(57)【要約】【課題】本発明は、担持体に担持されている物質を検出するために、照射光を担持体に照射して、物質が担持されている場合に放射される放射光を検出する際、簡便にバックグラウンドノイズを減少させる方法を提供することを目的とする。【解決手段】検出対象の物質を担持させるための担持体をインクで染色する。また、検出前に、透明化するなど、担持体の屈折率を変化させる。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
検出対象の物質を担持させるための担持体であって、
インクで染色されていることを特徴とする担持体。
【請求項２】
前記担持体が材質としてニトロセルロースを含むことを特徴とする請求項１に記載の担持体。
【請求項３】
前記担持体に担持されている前記物質を検出するために、照射光を前記担持体に照射して、前記物質が担持されている場合に放射される放射光を検出することを特徴とする請求項１または２に記載の担持体。
【請求項４】
前記放射光が、蛍光または共鳴散乱光であることを特徴とする請求項３に記載の担持体。
【請求項５】
黒色インクで染色されていることを特徴とする請求項１〜４のいずれかに記載の担持体。
【請求項６】
前記照射光の波長の光を吸収する特性を有するインクで染色されていることを特徴とする請求項３または４に記載の担持体。
【請求項７】
前記検出対象の物質を担持していることを特徴とする請求項１〜６のいずれかに記載の担持体。
【請求項８】
前記物質が、ＤＮＡであることを特徴とする請求項１〜７のいずれかに記載の担持体。
【請求項９】
検出対象の物質を担持させるための担持体を有する物質検出用器具であって、前記担持体がインクで染色されていることを特徴とする物質検出用器具。
【請求項１０】
前記担持体が材質としてニトロセルロースを含むことを特徴とする請求項９に記載の物質検出用器具。
【請求項１１】
前記担持体に担持されている前記物質を検出するために、照射光を前記担持体に照射して、前記物質が担持されている場合に放射される放射光を検出することを特徴とする請求項９または１０に記載の物質検出用器具。
【請求項１２】
前記放射光が、蛍光または共鳴散乱光であることを特徴とする請求項１１に記載の物質検出用器具。
【請求項１３】
前記インクが黒色インクであることを特徴とする請求項９から１２のいずれかに記載の物質検出用器具。
【請求項１４】
前記インクが、前記照射光の波長の光を吸収する特性を有するインクであることを特徴とする請求項１１または１２に記載の物質検出用器具。
【請求項１５】
前記物質が、ＤＮＡであることを特徴とする請求項９〜１４のいずれかに記載の物質検出用器具。
【請求項１６】
担持体に担持された物質を検出する検出方法であって、
前記担持体に照射光を照射するステップと、
前記物質が存在する場合に放射される放射光を検出するステップと、
を含み、
前記担持体がインクで染色されていることを特徴とする検出方法。
【請求項１７】
前記担持体が材質としてニトロセルロースを含むことを特徴とする請求項１６に記載の検出方法。
【請求項１８】
前記放射光が、蛍光または共鳴散乱光であることを特徴とする請求項１６または１７に記載の検出方法。
【請求項１９】
前記担持体が黒色インクで染色されていることを特徴とする請求項１６〜１８のいずれかに記載の検出方法。
【請求項２０】
前記担持体が、前記照射光の波長の光を吸収する特性を有するインクで染色されていることを特徴とする請求項１６〜１８のいずれかに記載の検出方法。
【請求項２１】
前記物質が、ＤＮＡであることを特徴とする請求項１６〜２０のいずれかに記載の検出方法。
【請求項２２】
検出対象の物質を担持させるための担持体を有する物質検出用器具の製造方法であって、
前記担持体をインクで染色するステップを含むことを特徴とする物質検出用器具の製造方法。
【請求項２３】
前記担持体が材質としてニトロセルロースを含むことを特徴とする請求項２２に記載の物質検出用器具の製造方法。
