(57)【要約】【課題】  Ｃ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性について、容易に実施でき、かつ信頼性の高い識別技術を提供する。【解決手段】  検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列を特定し、その塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプを決定し、かつ、ＮＳ５Ａ領域中のＩＳＤＲ相当領域の塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクを決定し、Ｃ型肝炎ウイルスがサブタイプＪでありインターフェロン感受性ランクが高い場合に、インターフェロン高感受性のＣ型肝炎ウイルスであると判定する方法。【選択図】          図１
2005176757.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記（１）〜（３）のプロセスにより、検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性を判定することを特徴とするＣ型肝炎ウイルスの判定方法。
（１）検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列を特定する。
（２）前記塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプを決定し、かつ、前記ＮＳ５Ａ領域中のＩＳＤＲ相当領域の塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクを決定する。
（３）Ｃ型肝炎ウイルスがサブタイプＪであり、かつ、インターフェロン感受性ランクが高い場合に、インターフェロン高感受性のＣ型肝炎ウイルスであると判定する。
【請求項２】
前記Ｃ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプの決定において、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群及び既知のサブタイプＷの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群に対して検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を加え、分子系統樹を書き直すことにより、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列がいずれのサブタイプ群に分布するかによってサブタイプを決定することを特徴とする請求項１に記載のＣ型肝炎ウイルスの判定方法。
【請求項３】
前記分子系統樹の作成において、既知のサブタイプＪ及びＷのそれぞれ複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群と、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列とを、距離行列法又は形質状態法の原理に基づく分子系統樹作成のためのコンピュータ・プログラムに入力することにより、分子系統樹の書き直しを行うことを特徴とする請求項２に記載のＣ型肝炎ウイルスの判定方法。
【請求項４】
前記Ｃ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプの決定において、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列と対比し、複数の特定の塩基配列番号に係る塩基の種類が標準塩基配列とどの程度一致するかによってサブタイプを決定することを特徴とする請求項１に記載のＣ型肝炎ウイルスの判定方法。
【請求項５】
前記Ｃ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプの決定において、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列及び既知のサブタイプＷの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列と対比し、複数の特定の塩基配列番号に係る塩基の種類が上記いずれの標準塩基配列とより多く一致するかによってサブタイプを決定することを特徴とする請求項１に記載のＣ型肝炎ウイルスの判定方法。
【請求項６】
前記インターフェロン感受性ランクの決定において、検体たるＣ型肝炎ウイルスのＩＳＤＲ相当領域の塩基配列によりコードされるアミノ酸配列を、当該領域について公知のプロトタイプのアミノ酸配列と比較し、相違するアミノ酸の個数によってインターフェロン感受性ランクを決定することを特徴とする請求項１〜請求項５のいずれかに記載のＣ型肝炎ウイルスの判定方法。
【請求項７】
Ｃ型肝炎患者から採取したタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスに対して下記（４）及び（５）のプロセスを行い、当該Ｃ型肝炎ウイルスがサブタイプＪでインターフェロン感受性ランクが高いと決定された場合に、当該Ｃ型肝炎がインターフェロン投与適応型であると診断することを特徴とするＣ型肝炎の診断方法。
（４）検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列を特定する。
