(57)【要約】  本発明は、頭頸部癌患者の予後を判定する改良された方法に関する。本発明はまた、頭頸部癌の予後判定に有用な試薬を含むキットにも関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
頭頸部癌患者の予後を判定する方法であって、
（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、
（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、
（ｃ）前記患者サンプルの前記核ｐ１６発現レベルを対照サンプルの発現レベルと比較するステップと
を含み、前記核ｐ１６発現レベルが、前記頭頸部癌患者の前記予後の指標となる、方法。
【請求項２】
前記核ｐ１６発現レベルが低下し、前記低下が突然変異又はコピー数減少に起因する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＲＢ１及びｐ５３レベルを計測するステップを更に含む、請求項１に記載の方法であって、ＲＢ１又はｐ５３レベルの低下が核ｐ１６発現レベルの低下との組み合わせで予後不良を示す、方法。
【請求項４】
ＣＣＮＤ１レベルを計測するステップを更に含む、請求項１に記載の方法であって、ＣＣＮＤ１レベルの増加が予後不良の指標となる、方法。
【請求項５】
前記異型サブタイプに関連する発現レベルを計測するステップを更に含む、請求項１に記載の方法であって、前記異型サブタイプの発現が予後不良の指標となる、方法。
【請求項６】
細胞質ｐ１６発現レベルを計測するステップを更に含む、請求項１に記載の方法であって、前記核ｐ１６発現レベルが低下し、且つ前記細胞質ｐ１６レベルが上昇している場合、特に予後不良であることの指標となる、方法。
【請求項７】
前記核ｐ１６発現レベルがｍＲＮＡアッセイによって計測される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記核ｐ１６発現レベルがタンパク質アッセイによって計測される、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記核ｐ１６発現レベルが抗体を使用して計測される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記患者サンプルが生検サンプルである、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記生検サンプルがリンパ節生検サンプルである、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記頭頸部癌が扁平上皮癌（ＳＣＣ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記頭頸部癌が、下咽頭癌、声門喉頭癌、喉頭癌、口唇癌、鼻咽頭癌、口腔癌、唾液腺癌、副鼻腔癌、又は声門上喉頭癌である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
頭頸部癌患者の予後を判定する方法であって、
（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、
（ｂ）ＣＣＮＤ１レベルを計測するステップと、
（ｃ）前記患者サンプルの前記ＣＣＮＤ１レベルを対照サンプルのＣＣＮＤ１レベルと比較するステップと
を含み、前記ＣＣＮＤ１レベルが、前記頭頸部癌患者の前記予後の指標となる、方法。
【請求項１５】
固形腫瘍患者の予後を判定する方法であって、
（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、
（ｂ）ｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルを計測するステップと、
（ｃ）前記患者サンプルの前記ｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、前記ＣＣＮＤ１コピー数、並びに前記ｐ１６核タンパク質発現レベルを、対照サンプルに関連するｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルと比較するステップと
を含み、前記ｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、前記ＣＣＮＤ１コピー数、並びに前記ｐ１６核タンパク質発現レベルが、前記固形腫瘍患者の前記予後の指標となる、方法。
【請求項１６】
