(57)【要約】本発明は、複数の分析成分を伴う試料を、疾患または状態の診断、予後診断、またはモニタリングにおいて使用する方法を提供する。本発明はまた、疾患または状態のマーカーを同定する方法も提供する。本発明は一般に、無細胞体液、食細胞、循環小胞、および循環罹病細胞から選択される２つ以上の異なる成分の組合せを、疾患または状態の診断、予後診断、またはモニタリングにおいて使用する方法に関する。本発明はまた、組合せを使用して、疾患または状態のマーカーを同定する方法にも関する。
2015522260.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象における疾患もしくは状態を診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の診断を援助する方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記対象から単離された対照細胞の集団であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の存在を示すステップと
を含む方法。
【請求項２】
対象において疾患または状態を発症する危険性を評価するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態を発症する危険性を示すステップと
を含む方法。
【請求項３】
対象における疾患もしくは状態を予後診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の予後診断を援助する方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の予後を示すステップと
を含む方法。
【請求項４】
対象における疾患または状態について処置の有効性を評価するための方法であって、
ａ）前記処置の前に前記対象から単離された無細胞体液、前記処置の前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記処置の前に前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記処置の前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記処置の前に前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記処置の前に前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）前記処置の後で前記対象から単離された無細胞体液、前記処置の後で前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記処置の後で前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記処置の後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記処置の後で前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記処置の後で前記対象から単離された対照細胞の集団であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態についての前記処置の有効性を示すステップと
を含む方法。
【請求項５】
対象における疾患または状態の進行または後退をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において前記対象から単離された無細胞体液、第１の時点において前記対象から単離された食細胞の集団、第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、第１の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団、および第１の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、第１の時点において前記対象から単離された非食細胞の集団、および第１の時点において前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）第２の時点において前記対象から単離された無細胞体液、第２の時点において前記対象から単離された食細胞の集団、第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、第２の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団、および第２の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、第２の時点において前記対象から単離された非食細胞の集団、および第２の時点において前記対象から単離された対照細胞の集団であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態の進行または後退を示すステップと
を含む方法。
【請求項６】
対象における疾患または状態を改善または処置することが可能な化合物を同定するための方法であって、
ａ）前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された無細胞体液、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された無細胞体液、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された食細胞の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与した後で、前記対象から単離された対照細胞の集団であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記化合物が、前記対象における前記疾患または状態を改善または処置することが可能であることを示すステップと
を含む方法。
【請求項７】
対象における疾患または状態について処置の有効性を評価するための方法であって、
ａ）前記処置の前に前記対象から単離された無細胞体液、前記処置の前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記処置の前に前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記処置の前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記処置の後で前記対象から単離された無細胞体液、前記処置の後で前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記処置の後で前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであり、前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態についての前記処置の有効性を示すステップと
を含む方法。
【請求項８】
対象における疾患または状態の進行または後退をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において前記対象から単離された無細胞体液、第１の時点において前記対象から単離された食細胞の集団、第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、第１の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団、および第１の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）第２の時点において前記対象から単離された無細胞体液、第２の時点において前記対象から単離された食細胞の集団、第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、第２の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団、および第２の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの差異を同定するステップであり、前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態の進行または後退を示すステップと
を含む方法。
【請求項９】
対象における疾患または状態を改善または処置することが可能な化合物を同定するための方法であって、
ａ）前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された無細胞体液、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された無細胞体液、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された食細胞の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記同定された差異は、前記化合物が、前記対象における前記疾患または状態を改善または処置することが可能であることを示すステップと
を含む方法。
【請求項１０】
対象における疾患もしくは状態を診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の存在を示すステップと
を含む方法。
【請求項１１】
対象において疾患または状態を発症する危険性を評価するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象において前記疾患または状態を発症する危険性を示すステップと
を含む方法。
【請求項１２】
対象における疾患もしくは状態を予後診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の予後診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の予後を示すステップと
を含む方法。
【請求項１３】
対象における疾患または状態について処置の有効性を評価するための方法であって、
ａ）前記処置の前に前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記処置の前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記処置の前に前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）前記処置の後で前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記処置の後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記処置の後で前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態についての前記処置の有効性を示すステップと
を含む方法。
【請求項１４】
対象における疾患または状態の進行または後退をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および第１の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および第１の時点において前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）第２の時点において前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および第２の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および第２の時点において前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態の進行または後退を示すステップと
を含む方法。
【請求項１５】
対象における疾患または状態を改善または処置することが可能な化合物を同定するための方法であって、
ａ）前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記化合物が、前記対象における前記疾患または状態を改善または処置することが可能であることを示すステップと
を含む方法。
【請求項１６】
対象における疾患または状態のための処置の有効性を評価するための方法であって、
ａ）前記処置の前に前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記処置の前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記処置の後で前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態についての前記処置の有効性を示すステップと
を含む方法。
【請求項１７】
対象における疾患または状態の進行または後退をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および第１の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）第２の時点において前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および第２の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態の進行または後退を示すステップと
を含む方法。
【請求項１８】
対象における疾患または状態を改善または処置することが可能な化合物を同定するための方法であって、
ａ）前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの差異を同定するステップであて、前記同定された差異は、前記化合物が、前記対象における前記疾患または状態を改善または処置することが可能であることを示すステップと
を含む方法。
【請求項１９】
対象における疾患もしくは状態を診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の存在を示すステップと
を含む方法。
【請求項２０】
対象において疾患または状態を発症する危険性を評価するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象において前記疾患または状態を発症する危険性を示すステップと
を含む方法。
【請求項２１】
対象における疾患または状態を予後診断するかまたは予後診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の予後を示すステップと
を含む方法。
【請求項２２】
対象における疾患もしくは状態を診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の存在を示すステップと
を含む方法。
【請求項２３】
対象において疾患または状態を発症する危険性を評価するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象において前記疾患または状態を発症する危険性を示すステップと
を含む方法。
【請求項２４】
対象における疾患もしくは状態を予後診断するかまたは対象における疾患もしくは状態を予後診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の予後を示すステップと
を含む方法。
【請求項２５】
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記対照と比較して前記試料中で上方調節または活性化されている、請求項１から３および１０から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記対照と比較して前記試料中で下方調節または阻害されている、請求項１から３および１０から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記第１の対照と比較して前記第１の試料中で、または前記第２の対照と比較して前記第２の試料中で、上方調節または活性化されている、請求項４から６および１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記第１の対照と比較して前記第１の試料中で、または前記第２の対照と比較して前記第２の試料中で、下方調節または阻害されている、請求項４から６および１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記第２の試料と比較して前記第１の試料中で上方調節または活性化されている、請求項７から９および１６から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記第２の試料と比較して前記第１の試料中で下方調節または阻害されている、請求項７から９および１６から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記レポジトリーと比較して前記試料中で上方調節または活性化されている、請求項１９から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記レポジトリーと比較して前記試料中で下方調節または阻害されている、請求項１９から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記第１のプロファイルまたは前記第２のプロファイルが、前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの非存在を含む、請求項１から３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記第３のプロファイルまたは前記第４のプロファイルが、前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの非存在を含む、請求項４から６および１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記方法が循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞を含む場合、前記方法は、前記循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞を溶解させるステップをさらに含む、請求項１から９および１９から２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記方法が循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞を含む場合、前記方法は、細胞内容物のうちの少なくとも一部を、前記循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞から抽出するステップをさらに含む、請求項１から９、１９から２１、および３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記方法が前記無細胞体液を含む場合、前記方法は、前記１または複数のマーカーを、前記無細胞体液から抽出するステップをさらに含む、請求項１から９、１９から２１、３５、および３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記方法が前記無細胞体液を含む場合、前記無細胞体液は、腎臓通過性核酸を含む、請求項１から９、１９から２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記循環罹病細胞、無細胞体液試料、食細胞、または＞２ｎ食細胞に存在する、請求項１から３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記循環罹病細胞、無細胞体液試料、食細胞、または＞２ｎ食細胞のいずれにも存在しない、請求項１から３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
前記循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞のうちの１または複数が除核される、請求項１から４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
物理的除去、化学的処置、フォトアブレーション、または紫外線照射を使用して、前記細胞が除核される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記物理的除去が、顕微針、光ピンセット、または吸引を使用する、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記レポジトリーが、データマイニングにより得られる、請求項１９から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、または＝２ｎ食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、好酸球、角化細胞、またはこれらの混合物である、請求項１から４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記非食細胞が、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、好塩基球、またはこれらの混合物である、請求項１から４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記循環罹病細胞が、血液細胞、腫瘍細胞、リンパ腫細胞、胎児細胞、アポトーシス細胞、上皮細胞、内皮細胞、幹細胞、前駆細胞、間葉細胞、骨芽細胞、骨細胞、造血幹細胞、泡沫細胞、脂肪細胞、経子宮頸管細胞、循環心筋細胞、循環線維細胞、循環筋細胞、腎臓由来の循環細胞、消化管由来の循環細胞、肺由来の循環細胞、生殖器官由来の循環細胞、中枢神経系由来の循環細胞、循環肝細胞、脾臓由来の循環細胞、胸腺由来の循環細胞、甲状腺由来の循環細胞、内分泌腺由来の循環細胞、副甲状腺由来の循環細胞、下垂体由来の循環細胞、副腎由来の循環細胞、ランゲルハンス島由来の循環細胞、膵臓由来の循環細胞、視床下部由来の循環細胞、前立腺組織由来の循環細胞、乳房組織由来の循環細胞、循環網膜細胞由来の循環細胞、循環眼細胞、循環聴細胞、循環表皮細胞、尿路由来の循環細胞、またはこれらの混合物である、請求項１から４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
前記対照細胞が、正常細胞である、請求項１から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
前記対照細胞が、循環細胞である、請求項１から４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
前記循環小胞が、循環微小胞、アポトーシス小体、微粒子、膜結合小胞、多胞体、ナノ小胞、微小粒子、およびＡＲＲＤＣ−１媒介微小胞（ＡＲＭＭ）からなる群から選択される、請求項１から４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
前記循環微小胞が、エキソソームまたは尿中エキソソームである、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記無細胞体液が、体液から分離される、請求項１から５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
前記体液が、血液、尿、糞便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第２三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第３三半期の妊婦から得られる液体、母体血液、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する液体、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および子宮頸膣部液、間質液、口腔内スワブ試料、痰、気管支洗浄液、パップスメア試料、または眼液である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
前記無細胞体液が、濾過、遠心分離、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞分取、勾配ベースの遠心分離、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技法、蛍光磁気分離技法、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット型顕微鏡ベースのプラットフォーム、またはこれらの組合せにより分離される、請求項５２および５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
前記無細胞体液が、前記試料に存在する物質を使用することにより分離される、請求項５２から５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
前記物質が、前記疾患または状態のマーカーの産物である、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記無細胞体液が、血漿または血清である、請求項１から５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞が、前記対象の体液、組織、または細胞から単離される、請求項１から５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
前記体液試料が、血液、尿、糞便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第２三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第３三半期の妊婦から得られる液体、母体血液、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する液体、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および子宮頸膣部液、間質液、口腔内スワブ試料、痰、気管支洗浄液、パップスメア試料、または眼液である、請求項５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記細胞が、白血球である、請求項５８に記載の方法。
【請求項６１】
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞が、抗体を使用して単離される、請求項５８から６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞が、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞分取、濾過、勾配ベースの遠心分離、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技法、蛍光磁気分離技法、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット型顕微鏡ベースのプラットフォーム、またはこれらの組合せにより単離される、請求項５８から６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
前記１または複数のマーカーが、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝産物、またはこれらの組合せである、請求項１から６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
前記核酸が、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドである、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、多重鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、または非コードＤＮＡである、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、または低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
前記タンパク質が、アミノ酸、ペプチド、酵素、抗原、抗体、サイトカイン、リポタンパク質、糖タンパク質、またはホルモンである、請求項６３に記載の方法。
【請求項６８】
前記脂質が、脂肪酸、中性脂肪、ホスファチド、コレステロール、コレステロールエステル、トリグリセリド、糖脂質、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質、ポリケチド、コリングリセロリン脂質、エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、リゾコリングリセロリン脂質、リゾエタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジン酸、リゾホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、ガラクトシルセラミド、グルコシルセラミド、遊離脂肪酸、プロスタグランジン、トリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール、アシル−ＣｏＡ、アシルカルニチン、オキシステロール、セラミド、カルジオリピン、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、スフィンゴシン、リゾスフィンゴミエリン、ガングリオシド、プラズマローゲン、スルファチド、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、極低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、またはこれらの誘導体である、請求項６３に記載の方法。
【請求項６９】
前記炭水化物が、単糖、二糖、多糖、オリゴ糖、またはこれらの誘導体である、請求項６３に記載の方法。
【請求項７０】
前記代謝産物が、一次代謝産物、二次代謝産物、有機代謝産物、無機代謝産物、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ステロイド、胆汁酸、ビタミン、またはこれらの誘導体である、請求項６３に記載の方法。
【請求項７１】
前記プロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項１から３、１０から１２、および１９から２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
前記プロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項６５に記載の方法。
【請求項７３】
前記第１のプロファイルまたは前記第２のプロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項４から９および１３から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記第１のプロファイルまたは前記第２のプロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項６５に記載の方法。
【請求項７５】
前記第３のプロファイルまたは前記第４のプロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項４から６、および７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
前記第３のプロファイルまたは前記第４のプロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記定量的アッセイが、シークエンシング、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、エキソンシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、マルチプレックスＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、蛍光アッセイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、またはこれらの組合せを使用する、請求項７２、６６、および７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
前記核酸プロファイルが、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子突然変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記核酸プロファイルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、シークエンシング分析、電気泳動分析、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、ノーザンブロット分析、定量的ＰＣＲ、逆転写酵素ＰＣＲ分析（ＲＴ−ＰＣＲ）、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション分析、比較ゲノムハイブリダイゼーション、ヘテロ二重鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）、一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ＲＮアーゼミスマッチ分析、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、表面プラズモン共鳴、サザンブロット分析、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、色素形成ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、核型分析、マルチプレックスライゲーション依存型プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、短鎖蛍光断片の定量的マルチプレックスＰＣＲ（ＱＭＰＳＦ）、顕微鏡法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮（ＨＥＬＰ）アッセイ、放射性酢酸標識アッセイ、比色ＤＮＡアセチル化アッセイ、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ−ｏｎ−ｃｈｉｐ）アッセイ、制限ランドマークゲノム走査、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性についての分子破壊光アッセイ、クロマトグラフィー分離、メチル化感受性制限酵素分析、非メチル化シトシンからウラシルへの亜硫酸駆動型転換、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、メチル結合ＰＣＲ分析、またはこれらの組合せにより決定される、請求項７７に記載の方法。
【請求項８０】
前記核酸プロファイルが、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、エキソンシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、およびこれらの組合せからなる群から選択されるシークエンシング法により決定される、請求項７７に記載の方法。
【請求項８１】
前記タンパク質プロファイルが、タンパク質発現プロファイル、タンパク質活性化プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項７７に記載の方法。
【請求項８２】
前記タンパク質プロファイルが、免疫組織化学アッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、顕微鏡法、マイクロ流体チップベースのアッセイ、表面プラズモン共鳴、シークエンシング、ウェスタンブロットアッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項７７に記載の方法。
【請求項８３】
前記タンパク質活性化プロファイルが、前記１または複数のマーカーのリン酸化状態、ユビキチン化状態、ミリストイル化状態、コンフォメーション状態、またはこれらの組合せの決定を含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項８４】
前記脂質プロファイルが、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、請求項７７に記載の方法。
【請求項８５】
前記炭水化物プロファイルが、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、パルスドアンペロメトリ検出を用いた高速アニオン交換クロマトグラフィー（ＨＰＡＥＣ−ＰＡＤ）、液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、蛍光アッセイ、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、請求項７７に記載の方法。
【請求項８６】
前記対象が、少なくとも２つの疾患または状態を有する、請求項１から８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
前記対象が、少なくとも１つの出生前または妊娠関連の疾患または状態を有する、請求項８６に記載の方法。
【請求項８８】
前記対象が、哺乳動物である、請求項１から８７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８９】
前記哺乳動物が、ヒトである、請求項８９に記載の方法。
【請求項９０】
前記疾患または状態が、心血管の疾患もしくは状態、腎関連の疾患もしくは状態、出生前もしくは妊娠関連の疾患もしくは状態、神経もしくは神経精神の疾患もしくは状態、自己免疫もしくは免疫関連の疾患もしくは状態、がん、感染性の疾患もしくは状態、ミトコンドリア障害、呼吸器消化管の疾患もしくは状態、生殖器の疾患もしくは状態、眼の疾患もしくは状態、筋骨格の疾患もしくは状態、または皮膚の疾患もしくは状態である、請求項１から８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
前記差異が、１倍を超える差異である、請求項１から９０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９２】
前記差異が、少なくとも、１．０５倍、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異である、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記第２のプロファイルと前記第４のプロファイルとが同じである、請求項４から６および１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
疾患または状態についての１または複数のマーカーを同定するための方法であって、
ａ）前記疾患または状態を有する対象に由来する無細胞体液、および前記疾患または状態を有する対象に由来する食細胞の集団または＞２ｎ食細胞の集団を含む試料に由来する分析物の第１のプロファイルを決定し、
前記疾患または状態を有する前記対象に由来する＝２ｎ食細胞の集団または非食細胞の集団に由来する分析物の第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであって、前記第１の差異のセットが、前記第２のプロファイルと比べて、前記第１のプロファイルに特異的であるステップと、
ｂ）前記疾患または状態を有する対象に由来する無細胞体液、および前記疾患または状態を有さない対照の対象に由来する食細胞の集団または＞２ｎ食細胞の集団を含む試料に由来する分析物の第３のプロファイルを決定し、
前記疾患または状態を有さない前記対照の対象に由来する＝２ｎ食細胞の集団または非食細胞の集団に由来する分析物の第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと前記第４のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであり、前記第２の差異のセットが、前記第４のプロファイルと比べて、前記第３のプロファイルに特異的であるステップと、
ｃ）ｂ）において同定された前記差異のセットと比べて、ａ）において同定された前記差異のセットに特異的な１または複数の分析物を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された分析物が、前記疾患または状態のマーカーであるステップと
を含む方法。
【請求項９５】
疾患または状態についての１または複数のマーカーを同定するための方法であって、
ａ）前記疾患または状態を有する対象に由来する無細胞体液、および前記疾患または状態を有する対象に由来する食細胞の集団または＞２ｎ食細胞の集団を含む試料に由来する分析物の第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルを、前記疾患または状態を有さない対照の対象に由来する分析物のレポジトリーに由来する第２のプロファイルと比較するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであり、前記差異のセットが、前記第２のプロファイルと比べて、前記第１のプロファイルに特異的であるステップと、
ｄ）前記差異のセットに特異的な１または複数の分析物を同定するステップであって、前記同定された分析物が、前記疾患または状態のマーカーであるステップと
