(57)【要約】  本発明は、共通アレルゲンタンパク質及びペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体、並びに共通アレルゲンタンパク質及びペプチドの方法及び使用に関する。方法には、例えば、免疫応答をモジュレートすること；対象者をアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー性疾患に対して保護し、又はアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー性疾患について対象者を処置すること；及び対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導することが含まれる。【選択図】図１
2015509487.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
表７に示されるアミノ酸配列(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又はそのバリアント若しくはその誘導体を含んでなるか、前記配列、バリアント若しくは誘導体からなるか又は前記配列、バリアント若しくは誘導体から本質的になるタンパク質又はペプチド。
【請求項２】
表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体を含んでなるか、前記配列、バリアント若しくは誘導体からなるか又は前記配列、バリアント若しくは誘導体から本質的になるタンパク質又はペプチド。
【請求項３】
バリアントが：
ａ．30アミノ酸長までの、表７に示されるアミノ酸配列(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)を含んでなるペプチド；又は
ｂ．７〜30アミノ酸長のペプチドであって、少なくとも７連続アミノ酸が表７に示されるアミノ酸配列(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)の少なくとも７連続アミノ酸と少なくとも75％の同一性を有するペプチド
である、請求項１又は２に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項４】
タンパク質又はペプチドが、表７に示されるAlt a 6(配列番号1455)、Asp f 1(配列番号1466)、Fel d 1 1(配列番号1531、1532、1533、1534、1535、1536、1537、1538)、Fel d 1 2(配列番号1539、1540、1541、1542、1543、1544、1545、1546、1547、1548、1549、1550、1551)、Can f 3(配列番号1557)、Der f 1(配列番号1562、1563、1564、1565)、Der f 2(配列番号1587)、Der p1(配列番号1591、1593、1594、1595、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603)、Der p 2(配列番号1608)、Aln g 1(配列番号1653、1654、1655)、Bet v 1(配列番号1656、1657、1658、1659、1660、1661、1662、1663、1664)、Bet v 2(配列番号1665)、Cha o 1(配列番号1678、1679、1680、1681、1682、1683、1684)、Cup a 1(配列番号1689、1691、1692)、Cup s 1(配列番号1700、1701)、Jun o 4(配列番号1710)、Ant o 1(配列番号1743)、Lol p 1(配列番号1765、1766、1767、1768)、Lol p 11(配列番号1770)、Lol p 5 1(配列番号1793、1794、1795、1796、1797、1798、1802、1803、1804、1805、1807、1808、1809、1811、1812)、Lol p 5 2(配列番号1815、1816、1817、1818、1819)、Pha a 1(配列番号1824)、Pha a 5(配列番号1831、1833、1836)、Poa p 1(配列番号1842、1844)、Poa p 5(配列番号1845、1846、1847、1848、1849、1850、1851、1852、1853、1854、1855、1856、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1868、1869、1870)又はAmb t 5(配列番号1881)の配列のいずれかからなるものではない請求項１又は２又は３に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項５】
タンパク質又はペプチドがイエチリダニアレルゲンに由来する請求項１又は２又は３に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項６】
タンパク質又はペプチドが、表７に示されるDer f 10(配列番号568〜570)、Der f 11(配列番号1571)、Der f 13(配列番号1572〜1575)、Der f 14(配列番号1576)、Der f 16(配列番号1577〜1584)、Der f 18(配列番号1585〜1586)、Der p 3(配列番号1609〜1614)、Der p 4(配列番号1615〜1646)、Der p 5(配列番号647)、Der p 9(配列番号1648〜1650)又はDer p 14(配列番号1604〜1607)のアミノ酸配列を含んでなるか、該配列からなるか又は該配列から本質的になる請求項１又は２又は３に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項７】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体がアレルゲン又は抗原を含んでなる請求項１〜６のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項８】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が抗アレルゲン免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる請求項１〜７のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項９】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が抗アレルゲン免疫応答を減少させ、阻害し、抑制し又は低下させる請求項１〜７のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１０】
抗アレルゲン免疫応答がＴ細胞応答又はIgE抗体の産生を含んでなる請求項８又は９に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１１】
抗アレルゲン免疫応答がリンホカイン産生の刺激、誘導、増加又は増強を含んでなる請求項８又は９に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１２】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体がTh2免疫応答をモジュレートする請求項１〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１３】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が細胞によるリンホカイン又はサイトカインの産生をモジュレートする請求項１〜１２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１４】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が、対象者をアレルゲンに対して脱感作させ、又はアレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を改善し、増大させ若しくは誘導する請求項１〜１３のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１５】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体がIL-5(インターロイキン-5)、IL-4(インターロイキン-4)、IL-10(インターロイキン-10)、IL-13(インターロイキン-13)、IL-17(インターロイキン-17)又はIFN-γ(インターフェロン-γ)の産生をモジュレートする請求項１〜１４のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１６】
リンホカイン、サイトカイン、IL-5、IL-4、IL-10、IL-13、IL-17又はIFN-γの産生がイムノアッセイにより検出される請求項１４又は１５に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１７】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体がTh2免疫応答を増大させ、誘導し、惹起し若しくは刺激するか；細胞によるリンホカインの産生を増大させ、誘導し、惹起し若しくは刺激するか；又はIL-5(インターロイキン-5)、IL-4(インターロイキン-4)、IL-10(インターロイキン-10)、IL-13(インターロイキン-13)、IL-17(インターロイキン-17)又はIFN-γ(インターフェロン-γ)の産生を増大させ、誘導し、惹起し若しくは刺激する請求項１〜１５のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１８】
Th2免疫応答、又はリンホカイン、IL-5、IL-4、IL-10、IL-13、IL-17若しくはIFN-γの産生が末梢血単核細胞(PBMC)を該タンパク質又はペプチドと接触させた後にイムノアッセイにより測定される請求項１７に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１９】
アレルゲン又は抗原が、ハンノキ属、アルテルナリア属腐朽菌、アメリカゴキブリ、チリダニ、トネリコ属、アスペルギルス・フミガタス、ギョウギシバ、カバノキ属、クロクルミ、カナリークサヨシ、ネコ、クラドスポリウム・ハーバルム、イタリアイトスギ、イトスギ属、ヤシ、イヌ、ヘラオオバコ、オオブタクサ、ヒノキ、ナガハグサ、ホソムギ、モグサ、カモガヤ、ペニシリウム・クリソゲナム、ケードネズ、オカヒジキ、ライグラス、ハルガヤ、ブタクサモドキ若しくはホワイトオークに由来するか又はこれらにより産生される請求項７に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２０】
アミノ酸配列が約５〜10、10〜15、15〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、45〜50、50〜60、60〜70、70〜80、90〜100、100〜125、125〜150、150〜175、175〜200、200〜250、250〜300アミノ酸残基の範囲内の長さ又はより長いアミノ酸残基長を有する請求項１〜１９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２１】
アミノ酸配列が25アミノ酸長までの範囲の長さ又は約７〜20；８〜30；８〜25；８〜20；９〜30；９〜25；９〜20；10〜30；10〜25；10〜30アミノ酸残基長を有する請求項１〜２０のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２２】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が単離されている請求項１〜２１のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２３】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が基体に固定されている請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２４】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が基体に固定され、固定された各アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が該基体において独特の又は別個の位置又はアドレスを有する請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２５】
基体がガラス、シリカ、プラスチック、ポリエチレン、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリアセテート、ポリカーボネート、ポリアミド、ポリエステル、ポリウレタン又はポリ塩化ビニルを含んでなる請求項２３又は２４に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２６】
上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドを含んでなる組成物。
【請求項２７】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを含んでなる組成物。
【請求項２８】
請求項１〜２７のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを含んでなる医薬組成物。
【請求項２９】
特異的免疫療法に適切な請求項２８に記載の医薬組成物。
【請求項３０】
請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを含んでなるワクチン組成物。
【請求項３１】
上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドをコードする単離された核酸。
【請求項３２】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドをコードする単離された核酸。
【請求項３３】
上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドを発現する細胞。
【請求項３４】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを発現する細胞。
【請求項３５】
細胞が真核細胞又は原核細胞である請求項３３又は３４に記載の細胞。
【請求項３６】
細胞が哺乳動物、昆虫、真菌又は細菌の細胞である請求項３３又は３４に記載の細胞。
【請求項３７】
細胞を、アレルゲンに対する細胞の免疫活性をモジュレートするに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドと接触させることを含んでなる、アレルゲンに対する細胞の免疫活性をモジュレートする方法。
【請求項３８】
細胞を、アレルゲンに対する細胞の免疫活性をモジュレートするに十分な量の請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドと接触させることを含んでなる、アレルゲンに対する細胞の免疫活性をモジュレートする方法。
【請求項３９】
後記ペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲンに対する細胞の免疫活性のモジュレーションに使用するための上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチド。
【請求項４０】
上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドの、該ペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲンに対する細胞の免疫活性をモジュレートする医薬の製造のための使用。
【請求項４１】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドの、アレルゲンに対する細胞の免疫活性をモジュレートする医薬の製造のための使用。
【請求項４２】
方法又は使用が細胞においてペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ又は改善することを含んでなる請求項３７〜４１のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項４３】
対象者においてアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートするに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、対象者においてアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートする方法。
【請求項４４】
対象者においてアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートするに十分な量の請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、対象者においてアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートする方法。
【請求項４５】
上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドの、対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートする医薬の製造のための使用。
【請求項４６】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドの、対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートするために使用するための使用。
【請求項４７】
対象者に、対象者をタンパク質又はペプチドアレルゲンに対して脱感作させるか又は対象者によるタンパク質又はペプチドアレルゲンの寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは改善するに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドを投与することを含んでなる、タンパク質又はペプチドアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか、又はタンパク質又はペプチドアレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ又は改善する方法。
【請求項４８】
対象者に、対象者をタンパク質又はペプチドアレルゲンに対して脱感作させるか又は対象者によるタンパク質又はペプチドアレルゲンの寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは改善するに十分な量の請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを投与することを含んでなる、タンパク質又はペプチドアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか、又はタンパク質又はペプチドアレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ又は改善する方法。
【請求項４９】
上記実施形態のいずれか１つによるタンパク質又はペプチドの、タンパク質又はペプチドアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか、又は対象者によるタンパク質又はペプチドアレルゲンの寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは改善する医薬の製造のための使用。
【請求項５０】
対象者をタンパク質又はペプチドアレルゲンに対して脱感作させるか、又は対象者によるタンパク質又はペプチドアレルゲンの寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは改善するために使用するための、請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項５１】
前記ペプチド又はタンパク質が前記アレルゲンに由来するか、又は前記アレルゲンと同じ生物を起源とするアレルゲンに由来する請求項３７〜５０に記載の方法又は使用。
【請求項５２】
アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供するに十分な量の請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供する方法。
【請求項５３】
上記実施形態のいずれか１つによるタンパク質又はペプチドの、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供する医薬の製造のための使用。
【請求項５４】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドの、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供する医薬の製造のための使用。
【請求項５５】
アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供することにおける使用のための、上記実施形態のいずれか１つによるタンパク質又はペプチド。
【請求項５６】
アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供することにおける使用のための、請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項５７】
アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患について対象者を処置するに十分な量の上記実施形態のいずれか１つによるタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患を処置する方法。
【請求項５８】
アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患について対象者を処置するに十分な量の請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患を処置する方法。
【請求項５９】
上記実施形態のいずれか１つによるタンパク質又はペプチドの、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患を処置する医薬の製造のための使用。
【請求項６０】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドの、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患を処置する医薬の製造のための使用。
【請求項６１】
対象者のアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患の処置に使用するための請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項６２】
前記タンパク質又はペプチドがアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患を引き起こすアレルゲンに由来するか、又は前記ペプチドがアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患を引き起こすアレルゲンと同じ生物に属するアレルゲンに由来する請求項３７〜６１のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６３】
アレルギー反応又はアレルギー応答がアレルギー性肺胞炎、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、アレルギー性結膜炎、アレルギー性コリーザ、アレルギー性皮膚炎、アレルギー性脈管炎又はアレルギー性鼻炎を含んでなる請求項４３〜６２のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６４】
方法又は使用が表１、表２、表３又は表４の生物のアレルゲン又は生物の産生物に対して対象者を脱感作させるか、又は表１、表２、表３又は表４の生物のアレルゲン又は生物の産生物に対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは改善する請求項４３〜６２のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６５】
方法又は使用が表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体に対して対象者を脱感作させ、或いは前記アミノ酸配列、バリアント又は誘導体に対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ又は改善する請求項４３〜６２のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６６】
方法又は使用が細胞をタンパク質又はペプチドと複数回繰返し接触させるか、又はタンパク質又はペプチドを対象者に複数回繰返し投与することを含んでなる請求項４３〜６５のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６７】
タンパク質又はペプチドが皮膚に、皮下に、皮膚上に、皮内に、筋肉内に、静脈内に、経口で、粘膜に、吸入により又は鼻に投与される請求項４３〜６５のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６８】
ｉ．対象者からの細胞を請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドと接触させ；そして
ii．タンパク質又はペプチドが接触細胞からの免疫応答又は活性をモジュレートするかどうかを決定する
ことを含んでなり、タンパク質又はペプチドが接触細胞からの免疫応答又は活性をモジュレートするとの決定は、アレルギー応答を検出するか、又は対象者がアレルギー応答又はアレルギーを有することを示す、対象者においてアレルギー応答を検出するかアレルギーを診断する方法。
【請求項６９】
免疫応答又は活性のモジュレーションが過敏反応又は応答についてアッセイすることで測定される.請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
免疫応答又は活性のモジュレーションが皮膚の免疫学的過敏反応についてアッセイすることにより測定される請求項６８に記載の方法。
【請求項７１】
対象者が哺乳動物である請求項４３〜７０のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項７２】
対象者がヒトである請求項４３〜７０のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項７３】
対象者の皮膚を接触させる請求項６８に記載の方法。
【請求項７４】
対象者がアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患の症状を示しているか、又は前記アレルギー反応等を患っている請求項４３〜７０のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項７５】
対象者がハンノキ属、アルテルナリア属腐朽菌、アメリカゴキブリ、チリダニ、トネリコ属、アスペルギルス・フミガタス、ギョウギシバ、カバノキ属、クロクルミ、カナリークサヨシ、ネコ、クラドスポリウム・ハーバルム、イタリアイトスギ、イトスギ属、ヤシ、イヌ、ヘラオオバコ、オオブタクサ、ヒノキ、ナガハグサ、ホソムギ、モグサ、カモガヤ、ペニシリウム・クリソゲナム、ケードネズ、オカヒジキ、ライグラス、ハルガヤ、ブタクサモドキ若しくはホワイトオークに由来するか又はこれらにより産生されるアレルゲンに対するアレルギー反応又はアレルギー応答を有していたことがある請求項４３〜７０のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項７６】
対象者が表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体に対するアレルギー反応又はアレルギー応答を有していたことがあるか；或いは請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドに対するアレルギー反応又はアレルギー応答を有していたことがある請求項４３〜７０のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項７７】
Ａ)以下：
ｉ)１以上の表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体、或いは
ii)１以上の請求項１〜２２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド
を含んでなる区画；及び
Ｂ)以下：
iii)アレルゲンに対する細胞の免疫応答又は活性をモジュレートすること；
iv)対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートすること；
ｖ)タンパク質又はペプチドアレルゲンに対して脱感作させるか、又はタンパク質若しくはペプチドアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは改善すること；
vi)アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患のリスクを低下させるか、又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供すること；
vii)アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患を処置すること；或いは
viii)対象者におけるアレルギー応答を検出するか又はアレルギーを診断すること
のいずれかでの使用のための指示書
を含んでなるキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願情報
[0001]  本出願は、2012年２月７日出願の出願番号第61/596,166号及び2012年５月３日出願の出願番号第61/642,372号に優先権を主張する。両出願とも参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
政府の援助
[0002]  本発明は、米国国立衛生研究所の契約NIAIDHHSN272200700048C及び助成金U19AI100275による政府援助を受けた。合衆国政府は本発明について一定の権利を有する。
【０００３】
配列表
[0003]  本出願は、EFS-WebによりASCII方式で提出した配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。このASCIIデータのコピーは、2013年２月６日に作成され、名称を「051501-0420333_SL.txt」とし、サイズは405,771バイトである。
【背景技術】
【０００４】
はじめに
[0004]  共通環境アレルゲンに対するアレルギー反応は、高疾病率及び社会的費用に形を変える重篤な臨床症状(例えば、鼻炎及び喘息)と関連する。更に、アレルギー性疾患の発生率及び有病率は着実に上昇している。アレルギー性疾患に関する現行の処置は、十分に満足できるものではなく、同時に、アレルギー性疾患の原理面の理解は不完全なままである(1, 2)。
【０００５】
[0005]  アレルギー性疾患の開始及び維持は、(先天性免疫及び適応免疫の両方を含む)複雑な一連の分子事象に起因する。適応免疫に関して、IgEは特に重要である。抗原によるIgEの架橋は、ヒスタミンその他のメディエータの放出及びその後のアレルギー応答の臨床発現の主な原因である。実際、IgE反応性は、所与のアレルゲン源に含まれる特定のアレルゲンを規定するために利用される。しかし、IgE応答に加え、Ｔ細胞もまたアレルギー性疾患に大いに寄与する。この寄与は、IgE産生及び好酸球分化の促進により間接的でも、好酸球性炎症を促進する種々の炎症促進性サイトカイン(例えばIL-5)の放出により直接的でもあり得る。(アレルギー反応の抑制をもたらす)調節性Ｔ細胞(Treg)の可能な有益な役割もまた、幾つかの研究によって示されている。ヒトのアレルギー反応における抗原特異的Ｔ細胞の役割に関する知識は限定的であり、詳細な研究は、アレルゲン特異的Ｔ細胞が認識するエピトープに関する知識が比較的少ないことによって妨げられている。
【０００６】
[0006]  ヒトＴ細胞により認識されるエピトープに関する報告はあるが、多くのアレルゲン系について、情報は断片的であるか又は全く欠いている。ヒトにおける複雑なアレルゲンに対する応答は、まさしく異成分性であり、多数のエピトープの認識が関与する(3-18)。同時に、最も有力で一般的な応答は、応答の相当な割合を含み、これら優性エピトープは結合能力に基づいて予測することができ、複数のHLA DR、DP及びDQ対立遺伝子バリアントとの関連で認識可能である(3)。
【０００７】
[0007]  本明細書に開示するように、真菌(アルテルナリア属、アスペルギルス属、クラドスポリウム属及びペニシリウム属)、樹木(ハンノキ属、トネリコ属、カバノキ属、クロクルミ、イトスギ属、ビャクシン属、コナラ属及びヤシ)、イネ科草本(ギョウギシバ、カナリークサヨシ、ナガハグサ、カモガヤ、ライグラス及びハルガヤ)、ウィード(ヘラオオバコ、オオブタクサ、モグサ、オカヒジキ及びブタクサモドキ)及び種々の屋内アレルゲン(アメリカゴキブリ、ネコ鱗屑、イヌ鱗屑及びチリダニ)を含む28の共通アレルゲン源に由来するアレルゲンタンパク質の大きなパネルを探索した。250を超える異なる抗原領域を同定した。幾つかのアレルゲン源について最初の現実のエピトープデータを提供する。また、本明細書に開示するように、IgE反応性に基づいて以前に規定されたアレルゲンに対するＴ細胞応答は、Ｔ細胞応答全体の不定な割合(多くの場合で驚くべきほど少ない割合)を占めている。このことは、Ｔ細胞認識に関与する抗原の幾つかは、未だ報告されていないことを示唆している。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
要旨
