(57)【要約】【課題】遺伝子発現の評価をし易い、遺伝子発現情報表示装置などを提供する。【解決手段】遺伝子発現情報表示装置１０は、所定の遺伝子の発現情報を入力する発現情報入力部１０ｄと、遺伝子の発現情報の遺伝子に係る情報の取得要求および遺伝子の発現情報に係る遺伝子を特定し得る情報を遺伝子データ提供サーバ２０に送信するデータ取得要求送信部１０ｅと、遺伝子データ提供サーバ２０から送信された、遺伝子を特定し得る情報に基づき抽出された遺伝子に係る情報を受信する遺伝子データ受信部１０ｇと、発現情報入力部１０ｄによって入力された遺伝子の発現情報と、遺伝子データ受信部１０ｇが受信した遺伝子に係る情報とを表示する表示部１０ａとを含む。【選択図】図２
2005063272.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
遺伝子に係る情報のデータベースを記憶した少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバに通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置であって、
所定の遺伝子の発現情報を入力する発現情報入力部と、
前記遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報の取得要求および前記遺伝子の発現情報に係る遺伝子を特定し得る情報を前記遺伝子データ提供サーバに送信するデータ取得要求送信部と、
前記遺伝子データ提供サーバから送信された、前記遺伝子を特定し得る情報に基づき抽出された前記遺伝子に係る情報を受信する遺伝子データ受信部と、
前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報と、前記遺伝子データ受信部が受信した前記遺伝子に係る情報とを表示する表示部とを含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項２】
請求項１において、
前記遺伝子を特定し得る情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報である、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項３】
請求項２において、
前記遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４】
請求項３において、
前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項５】
請求項１〜請求項４のいずれかにおいて、
前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなる、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項６】
請求項５において、
前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示される、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項７】
請求項６において、
前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する標準化部を含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項８】
請求項７において、
前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する、遺伝子発現情報表示装置。
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
【請求項９】
請求項３〜請求項８のいずれかにおいて、
前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示する、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項１０】
請求項３〜請求項９のいずれかにおいて、
前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列塩基配列情報またはＤＮＡプローブを特定する情報である、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項１１】
請求項１〜請求項１０のいずれかにおいて、
前記少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバは、ｃＤＮＡデータベースと、ゲノム配列情報データベースとを含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項１２】
請求項５、請求項６、請求項７、請求項８または請求項１０において、
前記表示部は、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示する、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項１３】
請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項１０または請求項１２において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ提供サーバに通信可能に接続され、
前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質の取得要求を前記遺伝子発現形質データ提供サーバに送信する送信部と、
前記遺伝子発現形質データ提供サーバから送信された前記発現形質データを受信する受信部と、を含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した発現形質データを表示する機能を有する、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項１４】
請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項１０、請求項１２または請求項１３において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、演算処理サーバと前記通信ネットワークを介して通信可能に接続され、
前記演算処理サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信する送信部と、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信する受信部と、をさらに含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する機能を有する、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項１５】
請求項３、請求項４、請求項５、請求項６、請求項７、請求項８、請求項１０、請求項１２または請求項１３において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、前記発現情報入力部により入力された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記表示部は、前記近似発現プロファイル抽出部が抽出した近似発現プロファイルを表示する機能を有する、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項１６】
請求項１５において、
前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択する選択部を含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項１７】
請求項１〜請求項１６のいずれかにおいて、
前記遺伝子発現情報表示装置は、発現情報記憶サーバと通信可能に接続され、
前記遺伝子発現情報表示装置は、前記発現情報記憶サーバに遺伝子の発現情報を送信するための送信部を含み、
前記発現情報記憶サーバは、前記発現情報表示装置が送信した遺伝子の発現情報を記憶するための記憶部を含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項１８】
遺伝子に係る情報のデータベースを記憶した少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバに通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置を用いた遺伝子発現情報表示方法であって、
発現情報入力部が所定の遺伝子の発現情報を入力するステップと、
データ取得要求送信部が前記遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報の取得要求および前記遺伝子の発現情報に係る遺伝子を特定し得る情報を前記遺伝子データ提供サーバに送信するステップと、
遺伝子データ受信部が前記遺伝子データ提供サーバから送信された、前記遺伝子を特定し得る情報に基づき抽出された前記遺伝子に係る情報を受信するステップと、
表示部が、前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報と、前記遺伝子データ受信部が受信した前記遺伝子に係る情報とを表示するステップとを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項１９】
請求項１８において、
前記遺伝子を特定し得る情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報である、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項２０】
請求項１９において、
前記遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項２１】
請求項２０において、
前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項２２】
請求項１８〜請求項２１のいずれかにおいて、
前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなる、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項２３】
請求項２２において、
前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示される、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項２４】
請求項２３において、
標準化部が前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化するステップを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項２５】
請求項２４において、
前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する、遺伝子発現情報表示方法。
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
【請求項２６】
請求項２０〜請求項２５のいずれかにおいて、
前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示する、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項２７】
請求項２２〜請求項２５のいずれかにおいて、
前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報またはＤＮＡプローブを特定する情報である、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項２８】
請求項１８〜請求項２７のいずれかにおいて、
前記少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバは、ｃＤＮＡのデータベースと、ゲノム配列情報のデータベースとを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項２９】
請求項２２、請求項２３、請求項２４、請求項２５または請求項２７において、
前記表示部は、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示する、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項３０】
請求項２２、請求項２３、請求項２４、請求項２５、項２７Ｊまたは請求項２９において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ提供サーバに通信可能に接続され、
送信部が前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質の取得要求を前記遺伝子発現形質データ提供サーバに送信するステップと、
受信部が前記遺伝子発現形質データ提供サーバから送信された前記発現形質データを受信するステップと、を含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した発現形質データを表示する機能を有する、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項３１】
請求項２２、請求項２３、請求項２４、請求項２５、請求項２７、請求項２９または請求項３０において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、演算処理サーバと前記通信ネットワークを介して通信可能に接続され、
前記演算処理サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する機能を有し、
送信部が遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信するステップと、
受信部が前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信するステップと、をさらに含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項３２】
請求項２２、請求項２３、請求項２４、請求項２５、請求項２７、請求項２９または請求項３０において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、前記遺伝子発現情報遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部を含み、
前記表示部は、前記近似発現プロファイル抽出部が抽出した近似発現プロファイルを表示する機能を有し、
近似発現プロファイルが、前記記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、前記発現情報入力部により入力された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出するステップを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項３３】
請求項３２において、
前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、選択部が、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択するステップを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項３４】
請求項１８〜請求項３３のいずれかにおいて、
前記遺伝子発現情報表示装置は、発現情報記憶サーバと通信可能に接続され、
前記発現情報記憶サーバは、前記発現情報表示装置が送信した遺伝子の発現情報を記憶するための記憶部を含み、
送信部が前記発現情報記憶サーバに遺伝子の発現情報を送信するステップを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項３５】
遺伝子に係る情報のデータベースを記憶した少なくとも一つの情報提供サーバに通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置に請求項１８〜３４のいずれかに記載の遺伝子発現情報表示方法を実行させるプログラム。
【請求項３６】
請求項３５に記載のプログラムを記録した、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項３７】
所定の遺伝子の発現情報を入力する発現情報入力部と、
前記遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報を記憶した遺伝子データ記憶部と、
前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報を、遺伝子を特定し得る情報に基づき前記遺伝子データ記憶部から読み出し、前記遺伝子の発現情報と前記遺伝子に係る情報とを表示する表示部とを含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項３８】
請求項３７において、
前記遺伝子を特定し得る情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報である、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項３９】
請求項３８において、
前記遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４０】
請求項３９において、
前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４１】
請求項３７〜請求項４０のいずれかにおいて、
前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなる、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４２】
