(57)【要約】  本明細書で提供するのは、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を特定するための方法であって、癌患者から腫瘍試料を入手することと;該試料中の精巣特異的Yコード様タンパク質5(TSPYL5)発現の存在を検出することと;該試料におけるTSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、TSPYL5の定義した発現基準と比較して高いレベルのTSPYL5発現が、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性と相関する);この相関を適用して、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を特定することとを含む前記方法である。提供するのはまた、HDAC阻害剤療法に対するポジティブな臨床応答の高い可能性を有する癌患者を特定する方法であって、該癌患者から腫瘍試料を入手することと;前記試料中の精巣特異的Yコード様タンパク質5(TSPYL5)発現の存在を検出することと;前記試料における前記TSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、TSPYL5の定義した発現基準と比較して低いレベルのTSPYL5発現が、前記HDAC阻害剤療法に対するポジティブな臨床応答の高い可能性を有する前記癌患者を特定する)を含む前記方法である。関連する方法及び組成物も提供する。【選択図】図3
2015534638.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を特定するための方法であって、
癌患者から腫瘍試料を入手することと;
前記試料中の精巣特異的Yコード様タンパク質5(TSPYL5)発現の存在を検出することと;
前記試料における前記TSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、TSPYL5の定義した発現基準と比較して高いレベルのTSPYL5発現が、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性と相関する);
前記相関を適用して、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある前記癌患者を特定することとを含む前記方法。
【請求項２】
HDAC阻害剤療法に対するポジティブな臨床応答の高い可能性を有する癌患者を特定する方法であって、
該癌患者から腫瘍試料を入手することと;
前記試料中の精巣特異的Yコード様タンパク質5(TSPYL5)発現の存在を検出することと;
前記試料における前記TSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、TSPYL5の定義した発現基準と比較して低いレベルのTSPYL5発現が、前記HDAC阻害剤療法に対するポジティブな臨床応答の高い可能性を有する前記癌患者を特定する)を含む前記方法。
【請求項３】
前記特定を医療供給者に伝達することをさらに含む、請求項1又は2記載の方法。
【請求項４】
前記伝達が、前記癌患者のためのその後の治療選択を通知する、請求項3記載の方法。
【請求項５】
HDAC阻害剤療法について、前記癌患者を選択することをさらに含む、請求項2記載の方法。
【請求項６】
前記HDAC阻害剤が、ロミデプシン、パノビノスタット、ボリノスタット、及びエンチノスタットからなる群から選択される、請求項5記載の方法。
【請求項７】
前記HDAC阻害剤が、ロミデプシンである、請求項6記載の方法。
【請求項８】
治療有効量の前記HDAC阻害剤を投与することをさらに含む、請求項2記載の方法。
【請求項９】
前記HDAC阻害剤が、ロミデプシン、パノビノスタット、ボリノスタット、及びエンチノスタットからなる群から選択される、請求項8記載の方法。
【請求項１０】
前記HDAC阻害剤が、ロミデプシンである、請求項9記載の方法。
【請求項１１】
HDAC阻害剤療法を開始することをさらに含む、請求項2記載の方法。
【請求項１２】
前記HDAC阻害剤療法が、ロミデプシン、パノビノスタット、ボリノスタット、及びエンチノスタットからなる群から選択されるHDAC阻害剤を含む、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
前記HDAC阻害剤が、ロミデプシンである、請求項12記載の方法。
【請求項１４】
前記TSPYL5発現のレベルが、イムノアッセイを使用してTSPYL5タンパク質の量を測定することによって決定される、請求項1又は2記載の方法。
【請求項１５】
前記イムノアッセイが、免疫-ポリメラーゼ連鎖反応(イムノPCR)である、請求項14記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
(分野)
本発明は概して、個別化医療の分野に、より具体的には、TSPYL5が精巣特異的なY様タンパク質をコードし、ヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)阻害剤を用いる癌治療に対する抵抗性の腫瘍バイオマーカーとして働くという発見に関する。
【背景技術】
【０００２】
(背景)
癌は、アメリカ合衆国及び全世界において、重大な公衆衛生上の問題である。現在、アメリカ合衆国における4人に1人は、癌が原因で死亡する。アメリカがん協会(American Cancer Society)は毎年、当年度にアメリカ合衆国において推測される新規の癌の症例及び死亡数を推定し、また、国立がん研究所(National Cancer Institute)、アメリカ疾病管理予防センター(Centers for Disease Control and Prevention)、及び北米中央がん登録室協議会(North American Association of Central Cancer Registries)からの発生データ及び国立衛生統計センター(National Center for Health Statistics)からの死亡率データに基づいて、癌の発生率、死亡率、及び生存に関する最新のデータを集計している。2011年には、アメリカ合衆国では、合計で1,596,670の新規の癌症例と、癌による571,950人の死亡が発生したと予測された。母集団の高齢化及び新種の癌の発生が、この問題の一因となっている。
【０００３】
治療に対する応答を予測する又は治療に対する応答と相関するであろう遺伝子又は他のマーカーを同定する試みがなされている。2009年には、Nicholas B. La Thangueの研究室が、細胞におけるアポトーシスを誘発するHDAC阻害剤に対する感受性決定因子としての、HR23Bについての役割を明らかにする、ゲノムワイドの機能喪失スクリーニングの結果を公表した(Fotheringhamらの文献、Cancer Cell 15:57 (2009))。この著者らは、続報において、HR23B発現と、HDAC阻害に対する臨床応答との頻繁な一致を示した(Khanらの文献、PNAS 107:6532(2010)。
【０００４】
他の研究は、細胞におけるHDAC阻害剤に対する感受性と相関するマーカーを記載している。Shaoらの文献(Int. J. Cancer 127:2199(2010))は、パノビノスタット治療に対して感受性又は抵抗性である4株を比較し、BCL2の阻害が、パノビノスタット治療に対する抵抗性株の感受性を高めることを発見した。BCL2は、BAXのアポトーシス促進活性を阻害する。また、BAXのノックダウンが、パノビノスタット治療に対する感受性を減じることが判明した。これらの結果は、ロミデプシンによって仲介されるアポトーシス(Peartらの文献、Cancer Research 63:4460(2003))を含めて、BCL2及びBCL-xlの過剰発現が、HDAC阻害剤によって仲介されるアポトーシスを阻害する(Boldenらの文献、Nature Reviews Drug Discovery 5:769(2006))ことを示す先行研究と一致していた。その後の研究は、ロミデプシンが、BCL2を過剰発現しているリンパ腫におけるアポトーシスを、遅い反応速度で誘発することができるが、BCL-xlを過剰発現している細胞におけるアポトーシスは誘発しないことを示した(Newboldらの文献、Mol. Cancer Ther. 7:1066 (2008); WO/2010/047714)。Peartらは、P-糖タンパク質(P-gp)に対する基質としてのロミデプシンを確認し、P-gpを過剰発現している細胞が、この薬物によって誘発されるアポトーシスに抵抗性であることを示した。Scalaも、ロミデプシンが、P-gp基質(Scalaらの文献、Molecular Pharmacology 51:1024(1997))かつマルチドラッグレジスタンスアソシエイティッドプロテイン(Multidrug Resistance Associated Protein 1)(MRP1)に対する基質であることを示したが、細胞におけるロミデプシンに対する獲得抵抗性の主な機構は、P-gpの上方調節であるように思われる(Xiaoらの文献、J Pharmacol and Exp Ther 313:268(2005))。細胞培養アッセイにおいて観察されるP-gp発現とロミデプシン感受性との相関にもかかわらず、P-gp発現と臨床応答との間には、関連性は存在しない(Batesらの文献、Br J Haematol 148:256 (2010))。
【０００５】
様々な研究室が、HDAC阻害剤に対する治療に対する応答と相関する遺伝子発現シグネチャーを確立しようと試みてきた(Stimsonらの文献、Cancer Lett 280:177 (2009))。しかし、これらのシグネチャーは、研究ごとに異なり、研究される腫瘍タイプ及び使用されるHDAC阻害剤に対して特有である可能性が高い。例えば、Yuka Sasakawaらは、ロミデプシンに対する感受性を予測するマーカーを特定しようと試みた(Sasakawaらの文献、Biochem Pharmacol 69:603(2005))。この研究は、腫瘍のロミデプシンに対する感受性及び抵抗性の発現プロファイルを比較し、カスパーゼ9及びMKP-1遺伝子を、ロミデプシン治療に対する感受性を予測するためのマーカー遺伝子と特定した。しかし、これらのマーカーの信頼性は、これらの特定の研究に限定される可能性がある。
【０００６】
米国では、毎年、2000から3000の新しい症例の皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)が発生し、菌状息肉腫(MF)及びセザリー症候群(SS)が、優勢なサブタイプである。MFとSSの両方を有する患者において国立がん研究所(National Cancer Institute)(NCI)によって実施された第I相及びII相試験において、T細胞リンパ腫におけるロミデプシン活性が認められた。(Piekarzらの文献、Blood 103: 4636(2004); Sandorらの文献、Clin Cancer Res 8:718(2002); Marshallらの文献、J Exp Ther Oncol 2:325(2002); Piekarzらの文献、Blood 98:2865(2001); Piekarzらの文献、J. Clinical Oncology 27 (32):5410(2009))。ロミデプシンは、第II相臨床試験において、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)を有する患者における有意かつ永続的な応答を有し、単剤臨床活性を有することが示された(Piekarzらの文献、J. Clinical Oncology 27 (32):5410(2009))。ロミデプシンはまた、難治性CTCLの治療について、有意かつ持続性の単剤活性及び許容し得る安全性プロフィールを有することも示されている(Whittakerらの文献、J Clin Oncol 28:4485-4491(2010))。
【０００７】
精巣特異的Yコード様タンパク質5(Testis-specific Y-encoded-like protein 5)をコードするTSPYL5についてはほとんど公知ではない。TSPYL5は、ヒストンシャペロンとしての役割を果たすヌクレオソーム集合タンパク質ドメイン(NAP-ドメイン)を含有する。TSPYL5は、A549細胞における細胞成長及び放射線に対する抵抗性に関与することが示されている(Kimらの文献、Biochem and Biophys Res Comm 392:448(2010))。TSPYL5は、胃癌(Jungらの文献、Lab Invest 88:153(2008))及び神経膠腫(Kimらの文献、Cancer Res 66:7490(2006))におけるエピジェネティックなサイレンシングの標的であり、USP7との物理的相互作用を介してp53活性を抑制することによって、その機能のいくつかを仲介すると考えられている(Eppingらの文献、Nature Cell Biol 13:102 (2011))。TSPYL5のレベルと、ロミデプシン又は他のHDAC阻害剤での治療に対する感受性との間の関係は公知ではない。
【０００８】
現在、ロミデプシンでの治療を受けている患者は、予測的マーカーの発現に基づいた、治療についての選択を受けない。臨床的結果を改善するために、HDAC阻害剤療法にポジティブに応答する可能性がより高い癌患者を選択する一方でHDAC阻害剤療法に対して抵抗性である可能性がある癌患者を除外することを可能にするバイオマーカーを特定する必要性が存在する。
【発明の概要】
【０００９】
(概要)
本発明の一態様では、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を特定するための方法であって、癌患者から腫瘍試料を入手することと;該試料中の精巣特異的Yコード様タンパク質5(TSPYL5)発現の存在を検出することと;該試料におけるTSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、TSPYL5の定義した発現基準と比較して高いレベルのTSPYL5発現が、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性と相関する);この相関を適用して、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を特定することとを含む前記方法が提供される。
【００１０】
提供されるのはまた、HDAC阻害剤療法に対するポジティブな臨床応答の高い可能性を有する癌患者を特定する方法であって、癌患者から腫瘍試料を入手することと;前記試料中の精巣特異的Yコード様タンパク質5(TSPYL5)発現の存在を検出することと;前記試料におけるTSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、TSPYL5の定義した発現基準と比較して低いレベルのTSPYL5発現が、前記HDAC阻害剤療法に対するポジティブな臨床応答の高い可能性を有する前記癌患者を特定する)を含む前記方法。
【００１１】
いくつかの実施態様では、本明細書で提供する方法は、癌患者の特定を医療供給者に伝達することをさらに含む。さらなる実施態様では、医療供給者への伝達は、癌患者のためのその後の治療選択を通知する。ある種の実施態様では、治療選択は、HDAC阻害剤療法について癌患者を選択すること又は除外することを含む。
【００１２】
さらなる実施態様では、本明細書で提供する方法は、選択された患者に治療有効量のHDAC阻害剤を投与することをさらに含む。さらなる実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシン、パノビノスタット、ボリノスタット、及びエンチノスタットからなる群から選択される。特定の実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
【００１３】
さらなる実施態様では、本明細書で提供する方法は、HDAC阻害剤療法を開始することをさらに含む。さらなる実施態様では、HDAC阻害剤療法は、ロミデプシン、パノビノスタット、ボリノスタット、及びエンチノスタットからなる群から選択されるHDAC阻害剤を含む。特定の実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
【００１４】
提供されるのはまた、HDAC阻害剤が、ロミデプシン、パノビノスタット、ボリノスタット、及びエンチノスタットからなる群から選択される実施態様である。ある種の実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
【００１５】
一層さらなる実施態様では、TSPYL5発現のレベルは、イムノアッセイ、例えば、免疫-ポリメラーゼ連鎖反応(イムノPCR)を使用して、TSPYL5タンパク質の量を測定することによって決定される。
【００１６】
提供されるのはまた、HDAC阻害剤を充填した容器、腫瘍試料中のTSPYL5遺伝子又はタンパク質のレベルを決定するための試薬、及び、癌を有する患者における腫瘍試料中のTSPYL5遺伝子又はタンパク質の発現のレベルを決定するための説明書を含むキットである。
