(57)【要約】【課題】リガンドと受容体の三次元構造を与えるだけで、自動的に安定な複合体構造を探索する方法を開発し、通常のバーチャルスクリーニングのみならず、リガンドが安定に結合できる受容体を検索することも可能な、計算機を利用した受容体−リガンド安定複合体構造の探索方法を開発する。【解決手段】受容体内の結合ポケットの位置を推定し、その結合ポケットへのリガンドの結合様式を単純化したファーマコフォアモデルに置き換え、予め計算化学的方法により発生させたリガンドの多様な配座を、このモデルに適合するかどうかを連続的に比較することによって、受容体とリガンドが安定複合体を形成する場合にとるであろうリガンドの構造を、その結合位置も含めて短時間で推定する。【選択図】  図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
受容体とリガンドの安定複合体構造を探索する方法であって、以下の工程を含む方法：
前記リガンドについて、とりうる立体配座を網羅的に発生させる第１の工程、
前記受容体の３次元構造モデルにおいて、結合ポケットを網羅的に探索し、得られた結合ポケットの中に、半径０．５〜４．０Åの球が存在しうる空間を探索して、得られた空間の座標に基づいてダミー原子を配置する第２の工程、
前記ダミー原子を、ダミー原子の座標を基準にしてクラスタリングすることにより、受容体の３次元構造モデルにおいてファーマコフォアを設定する第３の工程、
前記第２の工程で探索された結合ポケットの周囲に存在する、受容体の構成原子について、その原子のファンデルワールス半径以上の半径を有する球状の排除体積領域を設定する第４の工程、
前記第１の工程で発生させたリガンドのそれぞれの立体配座を、前記第３の工程で設定したファーマコフォアと重ね合わせて合致する組合せを選択し、該組合せの中から、さらに前記リガンドの構成原子が、前記第４の工程で設定された領域に存在しないような組合せを選択する第５の工程、及び、
第５の工程で見出された組合せについて、分子力学計算によりエネルギー的に安定な組合せを求める第６の工程。
【請求項２】
前記第３の工程において、さらにダミー原子が受容体から受ける静電相互作用の値を算出し、その値をもとにダミー原子を分類して、分類ごとにダミー原子のクラスタリングを行い、かつ、前記第５の工程において、さらにリガンドの構成原子の特性と、前記の分類されたダミー原子の特性を対応させることにより、リガンドの立体配座とファーマコフォアとの重ね合わせを行う、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
特定の受容体と、該受容体と複合体を形成しうる複数のリガンドのそれぞれに対して、請求項１または２に記載の方法によって、同受容体とリガンドが安定な複合体を形成するか否かを決定することにより、特定の受容体に対して安定な複合体を形成するリガンドを探索する方法。
【請求項４】
特定のリガンドと、該リガンドと複合体を形成しうる複数の受容体のそれぞれに対して、請求項１または２に記載の方法によって、同リガンドと受容体が安定な複合体を形成するか否かを決定することにより、特定のリガンドに対して安定な複合体を形成する受容体を探索する方法。
【請求項５】
受容体がタンパク質である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
受容体とリガンドの安定複合体構造を探索するための処理を情報処理装置に実行させるためのプログラムであって、以下の手順を実行させるプログラム：
前記リガンドについて、とりうる立体配座を網羅的に発生させる第１の手順、
前記受容体の３次元構造モデルにおいて、結合ポケットを網羅的に探索し、得られた結合ポケットの中に、半径０．５〜４．０Åの球が存在しうる空間を探索して、得られた空間の座標に基づいてダミー原子を配置する第２の手順、
前記ダミー原子を、ダミー原子の座標を基準にしてクラスタリングすることにより、受容体の３次元構造モデル中においてファーマコフォアを設定する第３の手順、
前記第２の手順により探索された結合ポケットの周囲に存在する、受容体の構成原子について、その原子のファンデルワールス半径以上の半径を有する球状の排除体積領域を設定する第４の手順、
前記第１の手順により発生させたリガンドのそれぞれの立体配座を、前記第３の手順で設定したファーマコフォアと重ね合わせて合致する組合せを選択し、該組合せの中から、さらに前記リガンドの構成原子が、前記第４の手順で設定された領域に存在しないような組合せを選択する第５の手順、及び、
第５の手順により見出された組合せについて、分子力学計算によりエネルギー的に安定な組合せを求める第６の手順。
【請求項７】
前記第３の手順が、さらにダミー原子が受容体から受ける静電相互作用の値を算出し、その値をもとにダミー原子を分類して、分類ごとにダミー原子のクラスタリングを行う手順を備えており、かつ、前記第５の手順が、さらにリガンドの構成原子の特性と、前記の分類されたダミー原子の特性を対応させることにより、リガンドの立体配座とファーマコフォアの重ね合わせを行う手順を備えたことを特徴とする、請求項６に記載のプログラム。
【請求項８】
受容体がタンパク質である、請求項６または７に記載のプログラム。
【発明の詳細な説明】
【０００１】
【発明の属する技術分野】
本発明は、医薬、農薬などの生理活性物質の分子設計に利用できる、受容体とリガンドとの安定複合体構造を探索するための計算機を利用した方法に関する。本発明はまた、かかる方法を情報処理装置に実行させるためのプログラムに関する。
【０００２】
【従来の技術】
薬物や生理活性物質の多くは、受容体となる生体高分子（例えば、タンパク質、核酸及びそれらを含む複合体）と特定の部位で結合することにより、その薬理活性または毒性を発現する。このような受容体に結合する比較的低分子量の薬物、生理活性物質、阻害剤などの化合物は一般にリガンドと呼ばれているが、受容体の中にはリガンドが明らかにされていないものも多い。このような受容体に対しては、該受容体と安定な複合体を形成して薬効を発揮しうるリガンドを効率的に見出すことが、創薬研究において重要な基礎となる。
【０００３】
