(57)【要約】【課題】ハイブリダイゼーション分析を行うための、簡単かつ経済的なマイクロアレイハイブリダイゼーションアセンブリを提供する。【解決手段】第１基板、第２基板およびスペーサからなり、かつ前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっているハイブリダイゼーションアセンブリを被包する熱収縮バッグであって、該熱収縮バッグが、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上を含む熱収縮フィルムからなるバッグであり、かつ、昇温することにより該バッグが収縮し、ハイブリダイゼーションアセンブリの二側面以上を密閉状にシールする熱収縮バッグである。【選択図】図２Ａ
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
第１基板、第２基板およびスペーサからなり、かつ前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっているハイブリダイゼーションアセンブリを被包する熱収縮バッグであって、
該熱収縮バッグが、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上を含む熱収縮フィルムからなるバッグであり、かつ、昇温することにより該バッグが収縮し、ハイブリダイゼーションアセンブリの二側面以上を密閉状にシールする熱収縮バッグ。
【請求項２】
熱収縮フィルムが、ポリ塩化ビニルまたはポリエチレンテレフタレートからなり、前記熱収縮バッグの一辺の長さが３０ｍｍであり、他の一辺の長さが８２〜１００ｍｍまたは８〜８０ｍｍである請求項１記載の熱収縮バッグ。
【請求項３】
第１基板および第２基板が、それぞれ、ガラス、石英ガラス、シリコン、プラスチック、セラミックおよび金属からなる群より選ばれる材料からなる基板である請求項１または２記載の熱収縮バッグ。
【請求項４】
第１基板および第２基板が、正方形または長方形の形状である請求項１、２または３記載の熱収縮バッグ。
【請求項５】
第１基板、第２基板およびスペーサからなり、かつ、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっているハイブリダイゼーションアセンブリにおいて、前記第１基板の表面および前記第２基板の表面の少なくとも２つの外縁に沿って配置されるスペーサであって、
前記スペーサが少なくとも１つの開口部を備える構造であるスペーサ。
【請求項６】
スペーサの厚さが、８０〜４００ミクロンである請求項５記載のスペーサ。
【請求項７】
スペーサが、ゴム、金属、ゲルおよびプラスチックからなる群より選ばれる材料からなる請求項５または６記載のスペーサ。
【請求項８】
スペーサが、連結する３つのセグメントからなる３側辺構造、１側辺に開口部を有している４側辺構造、または、２つの分離したセグメントからなる構造からなる群から選ばれる構造を有するものである請求項５、６または７記載のスペーサ。
【請求項９】
スペーサが、３側辺構造からなるものであり、かつ、スペーサの厚さが０．２〜０．３ｍｍ、スペーサの高さが６４〜７６ｍｍ、セグメントの幅が２．５〜４ｍｍ、セグメントの高さが２．５〜５ｍｍである請求項５、６、７または８記載のスペーサ。
【請求項１０】
第１基板、前記第１基板と平行に配置された第２基板、および前記第１基板と前記第２基板との間にて配置され、かつ、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも２つの外縁に沿って配置されるスペーサからなり、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっているハイブリダイゼーションアセンブリ、ならびに
該ハイブリダイゼーションアセンブリを収容する熱収縮バッグからなるハイブリダイゼーション反応を進行させるための器具。
【請求項１１】
スペーサが、第１基板または第２基板の表面に貼接される請求項１０記載の器具。
【請求項１２】
第１基板および第２基板の少なくとも３つの側辺が、熱収縮バッグによって密閉状にシールされている請求項１０または１１記載の器具。
【請求項１３】
第１基板および第２基板が、それぞれ、ガラス、石英ガラス、シリコン、プラスチック、セラミックおよび金属からなる群より選ばれた材料からなる請求項１０、１１または１２記載の器具。
【請求項１４】
熱収縮バッグが、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上を含む熱収縮フィルムからなる請求項１０、１１、１２または１３記載の器具。
【請求項１５】
第１基板と第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブを備える第１工程、
第１基板と第２基板の間であって、前記第１の基板の表面の少なくとも２つの外縁に沿ってスペーサを配置する第２工程、
第１基板と平行になるように第２基板を前記スペーサ上に配置する第３工程、
前記第１〜３工程で得られたアセンブリを、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上を含む熱収縮フィルムからなる熱収縮バッグに収容する第４工程、ならびに、
前記バッグを加熱してアセンブリの側辺を密閉状にシールする第５工程、
からなる方法。
【請求項１６】
第４工程が、５０℃以上の温水中に熱収縮バッグを浸漬することにより行われる請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
さらに、アセンブリの開口端に沿って熱収縮バッグの過剰部分を除去する工程、および、
第１基板および／または第２基板上に備えられたプローブ分子とハイブリダイズするターゲット分子を含むハイブリダイゼーション溶液を、第１基板、第２基板およびスペーサに囲まれた領域に導入する工程、
を含む請求項１５または１６記載の方法。
【請求項１８】
さらに、アセンブリの開口端をシールする工程、および、
各種ハイブリダイゼーション条件の下で前記ハイブリダイゼーション溶液をインキュベートする工程、
を含む請求項１５、１６または１７記載の方法。
【請求項１９】
開口端をシールする工程が、
クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上からなる熱収縮キャップでアセンブリの開口端を被覆する工程、ならびに
前記熱収縮キャップを５０℃以上の温水中に浸漬する工程
からなる請求項１８記載の方法。
【請求項２０】
