【手続補正書】
【提出日】平成22年7月1日(2010.7.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
標識されたプライマー伸長産物を生成する方法であって、該方法は、以下の工程：
酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドを用いてプライマー−標的ハイブリッドを伸長させる工程を包含し、ここで、該プライマーまたは該ヌクレオチドは、以下の式のうちの１つの構造を有する化合物：
（ａ）以下の式：
【化１】
2010053137.tif 000001
のうちの１つの構造を有するスルホン化ジアリールローダミン化合物であって、ここで、
Ｒ２およびＲ１２は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択され；
Ｒ２’およびＲ１２’は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択されるか、または、Ｒ２’およびＲ１が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し、そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成し；
ここで、該置換炭化水素、置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環は、ハロ、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、スルフェート、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、フェノキシ、フェニル、多環式芳香族、複素環、水溶性基または連結部分のうち１つ以上を含み；
ｎは１〜６の範囲の整数であり；
ｍは０または１であり；
Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートであり；
Ｒ４、Ｒ１０、Ｒ１６およびＲ１９は各々がスルホネートであり；そして
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１は、各々が独立して、水素、フッ素、塩素、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、アミノで置換された炭化水素、４−アミノピリジニウム（ここで、アミノは、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素で二置換される）、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、−ＲＯＨ、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、−ＲＳＨ、−ＳＯ２Ｒ、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール類、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、水溶性基および連結部分から選択され；
ここで、各Ｒは、独立して、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
ここで、各水溶性基は、独立して、カルボキシレート、スルホネート、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリヒドロキシルまたは水溶性ポリマーであり；
ここで、各連結部分は、独立して、アジド、一置換の第一級アミン、二置換の第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホネートエステル、シリルハライド、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、ハライドで置換された炭化水素、アリルハライド、アルデヒド、アシルアジド、ヨードアセトアミドまたはホスホラミダイトであり；そして
ここで、該スルホン化ジアリールローダミン化合物は、リンカーを介して該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合される、スルホン化ジアリールローダミン化合物；あるいは
（ｂ）エネルギー移動色素であって、以下：
第一の波長において光を吸収し、かつそれに応答して励起エネルギーを放射するように構成された、ドナー色素；
該ドナー色素によって放射された該励起エネルギーを吸収し、かつそれに応答して第二の波長において蛍光を発するように構成された、アクセプター色素；および
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、該ドナー色素またはアクセプター色素のうち少なくとも一方が該スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、該エネルギー移動色素は、該リンカーを介して該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合される、エネルギー移動色素；
で標識され、それによって、該プライマーが伸長される、方法。
【請求項２】
ポリヌクレオチド配列決定の方法であって、該方法は、以下の工程：
第一、第二、第三、および第四のクラスのポリヌクレオチドの混合物を形成する工程であり、該クラスは、以下のとおりであり：
該第一のクラスの各ポリヌクレオチドは、３’末端ジデオキシアデノシンを含み、かつ第一の色素で標識されており；
該第二のクラスの各ポリヌクレオチドは、３’末端ジデオキシシチジンを含み、かつ第二の色素で標識されており；
該第三のクラスの各ポリヌクレオチドは、３’末端ジデオキシグアノシンを含み、かつ第三の色素で標識されており；そして、
該第四のクラスの各ポリヌクレオチドは、３’末端ジデオキシチミジンを含み、かつ第四の色素で標識されており；ここで、
該第一、第二、第三、または第四の色素の１つ以上は、以下：
（ａ）以下の式：
【化２】
2010053137.tif 000002
のうちの１つの構造を有するスルホン化ジアリールローダミン化合物であって、ここで、
Ｒ２およびＲ１２は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択され；
Ｒ２’およびＲ１２’は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択されるか、または、Ｒ２’およびＲ１が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し、そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成し；
ここで、該置換炭化水素、置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環は、ハロ、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、スルフェート、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、フェノキシ、フェニル、多環式芳香族、複素環、水溶性基または連結部分のうち１つ以上を含み；
ｎは１〜６の範囲の整数であり；
ｍは０または１であり；
Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートであり；
