(57)【要約】      （修正有） 【課題】大腸直腸癌を臨床診断するに当って、早期診断ができ、かつ、高い特異性と敏感性及び安全性という効果を有する、大腸直腸癌を診断する遺伝子を提供する。【解決手段】a.正常人類の腸道において上皮細胞を抽出して、大腸ポリープと大腸直腸癌の組織と、それぞれに対照して、b. Suppression Subtractive Hybridization法で、明らかに差異性のある遺伝子群を捜し出し、データベースを作成して、c.コロニーハイブリダイゼーション法で、癌組織に、比較的に発現が顕著であるコロニーを抽出し、d.更に、多い臨床の癌組織を収集して、ノーザンブロットや、Real-time PCR反応且つバイオインフォマティクス学分析で、遺伝子の差異発現の変化を確定し、e.最適な遺伝子群を選択して、当該ゲノム配列を試薬に作成する、工程でゲノム配列を得る。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
a.正常人類の腸道において上皮細胞を抽出して、大腸ポリープと大腸直腸癌の組織と、それぞれに対照して、
b. Suppression Subtractive Hybridization法で、明らかに差異性のある遺伝子群を捜し出し、データベースを作成して、
c.コロニーハイブリダイゼーション法で、癌組織に、比較的に発現が顕著であるコロニーを抽出し、
d.更に、多い臨床の癌組織を収集して、ノーザンブロットや、Real-time PCR反応且つバイオインフォマティクス学分析で、遺伝子の差異発現の変化を確定し、
e.最適な遺伝子群を選択する、工程で取得する大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２】
（1）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.107213 及びAcc No. BC027178から構成されることと、
（2）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.123107及びAcc No. NM_002257から構成されることと、
（3）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.1369及びAcc No. NM_000574から構成されることと、
（4）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.151254及びAcc No. NM_005046から構成されることと、
（5）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.1526及びAcc No. NM_001681から構成されることと、
（6）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.184270及びAcc No. NM_006135から構成されることと、
（7）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.2043及びAcc No. NM_001151から構成されることと、
（8）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.267871及びAcc No. NM_005177から構成されることと、
（9）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.4935及びAcc No. D79998から構成されることと、
（10）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.5509及びAcc No. NM_006495から構成されることと、
（11）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.5662及びAcc No. NM_006098から構成されることと、
（12）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.75990及びAcc No. NM_005143から構成されることと、
（13）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.83384及びAcc No. NM_006272から構成されることと、
（14）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.10029及びAcc No. NM_001814から構成されることと、
（15）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.103982及びAcc No. NM_005409から構成されることと、
（16）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.12314及びAcc No. AL049397から構成されることと、
（17）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.150557及びAcc No. NM_001206から構成されることと、
（18）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.169266及びAcc No. NM_000909から構成されることと、
（19）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.1827及びAcc No. NM_002507から構成されることと、
（20）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.1869及びAcc No. NM_002633から構成されることと、
（21）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.194148及びAcc No. NM_005433から構成されることと、
（22）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.2352及びAcc No. X74210から構成されることと、
（23）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.246885及びAcc No. NM_017958から構成されることと、
（24）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.29665及びAcc No. NM_014944から構成されることと、
（25）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.3235及びAcc No. NM_002272から構成されることと、
（26）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.55209及びAcc No. AF327354から構成されることと、
（27）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.585及びAcc No. NM_000384から構成されることと、
（28）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.62187及びAcc No. AF022913から構成されることと、
（29）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.63290及びAcc No. NM_012260から構成されることと、
（30）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.699及びAcc No. NM_000942から構成されることと、
（31）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.74111及びAcc No. NM_007367から構成されることと、
（32）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.75103及びAcc No. NM_003406から構成されることと、
（33）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.75117及びAcc No. NM_004515から構成されることと、
（34）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.75236及びAcc No. NM_021952から構成されることと、
（35）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.75258及びAcc No. NM_004893から構成されることと、