スペーサが、第１基板または第２基板の表面に貼接されることを特徴とする請求項１５、１６、１７、１８または１９記載の方法。
【請求項２１】
スペーサが、連結する３つのセグメントからなる３側辺構造、１側辺に開口部を有している４側辺構造、または、２つの分離したセグメントからなる構造からなる群から選ばれる構造を有するものである請求項１５、１６、１７、１８、１９または２０記載の方法。
【請求項２２】
第１基板および第２基板が、長方形または正方形の形状である請求項１５、１６、１７、１８、１９、２０または２１記載の方法。
【請求項２３】
熱収縮バッグが、ポリ塩化ビニルまたはポリエチレンテレフタレートからなり、かつ長方形または正方形状である請求項１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１または２２記載の方法。
【請求項２４】
第１基板、
前記第１基板の上に配置される第２基板、
前記第１基板と前記第２基板との間に設けられるものであって、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも２つの外縁に沿って配置されるスペーサ、ならびに、
クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上からなる熱収縮フィルムからなる熱収縮バッグ、
からなるハイブリダイゼーション分析を行うためのキットであって、
前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっていることを特徴とするキット。
【請求項２５】
さらに、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上からなる熱収縮キャップを含む請求項２４記載のキット。
【請求項２６】
スペーサが、第１基板および／または第２基板の表面に貼接される請求項２４または２５記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、概して生物学および化学的分析システムに関し、より詳細には、ハイブリダイゼーション分析を行うために用いられるマイクロアレイハイブリダイゼーションアセンブリに関するものである。
【背景技術】
【０００２】
生物学および生化学的分析においてはよく、ガラススライドを用いて、固着されたプローブと溶液中のターゲット分子とのハイブリダイゼーション反応を進行させるということが行われている。一般的に、マイクロアレイとは、複数の異なる試薬がその表面に固定化された基板（例えば、スライドガラス、シリコンウェハ、ナイロン、ポリマーを主成分とする基板など）のことをいう。この基板は、長方形、正方形、円形、三角形、またはその他使用に便利な任意の形状であって実質上平面的な形状を備えるものである。これら試薬（プローブと呼ばれる）は通常、その結合親和力における高い特異性、または生物試料における対象物（ターゲットと呼ばれる）への高い反応性によって選択される。実験的に制御した条件下で生物試料をマイクロアレイ上にセットした後に、各種ラベリング技術および適当な検出装置を用いれば、マイクロアレイ上の各プローブとこれに対応する生物試料中のターゲットとの間の相互作用を観察することができ、これによって、被験生物試料中のターゲットに関する定性的および定量的情報を得ることができることとなる。
【０００３】
マイクロアレイでハイブリダイゼーション分析を行うにあたり検討すべき重要な事項は、固定化されたプローブ分子とハイブリダイゼーション溶液中のターゲット分子とがハイブリダイゼーション反応を行う反応領域の提供である。ハイブリダイゼーション反応は多くの場合数時間〜数十時間もの時間を要し、かつ、ＤＮＡマイクロアレイにあっては高温下で進行するのが通常である。よって、反応領域は、溶液の漏れや乾燥などが起こらないように構成されていなければならない。そこで、ハイブリダイゼーション反応を進行させるマイクロアレイスライドを提供する幾種かのシステムが開発されるに至ったのである。たとえば、スライドカバーがねじ締め具により基板に取り付けられてなるスライドシステムが開示されている（たとえば、特許文献１参照）。しかし、このようなシステムは、使用上手間がかかる上に、特殊な材料および／または生産用治工具を用いる必要があるため、マイクロアレイハイブリダイゼーション分析を極めて複雑なものとし、かつ、コストを増加させる。
【０００４】
したがって、マイクロアレイハイブリダイゼーション分析用のスライドを作製する簡単かつ経済的な器具と方法の提供が望まれている。
【０００５】
【特許文献１】米国特許第６２５８５９３号明細書
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
上述に鑑みて、本発明は、ハイブリダイゼーション分析を行うためのマイクロアレイハイブリダイゼーションアセンブリを提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
すなわち、本発明は、第１基板、第２基板およびスペーサからなり、かつ前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっているハイブリダイゼーションアセンブリを被包する熱収縮バッグであって、該熱収縮バッグが、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上を含む熱収縮フィルムからなるバッグであり、かつ、昇温することにより該バッグが収縮し、ハイブリダイゼーションアセンブリの二側面以上を密閉状にシールする熱収縮バッグに関する。
【０００８】
熱収縮フィルムが、ポリ塩化ビニルまたはポリエチレンテレフタレートからなり、前記熱収縮バッグの一辺の長さが３０ｍｍであり、他の一辺の長さが８２〜１００ｍｍまたは８〜８０ｍｍであることが好ましい。
【０００９】
第１基板および第２基板が、それぞれ、ガラス、石英ガラス、シリコン、プラスチック、セラミックおよび金属からなる群より選ばれる材料からなる基板であることが好ましい。
【００１０】
第１基板および第２基板が、正方形または長方形の形状であることが好ましい。
【００１１】
また、本発明は、第１基板、第２基板およびスペーサからなり、かつ、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっているハイブリダイゼーションアセンブリにおいて、前記第１基板の表面および前記第２基板の表面の少なくとも２つの外縁に沿って配置されるスペーサであって、前記スペーサが少なくとも１つの開口部を備える構造であるスペーサに関する。
【００１２】
スペーサの厚さが、８０〜４００ミクロンであることが好ましい。