[0008]  真菌、樹木、イネ科草本(grass)、ウィード(weed)及び屋内アレルゲンを含む28の異なる供給源に由来する133のアレルゲンのパネルを、HLAクラスII結合性ペプチドの予測及びアレルギードナーのPBMCを用いるELISPOTアッセイを利用して調べた結果、257のＴ細胞エピトープを同定した。これらエピトープの90％以上が新規であり、14のアレルゲン源については最初のエピトープを同定した。この異なるアレルゲン源で同定したエピトープは、合計すると、抽出物応答全体の不定の割合であった。同定したＴ細胞エピトープが抽出物応答の僅かな割合しか占めないアレルゲンの場合、利用可能な既知のタンパク質配列はほとんどなかった。このことは、「エピトープのカバー率が低い」アレルゲン源については、更なるアレルゲンタンパク質が未同定のままであることを示唆する。IL-5応答及びIFN-γ応答をそれぞれプロトタイプのTh2応答及びTh1応答として測定した。IL-5産生がIFN-γを大きく上回る場合がある(例えば、カモガヤ、アルテルナリア属、イトスギ属及びオカヒジキ)一方、IFN-γの産生がIL-5を上回る場合(例えば、アスペルギルス属、ペニシリウム属及びハンノキ属)もある。よって、異なるアレルゲン源は、Th1関連リンホカインの産生 対 Th2関連リンホカインの産生をリコールする能力に関して異なって二極化しており、応答性Ｔ細胞の不定二極化に関連している。
【０００９】
[0009]  ヒトアレルゲン由来Ｔ細胞エピトープの最も包括的な研究を本明細書に開示する。これらエピトープは、Ｔ細胞応答性、季節に応じた又はSIT処置若しくは種々の疾患重篤度(喘息又は鼻炎)の結果としてのＴ細胞表現型/Ｔ細胞可塑性を特徴付けるために使用することができる。加えて、アレルゲンのこれらエピトープは、種々の臨床応用に、例えば、Ｔ細胞応答又は活性をモジュレートするため、抗アレルゲン免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させるため、及び抗アレルゲン免疫応答を減少させ、阻害し、抑制し又は低下させるために使用することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】IFN-γ応答及びIL-5応答が14日目に最適に検出されることを示す。
【図２】２人の代表的ドナー(D00095及びD00107)において６日目及び14日目に同定されたアルテルナリア属菌エピトープの比較を示す。
【図３】アルテルナリア属菌ペプチド及びライグラスペプチドに対する、代表的ドナーの細胞からのアレルゲンエピトープ誘導IL-4、IL-5及びIL-13応答の比較を示す。
【図４】優性エピトープの無差別HLA結合能力を示す。
【図５】異なるアレルゲン源に対するＴ細胞応答は異なって二極化することを示す。
【図６】１人のドナーで異なるアレルゲンに対して二極化したＴ細胞応答を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
[0010]  本発明によれば、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくはその誘導体を含むか、前記アミノ酸配列、バリアント若しくは誘導体からなるか又は該アミノ酸配列、バリアント若しくは誘導体から本質的になるタンパク質及びペプチドが提供される。本発明によれば、また、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体を含むか、前記アミノ酸配列、バリアント若しくは誘導体からなるか又は該アミノ酸配列、バリアント若しくは誘導体から本質的になるタンパク質及びペプチドが提供される。
【００１２】
[0011]  タンパク質及びペプチドには、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列のサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体が含まれる。具体的局面において、サブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)に示されるアミノ酸配列を含んでなる30アミノ酸長までのペプチドである。他の具体的局面において、サブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、７〜30アミノ酸長のペプチドであって、少なくとも７つ連続するアミノ酸が表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)に示されるアミノ酸配列の少なくとも７つ連続するアミノ酸と少なくとも75％の同一性を有するペプチドである。
【００１３】
[0012]  更なる実施形態において、タンパク質又はペプチドは、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)に示されるDer f 1、Der f 2、Der p 1及びDer p 2の配列からなるものではない。他の実施形態において、タンパク質又はペプチドは、イエチリダニアレルゲン、例えば、表７で指定されるようなDer f 10(配列番号568〜570)、Der f 11(配列番号1571)、Der f 13(配列番号1572〜1575)、Der f 14(配列番号1576)、Der f 16(配列番号1577〜1584)、Der f 18(配列番号1585〜1586)、Der p 3(配列番号1609〜1614)、Der p 4(配列番号1615〜1646)、Der p 5(配列番号647))、Der p 9(配列番号1648〜1650)又はDer p 14(配列番号1604〜1607)のアミノ酸配列に由来する。
【００１４】
[13]  タンパク質及びペプチドには、アレルゲン又は抗原並びにそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体が含まれる。また、タンパク質及びペプチドには、抗アレルゲン免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させるアミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が含まれる。更に、タンパク質及びペプチドには、抗アレルゲン免疫応答(例えば、Ｔ細胞応答又はIgE抗体の産生、リンホカイン産生の刺激、誘導、増大又は増強)を減少させ、阻害し、抑制し又は低下させるアミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が含まれる。更に、タンパク質及びペプチドには、Th2免疫応答をモジュレートするアミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が含まれる。加えて、タンパク質及びペプチドには、細胞によるリンホカイン又はサイトカインの産生をモジュレートするアミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が含まれる。更に尚、タンパク質及びペプチドには、アレルゲン(例えば、このアレルゲンに対して対象者は感作しているか又は高感受性である)に対して脱感作させるか又は該アレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を改善し、増大させ若しくは誘導するアミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が含まれる。
【００１５】
[0014]  更に、タンパク質及びペプチドには、IL-5(インターロイキン-5)、IL-4(インターロイキン-4)、IL-10(インターロイキン-10)、IL-13(インターロイキン-13)、IL-17(インターロイキン-17)又はIFN-γ(インターフェロン-γ)の産生をモジュレートするアミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が含まれる。更に、タンパク質及びペプチドには、Th2免疫応答を増大させ、誘導し、惹起し若しくは刺激するか；細胞によるリンホカインの産生を増大させ、誘導し、惹起し若しくは刺激するか；又はIL-5(インターロイキン-5)、IL-4(インターロイキン-4)、IL-10(インターロイキン-10)、IL-13(インターロイキン-13)、IL-17(インターロイキン-17)又はIFN-γ(インターフェロン-γ)の産生を増大させ、誘導し、惹起し若しくは刺激するアミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が含まれる。このような産生は、随意に、イムノアッセイで検出可能であり、末梢血単核細胞(PBMC)(例えば、タンパク質又はペプチドが由来するアレルゲン又は生物に対してアレルギー性である対象者から取得したPBMC)を該タンパク質又はペプチドと接触させた後、イムノアッセイで検出することができる。
【００１６】
[0015]  本明細書に開示するように、特定のタンパク質及びペプチドは、アレルゲン若しくは抗原を含むか、アレルゲン若しくは抗原からなるか又はアレルゲン若しくは抗原から本質的になる。具体的局面において、アレルゲン又は抗原は、ハンノキ属(Alder)、アルテルナリア属腐朽菌(Alternaria rot fungus)、アメリカゴキブリ、チリダニ、トネリコ属(Ash)、アスペルギルス・フミガタス(Aspergillus fumigatus)、ギョウギシバ(Bermuda grass)、カバノキ属(Birch)、クロクルミ(Black Walnut)、カナリークサヨシ(Canary grass)、ネコ、クラドスポリウム・ハーバルム(Cladosporium herbarum)、イタリアイトスギ(Common cypress)、イトスギ属(Cypress)、ヤシ、イヌ、ヘラオオバコ(English plantain)、オオブタクサ(Giant ragweed)、ヒノキ(Japanese cypress)、ナガハグサ(Kentucky blue grass)、ホソムギ(Lolium perenne)、モグサ(Mugwort weed)、カモガヤ(Orchard grass)、ペニシリウム・クリソゲナム(Penicillium chrysogenum)、ケードネズ(Prickly juniper)、オカヒジキ(Russian thistle)、ライグラス(Rye grass)、ハルガヤ(Sweet vernal grass)、ブタクサモドキ(Western Ragweed)若しくはホワイトオーク(White oak)に由来するか又はこれらにより産生される。
【００１７】
[0016]  本明細書に開示されるように、特定の実施形態において、タンパク質及びペプチドは、約５〜10、10〜15、15〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、45〜50、50〜60、60〜70、70〜80、90〜100、100〜125、125〜150、150〜175、175〜200、200〜250、250〜300アミノ酸残基の範囲内の長さ又はより長いアミノ酸残基長を有する。他の実施形態において、タンパク質及びペプチドは、25アミノ酸長までの範囲の長さ又は約７〜20；８〜30；８〜25；８〜20；９〜30；９〜25；９〜20；10〜30；10〜25；10〜30アミノ酸残基長を有する。
【００１８】
[0017]  タンパク質及びペプチドは単離形態及び精製形態を含む。タンパク質及びペプチドはまた、基体に固定されたもの、並びに基体に固定されたアミノ酸配列、サブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体を含む。
【００１９】
[0018]  タンパク質及びペプチドは、組成物中、例えば医薬組成物中に含まれることができる。具体的実施形態において、医薬組成物は、特異的若しくは非特異的免疫療法に適切であるか、又はワクチン組成物である。
【００２０】
[0019]  タンパク質及びペプチドをコードする単離された核酸(単離された核酸を含む)が提供される。更に、タンパク質又はペプチドを発現する細胞も提供される。このような細胞には、真核細胞及び原核細胞、例えば哺乳動物、昆虫、真菌及び細菌の細胞が含まれる。
【００２１】
[0020]  本発明のタンパク質及びペプチドの方法及び使用並びに医薬が含まれる。このような方法、使用及び医薬は、アレルゲンに対する細胞の免疫活性をモジュレートすること；及びアレルゲンに対して細胞を脱感作させるか、又はアレルゲンに対する免疫学的寛容を細胞において誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させることを含む。具体的実施形態において、方法又は使用は、細胞を、アレルゲン(例えば、ペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲン)に対する細胞の免疫活性をモジュレートするに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドと接触させること、或いはアレルゲンに対して脱感作させ又はアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させるため、又は対象者におけるアレルゲン(例えば、ペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲン)に対する免疫応答をモジュレートするために、ペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲンを対象者に投与することを含む。
【００２２】
[0021]  また、このような方法、使用及び医薬は、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供することを含む。１つの実施形態において、方法又は使用は、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供するに十分な量のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含む。アレルギー反応又はアレルギー応答の非限定例としては、アレルギー性肺胞炎、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、アレルギー性結膜炎、アレルギー性コリーザ、アレルギー性皮膚炎、アレルギー性脈管炎及びアレルギー性鼻炎が挙げられる。
【００２３】
[0022]  更に、このような方法、使用及び医薬は、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を処置することを含む。１つの実施形態において、方法又は使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患について対象者を処置するに十分な量のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含む。
【００２４】
[0023]  このような方法、使用及び医薬において、ペプチド又はタンパク質は、当該アレルゲンに由来するか若しくは基づくことができ、又は当該アレルゲンと同じ生物に起源を有するアレルゲンに由来するか若しくは基づくことができる。より具体的には、例えば、タンパク質又はペプチドは、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を引き起こすアレルゲンに由来するか若しくは基づくことができ、又は前記ペプチドは、前記アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を引き起こすアレルゲンと同じ生物に属するアレルゲンに由来する。加えて、例えば、タンパク質又はペプチドは、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体若しくは誘導体に基づくか又は由来することができる。
【００２５】
[0024]  種々の実施形態において、方法又は使用は、表１、表２、表３若しくは表４の生物のアレルゲン若しくは生物の産生物に対して対象者を脱感作させるか又は前記アレルゲン若しくは産生物に対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させる。種々の他の実施形態において、方法又は使用は、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体に対して対象者を脱感作させるか、又は前記アミノ酸配列、バリアント若しくは誘導体に対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させる。
【００２６】
[0025]  本明細書に示されるように、タンパク質、ペプチド、方法、使用又は医薬は、任意の手段による、全身性、局部的又は局所的な投与又は送達を含むことができる。具体的局面において、タンパク質又はペプチドは、皮膚に、皮下に、皮上に、皮内に、筋肉内に、静脈内に、経口で、粘膜に、吸入により又は鼻に投与される。また、本明細書に示されように、タンパク質、ペプチド、方法、使用又は医薬は、複数回繰り返して、タンパク質又はペプチドを細胞と接触させるか又は対象者に投与することを含むことができる。
【００２７】
[0026]  タンパク質及びペプチドは、診断的及び検出的使用及び方法において使用することができる。対象者におけるアレルギー応答を検出し又はアレルギーを診断する１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者の細胞(エキソビボ又はインビボ細胞であってもよい)を本明細書に示されるタンパク質又はペプチドと接触させること；及び、該タンパク質又はペプチドが該接触細胞の免疫応答又は活性をモジュレートするかどうかを決定することを含む。タンパク質又はペプチドが接触細胞(エキソビボ又はインビボ細胞であってもよい)の免疫応答又は活性をモジュレートすれば、アレルギー応答が検出されるか又は対象者がアレルギー応答若しくはアレルギーを有することが示される。具体的局面において、免疫応答又は活性のモジュレーションは、過敏反応又は応答(例えば、皮膚の免疫学的過敏反応)についてのアッセイにより決定される。
【００２８】
[0027]  本発明に従う対象者は、哺乳動物、例えばヒトを含む。具体的実施形態において、対象者は、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患の症状を示しているか又は前記アレルギー反応等を患っている。より具体的実施形態において、対象者は、ハンノキ属、アルテルナリア属腐朽菌、アメリカゴキブリ、チリダニ、トネリコ属、アスペルギルス・フミガタス、ギョウギシバ、カバノキ属、クロクルミ、カナリークサヨシ、ネコ、クラドスポリウム・ハーバルム、イタリアイトスギ、イトスギ属、ヤシ、イヌ、ヘラオオバコ、オオブタクサ、ヒノキ、ナガハグサ、ホソムギ、モグサ、カモガヤ、ペニシリウム・クリソゲナム、ケードネズ、オカヒジキ、ライグラス、ハルガヤ、ブタクサモドキ若しくはホワイトオークに由来するか又はこれらが産生するアレルゲンに対してアレルギー反応又はアレルギー応答を有していたことがある。更なる具体的実施形態において、対象者は、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体に対してアレルギー反応又はアレルギー応答を有していたことがあるか；或いは本明細書に示されるタンパク質又はペプチドに対してアレルギー反応又はアレルギー応答を有していたことがある。
【００２９】
図面の説明
[0028]  図１は、IFN-γ応答及びIL-5応答が14日目に最適に検出されることを示す。ライグラス抽出物又はアルテルナリア属菌抽出物に対する、対応してアレルギー性である３人のドナーの各々におけるIFN-γ応答及びIL-5応答を、０、３、６、14及び17日目にELISPOTアッセイで測定した。インビトロ刺激に使用した個々の抽出物の用量は、当初の用量滴定研究に基づいて選択し、表６に示したとおりであった。
【００３０】
[0029]  図２は、２人の代表的ドナー(D00095及びD00107)において６日目及び14日目に同定されたアルテルナリア属菌エピトープの比較を示す。「材料及び方法」に記載したとおりに、IL-5又はIFN-γのELISPOTアッセイを行い、陽性応答を規定した。ドナーD00095におけるIL-5応答に関しては、ペプチド14のみが６日目に認識され；14日目までに、ペプチド11、13、14、15、16及び17は全て陽性となった。同様に、ドナーD00107において、ペプチド14及び66は６日目及び14日目に陽性応答を示した一方、ペプチド11、12、13、15、16及び17は14日目でのみ応答を示した。IFN-γについては、両ドナーとも、陽性応答は14日目にのみ観察された。
【００３１】
[0030]  図３は、アルテルナリア属菌ペプチド及びライグラスペプチドに対する、代表的ドナーの細胞からのアレルゲンエピトープ誘導IL-4、IL-5及びIL-13応答の比較を示す。本明細書に記載するとおりに、IL-4、IL-5及びIL-13に対する応答を14日目に測定した。ドナーU00064において、アルテルナリア属菌ペプチド11、13、14、15、16及び17はIL-5、IL-4及びIL-13応答を誘導した。更に、IL-5応答がペプチド12、66、67、68及び70により誘導された。このデータは、IL-4及びIL-13応答を誘導する全てのエピトープがIL-5応答をも誘導したことを示す。ドナーU00099で、ライグラスペプチドに応答した類似パターンに気付いた。すなわち、ペプチド1168、1175、1181及び1184が全てIL-5応答を誘導し、同ペプチドは全てIL-4及びIL-13応答を含んでいた。
【００３２】
[0031]  図４は優性エピトープの無差別HLA結合能力を示す。16のアレルゲン源に由来する74のエピトープ領域からの(２人以上のドナーで認識される)個々の15マーエピトープ(n=96)(ペプチド特異的応答が抽出物で検出される応答の15％以上を占る)を、35の異なるDR、DP及びDQ分子のパネルへの結合能力について試験した。クラスIIパネルの種々の画分に結合するエピトープの累積的パーセンテージ(黒線)を示す。エピトープの73％が試験した分子の50％以上に1000nM又はより良好な親和性で結合した。また、同じクラスIIパネルの種々の画分に結合する425の不偏性の非冗長ペプチドのコントロールパネルにおける累積的パーセンテージも示す；コントロールペプチドの17％が試験した分子の50％以上に結合したに過ぎなかった。
【００３３】
[0032]  図５は、異なるアレルゲン源に対するＴ細胞応答は異なって二極化することを示す。種々のアレルゲン源に対する応答全体の、Th2応答及びTh1応答をそれぞれ代表するIL-5又はIFN-γに帰せられるパーセンテージを棒グラフとして示す。対応してアレルギー性であるドナーで測定したメジアン膨疹サイズ(mm直径)を副軸上にプロットしてある。
【００３４】
[0033]  図６は、１人のドナーで異なるアレルゲンに対して二極化したＴ細胞応答を示す。ドナーD00069におけるTh1及びTh2の二極化にそれぞれ関連するIFNγ応答(黒色バー)及びIL-5応答(灰色バー)。記載したように、(全SFCとの対比で)Aln gに対するＴ細胞応答はIFN-γ産生にのみ関連付けられた一方、Alt aに対する応答はIL-5により媒介されるに過ぎなかった。このことは、ハンノキ属植物に由来するエピトープ(Aln g)及びアルテルナリア属腐朽菌に由来するエピトープ(Alt a)に対する応答の二極化を強調する。
【００３５】
詳細な説明
[0034]  よって、本発明によれば、タンパク質及びペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体が提供される。具体的実施形態において、タンパク質及びペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体は、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列に由来するか又は基づく。本発明のタンパク質及びペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体は、とりわけ、本明細書に記載の方法及び使用に有用である。
【００３６】
[0035]  具体的実施形態において、ペプチドは、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)のアミノ酸配列又はそのバリアント若しくはその誘導体からなるか又は本質的になる。バリアント又は誘導体は、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列を含む30アミノ酸長までのペプチドであってもよい。他の具体的局面において、バリアントは、７〜30アミノ酸長のペプチドであって、少なくとも７つ連続するアミノ酸が表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列の少なくとも７つ連続するアミノ酸と少なくとも75％の同一性(例えば、少なくとも80％又は85％の同一性)を有するペプチドである。
【００３７】
[0036]  他の実施形態において、前記バリアントペプチドは、長さが25アミノ酸まで、たとえば24、23、22、21、20、19又は19アミノ酸までである。具体的には、前記バリアントペプチドは、7〜25アミノ酸長のペプチド、例えば７〜20；８〜30；８〜25；８〜20；９〜30；９〜25；９〜20；10〜30；10〜25；10〜20アミノ酸長のペプチドであって、少なくとも７つ連続するアミノ酸が表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)示されるアミノ酸配列の少なくとも７つ連続するアミノ酸と少なくとも75％の同一性(例えば、少なくとも80％又は85％の同一性)を有するペプチドである。他の実施形態において、バリアントペプチドは、対応するアミノ酸配列の少なくとも８、９又は10連続するアミノ酸と少なくとも75％(例えば、少なくとも80％又は85％)の同一性又は相同性を有するそれぞれ少なくとも８、９又は10アミノ酸を有する。
【００３８】
[0037]  具体的実施形態において、タンパク質又はペプチドは、表７で特定されるDer f 10(配列番号568〜570)、Der f 11(配列番号1571)、Der f 13(配列番号1572〜1575)、Der f 14(配列番号1576)、Der f 16(配列番号1577〜1584)、Der f 18(配列番号1585〜1586)、Der p 3(配列番号1609〜1614)、Der p 4(配列番号1615〜1646)、Der p 5(配列番号647)、Der p 9(配列番号1648〜1650)又はDer p 14(配列番号1604〜1607)のアミノ酸配列を含んでなるか、前記アミノ酸配列からなるか又は該アミノ酸配列から本質的になる。
【００３９】
[0038]  他の具体的実施形態において、タンパク質又はペプチドは、表７に示されるAlt a 6(配列番号1455)、Asp f 1(配列番号1466)、Fel d 1 1(配列番号1531、1532、1533、1534、1535、1536、1537、1538)、Fel d 1 2(配列番号1539、1540、1541、1542、1543、1544、1545、1546、1547、1548、1549、1550、1551)、Can f 3(配列番号1557)、Der f 1(配列番号1562、1563、1564、1565)、Der f 2(配列番号1587)、Der p1(配列番号1591、1593、1594、1595、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603)、Der p 2(配列番号1608)、Aln g 1(配列番号1653、1654、1655)、Bet v 1(配列番号1656、1657、1658、1659、1660、1661、1662、1663、1664)、Bet v 2(配列番号1665)、Cha o 1(配列番号1678、1679、1680、1681、1682、1683、1684))、Cup a 1(配列番号1689、1691、1692)、Cup s 1(配列番号1700、1701)、Jun o 4(配列番号1710)、Ant o 1(配列番号1743)、Lol p 1(配列番号1765、1766、1767、1768)、Lol p 11(配列番号1770)、Lol p 5 1(配列番号1793、1794、1795、1796、1797、1798、1802、1803、1804、1805、1807、1808、1809、1811、1812)、Lol p 5 2(配列番号1815、1816、1817、1818、1819)、Pha a 1(配列番号1824)、Pha a 5(配列番号1831、1833、1836)、Poa p 1(配列番号1842、1844)、Poa p 5(配列番号1845、1846、1847、1848、1849、1850、1851、1852、1853、1854、1855、1856、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1868、1869、1870)又はAmb t 5(配列番号1881)の配列のいずれかからなるものではない。
【００４０】
[0039]  本明細書で使用する場合、「抗原」とは、対象者に投与したとき、免疫応答を惹起し、誘導し、刺激し、促進し又は増強される物質(タンパク質又はペプチドを含むがこれらに限定されない)をいう。抗原により惹起される免疫応答は、Ｂ細胞又はＴ細胞応答を含んでもよいが、これらに限定されない。免疫応答は、特定の抗原に対する、特定パターンのリンホカイン/サイトカイン産生を伴う細胞性応答(例えば、Th1、Th2)、液性応答(例えば、抗体産生)又はそれらの組合せを含むことができる。例えば、以前にアレルゲンに曝露された(すなわち、感作されているか又は過敏である)対象者が該アレルゲンに再度接触した場合、CD4+ Ｔリンパ球が分泌するタイプ２サイトカイン(例えば、IL-4、IL-5、IL-9及び/又はIL-13)の産生増大によって特徴付けられるTh2応答に起因してアレルギー性喘息を発症してもよい。
【００４１】
[0040]  本明細書で使用する場合、「エピトープ」とは、対象者に投与したとき、免疫応答を惹起する抗原の領域又は部分をいう。具体的実施形態において、エピトープは、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドの領域又は部分から構成されてもよい。具体的な局面において、エピトープは、Ｔ細胞エピトープ、すなわち、Ｔ細胞の活性、機能又は応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させるエピトープである。
【００４２】
[0041]  抗原、エピトープ、アレルゲン又はそれらの組成物は、望まない又は異常な炎症応答をモジュレートすることができる。本明細書に記載される抗原、エピトープ、アレルゲン又はそれらの組成物は、Th2応答を、例えば該免疫応答をより損傷性が小さいTh1表現型にシフトさせることにより、変化させてもよい。すなわち、変化した(又はモジュレートされた)免疫応答は、抗原、エピトープ若しくははアレルゲンに対する感受性を減少させ、阻害し、抑制し若しくは低下させ(脱感作させ)てもよいし、又は抗原、エピトープ若しくはアレルゲンにより引き起こされる炎症応答(例えば、アレルギー、喘息、発疹、喘鳴、咳嗽、眼の刺激など)を減少させ、阻害し、抑制し若しくは減少させてもよい。
【００４３】
[0042]  したがって、抗原、アレルゲンの非限定例は、規定のアミノ酸配列を有し、Ｔ細胞エピトープを含んでなる(すなわち、Ｔ細胞応答又は活性を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる)ペプチド及びタンパク質である。抗原及びアレルゲンは、任意の数のアッセイ(例えば、Ｔ細胞増殖アッセイ、リンホカイン分泌アッセイ、Ｔ細胞非応答性研究など)を用いて、少なくとも１つのＴ細胞エピトープを含むかどうかを決定するように分析することができる。
【００４４】
[0043]  用語「アレルゲン」とは、曝露された動物(例えば、ヒト)の細胞又は免疫系による免疫応答を惹起し、誘導し、刺激し又は増強させる抗原をいう。抗原は、特異的免疫応答が該抗原に対する感受性の増強又は過敏性の発生であるとき、アレルゲンであるが、典型的には抗原自体は本来的には有害ではない。したがって、アレルゲンは、対象者において感受性の増強若しくは増大又は過敏性の発生を引き起こすことができる特定のタイプの抗原である。例えば、アレルゲンは、素因を有する対象者においてIgE抗体の産生を惹起することができる。アレルゲンにより惹起される応答の他の例としては、Ｔ細胞応答又は活性、例えばリンホカイン若しくはサイトカインの産生又は他の細胞に対するエフェクター機能が挙げられる。また、アレルゲンにより引き起こされる応答は、例えば、Mol. Biol. of Allergy and Immunology, R. Bush編, Immunology and AllerClinics of North American Series(1996年８月)に記載されている。用語「アレルゲン」及び「抗原」は異なる意味を有するが、本明細書における「アレルゲン」への言及は「抗原」への言及を含み、本明細書における「抗原」への言及は「アレルゲン」への言及を含む。
【００４５】
[0044]  代表的には、アレルゲンは、有機物質、例えばタンパク質、ペプチド、ヌクレオチド、炭水化物、脂質、脂肪、核酸及びそれらの組合せ又は混合物である。アレルゲンとしては、本明細書で使用する場合、特異的アレルゲンタンパク質、アレルゲンタンパク質の混合物、アレルゲンの抽出物、化学的又は遺伝子組換え的に製造されたアレルゲン又はそれらの任意の組合せが挙げられるが、これらに限定されない。したがって、「アレルゲン」とは、植物(樹木、ウィード、穀物、花、芝生、イネ科草本など又はその部分(例えば種子、堅果、樹皮、花粉、葉など))又は生存若しくは死亡生物(動物、細菌、昆虫、カビ、真菌など)又は生物の生成物に由来するアレルゲンをいう。
【００４６】
[0045]  特定の実施形態において、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列の全体又は一部)は、免疫応答を刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる。具体的実施形態において、タンパク質又はペプチドは、Ｔ細胞抗原、アレルゲン又はエピトープである。更なる具体的実施形態において、タンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体は、Ｔ細胞応答(Th2細胞応答を含み得るがこれに限定されない)を惹起し、刺激し、促進し、誘導し又は増強させる。
【００４７】
[0046]  本明細書で使用する場合、用語「免疫応答」は、Ｔ細胞媒介(細胞性)及び/又はＢ細胞媒介(液性)免疫応答を含む。例示的な免疫応答としては、Ｔ細胞応答、例えば、リンホカイン産生、サイトカイン産生及び細胞性の細胞毒性が挙げられる。Ｔ細胞応答にはTh1及び/又はTh2応答が含まれる。加えて、用語 免疫応答は、Ｔ細胞の活性化により間接的にもたらされる応答(例えば、抗体産生(液性応答))及びサイトカイン応答性細胞(例えば、好酸球、マクロファージ)の活性化により間接的にもたらされる応答を含む。免疫応答に関与する免疫細胞としては、リンパ球、例えばＴ細胞(CD4+、CD8+、Th1及びTh2細胞)及びＢ細胞；抗原提示細胞(例えば、プロフェッショナル抗原提示細胞、例えば樹状細胞、マクロファージ、Ｂリンパ球、ランゲルハンス細胞、及び非プロフェッショナル抗原提示細胞、例えばケラチノサイト、内皮細胞、アストロサイト、線維芽細胞、希突起膠細胞)；ナチュラルキラー(NK)細胞；骨髄性細胞、例えばマクロファージ、好酸球、マスト細胞、好塩基球及び顆粒球が挙げられる。
