(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
記録部と処理部とインタフェース部とを備える装置において前記処理部が行う方法であって、当該方法が、
（ａ）前記処理部が、被験試料について予め検出された複数の遺伝子多型を前記インタフェース部から取得して、前記記録部に記録する工程、
（ｂ）前記処理部が、前記被験試料について予め検出され、前記記録部に予め記録しておいた複数の前記遺伝子多型から選択される遺伝子多型セットを、前記記録部に参照テーブルとして予め記録しておいた、疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型セットと照合し、第１の照合結果を前記記録部に記録する工程、
（ｂ'）前記処理部が、前記被験試料について予め検出され、前記記録部に予め記録しておいた複数の前記遺伝子多型から選択される遺伝子多型セットを、前記記録部に参照テーブルとして予め記録しておいた、前記疾患判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合し、第２の照合結果を前記記録部に記録する工程、
（ｃ）前記処理部が、前記第１の照合結果および前記第２の照合結果に基づいて、照合した複数の前記遺伝子多型セットについて、負の関連性を有する遺伝子多型セットの数と正の関連性を有する遺伝子多型セットの数との差を求めて、その偏度を算出する工程、及び
（ｄ）前記処理部が、算出した前記偏度から疾患危険度を評価する工程を含み、
対象の疾患が動脈硬化性疾患であり、前記疾患判定指標が頚動脈内膜中膜複合体肥厚度であり、
（１）前記疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型セットが、図１〜９のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットであり、且つ前記疾患判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型セットが、図１９〜２７のいずれかに記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットであるか、
（２）前記疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型セットが、図３８〜４３のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットであり、且つ前記疾患判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型セットが、図４８〜５１のいずれかに記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットである、疾患危険度の判定方法。
【請求項２】
前記被験試料について予め検出された前記遺伝子多型が、図３７に記載する９９個の遺伝子多型から選ばれた２以上の遺伝子多型である、請求項１に記載の疾患危険度判定方法。
【請求項３】
前記被験試料について予め検出された前記遺伝子多型が、遺伝子多型検出用プローブが配列されたアレイ上で、前記被験試料から調製したプローブと、前記アレイ上の前記遺伝子多型検出用プローブとがハイブリダイズされて検出された遺伝子多型である、請求項１または２に記載の疾患危険度判定方法。
【請求項４】
記録部と、処理部と、インタフェース部とを備え、
前記記録部が、遺伝子型を含む１以上の遺伝子多型から構成される第１の遺伝子多型セット、及び、該第１の遺伝子多型セットと疾患判定指標との間の正の関連性又は負の関連性を対応させた参照テーブルを予め記録し、
前記処理部が、被験試料の遺伝子型を有する複数の遺伝子多型を前記インタフェース部から取得して、前記記録部に記録し、
前記処理部が、前記記録部に記録した、前記被験試料の複数の遺伝子多型の中の所定数の遺伝子多型から第２の遺伝子多型セットを複数構成し、構成した複数の第２の遺伝子多型セットの各々と、前記参照テーブルにおける前記第１の遺伝子多型セットとを照合して、照合結果を前記記録部に記録し、
前記処理部が、照合の結果一致する前記第１の遺伝子多型セットがあると判断する場合に、照合の結果一致した前記複数の第２の遺伝子多型セットについて、正の関連性を有する遺伝子多型セットの数と負の関連性を有する遺伝子多型セットの数との差を求めて、前記被験試料に関する偏度を計算し、
前記処理部が、計算した前記偏度から疾患危険度を評価し、
対象の疾患が動脈硬化性疾患であり、前記疾患判定指標が頚動脈内膜中膜複合体肥厚度であり、
前記記録部が、前記第１の遺伝子多型セットと前記疾患指標との間の前記負の関連性又は正の関連性として、
（１）図１〜９のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットと、図１９〜２７のいずれかに記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットとを、前記参照テーブルに記録するか、
（２）図３８〜４３のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットと、図４８〜５１のいずれかに記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットとを、前記参照テーブルに記録する、疾患危険度判定装置。
【請求項５】
前記インタフェース部から取得する、前記被験試料の遺伝子型を有する前記遺伝子多型が、図３７に記載する９９個の遺伝子多型から選ばれた２以上の遺伝子多型である、請求項４に記載の疾患危険度判定装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、疾患危険度判定用遺伝子多型の決定方法に関する。また本発明は、かかる方法によって決定された遺伝子多型を用いて、個々の被験者について疾患危険度を判定する方法に関する。より詳しくは各種の疾患の予防、治療および診断に利用できる疾患危険度判定方法、それを実行するために使用できる疾患危険度判定装置および疾患危険度判定プログラムに関する。
【０００２】
さらに本発明は、上記疾患として糖尿病に起因して生じる動脈硬化性疾患に関する疾患危険度の判定に使用できる、疾患危険度判定用アレイ、疾患危険度判定方法、遺伝子マーカー、及び分析キットに関する。
【背景技術】
【０００３】
動脈硬化性疾患（虚血性心疾患）の発症には、高血圧、糖尿病、高脂血症、肥満、喫煙などの環境要件が、危険因子として関係することが知られているが、家族歴もまた、危険因子の一つである。近年の分子生物学的手法の発展により、動脈硬化に関係する遺伝子上に存在する種々の遺伝子多型が明らかになっており、疾病への関与が研究されている。【０００４】
このような動脈硬化性疾患を始めとして、各種の疾患について、被験者が有する個々の疾患に関与する遺伝子多型の遺伝子型等の情報に基づいて、当該被験者の疾患のなりやすさや進行しやすさ等のいわゆる「疾患危険度」が判定できれば、疾患の発症を予防したり進行を抑えるための事前対策が可能となる。すなわち、その疾患危険度の高いと判定された被験対象は、早期に日常から疾病の予防に心がけることができる。また、疾患の発症の可能性や発症後の進行度なども予測することもでき、被験者に応じてよりきめ細かい診断や治療が可能となる。【０００５】
しかし、動脈硬化疾患を始めとする各種の疾患に関して、これまで報告されてきたＳＮＰを含む遺伝子多型の臨床関連研究においては、単一の遺伝子多型を調べて、該遺伝子多型について一の遺伝子型の集団と、他の遺伝子型の集団とにおいて、それぞれ患者と健常者との割合を調べることにより、疾患になりやすさのオッズ比を算出している（非特許文献１）。このような調査方法では、ほとんどの多型は有意差がなく、遺伝子多型から疾患のなりやすさや進行しやすさ等の疾患危険度を予測することはできなかった。【０００６】
ましてや、検査を受ければ、そのうちの多くの被験者について高い確率で疾患危険度（疾患のなりやすさや進行しやすさ）を予測することができるような方法は全く存在しなかった。【０００７】
なお、出願人は、頸動脈内膜中膜複合体肥厚度との間に有意な正の関連性を有する複数の遺伝子多型を組み合わせて動脈硬化性疾患を判定する方法に関して、2003年4月14日付けで国際出願（PCT/IB03/01368）を行っている。その国際出願の国際調査で挙げられた文献（非特許文献２〜６）はいずれも頚動脈内膜中膜複合体肥厚度との間に有意な正の関連性を有する遺伝子多型に言及するものにすぎず、疾患危険度の判定に「正の関連性」とは逆の「負の関連性」を有する遺伝子多型を用いるという発想は全く記載されていない。
【非特許文献１】Yamada Y, Izawa H, Ichihara S, Takatsu F, Ishihara H, Hirayama H, Sone T, Tanaka M, Yokota M. Prediction of the risk of myocardial infarction from polymorphisms in candidate genes.N.Engl.J.Med. 2002; 347(24): 1916-23
【非特許文献２】Rauramaa R, et al., Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2000 Dec, vol.20, no.12, p.2657-2662
【非特許文献３】Chapman CM, et al., Arteriosclerosis. 2001 Nov, vol.159, no.1, p.209-217
【非特許文献４】McQuillan BM, et al., Circulation. 1999 May 11, vol.99, no.18, p.2383-2388
【非特許文献５】Terry JG, et al., Stroke. 1996 Oct. vol.27, no.10, p.1755-1759
【非特許文献６】Castellano M, et al, Circulation. 1995 Jun 1, vol.91, no.11, p.2721-2724）
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
本発明は、疾患のなりやすさや進行しやすさ等の疾患危険度の判定に関する従来の問題を解決し、以下の目的を達成することを課題とする。【０００９】
すなわち、第１に本発明は、各種の疾患について固有の疾患危険度判定用遺伝子多型を決定する方法を提供することを目的とする。また第２に本発明は、各種の疾患について、発症しやすさや進行しやすさ等が判定できて、疾患の予防および治療に利用できる疾患危険度判定方法、それに使用できる疾患危険度判定装置および動脈硬化性疾患危険度判定プログラム等を提供することを目的とする。さらに第３に本発明は、疾患の中でも特に糖尿病に起因して発症する動脈硬化性疾患について、疾患危険度判定用アレイ、疾患危険度判定方法、遺伝子マーカー、並びに疾患固有の遺伝子多型及び遺伝子多型セットを検出するための分析キットを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本発明者らは、糖尿病患者を対象として、遺伝子多型と、動脈硬化性疾患の判定指標である頚動脈内膜中膜複合体肥度との関係を定量的に解析していたところ、頚動脈内膜中膜複合体肥厚度と負の関連性（抵抗性）を有する遺伝子多型が存在することを見いだし、それらの遺伝子多型の２以上の組み合わせ（遺伝子多型セット）により、被験者について動脈硬化性疾患のかかりにくさ（発症しにくさ）が説明できることを確認した。更に、頚動脈内膜中膜複合体肥厚度との間に正の関連性（感受性）を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットと前記負の関連性（抵抗性）を有する遺伝子多型セットを組合せて、動脈硬化性疾患との関連を検討した場合には、正の関連性（感受性）を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットだけから判定するよりも、動脈硬化性疾患の疾患危険度がより高精度に判定できることを見出した。【００１１】
本発明者にかかる知見に基づいて、更に検討を進めていたところ、疾患危険度の判定において、動脈硬化性疾患だけでなく多くの疾患について、疾患感受性遺伝子多型（または遺伝子多型セット）と疾患抵抗性遺伝子多型（または遺伝子多型セット）の両方を組み合わせることにより、より精度の高い結果が得られることを確認した。また、本発明者は、上記研究において動脈硬化性疾患について用いた疾患感受性遺伝子多型（または遺伝子多型セット）と抵抗性遺伝子多型（または遺伝子多型セット）の決定方法が、他の疾患についても同様に適用できることを確信し、各種疾患に固有の遺伝子多型（感受性遺伝子多型、抵抗性遺伝子多型）の決定方法を確立した。【００１２】
本発明は、本発明者らの前記知見に基づくものであり、前記課題を解決するための手段は以下のとおりである。【００１３】
（１）  予め指定された複数の遺伝子多型の中から、遺伝子型を指定して所定数の遺伝子多型を抜き出し、遺伝子多型セットとする第１ステップと、
疾患の指標、及び遺伝子型を有する遺伝子多型を対応させて要素とした集合を用いて、前記遺伝子多型セットに関して、前記疾患の指標との関連性、及び該関連性の統計的有意性を計算する第２ステップと、
計算された前記関連性が、負の関連性であり且つ有意である場合に、前記遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を疾患危険度判定用遺伝子多型として採用する第３ステップとを含む疾患危険度判定用遺伝子多型の決定方法。【００１４】
（２）  図１〜９のいずれか一つの図に記載する負（抵抗性）の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有するか、または図３８〜４３のいずれか一つの図に記載する負（抵抗性）の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する、動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ、または図５６〜５８のいずれか一つの図に記載する負（抵抗性）の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する、心筋梗塞危険度判定用アレイ。【００１５】
（３）（ｂ）被験試料について検出された遺伝子多型を、疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型又は負の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程、を有するか、
さらに上記工程に加えて、
更に、
（ｂ'）疾患判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型又は正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程、及び
（ｃ）（ｂ'）の結果から、検出した遺伝子多型のセットについて、負の関連性と正の関連性とを対比してその偏度を算出する工程
を有する疾患危険度の判定方法。【００１６】
（４）  遺伝子型を含む１以上の遺伝子多型から構成される第１の遺伝子多型セット、及び、該遺伝子多型セットと疾患指標との正の関連性又は負の関連性を対応させた参照テーブルを記録した記録部と、
被験試料の遺伝子型を有する遺伝子多型を取得するインタフェース部と、
取得された前記被験試料の遺伝子多型の中の所定数の遺伝子多型から構成される第２の遺伝子多型セットと、前記参照テーブルにおける前記第１の遺伝子多型セットとを照合する処理部とを備え、
前記処理部が、照合の結果一致する前記第１の遺伝子多型セットがある場合に、該第１の遺伝子多型セットの正の関連性又は負の関連性に応じて、前記被験試料に関する偏度を計算することを特徴とする疾患危険度判定装置。【００１７】
（５）  コンピュータに、
被験試料の遺伝子型を有する遺伝子多型の入力を受け付ける機能、
遺伝子型を有する１以上の遺伝子多型から構成される第１の遺伝子多型セット、及び、該遺伝子多型セットと疾患指標との正の関連性又は負の関連性を対応させた参照テーブルを記録部に記録する機能、
前記被験試料の遺伝子多型の中の所定数の遺伝子多型から構成される第２の遺伝子多型セットと、前記参照テーブルにおける前記第１の遺伝子多型セットとを照合する機能、及び、
照合の結果一致する前記第１の遺伝子多型セットがある場合に、該第１の遺伝子多型セットの正の関連性又は負の関連性に応じて、前記被験試料に関する偏度を計算する機能とを実現させるための疾患危険度判定プログラム。【００１８】
（６）  コンピュータに、
被験試料の遺伝子型を有する遺伝子多型の入力を受け付ける機能、
遺伝子型を有する１以上の遺伝子多型から構成される第１の遺伝子多型セット、及び、該遺伝子多型セットと疾患指標との正の関連性又は負の関連性を対応させた参照テーブルを記録部に記録する機能、
前記被験試料の遺伝子多型の中の所定数の遺伝子多型から構成される第２の遺伝子多型セットと、前記参照テーブルにおける前記第１の遺伝子多型セットとを照合する機能、及び、
照合の結果一致する前記第１の遺伝子多型セットがある場合に、該第１の遺伝子多型セットの正の関連性又は負の関連性に応じて、前記被験試料に関する偏度を計算する機能とを実現させるための疾患危険度判定プログラム
を記録したコンピュータ読取可能な記録媒体。【００１９】
（７）  図１〜９のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型、または図３８〜４３のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む動脈硬化性疾患抵抗性の遺伝子マーカー、または図５６〜５８のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む心筋梗塞抵抗性の遺伝子マーカー。【００２０】
（８）（i）図１〜９のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブ、または
（ii）図３８〜４３のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブ、
を含む、動脈硬化性疾患抵抗性遺伝子多型分析用キット。【００２１】
（９）  図５６〜５８のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブを含む、心筋梗塞抵抗性遺伝子多型分析用キット。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１−Ａ】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−２以下）。
【図１−Ｂ】上記図の続き。
【図２−Ａ】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−３以下）。
【図２−Ｂ】上記図の続き。
【図３−Ａ】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−４以下）。
【図３−Ｂ】上記図の続き。
【図４−Ａ】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−５以下）。
【図４−Ｂ】上記図の続き。
【図５−Ａ】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−６以下）。
【図５−Ｂ】上記図の続き。
【図６】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−７以下）。
【図７】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−８以下）。
【図８】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−９以下）。
【図９】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−１０以下）。
【図１０】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−２以下）。
【図１１】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−３以下）。
【図１２】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−４以下）。
【図１３】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−５以下）。
【図１４】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−６以下）。
【図１５】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−７以下）。
【図１６】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−８以下）。
【図１７】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−９以下）。
【図１８】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−１０以下）。
【図１９−Ａ】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=２以上）。
【図１９−Ｂ】上記図の続き。
【図１９−Ｃ】上記図の続き。
【図２０−Ａ】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=３以上）。
【図２０−Ｂ】上記図の続き。
【図２１】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=４以上）。
【図２２】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=５以上）。
【図２３】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=６以上）。
【図２４】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=７以上）。
【図２５】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=８以上）。
【図２６】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=９以上）。
【図２７】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=１０以上）。
【図２８】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=２以上）。
【図２９】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=３以上）。
【図３０】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=４以上）。
【図３１】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=５以上）。