【００１７】
本発明の実施態様は、非限定的な実施態様を例示することを目的とする詳細な説明及び実施例を参照することによって、より十分に理解することができる。
【図面の簡単な説明】
【００１８】
【図１】図1は、薬物処理の6時間及び72時間後の、ロミデプシンの様々な濃度での細胞成長を示す試料データプロットを表す。薬物濃度に対して、成長率をプロットする。両方の治療に対する細胞成長を、CellTiter-Glo(登録商標)を使用して、72時間後に測定した。測定値を、CellTiter-Glo(登録商標)によって測定された実験開始時(d0)の細胞の数に対して標準化した。
【００１９】
【図２】図2Aは、異なる細胞株におけるひげ図としてのロミデプシンS値を示す。ロミデプシン処理に対する細胞株の感受性は、6時間の薬物処理を使用して決定し、S値を使用して表す。値が低いほど、ロミデプシン処理に対する細胞株の感受性が高い。細胞株を、それが由来する組織に従ってグループ化し、各細胞株について、それが由来する組織に対してロミデプシンS値をプロットする。細胞株の感受性は、非常に様々であり、S値は、4〜2000の範囲である。図2Bは、箱ひげ図(最小値(試料最小値)、下側四分位数(Q1)、中央値(Q2)、上側四分位数(Q3)、及び最大値(試料最大値)を示す)を使用する、S値に基づく様々な細胞株における感受性分布を示す。ロミデプシン処理に対する細胞株の感受性は、6時間の薬物処理を使用して決定し、S値を使用して表す。値が低いほど、ロミデプシン処理に対する細胞株の感受性が高い。細胞株を、それが由来する組織に従ってグループ化し、ロミデプシンS値に対して細胞株起源をプロットする。異なる種類の癌細胞株のロミデプシンに対する感受性は、非常に様々である。ここに示す通り、血液細胞株が、最も高い感受性を示す。
【００２０】
【図３】図3は、TSPYL5遺伝子発現と、細胞株スクリーニングにおけるS値との間の相関を示す。TSPYL5の遺伝子発現を、Affymetrix遺伝子プロファイリングアレイを使用して、一連の細胞株において定量化し、そのS値によって測定した通り、ロミデプシン(左プロット)又はパノビノスタット(右プロット)に対する細胞株の感受性に対してプロットした。S値が低いほど、薬物処理に対する感受性が高い。TSPYL5の発現がベースラインを超える細胞株は、高いS値を有する、すなわち、ロミデプシン又はパノビノスタットでの治療に対して抵抗性である。
【００２１】
【図４】図4は、患者の原発腫瘍外植体における、TSPYL5遺伝子発現と、ロミデプシンのIC50値との間の相関を示す。原発腫瘍のロミデプシン抵抗性は、TSPYL5発現と相関する。ヒト原発腫瘍は、マウス内で増殖させた。IC50測定については、異なる濃度のロミデプシンの存在下で、クローン形成アッセイにおいて、腫瘍を分離及び成長させた。グラフは、原発腫瘍のTSPYL5発現を、クローン形成アッセイで決定されたロミデプシンIC50に対してプロットする。高いTSPYL5発現を有する原発腫瘍は、IC50が比較的高い。
【００２２】
【図５】図5は、ロミデプシン治療の、IC50(パネルA)、成長率(GR)(パネルB)、及びS値(パネルC)に対する効果によって測定される、ロミデプシンに対するSKOV-3細胞の感受性に対する、shRNAを使用するTSPYL5発現のノックダウンの効果を示す。IC50、S値、及び成長阻害によって測定した、ロミデプシンに対するTSPYL5ノックダウン細胞の感受性は増大する。TSPYL5 shRNAを発現しているSKOV3細胞(SKOV3 TSPYL5 KD)又は非サイレンシング対照shRNAを発現しているSKOV3細胞(SKOV3 NS)を、レンチウイルス感染を使用して作製した。ウェスタンブロット(データは示さない)及び定量PCRを使用して、SKOV3 TSPYL5 KD細胞におけるTSPYL5のノックダウンを確認した。これらの細胞におけるTSPYL5の発現は、70%低下した(データは示さない)。ピューロマイシンを用いる安定なプールの選択後、細胞を、IC50、GI、及びS値の決定のために、様々な濃度のロミデプシンで処理した。示されたデータは、5つの独立した実験からの平均及び標準偏差である。パネルA:SKOV3 TSPYL5 KD細胞及びSKOV3 NS細胞に対するロミデプシンIC50。パネルB:SKOV3 TSPYL5 KD細胞及びSKOV3 NS細胞に対するロミデプシンGI。パネルC:SKOV3 TSPYL5 KD細胞及びSKOV3 NS細胞に対するロミデプシンS値。白の数は、5つの実験から得られた平均である。アスタリスクは、統計的有意水準の値を記載し、2アスタリスクは、0.01と0.001との間のp値を表す。
【００２３】
【図６】図6は、4種の一般的に使用されるHDAC阻害剤の、ヒストン脱アセチル化酵素1から9に対する阻害活性を比較する表を提供する。HDAC 1、2、3、及び8が、クラス1 HDACとして公知であるのに対して、HDAC 4、5、6、7、及び9は、クラス2 HDACとして公知である。この表は、nM単位でのKi、及びHDAC1に対する相対活性を示す(NI:阻害なし)。4種のHDAC阻害剤はすべて、クラス1 HDAC 1及び2を阻害する。MS-275及びロミデプシンは、ヒドロキサム酸、パノビノスタット、及びSAHAよりも選択的であり、クラス1 HDAC 1、2、及び3の阻害に加えて、クラス2 HDAC 6、また、程度は低いがHDAC 8を阻害する。Bradnerらの文献、Nat Chem Biol 6:238 (2010)からのデータに基づいている。
【００２４】
【図７】図7は、パノビノスタット治療の、IC50(パネルA)、成長率(GR)(パネルB)、及びS値(パネルC)に対する効果によって測定される、パノビノスタットに対するSKOV-3細胞の感受性に対する、shRNAを使用するTSPYL5発現のノックダウンの効果を示す。S値、及び成長率によって測定した、パノビノスタットに対するTSPYL5ノックダウン細胞の感受性は増大する。TSPYL5 shRNAを発現しているSKOV3細胞(SKOV3 TSPYL5 KD)又は非サイレンシング対照shRNAを発現しているSKOV3細胞(SKOV3 NS)を、レンチウイルス感染を使用して作製した。ウェスタンブロット(データは示さない)及び定量PCRを使用して、SKOV3 TSPYL5 KD細胞におけるTSPYL5のノックダウンを確認した。これらの細胞におけるTSPYL5の発現は、70%低下した(データは示さない)。ピューロマイシンを用いる安定なプールの選択後、細胞を、IC50、GR、及びS値の決定のために、様々な濃度のパノビノスタットで処理した。示されたデータは、5つの独立した実験からの平均及び標準偏差である。パネルA:SKOV3 TSPYL5 KD細胞及びSKOV3 NS細胞に対するパノビノスタットIC50。パネルB:SKOV3 TSPYL5 KD細胞及びSKOV3 NS細胞に対するパノビノスタットGR。パネルC:SKOV3 TSPYL5 KD細胞及びSKOV3 NS細胞に対するパノビノスタットS値。白の数は、5つの実験から得られた平均である。アスタリスクは、統計的有意水準の値を記載し、1アスタリスクは、0.01と0.05との間のp値を表す。
【００２５】
【図８】図8は、ロミデプシン治療の、IC50(パネルA)、成長率(GR)(パネルB)、及びS値(パネルC)に対する効果によって測定される、ロミデプシンに対するHDF細胞の感受性に対する、shRNAを使用するTSPYL5発現のノックダウンの効果を示す。S値、及び成長率によって測定した、ロミデプシンに対するTSPYL5ノックダウン細胞の感受性は増大する。TSPYL5 shRNAを発現しているHDF細胞(HDF TSPYL5 KD)又は非サイレンシング対照shRNAを発現しているHDF細胞(HDF NS)を、レンチウイルス感染を使用して作製した。ウェスタンブロット及び定量PCRを使用して、HDF TSPYL5 KD細胞におけるTSPYL5のノックダウンを確認した。これらの細胞におけるTSPYL5の発現は、＞70%低下した。ピューロマイシンを用いる安定なプールの選択後、細胞を、IC50、GR、及びS値の決定のために、様々な濃度のロミデプシンで処理した。示されたデータは、8つの独立した実験からの平均及び標準偏差である。パネルA:HDF TSPYL5 KD細胞及びHDF NS細胞に対するロミデプシンIC50。パネルB:HDF TSPYL5 KD細胞及びHDF NS細胞に対するロミデプシンGR。パネルC: HDF TSPYL5 KD細胞及びHDF NS細胞に対するロミデプシンS値。白の数は、8つの実験から得られた平均である。アスタリスクは、統計的有意水準の値を記載し、2アスタリスクは、0.001と0.01との間のp値を表す。
【発明を実施するための形態】
【００２６】
(詳細な説明)
(定義)
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、文脈によってそうではないと明らかに決定付けられない限り、不定冠詞(「a」及び「an」)及び定冠詞(「the」)は、単数の指示物だけでなく複数の指示物を含む。
【００２７】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「約」又は「およそ」は、当業者によって決定される特定の値に対する許容し得る誤差を意味する。これは、その値が測定又は決定される方法に、ある程度依存する。ある種の実施態様では、用語「約」又は「およそ」は、1、2、3、又は4標準偏差以内を意味する。ある種の実施態様では、用語「約」又は「およそ」は、所与の値又は範囲の30%、25%、20%、15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.1%、又は0.05%以内を意味する。
【００２８】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「HDAC阻害剤療法」とは、状態、障害、又は疾患の、又は状態、障害、又は疾患に随伴する1以上の症状の、治療、根絶、又は改善を行うための、患者へのHDAC阻害剤の投与をいう。ある種の実施態様では、該投与は、こうした疾患又は障害を患う対象へのHDAC阻害剤の投与の結果、該疾患又は障害の広がり又は悪化を最小限にすることを目的とすることができる。いくつかの実施態様では、この用語は、疾患の診断又は症状の発症後の、1以上の追加の活性な薬剤を伴う又は伴わない、本明細書で提供する化合物又は剤形の投与をいう。いくつかの実施態様では、この用語は、予防を包含することができる。
【００２９】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、HDAC阻害剤と関連する用語「治療有効量」とは、治療される状態又は障害(例えば癌)の1つ以上の症状の発症を遅延させる又はある程度緩和する、或いは、癌のリスクがある対象において、これらの症状のさらなる進行若しくは悪化を遅延又は停止させるのに十分な、投与される化合物の量をいう。例えば医薬組成物中の、HDAC阻害剤の有効量は、所望の効果を及ぼすこととなるレベル;例えば、経口投与と非経口投与どちらのための単位投薬量中でも、対象の体重あたり約0.005mg/m2から100mg/m2、約0.05mg/m2から90mg/m2、約0.5mg/m2から80mg/m2、約1.0mg/m2から70mg/m2、約2.0mg/m2から60mg/m2、約3.0mg/m2から50mg/m2、約4.0mg/m2から40mg/m2、約5.0mg/m2から30mg/m2、約10.0mg/m2から20mg/m2、約11.0mg/m2から19mg/m2、約12.0mg/m2から18.0mg/m2、約13.0mg/m2から17.0mg/m2、約14.0mg/m2から16.0mg/m2、約14.5mg/m2から15.5mg/m2、約14.6mg/m2から15.4mg/m2、約14.7mg/m2から15.3 mg/m2、約14.8mg/m2から15.2mg/m2であり得る。当業者には明らかである通り、本明細書で開示するHDAC阻害剤の有効量は、治療される適応症の重さに応じて変動し得ることが予想されることとなる。
【００３０】
「生体マーカー」又は「バイオマーカー」は、その変化及び/又は検出が、所与の治療、例えば、HDAC阻害剤療法に対する、例えば疾患(例えば癌)の抵抗性などの特定の生物学的状態を示す物質である。
【００３１】
ポジティブな臨床応答に関する「高い可能性」は、癌患者が、癌患者のランダムプールから算出されたHDAC阻害剤療法に対する応答性の平均的可能性と比較して、HDAC阻害剤療法に応答する可能性がより高いことを意味するものとする。
【００３２】
用語「応答性」又は「応答性の」とは、治療に関して使用される場合、疾患、例えば癌の症状の軽減又は緩解における治療の有効性の程度をいう。
【００３３】
用語「ポジティブな臨床応答」とは、HDAC阻害剤療法に関して使用される場合、治療される疾患の1以上の症状の軽減又は緩解をいう。
【００３４】
用語「発現している」又は「発現」とは、遺伝子の2本の核酸ストランドのうちの1本のある領域に少なくとも部分的に相補的であるRNA核酸分子、例えばmRNAを生じる、遺伝子からの転写をいう。用語「発現している」又は「発現」はまた、本明細書で使用する場合、タンパク質、ポリペプチド、又はその部分をもたらす、RNA分子からの翻訳をいう。
【００３５】
用語「発現基準」及び「定義した発現基準」は、互換的に使用され、遺伝子又は遺伝子産物が、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性の予測的マーカーとして働くレベルを超える、遺伝子又はタンパク質のレベルをいう。発現基準は、相対的レベルであり、同様の腫瘍を有する複数の患者の腫瘍細胞におけるTSPYL5の発現を定量化することによって確定される。発現レベルが最も低い患者の腫瘍細胞において見られるTSPYL5の発現レベルを、発現基準と定義する。患者は、該患者の腫瘍が、その基準に近い発現レベルを有する場合には、HDAC阻害剤での治療に応答する可能性があると考えられる一方で、該患者の腫瘍が、その基準よりも高い発現レベルを有する場合には、HDAC阻害剤での治療に対して抵抗性である可能性があると考えられる。基準は、臨床研究から経験的に定義することができる。発現基準は、最大限の感受性のために、又は最大限の選択性のために、又は最小限のエラーのために選択することができる。発現基準の決定は、十分に当業者の知識の範囲内である。
【００３６】
TSPYL5発現の「低い」レベルは、所定の発現基準の、又はそれ未満の、発現のレベルである。TSPYL5発現の「高い」レベルは、所定の発現基準を超える、TSPYL5遺伝子発現のレベルである。
【００３７】
本明細書に記載する遺伝子及び/又はタンパク質は、対立遺伝子変異型アイソフォーム、合成の核酸及び/又はタンパク質、組織及び細胞から単離された核酸及び/又はタンパク質、並びにこれらの修飾形態を包含することが理解されよう。また、本明細書に記載する遺伝子及び/又はタンパク質が、多様体及び変異体を含めた様々な形態で存在することも公知であり、本明細書で想定されることが理解されよう。本明細書に記載する遺伝子及び/又はタンパク質には、本明細書に記載する実施態様内で検出されることとなる及び含まれる遺伝子又はタンパク質と少なくとも65%の同一性を有する核酸配列及び/又はアミノ酸配列もさらに含まれる。
【００３８】
本明細書で使用する場合、用語「対象」又は「患者」は一般に、哺乳類をいう。特定の実施態様では、この用語は、癌を有すると診断されている癌患者をいう。
【００３９】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「単位用量」とは、治療用組成物に関して使用する場合、ヒトのための投薬量単位として適した物理的に不連続な単位をいう。各単位は、必要とされる希釈剤又は賦形剤(すなわち担体)又はビヒクルと共に、所望の治療効果をもたらすように算出された所定の量の活性な材料を含有する。
【００４０】
用語「腫瘍」とは、本明細書で使用する場合、悪性か良性かにかかわらずすべての新生細胞成長及び増殖、並びにすべての前癌性及び癌性細胞及び組織をいう。用語「腫瘍試料」とは、腫瘍細胞を含む、TSPYL5の検出に有用な生体試料をいい、限定はされないが、生検試料、組織、血液、細胞、分泌物、脳脊髄液、胆汁、リンパ液、尿、及び便、或いは、乳房、肺、腸、皮膚、子宮頸部、前立腺、及び胃などの器官から取り出された組織が挙げられる。例えば、腫瘍試料は、血液から単離される循環腫瘍細胞だけでなく、機能的に関連する細胞又は隣接する細胞の領域も含むことができる。一例では、腫瘍試料としては、癌患者から得られた血液、例えば全血又は血清が挙げられる。
【００４１】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「生体試料」とは、 一般に、インビボ又はインサイチューで入手、到達、又は収集される、生体組織又は体液由来の試料を含めた、生物対象から得られる試料をいう。生体試料としては、前癌又は癌細胞又は組織を含有する生物対象の領域からの試料も含まれる。こうした試料は、限定はされないが、哺乳類から単離された器官、組織、分画、及び細胞であり得る。例示的な生体試料としては、限定はされないが、細胞可溶化物、細胞培養物、細胞株、組織、口腔内組織、胃腸組織、器官、細胞小器官、体液、血液試料、血清試料、尿試料、又は皮膚試料などが挙げられる。好ましい生体試料としては、限定はされないが、全血、部分的に精製された血液、PBMC、組織生検などが挙げられる。