【００４８】
[0047]  本明細書に示すように、特定の免疫グロブリン(Ig)アイソタイプは、抗原(アレルゲン)に応答して産生され得る。例えば、「IgG抗原」とはIgG抗体応答を誘導する抗原をいう。同様に、「IgE抗原」とはIgE抗体応答を誘導する抗原をいい；「IgA抗原」とはIgA抗体応答を誘導する抗原をいう、といった具合である。特定の実施形態において、抗原に応答して産生される免疫グロブリン(Ig)アイソタイプはまた、他のアイソタイプの産生を惹起してもよい。例えば、IgG抗原は、IgG抗体応答を、IgE、IgA、IgM又はIgD抗体応答の１つと組み合わせて誘導してもよい。したがって、特定の実施形態において、IgG抗原は、IgE、IgA、IgM又はIgD抗体応答をいずれも誘導することなく、IgG抗体応答を誘導してもよい。
【００４９】
[0048]  本発明は、抗原又はアレルゲンに対する感作又は過敏化の進展を低下させ、減少させ、予防する方法及び使用を包含する。したがって、他の実施形態において、タンパク質又はペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、Ｔ細胞応答(Th2細胞応答を含み得るがこれに限定されない)を減少させ、阻害し、抑制し又は低下させる。特定の実施形態において、Ｔ細胞応答は、抗アレルゲン免疫応答である。
【００５０】
[0049]  本発明の別の１つの局面によれば、抗アレルゲン免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させるタンパク質又はペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列の全体又は一部)が提供される。別の１つの局面において、抗アレルゲン免疫応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し又は崩壊させるタンパク質又はペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体が提供される。
【００５１】
[0050]  当業者に理解されるように、本明細書に記載のタンパク質又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体は、抗アレルゲン免疫応答の特定の要素を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させつつ、同時に又は逐次的に、抗アレルゲン応答の他の要素を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し又は低下させてもよい。１つの非限定例において、タンパク質又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体は、調節性Ｔ細胞の増殖を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強する一方、炎症促進性リンホカイン/サイトカインの産生を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し又は低下させてもよい。
【００５２】
[0051]  「抗アレルゲン」、「抗タンパク質」又は「抗ペプチド免疫応答」とは、タンパク質又はペプチド、例えばアレルゲンに特別な又は特異的な免疫応答をいう。このような例において、応答は、タンパク質又はペプチド、例えばアレルゲンにより特異的に誘引される(惹起され、刺激され、増大し、誘導され又は促進する)。「抗アレルゲン」免疫応答は、所与のアレルゲンにより特異的に誘引されるが、免疫応答自体は、本明細書に示すような、免疫応答、例えばＴ細胞(細胞性)及び/又はＢ細胞(液性)免疫応答の一般的な特徴により特徴付けることができる。
【００５３】
[0052]  本明細書に開示するように、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、抗原(アレルゲンを含む)に対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させ得る。特定の実施形態において、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、アレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させてもよい。よって、特定の実施形態において、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、アレルギー反応又はアレルギー性免疫応答(抗原又はアレルゲンへの対象者の二次以降の曝露後のアレルギー応答を含むがこれらに限定されない)の使用又は処置(例えば、治療的)において有効であり得る。具体的実施形態において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の使用又は投与により惹起され、刺激され、誘導され、促進し、増大し又は増強した免疫学的寛容は、Ｔ細胞(CD4+Ｔ細胞、CD8+Ｔ細胞、Th1細胞、Th2細胞及び調節性Ｔ細胞(Treg)を含むがこれらに限定されない)の活性のモジュレーションを含んでもよい。例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の使用又は投与により惹起され、刺激され、誘導され、促進し、増大し又は増強した免疫学的寛容は、Ｔ細胞による炎症促進性又は抗炎症性のリンホカイン/サイトカインの産生又はＴ細胞により産生された該リンホカイン/サイトカインの活性のモジュレーションを含んでもよい。よって、本発明の特定の局面によれば、抗原又はアレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させるタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体が提供される。
【００５４】
[0053]  アレルギー反応とは、対象者が以前に曝露されて感作された特異的抗原(例えば、アレルゲン)との接触後の該対象者における局所又は全身性反応をいう。抗原(例えば、アレルゲン)と感作リンパ球(Ｔ細胞)及び/又は抗体との免疫学的相互作用は、炎症及び組織損傷を生じることがある。アレルギーは、望ましくない免疫応答又は反応であって、したがって通常は炎症性反応による、自己の組織及び細胞に対して損傷を生じることがある応答又は反応である。
【００５５】
[0054]  アレルギーの１つの非限定例は喘息である。喘息(外因性又はアレルギー性喘息(反応性気道疾患とも呼ばれる)であり得る)は、一般的には可逆的な気道閉塞により特徴付けられる肺の炎症性疾患である。アレルギー性喘息の非限定的特徴としては、血清IgE濃度の上昇、肺好酸球増加症、気道過剰応答性、過剰な気道粘膜産生並びに細気管支周囲のコラーゲン沈着及び気道平滑筋量増加が顕著な気道リモデリングが挙げられる。他の例示的アレルギー反応又は炎症性状態としては、アレルギー性肺胞炎、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、アレルギー性皮膚炎、湿疹、アレルギー性結膜炎、アレルギー性コリーザ、アレルギー性脈管炎、鼻副鼻腔炎及びアレルギー性鼻炎が挙げられる。
【００５６】
[0055]  免疫応答に言及して使用する過敏症又は過剰応答性は、抗原又はアレルゲンが過大な免疫応答を惹起する異常な応答又は状態を意味する。例えば、アレルギー性喘息は、有害な免疫学的応答(例えば、気管支壁における持続性炎症；これは次に呼吸器系における構造的及び機能的変化を引き起こすことがある)を誘引する風媒性アレルゲンへの反復曝露に起因することがある。感作対象者(すなわち、アレルゲンに既に曝露された対象者)によるアレルゲン接触後、免疫応答は、Ｔヘルパー(Th)２表現型に傾斜したCD4+ Ｔリンパ球に依存する。Th2サイトカイン(例えば、IL-4、IL-5、IL-9及びIL-13)が産生され、喘息病因に寄与すると考えられている。例えば、IL-4は、Th2側にＴヘルパー応答を駆動し、IgE産生の増強を生じる；IL-5は、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)及びIL-3と共に、好酸球の産生に重要である；IL-13は、(臨床喘息と密接に関連する下流の病理生理学的特徴である)気道過剰応答性及び粘膜化生(mucous metaplasia)に必要である。これらサイトカインの全てが、TGF-βと共に、気道リモデリングに関連付けられてきた。気道好酸球数の増加もまた疾患重篤度に関係しているが、喘息の病理における好酸球の役割は完全には理解されていない(例えば、Leeら，Science 305:1773(2004)；Humblesら，Science 305:1776(2004)を参照)。得られる構造的及び形態的変化(リモデリング)としては、上皮下線維症、杯細胞過形成及び化生が挙げられ、これらは機能的結果(例えば、喘息性気道の伸展性喪失、気管支過敏症(アレルゲンの不在下でさえ)及び１秒間強制呼気容量の漸進性減少の加速を生じる。また、Th2サイトカインは、好酸球を、炎症促進因子、脂質メディエーター及び観察された組織損傷、リモデリング及び過剰応答性に寄与すると考えられる他のサイトカインを放出するように、プライムし活性化してもよい。
【００５７】
[0056]  本明細書で使用する場合、用語「寛容」、「アネルギー」又は「抗原(アレルゲン)特異的寛容」とは、アレルゲン又は抗原によるＴ細胞レセプター媒介刺激に対するＴ細胞の低下、喪失、阻害、抑制又は減少をいう。低下は、アレルゲン又は抗原に対するＴ細胞の応答性低下又は非応答性(非感受性)に至ることがある。このような非感受性は、一般には抗原特異的であり、抗原ペプチドへの曝露が終了した後も持続する。例えば、Ｔ細胞における寛容は、リンホカイン/サイトカイン(例えば、IL-2、IFN-γ又はTNF-β)の産生欠如により特徴付けられる。Ｔ細胞アネルギーは、Ｔ細胞が抗原又はアレルゲンに曝露され、第１のシグナル(Ｔ細胞レセプター又はCD3媒介シグナル)を第２のシグナル(同時刺激シグナル)の不在下に受容したときに起こる。この条件下で、同一抗原又はアレルゲンへの細胞の再曝露(再曝露が同時刺激分子の存在下で生じた場合でさえ)は、サイトカイン産生をもたらさず、その後Ｔ細胞の増殖ももたらさない。よって、リンホカイン/サイトカインの不産生は増殖を防止する。しかし、寛容Ｔ細胞は、サイトカイン(例えば、IL-2)と培養した場合には増殖することができる。また、例えば、Ｔ細胞アネルギーは、ELISAで又は指示細胞株を用いる増殖アッセイで測定されるように、Ｔリンパ球によるIL-2産生の欠如によって観察することができる。
【００５８】
[0057]  本明細書で使用する場合、用語「免疫学的寛容」とは、ａ)特異的免疫学的応答(少なくとも一部は、抗原特異的エフェクターであるＴリンパ球、Ｂリンパ球、抗体、それらの組合せにより媒介されると考えられる)のレベルの減少又は低下；ｂ)特異的免疫学的応答の開始又は進行の遅延；又はｃ)抗原又はアレルゲンに対する特異的免疫学的応答の開始又は進行リスクの低下をいう。「特異的」免疫学的寛容は、寛容が或る特定の抗原(アレルゲン)に対して、他の抗原(アレルゲン)と比較して優先的に引き起こされるときに起きる。寛容は活性抗原依存性プロセスであり、非特異的免疫抑制及び免疫欠損とは異なる。
【００５９】
[0058]  「寛容」の増大、向上、増強又は誘導とは、抗原に対する特異的免疫学的反応性が同一抗原に対する以前の暴露における同抗原に対する反応性と比較して減少し、低下し、阻害され若しくは抑制されているか、又は制限若しくは制御若しくは除去されていることをいう。よって、特定の実施形態において、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導する方法又は使用は、アレルゲンに対する対象者のアレルギー応答の消去を含む。また、対象者におけるアレルゲンに対する免疫学的寛容は、抗原又はアレルゲンに対する対象者のアレルギー応答の発生、頻度、重篤度、進行又は期間の低下に反映されることがある。
【００６０】
[0059]  望ましくは、寛容とは、抗原又はアレルゲンに対する非反応性ということができるが、寛容は完全な非反応性である必要はなく、部分的のみであることができ、いずれにしても、抗原又はアレルゲンに対する特異的免疫学的反応性が、同一抗原又はアレルゲン(又はそのエピトープ)に対する以前の暴露における同抗原又はアレルゲンに対する反応性と比較して減少し、阻害され、抑制され又は低下していることに反映される。よって、別の１つの実施形態において、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導する方法又は使用は、対象者においてアレルゲンに対するアレルギー応答のレベルを安定させ又は維持することを含む。
【００６１】
[0060]  免疫寛容の誘導(脱感作とも呼ばれる)及び免疫寛容の相対量は、本明細書に開示の方法又は当業者に公知の方法で測定することができる。例えば、免疫寛容の誘導は、動物におけるリンホカイン及び/又はサイトカインレベルのモジュレーションにより測定することができる。よって、モジュレーションは、サイトカインレベルの増大、例えば、サイトカインレベルの、誘導前に対する少なくとも1.5倍、２倍、３倍又はそれ以上の増加であり得る。或いは、モジュレーションは、特定のサイトカインレベルの減少、例えば、サイトカインレベルの、誘導前に対する少なくとも1.5倍、２倍、３倍又はそれ以上の減少であり得る。測定のために選択するリンホカイン/サイトカインは、任意の該当するリンホカイン/サイトカイン、例えば、IL-2、IL-5、IL-4、IL-6、IL-10、IL-12、IL-13、TNF-α、IFN-γ、IFN-α、TGF-β、MCP-1、RANK-L及びFlt3Lから選択することができる。
【００６２】
[0061]  本明細書に開示するように、本発明のペプチド及びタンパク質は、例えば「特異的」免疫療法の方法及び使用に有用である。用語「特異的」免疫療法とは、タンパク質又はペプチド(例えばアレルゲン)に特別な又は特異的な治療法をいう。「特異的免疫療法」を達成するために、抗原(例えばアレルゲンを含む)に対する対象者の免疫学的寛容を達成するように、抗原が対象者に投与される。より具体的には、特異的免疫療法は、免疫学的寛容が求められる抗原(例えば、アレルゲン)に由来する抗原を投与することで行ってもよい。或いは、免疫療法は、免疫学的寛容が求められる抗原とは異なる抗原又はタンパク質を用いる「非」特異的免疫療法で行うことができる。よって、異なる実施形態において、投与される抗原及び免疫学的寛容が求められる抗原(例えば、アレルゲン)は、同じタンパク質であってもよく、同じ生物のタンパク質若しくは同じ生物が産生するタンパク質であってもよく、又は異なる生物のタンパク質であってもよい。種々の実施形態において、特異的免疫療法の方法又は使用は、タンパク質若しくはペプチド(例えば、アレルゲン)に対する感受性若しくは過敏性を低下させ、阻害し、抑制し若しくは減少させるか、又はタンパク質若しくはペプチド(例えば、アレルゲン)の寛容を惹起し、刺激し、増大させ、誘導し、促進し若しくは向上させる。代表的には、対象者は、例えば皮下注射により、タンパク質又はペプチド(例えば、アレルゲン)を投与される。
【００６３】
[0062]  方法及び使用は複数用量レジメンを含む。例えば、方法又は使用は、少用量のアレルゲンで開始し、反復接触又は投与のために用量を増加させることができる。
【００６４】
[0063]  抗原(本明細書に記載のアレルゲンを含む)のバリアント若しくは誘導体又は抗原若しくはアレルゲンのサブ配列若しくは部分は、(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列に)構造的に類似し機能的にも類似する分子を含む。抗原又はアレルゲンのバリアント、誘導体又はサブ配列は、バリアント、誘導体又はサブ配列が検出又は測定可能な免疫応答を惹起することが可能である場合、それが非バリアント/非誘導体又は天然型配列と比較して低下した免疫応答(これは、本明細書に記載され、当業者に公知の方法(動物モデル及びインビトロアッセイを含む)を用いて測定してもよい)であったとしても、抗原又はアレルゲン配列と機能的に類似する。例えば、免疫応答は、(例えば、Ｔ細胞による)リンホカイン/サイトカイン産生、抗体産生(クラス及び/又はアイソタイプを含む)、細胞の動員、移動又は運動性の定量的及び/又は定性的測定により、任意にインビボ(例えば、抗原/アレルゲン免疫応答性の動物モデル)で測定してもよい。抗原又はアレルゲンのバリアント、誘導体又はサブ配列の免疫応答は、非バリアント/非誘導体/天然型完全長抗原又はアレルゲンとの比較で、特定の尺度(例えば、リンホカイン/サイトカイン産生、免疫グロブリン産生、細胞の動員、移動、運動性など)の分析により確認されてもよく、非バリアント/非誘導体/天然型完全長抗原又はアレルゲンの免疫応答より大きくても、小さくても、匹敵していてもよい(例えば、５％、10％、15％、又は20％若しくは25％以内)。例えば、Th1リンホカイン/サイトカイン(例えば、IFN-γ、IL-2及びTNF-β)及びTh2サイトカイン(例えば、IL-4、IL-5、IL-9、IL-10及びIL-13)のレベルは、本明細書に記載される方法又は当業者に公知の方法に従って測定されてよい。
【００６５】
[0064]  本明細書に開示するように、タンパク質及びペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体としては、１以上の例示タンパク質及びペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示される配列)と全配列同一性又は少なくとも部分的な配列同一性を有するものが挙げられる。用語「同一性」及び「同一」並びにそれらの文法変形は、２以上の参照物が(例えば、ペプチド又はポリヌクレオチド分子)が同じであることを意味する。よって、２つのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、同一である場合、同じアミノ酸配列を有する。同一性は、配列の規定された範囲(領域又はドメイン)にわたるものであり得る。相同性又は同一性の「範囲、領域又はドメイン」は、２以上の参照物の一部が相同性を有するか又は同じであることを意味する。
【００６６】
[0065]  本発明のタンパク質及びペプチドからは、表７に示される特定のタンパク質及びペプチドが排除される。なぜなら、それらは当該分野において公知のタンパク質及びペプチドと同一だからである。具体的実施形態において、少なくとも、表７に示されるAlt a 6(配列番号1455)、Asp f 1(配列番号1466)、Fel d 1 1(配列番号1531、1532、1533、1534、1535、1536、1537、1538)、Fel d 1 2(配列番号1539、1540、1541、1542、1543、1544、1545、1546、1547、1548、1549、1550、1551)、Can f 3(配列番号1557)、Der f 1(配列番号1562、1563、1564、1565)、Der f 2(配列番号1587)、Der p1(配列番号1591、1593、1594、1595、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603)、Der p 2(配列番号1608)、Aln g 1(配列番号1653、1654、1655)、Bet v 1(配列番号1656、1657、1658、1659、1660、1661、1662、1663、1664)、Bet v 2(配列番号1665)、Cha o 1(配列番号1678、1679、1680、1681、1682、1683、1684)、Cup a 1(配列番号1689、1691、1692)、Cup s 1(配列番号1700、1701)、Jun o 4(配列番号1710)、Ant o 1(配列番号1743)、Lol p 1(配列番号1765、1766、1767、1768)、Lol p 11(配列番号1770)、Lol p 5 1(配列番号1793、1794、1795、1796、1797、1798、1802、1803、1804、1805、1807、1808、1809、1811、1812)、Lol p 5 2(配列番号1815、1816、1817、1818、1819)、Pha a 1(配列番号1824)、Pha a 5(配列番号1831、1833、1836)、Poa p 1(配列番号1842、1844)、Poa p 5(配列番号1845、1846、1847、1848、1849、1850、1851、1852、1853、1854、1855、1856、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1868、1869、1870)又はAmb t 5(配列番号1881)のいずれかの配列と同一である配列を有するタンパク質及びペプチドが排除される。タンパク質及びペプチドが当該分野において公知の配列に対する同一性に基づいて排除される場合、例えば、表７に示されるAlt a 6(配列番号1455)、Asp f 1(配列番号1466)、Fel d 1 1(配列番号1531、1532、1533、1534、1535、1536、1537、1538)、Fel d 1 2(配列番号1539、1540、1541、1542、1543、1544、1545、1546、1547、1548、1549、1550、1551)、Can f 3(配列番号1557)、Der f 1(配列番号1562、1563、1564、1565)、Der f 2(配列番号1587)、Der p1(配列番号1591、1593、1594、1595、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603)、Der p 2(配列番号1608)、Aln g 1(配列番号1653、1654、1655)、Bet v 1(配列番号1656、1657、1658、1659、1660、1661、1662、1663、1664)、Bet v 2(配列番号1665)、Cha o 1(配列番号1678、1679、1680、1681、1682、1683、1684)、Cup a 1(配列番号1689、1691、1692)、Cup s 1(配列番号1700、1701)、Jun o 4(配列番号1710)、Ant o 1(配列番号1743)、Lol p 1(配列番号1765、1766、1767、1768)、Lol p 11(配列番号1770)、Lol p 5 1(配列番号1793、1794、1795、1796、1797、1798、1802、1803、1804、1805、1807、1808、1809、1811、1812)、Lol p 5 2(配列番号1815、1816、1817、1818、1819)、Pha a 1(配列番号1824)、Pha a 5(配列番号1831、1833、1836)、Poa p 1(配列番号1842、1844)、Poa p 5(配列番号1845、1846、1847、1848、1849、1850、1851、1852、1853、1854、1855、1856、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1868、1869、1870)若しくはAmb t 5(配列番号1881)の配列と同一である配列を有するタンパク質及びペプチド、本明細書に記載されるそのサブ配列、部分、バリアント及び誘導体が少なくとも排除される。更に、このようなタンパク質及びペプチド、例えば、表７に示されるAlt a 6(配列番号1455)、Asp f 1(配列番号1466)、Fel d 1 1(配列番号1531、1532、1533、1534、1535、1536、1537、1538)、Fel d 1 2(配列番号1539、1540、1541、1542、1543、1544、1545、1546、1547、1548、1549、1550、1551)、Can f 3(配列番号1557)、Der f 1(配列番号1562���1563、1564、1565)、Der f 2(配列番号1587)、Der p1(配列番号1591、1593、1594、1595、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603)、Der p 2(配列番号1608)、Aln g 1(配列番号1653、1654、1655)、Bet v 1(配列番号1656、1657、1658、1659、1660、1661、1662、1663、1664)、Bet v 2(配列番号1665)、Cha o 1(配列番号1678、1679、1680、1681、1682、1683、1684)、Cup a 1(配列番号1689、1691、1692)、Cup s 1(配列番号1700、1701)、Jun o 4(配列番号1710)、Ant o 1(配列番号1743)、Lol p 1(配列番号1765、1766、1767、1768)、Lol p 11(配列番号1770)、Lol p 5 1(配列番号1793、1794、1795、1796、1797、1798、1802、1803、1804、1805、1807、1808、1809、1811、1812)、Lol p 5 2(配列番号1815、1816、1817、1818、1819)、Pha a 1(配列番号1824)、Pha a 5(配列番号1831、1833、1836)、Poa p 1(配列番号1842、1844)、Poa p 5(配列番号1845、1846、1847、1848、1849、1850、1851、1852、1853、1854、1855、1856、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1868、1869、1870)若しくはAmb t 5(配列番号1881)の配列は、随意に、本明細書に示される方法及び使用には含まれてもよい。
【００６７】
[0066]  同一性は、整列させた配列の各位置を比較することにより決定することができる。アミノ酸配列間の同一性の度合いは、当該配列同士が共有する位置での(すなわち、特定された領域にわたる)同一の又はマッチするアミノ酸の数の関数である。同一性比較のための最適な配列整列は、当該分野において公知である種々のアルゴリズムを用いて行ってもよい。このようなアルゴリズムとしては、ClustalWプログラム(http://clustalw.genome.ad.jpで入手可能)、Smith及びWaterman(1981，Adv. Appl. Math 2: 482)の局所相同性アルゴリズム、Needleman及びWunsch(1970，J. Mol. Biol. 48:443)の相同性整列アルゴリズム、Pearson及びLipman(1988，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444)の類似性検索法及びこれらアルゴリズムのコンピュータによる実行(例えば、GAP、BESTFIT、FASTA及びWisconsin Genetics Software Package(Genetics Computer Group, Madison, WI, U.S.A.)中のTFASTA)が挙げられる。配列同一性はまた、Altschulら(1990，J. Mol. Biol. 215:403-10)に記載されるBLASTアルゴリズムを用いて(公開されたデフォルト設定で)決定されてもよい。BLAST分析を実施するためのソフトウェアは、米国国立バイオテクノロジー情報センター(National Center for Biotechnology Information)より入手し得る(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/でインターネットにより)。パーセント配列同一性(相同性)を算出するアルゴリズムは、一般には、比較領域又は範囲にわたる配列ギャップ及びミスマッチを計算する。例えば、BLAST(例えば、BLAST 2.0)検索アルゴリズム(例えば、Altschulら，J. Mol. Biol. 215:403(1990)(NCBIより公然に入手可能)を参照)は、以下のとおりの例示的な検索パラメータを有する：ミスマッチ  −２；ギャップ開口  ５；ギャップ伸長  ２。ポリペプチド配列比較については、BLASTPアルゴリズムは、代表的には、採点マトリクス(例えば、PAM100、PAM 250、BLOSUM 62又はBLOSUM 50)との組合せで使用される。また、FASTA(例えば、FASTA2及びFASTA3)及びSSEARCH配列比較プログラムを使用して、同一性の程度を定量する(Pearsonら，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444(1988)；Pearson, Methods Mol Biol. 132:185(2000)；及びSmithら，J. Mol. Biol. 147:195(1981))。Delaunayベースのトポロジカルマッピングを用いてタンパク質の構造的類似性を定量するためのプログラムもまた開発されている(Bostickら，Biochem Biophys Res Commun. 304:320(2003))。
【００６８】
[0067]  本明細書に記載するように、タンパク質及びペプチドには、ホモログ(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列のもの)が含まれる。ポリペプチド配列又はポリヌクレオチド配列は、該配列及び別の配列の２つの配列が特定領域にわたって実質的な同一性を有し、配列の機能的活性が少なくとも一部保存又は保全されている場合、該別の配列の「ホモログ」であるか又は該別の配列と「相同」である(本明細書で使用する場合、用語「相同」は、進化上の関連性を暗示しない)。２つのポリペプチド配列又はポリヌクレオチド配列は、(ギャップを許容して)最適に整列したときに、特定の領域、例えば表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)の任意の配列の全体若しくは一部にわたって、少なくとも約40％の配列同一性又はそれ以上(例えば、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％など)である場合又は当該配列同士が規定の機能的モチーフ(例えば、エピトープ)を共有する場合、実質的な同一性を有すると見なされる。パーセント同一性は、配列長全体又は配列の一部分にわたる(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列の全部又は一部にわたる)ものであり得る。具体的局面において、パーセント同一性を求める配列長は、(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列の全部又は一部にわたる)２、３、４、５又はそれより多い連続アミノ酸、例えば、６、７、８、９、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20連続アミノ酸などである。更なる具体的局面において、パーセント同一性を求める配列長は、(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列の全部又は一部にわたる)20連続アミノ酸以上、例えば、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35連続アミノ酸などである。更なる具体的局面において、パーセント同一性を求める配列長は、(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列の全部又は一部にわたる)35連続アミノ酸以上、例えば、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、45、47、48、49、50連続アミノ酸などである。尚更なる具体的局面において、パーセント同一性を求める配列長は、(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列の全部又は一部にわる)50連続アミノ酸以上、例えば、50〜55、55〜60、60〜65、65〜70、70〜75、75〜80、80〜85、85〜90、90〜95、95〜100連続アミノ酸などである。
【００６９】
[0068]  「無関係」又は「非相同」配列は、本発明のタンパク質、ペプチド又はポリヌクレオチドと、特定された相同性領域にわたって、30％未満の同一性を、より具体的には約25％未満の同一性を有する。
【００７０】
[0069]  タンパク質又はペプチドのバリアント又は誘導体とは、(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)のいずれかの配列の全部又は一部の)タンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分若しくはホモログの改変形態又はバリアント形態をいう。このようなタンパク質及びペプチドの改変形態(例えば、アミノ酸の欠失、付加及び置換)もまた、本発明の使用、方法及び組成物(本明細書に示すような、免疫応答をモジュレートする方法、免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる方法、及びアレルギー反応又は応答に対して対象者を保護し、処置する方法を含む)で使用することができる。
【００７１】
[0070]  よって、本発明によれば、非改変形態、非バリアント形態及び非誘導形態のタンパク質及びペプチドの１以上の機能又は活性を有する、改変形態、バリアント形態及び誘導体形態のタンパク質及びペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログが提供される。これら形態(「改変体」、「バリアント」又は「誘導体」と呼ばれるか又はそれらの文法変形で呼ばれる)は参照配列に由来する。例えば、本明細書に記載するように、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分又はホモログは、タンパク質又は表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示すアミノ酸配列の改変体、バリアント又は誘導体であるアミノ酸配列を含んでなってもよいし、前記配列からなってもよいし、又は該配列から本質的になってもよい。このような改変体、バリアント又は誘導体は、参照タンパク質又はペプチドより大きいか又は小さい活性又は機能(例えば、免疫応答(例えば、Ｔ細胞応答)を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強し、活性化し、モジュレートし、阻害し、減少させ、抑制し若しくは低下させるか又は抗原若しくはアレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ若しくは増強させる(脱感作する)能力)を有していてもよい。よって、タンパク質、ペプチド、又はそのサブ配列、部分若しくはホモログには、参照抗原若しくはアレルゲン(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのいずれか)と実質的に同じ活性若しくは機能を有するか又はより大きいか若しくはより小さい相対的活性若しくは機能(例えば、インビトロ又はインビボで、免疫応答(例えば、Ｔ細胞応答)を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強し、活性化し、モジュレートし、阻害し、抑制し、減少させ若しくは低下させるか又は抗原若しくはアレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ若しくは増強させる能力)を有する配列が含まれる。
