、４２０３９位、４２０５９位、４２３５２位、４２３６５位、４２３７０位、４２３７６位、４２４２８位、４２５８５位、４２７６４位、４３０５１位、４３４１９位、４５９７３位、４６１５１位、４６２２１位、４６６２９位、４６６９７位、４６７２４位、４６８１５位、４８０４６位、４８３６７位、４８４３９位、４８８６４位、４９３１６位、５００７８位、５０２３４位、５０２８７位、または５０７６３位のいずれかの多型部位
（１２’）配列番号：１１８に記載の塩基配列における１３３５位、１９８０位、２９９１位、３０６０位、３３４７位、３４６３位、３５８２位、４３５５位、５６３９位、５８２５位、６６５４位、１０００１位、１３５７７位、１４４８７位、または１９７６８位のいずれかの多型部位
（１３’）配列番号：１１９に記載の塩基配列における１２０７位、１２１４位、１２４０位、１２５６位、１３５４位、１５３９位、２０４９位、２０５０位、２３０４位、２４２３位、３０６６位、３１９９位、３２９８位、３６０９位、４２８６位、４４９４位、４５６９位、４８５０位、４９６３位、５５９９位、５６０７位、５７６３位、５９５８位、６０６０位、６１１５位、６１４０位、６４６４位、６６０５位、６７０４位、６７４４位、６７５０位、６７５１位、６７９５位、６８１８位、６８６８位、６９８４位、７０６６位、７１３９位、７１４８位、７１７５位、７２３７位、７３０３位、７４０４位、７４５６位、７７０２位、７８７０位、７９１０位、８１９８位、８２８２位、８３５９位、８３８５位、８５１９位、８５２１位、９１５８位、９１６０位、９２１２位、９３１９位、９５８１位、９７４０位、９７５９位、１０００１位、１０２０４位、１０２４４位、１０３０４位、１０３１０位、１０５３９位、１０７３２位、１１０９１位、１１１７０位、１１４４３位、１１８７０位、１１８８９位、１１８９４位、１１９０４位、１２０３６位、１２４５１位、１２６６２位、１２８１３位、１３１２２位、１３２１７位、１３３１２位、１３６６２位、１３６９２位、１４０６０位、１４８０７位、１４８１９位、１５１６３位、１５２３１位、１５４９１位、１５５６５位、１５９２１位、１６０１１位、１６０１９位、１６３３５位、１７３０５位、または１７５０１位のいずれかの多型部位
（１４’）配列番号：１２０に記載の塩基配列における３３８３位、３４５８位、７８２３位、８５１７位、９１７３位、９９２４位、１０００１位、１０４６１位、１０５５６位、１０６６７位、１０６６９位、１０９６５位、１１９３０位、１２３３９位、１２３４１位、１３８９８位、１４３５６位、１４４０６位、１４４０７位、１５２２４位、１５３６４位、１６７７４位、１６９５０位、１９２６５位、１９６５９位、１９６６５位、１９９５０位、２０２６５位、２０７７１位、２０９４８位、２１０８３位、２１９３３位、２１９９１位、２２２４６位、２２２７０位、２３２３８位、２３５９９位、２３８１７位、２３９８９位、２４０６３位、２４１００位、２４３７２位、２４８０８位、２４９９２位、２５１６４位、２５１９１位、２５６４１位、２６７６５位、２７２１２位、２７４９２位、２７７９５位、２８１６１位、２８５５８位、２８８２９位、２８９４８位、２８９７２位、または３００１１位のいずれかの多型部位
（１５’）配列番号：１２１に記載の塩基配列における４６６２位、５５８７位、５８５４位、６２８２位、６６４６位、６７９９位、８１７２位、９１３９位、９９５８位、１０００１位、１０２１６位、１０３７２位、１０４９６位、１１７５３位、１１７８６位、１１９０２位、１１９１５位、１３０５３位、１３３４５位、１４４４４位、１４５３５位、１４６４７位、１４７４０位、１４７６８位、１６４８８位、１７５２３位、１７８３６位、１８９９７位、１９０３０位、１９３８９位、１９４７６位、または１９７４８位のいずれかの多型部位
（１６’）配列番号：１２２に記載の塩基配列における１１５位、１１９位、１２３位、１３９位、２５１７位、２８１３位、５７５０位、５７６９位、または１０００１位のいずれかの多型部位
（１７’）配列番号：１２３に記載の塩基配列における１７９６位、１８６７位、１９６４位、４９４２位、５０２０位、５３２３位、５８４１位、６１１３位、６１３２位、６１６４位、６３４７位、６３８０位、７３１６位、７９０５位、８０２５位、８０９５位、８２５２位、８４０５位、８８３８位、８９４０位、８９８５位、９６０６位、９７６３位、９９６４位、９９７９位、９９８０位、１０００１位、１００７２位、１０１０５位、１０３２６位、１０９２０位、１１６１９位、１１７９６位、１２２１７位、１２２１８位、１２６７２位、１２９５４位、１３２７１位、１４０１０位、１４０１１位、１４５０８位、１４５９４位、１４７７１位、１４７７２位、１５０４３位、１５１２６位、１５２１２位、１５２９３位、１５３０９位、１５３１１位、１５５０２位、１９７７３位、１９８３６位、２００７７位、２００８３位、または２０６４１位のいずれかの多型部位
（１８’）配列番号：１２４に記載の塩基配列における９６４位、３６４５位、５５８１位、５５８７位、５６０９位、５６１０位、６６０５位、６６１６位、６８４３位、６８５０位、６９３１位、７３７０位、１０００１位、１０１０８位、１２３４２位、１２５３６位、１４２７２位、または１６１１６位のいずれかの多型部位
（１９’）配列番号：１２５に記載の塩基配列における１３４位、６３８２位、６５１９位、６７０１位、９０３５位、９３６８位、１０００１位、１２２６９位、１２３３７位、１２３５４位、１２３６０位、１３００３位、１３２８８位、１３３９１位、１３８２５位、１３８４１位、１４００６位、１４００７位、２２０５８位、または２２２２３位のいずれかの多型部位
（２０’）配列番号：１２６に記載の塩基配列における９０２位、９３１位、３２０４位、６６７６位、７６８２位、７６８６位、７６９３位、８８５９位、９１９５位、９５１８位、９９７１位、１０００１位、１００８８位、１００９１位、１１１９５位、１３４２１位、１３４３７位、１３６８６位、１３８０３位、１３９７４位、１４２１７位、１８７０２位、または１９１７９位のいずれかの多型部位
（２１’）配列番号：１２７に記載の塩基配列における１３６４位、２２９９位、２４６４位、２４８０位、９６３３位、９８５０位、１０００１位、１１７３０位、１４６６６位、または１５７５９位のいずれかの多型部位
（２２’）配列番号：１２８に記載の塩基配列における４６２７位、６０３５位、６３３６位、６６４４位、１０００１位、１２７４８位、１２９２０位、１３０１３位、１８４４４位、１８４５７位、１９４３２位、または２０００１位のいずれかの多型部位
（２３’）配列番号：１２９に記載の塩基配列における２１１位、２４７位、２６４位、３４１位、８５９位、４９０３位、７２９２位、８６９７位、８７６８位、８８６６位、９２９３位、９４９３位、９５６７位、１０００１位、１０１２８位、１１１５１位、１２２４４位、１２４７４位、１２６３４位、１４７０５位、１６８４１位、１７１４８位、１７７１０位、１７７６０位、１７９６６位、１９７６０位、または１９７９３位のいずれかの多型部位
（２４’）配列番号：１３０に記載の塩基配列における３９８０位、４４９８位、６５００位、６６８０位、７０２８位、８２７１位、８３５７位、９５７６位、１０００１位、１０３７４位、１０４７０位、１０６４７位、１０７３２位、１０７８９位、１０９８１位、１０９８９位、１１２７８位、１１９２８位、１２５４３位、１３３２６位、１３４５２位、１３４７２位、１３４７２位、１３５６７位、１４１６６位、１４３９０位、１４６０９位、１４６５５位、１５２１４位、１６８４０位、１７１８７位、１７６３９位、１７８８３位、１８８１４位、または１９０９３位のいずれかの多型部位
（２５’）配列番号：１３１に記載の塩基配列における９５６位、２５０６位、２５７４位、３６１６位、４７４１位、５２３５位、６２５０位、６６８６位、６９３３位、７０５７位、９１６８位、９３７２位、９４２７位、９４４３位、９５１３位、１０００１位、１００６４位、１０７７８位、１０９２９位、１１１６５位、１１２７０位、１１４０６位、１１８１６位、１１８２９位、１２２７２位、１２８２２位、１２９８４位、１４１１２位、１５４２７位、１６８５０位、１８８８７位、１９１３０位、１９１９４位、１９７５３位、２０５８３位、２２２８２位、２２７４６位、２２９０１位、２３０４９位、２３４９４位、２４７９１位、２５４９８位、２５９７８位、２６０９８位、２６４２４位、２６７４５位、２６７４６位、２６８２１位、２７８６９位、３００４３位、３０１５６位、または３０１６４位のいずれかの多型部位
（２６’）配列番号：１３２に記載の塩基配列における３４０位、４７５５位、７１３１位、９１５４位、１０００１位、１２３７８位、１６４５５位、１６５７６位、１６７７６位、１８２６２位、１８２７５位、１８４７７位、１９１４９位、１９３１６位、１９３８７位、１９８７６位、１９８８５位、１９８９６位、または１９９５５位のいずれかの多型部位
（２７’）配列番号：１３３に記載の塩基配列における２８７位、５１５位、８８９位、３１２７位、３６９９位、５１４５位、５１７８位、５３９７位、５３９８位、５９１０位、６３３５位、６５４５位、６６６７位、６６６８位、６９７１位、７０４１位、７０４２位、７３２９位、７４５６位、７５９３位、７６５７位、７６６１位、７６８４位、８６７９位、８７４８位、９２０８位、９３５４位、９３７６位、９３８２位、９５５３位、９５５５位、９５９１位、９６６４位、９６７１位、９７２０位、９９３１位、９９９５位、１０００１位、１０３０６位、１０３９１位、１０５０５位、１０５７２位、１０６５８位、１０７２７位、１０９２７位、１１０８９位、１１１２５位、１１４０６位、１１４９１位、１１５４２位、１１８１８位、１２２９１位、１２６３３位、１２６６７位、１３３９５位、１３６６２位、１３６８９位、１３７５０位、１３８５４位、１３８８０位、１４０１５位、１４２６７位、１４３２０位、１４３６０位、１４３７４位、１４４１４位、１４５１１位、１４５４７位、１４５８９位、１４６９２位、１４７１９位、１５０９６位、１５２６８位、１５３５１位、１５７５６位、１５７９０位、１６３０７位、１６４５６位、１６７０１位、１７３５２位、１７４３９位、１７４６０位、１７９６６位、１８０９５位、１８４２４位、または１８４３７位のいずれかの多型部位
（２８’）配列番号：１７または配列番号：１９に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（２９’）配列番号：２１に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３０’）配列番号：１３４に記載の塩基配列における１２０位、１３６位、１６２位、４２７位、５３０位、１３６２位、１３６３位、１４１２位、１５６７位、２３４１位、２６１０位、３５２４位、３９５９位、４２９６位、４９４０位、５４０９位、５８２４位、６５２２位、６５６４位、６７５５位、７６４６位、７７９８位、７８１９位、８０１５位、８１２２位、８８４８位、９０９６位、９４１３位、９４２４位、９４４１位、１０００１位、１１６３９位、１１９８２位、１１９９０位、１２０７７位、１２０９０位、１３７３７位、１３７５５位、１４５５４位、１５０６６位、１５２９２位、１５４５７位、１５６４６位、１５９４３位、１７１１４位、１７２８７位、１７７１４位、１８２９１位、１９４０３位、１９４２５位、２０１４３位、２０４０４位、２０５２２位、２１７２６位、２２９２０位、２３０７１位、２４２７６位、２４３６０位、２５４３４位、２５５３９位、２５７０３位、２５９７１位、２６４３１位、２６７３９位、２６７６０位、２６７６４位、２６９２７位、２８３０８位、２８６１９位、２８７６０位、２９１７９位、２９３２９位、２９５６０位、３０２５１位、３０７３６位、３０９９８位、３１２０７位、３１９２０位、３２２１８位、３７２００位、３７６９２位、４２３２７位、または５０９３５位のいずれかの多型部位
（３１’）配列番号：１３５に記載の塩基配列における１０９位、６５４位、７３２位、１７９８位、２７０８位、２９０３位、４０７９位、４２２８位、４２５２位、４７９２位、５１２０位、５３０１位、７４０９位、７６１０位、８３４６位、８３７３位、８６９０位、８８３２位、９０９９位、９７５５位、９７８６位、９８２９位、９９４２位、９９４７位、１０００１位、１００６９位、１０１９６位、１０２３２位、１０５１９位、１０８８３位、１０９７７位、１１０４３位、１１０４５位、１１３１０位、１１６２２位、１１６９７位、１２１８９位、１２４０６位、１２４７５位、１２７０４位、１３６４９位、１４２７１位、１４４３４位、１４５６５位、１５２０３位、１５４１９位、１５４２３位、１５６０６位、１６００１位、１６１７１位、１６２８２位、１６４０６位、１６５８２位、１６７０５位、１６８８３位、１６９６０位、１７８２５位、１８２８７位、１８３６０位、１８４１３位、１８７５６位、１９０３５位、２０１３５位、２０４１９位、２０４４４位、２１２２６位、２１２７１位、２１２８９位、２２６４１位、２２６７８位、２２６９６位、２２７０９位、２２７１９位、２３８９７位、２３９５１位、２４２１５位、２４７１４位、２４７２９位、２４７４３位、２４７６７位、２４７９６位、２５４５５位、２５４７５位、２５４９９位、２５５２９位、２５５３０位、２５９１１位、２６１９９位、２６２０４位、２７３３６位、２７６３５位、２７６３６位、または２７９７０位のいずれかの多型部位
（３２’）配列番号：１３６に記載の塩基配列における５９４４位、９３９２位、９６９６位、１０００１位、１０５１７位、１０７９６位、１１２４０位、１１３３５位、１１４８３位、１１５２６位、１１６２０位、１２０７９位、１３９０７位、１４８９９位、１４９７９位、１５９７３位、１６３６２位、１６８３７位、１７３８１位、２０３３２位、２０４７０位、２０７４９位、２１７４２位、２５０８９位、４３１９９位、４８３２６位、４９０６６位、４９５４３位、５０５２２位、５２２１８位、５４３１７位、５５４４７位、または５７２９７位のいずれかの多型部位
（３３’）配列番号：１３７に記載の塩基配列における１１４２位、２６５７位、２９７５位、３６５０位、３７５１位、３８０３位、５３６７位、５５１９位、１０００１位、１０１２４位、１２４９０位、１３２４５位、１４５０９位、１５４５１位、２０１７８位、２７０３０位、２８５７５位、２８６４３位、３１３５５位、３４０９７位、３４１１０位、または３６６１４位のいずれかの多型部位
（３４’）配列番号：１３８に記載の塩基配列における３４２位、２０２９位、２１１８位、６５００位、６７５２位、８７０９位、８８２３位、１０００１位、１０２７７位、１０７９４位、１０８０５位、１０８１０位、１１４３０位、１１５９７位、１２５２５位、１２８３０位、１４３８８位、１４６４５位、１５０２９位、１５１８６位、１６５６５位、１６８１６位、１７１７６位、２１７９０位、２１８２７位、２１９４７位、２１９６４位、２２６４０位、２２７５２位、２５９００位、２６５０２位、２７６３５位、２７７７７位、２７７９１位、３０６１６位、３０６５０位、または３０９５７位のいずれかの多型部位
（３５’）配列番号：１３９に記載の塩基配列における４８０位、１２３０位、２２２１位、２４１４位、２７８１位、２８７５位、４９９９位、５０５５位、５９０１位、８１０７位、１０００１位、１０１３９位、１０２７５位、１０８９７位、１０９６２位、１１１９０位、１１３９３位、１１９４２位、１２７３４位、１２８４９位、１４８４５位、１５１６５位、１５６９９位、１６５３０位、１８３２３位、または１８３３３位のいずれかの多型部位
〔７〕  （９’）〜（２７’）および（３０’）〜（３５’）に記載の多型部位における塩基種が、それぞれ以下の（９″）〜（２７″）および（３０″）〜（３５″）である場合に、侵襲性歯周炎にかかりやすいと判定される〔６〕に記載の検査方法。
（９″）配列番号：１１５に記載の塩基配列における２４０７９位の塩基種がＡ
（１０″）配列番号：１１６に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（１１″）配列番号：１１７に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ、１５３６７位の塩基種がＴ、または２１９９５位の塩基種がＣ
（１２″）配列番号：１１８に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（１３″）配列番号：１１９に記載の塩基配列における１０２０４位の塩基種がＣ
（１４″）配列番号：１２０に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（１５″）配列番号：１２１に記載の塩基配列における１１９１５位の塩基種がＧ
（１６″）配列番号：１２２に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（１７″）配列番号：１２３に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（１８″）配列番号：１２４に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（１９″）配列番号：１２５に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＴ、または１３２８８位の塩基種がＴ
（２０″）配列番号：１２６に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＴ
（２１″）配列番号：１２７に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（２２″）配列番号：１２８に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（２３″）配列番号：１２９に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（２４″）配列番号：１３０に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＣ
（２５″）配列番号：１３１に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（２６″）配列番号：１３２に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（２７″）配列番号：１３３に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（３０″）配列番号：１３４に記載の塩基配列における４２３２７位の塩基種がＴ
（３１″）配列番号：１３５に記載の塩基配列における２０１３５位の塩基種がＣ
（３２″）配列番号：１３６に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（３３″）配列番号：１３７に記載の塩基配列における２８５７５位の塩基種がＧ
（３４″）配列番号：１３８に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ、１１５９７位の塩基種がＧ、または１４３８８位の塩基種がＣ
（３５″）配列番号：１３９に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
〔８〕  〔１〕に記載の（２８）〜（５１）のいずれかの領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程を含む、慢性歯周炎の検査方法。
〔９〕  〔１〕に記載の（２８）〜（５１）のいずれかの領域の多型部位が、それぞれ以下の（２８’）〜（５１’）に記載の多型部位である、〔８〕に記載の方法。
（２８’）配列番号：１７または配列番号：１９に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（２９’）配列番号：２１に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３０’）配列番号：１３４に記載の塩基配列における１２０位、１３６位、１６２位、４２７位、５３０位、１３６２位、１３６３位、１４１２位、１５６７位、２３４１位、２６１０位、３５２４位、３９５９位、４２９６位、４９４０位、５４０９位、５８２４位、６５２２位、６５６４位、６７５５位、７６４６位、７７９８位、７８１９位、８０１５位、８１２２位、８８４８位、９０９６位、９４１３位、９４２４位、９４４１位、１０００１位、１１６３９位、１１９８２位、１１９９０位、１２０７７位、１２０９０位、１３７３７位、１３７５５位、１４５５４位、１５０６６位、１５２９２位、１５４５７位、１５６４６位、１５９４３位、１７１１４位、１７２８７位、１７７１４位、１８２９１位、１９４０３位、１９４２５位、２０１４３位、２０４０４位、２０５２２位、２１７２６位、２２９２０位、２３０７１位、２４２７６位、２４３６０位、２５４３４位、２５５３９位、２５７０３位、２５９７１位、２６４３１位、２６７３９位、２６７６０位、２６７６４位、２６９２７位、２８３０８位、２８６１９位、２８７６０位、２９１７９位、２９３２９位、２９５６０位、３０２５１位、３０７３６位、３０９９８位、３１２０７位、３１９２０位、３２２１８位、３７２００位、３７６９２位、４２３２７位、または５０９３５位のいずれかの多型部位
（３１’）配列番号：１３５に記載の塩基配列における１０９位、６５４位、７３２位、１７９８位、２７０８位、２９０３位、４０７９位、４２２８位、４２５２位、４７９２位、５１２０位、５３０１位、７４０９位、７６１０位、８３４６位、８３７３位、８６９０位、８８３２位、９０９９位、９７５５位、９７８６位、９８２９位、９９４２位、９９４７位、１０００１位、１００６９位、１０１９６位、１０２３２位、１０５１９位、１０８８３位、１０９７７位、１１０４３位、１１０４５位、１１３１０位、１１６２２位、１１６９７位、１２１８９位、１２４０６位、１２４７５位、１２７０４位、１３６４９位、１４２７１位、１４４３４位、１４５６５位、１５２０３位、１５４１９位、１５４２３位、１５６０６位、１６００１位、１６１７１位、１６２８２位、１６４０６位、１６５８２位、１６７０５位、１６８８３位、１６９６０位、１７８２５位、１８２８７位、１８３６０位、１８４１３位、１８７５６位、１９０３５位、２０１３５位、２０４１９位、２０４４４位、２１２２６位、２１２７１位、２１２８９位、２２６４１位、２２６７８位、２２６９６位、２２７０９位、２２７１９位、２３８９７位、２３９５１位、２４２１５位、２４７１４位、２４７２９位、２４７４３位、２４７６７位、２４７９６位、２５４５５位、２５４７５位、２５４９９位、２５５２９位、２５５３０位、２５９１１位、２６１９９位、２６２０４位、２７３３６位、２７６３５位、２７６３６位、または２７９７０位のいずれかの多型部位
（３２’）配列番号：１３６に記載の塩基配列における５９４４位、９３９２位、９６９６位、１０００１位、１０５１７位、１０７９６位、１１２４０位、１１３３５位、１１４８３位、１１５２６位、１１６２０位、１２０７９位、１３９０７位、１４８９９位、１４９７９位、１５９７３位、１６３６２位、１６８３７位、１７３８１位、２０３３２位、２０４７０位、２０７４９位、２１７４２位、２５０８９位、４３１９９位、４８３２６位、４９０６６位、４９５４３位、５０５２２位、５２２１８位、５４３１７位、５５４４７位、または５７２９７位のいずれかの多型部位
（３３’）配列番号：１３７に記載の塩基配列における１１４２位、２６５７位、２９７５位、３６５０位、３７５１位、３８０３位、５３６７位、５５１９位、１０００１位、１０１２４位、１２４９０位、１３２４５位、１４５０９位、１５４５１位、２０１７８位、２７０３０位、２８５７５位、２８６４３位、３１３５５位、３４０９７位、３４１１０位、または３６６１４位のいずれかの多型部位
（３４’）配列番号：１３８に記載の塩基配列における３４２位、２０２９位、２１１８位、６５００位、６７５２位、８７０９位、８８２３位、１０００１位、１０２７７位、１０７９４位、１０８０５位、１０８１０位、１１４３０位、１１５９７位、１２５２５位、１２８３０位、１４３８８位、１４６４５位、１５０２９位、１５１８６位、１６５６５位、１６８１６位、１７１７６位、２１７９０位、２１８２７位、２１９４７位、２１９６４位、２２６４０位、２２７５２位、２５９００位、２６５０２位、２７６３５位、２７７７７位、２７７９１位、３０６１６位、３０６５０位、または３０９５７位のいずれかの多型部位
（３５’）配列番号：１３９に記載の塩基配列における４８０位、１２３０位、２２２１位、２４１４位、２７８１位、２８７５位、４９９９位、５０５５位、５９０１位、８１０７位、１０００１位、１０１３９位、１０２７５位、１０８９７位、１０９６２位、１１１９０位、１１３９３位、１１９４２位、１２７３４位、１２８４９位、１４８４５位、１５１６５位、１５６９９位、１６５３０位、１８３２３位、または１８３３３位のいずれかの多型部位
（３６’）配列番号：２３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３７’）配列番号：２５に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３８’）配列番号：２７に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３９’）配列番号：１４０に記載の塩基配列における２１９８位、２６９９位、６５１１位、６７８９位、７５５４位、８４４２位、８７１５位、１０００１位、１１２５４位、１２２８８位、１６００１位、または１７０７７位のいずれかの多型部位
