(57)【要約】【課題】ゲノムを構成する各遺伝子等を表示した画面上で、その表示内容の移動等の操作を迅速に行うことができるゲノム情報表示システムを提供する。【解決手段】サーバ１０は端末６０からマップ画面の表示要求を受けたときに、当該端末６０に対してマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データを送信する。このため、例えば、ユーザがマップ画面上で拡大マップの表示範囲を移動、拡大・縮小等する操作を行ったときに、端末６０は、サーバ１０とデータ通信することなく、端末６０の記憶手段に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて当該操作後の表示範囲を表す拡大マップを迅速に作成して、ユーザの操作に合わせて高速に表示することができる。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ゲノムを構成する各エレメントの位置データを含む複数種類のマップ表示用データを管理するサーバと、前記サーバとネットワークを介して接続された複数の端末とを有し、前記各端末の表示手段の画面上に、各エレメントをグラフィカルに示すマップ画面を表示するゲノム情報表示システムであって、
前記サーバは、
前記複数種類のマップ表示用データを格納するデータ群格納手段と、
前記各端末から前記データ群格納手段内のデータを検索するための検索データが送られたときに、当該検索データに基づいて前記データ群格納手段を検索する検索手段と、
前記検索手段により検索して得られた検索結果データを当該端末に送信すると共に、前記各端末からある検索結果データに関する前記マップ画面の表示要求が送られたときに、当該検索結果データに関する前記マップ画面を作成するのに必要な一まとまりの前記マップ表示用データを前記データ群格納手段から取得して当該端末に送信するデータ管理手段と、
を備え、
前記各端末は、
前記データ群格納手段内のデータを検索するための検索データを入力する検索入力画面と前記サーバから送られた検索結果データを表示する検索結果表示画面とを前記表示手段の画面上に表示する第一表示制御手段と、
前記検索入力画面において入力された検索データを前記サーバに送信すると共に、前記検索結果表示画面に表示された検索結果データのうち一の検索結果データが選択されたときに、当該選択された検索結果データに関する前記マップ画面の表示要求を前記サーバに送信する通信制御手段と、
前記サーバから送られた、前記マップ画面を作成するのに必要な一まとまりの前記マップ表示用データを一時的に格納する記憶手段と、
前記検索結果表示画面において選択された検索結果データに関する前記マップ画面を作成するのに必要な一まとまりの前記マップ表示用データが前記サーバから送られたときに、その送られた一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、前記マップ表示用データの種類毎に、当該選択された検索結果データに対応するエレメントが略中央に位置するように各エレメントの存在するゲノム上の範囲をグラフィカルに示す拡大マップを作成して、前記マップ画面の第一領域に表示すると共に、前記サーバから送られた一まとまりの前記マップ表示用データに対応するゲノム上の範囲をバンド構造で示す全体マップと前記拡大マップに表示されているゲノム上の範囲を前記全体マップ上で指し示す指示手段とを前記マップ画面の第二領域に表示し、且つ、入力手段の操作により前記指示手段が前記全体マップ上で移動されたときに、前記記憶手段に格納されている一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、当該移動後の前記指示手段が指し示す範囲についての前記拡大マップを作成して、前記第一領域に表示する第二表示制御手段と、
を備えることを特徴とするゲノム情報表示システム。
【請求項２】
前記拡大マップに表示されるゲノム上の範囲を移動するための移動操作手段が前記マップ画面の第三領域に設けられており、前記第二表示制御手段は、前記移動操作手段が操作されたときに、前記記憶手段に格納されている一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、当該操作が行われている間、表示されるゲノム上の範囲が一定速度で移動するような前記拡大マップを作成して、前記第一領域に表示することを特徴とする請求項１記載のゲノム情報表示システム。
【請求項３】
前記拡大マップに表示されるゲノム上の範囲を拡大又は縮小するための拡大・縮小操作手段が前記マップ画面の第三領域に設けられており、前記第二表示制御手段は、前記拡大・縮小操作手段が操作されたときに、前記記憶手段に格納されている一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、当該操作が行われている間、表示されるゲノム上の範囲が一定速度で拡大又は縮小するような前記拡大マップを作成して、前記第一領域に表示することを特徴とする請求項１又は２記載のゲノム情報表示システム。
【請求項４】
ゲノム上の範囲を数値で指定し、その指定されたゲノム上の範囲についての前記拡大マップを前記第一領域に表示するためのジャンプ操作手段が前記マップ画面の第三領域に設けられており、前記第二表示制御手段は、前記ジャンプ操作手段が操作されたときに、前記記憶手段に格納されている一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、前記ジャンプ操作手段において数値で指定されたゲノム上の範囲についての前記拡大マップを作成して、前記第一領域に表示することを特徴とする請求項１、２又は３記載のゲノム情報表示システム。
【請求項５】
前記検索入力画面又は前記検索結果表示画面には、前記マップ画面の画面構成を選択するための画面構成選択手段が設けられており、前記第二表示制御手段は、前記マップ画面を表示する際に、前記画面構成選択手段で選択された画面構成の前記マップ画面を作成することを特徴とする請求項２、３又は４記載のゲノム情報表示システム。
【請求項６】
前記画面構成選択手段は、前記マップ画面内に前記第一領域、前記第二領域及び前記第三領域がそれぞれ一つだけ含まれるシングル画面構成を選択することができるものであることを特徴とする請求項５記載のゲノム情報表示システム。
【請求項７】
前記画面構成選択手段は、前記マップ画面内に二つの前記第一領域と一つの前記第二領域と一つの前記第三領域とが含まれており、同一の一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて異なる表示倍率で作成された二つの前記拡大マップがそれぞれ前記各第一領域に表示される同期画面構成を選択することができるものであることを特徴とする請求項５又は６記載のゲノム情報表示システム。
【請求項８】
前記画面構成選択手段は、前記マップ画面内に二つの前記シングル画面構成の画面が含まれる非同期画面構成を選択することができるものであることを特徴とする請求項５、６又は７記載のゲノム情報表示システム。
【請求項９】
前記データ群格納手段には、前記マップ画面の画面構成の内容を記述した複数の画面構成スクリプトが格納されており、前記データ管理手段は、前記マップ画面の表示要求と共に前記画面構成選択手段で選択された内容が前記各端末から送られたときに、当該選択された内容に対応する前記画面構成スクリプトを前記データ群格納手段から取得して当該端末に送信し、前記第二表示制御手段は、前記マップ画面を作成するのに必要な一まとまりの前記マップ表示用データと共に所定の前記画面構成スクリプトが前記サーバから送られたときに、その送られた前記画面構成スクリプトに基づいて前記マップ画面の画面構成を決定することを特徴とする請求項５、６、７又は８記載のゲノム情報表示システム。
【請求項１０】
前記データ群格納手段には、前記拡大マップのレイアウトの内容を記述した複数のレイアウトスクリプトが格納されており、前記検索入力画面には、前記レイアウトスクリプトを選択するためのレイアウトスクリプト選択手段が設けられており、前記検索手段は、前記レイアウトスクリプト選択手段で選択された内容を含む前記検索データが前記各端末から送られたときに、当該選択された内容に対応する前記レイアウトスクリプトを前記データ群格納手段から取得し、その取得した前記レイアウトスクリプトの記述内容から検索対象となる前記マップ表示用データの種類を認識することを特徴とする請求項１、２、３、４、５、６、７、８又は９記載のゲノム情報表示システム。
【請求項１１】
前記データ管理手段は、前記マップ画面の表示要求と共に前記レイアウトスクリプト選択手段で選択された内容が前記各端末から送られたときに、当該選択された内容に対応する前記レイアウトスクリプトを前記データ群格納手段から取得して当該端末に送信し、前記第二表示制御手段は、前記マップ画面を作成するのに必要な一まとまりの前記マップ表示用データと共に所定の前記レイアウトスクリプトが前記サーバから送られたときに、その送られた前記レイアウトスクリプトに基づいて前記拡大マップのレイアウトを決定することを特徴とする請求項１０記載のゲノム情報表示システム。
【請求項１２】
前記第二表示制御手段は、前記拡大マップを作成する場合、前記拡大マップ上におけるエレメントの表示範囲が所定の大きさよりも大きく、且つ、所定種類の前記マップ表示用データに各エクソンの位置データが含まれているときに、各エクソンの位置データを含む前記マップ表示用データに対する当該エレメントの表示範囲においては、当該エレメントの存在するゲノム上の範囲をグラフィカルに示す代わりに、当該エレメントの各エクソンの存在するゲノム上の範囲をグラフィカルに示すことを特徴とする請求項１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１記載のゲノム情報表示システム。
【請求項１３】
前記データ群格納手段には、前記第一表示制御手段及び前記第二表示制御手段の機能を前記各端末に実現させるための表示用プログラムが格納されており、前記データ管理手段は、前記各端末から最初にアクセスされたときに前記表示用プログラムを当該端末に送信し、前記各端末は、前記サーバから送られた前記表示用プログラムをローディングすることを特徴とする請求項１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１又は１２記載のゲノム情報表示システム。
【請求項１４】
請求項１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３のいずれかに記載のゲノム情報表示システムの機能をコンピュータに実現させるためのプログラムを記録したコンピュータ読み取り可能な記録媒体。
【請求項１５】
請求項１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３のいずれかに記載のゲノム情報表示システムの機能をコンピュータに実現させるためのプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、例えばゲノムに関する研究を行う際にゲノム情報を閲覧するために用いられるゲノム情報表示システムに関する。
【背景技術】
【０００２】
近年、ゲノムに関する研究の進展に伴い、遺伝子等の塩基配列やその機能に関するデータ等が多数獲得されている。このようなゲノムデータは、公共の専門機関、例えば米国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）等においてデータベース化されている。公共の専門機関は、自己の管理するゲノムデータを公開運用するに際して、そのゲノムデータを閲覧するための表示ソフトを提供している。研究者は、その表示ソフトの機能を利用して、当該専門機関の公開するゲノムデータを閲覧することができる。尚、ゲノムデータを閲覧するための表示ソフトとしては、遺伝子配列情報をさまざまな形式でグラフィック表示するものが提案されている（例えば、特許文献１参照。）。
【０００３】
【特許文献１】特開２００１−１２５９２９号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００４】
ところで、従来、ゲノムデータを閲覧するための表示ソフトでは、ＨＴＴＰプロトコルを用いて公共のデータベースとデータ通信を行っている。このため、このような表示ソフトを用いると、公共のデータベースからゲノムデータが１ページずつ送られ、研究者のコンピュータの画面上に表示される。研究者は、次のページを閲覧する場合には、ページを指定して公共のデータベースにアクセスし、その指定したページデータを公共のデータベースから送ってもらう必要がある。したがって、研究者は、次のページが表示されるまで一定時間待たなければならず、不便であるという問題があった。このため、ゲノムデータを表示した画面上で、その表示内容の移動等の操作を迅速に行うことができるシステムの実現が望まれている。
【０００５】
本発明は上記事情に基づいてなされたものであり、ゲノムを構成する各遺伝子等を表示した画面上で、その表示内容の移動等の操作を迅速に行うことができるゲノム情報表示システムを提供することを目的とするものである。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
