【手続補正書】
【提出日】平成22年10月13日(2010.10.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも４個のアミノ酸残基を含んでなり、かつコンセンサス配列ＷＸＷＬ〔式中、ＷはＤ−トリプトファンを表し、ＬはＤ−ロイシンを表し、およびＸは任意の残基（moiety）を表す〕を含んでなり、可溶性の非凝集性三量体ペプチドのポケットに結合するＤ−ペプチドであって、該可溶性の非凝集性三量体ペプチドは、可溶性の三量体型のコイルドコイルと、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルのポケットを形成するアミノ酸残基を含むのに充分なＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルの部分とを含み、該可溶性の非凝集性三量体ペプチドが、疎水性ポケットが空であり、リガンドによる結合が可能となるように疎水性ポケットを提示する、Ｄ−ペプチド。
【請求項２】
ＸがＤ−アミノ酸残基または修飾Ｄ−アミノ酸残基である請求項１記載のＤ−ペプチド。
【請求項３】
４〜２１個のアミノ酸残基を含んでなる請求項１または２記載のＤ−ペプチド。
【請求項４】
ＥＷＸＷＬ（式中、ＥはＤ−グルタミン酸を表し、ＷはＤ−トリプトファンを表し、ＬはＤ−ロイシンを表し、およびＸはアミノ酸残基または修飾アミノ酸残基を表す）である少なくとも５個のアミノ酸残基を含んでなり、該可溶性の非凝集性三量体ペプチドのポケットに結合する請求項１記載のＤ−ペプチド。
【請求項５】
2010180217.tif 000001
2010180217.tif 000002
からなる群より選ばれるアミノ酸配列を含んでなる請求項１または４記載のＤ−ペプチド。
【請求項６】
粘膜細胞へのＨＩＶの侵入の妨害方法に使用される医薬の製造における、請求項１〜５いずれか１つに記載のＤ−ペプチドを含んでなる薬物および担体または基剤の使用。
【請求項７】
担体または基剤が、フォーム、ゲル、薬物を保持するのに充分に粘性のその他の物質、水および緩衝液からなる群より選ばれるものである請求項６記載の使用。
【請求項８】
担体または基剤が、膣坐剤または直腸坐剤である請求項６または７記載の使用。
【請求項９】
ペプチドが膣、口または直腸に投与もしくは適用された直後または投与もしくは適用された後すぐに、該ペプチドが担体または基剤から放出される、請求項６〜８いずれか１つに記載の使用。
【請求項１０】
ペプチドが膣、口または直腸に投与もしくは適用された後に徐々に、または投与もしくは適用された後の所定の期間の後に、該ペプチドが担体または基剤から放出される、請求項６〜８いずれか１つに記載の使用。
【請求項１１】
薬物を、使用の条件下に該薬物の放出が可能となるような様式で避妊具の表面上に存在させるか、または避妊具内に組み込む、請求項６記載の使用。
【請求項１２】
薬物がｇｐ４１の立体配座変化を防ぎまたは減少させ、それにより、粘膜表面の細胞へのＨＩＶの侵入を妨げる、請求項６〜１１いずれか１つに記載の使用。
【請求項１３】
（ａ）（１）ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合する能力についての評価対象の候補薬物と；（２）ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーを提示する請求項１に規定される可溶性の非凝集性三量体ペプチドとを、薬物による結合を可能にする様式で合わせる工程；および
（ｂ）候補薬物がＨＩＶ  ｇｐ４１キャビティーに結合するか否かを測定する工程、ここで、結合が生ずる場合、候補薬物はＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合する薬物である、
を含む、ＨＩＶ−１  ｇｐ４１エンベロープタンパク質のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合する薬物の同定方法。
【請求項１４】
候補薬物を検出可能に標識し、かつＨＩＶ  ｇｐ４１キャビティーへの候補薬物の結合をＨＩＶ  ｇｐ４１キャビティー上の検出可能な標識の存在を検出することにより測定する、請求項１３記載の方法。
【請求項１５】
（ａ）において、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するペプチドを候補薬物および可溶性ペプチドと合わせ、かつ（ｂ）において、候補薬物がＨＩＶ  ｇｐ４１キャビティーに結合するか否かをＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するペプチドの存在下で測定する、請求項１３または１４記載の方法。
【請求項１６】
（ａ）において、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーへのＤ−ペプチドの結合に適する条件下に、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するＤ−ペプチドを、候補薬物および可溶性ペプチドと合わせ、それにより、被検試料を作製し；
（ｂ）において、被検試料中のＤ−ペプチドの存在下で、候補薬物が、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するか否かを測定し、該方法はさらに、
（ｉｉ）対照試料におけるＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに対するＤ−ペプチドの結合の程度を（ｂ）において測定された結合の程度と比較する工程、ここで、対照試料は候補薬物を含んでいないことを除いて被検試料と同じであり、かつ該対照試料は、Ｎ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーへのＤ−ペプチドの結合に適する、被検試料と同じ条件下に維持される、
を含み、被検試料におけるＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーへのＤ−ペプチドの結合の程度が対照試料におけるＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーへのＤ−ペプチドの結合の程度より低い場合、候補薬物はＨＩＶ−１  ｇｐ４１エンベロープタンパク質のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合する化合物または分子である、請求項１５記載の方法。
【請求項１７】
Ｄ−ペプチドが蛍光性レポーターで標識され、かつ可溶性ペプチドが、蛍光性レポーターに充分に近接した場合に該レポーターからのシグナルを消光する消光物質で標識され、かつ蛍光性レポーターからのシグナルの検出が、候補薬物がＨＩＶ−１  ｇｐ４１エンベロープタンパク質のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合する化合物または分子であることを示す、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するペプチドが、
2010180217.tif 000003
2010180217.tif 000004
2010180217.tif 000005
からなる群より選ばれるものである、請求項１５記載の方法。
【請求項１９】