【００４２】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「癌」及び「癌の」は、異常細胞の非調節性成長及び拡散を特徴とする疾患の群をいう又は記載する。癌には、限定はされないが、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫などが含まれる。ある種の実施態様では、癌は、造血器悪性腫瘍である。ある種の実施態様では、癌は、固形腫瘍である。
【００４３】
ある種の実施態様では、本開示は、造血器悪性腫瘍の治療に関する。造血器悪性腫瘍の発現としては、循環悪性細胞及び悪性腫瘤が挙げられる。造血器悪性腫瘍は、血液、骨髄、及び/又はリンパ節に影響を与えるタイプの癌である。ロミデプシンを使用して治療することができる造血器悪性腫瘍としては、限定はされないが、以下が挙げられる:急性リンパ性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、ヘアリーセル白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、末梢性T細胞リンパ腫(PTCL)、多発性骨髄腫、及び骨髄異形成症候群。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、多発性骨髄腫を治療するために使用される。ある種の特定の実施態様では、癌は、再発性及び/又は難治性多発性骨髄腫である。他の実施態様では、ロミデプシンは、慢性リンパ球性白血病(CLL)を治療するために使用される。ある種の特定の実施態様では、癌は、再発性及び/又は難治性CLLである。他の実施態様では、ロミデプシンは、慢性骨髄性白血病(CML)を治療するために使用される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、急性リンパ性白血病(ALL)を治療するために使用される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、急性骨髄性白血病(AML)を治療するために使用される。ある種の実施態様では、癌は、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)である。他の実施態様では、癌は、末梢性T細胞リンパ腫(PTCL)である。ある種の実施態様では、癌は、骨髄異形成症候群である。
【００４４】
本開示のいくつかの実施態様では、治療される癌としては、限定はされないが、白血病及びリンパ腫、例えば、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、末梢性T細胞リンパ腫、ヒトT細胞リンパ球向性ウイルス(HTLV)に関連するリンパ腫(成人T細胞白血病/リンパ腫(ATLL)など)、B細胞リンパ腫、急性リンパ球性白血病、急性非リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、急性骨髄性白血病、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群が挙げられる。
【００４５】
いくつかのこうした実施態様では、本開示は、肺、胸部、結腸、肝臓、膵臓、腎臓、前立腺、卵巣、及び/又は脳などの固形腫瘍の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、膵臓癌の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、腎癌の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、前立腺癌の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、肉腫の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、軟部組織肉腫の治療に関する。
【００４６】
いくつかの実施態様では、治療することができる癌は、限定はされないが、以下を含めた固形癌である:中皮腫、頭頸部癌などの成人の一般的な固形腫瘍(例えば、口腔、咽頭、及び食道)、尿生殖器癌(例えば、前立腺、膀胱、腎臓、子宮、卵巣、精巣、直腸、及び結腸)、メラノーマ及び他の皮膚癌、胃癌、脳腫瘍、肝臓癌、及び甲状腺癌、及び/又は小児固形腫瘍(脳腫瘍、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、ウィルムス腫瘍、骨腫瘍、及び軟部肉腫など)。ある種の実施態様では、癌は、メラノーマである。他の実施態様では、癌は、胃癌である。いくつかの実施態様では、本開示は、固形腫瘍の治療に関する。
【００４７】
併用療法を含めた、本明細書で提供する方法を使用して治療することができる癌としては、限定はされないが、結腸癌、肺癌、骨癌、膵臓癌、胃癌、食道癌、皮膚癌、脳癌、肝臓癌、卵巣癌、子宮頸癌、子宮癌、精巣癌、前立腺癌、膀胱癌、腎臓癌、及び神経内分泌癌が挙げられる。
【００４８】
ある種の実施態様では、癌は、膵臓癌である。ある種の実施態様では、癌は、前立腺癌である。ある種の具体的実施態様では、前立腺癌は、ホルモン抵抗性前立腺癌である。
【００４９】
いくつかの特定の実施態様では、提供されるのは、白血病を治療する方法である。いくつかの実施態様では、白血病は、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、又は成人T細胞白血病/リンパ腫である。
【００５０】
いくつかの実施態様では、提供されるのは、リンパ腫を治療する方法である。いくつかの実施態様では、リンパ腫は、ホジキン又は非ホジキンリンパ腫(例えば、T-細胞リンパ腫、例えば末梢性T細胞リンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫など)である。
【００５１】
いくつかの実施態様では、本開示は、多発性骨髄腫及び/又は骨髄異形成症候群の治療に関する。
【００５２】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「抵抗性」とは、薬物(1種又は複数)の治療に対して疾患が応答しない状態をいう。薬物抵抗性は、本来備わっている(疾患が薬物(1種又は複数)に応答したことがないことを意味する)可能性もあるし、後天的である(疾患が、以前には応答していた薬物(1種又は複数)に対して応答しなくなることを意味する)可能性もある。ある種の実施態様では、薬物抵抗性は、本来備わっている。ある種の実施態様では、薬物抵抗性は、後天的である。
【００５３】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「ヒストン脱アセチル化酵素阻害剤」又は「HDAC阻害剤」とは、リシン残基からのアセチル基除去に関与する亜鉛依存性ヒストン脱アセチル化酵素を阻害することによってタンパク質アセチル化を調節する化合物をいう。HDAC阻害剤は、いくつかの構造的に異なるクラス:短鎖脂肪酸(すなわちバルプロ酸)、ヒドロキサム酸(すなわち、ボリノスタット、TSA、ツバシン(tubacin)、及びPCI-24781)、ベンズアミド(すなわちエンチノスタット)、環状テトラペプチド(すなわちロミデプシン)、及び求電子性ケトンに分けることができる。例えば、HDAC阻害剤ロミデプシン、パノビノスタット、ボリノスタット(SAHA)、及びエンチノスタット(MS-275)は、クラス1 HDAC 1及び2を阻害する。エンチノスタット及びロミデプシンは、ヒドロキサム酸、パノビノスタット、及びSAHAよりも選択的であり、クラス1 HDAC 1、2、及び3の阻害に加えて、クラス2 HDAC 6、また、程度は低いがHDAC 8を阻害する。Bradnerらの文献、Nat Chem Biol 6:238 (2010)からのデータに基づいている。
【００５４】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「決定すること」、「測定すること」、「判定すること」、「評価すること」、及び「分析すること」とは、一般に、任意の形態の測定をいい、要素が存在するかしないかを決定することが含まれる。これらの用語には、量的な決定及び/又は質的な決定の両方が含まれる。評価することは、相対的又は絶対的であり得る。表現「存在を評価すること」には、存在する何かが存在するかしないかを決定することだけでなく、存在する何かの量を決定することも含めることができる。
【００５５】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、表現「薬剤の活性を評価すること」は、薬剤による治療の「存在」、例えば、患者が薬剤化合物によって治療されている又は投与されているかどうかということの評価を包含する。この表現は、治療の「程度」、例えば、量的な表現で決定される治療の用量及び長さの評価も包含する。この表現は、薬剤の効果、例えば、治療の応答又は結果を評価することも包含する。
【００５６】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「単離された」及び「精製された」は、一般に、その天然の環境(例えば、天然に存在する場合、自然界の環境)から取り出されており、したがって、人の手によって、その自然の状態からは既に変化している状態の組成物を記載する。単離されたタンパク質又は核酸は、天然に存在する様式とは異なる。
【００５７】
用語「ポリペプチド」、「タンパク質」、又は「ペプチド」は、本明細書で使用する場合、互換的に、1以上のペプチド結合を介して連続的な配列で連結された2つ以上のアミノ酸のポリマーをいう。この用語は、タンパク質、タンパク質フラグメント、タンパク質類似体、オリゴペプチド、ペプチド、及びペプチド模倣体を包含する。ポリペプチド、タンパク質、又はペプチドのアミノ酸は、天然に存在するアミノ酸又は合成のアミノ酸(例えば、天然に存在するアミノ酸の模倣体)であり得る。ポリペプチド、タンパク質、又はペプチドは、生体試料から、合成によって作製する、又は精製することができる。この用語は、修飾されたポリペプチド、タンパク質、及びペプチド、例えば、デプシペプチド、糖ポリペプチド、糖タンパク質、若しくは糖ペプチド;又はリポポリペプチド、リポタンパク質、若しくはリポペプチドも包含する。
【００５８】
用語「抗体」とは、エピトープ(例えば抗原)と特異的に結合するポリペプチドをいう。用語「抗体」は、本明細書では、広い意味で使用され、完全に集合した抗体、抗原と特異的に結合する能力を保持している抗体フラグメント(例えば、Fab、F(ab')2、Fv、及び他のフラグメント)、一本鎖抗体、ダイアボディ(diabody)、抗体キメラ、ハイブリッド抗体、二重特異性抗体、及びヒト化抗体をカバーする。用語「抗体」はまた、ポリクローナル抗体とモノクローナル抗体の両方をカバーする。
【００５９】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、タンパク質に関する用語「標識」又は「検出可能部分」とは、一般に、タンパク質と連結された場合に、タンパク質を、分光的、光化学的、生化学的、免疫化学的、又化学的手段によって検出可能にする組成物をいう。例示的な標識としては、限定はされないが、放射性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光色素、酵素、ビオチン、ジゴキシゲニン、ハプテンなどが挙げられる。「標識されたタンパク質又はオリゴポリペプチドプローブ」は、一般に、標識と、リンカー若しくは化学結合を介して共有結合的に、又はイオン結合、ファンデルワールス力、静電気引力、疎水性相互作用、若しくは水素結合を介して非共有結合的に結合し、その結果、タンパク質又はプローブの存在が、そのタンパク質又はプローブに結合した標識の存在を検出することによって検出できるようになるものである。
【００６０】
用語「プローブ」は、本明細書で使用する場合、特異的な標的DNA又はmRNAバイオマーカー配列に誘導される捕捉因子、例えば核酸配列をいう。したがって、プローブセットの各プローブは、それぞれの標的DNA又はmRNAバイオマーカーを有する。プローブ/標的DNA又はmRNA二重鎖は、プローブをその標的DNA又はmRNAバイオマーカーとハイブリッド形成させることによって形成される構造である。
【００６１】
用語「核酸プローブ」又は「オリゴヌクレオチドプローブ」とは、本明細書で提供するmRNAバイオマーカーなどの相補的な配列の標的核酸と、1以上の種類の化学結合を介して、通常、相補的な塩基対合を介して、通常、水素結合形成を介して結合する能力がある核酸をいう。本明細書で使用する場合、プローブは、天然の(例えば、A、G、C、若しくはT)又は修飾された塩基(7-デアザグアノシン、イノシンなど)を含むことができる。さらに、プローブ内の塩基は、ハイブリダイゼーションを実質的に妨げなければ、ホスホジエステル結合以外の結合によって連結されてもよい。当業者には、プローブが、ハイブリダイゼーション条件の厳密性に応じて、プローブ配列との完全な相補性を欠く標的配列と結合できることが理解されよう。プローブは、例えば、同位体、発色団、ルミフォア(lumiphore)、又は色原体で直接的に標識される、又は、後にストレプトアビジン複合体が結合することができるビオチンで間接的に標識されることが好ましい。プローブの存在又は非存在について分析することによって、対象の標的DNA又はmRNAバイオマーカーの存在又は非存在を検出することができる。
【００６２】
用語「厳密なアッセイ条件」とは、アッセイにおける所望のレベルの特異性を提供するのに十分な相補性の、核酸の結合対、例えば、プローブと標的DNA又はmRNAをもたらすのに適合しつつ、一般に所望の特異性を提供するのに不十分な相補性の結合メンバー間の結合対の形成に対して不適合である条件をいう。用語「厳密なアッセイ条件」とは、一般に、ハイブリダイゼーション条件と洗浄条件の組み合わせをいう。
【００６３】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「医薬として許容し得る」とは、ヒトに投与される場合に、生理学的に許容可能であり、かつ、急性胃蠕動、眩暈などのアレルギー性又は同様の有害な反応を一般にもたらさない、分子的実体及び組成物をいう。
【００６４】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「医薬として許容し得る担体」は、主題化合物を、ある器官又は身体の部分の投与部位から別の器官又は身体の部分に運搬又は移動させる際に、或いはインビトロアッセイ系において必要とされる、医薬として許容し得る材料、組成物、又はビヒクル、例えば液体又は固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、溶媒、又は封入材料などを意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性があり、かつ、その担体が投与される対象にとって有害ではないという意味で「許容し得る」ものでなければならない。また、許容し得る担体は、主題化合物の特定の活性を変化させてはならない。
【００６５】
本明細書で使用する場合、別段の指定がない限り、用語「医薬として許容し得る塩」は、その用語が指す化合物の非毒性の酸又は塩基付加塩を包含する。許容し得る非毒性の酸付加塩としては、当技術分野で公知の有機及び無機の酸又は塩基(例えば、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、メタンスルホン酸、酢酸、酒石酸、乳酸、コハク酸、クエン酸、リンゴ酸、マレイン酸、ソルビン酸、アコニット酸、サリチル酸、フタル酸、エンボル酸(embolic acid)、エナント酸などが挙げられる)から誘導されるものが挙げられる。
【００６６】
天然に酸性である化合物は、医薬として許容し得る様々な塩基との塩を形成することが可能である。こうした酸性化合物の医薬として許容し得る塩基付加塩を調製するために使用することができる塩基は、非毒性の塩基付加塩、すなわち薬理学的に許容し得る陽イオンを含有する塩(限定はされないが、アルカリ金属又はアルカリ土類金属塩、特にカルシウム、マグネシウム、ナトリウム、又はカリウム塩など)を形成するものである。適切な有機塩基としては、限定はされないが、N,N-ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、メグルマイン(meglumaine)(N-メチルグルカミン)、リシン、及びプロカインが挙げられる。
【００６７】