上記の目的を達成するための請求項１記載の発明は、ゲノムを構成する各エレメントの位置データを含む複数種類のマップ表示用データを管理するサーバと、前記サーバとネットワークを介して接続された複数の端末とを有し、前記各端末の表示手段の画面上に、各エレメントをグラフィカルに示すマップ画面を表示するゲノム情報表示システムであって、前記サーバは、前記複数種類のマップ表示用データを格納するデータ群格納手段と、前記各端末から前記データ群格納手段内のデータを検索するための検索データが送られたときに、当該検索データに基づいて前記データ群格納手段を検索する検索手段と、前記検索手段により検索して得られた検索結果データを当該端末に送信すると共に、前記各端末からある検索結果データに関する前記マップ画面の表示要求が送られたときに、当該検索結果データに関する前記マップ画面を作成するのに必要な一まとまりの前記マップ表示用データを前記データ群格納手段から取得して当該端末に送信するデータ管理手段と、を備え、前記各端末は、前記データ群格納手段内のデータを検索するための検索データを入力する検索入力画面と前記サーバから送られた検索結果データを表示する検索結果表示画面とを前記表示手段の画面上に表示する第一表示制御手段と、前記検索入力画面において入力された検索データを前記サーバに送信すると共に、前記検索結果表示画面に表示された検索結果データのうち一の検索結果データが選択されたときに、当該選択された検索結果データに関する前記マップ画面の表示要求を前記サーバに送信する通信制御手段と、前記サーバから送られた、前記マップ画面を作成するのに必要な一まとまりの前記マップ表示用データを一時的に格納する記憶手段と、前記検索結果表示画面において選択された検索結果データに関する前記マップ画面を作成するのに必要な一まとまりの前記マップ表示用データが前記サーバから送られたときに、その送られた一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、前記マップ表示用データの種類毎に、当該選択された検索結果データに対応するエレメントが略中央に位置するように各エレメントの存在するゲノム上の範囲をグラフィカルに示す拡大マップを作成して、前記マップ画面の第一領域に表示すると共に、前記サーバから送られた一まとまりの前記マップ表示用データに対応するゲノム上の範囲をバンド構造で示す全体マップと前記拡大マップに表示されているゲノム上の範囲を前記全体マップ上で指し示す指示手段とを前記マップ画面の第二領域に表示し、且つ、入力手段の操作により前記指示手段が前記全体マップ上で移動されたときに、前記記憶手段に格納されている一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、当該移動後の前記指示手段が指し示す範囲についての前記拡大マップを作成して、前記第一領域に表示する第二表示制御手段と、を備えることを特徴とするものである。
【０００７】
請求項２記載の発明は、請求項１記載のゲノム情報表示システムにおいて、前記拡大マップに表示されるゲノム上の範囲を移動するための移動操作手段が前記マップ画面の第三領域に設けられており、前記第二表示制御手段は、前記移動操作手段が操作されたときに、前記記憶手段に格納されている一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、当該操作が行われている間、表示されるゲノム上の範囲が一定速度で移動するような前記拡大マップを作成して、前記第一領域に表示することを特徴とするものである。
【０００８】
請求項３記載の発明は、請求項１又は２記載のゲノム情報表示システムにおいて、前記拡大マップに表示されるゲノム上の範囲を拡大又は縮小するための拡大・縮小操作手段が前記マップ画面の第三領域に設けられており、前記第二表示制御手段は、前記拡大・縮小操作手段が操作されたときに、前記記憶手段に格納されている一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、当該操作が行われている間、表示されるゲノム上の範囲が一定速度で拡大又は縮小するような前記拡大マップを作成して、前記第一領域に表示することを特徴とするものである。
【０００９】
請求項４記載の発明は、請求項１、２又は３記載のゲノム情報表示システムにおいて、ゲノム上の範囲を数値で指定し、その指定されたゲノム上の範囲についての前記拡大マップを前記第一領域に表示するためのジャンプ操作手段が前記マップ画面の第三領域に設けられており、前記第二表示制御手段は、前記ジャンプ操作手段が操作されたときに、前記記憶手段に格納されている一まとまりの前記マップ表示用データに基づいて、前記ジャンプ操作手段において数値で指定されたゲノム上の範囲についての前記拡大マップを作成して、前記第一領域に表示することを特徴とするものである。
【００１０】
上記の目的を達成するための請求項１４記載の発明に係るコンピュータ読み取り可能な記録媒体は、請求項１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３のいずれかに記載のゲノム情報表示システムの機能をコンピュータに実現させるためのプログラムを記録したものである。
【００１１】
上記の目的を達成するための請求項１５記載の発明に係るプログラムは、請求項１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３のいずれかに記載のゲノム情報表示システムの機能をコンピュータに実現させるためのものである。
【発明の効果】
【００１２】
本発明では、サーバは端末からマップ画面の表示要求を受けたときに、当該端末に対してマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データを送信する。このため、例えば、ユーザがマップ画面上で拡大マップの表示範囲を移動、拡大・縮小等する操作を行ったときに、端末は、サーバとデータ通信することなく、記憶手段に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて当該操作後の表示範囲を表す拡大マップを迅速に作成して、ユーザの操作に合わせて高速に表示することができる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００１３】
以下に、図面を参照して、本願に係る発明を実施するための最良の形態について説明する。図１は本発明の一実施形態であるゲノム情報表示システムの概略構成図、図２はそのゲノム情報表示システムのサーバの概略ブロック図、図３はそのゲノム情報表示システムの各端末の概略ブロック図である。
【００１４】
本実施形態のゲノム情報表示システムは、図１に示すように、サーバ１０と、複数の端末６０，６０，・・・とを備える。サーバ１０と複数の端末６０，６０，・・・とは、ネットワークを介して接続されている。これにより、サーバ１０と複数の端末６０，６０，・・・との間でデータ通信を行うことができる。ここで、ネットワークとしては、例えばインターネットが用いられる。
【００１５】
サーバ１０は、ゲノムを構成する遺伝子等のエレメントについての位置データを含む複数種類のマップ表示用データ等を管理するものである。サーバ１０は、例えば、当該システムを利用する社内又は当該システムを管理する管理会社に設置される。また、各端末６０は、サーバ１０から送られた所定の一まとまりのマップ表示用データに基づいて、各エレメントをグラフィカルに示すマップ画面を作成し、それを表示手段の画面上に表示するものである。各端末６０は、遺伝子研究を行う研究所や製薬会社等に設置される。
【００１６】
サーバ１０は、図２に示すように、データ群格納手段２１と、検索手段３１と、データ管理手段４１とを備える。データ群格納手段２１には、複数種類のマップ表示用データ、キーワードデータ、設定データ等が格納されている。このデータ群格納手段２１の構成については後に詳述する。検索手段３１は、各端末６０からデータ群格納手段２１内のデータを検索するための検索データが送られたときに、当該検索データに基づいてデータ群格納手段２１内のデータを検索するものである。
【００１７】
データ管理手段４１は、データ群格納手段２１に格納されたデータを管理するものであり、図２に示すように、通信制御部４５と、マップ表示用データ登録処理部４６と、キーワードデータ登録処理部４７と、認証処理部４８とを有する。通信制御部４５は、検索手段３１により検索して得られた検索結果データを当該端末６０に送信すると共に、各端末６０からある検索結果データに関するマップ画面の表示要求が送られたときに、当該検索結果データに関するマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データをデータ群格納手段２１から取得して当該端末６０に送信するものである。また、通信制御部４５は、各端末６０から最初にアクセスされたときに、所定の表示用プログラムを当該端末６０に送信する。かかる表示用プログラムはデータ群格納手段２１に格納されている。
【００１８】
マップ表示用データ登録処理部４６は、公共のゲノムデータやユーザが個人的に所有しているゲノムデータを所定のデータ形式に変換し、その変換したデータをマップ表示用データとしてデータ群格納手段２１に登録するものである。キーワードデータ登録処理部４７は、マップ表示用データに含まれるエレメントの名称をキーワードとして抽出し、その抽出したキーワードを用いて作成されたキーワードデータをデータ群格納手段２１に登録するものである。認証処理部４８は、各端末６０からユーザＩＤとパスワードが送られたときに、かかるユーザＩＤとパスワードに基づいて認証処理を行うものである。
【００１９】
次に、データ群格納手段２１の構成について説明する。データ群格納手段２１は、図２に示すように、複数のマップ表示用データ格納部２５，２５，・・・と、キーワードデータ格納部２６と、設定データ格納部２７と、ユーザ管理データ格納部２８とを備える。複数のマップ表示用データ格納部２５，２５，・・・にはそれぞれ、各種のマップ表示用データが格納される。各マップ表示用データは、ゲノムを構成する各エレメントの位置データを含むものであり、マップ表示用データ登録処理部４６によって、例えば公共のゲノムデータに基づいて作成される。公共のゲノムデータとしては、例えば、RefSeq Genes、GenScan Gene Predictions、Clone Coverage/Fragment Position等がある。RefSeq Genesは、ＮＣＢＩ（National Center for Biotechnology Information）のReference Sequence プロジェクトによって管理されているｍＲＮＡシーケンスに基づいて、ＵＣＳＣで作られたヒトゲノム遺伝子配列データである。GenScan Predictionsは、Clone Coverageに、GenScanと呼ばれる遺伝子予測プログラム（ツール）を使用して得られた遺伝子の予測データである。Clone Coverage/Fragment Positionは、染色体を実験で利用できる単位まで断片化し、その断片化したそれぞれについての遺伝子配列データである。これらGenScan Predictions、Clone Coverage/Fragment PositionもＵＣＳＣで作られたデータである。このとき、RefSeq Genesに基づいて作成されたマップ表示用データ、GenScan Gene Predictionsに基づいて作成されたマップ表示用データ、Clone Coverage/Fragment Positionに基づいて作成されたマップ表示用データ等はそれぞれ、別のマップ表示用データ格納部２５に格納される。このため、データ管理手段４１は、例えばマップ表示用データの名称が指定されると、その名称に対するマップ表示用データ格納部２５を認識し、当該名称を有するマップ表示用データにアクセスすることができる。ここで、マップ表示用データはゲノムデータに基づいて作成されるので、本実施形態では、マップ表示用データの名称として、元のゲノムデータの名称を用いることにする。以下では、RefSeq Genesに基づいて作成されたマップ表示用データを「RefSeq」、GenScan Gene Predictionsに基づいて作成されたマップ表示用データを「GenScan」、Clone Coverage/Fragment Positionに基づいて作成されたマップ表示用データを「Coverage」と称することにする。
【００２０】
図４は各マップ表示用データ格納部２５に格納されているデータの内容を説明するための図である。各マップ表示用データ格納部２５は、図４に示すように、エレメントデータ格納領域２５ａと、エクソンデータ格納領域２５ｂと、塩基配列データ格納領域２５ｃと、サイトデータ格納領域２５ｄと、特性値データ格納領域２５ｅとからなる。
【００２１】
