【手続補正書】
【提出日】平成22年8月17日(2010.8.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ)それぞれ独立して３〜１５０個のヌクレオチドを有し、相互に実質的に相補的であることから第１ハイブリダイズした二重鎖(first hybridized duplex)を形成する第１対象配列及び第１相補配列からなる第１核酸配列対；
ｂ)前記第１対象配列と前記第１相補配列のうち少なくとも一つに接合されており、少なくとも一つの標的因子と特異的に相互作用する少なくとも一つの認識要素；及び
ｃ)前記第１ハイブリダイズした二重鎖の量の関数としてその大きさが示される特徴的シグナルを発生する少なくとも一つの検出可能なラベル；からなる構成成分のうち少なくとも一つ、好ましくは全部を作動可能に連結された状態に含むプローブであって、
前記標的因子が存在するときに、前記標的因子と前記認識要素との前記相互作用により前記第１ハイブリダイズした二重鎖の量が、前記標的因子が存在しないときの量に比べて変化することによって前記特徴的シグナルが変化すること、
前記認識要素は、不安定化因子と少なくとも一つの切断部位とを含むプローブ基質であり、前記標的因子は、切断部位を特異的に切断しうる反応誘発因子であり、前記切断部位の第１末端は、前記不安定化因子に接合されており、前記切断部位の第２末端は、前記第１対象配列または第１相補配列に少なくとも一つの連結要素により共有結合で連結されていることを特徴とするプローブ。
【請求項２】
前記第１ハイブリダイズした二重鎖の融解温度が、前記切断部位が前記反応誘発因子により切断されることによって少なくとも１℃増加する請求項１に記載のプローブ。
【請求項３】
前記連結要素が、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項１に記載のプローブ。
【請求項４】
前記不安定化因子が、前記切断部位の前記第１末端とリンカーにより共有結合または非共有結合的に連結されている請求項１に記載のプローブ。
【請求項５】
前記不安定化因子が、ビオチン(biotin)に結合するストレプトアビジン(streptavidin)またはその誘導体であり、前記ビオチンは、前記切断部位の第１末端にリンカーにより共有結合で連結されている請求項４に記載のプローブ。
【請求項６】
前記リンカーが、化学結合、二価原子、二価の化学部分、及び多価の化学部分からなる群より選ばれる請求項４に記載のプローブ。
【請求項７】
前記切断部位が、プロテアーゼ(protease)、エンドヌクレアーゼ(endonuclease)、リパーゼ(lipase)、またはグリコシダーゼ(glycosidase)によって特異的に切断される請求項１に記載のプローブ。
【請求項８】
前記切断部位が、哺乳類またはウイルスのプロテアーゼによって特異的に切断される請求項７に記載のプローブ。
【請求項９】
前記切断部位が、ヒト病原体(human pathogen)と関連するプロテアーゼによって特異的に切断される請求項７に記載のプローブ。
【請求項１０】
前記プロテアーゼが、サイトメガロウイルス(cytomegalovirus:ＣＭＶ)、単純ヘルペスウイルス(herpes simplex virus:ＨＳＶ)、肝炎ウイルス(hepatitis virus)、マラリア原虫(plasmodium)、ヒト免疫不全ウイルス(human immunodeficiency virus:ＨＩＶ)、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス(Kaposi's sarcoma-associated herpes virus:ＫＳＨＶ)、黄熱ウイルス(yellow fever virus)、フラビウイルス(flavivirus)、またはライノウイルス(rhinovirus)から発現するプロテアーゼである請求項９に記載のプローブ。
【請求項１１】
前記プロテアーゼが、セリン型(serine-type)、システイン型(cystein-type)、またはアスパラギン酸型(aspartate-type)プロテアーゼである請求項７に記載のプローブ。
【請求項１２】
前記ヒト病原体が酵母(yeast)、細菌(bacterium)、真菌類(fungi)、線虫(nematode)、ウイルス(virus)、または原生動物(protozoa)である請求項１０に記載のプローブ。
【請求項１３】
前記切断部位が、血液凝固(blood coagulation)、アポトーシス(apoptosis)、アルツハイマー病(Alzheimer's disease)、または細胞外マトリックス(extracellular matrix)と関連している哺乳類のプロテアーゼによって特異的に切断される請求項８に記載のプローブ。
【請求項１４】
前記プローブは、第２対象配列と第２相補配列とからなる競争する核酸配列である第２核酸配列対をさらに含むプローブであって、
前記第２対象配列と前記第２相補配列はそれぞれ独立して３〜１５０個のヌクレオチドを有し、相互に実質的に相補的であることから第２ハイブリダイズした二重鎖(second hybridized duplex)を形成し；
前記第１対象配列と前記第２対象配列は、一つの対象配列内に含まれていながら、少なくとも一つのヌクレオチドからなる重複領域を有し、