異型サブタイプに関連する遺伝子の発現を計測するステップを更に含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記固形腫瘍が上皮起源の固形腫瘍である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
前記固形腫瘍が扁平上皮癌又は黒色腫である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
頭頸部癌患者に適切な放射線及び／又は化学療法プロトコルを決定する方法であって、
（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、
（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、
（ｃ）前記患者サンプルの前記核ｐ１６発現レベルを対照サンプルに関連するレベルと比較するステップと
を含み、前記核ｐ１６発現レベルが、前記適切な放射線及び／又は化学療法プロトコルの指標となる、方法。
【請求項２０】
患者を頭頸部癌再発に関してモニタする方法であって、
（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、
（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、
（ｃ）前記患者サンプルの前記核ｐ１６発現レベルを対照サンプルに関連するレベルと比較するステップと
を含み、前記核ｐ１６発現レベルが、前記患者における頭頸部再発の指標となる、方法。
【請求項２１】
頭頸部癌患者に対する治療プロトコルの進行をモニタする方法であって、
（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、
（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、
（ｃ）前記患者サンプルの前記核ｐ１６発現レベルを対照サンプルに関連するレベルと比較するステップと
を含み、前記核ｐ１６発現レベルが、前記患者に対する前記治療の進行の指標となる、方法。
【請求項２２】
前記予後を判定する方法が参照検査室により実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記予後を判定する方法が院内病理検査室により実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記予後を判定する方法が医師により実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記核ｐ１６、ＲＢ１及びｐ５３発現レベルを解析するアルゴリズムを更に含む、請求項３に記載の方法。
【請求項２６】
治療レジメンに対する頭頸部癌患者を選択する方法であって、
（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、
（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、
（ｃ）前記患者サンプルの前記核ｐ１６発現レベルを対照サンプルの発現レベルと比較するステップであって、前記核ｐ１６発現レベルが、前記頭頸部癌治療レジメンの指標となるステップと、
（ｄ）それにより前記頭頸部癌治療レジメンに対する患者を選択するステップと
を含む方法。
【請求項２７】
治療レジメンに対する頭頸部癌患者を同定する方法であって、
（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、
（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、
（ｃ）前記患者サンプルの前記核ｐ１６発現レベルを対照サンプルの発現レベルと比較するステップであって、前記核ｐ１６発現レベルが、前記頭頸部癌治療レジメンの指標となるステップと、
（ｄ）それにより前記頭頸部癌治療レジメンに対する患者を同定するステップと
を含む方法。
【請求項２８】
頭頸部癌患者の予後判定用キットであって、
（ａ）核ｐ１６発現レベルを計測する手段と、
（ｂ）患者サンプルの前記核ｐ１６発現レベルと患者対照の核ｐ１６発現レベルとの比較に関する説明書と
を含み、核ｐ１６発現レベルの低下が、前記頭頸部癌患者の予後不良の指標となる、キット。
【請求項２９】
キットであって、
（ａ）試薬であって、
（ｉ）ｐ１６由来の核酸との特異的なハイブリダイズ能を有する核酸プローブと、
（ｉｉ）ｐ１６のＰＣＲ増幅能を有する一対の核酸プライマーと、
（ｉｉｉ）ｐ１６に特異的な抗体と
からなる群から選択される試薬と、
（ｂ）頭頸部癌患者の組織サンプルにおいて核ｐ６発現レベルを計測する際の使用説明書と
