(57)【要約】      （修正有）【課題】新規塩基配列を有する耐塩性に優れた新規鉄酸化細菌及び当該細菌の検出方法の提供。当該細菌を利用できれば、臨海地帯にある工場での水処理や資源回収にとってメリットとなる。【解決手段】特定の塩基配列を有する16S リボゾームRNA 遺伝子を有する新規鉄酸化細菌を提供する。当該新規鉄酸化細菌は、海水など高濃度の塩分が存在する水環境中で鉄酸化作用を有する。新規塩基配列を用いて、活性汚泥中の当該新規鉄酸化細菌を迅速に検出することができる。【選択図】      なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
以下の：
（ａ）配列番号１に示す塩基配列を有するDNA ；又は
（ｂ）（ａ）に示すDNA と、高ストリンジェント条件下、ハイブリダイズするDNA ；
を含む鉄酸化細菌の16S リボゾームRNA 遺伝子。
【請求項２】
配列番号２又は３に示す塩基配列を有するオリゴヌクレオチド。
【請求項３】
請求項１に記載の16S リボゾームRNA 遺伝子を有する鉄酸化細菌。
【請求項４】
以下のステップ: 
a)請求項１に記載のDNA に相補的なＰＣＲプライマーを設計し；
b)得られたＰＣＲ プライマーを前記DNA とハイブリダイズさせ；そして
c)前記ＰＣＲ プライマーで挟み込む16S リボゾームRNA 遺伝子領域内のDNAを増幅する；
を含む、請求項３に記載の鉄酸化細菌の検出方法。
【請求項５】
前記ＰＣＲプライマーとして、請求項２に記載のオリゴヌクレオチドを用いる、請求項４に記載の検出方法。
【請求項６】
請求項３に記載の鉄酸化細菌の検出方法であって、以下のステップ: 
a)請求項１に記載のDNA に相補的なオリゴヌクレオチドプローブを設計し；
b)得られたオリゴヌクレオチドプローブを蛍光色素で標識し、そしてそのオリゴヌクレオチドプローブを前記細菌の16S リボゾームRNA又は前記DNA とハイブリダイズさせ；そして
c)前記オリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズした16S リボゾームRNA 又はDNA を含む前記細菌を、前記オリゴヌクレオチドプローブを標識するために用いた蛍光色素に由来する蛍光を測定することにより検出する；
を含む、前記検出方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願発明は、海水など高濃度の塩分が存在する水環境中で、鉄酸化作用を有する鉄酸化細菌を特徴づける塩基配列を有するDNA 、及び当該DNA を有する鉄酸化細菌の検出方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
水環境中で２価鉄が３価鉄に酸化される反応は、微生物である鉄酸化細菌の作用で大幅に促進されることが知られている。鉄鋼業などから発生する排水又は鉱山排水などにおいて、２価鉄と他の複数種類の重金属が混在する場合、２価鉄と３価鉄の溶解度がｐＨにより大きく異なることを利用して、鉄を分離回収することができる。このような原理を利用して、２価鉄を含む複数種類の重金属含有排水から、鉄酸化細菌を用いて鉄を３価鉄に酸化して、ｐＨ調整により、３価鉄を水酸化物沈澱として分離回収する技術が報告されている（特許文献１を参照のこと）。
【０００３】
また、２価鉄が酸化した３価鉄は、強力な酸化剤であって、鉄鋼材料に対して強い腐食性を示す。したがって、２価鉄を３価鉄に酸化する鉄酸化細菌は鉄鋼材料の腐食の原因となることが知られている。
このように、鉄酸化細菌は、水処理や資源回収などので 活用される一方、鉄鋼材料を用いた構造物や装置などの耐久性を劣化させる原因にもなる微生物である。
【０００４】
２価鉄を３価鉄に酸化する鉄酸化細菌として、培養が容易なチオバチルス・フェロオキシダンス（Thiobacillus ferrooxidans）（別名、アシッドバチルス・フェロオキシダンス（Acidbacillus ferrooxidans））が知られている。しかしながら、チオバチルス・フェロオキシダンスは耐塩性が低く、塩分濃度の低い淡水中でのみ棲息することが知られている。この他に、鉄酸化作用を示す鉄細菌として、糸状の形態を呈するスファエロチルス（Sphaelotillus）、ガリオネラ（Gallionela）、レプトスリックス（Leptothrix）などが知られているが、これらの微生物はいずれも淡水中でのみ棲息するものである。