（５）前記塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプを決定し、かつ、前記ＮＳ５Ａ領域中のＩＳＤＲ相当領域の塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクを決定する。
【請求項８】
前記Ｃ型肝炎がＣ型慢性肝炎であることを特徴とする請求項７に記載のＣ型肝炎の診断方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明はＣ型肝炎ウイルスの判定方法及びＣ型肝炎の診断方法に関する。更に詳しくは本発明は、Ｃ型肝炎ウイルスのＮＳ５Ａ領域の塩基配列のみに基づいて、Ｃ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性を判定する方法、及びＣ型肝炎がインターフェロン投与適応型であるか否かを診断する方法に関する。本発明は、Ｃ型慢性肝炎への適用において特に重要な意義を持つ。
【背景技術】
【０００２】
Ｃ型肝炎ウイルスに起因するＣ型肝炎は高い頻度で見られる疾患の一つであり、特に、Ｃ型肝炎ウイルスの肝臓への持続的な感染を原因とするＣ型慢性肝炎は、約２０年で肝硬変に、約３０年で肝臓癌に進行する致命的な病であって、その患者は我が国でも１００万人以上存在すると言われている。
【０００３】
現在のところ、このようなＣ型肝炎ウイルスの駆除（Ｃ型肝炎の治療）に実質的に有効な方法はインターフェロンの投与しかない、と言える。しかし、インターフェロン治療の大きな問題点として、強い副作用を伴うため、患者への負荷が非常に大きく、しかもインターフェロン治療の成功率は２０〜３０％程度に過ぎない、と言う点が挙げられる。つまり、インターフェロン治療を受けるＣ型肝炎患者の７０〜８０％は、結果的には強い副作用の負荷を無駄に受け、治療が徒労に終わると言う状況に置かれている。
【０００４】
上記の問題点からは、Ｃ型肝炎ウイルス同士の間でもインターフェロンに対する感受性の差異が存在することが示唆される。従来、その差異の識別方法について、例えばウイルス量によって識別しようとする方法等があるが、これらの従来方法は信頼性が高くはなかった。個々のＣ型肝炎ウイルスにおけるインターフェロン感受性の差異を高い信頼性のもとに予測できれば、そのＣ型肝炎に対するインターフェロン治療の効果も高い信頼性のもとに予測できるできることとなり、Ｃ型肝炎患者における無駄な苦痛の軽減又は解消と言う面から、素晴らしいことである。
【０００５】
ところで、Ｃ型肝炎ウイルスは周知のように一本鎖のＲＮＡウイルスであり、構造的には先頭（５’末端側）から順次、コア、Ｅ１、Ｅ２、ＮＳ３、ＮＳ４、ＮＳ５Ａ、ＮＳ５Ｂの各領域に分けることができる。上記した「Ｅ」の領域は、外被（envelope）のタンパク質をコードする領域であり、上記した「ＮＳ」の領域は、「 Non-Structural 」の頭文字に由来するもので、構造タンパク質をコードする領域ではない。
【０００６】
又、Ｃ型肝炎ウイルスは色々なタイプに分類されており、その内、我が国ではタイプ１ｂとタイプ２ａが多いことが分かっている。タイプ１ｂが約７０％を、タイプ２ａが約３０％を占める。Ｃ型肝炎ウイルスにおける上記一本鎖ＲＮＡの塩基配列は、多数の例において全て同定されているが、ウイルス間の塩基配列の違いが大きく、相互の塩基配列上のホモロジーは必ずしも高くない。
【０００７】
【非特許文献１】Isao Nakano, Yoshihide Fukuda, Yoshiaki Katano,Satoshi Nakano, Takashi Kumada, Tetsuo Hayakawa,"Why is the interferonsensitivity-determining region(ISDR) system useful in Japan" Journalof Hepatology 199, 30:1014-1022
【非特許文献２】Isao Nakano, Yoshihide Fukuda, Yoshiaki Katano,Hidenori Toyoda, Kazuhiko Hayashi, Takashi Kumada, Satoshi Nakano,"Japan-Specific Subtype of Hepatitis C Vivus Genotype 1b, J Subtype,Has Relatively Low Pathogenicity" Journal of Medical Virology 65:45-51(2001)
【非特許文献３】I Nakano, Y Fukuda, H Toyoda, K Hayashi,T Hayakawa, T Kumada, S Nakano, "Japan-Specific Subtype of Hepatitis CVivus Genotype 1b, J Subtype, Has Relatively Low Pathogenicity"Reprinted from GUT, Audust 2001, Vol49, No 2, p263-267  本願発明者が関与した上記の非特許文献１〜非特許文献３においては、概略、以下のイ）〜ハ）の事項を開示している。
【０００８】
イ）タイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスを、更にサブタイプＪ（約４０％）とサブタイプＷ（約６０％）に分類することができる。この分類のためには、Ｃ型肝炎ウイルスのＥ１領域の塩基配列をシークエンスする必要がある。