を含む方法。
【請求項９６】
ａ）前記疾患または状態を有する前記対象における前記疾患または状態の影響を受ける細胞または組織に由来する分析物の第５のプロファイルを得、
前記疾患または状態を有する前記対象における前記疾患または状態の影響を受けない細胞または組織に由来する分析物の第６のプロファイルを得、
前記第５のプロファイルと前記第６のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであって、前記差異のセットが、前記第６のプロファイルと比べて、前記第５のプロファイルに特異的であるステップと、
ｂ）ｄ）において同定された前記差異のセットに存在する、ｃ）の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定するステップと
をさらに含む、請求項９５に記載の方法。
【請求項９７】
前記１または複数のマーカーを、前記無細胞体液から抽出するステップをさらに含む、請求項９０から９６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９８】
ａ）の前に、前記食細胞、前記＞２ｎ食細胞、前記＝２ｎ食細胞、または前記非食細胞を溶解させるステップをさらに含む、請求項９０から９７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９９】
ａ）の前に、細胞内容物のうちの少なくとも一部を、前記食細胞、前記＞２ｎ食細胞、前記＝２ｎ食細胞、または前記非食細胞から抽出するステップをさらに含む、請求項９０から９８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１００】
前記食細胞または前記＞２ｎ食細胞が、罹病生細胞、死んだ罹病細胞、罹病アポトーシス細胞、循環腫瘍細胞、感染因子、胎児細胞、トロホブラスト、またはこれらの断片を含む、請求項９０から９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記無細胞体液試料、前記食細胞、または前記＞２ｎ食細胞に存在する、請求項９０から１００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０２】
前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記無細胞体液試料、前記食細胞、または前記＞２ｎ食細胞に存在しない、請求項９０から１０１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０３】
ｃ）の前記同定された差異を、前記疾患または状態の１または複数の既知のマーカーのレポジトリーと比較するステップをさらに含む、請求項９０から１０２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０４】
前記レポジトリーが、データマイニングにより得られる、請求項９７に記載の方法。
【請求項１０５】
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、または＝２ｎ食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、好酸球、角化細胞、またはこれらの混合物である、請求項９０から１０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０６】
前記非食細胞が、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、好塩基球、またはこれらの混合物である、請求項９０から１０５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０７】
前記無細胞体液が、体液から分離される、請求項９０から１０６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０８】
前記体液試料が、血液、尿、糞便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第２三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第３三半期の妊婦から得られる液体、母体血液、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する液体、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および子宮頸膣部液、間質液、または眼液である、請求項１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
前記無細胞体液試料が、濾過、遠心分離、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞分取、勾配ベースの遠心分離、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技法、蛍光磁気分離技法、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット型顕微鏡ベースのプラットフォーム、またはこれらの組合せにより分離される、請求項１０７および１０８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１０】
前記無細胞体液試料が、前記試料に存在する物質を使用することにより分離される、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
前記１または複数のマーカーが、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝産物、またはこれらの組合せである、請求項９０から１１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１２】
前記核酸が、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドである、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、多重鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、または非コードＤＮＡである、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、または低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１５】
前記タンパク質が、アミノ酸、ペプチド、酵素、抗原、抗体、サイトカイン、リポタンパク質、糖タンパク質、またはホルモンである、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１６】
前記脂質が、脂肪酸、中性脂肪、ホスファチド、コレステロール、コレステロールエステル、トリグリセリド、糖脂質、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質、ポリケチド、コリングリセロリン脂質、エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、リゾコリングリセロリン脂質、リゾエタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジン酸、リゾホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、ガラクトシルセラミド、グルコシルセラミド、遊離脂肪酸、プロスタグランジン、トリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール、アシル−ＣｏＡ、アシルカルニチン、オキシステロール、セラミド、カルジオリピン、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、スフィンゴシン、リゾスフィンゴミエリン、ガングリオシド、プラズマローゲン、スルファチド、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、極低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、またはこれらの誘導体である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１７】
前記炭水化物が、単糖、二糖、多糖、オリゴ糖、またはこれらの誘導体である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１８】
前記代謝産物が、一次代謝産物、二次代謝産物、有機代謝産物、無機代謝産物、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ステロイド、胆汁酸、ビタミン、またはこれらの誘導体である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１９】
前記プロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項９０から１１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２０】
前記プロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
前記定量的アッセイが、シークエンシング、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、エキソンシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、蛍光アッセイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、またはこれらの組合せを使用する、請求項１２０に記載の方法。
【請求項１２２】
前記核酸プロファイルが、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子突然変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２３】
前記核酸プロファイルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、シークエンシング分析、電気泳動分析、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、ノーザンブロット分析、定量的ＰＣＲ、逆転写酵素ＰＣＲ分析（ＲＴ−ＰＣＲ）、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション分析、比較ゲノムハイブリダイゼーション、ヘテロ二重鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）、一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ＲＮアーゼミスマッチ分析、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、表面プラズモン共鳴、サザンブロット分析、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、色素形成ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、核型分析、マルチプレックスライゲーション依存型プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、短鎖蛍光断片の定量的マルチプレックスＰＣＲ（ＱＭＰＳＦ）、顕微鏡法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮（ＨＥＬＰ）アッセイ、放射性酢酸標識アッセイ、比色ＤＮＡアセチル化アッセイ、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ−ｏｎ−ｃｈｉｐ）アッセイ、制限ランドマークゲノム走査、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性についての分子破壊光アッセイ、クロマトグラフィー分離、メチル化感受性制限酵素分析、非メチル化シトシンからウラシルへの亜硫酸駆動型転換、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、メチル結合ＰＣＲ分析、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２４】
前記核酸プロファイルが、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、エキソンシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、およびこれらの組合せからなる群から選択されるシークエンシング技法により決定される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２５】
前記タンパク質プロファイルが、タンパク質発現プロファイル、タンパク質活性化プロファイル、またはこれらの組合せである、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２６】
前記タンパク質プロファイルが、免疫組織化学アッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、顕微鏡法、マイクロ流体チップベースのアッセイ、表面プラズモン共鳴、シークエンシング、ウェスタンブロットアッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２７】
前記タンパク質活性化プロファイルが、前記１または複数のマーカーのリン酸化状態、ユビキチン化状態、ミリストイル化状態、コンフォメーション状態、またはこれらの組合せの決定を含む、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２８】
前記脂質プロファイルが、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２９】
前記炭水化物プロファイルが、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、パルスドアンペロメトリ検出を用いた高速アニオン交換クロマトグラフィー（ＨＰＡＥＣ−ＰＡＤ）、液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、蛍光アッセイ、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１３０】
前記対象が、哺乳動物である、請求項９０から１２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３１】
前記哺乳動物が、ヒトである、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
前記疾患または状態が、心血管の疾患もしくは状態、腎関連の疾患もしくは状態、出生前もしくは妊娠関連の疾患もしくは状態、神経もしくは神経精神の疾患もしくは状態、自己免疫もしくは免疫関連の疾患もしくは状態、がん、感染性の疾患もしくは状態、ミトコンドリア障害、呼吸器消化管の疾患もしくは状態、生殖器の疾患もしくは状態、眼の疾患もしくは状態、筋骨格の疾患もしくは状態、または皮膚の疾患もしくは状態である、請求項９０から１３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３３】
前記差異が、１倍を超える差異である、請求項９０から１３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３４】
前記差異が、少なくとも、１．０５倍、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異である、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
前記疾患または状態の少なくとも１つの診断パラメータを決定するステップをさらに含む、請求項１から９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３６】
前記診断パラメータが、身体検査、目視検査、生検、走査、組織検査、放射線医学、画像化、超音波、市販キットの使用、遺伝子検査、免疫学的検査、体液の分析、または神経活動のモニタリングにより決定される、請求項１３５に記載の方法。
【請求項１３７】
前記１または複数のマーカーが、ＡＫＴ２、ＢＡＫ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＰＤＧＦＢ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＮＣＧ、およびＳＰＰ１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項１から９３および１３５から１３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３８】
前記１または複数のマーカーが、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＢＡＫ２、ＣＤＣ２５Ａ、Ｅ２Ｆ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＮＦＫＢ１、ＰＤＧＦＢ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＮＮ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＮＣＧ、ＳＰＰ１、ＴＥＲＴ、ＴＩＭＰ３、およびＴＰ５３からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項１から９３および１３５から１３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３９】
前記１または複数のマーカーが、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＯＬ１８Ａ１、ＥＴＳ２、ＨＴＡＴＩＰ２、ＭＭＰ９、ＳＲＣ、およびＴＷＩＳＴ１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項１から９３および１３５から１３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４０】
前記１または複数のマーカーが、ＡＫＴ１、ＡＰＡＦ１、ＡＴＭ、ＣＤＣ２５Ａ、ＣＤＫＮ１Ａ、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＩＬ８、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＰＬＡＵ、ＰＬＡＵＲ、ＲＡＦ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＹＫ、ＴＩＭＰ１、ＴＮＦ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項１から９３および１３５から１３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４１】
前記１または複数のマーカーが、ＡＣＰ２、ＡＫ２、ＡＫＴ３、ＡＲＬ５Ｂ、ＡＴＰ２Ｂ３、ＢＧＮ、ＢＲＡＦ、ＢＴＧ２、ＣＡＭＫＫ２、ＣＡＰＧ、ＣＡＰＮ１２、ＣＰＬＸ２、ＤＥＮＮＤ５Ａ、ＤＮＡ２、ＦＡＭ１０４Ａ、ＦＮＩＰ１、ＧＦＲＡ４、ＧＬＵＤ１、ＧＮＡＱ、ＧＰ１ＢＢ、ＨＮＲＰＬＬ、ＨＯＸＡ２、ＨＰＳ３、ＩＮＰＰ４Ａ、ＩＴＧＡＶ、ＫＬＨＬ２３、ＬＡＮＣＬ２、ＬＹＰＤ６、ＭＡＰＫＡＰＫ３、ＭＥＦ２Ａ（ＥＧ：４２０５を含む）、ＭＥＦ２Ｃ、ＮＶＬ、ＰＣＹＴ１Ａ、ＰＧＬＹＲＰ４、ＰＬＯＤ１、ＰＰＰ１ＣＢ、ＰＲＫＡＢ２、ＰＲＯＳ１、ＰＴＰＲＥ、ＲＡＳＡ４（ＥＧ：１０１５６を含む）、ＲＢＭＳ２、ＲＢＰＪ、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＴＨＢＳ１、ＴＲＩＢ１、ＴＲＩＭ２、ＴＳＰＡＮ６、およびＺＤＨＨＣ２１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項１から９３および１３５から１４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４２】
前記１または複数のマーカーが、Ｂ４ＧＡＬＴ５、ＢＯＰ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＲＬ２、ＣＤ８３、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＬＩＣ４、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＯ、ＣＸＣＬ１０、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＰＲ３、ＨＢＡ１、ＨＢＢ、ＬＲＭＰ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳＲ１、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＩＤ１、ＰＦ４、ＰＩＯＮ、ＲＮＦ２１７、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、およびＳＰＡＲＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項１から９３および１３５から１４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４３】
前記１または複数のマーカーが、ＡＣＯＴ９、ＡＭＰＤ２、ＡＲＨＧＡＰ１５、ＢＡＴＦ２、Ｃ３ＡＲ１、Ｃ５ｏｒｆ４１、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＤ６３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＹ１、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＴＳＺ、ＣＸｏｒｆ２１、ＣＹＴＨ４、ＣＹＴＩＰ、ＤＬＥＵ２、ＤＮＡＪＡ１、ＤＯＣＫ８、ＤＴＸ３Ｌ、ＤＵＳＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＥＲＦ、Ｆ２ＲＬ１、ＦＹＢ、ＧＡＢＲＢ２、ＧＢＰ５、ＧＬＲＸ、ＧＮＢ４、ＩＣＡＭ１、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１Ｒ１、ＩＲＦ１、ＩＴＧＡ５、ＬＡＰ３、ＬＡＰＴＭ５、ＬＣＰ２、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＩＣＡＬ２、ＭＴ１ＤＰ、ＭＴ１ＪＰ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ２Ａ、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＥＫ６、ＮＩＮＪ２、ＮＮＭＴ、ＮＴ５Ｃ３Ｌ、ＮＵＢ１、ＰＤＥ４Ｂ、ＰＬＯＤ１、ＰＭＬ、ＰＲＫＣＢ、ＰＳＭＢ９、ＲＣＮ３、ＲＧＳ４、ＲＮＡＳＥ６、ＲＴＰ４、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＴＸ、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＫＩＬ、ＳＬＣ７Ａ７、ＳＮＯＲＡ２１、ＳＰ１００、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＳＦＡ２、ＳＴＡＴ２、ＳＴＫ１７Ｂ、ＳＴＫ３、ＴＤＲＤ７、ＴＭＣＣ１、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＰＭ１、ＴＲＩＭ２１，ＴＸＮＤＣ４、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＢＥ２Ｗ、ＵＳＰ１８、ＶＡＶ１、ＷＡＲＳ、ＷＩＰＦ１、およびＷＩＰＩ１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項１から９３および１３５から１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４４】
前記１または複数のマーカーが、ＡＤＡＲ、ＡＤＭ、ＡＬＡＳ１、ＡＮＫＲＤ２２、ＡＲＨＧＡＰ２７、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＣＬ１０、Ｃ１２ｏｒｆ３５、Ｃ１５ｏｒｆ２９、Ｃ２ｏｒｆ５９、ＣＤ１７７、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＰＥＢ２、ＤＤＸ５８、Ｆ２ＲＬ１、ＧＤＰＤ３、ＧＮＡＩ３、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ａ、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ｄ、ＨＩＳＴ２Ｈ４Ａ、ＨＭＧＣＲ、ＨＳＰＡ６、ＨＳＰＣ１５９、ＩＬ４Ｒ、ＩＭＰＡ２、ＫＰＮＢ１、ＫＲＥＭＥＮ１、ＫＲＴ２３、ＬＤＬＲ、ＬＯＣ１００１３０９０４、ＬＴＢ４Ｒ、ＭＡＥＡ、ＭＡＲＫ２、ＭＢＯＡＴ２、ＭＰＺＬ３、Ｎ４ＢＰ１、ＮＢＥＡＬ２、ＮＭＩ、ＮＰＥＰＰＳ、ＰＡＲＰ１４、ＰＧＭ２、ＰＰＩＦ、ＰＸＮ、ＲＡＬＢＰ１、ＲＯＤ１、ＲＰＳ６ＫＡ１、Ｓ１００Ｐ、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ９Ａ１、ＳＬＰＩ、ＳＰ１１０、ＳＰＩＮＴ１、ＳＴ１４、ＴＢＣ１Ｄ３、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＩＭ２１、ＵＰＰ１、ＶＰＳ２４、ＺＢＴＢ３４、およびＺＮＦ２５６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、請求項１から９３および１３５から１４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４５】
前記１または複数のマーカーが、請求項９４から１３４のいずれか一項に記載の方法により同定される前記マーカーのうちの少なくとも１または複数を含む、請求項１から９３および１３５から１４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４６】
請求項９４から１３４のいずれか一項に記載の方法により同定される前記マーカーのうちの少なくとも１または複数を検出する複数のマーカー検出剤を含むキット。
【請求項１４７】
対象における疾患または状態を処置または防止する方法であって、前記対象へと、請求項６および１５のいずれか一項に記載の方法により同定される化合物を含む組成物を投与するステップを含む方法。
【請求項１４８】
前記循環罹病細胞が、感染因子に感染している、請求項１から９３および１３５から１４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４９】
前記感染因子が、ウイルス、細菌、真菌、寄生虫、原虫、感染性タンパク質、または微生物である、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５０】
前記方法が食細胞または＞２ｎ食細胞を含む場合、前記食細胞または＞２ｎ食細胞が、腎臓通過性核酸を含む、請求項１から９３、１３５から１４５、および１４８から１４９のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
先願の情報
本願は、２０１２年６月１５日に出願した米国仮出願第６１／６６０，４２７号による優先権を主張する。この出願の内容および開示は、その全体が参考として援用される。
【０００２】
発明の分野
本発明は一般に、無細胞体液、食細胞、循環小胞、および循環罹病細胞から選択される２つ以上の異なる成分の組合せを、疾患または状態の診断、予後診断、またはモニタリングにおいて使用する方法に関する。本発明はまた、組合せを使用して、疾患または状態のマーカーを同定する方法にも関する。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
白血球は、骨髄中で多能性造血幹細胞として出立し、骨髄細胞系列（単球、マクロファージ、好中球、好酸球、および好塩基球）またはリンパ球系列（Ｔリンパ球およびＢリンパ球ならびにナチュラルキラー細胞）に沿って発生する。骨髄細胞系列細胞（例えば、好中球およびマクロファージ）の主要な機能は、感染性生物、有害な損傷を受けた生細胞、老化細胞、および死細胞（アポトーシス性死細胞および壊死性死細胞）に対する食作用のほか、細胞破砕物の除去である。健常な動物に由来する食細胞は、複製されず、二倍体である、すなわち、ＤＮＡ量が２ｎである。平均して、各細胞は、＜１０ｎｇのＤＮＡ、＜２０ｎｇのＲＮＡ、および＜３００ｎｇのタンパク質を含有する。非食細胞もまた、二倍体であり、死細胞または感染性生物の内部化に関与しないが、これらもまた、ＤＮＡ量が２ｎである。
【０００４】
多様な白血球部分集団の生存期間は、数日間（例えば、好中球）〜数カ月間（例えば、マクロファージ）で変化する。他の細胞型と同様に、白血球も老化し、最終的には死ぬ。それらの老化過程において、ヒト血液由来の食細胞およびヒト組織由来の食細胞（例えば、好中球）は、カスパーゼの活性化、核の濃縮、およびクロマチンの断片化を含む、プログラム細胞死（すなわち、アポトーシス）の全ての古典的なマーカーを呈示する。これらの細胞はまた、それらの細胞膜の細胞外表面上に、多数の「イートミー」フラッグ（例えば、ホスファチジルセリン、糖）も提示する。結果として、死につつある細胞および死細胞、ならびにそれらの細胞下断片は、他の食細胞により、組織および血液から除去される。
【０００５】
疾患の早期診断は、このような疾患の処置または治癒の奏効の可能性を増大させることが多い。しかし、現行の診断法は、全血液の使用、または血液の異なる成分への分離であって、そのうちの単一の成分が検査のために選ばれる成分への分離に焦点を当てている。この手法は、検出されるシグナルを強化する可能性もあるが、また、潜在的に重要な情報の喪失を結果としてもたらす可能性もある。疾患を有することが公知でない個体、または再発性の疾患を有する個体における、疾患または状態の存在についての診断、とりわけ、早期の診断を可能とする個別化診断法が必要とされている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
本発明の１つの目的は、無細胞体液、食細胞、循環小胞、および循環罹病細胞から選択される２つ以上の異なる成分の組合せを使用することにより、疾患特異的マーカーまたは状態特異的マーカー、例えば、核酸、タンパク質、炭水化物、および／または脂質などの検出を容易としうる診断法を提供することである。本発明の別の目的は、疾患特異的マーカーまたは状態特異的マーカーを同定する方法を提供し、このようなマーカーを、単独で、または疾患もしくは状態を診断することが公知の任意のマーカーと共に、さらに使用することである。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明のいくつかの実施形態は以下である：
実施形態１．
対象における疾患もしくは状態を診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の診断を援助する方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記対象から単離された対照細胞の集団であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の存在を示すステップと
を含む方法。
実施形態２．
対象において疾患または状態を発症する危険性を評価するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態を発症する危険性を示すステップと
を含む方法。
実施形態３．
対象における疾患もしくは状態を予後診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の予後診断を援助する方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の予後を示すステップと
を含む方法。
実施形態４．
対象における疾患または状態について処置の有効性を評価するための方法であって、
ａ）前記処置の前に前記対象から単離された無細胞体液、前記処置の前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記処置の前に前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記処置の前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記処置の前に前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記処置の前に前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）前記処置の後で前記対象から単離された無細胞体液、前記処置の後で前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記処置の後で前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記処置の後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記処置の後で前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記処置の後で前記対象から単離された対照細胞の集団であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態についての前記処置の有効性を示すステップと
を含む方法。
実施形態５．
対象における疾患または状態の進行または後退をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において前記対象から単離された無細胞体液、第１の時点において前記対象から単離された食細胞の集団、第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、第１の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団、および第１の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、第１の時点において前記対象から単離された非食細胞の集団、および第１の時点において前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）第２の時点において前記対象から単離された無細胞体液、第２の時点において前記対象から単離された食細胞の集団、第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、第２の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団、および第２の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、第２の時点において前記対象から単離された非食細胞の集団、および第２の時点において前記対象から単離された対照細胞の集団であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態の進行または後退を示すステップと
を含む方法。
実施形態６．
対象における疾患または状態を改善または処置することが可能な化合物を同定するための方法であって、
ａ）前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された無細胞体液、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された対照細胞の集団であり、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された無細胞体液、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された食細胞の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された非食細胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与した後で、前記対象から単離された対照細胞の集団であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞の集団からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記化合物が、前記対象における前記疾患または状態を改善または処置することが可能であることを示すステップと
を含む方法。
実施形態７．
対象における疾患または状態について処置の有効性を評価するための方法であって、
ａ）前記処置の前に前記対象から単離された無細胞体液、前記処置の前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記処置の前に前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記処置の前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記処置の後で前記対象から単離された無細胞体液、前記処置の後で前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記処置の後で前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであり、前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態についての前記処置の有効性を示すステップと
を含む方法。
実施形態８．
対象における疾患または状態の進行または後退をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において前記対象から単離された無細胞体液、第１の時点において前記対象から単離された食細胞の集団、第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、第１の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団、および第１の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）第２の時点において前記対象から単離された無細胞体液、第２の時点において前記対象から単離された食細胞の集団、第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、第２の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団、および第２の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの差異を同定するステップであり、前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態の進行または後退を示すステップと
を含む方法。
実施形態９．
対象における疾患または状態を改善または処置することが可能な化合物を同定するための方法であって、
ａ）前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された無細胞体液、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された無細胞体液、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された食細胞の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記同定された差異は、前記化合物が、前記対象における前記疾患または状態を改善または処置することが可能であることを示すステップと
を含む方法。
実施形態１０．
対象における疾患もしくは状態を診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の存在を示すステップと
を含む方法。
実施形態１１．
対象において疾患または状態を発症する危険性を評価するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象において前記疾患または状態を発症する危険性を示すステップと
を含む方法。
実施形態１２．
対象における疾患もしくは状態を予後診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の予後診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の予後を示すステップと
を含む方法。
実施形態１３．
対象における疾患または状態について処置の有効性を評価するための方法であって、
ａ）前記処置の前に前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記処置の前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記処置の前に前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）前記処置の後で前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記処置の後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記処置の後で前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態についての前記処置の有効性を示すステップと