を含むキット。
【請求項３０】
頭頸部癌を予防又は治療する化合物を同定する方法であって、
（ａ）組織又は動物モデルを化合物に接触させるステップと、
（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、
（ｃ）前記動物モデルの前記核ｐ１６発現レベルを対照に関連するレベルと比較するステップ、及び前記化合物が細菌レベルに及ぼす機能的効果を決定するステップであって、それにより頭頸部癌を予防又は治療する化合物を同定するステップと
を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、２０１２年６月１８日に出願されたヘイズ（Ｈａｙｅｓ）ら、「頭頸部癌予後に関する方法（Ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ）」と題される代理人整理番号第ＵＮＣ１２００４ｕｓｖ号の米国仮特許出願第６１／６６１，０６０号明細書の利益を主張するものであり、この仮特許出願は、本明細書によって全体として参照により援用される。
【０００２】
連邦支援研究又は開発に関する記載事項
本発明は、米国国立衛生研究所から交付された補助金第Ｋ１２−ＲＲ−０２３２４８号に基づく連邦政府の支援を受けて行われた。連邦政府は本発明に一定の権利を有する。
【０００３】
１．発明の分野
本発明は、概して、頭頸部癌患者の予後を判定する改良された方法の発見に関する。本発明はまた、頭頸部癌の予後判定に有用な試薬を含むキットにも関する。
【背景技術】
【０００４】
２．発明の背景
２．１．ＨＰＶ及び頭頸部癌
頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）診断は癌全体の約３〜５パーセントを占め、米国における２０１０年の新症例数は４９，０００例、及び死亡数は１１，０００例と推定される（（非特許文献１）；（非特許文献２））。最近の疫学データが示唆するところによれば、往々にして非喫煙者及び非飲酒者である若年者で罹患率が高まりつつあり（（非特許文献３）；（非特許文献４）；（非特許文献５）；（非特許文献６）；（非特許文献７））、それは高頻度でヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染に起因する（（非特許文献８）；（非特許文献９）；（非特許文献１０）；（非特許文献１１）；（非特許文献１２）。ＨＰＶ陽性腫瘍は典型的には中咽頭に認められ、治療反応性がより高く（（非特許文献１３））、且つ疾患転帰がより良好である（（非特許文献１４）；（非特許文献１５））。この疾患の管理においては、患者のＨＰＶ状態に関する情報がますます大きな役割を果たすようになるという重要な見解の一致が存在する。
【０００５】
しかしながら、ＨＰＶ感染の文脈におけるリスク評価には、目下課題がある。その中で恐らく最も重要な課題は、感染の診断検査に限界があること、及び第二に、明らかでない理由により、喫煙がＨＰＶ関連癌患者において良好な転帰を損なうと見られることである。ＨＰＶのアッセイは２種類に大別される。第一の種類は、ポリメラーゼ連鎖反応、免疫組織化学（ＩＨＣ）、及びインサイチュハイブリダイゼーションを含めたウイルスそれ自体の検査である。或いは、ＨＰＶ状態は、概してＨＰＶ感染背景で高発現するｐ１６バイオマーカーによって間接的に評価することができる。ＨＰＶの直接検出は、その背景に応じて偽陽性及び偽陰性の両方を含めた様々な制約を被り、その理由については広くレビューされている（（非特許文献１６）；（非特許文献１７）；（非特許文献１８）；（非特許文献１９）；（非特許文献２０））。近年、大規模臨床試験では、中咽頭以外のほとんどの検査陽性が偽陽性であろうことを前提に、中咽頭においてのみＨＰＶを評価することを主として、この偽陽性の問題が取り組まれている。偽陰性の問題は、多くの場合に、ＨＰＶ感染と高度に相関するバイオマーカーｐ１６を加えることによって対処されており、これは、ＨＰＶインサイチュハイブリダイゼーションがｐ１６染色と比べて感度が低く、且つ特異性が高いという一般的な見解に基づいている（（非特許文献２１）；（非特許文献２２）；（非特許文献１９））。実際、最近の研究では、これら２つのバイオマーカー間の良好な相関が一貫して示されており、ほぼ全てのＨＰＶ陽性サンプルがｐ１６染色もまた示す（非特許文献２１）。しかしながら、興味深いことに、約２０％程度のｐ１６陽性ＨＰＶ陰性中咽頭腫瘍のパターンもまた一貫して存在する（非特許文献１４）。しかしながら、顕著なことに、ｐ１６陰性ＨＰＶ陽性腫瘍はまれである。最も一般的には、ｐ１６陽性ＨＰＶ陰性の例は、そのアッセイによって評価されないＨＰＶサブタイプの存在など、ＨＰＶ検査の失敗が原因であるとされている。この説明では、ＨＰＶ感染が概してまれなイベントとして分類されている中咽頭以外のＨＮＳＣＣでｐ１６陽性が高頻度にあるという事実に対処できない。興味深いことに、中咽頭の範囲内でのｐ１６陽性は、サンプルがＨＰＶも染色されるかどうかとは無関係に、少なくとも転帰良好の優れたマーカーであるものと見られる（（非特許文献１４）；（非特許文献２３））。しかし中咽頭以外では、ｐ１６が良好なマーカーとして報告されることはまれにしかない（非特許文献２４）。