【０００９】
ロ）タイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域中には、コードするアミノ酸配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性（換言すれば、Ｃ型肝炎に対するインターフェロン治療の効果）をかなり確実に予測し得る特定の塩基配列領域がある。なお、この領域は、後述の非特許文献４の著者らにより、ＩＳＤＲ（インターフェロン感受性決定領域： Interferon Sensitivity-Determining Region）と名付けられている。
【００１０】
ハ）ＩＳＤＲの塩基配列に基づくインターフェロン治療効果の予測は、サブタイプＪのＣ型肝炎ウイルスについて信頼性があるが、サブタイプＷのＣ型肝炎ウイルスについては信頼性がない。
【００１１】
即ち、上記の非特許文献１〜非特許文献３においては、タイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおける一本鎖ＲＮＡの特定領域の塩基配列をシークエンスする（一部はアミノ酸のシークエンスに翻訳する）ことにより、Ｃ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性の差異を高い信頼性のもとに識別可能であることが初めて提示された。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
しかしながら、非特許文献１〜非特許文献３に提示された技術は非常に価値が大きいとは言え、その技術の実施のためには、Ｃ型肝炎ウイルスのＥ１領域と、ＩＳＤＲも含めたＮＳ５Ａ領域との塩基配列をシークエンスすると言うかなりの手間が必要であり、特にＥ１領域については、その塩基配列を苦労してシークエンスしても結果がサブタイプＷであれば苦労が無駄になってしまうため、上記の技術の普及が妨げられていた。
【００１３】
そこで本発明は、上記のＣ型肝炎ウイルスについてのインターフェロン感受性の識別技術について、その高い信頼性を損なうことなく、より容易に実施できるように改良を加えることを、解決すべき課題とする。この課題が解決された場合は、Ｃ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性について、実用的に実施可能な識別技術だけでなく、それに基づいたウイルスのインターフェロン感受性タイプの診断方法や、その診断に基づくＣ型肝炎の効率的なインターフェロン治療方法をも、実用的に実施可能な状態で提供できることになる。
【課題を解決するための手段】
【００１４】
（第１発明の構成）
上記課題を解決するための本願第１発明の構成は、下記（１）〜（３）のプロセスにより、検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性を判定する、Ｃ型肝炎ウイルスの判定方法である。
（１）検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列を特定する。
（２）前記塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプを決定し、かつ、前記ＮＳ５Ａ領域中のＩＳＤＲ相当領域の塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクを決定する。
（３）Ｃ型肝炎ウイルスがサブタイプＪであり、かつ、インターフェロン感受性ランクが高い場合に、インターフェロン高感受性のＣ型肝炎ウイルスであると判定する。
【００１５】
（第２発明の構成）
上記課題を解決するための本願第２発明の構成は、前記第１発明に係るＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプの決定において、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群及び既知のサブタイプＷの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群に対して検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を加え、分子系統樹を書き直すことにより、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列がいずれのサブタイプ群に分布するかによってサブタイプを決定する、Ｃ型肝炎ウイルスの判定方法である。
【００１６】
（第３発明の構成）
上記課題を解決するための本願第３発明の構成は、前記第２発明に係る分子系統樹の作成において、既知のサブタイプＪ及びＷのそれぞれ複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群と、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列とを、距離行列法又は形質状態法の原理に基づく分子系統樹作成のためのコンピュータ・プログラムに入力することにより、分子系統樹の書き直しを行う、Ｃ型肝炎ウイルスの判定方法である。
【００１７】
（第４発明の構成）