受容体の候補となる生体高分子の３次元構造に関しては、  Ｘ  線や  ＮＭＲ  などの分析機器とその結果を解析するソフトウェアの進歩により、従来に増して短期間で構造決定がなされるようになり、プロテインデータバンク（例えば、非特許文献１参照）などのデータベースに登録されて公開されている。一方で、遺伝子の全塩基配列の解読が現実のものとなり、計算機を利用した分子モデリングの技術の進歩により、実験的に３次元構造が確定されていない生体高分子についても、その予想されるアミノ酸配列などからある程度の立体構造を推定することが可能となっている。
【０００４】
受容体に対するリガンドを探索する計算機を利用した方法としては、受容体とリガンドの原子座標を入力し、受容体内のおおまかな結合部位を指定した上で、計算機を利用してリガンドと受容体との妥当な結合様式を見出し、この計算を複数のリガンドに対して連続的に適用することにより、結合する可能性のあるリガンドを発見する、または結合する可能性のない化合物をふるい落とすという計算方法が、広く知られている。これらの計算方法は、一般にドッキングスタディと呼ばれ、ある程度の精度を犠牲にして、多数のリガンドを高速で比較する場合は、バーチャルスクリーニングとも呼ばれる。また、このような受容体の三次元構造をもとにしてリガンドの分子を設計する研究手法は、構造依存創薬とも総称される。
【０００５】
これらの方法を現実の分子系に適用するためには、座標空間の効率的な探索（ｉ）、および結合様式の妥当性を評価するための評価基準（ｉｉ）の２つを満たすアルゴリズムの開発が必須であり、それぞれ多くの方法が提案されている（例えば、非特許文献２または特許文献１、参照）。また、そのうちのいくつかはソフトウェア  パッケージとして公開ないし市販されている（Ｔｒｉｐｏｓ  社製  ＦｌｅｘＸ（商品名）、Ａｃｃｅｌｒｙｓ  社製  Ｃ２−ＬｉｇａｎｄＦｉｔ（商品名）、  Ｓｃｈｌｏｄｉｎｇｅｒ  社製  Ｇｌｉｄｅ（商品名）など）。
【０００６】
しかしながら、複雑なリガンド分子の配座のみならず、その分子が受容体中で存在し得る相対的な位置まで含めた自由度を考慮すると、（ｉ）で探索すべき空間の自由度は膨大なものとなり、完全に網羅的な探索を行うことは、現在の計算機能力をもってしても現実的ではなく、（ｉｉ）の基準を数値化するための評価関数に関しても、完全なものはまだなかった。
【０００７】
一般にドッキング  スタディは、あらかじめ結合ポケットの位置を指定した上で、その限定された空間内を探索することにより安定な複合体構造を推定するが、結合ポケットが未知の場合に、受容体表面のどの位置に、どのような配座をもつリガンドが存在するかを、自動的に決定することのできる手法は知られていない。また、受容体の構造は、通常リガンドに比較して非常に大きいため、リガンドの構造の自由度のみならず、受容体の中でリガンドが結合し得る可能性のある位置も含めて探索することは困難であり、従来の構造依存創薬で使用されるアルゴリズムを適用するだけでは、精度良く、現実的な時間内で行うことは不可能であった。
【０００８】
特定のリガンドに対して、その配座をベクトルで表し、タンパク質や核酸の窪みの形状から作成したベクトルと一致するものを検索する方法として、ＩＮＶＤＯＣＫ（例えば、特許文献２参照）がある。しかし、一般にリガンドは、受容体の結合ポケットに１対１にぴったりと当てはまるのではなく、その一部にリガンドの一部が重なっているだけの場合が殆どである。このため、この手法は、一致度が高い場合には適用できるが、リガンドの官能基の一部が窪みを含めた受容体表面上の適切な空間配置に来るような、より一般的な場合には適さなかった。
【０００９】
さらに、リガンドを代表するベクトルで初期の空間配置を決め、エネルギー最適化を行い、リガンドと結合ポケットの形状を一致させてから構造最適化を行う同様のアルゴリズムに基づく市販のプログラムに、Ａｃｃｅｌｒｙｓ社製Ｃ２・ＬｉｇａｎｄＦｉｔ（（商品名）（例えば、非特許文献３参照）がある。しかし、もともと結合ポケットとリガンドの形状には相関は低い上、リガンドの化学的特徴を無視して配置すれば、非常に多くの適合度の低い初期構造から構造最適化を行わねばならないため、多くの無駄な計算が必要であった。
【００１０】
一方、一般的な構造依存創薬の概念とは異なるが、１つ以上の既知のリガンドをもとに、対応する受容体の立体構造が不明のまま、同じ受容体と結合する可能性のある新規のリガンドを見出す手法として、ファーマコフォアモデル検索、レセプターサーフェスモデル検索とよばれるものがあった。ファーマコフォアモデル検索は、リガンドの中で、水素結合性の置換基や、イオン性原子など、受容体と強い相互作用をする化学特性をもつと考えられる部位（フィーチャ）を抽出し、フィーチャの種類とそれらの相互間距離からなる簡易な分子モデル（ファーマコフォア）を定義し、そのモデルに合致する分子を検索する手法であって、一見異なる分子構造であっても、同じ受容体と特異的に結合し得るリガンドを見出すことが可能な手法である。また、レセプター  サーフェス  モデルは、リガンドの分子構造から、その分子全体を覆う表面の形状と静電的な特性を推定し、その表面の中で安定に存在し得るリガンドを検索する手法である。これらの手法に関しては、例えば、ファーマコフォア検索では、  Ａｃｃｅｌｒｙｓ  社製  ＣＡＴＡＬＹＳＴ（商品名）（例えば、非特許文献４参照）、  Ｔｒｉｐｏｓ  社製  ＵＮＩＴＹ（商品名）（例えば、非特許文献５参照）、  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ社製  ＭＯＥ（商品名）（例えば、非特許文献６参照）などが、レセプター  サーフェス  モデルでは、  Ａｃｃｅｌｒｙｓ  社製  Ｃ２−Ｒｅｃｅｐｔｏｒ（商品名）（例えば、非特許文献７または８参照）などが市販されている。
【００１１】
しかし、ファーマコフォアモデル検索、レセプターサーフェスモデル検索のいずれの手法も、既知のリガンドと類似した性質を持つ新規のリガンドを見出すための３次元定量的構造活性相関を用いる手法であって、受容体との相互作用を直接扱うものではなかった。
【００１２】
