(57)【特許請求の範囲】
【請求項１】
アスペルギルス属菌のゲノムＤＮＡ中に存在する、(r1) 配列番号１で示される塩基配列中の471nt〜500ntにあるCATCT単純繰り返し配列の繰り返し配列長多型と、下記の１９種の単純繰り返し配列のうちの少なくとも１種における繰り返し配列長多型とを調べることを含む、単純繰り返し配列長多型を指標としたアスペルギルス属菌の菌株識別方法。
(r16)  配列番号１６で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるGCAGCATCCGCC繰り返し配列。
(r17)  配列番号１７で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるAAG繰り返し配列。
(r18)  配列番号１８で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるACCAATCAATCA繰り返し配列。
(r20)  配列番号２０で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるCT繰り返し配列。
(r24)  配列番号２４で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるAGA繰り返し配列。
(r26)  配列番号２６で示される塩基配列中の414nt〜500ntにあるCTT繰り返し配列。
(r28)  配列番号２８で示される塩基配列中の433nt〜500ntにあるAC繰り返し配列。
(r32)  配列番号３２で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるGAA繰り返し配列。
(r34)  配列番号３４で示される塩基配列中の472nt〜501ntにあるTGC繰り返し配列。
(r36)  配列番号３６で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるCTATATTGTTTATGAGG繰り返し配列。
(r45)  配列番号４５で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるGCTTCAAGCTCGAGGCT繰り返し配列。
(r48)  配列番号４８で示される塩基配列中の378nt〜500ntにあるTTC繰り返し配列。
(r58)  配列番号５８で示される塩基配列中の387nt〜500ntにあるTCTTGT繰り返し配列。
(r63)  配列番号６３で示される塩基配列中の466nt〜500ntにあるTTTTCCT繰り返し配列。
(r64)  配列番号６４で示される塩基配列中の441nt〜500ntにあるTAG繰り返し配列。
(r72)  配列番号７２で示される塩基配列中の458nt〜502ntにあるGAA繰り返し配列。
(r73)  配列番号７３で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるATC繰り返し配列。
(r75)  配列番号７５で示される塩基配列中の462nt〜500ntにあるAAG繰り返し配列。
(r81)  配列番号８１で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるGGTGTG繰り返し配列。
【請求項２】
前記１９種の単純繰り返し配列のうちの４種以上における前記多型を調べる請求項１記載の方法。
【請求項３】
アスペルギルス属菌のゲノムＤＮＡから前記単純繰り返し配列を含む領域を核酸増幅法により増幅し、得られた増幅断片のサイズに基づいて菌株を識別する請求項１又は２記載の方法。
【請求項４】
前記核酸増幅法は、(p1) 配列番号１に示される塩基配列中の前記CATCT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセットと、下記に示す１８〜４０塩基から成るプライマーのセットのいずれかとを用いて行なわれる請求項３記載の方法。
(p16)  配列番号１６に示される塩基配列中の前記GCAGCATCCGCC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p17)  配列番号１７に示される塩基配列中の前記AAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p18)  配列番号１８に示される塩基配列中の前記ACCAATCAATCA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p20)  配列番号２０に示される塩基配列中の前記CT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p24)  配列番号２４に示される塩基配列中の前記AGA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p26)  配列番号２６に示される塩基配列中の前記CTT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p28)  配列番号２８に示される塩基配列中の前記AC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p32)  配列番号３２に示される塩基配列中の前記GAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p34)  配列番号３４に示される塩基配列中の前記TGC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p36)  配列番号３６に示される塩基配列中の前記CTATATTGTTTATGAGG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p45)  配列番号４５に示される塩基配列中の前記GCTTCAAGCTCGAGGCT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p48)  配列番号４８に示される塩基配列中の前記TTC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p58)  配列番号５８に示される塩基配列中の前記TCTTGT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p63)  配列番号６３に示される塩基配列中の前記TTTTCCT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p64)  配列番号６４に示される塩基配列中の前記TAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p72)  配列番号７２に示される塩基配列中の前記GAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p73)  配列番号７３に示される塩基配列中の前記ATC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p75)  配列番号７５に示される塩基配列中の前記AAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p81)  配列番号８１に示される塩基配列中の前記GGTGTG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
【請求項５】
前記プライマーセットがそれぞれ以下に示すプライマーセットである請求項４記載の方法。
前記(p1)は、配列番号１に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p16)は、配列番号１６に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１６に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p17)は、配列番号１７に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１７に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p18)は、配列番号１８に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１８に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p20)は、配列番号２０に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２０に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p24)は、配列番号２４に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２４に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p26)は、配列番号２６に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２６に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p28)は、配列番号２８に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２８に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p32)は、配列番号３２に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号３２に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p34)は、配列番号３４に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号３４に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p36)は、配列番号３６に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号３６に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p45)は、配列番号４５に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号４５に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p48)は、配列番号４８に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号４８に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p58)は、配列番号５８に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号５８に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p63)は、配列番号６３に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号６３に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p64)は、配列番号６４に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号６４に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p72)は、配列番号７２に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号７２に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p73)は、配列番号７３に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号７３に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p75)は、配列番号７５に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号７５に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p81)は、配列番号８１に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18塩基以上から成る配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号８１に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットである。
