(57)【要約】      （修正有）【課題】選択結合性物質を整列格納した容器の順序、向きの取り違えを、短時間で検査でき、検査後も基板を利用できる状態で提供する。【解決手段】選択結合性物質が固定化された基板であって、選択結合性物質の配置を確認するための確認用プローブが基板上に配置されている。【効果】専用試薬が不要で、ある。【選択図】図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
選択結合性物質が固定化された基板であって、選択結合性物質の配置を確認するための確認用プローブが基板上に配置されていることを特徴とする基板。
【請求項２】
該確認用プローブが該選択結合性物質に隣接するが、該選択結合性物質の配置と重ならない該基板上の特定の場所に配置されていることを特徴とする請求項１に記載の基板。
【請求項３】
該確認用プローブが該選択結合性物質に隣接するが、該選択結合性物質の配置と重ならない該基板上の特定の場所に配置されており、該確認用プローブの位置情報が該選択結合性物質の配置状態を示すことを特徴とする請求項１に記載の基板。
【請求項４】
該確認用プローブが該選択結合性物質に隣接するが、該選択結合性物質の配置と重ならない該基板上の特定の場所に配置されており、該確認用プローブの位置情報が該選択結合性物質の構成を示すことを特徴とする請求項１に記載の基板。
【請求項５】
請求項１に記載の基板の製造方法であって、該選択結合性物質と該確認用プローブを容器に整列格納する段階と、該容器内の整列格納状態を確認する段階と、該容器を所定の順序、向きで使用することで該選択結合性物質と該確認用プローブを該基板上の所定の位置に整列配置する段階とを含む基板の製造方法。
【請求項６】
請求項５に記載の方法おいて、該確認用プローブの位置関係を検出する段階と、該確認用プローブの該基板上における位置関係から該容器を正しい順序、向きで使用したことを検出する段階とを含む該基板の製造管理方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、配置ミスによる製品構成要素の変更を未然に防ぐことを図ったＤＮＡチップ基板に関する。
【背景技術】
【０００２】
近年の分析、解析技術の進展は、多数の生物種における生体内高分子の同定を可能にした。特にヒトに関しては全遺伝子、それにコードされる全タンパク質および二次的に作られる糖鎖、脂質などの各種生体内高分子に関する情報が急速に蓄積されている。従来の技術からこれら生体内高分子の同定、機能解析を進めることは可能であったが、ＤＮＡチップに代表されるバイオチップ技術は、従来法より遙かに多い種類の相互作用を同時に検出できる点に大きな特徴がある。
【０００３】
ＤＮＡチップ法またはＤＮＡマイクロアレイ法、およびマクロアレイ法などの分析法ないし方法論は、アレイ又はチップと呼ばれるシリコン、表面改質ガラス、ポリプロピレン、活性化ポリアクリルアミドなどからなる固体表面上に、数千から数万種類の既知ＤＮＡからなる選択結合性物質を配置した基板に、ターゲットと呼ばれる生体内ＲＮＡ由来の標識サンプルを相互作用させることにより、遺伝病及び癌の診断、突然変異体の検出や新薬の開発、微生物や環境汚染の感知器として利用する技術または方法論である。
【０００４】
多種類の選択結合性物質を基板上に高密度に配置する方法としては、選択結合性物質を９６ないし３８４個の小さな区画に分かれた容器に格納し、ある決まった順序で取り上げ基板上に配置する、または、基板上で合成する方法が存在する。しかし、選択結合性物質は全て同じ色、臭いをしており、見た目には区別できないため、容器の順序、向き等の取り違えを検出することは難しい。
【０００５】
選択結合性物質の配置状態を確認する方法としては、スタンフォード大学のブラウンらのガラス表面上で析出したＤＮＡプローブ溶液に含まれる塩が光により散乱することをレーザースキャナにより検出する方法を開発した。この方法は、配置直後は検査できるが次の固定化処理後には塩が洗浄除去されてしまい、製造後確認ができないという問題点がある。また、基板上の全選択結合性物質に対して塩の析出が生じるため、塩の析出だけでは容器の順序、向き等の取り違えを検出できない。
【０００６】
別法として、非特許文献１記載の単一ストランドＤＮＡに高い親和性を持つ化合物でガラス表面上のＤＮＡを染色する方法がある。この化合物は蛍光物質のＳＹＢＲＧｒｅｅｎＩＩであり、染色後の基板上ＤＮＡをレーザースキャナにより検出する。ブラウンらの方法に比べ製造後確認ができる長所はあるが、煩雑な染色操作が必要であり、残留蛍光物質が相互作用に影響する可能性がある。また、基板上の全選択結合性物質に対して蛍光シグナルが検出されるため、蛍光シグナルだけでは容器の順序、向き等の取り違えを検出できない。
【０００７】
また、特許文献１記載の特定の波長において励起／放出される第１の蛍光物質を含有するＤＮＡ溶液を基板に配置し、配置したＤＮＡスポットが発する蛍光を検出する品質管理方法がある。この方法は染色操作がない利点があるが、基板に配置される選択結合性物質全てに蛍光物質が混合される点は非特許文献１と同様で、基板上の全選択結合性物質に対して蛍光シグナルが検出されるため、蛍光シグナルだけでは容器の順序、向き等の取り違えを検出できない。
【０００８】
さらに、特許文献２記載の基板に色素を配置し、配置した色素の位置情報をインデックス情報化してＤＮＡチップを特定する方法がある。この方法は基板上に配置した色素を位置情報として使用する点は同一だが、個々の基板を区別することはできるが、選択結合性物質を整列配置した容器の順序、向き等の取り違えを検出できない。
【０００９】
現状で選択結合性物質を整列格納した容器が順序、向きの取り違えなく使用されたことを確認するためには、選択結合性物質と相互作用し、その程度が明確な物質、例えば、構成要素の明確なＲＮＡから合成、標識されたターゲットサンプルと基板上の選択結合性物質を相互作用させ、結果を評価する方法がある。この方法は使用するＲＮＡの品質、検査手順、実施環境などで結果が変化し、検査は専用試薬が必要で、結果を得るまでに時間がかかる。また、検査後の基板を再利用できない、全数を検査できないという欠点がある。
【非特許文献１】バタグリア・シー（Battaglia C）, サラニ・ジー（Salani G）, コン  ソランディ・シー（Consolandi C）, ベルナルディ・エル・アール（Bernardi LR）, デ・ベリス・ジー（De Bellis G）、アナリシス・オブ・ディーネヌエー・マイクロアレイズ・バイ・ノンデストラクティブ・フルオレセント・ステイニング・ユージング・サイバーグリーンツー（Analysis of DNA microarrays by non-destructive fluorescent staining using SYBR green II）、「バイオテクニークス（Biotechniques）」２０００年、２９号、ｐ．７８−８１
【特許文献１】特開平１５−２７９５７６号  公報
【特許文献２】特開平１２−３３８１１０号  公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
本発明は、このような従来の製品が有していた問題を解決するものであり、選択結合性物質を整列格納した容器の順序、向きの取り違えを、短時間で検査でき、検査後も基板を利用できる状態で提供することを目的とするものである。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
該容器内における該選択結合性物質の整列格納状態を分子量やＤＮＡの場合は遺伝子配列などから確認する行程と、光学的特性から該容器の種類、順序、向きを一意的に決定できる該確認用プローブを格納する行程と、該選択結合性物質および該確認用プローブを該基板上に整列配置する行程から製造される該基板を提供する。
【００１２】
すなわち、本発明は以下のような構成をとる。
（１）選択結合性物質が固定化された基板であって、選択結合性物質の配置を確認するための確認用プローブが基板上に配置されていることを特徴とする基板。
（２）該確認用プローブが該選択結合性物質に隣接するが、該選択結合性物質の配置と重ならない該基板上の特定の場所に配置されていることを特徴とする（１）に記載の基板。
（３）該確認用プローブが該選択結合性物質に隣接するが、該選択結合性物質の配置と重ならない該基板上の特定の場所に配置されており、該確認用プローブの位置情報が該選択結合性物質の配置状態を示すことを特徴とする（１）に記載の基板。
（４）該確認用プローブが該選択結合性物質に隣接するが、該選択結合性物質の配置と重ならない該基板上の特定の場所に配置されており、該確認用プローブの位置情報が該選択結合性物質の構成を示すことを特徴とする（１）に記載の基板。
（５）（１）に記載の基板の製造方法であって、該選択結合性物質と該確認用プローブを容器に整列格納する段階と、該容器内の整列格納状態を確認する段階と、該容器を所定の順序、向きで使用することで該選択結合性物質と該確認用プローブを該基板上の所定の位置に整列配置する段階とを含む基板の製造方法。