【０００５】
例えば、鉄鋼材料の腐食への関与が報告されている鉄酸化細菌は、上述のように、チオバチルス・フェロオキシダンスなどの淡水環境に棲息するもののみであった。鉄鋼材料の腐食が問題となる海水などの塩分濃度が高い水環境中に、鉄酸化細菌が存在し得るのか不明であった。また、水処理や資源回収といった分野への活用を広げるためにも、淡水でなく、海水を利用できる鉄酸化細菌を利用できれば、臨海地帯にある工場での水処理や資源回収にとって極めて大きなメリットとなる。
【０００６】
１９８９年にＨｕｂｅｒらによって海洋性の鉄酸化細菌としてチオバチルス・プロスペラス（Thiobacillus prosperus ）がはじめて単離され、耐塩性を有する鉄酸化細菌の存在が証明された（非特許文献１を参照のこと）。その後も耐塩性を有する鉄酸化細菌が単離されている（例えば、非特許文献２を参照のこと）。
【０００７】
【特許文献１】特開平８−２４８９４号公報
【非特許文献１】Ｈｕｂｅｒ，Ｈ．  ａｎｄ  Ｓｔｅｔｔｅｒ，Ｋ．Ｄ．（１９８９）            Ａｒｃｈ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  １５１，４７９−４８５
【非特許文献２】Ｋａｍｉｍｕｒａ、Ｋ．，他  （２００１）  Ｈｙｄｒｏｍｅｔａｌ          ｌｕｒｇｙ  ５９，  ３７３−３８１
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
本願発明の課題は、海水などの塩濃度が高い水環境で棲息できる耐塩性の鉄酸化細菌を特徴づける塩基配列を有するDNA 、及び当該DNA を有する鉄酸化細菌の検出方法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
［１］本願発明は、以下の：
（ａ）配列番号１に示す塩基配列を有するDNA ；又は
（ｂ）（ａ）に示すDNA と、高ストリンジェント条件下、ハイブリダイズするDNA ；
を含む鉄酸化細菌の16S リボゾームRNA 遺伝子を提供する。
【００１０】
［２］本願発明は、配列番号２又は３に示す塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを提供する。
【００１１】
［３］本願発明は、［１］に記載の16S リボゾームRNA 遺伝子配列を有する鉄酸化細菌を提供する。
【００１２】
［４］本願発明は、以下のステップ: 
a)［１］に記載のDNAに相補的なＰＣＲプライマーを設計し；
b)得られたＰＣＲ プライマーを前記DNA とハイブリダイズさせ；そして
c)前記ＰＣＲ プライマーで挟み込む16S リボゾームRNA 遺伝子領域内のDNAを増幅する；
を含む、［３］の鉄酸化細菌の検出方法を提供する。
【００１３】
［５］本願発明は、 ＰＣＲプライマーとして、［２］に記載のオリゴヌクレオチドを用いる［４］に記載の方法を提供する。
【００１４】
［６］本願発明は、［３］に記載の鉄酸化細菌の検出方法であって、以下のステップ: 
a)［１］に記載のDNA に相補的なオリゴヌクレオチドプローブを設計し；
b)得られたオリゴヌクレオチドプローブを蛍光色素で標識し、そしてそのオリゴヌクレオチド プローブを前記細菌の16S リボゾームRNA又は前記DNA とハイブリダイズさせ；そして
c)前記オリゴヌクレオチド プローブにハイブリダイズした16S リボゾームRNA 又はDNA を含む前記細菌を、前記オリゴヌクレオチドプローブを標識するために用いた蛍光色素に由来する蛍光を測定することにより検出する；
を含む、前記方法を提供する。
【発明の効果】
【００１５】
本願発明は、鉄酸化細菌を用いた水処理及び資源回収技術、並びに鉄酸化細菌に起因する鉄鋼材料の腐食劣化を予測判定する技術に応用しうる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１６】