【特許文献１】特許第２６２１８４２号明細書
【特許文献２】米国特許６５１９６１１号明細書
【非特許文献１】大阪大学提供、プロテイン  データバンク  ジャパン、［ｏｎｌｉｎｅ］、［平成１５年６月２０日検索］、インターネット＜ＵＲＬ：  ｈｔｔｐ：／／ｐｄｂｊ．ｐｒｏｔｅｉｎ．ｏｓａｋａ−ｕ．ａｃ．ｊｐ／＞
【非特許文献２】ＤｅｓＪａｒｌａｉｓ  Ｒ．Ｌ．，  Ｓｈｅｒｉｄａｎ  Ｒ．Ｐ．，  Ｄｉｘｏｎ  Ｊ．Ｓ．，  Ｋｕｎｔｚ  Ｉ．Ｄ．，  Ｖｅｎｋａｔａｒａｇｈａｖａｎ  Ｒ．，  Ｊ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．  Ｖｏｌ．  ２９，  ｐ２１４９−２１５３  （１９８６）
【非特許文献３】Ｐｅｔｅｒｓ，  Ｋ．Ｐ．，  Ｆａｕｃｋ，  Ｊ．，  Ｆｒｏｍｍｅｌ，  Ｃ．，  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，  ｖｏｌ．  ２５６，  ｐ２０１−２１３  （１９９６）
【非特許文献４】Ｂａｒｎｕｍ，  Ｄ．，  Ｇｒｅｅｎｅ，  Ｊ．，  Ｓｍｅｌｌｉｅ，  Ａ．，  Ｓｐｒａｇｕｅ，  Ｐ．，  Ｊ．  Ｃｈｅｍ．  Ｉｎｆ．  Ｃｏｍｐｕｔ．  Ｓｃｉ．  ｖｏｌ．  ３６，  ｐ５６３−５７１  （１９９６）
【非特許文献５】Ｍａｒｔｉｎ  Ｙ．Ｃ．，  Ｊ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．，  ｖｏｌ．  ３５，  ｐ２１４５−２１５４  （１９９２）
【非特許文献６】Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ社提供、Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ  ｕｓｉｎｇ  ＭＯＥ、［ｏｎｌｉｎｅ］、［平成１５年６月２４日検索］、インターネット＜ＵＲＬ：  ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｈｅｍｃｏｍｐ．ｃｏｍ／＞
【非特許文献７】Ｈａｈｎ，  Ｍ．，  Ｊ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．，  ｖｏｌ．  ３８，  ｐ２０８０−９０  （１９９５）
【非特許文献８】Ｈａｈｎ，  Ｍ．，  Ｒｏｇｅｒｓ，  Ｄ．，  Ｊ．  Ｍｅｄ．  Ｃｈｅｍ．，  ｖｏｌ．  ３８，  ｐ２０９１−２１０２  （１９９５）
【００１３】
【発明が解決しようとする課題】
本発明は、リガンドと受容体の三次元構造を与えるだけで、自動的に安定な複合体構造を探索する方法であって、既知の受容体に対するリガンドのスクリーニングのみならず、リガンドが安定に結合できる受容体を検索する逆スクリーニングをも行うことのできる、計算機を利用した受容体−リガンド安定複合体構造探索方法を提供することを課題とする。
【００１４】
【課題を解決するための手段】
上記の課題を解決するために、本発明者らは、鋭意検討した結果、受容体内の結合ポケットの位置推定と、その結合ポケットへのリガンドの結合様式を単純化したファーマコフォアモデルに置き換え、予め計算化学的方法により発生させたリガンドの多様な配座を、このモデルに適合するかどうかを連続的に比較することによって、受容体とリガンドが安定複合体を形成する場合にとるであろうリガンドの構造を、その結合位置も含めて短時間で推定することを可能とする方法の開発に成功した。さらに、ここで推定された構造に、分子力学計算を適用して構造精密化を行い、各構造のエネルギー順位を比較することで、安定な複合体の構造を決定することができることを見出して、本発明を完成させるに至った。
【００１５】
すなわち本発明は、以下のとおりである。
（１）  受容体とリガンドの安定複合体構造を探索する方法であって、以下の工程を含む方法：
前記リガンドについて、とりうる立体配座を網羅的に発生させる第１の工程、
前記受容体の３次元構造モデルにおいて、結合ポケットを網羅的に探索し、得られた結合ポケットの中に、半径０．５〜４．０Åの球が存在しうる空間を探索して、得られた空間の座標に基づいてダミー原子を配置する第２の工程、
前記ダミー原子を、ダミー原子の座標を基準にしてクラスタリングすることにより、受容体の３次元構造モデルにおいてファーマコフォアを設定する第３の工程、
前記第２の工程で探索された結合ポケットの周囲に存在する、受容体の構成原子について、その原子のファンデルワールス半径以上の半径を有する球状の排除体積領域を設定する第４の工程、
前記第１の工程で発生させたリガンドのそれぞれの立体配座を、前記第３の工程で設定したファーマコフォアと重ね合わせて合致する組合せを選択し、該組合せの中から、さらに前記リガンドの構成原子が、前記第４の工程で設定された領域に存在しないような組合せを選択する第５の工程、及び、
第５の工程で見出された組合せについて、分子力学計算によりエネルギー的に安定な組合せを求める第６の工程。
（２）  前記第３の工程において、さらにダミー原子が受容体から受ける静電相互作用の値を算出し、その値をもとにダミー原子を分類して、分類ごとにダミー原子のクラスタリングを行い、かつ、前記第５の工程において、さらにリガンドの構成原子の特性と、前記の分類されたダミー原子の特性を対応させることにより、リガンドの立体配座とファーマコフォアとの重ね合わせを行う、（１）の方法。
（３）  特定の受容体と、該受容体と複合体を形成しうる複数のリガンドのそれぞれに対して、（１）または（２）の方法によって、同受容体とリガンドが安定な複合体を形成するか否かを決定することにより、特定の受容体に対して安定な複合体を形成するリガンドを探索する方法。
（４）  特定のリガンドと、該リガンドと複合体を形成しうる複数の受容体のそれぞれに対して、（１）または（２）の方法によって、同リガンドと受容体が安定な複合体を形成するか否かを決定することにより、特定のリガンドに対して安定な複合体を形成する受容体を探索する方法。
（５）  受容体がタンパク質である、（１）〜（４）のいずれかの方法。