Ｒ４、Ｒ１０、Ｒ１６およびＲ１９は各々がスルホネートであり；そして
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１は、各々が独立して、水素、フッ素、塩素、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、アミノで置換された炭化水素、４−アミノピリジニウム（ここで、アミノは、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素で二置換される）、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、−ＲＯＨ、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、−ＲＳＨ、−ＳＯ２Ｒ、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール類、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、水溶性基および連結部分から選択され；
ここで、各Ｒは、独立して、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
ここで、各水溶性基は、独立して、カルボキシレート、スルホネート、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリヒドロキシルまたは水溶性ポリマーであり；
ここで、各連結部分は、独立して、アジド、一置換の第一級アミン、二置換の第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホネートエステル、シリルハライド、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、ハライドで置換された炭化水素、アリルハライド、アルデヒド、アシルアジド、ヨードアセトアミドまたはホスホラミダイトであり；そして
ここで、該スルホン化ジアリールローダミン化合物は、リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、スルホン化ジアリールローダミン化合物；あるいは
（ｂ）エネルギー移動色素であって、以下：
第一の波長において光を吸収し、かつそれに応答して励起エネルギーを放射するように構成された、ドナー色素；
該ドナー色素によって放射された該励起エネルギーを吸収し、かつそれに応答して第二の波長において蛍光を発するように構成された、アクセプター色素；および
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、該ドナー色素またはアクセプター色素のうち少なくとも一方が該スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、該エネルギー移動色素は、該リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、エネルギー移動色素；
であり、該色素は、各々がスペクトルにより互いに分解可能である、工程；ならびに、
該ポリヌクレオチドを電気泳動によって分離する工程、
を包含する、方法。
【請求項３】
蛍光検出によって前記分離したポリヌクレオチドを検出する工程をさらに包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記色素の蛍光スペクトルによって前記ポリヌクレオチドの３’末端ヌクレオチドを同定する工程をさらに包含する、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
オリゴヌクレオチドのライゲーション方法であって、該方法は、以下：
２つのプローブを標的配列にアニーリングする工程；および
一方のプローブの５’末端と他方のプローブの３’末端との間にホスホジエステル結合を形成する工程
を包含し；ここで、
プローブの一方または両方が、以下の式のうちの１つの構造を有する化合物：
（ａ）以下の式：
【化３】
2010053137.tif 000003
のうちの１つの構造を有するスルホン化ジアリールローダミン化合物であって、ここで、
Ｒ２およびＲ１２は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択され；
Ｒ２’およびＲ１２’は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択されるか、または、Ｒ２’およびＲ１が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し、そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成し；
ここで、該置換炭化水素、置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環は、ハロ、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、スルフェート、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、フェノキシ、フェニル、多環式芳香族、複素環、水溶性基または連結部分のうち１つ以上を含み；
ｎは１〜６の範囲の整数であり；
ｍは０または１であり；
Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートであり；
Ｒ４、Ｒ１０、Ｒ１６およびＲ１９は各々がスルホネートであり；そして
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１は、各々が独立して、水素、フッ素、塩素、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、アミノで置換された炭化水素、４−アミノピリジニウム（ここで、アミノは、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素で二置換される）、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、−ＲＯＨ、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、−ＲＳＨ、−ＳＯ２Ｒ、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール類、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、水溶性基および連結部分から選択され；
ここで、各Ｒは、独立して、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
ここで、各水溶性基は、独立して、カルボキシレート、スルホネート、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリヒドロキシルまたは水溶性ポリマーであり；
ここで、各連結部分は、独立して、アジド、一置換の第一級アミン、二置換の第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホネートエステル、シリルハライド、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、ハライドで置換された炭化水素、アリルハライド、アルデヒド、アシルアジド、ヨードアセトアミドまたはホスホラミダイトであり；そして