（４０’）配列番号：１４１に記載の塩基配列における９６位、８１３位、８４８位、１０３３位、１４４２位、１５９３位、１８１５位、１９１９位、４０９４位、４２９６位、４３３９位、４７５９位、５６７０位、５８８６位、６５４２位、６７０１位、７８８６位、７９５０位、９１５１位、９７２５位、９８７３位、１０００１位、１００２９位、１０９６９位、１１１６５位、１１２５５位、１４１９５位、１４２４５位、１４５３４位、１４６１５位、１４９７１位、１５１７４位、１６５２０位、１６６６８位、１７０１２位、１９７８４位、２０８７６位、２１７４７位、２２８９３位、２２９５８位、２３０５１位、２３１０６位、２３２３２位、２３２９３位、２４１０６位、２８１９６位、２８６７５位、２９４６４位、３０４８６位、３１９３５位、３２２５５位、３２６２２位、３２７３３位、３３０００位、３３０３７位、３３１２０位、３３２５０位、３３８６２位、３４４８１位、３４６８８位、３４７１２位、３４８３９位、３６９９４位、３７２５９位、３７７５２位、３８２３１位、３８３０１位、３８６６１位、３８９３２位、３９０９０位、３９６３２位、４０９０５位、４２０６５位、４２１２９位、４３７６１位、４４０８５位、４４３２９位、４４７５６位、４５８４８位、４６２７７位、４６４５４位、４９７３８位、４９７７８位、４９９７２位、５４７４４位、５４７９６位、５６４９９位、５７７９９位、５７９１５位、６０５７６位、６１６８８位、６３０２３位、６３８２２位、６３８３４位、または６３８７０位のいずれかの多型部位
（４１’）配列番号：１４２に記載の塩基配列における４９８位、５５５位、１３６６位、１６４０位、１７８２位、２５１７位、３１１０位、３２６４位、３６５０位、４２７９位、４５８１位、４６２２位、５０５６位、５４３１位、５６３５位、６９７３位、７０１８位、７６８７位、８０７１位、８１２８位、８８０３位、８８５２位、８９５４位、９３１０位、１０００１位、１００２４位、１０３８９位、１０４２４位、１０４２６位、１０５６５位、１０６００位、１０８１９位、１１１０１位、１１１７５位、１１６３４５、１２１７２位、１２５８１位、１３０７９位、１３７４０位、１４２６７位、１４７７８位、１４８１８位、１６２０２位、１６５２８位、１６５７８位、１９７８２位、２２９０５位、２３１６４位、２３８１８位、２４１６３位、２４２４４位、２４４８９位、２４８２８位、２４８８２位、２５２７４位、２６３２７位、２６４５１位、２７９５２位、２９５４６位、２９５７２位、２９７３０位、２９７７７位、３２９９２位、３３１１９位、３６３９６位、３６８８４位、３９６２７位、３９７４９位、４１４３９位、４２１５５位、４２４４９位、４３７５９位、４３９９４位、４４７６３位、４５４１２位、４５５００位、４５７０６位、４５７１１位、４５８８６位、４５９０６位、４６０９８位、４６１０６位、４６８２３位、４６８９９位、４６９４６位、４７１８８位、４７２１１位、４７６０８位、４７９６４位、４８００３位、４８２７９位、４８７７４位、４８７９２位、４９１６１位、４９１６７位、４９４９４位、４９６４０位、４９７８７位、４９８４０位、５０３４４位、５０４１６位、５０４１９位、５０４６１位、５０６１９位、５１１５４位、５１３４４位、５１３７９位、５１７１３位、５１９４３位、５２４８６位、５２６２０位、５２６８８位、５３３１９位、５３９６６位、５４７５７位、５７３４３位、５９１７９位、５９４４９位、５９４５９位、５９７６６位、６０２０５位、６０４７０位、６０５９４位、６０６９７位、６１４１１位、６２６２０位、６２７９２位、６２８６０位、６２９５０位、６３９１４位、６４０５５位、６４１２５位、６４５２３位、６４９２９位、６５４５３位、６５７８２位、６６９４６位、６７６３０位、６８１０３位、６８２２９位、６８２３０位、６８３１５位、７００１６位、７０８６７位、７１１３７位、７１８８６位、７２３３１位、７２３５３位、７２５７９位、または７２６１６位のいずれかの多型部位
（４２’）配列番号：１４３に記載の塩基配列における８２２位、８２４位、８５３位、８７０位、９６３位、１０３５位、１１６９位、１３０８位、７１４６位、７７０９位、７７２８位、７７４１位、７７８０位、７８０５位、７８４３位、７８４４位、７８８８位、７９４１位、７９６５位、８０６０位、８３３５位、９９４８位、１０００１位、１１９９０位、１２３４２位、１２８０７位、１６２６３位、または１６７６８位のいずれかの多型部位
（４３’）配列番号：１４４に記載の塩基配列における７５７位、９８４位、１３６０位、２０９２位、８９８０位、１０００１位、１０６２４位、１１０４２位、または１５９５３位のいずれかの多型部位
（４４’）配列番号：１４５に記載の塩基配列における７５位、２８００位、３０１０位、３９５７位、４６２７位、４７２２位、４８２５位、４８８１位、５２５３位、７３１９位、８０８７位、８３９６位、８８３４位、９１００位、９１０５位、９８２６位、９８３５位、１０００１位、１００７０位、１０５９８位、１０６１８位、１０６３１位、１０６４２位、１０７１８位、１１３２９位、１１６１５位、１２０９８位、１３２５６位、１３２７９位、１５４５８位、１７４２２位、１８６３５位、１９９２０位、２３２３３位、２３７１０位、２４０５０位、２４７５１位、２５４１７位、２６２０９位、２６４４１位、２８８２６位、２９２５５位、２９２９６位、３０１１９位、３１３７７位、３１５１２位、３１６９９位、３２７７５位、３２８２５位、３３３０３位、３３３８７位、３３４３７位、３３５７３位、３４６８０位、３６１４５位、３６３７１位、３６５７３位、３６５９７位、３６６８３位、３６７５９位、３６７６３位、３６７８７位、３７０３８位、３９３１７位、３９９７０位、４２６９７位、４３６３０位、または４３６３８位のいずれかの多型部位
（４５’）配列番号：１４６に記載の塩基配列における３１９位、２５３０位、６２７２位、７９３７位、８２０５位、１０００１位、１１２７４位、１３４０２位、１４４７６位、１４８０１位、１４８５２位、１７８８２位、１８２１７位、１８５２２位、１８６７４位、１８８１２位、または１８９８９位のいずれかの多型部位
（４６’）配列番号：１４７に記載の塩基配列における２２２位、２４６５位、２４６６位、４６２４位、５１１２位、６２９８位、６９７６位、８４８５位、９４５７位、９９４５位、１０００１位、１０３９７位、１０８２１位、１０９４４位、１１５０７位、１１６３５位、１１９６３位、１２７５０位、１２８１９位、１４６３４位、１４７０９位、１５９８５位、１６９６８位、１７１２４位、１７３１２位、１７５６７位、１７６２１位、１７７７５位、１８１３７位、１８２２５位、１８３４７位、１８８７９位、１８９２３位、１９２８４位、１９６０９位、１９７１４位、１９７５３位、または１９７５４位のいずれかの多型部位
（４７’）配列番号：１４８に記載の塩基配列における３８３１位、３８８２位、３９２５位、３９２８位、４０１０位、４１９７位、４５４５位、４７０１位、４８８０位、４９４９位、１０００１位、１２１５１位、１３１３４位、１５７３７位、１６２８９位、１６３１８位、２０９１５位、２１００１位、２２７９９位、２２８００位、２３００２位、２５８４２位、２９４４０位、３１３３１位、３１３４７位、３１８４５位、３１９７３位、３３９２５位、３７１８７位、３８７５３位、４０４７４位、４０４９３位、４４４６１位、４５８４０位、４６０４５位、４６４６８位、または４８６２７位のいずれかの多型部位
（４８’）配列番号：１４９に記載の塩基配列における３７２８位、５０３３位、５７７０位、９８０３位、１０００１位、１００７１位、１５３６８位、１６１７４位、１６３７９位、１６５８４位、または１９６２３位のいずれかの多型部位
（４９’）配列番号：１５０に記載の塩基配列における８６９位、１０４８位、１１０３位、５０９２位、５３３３位、５７９５位、６３２８位、６４５５位、６４８９位、６６１６位、８０６１位、１０００１位、１２６１８位、１２７４６位、１５８８２位、１５９７０位、１６９６１位、１７７４６位、１７７５１位、１８００４位、２２９４５位、２４７９６位、２９６２２位、２９８７７位、３０５８０位、３１５００位、３２３９７位、３２４０６位、３２５２８位、３３００４位、３３０５６位、３３０７１位、または３３１２７位のいずれかの多型部位
（５０’）配列番号：１５１に記載の塩基配列における３６０位、３１５１位、４３２１位、６８０４位、８０６９位、８９３１位、９０９４位、９１１１位、９７８９位、１０００１位、１０７１５位、１０７２０位、１０９０９位、１１１０７位、１１３１８位、１１５５７位、１１６５１位、１１７９７位、１４８１９位、１４８２５位、１５０５７位、１５８６２位、１８３９０位、１８４９４位、１８７６９位、１８８４１位、１８９２８位、１９２１５位、１９２７３位、１９５１６位、１９５９８位、２０００７位、２０２０３位、２０２５４位、２０３２４位、２１３０２位、２１４９６位、２１５３６位、２１７５２位、２２９５６位、２３７３２位、２３７５５位、２３８３９位、２３９２３位、２４２６８位、２４６９０位、２４８３７位、２５５５６位、２６０２４位、２６５０９位、２６７０３位、２７３０２位、２８２５７位、２８４７３位、２８７２２位、２８８５５位、２９４０９位、３０１６７位、３１９４３位、３４１５９位、３４７５１位、３５９５４位、３６２９０位、３６３８４位、または３６４８７位のいずれかの多型部位
（５１’）配列番号：１５２に記載の塩基配列における４３１位、１６２５位、１７１０位、１８１３位、２７５７位、４８２２位、７８０９位、８４３５位、９５１８位、９８２７位、１０００１位、１００２２位、１１５８２位、１２１５６位、１２３７９位、１２７００位、１２９９９位、１３６４９位、１３７２６位、１４２２４位、１５７７０位、１５７７３位、１５８７９位、１６２４２位、１７７５９位、１９５１４位、１９７４３位、２０００５位、２０１３３位、２０４２５位、２０６０９位、２１３５０位、２１３５８位、２１９７５位、２２９１６位、２３２７９位、２３２８３位、２３４７５位、２５４６４位、２５７１５位、２５９４１位、２５９９５位、２６２２９位、２６３００位、２６３８５位、２６４０８位、２６６５７位、２７２５０位、２７３４７位、２７４０７位、２７６１３位、２７６１３位、２７８９２位、２８３４８位、２８６４８位、２８９８９位、２９１６１位、２９３９２位、２９６１１位、３０４０７位、３０７０３位、３０７７７位、３１０５１位、３１７３５位、３２０３７位、３２２２５位、３２２３９位、３２３８８位、３４３４９位、３７６１０位、３８２２５位、３８３９３位、４１４２０位、４２１１６位、４２３０６位、４８２０４位、４８４６４位、４８５５０位、４８６５６位、５１７１０位、５１７５１位、５２７７４位、５２８４１位、５３０７７位、５５０３９位、５５２０８位、５７０４９位、５７３４５位、５８０４０位、５８１４０位、５８３２１位、５８３５３位、５８９０５位、５８９６８位、５９２６９位、５９７０４位、５９８０９位、６００２０位、６００３０位、６０１２８位、６０１３０位、６０５７０位、６０５７３位、６０５７５位、６０６２０位、６０６３８位、６０６５６位、６０７９７位、６０８６８位、６１０９９位、６１１２３位、６１８５０位、６１８６９位、６３５４３位、６３９０７位、６４３０８位、６４３０８位、６５７２２位、６５７４３位、６６１３１位、６６８８５位、６７１６２位、６７２０９位、６７８２５位、６８２９４位、６８３１７位、６８５５７位、６８６７２位、６８９１３位、６９０９１位、６９２１２位、６９３６９位、６９４２６位、６９４６０位、６９６４０位、６９９６０位、７００３０位、７０３７３位、７０６２０位、７０６４３位、７０６５１位、７０６６５位、７０７４９位、７０８７２位、７１０４８位、７１０７０位、７２２４８位、７２５１０位、７２５３７位、７２６７１位、７２６９６位、７２７５４位、７３２３２位、７３３８０位、７３４００位、７３５４５位、７３５９４位、７４０７２位、７４８６４位、または７６９５０位のいずれかの多型部位
〔１０〕  〔９〕の（３０’）〜（３５’）および（３９’）〜（５１’）に記載の多型部位における塩基種が、それぞれ以下の（３０″）〜（３５″）および（３９″）〜（５１″）である場合に、慢性歯周炎にかかりやすいと判定される〔７〕に記載の検査方法。
（３０″）配列番号：１３４に記載の塩基配列における２３０７１位の塩基種がＡ、または１０００１位の塩基種がＴ
（３１″）配列番号：１３５に記載の塩基配列における２０１３５位の塩基種がＣ
（３２″）配列番号：１３６に記載の塩基配列における４３１９９位の塩基種がＧ、または４８３２６位の塩基種がＴ
（３３″）配列番号：１３７に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＢ
（３４″）配列番号：１３８に記載の塩基配列における２２６４０位の塩基種がＣ
（３５″）配列番号：１３９に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（３９″）配列番号：１４０に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（４０″）配列番号：１４１に記載の塩基配列における２３２９３位の塩基種がＣ
（４１″）配列番号：１４２に記載の塩基配列における６２８６０位の塩基種がＣ
（４２″）配列番号：１４３に記載の塩基配列における１２８０７位の塩基種がＴ
（４３″）配列番号：１４４に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＴ
（４４″）配列番号：１４５に記載の塩基配列における３７０３８位の塩基種がＧ
（４５″）配列番号：１４６に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＣ
（４６″）配列番号：１４７に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（４７″）配列番号：１４８に記載の塩基配列における２１００１位の塩基種がＧ、１５７３７位の塩基種がＧ、２１００１位の塩基種がＧ、または２９４４０位の塩基種がＴ
（４８″）配列番号：１４９に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＡ
（４９″）配列番号：１５０に記載の塩基配列における２４７９６位の塩基種がＴ
（５０″）配列番号：１５１に記載の塩基配列における１０００１位の塩基種がＧ
（５１″）配列番号：１５２に記載の塩基配列における４１４２０位の塩基種がＴ、４８２０４位の塩基種がＡ、または６８２９４位の塩基種がＣ
〔１１〕  ＡＤＣＹ９遺伝子領域、ＣＡＬＣＲ遺伝子領域、ＬＡＭＣ２遺伝子領域もしくはＩＬ４遺伝子領域、または、それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域のハプロタイプを検出する工程を含む、歯周疾患の検査方法。
〔１２〕  ハプロタイプが、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５および９７に記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである、〔１１〕に記載の方法。
〔１３〕  ハプロタイプが、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１および１１３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである、〔１１〕に記載の方法。
〔１４〕  ハプロタイプが、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、および２０６４７位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである、〔１１〕に記載の方法。
〔１５〕  ハプロタイプが、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、および１５３８２位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである、〔１１〕に記載の方法。
〔１６〕  以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む、歯周疾患の検査方法。
（ａ）  ＡＤＣＹ９遺伝子領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５および９７に記載の塩基配列における１５１位のそれぞれの塩基種が、以下の（ｉ）〜（ｉｖ）のいずれかに記載のハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
（ｉ）Ｃ、Ｔ、Ａ、Ｇ、Ａ、ＣおよびＣであるハプロタイプ
（ｉｉ）Ｔ、Ａ、Ａ、Ｔ、Ａ、ＣおよびＣであるハプロタイプ
（ｉｉｉ）Ｔ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ａ、ＣおよびＡであるハプロタイプ
（ｉｖ）Ｔ、Ａ、Ｔ、Ｔ、Ｇ、ＣおよびＣであるハプロタイプ
〔１７〕  工程（ａ）に記載のＡＤＣＹ９遺伝子領域における多型部位が、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５または９７のいずれかに記載の塩基配列における１５１位の多型部位である、〔１６〕に記載の検査方法。
〔１８〕  以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む、歯周疾患の検査方法。
（ａ）  ＣＡＬＣＲ遺伝子領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１および１１３に記載の塩基配列における１５１位のそれぞれの塩基種が、以下の（ｉ）または（ｉｉ）に記載のハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
（ｉ）Ｔ、Ｃ、Ｔ、Ｔ、Ｔ、Ｔ、ＴおよびＧであるハプロタイプ
（ｉｉ）Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｃ、ＧおよびＣであるハプロタイプ
〔１９〕  工程（ａ）に記載のＣＡＬＣＲ遺伝子領域における多型部位が、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１または１１３のいずれかに記載の塩基配列における１５１位の多型部位である、〔１８〕に記載の検査方法。
〔２０〕  以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む、歯周疾患の検査方法。
（ａ）  ＬＡＭＣ２遺伝子領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、および２０６４７位のそれぞれの塩基種が、Ｃ、ＧおよびＧであるハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
〔２１〕  工程（ａ）に記載のＬＡＭＣ２遺伝子領域における多型部位が、配列番号：１５３に記載の塩基配列における３１０５位、３２０１位、３２９３位、３５２５位、３６３７位、３７９７位、４０８３位、４１２２位、４３０４位、４４６１位、８９４６位、９５８０位、９８２１位、１０００１位、１００４４位、１０９８１位、１１６０５位、１１７００位、１２２６１位、１２５１９位、１３２９６位、２０４１６位、２０６４７位、２１６０７位、２１６２８位、２３１５４位、２５２５０位、２６２８０位、２７５１９位、２７５２２位、２７７５６位、２７７６３位、２８３１０位、２９２４５位、２９８９６位、または３０３１１位のいずれかの多型部位である、〔２０〕に記載の検査方法。
〔２２〕  工程（ａ）に記載のＬＡＭＣ２遺伝子領域における多型部位が、配列番号：１３２に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、または１５３８２位のいずれかの多型部位である、〔２０〕に記載の検査方法。
〔２３〕  以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む、歯周疾患の検査方法。
（ａ）  ＩＬ４遺伝子領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、および１５３８２位のそれぞれの塩基種が、Ｇ、ＡおよびＴであるハプロタイプを示す遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
〔２４〕  工程（ａ）に記載のＩＬ４遺伝子領域における多型部位が、配列番号：１５４に記載の塩基配列における４２７６位、４６１７位、４８８２位、４９２７位、５４９１位、５６３３位、５７１０位、６３０２位、６４０８位、６４７５位、６５２４位、６５２７位、６５５４位、６７７７位、６８１９位、６８５７位、６９４６位、７３７４位、７９５０位、８１２０位、８４２８位、８５３６位、８８７４位、８９３８位、８９５１位、９０１９位、９９４８位、９９８７位、１０００１位、１０１９６位、１０２５６位、１０２６９位、１０２７８位、１０３３０位、１０４８１位、１０６０２位、１０６５３位、１０６９７位、１０８６８位、１１１２０位、１１３７３位、１１５１６位、１１６２９位、１１６４７位、１１６８７位、１１７１９位、１１７２１位、１１７７９位、１１７９２位、１１９４０位、１２２３３位、１２３２７位、１２４４８位、１２４７７位、１２５３７位、１２６１０位、１２６５０位、１２７８３位、１２８８５位、１３１６４位、１３４２５位、１３４３３位、１３６３０位、１３６７４位、１３８２１位、１４２１６５、１４２１７位、１４４４５位、１４５２１位、１４６４１位、１４６７７位、１４７５６位、１４９０２位、１４９２６位、１４９５１位、１５１６６位、１５３８２位、１６０３８位、１６１２２位、１６４３９位、１６６３０位、１６６３６位、１６８１９位、１６８５４位、１６９８３位、１７０９２位、１７２００位、１７２７５位、１７３２３位、１７７４７位、１７７８９位、１７８２２位、１７８４２位、１７９３４位、１７９４４位、１８０６１位、１８５０７位、１８６６６位、１８７０７位、１９０４２位、１９０５７位、１９２０３位、１９２６１位、１９２６９位、１９２７１位、１９４１６位、１９６１９位、１９７１５位、１９７３５位、１９８８５位、１９９８７位、２００８８位、２０１５１位、２０４５８位、２０５７１位、２０６８３位、２０８１５位、２１００２位、２１１１６位、２１１６２位、２１１６３位、２１３２４位、２１３２６位、２１４１５位、２１４２７位、２１４５２位、２１４９６位、２１５６１位、２１５８８位、２１６８７位、２２３３４位、２２３７９位、２２４２２位、２２６９３位、２３０８１位、２３０８４位、２３０９１位、２３１９８位、２３３２８位、２４０４３位、２４５２５位、２４７４７位、２４８３７位、２４９８６位、２５００９位、２５０１３位、２５１２８位、２５１６０位、または２５１７３位のいずれかの多型部位である、〔２３〕に記載の検査方法。
〔２５〕  工程（ａ）に記載のＩＬ４遺伝子領域における多型部位が、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、または１５３８２位のいずれかの多型部位である、〔２３〕に記載の検査方法。
〔２６〕  〔１〕に記載の（１）〜（５２）のいずれかの領域における多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズし、少なくとも１５ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオチドを含む、歯周疾患の検査試薬。
〔２７〕  〔１〕に記載の（１）〜（５２）のいずれかの領域における多型部位を含むＤＮＡを増幅するように設計されたフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む、歯周疾患の検査試薬。
〔２８〕  〔１〕に記載の（１）〜（５２）のいずれかの領域における多型部位を含むＤＮＡとハイブリダイズするヌクレオチドプローブが固定された固相からなる、歯周疾患の検査試薬。
〔２９〕  歯周疾患が侵襲性歯周炎であり、多型部位が〔１〕に記載の（１）〜（３５）のいずれかの領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位である、〔２６〕〜〔２８〕のいずれかに記載の検査試薬。
〔３０〕  歯周疾患が慢性歯周炎であり、多型部位が〔１〕に記載の（２８）〜（５１）のいずれかの領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位である、〔２６〕〜〔２８〕のいずれかに記載の検査試薬。
〔３１〕  多型部位が〔６〕および〔９〕に記載の（１’）〜（５１’）のいずれかに記載の多型部位である、〔２６〕〜〔２８〕に記載の検査試薬。
〔３２〕  多型部位が〔６〕に記載の（１’）〜（３５’）のいずれかの多型部位である、〔２９〕に記載の検査試薬。
〔３３〕  多型部位が〔９〕に記載の（２８’）〜（５１’）のいずれかの多型部位である、〔３０〕に記載の検査試薬。