【請求項６】
前記プライマーセットがそれぞれ以下に示すプライマーセットである請求項５記載の方法。
前記(p1)は、配列番号１０６に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１０７に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p16)は、配列番号１３６に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１３７に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p17)は、配列番号１３８に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１３９に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p18)は、配列番号１４０に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１４１に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p20)は、配列番号１４４に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１４５に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p24)は、配列番号１５２に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１５３に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p26)は、配列番号１５６に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１５７に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p28)は、配列番号１６０に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１６１に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p32)は、配列番号１６８に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１６９に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p34)は、配列番号１７２に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１７３に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p36)は、配列番号１７６に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１７７に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p45)は、配列番号１８８に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１８９に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p48)は、配列番号１９４に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号１９５に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p58)は、配列番号２０８に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２０９に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p63)は、配列番号２１８に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２１９に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p64)は、配列番号２３４に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２３５に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p72)は、配列番号２４８に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２４９に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p73)は、配列番号２５０に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２５１に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p75)は、配列番号２５４に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２５５に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットであり、
前記(p81)は、配列番号２６８に示す塩基配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、配列番号２６９に示す塩基配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットである。
【請求項７】
前記プライマーセットがそれぞれ以下に示すプライマーセットである請求項５記載の方法。
前記(p1)は、配列番号１に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p16)は、配列番号１６に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１６に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p17)は、配列番号１７に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１７に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p18)は、配列番号１８に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１８に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p20)は、配列番号２０に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２０に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p24)は、配列番号２４に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２４に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p26)は、配列番号２６に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２６に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p28)は、配列番号２８に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２８に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p32)は、配列番号３２に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号３２に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p34)は、配列番号３４に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号３４に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p36)は、配列番号３６に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号３６に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p45)は、配列番号４５に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号４５に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p48)は、配列番号４８に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号４８に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p58)は、配列番号５８に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号５８に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p63)は、配列番号６３に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号６３に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p64)は、配列番号６４に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号６４に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p72)は、配列番号７２に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号７２に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p73)は、配列番号７３に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号７３に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p75)は、配列番号７５に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号７５に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーであり、
前記(p81)は、配列番号８１に示す塩基配列中の前記上流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号８１に示す塩基配列中の前記下流領域内の連続する18〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーである。