ここで、該スルホン化ジアリールローダミン化合物は、リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、スルホン化ジアリールローダミン化合物；あるいは
（ｂ）エネルギー移動色素であって、以下：
第一の波長において光を吸収し、かつそれに応答して励起エネルギーを放射するように構成された、ドナー色素；
該ドナー色素によって放射された該励起エネルギーを吸収し、かつそれに応答して第二の波長において蛍光を発するように構成された、アクセプター色素；および
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、該ドナー色素またはアクセプター色素のうち少なくとも一方が該スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、該エネルギー移動色素は、該リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、エネルギー移動色素；
で標識されたポリヌクレオチドである、方法。
【請求項６】
増幅方法であって、該方法は、以下：
２つ以上のプライマーを標的ポリヌクレオチドにアニーリングする工程、ならびに、
ポリメラーゼおよび酵素学的に伸長可能なヌクレオチドの混合物によって該プライマーを伸長させる工程
を包含し；ここで、
該プライマーの少なくとも１つ、または、該酵素学的に伸長可能なヌクレオチドの少なくとも１つが、以下の式のうちの１つの構造を有する化合物：
（ａ）以下の式：
【化４】
2010053137.tif 000004
のうちの１つの構造を有するスルホン化ジアリールローダミン化合物であって、ここで、
Ｒ２およびＲ１２は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択され；
Ｒ２’およびＲ１２’は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択されるか、または、Ｒ２’およびＲ１が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し、そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成し；
ここで、該置換炭化水素、置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環は、ハロ、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、スルフェート、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、フェノキシ、フェニル、多環式芳香族、複素環、水溶性基または連結部分のうち１つ以上を含み；
ｎは１〜６の範囲の整数であり；
ｍは０または１であり；
Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートであり；
Ｒ４、Ｒ１０、Ｒ１６およびＲ１９は各々がスルホネートであり；そして
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１は、各々が独立して、水素、フッ素、塩素、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、アミノで置換された炭化水素、４−アミノピリジニウム（ここで、アミノは、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素で二置換される）、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、−ＲＯＨ、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、−ＲＳＨ、−ＳＯ２Ｒ、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール類、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、水溶性基および連結部分から選択され；
ここで、各Ｒは、独立して、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
ここで、各水溶性基は、独立して、カルボキシレート、スルホネート、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリヒドロキシルまたは水溶性ポリマーであり；
ここで、各連結部分は、独立して、アジド、一置換の第一級アミン、二置換の第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホネートエステル、シリルハライド、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、ハライドで置換された炭化水素、アリルハライド、アルデヒド、アシルアジド、ヨードアセトアミドまたはホスホラミダイトであり；そして
ここで、該スルホン化ジアリールローダミン化合物は、リンカーを介して該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合される、スルホン化ジアリールローダミン化合物；あるいは
（ｂ）エネルギー移動色素であって、以下：
第一の波長において光を吸収し、かつそれに応答して励起エネルギーを放射するように構成された、ドナー色素；
該ドナー色素によって放射された該励起エネルギーを吸収し、かつそれに応答して第二の波長において蛍光を発するように構成された、アクセプター色素；および
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、該ドナー色素またはアクセプター色素のうち少なくとも一方が該スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、該エネルギー移動色素は、該リンカーを介して該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合される、エネルギー移動色素；
で標識される、方法。
【請求項７】
増幅方法であって、該方法は、以下：
２つ以上のプライマーおよび蛍光色素消光剤プローブを標的核酸にアニーリングする工程、ならびに、
ポリメラーゼおよび酵素学的に伸長可能なヌクレオチドの混合物によって該プライマーを伸長させる工程
を包含し；ここで、
該プローブが、蛍光化合物および消光剤化合物で標識されたポリヌクレオチドであり；
該蛍光化合物および該消光剤化合物の少なくとも一方は、以下の式のうちの１つの構造を有する化合物：
（ａ）以下の式：
【化５】
2010053137.tif 000005
のうちの１つの構造を有するスルホン化ジアリールローダミン化合物であって、ここで、
Ｒ２およびＲ１２は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択され；
Ｒ２’およびＲ１２’は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択されるか、または、Ｒ２’およびＲ１が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し、そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成し；