〔３４〕  ＡＤＣＹ９遺伝子領域、ＣＡＬＣＲ遺伝子領域、ＬＡＭＣ２遺伝子領域もしくはＩＬ４遺伝子領域、または、それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域における多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズし、少なくとも１５ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオチドを含む、歯周疾患の検査試薬。
〔３５〕  多型部位が配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５もしくは９７のいずれかに記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、〔３４〕に記載の検査試薬。
〔３６〕  多型部位が、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１もしくは１１３のいずれかに記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、〔３４〕に記載の検査試薬。
〔３７〕  多型部位が、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、もしくは２０６４７位のいずれかの多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、〔３４〕に記載の検査試薬。
〔３８〕  多型部位が配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、もしくは１５３８２位のいずれかの多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位である、〔３４〕に記載の検査試薬。
本発明者らは、以下の（１）〜（５２）のいずれかの領域における多型を検出することで、歯周疾患を検査できることを見出した。
（１）ジペプチジルペプチダーゼ４（ｄｉｐｅｐｔｉｄｙｌｐｅｐｔｉｄａｓｅ  ４；ＤＰＰ４）遺伝子領域
（２）テロメラーゼ蛋白質成分１（ｔｅｌｏｍｅｒａｓｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ  １；ＴＥＰ１）遺伝子領域
（３）ホスホイノシチド−３−キナーゼ調節サブユニットポリペプチド１（ｐｈｏｓｐｈｏｉｎｏｓｉｔｉｄｅ−３−ｋｉｎａｓｅ，ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｓｕｂｕｎｉｔ，ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ  １（ｐ８５ａｌｐｈａ）；ＰＩＫ３Ｒ１）遺伝子領域
（４）カタラーゼ（ｃａｔａｌａｓｅ；ＣＡＴ）遺伝子領域
（５）エンドセリン３（ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｎ  ３；ＥＤＮ３）遺伝子領域
（６）フィブリノゲン様蛋白質２（ｆｉｂｒｉｎｏｇｅｎ−ｌｉｋｅ  ２；ＦＧＬ２）遺伝子領域
（７）パラオキソナーゼ１（ｐａｒａｏｘｏｎａｓｅ  １；ＰＯＮ１）遺伝子領域
（８）チロシン３−モノオキシゲナーゼ（ｔｙｒｏｓｉｎｅ  ３−ｍｏｎｏｏｘｙｇｅｎａｓｅ／ｔｒｙｐｔｏｐｈａｎ５−ｍｏｎｏｏｘｙｇｅｎａｓｅ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｚｅｔａ  ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ；ＹＷＨＡＺ）遺伝子領域
（９）１８型コラーゲンα１（ｃｏｌｌａｇｅｎ，ｔｙｐｅ  ＸＶＩＩＩ，ａｌｐｈａ  １；ＣＯＬ１８Ａ１）遺伝子領域
（１０）３型コラーゲンα１（ｃｏｌｌａｇｅｎ，ｔｙｐｅ  ＩＩＩ，ａｌｐｈａ  １（Ｅｈｌｅｒｓ−Ｄａｎｌｏｓ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  ｔｙｐｅ  ＩＶ，ａｕｔｏｓｏｍａｌ  ｄｏｍｉｎａｎｔ）；ＣＯＬ３Ａ１）遺伝子領域
（１１）４型コラーゲンα１（ｃｏｌｌａｇｅｎ，ｔｙｐｅ  ＩＶ，ａｌｐｈａ  １；ＣＯＬ４Ａ１）遺伝子領域
（１２）１６型コラーゲンα１（ｃｏｌｌａｇｅｎ，ｔｙｐｅ  ＸＶＩ，ａｌｐｈａ  １；ＣＯＬ１６Ａ１）遺伝子領域
（１３）カテプシンＢ（ｃａｔｈｅｐｓｉｎ  Ｂ；ＣＴＳＢ）遺伝子領域
（１４）インターロイキン１０受容体β（ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  １０  ｒｅｃｅｐｔｏｒ，ｂｅｔａ；ＩＬ１０ＲＢ）遺伝子領域
（１５）インターロイキン１α（ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  １，ａｌｐｈａ；ＩＬ１Ａ）遺伝子領域
（１６）インターロイキン６シグナルトランスデューサー（ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ  ６  ｓｉｇｎａｌ  ｔｒａｎｓｄｕｃｅｒ（ｇｐ１３０，ｏｎｃｏｓｔａｔｉｎ  Ｍ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）；ＩＬ６ＳＴ）遺伝子領域
（１７）毛特異的酸性ケラチン２（ｋｅｒａｔｉｎ，ｈａｉｒ，ａｃｉｄｉｃ，２；ＫＲＴＨＡ２）遺伝子領域
（１８）ラミニンα４（ｌａｍｉｎｉｎ，ａｌｐｈａ  ４；ＬＡＭＡ４）遺伝子領域
（１９）ラミニン受容体１（ｌａｍｉｎｉｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  １（ｒｉｂｏｓｏｍａｌ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＳＡ，６７ｋＤａ）；ＬＡＭＲ１）遺伝子領域
（２０）プロコラーゲンリシン２オキソグルタレート５ジオキシゲナーゼ２（ｐｒｏｃｏｌｌａｇｅｎ−ｌｙｓｉｎｅ，２−ｏｘｏｇｌｕｔａｒａｔｅ  ５−ｄｉｏｘｙｇｅｎａｓｅ（ｌｙｓｉｎｅ  ｈｙｄｒｏｘｙｌａｓｅ）２；ＰＬＯＤ２）遺伝子領域
（２１）プロテオグリカン４（ｐｒｏｔｅｏｇｌｙｃａｎ  ４，（ｍｅｇａｋａｒｙｏｃｙｔｅ  ｓｔｉｍｕｌａｔｉｎｇ  ｆａｃｔｏｒ，ａｒｔｉｃｕｌａｒ  ｓｕｐｅｒｆｉｃｉａｌ  ｚｏｎｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｃａｍｐｔｏｄａｃｔｙｌｙ，ａｒｔｈｒｏｐａｔｈｙ，ｃｏｘａ  ｖａｒａ，ｐｅｒｉｃａｒｄｉｔｉｓ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）；ＰＲＧ４）遺伝子領域
（２２）プロスタグランジンＤ２合成酵素（ｐｒｏｓｔａｇｌａｎｄｉｎ  Ｄ２  ｓｙｎｔｈａｓｅ  ２１ｋＤａ（ｂｒａｉｎ）；ＰＴＧＤＳ）遺伝子領域
（２３）プロスタグランジンＥ受容体１（ｐｒｏｓｔａｇｌａｎｄｉｎ  Ｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  １（ｓｕｂｔｙｐｅ  ＥＰ１），４２ｋＤａ；ＰＴＧＥＲ１）遺伝子領域
（２４）プロスタグランジンＦ受容体（ｐｒｏｓｔａｇｌａｎｄｉｎ  Ｆ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ＦＰ）；ＰＴＧＦＲ）遺伝子領域
（２５）トランスフォーミング成長因子β受容体３（ｔｒａｎｓｆｏｒｍｉｎｇ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｅｔｏｒ，ｂｅｔａ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ＩＩＩ（ｂｅｔａｇｌｙｃａｎ，３００ｋＤａ）；ＴＧＦＢＲ３）遺伝子領域
（２６）メタロプロテイナーゼ組織阻害剤３（ｔｉｓｓｕｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ  ３（Ｓｏｒｓｂｙ  ｆｕｎｄｕｓ  ｄｙｓｔｒｏｐｈｙ，ｐｓｅｕｄｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ）；ＴＩＭＰ３）遺伝子領域
（２７）腫瘍壊死因子（ｔｕｍｏｒ  ｎｅｃｒｏｓｉｓ  ｆａｃｔｏｒ（ＴＮＦ  ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ，ｍｅｍｂｅｒ  ２）；ＴＮＦＡ）遺伝子領域
（２８）アデニレートシクラーゼ９（ａｄｅｎｙｌａｔｅ  ｃｙｃｌａｓｅ  ９；ＡＤＣＹ９）遺伝子領域
（２９）ゴナドトロピン放出ホルモン（ｇｏｎａｄｏｔｒｏｐｉｎ−ｒｅｌｅａｓｉｎｇ  ｈｏｒｍｏｎｅ  １（ｌｅｕｔｉｎｉｚｉｎｇ−ｒｅｌｅａｓｉｎｇ  ｈｏｒｍｏｎｅ）；ＧＮＲＨ１）遺伝子領域
（３０）スカベンジャー受容体クラスＢ１（ｓｃａｖｅｎｇｅｒ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｃｌａｓｓ  Ｂ，ｍｅｍｂｅｒ  １；ＳＣＡＲＢ１）遺伝子領域
（３１）１型コラーゲンα１（ｃｏｌｌａｇｅｎ，ｔｙｐｅ  Ｉ，ａｌｐｈａ  １；ＣＯＬ１Ａ１）遺伝子領域
（３２）上皮成長因子（ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ（ｂｅｔａ−ｕｒｏｇａｓｔｒｏｎｅ）；ＥＧＦ）遺伝子領域
（３３）エラスチン（ｅｌａｓｔｉｎ（ｓｕｐｒａｖａｌｖｕｌａｒ  ａｏｒｔｉｃ  ｓｔｅｎｏｓｉｓ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ−Ｂｅｕｒｅｎ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ）；ＥＬＮ）遺伝子領域
（３４）ケラチン２３（ｋｅｒａｔｉｎ  ２３（ｈｉｓｔｏｎｅ  ｄｅａｃｅｔｙｌａｓｅ  ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ）；ＫＲＴ２３）遺伝子領域
（３５）ラミニンβ１（ｌａｍｉｎｉｎ，ｂｅｔａ  １；ＬＡＭＢ１）遺伝子領域
（３６）血液凝固第Ｖ因子（ｃｏａｇｕｌａｔｉｏｎ  ｆａｃｔｏｒ  Ｖ（ｐｒｏａｃｃｅｌｅｒｉｎ，ｌａｂｉｌｅ  ｆａｃｔｏｒ）；Ｆ５）遺伝子領域
（３７）フィブリノゲン様蛋白質１（ｆｉｂｒｉｎｏｇｅｎ−ｌｉｋｅ  １；ＦＧＬ１）遺伝子領域
（３８）レプチン（ｌｅｐｔｉｎ（ｏｂｅｓｉｔｙ  ｈｏｍｏｌｏｇ，ｍｏｕｓｅ）；ＬＥＰ）遺伝子領域
（３９）１２型コラーゲンα１（ｃｏｌｌａｇｅｎ，ｔｙｐｅ  ＸＩＩ，ａｌｐｈａ  １；ＣＯＬ１２Ａ１）遺伝子領域
（４０）１７型コラーゲンα１（ｃｏｌｌａｇｅｎ，ｔｙｐｅ  ＸＶＩＩ，ａｌｐｈａ  １；ＣＯＬ１７Ａ１）遺伝子領域
（４１）９型コラーゲンα１（ｃｏｌｌａｇｅｎ，ｔｙｐｅ  ＩＸ，ａｌｐｈａ  １；ＣＯＬ９Ａ１）遺伝子領域
（４２）カテプシンＤ（ｃａｔｈｅｐｓｉｎ  Ｄ（ｌｙｓｏｓｏｍａｌ  ａｓｐａｒｔｙｌ  ｐｒｏｔｅａｓｅ）；ＣＴＳＤ）遺伝子領域
（４３）カテプシンＧ（ｃａｔｈｅｐｓｉｎ  Ｇ；ＣＴＳＧ）遺伝子領域
（４４）上皮成長因子受容体（ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ｅｒｙｔｈｒｏｂｌａｓｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ  ｖｉｒａｌ（ｖ−ｅｒｂ−ｂ）ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ｈｏｍｏｌｏｇ，ａｖｉａｎ）；ＥＧＦＲ）遺伝子領域
（４５）線維芽細胞成長因子１２（ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  １２；ＦＧＦ１２）遺伝子領域
（４６）フコシルトランスフェラーゼ１（ｆｕｃｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ  １（ｇａｌａｃｔｏｓｉｄｅ  ２−ａｌｐｈａ−Ｌ−ｆｕｃｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ，Ｂｏｍｂａｙ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ  ｉｎｃｌｕｄｅｄ）；ＦＵＴ１）遺伝子領域
（４７）ヘパラン硫酸プロテオグリカン２（ｈｅｐａｒａｎ  ｓｕｌｆａｔｅ  ｐｒｏｔｅｏｇｌｙｃａｎ  ２（ｐｅｒｌｅｃａｎ）；ＨＳＰＧ２）遺伝子領域
（４８）ラミニンα２（ｌａｍｉｎｉｎ，ａｌｐｈａ  ２（ｍｅｒｏｓｉｎ，ｃｏｎｇｅｎｉｔａｌ  ｍｕｓｃｕｌａｒ  ｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）；ＬＡＭＡ２）遺伝子領域
（４９）プロコラーゲンリシン２オキソグルタレート５ジオキシゲナーゼ（ｐｒｏｃｏｌｌａｇｅｎ−ｌｙｓｉｎｅ，２−ｏｘｏｇｌｕｔａｒａｔｅ  ５−ｄｉｏｘｙｇｅｎａｓｅ（ｌｙｓｉｎｅ  ｈｙｄｒｏｘｙｌａｓｅ，Ｅｈｌｅｒｓ−Ｄａｎｌｏｓ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ  ｔｙｐｅ  ＶＩ）；ＰＬＯＤ）遺伝子領域
（５０）プロスタグランジンＥ受容体２（ｐｒｏｓｔａｇｌａｎｄｉｎ  Ｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ２（ｓｕｂｔｙｐｅ  ＥＰ２），５３ｋＤａ；ＰＴＧＥＲ２）遺伝子領域
（５１）プロスタグランジンＥ受容体３（ｐｒｏｓｔａｇｌａｎｄｉｎ  Ｅ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ３（ｓｕｂｔｙｐｅ  ＥＰ３）；ＰＴＧＥＲ３）遺伝子領域
（５２）（１）〜（５１）のいずれかに記載の領域と塩基対をなす相補鎖における領域
本発明は、この知見に基づき、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型を検出する工程を含む、歯周疾患に関連する多型を有するか否かを検査するための方法を提供する。
本発明において、「歯周疾患」としては、好ましくは歯周炎であり、より好ましくは侵襲性歯周炎（ａｇｇｒｅｓｓｉｖｅ  ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｔｉｓ）または慢性歯周炎（ｃｈｒｏｎｉｃ  ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｔｉｓ）である。
本発明においては、好ましくは、上記（１）〜（３５）のいずれかの領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出することで、侵襲性歯周炎の検査を行う。また、上記（２８）〜（５１）のいずれかの領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型を検出することで、慢性歯周炎の検査を行うことが好ましい。
本発明において、遺伝子領域とは、遺伝子を含むゲノムＤＮＡ上の一定領域を意味する。該領域には、遺伝子の発現制御領域（例えば、プロモーター領域）や遺伝子の３’末端非翻訳領域などが含まれる。
多型とは、遺伝学的には、母集団中１％以上の頻度で存在している塩基変化と一般的に定義される。しかしながら、本発明における「多型」は、この定義に制限されず、１％未満の塩基の変化も「多型」に含む。本発明における多型の種類としては、例えば、一塩基多型、一から数十塩基（時には数千塩基）が欠失、置換あるいは挿入している多型等が挙げられるが、これらに限定されるものではない。さらに、多型部位の数についても特に制限はなく、１個以上の多型を有していてもよい。ここで、一塩基多型とは、個人間でのＤＮＡ塩基配列の一塩基の違いによる多型を意味する。
本発明における多型としては、歯周疾患に関連する多型であれば特に制限はない。本発明における多型部位としては、好ましくは、以下の（１’）〜（５２’）のいずれかに記載の多型部位が挙げられる。
（１’）ＤＰＰ４遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１または２に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（２’）ＴＥＰ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：３または４に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３’）ＰＩＫ３Ｒ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：５または６に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（４’）ＣＡＴ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：７または８に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（５’）ＥＤＮ３遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：９または１０に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（６’）ＦＧＬ２遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１１または１２に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（７’）ＰＯＮ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３または１４に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（８’）ＹＷＨＡＺ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１５または１６に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（９’）ＣＯＬ１８Ａ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１１５に記載の塩基配列における１７４８位、３８１３位、４３１３位、４３６２位、４３９７位、４６１３位、４７２７位、４７３７位、４９４４位、５５７７位、５６９０位、６００３位、６４６９位、６５８２位、６９４８位、７００８位、７０３３位、７０６０位、７１５１位、７４７３位、８２０２位、９２０９位、１０００１位、１０５５９位、１０５９２位、１０７７７位、１０７８７位、１０９０９位、１５６３６位、１７４８１位、１７７２４位、２０８９４位、２１１４７位、２１５９０位、２１８１１位、２２１２７位、２３１１１位、２３７５５位、２３８１０位、２４０７９位、２４７８５位、２４８８８位、２５９４５位、２６２５３位、２６２８８位、２７６９０位、２７８５０位、３０４５６位、または３０４６１位のいずれかの多型部位
（１０’）ＣＯＬ３Ａ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１１６に記載の塩基配列における４７３位、１１３８位、２８７５位、３９３０位、６００５位、６１５４位、６１７９位、７２２６位、８６４２位、９４７５位、１０００１位、１０１４５位、１１００７位、１４４６８位、１５２８３位、１７５３９位、または１９２２３位のいずれかの多型部位
（１１’）ＣＯＬ４Ａ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１１７に記載の塩基配列における７６位、６８２位、９１８位、１１０８位、１２０２位、１３１３位、１６１２位、１８３１位、２１２２位、４０６７位、４０７６位、４２５３位、４９０９位、４９７０位、５６６４位、５９４４位、６２１７位、６６４１位、７３３５位、７３８５位、７７１５位、８８７６位、９６８７位、９９０６位、１０００１位、１０００４位、１０１３０位、１０３９８位、１０４９６位、１０４９９位、１０５３５位、１０６６９位、１０７０４位、１１０５８位、１３７２２位、１３９３１位、１４１３５位、１５３６７位、１５５１８位、１５８１８位、１５８７２位、１５８７４位、１６９４３位、１７２１５位、１７５５１位、１７８４７位、１７８６２位、１７９３２位、１８１１８位、１８１２４位、１８４５９位、１９２４９位、１９４３５位、１９４６６位、２０６３４位、２１３８２位、２１９９５位、２２０７８位、２２３８１位、２３０１０位、２４６３５位、２６５８８位、２７１９３位、２７３５４位、２８０００位、２８０５９位、２８０９７位、２８１２９位、２９１９０位、２９２４７位、３００９４位、３０５７２位、３０９５６位、３１０８２位、３１１６８位、３１４０４位、３２５６２位、３３１２５位、３４５２９位、３５２６５位、３５５８７位、３５８５８位、３６０４９位、３６２３９位、３７０６５位、３７７３４位、３７７７１位、３８８３５位、３８８９８位、３９２７８位、３９４６１位、４０３０９位、４０３３４位、４０６２５位、４１３１４位、４１３８６位、４１５５８位、４１５８０位、４１９８０位、４２０２６位、４２０３９位、４２０５９位、４２３５２位、４２３６５位、４２３７０位、４２３７６位、４２４２８位、４２５８５位、４２７６４位、４３０５１位、４３４１９位、４５９７３位、４６１５１位、４６２２１位、４６６２９位、４６６９７位、４６７２４位、４６８１５位、４８０４６位、４８３６７位、４８４３９位、４８８６４位、４９３１６位、５００７８位、５０２３４位、５０２８７位、または５０７６３位のいずれかの多型部位
（１２’）ＣＯＬ１６Ａ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１１８に記載の塩基配列における１３３５位、１９８０位、２９９１位、３０６０位、３３４７位、３４６３位、３５８２位、４３５５位、５６３９位、５８２５位、６６５４位、１０００１位、１３５７７位、１４４８７位、または１９７６８位のいずれかの多型部位
（１３’）ＣＴＳＢ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１１９に記載の塩基配列における１２０７位、１２１４位、１２４０位、１２５６位、１３５４位、１５３９位、２０４９位、２０５０位、２３０４位、２４２３位、３０６６位、３１９９位、３２９８位、３６０９位、４２８６位、４４９４位、４５６９位、４８５０位、４９６３位、５５９９位、５６０７位、５７６３位、５９５８位、６０６０位、６１１５位、６１４０位、６４６４位、６６０５位、６７０４位、６７４４位、６７５０位、６７５１位、６７９５位、６８１８位、６８６８位、６９８４位、７０６６位、７１３９位、７１４８位、７１７５位、７２３７位、７３０３位、７４０４位、７４５６位、７７０２位、７８７０位、７９１０位、８１９８位、８２８２位、８３５９位、８３８５位、８５１９位、８５２１位、９１５８位、９１６０位、９２１２位、９３１９位、９５８１位、９７４０位、９７５９位、１０００１位、１０２０４位、１０２４４位、１０３０４位、１０３１０位、１０５３９位、１０７３２位、１１０９１位、１１１７０位、１１４４３位、１１８７０位、１１８８９位、１１８９４位、１１９０４位、１２０３６位、１２４５１位、１２６６２位、１２８１３位、１３１２２位、１３２１７位、１３３１２位、１３６６２位、１３６９２位、１４０６０位、１４８０７位、１４８１９位、１５１６３位、１５２３１位、１５４９１位、１５５６５位、１５９２１位、１６０１１位、１６０１９位、１６３３５位、１７３０５位、または１７５０１位のいずれかの多型部位
（１４’）ＩＬ１０ＲＢ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２０に記載の塩基配列における３３８３位、３４５８位、７８２３位、８５１７位、９１７３位、９９２４位、１０００１位、１０４６１位、１０５５６位、１０６６７位、１０６６９位、１０９６５位、１１９３０位、１２３３９位、１２３４１位、１３８９８位、１４３５６位、１４４０６位、１４４０７位、１５２２４位、１５３６４位、１６７７４位、１６９５０位、１９２６５位、１９６５９位、１９６６５位、１９９５０位、２０２６５位、２０７７１位、２０９４８位、２１０８３位、２１９３３位、２１９９１位、２２２４６位、２２２７０位、２３２３８位、２３５９９位、２３８１７位、２３９８９位、２４０６３位、２４１００位、２４３７２位、２４８０８位、２４９９２位、２５１６４位、２５１９１位、２５６４１位、２６７６５位、２７２１２位、２７４９２位、２７７９５位、２８１６１位、２８５５８位、２８８２９位、２８９４８位、２８９７２位、または３００１１位のいずれかの多型部位
（１５’）ＩＬ１Ａ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２１に記載の塩基配列における４６６２位、５５８７位、５８５４位、６２８２位、６６４６位、６７９９位、８１７２位、９１３９位、９９５８位、１０００１位、１０２１６位、１０３７２位、１０４９６位、１１７５３位、１１７８６位、１１９０２位、１１９１５位、１３０５３位、１３３４５位、１４４４４位、１４５３５位、１４６４７位、１４７４０位、１４７６８位、１６４８８位、１７５２３位、１７８３６位、１８９９７位、１９０３０位、１９３８９位、１９４７６位、または１９７４８位のいずれかの多型部位