【請求項８】
前記プライマーセットがそれぞれ以下に示すプライマーセットである請求項７記載の方法。
前記(p1)が、配列番号１０６に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１０７に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p16)が、配列番号１３６に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１３７に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p17)が、配列番号１３８に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１３９に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p18)が、配列番号１４０に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１４１に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p20)が、配列番号１４４に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１４５に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p24)が、配列番号１５２に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１５３に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p26)が、配列番号１５６に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１５７に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p28)が、配列番号１６０に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１６１に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p32)が、配列番号１６８に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１６９に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p34)が、配列番号１７２に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１７３に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p36)が、配列番号１７６に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１７７に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p45)が、配列番号１８８に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１８９に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p48)が、配列番号１９４に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号１９５に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p58)が、配列番号２０８に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２０９に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p63)が、配列番号２１８に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２１９に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p64)が、配列番号２３４に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２３５に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p72)が、配列番号２４８に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２４９に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p73)が、配列番号２５０に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２５１に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p75)が、配列番号２５４に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２５５に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットであり、
前記(p81)が、配列番号２６８に示される塩基配列から成るフォワードプライマーと、配列番号２６９に示される塩基配列から成るリバースプライマーとのセットである。
【請求項９】
前記アスペルギルス属菌がアスペルギルス・オリゼ、アスペルギルス・ソーヤ及びアスペルギルス・タマリである請求項１ないし８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
請求項４ないし８のいずれか１項に記載される(p1)のプライマーセットと、請求項４ないし８のいずれか１項に記載される(p1)以外の１９種のプライマーセットの少なくとも１種とから成る、アスペルギルス属菌の菌株識別用プライマーセット。
【請求項１１】
前記アスペルギルス属菌がアスペルギルス・オリゼ、アスペルギルス・ソーヤ及びアスペルギルス・タマリである請求項１０記載の菌株識別用プライマーセット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、アスペルギルス属菌の菌株識別方法及びそのためのプライマーセットに関する。
【背景技術】
【０００２】
麹菌は、古来より日本の酒、味噌及び醤油といった醸造産業に利用されており、ヒトに対する安全性は、GRAS (Generally Recognized As Safe:米国FDA)として認められている。2005年12月には麹菌RIB40株の全ゲノム配列が公開され、その成果は先願特許「麹菌遺伝子」として特許化されている（特許文献１）。
【０００３】
産業利用において製造に用いた醸造関連麹菌の菌株識別は重要な工程管理であるが、菌株識別方法としてはこれまでに特許文献２が知られているのみである。この特許を用いて麹菌の菌株識別を行った場合、2つに大別することができるが、詳細な菌株識別には不十分であった。
【０００４】
分子生物学的技術を利用した分析方法として、RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)法もしくはRFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)法等のDNA配列情報に基づく分析方法が考えられる。但し、RAPD法及びRFLP法の両方ともに、ゲノムの断片化の少ない状態のDNAが必要であり、醸造加工品からそのようなDNAは得がたい。
【０００５】
一方、動物や植物のゲノム上には、繰り返し単位が2塩基以上からなるモチーフの単純繰り返し配列が高頻度に分布することが知られている。ここでいう単純繰り返し配列は、一般に知られている繰り返し単位が2〜数塩基より構成されるマイクロサテライト配列も含まれる。単純繰り返し配列を含む領域を増幅するように設計されたDNAマーカーの多くは、多型性が抜きん出て高くしかも遺伝学的にも共優性であることから、精密な遺伝子解析に適しており、近年、育種学、集団遺伝学などの分野に重用されている。例えば、特許文献3には、酵母サッカロマイセス・セレビジエのゲノムDNAに存在するマイクロサテライトマーカーを用いた連鎖解析方法及び酵母菌株識別方法が記載されている。
【０００６】
【特許文献１】特開２００５−１７６６０２号公報
【特許文献２】特開２００６−２１１９３６号公報
【特許文献３】特開２００７−８２４３１号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
本発明の目的は、麹菌（アスペルギルス・オリゼ）のような醸造関連麹菌株をはじめとするアスペルギルス属菌の菌株を従来法よりも詳細に識別できる手段を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
上記課題を解決するために、本願発明者らは、インターネットで公開されている麹菌（アスペルギルス・オリゼ）RIB40株のゲノム配列から、繰り返し単位を2塩基から30塩基にまで拡張して単純繰り返し配列を検索し、その中から、繰り返し単位が完全で且つ繰り返し配列を挟むようにプライマーペアが設計可能な単純繰り返し配列座位を選抜し、さらに、菌株間で繰り返し配列長に多型を示すものを選抜することにより、本願発明を完成した。
【０００９】
すなわち、本発明は、アスペルギルス属菌のゲノムＤＮＡ中に存在する、(r1) 配列番号１で示される塩基配列中の471nt〜500ntにあるCATCT単純繰り返し配列の繰り返し配列長多型と、下記の１９種の単純繰り返し配列のうちの少なくとも１種における繰り返し配列長多型とを調べることを含む、単純繰り返し配列長多型を指標としたアスペルギルス属菌の菌株識別方法を提供する。
(r16)  配列番号１６で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるGCAGCATCCGCC繰り返し配列。
(r17)  配列番号１７で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるAAG繰り返し配列。
(r18)  配列番号１８で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるACCAATCAATCA繰り返し配列。
(r20)  配列番号２０で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるCT繰り返し配列。
(r24)  配列番号２４で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるAGA繰り返し配列。
(r26)  配列番号２６で示される塩基配列中の414nt〜500ntにあるCTT繰り返し配列。
(r28)  配列番号２８で示される塩基配列中の433nt〜500ntにあるAC繰り返し配列。
(r32)  配列番号３２で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるGAA繰り返し配列。
(r34)  配列番号３４で示される塩基配列中の472nt〜501ntにあるTGC繰り返し配列。
(r36)  配列番号３６で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるCTATATTGTTTATGAGG繰り返し配列。
(r45)  配列番号４５で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるGCTTCAAGCTCGAGGCT繰り返し配列。
(r48)  配列番号４８で示される塩基配列中の378nt〜500ntにあるTTC繰り返し配列。
(r58)  配列番号５８で示される塩基配列中の387nt〜500ntにあるTCTTGT繰り返し配列。
(r63)  配列番号６３で示される塩基配列中の466nt〜500ntにあるTTTTCCT繰り返し配列。
