(57)【要約】      （修正有）【課題】イオン源とフィールドフリー又はドリフト領域とリフレクトロンを持つ易御身らとを含む質量分析装置を提供する。【解決手段】ポストソース分解により自然に分解し、フィールドフリー又はドリフト領域５を通り抜ける準安定親イオンは、イオンミラー７に入るよう準備され、リフレクトロンがある一定の電圧で保たれているとき、リフレクトロンでイオン検出器８に向かって反射される。その後、わずかに低い電圧で保たれているリフレクトロンで繰り返される。２つの関連するセットの飛行時間または質量スペクトルデータを、リフレクトロンの２つの異なる電圧設定について獲得する。２つのデータセットから、同じ種のフラグメントイオンについて異なる飛行時間を決定する。分解して、特定の種のフラグメントイオンを生じる親イオンの質量電荷比は、フラグメントイオンの飛行時間から決定する。【選択図】  図１
2005166639.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
質量分析の方法であって、
イオンミラーを含む飛行時間型質量分析器を準備すること；
前記イオンミラーを第１設定で保つこと；
前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、第１の飛行時間または質量スペクトルデータを獲得すること；
前記イオンミラーを異なる第２設定で保つこと；
前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、第２の飛行時間または質量スペクトルデータを獲得すること；
前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、ある一定の質量または質量電荷比を有する第１のフラグメントイオンの第１の飛行時間を決定すること；
前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、同一の前記ある一定の質量または質量電荷比を有する第１のフラグメントイオンの異なる第２の飛行時間を決定すること；および
断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた親イオンの前記質量または質量電荷比のいずれか、および／または前記第１のフラグメントイオンの前記質量または質量電荷比のいずれかを、前記第１および第２の飛行時間から決定することを含む方法。
【請求項２】
請求項１に記載の方法であって、前記イオンミラーが、リフレクトロンを含む方法。
【請求項３】
請求項２に記載の方法であって、前記リフレクトロンが、線形電場リフレクトロンまたは非線形電場リフレクトロンを含む方法。
【請求項４】
イオン源と、ドリフトまたは飛行空間とを、前記イオンミラーの上流に準備することを更に含む先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、第１電位差が、前記イオン源と前記ドリフトまたは飛行空間との間に保たれ、前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、 第２電位差が、前記イオン源と前記ドリフトまたは飛行空間との間に保たれる方法。
【請求項５】
請求項４に記載の方法であって、前記第１電位差が、前記第２電位差と実質的に同一である方法。
【請求項６】
請求項４に記載の方法であって、前記第１電位差が、前記第２電位差と実質的に相違する方法。
【請求項７】
請求項６に記載の方法であって、前記第１電位差と前記第２電位差との差異が、前記第１電位差または前記第２電位差のp%であり、pが、(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項８】
請求項６または７に記載の方法であって、前記第１電位差と前記第２電位差との差異が、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV;および(li) > 30 kVからなる群から選択される方法。
【請求項９】
請求項６、７または８のいずれかに記載の方法であって、前記第１電位差および／または前記第２電位差が、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項１０】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、第１の電場強度または電場勾配が、前記イオンミラーの長さの少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％に沿って保たれ、かつ、前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、第２の電場強度または電場勾配が、前記イオンミラーの長さの少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％に沿って保たれている方法。
【請求項１１】
請求項１０に記載の方法であって、前記第１の電場強度または電場勾配が、前記第２の電場強度または電場勾配と実質的に同一である方法。
【請求項１２】
請求項１０に記載の方法であって、前記第１の電場強度または電場勾配が、前記第２の電場強度または電場勾配と実質的に相違する方法。
【請求項１３】
請求項１２に記載の方法であって、前記第１の電場強度または電場勾配と、前記第２の電場強度または電場勾配との差異が、前記第１または第２の電場強度または電場勾配のq%であり、qが、 (i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項１４】
請求項１２または１３に記載の方法であって、前記第１の電場強度または電場勾配と、前記第２の電場強度または電場勾配との差異が、 (i) < 0.01 kV/cm; (ii) 0.01-0.1 kV/cm; (iii) 0.1-0.5 kV/cm; (iv) 0.5-1 kV/cm; (v) 1-2 kV/cm; (vi) 2-3 kV/cm; (vii) 3-4 kV/cm; (viii) 4-5 kV/cm; (ix) 5-6 kV/cm; (x) 6-7 kV/cm; (xi) 7-8 kV/cm; (xii) 8-9 kV/cm; (xiii) 9-10 kV/cm; (xiv) 10-11 kV/cm; (xv) 11-12 kV/cm; (xvi) 12-13 kV/cm; (xvii) 13-14 kV/cm; (xviii) 14-15 kV/cm; (xix) 15-16 kV/cm; (xx) 16-17 kV/cm; (xxi) 17-18 kV/cm; (xxii) 18-19 kV/cm; (xxiii) 19-20 kV/cm; (xxiv) 20-21 kV/cm; (xxv) 21-22 kV/cm; (xxvi) 22-23 kV/cm; (xxvii) 23-24 kV/cm; (xxviii) 24-25 kV/cm; (xxix) 25-26 kV/cm; (xxx) 26-27 kV/cm; (xxxi) 27-28 kV/cm; (xxxii) 28-29 kV/cm; (xxxiii) 29-30 kV/cm; および (xxxiv) > 30 kV/cmからなる群から選択される方法。
【請求項１５】
請求項１２、１３または１４に記載の方法であって、前記第１の電場強度もしくは電場勾配および／または前記第２の電場強度もしくは電場勾配が、 (i) < 0.01 kV/cm; (ii) 0.01-0.1 kV/cm; (iii) 0.1-0.5 kV/cm; (iv) 0.5-1 kV/cm; (v) 1-2 kV/cm; (vi) 2-3 kV/cm; (vii) 3-4 kV/cm; (viii) 4-5 kV/cm; (ix) 5-6 kV/cm; (x) 6-7 kV/cm; (xi) 7-8 kV/cm; (xii) 8-9 kV/cm; (xiii) 9-10 kV/cm; (xiv) 10-11 kV/cm; (xv) 11-12 kV/cm; (xvi) 12-13 kV/cm; (xvii) 13-14 kV/cm; (xviii) 14-15 kV/cm; (xix) 15-16 kV/cm; (xx) 16-17 kV/cm; (xxi) 17-18 kV/cm; (xxii) 18-19 kV/cm; (xxiii) 19-20 kV/cm; (xxiv) 20-21 kV/cm; (xxv) 21-22 kV/cm; (xxvi) 22-23 kV/cm; (xxvii) 23-24 kV/cm; (xxviii) 24-25 kV/cm; (xxix) 25-26 kV/cm; (xxx) 26-27 kV/cm; (xxxi) 27-28 kV/cm; (xxxii) 28-29 kV/cm; (xxxiii) 29-30 kV/cm; および (xxxiv) > 30 kV/cmからなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項１６】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、前記イオンミラーが第１電圧で保たれ、かつ、前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、前記イオンミラーが第２電圧で保たれる方法。
【請求項１７】
請求項１６に記載の方法であって、前記第１電圧が、前記第２電圧と実質的に同一である方法。
【請求項１８】
請求項１６に記載の方法であって、前記第１電圧が、前記第２電圧と実質的に相違する方法。
【請求項１９】
請求項１８に記載の方法であって、前記第１電圧と前記第２電圧との差異が、前記第１電圧または前記第２電圧のｒ％であり、ｒが、 (i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項２０】
請求項１８または１９に記載の方法であって、前記第１電圧と前記第２電圧との差異が、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される方法。
【請求項２１】
請求項１８、１９または２０に記載の方法であって、前記第１電圧および／または前記第２電圧が、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項２２】
イオン源を準備することを更に含む先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、前記イオンミラーが前記イオン源の電位に対する第１電位で保たれ、かつ、前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、前記イオンミラーが前記イオン源の電位に対する第２電位で保たれる方法。
【請求項２３】
請求項２２に記載の方法であって、前記第１電位が、前記第２電位と実質的に同一である方法。
【請求項２４】
請求項２２に記載の方法であって、前記第１電位が、前記第２電位と実質的に相違する方法。
【請求項２５】
請求項２４に記載の方法であって、前記第１電位と前記第２電位との差異が、前記第１電位または第２電位のｓ％であり、ｓが、(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項２６】
請求項２４または２５に記載の方法であって、前記第１電位と前記イオン源の前記電位との間の電位差および／または前記第２電位と前記イオン源の前記電位との間の電位差が、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項２７】
請求項２４、２５または２６に記載の方法であって、前記第１電位および／または前記第２電位が、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項２８】
イオン源を準備することを更に含む先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記イオン源が、（ｉ）エレクトロスプレー（「ＥＳＩ」）イオン源；（ｉｉ）大気圧化学イオン化（「ＡＰＣＩ」）イオン源；（ｉｉｉ）大気圧光イオン化（「ＡＰＰＩ」）イオン源；（ｉｖ）レーザー脱離イオン化（「ＬＤＩ」）イオン源；（ｖ）誘導結合プラズマ（「ＩＣＰ」）イオン源；（ｖｉ）電子衝撃（「ＥＩ」）イオン源；（ｖｉｉ）化学イオン化（「ＣＩ」）イオン源；（ｖｉｉｉ）フィールドイオン化（「ＦＩ」）イオン源；（ｉｘ）高速原子衝撃（「ＦＡＢ」）イオン源；（ｘ）液体二次イオン質量分析（「ＬＳＩＭＳ」）イオン源；（ｘｉ）大気圧イオン化（「ＡＰＩ」）イオン源；（ｘｉｉ）フィールドデソープション（「ＦＤ」）イオン源；（ｘｉｉｉ）マトリックス支援レーザーイオン化（「ＭＡＬＤＩ」）イオン源；および（ｘｉｖ）シリコン上脱離／イオン化（「ＤＩＯＳ」）イオン源からなる群から選択される方法。
【請求項２９】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、連続的イオン源を準備することを更に含む方法。
【請求項３０】
請求項１〜２８のいずれかに記載の方法であって、パルス状イオン源を準備することを更に含む方法。
【請求項３１】
ドリフトまたは飛行空間を前記イオンミラーの上流に準備することを更に含む先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、 前記イオンミラーが、前記ドリフトまたは飛行空間の電位に対する第１電位で保たれ、かつ前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、前記イオンミラーが、前記ドリフトまたは飛行空間の電位に対する第２電位で保たれる方法。
【請求項３２】
請求項３１に記載の方法であって、前記第１電位が、前記第２電位と実質的に同一である方法。
【請求項３３】
請求項３１に記載の方法であって、前記第１電位が、前記第２電位と実質的に相違する方法。
【請求項３４】
請求項３３に記載の方法であって、前記第１電位と前記第２電位との差異が、前記第１電位または第２電位のｔ％であり、ｔが、(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項３５】
請求項３３または３４に記載の方法であって、前記第１電位と前記第２電位との差異が、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項３６】
請求項３３、３４または３５に記載の方法であって、前記第１電位および／または前記第２電位が、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項３７】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、ある一定の質量電荷比および／またはある一定のエネルギーを有するイオンが、前記イオンミラーに少なくとも第１間隔貫入し、前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、前記ある一定の質量電荷比および／または前記ある一定のエネルギーを有するイオンが、前記イオンミラーに少なくとも異なる第２間隔貫入する方法。
【請求項３８】
請求項３７に記載の方法であって、前記第１間隔と前記第２間隔との差異が、前記第１間隔または前記第２間隔のｕ％であり、ｕが、(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項３９】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記第１のフラグメントイオンの前記第１の飛行時間を決定する工程、および前記第１のフラグメントイオンの前記第２の飛行時間を決定する工程が、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定すること又は検索すること、ならびに前記第２の飛行時間データ中の対応する第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定すること又は検索することを含む方法。
【請求項４０】
請求項３９に記載の方法であって、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定する又は検索する工程が、手動で、および／または自動でなされ、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定する又は検索する工程が、手動で、および/または自動でなされる方法。
【請求項４１】
請求項３９または４０に記載の方法であって、前記第１および／または前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索する工程が、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中のアイソトープピークのパターンを、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中のアイソトープピークのパターンと比較することを含む方法。
【請求項４２】
請求項４１に記載の方法であって、アイソトープピークの前記パターンを比較する工程が、アイソトープピークの相対強度および／またはアイソトープピークの分布を比較することを含む方法。
【請求項４３】
請求項３９〜４２のいずれかに記載の方法であって、前記第１および／または前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索する工程が、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中のイオンの強度を、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中のイオンの強度と比較することを含む方法。
【請求項４４】
請求項３９〜４３のいずれかに記載の方法であって、前記第１および／または前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索する工程が、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータから生じた第１質量スペクトル中の１またはそれ以上の質量スペクトルピークの幅を、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータから生じた第２質量スペクトル中の１またはそれ以上の質量スペクトルピークの幅と比較することを含む方法。
【請求項４５】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、親イオン質量スペクトルを獲得することを更に含む方法。
【請求項４６】
請求項４５に記載の方法であって、前記親イオン質量スペクトルから、１またはそれ以上の親イオンの前記質量または質量電荷比を決定する工程を更に含む方法。
