【手続補正書】
【提出日】平成22年7月1日(2010.7.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
エネルギー移動色素であって、以下：
第一の波長において光を吸収し、かつそれに応答して励起エネルギーを放射するように構成された、ドナー色素；
該ドナー色素によって放射された該励起エネルギーを吸収し、かつそれに応答して第二の波長において蛍光を発するように構成された、アクセプター色素；および、
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、
該ドナー色素およびアクセプター色素の少なくとも一方が、以下の式：
【化１】
2009108098.tif 000001
のうちの１つの構造を有するスルホン化ジアリールローダミン化合物であって、ここで、
Ｒ２およびＲ１２は、独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分からなる群より選択され；
Ｒ２’およびＲ１２’は、独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分からなる群より選択されるか、または、Ｒ２’およびＲ１が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し、そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成し；
ここで、該置換炭化水素、置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環は、ハロ、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、スルフェート、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、フェノキシ、フェニル、多環式芳香族、複素環、水溶性基または連結部分のうち１つ以上を含み；
ｎは１〜６の範囲の整数であり；
ｍは０または１であり；
Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートであり；
Ｒ４、Ｒ１０、Ｒ１６およびＲ１９は各々がスルホネートであり；そして
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１は、独立して、水素、フッ素、塩素、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、アミノで置換された炭化水素、４−アミノピリジニウム（ここで、アミノは、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素で二置換される）、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、−ＲＯＨ、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、−ＲＳＨ、−ＳＯ２Ｒ、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール類、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、水溶性基および連結部分からなる群より選択され；
ここで、各Ｒは、独立して、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
ここで、各水溶性基は、独立して、カルボキシレート、スルホネート、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリヒドロキシルまたは水溶性ポリマーであり；そして
ここで、各連結部分は、独立して、アジド、一置換の第一級アミン、二置換の第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホネートエステル、シリルハライド、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、ハライドで置換された炭化水素、アリルハライド、アルデヒド、アシルアジド、ヨードアセトアミドまたはホスホラミダイトである、
エネルギー移動色素。
【請求項２】
前記アクセプター色素が、スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、前記ドナー色素がシアニン、フタロシアニン、スクアライン、ボディピー、ベンゾフェノキサジン、フルオレセイン、ジベンゾローダミン、またはローダミン色素である、請求項１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項３】
前記アクセプター色素がスルホン化ジアリールローダミン化合物であり、前記ドナー色素が、フルオレセイン色素またはローダミン色素である、請求項２に記載のエネルギー移動色素。
【請求項４】
前記置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環が、スルホネートによって置換されている、請求項１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項５】
Ｒ２、Ｒ２’、Ｒ１２およびＲ１２’のうち少なくとも１つが、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０または−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０であり、ここで、Ｐｈはフェニレンであり、ｎは１〜６の範囲の整数であり、ｍは０または１であり、そして、Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートである、請求項１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項６】
前記複素環が、ピロール、インドール、フラン、ベンゾフラン、チオフェン、ベンゾチオフェン、２−ピリジル、３−ピリジル、４−ピリジル、２−キノリル、３−キノリル、４−キノリル、２−イミダゾール、４−イミダゾール、３−ピラゾール、４−ピラゾール、ピリダジン、ピリミジン、ピラジン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、３−（１，２，４−Ｎ）−トリアゾリル、５−（１，２，４−Ｎ）−トリアゾリル、５−テトラゾリル、４−（１−Ｏ，３−Ｎ）−オキサゾール、５−（１−Ｏ，３−Ｎ）−オキサゾール、４−（１−Ｓ，３−Ｎ）−チアゾール、５−（１−Ｓ，３−Ｎ）−チアゾール、２−ベンゾオキサゾール、２−ベンゾチアゾール、４−（１，２，３−Ｎ）−ベンゾトリアゾール、またはベンゾイミダゾールである、請求項１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項７】
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１が水素である、請求項１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項８】