（６）  受容体とリガンドの安定複合体構造を探索するための処理を情報処理装置に実行させるためのプログラムであって、以下の手順を実行させるプログラム：
前記リガンドについて、とりうる立体配座を網羅的に発生させる第１の手順、
前記受容体の３次元構造モデルにおいて、結合ポケットを網羅的に探索し、得られた結合ポケットの中に、半径０．５〜４．０Åの球が存在しうる空間を探索して、得られた空間の座標に基づいてダミー原子を配置する第２の手順、
前記ダミー原子を、ダミー原子の座標を基準にしてクラスタリングすることにより、受容体の３次元構造モデル中においてファーマコフォアを設定する第３の手順、
前記第２の手順により探索された結合ポケットの周囲に存在する、受容体の構成原子について、その原子のファンデルワールス半径以上の半径を有する球状の排除体積領域を設定する第４の手順、
前記第１の手順により発生させたリガンドのそれぞれの立体配座を、前記第３の手順で設定したファーマコフォアと重ね合わせて合致する組合せを選択し、該組合せの中から、さらに前記リガンドの構成原子が、前記第４の手順で設定された領域に存在しないような組合せを選択する第５の手順、及び、
第５の手順により見出された組合せについて、分子力学計算によりエネルギー的に安定な組合せを求める第６の手順。
（７）  前記第３の手順が、さらにダミー原子が受容体から受ける静電相互作用の値を算出し、その値をもとにダミー原子を分類して、分類ごとにダミー原子のクラスタリングを行う手順を備えており、かつ、前記第５の手順が、さらにリガンドの構成原子の特性と、前記の分類されたダミー原子の特性を対応させることにより、リガンドの立体配座とファーマコフォアの重ね合わせを行う手順を備えたことを特徴とする、（６）のプログラム。
（８）  受容体がタンパク質である、（６）または（７）のプログラム。
【００１６】
【発明の実施の形態】
以下、本発明を詳細に説明する。
【００１７】
本発明において、受容体とは、タンパク質、核酸、糖などの高分子化合物を意味し、好ましくは、タンパク質を意味する。尚、受容体は天然のものであっても、それらが改変されたもの、またはそれらを模倣して合成された人工のものであってもよい。受容体は、３次元構造が明らかにされているもの、または３次元構造が既知の受容体の構造から、３次元構造を容易に推定できるものが好ましい。受容体としてタンパク質を用いる場合は、タンパク質の３次元構造は、例えば、プロテインデータバンクジャパン（ｈｔｔｐ：／／ｐｄｂｊ．ｐｒｏｔｅｉｎ．ｏｓａｋａ−ｕ．ａｃ．ｊｐ／）から得ることができる。
【００１８】
また、リガンドとは一般に受容体に比べて小さな分子であり、天然物、化学合成された物質に関わらず、受容体内の特定の部位に、特異的に結合して生理活性あるいは毒性を発現する化合物全般を含む概念である。リガンドには例えば、薬物、または酵素の基質もしくは阻害剤などが含まれる。一般に、リガンドとは受容体の活性部位に結合して薬理作用を発揮するものをいう場合があるが、本発明においては、リガンドは受容体と安定な複合体をしうるものであればよく、必ずしも活性部位に結合して薬理作用を発揮するものでなくてもよい。
【００１９】
本発明の方法を図１のフローチャートを参照しながら、工程ごとに説明する。第１の工程では、まずリガンドのとりうる立体配座を網羅的に発生させる。リガンドは化学式を入力して用いてもよいし、複数のリガンドを含む化合物データベースから選択して用いてもよい。
【００２０】
リガンドが取り得る多様な立体配座を効率的に発生させる手法としては、既知のさまざまな方法をとることができる。例えば、リガンド内の回転可能な結合について、順次一定の角度で回転させ、網羅的に全ての構造を発生させる一般的なシステマチック  サーチ、二面角や原子座標をランダムに変更し、次いで分子力学計算による構造最適化を行うストキャスティックサーチ（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ，  Ｄ．Ｍ．，  Ｒａｂｅｒ，  Ｄ．Ｊ．，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．  Ｖｏｌ．  １１１，  ｐ４３７１−４３７８，  １９８９）、または高温における短時間の分子動力学計算と分子力学計算による構造最適化を繰り返し、長時間の観察により得られるであろう多様な配座をサンプリングするシミュレーティド  アニーリング（Ｎｉｌｇｅｓ，  Ｍ．，  Ｃｌｏｒｅ，  Ｇ．Ｍ．，  Ｇｒｏｎｅｎｂｏｒｎ，  Ａ．Ｍ．，  ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．，  ｖｏｌ．  ２３９，  ｐ１２９−１３６，  １９８８）などが挙げられる。また、これらの手法を拡張した市販プログラム、例えばカナダ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ  社製のＭＯＥ（商品名）における  Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｉｍｐｏｒｔ  機能、またはアメリカ  Ａｃｃｅｌｒｙｓ  社製の  ＣＡＴＡＬＹＳＴ  （商品名）に搭載されたポーリング法（Ｓｍｅｌｌｉｅ，  Ａ．，  Ｔｅｉｇ，  Ｓ．Ｌ．，  ａｎｄ  Ｔｏｗｂｉｎ，  Ｐ．，  Ｊ．  Ｃｏｍｐ．  Ｃｈｅｍ．，  ｖｏｌ．  １６，  ｐ１７１−１８７，  １９９５）などを使用することにより、短時間で多様な配座空間を探索することができる。
【００２１】
第２の工程においては、受容体の３次元構造モデルにおいて、まず結合ポケットを網羅的に探索する。ここで、結合ポケットとは、生体高分子の分子表面に観察される、リガンドが結合し得る程度の大きさをもつ内孔ないしは窪みをいう。結合ポケットは例えば、半径０．５〜４．０Åの球が４つ以上存在し得る大きさであることが好ましく、７つ以上存在し得る大きさであることがより好ましい。
【００２２】
