(57)【要約】      （修正有）【課題】  実験の条件や目的、使用するサンプルなどを変更しながら実験が行われる場合であっても、その実験データを解析するためのデータを定義した設定ファイルを実験に合わせて変更する作業を軽減することができる実験データの解析システム及び解析方法、並びにこれらに用いる解析用データを提供する。【解決手段】  マイクロビーズを用いた実験データの解析システムであって、検出の閾値を規定したマイクロビーズデータと発現条件データと、設定ファイルを含んでおり発現条件データに照らして、発現を解析するシステムを提供する。【選択図】  図１
2005293030.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
マイクロビーズを用いた実験データの解析システムであって、
マイクロビーズごとに検出の閾値を規定したマイクロビーズデータと、
発現解析の対象ごとに、マイクロビーズデータを用いて発現条件を規定した発現条件データと、
解析対象の発現条件データを用いて作成した設定ファイルとを含んでおり、
実験データを前記設定ファイルに含まれる発現条件データに照らして、各解析対象の発現を解析するシステム。
【請求項２】
前記設定ファイルに含まれる発現条件データは変更可能であり、その変更は前記発現条件データ及び前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする請求項１に記載の実験データ解析システム。
【請求項３】
前記発現条件データに含まれるマイクロビーズデータは変更可能であり、その変更は前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする請求項１又は２に記載の実験データ解析システム。
【請求項４】
マイクロビーズを用いた実験データの解析方法であって、
マイクロビーズごとに検出の閾値を規定したマイクロビーズデータを準備し、
発現解析の対象ごとに、マイクロビーズデータを用いて発現条件を規定した発現条件データを準備し、
解析対象の発現条件データを用いて作成した設定ファイルを準備し、
実験データを前記設定ファイルに含まれる発現条件データに照らして、各解析対象の発現を解析する方法。
【請求項５】
前記設定ファイルに含まれる発現条件データは変更可能であり、その変更は前記発現条件データ及び前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする請求項４に記載の実験データ解析方法。
【請求項６】
前記発現条件データに含まれるマイクロビーズデータは変更可能であり、その変更は前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする請求項４又は５に記載の実験データ解析方法。
【請求項７】
マイクロビーズを用いた実験データから発現解析を行うために用いる解析用データ構造であって、
マイクロビーズごとに検出の閾値を規定したマイクロビーズデータと、
発現解析の対象ごとに、マイクロビーズデータを用いて発現条件を規定した発現条件データと、
解析対象の発現条件データを用いて作成した設定ファイルとを含んでおり、
前記設定ファイルに含まれる発現条件データは変更可能であり、その変更は前記発現条件データ及び前記マイクロビーズデータに反映されず、前記発現条件データに含まれるマイクロビーズデータは変更可能であり、その変更は前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする解析用データ構造。
【請求項８】
マイクロビーズを用いた実験データから遺伝子型の発現を解析するシステムであって、
マイクロビーズごとに検出の閾値を規定したマイクロビーズデータと、
遺伝子型ごとに、マイクロビーズデータを用いて発現条件を規定した発現条件データと、
遺伝子型の発現条件データを用いて作成した設定ファイルとを含んでおり、
実験データを前記設定ファイルに含まれる発現条件データに照らして、各遺伝子型の発現を解析するシステム。
【請求項９】