【００７２】
[0071]  したがって、バリアント又は誘導体としては、欠失体(短縮型及びフラグメントを含む)；挿入体及び付加体(タグ化ポリペプチド及び融合タンパク質を含む)；置換体(例えば、保存的置換体、部位特異的変異体及び対立遺伝子バリアントを含む)；及び改変体(１以上の非アミノアシル基(糖、脂質などを参照)がペプチドに共有結合しているペプトイド及び翻訳後修飾体を含む)が挙げられる。
【００７３】
[0072]  改変の非限定例には、参照タンパク質、ペプチド、又はそのサブ配列若しくは部分(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのいずれかのもの)の１以上のアミノ酸の置換(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、20〜25、25〜30、30〜50、50〜100残基又はそれ以上の残基)、付加及び挿入(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、20〜25、25〜30、30〜50、50〜100残基又はそれ以上の残基)並びに欠失(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、20〜25、25〜30、30〜50、50〜100)が含まれる。具体的実施形態において、改変配列又はバリアント配列は、非改変配列の機能又は活性の少なくとも一部を保持し、参照配列の機能又は活性(例えば、免疫応答(例えば、Ｔ細胞応答)を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強させ、活性化し、モジュレートし、阻害し、抑制し、減少させ若しくは低下させるか又はアレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ若しくは増強させる能力)より小さいか、これと匹敵するか、又はより大きい(が、少なくとも参照配列のものの一部を有する)機能又は活性を有することができる。このような免疫応答としては、例えば、とりわけ、サイトカイン(例えば、IL-5)、抗体(例えば、IgG抗体の産生増大、IgEの産生減少)又は免疫細胞(例えば、CD4+Ｔ細胞、CD8+Ｔ細胞、Th1細胞、Th2細胞又は調節性Ｔ細胞)の発現、産生又は活性の誘導、増大、増強、刺激、活性化、モジュレーション、阻害、抑制、減少又は低下が挙げられる。
[0073]  タンパク質及びペプチドのバリアント及び誘導体としては、天然に存在する多形体又は対立遺伝子バリアント、系統バリアント並びにアミノ酸配列の限定数の保存的アミノ酸置換を含む合成タンパク質及びペプチドが挙げられる。タンパク質又はペプチド中の特定位置のアミノ酸が類似しているかどうかを示すために種々の基準を使用することができる。この変化をなすに際して、類似アミノ酸残基の置換は、側鎖置換基の相対的類似性(例えば、サイズ、電荷、疎水性、親水性など)に基づいて行うことができ、その置換は、ペプチド機能に対する効果について通常の試験でアッセイしてもよい。
【００７４】
[0074]  置換の非限定的具体例としては、保存的及び非保存的アミノ酸置換が挙げられる。「保存的置換」は、或るアミノ酸を、生物学的、化学的又は構造的に類似する残基で置換することである。生物学的類似とは、当該置換が生物学的活性を破壊しないことを意味する。構造的類似とは、当該アミノ酸が類似する長さの側鎖(例えば、アラニン、グリシン及びセリン)又は類似するサイズの側鎖を有することを意味する。化学的類似性は、当該残基が同じ電荷を有するか又は共に親水性若しくは疎水性であることを意味する。例えば、保存的アミノ酸置換は、或るアミノ酸残基が類似する側鎖を有するアミノ酸残基と置換されるものであり、類似する側鎖を有するアミノ酸残基としては、塩基性側鎖を有するアミノ酸(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)；酸性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)；非荷電極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、ヒスチジン)；非極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)；β分枝側鎖を有するアミノ酸(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、及び芳香族側鎖を有するアミノ酸(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン)が挙げられる。特定の例としては、或る疎水性残基(例えば、イソロイシン、バリン、ロイシン又はメチオニン)と別の疎水性残基との置換又は或る極性残基と別の極性残基との置換(例えば、アルギニンのリジンに代えての置換、グルタミン酸のアスパラギン酸に代えての置換又はグルタミンのアスパラギンに代えての置換、セリンのスレオニンに代えての置換など)が挙げられる。(分類が困難であるとされる)プロリンは、脂肪族側鎖を有するアミノ酸(例えば、Leu、Val、Ile及びAla)と特性を共有する。特定の状況では、グルタミンのグルタミン酸に代えての置換又はアスパラギンのアスパラギン酸に代えての置換は、グルタミン及びアスパラギンがそれぞれグルタミン酸及びアスパラギン酸のアミド誘導体であるという点で類似する置換と見なしてもよい。保存的変化としては、例えばアミノ酸の側鎖官能基の反応による、化学的誘導部分の非誘導残基に代えての置換を挙げることもできる。タンパク質及びペプチドのバリアント及び誘導体としては、１以上の制限数の置換された残基を有する形態を挙げることができる。
【００７５】
[0075]  付加は、任意のタイプの分子の共有結合又は非共有結合であり得る。付加の具体例としては、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、ホルミル化、ユビキチン付加、並びに保護/封鎖基及び多くの化学修飾基のいずれかによる誘導体化が挙げられる。付加の更なる非限定的具体例は、１以上のアミノ酸残基の付加である。したがって、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、より大きな分子(例えば、別のタンパク質又はペプチド配列)の一部であるか又はより大きな分子内に含まれ得る(例えば、異なる(別個の)配列との融合体又はキメラ)。
【００７６】
[0076]  具体的実施形態において、付加は、参照の天然型(野生型)配列に通常存在しない１以上の分子が該配列に共有結合したアミノ酸配列である融合(キメラ)配列である。用語「キメラ」及びその文法変形体は、配列に言及して使用する場合、該配列が、他の物理的又は化学的実体に由来し、前記実体から取得若しくは単離され又は該実体に基づく１以上の部分を含むことを意味する。例えば、２以上の異なるタンパク質のキメラは、一部に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ又はバリアントを有していてもよく、キメラの第２部分は異なる配列又は無関係のタンパク質配列に由来してもよい。
【００７７】
[0077]  アミノ酸付加を有する配列の別の１つの特定例は、別個の又は補完的な機能を付与する第２の異種配列(すなわち、異種機能ドメイン)が付着している(共有結合又は非共有結合している)ものである。異種機能ドメインはアミノ酸残基に限られない。よって、異種機能ドメインは、種々の異なるタイプの小さな又は大きな機能的部分のいずれかからなることができる。このような部分としては、核酸、ペプチド、炭水化物、脂質又は小有機化合物、例えば薬剤(例えば、抗ウイルス剤)、金属(金、銀)及び放射性同位体が挙げられる。例えば、タグ(例えばT7又はポリヒスチジン)は、タンパク質、ペプチドなどの精製又は検出を容易にするために、付着させることができる。したがって、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログ及び前記タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分若しくはホモログに別個の機能を付与する異種ドメインが提供される。
【００７８】
[0078]  リンカー(例えば、アミノ酸又はペプチド模倣配列)を、配列と付加物(例えば、異種機能ドメイン)との間に、該２つの実体が別個の機能又は活性を少なくとも一部維持するように挿入してもよい。リンカーは、１以上の特性(可撓性立体構造、規則正しい二次構造を形成することが不能であること、又は(いずれかのドメインとの相互作用を促進し得る)疎水性若しくは荷電特性が含まれる)を有していてもよい。可撓性タンパク質領域に代表的に見出されるアミノ酸としては、Gly、Asn及びSerが挙げられる。他のほぼ中性のアミノ酸(例えば、Thr及びAla)もまたリンカー配列中で使用してもよい。リンカー配列の長さは、融合タンパク質の機能にも活性にも顕著に影響することなく変化し得る(例えば、米国特許第6,087,329号を参照)。リンカーとしては、更に、化学的部分及び接合剤(例えば、スルホ-スクシンイミジル誘導体(スルホ-SMCC、スルホ-SMPB)、ジスクシンイミジル スベレート(DSS)、ジスクシンイミジル グルタレート(DSG)及びジスクシンイミジル タートレート(DST)が挙げられる。
【００７９】
[0079]  付加の更なる非限定例は検出可能な標識である。よって、別の１つの実施形態において、本発明は、検出可能に標識されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログを提供する。検出可能な標識の具体例としては、蛍光体、発色団、放射性同位体(例えば、S35、P32、I125)、高電子密度試薬、酵素、リガンド及びレセプターが挙げられる。酵素は、代表的には、その活性により検出される。例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼは、通常、基質(例えば3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン(TMB))を(定量可能である)青色色素に変換する能力で検出される。
【００８０】
[0080]  付加の別の非限定例は、任意のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分若しくはホモログ(例えば、本明細書、例えば表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示される任意のタンパク質又は配列)内へのアミノ酸の挿入である。具体的実施形態において、挿入は、タンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分若しくはホモログ(例えば、本明細書に、例えば表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示される任意のタンパク質又は配列)のアミノ酸配列中に挿入される１以上のアミノ酸残基のものである。
【００８１】
[0081]  また、改変の及びバリアントのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分若しくはホモログは、Ｌ-アミノ酸に代えて置換された１以上のＤ-アミノ酸(及びそれらの混合物)、構造的及び機能的アナログ、例えば、合成若しくは非天然のアミノ酸又はアミノ酸アナログを有するペプチド模擬体並びに誘導体化形態を含む。改変には、環状構造(例えば当該分子のアミノ末端とカルボキシ末端との間の末端-末端アミド結合)又は分子内若しくは分子間のジスルフィド結合が含まれる。タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログは、インビトロ又はインビボで修飾されてもよく、例えば翻訳後修飾されてもよく、例えば、糖残基、リン酸基、ユビキチン、脂肪酸、脂質などを含むように翻訳後修飾されてもよい。
【００８２】
[0082]  改変の及びバリアントのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログの非限定的具体例としては、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)のいずれかに示される完全長タンパク質又はアミノ酸配列からの少なくとも１つのアミノ酸欠失を含むアミノ酸配列を含んでなるか、前記配列からなるか又は該配列から本質的になるタンパク質又はペプチドが挙げられる。具体的実施形態において、タンパク質、ペプチド、又はそのサブ配列、部分若しくはホモログは、完全長タンパク質配列より約２アミノ酸〜１アミノ酸少ない。更なる具体的実施形態において、タンパク質サブ配列若しくは部分は、アミノ酸長が完全長タンパク質配列より少なくとも１アミノ酸少ないという条件で、約２〜５、５〜10、10〜15、15〜20、20〜25、25〜50、50〜100アミノ酸長である。
【００８３】
[0083]  用語「サブ配列」又は「部分」は、完全長分子のフラグメント又は一部を意味する。したがって、サブ配列又は部分は、完全長タンパク質又はペプチドより少ない、１以上のアミノ酸からなる。サブ配列又は部分は、アミノ末端若しくはカルボキシ末端からの末端アミノ酸の欠失又は内部アミノ酸の欠失によって完全長タンパク質又はペプチドより少ない１以上のアミノ酸を有することができる。サブ配列及び部分はサイズを変えることができる。例えば、タンパク質又はペプチドのサブ配列又は部分は、抗体に結合し得るエピトープ程度(すなわち、約５アミノ酸)から参照タンパク質又はペプチドの全体長より１アミノ酸少ないポリペプチドまでであり得る。
【００８４】
[0084]  本明細書で使用する場合、サブ配列及び部分はまた、１以上のアミノ酸の付加又は欠失を含んでもよいし、１以上のアミノ酸の付加又は欠失からなってもよいが、該サブ配列又は部分は完全長天然型/野生型タンパク質又はペプチド配列を含んでなるものではない。したがって、サブ配列又は部分の全長は、例えば、タンパク質又はペプチドサブ配列が別のポリペプチドと融合しているか又はキメラを形成している場合には、完全長天然型/野生型タンパク質又はペプチドの長さより長いことがある。
【００８５】
[0085]  本発明は、単離され且つ/又は精製されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を提供する。具体的実施形態において、単離され且つ/又は精製されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されたタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列を含んでなるか、前記アミノ酸配列からなるか又は該アミノ酸配列から本質的になる。具体的実施形態において、単離され且つ/又は精製されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、Ｔ細胞エピトープを含む。
【００８６】
[0086]  用語「単離された」は、組成物の修飾語として使用する場合、当該組成物が人の手により製造されているか、又は天然に生じるインビボ環境から完全に又は少なくとも部分的に分離されていることを意味する。一般に、単離された組成物は、天然では通常組み合わさっている１以上の物質(例えば、１以上のタンパク質、核酸、脂質、炭水化物、細胞膜)を実質的に含んでいない。用語「単離された」は、該組成物の代替の物理形態、例えば融合体/キメラ、マルチマー/オリゴマー、改変体(例えば、リン酸化、グリコシル化、脂質化)又は誘導形態を排除せず、人の手で製造された宿主細胞で発現する形態も排除しない。
【００８７】
[0087]  「単離された」組成物(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)のいずれかのもの)はまた、天然で代表的には組み合わされている物質のほとんど又は全てを含まないとき、「実質的に純粋」であるか又は「精製されて」いる。よって、実質的に純粋であるか又は単離されているものでもある、単離されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体には、他の何百万もの配列の間に存在するポリペプチド又はポリヌクレオチド(例えば、ペプチドライブラリのペプチド又はゲノムライブラリ若しくはcDNAライブラリ中の核酸)は含まれない。
【００８８】
[0088]  「実質的に純粋な」又は「精製された」組成物は、１以上の他の分子と組み合わせることができる。よって、「実質的に純粋な」又は「精製された」は、組成物の組合せ、例えばタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の組合せ(例えば、複タンパク質、ペプチド、サブ配列など)、他の抗原、剤、薬剤又は治療薬との組合せを排除しない。
【００８９】
[0089]  タンパク質及びペプチド(例えば、抗原及びアレルゲン)は、組換え的に製造し、化学的に合成し、生物学的材料若しくは供給源から単離し、任意に改変するか、又はそれらの任意の組合せで製造することができる。生物学的材料又は供給源としては、本明細書に示される(例えば、表１〜８に列挙される)任意のタンパク質若しくはペプチド(例えば、抗原又はアレルゲン)の生物、又は本明細書に示される(例えば、表１〜８に列挙される)任意の生物の任意の部分若しくは産物が挙げられる。例えば解体、解離、可溶化、断片化、ホモジナイゼーション、生化学的若しくは化学的抽出、粉砕、凍結乾燥、超音波処理又は生物学的供給源若しくは材料を操作若しくは加工する他の任意の手段により、形態学的一体性又は物理的状態を変化させ、改変し又は破壊した調製物を生物学的材料又は供給源と呼んでもよい。サブ配列、バリアント、ホモログ及び誘導体は、例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分若しくはホモログのアミノ酸配列中の１以上のアミノ酸残基を置換、欠失又は付加し、そして生物学的活性(例えば免疫応答を惹起する活性)についてスクリーニングすることによって製造することができる。当業者は、例えばSambrookら(2001)(Molecular Cloning: a Laboratory Manual，第３版，Cold Spring Harbour Laboratory Press)に記載されるような、標準の分子生物学的技術及び方法を用いて、このような誘導体又はバリアントを製造する方法を理解する。
【００９０】
[0090]  本発明はまた、基体に不動化又は付着したタンパク質又はペプチド(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、本明細書(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)のいずれかのもの)を提供する。タンパク質又はペプチド(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、本明細書(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、本明細書(表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)のいずれかのもの)は、随意に、基体上で独特の又は別個の位置又はアドレスを有することができる。
【００９１】
[0091]  タンパク質又はペプチド(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５、表６、表７又は表８のいずれかのもの)を不動化又は付着させることができる基体としては、例えば、透過性、半透過性又は不透過性であり、剛直又はしなやかで、前記タンパク質等を格納でき、該タンパク質等に結合若しくは付着することができ、又は該タンパク質等を含浸することができる二次元の表面のような本質的に任意の物理的実体が挙げられる。
【００９２】
[0092]  基体としては、乾燥固相媒体(例えば、セルロース、ポリエステル、ナイロン、又はそれらの混合物など)、例えばガラス、シリカ、プラスチック、ポリエチレン、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリアセテート、ポリカーボネート、ポリアミド、ポリエステル、ポリウレタン又はポリ塩化ビニルが挙げられる。基体には、交差汚染又は相互の若しくは他の試薬との混合を回避又は防止するように相互に分離したセクション、コンパートメント、ウェル、コンテナ、ベッセル又はチューブを有する構造物が含まれる。マルチウェルプレート(代表的には６、12、26、48、96ウェル〜1000ウェルを含むもの)は、このような構造物の非限定的な特定の１つの例である。
【００９３】
[0093]  基体としてはまた、配列の二次元又は三次元アレイに使用する支持体が挙げられる。配列は、代表的には、基体の表面に、規定の位置(場所又はアドレス)で(例えば、共有結合により)付着される。基体は、或る数の配列(上限は、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に列挙される全てのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体)、例えば、１、２、３、４、５、５〜10、10〜15、15〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、40〜45、45〜50、50〜75、75〜100、100〜150、150〜200、200〜250、250〜300の配列を含むことができる。このような基体(「アレイ」とも呼ばれる)は、任意のタンパク質密度であり得る；密度が大きいほど、所与のチップでスクリーニングできる配列数が多くなる。二次元又は三次元配列アレイを含む基体及び該基体中の個々のタンパク質配列は、本発明に従ってコードされてもよい。
【００９４】
[0094]  本発明はまた、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５、表６、表７又は表８に示すアミノ酸配列のもの)をコードする核酸を提供する。このような核酸配列は、例示タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示すいずれかのアミノ酸配列のもの)と少なくとも40％以上(例えば、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％)同一である配列をコードする。更なる実施形態において、核酸は、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示すアミノ酸配列のもの)の１以上のアミノ酸の付加(挿入)、欠失又は置換のような改変を有する配列をコードする。
【００９５】
[0095]  用語「核酸」、「ポリヌクレオチド」及び「ポリヌクレオシド」などは、リン酸エステル結合又はその等価物により連結した少なくとも２以上のリボ又はデオキシリボ核酸塩基対(ヌクレオチド/ヌクレオシド)をいう。核酸には、ポリヌクレオチド及びポリヌクレオシドが含まれる。核酸には、一重鎖、二重鎖又は三重鎖、環状又は直鎖状分子が含まれる。例示の核酸としては、RNA、DNA、cDNA、ゲノム核酸、天然に存在する核酸及び天然に存在しない核酸(例えば、合成核酸)が挙げられるが、これらに限定されない。
【００９６】
[0096]  核酸は種々の長さであることができる。核酸長は、代表的には、約20ベース〜20キロベース(Kb)の範囲であるか、又はこれら長さに含まれるか若しくはこれら長さを包含する任意の数値又は範囲であり、10ベース長〜10Kb長、１〜５Kb長以下、1000〜約500ベース長以下である。核酸はまた、より短いことがあり、例えば100〜約500ベース長、又は約12〜24、24〜45、45〜90、90〜250若しくは約250〜500ベース長であり、これら長さに含まれるか若しくはこれら長さを包含する任意の数値若しくは範囲若しくは値であり得る。具体的局面において、核酸配列は、約10〜20、20〜30、30〜50、50〜100、100〜150、150〜200、200〜250、250〜300、300〜400、400〜500、500〜1000、1000〜2000ベースの長さ、又はこれら長さに含まれるか若しくはこれら長さを包含する任意の数値若しくは範囲を有する。より短い核酸は、一般には、一本鎖又は二本鎖DNAの「オリゴヌクレオチド」又は「プローブ」と呼ばれる。しかし、このようなオリゴヌクレオチドの長さに上限はない。
【００９７】
[0097]  更に、核酸配列には、ヌクレオチド及びヌクレオシドの置換、付加及び欠失並びに誘導体化形態及び融合/キメラ配列(例えば、組換えポリペプチドをコードするもの)が含まれる。例えば、遺伝子コードの縮重に起因して、核酸には、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、置換体、付加体、挿入体及び欠失体)(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示すアミノ酸配列のもの)をコードする核酸に関して縮重した配列及びサブ配列が含まれる。
【００９８】
[0098]  核酸は、種々の標準的なクローニング及び化学合成技法を用いて製造することができる。このような技法には、エンコーディング配列にアニールできるプライマー(例えば縮重プライマー混合物)を用いるゲノムDNA又はcDNA標的の核酸増幅、例えばポリメラーゼ連鎖反応(PCR)が含まれるがこれに限定されない。核酸はまた、化学合成(例えば、固相ホスホルアミダイト合成)又は遺伝子からの転写によって製造することができる。製造された配列は、その後、インビトロで翻訳するか、又はプラスミドにクローニングして伝播・増殖させ後、細胞(例えば、真核細胞又は哺乳動物細胞、酵母若しくは細菌のような宿主細胞、動物又は植物)で発現させることができる。
【００９９】
[0099]  核酸は、該核酸の発現が「発現制御エレメント」により影響を受けるか又は調節される核酸構築物に挿入されてもよい。「発現制御エレメント」とは、それが作動可能に連結している核酸配列の発現を調製し又は該発現に影響を及ぼす核酸配列エレメントをいう。発現制御エレメントとしては、必要に応じて、プロモーター、エンハンサー、転写ターミネーター、遺伝子サイレンサー、タンパク質をコードする遺伝子の前の開始コドン(例えばATG)などが挙げられる。
【０１００】
[0100]  核酸配列に作動可能に連結された発現制御エレメントは、該核酸配列の転写及び必要応じてその翻訳を制御する。発現制御エレメントには、転写を構成的に活性化するエレメント、誘導性である(すなわち、活性化に外因性シグナルを必要とする)エレメント、又は抑制解除性(derepressible)である(すなわち、転写を止めるシグナルを必要とする；シグナルが存在しなくなると、転写を活性化又は「抑制解除」する)エレメント又は細胞タイプ若しくは組織に特異的なエレメント(すなわち、組織特異的制御エレメント)が含まれる。
【０１０１】
[0101]  核酸はまた、宿主細胞への伝播及びその後の遺伝子操作のためのプラスミドに挿入することができる。プラスミドは、宿主細胞で増殖できる核酸であり、プラスミドは、随意に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体をコードする核酸の宿主細胞における発現を駆動するために発現制御エレメントを含んでもよい。ベクターは、本明細書ではプラスミドと同義に使用する。ベクターもまた、宿主細胞での発現のための発現制御エレメントを含んでもよい(例えば、発現ベクター)。プラスミド及びベクターは、一般に、細胞での増殖のための複製起点及びプロモーターを少なくとも含む。したがって、プラスミド及びベクターは、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５、表６、表７又は表８に示すアミノ酸配列のもの)の遺伝子操作及び発現に有用である。したがって、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示すアミノ酸配列のもの)をコードする核酸又はその相補体である核酸を含むベクターが提供される。
【０１０２】
[0102]  本発明によれば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示すアミノ酸配列のもの)を発現し及び/又は前記タンパク質等をコードし及び/又は発現する核酸で形質転換されている粒子(例えば、ウイルス粒子)及び形質転換宿主細胞が提供される。粒子及び形質転換宿主細胞には、ビリオン並びに原核生物及び真核生物細胞、例えば、細菌、真菌(酵母)、植物、昆虫及び動物(例えば、哺乳動物(霊長類及びヒトを含む)、CHO細胞及びハイブリドーマ)の細胞、例えば、組換えバクテリオファージ核酸、プラスミド核酸又はコスミド核酸発現ベクターで形質転換した細菌；組換え酵母発現ベクターで形質転換した酵母；組換えウイルス発現ベクター(例えば、カリフラワーモザイクウイルス、CaMV；タバコモザイクウイルス、TMV)に感染させたか又は組換えプラスミド発現ベクター(例えば、Tiプラスミド)で形質転換した植物細胞系；組換えウイルス発現ベクター(例えば、バキュロウイルス)に感染させた昆虫細胞系；及び組換えウイルス発現ベクター(例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、ワクシニアウイルス)に感染させた動物細胞系又は安定発現用に遺伝子操作した形質転換動物細胞系が含まれるが、これらに限定されない。細胞は、初代細胞単離体、細胞培養物(例えば、継代し、樹立し、又は不死化した細胞株)、又はエキソビボでの又は対象者(インビボ)の複数の細胞若しくは組織若しくは器官の一部であり得る。
【０１０３】
[0103]  用語「形質転換(した)」又は「トランスフェクト(した)」は、細胞(例えば、宿主細胞)又は生物に言及して使用する場合、細胞への外因性分子(例えば、タンパク質又は核酸(例えば導入遺伝子)の組込み後の当該細胞における遺伝子変化を意味する。よって、「トランスフェクト(した)」又は「形質転換(した)」細胞は、外因性分子が人の手により、例えば組換えDNA技法により導入されている細胞又はその子孫である。
【０１０４】
[0104]  核酸又はタンパク質は、宿主細胞及びその子孫で安定的又は一時的にトランスフェクト又は形質転換(発現)させることができる。細胞は増殖させることができ、導入タンパク質を発現させることができ、又は核酸を転写させることができる。トランスフェクト又は形質転換した細胞の子孫は、複製の間に変異が生じる可能性があるので、親細胞とは同一ではないこともあり得る。
【０１０５】
[0105]  タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体及び核酸の粒子における発現又は標的細胞(例えば、宿主細胞)への導入は、当該分野において公知の方法により行うこともできる。非限定例として、浸透圧ショック(例えば、リン酸カルシウム)、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、細胞融合などが挙げられる。核酸及びポリペプチドのインビトロ、エキソビボ及びインビボでの導入は、他の技法を用いても達成できる。例えば、ポリマー物質(例えば、ポリエステル、ポリアミン酸、ヒドロゲル、ポリビニルピロリドン、エチレン-酢酸ビニル、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、硫酸プロタミン、又はラクチド/グリコリドコポリマー、ポリラクチド/グリコリドコポリマー、又はエチレン酢酸ビニルコポリマー。核酸は、コアセルベーション技法又は界面重合で、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロース若しくはゼラチン-マイクロカプセル、又はポリ(メチルメタクロレート)マイクロカプセルを使用して、製造したマイクロカプセル中に、或いはコロイド系中に捕捉することができる。コロイド分散系としては、巨大分子複合体、ナノ-カプセル、ミクロスフェア、ビーズ及び脂質ベースの系(水中油エマルジョン、ミセル、混合ミセル及びリポソームを含む)が挙げられる。
【０１０６】
[0106]  種々の組成物を細胞に導入するためのリポソームは当該分野で公知であり、例えば、ホスファチジルコリン、ホスファチジルセリン、リポフェクチン及びDOTAP(例えば、米国特許第4,844,904号、同第5,000,959号、同第4,863,740号及び同第4,975,282号；及びGIBCO-BRL, Gaithersburg, MD)を含む。遺伝子治療に有用であるピペラジンベースの両親媒性カチオン性脂質もまた公知である(例えば、米国特許第5,861,397号を参照)。カチオン性脂質系もまた公知である(例えば、米国特許第5,459,127号を参照)。ポリマー性物質、マイクロカプセル及びコロイド分散系(例えばリポソーム)は、本明細書ではまとめて、「ベシクル」と呼ぶ。したがって、ウイルスベクター及び非ウイルスベクターによる細胞への送達手段が含まれる。
【０１０７】
[0107]  タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列のもの)が提供され、種々の方法及び使用に用いることができる。このような方法及び使用は、例えば、１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体)のインビトロ及びインビボ投与を含む。提供される方法及び使用には、免疫応答をモジュレートする方法及び使用が含まれ、とりわけ、障害、疾患に対して対象者を保護し処置する方法及び使用；及び特異的免疫療法を提供する方法及び使用；及び診断の方法及び使用を含むが含まれる。
【０１０８】
[0108]  具体的実施形態において、方法及び使用は、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるいずれかのアミノ酸配列のもの)を投与又は送達して、対象者おける免疫応答をモジュレートすること(例えば、アレルゲン又は抗原に対する免疫応答のモジュレーションを含む)を含む。
【０１０９】