さらに、結合ポケットの中に、半径０．５〜４．０の球が存在しうる空間を探索して、該空間の座標に基づいてダミー原子を配置する。探索する空間は、好ましくは、半径１．０〜３．０Åの球が存在しうる空間であり、より好ましくは半径１．２〜２．０Åの球が存在しうる空間である。また、ダミー原子とは、計算機上で分子構造を扱う上で、空間上の相対的な位置への分子の移動や重ね合わせなどの処理を行う際の基準とするために、大きさや質量などが任意に設定され、一般にポテンシャルエネルギーを持たない仮想的な原子を意味する。ダミー原子は前記空間の座標に基いて設定されるが、前記空間内に任意に設定することができ、また複数設定してもよい。
【００２３】
受容体中の結合ポケット及び半径０．５〜４．０Åの球が存在しうる空間を探索する方法としては、例えば、受容体が存在する座標空間を三次元格子（グリッド）に分割し、受容体の構成原子が存在しない格子点を検出する幾何学的な方法を用いることができる。具体的には、良く知られており簡便な  Ａｃｃｅｌｒｙｓ  社製  Ｃ２−ＬｉｇａｎｄＦｉｔ（商品名）等さまざまなソフトウェアを入手して用いることができる。
【００２４】
ただし、この方法は、生体高分子とグリッドの相対的な座標の採り方により結果が異なることもあり、座標の影響を受けにくい方法がより好ましい。座標の影響を受けにくい方法としては、例えば  Ｅｄｅｌｓｂｒｕｎｎｅｒ  らによる方法（Ｅｄｅｌｓｂｒｕｎｎｅｒ，  Ｈ．，  Ｆａｃｅｌｌｏ，  Ｍ．，  Ｆｕ，  Ｒ．，  Ｌｉａｎｇ，  Ｊ．，  「Ｍｅａｓｕｒｉｎｇ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｎｄ  Ｖｏｉｄｓ  ｉｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ．」  Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ２８ｔｈ  Ｈａｗａｉｉ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ  ｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｓｃｉｅｎｃｅ．，  ｐ２５６−２６４，  １９９５））及び、このアルゴリズムをもとにした  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ  社製  ＭＯＥ（商品名）に搭載された  Ａｌｐｈａ  Ｓｉｔｅ  Ｆｉｎｄｅｒ
を用いる方法などが挙げられる。
【００２５】
第３の工程では、第２の工程で配置されたダミー原子についてクラスタリングを行い、得られたクラスターに基いてファーマコフォアを設定する。クラスタリングはダミー原子の座標を基準にして行うことができる。例えば、２．０Å以内、好ましくは１．５Å以内の距離にあるダミー原子を一まとめにすることによってクラスタリングを行うことができる。
【００２６】
また、この工程において、各ダミー原子が受容体から受けるであろう静電相互作用エネルギーを分子力学ないしは量子力学、好ましくは分子力学的方法により算出し、得られた静電相互作用の値を、位置とともにクラスタリングの基準としてもよい。静電相互作用エネルギーの算出は例えば、以下のようにして行うことができる。すなわち、仮想的に電荷が  ＋１  であるダミー原子を仮定すると、距離  ｒ  に存在する  ｑ  の電荷をもつ原子との相互作用エネルギーは、誘電率を  ε（ｒ）として、  ｑ／εｒ  と見なすことができる。ここで、  ε  はタンパク質溶液中での静電遮蔽効果を考慮して距離依存とする。結合ポケット周囲の全原子に対してこの計算を実行し、その総和が、当該ダミー原子が受ける静電相互作用エネルギーとなる。算出された静電相互作用の値から、ダミー原子の座標にリガンド原子が存在した場合に、水素結合に対するドナー性あるいはアクセプター性を持つか否かを推定し、クラスタリングの際に、ドナー性（陽イオン性）、アクセプター性（陰イオン性）、そして、そのいずれでもない芳香族性（疎水性）というようにダミー原子を各特性に分類し、それぞれの分類ごとにダミー原子をクラスタリングすることができる。分類ごとのクラスタリングも、前記と同様に、例えば２．０Å以内、好ましくは１．５  Å以内の距離にあるダミー原子を一まとめにすることによってクラスタリングを行うことができる。
【００２７】
ファーマコフォアは、各結合ポケット内において、前記クラスタリングによって得られたクラスターを組み合わせることによって設定することができる。また、クラスターの中から、代表的なフィーチャ（前記特性のうち、受容体と強い相互作用をすると考えられる特性をもつクラスター）を選択し、これらを組み合わせてファーマコフォアを設定することによりモデルを簡略化してもよい。モデルを簡略化する場合、フィーチャの数が、４個以上、好ましくは７個以上あるものを採用するよう設定しておくと、第５の工程においてファーマコフォアとリガンドとの特異的な組合せの検索が可能である。
【００２８】
受容体とリガンドが安定な複合体を形成するためには、リガンドは、上記で規定した位置（ファーマコフォア）に少なくとも一部の特性が対応する原子が存在し、かつ他の原子が受容体と重ならない配座を取りうることが必須である。この条件を満たすかどうかを判別するため、第４の工程では、結合ポケット周囲に存在する受容体分子の原子座標を中心に、その原子のファンデルワールス半径以上の半径に設定された球状の排除体積領域を設定する。ここで問題となるのは、与えられた受容体の立体構造の精度である。  Ｘ  線、  ＮＭＲ  などの手法で得られる座標の誤差は、通常のタンパク質で、  １  〜  ３  Å  である。したがって、この排除体積領域の設定にあたっては、この誤差を考慮した条件設定をする必要がある。また一般に、  Ｘ  線などの手法で決定することのできる立体構造は、水素以外の重原子の座標のみであり、アミノ酸や核酸のほとんどを構成する炭素、酸素、窒素、および硫黄原子等に結合した水素原子の位置は、分子力学計算などの手法により決定される。また、炭素−水素間の典型的な結合長は、  １．１  Å  程度であるが、水素原子の位置は、リガンドの存在により、容易にある程度の範囲で動く可能性がある。
【００２９】