(r64)  配列番号６４で示される塩基配列中の441nt〜500ntにあるTAG繰り返し配列。
(r72)  配列番号７２で示される塩基配列中の458nt〜502ntにあるGAA繰り返し配列。
(r73)  配列番号７３で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるATC繰り返し配列。
(r75)  配列番号７５で示される塩基配列中の462nt〜500ntにあるAAG繰り返し配列。
(r81)  配列番号８１で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるGGTGTG繰り返し配列。
【００１０】
(r11)  配列番号１１で示される塩基配列中の413nt〜500ntにあるAC繰り返し配列。
(r12)  配列番号１２で示される塩基配列中の411nt〜500ntにあるCTA繰り返し配列。
(r13)  配列番号１３で示される塩基配列中の461nt〜500ntにあるATATTCTGAC繰り返し配列。
(r14)  配列番号１４で示される塩基配列中の444nt〜500ntにあるTTG繰り返し配列。
(r15)  配列番号１５で示される塩基配列中の451nt〜500ntにあるGT繰り返し配列。
(r16)  配列番１６で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるGCAGCATCCGCC繰り返し配列。
(r17)  配列番号１７で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるAAG繰り返し配列。
(r18)  配列番号１８で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるACCAATCAATCA繰り返し配列。
(r19)  配列番号１９で示される塩基配列中の477nt〜500ntにあるTCTT繰り返し配列。
(r20)  配列番号２０で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるCT繰り返し配列。
(r21)  配列番号２１で示される塩基配列中の365nt〜500ntにあるAC繰り返し配列。
(r22)  配列番号２２で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるTGC繰り返し配列。
(r23)  配列番号２３で示される塩基配列中の459nt〜500ntにあるAGT繰り返し配列。
(r24)  配列番号２４で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるAGA繰り返し配列。
(r25)  配列番号２５で示される塩基配列中の462nt〜500ntにあるGAG繰り返し配列。
(r26)  配列番号２６で示される塩基配列中の414nt〜500ntにあるCTT繰り返し配列。
(r27)  配列番号２７で示される塩基配列中の351nt〜500ntにあるTCCAACAACGAAAGC繰り返し配列。
(r28)  配列番号２８で示される塩基配列中の433nt〜500ntにあるAC繰り返し配列。
(r29)  配列番号２９で示される塩基配列中の459nt〜500ntにあるCTC繰り返し配列。
(r30)  配列番号３０で示される塩基配列中の473nt〜500ntにあるTATG繰り返し配列。
(r31)  配列番号３１で示される塩基配列中の451nt〜500ntにあるAAAAG繰り返し配列。
(r32)  配列番号３２で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるGAA繰り返し配列。
(r33)  配列番号３３で示される塩基配列中の411nt〜500ntにあるTG繰り返し配列。
(r34)  配列番号３４で示される塩基配列中の472nt〜501ntにあるTGC繰り返し配列。
(r35)  配列番号３５で示される塩基配列中の479nt〜500ntにあるAAGTAGTTAGT繰り返し配列。
(r36)  配列番号３６で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるCTATATTGTTTATGAGG繰り返し配列。
(r37)  配列番号３７で示される塩基配列中の457nt〜500ntにあるCGCGGTATAGTGTCAGGTACAA繰り返し配列。
(r38)  配列番号３８で示される塩基配列中の474nt〜500ntにあるCTGGACTAG繰り返し配列。
(r39)  配列番号３９で示される塩基配列中の459nt〜500ntにあるGAA繰り返し配列。
(r40)  配列番号４０で示される塩基配列中の474nt〜500ntにあるCATCCTCAC繰り返し配列。
【００１１】
(r41)  配列番号４１で示される塩基配列中の469nt〜500ntにあるAG繰り返し配列。
(r42)  配列番号４２で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるTAG繰り返し配列。
(r43)  配列番号４３で示される塩基配列中の474nt〜500ntにあるGCTCACCCA繰り返し配列。
(r44)  配列番号４４で示される塩基配列中の471nt〜500ntにあるGATTGG繰り返し配列。
(r45)  配列番号４５で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるGCTTCAAGCTCGAGGCT繰り返し配列。
(r46)  配列番号４６で示される塩基配列中の471nt〜500ntにあるCCTTCCGGTGCTGCG繰り返し配列。
(r47)  配列番号４７で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるCGATGA繰り返し配列。
(r48)  配列番号４８で示される塩基配列中の378nt〜500ntにあるTTC繰り返し配列。
(r49)  配列番号４９で示される塩基配列中の474nt〜500ntにあるAAGGAGAAG繰り返し配列。
(r50)  配列番号５０で示される塩基配列中の429nt〜500ntにあるGT繰り返し配列。
(r51)  配列番号５１で示される塩基配列中の461nt〜500ntにあるGTTCTCAA繰り返し配列。
(r52)  配列番号５２で示される塩基配列中の453nt〜500ntにあるTAGTATTTAATGACAT繰り返し配列。
(r53)  配列番号５３で示される塩基配列中の426nt〜500ntにあるCAA繰り返し配列。
(r54)  配列番号５４で示される塩基配列中の456nt〜500ntにあるAAG繰り返し配列。
(r55)  配列番号５５で示される塩基配列中の463nt〜500ntにあるACCGATGTCCGTGGGCTGT繰り返し配列。
(r56)  配列番号５６で示される塩基配列中の441nt〜500ntにあるCCATATAGATAGTCTATTCAGTCCAGGAAC繰り返し配列。
(r57)  配列番号５７で示される塩基配列中の471nt〜500ntにあるCCAGCAGTCTCAAGG繰り返し配列。
(r58)  配列番号５８で示される塩基配列中の387nt〜500ntにあるTCTTGT繰り返し配列。
(r59)  配列番号５９で示される塩基配列中の469nt〜500ntにあるCGGCCATCGTCTTACT繰り返し配列。
(r60)  配列番号６０で示される塩基配列中の469nt〜500ntにあるCT繰り返し配列。
(r61)  配列番号６１で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるACCTACTAGTTGTACTA繰り返し配列。
(r62)  配列番号６２で示される塩基配列中の447nt〜500ntにあるAAG繰り返し配列。
(r63)  配列番号６３で示される塩基配列中の466nt〜500ntにあるTTTTCCT繰り返し配列。
(r64)  配列番号６４で示される塩基配列中の441nt〜500ntにあるTAG繰り返し配列。
(r65)  配列番号６５で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるTAGTAGTACCA繰り返し配列。
(r66)  配列番号６６で示される塩基配列中の462nt〜500ntにあるGAA繰り返し配列。
(r67)  配列番号６７で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるCGTG繰り返し配列。
(r68)  配列番号６８で示される塩基配列中の459nt〜500ntにあるGTT繰り返し配列。
(r69)  配列番号６９で示される塩基配列中の451nt〜498ntにあるAGA繰り返し配列。
(r70)  配列番号７０で示される塩基配列中の443nt〜500ntにあるAG繰り返し配列。
(r71)  配列番号７１で示される塩基配列中の457nt〜500ntにあるTG繰り返し配列。
(r72)  配列番号７２で示される塩基配列中の458nt〜502ntにあるGAA繰り返し配列。
(r73)  配列番号７３で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるATC繰り返し配列。
(r74)  配列番号７４で示される塩基配列中の411nt〜500ntにあるAAG繰り返し配列。
(r75)  配列番号７５で示される塩基配列中の462nt〜500ntにあるAAG繰り返し配列。
(r76)  配列番号７６で示される塩基配列中の461nt〜500ntにあるCT繰り返し配列。
(r77)  配列番号７７で示される塩基配列中の456nt〜500ntにあるTCT繰り返し配列。
(r78)  配列番号７８で示される塩基配列中の461nt〜500ntにあるTATTTGTT繰り返し配列。
(r79)  配列番号７９で示される塩基配列中の471nt〜500ntにあるAATTTTTCACTCTAG繰り返し配列。
(r80)  配列番号８０で示される塩基配列中の459nt〜500ntにあるGCCACGATGAGAAA繰り返し配列。
【００１２】
(r81)  配列番号８１で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるGGTGTG繰り返し配列。
(r82)  配列番号８２で示される塩基配列中の461nt〜500ntにあるAAAG繰り返し配列。
(r83)  配列番号８３で示される塩基配列中の467nt〜500ntにあるCA繰り返し配列。
(r84)  配列番号８４で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるTCTTTAGGTTCCAGCAGC繰り返し配列。
(r85)  配列番号８５で示される塩基配列中の471nt〜500ntにあるCA繰り返し配列。
(r86)  配列番号８６で示される塩基配列中の445nt〜500ntにあるCA繰り返し配列。
(r87)  配列番号８７で示される塩基配列中の453nt〜500ntにあるTAG繰り返し配列。
(r88)  配列番号８８で示される塩基配列中の393nt〜500ntにあるCAA繰り返し配列。
(r89)  配列番号８９で示される塩基配列中の461nt〜500ntにあるTCCA繰り返し配列。
(r90)  配列番号９０で示される塩基配列中の465nt〜500ntにあるACAACAGCCAGGGCAGGG繰り返し配列。
(r91)  配列番号９１で示される塩基配列中の468nt〜500ntにあるGAA繰り返し配列。
(r92)  配列番号９２で示される塩基配列中の423nt〜500ntにあるTAG繰り返し配列。
(r93)  配列番号９３で示される塩基配列中の453nt〜500ntにあるTCC繰り返し配列。
(r94)  配列番号９４で示される塩基配列中の466nt〜500ntにあるCTCTTTT繰り返し配列。
(r95)  配列番号９５で示される塩基配列中の447nt〜500ntにあるTTC繰り返し配列。
(r96)  配列番号９６で示される塩基配列中の473nt〜500ntにあるGTTA繰り返し配列。
(r97)  配列番号９７で示される塩基配列中の399nt〜500ntにあるTAG繰り返し配列。
(r98)  配列番号９８で示される塩基配列中の483nt〜500ntにあるTGATTTTAC繰り返し配列。