【０００６】
腫瘍部位（中咽頭）及びバイオマーカーｐ１６及び／又はＨＰＶに関する複雑な話に加え、喫煙によってもリスクが変わるという点がある（非特許文献１４）。喫煙歴が長い患者ほど、バイオマーカー染色だけでは説明されない理由によって、非喫煙ＨＰＶ／ｐ１６陽性中咽頭例と比べて大幅に抑えられた良好な転帰を得るように見える。アン（Ａｎｇ）らは、喫煙歴陽性のＨＰＶ陽性患者が３年で死亡する可能性が少なくとも３０％であることを報告した（非特許文献１４）。ＨＰＶ陽性／ｐ１６陽性非喫煙患者の方が良好な転帰を得ることについては、ほぼ疑問の余地はない。しかしながら、喫煙率が高い又は中程度の患者集団では、ＨＰＶ状態以外にも患者の生存を評価することがなお有益である。
【０００７】
２．２．頭頸部癌分子サブタイプ
ＨＮＳＣＣに関連するリスク要因には、喫煙、アルコール摂取、まれな生殖系列癌症候群、及びヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染が含まれる。腫瘍部位、ＴＮＭステージ、及びＨＰＶ状態が、予後及び治療に関する患者集団の層別化において有用であるものの（非特許文献２５）、これらの因子のみに基づく患者転帰の特徴付けには重大な欠点が残る。例えば、ＨＰＶ＋患者はＨＰＶ−患者と比べて転帰が良好であることが広く認識されているが、例え軽度であれ喫煙歴があると、この有利な状況は大幅に弱まる（非特許文献２６）。加えて、ＨＰＶ−であり且つ少なくとも１つのリンパ節陽性を有する患者では、全疾患死亡率が５０％に迫る可能性があり、ここで順調に行く者を順調に行かない者と分ける信頼性のある生物学的リスク要因はほとんどない（非特許文献２７）。数多くの最近の研究結果からは、分子マーカーが従来の予後データを補完する有用な情報を提供することが示唆される。残念ながら、多数の推定マーカー及び概して小さいサンプルサイズが、この分野に、重点的に探究するのに最も関連性のあるパターンを同定するという課題をもたらしている。
【０００８】
本発明者らのグループが、特定の腫瘍群内で支配的なゲノムパターンの優先順位を決める手段として癌の分子サブタイプを示唆している（（非特許文献２８）、（非特許文献２９）、（非特許文献３０））。乳癌、リンパ腫、膠芽腫、肺癌などの遺伝子発現（ＧＥ）プロファイリングに主として基づく検証されたサブタイプが、幅広い関心を集めている（（非特許文献２８）、（非特許文献２９）、（非特許文献３０））。予備研究からは、かかる分子群が頭頸部癌にも認められることが示唆されており（非特許文献３１）、しかしながら確認試験は行われていない。ＨＮＳＣＣの調査を制限する一つの問題は、サブタイプの文脈で評価される細胞株が準備したモデル系を運ぶことができなかった点である。加えて、遺伝子発現パターンの特定の原因を示唆しようにも、根底にあるサブタイプ特異的ゲノム変化を裏付けるデータが未だ出てきていない。ＨＮＳＣＣサブタイプの１つについて臨床的有益性が示唆されたが、コホートが小さく、この結果は繰り返されていない。本発明者らの見解では、この複雑な一連の疾患を理解する為のモデルとしてＨＮＳＣＣサブタイプを進めるには、以下の進展が必要である。サブタイプは統計的に確認されることが示されなければならず、サブタイプの根底にあるゲノム変化が報告されなければならず、且つ少なくとも予備的なモデル系が示唆されなければならない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００９】
【特許文献１】米国特許第４，８４３，１５５号明細書
【特許文献２】米国特許第４，６８３，２０２号明細書
【特許文献３】米国特許第５，８５４，０３３号明細書
【特許文献４】米国特許第５，７７０，７２２号明細書
【特許文献５】米国特許第５，８７４，２１９号明細書
【特許文献６】米国特許第５，７４４，３０５号明細書
【特許文献７】米国特許第５，６７７，１９５号明細書
【特許文献８】米国特許第５，４４５，９３４号明細書
【特許文献９】米国特許第６，０４０，１３８号明細書
【特許文献１０】米国特許第５，８００，９９２号明細書
【特許文献１１】米国特許第６，０２０，１３５号明細書