前記設定ファイルに含まれる発現条件データは変更可能であり、その変更は前記発現条件データ及び前記マイクロビーズデータに反映されず、前記発現条件データに含まれるマイクロビーズデータは変更可能であり、その変更は前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする請求項８に記載の解析システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、マイクロビーズを用いた遺伝子発現解析等の実験データの解析システム、解析方法、解析用データに関し、特に、実験データの解析に用いる閾値や判定条件などの解析用データを予め設定ファイルとして保持している解析システム、解析方法、及びその解析用データに関するものである。
【背景技術】
【０００２】
生体組織や細胞における遺伝子発現を解析するために、ＤＮＡマイクロアレイ（以下、「マイクロアレイ」と称する。）が広く使用されている。マイクロアレイでは、基板上に高密度に固定された複数のＤＮＡプローブに対して、蛍光標識したサンプル（細胞から抽出したＲＮＡなどから作成される試料）をハイブリダイズさせた後、蛍光シグナルの強度を測定することにより、各遺伝子の発現データを得ることができる。この発現データを用いて、例えば、遺伝子型の推定を行うことができる。
【０００３】
マイクロアレイの開発により、数千から数万個の遺伝子の発現情報を一度に網羅的に解析することが可能になり、ゲノムの全領域における遺伝子発現情報の同時解析が可能になっている。このようなＤＮＡマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析方法は、特許文献１などに記載されている。
【０００４】
一方、マイクロチューブの中に微小なポリスチレン製ビーズを準備したもの（マイクロビーズと呼ばれる）を複数用いて遺伝子発現解析を行う技術が開発されており、異なるプローブを固定した複数のマイクロビーズにサンプルをハイブリダイズさせることにより、サンプル中に含まれる100種類程度の遺伝子の解析を同時に行うことができる。また、各マイクロビーズに、それぞれ異なる比率で混合した２種類の蛍光色素を用いて染色を施すことにより、各蛍光色素の含有量に基づいてマイクロビーズを２次元配列することができる。すなわち、マイクロアレイと同様な解析を行うことが可能となるので、これをマイクロビーズアレイ解析システムと呼んでいる。マイクロビーズアレイ解析システムでは、一本のマイクロチューブ内で解析を行うため、少量の標識サンプルであっても解析することが可能である。このような特徴を利用して、例えば、実験で測定された蛍光シグナル値から各遺伝子の発現データを取得し、各遺伝子の発現データに基づいて遺伝子型を決定することができる。
【０００５】
サンプルがプローブにハイブリダイズしているかどうかの判断については、マイクロビーズ上の各プローブに対して予め基準となる蛍光シグナル値（以下、「閾値」と称する）を設定しておき、測定された蛍光シグナル値がこの閾値以上であるかどうかを基準として、判断を行っている。具体的には、マイクロビーズの解析装置により、多種類のプローブにハイブリダイズしたサンプルからの蛍光シグナルを読み取り、予め設定された閾値以上の蛍光シグナル値を示すものを検出することにより、サンプルがどのプローブにハイブリダイズしているかを判定する。サンプルがハイブリダイズしたプローブの組み合わせに基づいて、例えば、サンプルに含まれる遺伝子の遺伝子型などを決定することができる。
【０００６】
【特許文献１】特開２００３−１８５６５９号公報
【発明の開示】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
従来のマイクロビーズの解析装置では、蛍光シグナル値の閾値や、プローブの組み合わせと遺伝子型との対応関係などを記述した設定ファイルを予め保持しておき、実験で得られた蛍光シグナル値を設定ファイルに照らすことにより、サンプルのハイブリダイズ状況やそれにより特定される遺伝子型などを解析している。
【０００８】
しかしながら、マイクロビーズを用いた遺伝子発現解析では、使用するマイクロビーズを様々に取り替えたり、実験条件を様々に変更したり、サンプルを調整し直したり、解析対象の遺伝子を変更したりしながら、繰り返し実験を行う場合があるが、このような変更を行う度に、実験者は解析装置の設定ファイルを適宜変更しなければならず、解析作業が非常に煩わしいものとなっている。