（１６’）ＩＬ６ＳＴ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２２に記載の塩基配列における１１５位、１１９位、１２３位、１３９位、２５１７位、２８１３位、５７５０位、５７６９位、または１０００１位のいずれかの多型部位
（１７’）ＫＲＴＨＡ２遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２３に記載の塩基配列における１７９６位、１８６７位、１９６４位、４９４２位、５０２０位、５３２３位、５８４１位、６１１３位、６１３２位、６１６４位、６３４７位、６３８０位、７３１６位、７９０５位、８０２５位、８０９５位、８２５２位、８４０５位、８８３８位、８９４０位、８９８５位、９６０６位、９７６３位、９９６４位、９９７９位、９９８０位、１０００１位、１００７２位、１０１０５位、１０３２６位、１０９２０位、１１６１９位、１１７９６位、１２２１７位、１２２１８位、１２６７２位、１２９５４位、１３２７１位、１４０１０位、１４０１１位、１４５０８位、１４５９４位、１４７７１位、１４７７２位、１５０４３位、１５１２６位、１５２１２位、１５２９３位、１５３０９位、１５３１１位、１５５０２位、１９７７３位、１９８３６位、２００７７位、２００８３位、または２０６４１位のいずれかの多型部位
（１８’）ＬＡＭＡ４遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２４に記載の塩基配列における９６４位、３６４５位、５５８１位、５５８７位、５６０９位、５６１０位、６６０５位、６６１６位、６８４３位、６８５０位、６９３１位、７３７０位、１０００１位、１０１０８位、１２３４２位、１２５３６位、１４２７２位、または１６１１６位のいずれかの多型部位
（１９’）ＬＡＭＲ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２５に記載の塩基配列における１３４位、６３８２位、６５１９位、６７０１位、９０３５位、９３６８位、１０００１位、１２２６９位、１２３３７位、１２３５４位、１２３６０位、１３００３位、１３２８８位、１３３９１位、１３８２５位、１３８４１位、１４００６位、１４００７位、２２０５８位、または２２２２３位のいずれかの多型部位
（２０’）ＰＬＯＤ２遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２６に記載の塩基配列における９０２位、９３１位、３２０４位、６６７６位、７６８２位、７６８６位、７６９３位、８８５９位、９１９５位、９５１８位、９９７１位、１０００１位、１００８８位、１００９１位、１１１９５位、１３４２１位、１３４３７位、１３６８６位、１３８０３位、１３９７４位、１４２１７位、１８７０２位、または１９１７９位のいずれかの多型部位
（２１’）ＰＲＧ４遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２７に記載の塩基配列における１３６４位、２２９９位、２４６４位、２４８０位、９６３３位、９８５０位、１０００１位、１１７３０位、１４６６６位、または１５７５９位のいずれかの多型部位
（２２’）ＰＴＧＤＳ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２８に記載の塩基配列における４６２７位、６０３５位、６３３６位、６６４４位、１０００１位、１２７４８位、１２９２０位、１３０１３位、１８４４４位、１８４５７位、１９４３２位、または２０００１位のいずれかの多型部位
（２３’）ＰＴＧＥＲ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１２９に記載の塩基配列における２１１位、２４７位、２６４位、３４１位、８５９位、４９０３位、７２９２位、８６９７位、８７６８位、８８６６位、９２９３位、９４９３位、９５６７位、１０００１位、１０１２８位、１１１５１位、１２２４４位、１２４７４位、１２６３４位、１４７０５位、１６８４１位、１７１４８位、１７７１０位、１７７６０位、１７９６６位、１９７６０位、または１９７９３位のいずれかの多型部位
（２４’）ＰＴＧＦＲ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３０に記載の塩基配列における３９８０位、４４９８位、６５００位、６６８０位、７０２８位、８２７１位、８３５７位、９５７６位、１０００１位、１０３７４位、１０４７０位、１０６４７位、１０７３２位、１０７８９位、１０９８１位、１０９８９位、１１２７８位、１１９２８位、１２５４３位、１３３２６位、１３４５２位、１３４７２位、１３４７２位、１３５６７位、１４１６６位、１４３９０位、１４６０９位、１４６５５位、１５２１４位、１６８４０位、１７１８７位、１７６３９位、１７８８３位、１８８１４位、または１９０９３位のいずれかの多型部位
（２５’）ＴＧＦＢＲ３遺伝子頒域における多型部位であって、配列番号：１３１に記載の塩基配列における９５６位、２５０６位、２５７４位、３６１６位、４７４１位、５２３５位、６２５０位、６６８６位、６９３３位、７０５７位、９１６８位、９３７２位、９４２７位、９４４３位、９５１３位、１０００１位、１００６４位、１０７７８位、１０９２９位、１１１６５位、１１２７０位、１１４０６位、１１８１６位、１１８２９位、１２２７２位、１２８２２位、１２９８４位、１４１１２位、１５４２７位、１６８５０位、１８８８７位、１９１３０位、１９１９４位、１９７５３位、２０５８３位、２２２８２位、２２７４６位、２２９０１位、２３０４９位、２３４９４位、２４７９１位、２５４９８位、２５９７８位、２６０９８位、２６４２４位、２６７４５位、２６７４６位、２６８２１位、２７８６９位、３００４３位、３０１５６位、または３０１６４位のいずれかの多型部位
（２６’）ＴＩＭＰ３遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３２に記載の塩基配列における３４０位、４７５５位、７１３１位、９１５４位、１０００１位、１２３７８位、１６４５５位、１６５７６位、１６７７６位、１８２６２位、１８２７５位、１８４７７位、１９１４９位、１９３１６位、１９３８７位、１９８７６位、１９８８５位、１９８９６位、または１９９５５位のいずれかの多型部位
（２７’）ＴＮＦＡ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３３に記載の塩基配列における２８７位、５１５位、８８９位、３１２７位、３６９９位、５１４５位、５１７８位、５３９７位、５３９８位、５９１０位、６３３５位、６５４５位、６６６７位、６６６８位、６９７１位、７０４１位、７０４２位、７３２９位、７４５６位、７５９３位、７６５７位、７６６１位、７６８４位、８６７９位、８７４８位、９２０８位、９３５４位、９３７６位、９３８２位、９５５３位、９５５５位、９５９１位、９６６４位、９６７１位、９７２０位、９９３１位、９９９５位、１０００１位、１０３０６位、１０３９１位、１０５０５位、１０５７２位、１０６５８位、１０７２７位、１０９２７位、１１０８９位、１１１２５位、１１４０６位、１１４９１位、１１５４２位、１１８１８位、１２２９１位、１２６３３位、１２６６７位、１３３９５位、１３６６２位、１３６８９位、１３７５０位、１３８５４位、１３８８０位、１４０１５位、１４２６７位、１４３２０位、１４３６０位、１４３７４位、１４４１４位、１４５１１位、１４５４７位、１４５８９位、１４６９２位、１４７１９位、１５０９６位、１５２６８位、１５３５１位、１５７５６位、１５７９０位、１６３０７位、１６４５６位、１６７０１位、１７３５２位、１７４３９位、１７４６０位、１７９６６位、１８０９５位、１８４２４位、または１８４３７位のいずれかの多型部位
（２８’）ＡＤＣＹ９遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１７または１８に記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、配列番号：１９または２０に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（２９’）ＧＮＲＨ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：２１または２２に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３０’）ＳＣＡＲＢ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３４に記載の塩基配列における１２０位、１３６位、１６２位、４２７位、５３０位、１３６２位、１３６３位、１４１２位、１５６７位、２３４１位、２６１０位、３５２４位、３９５９位、４２９６位、４９４０位、５４０９位、５８２４位、６５２２位、６５６４位、６７５５位、７６４６位、７７９８位、７８１９位、８０１５位、８１２２位、８８４８位、９０９６位、９４１３位、９４２４位、９４４１位、１０００１位、１１６３９位、１１９８２位、１１９９０位、１２０７７位、１２０９０位、１３７３７位、１３７５５位、１４５５４位、１５０６６位、１５２９２位、１５４５７位、１５６４６位、１５９４３位、１７１１４位、１７２８７位、１７７１４位、１８２９１位、１９４０３位、１９４２５位、２０１４３位、２０４０４位、２０５２２位、２１７２６位、２２９２０位、２３０７１位、２４２７６位、２４３６０位、２５４３４位、２５５３９位、２５７０３位、２５９７１位、２６４３１位、２６７３９位、２６７６０位、２６７６４位、２６９２７位、２８３０８位、２８６１９位、２８７６０位、２９１７９位、２９３２９位、２９５６０位、３０２５１位、３０７３６位、３０９９８位、３１２０７位、３１９２０位、３２２１８位、３７２００位、３７６９２位、４２３２７位、または５０９３５位のいずれかの多型部位
（３１’）ＣＯＬ１Ａ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３５に記載の塩基配列における１０９位、６５４位、７３２位、１７９８位、２７０８位、２９０３位、４０７９位、４２２８位、４２５２位、４７９２位、５１２０位、５３０１位、７４０９位、７６１０位、８３４６位、８３７３位、８６９０位、８８３２位、９０９９位、９７５５位、９７８６位、９８２９位、９９４２位、９９４７位、１０００１位、１００６９位、１０１９６位、１０２３２位、１０５１９位、１０８８３位、１０９７７位、１１０４３位、１１０４５位、１１３１０位、１１６２２位、１１６９７位、１２１８９位、１２４０６位、１２４７５位、１２７０４位、１３６４９位、１４２７１位、１４４３４位、１４５６５位、１５２０３位、１５４１９位、１５４２３位、１５６０６位、１６００１位、１６１７１位、１６２８２位、１６４０６位、１６５８２位、１６７０５位、１６８８３位、１６９６０位、１７８２５位、１８２８７位、１８３６０位、１８４１３位、１８７５６位、１９０３５位、２０１３５位、２０４１９位、２０４４４位、２１２２６位、２１２７１位、２１２８９位、２２６４１位、２２６７８位、２２６９６位、２２７０９位、２２７１９位、２３８９７位、２３９５１位、２４２１５位、２４７１４位、２４７２９位、２４７４３位、２４７６７位、２４７９６位、２５４５５位、２５４７５位、２５４９９位、２５５２９位、２５５３０位、２５９１１位、２６１９９位、２６２０４位、２７３３６位、２７６３５位、２７６３６位、または２７９７０位のいずれかの多型部位
（３２’）ＥＧＦ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３６に記載の塩基配列における５９４４位、９３９２位、９６９６位、１０００１位、１０５１７位、１０７９６位、１１２４０位、１１３３５位、１１４８３位、１１５２６位、１１６２０位、１２０７９位、１３９０７位、１４８９９位、１４９７９位、１５９７３位、１６３６２位、１６８３７位、１７３８１位、２０３３２位、２０４７０位、２０７４９位、２１７４２位、２５０８９位、４３１９９位、４８３２６位、４９０６６位、４９５４３位、５０５２２位、５２２１８位、５４３１７位、５５４４７位、または５７２９７位のいずれかの多型部位
（３３’）ＥＬＮ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３７に記載の塩基配列における１１４２位、２６５７位、２９７５位、３６５０位、３７５１位、３８０３位、５３６７位、５５１９位、１０００１位、１０１２４位、１２４９０位、１３２４５位、１４５０９位、１５４５１位、２０１７８位、２７０３０位、２８５７５位、２８６４３位、３１３５５位、３４０９７位、３４１１０位、または３６６１４位のいずれかの多型部位
（３４’）ＫＲＴ２３遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３８に記載の塩基配列における３４２位、２０２９位、２１１８位、６５００位、６７５２位、８７０９位、８８２３位、１０００１位、１０２７７位、１０７９４位、１０８０５位、１０８１０位、１１４３０位、１１５９７位、１２５２５位、１２８３０位、１４３８８位、１４６４５位、１５０２９位、１５１８６位、１６５６５位、１６８１６位、１７１７６位、２１７９０位、２１８２７位、２１９４７位、２１９６４位、２２６４０位、２２７５２位、２５９００位、２６５０２位、２７６３５位、２７７７７位、２７７９１位、３０６１６位、３０６５０位、または３０９５７位のいずれかの多型部位
（３５’）ＬＡＭＢ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１３９に記載の塩基配列における４８０位、１２３０位、２２２１位、２４１４位、２７８１位、２８７５位、４９９９位、５０５５位、５９０１位、８１０７位、１０００１位、１０１３９位、１０２７５位、１０８９７位、１０９６２位、１１１９０位、１１３９３位、１１９４２位、１２７３４位、１２８４９位、１４８４５位、１５１６５位、１５６９９位、１６５３０位、１８３２３位、または１８３３３位のいずれかの多型部位
（３６’）Ｆ５遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：２３または２４に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３７’）ＦＧＬ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：２５または２６に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３８’）ＬＥＰ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：２７または２８に記載の塩基配列における１５１位の多型部位
（３９’）ＣＯＬ１２Ａ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４０に記載の塩基配列における２１９８位、２６９９位、６５１１位、６７８９位、７５５４位、８４４２位、８７１５位、１０００１位、１１２５４位、１２２８８位、１６００１位、または１７０７７位のいずれかの多型部位
（４０’）ＣＯＬ１７Ａ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４１に記載の塩基配列における９６位、８１３位、８４８位、１０３３位、１４４２位、１５９３位、１８１５位、１９１９位、４０９４位、４２９６位、４３３９位、４７５９位、５６７０位、５８８６位、６５４２位、６７０１位、７８８６位、７９５０位、９１５１位、９７２５位、９８７３位、１０００１位、１００２９位、１０９６９位、１１１６５位、１１２５５位、１４１９５位、１４２４５位、１４５３４位、１４６１５位、１４９７１位、１５１７４位、１６５２０位、１６６６８位、１７０１２位、１９７８４位、２０８７６位、２１７４７位、２２８９３位、２２９５８位、２３０５１位、２３１０６位、２３２３２位、２３２９３位、２４１０６位、２８１９６位、２８６７５位、２９４６４位、３０４８６位、３１９３５位、３２２５５位、３２６２２位、３２７３３位、３３０００位、３３０３７位、３３１２０位、３３２５０位、３３８６２位、３４４８１位、３４６８８位、３４７１２位、３４８３９位、３６９９４位、３７２５９位、３７７５２位、３８２３１位、３８３０１位、３８６６１位、３８９３２位、３９０９０位、３９６３２位、４０９０５位、４２０６５位、４２１２９位、４３７６１位、４４０８５位、４４３２９位、４４７５６位、４５８４８位、４６２７７位、４６４５４位、４９７３８位、４９７７８位、４９９７２位、５４７４４位、５４７９６位、５６４９９位、５７７９９位、５７９１５位、６０５７６位、６１６８８位、６３０２３位、６３８２２位、６３８３４位、または６３８７０位のいずれかの多型部位
（４１’）ＣＯＬ９Ａ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４２に記載の塩基配列における４９８位、５５５位、１３６６位、１６４０位、１７８２位、２５１７位、３１１０位、３２６４位、３６５０位、４２７９位、４５８１位、４６２２位、５θ５６位、５４３１位、５６３５位、６９７３位、７０１８位、７６８７位、８０７１位、８１２８位、８８０３位、８８５２位、８９５４位、９３１０位、１０００１位、１００２４位、１０３８９位、１０４２４位、１０４２６位、１０５６５位、１０６００位、１０８１９位、１１１０１位、１１１７５位、１１６３４位、１２１７２位、１２５８１位、１３０７９位、１３７４０位、１４２６７位、１４７７８位、１４８１８位、１６２０２位、１６５２８位、１６５７８位、１９７８２位、２２９０５位、２３１６４位、２３８１８位、２４１６３位、２４２４４位、２４４８９位、２４８２８位、２４８８２位、２５２７４位、２６３２７位、２６４５１位、２７９５２位、２９５４６位、２９５７２位、２９７３０位、２９７７７位、３２９９２位、３３１１９位、３６３９６位、３６８８４位、３９６２７位、３９７４９位、４１４３９位、４２１５５位、４２４４９位、４３７５９位、４３９９４位、４４７６３位、４５４１２位、４５５００位、４５７０６位、４５７１１位、４５８８６位、４５９０６位、４６０９８位、４６１０６位、４６８２３位、４６８９９位、４６９４６位、４７１８８位、４７２１１位、４７６０８位、４７９６４位、４８００３位、４８２７９位、４８７７４位、４８７９２位、４９１６１位、４９１６７位、４９４９４位、４９６４０位、４９７８７位、４９８４０位、５０３４４位、５０４１６位、５０４１９位、５０４６１位、５０６１９位、５１１５４位、５１３４４位、５１３７９位、５１７１３位、５１９４３位、５２４８６位、５２６２０位、５２６８８位、５３３１９位、５３９６６位、５４７５７位、５７３４３位、５９１７９位、５９４４９位、５９４５９位、５９７６６位、６０２０５位、６０４７０位、６０５９４位、６０６９７位、６１４１１位、６２６２０位、６２７９２位、６２８６０位、６２９５０位、６３９１４位、６４０５５位、６４１２５位、６４５２３位、６４９２９位、６５４５３位、６５７８２位、６６９４６位、６７６３０位、６８１０３位、６８２２９位、６８２３０位、６８３１５位、７００１６位、７０８６７位、７１１３７位、７１８８６位、７２３３１位、７２３５３位、７２５７９位、または７２６１６位のいずれかの多型部位
（４２’）ＣＴＳＤ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４３に記載の塩基配列における８２２位、８２４位、８５３位、８７０位、９６３位、１０３５位、１１６９位、１３０８位、７１４６位、７７０９位、７７２８位、７７４１位、７７８０位、７８０５位、７８４３位、７８４４位、７８８８位、７９４１位、７９６５位、８０６０位、８３３５位、９９４８位、１０００１位、１１９９０位、１２３４２位、１２８０７位、１６２６３位、または１６７６８位のいずれかの多型部位
（４３’）ＣＴＳＧ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４４に記載の塩基配列における７５７位、９８４位、１３６０位、２０９２位、８９８０位、１０００１位、１０６２４位、１１０４２位、または１５９５３位のいずれかの多型部位
（４４’）ＥＧＦＲ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４５に記載の塩基配列における７５位、２８００位、３０１０位、３９５７位、４６２７位、４７２２位、４８２５位、４８８１位、５２５３位、７３１９位、８０８７位、８３９６位、８８３４位、９１００位、９１０５位、９８２６位、９８３５位、１０００１位、１００７０位、１０５９８位、１０６１８位、１０６３１位、１０６４２位、１０７１８位、１１３２９位、１１６１５位、１２０９８位、１３２５６位、１３２７９位、１５４５８位、１７４２２位、１８６３５位、１９９２０位、２３２３３位、２３７１０位、２４０５０位、２４７５１位、２５４１７位、２６２０９位、２６４４１位、２８８２６位、２９２５５位、２９２９６位、３０１１９位、３１３７７位、３１５１２位、３１６９９位、３２７７５位、３２８２５位、３３３０３位、３３３８７位、３３４３７位、３３５７３位、３４６８０位、３６１４５位、３６３７１位、３６５７３位、３６５９７位、３６６８３位、３６７５９位、３６７６３位、３６７８７位、３７０３８位、３９３１７位、３９９７０位、４２６９７位、４３６３０位、または４３６３８位のいずれかの多型部位
（４５’）ＦＧＦ１２遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４６に記載の塩基配列における３１９位、２５３０位、６２７２位、７９３７位、８２０５位、１０００１位、１１２７４位、１３４０２位、１４４７６位、１４８０１位、１４８５２位、１７８８２位、１８２１７位、１８５２２位、１８６７４位、１８８１２位、または１８９８９位のいずれかの多型部位
（４６’）ＦＵＴ１遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４７に記載の塩基配列における２２２位、２４６５位、２４６６位、４６２４位、５１１２位、６２９８位、６９７６位、８４８５位、９４５７位、９９４５位、１０００１位、１０３９７位、１０８２１位、１０９４４位、１１５０７位、１１６３５位、１１９６３位、１２７５０位、１２８１９位、１４６３４位、１４７０９位、１５９８５位、１６９６８位、１７１２４位、１７３１２位、１７５６７位、１７６２１位、１７７７５位、１８１３７位、１８２２５位、１８３４７位、１８８７９位、１８９２３位、１９２８４位、１９６０９位、１９７１４位、１９７５３位、または１９７５４位のいずれかの多型部位
（４７’）ＨＳＰＧ２遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４８に記載の塩基配列における３８３１位、３８８２位、３９２５位、３９２８位、４０１０位、４１９７位、４５４５位、４７０１位、４８８０位、４９４９位、１０００１位、１２１５１位、１３１３４位、１５７３７位、１６２８９位、１６３１８位、２０９１５位、２１００１位、２２７９９位、２２８００位、２３００２位、２５８４２位、２９４４０位、３１３３１位、３１３４７位、３１８４５位、３１９７３位、３３９２５位、３７１８７位、３８７５３位、４０４７４位、４０４９３位、４４４６１位、４５８４０位、４６０４５位、４６４６８位、または４８６２７位のいずれかの多型部位
（４８’）ＬＡＭＡ２遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１４９に記載の塩基配列における３７２８位、５０３３位、５７７０位、９８０３位、１０００１位、１００７１位、１５３６８位、１６１７４位、１６３７９位、１６５８４位、または１９６２３位のいずれかの多型部位
（４９’）ＰＬＯＤ遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１５０に記載の塩基配列における８６９位、１０４８位、１１０３位、５０９２位、５３３３位、５７９５位、６３２８位、６４５５位、６４８９位、６６１６位、８０６１位、１０００１位、１２６１８位、１２７４６位、１５８８２位、１５９７０位、１６９６１位、１７７４６位、１７７５１位、１８００４位、２２９４５位、２４７９６位、２９６２２位、２９８７７位、３０５８０位、３１５００位、３２３９７位、３２４０６位、３２５２８位、３３００４位、３３０５６位、３３０７１位、または３３１２７位のいずれかの多型部位