【００１３】
スペーサが、ゴム、金属、ゲルおよびプラスチックからなる群より選ばれる材料からなることが好ましい。
【００１４】
スペーサが、連結する３つのセグメントからなる３側辺構造、１側辺に開口部を有している４側辺構造、または、２つの分離したセグメントからなる構造からなる群から選ばれる構造を有するものであることが好ましい。
【００１５】
スペーサが、３側辺構造からなるものであり、かつ、スペーサの厚さが０．２〜０．３ｍｍ、スペーサの高さが６４〜７６ｍｍ、セグメントの幅が２．５〜４ｍｍ、セグメントの高さが２．５〜５ｍｍであることが好ましい。
【００１６】
また、本発明は、第１基板、前記第１基板と平行に配置された第２基板、および前記第１基板と前記第２基板との間にて配置され、かつ、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも２つの外縁に沿って配置されるスペーサからなり、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっているハイブリダイゼーションアセンブリ、ならびに該ハイブリダイゼーションアセンブリを収容する熱収縮バッグからなるハイブリダイゼーション反応を進行させるための器具に関する。
【００１７】
スペーサが、第１基板または第２基板の表面に貼接されることが好ましい。
【００１８】
第１基板および第２基板の少なくとも３つの側辺が、熱収縮バッグによって密閉状にシールされていることが好ましい。
【００１９】
第１基板および第２基板が、それぞれ、ガラス、石英ガラス、シリコン、プラスチック、セラミックおよび金属からなる群より選ばれた材料からなることが好ましい。
【００２０】
熱収縮バッグが、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上を含む熱収縮フィルムからなることが好ましい。
【００２１】
また、本発明は、第１基板と第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブを備える第１工程、第１基板と第２基板の間であって、前記第１の基板の表面の少なくとも２つの外縁に沿ってスペーサを配置する第２工程、第１基板と平行になるように第２基板を前記スペーサ上に配置する第３工程、前記第１〜３工程で得られたアセンブリを、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上を含む熱収縮フィルムからなる熱収縮バッグに収容する第４工程、ならびに、前記バッグを加熱してアセンブリの側辺を密閉状にシールする第５工程からなる方法に関する。
【００２２】
第４工程が、５０℃以上の温水中に熱収縮バッグを浸漬することにより行われることが好ましい。
【００２３】
さらに、アセンブリの開口端に沿って熱収縮バッグの過剰部分を除去する工程、および、第１基板および／または第２基板上に備えられたプローブ分子とハイブリダイズするターゲット分子を含むハイブリダイゼーション溶液を、第１基板、第２基板およびスペーサに囲まれた領域に導入する工程を含むことが好ましい。
【００２４】
さらに、アセンブリの開口端をシールする工程、および、各種ハイブリダイゼーション条件の下で前記ハイブリダイゼーション溶液をインキュベートする工程を含むことが好ましい。
【００２５】
開口端をシールする工程が、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上からなる熱収縮キャップでアセンブリの開口端を被覆する工程、ならびに前記熱収縮キャップを５０℃以上の温水中に浸漬する工程からなることが好ましい。
【００２６】
スペーサが、第１基板または第２基板の表面に貼接されることを特徴とすることが好ましい。
【００２７】
スペーサが、連結する３つのセグメントからなる３側辺構造、１側辺に開口部を有している４側辺構造、または、２つの分離したセグメントからなる構造からなる群から選ばれる構造を有するものであることが好ましい。
【００２８】
第１基板および第２基板が、長方形または正方形の形状であることが好ましい。
【００２９】
熱収縮バッグが、ポリ塩化ビニルまたはポリエチレンテレフタレートからなり、かつ長方形または正方形状であることが好ましい。
【００３０】
さらに、本発明は、第１基板、前記第１基板の上に配置される第２基板、前記第１基板と前記第２基板との間に設けられるものであって、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも２つの外縁に沿って配置されるスペーサ、ならびに、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上からなる熱収縮フィルムからなる熱収縮バッグからなるハイブリダイゼーション分析を行うためのキットであって、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっていることを特徴とするキットに関する。
【００３１】
さらに、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上からなる熱収縮キャップを含むことが好ましい。
【００３２】
スペーサが、第１基板および／または第２基板の表面に貼接されることが好ましい。
【発明の効果】
【００３３】
本発明のマイクロアレイハイブリダイゼーション分析用のスライドアセンブリは、簡単な構造であるため、非常に使用しやすい上にコストの低減化することができ、さらには、ハイブリダイゼーション分析の実施を容易にすることができるものである。
【発明を実施するための最良の形態】
【００３４】
本発明は、第１基板、第２基板およびスペーサからなり、かつ前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっているハイブリダイゼーションアセンブリを被包する熱収縮バッグであって、
該熱収縮バッグが、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ポリウレタン、ポリシリコーン、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリテトラフルオロエチレンおよびポリオレフィンからなる群より選ばれる１種以上を含む熱収縮フィルムからなるバッグであり、かつ、昇温することにより該バッグが収縮し、ハイブリダイゼーションアセンブリの二側面以上を密閉状にシールする熱収縮バッグに関する。
【００３５】