【０００９】
本発明は、このような実情に鑑みてなされたものであり、実験の条件や目的、使用するサンプルなどを変更しながら実験が行われる場合であっても、その実験データを解析するためのデータを定義した設定ファイルを実験に合わせて変更する作業を軽減することができる実験データの解析システム及び解析方法、並びにこれらに用いる解析用データを提供しようとするものである。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
上記解決課題に鑑みて鋭意研究の結果、本発明者は、実験データの解析に用いる閾値や判定条件などの解析用データを予め保持しておき、実験データの解析においてはそれらのデータをそのままデフォルト値として用いた設定ファイルを用意し、必要に応じてその実験の設定ファイル内に限り値を変更しながら解析を行うことに想到した。
【００１１】
すなわち、本発明は、マイクロビーズを用いた実験データの解析システムであって、マイクロビーズごとに検出の閾値を規定したマイクロビーズデータと、発現解析の対象ごとに、マイクロビーズデータを用いて発現条件を規定した発現条件データと、解析対象の発現条件データを用いて作成した設定ファイルとを含んでおり、実験データを前記設定ファイルに含まれる発現条件データに照らして、各解析対象の発現を解析するシステムを提供するものである。
【００１２】
本発明の実験データ解析システムにおいて、前記設定ファイルに含まれる発現条件データは変更可能であり、その変更は前記発現条件データ及び前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする。また、前記発現条件データに含まれるマイクロビーズデータは変更可能であり、その変更は前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする。
【００１３】
当初、設定ファイルに含まれているマイクロビーズデータ及び発現条件データは、それぞれデフォルト値である。実験によってはこれらの値を変更する必要が生じるので、その場合には、その設定ファイル内に限り値を変更することとし、マイクロビーズデータ及び発現条件データのマスタデータは変更されないようになっている。これにより、実験ごとに必要なデータ部分のみを変更し、他の部分はデフォルト値を用いることとなるので、ユーザの作業負担が大幅に軽減される。
【００１４】
また、発現条件データのマスタデータを変更する場合も、同様に、その発現条件データ内に限りマイクロビーズデータの値を変更することとし、マイクロビーズデータのマスタデータは変更されないようになっている。
【００１５】
本発明は、また、マイクロビーズを用いた実験データの解析方法であって、マイクロビーズごとに検出の閾値を規定したマイクロビーズデータを準備し、発現解析の対象ごとに、マイクロビーズデータを用いて発現条件を規定した発現条件データを準備し、解析対象の発現条件データを用いて作成した設定ファイルを準備し、実験データを前記設定ファイルに含まれる発現条件データに照らして、各解析対象の発現を解析する方法を提供するものである。
【００１６】
本発明の実験データ解析方法において、前記設定ファイルに含まれる発現条件データは変更可能であり、その変更は前記発現条件データ及び前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする。また、前記発現条件データに含まれるマイクロビーズデータは変更可能であり、その変更は前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする。
【００１７】