を含む方法。
実施形態１４．
対象における疾患または状態の進行または後退をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および第１の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および第１の時点において前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）第２の時点において前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および第２の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および第２の時点において前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態の進行または後退を示すステップと
を含む方法。
実施形態１５．
対象における疾患または状態を改善または処置することが可能な化合物を同定するための方法であって、
ａ）前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定し、
前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第１の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｂ）前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第３のプロファイルを決定し、
前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎの食細胞（＝２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された非食細胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される成分を含む第２の対照に由来する、前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと第４のプロファイルとの差異を同定するステップと、
ｃ）ａ）で同定された前記差異と、ｂ）で同定された前記差異との差異を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された差異は、前記化合物が、前記対象における前記疾患または状態を改善または処置することが可能であることを示すステップと
を含む方法。
実施形態１６．
対象における疾患または状態のための処置の有効性を評価するための方法であって、
ａ）前記処置の前に前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された食細胞の集団、前記処置の前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の前に前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記処置の前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記処置の後で前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記処置の後で前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された対照細胞の集団から単離された分析物であって、前記対照細胞が、前記疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態についての前記処置の有効性を示すステップと
を含む方法。
実施形態１７．
対象における疾患または状態の進行または後退をモニタリングするための方法であって、
ａ）第１の時点において前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第１の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および第１の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）第２の時点において前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、第２の時点において前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および第２の時点において前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記同定された差異は、前記対象における前記疾患または状態の進行または後退を示すステップと
を含む方法。
実施形態１８．
対象における疾患または状態を改善または処置することが可能な化合物を同定するための方法であって、
ａ）前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与する前に前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第１の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記化合物を前記対象へと投与した後で前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む第２の試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第２のプロファイルを決定するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの差異を同定するステップであて、前記同定された差異は、前記化合物が、前記対象における前記疾患または状態を改善または処置することが可能であることを示すステップと
を含む方法。
実施形態１９．
対象における疾患もしくは状態を診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の存在を示すステップと
を含む方法。
実施形態２０．
対象において疾患または状態を発症する危険性を評価するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象において前記疾患または状態を発症する危険性を示すステップと
を含む方法。
実施形態２１．
対象における疾患または状態を予後診断するかまたは予後診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液、前記対象から単離された食細胞の集団、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団、前記対象から単離された循環小胞の集団、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の予後を示すステップと
を含む方法。
実施形態２２．
対象における疾患もしくは状態を診断するかまたは対象における疾患もしくは状態の診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の存在を示すステップと
を含む方法。
実施形態２３．
対象において疾患または状態を発症する危険性を評価するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象において前記疾患または状態を発症する危険性を示すステップと
を含む方法。
実施形態２４．
対象における疾患もしくは状態を予後診断するかまたは対象における疾患もしくは状態を予後診断を援助するための方法であって、
ａ）前記対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、前記対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、前記対象から単離された、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞（＞２ｎ食細胞）の集団から単離された分析物、前記対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および前記対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む試料に由来する、前記疾患または状態の１または複数のマーカーの第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルと前記疾患または状態の前記マーカーのレポジトリーに由来する前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの第２のプロファイルとの差異を同定するステップであって、前記差異は、前記対象における前記疾患または状態の予後を示すステップと
を含む方法。
実施形態２５．
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記対照と比較して前記試料中で上方調節または活性化されている、実施形態１から３および１０から１２のいずれか一項に記載の方法。
実施形態２６．
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記対照と比較して前記試料中で下方調節または阻害されている、実施形態１から３および１０から１２のいずれか一項に記載の方法。
実施形態２７．
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記第１の対照と比較して前記第１の試料中で、または前記第２の対照と比較して前記第２の試料中で、上方調節または活性化されている、実施形態４から６および１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
実施形態２８．
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記第１の対照と比較して前記第１の試料中で、または前記第２の対照と比較して前記第２の試料中で、下方調節または阻害されている、実施形態４から６および１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
実施形態２９．
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記第２の試料と比較して前記第１の試料中で上方調節または活性化されている、実施形態７から９および１６から１８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３０．
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記第２の試料と比較して前記第１の試料中で下方調節または阻害されている、実施形態７から９および１６から１８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３１．
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記レポジトリーと比較して前記試料中で上方調節または活性化されている、実施形態１９から２４のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３２．
前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記レポジトリーと比較して前記試料中で下方調節または阻害されている、実施形態１９から２４のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３３．
前記第１のプロファイルまたは前記第２のプロファイルが、前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの非存在を含む、実施形態１から３２のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３４．
前記第３のプロファイルまたは前記第４のプロファイルが、前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つの非存在を含む、実施形態４から６および１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３５．
前記方法が循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞を含む場合、前記方法は、前記循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞を溶解させるステップをさらに含む、実施形態１から９および１９から２１のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３６．
前記方法が循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞を含む場合、前記方法は、細胞内容物のうちの少なくとも一部を、前記循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞から抽出するステップをさらに含む、実施形態１から９、１９から２１、および３５のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３７．
前記方法が前記無細胞体液を含む場合、前記方法は、前記１または複数のマーカーを、前記無細胞体液から抽出するステップをさらに含む、実施形態１から９、および１９から２１、３５、および３６のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３８．
前記方法が前記無細胞体液を含む場合、前記無細胞体液は、腎臓通過性核酸を含む、実施形態１から９、および１９から２１のいずれか一項に記載の方法。
実施形態３９．
前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記循環罹病細胞、無細胞体液試料、食細胞、または＞２ｎ食細胞に存在する、実施形態１から３８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態４０．
前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記循環罹病細胞、無細胞体液試料、食細胞、または＞２ｎ食細胞のいずれにも存在しない、実施形態１から３９のいずれか一項に記載の方法。
実施形態４１．
前記循環罹病細胞、前記疾患または状態の影響を受けない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞のうちの１または複数が除核される、実施形態１から４０のいずれか一項に記載の方法。
実施形態４２．
物理的除去、化学的処置、フォトアブレーション、または紫外線照射を使用して、前記細胞が除核される、実施形態４１に記載の方法。
実施形態４３．
前記物理的除去が、顕微針、光ピンセット、または吸引を使用する、実施形態４２に記載の方法。
実施形態４４．
前記レポジトリーが、データマイニングにより得られる、実施形態１９から２４のいずれか一項に記載の方法。
実施形態４５．
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、または＝２ｎ食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、好酸球、角化細胞、またはこれらの混合物である、実施形態１から４４のいずれか一項に記載の方法。
実施形態４６．
前記非食細胞が、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、好塩基球、またはこれらの混合物である、実施形態１から４５のいずれか一項に記載の方法。
実施形態４７．
前記循環罹病細胞が、血液細胞、腫瘍細胞、リンパ腫細胞、胎児細胞、アポトーシス細胞、上皮細胞、内皮細胞、幹細胞、前駆細胞、間葉細胞、骨芽細胞、骨細胞、造血幹細胞、泡沫細胞、脂肪細胞、経子宮頸管細胞、循環心筋細胞、循環線維細胞、循環筋細胞、腎臓由来の循環細胞、消化管由来の循環細胞、肺由来の循環細胞、生殖器官由来の循環細胞、中枢神経系由来の循環細胞、循環肝細胞、脾臓由来の循環細胞、胸腺由来の循環細胞、甲状腺由来の循環細胞、内分泌腺由来の循環細胞、副甲状腺由来の循環細胞、下垂体由来の循環細胞、副腎由来の循環細胞、ランゲルハンス島由来の循環細胞、膵臓由来の循環細胞、視床下部由来の循環細胞、前立腺組織由来の循環細胞、乳房組織由来の循環細胞、循環網膜細胞由来の循環細胞、循環眼細胞、循環聴細胞、循環表皮細胞、尿路由来の循環細胞、またはこれらの混合物である、実施形態１から４６のいずれか一項に記載の方法。
実施形態４８．
前記対照細胞が、正常細胞である、実施形態１から４７のいずれか一項に記載の方法。
実施形態４９．
前記対照細胞が、循環細胞である、実施形態１から４８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態５０．
前記循環小胞が、循環微小胞、アポトーシス小体、微粒子、膜結合小胞、多胞体、ナノ小胞、微小粒子、およびＡＲＲＤＣ−１媒介微小胞（ＡＲＭＭ）からなる群から選択される、実施形態１から４９のいずれか一項に記載の方法。
実施形態５１．
前記循環微小胞が、エキソソームまたは尿中エキソソームである、実施形態５０に記載の方法。
実施形態５２．
前記無細胞体液が、体液から分離される、実施形態１から５１のいずれか一項に記載の方法。
実施形態５３．
前記体液が、血液、尿、糞便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第２三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第３三半期の妊婦から得られる液体、母体血液、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する液体、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および子宮頸膣部液、間質液、口腔内スワブ試料、痰、気管支洗浄液、パップスメア試料、または眼液である、実施形態５２に記載の方法。
実施形態５４．
前記無細胞体液が、濾過、遠心分離、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞分取、勾配ベースの遠心分離、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技法、蛍光磁気分離技法、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット型顕微鏡ベースのプラットフォーム、またはこれらの組合せにより分離される、実施形態５２および５３のいずれか一項に記載の方法。
実施形態５５．
前記無細胞体液が、前記試料に存在する物質を使用することにより分離される、実施形態５２から５４のいずれか一項に記載の方法。
実施形態５６．
前記物質が、前記疾患または状態のマーカーの産物である、実施形態５５に記載の方法。
実施形態５７．
前記無細胞体液が、血漿または血清である、実施形態１から５６のいずれか一項に記載の方法。
実施形態５８．
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞が、前記対象の体液、組織、または細胞から単離される、実施形態１から５７のいずれか一項に記載の方法。
実施形態５９．
前記体液試料が、血液、尿、糞便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第２三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第３三半期の妊婦から得られる液体、母体血液、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する液体、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および子宮頸膣部液、間質液、口腔内スワブ試料、痰、気管支洗浄液、パップスメア試料、または眼液である、実施形態５８に記載の方法。
実施形態６０．
前記細胞が、白血球である、実施形態５８に記載の方法。
実施形態６１．
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞が、抗体を使用して単離される、実施形態５８から６０のいずれか一項に記載の方法。
実施形態６２．
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞が、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞分取、濾過、勾配ベースの遠心分離、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技法、蛍光磁気分離技法、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット型顕微鏡ベースのプラットフォーム、またはこれらの組合せにより単離される、実施形態５８から６０のいずれか一項に記載の方法。
実施形態６３．
前記１または複数のマーカーが、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝産物、またはこれらの組合せである、実施形態１から６２のいずれか一項に記載の方法。
実施形態６４．
前記核酸が、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドである、実施形態６３に記載の方法。
実施形態６５．
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、多重鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、または非コードＤＮＡである、実施形態６４に記載の方法。
実施形態６６．
前記ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、または低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、実施形態６４に記載の方法。
実施形態６７．
前記タンパク質が、アミノ酸、ペプチド、酵素、抗原、抗体、サイトカイン、リポタンパク質、糖タンパク質、またはホルモンである、実施形態６３に記載の方法。
実施形態６８．
前記脂質が、脂肪酸、中性脂肪、ホスファチド、コレステロール、コレステロールエステル、トリグリセリド、糖脂質、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質、ポリケチド、コリングリセロリン脂質、エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、リゾコリングリセロリン脂質、リゾエタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジン酸、リゾホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、ガラクトシルセラミド、グルコシルセラミド、遊離脂肪酸、プロスタグランジン、トリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール、アシル−ＣｏＡ、アシルカルニチン、オキシステロール、セラミド、カルジオリピン、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、スフィンゴシン、リゾスフィンゴミエリン、ガングリオシド、プラズマローゲン、スルファチド、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、極低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、またはこれらの誘導体である、実施形態６３に記載の方法。
実施形態６９．
前記炭水化物が、単糖、二糖、多糖、オリゴ糖、またはこれらの誘導体である、実施形態６３に記載の方法。
実施形態７０．
前記代謝産物が、一次代謝産物、二次代謝産物、有機代謝産物、無機代謝産物、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ステロイド、胆汁酸、ビタミン、またはこれらの誘導体である、実施形態６３に記載の方法。
実施形態７１．
前記プロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せである、実施形態１から３、１０から１２、および１９から２４のいずれか一項に記載の方法。
実施形態７２．
前記プロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態６５に記載の方法。
実施形態７３．
前記第１のプロファイルまたは前記第２のプロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せである、実施形態４から９および１３から１８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態７４．
前記第１のプロファイルまたは前記第２のプロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態６５に記載の方法。
実施形態７５．
前記第３のプロファイルまたは前記第４のプロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せである、実施形態４から６、および７４のいずれか一項に記載の方法。
実施形態７６．
前記第３のプロファイルまたは前記第４のプロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態７５に記載の方法。
実施形態７７．
前記定量的アッセイが、シークエンシング、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、エキソンシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、マルチプレックスＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、蛍光アッセイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、またはこれらの組合せを使用する、実施形態７２、６６、および７６のいずれか一項に記載の方法。
実施形態７８．
前記核酸プロファイルが、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子突然変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せである、実施形態７７に記載の方法。
実施形態７９．
前記核酸プロファイルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、シークエンシング分析、電気泳動分析、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、ノーザンブロット分析、定量的ＰＣＲ、逆転写酵素ＰＣＲ分析（ＲＴ−ＰＣＲ）、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション分析、比較ゲノムハイブリダイゼーション、ヘテロ二重鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）、一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ＲＮアーゼミスマッチ分析、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、表面プラズモン共鳴、サザンブロット分析、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、色素形成ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、核型分析、マルチプレックスライゲーション依存型プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、短鎖蛍光断片の定量的マルチプレックスＰＣＲ（ＱＭＰＳＦ）、顕微鏡法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮（ＨＥＬＰ）アッセイ、放射性酢酸標識アッセイ、比色ＤＮＡアセチル化アッセイ、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ−ｏｎ−ｃｈｉｐ）アッセイ、制限ランドマークゲノム走査、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性についての分子破壊光アッセイ、クロマトグラフィー分離、メチル化感受性制限酵素分析、非メチル化シトシンからウラシルへの亜硫酸駆動型転換、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、メチル結合ＰＣＲ分析、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態７７に記載の方法。
実施形態８０．
前記核酸プロファイルが、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、エキソンシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、およびこれらの組合せからなる群から選択されるシークエンシング法により決定される、実施形態７７に記載の方法。
実施形態８１．
前記タンパク質プロファイルが、タンパク質発現プロファイル、タンパク質活性化プロファイル、またはこれらの組合せである、実施形態７７に記載の方法。
実施形態８２．
前記タンパク質プロファイルが、免疫組織化学アッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、顕微鏡法、マイクロ流体チップベースのアッセイ、表面プラズモン共鳴、シークエンシング、ウェスタンブロットアッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態７７に記載の方法。
実施形態８３．
前記タンパク質活性化プロファイルが、前記１または複数のマーカーのリン酸化状態、ユビキチン化状態、ミリストイル化状態、コンフォメーション状態、またはこれらの組合せの決定を含む、実施形態７７に記載の方法。
実施形態８４．
前記脂質プロファイルが、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態７７に記載の方法。
実施形態８５．
前記炭水化物プロファイルが、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、パルスドアンペロメトリ検出を用いた高速アニオン交換クロマトグラフィー（ＨＰＡＥＣ−ＰＡＤ）、液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、蛍光アッセイ、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態７７に記載の方法。
実施形態８６．
前記対象が、少なくとも２つの疾患または状態を有する、実施形態１から８５のいずれか一項に記載の方法。
実施形態８７．
前記対象が、少なくとも１つの出生前または妊娠関連の疾患または状態を有する、実施形態８６に記載の方法。
実施形態８８．
前記対象が、哺乳動物である、実施形態１から８７のいずれか一項に記載の方法。
実施形態８９．
前記哺乳動物が、ヒトである、実施形態８９に記載の方法。
実施形態９０．
前記疾患または状態が、心血管の疾患もしくは状態、腎関連の疾患もしくは状態、出生前もしくは妊娠関連の疾患もしくは状態、神経もしくは神経精神の疾患もしくは状態、自己免疫もしくは免疫関連の疾患もしくは状態、がん、感染性の疾患もしくは状態、ミトコンドリア障害、呼吸器消化管の疾患もしくは状態、生殖器の疾患もしくは状態、眼の疾患もしくは状態、筋骨格の疾患もしくは状態、または皮膚の疾患もしくは状態である、実施形態１から８９のいずれか一項に記載の方法。
実施形態９１．
前記差異が、１倍を超える差異である、実施形態１から９０のいずれか一項に記載の方法。
実施形態９２．
前記差異が、少なくとも、１．０５倍、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異である、実施形態９１に記載の方法。
実施形態９３．
前記第２のプロファイルと前記第４のプロファイルとが同じである、実施形態４から６および１３から１５のいずれか一項に記載の方法。
実施形態９４．
疾患または状態についての１または複数のマーカーを同定するための方法であって、
ａ）前記疾患または状態を有する対象に由来する無細胞体液、および前記疾患または状態を有する対象に由来する食細胞の集団または＞２ｎ食細胞の集団を含む試料に由来する分析物の第１のプロファイルを決定し、
前記疾患または状態を有する前記対象に由来する＝２ｎ食細胞の集団または非食細胞の集団に由来する分析物の第２のプロファイルを決定し、
前記第１のプロファイルと第２のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであって、前記第１の差異のセットが、前記第２のプロファイルと比べて、前記第１のプロファイルに特異的であるステップと、
ｂ）前記疾患または状態を有する対象に由来する無細胞体液、および前記疾患または状態を有さない対照の対象に由来する食細胞の集団または＞２ｎ食細胞の集団を含む試料に由来する分析物の第３のプロファイルを決定し、
前記疾患または状態を有さない前記対照の対象に由来する＝２ｎ食細胞の集団または非食細胞の集団に由来する分析物の第４のプロファイルを決定し、
前記第３のプロファイルと前記第４のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであり、前記第２の差異のセットが、前記第４のプロファイルと比べて、前記第３のプロファイルに特異的であるステップと、
ｃ）ｂ）において同定された前記差異のセットと比べて、ａ）において同定された前記差異のセットに特異的な１または複数の分析物を同定するステップであって、ｃ）における前記同定された分析物が、前記疾患または状態のマーカーであるステップと
を含む方法。
実施形態９５．
疾患または状態についての１または複数のマーカーを同定するための方法であって、
ａ）前記疾患または状態を有する対象に由来する無細胞体液、および前記疾患または状態を有する対象に由来する食細胞の集団または＞２ｎ食細胞の集団を含む試料に由来する分析物の第１のプロファイルを決定するステップと、
ｂ）前記第１のプロファイルを、前記疾患または状態を有さない対照の対象に由来する分析物のレポジトリーに由来する第２のプロファイルと比較するステップと、
ｃ）前記第１のプロファイルと前記第２のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであり、前記差異のセットが、前記第２のプロファイルと比べて、前記第１のプロファイルに特異的であるステップと、
ｄ）前記差異のセットに特異的な１または複数の分析物を同定するステップであって、前記同定された分析物が、前記疾患または状態のマーカーであるステップと
を含む方法。
実施形態９６．
ａ）前記疾患または状態を有する前記対象における前記疾患または状態の影響を受ける細胞または組織に由来する分析物の第５のプロファイルを得、
前記疾患または状態を有する前記対象における前記疾患または状態の影響を受けない細胞または組織に由来する分析物の第６のプロファイルを得、
前記第５のプロファイルと前記第６のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであって、前記差異のセットが、前記第６のプロファイルと比べて、前記第５のプロファイルに特異的であるステップと、
ｂ）ｄ）において同定された前記差異のセットに存在する、ｃ）の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定するステップと
をさらに含む、実施形態９５に記載の方法。
実施形態９７．
前記１または複数のマーカーを、前記無細胞体液から抽出するステップをさらに含む、実施形態９０から９６のいずれか一項に記載の方法。
実施形態９８．
ａ）の前に、前記食細胞、前記＞２ｎ食細胞、前記＝２ｎ食細胞、または前記非食細胞を溶解させるステップをさらに含む、実施形態９０から９７のいずれか一項に記載の方法。
実施形態９９．
ａ）の前に、細胞内容物のうちの少なくとも一部を、前記食細胞、前記＞２ｎ食細胞、前記＝２ｎ食細胞、または前記非食細胞から抽出するステップをさらに含む、実施形態９０から９８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１００．
前記食細胞または前記＞２ｎ食細胞が、罹病生細胞、死んだ罹病細胞、罹病アポトーシス細胞、循環腫瘍細胞、感染因子、胎児細胞、トロホブラスト、またはこれらの断片を含む、実施形態９０から９９のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１０１．
前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記無細胞体液試料、前記食細胞、または前記＞２ｎ食細胞に存在する、実施形態９０から１００のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１０２．
前記疾患または状態の前記１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つが、前記無細胞体液試料、前記食細胞、または前記＞２ｎ食細胞に存在しない、実施形態９０から１０１のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１０３．
ｃ）の前記同定された差異を、前記疾患または状態の１または複数の既知のマーカーのレポジトリーと比較するステップをさらに含む、実施形態９０から１０２のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１０４．
前記レポジトリーが、データマイニングにより得られる、実施形態９７に記載の方法。
実施形態１０５．
前記食細胞、＞２ｎ食細胞、または＝２ｎ食細胞が、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、好酸球、角化細胞、またはこれらの混合物である、実施形態９０から１０４のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１０６．
前記非食細胞が、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ヌル細胞、好塩基球、またはこれらの混合物である、実施形態９０から１０５のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１０７．
前記無細胞体液が、体液から分離される、実施形態９０から１０６のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１０８．
前記体液試料が、血液、尿、糞便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第２三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第３三半期の妊婦から得られる液体、母体血液、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する液体、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および子宮頸膣部液、間質液、または眼液である、実施形態１０７に記載の方法。
実施形態１０９．
前記無細胞体液試料が、濾過、遠心分離、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞分取、勾配ベースの遠心分離、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技法、蛍光磁気分離技法、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット型顕微鏡ベースのプラットフォーム、またはこれらの組合せにより分離される、実施形態１０７および１０８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１１０．
前記無細胞体液試料が、前記試料に存在する物質を使用することにより分離される、実施形態１０９に記載の方法。
実施形態１１１．
前記１または複数のマーカーが、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝産物、またはこれらの組合せである、実施形態９０から１１０のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１１２．
前記核酸が、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡ、ＲＮＡ、またはＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドである、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１３．
前記ＤＮＡが、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、多重鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、または非コードＤＮＡである、実施形態１１２に記載の方法。
実施形態１１４．
前記ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、または低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）である、実施形態１１２に記載の方法。
実施形態１１５．