Ｒ１およびＲ２’が、これらが結合する原子と一緒になって、４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し；そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成する、請求項１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項９】
前記第一および第二の環構造のうち一方または両方が５個の環原子を有する、請求項８に記載のエネルギー移動色素。
【請求項１０】
前記環構造が、１つのｇｅｍ二置換炭素を含む、請求項９に記載のエネルギー移動色素。
【請求項１１】
前記ｇｅｍ置換基の各々が飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素である、請求項１０に記載のエネルギー移動色素。
【請求項１２】
前記ｇｅｍ置換基がメチルである、請求項１１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項１３】
前記スルホン化ジアリールローダミン化合物が、以下の式：
【化２】
2009108098.tif 000002
のうちの１つの構造を有し、ここで、Ｌ２およびＬ１２は、各々が独立して、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０または−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０からなる群より選択され、ここで、Ｐｈはフェニレンであり、ｎは１〜６の範囲の整数であり、ｍは０または１であり、そして、Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートである、請求項１に記載のエネルギー移動色素。
【請求項１４】
請求項１に記載のエネルギー移動色素であって、該エネルギー移動色素の前記ドナー色素および前記アクセプター色素を連結する前記リンカーが、以下の構造：
【化３】
2009108098.tif 000003
を有し、ここで：
Ｚは、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群より選択され；
Ｒ２１は、該ドナー色素に結合される、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
Ｒ２２は、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、５員環、少なくとも１つの不飽和結合を有する６員環、および該カルボニル炭素に結合される縮合環構造からなる群より選択される置換基であり；そして
Ｒ２３は、該リンカーを該アクセプター色素に結合する官能基を含む、
エネルギー移動色素。
【請求項１５】
請求項１に記載のエネルギー移動色素であって、該エネルギー移動色素が、以下の構造：
【化４】
2009108098.tif 000004
を有し、ここで、Ｄはドナー色素であり、Ａはアクセプター色素であり、そして、ｎは１または２である、エネルギー移動色素。
【請求項１６】
以下の式：
【化５】
2009108098.tif 000005
を有する標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチドであって、ここで：
ＤＹＥは、請求項１〜１５のいずれかに記載のエネルギー移動色素であり；
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｌは、アルキン部分を含むリンカーであり、ここで、該リンカーは、プリン核酸塩基の８−Ｃ、７−デアザプリン核酸塩基のＣ−７、７−デアザプリン核酸塩基のＣ−８およびピリミジン核酸塩基の５位から選択される核酸塩基上の部位を標識するように構成され、そしてさらに、該リンカーは、該エネルギー移動色素の前記連結部分に結合され；
Ｒ２６およびＲ２７は、単独で存在して、各々が独立してＨ、ＨＯ、Ｆもしくはホスホラミダイトであるか、または、一緒になって２’−３’−ジデオキシリボースを形成し、ここで、Ｒ２６およびＲ２７がＨ、ＯＨもしくはＦである場合、Ｒ２５が、Ｈ、モノホスフェート、ジホスフェート、トリホスフェート、チオホスフェートもしくはリン酸エステルアナログであるか、あるいは、Ｒ２６もしくはＲ２７がホスホラミダイトである場合、Ｒ２５はジメトキシトリチルであり；そして
さらにここで、該リン酸エステルアナログは、飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜４個の炭素原子を有する炭化水素で置換されたホスホネート、飽和、もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜４個の炭素原子を有する炭化水素で置換されたホスホトリエステル；ホスホロチオエート、または、ホスホジチオエートから選択される、
標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項１７】
Ｂが、ウラシル、チミン、シトシン、アデニン、７−デアザアデニン、グアニンおよび７−デアザグアノシンからなる群より選択される、請求項１６に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項１８】
Ｌが以下：
【化６】
2009108098.tif 000006
であり、ここで、ｎが０、１または２である、請求項１６に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項１９】
Ｒ２６がヒドロキシルであり、そしてＲ２７がＨまたはＦである、請求項１６に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項２０】
ターミネーターである、請求項１６に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項２１】
Ｒ２６およびＲ２７が、単独で存在して、各々が独立してＨまたはＦである、請求項１６に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項２２】
酵素学的に伸長可能である、請求項１６に記載の標識されたヌクレオシドまたはヌクレオチド。
【請求項２３】
以下の式ＶＩまたは式ＶＩＩ：
【化７】
2009108098.tif 000007
の構造を有する、標識に共有結合されたポリヌクレオチドを含む標識されたポリヌクレオチドであって、ここで：
該標識は、請求項１に記載のエネルギー移動色素であるＤＹＥであり；
Ｂは、核酸塩基であり；
Ｌは、必要に応じて置換された、飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、アリールまたはポリエチレンオキシ部分を含むリンカーであり；ここで、該リンカーは、プリン核酸塩基の８−Ｃ、７−デアザプリン核酸塩基のＣ−７、７−デアザプリン核酸塩基のＣ−８およびピリミジン核酸塩基の５位から選択される核酸塩基上の部位を標識するように構成され、そしてさらに、該リンカーは、該エネルギー移動色素の前記連結部分に結合され；