（６）  （５）に記載の方法おいて、該確認用プローブの位置関係を検出する段階と、該確認用プローブの該基板上における位置関係から該容器を正しい順序、向きで使用したことを検出する段階とを含む該基板の製造管理方法。
【発明の効果】
【００１３】
従来の手法による確認は、製造したＤＮＡチップに対して侵襲的であり、確認によってＤＮＡチップを使用できなくなってしまう。従って、製造した基板に対して全数確認することができず、抜き取り確認するしかなかった。しかし、この検出操作は選択結合性物質に対して非侵襲的で、全数検査できる。
【００１４】
請求項１に記載の発明の効果は、該選択結合性物質と該確認用プローブの該基板上での配置状態を確認するために該確認用プローブの光学的特性を利用するため、専用試薬が不要で、検査時間が短く、検査は選択結合性物質に対して非侵襲的であるため再利用できる基板であることである。
【００１５】
請求項２に記載の発明の効果は、該確認用プローブを該選択結合性物質に隣接するが、該選択結合性物質の配置と重ならない該基板上の特定の場所に配置するため、選択結合性物質とターゲットサンプルとの相互作用に影響を与えない基板となることである。
【００１６】
請求項３に記載の発明の効果は、該選択結合性物質と該確認用プローブの該基板上への配置において、該選択結合性物質と該確認用プローブに特定の位置関係を持たせることで、該容器の順序もしくは向きの取り違えによる該選択結合性物質の配置違いを該確認用プローブの配置違いとして検出できる基板であることである。
【００１７】
請求項４に記載の発明の効果は、該容器が多種類ある場合に該容器を一意的に決定できる該基板上の位置に該確認用プローブを配置とすることで、該容器の種類もしくは順序の取り違えを該確認用プローブの配置違いとして検出できる基板であることである。
【００１８】
請求項５に記載の発明の効果は、選択結合性物質を整列格納した容器から特定の順序に従い選択結合性物質を取り上げ基板上へ配置するタイプの該基板製造方法において、該選択結合性物質と該確認用プローブの整列格納状態を確認した該容器を用いて該基板を製造することで、請求項１、および２、および３に記載の効果を持つ基板を製造できることである。
【００１９】
請求項６に記載の発明の効果は、該基板を請求項５に記載の製造方法で製造することで、該選択結合性物質の該基板上での配置違いを該確認用プローブの配置状態から検査でき、検査に使用した該基板は再利用できるため、製造した該基板を全数に対して検査できる製造管理法であることである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２０】
本発明において、「基板」とは表面に選択結合性物質を配置することのできる支持体を指し、例えば、板状、または膜状、または筒状、または糸状をした形状をし、例えばガラス、またはナイロン、またはニトロセルロース、またはポリスチレン、またはポリメチルメタクリレート、またはポリエチルメタクリレート、またはポリプロピルメタクリレート、またはポリカーボネート、またはポリプロピレンなどの各種のポリマー材質、または白金、または酸化アルミニウム、または酸化マグネシウムなどの各種の金属および合金からなる。このとき、基板表面と選択結合性物質が接触する部分には、基板表面への選択結合性物質の結合を強固にする、もしくは結合を安定化させるための物理的処理が施されていても良く、たとえばコーティング、たとえばエッチング、たとえばマスキング、たとえばモールディングなどの処理をさす。またこのとき、基板表面と選択結合性物質が接触する部分には、基板表面への選択結合性物質の結合を強固にする、もしくは結合を安定化させるための化学的処理が施されていても良く、たとえば官能基付与、たとえば極性付与、たとえば官能触媒付与などの処理をさす。さらにこのとき、基板表面と選択結合性物質が接触する部分には、基板表面への選択結合性物質の結合を強固にする、もしくは結合を安定化させるための生物学的処理が施されていても良く、たとえばウイルス粒子の塗布、たとえば微生物の塗布、たとえば転写因子やリボゾーム分子、アルブミンタンパク質などの生体内高分子の塗布などをさす。
【００２１】
本発明において、「選択結合性物質」とは生体内高分子化合物と特異的に相互作用する物質を指し、核酸、またはタンパク質、または糖鎖、または脂質、または低分子化合物を示す。このとき、基板表面と選択結合性物質が接触する部分には、基板表面への選択結合性物質の結合を強固にする、もしくは結合を安定化させるための化学的処理が施されていても良く、たとえば官能基付与、たとえば極性付与、たとえば官能触媒付与などの処理をさす。さらにこのとき、基板表面と選択結合性物質が接触する部分には、基板表面への選択結合性物質の結合を強固にする、もしくは結合を安定化させるための生物学的処理が施されていても良く、選択結合性物質を局在させた、たとえばウイルス粒子、たとえば微生物、たとえば真核生物細胞などの生物体を基板表面へ固定するなどの処理をさす。このとき、「相互作用」とは、ある2つ以上の物質がお互いの構造あるいは性質によって特異的に結合することを意味する。この「結合」は共有結合、イオン結合、疎水結合、水素結合、金属結合などのあらゆる分子間の物理化学的な結合作用によって成し遂げられ、たとえ認識されている相手の物質が夾雑物の中にあっても特異的に行われるものである。
【００２２】
本発明において、「ターゲットサンプル」とは生体内高分子、もしくは検出すべき生体内高分子を検出可能な状態へ変化させた物質を指す。このとき「生体内高分子」とは、たとえば核酸、たとえばタンパク質、たとえば糖鎖、たとえば脂質などからなる細胞内で合成された物質を指す。検出可能な状態とは、選択結合性物質とターゲットサンプルが相互作用した状態にあって、かつ各々のターゲットサンプルが蛍光、発光、吸光、偏光、発色、放射線量の中の少なくとも一つの光学的特性を具備した状態で、夾雑物の中にあっても特異的に検出できる状態を指し、たとえば細胞内に存在するＲＮＡ分子を逆転写酵素を用いた逆転写反応によってｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰそしてＣｙ３−ｄＣＴＰから構成されるＲＮＡ分子の相補的配列であるｃＤＮＡを構成分子とするターゲット、たとえば細胞内に存在するＲＮＡ分子を逆転写酵素を用いた逆転写反応およびＲＮＡポリメラーゼによってｂｉｏｔｉｎ−ｄＡＴＰ、ｂｉｏｔｉｎ−ｄＣＴＰ、ｂｉｏｔｉｎ−ｄＧＴＰ、ｂｉｏｔｉｎ−ｄＴＴＰから構成される細胞内のＲＮＡ分子の相補的配列であるｃＲＮＡ分子を構成分子とするターゲットを指す。
【００２３】
本発明において、「確認用プローブ」とは、蛍光、発光、吸光、偏光、発色、放射線量の中の少なくとも一つの光学的特性を具備し、選択結合性物質、およびターゲットサンプル、および選択結合性物質とターゲットサンプルが相互作用した物質と相互作用しないように設計された物質を指し、たとえばＣｙ３、たとえばＣｙ５、たとえばＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５４６、たとえばＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ６４７、たとえばＲ−Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ  Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ（ＳＡＰＥ）、たとえば緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、たとえば金コロイド、たとえばラテックス、たとえばクマシーブリリアントブルー（ＣＢＢ）、たとえば［γ−３２Ｐ］−ｄＣＴＰなどの高分子化合物、たとえばＣｙ３、たとえばＣｙ５、たとえばＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ５４６、たとえばＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ６４７、たとえばＲ−Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ  Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ（ＳＡＰＥ）、たとえば緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、たとえば金コロイド、たとえばラテックス、たとえばクマシーブリリアントブルー（ＣＢＢ）、たとえば［γ−３２Ｐ］−ｄＣＴＰなどの高分子化合物の少なくとも１つの高分子化合物と結合した生体内高分子を指す。このとき、基板表面と確認用プローブが接触する部分には、基板表面への選択結合性物質の結合を強固にする、もしくは結合を安定化させるための化学的処理が施されていても良く、たとえば官能基付与、たとえば極性付与、たとえば官能触媒付与などの処理をさす。さらにこのとき、基板表面と確認用プローブが接触する部分には、基板表面への選択結合性物質の結合を強固にする、もしくは結合を安定化させるための生物学的処理が施されていても良く、たとえばウイルス粒子、たとえば微生物、たとえば真核生物細胞などに選択結合性物質を局在させた生物体を基板表面へ固定するなどの処理を指す。