前記標的因子が存在するときに、前記標的因子と前記認識要素との前記相互作用により、前記標的因子が存在しないときに比べて前記第１ハイブリダイズした二重鎖及び前記第２ハイブリダイズした二重鎖のいずれか一つの量は減少し、残り一つの量は増加することによって、前記特徴的シグナルが変化する請求項１に記載のプローブ。
【請求項１５】
前記認識要素が、前記重複領域を除いた前記第１対象配列、または前記第１相補配列に接合されている請求項１４に記載のプローブ。
【請求項１６】
前記対象配列及び前記相補配列が、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡ、及びＤＮＡとＲＮＡとの混合物からなる群より選ばれる請求項１及び１４のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項１７】
前記標的因子が存在しないときに、前記第２ハイブリダイズした二重鎖が、前記第１ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項１４に記載のプローブ。
【請求項１８】
前記標的因子が過量存在するときに、前記第１ハイブリダイズした二重鎖が、前記第２ハイブリダイズした二重鎖に比べて優先的に形成される請求項１７に記載のプローブ。
【請求項１９】
前記検出可能なラベルが、蛍光体、発光体、放射線同位元素、酵素、抗体、抗原、電気化学的ラベルからなる群より選ばれる非相互作用性ラベルである請求項１に記載のプローブ。
【請求項２０】
前記プローブは、前記第１対象配列を含む第１分子及び前記第１相補配列を含む第２分子からなる二分子プローブであって、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第１及び第２分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されている請求項１９に記載のプローブ。
【請求項２１】
前記第１分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第２分子に共有結合で連結されている請求項２０に記載のプローブ。
【請求項２２】
前記第２分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第１分子に共有結合で連結されている請求項２０に記載のプローブ。
【請求項２３】
前記検出可能なラベルが、二本鎖核酸に優先的に結合しうるインターカレート染色剤(intercalating dye)である請求項１に記載のプローブ。
【請求項２４】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第１対象配列に接合されている第１ラベル部分と、前記第１相補配列に接合されている第２ラベル部分とを含む相互作用性ラベル対を含み、前記第１ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１に記載のプローブ。
【請求項２５】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項２４に記載のプローブ。
【請求項２６】
前記プローブが、前記第１ラベル部分を含んでいる前記第１対象配列を含む第１分子と、前記第２ラベル部分を含んでいる前記第１相補配列を含む第２分子とからなる二分子プローブである請求項２４に記載のプローブ。
【請求項２７】
前記第１または第２分子が支持体に固定化されている請求項２６に記載のプローブ。
【請求項２８】
前記プローブが、前記第１対象配列及び前記第１相補配列がループ部分により共有結合で連結されている単分子プローブである請求項２４に記載のプローブ。
【請求項２９】
前記ループ部分が、前記第１対象配列の５'または３'末端のいずれかを前記第１相補配列の５'または３'末端のいずれかに連結する請求項２８に記載のプローブ。
【請求項３０】
前記ループ部分が、４〜１００個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項２８に記載のプローブ。
【請求項３１】
前記第１対象配列、前記ループ部分、及び前記第１相補配列が、５'から３'方向または３'から５'方向に順次に共有結合で連結されている請求項３０に記載のプローブ。
【請求項３２】
支持体に固定化されている請求項２８に記載のプローブ。
【請求項３３】
前記プローブは単分子プローブであって、前記第１対象配列と前記第１相補配列とがループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記単分子プローブの相異なる位置に接合されている第１及び第２ラベル部分を含む相互作用性ラベル対を含み、前記第１ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１に記載のプローブ。
【請求項３４】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項３３に記載のプローブ。
【請求項３５】
前記第１及び第２ラベル部分のうち少なくとも一つが、前記ループ部分に共有結合で連結されている請求項３３に記載のプローブ。