【請求項２４】
前記担持体を黒色インクで染色することを特徴とする請求項２２または２３に記載の物質検出用器具の製造方法。
【請求項２５】
前記担持体に担持されている前記物質を検出するために、照射光を前記担持体に照射し、前記担持体に前記物質が担持されている場合に放射される放射光を検出するのに用いられる担持体を有する請求項２２または２３に記載の物質検出用器具の製造方法であって、
前記担持体を、前記照射光の波長の光を吸収する特性を有するインクで染色するステップを含むことを特徴とする物質検出用器具の製造方法。
【請求項２６】
照射光を担持体に照射して、前記担持体に物質が担持されている場合に放射される放射光を検出する、担持体に担持された物質を検出する検出方法において、
前記担持体が人工材料からなり、
前記担持体の屈折率を変化させる処理を行うことを特徴とする検出方法。
【請求項２７】
前記担持体が、ニトロセルロース、ナイロン、ＰＶＤＦ、またはそれらの混合物からなるメンブレンであることを特徴とする請求項２６に記載の検出方法。
【請求項２８】
前記担持体を透明化することによって、前記担持体の屈折率を変化させることを特徴とする請求項２６又は２７に記載の検出方法。
【請求項２９】
組織標本封入剤を用いることによって、前記担持体の屈折率を変化させることを特徴とする請求項２６又は２７に記載の検出方法。
【請求項３０】
前記担持体の屈折率を変化させる処理を行うステップをさらに含むことを特徴とする請求項１６〜２１のいずれかに記載の検出方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、インクで染色された担持体、その担持体を有する物質検出用器具とその製造方法、及びその担持体に担持された物質を検出する検出方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
担持体上にＤＮＡやＲＮＡ、タンパク質をアレイ状に固定したデバイスとして、マクロアレイやマイクロアレイが知られている。これらのアレイは、生物学、医学の分野において研究や診断に用いられている。
【０００３】
アレイの表面にはＤＮＡやＲＮＡ、タンパク質などが固定される。固定法としては、従来、サザンブロッティング法、ノーザンブロッティング法、ウエスタンブロッティング法で用いられてきた方法や、基板上で直接ＤＮＡ合成を行うＤＮＡチップ法や、ｃＤＮＡクローンやＰＣＲ法で増幅されたＤＮＡ、合成されたＤＮＡ等をスポッターと呼ばれる装置を用いて基板に整列固定するＤＮＡマイクロアレイ法等がある。また、タンパク質はＤＮＡマイクロアレイ法と同様にスポッターを用いて基板上へ固定できる。
【０００４】
一般に、これらのアレイ上のプローブに結合するターゲット分子を検出するために、ＲＩ（ラジオアイソトープ）や蛍光色素でラベルしたターゲット分子が用いられる。また、ＲＩと同様の検出感度をもちながら危険性のきわめて低いＲＬＳアッセイシステム（Qiagen社）も開発されている。この手法は、フルオレセインやビオチンなどでラベルしたターゲットＤＮＡと、そのターゲットＤＮＡを認識する抗フルオレセイン抗体や抗ビオチン抗体を結合させた光散乱パーティクル（RLS particle、商標）を用い、白色光を照射して光散乱パーティクルから得られる散乱光を検出する。
【０００５】
マクロアレイとマイクロアレイは、担持体の大きさや担持させた物質の密度、全体の大きさが異なる。マクロアレイにはニトロセルロースやナイロン、ＰＶＤＦなどのメンブレンや、プラスチックなどが用いられ、マイクロアレイにはガラス、シリコンなどの基板が用いられる。Fast（登録商標；Schleicher & Schuell社）-slideのようにニトロセルロースでコーティングしたスライドガラスなども用いられているが、マイクロアレイで使用するときに用いる蛍光の検出系では、バックグランドが高い理由からほとんど使用されていない。しかし、メンブレンでコーティングされた表面に担持された物質は、その量や固定力が基板のものと比べて格段に向上している。