本発明は、熱収縮バッグで被包、密封される、ハイブリダイゼーション反応プロセス用のマイクロアレイハイブリダイゼーションアセンブリに関するものである。このマイクロアレイは、遺伝子チップ、ＤＮＡチップ、オリゴヌクレオチドマイクロアレイ、ポリヌクレオチドマイクロアレイ、プロテインマイクロアレイ、抗体マイクロアレイであってもよいが、これらだけに限定されることはない。
【００３６】
本発明に用いるマイクロアレイハイブリダイゼーションアセンブリは、ハイブリダイゼーション分析ができるものであり、第１基板、第２基板およびスペーサからなるものである。第１基板、第２基板は、スライドまたはスライドカバーであることが好ましく、第１基板がスライド、第２基板がスライドカバーであることが好ましい。
【００３７】
また、前記第１基板と前記第２基板の少なくとも一方の基板の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっていることが重要であるが、第１基板であるスライド上の前記プローブ分子が固着していることが好ましい。
【００３８】
本発明に用いるアセンブリでは、スライドカバーをスライド上方に配置し、かつ、スペーサにより、これらスライドとスライドカバーの平行する表面間に間隙を保つことで、固定化されたプローブ分子とハイブリダイゼーション溶液中のターゲット分子とがハイブリダイゼーション反応を行うための反応領域が形成される。
【００３９】
本発明においては、得られたスライドアセンブリを熱収縮バッグに入れ、スライドアセンブリの少なくとも２つ以上の側面が熱収縮バッグで密閉状にシールするのに充分な熱サイクルの中で、バッグおよびスライドアセンブリを加熱する。
【００４０】
ここで、密閉状とは、アセンブリの側面と収縮した熱収縮バッグが実質的に隙間無く閉じる状態をさす。
【００４１】
ハイブリダイゼーション溶液は、スライドアセンブリの開口端または間隙の開口部からスライドアセンブリの反応領域に導入することができる。ハイブリダイゼーション溶液がスライドアセンブリの反応領域に導入された後に、キャップまたはカバーとして形成された第２の熱収縮バッグを、アセンブリの開口端に被覆してから、スライドアセンブリの４つの側辺をシールし得るような第２の熱サイクルの中で加熱する。
【００４２】
下記におけるハイブリダイゼーションアセンブリまたはスライドアセンブリという語は、スペーサを介してスライド基板上にスライドカバーを載置することによりハイブリダイゼーション溶液を収容し得る反応領域が形成される、という構造を説明するために用いるものであり、この反応領域は、スライド、スライドカバーおよびスペーサからなるアセンブリが、熱収縮バッグにより被覆され、かつこのバッグが収縮したときに密封状にシールされることでハイブリダイゼーション溶液を収容できる反応領域が形勢されるものである。
【００４３】
以下の説明においては、本発明が完全に理解されるように多数の詳細かつ具体的な例を記載している。しかし、当該分野の通常の知識を有する者であれば、これら詳細かつ具体的な例によらずとも本発明が実施可能であることは明らかである。また、説明の便宜のために、周知の構造および装置をブロック図のかたちで示した図を用いて説明する。なお、これら好ましい実施形態の説明は、本発明の範囲を限定するものではない。
【００４４】
図１Ａ〜図１Ｄには、本発明の一実施形態によるハイブリダイゼーションアセンブリの各構成要素がそれぞれ示してある。図示されたハイブリダイゼーションアセンブリは、例えば、核酸、ポリヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはこれらに類似するターゲット分子のハイブリダイゼーション溶液の反応領域を包囲するのに好ましい構成となっている。図１Ｂに示すのは、プローブ分子（例えば、オリゴヌクレオチド）のアレイが固着されるスライドまたは基板２０８である。スライドまたは基板２０８は、ガラス、プラスチック、石英ガラス、シリコン、セラミックまたは金属からなるものであることが好ましく、ガラスであることがより好ましい。
【００４５】
スライドまたは基板２０８の寸法は、各種用途に応じて適宜調整が可能であるが、一般的なオリゴヌクレオチドマイクロアレイの場合、その寸法は、２５×７５ｍｍ（Ｗ２×Ｈ２）の約１×３インチであることが好ましい。
【００４６】
また、スライドまたは基板２０８は、スライドに支持される試料をマーキングおよび識別するためのラベル２１０を有していてもよい。
【００４７】
本発明において、スライドまたは基板２０８の表面に複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブが備わっているものであり、複数のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドプローブの固着方法としては、通常の方法であればよい。
【００４８】
図１Ｄは、スライドまたは基板２０８と一緒に使用されるスライドカバーまたは基板２０６である。スライドカバーまたは基板２０６は、スライドまたは基板２０８と反応領域を形成するものであり、該反応領域の上表面をなすものである。スライドカバーまたは基板２０６は、スライドまたは基板２０８と同じ材料で形成してもよく、ガラスであることが好ましい。
【００４９】
スライドカバーまたは基板２０６の寸法は、スライドまたは基板２０８と同じ寸法のＷ４×Ｈ４であることが好ましい。また、別の実施形態として、スライドカバーまたは基板２０６の幅および／または高さをスライドまたは基板２０８よりも小さくしてもよい。さらに、スライドカバーまたは基板２０６自体の表面にはプローブ分子が固着されていてもいなくてもよい。スライドカバーまたは基板２０６は、マイクロアレイであっても、あるいは表面にプローブ分子が固着されていない基板であってもよい。
【００５０】
スライドまたは基板２０８表面上に固着されたプローブを囲む反応領域は、スライドカバーまたは基板２０６をスライドまたは基板２０８に載置し、かつ、これらの互いに対向し合う２つの面を小さな間隙を介して離間させて、２つの平行する上表面および下表面を作り出すことによって形成されるものである。
【００５１】
図１Ｃは、スライドまたは基板２０８とスライドカバーまたは基板２０６の間に配置されるスペーサ２０４である。このスペーサは、熱的に安定であると共に化学的に不活性な硬質または可撓性の材料からなるものであることが好ましい。スペーサは、ハイブリダイゼーション溶液と接触しても実質的に変化せず、かつ、５０℃以上の温度、より好ましくは５０〜９０℃の温度では実質的に変化しないことが好ましい。スペーサ２０４を構成する材料は、ゴム、シリコンゴム、プラスチック、ゲル、金属またはまたはこれらに類似する材料であることが好ましく、これらの中でもシリコンゴムが好ましい。