(r99)  配列番号９９で示される塩基配列中の477nt〜506ntにあるTGGCTG繰り返し配列。
(r100)  配列番号１００で示される塩基配列中の451nt〜500ntにあるAC繰り返し配列。
(r101)  配列番号１０１で示される塩基配列中の461nt〜500ntにあるTCTT繰り返し配列。
(r102)  配列番号１０２で示される塩基配列中の441nt〜500ntにあるTCTCCGGGCTTG繰り返し配列。
(r103)  配列番号１０３で示される塩基配列中の462nt〜500ntにあるAACAACTGAACTG繰り返し配列。
(r104)  配列番号１０４で示される塩基配列中の475nt〜500ntにあるTCAAAGAAGGCAT繰り返し配列。
(r105)  配列番号１０５で示される塩基配列中の477nt〜500ntにあるATAGATAGATAC繰り返し配列。
【００１３】
また、本発明は、(p1) 配列番号１に示される塩基配列中の前記CATCT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセットと、下記に示すプライマーセットのいずれかとから成るアスペルギルス属菌の菌株識別用プライマーセットを提供する。
(p16)  配列番号１６に示される塩基配列中の前記GCAGCATCCGCC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p17)  配列番号１７に示される塩基配列中の前記AAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p18)  配列番号１８に示される塩基配列中の前記ACCAATCAATCA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p20)  配列番号２０に示される塩基配列中の前記CT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p24)  配列番号２４に示される塩基配列中の前記AGA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p26)  配列番号２６に示される塩基配列中の前記CTT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p28)  配列番号２８に示される塩基配列中の前記AC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p32)  配列番号３２に示される塩基配列中の前記GAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p34)  配列番号３４に示される塩基配列中の前記TGC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p36)  配列番号３６に示される塩基配列中の前記CTATATTGTTTATGAGG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p45)  配列番号４５に示される塩基配列中の前記GCTTCAAGCTCGAGGCT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p48)  配列番号４８に示される塩基配列中の前記TTC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p58)  配列番号５８に示される塩基配列中の前記TCTTGT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p63)  配列番号６３に示される塩基配列中の前記TTTTCCT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p64)  配列番号６４に示される塩基配列中の前記TAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p72)  配列番号７２に示される塩基配列中の前記GAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p73)  配列番号７３に示される塩基配列中の前記ATC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p75)  配列番号７５に示される塩基配列中の前記AAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p81)  配列番号８１に示される塩基配列中の前記GGTGTG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
【００１４】
(p11)  配列番号１１に示される塩基配列中の前記AC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p12)  配列番号１２に示される塩基配列中の前記CTA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p13)  配列番号１３に示される塩基配列中の前記ATATTCTGAC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p14)  配列番号１４に示される塩基配列中の前記TTG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p15)  配列番号１５に示される塩基配列中の前記GT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p16)  配列番号１６に示される塩基配列中の前記GCAGCATCCGCC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p17)  配列番号１７に示される塩基配列中の前記AAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p18)  配列番号１８に示される塩基配列中の前記ACCAATCAATCA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p19)  配列番号１９に示される塩基配列中の前記TCTT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p20)  配列番号２０に示される塩基配列中の前記CT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p21)  配列番号２１に示される塩基配列中の前記AC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p22)  配列番号２２に示される塩基配列中の前記TGC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p23)  配列番号２３に示される塩基配列中の前記AGT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p24)  配列番号２４に示される塩基配列中の前記AGA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p25)  配列番号２５に示される塩基配列中の前記GAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p26)  配列番号２６に示される塩基配列中の前記CTT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p27)  配列番号２７に示される塩基配列中の前記TCCAACAACGAAAGC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p28)  配列番号２８に示される塩基配列中の前記AC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p29)  配列番号２９に示される塩基配列中の前記CTC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p30)  配列番号３０に示される塩基配列中の前記TATG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
【００１５】
(p31)  配列番号３１に示される塩基配列中の前記AAAAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p32)  配列番号３２に示される塩基配列中の前記GAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p33)  配列番号３３に示される塩基配列中の前記TG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p34)  配列番号３４に示される塩基配列中の前記TGC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p35)  配列番号３５に示される塩基配列中の前記AAGTAGTTAGT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p36)  配列番号３６に示される塩基配列中の前記CTATATTGTTTATGAGG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p37)  配列番号３７に示される塩基配列中の前記CGCGGTATAGTGTCAGGTACAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p38)  配列番号３８に示される塩基配列中の前記CTGGACTAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p39)  配列番号３９に示される塩基配列中の前記GAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p40)  配列番号４０に示される塩基配列中の前記CATCCTCAC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
【００１６】
(p41)  配列番号４１に示される塩基配列中の前記AG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p42)  配列番号４２に示される塩基配列中の前記TAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p43)  配列番号４３に示される塩基配列中の前記GCTCACCCA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p44)  配列番号４４に示される塩基配列中の前記GATTGG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p45)  配列番号４５に示される塩基配列中の前記GCTTCAAGCTCGAGGCT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p46)  配列番号４６に示される塩基配列中の前記CCTTCCGGTGCTGCG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p47)  配列番号４７に示される塩基配列中の前記CGATGA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p48)  配列番号４８に示される塩基配列中の前記TTC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p49)  配列番号４９に示される塩基配列中の前記AAGGAGAAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p50)  配列番号５０に示される塩基配列中の前記GT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p51)  配列番号５１に示される塩基配列中の前記GTTCTCAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p52)  配列番号５２に示される塩基配列中の前記TAGTATTTAATGACAT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p53)  配列番号５３に示される塩基配列中の前記CAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