【０００６】
このようなＤＮＡマイクロアレイに対する担持体としてポリオレフィンが用いられ、バックグラウンドを下げるために黒色または透明にすることが開示されている（例えば、特許文献１参照）。
【特許文献１】特開２００３−２８８６７明細書
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
しかしながら、ＤＮＡやタンパク質の担持体としてポリオレフィンを用い、その担持体を黒色または透明にすることは、通常、市販の担持体を用いる実験者にとっては容易ではない。すなわち、これまでに、実験者側で、担持体の種類に関わらず簡便にバックグラウンドノイズを下げる方法はなかった。
【０００８】
そこで、本発明は、簡便にバックグラウンドノイズを減少させることのできる、インクで染色された担持体、及びその担持体を有する物質検出用器具とその製造方法、並びに、簡便にバックグラウンドノイズを減少させることのできる、担持体に担持された検出対象物質の検出方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明の担持体は、検出対象の物質を担持させるための担持体であって、インクで染色されていることを特徴とする。ここで、インクとは有色の液体をいい、主に筆記用や印刷用に用いられるが、本来の用途が筆記用や印刷用でなくても構わない。上記担持体は、材質としてニトロセルロースを含んでいることが好ましいが、他の材質でも構わない。
【００１０】
また、前記担持体に担持されている前記物質を検出するために、照射光を前記担持体に照射して、前記物質が担持されている場合に放射される放射光を検出してもよい。前記放射光が、蛍光または共鳴散乱光であってもよい。
【００１１】
また、上記担持体は、黒色インクまたは前記照射光の波長の光を吸収する特性を有するインクで染色されていてもよい。
【００１２】
また、上記担持体は、検出対象となる物質を担持していてもよい。
【００１３】
また、前記全ての検出対象となる物質は、ＤＮＡであってもよい。
【００１４】
さらに、本発明の物質検出用器具は、検出対象の物質を担持させるための担持体を有する物質検出用器具であって、前記担持体がインクで染色されていることを特徴とする。前記担持体が材質としてニトロセルロースを含んでもよい。
【００１５】
また、前記物質検出用器具において、前記担持体に担持された前記物質を検出するために、照射光を前記担持体に照射して、前記物質が担持されている場合に放射される放射光を検出してもよい。前記放射光が、蛍光または共鳴散乱光であってもよい。
【００１６】
また、前記物質検出用器具において、前記インクが黒色インクまたは前記照射光の波長の光を吸収する特性を有するインクであってもよい。
【００１７】
また、前記物質が、ＤＮＡであってもよい。
【００１８】
さらに、本発明の検出方法は、担持体に担持された物質を検出する検出方法であって、前記担持体に照射光を照射するステップと、前記物質が存在する場合に放射される放射光を検出するステップと、を含み、前記担持体がインクで染色されていることを特徴とする。前記担持体が材質としてニトロセルロースを含んでもよい。また、前記放射光が、蛍光または共鳴散乱光であってもよい。また、前記担持体が、黒色インクまたは前記照射光の波長の光を吸収する特性を有するインクで染色されていてもよい。また、前記物質が、ＤＮＡであってもよい。なお、この検出方法が、前記担持体の屈折率を変化させる処理を行うステップをさらに含んでもよい。
【００１９】
さらに、本発明の物質検出用器具の製造方法は、検出対象の物質を担持させるための担持体を有する物質検出用器具の製造方法であって、前記担持体をインクで染色するステップを含むことを特徴とする。また、前記担持体が材質としてニトロセルロースを含んでもよい。また、前記担持体を黒色インクで染色するステップを含んでもよい。あるいは、前記担持体が担持した前記物質を検出するために、照射光を前記担持体に照射し、前記担持体に前記物質が担持されている場合に放射される放射光を検出するのに用いられる担持体を有する物質検出用器具の製造方法であって、前記担持体を、前記照射光の波長の光を吸収する特性を有するインクで染色するステップを含んでもよい。