【００２４】
本発明において、「該選択結合性物質の配置を確認する」行為とは、該選択結合性物質を構成する各々の物質を該基板上に配置する場合に、各々の該選択結合性物質を各々の該選択結合性物質を格納した容器から該基板上へ配置した後に、該選択結合性物質が格納されていた各々の該選択性結合物質の収納されていた各々の構成要素と該基板上に配置された該選択結合性物質の各々の構成要素を一意的に対応付けることを指し、該選択結合性物質が格納される容器と配置される該選択結合性物質の間で追跡可能性を有することを特徴とする。
【００２５】
たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ行番号と列番号が一意的に決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に９６種類の異なる選択結合性物質が混ざり合うことなく格納されており、各々の選択結合性物質を一回ずつ、１列１行から１列２行、１列３行と行方向昇順に取り上げ、１列１２行の次に２列１行と行方向が１２列まで増加した場合は、列方向に昇順に取り上げ、列方向に取り上げる列番号を増加させ、再び行最小の行番号から行方向昇順に該選択結合性物質を取り上げることとし、各々の取り上げる回で取り上げられた該選択結合性物質を該選択結合性物質表面に、１列９６行の配置状態で配置する場合で９５種類の該選択結合性物質を各々、Ｐ１、Ｐ２〜Ｐ９５とＰを選択結合性物質、その右側に付記された数字を９５種類の該選択結合性物質を一意的に対応付ける数字とした該基板上で１列９６行に配置されている該選択結合性物質の各々の構成要素と該選択結合性物質が格納される容器に格納されている該選択結合性物質の各々の構成要素を一意的に対応付けることを指す。
【００２６】
本発明において、「該選択結合性物質に隣接するが、選択結合性物質の配置と重ならない該基板上の特定の場所」とは、該選択結合性物質と該確認用プローブを構成する各々の物質を該基板上に配置した場合に、該基板上において各々の該選択結合性物質と各々の確認用プローブがお互いに混じりあうことがなく、かつ各々の構成要素が該選択結合性物質または該確認用プローブであることを確認できる状態であることを指す。
【００２７】
たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ行番号と列番号が一意的に決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に９５種類の異なる該選択結合性物質と１種類の該確認用プローブが混ざり合うことなく格納されており、１列１行の部位に該確認用プローブが格納されており、各々の該選択結合性物質もしくは確認用プローブを一回ずつ、１列１行から１列２行、１列３行と行方向昇順に取り上げ、１列１２行の次に２列１行と行方向が１２列まで増加した場合は、列方向に昇順に取り上げ、列方向に取り上げる列番号を増加させ、再び行最小の行番号から行方向昇順に該選択結合性物質を取り上げることとし、各々の取り上げる回で取り上げられた該選択結合性物質を該選択結合性物質表面に、１列９６行の配置状態で配置する場合、該基板上で１列９６行に配置されている該選択結合性物質および該確認用プローブが各々独立し区別できる状態で配置されており、かつ該確認用プローブが配置されている部位が該選択結合性プローブが配置されている部位ではない状態にあることを指す。
【００２８】
本発明において、「該選択結合性物質と該確認用プローブを容器に整列格納する」とは、該選択結合性物質と該確認用プローブを構成する各々の物質を、各々の該選択結合性物質と各々の確認用プローブがお互いに混じりあうことがなく、かつ各々の構成要素が該選択結合性物質または該確認用プローブの構成要素のうちその構成要素であるのかを区別できる状態であることを指す。
【００２９】
たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ行番号と列番号が一意的に決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に９５種類の異なる該選択結合性物質と１種類の該確認用プローブを格納する場合に、各々の該選択結合性物質および該確認用プローブを各々の収容部位に一意的に収容し、かつ各々の該選択結合性物質および該確認用プローブを各々の収容部位に一意的に収容した順序を記録することで対応付けることができる状態を指す。
【００３０】
本発明において、「確認用プローブの位置関係を検出する」とは、該選択結合性物質および該確認用プローブを構成する各々の物質を該基板上に配置する場合に、各々の該選択結合性物質および各々の該確認用プローブが各々の該選択結合性物質および該確認用プローブを格納した容器から該基板上へ配置した後に、該確認用プローブが具備する蛍光、発光、吸光、偏光、発色、放射線量の中の少なくとも一つの光学的特性を検出することによって、該確認用プローブが該基板上のどの部位に配置されているかを確認することを指す。
【００３１】
たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ行番号と列番号が一意的に決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に９５種類の異なる該選択結合性物質と１種類の該確認用プローブが混ざり合うことなく格納されており、かつ該確認用プローブが１列１行の部位に格納され、９５種類の該選択結合性物質が残りの９５箇所の部位に格納されており、各々の該選択結合性物質もしくはを一回ずつ、１列１行から１列２行、１列３行と行方向昇順に取り上げ、１列１２行の次に２列１行と行方向が１２列まで増加した場合は、列方向に昇順に取り上げ、列方向に取り上げる列番号を増加させ、再び行最小の行番号から行方向昇順に該選択結合性物質を取り上げることとし、各々の取り上げる回で取り上げられた該選択結合性物質および該確認用プローブを該基盤表面に、１列９６行の配置状態で配置する場合、該確認用プローブが該基板上に配置されている１列９６行の該選択結合性物質および該確認用プローブの配置状態の中からどれが該確認用プローブであるかを一意的に決定できることを指す。
【００３２】
本発明において、「該確認用プローブの位置情報が該選択結合性物質の配置状態を示す」とは、該確認用プローブの該基板上での位置関係を検出することで該基板上へ搭載された該選択結合性物質および該確認用プローブの基板上での配置を決定できることを指す。
【００３３】
たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ行番号と列番号が一意的に決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に９５種類の異なる該選択結合性物質と１種類の該確認用プローブが混ざり合うことなく格納されており、かつ該確認用プローブが１列１行の部位に格納され、９５種類の該選択結合性物質が残りの９５箇所の部位に格納されており、各々の該選択結合性物質もしくはを一回ずつ、１列１行から１列２行、１列３行と行方向昇順に取り上げ、１列１２行の次に２列１行と行方向が１２列まで増加した場合は、列方向に昇順に取り上げ、列方向に取り上げる列番号を増加させ、再び行最小の行番号から行方向昇順に該選択結合性物質を取り上げることとし、各々の取り上げる回で取り上げられた該選択結合性物質および該確認用プローブを該基盤表面に１列９６行の配置状態で配置する場合で、該確認用プローブをＭ、９５種類の該選択結合性物質を該選択結合性物質を該選択結合性物質が格納された容器から取り上げる順序で、各々、Ｐ１、Ｐ２〜Ｐ９５とＰを選択結合性物質、その右側に付記された数字を９５種類の該選択結合性物質を一意的に対応付ける数字で表現した場合、該確認用プローブが具備する蛍光、発光、吸光、偏光、発色、放射線量の中の少なくとも一つの光学的特性を検出して、該確認用プローブが該基板上の１行９６列の配列状態のうち、１行１列の位置に搭載されていることを決定することによって、該選択結合性物質が１行１列から１行９６列までの位置関係の中で１行２列から１行９６列までが該選択結合性物質であり、かつＰ１からＰ９５までの該選択結合性物質が各々の該選択結合性物質を一意的に決定付けるＰの右側に付記された数字が昇順に並んだ順序で該基板上の１行２列から１行９６列までの位置に搭載されていることを決定できることを指す。
【００３４】
本発明において、「該確認用プローブの位置情報が該選択結合性物質の構成を示す」とは、該確認用プローブの該基板上での位置関係を検出することで該基板上へ搭載された該選択結合性物質および該確認用プローブの各々の構成要素の組み合わせを決定できることを指す。
【００３５】
たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ行番号と列番号が一意的に決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に９５種類の異なる該選択結合性物質と１種類の該確認用プローブが混ざり合うことなく格納されており、かつこのように該選択結合性物質と該確認用プローブが格納された容器が複数種類存在し、かつある特定の「Ａ１」と一意的に表現される該選択結合性物質と該確認用プローブが格納された容器が存在し、Ａ１は１列１行の部位に該確認用プローブが格納され、９５種類の該選択結合性物質が残りの９５箇所の部位に格納されいる状態で、さらに別の「Ａ２」と一意的に表現される該選択結合性物質と該確認用プローブが格納された容器が存在し、１列２行の部位に該確認用プローブが格納され、９５種類の該選択結合性物質が残りの９５箇所の部位に格納されている状態で、各々の該選択結合性物質もしくはを一回ずつ、１列１行から１列２行、１列３行と行方向昇順に取り上げ、１列１２行の次に２列１行と行方向が１２列まで増加した場合は、列方向に昇順に取り上げ、列方向に取り上げる列番号を増加させ、再び行最小の行番号から行方向昇順に該選択結合性物質を取り上げることとし、各々の取り上げる回で取り上げられた該選択結合性物質および該確認用プローブを該基盤表面に１列９６行の配置状態で配置する場合で、「Ａ１」に格納された９５種類の該選択結合性物質を該選択結合性物質を該選択結合性物質が格納された容器から取り上げる順序で、各々、Ｐ１、Ｐ２〜Ｐ９５とＰを選択結合性物質、その右側に付記された数字を９５種類の該選択結合性物質を一意的に対応付ける数字で表現した場合、該確認用プローブが具備する蛍光、発光、吸光、偏光、発色、放射線量の中の少なくとも一つの光学的特性を検出して、該確認用プローブが該基板上の１行９６列の配列状態のうち、１行１列の位置に搭載されていることを決定することによって、該選択結合性物質および該確認用プローブが格納された容器の種類が「Ａ２」と一意的に表現される該選択結合性物質と該確認用プローブを格納した容器ではなく、「Ａ１」と一意的に表現される該選択結合性物質と該確認用プローブを格納した容器であることを決定できることを指す。
【００３６】
本発明において、「該容器を正しい順序、向きで使用したことを検出する」とは、該確認用プローブの該基板上での位置関係を検出することで該選択結合性物質と該確認用プローブを格納した容器に格納される該選択結合性物質と該確認用プローブと該基盤上に搭載された該選択結合性物質と該確認用プローブとの対応関係が一意的に決定でき、該選択結合性物質と該確認用プローブを格納した容器が一意的な方向性を持って使用されたことを決定できることを指す。
【００３７】
たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ行番号と列番号が一意的に決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に９５種類の異なる該選択結合性物質と１種類の該確認用プローブが混ざり合うことなく格納されており、かつ該確認用プローブが１列１行の部位に格納され、９５種類の該選択結合性物質が残りの９５箇所の部位に格納されており、各々の該選択結合性物質もしくはを一回ずつ、１列１行から１列２行、１列３行と行方向昇順に取り上げ、１列１２行の次に２列１行と行方向が１２列まで増加した場合は、列方向に昇順に取り上げ、列方向に取り上げる列番号を増加させ、再び行最小の行番号から行方向昇順に該選択結合性物質を取り上げることとし、各々の取り上げる回で取り上げられた該選択結合性物質および該確認用プローブを該基盤表面に１列９６行の配置状態で１回目に取り上げた該選択結合性物質もしくは該確認用プローブを１行１列に、２階目に取り上げた該選択結合性物質もしくは該確認用プローブを１行２列に、取り上げた順序で１列９６行まで昇順に行番号を増加させて一列に搭載した場合で、９５種類の該選択結合性物質を該選択結合性物質を該選択結合性物質が格納された容器から取り上げる順序で、各々、Ｐ１、Ｐ２〜Ｐ９５とＰを選択結合性物質、その右側に付記された数字を９５種類の該選択結合性物質を一意的に対応付ける数字で表現した場合、該確認用プローブが具備する蛍光、発光、吸光、偏光、発色、放射線量の中の少なくとも一つの光学的特性を検出して、該確認用プローブが該基板上の１行９６列の配列状態のうち、１行１列の位置に搭載されていることを決定することによって、該確認用プローブが１列１行の部位に格納され、９５種類の該選択結合性物質が残りの９５箇所の部位に格納された容器を、１回目に１行１列に該確認用プローブを取り上げ、２回目にＰ１の該選択結合性物質、その後はＰ２からＰ９５までＰの右側に付記された数字が昇順に増加する順序でＰ９５まで取り上げられたことが決定付けられることを指す。
【００３８】
本発明において、「該選択結合性物質が固定化された該基板であって、該選択結合性物質の配置を確認するための該確認用プローブが該基板上に配置されていることを特徴とする基板」を実現するための方法は、たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレート（ｃｏｒｎｉｇ社）の各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社）からなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０（オペロン社）のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉ（タカラバイオ）で４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容した場合に、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラス（タカラバイオ）からなる基板上へ、ＧＭＳ４１７アレイヤー（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）を用いて、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質を該基板上において８列１２行の位置関係で搭載した場合に、確認用プローブがＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見てＨｕｂｂｌｅスライドガラスの左端から１ｃｍ奥から５ｍｍの位置が１行１列が位置するように搭載されており、１行１列目を除く８行１２列に格納された選択結合性物質が残りの位置に０．５ｍｍ間隔で正方格子状に選択結合性物質が配置されている、すなわちすなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２に相当する確認用プローブおよび選択結合性物質が搭載されているような基盤を指す。
【００３９】
本発明において、「該確認用プローブが該選択結合性物質に隣接するが、選択結合性物質の配置と重ならない該基板上の特定の場所に配置されていることを特徴とする前述（１）に記載の基板」を実現するための方法は、たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容した場合に、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスからなる基板上へ、ＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した場合に、確認用プローブがＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見てＨｕｂｂｌｅスライドガラスの左端から１ｃｍ奥から５ｍｍの位置が１行１列が位置するように搭載されており、１行１列目を除く８行１２列に格納された選択結合性物質が残りの位置に０．５ｍｍ間隔で正方格子状に選択結合性物質が配置されている、すなわちすなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２に相当する確認用プローブおよび選択結合性物質が搭載されている基盤であり、かつＧＭＳ４１７アレイヤーが９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した場合に、確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積が、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラス上に搭載された他の別の確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積と接することなく、８列１２行の配列を持って搭載されているような基盤であることなどがある。
【００４０】