【図３２】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=６以上）。
【図３３】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=７以上）。
【図３４】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=８以上）。
【図３５】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=９以上）。
【図３６】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=１０以上）。
【図３７−Ａ】は、動脈硬化性疾患に対して関連性を有する遺伝子多型を列記したものである。
【図３７−Ｂ】上記図の続き。
【図３８】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−２以下）。
【図３９】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−３以下）。
【図４０】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−４以下）。
【図４１】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−５以下）。
【図４２】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−６以下）。
【図４３】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−７以下）。
【図４４】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−２以下）。
【図４５】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−３以下）。
【図４６】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−４以下）。
【図４７】動脈硬化性疾患に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−５以下）。
【図４８−Ａ】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=２以上）。
【図４８−Ｂ】上記図の続き。
【図４９−Ａ】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=３以上）。
【図４９−Ｂ】上記図の続き。
【図５０】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=４以上）。
【図５１】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=５以上）。
【図５２】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=２以上）。
【図５３】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=３以上）。
【図５４】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=４以上）。
【図５５】動脈硬化性疾患に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=５以上）。
【図５６】心筋梗塞に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−２以下）。
【図５７】心筋梗塞に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−３以下）。
【図５８】心筋梗塞に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=−４以下）。
【図５９】心筋梗塞に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−２以下）。
【図６０】心筋梗塞に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−３以下）。
【図６１】心筋梗塞に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−４以下）。
【図６２】心筋梗塞に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=−５以下）。
【図６３】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=２以上）。
【図６４】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=３以上）。
【図６５】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=４以上）。
【図６６】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=５以上）。
【図６７】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=６以上）。
【図６８】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=７以上）。
【図６９】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを示す（Odds=８以上）。
【図７０】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=２以上）。
【図７１】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=３以上）。
【図７２】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=４以上）。
【図７３】心筋梗塞に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を列記したものである（Odds=５以上）。
【図７４】本発明の実施の形態に係る疾患危険度判定用遺伝子多型の決定方法を示すフローチャートである。
【図７５】本発明の実施の形態に係る疾患険度判定装置を含むシステム全体を示すブロック図である。
【図７６】本発明の実施の形態に係る疾患険度判定装置が行う危険度の判定処理を示すフローチャートである。
【図７７】実施例１の結果を示す図面である。本発明の方法により判断された動脈硬化性疾患高危険度例または動脈硬化性疾患低危険度例が、臨床的見地からの判断と一致する割合及び一致しない割合を、それぞれ「Sensitivity率（正答率）」及び「false positive率（誤答率）」として求めたものである、□は感受性「説明ＳＳＮＰ」のみ、△は抵抗性「説明ＳＳＮＰ」のみ、●は感受性「説明ＳＳＮＰ」及び抵抗性「説明ＳＳＮＰ」の両者で、推定したSensitivity率（正答率）、及びfalse positive 率（誤答率）の計算値を示す。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２３】
以下、本発明をより詳細に説明する。
（用語）
「遺伝子多型」とは、同一集団内において、一つの遺伝子座に２種類以上の対立遺伝子（アレル）が存在する遺伝子の多様性を意味する。具体的には、ある集団において一定の頻度以上で存在する遺伝子の変異を示す。ここでいう遺伝子の変異は、ＲＮＡとして転写される領域に限定されるものではなく、プロモーター、エンハンサー等の制御領域などを含むヒトゲノム上で特定しうるすべてのＤＮＡにおける変異を含むものである。ヒトゲノムＤＮＡの９９．９％は各個人間で共通しており、残る０．１％がこのような多様性の原因となり、特定の疾患に対する感受性、薬物や環境因子に対する反応性の個人差として関与し得る。遺伝子多型があっても表現型に差が出るとは限らない。なお、ＳＮＰ（一塩基多型）も遺伝子多型の一種であるが、本発明が対象とする遺伝子多型はこれに限られない。【００２４】
本明細書で示す遺伝子型（Genotype）は、「１」は置換塩基のうち塩基のアルファベット順（Ａ、Ｃ、Ｇ、Ｔ）で前にくる塩基を有する多型のホモを、「２」はヘテロを、「３」は、置換塩基のうち塩基のアルファベット順で後にくる塩基を有する多型のホモを表す。例えば遺伝子多型が、ＮＣＰ−１（Ａ−２５１８Ｇ）のように示される場合、Ａ／Ａのホモを遺伝子型１、ヘテロ（Ａ／Ｇ）を遺伝子型２、Ｇ／Ｇのホモを遺伝子型３という。「１２」は前記１と２の遺伝子型（Genotype）の両方の遺伝子型、「２３」は前記２と３の遺伝子型（Genotype）の両方の遺伝子型を表す。【００２５】
「遺伝子多型セット」とは、複数の遺伝子多型の組合せをいう。ここで複数の遺伝子多型とは、異なる遺伝子座を有する２種以上の遺伝子多型を意味する。また、ここで「遺伝子多型」は、遺伝子型（Genotype）を考慮したものであって、それを含むものである。すなわち、本発明において「遺伝子多型」とは特定の遺伝子型（Genotype）を有する遺伝子多型を意味する。【００２６】
本発明において「遺伝子多型セット」とは特に、対象とする疾患に対して、組合せ全体として、負（抵抗性）または正（感受性）の関連性を示す「遺伝子多型の組合せ」をいう。こうした遺伝子多型セット（組合せ）の一例を示したものが、図１〜９及び図３８〜４３〔動脈硬化性疾患のに対して負の関連性を示す遺伝子多型セットの群〕、図１９〜２７及び図４８〜５１（動脈硬化性疾患に対して正の関連性を示す遺伝子多型セットの群）、図５６〜５８（心筋梗塞に対して負の関連性を示す遺伝子多型セットの群）、図６３〜６９（心筋梗塞に対して正の関連性を示す遺伝子多型セットの群）である。すなわち、これらの各図において、各行（横一列）には、全体として疾患に対して正または負の関連性を示す、遺伝子多型（SNP）の組合せが示されていることになる。なお、図１９〜２７には、一行に、２または３つの遺伝子多型が示されている場合のほか、単一の遺伝子多型が示されている場合がある。この場合、当該遺伝子多型は、単独で動脈硬化性疾患に対して正の関連性を示す遺伝子多型であるといえる。なお、本明細書では、説明が複雑になるのを避けるために、当該単一の遺伝子多型についても「遺伝子多型セット」として説明する。【００２７】
図１を例にすると、当該図の各行には、動脈硬化性疾患の指標に対して負の関連性を示す遺伝子多型セットが記載されている。具体的には、一行目には、左欄から「ＣＦ１２」（FactorXII遺伝子）（Genotype：３）、「ＢＫＲ１」（bradykinin B2 receptor遺伝子）（Genotype：３）、及び「ＩＬ−１８２」（Interleukin-18遺伝子）（Genotype：１２）からなる遺伝子多型セットが記載されている。「ＣＦ１２」には、46位がＧまたはＴである対立遺伝子が存在するので（図３７参照）、上記定義に従うと、左欄には「ＣＦ１２」の遺伝子多型の遺伝子型３：Ｔ／Ｔが記載されていることになる。また「ＢＫＲ１」には、-58位がＣまたはＴである対立遺伝子が存在するので（図３７参照）、同様に上記定義に従うと、中欄には「ＢＫＲ１」の遺伝子多型の遺伝子型３：Ｔ／Ｔが記載されていることになる。さらに「ＩＬ−１８２」には、-137位がＧまたはＣである対立遺伝子が存在する（図３７参照）。ここで遺伝子多型セットを構成する「ＩＬ−１８２」の遺伝子型が「１２」であるから、右欄には「ＩＬ−１８２」の遺伝子多型の遺伝子型１：Ｃ／Ｃと２：Ｃ／Ｇの二つが記載されていることになる。そこで、これらの３つの遺伝子多型が有する遺伝子型の組合せを考えると、Ｔ／Ｔ（CF12）とＴ／Ｔ（BKR1）とＣ／Ｃ（Il-182）との組合せ（セット）、及びＴ／Ｔ（CF12）とＴ／Ｔ（BKR1）とＣ／Ｇ（Il-182）との組合せ（セット）の２通りの遺伝子多型セットが記載されていることになる。【００２８】
なお、ここでこれら２通りの遺伝子多型セットを、個々に遺伝子多型セットとして用いることもできるが、Ｃ／Ｃ（Il-182）とＣ／Ｇ（Il-182）とを、Ｃ／？（Il-182）〔？は可能な候補、ここではＧとＣを意味する〕として統合して、Ｔ／Ｔ（CF12）、Ｔ／Ｔ（BKR1）及びＣ／？（Il-182）の一通りの遺伝子多型セットとして、用いることもこともできる。【００２９】
「動脈硬化性疾患」とは、広く虚血性疾患を含むものであり、狭心症、心筋梗塞、脳梗塞、末梢動脈閉塞症が含まれる。本発明が対象とする動脈硬化性疾患は、特に糖尿病に起因して発症する動脈硬化性疾患である。「動脈硬化性疾患危険度」とは、上記動脈硬化性疾患の発症しやすさ、進行しやすさを表す指標である。また、「心筋梗塞」は動脈硬化性疾患の一種であるが、「心筋梗塞危険度」とは動脈硬化性疾患の中でも特に心筋梗塞に注目して、その発症しやすさや進行しやすさを表す指標である。【００３０】
（１）疾患危険度判定用遺伝子多型の決定方法
本発明に係る疾患危険度判定用遺伝子多型の決定方法は、被験者がどの程度疾患にかかり易いか、若しくはどの程度疾患が進行し易いか（疾患危険度）の判定に使用される、疾患危険度判定用遺伝子多型の決定方法を提供する。以下においては、動脈硬化性疾患を例に説明するが、本発明はこれに限定されず、遺伝子との関連性を有する疾患に適用することができる。その場合、疾患に応じた判定指標（例えば、動脈硬化性疾患であれば頚動脈内膜中膜複合体肥厚度、腎症であれば尿中のアルブミン排泄率、心筋梗塞であれば心電図上の陳旧性（abnormal Q）心筋梗塞波形の有無又は心筋梗塞の既往の有無）を用いて、後述する相関性を評価すればよい（例えば、日本糖尿病学会編  糖尿病治療ガイド  ２００４−２００５、文光堂参照）。【００３１】
（１−１）動脈硬化性疾患危険度判定用遺伝子多型の場合
本発明に係る動脈硬化性疾患危険度判定用遺伝子多型の決定方法に関して、図７４に示したフローチャートに従って説明する。尚、ここでの処理は、ＣＰＵ、メモリ、記録装置（例えばハードディスク）、操作装置（例えば、キーボード、マウス）、表示装置（例えば、ＣＲＴディスプレイ）などを備えたコンピュータを用いて行うこととして説明する。即ち、処理対象データは、操作部などから入力されて記録部に記録されており、ＣＰＵが、メモリをワーク領域として使用して各処理を実行し、処理の途中結果、最終結果は、必要に応じて記録部の所定領域に記録される。【００３２】
まず、事前に目的疾患である動脈硬化性疾患に関係する遺伝子の情報を、文献、患者カルテなどから収集し、本決定方法で使用する遺伝子多型を選択する。この予備選択は、当業者の経験に基づき行うこともできるが、疾患名称又はこれに関連する言葉をキーワードとして、コンピュータを用いて種々の専門機関で構築されたデータベースを検索し、ヒット件数などに応じて選択してもよい。予備選択された遺伝子多型の一例を、図３７に示す。【００３３】
図３７には、種々の文献から取得した約２００の遺伝子多型の中から、経験によって選択した９９の遺伝子多型がリストされている（図３７の詳細な説明は後述する）。尚、本明細書において示される各図の番号は、枝番が明示的に示されている場合を除いて、全ての枝番を含むものとする。従って、図３７と記載した場合は、図３７−Ａ及び図３７−Ｂを意味する。【００３４】
図７４に示したフローチャートは、上記の予備選択によって選択された所定数の遺伝子多型を用いて行われる。【００３５】
また、動脈硬化性疾患の判定指標として頚動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）（以下、ＩＭＴと記す）を用い、これと遺伝子多型との関連性を統計的に解析する。ＩＭＴの測定に関しては後述する。従って、予め記録部には、母集団の構成要素である各人の疾患の判定指標であるＩＭＴと、各人が持っている遺伝子多型（遺伝子型を有する。以下同じ）とが対応付けられて、被解析データとして記録されていることとする。被解析データは、例えば各人に付与した個人ＩＤを用い、｛個人ＩＤ，ＩＭＴ，複数の遺伝子多型｝の形式で記録されている。【００３６】
ステップＳ１において、ステップＳ２以降の処理で使用するしきい値TH1、TH2、繰り返し処理のカウンタの上限値ｋmaxを設定し、カウンタｋに初期値として１を設定する。TH1及びTH2はそれぞれ、後述するOdds（オッズ比）及びKai（カイ二乗値）に対するしきい値である。ここで、TH1は２以上の値、TH2は統計的な有意性を決めるしきい値であり、０以上の値である。例えば、TH2＝６．６３であり、この場合、対象とする事象が起こる確率ＰがＰ＜０．０１である。また、上限値ｋmaxは２〜５が好ましく、より好ましくは２又は３である。解析が煩雑にはなるが、上限値ｋmaxが６以上、即ち遺伝子多型６個以上から構成される遺伝子多型セットに対して処理を行ってもよい。【００３７】
ステップＳ２において、予備選択した遺伝子多型Ｇｉ（ｉ＝１〜ｎ）の中から、遺伝子型を有する遺伝子多型を選択し、これを１つのセットとする。【００３８】
ステップＳ３において、ステップＳ２で選択されたセットが、それより以前の繰り返し処理において、後述するステップＳ４の処理で有意性ありと判断された遺伝子多型セットを含んでいるか否かを判断し、含んでいると判断した場合、ステップＳ５に移行し、含んでいないと判断した場合、ステップＳ４に移行する。ｋ＝１の場合にはステップＳ４に移行する。【００３９】
ステップＳ４において、ステップＳ２で指定されたセットに対して、Odds（オッズ比）及びKai（カイ二乗値）を計算し、Odds≦−TH1且つKai≧TH2である場合のみ、セットと対応させてOdds及びKaiを記録する。具体的には、そのセットを構成する遺伝子多型Ｇｊを全て含む個人ＩＤに対応するＩＭＴを用いて、そのセットのOddsを計算する。Odds（オッズ比）の計算方法は、文献（Yamada Y, Izawa H, Ichihara S, Takatsu F, Ishihara H, Hirayama H, Sone T, Tanaka M, Yokota M. Prediction of the risk of myocardial infarction from polymorphisms in candidate genes.N.Engl.J.Med. 2002; 347(24): 1916-23）などにより公知であり、Kai（カイ二乗値）の計算方法は統計学上周知であるので、これらの計算方法の詳細は省略する。但し、Oddsの値は、通常０以上の値であるが、本明細書中では、公知の方法で計算したOddsが１以上である場合、その値をそのまま使用するが、１よりも小さい場合には、公知の方法で計算したOddsから−１／Oddsを計算し、これをOddsとする。このとき、遺伝子多型の遺伝子型が１と２の場合をまとめて１つのセットとすることもできるが、遺伝子多型の遺伝子型が１の場合と、１２をまとめた場合との両方とも、Odds≦−TH1且つKai≧TH2に該当する場合には、所定の基準で取捨選択することが好ましい。例えば、Kaiの大きい方、Oddsの絶対値の大きい方、または、後述の第３寄与率の大きい方を採用するなどによって、取捨選択する。
【００４０】
ステップＳ５において、ｋ個の遺伝子多型からなる全てのセットに関して、ステップＳ２〜Ｓ４の処理を終了したか否かを判断し、終了するまでステップＳ２〜Ｓ４の処理を繰り返す。【００４１】
ステップＳ６において、ｋが上限値ｋmaxよりも大きいか否かを判断し、ｋ＞ｋmaxでないと判断した場合、ステップＳ７に移行してカウンタｋを１増加させてステップＳ２に戻る。これによって、ｋ＝１〜ｋmaxまで、ステップＳ２〜Ｓ７が繰り返される。【００４２】
以上のステップＳ２〜Ｓ７の処理によって、疾患指標（ここではＩＭＴ）と負の関連性（Oddsが負）を有するセットが決定される。例えば、図３７に示した遺伝子多型を用い、ｋmax＝３、TH2＝６．６３とした場合、TH1＝２と設定すれば図１に示したセットが得られ、TH1＝３と設定すれば図２に示したセットが得られる。尚、各図における各項目の意味は後述する。ｋmax＝３、TH2＝６．６３の条件で、同様に、図３はTH1＝４とし、図４はTH1＝５とし、図５はTH1＝６とし、図６はTH1＝７とし、図７はTH1＝８とし、図８はTH1＝９とし、図９はTH1＝１０として、得られたセットを表している。【００４３】
ステップＳ８において、ステップＳ２〜Ｓ７と同様に、正の関連性（Oddsが正）を有するセットを決定する処理を行うために、カウンタｋをリセット、即ちｋ＝１とする。【００４４】
ステップＳ９〜Ｓ１４において、ステップＳ２〜Ｓ７と同様の処理を行う。但し、ステップＳ１０では、それより以前の繰り返し処理において、ステップＳ１１の処理で有意性ありと判断されたセットを構成する遺伝子多型を含んでいるか否かを判断する。また、ステップＳ１１においては、Odds≧TH1且つKai≧TH2である場合のみ、セットと対応させてOdds及びKaiを記録する。【００４５】
以上のステップＳ９〜Ｓ１４の処理によって、疾患指標（ここではＩＭＴ）と正の関連性（Oddsが正）を有するセットが決定される。例えば、図３７に示した遺伝子多型を用い、ｋmax＝３、TH2＝６．６３とした場合、TH1＝２と設定すれば図１９に示したセットが得られ、TH1＝３と設定すれば図２０に示したセットが得られる。ｋmax＝３、TH2＝６．６３の条件で、同様に、図２１はTH1＝４とし、図２２はTH1＝５とし、図２３はTH1＝６とし、図２４はTH1＝７とし、図２５はTH1＝８とし、図２６はTH1＝９とし、図２７はTH1＝１０として、得られたセットを表している。【００４６】
以上で、動脈硬化性疾患の危険度を判定する場合に有効である遺伝子多型のセットを決定することができた。【００４７】
尚、図７４に示したフローチャートに対して、例えば、以下に示すように種々の修正を行い、または処理の追加を行うことができる。【００４８】
例えば、上記では、疾患指標（ここではＩＭＴ）と正／負の関連性の何れも同等に扱ったが、何れかを重視した処理としてもよい。即ち、負の関連性を重視し、まず負の関連性を有するセットを決定し、その結果を考慮して正の関連性を有するセットを決定してもよく、逆に正の関連性を重視し、最初に正の関連性を有するセットを決定し、その結果を考慮して、負の関連性を有するセットを決定してもよい。例えば、負の関連性を重視する場合、図７４に示したステップＳ１０において、それより以前の繰り返し処理において、ステップＳ１１の処理で有意性ありと判断されたセットを構成する遺伝子多型を含んでいるか否かを判断するのに加えて、ステップＳ４で有意性ありと判断されたセットを構成する遺伝子多型を含んでいるか否かを判断するようにすればよい。また、正の関連性を重視する場合、図７４に示したフローチャートにおいて、ステップＳ４とステップＳ１１におけるOddsの判定式（Odds≦−TH1及びOdds≧TH1）を入れ換えて、ステップＳ１０において、それより以前の繰り返し処理において、ステップＳ１１の処理で有意性ありと判断されたセットを構成する遺伝子多型を含んでいるか否かを判断するのに加えて、ステップＳ４で有意性ありと判断されたセットを構成する遺伝子多型を含んでいるか否かを判断するようにすればよい。その結果得られるセットの一例を、図３８〜図４３、及び図４８〜図５１に示す。図３８〜４３は、それぞれTH1＝２〜７の値に対応する負の関連性を有するセットを表す。また、図４８〜図５１は、それぞれTH1＝２〜５の値に対応する正の関連性を有するセットを表す。【００４９】
また、上記では、疾患危険度の判定に有効である遺伝子多型のセットを決定したが、さらに、遺伝子多型の数を減らす必要がある場合には、各々の遺伝子多型をランク付けし、ランクに応じて遺伝子多型を選別してもよい。【００５０】