本願発明者らは上述の観点から、耐塩性を有する鉄酸化細菌を検出することを試みた。その結果、耐塩性に優れた新規の鉄酸化細菌を発見した。本願発明に係るこの新規鉄酸化細菌は、既知の鉄酸化細菌チオバチルス・フェロオキシダンス（Ｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｆｅｒｒｏｏｘｉｄａｎｓ）と比較して、耐塩性に優れていることが判明した。そして、本願発明に係る鉄酸化細菌を特徴づける新規な塩基配列を有するDNA 、及び当該DNA を有する鉄酸化細菌の検出方法を確立するに到った。
【００１７】
まず、以下の表１に示す組成をもつ液体培地を用いて、細菌を培養し、そして耐塩性に優れた鉄酸化細菌を単離した。
【００１８】
【表１】
2005073646.tif 000002
【００１９】
単離された鉄酸化細菌の16S リボゾームRNA 遺伝子の塩基配列の一部を解読した。配列番号１にその塩基配列を示す。この塩基配列に基づき、塩基配列データベース（GenBank ）を用いて他の微生物の16S リボゾームRNA 遺伝子の塩基配列との相同性解析を実施した。結果を以下の表２に示す。
【００２０】
【表２】
2005073646.tif 000003
【００２１】
酸化作用と、塩基配列から、上記の単離された鉄酸化細菌は、新種の鉄酸化細菌であることが判明した。上記表２に示すように、本願発明に係る鉄酸化細菌の近縁には、海水由来の鉄酸化細菌、チオバチルス・プロスペルス（Ｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｒｏｓｐｅｒｕｓ)がある。本願発明に係る鉄酸化細菌は、チオバチルス・プロスペルスに近縁であるものの、その塩基配列が異なることから、新規な鉄酸化細菌であることが判明した。
【００２２】
本願発明に係る鉄酸化細菌の特徴を以下に示す。
（１）酸性から中性環境において、生育良好である。
（２）２価鉄を基質として好気的に３価鉄に酸化を行う。
（３）海水をベースとした培地中で生育良好である。耐塩性がある。海水同等の22,000mg/Lまでの塩素イオンを含有する水環境で、良好に生育できる。
（４）生育に適する温度は１５〜４０℃の範囲である。
【００２３】
次に、本願発明に係る鉄酸化細菌の検出方法について述べる。
【００２４】
配列番号１に記載の塩基配列を有するDNA のためのＰＣＲプライマーとしては、当該DNA 又はその相補鎖に対して、相補的な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを用いることが有効である。チオバチルス・プロスペルスに近縁な当該鉄酸化細菌を特異的に検出するＰＣＲプライマーとして、配列番号２及び３に記載のオリゴヌクレオチドを用いた。ＰＣＲプライマーとして、配列番号２に記載のオリゴヌクレオチドの５′末端側にＧＣクランプ（配列番号８：CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG）を付加したオリゴヌクレオチドも用いることができる。
【００２５】
以下、本願発明に係る鉄酸化細菌をＰＣＲにより検出する方法について説明する。
まず、金属含有排水などの高濃度の金属を含有する水環境中に、当該鉄酸化細菌が棲息する場合、ＰＣＲ（ポリメラーゼチェインリアクション）の酵素反応が金属によって強く阻害を受けることが予想される。このような場合、微生物のＤＮＡを直接抽出して、ＰＣＲで検出することが困難な場合が多い。そこで、あらかじめ金属を水酸化物として沈澱させて、微生物と金属を分離してから、微生物のみを回収してＤＮＡを抽出すれば、ＰＣＲをおこなうことができる（例えば、特願２００２−２９４８５７を参照のこと）。
【００２６】