本発明において、「該確認用プローブが前述（２）に記載の配置状態であり、該確認用プローブの位置情報が該選択結合性物質の配置状態を示すことを特徴とする前述（１）に記載の基板」を実現するための方法として、たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容した場合に、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスからなる基板上へ、ＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した場合に、確認用プローブがＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見てＨｕｂｂｌｅスライドガラスの左端から１ｃｍ奥から５ｍｍの位置が１行１列が位置するように搭載されており、１行１列目を除く８行１２列に格納された選択結合性物質が残りの位置に０．５ｍｍ間隔で正方格子状に選択結合性物質が配置されている、すなわちすなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２に相当する確認用プローブおよび選択結合性物質が搭載されている基盤であり、かつＧＭＳ４１７アレイヤーが９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した場合に、確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積が、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラス上に搭載された他の別の確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積と接することなく、８列１２行の配列を持って搭載されている基盤であり、かつ９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて搭載したＨｕｂｂｌｅスライドガラス上を１８時間遮光条件かつ室温条件下で保持した後にＤＮＡチップ用レーザースキャナであるＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂ（Ａｘｏｎ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ社）を用いてレーザー出力１００％、フォトマルチプライヤーの電圧設定を５００にして９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて搭載したＨｕｂｂｌｅスライドガラスをＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂを正面手前から見て右手前にＨｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分があり、かつ９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質が搭載されている表面が重力方向を下として下向きにセットして、ＨｕｂｂｌｅスライドガラスをＣｙ３の励起光を検出できる設定で測定した場合に得られる画像データが長軸方向を縦として左下側にＣｙ３の励起光が確認できた場合に、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係でかつＧＭＳ４１７アレイヤーが決定する配置状態でＨｕｂｂｌｅスライドガラスに搭載されていること、すなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１���，Ｈ１２、としてＨｕｂｂｌｅスライドガラスに搭載されていることが決定付けられるような基盤であることなどがある。
【００４１】
本発明において、「該確認用プローブが前述（２）に記載の配置状態であり、該確認用プローブの位置情報が該選択結合性物質の構成を示すことを特徴とする前述（１）に記載の基板」を実現するための方法として、たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容した場合に、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスからなる基板上へ、ＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した基盤をＣｈｉｐ１とし、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＨ１２である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＭｏｕｓｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０（オペロン社）のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容した場合に、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスからなる基板上へ、ＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した基盤をＣｈｉｐ２とした場合に、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１に格納されている物質がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見てＨｕｂｂｌｅスライドガラスの左端から１ｃｍ奥から５ｍｍの位置が１行１列が位置するように搭載されており、１行１列目を除く８行１２列に格納された選択結合性物質が残りの位置に０．５ｍｍ間隔で正方格子状に選択結合性物質が配置されている、すなわちすなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２に相当する確認用プローブおよび選択結合性物質が搭載されている基盤であり、かつＧＭＳ４１７アレイヤーが９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した場合に、確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積が、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラス上に搭載された他の別の確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積と接することなく、８列１２行の配列を持って搭載されている基盤であり、かつ９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて搭載したＨｕｂｂｌｅスライドガラス上を１８時間遮光条件かつ室温条件下で保持した後にＤＮＡチップ用レーザースキャナであるＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂを用いてレーザー出力１００％、フォトマルチプライヤーの電圧設定を５００にして９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて搭載したＨｕｂｂｌｅスライドガラスをＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂを正面手前から見て右手前にＨｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分があり、かつ９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質が搭載されている表面が重力方向を下として下向きにセットして、ＨｕｂｂｌｅスライドガラスをＣｙ３の励起光を検出できる設定で測定した場合に得られる画像データが長軸方向を縦として左下側にＣｙ３の励起光が確認できた場合に、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、Ｃｈｉｐ１である９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係でかつＧＭＳ４１７アレイヤーが決定する配置状態でＨｕｂｂｌｅスライドガラスに搭載されていること、すなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２、としてＨｕｂｂｌｅスライドガラスに搭載されており、この確認用プローブおよび選択結合性物質がＣｈｉｐ１の９６穴マイクロタイタープレートに格納された物質から由来することが決定付けられるような基盤であることなどがある。
【００４２】