例えば、Oddsに応じて遺伝子多型を取捨選択することができる。その結果、例えば、図１（TH1＝２）に対応して、図１０に示した遺伝子多型が決定される。同様に、図１１〜図１８が、図２（TH1＝３）〜図９（TH1＝１０）から、図２８〜図３６が、図１９（TH1＝２）〜図２７（TH1＝１０）から、それぞれ得られる。【００５１】
また、より有効な遺伝子多型セットを選択する手法の一例を示せば、以下の通りである。【００５２】
先ず、母集団中の被験者に関して、図７４に示した一連の処理によって決定された遺伝子多型の各々のセットに関して、各Case（疾患者）ごとに、いくつの遺伝子多型セットで説明し得るかを決定して第１寄与率を計算する。たとえば、５つのセット（その中の１つのセットをSet20とする）でCase#210が説明されたとすると、その症例（Case#210）に対する一つのセット（例えばSet20）の第１寄与率（Caseに対する寄与率）を１／５＝０．２とする。【００５３】
次に、セットが説明した各Caseごとの第１寄与率の総和（Set20が１０のCaseを説明したとすると、１０のCaseについての総和）を求めた値から、各々の遺伝子多型の遺伝子型ごとの第２寄与率を求める。例えば、Set20が、SNP1-1とSNP13-23との２つの遺伝子多型からなるセットであれば、Set20の第１寄与率の総和を等分し、遺伝子多型の遺伝子型ごとに割り付ける。例えば、Set20に対する第１寄与率の総和が１．４になったとすると、SNP1-1、SNP13-23にそれぞれ１．４／２＝０．７を割り当てる。すべてのセットごとに第１寄与率の総和を各遺伝子多型に割り当て（３つの遺伝子型を有する遺伝子多型のセットならば３等分する）、遺伝子多型の遺伝子型ごとの第２寄与率を計算する。尚、図１０〜図１８、図２８〜図３６では、各遺伝子多型が、第２寄与率（図示せず）の大きい順に上から並べられている。
【００５４】
さらに、各々の遺伝子多型の遺伝子型ごとの第２寄与率の中の最大値を、その遺伝子多型の第３寄与率とし、最大寄与率を示す遺伝子多型の遺伝子型をその遺伝子多型の有効な遺伝子型とする。例えば、ACE-DD(1)の第２寄与率が５、ACE-DD+D/I(1+2)の第２寄与率が２とすると、ACE-DDを有効な遺伝子多型とし、第３寄与率を５とする。【００５５】
さらに、図７４に示した一連の処理によって決定された遺伝子多型のセットのうち、上記の有効な遺伝子多型を含むセットのみを選択する。たとえば、ACEの有効な遺伝子型がDDとすると、DD+D/I(1+2)のACE遺伝子型を含んでいるセットを破棄する。【００５６】
その結果、例えば、図３８（TH1＝２）に対応して、図４４に示した遺伝子多型が決定される。同様に、図４５〜４７が、図３９（TH1＝３）〜図４３（TH1＝７）から、図５２〜図５５が、図４８（TH1＝２）〜図５１（TH1＝５）からそれぞれ得られる。図４４〜図４７では、遺伝子多型が、第３寄与率の大きいものから順に上から並べられている。【００５７】
寄与率は、各々の遺伝子多型とＩＭＴとの関連性、即ち、各々の遺伝子多型と動脈硬化性疾患との関連性の高さを示す指標になり得る。よって、寄与率が所定以上の遺伝子多型を選択することで、より少ない遺伝子多型を用いて、後述する危険度判定を行うことができる。このとき、選択のしきい値を適切に指定すれば、精度をほとんど低下させることがない。【００５８】
また、臨床データが増えた場合、それらを含む新たな被解析データの集合に対して、上記した疾患危険度判定用遺伝子多型決定方法を適用することによって、より有効な遺伝子多型セットを決定することができ、疾患危険度の判定精度を向上することができる。【００５９】
また、個人の遺伝子多型情報自体をＩＤとして利用することができる。例えば、上記したように被解析データが｛個人ＩＤ，疾患指標の値，複数の遺伝子多型｝の形式で記録されており、個人ＩＤが各病院によって付与され、管理されている場合、対象者が病院を変わると個人ＩＤも変わってしまい、個人の履歴を追跡することができず、被解析データを有効利用することができない。しかし、遺伝子多型情報は不変の個人固有の情報であるので、遺伝子多型情報自体をＩＤとして使用することによって、個人ＩＤを使用することなく、過去の被解析データ、特に過去の疾患指標の値（例えば、動脈硬化性疾患であればＩＭＴの測定値）を利用することができる。これによって、個人の履歴を考慮した解析を行うことができ、疾患危険度の判定に、より有効な遺伝子多型を決定することができる。ここで、被解析データは、｛個人ＩＤ，疾患指標の値，複数の遺伝子多型｝に限定されず、疾患指標の値以外に種々の臨床データなどが付加されていてもよい。【００６０】
（１−２）心筋梗塞危険度判定用遺伝子多型の場合
心筋梗塞に関しても、疾患の指標として、心電図上の陳旧性（abnormal Q）心筋梗塞波形の有無又は心筋梗塞の既往の有無を使用して、上記と同様の処理を行うことによって、危険度の判定に有効な遺伝子多型、及び遺伝子多型のセットを決定することができる。【００６１】
例えば、図５６〜図５８は、それぞれTH1＝２〜４として決定した、心筋梗塞と負の関連性を有する遺伝子多型のセットを表す。また、図６３〜図６９は、それぞれTH1＝２〜８として決定した、心筋梗塞と正の関連性を有する遺伝子多型のセットを表す。また、図５９〜図６２は、それぞれ図５６〜図５８（TH1＝２〜３）を用いて決定した遺伝子多型を表す。また、図７０〜図７３は、それぞれ図６３〜図６９（TH1＝２〜８）を用いて決定した遺伝子多型を表す。【００６２】
尚、図３７に記載の遺伝子多型は、下記の群に分類することができる。
ａ）脂質関連遺伝子多型群
ｂ）血圧関連遺伝子多型群
ｃ）代謝関連遺伝子多型群
ｄ）インスリン抵抗性関連遺伝子多型群
ｅ）接着因子関連する遺伝子多型群
ｆ）酸化ストレス関連遺伝子多型群
ｇ）炎症反応関連遺伝子多型群
ｈ）凝固線溶系関連遺伝子多型群
ｉ）肥満関連遺伝子多型群
ｊ）細胞増殖又は血管増殖関連遺伝子多型群。【００６３】
ここで、ある因子に関連する遺伝子多型群とは、該因子に係る遺伝子のエクソン、イントロンに存在する多型に限られず、プロモーター領域、３’非翻訳領域、５’非翻訳領域等に存在する多型も含まれる。一般にコーディング領域中の多型は、アミノ酸配列を変化させたり、ｍＲＮＡの発現量を変化させる場合があるし、調節領域中の多型であっても、ｍＲＮＡの発現量を変化させたり、スプライシングを変化させる場合があり、いずれも、タンパク質の発現量や、性質を変化させる可能性もある。【００６４】
より具体的に、
ａ）脂質関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、ABCA1、HUMPONA、PPAR gamma、hepatic lipase(C-480T)、Apo E(Cys112Arg)、PON1(Gly192Arg)、microsomal triglyceride transfer protein(G-493T)、CETP(Arg451Glu)、lipoprotein lipase(Ser447STOP)、PPARgamma(Leu162Val)、ABCC6(C3421T)、apolipoproteinE(E3 inexon 4(Arg 158Cys)、adiponectin(T94G)、Adiponectin(G276T)、Scavenger receptor BI=CLA-1(G4A(Gly2SEr))、LDL receptor related protein(C766T)、adiponectin(Arg112Cys)、Scavenger receptor BI=CLA-1(G403A(Val135Ile))などが挙げられる。【００６５】
ｂ）血圧関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、Dopamine-D2receptor(Ser311Cys)、ACE(I/D)、AT2-receptor(A1166C)、angiotensinogen(t704c)、HANP(T2238C)、HANP(C708T)、bradykinin B2 receptor(C-58T)、endothelin-1(G5665T)などが挙げられる。【００６６】
ｃ）代謝関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、Alfa#estrogen#receptor(P vuII)、MTHFR(C677T)、CYP2J2*2(A14487G)、CYP2J2*3(C14532T)、CYP2J2*4(15028T)、CYP2J2-6(A25661T)、CYP2C9*3(Leu359Ile)、CYP3A4(A-290G)などが挙げられる。【００６７】
ｄ）インスリン抵抗性関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、Enos(T-786C)、glycogen#synthase((M416V)、IRS-1(G3494A(Gly972Arg))、Enos (Glu298Asp(G894T))、TGF beta(T29C(Leu10Pro))、resistin(ATG repeat)(1:6/6,2:6/7,3:7/7,4:7/8,5:8/8)、RAGE(Gly82Ser)、PGC-1(G1302A(Thr394Thr))、PGC-1(G1564A(Gly482Ser))などが挙げられる。【００６８】
ｅ）接着因子関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、P-selectin(A76666C(Thr715Pro))、fractalkine#receptor(G84635A(Val249Ile))、connexin37(C1019T(Pro319Ser))、E-selectin(G98T)、E-selectin(Ser128Arg)、ICAM1(E469K)、GlycoproteinVI(Ser219Pro)、glycoproteinIa(C807T)などが挙げられる。【００６９】
ｆ）酸化ストレス関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、p22phox(C242T(His72Tyr))、Mitochondria(A5178C)、Mitochondria(A12026G)、EPHX2(Arg402-403ins.inExon13)、Mitochondria(C1310T)、Mitochondria(T14577C)などが挙げられる。【００７０】
ｇ）炎症反応関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、IL-6(G-174C)、CRP(G1059C)、TNFalfa(G-238A)、interleukin6(C-634G)、MPO(G-463A)、TNF-alfa(G-308A)、CD18(C1323T)、LTA(A252G)、LTA(C804A(Thr26Asn))、C-C chemokine receptor 2(G190A)、Interleukin10(G-1082A)、interleukin 1 beta(C3953T)、IL-18(C-607A)、IL-10(C-819T)、IL-18(G-137C)、interleukin 1 receptor antagonist(tandem repeat (2 repeat) in intron 2)などが挙げられる。【００７１】
ｈ）凝固線溶系関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、PIIbIIIa(C1565T(PIA2))、Thrombomodulin(G-33A)、FactorXII、serotonin#2A#receptor(T102C)、PAI-1(4G-668/5G)、GPIa(A1648G)、beta Fib(C148T)、prothrombin(G20210)、alfa-Fib(Thr312Ala)、FactorV(G1691A)、GP Ia(G873A)、Thrombospondin4(G1186C(Ala387Pro))、Thrombospondin-1(A2210G)、von Willebrand Factor (G-1051A)、Thrombopoietin(A5713G)などが挙げられる。【００７２】
ｉ）肥満関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、beta3 adrenoceptor(Trp64Arg)、beta2 Adrenoreceptor(C79T)、beta-adrenergic receptor(A46G)、beta2 adrenoceptor(C491T)などが挙げられる。【００７３】
ｊ）細胞増殖又は血管増殖関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型としては、VEGF(C-634G)、Glutamate-cystein ligase(C-588T)などが挙げられる。【００７４】
また、本発明で用いる遺伝子多型に含め得る遺伝子多型として、その他に、neuropepyideY(T1128C(Leu7Pro))、MMP-12(A-82G)、mmp-9=Gelatinase B(C-1562T)、MCP-1(A-2518G)、HPA-2(Thr145Met)、MMP7(C-153T)、matrilyn promoter(A-181G)、AMPD(C34T)、Methionine synthase(A2756G(Asp919gly))、matrix Gla protein (G-7A)なども挙げられる。【００７５】
（２）疾患危険度判定用アレイ
本発明は、被験者が保有する遺伝子多型に基づいて、当該被験者について疾患のかかりやすさや進行しやすさ（疾患危険度）を判定するために使用される、疾患危険度判定用アレイを提供する。本発明に係るアレイは、かかる遺伝子多型を検出するためのプローブを高密度に整列させて、シリコンウェハーやガラススライド等の支持体上に固定化したものである。ここでプローブとしては、特定の遺伝子多型を特異的に認識して捕捉するものであればよい。具体的には、遺伝子多型に対応する塩基配列又はその相補配列の全部又は一部からなる塩基配列を有するプローブを挙げることができる。【００７６】
本発明は特に、動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ、及び心筋梗塞危険度判定用アレイを提供する。【００７７】
（２−１）動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ
本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、動脈硬化性疾患のかかりやすさ（発症しやすさ）や進行しやすさを判定するために使用することができる。好適には、糖尿病またはその傾向がある被験者に対して、動脈硬化性疾患の危険度を判定するために使用することができる。本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、動脈硬化性疾患の判定指標となる“頚動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）”との間に有意な負（抵抗性）の関連性を有する「負（抵抗性）の遺伝子多型セット」を構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する、という特徴を有する。遺伝子多型セットがＩＭＴに対して「負の関連性」があるか否かは、上記（１）の方法で求められたオッズ比（Odds)から判断することができる。すなわち、Oddsの値が負（マイナス）である場合を「負の関連性」があるとし、逆にOddsの値が正（プラス）である場合は「正の関連性」があると判定することができる。なお、この正または負の関連性に有意性があるか否かは、Kai値で評価することができる。【００７８】
かかる「負（抵抗性）の遺伝子多型セット」として、具体的には、図１〜９及び図３８〜４３の各図に掲げる「負（抵抗性）の遺伝子多型セット」を例示することができる。より詳細には、図１〜９及び図３８〜４３の各図において、各行（横一列）に列記した遺伝子多型（ＳＮＰ）の組合せが、一つの「動脈硬化性疾患に関する負（抵抗性）の遺伝子多型セット」を意味する。尚、先にも説明したように、例えば図１は「図１−Ａ」とそれに続く「図１−Ｂ」という枝番で示された２つ図から構成されているが、単に「図１」という場合は「図９−Ａ」と「図９−Ｂ」の両方を指すものである（以下、枝番で示される図を含むものについても同様）。なお、ここで「遺伝子多型」とは、前述するように、遺伝子型（Genotype）を包含するもの、すなわち特有の遺伝子型を有する遺伝子多型を意味する。上記各図において、遺伝子多型を「遺伝子略称」として、また遺伝子型を「Genotype」として示す。各遺伝子多型に関する詳細な情報は、図３７に示す通りである。【００７９】
本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、かかる図１〜９のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する。図１〜９の中でも好ましくは、図５〜９のいずれか、より好ましくは図６〜９のいずれか、さらに好ましくは図７〜９のいずれか、よりさらに好ましくは図８〜９のいずれかである。また、遺伝子多型セットの選択は、特に制限されず任意に行うことができるが、その際に各図において遺伝子多型セット毎に記載されているOdds値とKai値を指標とすることができる。本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、かかるOdds値とKai値から評価して、ＩＭＴに対して負（抵抗性）の関連性が高い遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを備えていることが好ましい。【００８０】
本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、検出用プローブとして、図１０に記載する遺伝子多型群、図１１に記載する遺伝子多型群、図１２に記載する遺伝子多型群、図１３に記載する遺伝子多型群、図１４に記載する遺伝子多型群、図１５に記載する遺伝子多型群、図１６に記載する遺伝子多型群、図１７に記載する遺伝子多型群、及び図１８に記載する遺伝子多型群から選択される１つの遺伝子多型群の半数以上、好ましくは６割以上、７割以上、８割以上、９割以上、より好ましくは全ての遺伝子多型に対する検出用プローブを有することが好ましい。【００８１】
ここで、図１０〜１８は、上記図１〜９に基づいて、Odds毎に、ＩＭＴと負（抵抗性）の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に分類した図である。即ち、図１０は、図１に基づいてOddsが−２以下（すなわち、Odds比が「1/2」以下）を示す負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものであり、同様に、図１１は図２に基づいてOddsが−３以下（すなわち、Oddsが「1/3」以下）、図１２は図３に基づいてOddsが−４以下（すなわち、Oddsが「1/4」以下）、図１３は図４に基づいてOddsが−５以下（すなわち、Oddsが「1/5」以下）、図１４は図５に基づいてOddsが−６以下（すなわち、Oddsが「1/6」以下）、図１５は図６に基づいてOddsが−７以下（すなわち、Oddsが「1/7」以下）、図１６は図７に基づいてOddsが−８以下（すなわち、Oddsが「1/8」以下）、図１７は図８に基づいてOddsが−９以下（すなわち、Oddsが「1/9」以下）、図１０は図９に基づいてOddsが−１０以下（すなわち、Oddsが「1/10」以下）を示す負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものである。【００８２】
各図に示される遺伝子多型群の中から半数以上、６割以上、７割以上、８割以上、または９割以上の遺伝子多型を選択する場合は、制限はされないが、カラムの順番に従って上位から重点的に選択されることが好ましい。【００８３】
また本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、また図３８〜４３のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有することもできる。図３８〜４３の中でも好ましくは、図３９〜４３のいずれか、より好ましくは図４０〜４３のいずれか、さらに好ましくは図４１〜４３のいずれか、よりさらに好ましくは図４２〜４３のいずれかである。前述するように、判定用アレイは、各図において遺伝子多型セット毎に記載されているOdds値とKai値から評価して、ＩＭＴに対して負（抵抗性）の関連性が高い遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを備えていることが好ましい。【００８４】
かかる動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、検出用プローブとして、図４４に記載する遺伝子多型群、図４５に記載する遺伝子多型群、図４６に記載する遺伝子多型群、及び図４７に記載する遺伝子多型群から選択される１つの遺伝子多型群の半数以上、好ましくは６割以上、７割以上、８割以上、９割以上、より好ましくは全ての遺伝子多型に対する検出用プローブを有することが好ましい。ここで、図４４〜４７は、上記図３８〜４３に基づいて、Odds毎に、ＩＭＴと負（抵抗性）の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に分類した図である。即ち、図４４は、図３８に基づいてOddsが−２以下（すなわち、Oddsが「1/2」以下）を示す負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものであり、同様に、図４５は図３９に基づいてOddsが−３以下（すなわち、Oddsが「1/3」以下）、図４６は図４０に基づいてOddsが−４以下（すなわち、Oddsが「1/4」以下）、図４７は図４１に基づいてOddsが−５以下（すなわち、Oddsが「1/5」以下）を示す負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものである。図１０〜１８と同様に、各図に示される遺伝子多型群の中から半数以上、６割以上、７割以上、８割以上、または９割以上の遺伝子多型を選択する場合は、カラムの順番に従って上位から重点的に選択されることが好ましい。【００８５】
本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、前述する負（抵抗性）の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブに加えて、正（感受性）の遺伝子多型に対する検出用プローブまたは正（感受性）の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものであることが好ましい。【００８６】
「正（感受性）の遺伝子多型」とは、動脈硬化性疾患判定の指標となる“頚動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）”との間に有意な正の関連性を有する遺伝子多型をいう。また「正（感受性）の遺伝子多型セット」とは、ＩＭＴとの間に有意な正（感受性）の関連性を有する“遺伝子多型の組合せ物”を意味する。なお、遺伝子多型セットがＩＭＴに対して「正の関連性」があるか否かは、前記（１）に記載する方法で求められたOddsから判断することができる。すなわち、Oddsの値が正（プラス）である場合を「正の関連性」があると判定することができる。なお、この正の関連性に有意性があるか否かは、Kai値で評価することができる。【００８７】