[0109]  本明細書で使用する場合、用語「モジュレートする」は、変化又は用語 改変(された)に対する効果を意味する。例えば、用語 モジュレートする は、ポリペプチド、遺伝子若しくはシグナル伝達経路の活性、機能若しくは発現又は生物の生理学的状態若しくは応答の変化又は効果に言及するために種々の状況で使用することができる。特定の実施形態において、モジュレートする は、抗原又はアレルゲンに対する対象者の免疫応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し又は破壊することが含まれる。他の実施形態において、モジュレートする は、抗原又はアレルゲンに対する対象者の免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含む。よって、用語「モジュレートする」は、用語「対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答」を修飾するために使用する場合、対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答が変化したか又は影響を受けたこと(例えば、減少し、低下し、阻害され、抑制され、限定され、制御され、防止され、惹起され、促進し、刺激され、増大し、誘導され、増強することなど)を意味する。
【０１１０】
[0110]  本明細書に記載される抗原又はアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートする方法及び使用は、対象者に、アレルゲンに対するアレルギー応答若しくは反応又はアレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供するために使用されてもよい。したがって、他の実施形態において、方法及び使用は、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるいずれかのアミノ酸配列のもの)を投与して、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して対象者を保護又は処置することを含む。更なる他の実施形態において、方法及び使用は、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるいずれかのアミノ酸配列のもの)を投与又は送達して、抗原又はアレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含む。
【０１１１】
[0111]  種々の実施形態において、対象者に、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供する方法及び使用が提供される。種々の局面において、方法又は使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を対象者に提供するに十分な量の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示される任意のアミノ酸配列のもの)を対象者に投与することを含む。
【０１１２】
[0112]  本発明の方法及び使用は、対象者に、抗原若しくはアレルゲンに対する保護又は抗原若しくはアレルゲンへの曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供すること、例えば、アレルゲンへのアレルギー応答に対して保護するために、例えば表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるいずれかのアミノ酸配列を対象者にワクチン接種することを含む。特性の実施形態において、方法及び使用は、アレルゲンに対して対象者の寛容を誘導する(脱感作させる)ことによりアレルギー応答又は反応に対して対象者を保護することを含む。
【０１１３】
[0113]  本明細書で使用する場合、用語「保護」、「保護する」及びそれらの文法変形は、アレルギー応答又はアレルゲンへの曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に言及して使用する場合、アレルギー応答、反応又はアレルゲンへの曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を防止し、或いはアレルギー応答、反応又はアレルゲンへの曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する感受性を低下又は減少させることを意味する。
【０１１４】
[0114]  アレルギー応答には、アレルギー反応、過敏症、炎症性応答又は炎症が含まれるがこれらに限定されない。特定の実施形態において、アレルギー応答には、細胞浸潤、抗体産生、サイトカイン、リンホカイン、ケモカイン、インターフェロン及びインターロイキン、細胞増殖及び成熟因子(例えば、分化因子)の産生、細胞増殖、細胞分化、細胞蓄積又は移動(走化性)並びに細胞、組織又は器官の損傷又はリモデリングが含まれてもよい。具体的局面において、アレルギー応答には、アレルギー性鼻炎；オンコセルカ皮膚炎；アトピー性皮膚炎；アレルギー性結膜炎；薬物反応；小結節、好酸球増加症、リウマチ、皮膚炎、発疹、蕁麻疹及び腫脹(NERDS)；食道及び胃腸アレルギーが含まれてもよい。
【０１１５】
[0115]  アレルギー応答は、全身性に又は任意の領域、器官、組織若しくは細胞で局所的に生じることがある。具体的局面において、アレルギー応答は、皮膚、上気道、下気道、膵臓、胸腺、腎臓、肝臓、脾臓、筋肉、神経系、骨格関節、眼、粘膜組織、胃又は腸で起こる。
【０１１６】
[0116]  本明細書の方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患並びにアレルゲンにより引き起こされるか又はアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状又は合併症について対象者を処置することを含む。このような方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置するに十分な量の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるいずれかのアミノ酸配列)を対象者に投与することを含む。
【０１１７】
[0117]  当業者が理解するように、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の処置は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去することを含んでもよい。よって、特定の実施形態において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する方法又は使用は、対象者からのアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の消去を含んでなる。他の実施形態において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する方法又は使用は、対象者においてアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の発生、頻度、重篤度、進行又は持続期間を低下させることを含む。更に別の１つの実施形態において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する方法又は使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は対象者とアレルゲンとの接触により引き起こされるか若しくは該接触と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の発生、頻度、重篤度、進行又は持続期間の増加を防止することにより、対象者におけるアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を安定化することを含む。
【０１１８】
[0118]  本発明の方法及び使用は、以前に抗原又はアレルゲンに曝露された対象者を処置し又は施術することを含む。よって、特定の実施形態において、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原若しくはアレルゲンへの二次以降の曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症から対象者を保護し又は前記アレルギー応答等について対象者を処置するためのものである。
【０１１９】
[0119]  本発明の方法及び使用に従って処置可能な、抗原/アレルゲンにより引き起こされるか又は抗原/アレルゲンと関係する生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状又は合併症としては、喘息、アレルギー性喘息、細気管支炎及び胸膜炎、アレルギー性鼻炎；オンコセルカ皮膚炎；アトピ−性皮膚炎；アレルギー性結膜炎；薬物反応；小結節、好酸球増加症、リウマチ、皮膚炎、発疹、蕁麻疹及び腫脹(NERDS)；食道及び胃腸アレルギー、気道閉塞、無呼吸、石綿症、無気肺、ベリリウム症、気管支拡張症、細気管支炎、器質化肺炎を伴う閉塞性細気管支炎、気管支炎、気管支肺形成異常、蓄膿症、膿胸、胸膜喉頭蓋炎(Pleural Epiglottitis)、喀血、高血圧、カルタゲナー症候群、羊水吸引、胸水、胸膜炎、肺炎、気胸、呼吸窮迫症候群、呼吸器過敏症、鼻硬化症、シミター症候群、重症急性呼吸器症候群、珪肺症、気管狭窄症、好酸球性胸水、組織球増殖症；慢性好酸球性肺炎；過敏性肺炎；アレルギー性気管支肺アスペルギルス症；サルコイドーシス；特発性肺線維症；肺浮腫；肺塞栓症；肺気腫；肺換気亢進；肺胞性蛋白症；慢性閉塞性肺疾患(COPD)；間質性肺疾患；及び局所好酸球増加症が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１２０】
[0120]  更に、本発明の方法及び使用は、抗原又はアレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を誘導することを含む。１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者に、該対象者において抗原又はアレルゲンに対する寛容を誘導するに十分な量の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表６、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)又は表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるいずれかのアミノ酸配列)を投与することを含む。
【０１２１】
[0121]  追加の実施形態において、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導する方法又は使用は、対象者におけるアレルゲンに対するアレルギー応答により引き起こされるか又は該アレルギー応答と関連する生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状又は合併症の発生、頻度、重篤度、進行又は持続時間の低下を含む。よって、特定の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原若しくはアレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して対象者を保護し又は前記アレルギー応答等について対象者を処置することができる。
【０１２２】
[0122]  本明細書に記載される免疫学的寛容を誘導する方法及び使用は、免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含む。特定の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去する免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含んでもよい。例えば、特定の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、調節性Ｔ細胞の増殖又は活性を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含んでもよい。他の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答を促進する免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含んでもよい。当業者が理解するように、アレルギー応答を促進する免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる方法又は使用は、アレルギー応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去する免疫応答をも惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることによって免疫学的寛容を依然として誘導してもよい。具体的実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答を促進する免疫応答より強力であるアレルギー応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去する免疫応答の惹起、刺激、誘導、促進、増大又は増強を含む。他の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答を促進する免疫応答より多い、アレルギー応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去する免疫応答の惹起、刺激、誘導、促進、増大又は増強を含む。
【０１２３】
[0123]  本発明の方法及び使用は、特異的免疫療法による対象者の処置を含む。１つの実施形態において、方法又は使用は、或る量の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるいずれかのアミノ酸配列)を対象者に投与することを含む。１つの局面において、対象者を処置するために特異的免疫療法の間に該対象者に投与される抗原(アレルゲン)は、対象者が感作されているか又は過敏性(例えば、アレルギー性)であるものと同じ抗原(アレルゲン)である。別の１つの非限定的局面において、対象者を処置するために該対象者に投与される抗原(アレルゲン)は、対象者が感作されているか又は過敏性(例えば、アレルギー性)であるものと異なる抗原(アレルゲン)である。よって、異なる実施形態において、投与される抗原及び免疫学的寛容が求められる抗原(例えば、アレルゲン)は、同じタンパク質(抗原、アレルゲン)であってもよいし、同じ生物のタンパク質(抗原、アレルゲン)であってもよいし、異なる生物のタンパク質(抗原、アレルゲン)であってもよい。
【０１２４】
[0124]  本発明によれば、方法及び使用は、治療的(抗原/アレルゲンの曝露後)及び予防的(抗原/アレルゲンの曝露前)使用及び方法を含む。例えば、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する治療的及び予防的方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を有しているか又は有するリスクにある対象者を処置すること；アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を有する対象者を処置すること；並びに対象者を、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症から保護して(例えば、対象者に、アレルゲンへのアレルギー反応に対する保護を提供する)、対象者において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の確率を減少又は低下させ、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する対象者の感受性を減少又は低下させ、対象者において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を阻害又は防止する方法及び使用を含むが、これらに限定されない。したがって、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を処置し、又は対象者に、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症からの保護(例えば、予防的保護)を提供することができる。
【０１２５】
[0125]  本明細書に記載するように、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体は、Ｔ細胞エピトープを含む。したがって、本発明の方法及び使用は、対象者に、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供するに十分な量のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、Ｔ細胞エピトープ)を対象者に投与することを含む。別の１つの実施形態において、方法は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して対象者を処置し、ワクチン接種し又は免疫するに十分な量のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、Ｔ細胞エピトープ)を対象者に投与することを含む。
【０１２６】
[0126]  本発明によれば、対象者においてＴ細胞(CD8+Ｔ細胞、CD4+Ｔ細胞、Th1細胞又はTh2細胞を含むが、これらに限定されない)の抗アレルゲン活性をモジュレートする方法及び使用が提供される。１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者におけるTh2細胞活性をモジュレートするに十分な量のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えばＴ細胞エピトープ)を対象者に投与することを含む。
【０１２７】
[0127]  本発明の全ての方法及び使用において、任意の適切なタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体が使用又は投与できる。非限定的な具体例において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含んでなるか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になる。
【０１２８】
[0128]  特定の実施形態において、２以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を対象者に投与してもよい。具体的実施形態において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体からなるか又は前記アミノ酸配列等から本質的になり、１以上の他のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と共に投与される。２以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、組合せ組成物として投与してもよいし、別々に(例えば、同時に又は連続的若しくは逐次に)投与してもよい。異なるタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を、同じ量、容量若しくは濃度で又は異なる量、容量若しくは濃度で対象者に投与してもよい。よって、特定の実施形態において、対象者に、同一量の２以上の異なるタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を投与してもよい；他の実施形態においては、対象者に、或る１つのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を、対象者に投与される他の１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体より多い量、容量又は濃度で投与してもよい。
【０１２９】
[0129]  本発明の方法及び使用は、抗原/アレルゲンにより引き起こされるか又は抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状又は合併症における好都合な応答又は改善を含む。具体的実施形態において、好都合な応答又は改善は、アレルギー応答の低下、減少、抑制、制限、制御又は阻害(免疫細胞の増殖、機能若しくは活性の低下、減少、抑制、制限、制御若しくは阻害、又は免疫細胞(例えば、調節性Ｔ細胞)の増殖若しくは活性の惹起、刺激、誘導、促進、増大又は増強を含む)；又はアレルゲンの量の低下、減少、抑制、制限、制御又は阻害を含むが、これらに限定されない。更なる具体的実施形態において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の量は、アレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ若しくは増強させ又は強化するに十分であるか；又はアレルギー反応又は応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、防止し、制御し又は制限するに十分である。更なる具体的実施形態において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の量は、対象者をアレルギー応答から保護するに十分であるか、又はアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する感受性を低下させ、減少させ、制限し、制御し又は阻害するに十分である。
【０１３０】
[0130]  したがって、本発明の方法及び使用は、何らかの治療的な又は有益な効果を含む。方法の種々の実施形態において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症は、低下し、減少し、阻害され、制限され、遅延され又は防止される。抗原/アレルゲンと関連する生理学的状態、異常、疾病及び疾患としては、喘息、アレルギー性喘息、細気管支炎及び胸膜炎、アレルギー性鼻炎；オンコセルカ皮膚炎；アトピ−性皮膚炎；アレルギー性結膜炎；薬物反応；小結節、好酸球増加症、リウマチ、皮膚炎、発疹、蕁麻疹及び腫脹(NERDS)；食道及び胃腸アレルギー、気道閉塞、無呼吸、石綿症、無気肺、ベリリウム症、気管支拡張症、細気管支炎、器質化肺炎を伴う閉塞性細気管支炎、気管支炎、気管支肺形成異常、蓄膿症、膿胸、胸膜喉頭蓋炎、喀血、高血圧、カルタゲナー症候群、羊水吸引、胸水、胸膜炎、肺炎、気胸、呼吸窮迫症候群、呼吸器過敏症、鼻硬化症、シミター症候群、重症急性呼吸器症候群、珪肺症、気管狭窄症、好酸球性胸水、組織球増殖症；慢性好酸球性肺炎；過敏性肺炎；アレルギー性気管支肺アスペルギルス症；サルコイドーシス；特発性肺線維症；肺浮腫；肺塞栓症；肺気腫；肺換気亢進；肺胞性蛋白症；慢性閉塞性肺疾患(COPD)；間質性肺疾患；及び局所好酸球増加症が挙げられるが、これらに限定されない。アレルゲンに関連する症状及び合併症としては、細胞浸潤、抗体の産生、サイトカイン、リンホカイン、ケモカイン、インターフェロン及びインターロイキン、細胞増殖及び成熟因子(例えば、分化因子)の産生、細胞増殖、細胞分化、細胞蓄積又は移動及び細胞、組織又は器官の損傷又はリモデリング、アレルギー性鼻炎；オンコセルカ皮膚炎；アトピ−性皮膚炎；アレルギー性結膜炎；薬物反応；小結節、好酸球増加症、リウマチ、皮膚炎、発疹、蕁麻疹及び腫脹(NERDS)；食道及び胃腸アレルギーが挙げられるが、これらに限定されない。抗原/アレルゲン曝露の更なる症状は当業者に公知であり、本発明に従うそれらの処置が提供される。
【０１３１】
[0131]  本発明の方法及び使用は、更に、抗原/アレルゲンにより引き起こされるか又は抗原/アレルゲンに関連する１以上の有害な症状、異常、疾病、疾患又は合併症の発生、進行、頻度、持続期間、重篤度、確率又は感受性を低下させ、減少させ、阻害し、遅延させ又は防止することを含む。更なる種々の具体的実施形態において、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症からの対象者の回復を向上させ、加速させ、容易にし、増強させ、強化し又は速めることを含む。尚更なる種々の実施形態において、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を安定化することを含む。
【０１３２】
[0132]  したがって、治療的又は有益な効果は、特定の対象者に提供される任意の客観的又は主観的な測定可能又は検出可能な改善又は利益である。治療的又は有益な効果は、全ての又はいずれかのアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の完全な消失であり得るが、そうである必要はない。よって、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の改善増大又は部分的低下、或いは短期又は長期(時間、日、週、月など)にわたる、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の悪化又は進行の阻害、減少、低下、抑制、防止、制限又は制御が存在するとき、満足する臨床的終点が達成される。
【０１３３】
[0133]  治療的又は有益な効果はまた、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を有しているか又は有するリスクにある対象者を処置するために使用する第２の治療プロトコル又は活性物質(例えば、別の薬剤又は他の薬剤(例えば、抗炎症剤))の必要性、投薬頻度又は量を低下させ又は該必要性排除すること含む。例えば、アジュバント療法の量の低下、例えば、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の処置、又は特異的免疫療法、ワクチン接種又は免疫プロトコルの低下又は減少は、有益な効果と考えられる。加えて、対象者に保護を提供するために対象者の特異的免疫療法、ワクチン接種又は免疫に使用するタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の量の低下又は減少は、有益な効果と考えられる。
【０１３４】
[0134]  本明細書に開示するように、本発明のタンパク質、ペプチド、サブ配列などは、対象者、例えば、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を有しているか又はそのリスクにある対象者に、特異的免疫療法を提供する方法において使用することができる。１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者において抗原/アレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強させ又は強化するに十分な量のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を対象者に投与することを含む。別の１つの実施形態において、方法は、アレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強させ又は強化するに十分な量の、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の全体又は部分(例えば、Ｔ細胞エピトープ)をコードする核酸を対象者に投与することを含む。
【０１３５】
[0135]  抗原又はアレルゲンを投与して寛容を誘導するとき、所望の転帰又は結果(例えば、抗原若しくはアレルゲンに対する脱感作又は抗原若しくはアレルゲンに対する寛容の発現)を達成するに必要な、投与すべき抗原又はアレルゲンの量又は用量及び期間は、当業者が決定することができる。抗原又はアレルゲンは、当該分野において公知の任意の経路(経口、吸入、舌下、皮膚上、鼻内及び/又は非経口経路(静脈内、筋内、皮下及び腹腔内)を含むが、これらに限定されない)により患者に投与してもよい。
【０１３６】
[0136]  本発明の方法及び使用は、アレルゲンへの接触又は曝露前の対象者へのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の投与；対象者がアレルゲンに接触するか若しくは曝露される前、接触若しくは曝露と実質的に同時又は接触若しくは曝露の後の投与；及びアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の前、前記応答等と同時又は該応答等の後の投与を含む。アレルゲンに接触した又は曝露された対象者は、１〜５、５〜10、10〜20、20〜30、30〜50、50〜100時間、日、月又は年の間にわたって接触するか又は曝露されていてもよい。
【０１３７】
[0137]  本発明の組成物(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(Ｔ細胞エピトープを含む)、例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)、方法及び使用は、所望の治療的、有益な、相加的、相乗的又は補完的な活性又は効果を有する任意の化合物、因子、薬剤、処置又は他の治療レジメン又はプロトコルと組み合わせることができる。例示的な組合せの組成物及び処置は、複数の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えばＴ細胞エピトープ)(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)と、第２の活性物質(例えば、抗アレルゲン化合物)、因子、薬剤、処置及び療法(抗ヒスタミン剤、抗炎症剤、鬱血除去剤及びコルチコステロイド並びに効力を補助し、促進し、刺激し又は増強させる因子を含むが、これらに限定されない)とを含む。このような抗アレルゲン性の薬剤、因子、処置及び療法は、本明細書に記載の任意の方法又は使用、例えば、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する治療的使用又は方法或いは対象者に特異的免疫療法を提供する方法又は使用の前、前記方法/使用と実質的に同時又は該方法/使用の後に施術又は実施され得る。
【０１３８】
[0138]  したがって、方法及び使用は、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と第２の活性物質との組合せを含み、第２の活性物質との組合せとして投与し、又は別々に(例えば、対象者への第２の活性物質の投与と同時又は(該投与の前又は後に)連続的若しくは逐次に)投与することを含む。したがって、本発明は、１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と、本明細書に記載され又は当該分野において公知である第２の活性物質(任意の化合物、因子、薬剤を含むが、これらに限定されない)、治療レジメン、処置プロトコル、プロセス、修復又は組成物(例えば、抗ヒスタミン剤、抗炎症剤、鬱血除去剤及びコルチコステロイド)、又は免疫寛容を刺激、増強若しくは強化するプロトコル、又特異的免疫療法プロトコルとの組合せを提供する。化合物、因子、薬剤、治療レジメン、処置プロトコル、プロセス、修復又は組成物は、１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体、或いはタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の全体又は部分(例えば、Ｔ細胞エピトープ)をコードする核酸の対象者への投与の前、該投与と実質的に同時に又は該投与の後に施術又は実施することができる。したがって、組合せの実施形態の非限定的具体例としては、前記の又は他の化合物、因子、薬剤、治療レジメン、処置プロトコル、プロセス、修復又は組成物が挙げられる。
【０１３９】
[0139]  例示的な組合せは、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列の異なるタンパク質、ペプチド、又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体である。別の例示的組合せは、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と免疫学的寛容誘導分子である。
【０１４０】
[0140]  所望の転帰又は効果がある本発明の方法及び使用(例えば、処置、保護、免疫学的寛容の誘導、ワクチン接種又は特異的免疫療法の利益を提供する治療的又は予防的方法又は使用)において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、十分量又は有効量で投与することができる。本明細書で使用する場合、「十分量」又は「有効量」又は「十分な量」又は「有効な量」とは、所与の対象者において、単回の(例えば、一次の)投薬又は複数回の(例えば、ブースター)投薬で、単独又は１以上の他の化合物、処置、治療レジメン若しくは因子(例えば、薬剤)との組合せで、長期又は短期の検出又は測定可能な改善を提供するか、或いは任意の程度の又は任意の期間又は持続時間(例えば、分、時間、日、月、年の間又は治癒するまで)の任意の客観的又は主観的利益を所与の対象者に提供する量をいう。
【０１４１】
[0141]  十分な量又は有効な量は、単回投与で提供できるがそうする必要性はなく、また特定のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体により、単独で、随意に第２の活性物質を含む組成物又は方法又は使用との組合せで達成できるがそうする必要性はない。加えて、十分な量又は有効な量は、第２の又は追加の投与又は投薬なしに単回用量又は複数回用量で与えられる場合、十分又は有効である必要はない。なぜならば、そのような投薬量を上回り超える追加の投薬量、量若しくは持続期間又は追加の抗原、化合物、薬剤、因子、処置若しくは治療レジメンが、所与の対象者に検出可能な又は測定可能な改善又は利益を提供するために含まれてもよいからである。例えば、特異的免疫療法を１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の最初の又は一次の投与後に増大させ、増強させ、改善させ又は最適化するために、対象者に、１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の１以上の追加の「ブースター」を投与することができる。このような後続の「ブースター」投与は、同じ又は異なるタイプ、製剤、用量、濃度、経路などのものであり得る。
【０１４２】
[0142]  十分な量又は有効な量は、処置する対象者一人一人においても、所与の群又は集団中の処置する対象者の多数でも治療上又は予防上有効である必要はない。十分な量又は有効な量は、患者群や一般集団ではなく特定の対象者における十分性又は有効性を意味する。このような方法について典型的であるように、異なる対象者は、本発明の方法(例えば、免疫、ワクチン接種、特異的免疫療法及び治療的処置)に対して変化に富む応答を示す。