（36）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.75498及びAcc No. NM_004591から構成されることと、
（37）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.76913及びAcc No. NM_002790から構成されることと、
（38）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.79889及びAcc No. NM_012329から構成されることと、
（39）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.82173及びAcc No. NM_005655から構成されることと、
（40）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.84072及びAcc No. NM_004616から構成されることと、
（41）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.85146及びAcc No. NM_005239から構成されることと、
（42）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.85844及びAcc No. NM_002529から構成されることと、
（43）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.88219及びAcc No. NM_003454から構成されることと、
（44）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.9914及びAcc No. NM_006350から構成されることと、
（45）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.169319及びAcc No. NM_003419から構成されることと、
（46）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.72805及びAcc No. NM_030921から構成されることと、
（47）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.108301及びAcc No. NM_003297から構成されることと、
（48）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.177926及びAcc No. NM_030941から構成されることと、
（49）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.194746及びAcc No. NM_018896から構成されることと、
（50）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.209061及びAcc No. NM_003831から構成されることと、
（51）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.25087及びAcc No. NM_006070から構成されることと、
（52）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.3017及びAcc No. NM_003284から構成されることと、
（53）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.283664及びAcc No. NM_032466から構成されることと、
（54）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.283664及びAcc No. NM_032467から構成されることと、
（55）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.171992及びAcc No. NM_002843から構成されることと、
（56）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.155172及びAcc No. NM_003664から構成されることと、
（57）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.183418及びAcc No. M37712から構成されることと、
（58）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.244473及びAcc No. NM_031900から構成されることと、
（59）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.12835及びAcc No. NM_004842から構成されることと、
（60）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.1650及びAcc No. NM_000111から構成されることと、
（61）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.29981及びAcc No. NM_000112から構成されることと、
（62）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.2246及びAcc No. NM_001308から構成されることと、
（63）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.267871及びAcc No. NM_005177から構成されることと、
（64）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.75445及びAcc No. NM_004684から構成されることと、
（65）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.39957及びAcc No. NM_016445から構成されることと、
（66）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.65029及びAcc No. NM_002048から構成されることと、
（67）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.239926及びAcc No. NM_006745から構成されることと、
（68）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.59271及びAcc No. NM_006758から構成されることと、
（69）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.8867及びAcc No. NM_001554から構成されることと、
（70）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.50123及びAcc No. NM_003452から構成されることと、
（71）.一つのゲノム配列のHS IDがHs.82071及びAcc No. NM_006079から構成されることと、からなる群から、任意に選ばれたゲノム配列からなる、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３】
当該ゲノム配列は、大腸直腸癌を検出するための検出試験紙の作成に適用される、請求項２に記載の大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４】
当該ゲノム配列は、大腸直腸癌を検出するための検出集積回路の作成に適用される、請求項２に記載の大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５】
当該ゲノム配列は、大腸直腸癌を検出するための薬剤作成に適用される、請求項２に記載の大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６】
当該ゲノム配列は、大腸直腸癌タンパク質検出試薬の作成に適用される、請求項２に記載の大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７】
当該ゲノム配列は、大腸直腸癌タンパク質治療薬の作成に適用される、請求項２に記載の大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項８】