結合ポケットの周囲にある全ての原子の座標をもとに排除体積を設定した場合、上記のような前提となる受容体構造の精度のために、本来結合すべき構造を排除してしまうおそれがある。そこで、本発明においては、例えば第２の工程において設定されたダミー原子の２Å  以遠、好ましくは３Å  以遠の原子のみを考慮し、これらの原子に対してそのファンデルワールス半径と同等以上の半径を有する球状の排除体積を設定するとよい。ファンデルワールス半径と同等以上の半径とは、ファンデルワールス半径の１００〜２００％の半径が好ましく、１００〜１５０％の半径がより好ましい。また、水素以外の原子のみを考慮して、排除体積を設定することが好ましい。
【００３０】
また、第４の工程において、排除体積領域を、ダミー原子から２Å以上、好ましくは３Å離れ、かつ１５Å以内、好ましくは１２Å以内の範囲に存在する水素原子以外の原子をもとに設定することにより、計算時間の短縮と探索の精度の向上をはかることが可能である。
【００３１】
第５の工程では、まず第１の工程で発生させたリガンドの立体配座を、第３の工程で得られたファーマコフォアモデルと重ね合わせて合致する組合せを選択する。ここで、「合致する組合せ」とは、例えばダミー原子と対応するリガンドの構成原子との自乗平均距離（ＲＭＳＤ）が２．０以下、好ましくは１．２以下になる組合せをいう。
【００３２】
続いて、選択された組合せについて、第４の工程で設定された排除領域にリガンドの構成原子が含まれない組合せを探索する。すなわち、第５の工程は、第３の工程で規定されたファーマコフォア内のダミー原子の位置にリガンド内のいずれかの原子が存在し、かつ第４の工程で規定された排除領域にいずれの原子も存在しないようなリガンドと受容体の配置を探索する工程である。
【００３３】
なお、第３の工程において各ダミー原子を静電相互作用によって分類して、フィーチャごとにクラスタリングした場合には、第５の工程において、リガンドの構成原子の特性（陽イオン性、陰イオン性など）とダミー原子のフィーチャの特性との対応を考慮して、リガンドの立体配座とファーマコフォアとの重ね合わせを行うことができる。例えば、ダミー原子の静電相互作用の値が正である場合は、その位置に負の電荷をもつ原子が存在する方が安定であるため、リガンドの中で、負の部分電荷をもつ原子がこの位置に存在する可能性が高い。このような原子は、水素結合のアクセプターないしは陰イオンであると考えられる。逆に、ダミー原子の静電相互作用の値が負である場合は、その位置にドナーないしは陽イオンが存在しやすいと考えられる。
【００３４】
第５の工程において、リガンドの立体配座と重ね合わせを行うファーマコフォアについては、第３の工程でフィーチャの数が、４個以上、好ましくは７個以上あるものを採用するよう設定しておくと、ファーマコフォアとリガンドとのより安定な組合せの検索が可能である。上記の数のフィーチャを有するファーマコフォアを用いた場合に、ファーマコフォアとリガンドとの安定な組合せが得られないときは、自動的に順次合致するフィーチャの数を減らしてリガンドを探索することにより、特異的の高いリガンドとファーマコフォアとの組合せを優先的に検索することが可能である。
【００３５】
第１の工程で発生させたリガンドの立体構造は、あくまでもリガンド単体として、受容体の外で発生させた配座であるため、厳密に受容体との複合体中での構造と一致しているという保証はない。したがって本発明では、第１〜第５の工程によって、まずフィーチャの一致が良く、かつ受容体とは重複しない、蓋然性の高い複合体構造を推定し、次いで第６の工程の分子力学計算ないしは量子力学計算に基づく構造精密化を行うことによって、リガンドが受容体中で採り得る立体構造を推定する。
【００３６】
第６の工程における構造精密化においては、計算速度の面から、分子力学計算を利用することが好ましい。分子力学計算における精度は、使用する力場に依存するため、ドッキングの計算においては生体高分子と低分子であるリガンドのいずれにも対応するパラメータをもつ力場を使用することが必要となる。一般に入手できる力場としては、  ＣＶＦＦ（Ｐ．  Ｄｏｕｂｅｒ−Ｏｓｇｕｔｈｏｒｐｅ  ｅｔ  ａｌ，  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：  Ｓｔｒｕｃｔ．  Ｆｕｎｃｔ．  Ｇｅｎｅｔ．，  ｖｏｌ．  ４，  ｐ３１，  １９８８）、  ＣＦＦ（Ｍ．Ｊ．Ｈｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ，  Ｊ．Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．，  ｖｏｌ  １１６，  ｐ２５１５，  １９９４）、  ＯＰＬＳ−ＡＡ（Ｗ．  Ｌ．  Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．，  ｖｏｌ．  １１７，  ｐ１１２２５−１１２３６，  １９９６）、  ＭＭＦＦ９４、  ＭＭＦＦ９４ｓ（いずれもＴ．Ａ．Ｈａｌｇｒｅｎ，  Ｊ．  Ｃｏｍｐ．  Ｃｈｅｍ．  ｖｏｌ．  １７，  Ｎｏ．  ５＆６，  ｐ４９０，  １９９６）  などが挙げられる。また、これらのパラメータを含む分子力学計算エンジンとしては、  Ｄｉｓｃｏｖｅｒ  （登録商標、Ａｃｃｅｌｒｙｓ  Ｉｎｃ．（米国））、  ＣＨＡＲＭＭ（Ｗ．  Ｄ．Ｃｏｒｎｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ，  Ｊ．  Ａｍ．  Ｃｈｅｍ．  Ｓｏｃ．，  ｖｏｌ．  １１７，  ｐ５１７９，  １９９５）、  ＭＯＥ−Ｍｉｎｉｍｉｚｅｒ  （登録商標、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ  Ｉｎｃ．（加））、  Ｄｉｒｅｃｔ  Ｆｏｒｃｅ  Ｆｉｅｌｄ  （登録商標、Ａｅｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  Ｉｎｃ．（米））などが挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【００３７】