【請求項４７】
請求項４６に記載の方法であって、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータから、１またはそれ以上のフラグメントイオンの飛行時間を決定することを更に含む方法。
【請求項４８】
請求項４７に記載の方法であって、
前記親イオン質量スペクトルから決定された親イオンの前記質量または質量電荷比と、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータから決定されたフラグメントイオンの飛行時間とを基に、
可能性のある第１のフラグメントイオンが有するであろう質量または質量電荷比を、予想することを更に含む方法。
【請求項４９】
請求項４７に記載の方法であって、
前記親イオン質量スペクトルから決定された１またはそれ以上の親イオンの前記質量または質量電荷比と、
前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータから決定された前記１またはそれ以上のフラグメントイオンの飛行時間とを基に、
可能性のある第１のフラグメントイオンが有するであろう質量または質量電荷比を、予想することを更に含む方法。
【請求項５０】
請求項４６〜４９のいずれかに記載の方法であって、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータから、１またはそれ以上のフラグメントイオンの飛行時間を決定することを更に含む方法。
【請求項５１】
請求項５０に記載の方法であって、
前記親イオン質量スペクトルから決定された親イオンの前記質量または質量電荷比と、
前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータから決定されたフラグメントイオンの飛行時間とを基に、
可能性のある第２のフラグメントイオンが有するであろう前記質量または質量電荷比を、予想することを更に含む方法。
【請求項５２】
請求項５０に記載の方法であって、
前記親イオン質量スペクトルから決定された１またはそれ以上の親イオンの前記質量電荷比と、
前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータから決定された１またはそれ以上の前記フラグメントイオンの飛行時間とを基に、
可能性のある第２のフラグメントイオンが有するであろう前記質量または質量電荷比を、予想することを更に含む方法。
【請求項５３】
請求項５１または５２に記載の方法であって、１またはそれ以上の可能性のある第１のフラグメントイオンの前記予想された質量または質量電荷比を、１またはそれ以上の可能性のある第２のフラグメントイオンの前記予想された質量または質量電荷比と比較するか、または対比することを更に含む方法。
【請求項５４】
請求項５３に記載の方法であって、１またはそれ以上の前記可能性のある第１のフラグメントイオンの前記予想された質量または質量電荷比が、１またはそれ以上の前記可能性のある第２のフラグメントイオンの前記予想された質量または質量電荷比のｘ％以内に相当する場合、
前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中のフラグメントイオンの同じ種に関連するものとして、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中のフラグメントイオンを識別し、決定し、または同定することをさらに含む方法。
【請求項５５】
請求項５４に記載の方法であって、ｘが、(i) < 0.001; (ii) 0.001-0.01; (iii) 0.01-0.1; (iv) 0.1-0.5; (v) 0.5-1.0; (vi) 1.0-1.5; (vii) 1.5-2.0; (viii) 2-3; (ix) 3-4; (x) 4-5; および (xi) > 5からなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項５６】
先行する請求項のいずれかに記載の方法であって、前記第１および第２の飛行時間から、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた親イオンの前記質量または質量電荷比を決定する前記工程が、
前記第１のフラグメントイオンの前記質量または質量電荷比の情報から独立して、または前記情報を必要とせずに、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた前記親イオンの前記質量電荷比を決定することを含む方法。
【請求項５７】
請求項５６に記載の方法であって、前記第１のフラグメントイオンの前記質量または質量電荷比の情報から独立して、または前記情報を必要とせずに、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた前記親イオンの前記質量電荷比を決定する前記工程が、
１またはそれ以上の親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じたと決定された前記親イオンの前記予想された質量または質量電荷比のｙ％以内に観察されるかどうかを、親イオン質量スペクトルから、決定することを含む方法。
【請求項５８】
請求項５７に記載の方法であって、ｙが、(i) < 0.001; (ii) 0.001-0.01; (iii) 0.01-0.1; (iv) 0.1-0.5; (v) 0.5-1.0; (vi) 1.0-1.5; (vii) 1.5-2.0; (viii) 2-3; (ix) 3-4; (x) 4-5; および (xi) > 5からなる群から選択される範囲以内にある方法。
【請求項５９】
請求項５７または５８に記載の方法であって、１つの親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じたと決定された前記親イオンの前記予想された質量または質量電荷比のｙ％以内に観察される場合、そのときには、前記親イオン質量ピークの前記質量または質量電荷比を、前記断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた前記親イオンの前記質量または質量電荷比のより精密な決定とする方法。
【請求項６０】
請求項５７または５８に記載の方法であって、１より多い親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じたと決定された前記親イオンの前記予想された質量または質量電荷比のｙ％以内に観察される場合、そのときには、どの観察された親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた可能性が最もある前記親イオンに相当し、または関連するかに関する決定がなされる方法。
【請求項６１】
請求項６０に記載の方法であって、どの観察された親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた可能性が最もある前記親イオンに相当し、または関連するかに関する決定が、前記イオンミラーが異なる第３設定で保たれたときに獲得された第３の飛行時間または質量スペクトルデータを参照することにより、なされる方法。
【請求項６２】
請求項６０または６１に記載の方法であって、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた可能性が最もある前記親イオンに相当し、または関連する、前記観察された親イオン質量ピークの前記質量または質量電荷比を、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた前記親イオンの前記質量または質量電荷比のより精密な決定とする方法。
【請求項６３】
請求項５９または６２に記載の方法であって、前記第１のフラグメントイオンの前記質量または質量電荷比のより精密な決定が、前記親イオンの前記質量または質量電荷比の前記より精密な決定を用いてなされる方法。
【請求項６４】
飛行時間型質量分析器を含む質量分析計であって、
前記飛行時間型質量分析器が、イオンミラーを含み、
使用時に、初回において、前記イオンミラーが第１設定で保たれ、第１の飛行時間または質量スペクトルデータを獲得し、かつ、２回めにおいて、前記イオンミラーが異なる第２設定で保たれ、第２の飛行時間または質量スペクトルデータを獲得し、
前記質量分析計が、使用時に、
（ａ）前記イオンミラーが前記第１設定で保たれるとき、ある一定の質量または質量電荷比を有する第１のフラグメントイオンの第１の飛行時間と；
（ｂ）前記イオンミラーが前記第２設定で保たれるとき、前記ある一定の同一の質量または質量電荷比を有する第１のフラグメントイオンの異なる第２の飛行時間と；
（ｃ）前記第１および第２の飛行時間から、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた親イオンの前記質量もしくは質量電荷比および／または前記第１のフラグメントイオンの前記質量もしくは質量電荷比とを決定する質量分析計。
【請求項６５】
請求項６４に記載の質量分析計であって、前記イオンミラーが、リフレクトロンを含む質量分析計。
【請求項６６】
請求項６５に記載の質量分析計であって、前記リフレクトロンが、線形電場リフレクトロンまたは非線形電場リフレクトロンを含む質量分析計。
【請求項６７】
イオン源と、ドリフトまたは飛行空間とを、前記イオンミラーの上流に更に含む請求項６４、６５または６６に記載の質量分析計であって、
使用時に、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、第１電位差が、前記イオン源と前記ドリフトまたは飛行空間との間に保たれ、かつ前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、第２電位差が、前記イオン源と前記ドリフトまたは飛行空間との間に保たれる質量分析計。
【請求項６８】
請求項６７に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位差が、前記第２電位差と実質的に同一である質量分析計。
【請求項６９】
請求項６７に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位差が、前記第２電位差と実質的に相違する質量分析計。
【請求項７０】
請求項６９に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位差と前記第２電位差との差異が、前記第１電位差または前記第２電位差のｐ％であり、pが、(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項７１】
請求項６９または７０に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位差と前記第２電位差との差異が、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される質量分析計。
【請求項７２】
請求項６９、７０または７１に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位差および／または前記第２電位差が、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項７３】
請求項６４から７２のいずれかに記載の質量分析計であって、使用時に、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、第１電場強度が、前記イオンミラーの長さの少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％に沿って保たれ、かつ前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、第２電場強度が、前記イオンミラーの長さの少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％に沿って保たれている質量分析計。
【請求項７４】
請求項７３に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電場強度が、第２電場強度と実質的に同一である質量分析計。
【請求項７５】
請求項７３に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電場強度が、前記第２電場強度と実質的に相違する質量分析計。
【請求項７６】
請求項７５に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電場強度と前記第２電場強度との差異が、前記第１電場強度または前記第２電場強度のｑ％であり、ｑが、(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項７７】
請求項７５または７６に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電場強度と前記第２電場強度との差異が、 (i) < 0.01 kV/cm; (ii) 0.01-0.1 kV/cm; (iii) 0.1-0.5 kV/cm; (iv) 0.5-1 kV/cm; (v) 1-2 kV/cm; (vi) 2-3 kV/cm; (vii) 3-4 kV/cm; (viii) 4-5 kV/cm; (ix) 5-6 kV/cm; (x) 6-7 kV/cm; (xi) 7-8 kV/cm; (xii) 8-9 kV/cm; (xiii) 9-10 kV/cm; (xiv) 10-11 kV/cm; (xv) 11-12 kV/cm; (xvi) 12-13 kV/cm; (xvii) 13-14 kV/cm; (xviii) 14-15 kV/cm; (xix) 15-16 kV/cm; (xx) 16-17 kV/cm; (xxi) 17-18 kV/cm; (xxii) 18-19 kV/cm; (xxiii) 19-20 kV/cm; (xxiv) 20-21 kV/cm; (xxv) 21-22 kV/cm; (xxvi) 22-23 kV/cm; (xxvii) 23-24 kV/cm; (xxviii) 24-25 kV/cm; (xxix) 25-26 kV/cm; (xxx) 26-27 kV/cm; (xxxi) 27-28 kV/cm; (xxxii) 28-29 kV/cm; (xxxiii) 29-30 kV/cm; および (xxxiv) > 30 kV/cmからなる群から選択される質量分析計。
【請求項７８】
請求項７５、７６または７７に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電場強度および／または前記第２電場強度が、(i) < 0.01 kV/cm; (ii) 0.01-0.1 kV/cm; (iii) 0.1-0.5 kV/cm; (iv) 0.5-1 kV/cm; (v) 1-2 kV/cm; (vi) 2-3 kV/cm; (vii) 3-4 kV/cm; (viii) 4-5 kV/cm; (ix) 5-6 kV/cm; (x) 6-7 kV/cm; (xi) 7-8 kV/cm; (xii) 8-9 kV/cm; (xiii) 9-10 kV/cm; (xiv) 10-11 kV/cm; (xv) 11-12 kV/cm; (xvi) 12-13 kV/cm; (xvii) 13-14 kV/cm; (xviii) 14-15 kV/cm; (xix) 15-16 kV/cm; (xx) 16-17 kV/cm; (xxi) 17-18 kV/cm; (xxii) 18-19 kV/cm; (xxiii) 19-20 kV/cm; (xxiv) 20-21 kV/cm; (xxv) 21-22 kV/cm; (xxvi) 22-23 kV/cm; (xxvii) 23-24 kV/cm; (xxviii) 24-25 kV/cm; (xxix) 25-26 kV/cm; (xxx) 26-27 kV/cm; (xxxi) 27-28 kV/cm; (xxxii) 28-29 kV/cm; (xxxiii) 29-30 kV/cm; および (xxxiv) > 30 kV/cmからなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項７９】
請求項６４〜７８のいずれかに記載の質量分析計であって、使用時に、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、前記イオンミラーが第１電圧で保たれ、前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、前記イオンミラーが第２電圧で保たれている質量分析計。
【請求項８０】
請求項７９に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電圧が、前記第２電圧と実質的に同一である質量分析計。
【請求項８１】
請求項７９に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電圧が、前記第２電圧と実質的に相違する質量分析計。
【請求項８２】
請求項８１に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電圧と前記第２電圧との差異が、前記第１電圧または前記第２電圧のｒ％であり、ｒが(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項８３】
請求項８１または８２に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電圧と前記第２電圧との差異が、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および(li) > 30 kVからなる群から選択される質量分析計。
【請求項８４】
請求項８１、８２または８３に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電圧および／または前記第２電圧が、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項８５】
イオン源を更に含む請求項６４〜８４のいずれかに記載の質量分析計であって、使用時に、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、前記イオンミラーが、前記イオン源の電位に対する第１電位で保たれ、かつ前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、前記イオンミラーが、前記イオン源の電位に対する第２電位で保たれる質量分析計。