（５０’）ＰＴＧＥＲ２遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１５１に記載の塩基配列における３６０位、３１５１位、４３２１位、６８０４位、８０６９位、８９３１位、９０９４位、９１１１位、９７８９位、１０００１位、１０７１５位、１０７２０位、１０９０９位、１１１０７位、１１３１８位、１１５５７位、１１６５１位、１１７９７位、１４８１９位、１４８２５位、１５０５７位、１５８６２位、１８３９０位、１８４９４位、１８７６９位、１８８４１位、１８９２８位、１９２１５位、１９２７３位、１９５１６位、１９５９８位、２０００７位、２０２０３位、２０２５４位、２０３２４位、２１３０２位、２１４９６位、２１５３６位、２１７５２位、２２９５６位、２３７３２位、２３７５５位、２３８３９位、２３９２３位、２４２６８位、２４６９０位、２４８３７位、２５５５６位、２６０２４位、２６５０９位、２６７０３位、２７３０２位、２８２５７位、２８４７３位、２８７２２位、２８８５５位、２９４０９位、３０１６７位、３１９４３位、３４１５９位、３４７５１位、３５９５４位、３６２９０位、３６３８４位、または３６４８７位のいずれかの多型部位
（５１’）ＰＴＧＥＲ３遺伝子領域における多型部位であって、配列番号：１５２に記載の塩基配列における４３１位、１６２５位、１７１０位、１８１３位、２７５７位、４８２２位、７８０９位、８４３５位、９５１８位、９８２７位、１０００１位、１００２２位、１１５８２位、１２１５６位、１２３７９位、１２７００位、１２９９９位、１３６４９位、１３７２６位、１４２２４位、１５７７０位、１５７７３位、１５８７９位、１６２４２位、１７７５９位、１９５１４位、１９７４３位、２０００５位、２０１３３位、２０４２５位、２０６０９位、２１３５０位、２１３５８位、２１９７５位、２２９１６位、２３２７９位、２３２８３位、２３４７５位、２５４６４位、２５７１５位、２５９４１位、２５９９５位、２６２２９位、２６３００位、２６３８５位、２６４０８位、２６６５７位、２７２５０位、２７３４７位、２７４０７位、２７６１３位、２７６１３位、２７８９２位、２８３４８位、２８６４８位、２８９８９位、２９１６１位、２９３９２位、２９６１１位、３０４０７位、３０７０３位、３０７７７位、３１０５１位、３１７３５位、３２０３７位、３２２２５位、３２２３９位、３２３８８位、３４３４９位、３７６１０位、３８２２５位、３８３９３位、４１４２０位、４２１１６位、４２３０６位、４８２０４位、４８４６４位、４８５５０位、４８６５６位、５１７１０位、５１７５１位、５２７７４位、５２８４１位、５３０７７位、５５０３９位、５５２０８位、５７０４９位、５７３４５位、５８０４０位、５８１４０位、５８３２１位、５８３５３位、５８９０５位、５８９６８位、５９２６９位、５９７０４位、５９８０９位、６００２０位、６００３０位、６０１２８位、６０１３０位、６０５７０位、６０５７３位、６０５７５位、６０６２０位、６０６３８位、６０６５６位、６０７９７位、６０８６８位、６１０９９位、６１１２３位、６１８５０位、６１８６９位、６３５４３位、６３９０７位、６４３０８位、６４３０８位、６５７２２位、６５７４３位、６６１３１位、６６８８５位、６７１６２位、６７２０９位、６７８２５位、６８２９４位、６８３１７位、６８５５７位、６８６７２位、６８９１３位、６９０９１位、６９２１２位、６９３６９位、６９４２６位、６９４６０位、６９６４０位、６９９６０位、７００３０位、７０３７３位、７０６２０位、７０６４３位、７０６５１位、７０６６５位、７０７４９位、７０８７２位、７１０４８位、７１０７０位、７２２４８位、７２５１０位、７２５３７位、７２６７１位、７２６９６位、７２７５４位、７３２３２位、７３３８０位、７３４００位、７３５４５位、７３５９４位、７４０７２位、７４８６４位、または７６９５０位のいずれかの多型部位
（５２’）（１’）〜（５１’）のいずれかに記載の多型部位を有する鎖の相補鎖における多型部位
なお、本発明において、「いずれかの多型部位」とは、少なくとも一つの多型部位を意味する。すなわち、本発明の検査方法または検査試薬では標的遺伝子における上記多型部位の全てを対象としてもよいし、そのうちの一つを対象としてもよい。
本発明においては、健常人の（１）〜（８）、（２８）、（２９）、（３６）、（３７）、および（３８）のいずれかの領域の塩基配列を、それぞれ、配列番号：１〜２８における奇数番号に記載する。また、易罹患性を示す多型を有する領域の塩基配列の例を、それぞれ、配列番号：１〜２８における偶数番号に記載する。
また、（９）〜（２７）、（３０）〜（３５）、（３９）〜（５０）、および（５１）のいずれかの領域の塩基配列を、それぞれ、配列番号：１１５〜１５２に記載する。
本発明において、多型の検出は、当業者に周知の方法で行なうことができる。例えば、多型部位における塩基種を決定することで行うことができるが、この方法に限定されるものではない。
以下、本発明の検査方法の好ましい態様を記載するが、本発明の方法はそれらの方法に限定されるものではない。
本発明において、多型を検出する方法としては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。次いで、調製したＤＮＡ試料を制限酵素により切断する。次いで、ＤＮＡ断片をその大きさに応じて分離する。次いで、検出されたＤＮＡ断片の大きさを、対照と比較する。また、他の一つの態様においては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを増幅する。さらに、増幅したＤＮＡを制限酵素により切断する。次いで、ＤＮＡ断片をその大きさに応じて分離する。次いで、検出されたＤＮＡ断片の大きさを、対照と比較する。
このような方法としては、例えば、制限酵素断片長多型（Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  Ｆｒａｇｍｅｎｔ  Ｌｅｎｇｔｈ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ／ＲＦＬＰ）を利用した方法やＰＣＲ−ＲＦＬＰ法等が挙げられる。具体的には、制限酵素の認識部位に変異が存在する場合、あるいは制限酵素処理によって生じるＤＮＡ断片内に塩基挿入または欠失がある場合、制限酵素処理後に生じる断片の大きさが対照と比較して変化する。この変異を含む部分をＰＣＲ法によって増幅し、それぞれの制限酵素で処理することによって、これらの変異を電気泳動後のバンドの移動度の差として検出することができる。あるいは、染色体ＤＮＡをこれらの制限酵素によって処理し、電気泳動した後、本発明のプローブＤＮＡを用いてサザンブロッティングを行うことにより、変異の有無を検出することができる。用いられる制限酵素は、それぞれの変異に応じて適宜選択することができる。この方法では、ゲノムＤＮＡ以外にも被検者から調製したＲＮＡを逆転写酵素でｃＤＮＡにし、これをそのまま制限酵素で切断した後、サザンブロッティングを行うことも可能である。また、このｃＤＮＡを鋳型としてＰＣＲで上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを増幅し、それを制限酵素で切断した後、移動度の差を調べることも可能である。
さらに別の方法においては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを増幅する。さらに、増幅したＤＮＡを一本鎖ＤＮＡに解離させる。次いで、解離させた一本鎖ＤＮＡを非変性ゲル上で分離する。分離した一本鎖ＤＮＡのゲル上での移動度を対照と比較する。
該方法としては、例えばＰＣＲ−ＳＳＣＰ（ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄ  ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ、一本鎖高次構造多型）法（Ｃｌｏｎｉｎｇ  ａｎｄ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ−ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄ  ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ａｎｏｎｙｍｏｕｓ  Ａｌｕ  ｒｅｐｅａｔｓ  ｏｎ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １１．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．１９９２  Ｊａｎ  １；１２（１）：１３９−１４６．、Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐ５３  ｇｅｎｅ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｂｒａｉｎ  ｔｕｍｏｒｓ  ｂｙ  ｓｉｎｇｌｅ−ｓｔｒａｎｄ  ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ  ｐｒｏｄｕｃｔｓ．Ｏｎｃｏｇｅｎｅ．１９９１  Ａｕｇ  １；６（８）：１３１３−１３１８．、Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ−ｂａｓｅｄ  ＰＣＲ−ＳＳＣＰ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｗｉｔｈ  ｐｏｓｔｌａｂｅｌｉｎｇ．、ＰＣＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ａｐｐｌ．１９９５  Ａｐｒ  １；４（５）：２７５−２８２．）が挙げられる。この方法は操作が比較的簡便であり、また被検試料の量も少なくて済む等の利点を有するため、特に多数のＤＮＡ試料をスクリーニングするのに好適である。その原理は次の通りである。二本鎖ＤＮＡ断片を一本鎖に解離すると、各鎖はその塩基配列に依存した独自の高次構造を形成する。この解離したＤＮＡ鎖を、変性剤を含まないポリアクリルアミドゲル中で電気泳動すると、それぞれの高次構造の差に応じて、相補的な同じ鎖長の一本鎖ＤＮＡが異なる位置に移動する。一塩基の置換によってもこの一本鎖ＤＮＡの高次構造は変化し、ポリアクリルアミドゲル電気泳動において異なる移動度を示す。従って、この移動度の変化を検出することによりＤＮＡ断片に点突然変異や欠失、あるいは挿入等による変異の存在を検出することができる。
具体的には、まず、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡをＰＣＲ法等によって増幅する。増幅される範囲としては、通常２００〜４００ｂｐ程度の長さが好ましい。ＰＣＲは、当業者においては反応条件等を適宜選択して行うことができる。ＰＣＲの際に、３２Ｐ等のアイソトープ、蛍光色素、またはビオチン等によって標識したプライマーを用いることにより、増幅ＤＮＡ産物を標識することができる。あるいはＰＣＲ反応液に３２Ｐ等のアイソトープ、蛍光色素、またはビオチン等によって標識された基質塩基を加えてＰＣＲを行うことにより、増幅ＤＮＡ産物を標識することも可能である。さらに、ＰＣＲ反応後にクレノウ酵素等を用いて、３２Ｐ等のアイソトープ、蛍光色素、またはビオチン等によって標識された基質塩基を、増幅ＤＮＡ断片に付加することによっても標識を行うことができる。こうして得られた標識ＤＮＡ断片を、熱を加えること等により変性させ、尿素などの変性剤を含まないポリアクリルアミドゲルによって電気泳動を行う。この際、ポリアクリルアミドゲルに適量（５〜１０％程度）のグリセロールを添加することにより、ＤＮＡ断片の分離の条件を改善することができる。また、泳動条件は各ＤＮＡ断片の性質により変動するが、通常、室温（２０〜２５℃）で行い、好ましい分離が得られないときには４から３０℃までの温度で最適の移動度を与える温度の検討を行う。電気泳動後、ＤＮＡ断片の移動度を、Ｘ線フィルムを用いたオートラジオグラフィーや、蛍光を検出するスキャナー等で検出し、解析を行う。移動度に差があるバンドが検出された場合、このバンドを直接ゲルから切り出し、ＰＣＲによって再度増幅し、それを直接シークエンシングすることにより、変異の存在を確認することができる。また、標識したＤＮＡを使わない場合においても、電気泳動後のゲルをエチジウムブロマイドや銀染色法などによって染色することによって、バンドを検出することができる。
さらに別の方法においては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを増幅する。さらに、増幅したＤＮＡを、ＤＮＡ変性剤の濃度が次第に高まるゲル上で分離する。次いで、分離したＤＮＡのゲル上での移動度を対照と比較する。
このような方法としては、例えば、変性剤濃度勾配ゲル（ｄｅｎａｔｕｒａｎｔ  ｇｒａｄｉｅｎｔ  ｇｅｌ  ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ：ＤＧＧＥ法）等を例示することができる。ＤＧＧＥ法は、変性剤の濃度勾配のあるポリアクリルアミドゲル中で、ＤＮＡ断片の混合物を泳動し、それぞれの不安定性の違いによってＤＮＡ断片を分離する方法である。ミスマッチのある不安定なＤＮＡ断片が、ゲル中のある変性剤濃度の部分まで移動すると、ミスマッチ周辺のＤＮＡ配列はその不安定さのために、部分的に１本鎖へと解離する。この部分的に解離したＤＮＡ断片の移動度は、非常に遅くなり、解離部分のない完全な二本鎖ＤＮＡの移動度と差がつくことから、両者を分離することができる。具体的には、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを本発明のプライマー等を用いたＰＣＲ法等によって増幅し、これを尿素などの変性剤の濃度が移動するに従って徐々に高くなっているポリアクリルアミドゲル中で電気泳動し、対照と比較する。変異が存在するＤＮＡ断片の場合、より低い変性剤濃度位置でＤＮＡ断片が一本鎖になり、極端に移動速度が遅くなるため、この移動度の差を検出することにより変異の有無を検出することができる。
また、本発明においては、多型部位の塩基種を決定することによっても多型を検出することができる。
例えば、被検者からＤＮＡ試料を調製する。ＤＮＡ試料は、例えば被検者の血液、皮膚、だ液、口腔粘膜、毛髪、手術または検査により採取あるいは切除した組織または細胞から抽出した染色体ＤＮＡ、あるいはＲＮＡを基に調製することができる。
本方法においては、次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを単離する。該ＤＮＡの単離は、例えば、それぞれの遺伝子領域の多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズするプライマーを用いて、染色体ＤＮＡ、あるいはＲＮＡを鋳型としたＰＣＲ等によって行うことができる。
本方法においては、次いで、単離したＤＮＡの塩基配列を決定する。単離したＤＮＡの塩基配列の決定は、当業者に公知の方法で行うことができる。
本方法においては、次いで、決定したＤＮＡの塩基配列を、対照と比較する。本発明において、対照とは、配列番号：１〜２８、および、配列番号：８５〜１５４のいずれかに記載の塩基配列を含むＤＮＡをいう。
本発明の検査方法は、上記の如く被検者由来のＤＮＡの塩基配列を直接決定する方法以外に、多型の検出が可能な種々の方法によって行うことができる。
別の方法においては、まず、被検者から調製した上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡ、および、ヌクレオチドプローブが固定された固相、を提供する。
本発明において「固相」とは、ヌクレオチドプローブを固定することが可能な板状の材料を意味する。本発明においてヌクレオチドには、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドが含まれる。本発明の固相は、ヌクレオチドプローブを固定することができれば特に制限はないが、一般にＤＮＡアレイ技術で使用される固相を好適に用いることができる。一般にＤＮＡアレイは、高密度に固相にプリントされた何千ものヌクレオチドで構成されている。通常これらのＤＮＡは非透過性（ｎｏｎ−ｐｏｒｏｕｓ）の固相の表層にプリントされる。固相の表層は、一般的にはガラスであるが、透過性（ｐｏｒｏｕｓ）の膜、例えばニトロセルロースメンブレムを使用することができる。
本発明において、ヌクレオチドの固定（アレイ）方法として、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社開発によるオリゴヌクレオチドを基本としたアレイが例示できる。オリゴヌクレオチドのアレイにおいて、オリゴヌクレオチドは通常ｉｎ  ｖｉｔｒｏで合成される。例えば、ｐｈｏｔｏｌｉｔｈｏｇｒａｐｈｉｃの技術（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）、および化学物質を固定させるためのインクジェット（Ｒｏｓｅｔｔａ  Ｉｎｐｈａｒｍａｔｉｃｓ社）技術等によるオリゴヌクレオチドの合成法が既に知られており、いずれの技術も本発明の基板の作製に利用することができる。
固相に固定するヌクレオチドプローブは、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型を検出することができるものであれば、特に制限されない。即ち該プローブは、例えば、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズするようなプローブである。特異的なハイブリダイズが可能であれば、ヌクレオチドプローブは、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡに対し、完全に相補的である必要はない。本発明において固相に結合させるヌクレオチドプローブの長さは、オリゴヌクレオチドを固定する場合は、通常１０〜１００ベースであり、好ましくは１０〜５０ベースであり、さらに好ましくは１５〜２５ベースである。更に、クロスハイブリダイゼーション（非特異的ハイブリダイゼーション）による誤差を避けるために、ミスマッチ（ＭＭ）プローブを用いることもできる。ミスマッチプローブは、標的塩基配列と完全に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドとのペアを構成している。ミスマッチプローブに対して、完全に相補的な塩基配列からなるオリゴヌクレオチドはパーフェクトマッチ（ＰＭ）プローブと呼ばれる。データ解析の過程で、ミスマッチプローブで観察されたシグナルを消去することによって、クロスハイブリダイゼーションの影響を小さくすることができる。
本方法においては、次いで、該ＤＮＡと該固相を接触させる。この過程により、上記ヌクレオチドプローブに対し、ＤＮＡをハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーションの反応液および反応条件は、固相に固定するヌクレオチドプローブの長さ等の諸要因により変動しうるが、一般的に当業者に周知の方法により行うことができる。
本方法においては、次いで、該ＤＮＡと該固相に固定されたヌクレオチドプローブとのハイブリダイズの強度を検出する。この検出は、例えば、蛍光シグナルをスキャナー等によって読み取ることによって行うことができる。尚、ＤＮＡアレイにおいては、一般的にスライドガラスに固定したＤＮＡをプローブといい、一方溶液中のラベルしたＤＮＡをターゲットという。従って、固相に固定された上記ヌクレオチドを、本明細書においてヌクレオチドプローブと記載する。本方法においては、さらに、検出したハイブリダイズの強度を対照と比較する。
このような方法としては、例えば、ＤＮＡアレイ法（細胞工学別冊「ＤＮＡマイクロアレイと最新ＰＣＲ法」，秀潤社，２０００．４／２０発行，ｐ９７−１０３「オリゴＤＮＡチップによるＳＮＰの解析」，梶江慎一）等が挙げられる。
さらに別の方法においては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。また、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基の１塩基３’側の塩基から３’側の塩基配列に相補的な配列を有するプライマーを調製する。次いで、該ＤＮＡを鋳型とし、該プライマーを用いて、プライマー伸長反応を行う。次いで、プライマー伸長反応産物を質量分析機にかけ、質量測定を行う。次いで、質量測定の結果から遺伝子型を決定する。次いで、決定した遺伝子型を対照と比較する。
このような方法としては、例えば、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法（ＳＮＰ遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、ｐ１０６−１１７、Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ（２０００）：１８：７７−８４）等が挙げられる。具体的には、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。この際、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡをＰＣＲなどを使用して増幅することで調製することが好ましい。次いで、ＰＣＲ産物を鋳型として、ジェノタイピングプライマー（上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基の１塩基３’側の塩基から３’側の塩基配列に相補的な配列を有するプライマー）のｄｄＮＴＰプライマー伸長反応を行う。この反応に用いるＰＣＲ産物は、ＰＣＲプライマーを除去するための精製が行われていることが好ましい。ジェノタイピングプライマーは、通常、１５ｂｐ以上の長さを有する。プライマー伸長反応においては、通常、ＰＣＲ産物に対して１０倍以上の過剰のジェノタイピングプライマーを加えるが、これに制限されるものではない。サーマルサイクルの条件は適宜選択しうるが、ジェノタイピングプライマーのうち３０〜６０％程度が伸長する条件が好ましい。例えば、９４℃と３７℃の２温度間で２５回程度行うことで適当な伸長効率を得ることができる。次いで、プライマー伸長反応産物のＭＡＬＤＩプレートへのスポットを行い、次いで、質量測定を行う（マススペクトログラムを作成する）。次いで、マススペクトログラム解析から遺伝子型を決定し、対照と比較する。
さらに別の方法においては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズする、レポーター蛍光およびクエンチャー蛍光が標識されたヌクレオチドプローブを調製する。次いで、該ＤＮＡに、該ヌクレオチドプローブをハイブリダイズさせる。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを増幅する。次いで、レポーター蛍光の発光を検出する。次いで、検出したレポーター蛍光の発光を対照と比較する。
上記方法としては、ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ法（ＳＮＰ遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、ｐ９４−１０５、Ｇｅｎｅｔ  Ａｎａｌ．（１９９９）１４：１４３−１４９）等を挙げることができる。具体的には、上記（Ａ）〜（Ｎ）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズするヌクレオチドプローブの５’末端にレポーター蛍光を標識する。本発明において、レポーター蛍光としては、ＦＡＭやＶＩＣなどが例示できるが、これらに限定されない。さらに、上記プローブの３’末端にクエンチャー蛍光を標識する。本発明において、クエンチャー蛍光としては、レポーター蛍光を消光できる物質であれば特に制限されない。次いで、レポーター蛍光およびクエンチャー蛍光が標識されたヌクレオチドプローブを、被検者から調製したＤＮＡにハイブリダイズさせる。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを、５’ヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼを用いて増幅する。その結果、レポーター蛍光とクエンチャー蛍光を標識したヌクレオチドプローブのレポーター蛍光標識部分が切断され、レポーター蛍光が遊離する。本発明において、５’ヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼとしては、好適にはＴａｑＤＮＡポリメラーゼが例示できるが、これに限定されるものではない。本方法においては、次いで、遊離したレポーター蛍光を検出し、さらに、該レポーター蛍光の発光を対照と比較する。なお、本方法においては、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基が正常型である場合と変異型である場合で異なるレポーター蛍光を標識した２種類のヌクレオチドプローブを用いることで、１回の反応でタイピングすることが可能である。
さらに別の方法においては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基から５’側の塩基配列と相補的な配列および該塩基の１塩基３’側の塩基から３’側の塩基配列とハイブリダイズしない配列（フラップ）を有するヌクレオチドプローブを調製する。また、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基に対応する塩基（任意の塩基）が３’末端であり、該多型部位の塩基の１塩基３’側の塩基から３’側の塩基配列と相補的な配列を有するヌクレオチドプローブを調製する。次いで、調製したＤＮＡに、上記２種類のヌクレオチドプローブをハイブリダイズさせる。次いで、ハイブリダイズしたＤＮＡを一本鎖ＤＮＡ切断酵素で切断し、フラップを遊離させる。本発明において、一本鎖ＤＮＡ切断酵素としては、特に制限はなく、例えば下記のｃｌｅａｖａｓｅが例示できる。本方法においては、次いで、フラップと相補的な配列を有するヌクレオチドプローブであって、レポーター蛍光およびクエンチャー蛍光が標識されたヌクレオチドプローブをフラップにハイブリダイズさせる。次いで、発生する蛍光の強度を測定する。次いで、測定した蛍光の強度を対照と比較する。