さらに、本発明においては、特定の受容体と、該受容体と複合体を形成しうる複数のリガンドのそれぞれに対して、前記第１の工程から第６の工程までを連続的に実行することにより、特定の受容体に対して安定な複合体を形成するリガンドを探索することができる。これにより、新規生理活性物質の候補化合物の発見が可能である。
【００３８】
本発明においてはまた、特定のリガンドと、該リガンドと複合体を形成しうる複数の受容体のそれぞれに対して、前記第１の工程から第６の工程までを連続的に実行することにより、特定のリガンドに対して安定な複合体を形成する受容体を探索することができる。これにより、薬物の作用機序を明らかにしたり、リガンドが結合し得る受容体の既知の機能から、リガンドの生理活性、例えば副作用や毒性などを推定したりすることが可能である。
【００３９】
本発明はまた、上記第１〜第６の工程を情報処理装置に実行させるためのプログラムを提供する。かかるプログラムは例えば、前記のそれぞれの工程を実行する手順を適当なコンピュータ言語で記述したプログラムである。コンピュータ言語としては、  Ｃ，  Ｃ＋＋，  ＦＯＲＴＲＡＮ，  ＪＡＶＡ（登録商標），  ＳＶＬ  など、通常科学計算に使用される言語であれば、特に限定されない。また、本発明のプログラムは、全工程を記述した一貫したプログラムであってもよいが、各工程ないしはその一部を実施する機能を有する公開されたプログラムを組み合わせて、当該機能を実現する関数等を呼び出すようなスクリプトをまとめたものであってもよい。受容体及びリガンドの座標、元素名など計算機上で分子の三次元構造を再現するに十分なデータを含むファイルに対して、かかるプログラムを用いてコンピュータ等の情報処理装置に上記第１〜第６の工程を実行させることにより、受容体とリガンドの安定複合体構造を探索することができる。
【００４０】
【実施例】
本発明の方法の有効性を示すために、本発明の工程を連続的に実行することの可能なプログラムを作成し、三次元構造が既知の複合体について、受容体とリガンドを分離した上でこのプログラムを適用し、既知のリガンド−受容体複合体構造を短時間で再現し得ることを確認した。
【００４１】
なお、ここでは、Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ社（カナダ）製の計算化学システムＭＯＥ（商品名）（２００２．０３  版）に搭載された言語  ＳＶＬ  と関数を使用してプログラムを作成した。分子力学計算では、生体高分子はもとより、広範囲のリガンドに対するパラメータを有し、複合体の構造再現精度が高いメルク力場（ＭＭＦＦ９４ｓ）を使用した。それでも不足するパラメータに対しては、このメルク力場を補完するルール依存力場を用いることにより、どのような分子間相互作用も自動的に計算できるようにした。
【００４２】
プロテインデータバンク（ｈｔｔｐ：／／ｐｄｂｊ．ｐｒｏｔｅｉｎ．ｏｓａｋａ−ｕ．ａｃ．ｊｐ／）に登録されている複合体のうち、ストレプトアビジン（エントリー２ｒｔｄ）、アセチルコリンエステラーゼ（１ａｃｌ）、レチノール結合タンパク質（１ａｑｂ）、グルタミン酸受容体サブユニット２（１ｆｔｍ）、ＨＩＶ−１逆転写酵素（１ｈｎｖ）、及び核内受容体（３ｅｒｔ）について、これらの受容体に結合することが知られている既知のリガンドと安定な複合体を形成するかを、上記プログラムを用いて確認した。
【００４３】
以下に、ストレプトアビジンを例にとって手順を具体的に説明する。なお、プロテインデータバンクに登録された立体構造は、  Ｘ  線により決定されたものであり、水素原子の座標は含まれていない。本発明の方法を適用する前に、この構造を、  ＭＯＥ  に読み込み、水素原子を付加した上で、分子力学計算により水素原子の位置を決定した。このとき、実験により得られた構造を保持するべく、水素以外の原子の座標は固定して、水素原子の位置のみ分子力学計算による最適化を行った。
【００４４】
第１の工程では、ＭＯＥ（商品名）に搭載された  Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ＿Ｉｍｐｏｒｔ  関数を使用し、  ｂｉｏｔｉｎ  が取り得る配座を網羅的に発生させた（図２）。第２の工程においては、  Ｅｄｅｌｓｂｒｕｎｎｅｒ  らの方法（Ｅｄｅｌｓｂｒｕｎｎｅｒ，  Ｈ．，  ｅｔ  ａｌ．，  １９９５）を拡張した  ＭＯＥ−Ａｌｐｈａ  Ｓｉｔｅ  Ｆｉｎｄｅｒ  機能を使用して、半径  １．４  〜  １．８  Å  の球が入りうる座標を決定し、その全ての位置に、エネルギーを持たないダミー原子を配置した（図３）。
【００４５】
第３の工程では、ダミー原子間の距離を全て測定し、  ２．５  Å  以内の距離にあるものを一まとめにした。この系では、６つのグループが得られた。
【００４６】
第３の工程ではさらに、各ダミー原子が、  ＋１  の電荷を持つと仮定した場合、受容体から受けるであろう静電ポテンシャルの値を、クーロン力として計算した。各クラスター内で、ダミー原子を、このポテンシャルの値が、  ＋１５  ｋｃａｌ／ｍｏｌ  を越えるもの、  −１５  ｋｃａｌ／ｍｏｌ  より小さいもの、その中間という３種類に分類し、それぞれの分類中で、１．０Å  以内の距離にあるダミー原子をクラスタリングして、それをもとにファーマコフォアを設定した。
【００４７】
これらの領域で、例えば、  −１５  ｋｃａｌ／ｍｏｌ  より小さいポテンシャルを持つ領域は、リガンド中で、プラスの電荷をもつ原子がこの領域に存在することで、複合体のエネルギーが安定しやすい。すなわち、この領域は、水素結合性アクセプターないしは陰イオンが存在する可能性が高いものと考えられる。このようにして、−１５  ｋｃａｌ／ｍｏｌ以下の水素結合性アクセプター（陰イオン）領域  （Ａｃｃ｜Ａｎｉ）、＋１５  ｋｃａｌ／ｍｏｌ以上の水素結合性ドナー（陽イオン）領域  （Ｄｏｎ｜Ｃａｔ）、それらの何れでもない芳香性（疎水性）領域  （Ａｒｏ｜Ｈｙｄ）  の３種類に分類した。これらの相対的な位置に、一致する特性をより多く持つリガンドであれば、受容体と安定に複合体を形成する可能性が高いと考えられる。本発明では、このように、受容体の構造のみから、その中に安定して存在する可能性のあるリガンドのファーマコフォアモデルを推定した。