エレメントデータ格納領域２５ａには、各エレメントについてのデータがテーブル形式で格納される。ここで、エレメントとは、マップ画面に表示する上で意味のある塩基配列の単位である。具体的には、遺伝子、クローン、コンティグ等がエレメントである。これに対し、エクソンはエレメントではない。マップ表示用データ毎にエレメントとして何を用いるかが決められている。例えば、RefSeqの場合、エレメントとして遺伝子を用いており、Coverageの場合、エレメントとしてクローンを用いている。エレメントデータには、図４に示すように、「エレメントＩＤ」、「エレメント名」、「染色体番号」、「開始位置」、「終了位置」、「ストランド」、「コメント」が含まれる。「エレメントＩＤ」は、当該エレメントに付与された識別情報である。異なる種類のマップ表示用データとの関係では、エレメントＩＤは重複しても構わない。「エレメント名」は、当該エレメントの名称である。通常、エレメント名としては、元のゲノムデータに含まれていた名称がそのまま用いられる。特に、エレメントがコンティグである場合には、エレメント名として、例えば当該コンティグに付されたコード名等が用いられる。
【００２２】
「染色体番号」、「開始位置」、「終了位置」は、当該エレメントの位置データである。「染色体番号」は、当該エレメントを含んでいる染色体の番号である。もしゲノムに染色体が含まれない場合には、当然、染色体番号はエレメントデータに含まれない。「開始位置」は、当該エレメントの存在するゲノム上の範囲の開始位置であり、「終了位置」は、当該エレメントの存在するゲノム上の範囲の終了位置である。ここで、ゲノムに染色体がある場合には、開始位置及び終了位置としては、当該エレメントを含んでいる染色体を基準とした位置が用いられる。具体的に、本実施形態では、染色体毎に、その塩基配列に順番に番号を付与し、その付与した番号によって各塩基の位置を特定している。そして、かかる塩基の位置により、エレメントの開始位置及び終了位置を指定している。したがって、染色体番号と開始位置及び終了位置とが指定されると、当該エレメントの存在するゲノム上の範囲がユニークに特定される。尚、以下では、ゲノムに染色体が含まれる場合を考えることにする。
【００２３】
ところで、ＤＮＡは二本の鎖が絡み合った二重らせん構造を有しており、両鎖は相補的な塩基配列となっている。遺伝子の塩基配列データは、一方の鎖についての塩基配列を５’末端から３’末端への方向に沿って読み取った配列データと、他方の鎖についての塩基配列を５’末端から３’末端への方向に沿って読み取った配列データとに区別される。そして、これらの二つの塩基配列データについては、染色体の短腕から長腕に向かう方向に沿って読み取られた配列データを＋とし、他方の配列データを−として符号表現がなされる。かかる二つの塩基配列データを識別する符号情報が「ストランド」である。また、「コメント」は、元のゲノムデータに含まれていた、当該エレメントに関するテキスト情報である。
【００２４】
エクソンデータ格納領域２５ｂには、各エレメントに含まれるエクソンのデータがテーブル形式で格納されている。エクソンデータには、図４に示すように、「エレメントＩＤ」、「Alternative番号」、「エクソン番号」、「開始位置」、「終了位置」が含まれる。「エレメントＩＤ」は、当該エクソンが含まれるエレメントに付与された識別情報である。「Alternative番号」は、Alternative splicingを識別するために付与された番号である。「エクソン番号」は、当該エクソンに付与された番号である。エクソン番号により、そのエレメントの中で当該エクソンをユニークに識別することができる。「開始位置」は、当該エクソンの存在するゲノム上の範囲の開始位置であり、「終了位置」は、当該エクソンの存在するゲノム上の範囲の終了位置である。ここで、ゲノムに染色体が含まれる場合には、開始位置及び終了位置としては、当該エレメントを含んでいる染色体を基準とした位置が用いられる。
【００２５】
塩基配列データ格納領域２５ｃには、各エレメントの塩基配列データがテーブル形式で格納されている。エレメントの塩基配列データには、図４に示すように、「エレメントＩＤ」、「シーケンス」が含まれる。「エレメントＩＤ」は、当該エレメントに付与された識別情報である。「シーケンス」は、当該エレメントの塩基配列を表すデータ、すなわち、Ａ（アデニン）、Ｇ（グアニン）、Ｃ（シトシン）、Ｔ（チミン）の配列を表すデータである。
【００２６】
サイトデータ格納領域２５ｄには、各エレメントに関連する情報を提供する一又は複数のサイトのデータがテーブル形式で格納されている。かかるサイトとしては、例えば、元のゲノムデータを管理しているサイト、当該エレメントについてのデータ又はそれに関連するデータを管理しているサイト等がある。サイトデータには、図４に示すように、「エレメントＩＤ」、「サイト名称」、「サイトＵＲＬ」、「サイト別固有ＩＤ」が含まれる。「エレメントＩＤ」は、当該サイトと関連のあるエレメントに付与された識別情報である。また、「サイト名称」は当該サイトの名称であり、「サイトＵＲＬ」は当該サイトのＵＲＬである。「サイト別固有ＩＤ」は、当該サイトの固有ＩＤである。例えば、元のゲノムデータを管理しているサイトにアクセスする場合、当該サイトが自己の管理するデータに固有のＩＤを付与し、ユーザがその固有ＩＤを入力しなければ、データを見ることができないことがある。このような固有ＩＤがサイト別固有ＩＤである。かかるサイト別固有ＩＤをサイトＵＲＬと共にデータ群格納手段２１に格納しておくことにより、端末６０は、サイトデータを用いて当該サイトにアクセスすると、所望のデータを確実に取得し、表示手段の画面上に表示することができる。
【００２７】
特性値データ格納領域２５ｅには、各エレメントの特性値データがテーブル形式で格納されている。かかる特性値データには、図４に示すように、「エレメントＩＤ」、「特性値」が含まれる。「エレメントＩＤ」は、当該エレメントに付与された識別情報である。「特性値」は、元のゲノムデータにおいて当該エレメントに付与されていた特性値である。特性値の例としては、例えば、BLASTという相同性検索プログラム（ツール）を利用して得られる、「スコア」、「期待値」、「類似度」等を挙げることができる。
【００２８】
このように、エレメントデータ、エクソンデータ、塩基配列データ、サイトデータ、特性値データにはすべて、エレメントＩＤが含まれている。このため、データ管理手段４１は、マップ表示用データの名称とエレメントＩＤとが指定されると、当該マップ表示用エレメントのうち、当該エレメントＩＤが付与されたエレメントについての、エレメントデータ、エクソンデータ、塩基配列データ、サイトデータ、特性値データをユニークに特定することができる。
【００２９】
上述したように、マップ表示用データには、エレメントデータと、エクソンデータと、塩基配列データと、サイトデータと、特性値データとが含まれる。このうち、マップ画面と直接関連があるのは、位置データを含むエレメントデータ及びエクソンデータである。これに対し、塩基配列データ、サイトデータ、特性値データは、マップ画面と直接関連がないが、マップ表示用データに含まれている。これは、本実施形態では、マップ画面のメニュー操作により、これらのデータを用いた各種の表示を行うことにしているからである。また、元のゲノムデータによっては、マップ表示用データに、エクソンデータ、サイトデータ、特性値データのすべて又はいずれかが含まれないことがある。マップ表示用データは、少なくともエレメントデータを含むものであればよい。
【００３０】
図５はキーワードデータ格納部２６に格納されているキーワードデータの内容を説明するための図である。キーワードデータ格納部２６は、各キーワードデータをテーブル形式で格納するものである。かかるキーワードデータは、キーワードデータ登録処理部４７によって作成されたものである。キーワードデータには、図５に示すように、「データ名」、「エレメントＩＤ」、「キーワード」が含まれる。「キーワード」は、エレメントの名称である。すなわち、このキーワードは、キーワードデータ登録処理部４７によって各マップ表示用データから抽出されたものである。また、「データ名」は、そのキーワードを抽出したマップ表示用データの名称であり、「エレメントＩＤ」は、そのキーワードに対応するエレメントの識別情報である。かかるデータ名とエレメントＩＤとにより、キーワードデータは、エレメントデータと関連付けられている。
【００３１】
本実施形態では、各マップ表示用データからキーワードを抽出し、その抽出したキーワードを含むキーワードデータを一つのキーワードデータ格納部２６に格納している。そして、これらのキーワードデータが検索手段３１による検索の対象となる。すなわち、検索手段３１は、各端末６０から検索データが送られると、まず、キーワードデータ格納部２６に格納されているキーワードデータに対して、その検索データに該当するキーワードを見つけ出す。そして、その見つけ出したキーワードに対応するデータ名とエレメントＩＤとに基づいて、当該キーワードに関連するエレメントデータを特定する。こうして特定されたエレメントデータが検索結果データである。ところで、検索手段３１は、複数のマップ表示用データ格納部２５，２５，・・・に格納されているエレメントデータに対して直接、検索を行うことも可能である。しかし、これでは検索に長い時間がかかるという問題がある。このため、本実施形態では、キーワードデータ格納部２６を設け、そのキーワードデータ格納部２６に格納されているキーワードデータに対して検索を行うことにより、検索処理の迅速化を図っている。
【００３２】
ユーザ管理データ格納部２８は、各ユーザのユーザＩＤ及びパスワードを格納するものである。認証処理部４８は、各端末６０から認証要求と共にユーザＩＤ及びパスワードが送られたときに、その送られたユーザＩＤ及びパスワードがユーザ管理データ格納部２８に格納されているものと一致するかどうかを調べる。そして、ユーザＩＤ及びパスワードが一致すると判断すると、認証処理部４８は、当該ユーザを認証し、通信制御部４５が認証ＯＫフラグを当該端末６０に送信する。こうして認証がなされると、当該端末６０はサーバ１０とデータのやり取りを行える状態となる。
【００３３】
設定データ格納部２７は、マップ画面を作成する際に用いられる設定データを格納するものである。かかる設定データには、画面構成スクリプト、レイアウトスクリプトという二種類のデータが含まれている。画面構成スクリプトは、マップ画面の画面構成を設定するためのものである。本実施形態では、マップ画面の画面構成を、シングル画面構成、同期画面構成、非同期画面構成の中から選択することができる。かかる三種類の画面構成に対応して、画面構成スクリプトも三つ用意している。これらの画面構成については後に詳述する。一方、レイアウトスクリプトは、マップ画面のレイアウトを設定するためのものである。かかるレイアウトスクリプトにより、マップ画面内に表示するマップ表示用データの名称、数及び表示順番等を指定することができる。かかる画面構成スクリプトやレイアウトスクリプトは、通常、サーバ１０の管理者によって予め用意されている。
【００３４】
また、設定データは、ＸＭＬというデータ形式で作成されている。このＸＭＬでは、ＨＴＭＬと同様にタグを使って、データが階層構造で記述される。もちろん、マップ画面の画面構成やレイアウトの内容は、マップ画面の作成プログラムの中で指定することも可能である。しかし、それでは、マップ画面の画面構成やレイアウトを変更しようとした場合に、プログラムそのものを書き換えなければならなくなる。実際、マップ画面の画面構成やレイアウトについては、ユーザの要望等に応じて変更する機会が多いと考えられる。このため、本実施形態では、マップ画面の画面構成やレイアウトを設定する設定データをプログラムから切り離し、プログラムを改変することなく、設定データだけを改変することにより、マップ画面の画面構成やレイアウトを容易に変更することができるようにしている。画面構成スクリプト及びレイアウトスクリプトは、マップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データとともに端末６０に送信される。
【００３５】
次に、各端末６０の構成について説明する。各端末６０は、図３に示すように、キーボードやマウス等の入力手段６１と、液晶表示装置等の表示手段６２と、制御手段６３と、記憶手段６４とを備える。記憶手段６４は、サーバ１０から送られた、マップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データと、所定の画面構成スクリプトと、所定のレイアウトスクリプトとを一時的に格納するものである。
【００３６】
制御手段６３は、端末６０の各部を統括して制御するものである。この制御手段６３は、認証画面表示制御手段６３ａと、検索画面表示制御手段（第一表示制御手段）６３ｂと、マップ画面表示制御手段（第二表示制御手段）６３ｃと、通信制御手段６３ｄとを有する。
【００３７】
認証画面表示制御手段６３ａは、所定の認証画面を表示手段６２の画面上に表示するものである。ここで、認証画面はウェブブラウザの画面に埋め込まれて表示される。図６は認証画面の一例を示す図である。この認証画面１１０には、「User Name」と記されたユーザＩＤの入力部１１１と、パスワードの入力部１１２とが設けられている。ユーザがユーザＩＤとパスワードを入力し、「ＯＫ」ボタン１１３をクリックすると、通信制御手段６３ｄは、認証要求と共にその入力したユーザＩＤ及びパスワードをサーバ１０に送信する。
【００３８】