上記方法としては、例えば、Ｉｎｖａｄｅｒ法（ＳＮＰ遺伝子多型の戦略、松原謙一・榊佳之、中山書店、ｐ９４−１０５、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２０００）１０：３３０−３４３）等が挙げられる。具体的には、まず、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基から５’側の塩基配列と相補的な配列および該塩基の１塩基３’側の塩基から３’側の塩基配列とハイブリダイズしない配列（フラップ）を有するヌクレオチドプローブ（プローブＡ）を合成する。また、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基に対応する塩基（任意の塩基）が３’末端であり、該多型部位の塩基の１塩基３’側の塩基から３’側の塩基配列と相補的な配列を有するヌクレオチドプローブ（プローブＢ）を合成する。次いで、これらプローブを調製した鋳型ＤＮＡにハイブリダイズさせる。この際、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基に対応するプローブＢの塩基（任意の塩基）が鋳型ＤＮＡとプローブＡとの間に侵入する。この侵入部位を認識して、該部位に対応するプローブＡの塩基と該塩基の１塩基３’側の塩基の間を切断するエンドヌクレアーゼ（ｃｌｅａｖａｓｅ）を用いてハイブリダイズしたＤＮＡを切断する。これにより、フラップ部分が遊離する。次いで、遊離したフラップ部分と、フラップと相補的な配列を有するヌクレオチドプローブであって、レポーター蛍光およびクエンチャー蛍光が標識されたヌクレオチドプローブ（検出用プローブ）をハイブリダイズさせる。該検出用プローブは、一般的にｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｒｅｓｏｎａｎｃｅ  ｅｎｅｒｇｙ  ｔｒａｎｓｆｅｒ（ＦＲＥＴ）プローブとよばれる。該プローブにおいて、５’側は自身で相補的に結合できる。また、３’側はフラップと相補的な配列を有している。また、自身で相補的に結合できる５’側において、５’末端にはレポーター蛍光が標識され、該５’末端の３’側にはクエンチャー蛍光が標識されている。遊離したフラップの３’末端の塩基が、ＦＲＥＴプローブにハイブリダイズする結果、該プローブのレポーター蛍光が標識された相補結合部位に侵入することで、ｃｌｅａｖａｓｅが認識する構造が生成される。本方法においては、ｃｌｅａｖａｓｅによるレポーター蛍光標識部分の切断によって遊離したレポーター蛍光を検出し、さらに、測定した蛍光の強度を対照と比較する。
さらに別の方法においては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを増幅する。次いで、増幅したＤＮＡを一本鎖に解離させる。次いで、解離させた一本鎖ＤＮＡのうち、片鎖のみを分離する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基の近傍より１塩基ずつ伸長反応を行い、その際に生成されるピロリン酸を酵素的に発光させ、発光の強度を測定する。次いで、測定した蛍光の強度を対照と比較する。このような方法としては、例えば、Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法（Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．（２０００）１０：１０３−１１０）等が挙げられる。
さらに別の方法においては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを増幅する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基の１塩基３’側の塩基から３’側の塩基配列に相補的な配列を有するプライマーを調製する。次いで、蛍光ラベルしたヌクレオチド存在下で、増幅したＤＮＡを鋳型とし、調製したプライマーを用いて一塩基伸長反応を行う。次いで、蛍光の偏光度を測定する。次いで、測定した蛍光の偏光度を対照と比較する。このような方法としては、例えば、ＡｃｙｃｌｏＰｒｉｍｅ法（Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（１９９９）９：４９２−４９８）等が挙げられる。
さらに別の方法においては、まず、被検者からＤＮＡ試料を調製する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを増幅する。次いで、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位の塩基の１塩基３’側の塩基から３’側の塩基配列に相補的な配列を有するプライマーを調製する。次いで、蛍光ラベルしたヌクレオチド存在下で、増幅したＤＮＡを鋳型とし、調製したプライマーを用いて、一塩基伸長反応を行う。次いで、一塩基伸長反応に使われた塩基種を判定する。次いで、判定された塩基種を対照と比較する。このような方法として、例えば、ＳＮｕＰＥ法（Ｒａｐｉｄ  Ｖｏｍｍｕｎ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．（２０００）１４：９５０−９５９）等が挙げられる。
また、ＰＣＲ法を利用した更に高速な塩基種の決定が可能な方法も報告されている。例えば、ＩＩｓ型制限酵素を利用して多型部位の塩基種の決定が行われている。この方法においては、ＰＣＲにあたり、ＩＩｓ型制限酵素の認識配列を有するプライマーが用いられる。遺伝子組み換えに利用される一般的な制限酵素（ＩＩ型）は、特定の塩基配列を認識して、その塩基配列中の特定部位を切断する。これに対してＩＩｓ型の制限酵素は、特定の塩基配列を認識して、認識塩基配列から離れた部位を切断する。酵素によって、認識配列と切断個所の間の塩基数は決まっている。従って、この塩基数の分だけ離れた位置にＩＩｓ型制限酵素の認識配列を含むプライマーがアニールするようにすれば、ＩＩｓ型制限酵素によってちょうど多型部位で増幅産物を切断することができる。
ＩＩｓ型制限酵素で切断された増幅産物の末端には、ＳＮＰｓの塩基を含む付着末端（ｃｏｎｈｅｓｉｖｅ  ｅｎｄ）が形成される。ここで、増幅産物の付着末端に対応する塩基配列からなるアダプターをライゲーションする。アダプターは、多型変異に対応する塩基を含む異なる塩基配列からなり、それぞれ異なる蛍光色素で標識しておくことができる。最終的に、増幅産物は多型部位の塩基に対応する蛍光色素で標識される。
前記ＩＩｓ型制限酵素認識配列を含むプライマーに、捕捉プライマー（ｃａｐｔｕｒｅ  ｐｒｉｍｅｒ）を組み合せてＰＣＲ法を行えば、増幅産物は蛍光標識されるとともに、捕捉プライマーを利用して固相化することができる。例えばビオチン標識プライマーを捕捉プライマーとして用いれば、増幅産物はアビジン結合ビーズに捕捉することができる。こうして捕捉された増幅産物の蛍光色素を追跡することにより、塩基種を決定することができる。
また、複数のアレルを単一の反応系で並行して解析することができる技術も公知である。複数のアレルを並行して解析することは、多重化と呼ばれている。一般に蛍光シグナルを利用したタイピング方法では、多重化のために異なる蛍光波長を有する蛍光成分が必要である。しかし実際の解析に利用することができる蛍光成分は、それほど多くない。これに対して、樹脂等に複数種の蛍光成分を混合した場合には、限られた種類の蛍光成分であっても、相互に識別可能な多様な蛍光シグナルを得ることができる。更に、樹脂中に磁気で吸着される成分を加えれば蛍光を発するとともに、磁気によって分離可能なビーズとすることができる。このような磁気蛍光ビーズを利用した、多重化多型タイピングが考え出された（バイオサイエンスとバイオインダストリー，Ｖｏｌ．６０  Ｎｏ．１２，８２１−８２４）。
磁気蛍光ビーズを利用した多重化多型タイピングにおいては、各アレルの多型部位に相補的な塩基を末端に有するプローブが磁気蛍光ビーズに固定化される。各アレルにそれぞれ固有の蛍光シグナルを有する磁気蛍光ビーズが対応するように、両者は組み合せられる。一方、磁気蛍光ビーズに固定されたプローブが相補配列にハイブリダイズしたときに、当該アレル上で隣接する領域に相補的な塩基配列を有する蛍光標識オリゴＤＮＡを調製する。
アレルを含む領域を非対称ＰＣＲによって増幅し、上記の磁気蛍光ビーズ固定化プローブと蛍光標識オリゴＤＮＡをハイブリダイズさせ、更に両者をライゲーションする。磁気蛍光ビーズ固定化プローブの末端が、多型部位の塩基に相補的な塩基配列であった場合には効率的にライゲーションされる。逆にもしも多型のために末端の塩基が異なれば、両者のライゲーション効率は低下する。その結果、各磁気蛍光ビーズには、試料が当該磁気蛍光ビーズに相補的な塩基種であった場合に限り、蛍光標識オリゴＤＮＡが結合する。
磁気によって磁気蛍光ビーズを回収し、更に各磁気蛍光ビーズ上の蛍光標識オリゴＤＮＡの存在を検出することにより、塩基種が決定される。磁気蛍光ビーズは、フローサイトメーターでビーズ毎に蛍光シグナルを解析できるので、多種類の磁気蛍光ビーズが混合されていてもシグナルの分離は容易である。つまり、多種類の多型部位について、単一の反応容器で並行して解析する「多重化」が達成される。
また、ＲＣＡ法も利用できる。鎖置換作用を有するＤＮＡポリメラーゼが、環状の１本鎖ＤＮＡを鋳型として長い相補鎖を合成する反応に基づくＤＮＡの増幅方法が、Ｒｏｌｌｉｎｇ  Ｃｉｒｃｌｅ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ（ＲＣＡ）法である（Ｌｉｚａｒｄｒｉ  ＰＭ  ｅｔ  ａｌ，，Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １９，２２５，１９９８）。ＲＣＡ法においては、環状ＤＮＡにアニールして相補鎖合成を開始するプライマーと、このプライマーによって生成する長い相補鎖にアニールする第２のプライマーを利用して、増幅反応を構成している。
ＲＣＡ法には、鎖置換作用を有するＤＮＡポリメラーゼが利用されている。そのため、相補鎖合成によって２本鎖となった部分は、より５’側にアニールした別のプライマーから開始した相補鎖合成反応によって置換される。例えば、環状ＤＮＡを鋳型とする相補鎖合成反応は、１周分では終了しない。先に合成した相補鎖を置換しながら相補鎖合成は継続し、長い１本鎖ＤＮＡが生成される。一方、環状ＤＮＡを鋳型として生成した長い１本鎖ＤＮＡには、第２のプライマーがアニールして相補鎖合成が開始する。ＲＣＡ法において生成される１本鎖ＤＮＡは、環状のＤＮＡを鋳型としていることから、その塩基配列は同じ塩基配列の繰り返しである。従って、長い１本鎖の連続的な生成は、第２のプライマーの連続的なアニールをもたらす。その結果、変性工程を経ることなく、プライマーがアニールすることができる１本鎖部分が連続的に生成される。こうして、ＤＮＡの増幅が達成される。
ＲＣＡ法に必要な環状１本鎖ＤＮＡが多型部位の塩基種に応じて生成されれば、ＲＣＡ法を利用して塩基種の決定をすることができる。そのために、直鎖状で１本鎖のパドロックプローブが利用される。パドロックプローブは、５’末端と３’末端に検出すべき多型部位の両側に相補的な塩基配列を有している。これらの塩基配列は、バックボーンと呼ばれる特殊な塩基配列からなる部分で連結されている。多型部位がパドロックプローブの末端に相補的な塩基配列であれば、アレルにハイブリダイズしたパドロックプローブの末端をＤＮＡリガーゼによってライゲーションすることができる。その結果、直鎖状のパドロックプローブが環状化され、ＲＣＡ法の反応がトリガーされる。ＤＮＡリガーゼの反応は、ライゲーションすべき末端部分が完全に相補的でない場合には反応効率が著しく低下する。従って、ライゲーションの有無をＲＣＡ法で確認することによって、多型部位の塩基種の決定が可能である。
ＲＣＡ法は、ＤＮＡを増幅することはできるが、そのままではシグナルを生成しない。また増幅の有無のみを指標とするのでは、アレル毎に反応を行わなければ、通常、塩基種を決定することができない。これらの点を塩基種の決定のために改良した方法が公知である。例えば、モレキュラービーコンを利用して、ＲＣＡ法に基づいて１チューブで延期種の決定を行うことができる。モレキュラービーコンは、ＴａｑＭａｎ法と同様に、蛍光色素とクエンチャーを利用したシグナル生成用プローブである。モレキュラービーコンの５’末端と３’末端は相補的な塩基配列で構成されており、単独ではヘアピン構造を形成する。両端付近を蛍光色素とクエンチャーで標識しておけば、ヘアピン構造を形成している状態では蛍光シグナルが検出できない。モレキュラービーコンの一部を、ＲＣＡ法の増幅産物に相補的な塩基配列としておけば、モレキュラービーコンはＲＣＡ法の増幅産物にハイブリダイズする。ハイブリダイズによってヘアピン構造が解消されるため、蛍光シグナルが生成される。
モレキュラービーコンの利点は、パドロックプローブのバックボーン部分の塩基配列を利用することによって、検出対象とは無関係にモレキュラービーコンの塩基配列を共通にできる点である。アレル毎にバックボーンの塩基配列を変え、蛍光波長が異なる２種類のモレキュラービーコンを組み合せれば、１チューブで塩基種の決定が可能である。蛍光標識プローブの合成コストは高いので、測定対象に関わらず共通のプローブを利用できることは、経済的なメリットである。
また、１ｆＬ（ｆｅｍｔｏｌｉｔｅｒ）という微小領域の蛍光分析を可能とする、１分子蛍光分析システム（Ｓｉｎｇｌｅ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ）システムが実用化されている。このシステムを用いれば、蛍光標識プライマーの伸長を、並進拡散時間（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  ｄｉｆｆｕｓｉｏｎ  ｔｉｍｅ）の増大として検出することができる。タイピングの対象となるアレルに対してそれぞれ相補的な塩基配列を有するプライマーを用意する。各プライマーには、それぞれ識別可能な蛍光標識を結合しておく。このプライマーを使ってＰＣＲを行い、増幅産物を蛍光相関分析法（Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ  Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ）によって蛍光測定する。サンプルがプライマーに相補的な塩基配列を有していれば、ＰＣＲによってプライマーは伸長する。伸長したプライマーは分子が大きくなるために、蛍光の揺らぎを生じる。この蛍光の揺らぎが並進拡散時間（ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  ｄｉｆｆｕｓｉｏｎ  ｔｉｍｅ）の増大として検出される。プライマーに相補的な塩基配列がサンプル中に含まれなければ、ＰＣＲの増幅産物が生成しないので、蛍光変化は起きない。
具体的には、２つのアレルＡとＢに対して、それぞれ異なる蛍光標識を有するプライマーを用いて、同じ反応液中でＰＣＲを行う。増幅産物の蛍光測定において、ＡまたはＢのいずれか一方の蛍光シグナルの変化が観察されれば、いずれかのホモ、両方の蛍光シグナルが変化すればヘテロであることが確認できる（ＰｈａｒｍａＧｅｎｏｍｉｃｓ，Ｊｕｌｙ／Ａｕｇｕｓｔ  ４６−４８，２００３）。正確で迅速な解析方法として評価されている。
上記の方法以外にも、特定位置の変異のみを検出する目的にはアレル特異的オリゴヌクレオチド（Ａｌｌｅｌｅ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ／ＡＳＯ）ハイブリダイゼーション法が利用できる。変異が存在すると考えられる塩基配列を含むオリゴヌクレオチドを作製し、これとＤＮＡでハイブリダイゼーションを行わせると、変異が存在する場合、ハイブリッド形成の効率が低下する。それをサザンブロット法や、特殊な蛍光試薬がハイブリッドのギャップにインターカレーションすることにより消光する性質を利用した方法等により検出することができる。
ヒトの染色体は２本１組で存在し、それぞれ父親と母親から由来している。ハプロタイプとは、その一方に関する個体の遺伝子型の組み合わせをいい、それぞれ父母由来の１本の染色体上に遺伝子座がどのように並んでいるかを示すものである。染色体を父母から１本づつ受け継ぐので、配偶子形成の際に組み換えが起きないとすれば１本の染色体上にのっている遺伝子は必ず一緒に子に伝えられる、すなわち連鎖する事になる。しかし、実際は減数分裂の際に組み換えが起きるため、１本の染色体上にのっている遺伝子であっても必ずしも連鎖しているわけではない。しかし逆に、遺伝的組み換えが起きた場合であっても同一染色体上の距離が近い遺伝子座は強く連鎖する。
このような現象を集団において観察し、アリルの非独立が認められる事を連鎖不平衡という。例えば、３つの遺伝子座を観察した場合、これらの間に連鎖不平衡がないとすると、存在するハプロタイプは２３通りと予測され、それぞれの頻度は各遺伝子座の頻度から予測される値となるが、連鎖不平衡がある場合には２３通りより少ないハプロタイプしか存在せず、その頻度も予測と異なる値を示す結果となる。
近年、ハプロタイプが連鎖不平衡解析に有用である事が示されており（Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ  ２３：２２１−２３３）研究が行われているが、ゲノム上には組換えが起きやすい部位と起きにくい部位があり、１つの領域として先祖から子孫へと伝えられる領域（ハプロタイプによって特定される領域）は人種を越えて共通性がある事が明らかになっている（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２６，５５７６：２２２５−２２２９）。
つまり、歯周疾患と関連するハプロタイプが見出されれば、該ハプロタイプを検出することにより、歯周疾患の検査が可能となる。本発明者らは、鋭意研究により、歯周疾患と関連するハプロタイプを見出すことに成功した。
本発明においては、ＡＤＣＹ９遺伝子領域、ＣＡＬＣＲ遺伝子領域、ＬＡＭＣ２遺伝子領域もしくはＩＬ４遺伝子領域、または、それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけるハプロタイプを検出する工程を含む、歯周疾患の検査方法を提供する。さらに、該方法に使用可能な試薬を提供する。該試薬としては、ＡＤＣＹ９遺伝子領域、ＣＡＬＣＲ遺伝子領域、ＬＡＭＣ２遺伝子領域もしくはＩＬ４遺伝子領域、または、それらの領域と塩基対をなす相補鎖における領域における多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズし、少なくとも１５ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオチドが挙げられるが、該オリゴヌクレオチドを少なくとも２つ以上含むキットとして提供することもできる。
ハプロタイプは、上記の多型検出方法により検出した多型に対し、当業者が周知の方法、例えば実施例記載の方法で解析を行うことで決定することができる。
ＡＤＣＹ９領域におけるハプロタイプとしては、好ましくは、配列番号：８５に記載の塩基配列の１５１位から配列番号：９７に記載の塩基配列の１５１位にわたる約２８７ｋｂの領域における多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせであり、より好ましくは、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５および９７に記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである。配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５および９７に記載の塩基配列における１５１位のそれぞれの塩基種の組み合わせとしては、ＣＴＡＧＡＣＣ、ＴＡＡＴＡＣＣ、ＴＡＴＧＡＣＡ、または、ＴＡＴＴＧＣＣであることが好ましい。このような組み合わせの場合、ＣＴＡＧＡＣＣ、ＴＡＡＴＡＣＣのときに歯周疾患にかかりやすく、ＴＡＴＧＡＣＡ、ＴＡＴＴＧＣＣのときに歯周疾患にかかりにくいと判定される。
ＣＡＬＣＲ領域におけるハプロタイプとしては、好ましくは、配列番号：９９に記載の塩基配列の１５１位から配列番号：１１３に記載の塩基配列の１５１位にわたる約５０ｋｂの領域における多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせであり、より好ましくは、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１および１１３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである。配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１および１１３に記載の塩基配列における１５１位のそれぞれの塩基種の組み合わせとしては、ＴＣＴＴＴＴＴＧ、または、ＴＣＡＣＧＣＧＣであることが好ましい。このような組み合わせの場合、ＴＣＴＴＴＴＴＧのときに歯周疾患にかかりやすく、ＴＣＡＣＧＣＧＣのときに歯周疾患にかかりにくいと判定される。
上記ＡＤＣＹ９領域における配列番号：８５に記載の塩基配列の１５１位から配列番号：９７に記載の塩基配列の１５１位にわたる約２８７ｋｂの領域、および、ＣＡＬＣＲ領域における配列番号：９９に記載の塩基配列の１５１位から配列番号：１１３に記載の塩基配列の１５１位にわたる約５０ｋｂの領域における多型部位は、当業者においては、通常、実施例２中の表８に記載の多型に付与された登録ＩＤ番号、例えばＩＭＳ−ＪＳＴ番号をもとに、ＪＳＮＰデータベースから、容易に検索することができる（ｈｔｔｐ：／／ｓｎｐ．ｉｍｓ．ｕ−ｔｏｋｙｏ．ａｃ．ｊｐ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ参照）。
ＬＡＭＣ２領域におけるハプロタイプとしては、好ましくは、配列番号：１５３に記載の塩基配列の３１０５位〜３０３１１位にわたる約２７ｋｂの領域における多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせであり、より好ましくは、配列番号：１５３に記載の塩基配列の１０００１位〜２０６４７位にわたる約１１ｋｂの領域における多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせであり、さらに好ましくは、配列番号：１５３に記載の塩基配列における３１０５位、３２０１位、３２９３位、３５２５位、３６３７位、３７９７位、４０８３位、４１２２位、４３０４位、４４６１位、８９４６位、９５８０位、９８２１位、１０００１位、１００４４位、１０９８１位、１１６０５位、１１７００位、１２２６１位、１２５１９位、１３２９６位、２０４１６位、２０６４７位、２１６０７位、２１６２８位、２３１５４位、２５２５０位、２６２８０位、２７５１９位、２７５２２位、２７７５６位、２７７６３位、２８３１０位、２９２４５位、２９８９６位、もしくは３０３１１位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせであり、さらにより好ましくは、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、および２０６４７位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである。配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、および２０６４７位の塩基種の組み合わせとしては、ＣＧＧであることが好ましい。このような組み合わせの場合、侵襲性歯周疾患および慢性歯周疾患にかかりにくいと判定される。