請求項４１において、
前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示される、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４３】
請求項４２において、
前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する標準化部を含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４４】
請求項４３において、
前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する、遺伝子発現情報表示装置。
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
【請求項４５】
請求項３９〜請求項４４のいずれかにおいて、
前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示する、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４６】
請求項４１〜請求項４５のいずれかにおいて、
前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報またはＤＡＮプローブを特定する情報である、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４７】
請求項３７〜請求項４６のいずれかにおいて、
前記遺伝子データ記憶部は、ｃＤＮＡデータベースと、ゲノム配列情報データベースとを含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４８】
請求項４１、請求項４２、請求項４３、請求項４４、項４６Ｊまたは請求項４７において、
前記表示部は、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示する、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項４９】
請求項３９、請求項４０、請求項４１、請求項４２、請求項４３、請求項４４、請求項４６Ｊまたは請求項４８において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ記憶部を含み、
前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質を前記遺伝子発現形質データ記憶部から読み出し、前記表示部に前記遺伝子発現形質データを表示する、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項５０】
請求項３９、請求項４０、請求項４１、請求項４２、請求項４３、請求項４４、請求項４６Ｊまたは請求項４８において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部とを含み、
前記近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを前記表示部に表示する、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項５１】
請求項５０において、
前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択する選択部を含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項５２】
所定の遺伝子の発現情報を発現情報入力部に入力させるステップと、
前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報を、前記遺伝子を特定し得る情報に基づき遺伝子の発現情報に係る遺伝子に係る情報を記憶した遺伝子データ記憶部から読み出し、前記遺伝子の発現情報と前記遺伝子に係る情報とを表示部に表示させるステップとを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項５３】
請求項５２において、
前記遺伝子を特定する情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報である、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項５４】
請求項５３において、
前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項５５】
請求項５４において、
前記遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項５６】
請求項５２〜請求項５５のいずれかにおいて、
前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなる、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項５７】
請求項５６において、
前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示される、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項５８】
請求項５７において、
前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化部に標準化させるステップを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項５９】
請求項５８において、
前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する、遺伝子発現情報表示方法。
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
【請求項６０】
請求項５４〜請求項５９のいずれかにおいて、
前記表示部が、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示するステップを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項６１】
請求項５６〜請求項５９のいずれかにおいて、
前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報またはＤＮＡプローブを特定する情報である、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項６２】
請求項５２〜請求項６１のいずれかにおいて、
前記遺伝子データ記憶部は、ｃＤＮＡデータベースと、ゲノム配列情報データベースとを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項６３】
請求項５６、請求項５７、請求項５８、請求項５９、請求項６１において、
前記表示部が、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示するステップを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項６４】
請求項５４、請求項５５、請求項５６、請求項５７、請求項５８、請求項５９、請求項６１または請求項６３において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ記憶部を含み、
前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質を前記遺伝子発現形質データ記憶部から読み出し、前記表示部に前記遺伝子発現形質データを表示部に表示するステップを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項６５】
請求項５４、請求項５５、請求項５６、請求項５７、請求項５８、請求項５９、請求項６１、請求項６３または請求項６４において、
記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを近似発現プロファイル抽出部に抽出させるステップと、
前記近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを前記表示部に表示するステップとを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項６６】
請求項６５において、
前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択部に選択させるステップを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項６７】
コンピュータに請求項５２〜６６のいずれかに記載の遺伝子発現情報表示方法を実行させるためのプログラム。
【請求項６８】
請求項６７に記載のプログラムを記憶した、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項６９】
時間の経過とともに細胞における遺伝子の発現量がどう変化するかを示す遺伝子の発現プロファイルを入力する発現プロファイル入力部と、
遺伝子の発現プロファイルを含む遺伝子発現情報を記憶した発現プロファイル記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、前記発現プロファイル入力部により入力された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを前記発現プロファイル記憶部から抽出する近似発現プロファイル抽出部とを含む、遺伝子発現情報処理装置。
【請求項７０】
請求項６９において、
前記近似発現プロファイル抽出部により抽出された前記近似発現プロファイルを表示する表示部を含む、遺伝子発現情報処理装置。
【請求項７１】
請求項６９または７０において、
前記発現プロファイル記憶部に記憶されている遺伝子の発現パターンの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現パターンを除き、前記ハウスキーピング遺伝子以外の遺伝子のみを選択する選択部を含む、遺伝子発現情報処理装置。
【請求項７２】
請求項６９〜７１のいずれかにおいて、
前記発現プロファイル記憶部に記憶されている遺伝子の発現パターンの中から、所定の遺伝子の発現量以上の発現パターンのみを選択する選択部を含む、遺伝子発現情報処理装置。
【請求項７３】
請求項６９〜請求項７２のいずれかにおいて、
前記遺伝子の発現プロファイルは、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなる、遺伝子発現情報処理装置。
【請求項７４】
請求項７３において、
前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示される、遺伝子発現情報処理装置。
【請求項７５】
請求項７４において、
前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する標準化部を含む、遺伝子発現情報処理装置。
【請求項７６】
請求項７５において、
前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する、遺伝子発現情報処理装置。
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
【請求項７７】
請求項７０において、
前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示する、遺伝子発現情報処理装置。
【請求項７８】
時間の経過とともに細胞における遺伝子の発現量がどう変化するかを示す遺伝子の発現プロファイルを発現プロファイル入力部に入力させるステップと、
発現プロファイル記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、前記発現プロファイル入力部により取得された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを前記発現プロファイル記憶部から近似発現プロファイル抽出部に抽出させるステップとを含む、遺伝子発現情報処理方法。
【請求項７９】
請求項７８において、
前記近似発現プロファイル抽出部により抽出された前記近似発現プロファイルを表示部に表示させるステップを含む、遺伝子発現情報処理方法。
【請求項８０】
請求項７８または７９において、
前記発現プロファイル記憶部に記憶されている遺伝子の発現パターンの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現パターンを除き、前記ハウスキーピング遺伝子以外の遺伝子のみを選択する選択部を含む、遺伝子発現情報処理方法。
【請求項８１】
請求項７８〜８０のいずれかにおいて、
前記発現プロファイル記憶部に記憶されている遺伝子の発現パターンの中から、所定の遺伝子の発現量以上の発現パターンのみを選択部に選択させるステップを含む、遺伝子発現情報処理方法。
【請求項８２】
請求項７８〜請求項８１のいずれかにおいて、
前記遺伝子の発現プロファイルは、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなる、遺伝子発現情報処理方法。
【請求項８３】
請求項８２において、
前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示される、遺伝子発現情報処理方法。
【請求項８４】
請求項８３において、
前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化部に標準化させるステップを含む、遺伝子発現情報処理方法。
【請求項８５】
請求項８４において、
前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する、遺伝子発現情報処理方法。
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
【請求項８６】
請求項７９において、
前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示する、遺伝子発現情報処理方法。
【請求項８７】
コンピュータに請求項７８〜８６のいずれかに記載の遺伝子発現情報処理方法を実行させるためのプログラム。
【請求項８８】
請求項８７に記載のプログラムを記録した、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項８９】
発現プロファイルの情報が記憶された発現プロファイル提供サーバと通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置であって、
前記発現プロファイル提供サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信する送信部と、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信する受信部と、
前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する表示部とを含む、遺伝子発現情報表示装置。
【請求項９０】
発現プロファイルの情報が記憶された発現プロファイル提供サーバと通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置を用いた遺伝子発現情報表示方法であって、
前記発現プロファイル提供サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに前記送信部に送信させるステップと、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信部に受信させるステップと、
前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示部に表示させるステップとを含む、遺伝子発現情報表示方法。
【請求項９１】
コンピュータに請求項９０に記載の遺伝子発現情報表示方法を実行させるためのプログラム。
【請求項９２】
請求項９１に記載のプログラムを記録した、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項９３】
遺伝子に係る情報のデータベースを記憶した少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバと、該少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバと通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置とを含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
所定の遺伝子の発現情報を入力する発現情報入力部と、
前記遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報の取得要求および前記遺伝子の発現情報に係る遺伝子を特定し得る情報を前記遺伝子データ提供サーバに送信するデータ取得要求送信部と、
前記遺伝子データ提供サーバから送信された、前記遺伝子を特定し得る情報に基づき抽出された前記遺伝子に係る情報を受信する遺伝子データ受信部と、
前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報と、前記遺伝子データ受信部が受信した前記遺伝子に係る情報とを表示する表示部とを含む、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項９４】
請求項９３において、
前記遺伝子を特定する情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報である、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項９５】
請求項９４において、
前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項９６】
請求項９５において、