検索画面表示制御手段６３ｂは、サーバ１０から認証ＯＫフラグが送られたときに、データ群格納手段２１内のデータを検索するための検索データを入力する検索入力画面とサーバ１０から送られた検索結果データを表示する検索結果表示画面とを、表示手段６２の画面上に表示するものである。ここで、検索入力画面と検索結果表示画面とはウェブブラウザの画面に埋め込まれて表示される。図７は検索入力画面及び検索結果表示画面の一例を示す図である。図７において、その上部が検索入力画面１２０であり、下部が検索結果表示画面１３０である。以下では、この検索入力画面１２０と検索結果表示画面１３０とを合わせて検索画面とも称することにする。
【００３９】
検索入力画面１２０には、図７に示すように、「Select Display Data」と記されたマップ表示用データ選択部１２１と、「Input Query」と記された検索条件入力部１２２と、「Select Display Pattern」と記された画面構成選択部１２３と、「Search」ボタン１２４と、「Clear」ボタン１２５とが設けられている。マップ表示用データ選択部１２１は、マップ画面に表示しようとするマップ表示用データを選択するためのものである。このマップ表示用データ選択部１２１で選択されたマップ表示用データが、検索手段３１による検索の対象となる。実際、マップ表示用データ選択部１２１のコンボボックスには、レイアウトスクリプトのタイトルの一覧が表示され、ユーザがその一覧から所望のタイトルを選択することにより、マップ表示用データ選択部１２１にその選択したタイトルが入力される。レイアウトスクリプトには、マップ画面に表示するマップ表示用データの名称が記述されているので、本実施形態では、マップ画面に表示しようとするマップ表示用データを、レイアウトスクリプトのタイトルによって指定することにしているのである。したがって、マップ表示用データ選択部１２１は、本発明のレイアウトスクリプト選択手段に該当する。図７の例では、マップ表示用データ選択部１２１に、レイアウトスクリプトのタイトルである「UCSC Golden Path」が入力されている。「UCSC Golden Path」というレイアウトスクリプトには、マップ画面に表示するマップ表示用データの名称として、RefSeq、GenScan、Coverageが記述されている。
【００４０】
検索条件入力部１２２は、検索しようとするエレメントの名称を文字列で入力するためのものである。文字列を入力する際に、ワイルドカード（＊）を使用することができる。図７の例では、「ｒｂ＊」が入力されている。また、染色体番号を入力することもできる。例えば「ｃｈｒ１３」と入力すると、これは１３番染色体に含まれるすべてのエレメントということを意味する。マップ表示用データ選択部１２１に入力されたデータと検索条件入力部１２２に入力されたデータとが検索データとなる。尚、「Clear」ボタン１２５は、検索条件入力部１２２に入力されたデータを消去するためのものである。
【００４１】
また、画面構成選択部１２３は、マップ画面の画面構成を選択するためのものである。この画面構成選択部１２３には、「Single」、「Sync」、「Non Sync」の三つの選択欄が設けられている。「Singe」を選択するとシングル画面構成が選択され、「Sync」を選択すると同期画面構成が選択され、「Non Sync」を選択すると非同期画面構成が選択される。マップ画面表示制御手段６３ｃは、マップ画面を表示する際に、画面構成選択部１２３で選択された画面構成のマップ画面を作成することになる。この画面構成選択部１２３で選択された内容は検索データではないが、ユーザの操作の便宜上、この時点でマップ画面の画面構成を指定することにしている。
【００４２】
ユーザが検索データを入力し、「Search」ボタン１２４をクリックすると、通信制御手段６３ｄは、検索要求と共にその入力した検索データをサーバ１０に送信する。サーバ１０の検索手段３１は、マップ表示用データ選択部１２１で選択されたレイアウトスクリプトのタイトルを含む検索データが各端末６０から送られたときに、当該タイトルに対応するレイアウトスクリプトをデータ群格納手段２１から取得し、その取得したレイアウトスクリプトの記述内容から検索対象となるマップ表示用データの種類を決定する。
【００４３】
検索結果表示画面１３０には、サーバ１０から送られた検索結果データが一覧表示される。各検索結果データは、「Name」、「Chrom」、「Strand」、「Chrom Start」、「Chrom End」、「Comment」の各項目に分けて表示される。サーバ１０は、検索データに該当するエレメントについてのエレメントデータを、検索結果データとして端末６０に送信する。このため、上記の各表示項目はエレメントデータの内容と略同じである。すなわち、「Name」の欄には、検索データに該当したエレメントの名称が表示される。「Chrom」の欄には、そのエレメントを含んでいる染色体の番号が表示される。「Strand」の欄には、そのエレメントを含んでいるエレメントデータのストランドが表示される。「Chrom Start」の欄には、その染色体における当該エレメントの開始位置が表示され、「Chrom End」の欄には、その染色体における当該エレメントの終了位置が表示される。また、「Comment」の欄には、所定のコメントが記載される。ユーザが、検索結果表示画面１３０における検索結果データの一覧から、一の検索結果データを選択すると、通信制御手段６３ｄは、その選択された検索結果データに関するマップ画面の表示要求と共に、当該選択した検索結果データに含まれる染色体番号、マップ表示用データ選択部１２１に入力されたレイアウトスクリプトのタイトル、画面構成選択部１２３で選択された画面構成の内容をサーバ１０に送信する。
【００４４】
マップ画面表示制御手段６３ｃは、サーバ１０から送られたマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データと、所定の画面構成スクリプト及びレイアウトスクリプトとに基づいて、所定のマップ画面を作成し、表示手段４２の画面上に表示するものである。マップ画面はウェブブラウザの画面とは別の画面に表示される。
【００４５】
図８はマップ画面の一例を示す図である。具体的に、図８に示すマップ画面１４０は、図７の検索入力画面１２０及び検索結果表示画面１３０において、検索結果データとして「ＲＢ１」（ガン抑制遺伝子）が、レイアウトスクリプトとして「UCSC Golden Path」が、画面構成スクリプトとしてシングル画面構成がそれぞれ選択されたときに表示されたものである。マップ画面１４０は、メニュー領域１５１と、キャンバス領域１６１とに分けられる。メニュー領域１５１は、マップ画面１４０を制御するメニューを表示する領域である。キャンバス領域１６１は、ゲノム情報を表示する領域であり、第一領域１６５、第二領域１６６、第三領域１６７の三つの領域に分けられる。第一領域１６５はキャンバス領域１６１の中央部に、第二領域１６６はキャンバス領域１６１の上部に、第三領域１６７はキャンバス領域１６１の下部にそれぞれ設けられている。
【００４６】
第一領域１６５には、マップ表示用データの種類毎に、検索結果表示画面１３０上で選択された検索結果データに対応するエレメントが略中央に位置するように各エレメントの存在するゲノム上の範囲をグラフィカルに示した拡大マップが表示される。図８では、拡大マップの中央部に、遺伝子「ＲＢ１」が所定の表示倍率で表示されている。拡大マップにおいて「Scale」と書かれた部分には、染色体を基準とした位置の目盛りが示されている。すなわち、拡大マップの横軸は染色体上の位置を表している。また、拡大マップの左側には、上下方向に沿って、各マップ表示用データの名称が表示される。ここで、マップ表示用データがストランドを含む場合には、当該マップ表示用データをストランドにより二つに区別して表示している。図８の例では、RefSeq（＋）、GenScan（＋）、Coverage、GenScan（−）、RefSeq（−）という五つのマップ表示用データの名称が表示されている。
【００４７】
各マップ表示用データの名称が表示された部分に対応するレーン（行）上には、当該マップ表示用データに含まれる各エレメントの存在するゲノム上の範囲がグラフィカルに表示される。具体的には、各エレメントの存在するゲノム上の範囲を帯状の図形で表したグラフィカル表示がなされる。但し、マップ画面表示制御手段６３ｃは、拡大マップを作成する場合、拡大マップ上におけるエレメントの表示範囲が所定の大きさよりも大きく、且つ、所定種類のマップ表示用データにエクソンデータが含まれているときに、エクソンデータを含むマップ表示用データに対する当該エレメントの表示範囲においては、当該エレメントの存在するゲノム上の範囲をグラフィカルに示す代わりに、当該エレメントの各エクソンの存在するゲノム上の範囲をグラフィカルに示す。具体的には、各エクソンの存在するゲノム上の範囲を帯状の図形で表すと共にそれらのエクソンを直線で繋いだグラフィカル表示がなされる。図８の例では、RefSeq（＋）に対する遺伝子「ＲＢ１」がエクソン構造でグラフィカルに表示されている。このように、本実施形態では、各マップ表示用データに含まれる各エレメントを、マップ表示用データの種類毎にグラフィカルに表示することができるので、各マップ表示用データの内容を容易に比較することができる。
【００４８】
第二領域１６６には、サーバ１０から送られた一まとまりのマップ表示用データに対応するゲノム上の範囲をバンド構造で示す全体マップ１６６ａと、拡大マップに表示されているゲノム上の範囲を全体マップ１６６ａ上で指し示すラバーバンド（指示手段）１６６ｂとが表示される。図８の例では、ヒトゲノムの１３番染色体に関する所定種類のマップ表示用データがサーバ１０から送られているので、全体マップ１６６ａとして、ヒトゲノムの１３番染色体のバンド構造図が表示されている。また、第二領域１６６の左上には、全体マップ１６６ａの名称が表示され、第二領域１６６の右下には、拡大マップに表示されているゲノム上の範囲が数値（塩基の位置）で表示されている。図８の例では、全体マップ１６６ａの名称として「Chromosome13」が表示され、拡大マップに表示されているゲノム上の範囲として「４６４４９０２３−４７４８４８４１」が表示されている。
【００４９】
また、マウスを用いて全体マップ１６６ａ上の所定位置をクリックすることにより、ラバーバンド１６６ｂをそのクリックした位置に移動すると共に、拡大マップに表示されているゲノム上の範囲を、その移動後のラバーバンド１６６ｂが指し示す範囲に移動することができる。すなわち、マップ画面表示制御手段６３ｃは、マウスを用いて全体マップ１６６ａ上の所定位置がクリックされたときに、そのクリックした位置にラバーバンド１６６ｂを移動する。そして、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、当該移動後のラバーバンド１６６ｂが指し示す範囲についての拡大マップを作成して、第一領域１６５に表示する。
【００５０】
このように、全体マップ１６６ａ上の所定位置をクリックすることにより、拡大マップに表示されるゲノム上の範囲を変更することができるが、別の操作方法を用いて拡大マップに表示されるゲノム上の範囲を変更することも可能である。例えば、全体マップ１６６ａ上において、ラバーバンド１６６ｂをドラッグし所定位置にドロップすることにより、マップ画面表示制御手段６３ｃが、そのドロップされたラバーバンド１６６ｂが指し示す範囲についての拡大マップを作成して、第一領域１６５に表示するようにしてもよい。
【００５１】
第三領域１６７には、拡大マップに表示されるゲノム上の範囲を操作するための三つの操作手段が設けられている。すなわち、移動操作手段１６７ａと、拡大・縮小操作手段１６７ｂと、ジャンプ操作手段１６７ｃとである。
【００５２】
移動操作手段１６７ａは、拡大マップに表示されるゲノム上の範囲を移動するためのものである。この移動操作手段１６７ａには、図８に示すように、「Left」と「Right」の二つのボタンが設けられている。マップ画面表示制御手段６３ｃは、「Left」ボタンが押されたときに、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、「Left」ボタンが押されている間、表示されるゲノム上の範囲が一定速度で左側に移動するような拡大マップを作成して、第一領域１６５に表示する。一方、マップ画面表示制御手段６３ｃは、「Right」ボタンが押されたときに、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、「Right」ボタンが押されている間、表示されるゲノム上の範囲が一定速度で右側に移動するような拡大マップを作成して、第一領域１６５に表示する。
【００５３】
拡大・縮小操作手段１６７ｂは、拡大マップに表示されるゲノム上の範囲を拡大又は縮小するためのものである。この拡大・縮小操作手段１６７ｂには、図８に示すように、「In」と「Out」の二つのボタンが設けられている。マップ画面表示制御手段６３ｃは、「In」ボタンが押されたときに、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、「In」ボタンが押されている間、表示されるゲノム上の範囲が一定速度で拡大するような拡大マップを作成して、第一領域１６５に表示する。一方、マップ画面表示制御手段６３ｃは、「Out」ボタンが押されたときに、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、「Out」ボタンが押されている間、表示されるゲノム上の範囲が一定速度で縮小するような拡大マップを作成して、第一領域１６５に表示する。
