【手続補正書】
【提出日】平成22年9月24日(2010.9.24)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、以下：
標的に対して特異性を有する初期抗体を提供する工程；
該初期抗体の可変領域の配列を決定する工程；ならびに
（ｉ）ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４からなる群より選択される該可変領域の第１の部分を選択する工程；
該第１の部分の配列と、標的種由来の抗体配列または抗体フラグメント配列の参照データベース中に含まれる配列とを比較する工程；
該第１の部分に対して高度の相同性を示す配列を該データベース中の抗体から選択する工程；
（ｉｉ）該第１の部分とは異なる該可変領域の第２の部分を選択する工程であって、該第２の部分が、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４からなる群より選択される、工程；
該第２の部分の配列と、該標的種由来の抗体配列または抗体フラグメント配列の参照データベースに含まれる配列とを比較する工程；
該第２の部分に対して高度の相同性を示し、かつ工程（ｉ）において選択される該抗体とは異なる抗体に由来する配列を該データベースから選択する工程；ならびに
（ｉｉｉ）該選択されたフレームワーク配列と該初期抗体の１つ以上のＣＤＲとを作動可能に連結して、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成する工程、
を包含する、方法。
【請求項２】
請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、以下：
前記第１および第２の部分とは異なる前記可変領域の第３の部分を選択する工程であって、該第３の部分は、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４からなる群より選択される、工程；
該第３の部分の配列と、前記標的種由来の抗体配列または抗体フラグメント配列の参照データベース中に含まれる配列とを比較する工程；
該第３の部分に対して高度の相同性を示し、かつ工程（ｉ）および（ｉｉ）における選択のために使用される該参照データベース中の抗体と同じか、または異なる抗体に由来する配列を該データベースから選択する工程；ならびに
該選択されたフレームワーク配列と該初期抗体の１つ以上のＣＤＲとを作動可能に連結して、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項３】
請求項２に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、以下：
前記第１、第２および第３の部分とは異なる前記可変領域の第４の部分を選択する工程であって、該第４の部分は、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４からなる群より選択される、工程；
該第４の部分の配列と、前記標的種由来の抗体配列または抗体フラグメント配列の参照データベース中に含まれる配列とを比較する工程；
該第４の部分に対して高度の相同性を示し、かつ工程（ｉ）、（ｉｉ）および請求項２における選択のために使用される該参照データベース中の抗体と同じか、または異なる抗体に由来する配列を該データベースから選択する工程；ならびに
該選択されたフレームワーク配列と該初期抗体の１つ以上のＣＤＲとを作動可能に連結して、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成する工程、
をさらに包含する、方法。
【請求項４】
前記第１の部分が、ＣＤＲを含む、請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５】
前記第２の部分が、ＣＤＲを含む、請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項６】
前記第１の部分が、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４からなる群の２つまたは３つのメンバーの組み合わせである、請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項７】
前記第２の部分が、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４からなる群の２つまたは３つのメンバーの組み合わせである、請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項８】
前記初期抗体の可変領域が、可変重鎖および可変軽鎖からなる群より選択される、請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項９】
可変重鎖および可変軽鎖からなる群より選択される抗体フラグメントが生成される、請求項３に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項１０】
前記配列が、アミノ酸配列または核酸配列である、請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項１１】
前記抗体フラグメントが、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、ダイアボディ、抗体軽鎖および抗体重鎖からなる群より選択される、請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項１２】
前記標的種が、ヒトである、請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項１３】
請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、前記初期抗体由来のＦＲ１領域配列を個々に使用して、高度の相同性を有する配列についての前記参照データベースを検索する、方法。
【請求項１４】
請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、前記初期抗体由来のＦＲ２領域配列を個々に使用して、高度の相同性を有する配列についての前記参照データベースを検索する、方法。
【請求項１５】