【００１７】
(p54)  配列番号５４に示される塩基配列中の前記AAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p55)  配列番号５５に示される塩基配列中の前記ACCGATGTCCGTGGGCTGT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p56)  配列番号５６に示される塩基配列中の前記CCATATAGATAGTCTATTCAGTCCAGGAAC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p57)  配列番号５７に示される塩基配列中の前記CCAGCAGTCTCAAGG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p58)  配列番号５８に示される塩基配列中の前記TCTTGT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p59)  配列番号５９に示される塩基配列中の前記CGGCCATCGTCTTACT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p60)  配列番号６０に示される塩基配列中の前記CT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p61)  配列番号６１に示される塩基配列中の前記ACCTACTAGTTGTACTA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p62)  配列番号６２に示される塩基配列中の前記AAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p63)  配列番号６３に示される塩基配列中の前記TTTTCCT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p64)  配列番号６４に示される塩基配列中の前記TAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p65)  配列番号６５に示される塩基配列中の前記TAGTAGTACCA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p66)  配列番号６６に示される塩基配列中の前記GAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p67)  配列番号６７に示される塩基配列中の前記CGTG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p68)  配列番号６８に示される塩基配列中の前記GTT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p69)  配列番号６９に示される塩基配列中の前記AGA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p70)  配列番号７０に示される塩基配列中の前記AG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
【００１８】
(p71)  配列番号７１に示される塩基配列中の前記TG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p72)  配列番号７２に示される塩基配列中の前記GAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p73)  配列番号７３に示される塩基配列中の前記ATC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p74)  配列番号７４に示される塩基配列中の前記AAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p75)  配列番号７５に示される塩基配列中の前記AAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p76)  配列番号７６に示される塩基配列中の前記CT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p77)  配列番号７７に示される塩基配列中の前記TCT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p78)  配列番号７８に示される塩基配列中の前記TATTTGTT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p79)  配列番号７９に示される塩基配列中の前記AATTTTTCACTCTAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p80)  配列番号８０に示される塩基配列中の前記GCCACGATGAGAAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p81)  配列番号８１に示される塩基配列中の前記GGTGTG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p82)  配列番号８２に示される塩基配列中の前記AAAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p83)  配列番号８３に示される塩基配列中の前記CA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p84)  配列番号８４に示される塩基配列中の前記TCTTTAGGTTCCAGCAGC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p85)  配列番号８５に示される塩基配列中の前記CA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
【００１９】
(p86)  配列番号８６に示される塩基配列中の前記CA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p87)  配列番号８７に示される塩基配列中の前記TAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p88)  配列番号８８に示される塩基配列中の前記CAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p89)  配列番号８９に示される塩基配列中の前記TCCA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p90)  配列番号９０に示される塩基配列中の前記ACAACAGCCAGGGCAGGG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p91)  配列番号９１に示される塩基配列中の前記GAA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p92)  配列番号９２に示される塩基配列中の前記TAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p93)  配列番号９３に示される塩基配列中の前記TCC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p94)  配列番号９４に示される塩基配列中の前記CTCTTTT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p95)  配列番号９５に示される塩基配列中の前記TTC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p96)  配列番号９６に示される塩基配列中の前記GTTA繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p97)  配列番号９７に示される塩基配列中の前記TAG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p98)  配列番号９８に示される塩基配列中の前記TGATTTTAC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p99)  配列番号９９に示される塩基配列中の前記TGGCTG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p100)  配列番号１００に示される塩基配列中の前記AC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p101)  配列番号１０１に示される塩基配列中の前記TCTT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p102)  配列番号１０２に示される塩基配列中の前記TCTCCGGGCTTG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p103)  配列番号１０３に示される塩基配列中の前記AACAACTGAACTG繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p104)  配列番号１０４に示される塩基配列中の前記TCAAAGAAGGCAT繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
(p105)  配列番号１０５に示される塩基配列中の前記ATAGATAGATAC繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域及び下流領域内の部分領域のそれぞれに特異的にハイブリダイズするフォワードプライマー及びリバースプライマーのセット。
【発明の効果】
【００２０】
本発明により、アスペルギルス属菌のゲノムＤＮＡ中に存在する単純繰り返し配列の鎖長に関する多型を指標としたアスペルギルス属菌の菌株識別方法、及びそのためのプライマーセットが初めて提供された。本発明で見出された単純繰り返し配列領域は、菌株間で繰り返し単位数に相違があることにより、繰り返し配列長に多型が認められる領域である。そのため、該繰り返し領域を増幅して増幅断片のサイズを調べること等により繰り返し配列の長さを調べれば、菌株を識別することができる。従って、本発明は、菌株の同一性の管理等に有用である。全ゲノムをあまねくカバーするようなこれら繰り返し配列領域及び該領域を増幅できるプライマーセットは、本発明により初めて提供されたものである。現時点では、アスペルギルス・オリゼにおいては有性世代が発見されていないため、雌雄性を異にする菌株同士を交配して行なわれる遺伝解析は不可能であるが、有性世代が発見されれば遺伝解析が可能になる。本発明で用いられる単純繰り返し配列多型は、上記の通り全ゲノムを広くカバーしているため、遺伝解析におけるＤＮＡマーカーとしても有用なツールとなる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２１】