本発明は、また、マイクロビーズを用いた実験データから発現解析を行うために用いる解析用データ構造であって、マイクロビーズごとに検出の閾値を規定したマイクロビーズデータと、発現解析の対象ごとに、マイクロビーズデータを用いて発現条件を規定した発現条件データと、解析対象の発現条件データを用いて作成した設定ファイルとを含んでおり、前記設定ファイルに含まれる発現条件データは変更可能であり、その変更は前記発現条件データ及び前記マイクロビーズデータに反映されず、前記発現条件データに含まれるマイクロビーズデータは変更可能であり、その変更は前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする解析用データ構造を提供するものである。
【００１８】
本発明は、また、マイクロビーズを用いた実験データから遺伝子型の発現を解析するシステムであって、マイクロビーズごとに検出の閾値を規定したマイクロビーズデータと、遺伝子型ごとに、マイクロビーズデータを用いて発現条件を規定した発現条件データと、遺伝子型の発現条件データを用いて作成した設定ファイルとを含んでおり、実験データを前記設定ファイルに含まれる発現条件データに照らして、各遺伝子型の発現を解析するシステムを提供するものである。
【００１９】
本発明の解析システムにおいて、前記設定ファイルに含まれる発現条件データは変更可能であり、その変更は前記発現条件データ及び前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とするまた、前記発現条件データに含まれるマイクロビーズデータは変更可能であり、その変更は前記マイクロビーズデータに反映されないことを特徴とする。
【発明の効果】
【００２０】
以上、説明したように、本発明によれば、実験データの解析に用いる閾値や判定条件などの解析用データを予め設定ファイルとして保持している解析システム、解析方法、及びその解析用データが提供される。設定ファイルは実験ごとに作成し、実験条件などに対応して、設定内容を適宜変更しながら実験データの解析を行うことができる。その場合、予め記憶している閾値や判定条件のデータをそのままデフォルト値として使用し、必要が生じた場合にのみ設定ファイル内で値を変更することとすれば、ユーザの作業負担が大幅に軽減されることとなる。
【発明を実施するための最良の形態】
【００２１】
以下、添付図面を参照しながら、本発明のマイクロビーズを用いた実験データの解析システム、解析方法、解析用データを実施するための最良の形態を詳細に説明する。図１〜図１３は、本発明の実施の形態を例示する図であり、これらの図において、同一の符号を付した部分は同一物を表わし、基本的な構成及び動作は同様であるものとする。
【００２２】
１．実験データ解析システムの構成
図１は、本発明の一実施形態として、コンピュータ上に構成される実験データ解析システムを概略的に示す機能ブロック図である。図１において、本実施形態の実験データ解析システムは、各構成部分の制御、演算処理、データの入出力などを行う中央処理装置１００と、解析に必要な実験データや解析用データ、設定ファイルなどを記憶する記憶装置１１０と、実験データから遺伝子発現解析等の解析を行うためのプログラム及びそれに用いる解析用データ、設定ファイルなどを編集又は生成するプログラムを記憶するプログラムメモリ１２０と、必要な情報を表示するためのディスプレイを備えた表示装置１３０と、ユーザが本システムに対して操作やデータ入力を行うためのキーボードやマウスなどの入力装置１４０とから構成されている。
【００２３】
プログラムメモリ１２０には、マイクロビーズデータ編集プログラム１２２、遺伝子型データ編集プログラム１２４、設定ファイル編集プログラム１２６及び遺伝子型解析プログラム１２８が記憶されている。マイクロビーズデータ編集プログラム１２２、遺伝子型データ編集プログラム１２４、設定ファイル編集プログラム１２６は、それぞれ、記憶装置１１０のマイクロビーズデータ１１２、遺伝子型データ１１４、設定ファイルデータ１１６を編集するためのプログラムである。
【００２４】
記憶装置１１０には、マイクロビーズデータ１１２、遺伝子型データ１１４、設定ファイルデータ１１６及び実験データ１１８が記憶されている。実験データ１１８は、マイクロビーズを用いたハイブリダイゼーション実験により得られた蛍光シグナル値のデータである。マイクロビーズデータ１１２、遺伝子型データ１１４及び設定ファイルデータ１１６については、図２に示すような相互関係を規定している。すなわち、１以上のマイクロビーズデータを用いて遺伝子型データを構成し、さらに１以上の遺伝子型データを用いて設定ファイルデータを構成している。