【００５２】
図１Ｃに示す形態では、スペーサ２０４は、実質的に平らで、連結する３つのセグメントからなる３側辺構造（three sided structure）を有するものであり、その厚さは８０〜４００ミクロンであることが好ましい。
【００５３】
なお、スペーサ２０４は、図１Ｃに示すものとは異なる様々な形式とすることもできる。例えば、スペーサは、スライドの辺縁に沿って配置されるように構成された、互いに連結せずに分離した複数（２〜４個）のセグメントからなるものであってもよい。図６Ａには、本発明の第１の別実施形態による、スライドとスライドカバーを離間するスペーサが示してあり、このスペーサは２つの分離したセクション６０２および６０４からなり、基板６０６とスライドまたは第２基板６０８との間に配置されている。また、図６Ｂには、他の別実施形態による、スライドとスライドカバーを離間するスペーサが示してある。この別実施形態においてスペーサ６１０は、スペーサの壁部により規定される反応領域内にターゲット溶液を導くために、その１側辺に開口部６１２を有する４側辺構造（four sided structure）を有するスペーサである。
【００５４】
スペーサは、図２Ａおよび図２Ｂに示すように、通常、マイクロアレイのスライドまたは基板２０８の外縁に沿って配置される。スペーサをスライドまたは基板２０８の外縁に貼接すれば、スライドまたは基板２０８上にスライドカバーまたは基板２０６が載置されたときに、基板表面上にハイブリダイゼーションのための反応領域が形成されることとなる。図１Ｃに示すように、スペーサ２０４の寸法のＷ３×Ｈ３は、スライドまたは基板２０８およびスライドカバーまたは基板２０６の寸法にちょうど収まるような寸法に設定されることが好ましい。よって、図１Ｃに示される形態では、スペーサの全高さ（Ｈ３）は、スライドの高さ（Ｈ２）以下であることが好ましく、スペーサの全幅（Ｗ３）は、スライドの幅（Ｗ２）以下であることが好ましい。具体的には、厚さが０．０８〜０．４ｍｍであることが好ましく、０．２〜０．３ｍｍであることがより好ましく、幅（Ｗ３）が２５ｍｍであることがより好ましく、高さ（Ｈ３）が６４〜７６ｍｍであることが好ましく、セグメントの幅（Ｗ５）が２．５〜５ｍｍであることが好ましく、３〜４ｍｍであることがより好ましく、セグメントの高さ（Ｈ５）が２．５〜１０ｍｍであることが好ましく、３〜５ｍｍであることがより好ましい。
【００５５】
スペーサの３つの壁部に囲まれてなる領域、つまりはＷ５×Ｈ５は、ハイブリダイゼーションアセンブリの反応領域を規定するものである。スペーサは、マイクロアレイにおけるフローブ領域のどの部分に覆い被さることもなく、かつ、適当な容量の反応領域を形成し得るのであれば、任意の好ましい形状または寸法であってよい。さらに、スペーサは、スライドおよびスライドカバーの少なくとも２辺の外縁に沿って配置されることとなるように配置されることが好ましい。典型的なオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション反応の場合、反応領域の容量は１００〜５００ｍＬであることが好ましい。この容量は、用途に応じて慎重に調整する必要がある。スペーサが薄すぎるために反応領域の容量が小さくなりすぎると、ハイブリダイゼーション処理の難度が増す傾向があり、一方、反応領域の容量が大きすぎると、ターゲット試料分子の濃縮度が低下して、ハイブリダイゼーションアッセイの検出感度も低下する傾向がある。
【００５６】
スライドカバーまたは基板２０６がスライドまたは基板２０８よりも小さい場合は、スペーサの寸法は、スライドカバーまたは基板２０６の寸法に合うように調整することが好ましい。また、別実施形態として、スペーサ２０４をスライドカバーまたは基板２０６の外縁に沿って配し貼接して、スライドカバーまたは基板２０６をスライドまたは基板２０８に載置して、反応領域を形成してもよい。この場合、スライドカバー上に定置するにあたり、スペーサ２０４を接着剤でスライドカバーまたは基板２０６に貼り付けることができる。かかる形態においては、スペーサ２０４は、その一表面にシリコーンシーリング材が塗布されたシリコンゴムからなるものであってもよい。よって、このスペーサをスライドカバーまたは基板２０６の外縁に沿って固定することができるようになる。
【００５７】
図１Ａは、スライド、スペーサおよびスライドカバーからなるアセンブリを収容するための熱収縮バッグ２０２である。この熱収縮バッグ２０２は、スライドおよびスライドカバーからなるアセンブリを被包し、かつ、好適な条件下で加熱されるとアセンブリに沿って収縮するように構成されたものであり、これによりアセンブリは密閉環境内に密封されることとなる。よって、熱収縮バッグ２０２は、適切な加熱を施すことで二次元的な収縮を行う特性を持つ材料で作られるものである。
【００５８】
熱収縮バッグ２０２は、クロロプレンゴム、ポリテトラフルオロエチレン、ナイロン、ウレタン、シリコーン、ポリ塩化ビニル（ＰＶＣ）、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンテレフタレート（ＰＥＴ）、ポリテトラフルオロエチレン（ＰＴＦＥ）およびポリオレフィン（ＰＯＦ）からなる群より選ばれる１種以上を含む熱収縮フィルムからなるものである。クロロプレンゴムとしては、ネオプレン（登録商標）、ポリテトラフルオロエチレンとしては、テフロン（登録商標）などをあげることができる。これらの中でも、既に商品化がされていて入手し易い材料であり、本発明に適合するように設計し応用することが容易であるという点から、本発明の一実施形態としてポリエチレンテレフタレート、ポリ塩化ビニルのフィルムを用いることが好ましい。
【００５９】
インキュベート後、分析前にスライドアセンブリを分解するといった使い方をする場合には、バッグは、透明、半透明または不透明な材料からなるものであってよい。一方、スライドアセンブリをバッグ内に密封したままで分析を行う場合には、バッグは、透明または実質上透明な材料で作製されたものでなくてはならない。
【００６０】
熱収縮バッグの寸法（Ｗ１×Ｈ１）は、アセンブリを収容できる大きさあればよく、特に限定されるものではないが、一辺の長さが３０ｍｍであり、他の一辺の長さが８２〜１００ｍｍまたは８〜８０ｍｍである、長方形または正方形の形状を有する袋状のバッグであることが好ましい。
【００６１】
図２Ａは、本発明の１実施形態による、熱収縮バッグ２０２内に入った図１Ｂ、図１Ｃおよび図１Ｄのスライド、スペーサおよびスライドカバーからなるスライドアセンブリである。また、図２Ｂに示すのは、収縮前のバッグに入ったスライドアセンブリの断面図である。