本発明で用いられる、菌株間で多型を示す単純繰り返し配列は、麹菌（アスペルギルス・オリゼ）RIB40株のゲノム配列をもとに検索されたものである。配列番号１ないし１０５に示される塩基配列は、RIB40株のゲノム上における単純繰り返し配列およびその近傍領域の塩基配列である。RIB40ゲノム上におけるこれら単純繰り返し配列の構造と、下記実施例において各繰り返し配列領域を増幅するために使用したプライマーを、下記表１に示す。
【００２２】
【表１−１】
0005299858.tif 000002
【００２３】
【表１−２】
0005299858.tif 000003
【００２４】
【表１−３】
0005299858.tif 000004
【００２５】
上記の単純繰り返し配列は、(r1)〜(r21)が第1染色体上、(r22)〜(r38)が第2染色体上、(r39)〜(r48)が第3染色体上、(r49)〜(r63)が第4染色体上、(r64)〜(r71)が第5染色体上、(r72)〜(r85)が第6染色体上、(r86)〜(r95)が第7染色体上、(r96)〜(r105)が第8染色体上に存在するものである。
【００２６】
本発明でいう「単純繰り返し配列」とは、2塩基〜30塩基から成る塩基配列を繰り返し単位とし、該繰り返し単位が2以上反復した配列を意味しており、2〜数塩基から成る繰り返し単位が反復したマイクロサテライトをも包含する概念である。下記実施例に具体的に記載される通り、表１に示される単純繰り返し配列は、アスペルギルス属菌の菌株レベルで繰り返し配列長に多型が観察される。従って、これらの単純繰り返し配列における繰り返し配列長多型を調べることにより、菌株を識別することができる。なお、この分野で周知の通り、マイクロサテライトに代表される単純繰り返し配列において観察される配列長多型とは、繰り返し単位の反復回数の違いにより生じるものである。本発明で用いられる単純繰り返し配列長多型は、この分野においてＳＳＬＰ（Simple Sequence Length Polymorphism）と呼ばれることもある。
【００２７】
なお、菌株によっては、対応する単純繰り返し配列領域の構造が、1個の繰り返し単位のみから成っている場合や、繰り返し単位が全く存在しない（すなわち、対応する単純繰り返し配列が完全に欠失している）場合もあり得る。そのため、RIB40菌株以外の菌株のゲノムでは、表1に示される単純繰り返し配列に対応する配列部分が1個の繰り返し単位のみから成り、文言上「繰り返し配列」とは表現し難い配列部分となっている場合や、あるいは該当する単純繰り返し配列が全く存在しない場合もあり得る。しかしながら、本明細書においては、これらの場合も含めて「繰り返し配列長多型」と表現するものとする。
【００２８】
上記した単純繰り返し配列長多型の検出は、例えば、アスペルギルス属菌のゲノムＤＮＡから周知の核酸増幅法により上記単純繰り返し配列を含む領域を増幅し、得られた増幅断片のサイズを調べることにより行なうことができる。増幅断片のサイズは、例えば市販のシークエンス解析用電気泳動装置やキャピラリー電気泳動装置を用いた公知のフラグメント長解析を行なうことにより高精度に調べることができ、また、分解能の高いゲルを用いて電気泳動することによっても概算することができる。増幅断片の塩基配列解析を行なって繰り返し単位数を詳細に確認してもよい。なお、キャピラリー電気泳動装置を用いたフラグメント長解析方法とは、サンプルにゲルを詰めた細い管の中を泳動させ、各種サンプルが一定距離を泳動し終わるまでに要した時間を計測して、ＤＮＡ断片の長さを調べる手法であり、具体的には下記実施例に記載されるようにして行うことができる。
【００２９】
多型を検出する際には、基準となる菌株を定めて、該基準菌株と単純繰り返し配列長を対比する工程を任意で含ませてもよい。例えば、増幅断片のサイズに基づいて繰り返し配列長多型を検出する場合には、RIB40菌株を基準菌株とし、該基準菌株と識別すべき菌株とから増幅断片を得て、増幅断片サイズを対比してもよい。対比する工程を含ませることにより、より精度よく多型の検出を行なうことができる。基準菌株は特に限定されず、その種類及び用いる数は任意で選択できる。
【００３０】
核酸増幅法としては、周知のＰＣＲを好ましく用いることができる。単純繰り返し配列を挟み込むようにしてフォワードプライマーとリバースプライマーとを設計し、該プライマーを用いてＰＣＲを行なうことにより、該単純繰り返し配列を含む領域を増幅することができる。例えば、上記(r1)のCATCT繰り返し配列を含む領域を増幅したい場合には、配列番号１中の471nt〜500ntに示される該CATCT繰り返し配列の上流領域（すなわち配列番号１中の1nt〜470ntの領域）内の部分領域と相補的な領域に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーと、該CATCT繰り返し配列の下流領域（すなわち配列番号１中の501nt〜961ntの領域）内の部分領域に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーとを用いて核酸増幅を行なえばよい。その他の単純繰り返し配列についても同様に、配列番号２ないし１０５を参照して、単純繰り返し配列の上流領域内の部分領域と相補的な領域に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーと、下流領域内の部分領域に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーとを設定し、これら２つのプライマーから成るプライマーセットを用いて核酸増幅を行なうことにより、所望の繰り返し配列を含む領域を増幅させることができる。
【００３１】
ここで、「特異的にハイブリダイズする」とは、通常のハイブリダイズの条件下において、対象とする領域にのみハイブリダイズし、その他の領域には実質的にハイブリダイズしないという意味である。「通常のハイブリダイズの条件下」とは、通常のＰＣＲのアニーリングに用いられる条件下のことをいい、例えば、Taqポリメラーゼを用いたＰＣＲの場合には、50mM KCl、10mM Tris-HCl(pH 8.3〜9.0)、1.5mM MgCl2といった一般的な緩衝液を用いて、54℃〜60℃程度の適当なアニーリング温度で反応を行なうことをいう。ただし、適当なアニーリング温度は、上記例示に限定されず、プライマーのTm値及び実験者の経験則に基づいて定められ、当業者であれば容易に定めることができる。「実質的にハイブリダイズしない」とは、全くハイブリダイズしないか、するとしても対象とする領域にハイブリダイズする量よりも大幅に少なく、相対的に無視できる程度の微量しかハイブリダイズしないという意味である。そのような条件下で特異的にハイブリダイズするプライマーとしては、ハイブリダイズする領域の相補鎖の塩基配列と一定以上の相同性を有する塩基配列から成るプライマーが挙げられ、例えば７０％以上、好ましくは８０％以上、より好ましくは９０％以上、さらに好ましくは９３％以上、特に好ましくは９５％以上、最も好ましくは９８％以上の相同性を有するプライマーが挙げられる。ここで、塩基配列の相同性とは、比較すべき2つの配列の塩基ができるだけ多く一致するように（必要ならばギャップを挿入する）両塩基配列を整列させ、一致した塩基数を、全塩基数（両者の配列で全塩基数が異なる場合には長い方の配列の全塩基数）で除したものを百分率で表したものであり、BLAST、FASTA、CLUSTAL W等の周知のプログラムを用いて塩基配列を整列することにより容易に算出できる。なお、プライマーの末端に対象とハイブリダイズしない領域が含まれていても、ハイブリダイズする領域がプライマー全体のおよそ半分以上を占め、かつ3'末端側にあれば、正常にアニーリングして伸長反応を生じ得るので、所望の領域を特異的に増幅するプライマーとして用いることができる。そのように、プライマーの末端にハイブリダイズしない領域が含まれている場合において、対象の塩基配列との相同性を算出するときは、ハイブリダイズしない領域は考慮せず、ハイブリダイズする領域のみに着目して算出するものとする。
【００３２】
プライマーの鎖長は18塩基〜40塩基から成ることが好ましい。また、各プライマーセット中のプライマーは、5'末端が6-FAM、HEX及びNEDなどの蛍光色素でラベルされていてもよい。蛍光色素でラベルすることにより、1種もしくは複数種類のPCR産物を市販の自動蛍光DNAシークエンサーで直接検出することができる。
【００３３】
なお、本発明において、「部分領域」とは、配列番号１ないし１０５のいずれかに示される塩基配列中の一部の領域を言い、好ましくは連続する18塩基以上の領域である。
【００３４】
上記したプライマーとしては、ハイブリダイズする領域と相補的な配列中の連続する18塩基以上から成る配列をプライマーの3'末端側に含むものが好ましい。具体的には、例えば上記(r1)の単純繰り返し配列領域を増幅するためのプライマーセット(p1)としては、配列番号１中の上記した上流領域（配列番号１中の1nt〜470ntの領域）内の連続する18塩基以上から成る配列をその3'末端側に含むフォワードプライマーと、上記した下流領域（配列番号１中の501nt〜961ntの領域）内の連続する18塩基以上から成る配列と相補的な配列をその3'末端側に含むリバースプライマーとから成るプライマーセットが好ましい。プライマーセット(p2)〜(p105)についても同様であり、当業者であれば上記表1と本願配列表を参照してそのようなプライマーを容易に設計することができる。
【００３５】
ここで、3'末端側に含む連続塩基配列としては、下記実施例において使用されている上記表１に示したプライマーの配列であることが好ましい。具体的には、例えば上記(p1)のプライマーセットとしては、上記表1中の(p1)の行に示されるフォワードプライマー1-1F（配列番号１０６）の配列を3'末端側に含むフォワードプライマーと、リバースプライマー1-1R（配列番号１０７）の配列を3'末端側に含むリバースプライマーとのセットが好ましい。プライマーセット(p2)〜(p105)についても同様であり、当業者であれば上記表1と本願配列表を参照してそのようなプライマーを容易に設計することができる。
【００３６】
プライマーの5'末端側には、対象とハイブリダイズしない任意の配列が、対象とハイブリダイズする3'末端側の領域の鎖長を超えない鎖長の範囲内で付加されていてもよい。任意の付加配列の鎖長は、好ましくは12塩基以下、より好ましくは7塩基以下である。特に、Taq DNAポリメラーゼを用いてＰＣＲを行なうと、増幅されたＰＣＲ産物の末端にAが付加する現象が起こることが知られているが、Aが付加した増幅断片と付加しない増幅断片が混在することでフラグメント解析の結果があいまいになるおそれがある。このような問題を解決する手法として、7塩基のテール配列をプライマーの5'末端に付加し、TaqポリメラーゼによるA付加現象を促進する手法が知られている。本発明のプライマーにおいても、そのような公知のテール配列を付加させてもよい。
【００３７】
上記したプライマーの中でも、特に、ハイブリダイズする領域の相補配列と同一の配列から成るプライマーが好ましい。具体的には、例えば上記プライマーセット(p1)としては、配列番号1中の上記した上流領域内の連続する18塩基〜40塩基から成る配列から成るフォワードプライマーと、配列番号1中の上記した下流領域内の連続する18塩基〜40塩基から成る配列と相補的な配列から成るリバースプライマーとのセットが好ましい。プライマーセット(p2)〜(p105)についても同様であり、当業者であれば上記表1と本願配列表を参照してそのようなプライマーを容易に設計することができる。
【００３８】
さらに、これらの中でも特に、下記実施例で実際に用いられている上記表１中に示したプライマーセットが好ましい。
【００３９】
本発明の識別方法において多型を検出する繰り返し配列の数は特に限定されず、1種類の繰り返し配列について多型を調べるのみでも、菌株を識別することができる。例えば、製造工程での菌株の同一性の管理を行う場合、その菌株が他の菌株では観察されない特有の多型を示す単純繰り返し配列を利用すれば、1種類の繰り返し配列のみを用いてその菌株と他の菌株とを識別することができ、容易に同一性の管理を行うことができる。ただし、識別の精度を高める観点からは、複数種類の単純繰り返し配列について多型を調べることが望ましく、好ましくは2種類以上、より好ましくは5種類以上の繰り返し配列を調べることが望ましい。複数の繰り返し配列を組み合わせて使用する場合、同一染色体に限らず、いずれの染色体上に存在する単純繰り返し配列であっても組み合わせ使用できる。なお、本発明において、「識別」という語は、具体的に菌株を特定することのみならず、ある菌株と他の菌株とが同一であるか否かを区別することも包含する意味で用いている。