具体的には図１９〜２７及び図４８〜５１に、かかる「正（感受性）の遺伝子多型セット」を示す。より詳細には、図１９〜２７及び図４８〜５１の各図において、各行（横一列）に列記した遺伝子多型（ＳＮＰ）の組合せが、ＩＭＴとの間で正（感受性）の関連性を有する「正（感受性）の遺伝子多型セット」を意味する。なお、各図において、一行に単一の遺伝子多型が示されている場合は、当該遺伝子多型は、単独でＩＭＴとの間で正（感受性）の関連性を有する「正（感受性）の遺伝子多型」である（例えば、図１９における「ＧＳＹ」など）。【００８８】
具体的には、本発明の動脈硬化性疾患判定用アレイは、図１〜９のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブに加えて、図１９〜２７のいずれか一つの図に記載される正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する。なお、図１９〜２７の中でも好ましくは、図２３〜２７のいずれか、より好ましくは図２４〜２７のいずれか、さらに好ましくは図２５〜２７のいずれか、よりさらに好ましくは図２６〜２７のいずれかである。【００８９】
かかる判定用アレイは、正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を検出するプローブとして、検出用プローブとして、図２８に記載する遺伝子多型群、図２９に記載する遺伝子多型群、図３０に記載する遺伝子多型群、図３１に記載する遺伝子多型群、図３２に記載する遺伝子多型群、図３３に記載する遺伝子多型群、図３４に記載する遺伝子多型群、図３５に記載する遺伝子多型群、及び図３６に記載する遺伝子多型群から選択される１つの遺伝子多型群の半数以上、好ましくは６割以上、７割以上、８割以上、９割以上、より好ましくは全ての遺伝子多型に対する検出用プローブを有することが好ましい。【００９０】
ここで、図２８〜３６は、図１９〜２７に基づいて、Odds毎に、ＩＭＴと正（感受性）の関連性を有する遺伝子多型を分類した図である。即ち、図２８は、図１９に基づいてOddsが２以上を示す正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものであり、同様に、図２９は図２０に基づいてOddsが３以上、図３０は図２１に基づいてOddsが４以上、図３１は図２２に基づいてOddsが５以上、図３２は図２３に基づいてOddsが６以上、図３３は図２４に基づいてOddsが７以上、図３４は図２５に基づいてOddsが８以上、図３５は図２６に基づいてOddsが９以上、図３６は図２７に基づいてOddsが１０以上を示す正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものである。これらの図２８〜３６の各図に示される遺伝子多型群の中から半数以上、６割以上、７割以上、８割以上、または９割以上の遺伝子多型を選択する場合は、カラムの順番に従って上位から重点的に選択されることが好ましい。【００９１】
また、本発明の動脈硬化性疾患判定用アレイは、図３８〜４３のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブに加えて、図４８〜５１のいずれか一つの図に記載される正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものであってもよい。なお、図４８〜５１の中でも好ましくは、図４９〜５１のいずれか、より好ましくは図５０〜５１のいずれかのいずれかである。【００９２】
かかる判定用アレイは、正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を検出するプローブとして、検出用プローブとして、図５２に記載する遺伝子多型群、図５３に記載する遺伝子多型群、図５４に記載する遺伝子多型群、及び図５５に記載する遺伝子多型群から選択される１つの遺伝子多型群の半数以上、好ましくは６割以上、７割以上、８割以上、９割以上、より好ましくは全ての遺伝子多型に対する検出用プローブを有することが好ましい。【００９３】
ここで、図５２〜５５は、図４８〜５１に基づいて、Odds毎に、ＩＭＴと正（感受性）の関連性を有する遺伝子多型を分類した図である。即ち、図５２は、図４８に基づいてOddsが２以上を示す正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものであり、同様に、図５３は図４９に基づいてOddsが３以上、図５４は図５０に基づいてOddsが４以上、図５５は図５１に基づいてOddsが５以上を示す正の遺伝子多型、及び正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものである。これらの図５２〜５５の各図に示される遺伝子多型群の中から半数以上、６割以上、７割以上、８割以上、または９割以上の遺伝子多型を選択する場合は、カラムの順番に従って上位から重点的に選択されることが好ましい。【００９４】
本発明者は、上記種々の要件を検討した結果、当初の予測通り、図３７に記載する遺伝子多型が、動脈硬化性疾患、特に糖尿病に起因する動脈硬化性疾患の危険度の判定に有用であり、かかる遺伝子多型を単独または組み合わせて用いることによって、動脈硬化性疾患の危険度が高い精度で判定できることを確認した。よって、本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、検出用プローブとして、図３７に記載する９９個の遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものとすることもできる。【００９５】
本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、被験者について動脈硬化性疾患に対する抵抗性（かかりにくさ）を評価するために使用することができる。これは、具体的には、例えばアレイ上の検出用プローブと被験試料から調製したプローブとをハイブリダイズさせ、被験者について検出された遺伝子多型を、動脈硬化性疾患の判定指標である頸動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）と負の関連性を有する遺伝子多型セットと照合することにより実施することができる。このとき得られる、被験者がＩＭＴと負の関連性を有する遺伝子多型セットを有しているか否かの情報は、被験者が動脈硬化性疾患に抵抗性であるか否か（かかりにくいか否か）の評価に有効に利用される。【００９６】
また本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、被験者について動脈硬化性疾患に対する抵抗性及び感受性を評価するために使用することができる。これは、具体的には、例えばアレイ上の検出用プローブと被験試料から調製したプローブとをハイブリダイズさせ、被験者について検出された遺伝子多型を、動脈硬化性疾患の判定指標であるＩＭＴと負の関連性を有する遺伝子多型セット、並びにＩＭＴと正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットと照合することにより実施することができる。このとき得られる情報（被験者がＩＭＴと負の関連性を有する遺伝子多型セットを有しているか否か、ＩＭＴと正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットを有しているか否かの情報）は、被験者の動脈硬化性疾患に対する抵抗性及び感受性を評価するために使用できる。【００９７】
また本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、被験者について動脈硬化性疾患に対する危険度の有無やその高低（かかりやすさや進行のしやすさの有無及びその程度）を評価するために使用することができる。これは、具体的には、例えばアレイ上の検出用プローブと被験試料から調製したプローブとをハイブリダイズさせ、検出された遺伝子多型を、ＩＭＴと負の関連性を有する遺伝子多型セット、及び正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットと照合して、検出された遺伝子多型について得られた負の関連性または正の関連性に対する偏度を求めることによって実施することができる。この際得られる情報（被験者が有する遺伝子多型について、負の関連性と正の関連性との偏度に関する情報）は、被験者の動脈硬化性疾患に対する危険度の評価に有効に利用される。【００９８】
これらの場合、照合に使用されるＩＭＴと負の関連性を有する遺伝子多型セットは、図１〜９のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群、または図３８〜４３のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであることが好ましい。また、照合に使用されるＩＭＴと正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットは、上記で負の遺伝子多型セットとして図１〜９のいずれかに記載されているセットを使用した場合は、図１９〜２７のいずれか一つの図に記載される正の遺伝子多型または遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであることが好ましく、上記で負の遺伝子多型セットとして図３８〜４３のいずれかに記載されているセットを使用した場合は、図４８〜５１のいずれか一つの図に記載される正の遺伝子多型または遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであることが好ましい。【００９９】
動脈硬化性疾患危険度の判定は、例えば、以下のように行うことができる。【０１００】
【表１】
0005235274.tif 000002
【０１０１】
例えば、被験試料から検出される遺伝子多型をＩＭＴと負の関連性を有する遺伝子多型セット（例えば、図１〜９、または図３８〜４３）、及び正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セット（例えば、図１９〜２７または図４８〜５１）と照合した場合において、正の関連性を有する遺伝子多型セットのトータル数が負の関連性を有する遺伝子多型セットのトータル数よりも多い被験者（Case１）は、動脈硬化性疾患高危険度例と判定される。また、正の関連性を有する遺伝子多型セットは有するものの、負の関連性を有する遺伝子多型セットを有しない被験者（Case２）も、動脈硬化性疾患高危険度例と判定される。一方、負の関連性を有する遺伝子多型セットのトータル数が正の関連性を有する遺伝子多型セットのトータル数より少ない被験者（Case３）は、動脈硬化正疾患低危険度例と判定される。また、負の関連性を有する遺伝子多型セットは有するものの、正の関連性を有する遺伝子多型セットを有しない被験者（Case４）も、動脈硬化性疾患低危険度例と判定される。【０１０２】
即ち、被験者から検出された遺伝子多型の正の関連性（感受性）と負の関連性（抵抗性）の偏度を求め、正の関連性が有意に多い場合には、当該被験者は動脈硬化性疾患の危険度が高い（或いは発症）と判定、負の関連性が有意に多い場合には、当該被験者は動脈硬化性疾患の危険度が低い（或いは非発症）と判定することができる。【０１０３】
好ましくは、本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイは、被験者における臨床的所見（例えば、ＩＭＴ）と対比した場合に、正答率（臨床的所見と一致する確率）が６０％以上、好ましくは６５％以上、より好ましくは７０％以上であり、誤答率（臨床的所見と一致しない確率）が４５％以下、好ましくは４０％以下、より好ましくは４０％以下となる結果が得られるようなものであることが好ましい。この場合の臨床的所見としては、例えば被験者の頚動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）が１.１ｍｍ未満を非動脈硬化疾患例、ＩＭＴが1.1mm以上を動脈硬化疾患例とする方法を例示することができる。また、他の方法として、重回帰分析における頚動脈内膜中膜複合体の平均肥厚度の増分（ΔＩＭＴ）が０．２ｍｍ以上の場合、または、重回帰分析における頚動脈内膜中膜複合体の最大肥厚度の増分（ΔＰＩＭＴ）が０．３ｍｍ以上の場合を動脈硬化疾患例とし、それ以外の場合を非動脈硬化疾患例とする方法を挙げることもできる。【０１０４】
（２−２）心筋梗塞危険度判定用アレイ
本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、心筋梗塞のかかりやすさ（発症しやすさ）や進行しやすさを判定するために使用することができる。好適には、糖尿病患者または境界型糖尿病患者に対して、心筋梗塞の危険度を判定するために使用することができる。本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、心筋梗塞の判定指標との間に有意な負（抵抗性）の関連性を有する「負（抵抗性）の遺伝子多型セット」を構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する、という特徴を有する。なお、ここで心筋梗塞の判定指標としては、当業界で慣用されているものであれば特に制限されないが、好ましくは心電図上で観察される陳旧性心筋梗塞波長（abnormal Q）の有無または被験者に関する心筋梗塞の既往歴を利用することができる。
【０１０５】
かかる「負（抵抗性）の遺伝子多型セット」として、具体的には、図５６〜５８の各図に掲げる「負（抵抗性）の遺伝子多型セット」を例示することができる。より詳細には、図５６〜５８の各図において、各行（横一列）に列記した遺伝子多型（ＳＮＰ）の組合せが、一つの「心筋梗塞に関する負（抵抗性）の遺伝子多型セット」を意味する。【０１０６】
本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、かかる図５６〜５８のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する。図５６〜５８の中でも好ましくは、図５７〜５８のいずれかである。また、遺伝子多型セットの選択には、各図において遺伝子多型セット毎に記載されているOdds値とKai値を指標とすることができる。本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、かかるOdds値とKai値から評価して、心筋梗塞判定指標に対して負（抵抗性）の関連性が高い遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを備えていることが好ましい。【０１０７】
本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、検出用プローブとして、図５９に記載する遺伝子多型からなる遺伝子多型群、図６０に記載する遺伝子多型からなる遺伝子多型群、図６１に記載する遺伝子多型群、及び図６２に記載する遺伝子多型群から選択される１つの遺伝子多型群の半数以上、好ましくは６割以上、７割以上、８割以上、９割以上、より好ましくは全ての遺伝子多型に対する検出用プローブを有することが好ましい。【０１０８】
ここで、図５９〜６２は、上記図５６〜６８に基づいて、Odds毎に、ＩＭＴと負（抵抗性）の関連性を有する遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に分類した図である。即ち、図５９は、図５６に基づいてOddsが−２以下（すなわち、Oddsが「1/2」以下）を示す負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものであり、同様に、図６０は図５７に基づいてOddsが−３以下（すなわち、Oddsが「1/3」以下）、図６１は図５８に基づいてOddsが−４以下（すなわち、Oddsが「1/4」以下）、図６４は図５８に基づいてOddsが−５以下（すなわち、Oddsが「1/5」以下）を示す負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものである。【０１０９】
これらの各図に示される遺伝子多型群の中から半数以上、６割以上、７割以上、８割以上、または９割以上の遺伝子多型を選択する場合は、カラムの順番に従って上位から重点的に選択されることが好ましい。【０１１０】
本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、前述する負（抵抗性）の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブに加えて、正（感受性）の遺伝子多型に対する検出用プローブまたは正（感受性）の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものであることが好ましい。【０１１１】
ここで「正（感受性）の遺伝子多型」とは、心筋梗塞の判定指標との間に有意な正の関連性を有する遺伝子多型をいう。また「正（感受性）の遺伝子多型セット」とは、心筋梗塞の判定指標との間に有意な正（感受性）の関連性を有する“遺伝子多型の組合せ物”を意味する。【０１１２】
具体的には図６３〜６９に、かかる「正（感受性）の遺伝子多型セット」を示す。より詳細には、図６３〜６９の各図において、各行（横一列）に列記した遺伝子多型（ＳＮＰ）の組合せが、心筋梗塞の判定指標との間で正（感受性）の関連性を有する「正（感受性）の遺伝子多型セット」を意味する。【０１１３】
具体的には、本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、図５６〜５８のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブに加えて、図６３〜６９のいずれか一つの図に記載される正の遺伝子多型または遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する。なお、図６３〜６９の中でも好ましくは、図６４〜６９のいずれか、より好ましくは図６５〜６９のいずれかである。【０１１４】
かかる判定用アレイは、正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を検出するプローブとして、検出用プローブとして、図７０に記載する遺伝子多型群、図７１に記載する遺伝子多型群、図７２に記載する遺伝子多型群、及び図７３に記載する遺伝子多型群から選択される１つの遺伝子多型群の半数以上、好ましくは６割以上、７割以上、８割以上、９割以上、より好ましくは全ての遺伝子多型に対する検出用プローブを有することが好ましい。【０１１５】
ここで、図７０〜７３は、図６３〜６９に基づいて、Odds毎に、ＩＭＴと正（感受性）の関連性を有する遺伝子多型を分類した図である。即ち、図７０は、図６３に基づいてOddsが２以上を示す正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものであり、同様に、図７１は図６４に基づいてOddsが３以上、図７２は図６５に基づいてOddsが４以上、図７３は図６６に基づいてOddsが５以上を示す正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を挙げたものである。これらの図７０〜７３の各図に示される遺伝子多型群の中から半数以上、６割以上、７割以上、８割以上、または９割以上の遺伝子多型を選択する場合は、カラムの順番に従って上位から重点的に選択されることが好ましい。【０１１６】
本発明者は、心筋梗塞、特に糖尿病に起因する心筋梗塞の危険度の判定にも図３７に記載する遺伝子多型が有用であり、かかる遺伝子多型を単独または組み合わせて用いることによって、心筋梗塞の危険度が高い精度で判定できることを確認した。よって、本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、検出用プローブとして、図３７に記載する９９個の遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものとすることもできる。
【０１１７】
本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、前述する動脈硬化性疾患危険度判定用アレイと同様に、被験者について心筋梗塞に対する抵抗性（かかりにくさ）を評価するために使用することができるし、また、被験者について心筋梗塞に対する抵抗性及び感受性を評価するために使用することができる。さらに本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイは、被験者について心筋梗塞に対する危険度の有無やその高低（かかりやすさや進行のしやすさの有無及びその程度）を評価するために使用することができる。【０１１８】
これらの場合、照合に使用される心筋梗塞判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型セットは、図５６〜５８のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであることが好ましい。また、照合に使用される心筋梗塞判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型セットは、図６３〜６９のいずれか一つの図に記載される正の遺伝子多型または遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであることが好ましい。【０１１９】
心筋梗塞危険度の判定は、前述の動脈硬化性疾患の危険度判定方法と同様な方法で行うことができる。【０１２０】
以上説明する本発明の疾患危険度判定用アレイは、各疾患に応じた遺伝子多型検出用プローブを有するものであれば、本発明の目的を達成する範囲内において、上記以外のプローブ又は公知のプローブを適宜有していてもよい。また、遺伝子多型検出用プローブは、適宜標識化して用いてもよい。【０１２１】
本発明の疾患判定用アレイは、あらかじめ準備したプローブを基材に固定する方法のほか、基材上で合成するＡｆｆｉｍｅｔｒｉｘ社の方法で調製することもでき、その調製方法に特に制限はされない。また、プローブを固定する基板にも特に制限はなく、例えばガラスプレートやフィルター等公知のものを用いることができる。また、固定されるプローブの長さや用いる核酸の種類も、遺伝子多型を検出できる限りにおいて、特に制限はない。遺伝子多型を含む領域は、あらかじめＰＣＲで増幅しておくことが感度の点から望ましい。【０１２２】
特に、標識したプライマーを用いて遺伝子多型を含む領域を増幅する方法は、感度、簡便さ等の点から好適に用いることができる。たとえば、Ｈｙｂｒｉｇｅｎｅ法においては、ビオチンにて標識したプライマーを用いて遺伝子多型を含む領域を増幅し、これをアレイに添加してハイブリダイズさせたのちに、ハイブリダイズしなかった核酸を洗浄して除く。ついで、ハイブリダイズしたプローブを、アビジン標識した蛍光色素にて検出する。この方法により遺伝子多型が感度よく検出できる。【０１２３】
本発明の疾患判定用アレイには、下記の態様が含まれる：