用語「プロドラッグ」は、生体条件下で(インビトロ又はインビボで)加水分解、酸化、又は反応して、ある化合物を提供することができる、該化合物の誘導体を意味する。プロドラッグの例としては、限定はされないが、ロミデプシンの誘導体、その還元形、酸化形、及びオリゴマー化形が挙げられる。プロドラッグは一般に、「1 Burgerの医薬品化学及び創薬(1 Burger's Medicinal Chemistry and Drug Discovery)」、172-178、949-982(Manfred E.Wolff編、第5版、1995)、及び「プロドラッグの設計(Design of Prodrugs)」(H.Bundgaard編、Elselvier社、New York 1985)に記載されている方法などの周知の方法を使用して調製することができる。
【００６８】
本明細書で提供する実施態様の実施は、別段の指示がない限り、当分野の技術の範囲内である、分子生物学、微生物学、及び免疫学の従来の技術を用いることとなる。こうした技術は、文献中に十分に説明されている。参照に特に適した文書の例としては、以下が挙げられる:Sambrookらの文献「分子クローニング;実験室マニュアル(Molecular Cloning;A Laboratory Manual)」(第2版)、1989;Glover編の文献「DNAクローニング(DNA Cloning)」第I巻及びII巻、1985;Gait編の文献「オリゴヌクレオチド合成(Oligonucleotide Synthesis)」、1984;Hames及びHiggins編の文献「核酸ハイブリダイゼーション(Nucleic Acid Hybridization)」、1984;Hames及びHiggins編の文献「転写及び翻訳(Transcription and Translation)」、1984;Freshney編の文献、「動物細胞培養(Animal Cell Culture)」、1986;「固定化細胞及び酵素(Immobilized Cells and Enzymes)」、IRL Press社、1986;「細胞及び分子生物学における免疫化学的方法(Immunochemical Methods in Cell and Molecular Biology)」(Academic Press社、London);Scopesの文献、「タンパク質精製:原理と実践(Protein Purification:Principles and Practice)」(第2版;Springer Verlag社、N.Y.)、1987;及びWeir及びBlackwell編の文献「実験免疫学のハンドブック(Handbook of Experimental Immunology)」、第I〜IV巻、1986。
【００６９】
(ロミデプシン)
ロミデプシンは、藤沢薬品工業株式会社によってクロモバクテリウムビオラセム(Chromobacterium violaceum)から単離された天然の産物である(日本公開特許出願平成7年(1995年)-64872号、及び1990年12月11日発行の米国特許第4,977,138号;これらをそれぞれ参照により本明細書に組み込む)。ロミデプシンの様々な調製及び精製は、参照により本明細書に組み込まれるPCT公報WO 2002/20817に記載されている。固体形態のロミデプシンは、7,608,280及び7,611,724に記載されており、ロミデプシンを製造する方法は、US 2010/0093610及びUS 2009/0209616に記載されており、ロミデプシン製剤は、US2012/0046442に記載されており、先述のそれぞれの内容全体を参照によって本明細書に組み込む。
【００７０】
ロミデプシンは、4つのアミノ酸残基(D-バリン、D-システイン、デヒドロブチリン、及びL-バリン)と、新規の酸(3-ヒドロキシ-7-メルカプト-4-ヘプテン酸)とからなる二環式デプシペプチドであり、アミド結合とエステル結合との両方を含有する。ロミデプシンは、発酵を使用して、C.ビオラセム(C.violaceum)から得ることができる。ロミデプシンは、合成又は半合成手段によって調製することもできる。Kahnらによって報告されたロミデプシンの全合成(Kahnらの文献「J.Am.Chem.Soc.」118:7237-7238、1996)は、14ステップを必要とし、ロミデプシンが、全収率18%でもたらされる。ロミデプシンの構造を、下(式I)に示す。
【化１】
2015534638.tif 000003
【００７１】
ロミデプシンは、抗菌、免疫抑制、及び抗腫瘍活性を有することが示されている。ロミデプシンは、商品名Istodax(登録商標)で販売されており、アメリカ合衆国では少なくとも1つの全身的な前治療を受けている患者における皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)の治療のために、また、少なくとも1つの前治療を受けている患者における末梢性T細胞リンパ腫(PTCL)の治療のために認可されている。ロミデプシンは、多発性骨髄腫及び固形腫瘍(例えば、前立腺癌、膵臓癌など)について試験されており、脱アセチル化酵素(例えば、ヒストン脱アセチル化酵素、チューブリン脱アセチル化酵素)を選択的に阻害することによって作用すると考えられている(Nakajimaらの文献、Exp Cell Res 241:126-133、1998)。ロミデプシンの作用の一様式は、1以上のクラスのヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)の阻害を含む。
【００７２】
ロミデプシンの例示的な形態には、所望の活性(例えば、脱アセチル化酵素阻害活性、攻撃的阻害(aggressive inhibition)、細胞毒性)を有する、塩、エステル、プロドラッグ、異性体、立体異性体(例えば、鏡像異性体、ジアステレオ異性体)、互変異性体、保護形、還元形、酸化形、誘導体、及びこれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、医薬等級の材料であり、米国薬局方、日本薬局方、又は欧州薬局方の基準を満たす。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.9%、又は少なくとも99.95%純粋である。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.9%、又は少なくとも99.95%が単量体である。ある種の実施態様では、ロミデプシン材料中には、不純物(例えば、酸化された材料、還元された材料、二量体化した又はオリゴマー化した材料、副産物など)は検出されない。ロミデプシンは一般に、合計で1.0%未満、0.5%未満、0.2%未満、又は0.1%未満の他の未知物質を含む。ロミデプシンの純度は、外観、HPLC、比旋光度、NMR分光法、IR分光法、UV/可視分光法、粉末X線回折(XRPD)分析、元素分析、LC-質量分析、又は質量分析によって評価することができる。
【００７３】
一実施態様では、ロミデプシンは、誘導体形態で存在する。
【００７４】
一実施態様では、ロミデプシンの誘導体は、式(II)のもの、及びその医薬として許容し得る形態である:
【化２】
2015534638.tif 000004
(式中、
nは、1、2、3、又は4であり;
nは、0、1、2、又は3であり;
pとqは独立に、1又は2であり;
Xは、O、NH、又はNR8であり;
R1、R2、及びR3は独立に、水素、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族;非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式のヘテロ脂肪族;非置換若しくは置換型のアリール;又は非置換若しくは置換型のヘテロアリールであり;R4、R5、R6、R7、及びR8は独立に、水素、又は置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族である)。
【００７５】
一実施態様では、mは1であり、nは1であり、pは1であり、qは1であり、XはOであり、R1、R2、及びR3は、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない非環式の脂肪族である。一実施態様では、R4、R5、R6、及びR7は、すべて水素である。
【００７６】
一実施態様では、ロミデプシンの誘導体は、式(III)のもの、及びその医薬として許容し得る形態である:
【化３】
2015534638.tif 000005
(式中:
mは、1、2、3、又は4であり;
nは、0、1、2、又は3であり;
qは、2又は3であり;
Xは、O、NH、又はNR8であり;
Yは、ORB、又はSR8であり;
R2とR3は独立に、水素、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式のヘテロ脂肪族、非置換若しくは置換型のアリール、又は非置換若しくは置換型のヘテロアリールであり;
R4、R5、R6、R7、及びR8は独立に、水素、又は置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族から選択される)。
【００７７】
一実施態様では、mは1であり、nは1であり、qは2であり、XはNHであり、R2及びR3は、非置換若しくは置換型の分枝若しくは分枝でない非環式の脂肪族である。一実施態様では、R4、R5、R6、及びR7は、すべて水素である。
【００７８】
一実施態様では、ロミデプシンの誘導体は、式(IV)のもの、及びその医薬として許容し得る形態である:
【化４】
2015534638.tif 000006
(式中:
Aは、生理的条件下で切断されてチオール基をもたらす部分であり、Aとしては、例えば、脂肪族若しくは芳香族のアシル部分(チオエステル結合を形成する)、脂肪族若しくは芳香族のチオキシ(ジスルフィド結合を形成する)などが挙げられる。こうした脂肪族若しくは芳香族基としては、置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族基、置換若しくは非置換型の芳香族基、置換若しくは非置換型のヘテロ芳香族基、又は置換若しくは非置換型の複素環の基が含まれ得る。Aは、例えば、-COR1、-SC(=0)-0-R1、又は-SR2であり得;
R1は独立に、水素、置換若しくは非置換型のアミノ、置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族、置換若しくは非置換型の芳香族基、置換若しくは非置換型のヘテロ芳香族基、又は置換若しくは非置換型の複素環の基である。一実施態様では、R1は、水素、メチル、エチル、n-プロピル、イソプロピル、n-ブチル、イソブチル、ベンジル、又はブロモベンジルであり;
R2は、置換若しくは非置換型の分枝若しくは分枝でない環式若しくは非環式の脂肪族基、置換若しくは非置換型の芳香族基、置換若しくは非置換型のヘテロ芳香族基、又は置換若しくは非置換型の複素環の基である。
【００７９】
一実施態様では、R2は、メチル、エチル、2-ヒドロキシエチル、イソブチル、脂肪酸、置換若しくは非置換型のベンジル、置換若しくは非置換型のアリール、システイン、ホモシステイン、又はグルタチオンである。
【００８０】
一実施態様では、ロミデプシンの誘導体は、式(V)又は(V')のものである:
【化５】
2015534638.tif 000007
式中:
R1、R2、R3、及びR4はそれぞれ、同じ又は異なり、かつアミノ酸側鎖部分を表し;
各R6は、同じ又は異なり、かつ水素又は(C1〜C4)アルキルを表し;
Pr1とPr2は、同じ又は異なり、かつ水素又はチオール保護基を表す。
【００８１】
一実施態様では、アミノ酸側鎖部分は、天然のアミノ酸から誘導されるものである。一実施態様では、アミノ酸側鎖部分は、非天然のアミノ酸から誘導されるものである。
【００８２】
一実施態様では、各アミノ酸側鎖は、水素、(C1〜C6)アルキル、(C2〜C6)アルケニル、-L-O-C(O)-R'、-L-C(O)-O-R''、-L-A、-L-NR''R''、-L-Het-C(O)-Het-R''、及び-L-Het-R''から選択される部分であり、ここでは、Lは、(C1〜C6)アルキレン基であり、Aは、フェニル又は5若しくは6員のヘテロアリール基であり、各R'は、同じ又は異なり、かつ(C1〜C4)アルキルを表し、各R''は、同じ又は異なり、かつH又は(C1〜C6)アルキルを表し、各-Het-は、同じ又は異なり、かつ-O-、-N(R''')-、及び-S-から選択されるヘテロ原子スペーサーであり、各R'''は、同じ又は異なり、かつ水素又は(C1〜C4)アルキルを表す。
【００８３】
一実施態様では、R6は、水素である。
【００８４】
一実施態様では、Pr1とPr2は、同じ又は異なり、かつ水素、並びに、(C1〜C6)アルコキシ、(C1〜C6)アシルオキシ、ヒドロキシ、ニトロ、ピコリル、ピコリル-N-オキシド、アントリルメチル、ジフェニルメチル、フェニル、t-ブチル、アダマンチル、(C1〜C6)アシルオキシメチル、(C1〜C6)アルコキシメチル、テトラヒドロピラニル、ベンジルチオメチル、フェニルチオメチル、チアゾリジン、アセトアミドメチル、ベンズアミドメチル、第三ブトキシカルボニル(BOC)、アセチル及びその誘導体、ベンゾイル及びその誘導体、カルバモイル、フェニルカルバモイル、並びに(C1〜C6)アルキルカルバモイル、によって任意に置換されたベンジル基から選択される保護基;から選択される。
参照により本明細書に組み込まれる2006年12月7日に公開されたPCT出願公報WO 2006/129105には、式(V)及び(V')の様々なロミデプシン誘導体が開示されている。
【００８５】
(ロミデプシン製剤)
一実施態様では、ロミデプシンは、滅菌した凍結乾燥白色粉末として、注射のために製剤化され、10mgロミデプシンと20mgポビドン(USP)を含有する使い捨てバイアルで供給される。希釈剤は、滅菌した透明な溶液であり、2mlの送達可能量を含有する使い捨てバイアルで供給される。ロミデプシンのための希釈剤は、プロピレングリコール(USP)80%(v/v)、及び脱水アルコール(USP)20%(v/v)を含有する。ロミデプシンは、2つのバイアルを含有するキットとして供給される。
【００８６】
注射用のロミデプシンは、供給された希釈剤での還元後、及び0.9%塩化ナトリウム(USP)でのさらなる希釈後の、静脈内注入を意図している。
【００８７】
(使用の方法)
癌患者の腫瘍における高レベルのTSPYL5発現が、HDAC阻害剤での治療に対する抵抗性との高度な相関を示すことが判明している。この発見は、好都合なことに、癌管理の著しい前進を提供する。何故なら、この発見は、HDAC阻害剤抵抗性を有する患者を除くことによって、治療に対するポジティブな応答の可能性が高い患者集団の特定を可能にするからである。
【００８８】
発現基準と比較してTSPYL5発現のレベルが低いことが判明した患者を、HDAC阻害剤療法、例えばロミデプシン療法に対して応答性である可能性が高いものと分類する。一実施態様では、本明細書で提供するのは、TSPYL5の遺伝子発現シグネチャーに基づいて、HDAC阻害剤療法の候補である癌患者を選択するための方法であって、前記癌患者から腫瘍試料を入手することと;該腫瘍試料におけるTSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、発現基準と比較して低いレベルのTSPYL5発現が、HDAC阻害剤療法に対する感受性の高い可能性と相関する);前記相関を適用して、HDAC阻害剤療法の候補である癌患者を選択することとを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。さらなる実施態様では、該方法は、前記癌患者のためのHDAC阻害剤療法、例えばロミデプシン療法を開始する追加のステップを包含する。さらなる実施態様では、該方法は、前記癌患者に、治療有効量のHDAC阻害剤、例えばロミデプシンを投与する追加のステップを包含する。
【００８９】
発現基準と比較してTSPYL5発現のレベルが高いことが判明した腫瘍を、HDAC阻害剤療法、例えばロミデプシン療法に対して抵抗性である可能性が高いものと分類する。一実施態様では、本明細書で提供するのは、TSPYL5のレベルに基づいて、HDAC阻害剤療法の候補としての、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を除外するための方法であって、前記癌患者から腫瘍試料を入手することと;該腫瘍試料におけるTSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、発現基準と比較して高いレベルのTSPYL5発現が、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性と相関する); 前記相関を適用して、HDAC阻害剤療法の候補としての、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を除外する前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
【００９０】