【００２５】
図３は、マイクロビーズデータ１１２のデータ構成例をテーブル形式で示す図である。マイクロビーズデータ１１２には、マイクロビーズごとに、検索キー、マイクロビーズ名、並びにハイブリダイゼーションの有無を判定するための閾値が含まれている。例えば、ＢＥＡＤ−ＡＢＣという名称のマイクロビーズの場合、実験データの蛍光シグナル値が１２３以上であれば、このマイクロビーズ上でサンプルがプローブにハイブリダイゼーションしていると判定することができる。
【００２６】
図４は、遺伝子型データ１１４のデータ構成例をテーブル形式で示す図である。遺伝子型データ１１４には、遺伝子型ごとに、検索キー、遺伝子型名、並びにその遺伝子型の発現を判定するために必要となる各マイクロビーズデータが含まれている。また、各マイクロビーズデータには、そのマイクロビーズ上のプローブに対して当該遺伝子型が陽性であるか陰性であるかを示すＯＮ／ＯＦＦ値というデータ項目が付加されている。例えば、ＧＥＮＯＴＹＰＥ−１０１という名称の遺伝子型の場合、（１）ＢＥＡＤ−ＡＢＣというマイクロビーズ（閾値１２３）においてハイブリダイゼーションが発生しており（ＯＮ）、（２）ＢＥＡＤ−ＤＥＦというマイクロビーズ（閾値３４５）においてハイブリダイゼーションが発生しており（ＯＮ）、（３）ＢＥＡＤ−ＰＱＲというマイクロビーズ（閾値６７８）においてハイブリダイゼーションが発生しておらず（ＯＦＦ）、・・・、（Ｎ）ＢＥＡＤ−ＸＹＺというマイクロビーズ（閾値５００）においてハイブリダイゼーションが発生している（ＯＮ）というＮ個の条件が全て満たされれば、実験で用いたサンプル中にこの遺伝子型が発現していると判定することができる。尚、図４において、遺伝子型データ１１４中の各マイクロビーズデータは、遺伝子型データ１１４の生成時にマイクロビーズデータ１１２からコピーされたものであり、図３におけるマイクロビーズデータ１１２からは独立したデータである。したがって、遺伝子型データ１１４中の各マイクロビーズデータ（マイクロビーズの閾値やＯＮ／ＯＦＦ値など）が変更されたとしても、マイクロビーズデータ１１２には何ら影響しない。
【００２７】
図５は、設定ファイルデータ１１６のデータ構成例をテーブル形式で示す図である。設定ファイルデータ１１６には、設定ファイルごとに、検索キー、設定ファイル名、並びにその設定ファイルを用いて解析する対象となる遺伝子型データが含まれている。１つの設定ファイルに複数の遺伝子型データが含まれるのは、１回の実験データから複数の遺伝子型の発現解析を行うためである。例えば、ＦＩＬＥ−ＡＢＣという名称の設定ファイルを用いて実験データを解析する場合、ＧＥＮＯＴＹＰＥ−１０２、ＧＥＮＯＴＹＰＥ−１０５、・・・という遺伝子型が発現しているかどうかを判定することができる。尚、図５において、設定ファイルデータ１１６中の各遺伝子型データは、設定ファイルデータ１１６の生成時に遺伝子型データ１１４からコピーされたものであり、図３におけるマイクロビーズデータ１１２及び図４における遺伝子型データ１１４からは独立したデータである。したがって、設定ファイルデータ１１６中の各遺伝子型データあるいは各マイクロビーズデータ（マイクロビーズの閾値やＯＮ／ＯＦＦ値など）が変更されたとしても、マイクロビーズデータ１１２及び遺伝子型データ１１４には何ら影響しない。
【００２８】
２．実験データ解析システムにおける処理
次に、本実施形態の実験データ解析システムにおいて実行される様々な処理について説明する。
２．１．メイン処理
図６は、本実施形態の実験データ解析システムにおけるメイン処理の流れを示すフローチャートである。コンピュータ上で起動された実験データ解析システムは、まず、メニュー画面を表示装置１３０に表示する（ステップ６０１）。メニュー画面の表示例を図７に示す。この画面において、ユーザは、入力装置１４０を用いて、設定ファイルの作成・編集、遺伝子型データの作成・編集、マイクロビーズデータの作成・編集のうちいずれかを選択することができる（ステップ６０２）。処理が選択されると、実験データ解析システムは、その処理を行うためのプログラムを起動する（ステップ６０３）。