上記課題を解決するための本願第４発明の構成は、前記第１発明に係る肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプの決定において、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列と対比し、複数の特定の塩基配列番号に係る塩基の種類が標準塩基配列とどの程度一致するかによってサブタイプを決定する、Ｃ型肝炎ウイルスの判定方法である。
【００１８】
（第５発明の構成）
上記課題を解決するための本願第５発明の構成は、前記第１発明に係る肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプの決定において、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列及び既知のサブタイプＷの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列と対比し、複数の特定の塩基配列番号に係る塩基の種類が上記いずれの標準塩基配列とより多く一致するかによってサブタイプを決定する、Ｃ型肝炎ウイルスの判定方法である。
【００１９】
（第６発明の構成）
上記課題を解決するための本願第６発明の構成は、前記第１発明〜第５発明のいずれかに係るインターフェロン感受性ランクの決定において、検体たるＣ型肝炎ウイルスのＩＳＤＲ相当領域の塩基配列によりコードされるアミノ酸配列を、当該領域について公知のプロトタイプのアミノ酸配列と比較し、相違するアミノ酸の個数によってインターフェロン感受性ランクを決定する、Ｃ型肝炎ウイルスの判定方法である。
【００２０】
（第７発明の構成）
上記課題を解決するための本願第７発明の構成は、Ｃ型肝炎患者から採取したタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスに対して下記（４）及び（５）のプロセスを行い、当該Ｃ型肝炎ウイルスがサブタイプＪでインターフェロン感受性ランクが高いと決定された場合に、当該Ｃ型肝炎がインターフェロン投与適応型であると診断する、Ｃ型肝炎の診断方法である。
（４）検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列を特定する。
（５）前記塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプを決定し、かつ、前記ＮＳ５Ａ領域中のＩＳＤＲ相当領域の塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクを決定する。
【００２１】
（第８発明の構成）
上記課題を解決するための本願第８発明の構成は、前記第７発明に係るＣ型肝炎がＣ型慢性肝炎である、Ｃ型肝炎の診断方法である。
【発明の効果】
【００２２】
（第１発明の効果）
第１発明において、ＮＳ５Ａ領域中のＩＳＤＲ相当領域の塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクを決定できることは、前記の非特許文献１〜非特許文献３に基づいて公知である。しかし本願発明者は、タイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列に基づいて、Ｃ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプを決定できることを新たに見出した。
【００２３】
その結果、Ｅ１領域の塩基配列をシークエンスする必要がなくなり、ＮＳ５Ａ領域の塩基配列のみを決定すれば、Ｃ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクを決定でき、かつ、このランクが有効に適用され得るサブタイプＪであるか否かを決定できることとなった。従って、Ｃ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性についての識別プロセスが著しく改良・簡易化され、実用的に実施可能な識別技術として世間に普及することを期待することができる。
【００２４】
なお、前提条件として、検体たるＣ型肝炎ウイルスがタイプ１ｂであることを予め同定しておく必要はあるが、この同定自体は任意の公知の方法、例えば岡本らの方法によれば良く、この同定プロセスは第１発明の構成要件ではない。岡本らの方法とは、簡単に述べれば、各タイプに特異的なプライマーを用いてコア領域をＲＴ−ＰＣＲで増幅し、ＰＣＲ産物の長さによってタイプを同定する方法である。
【００２５】
（第２発明の効果）
上記の第１発明におけるＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプの決定においては、第２発明のように、既知のサブタイプＪ及びサブタイプＷの複数のＮＳ５Ａ領域の塩基配列群に対して検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を加え、分子系統樹を書き直す方法が、特に好ましい。
【００２６】
前記したように、個々のＣ型肝炎ウイルスの塩基配列における相互の配列ホモロジーは高いものではなく、本願発明者の経験によれば、既知のサブタイプＪ及びサブタイプＷの複数のＮＳ５Ａ領域の塩基配列群のみから構成されていた分子系統樹は、その基礎データに対して検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列１個を加えただけで、分子系統樹にかなりの書き直し（系統樹の組み替え）が起こるのが通常である。しかしながら、書き直された分子系統樹において、「検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列がいずれのサブタイプ群に分布するか」と言う結果については十分な信頼性があることが、経験的に確認された。