【０１４３】
[0143]  用語「対象者」は、アレルゲンへの接触又は曝露のリスクにある対象者並びにアレルゲンへの接触又は曝露の経験がある対象者を含むが、これらに限定されない。また、対象者は、抗原若しくはアレルゲンに対する免疫応答を有しているか又は該免疫応答を有するか若しくは発現するリスクにある対象者も含む。このような対象者には、哺乳動物(哺乳類)、例えば非ヒト霊長類(類人猿、テナガザル、ゴリラ、チンパンジー、オラウータン、マカカ)、愛玩動物(イヌ及びネコ)、家畜動物(家禽(例えばニワトリ及びアヒル)、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ)、実験動物(マウス、ラット、ウサギ、モルモット)及びヒトが含まれる。対象者としては、疾患動物モデル、例えば当該分野において公知であるアレルギー応答のマウスモデル及び他の動物モデルが挙げられる。
【０１４４】
[0144]  したがって、処置に適切な対象者には、抗原又はアレルゲンに曝露されたことがあるか又は曝露のリスクにある対象者が含まれる(処置の必要がある対象者とも呼ばれる)。したがって、処置の必要がある対象者は、抗原若しくはアレルゲンに曝露され若しくは接触したことがある対象者、又は接触若しくは曝露が継続中である対象者、又は(症状の発生、進行、重篤度、頻度、持続期間のタイプ、タイミング又は程度に関わらず)抗原若しくはアレルゲンにより引き起こされるか又は抗原若しくはアレルゲンに関連する１以上の有害症状を発現したことがある対象者を含む。
【０１４５】
[0145]  標的対象者及び処置を必要としている対象者にはまた、アレルゲンへの曝露若しくは接触のリスクにあるか又はアレルゲンに曝露され若しくは接触しているリスクにある対象者が含まれる。したがって、対象者には、アレルギー反応の増大した又は上昇した(高い)リスクにある対象者；アレルゲンに対する過敏症を有しているか若しくは以前に有していたか又は過敏症を発症するリスクにある対象者；及び喘息を有しているか若しくは以前に有していたか又は喘息を発症するリスクにある対象者が含まれる。
【０１４６】
[0146]  したがって、本発明の組成物、方法及び使用は、アレルゲン曝露又は接触のリスクにあるが、該アレルゲンに未だ曝露も接触もしていない対象者の処置に適用可能である。したがって、予防的使用及び方法が含まれる。予防の標的対象者は、本明細書に示すようなアレルゲン曝露又は接触のリスク(確率又は感受性)が増大していてもよい。このような対象者は、そのようなリスクにあることに起因して処置の必要があると考えられる。
【０１４７】
[0147]  予防の対象者は、リスクが増大している必要性はないが、対象者をアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して保護するか或いは例えば特異的免疫療法を提供することが望ましい一般集団からの対象者であってもよい。アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して保護されるか或いは特異的免疫療法を提供されることが望ましい対象者に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を投与することができる。別の１つの非限定例において、アレルゲンによる曝露リスクも接触リスクも具体的にないにもかかわらず、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護が望まれる対象者に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を投与することができる。このような対象者もまた、処置が必要であると考えられる。
【０１４８】
[0148]  「予防」及びその文法変形は、対象者への接触、投与又はインビボ送達がアレルゲンへの接触又は曝露の前である方法又は使用を意味する。特定の状況では、対象者がアレルゲンに接触し又は曝露されたことは知られていないかもしれないが、対象者への投与又はインビボ送達は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の顕現の前に実行することができる。例えば、対象者に、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供するか、或いはタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を用いる特異的免疫療法を提供することができる。このような場合、方法又は使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の確率又は前記アレルギー応答等に対する感受性を消失させ、防止し、阻害し、抑制し、制限し、減少させ又は低下させることができる。
【０１４９】
[0149]  「予防」とは、対象者への接触、投与又はインビボ送達が抗原/アレルゲンへの二次以降の曝露前である方法又は使用ということもできる。このような状況では、対象者は、以前にアレルゲンに接触したか又は曝露されたことがあってもよい。このような対象者において、急性アレルギー反応は消散していてもよいがその必要性はない。このような対象者は、典型的には、以前の曝露に起因して抗アレルゲン抗体を生じていてもよい。このような対象者への投与又はインビボ送達による免疫又はワクチン接種は、二次以降のアレルゲン曝露の前に実行することができる。このような方法又は使用は、二次以降のアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の可能性又は前記アレルギー応答等に対する感受性を消失させ、防止し、阻害し、抑制し、制限し、減少させ又は低下させることができる。特定の実施形態において、このような方法又は使用は、対象者に特異的免疫療法を提供して、二次以降のアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の確率、又は前記アレルギー応答等への感受性を消失させ、防止し、阻害し、抑制し、制限し、減少させ又は低下させることを含む。
【０１５０】
[0150]  アレルギー反応又は応答の処置は、当該反応又は応答の間の任意の時点に行うことができる。タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、(例えば、第２の活性物質との)組合せとして、或いは本明細書に記載した方法及び使用に従って、別々に、同時に若しくは連続して(逐次に)、単回用量若しくは複数回用量として、例えば、１時間ごと、１日ごと、１週間ごと、１ヶ月ごと又は１年ごと又は約１〜10週間に１回以上、又は例えばアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患により引き起こされるか若しくは前記アレルギー性傷害等と関係し、又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症により引き起こされるか若しくは前記生理学的条件等と関係する１以上の症状又は合併症の発生、進行、重篤度、頻度、持続時間の低下を達成するために適切な長さで、投与することができる。
【０１５１】
[0151]  したがって、本発明の方法及び使用は、１時間、１日、１週、１ヶ月又は１年に１回以上(例えば、１〜10回、１〜５回又は１〜３回)行うことができる。当業者は、投与の遅延又は中断が適切な時を理解する。非限定的な投薬スケジュールは、１週あたり１〜７回で、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、10、15、20週間又はそれ以上である。
【０１５２】
[0152]  用量は既存のプロトコルに基づき、動物疾患モデル又は任意にヒト臨床試験で実験的に決定することができる。最初の研究用量は、動物(例えばマウス)研究及び有効であると決定された、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の投与量に基づくことができる。非限定的な例示量(用量)は、約0.1mg/kg〜約100mg/kgの範囲内、前記範囲内の任意の数値又は範囲又は値である。より高い又はより低い量(用量)、例えば、0.01〜500mg/kg及び当該範囲内の任意の数値又は範囲又は値も投与することができる。用量は、対象者の質量に応じて調整することができ、一般には、約１〜10ug/kg、10〜25ug/kg、25〜50ug/kg、50〜100ug/kg、100〜500ug/kg、500〜1,000ug/kg、１〜５mg/kg、５〜10mg/kg、10〜20mg/kg、20〜50mg/kg、50〜100mg/kg、100〜250mg/kg、250〜500mg/kg又はそれ以上で、１時間、１日、１週、１ヶ月又は１年あたりに２回、３回、４回又はそれ以上の範囲である。代表的な範囲は、約0.3mg/kg〜約50mg/kg、０〜25mg/kg若しくは1.0〜10mg/kg又は当該範囲内の任意の数値若しくは範囲若しくは値である。
【０１５３】
[0153]  用量は変化することがあり、処置が予防的であるか又は治療的であるか、対象者が抗原/アレルゲンに以前に曝露されたことがあるかどうか、症状、状態、病理又は合併症の開始、進行、重篤度、頻度、持続時間、確率又は感受性、或いは処置が向けられたワクチン接種又は特異的免疫療法、望ましい臨床上の終点、以前の又は同時の処置、全身の健康状態、対象者の年齢、性別、人種又は免疫学的適格性及び当業者により認識される他の要因に依存する。当業者は、治療的又は予防的利益をもたらすに十分な量を提供するに必要な投薬量及びタイミングに影響する可能性のある要因を理解する。
【０１５４】
[0154]  代表的には処置のために、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、できる限り早く、代表的には対象者がアレルゲンに曝露されたか又は接触した後１〜２、２〜４、４〜12、12〜24又は24〜72時間以内或いは１以上のアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の開始又は発症後１〜２、２〜４、４〜12、12〜24又は24〜48時間以内に投与する。
【０１５５】
[0155]  ワクチン接種又は特異的免疫療法に関する予防的処置のためには、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、アレルゲンへの曝露若しくは接触前０〜４週間、例えば２〜３週間の間又はアレルゲンへの曝露若しくは接触前少なくとも１〜２、２〜４、４〜12、12〜24、24〜48若しくは48〜72時間以内に投与することができる。急性アレルギー反応には、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、任意の適切な時に投与してもよい。
【０１５６】
[0156]  投薬の量、数、頻度又は持続時間は、対象者の状況、例えば、対象者がアレルギー応答を有するかどうか、対象者がアレルゲンに曝露され若しくは接触したのか又は単にアレルゲンへの接触若しくは曝露のリスクにあるだけなのか、対象者はワクチン接種若しくは特異的免疫療法の候補者であるのか又はワクチン接種若しくは特異的免疫療法を受ける予定であるのかに応じて増減させてもよい。投薬の量、数、頻度又は持続時間は、処置又は療法の任意の有害副作用、合併症又は他の危険因子に応じて増減させてもよい。
【０１５７】
[0157]  本発明の方法及び使用において、投与、処置、ワクチン接種及び特異的免疫療法の経路、用量、数及び頻度並びに処置、ワクチン接種及び特異的免疫療法とアレルゲン曝露との間のタイミング/間隔は改変することができる。免疫応答又は免疫学的寛容の迅速な誘導はアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する緊急保護ワクチンの開発には望ましいけれども、特定の実施形態において、所望される処置は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する頑強な長期持続性保護を惹起する。よって、特定の実施形態において、本発明の組成物、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する長期持続性保護を提供する。特異的免疫療法ストラテジは、誘導された免疫学的寛容又はＴ細胞応答若しくは活性のレベルに依存して、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する長期保護を提供することができる。
【０１５８】
[0158]  組成物、方法及び使用は、医薬組成物及び製剤を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、本明細書に記載の１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５、表６、表７又は表８に示されるタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列)を含む。具体的局面において、このような組成物及び製剤は、ワクチン(アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して保護するワクチンを含むがこれに限定されない)であってもよい。
【０１５９】
[0159]  本明細書で使用する場合、用語「医薬的に許容され得る」及び「生理学的に許容され得る」は、投与、インビボ送達又は接触の１以上の経路に適切である生物学的に許容され得る、気体、液体又は固体の又はそれらの混合物の製剤を意味する。このような製剤は、薬学的投与、インビボ接触又は送達に適合性である、溶媒(水性又は非水性)、溶液(水性又は非水性)、エマルジョン(例えば、油中水又は水中油)、懸濁物、シロップ、エリキシル、分散物及び懸濁媒体、コーティング、等張性及び吸収促進性又は遅延化剤を含む。水性及び非水性溶媒、溶液及び懸濁物は、懸濁化剤及び増粘剤を含んでもよい。このような医薬的に許容され得るキャリアとしては、錠剤(被覆又は未被覆)、カプセル(ハード又はソフト)、マイクロビーズ、粉剤、顆粒及び結晶が挙げられる。補助的な活性化合物(例えば、保存剤、抗菌剤、抗ウイルス剤及び抗真菌剤)もまた組成物に組み込むことができる。
【０１６０】
[0160]  免疫応答、免疫学的寛容或いはアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を増大させるために、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、別のタンパク質、例えば、オボアルブミン又はキーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、サイログロブリン又はトキシン(例えば、破傷風又はコレラ毒素)にカップリングすることができる。タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、アジュバントと混合することもできる。
【０１６１】
[0161]  アジュバントとしては、例えば：オイル(無機又は有機)エマルジョンアジュバント、例えばフロイント完全(CFA)及び不完全アジュバント(IFA)(WO 95/17210；WO 98/56414；WO 99/12565；WO 99/11241；及び米国特許第5,422,109号)；金属及び金属塩、例えばアルミニウム及びアルミニウム塩(例えばリン酸アルミニウム又は水酸化アルミニウム又はミョウバン(硫酸カリウムアルミニウム水和物)；細菌由来化合物、例えばモノホスホリルリピドＡ及びその誘導体(例えば、還元末端グルコサミンの３位がデ-O-アシル化されていることを示す3デ-O-アシル化モノホスホリルリピドＡ(3D-MPL又はd3-MPLとしても知られる)(3D-MPLはトリ及びテトラアシル同属種からなる))及び腸内細菌リポ多糖(LPS)；植物由来サポニン及びその誘導体、例えばQuil A(キラヤ サポナリア モリナ(Quilaja Saponaria Molina)から単離、例えば、「Saponin adjuvants」, Archiv. fur die gesamte Virusforschung, Vol. 44, Springer Verlag, Berlin, p243-254；米国特許第5,057,540号を参照)及び関連する毒性なくアジュバント活性を保持するQuil Aのフラグメント、例えばWO96/33739に記載されるQS7及びQS21(QA7及びQA21としても知られる)、例えば；界面活性剤、例えばダイズレシチン及びオレイン酸；ソルビタンエステル、例えばソルビタントリオレエート；及びポリビニルピロリドン；オリゴヌクレオチド、例えばCpG(WO 96/02555及びWO 98/16247)、ポリリボＡ及びポリリボＵ；ブロックコポリマー；及び免疫刺激性サイトカイン、例えばGM-CSF及びIL-1、及びムラミルトリペプチド(MTP)が挙げられる。アジュバントの更なる例は、例えば、「Vaccine Design--the subunit and adjuvant approach」(Powell, M. F.及びNewman, M. J.編；1995, Pharmaceutical Biotechnology(Plenum Press, New York and London, ISBN 0-306-44867-X)のPowell, M. F.及びNewman Mによる「Compendium of vaccine adjuvants and excipients」に記載される。
【０１６２】
[0162]  共溶媒を、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体、組成物又は製剤に添加してもよい。共溶媒の非限定例には、ヒドロキシル基又は他の極性基、例えば、アルコール(例えば、イソプロピルアルコール)；グリコール(例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、グリコールエーテル)；グリセロール；ポリオキシエチレンアルコール及びポリオキシエチレン脂肪酸エステルが含まれる。共溶媒の非限定例には、ヒドロキシル基又は他の極性基、例えば、アルコール(例えば、イソプロピルアルコール)；グリコール(例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、グリコールエーテル)；グリセロール；ポリオキシエチレンアルコール及びポリオキシエチレン脂肪酸グリコールが含まれる。
【０１６３】
[0163]  また、補助的化合物(例えば、保存剤、抗酸化剤、抗菌剤(殺生物剤及び制生剤(biostats)、例えば、抗菌剤、抗ウイルス剤及び抗真菌剤を含む)も、組成物に組み込むことができる。したがって、医薬組成物は保存剤、抗酸化剤及び抗菌剤を含んでいてもよい。
【０１６４】
[0164]  保存剤は、微生物の増殖を阻害し又は成分の安定性を増大させることにより、医薬製剤の保存期間を延長するために使用することができる。適切な保存剤は当該分野において公知であり、これには、例えば、EDTA、EGTA、塩化ベンザルコニウム又は安息香酸若しくはベンゾエート(例えば安息香酸ナトリウム)が含まれる。抗酸化剤としては、例えば、アスコルビン酸、ビタミンＡ、ビタミンＥ、トコフェロール及び類似のビタミン若しくはプロビタミンが挙げられる。
【０１６５】
[0165]  抗菌剤又は抗菌性化合物は、病原性若しくは非病原性微生物による汚染又は前記微生物の成長、感染性、複製、増殖、再生産を直接又は間接に阻害し、低下させ、遅延させ、中断させ、排除し、停止させ、抑制し又は防止する。抗微生物剤のクラスとしては、抗菌剤、抗ウイルス剤、抗真菌剤及び抗寄生生物剤が挙げられる。抗微生物剤には、微生物を殺傷し若しくは破壊する剤及び化合物(-cidal)又は微生物による汚染若しくは微生物の成長、感染性、複製、増殖、再生産を阻害する剤及び化合物(-static)が挙げられる。
【０１６６】
[0166]  例示的な抗菌剤(抗生物質)としては、ペニシリン(例えば、ペニシリンＧ、アンピシリン、メチシリン、オキサシリン及びアモキシシリン)、セファロスポリン(例えば、セファドロキシル、セフォラニド、セフォタキシム及びセフトリアキソン)、テトラサイクリン(例えば、ドキシサイクリン、クロルテトラサイクリン、ミノサイクリン及びテトラサイクリン)、アミノグリコシド(例えば、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン及びトブラマイシン)、マクロライド(例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン及びエリスロマイシン)、フルオロキノロン(例えば、シプロフロキサシン、ロメフロキサシン及びノルフロキサシン)及び他の抗生物質(クロラムフェニコール、クリンダマイシン、シクロセリン、イソニアジド、リファンピン、バンコマイシン、アズトレオナム、クラブラン酸、イミペネム、ポリミキシン、バシトラシン、アンホテリシン及びナイスタチンを含む)が挙げられる。
【０１６７】
[0167]  抗ウイルス剤の非限定的な具体的クラスとしては、逆転写酵素インヒビター；プロテアーゼインヒビター；チミジンキナーゼインヒビター；糖又は糖タンパク質合成インヒビター；構造タンパク質合成インヒビター；ヌクレオシドアナログ；及びウイルス成熟インヒビターが挙げられる。抗ウイルス剤の非限定的具体例としては、ネビラピン、デラビルジン、エファビレンツ、サキナビル、リトナビル、インディナビル、ネルフィナビル、アンプレナビル、ジドブジン(AZT)、スタブジン(d4T)、ラミブジン(3TC)、ジダノシン(DDI)、ザルシタビン(ddC)、アバカビル、アシクロビル、ペンシクロビル、リバビリン、バラシクロビル、ガンシクロビル、1,-D-リボフラノシル-1,2,4-トリアゾール-3 カルボキサミド、9->2-ヒドロキシ-エトキシ メチルグアニン、アダマンタナミン、5-ヨード-2'-デオキシウリジン、トリフルオロチミジン、インターフェロン及びアデニンアラビノシドが挙げられる。
【０１６８】
[0168]  本発明の組成物、方法及び使用に適切な医薬製剤及び送達システムは当該分野で公知である(例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy (2003) 第20版, Mack Publishing Co., Easton, PA；Remington's Pharmaceutical Sciences (1990) 第18版, Mack Publishing Co., Easton, PA；The Merck Index (1996) 第12版, Merck Publishing Group, Whitehouse, NJ；Pharmaceutical Principles of Solid Dosage Forms (1993), Technonic Publishing Co., Inc., Lancaster, Pa.；Ansel ad Soklosa, Pharmaceutical Calculations (2001) 第11版, Lippincott Williams & Wilkins, Baltimore, MD；及びPoznanskyら，Drug Delivery Systems (1980), R. L. Juliano編, Oxford, N.Y., pp. 253-315を参照)。
【０１６９】
[0169]  医薬組成物は、特定の投与経路に適合性であるように製剤化することができる。よって、医薬組成物は、種々の経路による投与に適切なキャリア、希釈剤又は賦形剤を含む。組成物を随意に適合性に製剤化することができる接触又はインビボ送達のための例示的な投与経路としては、吸入、呼吸、鼻内、挿管、肺内点滴、経口、頬、肺内、皮内、局所、皮膚、非経口、舌下、皮下、脈管内、くも膜下腔内、関節内、腔内、経皮、イオン泳動、眼内、眼(ophhalmic)、視覚(optical)、静脈内(i.v.)、筋内、腺内、器官内又はリンパ内が挙げられる。
【０１７０】
[0170]  非経口投与に適切な製剤としては、活性化合物の水性及び非水性の溶液、懸濁物又はエマルジョンが挙げられ、この調製物は、代表的には滅菌性であり、意図するレシピエントの血液に等張とすることができる。非限定的な例示としては、水、生理食塩水、デキストロース、フルクトース、エタノール、動物、植物又は合成油が挙げられる。
【０１７１】
[0171]  本発明の方法及び使用は、任意の態様の投与若しくは送達で実施されてもよいし、任意の経路、全身性の、局部的及び局所的な投与若しくは送達で実施されてもよい。例示的な投与及び送達経路としては、静脈内(i.v.)、腹腔内(i.p.)、動脈内、筋内。非経口、皮下、胸膜腔内、局所、皮膚、皮内、経皮、経粘膜、頭蓋内、髄腔内、直腸、経口(食餌性)、粘膜、吸入、呼吸、鼻内、挿管、肺内点滴、頬、舌下、脈管内、くも膜下腔内、腔内、イオン泳動、眼内、眼、視覚、腺内、器官内又はリンパ内が挙げられる。
【０１７２】
[0172]  経口投与について、組成物は、例えば、医薬的に許容され得る賦形剤、例えば結合剤(例えば、アルファ化(pregelatinised)トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン又はヒドロキシプロピルメチルセルロース)；充填剤(例えば、ラクトース、微晶質セルロース又はリン酸水素カルシウム)；滑沢剤(例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク又はシリカ)；崩壊剤(例えば、ジャガイモデンプン又はデンプングリコール酸ナトリウム)；又は湿潤剤(例えば、ラウリル硫酸ナトリウム)を用いて従来の手段で製造される、錠剤又はカプセルの形態を取ることができる。錠剤は、当該分野において公知の方法により被覆することができる。経口投与用の液体調製物は、例えば、溶液、シロップ又は懸濁液の形態を取ることができ、或いは使用前に水又は他の適切なビヒクルを用いて構成する乾燥製品として提供することもできる。このような液体調製物は、医薬的に許容され得る添加剤、例えば懸濁化剤(例えば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体又は硬化食用脂肪)；乳化剤(例えば、レシチン又はアカシア)；非水性ビヒクル(例えば、アーモンド油、油状エステル、エチルアルコール又は分画化植物油)；及び保存剤(例えば、メチル又はプロピル-p-ヒドロキシベンゾエート又はソルビン酸)を用いて従来の手段により製造することができる。また、調製物は、必要に応じて、緩衝剤塩、調味料、着色剤及び甘味剤を含むことができる。
【０１７３】
[0173]  吸入による投与について、組成物は、適切な噴霧剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素又は他の適切な気体の使用により、加圧されたパック又はネブライザーからエアロゾルスプレーの形態で送達することができる。加圧エアロゾルの場合、投薬単位は、計量済みの量を送達するバルブを提供することにより決定することができる。吸入器又は吹き入れ器における使用のためのカプセル及びカートリッジは、化合物と適切な粉体ベース(例えば、ラクトース又はデンプン)との粉体混合物を含有して処方することができる。
【０１７４】
[0174]  本発明のタンパク質及びペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、随意に、任意のアジュバント剤、化合物、薬剤、組成物(活性か不活性かなどにかかわらず)と共に、投与の容易性及び投薬量の均一性のための単位剤形(カプセル、錠剤、トローチ、カシェ剤、ロゼンジ)で包装することができる。「単位剤形」とは、本明細書で使用する場合、処置すべき対象者用の単位投薬量として適した物理的に別個の単位をいい；各単位は、１以上の用量で投与されるときに、所望の効果(例えば、予防的又は治療的効果)を生じるように計算された所定の量の活性成分を、随意に、医薬キャリア(賦形剤、希釈剤、ビヒクル又は充填剤)との組合せで含有する。また、単位剤形は、例えば、(組成物を凍結乾燥状態で含んでもよい)アンプル及びバイアルを含む；例えば、投与又はインビボ送達の前に、滅菌液体キャリアを添加することができる。単位剤形は、追加的に、例えば、液体組成物が配置されたアンプル及びバイアルを含む。個別単位剤形は、複数回用量キット又は容器に含まれることができる。医薬製剤は、投与の容易性及び投薬量の均一性のために単一又は複数の単位剤形で包装することができる。
【０１７５】
[0175]  本発明はまた、対象者においてアレルギー応答又はアレルギーを診断及び検出する方法を提供する。この方法は、溶液で、固相で、コンピュータで、インビトロで、細胞で及びインビボで実施することができる。１つの実施形態において、方法は、対象者からの細胞(例えば、Ｔ細胞)を、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)と接触させること；及びタンパク質又はペプチドが接触細胞(例えば、Ｔ細胞)の免疫応答又は活性をモジュレートするかどうかを決定することを含む。タンパク質又はペプチドが接触細胞の免疫応答又は免疫活性をモジュレートするとの決定は、対象者がアレルギー応答又はアレルギー、特にタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)に対するアレルギーを有することを示す。１つの特定の局面において、決定される免疫活性はTh2細胞反応性である。別の１つの特定の局面において、免疫応答又は活性は、皮膚の免疫学的過敏反応のアッセイで決定する。
【０１７６】
[0176]  用語「決定する(こと)」、「アッセイする(こと)」及び「測定する(こと)」並びにそれらの文法上の変形体は、本明細書で互換的に使用され、操作又は加工処理を含む定性的若しくは定量的測定のいずれか又は定性的及び定量的測定の両方をいう。この用語を測定又は検出に言及して使用するとき、人の手により実施される相対量を評価する任意の手段(本明細書に示す種々の方法及び当該分野において公知の方法を含む)が企図される。
【０１７７】
[0177]  本発明は、適切な包装材に包装された、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)、その組合せ組成物及び医薬製剤を含むキットを提供する。キットは、種々のインビトロ、エキソビボ及びインビボ方法及び使用で、例えば本明細書に開示するような処置方法又は使用に用いることができる。
【０１７８】
[0178]  キットは、代表的には、構成要素の説明を含むラベル若しくは添付文書又は構成要素のインビトロ、インビボ若しくはエキソビボでの使用のための指示書を含む。キットは、構成要素、例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)の一団を、単独で又は別の治療上有用な組成物(例えば、免疫調節薬剤)との組合せで含むことができる。
【０１７９】
[0179]  用語「包装材」とは、キットの構成要素を収容する物理的構造体をいう。包装材は構成要素を滅菌状態に維持することができ、そのような目的に通常使用される材料(例えば、紙、波形線維、ガラス、プラスチック、ホイル、アンプル、バイアル、チューブなど)から作製することができる。
【０１８０】
[0180]  本発明のキットは、ラベル又は添付文書を含むことができる。ラベル又は添付文書としては、別途の或いは構成成分、キット若しくは包装材(例えば、箱)に貼付されたか又はキット構成要素を含むアンプル、チューブ若しくはバイアルに付属した「印刷物」、例えば紙又は厚紙が挙げられる。ラベル又は添付文書は、追加的に、コンピュータ読取可能媒体、例えばディスク(例えばハードディスク)、光学ディスク(例えば、CD-又はDVD-ROM/RAM、DVD、MP3)、磁気テープ、又は電気的記憶媒体(例えば、RAM及びROM)又はこれらのハイブリッド(例えば、磁気/光学記憶媒体)、FLASH媒体又はメモリ型カードを含むことができる。
【０１８１】
[0181]  ラベル又は添付文書は、キット中の１以上の構成要素の同定情報、投薬量、活性成分の(作用機序、薬物動態及び薬動力学を含む)臨床薬理学を含むことができる。ラベル又は添付文書は、製造業者の情報、ロット番号、製造業者の所在及び製造日を特定できる情報を含むことができる。
【０１８２】
[0182]  ラベル又は添付文書は、キット構成要素を使用してもよい病状、障害、疾患又は症状についての情報を含むことができる。ラベル又は添付文書は、方法、使用、処置プロトコル又は治療レジメンにおいて１以上のキット構成要素を使用するための医師用又は対象者用の指示を含むことができる。指示は、投薬の量、頻度又は期間及び本明細書に示す方法及び使用、処置プロトコル又は治療レジメンのいずれかを実施するための指示を含むことができる。例示的な指示としては、アレルゲンに対して細胞の免疫応答又は活性をモジュレートするため；対象者においてアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートするため；タンパク質又はペプチドアレルゲンに対して脱感作させるか又は免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させるため；アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供するため；アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を処置するため；或いは、対象者においてアレルギー応答を検出するか又はアレルギーを診断するための指示が挙げられる。
【０１８３】
[0183]  ラベル又は添付文書は、構成要素が提供し得る任意の利益(例えば予防的又は治療的利益)についての情報を含むことができる。ラベル又は添付文書は、潜在的な有害副作用についての情報(例えば、特定の組成物の使用が適切でない状況に関する対象者又は医師に対する警告)を含むことができる。また、有害副作用は、対象者が当該組成物と適合性でない可能性のある１以上の他の医薬品を摂取しているとき若しくは摂取する予定であるとき若しくは摂取している最中であるとき、又は対象者が当該組成物と適合性でない別の処置プロトコル若しくは治療レジメンを受けているとき、受ける予定であるとき又は受けている最中であるときに起こり得るので、指示は、このような非適合性に関する情報を含み得る。
【０１８４】
[0184]  本発明のキットは、追加的に、他の構成要素も含むことができる。キットの各構成要素は、個別の容器に封入することができ、種々の容器の全てを単一パッケージ内に入れることができる。本発明のキットは冷蔵用に設計することができる。本発明のキットは更に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体(例えば、表５(配列番号1〜1,411)、表６、表７(配列番号1,412〜1,906)又は表８(配列番号1,907〜2,008)に示されるタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)又は組合せ組成物若しくは医薬組成物を含むように設計することができる。
【０１８５】
[0185]  他に規定しない限り、本明細書で使用する全ての技術的及び科学的用語は、本発明が属する分野の通常の知識を有する者により通常理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されたものと類似するか又は等価な方法及び材料を本発明の実施又は試験に使用することができるが、適切な方法及び材料は本明細書に記載されたものである。