本発明において、「前述（１）に記載の該基板の製造方法であって、該選択結合性物質と該確認用プローブを容器に整列格納する段階と、該容器内の整列格納状態を確認する段階と、該容器を所定の順序、向きで使用することで該選択結合性物質と該確認用プローブを該基板上の所定の位置に整列配置する段階とを含む前述（１）に記載の該基板の製造方法」を実現するための方法として、たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容した場合に、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスからなる基板上へ、ＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した基盤において９６穴マイクロタイターブレートのＡ１に格納されている物質がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見てＨｕｂｂｌｅスライドガラスの左端から１ｃｍ奥から５ｍｍの位置が１行１列が位置するように搭載されており、１行１列目を除く８行１２列に格納された選択結合性物質が残りの位置に０．５ｍｍ間隔で正方格子状に選択結合性物質が配置されている、すなわちすなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２に相当する確認用プローブおよび選択結合性物質が搭載されている基盤であり、かつＧＭＳ４１７アレイヤーが９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した場合に、確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積が、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラス上に搭載された他の別の確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積と接することなく、８列１２行の配列を持って搭載されている基盤であり、かつ９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて搭載したＨｕｂｂｌｅスライドガラス上を１８時間遮光条件かつ室温条件下で保持した後にＤＮＡチップ用レーザースキャナであるＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂを用いてレーザー出力１００％、フォトマルチプライヤーの電圧設定を５００にして９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて搭載したＨｕｂｂｌｅスライドガラスをＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂを正面手前から見て右手前にＨｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分があり、かつ９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質が搭載されている表面が重力方向を下として下向きにセットして、ＨｕｂｂｌｅスライドガラスをＣｙ３の励起光を検出できる設定で測定した場合に得られる画像データが長軸方向を縦として左下側にＣｙ３の励起光が確認できた場合に、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係でかつＧＭＳ４１７アレイヤーが決定する配置状態でＨｕｂｂｌｅスライドガラスに搭載されていること、すなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２、としてＨｕｂｂｌｅスライドガラスに搭載されている９６穴マイクロタイタープレートに由来することが決定付けられるような基盤を作製することにおいて、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容するような該選択結合性物質と該確認用プローブを容器に整列格納する段階と、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容するような該選択結合性物質と該確認用プローブが容器に整列格納されていることを、Ａ１の区画のみが確認用プローブのＣｙ３が有する光学特性の一つである色を目視で確認するような該容器内の整列格納状態を確認する段階と、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容するような該選択結合性物質と該確認用プローブが容器に整列格納されていることを、Ａ１の区画のみが確認用プローブのＣｙ３が有する光学特性の一つである色を目視で確認するような該容器内の整列格納状態を確認した確認用プローブと選択結合物質が格納された９６穴マイクロタイタープレートに対して、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスからなる基板上へ、ＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質を該基板上において８列１２行の位置関係で搭載した場合に、確認用プローブがＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見てＨｕｂｂｌｅスライドガラスの左端から１ｃｍ奥から５ｍｍの位置が１行１列が位置するように搭載されており、１行１列目を除く８行１２列に格納された選択結合性物質が残りの位置に０．５ｍｍ間隔で正方格子状に選択結合性物質が配置されている、すなわちすなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２に相当する確認用プローブおよび選択結合性物質が搭載されているような基盤を作製するような該容器を所定の順序、向きで使用することで該選択結合性物質と該確認用プローブを該基板上の所定の位置に整列配置する段階を含むような該基盤の製造方法であることなどがある。
【００４３】
本発明において、「前述（５）に記載の方法で製造された該基板上において、該確認用プローブの位置関係を検出する段階と、該確認用プローブの該基板上における位置関係から該容器を正しい順序、向きで使用したことを検出する段階とを含む該基板の製造管理方法」を実現するためとして、たとえば、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容するような該選択結合性物質と該確認用プローブを容器に整列格納する段階と、８列１２行の収容部位を有し、かつ各々Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈの行番号と１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２の列番号が付記されて一意的に各々の収容部位が決定付けられる９６穴マイクロタイターブレートの各々の収容部位に対して、１列１行の収容部位番号がＡ１である区画に確認用プローブとしてＣｙ３−ｄＵＴＰからなる確認用プローブを収容し、残りの９５区画に対してはＨｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｏｌｉｇｏ  Ｓｅｔ  Ｖｅｒｓｉｏｎ２．０のＡ１の区画を除く全てのオリゴＤＮＡを超純水で４倍希釈したＳｏｌｕｔｉｏｎ−Ｉで４０μＭに調整した溶液からなる各選択結合性物質をそれぞれ異なる区画に収容するような該選択結合性物質と該確認用プローブが容器に整列格納されていることを、Ａ１の区画のみが確認用プローブのＣｙ３が有する光学特性の一つである色を目視で確認するような該容器内の整列格納状態を確認する段階から該確認用プローブの位置関係を確認することと、確認用プローブと選択結合性物質が格納された９６穴マイクロタイタープレートを用いてＨｕｂｂｌｅスライドガラスからなる基板上へ、ＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した基盤において９６穴マイクロタイターブレートのＡ１に格納されている物質がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見てＨｕｂｂｌｅスライドガラスの左端から１ｃｍ奥から５ｍｍの位置が１行１列が位置するように搭載されており、１行１列目を除く８行１２列に格納された選択結合性物質が残りの位置に０．