【００４０】
本発明の方法で菌株を識別できるアスペルギルス属菌としては、上記した(r1)〜(r105)の単純繰り返し配列長に関して多型を示すものであればいかなるものであってもよく、特に限定されないが、好ましくはアスペルギルス・オリゼ、アスペルギルス・ソーヤ及びアスペルギルス・タマリである。
【００４１】
現在までのところ、アスペルギルス属菌の中で有性世代が発見されているものは極めて少数であり、醸造産業に用いられている麹菌等のアスペルギルス属菌では有性世代が発見されていない。しかしながら、有性世代が発見されれば、雌雄性を異にする菌株同士を交配することによって行なわれる常法の遺伝解析が可能になる。本発明で用いられる単純繰り返し配列はゲノムワイドな範囲で特定されているため、アスペルギルス属菌の遺伝解析が可能になった場合には遺伝子マッピングのためのＤＮＡマーカーとしても有用なツールとなり得る。なお、遺伝解析においては、交雑後代のゲノム上のアリルがいずれの親に由来しているかを調べる作業が行なわれる。遺伝解析において、上記した単純繰り返し配列長多型を利用してアリルの由来を調べるということは、交雑後代のゲノム内で対象領域が由来する菌株を識別するということであり、本発明の菌株識別方法に包含されるものである。
【実施例】
【００４２】
以下、本発明を実施例に基づきより具体的に説明する。もっとも、本発明は下記実施例に限定されるものではない。
【００４３】
実施例１  麹菌RIB40株の全ゲノム配列からの単純繰り返し配列マーカーの検索
一般的に、単純繰り返し配列はマイクロサテライト配列とも呼ばれることがあり、そのマイクロサテライト配列は2〜数塩基を繰り返し単位とすることが多い。配列によっては繰り返し単位が完全な場合だけではなく不完全な場合が多い。繰り返し単位の完全、もしくは不完全は得られる多型にも影響を及ぼし、一般的に繰り返し単位が完全な場合は多型が得られやすく、不完全な場合は得られにくいと言われている。
【００４４】
そこで、繰り返し単位を2塩基から30塩基にまで拡張し、プログラムTandem Repeat Finderを用いて、麹菌（アスペルギルス・オリゼ）RIB40株の全ゲノム配列をもとに単純繰り返し配列を含む遺伝子座を検索した。
【００４５】
その結果、単純繰り返し配列を有する遺伝子座を多数見出した。さらに、これらの繰り返し配列の中から、繰り返し単位が完全で、かつ、繰り返し配列を挟むようにプライマーペアが設計可能な計105箇所の単純繰り返し配列座位をゲノムワイドに選抜した。このようにして同定された、RIB40菌株ゲノム上における105種類の単純繰り返し配列及びその近傍領域の塩基配列を配列番号１ないし１０５に示す。なお、各単純繰り返し配列の構造は上記表１に示したとおりである。
【００４６】
実施例２  単純繰り返し配列マーカーを増幅するプライマーの設計
実施例１で同定した多型を示す単純繰り返し配列を特異的に増幅するプライマーオリゴヌクレオチドを設計した。プライマー配列のデザインにあたっては、Saccharomyces Genome Database (SGD: http://www.yeastgenome.org/)サイト内のプライマーデザインツールを使用した。設計した105セットのプライマーを表２に示す。なお、各単純繰り返し配列とプライマーセットとの対応は上記表１に記載したとおりである。
【００４７】
【表２−１】
0005299858.tif 000005
【００４８】
【表２−２】
0005299858.tif 000006
【００４９】
【表２−３】
0005299858.tif 000007
【００５０】
【表２−４】
0005299858.tif 000008
【００５１】
【表２−５】
0005299858.tif 000009
【００５２】
【表２−６】
0005299858.tif 000010
【００５３】
実施例３  麹菌種内の菌株識別に有効な単純繰り返し配列マーカーの選抜
独立行政法人酒類総合研究所の保存菌株である麹菌10株(RIB40, RIB72, RIB81, RIB128, RIB143, RIB163, RIB430, RIB1031, RIB1187及びRIB1200)を供試菌株として用い、上記した105種類の単純繰り返し配列の中から麹菌種内の菌株識別に有効な単純繰り返し配列の選抜を行った。
【００５４】
実施例２で設計した105セットのプライマーを用いて、上記麹菌10株のそれぞれを鋳型としてPCR反応を行った。PCR反応溶液は、10 ng/μlのゲノムDNA溶液を2μl、10 X Ex Taq bufferを2μl、2.5 mM dNTPを1.6μl、10μMのプライマーを各2μl、TaKaRa Ex Taq polymerase (5U/μl)（タカラバイオ）を0.1μl加え、滅菌蒸留水で全容量を20μlにした。この反応液でGeneAmp PCR systems 2400 (Applied Biosystems)を用いてPCR反応を行った。PCRの温度条件は、94℃2分の初期活性化を行った後、94℃1分の変性反応、58℃1分のアニーリング反応、72℃1分の伸長反応の3ステップを25サイクル、続いて72℃5分の最終伸長反応を行った後、4℃にまで温度を下げてPCR反応を終了した。PCR産物20μl のうち10μlを、1 X Tris-Borate-EDTA (TBE)緩衝液を用い2% MetaPhorアガロースゲルで電気泳動した。電気泳動後のアガロースゲルを臭化エチジウム処理後、ゲルを紫外線照射して増幅DNAサイズを確認した。
【００５５】
その結果、実施例２で設計した105セットのプライマーのうち、69セットのプライマーにおいて供試菌株の被験DNAの全てに対し増幅産物が得られ、かつ多型を示したことから、これら69セットのプライマーで増幅される69箇所の単純繰り返し配列は麹菌種内の菌株識別に有用であることが明らかとなった。麹菌種内で多型を示した69セットのプライマーおよびその多型を表３に示す。表３中の数値は、得られた増幅断片のサイズをアガロースゲル上での泳動度から概算した数値であり、カッコ内の数値は各増幅断片において推定される繰り返し単位数を示す。なお、プライマー２−６については、増幅断片サイズと繰り返し単位数を推定することができなかったため、増幅断片のサイズを相対的に評価した結果を示す。増幅断片サイズが最も小さいものから順にA〜Jとして表す。
【００５６】
【表３−１】
0005299858.tif 000011
【００５７】
【表３−２】
0005299858.tif 000012
【００５８】
実施例４  各種アスペルギルス属菌の菌株識別に有効な単純繰り返し配列マーカーの選抜
独立行政法人酒類総合研究所の保存菌株である醸造関連麹菌株をはじめとしたアスペルギルス属菌（アスペルギルスオリゼ15株(RIB40, RIB72, RIB81, RIB128, RIB143, RIB163, RIB330, RIB430, RIB640, RIB802, RIB915, RIB936, RIB1031, RIB1187及びRIB1200)、アスペルギルス・ソーヤ5株(RIB919, RIB934, RIB935, RIB1045及びRIB6002)及びアスペルギルス・タマリ2株(RIB3005及びRIB3007)）22菌株を供試菌株として用い、これら菌株の識別に有効な単純繰り返し配列マーカーの選抜をさらに行った。
【００５９】
PCR反応および温度条件、ならびにアガロース電気泳動は上記の実施例３に準じて行った。
【００６０】
その結果、実施例3で選抜した69セットのプライマーのうち、19セットのプライマーにおいて供試菌株の被験DNAの全てに対し増幅産物が得られ、かつ多型を示したことから、これら19セットのプライマーで増幅される19箇所の単純繰り返し配列は少なくとも醸造関連麹菌が属するアスペルギルス属（アスペルギルスオリゼ、アスペルギルス・ソーヤ及びアスペルギルス・タマリ）の菌株識別に有用であることが明らかとなった。これら19セットのプライマー及び観察された増幅断片サイズの範囲を表４に示す。
【００６１】
【表４】
0005299858.tif 000013
【００６２】
実施例５  アスペルギルス属菌株の高精度な菌株識別方法
ハイスループットな高精度な識別方法として、DNAシーケンサーもしくはキャピラリー電気泳動装置を用いてPCR増幅産物のフラグメント長を決定する方法がある。特にDNAシーケンサーを用いる方法を採用する場合には各プライマーセットの片方のプライマーの5'末端に6-FAM、HEXおよびNED等の蛍光色素でラベルされたプライマーを用いることが必要である。
【００６３】
そこで実施例４で選抜した19セットのプライマーセットのうちの片方のプライマーの5'末端に上記のいずれかの蛍光色素をラベルしたプライマーを新たに合成し、PCR反応を行った。PCR反応および温度条件は、蛍光色素ラベルしたプライマーを用いたこと以外は実施例３に準じて行った。
【００６４】
PCR産物のDNAサイズを決定するために、PCR反応産物1μlに対し12μlのHi-Di formamide (Applied Biosystems)および0.5μlのGeneScan-500 ROX size standard (Applied Biosystems)を混合した。混合したサンプルを95℃2分間熱変性後、急冷した。
【００６５】
これらサンプルについて、ABI PRISM 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems)を用いてフラグメント長を求めたところ、表４のフラグメント長の範囲内に収まる値を示し、各菌株特有のDNAサイズが検出されたことから、供試菌株の識別が可能であった。本実施例５で明らかになったDNAサイズは、前の実施例３および４で示したアガロース電気泳動による菌株識別の結果と概ね一致したことから、本発明による単純繰り返し配列長多型を用いた菌株識別の再現性を確認した。繰り返し配列の種類によっては単一ピークではなく、いわゆるスタッター（stutter）現象（ＰＣＲ反応の際にslipped-strand mispairingが起こることによって、複製対象のＤＮＡ断片のうち繰り返し配列領域の繰り返し回数が増加又は減少してしまう現象）を示す場合があるが、そのようなケースでは最も高いピークを示すＤＮＡサイズを代表値として採用した。このようにして測定した各増幅断片のサイズを表５に示す。
【００６６】
【表５−１】
0005299858.tif 000014
【００６７】
【表５−２】
0005299858.tif 000015
【００６８】
【表５−３】
0005299858.tif 000016
【産業上の利用可能性】
【００６９】
本発明により見出された単純繰り返し配列長多型を利用することで、醸造関連麹菌株をはじめとしたアスペルギルス属菌の菌株識別を簡便にしかも精度高く行うことができる。醸造関連麹菌が含まれるアスペルギルス属は多くの種を含み分類学的にも再検討を要する場面も考えられるので、醸造産業において利用されている醸造関連麹菌の分類はもちろんのこと、醸造関連麹菌に分類学的に近いアスペルギルス属菌の分類にも貢献することが期待される。多くの種を含むアスペルギルス属で有性世代が発見されている種としてアスペルギルス・ニデュランスが挙げられる。一般的に有性世代が発見された種においては、雌雄性を異にする菌株同士を交配することによって遺伝解析が行われる。現時点においては麹菌アスペルギルス・オリゼにおいては有性世代が発見されていないことから遺伝解析ができない現状であり、麹菌の育種の効率化が進んでいない。しかしながら有性世代が発見されれば遺伝解析が可能となることから、本発明において新規に同定された単純繰り返し配列長多型を用いて遺伝解析を行なうことにより、育種の効率化が可能になる。即ち、菌株の形質（例えば、生物学的性質や醸造特性等）と遺伝的な特性とを比較検討することによって、集団における遺伝的特性と形質との関連についての知見を得ることが期待される。
【配列表】
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