【００２０】
さらに、本発明の検出方法は、照射光を担持体に照射して、前記担持体に物質が担持されている場合に放射される放射光を検出する、担持体に担持された物質を検出する検出方法において、前記担持体が人工材料であって、前記担持体の屈折率を変化させる処理を行うことを特徴とする。
【００２１】
この検出方法において、前記担持体が、ニトロセルロース、ナイロン、ＰＶＤＦ、またはそれらの混合物からなるメンブレンであることを特徴としてもよい。また、前記担持体を透明化することによって、前記担持体の屈折率を変化させてもよい。この場合、前記担持体の屈折率を変化させることにより、照射光の角度を変えてもよく、放射光の角度を変えてもよい。なお、組織標本封入剤を用いることによって、前記担持体の屈折率を変化させてもよい。
【発明の効果】
【００２２】
本発明によれば、簡便にバックグラウンドノイズを減少させることのできる、インクで染色された担持体、及びその担持体を有する物質検出用器具とその製造方法、並びに、簡便にバックグラウンドノイズを減少させることのできる、担持体に担持された検出対象物質の検出方法を提供することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２３】
本発明の物質検出用器具が有する担持体に担持された物質を検出する検出方法は、担持体に照射光を照射し、その物質が存在する場合に放射される放射光を検出する工程を含む。以下、担持体及び物質検出用器具の作製方法及び検出対象となる物質の検出方法を、実施例と共に詳細に記述する。
【００２４】
なお、本発明の目的、特徴、利点、及びそのアイデアは、本明細書の記載により、当業者には明らかであり、本明細書の記載から、当業者であれば、容易に本発明を再現できる。以下に記載された発明の実施の形態及び具体的な実施例などは、本発明の好ましい実施態様を示すものであり、例示又は説明のために示されているのであって、本発明をそれらに限定するものではない。本明細書で開示されている本発明の意図並びに範囲内で、本明細書の記載に基づき、様々な改変並びに修飾ができることは、当業者にとって明らかである。
【００２５】
＝＝担持体及び物質検出用器具の作製方法＝＝
検出対象となる物質は、例えば、in vitro合成したオリゴヌクレオチド、ｃＤＮＡ、ＢＡＣなどのＤＮＡ、単離したｍＲＮＡやin vitro合成したＲＮＡなどのＲＮＡ、in vitro合成したペプチドや、組織抽出液に含まれるタンパク質、抗体などのタンパク質などが好ましいが、その物質が担持体に担持されて、且つ、上記検出方法により検出できるものであれば、これらに限定されない。なお、この物質を含む検体の形態は、ＤＮＡ溶液など液体状でもよく、組織切片など固体状でもよい。また、アガロースをはじめとする寒天やポリアクリルアミドをはじめとするポリマーなどの有機物や、シリコンや金属などの無機物など、コロイド状、ゲル状、半固体状、などであってもよい。
【００２６】
物質検出用器具の有する担持体は、上記のような検出対象の物質を担持することができ、その物質を上記検出方法で検出でき、且つインクで染色できるものであれば、特に限定されない。検出対象の物質を担持する担持体の材質はニトロセルロースであることが好ましいが、ナイロンやプラスチックなどでもよく、特に限定されない。担持体の形態はメンブレンであってもよく、スライドガラスや基板にコーティングされたものであってもよいが、これらに限定されない。例えば、代表的なメンブレンとしては、サザンブロッティング、ノーザンブロッティング、ウエスタンブロッティング、など、従来のブロッティングや、マクロアレイなどに用いられるニトロセルロースメンブレンやナイロンメンブレンなどがあるが、これらに限定されない。スライドガラスや基板にコーティングされた担持体としては、Fast（登録商標；Schleicher & Schuell社）-slideにコーティングされたニトロセルロースのような例がある。