【請求項８６】
請求項８５に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位が、前記第２電位と実質的に同一である質量分析計。
【請求項８７】
請求項８５に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位が、前記第２電位と実質的に相違する質量分析計。
【請求項８８】
請求項８７に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位と前記第２電位との差異が、前記第１電位または第２電位のｓ％であり、sが、(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項８９】
請求項８７または８８に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位と前記イオン源の前記電位との間の電位差および／または前記第２電位と前記イオン源の前記電位との間の電位差が、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項９０】
請求項８７、８８または８９に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位および／または前記第２電位が、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項９１】
請求項６４〜９０のいずれかに記載の質量分析計であって、（ｉ）エレクトロスプレー（「ＥＳＩ」）イオン源；（ｉｉ）大気圧化学イオン化（「ＡＰＣＩ」）イオン源；（ｉｉｉ）大気圧光イオン化（「ＡＰＰＩ」）イオン源；（ｉｖ）レーザー脱離イオン化（「ＬＤＩ」）イオン源；（ｖ）誘導結合プラズマ（「ＩＣＰ」）イオン源；（ｖｉ）電子衝撃（「ＥＩ」）イオン源；（ｖｉｉ）化学イオン化（「ＣＩ」）イオン源；（ｖｉｉｉ）フィールドイオン化（「ＦＩ」）イオン源；（ｉｘ）高速原子衝撃（「ＦＡＢ」）イオン源；（ｘ）液体二次イオン質量分析（「ＬＳＩＭＳ」）イオン源；（ｘｉ）大気圧イオン化（「ＡＰＩ」）イオン源；（ｘｉｉ）フィールドデソープション（「ＦＤ」）イオン源；（ｘｉｉｉ）マトリックス支援レーザーイオン化（「ＭＡＬＤＩ」）イオン源；および（ｘｉｖ）シリコン上脱離／イオン化（「ＤＩＯＳ」）イオン源からなる群から選択されるイオン源をさらに含む質量分析計。
【請求項９２】
請求項６４〜９１のいずれかに記載の質量分析計であって、連続的イオン源を更に含む質量分析計。
【請求項９３】
請求項６４〜９１のいずれかに記載の質量分析計であって、パルス状イオン源を更に含む質量分析計。
【請求項９４】
請求項６４〜９３のいずれかに記載の質量分析計であって、
ドリフトまたは飛行空間を前記イオンミラーの上流に更に含み、使用時に、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、前記イオンミラーが、前記ドリフトまたは飛行空間の電位に対する第１電位で保たれ、かつ前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、前記イオンミラーが、前記ドリフトまたは飛行空間の電位に対する第２電位で保たれる質量分析計。
【請求項９５】
請求項９４に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位が、前記第２電位と実質的に同一である質量分析計。
【請求項９６】
請求項９４に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位が、前記第２電位と実質的に相違する質量分析計。
【請求項９７】
請求項９６に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位と前記第２電位との差異が、前記第１電位または第２電位のｔ％であって、ｔが、(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項９８】
請求項９６または９７に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位と前記第２電位との差異が、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項９９】
請求項９６、９７または９８に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１電位および/または前記第２電位が、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【請求項１００】
請求項６４〜９９のいずれかに記載の質量分析計であって、使用時に、前記イオンミラーが前記第１設定であるとき、特定の質量電荷比および／または特定のエネルギーを有するイオンが、前記イオンミラーに少なくとも第１間隔貫入し、前記イオンミラーが前記第２設定であるとき、前記特定の質量電荷比および／または前記特定のエネルギーを有するイオンが、前記イオンミラーに少なくとも異なる第２間隔貫入する質量分析計。
【請求項１０１】
請求項１００に記載の質量分析計であって、使用時に、前記第１間隔と前記第２間隔との差異が、前記第１間隔または前記第２間隔のｕ％であり、uが、(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および(xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある質量分析計。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、質量分析計および質量分析の方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
マトリックス支援レーザーイオン化（「ＭＡＬＤＩ」）は、分析対象物物質のイオンを発生させる方法である。それは、大きな有機分子および生化学分子のイオンを発生させる特に成功した技術であり、そのことは、多くの他のイオン化技術が、大部分不成功に終わったものである。この分析対象材料を、適当な溶媒に溶解させる。その溶液の１滴と、適当なマトリックス材料の別の溶液の１滴とを、その後、２つの溶液が混合できるような、サンプルまたはターゲットプレートの表面上に配置する。生じた溶液を、その後、蒸発させ、残存マトリックス材料と分析対象材料とが、小さな結晶を形成する。そのサンプルまたはターゲットプレートを、その後、質量分析計中に配置し、そのサンプルまたはターゲットプレートをパルスレーザーで照射する。前記結晶は、通常、紫外線（ＵＶ）光で照射され、一方、赤外線（ＩＲ）光を、ある特定のマトリックス材料に用いることができる。
【０００３】
パルスレーザービームを用いてイオンが発生するので、生じたイオンは短いパルスで生じる。パルス状イオン源から発生したイオンを分析するのに特に便利なタイプの質量分析計は、飛行時間（「ＴＯＦ」）質量分析計である。
【０００４】
線形飛行時間型質量分析器は、イオンのパルスが高電圧、典型的には１０ｋＶから３０ｋＶの間で加速されることが知られている。イオンが飛行管を通過し、イオン検出器に到達する時間が、記録される。イオンが全て、おおよそ同じ運動エネルギーまで加速されるので、その後、そのイオンの生じた速度は、それらの質量の平方根に反比例し、イオンは全て別々に荷電されていると推測される。従って、イオンがイオン検出器に到達する時間も、それらの質量の平方根に比例する。
【０００５】
ＭＡＬＤＩイオン源において、ある範囲の速度を有するイオンは、サンプルまたはターゲットプレートの表面から脱着される。脱着したイオンの平均速度は、イオンの質量電荷比とはおおよそ無関係に決定され、典型的には３００〜６００ｍ／ｓである。脱着されたイオンの実際の平均速度は、使用したレーザーパワーならびに、サンプルおよびマトリックス結晶のサイズと性質次第である。脱着されたイオンは、平均速度付近の相当広い範囲の速度を有する傾向があることが認められている。その結果、飛行時間型質量分光器へ加速されたイオンは、通常、飛行時間型質量分析器を用いたとき、問題を引き起こしうる、広範囲のイオンエネルギーを有する。
【０００６】
線形飛行時間型質量分光器において、イオン検出器にイオンが到達する時間は、そのイオンのエネルギー次第である。従って、イオン源から放出されたそのイオンが、ある範囲の運動エネルギーを有するとき、そのときには、それらは、ある範囲の到達時間も有するであろう。このことにより、幅広質量ピークと、不十分な質量分解能を生じる。
【０００７】
イオンをほぼ１８０°で反射させ、そのイオンがイオン検出器まで飛行管の一部を逆に通過するリフレクトロンを用いることにより、この問題に対処する試みが知られている。従って、そのリフレクトロンに進入する前に相対的により高い初期運動エネルギーを有するイオンは、反射される前に、そのリフレクトロン内にさらに貫通する。従って、相対的により高い運動エネルギーを有するイオンは、移動する全体間隔が遠くなる。この点で、初めにより速くてよりエネルギーのあるイオンは、前記イオン検出器に衝突する前に、より大きな間隔を移動しうる。前記リフレクトロン中の平均飛行進路が、適切に準備されていれば、そのときには、第１近似まで、イオンが、前記飛行時間型質量分析器の加速領域に到達した際にそれらが有している運動エネルギーから実質的に独立して、前記イオン検出器に到達するよう準備されることができる。従って、リフレクトロンを用いることにより、より狭い観察質量ピークと、向上した質量分解能を生じる。従って、リフレクトロンを組み入れ、飛行時間型質量分析器に連結したＭＡＬＤＩイオン源は、リフレクトロンなしで線形飛行時間型質量分析器に連結したＭＡＬＤＩイオン源よりも、より高い質量分解能を達成することが可能である。
【０００８】
リフレクトロンを組み入れたＭＡＬＤＩ飛行時間型質量分析器は、また、親イオンから生じ、飛行の間に自然に分解するフラグメントイオンを分離し、分析することが可能である。そのような親イオンは、通常準安定イオンであり、飛行中の分解プロセスは、一般に、ポストソース分解（「ＰＳＤ」）と呼ばれている。親イオンの分解は、また、気体分子との衝突により（例えば、フラグメンテーションまたは衝突セルにおいて）、誘導される。そのようなプロセスは、一般に衝突誘起解離（「ＣＩＤ」）と呼ばれる。
【０００９】
フィールドフリー飛行領域中で生じたフラグメントイオンは、第１近似まで、それらの対応する親イオンと本質的に同じ速度を保持すると考えられる（分解反応の間に放出されたエネルギーの結果、実際には、前記フラグメントイオンの速度は、非常にわずかに増加または減少しているかもしれないが。）。従って、第１近似まで、前記フラグメントイオンは、リフレクトロンを有さない線形飛行時間型質量分光器のイオン検出器に、対応する断片化されていない親イオンと実質的に同時に、到着する。親イオンと、対応するフラグメントイオンは、従って、リフレクトロンを有さない線形飛行時間型質量分光器を用いて、実質的に時間的に分離されない。リフレクトロンを組み入れた質量分析計を用いれば、そのときには、状況は異なる。フラグメントイオンは、その対応する親イオンとおおよそ同じ速度を有し、しかし、質量が低いので、そのときには、当然ながら、前記フラグメントイオンは、その対応する親イオンの運動エネルギーより低い運動エネルギーを有するはずである。例えば、親イオンが、２０００の質量電荷比を有し、１０００の質量電荷比を有するフラグメントイオンになる親イオンフラグメントを有する場合、そのときには、前記フラグメントイオンは、その親イオンが元来有していた運動エネルギーのほんの半分のみを有する。フラグメントと親イオンの前記運動エネルギー比は、それらの質量と同じ比であろう。前記フラグメントイオンは、その対応する親イオンより低い運動エネルギーを有し、そのフラグメントイオンは、リフレクトロン内のより浅いところまで貫通するので、従って、全体の進路が当然ながら短くなるであろう。その結果として、リフレクトロンを組み入れた質量分析計中で、フラグメントイオンが、ＣＩＤまたはＰＳＤのいずれかにより形成されれば、そのときには、そのようなフラグメントイオンが、対応する関連した断片化されていない親イオンの前に、前記イオン検出器に到着する。前記リフレクトロンが、より低いエネルギーのフラグメントイオンを反射するよう最適化されている場合、そのときには、よりエネルギーのある親イオンが、前記リフレクトロンにより反射されず、従って、そのような親イオンは、システムに対して消滅する。従って、リフレクトロンを組み入れた適切に準備された飛行時間型質量分析器を用いてフラグメントイオンを、対応する断片化されていない親イオンから分離することが可能であり、前記フラグメントイオンを別々に記録し、質量分析することが可能である。
【００１０】
フラグメントイオンの分析は、構造決定と、対応する親イオンの同定に、特に有用である。バイオポリマーイオンについて、フラグメントイオンと親イオンのデータから、それらの分子配列を推測することが可能である。
【００１１】
ＰＳＤフラグメントイオンを分析するために、リフレクトロンを組み入れた飛行時間型質量分析器を用いることができる。線形フィールドリフレクトロンにおいて、前記イオン検出器に集中する最適エネルギーは、前記リフレクトロン内の前記飛行時間が、リフレクトロンの上流および下流の前記フィールドフリー領域内の全体の飛行時間におおよそ等しいとき、達成される。前記リフレクトロン領域内でのフラグメントイオンの飛行時間は、前記フラグメントイオンのリフレクトロン内への貫通の深さに左右される。比較的低いエネルギーのフラグメントイオンについては、前記リフレクトロン内への貫通の深さは、前記イオンの貫通の深さが、最大に近いように、増加されうる。これは、前記リフレクトロン電圧を減少させることにより、達成することができる。前記リフレクトロン電圧は、例えば、多数の電圧設定により、進めてもよい。一歩一歩ステップからステップへ、リフレクトロン電圧における２５％削減は、より低い質量電荷比を有し、従って、より低い運動エネルギーを有するフラグメントイオンに次第に集中して用いられてもよい。ステップからステップへ、前記リフレクトロンにより集中されたイオンに関連する抜粋されたデータ（または個々の質量スペクトルのセグメント）は、その後、併合されるか、または共にとじられて、特定の親イオンのフラグメンテーションから生じた種々のフラグメントイオン全てに関連する、単独または混合の質量スペクトルを形成する。
【００１２】
フラグメントイオンを分析するのに用いられる公知のＭＡＬＤＩ飛行時間型質量分光器は、前記飛行時間型質量分析器の上流の飛行管内に位置する、時限式（timed）静電気偏向システムまたはイオンゲートを含む。前記イオンゲートは、特定の速度を有するイオンのみを、それを通して通過させるように、準備されている。前記イオンゲートのタイミングは、狭い範囲の質量電荷比を有する親イオンのみが、前記イオンゲートにより伝達されるようなものである。前記イオンゲートの上流の親イオンのフラグメンテーションにより生じたフラグメントイオンのいずれも、前記対応する断片化されていない親イオンと本質的に同じ速度で移動する。従って、そのようなフラグメントイオンも、関連する断片化されていない親イオンと実質的に同時に、前記イオンゲートにより伝達される。従って、前記イオンゲートの使用により、ほんの一つの特定な親イオン（またはより小さい数の親イオンからの）から発生するフラグメントイオンを記録することができる。
【００１３】
公知の質量分析計には、特定のイオンを選択するのに、時限式イオンゲートを使用することに関連した多数の問題があった。時限式イオンゲートは、重要なイオン、すなわち、イオンゲートにより伝達されることが意図されたこれらのイオンの動きを混乱させうるという不都合を有している。伝達されたイオンは、また、軸方向に、および／または放射状に、前記イオンゲートから空電電場により、加速または減速されることもできる。前記イオンをゲートでコントロールするのに必要な前記高速電子パルスは、また、あまりに遅すぎるか、または行き過ぎて振動するかもしれない。このことは、前記親イオンおよび前記フラグメントイオンの質量分解能と、前記質量分析計の全体のイオン伝達の両方に、不利に影響する。低いエネルギーのフラグメントイオンが、前記イオンゲートからの空電電場の影響に、特に攻撃をうけやすい。
【００１４】
通常の質量分析計において用いられるような公知のイオンゲートは、ブラッドベリー・ニールソン（Bradbury Nielson）イオンゲートを含む。ブラッドベリー・ニールソン・イオンゲートは、空電フィールドを最少にするための、連続的ワイヤーに印加された、交流極性の電圧を有する平行なワイヤーを含む。いくつかのイオンが、前記ワイヤーに衝突し、中和されるので、そのような配置は、前記平行なワイヤーが、イオン伝達を減少させうるという問題がある。
【００１５】
イオンゲートを使用した結果生じるほかの影響も、また、好ましくない。例えば、イオンゲートにより故意に偏向されたイオンは、前記質量分析計のほかの部分に衝突し、スパッタリング、二次的イオン放出、表面誘導分解または同様のプロセスにより散乱イオン（または、他の二次的小片）を生じうる。その結果、複雑な混合物中で、強度が少し弱い親イオンからの強度が少し弱いフラグメントイオンの観察が、前記イオンゲートが閉じられたとき、より豊富なイオンの意図的なかたよりにより生じた散乱または二次的イオンの存在により、不明瞭になる。
【００１６】
時限式イオンゲートを用いることによる別の問題は、ある特定の親イオンについて、一つのフラグメントイオンスペクトルが一度に記録のみできることである。従って、例えば、ペプチドイオンの複雑な混合物をＰＳＤにより特徴づけるために、前記リフレクトロンに印加する電圧を減少させることにより、混合物中の個々の親ペプチドイオンを次々に伝達し、各親イオンについてのその対応するフラグメントイオンスペクトルを別々に記録するように前記イオンゲートを設定する必要がある。従って、すべての親イオンについてフラグメントイオンスペクトルを得るのに、著しく時間がかかる。さらに、通常のアプローチであれば、全ての親ペプチドイオンが分析される前に、比較的少量のサンプルを消費する。この問題は、また、全ての親ペプチドイオンが、ＰＳＤにより有用なフラグメントイオンを与えるわけではないという事実により、さらに度が増す。しかし、どの親ペプチドイオンが、すべての親イオンが個々に分析される後まで、最も有用なデータを与えるのか、知られていない。その結果、多くの時間とサンプルが消費されて、生産性が少ないか、または関連する重要性が低い親ペプチドイオンから、ＰＳＤフラグメントイオンデータを得る。ある場合には、有用または興味あるデータを得る前に、全てのサンプルが消費される。
【００１７】