(Ａ)  図１〜９のいずれか一つの図に記載する負（抵抗性）の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有するか、または図３８〜４３のいずれか一つの図に記載する負（抵抗性）の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する、動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ。【０１２４】
（Ｂ）  図１０〜１８のいずれか一つの図に記載される遺伝子多型群の半数以上の遺伝子多型に対する検出用プローブを有するか、図４４〜４７のいずれか一つの図に記載される遺伝子多型群の半数以上の遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものである、（Ａ）記載の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ。【０１２５】
（Ｃ）  さらに、図１９〜２７のいずれか一つの図に記載する、正（感受性）の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有するか、図４８〜５１のいずれか一つの図に記載する、正（感受性）の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものである、（Ａ）または（Ｂ）に記載する動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ。
【０１２６】
（Ｄ）  図２８〜３６のいずれか一つの図に記載される遺伝子多型群の半数以上の遺伝子多型に対する検出用プローブを有するか、図５２〜５５のいずれか一つの図に記載される遺伝子多型群の半数以上の遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものである、（Ａ）または（Ｂ）記載の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ。
【０１２７】
（Ｅ）  図５６〜５８のいずれか一つの図に記載する負（抵抗性）の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有する、心筋梗塞危険度判定用アレイ。【０１２８】
（Ｆ）  図５９〜６２のいずれか一つの図に記載される遺伝子多型群の半数以上の遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものである、（Ｅ）記載の心筋梗塞危険度判定用アレイ。【０１２９】
（Ｇ）  さらに、図６３〜６９のいずれか一つの図に記載する、正（感受性）の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものである、（Ｅ）または（Ｆ）に記載する心筋梗塞危険度判定用アレイ。【０１３０】
（Ｈ）  図７０〜７３のいずれか一つの図に記載される遺伝子多型群の半数以上の遺伝子多型に対する検出用プローブを有するものである、（Ｅ）または（Ｆ）に記載の心筋梗塞危険度判定用アレイ。【０１３１】
（Ｉ）被験試料から調製したプローブとハイブリダイズさせ、被験者について検出された遺伝子多型を、疾患と負の関連性を有する遺伝子多型セットと照合して、検出された遺伝子多型セットについて疾患に対する抵抗性を評価するために使用される、（Ａ）乃至（Ｈ）のいずれかに記載する動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ。【０１３２】
（Ｊ）動脈硬化性疾患と負の関連性を有する遺伝子多型のセットが、図１〜９のいずれかに一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであるか、図３８〜４３のいずれかに一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットである、（Ｉ）に記載する動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ。【０１３３】
（Ｋ）被験試料から調製したプローブとハイブリダイズさせ、被験者について検出された遺伝子多型を、疾患と負の関連性を有する遺伝子多型のセット及び正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合して、検出された遺伝子多型のセットについて疾患に対する抵抗性及び感受性を評価するために使用される、（Ａ）乃至（Ｈ）のいずれかに記載する動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ。【０１３４】
（Ｌ）被験試料から調製したプローブとハイブリダイズさせ、被験者について検出された遺伝子多型を、疾患と負の関連性を有する遺伝子多型のセット及び正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合して、検出された遺伝子多型のセットについて得られた負の関連性または正の関連性に対する偏度から、被験者について疾患に対する危険度の高低を評価するために使用される、（Ａ）乃至（Ｈ）のいずれかに記載する動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ。【０１３５】
（Ｍ）  動脈硬化性疾患と負の関連性を有する遺伝子多型のセットが、図１〜９のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであるか、図３８〜４３のいずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであり、且つ動脈硬化性疾患と正の関連性を有する遺伝子多型またはそのセットが、図１９〜２７のいずれかに記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであるか、図４８〜５１のいずれかに記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットである、（Ｌ）に記載する動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ。【０１３６】
（３）疾患険度の判定装置、判定方法及び判定プログラム
本発明に係る疾患危険度の判定装置、判定方法及び判定プログラムは、被験者がどの程度疾患にかかり易いか、若しくはどの程度疾患が進行し易いか（疾患危険度）の判定を行うことができる。以下においては、動脈硬化性疾患を例に説明するが、本発明はこれに限定されず、遺伝子との関連性を有する疾患に適用することができる。その場合、疾患に応じて、その疾患の判定指標（例えば、動脈硬化性疾患であれば頚動脈内膜中膜複合体肥厚度、腎症であれば尿中のアルブミン排泄率、心筋梗塞であれば心電図上の陳旧性（abnormal Q）心筋梗塞波形の有無及び心筋梗塞の既往の有無）を用いて、後述する関連性を評価すればよい。【０１３７】
（３−１）動脈硬化性疾患危険度の判定装置、判定方法及び判定プログラム
図７５は、本発明に係る動脈硬化性疾患危険度の判定装置（以下、判定装置と記す）を含むシステム全体を示すブロック図である。図７５に示したように、病院１に設置された採血手段１１及びコンピュータ１２、分析機関２に設置された遺伝子多型解析用アレイ２１及びコンピュータ２２、サービス提供機関３に設置された判定装置３１とを備えている。ここで、コンピュータ１１、２１、及び判定装置３１は、インターネットなどの通信回線４に接続されている。【０１３８】
判定装置３１は、ＣＰＵ３２と、メモリ３３と、ハードディスクなどの記録部３４と、外部との通信を行う通信インタフェース（以下、Ｉ／Ｆと記す）部３５と、キーボードなどの操作部３６と、ＣＲＴディスプレイなどの表示部３７と、入出力Ｉ／Ｆ部３８と、各部間でデータを交換するための内部バス３９とを備えている。記録部３４には、動脈硬化性疾患に関連する遺伝子多型（例えば、図１０）又は遺伝子多型のセット（例えば、図１）の情報が参照テーブルとして記録されている。【０１３９】
判定装置３１による危険度判定処理の詳細は後述することとし、ここでは、システム全体の動作の概要を説明する。まず、病院１において、採血手段１１によって被験者の血液（以下、被験試料と記す）が採取される。このとき、臨床データ（被験者ＩＤ、検査値、病歴情報、採血情報など）がコンピュータ１２の記録部に記録される。被験試料は、分析機関２に提供され、遺伝子多型解析用アレイ２１を用いて分析され、遺伝子型を有する遺伝子多型が検出される。ここで、遺伝子多型解析用アレイ２１には、例えば、上記した動脈硬化性疾患危険度判定アレイを用いることができる。検出された遺伝子多型情報は、一旦コンピュータ２２の記録手段に記録され、その後通信回線４を介してサービス提供機関３の判定装置３１に送信される。判定装置３１は、通信Ｉ／Ｆ部３５を介して遺伝子多型情報を受信し、一旦記録部３４に記録する。その後、判定装置３１は、受信した遺伝子多型が、予め記録部３４に記録されている参照テーブルに含まれているか否かを検索し、その結果に応じて動脈硬化性疾患の危険度を判定する。さらに、判定装置３１は、判定結果を、通信回線４を介して病院１のコンピュータ１２に送信する。コンピュータ１２によって受信された判定結果は、臨床データ（少なくとも被験者ＩＤ）と関連させて、コンピュータ１２の記録部に記録され、適宜呼び出されて利用（例えば、被験者に提示）される。判定結果を送信する病院１のコンピュータ１２を特定する情報は、例えば、病院１のコンピュータ１２から、臨床データに含めて送信すればよい。【０１４０】
図７６は、判定装置３１が行う判定処理を示すフローチャートである。以下、図７６のフローチャートに従って、判定装置３１による危険度判定処理を具体的に示す。尚、以下においては、特に断らない限り、ＣＰＵ３２が行う処理として記載する。また、ＣＰＵ３２は、メモリ３３を、ワーク領域や、処理途中のデータを一時記憶する領域として使用し、必要に応じて処理途中及び処理結果のデータを記録部３４に記録する。【０１４１】
ステップＳ２１において、分析機関２から通信回線４経由で、遺伝子多型情報を取得し、記録部３４に記録する。ここで、遺伝子多型情報は、遺伝子型を有する遺伝子多型毎に付与した遺伝子多型コードとして伝送され、データ形式は、例えば、依頼元の病院毎に付与した病院コード及び被験者毎に付与した被験者ＩＤの組の各々に、複数の遺伝子多型コードＧｉ（ｉ＝１〜ｎ）が対応付けられた形式である。【０１４２】
ステップＳ２２において、一つの｛病院コード，被験者ＩＤ｝に関する複数の遺伝子多型コードＧｉ（ｉ＝１〜ｎ）を記録部３４から読み出し、遺伝子多型コードＧｉが、予め記録部３４に記録された参照テーブルに含まれているか否かを判断する。例えば、参照テーブルとして図１に対応させて遺伝子多型コードのセットが記録されているとすると、複数の遺伝子多型コードＧｉ（ｉ＝１〜ｎ）の中から２つ又は３つの遺伝子多型コードＧｉを選択し、それらのセットが、図１に対応する参照テーブルに含まれているか否かを判断し、含まれていれば、そのセットに対応する第1フラグに“１”をセットする（フラグは予め０に設定されている）。また、それらのセットが、図１９に対応する参照テーブルに含まれていれば、そのセットに対応する第２フラグに“１”を設定する。【０１４３】
ステップＳ２３において、第１及び第２フラグが全て０であるか否かを判断し、フラグが全て０、即ち、遺伝子多型コードのセットが参照テーブルに無ければ、ステップＳ２５に移行し、何れかのフラグに０以外の値が設定さていれば、ステップＳ２４に移行する。【０１４４】
ステップＳ２４において、ステップＳ２２の処理の結果に応じて危険度を決定する。決定された危険度は、｛病院コード，被験者ＩＤ｝に対応させて記録部３４に記録する。この危険度の決定は、例えば、値が“１”である第１フラグの数ｎ１と、値が“１”である第２フラグの数ｎ２を求め、表１に応じて危険度を決定する。【０１４５】
即ち、正の関連性を有する遺伝子多型セットの数ｎ２が負の関連性を有する遺伝子多型セットの数ｎ１よりも多い（ｎ２＞ｎ１）被験者（表１のCase１）は、動脈硬化性疾患に関して高危険度と判定される。また、正の関連性を有する遺伝子多型またはそのセットを有する（ｎ２＞０）が、負の関連性を有する遺伝子多型セットを有しない（ｎ１＝０）被験者（Case２）も、高危険度と判定される。一方、負の関連性を有する遺伝子多型セットの数ｎ１が正の関連性を有する遺伝子多型またはそのセットの数ｎ２より多い（ｎ１＞ｎ２）被験者（Case３）は、低危険度と判定される。また、負の関連性を有する遺伝子多型セットは存在する（ｎ１＞０）が、正の関連性を有する遺伝子多型またはそのセットは存在しない（ｎ２＝０）被験者（Case４）も、低危険度と判定される。【０１４６】
ステップＳ２５において、全ての｛病院コード，被験者ＩＤ｝に関して終了したと判断するまで、ステップＳ２２〜Ｓ２４の処理を繰り返す。【０１４７】
全ての｛病院コード，被験者ＩＤ｝に関して処理が終了すれば、ステップＳ２６において、決定された危険度コード（上記の判定例では、高危険度又は低危険度を表すコード）と被験者ＩＤとを対応させて、通信回線４を介して、病院コードに対応するコンピュータ１２に送信する。【０１４８】
以上の処理によって、判定装置３１による一連の危険度判定処理が完了する。尚、以上の危険度判定処理は、汎用コンピュータを使用して、ハードディスク、ＣＤ−ＲＯＭなどのコンピュータ読取可能な記録媒体に記録されたコンピュータプログラムを読み出し、または、通信回線を介してコンピュータプログラムを取得し、それをＣＰＵが実行することによって行うことも可能である。【０１４９】
また、本発明の装置は、上記した判定機能を実現可能なものである限り、必要に応じて、他の手段を適宜追加した装置とすることができる。【０１５０】
また、ステップＳ２４に示した危険度の判定基準は、表１に限定されず、被験者から検出された遺伝子多型の正の関連性と負の関連性の偏度を求め、正の関連性が有意の場合には、動脈硬化性疾患の危険度が高い（或いは発症）、負の関連性が有意の場合には、動脈硬化性疾患の危険度が低い（或いは非発症）と判定すればよい。尚、偏度は、該当するセットが正／負の参照テーブルに含まれている数の差に限定されず、含まれているセットに応じた重み付け、または含まれている各々の遺伝子多型に応じた重み付けをして算出した値や、さらに臨床データを考慮して算出した値など、種々の値を用いることができる。【０１５１】
動脈硬化性疾患危険度の判定に使用する参照テーブルとしては、図１〜図３６、図３８〜図５５の何れかに対応するテーブルを使用すればよいが、上記したように、本発明に係る疾患危険度の判定装置、判定方法及び判定プログラムの適用対象は、動脈硬化性疾患に限定されない。心筋梗塞危険度の判定に使用する参照テーブルとしては、図５６〜図７３の何れかに対応するテーブルを使用すればよい。【０１５２】
また、上記では、サービス提供機関の判定装置が、分析機関から取得した被験者の遺伝子多型情報を判定の対象とする場合を説明したが、これに限定されない。過去に解析された個人の遺伝子多型情報を何らかの記録手段（例えば、個人毎に付与したＩＣカード、メモリカードなどの携帯型記録手段）に記録しておき、これから遺伝子多型情報を読み出して、疾患危険度の判定処理を行ってもよい。生体の遺伝子情報は変わらないので、一度解析された遺伝子多型情報を記録しておけば、参照テーブル又は危険度の判定基準が変更されて判定精度が向上した場合にも、再び遺伝子解析のために採血などを行う必要が無く、被験者の負担が軽減される。【０１５３】
また、分析機関から取得した個人の遺伝子多型情報を、サービス提供機関のデータベースに個人ＩＤと対応させて記録しておき、各個人に個人ＩＤを通知しておけば、個人ＩＤのみの連絡を受けるだけで、データベースに記録された対応する遺伝子多型を用いて、再度の危険度判定が可能となる。【０１５４】
また、上記した疾患危険度判定用遺伝子多型決定方法の説明において記載したように、遺伝子多型情報自体をＩＤとして使用することによって、個人ＩＤを使用することなく、新たに取得した被解析データ（例えば、動脈硬化性疾患であればＩＭＴの測定値）に加えて過去の被解析データを利用することができる。従って、危険度の判定精度の履歴を追跡することや、履歴を考慮した危険度の判定を行うことが可能となる。ここで、被解析データには、疾患指標の値以外に種々の臨床データなどが付加されていてもよい。【０１５５】
（３−２）動脈硬化性疾患危険度判定方法
以下、動脈硬化性疾患危険度判定方法についてより詳細に説明する。  
本発明の動脈硬化性疾患危険度判定方法は、動脈硬化性疾患のかかりやすさや進行しやすさを判定するために使用することができる。好適には、糖尿病患者またはその傾向のある患者（糖尿病境界型）に対して動脈硬化性疾患の危険度（かかりやすさ、進行のしやすさなど）を判定するために使用することができる。【０１５６】
本発明に係る動脈硬化性疾患危険度判定方法は、（ｂ）被験試料について検出された遺伝子多型を、動脈硬化性疾患の判定指標となる“頸動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）”と負の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程を有することを特徴とする。なお、ＩＭＴと負の関連性を有する遺伝子多型セットとしては、好ましくは図１〜９いずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセット、または図３８〜４３いずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットを挙げることができる。【０１５７】
本発明の判定方法には、動脈硬化性疾患の判定指標に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程と、動脈硬化性疾患の判定指標に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程とを組み合わせて実施する方法が含まれる。即ち、上記（ｂ）の工程に加えて、（ｂ'）工程として 被験試料について検出された遺伝子多型を、ＩＭＴと正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程、及び（ｃ）工程として上記（ｂ）と（ｂ'）の結果から、検出された遺伝子多型について、負の関連性と正の関連性とを対比してその偏度を算出する工程を有する、判定方法である。なお、ここでＩＭＴと正の関連性を有する遺伝子多型セットとしては、好ましくは図１９〜２７のいずれか一つの図に記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型または遺伝子多型セット、及び図４８〜５１のいずれか一つの図に記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットを挙げることができる。【０１５８】
また、本発明の判定方法は、上記工程（ｂ）または（ｂ'）に先立ち、（ａ）被験試料において遺伝子多型を検出する工程を有することができる。かかる検出工程（ａ）は、図３７に記載する９９個の遺伝子多型から選ばれる２または３以上の遺伝子多型を対象とした検出工程とすることができる。【０１５９】
検出工程（ａ）は、図１０〜１８のいずれか一つの図に記載される、負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型の存在、及び図２８〜３６のいずれか一つの図に記載される、正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型の存在を検出する工程を有することができる。具体的には、図１０及び図１９に記載される遺伝子多型、図１１及び図２０に記載される遺伝子多型、図１２及び図２１に記載される遺伝子多型、図１３及び図２２に記載される遺伝子多型、図１４及び図２３に記載される遺伝子多型、図１５及び図２４に記載される遺伝子多型、図１６及び図２５に記載される遺伝子多型、図１７及び図２６に記載される遺伝子多型、または、図１８及び図２７に記載される遺伝子多型の存在を検出する工程とすることができる。
【０１６０】
また検出工程（ａ）は、図３８〜４３のいずれか一つの図に記載される、負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型の存在、及び図４８〜５１のいずれか一つの図に記載される、正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型の存在を検出する工程を有するものであってもよい。具体的には、図３８及び図４８に記載される遺伝子多型、図３９及び図４９に記載される遺伝子多型、図４０及び図５０に記載される遺伝子多型、図４１及び図５１に記載される遺伝子多型、図４２及び図５１に記載される遺伝子多型、または、図４３及び図５１に記載される遺伝子多型の存在を検出する工程とすることができる。【０１６１】
検出工程（ａ）は、上記本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイを利用することにより、高い精度で実施することができる。即ち、検出工程（ａ）は、本発明の疾患判定用アレイ上で、被験試料から調製したプローブとアレイ上の遺伝子多型検出用プローブとをハイブリダイズさせて遺伝子多型を検出する工程とすることができる。【０１６２】
前記検出工程（ａ）においては、被験者の遺伝子型を検出する方法であればいかなる方法も使用することができる。一般的な方法としては、被験者の血液、痰、皮膚、気管支肺胞洗浄液、その他の体液、あるいは組織等、ＤＮＡを含むものを被験試料として用いる。解析方法としては多くの方法が知られており、例えばシークエンス法、ＰＣＲ法、ＡＳＰ−ＰＣＲ法、ＴａｑＭａｎ法、インベーダーアッセイ法、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法、分子ビーコン法、ライゲーション法などを例示することができる（Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４３：１１１４−１１２０，  １９９７）。なお、シークエンス法とは、遺伝子多型を含むＤＮＡ領域を直接にシークエンスする方法である。ＰＣＲ法においては、遺伝子多型に特異的なプライマーをもちいて、ある遺伝子多型のみを特異的に増幅する。ＰＣＲ法においては、もっとも３’側に遺伝子多型の核酸を配置するのが一般的であるが、Ａｌｌｅｌｅ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｐｒｉｍｅｒ（ＡＳＰ）−ＰＣＲ法のように、３’末端側から２番目に遺伝子多型を有するプライマーを配置する方法などのように、遺伝子多型をプライマーのどの領域に置くか、また、検出する遺伝子以外にどのような核酸配列を入れるかなどプライマーのデザインには、遺伝子多型を識別できる限り、特に制限はない。ＴａｑＭａｎ法において蛍光色素と消光物質により両端を標識したアレル特異的プローブを標的部位にハイブリダイズさせて、この部位を含む領域を増幅するように設計したプライマーでＰＣＲ反応を行う。プライマーからのＰＣＲ反応がこのアレル特異的プローブがハイブリダイズした領域に達すると、Ｔａｑポリメラーゼの５プライムヌクレアーゼ活性によりハイブリダイズしたプローブの５’末端に存在する蛍光色素が切断され、消光物質から離れることにより蛍光が生ずる。この手法により、アレル特異的プローブがどの程度ハイブリダイズしていたかがわかる。インベーダーアッセイ法においては、鋳型の遺伝子多型部位から５’側に特異的配列を持ち、３’側にフラップ配列を持つアレルプローブと、鋳型の遺伝子多型部位からの３’側の特異的配列を有するインベーダープローブ、さらに、フラップ配列に相補的な配列を含むＦＲＥＴプローブとの３種類のオリゴヌクレオチドを使い、ＴａｑＭａｎ法と同様の原理にてどのアレルプローブがハイブリズダイズしたかを特定できる。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳ法においては、遺伝子多型部位に隣接するプライマーを作成してこの領域を増幅させた後、遺伝子多型部位の１塩基のみをｄｄＮＴＰを用いて増幅する。ついで、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ／ＭＳを用いて、付加したｄｄＮＴＰの種類を識別することにより遺伝子多型を同定する。Ｈｙｂｒｉｇｅｎｅ法などのＤＮＡチップ法と総称される方法においては、アレイ上に遺伝子多型を含むオリゴヌクレオチドプローブを配置し、ＰＣＲ増幅させたサンプルＤＮＡとのハイブリダイゼーションを検出する。【０１６３】