前記遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含む、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項９７】
請求項９３〜請求項９６のいずれかにおいて、
前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなる、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項９８】
請求項９７において、
前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示される、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項９９】
請求項９８において、
前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する標準化部を含む、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１００】
請求項９９において、
前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する、遺伝子発現情報表示システム。
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
【請求項１０１】
請求項９５〜請求項１００のいずれかにおいて、
前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示する、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１０２】
請求項９７〜請求項１００のいずれかにおいて、
前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報またはＤＮＡプローブを特定する情報である、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１０３】
請求項９３〜請求項１０２のいずれかにおいて、
前記少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバは、ｃＤＮＡデータベースと、ゲノム配列情報データベースとを含む、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１０４】
請求項９７、請求項９８、請求項９９、請求項１００または請求項１０２において、
前記表示部は、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示する、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１０５】
請求項９７、請求項９８、請求項９９、請求項１００、請求項１０２または請求項１０４において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ提供サーバに通信可能に接続され、かつ、
前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質の取得要求を前記遺伝子発現形質データ提供サーバに送信する送信部と、
前記遺伝子発現形質データ提供サーバから送信された前記発現形質データを受信する受信部と、を含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した発現形質データを表示する機能を有する、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１０６】
請求項９７、請求項９８、請求項９９、請求項１００、請求項１０２、請求項１０４または請求項１０５において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、演算処理サーバと前記通信ネットワークを介して通信可能に接続され、
前記演算処理サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信する送信部と、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信する受信部と、をさらに含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する機能を有する、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１０７】
請求項９７、請求項９８、請求項９９、請求項１００、請求項１０２、請求項１０４または請求項１０５において、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、前記発現情報入力部により入力された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記表示部は、前記近似発現プロファイル抽出部が抽出した近似発現プロファイルを表示する機能を有する、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１０８】
請求項１０７において、
前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択する選択部を含む、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１０９】
請求項９３〜請求項１０７のいずれかにおいて、
前記遺伝子発現情報表示装置は、発現情報記憶サーバと通信可能に接続され、
前記遺伝子発現情報表示装置は、前記発現情報記憶サーバに遺伝子の発現情報を送信するための送信部を含み、
前記発現情報記憶サーバは、前記発現情報表示装置が送信した遺伝子の発現情報を記憶するための記憶部を含む、遺伝子発現情報表示システム。
【請求項１１０】
演算処理サーバと通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示とを含む遺伝子発現情報表示システムであって、
前記演算処理サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信する送信部と、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信する受信部と、
前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する前記表示部とを含む、遺伝子発現情報表示システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、遺伝子発現解析に使用し得る、遺伝子発現情報表示装置、遺伝子発現情報表示方法、遺伝子発現情報処理装置、遺伝子発現情報処理方法、プログラム、記録媒体および遺伝子発現情報処理システムに関するものである。
【背景技術】
【０００２】
細胞が持つ固有の特性を決定しているのは遺伝子であることから、細胞の特徴を知るには、遺伝子を知る必要がある。遺伝子を知るにあたって、個々の細胞における遺伝子発現状態を解明することは重要である。
【０００３】
この遺伝子発現状態を知る方法として、ＤＮＡチップがある。ＤＮＡチップは、基板上に、多数の異なったプローブＤＮＡを高密度に固定化されたものである。これに、蛍光色素で標識されたｍＲＮＡ由来のｃＤＮＡを含むターゲットをハイブリダイゼーションさせ、個々のプローブの蛍光シグナルをスキャナーで取り込み、遺伝子の発現強度を知ることができる。この発現強度を調べることで、各種細胞の特徴を決定している遺伝子の発現プロファイルを得ることができる。
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
しかし、このような発現プロファイルだけからでは、そこから生物学的な意味をもつ有益な情報を抽出するのは至難の業であった。
本発明の目的は、遺伝子発現の生物学的な評価をし易い、遺伝子発現情報表示装置、遺伝子発現情報表示方法、遺伝子発現情報処理装置、遺伝子発現情報処理方法、プログラム、記録媒体および遺伝子発現情報処理システムを提供するものである。
【課題を解決するための手段および発明の効果】
【０００５】
１．第１の遺伝子発現情報の表示装置等に係る発明
１．１  遺伝子発現情報表示装置
本発明の遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子に係る情報のデータベースを記憶した少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバに通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置であって、
所定の遺伝子の発現情報を入力する発現情報入力部と、
前記遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報の取得要求および前記遺伝子の発現情報に係る遺伝子を特定し得る情報を前記遺伝子データ提供サーバに送信するデータ取得要求送信部と、
前記遺伝子データ提供サーバから送信された、前記遺伝子を特定し得る情報に基づき抽出された前記遺伝子に係る情報を受信する遺伝子データ受信部と、
前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報と、前記遺伝子データ受信部が受信した前記遺伝子に係る情報とを表示する表示部とを含む。
【０００６】
本発明によれば、遺伝子の発現情報と遺伝子データとを表示部に表示させることができるため、データの質的評価をするのを容易にすることができる。また、遺伝子を特定し得る情報（たとえば遺伝子の塩基配列に関する情報）に基づいて遺伝子データを取得しているため、高い信頼性で遺伝子データを取得することができる。
【０００７】
本発明の一態様として、前記遺伝子を特定し得る情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報とすることができる。
【０００８】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含むことができる。発現プロファイルを表示することにより、遺伝子の発現量がどのように変化するかを認識しやすい。また、異なる細胞種（実験サンプル）の発現プロファイルをそれぞれ表示することで、実験サンプル間における比較もし易くなる。この比較の方法としては、たとえばデジタルマルチサンプルディファレンシャル・ディスプレイ法がある。
【０００９】
また、本発明の一態様として、前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含むことができる。標準化した発現プロファイルを表示することで、より正確な質的な評価をすることができる。
【００１０】
また、また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなることができる。
【００１１】
このようなＤＮＡチップによりデータを使用することで、発現強度のバックグラウンドを知ることができる。
【００１２】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現プロファイルの各遺伝子の発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示されることができる。このような発現量の差は、より遺伝子の発現量を正確に反映していると考えられるため、遺伝子の発現量をより正確に知ることができる。
【００１３】
また、本発明の一態様として、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する標準化部を含むことができる。
【００１４】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化することができる。
【００１５】
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示することができる。これにより、データ解析をより正確に行うことができる。
【００１６】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列塩基配列情報またはＤＮＡプローブを特定する情報とすることができる。
【００１７】
また、本発明の一態様として、前記少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバは、ｃＤＮＡデータベースと、ゲノム配列情報データベースとを含むことができる。これにより、より正確な遺伝子発現に係る質的評価を行うことができる。
【００１８】
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示することができる。
【００１９】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ提供サーバに通信可能に接続され、
前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質の取得要求を前記遺伝子発現形質データ提供サーバに送信する送信部と、
前記遺伝子発現形質データ提供サーバから送信された前記発現形質データを受信する受信部と、を含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した発現形質データを表示する機能を有することができる。
【００２０】
このように発現形質データも表示させることで、発現形質データを参照することで、ある形質が発現する場合にどのような遺伝子が発現するかを知ることができる。
【００２１】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、演算処理サーバと前記通信ネットワークを介して通信可能に接続され、
前記演算処理サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信する送信部と、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信する受信部と、をさらに含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する機能を有することができる。
【００２２】
これにより、たとえば、ある時点で発現する遺伝子を知りたい場合に、発現プロファイルを設定してやることで、そのような発現プロファイルをもつ近似した遺伝子の発現プロファイルを入手することができる。
【００２３】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、前記発現情報入力部により入力された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記表示部は、前記近似発現プロファイル抽出部が抽出した近似発現プロファイルを表示する機能を有することができる。
【００２４】
また、本発明の一態様として、前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択する選択部を含むことができる。
【００２５】
この選択部により、ハウスキーピング（細胞を維持するだけの機能をもっている）遺伝子、つまり、その細胞の独自の特性にあまり関係していない遺伝子の情報のすべてを棄却することができる。
【００２６】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、発現情報記憶サーバと通信可能に接続され、
前記遺伝子発現情報表示装置は、前記発現情報記憶サーバに遺伝子の発現情報を送信するための送信部を含み、
前記発現情報記憶サーバは、前記発現情報表示装置が送信した遺伝子の発現情報を記憶するための記憶部を含むことができる。
【００２７】
このように発現情報を蓄積させることで、複数のユーザが発現情報を共有することができ、また、その情報を種々の処理（たとえば近似発現プロファイルを抽出する処理）で考慮することができる。
【００２８】
１．２  遺伝子発現情報表示方法
本発明の遺伝子発現情報表示方法は、
遺伝子に係る情報のデータベースを記憶した少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバに通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置を用いた遺伝子発現情報表示方法であって、
発現情報入力部が所定の遺伝子の発現情報を入力するステップと、
データ取得要求送信部が前記遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報の取得要求および前記遺伝子の発現情報に係る遺伝子を特定し得る情報を前記遺伝子データ提供サーバに送信するステップと、
遺伝子データ受信部が前記遺伝子データ提供サーバから送信された、前記遺伝子を特定し得る情報に基づき抽出された前記遺伝子に係る情報を受信するステップと、
表示部が、前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報と、前記遺伝子データ受信部が受信した前記遺伝子に係る情報とを表示するステップとを含む。
【００２９】
本発明の一態様として、前記遺伝子を特定し得る情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報とすることができる。
【００３０】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含むことができる。
【００３１】
また、本発明の一態様として、前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含むことができる。
【００３２】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなることができる。
【００３３】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示されることができる。
【００３４】
また、本発明の一態様として、標準化部が前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化するステップを含むことができる。
【００３５】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化することができる。