ＩＬ４領域におけるハプロタイプとしては、好ましくは、配列番号：１５４に記載の塩基配列の４２７６位〜２５１７３位にわたる約２１ｋｂの領域における多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせであり、より好ましくは、配列番号：１５４に記載の塩基配列の１０００１位〜１５３８２位にわたる約５．４ｋｂの領域における多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせであり、さらに好ましくは、配列番号：１５４に記載の塩基配列における４２７６位、４６１７位、４８８２位、４９２７位、５４９１位、５６３３位、５７１０位、６３０２位、６４０８位、６４７５位、６５２４位、６５２７位、６５５４位、６７７７位、６８１９位、６８５７位、６９４６位、７３７４位、７９５０位、８１２０位、８４２８位、８５３６位、８８７４位、８９３８位、８９５１位、９０１９位、９９４８位、９９８７位、１０００１位、１０１９６位、１０２５６位、１０２６９位、１０２７８位、１０３３０位、１０４８１位、１０６０２位、１０６５３位、１０６９７位、１０８６８位、１１１２０位、１１３７３位、１１５１６位、１１６２９位、１１６４７位、１１６８７位、１１７１９位、１１７２１位、１１７７９位、１１７９２位、１１９４０位、１２２３３位、１２３２７位、１２４４８位、１２４７７位、１２５３７位、１２６１０位、１２６５０位、１２７８３位、１２８８５位、１３１６４位、１３４２５位、１３４３３位、１３６３０位、１３６７４位、１３８２１位、１４２１６位、１４２１７位、１４４４５位、１４５２１位、１４６４１位、１４６７７位、１４７５６位、１４９０２位、１４９２６位、１４９５１位、１５１６６位、１５３８２位、１６０３８位、１６１２２位、１６４３９位、１６６３０位、１６６３６位、１６８１９位、１６８５４位、１６９８３位、１７０９２位、１７２００位、１７２７５位、１７３２３位、１７７４７位、１７７８９位、１７８２２位、１７８４２位、１７９３４位、１７９４４位、１８０６１位、１８５０７位、１８６６６位、１８７０７位、１９０４２位、１９０５７位、１９２０３位、１９２６１位、１９２６９位、１９２７１位、１９４１６位、１９６１９位、１９７１５位、１９７３５位、１９８８５位、１９９８７位、２００８８位、２０１５１位、２０４５８位、２０５７１位、２０６８３位、２０８１５位、２１００２位、２１１１６位、２１１６２位、２１１６３位、２１３２４位、２１３２６位、２１４１５位、２１４２７位、２１４５２位、２１４９６位、２１５６１位、２１５８８位、２１６８７位、２２３３４位、２２３７９位、２２４２２位、２２６９３位、２３０８１位、２３０８４位、２３０９１位、２３１９８位、２３３２８位、２４０４３位、２４５２５位、２４７４７位、２４８３７位、２４９８６位、２５００９位、２５０１３位、２５１２８位、２５１６０位、もしくは２５１７３位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせであり、さらにより好ましくは、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、または１５３８２位の多型部位、または、該部位における塩基と塩基対をなす相補鎖における部位のうち、少なくとも２つ以上の多型部位の組み合わせである。配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、または１５３８２位の塩基種の組み合わせとしては、ＣＡＴであることが好ましい。このような組み合わせの場合、慢性歯周疾患にかかりやすいと判定される。
ＡＤＣＹ９領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけるハプロタイプを検出する工程を含む、歯周疾患の検査方法の好ましい態様は、以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む。
（ａ）  ＡＤＣＹ９領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５および９７に記載の塩基配列における１５１位のそれぞれの塩基種が、以下の（ｉ）〜（ｉｖ）のいずれかに記載のハプロタイプを示す遺伝子もしくは該遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
（ｉ）Ｃ、Ｔ、Ａ、Ｇ、Ａ、ＣおよびＣであるハプロタイプ
（ｉｉ）Ｔ、Ａ、Ａ、Ｔ、Ａ、ＣおよびＣであるハプロタイプ
（ｉｉｉ）Ｔ、Ａ、Ｔ、Ｇ、Ａ、ＣおよびＡであるハプロタイプ
（ｉｖ）Ｔ、Ａ、Ｔ、Ｔ、Ｇ、ＣおよびＣであるハプロタイプ
上記工程（ａ）における多型部位としては、好ましくはＡＤＣＹ９領域における多型部位であって、より好ましくは、配列番号：８５に記載の塩基配列の１５１位から配列番号：９７に記載の塩基配列の１５１位にわたる約２８７ｋｂの領域に存在する多型部位であって、さらに好ましくは、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５または９７に記載の塩基配列における１５１位の多型部位を示すことができる。
ＣＡＬＣＲ領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけるハプロタイプを検出する工程を含む、歯周疾患の検査方法の好ましい態様は、以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む。
（ａ）  ＣＡＬＣＲ領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１および１１３に記載の塩基配列における１５１位のそれぞれの塩基種が、以下の（ｉ）または（ｉｉ）に記載のハプロタイプを示す遺伝子もしくは該遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
（ｉ）Ｔ、Ｃ、Ｔ、Ｔ、Ｔ、Ｔ、ＴおよびＧであるハプロタイプ
（ｉｉ）Ｔ、Ｃ、Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｃ、ＧおよびＣであるハプロタイプ
上記工程（ａ）における多型部位としては、好ましくはＣＡＬＣＲ領域における多型部位であって、より好ましくは、配列番号：９９に記載の塩基配列の１５１位から配列番号：１１３に記載の塩基配列の１５１位にわたる約５０ｋｂの領域に存在する多型部位であって、さらに好ましくは、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１または１１３に記載の塩基配列における１５１位の多型部位を示すことができる。
ＬＡＭＣ２領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけるハプロタイプを検出する工程を含む、歯周疾患の検査方法の好ましい態様は、以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む。
（ａ）  ＬＡＭＣ２領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、および２０６４７位のそれぞれの塩基種が、Ｃ、ＧおよびＧであるハプロタイプを示す遺伝子もしくは該遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
上記工程（ａ）における多型部位としては、好ましくはＬＡＭＣ２領域における多型部位であって、より好ましくは、配列番号：１５３に記載の塩基配列における３１０５位、３２０１位、３２９３位、３５２５位、３６３７位、３７９７位、４０８３位、４１２２位、４３０４位、４４６１位、８９４６位、９５８０位、９８２１位、１０００１位、１００４４位、１０９８１位、１１６０５位、１１７００位、１２２６１位、１２５１９位、１３２９６位、２０４１６位、２０６４７位、２１６０７位、２１６２８位、２３１５４位、２５２５０位、２６２８０位、２７５１９位、２７５２２位、２７７５６位、２７７６３位、２８３１０位、２９２４５位、２９８９６位、または３０３１１位の多型部位であって、より好ましくは、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１００４４位、１０９８１位、１１６０５位、１１７００位、１２２６１位、１２５１９位、１３２９６位、２０４１６位、または２０６４７位の多型部位であって、さらに好ましくは、配列番号：１５３に記載の塩基配列における１０００１位、１３２９６位、および２０６４７位の多型部位を示すことができる。
ＩＬ４領域、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域におけるハプロタイプを検出する工程を含む、歯周疾患の検査方法の好ましい態様は、以下の工程（ａ）および（ｂ）を含む。
（ａ）  ＩＬ４領域の多型部位の塩基種、または、該領域と塩基対をなす相補鎖における領域の多型部位の塩基種を決定する工程、
（ｂ）  工程（ａ）により決定された塩基種を、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、および１５３８２位のそれぞれの塩基種が、Ｇ、ＡおよびＴであるハプロタイプを示す遺伝子もしくは該遺伝子領域における多型部位の塩基種と比較する工程
上記工程（ａ）における多型部位としては、好ましくはＩＬ４領域における多型部位であって、より好ましくは、配列番号：１５４に記載の塩基配列における４２７６位、４６１７位、４８８２位、４９２７位、５４９１位、５６３３位、５７１０位、６３０２位、６４０８位、６４７５位、６５２４位、６５２７位、６５５４位、６７７７位、６８１９位、６８５７位、６９４６位、７３７４位、７９５０位、８１２０位、８４２８位、８５３６位、８８７４位、８９３８位、８９５１位、９０１９位、９９４８位、９９８７位、１０００１位、１０１９６位、１０２５６位、１０２６９位、１０２７８位、１０３３０位、１０４８１位、１０６０２位、１０６５３位、１０６９７位、１０８６８位、１１１２０位、１１３７３位、１１５１６位、１１６２９位、１１６４７位、１１６８７位、１１７１９位、１１７２１位、１１７７９位、１１７９２位、１１９４０位、１２２３３位、１２３２７位、１２４４８位、１２４７７位、１２５３７位、１２６１０位、１２６５０位、１２７８３位、１２８８５位、１３１６４位、１３４２５位、１３４３３位、１３６３０位、１３６７４位、１３８２１位、１４２１６位、１４２１７位、１４４４５位、１４５２１位、１４６４１位、１４６７７位、１４７５６位、１４９０２位、１４９２６位、１４９５１位、１５１６６位、１５３８２位、１６０３８位、１６１２２位、１６４３９位、１６６３０位、１６６３６位、１６８１９位、１６８５４位、１６９８３位、１７０９２位、１７２００位、１７２７５位、１７３２３位、１７７４７位、１７７８９位、１７８２２位、１７８４２位、１７９３４位、１７９４４位、１８０６１位、１８５０７位、１８６６６位、１８７０７位、１９０４２位、１９０５７位、１９２０３位、１９２６１位、１９２６９位、１９２７１位、１９４１６位、１９６１９位、１９７１５位、１９７３５位、１９８８５位、１９９８７位、２００８８位、２０１５１位、２０４５８位、２０５７１位、２０６８３位、２０８１５位、２１００２位、２１１１６位、２１１６２位、２１１６３位、２１３２４位、２１３２６位、２１４１５位、２１４２７位、２１４５２位、２１４９６位、２１５６１位、２１５８８位、２１６８７位、２２３３４位、２２３７９位、２２４２２位、２２６９３位、２３０８１位、２３０８４位、２３０９１位、２３１９８位、２３３２８位、２４０４３位、２４５２５位、２４７４７位、２４８３７位、２４９８６位、２５００９位、２５０１３位、２５１２８位、２５１６０位、または２５１７３位の多型部位であって、より好ましくは、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１０１９６位、１０２５６位、１０２６９位、１０２７８位、１０３３０位、１０４８１位、１０６０２位、１０６５３位、１０６９７位、１０８６８位、１１１２０位、１１３７３位、１１５１６位、１１６２９位、１１６４７位、１１６８７位、１１７１９位、１１７２１位、１１７７９位、１１７９２位、１１９４０位、１２２３３位、１２３２７位、１２４４８位、１２４７７位、１２５３７位、１２６１０位、１２６５０位、１２７８３位、１２８８５位、１３１６４位、１３４２５位、１３４３３位、１３６３０位、１３６７４位、１３８２１位、１４２１６位、１４２１７位、１４４４５位、１４５２１位、１４６４１位、１４６７７位、１４７５６位、１４９０２位、１４９２６位、１４９５１位、１５１６６位、または１５３８２位の多型部位であって、さらに好ましくは、配列番号：１５４に記載の塩基配列における１０００１位、１２４７７位、および１５３８２位の多型部位を示すことができる。
さらに、本発明は、本発明の検査方法に使用するための試薬を提供する。その一つの態様としては、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズし、少なくとも１５ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオチドを含む検査試薬が挙げられる。
該オリゴヌクレオチドは、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡに特異的にハイブリダイズするものである。ここで「特異的にハイブリダイズする」とは、通常のハイブリダイゼーション条件下、好ましくはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下（例えば、サムブルックら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｕｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ，第２版１９８９に記載の条件）において、他のＤＮＡとクロスハイブリダイゼーションを有意に生じないことを意味する。特異的なハイブリダイズが可能であれば、該オリゴヌクレオチドは、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡに対し、完全に相補的である必要はない。
上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡにハイブリダイズし、少なくとも１５ヌクレオチドの鎖長を有するオリゴヌクレオチドは、上記本発明の検査方法におけるプローブ（該プローブが固定された固相を含む）やプライマーとして用いることができる。該オリゴヌクレオチドをプライマーとして用いる場合、その長さは、通常１５ｂｐ〜１００ｂｐであり、好ましくは１７ｂｐ〜３０ｂｐである。プライマーは、多型部分を含む上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の少なくとも一部を増幅しうるものであれば、特に制限されない。
本発明において、多型部位を含む領域を増幅するためのプライマーには、多型部位を含むＤＮＡを鋳型として、多型部位に向かって相補鎖合成を開始することができるプライマーも含まれる。該プライマーは、多型部位を含むＤＮＡにおける、多型部位の３’側に複製開始点を与えるためのプライマーと表現することもできる。プライマーがハイブリダイズする領域と多型部位との間隔は、任意である。両者の間隔は、多型部位の塩基の解析手法に応じて、好適な塩基数を選択することができる。たとえば、ＤＮＡチップによる解析のためのプライマーであれば、多型部位を含む領域として、２０〜５００、通常５０〜２００塩基の長さの増幅産物が得られるようにプライマーをデザインすることができる。当業者においては、多型部位を含む周辺ＤＮＡ領域についての塩基配列情報を基に、解析手法に応じたプライマーをデザインすることができる。本発明のプライマーを構成する塩基配列は、ゲノムの塩基配列に対して完全に相補的な塩基配列のみならず、適宜改変することができる。
本発明のプライマーには、ゲノムの塩基配列に相補的な塩基配列に加え、任意の塩基配列を付加することができる。例えば、ＩＩｓ型の制限酵素を利用した多型の解析方法のためのプライマーにおいては、ＩＩｓ型制限酵素の認識配列を付加したプライマーが利用される。このような、塩基配列を修飾したプライマーは、本発明のプライマーに含まれる。更に、本発明のプライマーは、修飾することができる。例えば、蛍光物質や、ビオチンまたはジゴキシンのような結合親和性物質で標識したプライマーが各種のジェノタイピング方法において利用される。これらの修飾を有するプライマーも本発明に含まれる。
また、上記オリゴヌクレオチドをプローブとして使用する場合、該プローブは、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡに特異的にハイブリダイズするものであれば、特に制限されない。該プローブは、合成オリゴヌクレオチドであってもよく、通常少なくとも１５ｂｐ以上の鎖長を有する。このようなプローブとしては、配列番号：２９〜５６が挙げられるが、これらに限定されない。プローブの塩基配列中に多型部位を含むプローブは本発明のプローブとして好ましい。あるいは、多型部位における塩基の解析方法によっては、プローブの末端が多型部位に隣接する塩基に対応するように、デザインされる場合もある。従って、プローブ自身の塩基配列には多型部位が含まれないが、多型部位に隣接する領域に相補的な塩基配列を含むプローブも、本発明における望ましいプローブとして示すことができる。
言いかえれば、ゲノムＤＮＡ上の本発明の多型部位、または多型部位に隣接する部位にハイブリダイズすることができるプローブは、本発明のプローブとして好ましい。本発明のプローブには、プライマーと同様に、塩基配列の改変、塩基配列の付加、あるいは修飾が許される。例えば、Ｉｎｖａｄｅｒ法に用いるプローブは、フラップを構成するゲノムとは無関係な塩基配列が付加される。このようなプローブも、多型部位を含む領域にハイブリダイズする限り、本発明のプローブに含まれる。本発明のプローブを構成する塩基配列は、ゲノムにおける本発明の多型部位の周辺ＤＮＡ領域の塩基配列をもとに、解析方法に応じてデザインすることができる。
本発明のオリゴヌクレオチドは、例えば市販のオリゴヌクレオチド合成機により作製することができる。プローブは、制限酵素処理等によって取得される二本鎖ＤＮＡ断片として作製することもできる。更に、オリゴヌクレオチドの合成において、蛍光色素やビオチンなどで修飾されたヌクレオチド誘導体を利用して、オリゴヌクレオチドに任意の修飾を導入することもできる。あるいは、合成されたオリゴヌクレオチドに、蛍光色素などを結合する方法も公知である。
本発明のオリゴヌクレオチドをプローブとして用いる場合は、適宜標識して用いることが好ましい。標識する方法としては、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、オリゴヌクレオチドの５’端を３２Ｐでリン酸化することにより標識する方法、およびクレノウ酵素等のＤＮＡポリメラーゼを用い、ランダムヘキサマーオリゴヌクレオチド等をプライマーとして３２Ｐ等のアイソトープ、蛍光色素、またはビオチン等によって標識された基質塩基を取り込ませる方法（ランダムプライム法等）を例示することができる。
また、本発明における検査試薬の別の態様は、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡを増幅するように設計されたフォワードプライマーおよびリバースプライマーを含む検査試薬である。プライマーの長さは、通常１５ｂｐ〜１００ｂｐであり、好ましくは１７ｂｐ〜３０ｂｐである。プライマーは、多型部分を含む上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の少なくとも一部を増幅しうるものであれば、特に制限されない。このようなプライマーとしては、配列番号：５７〜８４が挙げられるが、これらに限定されない。
さらに、本発明における検査薬の別の態様は、上記（１）〜（５２）のいずれかの領域の多型部位を含むＤＮＡとハイブリダイズするヌクレオチドプローブが固定された固相からなる、歯周疾患の検査試薬である。これらの調製方法に関しては、上述の通りである。
上記の検査薬においては、有効成分であるオリゴヌクレオチド以外に、例えば、滅菌水、生理食塩水、植物油、界面活性剤、脂質、溶解補助剤、緩衝剤、保存剤、各種の酵素、酵素基質等が必要に応じて混合されていてもよい。酵素としては、ＤＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡリガーゼ、あるいはＩＩｓ制限酵素などの、上記の塩基種決定方法として例示した各種の解析方法に必要な酵素を示すことができる。緩衝液は、これらの解析に用いる酵素の活性の維持に好適な緩衝液が、適宜選択される。更に、酵素基質としては、例えば、相補鎖合成用の基質等が用いられる。
更に本発明の試薬には、多型部位における塩基が明らかな対照を添付することができる。対照は、予め多型部位の塩基種が明らかなゲノム、あるいはゲノムの断片を用いることができる。ゲノムは、細胞から抽出されたものでもよいし、細胞あるいは細胞の分画を用いることもできる。細胞を対照として用いれば、対照の結果によってゲノムＤＮＡの抽出操作が正しく行われたことを証明することができる。あるいは、多型部位を含む塩基配列からなるＤＮＡを対照として用いることもできる。具体的には、本発明の多型部位における塩基種が明らかにされたゲノム由来のＤＮＡを含むＹＡＣベクターやＢＡＣベクターは、対照として有用である。あるいは多型部位に相当する数百ベースのみを切り出して挿入したベクターを対照として用いることもできる。
【発明を実施するための最良の形態】  以下、本発明を実施例により、さらに具体的に説明するが本発明はこれら実施例に制限されるものではない。
（１）  被験者の選択
被験者群は３群あり、以下の通りであった。侵襲性歯周炎患者１３人（平均年齢３２．２歳、女性１０人および男性３人）、慢性歯周炎患者９人（平均年齢５０．５歳、女性３人、および男性６人）、および健康なボランティア１９人（平均年齢３８．８歳、女性１０人および男性９人）。被験者は、口腔全体のＸ線写真から評価して、それぞれの歯に関して６箇所での歯周ポケットの深さを測定することによって、歯周組織の破壊の程度に基づいて選択した。被験者は全員、喫煙しない日本人であった。
侵襲性歯周炎の基準は以下の通りであった：年齢３５歳以前での発症、プローブによる歯周ポケットの深さが５ｍｍ以上の歯が２歯以上、Ｘ線写真において典型的垂直性骨吸収がある。慢性歯周炎の基準は以下の通りであった：年齢３５歳以降での発症、歯周組織の破壊に対応する、プローブによる歯周ポケットの深さ５ｍｍ以上の歯が３歯以上、Ｘ線写真における典型的全顎的垂直性骨吸収がある。それぞれの歯周炎群内被験者は、類似する臨床所見を示していた。健康なボランティアは、プローブによる歯周ポケットの深さが４ｍｍ以上の歯はなく、疾患による骨吸収は認められない。
本研究を実施する前に、本発明者らの院内倫理委員会からの承認を得て、書面でのインフォームドコンセントを得た。
（２）  ＤＮＡ抽出法
前腕の静脈より末梢血を７ｍｌ採取し、凝固防止剤（ＥＤＴＡ  ０．５Ｍ）処理を行った。その後、血液ＤＮＡ抽出キットＧＥＮＯＭＩＸ（Ｔａｌｅｎｔ  ＳＲＬ、Ｉｔａｌｙ）を用いてゲノムＤＮＡの抽出を行い、ＳＮＰｓ解析に用いた。
［実施例１］ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ法による解析
非候補遺伝子２４４個におけるＳＮＰｓ  ６３７個の２つの両対立遺伝子多形性を、ＴａｑＭａｎポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（Ｌｙｍｉｃｈｅｖ，Ｖ．ｅｔ  ａｌ．，ＳＣＩＥＮＣＥ，２６０：７７８−７８３，１９９３；Ｌｉｖａｋ，Ｋ．Ｊ．，Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，１４：１４３−１４９，１９９９；Ｌｙａｍｉｃｈｅｖ，Ｖ．ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，９６：６１４３−６１４８，１９９９）を用いて調べた。選択したＳＮＰｓは、コードＳＮＰｓ（アミノ酸置換を引き起こす）、調節ＳＮＰｓ（遺伝子発現に影響を及ぼす）、およびイントロンＳＮＰｓ（遺伝子発現に影響を及ぼす）であった。これらのＳＮＰｓは、連鎖不平衡を考慮して選択した。
ＴａｑＭａｎ  ＰＣＲ法の原理は、約２０塩基程度の長さのアリル特異的オリゴ（ＴａｑＭａｎプローブ）の５’末端をＦＡＭとＶＩＣの蛍光レポーター色素で、３’末端をクエンチャー（消光物質）で標識する。その際、３’末端をリン酸化し、ＰＣＲ反応中にＴａｑＭａｎプローブからの伸長反応が起こらないようにする。ＴａｑＤＮＡポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性により、蛍光色素結合部分が切断されると蛍光色素が遊離し、クエンチャーの影響を受けなくなり発色し、その発色を検出するというものである。
１ＳＮＰあたりＤＮＡ５．０ｎｇを用いた。反応組成は、１０×ＴａｑＭａｎ  Ｐｒｏｂｅ  ｋｉｔ  ０．５μｌ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｕ．Ｓ．Ａ．）、２×ＴａｑＭａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＰＣＲ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ  ２．５μｌ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｕ．Ｓ．Ａ．）、Ｔｅｍｐｌａｔｅ  ＤＮＡ  ２μｌ（２．５ｎｇ／μｌ）で全量５μｌとした。増幅にはＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  ９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｕ．Ｓ．Ａ．）を使用し、ＰＣＲ条件は、５０℃２分、９５℃１０分の後、９５℃１５秒、６０℃６０秒４０サイクルとした。