【００５４】
ジャンプ操作手段１６７ｃは、ゲノム上の範囲を数値で指定し、その指定されたゲノム上の範囲についての拡大マップを第一領域１６５に表示するためのものである。このジャンプ操作手段１６７ｃには、ゲノム上の範囲の左端の位置と右端の位置とを指定するための二つの位置入力欄と、「Jump」ボタンとが設けられている。マップ画面表示制御手段６３ｃは、二つの位置入力欄に所定の数値が入力されて、「Jump」ボタンが押されたときに、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、二つの位置入力欄に入力された数値で指定されたゲノム上の範囲についての拡大マップを作成して、第一領域１６５に表示する。
【００５５】
尚、各操作手段１６７ａ，１６７ｂ，１６７ｃにより、拡大マップに表示されるゲノム上の範囲が変更されると、それに対応して、第二領域１６６に示されているラバーバンド１６６ｂの位置・大きさや、拡大マップに表示されているゲノム上の範囲を示す数値も変更される。
【００５６】
図８に示したマップ画面はシングル画面構成のマップ画面である。本実施形態では、マップ画面の画面構成として、シングル画面構成の他に、同期画面構成と、非同期画面構成とを用意している。図９は同期画面構成のマップ画面の一例を示す図、図１０は非同期画面構成のマップ画面の一例を示す図である。ここで、図９及び図１０では拡大マップ及び全体マップの内容等を省略して示している。シングル画面構成とは、図８に示すように、一つのキャンバス領域１６１を有し、そのキャンバス領域１６１内に第一領域１６５、第二領域１６６及び第三領域１６７がそれぞれ一つだけ含まれる画面構成である。同期画面構成とは、図９に示すように、一つのキャンバス領域１６１を有し、そのキャンバス領域１６１内に二つの第一領域１６５，１６５と一つの第二領域１６６と一つの第三領域１６７とが含まれている画面構成である。このとき、二つの第一領域１６５，１６５にはそれぞれ、同一の一まとまりのマップ表示用データに基づいて異なる表示倍率で作成された拡大マップが表示される。同期画面構成のマップ画面でも、全体マップは一つしか表示されず、また、操作手段も一組しか設けられていない。この同期画面構成のマップ画面では、操作手段の操作を行うと、二つの第一領域１６５，１６５の表示内容が同時に変化する。また、非同期画面構成とは、図１０に示すように、二つのキャンバス領域１６１，１６１を有し、各キャンバス領域１６１内に第一領域１６５、第二領域１６６及び第三領域１６７がそれぞれ一つだけ含まれる画面構成である。すなわち、マップ画面内に二つのシングル画面構成の画面が含まれる画面構成である。非同期画面構成のマップ画面では、二つのキャンバス領域１６１，１６１は互いに独立している。したがって、各キャンバス領域１６１については、操作手段の操作を行うと、その操作手段に対応するキャンバス領域１６１内の第一領域１６５の表示内容だけが変化する。かかる非同期画面構成のマップ画面を用いると、例えば、別の生物種のゲノム情報を並べて表示することができる。
【００５７】
尚、マップ画面の画面構成は、上述したように、検索入力画面１２０の画面構成選択部１２３において選択される。同期画面を選択した場合には、上の第一領域に表示される拡大マップに対する下の第一領域に表示される拡大マップの表示倍率を指定する必要がある。この表示倍率は、例えば図７に示すように、２倍、５倍、１０倍の中から選択される。また、非同期画面を選択した場合には、今回の表示内容を上下のキャンバス領域のうちいずれに表示するのかを選択する必要がある。例えば図７に示すように、上のキャンバス領域に表示するときには「Upper」を、下のキャンバス領域に表示するときには「Lower」を選択する。
【００５８】
マップ画面１４０のメニュー領域１５１には、「Edit」、「View」、「Settings」、「Bookmarks」、「Tools」、「Help」の六つのメニューが表示される。「Edit」メニューは、エレメントデータの編集、追加処理を行うためのものであり、「Add annotation」、「Add element」、「Element style」の三つのサブメニューを含んでいる。「Add annotation」サブメニューは、選択されたエレメントに対してアノテーションを付与し、そのアノテーションの情報をデータ群格納手段２１に登録するものである。ここで、アノテーションとは、エレメントに付けられた注釈情報である。「Add element」サブメニューは、新規エレメントをデータ群格納手段２１に登録するものである。「Element style」サブメニューは、拡大マップ上の所定のエレメントに対して、表示属性（色及び形状）を変更するものである。「View」メニューは、配列情報、アノテーション情報を表示するためのものであり、「Nucleotide sequence」、「Amino acid sequence」、「Annotation」の三つのサブメニューを含んでいる。「Nucleotide sequence」サブメニューは、選択されたエレメントに関する塩基配列を表示するものであり、「Amino acid sequence」サブメニューは、選択されたエレメントに関するアミノ酸配列のデータがデータ群格納手段２１に登録されている場合に、そのアミノ酸配列を表示するものである。「Annotation」サブメニューは、選択されたエレメントに関するアノテーション情報を閲覧するためのものである。
【００５９】
また、「Settings」メニューは、表示制御等を行うものであり、「Lane」、「Filter」の二つのサブメニューを含んでいる。「Lane」サブメニューは、拡大マップにおいて各レーンの表示・非表示やレーンの入れ替えを設定するためのものである。「Filter」サブメニューは、各エレメントの持っている特性値に基づいて表示を制御するためのものである。例えば、複数種類のマップ表示用データのうちから所定のマップ表示用データが選択され、特性値の範囲が指定されると、マップ画面表示制御部６３ｃは、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに含まれる特性値データに基づいて、当該選択したマップ表示用データについて、当該指定した範囲の特性値を有するエレメントだけを表示するような拡大マップを作成して、第一領域１６５に表示する。このように、「Filter」サブメニューでは、表示対象の絞込みができる。「Bookmarks」メニューは、お気に入りの表示画面を登録したり、登録されている画面にジャンプしたりするためのものであり、「Bookmark」のサブメニューを含んでいる。「Tools」メニューには、相同性検索を行うための「BLAST」のサブメニューが含まれている。「Help」メニューには、当該システムの機能や使用方法を説明するための「About This Application」のサブメニューが含まれている。
【００６０】
ここで、特に、サブメニュー「Nucleotide sequence」を選択したときに表示される塩基配列の表示画面について説明する。図１１は塩基配列の表示画面の一例を示す図である。この塩基配列の表示画面１７０を表示するには、拡大マップ上で、配列を表示したいエレメントを選択する。その後、「View」メニューをクリックしたときに表示されるサブメニューの中から「Nucleotide sequence」を選択すると、マップ画面表示制御手段６３ｃは、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに含まれる塩基配列データに基づいて、当該選択されたエレメントについての塩基配列の表示画面１７０を作成し、それをマップ画面とは別の画面に表示する。この塩基配列の表示画面１７０には、当該選択されたエレメントについての塩基配列が一ラインに５０個ずつ表示される。各ラインの左側には、当該ラインの先頭に表示された塩基についての、当該染色体上における位置と当該エレメント内における位置とが表示される。ここで、当該エレメントについてのエクソンデータが、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに含まれている場合には、エクソン部分の表示色とエクソン以外の部分の表示色とが区別される。また、塩基配列の表示画面１７０の左下には、「Upper」ボタン１７１と、「Lower」ボタン１７２とが設けられている。「Upper」ボタン１７１を一回押す度に、当該エレメントの上流にある５００個の塩基配列を付加的に表示することができ、「Lower」ボタン１７２を一回押す度に、当該エレメントの下流にある５００個の塩基配列を付加的に表示することができる。
【００６１】
通信制御手段６３ｄは、認証画面１１０上で入力されたユーザＩＤ及びパスワードや、検索入力画面１２０上で入力された検索データをサーバ１０に送信するものである。また、通信制御手段６３ｄは、検索結果表示画面１３０に表示された検索結果データのうち一の検索結果データが選択されたときに、当該選択された検索結果データに関するマップ画面の表示要求と共に、当該選択された検索結果データに含まれる染色体番号、マップ表示用データ選択部１２１に入力されたレイアウトスクリプトのタイトル、画面構成選択部１２３で選択された画面構成の内容をサーバ１０に送信する。
【００６２】
ところで、本実施形態では、認証画面表示制御手段６３ａ、検索画面表示制御手段６３ｂ、マップ画面表示制御手段６３ｃ、通信制御手段６３ｄの各機能を各端末６０に実現させるための表示用プログラムを、サーバ１０のデータ群格納手段２１に格納している。サーバ１０の通信制御部４５は、各端末６０から最初にアクセスされたときに表示用プログラムを当該端末６０に送信する。そして、各端末６０は、サーバ１０から表示用プログラムが送られたときにその表示用プログラムをローディングする。例えば、各端末６０では、ウェブブラウザにJava（登録商標） Plug−inが組み込まれており、そのJava（登録商標） Plug−inの中でその表示用プログラムが実行される。これにより、各端末６０には、認証画面表示制御手段６３ａ、検索画面表示制御手段６３ｂ、マップ画面表示制御手段６３ｃ、通信制御手段６３ｄの各機能が付加される。ウェブブラウザを終了すると、通常、そのプログラムはJava（登録商標） Plug−inにキャッシュされる。このため、各端末６０は次回、サーバ１０にアクセスした際に、再度、表示用プログラムをダウンロードする必要はない。但し、ウェブブラウザを終了する度に、そのローディングした表示用プログラムがキャッシュされないようにJava（登録商標） Plug−inを設定してもよい。この場合は、各端末６０は次回、サーバ１０にアクセスしたときに、再び表示用プログラムをダウンロードすることになる。尚、Java（登録商標） Plug−inは、サンマイクロシステムズ社が提供する公知のプログラムの一つである。
【００６３】
次に、画面構成スクリプトの内容について詳しく説明する。図１２はシングル画面構成の画面構成スクリプトの一例を示す図、図１３は同期画面構成の画面構成スクリプトの一例を示す図、図１４は非同期画面構成の画面構成スクリプトの一例を示す図である。
【００６４】
画面構成スクリプトでは、タグを使って、マップ画面の画面構成とメニュー構成とを指定する。すなわち、画面構成スクリプトに記述する内容により、マップ画面の画面構成をシングル画面構成、同期画面構成、非同期画面構成のうちいずれにするかの設定や、マップ画面のメニュー領域１５１に表示する各メニューの表示タイトル、各メニューをクリックしたときに表示されるサブメニューの表示タイトル等の設定が行われる。画面構成スクリプトで使用されるタグには、例えば、Windowタグ、Menuタグ、MenuItemタグ、Textタグ、Mnemonicタグ、Acceleratorタグ、Commandタグ、Controlタグ、Canvasタグ等がある。Windowタグは、最上位のルートタグである。Menuタグは、メニュー領域１５１に表示するメニューを指定するものである。MenuItemタグは、メニュー内にサブメニューの追加を指定するものである。Textタグは、メニュー又はサブメニューの表示タイトルを指定するものである。Mnemonicタグは、メニューにキーボードニーモニックを指定するものであり、Acceleratorタグは、サブメニューにキーボードアクセラレータを指定するものである。Commandタグは、サブメニューがクリックされた際に起動するコマンドを指定するものである。Controlタグは、操作手段の追加を指定するものである。Canvasタグは、キャンバス領域の追加を指定するものであり、Controlタグの下層に設けられる。ControlタグとCanvasタグの指定方法に応じて、シングル画面、同期画面、非同期画面が指定される。
【００６５】