【００２７】
これらの担持体を用いる際、バックグラウンドノイズを減少させるため、インクで染色する。インクは、黒色インクであることが好ましいが、物質を検出するために照射する照射光の波長の光を吸収する特質を持つ色のインクであれば構わない。これにより、担持体によって反射された照射光が、放射光とともに検出されることにより、担持体によるバックグラウンドノイズを生じるのを防止することができる。このインクの本来の用途は、筆記用・印刷用に限定されないが、ボールペンインクであることが好ましい。担持体をインクで染色するためには、例えば、担持体をインク中に所定時間浸せばよく、その後、染色した担持体を水で洗浄することにより、担持体の染色濃度を調節できる。このように染色にインクを用いることにより、物質を検出する実験者側で担持体を染色することができるようになるため、本発明の担持体の作製が容易になる。
【００２８】
この担持体に、検出対象の物質を担持させる具体的な方法は、例えば、ＤＮＡを担持体の上で合成しても、合成したＤＮＡを担持体に載せてもよいが、それらＤＮＡを、架橋剤などを用いて担持体表面と共有結合させたり、担持体を真空オーブンで焼いたりすることにより、固定してもよい。メンブレンの場合、アルカリ溶液で架橋したり、真空オーブンで焼いたりすることもできる。また、タンパク質の場合、末端にシステインを付加した後、チオールカップリング法により担持体表面に固定してもよいが、ブロットするだけで固定される場合もある。その他、担持方法や固定方法はこれらに限らず、検出対象の物質に対し適切なものが選ばれる。
【００２９】
これらの担持体を備えた物質検出用器具は、例えば、ゼラチンやシリカでコーティングしたスライドガラス、Fast-slideのようなニトロセルロースでコーティングしたスライドガラスなど、担持体でコーティングされたスライドガラスや、ニトロセルロースメンブレンを貼り付けた基板などがあるが、本発明の物質検出用器具は、これらに限定されない。
【００３０】
以上の事柄から、検出対象の物質を担持させた物質検出用器具の具体的な形態の例としては、組織切片を貼り付けたスライドガラス、核酸やタンパク質をブロットしたニトロセルロースメンブレン、多種類のオリゴヌクレオチドやＢＡＣをもつＤＮＡアレイ、他種類の抗体が固定されたタンパク質用マイクロアレイ、など様々な形態が考えられるが、本発明の物質検出用器具は特にこれらに限定されるものではない。
【００３１】
＝＝検出対象となる物質の検出方法＝＝
本発明の物質検出用器具の有する担持体に担持された物質を検出する具体的な方法は、検出対象の物質に対し適切なものが選ばれる。典型的には、蛍光などの標識でラベルした検出手段を投与して検出対象の物質に結合させ、担持体に照射光を照射し、放射される放射光を検出する。
【００３２】
検出手段としては、例えば、検出対象が一本鎖ＤＮＡやＲＮＡ等の核酸である場合、相補鎖の配列を持つＤＮＡやＲＮＡなどを用いることができ、検出対象がタンパク質である場合は、そのタンパク質に特異的に結合する抗体など、あるいは検出対象が抗体の場合、その抗体が認識するタンパク質などを用いることができる。実際には、これらのＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質などの検出対象とは結合しない物質が検出手段に混入していてもよく、例えば組織からの抽出物や粗精製核酸などを検出手段として用いてもよい。このように、実験目的を考慮し、検出対象の物質により、適切な検出手段を選択する。
【００３３】