一方、時限式イオンゲートが、通常の質量分析器に組み入れられない場合には、そのときには、全ての多数の親イオンのフラグメンテーションから生じた全てのフラグメントイオンが、伝達され、同時に記録される。従って、分析される前記サンプルが、異なる親ペプチドイオンの複雑な混合物を含む場合、そのときには、生じる質量スペクトルは、前記質量スペクトルは、質量ピークで完全に洪水のようになっており、非常に多数の観察フラグメントイオンのどれが、どの親イオンに対応するのか、公知ではないので、分析が不可能である。その結果、観察フラグメントイオンを、特定の親イオンに関連させることが可能ではなく、従って、通常の質量分析計をイオンゲート無しで用いた場合、有用な情報は得られない。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【００１８】
従って、改良された質量分析計と、質量分析の方法を提供することが望まれていた。
【課題を解決するための手段】
【００１９】
本発明のある観点によれば、質量分析の方法が提供され、その方法は、
イオンミラーを含む飛行時間型質量分析器を準備すること;
前記イオンミラーを第１設定で保つこと;
前記イオンミラーが第１設定であるとき、第１の飛行時間または質量スペクトルデータを獲得すること;
前記イオンミラーを異なる第２設定で保つこと;
前記イオンミラーが第２設定であるとき、第２の飛行時間または質量スペクトルデータを獲得すること;
前記イオンミラーが第１設定であるとき、ある一定の質量または質量電荷比を有する第１のフラグメントイオンの第１の飛行時間を決定すること；
前記イオンミラーが第２設定であるとき、同一の前記ある一定の質量または質量電荷比を有する第１のフラグメントイオンの異なる第２の飛行時間を決定すること；および
断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた親イオンの前記質量または質量電荷比のいずれか、および／または前記第１のフラグメントイオンの前記質量または質量電荷比のいずれかを、第１および第２の飛行時間から決定することを含む。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２０】
前記イオンミラーは、リフレクトロンを含むのが好ましく、そのリフレクトロンは、線形電場リフレクトロンまたは非線形電場リフレクトロンのいずれであってもよい。
【００２１】
前記方法は、イオン源と、ドリフトまたは飛行空間とを、前記イオンミラーの上流に準備することを更に含む方法であって、前記イオンミラーが第１設定であるとき、第１電位差は、前記イオン源と前記ドリフトまたは飛行空間との間に保たれ、前記イオンミラーが第２設定であるとき、第２電位差は、前記イオン源と前記ドリフトまたは飛行空間との間に保たれる方法が好ましい。
【００２２】
ある実施形態において、前記第１電位差は、第２電位差と実質的に同一である。
【００２３】
別の実施形態において、前記第１電位差は、前記第２電位差と実質的に相違する。前記第１電位差と前記第２電位差との差異は、前記第１電位差または第２電位差のｐ％であり、前記ｐは(i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および(xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００２４】
前記第１電位差と前記第２電位差との差異は、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択されることができる。
【００２５】
前記第１電位差および／または前記第２電位差は、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００２６】
前記イオンミラーが第１設定であるとき、第１の電場強度または電場勾配は、前記イオンミラーの長さの少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％に沿って保たれ、かつ、前記イオンミラーが第２設定であるとき、第２の電場強度または電場勾配は、前記イオンミラーの長さの少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または１００％に沿って保たれるのが好ましい。
【００２７】
前記第１の電場強度または電場勾配は、前記第２の電場強度または電場勾配と実質的に同一であってもよい。代わりに、前記第１の電場強度または電場勾配は、前記第２の電場強度または電場勾配と実質的に相違してもよい。
【００２８】
前記第１の電場強度または電場勾配と、前記第２の電場強度または電場勾配との差異は、前記第１または第２の電場強度または電場勾配のｑ％であり、ｑは、 (i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００２９】
前記第１の電場強度または電場勾配と、前記第２の電場強度または電場勾配との差異は、(i) < 0.01 kV/cm; (ii) 0.01-0.1 kV/cm; (iii) 0.1-0.5 kV/cm; (iv) 0.5-1 kV/cm; (v) 1-2 kV/cm; (vi) 2-3 kV/cm; (vii) 3-4 kV/cm; (viii) 4-5 kV/cm; (ix) 5-6 kV/cm; (x) 6-7 kV/cm; (xi) 7-8 kV/cm; (xii) 8-9 kV/cm; (xiii) 9-10 kV/cm; (xiv) 10-11 kV/cm; (xv) 11-12 kV/cm; (xvi) 12-13 kV/cm; (xvii) 13-14 kV/cm; (xviii) 14-15 kV/cm; (xix) 15-16 kV/cm; (xx) 16-17 kV/cm; (xxi) 17-18 kV/cm; (xxii) 18-19 kV/cm; (xxiii) 19-20 kV/cm; (xxiv) 20-21 kV/cm; (xxv) 21-22 kV/cm; (xxvi) 22-23 kV/cm; (xxvii) 23-24 kV/cm; (xxviii) 24-25 kV/cm; (xxix) 25-26 kV/cm; (xxx) 26-27 kV/cm; (xxxi) 27-28 kV/cm; (xxxii) 28-29 kV/cm; (xxxiii) 29-30 kV/cm; および (xxxiv) > 30 kV/cmからなる群から選択されてもよい。
【００３０】
前記第１の電場強度もしくは電場勾配および／または前記第２の電場強度もしくは電場勾配は、 (i) < 0.01 kV/cm; (ii) 0.01-0.1 kV/cm; (iii) 0.1-0.5 kV/cm; (iv) 0.5-1 kV/cm; (v) 1-2 kV/cm; (vi) 2-3 kV/cm; (vii) 3-4 kV/cm; (viii) 4-5 kV/cm; (ix) 5-6 kV/cm; (x) 6-7 kV/cm; (xi) 7-8 kV/cm; (xii) 8-9 kV/cm; (xiii) 9-10 kV/cm; (xiv) 10-11 kV/cm; (xv) 11-12 kV/cm; (xvi) 12-13 kV/cm; (xvii) 13-14 kV/cm; (xviii) 14-15 kV/cm; (xix) 15-16 kV/cm; (xx) 16-17 kV/cm; (xxi) 17-18 kV/cm; (xxii) 18-19 kV/cm; (xxiii) 19-20 kV/cm; (xxiv) 20-21 kV/cm; (xxv) 21-22 kV/cm; (xxvi) 22-23 kV/cm; (xxvii) 23-24 kV/cm; (xxviii) 24-25 kV/cm; (xxix) 25-26 kV/cm; (xxx) 26-27 kV/cm; (xxxi) 27-28 kV/cm; (xxxii) 28-29 kV/cm; (xxxiii) 29-30 kV/cm; および (xxxiv) > 30 kV/cmからなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００３１】
好ましい前記方法において、前記イオンミラーが第１設定であるとき、前記イオンミラーは、第１電圧で保たれ、かつ、前記イオンミラーが第２設定であるとき、前記イオンミラーは、第２電圧で保たれる。前記第１電圧は、前記第２電圧と実質的に同一であってもよく、または前記第２電圧と実質的に相違してもよい。
【００３２】
好ましい実施形態において、前記第１電圧と前記第２電圧との差異は、前記第１電圧または第２電圧のｒ％であり、rは、 (i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある。
【００３３】
前記第１電圧と前記第２電圧との差異は、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択されるのが好ましい。
【００３４】
前記第１電圧および／または前記第２電圧は、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００３５】
好ましい前記方法は、前記イオンミラーが第１設定であるとき、前記イオンミラーは、前記イオン源の電位に対する第１電位で保たれ、前記イオンミラーが第２設定であるとき、前記イオンミラーは、前記イオン源の電位に対する第２電位で保たれるような、イオン源を準備することを更に含む。前記第１電位は、前記第２電位と実質的に同一であってもよく、または前記第２電位と実質的に相違してもよい。
【００３６】
好ましい実施形態において、前記第１電位と前記第２電位との差異は、前記第１電位または第２電位のｓ％であり、ｓは、 (i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および(xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある。
【００３７】
前記第１電位と前記イオン源の前記電位との間の電位差および／または前記第２電位と前記イオン源の前記電位との間の電位差は、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００３８】
前記第１電位および／または前記第２電位は、(i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００３９】
好ましい方法は、（ｉ）エレクトロスプレー（「ＥＳＩ」）イオン源；（ｉｉ）大気圧化学イオン化（「ＡＰＣＩ」）イオン源；（ｉｉｉ）大気圧光イオン化（「ＡＰＰＩ」）イオン源；（ｉｖ）レーザー脱離イオン化（「ＬＤＩ」）イオン源；（ｖ）誘導結合プラズマ（「ＩＣＰ」）イオン源；（ｖｉ）電子衝撃（「ＥＩ」）イオン源；（ｖｉｉ）化学イオン化（「ＣＩ」）イオン源；（ｖｉｉｉ）フィールドイオン化（「ＦＩ」）イオン源；（ｉｘ）高速原子衝撃（「ＦＡＢ」）イオン源；（ｘ）液体二次イオン質量分析（「ＬＳＩＭＳ」）イオン源；（ｘｉ）大気圧イオン化（「ＡＰＩ」）イオン源；（ｘｉｉ）フィールドデソープション（「ＦＤ」）イオン源；（ｘｉｉｉ）マトリックス支援レーザーイオン化（「ＭＡＬＤＩ」）イオン源；および（ｘｉｖ）シリコン上脱離／イオン化（「ＤＩＯＳ」）イオン源からなる群から選択されるイオン源を準備することを更に含む。
【００４０】
前記イオン源は、連続的イオン源またはパルス状イオンであってもよい。
【００４１】
前記方法は、ドリフトまたは飛行空間を前記イオンミラーの上流に準備することを更に含み、前記イオンミラーが第１設定であるとき、前記イオンミラーは、前記ドリフトまたは飛行空間の電位に対する第１電位で保たれ、かつ、前記イオンミラーが第２設定であるとき、前記イオンミラーは、前記ドリフトまたは飛行空間の電位に対する第２電位で保たれるのが好ましい。この実施形態において、前記第１電位は、前記第２電位と実質的に同一であってもよく、または、前記第２電位と実質的に相違してもよい。
【００４２】
好ましい実施形態において、前記第１電位と前記第２電位との差異は、前記第１電位または第２電位のｔ％であり、ｔは、 (i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にある。
【００４３】
前記第１電位と前記第２電位との差異は、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV;および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００４４】
前記第１電位および／または前記第２電位は、 (i) < 10 V; (ii) 10-50 V; (iii) 50-100 V; (iv) 100-150 V; (v) 150-200 V; (vi) 200-250 V; (vii) 250-300 V; (viii) 300-350 V; (ix) 350-400 V; (x) 400-450 V; (xi) 450-500 V; (xii) 500-550 V; (xiii) 550-600 V; (xiv) 600-650 V; (xv) 650-700 V; (xvi) 700-750 V; (xvii) 750-800 V; (xviii) 800-850 V; (xix) 850-900V; (xx) 900-950; (xxi) 950-1000 V; (xxii) 1-2 kV; (xxiii) 2-3 kV; (xxiv) 3-4 kV; (xxv) 4-5 kV; (xxvi) 5-6 kV; (xxvii) 6-7 kV; (xxviii) 7-8 kV; (xxix) 8-9 kV; (xxx) 9-10 kV; (xxxi) 10-11 kV; (xxxii) 11-12 kV; (xxxiii) 12-13 kV; (xxxiv) 13-14 kV; (xxxv) 14-15 kV; (xxxvi) 15-16 kV; (xxxvii) 16-17 kV; (xxxviii) 17-18 kV; (xxxix) 18-19 kV; (xxxx) 19-20 kV; (xxxxi) 20-21 kV; (xxxxii) 21-22 kV; (xxxxiii) 22-23 kV; (xxxxiv) 23-24 kV; (xxxxv) 24-25 kV; (xxxxvi) 25-26 kV; (xxxxvii) 26-27 kV; (xxxxviii) 27-28 kV; (xxxxix) 28-29 kV; (l) 29-30 kV; および (li) > 30 kVからなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００４５】
好ましい前記方法において、前記イオンミラーが第１設定であるとき、ある一定の質量電荷比および／またはある一定のエネルギーを有するイオンは、前記イオンミラーに少なくとも第１間隔貫通し、前記イオンミラーが第２設定であるとき、前記ある一定の質量電荷比および／または前記ある一定のエネルギーを有するイオンは、前記イオンミラーに少なくとも異なる第２間隔貫通する。
【００４６】
前記第１間隔と前記第２間隔との差異は、前記第１間隔または前記第２間隔のｕ％であり、ｕは、 (i) ＜ 1; (ii) 1-2; (iii) 2-3; (iv) 3-4; (v) 4-5; (vi) 5-6; (vii) 6-7; (viii) 7-8; (ix) 8-9; (x) 9-10; (xi) 10-15; (xii) 15-20; (xiii) 20-25; (xiv) 25-30; (xv) 30-35; (xvi) 35-40; (xvii) 40-45; (xviii) 45-50; および (xix) > 50からなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００４７】
好ましい前記方法において、前記第１のフラグメントイオンの前記第１の飛行時間を決定する工程、および前記第１のフラグメントイオンの前記第２の飛行時間を決定する工程は、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索すること、ならびに前記第２の飛行時間データ中の対応する第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索することを含む。
【００４８】
この実施形態において、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索する工程は、手動で、および／または自動でなされるのが好ましく、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索する工程は、手動で、および／または自動でなされるのが好ましい。
【００４９】
前記第１および／または前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索する工程は、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中のアイソトープピークのパターンを、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中のアイソトープピークのパターンと比較することを含むのが好ましい。
【００５０】
好ましい実施形態において、アイソトープピークの前記パターンを比較する工程が、前記アイソトープピークの相対強度および／または前記アイソトープピークの分布を比較することを含む。前記第１および／または前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索する工程は、また、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中の前記イオンの強度を、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中の前記イオンの強度と比較することを、若しくは代わりに、含んでもよい。
【００５１】
前記第１および／または前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中の第１のフラグメントイオンを識別し、決定し、同定し、または検索する工程は、第１の飛行時間または質量スペクトルデータから生じた第１質量スペクトル中の１またはそれ以上の質量スペクトルピークの幅を、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータから生じた第２質量スペクトル中の１またはそれ以上の質量スペクトルピークの幅と比較することを含むのが好ましい。
【００５２】
前記好ましい方法は、親イオン質量スペクトルを獲得することをさらに含む。その方法は、前記親イオン質量スペクトルから、１またはそれ以上の親イオンの前記質量または質量電荷比を決定する工程をさらに含むのが好ましい。
【００５３】