図１２、図１３、図１４の画面構成スクリプトでは、Windowタグの下層に六つのMenuタグが設けられているが、それらの記述内容は全く同じである。かかる三つの画面構成スクリプトの違いは、Windowタグの下層の最後に設けられたCanvasタグの数及びその記述内容のみである。これらの画面構成スクリプトに基づいてマップ画面の画面構成を決定した場合、当該マップ画面のメニュー領域１５１には、「Edit」、「View」、「Setting」、「Bookmarks」、「Tools」、「Help」の各メニューが表示される。例えば、各画面構成スクリプトにおいて、「Edit」を指定したMenuタグの下層には、三つのMenuItemタグが設けられている。このため、これらMenuItemタグの記述内容にしたがって、マップ画面においては、「Edit」のメニュー内に、「Add annotation」、「Add element」、「Element style」の各サブメニューが表示される。同様に、その他のメニュー内にも、当該Menuタグの下層に設けられたMenuItemタグの記述内容にしたがって、所定のサブメニューが表示される。
【００６６】
図１２の画面構成スクリプトでは、Windowタグの下層にControlタグを一つだけ設け、そのControlタグの下層にCanvasタグを一つだけ設けている。すなわち、これは、操作手段を一組だけ表示し、かかる操作手段により一つのキャンバス領域内の表示範囲を操作するという設定である。したがって、図１２の画面構成スクリプトは、マップ表示画面の画面構成としてシングル画面構成を設定したものである。一方、図１３の画面構成スクリプトでは、Windowタグの下層にControlタグを一つだけ設け、そのControlタグの下層に二つのCanvasタグを設けている。これは、操作手段を一組だけ表示し、かかる操作手段により二つのキャンバス領域内の表示範囲を操作するという設定である。したがって、図１３の画面構成スクリプトは、マップ表示画面の画面構成として同期画面構成を設定したものである。そして、図１４の画面構成スクリプトでは、Windowタグの下層に二つのControlタグを設け、各Controlタグの下層にCanvasタグを一つだけ設けている。すなわち、これは、二組の操作手段を表示し、各組の操作手段によりそれに対応する一つのキャンバス領域内の表示範囲を操作するという設定である。したがって、図１４の画面構成スクリプトは、マップ表示画面の画面構成として非同期画面構成を設定したものである。
【００６７】
このような画面構成スクリプトは、データ群格納手段２１の設定データ格納部２７に格納されている。サーバ１０のデータ管理手段４１は、マップ画面の表示要求と共に画面構成選択手段１２３で選択された内容が各端末６０から送られたときに、当該選択された内容に対応する画面構成スクリプトをデータ群格納手段２１の設定データ格納部２７から取得して当該６０に送信する。そして、各端末６０のマップ画面表示制御手段６３ｃは、マップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データと共に所定の画面構成スクリプトがサーバ１０から送られたときに、その送られた画面構成スクリプトに基づいてマップ画面の画面構成を決定する。
【００６８】
次に、レイアウトスクリプトの内容について詳しく説明する。図１５はレイアウトスクリプトの一例を示す図である。
【００６９】
レイアウトスクリプトでは、タグを使って、拡大マップのレイアウトの内容を指定する。すなわち、レイアウトスクリプトに記述する内容により、拡大マップに表示するマップ表示用データの種類、表示するマップ表示用データの順番、各マップ表示用データについての表示領域の大きさ、エレメントを表す図形の色等についての設定が行われる。レイアウトスクリプトで使用されるタグには、例えば、Canvasタグ、DbUrlタグ、ScriptTitleタグ、MapUrlタグ、SeqPathタグ、Organismタグ、Baseタグ、Lineタグ、Scaleタグ、Titleタグ、DataNameタグ、Strandタグ、Heightタグ、Colorタグ、Typeタグ、Formタグ、Visibleタグ等がある。Canvasタグは、最上位タグである。DbUrlタグは、データ群格納手段２１への接続ＵＲＬを指定するものである。ScriptTitleタグは、検索入力画面１２０において、マップ表示用データ選択部１２１のコンボボックスに表示されるタイトルを指定するものである。MapUrlタグは、マップ画面の第二領域１６６に表示される全体マップの画像が格納されているＵＲＬを指定するものである。SeqPathタグは、マップ画面を作成する際に必要なマップ表示用データが格納されたディレクトリパスを指定するものである。このディレクトリパスをプログラムの中に記述してしまうと、その変更が容易でないので、本実施形態では、マップ表示用データが格納されたディレクトリパスをレイアウトスクリプトの中に記述することにしている。
【００７０】
Organismタグは、そのマップ表示用データがどのような生物種であるかを指定するものである。この例では、Organismタグに「ＨＳ」が指定されている。この「ＨＳ」はヒトゲノムであることを意味している。Baseタグは、マップ画面を作成するのに必要なマップ表示用データの基本単位を指定するものである。この例では、Baseタグに「chromosome」が指定されている。これは、マップ画面を作成するには、染色体を基本単位とした一まとまりのマップ表示用データが必要であることを意味している。また、Baseタグに「contig」を指定することも可能である。この場合には、マップ画面を作成するには、コンティグを基本単位とした一まとまりのマップ表示用データが必要であることを意味する。
【００７１】
Lineタグは、拡大マップに表示されるマップ表示用データを指定するものである。このLineタグの下層に記述される内容により、当該マップ表示用データの表示方法等が指定される。Scaleタグは、拡大マップに表示されるスケール（位置の目盛り）を指定するものである。Canvasタグの中には、複数のLineタグ、複数のScaleタグを記述することができる。Canvasタグ内に記述されているLineタグ及びScaleタグの順番にしたがって、それらに対応するマップ表示用データ及びスケールが拡大マップに表示される。
【００７２】
Titleタグは、拡大マップの左側に表示されるマップ表示用データの名称（タイトル）を指定するものである。DataNameタグは、レーンに表示するデータを抽出するための論理名称である。Strandタグは、表示するマップ表示用データのストランドを指定するものである。「＋」又は「−」を指定することができる。本実施形態では、マップ表示用データの名称が同じであっても、ストランドが異なれば、それらを別のレーンに描画することにしている。Heightタグは、マップ表示用データ又はスケールを表示する高さを数値で指定するものである。Colorタグは、マップ表示用データ又はスケールの表示色を指定するものである。その指定は１６進数値で行われる。Typeタグは、各エレメントの存在するゲノム上の範囲をグラフィカルに表示する際に、そのグラフィカル表示の描画タイプを指定するものである。例えば、描画タイプとして、「line」又は「fill」を指定することができる。「line」はグラフィカル表示をする範囲を線で囲む描画タイプであり、「fill」はグラフィカル表示をする範囲を塗り潰す描画タイプである。Formタグは、各エレメントの存在するゲノム上の範囲をグラフィカルに表示する際に、そのグラフィカル表示の描画形式を指定するものである。例えば、描画形式として、「box」又は「arrow」を指定することができる。「box」はグラフィカル表示をする範囲を帯状の図形で表示する描画形式であり、「arrow」はグラフィカル表示をする範囲を帯状の図形とストランドの方向に向かう矢印とにより表示する描画形式である。Visibleタグは、マップ画面を最初に表示する際に、レーン又はスケールを表示するか（「true」）、表示しないか（「false」）を指定するものである。
【００７３】
このようなレイアウトスクリプトは、データ群格納手段２１の設定データ格納部２７に格納されている。サーバ１０のデータ管理手段４１は、マップ画面の表示要求と共にマップ表示用データ選択部１２１で選択されたレイアウトスクリプトのタイトルが各端末６０から送られたときに、当該選択されたレイアウトスクリプトのタイトルに対応するレイアウトスクリプトをデータ群格納手段２１の設定データ格納部２７から取得して当該６０に送信する。そして、各端末６０のマップ画面表示制御手段６３ｃは、マップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データと共に所定のレイアウトスクリプトがサーバ１０から送られたときに、その送られたレイアウトスクリプトに基づいてマップ画面の第一領域１６５のレイアウトを決定する。実際、図８に示す拡大マップのレイアウトは、図１５に示すレイアウトスクリプトに基づいて決定されたものである。
【００７４】
次に、本実施形態のゲノム情報表示システムにおいてマップ表示用データ及びキーワードデータをデータ群格納手段２１に登録する処理手順について説明する。図１６はマップ表示用データ及びキーワードデータをデータ群格納手段２１に登録する処理手順を説明するためのフローチャートである。
【００７５】
マップ表示用データの登録はマップ表示用データ登録処理部４６によって行われ、キーワードデータの登録はキーワードデータ登録処理部４７によって行われる。まず、マップ表示用データ登録処理部４６は、公共データベースから所定のゲノムデータをダウンロードする（Ｓ１１）。当然のことであるが、個人の所有するゲノムデータに基づいてマップ表示用データを作成する場合には、かかるダウンロード処理は省略される。次に、マップ表示用データ登録処理部４６は、そのダウンロードしたゲノムデータについて所定の編集処理を行う（Ｓ１２）。具体的に、マップ表示用データ登録処理部４６は、そのゲノムデータに含まれる各エレメントにエレメントＩＤを付与する。そして、エレメント毎に、エレメントの名称、位置、ストランド、コメント、塩基配列、特性値等の各データをゲノムデータから抽出する。また、ゲノムデータにエクソンに関するデータが含まれている場合には、マップ表示用データ登録処理部４６は、エレメントに含まれる各エクソンにエクソン番号を付与し、エクソン毎に位置データをゲノムデータから抽出する。ところで、かかる抽出されたエレメントやエクソンの位置データについては、エレメントやエクソンの位置が、例えばコンティグを基準として指定されていることがある。かかる場合、マップ表示用データ登録処理部４６は、例えば、コンティグを基準とする位置を染色体を基準とする位置に変換し、エレメントやエクソンの位置を、染色体番号、染色体上の開始位置、染色体上の終了位置によって特定する。その後、マップ表示用データ登録処理部４６は、上述の編集処理によって得られたデータに基づいて、マップ表示用データ、すなわち、エレメントデータ、エクソンデータ、塩基配列データ、サイトデータ、特性値データを作成し、データ群格納手段２１のマップ表示用データ格納部２５に登録する（Ｓ１３）。
【００７６】
次に、キーワードデータ登録処理部４７は、マップ表示用データ登録処理部４６によって得られたマップ表示用データに基づいてキーワードデータを作成する（Ｓ１４）。具体的には、キーワードデータ登録処理部４７は、そのマップ表示用データのエレメントデータから、各エレメントについて、名称と、エレメントＩＤとを抽出すると共に、その抽出した各エレメントの名称にキーワード番号を付与する。そして、これらの抽出したデータ及びキーワード番号を用いて、キーワードデータを作成する。その後、キーワードデータ登録処理部４７は、こうして作成された各エレメントについてのキーワードデータをデータ群格納手段２１のキーワードデータ格納部２６に登録する（Ｓ１５）。
【００７７】
次に、本実施形態のゲノム情報表示システムにおいて各端末６０の表示手段６２の画面上にマップ画面を表示する際の処理手順を説明する。図１７は各端末６０の表示手段６２の画面上にマップ画面を表示する際の当該端末６０における処理手順を説明するためのフローチャートである。
【００７８】
まず、ユーザは、自己の端末６０においてウェブブラウザを立ち上げる。そして、そのウェブブラウザ上でサーバ１０のトップページに対するＵＲＬを入力して、サーバ１０にアクセスする（Ｓ２１）。サーバ１０は端末６０からアクセスされると、その端末６０に表示用プログラムを送信する。次に、その端末６０は、サーバ１０から表示用プログラムを受け取ると（Ｓ２２）、それをローディングする（Ｓ２３）。これにより、その表示用プログラムの機能がその端末６０に組み込まれる。すなわち、その端末６０には、認証画面や検索画面の表示機能、マップ画面の作成・表示機能等が付加される。尚、当該端末６０に既に表示用プログラムがキャッシュされている場合には、上記のステップＳ２２及びＳ２３の処理は行われず、端末６０は、ステップＳ２１の処理に対するサーバ１０からの応答を受けると、ステップＳ２４の処理を行うことになる。
【００７９】
次に、端末６０の認証画面表示制御手段６３ａは、認証画面１１０を表示手段６２の画面上に表示する（Ｓ２４）。ユーザは、その認証画面１１０上でユーザＩＤ及びパスワードを入力する。そして、「ＯＫ」ボタン１１３を押すと、端末６０の通信制御手段６３ｄは、認証要求と共にそのユーザＩＤ及びパスワードをサーバ１０に送信する（Ｓ２５）。