【００２７】
分子系統樹の作成技術及び作成原理は公知であるが、上記のような条件下での、いわば配列データの再度のシャッフリングによる分子系統樹の書き直しを行うことにより第２発明のような効果が得られることは、余り知られていない。
【００２８】
（第３発明の効果）
上記の第２発明における分子系統樹の作成においては、既知のサブタイプＪ及びＷのそれぞれ複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群と、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列とを、それぞれ電子データとして分子系統樹作成のためのコンピュータ・プログラムに入力することにより、分子系統樹を書き直す方法が、特に好ましい。
【００２９】
これらのコンピュータ・プログラムは、Ｃ型肝炎ウイルスの塩基配列群のような多数のシークエンスについて分子系統樹を作成するための、公知の距離行列法又は形質状態法の原理に基づくアルゴリズムに従って動作し演算を行うものである。そして、すでに設定された系統樹を書き直し、サブタイプＪグループとサブタイプＷグループとを大別すると共に、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列がいずれかのグループに帰属した状態の新たな分子系統樹を、視覚的に作成して出力する機能を有するものである。
【００３０】
（第４発明の効果）
上記の第１発明におけるＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプの決定においては、第４発明のように、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列における複数の特定の塩基配列番号に係る塩基の種類が、サブタイプＪの標準塩基配列とどの程度一致するか、によって決定する方法も好ましい。
【００３１】
この方法は、多数のＣ型肝炎治療例の集積に基づいて帰納的に見出された方法であり、この方法の有効性を理論的に説明することは未だ困難であるが、経験則上の信頼性が確認されている。
【００３２】
（第５発明の効果）
上記の第１発明におけるＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプの決定においては、第５発明のように、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列における複数の特定の塩基配列番号に係る塩基の種類が、サブタイプＪの標準塩基配列又はサブタイプＷの標準塩基配列のいずれの標準塩基配列とより多く一致するか、によって決定する方法も好ましい。
【００３３】
この方法も、上記した第４発明の方法と同様、多数のＣ型肝炎治療例の集積に基づいて帰納的に見出された方法であり、この方法の有効性を理論的に説明することは未だ困難であるが、経験則上の信頼性が確認されている。
【００３４】
（第６発明の効果）
検体たるＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクの決定においては、第６発明のように、ＩＳＤＲ相当領域の塩基配列によりコードされるアミノ酸配列を、公知のプロトタイプのアミノ酸配列と比較して決定する方法が有効である。この方法自体及びその有効性は下記の非特許文献４によって公知である。
【００３５】
【非特許文献４】Nobuyuki Enomoto, Ikuo Sakuma, Yasuhiro Asahina,Masayuki Kurosaki, Takeshi Murakami, Chikara Yamamoto, Yuki Ogura,Namiki Izumi, Fumiaki Marumo, Chifumi Sato," Mutations in the nonstructural protein 5A gene and response tointerferon in patients with chronic hepatitis C virus 1b infection "England Journal of Medicine, 334: 77-81(1996)  又、プロトタイプのアミノ酸配列も非特許文献４に記載されており、第６発明においてはこのアミノ酸配列を利用する。具体的なアミノ酸配列を一文字表記で記載すれば、「PSLKATCTTHHDSPDADLIEANLLWRQEMGGNITRVESEN」である。
【００３６】
（第７発明の効果）
第７発明においては、前記第１発明と同様のプロセスによってＣ型肝炎がインターフェロン投与適応型であるか否かを診断するので、Ｃ型肝炎の診断方法として、第１発明の場合と同様のメリットを期待することができる。
【００３７】
（第８発明の効果）
上記した第７発明の診断方法は、前記の従来技術における問題点が特に深刻なＣ型慢性肝炎におけるインターフェロン投与適応型の診断に用いることが、とりわけ好ましい。
【発明を実施するための最良の形態】
【００３８】
次に、本願の第１発明〜第８発明を実施するための形態を、その最良の形態を含めて説明する。以下において、単に「本発明」と言う時は、本願の各発明を一括して指している。
【００３９】
〔Ｃ型肝炎ウイルスの判定方法〕