一実施態様では、本明細書で提供するのは、TSPYL5の遺伝子発現シグネチャーに基づいて、癌患者におけるHDAC阻害剤療法の治療効果を確認するための方法であって、前記患者から腫瘍試料を入手することと;該腫瘍試料におけるTSPYL5発現の存在を検出することと;該腫瘍試料におけるTSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、発現基準と比較して低いレベルのTSPYL5発現が、HDAC阻害剤療法に対する感受性の高い可能性と相関する);前記相関を適用して、前記癌患者のためのHDAC阻害剤療法の治療効果を確認することを含む前記方法である。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。さらなる実施態様では、該方法は、前記癌患者のためのHDAC阻害剤療法、例えばロミデプシン療法を開始する追加のステップを包含する。さらなる実施態様では、該方法は、前記癌患者に、治療有効量のHDAC阻害剤、例えばロミデプシンを投与する追加のステップを包含する。
【００９１】
一実施態様では、本明細書で提供するのは、TSPYL5の遺伝子発現シグネチャーに基づいて、癌患者におけるHDAC阻害剤療法の治療効果がないことを予測するための方法であって、前記患者から腫瘍試料を入手することと;該腫瘍試料におけるTSPYL5発現のレベルを定量化することと(ここでは、発現基準と比較して高いレベルのTSPYL5発現が、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性と相関する);前記相関を適用して、前記癌患者のためのHDAC阻害剤療法の治療効果がないことを予測することとを含む方法である。
【００９２】
(患者集団の選択)
ある特定の患者集団の分類は、患者の腫瘍細胞におけるTSPYL5発現のレベルを、発現基準(基礎レベルとも呼ばれる)と比較することを必要とする。この発現基準は、患者の腫瘍細胞におけるTSPYL5の発現のレベルが低いか高いかを判定するために使用することができる、TSPYL5の発現のレベルである。特に、患者の腫瘍細胞におけるTSPYL5発現のレベルが、発現基準よりも高い場合、細胞は、高発現レベルを有すると考えられる。逆に、患者の腫瘍細胞におけるTSPYL5発現のレベルが、発現基準よりも低い場合、細胞は、低発現レベルを有すると考えられる。こうした高又は低発現は、一般的に、絶対的なTSPYL5遺伝子発現又はタンパク質レベルに対しては算出されないが、相対的な測定値を使用して決定される。発現基準は、多くの方法によって決定することができ、また、腫瘍細胞において決定される。
【００９３】
発現基準は、発現基準又はそれ未満のTSPYL5発現レベルを有する別の群の患者とはHDAC阻害剤治療に対する抵抗性が異なる、ある群の患者に存在するレベルを超えるTSPYL5発現のレベルを提供する。一実施態様では、発現基準は、腫瘍細胞をシミュレーションするために操作されていてもいなくてもよい、インビトロで培養された細胞のTSPYL5発現のレベルである。
【００９４】
発現基準は、必ずしも、内部標準を提供するために使用される培養細胞株において見られるTSPYL5発現のレベルでなくても構わない。一実施態様では、これらの基準は、腫瘍細胞、例えば、患者腫瘍試料におけるTSPYL5発現のレベルに基づいて決定される。
【００９５】
一実施態様では、発現基準は、同じタイプの癌を有する患者の集団におけるTSPYL5発現レベルの比較によって決定される。一実施態様では、これは、試験される患者のコホート全体が図によって表されるヒストグラム分析によって実現する。ここでは、第1の軸が、TSPYL5発現のレベルを表し、第2の軸が、その患者の腫瘍細胞が所与のレベルでTSPYL5を発現しているコホート内の患者の数を表す。2つ以上の別のグループの患者は、TSPYL5の同一又は同様の発現レベルを有するコホートのサブセット集団の特定によって決定する。発現基準の決定は、これらの別の群を最も良く区別する発現レベルに基づいて行われる。
【００９６】
発現基準を超えるTSPYL5を発現している癌患者に対する、発現基準で又はそれ未満のTSPYL5を発現している癌患者におけるHDAC阻害剤療法に対する応答性の可能性が、発現基準によって識別されていることの確認を、単一変数又は多変数分析を使用して実施する。これらの方法によって、1以上の変数と所与の結果との間の相関の可能性が決定される。一実施態様では、該方法によって、TSPYL5発現レベルと、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性又は応答性との間の相関の可能性が決定される。これらの分析を実施するための、当業者に周知の多くの方法のいずれか1つを使用することができる。
【００９７】
一実施態様では、様々なTSPYL5発現レベルを有する2つ以上の別の群の患者を決定するために十分なサイズのコホートの患者を使用して、発現基準の集団ベースの決定(すなわちヒストグラム分析)を実施する。一実施態様では、こうしたコホートは、少なくとも10人の患者を含む。さらに別の実施態様では、こうしたコホートは、少なくとも27人の患者を含む。別の実施態様では、こうしたコホートは、少なくとも100人の患者を含む。一実施態様では、決定された発現基準の確認は、少なくとも10人の患者を含む。別の実施態様では、これは、少なくとも50人の患者を含む。さらに別の実施態様では、これは、少なくとも75人の患者を含む。別の実施態様では、これは、少なくとも100人の患者である。
【００９８】
一実施態様では、発現基準は、あらゆる患者に等しく適用できる単一の値である。別の実施態様では、発現基準は、患者の特定の亜集団に従って変動する。例えば、男性は、同じ癌タイプの女性とは異なる発現基準を有する可能性がある。
【００９９】
一実施態様では、TSPYL5発現の発現基準は、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性の可能性の統計的に有意な指標であることが判明している別の変数と共に使用される。こうした指標としては、限定はされないが、臨床的又は病理学的指標、例えば年齢、腫瘍サイズ、腫瘍組織像、臨床病期などが挙げられる。
【０１００】
TSPYL5発現レベルは、当技術分野で公知の任意の方法によって検出又は定量化することができる。ある種の実施態様では、抗体に基づく方法が使用される。ある種の実施態様では、検出又は定量化方法は、免疫ブロット法(ウェスタンブロット)、酵素結合免疫吸着検定法(ELISA)、免疫組織化学、フローサイトメトリー、サイトメトリックビーズアレイ、ポリメラーゼ連鎖反応、又は質量分析である。一実施態様では、腫瘍試料におけるTSPYL5発現レベルは、抗TSPYL5抗体を使用して測定される。
【０１０１】
一実施態様では、患者は、TSPYL5発現のレベルの決定及び発現基準に対する比較に基づいて、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性の、ある種の可能性を有する群に分類される。患者についてのHDAC阻害剤療法に対する抵抗性の可能性を、その群の患者についての抵抗性の可能性に基づいて評価する。
【０１０２】
一実施態様では、患者は、TSPYL5発現のレベルの決定及び発現基準の比較に基づいて、HDAC阻害剤療法に対する応答性の、ある種の可能性を有する群に分類される。患者についてのHDAC阻害剤療法に対する応答性の可能性を、その群の患者についての応答性の可能性に基づいて評価する。
【０１０３】
一実施態様では、本明細書で提供するのは、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクを決定するために、癌患者をスクリーニングするための方法である。該方法は、患者からの腫瘍試料又は循環腫瘍細胞におけるTSPYL5発現のレベルを決定することを含む。発現基準と比較してTSPYL5発現のレベルが高いことが判明した患者を、HDAC阻害剤療法に対して抵抗性である可能性が最も高いと分類する。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。さらなる実施態様では、該方法は、前記癌患者にHDAC阻害剤以外の治療有効量の抗癌薬物を投与する追加のステップを包含する。
【０１０４】
一実施態様では、本明細書で提供するのは、HDAC阻害剤での抗癌療法に対して応答性である可能性を決定するために、癌患者をスクリーニングするための方法である。該方法は、患者からの腫瘍試料又は体液におけるTSPYL5発現のレベルを決定することを含む。発現基準と比較してTSPYL5発現のレベルが低いことが判明した患者を、HDAC阻害剤療法に対して応答性である可能性が最も高いと分類する。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。さらなる実施態様では、該方法は、前記癌患者に、治療有効量のHDAC阻害剤、例えばロミデプシンを投与する追加のステップを包含する。
【０１０５】
(TSPYL5発現のレベルの決定)
TSPYL5発現の決定を定量的に実施し、その結果、発現のレベルを決定することができる。このTSPYL5発現レベルを使用して、HDAC阻害剤療法に対する癌患者の抵抗性を、本明細書で提供する相関に基づいて予測する。一実施態様では、TSPYL5発現レベルが、TSPYL5発現の発現基準と等しい又はそれよりも低い場合、癌患者は、癌患者のランダムプールから算出されたHDAC阻害剤療法に対する応答性の平均的可能性と比較して、HDAC阻害剤療法、例えばロミデプシン療法に対して応答性である可能性が、より高いことが判明している。別の実施態様では、TSPYL5発現レベルが、TSPYL5発現の発現基準よりも高い場合、癌患者は、HDAC阻害剤療法、例えば、ロミデプシン療法に対して抵抗性である可能性があることが判明している。
【０１０６】
ヒトTSPYL5についてのヌクレオチド及びタンパク質配列は、例えば、国立生物工学情報センター(National Center for Biotechnology)(NCBI)によってNCBIリファレンス配列:NM_033512.2及び/又はGene-ID:85453で管理されているGenBankデータベース内のワールドワイドウェブ(ncbi.nlm.nih.gov)上で見ることができる。
【０１０７】
一実施態様では、TSPYL5遺伝子発現レベルの決定は、当業者に公知の1以上の方法によって実施される。一実施態様では、TSPYL5の発現は、タンパク質レベルで定量化される。一実施態様では、TSPYL5発現のレベルの決定は、抗体の使用に基づいている。別の実施態様では、TSPYL5の発現は、RNAレベルで定量化される。
【０１０８】
一実施態様では、TSPYL5タンパク質発現のレベルは、抗体(モノクローナルとポリクローナルの両方)を使用することによって検出される。この実施態様では、抗体は、TSPYL5タンパク質又はそのポリペプチドフラグメントと結合する、特異的に結合する因子として使用される。TSPYL5発現のレベルは、当技術分野で公知の様々な方法を使用して、腫瘍試料において測定することができる。例えば、定量PCRを使用して、血液などの体液中の循環腫瘍細胞におけるTSPYL5発現レベルを定量化することができる。
【０１０９】
一実施態様では、単一のアッセイにおいて、TSPYL5と特異的に結合する1以上の因子が使用されて、TSPYL5タンパク質レベルを決定する。TSPYL5タンパク質の特定の部分と相互作用することが知られているある種のタンパク質を、別の特異的に結合するタンパク質と結合させる。単一のアッセイにおいて2種の抗体を使用して、異なる翻訳様式のTSPYL5ポリペプチドの具体的なレベルを、2種の抗体を別々に測定することによって測定する。TSPYL5タンパク質の検出に使用するための因子の調製は、当業者に公知の方法(例えば、「分子生物学カレントプロトコル(Current Protocols in Molecular Biology)」、John Wiley & Sons社、1999に例示されている方法)によって行われる。
【０１１０】
別の実施態様では、TSPYL5タンパク質レベルの検出は、組織化学的染色、ウェスタンブロット分析、又は免疫沈降などの、当業者に公知の方法によって行われる。一実施態様では、TSPYL5タンパク質レベルを検出する方法は、ELISA、イムノPCRなどのイムノアッセイである。
【０１１１】
一実施態様では、TSPYL5 mRNAのレベルを測定することには、mRNAを用いたハイブリダイゼーション又は増幅の検出が含まれる。この検出は、定量PCR、遺伝子チップアレイなどの当業者に公知の方法の1つを使用する、インビトロでの又は組織試料における、mRNAの分析によって行われる(「分子生物学カレントプロトコル(Current Protocols in Molecular Biology)」、上記)。
【０１１２】
一実施態様では、本明細書で提供するのは、TSPYL5の1以上のポリヌクレオチドと厳密なアッセイ条件下でハイブリッド形成させることによって、腫瘍試料におけるTSPYL5遺伝子発現のレベルを決定するためのプローブのアレイである;ここでは、TSPYL5発現のレベルを使用して、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を特定する。
【０１１３】
別の実施態様では、本明細書で提供するのは、TSPYL5の1以上のmRNAと厳密なアッセイ条件下でハイブリッド形成させることによって、腫瘍試料におけるTSPYL5遺伝子発現のレベルを決定するためのプローブのアレイである。ここでは、TSPYL5発現のレベルを使用して、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を特定する。
【０１１４】
さらなる実施態様では、本明細書で提供するのは、腫瘍試料におけるTSPYL5タンパク質発現のレベルを決定するための抗体のアレイである。ここでは、TSPYL5発現のレベルを使用して、HDAC阻害剤療法に対する抵抗性のリスクがある癌患者を特定する。
【０１１５】
(治療の方法)
ある種の実施態様では、提供されるのは、癌を治療する方法である。癌は、異常細胞の非調節性成長及び拡散を特徴とする疾患の群である。癌には、限定はされないが、癌腫、肉腫、白血病、リンパ腫などが含まれる。ある種の実施態様では、癌は、造血器悪性腫瘍である。ある種の実施態様では、癌は、固形腫瘍である。
【０１１６】
ある種の実施態様では、本開示は、造血器悪性腫瘍の治療に関する。造血器悪性腫瘍の発現としては、循環悪性細胞及び悪性腫瘤が挙げられる。造血器悪性腫瘍は、血液、骨髄、及び/又はリンパ節に影響を与えるタイプの癌である。ロミデプシンを使用して治療することができる造血器悪性腫瘍としては、限定はされないが、以下が挙げられる:急性リンパ性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、ヘアリーセル白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、末梢性T細胞リンパ腫(PTCL)、多発性骨髄腫、及び骨髄異形成症候群。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、多発性骨髄腫を治療するために使用される。ある種の特定の実施態様では、癌は、再発性及び/又は難治性多発性骨髄腫である。他の実施態様では、ロミデプシンは、慢性リンパ球性白血病(CLL)を治療するために使用される。ある種の特定の実施態様では、癌は、再発性及び/又は難治性CLLである。他の実施態様では、ロミデプシンは、慢性骨髄性白血病(CML)を治療するために使用される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、急性リンパ性白血病(ALL)を治療するために使用される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、急性骨髄性白血病(AML)を治療するために使用される。ある種の実施態様では、癌は、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)である。他の実施態様では、癌は、末梢性T細胞リンパ腫(PTCL)である。ある種の実施態様では、癌は、骨髄異形成症候群である。
【０１１７】
本開示のいくつかの実施態様では、治療される癌としては、限定はされないが、白血病及びリンパ腫、例えば、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)、末梢性T細胞リンパ腫、ヒトT細胞リンパ球向性ウイルス(HTLV)に関連するリンパ腫(成人T細胞白血病/リンパ腫(ATLL)など)、B細胞リンパ腫、急性リンパ球性白血病、急性非リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、急性骨髄性白血病、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群が挙げられる。
【０１１８】
いくつかのこうした実施態様では、本開示は、肺、胸部、結腸、肝臓、膵臓、腎臓、前立腺、卵巣、及び/又は脳などの固形腫瘍の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、膵臓癌の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、腎癌の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、前立腺癌の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、肉腫の治療に関する。いくつかの実施態様では、本開示は、軟部組織肉腫の治療に関する。