ここで、該置換炭化水素、置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環は、ハロ、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、スルフェート、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、フェノキシ、フェニル、多環式芳香族、複素環、水溶性基または連結部分のうち１つ以上を含み；
ｎは１〜６の範囲の整数であり；
ｍは０または１であり；
Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートであり；
Ｒ４、Ｒ１０、Ｒ１６およびＲ１９は各々がスルホネートであり；そして
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１は、各々が独立して、水素、フッ素、塩素、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、アミノで置換された炭化水素、４−アミノピリジニウム（ここで、アミノは、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素で二置換される）、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、−ＲＯＨ、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、−ＲＳＨ、−ＳＯ２Ｒ、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール類、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、水溶性基および連結部分から選択され；
ここで、各Ｒは、独立して、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
ここで、各水溶性基は、独立して、カルボキシレート、スルホネート、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリヒドロキシルまたは水溶性ポリマーであり；
ここで、各連結部分は、独立して、アジド、一置換の第一級アミン、二置換の第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホネートエステル、シリルハライド、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、ハライドで置換された炭化水素、アリルハライド、アルデヒド、アシルアジド、ヨードアセトアミドまたはホスホラミダイトであり；そして
ここで、該スルホン化ジアリールローダミン化合物は、リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、スルホン化ジアリールローダミン化合物；あるいは
（ｂ）エネルギー移動色素であって、以下：
第一の波長において光を吸収し、かつそれに応答して励起エネルギーを放射するように構成された、ドナー色素；
該ドナー色素によって放射された該励起エネルギーを吸収し、かつそれに応答して第二の波長において蛍光を発するように構成された、アクセプター色素；および
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、該ドナー色素またはアクセプター色素のうち少なくとも一方が該スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、該エネルギー移動色素は、該リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、エネルギー移動色素；
である、方法。
【請求項８】
ハイブリダイゼーション方法であって、該方法は、以下：
標的ポリヌクレオチドを固定化プローブにアニーリングする工程；および
標的−プローブ複合体からの蛍光を検出する工程
を包含し、ここで、
該固定化プローブが平坦表面に共有結合しており；そして
該標的ポリヌクレオチドが、以下の式のうちの１つの構造を有する化合物：
（ａ）以下の式：
【化６】
2010053137.tif 000006
のうちの１つの構造を有するスルホン化ジアリールローダミン化合物であって、ここで、
Ｒ２およびＲ１２は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択され；
Ｒ２’およびＲ１２’は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択されるか、または、Ｒ２’およびＲ１が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し、そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成し；
ここで、該置換炭化水素、置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環は、ハロ、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、スルフェート、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、フェノキシ、フェニル、多環式芳香族、複素環、水溶性基または連結部分のうち１つ以上を含み；
ｎは１〜６の範囲の整数であり；
ｍは０または１であり；
Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートであり；
Ｒ４、Ｒ１０、Ｒ１６およびＲ１９は各々がスルホネートであり；そして
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１は、各々が独立して、水素、フッ素、塩素、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、アミノで置換された炭化水素、４−アミノピリジニウム（ここで、アミノは、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素で二置換される）、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、−ＲＯＨ、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、−ＲＳＨ、−ＳＯ２Ｒ、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール類、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、水溶性基および連結部分から選択され；
ここで、各Ｒは、独立して、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
ここで、各水溶性基は、独立して、カルボキシレート、スルホネート、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリヒドロキシルまたは水溶性ポリマーであり；