請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、前記初期抗体由来のＦＲ３領域配列を個々に使用して、高度の相同性を有する配列についての前記参照データベースを検索する、方法。
【請求項１６】
請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、前記初期抗体由来のＦＲ４領域配列を個々に使用して、高度の相同性を有する配列についての前記参照データベースを検索する、方法。
【請求項１７】
請求項１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、前記参照データベースが、前記標的種の生殖細胞系列配列または再配列された配列を含む、方法。
【請求項１８】
第１の抗体由来の第１の重鎖フレームワーク領域、および第２の抗体由来の第２の重鎖フレームワーク領域を含む、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項１９】
前記第１の抗体、前記第２の抗体および該第１の抗体でも該第２の抗体でもない第３の抗体からなる群より選択される抗体由来の第３の重鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項１８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項２０】
前記第１の抗体、前記第２の抗体、前記第３の抗体および該第１の抗体でも該第２の抗体でも該第３の抗体でもない第４の抗体からなる群より選択される抗体由来の第４の重鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項１９に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項２１】
前記フレームワーク領域が、ヒト起源であり、かつ、前記ＣＤＲが、非ヒト起源である、請求項１８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項２２】
第１の抗体由来の第１の軽鎖フレームワーク領域、および第２の抗体由来の第２の軽鎖フレームワーク領域を含む、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項２３】
前記第１の抗体、前記第２の抗体および該第１の抗体でも該第２の抗体でもない第３の抗体からなる群より選択される抗体由来の第３の軽鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項２２に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項２４】
前記第１の抗体、前記第２の抗体、前記第３の抗体および該第１の抗体でも該第２の抗体でも該第３の抗体でもない第４の抗体からなる群より選択される抗体由来の第４の軽鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項２３に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項２５】
前記フレームワーク領域が、ヒト起源であり、かつ、前記ＣＤＲが、非ヒト起源である、請求項２２に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項２６】
請求項１８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを含む、抗体または抗体フラグメントのライブラリー。
【請求項２７】
請求項２２に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを含む、抗体または抗体フラグメントのライブラリー。
【請求項２８】
第１の抗体由来の第１の重鎖フレームワーク領域および第２の抗体由来の第２の重鎖フレームワーク領域を含む、ハイブリッド抗体またはハリブリッド抗体フラグメントであって、該第１の重鎖フレームワーク領域が、特定のＶＨファミリーに対応し、該第２の重鎖フレームワーク領域が、該第１の重鎖フレームワーク領域と同じＶＨファミリーに対応する、ハイブリッド抗体またはハリブリッド抗体フラグメント。
【請求項２９】
前記第１の抗体、前記第２の抗体および該第１の抗体でも該第２の抗体でもない第３の抗体からなる群より選択される抗体由来の第３の重鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項２８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントであって、該第３の重鎖フレームワーク領域が、前記第１の重鎖フレームワーク領域と同じＶＨファミリーに対応する、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項３０】
前記第１の抗体、前記第２の抗体、前記第３の抗体および該第１の抗体でも該第２の抗体でも該第３の抗体でもない第４の抗体からなる群より選択される抗体由来の第４の重鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項２９に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項３１】
前記第２の重鎖フレームワーク領域および前記第３の重鎖フレームワーク領域のいずれか、またはその両方が、前記第１の重鎖フレームワーク領域と同じ前記ＶＨファミリーのメンバーに対応する、請求項３０に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項３２】
前記フレームワーク領域が、ヒト起源であり、かつ、前記ＣＤＲが、非ヒト起源である、請求項２８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項３３】
第１の抗体由来の第１の軽鎖フレームワーク領域および第２の抗体由来の第２の軽鎖フレームワーク領域を含む、ハイブリッド抗体またはハリブリッド抗体フラグメントであって、該第１の軽鎖フレームワーク領域が、特定のＶＫファミリーに対応し、該第２の軽鎖フレームワーク領域が、該第１の軽鎖フレームワーク領域と同じＶＫファミリーに対応する、ハイブリッド抗体またはハリブリッド抗体フラグメント。
【請求項３４】