５ｍｍ間隔で正方格子状に選択結合性物質が配置されている、すなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２に相当する確認用プローブおよび選択結合性物質が搭載されている基盤であり、かつＧＭＳ４１７アレイヤーが９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係で搭載した場合に、確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積が、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラス上に搭載された他の別の確認用プローブおよび各々の選択結合性物質がＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において形成する円状のＨｕｂｂｌｅスライドガラス上の占有面積と接することなく、８列１２行の配列を持って搭載されている基盤であり、かつ９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて搭載したＨｕｂｂｌｅスライドガラス上を１８時間遮光条件かつ室温条件下で保持した後にＤＮＡチップ用レーザースキャナであるＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂを用いてレーザー出力１００％、フォトマルチプライヤーの電圧設定を５００にして９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＧＭＳ４１７アレイヤーを用いて搭載したＨｕｂｂｌｅスライドガラスをＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂを正面手前から見て右手前にＨｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分があり、かつ９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質が搭載されている表面が重力方向を下として下向きにセットして、ＨｕｂｂｌｅスライドガラスをＣｙ３の励起光を検出できる設定で測定した場合に得られる画像データが長軸方向を縦として左下側にＣｙ３の励起光が検出されることを確認することで、９６穴マイクロタイターブレートのＡ１区画がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置され、Ｈｕｂｂｌｅスライドガラスの４つの頂点のうち、長方形の角が取れているノッチの部分がＧＭＳ４１７アレイヤー正面手前から見て左奥に配置される状態で、９６穴マイクロタイターブレートに収容されている確認用プローブおよび各々の選択結合性物質をＨｕｂｂｌｅスライドガラス上において８列１２行の位置関係でかつＧＭＳ４１７アレイヤーが決定する配置状態でＨｕｂｂｌｅスライドガラスに搭載されていること、すなわち９６穴マイクロタイターブレートで一意的に決定付けられる区画番号として、１列１行から１列１２行がＡ１，Ａ３，Ａ５，Ａ７，Ａ９，Ａ１１，Ａ２，Ａ４，Ａ６，Ａ８，Ａ１０，Ａ１２、２列１行から２列１２行がＢ１，Ｂ３，Ｂ５，Ｂ７，Ｂ９，Ｂ１１，Ｂ２，Ｂ４，Ｂ６，Ｂ８，Ｂ１０，Ｂ１２、３列１行から３列１２行がＣ１，Ｃ３，Ｃ５，Ｃ７，Ｃ９，Ｃ１１，Ｃ２，Ｃ４，Ｃ６，Ｃ８，Ｃ１０，Ｃ１２、４列１行から４列１２行がＤ１，Ｄ３，Ｄ５，Ｄ７，Ｄ９，Ｄ１１，Ｄ２，Ｄ４，Ｄ６，Ｄ８，Ｄ１０，Ｄ１２、５列１行から５列１２行がＥ１，Ｅ３，Ｅ５，Ｅ７，Ｅ９，Ｅ１１，Ｅ２，Ｅ４，Ｅ６，Ｅ８，Ｅ１０，Ｅ１２、６列１行から６列１２行がＦ１，Ｆ３，Ｆ５，Ｆ７，Ｆ９，Ｆ１１，Ｆ２，Ｆ４，Ｆ６，Ｆ８，Ｆ１０，Ｆ１２、７列１行から７列１２行がＧ１，Ｇ３，Ｇ５，Ｇ７，Ｇ９，Ｇ１１，Ｇ２，Ｇ４，Ｇ６，Ｇ８，Ｇ１０，Ｇ１２、８列１行から８列１２行がＨ１，Ｈ３，Ｈ５，Ｈ７，Ｈ９，Ｈ１１，Ｈ２，Ｈ４，Ｈ６，Ｈ８，Ｈ１０，Ｈ１２、としてＨｕｂｂｌｅスライドガラスに搭載されていることを確認するような該確認用プローブの該基板上における位置関係から該容器を正しい順序、向きで使用したことを検出する段階を含むような製造管理方法がある。
【実施例】
【００４４】
以下、本発明の実施の形態のより具体的な一例としてＤＮＡチップを取り上げる。ただし、本発明はこれに限定されるものではない。また、実施例において使用した試薬類は特にことわりのない限り、ナカライテスクの製品を使用した。
【００４５】
選択結合性物質はマウス腎臓由来ｃＤＮＡとした。まず、マウス腎臓由来ｃＤＮＡを準備するためにマウス腎臓由来ｃＤＮＡライブラリークローンを作製した。すなわち、マウス腎臓からＴＲＩｚｏｌ試（ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を用いて全ＲＮＡを抽出し、この全ＲＮＡ中に存在するポリアデニン付加ＲＮＡを、ｍＲＮＡ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（ＧＥヘルスケアＧＥヘルスケア社）を用いて精製した。精製手順は、本キットに添付のマニュアルに従った。さらにこのポリアデニン付加ＲＮＡを市販キットのＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ｐｌａｓｍｉｄ  ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  ｃＤＮＡ  ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ａｎｄ  ｐｌａｓｍｉｄ  ｃｌｏｎｉｎｇ（ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を用いてマウス腎臓由来ｃＤＮＡライブラリーとし、大腸菌ＸＬ２−Ｂｌｕｅ株（ＳＴＲＡＴＡＧＥＮＥ社）へ導入してマウス腎臓由来ｃＤＮＡライブラリークローンを得た。
【００４６】
次に、前述のマウス腎臓由来ｃＤＮＡライブラリークローンから、１，０００個の大腸菌コロニーを、各々１／５００量のＭ１３ＫＯ７ヘルパーファージ（ＧＩＢＣＯ  ＢＲＬ社）とともに、１５０μＬのＣＩＲＣＬＥＧＲＯＷ培地（ＢＩＯ  １０１社）へ植菌し、３７℃のインキュベーター内で１６時間培養した。培養した菌体は遠心分離機を用いて遠心分離を行い、菌体を沈殿させて培養上清を回収した。この培養上清にはＭ１３ＫＯ７ヘルパーファージが含まれ、Ｍ１３ＫＯ７ヘルパーファージは前述のマウス腎臓由来ｃＤＮＡライブラリークローンから生じたマウスｃＤＮＡ由来一本鎖ＤＮＡを保持している。
【００４７】
次にマウス腎臓由来ｃＤＮＡに連結するベクター配列に対する相補的プライマーＤＮＡを用いたＰＣＲ反応によって、前述のマウス腎臓由来一本鎖ＤＮＡをマウス腎臓由来ｃＤＮＡとして増幅した。すなわち、１μＬの上記培養上清、および３μＬの１０ｘＺ−Ｔａｑバッファー（タカラバイオ社）、および２．５μＬの２．５ｍＭ  ｄＮＴＰ、および０．５μＬの１０ｐｍｏｌ／μＬ  Ｍ１３  ｆｏｒｗａｒｄプライマー（配列；５’−ＧＴＴＴＴＣＣＣＡＧＴＣＡＣＧＡＣＧＴＴ）（配列番号１０）、および０．５μＬの１０ｐｍｏｌ／μＬ  Ｍ１３  ｒｅｖｅｒｓｅプライマー（配列；５’−ＡＧＣＧＧＡＴＡＡＣＡＡＴＴＴＣＡＣＡＣ）（配列番号１１）、および０．２５μＬのＴａＫａＲａＺ−Ｔａｑ  ＤＮＡポリメラーゼ（タカラバイオ社）、および２２．２５μＬの滅菌蒸留水を０．２ｍＬ用のマイクロチューブ中で混合し、サーマルサイクラーＧｅｎｅＡｍｐ  ＰＣＲ  Ｓｙｓｔｅｍ  ９７００（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）を用いたＰＣＲ反応で、１サイクルを９６℃で３０秒、４８℃で３０秒、７２℃で４分間の３ステップとした、合計３５サイクルを反応条件としたＰＣＲ反応にて、増幅済みマウスｃＤＮＡを得た。
【００４８】
次に増幅済みマウス腎臓由来ｃＤＮＡをガラスビーズ法によって精製した。すなわち、塩酸処理によって活性化したＳＩＬＩＣＡビーズ（ＳＩＧＭＡ社）に増幅後の全量のＰＣＲ反応液と１５０μＬの６Ｍヨウ化ナトリウム溶液を懸濁して増幅されたマウスｃＤＮＡをガラスビーズへ吸着させた。次に、この懸濁液をＭｕｌｔｉＳｃｒｅｅｎ−ＧＶ（ＭＩＬＬＩＰＯＲＥ社）上で濾過を実施し、２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、および１ｍＭ  ＥＤＴＡ、および１００ｍＭ  ＮａＣｌ、および５０％エタノールを含む溶液を１００μＬ加えて濾過を実施し、さらに２５μＬのＴＥ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎを加えて濾液を実施して最終濾液を回収し、精製した増幅済みマウス腎臓由来ｃＤＮＡを得た。
【００４９】
次に精製した増幅済みマウス腎臓由来ｃＤＮＡの配列決定および意味づけをサイクルシークエンシング反応およびＢＬＡＳＴアルゴリズムにより決定した。すなわち、Ｂｉｇ  Ｄｙｅ  Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ  Ｃｙｃｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ＦＳ  Ｒｅａｄｙ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）を用い、キットに添付のマニュアルに従って４μＬの精製した増幅済みマウス腎臓由来ｃＤＮＡを反応させ、この反応をＭＩＬＬＩＰＯＲＥ社のウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ．ｃｏｍ／ｎｉｈｏｎ￥ａｎａｌｙｔｉｃａｌ￥ｊｐｐｕｂｄｂａｓｅ．ｎｓｆ／ｄｏｃｓ／ｔｎ０５３ＪＡ．ｈｔｍｌ）中の「マルチスクリーン９６ウェルプレートを用いたダイターミネーターおよびシークエンシング反応物のクリーンアップ」法に従って精製した。精製済反応液はＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ  ３７００  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）を用いて塩基配列を決定した。決定したそれぞれの塩基配列はＧｅｎＢａｎｋ遺伝子配列データベースに登録されているマウス遺伝子配列とＢＬＡＳＴアルゴリズムを用いて比較し、前述のマウス腎臓由来ｃＤＮＡに遺伝子名、およびＧｅｎＢａｎｋ中の登録番号を意味づけた。