【００４８】
第４の工程では、排除体積領域として、全てのダミー原子から  ４．５  Å  以遠で  ８  Å  以内の距離にある受容体の水素原子以外の原子の座標を検出し、それぞれの座標から半径  ２．０  Å  の球状の領域を設定した（図４）。
【００４９】
第５の工程では、第１の工程で発生させた配座について、第３の工程で得られたファーマコフォアモデルと重ね合わせを行い、安定複合体となる可能性のある配置を見出した。ここで、ファーマコフォアモデルにＡｃｃないしはＤｏｎが存在する場合は、リガンドの原子の特性（水素結合性）を考慮して重ね合わせ、さらに第３の工程の排除体積領域には原子がリガンドの原子が存在しないもののみを選択した。得られたリガンドとファーマコフォアの組合せのうちの一つを、図５に示す。ファーマコフォアを構成する１０個のフィーチャのうち７個に、リガンドの原子が一致していることがわかる。
【００５０】
以上のようにして得られた安定複合体の候補となるリガンドの構造について、第６の工程で、順次、受容体の中に配置し、分子力学計算による構造最適化を行った。リガンドの内部エネルギーと、リガンドと受容体の相互作用エネルギーの合計が小さいものほど、複合体として安定と考えられるため、この合計エネルギーの最も小さいものから順に並び替え、構造を観察した。
【００５１】
その結果、６つの結合ポケットの一つにリガンドを配置することにより、非常に安定な複合体を形成することが認められた（図６）。さらに、この構造を、Ｘ線結晶構造解析により決定された構造と重ね合わせることにより、正しく実験データを再現していることが確認できた（図７）。表１には、本発明の方法により決定された複合体中のリガンドの構造と、Ｘ線結晶構造解析により決定された構造において、対応する原子同士の自乗平均距離（ＲＭＳＤ）を算出した結果を示した。自乗平均距離は、１．２１８となり、両者の構造が極めて近似していることがわかった。
【００５２】
その他のリガンドと受容体の組合せ（Ｄｅｃａｍｅｔｈｏｎｉｕｍとアセチルコリンエステラーゼ、Ｒｅｔｉｎｏｌとレチノール結合タンパク質、ＡＭＰＡ（（Ｓ）−ａｌｐｈａ−ａｍｉｎｏ−３−ｈｙｄｒｏｘｙ−５−ｍｅｔｈｙｌ−４−ｉｓｏｘａｚｏｌｅｐｒｏｐｉｏｎｉｃ  ａｃｉｄ）とグルタミン酸受容体サブユニット２、ＴＩＢＯ  Ｒ８６１８３とＨＩＶ−１逆転写酵素、ＯＨＴと核内受容体）についても、本発明の方法により安定な複合体構造を決定し、Ｘ線結晶構造解析のデータと自乗平均距離を算出したので、その結果についても表１に示した。これらの組合せについても、ＲＭＳＤが０．７４４〜１．２７９の範囲となり、本発明の方法の精度が高いことが証明できた。なお、参考として、これらの複合体の相互作用エネルギーも示した。
【００５３】
【表１】
2005018447.tif 000003
【００５４】
【発明の効果】
本発明で開示された新規な探索方法を用いることにより、結合部位が特定されていない受容体に対してさえも、短時間でリガンドとの安定複合体構造を特定することが可能となった。したがって、既知の受容体に対する新規リガンドの開発のみならず、既知のリガンドが他の受容体と安定複合体を形成するかどうかを検討することにより、新たな薬理活性物質を見出し、あるいは副作用や毒性をもたらす可能性を事前に推定することができるため、創薬研究のコストと時間を大幅に改善することが可能となった。
【図面の簡単な説明】
【図１】処理のフローチャートを示す図。
【図２】第１の工程で発生させた多様なリガンド配座の例を示す図。
【図３】第２の工程で得られたダミー原子と受容体の分子モデルを示す図。実線はビオチン結合タンパク質、球はビオチン、小球は結合候補ポケットを示すダミー原子の中心であり、結合ポケットの大きさを  Ｃｏｎｎｏｌｌｙ  の解析表面（黒色の空間）で示す。
【図４】第３、第４の工程で得られたリガンド原子が存在し得るファーマコフォア領域と排除体積を示す球を示す図。
【図５】第５の工程で得られた複合体構造の候補（棒球モデル）の例を示す図。
【図６】第６の工程で得られた最安定複合体の構造を示す図。
【図７】第６の工程で得られた最安定複合体中のリガンド  ｂｉｏｔｉｎ  （棒球表示）と、Ｘ結晶構造解析で決定されたリガンド（棒表示）の重ね合わせを示す図。
【図８】アセチルコリンエステラーゼ（ＰＤＢ  エントリー  １ＡＣＬ）について得られた最安定複合体中のリガンド  Ｄｅｃａｍｅｔｈｏｎｉｕｍ  （棒球表示）と、Ｘ結晶構造解析で決定されたリガンド（棒表示）の重ね合わせを示す図。
【図９】レチノール結合タンパク質（ＰＤＢ  エントリー  １ＡＱＢ）について得られた最安定複合体中のリガンド  Ｒｅｔｉｎｏｌ  （棒球表示）と、Ｘ結晶構造解析で決定されたリガンド（棒表示）の重ね合わせを示す図。
【図１０】グルタミン酸受容体サブユニット２（ＰＤＢ  エントリー  １ＦＴＭ）について得られた最安定複合体中のリガンド（ＡＭＰＡ，  棒球表示）と、Ｘ結晶構造解析で決定されたリガンド（棒表示）の重ね合わせを示す図。
【図１１】ＨＩＶ−１逆転写酵素（ＰＤＢ  エントリー  １ＨＮＶ）について得られた最安定複合体中のリガンド  ＴＩＢＯ  Ｒ８６１８３  （棒球表示）と、Ｘ結晶構造解析で決定されたリガンド（棒表示）の重ね合わせを示す図。
【図１２】核内受容体（ＰＤＢ  エントリー  ３ＥＲＴ）について得られた最安定複合体中のリガンド４−ｈｙｄｒｏｘｙｔａｍｏｘｉｆｅｎ  （ＯＨＴ，  棒球表示）と、Ｘ結晶構造解析で決定されたリガンド（棒表示）の重ね合わせを示す図。
【図１】
2005018447.tif 000004
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
2005018447.tif 000013
【図１１】
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【図１２】
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