前記タンパク質が、アミノ酸、ペプチド、酵素、抗原、抗体、サイトカイン、リポタンパク質、糖タンパク質、またはホルモンである、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１６．
前記脂質が、脂肪酸、中性脂肪、ホスファチド、コレステロール、コレステロールエステル、トリグリセリド、糖脂質、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質、ポリケチド、コリングリセロリン脂質、エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、リゾコリングリセロリン脂質、リゾエタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジン酸、リゾホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、ガラクトシルセラミド、グルコシルセラミド、遊離脂肪酸、プロスタグランジン、トリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール、アシル−ＣｏＡ、アシルカルニチン、オキシステロール、セラミド、カルジオリピン、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、スフィンゴシン、リゾスフィンゴミエリン、ガングリオシド、プラズマローゲン、スルファチド、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、極低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、またはこれらの誘導体である、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１７．
前記炭水化物が、単糖、二糖、多糖、オリゴ糖、またはこれらの誘導体である、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１８．
前記代謝産物が、一次代謝産物、二次代謝産物、有機代謝産物、無機代謝産物、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ステロイド、胆汁酸、ビタミン、またはこれらの誘導体である、実施形態１１１に記載の方法。
実施形態１１９．
前記プロファイルが、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せである、実施形態９０から１１８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１２０．
前記プロファイルが、定性的アッセイ、定量的アッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態１１９に記載の方法。
実施形態１２１．
前記定量的アッセイが、シークエンシング、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、エキソンシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、蛍光アッセイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、またはこれらの組合せを使用する、実施形態１２０に記載の方法。
実施形態１２２．
前記核酸プロファイルが、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子突然変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せである、実施形態１１９に記載の方法。
実施形態１２３．
前記核酸プロファイルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、シークエンシング分析、電気泳動分析、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、ノーザンブロット分析、定量的ＰＣＲ、逆転写酵素ＰＣＲ分析（ＲＴ−ＰＣＲ）、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション分析、比較ゲノムハイブリダイゼーション、ヘテロ二重鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）、一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ＲＮアーゼミスマッチ分析、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、表面プラズモン共鳴、サザンブロット分析、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、色素形成ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、核型分析、マルチプレックスライゲーション依存型プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、短鎖蛍光断片の定量的マルチプレックスＰＣＲ（ＱＭＰＳＦ）、顕微鏡法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮（ＨＥＬＰ）アッセイ、放射性酢酸標識アッセイ、比色ＤＮＡアセチル化アッセイ、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ−ｏｎ−ｃｈｉｐ）アッセイ、制限ランドマークゲノム走査、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性についての分子破壊光アッセイ、クロマトグラフィー分離、メチル化感受性制限酵素分析、非メチル化シトシンからウラシルへの亜硫酸駆動型転換、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、メチル結合ＰＣＲ分析、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態１１９に記載の方法。
実施形態１２４．
前記核酸プロファイルが、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、エキソンシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、およびこれらの組合せからなる群から選択されるシークエンシング技法により決定される、実施形態１１９に記載の方法。
実施形態１２５．
前記タンパク質プロファイルが、タンパク質発現プロファイル、タンパク質活性化プロファイル、またはこれらの組合せである、実施形態１１９に記載の方法。
実施形態１２６．
前記タンパク質プロファイルが、免疫組織化学アッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、顕微鏡法、マイクロ流体チップベースのアッセイ、表面プラズモン共鳴、シークエンシング、ウェスタンブロットアッセイ、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態１１９に記載の方法。
実施形態１２７．
前記タンパク質活性化プロファイルが、前記１または複数のマーカーのリン酸化状態、ユビキチン化状態、ミリストイル化状態、コンフォメーション状態、またはこれらの組合せの決定を含む、実施形態１１９に記載の方法。
実施形態１２８．
前記脂質プロファイルが、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態１１９に記載の方法。
実施形態１２９．
前記炭水化物プロファイルが、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、パルスドアンペロメトリ検出を用いた高速アニオン交換クロマトグラフィー（ＨＰＡＥＣ−ＰＡＤ）、液体クロマトグラフィー、ガスクロマトグラフィー、蛍光アッセイ、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定される、実施形態１１９に記載の方法。
実施形態１３０．
前記対象が、哺乳動物である、実施形態９０から１２９のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３１．
前記哺乳動物が、ヒトである、実施形態１３０に記載の方法。
実施形態１３２．
前記疾患または状態が、心血管の疾患もしくは状態、腎関連の疾患もしくは状態、出生前もしくは妊娠関連の疾患もしくは状態、神経もしくは神経精神の疾患もしくは状態、自己免疫もしくは免疫関連の疾患もしくは状態、がん、感染性の疾患もしくは状態、ミトコンドリア障害、呼吸器消化管の疾患もしくは状態、生殖器の疾患もしくは状態、眼の疾患もしくは状態、筋骨格の疾患もしくは状態、または皮膚の疾患もしくは状態である、実施形態９０から１３１のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３３．
前記差異が、１倍を超える差異である、実施形態９０から１３２のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３４．
前記差異が、少なくとも、１．０５倍、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異である、実施形態１３３に記載の方法。
実施形態１３５．
前記疾患または状態の少なくとも１つの診断パラメータを決定するステップをさらに含む、実施形態１から９３のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３６．
前記診断パラメータが、身体検査、目視検査、生検、走査、組織検査、放射線医学、画像化、超音波、市販キットの使用、遺伝子検査、免疫学的検査、体液の分析、または神経活動のモニタリングにより決定される、実施形態１３５に記載の方法。
実施形態１３７．
前記１または複数のマーカーが、ＡＫＴ２、ＢＡＫ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＰＤＧＦＢ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＮＣＧ、およびＳＰＰ１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、実施形態１から９３および１３５から１３６のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３８．
前記１または複数のマーカーが、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＢＡＫ２、ＣＤＣ２５Ａ、Ｅ２Ｆ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＮＦＫＢ１、ＰＤＧＦＢ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＮＮ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＮＣＧ、ＳＰＰ１、ＴＥＲＴ、ＴＩＭＰ３、およびＴＰ５３からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、実施形態１から９３および１３５から１３７のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３９．
前記１または複数のマーカーが、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＯＬ１８Ａ１、ＥＴＳ２、ＨＴＡＴＩＰ２、ＭＭＰ９、ＳＲＣ、およびＴＷＩＳＴ１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、実施形態１から９３および１３５から１３８のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１４０．
前記１または複数のマーカーが、ＡＫＴ１、ＡＰＡＦ１、ＡＴＭ、ＣＤＣ２５Ａ、ＣＤＫＮ１Ａ、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＩＬ８、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＰＬＡＵ、ＰＬＡＵＲ、ＲＡＦ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＹＫ、ＴＩＭＰ１、ＴＮＦ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、実施形態１から９３および１３５から１３９のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１４１．
前記１または複数のマーカーが、ＡＣＰ２、ＡＫ２、ＡＫＴ３、ＡＲＬ５Ｂ、ＡＴＰ２Ｂ３、ＢＧＮ、ＢＲＡＦ、ＢＴＧ２、ＣＡＭＫＫ２、ＣＡＰＧ、ＣＡＰＮ１２、ＣＰＬＸ２、ＤＥＮＮＤ５Ａ、ＤＮＡ２、ＦＡＭ１０４Ａ、ＦＮＩＰ１、ＧＦＲＡ４、ＧＬＵＤ１、ＧＮＡＱ、ＧＰ１ＢＢ、ＨＮＲＰＬＬ、ＨＯＸＡ２、ＨＰＳ３、ＩＮＰＰ４Ａ、ＩＴＧＡＶ、ＫＬＨＬ２３、ＬＡＮＣＬ２、ＬＹＰＤ６、ＭＡＰＫＡＰＫ３、ＭＥＦ２Ａ（ＥＧ：４２０５を含む）、ＭＥＦ２Ｃ、ＮＶＬ、ＰＣＹＴ１Ａ、ＰＧＬＹＲＰ４、ＰＬＯＤ１、ＰＰＰ１ＣＢ、ＰＲＫＡＢ２、ＰＲＯＳ１、ＰＴＰＲＥ、ＲＡＳＡ４（ＥＧ：１０１５６を含む）、ＲＢＭＳ２、ＲＢＰＪ、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＴＨＢＳ１、ＴＲＩＢ１、ＴＲＩＭ２、ＴＳＰＡＮ６、およびＺＤＨＨＣ２１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、実施形態１から９３および１３５から１４０のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１４２．
前記１または複数のマーカーが、Ｂ４ＧＡＬＴ５、ＢＯＰ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＲＬ２、ＣＤ８３、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＬＩＣ４、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＯ、ＣＸＣＬ１０、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＰＲ３、ＨＢＡ１、ＨＢＢ、ＬＲＭＰ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳＲ１、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＩＤ１、ＰＦ４、ＰＩＯＮ、ＲＮＦ２１７、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、およびＳＰＡＲＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、実施形態１から９３および１３５から１４１のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１４３．
前記１または複数のマーカーが、ＡＣＯＴ９、ＡＭＰＤ２、ＡＲＨＧＡＰ１５、ＢＡＴＦ２、Ｃ３ＡＲ１、Ｃ５ｏｒｆ４１、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＤ６３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＹ１、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＴＳＺ、ＣＸｏｒｆ２１、ＣＹＴＨ４、ＣＹＴＩＰ、ＤＬＥＵ２、ＤＮＡＪＡ１、ＤＯＣＫ８、ＤＴＸ３Ｌ、ＤＵＳＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＥＲＦ、Ｆ２ＲＬ１、ＦＹＢ、ＧＡＢＲＢ２、ＧＢＰ５、ＧＬＲＸ、ＧＮＢ４、ＩＣＡＭ１、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１Ｒ１、ＩＲＦ１、ＩＴＧＡ５、ＬＡＰ３、ＬＡＰＴＭ５、ＬＣＰ２、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＩＣＡＬ２、ＭＴ１ＤＰ、ＭＴ１ＪＰ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ２Ａ、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＥＫ６、ＮＩＮＪ２、ＮＮＭＴ、ＮＴ５Ｃ３Ｌ、ＮＵＢ１、ＰＤＥ４Ｂ、ＰＬＯＤ１、ＰＭＬ、ＰＲＫＣＢ、ＰＳＭＢ９、ＲＣＮ３、ＲＧＳ４、ＲＮＡＳＥ６、ＲＴＰ４、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＴＸ、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＫＩＬ、ＳＬＣ７Ａ７、ＳＮＯＲＡ２１、ＳＰ１００、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＳＦＡ２、ＳＴＡＴ２、ＳＴＫ１７Ｂ、ＳＴＫ３、ＴＤＲＤ７、ＴＭＣＣ１、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＰＭ１、ＴＲＩＭ２１，ＴＸＮＤＣ４、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＢＥ２Ｗ、ＵＳＰ１８、ＶＡＶ１、ＷＡＲＳ、ＷＩＰＦ１、およびＷＩＰＩ１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、実施形態１から９３および１３５から１４２のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１４４．
前記１または複数のマーカーが、ＡＤＡＲ、ＡＤＭ、ＡＬＡＳ１、ＡＮＫＲＤ２２、ＡＲＨＧＡＰ２７、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＣＬ１０、Ｃ１２ｏｒｆ３５、Ｃ１５ｏｒｆ２９、Ｃ２ｏｒｆ５９、ＣＤ１７７、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＰＥＢ２、ＤＤＸ５８、Ｆ２ＲＬ１、ＧＤＰＤ３、ＧＮＡＩ３、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ａ、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ｄ、ＨＩＳＴ２Ｈ４Ａ、ＨＭＧＣＲ、ＨＳＰＡ６、ＨＳＰＣ１５９、ＩＬ４Ｒ、ＩＭＰＡ２、ＫＰＮＢ１、ＫＲＥＭＥＮ１、ＫＲＴ２３、ＬＤＬＲ、ＬＯＣ１００１３０９０４、ＬＴＢ４Ｒ、ＭＡＥＡ、ＭＡＲＫ２、ＭＢＯＡＴ２、ＭＰＺＬ３、Ｎ４ＢＰ１、ＮＢＥＡＬ２、ＮＭＩ、ＮＰＥＰＰＳ、ＰＡＲＰ１４、ＰＧＭ２、ＰＰＩＦ、ＰＸＮ、ＲＡＬＢＰ１、ＲＯＤ１、ＲＰＳ６ＫＡ１、Ｓ１００Ｐ、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ９Ａ１、ＳＬＰＩ、ＳＰ１１０、ＳＰＩＮＴ１、ＳＴ１４、ＴＢＣ１Ｄ３、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＩＭ２１、ＵＰＰ１、ＶＰＳ２４、ＺＢＴＢ３４、およびＺＮＦ２５６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む、実施形態１から９３および１３５から１４３のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１４５．
前記１または複数のマーカーが、実施形態９４から１３４のいずれか一項に記載の方法により同定される前記マーカーのうちの少なくとも１または複数を含む、実施形態１から９３および１３５から１４４のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１４６．
実施形態９４から１３４のいずれか一項に記載の方法により同定される前記マーカーのうちの少なくとも１または複数を検出する複数のマーカー検出剤を含むキット。
実施形態１４７．
対象における疾患または状態を処置または防止する方法であって、前記対象へと、実施形態６および１５のいずれか一項に記載の方法により同定される化合物を含む組成物を投与するステップを含む方法。
実施形態１４８．
前記循環罹病細胞が、感染因子に感染している、実施形態１から９３および１３５から１４５のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１４９．
前記感染因子が、ウイルス、細菌、真菌、寄生虫、原虫、感染性タンパク質、または微生物である、実施形態１４８に記載の方法。
実施形態１５０．
前記方法が食細胞または＞２ｎ食細胞を含む場合、前記食細胞または＞２ｎ食細胞が、腎臓通過性核酸を含む、実施形態１から９３、１３５から１４５、および１４８から１４９のいずれか一項に記載の方法。
【図面の簡単な説明】
【０００８】
【図１】図１は、ＣＤ２陽性末梢血液細胞による母体基準試料中および組合せ試料中の、潜在的なインフォマティブマーカーのセット、および相対リード百分率による関連対立遺伝子頻度を描示する。ｘ軸に沿って、マーカーを描示し、ｙ軸に沿って、異なる対立遺伝子についてのリードパーセントを描示する。三角：母体試料の基準対立遺伝子の百分率；丸：母体試料の代替的対立遺伝子のパーセント；四角：組合せ試料の基準対立遺伝子のパーセント；およびダイアモンド：組合せ試料の代替的対立遺伝子のパーセント。
【０００９】
【図２】図２は、母体基準試料中および組合せ試料中の、潜在的なインフォマティブマーカーのセット、および相対リード百分率による関連対立遺伝子頻度を描示する。ｘ軸に沿って、マーカーを描示し、ｙ軸に沿って、異なる対立遺伝子についてのリードパーセントを描示する。三角：母体試料の基準対立遺伝子のパーセント；丸：母体試料の代替的対立遺伝子のパーセント；四角：組合せ試料の基準対立遺伝子のパーセント；およびダイアモンド：組合せ試料の代替的対立遺伝子のパーセント。
【００１０】
【図３】図３は、潜在的なインフォマティブマーカーのセット、および循環無細胞体液（ｃｃｆｆ：ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ  ｃｅｌｌ−ｆｒｅｅ  ｆｌｕｉｄ）試料と母体基準試料との間で比較した、相対リード百分率による関連対立遺伝子頻度を描示する。ｘ軸に沿って、マーカーを描示し、ｙ軸に沿って、異なる対立遺伝子についてのリードパーセントを描示する。三角：基準対立遺伝子；丸：代替的対立遺伝子。
【００１１】
【図４】図４は、Ｔ細胞試料中の、潜在的なインフォマティブマーカーのセット、および相対リード百分率による関連対立遺伝子頻度を描示する。ｘ軸に沿って、マーカーを描示し、ｙ軸に沿って、異なる対立遺伝子についてのリードパーセントを描示する。三角：基準対立遺伝子；丸：代替的対立遺伝子。
【００１２】
【図５】図５は、循環無細胞体液（ｃｃｆｆ）に、１％の単球試料を加えた組合せ試料中の、潜在的なインフォマティブマーカーのセット、および相対リード百分率による関連対立遺伝子頻度を描示する。ｘ軸に沿って、マーカーを描示し、ｙ軸に沿って、異なる対立遺伝子についてのリードパーセントを描示する。三角：基準対立遺伝子；丸：代替的対立遺伝子。
【００１３】
【図６】図６は、母体血液の循環無細胞体液画分中の、インフォマティブマーカーの出現を、母体Ｔ細胞内のインフォマティブマーカーの欠如と比較して描示する。ｘ軸に沿って、マーカーを描示し、ｙ軸に沿って、異なる対立遺伝子についてのリードパーセントを描示する。
【００１４】
【図７】図７は、無細胞体液に加えて、母体血液に由来する単球も含有する組合せ試料中の、インフォマティブマーカーの出現を、Ｔ細胞を含有する母体基準試料中のインフォマティブマーカーの欠如と比較して描示する。ｘ軸に沿って、マーカーを描示し、ｙ軸に沿って、異なる対立遺伝子についてのリードパーセントを描示する。
【００１５】
【図８】図８は、母体だけの試料中および組合せ試料中の、例示的なインフォマティブマーカーを描示する。三角：基準対立遺伝子；丸：代替的対立遺伝子。
【００１６】
【図９】図９は、母体だけの試料中および組合せ試料中の、例示的なインフォマティブマーカーを描示する。三角：基準対立遺伝子；丸：代替的対立遺伝子。
【００１７】
【図１０】図１０は、母体だけの試料中および組合せ試料中の、例示的な非インフォマティブマーカーを描示する。三角：基準対立遺伝子；丸：代替的対立遺伝子。
【発明を実施するための形態】
【００１８】
本明細書で別段に定義されない限り、本出願で使用される科学用語および技術用語は、当業者により一般に理解される意味を有するものとする。一般に、本明細書で記載される、細胞培養および組織培養、分子生物学、細胞生物学およびがん生物学、神経生物学、神経化学、ウイルス学、免疫学、微生物学、薬理学、遺伝学、ならびにタンパク質化学および核酸化学との関連で使用される用語法、およびこれらの技法は、当技術分野において周知であり、一般に使用されている用語法および技法である。
【００１９】
本出願で言及される上記の刊行物、特許、および特許出願公開、ならびに他の任意の刊行物、特許、および特許出願公開の全ては、参照により本明細書に具体的に組み込まれる。利益相反の場合は、その具体的な定義を含む本明細書により管理する。
【００２０】
本明細書を通して、「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という語、または「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」または「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」など、その変化形は、言明された整数（または成分）または整数（または成分）の群の包含を含意するが、他の任意の整数（または成分）または整数（または成分）の群の除外は含意しないことが理解される。
【００２１】
文脈により別段であることが明確に指示されない限り、単数形である「ある（ａ）」、「ある（ａｎ）」、および「その」は、複数形を含む。
【００２２】
「〜を含む」という用語は、「〜を含むがこれらに限定されない」を意味するのに使用される。「〜を含む」および「〜を含むがこれらに限定されない」は、互換的に使用される。
【００２３】
「患者」、「対象」、または「個体」は、互換的に使用され、ヒトまたは非ヒト動物を指す。これらの用語は、ヒト、霊長動物、家畜動物（例えば、ウシ、ブタ）、ペット動物（例えば、イヌ、ネコ）、および齧歯動物（例えば、マウスおよびラット）などの哺乳動物を含む。
【００２４】
本明細書で使用される対照の対象とは、アッセイされる疾患または状態を有すると診断されていない任意の個体を指す。「正常対照」、「健常対照」、および「非罹病細胞」という用語も同様に、アッセイされる状態または疾患を有さず、したがって、測定される状態または障害についてのベースラインを決定するのに使用されうる供給源（例えば、対象、対照の対象、細胞系）から採取された試料（例えば、細胞、血清、組織）を意味する。また、対照の対象、正常対照、および健常対照は、得られ、基準として使用されるデータを含む、すなわち、複数の異なる対象について何度も繰り返し使用されうることも理解される。言い換えれば、例えば、対象試料を、対照試料と比較する場合、対照試料に由来するデータは、異なる実験のセットにおいて得られている可能性があろう、例えば、多数の健常対象から得られる平均である可能性があり、対象についてのデータが得られる時点において実際には得られない可能性があろう。
【００２５】
本明細書で用いられる「診断」という用語は、患者が所与の疾患または状態を患っているのかどうかを当業者が推定および／または決定しうる方法を指す。当業者は、１または複数の診断指標、例えば、その存在、非存在、量、または量の変化が、状態の存在、重症度、または非存在を示すマーカーに基づいて診断を下すことが多い。
【００２６】
本明細書で用いられる「予後診断」という用語は、疾患または状態の再発を含む、疾患または状態の進行の可能性を指す。
【００２７】
国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ０９／３１３９５号、同第ＰＣＴ／ＵＳ１１／４５００９号、同第ＰＣＴ／ＵＳ１１／４４９６９号、同第ＰＣＴ／ＵＳ１１／４４９７３号、同第ＰＣＴ／ＵＳ１１／４４９９１号、同第ＰＣＴ／ＵＳ１１／４５００２号、同第ＰＣＴ／ＵＳ１１／４４９９６号、および同第ＰＣＴ／ＵＳ１１／４５０１８号の開示は、全ての目的で参照により本明細書に組み込まれる。
【００２８】
本明細書で記載される各実施形態は、本明細書で記載される他の任意の実施形態と組み合わせることができる。
【００２９】
本発明の方法についての記載
供給源の組合せに由来するプロファイルを使用することにより、当業者は、検査のために成分を試料から分離する工程で通常失われるデータを捕捉することが可能である。同時に、組み合わされる分析成分は、使用されるマーカーについて濃縮される。したがって、本発明の方法では、不要な「ノイズ」がシグナルへと導入されない。対象特異的なプロファイルの比較を使用する実施形態はまた、特定の疾患または状態についての集団由来の平均プロファイルへの依存も廃する。集団由来の平均プロファイルを使用すれば、対象における特定の疾患または状態の検出または診断へと過誤が導入されうる。したがって、本発明の方法は、検出、診断、および処置を個体へと個別化することを可能とする。
【００３０】
本発明の方法は、特異度、感度、および精度が高く、体液試料中、細胞内、または組織に存在する疾患特異的マーカーまたは状態特異的マーカーを検出することが可能である。一部の実施形態では、本発明の方法により、特異度、感度、および精度が、現行の方法と比較して改善された。本発明の方法はまた、例えば、患者試料を、個別の成分であって、そのうちの１つだけが検査のために選ばれる成分へと回収および分離する場合に、貴重なシグナルを失う問題も軽減する。したがって、ある特定の態様では、本発明は、疾患または状態を早期に、すなわち、疾患を従来の診断技法、例えば、画像化技法により診断されうる前に検出するための非侵襲的アッセイを提供し、したがって、このような疾患または状態を伴う個体に対する介入、防止、および処置のための必要および戦略に関する意思決定を改善するための基盤を提供する。
【００３１】
本発明は、疾患または状態の関連マーカー（例えば、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝産物）のプロファイル（例えば、遺伝子／タンパク質／脂質／炭水化物の発現プロファイル、遺伝子型決定、遺伝子コピー数、遺伝子量、ＤＮＡメチル化など）を比較することにより、疾患または状態を診断するかまたはその診断を援助するための方法を提供する。比較のために使用される１つのプロファイルは、対象に由来する２つ以上の異なる成分（例えば、無細胞体液、食細胞、循環小胞、および循環罹病細胞）の組合せを含む試料に由来するプロファイルでありうる。代替的に、比較のために使用されるプロファイルは、例えば、対象に由来する無細胞体液、食細胞、ＤＮＡ量が２ｎを超える（＞２ｎ食細胞）食細胞、循環小胞、および循環罹病細胞から単離された分析物を含む試料に由来するプロファイルでありうる。例えば、食細胞および無細胞体液に由来する分析物を含む試料であれば、分析物（例えば、核酸またはタンパク質）を食細胞から単離し（例えば、細胞を溶解させ、アフィニティーベースの技法を使用して分析物を単離することにより）、かつ、分析物（例えば、核酸またはタンパク質）を無細胞体液からも単離し、分析物を組み合わせて、プロファイルを作成するのに有用な試料を創出することにより作り出すことができよう。言及を容易にするため、本明細書では、２つ以上の異なる成分（例えば、無細胞体液、食細胞、＞２ｎ食細胞、循環小胞、および循環罹病細胞、またはこれらから単離された分析物）の組合せを含む試料を、「組合せ試料」と称する場合がある。一部の実施形態では、組合せ試料は、食細胞の集団、＞２ｎ食細胞の集団、循環小胞の集団、または循環罹病細胞の集団それぞれの代わりに、食細胞の集団、＞２ｎ食細胞の集団、循環小胞の集団、または循環罹病細胞の集団の溶解物を含む場合もあり、これらの溶解物の画分または一部を含む場合もある。一部の実施形態では、組合せ試料は、食細胞の集団、＞２ｎ食細胞の集団、循環小胞の集団、または循環罹病細胞の集団のそれぞれの代わりに、食細胞の集団、＞２ｎ食細胞の集団、循環小胞の集団、または循環罹病細胞の集団の溶解物から単離された分析物を含む場合もあり、これらの溶解物から単離された分析物の画分または一部を含む場合もある。一部の実施形態では、組合せ試料は、無細胞体液自体ではなくて、無細胞体液から単離された分析物を含む場合もあり、無細胞体液から単離された分析物の一部または画分を含む場合もある。対照プロファイルは、同じ個体から採取された、食細胞、ＤＮＡ量が２ｎである（＝２ｎ食細胞）食細胞、非食細胞、または疾患もしくは状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞に由来しうる。代替的に、対照プロファイルは、疾患または状態のマーカーのレポジトリーに由来するプロファイルでもありうる。本発明の文脈では、「疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞」とは、循環罹病細胞と比較される細胞の集団を指し、疾患または状態の影響を受ける細胞を有意に少量含む。一部の実施形態では、「疾患または状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞」とは、疾患または状態の影響を受ける細胞を少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または１００％含まない細胞である。一部の実施形態では、本発明の方法で使用されうる対照細胞は、胎児性物質を少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または１００％含まない対照細胞など、胎児性物質（例えば、核酸、タンパク質、および本明細書で記載される任意の分析物）を実質的に含まない。
【００３２】
本発明はまた、疾患もしくは状態を発症する危険性を評価するか、前記疾患を予後診断するか、前記疾患の進行もしくは後退をモニタリングするか、処置の有効性を評価するか、または前記疾患もしくは状態を改善もしくは処置することが可能な化合物を同定するための方法も提供する。
【００３３】
一部の実施形態では、疾患または状態のマーカーを実質的に含まない全血液の１または複数の成分を、全血液試料から単離することができる。これら実施形態では、マーカーを実質的に含まない全血液の１または複数の成分を、対照試料（例えば、対照プロファイルを決定するための）として使用することができ、全血液試料の残りの部分を、分析試料（例えば、分析プロファイルを決定するための）として使用することができる。例えば、非食細胞の集団を、全血液試料から単離して、対照プロファイルを決定するのに使用しうるのに対し、全血液試料の残りの部分は、分析プロファイルを決定するのに使用する。
【００３４】
本発明の方法は、身体検査、目視検査、生検、走査、組織検査、放射線医学、画像化、超音波、市販キットの使用、遺伝子検査、免疫学的検査、体液の分析、または神経活動のモニタリングなど、任意の公知の診断法と共に使用することができる。
【００３５】
本発明の方法で使用されうる食細胞は、多様な種類の物質（例えば、アポトーシス細胞、感染因子、死細胞、生細胞、無細胞ＤＮＡ、無細胞ＲＮＡ、無細胞タンパク質）を取り込むことが可能な全ての種類の細胞を含む。一部の実施形態では、食細胞は、好中球、マクロファージ、単球、樹状細胞、泡沫細胞、マスト細胞、好酸球、または角化細胞である。一部の実施形態では、食細胞は、異なる種類の食細胞の混合物でありうる。一部の実施形態では、食細胞は、活性化食細胞、例えば、活性化マクロファージまたは活性化好中球でありうる。一部の実施形態では、食細胞は、組織球、例えば、ランゲルハンス細胞である。
【００３６】
本明細書で使用される「＞２ｎ食細胞」とは、ＤＮＡ量が２ｎを超える食細胞を指すのに対し、「＝２ｎ食細胞」とは、ＤＮＡ量が２ｎである食細胞を指す。本発明によれば、一部の食細胞は、体液に存在する罹病生細胞／死につつある罹病細胞／死んだ罹病細胞（およびこれらの細胞下断片）、ならびに／または無細胞の疾患特異的核酸、タンパク質、炭水化物、および／もしくは脂質を貪食する。このような食作用は、これらの疾患マーカーの、食細胞への内部化をもたらし、したがって、これらの食細胞のＤＮＡ量は、２ｎを超えるであろう。これに対し、一部の食細胞は、体液に存在する罹病生細胞／死につつある罹病細胞／死んだ罹病細胞もしくは断片、ならびに／または無細胞の疾患特異的核酸、タンパク質、脂質、および／もしくは炭水化物を貪食していない。この群の食細胞のＤＮＡ量は、依然として２ｎである。一部の実施形態では、疾患特異的マーカー（例えば、疾患特異的突然変異を伴うＤＮＡ）は、＞２ｎ食細胞を介して発現しうる。例えば、罹病細胞の突然変異したＤＮＡは、＞２ｎ食細胞の正常ＤＮＡへと組み込まれる。＞２ｎ食細胞の「組込み」ＤＮＡの、その後におけるＲＮＡへの転写およびＲＮＡのタンパク質への翻訳は、罹病細胞を取り込んでいない食細胞（すなわち、＝２ｎ食細胞）とは異なる表現型を生成させる。他の実施形態では、内部化された疾患特異的マーカーは、＞２ｎ食細胞を介して発現しない。マーカーは、＞２ｎ食細胞の膜へと移行する場合もあり、＞２ｎ食細胞を介して分泌される場合もある。
【００３７】
本発明の方法で使用されうる循環罹病細胞は、疾患もしくは状態の影響を受けるかまたは感染因子に感染する可能性がある全ての種類の循環細胞を含む。循環細胞とは、体液に存在する細胞を指す。循環細胞は、必ずしも全身または循環系内を循環しうるわけではない。例えば、循環細胞は、滑液中、または脳脊髄液中、またはリンパ液中などに局所的に存在しうる。循環罹病細胞はまた、疾患もしくは状態の影響を受けるかまたは感染因子に感染した組織または器官から剥離する場合もある。
【００３８】
本発明の方法で対照細胞として使用されうる細胞は、全ての種類の正常細胞、または健常細胞、または疾患もしくは状態を実質的に含まない細胞、または感染因子を実質的に含まない細胞を含む。対照細胞とは、正常状態または非疾患状態を表す循環細胞または非循環細胞（例えば、生検細胞）であって、それらと循環罹病細胞上の測定値を比較して、１または複数の疾患関連マーカーが、循環罹病細胞と対照細胞との間において、異なるレベルで存在するのかどうかを決定するための循環細胞または非循環細胞でありうる。対照細胞の性質は、特定のアッセイについてのデザイン上の選択の問題である可能性があり、患者自身の正常組織から導出または決定される可能性がある。
【００３９】
一部の実施形態では、循環罹病細胞は、血液細胞、腫瘍細胞、リンパ腫細胞、胎児細胞、アポトーシス細胞、上皮細胞、内皮細胞、幹細胞、前駆細胞、間葉細胞、骨芽細胞、骨細胞、造血幹細胞、泡沫細胞、脂肪細胞、経子宮頸管細胞、循環心筋細胞、循環線維細胞、循環がん幹細胞、循環筋細胞、腎臓由来の循環細胞、消化管由来の循環細胞、肺由来の循環細胞、生殖器官由来の循環細胞、中枢神経系由来の循環細胞、循環肝細胞、脾臓由来の循環細胞、胸腺由来の循環細胞、甲状腺由来の循環細胞、内分泌腺由来の循環細胞、副甲状腺由来の循環細胞、下垂体由来の循環細胞、副腎由来の循環細胞、ランゲルハンス島由来の循環細胞、膵臓由来の循環細胞、視床下部由来の循環細胞、前立腺組織由来の循環細胞、乳房組織由来の循環細胞、循環網膜細胞由来の循環細胞、循環眼細胞、循環聴細胞、循環表皮細胞、または尿路由来の循環細胞である。他の実施形態では、循環罹病細胞は、異なる種類の循環罹病細胞の混合物でありうる。
【００４０】
本発明の方法で使用されうる循環罹病細胞は、多様な疾患または状態の影響を受ける可能性がある。例示的な疾患または状態は、心血管の疾患もしくは状態、腎関連の疾患もしくは状態、出生前もしくは妊娠関連の疾患もしくは状態、神経もしくは神経精神の疾患もしくは状態、自己免疫もしくは免疫関連の疾患もしくは状態、がん、感染性の疾患もしくは状態、ミトコンドリア障害、呼吸器消化管の疾患もしくは状態、生殖器の疾患もしくは状態、眼の疾患もしくは状態、筋骨格の疾患もしくは状態、または皮膚の疾患もしくは状態である。
【００４１】
本発明の方法で使用されうる循環罹病細胞は、ウイルス、細菌、真菌、寄生虫、原虫、感染性タンパク質、または微生物などの感染因子に感染しうる。
【００４２】
一部の実施形態では、本発明の方法において有用な細胞（例えば、循環罹病細胞、疾患または状態の影響を受けていない対照細胞、食細胞、＞２ｎ食細胞、＝２ｎ食細胞、または非食細胞）は、除核されている。細胞は、例えば、物理的除去（例えば、顕微針、光ピンセット、または吸引を介して）、化学的処置、フォトアブレーション、または紫外線照射を使用することにより除核することができる。
【００４３】
本明細書で使用される「循環小胞」とは、細胞由来の膜結合小胞を指す。循環小胞は必ずしも、全身または循環系内を循環しうるわけではない。例えば、循環小胞は、滑液中、または脳脊髄液中、またはリンパ液中などに局所的に存在しうる。一部の実施形態では、循環小胞は、循環微小胞、アポトーシス小体、微粒子（ｍｉｃｒｏ−ｐａｒｔｉｃｌｅｓ）、膜結合小胞、多胞体、ナノ小胞、微小粒子（ｍｉｃｒｏｐａｒｔｉｃｌｅｓ）、およびＡＲＲＤＣ−１媒介微小胞（ＡＲＭＭ）からなる群から選択される。さらなる実施形態では、循環微小胞は、エキソソームまたは尿中エキソソームである。
【００４４】
一部の実施形態では、組合せ試料は、対象から単離された無細胞体液、対象から単離された食細胞の集団、対象から単離された＞２ｎ食細胞の集団、対象から単離された循環小胞の集団、および対象から単離された循環罹病細胞の集団からなる群から選択される２つ以上の異なる成分を含む。一部の実施形態では、組合せ試料は、対象から単離された無細胞体液から単離された分析物、対象から単離された食細胞の集団から単離された分析物、対象から単離された＞２ｎ食細胞の集団から単離された分析物、対象から単離された循環小胞の集団から単離された分析物、および対象から単離された循環罹病細胞の集団から単離された分析物を含む。
【００４５】