【００２９】
マイクロビーズデータの作成・編集が選択された場合には、マイクロビーズデータ編集プログラムが起動され、ユーザは入力装置１４０を用いてマイクロビーズデータの登録・更新作業を行うことができる（ステップ６０４）。遺伝子型データの作成・編集が選択された場合には、遺伝子型データ編集プログラムが起動され、ユーザは入力装置１４０を用いて遺伝子型データの登録・更新作業を行うことができる（ステップ６０５）。設定ファイルの作成・編集が選択された場合には、設定ファイル編集プログラムが起動され、ユーザは入力装置１４０を用いて、設定ファイルの登録・更新作業を行うことができる（ステップ６０６）。尚、ステップ６０４〜６０６における処理については、後に詳しく説明する。
【００３０】
ユーザが選択した処理が終了すると、実験データ解析システムは、さらに処理を続行するかどうかをユーザに選択させ（ステップ６０７）、処理を続行する場合にはステップ６０１に戻り、処理を続行しない場合にはシステムを終了する。
【００３１】
２．２．マイクロビーズデータの登録・更新処理
図８は、マイクロビーズデータの登録及び更新を行う処理の流れを示すフローチャートである。この処理は、図６のステップ６０４における処理に相当するものであり、マイクロビーズデータ編集プログラム１２２により実行される。まず、ユーザは、マイクロビーズデータの登録を行うのか、あるいは更新を行うのかを選択する。この選択により、以降の処理が分岐する（ステップ８０１）。
【００３２】
マイクロビーズデータの更新を行う場合には、ユーザは、マイクロビーズ名などを入力して、既に記憶装置１１０に記憶されているマイクロビーズデータ１１２から更新対象とするマイクロビーズを検索する（ステップ８０２）。検索結果が表示されると、ユーザは、更新対象とするマイクロビーズを選択し、そのデータを表示させる（ステップ８０３）。表示されるデータは図３に示した通りである。ユーザは、表示されたマイクロビーズデータのうちマイクロビーズ名及び閾値を変更することができ、また、マイクロビーズデータを削除することができる（ステップ８０４）。マイクロビーズデータは、システム上では検索キーにより一意に識別されるので、マイクロビーズ名を任意に変更しても問題は生じない。ユーザがマイクロビーズデータの更新作業を終了すると、その更新内容が記憶装置１１０のマイクロビーズデータ１１２に反映されて（ステップ８０５）、マイクロビーズデータの更新処理が終了する。
【００３３】
一方、マイクロビーズの登録を行う場合には、ユーザが新規なマイクロビーズの名称及び閾値を入力すると（ステップ８０６）、そのデータに検索キーを付されたものが記憶装置１１０のマイクロビーズデータ１１２に新たなエントリーとして追加されることとなる（ステップ８０５）。
マイクロビーズデータの登録及び更新を行うための表示画面の例を図９に示す。
【００３４】
２．３．遺伝子型データの登録・更新処理
図１０は、遺伝子型データの登録及び更新を行う処理の流れを示すフローチャートである。この処理は、図６のステップ６０５における処理に相当するものであり、遺伝子型データ編集プログラム１２４により実行される。まず、ユーザは、遺伝子型データの登録を行うのか、あるいは更新を行うのかを選択する。この選択により、以降の処理が分岐する（ステップ１００１）。
【００３５】
遺伝子型データの更新を行う場合には、ユーザは、遺伝子型名などを入力して、既に記憶装置１１０に記憶されている遺伝子型データ１１４から更新対象とする遺伝子型を検索する（ステップ１００２）。検索結果が表示されると、ユーザは、更新対象とする遺伝子型を選択し、そのデータを表示させる（ステップ１００３）。表示されるデータは図４に示した通りである。ユーザは、表示された遺伝子型データに対して、その解析に用いるマイクロビーズの追加及び削除と、各マイクロビーズの名称及び閾値とを変更することができる（ステップ１００４）。上記したように、マイクロビーズの名称及び閾値を変更しても、マイクロビーズデータ１１２には何ら影響しない。遺伝子型データは、システム上では検索キーにより一意に識別されるので、遺伝子型名を任意に変更しても問題は生じない。ユーザが遺伝子型データの更新作業を終了すると、その更新内容が記憶装置１１０の遺伝子型データ１１４に反映されて（ステップ１００５）、遺伝子型データの更新処理が終了する。