【００８０】
サーバ１０は、端末６０から送られたユーザＩＤ及びパスワードに基づいて認証処理を行う。具体的に、サーバ１０は、その送られたユーザＩＤ及びパスワードがデータ群格納手段２１のユーザ管理データ格納部２８に登録されているかどうかを判断する。サーバ１０は、当該ユーザＩＤ及びパスワードが登録されていると判断すると、そのユーザを認証し、そのユーザからのアクセスを許可する。そして、その端末６０に対して、認証ＯＫフラグを送信する。これにより、サーバ１０と当該端末６０とは、データを通信できる状態になる。一方、サーバ１０は、当該ユーザＩＤ及びパスワードが登録されていないと判断すると、当該端末６０に対して、認証ＦＡＩＬフラグを送信する。
【００８１】
こうして端末６０がサーバ１０から認証ＯＫフラグを受け取ると（Ｓ２６）、端末６０の検索画面表示制御手段６３ｂは、検索入力画面１２０及び検索結果表示画面１３０を表示手段６２の画面上に表示する（Ｓ２７）。ユーザは、検索入力画面１２０において、マップ表示用データ選択部１２１の左端のボタンを押し、レイアウトスクリプトのタイトル一覧を表示させた後、所定のレイアウトスクリプトを選択する。また、検索条件入力部１２２に、表示したいエレメントの名称（検索条件）を入力する。更に、ユーザは、画面構成選択部１２３においてマップ画面の画面構成を選択する。その後、ユーザが「Search」ボタン１２４を押すと、通信制御手段６３ｄは、検索要求と共に、マップ表示用データ選択部１２１に入力されたレイアウトスクリプトのタイトルと、検索条件入力部１２２に入力された検索条件とをサーバ１０に送信する（Ｓ２８）。
【００８２】
端末６０から検索要求と共にレイアウトスクリプトのタイトル及び検索条件が送られると、サーバ１０の検索手段３１は検索処理を行う。具体的に、サーバ１０の検索手段３１は、そのレイアウトスクリプトのタイトルと同じタイトルを有するレイアウトスクリプトをデータ群格納手段２１の設定データ格納部２７から取得する。そして、その取得したレイアウトスクリプトに記述されている内容に基づいて、検索対象となるマップ表示用データの種類（名称）を認識する。次に、検索手段３１は、キーワードデータの中から、その検索条件に該当するキーワードを有するものを検索する。このとき、上記認識したマップ表示用データの名称と同じデータ名を含むキーワードデータが検索の対象となる。その後、検索手段３１は、その検索して得られた各キーワードデータに含まれるデータ名及びエレメントＩＤを抽出し、その抽出したデータ名及びエレメントＩＤによって関連付けられているエレメントデータを複数のマップ表示用データ格納部２５から取得する。こうして取得された各エレメントデータと当該エレメントデータが含まれるマップ表示用データのデータ名とが検索結果データとなる。すなわち、検索結果データには、検索条件に該当するエレメント毎に、データ名、エレメントＩＤ、エレメント名、染色体番号、開始位置、終了位置、ストランド、コメントが含まれる。サーバ１０の通信制御部４５は、かかる検索結果データを当該端末６０に送信する。
【００８３】
サーバ１０から端末６０に検索結果データが送られると（Ｓ２９）、検索画面表示制御手段６３ｂは、その検索結果データの一覧を検索結果表示画面１３０に表示する（Ｓ３０）。ユーザはその一覧表示されたものの中から、所定の検索結果データを選択する。すると、通信制御手段６３ｄは、その選択された検索結果データに関するマップ画面の表示要求と共に、その選択された検索結果データに含まれる染色体番号と、マップ表示用データ選択部１２１に入力されたレイアウトスクリプトのタイトルと、画面構成選択部１２３で選択された画面構成の内容とをサーバ１０に送信する（Ｓ３１）。
【００８４】
次に、サーバ１０は、端末６０からある検索結果データに関するマップ画面の表示要求を受けると、所定のデータをデータ群格納手段２１から取得する。すなわち、サーバ１０のデータ管理手段４１は、まず、その表示要求とともに送られた画面構成の内容に対応する画面構成スクリプトを設定データ格納部２７から取得する。次に、データ管理手段４１は、その表示要求と共に送られたレイアウトスクリプトのタイトルと同じタイトルを有するレイアウトスクリプトを設定データ格納部２７から取得する。そして、データ管理手段４１は、そのレイアウトスクリプトのBaseタグに記述されている内容を認識する。いま、Baseタグに「chromosome」が指定されていたとする。このとき、データ管理手段４１は、マップ画面を作成する際に染色体を基本単位とした一まとまりのマップ表示用データが必要であることを認識する。その後、データ管理手段４１は、そのレイアウトスクリプトの各「Line」タグに記述されているマップ表示用データの名称を認識する。そして、その認識した各名称のマップ表示用データが格納されているマップ表示用データ格納部２５から、端末６０から送られた染色体番号と同じ染色体番号を有するエレメントデータをすべて抽出すると共に、その抽出したエレメントデータに含まれるエレメントＩＤと同じエレメントＩＤを有するエクソンデータ、塩基配列データ、サイトデータ、特性値データをすべて抽出する。こうして抽出されたデータが、当該選択された検索結果データに関するマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データである。
【００８５】
その後、データ管理手段４１は、当該選択された検索結果データに関するマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データと、当該取得した画面構成スクリプトと、当該取得したレイアウトスクリプトとを当該端末６０に送信する。但し、マップ表示用データの種類によっては、エクソンデータ、サイトデータ又は特性値データが存在しない場合がある。この場合には、当然、その存在しないデータは送られない。マップ画面を作成するためには、少なくともエレメントデータが必要であり、一まとまりのマップ表示用データには必ずエレメントデータが含まれる。
【００８６】
端末６０は、サーバ１０からマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データ、所定の画面構成スクリプト、所定のレイアウトスクリプトを受け取ると（Ｓ３２）、それらのデータを記憶手段６４に格納する（Ｓ３３）。そして、端末６０のマップ画面表示制御手段６３ｃは、それらのデータに基づいてマップ画面を作成し、表示手段６２の画面上に表示する（Ｓ３４）。具体的に、マップ画面表示制御手段６３ｃは、まず、サーバ１０から送られた画面構成スクリプトに基づいてマップ画面の画面構成をシングル画面構成、同期画面構成、非同期画面構成のいずれにするかを決定すると共に、サーバ１０から送られたレイアウトスクリプトに基づいて拡大マップのレイアウトを決定する。次に、マップ画面表示制御手段６３ｃは、上記決定した画面構成にしたがってマップ画面を構成すると共に、サーバ１０から送られた一まとまりのマップ表示用データと上記決定したレイアウトに基づいて、マップ表示用データの種類毎に、検索結果表示画面１３０で選択された検索結果データに対応するエレメントが略中央に位置するような拡大マップを作成し、マップ画面の第一領域に表示する。また、マップ画面表示制御手段６３ｃは、レイアウトスクリプトの記述内容を参照して、全体マップの画像データが格納されている場所のＵＲＬを認識した後、当該場所から全体マップの画像データを取得する。そして、検索結果表示画面１３０で選択された検索結果データに含まれる染色体番号に対応する全体マップの画像データをマップ画面の第二領域に表示する。このとき、マップ画面表示制御手段６３ｃは、第一領域に表示されているゲノム上の範囲を全体マップの画像上にラバーバンド１６６ｂで指示すると共に、その範囲を示す数値を第二領域の右下に表示する。更に、マップ画面表示制御手段６３ｃは、マップ画面の第三領域に移動操作手段１６７ａ、拡大・縮小操作手段１６７ｂ、ジャンプ操作手段１６７ｃを表示する。こうして、図８に示すようなマップ画面が当該端末６０の画面上に表示される。
【００８７】
次に、マップ画面１４０で行うことができる各操作の手順について説明する。マップ画面１４０で行うことができる操作には、キャンバス領域１６１で行うことができる操作と、メニュー領域１５１で行うことができる操作とがある。本実施形態では、予めサーバ１０からマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データを端末６０に送信し、端末６０がその送信された一まとまりのマップ表示用データを記憶手段６４に格納している。このため、ユーザがマップ画面１４０で所定の操作を行う場合に、端末６０は、サーバ１０とデータの通信を行う必要がなく、記憶手段６４に格納された一まとまりのマップ表示用データに基づいてユーザの操作に対応する処理を迅速に行うことができる。
【００８８】
キャンバス領域１６１で行うことができる操作には、拡大マップの表示範囲を移動、拡大・縮小する操作がある。かかる操作は、第三領域に表示されている移動操作手段１６７ａ、拡大・縮小操作手段１６７ｂ、ジャンプ操作手段１６７ｃ等により行うことができる。例えば、ユーザが移動操作手段１６７ａの「Left」ボタン（又は「Right」ボタン）を押すと、そのボタンが押されている間、拡大マップに表示されるゲノム上の範囲が一定の速度で左側（又は右側）に移動する。すなわち、マップ画面表示制御手段６３ｃは、そのボタンが押されている間、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、表示されるゲノム上の範囲が一定の速度で左側（又は右側）に移動するような拡大マップを作成して、第一領域に表示する。また、ユーザが拡大・縮小操作手段６３ｂの「In」ボタン（又は「Out」ボタン）を押すと、そのボタンが押されている間、拡大マップに表示されるゲノム上の範囲が一定の速度でズームイン（又はズームアウト）する。すなわち、マップ画面表示制御手段６３ｃは、そのボタンが押されている間、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、表示されるゲノム上の範囲が一定の速度でズームイン（又はズームアウト）するような拡大マップを作成して、第一領域に表示する。更に、ユーザがジャンプ操作手段１６７ｃにおける二つの入力欄に所定の数値を入力し、「Jump」ボタンを押すと、その入力された数値で指定されたゲノム上の範囲を表す拡大マップが瞬時に表示される。すなわち、マップ画面表示制御手段６３ｃは、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、当該入力された数値で指定されたゲノム上の範囲についての拡大マップを作成して、第一領域に表示する。
【００８９】
また、ラバーバンド１６６ｂを利用して、拡大マップの表示範囲を移動することができる。ユーザがマウスを用いて全体マップ１６６ａ上の所定位置をクリックすると、そのクリックした位置にラバーバンド１６６ｂが移動されると共に、その移動後のラバーバンド１６６ｂが指し示す範囲を表す拡大マップが瞬時に表示される。すなわち、マップ画面表示制御手段６３ｃは、マウスを用いて全体マップ１６６ａ上の所定位置がクリックされたときに、そのクリックした位置にラバーバンド１６６ｂを移動すると共に、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、当該移動後のラバーバンド１６６ｂが指し示す範囲についての拡大マップを作成して、第一領域に表示する。
【００９０】
また、キャンバス領域１６１で行うことができる操作として、リンク情報の表示操作がある。ユーザが拡大マップ上において所定のエレメントにマウスのカーソルを合わせて、右クリックすると、マップ画面表示制御手段６３ｃは、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データから当該エレメントについてのサイトデータを取得し、当該エレメントに関するＵＲＬリンク情報を表示する。そして、ユーザが所定のＵＲＬリンク情報を選択すると、通信制御手段６３ｄはその選択されたＵＲＬリンク情報に対するサイトデータに基づいて、当該サイトにアクセスし、当該サイトのウェブページが画面上に表示される。このように、ユーザは、当該エレメントに関連する情報を容易に取得することができる。
【００９１】
次に、メニュー領域１５１で行うことができる操作には、塩基配列の表示、特性値による表示制御等、さまざまな操作がある。例えば、塩基配列の表示を行う場合には、ユーザは、マップ画面１４０上で所定のエレメントをクリックして、エレメントを選択する。その後、ユーザは、「View」メニューをクリックしたときに現れるサブメニューの中から「Nucleotide sequence」をクリックする。すると、マップ画面表示制御手段６３ｃは、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データから、当該選択されたエレメントに対応する塩基配列データを取り出し、図１１に示すような塩基配列の表示画面を表示する。
【００９２】