本発明に係るＣ型肝炎ウイルスの判定方法は、下記（１）〜（３）のプロセスにより、検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性を判定することを内容とする。
（１）検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列を特定する。
（２）前記塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプを決定し、かつ、前記ＮＳ５Ａ領域中のＩＳＤＲ相当領域の塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクを決定する。
（３）Ｃ型肝炎ウイルスがサブタイプＪであり、かつ、インターフェロン感受性ランクが高い場合にインターフェロン高感受性のＣ型肝炎ウイルスであると判定する。
【００４０】
なお、前記のように、検体たるＣ型肝炎ウイルスがタイプ１ｂであることを、適宜な公知の方法により予め同定しておく必要がある。タイプ１ｂ以外のタイプのＣ型肝炎ウイルスに対する本発明の判定方法の有効性は、現在のところ、確認されていない。
【００４１】
〔Ｊ／Ｗのサブタイプの第１の決定方法〕
タイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスが、サブタイプＪであるか、サブタイプＷであるかについての第１の決定方法は、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群及び既知のサブタイプＷの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群に対して検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を加え、分子系統樹を書き直すことにより、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列がいずれのサブタイプ群に分布するかによってサブタイプを決定する、と言う方法である。
【００４２】
上記の第１の決定方法の実施に当たっては、これを実施するのに便宜なコンピュータ・プログラムが上市されているので、それらを利用することが好ましい。それらのコンピュータ・プログラムは、所定の原理に基づく分子系統樹の作成あるいはその書き直しのためのコンピュータ・プログラムである。既知のサブタイプＪ及びＷのそれぞれ複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群と、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列とをデータ入力することにより、サブタイプＪグループとサブタイプＷグループとを大別すると共に、そのいずれかのグループに検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列が帰属した状態の分子系統樹を視覚的に書き直して出力することができるので、出力結果に基づいてサブタイプＪ／サブタイプＷを判定できる。
【００４３】
上記の「所定の原理」は、系統樹作成のために用いる配列データにより、距離行列法と形質状態法とに大別される。距離行列法（ distance mmatrix method）とは、ｎ本の配列に対してｎ（ｎ−１）／２通りの全ての可能な配列の組合わせの間で推定された、進化的距離を要素に持つ距離行列を用いる方法である。形質状態法（character state method）とは、配列そのものを用いる方法である。
【００４４】
距離行列法には UPGMA（unweighted pair grouping method with arithmetic
mean）、近隣結合法、最小進化法等があり、形質状態法には最大節約法、最尤法、ＭＤＬ法、最大事後確率法等がある。これらの各方法は例えば下記の「非特許文献５」等に紹介されており、いずれも公知の方法であるため、ここでは、それらの内容の詳細は記載しない。
【００４５】
【非特許文献５】2003年 9月24日にシュプリンガー・フェアラーク東京株式会社より発行された、五條堀隆編、「生命情報学」 p78-87  利用可能なコンピュータ・プログラムの具体例としては、限定はされないが、ソフトウエア開発株式会社のプログラム「 GENETYX-WIN」に含まれる分子系統樹作成プログラム（近隣結合法法に基づく）等を好ましく例示できる。
【００４６】
図１に、既知のサブタイプＪ及びＷのそれぞれ複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群をコンピュータにデータ入力し、上記のコンピュータ・プログラム「 GENETYX-WIN」を利用して作成・プリントアウトさせた分子系統樹の一例を示す。この事例は、多数のＣ型肝炎患者から実際に採取したタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスのＮＳ５Ａ領域塩基配列データに基づく実施例である。  図１においては、分子系統樹のそれぞれの分岐した枝の末端に、サブタイプの区別（「●」がサブタイプＪ、「○」がサブタイプＷ）と、事例番号が表記されている。図１中のいずれかの事例番号に係るＣ型肝炎ウイルスのサブタイプが分子系統樹作成前の時点で不明であったとした場合、図１のような分子系統樹の作成（書き直し）により、そのサブタイプが一目瞭然に判明する。