【請求項３６】
支持体に固定化されている請求項３３に記載のプローブ。
【請求項３７】
前記プローブは、前記第１対象配列の５'末端に共有結合で連結された５'アーム配列(5' arm sequence)と、前記第１対象配列の３'末端に共有結合で連結された３'アーム配列(3' arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第１対象配列が前記第１相補配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は、３〜３５個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し；
前記検出可能なラベルは、前記５'アーム配列に接合された第１ラベル部分と前記３'アーム配列に接合された第２ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１に記載のプローブ。
【請求項３８】
前記プローブは、前記第１相補配列の５’末端に共有結合で連結された５’アーム配列(5’arm sequence)と、前記第１相補配列の３’末端に共有結合で連結された３’アーム配列(3’arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第１対象配列が前記第１相補配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は、３〜３５個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し；
前記検出可能なラベルは、前記５'アーム配列に接合された第１ラベル部分と、前記３'アーム配列に接合された第２ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１に記載のプローブ。
【請求項３９】
前記プローブは、前記第１対象配列の５'末端に共有結合で連結された第１の５’アーム配列(first 5'arm sequence)と前記第１対象配列の３'末端に共有結合で連結された第１の３’アーム配列(first 3'arm sequence)とからなる第１アーム配列対と、前記第１相補配列の５'末端に共有結合で連結された第２の５’アーム配列(second 5’arm sequence)と前記第１相補配列の３’末端に共有結合で連結された第２の３’アーム配列(second 3’arm sequence)とからなる第２アーム配列対と、からなる２対の核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第１対象配列が前記第１相補配列にハイブリダイズしていないときに、前記第１アーム配列対は、３〜３５個の相補的な塩基対を有する第１ステム二重鎖(first stem duplex)を形成し、前記第２アーム配列対は、３〜３５個の相補的な塩基対を有する第２ステム二重鎖(second stem duplex)を形成し；
前記検出可能なラベルは、前記第１の５’アーム配列に接合された第１ラベル部分と前記第１の３’アーム配列に接合された第２ラベル部分とからなる第１ラベル対と、前記第２の５’アーム配列に接合された第３ラベル部分と前記第２の３’アーム配列に接合された第４ラベル部分とからなる第２ラベル対と、からなる２対の相互作用性ラベル対を含み、前記第１ステム二重鎖が形成されるときに前記第１ラベル対が相互作用し、前記第２ステム二重鎖が形成されるときに前記第２ラベル対が相互作用する請求項１に記載のプローブ。
【請求項４０】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項３７ないし３９のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項４１】
前記プローブは、前記第１対象配列を含む第１分子及び前記第１相補配列を含む第２分子からなる二分子プローブである請求項３７ないし３９のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項４２】
前記第１または第２分子が支持体に固定化されている請求項４１に記載のプローブ。
【請求項４３】
前記プローブは、少なくとも前記第１対象配列を含む第１構成要素及び少なくとも前記第１相補配列を含む第２構成要素がループ部分により共有結合で連結されている単分子プローブである請求項３７ないし３９のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項４４】
支持体に固定化されている請求項４３に記載のプローブ。
【請求項４５】
前記検出可能なラベルが、蛍光体、発光体、放射線同位元素、酵素、抗体、抗原、電気化学的ラベルからなる群より選ばれる非相互作用性ラベルである請求項１４に記載のプローブ。
【請求項４６】
前記プローブは、前記対象配列を含む第１分子、前記第１相補配列を含む第２分子、及び前記第２相補配列を含む第３分子からなる三分子プローブであって、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第１、第２及び第３分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されている請求項４５に記載のプローブ。