本発明の判定方法において、動脈硬化性疾患危険度の判定は、例えば、以下のように行うことができる。【０１６４】
【表２】
0005235274.tif 000003
【０１６５】
例えば、被験試料について検出された遺伝子多型を、動脈硬化性疾患の判定指標であるＩＭＴと負の関連性を有する遺伝子多型セット及び正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合した場合において、正の関連性を有する遺伝子多型セットのトータル数が負の関連性を有する遺伝子多型セットのトータル数よりも多い被験者（Case１）は、動脈硬化性疾患高危険度例と判定される。また、正の関連性を有する遺伝子多型セットは存在するものの、負の関連性を有する遺伝子多型セットは有しない被験者（Case２）も、動脈硬化性疾患高危険度例と判定される。一方、負の関連性を有する遺伝子多型セットのトータル数が正の関連性を有する遺伝子多型セットのトータル数より少ない被験者（Case３）は、動脈硬化正疾患低危険度例と判定される。また、負の関連性を有する遺伝子多型セットは存在するものの、正の関連性を有する遺伝子多型セットは存在しない被験者（Case４）も、動脈硬化性疾患低危険度例と判定される。【０１６６】
即ち、被験者から検出された遺伝子多型について正の関連性（感受性）と負の関連性（抵抗性）の偏度を求め、正の関連性が高い場合には動脈硬化性疾患の危険度が高い（或いは発症）、負の関連性が高い場合には動脈硬化性疾患の危険度が低い（或いは非発症）と判定できる。【０１６７】
本発明の判定方法を利用することにより、高い精度で動脈硬化性疾患の危険度についての判定結果を得ることができる。【０１６８】
例えば、被験者について検出した遺伝子多型をもとに、当該被験者を動脈硬化性疾患低危険度例または動脈硬化性疾患高危険度例と判断した場合に、当該被験者が臨床的な所見から、非動脈硬化疾患例または動脈硬化疾患例と判断される（判断結果が一致する）割合が６０％以上、好ましくは６５％以上、より好ましくは７０％以上となり、また一致しない割合が４５％以下、好ましくは４０％以下、より好ましくは４５％以下となるようなものであれば、高精度な判定結果として評価することができる。なお、臨床的な所見としては、例えば、この場合の臨床的所見としては、例えば被験者の頚動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）が１.１ｍｍ未満を非動脈硬化疾患例、ＩＭＴが１．１ｍｍ以上を動脈硬化疾患例とする方法を例示することができる。また、他の方法として、重回帰分析における頚動脈内膜中膜複合体の平均肥厚度の増分（ΔＩＭＴ）が０．２ｍｍ以上の場合、または、重回帰分析における頚動脈内膜中膜複合体の最大肥厚度の増分（ΔＰＩＭＴ）が０．３ｍｍ以上の場合を動脈硬化疾患例とし、それ以外の場合を非動脈硬化疾患例とする方法を用いることもできる。  【０１６９】
なお、動脈硬化疾患例および非動脈硬化疾患例の集団は、いずれも糖尿病であって、心筋梗塞病歴がない疾患例の集団と設定することが好ましい。また、被験者から検出する遺伝子多型は、効率性等の観点から、２または３の遺伝子多型の組み合せを有するものであることが好ましい。【０１７０】
本発明の動脈硬化性疾患危険度の判定方法は、更に（ｄ）工程として、（ｃ）工程で得られた偏度について、さらに重み付けして、偏度の程度（すなわち、危険度の程度）を決定する工程を有するものであってもよい。【０１７１】
ここで、重み付けに使用される因子としては、例えば、疾患（またはその程度）と密接に関係する臨床的所見（疾患判定指標として使用されるもの）を挙げることができる。なお、重み付けに際しては、遺伝子多型と上記因子との関係を予め解析しておき、関連性やその程度を設定しておくことが好ましい。好ましくは、遺伝子多型または遺伝子多型セットと疾患（またはその程度）と密接に関係する臨床的所見との間に有意な正又は負の関連性を有する頻度をオッズ比で設定する方法、有意な正又は負の関連性を有するか否かを１か０かで設定する方法、等を挙げることができる。【０１７２】
例えば、動脈硬化性疾患の場合、密接に関係する臨床的所見としては、頸動脈の硬化度を挙げることができる。そして頸動脈の硬化度を示す指標としては、例えば、頚動脈の肥厚度を挙げることができる。かかる頚動脈の肥厚度を計測する方法としては、特に制限はないが、超音波断層装置による頚動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）の測定が一般的である。当該方法は、超音波的に到達可能な頸動脈の肥厚度を計測する無侵襲なかつ定量的計測法である。前記超音波断層装置は、７．５ＭＨｚ以上の中心周波数のリニア型パルスエコープローブを有するものを使用することが望ましい。頭蓋外頚動脈は皮下浅層に存在すため、７．５ＭＨｚ以上の周波数のものが使用可能で、高解像度（距離分解能０．１ｍｍ）を得ることができる。但し、これは一例である。【０１７３】
血管壁は、血管内腔側の１層の低エコー輝度部分と、その外の高エコー輝度層の２層構造としてエコー像上解析される。本発明者らは１０４例の健常例の観察より、総頸動脈のＩＭＴが１０歳代より７０歳代まで加齢とともにほぼ直線的に増加し、その肥厚度は１．０ｍｍを越えないことを確認している。健常人の総頸動脈ＩＭＴは年齢より次式の如く求められる：
IMT = 0.06 x Age + 0.3 ( 3 < Age < 80 yr )。【０１７４】
上記頚動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）以外の頸動脈の硬化度を示す指標としては、ＩＭＴの最大値を表す最大ＩＭＴ（Ｍａｘ−ＩＭＴ）、ＩＭＴの平均値を表す平均ＩＭＴ（ＡｖｇＩＭＴ）、プラークスコア（ＰＳ）、頸動脈スティッフネス等があり、これらの各指標についても種々の計測方法が確立されている。前斜位、側面、後斜位の各縦断像で最大の内膜中膜肥厚度をＭａｘ−ＩＭＴとし、該ＭａｘＩ−ＭＴを示す部位を中心として中枢側１ｃｍおよび遠位側１ｃｍの計３ポイントの平均をＡｖｇＩＭＴとする方法；左右の総頸動脈（common carotid:CC）から頸動脈分岐部、内頸動脈（internal carotid:IC）の３縦断面の皮膚に対する近位壁（near wall）および遠位壁（far wall）の合計１２の肥厚度の中、最大値をＡｖｇＩＭＴとする方法；また、左右の肥厚度の平均をＡｖｇＩＭＴとする方法などである。さらに、far wallの一定区画の平均肥厚度をｍｅａｎ ＩＭＴとする方法もある。また、一側の頸動脈の分岐部より中枢側１０ｍｍのfar wallの肥厚度を指標とすることもある。【０１７５】
プラークスコア（ＰＳ）は、分岐部を基準として１５ｍｍずつ頸動脈を４区画に区分し、各々の部位での１.１ｍｍ以上のプラーク厚の左右頸動脈両方での総和をいう。また、上述の３〜４区画の各部位でのプラーク（ＩＭＴ１．１ｃｍ以上）の数の総和をプラークナンバー（ＰＮ）と呼んで指標とすることもある。【０１７６】
頸動脈スティッフネスは、収縮期および拡張期の頸動脈の径から計測される数値である。一側の頸動脈の分岐部より中枢側１０ｍｍのfar wallの肥厚度を指標とする方法は、測定が簡便であり、総頸動脈には病変が少ないことより測定誤差が少ないといわれる。ＩＭＴは、頸動脈の最大の病変を示す指標である。ＰＳは、動脈硬化の進展した頸動脈の全体像を示すことができるが、非進展例（肥厚度が１.１ｍｍ未満）では、０となる点で不利である等、測定する対象、疾患により好適な指標が異なる。糖尿病や高脂血症を伴う場合には、頸動脈壁は比較的に均一に肥厚することが多く、ＡｖｇＩＭＴやｍｅａｎ ＩＭＴが重要な指標になるが、高血圧症を伴う場合は、プラークを認めることが多く、ＰＳ、ＰＮおよびＭａｘＩＭＴが有効な指標となる。【０１７７】
動脈硬化性疾患と密接に関係する臨床的所見としては、頚動脈内膜中膜複合体肥厚度の増加量を挙げることもできる。頚動脈内膜中膜複合体肥厚度の増加量として、平均ＩＭＴの増分（ΔＩＭＴ）や最大ＩＭＴの増分（ΔＰＩＭＴ）等を指標として用いることができる。中でもΔＩＭＴは、総合的に動脈硬化性疾患の危険度を表すものとして特に好ましい指標である。頚動脈内膜中膜複合体肥厚度の増加量と動脈硬化性疾患との関連性については、多くの報告がなされており、特にΔＩＭＴについては、ΔＩＭＴが０．３３９ｍｍ増加するごとに心筋梗塞のオッズが４．９倍になることが知られている（Yamasaki. Diabetes Care 2000 (9)）。ゆえに、ΔＩＭＴは、動脈硬化性疾患と密接に関係する臨床的所見として位置づけられ、これを用いる方法は、極めて有効に動脈硬化性疾患の危険度を判定しうるものである。なお、頚動脈内膜中膜複合体肥厚度の増加量は、そのまま、動脈硬化性疾患の危険度の評価に利用することができるが、頚動脈内膜中膜複合体肥厚度の増加量から、適宜関数を用いて上記評価に利用してもよい。【０１７８】
頚動脈内膜中膜複合体肥厚度の増加量（ΔＩＭＴおよびΔＰＩＭＴ等）は、集団より計測されたＩＭＴ値またはＰＩＭＴ値から重回帰分析の方法により計算される偏回帰係数により表すことができる。【０１７９】
また、本発明の動脈硬化性疾患危険度判定方法は、さらに被験者の臨床的所見や疾患と密接に関係する環境因子から動脈硬化危険度を決定する危険度決定工程をさらに含んでいてもよい。【０１８０】
被験者の臨床的所見によれば、それだけで、測定時における被験者の動脈硬化性疾患の状態がわかり、また臨床的所見や環境因子からも発病の危険性は予測できるが、前述する本発明の方法と組合せることによって、被験者について現状を確認しながら、被験者が有する固有の動脈硬化性疾患の危険度に基づいて、将来の発病の危険性および進行しやすさを予測することができる。特に、まだ測定時点においては肥厚が進んでいない若年齢の被験対象において、将来の危険度を予測できれば、危険度が高い場合には生活習慣の改善などの予防を行うことができ、動脈硬化性疾患の発病を防ぐことができる。【０１８１】
動脈硬化性疾患と関連する環境因子としては、年齢、性別、高血圧、肥満、喫煙歴、ヘモグロビンＡｌｃ値、糖尿病や高脂血症の罹患歴やその期間等が報告されている。【０１８２】
Vitelli らは、動脈硬化危険度調査（ＡＲＩＣ Ｓｔｕｄｙ）において、２０８例の頸動脈肥厚を有する（平均ＩＭＴ、１．２１ ｍｍ）非糖尿病者と２０８例の肥厚を有さない（平均ＩＭＴ、０．６３ ｍｍ）非糖尿病者を比較し、ヘモグロビンＡ１ｃの１％の増加が動脈硬化のリスクを１．７７倍高めるとの推計結果を報告している（Vitelli LL. Diabetes Care 1997; 20: 1454-8）。喫煙は動脈硬化の危険因子とされているが、住民を対象とした動脈硬化危険度調査（ＡＲＩＣ Ｓｔｕｄｙ）で喫煙歴とＩＭＴの強い相関性が示され、糖尿病あるいは高血圧患者では喫煙がさらに強い促進因子となることを示されている（Howard G, JAMA 1998; 279: 119-24.）。Ｓｕｔｔｏｎ−Ｔｙｒｒｅｌｌらは、同年代の閉経前と閉経後女性のＩＭＴとプラーク病変を検索し、閉経により平均ＩＭＴは０．６９→０．７７ｍｍ、プラークを認める女性は２５→５４％へと有意に増加することより、閉経が女性の動脈硬化を促進することを報告している（Sutton-Tyrrell K, Stroke 1998; 29: 1116-21）。【０１８３】
動脈硬化の原因として、また種々の感染症の関与が考えられている。Ｎｉｅｔｏらは、動脈硬化危険度調査（ＡＲＩＣ Ｓｔｕｄｙ）でＩＭＴ進展群と非進展群を抽出し、サイトメガロウイルスの抗体価を検索したところ、抗体価が２０以上の症例の抗体価４未満群に対するオッズ比は５．３と有意に高く、動脈硬化の進展因子としてのサイトメガロウイルスの可能性を示唆している（Nieto FJ, Circulation 1996; 94: 922-7）。【０１８４】
本発明者は以前に、１型糖尿病、２型糖尿病、境界型症例のＩＭＴを従属変数として重回帰分析を行い、１型糖尿病者（３０才未満）では、年齢、糖尿病罹病期間、ヘモグロビンＡ１ｃ値が独立した危険因子であること、２型糖尿病患者（３０才以上）では、年齢、ヘモグロビンＡ１ｃ値、ｎｏｎＨＤＬコレステロール、収縮期血圧、喫煙歴が独立した危険因子であること、境界型糖尿病者では、加齢以外に収縮期血圧、喫煙が危険因子であることを報告している（Yamasaki Y, Diabetes 1994; 43: 634-639）。【０１８５】
前記環境因子の中でも特に年齢、性別、糖尿病罹病期間およびヘモグロビンＡｌｃ値が重要である。【０１８６】
本発明の動脈硬化性疾患危険度判定方法は、疾患危険度を与える遺伝子多型が存在していても、疾患に抵抗性を与える遺伝子多型の存在によりその危険度が相殺されること、並びに単一の遺伝子多型では疾患に抵抗性を与えない場合でも、複数の遺伝子多型が組み合わさって存在することにより、疾患に抵抗性を与えるという知見に基づくものである。よって、本発明の方法は、疾患の危険判定に、遺伝子多型を、組合せ物（セット）として動脈硬化性疾患危険度に抵抗性を与える因子として捉え、そして当該抵抗性因子と感受性因子を組み合わせて疾患の発症危険度を判定することという特徴を有し、これにより精度の高い判定が可能にしたものである。特に本発明の動脈硬化性疾患危険度判定方法は、疾患判定指標として、頚動脈内膜中膜複合体肥厚度という健常者においても疾患を有する者においても同様に定量的に計測可能な指標を採用し、当該指標と遺伝子多型との関係を精査し、遺伝子多型セットと肥厚度との正及び負の関係を適切に指標化することにより、より高い精度を実現した判定方法である。【０１８７】
（３−３）心筋梗塞危険度判定方法
本発明の心筋梗塞危険度判定方法は、心筋梗塞のかかりやすさや進行しやすさを判定するために使用することができる。好適には、糖尿病患者またはその傾向のある患者（境界型糖尿病）に対して心筋梗塞の危険度（かかりやすさ、進行のしやすさなど）を判定するために使用することができる。【０１８８】
本発明に係る心筋梗塞危険度判定方法は、（ｂ）被験試料について検出された遺伝子多型を、心筋梗塞の判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程を有することを特徴とする。心筋梗塞の判定指標としては、例えば前述するように、心電図上での陳旧性心筋梗塞の波形の有無や心筋梗塞の既往歴を挙げることができる。心筋梗塞の判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型セットとしては、好ましくは図５６〜５８いずれか一つの図に記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットを挙げることができる。【０１８９】
本発明の判定方法には、心筋梗塞の判定指標に対して負の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程と、心筋梗塞の判定指標に対して正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程とを組み合わせて実施する方法が含まれる。即ち、上記（ｂ）の工程に加えて、（ｂ'）工程として 被験試料について検出された遺伝子多型を、心筋梗塞の判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程、及び（ｃ）工程として上記（ｂ）と（ｂ'）の結果から、検出された遺伝子多型について、負の関連性と正の関連性とを対比してその偏度を算出する工程を有する、判定方法である。なお、ここで心筋梗塞の判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型セットとしては、好ましくは図６３〜６９のいずれか一つの図に記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットを挙げることができる。【０１９０】
また、本発明の判定方法は、動脈硬化性疾患の危険度判定方法と同様に、上記工程（ｂ）または（ｂ'）に先立ち、（ａ）被験試料において遺伝子多型を検出する工程を有することができる。かかる検出工程（ａ）は、図３７に記載する９９個の遺伝子多型から選ばれる２または３以上の遺伝子多型を対象とした検出工程とすることができる。かかる検出工程（ａ）は、図５８〜６２のいずれか一つの図に記載される、負の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型の存在、及び図７０〜７３のいずれか一つの図に記載される、正の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型の存在を検出する工程を有することができる。具体的には、図５９及び図７０に記載される遺伝子多型、図６０及び図７１に記載される遺伝子多型、図６１及び図７２に記載される遺伝子多型、または、図６２及び図７３に記載される遺伝子多型の存在を検出する工程とすることができる。【０１９１】
検出工程（ａ）は、上記本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイを利用することにより、高い精度で実施することができる。即ち、検出工程（ａ）は、本発明の疾患判定用アレイ上で、被験試料から調製したプローブとアレイ上の遺伝子多型検出用プローブとをハイブリダイズさせて遺伝子多型を検出する工程とすることができる。【０１９２】
なお、本発明の心筋梗塞危険度判定方法は、上記動脈硬化性疾患危険度判定方法と同様に、更に（ｄ）工程として、（ｃ）工程で得られた偏度について、さらに重み付けして、偏度の程度（すなわち、危険度の程度）を決定する工程を有するものであってもよいし、さらに被験者の臨床的所見や疾患と密接に関係する環境因子から心筋梗塞危険度を決定する危険度決定工程をさらに含んでいてもよい。【０１９３】
本発明の心筋梗塞危険度判定方法は、上記動脈硬化性疾患危険度判定方法と同様の方法で実施できるが、かかる方法を利用することにより、高い精度で心筋梗塞の危険度についての判定結果を得ることができる。【０１９４】
本発明の判定方法には下記の態様が含まれる：
（Ａ）（ｂ）被験試料について検出された遺伝子多型を、疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型又は負の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程、
を有する疾患危険度の判定方法。【０１９５】
（Ｂ）更に、
（ｂ'）疾患判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型又は正の関連性を有する遺伝子多型セットと照合する工程、及び
（ｃ）（ｂ'）の結果から、検出した遺伝子多型のセットについて、負の関連性と正の関連性とを対比してその偏度を算出する工程
を有する（Ａ）に記載する疾患危険度の判定方法。【０１９６】
（Ｃ）更に、（ｄ）得られた偏度から疾患危険度を評価する工程を有する（Ｂ）に記載する疾患危険度の判定方法。
（Ｄ）対象の疾患が動脈硬化性疾患であって、疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型セットとして、図１〜９のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセット、または図３８〜４３のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットを用いる、（Ａ）乃至（Ｄ）のいずれかに記載する疾患危険度の判定方法。
（Ｅ）対象の疾患が、動脈硬化性疾患であって、
（１）疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型セットが、図１〜９のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであり、且つ疾患判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型又は正の関連性を有する遺伝子多型セットが、図１９〜２７のいずれかに記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットであるか、または
（２）疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型セットが、図３８〜４３のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットであり、且つ疾患判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型または正の関連性を有する遺伝子多型セットが、図４８〜５１のいずれかに記載される正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つの遺伝子多型セットである、（Ｂ）乃至（Ｄ）のいずれかに記載する動脈硬化性疾患危険度の判定方法。【０１９７】
（Ｆ）工程（ｂ）または（ｂ'）に先立ち、（ａ）被験試料において遺伝子多型を検出する工程を有する（Ａ）乃至（Ｅ）のいずれかに記載する疾患危険度の判定方法。【０１９８】
（Ｇ）検出工程（ａ）が、図３７に記載する９９個の遺伝子多型から選ばれる２または３以上の遺伝子多型を対象とした検出工程である（Ｆ）に記載する疾患危険度の判定方法。【０１９９】
（Ｈ）対象の疾患が、動脈硬化性疾患であって、
検出工程（ａ）が、本発明の動脈硬化性疾患危険度判定用アレイ上で、被験試料から調製したプローブと、アレイ上の遺伝子多型検出用プローブとをハイブリダイズさせて遺伝子多型を検出する工程である（Ｆ）または（Ｇ）に記載する疾患危険度の判定方法。【０２００】
（Ｉ）対象の疾患が、心筋梗塞であって、
検出工程（ａ）が、本発明の心筋梗塞危険度判定用アレイ上で、被験試料から調製したプローブと、アレイ上の遺伝子多型検出用プローブとをハイブリダイズさせて遺伝子多型を検出する工程である（Ｆ）に記載する疾患危険度の判定方法。  【０２０１】
（Ｊ）動脈硬化疾患例および非動脈硬化疾患例の集団が、いずれも糖尿病であって、心筋梗塞病歴がない疾患例の集団である（Ａ）乃至（Ｉ）のいずれかに記載する疾患危険度判定方法。【０２０２】
（４）疾患有効薬剤選定方法
本発明には、被験対象から検出された遺伝子多型が該当する分類から、各被験者の特性に応じた有効な薬剤を選定する方法も含まれる。当該方法は被験対象から検出された遺伝子多型に基づき、該遺伝子多型の分類から適用可能と考えられる薬剤を選定することによって行われる。遺伝子多型の分類は、上記ａ）〜ｊ）の分類を用いることができる。【０２０３】
具体的に、制限されないが、
ａ）脂質関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型に対する有効薬剤としては、スタチンが挙げられる。