【００３６】
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示することができる。
【００３７】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報またはＤＮＡプローブを特定する情報とすることができる。
【００３８】
また、本発明の一態様として、前記少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバは、ｃＤＮＡのデータベースと、ゲノム配列情報のデータベースとを含むことができる。
【００３９】
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示することができる。
【００４０】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ提供サーバに通信可能に接続され、
送信部が前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質の取得要求を前記遺伝子発現形質データ提供サーバに送信するステップと、
受信部が前記遺伝子発現形質データ提供サーバから送信された前記発現形質データを受信するステップと、を含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した発現形質データを表示する機能を有することができる。
【００４１】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、演算処理サーバと前記通信ネットワークを介して通信可能に接続され、
前記演算処理サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する機能を有し、
送信部が遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信するステップと、
受信部が前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信するステップと、をさらに含むことができる。
【００４２】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、前記遺伝子発現情報遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部を含み、
前記表示部は、前記近似発現プロファイル抽出部が抽出した近似発現プロファイルを表示する機能を有し、
近似発現プロファイルが、前記記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、前記発現情報入力部により入力された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出するステップを含むことができる。
【００４３】
また、本発明の一態様として、前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、選択部が、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択するステップを含むことができる。
【００４４】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、発現情報記憶サーバと通信可能に接続され、
前記発現情報記憶サーバは、前記発現情報表示装置が送信した遺伝子の発現情報を記憶するための記憶部を含み、
送信部が前記発現情報記憶サーバに遺伝子の発現情報を送信するステップを含むことができる。
【００４５】
１．３  プログラム
本発明のプログラムは、遺伝子に係る情報のデータベースを記憶した少なくとも一つの情報提供サーバに通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置に上述の遺伝子発現情報表示方法を実行させるものである。
【００４６】
１．４  記録媒体
本発明の記録媒体は、上述のプログラムを記録した、コンピュータ読み取り可能なものである。
【００４７】
２．第２の遺伝子発現情報の表示装置等に係る発明
２．１  遺伝子発現情報表示装置
本発明の遺伝子発現情報表示装置は、
所定の遺伝子の発現情報を入力する発現情報入力部と、
前記遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報を記憶した遺伝子データ記憶部と、
前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報を、遺伝子を特定し得る情報に基づき前記遺伝子データ記憶部から読み出し、前記遺伝子の発現情報と前記遺伝子に係る情報とを表示する表示部とを含む。
【００４８】
本発明の一態様として、前記遺伝子を特定し得る情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報とすることができる。
【００４９】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含むことができる。
【００５０】
また、本発明の一態様として、前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含むことができる。
【００５１】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなることができる。
【００５２】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示されることができる。
【００５３】
また、本発明の一態様として、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する標準化部を含むことができる。
【００５４】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化することができる。
【００５５】
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示することができる。
【００５６】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報またはＤＡＮプローブを特定する情報とすることができる。
【００５７】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子データ記憶部は、ｃＤＮＡデータベースと、ゲノム配列情報データベースとを含むことができる。
【００５８】
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示することができる。
【００５９】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ記憶部を含み、
前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質を前記遺伝子発現形質データ記憶部から読み出し、前記表示部に前記遺伝子発現形質データを表示することができる。
【００６０】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部とを含み、
前記近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを前記表示部に表示することができる。
【００６１】
また、本発明の一態様として、前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択する選択部を含むことができる。
【００６２】
２．２  遺伝子発現情報表示方法
本発明の遺伝子発現情報表示方法は、
所定の遺伝子の発現情報を発現情報入力部に入力させるステップと、
前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報を、前記遺伝子を特定し得る情報に基づき遺伝子の発現情報に係る遺伝子に係る情報を記憶した遺伝子データ記憶部から読み出し、前記遺伝子の発現情報と前記遺伝子に係る情報とを表示部に表示させるステップとを含む。
【００６３】
本発明の一態様として、前記遺伝子を特定する情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報とすることができる。
【００６４】
また、本発明の一態様として、前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含むことができる。
【００６５】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含むことができる。
【００６６】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなることができる。
【００６７】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示されることができる。
【００６８】
また、本発明の一態様として、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化部に標準化させるステップを含むことができる。
【００６９】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化することができる。
【００７０】
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
また、本発明の一態様として、前記表示部が、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示するステップを含むことができる。
【００７１】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報またはＤＮＡプローブを特定する情報とすることができる。
【００７２】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子データ記憶部は、ｃＤＮＡデータベースと、ゲノム配列情報データベースとを含むことができる。
【００７３】
また、本発明の一態様として、前記表示部が、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示するステップを含むことができる。
【００７４】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ記憶部を含み、
前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質を前記遺伝子発現形質データ記憶部から読み出し、前記表示部に前記遺伝子発現形質データを表示部に表示するステップを含むことができる。
【００７５】
また、本発明の一態様として、記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを近似発現プロファイル抽出部に抽出させるステップと、
前記近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを前記表示部に表示するステップとを含むことができる。
【００７６】
また、本発明の一態様として、前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択部に選択させるステップを含むことができる。
【００７７】
２．３  プログラム
本発明のプログラムは、コンピュータに上述の遺伝子発現情報表示方法を実行させるためのものである。
【００７８】
２．４  記録媒体
本発明の記録媒体は、上述のプログラムを記憶した、コンピュータ読み取り可能なものである。
【００７９】
３．遺伝子発現情報処理装置等に係る発明
３．１  遺伝子発現情報処理装置
本発明の遺伝子発現情報処理装置は、
時間の経過とともに細胞における遺伝子の発現量がどう変化するかを示す遺伝子の発現プロファイルを入力する発現プロファイル入力部と、
遺伝子の発現プロファイルを含む遺伝子発現情報を記憶した発現プロファイル記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、前記発現プロファイル入力部により入力された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを前記発現プロファイル記憶部から抽出する近似発現プロファイル抽出部とを含む。
【００８０】
本発明の一態様として、前記近似発現プロファイル抽出部により抽出された前記近似発現プロファイルを表示する表示部を含むことができる。
【００８１】
また、本発明の一態様として、前記発現プロファイル記憶部に記憶されている遺伝子の発現パターンの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現パターンを除き、前記ハウスキーピング遺伝子以外の遺伝子のみを選択する選択部を含むことができる。
【００８２】
また、本発明の一態様として、前記発現プロファイル記憶部に記憶されている遺伝子の発現パターンの中から、所定の遺伝子の発現量以上の発現パターンのみを選択する選択部を含むことができる。
【００８３】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現プロファイルは、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなることができる。
【００８４】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示されることができる。
【００８５】
また、本発明の一態様として、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する標準化部を含むことができる。
【００８６】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化することができる。
【００８７】
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示することができる。
【００８８】
３．２  遺伝子発現情報処理方法
本発明の遺伝子発現情報処理方法は、
時間の経過とともに細胞における遺伝子の発現量がどう変化するかを示す遺伝子の発現プロファイルを発現プロファイル入力部に入力させるステップと、
発現プロファイル記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、前記発現プロファイル入力部により取得された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを前記発現プロファイル記憶部から近似発現プロファイル抽出部に抽出させるステップとを含む。
【００８９】
本発明の一態様として、前記近似発現プロファイル抽出部により抽出された前記近似発現プロファイルを表示部に表示させるステップを含むことができる。
【００９０】
また、本発明の一態様として、前記発現プロファイル記憶部に記憶されている遺伝子の発現パターンの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現パターンを除き、前記ハウスキーピング遺伝子以外の遺伝子のみを選択する選択部を含むことができる。
【００９１】
また、本発明の一態様として、前記発現プロファイル記憶部に記憶されている遺伝子の発現パターンの中から、所定の遺伝子の発現量以上の発現パターンのみを選択部に選択させるステップを含むことができる。
【００９２】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現プロファイルは、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなることができる。
【００９３】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示されることができる。
【００９４】
また、本発明の一態様として、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化部に標準化させるステップを含むことができる。
【００９５】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化することができる。
【００９６】
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示することができる。
【００９７】
３．３  プログラム
本発明のプログラムは、コンピュータに上述の遺伝子発現情報処理方法を実行させるためのものである。
【００９８】
３．４  記録媒体
本発明の記録媒体は、上述のプログラムを記録した、コンピュータ読み取り可能なものである。
【００９９】
４．第３の遺伝子発現情報表示装置等に係る発明
４．１  遺伝子発現情報表示装置
本発明の遺伝子発現情報表示装置は、
発現プロファイルの情報が記憶された発現プロファイル提供サーバと通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置であって、
前記発現プロファイル提供サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信する送信部と、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信する受信部と、
前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する表示部とを含む。
【０１００】
４．２  遺伝子発現情報表示方法
本発明の遺伝子発現情報表示方法は、
発現プロファイルの情報が記憶された発現プロファイル提供サーバと通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置を用いた遺伝子発現情報表示方法であって、
前記発現プロファイル提供サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに前記送信部に送信させるステップと、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信部に受信させるステップと、
前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示部に表示させるステップとを含む。