本明細書で使用される、疾患または状態のマーカーの「プロファイル」とは、マーカーに関する任意の情報を広く指す場合がある。この情報は、定性的な（例えば、存在または非存在の）場合もあり、定量的な（例えば、レベル、コピー数、または遺伝子量の）場合もある。一部の実施形態では、マーカーのプロファイルは、このマーカーの非存在を示しうる。プロファイルは、核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せでありうる。本明細書で用いられる「マーカー」とは一般に、食細胞内で示差的に検出可能であり、疾患または状態の存在を示す分析物を指す。分析物は、食細胞内で定量的または定性的に識別されうる場合に、示差的に検出可能である。
【００４６】
本発明の方法は、多様な疾患または状態に適用することができる。例示的な疾患または状態は、心血管の疾患もしくは状態、腎関連の疾患もしくは状態、出生前もしくは妊娠関連の疾患もしくは状態、神経もしくは神経精神の疾患もしくは状態、自己免疫もしくは免疫関連の疾患もしくは状態、がん、感染性の疾患もしくは状態、小児科疾患、小児科障害、もしくは小児科状態、ミトコンドリア障害、呼吸器消化管の疾患もしくは状態、生殖器の疾患もしくは状態、眼の疾患もしくは状態、筋骨格の疾患もしくは状態、または皮膚の疾患もしくは状態である。
【００４７】
本明細書で使用される「心血管疾患または状態」という用語は、心または血管（動脈および静脈）系に影響を与える任意の状態を指す。心血管疾患の例は、心筋梗塞、冠動脈疾患、経皮的冠動脈形成術（ＰＴＣＡ）、冠動脈バイパス術（ＣＡＢＧ）、再狭窄症、末梢動脈疾患、脳卒中、腹部大動脈瘤、頭蓋内動脈瘤、大動脈アテローム性動脈硬化性脳卒中、心原性脳卒中、早発型心筋梗塞、心不全、肺塞栓、急性冠症候群（ＡＣＳ）、狭心症、心肥大、動脈硬化、心筋炎、汎心炎、心内膜炎、高血圧、うっ血性心不全、アテローム性動脈硬化、脳血管疾患、心健康の低下、虚血性心疾患、心膜炎、心原性ショック、アルコール性心筋症、先天性心疾患、虚血性心筋症、高血圧性心筋症、弁膜症性心筋症、炎症性心筋症、全身性代謝性疾患に続発する心筋症、拡張型心筋症、肥大型心筋症、不整脈源性右室心筋症、高速型心筋症、緻密化障害心筋症、心弁性心疾患、高血圧性心疾患、心筋虚血性発作、不安定狭心症、心筋破裂、心原性ショック、塞栓症、深部静脈血栓症、不整脈、不整脈源性右室心筋症、糖尿病性心筋症、僧房弁逆流、僧房弁逸脱、末梢血管疾患、動脈疾患、頸動脈疾患、深部静脈血栓症、静脈疾患、脳血管疾患、動脈瘤（ａｒｔｅｒｉａｌ  ａｎｅｕｒｙｓｍ）、左室肥大、高血圧性腎疾患、高血圧性網膜疾患、血管炎、左主幹部疾患、動脈血管疾患、静脈血管疾患、微小循環血栓症、一過性脳血管発作、肢虚血、動脈瘤（ａｎｅｕｒｙｓｍ）、血栓症、表在性静脈血栓症、および深部静脈血栓症を含むがこれらに限定されない。
【００４８】
本明細書で使用される「腎関連疾患または状態」という用語は、腎臓または腎臓系に影響を与える任意の疾患または状態を指す。腎関連疾患の例は、慢性腎疾患、原発性腎疾患、非糖尿病性腎疾患、糸球体腎炎、間質性腎炎、糖尿病性腎疾患、糖尿病性腎症、糸球体硬化症、急速進行性糸球体腎炎、腎線維症、アルポート症候群、ＩＤＤＭ腎炎、メサンギウム増殖性糸球体腎炎、膜性増殖性糸球体腎炎、半月体形成性糸球体腎炎、腎間質性（insterstitial）線維症、巣状分節状糸球体硬化症、膜性腎症、微小変化型疾患、微量免疫型急速進行性糸球体腎炎、ＩｇＡ腎症、多発性嚢胞腎、デント病、腎シスチン蓄積症（nephrocytinosis）、ヘイマン腎炎、常染色体優性（成人型）多発性嚢胞腎、常染色体劣性（小児型）多発性嚢胞腎、急性腎損傷、ネフローゼ症候群、腎虚血症、有足細胞疾患または有足細胞障害、タンパク尿症、糸球体疾患、膜性糸球体腎炎、巣状分節状糸球体腎炎、子癇前症、子癇、腎病変、膠原血管病、良性起立性（体位性）タンパク尿症、ＩｇＭ腎症、膜性腎症、サルコイドーシス、糖尿病、薬物に起因する腎損傷、ファブリー病、アミノ酸尿症、ファンコーニ症候群、高血圧性腎硬化症、間質性腎炎、鎌状赤血球病、ヘモグロビン尿症、ミオグロビン尿症、ウェゲナー肉芽腫症、１型糖原病、慢性腎疾患、慢性腎不全、糸球体濾過量（ＧＦＲ）低下症、腎血管硬化症、ループス腎炎、ＡＮＣＡ陽性微量免疫型半月体形成性糸球体腎炎、慢性移植腎症、腎臓毒性、腎毒性、腎壊死、腎損傷、糸球体尿細管傷害、腎機能不全、腎炎症候群、急性腎不全、慢性腎不全、近位尿細管機能不全、急性腎移植拒絶、慢性腎移植拒絶、非ＩｇＡメサンギウム増殖性糸球体腎炎、感染後糸球体腎炎、任意の種類の腎障害を伴う血管炎、任意の遺伝性腎疾患、任意の間質性腎炎、腎移植不全、腎臓がん、他の状態（例えば、高血圧、糖尿病、および自己免疫疾患）と関連する腎疾患、デント病、腎シスチン蓄積症（nephrocytinosis）、ヘイマン腎炎、原発性腎疾患、虚脱性糸球体症、デンスデポジット病、寒冷グロブリン血症関連糸球体腎炎、ヘノッホ−シェーンライン病、感染後糸球体腎炎、細菌性心内膜炎、顕微鏡的多発血管炎、チャーグ−ストラウス症候群、抗ＧＢＭ抗体介在型糸球体腎炎、アミロイドーシス、単クローン性免疫グロブリン沈着症、線維性糸球体腎炎、イムノタクトイド糸球体症、虚血性尿細管傷害、薬物誘導性尿細管間質性腎炎、毒性尿細管間質性腎炎、感染性尿細管間質性腎炎、細菌性腎盂腎炎、ポリオーマウイルス感染またはＨＩＶ感染から生じるウイルス感染性尿細管間質性腎炎、代謝誘導性尿細管間質性疾患、混合性結合疾患、円柱腎症、尿酸結晶もしくはシュウ酸結晶または薬物誘導性結晶の沈着から生じうる結晶腎症、急性細胞性尿細管間質性同種移植片拒絶、リンパ腫または移植後リンパ増殖性疾患から生じる腫瘍性浸潤性疾患、腎臓の閉塞性疾患、血管疾患、血栓性微小血管症、腎血管硬化症、アテローム塞栓性疾患、混合性結合組織疾患、結節性多発動脈炎、カルシニューリン阻害剤誘導性血管疾患、急性細胞性血管性同種移植片拒絶、急性体液性同種移植片拒絶、早期腎機能低下症（ＥＲＦＤ）、末期腎疾患（ＥＳＲＤ）、腎静脈血栓症、急性尿細管壊死、急性間質性腎炎、確立された慢性腎��患、腎動脈狭窄症、虚血性腎症、血尿症、薬物毒素誘導性慢性尿細管間質性腎炎、逆流腎症、腎臓結石、グッドパスチャー症候群、および水腎症を含むがこれらに限定されない。
【００４９】
本明細書で使用される「出生前または妊娠関連疾患または状態」という用語は、妊婦、胚、または胎児に影響を及ぼす任意の疾患、障害、または状態を指す。出生前状態または妊娠関連状態はまた、妊娠と関連するかまたは妊娠の結果として直接的もしくは間接的に生じる、任意の疾患、障害、または状態を指す場合もある。これらの疾患または状態は、任意および全ての出生時欠損症、先天性状態、または遺伝性疾患または状態を含みうる。出生前疾患または妊娠関連疾患の例は、Ｒｈ血液型不適合、新生児の溶血性疾患、ベータ−サラセミア、性決定、妊娠決定、遺伝性メンデル型遺伝病、染色体異常、胎児染色体異数性、胎児染色体トリソミー、胎児染色体モノソミー、８番染色体トリソミー、１３番染色体トリソミー（パトー症候群（Syndrom））、１６番染色体トリソミー、１８番染色体トリソミー（エドワード症候群）、２１番染色体トリソミー（ダウン症候群）、Ｘ染色体連鎖型障害、Ｘ染色体トリソミー（ＸＸＸ症候群）、Ｘ染色体モノソミー（ターナー症候群）、ＸＸＹ症候群、ＸＹＹ症候群、ＸＹＹ症候群、ＸＸＸＹ症候群、ＸＸＹＹ症候群、ＸＹＹＹ症候群、ＸＸＸＸＸ症候群、ＸＸＸＸＹ症候群、ＸＸＸＹＹ症候群、ＸＸＹＹＹ症候群、脆弱Ｘ症候群、胎児発育遅延、嚢胞性線維症、異常ヘモグロビン症、胎児死、胎児アルコール症候群、鎌状赤血球貧血、血友病、クラインフェルター症候群、ｄｕｐ（１７）（ｐ１１．２ｐ１．２）症候群、子宮内膜症、ペリツェウス−メルツバッハー病、ｄｕｐ（２２）（ｑ１１．２ｑ１１．２）症候群、キャッツアイ症候群、ネコ泣き症候群、ウォルフ−ヒルシュホーン症候群、ウィリアムス−ボイレン症候群、シャルコー−マリー−トゥース病、易圧迫麻痺性を伴う神経障害、スミス−マゲニス症候群、神経線維腫症、アラジール症候群、口蓋心臓顔面症候群、ディジョージ症候群、ステロイドスルファターゼ欠損症、プラダー−ウィリー症候群、カルマン症候群、線状皮膚欠損を伴う小眼球症、副腎低形成、グリセロールキナーゼ欠損症、ペリツェウス−メルツバッハー病、Ｙ染色体上の精巣決定因子、無精子症（因子ａ）、無精子症（因子ｂ）、無精子症（因子ｃ）、１ｐ３６欠失、フェニルケトン尿症、テイ−サックス病、副腎過形成、ファンコーニ貧血、脊髄性筋委縮症、デュシェンヌ筋ジストロフィー、ハンチントン病、筋強直性ジストロフィー、ロバートソン型転座、アンゲルマン症候群、結節性硬化症、毛細血管拡張性運動失調症、開放性二分脊椎、神経管欠損症、腹壁欠損症、胎内発育不全、先天性サイトメガロウイルス、軟骨形成不全、マルファン症候群、先天性甲状腺機能低下症、先天性トキソプラズマ病、ビオチニダーゼ欠損症、ガラクトース血症、メープルシロップ尿症、ホモシスチン尿症、中鎖アシルＣｏ−Ａデヒドロゲナーゼ欠損症、出生時構造欠損症、心臓欠損、四肢の異常、内反足、無脳症、無嗅脳症／全前脳胞症、脳水腫、無眼球症／小眼球症、無耳／小耳、大血管転移症、ファロー四徴症、左心低形成症候群、大動脈縮窄症、口唇裂を伴わない口蓋裂、口蓋裂を伴うかまたは伴わない口唇裂、癆を伴うかまたは伴わない食道閉鎖症／狭窄症、小腸閉鎖症／狭窄症、肛門直腸閉鎖症／狭窄症、尿道下裂、半陰陽、腎欠損、嚢胞腎、��前多指、肢欠損、横隔膜ヘルニア、失明、白内障、視覚問題、聴覚喪失、難聴、Ｘ染色体連鎖型副腎白質委縮症、レット症候群、リソソーム病、脳性麻痺、自閉症、無舌症、色素欠乏症、眼白子症、眼皮膚白皮症、妊娠糖尿病、アーノルド−キアリ奇形、ＣＨＡＲＧＥ症候群、先天性横隔膜ヘルニア、短指（brachydactlia）症、無虹彩症、裂足裂手症、虹彩異色症、ドワーニアン耳症、エーラスダンロス症候群、表皮水疱症、ゴーハム病、橋本症候群、胎児水症、緊張低下症、クリッペル−フェイル症候群、筋ジストロフィー、骨形成不全症、早老症、スミスレムリオピッツ症候群（symdrom）、彩視症、Ｘ染色体連鎖型リンパ増殖性疾患、臍ヘルニア、腹壁破裂、子癇前症、子癇、早期分娩、早産、流産、子宮内発育遅延、子宮外妊娠、妊娠悪阻、つわり、または分娩誘導奏効の可能性を含むがこれらに限定されない。
【００５０】
本明細書で使用される「神経または神経精神疾患または状態」という用語は、神経系に影響を与える任意の疾患または状態を指す。神経または神経精神疾患または状態の例は、頭部外傷、脳卒中、脳卒中、虚血性脳卒中、出血性脳卒中、くも膜下出血、頭蓋内（intra  cranial）出血、一過性虚血性発作、血管性認知症、大脳皮質基底核神経節変性症、脳炎、てんかん、ランドー−クレフナー症候群、水頭症、偽性脳腫瘍、視床疾患、髄膜炎、脊髄炎、運動障害、特発性振戦、脊髄疾患、脊髄空洞症、アルツハイマー病（早発型）、アルツハイマー病（遅発型）、多発脳梗塞性認知症、ピック病、ハンチントン病、パーキンソン病、パーキンソン症候群、認知症、前頭側頭型認知症、大脳皮質基底核変性症、多系統委縮症、進行性核上性麻痺、レビー小体病、クロイツフェルト−ヤコブ病、ダンディー−ウォーカー症候群、フリードライヒ運動失調症、マシャド−ジョゼフ病、偏頭痛、統合失調症、気分障害、およびうつ病、レビー小体型認知症（ＤＬＢ）、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、多様な形態の血管性認知症（ＶＤ）、皮質下血管性認知症（ビンスワンガー病）、自閉症、発育遅滞、運動ニューロン病、筋委縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、神経損傷または脳損傷、脳低酸素症、脳性麻痺（ＣＰ）、記憶障害、運動障害、大脳皮質基底核神経節変性症、多系統委縮症の形態、脳卒中関連障害、脳血管発作、痙攣を伴う照射後脳症、脳血管性パーキンソニズム、視床脳血管発作、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害、アルコール関連認知症、意味認知症、運動失調、非定型パーキンソニズム、ジストニア、進行性核上性麻痺、特発性振戦、軽度認知機能障害、筋委縮性側索硬化症、多発性硬化症、神経障害、ピック病、コンゴレッド親和性血管障害、クロイツフェルト−ヤコブ病、エイズ認知症複合、うつ病、不安障害、恐怖症、ベル麻痺、てんかん、脳炎、神経筋障害、神経腫瘍性障害、脳腫瘍、神経血管障害、神経免疫障害、神経耳科疾患、脊髄損傷を含む神経外傷、神経障害性疼痛を含む疼痛、小児神経障害および神経精神障害、睡眠障害、トゥレット症候群、大脳皮質基底核神経節変性症、アルコール関連認知症、意味認知症、多発脳梗塞性認知症と合併したアルツハイマー病、レビー小体認知症と合併したアルツハイマー病、レビー小体認知症と合併したパーキンソン病、レビー小体認知症と合併したアルツハイマー病およびパーキンソン病、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害と合併した前頭側頭型認知症、注意欠陥多動性障害、統合失調症、強迫性障害、精神遅滞、自閉症スペクトル障害、オプソクローヌスミオクローヌス症候群（ＯＭＳ）、痙攣、構音障害、学習障害（すなわち、読書障害または算術障害）、国語力欠損または作業素質欠損、注意欠陥障害、アミロイド病、プリオン病、タウオパシー、アルファ−シヌクレイノパシー、コカイン、ニコチン、アルコール、食物、エクスタシー、チャット、カフェイン、アヘン、ヘロイン、マリファナ、アンフェタミン、メタンフェタミン、または賭博のうちの少なくとも１つにより引き起こされる中毒状態などの中毒状態、およびファブリー病を含むがこれらに限定されない。
【００５１】
本明細書で使用される「自己免疫または免疫関連疾患または状態」という用語は、免疫系の機能に影響を与える任意の疾患または状態を指す。自己免疫または免疫関連疾患または状態の例は、抗リン脂質症候群、全身性エリテマトーデス、関節リウマチ、自己免疫性血管炎、セリアック病、自己免疫性甲状腺炎、輸血後免疫化、母体−胎児間不適合性、輸血反応、ＩｇＡ欠損症などの免疫欠損症、分類不能型免疫欠損症、薬物誘導性ループス、糖尿病、Ｉ型糖尿病、ＩＩ型糖尿病、若年発症型糖尿病、若年性関節リウマチ、乾癬性関節炎、多発性硬化症、免疫欠損症、アレルギー、喘息、乾癬、アトピー性皮膚炎、アレルギー性接触皮膚炎、慢性皮膚疾患、筋委縮性側索硬化症、化学療法誘導性損傷、移植片対宿主病、骨髄移植拒絶、強直性脊椎炎、アトピー性湿疹、天疱瘡、ベーチェット病、慢性疲労症候群、線維筋痛症、化学療法誘導性損傷、重症筋無力症、糸球体腎炎、アレルギー性網膜炎、全身性硬化症、亜急性皮膚性エリテマトーデス、凍傷状エリテマトーデスを含む皮膚性エリテマトーデス、シェーグレン症候群、自己免疫性腎炎、自己免疫性血管炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性心臓炎、自己免疫性脳炎、自己免疫介在性血液疾患、ｌｃ−ＳＳｃ（強皮症の限局皮膚硬化形態）、ｄｃ−ＳＳｃ（強皮症のびまん皮膚硬化形態）、自己免疫性甲状腺炎（ＡＴ）、グレーブス病（ＧＤ）、重症筋無力症、多発性硬化症（ＭＳ）、強直性脊椎炎、移植拒絶、免疫老化、リウマチ性疾患／自己免疫疾患、混合性結合組織疾患、脊椎関節症、乾癬、乾癬性関節炎、筋炎、強皮症、皮膚筋炎、自己免疫性血管炎、混合性結合組織疾患、特発性血小板減少性紫斑病、クローン病、ヒトアジュバント病、骨関節炎、若年性慢性関節炎、脊椎関節症、特発性炎症性筋障害、全身性血管炎、サルコイドーシス、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性血小板減少症、甲状腺炎、免疫介在性腎疾患、中枢神経系または末梢神経系の脱髄性疾患、特発性脱髄性多発性神経障害、ギラン−バレー症候群、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害、肝胆道疾患、感染性慢性活動性肝炎または自己免疫性慢性活動性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、肉芽腫性肝炎、硬化性胆管炎、炎症性腸疾患、グルテン過敏性腸症、ウィップル病、自己免疫性皮膚疾患または免疫介在性皮膚疾患、水疱性皮膚疾患、多形紅斑、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎、食品過敏症、蕁麻疹、免疫性肺疾患、好酸球性肺炎、特発性肺線維症、過敏性肺炎、移植関連疾患、移植片拒絶または移植片対宿主病、乾癬性関節炎、乾癬、皮膚炎、多発性筋炎／皮膚筋炎、毒性表皮脱疽、全身性強皮症および全身性硬化症、炎症性腸疾患と関連する応答、クローン病、潰瘍性大腸炎、呼吸器逼迫症候群、成人型呼吸器逼迫症候群（ＡＲＤＳ）、髄膜炎、脳炎、ブドウ膜炎、大腸炎、糸球体腎炎、アレルギー性状態、湿疹、喘息、Ｔ細胞の浸潤および慢性炎症性応答を伴う状態、アテローム性動脈硬化、自己免疫性心筋炎、白血球接着欠損症、アレルギー性脳脊髄炎、サイトカインおよびＴリンパ球を媒介する急性過敏症および遅発性過敏症と関連する免疫応答、結核、サルコイドーシス、ウェゲナー肉芽腫症を含む肉芽腫症、無顆粒球症、血管炎（ＡＮＣＡを含む）、再生不良性貧血、ダイアモンドブラックファン貧血、自己免疫性溶血性貧血（ＡＩＨＡ）を含む免疫性溶血性貧血、悪性貧血、赤芽球癆（ＰＲＣＡ）、因子ＶＩＩＩ欠損症、Ａ型血友病、自己免疫性好中球減少症、汎血球減少症、白血球減少症、白血球漏出を伴う疾患、中枢神経系（ＣＮＳ）炎症性障害、多臓器損傷症候群、重症筋無力症、抗原−抗体複合体介在型疾患、抗糸球体基底膜疾患、抗リン脂質抗体症候群、アレルギー性神経炎、ベーチェット病、キャッスルマン症候群、グッドパスチャー症候群、ランバート−イートン筋無力症候群、レイノー症候群、シェーグレン症候群、スティーブンス−ジョンソン症候群、水疱性類天疱瘡、天疱瘡、自己免疫性多腺性内分泌障害、ライター病、スティッフマン症候群、巨細胞性動脈炎、免疫複合体性腎炎、ＩｇＡ腎症、ＩｇＭ多発性神経障害またはＩｇＭ介在性神経障害、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、血栓性血小板減少性紫斑病（ＴＴＰ）、自己免疫性血小板減少症、自己免疫性精巣炎および自己免疫性卵巣炎を含む精巣および卵巣の自己免疫疾患、原発性甲状腺機能低下症、自己免疫性甲状腺炎を含む自己免疫性内分泌疾患、、慢性甲状腺炎（橋本甲状腺炎）、亜急性甲状腺炎、特発性甲状腺機能低下症、アジソン病、グレーブス病、自己免疫性多腺性症候群（または多腺性内分泌障害症候群）、シーハン症候群、自己免疫性肝炎、リンパ性間質性肺炎（ＨＩＶ）、ＮＳＩＰと対比した閉塞性細気管支炎（非移植性）、ギラン−バレー症候群、大血管炎（リウマチ性多発筋痛および巨細胞（高安）動脈炎を含む）、中血管炎（川崎病および結節性多発動脈炎を含む）、強直性脊椎炎、ベルガー病（ＩｇＡ腎症）、急性進行性糸球体腎炎、原発性胆汁性肝硬変、セリアック病（グルテン性腸症）、寒冷グロブリン血症、および筋委縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を含むがこれらに限定されない。
【００５２】
本明細書で使用される「がん」という用語は、それらの大半が周囲の組織に浸潤する可能性があり、異なる部位へと転移しうる多様な種類の悪性新生物を指す（例えば、全ての目的で参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、「PDR  Medical  Dictionary」、１版（１９９５年）を参照されたい）。「新生物」および「腫瘍」という用語は、細胞増殖により正常組織より急速に成長し、増殖を誘発した刺激が除去された後でも成長し続ける異常組織を指す。このような異常組織は、正常組織との構造的組織化および機能的な協同の部分的または完全な欠如を示し、良性（すなわち、良性腫瘍）の場合もあり、悪性（すなわち、悪性腫瘍）の場合もある。がんの一般的範疇の例は、癌腫（すなわち、例えば、乳がん、前立腺がん、肺がん、および結腸がんの一般的な形態など、上皮細胞に由来する悪性腫瘍）、肉腫（すなわち、結合組織または間葉細胞に由来する悪性腫瘍）、リンパ腫（すなわち、造血細胞に由来する悪性の腫瘍）、白血病（すなわち、血細胞に由来する悪性腫瘍造）、胚細胞腫瘍（すなわち、全能細胞に由来する腫瘍。成人では、精巣または卵巣において見出されることが極めて多く；胎児、乳児、および幼児では、体内の正中線上、特に、尾てい骨の先端部で見出されることが極めて多い）、芽球性腫瘍（すなわち、典型的には未成熟組織または胚組織に類似する悪性腫瘍）などを含むがこれらに限定されない。本発明に包含されることを意図される新生物の種類の例には、神経組織、造血組織、乳、皮膚、骨、前立腺、卵巣、子宮、子宮頸部、肝臓、肺、脳、喉頭、胆嚢、膵臓、直腸、副甲状腺、甲状腺、副腎、免疫系、頭頸部、結腸、胃、気管支、および／または腎臓のがんと関連する新生物が含まれるがこれらに限定されない。
【００５３】
本明細書で使用される「感染性疾患または状態」という用語は、感染因子から生じる任意の疾患または状態を指す。感染因子は、細菌、ウイルス、真菌、原虫、感染性タンパク質、寄生性微生物、および他の寄生虫を含むがこれらに限定されない。感染性疾患または状態の例は、細菌感染、ウイルス感染、真菌感染、原虫感染、寄生虫感染、肝炎（例えば、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、およびＥ型肝炎）、ヘルペス、インフルエンザ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染、ＡＩＤＳ、炭疽病、肺炎（細菌性またはウイルス性）、蜂巣炎、ヒトパラインフルエンザ、風邪、在郷軍人病（レジオネラ症）、コレラ、クロイツフェルト−ヤコブ病（ＣＪＤ）、変異型クロイツフェルト−ヤコブ病（ｖＣＪＤ）、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ）、ゲルストマン−シュトロイスラー−シャインクラー（ＧＳＳ）症候群、クラミジア感染症、水痘、エボラ出血熱、デング熱、ランブル鞭毛虫症、ライム病、マラリア、麻疹、ムンプス、風疹、百日咳、淋病、ブドウ球菌感染、連鎖球菌感染、肺炎球菌感染、狂犬病、ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ感染、呼吸器合胞体ウイルス感染、ロッキー山発疹熱、ＳＡＲＳ、敗血症、結核、および西ナイル熱を含むがこれらに限定されない。
【００５４】
ウイルスは、動物ＤＮＡウイルスまたは動物ＲＮＡウイルスを含むがこれらに限定されない。本明細書で使用されるＲＮＡウイルスは、Ｐｉｃｏｒｎａｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、ポリオウイルス）、Ｒｅｏｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、ロタウイルス）、Ｔｏｇａｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、脳炎ウイルス、黄熱ウイルス、風疹ウイルス）、Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、インフルエンザウイルス）、Ｐａｒａｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、呼吸器合胞体ウイルス、麻疹ウイルス、ムンプスウイルス、パラインフルエンザウイルス）、Ｒｈａｂｄｏｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、狂犬病ウイルス）、Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅ科、Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ科、Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ科、Ｆｉｌｏｖｉｒｉｄａｅ科、Ａｒｅｎａｖｉｒｉｄａｅ科、Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ科、およびＲｅｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、ヒトＴ細胞リンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ）、ヒト免疫不全症ウイルス（ＨＩＶ））などのウイルス科を含むがこれらに限定されない。本明細書で使用されるＤＮＡウイルスは、Ｐａｐｏｖａｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、パピローマウイルス）、Ａｄｅｎｏｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、アデノウイルス）、Ｈｅｒｐｅｓｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、単純ヘルペスウイルス）、およびＰｏｘｖｉｒｉｄａｅ科（例えば、天然痘ウイルス）などのウイルス科を含むがこれらに限定されない。
【００５５】
細菌は、グラム陽性菌、グラム陰性菌、抗酸細菌などを含むがこれらに限定されない。グラム陽性菌は、Ａｃｔｉｎｏｍｅｄｕｒａ属、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ属、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅなどを含むがこれらに限定されない。グラム陰性菌は、Ａｆｉｐｉａ  ｆｅｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｉｏｄｅｓ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｂａｃｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂｏｒｔａｄｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｔｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ、Ｃａｌｙｍｍａｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ属、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｉｕｓ  ａｅｇｙｐｔｉｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｉｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｉｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚｉａｅ、Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ  ｉｎｔｅｒｒｏｇａｎｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉａ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ、Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｓｔｕｒｔｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｂｏｙｄｉｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓなどを含むがこれらに限定されない。本明細書で使用される抗酸細菌は、Ｍｙｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｕｍ、Ｍｙｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ、Ｍｙｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓなどを含むがこれらに限定されない。他の３つの範疇に収まらない他の細菌は、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｈｅｎｓｅｉａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｓｉｔｔａｃｉ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｃｏｘｉｅｌｌａ  ｂｕｒｎｅｔｉｉ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ａｋａｒｉ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｔｓｕｔｓｕｇａ���ｕｓｈｉ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｔｙｐｈｉ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ、Ｄｉｐｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ  ｃｈａｆｅｎｓｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、髄膜炎菌などを含むがこれらに限定されない。
【００５６】
本明細書で使用される真菌は、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ属、Ｃａｎｄｉｄａ属、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｉｍｍｉｔｉｓ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ属、およびこれらの組合せを含むがこれらに限定されない。
【００５７】
本明細書で使用される寄生性微生物は、Ｂａｌａｎｔｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍ、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ  ｃａｙａｔａｎｅｎｓｉｓ、Ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｏｚｏａ、Ｅｎｔａｍｏｅｂａ  ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｙｔｏｚｏｏｎ  ｂｉｅｎｅｕｓｉ、Ｇｉａｒｄｉａ  ｌａｍｂｌｉａ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ属、Ｐｌａｓｍｏｄｉｕｍ属、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ属、台形状アメーバなどを含むがこれらに限定されない。他の寄生虫は、蠕虫（例えば、寄生蠕虫（ｈｅｌｍｉｎｔｈ））、特に線形動物門（線虫、例えば、鞭虫、鉤虫、蟯虫、回虫、糸状虫など）、および条虫網（例えば、条虫）を含むがこれらに限定されない寄生蠕虫（ｐａｒａｓｉｔｉｃ  ｗｏｒｍ）を含む。
【００５８】
本明細書で使用される感染性タンパク質は、プリオン（例えば、ＰｒＰＳｃ形態、ＣＪＤプリオン、ｖＣＪＤプリオン、ＦＦＩプリオン、およびＧＳＳプリオン）を含む。
【００５９】
本明細書で使用される「小児科疾患、小児科障害、または小児科状態」という用語は、乳児もしくは小児に影響を与えるか、または発達期もしくは小児期において始まる任意の疾患または障害を指す。小児科疾患、小児科障害、および小児科状態の例は、自閉症、川崎病、先天性難聴、小児がん、Ｉ型糖尿病、先天性心臓欠損、ファロー四徴症、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、骨形成不全症、クラッベ（Krabe）病、ポンぺ病、ゴーシェ病、ファブリー病、ウォルフ−パーキンソン−ホワイト症候群、ヒルシュスプルング病、クローン病、イーグル−バレット症候群、嚢胞性線維症、過敏性腸症候群、および脳性麻痺を含むがこれらに限定されない。小児科状態の例はまた、発育しつつある胎児の遺伝子属性も含む。例えば、小児科状態は、知能、眼の色、毛髪の色、および筋肉型を含むがこれらに限定されない。
【００６０】
本明細書で使用される疾患または状態「を処置すること」とは、臨床結果を含む良性の結果または所望の結果を得るためのステップを踏むことを指す。良性の臨床的結果または所望の臨床的結果は、疾患または状態と関連する１または複数の症状の緩和または改善を含むがこれらに限定されない。
【００６１】
本明細書で使用される、対象へ化合物もしくは薬剤「を投与すること」または対象への化合物もしくは薬剤「の投与」は、当業者に公知の様々な方法のうちの１つを使用して実行することができる。例えば、化合物または薬剤は、静脈内投与、動脈内投与、皮内投与、筋内投与、腹腔内投与、静脈内投与、皮下投与、眼内投与、舌下投与、経口（摂取による）投与、鼻腔内（吸入による）投与、髄腔内投与、脳内投与、および経皮（例えば、皮腺管を介する吸収による）投与することができる。化合物または薬剤はまた、化合物または薬剤の持続放出、徐放、または制御放出をもたらす充填式デバイス、生体分解性ポリマーデバイス、または他のデバイス、例えば、パッチおよびポンプ、または処方物により適切に導入することもできる。投与はまた、例えば、１回、複数回、および／または１もしくは複数の持続期間にわたり実施することもできる。一部の態様では、投与は、自己投与を含む直接的投与、および薬物の処方行為を含む間接的投与の両方を含む。例えば、本明細書で用いられる通り、薬物を自己投与するかもしくは薬物を別の人に投与してもらうように患者に指導する医師、および／または患者に薬物の処方を施す医師は、薬物を患者に投与している。一部の実施形態では、化合物または薬剤を経口投与、例えば、対象へと摂取により投与するか、または静脈内投与、例えば、対象へと注射により投与する。一部の実施形態では、経口投与される化合物または薬剤は、持続放出処方物もしくは徐放処方物により投与するか、またはこのような徐放もしくは持続放出のためのデバイスを使用して投与する。
【００６２】
ある特定の実施形態では、本発明の方法で使用される組合せ試料中のマーカーは、食細胞、＝２ｎ食細胞、非食細胞、または疾患もしくは状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞と比較して上方調節または活性化される。異なる疾患または状態は、異なるマーカーの上方調節（または活性化）と関連する場合もあり、異なるマーカーの下方調節（または阻害）と関連する場合もある。本明細書で使用される「上方調節または上方調節された」とは、マーカーの発現レベル（例えば、遺伝子発現またはタンパク質発現）、遺伝子コピー数、遺伝子量、および他の定性的または定量的な検出可能状態の上昇を指す場合がある。同様に、「下方調節または下方調節された」とは、マーカーの発現レベル、遺伝子コピー数、遺伝子量、および他の定性的または定量的な検出可能状態の上昇を指す場合がある。ある特定の実施形態では、本発明の方法で使用される組合せ試料中のマーカーは、食細胞、＝２ｎ食細胞、非食細胞、または疾患もしくは状態の影響を受ける細胞を実質的に含まない対照細胞と比較して下方調節または阻害される。異なる疾患または状態は、異なるマーカーの上方調節（または活性化）と関連する場合もあり、異なるマーカーの下方調節（または阻害）と関連する場合もある。本明細書で使用される「活性化または活性化された」とは、マーカーの活性状態、例えば、リン酸化状態、ＤＮＡメチル化状態、またはＤＮＡアセチル化状態を指す場合がある。同様に、「阻害または阻害された」とは、マーカーの抑制状態または不活化状態、例えば、脱リン酸化状態、ユビキチン化状態、ＤＮＡ脱メチル化状態を指す場合がある。
【００６３】
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、マーカーを無細胞体液から抽出または濃縮するステップを含みうる。本明細書では、任意の公知の抽出法および濃縮法を使用することができる。ある特定の実施形態では、本発明の方法はまた、多様なプロファイルを決定する前に、以下のステップ：ｉ）＝２ｎ食細胞、非食細胞、または対照細胞を溶解させるステップ；およびｉｉ）細胞内容物を、溶解させた細胞から抽出するステップのうちの少なくとも１つも含む。本明細書では、任意の公知の細胞溶解法および細胞抽出法を使用することができる。ある特定の実施形態では、疾患または状態の少なくとも１または複数のマーカーは、組合せ試料に存在する。ある特定の実施形態では、マーカーは、非食細胞、＝２ｎ食細胞、または対照細胞の細胞内容物に存在しない。
【００６４】
ある特定の実施形態では、本発明の方法はまた、多様なプロファイルを決定する前に、以下のステップ：ｉ）食細胞、＞２ｎ食細胞、または＝２ｎ食細胞を溶解させるステップ；およびｉｉ）細胞内容物を、溶解させた食細胞、＞２ｎ食細胞、または＝２ｎ食細胞から抽出するステップのうちの少なくとも１つをも含む。ある特定の実施形態では、食細胞または＞２ｎ食細胞の細胞内容物は、罹病生細胞、死んだ罹病細胞、罹病アポトーシス細胞、循環腫瘍細胞、感染因子、胎児細胞、トロホブラスト、またはこれらの断片など、それらが貪食した多様な種類の物質を含む。ある特定の実施形態では、疾患または状態の少なくとも１または複数のマーカーは、食細胞または＞２ｎ食細胞の細胞内容物に存在する。
【００６５】
ある特定の実施形態では、本発明の方法はまた、多様なプロファイルを決定する前に、以下のステップ：ｉ）循環小胞を溶解させるステップ；およびｉｉ）内容物を、溶解させた循環小胞から抽出するステップのうちの少なくとも１つをも含む。ある特定の実施形態では、循環小胞の内容物は、タンパク質および核酸など、多様な種類の物質を含む。ある特定の実施形態では、疾患または状態の少なくとも１または複数のマーカーは、循環小胞の内容物に存在する。
【００６６】
ある特定の実施形態では、本発明の方法はまた、多様なプロファイルを決定する前に、以下のステップ：ｉ）循環罹病細胞を溶解させるステップ；およびｉｉ）内容物を、溶解させた循環罹病細胞から抽出するステップのうちの少なくとも１つをも含む。ある特定の実施形態では、疾患または状態の少なくとも１または複数のマーカーは、循環罹病細胞の内容物に存在する。
【００６７】
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、疾患特異的マーカーまたは状態特異的マーカーの同定された差異を、当技術分野で公知の少なくとも１つのマーカーのレポジトリーと比較するステップをさらに含む。このような比較により、疾患または状態の存在をさらに確認することができる。一部の実施形態では、既知のマーカーのレポジトリーは、データマイニングにより得ることができる。本明細書で用いられる「データマイニング」という用語は、新たなデータのパターン、関係、または相関を、データベースの公知のデータから見出し、将来において実際的な情報を抽出する工程を指す。典型的に、データマイニングを実行する、例えば、入力されたデータを分類し、次いで、その後、新たな入力されたデータと共に使用して、トレーニングデータに基づき決定を下すように、コンピュータベースのシステムをデータ上でトレーニングすることができる。これらのシステムは、エキスパートシステム、ファジー論理、非線形回帰分析、多変量分析、決定木分類子、およびベイズ信念ネットワークを含むがこれらに限定されない。
【００６８】
ある特定の実施形態では、食細胞、＞２ｎ食細胞、循環小胞、循環罹病細胞、対照細胞、および＝２ｎ食細胞は、体液試料、組織、または細胞から単離される。例示的な体液試料は、全血液、尿、糞便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第２三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第３三半期の妊婦から得られる液体、母体血液、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する液体、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および子宮頸膣部液、間質液、口腔内スワブ試料、痰、気管支洗浄液、パップスメア試料、または眼液でありうる。一部の実施形態では、食細胞、＞２ｎ食細胞、および＝２ｎ食細胞は、白血球から単離される。ある特定の実施形態では、＞２ｎ食細胞および＝２ｎ食細胞は、食細胞の集団から分離される。
【００６９】
ある特定の実施形態では、無細胞体液は、体液試料に由来する。例示的な体液試料は、全血液、尿、糞便、唾液、リンパ液、脳脊髄液、滑液、嚢胞液、腹水、胸水、妊娠第１三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第２三半期の妊婦から得られる液体、妊娠第３三半期の妊婦から得られる液体、母体血液、羊水、絨毛膜絨毛試料、着床前胚に由来する液体、母体尿、母体唾液、胎盤試料、胎児血液、洗浄液および子宮頸膣部液、間質液、口腔内スワブ試料、痰、気管支洗浄液、パップスメア試料、または眼液でありうる。一部の実施形態では、無細胞体液は、抽出、遠心分離、および濾過など、当技術分野で公知の方法を介して、細胞を体液試料から分離することにより得る。
【００７０】
一部の実施形態では、組合せ試料中の使用のための成分は、細胞を体液から除去することにより得ることができる。一部の実施形態では、組合せ試料中の使用のための成分は、体液中の細胞を破壊すること（例えば、溶解させること）により得ることができる。これらの実施形態は、組合せで、例えば、ある細胞集団を除去し、かつ、他の細胞集団を破壊することにより採択することができる。一部の実施形態では、例えば、赤血球、血清、およびＴ細胞を除去し、かつ、残りを組合せ試料として使用することにより組合せ試料を創出するのに、全血液試料を使用することができる。
【００７１】
ある特定の実施形態では、ＤＮＡ量が２ｎである細胞を含む組織試料または体液試料は、静脈または動脈を穿刺することにより得られる体液の非細胞画分を分離（例えば、遠心分離を介する）した後における血液の回収、組織生検、気管支肺胞洗浄、鼻腔内洗浄、眼内洗浄、腹腔内洗浄、膣内洗浄、膀胱内洗浄、直腸内洗浄、脊髄液の微細針吸引、滑液吸引などの後で得られる。無細胞体液は、静脈または動脈を穿刺することにより得られる体液の細胞画分を分離（例えば、遠心分離を介する）した後における血液の回収、組織生検、気管支肺胞洗浄液、鼻腔内洗浄液、眼内洗浄液、腹腔内洗浄液、膣内洗浄液、膀胱内洗浄液、直腸内洗浄液、脊髄液の微細針吸引、滑液吸引などの後で得られる。
【００７２】
本発明の方法では、細胞分離法／細胞単離法／細胞精製法を使用して、細胞集団を、対象の体液試料、細胞、または組織から単離する。当業者は、任意の公知の細胞分離技法／細胞単離技法／細胞精製技法を使用して、食細胞、＞２ｎ食細胞、罹病細胞、対照細胞、および＝２ｎ食細胞を体液から単離することもでき、または＞２ｎ食細胞を＝２ｎ食細胞から分離することもできる。例示的な技法は、抗体、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞分取、濾過、勾配ベースの遠心分離、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技法、蛍光磁気分離技法、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット型顕微鏡ベースのプラットフォーム、またはこれらの組合せの使用を含むがこれらに限定されない。