（ａ）Ｄ−ペプチドである請求項１に規定される可溶性ペプチドを、Ｌ−アミノ酸ペプチドのファージディスプレイライブラリーと、該ライブラリーのメンバーが可溶性ペプチドに結合するのに適した条件下に合わせる工程；および
（ｂ）可溶性ペプチドとファージディスプレイライブラリーの１つまたは複数のメンバーとの間で結合が生ずるか否かを測定する工程、ここで、結合が生ずる場合、Ｄ−掌体のＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するペプチドが同定される、
を含む、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するペプチドの同定方法。
【請求項２０】
可溶性ペプチドに結合するファージディスプレイライブラリーの１つまたは複数のメンバーのアミノ酸配列を決定する工程をさらに含み、Ｄ型のペプチドが天然のＬ−掌体のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するものである、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
（ａ）Ｄ−ペプチドである請求項１に規定される可溶性ペプチドをリガンドの生物学的にコードされたライブラリーと、該ライブラリーのメンバーが該ペプチドに結合するのに適した条件下に合わせる工程；および
（ｂ）該ペプチドと生物学的にコードされたライブラリーの１つまたは複数のメンバーとの間で結合が生ずるか否かを測定する工程、ここで、結合が生ずる場合、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するリガンドが同定される、
を含む、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルキャビティーに結合するリガンドの同定方法。
【請求項２２】
ペプチドに結合する生物学的にコードされたライブラリーの１つまたは複数のメンバーの配列を決定する工程をさらに含む請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
生物学的にコードされたライブラリーが、ファージディスプレイライブラリー、ＤＮＡライブラリー、ＲＮＡライブラリーおよび生物学的にコードされたペプチドライブラリーからなる群より選ばれるものである請求項２１または２２記載の方法。
【請求項２４】
（ａ）請求項１に規定される可溶性の非凝集性三量体ペプチドの結晶を得る工程；
（ｂ）（ａ）において得られた結晶を用いて、Ｘ線回折研究により可溶性の非凝集性三量体ペプチドの原子座標を得る工程；
（ｃ）（ｂ）において得られた原子座標を用いて、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットを定める工程；
（ｄ）ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに適合する分子または化合物を同定する工程；
（ｅ）（ｄ）において同定された分子または化合物を得る工程；および
（ｆ）（ｅ）において得られた分子または化合物をＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットと接触させて、該分子または化合物のＨＩＶ  ｇｐ４１のポケットに適合する能力を評価する工程、
を含み、該分子または化合物がＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに適合する場合、該分子または化合物は該ポケットに適合する薬物であり、それにより、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに適合する薬物が同定される、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに適合する薬物の同定方法。
【請求項２５】
（ｆ）において、該分子または化合物をＩＱＮ１７、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスまたはＨＩＶポケットを含んでなるポリペプチドと接触させることにより、該分子または化合物をＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットと接触させる、請求項２４記載の方法。
【請求項２６】
可溶性ペプチドがＩＱＮ１７である請求項２４または２５記載の方法。
【請求項２７】
（ａ）において得られた結晶が空間群Ｃ２２２のＩＱＮ１７の結晶である請求項２４〜２６いずれか１つに記載の方法。
【請求項２８】
（ａ）ＩＱＮ１７の原子座標を得る工程；
（ｂ）（ａ）において得られた原子座標を用いて、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットを定める工程；
（ｃ）ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに適合する分子または化合物を同定する工程；
（ｄ）（ｃ）において同定された分子または化合物を得る工程；および
（ｅ）（ｄ）において得られた分子または化合物をＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットと接触させて、該分子または化合物のＨＩＶ  ｇｐ４１のポケットに適合する能力を評価する工程、
を含み、該分子または化合物がＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに適合する場合、該分子または化合物は該ポケットに適合する薬物であり、それにより、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに適合する薬物が製造される、ＨＩＶ  ｇｐ４１のＮ−ヘリックスコイルドコイルポケットに結合する薬物の製造方法。
【請求項２９】
原子座標が図１１Ａ〜１１Ｖに表されるＰＤＢファイル中の原子座標である請求項２８記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２２
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２２】
さらに、１２アミノ酸残基ペプチドの内の１０アミノ酸残基「コア」（システイン残基により両端がフランキングされている十量体）、ならびに該十量体の部分、改変体（modification) およびバリアント（ｖａｒｉａｎｔｓ）も膜融合およびＨＩＶの細胞への侵入を阻害するのに有用である。これらのペプチドのバリアント、部分および改変体もインヒビターとして有用である。本発明にさらに詳細に記載しているように、コンセンサス配列（例えば、ＷＸＷＬ（配列番号：２３）、ＥＷＸＷＬ（配列番号：２４）、ＣＸＸＸＸＸＥＷＸＷＬＣ（配列番号：１２）またはそれらの部分）を含有するＤ−ペプチドは、Ｎ−ヘリックス超らせんを結合することが示されており、膜融合およびＨＩＶの細胞への侵入を阻害するのに有用である。鏡像異性ペプチド（Ｄ−ぺプチド）は、プロテアーゼなどの酵素に対する効率的な基質として働かず、したがってＬ−ペプチドよりもタンパク質分解に対して耐性があり；それらはＬ−ペプチドより免疫原性が低い。本発明のＤ−ペプチドの具体的態様は：
2010180217.tif 000006
2010180217.tif 000007
である。