【０１０１】
４．３  プログラム
本発明のプログラムは、コンピュータに上述の遺伝子発現情報表示方法を実行させるためのものである。
【０１０２】
４．４  記録媒体
本発明の記録媒体は、上述のプログラムを記録した、コンピュータ読み取り可能なものである。
【０１０３】
５．遺伝子発現情報表示システム
５．１  第１の遺伝子発現情報表示システム
本発明の遺伝子発現情報表示システムは、
遺伝子に係る情報のデータベースを記憶した少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバと、該少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバと通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示装置とを含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
所定の遺伝子の発現情報を入力する発現情報入力部と、
前記遺伝子の発現情報の該遺伝子に係る情報の取得要求および前記遺伝子の発現情報に係る遺伝子を特定し得る情報を前記遺伝子データ提供サーバに送信するデータ取得要求送信部と、
前記遺伝子データ提供サーバから送信された、前記遺伝子を特定し得る情報に基づき抽出された前記遺伝子に係る情報を受信する遺伝子データ受信部と、
前記発現情報入力部によって入力された遺伝子の発現情報と、前記遺伝子データ受信部が受信した前記遺伝子に係る情報とを表示する表示部とを含む。
【０１０４】
本発明の一態様として、前記遺伝子を特定する情報は、遺伝子の塩基配列に関する情報とすることができる。
【０１０５】
また、本発明の一態様として、前記表示部に表示される遺伝子の発現情報は、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示す発現プロファイルを含むことができる。
【０１０６】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、測定データの発現プロファイルと、該測定データを標準化した発現プロファイルを含むことができる。
【０１０７】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報は、ＤＮＡチップにより測定され、
前記ＤＮＡチップは、各遺伝子につき複数種類のプローブセットを有し、
前記プローブセットは、対応する遺伝子の塩基配列に完全にマッチした完全マッチプローブと、前記遺伝子の塩基配列の一部においてミスマッチしたミスマッチプローブとの対からなることができる。
【０１０８】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現プロファイルの発現量は、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、該完全マッチプローブに対応する前記ミスマッチプローブにより測定された発現量との差により示されることができる。
【０１０９】
また、本発明の一態様として、前記完全マッチプローブにより測定された発現量と、前記ミスマッチプローブにより測定された発現量とに基づいて、前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化する標準化部を含むことができる。
【０１１０】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子の発現情報の発現量は、各遺伝子について複数種類のプローブに基づいて測定され、
前記標準化部は、下記数式１に基づいて前記遺伝子の発現情報の発現量を標準化することができる。
【０１１１】
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記遺伝子の発現情報として、各遺伝子について複数種類のプローブのそれぞれの遺伝子の発現量を表示することができる。
【０１１２】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子を特定し得る情報は、前記ＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報またはＤＮＡプローブを特定する情報とすることができる。
【０１１３】
また、本発明の一態様として、前記少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバは、ｃＤＮＡデータベースと、ゲノム配列情報データベースとを含むことができる。
【０１１４】
また、本発明の一態様として、前記表示部は、前記ＤＮＡチップの注釈を含むＤＮＡのチップ情報を表示することができる。
【０１１５】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、遺伝子発現形質データを記憶した遺伝子発現形質データ提供サーバに通信可能に接続され、かつ、
前記発現プロファイルのある発現データに対応する細胞の発現形質の取得要求を前記遺伝子発現形質データ提供サーバに送信する送信部と、
前記遺伝子発現形質データ提供サーバから送信された前記発現形質データを受信する受信部と、を含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した発現形質データを表示する機能を有することができる。
【０１１６】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、演算処理サーバと前記通信ネットワークを介して通信可能に接続され、
前記演算処理サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信する送信部と、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信する受信部と、をさらに含み、
前記表示部は、前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する機能を有する、遺伝子発現情報表示システム。
【０１１７】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された遺伝子の発現プロファイルと、前記発現情報入力部により入力された遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記表示部は、前記近似発現プロファイル抽出部が抽出した近似発現プロファイルを表示する機能を有することができる。
【０１１８】
また、本発明の一態様として、前記近似発現プロファイル抽出部により近似発現プロファイルを抽出するにあたって、前記記憶部に記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、ハウスキーピング遺伝子の発現プロファイルを除き、それ以外の遺伝子の発現プロファイルのみ選択する選択部を含むことができる。
【０１１９】
また、本発明の一態様として、前記遺伝子発現情報表示装置は、発現情報記憶サーバと通信可能に接続され、
前記遺伝子発現情報表示装置は、前記発現情報記憶サーバに遺伝子の発現情報を送信するための送信部を含み、
前記発現情報記憶サーバは、前記発現情報表示装置が送信した遺伝子の発現情報を記憶するための記憶部を含むことができる。
【０１２０】
５．２  第２の遺伝子発現情報表示システム
本発明の第２の遺伝子発現情報表示システムは、
演算処理サーバと通信ネットワークを介して通信可能に接続された遺伝子発現情報表示とを含む遺伝子発現情報表示システムであって、
前記演算処理サーバは、遺伝子の発現プロファイルを記憶した記憶部と、
前記記憶部に記憶された発現プロファイルと、ある遺伝子の発現プロファイルとを比較し、前記遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出する近似発現プロファイル抽出部を含み、
前記遺伝子発現情報表示装置は、
遺伝子の発現プロファイルを前記演算処理サーバに送信する送信部と、
前記演算処理サーバの近似発現プロファイル抽出部により抽出された近似発現プロファイルを受信する受信部と、
前記受信部が受信した近似発現プロファイルを表示する前記表示部とを含む。
【０１２１】
６．用語の定義
「遺伝子に係る情報」とは、塩基配列の情報（全長およびＥＳＴを含む）、ｃＤＮＡの情報、ゲノム地図情報、アミノ酸配列情報（タンパク質およびペプチドを含む）、転写物配列情報、遺伝子の機能情報（モチーフ情報およびドメイン情報を含む）、ＲＮＡｉ、ｓｉＲＮＡ、ゲノム上に存在する構成要素（たとえばイントロン、転写調節領域、エンハンサー等、遺伝子発現プロファイル、スプライシング産物などの遺伝子に関連する情報を含む概念である。
「前記少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバは、ｃＤＮＡデータベースと、ゲノム配列情報データベースとを含む」には、一つの遺伝子データ提供サーバにｃＤＮＡデータベースとゲノム配列情報データベースとが記憶されている態様、および、一つの遺伝子データ提供サーバにｃＤＮＡデータベースが記憶され、他の遺伝子データ提供サーバにゲノム配列情報データベースが記憶されている態様を含む。
ハウスキーピング遺伝子とは、細胞構造の維持に関連し、常に一定量が発現していると考えられている遺伝子をいう。
【０１２２】
「遺伝子の発現プロファイル」には、測定した遺伝子の発現プロファイル、および、仮想の遺伝子の発現プロファイルが含まれる。
【発明を実施するための最良の形態】
【０１２３】
以下、本発明の好適な実施の形態について図面を参照しながら説明する。
【０１２４】
１．第１の実施の形態
１．１  全体構成
まず、実施の形態に係る遺伝子情報表示システム１００について説明する。図１は、実施の形態に係る遺伝子情報表示システム１００を模式的に示す図である。
【０１２５】
実施の形態に係る遺伝子情報表示システム１００は、遺伝子発現情報表示装置１０と、少なくとも一つの遺伝子データ提供サーバ２０とを含む。遺伝子データ提供サーバ２０と遺伝子発現情報表示装置１０とは、通信ネットワーク（たとえばインターネット、イントラネット）を介して相互に通信可能に接続されている。
【０１２６】
遺伝子データ提供サーバ２０は、遺伝子の発現情報に係る遺伝子データのデータベースが少なくとも一つ記憶されている。この遺伝子データ提供サーバ２０は、遺伝子発現情報表示装置１０からの要求に応じて、所定の遺伝子情報などを提供する。遺伝子データ提供サーバ２０に記憶されるデータベースとしては、遺伝子データのデータベースであれば特に限定されない。データベースの種類としては、たとえば、国際塩基配列データベース、ｃＤＮＡ情報データベース、ゲノム配列情報データベース、塩基配列多型データベース、塩基配列比較データベース、機能塩基配列データベース、遺伝子地図のデータベースが挙げられる。
【０１２７】
国際塩基配列データベースとは、国立遺伝学研究所生命情報・ＤＤＢＪ研究センターのＤＤＢＪ、欧州のＥＢＩのＥＭＢＬおよび米国のＮＣＢＩのＧｅｎＢａｎｋの３機関で構築されているデータベースをいう。
【０１２８】
ｃＤＮＡ情報データベースとしては、たとえば、UniGene (NCBI)、TIGR Gene Indices (TIGR)、STACK (SANBI)、GRL (東京大学)、BodyMap (東京大学)、Full Length cDNA (東京大学)が挙げられる。
【０１２９】
ゲノム配列情報データベースとしては、たとえば、完成ゲノムのデータベースとしては、たとえばEntrez Genome（NCBI）、Completed Genomes at EBI（EBI）、KEGG Genomes（京都大学BIC）が挙げられ、ヒトゲノムとしては、たとえばHuman Genome Browser（UCSC）、Ensembl（EBI）、ヒトゲノム情報工房（DDBJ）、HGREP（東京大学）が挙げられ、微生物ゲノムとしては、たとえばGIB（DDBJ）、CMR（TIGR）、MBGD（基礎生物学研究所）、JGI  Microbial Genomics（JGI）が挙げられ、その他の生物ゲノムとしては、たとえばFly Base（Indiana大学）、MGI（Jackson研究所）、RGD（Wisconsin医科大学）、WormBase（California工科大学）、RGP（農業生物資源研究所）、TAIR（Carnegie研究所）、Pombase（Sanger研究所）、SGD（Stanford大学）、Genobase（奈良先端科学技術大学院大学）が挙げられる。
【０１３０】
塩基配列多型データベースとしては、たとえば、dbSNP (NCBI)、HGVbase (Karolinska大学)、TSC Web (The SNP Consortium)、SVD(EBI)、ALFRED (Yale大学)、JSNP(東京大学)が挙げられる。
【０１３１】
塩基配列比較データベースとしては、たとえば、NCBIが公開しているHuman-Mouse Homology Mapや、HomoloGeneが挙げられる。
【０１３２】
機能塩基配列データベースとしては、たとえば、Swiss Institute of Bioinformatics(SIB)のEPD、ロシア科学アカデミーのTRRDが挙げられる。
【０１３３】
遺伝子地図のデータベースとしては、NCBIで作成されているLocusLinkが挙げられる。
【０１３４】
遺伝子データ提供サーバ２０には、遺伝子の発現情報を測定する際に使用した測定機器に関する情報（たとえばＤＮＡチップにより遺伝子の発現情報を調べた場合にはそのプローブ情報）、標的細胞（遺伝子の発現情報を調べる際に取得した細胞）に対応する発現形質データ、転写物配列情報、ペプチド配列情報を記憶していてもよい。
【０１３５】
好ましい形態の一つとして、ｃＤＮＡのデータベース（たとえばＵｎｉＧｅｎｅのデータベース）、および、ゲノム配列情報データベース（たとえばＥｎｓｅｍｂｌｅのデータベース）の組合わせを挙げることができ、さらに好ましい形態として、さらに、ＤＮＡチップのデータ（ＤＮＡチップを用いた場合にはＤＮＡチップのデータ）が含まられた組み合わせを挙げることができる。また、これらのデータベースは、一つの情報提供サーバに記憶してもよいし、又は、それぞれ別の遺伝子データ提供サーバに記憶してもよい。
【０１３６】
次に、遺伝子発現情報表示装置１０について説明する。図２は、遺伝子発現情報表示装置１０の構成例を示す。
【０１３７】
遺伝子発現情報表示装置１０は、表示部１０ａと、処理部としての遺伝子特定部１０ｂおよび標準化部１０ｃと、遺伝子発現情報入力部１０ｄと、送信部としてのデータ取得要求送信部１０ｅおよび遺伝子発現情報送信部１０ｆと、遺伝子データ受信部１０ｇと、を含む。また、遺伝子発現情報表示装置１０は、必要に応じて操作部１０ｈと、記憶部としての遺伝子発現情報記憶部１０ｉと、遺伝子データ記憶部１０ｊとを、情報記憶媒体１０ｋとを含む。
【０１３８】
表示部１０ａは、遺伝子発現情報と、遺伝子データとを表示するものである。遺伝子発現情報としては、遺伝子発現プロファイルを挙げることができる。遺伝子発現プロファイルとは、時間の経過とともに細胞における該遺伝子の発現量がどう変化するかを示すものである。なお、遺伝子発現プロファイルは、グラフで示されてもいいし、データで表示されてもよいが、視覚的に発現量の変化がわかるためにグラフで示されるのが好ましい。また、遺伝子発現プロファイルの表示に当たって、サンプル番号のすべてのデータを表示しなくてもよい。
【０１３９】
また、ある遺伝子発現プロファイルのすべてのサンプル番号のデータを表示してもいいが、操作者が指定したサンプル番号のデータのみを表示してもよい。この場合には、選択したサンプル番号のデータを抽出する抽出手段（プロセッサ）が必要である。
【０１４０】
なお、表示部１０ａには、必要に応じて遺伝子発現情報を測定する際に使用した測定機器に関する情報を表示してもよい。表示部１０ａは、これらの情報やデータを表示できるものであれば特に限定されず、たとえばディスプレイ（液晶ディスプレイ、プラズマディスプレイ、有機ＥＬディスプレイ）、ＣＲＴを挙げることができる。
【０１４１】
遺伝子特定部１０ｂは、遺伝子の発現情報に係る遺伝子を特定し得る情報を特定するものである。ここで、遺伝子を特定し得る情報とは、たとえば、遺伝子の発現情報をＤＮＡチップにより測定する場合には、ＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報とすることができる。遺伝子特定部１０ｂの機能は、プロセッサ（ＣＰＵ）により実現することができる。なお、この遺伝子塩基配列情報を通信ネットワークを介して入手する場合には、この遺伝子特定部１０ｂは、必須構成要素ではない。
【０１４２】
標準化部１０ｃは、遺伝子発現情報のデータを標準化するためのものである。標準化部１０ｃについては、後に詳述する。標準化部１０ｃの機能は、プロセッサ（ＣＰＵ）により実現することができる
また、必要に応じて、処理部として、平均化部を設けてもよい。平均化部は、同一の遺伝子に係る複数のプローブごとの複数の発現プロファイルの平均値を算出する機能を有する。
【０１４３】
遺伝子発現情報入力部１０ｄは、遺伝子の発現情報を入力する手段であれば特に限定されず、たとえば、測定機器から有線または無線により情報を受信する場合には、その受信部が遺伝子発現情報入力部１０ｄとして機能し、キーボードにより遺伝子発現情報を入力することができる場合にはキーボードが遺伝子発現情報入力部１０ｄとして機能する。
【０１４４】
データ取得要求送信部１０ｅは、遺伝子の発現情報に係る遺伝子データの取得要求を遺伝子データ提供サーバ２０に送信するものである。この取得要求送信部１０ｅは、公知の送信手段を適用することができる。
【０１４５】
遺伝子発現情報送信部１０ｆは、後述の遺伝子発現情報記憶サーバ４０に遺伝子発現情報を送信するものである。この遺伝子発現情報送信部１０ｆは、公知の送信手段を適用することができる。なお、データ取得要求送信部１０ｅと遺伝子発現情報送信部１０ｆとは、同一の送信手段から構成されることができる。
【０１４６】
遺伝子情報受信部１０ｇは、遺伝子データ提供サーバ２０から送信された遺伝子データを受信するものである。遺伝子情報受信部１０ｇは、公知の受信手段を適用することができる。
【０１４７】
操作部１０ｈは、操作者が遺伝子発現情報表示装置１０を操作する際に使用するもの、たとえばキーボード、マウスなどである。
【０１４８】
遺伝子発現情報記憶部１０ｉは、遺伝子発現情報を記憶するためのものである。遺伝子発現情報記憶部１０ｉの機能は、公知の記憶手段、たとえばＲＡＭ（Random Access Memory）や、ハードディスクなどで実現することができる。