【００７３】
本発明の方法では、細胞分離法／細胞単離法／細胞精製法を使用して、循環罹病細胞の集団を、対象の体液試料、細胞、または組織から単離する。循環罹病細胞は、体液中に希少または低量でありうる。したがって、濃縮技法（例えば、磁気濃縮）を使用して、循環罹病細胞を、単離する前に濃縮することができる。当業者は、任意の公知の細胞分離技法／細胞単離技法／細胞精製技法を使用して、循環罹病細胞を体液から単離することができる。例示的な技法は、抗体、フローサイトメトリー、蛍光活性化細胞分取、濾過、勾配ベースの遠心分離、溶出、マイクロフルイディクス、磁気分離技法、蛍光磁気分離技法、ナノ構造、量子ドット、ハイスループット型顕微鏡ベースのプラットフォーム、マイクロ流体技法、光ファイバーアレイ走査技法、レーザー走査サイトメトリー技法、多光子生体フローサイトメトリー、光音響フローメトリー、細胞表面抗原を標的化するナノ粒子、検出可能な分泌生成物を伴う循環罹病細胞の染色、またはこれらの組合せの使用を含むがこれらに限定されない。循環罹病細胞は、サイズ、密度、電荷、遊走特性、および特殊な細胞型（例えば、循環黒色腫細胞内のメラニン細胞顆粒）のいくつかの特性の差異など、正常循環細胞と比較して異なる物理的特性を有しうる。当業者は、このような異なる特性に基づき、任意の公知の細胞分離技法／細胞単離技法／細胞精製技法を使用して、循環罹病細胞を単離することができる。例えば、浮遊密度の差異を使用して、循環罹病細胞（例えば、循環腫瘍細胞）を、勾配遠心分離を介して、正常血液細胞から分離することができる。濾過ベースの手法を使用して、それらのサイズの、正常循環細胞と比較した増大に基づき、循環罹病細胞（例えば、循環腫瘍細胞）を単離することができる。抗体ベースの単離法を使用して、正常循環血液細胞には存在しない上皮細胞表面マーカーを発現させる循環罹病細胞を捕捉することができる。例えば、上皮細胞接着分子（ＥｐＣＡＭ）に対する抗体の、磁気ビーズへのコンジュゲーションの後で、捕捉された細胞の磁界を介する精製を使用して、循環腫瘍細胞を、乳がんを伴う患者、前立腺がんを伴う患者、および結腸がんを伴う患者の血液から濃縮することができる。ある特定の実施形態では、循環罹病細胞（例えば、経子宮頸管細胞）は、ＲａｒｅＣｅｌｌｅｃｔ（商標）デバイス（Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）または類似のデバイスにより回収することができる。
【００７４】
ある特定の実施形態では、食細胞、＞２ｎ食細胞、罹病細胞、対照細胞、および＝２ｎ食細胞は、細胞により分泌される生成物を使用することにより単離する。ある特定の実施形態では、食細胞、＞２ｎ食細胞、罹病細胞、対照細胞、および＝２ｎ食細胞は、細胞表面上の細胞表面標的（例えば、受容体タンパク質）を使用することにより単離する。一部の実施形態では、細胞表面標的は、＞２ｎ食細胞により貪食されたタンパク質である。一部の実施形態では、細胞表面標的は、細胞がそれらの細胞膜上に発現させる。一部の実施形態では、細胞表面標的は、細胞膜上に移行するが、細胞（例えば、＞２ｎ食細胞）は発現させない外因性タンパク質である。一部の実施形態では、細胞表面標的は、検出される、疾患または状態のマーカーである。
【００７５】
ある特定の実施形態では、循環小胞は、クロマトグラフィーによる単離、アフィニティー単離、または超遠心分離を使用して単離する。
【００７６】
本明細書で記載される方法のある特定の態様では、分析物は、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝産物、またはこれらの任意の組合せを含む。本明細書で記載される方法のある特定の態様では、マーカーは、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物、代謝産物、またはこれらの任意の組合せを含む。本明細書で使用される「核酸」という用語は、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）、ＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）、ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド、およびヌクレオチド類似体を使用して作り出されるＤＮＡまたはＲＮＡの類似体を含むことを意図する。核酸分子は、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、二本鎖ＤＮＡ、一本鎖ＤＮＡ、多重鎖ＤＮＡ、相補的ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、非コードＤＮＡ、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ヘテロ核ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、または低分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）でありうる。一部の実施形態では、核酸は、腎臓通過性核酸である。腎臓通過性核酸は、尿中に排出される細胞外核酸である。例えば、米国特許公開第２０１０００６８７１１号および米国特許公開第２０１２００２１４０４号を参照されたい。
【００７７】
本明細書で使用される「アミノ酸」という用語は、塩基性のアミノ基および酸性のカルボキシル基の両方を含有する有機化合物を含む。この用語には、天然アミノ酸（例えば、Ｌ−アミノ酸）、修飾アミノ酸および非天然アミノ酸（例えば、Ｄ−アミノ酸およびβ−アミノ酸）のほか、生物学的には遊離形態または組合せ形態で生じるが、通常タンパク質中では生じないことが公知のアミノ酸が含まれる。天然タンパク質構成アミノ酸は、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リシン、メチオニン、フェニルアラニン、セリン、トレオニン、チロシン、トリプトファン、プロリン、およびバリンを含む。非天然タンパク質構成アミノ酸は、アルギニノコハク酸（arginosuccinic  acid）、シトルリン、システイン硫酸、３，４−ジヒドロキシフェニルアラニン、ホモシステイン、ホモセリン、オルニチン、３−モノヨードチロシン、３，５−ジヨードチロシン（3,5-diiodotryosine）、３，５，５−トリヨードサイロニン、および３，３’，５，５’−テトラヨードサイロニンを含む。修飾アミノ酸または非天然アミノ酸は、Ｄ−アミノ酸、ヒドロキシリシン、４−ヒドロキシプロリン、Ｎ−Ｃｂｚ保護アミノ酸、２，４−ジアミノ酪酸、ホモアルギニン、ノルロイシン、Ｎ−メチルアミノ酪酸、ナフチルアラニン、フェニルグリシン、α−フェニルプロリン、ｔｅｒｔ−ロイシン、４−アミノシクロヘキシルアラニン、Ｎ−メチル−ノルロイシン、３，４−デヒドロプロリン、Ｎ，Ｎ−ジメチルアミノグリシン、Ｎ−メチルアミノグリシン、４−アミノピペリジン−４−カルボン酸、６−アミノカプロン酸、ｔｒａｎｓ−４−（アミノメチル）−シクロヘキサンカルボン酸、２−（アミノメチル）−安息香酸、３−（アミノメチル）−安息香酸、および４−（アミノメチル）−安息香酸、１−アミノシクロペンタンカルボン酸、１−アミノシクロプロパンカルボン酸、および２−ベンジル−５−アミノペンタン酸を含む。
【００７８】
本明細書で使用される「ペプチド」という用語は、ペプチド結合により連結された２つ以上のアミノ酸からなる化合物を含む。ペプチドは、分子量が１０，０００ドルトン未満、５，０００ドルトン未満、または２，５００ドルトン未満でありうる。「ペプチド」という用語はまた、ペプチド成分と、シュードペプチドまたはペプチド模倣体残基または他の非アミノ酸成分などの非ペプチド成分との両方を含有する化合物も含む。このようなペプチド成分と非ペプチド成分との両方を含有する化合物はまた、「ペプチド類似体」とも称する場合がある。
【００７９】
本明細書で使用される「タンパク質」という用語は、直鎖状に配列され、隣接するアミノ酸残基のカルボキシル基とアミノ基との間でペプチド結合により一体に接合されたアミノ酸からなる化合物を含む。本発明の方法で使用されるタンパク質は、アミノ酸、ペプチド、抗体、抗体断片、サイトカイン、リポタンパク質、または糖タンパク質を含むがこれらに限定されない。
【００８０】
本明細書で使用される「抗体」という用語は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体（免疫グロブリンＦｃ領域を有する全長抗体を含む）、多重エピトープ特異性を伴う抗体組成物、多特異性抗体（例えば、二特異性抗体、ダイアボディー、および単鎖分子、ならびに抗体断片（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２、およびＦｖ）を含む。異なるクラスの抗体の構造および特性については、例えば、「Basic  and  Clinical  Immunology」、８版、Daniel  P.  Sties、Abba  I.  Terr、およびTristram  G.  Parsolw（編）、Appleton  &  Lange、Norwalk、Conn.、１９９４年、７１頁および６章を参照されたい。
【００８１】
本明細書で使用される「サイトカイン」という用語は、免疫系の細胞の活性をモジュレートする分泌タンパク質またはそれらの活性断片もしくは突然変異体を指す。サイトカインの例は、限定なしに述べると、インターロイキン、インターフェロン、ケモカイン、腫瘍壊死因子、免疫細胞前駆体のコロニー刺激因子などを含む。
【００８２】
本明細書で使用される「リポタンパク質」という用語は、遊離コレステロールおよびアポリポタンパク質を会合させた両親媒性のリン脂質の表層により取り囲まれた疎水性のコレステリルエステルおよびトリグリセリドのコアを含む、負に帯電した組成物を含む。リポタンパク質は、それらのサイズ、脂質およびタンパク質の相対量により決定される、それらの密度を特徴としうる（例えば、極低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、および高密度リポタンパク質（ＨＤＬ））。リポタンパク質はまた、特定の修飾（例えば、酸化、アセチル化、または糖化）の存在または非存在も特徴としうる。
【００８３】
本明細書で使用される「糖タンパク質」という用語は、１または複数のオリゴ糖または多糖を、ペプチドまたはタンパク質へと共有結合的に接合させたグリコシドを含む。例示的な糖タンパク質は、限定なしに述べると、免疫グロブリン、主要組織適合性複合体のメンバー、コラーゲン、ムチン、糖タンパク質ＩＩｂ／ＩＩＩａ、糖タンパク質４１（ｇｐ４１）および糖タンパク質１２０（ｇｐ１２）、濾胞刺激ホルモン、アルファ−胎児型タンパク質、エリスロポエチン、トランスフェリン、アルカリホスファターゼ、およびレクチンを含みうる。
【００８４】
本明細書で使用される「脂質」という用語は、一般に両親媒性であり、かつ、生体適合性である合成化合物または自然発生化合物を含む。脂質は典型的に、親水性成分および疎水性成分を含む。例示的な脂質は、脂肪酸、中性脂肪、ホスファチド、コレステロール、コレステロールエステル、トリグリセリド、糖脂質、グリセロ脂質、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、ステロール脂質、プレノール脂質、サッカロ脂質、ポリケチド、コリングリセロリン脂質、エタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジルセリン、リゾコリングリセロリン脂質、リゾエタノールアミングリセロリン脂質、ホスファチジン酸、リゾホスファチジン酸、スフィンゴミエリン、ガラクトシルセラミド、グルコシルセラミド、スルファチド、遊離脂肪酸、プロスタグランジン、トリアシルグリセロール、ジアシルグリセロール、モノアシルグリセロール、アシル−ＣｏＡ、アシルカルニチン、オキシステロール、セラミド、カルジオリピン、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、スフィンゴシン（shingosine）、リゾスフィンゴミエリン、ガングリオシド、プラズマローゲン、スルファチド、セラミド、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、極低密度リポタンパク質（ＶＬＤＬ）、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、スフィンゴイド塩基−１−リン酸、またはこれらの誘導体を含むがこれらに限定されない。
【００８５】
本明細書で使用される「炭水化物」という用語は、酸素原子、水素原子、および炭素原子を含有する化合物、典型的には、（ＣＨ２Ｏ）ｎ［式中、ｎは、整数である］を含むがこれらに限定されない。例示的な炭水化物は、単糖、二糖、多糖、またはオリゴ糖を含むがこれらに限定されない。
【００８６】
本明細書で使用される「代謝産物」という用語は、代謝において使用される任意の分子を含む。代謝産物は、代謝過程における生成物、基質、または中間体でありうる。この用語には、一次代謝産物、二次代謝産物、有機代謝産物、または無機代謝産物が含まれる。代謝産物は、限定なしに述べると、アミノ酸、ペプチド、アシルカルニチン、単糖、脂質およびリン脂質、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ステロイド、胆汁酸、ならびに糖脂質およびリン脂質を含む。例示的な代謝産物は、スフィンゴ脂質、スフィンゴ糖脂質、スフィンゴシン、セラミド、スフィンゴミエリン、スフィンゴシルホスホリルコリン（sphingosylphosphorylcholin）、ジヒドロスフィンゴシン、ホスファチジルコリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルセリン、リソホスファチジルコリン（lysophoshatidylcholine）、リソホスファチジルイノシトール、リソホスファチジルセリン、プラスメニルホスファチジルコリン、プラスマニルホスファチジルコリン（plasmanylphoshatidylcholine）、タンパク質構成アミノ酸、アラニン、アスパラギン酸、グルタミン酸、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、ロイシン、イソロイシン、リシン、メチオニン、プロリン、アルギニン、セリン、トレオニン、バリン、トリプトファン、チロシン、非対称型ジメチルアルギニン、対称型ジメチルアルギニン、グルタミン、アスパラギン、ニトロチロシン、ヒドロキシプロリン、キヌレニン、３−ヒドロキシキヌレニン、非タンパク質構成アミノ酸、オルニチン、シトルリン、アシルカルニチン、カルニチン、遊離カルニチン、アシルカルニチン、ヒドロキシルアシルカルニチン、ジカルボキシルアシルカルニチン、還元性単糖、ヘキソース、ペントース、デオキシヘキソース、クレアチニン、クレアチン、スペルミジン／スペルミン、プトレシン、ドーパミン、セロトニン、プロスタグランジン、ヒドロキシエイコサテトラエン酸、ヒドロキシオクタデカジエン酸、ロイコトリエン（leukatriene）、トロンボキサン、胆汁酸、ステロール、コレステロール、ビタミンおよび共因子、薬物、ならびに薬物代謝産物でありうる。
【００８７】
本発明の一部の実施形態では、試料は、細胞またはＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、および／もしくは脂質などの分析物のための１または複数の安定化剤を含みうる。例えば、試料は、ＤＮＡ安定化剤、ＲＮＡ安定化剤、および／またはタンパク質安定化剤を含みうる。安定化剤は、当技術分野で周知であり、例えば、ＤＮアーゼ阻害剤、ＲＮアーゼ阻害剤、およびプロテアーゼ阻害剤、またはこれらの同等物を含む。
【００８８】
本発明の一部の実施形態では、疾患または状態の少なくとも１または複数のマーカーのプロファイルを比較する。この比較は、定量的な場合もあり、定性的な場合もある。定量的測定値は、本明細書で記載されるアッセイのうちのいずれかを使用して求めることができる。例えば、シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、標的化シークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、定量的ＰＣＲ、リアルタイムＰＣＲ、蛍光アッセイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、またはこれらの組合せである。
【００８９】
定量的比較は、ｔ検定、ＡＮＯＶＡ、クルスカル−ワリス（Krustal-Wallis）検定、ウィルコクソン検定、マン−ホイットニー検定、およびオッズ比などの統計学的分析を含みうる。定量的差異は、プロファイルの間のマーカーのレベルの差異またはプロファイルの間に存在するマーカーの数の差異、およびこれらの組合せを含みうる。マーカーのレベルの例は、限定なしに述べると、遺伝子発現レベル、核酸レベル、タンパク質レベル、脂質レベルなどでありうる。定性的差異は、活性化および不活化、タンパク質分解、核酸分解、および共有結合的修飾を含みうるがこれらに限定されない。
【００９０】
本発明のある特定の実施形態では、プロファイルは、核酸プロファイル、タンパク質プロファイル、脂質プロファイル、炭水化物プロファイル、代謝産物プロファイル、またはこれらの組合せである。プロファイルは、定性的にまたは定量的に決定することもできる。
【００９１】
核酸プロファイルは、限定なしに述べると、遺伝子型プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子突然変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せでありうる。
【００９２】
核酸プロファイルは、遺伝子型決定、一塩基多型、遺伝子突然変異、遺伝子コピー数、ＤＮＡメチル化状態、ＤＮＡアセチル化状態、染色体量を検出することが当技術分野で公知の任意の方法により決定することができる。例示的な方法は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、シークエンシング分析、電気泳動分析、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）分析、ノーザンブロット分析、定量的ＰＣＲ、逆転写酵素ＰＣＲ分析（ＲＴ−ＰＣＲ）、対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション分析、比較ゲノムハイブリダイゼーション、ヘテロ二重鎖移動度アッセイ（ＨＭＡ）、一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ＲＮアーゼミスマッチ分析、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、表面プラズモン共鳴、サザンブロット分析、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、色素形成ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＣＩＳＨ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、マイクロアレイ、比較ゲノムハイブリダイゼーション、核型分析、マルチプレックスライゲーション依存型プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、短鎖蛍光断片の定量的マルチプレックスＰＣＲ（ＱＭＰＳＦ）、顕微鏡法、メチル化特異的ＰＣＲ（ＭＳＰ）アッセイ、ライゲーション媒介ＰＣＲによるＨｐａＩＩ小断片濃縮（ＨＥＬＰ）アッセイ、放射性酢酸標識アッセイ、比色ＤＮＡアセチル化アッセイ、マイクロアレイと組み合わせたクロマチン免疫沈降（ＣｈＩＰ−ｏｎ−ｃｈｉｐ）アッセイ、制限ランドマークゲノム走査、メチル化ＤＮＡ免疫沈降（ＭｅＤＩＰ）、ＤＮＡアデニンメチルトランスフェラーゼ活性についての分子破壊光アッセイ、クロマトグラフィー分離、メチル化感受性制限酵素分析、非メチル化シトシンからウラシルへの亜硫酸駆動型転換、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、メチル結合ＰＣＲ分析、またはこれらの組合せを含むがこれらに限定されない。
【００９３】
本明細書で使用される「シークエンシング」という用語は、広義において使用され、当技術分野で公知の任意の技法であって、限定なしに述べると、伸長産物またはベクター挿入配列の少なくとも一部を含む、核酸の少なくとも一部における、少なくともいくつかの連続ヌクレオチドの順序の同定を可能とする技法を指す。例示的なシークエンシング技法は、標的化シークエンシング、一分子リアルタイムシークエンシング、電子顕微鏡法ベースのシークエンシング、トランジスター媒介型シークエンシング、直接的シークエンシング、ランダムショットガンシークエンシング、サンガージデオキシ終結シークエンシング、エキソンシークエンシング、全ゲノムシークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、パイロシークエンシング、キャピラリー電気泳動、ゲル電気泳動、二重鎖シークエンシング、サイクルシークエンシング、一塩基伸長シークエンシング、固相シークエンシング、ハイスループットシークエンシング、大規模並列処理特徴シークエンシング、エマルジョンＰＣＲ、低変性温度での共増幅ＰＣＲ（ＣＯＬＤ−ＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、可逆性色素ターミネーターによるシークエンシング、ペアドエンドシークエンシング、ニアタームシークエンシング、エキソヌクレアーゼシークエンシング、ライゲーションによるシークエンシング、ショートリードシークエンシング、一分子シークエンシング、合成によるシークエンシング、リアルタイムシークエンシング、リバースターミネーターシークエンシング、ナノポアシークエンシング、４５４シークエンシング、Ｓｏｌｅｘａ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒシークエンシング、ＳＯＬｉＤ（登録商標）シークエンシング、ＭＳ−ＰＥＴシークエンシング、質量分析、およびこれらの組合せを含む。一部の実施形態では、シークエンシングは、例えば、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）３７７  ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）３１０、３１００、３１００−Ａｖａｎｔ、３７３０、もしくは３７３  ＯｘＩ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｎａｌｙｚｅｒ、ＡＢＩ  ＰＲＩＳＭ（登録商標）３７００  ＤＮＡ  Ａｎａｌｙｚｅｒ、またはＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  ＳＯＬｉＤ（商標）Ｓｙｓｔｅｍ（全てＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ製）、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ  ２０  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｒｏｃｈｅ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｓｃｉｅｎｃｅ）、あるいは質量分析器であるがこれらに限定されない測定器を使用してシークエンシング産物を検出することを含む。ある特定の実施形態では、シークエンシングは、エマルジョンＰＣＲを含む。ある特定の実施形態では、シークエンシングは、例えば、大規模並列処理特徴シークエンシング（ＭＰＳＳ）であるがこれらに限定されないハイスループットシークエンシング技法を含む。
【００９４】
本発明のさらなる実施形態では、タンパク質プロファイルは、タンパク質発現プロファイル、タンパク質活性化プロファイル、またはこれらの組合せでありうる。一部の実施形態では、タンパク質活性化プロファイルは、タンパク質のリン酸化状態、ユビキチン化状態、ミリストイル化状態、またはコンフォメーション状態を決定することを含みうる。
【００９５】
タンパク質プロファイルは、タンパク質発現レベル、タンパク質のリン酸化状態、タンパク質のユビキチン化状態、タンパク質のミリストイル化状態、またはタンパク質のコンフォメーション状態を検出するための、当技術分野で公知の任意の方法により検出することができる。一部の実施形態では、タンパク質プロファイルは、免疫組織化学アッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、顕微鏡法、マイクロ流体チップベースのアッセイ、表面プラズモン共鳴、シークエンシング、ウェスタンブロットアッセイ、またはこれらの組合せにより決定することができる。
【００９６】
本発明の一部の実施形態では、脂質プロファイルは、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定することができる。当技術分野では、生物学的試料中の脂質含量を分析するためのさらなる方法が公知である（例えば、Kangら（１９９２年）、Biochim.  Biophys.  Acta.、１１２８巻：２６７頁;  Weylandtら（１９９６年）、Lipids、３１巻：９７７頁;  J.  Schillerら（１９９９年）、Anal.  Biochem.、２６７巻：４６頁;  Kangら（２００１年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、９８巻：４０５０頁;  Schillerら（２００４年）、Prog.  Lipid  Res.、４３巻：４９９頁を参照されたい）。脂質分析の１つの例示的な方法は、脂質を生物学的試料から抽出し（例えば、０．００５％のブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ；抗酸化剤として）を含有する（２：１；ｖｏｌ／ｖｏｌ）クロロホルム−メタノールを使用して）、脂肪酸メチルエステルを調製し（例えば、１４％のＢＦ３−メタノール試薬を使用して）、脂肪酸メチルエステルを定量化する（例えば、ＨＰＬＣ、ＴＬＣにより、市販のガスクロマトグラフ、質量分析器、および／またはガスクロマトグラフ／質量分析器の組合せを使用するガスクロマトグラフィー−質量分析により）ことである。脂肪酸の質量は、多様な分析された脂肪酸の面積を、一定濃度の内部基準の面積と比較することにより決定する。
【００９７】
本発明の一部の実施形態では、炭水化物プロファイルは、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定することができる。
【００９８】
本発明の一部の実施形態では、代謝産物プロファイルは、クロマトグラフィー、液体クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、ガスクロマトグラフィー、質量分析、タンデム質量分析、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、表面増強レーザー脱離／イオン化飛行時間（ＳＥＬＤＩ−ＴＯＦ）質量分析、四重極飛行時間（Ｑ−ＴＯＦ）質量分析、大気圧光イオン化質量分析（ＡＰＰＩ−ＭＳ）、フーリエ変換質量分析（ＦＴＭＳ）、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＭＡＬＤＩ−ＦＴ−ＩＣＲ）質量分析、二次イオン質量分析（ＳＩＭＳ）、ラジオイムノアッセイ、マイクロ流体チップベースのアッセイ、蛍光の検出、化学発光の検出、またはこれらの組合せにより決定することができる。
【００９９】
本明細書で使用される通り、本発明の方法により検出される異なるプロファイルの間の「差異」は、異なる遺伝子コピー数、異なるＤＮＡ発現レベル、異なるＲＮＡ発現レベル、異なるタンパク質発現レベル、異なる脂質発現レベル、または異なる炭水化物発現レベル、異なるＤＮＡメチル化状態、異なるＤＮＡアセチル化状態、および異なるタンパク質修飾状態を指す場合がある。差異は、１倍を超える差異でありうる。一部の実施形態では、差異は、１．０５倍、１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍の差異である。一部の実施形態では、差異は、１〜１０、２〜１０、５〜１０、１０〜２０、または１０〜１００倍の間の任意の倍数の差異である。
【０１００】
一部の実施形態では、差異は、示差的遺伝子発現（ＤＧＥ：ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）、例えば、非食細胞と対比した食細胞のＤＧＥ、または＝２ｎ食細胞と対比した＞２ｎ食細胞のＤＧＥである。ＤＧＥは、Ｘ＝ｌｏｇ２（ＹＰ）−ｌｏｇ２（ＹＮＰ）として測定することができる。ＤＧＥは、組合せ試料と、＝２ｎ食細胞、非食細胞、対照細胞との間、またはマーカーのレポジトリーの間で有意に異なるという条件で、任意の数でありうる。例えば、遺伝子発現の２倍の増大であれば、Ｘ＝ｌｏｇ２（ＹＰ）−ｌｏｇ２（ＹＮＰ）＝ｌｏｇ２（ＹＰ／ＹＮＰ）＝ｌｏｇ２（２）＝１として表しうるのに対し、遺伝子発現の２分の１の減少であれば、Ｘ＝ｌｏｇ２（ＹＰ）−ｌｏｇ２（ＹＮＰ）＝ｌｏｇ２（ＹＰ／ＹＮＰ）＝ｌｏｇ２（１／２）＝−１として表すことができるであろう。下方調節される遺伝子のＸが＜０であるのに対し、上方調節される遺伝子のＸは＞０である。例えば、Efron、J  Am  Stat  Assoc、１０４巻：１０１５〜１０２８頁（２００９年）を参照されたい。
【０１０１】
マーカーを検出するアッセイの一般原理は、マーカー（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、ポリペプチド、炭水化物、脂質、代謝産物などのうちの１または複数）を含有しうる試料または反応混合物およびプローブを、適切な条件下で、かつ、マーカーとプローブとが相互作用および結合し、これにより、反応混合物中で取り出し、かつ／または検出しうる複合体を形成することを可能とするのに十分な時間にわたり調製することを伴う。これらのアッセイは、様々な様式で行うことができる。
【０１０２】
例えば、このようなアッセイを行う１つの方法は、マーカーまたはプローブを、基質ともまた称する固相支持体へとアンカリングし、反応の終了時において、固相上にアンカリングされた標的のマーカー／プローブ複合体を検出するステップを伴うであろう。このような方法の一実施形態では、対象に由来する試料であって、マーカーの存在および／または濃度についてアッセイされる試料を、担体または固相支持体へとアンカリングすることができる。別の実施形態では、プローブを固相へとアンカリングし、対象に由来する試料を、アッセイのアンカリングされていない成分として反応させうる逆の状況も可能である。
【０１０３】
アッセイ成分を固相へとアンカリングするための多くの方法が確立されている。これらは、限定なしに述べると、ビオチンとストレプトアビジンとのコンジュゲーションを介して固定化されるマーカー分子またはプローブ分子を含む。このようなビオチン化されたアッセイ成分は、当技術分野で公知の技法（例えば、ビオチン化キット；Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）を使用して、ビオチン−ＮＨＳ（Ｎ−ヒドロキシ−スクシンイミド）から調製し、ストレプトアビジンでコーティングされた９６ウェルプレート（Ｐｉｅｒｃｅ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ）のウェル内に固定化することができる。ある特定の実施形態では、アッセイ成分を固定化させた表面は、あらかじめ調製し、保存することができる。
【０１０４】
このようなアッセイに適する他の担体または固相支持体は、マーカーまたはプローブが属するクラスの分子に結合することが可能な任意の物質を含む。周知の支持体または担体は、ガラス、ポリスチレン、ナイロン、ポリプロピレン、ナイロン、ポリエチレン、デキストラン、アミラーゼ、天然セルロースおよび修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、および磁鉄鉱を含むがこれらに限定されない。
【０１０５】
上述の手法によりアッセイを行うために、固定化されていない成分を、第２の成分がアンカリングされた固相へと添加する。反応が完了した後、複合体化しなかった成分は、形成された任意の複合体が、固相上の固定化を維持するような条件下で除去する（例えば、洗浄することにより）ことができる。固相へとアンカリングされたマーカー／プローブ複合体の検出は、本明細書で概括される多数の方法で達成することができる。
【０１０６】
ある特定の例示的な実施形態では、プローブは、それがアンカリングされていないアッセイ成分である場合、アッセイの検出およびリードアウトを目的として、本明細書で論じられ、当業者に周知の、検出可能な標識で直接的または間接的に標識することができる。
【０１０７】
また、例えば、蛍光エネルギー移動の技法（例えば、米国特許第５，６３１，１６９号および同第４，８６８，１０３号を参照されたい）を活用することにより、マーカー／プローブ複合体の形成を、いずれの成分（マーカーまたはプローブ）もさらに操作または標識することなく、直接的に検出することも可能である。第１の「ドナー」分子上のフルオロフォア標識は、適切な波長の入射光により励起されると、それにより発せられる蛍光エネルギーが、第２の「アクセプター」分子上の蛍光標識により吸収され、これにより、吸収されたエネルギーに起因して蛍光発光することが可能となるように選択される。代替的に、「ドナー」タンパク質分子は単に、トリプトファン残基の天然蛍光エネルギーを使用することもできる。「アクセプター」分子標識が、「ドナー」の標識から差別化されうるように、異なる波長の光を発する標識を選ぶ。標識間のエネルギー移動の効率は、分子を隔てる距離と関係するので、分子間の空間的関係を評価することができる。分子間で結合が生じる状況では、アッセイ内の「アクセプター」分子標識の蛍光発光が最大となるものとする。ＦＥＴ結合イベントは、当技術分野で周知の標準的な蛍光光度分析の検出手段を介して（例えば、蛍光光度計を使用して）簡便に測定することができる。
【０１０８】
別の実施形態では、マーカーを認識するプローブの能力の決定は、リアルタイムのＢｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ（ＢＩＡ）（例えば、Sjolander,  S.およびUrbaniczky,  C、１９９１年、Anal.  Chem.、６３巻：２３３８〜２３４５頁；ならびにSzaboら、１９９５年、Curr.  Opin.  Struct.  Biol.、５巻：６９９〜７０５頁を参照されたい）などの技術を活用することにより、いずれのアッセイ成分（プローブまたはマーカー）も標識することなく達成することができる。本明細書で使用される「ＢＩＡ」または「表面プラズモン共鳴」とは、相互作用体のうちのいずれも標識することなく、リアルタイムで生体特異的相互作用を研究するための技術（例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ）である。結合表面における質量の変化（ｃｈａｎｇｅ）（結合イベントを示す）により、表面近傍における光の屈折率の変化（ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ）（表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）による光学現象）が結果としてもたらされることから、生物学的分子間のリアルタイムの反応の指標として使用しうる、検出可能なシグナルが結果としてもたらされる。
【０１０９】
代替的に、別の実施形態では、類似の診断アッセイおよび予後診断アッセイを、液相中の溶質としてのマーカーおよびプローブにより行うこともできる。このようなアッセイでは、示差的遠心分離、クロマトグラフィー、電気泳動、および免疫沈降を含むがこれらに限定されない、多数の標準的技法のうちのいずれかにより、複合体化したマーカーおよびプローブを、複合体化しなかった成分から分離する。示差的遠心分離では、それらの異なるサイズおよび密度に基づく複合体の異なる沈降平衡による一連の遠心分離ステップ（例えば、RivasおよびMinton（１９９３年）、Trends  Biochem.  Sci.、１８巻：２８４頁を参照されたい）を介して、マーカー／プローブ複合体を、複合体化しなかったアッセイ成分から分離することができる。また、標準的なクロマトグラフィー技法も、複合体化した分子を、複合体化しなかった分子から分離するのに活用することができる。例えば、ゲル濾過クロマトグラフィーでは、サイズに基づき、かつ、カラムフォーマットの適切なゲル濾過樹脂を活用することにより分子を分離する、例えば、比較的大型の複合体を、比較的小型の複合体化しなかった成分から分離することができる。同様に、例えば、イオン交換クロマトグラフィー樹脂を活用することにより、マーカー／プローブ複合体の、複合体化しなかった成分と比較して相対的に異なる電荷特性を利用して、複合体を、複合体化しなかった成分から差別化することができる。当業者には、このような樹脂およびクロマトグラフィーの技法が周知である（例えば、Heegaard（１９９８年）、J.  MoI.  Recognit.、１１巻：１４１頁;  HageおよびTweed（１９９７年）、J.  Chromatogr.  B.  Biomed.  Sci.  Appl.、１２巻：４９９頁を参照されたい）。また、ゲル電気泳動も、複合体化したアッセイ成分を、結合していない成分から分離するのに利用することができる（例えば、Ausubelら編、「Current  Protocols  in  Molecular  Biology、John  Wiley  &  Sons、New  York、１９８７年、１９９９年を参照されたい）。この技法では、タンパク質複合体または核酸複合体を、例えば、サイズまたは電荷に基づき分離する。電気泳動過程中の結合相互作用を維持するために、非変性ゲルマトリックス材料および還元性薬剤の非存在下にある条件が典型的に好ましい。当業者には、特定のアッセイおよびその成分に適切な条件が周知であろう。
【０１１０】
ある特定の例示的な実施形態では、生物学的試料中のマーカーに対応するｍＲＮＡのレベルは、当技術分野で公知の方法を使用して、ｉｎ  ｓｉｔｕフォーマットにより、かつ／またはｉｎ  ｖｉｔｒｏフォーマットにより決定することができる。多くの発現検出法では、単離ＲＮＡを使用する。ｉｎ  ｖｉｔｒｏ法では、ＲＮＡを、血液細胞から精製するために、ｍＲＮＡの単離について選択しない任意のＲＮＡ単離技法を活用することができる（例えば、Ausubelら編、「Current  Protocols  in  Molecular  Biology、John  Wiley  &  Sons、New  York、１９８７年、１９９９年を参照されたい）。加えて、例えば、Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ（１９８９年、米国特許第４，８４３，１５５号）による一ステップＲＮＡ単離工程など、当業者に周知の技法を使用して、多数の細胞および／または試料をたやすく処理することもできる。
【０１１１】
単離されたｍＲＮＡは、サザン分析またはノーザン分析、ポリメラーゼ連鎖反応分析、およびプローブアレイを含むがこれらに限定されない、ハイブリダイゼーションアッセイまたは増幅アッセイで使用することができる。ある特定の例示的な実施形態では、ｍＲＮＡレベルを検出するための診断法は、単離されたｍＲＮＡを、検出される遺伝子によりコードされるｍＲＮＡとハイブリダイズしうる核酸分子（プローブ）と接触させるステップを伴う。核酸プローブは、例えば、全長ｃＤＮＡの場合もあり、少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０、または５００ヌクレオチドの長さであり、厳密な条件下において、本発明のマーカーをコードするｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡと特異的にハイブリダイズするのに十分なオリゴヌクレオチドなど、それらの一部の場合もある。本明細書では、本発明の診断アッセイにおける使用に適する他のプローブについても記載する。ｍＲＮＡの、プローブとのハイブリダイゼーションにより、問題のマーカーが発現していることが示される。
【０１１２】
１つのフォーマットでは、ｍＲＮＡを固体表面上に固定化し、例えば、単離されたｍＲＮＡをアガロースゲル上で泳動させ、ｍＲＮＡを、ゲルからニトロセルロースなどの膜へと移すことにより、プローブと接触させる。代替的なフォーマットでは、例えば、遺伝子チップアレイ内で、プローブ（複数可）を固体表面上に固定化させ、ｍＲＮＡをプローブ（複数可）と接触させる。当業者は、公知のｍＲＮＡ検出法を、本発明のマーカーによりコードされるｍＲＮＡのレベルの検出における使用にたやすく適合させることができる。
【０１１３】
試料中の、本発明のマーカーに対応するｍＲＮＡのレベルを決定するための代替的な方法は、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ（米国特許第４，６８３，１９５号および同第４，６８３，２０２号に示される実験的実施形態）、ＣＯＬＤ−ＰＣＲ（Liら（２００８年）、Nat.  Med.、１４巻：５７９頁）、リガーゼ連鎖反応（Barany、１９９１年、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８８巻：１８９頁）、自己持続配列複製（Guatelliら、  １９９０年、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８７巻：１８７４頁）、転写増幅系（Kwohら（１９８９年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８６巻：１１７３頁）、Ｑベータレプリカーゼ（Lizardiら（１９８８年）、Bio/Technology、６巻：１１９７頁）、ローリングサークル複製（米国特許第５，８５４，０３３号）、または他の任意の核酸増幅法による核酸増幅の工程の後で、当業者に周知の技法を使用する、増幅された分子の検出を伴う。これらの検出スキームはとりわけ、このような分子が極めて少数で存在する場合に核酸分子を検出するのに有用である。本明細書で使用される増幅プライマーとは、遺伝子の５’領域または３’領域（それぞれのプラス鎖およびマイナス鎖、またはこの逆）にアニールし、中間の短鎖領域を含有することが可能な核酸分子の対であると定義される。一般に、増幅プライマーは、約１０〜３０ヌクレオチドの長さであり、約５０〜２００ヌクレオチドの長さの領域を挟む。適切な条件下で、かつ、適切な試薬を伴い、このようなプライマーは、プライマーにより挟まれるヌクレオチド配列を含む核酸分子の増幅を可能とする。