前記第１の抗体、前記第２の抗体、および該第１の抗体でも該第２の抗体でもない第３の抗体からなる群より選択される抗体由来の第３の軽鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項３３に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントであって、該第３の軽鎖フレームワーク領域が、該第１の軽鎖フレームワーク領域と同じＶＫファミリーに対応する、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項３５】
前記第１の抗体、前記第２の抗体、前記第３の抗体および該第１の抗体でも該第２の抗体でも該第３の抗体でもない第４の抗体からなる群より選択される抗体由来の第４の軽鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項３４に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項３６】
前記第２の軽鎖フレームワーク領域および前記第３の軽鎖フレームワーク領域のいずれか、またはその両方が、前記第１の軽鎖フレームワーク領域と前記ＶＫファミリーのメンバーに対応する、請求項３５に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項３７】
前記フレームワーク領域が、ヒト起源であり、かつ、前記ＣＤＲが、非ヒト起源である、請求項３３に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項３８】
請求項２８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを含む、抗体または抗体フラグメントのライブラリー。
【請求項３９】
請求項３３に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを含む、抗体または抗体フラグメントのライブラリー。
【請求項４０】
第１の抗体由来の第１の軽鎖フレームワーク領域および第２の抗体由来の第２の軽鎖フレームワーク領域を含む、ハイブリッド抗体またはハリブリッド抗体フラグメントであって、該第１の軽鎖フレームワーク領域が、特定のＶＬファミリーに対応し、該第２の軽鎖フレームワーク領域が、該第１の軽鎖フレームワーク領域と同じＶＬファミリーに対応する、ハイブリッド抗体またはハリブリッド抗体フラグメント。
【請求項４１】
前記第１の抗体、前記第２の抗体、および該第１の抗体でも該第２の抗体でもない第３の抗体からなる群より選択される抗体由来の第３の軽鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項４０に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントであって、該第３の軽鎖フレームワーク領域が、該第１の軽鎖フレームワーク領域と同じＶＬファミリーに対応する、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項４２】
前記第１の抗体、前記第２の抗体、前記第３の抗体および該第１の抗体でも該第２の抗体でも該第３の抗体でもない第４の抗体からなる群より選択される抗体由来の第４の軽鎖フレームワーク領域をさらに含む、請求項４１に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項４３】
前記第２の軽鎖フレームワーク領域および前記第３の軽鎖フレームワーク領域のいずれか、またはその両方が、前記第１の軽鎖フレームワーク領域と同じ前記ＶＬファミリーのメンバーに対応する、請求項４２に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項４４】
前記フレームワーク領域が、ヒト起源であり、かつ、前記ＣＤＲが、非ヒト起源である、請求項４０に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメント。
【請求項４５】
請求項４０に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを含む、抗体または抗体フラグメントのライブラリー。
【請求項４６】
ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、該方法は、以下：
標的に対する特異性を有する初期抗体を提供する工程；
該初期抗体の可変領域のアミノ酸配列を決定する工程；ならびに
（ｉ）ＦＲ１、ＦＲ２およびＦＲ３からなる群より選択される該可変領域の第１の部分を選択する工程；
該可変領域の該第１の部分のアミノ酸配列を、標的種由来の抗体配列または抗体フラグメント配列の参照データベースに含まれるアミノ酸配列と比較する工程；
該データベースから、該第１の部分に対して高度の相同性を示す第１のフレームワーク配列を選択する工程；
該第１のフレームワーク配列がどの生殖細胞系列遺伝子ファミリーに由来するかを決定する工程；
（ｉｉ）該第１の部分とは異なる該可変領域の第２の部分を選択する工程であって、該第２の部分は、ＦＲ１、ＦＲ２およびＦＲ３からなる群より選択される、工程；
該第２の部分のアミノ酸配列を、該標的種由来の抗体配列または抗体フラグメント配列の参照データベースに含まれるアミノ酸配列と比較する工程；
該データベースから、該第２の部分に対して高度の相同性を示し、かつ、工程（ｉ）において該データベースから選択される該第１の配列と同じ生殖細胞系列遺伝子ファミリーに対応する第２のフレームワーク配列を選択する工程；
ここで、該参照データベースから選択された該第１および第２のフレームワーク配列が、異なる抗体に由来し；ならびに
（ｉｉｉ）該選択されたフレームワーク配列をコードする核酸を、該初期抗体のＣＤＲおよび選択されていないフレームワークをコードする核酸に作動可能に連結させ、そして、該連結した核酸を発現させて、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成させる工程
を包含する、方法。
【請求項４７】
請求項４６に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、該方法は、さらに、以下：
前記第１の部分および前記第２の部分とは異なる、前記可変領域の第３の部分を選択する工程であって、該第３の部分は、ＦＲ１、ＦＲ２およびＦＲ３からなる群より選択される、工程；
該第３の部分のアミノ酸配列を、前記標的種由来の抗体配列または抗体フラグメント配列の参照データベースに含まれるアミノ酸配列と比較する工程；