【００６２】
図２Ａおよび図２Ｂに示されるように、熱収縮バッグ２０２は、スライドアセンブリを適度にフィットして被包する程度に大きく、かつ、スライドアセンブリに沿って収縮したときに密閉状態を確保できる程度にアセンブリを強く締め付けることのできるものである。スライドアセンブリを熱収縮バッグに入れたら、アセンブリをバッグ底部まで下げると共に、左右方向におけるバッグのほぼ中央に位置させて、熱収縮バッグがスライドアセンブリに沿って強くシールされるようにしておく。続いて、このバッグに収容されたスライドアセンブリに所定の熱サイクルを与え、バッグを収縮させる。熱サイクルに要する温度と時間は、バッグに採用される材料によって決まる。バッグは、主として、熱水中に入れる方法、オーブンでベイクする方法、高温ガスを吹き付ける方法、またはこれらに類似する任意の方法を用い、スライドアセンブリに沿って収縮するに充分な温度で加熱することができる。
【００６３】
図３に示すのは、バッグ２０２をポリ塩化ビニル製の熱収縮フィルムバッグとした形態において、スライドアセンブリを被包する熱収縮バッグを加熱する工程を説明する図である。この形態では、バッグとスライドアセンブリ２００をバインダークリップまたはこれに類似する止着手段（fastening means）３０２で封着して、熱水３０６の入った容器３０４に入れる。水の温度は、バッグ材の種類および厚さに応じ、バッグがスライドアセンブリに沿って収縮するのに充な時間、例えば０．５〜２分間、９０℃にしておくことが好ましい。
【００６４】
図４Ａ〜図４Ｂに示されるように、収縮により、スライドアセンブリはバッグ内に密封されることとなる。図４Ａには、スライド２０８およびスライドカバー２０６からなるアセンブリの少なくとも３つの側辺を強く締め付けるようにシールするバッグ２０２が示してある。図４Ｂは、図４Ａのスライドアセンブリの断面を示すと共に、スライド２０８とスライドカバー２０６との間のスペーサ２０４によって形成された間隙を説明するものである。
【００６５】
１実施形態として、熱収縮バッグ２０２を、水に入れたときに、その上部（開口端）におけるバッグ材が水の上から充分に突き出すようなサイズとすることにより、止着手段３０２で掴持するのに充分な表面積を確保して、シールプロセス中にバッグに水が進入しないようにすることができる。バッグは、スライド２０８の２側辺の全高さＨ２分が熱サイクル中でシールされるように、水中の十分に低い位置に置く必要がある。スライドアセンブリの上部（開口端）から突き出したバッグ上部の超過部分は、後でカットすることができる。
【００６６】
図１Ａ〜図１Ｄを参照として説明したスライドアセンブリは、バッグに密封された後に、その反応領域に導入される試料または溶液を封入する（encase）ものとなり得る。この形態によれば、アセンブリは、先ず、スライドのプローブ（例えば、マイクロアレイプローブ）のある側を上にしてから、このマイクロアレイにスペーサを位置合わせし、次いで、ブランク（blank）スライドカバーをスペーサの上面に配してから、互いに重なり合うようにスライドとスライドカバーを位置合わせすることによって組み立てられる。そして、マイクロアレイプローブ表面とブランクスライドカバー表面との間に反応領域が形成される。このようにしてなるハイブリダイゼーションアセンブリを、アセンブリを収容するために１側辺が開口しているバッグに入れる。続いて、アセンブリを加熱して収縮させ、スライドとスライドカバーの３側辺が強く締め付けられるように被包する。アセンブリの開口（試料注入）側からはみ出したバッグ材の超過部分はカットすることができる。次に、ターゲットハイブリダイゼーション溶液を、ハイブリダイゼーションアセンブリの開口した試料注入側から、ハイブリダイゼーションアセンブリの反応領域に注入する。たいていの場合、溶液は、少なくともプローブ領域全体に行き渡る程度に反応領域に充填されることが好ましい。また、反応領域のほぼ全容量いっぱいに充填することもできる。１形態として、スライドとスライドカバーとの間に配置されたスペーサは、図１Ｃに示されるような３側辺を備えてなるものであり得る。３つよりも多い側辺からなるスペーサを用いる場合には、そのうちの少なくとも１側辺に、溶液を反応領域に導入させるための開口部６１２が備わっていなければならない。このようなスペーサが図６に示されている。
【００６７】
図５Ａに示すのは、ハイブリダイゼーションアセンブリの開口した試料注入側からのハイブリダイゼーションアセンブリの反応領域にターゲットハイブリダイゼーション溶液を注入する形態である。熱サイクル処理後、スペーサ５０２壁部に沿ったスライドアセンブリの３つの側面がシールされる。この後、アセンブリの上側から突き出したバッグの超過部分はカットすることができる。こうすることにより、スペーサ５０２の開口部と吻合する開口溝５０４が形成される。よって、ピペット５０５またはこれに類似する器具を用い、ターゲット溶液をスペーサ５０２の開口部からスライドアセンブリの反応領域に導入することができるようになる。
【００６８】
図５Ｂに示される形態では、熱収縮キャップ５０６のかたちに形成した第２の熱収縮バッグを用いて、スライドアセンブリをシールしてからハイブリダイゼーション溶液をスライドアセンブリの反応領域に導入した後に、スライドアセンブリの上部（開口端）を封着するようにしてもよい。図５Ｂに示されるように、熱収縮キャップ５０６はスライドアセンブリの上部（開口端）５０４を封着するために用いられるものである。この熱収縮キャップ５０６は、スライドアセンブリの開口端を完全に封着するに充分なサイズであれば、任意のサイズであってよい。例えば、図５Ｂに示されるように熱収縮バッグよりも短いサイズであっても、あるいは熱収縮バッグと同じまたはこれよりも大きいサイズであってもよい。また、熱収縮キャップは、熱収縮バッグから離れ独立した部材であっても、あるいは熱収縮バッグに切れ目を入れてなる、熱収縮バッグの一部分であってもよい。この熱収縮キャップ５０６は、熱収縮バッグでスライドアセンブリがシールされた後に、第２の熱サイクルの中でスライドアセンブリをシールするものである。熱収縮キャップ５０６は、第２の熱サイクル前にスライドアセンブリの開口端に沿って摩擦で係止するような形状に形成しておくか、あるいは接着手段で所定の位置に固定することができる。熱収縮バッグに超過部分があれば、その部分は第２の熱サイクル後にカットすることができる。
【００６９】