一般に金属を含有する水は、酸性であることが多い。そこで、図１に示すように各金属はpHを調整することで水酸化物として沈澱させる。ｐＨ調整には、水酸化ナトリウムなどのアルカリを用いる。pHは７〜９の間に調整する。ｐＨ７．５付近が好ましい。静置することにより、各重金属が水酸化物として沈澱して、上澄み液が得られる。この上澄み液中に微生物が残存している。この上澄み液を、沈殿物を取らないように注意深く、ピペット等を用いて回収する。回収液は、0.2μm径以下の孔径のフィルターでろ過し、例えば、10mM Tris-HCl(pH9.0)、1mM EDTA、10mM NaClで洗浄して懸濁させ、そしてフィルター上に残った微生物を回収する。回収した微生物からＤＮＡを抽出する。ＤＮＡの抽出方法は、各種あるが、例えば、Nagashimaらの方法（Nagashima, K. etal. Food Sci. Technol. Res. 2000, 6(2), 115-118）により、DNA抽出をおこなうことができる。抽出したＤＮＡはエタノール沈澱で濃縮回収する。このエタノール沈澱で濃縮回収したＤＮＡをそのままＰＣＲ（ポリメラーゼチェインリアクション）の鋳型ＤＮＡに用いることも可能であるが、さらに夾雑物を除くために、ＤＮＡを精製してから、ＰＣＲの鋳型ＤＮＡに用いることがより望ましい。ＤＮＡの夾雑物を取り除くための精製方法としては、例えば、ＧＦＸ（商標）  ＰＣＲ  ＤＮＡ  ａｎｄ  Ｇｅｌ  Ｂａｎｄ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ  （Ａｍｅｒｓｈａｍ）  を用いることができる。  精製したＤＮＡを鋳型として、ＰＣＲにより、当該鉄酸化細菌を検出する。配列番号１に示す塩基配列を有するDNA に、又は配列番号１の塩基配列と相補的な塩基配列を有するDNA に対して、それぞれ、相補的な塩基配列を有するDNA が、ＰＣＲプライマーとして使用できる。
【００２７】
ＰＣＲプライマーを設計し、得られたＰＣＲ プライマーを当該鉄酸化細菌の16S リボゾームRNA 遺伝子、及びその塩基配列と相補的な塩基配列を有するDNA とハイブリダイズさせ、ＰＣＲ プライマーで挟み込む16S リボゾームRNA 遺伝子領域内のDNAを増幅することで当該鉄酸化細菌を検出することができる。特に、ＰＣＲプライマーとして、配列番号２又は３に示す塩基配列からなるオリゴヌクレオチドを用いることができる。あるいは、配列番号２のオリゴヌクレオチドの５′末端側にＧＣクランプ（CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG）を付加したＰＣＲプライマーと、配列番号３のオリゴヌクレオチドとをＰＣＲプライマー対として用いることが好ましい。
【００２８】
ＰＣＲ反応の酵素としては、ＤＮＡポリメラーゼを用いる。例えば、AmpliTaq Gold (Applied Biosystems, USA)）などが使用できる。サーマルサイクラーは、例えば、GeneAmp PCR System 9600 を用いる。ＰＣＲ反応条件は、配列番号２のオリゴヌクレオチドの５′末端側にＧＣクランプを付加したＰＣＲプライマーと、配列番号３のオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマーを用いる場合の一例は、97℃、7分＋（94℃、６０秒、＋６５  〜５６  ℃、６０秒＋７２  ℃、１２０秒）×２０サイクル（２サイクル毎にアニーリング温度が1  ℃下がるように設定）＋（９４  ℃、６０秒＋  ５５  ℃、60秒＋  ７２  ℃、１２０秒）×１５サイクル＋７２  ℃、１０分である。得られたPCR産物をアガロースゲル等を用いて電気泳動し、泳動後、ゲルをエチジウムブロマイドなどで染色して紫外線照射下で、分子量マーカー（例えば、DNA Ladder (TAKARA) ）と比較することにより、目的の長さのDNA断片が増幅されていることを確認することにより、当該鉄酸化細菌の検出することができる。
【００２９】
また、本願発明に係る鉄酸化細菌を検出する方法として、In situ Hybridization を用いることもできる。すなわち、当該鉄酸化細菌の知られた塩基配列に基づき特異性の高い検出用のオリゴヌクレオチドプローブを設計し、このオリゴヌクレオチド プローブを蛍光色素等で標識した後、上記プローブを、当該鉄酸化細菌の有するＲＮＡ又はＤＮＡとハイブリダイズさせ、そして上記蛍光色素を測定することにより、当該鉄酸化細菌を検出する。検出方法としては、蛍光顕微鏡で観察・検出する方法や、セルソーターを用いる方法などが挙げられる。