この実施形態において、この方法は、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータから、前記１またはそれ以上のフラグメントイオンの飛行時間を決定することをさらに含んでもよい。この方法は、可能性のある第１のフラグメントイオンが有するであろう前記質量または質量電荷比を、前記親イオン質量スペクトルから決定された親イオンの前記質量または質量電荷比と、第１の飛行時間または質量スペクトルデータから決定されたフラグメントイオンの前記飛行時間とを基に、予想することを更に含むのが好ましい。
【００５４】
別の実施形態においては、この方法は、可能性のある第１のフラグメントイオンが有するであろう前記質量または質量電荷比を、前記親イオン質量スペクトルから決定された１またはそれ以上の親イオンの前記質量または質量電荷比と、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータから決定された前記１またはそれ以上のフラグメントイオンの飛行時間とを基に、予想することを含む。
【００５５】
前記方法は、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータから前記１またはそれ以上のフラグメントイオンの飛行時間を決定することを含むのが好ましい。これは、可能性のある第２のフラグメントイオンが有するであろう前記質量または質量電荷比を、前記親イオン質量スペクトルから決定された親イオンの前記質量または質量電荷比と、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータから決定されたフラグメントイオンの前記飛行時間とを基に、予想することを含むのが好ましい。
【００５６】
別の実施形態において、この方法は、可能性のある第２のフラグメントイオンが有するであろう前記質量または質量電荷比を、前記親イオン質量スペクトルから決定された１またはそれ以上の親イオンの前記質量電荷比と、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータから決定された前記１またはそれ以上のフラグメントイオンの飛行時間とを基に、予想することを含む。
【００５７】
前記好ましい方法は、１またはそれ以上の可能性のある第１のフラグメントイオンの前記予想された質量または質量電荷比を、１またはそれ以上の可能性のある第２のフラグメントイオンの前記予想された質量または質量電荷比と比較するか、または対比することを含む。
【００５８】
この方法はまた、１またはそれ以上の前記可能性のある第１のフラグメントイオンの前記予想された質量または質量電荷比が、１またはそれ以上の前記可能性のある第２のフラグメントイオンの前記予想された質量または質量電荷比のｘ％以内に相当する場合、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータ中のフラグメントイオンの同じ種に関連するものとして、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータ中のフラグメントイオンを識別し、決定し、または同定することを含んでもよい。xは、(i) < 0.001; (ii) 0.001-0.01; (iii) 0.01-0.1; (iv) 0.1-0.5; (v) 0.5-1.0; (vi) 1.0-1.5; (vii) 1.5-2.0; (viii) 2-3; (ix) 3-4; (x) 4-5; および (xi) > 5からなる群から選択される範囲以内にあるのが好ましい。
【００５９】
前記第１および第２の飛行時間から、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた親イオンの前記質量または質量電荷比を決定する工程は、前記第１のフラグメントイオンの前記質量または質量電荷比の情報から独立して、または前記情報を必要とせずに、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた前記親イオンの前記質量電荷比を決定することを含むのが好ましい。
【００６０】
好ましい実施形態において、前記第１のフラグメントイオンの前記質量または質量電荷比の情報から独立して、または前記情報を必要とせずに、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた前記親イオンの前記質量または質量電荷比を決定する工程は、１またはそれ以上の親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じたと決定された前記親イオンの前記予想された質量または質量電荷比のｙ％以内に観察されるかどうかを、親イオン質量スペクトルから決定することを含む。yは、 (i) < 0.001; (ii) 0.001-0.01; (iii) 0.01-0.1; (iv) 0.1-0.5; (v) 0.5-1.0; (vi) 1.0-1.5; (vii) 1.5-2.0; (viii) 2-3; (ix) 3-4; (x) 4-5; および (xi) > 5からなる群から選択される範囲以内にあることが好ましい。
【００６１】
１つの親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じたと決定された前記親イオンの前記予想された質量または質量電荷比のｙ％以内に観察される場合、そのときには、前記親イオン質量ピークの前記質量または質量電荷比を、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた前記親イオンの前記質量または質量電荷比のより精密な決定とするのが好ましい。
【００６２】
別の実施形態において、１より多い親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じたと決定された前記親イオンの前記予想された質量または質量電荷比のｙ％以内に観察される場合、そのときには、どの観察された親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた可能性が最もある前記親イオンに相当し、または関連することに関する決定がなされる。そのような方法において、どの観察された親イオン質量ピークが、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた可能性が最もある前記親イオンに相当し、または関連するかに関する決定が、前記イオンミラーが異なる第３設定で保たれたときに獲得された、第３の飛行時間または質量スペクトルデータを参照することによりなされるのが好ましい。
【００６３】
断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた可能性が最もある前記親イオンに相当し、または関連する前記観察された親イオン質量ピークの前記質量または質量電荷比を、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた前記親イオンの前記質量または質量電荷比のより精密な決定とするのが好ましい。
【００６４】
好ましい実施形態において、前記第１のフラグメントイオンの前記質量または質量電荷比のより精密な決定は、前記親イオンの前記質量または質量電荷比の前記より精密な決定を用いて行われる。
【００６５】
本発明の別の観点から、質量分析計が提供され、前記質量分析計は飛行時間型質量分析器を含み、
前記飛行時間型質量分析器は、イオンミラーを含み、使用時に、前記イオンミラーは、初回において、第１設定で保たれ、第１の飛行時間または質量スペクトルデータを獲得し、かつ、前記イオンミラーは、２回めにおいて、異なる第２設定で保たれ、第２の飛行時間または質量スペクトルデータを獲得し;
前記質量分析計が、使用時に:
（ａ）前記イオンミラーが前記第１設定で保たれるとき、ある一定の質量または質量電荷比を有する第１のフラグメントイオンの第１の飛行時間と；
（ｂ）前記イオンミラーが前記第２設定で保たれるとき、同一のある一定の質量または質量電荷比を有する第１のフラグメントイオンの異なる第２の飛行時間と；
（ｃ）前記第１および第２の飛行時間から、断片化して前記第１のフラグメントイオンを生じた親イオンの前記質量もしくは質量電荷比および／または前記第１のフラグメントイオンの前記質量もしくは質量電荷比とを決定する。
【００６６】
好ましい実施形態によれば、異なる親イオンから、ＰＳＤおよび／またはＣＩＤフラグメントイオンスペクトルを、リフレクトロンを含むが、時限式イオンゲートの使用を要求せず、または必要としないＭＡＬＤＩ飛行時間型質量分光器を用いて、同時に獲得することが可能である。従って、前記好ましい実施形態によれば、時限式イオンゲートの使用を要求する通常の配置に関連する問題全てを、防止することができる。記録されたデータを解釈する好ましい方法もまた、開示されている。
【００６７】
好ましい実施形態によれば、前記飛行時間型質量分光器の一部を形成する前記リフレクトロンに印加された前記電圧は、親イオンの前記同時またはそうでなければ、フラグメンテーションから生じたポストソース分解フラグメントイオンが、実質的に同時に獲得できるような、特定のシークエンスにおいて、変化させるようにプログラムされるのが好ましい。その記録されたデータは、そのときには、処理されて、前記フラグメントイオン質量電荷比を決定し、また、観察されたフラグメントイオンそれぞれについての前記対応する親イオン質量電荷比を予想するのが好ましい。
【００６８】
好ましい多重システムにより、通常のシステムより、より一層素早く、かつ著しく少ないサンプル消費で、ＰＳＤデータを獲得することが可能である。時限式イオンゲートの除去により、また、安価で、製造の複雑さが少なく、かつ、操作が相当簡単な、質量分析計を生じる。有利なことに、好ましい実施形態により獲得された前記ＰＳＤデータは、サンプル中のすべての前記親イオンからであり、時限式イオンゲートを用いる通常の配置の場合のように、個々に選択された親イオンからだけではない。従って、ＰＳＤデータは、好ましい実施形態により、著しく少ないサンプル消費で獲得され、獲得される検出限界を著しく改善することが可能である。
【００６９】
好ましい実施形態において、ＰＳＤフラグメントイオンの前記飛行時間は、前記リフレクトロン電圧を、第１電圧レベルから、比較的近い第２電圧レベルまで、減じることにより決定される。前記第２電圧レベルは、前記第１電圧レベルより約４〜５％低いのが好ましい。前記印加されたリフレクトロン電圧における比較的小さい変化（例えば、４〜５％）は、以下、小さい方の減少量（またはステップ）と呼ぶ。異なるエネルギーのフラグメントイオンを最適に反射させるのに用いられる、前記リフレクトロン電圧におけるより大きな変化（例えば、２５％）は、以下、大きい方の減少量（またはステップ）と呼ぶ。
【００７０】
２つの僅かに相違するリフレクトロン電圧（すなわち、前記リフレクトロン電圧は、小さい方の減少量またはステップのみだけ、変化している）での、２つの類似の質量スペクトルの獲得により、前記観察されたフラグメントイオンの質量電荷比のみならず、前記対応する親イオン（前記親イオンから、前記フラグメントイオンが誘導されて精密に決定されている）の質量電荷比を可能にする。
【００７１】
一旦、特定の範囲のエネルギーを有するイオンについての質量スペクトルデータが、獲得されると、前記リフレクトロン電圧は、そのときには、大きい方の減少量またはステップだけ減じられるのが好ましい。前記親およびフラグメントイオン質量電荷比を精密に決定するプロセスは、そのときには、繰り返されるのが好ましい。前記リフレクトロン電圧は、そのときには、別の大きい方の減少量またはステップだけ減じられるのが好ましく、そのプロセスは、多数回繰り返されるのが好ましく、その結果、重要な前記質量電荷比範囲全域でイオンが、質量分析される。
【００７２】
先の実施形態ほどではないが、好ましい実施形態によれば、小さい方の減少量またはステップだけ前記リフレクトロン電圧を減少させる工程は、無くともよい。代わりに、前記リフレクトロン電圧が連続的な大きい方の減少量またはステップだけ減少された後に獲得された、選択されたデータを用いて、前記対応する質量スペクトル中の観察されたフラグメントイオンの各々について、前記親およびフラグメントイオン質量電荷比を計算してもよい。
【００７３】
本発明の種々の実施形態を、添付の図面を参照して、ここに説明するが、例示のためのみである。前記図面は、以下のとおりである。
【００７４】
好ましい実施形態を、図１を参照してここに説明する。図１は、好ましいＭＡＬＤＩ飛行時間ＰＳＤ質量分析計を示す。レーザー光１は、サンプルまたはターゲットプレート２上に向けられるのが好ましく、電圧ＶSで保たれるのが好ましい。イオンが、前記サンプルまたはターゲットプレート２において、ＭＡＬＤＩプロセスにより、発生するのが好ましい。二段式遅延引き出し（またはタイムラグ焦点）デバイス３は、前記サンプルまたはターゲットプレート２と、フィールドフリー又はドリフト領域５との間に備えてもよく、もし備えられていれば、前記イオン源４の一部を形成すると考えられる。前記遅延引き出しデバイス３は、比較的低いエネルギーで、前記サンプルまたはターゲットプレート２から初めに脱着されたイオンのエネルギーを増加させるのが好ましい。前記イオン源４から現れるイオンは、前記イオン源４の下流に配置されたフィールドフリー又はドリフト領域５中に加速されるのが好ましい。前記遅延引き出しデバイス３は、エネルギーのより少ないイオンのエネルギーを増加させることにより、初めにより遅いイオンを、前記フィールドフリー又はドリフト領域５中で、より速いイオンに追いつかせることが可能である。
【００７５】
前記フィールドフリー又はドリフト領域５は、前記イオン源４に関して接地されて（grounded）いてもよい、飛行管を含むのが好ましい。しかし、他の先の実施形態ほどではないが、好ましい実施形態によれば、前記飛行管は、比較的高い電圧で保たれてもよく、前記イオン源４は、接地されていてもよい。他の実施形態によれば、前記飛行管および／またはイオン源４は、他の異なる電位または電圧で保たれてもよい。
【００７６】
好ましい実施形態によれば、前記イオン源４から発せられ、前記フィールドフリー又はドリフト領域５を通過する親イオンは、ｅＶsエレクトロンボルトとおおよそ等しい運動エネルギーを有するのが好ましい。
【００７７】
親イオンは、（前記フィールドフリー領域５中に備えられていてもよい任意衝突又はフラグメンテーションセル６中で）計画的にＣＩＤにより断片化されてもよい。しかし、前記準安定親イオンが、前記フィールドフリー又はドリフト領域５を衝突又はフラグメンテーションセル６による助けなしに通過するので、準安定親イオンが、付加的に、または代わりに、自然にＰＳＤにより断片化するのがより好ましい。
【００７８】
ＣＩＤにより、および／または、より好ましくはＰＳＤにより、形成されたフラグメントイオンは、前記フィールドフリー又はドリフト領域５から現れるのが好ましく、その後、イオンミラー７を通過またはそうでなければ、イオンミラー７に入るのが好ましい。前記イオンミラー７は、リフレクトロンを含むのが好ましい。前記イオンミラー７は、前記イオンミラー７の中から後方へ、イオン検出器８（前記イオンミラー７の下流に配置されるのが好ましい）に向かって、前記フラグメントイオンの少なくとも幾つかが反射できるように、配置されるのが好ましい。前記イオン検出器８は、例えば、マイクロチャンネルプレートイオン検出器を含んでもよい。
【００７９】
前記イオンミラー７は、初めに、フラグメントイオン（対応する断片化されていない親イオンよりも少ない運動エネルギーを有するであろう）が、前記イオンミラー７内で遅延電場により実質的に反射されるような、電圧、電位、電場強度または電場勾配で保たれていてもよい一方、断片化されていない親イオン（比較的高い運動エネルギーを有するであろう）は、前記イオンミラー７により反射されないであろう。従って、初めに、比較的ほんの少数または実質的に全く無い断片化されていない親イオンが、前記イオンミラー７で反射され、従って、もし全てがそうでなければ、大部分の前記断片化されていない親イオンは、反射されることなく、前記イオンミラー７を通して持続することができ、従って、前記システムのものではなくなるように配置されてもよい。
【００８０】
一旦、最もエネルギーのあるフラグメントイオンが、前記イオンミラー７により最適に反射され、そのときには、その後、質量分析され、前記最大値イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配は、その後、一連の小さい方の減少量と大きい方の減少量またはステップにおいて、以下により詳細に説明するようにして、次第に減少させるのが好ましい。この仕方による前記リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配の減少により、エネルギーのより少ないフラグメントイオンが、前記イオンミラー７により最適に反射されることが可能になる。段々により低いリフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配設定で、もしあるならば、非常に数の少ない、断片化されていない親イオンが、前記イオンミラー７により反射されるであろう。従って、生じた質量スペクトルは、ほとんど排他的に、フラグメントイオンに関連するであろう。
【００８１】
前述の実施形態には、前記イオンミラー７またはリフレクトロンの前記電圧、電位、電場強度または電場勾配を変化させることを含み、一方、前記イオン源４および／またはフィールドフリーもしくはドリフト領域５の前記電圧または電位が、実質的に一定であり続けるが、他の実施形態によれば、前記イオンミラー７またはリフレクトロンの前記電位は、前記イオン源４および／または前記フィールドフリーもしくはドリフト領域５のいずれかに関して、より一般的に、変化されてもよい。すなわち、前記イオン源４および／または前記フィールドフリーもしくはドリフト領域５の前記電位は、変化してもよく、一方、例えば、前記イオンミラー７またはリフレクトロンの前記電圧、電位、電場強度または電場勾配は、実質的に一定であり続けてもよい。ある実施形態によれば、前記イオン源４および／または前記フィールドフリーもしくはドリフト領域５および／または前記イオンミラー７の前記電位は、変化してもよい。
【００８２】
図２は、好ましい実施形態により、前記イオンミラーまたはリフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配が、一連の小さい方の減少量と大きい方の減少量において、時間と共に次第にどのように減少するのか、説明している。初めに、第１の飛行時間または質量スペクトルデータが、獲得され、一方、前記イオンミラーまたはリフレクトロン７が、前記フィールドフリー又はドリフト領域５（グラウンドに維持されるのが好ましい）の前記電位に対して、比較的高い第１電圧、電位、電場強度または電場勾配ＶＲ１で保たれるのが好ましい。ＶＲ１が比較的高いので、そのときには、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータが、エネルギーのあるフラグメントイオンの比較的大部分を含むのが好ましい。というのも、前記イオンミラー７またはリフレクトロンは、比較的エネルギーのあるフラグメントイオンが、最適に反射されるような電圧、電位、電場強度または電場勾配で設定されるのが好ましいからである。より低いエネルギーのフラグメントイオンが、また、反射される。ある低いエネルギーの親イオンは、また、前記イオンミラー７により反射されてもよく、従って、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータにおいて観察されてもよいことが、また、あり得るが、必ずしも特に意図されてはいない。