ここで、各連結部分は、独立して、アジド、一置換の第一級アミン、二置換の第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホネートエステル、シリルハライド、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、ハライドで置換された炭化水素、アリルハライド、アルデヒド、アシルアジド、ヨードアセトアミドまたはホスホラミダイトであり；そして
ここで、該スルホン化ジアリールローダミン化合物は、リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、スルホン化ジアリールローダミン化合物；あるいは
（ｂ）エネルギー移動色素であって、以下：
第一の波長において光を吸収し、かつそれに応答して励起エネルギーを放射するように構成された、ドナー色素；
該ドナー色素によって放射された該励起エネルギーを吸収し、かつそれに応答して第二の波長において蛍光を発するように構成された、アクセプター色素；および
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、該ドナー色素またはアクセプター色素のうち少なくとも一方が該スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、該エネルギー移動色素は、該リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、エネルギー移動色素；
で標識されたポリヌクレオチドである、方法。
【請求項９】
前記平坦表面がアドレス可能なアレイである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
標的ポリヌクレオチドの存在を検出する方法であって、該方法は、以下：
塩基対形成により標的ポリヌクレオチドを固定化プローブにハイブリダイズさせる工程；および
標的−プローブ複合体からの蛍光を検出する工程
を包含し、ここで、該標的ポリヌクレオチドは、以下の式のうち１つの構造を有する化合物：
（ａ）以下の式：
【化７】
2010053137.tif 000007
のうちの１つの構造を有するスルホン化ジアリールローダミン化合物であって、ここで、
Ｒ２およびＲ１２は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択され；
Ｒ２’およびＲ１２’は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択されるか、または、Ｒ２’およびＲ１が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し、そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成し；
ここで、該置換炭化水素、置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環は、ハロ、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、スルフェート、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、フェノキシ、フェニル、多環式芳香族、複素環、水溶性基または連結部分のうち１つ以上を含み；
ｎは１〜６の範囲の整数であり；
ｍは０または１であり；
Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートであり；
Ｒ４、Ｒ１０、Ｒ１６およびＲ１９は各々がスルホネートであり；そして
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１は、各々が独立して、水素、フッ素、塩素、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、アミノで置換された炭化水素、４−アミノピリジニウム（ここで、アミノは、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素で二置換される）、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、−ＲＯＨ、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、−ＲＳＨ、−ＳＯ２Ｒ、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール類、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、水溶性基および連結部分から選択され；
ここで、各Ｒは、独立して、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
ここで、各水溶性基は、独立して、カルボキシレート、スルホネート、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリヒドロキシルまたは水溶性ポリマーであり；
ここで、各連結部分は、独立して、アジド、一置換の第一級アミン、二置換の第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホネートエステル、シリルハライド、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、ハライドで置換された炭化水素、アリルハライド、アルデヒド、アシルアジド、ヨードアセトアミドまたはホスホラミダイトであり；そして
ここで、該スルホン化ジアリールローダミン化合物は、リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、スルホン化ジアリールローダミン化合物；あるいは
（ｂ）エネルギー移動色素であって、以下：
第一の波長において光を吸収し、かつそれに応答して励起エネルギーを放射するように構成された、ドナー色素；
該ドナー色素によって放射された該励起エネルギーを吸収し、かつそれに応答して第二の波長において蛍光を発するように構成された、アクセプター色素；および
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、該ドナー色素またはアクセプター色素のうち少なくとも一方が該スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、該エネルギー移動色素は、該リンカーを介して該ポリヌクレオチドに結合される、エネルギー移動色素；
で標識され、それにより、該固定化プローブにハイブリダイズした該標的ポリヌクレオチドの配列が推定される、方法。
【請求項１１】
前記標的ポリヌクレオチドの配列から前記固定化プローブの相補的配列を決定する工程をさらに包含する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記固定化プローブが、複数のプローブの固相アレイに固定化される、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
前記標的ポリヌクレオチドが５〜４０個のモノマーヌクレオチド単位を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
前記標的ポリヌクレオチドが２〜１０００ヌクレオチドを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