当該ゲノム配列は、大腸直腸癌ワクチンの作成に適用される、請求項２に記載の大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項９】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.107213及びAcc No. BC027178から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１０】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.123107及びAcc No. NM_002257 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１１】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.1369及びAcc No. NM_000574 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１２】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.151254及びAcc No. NM_005046 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１３】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.1526及びAcc No.NM_001681 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１４】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.184270及びAcc No. NM_006135 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１５】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDが Hs.2043及びAcc No. NM_001151 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１６】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.267871及びAcc No. NM_005177 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１７】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.4935及びAcc No. D79998 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１８】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.5509及びAcc No. NM_006495 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項１９】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.5662及びAcc No. NM_006098 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２０】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.75990及びAcc No. NM_005143 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２１】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.83384及びAcc No. NM_006272 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２２】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.10029及びAcc No. NM_001814 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２３】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.103982及びAcc No. NM_005409 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２４】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.12314及びAcc No. AL049397 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２５】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.150557及びAcc No. NM_001206から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２６】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.169266及びAcc No. NM_000909 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２７】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.1827及びAcc No. NM_002507 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２８】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDが Hs.1869及びAcc No. NM_002633 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項２９】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.194148及びAcc No. NM_005433 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３０】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.2352及びAcc No. X74210 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３１】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.246885及びAcc No. NM_017958 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３２】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.29665及びAcc No. NM_014944 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３３】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.3235及びAcc No. NM_002272 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３４】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.55209及びAcc No. AF327354 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３５】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.585及びAcc No. NM_000384 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３６】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.62187及びAcc No. AF022913 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３７】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.63290及びAcc No. NM_012260 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３８】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.699及びAcc