【０１８６】
[0186]  本明細書で引用した全ての刊行物及び特許出願は、あたかも個々の刊行物又は特許出願が具体的及び個別的に参照により本明細書に組み込まれることが示されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。いかなる刊行物の引用も出願日前の時点でのその開示内容に関してであり、本発明が先行発明に照らして当該刊行物に先行する資格がないことの自認として解釈すべきでない。
【０１８７】
[0187]  本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用する場合、不定冠詞または単数形「a」、「an」及び「the」の使用は、文脈が明らかにそうではないことを示していない限り、複数の言及物も包含する。加えて、個別のペプチド、タンパク質、抗原、アレルゲン(まとめて組成物と呼ぶ)又はモデル化されたか若しくは種々の構成要素に由来する組成物群又は組成物の組合せ及び本明細書に記載の置換物は、各組成物又は組成物群が個別に示されている場合と同程度に本願により開示されると理解すべきである。よって、特定のペプチド、タンパク質、抗原、アレルゲンなどの選択は、明らかに、本発明の範囲内である。
【０１８８】
[0188]  本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用する場合、用語「含んでなる(こと)」及びこの用語の他の形態は、非制限的な包含の意味、すなわち、いかなる他の要素も成分も排除しないで特定の言及された要素又は成分を含むと意図される。他に規定しない限り、本明細書で使用する全ての技術的及び科学的用語は、本発明が属する分野の通常の知識を有する者により通常理解されるものと同じ意味を有する。本明細書で使用する場合、「約」は±５％を意味する。択一(例えば、「又は」)の使用は、選択肢の１つ、両方又は任意の組合せを意味すると理解すべきである。すなわち、「又は」は「及び」をいうこともある。
【０１８９】
[0189]  本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用する場合、任意の濃度範囲、パーセンテージの範囲、比の範囲又は他の整数範囲は、他に示されない限り、記載された範囲内の任意の整数の値を含み、適切な場合には小数(例えば1/10単位及び1/100単位)も含むと理解されるべきである。例えば、数値は、本明細書を通して、しばしば範囲形式で提示されるが、範囲形式は、単に、簡便及び簡潔のためであり、本発明の範囲についての確固たる制限と解釈すべきではない。したがって、範囲の使用は、文脈が明らかにそうでないことを示していない限り、全ての可能な部分範囲(subrange)、当該範囲内の全ての個別的数値及び(当該範囲内の整数及び小数を含む)全ての数値又は数値範囲を明白に含む。この解釈は、範囲の幅にかかわらず、全ての文脈で、本明細書を通じて適用される。よって、説明のために、範囲90〜100％への言及は、91〜99％、92〜98％、93〜95％、91〜98％、91〜97％、91〜96％、91〜95％、91〜94％、91〜93％など(以下同様)を含む。範囲90〜100％への言及は、91％、92％、93％、94％、95％、95％、97％など並びに91.1％、91.2％、91.3％、91.4％、91.5％など、92.1％、92.2％、92.3％、92.4％、92.5％など(以下同様)を含む。範囲５〜10、10〜20、20〜30、30〜40、40〜50、50〜75、75〜100、100〜150及び150〜175への言及は、例えば５〜20、５〜30、５〜40、５〜50、５〜75、５〜100、５〜150、５〜171及び10〜30、10〜40、10〜50、10〜75、10〜100、10〜150、10〜175及び20〜40、20〜50、20〜75、20〜100、20〜150、20〜175など(以下同様)を含む。更に、例えば、２〜72時間、２〜48時間、４〜24時間、４〜18時間及び６〜12時間の一連の範囲への言及は、２〜６時間、２〜12時間、２〜18時間、２〜24時間など及び４〜27時間、４〜48時間、４〜6時間などの範囲を含む。
【０１９０】
[0190]  上記で、本発明を、(理解の明確さを目的とした)説明及び例示により或る程度詳細に記載したが、添付の特許請求の範囲に記載した発明の精神及び範囲を逸脱することなく本発明に対して或る種の変更及び改変をなし得ることは、本発明の教示に照らして当業者に容易に理解される。本発明は、以下の非限定的実施例により更に例証される。
【実施例】
【０１９１】
実施例
実施例１
[0191]  本実施例は種々の材料及び方法の説明を含む。
【０１９２】
[0192]  患者ドナー集団：本研究のための患者の募集を、カリフォルニア大学サンディエゴ校(UCSD)及び米国ユダヤ医学研究センター(NJH、コロラド州デンバー)で、各々の地域IRBが承認したプロトコル並びにLIAI所内審査委員会が承認したプロトコルVD1-059-0311(Federal Wide Assurance #00000032)の下で行った。インフォームドコンセント、研究用の識別番号、臨床歴その他の情報は臨床研究者が収集し、記録した。28の共通アレルゲン(common allergen)の抽出物のパネル並びに陽性及び陰性ブコントロール(それぞれ、ヒスタミン及び希釈剤)に対する即時型過敏性皮膚試験の反応性を、標準方法により測定した。膨疹(mm)及び発赤(mm)の両方を15分で測定した。５mlの血清サンプル及び１単位の末梢血を提供するように全てのボランティアに依頼した。
【０１９３】
[0193]  アレルギードナーは、アレルギー性鼻炎の病歴及び試験したアレルゲンの１以上に対する皮膚試験陽性(希釈剤陰性コントロールより大きい、直径が少なくとも３mmの膨疹)に基づいて規定した。合計87人のアレルギードナーを調べた。ドナーコホートには女性45人及び男性42人が含まれ、年齢は20〜63歳であった。ドナー87人のうち52人が鼻炎を有しており、別の29人は鼻炎及び喘息を有すると分類された(６人は分類されなかった)。
【０１９４】
[0194]  主目的は、ヒト集団で頻繁に認識されるエピトープの多くを同定することであった。興味対象の各アレルゲンについて少なくとも10人のドナーを分析した。このサンプルサイズは、一般集団の15％以上のアレルギー個体において認識される全てのエピトープの80％が、本発明者らの研究において10人の個体(二項分布と仮定)のうちの１人以上で陽性応答を示すと予測するに十分である。同様に、アレルギー集団の40％で認識される全てのエピトープの95％が、本研究において２人以上の個体で応答を示すと予測される。このような考えに基づけば、アレルゲンあたり10人のドナーを調べれば、頻繁な応答の標的を同定するに十分である。
【０１９５】
[0195]  バイオインフォマティック分析：28の共通アレルゲンのパネルの各々についてUniprotアクセッションIDをIUISアレルゲン命名データベース(IUIS Allergen Nomenclature database)から集め、該IDを使用してUniprotデータベースから配列を引き出した(表５、配列番号１〜1,411)。Uniprot IDがないアレルゲンについては、IUISが提供する配列を使用した。アレルゲン(例えば、Alt a1)が複数の配列を有する場合、各アレルゲンの代表的配列を選択した。代表的配列は、他の配列との比較で、最も長く、最大の配列カバー率(又は配列同一性＞90％)を有するべきである。同じアレルゲンに属する２つの配列間の配列同一性が＜40％である場合、両配列を選択した。結果として、169の非冗長配列を同定した。
【０１９６】
[0196]  次いで、配列(アイソフォームを含む)を、10残基ずつオーバーラップする独特の15マーペプチドについてスキャンした。その後、各ペプチドについて、(19)に記載されたコンセンサス予測を用いて、20の最も一般的なHLAクラスII対立遺伝子(DPA1*0103/DPB1*0201、DPA1*0201/DPB1*0101、DPA1*0201/DPB1*0501、DPA1*0301/DPB1*0402、DQA1*0101/DQB1*0501、DQA1*0301/DQB1*0302、DQA1*0401/DQB1*0402、DQA1*0501/DQB1*0301、DRB1*0101、DRB1*0301、DRB1*0401、DRB1*0405、DRB1*0701、DRB1*0802、DRB1*1101、DRB1*1302、DRB1*1501、DRB3*0101、DRB4*0101、DRB5*0101)のパネルに結合する能力を予測した。予測した結合スコアが所与の対立遺伝子について上位20％内であるペプチドを潜在的結合体とみなし、各ペプチドが結合すると予測されたHLA分子の数を数えた。10以上のHLA分子に結合すると予測された全てのペプチドを合成及び更なる研究のために選択した。
【０１９７】
[0197]  各アレルゲンがペプチドセットにおいて適切に代表されていることを確実にするため、各アレルゲンについて少なくとも２つのペプチドを含ませた。更に、これら２つのペプチドは(シグナル配列を含有する可能性が高い)最初の20残基に位置するべきではないこと、及び当該２つのペプチドは直接オーバーラップする(例えば、ペプチド56〜70及び61〜75)べきではないことを規定した。これら追加の要件は、(断片的な配列情報しか入手できなかった)４つのタンパク質(Sec c 1、Sec c 20、Ant o 1、Dac g 2)を除き、全てのタンパク質について充足した。ペプチドの完全なリストを表５に示す。
【０１９８】
[0198]  ペプチド合成：スクリーニング研究用のペプチドはMimotopes(Clayton, Victoria, Australia)及び/又はA and A(San Diego, CA)から粗製品として少量(１mg)を購入した。放射標識リガンドとして利用したペプチドは、大規模に合成し逆相HPLCで精製した(＞95％)。
【０１９９】
[0199]  HLA結合アッセイ：高親和性放射標識ペプチドの精製MHC分子への結合の阻害に基づく、MHCクラスII分子へのペプチド結合を定量的に測定するアッセイは、他(20)で詳細に記載されている。簡潔には、MHC分子を、EBV形質転換ホモ接合細胞株から、モノクローナルAbベースのアフィニティークロマトグラフィーにより精製した。溶解物をLB3.1(抗HLA-DR)、SPV-L3(抗HLA-DQ)及びB7/21(抗HLA-DP)カラムに繰返し通すことでHLA-DR、DQ及びDP分子を捕捉した。
【０２００】
[0200]  阻害実験のためには、0.1〜１nMの放射標識ペプチドを、室温又は37℃にて１μM〜１nMの精製MHCと、プロテアーゼインヒビターのカクテル及び種々の量の阻害ペプチドの存在下にインキュベートした。２〜４日間のインキュベーション後、LB3.1(DR)、L243(DR)、HB180(DR/DQ/DP)、SPV-L3(DQ)又はB7/21(DP)抗体を被覆したOptiplates(Packard Instrument Co., Meriden, CT)にMHC/ペプチド複合体を捕捉し、TopCount(Packard Instrument Co.)マイクロシンチレーションカウンターを用いて結合(cpm)を測定することで、MHCに結合した放射活性のパーセントを測定した。少なくとも３つ以上の独立アッセイで、100,00倍の用量範囲をカバーする６つの異なる濃度にて阻害ペプチドを試験した。使用した条件([標識]＜[MHC]及びIC50≧[MHC])下で、測定したIC50値は、真のKd値の合理的な近似値である(21, 22)。
【０２０１】
[0201]  PBMC単離及びHLAタイピング：PBMCを、１単位の血液(450ml)から密度勾配遠心分離(Ficoll-Hypaque, Amerhsam Biosiences, Uppsala, Sweden)により製造業者の指示書に従って得て、更なる分析のために凍結保存した。血清アリコートをRAST IgE及びIgG分析(NJMRC, Denver, CO及びPhadiaで実施)のために得た。
【０２０２】
[0202]  HLAタイピングは標準法に従って行った。簡潔には、標準技法(QIAmp, Qiagen, Valencia, CA)により研究対象者のPBMCから単離したゲノムDNAを、HLAタイピングに使用した。HLAクラスＩ及びクラスIIについての高分解能Luminexベースの配列特異的オリゴヌクレオチド(SSO)タイピングを、製造業者(One Lambda, Canoga Park, CA)の指示書に従って利用した。必要であれば、PCRベースの配列特異的プライマー(SSP)タイピング法を使用して、高分解能サブタイピングを提供した(One Lambda, Canoga Park, CA)。
【０２０３】
[0203]  アレルゲン特異的Ｔ細胞のインビトロ拡大：PBMCを、24ウェルプレート(BD Biosciences, San Jose, CA)において、５％ヒト血清(Cellgro, Herndon, VA)を補充したRPMI 1640(V Scientific, Tarzana, CA)中、密度２×106細胞/mlにて培養し、アレルゲンに応じて２〜50μg/mlのアレルゲン抽出物(Greer, Lenoir, NC)で刺激した(表６)。細胞を５％ CO2中37℃にて維持し、最初の抗原刺激の後、３日毎に追加のIL-2(10U/ml；eBioscience, San Diego, CA)を添加した。14日目に細胞を採集し、アレルゲン特異的ペプチドプール又は個々のペプチドに対する反応性についてスクリーニングした。種々の抽出物のLPS含量は、Indoor Biotechnologies(Charlottesville, VA)が標準のLimulus Amebocyte Lysate(LAL)法を用いて測定した。
【０２０４】
[0204]  ELISPOTアッセイ：IL-5及びIFN-γの産生をELISPOTアッセイにおいて分析した。平底96ウェルニトロセルロースプレート(Millipore, Bedford, MA)を製造業者の指示書に従って調製し、10μg/mlの抗ヒトIL-5(Clone TRFK5；Mabtech, Cinncinati, OH)及び抗ヒトIFN-γ(Clone 1-D1K；Mabtech, Cincinnati, OH)で被覆した。次いで、細胞を密度１×105/ウェルで、ペプチドプール若しくは個々のペプチド(10μg/ml)、抽出物(２〜50μg/ml)、PHA(10μg/ml)又はコントロールとしての0.1％ DMSO(プール/ペプチド中のDMSOのパーセンテージに対応)含有培地とインキュベートした。24時間後、細胞を取り除き、プレートを２μg/mlのビオチン化抗ヒトIL-5 Ab(Mabtech)及び1:200 HRP接合抗ヒトIFN-γ Ab(Mabtech)のいずれかと37℃にてインキュベートした。２時間後、製造業者の指示書に従ってアルカリホスファターゼ複合体(Vector Laboratories, Burlingame, CA)とインキュベートし、続いてVector Blue Alkaline Phosphatase Substrate Kit III(Vector Laboratories)とインキュベートすることによって、ビオチン化Ab(IL-5)に相当するスポットを発色させた。HRP接合Ab(IFN-γ)に相当するスポットは、3-アミノ-9-エチルカルバゾール溶液(Sigma-Aldrich, St. Louis, MO)で発色させた。コンピュータ支援画像解析(Zeiss, KS-ELISPOT reader, Munich, Germany)によりスポットをカウントした。
【０２０５】
[0205]  各アッセイを３連で行った。統計学的有意性のレベルは、当該プール又は個々のペプチドに対する応答 対 DMSOコントロールに対する応答について３つの測定の平均値を用いてスチューデントのｔ検定で決定した。ペプチドプールの陽性基準は、100スポット形成細胞(SFC)/106 PBMC、ｐ≦0.05及び刺激指数(SI)≧２であった一方、個々のペプチドの陽性基準は、≧20 SFC/106 PBMC、ｐ≦0.05及びSI≧２であった。利用したSFC/10^6の基準は、(ｔ検定でｐ＜0.05であり、SI＞２でもあることと併せて)本発明者らのグループの幾つかの最近の研究で使用した(例えば、16〜19、31〜36を参照)。具体的には、アレルゲンのエピトープ同定に関して、オオアワガエリ(Timothy Grass)アレルゲンに対する応答を分析した最近の研究により、本研究で適用した方法の大半が妥当とされた。併せて、本研究で、一般には、有意であるが相対的に弱い応答(20〜100 SFCの範囲)を生じるエピトーププールは、個々のペプチドのレベルでは、有意で一貫した応答の同定に至らないことが判明した。この理由のために、そして前記研究においても本研究においても、細胞にはしばしば限りがあり、プールのデコンボリューション解析(deconvolution)は細胞要件に関して最も要求の厳しいステップであるので、100 SFC/10^6を生じるプールのみをデコンボリューション解析した。
【０２０６】
[0206]  HLA制限：同定したエピトープのHLA遺伝子座制限を決定するため、mAb阻害アッセイを以前に記載されたように行った(11, 37)。特異性が既知であるコントロールＴ細胞クローンについて予備測定を行って、当該特異的クローンの完全な阻害を導くが、異なるHLA対立遺伝子又は遺伝子座による制限が知られているクローンの阻害には関連しない最適な抗体用量を決定した。その後、この抗体濃度を、該特異的抗体の存在下又は不在下で抗原性ペプチドの用量応答を試験する実験に利用した。当初はマッピングした特定のエピトープを同定するために利用した当該特定のリンホカインに特異的なELISPOTアッセイを使用して実験測定を行った。
【０２０７】
[0207]  抗原領域/ドナーの各組合せについて、２〜３百万細胞からなる３連の培養物の抽出物刺激により、短期Ｔ細胞株を誘導した。刺激の５〜８日後にIL-2を加えた。対応するアレルゲン抽出物(２〜50μg/ml)での14日間の刺激後、特異的リンホカインに対する応答を制限するHLA遺伝子座を、HLA-DR、DP又はDQに特異的なmAbが当該応答を阻害(遮断)する能力を測定することにより決定した。このために、PBMCを、10μg/mlのペプチドを添加する30分前に、HLA-DR(LB3.1)、DP(B7/21)又はDQ(SVPL3)に対するmAb(Strategic Biosolutions, Windham, ME) 10μg/mlとインキュベートした。次いで、陽性ペプチドにより誘導されるサイトカイン産生をELISPOTアッセイで上記のとおり測定した。汎MHCクラスI Ab(W6/32)をコントロールとして使用した。HLA遺伝子座特異的mAbの存在下で、mAb不在下と比較したサイトカイン産生の減少(阻害)が測定された。対応するmAbの存在下で応答の≧50％阻害が観察されたとき、当該応答は、特異的遺伝子座のHLA対立遺伝子により制限されるとみなした。
【０２０８】
実施例２
[0208]  本実施例は、共通アレルゲン源の27の異なる抗原領域の同定についての説明を含む。
【０２０９】
[0209]  ヒトにおける複合アレルゲンに対するＴ細胞応答がまさしく異成分性であり、多数のエピトープの認識が関与する(3-18)。最近の研究により、最も優勢で支配的な応答は、複数のHLAクラスII分子に結合する能力に基づいて予測し得ることが証明された。ここで、このアプローチを用いて、28の異なるアレルゲン源に由来するアレルゲンタンパク質の大きなパネルを調べた。
【０２１０】
[210]  本研究は、真菌(アルテルナリア属、アスペルギルス属、クラドスポリウム属及びペニシリウム属)、樹木(ハンノキ属、トネリコ属、カバノキ属、クロクルミ、イトスギ属、ビャクシン属、コナラ属及びヤシ)、イネ科草本(ギョウギシバ、カナリークサヨシ、ナガハグサ、カモガヤ、ライグラス及びハルガヤ)、ウィード(ヘラオオバコ、オオブタクサ、モグサ、オカヒジキ及びブタクサモドキ)及び種々の屋内アレルゲン(アメリカゴキブリ、ネコ鱗屑、イヌ鱗屑及びチリダニ)に由来するアレルゲンを含む吸入アレルゲン及び接触アレルゲンを広く取り扱った(表１)。これらアレルゲン源は、２つの参加臨床機関でのアレルギー患者の抽出物反応性による共通する診断、及びIUISデータベースにおける少なくとも幾つかのアレルゲンタンパク質の配列の入手可能性という理由から選択した(これらアレルゲンタンパク質の完全なリストを表５に提供する；配列番号1〜1,411)。このストラテジを利用して、可能性のあるアレルゲン由来Ｔ細胞エピトープを予測した。
【０２１１】
[0211]  本研究において、14〜17日間のインビトロ刺激を使用した。図１に示すように、２つの異なるアレルゲン源(アルテルナリア属菌及びライグラス)についての３個体のドナーからの追加データは、IFN-γ応答及びIL-5応答の両方が14〜17日のウインドウで最適に検出されることを証明する。インビトロ刺激に使用した個々の抽出物の用量は、最初の用量滴定実験に基づいて選択した。各抽出物について、応答の大きさ並びにインビトロ刺激ステップの終時での細胞生存能に注目した。特定の抽出物については、毒性(生存能の喪失)が観察された。全ての試験で、目立つ毒性と関係のない最高用量を使用した。各抽出物源について使用した正確な用量を表６に示す。
【０２１２】
[0212]  「材料及び方法」に記載したとおり、20の一般的HLAクラスII対立遺伝子の10以上について予測親和性が上位20％内にランクされるペプチドを、合成及び更なる分析のために選択した。総数(表１を参照)で133の異なるタンパク質を分析し、合計1411の予測された無差別結合体を合成した(タンパク質あたり平均10.6ペプチドに相当)。平均で、各アレルゲン源につき約50ペプチド(３〜229の範囲)を作製した(合成したペプチドのリストを表５に提供する；配列番号1〜1,411)。
【０２１３】
[0213]  上記のとおり抽出物で刺激した短期細胞株を、対応するアレルゲンのタンパク質に由来する15〜20ペプチドのプールを用いて試験した後、陽性プールのデコンボリューション解析(11)により個々のエピトープを同定した。本実験に利用したペプチド用量は、20ペプチドのプール(当初の個々のペプチドストックは100％ DMSO中40mg/mlである)について、当該アッセイで毒性となる総プールDMSO濃度(0.25〜0.5％)に達することなく達成可能な各個ペプチドの最高最終濃度は４〜５μg/mlであるという事実に基づいて選択した。単一ペプチド刺激を用いる実験には10μg/mlの用量を使用した。これは、他の系での本発明者らの経験と一致し(例えば、11、17、21、31、33、38を参照)、ヒトクラスII制限Ｔ細胞の刺激に関する文献で通常使用される用量でもある。
【０２１４】
[0214]  取り組むべき更なる問題は、異なるエピトープが培養６日目に、培養14日目に匹敵して認識されるかどうかである。この問題に取り組むため、アルテルナリア属菌の系で同定されたエピトープのパターンを、２人の代表的ドナー(D00095及びD00107)について比較した。図２に示すデータは、６日目に同定したエピトープが14日目にはどのように同定されるかを説明する。加えて、14日目でより強いシグナルが得られたことから、６日目に見られなかった更なるペプチドが14日目の時点で現れる。
【０２１５】
[0215]  異なるリンホカインは異なって産生・調節される(39)。しかし、本発明者らの経験では、IL-5産生細胞により認識されるエピトープは、IL-4/IL-13産生細胞により認識されるものと本質的に同じである。更に、IL-5産生細胞及びIL-4/IL-13産生細胞は広く重複している。したがって、本研究は、Th2系統の代表的リンホカインとしてIL-5に焦点を当てた。理論的根拠を説明するため、図３に、代表的ドナーにおいて、アルテルナリア属菌ペプチド及びライグラスペプチドに応答したIL-4産生細胞、IL-5産生細胞及びIL-13産生細胞の分析をまとめる。これらデータは、実際、IL-5産生細胞が認識するエピトープは、IL-4/IL-13産生細胞が認識するものと同じであることを証明している。更に、このデータは、IL-5産生細胞及びIL-4/IL-13産生細胞が広く重複していること、及び３つ全てのリンホカインを測定することで得られるものはほとんどないことを証明している。よって、３つ全てのリンホカインを別々に測定することは明らかに興味深いが、そのような測定は、実質的に２倍の細胞数が必要となるため、調べるアレルゲンの数の多さ及び本研究で使用するアッセイストラテジの比較的高いスループット性質と容易に適合しない
【０２１６】
[0216]  問題のアレルゲンに対する皮膚試験が陽性であるドナーからのPBMCを、種々の対応するアレルゲン抽出物でインビトロにて再刺激した。アレルゲン抽出物による刺激は、ほとんどのドナーで効果的であった(全供給源にわたる平均で全体の94％；異なる抽出物について67〜100％の範囲；表６)。抽出物で刺激したこれら短期細胞株を、対応するアレルゲンのタンパク質に由来する15〜20ペプチドのプールを用いて試験した後、個々のエピトープを陽性プールのデコンボリューション解析(11)により同定した。各アレルゲン源について、本発明者らは、対応するアレルゲンに対する皮膚試験で決定した少なくとも10の異なるアレルギードナー(10〜15人の範囲、平均11人)由来のPBMCを、IFN-γ及びIL-5を検出する標準の二重ELISPOTアッセイで試験した。
【０２１７】
[0217]  このドナー数は限定的と考えられるが、この数はドナー集団において最も頻繁に認識されるエピトープの同定を可能にするように選択された(候補のエピトープを選択するために使用した無差別HLA結合原理と一致するものである)。検出力計算によれば、10人のアレルギードナーにおける応答を調べることで、一般集団中の15％以上のアレルギー個体で認識される全てのエピトープの80％が同定される(二項分布と仮定)。同様に、アレルギー集団の40％で認識される全てのエピトープの95％は、本発明者らの研究において２人以上の個体が応答すると予測される。これは、同じ実験計画を利用し、最も優勢な応答を特徴付けるために多数のアレルゲン源を並列に調べなければならなかったこの研究の射程と一致するものである。
【０２１８】
[0218]  総数322のペプチドが少なくとも１人のドナーで陽性であった。各個ペプチドのELISPOT結果を表７に示す(配列番号1,412〜1,906)。予測されたペプチドが高率(322/1405＝22.9％)で抗原性であると判明したことは、無差別HLAクラスII結合の予測に基づくアプローチの検出能力を証明している。幾つかのエピトープは、アレルゲンアイソフォーム又は同一アレルゲンタンパク質に由来し、大きな重複領域をカバーしていたので、高度に相同であった。冗長性の除去及び大きな重複領域の整理後、合計289の独特なエピトープ(257の別個の抗原領域に対応)を同定した(表１)。
【０２１９】
実施例３
[0219]  本実施例は、同定したアレルゲンエピトープの説明を含む。
【０２２０】
[220]  同定した257の抗原領域の配列をIEDB(www.iedb.org；(23))中の既知ヒトクラスII/CD4エピトープと比較した。本明細書に記載のスクリーニングで得られたものに匹敵する特性を有するデータセットを得るため、IEDBにおいて、エキソビボにて又は短期細胞株を利用してヒト宿主で規定され、CD4/クラスII制限がアッセイ法に基づいて証明又は推論できた全てのエピトープについて質問した。この分析により、同定したエピトープのどの程度が新規であり又は以前に挙げられているかを決定した。
【０２２１】
[0221]  全体で、調べた28のアレルゲン源の25についてエピトープを同定した。14のアレルゲン源については、当該アレルゲンに関して同定したエピトープのいずれについても上記基準を満足するエピトープは、IEBD中に見出せなかった(表2A)。対照的に、そして予測されたように、以前に調べられており、より広範に研究されている11の他のアレルゲン源の場合、同定したエピトープの多くが、アレルギー患者において抗原性であると報告されている領域にマッピングされた(表2B)。にもかかわらず、この場合、同定したエピトープの84％が以前に報告されたものではなかった。
【０２２２】
[0222]  逆に、IEDBで既に管理されており、本研究で再び同定されたエピトープは、僅か38％であった。これは、この予測アプローチが最も優勢で一般的に認識されるエピトープを同定すると見積もったオオアワガエリの研究で得られた結果(Ｔ細胞応答全体の約50％に相当)と一致している(3)。よって、この章で示した分析は、本研究で同定した多数のエピトープの新規性質を強調するものである。
【０２２３】
実施例４
[0223]  本実施例は、種々のアレルゲン源に応じた同定エピトープの分布の分析を含む。
【０２２４】
[0224]  上記のとおり、アレルゲン抽出物刺激は、ドナーの95％で効果的であった。しかし、比較的多数のエピトープが同定された場合もある一方、スクリーニングでエピトープが明らかにならなかったか又は極僅かにしか明らかにならなかった場合もある。この変動を定量的に表現するため、各アレルゲン源について、エピトープ特異的IL-5及びIFNγ応答全体の、対応する粗アレルゲン抽出物に対して観察された応答全体に対する比を計算した(表３)。
【０２２５】
[0225]  16の場合で、ペプチド特異的応答は、抽出物に対して検出された応答の15％以上に相当する一方、12の場合ではペプチド応答の合計はこの任意の閾値より少なかった。実際、ペプチド応答全体がより大きい16のアレルゲン源は、同定した257のエピトープ領域のうちの230(89％)を占め、２人以上のドナーが認識する81領域の74(91％)を占めた(表７も参照、配列番号1,412〜1,906)。
【０２２６】
[0226]  IUISデータベースに記載され、本分析に利用した既知のアレルゲンタンパク質の数を注意深く調べる(表３)と、調べたペプチドに帰することができる抽出物応答の割合と入手可能な代表的タンパク質配列の数との間の相関が明らかになった。換言すれば、同定したＴ細胞エピトープセットが抽出物応答の僅かしか占めない供給源は、エピトープが抽出物応答の大きな割合を占めている供給源と比較して(メジアン  ５タンパク質配列)、代表するタンパク質配列が少なかった(メジアン1.5)(RS＝0.49；p＝0.01)。この結果は、「エピトープカバー率が低い」アレルゲン源の場合、抗原性Ｔ細胞標的の数は非常に限られており、応答の複雑性を捕捉できないことを示唆する。よって、これら供給源については追加のアレルゲンが存在しそうである。
【０２２７】
[0227]  しかし、この傾向の例外にも留意した。例えば、ホワイトオークの場合、僅かに１つのタンパク質がIUISに示されていた。しかし、この１つのタンパク質に由来するペプチドは、抽出物応答のほぼ50％を占めた。抽出物応答のかなりの割合(21〜47％)がほんの僅かなタンパク質に関係する他の例にも気付いた。実際、表３に示すとおり、抽出物応答の＞15％が抗原特異的ペプチドプールを用いて同定された16アレルゲンのうち５つについては、僅か１つ又は２つのタンパク質が研究に利用可能であった。このデータは、これらアレルゲン源について、主要なＴ細胞エピトープが限られた数のタンパク質に由来することを示唆している。逆に、注目すべきことに、多くのタンパク質が走査された幾つかの生物(例えばアスペルギルス属菌(n=23))については、エピトープを有することが判明したのは僅かであった(n=1)。最後に、幾つかの場合(例えば、アメリカゴキブリ)では、エピトープの少なさは、皮膚試験反応性が低いことで判定されるように、本研究で調べた特定の患者集団の感作が弱いレベルであることを反映している可能性がある。
【０２２８】
実施例５
[0228]  本実施例は優性エピトープの無差別制限の説明を含む。
【０２２９】
[0229]  次の一連の研究では、２人以上のドナーで認識され、(ペプチド特異的応答が抽出物で検出された応答の15％以上を占める)16のアレルゲン源に由来する74のエピトープ領域に焦点を当てた。表４に列挙した、より優勢なこれらエピトープ領域は、16の異なるアレルゲン源から同定したエピトープ領域の全てに対して検出されたSFC応答全体の70％を占めた。
【０２３０】
[0230]  これら領域に関係する15マーペプチドの各個を、世界的に最も一般的な対立遺伝子バリアント(24-26)を代表する35の異なるDR、DP及びDQ分子のパネル(予測パネルを含んでなる20分子を全て含む)への結合能力について試験した。エピトープの73％が、試験した分子の50％以上に、1000nMの親和性又はより良好な親和性で結合することが判明した(図４；各ペプチドについての結合データを表８に示す。配列番号1,907〜2,008)。対照的に、P. pratense 1、2、3、4、5、6、7、11、12及び13の花粉抗原の全体配列にわたって10残基がオーバーラップする425の不偏で非冗長の15マーペプチドからなるコントロールパネルセットでは、僅かに17％が同じ分子の50％以上に結合した。本明細書で試験したアレルゲン由来ペプチドは、予測された無差別HLAクラスII結合能に基づいて選択されたので、全体として、このデータは、無差別結合性ペプチドの同定のための予測アプローチの妥当性を支持するものである。
【０２３１】
[0231]  採用した予測アプローチ及び上記データに基づいて、多様なHLA対立遺伝子バリアントセットは、Ｔ細胞応答を同定エピトープに制限していると予想された。この問題に実験的に取り組むため、より頻繁に認識されるエピトープのHLA遺伝子座制限を、DR-、DP-及びDQ特異的抗体を使用する阻害実験により決定した。遺伝子座制限は、合計65の抗原領域について決定できた(表４)。残る組合せ(約３分の１)では、細胞の不足、低い応答に起因して、又は(おそらくは個々のドナーレベルでの無差別な遺伝子座制限を反映して)遺伝子座特異的mAbによって50％阻害を達成できなかったので、遺伝子座制限を決定できなかった。
【０２３２】
[0232]  約３分の１(21/65；32.3％)で複数の制限遺伝子座が観察された。更に、単一の遺伝子座が複数のドナーで特異的エピトープを制限していると抗体阻害実験で示された17例のうちの10(59％)では、インビトロで該エピトープに結合することができる対立遺伝子バリアントは１つとして、応答性ドナーの全員に共有されるものではなかった。よって、遺伝子座内無差別制限もまた示唆される。全体として、本章に示したデータによって、同定した、より一般的で優性なエピトープの無差別制限が強調される。
【０２３３】
実施例６
[0233]  本実施例は、異なるアレルゲン源に対するＴ細胞応答が異なって二極化されることを示す研究の説明を含む。
【０２３４】
[0234]  本明細書に記載するように、種々のアレルゲン源についてのエピトープ特異的応答を、IL-5及びIFN-γの両方についてのELISPOTアッセイを用いて測定した。これらリンホカインは、それぞれプロトタイプのTh2応答及びTh1応答として選択した。次に、アレルゲン源の各々について、これら２つのリンホカインの各々に帰せられる応答の相対的比率を調べた。予想どおり、全体的に、およそ２:１の比でIL-5産生がIFN-g産生を上回った。しかし、興味深いことに、個々のアレルゲン源に関して異なるパターンに気付いた(図５)。幾つかの場合(例えば、カモガヤ、アルテルナリア属、イトスギ属及びオカヒジキ)では、IL-5産生がIFN-g産生を５〜10倍上回った。他の場合(例えば、アスペルギルス属、ペニシリウム属及びハンノキ属)では、逆に、IFN-g産生がIL-5産生を３〜10倍以上上回ることに気付いた。この結果により、アレルゲン源が異なることは、応答性Ｔ細胞サブセットの二極化の程度が異なることと関係することが示唆される。示差的二極化が皮膚試験応答と相関しており、その結果、晩期皮膚応答はTh1型アレルゲン/エピトープと、より頻繁に結びつけられるという仮説を立てた。しかし、データの精査により、認識できる傾向はないことが明らかとなった(図５)。