【０１１４】
ｉｎ  ｓｉｔｕ法では、ｍＲＮＡを、検出の前に試料（例えば、体液（例えば、血液細胞））から単離する必要はない。このような方法では、細胞試料または組織試料を、公知の組織学的方法を使用して調製／処理する。次いで、試料を、支持体、典型的には、スライドガラス上に固定化し、次いで、マーカーをコードするｍＲＮＡとハイブリダイズしうるプローブと接触させる。
【０１１５】
マーカーの絶対発現レベルに基づき決定を下すことに対する代替法として述べると、決定は、標準化された発現マーカーのレベルに基づきうる。発現レベルは、その発現を、マーカーではない遺伝子、例えば、構成的に発現するハウスキーピング遺伝子の発現と比較することを介してマーカーの絶対発現レベルを補正することにより標準化する。標準化に適する遺伝子は、アクチン遺伝子または上皮細胞特異的遺伝子などのハウスキーピング遺伝子を含む。この標準化により、１つの供給源に由来する患者試料中の発現レベルの、別の供給源に由来する患者試料との比較、例えば、個体に由来する組合せ試料を、個体に由来する＝２ｎ食作用性血液細胞または非食作用性血液細胞と比較することが可能となる。
【０１１６】
本発明の一実施形態では、マーカーに対応するタンパク質またはポリペプチドを検出する。ある特定の実施形態では、タンパク質またはポリペプチドを検出するための薬剤は、検出可能な標識を伴う抗体など、ポリペプチドに結合することが可能な抗体でありうる。プローブまたは抗体に関して本明細書で使用される「標識された」という用語は、検出可能な物質を、プローブまたは抗体へとカップリングすること（すなわち、物理的に連結すること）によるプローブまたは抗体の直接的標識のほか、直接的に標識された別の試薬との反応性によるプローブまたは抗体の間接的標識も包含することを意図する。間接的標識の例は、蛍光標識された二次抗体を使用する一次抗体の検出、および蛍光標識されたストレプトアビジンにより検出しうるような、ＤＮＡプローブのビオチンによる末端標識を含む。抗体は、ポリクローナル抗体の場合もあり、モノクローナル抗体の場合もある。無傷抗体またはその断片（例えば、ＦａｂまたはＦ（ａｂ’）２）を使用することができる。１つのフォーマットでは、抗体または抗体断片を、発現したタンパク質を検出する、ウェスタンブロットまたは免疫蛍光技法などの方法において使用することができる。このような使用では一般に、抗体またはタンパク質を固体支持体上に固定化することが好ましい。適する固相支持体または担体は、抗原または抗体に結合することが可能な任意の支持体を含む。周知の支持体または担体は、ガラス、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレン、デキストラン、ナイロン、アミラーゼ、天然セルロースおよび修飾セルロース、ポリアクリルアミド、斑糲岩、磁鉄鉱などを含む。
【０１１７】
様々なフォーマットを利用して、試料が、所与の抗体に結合するタンパク質を含有するのかどうかを決定することができる。このようなフォーマットの例は、競合的イムノアッセイおよび非競合的イムノアッセイ、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、抗原捕捉アッセイ、二抗体サンドイッチアッセイ、ウェスタンブロット分析、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、平面アレイ、比色アッセイ、化学発光アッセイ、蛍光アッセイなどを含むがこれらに限定されない。ラジオイムノアッセイおよび酵素結合イムノアッセイを含むイムノアッセイは、本発明の方法において有用である。当業者は、公知のタンパク質／抗体検出法を、本発明のマーカーを発現させる細胞（例えば、血液細胞などの体液細胞）であるのかどうかの決定における使用にたやすく適合させることができる。
【０１１８】
当業者には、抗体または抗原への結合に適する他の多くの担体が公知であり、このような支持体を、本発明を伴う使用に適合させることが可能であろう。例えば、細胞（例えば、血液細胞などの体液細胞）から単離されたタンパク質は、ポリアクリルアミドゲル電気泳動にかけ、ニトロセルロースなどの固相支持体へと固定化させることができる。次いで、支持体を、適切な緩衝液で洗浄した後、検出可能に標識された抗体による処置にかけることができる。次いで、固相支持体を、緩衝液で再度洗浄して、結合しなかった抗体を除去することができる。次いで、固体支持体上に結合した標識の量を、従来の手段で検出することができる。
【０１１９】
ある特定の例示的な実施形態では、診断、予後診断、疾患を発症する危険性の評価、処置の有効性の評価、疾患の進行または後退のモニタリング、および疾患を改善または処置することが可能な化合物の同定のためのアッセイが提供される。これらの方法のための例示的な方法は、体液試料を被験対象から得るステップと、生物学的試料中のマーカーの存在を検出するように、体液試料を、疾患または状態のマーカー、例えば、マーカー核酸（例えば、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ）、マーカーペプチド（例えば、ポリペプチドまたはタンパク質）、マーカー脂質（例えば、コレステロール）、またはマーカー代謝産物（例えば、クレアチニン）のうちの１または複数を検出することが可能な化合物または薬剤と接触させるステップとを伴う。一実施形態では、マーカーｍＲＮＡまたはマーカーゲノムＤＮＡを検出するための薬剤は、マーカーｍＲＮＡまたはマーカーゲノムＤＮＡとハイブリダイズすることが可能な、標識された核酸プローブである。核酸プローブは、例えば、全長マーカー核酸またはその一部でありうる。本明細書では、本発明の診断アッセイにおける使用に適する他のプローブについても記載する。
【０１２０】
本明細書で使用される疾患または状態を改善または処置することが可能な化合物は、限定なしに述べると、症状もしくは予後を改善するか、疾患もしくは状態の進行を防止するか、疾患もしくは状態の後退を促進するか、または疾患もしくは状態を消失させることが可能な任意の物質を含みうる。
【０１２１】
本発明の方法はまた、マーカー遺伝子内の遺伝子変化を検出し、これにより、変化した遺伝子を伴う対象に、がんと関連する疾患および／もしくは障害、ならびに／または感染因子、ならびに／または本明細書で記載される、がんなど、マーカータンパク質の活性もしくは核酸の発現の誤調節を特徴とする１もしくは複数の他の障害を発症する危険性があるのかどうかを決定するのにも使用することができる。ある特定の実施形態では、方法は、対象に由来する無細胞体液試料中に、マーカーペプチドをコードする遺伝子および／またはマーカー遺伝子の完全性に影響を及ぼす変化を特徴とする遺伝子変化の存在または非存在を検出するステップを含む。例えば、このような遺伝子変化は、１）１または複数のヌクレオチドの、１または複数のマーカー遺伝子からの欠失；２）１または複数のヌクレオチドの、１または複数のマーカー遺伝子への付加；３）１または複数のマーカー遺伝子の１または複数のヌクレオチドの置換、４）１または複数のマーカー遺伝子の染色体再配列；５）１または複数のマーカー遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物のレベルの変化；６）ゲノムＤＮＡのメチル化パターンなど、１または複数のマーカー遺伝子の異常な改変；７）１または複数のマーカー遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ転写物の非野生型スプライシングパターンの存在；８）１または複数のマーカータンパク質の非野生型レベル；９）１または複数のマーカー遺伝子の対立遺伝子の喪失；および１０）１または複数のマーカータンパク質の不適切な翻訳後修飾のうちの少なくとも１つの存在を確認することにより検出することができる。本明細書で記載される通り、当技術分野では、１または複数のマーカー遺伝子の変化を検出するために使用しうる多数のアッセイが公知である。
【０１２２】
ある特定の実施形態では、変化の検出は、リアルタイムＰＣＲ、ＣＯＬＤ−ＰＣＲ（Liら（２００８年）、Nat.  Med.、１４巻：５７９頁）、アンカーＰＣＲ、再帰的ＰＣＲもしくはＲＡＣＥ  ＰＣＲなどのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ：ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）（例えば、米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，６８３，２０２号、および同第５，８５４，０３３号を参照されたい）、または、代替的に、ライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）（例えば、Landegranら（１９８８年）、Science、２４１巻：１０７７頁;  ProdromouおよびPearl（１９９２年）、Protein  Eng.、５巻：８２７頁；ならびにNakazawaら（１９９４年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、９１巻：３６０頁を参照されたい）（これらのうちの後者は、マーカー遺伝子内の点突然変異を検出するのに特に有用でありうる（Abravayaら（１９９５年）、Nucleic  Acids  Res.、２３巻：６７５頁を参照されたい）におけるプローブ／プライマーの使用を伴う。この方法は、対象に由来する無細胞体液試料を回収するステップと、核酸（例えば、ゲノム核酸、ｍＲＮＡ、またはこれらの両方）を試料から単離するステップと、核酸試料を、マーカー遺伝子と特異的にハイブリダイズする１または複数のプライマーと、マーカー遺伝子（存在する場合）のハイブリダイゼーションおよび増幅が生じるような条件下で接触させるステップと、増幅産物の存在もしくは非存在を検出するか、または増幅産物のサイズを検出し、長さを対照試料と比較するステップとを含みうる。ＰＣＲおよび／またはＬＣＲは、本明細書で記載される突然変異を検出するために使用される技法のうちのいずれかを伴う、予備的な増幅ステップとして所望の使用でありうることが予期される。
【０１２３】
代替的な増幅法は、自己持続配列複製（Guatelliら、（１９９０年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８７巻：１８７４頁）、転写増幅系（Kwohら、（１９８９年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８６巻：１１７３頁）、Ｑベータレプリカーゼ（Lizardiら（１９８８年）、Bio-Technology、６巻：１１９７頁）、または他の任意の核酸増幅法、その後に当業者に周知の技法を使用する増幅された分子の検出を含む。これらの検出スキームはとりわけ、このような分子が極めて少数で存在する場合に核酸分子を検出するのに有用である。
【０１２４】
代替的な実施形態では、試料に由来する１または複数のマーカー遺伝子内の突然変異は、制限酵素の切断パターンの変化により同定することができる。例えば、試料ＤＮＡおよび対照ＤＮＡを単離し、任意選択で増幅し、１または複数の制限エンドヌクレアーゼで消化し、ゲル電気泳動により断片長サイズを決定し、比較する。試料ＤＮＡと対照ＤＮＡとの間の断片長サイズの差異により、試料ＤＮＡ内の突然変異が示される。さらに、配列特異的リボザイム（例えば、米国特許第５，４９８，５３１号を参照されたい）を、リボザイム切断部位の発生または喪失により特異的突然変異の存在について査定するのに使用することもできる。
【０１２５】
他の実施形態では、本明細書で記載されるマーカーのうちの１または複数における遺伝子突然変異は、試料核酸および対照核酸、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡを、数百または数千のオリゴヌクレオチドプローブを含有する高密度アレイとハイブリダイズさせることにより同定することができる（Croninら（１９９６年）、Human  Mutation、７巻：２４４頁;  Kozalら（１９９６年）、Nature  Medicine、２巻：７５３頁）。例えば、マーカー核酸内の遺伝子突然変異は、Cronin,  M.  T.ら、前出において記載されている光発生ＤＮＡプローブを含有する二次元アレイにおいて同定することができる。略述すると、連鎖的な重複プローブの直線状アレイを作製することにより、試料中および対照中のＤＮＡの長い連なりを走査して、配列の間の塩基変化を同定するのに、プローブの第１のハイブリダイゼーションアレイを使用することができる。このステップにより、点突然変異の同定が可能となる。このステップに続いて、検出される全ての変異体または突然変異と相補的な、より小型の、特化したプローブアレイを使用することにより、特異的突然変異の特徴づけを可能とする、第２のハイブリダイゼーションアレイを使用する。各突然変異アレイは、一方が野生型遺伝子と相補的であり、他方が突然変異体遺伝子と相補的な、パラレルプローブセットからなる。
【０１２６】
さらに別の実施形態では、当技術分野で公知の様々なシークエンシング反応のうちのいずれかを使用して、マーカー遺伝子を直接的にシークエンシングし、試料マーカー遺伝子の配列を、対応する野生型（対照）配列と比較することにより、突然変異を検出することができる。シークエンシング反応の例は、MaxamおよびGilbert（（１９７７年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、７４巻：５６０頁）またはSanger（（１９７７年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、７４巻：５４６３頁）により開発された技法に基づくシークエンシング反応を含む。また、診断アッセイ（（１９９５年）、Biotechniques、１９巻：４４８頁）を実行する場合に、質量分析によるシークエンシング（例えば、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ９４／１６１０１号;  Cohenら（１９９６年）、Adv.  Chromatogr.、３６巻：１２７〜１６２頁；およびGriffinら（１９９３年）、Appl.  Biochem.  Biotechnol.、３８巻：１４７頁を参照されたい）を含む、様々な自動式シークエンシング手順のうちのいずれかを活用しうることも想定されている。
【０１２７】
マーカー遺伝子内の突然変異を検出するための他の方法は、切断剤からの保護を使用して、ＲＮＡ／ＲＮＡヘテロ二重鎖内またはＲＮＡ／ＤＮＡヘテロ二重鎖内のミスマッチ塩基を検出する方法（Myersら（１９８５年）、Science、２３０巻：１２４２頁）を含む。一般に、当技術分野の「ミスマッチ切断」の技法は、野生型マーカー配列を含有する（標識された）ＲＮＡまたはＤＮＡを、組織試料から得られる、潜在的に突然変異体のＲＮＡまたはＤＮＡとハイブリダイズさせることにより形成される、ヘテロ二重鎖をもたらすことから始まる。二本鎖の二重鎖を、対照鎖と試料鎖との間の塩基対のミスマッチに起因して存在する一本鎖領域など、二重鎖の一本鎖領域を切断する薬剤で処置する。例えば、ＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖は、ＲＮアーゼで処置し、ＤＮＡ／ＤＮＡハイブリッドは、Ｓ１ヌクレアーゼで処理して、ミスマッチ領域を酵素的に消化することができる。他の実施形態では、ミスマッチ領域を消化するために、ＤＮＡ／ＤＮＡ二重鎖またはＲＮＡ／ＤＮＡ二重鎖を、ヒドロキシルアミンまたは四酸化オスミウムで処置し、かつ、ピペリジンで処置することができる。ミスマッチ領域を消化した後、次いで、結果として得られる物質を、変性ポリアクリルアミドゲル上で、サイズにより分離して、突然変異の部位を決定する。例えば、Cottonら（１９８８年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８５巻：４３９７頁;  Saleebaら（１９９２年）、Methods  Enzymol.、２１７巻：２８６頁を参照されたい。一実施形態では、対照ＤＮＡまたはＲＮＡを、検出のために標識することができる。
【０１２８】
さらに別の実施形態では、ミスマッチ切断反応では、二本鎖ＤＮＡ内のミスマッチ塩基対を認識する１または複数のタンパク質（いわゆる「ＤＮＡミスマッチ修復」酵素）を、細胞の試料から得られるマーカーｃＤＮＡ内の点突然変異を検出し、マッピングするための、規定された系内で利用する。例えば、Ｅ．ｃｏｌｉのｍｕｔＹ酵素は、Ｇ／ＡミスマッチにおけるＡを切断し、ＨｅＬａ細胞に由来するチミジンＤＮＡグリコシラーゼは、Ｇ／ＴミスマッチにおけるＴを切断する（Hsuら（１９９４年）、Carcinogenesis、１５巻：１６５７頁）。例示的な実施形態によれば、マーカー配列、例えば、野生型マーカー配列に基づくプローブは、被験細胞（複数可）に由来するｃＤＮＡまたは他のＤＮＡ産物とハイブリダイズする。二重鎖を、ＤＮＡミスマッチ修復酵素で処置し、存在する場合は、電気泳動プロトコールなどにより切断産物を検出することができる。例えば、米国特許第５，４５９，０３９号を参照されたい。
【０１２９】
他の実施形態では、マーカー遺伝子内の突然変異を同定するのに、電気泳動の移動度の変化が使用されるであろう。例えば、一本鎖コンフォメーション多型（ＳＳＣＰ）を使用して、突然変異体核酸と野生型核酸との間の電気泳動の移動度の差異を検出することができる（Oritaら（１９８９年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８６巻：２７６６頁、また、Cotton（１９９３年）、Mutat.  Res.、２８５巻：１２５頁；およびHayashi（１９９２年）、Genet.  Anal.  Tech.  Appl.、９巻：７３頁も参照されたい）。試料マーカー核酸および対照マーカー核酸の一本鎖ＤＮＡ断片を変性させ、復元させることになろう。一本鎖核酸の二次構造は、配列により変化し、結果として得られる電気泳動の移動度の変化は、一塩基の変化の検出もなお可能とする。ＤＮＡ断片は、標識することもでき、標識されたプローブで検出することもできる。アッセイの感度は、二次構造の、配列の変化に対する感受性が大きいＲＮＡ（ＤＮＡではない）を使用することにより増強することができる。一実施形態では、対象の方法では、ヘテロ二重鎖分析を活用して、電気泳動の移動度の変化に基づいて、二本鎖ヘテロ二重鎖分子を分離する（Keenら（１９９１年）、Trends  Genet.、７巻：５頁）。
【０１３０】
さらに別の実施形態では、突然変異体断片または野生型断片の、変性剤の勾配を含有するポリアクリルアミドゲル内の移動は、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ：ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ  ｇｒａｄｉｅｎｔ  ｇｅｌ  ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）（Myersら（１９８５年）、Nature、３１３巻：４９５頁）を使用してアッセイする。ＤＧＧＥを分析法として使用する場合は、例えば、ＰＣＲを介して、約４０ｂｐの溶融温度の高いＧＣに富むＤＮＡによるＧＣクランプを付加することによりＤＮＡを修飾して、完全には変性しないことを確保することになろう。さらなる実施形態では、変性剤濃度勾配の代わりに温度勾配を使用して、対照ＤＮＡと試料ＤＮＡとの移動度の差異を同定する（RosenbaumおよびReissner（１９８７年）、Biophys.  Chem.、２６５巻：１２７５３頁）。
【０１３１】
点突然変異を検出するための他の技法の例は、選択的なオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション、選択的な増幅、または選択的なプライマー伸長を含むがこれらに限定されない。例えば、公知の突然変異を中央部に配置したオリゴヌクレオチドプライマーを調製し、次いで、完全なマッチが見出される場合に限りハイブリダイゼーションを可能とする条件下で、標的ＤＮＡとハイブリダイズさせることができる（Saikiら（１９８６年）、Nature、３２４巻：１６３頁;  Saikiら（１９８９年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８６巻：６２３０頁）。このような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドをハイブリダイズ膜へと接合させ、標識された標的ＤＮＡとハイブリダイズさせると、ＰＣＲ増幅された標的ＤＮＡまたは多数の異なる突然変異とハイブリダイズする。
【０１３２】
代替的に、選択的なＰＣＲ増幅に依存する対立遺伝子特異的増幅技術を、本発明と共に使用することもできる。特異的増幅のプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、分子の中央部に対象の突然変異を保有する場合（増幅が示差的ハイブリダイゼーションに依存するように）（Gibbsら（１９８９年）、Nucl.  Acids  Res.、１７巻：２４３７頁）もあり、一方のプライマーの３’末端に対象の突然変異を保有する場合（Prossner（１９９３年）、Tibtech、１１巻：２３８頁）もあり、適切な条件下で、ミスマッチを防止するか、またはポリメラーゼ伸長を低減しうる。加えて、突然変異の領域内に新規の制限部位を導入して、切断ベースの検出を創出することも所望でありうる（Gaspariniら（１９９２年）、Mol.  Cell  Probes、６巻：１頁）。ある特定の実施形態ではまた、増幅のためにＴａｑリガーゼを使用して、増幅を実施しうる（Barany（１９９１年）、Proc.  Natl.  Acad.  Sci.  USA、８８巻：１８９頁）ことも予期される。このような場合には、ライゲーションは、５’側配列の３’端において完全なマッチが存在する場合に限り生じることから、増幅の存在または非存在を探索することにより特異的部位における公知の突然変異の存在を検出することが可能となるであろう。
【０１３３】
一部の実施形態では、本発明は、１または複数の疾患または状態のマーカーを同定するための方法であって、ａ）前記疾患または状態を有する対象に由来する無細胞体液、および前記疾患または状態を有する対象に由来する食細胞の集団または＞２ｎ食細胞の集団を含む試料に由来する分析物の第１のプロファイルを決定し；前記疾患または状態を有する対象に由来する＝２ｎ食細胞の集団または非食細胞の集団に由来する分析物の第２のプロファイルを決定し；第１のプロファイルと第２のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであり、第１の差異のセットが、第２のプロファイルと比べて、第１のプロファイルに特異的であるステップと；ｂ）前記疾患または状態を有する対象に由来する無細胞体液、および前記疾患または状態を有さない対照の対象に由来する食細胞の集団または＞２ｎ食細胞の集団を含む試料に由来する分析物の第３のプロファイルを決定し；前記疾患または状態を有さない対照の対象に由来する＝２ｎ食細胞の集団または非食細胞の集団に由来する分析物の第４のプロファイルを決定し；第３のプロファイルと第４のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであり、第２の差異のセットが、第４のプロファイルと比べて、第３のプロファイルに特異的であるステップと；ｃ）ｂ）において同定された差異のセットと比べて、ａ）において同定された差異のセットに特異的な１または複数の分析物を同定するステップであり、ｃ）において同定された分析物が、前記疾患または状態のマーカーであるステップとを含む方法を提供する。一部の実施形態では、本発明は、１または複数の疾患または状態のマーカーを同定するための方法であって、ａ）前記疾患または状態を有する対象に由来する無細胞体液、および前記疾患または状態を有する対象に由来する食細胞の集団または＞２ｎ食細胞の集団を含む試料に由来する分析物の第１のプロファイルを決定するステップと；ｂ）第１のプロファイルを、前記疾患または状態を有さない対照の対象に由来する分析物のレポジトリーに由来する第２のプロファイルと比較するステップと；ｃ）第１のプロファイルと第２のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであり、差異のセットが、第２のプロファイルと比べて、第１のプロファイルに特異的であるステップと；ｄ）差異のセットに特異的な１または複数の分析物を同定するステップであり、同定された分析物が、前記疾患または状態のマーカーであるステップとを含む方法を提供する。さらなる実施形態では、方法は、ｅ）前記疾患または状態を有する対象における前記疾患または状態の影響を受ける細胞または組織に由来する分析物の第５のプロファイルを得；前記疾患または状態を有する対象における前記疾患または状態の影響を受けない細胞または組織に由来する分析物の第６のプロファイルを得；第５のプロファイルと第６のプロファイルとの間の差異のセットを同定するステップであり、差異のセットが、第６のプロファイルと比べて、第５のプロファイルに特異的であるステップと；ｆ）ｄ）において同定された差異のセットに存在する、ｃ）の１または複数のマーカーのうちの少なくとも１つを同定するステップとをさらに含む。一部の実施形態では、本発明は、疾患または状態の処置において使用されうる１または複数のマーカーを同定するための方法を提供する。例えば、本発明の方法により同定されるマーカー（例えば、タンパク質または遺伝子）を、治療剤の分子標的として使用することができる。本発明の方法により同定されるマーカーはまた、本発明の他の方法のうちのいずれか、例えば、疾患または状態の進行または後退をモニタリングするための方法でも使用することができる。ある特定の実施形態では、１または複数の本発明の方法により同定されるマーカーは、治療的潜在力を有しうる。例えば、マーカーが、疾患または状態を有する対象に由来する循環罹病細胞内で上方調節される（または下方調節される）ものとして同定される場合、前記マーカーを下方調節すること（上方調節すること）が可能な化合物または薬剤は、前記疾患または状態の処置において有用でありうる。同様に、遺伝子／タンパク質／脂質／炭水化物の発現プロファイル、一塩基多型プロファイル、遺伝子突然変異プロファイル、遺伝子コピー数プロファイル、ＤＮＡメチル化プロファイル、ＤＮＡアセチル化プロファイル、染色体量プロファイル、遺伝子発現プロファイル、またはこれらの組合せも、これらの実施形態において有用でありうる。
【０１３４】
生物学的試料中の、本発明のマーカーに対応する分析物（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、ポリペプチド、炭水化物、脂質など）の存在または非存在を検出するための例示的な方法は、体液試料（例えば、血液）を、被験対象から得るステップと、体液試料を、１または複数のマーカーを検出することが可能な化合物または薬剤と接触させるステップとを伴う。本明細書で記載される検出法を使用して、生物学的試料中の１または複数のマーカーを、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて検出しうるほか、ｉｎ  ｖｉｖｏにおいても検出することができる。例えば、ｍＲＮＡを検出するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ技法は、ノーザンハイブリダイゼーションおよびｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを含む。本発明のマーカーに対応するポリペプチドを検出するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ技法は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ウェスタンブロット、免疫沈降、および免疫蛍光を含む。ゲノムＤＮＡを検出するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ技法は、サザンハイブリダイゼーションを含む。さらに、本発明のマーカーに対応するポリペプチドを検出するためのｉｎ  ｖｉｖｏ技法は、対象へと、ポリペプチドを指向する、標識された抗体を導入するステップを含む。例えば、抗体は、対象におけるその存在および位置を標準的な画像化技法により検出しうる、放射性マーカーで標識することができる。各マーカーはまた、分析物でもあるため、本明細書で記載される、マーカーの存在または非存在を検出する任意の方法はまた、分析物の存在または非存在を検出するのにも使用することができる。
【０１３５】
本発明の方法において有用なマーカーは、上記で同定されたマーカーのうちのいずれか１つにおける任意の突然変異を含みうる。突然変異部位および突然変異配列は、例えば、このような情報のデータベースまたはレポジトリー、例えば、Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  Ｄａｔａｂａｓｅ（www.hgmd.cf.ac.uk）、Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  Ｄａｔａｂａｓｅ（ｄｂＳＮＰ;  www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP）、およびＯｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎ（ＯＭＩＭ）のウェブサイト（www.ncbi.nlm.nih.gov/omim）により同定することができる。
【０１３６】
本発明の方法において有用なマーカーは、疾患または状態と関連することが公知な任意のマーカーを含みうる。本発明において使用されうるマーカーは、特異的疾患または状態と関連するものとして十分に特徴づけられている任意のマーカーの場合もあり、本発明の方法により同定された任意のマーカーの場合もある。
【０１３７】
一部の実施形態では、マーカーは、ＡＫＴ２、ＢＡＫ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＰＤＧＦＢ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＮＣＧ、およびＳＰＰ１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一部の実施形態では、１または複数のマーカーは、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＢＡＫ２、ＣＤＣ２５Ａ、Ｅ２Ｆ１、ＥＧＦＲ、ＥＲＢＢ２、ＦＯＳ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＭＭＰ２、ＮＦＫＢ１、ＰＤＧＦＢ、ＰＩＫ３Ｒ１、ＰＮＮ、ＲＢ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＥＲＰＩＮＢ５、ＳＮＣＧ、ＳＰＰ１、ＴＥＲＴ、ＴＩＭＰ３、およびＴＰ５３からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一部の実施形態では、１または複数のマーカーは、ＣＡＳＰ８、ＣＡＳＰ９、ＣＯＬ１８Ａ１、ＥＴＳ２、ＨＴＡＴＩＰ２、ＭＭＰ９、ＳＲＣ、およびＴＷＩＳＴ１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一部の実施形態では、１または複数のマーカーは、ＡＫＴ１、ＡＰＡＦ１、ＡＴＭ、ＣＤＣ２５Ａ、ＣＤＫＮ１Ａ、ＥＴＳ２、ＦＯＳ、ＩＬ８、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＪＵＮ、ＭＡＰ２Ｋ１、ＮＦＫＢＩＡ、ＰＬＡＵ、ＰＬＡＵＲ、ＲＡＦ１、ＳＥＲＰＩＮＢ２、ＳＹＫ、ＴＩＭＰ１、ＴＮＦ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、およびＴＮＦＲＳＦ１Ａからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一部の実施形態では、マーカーは、ＡＣＰ２、ＡＫ２、ＡＫＴ３、ＡＲＬ５Ｂ、ＡＴＰ２Ｂ３、ＢＧＮ、ＢＲＡＦ、ＢＴＧ２、ＣＡＭＫＫ２、ＣＡＰＧ、ＣＡＰＮ１２、ＣＰＬＸ２、ＤＥＮＮＤ５Ａ、ＤＮＡ２、ＦＡＭ１０４Ａ、ＦＮＩＰ１、ＧＦＲＡ４、ＧＬＵＤ１、ＧＮＡＱ、ＧＰ１ＢＢ、ＨＮＲＰＬＬ、ＨＯＸＡ２、ＨＰＳ３、ＩＮＰＰ４Ａ、ＩＴＧＡＶ、ＫＬＨＬ２３、ＬＡＮＣＬ２、ＬＹＰＤ６、ＭＡＰＫＡＰＫ３、ＭＥＦ２Ａ（ＥＧ：４２０５を含む）、ＭＥＦ２Ｃ、ＮＶＬ、ＰＣＹＴ１Ａ、ＰＧＬＹＲＰ４、ＰＬＯＤ１、ＰＰＰ１ＣＢ、ＰＲＫＡＢ２、ＰＲＯＳ１、ＰＴＰＲＥ、ＲＡＳＡ４（ＥＧ：１０１５６を含む）、ＲＢＭＳ２、ＲＢＰＪ、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＴＨＢＳ１、ＴＲＩＢ１、ＴＲＩＭ２、ＴＳＰＡＮ６、およびＺＤＨＨＣ２１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一部の実施形態では、マーカーは、Ｂ４ＧＡＬＴ５、ＢＯＰ１、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＣＲＬ２、ＣＤ８３、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＬＩＣ４、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＯ、ＣＸＣＬ１０、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＰＲ３、ＨＢＡ１、ＨＢＢ、ＬＲＭＰ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳＲ１、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＩＤ１、ＰＦ４、ＰＩＯＮ、ＲＮＦ２１７、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、およびＳＰＡＲＣからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一部の実施形態では、マーカーは、ＡＣＯＴ９、ＡＭＰＤ２、ＡＲＨＧＡＰ１５、ＢＡＴＦ２、Ｃ３ＡＲ１、Ｃ５ｏｒｆ４１、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１、ＣＤ６３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＹ１、ＣＬＥＣ４Ｇ、ＣＴＳＺ、ＣＸｏｒｆ２１、ＣＹＴＨ４、ＣＹＴＩＰ、ＤＬＥＵ２、ＤＮＡＪＡ１、ＤＯＣＫ８、ＤＴＸ３Ｌ、ＤＵＳＰ６、ＥＰＳＴＩ１、ＥＲＦ、Ｆ２ＲＬ１、ＦＹＢ、ＧＡＢＲＢ２、ＧＢＰ５、ＧＬＲＸ、ＧＮＢ４、ＩＣＡＭ１、ＩＦＩ３５、ＩＦＩＨ１、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１Ｒ１、ＩＲＦ１、ＩＴＧＡ５、ＬＡＰ３、ＬＡＰＴＭ５、ＬＣＰ２、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ、ＭＡＰ１ＬＣ３Ｂ２、ＭＩＣＡＬ２、ＭＴ１ＤＰ、ＭＴ１ＪＰ、ＭＴ１Ｍ、ＭＴ２Ａ、ＭＹＡＤＭＬ、ＮＥＫ６、ＮＩＮＪ２、ＮＮＭＴ、ＮＴ５Ｃ３Ｌ、ＮＵＢ１、ＰＤＥ４Ｂ、ＰＬＯＤ１、ＰＭＬ、ＰＲＫＣＢ、ＰＳＭＢ９、ＲＣＮ３、ＲＧＳ４、ＲＮＡＳＥ６、ＲＴＰ４、ＳＡＭＤ９Ｌ、ＳＥＬ１Ｌ、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＳＥＴＸ、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＫＩＬ、ＳＬＣ７Ａ７、ＳＮＯＲＡ２１、ＳＰ１００、ＳＰ１１０、ＳＰ１４０、ＳＳＦＡ２、ＳＴＡＴ２、ＳＴＫ１７Ｂ、ＳＴＫ３、ＴＤＲＤ７、ＴＭＣＣ１、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ２、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＰＭ１、ＴＲＩＭ２１，ＴＸＮＤＣ４、ＵＢＥ２Ｌ６、ＵＢＥ２Ｗ、ＵＳＰ１８、ＶＡＶ１、ＷＡＲＳ、ＷＩＰＦ１、およびＷＩＰＩ１からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。一部の実施形態では、マーカーは、ＡＤＡＲ、ＡＤＭ、ＡＬＡＳ１、ＡＮＫＲＤ２２、ＡＲＨＧＡＰ２７、Ｂ３ＧＮＴ５、ＢＣＬ１０、Ｃ１２ｏｒｆ３５、Ｃ１５ｏｒｆ２９、Ｃ２ｏｒｆ５９、ＣＤ１７７、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＰＥＢ２、ＤＤＸ５８、Ｆ２ＲＬ１、ＧＤＰＤ３、ＧＮＡＩ３、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ａ、ＨＩＳＴ２Ｈ３Ｄ、ＨＩＳＴ２Ｈ４Ａ、ＨＭＧＣＲ、ＨＳＰＡ６、ＨＳＰＣ１５９、ＩＬ４Ｒ、ＩＭＰＡ２、ＫＰＮＢ１、ＫＲＥＭＥＮ１、ＫＲＴ２３、ＬＤＬＲ、ＬＯＣ１００１３０９０４、ＬＴＢ４Ｒ、ＭＡＥＡ、ＭＡＲＫ２、ＭＢＯＡＴ２、ＭＰＺＬ３、Ｎ４ＢＰ１、ＮＢＥＡＬ２、ＮＭＩ、ＮＰＥＰＰＳ、ＰＡＲＰ１４、ＰＧＭ２、ＰＰＩＦ、ＰＸＮ、ＲＡＬＢＰ１、ＲＯＤ１、ＲＰＳ６ＫＡ１、Ｓ１００Ｐ、ＳＥＲＴＡＤ２、ＳＬＣ９Ａ１、ＳＬＰＩ、ＳＰ１１０、ＳＰＩＮＴ１、ＳＴ１４、ＴＢＣ１Ｄ３、ＴＮＦＲＳＦ９、ＴＲＩＭ２１、ＵＰＰ１、ＶＰＳ２４、ＺＢＴＢ３４、およびＺＮＦ２５６からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子を含む。
【０１３８】
一部の実施形態では、マーカーは、ＡＣＴＮ４、ＢＣ０２０１６３、ＣＭＩＰ、ＣＮＮ２、ＥＤＮＲＢ、ＧＰＭ６Ｂ、ＫＩＴ、ＭＧＣ４０２２２、ＮＡＭＰＴ、ＰＲＡＭＥ、ＲＰＬ１８、ＲＰＬ２１、ＲＰＳ１５、ＴＭＥＭ８０、ＴＲＩＢ２、ＴＴＣ３、およびＶＤＡＣ１からなる群から選択される少なくとも１つのバイオマーカーを含む。一実施形態では、マーカーは、ＡＣＴＮ４、ＢＣ０２０１６３、ＣＭＩＰ、ＣＮＮ２、ＥＤＮＲＢ、ＧＰＭ６Ｂ、ＫＩＴ、ＭＧＣ４０２２２、ＮＡＭＰＴ、ＰＲＡＭＥ、ＲＰＬ１８、ＲＰＬ２１、ＲＰＳ１５、ＴＭＥＭ８０、ＴＲＩＢ２、ＴＴＣ３、およびＶＤＡＣ１である。これらのマーカーは、黒色腫の診断、予後診断、もしくはモニタリング、または異なる種類の皮膚病変の間の弁別、例えば、黒色腫と母斑との間の弁別において有用である（例えば、Wachsmanら、「Noninvasive  genomic  detection  of  melanoma」、Br  J  Dermatol.、２０１１年４月、１６４巻（４号）：７９７〜８０６頁を参照されたい）。
【０１３９】
一部の実施形態では、出生前または妊娠関連疾患または状態のための本発明の方法において有用なマーカーは、例えば、米国特許第７，６５５，３９９号、同第７，６５１，８３８号、同第６，６６０，４７７号、同第６，１７２，１９８号、同第５，５９４，６３７号、同第５，５１４，５９８号、同第６，２５８，５４０号、同第６，６６４，０５６号、同第７，２３５，３５９号および同第７，６４５，５７６号、米国特許出願公開第２００９０１６２８４２号、同第２００９０１５５７７６号、同第２００７０２０７４６６号、同第２００６００１９２７８号、同第２００４００８６８６４号、同第２００２００４５１７６号、同第２００１００５１３４１号、同第２００２０１９２６４２号、同第２００４０００９５１８号、同第２００４０２０３０３７号、同第２００５０２８２１８５号、同第２００６０２５２０７１号、同第２００７０２７５４０２号、同第２００８０１５３０９０号、同第２００９０１７０１０２号、同第２００９００６１４２５号、同第２００２００４５１７６号、同第２００４０１３７４５２号、同第２００５０１６４２４１号、同第２００６００１９２７８号、同第２００６０２５２０６８号、同第２００６０２５２０７１号、同第２００６０２５７９０１号、同第２００７０１４１６２５号、同第２００７０２１８４６９号、同第２００７０２７５４０２号、同第２００９０１５５７７６号、同第２００９０１６２８４２号、同第２００９０１７０１０２号、同第２００９０３１７７９７号、同第２０１００１２００５６号、同第２０１００１２００７６号および同第  ２０１００１３７２６３号、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ／２００６／０２６０２０号、同第ＷＯ／２００２／０６８６８５号、同第ＷＯ／２００５／１１１６２６号、同第ＷＯ／２００９／０５５４８７号、同第ＷＯ／２００９／００１３９２号および同第ＷＯ／２００８／０１４５１６号において開示されているマーカーを含む。
【０１４０】