No. NM_000942 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項３９】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.74111及びAcc No. NM_007367 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４０】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.75103及びAcc No. NM_003406 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４１】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.75117及びAcc No. NM_004515 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４２】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.75236及びAcc No. NM_021952 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４３】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.75258及びAcc No. NM_004893 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４４】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.75498及びAcc No. NM_004591 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４５】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.76913及びAcc No. NM_002790 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４６】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.79889及びAcc No. NM_012329 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４７】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.82173及びAcc No. NM_005655 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４８】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.84072及びAcc No. NM_004616 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項４９】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.85146及びAcc No. NM_ 005239から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５０】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.85844及びAcc No. NM_002529から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５１】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.88219及びAcc No. NM_003454 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５２】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.9914及びAcc No. NM_006350 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５３】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.169319及びAcc No. NM_003419 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５４】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.72805及びAcc No. NM_030921 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５５】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.108301及びAcc No. NM_003297から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５６】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.177926及びAcc No. NM_030941 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５７】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.194746及びAcc No. NM_018896 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５８】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.209061及びAcc No. NM_003831 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項５９】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.25087及びAcc No. NM_006070 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６０】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.3017及びAcc No. NM_003284 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６１】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.283664及びAcc No. NM_032466から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６２】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.283664及びAcc No. NM_032467 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６３】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.171992及びAcc No. NM_002843 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６４】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.155172及びAcc No. NM_003664 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６５】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.183418及びAcc No. M37712 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６６】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.244473及びAcc No.NM_031900 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６７】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.12835及びAcc No. NM_004842 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６８】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.1650及びAcc