【００８３】
前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータが、質量スペクトルを生じるのに用いられるとき、そのときには、ほんの限られた部分の前記質量スペクトルが、潜在的に有用な情報を生むであろう。これは、前記イオンミラー７またはリフレクトロンが、比較的狭い範囲の質量電荷比を有するフラグメントイオンを反射するよう最適化された、電圧、電位、電場強度または電場勾配で維持されていたからである。従って、前記生じる飛行時間または質量スペクトルデータのセグメントは、有用な情報を提供し、前記質量スペクトルのこの使用できる部分は、比較的エネルギーのあるフラグメントイオンに関するのが好ましく、また、エネルギーのより少ない親イオンのいくらかを含んでもよい。
【００８４】
好ましい実施形態によれば、一旦、飛行時間または質量スペクトルデータの第１セットが獲得されれば、そのときには、前記最大値リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配は、そのときには、わずかに低い第２電圧設定ＶＲ１’の方へ、小さい方の減少量（例えば、４〜５％だけ）だけ、減少させるのが好ましい。前記リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配が、非常に多くは減少されていないので、そのときには、本質的に同一の前記フラグメントイオンが、依然、前記イオンミラー７またはリフレクトロンにより最適に反射されるであろう。第２の飛行時間または質量スペクトルデータが、そのときには、獲得されるのが好ましい一方、前記イオンミラー７またはリフレクトロンは、わずかに低いこの第２電圧、電位、電場強度または電場勾配ＶＲ１’で保たれる。しかし、本質的に同一の前記フラグメントイオンが最適に反射されるが、前記イオンミラー７またはリフレクトロンに印加された前記電圧、電位、電場強度または電場勾配が減らされたため、特定の質量電荷比を有するイオンの前記観察された飛行時間において、増加が認識できる。その結果、前記２つのわずかに異なるリフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配設定ＶＲ１およびＶＲ１’における、特定の質量電荷比を有するイオンの、飛行時間における相違が観察されるであろう。飛行時間におけるその相違は、断片化して、観察されたフラグメントイオンを生じる前記親イオンの前記質量電荷比の精密な予想または見積もりを提供するのに用いられることができる。前記親イオンの前記質量電荷比のこの予想または見積もりは、フラグメントイオンに関連する前記飛行時間データから単独で獲得することが可能であり、親イオンスキャンが行われることを要求しない。第１の飛行時間または質量スペクトルデータと同様のやり方で、前記第２の飛行時間または質量スペクトルデータのセグメントは、使用可能な情報を提供するであろう。第２の飛行時間または質量スペクトルデータの有用な部分は、前記第１の飛行時間または質量スペクトルデータの本質的に同じ使用可能な部分に、一般的に、対応するのが好ましい。
【００８５】
前記イオン源４および／またはフィールドフリーもしくはドリフト領域５（または電場強度もしくは電場勾配）に対する、わずかに相違する２つのリフレクトロン電圧またはわずかに相違する電位での第１および第２の飛行時間または質量スペクトルデータ獲得により、（前記イオンミラー７またはリフレクトロンにより最適に反射される）前記フラグメントイオンの前記質量電荷比を計算することが可能になる。同様に、断片化して、前記フラグメントイオンを生じる前記親イオンの前記質量電荷比は、また付加的に、もしくは代わりに、精密に決定されることができる。
【００８６】
広範囲の質量電荷比にわたってフラグメントイオンを観察および同定し、そのようなフラグメントイオンに対応する親イオンの前記質量電荷比を決定するために、前記最大値リフレクトロン電圧を、小さい方の減少量の各々の後、大きい方の減少量だけ、次第に減少させるのが好ましい。大きい方の減少量の各々は、例えば、約２５％の前記イオン源４および／またはフィールドフリーもしくはドリフト領域５に対する、前記リフレクトロン電圧、電位、電場強度もしくは電場勾配の減少、または前記イオンミラー７の前記最大値電位の減少を含んでもよい。
【００８７】
前記イオンミラー７またはリフレクトロンが、前記第２電圧、電位、電場強度または電場勾配ＶＲ１’で保たれた後、かつ第２の飛行時間または質量スペクトルデータをこの設定で獲得した後の図２に示された特定の例示において、前記リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配を、そのときには、大きい方の減少量だけ、例えば、新しい第３電圧ＶＲ２に対して２５％の減少量だけ、減少させるのが好ましい。第３飛行時間または質量スペクトルデータは、そのときには、この第３リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配ＶＲ２で獲得されるのが好ましい。前記第１小さい方の減少量（前記リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配がＶＲ１からＶＲ１’へ減じられたとき）と同様にして、前記リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配を、そのときには、第４電圧、電位、電場強度または電場勾配ＶＲ２’に対して同様の小さい方の減少量（例えば、４〜５％だけ）だけ、再度減少させるのが好ましい。第４飛行時間型質量スペクトルデータは、そのときには、この第４リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配ＶＲ２’で獲得されるのが好ましい。
【００８８】
小さい方の減少量（例えば、４〜５％の減少量）だけの前記リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配の減少をところどころに挟む、大きい方の減少量（例えば２５％の減少量）の前記リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配の減少プロセスは、前記所望の質量電荷比範囲の全体にわたって、充分な飛行時間または質量スペクトルデータが獲得されるまで、または得られるまで、数回、継続されるのが好ましい。好ましい実施形態によれば、リフレクトロン電圧または関連するイオンミラー電位の各々で獲得された、飛行時間または質量スペクトルデータの前記使用可能な部分またはセグメントは、飛行時間または質量スペクトルのデータセットの各々から選択されてもよい。データの多重使用可能部分またはセグメントは、そのときには、使用され、１またはそれ以上の複合質量スペクトルが形成されるのを可能にすることができる。
【００８９】
前記イオンミラー７の前記相対電位を低下させること、または前記リフレクトロン電圧を低下させること（例えば、大きい方の減少量の各々で、２５％だけ）は、前記電圧比ＶＲ２／ＶＲ１＝０．７５がこの実施例で示され、図２と関連して説明されていることを意味する。同様に、前記電圧比ＶＲ３／ＶＲ２＝０．７５および、より一般的には、前記電圧比ＶＲＮ／ＶＲＮ−１＝０．７５である。同様に、前記リフレクトロン電圧を小さい方の減少量の各々で、４％だけ低下させることは、前記電圧比ＶＲ１’／ＶＲ１＝０．９６を意味する。同様に、前記電圧比ＶＲ２’／ＶＲ２＝０．９６および、より一般的には、前記電圧比ＶＲＮ’／ＶＲＮ＝０．９６である。
【００９０】
他の実施形態によれば、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位における、大きい方の減少量もしくはステップおよび／または小さい方の減少量もしくはステップは、前記のより小さくても、大きくてもよい。例えば、前記イオンミラーリフレクトロン電圧、相対電位、電位、電場強度または電場勾配における小さい方の減少量またはステップは、＜１％、１−２％、２−３％、３−４％、４−５％、５−６％、６−７％、７−８％、８−９％、９−１０％または＞１０％であってもよい。前記イオンミラーまたはリフレクトロン電圧、相対電位、電位、電場強度または電場勾配における大きい方の減少量またはステップは、＜１０％、１０−１５％、１５−２０％、２０−２５％、２５−３０％、３０−３５％、３５−４０％、４０−４５％、４５−５０％または＞５０％であってもよい。
【００９１】
ある実施形態によれば、所望の質量電荷比範囲の全体にわたって質量スペクトルを獲得するために、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位を、１０−２０大きい方の減少量またはステップだけ、減らし、各大きい方の減少量またはステップには、１０−２０小さい方の減少量またはステップを、そのところどころにはさみこんでもよい。その結果、重要な前記質量電荷比範囲にわたって、前記フラグメントイオンとそれらの対応する親イオンの全ての前記質量電荷比を決定するのに充分なデータを有する完全なＰＳＤスペクトルを獲得するために、前記イオンミラーリフレクトロン電圧または相対電位は、それゆえ、例えば全体で２０〜４０倍、減らしてもよい。
【００９２】
好ましい実施形態によれば、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位は、変化し、好ましくは減少し、その結果、２つ（またはそれ以上）の独立したセットの飛行時間または質量スペクトルデータが、わずかに相違するイオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位設定で、獲得される。わずかに相違する２つのイオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位設定での、同じ種のフラグメントイオンについての、２つの異なる飛行時間Ｔf、Ｔf’の測定により、２つの連立方程式を解くことにより、前記観察されたフラグメントイオンの前記質量電荷比と、また、断片化して、前記フラグメントイオンを生じた前記親イオンの前記質量電荷比の両方を推測することが可能になる。
【００９３】
好ましい実施形態による、リフレクトロンを組み入れた質量分析計における、フラグメントイオンの前記飛行時間Ｔfは、以下により与えられる。
【００９４】
【数１】
2005166639.tif 000003
【００９５】
前記式中、Ｍpは、単独で荷電された親イオンの質量であり、Ｍdは、観察された別々に荷電された娘イオンまたはフラグメントイオンの質量であり、係数ａおよびｂは、機械係数であり、前記質量分析計のイオン光学部品に印加された特定の電圧および前記質量分析計の寸法に左右される。
【００９６】
式の最初の部分
【００９７】
【数２】
2005166639.tif 000004
【００９８】
は、イオン源４から、前記フィールドフリー又はドリフト領域５を通過して、前記イオンミラー７またはリフレクトロンへの入口に到達するまでの前記フラグメントイオンの飛行時間を表す。前記式の第２の部分
【００９９】
【数３】
2005166639.tif 000005
【０１００】
は、一旦前記イオンミラー７またはリフレクトロンに入り、方向を逆転させ、前記イオンミラー７またはリフレクトロンの外へ戻って反射する前記フラグメントイオンの更なる飛行時間を表す。前記係数ｂは、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位に反比例する。従って、前記イオンミラーまたはリフレクトロン電圧が減少すると、前記フラグメントイオンは、前記イオンミラー７リフレクトロンにおいてより長く過ごし、従って、係数ｂは増加するであろう。
【０１０１】
前記係数ａおよびｂは、全ての機械パラメータが公知であるなら、計算することができる。しかし、前記係数ａおよびｂは、適当な較正化合物を用いて、実験に基づき測定または決定されるのが、より好ましい。例えば、異なるイオンミラーもしくはリフレクトロン電圧、相対電位、電位、電場強度または電場勾配設定の各々での、較正化合物からの多数の公知ＰＳＤフラグメントイオンの飛行時間を測定してもよい。前記係数ａおよびｂは、そのときには、上記式を用いて、異なるイオンミラーまたはリフレクトロン設定の各々について、実験に基づき測定されるのが好ましい。第１近似まで、前記係数ａは、イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位に対して一定と考えられ、従って、係数ａは、必ずしも、イオンミラーまたはリフレクトロン電圧設定の各々について、再計算される必要はない。
【０１０２】
前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、小さい方の減少量またはステップだけ（例えば、４〜５％の減少量だけ）減少されるとき、対応する増加した係数ｂ’と共に、特定の種のフラグメントイオンの生じるより長い飛行時間Ｔｆ’を、そのときに、測定してもよい。従って、３つの係数ａ、ｂおよびｂ’は、実験に基づき測定することができる。これらの機械係数が、１、２または２より多いイオンミラーまたはリフレクトロン電圧、相対電位、電位、電場強度または電場勾配設定について一旦決定されれば、そのときには、未知の物質からのＰＳＤスペクトル（すなわち、飛行時間または質量スペクトルデータ）を、そのときに、獲得することができる。未知の物質についての前記ＰＳＤスペクトルは、較正で用いられたのと実質的に同じ、イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位設定で獲得してもよい。しかし、他の実施形態によれば、前記未知サンプルの前記ＰＳＤデータは、前記機械係数が決定された前記電圧または相対電位設定と、わずかに、または実質的に相違するイオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位設定で、獲得されてもよい。従って、前記機械係数ａ、ｂおよびｂ’を、較正カーブの補間または較正カーブを参照して、決定してもよい。一旦、前記機械係数が決定されたら、前記ＰＳＤスペクトル（すなわち、飛行時間または質量スペクトルデータ）を、そのときに、分析して、前記観察されたフラグメントイオンの前記質量電荷比を決定し、かつ／または前記親イオン（そこからは、前記フラグメントイオンが誘導された）の前記質量電荷比を決定することができる。
【０１０３】
前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が変化する（例えば、減少する）とき、そのときには、フラグメントイオンの特定の種について、前記飛行時間において生じた変化？Ｔf（例えば、増加）は、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位に左右される、係数ｂにおける変化に比例するのが、評価されるであろう。
【０１０４】
【数４】
2005166639.tif 000006
【０１０５】
前記式中、？ｂ＝ｂ’−ｂ。Ｔｆ、？Ｔｆ、ａ、ｂ、ｂ’（従って、？ｂ）は、公知であるので、そのときには、前記２つの連立方程式を解くことにより、前記フラグメントイオンの質量電荷比Ｍdと、前記対応する親イオンの質量電荷比Ｍpの両方を決定することができる。前記親イオン質量電荷比Ｍｐと、前記フラグメントイオン質量電荷比Ｍdは、以下のとおりである。
【０１０６】
【数５】
2005166639.tif 000007
【０１０７】
断片化されて前記観察フラグメントイオンを生じた親イオンの前記質量電荷比を予想または見積もりして、通常の親イオン質量スペクトルは、そのときには、獲得され、獲得されまたは、参照されてもよい。前記フラグメントイオンの前記ＰＳＤ獲得に基づき予想された親イオン質量電荷比は、そのときには、前記親イオン質量スペクトルにおいて観察された親イオンと、適合させるか、または比較してもよい。親イオンの質量電荷比を予想し、その後、予想された親イオンを、親イオン質量スペクトル中の実際の親イオンと適合させ、そのとき、上記式中の前記親イオンの前記質量電荷比Ｍpの前記実験に基づく決定値を用いることにより、前記フラグメントイオンの前記質量電荷比Ｍdの決定を改善することが可能になる。その結果、親イオンの前記質量電荷比と、その対応するフラグメントイオンの前記質量電荷比との両方を、非常に精密に決定することができる。
【０１０８】
好ましい実施形態の有効性を説明するため、ウォーターズ インク（Waters Inc.）（Milford, USA）から入手したアルコールデヒドロゲナーゼ（ＡＤＨ１（酵母菌））の１０ｐｍｏｌのトリプシン作用の蛋白質消化物を、分析した。
【０１０９】
図３は、ＡＤＨの消化から生じた前記種々のペプチドイオンの較正された親イオン質量スペクトルを示す。前記親イオン質量スペクトルを獲得し、通常の方法で較正した。
【０１１０】
好ましい実施形態によりＡＤＨのサンプルを分析する前に、前記質量分析計を最初に較正した。多重ＰＳＤについての質量分析計を較正するため、１０ｐｍｏｌの単一の特定なペプチドＡＣＴＨ（副腎皮質刺激性ホルモン、ｃｌｉｐ  １８−３９）を装填した。ＡＣＴＨを用いたのは、ＡＣＴＨについてのＰＳＤ断片化スペクトルが、先行実験に基づく研究から公知であったからである。そのとき、ＡＣＴＨの第１のＰＳＤフラグメンテーション質量スペクトルを獲得し、第２のＰＳＤフラグメンテーション質量スペクトルを、おおよそ４％の小さい方の減少量だけ、前記リフレクトロン電圧を低下させることにより獲得した。
【０１１１】
図４Ａは、１３０００Ｖの（最大値）電圧を、好ましい実施形態により、質量分析計の前記リフレクトロン７に印加したときに獲得した、未較正質量スペクトルのセグメントを示す。前記リフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配は、ほんの幾つかのＰＳＤフラグメントイオンが、前記リフレクトロン７により最適に反射されるようなものであった。図４Ｂは、前記リフレクトロンにその後印加された前記電圧、電位、電場強度または電場勾配が、１２５００Ｖの（最大値）電圧に対しておおよそ４％の小さい方の減少量だけ、減少したときに、獲得された対応する未較正質量スペクトルのセグメントを示す。図４Ａおよび４Ｂにおいて示されたデータについての前記加速電圧は、１４０５９Ｖであった。図４Ａおよび４Ｂにおいて示された前記飛行時間または質量スペクトルデータの部分またはセグメントは、前記リフレクトロン７により最適に集中されるような、エネルギーを有するフラグメントイオンに対応する。