ｂ）血圧関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型に対する有効薬剤としては、ACE阻害薬及びアンギオテンシンII受容体阻害薬が挙げられる。
ｄ）インスリン抵抗性関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型に対する有効薬剤としては、インスリン感受性改善剤が挙げられる。
ｆ）酸化ストレス関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型に対する有効薬剤としては、抗酸化剤が挙げられる。
ｇ）炎症反応関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型に対する有効薬剤としては、免疫抑制剤及びスタチンが挙げられる。
ｈ）凝固線溶系関連遺伝子多型群に属する遺伝子多型に対する有効薬剤としては、抗血小板剤が挙げられる。【０２０４】
その他、MMP-12(A-82G)、mmp-9=Gelatinase B(C-1562T)、MMP7(C-153T)などの遺伝子多型が検出された場合には、有効薬剤として抗プロテアーゼを用いてもよい。被検対象から複数の遺伝子多型が検出された場合には、上記薬剤を２種以上併用して用いることもできる。【０２０５】
このように、被験者の遺伝子多型に応じた適切な薬剤を選定することにより、被験対象の体質又は特徴に応じた疾患の予防、治療又は予後の対応などを行うことが可能になる。【０２０６】
（５）疾患抵抗性因子顕在化方法または疾患危険度顕在化方法
本発明は、別の角度から、被験者が保有する疾患抵抗性因子を顕在化する方法、並びに被験者が保有する疾患危険度を顕在化する方法を提供するものでもある。【０２０７】
本発明に係る疾患抵抗性因子顕在化方法は、
(i)被験試料において検出された遺伝子多型を、疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットと照合する工程、
(ii)（i）の結果に基づき、被験試料における疾患抵抗性因子を顕在化させる工程
を有するものである。これらの工程を含む限りにおいて、他の付加的ないかなる工程を有していても本発明に含まれる。【０２０８】
（ii）の顕在化工程は、被験試料において検出された遺伝子多型が、疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットのどれかに該当するか否かを明らかにすることによって行われる。【０２０９】
例えば、対象とする疾患が動脈硬化性疾患（好ましくは、糖尿病に起因する動脈硬化性疾患）である場合、(i)の工程は、被験試料において検出された遺伝子多型を、頚動脈内膜中膜複合体肥厚度（ＩＭＴ）と負の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットと照合することによって行われる。かかる遺伝子多型セットとしては、図１〜９のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセット、または図３８〜４３のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットを挙げることができる。【０２１０】
また、例えば、対象とする疾患が心筋梗塞（好ましくは、糖尿病に起因する心筋梗塞）である場合、(i)の工程は、被験試料において検出された遺伝子多型を、心筋梗塞の判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットと照合することによって行われる。かかる遺伝子多型セットとしては、図５６〜５８のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットを挙げることができる。【０２１１】
また、上記顕在化方法においては、工程（ｉ）に先立ち、（０）被験試料において遺伝子多型を検出する工程を有することができる。【０２１２】
検出工程（０）は、図３７に記載する９９個の遺伝子多型から選ばれる少なくとも２の遺伝子多型を対象とした検出工程とすることができる。対象とする疾患が動脈硬化性疾患（好ましくは、糖尿病に起因する動脈硬化性疾患）である場合は、検出対象とする遺伝子多型として、図１０〜１８から選択されるいずれかの図に記載される遺伝子多型、または図４４〜４７から選択されるいずれかの図に記載される遺伝子多型を用いてよい。対象とする疾患が心筋梗塞（好ましくは、糖尿病に起因する心筋梗塞）である場合は、検出対象とする遺伝子多型として、図５９〜６２から選択されるいずれかの図に記載される遺伝子多型を用いてよい。【０２１３】
検出工程（０）は、前述する発明の疾患危険度判定用アレイ上で、被験試料から調製したプローブとアレイ上の遺伝子多型検出用プローブとをハイブリダイズさせて遺伝子多型を検出することによって行うことができる。また、被験試料は特に制限されないが、糖尿病患者であって、動脈硬化性疾患の病歴または心筋梗塞病歴がない被験者の生体試料である場合に、より本発明による利益を享受することができる。【０２１４】
ヒトゲノムには、極めて多くの遺伝子多型があり、そのうちのひとつだけでは、オッズ比が低く、また、頻度も限られているため、疾患危険度を予測することは不可能である。したがって、それらの遺伝子多型をばらばらに見ていたのでは、個人が有する遺伝子多型のなかに組合せとして内在している疾患と関連する因子を見つけることはできない。本発明においては、多数の母集団における解析により、疾患判定指標との間に有意な負の関連性を有する複数の遺伝子多型セットが存在することが明らかになったことに基づき、それらの遺伝子多型セットを疾患抵抗性因子として位置づけ、被験試料におけるこれらの特定の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型の存在を選択的に明らかにしたときに、はじめて、疾患抵抗性因子を顕在化させることができる。顕在化された疾患抵抗性因子は、疾患危険度判定の情報として、極めて価値が高いものである。なお、ここで、「選択的に明らかにする」とは、無数ある遺伝子多型の組合せのうち特定のものを選択して明らかにすることである。【０２１５】
また、顕在化工程としては、単に、該複数の遺伝子多型の、組合せにかかる遺伝子型セットを一体として明らかにすることのほか、選択的に明らかにされた複数の遺伝子多型の遺伝子型が、疾患抵抗性因子（疾患抵抗性遺伝子多型セット）に該当するか否か（例えば０か１か）により、また、選択的に明らかにされた複数の遺伝子多型の遺伝子型が、疾患抵抗性因子（疾患抵抗性遺伝子多型セット）に該当する場合に、その遺伝子多型セットと疾患判定指標との間に有意な負の関連性を有する頻度のオッズ比により表すことも含まれる。また、選択的に明らかにされた複数の遺伝子多型の遺伝子型が、疾患抵抗性遺伝子多型セットに該当する場合に、疾患抵抗性遺伝子多型セットに固有の疾患判定指標の増加抑制により表わすことも含まれる。すなわち、該被験対象の遺伝子多型における疾患抵抗性遺伝子多型セットを顕在化できる方法であれば、特に制限は無い。【０２１６】
また、本発明に係る疾患危険度顕在化方法は、
（i'） 被験試料について検出された遺伝子多型を、疾患判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セット、並びに疾患判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットと照合する工程、及び
（ii’）（ｉ’）の結果に基づき、被験試料における疾患抵抗性因子または感受性因子を顕在化させる工程を有するものである。【０２１７】
該工程を含む限りにおいて、他の付加的ないかなる工程を有していても本発明に含まれる。【０２１８】
上記危険度顕在化方法は、さらに、（iii’）被験試料について顕在化された疾患抵抗性因子と感受性因子との偏度を算出する工程も有するものとすることができる。【０２１９】
例えば、対象とする疾患が動脈硬化性疾患（好ましくは、糖尿病に起因する動脈硬化性疾患）である場合、(i’)の工程は、被験試料において検出された遺伝子多型を、動脈硬化性疾患の判定指標である「頚動脈内膜中膜複合体肥厚度」（ＩＭＴ）と負の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セット、並びにＩＭＴと正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットと照合することによって行われる。ここで負の関連性を有する遺伝子多型セットとしては、図１〜９のいずれかに記載される負の遺伝子多型セット、または図３８〜４３のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットを、正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットとしては、図１９〜２７のいずれかに記載される正の遺伝子多型セット、または図４８〜５１のいずれかに記載される正の遺伝子多型セットを挙げることができる。【０２２０】
また、例えば、対象とする疾患が心筋梗塞（好ましくは、糖尿病に起因する心筋梗塞）である場合、(i’)の工程は、被験試料において検出された遺伝子多型を、心筋梗塞の判定指標と負の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セット、並びに心筋梗塞の判定指標と正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットと照合することによって行われる。ここで負の関連性を有する遺伝子多型セットとしては、図３８〜４３のいずれかに記載される負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットを、正の関連性を有する遺伝子多型または遺伝子多型セットとしては、図５０〜５３のいずれかに記載される正の遺伝子多型、または遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも１つのセットを挙げることができる。【０２２１】
また、工程（１’）に先立ち、（０’）被験試料において遺伝子多型を検出する工程を有することもできる。検出工程（０'）は、図３８に記載する９９個の遺伝子多型から選ばれる少なくとも２の遺伝子多型を対象とした検出工程とすることができる。対象とする疾患が動脈硬化性疾患（好ましくは、糖尿病に起因する動脈硬化性疾患）である場合、検出工程（０'）は、例えば、図１０及び図２８記載の遺伝子多型、図１１及び図２９記載の遺伝子多型、図１２及び図３０記載の遺伝子多型、図１３及び図３１記載の遺伝子多型、図１４及び図３２記載の遺伝子多型、図１５及び図３３記載の遺伝子多型、図１６及び図３４記載の遺伝子多型、図１７及び図３５記載の遺伝子多型、または、図１８及び図３６記載の遺伝子多型の存在を検出する工程、または図３８及び図４８記載の遺伝子多型、図３９及び図４９記載の遺伝子多型、図４０及び図５０記載の遺伝子多型、図４１及び図５１記載の遺伝子多型、図４２及び図５１記載の遺伝子多型、または、図４３及び図５１記載の遺伝子多型の存在を検出する工程とすることができる。【０２２２】
また対象とする疾患が心筋梗塞（好ましくは、糖尿病に起因する心筋梗塞）である場合、検出工程（０'）は、例えば、図５９及び図７０記載の遺伝子多型、図６０及び図７１記載の遺伝子多型、図６１及び図７２記載の遺伝子多型、または図６２及び図７３記載の遺伝子多型の存在を検出する工程とすることができる。【０２２３】
また、検出工程（０’）は、上記本発明に係る疾患危険度判定用アレイ上で、検体試料から調製したプローブとアレイ上の遺伝子多型検出用プローブとをハイブリダイズさせて遺伝子多型を検出する工程とすることができる。【０２２４】
また、被験試料は、糖尿病であって動脈硬化性疾患または心筋梗塞病歴がない被験者の生体試料と設定すると、本発明の効果をより有効に利用することができる。【０２２５】
前述するように、本発明は、多数の母集団における解析により、疾患判定指標との間に有意な負及び正の関連性を有する複数の遺伝子多型のセットが存在することを見いだし、更にそれらをそれぞれ疾患抵抗性因子及び疾患感受性因子として位置づけ、被験試料に存在する、これらの２つに分類される遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型の双方を組合わせて評価したときに、はじめて、被験者の疾患危険度が顕在化できることができることが見出したことに基づく。【０２２６】
顕在化された疾患抵抗性因子（疾患抵抗性遺伝子多型セット）及び疾患感受性因子（疾患感受性遺伝子多型セット）の組合せは、疾患危険度判定の情報として、極めて価値が高いものである。【０２２７】
顕在化工程としては、単に、該複数の遺伝子多型の、組合せにかかる遺伝子型のセットを一体として明らかにすることのほか、選択的に明らかにされた複数の遺伝子多型の遺伝子型が、所望の疾患遺伝子多型セットに該当するものであるか否かにより、また、選択的に明らかにされた複数の遺伝子多型の遺伝子型が、所望の疾患遺伝子多型セットに該当する場合に、疾患関連遺伝子多型セットに固有の疾患判定指標との間に有意な負または正の関連性を有する頻度のオッズ比により表すことも含まれる。また、選択的に明らかにされた複数の遺伝子多型の遺伝子型が、所望の疾患遺伝子多型セットに該当する場合に、疾患遺伝子多型セットに固有の疾患判定指標の増加度または増加抑制度により表わすことも含まれる。すなわち、被験対象の遺伝子多型について、疾患遺伝子多型セットの抵抗性及び感受性を判断し顕在化できる方法であれば、特に制限は無い。【０２２８】
（６）遺伝子マーカー
(6-1) 動脈硬化性疾患抵抗性または動脈硬化性疾患感受性を示す遺伝子マーカー
本発明は、動脈硬化性疾患抵抗性を示す遺伝子マーカーを提供する。当該遺伝子マーカーは、被験試料について、動脈硬化性疾患抵抗性の遺伝子多型の検出および選択に好適に用いることができる。かかる遺伝子マーカーは、負（抵抗性）の遺伝子多型または遺伝子多型セットの中から選択される少なくとも一つの遺伝子多型を含んでなるものである。具体的には、図１〜９のいずれかに記載の負の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型、または図３８〜４３のいずれかに記載の負の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む。【０２２９】
また、本発明は、動脈硬化性疾患感受性を示す遺伝子マーカーをも提供する。当該遺伝子マーカーは、被験試料について動脈硬化性疾患感受性の遺伝子多型の検出に好適に用いることができる。かかる遺伝子マーカーは、正（感受性）の遺伝子多型または遺伝子多型セットの中から選択される少なくとも一つの遺伝子多型を含んでなるものである。具体的には、図１９〜２７のいずれかに記載の正の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型、または図４８〜５１のいずれかに記載の正の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む。かかる動脈硬化性疾患感受性を示す遺伝子マーカーは、上記動脈硬化性疾患抵抗性を示す遺伝子マーカーと組み合わせて使用することが好ましい。【０２３０】
これらの動脈硬化性疾患抵抗性を示す遺伝子マーカー及び動脈硬化性疾患感受性を示す遺伝子マーカーは、それぞれ動脈硬化性疾患抵抗性の遺伝子多型の検出や選択及び動脈硬化性疾患感受性の遺伝子多型の検出や選択に用いられるほか、動脈硬化性疾患の判定や測定のための遺伝子マーカーなどとしても用いることができる。【０２３１】
(６−２)心筋梗塞性疾患抵抗性または心筋梗塞性疾患感受性を示す遺伝子マーカー
本発明は、また心筋梗塞抵抗性を示す遺伝子マーカーを提供する。当該遺伝子マーカーは、被験試料について、心筋梗塞抵抗性の遺伝子多型の検出や選択に好適に用いることができる。かかる遺伝子マーカーは、負（抵抗性）の遺伝子多型または遺伝子多型セットの中から選択される少なくとも一つの遺伝子多型を含んでなるものである。具体的には、図５６〜５８のいずれかの図に記載の負の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む。
【０２３２】
さらに本発明は、心筋梗塞感受性を示す遺伝子マーカーをも提供する。当該遺伝子マーカーは、被験試料について心筋梗塞感受性の遺伝子多型の検出に好適に用いることができる。かかる遺伝子マーカーは、正（感受性）の遺伝子多型または遺伝子多型セットの中から選択される少なくとも一つの遺伝子多型を含んでなるものである。具体的には、図６３〜６８のいずれかに記載の正の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む。かかる心筋梗塞感受性を示す遺伝子マーカーは、上記心筋梗塞抵抗性を示す遺伝子マーカーと組み合わせて使用することが好ましい。【０２３３】
これらの心筋梗塞抵抗性を示す遺伝子マーカー及び心筋梗塞感受性を示す遺伝子マーカーは、それぞれ心筋梗塞抵抗性の遺伝子多型の検出や選択及び心筋梗塞感受性の遺伝子多型の検出や選択に用いられるほか、心筋梗塞の判定や測定のための遺伝子マーカーなどとしても用いることができる。【０２３４】
なお、本発明のマーカーには下記の態様が含まれる：
（Ａ）図１〜９のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型、または図３８〜４３のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む動脈硬化性疾患抵抗性の遺伝子マーカー。
（Ｂ）（１）  図１〜９のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む動脈硬化性疾患抵抗性の遺伝子マーカー、及び図１９〜２７のいずれかに記載する正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含むか、または
（２）図３８〜４３のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む動脈硬化性疾患抵抗性の遺伝子マーカー、及び図４８〜５１のいずれかに記載する正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む、動脈硬化性疾患感受性の遺伝子マーカー。
（Ｃ）図５６〜５８のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む心筋梗塞抵抗性の遺伝子マーカー。
（Ｄ）図５６〜５８のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む心筋梗塞抵抗性の遺伝子マーカー、及び図６３〜６９のいずれかに記載する正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子多型を含む、心筋梗塞感受性の遺伝子マーカー。
【０２３５】
（７）遺伝子多型分析用キット
本発明の遺伝子多型分析用キットは、負の遺伝子多型又は負の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対、あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブを含むことを特徴とする。当該分析用キットは、疾患抵抗性遺伝子多型を検出する分析用キットとして好適に用いることができる。さらに、本発明の遺伝子多型分析用キットは、正の遺伝子多型、又は正の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対、あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブを含むことができる。かかる分析用キットは、疾患抵抗性遺伝子多型及び疾患感受性遺伝子多型を検出する分析用キットとして、好適に用いることができる。
【０２３６】
負の遺伝子多型セットの一例として、図１〜９のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セット、または図３８〜４３のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを挙げることができる。かかる遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブを含む分析用キットは、動脈硬化性疾患抵抗性遺伝子多型を検出する分析用キットとして好適に用いることができる。またこの場合、さらに図１９〜２７に記載される正の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも１の遺伝子多型セットを構成する遺伝子、または図５０〜５３に記載される正の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも１の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブを含むことができる。かかる分析用キットは、動脈硬化性疾患抵抗性遺伝子多型及び動脈硬化性疾患感受性遺伝子多型を検出する分析用キットとして好適に用いることができる。【０２３７】
さらに負の遺伝子多型セットの他の一例として、図５６〜５８のいずれかに記載する、負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを挙げることができる。かかる遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブを含む分析用キットは、心筋梗塞抵抗性遺伝子多型を検出する分析用キットとして好適に用いることができる。またこの場合、さらに図６３〜６８に記載される正の遺伝子多型セット群から選択される少なくとも１の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブを含むことができる。かかる分析用キットは、心筋梗塞抵抗性遺伝子多型及び心筋梗塞感受性遺伝子多型を検出する分析用キットとして好適に用いることができる
本発明の遺伝子多型分析用キットは、上記のようなプライマー対あるいは核酸プローブを含んでなるものであれば、本発明の目的を損なわない範囲で、他の核酸又は試薬等を適宜含んでいてもよい。なお、負の遺伝子多型セットや正の遺伝子多型セットを検出するためには、これらのセットを構成する少なくとも２個の遺伝子多型を検出するためのプライマーまたはプローブを有することが必要である。一つの遺伝子多型について遺伝子多型検出用プライマーを含み、他の遺伝子多型について遺伝子多型検出用プローブを含むようなものであっても、前記遺伝子多型を分析できる限り、本発明の遺伝子多型分析用キットに含まれる。【０２３８】
遺伝子多型の検出は上記遺伝子多型検出工程で記載したいずれの方法をも用いることができるが、ＰＣＲを用いるｈｙｂｒｉｇｅｎｅ法、ＴａｑＭａｎ法、インベーダー法や、遺伝子多型を有する遺伝子に特異的にハイブリダイズする核酸プローブを用いるＡＳＰ−ＰＣＲ法などを好適に用いることができる。【０２３９】
したがって、遺伝子多型分析用キットには、これらの遺伝子多系を検出する工程に用いるプライマーおよびプローブの少なくともいずれかが含まれる必要がある。遺伝子多型を検出するためのＰＣＲ法においては、もっとも３’側に遺伝子多型の核酸を配置するのが一般的であるが、Ａｌｌｅｌｅ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｐｒｉｍｅｒ（ＡＳＰ）−ＰＣＲ法のように、３’末端側から２番目に遺伝子多型を有するプライマーを配置する方法などのように、遺伝子多型をプライマーのどの領域に置くか、また、検出する遺伝子以外にどのような核酸配列を入れるかなどプライマーのデザインには、遺伝子多型を識別できる限りとくに制限はない。プローブのデザインにおいても同様に、遺伝子多型を識別できる限りその配列に制限なく、用いることができる。【０２４０】