熱収縮キャップは主に、熱収縮バッグをスライドアセンブリに沿ってシールし、反応領域を形成した後に、ハイブリダイゼーション溶液をスライドアセンブリ内に導入するといった使用態様において用いられる。この使用態様は図５Ｂに示したものであり、ここでバッグの上部の開口端５０４は、少なくともスライドアセンブリの幅の部分に沿って開口している。ハイブリダイゼーション溶液は、このスライドアセンブリの開口端からピペット５０５で吸い取られる、あるいは反対にスライドアセンブリへと導入される。ハイブリダイゼーション溶液はこのようにしてスライドアセンブリからなる反応領域５０８に導入される。
【００７０】
スライドアセンブリにターゲットハイブリダイゼーション溶液を充填してから、熱収縮バッグおよび熱収縮キャップでスライドアセンブリを密封した後、プローブ分子とターゲット分子との相互作用に求められる要件に応じたハイブリダイゼーション条件下でインキュベートを行うことができるようになる。そして、インキュベートが終了し、好適な装置によりアレイを洗浄したら、その結果を読み取ることができる。
【００７１】
代表的な使用態様では、ハイブリダイズされたターゲット分子が表面に付着したスライドを直接分析することができるように、アセンブリをハイブリダイゼーション反応後に分解できるようにする。かかる使用態様では、インキュベート終了後に、バッグ材をスライドアセンブリから取り去る。
【００７２】
図１Ａ〜図１Ｄに図示した形態を参照に説明したとおりに、スライドカバー２０６は、スライド基板２０８上にぴったりと重なり合うようなブランクカバーである。また、別実施形態において、スライドカバーを、ブランクカバーではなくて、第２のマイクロアレイとしてもよい。この第２のマイクロアレイは、プローブを備える第２のマイクロアレイの表面が、プローブを備える第１のマイクロアレイの表面と向き合うようなかたちで、スライドの第１のマイクロアレイ上方に配置されるものであってもよい。第２のマイクロアレイは、第１のマイクロアレイと同じ、または異なったものであってもよい。なお、上述したスライド、スライドカバー、熱収縮バッグ、および熱収縮キャップの各寸法は、説明を意図して挙げたものであって、特許請求の範囲に記載した発明の範囲を限定するものではない。図１Ａ〜図１Ｄに示した構成要素は、各種の異なる寸法であってよく、使用する分析システムによる制約および要求に応じた所定の寸法に適宜変更することが可能である。さらに、スライド表面におけるプローブ面および反応領域のサイズと配置（ｏｒｉｅｎｔａｔｉｏｎ）は、所定の用途によって応じて決めることができ、かつ、特定の形態に応じて変更することが可能である。
【実施例】
【００７３】
つぎに本発明を実施例をあげて、上述した方法および該方法を用いたハイブリダイゼーションアセンブリの作製およびハイブリダイゼーション分析実施のステップについて説明するが、本発明はかかる実施例のみに限定されるものではない。
【００７４】
実施例１
＜ハイブリダイゼーション溶液の調製＞
ＨｅｐＧ２細胞（ＡＴＣＣ  Ｎｏ．ＨＢ−８０６５）を、ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション）完全成長培地（complete growth medium）が入ったディッシュにて３７℃で培養し、細胞数６×１０6とした。続いて、この細胞をトータルＲＮＡ抽出のために集菌した。トータルＲＮＡの抽出は、Ｑｉａｇｅｎ社製ＲＮｅａｓｙ  Ｍｉｄｉキット（カタログＮｏ．７５１４４）を用いて行った。合計１０ランの１ラン毎にそれぞれ、トータルＲＮＡを２０μｍずつ取り出し、アジレント（Aglient）社製Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  Ｄｉｒｅｃｔ  ｌａｂｅｌ  キット（カタログＮｏ．Ｇ２５５７Ａ）によりＣｙ５標識したｃＤＮＡに変換した。各ランにおいて、パーキンエルマー（Perkin-Elmer）社製の試薬Ｃｙ５−ｄＣＴＰを用いて直接標識を行い、かつ、Ｑｉａｇｅｎ社製ＰＣＲ精製キット（カタログＮｏ．２８１０６）を用いて精製し、精製された蛍光標識ｃＤＮＡ溶出物をそれぞれ得た。その溶出物を、そのランで変換された、トータルＲＮＡ２．５μｇに対応する最終ｃＤＮＡ溶液が１μＬとなるように、ミリポア（Millipore）社製フィルタＹＭ３０（カタログＮｏ．４２４１０）を用いて濃縮した。このようにして、トータルＲＮＡ２００μｇを、蛍光標識ｃＤＮＡ溶液８０μＬとした。次に、ターゲットハイブリダイゼーションの混合物、ターゲットサンプル溶液の調製を以下の手順で行った。
【００７５】
（１）水浴の温度を約９０℃に予熱した。
【００７６】
（２）１．５×ハイブリダイゼーションバッファ（７．５×ＳＳＣ、４５％ホルムアミド、０．１５％ＢＳＡ、１．５ｍＭ  ＥＤＴＡ、０．７５％ＳＤＳ）を６５℃の水浴中で１０分間攪拌した。
【００７７】
（３）蛍光標識ｃＤＮＡ２５μｌと１．５×ハイブリダイゼーションバッファ１７３μＬを混合してから、ヌクレアーゼフリーｄｄＨ2Ｏを加えて、蛍光標識ｃＤＮＡハイブリダイゼーション混合物を含むターゲットハイブリダイゼーション混合物の全量を２６０μＬとした。
【００７８】
（４）ＰＣＲ装置を、９５℃・５分間の変性プログラムにセットしてから、温度を６０℃に保った。上記のターゲットハイブリダイゼーション混合物をＰＣＲ装置内に入れ、変性プログラムを開始した。そして、ハイブリダイゼーション混合物の変性が進行している間に、下記のステップ（Ｂ）にしたがってハイブリダイゼーションアセンブリを準備した。
【００７９】
＜ハイブリダイゼーションアセンブリの準備＞
（１）それぞれ寸法が２．５ｃｍ×７．６ｃｍ（およそ１インチ×３インチ）であるガラス製マイクロアレイおよびガラス製スライドカバーを用意した。このスライドは、複数のオリゴヌクレオチドが表面に固着されてなるオリゴヌクレオチドマイクロアレイスライドである。そして、これらスライドとスライドカバーとの間に、シリコンゴムでできたスペーサを図１Ｃに示すようにカットして、３側辺からなる形状とした。スペーサの厚さは０．２１ｍｍ、幅（Ｗ３）は２５ｍｍ、高さ（Ｈ３）は６４ｍｍ、セグメントの幅（Ｗ５）は２．５ｍｍ、セグメントの高さ（Ｈ５）は２．５ｍｍとした。
【００８０】
（２）スライドのマイクロアレイプローブ側を上側にしてから、マイクロアレイの２つのコーナーにそのコーナーを位置合わせして、スペーサをスライド上面に置いた。さらに、スペーサ上部にブランクスライドカバーを置き、２枚のスライドの端部を位置合わせして図２Ａに示すようなハイブリダイゼーションアセンブリを形成した。このようにして、マイクロアレイプローブ面とブランク面との間に反応領域を形成した。
【００８１】