【０１１２】
図４Ａおよび４Ｂ中に示されたｘ軸スケールは、未較正であり、前記フラグメントイオンの飛行時間の平方根に比例する、任意の単位を示す。ある一定の公知フラグメントピークまたはフラグメントイオンについて、２つの異なるリフレクトロン電圧（１３０００Ｖおよび１２５００Ｖ）での飛行時間Ｔf、Ｔf’を用いて、前記リフレクトロン電圧を１３０００Ｖに設定したときに前記較正係数ａおよびｂを計算し、前記リフレクトロン電圧を１２５００Ｖに設定したときに前記較正係数ａおよびｂ’を計算した。従って、機械係数ａ、ｂ、ｂ’および？ｂは、両方のリフレクトロン電圧設定について決定された。
【０１１３】
一旦前記質量分析計をＡＣＴＨのサンプルを用いて２つの異なるリフレクトロン電圧、電位、電場強度または電場勾配設定で較正したら、その後、ＡＤＨのサンプルを分析して、好ましい実施形態の方法が、そのサンプルをＡＤＨであると同定可能かどうか、テストすることができる。ＡＤＨの消化生成物のサンプルを、好ましい実施形態による前記質量分析計の前記サンプルまたはターゲットプレート２上に装填し、飛行時間または質量スペクトルデータを、ＡＣＴＨのサンプルを用いて前記質量分析計を較正するのに用いたのと同じ実験条件下で、獲得した。１３０００Ｖおよび１２５００Ｖのリフレクトロン電圧での、前記ＡＤＨサンプルの分析に関し、２つの生じた未較正質量スペクトルをそれぞれ図５Ａおよび５Ｂに示す。
【０１１４】
図５Ａおよび５Ｂ中のｘ軸スケールは、未較正であり、単に、前記フラグメントイオンの飛行時間の平方根に比例する任意の単位を示す。同じ種のフラグメントピークまたはフラグメントイオンについての飛行時間Ｔf、Ｔf’、従って？Ｔfの値を、２つの質量スペクトルにおける適合しているフラグメントピークまたは対応するフラグメントイオンを最初に決定し、同定または対比した後、決定した。同じ種のフラグメントイオンを示すか、または対応すると決定したピークの幾つかを、図５Ａおよび５Ｂ中に矢印で結びつけて示した。前記フラグメントイオンの質量電荷比および、前記対応する親イオンの質量電荷比を、その後、観察されたフラグメントイオンの各々について計算した。
【０１１５】
前記２つの相違する質量スペクトル（わずかに相違するイオンミラーリフレクトロン電圧または相対電位において、獲得した）において、同じ種のフラグメントイオンに対応させるか、または関連させて、ピークまたはフラグメントイオンを識別するプロセスは、視覚検査により、またはより好ましくは自動決定により、行ってもよい。
【０１１６】
前記イオンミラーまたはリフレクトロン電圧、相対電位、電位、電場強度または電場勾配が、小さい方の減少量またはステップ（例えば４〜５％の減少量またはステップ）だけ減少する場合、そのときには、ある一定の質量電荷比を有するフラグメントイオンが、前記イオンミラー７またはリフレクトロン中で、今や、より長い時間過ごすであろうことが知られている。従って、前記フラグメントイオンに対応する観察された質量ピークは、全て、同じ方向に、すなわち、より長い飛行時間の方に、シフトしたように見える。前記２つの質量スペクトル中の前記観察された質量ピークの高さおよび／または幅における類似性を元にして、前記２つの異なる質量スペクトル中の前記同一種のフラグメントイオンと関連づけて、ピークを、同様に、また、付加的に、識別し、または適合させることができる。特に好ましい実施形態によれば、同一種フラグメントイオンは、前記２つの質量スペクトルにおけるアイソトープピークの前記パターンを比較または対比させることにより、前記２つの質量スペクトルにおいて識別されることができる。
【０１１７】
前記ＡＤＨサンプルに関する前記ＰＳＤ（すなわち、飛行時間または質量スペクトル）フラグメントイオンデータから単独で決定された、予想親イオンの質量電荷比の正確さは、図６で示された結果に関して、以下により詳細に説明されるように、それより良くなければ、＋／−１％と決定された。そのようなエラーウィンドウは、イオンゲートを有する通常の質量分析計を用いて獲得された、前記親イオン分解能に匹敵する。しかし、前記同等レベルの正確性は、イオンゲート無しの質量分析計を用いて、有利に獲得されたものであった。
【０１１８】
好ましい実施形態によれば、各フラグメントピークまたはフラグメントイオンについて、その対応する親イオンの質量電荷比を予想した。対応する通常獲得された親（または前駆体）イオン質量スペクトル（例えば、予想親イオン質量電荷比について、１％または２％のエラーウィンドウ以内に位置する）中で実験的に観察された最も強度の強いピークまたは親イオンは、前記予想親イオンに対応すると仮定されるのが好ましい。前記予想親イオンに対応すると決定され、前記親イオン質量スペクトルから実験的に決定された前記親イオンの質量電荷比は、そのときには、前記親イオンの最も精密な値の質量電荷比と仮定されてもよい。精密に実験に基づいて決定された親イオン質量電荷比は、そのときには、特に精密と考えられてもよく、そのときには、上記連立方程式を用いるか、または戻して、前記観察されたフラグメントイオンの質量電荷比をより精密に決定することができる。このアプローチに従う前記フラグメントイオンの質量測定の正確さは、通常の質量分析計を用いて可能な正確さよりも、さらに精密でないならば、少なくとも同等に精密である。フラグメントイオンの質量の決定における典型的なエラーは、１ダルトンよりも少なく、０．５ダルトンより少ないのが好ましい。
【０１１９】
より好ましい実施形態によれば、親イオン質量スペクトルからのデータは、わずかに異なるイオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位設定において獲得された、２つの質量スペクトルにおける同じ種のフラグメントイオンに対応するか、または関連する質量ピークを識別するのに、用いてもよい。親イオン質量スペクトルは、例えば、公知親イオン質量電荷比のリストを提供するために、分析されてもよい。実験に基づいて決定された親イオン質量電荷比を、そのときには、上記連立方程式において、各々用いて、第１イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位で獲得された第１質量スペクトルにおいて観察されたフラグメントイオンの各々が、有するであろう理論的に可能な質量電荷比の幾つかまたは全てを、特定のフラグメントイオンの決定された飛行時間を元にして、計算してもよい。同様に、実験に基づいて決定された親イオン質量電荷比の各々を、用いて、第２イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位で獲得された第２質量スペクトルにおいて観察されたフラグメントイオンの各々が、有するであろう理論的に可能な質量電荷比の幾つかまたは全てを、特定なフラグメントイオンの決定された飛行時間を元にして計算してもよい。従って、観察されたフラグメントイオンの各々について、一連全体の理論的に可能な候補フラグメントイオン質量電荷比を計算してもよい。理論的に可能な候補フラグメントイオン質量電荷比の数は、観察された親イオンの数に対応するのが好ましい。両方の質量スペクトルについて、理論的に可能な候補フラグメントイオン質量電荷比のリストを比較することにより、予想される正確さの質量電荷比測定と両立できる、特定な質量電荷比ウィンドウ内で、互いに適合する、質量スペクトルの各々における、理論的に可能なフラグメントイオン質量電荷比をそのときには探すことが可能である。この方法で、わずかに相違するイオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位で獲得された、２つの質量スペクトルにおける同じ種のフラグメントイオンの識別を、より容易に自動化されることができる。
【０１２０】
わずかに相違するイオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位で獲得した２つの質量スペクトルにおけるフラグメントイオン質量ピークが、同じ種のフラグメントイオンと一致することを識別する好ましいプロセスを、説明するために、図５Ａおよび５Ｂに示されたようなＡＤＨから誘導されたペプチドイオンのＰＳＤから生じる質量スペクトル中で観察されたフラグメントイオンの各々は、図３に示されたようなＡＤＨ蛋白質のトリプシン消化生成物の親ペプチドイオン質量スペクトル中で観察された、４つの最も強度が強い親ペプチドイオンの１つから発生すると、仮定してもよい。前記連立方程式を適用することにより、４つの異なる仮フラグメントイオン質量電荷比が、図５Ａおよび５Ｂに示す質量スペクトルの、観察されたフラグメントイオンの各々について、示唆されてもよい。しかし、４つの仮フラグメントイオン質量電荷比の１つのみが、実際には正確であろう。
【０１２１】
好ましい実施形態によれば、予想されたフラグメントイオン質量電荷比を、特定の許容誤差以内（例えば、＋／−１ダルトン以内）で適合させることは、前記同じ候補親イオンについて要求されてもよい。前記同一親イオンについて最も接近して適合している前記フラグメントイオン質量電荷は、正確な適合を示している。
【０１２２】
ある例において、例えば、多数の異なる親イオンがある場合、２つの無関係なフラグメントイオンが、明らかに同一親イオンについて関連して（誤って）現れることが、ありうる。しかし、そのような電位的に不正確な同定は、例えば、前記２つのフラグメンテーション質量スペクトルからの前記ピーク強度および／またはピーク鋭さもしくはプロフィールをまた、比較することにより、防止されるのが好ましい。不正確な同定は、付加的に、または代わりに、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧、相対電位、電位、電場強度または電場勾配の第２またはさらなる小さい方の減少量またはステップに対応する、第３（またはさらなる）ＰＳＤ質量スペクトルを獲得することにより、また防止されてもよい。すなわち、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位における大きい方の減少量の各々は、好ましい実施形態におけるのと同様、単に一つよりむしろ、２またはそれ以上の小さい方の減少量を、ところどころに入れてもよい。前記第３（またはさらなる）飛行時間データまたは質量スペクトルからのデータは、そのときには、同様に処理され、用いられて、またはそうでなければ、２つの前記第１ＰＳＤ質量スペクトルからの結果を確認してもよい。第３（またはさらなる）飛行時間データまたは質量スペクトルデータセットは、それらが、前記質量スペクトルの１つにおいて重複が生じる場合、２つのフラグメントピークを解明するのにまた、用いられてもよい。
【０１２３】
図６は、好ましい実施形態に従い、ＡＤＨペプチド混合物を分析することから観察された、３つの親ペプチドイオンおよび対応するフラグメントイオンを例証する。フラグメントイオン各々の実験に基づき計算された質量を、前記フラグメントイオンの前記理論的（または教本）質量に対して、比較した。前記フラグメントイオンの前記理論的（または教本）質量を、それらの公知の配列から計算した。前記親およびフラグメントイオンを、マトリックス・サイエンス・リミテッド（Matrix Science Ltd, UK）からのＭＡＳＣＯＴ（ＲＴＭ）データベースサーチソフトウェアを用いて、理論的に誘導されたペプチドフラグメント質量に対しても、適合させた。ＡＤＨ１＿酵母菌を、実験に基づくＰＳＤフラグメンテーションデータから明白に同定した。８１のＭｏｗｓｅスコアに基づく蓋然性が、スコア＞３２が、蛋白質のまず確実な同定を示すので、前記フラグメンテーションデータが、ＡＤＨからほとんど間違いなく発生したと提示したことを示した。前記蛋白質の確信ある同定は、前記フラグメンテーションデータの特定のおかげである。ペプチド質量指紋法のみによる、前記蛋白質の同定（すなわち、前記３つの親イオン質量のみを提示すること）は、ＭＡＳＣＯＴ（ＲＴＭ）を用いて可能ではなかった。
【０１２４】
図７には、コメントを付けたが、未較正のＡＤＨの多重ＰＳＤスペクトルを示す。前記スペクトルは、図６中に列挙し、ＭＡＳＣＯＴ（ＲＴＭ）を用いて適合された３つの前記親ペプチドイオンのＰＳＤのため、形成した異なるフラグメントイオンを示す。ｘ−軸スケールは、未較正であり、前記フラグメントイオンの飛行時間の平方根に比例する任意の単位を単に示す。この例において、前記データは、前記リフレクトロン電圧を、４％の小さい方の減少量だけ減少させることにより、獲得した。多数の異なるフラグメントイオンが観察され、同定された。前記リフレクトロン電圧を、２５％の大きい方の減少量だけ次第に減少させ、その結果、より低い質量電荷比を有するフラグメントイオン（すなわち、エネルギーのより低いフラグメントイオン）が、次第に、前記イオンミラー７またはリフレクトロンにより、最適に集められた。
【０１２５】
まあまあ類似の質量電荷比を有する２つのペプチドアンギオテンシン（ＭＨ＋  １２９６．７）およびサブスタンスＰ（ＭＨ＋  １３４７．７）の混合物を、また、好ましい実施形態により分析した。両方のペプチドを、ＭＡＳＣＯＴ（ＲＴＭ）へ前記ＰＳＤフラグメンテーションデータを入れることにより、明白なやり方で、同様に、一義的に同定した。
【０１２６】
別の実験を、初めは前記蛋白質ＡＤＨ１であると考えられていたもののトリプシン消化物で行った。前記サンプルの親イオン質量スペクトルを獲得したとき、生じた質量スペクトルは、強度の強いペプチドピークを（ＭＨ＋  ２４７７．１）で示した。しかし、ＡＤＨ１について予想される親イオンスペクトルが、よく知られており（図３参照）、そのサンプルが、ＡＤＨ１の消化生成物に関する場合、２４７７．１の質量電荷比を有する親イオンが、観察されないことは、図３から明らかである。従って、そのサンプルは、ＡＤＨ１のトリプシン消化のおかげではありえない。好ましい実施形態による質量分析計を用いる更なる分析の後、生じるＰＳＤフラグメンテーションデータを用いて、前記蛋白質ＡＤＨ２に関連させて、前記トリプシン消化生成物を明白に同定した。ＡＤＨ２は、蛋白質配列の一部においてわずかにアミノ酸が相違する以外は、ＡＤＨ１と同様である。通常のＭＡＬＤＩ  ＭＳ／ＭＳ実験を、質量フィルターを用いて、その後行って、そのときには、断片化して、ＭＳ／ＭＳ質量スペクトルデータを生じた、特定の親イオンを選択した。これらの実験により、そのサンプルは、ＡＤＨ２であって、初めに考えられていたＡＤＨ１ではないことが確認された。
【０１２７】
更なる実験に基づくデータにより、どれが好ましい実施形態のパワーを強調して、最少のサンプル消費で、サンプルを一義的に同定するのか、ここに報告する。６つのセグメントの多重ＰＳＤフラグメンテーションデータを、５ｐｍｏｌのＡＤＨのトリプシン消化から獲得した。前記ＰＳＤフラグメンテーションデータを、その後、ピーク適合および親イオン同定アルゴリズムに入れた。親イオンスキャンから獲得された親イオンのリストを、また、獲得した。フラグメンテーションイオンピークリストを製造し、それをその後、ＭＡＳＣＯＴ（ＲＴＭ）イオンサーチ（マトリックス・サイエンス）を用いてデータベースに対してサーチした。ＭＡＳＣＯＴ（ＲＴＭ）により、１９０のＭｏｗｓｅスコア（それは、非常に高い（すなわち、明白）確実性を示す）を元にした見込みで、ＡＤＨを正確に同定した。
【０１２８】
この適合を獲得するのに、ＭＡＳＣＯＴ（ＲＴＭ）により、ＡＤＨから５つの親ペプチドを正確に同定し、すべてがトップランキングであり、すなわち、それらは、全て、独立して、データベースのデータに対して最適の適合であった。これら５つの親ペプチドを、図８に示す。これら５つの親ペプチドイオンの３つが、図６に関して、上記で示され、説明されていることに注意されたい。
【０１２９】
好ましい多重技術を用いて、獲得可能なデータの質をさらに示すため、フラグメンテーションデータを、２３１２Ｄａの整数質量と、配列ＡＴＤＧＧＡＨＧＶＩＮＶＳＶＳＥＡＡＩＥＡＳＴＲを有する親ペプチドイオンについて、獲得した。ＭＡＳＣＯＴ（ＲＴＭ）で適合させた、生じたフラグメンテーションデータを図９に示す。
【０１３０】
好ましい多重技術の有利な特徴は、フラグメンテーション質量スペクトルから、相当な量のノイズが、ろ過して取り除かれるのが好ましいことである。ノイズが減少するのは、特定のフラグメントイオンが、２つの関連するフラグメンテーション質量スペクトルにおいて、正確な場所で観察されなければならず、従って、このやり方で同時に起こるノイズピークは、低い統計的確立でしか起こりそうがないことが明らかであるという事実による。その結果として、図９に示すフラグメンテーションデータから分るように、提示された観察ピークの全数に対し、正確に同定されたピークの比は、非常に高い。
【０１３１】
この特定な実験において、ＰＳＤフラグメンテーションデータの６つのセグメントのみが、記録され、すなわち、前記リフレクトロン電圧は、６つの小さい方の減少量がとこどころに入っている、６つの大きい方の減少量において、下がっていた。前記リフレクトロン電圧が下がると毎回、ＰＳＤデータを獲得した。他の実施形態によれば、１２またはそれ以上のセグメントのＰＳＤフラグメンテーションデータを、（すなわち、前記リフレクトロン電圧は、１２の小さい方の減少量がところどころに入っている、１２の大きい方の減少量において、下がっていてもよい）重要な典型的な質量範囲の全体にわたって、フラグメンテーション質量スペクトルデータを獲得するために、獲得してもよい。それにもかかわらず、６つのセグメントで、重要な質量範囲のおおよそ７０％の有効範囲を獲得するのに充分であり、ＡＤＨに関連するサンプルを分類別に同定するのに充分容易であった。これをさらに例証するため、図１０に、２３１２ダルトンの整数質量を有するＡＤＨから誘導された親ペプチドの前記フラグメンテーションから理論的に生じる、全てのフラグメントを示す。図１０はまた、実験に基づき観察されたフラグメントイオンに正確に適合した、これらの理論的なフラグメントを強調して示す。図から分るように、２３の可能なｙシリーズのフラグメントイオンのうち１６が、正確に適合していた。著しい数のｂシリーズのフラグメントイオンも、また、適合していた。前記フラグメントイオンのそのような多数を、前記理論的データに適合させる能力は、蛋白質が、好ましい実施形態により、非常に高いレベルの信頼度で、同定されうることを実証している。
【０１３２】