【０１４９】
遺伝子データ記憶部１０ｊは、遺伝子データを記憶するためのものである。遺伝子データ記憶部１０ｊの機能は、公知の記憶手段、たとえばＲＡＭ（Random Access Memory）や、ハードディスクなどで実現することができる。
【０１５０】
情報記憶媒体１０ｋは、プログラムなどの情報を記憶させるものである。情報記憶媒体１０ｋの機能は、光ディスク（ＣＤ、ＤＶＤ）、光磁気ディスク（ＭＯ）、磁気ディスク、ハードディスク、磁気テープ、またはメモリ（ＲＯＭ）などのハードウェアにより実現できる。遺伝子発現情報表示装置の動作を実現するためのプログラムは、一般に、ＲＯＭに格納される。
【０１５１】
遺伝子発現情報表示装置１０は、図１に示すように、演算処理サーバと通信可能に接続されることができる。演算処理サーバ３０は、遺伝子発現情報表示装置１０の要求に応じて、ある遺伝子の発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを抽出し、遺伝子発現情報表示装置１０に送信するものである。
【０１５２】
以下、具体的に演算処理サーバ３０について説明する。図３は、演算処理サーバの構成例を示す図である。
【０１５３】
演算処理サーバ３０は、処理部として、近似発現プロファイル抽出部３０ａ、プロファイル選択部３０ｂと、記憶部として発現プロファイル記憶部３０ｃと、発現プロファイル受信部３０ｄと、近似発現プロファイル送信部３０ｅと、を含む。演算処理サーバ３０の機能の一つを図４に基づいて具体的に説明する。図４（Ａ）に示されるような発現プロファイル（実際測定した遺伝子の発現プロファイルまたは仮想の遺伝子の発現プロファイル）が送信されてきた場合に、図４（Ｂ）に示すような近似する遺伝子の発現プロファイルを抽出処理するものである。
【０１５４】
近似発現プロファイル抽出部３０ａは、遺伝子発現情報表示装置１０から送信されてきた遺伝子発現プロファイルと近似する遺伝子の発現プロファイルを発現プロファイル記憶部３０ｃから抽出するものである。なお、近似発現プロファイルの抽出は、パターン認識手段および比較分析手段により実現することができる。近似発現プロファイル抽出部３０ａの機能は、たとえばプロセッサ（ＣＰＵ）により実現することができる。
【０１５５】
プロファイル選択部３０ｂは、発現プロファイル記憶部３０ｃに記憶されている遺伝子の発現プロファイルの中から、所定の遺伝子の発現量以上の発現プロファイルのみを選択するものである。プロファイル選択部３０ｃの機能は、たとえばプロセッサ（ＣＰＵ）により実現することができる。このプロファイル選択部３０ｃにより、ハウスキーピング（細胞を維持するだけの機能をもっている）遺伝子、つまり、その細胞の独自の特性にあまり関係していない遺伝子の情報のすべてを棄却することができる。すなわち、より変化の多いものをピックアップできる。
【０１５６】
また、演算処理サーバ３０は、必要に応じて分散分析処理部（図示せず）を含んでいてもよい。分散分析処理部は、多群間比較処理機能を有し、異なる実験間の変動数を示すスコア（ｚスコアー）を算出する。分散分析処理部で算出されたそのスコアー基づいてデータの信頼性を知ることができる。このスコアーの高いデータだけを抽出することにより、変化が大きく信頼性の高いものだけを選択でき、その結果、解析精度を上げることができる。分散分析処理部の機能は、たとえばプロセッサ（ＣＰＵ）により実現できる。なお、分散分析処理部は、遺伝子発現情報表示装置１０に設けてもよい。また、演算処理サーバ３０は、ユークリッド距離算出手段、遺伝子発現プロファイルの平均化手段、クラスター解析処理部も含んでいてもよい。
【０１５７】
発現プロファイル受信部３０ｄは、遺伝子発現情報表示装置１０から送信されてきた遺伝子の発現プロファイルを受信するものである。発現プロファイル受信部３０ｄは、公知の手段を適用することができる。
【０１５８】
近似発現プロファイル送信部３０ｅは、近似発現プロファイル抽出部３０ａが抽出した近似発現プロファイルを遺伝子発現情報表示装置１０に対して送信するものである。近似発現プロファイル送信部３０ｅは、公知の手段を適用することができる。
【０１５９】
遺伝子発現情報表示装置１０は、図１に示すように、必要に応じて、遺伝子発現情報記憶サーバ４０に通信可能に接続されることができる。複数の遺伝子発現情報表示装置１０が通信ネットワークに接続されている場合に、これらの操作者が、自由にこの遺伝子発現情報記憶サーバ４０に遺伝子発現プロファイルや遺伝子データを記憶させることができることにより、多くの研究者の実験により得られた遺伝子発現プロファイル等を一元化させることができる。また、その遺伝子発現プロファイル等をそれら研究者がその遺伝子発現プロファイル等を入手可能とすることで、その遺伝子発現プロファイルの共有化を図ることができる。遺伝子発現情報記憶サーバにアクセスするのに制限を設け、アクセスするためには、ＩＤおよびパスワード等を送信し認証手段で認証される必要があるようにしてもよい。なお、この遺伝子発現情報は、演算処理サーバの発現プロファイル記憶部３０ｃに送信することもできる。これにより、次の演算処理において、そのデータを生かすことができる。
【０１６０】
遺伝子発現情報表示装置１０は、図１に示すように、発現形質データ提供サーバ５０に通信可能に接続されていることができる。発現形質データ提供サーバ５０には、発現形質データのデータベースが記憶されている。
【０１６１】
遺伝子発現情報表示装置１０は、さらに、プローブセット情報を記憶した記憶サーバと通信可能に接続されていてもよい。このプローブセット情報には、ＤＮＡチップの番地に対応するプローブの塩基配列情報や、ＤＮＡチップの注釈情報が記憶されていることができる。なお、これらの情報は、遺伝子データ提供サーバ２０に記憶させてもよい。
【０１６２】
なお、上記のすべてのサーバを一つのサーバで実現させてもよい。
【０１６３】
１．２  動作例
（１）第１動作例
以下、第１動作例を図５を参照しながら説明する。
【０１６４】
第１の動作例
まず、遺伝子発現情報表示装置１０の遺伝子発現情報入力部１０ｄが、所定の遺伝子の発現情報を入力する（Ｓ１０）。次に、標準化部１０ｃが、必要に応じて遺伝子の発現情報の標準化を行う（Ｓ１１）。
【０１６５】
次に、遺伝子特定部１０ｂが、遺伝子を特定し得る情報を特定する（Ｓ１２）。具体的には、その遺伝子を測定したＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報を特定する。ＤＮＡチップを利用した場合には、プローブの番地情報によりプローブの塩基配列情報を特定することが可能である。この塩基配列情報は、たとえば次の２つの方法（ａ）および（ｂ）により特定することができる。（ａ）遺伝子発現情報表示装置１０が、プローブの番地と塩基配列情報とを対応づけたデータベースが記憶された塩基配列情報提供サーバ（図示せず）にプローブの区画情報を送信して、塩基配列情報提供サーバから塩基配列情報を取得できることができる。または、（ｂ）遺伝子発現情報表示装置１０自体にプローブの番地と塩基配列情報とを対応づけたデータベースが記憶され、処理部（たとえばプロセッサ）がそのデータベースに基づき塩基配列情報を特定する態様であってもよい。
【０１６６】
次に、データ取得要求送信部１０ｅが、遺伝子の発現情報に係る遺伝子データの取得要求および遺伝子を特定し得る情報（具体的にはプローブの塩基配列情報）を遺伝子データ提供サーバ２０に送信する（Ｓ１４）。
【０１６７】
次に、遺伝子データ提供サーバ２０が遺伝子データの取得要求等を受信すると（Ｓ１６）、遺伝子データ提供サーバ２０の処理部がそのプローブの塩基配列情報に基づき、その塩基配列情報に対応する遺伝子の情報をデータベースから抽出する（Ｓ１８）。具体的には、ＤＮＡのプローブの塩基配列情報に基づき、ゲノム配列情報データベース、および、ｃＤＮＡデータベースから遺伝子の情報を抽出する。次に、遺伝子データ提供サーバ２０がその遺伝子に係る情報を遺伝子発現情報表示装置１０に送信する（Ｓ２０）。
【０１６８】
次に、遺伝子発現情報表示装置１０の遺伝子データ受信部１０ｇが遺伝子に係る情報を受信する（Ｓ２２）。次に、表示部１０ａに、受信した遺伝子に係る情報が遺伝子の発現情報とともに表示される（Ｓ２４）。
【０１６９】
なお、変形例として、次の態様を挙げることができる。遺伝子データ提供サーバ２０にプローブの番地と塩基配列情報とを対応させたデータベースがあれば、遺伝子データ提供サーバ２０にＤＮＡチップの番地情報を送信してやればいい。遺伝子データ提供サーバ２０がその番地情報を受信すると、遺伝子の塩基配列情報を算出手段が算出し、その塩基配列情報に基づいて、遺伝子データベース２０から遺伝子に係る情報を読み出し、遺伝子発現情報表示装置１０に送信することができる。
【０１７０】
（２）第２動作例
以下、第２動作例を図６を参照しながら説明する。
【０１７１】
まず、遺伝子発現情報表示装置１０の遺伝子発現情報入力部１０ｄにより、遺伝子の発現プロファイルを取得する（Ｓ２０）。この遺伝子発現プロファイルは、測定された発現プロファイルであっても、仮想の発現プロファイル（操作者が設定した発現プロファイル）であってもよい。次に、標準化部１０ｃが、必要に応じて遺伝子の発現プロファイルの標準化を行う。
【０１７２】
次に、遺伝子発現情報送信部１０ｆが、発現プロファイルを演算処理サーバ３０に送信する（Ｓ２２）。次に、演算処理サーバの発現プロファイル受信部３０ｄが受信すると（Ｓ２４）、近似発現プロファイル抽出部３０ａが受信した発現プロファイルと近似する発現プロファイルを発現プロファイル記憶部３０ｃから抽出する（Ｓ２６）。次に、その近似発現プロファイルを遺伝子発現情報表示装置１０に送信する（Ｓ２８）。次に、遺伝子発現情報表示装置１０がその近似発現プロファイルを受信すると（Ｓ３０）、表示部１０ａにその近似発現プロファイルを表示する（Ｓ３２）。
【０１７３】
１．３  表示部の表示態様
図７は、表示部１０ａの画面における表示態様の模式図を示す。図８は、図７の具体的な表示例を示す。なお、ここでは、アフィメトリックス社のGeneChip（商品名）により遺伝子の発現情報を得る場合の好適な例を示す。
【０１７４】
表示部１０ａの画面２００には、メインウィンドウ２１０、測定データウィンドウ２２０、標準化データウィンドウ２３０、プローブデータウィンドウ２４０、ユーザ注釈ウィンドウ２５０、および発現形質データウィンドウ２６０が表示されている。
【０１７５】
まず、図９を参照しながら、メインウィンドウについて説明する。
【０１７６】
メインウインドウは、ウインドウズエリア（windows area）、ユーザー注釈入力領域（user annotation input area）、サーバーメッセージ（server messages）、データベースクエリー（Database queries）、統計的ソート（statistical sorts）、出力機能（output function）、ユーザの注釈およびセッションの管理（user annotation and session management）、プローブセットセレクター（probe set selector）とを含む。つまり、メインウインドウは、異なる種類の操作が可能な６つの異なる領域に分けられることができる。
【０１７７】
図９に示すように、メインウインドウは、現在ロードされているプローブセットの組、またはプローブセットの現在のインデックスと常に連動している。このインデックスは、たとえばプローブセット情報を記憶したサーバーアプリケーションによって供給され、統計またはデータベースの操作の結果により変化する。すべてのプローブセットに対して行われる操作もあるが、ほとんどの統計操作は、現在ロードされているプローブセットに対してのみに行われる。
【０１７８】
ウインドウズは、メインウインドウの左上の部分には、多くの異なるウインドウの開閉を制御するボタンが含まれ、情報の表示かまたは統計学的特性に基づくプローブセットの選択が可能である。これらの個々のウインドウについては、以下に詳細に説明する。
【０１７９】
統計的ソートにおいて、右上の部分は、演算処理サーバ３０などのサーバーアプリケーションに対して異なる統計操作の実行および結果の返答を要求する多くのボタンを含有する。
【０１８０】
比較（compare）ボタンをクリックすると、各比較について可能な最大数の実験を使用して、現在ロードされているプローブセットの発現プロファイルと、多くの発現プロファイルが記憶されている演算処理サーバ３０におけるすべてのプローブセットの発現プロファイルとの比較を演算処理サーバ３０に要求する。この比較は、それぞれのプローブセットの比較について可能なすべてのプローブセットの発現プロファイルに対するユークリッド（Euclidean）距離の平均を使用して行われる。演算処理サーバは、この比較に基づいてソートされたインデックスを返答し、遺伝子発現情報表示装置１０は、最も高いスコア（最も低いEuclidean距離）を記録したプローブセットに関するインデックスおよび発現プロファイルをロードする。
【０１８１】
分散分析ソート（Anova Sort）ボタンをクリックすると、各プローブセットの分散分析スコアに基づく現在ロードされている遺伝子（現在のインデックス）のソートを演算処理サーバ３０に要求する。分散分析スコアは、それぞれの標準化されたプローブセットのプロファイルをデータの複製セットとして処理して算出され、演算処理サーバ３０は、実験内の変動量の関数として、異なる実験間の変動数を示すスコアを返答する。演算処理サーバ３０は、これらのスコアに基づいてソートされたインデックスを返答し、遺伝子発現情報表示装置１０は、最大スコアのプローブセットに関するインデックスおよび発現プロファイルをロードする。
【０１８２】
分散分析（選択的）（Anova (selected)）ボタンをクリックすると、現在選択された実験のセットのみを対象に分散分析スコアが、遺伝子発現情報表示装置１０の算出手段により算出される。
【０１８３】
分散分析手法を使うことで、信頼性の高いものから順番に取り出せる。アノーバスコアーという多変量解析の手法を使って、データのきれいなもの、変化が大きくて信頼性の高いものをセレクションすることで、解析精度を上げることができる。また、全ての遺伝子情報を含んで解析するよりも、不要な情報を削除してプローブ数を減らした状態で解析してやれば、より信頼性の高い解析ができる。
【０１８４】
統計回収(stat collection)をクリックすると、現在ロードされたプローブセットに対し多くの統計パラメータの算出を演算処理サーバー３０に要求する。演算処理サーバー３０は、分散分析スコア、すべてのプローブ対プロフィールに関する平均内部Euclidean距離（プローブセット内のすべてに対してすべての距離）、および各プローブセットの測定されたプローブセットの発現プロファイルに関する変動係数の平均算出している。各プローブセットの結果は遺伝子発現情報表示装置１０のアプリケーションに返答され、統計ウインドウ（「Show Stats」ボタンで開く）に表示される。
【０１８５】
次に、出力機能を説明する。遺伝子発現情報表示装置のアプリケーションは、ユーザーが、後の段階で解析を再開することができるようにシステムの現在の状態を保存するようにしてもよい。または、実験の説明、プローブセットの注釈、および現在選択された組の実験についての発現データのグラフを含有する簡単なhtmlファイルに、選択された組の遺伝子の発現データを出力することが可能な多くの簡単な出力機能を含有することができる。「Write History」ボタンは、現在保存されている組の遺伝子を出力し、「Write Index」ボタンは、現在ロードされているプローブセットに関するデータをhtmlファイルに出力する。両機能とも、各プローブセットの発現データのhtmlファイル（index.html）およびjpgファイルを含有する新しいディレクトリを作成する。
【０１８６】
次に、ユーザーのセッションおよび注釈の管理を説明する。メインウインドウのこの領域により、ユーザーは、現在のセッション、現在保存された遺伝子の組もしくは現在の遺伝子に対するコメントまたはさらなる注釈を操作部により追加することが可能である。ここで入力されたコメントおよび注釈は、遺伝子データ記憶部（マインデータベース）１０ｊに保存され、特定のセッションおよび／または遺伝子に直接連結されることができる。さらに、「New Session」ボタンにより、ユーザーは新しいセッションを作製することが可能であり、「Load Session」ボタンにより、ユーザーはセッション注釈を編集するか、他のセッションのメンバープローブセットをロードするか、または現存のセッションにプローブセットを追加することが可能である。
【０１８７】
次に、データベースクエリーについて説明する。メインウインドウのこの部分により、ユーザーは、メインデータベースに保存された注釈に基づいて遺伝子を調べることが可能である。ユーザーは、アフィメトリクスプローブセット識別子に直接連結された注釈に基づく遺伝子、プローブセット配列の一致に基づくEnsembl遺伝子への連結、遺伝子存在論（GO）に基づく遺伝子の機能的分類、またはアフィメトリクスプローブセット識別子を調べることができる。入力されたテキストは、規則的な表現として処理され、サーバーアプリケーションによって作成されるSQLクエリーにおいて使用される。得られるプローブセットインデックスは遺伝子発現情報表示装置１０に返答され、ロードされる。
【０１８８】
次に、図１０を参照しながら、測定データウィンドウについて説明する。
【０１８９】
測定データウインドウは、現在ロードされたプローブセットに対する個々のプローブ対ごとの遺伝子の発現プロファイル（たとえば計１６個）を表示する（図１１参照）。ここでは、アフィメトリックス社が提供しているＤＮＡチップにより発現情報を測定した例を示す。そのＤＮＡチップについては、後に詳述する。
【０１９０】
ユーザーが、データの信頼性について合理的な判断をすることができるようにするため、測定および標準化された遺伝子の発現プロフィール（プローブ対プロファイル）の両方がユーザーに対して表示される。なお、アフィメトリックス社のＤＮＡチップは完全マッチのプローブと一つのイミュテーションがある不完全マッチのプローブとを１セットとしている。所定のプローブ対に対し、完全マッチのプローブおよびミスマッチのプローブについて観察されるハイブリダイゼーション強度の差のプロファイルが遺伝子の発現プロファイルとして表示されている。不一致プローブ対のシグナルはプローブ対の特定のバックグランドを表すと推定され、完全マッチプローブ（ＰＭ）とミスマッチプローブ（ＭＭ）との間の蛍光強度の差（PM−MM）自体が標的RNA分子の濃度に比例すると推定される。