【０２３５】
[0235]  同様に、観察された二極化は、アレルゲン抽出物が異なればLPS含量レベルが異なることに起因するとの仮説を立てた。種々の抽出物のLPS含量を測定すると(図５に埋め込まれた表を参照)、LPS含量と観察されたTh1/Th2傾斜との間に相関はなかった(IFNγ、IL-5及びIFNγ/IL-5比についてそれぞれr=0.14、-0.16及び-0.16)。
【０２３６】
[0236]  顕著なことに、個々のドナーにおいてでさえ、アレルゲン源が異なれば、それに対する応答も異なって二極化し得、或るアレルゲンに対してはTh1応答が支配的となり、別のアレルゲンに対してはTh2応答が支配的となることがあった。このような例を図６に示す。図６は、(それぞれTh1分極及びTh2分極に関係するアレルゲンである)ハンノキ属樹木及びアルテルナリア属腐朽菌に由来するエピトープに応答するドナーで観察されたＴ細胞応答を示す。示されるように、ハンノキ属樹木アレルゲン(Aln g)に対するこのドナーの応答は完全にTh1型であった一方、アルテルナリア属菌アレルゲン(Alt a)に対する応答は完全にTh2型であった。
【０２３７】
実施例７
[0237]  本実施例は、本発明のタンパク質及びペプチドの、特にアレルギーの処置についてのインビボ効力を決定する方法の説明を含む。
【０２３８】
[0238]  本発明のタンパク質及びペプチドを、アレルギーの処置における効力についてマウスモデルにおいて評価する。６群のBALB/cJ又はHLAトランスジェニックマウスを、1.5マイクログラム(25μL中)の各々の全体アレルゲンを２週間にわたって５×２日間鼻内に繰返し投薬することで感作させる。これは、各々の全体アレルゲンにより引き起こされるアレルギー性喘息の研究用モデル系として役立つ。
【０２３９】
[0239]  次いで、感作マウスを１週間放置した後、本発明のペプチドで処置する。この処置は、５日間毎日の、アレルゲンペプチドの鼻内送達に続く30分後のアレルゲンペプチドの鼻内送達を含んでなる。約４週間後、マウスに各々の全アレルゲンを２日間チャレンジし(２×15μg/25μL鼻内)、結果を48時間後に測定する。５用量のアレルゲンペプチドを評価する(10、１、0.1、0.01及び0.001μg/ペプチド)。適切な対照実験を行う。
【０２４０】
[0240]  測定結果は、メタコリン肺チャレンジ後気管支気道抵抗(cm H20/mL/s)(呼吸機能の尺度)及び肺胞洗浄(BAL)液中の炎症性細胞の量である。
【０２４１】
[0241]  気道抵抗の測定には、各々の全体アレルゲンでの２日間にわたる鼻内チャレンジ(２×15μg)の48時間後に、鼻内生理食塩水及び漸増用量の静脈内メタコリン(MCh)に応答した総呼吸系抵抗(Rrs)を、Flexiventげっ歯動物用人工呼吸器を用いて測定する。得られるRrs-MCh用量応答曲線を用いて、気道反応性の指数(Slope Rrs)及び25MCh mg/mLでの最大気管支収縮度(Max Rrs @ 25 mg/mL)を測定する。値は平均±SEである。
【０２４２】
[0242]  炎症性細胞の定量には、肺胞洗浄液(BALF)を炎症性細胞の総数及び差分数について評価する。肺組織の切片をヘマトキシリン及びエオシン(H&E)で染色し、カスタムコンピュータ化分析システム(Northern Eclipse)を用いて形態計測学的に定量する。
【０２４３】
実施例８
[0243]  本実施例は、アレルギーの処置についての本発明のタンパク質及びペプチドの臨床試験プロトコルの説明を含む。
【０２４４】
[0244]  本発明のタンパク質及びペプチドを、無作為のプラシーボ対照ブラインド臨床検査でアレルギー症状低下の効力について分析する。この臨床試験の研究計画は、GCP指針に従うものである。
【０２４５】
[0245]  全対象者について、各々のアレルゲンに対するベースライン皮膚応答を、本研究の薬剤適用の６〜８日前の間にベースラインチャレンジにより確認する。0.010 HEP(ヒスタミン等価穿刺)単位の市販標準アレルゲンを、左右の前腕のそれぞれの掌側表面に皮内注射にて30分間隔で２回投与する。対象者を評価して、該対象者が各々の全体アレルゲンに対して晩期皮膚応答(LPSR)を経験することを保証する。ベースライン反応の大きさを以下のとおり記録する：
【０２４６】
[0246]  各注射の８時間後、晩期応答(あれば)の輪郭をボールペンで皮膚上に描く。各応答について最長直径及びそれと直交する直径を測定して記録し、各腕の応答面積を算出する。次に、各対象者の両腕での平均応答面積を算出して、ベースライン反応を得る。適切なベースライン反応を生じた対象者を、投薬群に割り当て、ランダム化して、処置期に進める。
【０２４７】
[0247]  処置期は、各対象者について21日間からなる。この期間、１つの対象者群には、１日目の処置期来診１で、本発明のペプチド(１投薬あたり0.03、0.3、３、12nmolの各ペプチド)又は希釈剤プラシーボを単回皮内注射で与える。８人の対象者からなるコホートに、各用量レベルの処置を施す(６人に本発明のペプチドを投与し、２人にプラシーボを投与する)。皮内群の第１のコホートには、0.03nmolの各ペプチドを混合物で投与し、第２コホート以降にはそれぞれより高い用量レベルで投与する。
【０２４８】
[0248]  皮内注射は左前腕の屈側面に行う。総注射量は全ての注射について60μLである。処置後、対象者を、21日目(±3日)の処置期来診２で全体アレルゲンに対する皮膚応答について再検査する。アレルゲンに対する皮膚応答は、0.010 HEP(ヒスタミン等価穿刺)単位の上記市販標準アレルゲンを皮内投与して８時間後に晩期応答を測定することにより評価する。次いで、各対象者の両腕について平均応答面積を上記のように算出する。
【０２４９】
[0249]  次いで、処置後のこの平均LPSR面積を各対象者についてベースラインLPSR面積と比較する。次に、各コホートの８人全ての患者についてLPSR面積の全体変化を評価する。
【０２５０】
実施例９
[0250]  本実施例はデータの考察を含む。
【０２５１】
[0251]  共通アレルゲンに由来するＴ細胞エピトープの系統的調査の結果を本明細書に開示した。これは、28の異なる共通アレルゲン源を、管理した一律の同じ技術的アプローチを用いて同時に調べた最初の研究であると信じる。このアプローチは、比較的高スループットである分析を可能にしつつ、クラスII制限アレルゲン特異的Ｔ細胞応答全体の大きな割合を依然として捕捉するように設計されており、オオアワガエリ(3)及びドイツゴキブリ系において妥当性が示されている。このアプローチは、DR、DP及びDQ遺伝子座で最も一般的なHLAクラスII対立遺伝子バリアントを代表するように選択されたHLA分子のパネルに結合する可能性が最も高いペプチドの予測に基づく。
【０２５２】
[0252]  各ペプチドを、各アレルゲン源に対して特異的にアレルギー性である少なくとも10人のドナーで試験した。このドナー数は、広範で多様なアレルゲン源セットについてのスクリーニングを可能にすると同時に、より優勢でより頻繁に認識されるエピトープを同定するに適切であると論理的に判断される。予測されたペプチドのほぼ４分の１(322/1405＝22.9％)が、試験したトナーの少なくとも１人で陽性であった。よって、本アプローチの妥当性が更に示され、ヒト吸入及び接触アレルゲン(真菌、樹木、イネ科草本、ウィードび動物アレルゲンを含む)に対する広範な適用可能性が示される。
【０２５３】
[0253]  この観察の有意義性は、これら新たに同定されたエピトープと、以前に同定され、科学文献に記載され、又はIEDBで管理されているエピトープとの比較によって強調される(23, 27)。14のアレルゲン源については、本明細書に記載されたエピトープのいずれかとオーバーラップするヒトクラスII/CD4エピトープは、IEDBに見出せなかった。より広範に調べた、11の他のアレルゲン源については、同定したエピトープの84％とオーバーラップするヒトクラスII/CD4エピトープはIEDBに見出せなかった。対照的に、データを分析して、IEDBに含まれ且つ本研究の過程で再同定されたエピトープの割合を調べると、平均で、既知エピトープの38％が再同定されたことが判明した。このことは、この予測アプローチが最も優勢で一般的に認識されるエピトープ(Ｔ細胞応答全体の約50％に対応)を同定すると推定した上記のオオアワガエリ及びドイツゴキブリの研究と一致する。
【０２５４】
[0254]  最も頻繁に認識されるエピトープを、35の異なるHLAクラスII分子のパネルへのHLA結合能力に関して特徴付けた。このパネルは、一般集団において、HLAクラスII DR、DP及びDQ遺伝子座で最も一般的な対立遺伝子バリアントを代表するように選択した(24-26)。このデータは適切である。なぜならば、種々の一般的HLAクラスIIバリアントに対する定量的結合データは、民族性が異なる患者集団において種々のエピトープによるカバー率の見込みを推定するために使用できる(26, 28, 29)からである。HLAクラスIIを制限する遺伝子座を抗体阻害実験で決定する実験で、制限の問題に取り組んだ。エピトープの約３分の１が複数の遺伝子座により制限されていることが判明した。更に、残るエピトープの少なくとも60％は、所与の遺伝子座で複数の対立遺伝子バリアントにより制限されていると見積もられる。これら結果は、予測された無差別結合が候補エピトープを特定する選択基準として利用された事実を考えれば、予想外なことではない。にもかかわらず、これら観察は、HLAクラスIIアレルゲン特異的Ｔ細胞応答に関して、無差別なエピトープ認識の関連性を強調する。
【０２５５】
[0255]  本比較調査の注目すべき結果は、同定したエピトープが所与のアレルゲン源に対する応答の不定量を占めており、更に、この割合が当該供給源について記載されている異なるアレルゲンタンパク質の数と相関していることである。よって、このデータは、Ｔ細胞レベルで、アレルギー応答が比較的多数の抗原を標的することを示唆する。如何なる特定の理論にも制限されないが、将来の実験は、この観察が、１つ又は数個の特異配列しか報告されていないアレルゲン源について、IgEにより認識される未同定の更なるアレルゲンの存在を反映するものかどうかに取り組むものになる可能性がある。或いは、これは、Ｔ細胞及びIgE応答の標的間の不完全なオーバーラップを反映しているかもしれない。
【０２５６】
[0256]  IL-5レベルとIgEとの間の相関関係を示す研究(47)もあれば、そうでない研究(48)もある。よって、IgE又は膨疹応答は、Th2(すなわちIL-5)応答に関連しているかもしれないし、していないかもしれない。本発明者らの研究では、これらは、調べたアレルゲンに依存しているように見える。また、異なるアレルゲン源は、少なくともIL-5(Th2)又はIFN-γ(Th1)産生で判断したとき、Th1/Th2平衡に関して異なって二極化する応答パターンを惹起するようであることも観察された。顕著なことに、個々のドナーにおいてさえも、異なるアレルゲンに対する応答は異なって二極化し、或るアレルゲンに対する応答はTh1応答が支配的であり、別のアレルゲンに対する応答はTh2応答が支配的であり得る。
【０２５７】
[0257]  類似の現象が、花粉抽出物での再刺激後のオオアワガエリの系(11)において異なるアレルゲンタンパク質で観察された。使用した種々の抽出物LPS含量と、関連するTh1/Th2平衡との比較により、相関関係がないことが明らかとなった。このことは、観察された二極化の違いが抗原特異的であり、当該種々の抽出物中のLPS含量の違いに起因するものでないことを示唆する。この効果の分子的基礎は、現時点で不明であるが、花粉及び抽出物中の異なるアレルゲンの相対的濃度及び接近可能性の差、それらのプロセシング及び提示の差、場合によっては各アレルゲンと関係する別の同時刺激性シグナルの存在を反映しているのかもしれない(ただし、如何なる特定の理論にも制限されない)。この機序の研究は、Th応答のリンホカイン平衡、したがって場合によってはIgE力価に関する応答結果に影響を及ぼすか又はこれを変更する道筋を示唆する可能性がある。
【０２５８】
[0258]  本明細書において同定したエピトープは、幾つかの点で有用である。第１に、本発明のエピトープは、アレルギー反応と関連するＴ細胞応答の特徴付け(季節性に応じた、SIT処置の結果として、又は様々な疾患重篤度(喘息 対 鼻炎)に応じた反応性Ｔ細胞表現型/Ｔ細胞可塑性の変化の特徴決定を含む)に使用し得る。第２に、本発明のＴ細胞エピトープは、IgEに結合することができるアレルゲン全体の投与に関連するリスクなしでＴ細胞応答を標的し得、よってリスクが少なくより安全な可能性がある免疫療法のSIT処置を開発するために使用することができる。
【０２５９】
【表１】
2015509487.tif 000003
【０２６０】
【表２】
2015509487.tif 000004
【０２６１】
【表３】
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【０２６２】
【表４−１】
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【表４−２】
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【０２６３】
【表５−１】
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【表５−２】
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【表５−３】
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【表５−４】
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【表５−５】
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【表５−６】
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【表５−７】
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【表５−８】
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【表５−９】
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【表５−１０】
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【表５−１１】
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【表５−１２】
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【表５−１３】
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【表５−１４】
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【表５−１５】
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【表５−１６】
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【表５−１７】
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【表５−１８】
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【表５−１９】
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【表５−２０】
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【表５−２１】
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【表５−２２】
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【表５−２３】
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【表５−２４】
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【表５−２５】
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【表５−２６】
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【表５−２７】
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【表５−２８】
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【表５−２９】
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【表５−３０】
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【表５−３１】
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【表５−３２】
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【表５−３３】
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【表５−３４】
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【表５−３５】
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【表５−３６】
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【表５−３７】
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【表５−３８】
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【表５−３９】
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【表５−４０】
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【表５−４１】
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【表５−４２】
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【表５−４３】
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【表５−４４】
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【表５−４５】
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【表５−４６】
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【表５−４７】
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【表５−４８】
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【表５−４９】
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【表５−５０】
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【表５−５１】
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【表５−５２】
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【表５−５３】
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【０２６４】
【表６−１】
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【表６−２】
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【表６−３】
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【表６−４】
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【表６−５】
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【表６−６】
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【表６−７】
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【表６−８】
2015509487.tif 000068
【表６−９】
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【０２６５】
【表７−１】
2015509487.tif 000070
【表７−２】
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【表７−３】
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【表７−４】
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【表７−５】
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【表７−６】
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【表７−７】
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【表７−８】
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【表７−９】
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【表７−１０】
2015509487.tif 000079
【表７−１１】
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【表７−１２】
2015509487.tif 000081
【表７−１３】
2015509487.tif 000082
【表７−１４】
2015509487.tif 000083
【表７−１５】
2015509487.tif 000084
【表７−１６】
2015509487.tif 000085
【０２６６】
【表８−１】
2015509487.tif 000086
【表８−２】
2015509487.tif 000087
【表８−３】
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【表８−４】
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【表８−５】
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【表８−６】
2015509487.tif 000091
【表８−７】
2015509487.tif 000092
【表８−８】
2015509487.tif 000093
【表８−９】
2015509487.tif 000094
【表８−１０】
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【表８−１１】
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【表８−１２】
2015509487.tif 000097
【０２６７】
参考文献
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【図１】
2015509487.tif 000098
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成26年10月8日(2014.10.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体を含んでなるか、前記配列、バリアント若しくは誘導体からなるか又は前記配列、バリアント若しくは誘導体から本質的になるタンパク質又はペプチド。
【請求項２】
バリアントが：
ａ．30アミノ酸長までの、表７に示されるアミノ酸配列(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)を含んでなるペプチド；又は
ｂ．７〜30アミノ酸長のペプチドであって、少なくとも７連続アミノ酸が表７に示されるアミノ酸配列(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)の少なくとも７連続アミノ酸と少なくとも75％の同一性を有するペプチド
である、請求項１に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項３】
タンパク質又はペプチドが、表７に示されるAlt a 6(配列番号1455)、Asp f 1(配列番号1466)、Fel d 1 1(配列番号1531、1532、1533、1534、1535、1536、1537、1538)、Fel d 1 2(配列番号1539、1540、1541、1542、1543、1544、1545、1546、1547、1548、1549、1550、1551)、Can f 3(配列番号1557)、Der f 1(配列番号1562、1563、1564、1565)、Der f 2(配列番号1587)、Der p1(配列番号1591、1593、1594、1595、1596、1597、1598、1599、1600、1601、1602、1603)、Der p 2(配列番号1608)、Aln g 1(配列番号1653、1654、1655)、Bet v 1(配列番号1656、1657、1658、1659、1660、1661、1662、1663、1664)、Bet v 2(配列番号1665)、Cha o 1(配列番号1678、1679、1680、1681、1682、1683、1684)、Cup a 1(配列番号1689、1691、1692)、Cup s 1(配列番号1700、1701)、Jun o 4(配列番号1710)、Ant o 1(配列番号1743)、Lol p 1(配列番号1765、1766、1767、1768)、Lol p 11(配列番号1770)、Lol p 5 1(配列番号1793、1794、1795、1796、1797、1798、1802、1803、1804、1805、1807、1808、1809、1811、1812)、Lol p 5 2(配列番号1815、1816、1817、1818、1819)、Pha a 1(配列番号1824)、Pha a 5(配列番号1831、1833、1836)、Poa p 1(配列番号1842、1844)、Poa p 5(配列番号1845、1846、1847、1848、1849、1850、1851、1852、1853、1854、1855、1856、1859、1860、1861、1862、1863、1864、1865、1866、1867、1868、1869、1870)又はAmb t 5(配列番号1881)の配列のいずれかからなるものではない請求項１又は２に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項４】
タンパク質又はペプチドがイエチリダニアレルゲンに由来する請求項１又は２又は３に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項５】
アミノ酸配列、そのバリアント又は誘導体が
(ｉ)抗アレルゲン免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させるか、
(ii)抗アレルゲン免疫応答を減少させ、阻害し、抑制し又は低下させるか、
(iii)Ｔ細胞応答又はIgE抗体の産生を減少させ、阻害し、抑制し又は低下させるか、
(iv)リンホカインの産生を減少させ、阻害し、抑制し又は低下させるか、
(ｖ)Th2免疫応答をモジュレートするか、
(vi)対象者をアレルゲンに対して脱感作させ、又はアレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を改善し、増大させ若しくは誘導するか、或いは
(vii)IL-5(インターロイキン-5)、IL-4(インターロイキン-4)、IL-10(インターロイキン-10)、IL-13(インターロイキン-13)、IL-17(インターロイキン-17)又はIFN-γ(インターフェロン-γ)の産生をモジュレートする
請求項１〜４のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項６】
アレルゲン又は抗原が、ハンノキ属、アルテルナリア属腐朽菌、アメリカゴキブリ、チリダニ、トネリコ属、アスペルギルス・フミガタス、ギョウギシバ、カバノキ属、クロクルミ、カナリークサヨシ、ネコ、クラドスポリウム・ハーバルム、イタリアイトスギ、イトスギ属、ヤシ、イヌ、ヘラオオバコ、オオブタクサ、ヒノキ、ナガハグサ、ホソムギ、モグサ、カモガヤ、ペニシリウム・クリソゲナム、ケードネズ、オカヒジキ、ライグラス、ハルガヤ、ブタクサモドキ若しくはホワイトオークに由来するか又はこれらにより産生される請求項１〜５のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項７】
アミノ酸配列が約５〜10、10〜15、15〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、45〜50、50〜60、60〜70、70〜80、90〜100、100〜125、125〜150、150〜175、175〜200、200〜250、250〜300アミノ酸残基の範囲内の長さ又はより長いアミノ酸残基長を有する請求項１〜６のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを含んでなる組成物。
【請求項９】
更に医薬的に許容されるキャリア、希釈剤又は賦形剤を含んでなる請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
医薬に使用するための請求項１〜７のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１１】
前記使用が、前記ペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲンに対する細胞の免疫活性をモジュレートすることを含んでなる請求項１０に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１２】
前記使用が、対象者をタンパク質若しくはペプチドアレルゲンに対して脱感作させるか、又は対象者によるタンパク質若しくはペプチドアレルゲンの寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは改善することを含んでなる請求項１０又は１１に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１３】
前記使用が、細胞を前記タンパク質若しくはペプチドと複数回接触させるか、又は前記タンパク質若しくはペプチドを対象者に複数回投与することを含んでなる請求項１０〜１２のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１４】
ｉ．対象者からの細胞を請求項１〜７のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドと接触させ；そして
ii．タンパク質又はペプチドが接触細胞からの免疫応答又は活性をモジュレートするかどうかを決定する
ことを含んでなり、タンパク質又はペプチドが接触細胞からの免疫応答又は活性をモジュレートするとの決定は、アレルギー応答を検出するか、又は対象者がアレルギー応答又はアレルギーを有することを示す、対象者においてアレルギー応答を検出するかアレルギーを診断する方法。
【請求項１５】
Ａ)以下：
ｉ)１以上の表５(出現順にそれぞれ配列番号１〜1,411)、表７(出現順にそれぞれ配列番号1,412〜1,906)若しくは表８(出現順にそれぞれ配列番号1,907〜2,008)に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体、或いは
ii)１以上の請求項１〜７のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド
を含んでなる区画；及び
Ｂ)以下：
iii)アレルゲンに対する細胞の免疫応答又は活性をモジュレートすること；
iv)対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートすること；
ｖ)タンパク質又はペプチドアレルゲンに対して脱感作させるか、又はタンパク質若しくはペプチドアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは改善すること；
vi)アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患のリスクを低下させるか、又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供すること；
vii)アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー性疾患を処置すること；或いは
viii)対象者におけるアレルギー応答を検出するか又はアレルギーを診断すること
のいずれかでの使用のための指示書
を含んでなるキット。
【国際調査報告】
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2015509487.tif 000105
2015509487.tif 000106