【０１１９】
いくつかの実施態様では、治療することができる癌は、限定はされないが、以下を含めた固形癌である:中皮腫、頭頸部癌などの成人の一般的な固形腫瘍(例えば、口腔、咽頭、及び食道)、尿生殖器癌(例えば、前立腺、膀胱、腎臓、子宮、卵巣、精巣、直腸、及び結腸)、メラノーマ及び他の皮膚癌、胃癌、脳腫瘍、肝臓癌、及び甲状腺癌、及び/又は小児固形腫瘍(脳腫瘍、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、ウィルムス腫瘍、骨腫瘍、及び軟部肉腫など)。ある種の実施態様では、癌は、メラノーマである。他の実施態様では、癌は、胃癌である。いくつかの実施態様では、本開示は、固形腫瘍の治療に関する。
【０１２０】
併用療法を含めた、本明細書で提供する方法を使用して治療することができる癌としては、限定はされないが、結腸癌、肺癌、骨癌、膵臓癌、胃癌、食道癌、皮膚癌、脳癌、肝臓癌、卵巣癌、子宮頸癌、子宮癌、精巣癌、前立腺癌、膀胱癌、腎臓癌、及び神経内分泌癌が挙げられる。
【０１２１】
ある種の実施態様では、癌は、膵臓癌である。ある種の実施態様では、癌は、前立腺癌である。ある種の具体的実施態様では、前立腺癌は、ホルモン抵抗性前立腺癌である。
【０１２２】
いくつかの特定の実施態様では、提供されるのは、白血病を治療する方法である。いくつかの実施態様では、白血病は、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、又は成人T細胞白血病/リンパ腫である。
【０１２３】
いくつかの実施態様では、提供されるのは、リンパ腫を治療する方法である。いくつかの実施態様では、リンパ腫は、ホジキン又は非ホジキンリンパ腫(例えば、T-細胞リンパ腫、例えば末梢性T細胞リンパ腫、皮膚T細胞リンパ腫など)である。
【０１２４】
いくつかの実施態様では、本開示は、多発性骨髄腫及び/又は骨髄異形成症候群の治療に関する。
【０１２５】
HDAC阻害剤は、限定はされないが、経口、直腸内、経粘膜、経皮、腸管内、及び非経口を含めた、投与の様々な経路を使用して投与することができる。一実施態様では、HDAC阻害剤は、ロミデプシンである。
【０１２６】
一実施態様では、ロミデプシンは、静脈内投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、約1時間未満という時間をかけて静脈内投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、1〜6時間かけて静脈内投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、3〜4時間かけて静脈内投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、5〜6時間かけて静脈内投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、4時間かけて静脈内投与される。
【０１２７】
一実施態様では、ロミデプシンは、0.5mg/m2から28mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、0.5mg/m2から5mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、1mg/m2から25mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、1mg/m2から20mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、1mg/m2から15mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、2mg/m2から15mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、2mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、4mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、6mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、8mg/m2から12mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、8mg/m2から10mg/m2の範囲の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、約8mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、約9mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、約10mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、約11mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、約12mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、約13mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、約14mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、約15mg/m2の用量で投与される。
【０１２８】
一実施態様では、ロミデプシンは、28日周期の第1、8、及び15日に、4時間かけて、静脈内注入で14mg/m2の用量で投与される。一実施態様では、該周期は、28日毎に繰り返される。
【０１２９】
一実施態様では、1周期の過程を通して、漸増用量のロミデプシンが投与される。一実施態様では、1周期を通して、約8mg/m2の用量、続いて約10mg/m2の用量、続いて約12mg/m2の用量が投与される。
【０１３０】
一実施態様では、ロミデプシンは、経口的に投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、毎日、経口的に投与される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、10mg/m2から300mg/m2の範囲内で経口的に投与される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、25mg/m2から100mg/m2の範囲内で経口的に投与される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、100mg/m2から200mg/m2の範囲内で経口的に投与される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、200mg/m2から300mg/m2の範囲内で経口的に投与される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、300mg/m2超で、経口的に投与される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、50mg/m2から150mg/m2の範囲内で、経口的に投与される。他の実施態様では、経口投薬は、25mg/m2から75mg/m2の範囲である。一実施態様では、ロミデプシンは、1日おきに、経口的に投与される。一実施態様では、ロミデプシンは、3日、4日、5日、又は6日ごとに、経口的に投与される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、週1回、経口的に投与される。ある種の実施態様では、ロミデプシンは、1週おきに、経口的に投与される。
【０１３１】
一実施態様では、ロミデプシンは、28日周期の第1、8、及び15日に、50mg/m2の用量で経口的に投与される。一実施態様では、この周期が、28日ごとに繰り返される。
【０１３２】
一実施態様では、1周期の過程を通して、漸増用量のロミデプシンが投与される。一実施態様では、1周期を通して、約25mg/m2の用量、続いて約50mg/m2の用量、続いて約75mg/m2の用量が投与される。
【０１３３】
一実施態様では、1周期は、約25から約150mg/m2のロミデプシンの、3から4週間の毎日の投与、及び、その後の1又は2週間の休薬を含む。一実施態様では、治療が患者に施される周期の数は、約1から約40周期、又は約1から約24周期、又は約2から約16周期、又は約4から約3周期となるであろう。
【０１３４】
(投与)
いくつかの実施態様では、ロミデプシン及び/又はロミデプシンを含む組成物は、標準の投与レジメンに従って投与される。いくつかの実施態様では、ロミデプシン及び/又はロミデプシンを含む組成物は、短時間投与レジメンに従って投与される。
【０１３５】
(ロミデプシンの標準の投与)
いくつかの実施態様では、ロミデプシンの単位用量は、(体表面積あたり)約0.5mg/m2から約28mg/m2の範囲内である。いくつかの実施態様では、約6mg/m2から約18mg/m2の範囲が使用される。いくつかの実施態様では、該範囲は、約10mg/m2から約17mg/m2である。いくつかの実施態様では、具体的な単位用量は、10mg/m2、12mg/m2、13mg/m2、14mg/m2、及び15mg/m2である。
【０１３６】
いくつかの実施態様では、静脈内投与レジメンは、2週間の毎日の投与、4週間の週2回の投与、4週間の週3回の投与、及び様々な他の周期的スケジュール(例えば、21又は28日周期のうちの、第1、3、及び5日に;第4及び10日に;第1、8、及び15日に;第1及び15日に;第5及び12日に;又は第5、12、及び19日に)を含む。
【０１３７】
いくつかの実施態様では、ロミデプシンは、第1、8、及び15日に、4時間かけて、個々の単位用量で投与され、このクールが28日ごとに繰り返される。多くの場合、数クール(例えば、少なくとも4、少なくとも6、又はそれ以上)が施される。実際には、72ものクールが施される例が報告されている。いくつかの実施態様では、個々の単位用量が、4時間の注入によって投与される。
【０１３８】
(ロミデプシンの短時間投与)
1以上の個々の単位用量が、約1時間以下という時間をかけて静脈内投与される、ロミデプシンの短時間投与レジメンを利用することができる。いくつかの実施態様では、1以上の個々の用量が、約50分、40分、30分、20分、又はそれより短い時間をかけて静脈内投与される。約1時間(60分)未満という時間をかけて投与される少なくとも1つの単位用量を含む、いかなるレジメンも、本開示による短時間投与レジメンとみなすことができる。
【０１３９】
いくつかの実施態様では、レジメン内のすべての単位用量が、約1時間以下という時間をかけて静脈内投与される。いくつかの実施態様では、レジメン内のいくつかの単位用量のみが、約1時間以下という時間をかけて投与される。いくつかの実施態様では、レジメン内の1以上の単位用量が、静脈内投与以外の経路(例えば、経口、皮下、経鼻、局所など)によって投与される。
【０１４０】
ロミデプシンの短時間投与レジメンは、個々の単位用量が4時間かけて静脈内投与される、それに匹敵するレジメン(例えば、別の面で同一のレジメン)と比較した場合に、毒性又は有害事象の(特に、深刻な有害事象の)有意な増加を伴わずに施すことができる。一実施態様では、短時間投与レジメンは、28日周期のうちの第1、8、及び15日の約6〜14mg/m2の用量の4時間の静脈内注入によって投与されるロミデプシンの標準のレジメンと比較した場合に、毒性又は有害事象の(特に、深刻な有害事象の)有意な増加を伴わずに施すことができる。
【０１４１】
いくつかの実施態様では、ロミデプシンは、1以上の単位用量が(例えば約4時間という時間をかけるのではなく)約1時間未満という時間をかけて投与されること以外は標準の投与レジメンと同一である、短時間投与レジメンで投与される。
【０１４２】
特定の単位用量のロミデプシンの投与の量、タイミング、及び/又は経路が、治療される患者及び状態に応じて変動し得ることは、当業者には理解されるであろう。ある種の実施態様では、患者が応答している限り、周期は継続される。疾患の進行、治癒、又は寛解に到達する、又は、副作用が許容できなくなれば、治療法を停止することができる。有害な副作用はまた、投与されるロミデプシンの投薬量を低下させること、又は、投与が施されるスケジュールを調節することを必要とする。
【０１４３】
(医薬製剤)
一実施態様では、本明細書で提供されるのは、1以上の医薬として許容し得る担体と組み合わせて、活性成分としてのロミデプシン又はその医薬として許容し得る塩若しくは溶媒和物を含む医薬製剤である。一実施態様では、該医薬組成物は、少なくとも1種の非放出制御賦形剤又は担体を含む。一実施態様では、該医薬組成物は、少なくとも1種の放出制御及び少なくとも1種の非放出制御賦形剤又は担体を含む。
【０１４４】
ある種の実施態様では、本明細書で提供される医薬組成物に使用されるロミデプシンは、固体形態である。適切な固体形態としては、限定はされないが、ロミデプシンを含む固体形態、及びロミデプシンの塩を含む固体形態が挙げられる。ある種の実施態様では、本明細書で提供される固体形態としては、ロミデプシン及び/又はその塩を含む、多形、溶媒和物(水和物を含めて)、及び共結晶が挙げられる。ある種の実施態様では、固体形態は、非結晶形態のロミデプシン、又はその医薬として許容し得る塩若しくは溶媒和物である。
【０１４５】
一実施態様では、本明細書で提供する医薬組成物は、非経口投与のための様々な剤形に製剤化することができる。一実施態様では、本明細書で提供される医薬組成物は、単位剤形又は複数回剤形で提供することができる。単位剤形とは、本明細書で使用する場合、ヒト及び動物対象への投与に適しており、かつ、当分野で公知である通りに個々に梱包された、物理的に不連続な単位をいう。各単位用量は、必要とされる医薬担体又は賦形剤と共に、所望の治療効果をもたらすのに十分な、所定の量の活性成分(1種又は複数)を含有する。単位剤形の例としては、アンプル、シリンジ、及び個々に梱包された錠剤及びカプセルが挙げられる。単位剤形は、その分数量又は倍数量で投与することができる。複数回剤形は、分離された単位剤形で投与されることとなる、単一の容器内に梱包された複数の同一の単位剤形である。複数回剤形の例としては、バイアル、錠剤若しくはカプセルの瓶、又はパイント若しくはガロンの瓶が挙げられる。
【０１４６】
一実施態様では、本明細書で提供する医薬組成物は、一度に、又は時間間隔をあけて複数回投与することができる。厳密な投薬量及び治療の期間は、治療される患者の年齢、体重、及び状態によって変動する可能性があり、公知の試験プロトコルを経験的に使用して、又はインビボ又はインビトロ試験又は診断データからの推測によって決定することができることが理解されよう。いかなる特定の個人についても、具体的な投薬レジメンを、個々の必要性、及び製剤を投与する又は製剤の投与を指導する人物の専門的判断に従って、時間と共に調節するべきであることがさらに理解されよう。
【０１４７】
いくつかの実施態様では、該組成物は、溶液からの凍結乾燥によって調製される。特定の実施態様では、該組成物は、t-ブタノール及び水の溶液からの凍結乾燥によって調製される。いくつかの実施態様では、溶媒は、tert-ブタノールである。いくつかの実施態様では、溶媒は、tert-ブタノールと水との混合物である。いくつかの実施態様では、溶液は、(60:40)(v/v)のt-ブタノール及び水である。いくつかの実施態様では、pH調整剤は、無機酸である。一実施態様では、この無機酸は、塩酸である。
【０１４８】
(非経口投与)
一実施態様では、本明細書で提供する医薬組成物は、局所的又は全身的投与のために、注射、注入、植込によって、非経口的に投与することができる。非経口投与には、本明細書で使用する場合、静脈内、動脈内、腹腔内、クモ膜下、脳室内、尿道内、胸骨内、頭蓋内、筋肉内、滑液包内、及び皮下投与が含まれる。
【０１４９】
一実施態様では、本明細書で提供する医薬組成物は、液剤、懸濁剤、乳剤、ミセル、リポソーム、ミクロスフェア、ナノシステム、及び注射前に液体に溶解又は懸濁させるのに適した固体形態を含めた、非経口投与に適した任意の剤形に製剤化することができる。こうした剤形は、薬学分野の当業者に公知である従来の方法に従って調製することができる(例えば、Remingtonの文献「薬学の技術及び実践(The Science and Practice of Pharmacy)」(上記)を参照のこと)。
【０１５０】
一実施態様では、非経口投与を目的とする医薬組成物は、限定はされないが、水性ビヒクル、水混和性ビヒクル、非水性ビヒクル、微生物の成長に対する抗菌剤又は保存剤、安定剤、溶解性増強剤、等張剤、緩衝薬、酸化防止剤、局所麻酔薬、懸濁及び分散剤、湿潤又は乳化剤、錯化剤、金属イオン封鎖又はキレート剤、凍結防止剤、分散保護剤(lyoprotectant)、増粘剤、pH調整剤、及び不活性ガスを含めた、医薬として許容し得る1以上の担体及び賦形剤を含むことができる。