【００３６】
一方、遺伝子型の登録を行う場合には、ユーザが新規な遺伝子型の名称及び閾値を入力し、その解析に用いるマイクロビーズを指定すると（ステップ１００６）、そのデータに検索キーを付されたものが記憶装置１１０の遺伝子型データ１１４に新たなエントリーとして追加されることとなる（ステップ１００５）。
遺伝子型データの登録及び更新を行うための表示画面の例を図１１に示す。
【００３７】
２．４．設定ファイルの登録・更新処理
図１２は、設定ファイルの登録及び更新を行う処理の流れを示すフローチャートである。この処理は、図６のステップ６０６における処理に相当するものであり、設定ファイル編集プログラム１２６により実行される。まず、ユーザは、設定ファイルの登録を行うのか、あるいは更新を行うのかを選択する。この選択により、以降の処理が分岐する（ステップ１２０１）。
【００３８】
設定ファイルの更新を行う場合には、ユーザは、設定ファイル名などを入力して、既に記憶装置１１０に記憶されている設定ファイルデータ１１６から更新対象とする設定ファイルを検索する（ステップ１２０２）。検索結果が表示されると、ユーザは、更新対象とする設定ファイルを選択し、その設定ファイルに設定されている遺伝子型を一覧表示させる（ステップ１２０３）。ここで、遺伝子型の追加又は削除を行ってもよい（ステップ１２０４）。ユーザは、さらに、一覧表示された遺伝子型のうち１つを選択して、その遺伝子型データを一覧表示させ（ステップ１２０５）、そのデータ内容を修正することができる（ステップ１２０６）。尚、ステップ１２０５及びステップ１２０６における処理は、それぞれ、図１０のステップ１００３及びステップ１００４と同様の処理である。
上記したように、設定ファイル内の遺伝子型データ（マイクロビーズの名称及び閾値、遺伝子型名、ＯＮ／ＯＦＦ値を変更しても、マイクロビーズデータ１１２及び遺伝子型データ１１４には何ら影響しない。
【００３９】
ユーザが選択した遺伝子型のデータ更新が完了後、同じ設定ファイル内の他の遺伝子型のデータを編集する場合には、ステップ１２０３に戻り設定ファイル内の遺伝子型を一覧表示させて、上記同様の処理を繰り返すことができる。その設定ファイルについては更新作業を終了する場合には、その更新内容が記憶装置１１０の設定ファイルデータ１１６に反映されて（ステップ１２０８）、遺伝子型データの更新処理が終了する。
【００４０】
一方、設定ファイルの登録を行う場合には、ユーザが新規な設定ファイルを生成し（ステップ１２０９）、その設定ファイルの名称、解析に用いる遺伝子型を指定する（ステップ１２１０）ことにより、設定ファイルの登録を行うことができる（ステップ１２１１）。ユーザが設定ファイルの登録を確定すると、そのデータに検索キーを付されたものが記憶装置１１０の設定ファイルデータ１１６に新たなエントリーとして追加されることとなる（ステップ１２０８）。
設定ファイルデータの登録及び更新を行うための表示画面の例を図１３に示す。
【００４１】
２．５．実験データを用いた遺伝子型解析処理
ここで、本実施形態の実験データ解析システムにおいて実験データを用いて遺伝子型解析を行う方法について説明する。遺伝子型解析処理は、遺伝子型解析プログラム１２８により、記憶装置１１０に記憶されている実験データ１１８からサンプル中の遺伝子型の発現を解析する処理であるが、その解析に用いる基礎的なデータをユーザが指定した設定ファイルから取得することを特徴としている。
【００４２】
例えば、図５に示す設定ファイルを用いて遺伝子型の発現解析を行う場合には、遺伝子型解析プログラム１２８は、実験データにおいて、ＢＥＡＤ−ＡＢＣという名称のマイクロビーズの蛍光シグナル値が閾値１２３以上であり、かつ、ＢＥＡＤ−ＤＥＦという名称のマイクロビーズの蛍光シグナル値が閾値３４５以上であることを条件として、遺伝子型ＧＥＮＯＴＹＰＥ−１０２の発現を判定することができる。また、実験データにおいて、ＢＥＡＤ−ＡＢＣという名称のマイクロビーズの蛍光シグナル値が閾値１２３以上であり、かつ、ＢＥＡＤ−ＺＺＺという名称のマイクロビーズの蛍光シグナル値が閾値７５未満であることを条件として、遺伝子型ＧＥＮＯＴＹＰＥ−１０５の発現を判定することができる。