該標識されたポリヌクレオチドが式ＶＩの構造を有する場合、各Ｒ２７は、独立して、Ｈ、ＯＨ、ハライド、アジド、アミン、アルキルアミン、飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜６個の炭素原子を有する炭化水素、アリル、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシ、ＯＣＨ３、またはＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２であり；各Ｒ２８は、独立して、Ｈ、ホスフェート、ヌクレオチド間ホスホジエステル、またはヌクレオチド間アナログであり；そして各Ｒ２９は、独立して、Ｈ、ホスフェート、ヌクレオチド間ホスホジエステル、またはヌクレオチド間アナログであるか；あるいは
該標識されたポリヌクレオチドが式ＶＩＩの構造を有する場合、各Ｒ２７は、独立して、Ｈ、ＯＨ、ハライド、アジド、アミン、アルキルアミン、飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜６個の炭素原子を有する炭化水素、アリル、Ｃ１〜Ｃ６アルコキシ、ＯＣＨ３、またはＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２であり；各Ｒ２８は、独立して、Ｈ、ホスフェート、ヌクレオチド間ホスホジエステル、またはヌクレオチド間アナログであり；
該ヌクレオチド間アナログは、飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜４個の炭素原子を有する炭化水素で置換されたホスホネート；飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜４個の炭素原子を有する炭化水素で置換されたホスホトリエステル；ホスホロチオエート；またはホスホチオエートから選択され；そして
該ポリヌクレオチドは、２〜１０００ヌクレオチドを含む、
標識されたポリヌクレオチド。
【請求項２４】
式ＶＩＩの構造を有する、請求項２３に記載の標識されたポリヌクレオチド。
【請求項２５】
請求項１６〜２３のいずれか１項に記載の標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチドであって、該標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチドが前記エネルギー移動色素で標識される場合、該エネルギー移動色素は、結合、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有し、かつ２つの一価のラジカル中心を有する炭化水素基、または、Ｃ６−Ｃ２０アリールジイルからなる群より選択されるリンカーによって、該標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチドに共有結合される、標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチド。
【請求項２６】
請求項１６〜２３のいずれか１項に記載の標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチドであって、該標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチドが前記エネルギー移動色素で標識される場合、該エネルギー移動色素は、アルキニルリンカーを介して該ヌクレオシド、該ヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドに共有結合される、標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチド。
【請求項２７】
請求項１６〜２６のいずれか１項に記載の標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチドであって、前記リンカーが、以下の式：
【化８】
2009108098.tif 000008
の構造を有し、ここで、ｎが０、１または２である、標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチド。
【請求項２８】
請求項２５に記載の標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチドであって、該標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチドが前記エネルギー移動色素で標識される場合、前記スルホン化ジアリールローダミン化合物のＲ４０カルボキシル部分は、該スルホン化ジアリールローダミン化合物を該ヌクレオシド、該ヌクレオチドもしくは該ポリヌクレオチドに結合する連結部分であるか、または、該ヌクレオシド、該ヌクレオチドもしくは該ポリヌクレオチドにさらに結合されたリンカーに該スルホン化ジアリールローダミン化合物を結合する連結部分である、標識されたヌクレオシド、標識されたヌクレオチド、または標識されたポリヌクレオチド。
【請求項２９】
請求項１に記載のエネルギー移動色素の共有結合されたポリペプチドを含む標識されたポリペプチドであって、該ポリペプチドのアミノ末端、アミノ側鎖、またはカルボキシル側鎖のヒドロキシスクシンイミドエステルは、前記エネルギー移動色素の連結部分に結合される、標識されたポリペプチド。
【請求項３０】
以下の式：
【化９】
2009108098.tif 000009
の構造を有するホスホラミダイト化合物であって、ここで：
ＤＹＥは請求項１に記載のエネルギー移動色素であり；
Ｌは、必要に応じて置換された、飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素を含むリンカーであり；
Ｒ３０およびＲ３１は、別々に、Ｃ１〜Ｃ１２アルカニル、Ｃ１〜Ｃ１２シクロアルカニルおよびアリールからなる群より選択されるか；またはＲ３０およびＲ３１は、ホスホラミダイト窒素原子と一緒になって飽和窒素複素環を形成し；そして
Ｒ３２は亜リン酸エステル保護基を含む、
ホスホラミダイト化合物。
【請求項３１】
Ｒ３２がメチル、２−シアノエチルおよび２−（４−ニトロフェニル）エチルからなる群より選択される、請求項３０に記載のホスホラミダイト化合物。
【請求項３２】
Ｒ３０およびＲ３１が各々イソプロピルである、請求項３０に記載のホスホラミダイト化合物。
【請求項３３】
Ｒ３０およびＲ３１が一緒になってモルホリノとなる、請求項３０に記載のホスホラミダイト化合物。
【請求項３４】
ＬがＣ１〜Ｃ１２アルキルジイルである、請求項３０に記載のホスホラミダイト化合物。
【請求項３５】
Ｌが前記ＤＹＥのＲ２、Ｒ２’、Ｒ１２またはＲ１２’において結合される、請求項３０に記載のホスホラミダイト化合物。
【請求項３６】
以下の構造：
【化１０】
2009108098.tif 000010
を有する、請求項３０に記載のホスホラミダイト化合物。
【請求項３７】
Ｌが以下：
【化１１】
2009108098.tif 000011
であり、そしてｎが１〜１０の範囲である、請求項３０に記載のホスホラミダイト化合物。