【００３０】
以下、In situ Hybridization を用いて当該鉄酸化細菌を検出する操作を説明する。In situ Hybridization によって本鉄酸化細菌を検出するための準備として、配列番号１に記載の塩基配列の一部に相補的なオリゴヌクレオチド プローブを合成する。オリゴヌクレオチド プローブの長さは16-merから20-merの範囲が望ましい。オリゴヌクレオチド プローブはCy-3などの蛍光色素で標識する。当該鉄酸化細菌の検出を試みる試料をパラホルムアルデヒドを用いて固定し、そしてリン酸緩衝液とエタノールの混合液中に懸濁させる。次にスライドガラス上で固定サンプルを風乾後、スライドガラスごとエタノールで脱水処理する。脱水後、ハイブリダイゼーションを行うまで、室温で乾燥状態において保存する。スライドガラス上でハイブリダイゼーション緩衝液を加えた後、カバーガラスを重ね、加温状態でハイブリダイズさせる。次いで、スライドガラスを洗浄し、そして暗下で風乾して観察用試料とする。落射蛍光顕微鏡を用いて、蛍光色素で標識した合成オリゴヌクレオチド プローブからの蛍光の有無を観察することによって、試料中の当該鉄酸化細菌の存在を検出することができる。
【００３１】
本願明細書中、「高ストリンジェント条件」とは、ＤＮＡの塩基配列の一部と、正確に相補的な塩基配列を有するＤＮＡがハイブリダイズすることを可能ならしめる条件をいう。相補的な塩基配列とはアデニンに対してチミン、チミンに対してアデニン、グアニンに対してシトシン、シトシンに対してグアニンとなるような塩基対を形成し得る塩基配列のことをいう。
【実施例】
【００３２】
以下の実施例において本願発明をさらに説明する。
【００３３】
実施例１：海水由来新規鉄酸化細菌の電気泳動による検出
Fe3+、Fe2+、Zn2+、Ni2+を含有する廃液と海水を混合した、塩素イオン濃度１０，０００ｍｇ/ＬでｐＨ３の酸性の重金属含有排水を処理するための、鉄酸化細菌を含有する活性汚泥から、本願発明に係る鉄酸化細菌のＰＣＲによる検出を試みた。
【００３４】
まず図１に示すように上記各金属をpHを調整することで水酸化物として沈澱させた。活性汚泥の懸濁液１lを水酸化ナトリウムを用いてpH7.5に調整して1時間静置した。重金属が水酸化物として沈澱して、上澄み液は無色透明になった。この上澄み液中に微生物が残存している。この上澄み液約400mlを、沈殿物を取らないように注意深く、ピペットを用いて回収した。回収液を0.2μm径のフィルターでろ過し、10mM Tris-HCl(pH9.0)、1mM EDTA、10mM NaClで洗浄して懸濁させ、フィルター上に残った微生物を回収した。Nagashimaらの方法（Nagashima, K. etal. Food Sci. Technol. Res. 2000, 6(2), 115-118）に基づき、DNAを抽出した。抽出したＤＮＡはエタノール沈澱で濃縮・回収した。回収したＤＮＡの夾雑物を取り除くためＧＦＸ（商標）  ＰＣＲ  ＤＮＡ  ａｎｄ  Ｇｅｌ  Ｂａｎｄ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ  （Ａｍｅｒｓｈａｍ）  を用いてＤＮＡを精製した。
【００３５】
精製したＤＮＡ、１、１０、１００ナノグラムを、ＰＣＲの鋳型とした。配列番号２のオリゴヌクレオチドの５′末端側にＧＣクランプ（CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGTCCCGCCGCCCCCGCCCG）を付加したＰＣＲプライマーと、配列番号３のオリゴヌクレオチドをＰＣＲプライマー対として用いた。ＰＣＲ反応の酵素としては、ＤＮＡポリメラーゼ（AmpliTaq Gold (Applied Biosystems, USA)）を用い、そしてサーマルサイクラーは、GeneAmp PCR System 9600 を用いた。ＰＣＲ反応条件は、97℃、7分＋（94℃、６０秒、＋６５  〜５６  ℃、６０秒＋７２  ℃、１２０秒）×２０サイクル（２サイクル毎にアニーリング温度が1  ℃下がるように設定）＋（９４  ℃、６０秒＋  ５５  ℃、60秒＋  ７２  ℃、１２０秒）×１５サイクル＋７２  ℃、１０分であった。得られたPCR産物の確認には、2%アガロースゲルを用いた電気泳動で行った。泳動後、ゲルをエチジウムブロマイド染色して紫外線照射下で、マーカーDNA Ladder (TAKARA) と比較した。電気泳動の結果を図２に示す。