検出手段を直接ラベルするための１次標識には、例えば、蛍光標識、ビオチン標識、その他のタグを用いることができる。蛍光標識でラベルした場合、担持体に、励起光を照射し、放射光を検出することにより、検出対象の物質に結合した検出手段を検出する。また、いずれの場合も、２次標識として蛍光や光散乱パーティクルでラベルした１次標識特異的抗体を用いて、１次標識を検出することにより、間接的に検出対象の物質に結合した検出手段を検出してもよい。２次標識が光散乱パーティクルの場合、担持体に白色光を照射し、共鳴散乱光を検出することにより、検出対象の物質を検出する。その他、ＡＢＣ法など、免疫化学的手法を用いて、シグナルを増幅することもできる。
【００３４】
以上のような検出方法によって放射された放射光は、蛍光の場合、ＤＮＡマイクロアレイスキャナーなどの蛍光検出装置、共鳴散乱光の場合、HiLightアレイ検出システム（Qiagen社）によって検出、解析できる。
【００３５】
＝＝担持体の屈折率の調節＝＝
生物の組織を顕微鏡で観察する際、組織は半透明なので内部の観察が出来ない。そこでキシレンなどを組織中の水分と置換して透明化し、さらに組織標本封入剤で置換して透明度を維持する。
【００３６】
一方、照射光を担持体に照射して、担持体に物質が担持されている場合に放射される放射光を検出する、担持体に担持された物質を検出する検出方法においても、照射光の反射がバックグラウンドノイズとして検出されることがある。その際、担持体の屈折率を変化させる処理を行うことによって、バックグラウンドノイズの発生を抑えることができる。
【００３７】
ここで使用する担持体は人工材料であればよく、例えばメンブレン、基板、プラスチック、アクリルアミドゲルなどが挙げられるが、これらに限定されない。また、担持体の屈折率を変化させるためには、担持体を透明にすればよいが、必ずしも透明にする必要はない。担持体の屈折率を変化させる方法は、キシレンや組織標本封入剤を用いて透明にする事が出来るが、その薬剤は、担持体を透明化でき、なおかつその状態を維持できるならばこれらに限定されず、また複数の試薬を組み合わせて用いてもよい。
【００３８】
以下の実施例では、組織標本封入剤を用いて担持体を透明にした。ここでは、組織標本封入剤としてビオライト（製造元：株式会社 高研  販売元：応研商事株式 会社、商標）を用いた。なお、組織標本封入剤は、担持体の固定や色素の褪色を防ぐ効果もある。
【００３９】
QIAGEN社のRLSアッセイシステムをメンブレンに用いると、照射光の反射が強くてバックグランドに影響し、検出不可能になってしまう。封入剤を用いてメンブレンを透明にし、そのことによってバックグランドノイズを減少させることができる。
【実施例】
【００４０】
本実施例では、ＤＮＡマイクロアレイの解析をする際に、簡便にバックグラウンドノイズを減少させる方法について詳細に述べる。
【００４１】
＝＝染色FAST-slideの作製＝＝
FAST-slideを三菱鉛筆社製ＰＩＮ１０１インクに迅速に浸し、約５分間静置した。FAST-slideを取りだし、迅速に水中に入れ、流水で約５分間洗浄した。洗浄したFAST-slideを、プレート用遠心機で、５分間、２０００rpmで遠心し、水分を除去・乾燥した後、デシケータで乾燥し、そのまま保存した。対照には、染色していないFAST-slideを用いた。
【００４２】
＝＝ＤＮＡマイクロアレイの作製＝＝
４μｌの１μｇ/μｌＢＡＣ  ＤＮＡを０．５ｍｌ微小遠心チューブに入れ、バスタブ式超音波洗浄機で約１時間超音波をかけることにより切断した。１μｌの５ｘ変性用バッファーを加え、ピペットマンで約２０回ピペッティングして、ＤＮＡを変性させた。ＤＮＡマイクロアレイ作製装置（Genetix社製QArray）を用いて、ＢＡＣ  ＤＮＡをFAST-slideにスポッティングした（湿度６０％）。このFAST-slideを、真空オーブンを用いて、真空中８０℃３０分間加熱した後、中和バッファーに約１００回出し入れすることにより洗浄、さらに流水で洗浄した。プレート用遠心機で、５分間、２０００rpmで遠心し、水分を除去・乾燥した後、デシケータで乾燥し、そのまま保存した。