【請求項４７】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第２及び第３分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されており、仮に、両分子ともラベルされているなら、各分子が相異なるラベルを有する請求項４６に記載のプローブ。
【請求項４８】
前記第１分子が支持体に固定化されている請求項４７に記載のプローブ。
【請求項４９】
前記第２または第３分子のいずれかが支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが前記第１分子に共有結合で連結されている請求項４５に記載のプローブ。
【請求項５０】
前記プローブは、前記第１及び第２相補配列のうち一つと前記対象配列とを含む第１分子と、残りの配列を含む第２分子とからなる二分子プローブであって、前記第１分子に含まれた前記二つの配列が、ループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第１及び第２分子のうち少なくとも一つに共有結合で連結されている請求項４５に記載のプローブ。
【請求項５１】
前記第１分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが前記第２分子に共有結合で連結されている請求項５０に記載のプローブ。
【請求項５２】
前記第２分子が支持体に固定化されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが前記第１分子に共有結合で連結されている請求項５０に記載のプローブ。
【請求項５３】
前記検出可能なラベルが、二本鎖核酸に優先的に結合しうるインターカレート染色剤(intercalating dye)である請求項１４に記載のプローブ。
【請求項５４】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第１対象配列に接合されている第１ラベル部分と、前記第１相補配列に接合されている第２ラベル部分とを含む相互作用性ラベル対を含み、前記第１ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１４に記載のプローブ。
【請求項５５】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、前記第２対象配列に接合されている第１ラベル部分と、前記第２相補配列に接合されている第２ラベル部分とを含む相互作用性ラベル対を含み、前記第２ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１４に記載のプローブ。
【請求項５６】
前記少なくとも一つの検出可能なラベルが、第１ラベル対と第２ラベル対とからなる２対の相異なる相互作用性ラベル対を含むプローブであって、前記第１ラベル対は、前記第１対象配列に接合されている第１ラベル部分と前記第１相補配列に接合されている第２ラベル部分とを含み、前記第２ラベル対は、前記第２対象配列に接合されている第３ラベル部分と前記第２相補配列に接合されている第４ラベル部分とを含み、前記第１ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに前記第１及び第２ラベル部分が相互作用し、前記第２ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに前記第３及び第４ラベル部分が相互作用する請求項１４に記載のプローブ。
【請求項５７】
前記第１及び第３ラベル部分が同じ部分である請求項５６に記載のプローブ。
【請求項５８】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項５４ないし５６のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項５９】
前記プローブは、前記対象配列を含む第１分子、前記第１相補配列を含む第２分子、及び前記第２相補配列を含む第３分子からなる三分子プローブである請求項５４ないし５６のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項６０】
前記第１、第２及び第３分子のうち一つが、支持体に固定化されている請求項５９に記載のプローブ。
【請求項６１】
前記プローブは、前記対象配列、前記第１相補配列及び前記第２相補配列のうち二つを含む第１分子と、残りの配列を含む第２分子とからなる二分子プローブであって、前記第１分子に含まれた前記二つの配列が、ループ部分により共有結合で連結されている請求項５４ないし５６のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項６２】
前記第１または第２分子が、支持体に固定化されている請求項６１に記載のプローブ。
【請求項６３】
前記プローブは、単分子プローブであって、前記対象配列、前記第１相補配列及び前記第２相補配列が少なくとも一つのループ部分により共有結合で連結されている請求項５４ないし５６のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項６４】