【００５０】
次に、意味づけた情報を元に精製した増幅済みマウス腎臓由来ｃＤＮＡから重複する精製した増幅済みマウス腎臓由来ｃＤＮＡを除去し、重複のない精製した増幅済みマウス腎臓由来ｃＤＮＡに２５μＬのエタノールを加え、遠心分離してその沈殿物を回収し、超純水で３０μＬの６倍希釈した２０ｘＳＳＣに溶解し、最終的に１９０種類の選択結合性物質であるマウス腎臓由来ｃＤＮＡを得た。
【００５１】
確認用プローブは１μＬのＣｙ３−ｄＵＴＰ（ＧＥヘルスケア社社）、およびＣｙ５−ｄＵＴＰ（社）を超純水で３０μＬの６倍希釈した２０ｘＳＳＣに溶解した。
【００５２】
次に、前述の選択結合性物質であるマウス腎臓由来ｃＤＮＡと確認用プローブであるＣｙ３−ｄＵＴＰおよびＣｙ５−ｄＵＴＰを、図１に示すように９６穴マイクロタイタープレート（ｃｏｒｎｉｎｇ社）へ整列格納した。すなわち、Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ，Ｈと符号が付記された８列と（１，２，３，４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２と符号が付記された１２行の文字列の組み合わせで各々の区画を一意的に符号化した８列１２行の９６穴マイクロタイタープレートは８ｘ１２個の格子状のマトリクスのうち、図１（ａ）のＢ２と図１（ｂ）のＣ３区画を除く全ての区画に１９０種類からなる選択結合性物質であるマウス腎臓由来ｃＤＮＡをそれぞれの区画に独立して内容物が混ざり合わないように格納し、図１（ａ）のＢ２区画に確認用プローブの一つであるＣｙ３−ｄＵＴＰを図１（ｂ）のＣ３区画に確認用プローブの一つであるＣｙ５−ｄＵＴＰを格納し、合計１９２種類の選択結合性物質であるマウス腎臓由来ｃＤＮＡ、および確認用プローブであるＣｙ３−ｄＵＴＰ、および同じく確認用プローブであるＣｙ５−ｄＵＴＰからなるＤＮＡチップ用クローンセットを構成する容器を得た。
【００５３】
次に、ＤＮＡチップ用クローンセットを構成する容器とＧＭＳ４１７アレイヤー（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社）を用い、ＤＮＡチップ用クローンセットを図２に示す位置関係でポリーＬ−リジンを表面被覆したスライドガラス（松波硝子工業社）上へ整列配置し、１０ｍｇ／ｍＬの無水コハク酸、および８５％のＮ−メチル−２−ピロリドン、および０．２Ｍホウ酸ナトリウムを含む４００ｍＬの溶液に５分間、９５℃の蒸留水に３分間、９５％のエタノールに１分間の順で浸漬処理したのち風乾させ、図３に示す基板を得た。
【００５４】
次に基板をＤＮＡチップ用レーザースキャナであるＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂ（Ａｘｏｎ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ社）を用いてレーザー出力１００％、フォトマルチプライヤーの電圧設定を５００にして蛍光物質であるＣｙ３、およびＣｙ５の励起光を測定した。測定データは１６ビットのＴｉｆｆ形式画像として保存し、ＤＮＡチップ画像解析ソフトであるＧｅｎｅＰｉｘＰｒｏ５．０（Ａｘｏｎ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ社）用いて確認した。
【００５５】
このとき、図４（ａ）、および図４（ｂ）、および図４（ｃ）に示すように、図１（ａ）、および図１（ｂ）記載の容器を図４（ａ）に示す位置関係で、ＤＮＡチップ用クローンセットを基板へ整列配置することを正しい順序と向きとすると、図１（ａ）と図１（ｂ）の向きは正しいが順序が入れ替わった図２（ｂ）や、図１（ａ）と図１（ｂ）の順序は正しいが向きが入れ替わった図２（ｃ）のような取り違い、および図１（ａ）または図１（ｂ）を使われなかったような種類の取り違いを前述の画像において図１（ａ）のＢ２区画、および図１（ｂ）のＣ３区画に整列格納された確認用プローブであるＣｙ３−ｄＵＴＰとＣｙ３−ｄＵＴＰが基板上での整列配置状態から検出することができた。
【００５６】
また、次にマウス腎臓由来ポリアデニン付加ＲＮＡを前述の方法でマウス腎臓から抽出精製し、５μｇのずつ２本の０．２ｍＬマイクロチューブに入れ、ＣｙＳｃｒｉｂｅ  Ｆｉｒｓｔ−Ｓｔｒａｎｄ  ｃＤＮＡ  Ｌａｂｅｌｉｎｇ  Ｋｉｔ（ＧＥヘルスケア社）を用い、キットに添付のマニュアルに従って標識し、２種類の標識済みマウス腎臓由来ｃＤＮＡを得た。このとき、一方のマウス腎臓由来ポリアデニン付加ＲＮＡはＣｙ３−ｄＵＴＰで、もう一方をＣｙ３−ｄＵＴＰで標識した。２種類の標識済みマウス腎臓由来ｃＤＮＡは４８０μＬのＴＥ  Ｂｕｆｆｅｒ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎを加え、Ｍｉｃｒｏｃｏｎ−ＹＭ３０（Ａｍｉｃｏｎ社）を用い、添付のマニュアルに従って精製して６μＬに濃縮した。この濃縮液に２．５μＬの１０ｍｇ／ｍＬポリアデニン（Ｒｏｃｈｅ社）、および０．５μＬの１０％ＳＤＳ溶液、および３μＬの０．４％ＢＳＡ、および１５μＬのホルムアミド、および３μＬの２０ｘＳＳＣを添加し、１００℃で２分間加熱後、暗所にて３０分間室温で静置して、ターゲット液を得た。その後、前述の確認用プローブを検出した基板上のＤＮＡチップ用クローンセットが整列配置されている領域をＧａｐカバーガラス（松波硝子工業社）で覆い、ターゲット液を基板とＧａｐカバーガラスの間に加え、ハイブリダイゼーションチャンバーＧＡＰＳコートスライド用（ｃｏｒｎｉｎｇ社）を用い、添付のマニュアルに従い、４２℃で１６時間反応させた。反応後、基板を０．１％ＳＤＳを含む超純水で１０倍希釈した２０ｘＳＳＣに１０分間、０．１％ＳＤＳを含む超純水で２００倍希釈した２０ｘＳＳＣに１０分間、超純水で２００倍希釈した２０ｘＳＳＣに５分間の順で浸し、２００ｘｇで５分間の遠心操作によって基板を乾燥させた。乾燥させた基板を前述のＧｅｎｅＰｉｘ４０００Ｂ、およびＧｅｎｅＰｉｘＰｒｏ５．０を用いて測定したところ、基板上に整列配置した確認用プローブは検出されたが基板自体のノイズを同等の値であった。
【００５７】
このことから、基板上に整列配置した確認用プローブはＤＮＡチップ用クローンセットを構成する容器の順序、および向き、および種類の取り違いを検出でき、かつ検出後の基板をターゲット液と選択結合性物質との反応に使用でき、かつ確認用プローブの検出値はターゲット液と基板上の選択結合性物質の反応に影響を与えない値であった。
【図面の簡単な説明】
【００５８】
【図１】本発明による該選択結合性物質と確認用プローブを整列格納した容器のの一例を示す概略図。図１（ａ）と図１（ｂ）は異なる２種類の容器の一例を示す。容器１０には選択結合性物質１１と確認用プローブ１２が格納され、選択結合性物質１１の整列配置状態は格納後に確認してある。確認用プローブ１２は容器の種類と向きを一意的に決定づけるよう容器毎に異なり、かつ全ての容器において非対称になるように整列格納される。
【図２】本発明の基板を製造するときの基板と容器の位置関係の一例を示す概略図。基板１３と容器１０の位置関係を示す。図中の破線矢印は選択結合性物質１１または確認用プローブ１２の容器から基板への配置する動きを示す。
【図３】本発明の選択結合性物質１１と確認用プローブ１２が配置された基板の一例を示す概略図。基板１３には選択結合性物質１１と確認用プローブ１２が配置された配置領域１４が存在する。
【図４】図１（ａ）および図１（ｂ）の容器を用いて基板上へ選択結合性物質と確認用プローブを整列配置した基板上の配置領域の一例を示す概略図。図４（ａ）は図１（ａ）の次に図１（ｂ）を配置した一例、図４（ｂ）は図１（ｂ）の次に図１（ａ）を配置した一例、図４（ｃ）は図１（ａ）の次に図１（ｂ）を配置するが、図４（ａ）と違い、図１（ａ）の向きを１８０度回転させ配置した一例を示す。
【符号の説明】
【００５９】
１０…１１の選択結合性物質、および１２の確認用プローブが整列格納されている容器、１１…選択結合性物質、１２…確認用プローブ、１３…基板、１４…１１および１２の基板上における配置領域
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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