【００４７】
〔Ｊ／Ｗのサブタイプの第２の決定方法〕
タイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスがサブタイプＪであるかサブタイプＷであるかについての第２の決定方法は、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を所定の標準塩基配列と対比して、サブタイプを決定する方法である。
【００４８】
標準塩基配列としては、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列のみを利用することもできるし、これに加えて既知のサブタイプＷの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列を併せ利用することもできる。
【００４９】
サブタイプＪの標準塩基配列のみを利用する場合、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列と対比し、複数の特定の塩基配列番号に係る塩基の種類が標準塩基配列とどの程度一致するかによってサブタイプを決定することができる。
【００５０】
又、サブタイプＪの標準塩基配列とサブタイプＷの標準塩基配列を併せ利用する場合、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列を、既知のサブタイプＪの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列及び既知のサブタイプＷの複数のＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列群から抽出される標準塩基配列と対比し、複数の特定の塩基配列番号に係る塩基の種類が上記いずれの標準塩基配列とより多く一致するかによってサブタイプを決定することができる。
【００５１】
上記した標準塩基配列の設定例を、図２及び図３によって示す。図２は、多数のＣ型肝炎患者から実際に採取したタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の一定部分の塩基配列データを列挙している。これらの配列データは、サブタイプＪ又はサブタイプＷであることが既知のウイルスの塩基配列データであって、図２の左欄に「Ｊ１」等とあるのは、「Ｊ」がサブタイプを示し「１」が事例番号を示す。同様に、「Ｗ１」等とあるのは、「Ｗ」がサブタイプを示し「１」が事例番号を示す。詳細に見れば、各事例番号に係る塩基配列のホモロジーが必ずしも高くないこと、特にサブタイプＪ群とサブタイプＷ群との相違が大きいことが見て取れる。
【００５２】
例えば図２のような配列データ表に対して一定の加工を行うと、図３のようなデータ表を作成することができる。図３の最上段において「 Con-J」と銘打った塩基配列は、その下に表記した事例番号「Ｊ１」〜「Ｊ２３」から抽出された、サブタイプＪのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の一定部分（図３の上方に塩基の配列番号を示すように、不要部分の塩基配列は省略してある）の標準塩基配列である。標準塩基配列の決定法は、図３の上方に表記した各塩基番号において、Ｊ１〜Ｊ２３の各事例番号の塩基配列を通じて最も多い種類の塩基を、順次に決定して並べたものである。これと同様な要領で、サブタイプＷのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の一定部分の標準塩基配列も容易作成できるが、それは図３には示していない。
【００５３】
又、図３の「Ｊ１」〜「Ｊ２３」及び「Ｗ１」〜「Ｗ２７」の事例番号に係る塩基配列においては、サブタイプＪの標準塩基配列と同一の塩基である場合には「−」を、サブタイプＪの標準塩基配列と異なる塩基である場合にはその塩基の種類を、それぞれ表記している。
【００５４】
このような作業を行うと明確になることであるが、特定の幾つかに塩基配列番号に係る塩基の種類が、サブタイプＪ群とサブタイプＷ群とで全体として顕著に異なることが分かる。図３中の事例番号「Ｗ１」の欄における、該当する合計６ケ所の配列番号に係る塩基のすぐ上に、「＊」マークを付した。
【００５５】
従って、図３の例による場合には、検体のＮＳ５Ａ領域の塩基配列における上記合計６ケ所の配列番号に係る塩基種類によって、検体のＣ型肝炎ウイルスがサブタイプＪであるかサブタイプＷであるかを決定することができる。その場合、上記のように、サブタイプＪの標準塩基配列のみを利用する方法も採用できるし、サブタイプＪの標準塩基配列とサブタイプＷの標準塩基配列を併せ利用する方法も採用できる。
【００５６】
前者の方法による場合、上記した６ケ所の配列番号に係る塩基の内、少なくとも４ケ所以上で塩基の種類がサブタイプＪの標準塩基配列と一致していれば、検体のＣ型肝炎ウイルスがサブタイプＪであると判定できる。５〜６ケ所で塩基の種類がサブタイプＪの標準塩基配列と一致していれば、判定の信頼性は更に高い。後者の方法による場合、上記した６ケ所の配列番号に係る塩基がいずれの標準塩基配列とより多く一致するかによって、検体のＣ型肝炎ウイルスがサブタイプＪであるかサブタイプＷであるかを判定できる。但し、３ケ所ずつがそれぞれサブタイプＪ及びサブタイプＷの標準塩基配列と一致する場合には、信頼性のある判定を行うことはできない。
【００５７】