一部の実施形態では、神経または神経精神疾患または状態のための本発明の方法において有用なマーカーは、例えば、米国特許第７，７２３，１１７号、同第６，８６７，２３６号、米国特許出願公開第２００６０１１５８５４号、同第２００６０１１５８５５号、同第２００６０１６６２８３号、同第２００６０２３４３０１号、同第２００６０２５９９９０号、同第２００６０２５９９９１号、同第２００７０１６２９８３号、同第２００７０２６４１９７号、同第２００８００２６４０５号、同第２００８００３８７３０号、同第２００８００５１３３４号、同第２００８０１５２５８９号、同第２００８０２２００１３号、同第２００８０２６１２２６号、同第２００８０２６９１０３号、同第２００８０２８６２６３号、同第２００９００４１８６２号、同第２００９０２３９２４１号、同第２００９０２７５０４６号、同第２００９０３１８３５４号、同第２００９０３２４６１１号、同第２０１００００９３５２号、同第２０１０００２１９２９号、同第２０１０００２８３５６号、同第２０１０００５５７２２号、同第２０１０００６２４６３号、同第２０１０００７５８９１号、同第２０１００１０５６２３号、同第２０１００１２４７５６号、同第２０１００１５９４８６号、同第２０１００１６７９３７号、同第２０１００１６９９８８号、同第２０１００１６７３２０号、同第２０１００１１２５８７号、同第２０１０００９８７０５号、同第２０１０００６８７０５号、同第２０１００００９３５６号、同第２００９０３０５２６５号、同第２０１００１２４７４６号、同第２０１０００９２９８３号、同第２００７０１４８６６１号、同第２００７０１４１６２５号、同第２０１００１２００５０号、同第２００９０１５５２３０号、同第２００９０２７４７０９号、国際特許出願公開第ＷＯ／２００４／０４００１６号、同第ＷＯ／２００４／０７１２６９号、同第ＷＯ／２００５／０３３３４１号、同第ＷＯ／２００５／０５２５９２号、同第ＷＯ／２００５／１０３７１２号、同第ＷＯ／２００５／１１４２２２号、同第ＷＯ／２００６／０２０２６９号、同第ＷＯ／２００６／０４８７７８号、同第ＷＯ／２００６／０５０４７５号、同第ＷＯ／２００６／０６１６０９号、同第ＷＯ／２００６／１０５９０７号、同第ＷＯ／２００６／１３３４２３号、同第ＷＯ／２００６／１３４３９０号、同第ＷＯ／２００７／０９８５８５号、同第ＷＯ／２００７／１１９１７９号、同第ＷＯ／２００８／０１０６６０号、同第ＷＯ／２００８／０１４３１４号、同第ＷＯ／２００８／０２８２５７号、同第ＷＯ／２００８／０４６５０９号、同第ＷＯ／２００８／０４６５１０号、同第ＷＯ／２００８／０４６５１１号、同第ＷＯ／２００８／０４６５１２号、同第ＷＯ／２００８／０６３３６９号、同第ＷＯ／２００８／０８５０３５号、同第ＷＯ／２００８／０９５２６１号、同第ＷＯ／２００８／１００５９６号、同第ＷＯ／２００８／１２０６８４号、同第ＷＯ／２００８／１２５６５１号、同第ＷＯ／２００８／１２７３１７号、同第ＷＯ／２００８／１３２４６４号、同第ＷＯ／２００９／０００５２０号、同第ＷＯ／２００９／００１３９２号、同第ＷＯ／２００９／０６８５９１号、同第ＷＯ／２００９／０７４３３１号、同第ＷＯ／２００９／１００１３１号、同第ＷＯ／２０１０／００５７５０号、同第ＷＯ／２０１０／０１１５０６号、同第ＷＯ／２０１０／０１９５５３号、同第ＷＯ／２０１０／０５９２４２号、同第ＷＯ／２０１０／０６１２８３号、同第ＷＯ／２０１０／０６３００９号、同第ＷＯ／２０１０／０６６０００号、同第ＷＯ／２００９／１２１１５２号、同第ＷＯ／２００９／１２１９５１号、同第ＷＯ／２００９／０９７４５０号、同第ＷＯ／２００９／０９２３８２号、同第ＷＯ／２００９／０７５５７９号、同第ＷＯ／２００９／０５８１６８号、同第ＷＯ／２００９／０５３５２３号、同第ＷＯ／２００９／０３４４７０号、同第ＷＯ／２００９／０３２７２２号、同第ＷＯ／２００９／０１４６３９号、同第ＷＯ／２００９／００３１４２号、同第ＷＯ／２０１０／０４１０４６号、同第ＷＯ／２００７／１３１３４５号、同第ＷＯ／２００８／００３８２６号および同第ＷＯ／２００９／０７５５６号において開示されているマーカーを含む。
【０１４１】
一部の実施形態では、心血管疾患または状態のための本発明の方法において有用なマーカーは、例えば、米国特許第７，６７０，７６９号、同第７，４４５，８８６号、同第７，４３２，１０７号、同第７，１５７，２３５号、および同第７，００９，０３８号、米国特許出願公開第２０１００１６７３２０号、同第２０１００１１２５８７号、同第２０１０００９８７０５号、同第２０１０００６８７０５号、同第２０１００００９３５６号、同第２００９０３０５２６５号、同第２０１００１２４７４６号、同第２０１０００９２９８３号、同第２００７０１４８６６１号、同第２００７０１４１６２５号、同第２０１００１２００５０号、同第２００９０１５５２３０号および同第２００９０２７４７０９号、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ／２００９／１２１１５２号、同第ＷＯ／２００９／１２１９５１号、同第ＷＯ／２００９／０９７４５０号、同第ＷＯ／２００９／０９２３８２号、同第ＷＯ／２００９／０７５５７９号、同第ＷＯ／２００９／０５８１６８号、同第ＷＯ／２００９／０５３５２３号、同第ＷＯ／２００９／０３４４７０号、同第ＷＯ／２００９／０３２７２２号、同第ＷＯ／２００９／０１４６３９号、同第ＷＯ／２００９／００３１４２号、同第ＷＯ／２０１０／０４１０４６号、同第ＷＯ／２００７／１３１３４５号、同第ＷＯ／２００８／００３８２６号および同第ＷＯ／２００９／０７５５６６号において開示されているマーカーを含む。  
【０１４２】
一部の実施形態では、腎関連疾患または状態のための本発明の方法において有用なマーカーは、例えば、米国特許第７，４８８，５８４号、同第７，４５９，２８０号、同第７，２９４，４６５号および同第７，６６２，５７８号、米国特許出願公開第２０１００１４３９５１号、同第２０１００１２４７４６号、同第２０１００１２００５６号、同第２０１００１２００４１号、同第２０１０００８１１４２号、同第２００９０１５５２３０号および同第２００９０２３９２４２号、国際特許出願公開第ＷＯ／２０１０／０５９９９６号、同第ＷＯ／２０１０／０５４３８９号、同第ＷＯ／２０１０／０４８３４７号、同第ＷＯ／２０１０／０４８４９７号、同第ＷＯ／２０１０／０５４１６７号、同第ＷＯ／２０１０／０４８３４６号、同第ＷＯ／２０１０／０４６１３７号、同第ＷＯ／２０１０／０２５４３４号、同第ＷＯ／２０１０／０１８１８５号、同第ＷＯ／２０１０／０１２３０６号、同第ＷＯ／２００９／１２２３８７号、同第ＷＯ／２００９／０８３９５０号、同第ＷＯ／２００９／０８０７８０号、同第ＷＯ／２００９／０６００３５号、同第ＷＯ／２００９／０５９２５９号、同第ＷＯ／２００８／１５４２３８号、同第ＷＯ／２００８／０８９９３６号、同第ＷＯ／２００８／０８４３３１号、同第ＷＯ／２００８／０４２０１２号、同第ＷＯ／２００７／１３１３４５号、同第ＷＯ／２００５／０１２９０７号、同第ＷＯ／２００４／０２４０９８号、同第ＷＯ／２００３／０１９１９３号、同第ＷＯ／２００７／１１２９９９号、同第ＷＯ／２００７／０８２７３３号、同第ＷＯ／２００６／０７３９４１号、同第ＷＯ／２０１０／０６８６８６号、同第ＷＯ／２０１０／０２２２１０号および同第ＷＯ／２００９／１２７６４４号において開示されているマーカーを含む。
【０１４３】
一部の実施形態では、自己免疫または免疫関連疾患または状態のための本発明の方法において有用なマーカーは、例えば、７，６０４，９４８、７，６７０，７６４、６，９８６，９９５、および６，６３１，３３０、米国特許出願公開第２００７０１４１６２５号、同第２００９０２６３４７４号、同第２０１０００７５８９１号、同第２０１００１０４５７９号、同第２０１００１０５０８６号、同第２０１００１３１２８６号、同第２００９０１７６２１７号、同第２００９０２０２４６９号、同第２００２０１１９１１８号、同第２００９０２５８０２５号、同第２０１００１３７３９３号、同第２０１００１２０６２９号、同第２００９０３１８３９２号、同第２００９０１９６９２７号、同第２００９００２３１６６号、同第２００８０２２７７０９号、同第２００８００３９４０２号、同第２００８００２６３７８号、同第２００７０２２４６３８号、同第２００７０２１８５１９号、同第２００６０２１０５６２号、同第２００５０２６６４３２号、同第２００５０１６４２３３号、同第２００５０１３０２４５号、同第２００９０１３０６８３号、同第２００９０１１０６６７号、同第２００９００５４３２１号、同第２００９００２３１６６号および同第２００８０２７４１１８号、ならびに国際特許出願公開第ＷＯ／２００９／０４３８４８号、同第ＷＯ／２０１０／０５３５８７号、同第ＷＯ／２０１０／０４６５０３号、同第ＷＯ／２０１０／０３９７１４号、同第ＷＯ／２００９／１００３４２号、同第ＷＯ／２００９／０５３５３７号、同第ＷＯ／２００９／０１７４４４号、同第ＷＯ／２００８／１５６８６７号、同第ＷＯ／２００８／１４７９３８号、同第ＷＯ／２００８／１２９２９６号、同第ＷＯ／２００８／１３７８３５号、同第ＷＯ／２００８／０８２５１９号、同第ＷＯ／２００８／０６４３３６号、同第ＷＯ／２００８／０４３７８２号、同第ＷＯ／２００８／０４３７２５号、同第ＷＯ／２００７／０４７９０７号、同第ＷＯ／２００６／１２５１１７号、同第ＷＯ／２００６／１１４６６１号、同第ＷＯ／２００６／０２０８９９号、同第ＷＯ／２００５／１１４２２２号、同第ＷＯ／２００５／００７８３６号、同第ＷＯ／２００４／０７６６３９号、同第ＷＯ／２００４／０５０７０４号および同第ＷＯ／２００１／０１４８８１号において開示されているマーカーを含む。
【０１４４】
本発明はまた、本発明の方法により同定されるマーカーのうちの少なくとも１または複数を検出するマーカー検出剤を含むキットも提供する。本発明はまた、対象における疾患または状態を処置または防止する方法であって、前記対象へと、活性もしくは発現をモジュレートするか、または本発明の方法により同定されるマーカーのうちの少なくとも１もしくは複数の機能を破壊する薬剤を投与するステップを含む方法も提供する。
【０１４５】
記載してきた本発明の実施形態は、本発明の原理の適用のうちのいくつかを例示するものであるに過ぎないことを理解されたい。当業者は、本発明の真の精神および範囲から逸脱しない限りにおいて、本明細書に示される教示に基づき、多数の改変を施すことができる。
【０１４６】
以下の実施例は、本発明を代表するものとして示される。本開示および付属の特許請求の範囲の視点から、これらの同等な実施形態および他の同等な実施形態が明らかとなるので、これらの実施例は、本発明の範囲を限定するものとしてはみなされないものとする。
【実施例】
【０１４７】
ＤＮＡ含量が２ｎの食細胞を非食細胞から分離し、発現プロファイルを分析するための代表的方法Ｉ
１．ＷＢＣ試料を含む血液試料を、血漿およびバフィーコートへと分離する。ＷＢＣ試料を受け入れるように、プレートをアビジンでコーティングする。
【０１４８】
２．非食作用性血液細胞（例えば、Ｔ細胞）に対するビオチン化された抗体を、ウェルへと添加し、ＲＴで３０分間にわたりインキュベートし、ウェルを洗浄する。
【０１４９】
３．磁気ビーズを添加する。
【０１５０】
４．ＷＢＣ血液試料を添加する。
【０１５１】
５．３７℃（３０分間〜１時間）でインキュベートする。
【０１５２】
６．食細胞によるビーズに対する食作用およびアビジン−ビオチン−抗体の非食細胞に対する結合の後、プレートを磁石の上に置き、洗浄する（磁気ビーズを内部化した食細胞および抗体に結合した非食細胞は滞留し、他の全ての細胞は、洗い流されることになる）。
【０１５３】
７．磁石を取り除き、食細胞を回収し、ＤＮＡが２ｎに等しい食細胞およびＤＮＡが２ｎを超える食細胞へと分離する。非食細胞およびＤＮＡが２ｎに等しい食細胞を、ＤＮＡが２ｎに等しい細胞と称する。
【０１５４】
（実施例２）
食細胞を非食細胞から分離するための代表的方法ＩＩ
１．ＷＢＣ試料を含む血液試料を、血漿およびバフィーコートへと分離する。
【０１５５】
２．スライドガラス上のＷＢＣをＣｙｔｏｓｐｉｎにかける。
【０１５６】
３．細胞をアセトン／メタノール中で固定する（−２０℃で５分間にわたり）。
【０１５７】
４．ヘマトキシリンエオシン染料および抗Ｔ細胞抗体で染色する。
【０１５８】
５．レーザー捕捉顕微鏡法（ＬＣＭ）を使用して、Ｔ細胞（非食作用性）およびマクロファージ（食作用性）を単離する。ＤＮＡが２ｎに等しい食細胞とＤＮＡが２ｎを超える食細胞へと分離する。非食細胞およびＤＮＡが２ｎに等しい食細胞を、ＤＮＡが２ｎに等しい細胞と称する。
【０１５９】
（実施例３）
食細胞を非食細胞から分離するための代表的方法ＩＩＩ
１．血漿を全血液から分離する。
【０１６０】
２．抗体とコンジュゲートさせた磁気ビーズを使用して、非食細胞（例えば、Ｔ細胞）および食細胞（例えば、好中球および／またはマクロファージおよび／または単球）を全血液から単離する。ＤＮＡが２ｎに等しい食細胞とＤＮＡが２ｎを超える食細胞へと分離する。非食細胞およびＤＮＡが２ｎに等しい食細胞を、ＤＮＡが２ｎに等しい細胞と称する。
（実施例４）
食細胞を非食細胞から分離し、発現プロファイルを分析するための代表的方法ＩＶ
【０１６１】
１．ＷＢＣ試料を含む血液試料を、血漿およびバフィーコートへと分離する。ＷＢＣを、特定の細胞部分集団（例えば、好中球、マクロファージ、単球、Ｔ細胞など）に対して特異的な蛍光抗体およびＤＮＡ染料（例えば、Ｈｏｅｃｈｓｔ  ３３３４２、ヨウ化プロピジウム）で染色する。
【０１６２】
２．細胞を分取する（例えば、ＦＡＣＳにより）。
【０１６３】
（実施例５）
発現プロファイルを分析するための代表的方法
１．対象から単離された無細胞体液、対象から単離された食細胞、対象から単離された＞２ｎ食細胞、対象から単離された循環小胞、および対象から単離された循環罹病細胞から選択される２つ以上の異なる成分を組み合わせることにより、組合せ試料を創出する。
【０１６４】
２．組合せ試料、ならびに対象から単離された＝２ｎ食細胞、対象から単離された非食細胞、および対象から単離された対照細胞から選択される成分を伴う対照試料からＲＮＡを単離する。ｃＤＮＡまたはｃＲＮＡを調製し、組合せ試料と対照試料との間で遺伝子プロファイルを差別化するのに使用する（例えば、がん遺伝子アレイ）。
【０１６５】
３．組合せ試料および対照試料からＤＮＡを単離する。ＤＮＡアレイを実行し、組合せ試料から得られるプロファイルと対照試料から得られるプロファイルとを比較する。
【０１６６】
４．組合せ試料および対照試料からタンパク質を単離する。ヒト腫瘍が過剰発現させる公知のタンパク質（例えば、前立腺がんにおけるＰＳＡおよびＰＳＭＡ；結腸がんにおけるＣＥＡ；および卵巣がんにおけるＣＡ１２５）に対する抗体を使用して、ウェスタンブロットを実行し、組合せ試料から得られるプロファイルと対照試料から得られるプロファイルとを比較する。
【０１６７】
５．組合せ試料および対照試料から脂質を単離する。例えば、ＨＰＬＣを使用して、組合せ試料と対照試料との間で脂質の量および質を比較する。
【０１６８】
（実施例６）
妊娠の一部は、胎児における遺伝子異常の存在により複雑化し、これらの異常を検出し特徴づけることが可能なアッセイの開発に、多大な臨床的関心の焦点が当てられてきた。最も一般的な問題には、染色体のうちの１または複数が正常を外れた量で存在する、染色体異数性の存在がある。異数性の発生は、母体の年齢に伴い頻度が増大し、１３、１８、および２１番染色体の二倍体数からの逸脱、または男性もしくは女性の胎児における異常数のＸ染色体を伴う、潜在的に存続可能な妊娠を包含する。これらの異数体状態の検出は、羊水穿刺または絨毛膜絨毛検査（ＣＶＳ）により回収される胎児細胞の直接的分析を介して、かつ、胎児ゲノムＤＮＡについての、従来の細胞遺伝学的核型分析またはアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧＨ）、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）またはシークエンシングを使用して行うことができるが、これらの手法は、胎児または母体の死亡の危険性、および細胞回収による外傷の帰結としての流産を伴う。加えて、これらの侵襲的な細胞回収手順は、妊娠第１三半期の後期に適用される場合に限り有効であり、危険性のある妊娠についての早期の良好な決定を可能とするためには、早期の遺伝子型決定が好ましい。
【０１６９】
侵襲的検査の死亡危険性を回避するために、母体血液中に低レベルで存在する、分解された胎児ゲノムＤＮＡであって、循環無細胞胎児ＤＮＡ（ｃｃｆｆ  ＤＮＡ）としてもまた公知である、胎児ゲノムＤＮＡの配列組成を分析することにより、胎児異数性を検出する非侵襲的手順が開発されている。しかし、これらの手順は、手順が依拠する観察可能なシグナルを増大させるのに、無傷母体ゲノムＤＮＡの、血液の細胞成分からの除外に依拠する。これに対し、他の方法では、細胞画分だけを使用するが、これらの方法は、高レベルの母体細胞汚染を有しうる（Bianchiら、Proc  Natl  Acad  Sci  USA.、８７巻（９号）：３２７９〜３２８３頁（１９９０年）；  Bianchiら、Am  J  Hum  Genet.、６１巻（４号）：８２２〜８２９頁（１９９７年））。
【０１７０】
上述の方法とは対照的に、かつ、本発明の方法の原理実証として、ｃｆｆｆ  ＤＮＡに依拠する手順および細胞画分単独に依拠する手順の効力を保有する例示的な方法が開発された。ここでの手法は、胎盤内および他の区画内の胎児細胞に対する食作用によりスカベンジングされる胎児ゲノムマーカーを含有することが予測される無細胞体液および食作用性血液細胞を明示的に含む。母体試料に存在する胎児ＤＮＡの証拠は、母体に存在せず、厳密な母体ＤＮＡ試料を、母体ＤＮＡと胎児ＤＮＡとの組合せ試料と比較する場合に新奇なＤＮＡ配列である、父体マーカーの存在により提供される。実際は、父体マーカーは、ヒトゲノムの選択されたセグメントであって、多型部位を含有するセグメント内のＤＮＡシークエンシング分析により見ることができる。多型部位は、一塩基多型（ＳＮＰ：ｓｉｎｇｌｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ）であることが多く、これにより対立遺伝子が識別される。この種のマーカーは、母体が、ＳＮＰ配列についてホモ接合性であり、父体が変異体ＳＮＰを胎児へと引き渡している場合にインフォマティブである。例えば、母体が、特定のＳＮＰ位置においてＡ／Ａヌクレオチドを保有し、父体がその同じＳＮＰ位置においてＧ／Ｇヌクレオチドを保有する場合、ＳＮＰのＧ対立遺伝子は、試料中の胎児ＤＮＡの相対量を示す比率で見出されるであろう。シークエンシング技法を使用すると、「Ａ」を保有する分子（母体由来の物質）の数を、「Ｇ」分子（胎児由来の物質）の数と比較することにより、胎児性物質の比率を計算することができる。この根本原理を使用して試料中の胎児ＤＮＡ量を計算するための例示的なアッセイは、例えば、それらの各々が参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、Chiuら、Proc  Natl  Acad  Sci  USA、１０５巻：２０４５８〜６３頁（２００８年）;  Ehrichら、Am  J  Obstet  Gynecol、２０４巻：２０５号、ｅ２０１〜２１１頁（２０１１年）；およびSehnertら、Clin  Chem、５７巻：１０４２〜９頁（２０１１年）において記載されている。６つ以上のインフォマティブＳＮＰを伴う組合せ試料中で胎児ＤＮＡの存在を正確に検出する信頼レベルが、９９．９％を超えたことを示す研究において、Tynanら（J  Mol  Diagn.、１３巻（４号）：３８２〜９頁（２０１１年））により例示されている通り、胎児ＤＮＡ量の計算は正確である。母体がホモ接合性である場合は、胎児画分が直接変異体画分として認められるのに対し、母体がヘテロ接合性である場合は、胎児の対立遺伝子画分が、母体へと付加され、胎児がホモ接合性である場合に観察される比を歪ませる可能性がある。示されるデータ中には、これらの場合が疑いなく存在するが、分析を簡略化するために分析しなかった。
【０１７１】
潜在的なインフォマティブＳＮＰのバイアスのないパネルを作成するために、全ての集団が、基準ＳＮＰと代替的ＳＮＰとを同様の比率で保有し、マイナー対立遺伝子頻度（ＭＡＦ：ｍｉｎｏｒ  ａｌｌｅｌｅ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ）が４０％を超えるような判断基準を選択した。これらの品質を有するＳＮＰのカタログは、市販されている（Durbinら、Nature、４６７巻（７３１９号）：１０６１〜１０７３頁（２０１０年）；およびMcVeanら、Nature、４９１巻：５６〜６５頁（２０１２年））。ＭＡＦとは、所与の遺伝子について最も希少な対立遺伝子が集団内で生じる頻度である。胎児画分中のヘテロ接合体を見い出す可能性を増大させるために、４０％を超える一方で、同時に、母体画分中に豊富なホモ接合体を有し、これにより、インフォマティブＳＮＰを見い出す可能性を増大させるＭＡＦを標的とした。１６７のマーカーによる初期のセットを分析のために選び出した。任意の母体−胎児組合せ試料（例えば、食細胞と組み合わせた無細胞体液）についての既往の分析に基づき、ＳＮＰパネルのうちの１０〜２０％は、インフォマティブであることが予測される。１６７のＳＮＰマーカーを含有し、部分的に分解されたＤＮＡからの増幅の可能性が最大となるような、小型の十分なサイズ（８０〜１２０ｂｐ）であるＰＣＲプライマーをデザインした。ＳＮＰのリストならびにそれらのゲノム参照およびそれらを増幅するのに使用されたプライマー配列を、表１に提示する。
【表１−１】
2015522260.tif 000003
【表１−２】
2015522260.tif 000004
【表１−３】
2015522260.tif 000005
【表１−４】
2015522260.tif 000006
【表１−５】
2015522260.tif 000007
【表１−６】
2015522260.tif 000008
【表１−７】
2015522260.tif 000009
【表１−８】
2015522260.tif 000010
【表１−９】
2015522260.tif 000011
【表１−１０】
2015522260.tif 000012
【表１−１１】
2015522260.tif 000013
【表１−１２】
2015522260.tif 000014
【表１−１３】
2015522260.tif 000015
【表１−１４】
2015522260.tif 000016
【表１−１５】
2015522260.tif 000017
【表１−１６】
2015522260.tif 000018
【表１−１７】
2015522260.tif 000019
【表１−１８】
2015522260.tif 000020
【表１−１９】
2015522260.tif 000021
【表１−２０】
2015522260.tif 000022
【表１−２１】
2015522260.tif 000023
【表１−２２】
2015522260.tif 000024
【表１−２３】
2015522260.tif 000025
【表１−２４】
2015522260.tif 000026
【０１７２】
それらを、試料量が限定的なマルチプレックス構成におけるＰＣＲにより増幅しうるように、プーリングに適合的であるようなプライマーをデザインした。大規模並列処理シークエンシングは、ＭＡＦが、組合せ試料中の胎児性物質の画分が、１％以下の場合でもなお、信頼できる形で検出されうるような、高度なリード深度をもたらす。
【０１７３】
１０ｍｌの末梢血液を、３例の妊婦ボランティア（第２期）の各々から、標準的なＥＤＴＡ血液回収試験管へと回収した。製造元の指示書に従い、ＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐ（商標）Ｈｕｍａｎ  Ｔ  Ｃｅｌｌ  Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ｃｏｃｋｔａｉｌ（Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ；１５０６１）およびＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐ（商標）Ｈｕｍａｎ  Ｍｏｎｏｃｙｔｅ  Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  Ｃｏｃｋｔａｉｌ（Ｓｔｅｍ  Ｃｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ；１５０６８）を使用して、Ｔ細胞リンパ球および単球を、５ｍｌずつの血液から単離した。血漿上清を、高速で１０分間ずつ２回にわたり、ペレットへと遠心分離し、残留細胞を除去し、ボランティア１例当たり２つずつの試料へと分けた。ＣＤ１４の発現により規定される１％の再懸濁させた単球を、血漿試料へと添加して、組合せ試料を創出する。単球をＣＤ１４の発現で規定することにより、細胞集団はまた、マクロファージおよび好中球など、他の食細胞もを含有することが可能となる。第２の血漿試料は、無細胞対照として使用した。ＤＮＡは、組合せ試料および無細胞対照試料からは、ＱＩＡａｍｐ  Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ；５５１１４）を使用して精製し、Ｔ細胞リンパ球からは、ＤＮｅａｓｙ  Ｂｌｏｏｄ  ＆  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ；６９５０６）を使用して精製した。Ｔ細胞リンパ球から精製されたＤＮＡ濃度は、Ｑｕｂｉｔ（登録商標）ｄｓＤＮＡ  ＢＲ  Ａｓｓａｙ  Ｋｉｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ；Ｑ３２８５３）を使用して測定した。ＤＮＡを抽出した後、表１に列挙したプライマーを使用して、ライブラリーの調製を実施し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ（商標）シークエンサー上で、大規模並列処理シークエンシングを実施した。
【０１７４】
実施される手順の概要は以下の通りである。
【０１７５】
２０ｍｌの血液を、３例の第２期の妊婦ボランティアの各々から、ＥＤＴＡ試験管内に集める。
【０１７６】
血液を、以下：ａ）５ｍＬのＲｏｓｅｔｔｅＳＥＰ  Ｔ細胞；ｂ）１０ｍｌのＲｏｓｅｔｔｅＳＥＰ単球；およびｃ）５ｍｌのＲｏｓｅｔｔｅＳＥＰ単球に従い、１５または５０ｍｌの円錐管へとピペッティングする。
【０１７７】
１０μｌの０．５Ｍ  ＥＤＴＡを、試験管ａ）およびｃ）へと添加し、２０ｕｌの０．５Ｍ  ＥＤＴＡを、試験管ｂ）へと添加する。
【０１７８】
２５０μｌのＡｂカクテル（ヒト細胞型を指向する抗体の混合物）を、試験管ａ）およびｃ）へと添加し、５００ｕｌのＡｂカクテルを、試験管ｂ）へと添加する。
【０１７９】
室温で１０分間にわたりインキュベートする。
【０１８０】
密度分離媒体を含有する等容量（元の試料と）のＳＥＰ緩衝液で希釈する。
【０１８１】
ＳｅｐＭａｔｅ試験管内の１５ｍｌのｆｉｃｏｌｌの上方に血液を積層させる。
【０１８２】
１２００×ｇで１０分間にわたりスピンする。
【０１８３】
上清を、未使用の５０ｍＬの円錐管３本へと注ぎ込む。１本の試験管を氷上に取り置き、１００％と表示する。
【０１８４】
残りの試験管２本において、５００×ｇで１０分間にわたり遠心分離することにより、細胞をペレット化する。
【０１８５】
上清を、未使用の５０ｍｌの円錐管へとデカントし、残りの試験管２本に由来する上清を、単一の試験管へと組み合わせ、血漿と表示する。
【０１８６】
Ｔ細胞ペレットを５ｍｌのＰＢＳ中に再懸濁させ、単球ペレットを、１０ｍｌのリン酸緩衝生理食塩液（ＰＢＳ）中に再懸濁させる。氷上に取り置く。
【０１８７】
血漿を最高速度で１０分間にわたりスピンして、残留細胞をペレット化する。
【０１８８】
上清を、未使用の５０ｍｌの試験管へとデカントし、最高速度で１０分間にわたりスピンを繰り返す。
【０１８９】
上清を、未使用の５０ｍｌの試験管へとデカントする。複数回にわたり倒立させることにより混合する。
【０１９０】
血漿上清を、各々５ｍｌずつ、５０ｍｌの試験管３本へと分ける。試験管を０％、１％、および５％と表示する。
【０１９１】
複数回にわたりボルテックスをかけ、倒立させることにより、単球を十分に混合する。５０μｌを１％の血漿試験管へとピペッティングし、２５０μｌを５％の血漿試験管へとピペッティングする。
【０１９２】
ｃｃｆｆキット（担体ＲＮＡを伴う）を使用して、以下の試料：１）１００％の単球；２）５％の単球；３）１％の単球；および４）０％の単球に対して、ＤＮＡの抽出を実施する。
【０１９３】
ＤＮｅａｓｙ  Ｂｌｏｏｄ  ＆  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ；６９５０６）を使用して、ペレット化された細胞の以下の試料：１）単球ペレットおよび２）Ｔ細胞ペレットについて、ＤＮＡの抽出を実施する。
【０１９４】
ＭＡＦマルチプレックスＰＣＲの単位複製配列を、以下の通りに作り出す。上記で記載したＭＡＦプライマーから、４８のマルチプレックスプライマープールを作り出す。プライマーを混合し、プール中に１μＭへと希釈する。ＰＣＲ条件を、Ａｃｃｅｓｓ  Ａｒｒａｙ（商標）Ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｕｓｅｒ  Ｇｕｉｄｅ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）から、下記で記載される通りに変更する。
【表４】
2015522260.tif 000027
【０１９５】
試料を、３８４ウェルヘッドを伴うＡＢＩ  ９７００サーモサイクラー上で、下記のサーモサイクルプロファイルにかける。
【表５】
2015522260.tif 000028
【０１９６】
試料に由来するマルチプレックス反応物を、単一の試験管へとプールし、ＰＣＲグレードの水中で１：１００に希釈する。Ａｃｃｅｓｓ  Ａｒｒａｙ（商標）Ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｕｓｅｒ  Ｇｕｉｄｅ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）に従い、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｂａｒｃｏｄｅインデックスを接合させる。
【表６】
2015522260.tif 000029
【０１９７】
試料を３連でバーコード処理し、それらを３×１５μＬでプールする。Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ  ＡｍＰｕｒｅ  ＸＰビーズを使用して、プールを、１：１のミックスで精製し、３０μＬ中に溶出させる。試料をＱｕｂｉｔ（登録商標）Ｆｌｕｏｒｏｍｅｔｒｉｃ  Ｑｕａｎｔｉｔｉａｔｉｏｎ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）により定量化し、２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）上で、プライマー二量体について点検する。シークエンシング調製物のために、試料を１０ｎＭの濃度へと標準化する。
【０１９８】
ライブラリーの精製および作製：Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ（商標）ｍａｎｕａｌ  ｆｏｒ  ｌｉｂｒａｒｙ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎに従い、プールされ、バーコード処理され、精製された試料を調製する。１０ｎＭの試料を、１０μＬで２ｎＭへと希釈し、１０μＬの０．２Ｎ  ＮａＯＨを添加する。試料を室温で５分間にわたりインキュベートし、９８０μＬのＨＴＩ緩衝液を添加して、２０ｐＭのライブラリーを作り出す。ライブラリーを、ＨＴＩ緩衝液中に１２．５ｐＭへとさらに希釈し、１％のｐｈｉＸスパイクをロードする。
【０１９９】
シークエンシング：６００μＬの各試料を、１２．５ｐＭで、Ａｃｃｅｓｓ  Ａｒｒａｙ（商標）Ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｕｓｅｒ  Ｇｕｉｄｅ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）に従い調製されたＦＬ１プライマーと共に、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ（商標）にかける。ＦＬ１プライマーを、５００ｎＭで、シークエンシングのためのＩｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ（商標）試薬カートリッジへとロードし、アダプタートリミングをアダプターリード２−ＴＧＴＡＧＡＡＣＣＡＴＧＴＣＧＴおよびアダプターリード１−ＡＧＡＣＣＡＡＧＴＣＴＣＴＧＣＴとする２×１５１のリードを使用して試料を分析する。
【０２００】
控えめな推定により、データは、インフォマティブな１６の組合せ試料特異的ＭＡＦ、すなわち、母体はホモ接合性であるが、胎児はヘテロ接合性であったＳＮＰを示す（図１、表２）。この値は、理論的な１０％（１６／１６７）の予測（Tynanら、J  Mol  Diagn.、１３巻（４号）：３８２〜９頁（２０１１年））に極めて近いことから、試料中の胎児性含量が確認される。また、１６のインフォマティブＭＡＦの存在も、Tynanら、J  Mol  Diagn.、１３巻（４号）：３８２〜９頁（２０１１年）において確立された９９．９％の信頼レベルを上回る。したがって、組合せ試料中の胎児ＤＮＡ量が確認された。図１および２は、母体試料中および組合せ試料中の各対立遺伝子のリードパーセントに対してプロットした、２つアッセイに由来する潜在的なインフォマティブ対立遺伝子を示す。インフォマティブＭＡＦの大まかな推定は、グラフの上部および下部における枠囲いされた区域により見ることができる。一般に、インフォマティブＭＡＦは、組合せ試料中の対立遺伝子が、メジャー頻度およびマイナー頻度を示す場合に認められる。これらの差異の有意性は、当技術分野で公知の多数の統計学的分析により決定する（例えば、平均値または他の統計学的測定値から５標準偏差の値）ことができる。図２は特に、５０％マークの近傍におけるデータの緊密なクラスタリングを示すことから、標準偏差の小ささが裏付けられる。さらに、図５は、無細胞体液またはＴ細胞試料単独（それぞれ、図３および４）と比較した場合の組合せ試料（無細胞体液に１％の単球を加えた）間のデータの改善を示す。図６および７は、インフォマティブマーカーだけを示すように簡略化されており、組合せ試料により、単球を伴わない無細胞体液試料より「クリーン」なデータがもたらされることを裏付ける。図８および９は、例示的なインフォマティブマーカーを示す。いずれの図も、基準対立遺伝子のリードが１００％であり、代替的対立遺伝子のリードが１００％である母体だけの試料、および代替的対立遺伝子のリードを含有する（かつ、必然的に、値が合計されて１００％となるように、基準対立遺伝子のリードが少ない）組合せ試料を描示する。これに対し、図１０に描示される例示的な非インフォマティブマーカーのリードは、母体だけの試料および組合せ試料のいずれにおいても、基準対立遺伝子が約５０％であり、代替的対立遺伝子が約５０％である。加えて、組合せ試料中の再現性は、対応する無細胞体液試料中の再現性より良好である（表３）。表３におけるアッセイ１とアッセイ２との間の差異は、アッセイ２では、性能の低いマーカーを除去し、アッセイ２ではまた、計算百分率（基準マーカーおよび代替的マーカーだけではなくて、ある位置における全てのベースコーリングを含む）による閾値効果に起因して、１つのマーカーの棄却も行ったためでありうる。
【０２０１】
無細胞循環ＤＮＡと母体ＤＮＡとの間には、定性的サイズの差異が存在することが提起されている（Fanら、Clin  Chem.、５６巻（８号）：１２７９〜８６頁（２０１０年））。このサイズの差異の性質は、ＤＮＡが産生される経路から生じうる。胎児循環無細胞ＤＮＡは、ほぼ遊離胎児細胞のアポトーシスだけを介して作り出され、アポトーシス小体内で保存されるヌクレオソームの長さで血漿に存在すると考えられる。これに対し、母体循環無細胞ＤＮＡは、アポトーシスおよび壊死のほか、自食作用および有糸分裂異変から産生される細胞の混合物である可能性が高い。高次のアポトーシス過程において産生されるＤＮＡは、他の細胞死経路において産生されるＤＮＡほど分解されない状態で存在しうる。非アポトーシス性細胞死において産生されるＤＮＡは、ＤＮＡを損傷させる反応性酸素分子種を含む、様々な有害細胞下成分へと曝露される。理論に束縛されることを望まずに述べると、母体循環無細胞ＤＮＡの相対的分解の増大は、循環無細胞ＤＮＡからの異数性の検出を目的とする増幅ベースのアッセイにおけるノイズに寄与しうる。したがって、無細胞体液、食細胞、循環小胞、および循環罹病細胞から選択される２つ以上の異なる成分の組合せを使用する方法は、高品質の母体ＤＮＡに寄与し、シグナルのばらつきを低減することが可能である。
【表２−１】
2015522260.tif 000030
【表２−１】
2015522260.tif 000031
【表３】
2015522260.tif 000032
【０２０２】
本明細書における原理実証は、例えば、胎児異数性の診断が、対象の染色体（例えば、２１番染色体）に照らして重みづけされたインフォマティブＭＡＦ  ＳＮＰの適切なパネルを選択し、リード深度の計算を介して胎児性含量を決定し、対照基準と比較することにより達成しうることを示す。
【図１】
2015522260.tif 000033
【図２】
2015522260.tif 000034
【図３】
2015522260.tif 000035
【図４】
2015522260.tif 000036
【図５】
2015522260.tif 000037
【図６】
2015522260.tif 000038
【図７】
2015522260.tif 000039
【図８】
2015522260.tif 000040
【図９】
2015522260.tif 000041
【図１０】
2015522260.tif 000042
【配列表】
2015522260000001.app
【手続補正書】
【提出日】平成27年2月13日(2015.2.13)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０００１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０００１】
先願の情報
本願は、２０１２年６月１５日に出願した米国仮出願第６１／６６０，４２７号による優先権を主張する。この出願の内容および開示は、その全体が参考として援用される。
配列表
本願は、ＥＦＳ−ＷｅｂによってＡＳＣＩＩ形式で提出された配列表であって、その全体が参考として援用される配列表を含む。このＡＳＣＩＩコピーは、２０１３年８月２３日に作成され、１０８０３４−００１５−ＷＯ１＿ＳＬ．ｔｘｔとの名称であり、サイズは７７，６０４バイトである。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１７１
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１７１】
潜在的なインフォマティブＳＮＰのバイアスのないパネルを作成するために、全ての集団が、基準ＳＮＰと代替的ＳＮＰとを同様の比率で保有し、マイナー対立遺伝子頻度（ＭＡＦ：ｍｉｎｏｒ  ａｌｌｅｌｅ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ）が４０％を超えるような判断基準を選択した。これらの品質を有するＳＮＰのカタログは、市販されている（Durbinら、Nature、４６７巻（７３１９号）：１０６１〜１０７３頁（２０１０年）；およびMcVeanら、Nature、４９１巻：５６〜６５頁（２０１２年））。ＭＡＦとは、所与の遺伝子について最も希少な対立遺伝子が集団内で生じる頻度である。胎児画分中のヘテロ接合体を見い出す可能性を増大させるために、４０％を超える一方で、同時に、母体画分中に豊富なホモ接合体を有し、これにより、インフォマティブＳＮＰを見い出す可能性を増大させるＭＡＦを標的とした。１６７のマーカーによる初期のセットを分析のために選び出した。任意の母体−胎児組合せ試料（例えば、食細胞と組み合わせた無細胞体液）についての既往の分析に基づき、ＳＮＰパネルのうちの１０〜２０％は、インフォマティブであることが予測される。１６７のＳＮＰマーカーを含有し、部分的に分解されたＤＮＡからの増幅の可能性が最大となるような、小型の十分なサイズ（８０〜１２０ｂｐ）であるＰＣＲプライマーをデザインした。ＳＮＰのリストならびにそれらのゲノム参照およびそれらを増幅するのに使用されたプライマー配列を、表１に提示する。
【表１−１】
2015522260.tif 000043
【表１−２】
2015522260.tif 000044
【表１−３】
2015522260.tif 000045
【表１−４】
2015522260.tif 000046
【表１−５】
2015522260.tif 000047
【表１−６】
2015522260.tif 000048
【表１−７】
2015522260.tif 000049
【表１−８】
2015522260.tif 000050
【表１−９】
2015522260.tif 000051
【表１−１０】
2015522260.tif 000052
【表１−１１】
2015522260.tif 000053
【表１−１２】
2015522260.tif 000054
【表１−１３】
2015522260.tif 000055
【表１−１４】
2015522260.tif 000056
【表１−１５】
2015522260.tif 000057
【表１−１６】
2015522260.tif 000058
【表１−１７】
2015522260.tif 000059
【表１−１８】
2015522260.tif 000060
【表１−１９】
2015522260.tif 000061
【表１−２０】
2015522260.tif 000062
【表１−２１】
2015522260.tif 000063
【表１−２２】
2015522260.tif 000064
【表１−２３】
2015522260.tif 000065
【表１−２４】
2015522260.tif 000066
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０１９９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０１９９】
シークエンシング：６００μＬの各試料を、１２．５ｐＭで、Ａｃｃｅｓｓ  Ａｒｒａｙ（商標）Ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍｓ  Ｕｓｅｒ  Ｇｕｉｄｅ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）に従い調製されたＦＬ１プライマーと共に、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ（商標）にかける。ＦＬ１プライマーを、５００ｎＭで、シークエンシングのためのＩｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ（商標）試薬カートリッジへとロードし、アダプタートリミングをアダプターリード２−ＴＧＴＡＧＡＡＣＣＡＴＧＴＣＧＴ（配列番号３３９）およびアダプターリード１−ＡＧＡＣＣＡＡＧＴＣＴＣＴＧＣＴ（配列番号３４０）とする２×１５１のリードを使用して試料を分析する。
【国際調査報告】
2015522260.tif 000067
2015522260.tif 000068
2015522260.tif 000069