【０１９１】
遺伝子の発現プロファイル（プローブ対プロファイル）については、Ｘ軸上に測定に供された細胞の番号がプロットされ（時系列順にプロットされ）、Ｙ軸上にプローブ対の発現強度の差異がプロットされる。一つの遺伝子について設定される複数のプローブ（たとえば１６個）ごとに遺伝子の発現プロファイルが示されている。なお、遺伝子の発現プロファイルは平均化して１本の線で示すことも考えられるが、データ解析を正確に行う観点から複数の遺伝子の発現プロファイルを表示するのが好ましい。測定データの場合、プローブ対の差異は、（上記で概説された標準化手順の結果として）不一致値のメジアンの因数として表現される。標準化されたデータに関しては、プローブ対の差は、プローブ対プロファイルの平均からの標準偏差の値で表現される。各プローブセットの発現プロファイルは、測定されたプロファイルと標準化されたプロファイルとの間の相関関係が目に見えるようにするために、個別の色でプロットすることができる。
【０１９２】
次に、図１２を参照して、プローブデータウィンドウについて説明する。
【０１９３】
プローブデータウインドウは、プローブに連結された注釈を表示する。ユーザーが新しいプローブセットのデータを必要とする場合はいつでも、データは遺伝子データ提供サーバ２０から遺伝子発現情報提供サーバ１０へ送られる。具体的には、プローブデータウインドウは３つの異なる部分に分かれ、第１にアフィメトリクスおよびTIGR注釈を表示し、第２に連結されたUniGenesの名称およびタイトルを表示し、第３にゲノムにおいて現在のプローブセットと一致するゲノム領域および各実験標的供給源に関する短い説明を表示する右側のパネルを表示している。これらのデータの取得は、プローブの塩基配列情報に基づき行われる。
【０１９４】
アフィメトリックス（Affymetrix）, UniGeneおよび実験の説明はすべて簡単な表で示される。ゲノムの座位の表示は、選択された遺伝子のEnsembl注釈を示す動的な表に一致した座位の対話式マップとして表示される。遺伝子データ提供サーバーが提供するゲノム座位のサイズ、およびBLAST一致パラメータ閾値を伴う初期ウインドウサイズを、このパネルの底辺部で設定することができる。表示された各遺伝子の注釈は、その遺伝子の任意の転写物をクリックすることによって、座位表示の下の表に表示されることができる。この仕組みにより、ユーザーは、ゲノムDNA配列ならびに転写物、ペプチドおよびプローブセット配列を指定して、ダウンロードすることも可能である。さらに、ユーザーは、現在の視野領域において現在選択されている閾値内で、一致を有するすべてのプローブセットの発現データをロードすることができる。従って、所定の遺伝子に関連するすべてのプローブセットを見ることが可能である。
【０１９５】
具体的に、ゲノムにおいて現在のプローブセットと一致するゲノム領域を説明する。図１３において、下の線１１０がゲノム地図を示している。その線の太いところ１１２が遺伝子のロケーションをさしている。その上のライン１１４がBLASTのラインである。そのBLASTのライン１１４から上方向または下方向に伸びているライン１１６は、プローブ塩基配列の位置を示す。また、長方形の領域１１８において、塗りつぶされた部分１２０は、エクソンの領域を示す。これにより、ゲノム上で、プローブの塩基配列がどこにマッチしているのかチェックできる
次に、図１４を参照しながら、ユーザ注釈について説明する。
【０１９６】
プローブデータウインドウは、ユーザー注釈またはプローブセットセッションのメンバーであることを表示するパネルを有する。このパネルにより、特定の注釈の持ち主は、その注釈を編集し、他のユーザーの注釈を閲覧することも可能である。
【０１９７】
次に、図１５を参照しながら、履歴、保存ウィンドウおよび平均プロットについて説明する。
【０１９８】
遺伝子発現情報表示装置１０のアプリケーションは、演算処理サーバ３０からダウンロードした少なくとも５０のプローブセットを記憶しておき、これらをメモリーに保存する。これらのプローブセットからのデータは、プロットボタン（以下の履歴ウインドウを参照のこと）をクリックすることによって、その全体を見ることができる。また、作業中の間、メモリーに保存し、次いで、保存ウインドウからアクセスすることができるようにしてもよい。履歴および保存ウインドウのチェックボックスを選択することによって、平均的発現プロファイルを遺伝子ナンバーごとにプロットすることができる。
【０１９９】
次に、履歴ウインドウを説明する。アフィメトリックス（Affymetrix）識別子およびUniGene識別子が表示されている。個々のプローブセットは（右側のチェックボックスをクリックすることによって）保存されるか、プロットされるか、または平均的プロットウインドウに追加されることができる。保存ウインドウは、ここでは示されていないが、保存ボタンが消去ボタンの代わりにあることを除いては履歴ウインドウと同一である。
【０２００】
図１６は、平均的プローブセットの発現プロファイルである。それぞれのラインは、異なるプローブセットのデータであり、右側のパネルに示される表示は、UniGene識別子である。プローブセットは、履歴または保存ウインドウから選択される。
【０２０１】
次に、図１７を参照しながら、統計ウィンドウを説明する。プローブセットは、ウインドウの上半分の３つの異なる統計パラメータによってプロットされる。統計パラメータの範囲を選択するために使用することができるインターラクティブグラフの下の部分にこれらのパラメータの分布を示す。
【０２０２】
統計ウインドウは、メインウインドウの「show stats」ボタンをクリックすることによって開かれる。示される統計は、メインウインドウの「stat collection」ボタンをクリックすることによって得られ、実験の組およびその時点でアクティブであったプローブセットについて算出される。統計ウインドウは、３次元座標における各プローブセットの所定の統計をプロットしており、ここで、各ポイントが単一のプローブセットの位置および3D空間におけるその位置は、その統計パラメータを表す。３つの軸のうち、Ｘ軸がアノーバスコアーであり、Ｙ軸がユークリッド距離で、Ｚ軸がバリエーション（ばらつき度合い）である。
【０２０３】
統計ウインドウの下半分には、３つのグラフがある。左のグラフは、横軸がアノバースコアーで、縦軸が遺伝子の発現強度である。中央のグラフは、横軸がユークリッド距離で、縦軸が遺伝子の発現強度である。右のグラフは横軸がバリエーション（ばらつき度合い）で、縦軸が遺伝子の発現強度である。これらは、ユーザーが、（プローブセットを選択するための）統計値の範囲を選択し、分布プロットのバケットサイズを変更し、上記の3Dプロットにプロットするためのパラメータを選択することが可能な、インターラクティブな仕組みで、現在ロードされている統計の分布曲線を表示している。分布曲線を使用して行われる選択は、3Dプロットに反映され、濃く表示されているプローブセットは選択され、薄く表示されているプローブセットは棄却されている。統計ウインドウ自体は、統計の規定されていない数を取り扱うことが可能であるように設計されており、主成分分析にいくらか類似する方法で、異なるプローブセットの数に対する類似性スコアを表示するために使用することができる。
【０２０４】
選択されたプローブセット（濃く表示されたもの）は、現在のインデックスにロードすることができ、ｋ平均クラスタリングなどのさらなる統計解析に関する高品質データを選択するために使用することができる。
【０２０５】
次に、図１８を参照しながら、クラスターウィンドウについて説明する。図１８は、クラスター２３のメンバーのプローブセットのクラスター管理ウインドウおよび発現プロファイルである。
【０２０６】
演算処理サーバに対する処理要求は、クラスターウインドウから要求することができ、演算処理サーバは簡単なｋ平均クラスタリング機能を含む。クラスターウインドウにより、ユーザーは、クラスター化しようとするプローブセットの多くのクラスターおよびいくつかの標準化された選択肢から選択することが可能である。
【０２０７】
プログラムは、比較のために、標準化された発現プロファイルにおいて局所的に標準化された平均をデフォルトで使用する。得られたクラスターは、下部のリストに表示され、特定のクラスターをクリックすることによって、クラスターメンバーの平均プロファイルを個別のウインドウにプロットすることができる。
【０２０８】
なお、上記のクラスターに関する解析は、クラスター解析と呼ばれるものだが、このクラスター解析により、似通った発現パターンの遺伝子をグループに分けることができる。クラスター解析には、階層的分類法や非階層的分類法（ｋ平均法）がある。階層的分類法は、発現パターンの似たものどうしを近くに並べるものであり、非階層的分類法はあらかじめいくつかの群を設定して分けるものである。
【０２０９】
クラスター解析において、数を指定するか、または、数を入力することによってクラスターの数を決めてやって、ある発現プロファイルと似た発現プロファイルの抽出を演算処理サーバ３０に要求すると、演算処理サーバ３０のクラスター解析処理部がパターンの分類をして、そのクラスターに入る遺伝子をより分け、それらの情報が遺伝子発現情報表示装置１０に送信される。これにより、研究者が本当に解析したい発現プロファイルを見出すのがより容易となる。すなわち、解析する遺伝子の量を格段に減らすことができる。
【０２１０】
次に、発現形質ウィンドウについて説明する。
【０２１１】
遺伝子発現プロファイルの各サンプル番号の細胞に対応する発現形質のデータを表示させることができる。また、発現形質データを自由に拡大・縮小できるようになっている。また、特定の場所だけ、拡大・縮小できるようにしている。このように発現形質データを見ることができるようにすることにより、研究者自ら、プライオリティを決めることができる。
【０２１２】
１．４  遺伝子データ提供サーバのデータベースの構成例
この場合のデータベースの構成例を図１９を参照して説明する。メインデータベースには、プローブセットデータとEnsemble Genomeデータとがある。プローブセットデータには、プローブセット（ＤＢアイデンティティ、アフィメトリックス注釈、Unigene連結を含む）と、プローブ配列と、TIGR注釈と、Unigene注釈とが納められている。プローブセットに関連づけされたセッションと、ゲノムBLASTマッチズ（ゲノムロケーション、マッチパラメーター&配列を含む）とがさらに納められている。ユーザ注釈は、セッションに関連づけられている。
【０２１３】
Ensemble Genomeデータは、Ensemble遺伝子ロケーションと、Ensemble転写物ゲノムロケーション、Ensembleエキソンゲノムロケーションとを含む。Ensemble遺伝子ゲノムロケーションは、ゲノムBLASTマッチズと関連づけしてある。Ensemble注釈（名称、説明、ファミリー、外部ＤＢ連結）は、Ensemble遺伝子ゲノムロケーションに関連付けしてある。Ensemble転写物配列は、Ensemble転写物ゲノムロケーションに関連付けしてある。Ensembleペプチド配列は、Ensembleでエキソンゲノムロケーションに関連付けしてある。
【０２１４】
なお、上記のものに限定されず、表示部１０ａに表示されるデータとしては、発現データ、プローブセットの注釈およびゲノム注釈を含むリレーショナルデータベース、ならびに染色体配列を含有するフラットファイルのデータを表示させることができる。
【０２１５】
以下、最適な実施形態の例として、次の３つのデータの組合わせが挙げられる。
【０２１６】
第１に、プローブセットを規定する表およびプローブセットに直接連結した注釈である。この注釈はアフィメトリックス（Affymetrix）社によって提供される注釈を含み、プローブセットに含まれる配列およびユニジーン（UniGene）識別子を含む。ユニジーン（UniGene）識別子は、プローブセットを、NCBI（生物情報学国立センター）が提供するユニジーン（UniGene）に連結するために使用される。我々は、Affymetrixにより提供される配列とマウスゲノム配列とを比較し、一致配列およびそれらのパラメータが、Ensemblゲノムデータベースの情報への連結を提供するデータベースのこの部分に保存される。
【０２１７】
第２に、実験に供された細胞の実際の発現データおよび説明を含有する表である。内部標準化された発現データが完全一致および不一致プローブ強度のアレイとして保存され、各実験プローブセット（セクション１の表に直接連結される）の組み合わせが１列に保存される。
【０２１８】
第３に、Ensemblのゲノムの注釈である。データベースのこの部分は、Ensembl（http://www.ensembl.org/）により提供されるゲノムの注釈を含む。特に、この部分は、Ensembl共同体（エキソンの構造、選択的スプライシング、転写物およびペプチド配列）から予測されるすべての遺伝子構造の詳細ならびにこれらの遺伝子の機能に関する注釈を含む。機能に関する注釈は、予測されたタンパク質配列の広範な配列解析に基づき、タンパク質モチーフおよび構造分類を含有する多くの広範なデータベースへの連結を含む。
【０２１９】
遺伝子データ提供サーバのデータベースのプローブセットのデータ部分は、独特なプローブセットの識別子を介してデータベースの表現部分に直接連結している。しかし、プローブセットの識別子は、Ensembl遺伝子識別子には直接連結せず、むしろ配列一致の表を経由してゲノムのロケーションに連結している。このデータベースは、プローブセットの一致が、しばしば場合によりEnsembl遺伝子の定義の範囲外にあることも複雑に絡んでいる重要な事項であり、ゲノムのいくつかの部分への連結を有している。このため、このデータベース自体は、この表を経由してプローブセットのEnsembl遺伝子連結の割当ては行なわない。プローブセットのEnsembl遺伝子の連結はサーバープログラムの初期設定での簡単な方法によって推定されるが、使用されるアルゴリズムは将来変更される可能性がある。プローブセットの（決定の容易化に関して）適切な数または分布のための正確な連結にアクセスするわけではないため、これらのアルゴリズムを適切に同調することは困難であることに注意するべきである。サーバーアプリケーションによって推定された連結によって、遺伝子へのプローブセットのマッピング、およびEnsembl遺伝子の発現データを容易に同定することができるように、プローブセットへの遺伝のマッピングが可能である。Ensemblによって規定された遺伝子の発現について調べることが可能であることに加えて、このシステムにより、発現パターンによって規定されるプローブセットのグループについてのゲノム配列、転写物配列およびペプチド配列を得ることが可能であるため、将来、分化プロセスの性質を探索するための広範な統計学的実験を実施することが可能である。
【０２２０】
１．５  作用効果
以下、本実施の形態に係る作用効果を説明する。
【０２２１】
（１）この実施の形態によれば、遺伝子を特定し得る情報（塩基配列情報）に基づきデータベースから遺伝子情報を取得しているため、高い信頼性で遺伝子データを入手することができ、その結果、遺伝子解析を高い信頼性で行うことができる。また、発現プロファイルと遺伝子データとを一つの画面上に表示しているため、データの質的評価をするのを容易にすることができる。
【０２２２】
（２）このシステムによれば、遺伝子発現情報を基にしているため、情報量が無限に近い。また、ＤＮＡチップによる発現データの蓄積がデータ解析精度を高めていくため、無限の成長性（拡張性）をもつ解析システムである。すなわち、データの蓄積がデータの精度と解析手法を容易にし、また、各データの付加価値を高めてゆくという蓄積型のバイオインフォマティックスシステムである。したがって、このシステムは、ユーザー（参加者）が増えれば増えるほど、情報量が蓄積し、各ユーザ（参加者）により多くの利益（有益な情報）をフィードバックできるというユーザ参加型のシステムともいえるユニークな特徴をもつ。
【０２２３】
（３）生体内では、常に生理的条件下において細胞の運命決定（分化決定）が巧みにコントロールされており、生体の正常機能を維持している。
【０２２４】
特に個体発生時には、多くの修理の細胞が１種類の細胞、つまり受精卵から発生の全ステージを通して細胞増殖と分化を繰り返しながら特定の場所で絶妙なタイミングで各機能細胞へ運命決定がなされている。
【０２２５】
この巧妙な運命決定（分化決定）は細胞自身に存在する遺伝的プログラム（内因性因子）と細胞外からの外的刺激（外因性因子）によるバランス調節機構により決定されると考えられる。
【０２２６】
しかしながら、この細胞運命決定における詳細な分化調節機序は現在不明のままである。
【０２２７】
この分化機構を解明することは将来、人為的な細胞の運命決定操作方法が確立可能であり、人が自由自在に目的とする機能細胞を必要な時期に必要な量だけ作り出せる可能性があることを意味している。これは再生医療における細部治療を実現する上で重要な技術である。
【０２２８】
周知の通りＥＳ細胞は全能性を有している。In vitro培養系（特別な培養条件下）を用いることで我々の体を構成している全種類の機能細胞に分化誘導をすることができる可能性がある。
【０２２９】
これらのことから、本実施の形態に係るシステムを採用することにより、発現プロファイルと発現形質データとを参照することで、ある形質が発現する場合にどのような遺伝子が発現するかを知ることができる。すなわち、どの遺伝子がスイッチオンまたはオフになれば、その運命が決定されるか知ることができる。この形質発現を握る遺伝子の発現を調べ、遺伝子の発現を制御することで、細胞の運命決定操作の実現に寄与することができる。また、目的の細胞を作る際にも有用である。
【０２３０】
このように、発現プロファイルと発現形質データとを合わせて表示部に表示することで、どの遺伝子が形質発現を握っているかを知ることができるため、以前では経験的に判断できる技能者しか判断できなかったものを、一般の研究者にもその判断をしやすくなるという利点がある。
【０２３１】
（４）マイクロアレイの実際の生の細胞の遺伝子発現データをコアにして、インフォマティックスのシステムを作り上げているので、非常に信頼性が高い
（５）このシステムによれば、ある発現プロファイルと近似する近似発現プロファイルを入手することができるため、ある時点で発現する遺伝子を知りたい場合に、発現プロファイルを設定してやることで、そのような発現プロファイルをもつ遺伝子の発現プロファイルを入手することができる。
【０２３２】