No. NM_000111 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項６９】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.29981及びAcc No. NM_000112 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７０】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.2246及びAcc No. NM_001308 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７１】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.267871及びAcc No. NM_005177 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７２】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.75445及びAcc No. NM_004684 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７３】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.39957及びAcc No. NM_016445 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７４】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.65029及びAcc No. NM_002048 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７５】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.239926及びAcc No. NM_006745 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７６】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.59271及びAcc No. NM_006758 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７７】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.8867及びAcc No. NM_001554 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７８】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.50123及びAcc No. NM_003452 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【請求項７９】
ゲノム配列は、ゲノム配列のHS IDがHs.82071及びAcc No. NM_006079 から構成される、大腸直腸癌を診断する遺伝子。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、大腸直腸癌を診断する遺伝子に関し、特に大腸直腸癌を臨床診断することを、早期診断でき、かつ、高い特異性と敏感性及び安全性という効果を有するものに関する。
【背景技術】
【０００２】
大腸直腸癌は、世の中において、最も一般的な悪性腫瘍の一つであり、ヨーロッパや米国などの先進国においては、悪性腫瘍が、死亡原因の２位に位置付ける。ヨーロッパや米国においては、この二十年間、大腸直腸癌による死亡率が、緩めに低下傾向にあり、主な要因として、早期診断や治療方法と薬の進歩である。台湾においては、飲食慣習の西洋化や環境の変化のため、大腸直腸癌の罹病率は、年々に向上し、且つ若年化である。
【０００３】
中華民国行政院衛生署が公表した、2002年国民十大癌症ランクによれば、男性においても女性においても、大腸直腸癌は、三位に位置つける。毎年、大腸癌の発病するのは、6681人〈衛生署1999年統計資料〉であり、その中、3649人が大腸癌で死亡した〈衛生署2002年統計資料〉。台湾において、大腸癌病者の平均発生年齢は、外国のそれより低く、二十歳や三十歳の若者でも、大腸癌病者になる者もいるから、若者であるため大腸癌病者にならないのは、誤解である。
【０００４】
近年、診断や手術治療方法が、進歩していても、大腸直腸癌病者に対して、早期診断でなければ、手術では、直らず、また、末期の大腸直腸癌病者なら、直る可能性は、非常に低い。遠位転移は、この病症を治療する時の主な問題であり、故に、高敏感度且つ良い特異性である、容易な診断方法を開発できれば、大腸直腸癌を、早期に検出できることにより、大腸直腸癌患者の治療に貢献できる。
【０００５】
発明者の医学研究単位は、ファンクショナル ジェノミックスの方法により、大腸癌患者に、再発や転移があるかどうかを早期診断できる、71種類の遺伝子を含む大腸癌遺伝子診断群を開発した。同時に、100名の大腸癌例に着いて、追跡して、92％の大腸癌組織に、遺伝子群の変異があることが、分かった。追跡する過程中、16名の病人に、大腸癌腫瘍マーカー(CEA)が正常値範囲内であっても、遺伝子変異検出により、血液には、早期癌細胞が存在することを検出できる。ROSEN, Craig, A.,, RUBEN, Steven, M.,,の特許である"Human colon cancer associated gene  sequences and polypeptide"(WO00055351A1)と異なり、本発明は、Suppression Subtractive Hybridization法(SSH)とcDNAマイクロマトリックス分析を利用して、大腸増殖性ポリープから大腸癌になるまでに関与する因子の研究(NSC90-2314-B-037-075)をし、大腸直腸癌の癌化に密接に関係する増加機構(up regulation)である、遺伝子群を発見し、我々は、その中から、発現量の強い遺伝子及び、大腸直腸癌の癌化に関するダウンレギュレーション(down regulation)遺伝子を選択して、合計71個の遺伝子を、大腸直腸癌の早期診断に適用する。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明の主な目的は、大腸直腸癌を臨床診断することを、早期診断でき、かつ、高い特異性と敏感性及び安全性という効果を有するものを提供する。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明は、上記の目的を達成するために、a.正常人類の腸道において上皮細胞を抽出して、大腸ポリープと大腸直腸癌の組織と、それぞれに対照して、b. Suppression Subtractive Hybridization法で、明らかに差異性のある遺伝子群を捜し出し、データベースを作成して、c.コロニーハイブリダイゼーション法で、癌組織に、比較的に発現が顕著であるコロニーを抽出し、d.更に、多い臨床の癌組織を収集して、ノーザンブロットや、Real-time PCR反応且つバイオインフォマティクス学分析で、遺伝子の差異発現の変化を確定し、e.最適な遺伝子群を選択して、当該ゲノム配列を試薬に作成する、工程でゲノム配列を得る、大腸直腸癌を臨床診断することを、早期診断でき、かつ、高い特異性と敏感性及び安全性という効果を有する、大腸直腸癌を診断する遺伝子である。
【発明を実施するために最良の形態】
【０００８】
図1は、本発明で遺伝子を取得するための工程概念図である。図のように、本発明は、次の工程で取得する、大腸直腸癌を診断する遺伝子であり、
a.正常人類の腸道において上皮細胞を抽出して、大腸ポリープと大腸直腸癌の組織と、それぞれに対照して、
b. Suppression Subtractive Hybridization法で、明らかに差異性のある遺伝子群を捜し出し、データベースを作成して、
c.コロニーハイブリダイゼーション法で、癌組織に、比較的に発現が顕著であるコロニーを抽出し、
d.更に、多い臨床の癌組織を収集して、ノーザンブロットや、Real-time PCR反応且つバイオインフォマティクス学分析で、遺伝子の差異発現の変化を確定し、
e.最適な遺伝子群を選択する。
【０００９】
【表１】
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【００１０】