前記ループ部分が、４〜１００個のヌクレオチドを有する核酸配列である請求項６３に記載のプローブ。
【請求項６５】
前記第１相補配列、第１ループ部分、前記対象配列、第２ループ部分及び前記第２相補配列が、５’から３’方向または３'から５'方向に順次に共有結合で連結されている請求項６４に記載のプローブ。
【請求項６６】
前記対象配列、第１ループ部分、前記第１相補配列、第２ループ部分及び前記第２相補配列が、５’から３’方向または３'から５'方向に順次に共有結合で連結されている請求項６４に記載のプローブ。
【請求項６７】
前記対象配列、第１ループ部分、前記第２相補配列、第２ループ部分及び前記第１相補配列が、５’から３’方向または３'から５'方向に順次に共有結合で連結されている請求項６４に記載のプローブ。
【請求項６８】
支持体に固定化されている請求項６３に記載のプローブ。
【請求項６９】
前記プローブは、単分子プローブであって、前記対象配列、前記第１相補配列、及び前記第２相補配列が少なくとも一つのループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルが少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含み、各ラベル対は、前記単分子プローブの相異なる位置に接合されている第１及び第２ラベル部分を含み、前記第１または第２ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１４に記載のプローブ。
【請求項７０】
前記第１及び第２ラベル部分のうち少なくとも一つが、前記ループ部分に共有結合で連結されている請求項６９に記載のプローブ。
【請求項７１】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項６９に記載のプローブ。
【請求項７２】
支持体に固定化されている請求項６９に記載のプローブ。
【請求項７３】
前記プローブは、前記対象配列、前記第１相補配列及び前記第２相補配列のうち二つを含む第１分子と、残りの配列を含む第２分子とからなる二分子プローブであって、前記第１分子に含まれた前記二つの配列がループ部分により共有結合で連結されており、前記少なくとも一つの検出可能なラベルは、少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含み、各ラベル対は、前記単分子プローブの相異なる位置に接合されている第１及び第２ラベル部分を含み、前記第１または第２ハイブリダイズした二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１４に記載のプローブ。
【請求項７４】
前記第１及び第２ラベル部分のうち少なくとも一つが、前記ループ部分に共有結合で連結されている請求項７３に記載のプローブ。
【請求項７５】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項７３に記載のプローブ。
【請求項７６】
前記第１または第２分子が支持体に固定化されている請求項７３に記載のプローブ。
【請求項７７】
前記プローブは、前記第１相補配列の５’末端に共有結合で連結された５’アーム配列(5’arm sequence)と、前記第１相補配列の３’末端に共有結合で連結された３’アーム配列(3’arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第１相補配列が前記第１対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は３〜３５個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し；
前記検出可能なラベルは、前記５'アーム配列に接合された第１ラベル部分と、前記３'アーム配列に接合された第２ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１４に記載のプローブ。
【請求項７８】
前記プローブは、前記第２相補配列の５’末端に共有結合で連結された５’アーム配列(5’arm sequence)と、前記第２相補配列の３’末端に共有結合で連結された３’アーム配列(3’arm sequence)とからなる核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第２相補配列が前記第２対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記アーム配列対は３〜３５個の相補的な塩基対を有するステム二重鎖(stem duplex)を形成し；
前記検出可能なラベルは、前記５'アーム配列に接合された第１ラベル部分と、前記３'アーム配列に接合された第２ラベル部分とからなる相互作用性ラベル対を含み、前記ステム二重鎖が形成されるときに、前記第１及び第２ラベル部分が相互作用する請求項１４に記載のプローブ。
【請求項７９】