サブタイプＪの標準塩基配列と、サブタイプＷの標準塩基配列とにおける上記の６ケ所での塩基の種類を、下記の表１に示す。
【００５８】
【表１】
2005176757.tif 000003
〔インターフェロン感受性ランクの決定方法〕
Ｃ型肝炎ウイルスがサブタイプＪである場合に必要となるインターフェロン感受性ランクの決定は、検体たるＣ型肝炎ウイルスのＩＳＤＲ相当領域の塩基配列によりコードされるアミノ酸配列を、Ｃ型肝炎ウイルスサブタイプＪにおける当該領域について公知のプロトタイプのアミノ酸配列と比較し、相違するアミノ酸の個数によって行うことができる。
【００５９】
このＩＳＤＲ相当領域は、Ｃ型肝炎ウイルスのＮＳ５Ａ領域中にある。その領域は、前記した非特許文献４にも記載されているが、アミノ酸配列番号２２０９〜２２４８に相当する部分である。この領域についての上記プロトタイプのアミノ酸配列を、図４の最上部（「HCV-J 」と表記した欄）に一文字表記のアミノ酸配列として示す。
【００６０】
図４において、左側欄における「 Patient 1」〜「 Patient 22 」との表記はサブタイプＪのＣ型肝炎ウイルス感染患者の症例番号である。各症例番号の患者において、ＩＳＤＲ相当領域における各アミノ酸の種類がプロトタイプのアミノ酸配列と一致する場合は「−」で表記し、一致しない場合はそのアミノ酸の種類を表記している。
【００６１】
本願発明者の経験の集積によれば、サブタイプＪのＣ型肝炎ウイルスがインターフェロン感受性である確率は、ＩＳＤＲ相当領域のアミノ酸配列がプロトタイプと完全に一致する「 Patient 1」〜「 Patient 9」においては、１０％又はそれ以下である。ＩＳＤＲ相当領域のアミノ酸配列がプロトタイプに比較して１〜３ケ所異なる「 Patient 10 」〜「 Patient 18 」においては、およそ３０〜５０％である。ＩＳＤＲ相当領域のアミノ酸配列がプロトタイプに比較して４ケ所以上異なる「 Patient 19 」〜「 Patient 22 」においては、およそ７０〜８０％である。
【００６２】
〔Ｃ型肝炎の診断方法〕
本発明のＣ型肝炎の診断方法は、Ｃ型肝炎患者から採取したタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスに対して下記（４）及び（５）のプロセスを行い、当該Ｃ型肝炎ウイルスがサブタイプＪでインターフェロン感受性ランクが高いと決定された場合に、当該Ｃ型肝炎がインターフェロン投与適応型であると診断する、と言う方法である。
（４）検体たるタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスにおけるＮＳ５Ａ領域の塩基配列を特定する。
（５）前記塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのＪ／Ｗのサブタイプを決定し、かつ、前記ＮＳ５Ａ領域中のＩＳＤＲ相当領域の塩基配列に基づいてＣ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクを決定する。
【００６３】
上記において、「インターフェロン感受性ランクが高い」とは、好ましくは、タイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスがインターフェロン感受性である確率が３０％以上の場合である。より好ましくは、タイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスがインターフェロン感受性である確率がおよそ７０％以上の場合である。この診断方法は、Ｃ型慢性肝炎に適用することが、特に望まれる。
【００６４】
〔Ｃ型肝炎の治療方法〕
本発明は、Ｃ型肝炎に対して、特に好ましくはＣ型慢性肝炎に対して、以下のような治療方法をも提供するものである。即ち、Ｃ型肝炎患者から採取したタイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルスに対して上記の（４）及び（５）のプロセスを行い、当該Ｃ型肝炎ウイルスがサブタイプＪでインターフェロン感受性ランクが高いと決定された場合に、当該Ｃ型肝炎の患者に対してインターフェロン投与による治療を実施するのである。
【実施例】
【００６５】
本発明は、発明者が経験又は収拾した多数の症例に基づいて経験的に導きだされたものであり、上記の発明の実施形態自体が、多くの実施例の集積から成り立っている。従って、この欄において、特に「実施例」を記載する必要はない。
【産業上の利用可能性】
【００６６】
本発明は、タイプ１ｂのＣ型肝炎ウイルス感染に基づくＣ型肝炎患者に対してインターフェロン投与による治療を検討するにあたり、実用的に容易な方法で、そのインターフェロン投与による治療の効果を高い信頼性のもとに予測する手段を与える。
【図面の簡単な説明】
【００６７】
【図１】Ｃ型肝炎ウイルスの特定領域塩基配列の分子系統樹を示す図である。
【００６８】
【図２】Ｃ型肝炎ウイルスの特定領域塩基配列の羅列したデータを示す図である。
【００６９】
【図３】Ｃ型肝炎ウイルスの特定領域における標準塩基配列と、その利用方法とを示す図である。
【００７０】
【図４】Ｃ型肝炎ウイルスのインターフェロン感受性ランクの決定方法を説明する図である。
【図１】
2005176757.tif 000004
【図２】
2005176757.tif 000005
【図３】
2005176757.tif 000006
【図４】
2005176757.tif 000007