該データベースから、該第３の部分に対して高度の相同性を示し、かつ、該データベースに由来する該第１の配列と同じ生殖細胞系列遺伝子ファミリーに対応する第３のフレームワーク配列を選択する工程；ならびに
該選択されたフレームワーク配列をコードする核酸を、前記初期抗体のＣＤＲおよび選択されていないフレームワークをコードする核酸に作動可能に連結させ、そして、該連結した核酸を発現させて、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成させる工程
を包含する、方法。
【請求項４８】
請求項４６または４７に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、該方法は、さらに、以下：
ＦＲ４である前記可変領域の第４の部分を選択する工程；
該第４の部分のアミノ酸配列を、前記標的種由来の抗体配列または抗体フラグメント配列の参照データベースに含まれるアミノ酸配列と比較する工程；
該データベースから、該第４の部分に対して高度の配列相同性を示す第４のフレームワーク配列を選択する工程；ならびに
該選択されたフレームワーク配列をコードする核酸を、前記初期抗体のＣＤＲをコードする核酸に作動可能に連結させ、そして、該連結した核酸を発現させて、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成させる工程
を包含する、方法。
【請求項４９】
前記第１の部分、前記第２の部分またはその両方が、ＣＤＲを含む、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５０】
前記第１の部分、前記第２の部分またはその両方が、ＦＲ１、ＦＲ２およびＦＲ３からなる群のメンバーの任意の組合せである、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５１】
前記初期抗体の前記可変領域が、可変重鎖および可変軽鎖からなる群より選択される、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５２】
可変重鎖および可変軽鎖からなる群より選択される抗体フラグメントが生成される、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５３】
前記参照データベースから選択される前記配列の各々が異なる抗体に由来する、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５４】
前記参照データベースから選択される３つまたはそれより多くの配列が異なる抗体に由来する、請求項４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５５】
前記抗体フラグメントが、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｄ、ダイアボディ、抗体軽鎖および抗体重鎖からなる群より選択される、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５６】
前記標的種がヒトである、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５７】
前記初期抗体由来の前記ＦＲ１領域の配列が、個々に、高度の相同性を有する配列について前記参照データベースを検索するために使用され、そして、該ＦＲ１領域の配列が属する前記生殖細胞系列遺伝子ファミリーが、前記他の選択された配列が対応するファミリーとして使用される、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５８】
前記初期抗体由来の前記ＦＲ２領域の配列が、個々に、高度の相同性を有する配列について前記参照データベースを検索するために使用され、そして、該ＦＲ２領域の配列が属する前記生殖細胞系列遺伝子ファミリーが、前記他の選択された配列が対応するファミリーとして使用される、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項５９】
前記初期抗体由来の前記ＦＲ３領域の配列が、個々に、高度の相同性を有する配列について前記参照データベースを検索するために使用され、そして、該ＦＲ３領域の配列が属する前記生殖細胞系列遺伝子ファミリーが、前記他の選択された配列が対応するファミリーとして使用される、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項６０】
前記参照データベースが、前記標的種の生殖細胞系列配列または再配列された配列を含む、請求項４６、４７または４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項６１】
前記選択された配列が、前記生殖細胞系列遺伝子ファミリー内の同じファミリーメンバーに対応する、請求項４６に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項６２】
前記選択された配列の各々が、前記生殖細胞系列遺伝子ファミリー内の同じファミリーメンバーに対応する、請求項４７に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項６３】
前記３つまたはそれより多くの選択された配列が、前記生殖細胞系列遺伝子ファミリー内の同じファミリーメンバーに対応する、請求項４８に記載のハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法。
【請求項６４】
ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを生成するための方法であって、以下：
（ｉ）請求項４６、４７または４８のいずれか１項に記載の方法に従って、必要に応じて定常領域を含むハイブリッド可変重鎖を生成する工程であって、前記初期抗体の前記可変領域は、可変重鎖である、工程；
（ｉｉ）請求項４６、４７または４８のいずれか１項に記載の方法に従って、必要に応じて定常領域を含むハイブリッド可変軽鎖を生成する工程であって、該初期抗体の該可変領域は、可変軽鎖である、工程；
（ｉｉｉ）（ｉ）において生成される該ハイブリッド可変重鎖を、（ｉｉ）において生成される該ハイブリッド可変軽鎖と組み合わせて、ハイブリッド抗体またはハイブリッド抗体フラグメントを作製する工程
を包含する、方法。
【請求項６５】
本明細書中に記載の方法。