【００４３】
＝＝プレ・ハイブリダイゼーション＝＝
FAST-slide kitに添付されている１ｘMicroHybridization Prehyb/Wash Buffer６００μｌに、１０μｇ/μｌのサケ精子１本鎖ＤＮＡ１０μｌ加え、ＤＮＡマイクロアレイに滴下し、同kitに添付されているHybridization Chamberを用いて、３７℃１時間撹拌震とうした。
【００４４】
＝＝ＣＧＨハイブリダイゼーション〜蛍光イメージング及びその解析＝＝
Cy3またはCy5でラベルしたヒトゲノムＤＮＡ１μｇとＣｏｔ−１  ＤＮＡ３０μｌを混合し、エタノール沈殿し、FAST-slideに添付されているHybridization Buffer６００μｌに懸濁し、１００℃５分処理後、３７℃１２０分インキュベートした。
【００４５】
このハイブリダイゼーション溶液を、ＤＮＡマイクロアレイ上のプレ・ハイブリダイゼーション溶液と交換し、Hybridization Chamberを用いて、３７℃１２時間以上インキュベートした。
【００４６】
ハイブリダイゼーションを終えたＤＮＡマイクロアレイを、１ｘMicroHybridization Prehyb/Wash Bufferを用いて、４２℃で２０分、３回洗浄後、１ｘＳＳＣを用いて、室温で５分、１回洗浄した。プレート用遠心機で、５分間、２０００rpmで遠心し、水分を除去・乾燥した後、６０℃のインキュベータで、５分間、再度乾燥した。この後、後述の方法に従って、ビオライトを用いて、FAST-slideを透明化した。
【００４７】
ＤＮＡマイクロアレイスキャナー（Packerd社製ScanArray5000）を用いて、上記ＤＮＡマイクロアレイをスキャンした（Focus: 約−１９８６、Laser Power: １００％、PMT: 約５０％）。
【００４８】
図１及び図２は、無加工のFAST-slideを用いた結果で、検出対象として、それぞれCy3及びCy5でラベルしたヒトゲノムＤＮＡを用いた。図５は、各ＤＮＡサンプルに関して、Cy3のシグナル強度をｘ軸に、Cy5のシグナル強度をｙ軸にプロットしたドット・プロット解析の結果である。図７に、図５の解析可能領域（ドットの値がバックグランドノイズの値よりも大きい領域）の拡大図を示す。
【００４９】
また、図３及び図４は、黒色インクで染色したFAST-slideを用いた結果で、検出対象として、図１及び図２同様、それぞれCy3及びCy5でラベルしたヒトゲノムＤＮＡを用いた。図６に、染色したFAST-slideを用いた時のドット・プロット解析の結果を示す。図８に、図６の解析可能領域の拡大図を示す。
【００５０】
Cy3を用いた実験に関しては図１と図３を比較し、Cy5を用いた実験に関しては図２と図４を比較すると、どちらの場合においても、一見して、染色したFAST-slideを用いた時のほうがＳＮ比の上昇が見られ、多くのシグナルが検出できることがわかる。実際に測定したシグナル強度でＳＮ比を比較すると、解析可能領域におけるシグナルの弱い部分で、Cy3を用いたときは平均１．９４倍、Cy5を用いた時は平均１．２３倍に増加した。同様に、解析可能領域におけるシグナルの強い部分で、Cy3を用いたときは平均２．００倍、Cy5を用いた時は平均５．２７倍にＳＮ比が増加した。
【００５１】
また、図７と図８を比較すると、染色したFAST-slideを用いることにより、微量なシグナルも検出できるようになり、解析可能なサンプル数は、２４２クローンから５８２クローンに増加した。
【００５２】
＝＝RLSアッセイシステムを用いたＣＧＨハイブリダイゼーション〜解析＝＝
ビオチンまたはフルオレセインでラベルしたヒトゲノムDNA１μｇとＣｏｔ−１  ＤＮＡ３０μｌを混合し、エタノール沈殿し、FAST-slideに添付されているHybridization Buffer６００μｌに懸濁し、１００℃５分処理後、３７℃１２０分インキュベートした。