（６）また、一つの遺伝子の情報に対して、アフィメトリックス社がつけているプローブ情報、Unigeneのデータベースおよびゲノムの情報（Ensembleのデータベース）を利用することにより、プローブ情報がどのくらいの信頼性を有するかチェックできる。
【０２３３】
２．第２の実施の形態
第１の実施の形態に係る遺伝子発現情報表示装置１０は、通信ネットワークを介して遺伝子データ提供サーバ２０および演算処理サーバ３０などのサーバから種々の情報を取得した。しかし、この構成に限定されない。すなわち、第２の実施の形態に係る遺伝子発現情報表示装置１０は、第１の実施の形態に係る遺伝子データ提供サーバ２０および演算処理サーバなどの第１の実施の形態で示したサーバの機能を有するものである。なお、図２０に、第２の実施の形態に係る遺伝子発現情報表示装置１０の構成例を示す。
【０２３４】
具体的には、この遺伝子発現情報表示装置１０は、表示部１０ａ、処理部として、遺伝子特定部１０ｂ、標準化部１０ｃ、近似発現プロファイル抽出部３０ａ、プロファイル選択部、分散分析処理部、ユークリッド距離算出部を有し、記憶部として遺伝子発現情報記憶部１０ｉ、遺伝子データ記憶部１０ｊ、遺伝子データベース記憶部１０ｌ、発現プロファイル記憶部３０ｃおよびプローブセット情報記憶部１０ｍを有する。また、遺伝子発現情報表示装置１０は、操作部１０ｈおよび情報記憶媒体（たとえばプログラムが格納される）１０ｋが設けられる。
【０２３５】
また、これらの機能部のほか、第１の実施の形態で説明した種々のサーバが有する各部の機能を遺伝子発現情報表示装置１０自体が有していてもよい。
【０２３６】
表示部１０ａの機能は、たとえば、ディスプレイ（液晶ディスプレイ、プラズマディスプレイ、有機ＥＬディスプレイ）、ＣＲＴにより実現することができる。処理部の機能は、プロセッサ（ＣＰＵ）により実現することができる。遺伝子発現情報入力部１０ｄは、遺伝子の発現情報を入力する手段であれば特に限定されず、たとえば、測定機器から有線または無線により情報を受信する場合には、その受信部が遺伝子発現情報入力部１０ｄとして機能し、キーボードにより遺伝子発現情報を入力することができる場合にはキーボードが遺伝子発現情報入力部１０ｄとして機能する。操作部１０ｈは、操作者が遺伝子発現情報表示装置１０を操作する際に使用するもの、たとえばキーボード、マウスなどである。
【０２３７】
遺伝子発現情報記憶部１０ｉは、遺伝子発現情報を記憶するためのものである。遺伝子発現情報記憶部１０ｉの機能は、公知の記憶手段、たとえばＲＡＭ（Random Access Memory）や、ハードディスクなどで実現することができる。
【０２３８】
記憶部の機能は、公知の記憶手段、たとえばＲＡＭ（Random Access Memory）や、ハードディスクなどで実現することができる。
【０２３９】
情報記憶媒体１０ｋは、プログラムなどの情報を記憶させるものである。情報記憶媒体１０ｋの機能は、光ディスク（ＣＤ、ＤＶＤ）、光磁気ディスク（ＭＯ）、磁気ディスク、ハードディスク、磁気テープ、またはメモリ（ＲＯＭ）などのハードウェアにより実現できる。遺伝子発現情報表示装置の動作を実現するためのプログラムは、一般に、ＲＯＭに格納される。
【０２４０】
なお、プローブセット情報記憶部には、ＤＮＡチップのプローブの番地とプローブ塩基配列とが対応づけられたデータベースが記憶されることとなる。
【０２４１】
また、遺伝子発現情報表示装置１０は、上記のすべての構成を備えていなくてもよく、遺伝子発現プロファイル入力部として機能する遺伝子発現情報入力部１０ｄと、発現プロファイル記憶部３０ｃと近似発現プロファイル抽出部３０ａとを含めば、本発明の遺伝子発現情報処理装置として機能させることができる。
【０２４２】
以下、この実施の形態に係る遺伝子発現情報表示装置１０の動作例を説明する。
【０２４３】
（１）第１動作例
以下、第１動作例を図２１を参照しながら説明する。
【０２４４】
まず、遺伝子発現情報表示装置１０の遺伝子発現情報入力部１０ｄが、所定の遺伝子の発現情報を入力する（Ｓ５０）。次に、標準化部１０ｃが、必要に応じて遺伝子の発現情報の標準化を行う（Ｓ５２）。
【０２４５】
次に、遺伝子特定部１０ｂが、遺伝子を特定し得る情報を特定する（Ｓ５４）。具体的には、その遺伝子を測定したＤＮＡチップのプローブの塩基配列情報を特定する。ＤＮＡチップを利用した場合には、プローブの番地情報によりプローブの塩基配列情報を特定することが可能である。この塩基配列情報は、たとえば処理部（たとえばプロセッサ）がデータベースに基づき塩基配列情報を特定する態様であってもよい。なお、そのデータベースは、遺伝子発現情報表示装置１０自体にプローブの番地と塩基配列情報とを対応づけたデータベースである。
【０２４６】
次に、処理部が、そのプローブの塩基配列情報に基づき、その塩基配列情報に対応する遺伝子の情報を遺伝子データベース記憶部１０ｌのデータベースから抽出する（Ｓ５６）。具体的には、ＤＮＡのプローブの塩基配列情報に基づき、ゲノム配列情報データベース、および、ｃＤＮＡデータベースから遺伝子に係る情報を抽出する。次に、遺伝子発現情報表示装置１０の表示部１０ａによって、遺伝子に係る情報が遺伝子の発現情報とともに表示される（Ｓ５８）。
【０２４７】
（２）第２動作例
以下、第２動作例を図２２を参照しながら説明する。
【０２４８】
まず、遺伝子発現情報表示装置１０の遺伝子発現情報入力部１０ｄにより、遺伝子の発現プロファイルを取得する（Ｓ６０）。この遺伝子発現プロファイルは、測定された発現プロファイルであっても、仮想の発現プロファイル（操作者が設定した発現プロファイル）であってもよい。次に、標準化部１０ｃが、必要に応じて遺伝子の発現プロファイルの標準化を行う。
【０２４９】
次に、近似発現プロファイル抽出部３０ａがその発現プロファイルと近似する発現プロファイルを発現プロファイル記憶部３０ｃから抽出する（Ｓ６２）。次に、表示部１０ａにその近似発現プロファイルを表示する（Ｓ６４）。
【０２５０】
３．発現強度のデータ取得方法
遺伝子の発現強度のデータの取得方法としては、特に限定されないが、たとえばＤＮＡチップ（たとえばＧｅｎｅＣｈｉｐ（アフィメトリックス社の商品名））により取得することができる。
【０２５１】
まず細胞からｍＲＮＡを抽出し、そのｍＲＮＡをｃＤＮＡに変換する。次に、in vitro転写反応によりｃＲＮＡ量を増幅する。次に、ｃＲＮＡを断片化し、蛍光色素による標識を行う。標識を行ったｃRＮＡサンプルをチップ表面上でハイブリタイズさせる。次に、ハイブリタイズしていないｃＲＮＡを洗い流し、そのチップの各番地の蛍光強度を測定し、発現密度（発現強度）を測定する。
【０２５２】
これらの測定を細胞の個体の各成長ステージごとに行うことにより、発現プロファイルのグラフが得られる。
【０２５３】
以下、ＤＮＡチップについて説明する。ＤＮＡチップを利用した発現解析では、各遺伝子の検出に対して最大４０個のオリゴヌクレオチドが用いられる。アフィメトリックス（Affimetrix）社のGeneChip（商品名）は、各遺伝子について、完全マッチ（PM: Perfect Match）のオリゴヌクレオチドと、ミスマッチ（MM: Mismatch）のオリゴヌクレオチドとがセットで設定されている。このセット数は各遺伝子につき、たとえば１６セットある。これらのオリゴヌクレオチドはプローブとして用いられる。完全マッチ（ＰＭ）のプローブとミスマッチ（ＭＭ）のプローブとの間の蛍光強度の差（PM−MM）自体が標的RNA分子の濃度に比例すると推定される。
【０２５４】
完全マッチのオリゴヌクレオチドは、各遺伝子につき１１〜２０種類あり、他の遺伝子と比べて最も相同性の低い領域の中から選択されている。完全マッチのオリゴヌクレオチドは、完全にその遺伝子のｍＲＮＡに相補的である配列を有している。
【０２５５】
ミスマッチのオリゴヌクレオチドは、完全マッチのオリゴヌクレオチドのそれぞれについて設計されるものである。すなわち、ミスマッチのオリゴヌクレオチドは、２５塩基長のオリゴヌクレオチドの中央の１３番目の位置以外は完全マッチのオリゴヌクレオチドと一致し、１３番目の塩基の一には相補的でないヌクレオチド配列を有している。このミスマッチのオリゴヌクレオチドは、クロスハイブリダイゼーションや、非特異的ハイブリダイゼーションを補正するために含まれている。具体的には、このミスマッチのオリゴヌクレオチドによって非特異的なバックグラウンドのハイブリダイゼーションを検出するために用いられる。したがって、ミスマッチのオリゴヌクレオチドがあることにより、発現の弱いｍＲＮＡを測定する際に、有用である。
【０２５６】
完全マッチのオリゴヌクレオチドのプローブ番地と、ミスマッチのオリゴヌクレオチドのプローブ番地とは、たとえば上下に並んで設定される。
【０２５７】
アフィメトリックス社のデータを利用すると、16個のプローブを利用できるため、複数個（１６）の線ができる。信頼性が高いものは、一つに収束していく。１つの遺伝子に対して、複数個（１６）の線がでてくる。信頼性が低いものは、ばらつきがでてくる。そのばらつきをみると、信頼性がわかる。
【０２５８】
なお、以上の例では、GeneChip（商品名）を例にとり、ＤＮＡチップを説明したが、カスタムメイドチップでもよい。カスタムメイドチップとは、スライドグラス上にｃＤＮＡ、オリゴヌクレオチド、ＰＣＲ産物のいずれかをロボットによりスポットして作成される。
【０２５９】
さらなる変形例として、ノーザンプロットにより得られた発現プロファイルであってもよい。ノーザンプロットではゲル電気泳動したメッセンジャーＲＮＡに対して放射性標識したオリゴヌクレオチドをハイブリタイズする。フィルム上に穂族された放射性物質の量はバンド中に存在する放射性標識されたプローブ量とある程度相関があるため、この方法によりｍＲＮＡを半定量的に検出することができる。
【０２６０】
５．標準化工程
発現情報プロファイルをどのように標準化するか説明する。
【０２６１】
（１）内部標準化
個別の実験に由来するシグナルを比較することができるようにするためには、チップに適用された標的の質または量の差によるシグナルの差を補正するために、データに対しある種の標準化を実施する必要がある。これを達成するための方法は多数存在するが、最適な方法は何かということに関しては未だ明確にされておらず、測定に供される細胞の性質に依存して変化する。以下、チップ上で測定される強度の最小値および不一致値のメジアンに基づいて最適化を実施する例を説明する。
【０２６２】
（式１）
Ｉｎ＝（Ｉｒ−Ｉmin）／ＩMMmed
式中、Ｉｎは、所定のプローブに対して標準化された強度であり、ＩｒはCELファイルに与えられた測定プローブ強度であり、Ｉminはアレイ上で観察されたプローブ強度の最小値であり、ＩMMmedはアレイ上に存在する不一致プローブの強度のメジアンである。
【０２６３】
強度の最小値は検出器のバックグランドを反映しているものとみなし、それ自体すべての値から差し引かれる。次に、得られた値を、不一致蛍光強度のメジアンで割る。完全一致よりむしろ不一致強度を使用する。即ち、不一致シグナルとして表されるプローブ対の差の方が、一般に、転写物の基本的分布およびアレイ上に表示される転写物の変化を反映することになる。本システムは、広範なRNA供給源について遺伝子の発現レベルを比較することを目的としているため、同種の転写物供給源に由来するサンプルと異種の転写物供給源に由来するサンプルとの間で、転写物の基本的な分布に大きな差があることが予測できるような標準化方法を利用することが重要であると思われる。
【０２６４】
上記実施の形態における標準化部は、上述した式１に基づき、内部標準化を達成することができる。
【０２６５】
（２）発現プロファイルの標準化
いくつかの実験にわたるシグナルの変化の信頼性を測定するために、本プログラムは個々のプローブ対のデータを個別に表示し、解析し、次いで標準的な技術を使用して、個別のプローブ対の共変動を測定する。個々の発現プロファイルは、平均値を差し引くことによって分割され、標準的分布によって分割されることによって、平均値０および分散１を有するように標準化される（式を参照のこと）。
【０２６６】
（数式１）
Ｄｉ＝（Ｄｉｒ−Ｄｍ）／Ｄｓｔｄ
Ｄｉ  ：標準化された発現量
Ｄｉｒ：完全マッチプローブにより測定された発現量
Ｄｍ  ：完全マッチプローブにより測定された発現量とミスマッチプローブにより測定された発現量との差の平均値
Ｄｓｔｄ：標準偏差
次いで、類似性に関する様々な統計測定を使用して、所定のプローブセットについて得られる標準化されたプローブ対プロフィールを他の各プロフィールと比較し、他の統計的手段（分散分析など）によって解析することができる。
【０２６７】
この発現プロファイルの標準化は、演算処理装置３０または遺伝子発現情報表示装置１０の標準化部により実現することができる。
【０２６８】
（実験例）
血管内皮細胞及び平滑筋細胞に関する培養について、以下に説明する。
【０２６９】
まず、Ｆｌｋ１(Fetal Liver Kinase 1； 胎児肝リン酸化酵素)陽性細胞を取得した。なお、Ｆｌｋ１陽性細胞は、血管の前駆細胞である。次に、このＦｌｋ１陽性細胞に、生理活性物質としてＶＥＧＦ（Vascular Endothelial Growth Factor；血管内皮細胞増殖因子）（５０ｎｇ／ｍｌ）を添加し培養したものと、生理活性物質としてＰＤＧＦ−ＢＢ（Platelet Derived Growth Factor；血小板由来増殖因子）（５０ｎｇ／ｍｌ）を添加し培養したものとを用意した。
【０２７０】
ＶＥＧＦを添加し培養したものに関しては、Ｆｌｋ１とＰＥＣＡＭ−１（platelet-endothelial cell adhesion molecule-1）、ともに陽性細胞が増殖した。Ｆｌｋ１およびＰＥＣＡＭ−１は、内皮細胞の細胞識別マーカーであるため、このことから、ＶＥＧＦを添加すると、内皮細胞を特異的に分化誘導させることができることがわかった。なお、このサンプルを二重染色したところ、平滑筋がほとんど発生していないことがわかった。
【０２７１】
また、ＰＤＧＦ−ＢＢを添加し培養したものに関しては、αＳＭＡ（α−smooth muscle actin）が増殖し、Ｆｌｋ１は消失していった。αＳＭＡは平滑筋細胞の識別マーカーであるため、このことから、平滑筋細胞を特異的に分化誘導させることができることがわかった。
【０２７２】
これらの生理活性物質を利用することで、内皮細胞または平滑筋細胞を特異的に分化誘導させることができるため、内皮細胞または平滑筋細胞の分化決定過程時におけるそれぞれの遺伝子の発現プロファイルを精度よく調べることができる。
【０２７３】
このように、特定の形質のみを択一的に発現させることがわかった。この例を用いて、上記実施の形態に係る具体的技術を用いることによって、特定の形質を発現する際に発現する遺伝子を特定できると思われる。
【０２７４】
本発明は、上記の実施の形態に限定されず、本発明の要旨を超えない範囲で種々の変更が可能である。
【図面の簡単な説明】
【０２７５】
【図１】実施の形態に係る遺伝子情報表示システム１００を模式的に示す図である。
【図２】遺伝子発現情報表示装置１０の構成例を示す。
【図３】演算処理サーバの構成例を示す図である。
【図４】演算処理サーバ３０の機能の一つを説明するための図である。
【図５】第１動作例を示すフロチャートである。
【図６】第２動作例を示すフロチャートである。
【図７】表示部１０ａの画面における表示態様の模式図を示す。
【図８】図７の具体的な表示例を示す。
【図９】メインウインドウを示す図である。
【図１０】測定データウィンドウを示す図である。
【図１１】発現プロファイルの表示例を示す図である。
【図１２】プローブデータウィンドウについて説明する図である。
【図１３】プローブ塩基配列とBLASTラインおよび遺伝子マップの関係を示す図である。
【図１４】ユーザ注釈を示す図である。
【図１５】履歴、保存ウィンドウを示す図である。
【図１６】平均的プローブセットの発現プロファイルを示す図である。
【図１７】統計ウィンドウを示す図である。
【図１８】クラスターウィンドウを示す図である。
【図１９】データベースの構成例を示す図である。
【図２０】第２の実施の形態に係る遺伝子発現情報表示装置１０の構成例を示す。
【図２１】第２の実施の形態に係る第１動作例を示すフロチャートである。
【図２２】第２の実施の形態に係る第２動作例を示すフロチャートである。
【符号の説明】
【０２７６】
１０    遺伝子発現情報表示装置
１０ａ  表示部
１０ｂ  遺伝子特定部
１０ｃ  標準化部
１０ｄ  遺伝子発現情報入力部
１０ｅ  データ取得要求送信部
１０ｆ  遺伝子発現情報送信部
１０ｇ  遺伝子データ受信部
１０ｈ  操作部
１０ｉ  遺伝子発現情報記憶部
１０ｊ  遺伝子データ記憶部
１０ｋ  情報記憶媒体
２０    遺伝子データ提供サーバ
３０    演算処理サーバ
３０ａ  近似発現プロファイル抽出部
３０ｂ  プロファイル選択部
３０ｃ  発現プロファイル記憶部
３０ｄ  発現プロファイル受信部
３０ｅ  近似発現プロファイル送信部
４０    遺伝子発現情報記憶サーバ
５０    遺伝子発現形質データ提供サーバ
１００  遺伝子発現情報表示システム
１１０  ゲノム地図
１１２  遺伝子のロケーション
１１４  BLASTのライン
１１６  プローブ塩基配列の位置
１２０  エクソンの領域
【図１】
2005063272.tif 000003
【図２】
2005063272.tif 000004
【図３】
2005063272.tif 000005
【図４】
2005063272.tif 000006
【図５】
2005063272.tif 000007
【図６】
2005063272.tif 000008
【図７】
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【図８】
2005063272.tif 000010
【図９】
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【図１０】
2005063272.tif 000012
【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
2005063272.tif 000018
【図１７】
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【図１８】
2005063272.tif 000020
【図１９】
2005063272.tif 000021
【図２０】
2005063272.tif 000022
【図２１】
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【図２２】
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