好ましい実施形態により用いられる、ピーク適合および親同定アルゴリズムを、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位を小さい方の減少量だけ減少したとき獲得した、前記フラグメントイオンスペクトルにおけるピークの各々を通じて繰り返し、その後、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、わずかに高い電圧または相対電位、すなわち、小さい方の減少量だけ減少前の、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位であるときに獲得されたフラグメントイオンスペクトルにおけるピークと、これらのピークを適合させるよう試みることが好ましい。代わりに、好ましいアルゴリズムを、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、大きい方の減少量だけ減少されたとき、獲得された前記フラグメントイオンスペクトルにおけるピークの各々を通じて繰り返し、その後、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、小さい方の減少量だけ減少し、すなわち、大きい方の減少量だけ減少する前の、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位であるときに獲得されたフラグメントイオンスペクトルにおけるピークと、これらのピークを適合させるよう試みてもよい。アルゴリズムは、その後、例えば以下に説明するように、適合されたピークの各々の対に、親イオンを同定する。
【０１３３】
親イオンスキャンから獲得された少なくとも幾つかの前記親イオンについて、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、小さい方の減少量だけ減少したとき獲得された、フラグメントイオンスペクトルからのピークに対応する単一のフラグメントイオンを考慮し、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位がわずかに高いとき獲得されたフラグメントイオンスペクトルにおける対応するフラグメントイオンの飛行時間の見積もりを行ってもよい。従って、１０の親イオンが存在するとき、そのときには、１０の見積もりを、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、わずかに高い電圧または相対電位であるときに獲得された対応するフラグメントイオンスペクトルにおける対応するフラグメントイオンの飛行時間について、行ってもよい。これらの１０の見積もり値は、その後、例えば、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、わずかに高い電圧または相対電位であったときに測定したフラグメントイオンの実際の飛行時間と、比較されてもよい。１０の見積もりの、予め所定の許容誤差（例えば、＋／−１５０ｐｐｍオーダーの許容誤差）以内で見られた、これらのフラグメントイオンのいずれも、そのときには、電位的に正確な適合と考えられるのが好ましい。幾つかの電位的に正確な適合が、見られ、従って、さらなる基準を用いて、前記電位適合が正確であるかを決定してもよい可能性がある。ある実施形態によれば、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、小さい方の減少量だけ減少されたときに獲得されたフラグメントイオンスペクトルからのピークは、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、わずかに高い電圧または相対電位であったときに獲得したフラグメントイオンスペクトルからの最も強度の強い電位的に適合するピークに適合させてもよいが、正確な適合を決定する他の方法を用いてもよい。
【０１３４】
前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が小さい方の減少量だけ減少したときに獲得されたフラグメントイオンスペクトルからの幾つかのピークは、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位がわずかに高い電圧または相対電位であるときに獲得されたフラグメントイオンスペクトルからの同じ単独ピークに全て適合することが可能である。フラグメントイオンスペクトル中の２つのピークが、重複しうる（すなわち、それらは、前記スペクトルの１つ中で、互いから解明されることがおそらくでき得ない）ので、このことは時折、正しいが、法則というよりは、おそらく、むしろ例外である。このような複雑な適合（不正確な確実性）を防止するため、ピークを適合するプロセスは、上述のような同じ適合方法を用いて、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位がわずかに高い電圧または相対電位であるときに獲得されたフラグメントイオンスペクトルを、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が小さい方の減少量だけ減少したときに獲得されたフラグメントイオンスペクトルからのピークに、適合させることを更に要求してもよい。この実施形態において、前記２つのフラグメントイオンスペクトルからの１対のピークは、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位がわずかに高い電圧または相対電位であるときに獲得されたフラグメントイオンからのピークが、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、小さい方の減少量だけ減少し、逆になったときに獲得されたフラグメントイオンからのピークに適合するときのみ、正確に適合したと決定される。
【０１３５】
前記適合対のフラグメントイオンを、その後、用いて、前記親イオン（そこからそれらが発生した）の見積もりを行ってもよい。予め所定の許容誤差（例えば、予想された親質量の＋／−１．５％）以内の、実験に基づく観察親イオンのいずれも、電位適合していると考えてもよい。先と同様のやり方で、前記適合対のフラグメントイオンを、最も強度の強い電位的に適合している親イオンと適合させてもよい。一旦これが完結すると、前記対のフラグメントイオンピークに適合された前記親イオンの質量電荷比を、用いて、前記２つの適合フラグメントイオンピークの質量電荷比を較正し、前記同一フラグメントイオンの質量電荷比の、好ましくはわずかに異なる２つの測定を生じてもよい。前記２つのピークの２つの質量電荷比の平均と、それらのそれぞれの強度は、そのときには、決定してもよい。
【０１３６】
モノアイソトピック質量を、実験に基づき観察された親イオンについて、測定するのが好ましい。しかし、ＰＳＤフラグメンテーションデータの分解能が比較的低い先の実施形態ほどではないが、好ましい実施形態によれば、そのときには、ＰＳＤフラグメントイオンについて平均の質量電荷比のみを、測定してもよい。ＭＡＳＣＯＴ（ＲＴＭ）を含むデータベース検索エンジンの大多数は、親およびフラグメント質量両方についての平均質量か、または親およびフラグメント質量の両方についてのモノアイソトピック質量のいずれかを要求する、すなわち、それらは、モノアイソトピック質量を親イオンについて用いることを許さない一方、平均質量をフラグメントイオンについて用いる。従って、必要であれば、関数を平均質量に適用して、それをモノアイソトピック質量に変換するのが好ましい。この関数は、多数の一般的ペプチドについての平均質量の関数として、モノアイソトピック質量をプロットすることにより経験的に獲得することができる。異なる種の化合物（例えば、ポリマー、糖等）は、それらの特定なアイソトープ組成のため、適用されるのに異なる関数を要求してもよい。
【０１３７】
さらなる種々の最適化を行って、好ましい方法のスピードをさらに向上させてもよいが、その最適化は、適合プロセスに直接影響しない。例えば、適合プロセスの間、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が小さい方の減少量だけ減少されたときに獲得したフラグメントイオンスペクトルからのピークを、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位がわずかに高い電圧または相対電位であるときに獲得されたフラグメントイオンスペクトルからのピーク（より小さい見積もり質量または飛行時間（これは、前記多重技術の固有特性であるので）を有する）に適合させるのを単に試みるのが好ましい。これは、前記イオンミラーまたはリフレクトロン電圧、相対電位、電位、電場強度または電場勾配が増加したとき、同じ種のフラグメントイオンが、より短い飛行時間を有するので、好ましい。従って、同じ種のフラグメントイオンは、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が、小さい方の減少量だけ減少したときに獲得された前記フラグメントイオンスペクトルと比較して、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位がわずかに高い電圧または相対電位であるときに獲得されたフラグメントイオンスペクトル中のより短い飛行時間で、検出されるであろう。同様に、前記イオンミラー７またはリフレクトロンの最適に集中された領域以内に、質量電荷比を有するフラグメントイオンに対応するフラグメントイオンスペクトルからのピークのみが、前記適合プロセスにおいて、考慮されてもよい。
【０１３８】
種々の実施形態によれば、前記フラグメントイオンスペクトルからのピークと前記親イオンとの間の電位適合の幾つかを一旦獲得すれば、電位適合が正確な適合であるかどうかを決定する方法には、
（ｉ）フラグメントイオンスペクトルからのピークを、別のフラグメントイオンスペクトルからの最も強度の強いピークに適合させ、その後、これらの適合ピークの一つを、最も強度の強い親イオンピークに適合させること；
（ｉｉ）フラグメントイオンスペクトルからのピークを、最も強度の強い親イオンピークに適合させ、その後、これらのピークの１つを、別のフラグメントイオンスペクトルからの最も強度の強いフラグメントイオンピークに適合させること；
（ｉｉｉ）フラグメントイオンスペクトルからのピークを、そのピークの推定値に最も近いものに適合させること［そのピークの各推定値は、別のフラグメントイオンスペクトルについて対応するピークと、異なる親イオンピークとから獲得される］；
（ｉｖ）フラグメントイオンスペクトルからのピークを、別のフラグメントイオンスペクトルの最も強度の強いピークに適合させ、その後、これらのピークの一つを、前記親イオンピークの最も近い推定値に適合させること；および
（ｖ）フラグメントイオンスペクトルからのピークを、最も強度の強い親イオンピークに適合させ、その後、別のフラグメントイオンスペクトルからの前記フラグメントイオンピークの最も近い推定値に適合させることを含む。
【０１３９】
実施形態は、また、異なる器械結合構造を用いることを意図してもよい。例えば、非線形電場リフレクトロンを、先の実施形態ほどではないが、好ましい実施形態に従い、用いてもよい。
【０１４０】
好ましい実施形態によれば、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位は、使用時に、次第に減少する。しかし、これは問題ではなく、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧、相対電位、電位、電場強度または電場勾配が、初めに比較的低く設定され、その後、エネルギーのあるフラグメントイオンがますます最適に集中され、前記イオンミラー７またはリフレクトロンにより反射されるように、次第に増加する他の実施形態が、意図される。
【０１４１】
さらに 先の実施形態ほどではないが、好ましい実施形態が、意図される。その実施形態においては、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧、相対電位、電位、電場強度または電場勾配が、別の仕方（その仕方は、線形または非線形であろう）または実質的に任意の仕方で減少および／または増加する。従って、重要な前記質量または質量電荷比範囲の幾つかまたは全てにわたるフラグメンテーションデータを、前記最大値電圧または前記最大値相対電位（その電圧で、前記イオンミラー７またはリフレクトロンを、多数のステージにおいて保ち、その結果、異なるエネルギーを有するフラグメントイオンが、次々に全て最適に集中される）を変更することにより獲得するのが好ましいのは、明らかである。前記使用可能データを、その後、用いて１またはそれ以上の混成質量スペクトルを形成することができる。しかし、使用可能データのセグメントを獲得する正確な順序は、異なっていてもよい。
【０１４２】
本発明を、好ましい実施形態および他の取り合わせを参照して、記述したが、その形態および詳細における種々の変更を、クレームに記載のような本発明の範囲から逸脱することなく行ってもよいことは、当該分野の当業者であれば、理解できるであろう。
【図面の簡単な説明】
【０１４３】
【図１】図１は、好ましい実施形態による、ＭＡＬＤＩ飛行時間型質量分光器を示す。
【図２】図２は、好ましい実施形態により、イオン源、フィールドフリー領域およびリフレクトロンが保たれている、その電気的電位を示す。
【図３】図３は、トリプシン作用によりＡＤＨを消化することにより形成した前記親ペプチドイオンの、通常の質量分析計を用いて獲得された、親質量イオンスペクトルを示す。
【図４】図４Ａは、第１リフレクトロン電圧で獲得された、ＡＣＴＨの前記トリプシン消化生成物の前記ＰＳＤフラグメントの第１の未較正ＰＳＤ質量スペクトルを示し、図４Ｂは、前記リフレクトロンが、第２リフレクトロン電圧（前記第１リフレクトロン電圧より４％低い）で保たれたとき獲得された、ＡＣＴＨの前記トリプシン消化生成物の前記ＰＳＤフラグメントの対応する第２未較正ＰＳＤ質量スペクトルを示す。
【図５】図５Ａは、第１リフレクトロン電圧で獲得された、ＡＤＨの前記トリプシン消化生成物の前記ＰＳＤフラグメントの未較正ＰＳＤスペクトルを示し、図５Ｂは、前記リフレクトロンが、第２リフレクトロン電圧（前記第１リフレクトロン電圧より４％低い）で保たれたとき獲得された、ＡＤＨの前記トリプシン消化生成物の前記ＰＳＤフラグメントの対応する第２未較正ＰＳＤ質量スペクトルを示す。
【図６】図６は、ＡＤＨの消化物から獲得された、３つの観察された親ペプチドイオンの質量と、対応する観察されたフラグメントイオンの質量（それらは、前記蛋白質を、一義的に同定可能にするのに充分である）とを列挙する。
【図７】図７は、図６で列挙したＡＤＨから誘導された３つのペプチドイオンの前記フラグメンテーションによる、種々のＰＳＤフラグメントイオンを示す、コメントを付けられた未較正質量スペクトルを示す。
【図８】図８は、好ましい実施形態により正確にそのとき同定された、ＡＤＨのトリプシン消化から獲得された親ペプチドイオンの５つを示す。
【図９】図９は、２３１２Ｄａの整数質量を有する、ＡＤＨの親ペプチドイオンの前記フラグメンテーションに関連して、好ましい実施形態により獲得された、実験に基づくＭＳ／ＭＳまたはフラグメンテーション質量スペクトルデータを示す。
【図１０】図１０は、ＡＤＨのトリプシン消化から誘導された、２３１２Ｄａの整数質量を有する親ペプチドイオンの前記フラグメンテーションに対応する、ａ、ｂおよびｙシリーズのフラグメントイオンを示す。
【符号の説明】
【０１４４】
１  レーザー光
２  サンプルまたはターゲットプレート
３  遅延引き出しデバイス
４  イオン源
５  フィールドフリー又はドリフト領域
６  衝突またはフラグメンテーションセル
７  イオンミラー
８  イオン検出器
【図１】
2005166639.tif 000008
【図２】
2005166639.tif 000009
【図３】
2005166639.tif 000010
【図４】
2005166639.tif 000011
【図５】
2005166639.tif 000012
【図６】
2005166639.tif 000013
【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【手続補正書】
【提出日】平成16年12月10日(2004.12.10)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０３
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０３】
前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位が変化する（例えば、減少する）とき、そのときには、フラグメントイオンの特定の種について、前記飛行時間において生じた変化△Ｔf（例えば、増加）は、前記イオンミラーもしくはリフレクトロン電圧または相対電位に左右される、係数ｂにおける変化に比例するのが、評価されるであろう。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１０５
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１０５】
前記式中、△ｂ＝ｂ’−ｂ。Ｔf、△Ｔf、ａ、ｂ、ｂ’（従って、△ｂ）は、公知であるので、そのときには、前記２つの連立方程式を解くことにより、前記フラグメントイオンの質量電荷比Ｍdと、前記対応する親イオンの質量電荷比Ｍpの両方を決定することができる。前記親イオン質量電荷比Ｍｐと、前記フラグメントイオン質量電荷比Ｍdは、以下のとおりである。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１２】
図４Ａおよび４Ｂ中に示されたｘ軸スケールは、未較正であり、前記フラグメントイオンの飛行時間の平方根に比例する、任意の単位を示す。ある一定の公知フラグメントピークまたはフラグメントイオンについて、２つの異なるリフレクトロン電圧（１３０００Ｖおよび１２５００Ｖ）での飛行時間Ｔf、Ｔf’を用いて、前記リフレクトロン電圧を１３０００Ｖに設定したときに前記較正係数ａおよびｂを計算し、前記リフレクトロン電圧を１２５００Ｖに設定したときに前記較正係数ａおよびｂ’を計算した。従って、機械係数ａ、ｂ、ｂ’および△ｂは、両方のリフレクトロン電圧設定について決定された。
【手続補正４】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１１４
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１１４】
図５Ａおよび５Ｂ中のｘ軸スケールは、未較正であり、単に、前記フラグメントイオンの飛行時間の平方根に比例する任意の単位を示す。同じ種のフラグメントピークまたはフラグメントイオンについての飛行時間Ｔf、Ｔf’、従って△Ｔfの値を、２つの質量スペクトルにおける適合しているフラグメントピークまたは対応するフラグメントイオンを最初に決定し、同定または対比した後、決定した。同じ種のフラグメントイオンを示すか、または対応すると決定したピークの幾つかを、図５Ａおよび５Ｂ中に矢印で結びつけて示した。前記フラグメントイオンの質量電荷比および、前記対応する親イオンの質量電荷比を、その後、観察されたフラグメントイオンの各々について計算した。
【外国語明細書】
2005166639000001.pdf