（３）このハイブリダイゼーションアセンブリをポリ塩化ビニル製の熱収縮バッグに収めた。このバッグ材の厚さはおよそ０．０４ｍｍである。また、バッグは約３０ｍｍ×１００ｍｍのサイズにカットしてある。ハイブリダイゼーションアセンブリを、その試料注入側がバッグの開口側に位置するように入れた。そして、ハイブリダイゼーションアセンブリをバッグの底部まで下げてから、バッグの開口側をバインダークリップで留めた。
【００８２】
（４）クリップで留めた熱収縮バッグに入っているアセンブリを、９０℃に温めた水の入ったビーカーに１０〜２０分間浸けて、スライドを包むようにバッグを収縮させた。収縮後、バッグを水から取り出して、クリップを外した。そして、アセンブリの試料注入側に位置するバッグの超過部分を切り取った。
【００８３】
＜ターゲット試料溶液のハイブリダイゼーションアセンブリへの注入＞
（１）１側辺が開口したバッグに入ったハイブリダイゼーションアセンブリが作製し終わったら、そのアセンブリを５０℃のオーブンで約１０分間予熱した。ハイブリダイゼーションアセンブリの開口側から、ステップ（Ａ）で調製した蛍光標識ｃＤＮＡハイブリダイゼーション混合物約２６０μＬを注入した。
【００８４】
（２）続いて、ハイブリダイゼーションアセンブリの試料注入口側に、約３０ｍｍ×７ｍｍにカットしたポリ塩化ビニル製熱収縮キャップを被覆した。キャップ材の厚さはおよそ０．０４ｍｍである。キャップを摩擦による係止を利用して固定したら、アセンブリのキャップが被覆された側を９０℃の熱水に浸して、アセンブリの試料注入口を封じた。アセンブリの端部を封じてから、アセンブリ全体を湯浴に浸け、アセンブリをポリ塩化ビニル製熱収縮フィルム中に完全に密封した。
【００８５】
＜ハイブリダイゼーション反応と分析＞
（１）密封後のハイブリダイゼーションアセンブリを、回転する（３ｒｐｍ）５０℃のオーブンに１４〜１６分間入れて、ハイブリダイゼーション反応のインキュベートを行った。オーブンに２×ＳＳＣを入れて加湿状態に保っておいた。
【００８６】
（２）インキュベート後、クラフトナイフでガラススライドの端部沿いに切り込みを入れ、ハイブリダイゼーションアセンブリの被包を解いた。フィルムの被包を取り除いた後、そのハイブリダイゼーションアセンブリ全体を、４２℃の２×ＳＳＣ、０．２％ＳＤＳ溶液に沈め、この溶液中でアセンブリを分解した。
【００８７】
（３）予熱したおいた残りの２×ＳＳＣ、０．２％硫酸ドデシルナトリウム（ＳＤＳ）を用い、マイクロアレイを４２℃で１０分間洗浄した。
【００８８】
（４）続いて、予熱いておいた残りの２×ＳＳＣを用い、マイクロアレイを４２℃で１０分間さらに洗浄した。
【００８９】
（５）最後に、予熱しておいた残りの０．２×ＳＳＣを用い、マイクロアレイを室温で１０分間最終的に洗浄してから、遠心脱水装置で乾燥させた。
【００９０】
（６）そのマイクロアレイを、Ａｘｏｎ社製Ｇｅｎｅｐｉｘ  ４０００Ｂスキャナでスキャンし、マイクロアレイ上の各オリゴヌクレオチドプローブでそれぞれハイブリダイズされたｃＤＮＡの数量を定量すべく蛍光検出することにより分析を行った。
【００９１】
なお、寸法が約３０ｍｍ×１００ｍｍ、バッグ材の厚さが約０．０６ｍｍのポリエチレンテレフタレート製熱収縮バッグを、第１の熱サイクルにおける実施例１のポリ塩化ビニル製熱収縮バッグと同様の役目をするものとして用いてもよい。また、寸法が約３０ｍｍ×７ｍｍ、バッグ材の厚さが約０．０６ｍｍのポリエチレンテレフタレート製熱収縮キャップを、第２の熱サイクルにおける実施例１のポリ塩化ビニル製熱収縮キャップと同様の役目をするものとして用いてもよい。
【００９２】
以上、マイクロアレイのスライドシステムについて説明した。上述では特定の代表的な諸実施形態により本発明を説明したが、特許請求の範囲に記載された、より広範な本発明の思想および範囲を逸脱しない限りにおいて、これら実施形態に各種修飾および変更を施し得ることは明らかである。例えば、オリゴヌクレオチドアレイまたはポリヌクレオチドのアレイを用いるものとして本発明の実施形態を説明したが、２枚の実験用スライド間に密閉された反応領域を作り出すべく熱収縮バッグとスペーサを用いた形態は、プロテインアレイ、抗体アレイなどといったその他の各種生物または化学物質の分析にも利用できる点に留意されたい。
【図面の簡単な説明】
【００９３】
【図１Ａ】本発明の諸実施形態に適用される熱収縮バッグである。
【図１Ｂ】本発明で用いられるスライドまたは基板の一実施形態である。
【図１Ｃ】本発明で用いられるスペーサの一実施形態である。
【図１Ｄ】本発明で用いられるスライドカバーの一実施形態である。
【図２Ａ】熱収縮バッグに入ったスライドおよびスライドカバーからなるアセンブリの上面図である。
【図２Ｂ】熱収縮バッグに入ったスライドおよびスライドカバーからなるアセンブリの断面図である。
【図３】スライドアセンブリを被包する熱収縮バッグの加熱方法を説明する図である。
【図４Ａ】熱収縮バッグに密封されたスライドアセンブリの上面図である。
【図４Ｂ】熱収縮バッグに密封されたスライドアセンブリの断面図である。
【図５Ａ】スライドアセンブリの反応領域へのハイブリダイゼーション溶液導入方法を説明する図である。
【図５Ｂ】収縮キャップを用いてハイブリダイゼーション溶液導入後のスライドアセンブリの開口端を封着する方式を説明する図である。
【図６Ａ】本発明で用いられるスペーサの一実施形態である。
【図６Ｂ】本発明で用いられるスペーサの一実施形態である。
【符号の説明】
【００９４】
２００  スライドアセンブリ
２０２  熱収縮バッグ
２０４、５０２、６１０  スペーサ
２０６  スライドカバーまたは基板
２０８  スライドまたは基板
２１０  ラベル
３０２  止着手段
３０４  容器
３０６  熱水
５０４  開口端
５０５  ピペット
５０６  熱収縮キャップ
５０８  反応領域
６０２、６０４  スペーサのセグメント
６０６  基板
６０８  第２基板
６１２  開口部
【図１Ａ】
2005221499.tif 000003
【図１Ｂ】
2005221499.tif 000004
【図１Ｃ】
2005221499.tif 000005
【図１Ｄ】
2005221499.tif 000006
【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
2005221499.tif 000008
【図３】
2005221499.tif 000009
【図４Ａ】
2005221499.tif 000010
【図４Ｂ】
2005221499.tif 000011
【図５Ａ】
2005221499.tif 000012
【図５Ｂ】
2005221499.tif 000013
【図６Ａ】
2005221499.tif 000014
【図６Ｂ】
2005221499.tif 000015