前記プローブは、前記第１相補配列の５’末端に共有結合で連結された第１の５’アーム配列(first 5’arm sequence)と前記第１相補配列の３’末端に共有結合で連結された第１の３’アーム配列(first 3’arm sequence)とからなる第１アーム配列対と、前記第２相補配列の５’末端に共有結合で連結された第２の５’アーム配列(second 5’arm sequence)と前記第２相補配列の３’末端に共有結合で連結された第２の３’アーム配列(second 3’arm sequence)とからなる第２アーム配列対と、からなる２対の核酸アーム配列対をさらに含むプローブであって、
前記第１相補配列が前記第１対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記第１アーム配列対は、３〜３５個の相補的な塩基対を有する第１ステム二重鎖(first stem duplex)を形成し、前記第２相補配列が前記第２対象配列にハイブリダイズしていないときに、前記第２アーム配列対は、３〜３５個の相補的な塩基対を有する第２ステム二重鎖(second stem duplex)を形成し；
前記検出可能なラベルは、前記第１の５’アーム配列に接合された第１ラベル部分と前記第１の３’アーム配列に接合された第２ラベル部分とからなる第１ラベル対と、前記第２の５’アーム配列に接合された第３ラベル部分と前記第２の３’アーム配列に接合された第４ラベル部分とからなる第２ラベル対と、からなる２対の相互作用性ラベル対を含み、前記第１ステム二重鎖が形成されるときに前記第１ラベル対が相互作用し、前記第２ステム二重鎖が形成されるときに前記第２ラベル対が相互作用する請求項１４に記載のプローブ。
【請求項８０】
前記相互作用性ラベル対が蛍光体と消光体からなり、前記相互作用性ラベル対の相互作用により前記プローブの蛍光の変化が起こり、該蛍光の変化が、強度の減少、寿命の減少、偏光の変化、波長の変化からなる群より選ばれる請求項７７ないし７９のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項８１】
前記プローブは、前記対象配列を含む第１分子、前記第１相補配列を含む第２分子、及び前記第２相補配列を含む第３分子からなる三分子プローブである請求項７７ないし７９のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項８２】
前記第１、第２及び第３分子のうち一つが、支持体に固定化されている請求項８１に記載のプローブ。
【請求項８３】
前記プローブは、前記対象配列、前記第１相補配列及び前記第２相補配列のうち二つを含む第１分子と、残りの配列を含む第２分子とからなる二分子プローブであって、前記第１分子に含まれた前記二つの配列が、ループ部分により共有結合で連結されている請求項７７ないし７９のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項８４】
前記第１及び第２分子のうち一つが、支持体に固定化されている請求項８３に記載のプローブ。
【請求項８５】
前記プローブは単分子プローブであって、前記対象配列を含む第１分子、前記第１相補配列を含む第２分子、及び前記第２相補配列を含む第３分子が、少なくとも一つのループ部分により共有結合で連結されている請求項７７ないし７９のいずれか一項に記載のプローブ。
【請求項８６】
支持体に固定化されている請求項８５に記載のプローブ。
【請求項８７】
切断部位を特異的に切断しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
ａ)前記試料を、請求項１によるプローブと接触させる段階；及び
ｂ)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階；
を含むアッセイ。
【請求項８８】
切断部位を特異的に切断しうる反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
ａ)標的化合物を、前記反応誘発因子の存在下で請求項１によるプローブと接触させる段階；及び
ｂ)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階；
を含むアッセイ。
【請求項８９】
前記確認する段階が、前記特徴的シグナルの大きさを測定することを含む請求項８７及び８８のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項９０】
前記確認する段階が、前記特徴的シグナルの大きさを時間の関数として測定することを含む請求項８９に記載のアッセイ。
【請求項９１】
前記検出温度が、前記反応誘発因子が存在しない時の前記第１ハイブリダイズした二重鎖の融解温度よりも少なくとも５℃高い請求項８７及び８８のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項９２】
前記プローブが、少なくとも一つの非相互作用性ラベルを有する二分子プローブまたは三分子プローブである請求項８７及び８８のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項９３】
前記プローブは固定化したプローブでなく、前記確認する段階が、ハイブリダイズした種とハイブリダイズしていない種を分離することを含む請求項９２に記載のアッセイ。
【請求項９４】