【００４３】
設定ファイルは、例えば、ユーザが実験ごとに作成しておくことができるので、実験条件などに対応して、設定内容を適宜変更しながら実験データの解析を行うことができる。その場合、マイクロビーズや遺伝子型については、記憶装置１１０に記憶されているマイクロビーズデータや遺伝子型データをそのままデフォルト値として使用し、必要が生じた場合にのみ設定ファイル内で値を変更することとすれば、ユーザの作業負担が大幅に軽減されることとなる。
【００４４】
以上、本発明のマイクロビーズを用いた実験データの解析システム、解析方法、解析用データについて、具体的な実施の形態を示して説明したが、本発明はこれらに限定されるものではない。当業者であれば、本発明の要旨を逸脱しない範囲内において、上記各実施形態又は他の実施形態にかかる発明の構成及び機能に様々な変更・改良を加えることが可能である。
【産業上の利用可能性】
【００４５】
本発明のマイクロビーズを用いた実験データの解析システム、解析方法、解析用データは、単体マイクロビーズを用いた実験データについての多様な解析に適用可能であり、実施形態として例示した遺伝子型の発現解析に限定されるものではなく、例えば、特定の遺伝子や塩基配列、生体高分子などの発現解析、抗原抗体反応の解析などにも応用することができる。
【図面の簡単な説明】
【００４６】
【図１】本発明の一実施形態として、コンピュータ上に構成される実験データ解析システムを概略的に示す機能ブロック図である。
【図２】図１に示す記憶装置におけるマイクロビーズデータ、遺伝子型データ及び設定ファイルデータ相互関係を示す図である。
【図３】図１に示す記憶装置におけるマイクロビーズデータのデータ構成例をテーブル形式で示す図である。
【図４】図１に示す記憶装置における遺伝子型データのデータ構成例をテーブル形式で示す図である。
【図５】図１に示す記憶装置における設定ファイルデータのデータ構成例をテーブル形式で示す図である。
【図６】図１に示す実験データ解析システムにおけるメイン処理の流れを示すフローチャートである。
【図７】図１に示す実験データ解析システムにおいて、表示装置に表示されるメニュー画面の例を示す図である。
【図８】図１に示す実験データ解析システムにおいて、マイクロビーズデータの登録及び更新を行う処理の流れを示すフローチャートである。
【図９】図１に示す実験データ解析システムにおいて、マイクロビーズデータの登録及び更新を行うための表示画面の例を示す図である。
【図１０】図１に示す実験データ解析システムにおいて、遺伝子型データの登録及び更新を行う処理の流れを示すフローチャートである。
【図１１】図１に示す実験データ解析システムにおいて、遺伝子型データの登録及び更新を行うための表示画面の例を示す図である。
【図１２】図１に示す実験データ解析システムにおいて、設定ファイルの登録及び更新を行う処理の流れを示すフローチャートである。
【図１３】図１に示す実験データ解析システムにおいて、設定ファイルの登録及び更新を行うための表示画面の例を示す図である。
【符号の説明】
【００４７】
１００  中央処理装置
１１０  記憶装置
１１２  マイクロビーズデータ
１１４  遺伝子型データ
１１６  設定ファイルデータ
１１８  実験データ
１２０  プログラムメモリ
１２２  ビーズデータ編集プログラム
１２４  遺伝子型編集プログラム
１２６  設定ファイル編集プログラム
１２８  遺伝子型解析プログラム
１３０  表示装置
１４０  入力装置
【図１】
2005293030.tif 000003
【図２】
2005293030.tif 000004
【図３】
2005293030.tif 000005
【図４】
2005293030.tif 000006
【図５】
2005293030.tif 000007
【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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