【００５３】
このハイブリダイゼーション溶液をＤＮＡマイクロアレイ上のプレ・ハイブリダイゼーション溶液と交換し、Hybridization Chamberを用いて、３７℃１２時間以上インキュベートした。
【００５４】
ハイブリダイゼーションを終えたＤＮＡマイクロアレイを、１ｘMicroHybridization Prehyb/Wash Bufferを用いて、４２℃で２０分、３回洗浄後、１ｘＳＳＣを用いて、室温で５分、１回洗浄した。プレート用遠心機で、５分間、２０００rpmで遠心し、水分を除去・乾燥した後、６０℃のインキュベータで、５分間、再度乾燥した。
【００５５】
以下、QIAGEN社製RLS法を用い、QIAGEN社提供のプロトコールに従って光散乱パーティクルでFAST-slideをラベルした後、後述の方法に従ってビオライトを用いてFAST-slideを透明化し、専用スキャナーでシグナルを検出した。図９にその結果を示す。
【００５６】
＝＝担持体の透明化＝＝
まず、ラベルしたDNAマイクロアレイを乾燥し、DNAマイクロアレイ上にビオライトを300μl載せた。ビオライトが乾燥する前に、気泡が入らないようにビオライトをカバーガラスで伸ばし、そのままカバーガラスでカバーした。室温で約３０分ほどビオライトが乾燥するのを待ち、スライドガラスからはみ出たビオライトを削り取り、検出用スキャナーでシグナルを検出した。
【００５７】
図１０に、ＣＧＨハイブリダイゼーションを行った後、RLSアッセイシステムを用いてラベルしたFAST-slideに対して、透明化する前に得られたシグナル（図１０右）と透明化した後に得られたシグナル（図１０左）の比較を示す。透明化する前は、バックグラウンドノイズが約２４０００であったのに対し、透明化した後は、バックグラウンドノイズが約１５０００にまで低下していた。
【図面の簡単な説明】
【００５８】
【図１】本発明を用いた一実施例において、無加工のFAST-slideを用い、ハイブリダイゼーションにCy3でラベルしたヒトゲノムＤＮＡを用いた時に得られたシグナルを示す図である。
【図２】本発明を用いた一実施例において、無加工のFAST-slideを用い、ハイブリダイゼーションにCy5でラベルしたヒトゲノムＤＮＡを用いた時に得られたシグナルを示す図である。
【図３】本発明を用いた一実施例において、染色したFAST-slideを用い、ハイブリダイゼーションにCy3でラベルしたヒトゲノムＤＮＡを用いた時に得られたシグナルを示す図である。
【図４】本発明を用いた一実施例において、染色したFAST-slideを用い、ハイブリダイゼーションにCy5でラベルしたヒトゲノムＤＮＡを用いた時に得られたシグナルを示す図である。
【図５】図１と図２において得られたシグナルを、ドット・プロット解析した結果を示す。
【図６】図３と図４において得られたシグナルを、ドット・プロット解析した結果を示す。
【図７】図５の解析可能領域の拡大図を示す。
【図８】図６の解析可能領域の拡大図を示す。
【図９】本発明を用いた一実施例において、染色したFAST-slideをもちい、ハイブリダイゼーションにビオチンでラベルしたヒトゲノムDNAを用いて、抗ビオチン抗体−金粒子複合体を反応させて得られたシグナルを示す図である。
【図１０】本発明を用いた一実施例において、染色したFAST-slideをもちい、ハイブリダイゼーションにビオチンでラベルしたヒトゲノムDNAを用いて、抗ビオチン抗体−金粒子複合体を反応させた後、ビオライトを用いて透明化する前（左図）と透明化した後（右図）に得られたシグナルを比較した図である。
【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図９】
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【図１０】
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