【００３６】
目的の長さのDNA断片が増幅されていることを確認できたので、当該鉄酸化細菌を検出をすることができることが明らかになった。したがって、本願発明に係る塩基配列は、環境中の当該鉄酸化細菌の検出に有効である。
【００３７】
実施例２：海水由来新規鉄酸化細菌の蛍光測定による検出
培養した新規鉄酸化細菌を集菌して、リン酸緩衝液PBS (130mM NaCl, 10mM リン酸ナトリウム) を20ml添加し、ピペッティングにて洗浄後、遠心分離で集菌して、そしてもう一回洗浄操作を繰り返した。２回の洗浄操作の後、培養した鉄酸化細菌をＰＢＳで懸濁した溶液を固定した。本実施例では、配列番号１に記載した塩基配列に相補的なプローブの一例として、以下の表３に示す合成オリゴヌクレオチドプローブを蛍光色素Cy-3で標識したものを用いた。
【００３８】
【表３】
2005073646.tif 000004
【００３９】
本蛍光色素は黄色の蛍光を発する。また、表３に示すように、鉄酸化細菌への検出特異性を比較するため、相補的でない合成オリゴヌクレオチドプローブも併せて用意した。ハイブリダイゼーション緩衝液及び洗浄液を、以下の表４と表５に示す。
【００４０】
【表４】
2005073646.tif 000005
【００４１】
【表５】
2005073646.tif 000006
【００４２】
蛍光色素標識したオリゴヌクレオチドプローブを用いたIn situ Hybridization (FISH)法による染色を以下のように実施した。
【００４３】
鉄酸化細菌を含む溶液１体積に対して、４％パラホルムアルデヒドを含むリン酸緩衝液PBS (PH7.2) ３体積を加えて、４℃で１時間固定した。固定後、遠心分離して、沈殿に３体積のリン酸緩衝液ＰＢＳを加えて洗浄した。再び遠心分離で洗浄液を除去し、冷したリン酸緩衝液ＰＢＳ／９６％エタノール混合液（１：１）１容積を加えて懸濁した。懸濁液は使用するまで３０℃で保存した。  ポリ-L- リジン処理したスライドガラス上に撥水性のペンで６ｍｍ四方の枠を作成した。その中に固定サンプルを１０μｌ入れ、２時間、３７℃で風乾した。風乾後、スライドガラスを５０％、８０％と９８％エタノール含有ＰＢＳに順番にそれぞれ３分間ずつ浸して脱水処理した。脱水後、ハイブリダイゼーションを行うまで、室温で乾燥状態で保存した。ハイブリダイゼーション緩衝液をスライドガラス上に１７３nl/ mm2 加えた後に、カバーガラスを重ね、あらかじめ等張になるように平衡化しておいた５０ｍｌディスポーザブル遠心チューブ（コーニング社製）に入れた後、恒温槽内で４６℃で１０時間反応させた。  反応終了後、４８℃の洗浄液中で２０分間、スライドガラスを洗浄した。洗浄したスライドガラスは少量の蒸留水を用いて、余剰の塩を洗浄除去して、暗下で風乾して観察用試料とした。
【００４４】
落射蛍光顕微鏡を用いて、蛍光色素Cy-3で標識した表３に示す各オリゴヌクレオチドプローブからの黄色の蛍光を観察した。鉄酸化細菌の塩基配列に相補的な配列を持つように設計されたオリゴヌクレオチドプローブによって標的とする鉄酸化細菌は特異的に検出された。非相補的な他のプローブを用いたとき当該鉄酸化細菌は検出されなかった。したがって、本願発明に係る塩基配列は環境中の当該鉄酸化細菌の検出に有効である。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
【図１】各種金属の溶解性のpH依存を示すグラフである。
【図２】本願発明に係る鉄酸化細菌のPCR による検出結果を示す、電気泳動図である。
【図１】
2005073646.tif 000007
【図２】
2005073646.tif 000008
【配列表】
2005073646000001.app