【０１５１】
一実施態様では、適切な水性のビヒクルとしては、限定はされないが、水、塩類溶液、生理食塩水又はリン酸緩衝生理食塩水(PBS)、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、等張性デキストロース注射液、滅菌水注射液、デキストロース及び乳酸塩リンゲル注射液が挙げられる。非水性ビヒクルとしては、限定はされないが、野菜由来の不揮発性油、ヒマシ油、トウモロコシ油、綿実油、オリーブ油、ラッカセイ油、ペパーミント油、サフラワー油、ゴマ油、ダイズ油、硬化植物油、硬化ダイズ油、及びヤシ油の中鎖トリグリセリド、及びパーム核油が挙げられる。水混和性ビヒクルとしては、限定はされないが、エタノール、1,3-ブタンジオール、液体ポリエチレングリコール(例えば、ポリエチレングリコール300及びポリエチレングリコール400)、プロピレングリコール、グリセリン、N-メチル-2-ピロリドン、N,N-ジメチルアセトアミド、並びにジメチルスルホキシドが挙げられる。
【０１５２】
一実施態様では、適切な抗菌剤又は保存剤としては、限定はされないが、フェノール、クレゾール、水銀剤、ベンジルアルコール、クロロブタノール、p-ヒドロキシ安息香酸メチル及びプロピル、チメロサール、塩化ベンザルコニウム(例えば塩化ベンゼトニウム)、メチル-及びプロピル-パラベン、並びにソルビン酸が挙げられる。適切な等張剤としては、限定はされないが、塩化ナトリウム、グリセリン、及びデキストロースが挙げられる。適切な緩衝薬としては、限定はされないが、リン酸塩及びクエン酸塩が挙げられる。適切な酸化防止剤は、亜硫酸水素塩及びメタ重亜硫酸ナトリウムを含めた、本明細書に記載する通りのものである。適切な局所麻酔薬としては、限定はされないが、塩酸プロカインが挙げられる。適切な懸濁及び分散剤は、カルボキシメチルセルロースナトリウム(sodium carboxymethylcelluose)、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンを含めた、本明細書に記載する通りのものである。適切な乳化剤は、モノラウリン酸ポリオキシエチレンソルビタン、モノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビタン80、及びオレイン酸トリエタノールアミンを含めた、本明細書に記載するものである。適切な金属イオン封鎖又はキレート剤としては、限定はされないが、EDTAが挙げられる。適切なpH調整剤としては、限定はされないが、水酸化ナトリウム、塩酸、クエン酸、及び乳酸が挙げられる。適切な錯化剤としては、限定はされないが、α-シクロデキストリン、β-シクロデキストリン、ヒドロキシプロピル-β-シクロデキストリン、スルホブチルエーテル-β-シクロデキストリン、及びスルホブチルエーテル7-β-シクロデキストリン(CAPTISOL(登録商標)、CyDex社、Lenexa、KS)を含めた、シクロデキストリンが挙げられる。
【０１５３】
一実施態様では、本明細書で提供する医薬組成物は、単回又は複数回投薬のために製剤化することができる。単回投与製剤は、アンプル、バイアル、又はシリンジに梱包される。複数回投薬用非経口製剤は、静菌又は静真菌濃度の抗菌剤を含有することができる。すべての非経口製剤は、当技術分野で公知であるかつ実践されている通り、無菌でなければならない。
【０１５４】
一実施態様では、該医薬組成物は、すぐに使用できる滅菌溶液として提供される。別の実施態様では、該医薬組成物は、使用前にビヒクルを用いて再溶解することとなる凍結乾燥粉末及び皮下注射用錠剤を含めた、無菌の乾燥した可溶性生成物として提供される。さらに別の実施態様では、該医薬組成物は、すぐに使用できる滅菌懸濁液として提供される。さらに別の実施態様では、該医薬組成物は、使用前にビヒクルを用いて再溶解することとなる無菌の乾燥した不溶性生成物として提供される。さらに別の実施態様では、該医薬組成物は、すぐに使用できる滅菌乳濁液として提供される。
【０１５５】
一実施態様では、本明細書で提供する医薬組成物は、遅延型、持続型、パルス型、制御型、標的型、及びプログラム型の放出形態を含めた、即効性又は改変型放出剤形として製剤化することができる。
【０１５６】
一実施態様では、該医薬組成物は、植込型デポー剤としての投与のための、懸濁液、固体、半固体、又は揺変性液体として製剤化することができる。一実施態様では、本明細書で提供する医薬組成物は、体液中では溶解しないが医薬組成物中の活性成分を膜を通して拡散させる外側の高分子膜に囲まれた、内側の固体マトリックス中に分散される。
【０１５７】
一実施態様では、適切な内側マトリックスとしては、ポリメチルメタクリレート、ポリブチル-メタクリレート、可塑化又は非可塑化ポリ塩化ビニル、可塑化ナイロン、可塑化ポリエチレンテレフタレート、天然ゴム、ポリイソプレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリエチレン、エチレン-酢酸ビニルコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、シリコーン・炭酸塩コポリマー、親水性ポリマー(アクリル酸及びメタクリル酸のエステルのヒドロゲルなど)、コラーゲン、架橋ポリビニルアルコール、及び架橋された部分的に加水分解されたポリ酢酸ビニルが挙げられる。
【０１５８】
一実施態様では、適切な外側の高分子膜としては、ポリエチレン、ポリプロピレン、エチレン/プロピレンコポリマー、エチレン/アクリル酸エチルコポリマー、エチレン/酢酸ビニルコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、ネオプレンゴム、塩素化ポリエチレン、ポリ塩化ビニル、酢酸ビニルとの塩化ビニルコポリマー、塩化ビニリデン、エチレン及びプロピレン、アイオノマーポリエチレンテレフタレート、ブチルゴム、エピクロロヒドリンゴム、エチレン/ビニルアルコールコポリマー、エチレン/ビニルオキシエタノールコポリマー、及びエチレン/酢酸ビニル/ビニルアルコールターポリマーが挙げられる。
【０１５９】
(経口投与)
経口投与のための、本明細書で提供する医薬組成物は、経口投与用の固体、半固体、又は液体剤形で提供することができる。本明細書で使用する場合、経口投与には、口腔内、舌上(lingual)、及び舌下投与も含まれる。適切な経口剤形としては、限定はされないが、錠剤、ファストメルト(fastmelt)、咀嚼錠、カプセル、丸薬、ストリップ(strip)、トローチ、ロゼンジ、香錠、カシェ剤、ペレット、医薬用チューインガム、バルク粉末(bulk powder)、発泡性若しくは非発泡性の散剤若しくは顆粒剤、経口用噴霧剤、液剤、乳剤、懸濁剤、オブラート、微粒子剤(sprinkle)、エリキシル剤、及びシロップ剤が挙げられる。医薬組成物は、活性成分(1種又は複数)に加えて、限定はされないが結合剤、充填剤、希釈剤、崩壊剤、湿潤剤、滑沢剤、滑剤、着色剤、移染阻害剤、甘味剤、着香料、乳化剤、懸濁及び分散剤、保存剤、溶媒、非水性の液体、有機酸、及び二酸化炭素源を含めた、1種以上の医薬として許容し得る担体又は賦形剤を含有することができる。
【０１６０】
結合剤又は造粒剤(granulator)は、錠剤に凝集性を付与して、圧縮後も錠剤が損傷しないことを確実にする。適切な結合剤又は造粒剤としては、限定はされないが、トウロモロコシデンプン、バレイショデンプン、及びアルファ化デンプン(例えば、STARCH 1500)などのデンプン;ゼラチン;スクロース、グルコース、デキストロース、糖蜜、及びラクトースなどの糖;アカシアゴム、アルギン酸、アルギナート、ヤハズツノマタの抽出物、パンワールガム(panwar gum)、ガッチゴム、オオバコ外皮(isabgol husk)の粘質物、カルボキシメチルセルロース、メチルセルロース、ポリビニルピロリドン(PVP)、Veegum、カラマツアラボガラクタン(larch arabogalactan)、粉末状のトラガカント、及びグアーガムなどの天然及び合成のゴム;エチルセルロース、酢酸セルロース、カルボキシメチルセルロースカルシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース(HEC)、ヒドロキシプロピルセルロース(HPC)、ヒドロキシプロピルメチルセルロース(HPMC)などのセルロース;AVICEL-PH-101、AVICEL-PH-103、AVICEL RC-581、AVICEL-PH-105(FMC社、Marcus Hook、PA)などの微結晶セルロース;並びにそれらの混合物が挙げられる。適切な充填剤としては、限定はされないが、タルク、炭酸カルシウム、微結晶セルロース、粉末状セルロース、デキストレート(dextrate)、カオリン、マンニトール、ケイ酸、ソルビトール、デンプン、アルファ化デンプン、及びそれらの混合物が挙げられる。本明細書で提供する医薬組成物中の結合剤又は充填剤の量は、製剤の種類によって変動し、当業者に容易に認識可能である。結合剤又は充填剤は、本明細書で提供する医薬組成物中に約50から約99%の重量で存在することができる。
【０１６１】
適切な希釈剤としては、限定はされないが、リン酸二カルシウム、硫酸カルシウム、ラクトース、ソルビトール、スクロース、イノシトール、セルロース、カオリン、マンニトール、塩化ナトリウム、乾燥デンプン、及び粉糖が挙げられる。マンニトール、ラクトース、ソルビトール、スクロース、及びイノシトールなどのある種の希釈剤は、十分な量で存在する場合、ある種の圧縮錠剤に、咀嚼による口内での崩壊を可能にするという特性を付与する。こうした圧縮錠剤は、咀嚼錠として使用することができる。本明細書で提供する医薬組成物中の希釈剤の量は、製剤の種類によって変動し、当業者に容易に認識可能である。
【０１６２】
適切な崩壊剤としては、限定はされないが、寒天;ベントナイト;メチルセルロース及びカルボキシメチルセルロースなどのセルロース;木材生成物;海綿;陽イオン交換樹脂;アルギン酸;グアーガム及びVeegum HVなどのゴム;柑橘類果肉;クロスカルメロースなどの架橋セルロース;クロスポビドンなどの架橋ポリマー;架橋デンプン;炭酸カルシウム;デンプングリコール酸ナトリウムなどの微結晶セルロース;ポラクリリン・カリウム;トウロモロコシデンプン、バレイショデンプン、タピオカデンプン、及びアルファ化デンプンなどのデンプン;粘土;アライン(align);並びにそれらの混合物が挙げられる。本明細書で提供する医薬組成物中の崩壊剤の量は、製剤の種類によって変動し、当業者に容易に認識可能である。本明細書で提供する医薬組成物中の崩壊剤の量は、製剤の種類によって変動し、当業者に容易に認識可能である。本明細書で提供する医薬組成物は、重量で約0.5から約15%又は約1から約5%の崩壊剤を含有することができる。
【０１６３】
適切な滑沢剤としては、限定はされないが、ステアリン酸カルシウム;ステアリン酸マグネシウム;鉱油;軽油;グリセリン;ソルビトール;マンニトール;ベヘン酸グリセロール及びポリエチレングリコール(PEG)などのグリコール;ステアリン酸;ラウリル硫酸ナトリウム;タルク;ラッカセイ油、綿実油、ヒマワリ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、及びダイズ油を含めた硬化植物油;ステアリン酸亜鉛;オレイン酸エチル;ラウリン酸エチル;寒天;デンプン;ライカポジウム;AEROSIL(登録商標)200(W.R.Grace社、Baltimore、MD)及びCAB-O-SIL(登録商標)(Cabot社、Boston、MA)などのシリカ又はシリカゲル;及びこれらの混合物が挙げられる。本明細書で提供する医薬組成物は、重量で約0.1から約5%の滑沢剤を含有することができる。
【０１６４】
適切な滑剤としては、限定はされないが、コロイド状二酸化ケイ素、CAB-O-SIL(登録商標)(Cabot社、Boston,MA)、及びアスベストを含まないタルクが挙げられる。適切な着色剤としては、限定はされないが、認可された食用の水溶性FD&C染料、及びアルミナ水和物に懸濁させた非水溶性FD&C染料、及びレーキ顔料のいずれか、並びにそれらの混合物が挙げられる。レーキ顔料は、不溶性形態の染料をもたらす、水溶性染料の重金属水和酸化物への吸着による組み合わせである。適切な着香料としては、限定はされないが、果実などの植物から抽出された天然のフレーバー、及び、ペパーミント及びサリチル酸メチルなどの心地よい味覚をもたらす化合物の合成混和物が挙げられる。適切な甘味剤としては、限定はされないが、スクロース、ラクトース、マンニトール、シロップ、グリセリン、並びにサッカリン及びアスパルテームなどの人工甘味料が挙げられる。適切な乳化剤としては、限定はされないが、ゼラチン、アカシアゴム、トラガカント、ベントナイト、並びにモノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビタン(TWEEN(登録商標)20)、モノオレイン酸ポリオキシエチレンソルビタン80(TWEEN(登録商標)80)、及びオレイン酸トリエタノールアミンなどの界面活性剤が挙げられる。適切な懸濁及び分散剤としては、限定はされないが、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ペクチン、トラガカント、Veegum、アカシアゴム、ナトリウムカルボメチルセルロース(sodium carbomethylcellulose)、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、及びポリビニルピロリドンが挙げられる。
【０１６５】
適切な保存剤としては、限定はされないが、グリセリン、メチル及びプロピルパラベン、安息香酸、安息香酸ナトリウム、及びアルコールが挙げられる。適切な湿潤剤としては、限定はされないが、モノステアリン酸プロピレングリコール、モノオレイン酸ソルビタン、モノラウリン酸ジエチレングリコール、及びポリオキシエチレンラウリルエーテルが挙げられる。適切な溶媒としては、限定はされないが、グリセリン、ソルビトール、エチルアルコール、及びシロップが挙げられる。乳剤に利用する適切な非水性の液体としては、限定はされないが、鉱油及び綿実油が挙げられる。適切な有機酸としては、限定はされないが、クエン酸及び酒石酸が挙げられる。適切な二酸化炭素源としては、限定はされないが、炭酸水素ナトリウム及び炭酸ナトリウムが挙げられる。
【０１６６】
多くの担体及び賦形剤は、同じ製剤内にあっても、複数の機能を果たすことができることを理解するべきである。
【０１６７】
経口投与のための、本明細書で提供する医薬組成物は、圧縮錠剤、湿製錠剤、咀嚼ロゼンジ、速溶性錠剤、多重圧縮錠剤、又は腸溶コーティング錠、糖衣、若しくはフィルムコーティング錠として提供することができる。腸溶コーティング錠は、胃酸の働きに耐えるが、腸内で溶解又は分解する物質でコーティングされ、それによって活性成分が胃の酸性環境から保護される圧縮錠剤である。腸溶コーティングとしては、限定はされないが、脂肪酸、脂肪、サリチル酸フェニル、蝋、シェラック、アンモニア処理シェラック(ammoniated shellac)、及び酢酸フタル酸セルロースが挙げられる。糖衣錠は、不快な味や臭いを隠すのに、また、錠剤を酸化から保護するのに有益であり得る糖衣で囲まれた圧縮錠剤である。フィルムコーティング錠は、水溶性材料の薄層又はフィルムで被覆された圧縮錠剤である。フィルムコーティングとしては、限定はされないが、ヒドロキシエチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリエチレングリコール4000、及び酢酸フタル酸セルロースが挙げられる。フィルムコーティングは、糖衣と同様の一般特性を付与する。多重圧縮錠剤は、層状錠剤及び圧縮コーティング(press-coated)又は乾燥コーティング(dry-coated)錠を含めた、2以上の圧縮サイクルによって製造される圧縮錠剤である。
【０１６８】
錠剤剤形は、単独の、又は本明細書に記載する1種以上の担体又は賦形剤(結合剤、崩壊剤、制御放出ポリマー、滑沢剤、希釈剤、及び/又は着色料を含めて)と組み合わせた、粉末状、結晶性、又は顆粒状の活性成分から調製することができる。咀嚼錠及びロゼンジの形成では、着香料及び甘味剤が特に有用である。
【０１６９】
経口投与のための、本明細書で提供する医薬組成物は、ゼラチン、メチルセルロース、デンプン、又はアルギン酸カルシウムから製造されるソフト又はハードカプセルとして提供することができる。乾燥充填カプセル(DFC)としても公知であるハードゼラチンカプセルは、2つの部分で構成されており、一方が他方をすっぽり覆うので、活性成分が完全に封入される。軟弾性カプセル(SEC)は、グリセリン、ソルビトール、又は同様のポリオールの添加によって可塑化された、ゼラチンシェルなどの柔らかい球状のシェルである。ソフトゼラチンシェルは、微生物の成長を妨げるための保存剤を含有することができる。適切な保存剤は、メチル-及びプロピル-パラベン、並びにソルビン酸を含めた、本明細書に記載する通りのものである。本明細書で提供する液体、半固体、及び固体剤形は、カプセルに封入することができる。適切な液体及び半固体剤形としては、炭酸プロピレン、植物油、及びトリグリセリド中の溶液及び懸濁液が挙げられる。こうした溶液を含有するカプセルは、米国特許第4,328,245号;第4,409,239号;及び第4,410,545号に記載されている通りに調製することができる。これらのカプセルは、活性成分の溶解を改変する又は持続させるために、当業者に公知である通りにコーティングすることもできる。