前記プライマー、前記ヌクレオチドまたは前記ポリヌクレオチドが、前記スルホン化ジアリールローダミン化合物または前記エネルギー移動色素で標識される場合、該プライマー、該ヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドは、プリン核酸塩基の８−Ｃ、７−デアザプリン核酸塩基のＣ−７、７−デアザプリン核酸塩基のＣ−８またはピリミジン核酸塩基の５位で標識される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環が、スルホネートで置換される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
Ｒ２、Ｒ２’、Ｒ１２およびＲ１２’のうち少なくとも１つが、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０または−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０であり、ここで、Ｐｈはフェニレンであり、ｎは１〜６の範囲の整数であり、ｍは０または１であり、そして、Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートである、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
前記プライマー、前記ヌクレオチドまたは前記ポリヌクレオチドが前記スルホン化ジアリールローダミン化合物で標識される場合、前記Ｒ４０カルボキシル部分は、該スルホン化ジアリールローダミン化合物を該プライマー、該ヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドに結合する連結部分であるか、あるいは、該スルホン化ジアリールローダミン化合物を該プライマー、該ヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドに結合されたリンカーに結合する連結部分である、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記プライマーまたは前記ヌクレオチドに連結された前記リンカー、および、前記スルホン化ジアリールローダミン化合物の連結部分に連結された前記リンカーが、アルキニルリンカーである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記リンカーが、以下の式：
【化８】
2010053137.tif 000008
の構造を有し、ここで、ｎが０、１または２である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記プライマー、前記ヌクレオチドまたは前記ポリヌクレオチドが前記エネルギー移動色素で標識される場合、該エネルギー移動色素は、結合、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有し、かつ２つの一価のラジカル中心を有する炭化水素基、または、Ｃ６−Ｃ２０アリールジイルからなる群より選択されるリンカーによって、該プライマー、該ヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドに共有結合される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２２】
前記プライマー、前記ヌクレオチドまたは前記ポリヌクレオチドが前記エネルギー移動色素で標識される場合、該エネルギー移動色素は、アルキニルリンカーによって該プライマー、該ヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドに共有結合される、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
前記リンカーが以下の式：
【化９】
2010053137.tif 000009
の構造を有し、ここで、ｎが０、１または２である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記プライマー、前記ヌクレオチドまたは前記ポリヌクレオチドが前記エネルギー移動色素で標識される場合、前記スルホン化ジアリールローダミン化合物の前記Ｒ４０カルボキシル部分は、該スルホン化ジアリールローダミン化合物を該プライマー、該ヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドに結合する連結部分であるか、あるいは、該プライマー、該ヌクレオチドまたは該ポリヌクレオチドに結合されたリンカーに該スルホン化ジアリールローダミン化合物を結合する連結部分である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１が水素である、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
Ｒ１およびＲ２’が、これらが結合する原子と一緒になって、４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し；そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成する、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記第一および第二の環構造のうち一方または両方が５個の環原子を有する、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記環構造が、１つのｇｅｍ二置換炭素を含み、該ｇｅｍ置換基の各々が飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記スルホン化ジアリールローダミン化合物が、以下の式：
【化１０】
2010053137.tif 000010
のうちの１つの構造を有し、ここで、Ｌ２およびＬ１２は、各々が独立して、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０または−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０から選択され、ここで、Ｐｈはフェニレンであり、ｎは１〜６の範囲の整数であり、ｍは０または１であり、そして、Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートである、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法であって、前記エネルギー移動色素の前記ドナー色素および前記アクセプター色素を連結する前記リンカーが、以下の構造：
【化１１】
2010053137.tif 000011
を有し、ここで：
Ｚは、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群より選択され；
Ｒ２１は、該ドナー色素に結合される、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
Ｒ２２は、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、５員環、少なくとも１つの不飽和結合を有する６員環、および該カルボニル炭素に結合される縮合環構造からなる群より選択される置換基であり；そして
Ｒ２３は、該リンカーを該アクセプター色素に結合する官能基を含む、
方法。
【請求項３１】
請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法であって、前記エネルギー移動色素が、以下の構造：