なお、本発明の分析キットには下記の態様が含まれる；
（Ａ）（１）図１〜９のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブ、または
（２）図３８〜４３のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブ、
を含む、動脈硬化性疾患抵抗性遺伝子多型分析用キット。【０２４１】
（Ｂ）（１）図１〜９のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブ、ならびに図１９〜２７のいずれかに記載する正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブ、または
（２）図３８〜４３のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブ、ならびに図４８〜５１のいずれかに記載する正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブ
を含む、動脈硬化性疾患抵抗性遺伝子多型または感受性遺伝子多型分析用キット。【０２４２】
（Ｃ）図５６〜５８のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブを含む、心筋梗塞抵抗性遺伝子多型分析用キット。【０２４３】
（Ｄ）図５６〜５８のいずれかに記載する負の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブ、ならびに図６３〜６９のいずれかに記載する正の遺伝子多型セットの群から選択される少なくとも一の遺伝子多型セットを構成する遺伝子を特異的に増幅し得るプライマー対あるいは当該遺伝子に特異的にハイブリダイズし得る核酸プローブを含む、心筋梗塞抵抗性遺伝子多型または感受性遺伝子多型分析用キット。
【実施例】
【０２４４】
以下、本発明の実施例により本発明をより具体的に説明するが、本発明はこれらの実施例に何ら限定されるものではない。【０２４５】
実施例１    動脈硬化性疾患の危険度の判定
１．動脈硬化性疾患に正または負の関連性のある遺伝子多型の決定
＜解析手順＞
糖尿病疾患例において、頸動脈内膜中膜複合体肥厚度（IMT）の肥厚が同年代の健常群に比べ、０.２ｍｍ以上肥厚しているものをCase（発症例）、それ以外をControl（未発症例）とした。これらのCase群（発症例群）及びControl群（未発症例群）について、下記に説明する操作で遺伝子多型を検出した。【０２４６】
ここでは、説明の都合上、例としてＡＣＥ遺伝子（略称：ACE ID）の挿入遺伝子多型の場合を用いて説明するが、他の遺伝子についても同様な操作を行った。【０２４７】
（１）ＡＣＥ遺伝子断片増幅用プライマーの合成
パーキンエルマー社ＤＮＡシンセサイザー３９２型を用いて、ホスホアミダイト法にて、ヒトACE遺伝子の配列と相同な配列を有するプライマー１（CTGGAGACCA CTCCCATCCT TTCT ） およびヒトACE遺伝子の配列と相補的な配列を有する配列（プライマー２：GATGTGGCCATCACATTCGT CAGAT）を合成した。プライマー２は５’側にビオチンを連結している。合成はマニュアルに従い、各種オリゴヌクレオチドの脱保護はアンモニア水で５５℃、一夜実施した。オリゴヌクレオチドの精製はパーキンエルマー社ＯＰＣカラムにて実施した。【０２４８】
（２）リンカーアームを有するオリゴヌクレオチドの合成
パーキンエルマー社ＤＮＡシンセサイザー３９２型を用いて、ホスホアミダイト法にて、ヒトACE遺伝子の配列と相補的な配列を有する、５’末端にリンカーアームを有するオリゴヌクレオチド（Ｉプローブ：TTACAGGCGT GATACAGTCA C）およびヒトACE遺伝子の配列と相補的な配列を有する５’末端にリンカーアームを有するオリゴヌクレオチド（Ｄプローブ：GCCTATACAG TCACTTTTAT GTG）を合成した。【０２４９】
この際、特表昭６０−５００７１７号公報に開示された合成法により、デオキシウリジンから化学合成により調製した、５位にリンカーアームを有するウリジンを上記オリゴヌクレオチドに導入した。合成されたリンカーオリゴヌクレオチドはアンモニア水で５０℃、一夜脱保護処理を施した後、パーキンエルマー社ＯＰＣカラムにて実施した。【０２５０】
（３）プローブオリゴヌクレオチドのマイクロタイタープレートへの結合
上記（２）で合成したプローブオリゴヌクレオチドについて、そのリンカーアームを介して、マイクロタイタープレート内面へ結合した。オリゴヌクレオチドを５０ｍＭ硼酸緩衝液（ｐＨ１０）、１００ｍＭ  ＭｇＣｌ2の溶液に０．０５ｐｍｏｌ／μｌになるように希釈し、マイクロタイタープレート（MicroFLUOR B；ダイナテック社）に各１００μｌずつ分注し、１５時間程度室温に放置することで、リンカーオリゴヌクレオチドをマイクロタイタープレート内面に結合させた。その後、０．１ｐｍｏｌ  ｄＮＴＰ、０．５％ＰＶＰ、５×ＳＳＣに置換して、非特異反応を抑えるためのブロッキングを室温で２時間程度行った。最後に１×ＳＳＣで洗浄して乾燥させた。【０２５１】
（４）ＰＣＲ法によるヒトＡＣＥ遺伝子断片の増幅
ヒト白血球より抽出したＤＮＡ溶液をサンプルとして使用して、下記試薬を添加して、下記条件によりヒトＡＣＥ遺伝子断片を増幅した。【０２５２】
＜試薬＞以下の試薬を含む２５μl溶液を調製した。【０２５３】
プライマー１  １０ｐｍｏｌ
プライマー２  １０ｐｍｏｌ
×１０緩衝液  ２．５μｌ
２ｍＭ  ｄＮＴＰ  ２．５μｌ
Tth ＤＮＡポリメラーゼ  １Ｕ
抽出ＤＮＡ溶液  １００ｎｇ。【０２５４】
＜増幅条件＞
９４℃・２分
９４℃・１分、６５℃・２分、７５℃・１．５分（３５サイクル）。【０２５５】
（５）マイクロタイタープレート中でのハイブリダイゼーション
（４）の増幅反応液を１０倍に希釈し、０．３Ｎ  ＮａＯＨ中で増幅反応液中の増幅されたＤＮＡを変性させ、各サンプルごとに増幅反応液２０μｌを２００ｍＭクエン酸−リン酸緩衝液（ｐＨ６．０)、２％ＳＤＳ、７５０ｍＭ  ＮａＣｌ、０．１％ＮａＮ3の溶液１００μｌに加えて、上記（３）の捕捉プローブが結合したマイクロタイタープレートに投入した。蒸発を防ぐため流動パラフィンを重層し、５５℃で３０分間振盪させた。これによって、増幅されたヒトＡＣＥ遺伝子断片が、固定化されたプローブによって特異的にマイクロタイタープレートに捕捉される。【０２５６】
次に、２×ＳＳＣ（ｐＨ７．０)、１％ＳＤＳに置換し同様に蒸発を防ぐため、流動パラフィンを重層し、５５℃で２０分間振盪させた。その後、アルカリフォスファターゼを標識したストレプトアビジン（ＤＡＫＯ製D0396）を５０ｍＭトリス−塩酸緩衝液（ｐＨ７．５）、１％ＢＳＡの溶液で２０００倍に希釈した溶液１００μｌと置換し、３７℃で１５分間振盪させた。これによって、捕捉されたＤＮＡのビオチンにアルカリ性ホスファターゼ標識したストレプトアビジンが特異的に結合した。２５０μｌの５０ｍＭトリス−塩酸緩衝液（ｐＨ７．５）、０．０２５％  Tween20溶液で３回洗浄後、アルカリ性ホスファターゼの発光基質であるジオキセタン化合物（商品名：Lumiphos480；Lumigen 社）５０μｌを注入し、３７℃で１５分間保温後に暗室中でホトンカウンター（浜松ホトニクス社）で発光量を測定した。【０２５７】
これらの工程はすべて、ＤＮＡプローブ自動測定システム（日本臨床検査自動化学会会誌  第２０巻、第７２８頁（１９９５年）を参照）により自動で行われ、所要時間は約２.５時間であった。【０２５８】
（６）ヒトＡＣＥ遺伝子挿入多型測定検討結果
上記（４）にて増幅し、（５）にて検出された結果からＡＣＥ遺伝子多型を検討する。ＩsignalはIプローブと反応した増幅核酸断片の検出シグナル、ＤsignalはＤプローブと反応した核酸断片の検出シグナルとし、各プローブで得られたシグナルの比の対数をとることにより塩基多型が同定できる。すなわち、シグナルの比の対数が０．０以上のものはI型（挿入）のホモ遺伝子型、−１．０以下はＤ型（欠失）のホモ遺伝子型、−１．０〜０．０の間がＩ型とＤ型のヘテロ遺伝子型と同定できる。【０２５９】
２．ＳＮＰの解析
２−１．Ｏｄｄｓ比とＫａｉ値の測定
各ＳＮＰのgenotypeそれぞれについて、Ｏｄｄｓ比とＫａｉ値を求めた。
「genotype」は、既に説明したルールに従って１〜３の番号で示す。例えば、Ｉ／Ｄで表されるＡＣＥ遺伝子の場合、
１：ＤＤ（Ｄのホモ接合体）
２：Ｉ／Ｄ（ヘテロ）
３：ＩＩ（Ｉのホモ接合体）
とした。なお、Ｉ／Ｄ＋ＤＤ（Ｄアリールを有するもの）は「１２」と、ＩＩ＋Ｉ／Ｄ（Ｉアリールを有するもの）は「２３」と示す。【０２６０】
「Ｏｄｄｓ比」は、ＳＮＰのgenotypeがCaseあるいはControlに偏る比率を意味する。Ｏｄｄｓ比が２ならば、Caseでのgenotypeの存在頻度がControlの２倍であることを示す。
「Ｋａｉ値」は、ＳＮＰのgenotypeがCaseあるいはControlに偏る統計学的な有意性を意味する。Ｋａｉ値が３．８以上ならばＰ＜０．０５となる。【０２６１】
Ｋａｉ  ５．０２４  →  ｐ＜０．０２５
Ｋａｉ  ６．６３５  →  ｐ＜０．０１
Ｋａｉ  １０．８２７→  ｐ＜０．００１。【０２６２】
なお、Ｋａｉ値とＯｄｄｓ比の違いは、Ｏｄｄｓ比は存在頻度に依存しないが、Ｋａｉ値は被験者数が多くなるとOdds比が低くなることがある点である。例えば、被験者数が500例の場合にCase群の１％に見られるＡ多型と、被験者数が5000例の場合にCase群の0.5％に見られるＢ多型では、同じOdds比でも、Ｂ多型の方がKai値が高くなる場合がある。【０２６３】
２−２  疾患感受性遺伝子多型、及び疾患抵抗性遺伝子多型の抽出
上記で求めた各ＳＮＰのgenotypeに関するＯｄｄｓ比とＫａｉ値をもとに、Ｏｄｄｓ比＞２．０、Ｋａｉ値＞３．８以上を選択条件にして、疾患感受性ＳＮＰ（Case群のうちOdds比＞２．０のもの）、疾患抵抗性ＳＮＰ（Control群のOdds比＞２．０のもの）を抽出した。【０２６４】
２−３  ＳＮＰの多重解析
まず論文から動脈硬化性疾患に関するキーワード検索等によって２００個のＳＮＰを選択し、さらに９９個まで絞り込んだ。次いで、この９９個の中から任意に２〜３つのＳＮＰを選択し、この２つのＳＮＰの各遺伝子型（１、２、３）毎のすべての組み合わせについて、Case群及びControl群の各々についてOdds比及びKai値を求めた（２つのＳＮＰで４ｘ４＝１６通り、９９ｘ９８ｘ１６／２通り）。この特定のＳＮＰの組合せをＳＳＮＰ（Synergetic SNP）と称することにする。【０２６５】
２−４  有意なＳＳＮＰの抽出
（１）上記で得られたＳＳＮＰを、Ｋａｉ値の高い順にならべる（たとえば１０個のＳＳＮＰをソートした場合、上から１番目、２番目、３番目・・・とする）。
（２）Case群，及びControl群の各群について、説明可能なＳＳＮＰ（説明ＳＳＮＰ）を求める。【０２６６】
具体的には、下記の場合を例にして説明する：
１番目のＳＳＮＰで、症例番号５、１０、１５、２０及び２８の５名が説明可能とする、
２番目のＳＳＮＰで、症例番号５、６及び３０の３名が説明可能とする、
５番目のＳＳＮＰで、症例番号５、１０、及び１５の３名が説明可能とする。【０２６７】
上記の場合、まず１番目のＳＳＮＰは「説明ＳＳＮＰ」として採用される。２番目のＳＮＰは、１番目のＳＳＮＰでは説明できない症例番号６と３０が説明できるので、「説明ＳＳＮＰ」となる。一方、５番目のＳＳＮＰは、それで説明できるものは、すべての１番目の「説明ＳＳＮＰ」で説明可能となるため、採用しない。このようにして、Case群，及びControl群の各群について、２−３で求めたＳＳＮＰから「説明ＳＳＮＰ」を抽出した。【０２６８】
２−５  無効なＳＮＰ多型の棄却
２−４で求めた「説明ＳＳＮＰ」の群に含まれるＳＮＰの多型の頻度（％）を計算し、頻度が少ないものを棄却した。【０２６９】
例えば、１番目ＳＳＮＰ〔ＡＣＥ−ＩＩ  と  ＭＴＨＦＲのＴＴ〕
２番目ＳＳＮＰ〔ＡＣＥ−ＩＩ  と  ｅＮＯＳ(略称：N1)のＣアリール〕
３番目ＳＳＮＰ〔ＡＣＥ−Ｉアリール  とｅＮＯＳ(略称：N1)のＣアリール〕  とすると、ＡＣＥ−ＩＩが３．５％、ＡＣＥ−Ｉアリールが０．５％となる。そこでＡＣＥ−ＩＩのみ採用し、ＡＣＥ−Ｉアリールは棄却する（ＩＩ多型か、Ｉアリールどちらか、頻度の高い方がより重要と考える）。【０２７０】
２−６  ＳＳＮＰの再評価
２−３で求めたＳＳＮＰ群から、２−５で棄却されたＳＮＰの多型を含むＳＳＮＰを抽出し、これらのＳＳＮＰを棄却した。残りのＳＳＮＰ群で再度２−４と２−５の操作を行い、説明ＳＳＮＰを抽出した。【０２７１】
斯くして得られたCase群（疾患発症群）に関する説明ＳＳＮＰ（動脈硬化性疾患に正の関連性を有する遺伝子多型）をリストにしたのが図１９であり、Control群（疾患未発症群）に関する説明ＳＳＮＰ（動脈硬化性疾患に負の関連性を有する遺伝子多型）をリストにしたのが図１である。【０２７２】
３．説明ＳＮＰを用いた動脈硬化性疾患の判定
心筋梗塞の病歴のない糖尿病患者（被験者）を対象として、上述の如く、動脈硬化性疾患の感受性遺伝子多型（「説明ＳＳＮＰ」）、動脈硬化性疾患の抵抗性遺伝子多型（「説明ＳＳＮＰ」）を抽出した。そして各被験者が有する感受性遺伝子多型（「説明ＳＳＮＰ」）、及び動脈硬化性疾患の抵抗性遺伝子多型（「説明ＳＳＮＰ」）の個数を、各々図１９及び図１を参照してもとめ、感受性遺伝子多型の数が抵抗性遺伝子多型の数より多い場合を「動脈硬化性疾患高危険度例」、抵抗性遺伝子多型の数が感受性遺伝子多型の数が多い場合を「動脈硬化性疾患低危険度例」とする。【０２７３】
一方で、これらの各被験者について、頚動脈内膜中膜複合体肥厚度を測定し、健常人の頚動脈内膜中膜複合体肥厚度平均よりも０．２ｍｍ以上厚い場合を「動脈硬化疾患例」、それ以外を「非動脈硬化疾患例」に分類した。【０２７４】
各被験者について、動脈硬化疾患例及び非動脈硬化疾患例のそれぞれが、動脈硬化性疾患高危険度例及び動脈硬化性疾患低危険度例と一致する割合を、「Sensitivity率（正答率）」として求めた。また、動脈硬化疾患例及び非動脈硬化疾患例のそれぞれが、動脈硬化性疾患高危険度例及び動脈硬化性疾患低危険度例と一致しない割合を、「false positive率（誤答率）」として求めた。【０２７５】
＜解析結果＞
解析結果を図７７及び表３に示す。【０２７６】
【表３】
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【０２７７】
図７７において、□は感受性「説明ＳＳＮＰ」のみ、△は抵抗性「説明ＳＳＮＰ」のみ、●は感受性「説明ＳＳＮＰ」及び抵抗性「説明ＳＳＮＰ」の両者で、推定したSensitivity率（正答率）、及びfalse positive 率（誤答率）の計算値を示す。各プロットは、それぞれＯｄｄｓ比２〜１０で抽出した遺伝子多型のセットに基づく計算値を示す。【０２７８】
図７７及び表３に示されるように、感受性遺伝子多型（説明ＳＳＮＰ）及び抵抗性遺伝子多型（説明ＳＳＮＰ）を共に用いて得られた値は、誤答率が著しく低下した。このことから感受性「説明ＳＳＮＰ」と抵抗性「説明ＳＳＮＰ」とを組み合わせて用いて動脈硬化性疾患の評価を行うことにより、精度の高い判定が行えることが明らかになった。
【産業上の利用可能性】
【０２７９】
本発明によると、疾患の発症しやすさや、進行しやすさ等を疾患危険度として高精度に判定でき、疾患発症の予防および治療に利用できる疾患危険度判定方法、疾患危険度判定装置および疾患危険度判定プログラムを提供することができる。当該方法は、糖尿病患者またはその境界型糖尿病の患者について、動脈硬化性疾患や心筋梗塞性疾患の発症しやすさや進行しやすさ等を精度高く判定でき、当該疾患の発症の予防や治療に有効に利用することができる。【０２８０】
従来の疾患危険度の判定方法は、疾患の感受性（正の関連性）のみを指標として疾患と危険度を判定するものであったのに対し、本発明においては、疾患に対する抵抗性（負の関連性）も指標に含めたものである。これにより、本発明においては、疾患危険度を感受性だけでなく抵抗性からも判定して総合的に判断することが可能になり、疾患の危険度についてより的確でかつ精度の高い結果を得ることが可能になる。【０２８１】
また、本発明は、動脈硬化性疾患、特に糖尿病に起因する動脈硬化性疾患の危険度判定に有用な疾患抵抗性因子及び感受性因子、並びに心筋梗塞性疾患、特に糖尿病に起因する心筋梗塞性疾患の危険度判定に有用な疾患抵抗性因子及び感受性因子を、遺伝子多型の点から明らかにし、動脈硬化性疾患抵抗性遺伝子多型セット及び動脈硬化性疾患感受性遺伝子多型または遺伝子多型セット、並びに心筋梗塞性疾患抵抗性遺伝子多型セット及び心筋梗塞性疾患感受性遺伝子多型または遺伝子多型セットとして、これを提供するものである。これにより、被験者、特に糖尿病患者またはその傾向のある患者（糖尿病境界型）について、動脈硬化性疾患または心筋梗塞性疾患の危険度の判定、予防及び治療などを、被験者の特質に応じて、より適切な態様で行うことが可能となる。本発明が提供する疾患危険度判定方法、疾患危険度判定用アレイ、疾患抵抗性遺伝子マーカー及び疾患感受性遺伝子マーカー、疾患抵抗性遺伝子多型または疾患感受性遺伝子多型分析用キットは、動脈硬化性疾患または心筋梗塞性疾患の危険度の判定の実施に有用なものである。【０２８２】
なお、かかる本発明の技術は、本明細書に一例として掲げる動脈硬化性疾患や心筋梗塞性疾患だけでなく、他の疾患においても同様に適用できる。特に、糖尿病に起因して発症する、脳梗塞、糖尿病性腎症、糖尿病性網膜症、糖尿病性神経症などにおいても同様に適用することができる。
【図１−Ａ】
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【図１−Ｂ】
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【図２−Ａ】
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【図２−Ｂ】
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【図３−Ａ】
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【図３−Ｂ】
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【図４−Ａ】
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【図４−Ｂ】
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【図５−Ａ】
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【図５−Ｂ】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９−Ａ】
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【図１９−Ｂ】
0005235274.tif 000029
【図１９−Ｃ】
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【図２０−Ａ】
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【図２０−Ｂ】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７−Ａ】
0005235274.tif 000049
【図３７−Ｂ】
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【図３８】
0005235274.tif 000051
【図３９】
0005235274.tif 000052
【図４０】
0005235274.tif 000053
【図４１】
0005235274.tif 000054
【図４２】
0005235274.tif 000055
【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
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【図４６】
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【図４７】
0005235274.tif 000060
【図４８−Ａ】
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【図４８−Ｂ】
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【図４９−Ａ】
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【図４９−Ｂ】
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【図５０】
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【図５１】
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【図５２】
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【図５３】
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【図５４】
0005235274.tif 000069
【図５５】
0005235274.tif 000070
【図５６】
0005235274.tif 000071
【図５７】
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【図５８】
0005235274.tif 000073
【図５９】
0005235274.tif 000074
【図６０】
0005235274.tif 000075
【図６１】
0005235274.tif 000076
【図６２】
0005235274.tif 000077
【図６３】
0005235274.tif 000078
【図６４】
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【図６５】
0005235274.tif 000080
【図６６】
0005235274.tif 000081
【図６７】
0005235274.tif 000082
【図６８】
0005235274.tif 000083
【図６９】
0005235274.tif 000084
【図７０】
0005235274.tif 000085
【図７１】
0005235274.tif 000086
【図７２】
0005235274.tif 000087
【図７３】
0005235274.tif 000088
【図７４】
0005235274.tif 000089
【図７５】
0005235274.tif 000090
【図７６】
0005235274.tif 000091
【図７７】
0005235274.tif 000092
【配列表】
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