解析装置としては、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ７９００ＨＴ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍとソフトウエアｖｅｒｓｉｏｎ  ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ＲＳＤＳ２．０（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｕ．Ｓ．Ａ．）を使用し、Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼのヌクレアーゼ活性による５’末端のＦＡＭまたはＶＩＣの蛍光レポーター色素の発色を検出し、アリルの検索を行った。
検討の結果、ＤＰＰ４、ＴＥＰ１、ＰＩＫ３Ｒ１、ＣＡＴ、ＥＤＮ３、ＦＧＬ２、ＰＯＮ１、ＹＷＨＡＺ、ＡＤＣＹ９、および、ＧＮＲＨ１において、健康なボランティアと侵襲性歯周炎患者との遺伝子型頻度（ｐ＜０．０２）に有意差を認めた（表１〜３）。また、ＡＤＣＹ９、ＧＮＲＨ１、Ｆ５、ＦＧＬ１、および、ＬＥＰにおいて、健康なボランティアと慢性歯周炎患者との遺伝子型頻度（ｐ＜０．０２）に有意差を認めた（表４および５）。
2004042054.tif 000002
2004042054.tif 000003
2004042054.tif 000004
2004042054.tif 000005
2004042054.tif 000006
2004042054.tif 000007
なお、ＳＮＰ検出に用いたプローブおよびプライマーの配列番号を以下に示す。（表６）
2004042054.tif 000008
ＳＮＰデータベースおよび自動高処理能遺伝子アッセイ技術における最近の進歩によって、歯周炎のような複雑な疾患の感受性遺伝子を同定するために多数のＳＮＰｓを調べることが可能になった。本研究は、ＪＳＮＰデータベースを用いて歯周炎の遺伝的要因を初めて調べた研究である。本実施例の結果は、ＳＮＰｓと、侵襲性歯周炎および慢性歯周炎の発症および進行との関連を調べる可能性を証明する。
これまで、いくつかの研究が、ＩＬ−１遺伝子における歯周炎とＳＮＰｓとの関連を示している（Ｋｏｒｎｍａｎ  ＫＳ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ  １９９９；２４：７２−７７；ＭｃＧｕｉｒｅ  ＭＫ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ  １９９９；７０：４９−５６；Ｔｈｏｍｓｏｎ  ＷＭ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｄｅｎｔ  Ｒｅｓ  ２００１；８０：１７００−１７０３）。しかし、他の研究は、歯周炎とＩＬ−１およびＩＬ−１０遺伝子のＳＮＰｓとの関連が低いことを示した他の研究もあった。同様に、ＩＬ−１およびＩＬ−１０遺伝子におけるＳＮＰｓが集団特異的であることが証明された（Ａｒｍｉｔａｇｅ  ＧＣ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ  ２０００；７１：１６４−１７１；Ｄｉｅｈｌ  ＳＲ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ  １９９９；７０：４１８−４２９；Ｙａｍａｚａｋｉ  Ｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ  ２００１；２８：８２８−８３２）。
これまでの研究において、本発明者らは、候補遺伝子２０個におけるＳＮＰｓ  ５９個と、侵襲性および慢性歯周炎とのあいだの関連を調べた。すでに、本発明者らは、ＴＲＡＦ１遺伝子におけるＳＮＰｓが侵襲性歯周炎に関連すること、およびＭＭＰ９遺伝子におけるＳＮＰｓが慢性歯周炎に関連することを示した。また、健康なボランティアと歯周炎患者とのあいだのＩＬ１ＡおよびＩＬ１Ｂ遺伝子における遺伝子型頻度に有意差を認めなかった（Ｓｕｚｕｋｉ  Ａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｊｐｎ  Ｓｏｃ  Ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｏｌ（ｉｎ  Ｊａｐａｎｅｓｅ）２００２；４４：１５９−１６７）。
本実施例において、本発明者らは、非候補遺伝子２４４個におけるＳＮＰｓ  ６３７個と侵襲性および慢性歯周炎とのあいだの関連を調べた。本発明者らは、侵襲性歯周炎とＤＰＰ４、ＴＥＰ１、ＰＩＫ３Ｒ１、ＣＡＴ、ＥＤＮ３、ＦＧＬ２、ＰＯＮ１、ＹＷＨＡＺ、ＡＤＣＹ９、および、ＧＮＲＨ１におけるＳＮＰｓとの関連を認めた。本発明者らはまた、慢性歯周炎と、ＡＤＣＹ９、ＧＮＲＨ１、Ｆ５、ＦＧＬ１、および、ＬＥＰにおけるＳＮＰｓとの関連を認めた。
本実施例の結果は、健康なボランティアと歯周炎患者とのあいだで、歯周炎の候補遺伝子と非候補遺伝子の遺伝子型頻度に有意差が存在することを示している。これは、ゲノム全体に基づいてＳＮＰｓを調べる必要性を証明している。
ＳＮＰ分析は、ゲノムマーカーとして歯周炎に関連する多数の遺伝子を同定するために役立つと考えられる（Ｔａｙｌｏｒ  ＪＧ．Ｃｈｏｉ  Ｅ−Ｈ  ｅｔ  ａｌ．，ＴＲＥＮＤＳ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２００１；７：５０７−５１２）。ゲノムマーカーとして作用することによって、ＳＮＰｓは、複雑な疾患の危険因子を明らかにするために役立ちうる。
［実施例２］ハプロタイプ分析
ハプロタイプ分析は、コントロール１９人、歯周疾患群２２人について、最大尤度法に基づいたソフトウェアＬＤ−ｓｕｐｐｏｒｔ（ＰＣＴ／ＪＰ０２／０３７７０）を用いて行った。歯周疾患群とコントロール群のハプロタイプ頻度の差を、フィッシャーのイグザクト検定によって評価した。その結果、ＡＤＣＹ９領域の、配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５および９７に記載の塩基配列におけるＳＮＰ（このＳＮＰは２８７ｋｂの範囲に存在する）の組み合わせが、ＣＴＡＧＡＣＣ、ＴＡＡＴＡＣＣのときに歯周疾患にかかりやすく、ＴＡＴＧＡＣＡ、ＴＡＴＴＧＣＣのときに歯周疾患にかかりにくいことが判明した（表７）。即ち、本発明者らは、ＡＤＣＹ９領域であって配列番号：８５、８７、８９、９１、９３、９５および９７に記載の塩基配列におけるＳＮＰが存在する２８７ｋｂの領域が、歯周疾患と連鎖することを見出した。さらに、ＣＡＬＣＲ領域の、配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１および１１３に記載の塩基配列におけるＳＮＰ（このＳＮＰは５０ｋｂの範囲に存在する）の組み合わせが、ＴＣＴＴＴＴＴＧのときに歯周疾患にかかりやすく、ＴＣＡＣＧＣＧＣのときに歯周疾患にかかりにくいことが判明した（表７）。即ち、本発明者らは、ＣＡＬＣＲ領域であって配列番号：９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１および１１３に記載の塩基配列におけるＳＮＰが存在する５０ｋｂの領域が、歯周疾患と連鎖することを見出した。
2004042054.tif 000009
なお、歯周疾患と連鎖するハプロタイプのＳＮＰ部位の周辺配列を表８に示す。表８に記載の塩基配列は、配列番号：８５〜配列番号：１１４の配列に相当する。
2004042054.tif 000010
2004042054.tif 000011
2004042054.tif 000012
［実施例３］単ＳＮＰを用いた疾患関連解析
（１）被験者の選択
日本歯科大学附属病院およびその協力施設を受診した日本人の侵襲性歯周炎患者１３４人、慢性歯周炎患者１１７人、歯周に異常がなかった健常群１２５人を対象として解析を行なった。疾患群は、歯周組織破壊の進行度によって選択され、口腔全体をカバーするＸ線写真、歯周ポケットの深さ、歯の動揺度を基準とした。侵襲性歯周炎の診断基準は、３５歳以下で特徴的な歯槽骨の垂直方向の吸収を伴って発症した者とした。慢性歯周炎の診断基準は３５歳以上で歯槽骨の全体的な吸収および歯周組織の炎症を伴って発症したものとした。歯周に異常がない健常群として、歯周病の家族歴がなく４ｍｍ以上の歯周ポケットがなく、かつ病的な歯槽骨の吸収が認められないものとした。対象者のデータの平均値を表９に示す。
2004042054.tif 000013
（２）疾患関連解析
本実施例の歯周炎疾患に関連する各遺伝子の名称、各遺伝子の染色体上の位置、および各遺伝子のＧｅｎＢａｎｋのアクセッション番号を表１０に示す。これら遺伝子の塩基配列、およびそれら遺伝子によってコードされるタンパク質のアミノ酸配列に関する情報は、表１０に示すＧｅｎＢａｎｋのアクセッション番号から、容易に取得することが可能である。また当業者においては、表１０に示す遺伝子表記（遺伝子名）を基に、公共の遺伝子データベースあるいは文献データベース等から遺伝子の塩基配列、および該遺伝子によってコードされるタンパク質のアミノ酸配列に関する情報を容易に入手することが可能である。
2004042054.tif 000014
2004042054.tif 000015
2004042054.tif 000016
なお、上記表中、「歯周炎共通」とは、「侵襲性歯周炎」および「慢性歯周炎」の両方で有意差を示した遺伝子を指す。また、＊が付いた遺伝子は、ハプロタイプ解析で有意差があった遺伝子を示す。
また、表１０に記載のいずれかの遺伝子もしくは該遺伝子の近傍ＤＮＡ領域に存在する多型部位を、以下の表１１〜表５０に示す。
2004042054.tif 000017
2004042054.tif 000018
2004042054.tif 000019
2004042054.tif 000020
2004042054.tif 000021
2004042054.tif 000022
2004042054.tif 000023
2004042054.tif 000024
2004042054.tif 000025
2004042054.tif 000026
2004042054.tif 000027
2004042054.tif 000028
2004042054.tif 000029
2004042054.tif 000030
2004042054.tif 000031
2004042054.tif 000032
2004042054.tif 000033
2004042054.tif 000034
2004042054.tif 000035
2004042054.tif 000036
2004042054.tif 000037
2004042054.tif 000038
2004042054.tif 000039
2004042054.tif 000040
2004042054.tif 000041
2004042054.tif 000042
2004042054.tif 000043
2004042054.tif 000044
2004042054.tif 000045
2004042054.tif 000046
2004042054.tif 000047
2004042054.tif 000048
2004042054.tif 000049
2004042054.tif 000050
2004042054.tif 000051
2004042054.tif 000052
2004042054.tif 000053
2004042054.tif 000054
2004042054.tif 000055
2004042054.tif 000056
2004042054.tif 000057
2004042054.tif 000058
2004042054.tif 000059
2004042054.tif 000060
2004042054.tif 000061
2004042054.tif 000062
2004042054.tif 000063
2004042054.tif 000064
2004042054.tif 000065
2004042054.tif 000066
2004042054.tif 000067
2004042054.tif 000068
2004042054.tif 000069
2004042054.tif 000070
2004042054.tif 000071
2004042054.tif 000072
2004042054.tif 000073
2004042054.tif 000074
2004042054.tif 000075
2004042054.tif 000076
2004042054.tif 000077
2004042054.tif 000078
2004042054.tif 000079
2004042054.tif 000080
2004042054.tif 000081
2004042054.tif 000082
2004042054.tif 000083
2004042054.tif 000084
2004042054.tif 000085
2004042054.tif 000086
2004042054.tif 000087
2004042054.tif 000088
2004042054.tif 000089
2004042054.tif 000090
2004042054.tif 000091
2004042054.tif 000092
2004042054.tif 000093
2004042054.tif 000094
2004042054.tif 000095
2004042054.tif 000096
2004042054.tif 000097
2004042054.tif 000098
2004042054.tif 000099
2004042054.tif 000100
2004042054.tif 000101
2004042054.tif 000102
2004042054.tif 000103
2004042054.tif 000104
2004042054.tif 000105
なお、上記表中、＊は単ＳＮＰで有意ではないがＬＤブロックを構成するＳＮＰ、●は慢性歯周炎との関連において有意差ありのＳＮＰ、▲は侵襲性歯周炎との関連において有意差ありのＳＮＰを示し、格子状網掛け領域は連鎖不平衡ブロック、グレー網掛け領域は連鎖不平衡が予測される領域を示す。
ＳＮＰタイピングは、［実施例１］に記載の方法で行い、統計解析ツールにはＳＰＳＳＶｅｒ．１１．５Ｊ  ｆｏｒ  Ｗｉｎｄｏｗｓ（ＳＰＳＳ  Ｊａｐａｎ  Ｉｎｃ．）を用いた。
表５１に、同定したＳＮＰｓのうち歯周炎との関連において有意差を示したものを示す。
2004042054.tif 000106
2004042054.tif 000107
2004042054.tif 000108
2004042054.tif 000109
2004042054.tif 000110
2004042054.tif 000111
2004042054.tif 000112
2004042054.tif 000113
2004042054.tif 000114
2004042054.tif 000115
2004042054.tif 000116
2004042054.tif 000117
2004042054.tif 000118
2004042054.tif 000119
2004042054.tif 000120
2004042054.tif 000121
なお、上記表中、グレー網掛け領域は単ＳＮＰとしてのリスクアリルを示す。
表５１に記載のリスクアリルの部位は、表１１〜表５０に記載の侵襲性歯周炎との関連において有意差ありのＳＮＰ部位、または慢性歯周炎との関連において有意差ありのＳＮＰ部位を参照のこと。
また、表５１に記載の単ＳＮＰ部位の周辺配列を表５２に示す。表５２に記載の塩基配列は、配列番号：１１５〜配列番号：１５２の配列の一部に相当する。
2004042054.tif 000122
2004042054.tif 000123
2004042054.tif 000124
2004042054.tif 000125
2004042054.tif 000126
2004042054.tif 000127
2004042054.tif 000128
（ｉ）  年齢、性別調整しない方法
疾患群と対照群におけるＧｅｎｏｔｙｐｅおよびアリルの分布差の検定を以下の４通りの解析で行なった。▲１▼Ｇｅｎｏｔｙｐｅの集計度数を用いた２×３分割表、▲２▼アリルの集計度数を用いた２×２分割表、▲３▼遺伝様式を優性と仮定しＧｅｎｏｔｙｐｅをＡＡ＋ＡＢ、ＢＢの２群にまとめた２×２分割表（一方のアリルをＡ、一方をＢとして）▲４▼遺伝様式を劣性と仮定し遺伝子型をＡＡ＋ＡＢ、ＢＢの２群にまとめた２×２分割表、の４種類を作成しフィッシャーの直接確率検定を行った。侵襲性歯周炎疾患群と対照群における上記▲１▼〜▲４▼の解析結果を表５３〜表５６に、慢性歯周炎疾患群と対照群における上記▲１▼〜▲４▼の解析結果を表５７〜表６０に示す。
2004042054.tif 000129
2004042054.tif 000130
2004042054.tif 000131
2004042054.tif 000132
2004042054.tif 000133
2004042054.tif 000134
2004042054.tif 000135
2004042054.tif 000136
2004042054.tif 000137
2004042054.tif 000138
2004042054.tif 000139
（ｉｉ）  年齢、性別を調整する方法
疾患を予測する最も有用な遺伝子のＧｅｎｏｔｙｐｅを抽出するため、疾患の発症率に影響する因子である年齢・性別で調整したロジスティック回帰分析を行なった。ロジスティック回帰分析は二つのカテゴリーからなる従属変数（本研究では歯周病のあり、なし）と複数の説明変数（ＳＮＰからなるＧｅｎｏｔｙｐｅ、年齢、性別など）がある場合に用いられ、説明変数が結果に与える影響を明らかにする。本研究で行ったロジスティック回帰分析により示した結果は単一ＳＮＰと年齢、性別を説明変数として行い、結果に与える影響を明らかにする目的で行なった。一方のアリルをＡ、一方をＢとして以下の３通りの解析を行なった。▲１▼ＡＡを比較対象にして、３種Ｇｅｎｏｔｙｐｅの疾患関連性の検定、▲２▼遺伝様式を優性と仮定し遺伝子型をＡＡ＋ＡＢ、ＢＢの２群にまとめて、２群Ｇｅｎｏｔｙｐｅの疾患関連性の検定、▲３▼遺伝様式を劣性と仮定し遺伝子型をＡＡ＋ＡＢ、ＢＢの２群にまとめて２群Ｇｅｎｏｔｙｐｅの疾患関連性の検定。以上の３通りの解析により、ａｔ−ｒｉｓｋ  ｆａｃｔｏｒと考えられるＧｅｎｏｔｙｐｅを推定した。侵襲性歯周炎疾患群と対照群における▲１▼の解析結果を表６１に、▲２▼および▲３▼の結果を表６２に示し、慢性歯周炎疾患群と対照群における▲１▼の解析結果を表６３に、▲２▼および▲３▼の結果を表６４に示す。
2004042054.tif 000140
2004042054.tif 000141
2004042054.tif 000142
2004042054.tif 000143
2004042054.tif 000144
2004042054.tif 000145
2004042054.tif 000146
2004042054.tif 000147
2004042054.tif 000148
また、表５０に示した歯周炎との関連において有意差を示した各ＳＮＰについて周辺のＳＮＰｓとの連鎖不平衡についてＬＤ  ｓｕｐｐｏｒｔ（ＰＣＴ／ＪＰ０２／０３７７０、ポストゲノム時代の遺伝統計学（鎌谷直之編  羊土社  ２００１年１０月１０日初版第１刷発行ｐ１９７−２００）を用いて調べた。その結果、ＳＣＡＲＢ１、ＣＯＬ１Ａ１、ＥＧＦ、ＥＬＮ、ＫＲＴ２３、ＣＯＬ１７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ１、ＣＴＳＤ、ＣＴＳＧ、ＥＧＦＲ、ＨＳＰＧ２、ＰＬＯＤ、ＰＴＧＥＲ２、ＰＴＧＥＲ３、ＣＯＬ１８Ａ１、ＣＯＬ４Ａ１、ＣＴＳＢ、ＩＬ１０ＲＢ、ＩＬ１Ａ、ＫＲＴＨＡ２、ＬＡＭＲ１、ＴＧＦＢＲ３遺伝子領域の表下部において示したＳＮＰｓの間に連鎖不平衡が認められた。当該領域の連鎖不平衡の尺度である連鎖不平衡係数（Ｄ’）等を表６５〜表８６に示した。
2004042054.tif 000149
2004042054.tif 000150
2004042054.tif 000151
2004042054.tif 000152
2004042054.tif 000153
2004042054.tif 000154
2004042054.tif 000155
2004042054.tif 000156
2004042054.tif 000157
2004042054.tif 000158
2004042054.tif 000159
2004042054.tif 000160
2004042054.tif 000161
2004042054.tif 000162
2004042054.tif 000163
2004042054.tif 000164
2004042054.tif 000165
2004042054.tif 000166
2004042054.tif 000167
2004042054.tif 000168
2004042054.tif 000169
2004042054.tif 000170
2004042054.tif 000171
2004042054.tif 000172
2004042054.tif 000173
2004042054.tif 000174
2004042054.tif 000175
2004042054.tif 000176
2004042054.tif 000177
2004042054.tif 000178
2004042054.tif 000179
2004042054.tif 000180
［実施例４］ハプロタイプを用いた疾患関連解析
個各個人のハプロタイプ相（各個人のディプロタイプ）を、ＥＭアルゴリズム（ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ−ｍａｘｉｍｉｚａｔｉｏｎ（ＥＭ）ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）を用いたＬＤｓｕｐｐｏｒｔにより決定し、連鎖不平衡が認められた領域について疾患関連解析を行なった。有意差の評価は、並べ替え検定（ｐｅｒｍｕｔａｔｉｏｎ  ｔｅｓｔ）により行い、得られた経験的ｐ値（ｅｍｐｉｒｉｃａｌｐ）が０．０５未満であった場合に有意差ありと判断した。ＬＡＭＣ２およびＩＬ４遺伝子領域の、歯周炎疾患に関連して有意差があったハプロタイプのＳＮＰ部位の周辺配列を表８７に示す。なお、表８７における塩基配列は、配列番号：１５３および配列番号：１５４の配列の一部に相当する。
2004042054.tif 000181
2004042054.tif 000182
さらに、疾患にリスクを持つハプロタイプを特定するために、Ｅｍｐｉｒｉｃａｌ  ｐ＜０．０５を示したＬＤブロックについてハプロタイプ毎に疾患群と対象群とのアリル頻度をフィッシャーの直接確率検定により検定しｐ＜０．０５を有意差がありとした。ＬＡＭＣ２遺伝子領域における解析結果を表８８〜表９２に、ＩＬ４遺伝子領域における解析結果を表９３〜表９５に示す。表８９および表９０より、ＬＡＭＣ２の表８８に示すＳＮＰｓから成るハプロタイプのうちハプロタイプ４（ＣＧＧ）が侵襲性歯周炎、慢性歯周炎のいづれにも罹患しにくいと判別することができ、ハプロタイプ４（ＣＧＧ）が歯周炎罹患に抵抗性の遺伝素因であるといえる。表９４より、ＩＬ４の表９３に示すＳＮＰｓから成るハプロタイプのうちハプロタイプ３（ＴＡＧ）が慢性歯周炎に罹患しやすいと判別することができ、ハプロタイプ３（ＴＡＧ）が慢性歯周炎に易罹患性の遺伝子型であると言える。
2004042054.tif 000183
2004042054.tif 000184
2004042054.tif 000185
2004042054.tif 000186
2004042054.tif 000187
2004042054.tif 000188
2004042054.tif 000189
2004042054.tif 000190
【産業上の利用の可能性】
本発明によって、歯周疾患に関連する多型またはハプロタイプを有するか否かを検査するための方法および該検査のための試薬が提供された。該検査方法および該検査試薬を使用することで、侵襲性歯周病や慢性歯周病等の歯周疾患に関連する多型またはハプロタイプを有するか否かを検査できるようになった。このような検査によって、歯周疾患の発症予防または適切な治療を、個人個人に適した方法でより効果的に行うことが可能になるものと期待される。
また、従来は、臨床所見のみで行っていた疾患の分類を、ジェノタイプを判定する事によって分類の一助とし、治療に役立てることも期待できる。
【配列表】
2004042054000001.app
【国際調査報告】
2004042054.tif 000191
2004042054.tif 000192
2004042054.tif 000193
2004042054.tif 000194
2004042054.tif 000195
2004042054.tif 000196
2004042054.tif 000197
2004042054.tif 000198