【化１２】
2010053137.tif 000012
を有し、ここで、Ｄはドナー色素であり、Ａはアクセプター色素であり、そして、ｎは１または２である、方法。
【請求項３２】
前記アクセプター色素が、スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、前記ドナー色素がシアニン、フタロシアニン、スクアライン、ボディピー、ベンゾフェノキサジン、フルオレセイン、ジベンゾローダミン、またはローダミン色素である、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
前記アクセプター色素がスルホン化ジアリールローダミン化合物であり、前記ドナー色素が、該アクセプター色素に連結されたフルオレセインまたはローダミンである、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドを組み込む酵素がポリメラーゼである、請求項１、６または７に記載の方法。
【請求項３５】
前記酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドを組み込む酵素がリガーゼである、請求項１または５に記載の方法。
【請求項３６】
標識されたプライマー伸長産物を生成するためのキットであって、該キットは、１以上の酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドとプライマーとを含み、ここで、該プライマー、または該１以上の酵素学的に組み込み可能なヌクレオチドは、以下の式のうちの１つの構造を有する化合物：
（ａ）以下の式：
【化１３】
2010053137.tif 000013
のうちの１つの構造を有するスルホン化ジアリールローダミン化合物であって、ここで、
Ｒ２およびＲ１２は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択され；
Ｒ２’およびＲ１２’は、各々が互いに独立して、水素、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０、−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０、フェニル、置換フェニル、ベンジル、置換ベンジル、ビフェニル、置換ビフェニル、ナフチル、置換ナフチル、複素環、置換複素環、水溶性基および連結部分から選択されるか、または、Ｒ２’およびＲ１が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し、そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、必要に応じて置換された４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成し；
ここで、該置換炭化水素、置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環は、ハロ、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、スルフェート、スルホネート、スルホン、アミノ、アンモニウム、アミド、ニトリル、低級アルコキシ、フェノキシ、フェニル、多環式芳香族、複素環、水溶性基または連結部分のうち１つ以上を含み；
ｎは１〜６の範囲の整数であり；
ｍは０または１であり；
Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートであり；
Ｒ４、Ｒ１０、Ｒ１６およびＲ１９は各々がスルホネートであり；そして
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１は、各々が独立して、水素、フッ素、塩素、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素、カルボキシレート、スルフェート、スルホネート、アルキルスルホネート、アミノメチル（−ＣＨ２ＮＨ２）、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、アミノで置換された炭化水素、４−アミノピリジニウム（ここで、アミノは、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素で二置換される）、ヒドロキシメチル（−ＣＨ２ＯＨ）、メトキシ（−ＯＣＨ３）、−ＲＯＨ、チオメチル（−ＣＨ２ＳＨ）、−ＲＳＨ、−ＳＯ２Ｒ、アリールチオ（−ＳＡｒ）、アリールスルホン（−ＳＯ２Ａｒ）、スルホンアミド（−ＳＯ２ＮＲ２）、アルキルスルホキシド（−ＳＯＲ）、アリールスルホキシド（−ＳＯＡｒ）、アミノ（−ＮＨ２）、アンモニウム（−ＮＨ３＋）、アミド（−ＣＯＮＲ２）、ニトリル（−ＣＮ）、Ｃ１〜Ｃ８アルコキシ（−ＯＲ）、フェノキシ、フェノール類、トリル、フェニル、アリール、ベンジル、複素環、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリエチレンオキシ、水溶性基および連結部分から選択され；
ここで、各Ｒは、独立して、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
ここで、各水溶性基は、独立して、カルボキシレート、スルホネート、ホスホネート、ホスフェート、第四級アミン、スルフェート、ポリヒドロキシルまたは水溶性ポリマーであり；
ここで、各連結部分は、独立して、アジド、一置換の第一級アミン、二置換の第二級アミン、チオール、ヒドロキシル、ハライド、エポキシド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、カルボキシル、イソチオシアネート、塩化スルホニル、スルホネートエステル、シリルハライド、クロロトリアジニル、スクシンイミジルエステル、ペンタフルオロフェニルエステル、マレイミド、ハロアセチル、エポキシド、飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する、ハライドで置換された炭化水素、アリルハライド、アルデヒド、アシルアジド、ヨードアセトアミドまたはホスホラミダイトであり；そして
ここで、該スルホン化ジアリールローダミン化合物は、リンカーを介して該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合される、スルホン化ジアリールローダミン化合物；あるいは
（ｂ）エネルギー移動色素であって、以下：
第一の波長において光を吸収し、かつそれに応答して励起エネルギーを放射するように構成された、ドナー色素；
該ドナー色素によって放射された該励起エネルギーを吸収し、かつそれに応答して第二の波長において蛍光を発するように構成された、アクセプター色素；および
該ドナー色素および該アクセプター色素を連結するための、リンカー、
を含み、ここで、該ドナー色素またはアクセプター色素のうち少なくとも一方が該スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、該エネルギー移動色素は、該リンカーを介して該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合される、エネルギー移動色素；
で標識される、キット。
【請求項３７】