【０１７０】
経口投与のための、本明細書で提供する医薬組成物は、乳剤、液剤、懸濁剤、エリキシル剤、及びシロップ剤を含めた、液体及び半固体剤形で提供することができる。乳剤は二相系であり、一方の液体が、もう一方の液体の全体にわたって小球の形で分散されており、これは、水中油型又は油中水型であり得る。乳剤は、医薬として許容し得る非水性の液体又は溶媒、乳化剤、及び保存剤を含むことができる。懸濁剤は、医薬として許容し得る懸濁化剤及び保存剤を含むことができる。水性のアルコール性液剤は、低級アルキルアルデヒドのジ(低級アルキル)アセタールなどの医薬として許容し得るアセタール、例えば、アセトアルデヒドジエチルアセタール;並びに1以上のヒドロキシル基を有する水混和性の溶媒(プロピレングリコール及びエタノールなど)を含むことができる。エリキシル剤は、透明で甘味のある、水性アルコール性の液剤である。シロップ剤は、糖、例えばスクロースの濃縮された水溶液であり、かつ、保存剤を含有することもできる。液体剤形については、例えば、ポリエチレングリコール溶液を、好都合には投与のために計量することとなる十分な量の医薬として許容し得る液体担体(例えば水)で希釈することができる。
【０１７１】
他の有用な液体及び半固体剤形としては、限定はされないが、本明細書で提供する活性成分(1種又は複数)と、ジアルキル化モノ-又はポリ-アルキレングリコール(1,2-ジメトキシメタン、ジグリム、トリグリム、テトラグリム、ポリエチレングリコール-350-ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール-550-ジメチルエーテル、ポリエチレングリコール-750-ジメチルエーテル(ここでは、350、550、及び750は、ポリエチレングリコールのおよその平均分子量を指す)を含めて)とを含有するものが挙げられる。これらの製剤は、1種以上の酸化防止剤、例えば、ブチルヒドロキシトルエン(BHT)、ブチルヒドロキシアニソール(BHA)、没食子酸プロピル、ビタミンE、ヒドロキノン、ヒドロキシクマリン、エタノールアミン、レシチン、セファリン、アスコルビン酸、リンゴ酸、ソルビトール、リン酸、亜硫酸水素塩、メタ重亜硫酸ナトリウム、チオジプロピオン酸及びそのエステル、並びにジチオカルバミン酸塩などをさらに含むことができる。
【０１７２】
経口投与のための、本明細書で提供する医薬組成物は、リポソーム、ミセル、ミクロスフェア、又はナノシステムの形状で提供することもできる。ミセル剤形は、米国特許第6,350,458号に記載されている通りに調製することができる。
【０１７３】
経口投与のための、本明細書で提供する医薬組成物は、液体剤形に再溶解することになる非発泡性又は発泡性の顆粒剤及び散剤として提供することができる。非発泡性の顆粒剤又は散剤に使用される、医薬として許容し得る担体及び賦形剤としては、希釈剤、甘味料、及び湿潤剤が含まれ得る。発泡性の顆粒剤又は散剤に使用される、医薬として許容し得る担体及び賦形剤としては、有機酸及び二酸化炭素源が含まれ得る。
【０１７４】
先述の剤形のすべてにおいて、着色料及び着香料を使用することができる。
【０１７５】
経口投与のための、本明細書で提供する医薬組成物は、遅延型、持続型、パルス型、制御型、標的型、及びプログラム型の放出形を含めた、即効性又は改変型放出剤形として製剤化することができる。
【０１７６】
(キット)
一実施態様では、キットは、HDAC阻害剤を充填した容器、TSPYL5遺伝子及び/又はタンパク質を検出するための試薬、及び、癌を有する患者におけるTSPYL5遺伝子及び/又はタンパク質の発現のレベルを検出するための説明書を含む。
【０１７７】
ある種の実施態様では、該キットは、TSPYL5 mRNAに特異的に結合する1以上のプローブを含む。ある種の実施態様では、該キットは、洗浄液をさらに含む。ある種の実施態様では、該キットは、ハイブリダイゼーションアッセイを実施するための試薬、TSPYL5 mRNA単離又は精製手段、検出手段、並びに陽性及び陰性対照をさらに含む。ある種の実施態様では、該キットは、該キットを使用するための説明書をさらに含む。該キットは、在宅使用、臨床使用、又は研究使用のためにあつらえることができる。
【０１７８】
ある種の実施態様では、本明細書で提供するのは、TSPYL5タンパク質レベルを検出するためのキットである。ある種の実施態様では、該キットは、タンパク質バイオマーカーを認識する抗体でコーティングしたディップスティック、洗浄液、アッセイを実施するための試薬、タンパク質単離又は精製手段、検出手段、並びに陽性及び陰性対照を含む。ある種の実施態様では、該キットは、該キットを使用するための説明書をさらに含む。該キットは、在宅使用、臨床使用、又は研究使用のためにあつらえることができる。
【０１７９】
こうしたキットは、例えば、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、試験紙、フィルター、ミクロスフェア、スライド、マルチウェルプレート、又は光ファイバーを用いることができる。キットの固形状支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物(precipitate)、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖類、毛細管、フィルム、プレート、又はスライドであり得る。生体試料は、例えば、細胞培養物、細胞株、組織、口腔内組織、胃腸組織、器官、細胞小器官、体液、血液試料、尿試料、又は皮膚試料であり得る。
【０１８０】
一実施態様では、キットは、ロミデプシンの剤形を含む。キットは、薬理学的に活性なロミデプシンの誘導体をさらに含むことができる。
【０１８１】
他の実施態様では、キットは、活性成分を投与するために使用される装置をさらに含むことができる。こうした装置の例としては、限定はされないが、シリンジ及び点滴用バッグが挙げられる。
【０１８２】
一実施態様では、キットは、1以上の活性成分を投与するために使用することができる、医薬として許容し得るビヒクルをさらに含むことができる。例えば、活性成分が、非経口投与のために再溶解する必要がある固体形態で提供される場合、該キットは、活性成分を溶解して非経口投与に適した無粒子の滅菌溶液を形成することができる、適切なビヒクルの密封容器を含むことができる。医薬として許容し得るビヒクルの例としては、限定はされないが、以下を挙げることができる:USP注射用水;水性ビヒクル、例えば、限定はされないが、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、デキストロース(ブドウ糖)注射液、デキストロース(ブドウ糖)及び塩化ナトリウム注射液、並びに乳酸塩リンゲル注射液など;水混和性ビヒクル、例えば、限定はされないが、エチルアルコール、ポリエチレングリコール、及びポリプロピレングリコールなど;並びに非水性のビヒクル、例えば、限定はされないが、トウモロコシ油、綿実油、ラッカセイ油、ゴマ油、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピル、及び安息香酸ベンジルなど。
【０１８３】
別段の定義がない限り、本明細書で使用するすべての技術用語及び科学用語は、当業者に一般的に知られている意味と一致する。本明細書に挙げたすべての刊行物、特許、公開特許出願、及び他の参考文献の内容全体を、参照により本明細書に組み込む。本開示の実施態様は、互いに矛盾するとみなされるべきではなく、かつ、組み合わせることが可能である。
【実施例】
【０１８４】
以下の実施例は、限定ではなく、例示の目的で提供される。
【０１８５】
(実施例1.S値の定義及び計算)
HDAC阻害剤処理に対する細胞の感受性を、そのS値(S)として表す。S値は、IC50と、IC50を決定するために使用される最大薬物濃度での成長率(GR)の値を合計することによってもたらされる、無次元の化合物値である。IC50及びGRのS値の等しい重み付けを実現するために、下の式中に、項(最大薬物濃度/200)を加える。
S=IC50+(GR+100)×(最大薬物濃度/200)
S値の計算の例及びGRの説明については、図1を参照のこと。
【０１８６】
S値は、化合物濃度に対する阻害のグラフから得られる曲線下面積(Area Under the Curve)(AUC)値と高度に相関しており、これらの2つの値は、互換的に使用することができる。
【０１８７】
細胞成長IC50及び所与の薬物濃度でのGRを決定するために、実験の開始時に存在する細胞の数の割合としての、薬物濃度に対する成長をプロットした。細胞を96ウェルプレートにプレーティングし、一晩、接着及び成長させた。翌日、細胞を、連続希釈の試験化合物で処理した。第0日(プレーティングの24時間後)と第3日(試験化合物の添加の72時間後)に、Cell Titer-Gloを使用して、生存可能な細胞を測定した。成長は、第0日に対して算出した。説明試料グラフを、図1に示す。
【０１８８】
このプロットによって、2つの鍵となるデータ、IC50値と、最高試験化合物濃度での成長率(%)(GR)がもたらされた。ロミデプシンについて試験される最高濃度は、1000nMであった。
【０１８９】
これらの実験におけるIC50は、0〜1000nMの範囲であったであろう。所与のIC50値、すなわち試料プロット(図1)において示される97.35nMを、S値の計算において、その数値、97.35として加えた(図1)。試験される最高薬物濃度での成長は、-100から+100の範囲であった。S値の計算については、観察された成長の数値に、100を加えた結果、正の数のみがもたらされた(100を加えた後、範囲は0〜200となった)。IC50、及び試験される最大薬物濃度での成長は、異なる数値範囲(0〜200に対して0〜1000)を有するので、成長阻害の値に、最大薬物濃度/200を乗じた。これは、所与の例では、IC50とGRの両方によって、S値に0〜1000の値が与えられたであろうことを意味する。
【０１９０】
図1参照:
S値=IC50+(1000nMでの成長阻害+100)×5
= 97.35+(-79.5+100)×5=199.85.
【０１９１】
(実施例2.様々な細胞株におけるロミデプシン対する感受性)
細胞株パネル生存率スクリーニングを使用して、非常に様々な細胞株にわたる、ロミデプシンでの6時間及び72時間処理の効果を比較した。試験された細胞株の大部分は、72時間アッセイでは、ロミデプシンに対する感受性を示したが、様々な細胞株では、6時間の曝露では、ロミデプシンに対する感受性の有意な差が示された。S値を、6時間処理についてコンピュータ計算すると、最も感受性が高い細胞株についての5から、最も抵抗性の高い細胞株についての2000までの範囲であった。これらの結果を、図2A及び2Bに示す。その発現がHDAC阻害剤処理に対する感受性と相関する遺伝子を同定するために、2元配置のANOVAを適用して、感受性と相関する遺伝子を選択した。乳房、結腸、及び卵巣由来の24の固形腫瘍細胞株を使用して(これらの、3腫瘍型由来の株は、広範囲のS値を有するので)、これらの2群の間で有意に異なる254個の独特のプローブを特定した。抵抗性サブグループの中の最も過剰に発現していた遺伝子、ABCB1(Res/Sen=29.6)は、ロミデプシン治療に対する抵抗性を引き起こすことが公知である。この手法によって、組織起源ではなくHDAC阻害剤治療に対する抵抗性及び/又は感受性と相関する新規の遺伝子が同定された。この手法を使用して、TSPYL5遺伝子の発現が、ロミデプシンに対する抵抗性と相関することが判明した。
【０１９２】
(実施例3.TSPYL5発現は、細胞株スクリーニングにおけるロミデプシンに対する抵抗性と相関する)
細胞株パネル生存率スクリーニングを使用して、非常に様々な細胞株にわたるロミデプシンの効果を比較し、図3に示した。
【０１９３】
このデータは、TSPYL5の発現が、試験細胞株におけるロミデプシンに対する抵抗性と相関することを示す。高レベルのTSPYL5を発現している細胞株はいずれも、ロミデプシン又はパノビノスタットでの処理に対して感受性ではなかったのに対し、これらの2種のHDAC阻害剤での処理に対して感受性であるすべての細胞株は、TSPYL5のベースライン発現を有していたことが実証された。
【０１９４】
(実施例4.TSPYL5発現は、患者の原発腫瘍外植体におけるロミデプシンに対する抵抗性と相関する)
ヒト原発腫瘍は、マウス内で増殖させた。腫瘍は、分離し、ロミデプシンに対する感受性を、クローン形成アッセイを使用して試験した。
【０１９５】
Hamburger & Salmon (Hamburger AW、Salmon SE.の文献、「ヒト腫瘍幹細胞の一次バイオアッセイ(Primary bioassay of human tumor stem cells.」Science 197:461 (1977))によって導入された改変された二層軟寒天アッセイに従って、24ウェルフォーマットで、クローン形成アッセイを実施した。簡単に言うと、細胞を、0.4%(w/v)寒天を添加した成長培地の最下層に播種した。細胞を、0.4%(w/v)寒天を添加した0.2mlの同じ培地中に添加した。試験化合物を、適用し、培地で希釈した。培養物を、加湿雰囲気中で37℃及び7.5% CO2で、最高21日間インキュベートした。4〜21日後、コロニーを計数し、薬物の効果を、非処理対照に対するコロニー形成率として表した。
【０１９６】
図4に示すグラフは、クローン形成アッセイを用いて得られたロミデプシンIC50に対するTSPYL5の発現を示す。高いTSPYL5発現を有する原発腫瘍は、ロミデプシンでの処理に対して抵抗性であった。
【０１９７】
(実施例5.ロミデプシンに対する感受性に対する、TSPYL5のノックダウンの影響)
TSPYL5発現のノックダウンが、ロミデプシン処理に対する感受性を増大させることが示された。結果を、下の表1及び図5に示す。
【０１９８】
表1.shRNAを用いるSKOV3細胞におけるTSPYL5発現のノックダウンが、ロミデプシンに対する感受性を増大させる
【表１】
2015534638.tif 000008
【０１９９】
ロミデプシン処理のIC50、GR、及びS値に対する、shRNAを使用してTSPYL5発現をノックダウンする影響。TSPYL5 shRNA(SKOV3 TSPYL5 KD)又は非サイレンシング対照shRNA(SKOV3 NS)を発現しているSKOV3細胞を、レンチウイルス感染を使用して作製した。ウェスタンブロット及び定量PCRを使用して、SKOV3 TSPYL5 KD細胞におけるTSPYL5のノックダウンを確認した。これらの細胞におけるTSPYL5の発現は、70%低下した。ピューロマイシンを用いる安定なプールの選択後、細胞を、IC50、GR、及びS値の決定のために、様々な濃度のロミデプシンで処理した。5つの独立した実験からのデータを示す。SKOV3 TSPYL5 KD細胞は、より低いIC50を有し、より強い成長率(GR)を示し、したがって、S値が、SKOV3 NS細胞よりも小さく、これは、これらの細胞が、ロミデプシンでの処理に対して、より感受性が高いことを意味している。このデータを、図5にプロットする。2株の間の差は、有意であった(対応のあるt検定)。
【０２００】
(実施例6.パノビノスタットに対する感受性に対する、TSPYL5のノックダウンの影響)
shRNAを用いるTSPYL5のノックダウンが、パノビノスタット処理に対するSKOV3細胞の感受性を増大させることが示された。結果を、下の図7に示す。
【０２０１】
(実施例7.ロミデプシンに対するヒト皮膚線維芽細胞の感受性に対する、TSPYL5のノックダウンの影響)
shRNAを用いるTSPYL5のノックダウンが、ロミデプシン処理に対するヒト皮膚線維芽(HDF)細胞の感受性を増大させることが示された。結果を、図8に示す。
【０２０２】
本明細書に挙げたすべての刊行物、特許、及び特許出願を、まるで、それぞれ個々の刊行物、特許、又は特許出願が、具体的かつ個々に参照によって組み込まれることが示されるかのような程度まで、参照によって本明細書に組み込む。
【０２０３】
本開示を、例示的な実施態様に関して上に記載してきた。しかし、この開示を読む当業者は、本開示の範囲を逸脱せずに、この例示的な実施態様に対して変更及び改変を行うことができることを認識するであろう。この変更及び改変は、以下の特許請求の範囲で表される通りの本開示の範囲内に含まれるものとする。
【図１】
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【図２Ａ−Ｂ】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【国際調査報告】
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