また、特性値による表示制御を行う場合には、ユーザは、「Setting」メニューをクリックしたときに現れるサブメニューの中から「Filter」をクリックする。すると、マップ画面表示制御手段６３ｃは、拡大マップの各レーンに表示されているマップ表示用データの名称の一覧を示す画面を表示する。ユーザがこの画面において所定のマップ表示用データの名称を選択すると、マップ画面表示制御手段６３ｃは、特性値の範囲を設定する画面を表示する。次に、ユーザがその画面において特性値の範囲を設定すると、マップ画面表示制御手段６３ｃは、記憶手段６４に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて、当該選択されたマップ表示用データについて当該設定された範囲内の特性値を有するエレメントだけを表示した拡大マップを作成し、第一領域に表示する。尚、かかる特性値による表示制御は、特性値データを有しないマップ表示用データについては無効である。
【００９３】
尚、マップ画面１４０において右上の閉じるボタンをクリックすると、当該マップ画面１４０が終了する。そして、ウェブブラウザ画面のファイルメニューから「閉じる」を選択するか、又はウェブブラウザ画面の右上の閉じるボタンをクリックすることにより、ウェブブラウザを終了すると、当該端末６０とサーバ１０との通信状態が切断される。サーバ１０との通信状態が切断されると、端末６０では、サーバ１０と通信状態にあるときにサーバ１０から送られたすべてのデータが記憶手段６４から消去される。ゲノムに関するデータの量はとても膨大であるので、端末６０の記憶手段６４を無駄に浪費しないようにするためである。
【００９４】
本実施形態のゲノム情報表示システムでは、サーバは端末からマップ画面の表示要求を受けたときに、当該端末に対してマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データを送信する。このため、例えば、ユーザがマップ画面上で拡大マップの表示範囲を移動、拡大・縮小等する操作を行ったときに、端末は、サーバとデータ通信することなく、記憶手段に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて当該操作後の表示範囲を表す拡大マップを迅速に作成して、ユーザの操作に合わせて高速に表示することができる。また、本実施形態では、サーバがマップ表示用データ及びキーワードデータ等を管理し、端末からアクセスがある度に適切なデータを当該端末に送信するので、データ管理を効率よく行うことができ、端末の資源を無駄に使用することはない。
【００９５】
尚、本発明は上記の実施形態に限定されるものではなく、その要旨の範囲内において種々の変形が可能である。
【００９６】
例えば、上記の実施形態において、ユーザが自己の端末上でマップ画面の第一領域についてのレイアウトの内容を自由に設定し、その設定した内容をサーバに送信してデータ群格納手段にレイアウトスクリプトとして登録するようにしてもよい。これにより、ユーザは自分が使いやすいようにマップ画面のレイアウトをカスタマイズすることができる。ここで、ユーザが設定したレイアウトスクリプトはユーザ毎に登録しておくことが望ましい。これにより、かかるレイアウトスクリプトは、それを設定したユーザだけが用いることができる。
【００９７】
また、上記の実施形態では、認証画面表示制御手段、検索画面表示制御手段、マップ画面表示制御手段の各機能を各端末に実現させるための表示用プログラムを、サーバのデータ群格納手段に格納しておき、サーバが、各端末から最初にアクセスされたときに表示用プログラムを当該端末に送信する場合について説明した。例えば、表示用プログラムとしては、検索画面表示制御手段、マップ画面表示制御手段の各機能だけを各端末に実現させるためのものを用いてもよい。この場合、認証に関するプログラムは予め端末にインストールしておくことになる。そして、その表示用プログラムは、サーバで認証処理が行われた後、サーバから端末に送信すればよい。また、表示用プログラムとしては、マップ画面表示制御手段の機能だけを各端末に実現させるためのものを用いてもよい。この場合、認証や検索に関するプログラムは予め端末にインストールしておくことになる。そして、その表示用プログラムは、端末からマップ画面の表示要求が送られたときに、サーバから、マップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データと共に端末に送信すればよい。更に、表示用プログラムをサーバから各端末に送信せず、認証画面表示制御手段、検索画面表示制御手段、マップ画面表示制御手段の各機能を予め各端末に組み込んでおくようにしてもよい。
【００９８】
また、上記の実施形態では、検索入力画面に、シングル画面構成、同期画面構成、非同期画面構成の中からマップ画面の画面構成を選択するための画面構成選択手段を設けた場合について説明したが、例えば、画面構成選択手段は、シングル画面構成及び同期画面構成の中からマップ画面の画面構成を選択するものであってもよく、また、シングル画面構成及び非同期画面構成の中からマップ画面の画面構成を選択するものであってもよい。
【００９９】
更に、上記の実施形態では、マップ画面の画面構成に関する内容を、マップ画面の作成プログラムから切り離し、画面構成スクリプトとしてデータ群格納手段に格納した場合について説明したが、画面構成に関する内容をマップ画面の作成プログラムの中で指定するようにしてもよい。また、上記の実施形態では、拡大マップのレイアウトに関する内容を、マップ画面の作成プログラムから切り離し、レイアウトスクリプトとしてデータ群格納手段に格納した場合について説明したが、拡大マップのレイアウトに関する内容をマップ画面の作成プログラムの中で指定するようにしてもよい。
【０１００】
また、上記の実施形態では、主に、染色体を基本単位とした一まとまりのマップ表示用データを、サーバから端末に送信する場合について説明したが、例えば、コンティグを基本単位とした一まとまりのマップ表示用データをサーバから端末に送信するようにしてもよい。上述したように、一まとまりのマップ表示用データとして何を基本単位とするかは、レイアウトスクリプトのBaseタグで指定することができる。ここで、レイアウトスクリプトのBaseタグで「contig」を指定した場合には、例えば、図７に示す検索結果表示画面１３０における「Chrom」欄は「contig」という欄に変更され、この「contig」欄には、当該エレメントの属するコンティグの番号が表示されることになる。また、ゲノム全体を基本単位とした一まとまりのマップ表示用データをサーバから端末に送信することも可能である。
【０１０１】
本発明の目的は、上述した実施形態の装置の機能を実現するソフトウェアのプログラムコード（実行形式を含む）を、その全体あるいは一部を記録した記録媒体により、本実施形態の装置に供給し、その装置のコンピュータ（又はＣＰＵ、ＭＰＵ）が記録媒体に格納されたプログラムコードを読み出して、動作の全部あるいは一部を実行することによっても達成されることは言うまでもない。この場合、記録媒体から読み出されたプログラムコード自体が本実施形態の機能を実現することになり、そのプログラムコードを記録した記録媒体は本発明を構成することになる。
【０１０２】
プログラムコードを供給するための記録媒体としては、ＲＯＭ、フロッピー（登録商標）ディスク、ハードディスク、光ディスク、光磁気ディスク、ＣＤ−ＲＯＭ、ＣＤ−Ｒ、ＤＶＤ−ＲＯＭ、磁気テープ、不揮発性のメモリカード等を用いることができる。さらに、通信回線を介してダウンロードすることによってプログラムコードを供給するようにしてもよいし、ＪＡＶＡ（登録商標）などの技術を利用してプログラムコードを供給して実行するようにしてもよい。
【０１０３】
また、コンピュータが読み出したプログラムコードを実行することにより、本実施形態の機能が実現されるだけでなく、そのプログラムコードの指示に基づき、コンピュータ上で稼動しているＯＳなどが実際の処理の一部又は全部を行い、その処理によって本実施形態の機能が実現される場合も本発明に含まれることは言うまでもない。
【０１０４】
更に、記録媒体から読み出されたプログラムコードが、コンピュータに挿入された機能拡張ボードやコンピュータが接続された機能拡張ユニットに備わるメモリに書き込まれた後、そのプログラムコードの指示に基づき、その機能拡張ボードや機能拡張ユニットに備わるＣＰＵなどが実際の処理の一部又は全部を行い、その処理によって本実施形態の機能が実現される場合も本発明に含まれることは言うまでもない。
【０１０５】
加えて、本発明はコンピュータに上記の実施形態の装置の機能を実現させるためのプログラムを含むプログラム・プロダクトであってもよい。ここで、プログラム・プロダクトというのは、コンピュータ・プログラムだけでなく、プログラムを記録した記録媒体あるいはコンピュータを含むものである。
【産業上の利用可能性】
【０１０６】
以上説明したように、本発明のゲノム情報表示システムによれば、サーバは端末からマップ画面の表示要求を受けたときに、当該端末に対してマップ画面を作成するのに必要な一まとまりのマップ表示用データを送信する。このため、例えば、ユーザがマップ画面上で拡大マップの表示範囲を移動、拡大・縮小等する操作を行ったときに、端末は、サーバとデータ通信することなく、記憶手段に格納されている一まとまりのマップ表示用データに基づいて当該操作後の表示範囲を表す拡大マップを迅速に作成して、ユーザの操作に合わせて高速に表示することができる。したがって、本発明は、例えばゲノムに関する研究を行う際にゲノム情報を閲覧する手段として用いるのに好適である。
【図面の簡単な説明】
【０１０７】
【図１】本発明の一実施形態であるゲノム情報表示システムの概略構成図である。
【図２】そのゲノム情報表示システムのサーバの概略ブロック図である。
【図３】そのゲノム情報表示システムの各端末の概略ブロック図である。
【図４】サーバのデータ群格納手段における各マップ表示用データ格納部に格納されているデータの内容を説明するための図である。
【図５】サーバのデータ群格納手段におけるキーワードデータ格納部に格納されているキーワードデータの内容を説明するための図である。
【図６】認証画面の一例を示す図である。
【図７】検索入力画面及び検索結果表示画面の一例を示す図である。
【図８】シングル画面構成のマップ画面の一例を示す図である。
【図９】同期画面構成のマップ画面の一例を示す図である。
【図１０】非同期画面構成のマップ画面の一例を示す図である。
【図１１】塩基配列の表示画面の一例を示す図である。
【図１２】シングル画面構成の画面構成スクリプトの一例を示す図である。
【図１３】同期画面構成の画面構成スクリプトの一例を示す図である。
【図１４】非同期画面構成の画面構成スクリプトの一例を示す図である。
【図１５】レイアウトスクリプトの一例を示す図である。
【図１６】本実施形態のゲノム情報表示システムにおいてマップ表示用データ及びキーワードデータをデータ群格納手段に登録する処理手順を説明するためのフローチャートである。
【図１７】本実施形態のゲノム情報表示システムにおいて、各端末の表示手段の画面上にマップ画面を表示する際の当該端末における処理手順を説明するためのフローチャートである。
【符号の説明】
【０１０８】
１０    サーバ
２１    データ群格納手段
２５    マップ表示用データ格納部
２５ａ    エレメントデータ格納領域
２５ｂ    エクソンデータ格納領域
２５ｃ    塩基配列データ格納領域
２５ｄ    サイトデータ格納領域
２５ｅ    特性値データ格納領域
２６    キーワードデータ格納部
２７    設定データ格納部
２８    ユーザ管理データ格納部
３１    検索手段
４１    データ管理手段
４５    通信制御部
４６    マップ表示用データ登録処理部
４７    キーワードデータ登録処理部
４８    認証処理部
６０    端末
６１    入力手段
６２    表示手段
６３    制御手段
６３ａ    認証画面表示制御手段
６３ｂ    検索画面表示制御手段
６３ｃ    マップ画面表示制御手段
６３ｄ    通信制御手段
６４    記憶手段
１１０    認証画面
１１１    ユーザＩＤ入力部
１１２    パスワード入力部
１１３    「ＯＫ」ボタン
１２０    検索入力画面
１２１    マップ表示用データ選択部
１２２    検索条件入力部
１２３    画面構成選択部
１２４    「Search」ボタン
１２５    「Clear」ボタン
１３０    検索結果表示画面
１４０    マップ画面
１５１    メニュー領域
１６１    キャンバス領域
１６５    第一領域
１６６    第二領域
１６６ａ    全体マップ
１６６ｂ    ラバーバンド
１６７    第三領域
１６７ａ    移動操作手段
１６７ｂ    拡大・縮小操作手段
１６７ｃ    ジャンプ操作手段
１７０    塩基配列表示画面
１７１    「Upper」ボタン
１７２    「Lower」ボタン
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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