前記プライマーまたはヌクレオチドが、前記スルホン化ジアリールローダミン化合物または前記エネルギー移動色素で標識される場合、該プライマーまたはヌクレオチドは、プリン核酸塩基の８−Ｃ、７−デアザプリン核酸塩基のＣ−７、７−デアザプリン核酸塩基のＣ−８またはピリミジン核酸塩基の５位で標識される、請求項３６に記載のキット。
【請求項３８】
前記置換フェニル、置換ベンジル、置換ビフェニル、置換ナフチルまたは置換複素環が、スルホネートで置換される、請求項３６に記載のキット。
【請求項３９】
Ｒ２、Ｒ２’、Ｒ１２およびＲ１２’のうち少なくとも１つが、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０または−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０であり、ここで、Ｐｈはフェニレンであり、ｎは１〜６の範囲の整数であり、ｍは０または１であり、そして、Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートである、請求項３６に記載のキット。
【請求項４０】
前記プライマーまたは前記ヌクレオチドが前記スルホン化ジアリールローダミン化合物で標識される場合、前記Ｒ４０カルボキシル部分は、該スルホン化ジアリールローダミン化合物を該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合する連結部分であるか、あるいは、該スルホン化ジアリールローダミン化合物を該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合されたリンカーに結合する連結部分である、請求項３９に記載のキット。
【請求項４１】
前記プライマーまたは前記ヌクレオチドに連結された前記リンカー、および、前記スルホン化ジアリールローダミン化合物の連結部分に連結された前記リンカーが、アルキニルリンカーである、請求項４０に記載のキット。
【請求項４２】
前記リンカーが、以下の式：
【化１４】
2010053137.tif 000014
の構造を有し、ここで、ｎが０、１または２である、請求項４１に記載のキット。
【請求項４３】
前記プライマーまたは前記ヌクレオチドが前記エネルギー移動色素で標識される場合、該エネルギー移動色素は、結合、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の、分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有し、かつ２つの一価のラジカル中心を有する炭化水素基、または、Ｃ６−Ｃ２０アリールジイルからなる群より選択されるリンカーによって、該プライマーまたは該ヌクレオチドに共有結合される、請求項３６に記載のキット。
【請求項４４】
前記プライマーまたは前記ヌクレオチドが前記エネルギー移動色素で標識される場合、該エネルギー移動色素は、アルキニルリンカーによって該プライマーまたは該ヌクレオチドに共有結合される、請求項３６に記載のキット。
【請求項４５】
前記リンカーが以下の式：
【化１５】
2010053137.tif 000015
の構造を有し、ここで、ｎが０、１または２である、請求項４４に記載のキット。
【請求項４６】
前記プライマーまたは前記ヌクレオチドが前記エネルギー移動色素で標識される場合、前記スルホン化ジアリールローダミン化合物の前記Ｒ４０カルボキシル部分は、該スルホン化ジアリールローダミン化合物を該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合する連結部分であるか、あるいは、該プライマーまたは該ヌクレオチドに結合されたリンカーに該スルホン化ジアリールローダミン化合物を結合する連結部分である、請求項３６に記載のキット。
【請求項４７】
Ｒ１、Ｒ３、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ８、Ｒ９、Ｒ１１、Ｒ１３、Ｒ１４、Ｒ１５、Ｒ１７、Ｒ１８、Ｒ２０およびＲ２１が水素である、請求項３６に記載のキット。
【請求項４８】
Ｒ１およびＲ２’が、これらが結合する原子と一緒になって、４〜７個の環原子を有する第一の環構造を形成し；そして、Ｒ１２’およびＲ１３が、これらが結合する原子と一緒になって、４〜７個の環原子を有する第二の環構造を形成する、請求項３６に記載のキット。
【請求項４９】
前記第一および第二の環構造のうち一方または両方が５個の環原子を有する、請求項４８に記載のキット。
【請求項５０】
前記環構造が、１つのｇｅｍ二置換炭素を含み、該ｇｅｍ置換基の各々が飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜８個の炭素原子を有する炭化水素である、請求項４９に記載のキット。
【請求項５１】
前記スルホン化ジアリールローダミン化合物が、以下の式：
【化１６】
2010053137.tif 000016
のうちの１つの構造を有し、ここで、Ｌ２およびＬ１２は、各々が独立して、−（ＣＨ２）ｎ−Ｒ４０または−（ＣＨ２）ｍ−Ｐｈ−Ｒ４０から選択され、ここで、Ｐｈはフェニレンであり、ｎは１〜６の範囲の整数であり、ｍは０または１であり、そして、Ｒ４０はスルホネートまたはカルボキシレートである、請求項３６に記載のキット。
【請求項５２】
請求項３６に記載のキットであって、前記エネルギー移動色素の前記ドナー色素および前記アクセプター色素を連結する前記リンカーが、以下の構造：
【化１７】
2010053137.tif 000017
を有し、ここで：
Ｚは、ＮＨ、ＳおよびＯからなる群より選択され；
Ｒ２１は、該ドナー色素に結合される、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素であり；
Ｒ２２は、必要に応じて置換された飽和もしくは不飽和の分枝鎖、直鎖もしくは環式の１〜１２個の炭素原子を有する炭化水素、５員環、少なくとも１つの不飽和結合を有する６員環、および該カルボニル炭素に結合される縮合環構造からなる群より選択される置換基であり；そして
Ｒ２３は、該リンカーを該アクセプター色素に結合する官能基を含む、
キット。
【請求項５３】
請求項３６に記載のキットであって、前記エネルギー移動色素が、以下の構造：
【化１８】
2010053137.tif 000018
を有し、ここで、Ｄはドナー色素であり、Ａはアクセプター色素であり、そして、ｎは１または２である、キット。
【請求項５４】
前記アクセプター色素が、スルホン化ジアリールローダミン化合物であり、前記ドナー色素がシアニン、フタロシアニン、スクアライン、ボディピー、ベンゾフェノキサジン、フルオレセイン、ジベンゾローダミン、またはローダミン色素である、請求項３６に記載のキット。
【請求項５５】
前記アクセプター色素がスルホン化ジアリールローダミン化合物であり、前記ドナー色素が、該アクセプター色素に連結されたフルオレセインまたはローダミンである、請求項５４に記載のキット。
【請求項５６】
前記プライマーがエネルギー移動色素で標識される場合、前記ドナー色素が該プライマーの５’末端に連結される、請求項３６に記載のキット。
【請求項５７】
前記プライマーがスルホン化ジアリールローダミン化合物で標識される場合、該スルホン化ジアリールローダミン化合物が該プライマーの５’末端に連結される、請求項３６に記載のキット。
【請求項５８】
前記ヌクレオチドがエネルギー移動色素で標識される場合、前記ドナー色素が該ヌクレオチドに連結される、請求項３６に記載のキット。
【請求項５９】
ポリメラーゼをさらに含む、請求項３６に記載のキット。
【請求項６０】
リガーゼをさらに含む、請求項３６に記載のキット。