上記の表１から分かるように、この71個の遺伝子のHS IDは、それぞれにHs.107213、Hs.123107、Hs.1369、Hs.151254、Hs.1526、Hs.184270、Hs.2043、Hs.267871、Hs.4935、Hs.5509、Hs.5662、Hs.75990、Hs.83384、Hs.10029、Hs.103982、Hs.12314、Hs.150557、Hs.169266、Hs.1827、Hs.1869、Hs.194148、Hs.2352、Hs.246885、Hs.29665、Hs.3235、Hs.55209、Hs.585、Hs.62187、Hs.63290、Hs.699、Hs.74111、Hs.75103、Hs.75117、Hs.75236、Hs.75258、Hs.75498、Hs.76913、Hs.79889、Hs.82173、Hs.84072、Hs.85146、Hs.85844、Hs.88219、Hs.9914、Hs.169319、Hs.72805、Hs.108301、Hs.177926、Hs.194746、Hs.209061、Hs.25087、Hs.3017、Hs.283664、Hs.283664、Hs.171992、Hs.155172、Hs.183418、Hs.244473、Hs.12835、Hs.1650、Hs.29981、Hs.2246、Hs.267871、Hs.75445、Hs.39957、Hs.65029、Hs.239926、Hs.59271、Hs.8867、Hs.50123及びHs.82071等であり、また、各遺伝子として選択された、測定用とする特異性オリゴヌクレオチドは、OMP  (Oligonucleotide Modeling Platform, DNA Software, Inc., Ann Arbor, MI)ソフトウェアで分析したもので、表２のように、当該ゲノム配列で、大腸直腸癌を検出できる、検出試験紙や検出集積回路及び薬剤を作成できる。
【表２】
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【００１１】
図２a〜４bは、本発明のプレスクリーンの概念図で、ノーザンブロットで遺伝子を確認する概念図で、癌組織の発現量の概念図である。図のように、大腸直腸癌の癌化の過程中、発現しすぎの特異性新標である遺伝子を捜すため、Suppression Subtractive Hybridization法(SSH)を用いて、腺腫や腺癌と正常組織と比較するためのCRAデータベースとCRCデータベースを構築し、データベース毎には、5000個以上のクローンがあり、それぞれのデータベースから、任意に約3000個のcDNA クローンを選択して、ナイロン膜上に配置し、コロニーハイブリダイゼーションをプレスクリーン(pre-screen)(図２a及び図２bのように)とし、コロニーハイブリダイゼーションで、大腸直腸腺癌及び腺腫の発現量が比較的に高いコロニーを選択して、更に、マイクロアレイ(Microarray)をし、純化されたcDNA核酸断片を、マシンでドット状にガラスチップ上にプリントする。
【００１２】
cDNA発現のプロファイルは、同一病者の腺腫や腺癌と正常組織からcDNAプローブハイブリダイゼーションで得られたものである。遺伝子の発現量は、腺腫や腺癌が正常組織より、3倍以上であれば、意味があると認める。そして、更に、ノーザンブロットで、明らかに上昇した遺伝子に対して、確認(図３a及び図３bのように)し、その結果としては、ノーザンブロットで、36個の遺伝子は、腺腫においての発現量が正常組織より多く、54個の遺伝子は、腺癌においての発現量が正常組織より多く、且つ、合計23個の遺伝子は、腺腫から腺癌まで、発現が少しずつ上昇している。
【００１３】
更に、NCBI/BLAST program内のEMBL/GenBankデータベースで、発現を対照すると、これらの23個の遺伝子の中には、ectopic viral integration site 2B (Genbank accession no.NM-006495)、Homo sapiens chromosome 21q22.1 anonymous mRNA sequence (Genebank accession no.AF003738)及び、Homo sapiens DMR protein mRNA (Genbank accession no.AF327354)の三つが、機能不明の遺伝子であり、残りの20個の遺伝子は、機能既知の遺伝子である。これらの20個の機能既知の遺伝子の中には、六つが、大腸直腸癌の形成に関連する遺伝子(例えば、TM4SF3)であり、残りの14個が、大腸直腸癌の形成に関連しない遺伝子(例えば、ATP2A2)である。そして、3人の腺腫と腺癌がある病者と、4人の大腸直腸癌病者から、手に入れたcDNAについて、発見した23個の遺伝子の発現量変化を再確認し、結果として、これらの遺伝子は、確実に、腺腫から腺癌までに、発現量が少しずつ上昇していて、且つ、癌組織の発現量が、正常組織の発現量より、3倍以上に大きくなっている(図４a及び図４bのように)。
【００１４】
今の、大腸直腸癌を臨床診断する方法は、便潜血反応、画像診断、腫瘍マーカー、及び大 腸 内 視 鏡 検 査である。これらの方法からは、考案の目的が帰納できる。
【００１５】
1、早期診断：大腸直腸癌は、癌細胞が拡散する前に、治療を受ければ、5年の生存率が、９割以上である。従来の腫瘍マーカーは、相当な量の腫瘍細胞がなければ、検出できず、画像診断は、腫瘍がある程度まで生長しなければ、正確に判断できない。大 腸 内 視 鏡 検 査は、高い侵襲性があるため、病者の納得性が低いし、コストが高いから、早期診断検出に適用しない。癌細胞の生長過程中において、その遺伝子の表現が、異なる。癌細胞が初期の増生する過程中、一部の細胞が、細胞死亡により、死んでしまうことにより、リボ核酸分子が、血液の循環に釈放され、また、少しだけの癌細胞から、リボ核酸分子を血液に釈放されれば、検出されるから、早期診断ができる。
2、特異性及び敏感性：便潜血反応には、高い擬陽性や擬陰性があるという問題が、解決できず、特異性及び敏感度が低く、最初の初期濾過のツールにしか適用できない。腫瘍マーカーの特異性及び敏感度も高くはない。この遺伝子群で、100人の大腸直腸癌病者の末梢血を測定し、50人の正常健康人と40人の他の癌症患者の末梢血を参照組（付録一のように）とし、結果として、この遺伝子群で検出される大腸直腸癌細胞の病者が88人であり、敏感性は88%（88/100）、特異性は92%（83/90）である。
3、安全性：大 腸 内 視 鏡は、高い侵襲性があるため、病者の納得性が低いし、コストが高いから、早期診断においての大量検出に適用しない。この遺伝子の診断方法は、病人の末梢血をサンプリングして試験をするため、サンプルの採集が便利で且つ侵襲性が低いので、大量検出の臨床応用に適する。
【００１６】
また、本発明を詳しく説明するために、図５は、本発明の他のよりよい実施例の概念図であり、本発明は、選択した大腸癌遺伝子を用いて、同時に前核や真核細胞によって発現されるベクターに、遺伝子組換えをし、形質転換を介して、前核転殖細胞や、真核トランスフェクタント細胞を形成し、更に、これらの遺伝子組換えである細胞を培養して、分泌タンパク質を抽出分離し、そして、このタンパク質免疫動物から取得した抗体は、大腸癌タンパク質検出試薬や大腸癌ワクチンの作成、及び大腸癌タンパク質治療薬の開発等に応用される。
【００１７】
以上の説明は、ただ、本発明のよりよい実施例であり、本発明の実施範囲を制限するものではなく、また、本発明の特許請求の範囲や明細書内容に従って等価修正や変更も、本発明の請求範囲に含まれている。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】本発明で遺伝子を取得するための工程概念図
【図２ａ】本発明のプレスクリーンの概念図
【図２ｂ】本発明のプレスクリーンの概念図
【図３ａ】ノーザンブロットで遺伝子を確認する概念図
【図３ｂ】ノーザンブロットで遺伝子を確認する概念図
【図４ａ】癌組織の発現量の概念図
【図４ｂ】癌組織の発現量の概念図
【図５】本発明の他のよりよい実施例の概念図
【図１】
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【図２ａ】
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【図２ｂ】
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【図３ａ】
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【図３ｂ】
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【図４ａ】
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【図４ｂ】
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【図５】
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【配列表】
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