前記プローブは固定化したプローブであり、前記確認する段階が、非結合の種を洗浄することを含む請求項９２に記載のアッセイ。
【請求項９５】
前記検出可能なラベルが、インターカレート染色剤(intercalating dye)である請求項８７及び８８のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項９６】
前記プローブは固定化したプローブでなく、前記確認する段階が、ハイブリダイズした種とハイブリダイズしていない種を分離することを含む請求項９５に記載のアッセイ。
【請求項９７】
前記プローブは固定化したプローブであり、前記確認する段階が、非結合の種を洗浄することを含む請求項９５に記載のアッセイ。
【請求項９８】
前記プローブが、少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含むプローブである請求項８７及び８８のいずれか一項に記載のアッセイ。
【請求項９９】
前記相互作用性ラベル対が、蛍光体と消光体の対または発光体と消光体の対である請求項９８に記載のアッセイ。
【請求項１００】
前記プローブが単分子プローブである請求項９８に記載のアッセイ。
【請求項１０１】
前記プローブが二分子プローブである請求項９８に記載のアッセイ。
【請求項１０２】
前記プローブが三分子プローブである請求項９８に記載のアッセイ。
【請求項１０３】
前記プローブが固定化したプローブである請求項９８に記載のアッセイ。
【請求項１０４】
前記プローブが、蛍光体及び消光体、または発光体及び消光体からなる少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含む単分子プローブである請求項８７に記載のアッセイ。
【請求項１０５】
前記試料が細胞または組織であり、前記接触させる段階が、前記プローブを細胞、または組織の内部もしくは外部に導入させることを含む請求項１０４に記載のアッセイ。
【請求項１０６】
前記プローブが、蛍光体及び消光体、または発光体及び消光体からなる少なくとも一つの相互作用性ラベル対を含む単分子プローブである請求項８８に記載のアッセイ。
【請求項１０７】
前記試料が細胞または組織であり、前記接触させる段階が、前記プローブと前記標的化合物を前記細胞または組織の内部もしくは外部に導入させることを含む請求項１０６に記載のアッセイ。
【請求項１０８】
前記反応誘発因子が、前記細胞または組織の内部もしくは外部に存在する酵素である請求項１０７に記載のアッセイ。
【請求項１０９】
前記反応誘発因子が、酵素をコードするベクトルを導入することによって、前記細胞または組織の内部で組み換え的に発現される酵素である請求項１０８に記載のアッセイ。
【請求項１１０】
切断部位を特異的に切断しうる少なくとも一つの標的反応誘発因子の試料中における存在有無を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
ｃ)前記試料を、請求項１７によるプローブと接触させる段階；及び
ｄ)前記検出温度において前記標的反応誘発因子がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階；
を含むアッセイ。
【請求項１１１】
切断部位を特異的に切断しうる反応誘発因子に対する阻害剤または増強剤を、検出温度を含む条件下で検出するためのアッセイにおいて、
ａ)標的化合物を、前記反応誘発因子の存在下で請求項１７によるプローブと接触させる段階；及び
ｂ)前記検出温度において前記標的化合物がない時と比べて前記特徴的シグナルの大きさに変化があるか確認する段階；
を含むアッセイ。
【請求項１１２】
請求項１及び１４のいずれか一項による少なくとも一つのプローブと、少なくとも一つの標的因子または標的リガンドを検出するか、または、前記標的因子及び前記認識要素の相互作用を阻害または増強させる阻害剤または増強剤を検出するためのアッセイを行うための説明書と、を含むキット。
【請求項１１３】
塩、緩衝溶液、ヌクレアーゼ(nuclease)阻害剤、酵素または酵素結合ラベルの基質、受容体因子、反応誘発因子、標的因子として作用する受容体タンパク質または酵素をコードするベクトル、及び連結試薬からなる群より選ばれる一つ以上の試薬をさらに含む請求項１１２に記載のキット。
【請求項１１４】
in vivoまたはin situアッセイを実行するのに適している一つ以上の成分をさらに含むキットであって、前記成分は、透過誘導因子(permeabilizing agent)及びリボゾーム前駆体(liposome precursor)からなる群より選ばれ、前記プローブを細胞内に導入するために必要な成分である請求項１１２に記載のキット。
【請求項１１５】
前記プローブが固定化したプローブである請求項１１２に記載のキット。
【請求項１１６】
異なる標的因子を有し、同一支持体の予め定められた位置に固定化されている、本発明による少なくとも一つの追加的な固定化したプローブを含む請求項１１５に記載のキット。
【請求項１１７】
同一の標的因子を有し、同一の支持体の予め定められた異なる位置に固定化されている、本発明による少なくとも一つの追加的な固定化したプローブを含む請求項１１５に記載のキット。
【請求項１１８】
請求項１または１４による少なくとも一つのプローブを含む標的検出システム。