【特許文献１２】米国特許第６，０３３，８６０号明細書
【特許文献１３】米国特許第６，３４４，３１６号明細書
【特許文献１４】米国特許第５，３８４，２６１号明細書
【特許文献１５】米国特許第５，７７０，３５８号明細書
【特許文献１６】米国特許第５，７８９，１６２号明細書
【特許文献１７】米国特許第５，７０８，１５３号明細書
【特許文献１８】米国特許第６，０４０，１９３号明細書
【特許文献１９】米国特許第５，８００，９９２号明細書
【特許文献２０】米国特許第５，８５６，１７４号明細書
【特許文献２１】米国特許第５，９２２，５９１号明細書
【特許文献２２】欧州特許第１４８８００８  Ｂ１号明細書（バーリン（Ｂｅｒｌｉｎ））
【特許文献２３】米国特許第７，９６０，１１２号明細書（ブディマン（Ｂｕｄｉｍａｎ）ら）
【特許文献２４】米国特許第７，６６６，５８９号明細書（レベンソン（Ｌｅｖｅｎｓｏｎ）及びガルテンハウス（Ｇａｒｔｅｎｈａｕｓ））
【特許文献２５】米国特許第７，６１１，８６９号明細書（ファン（Ｆａｎ））
【特許文献２６】米国特許第７，３６４，８５５号明細書（アンダーソン（Ａｎｄｅｒｓｏｎ）ら）
【特許文献２７】国際公開第２０１０／０８６３８９号パンフレット（ワインハウゼル（Ｗｅｉｎｈａｕｓｅｌ）ら）
【特許文献２８】国際公開第２００５／０７１１０６号パンフレット（バーリン（Ｂｅｒｌｉｎ））
【特許文献２９】国際公開第２００５／０３３３３２号パンフレット（ディストラー（Ｄｉｓｔｌｅｒ））
【特許文献３０】国際公開第２００３／０２３０６５号パンフレット（ワン（Ｗａｎｇ）ら）
【特許文献３１】国際公開第１９９７／０４６７０５号パンフレット（ハーマン（Ｈｅｒｍａｎ）及びベイリン（Ｂａｙｌｉｎ））
【特許文献３２】米国特許第７，０７４，５７８号明細書（クザリデス（Ｋｏｕｚａｒｉｄｅｓ）及びサントス・ロサ（Ｓａｎｔｏｓ−Ｒｏｓａ））
【特許文献３３】米国特許第７，０６５，２３６号明細書
【特許文献３４】米国特許第７，１３３，５４７号明細書
【非特許文献】
【００１０】
【非特許文献１】ジェマル，Ａ．（Ｊｅｍａｌ，Ａ．）、シーゲル，Ｒ．（Ｓｉｅｇｅｌ，Ｒ．）、スー，Ｊ．（Ｘｕ，Ｊ．）及びウォード，Ｅ．（Ｗａｒｄ，Ｅ．）著（２０１０年）、「２０１０年癌統計（Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ，２０１０）」、ＣＡキャンサー・ジャーナル・フォー・クリニシャンズ（ＣＡ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｌｉｎ）、％Ｒ  １０  ３３２２／ｃａａｃ．２００７３、ｃａａｃ．２００７３
【非特許文献２】米国国立癌研究所，Ｔ．（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｔ．）（２００５年）、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖ／ｃａｎｃｅｒｔｏｐｉｃｓ／ｆａｃｔｓｈｅｅｔ／ｓｉｔｅｓ−ｔｙｐｅｓ／ｈｅａｄ−ａｎｄ−ｎｅｃｋ
【非特許文献３】クラド，Ｍ．Ｐ．（Ｃｕｒａｄｏ，Ｍ．Ｐ．）及びハシベ，Ｍ．（Ｈａｓｈｉｂｅ，Ｍ．）著（２００９年）、「頭頸部癌の疫学における最近の変化（Ｒｅｃｅｎｔ  ｃｈａｎｇｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｃａｎｃｅｒ）」、カレント・オピニオン・イン・オンコロジー（Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｏｎｃｏｌ）、第２１巻、１９４〜２００頁
【非特許文献４】マルール，Ｓ．（Ｍａｒｕｒ，Ｓ．）、デスーザ，Ｇ．（Ｄ’Ｓｏｕｚａ，Ｇ．）、ウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）及びフォラスチエール，Ａ．Ａ．（Ｆｏｒａｓｔｉｅｒｅ，Ａ．Ａ．）著（２０１０年）、「ＨＰＶ関連頭頸部癌：ウイルス関連癌の流行（ＨＰＶ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｃａｎｃｅｒ：ａ  ｖｉｒｕｓ−ｒｅｌａｔｅｄ  ｃａｎｃｅｒ  ｅｐｉｄｅｍｉｃ）」、ランセット・オンコロジー（Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌ）
【非特許文献５】パテール，Ｓ．Ｃ．（Ｐａｔｅｌ，Ｓ．Ｃ．）、カーペンター，Ｗ．Ｒ．（Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ，Ｗ．Ｒ．）、タイリー，Ｓ．（Ｔｙｒｅｅ，Ｓ．）、クーチ，Ｍ．Ｅ．（Ｃｏｕｃｈ，Ｍ．Ｅ．）、ワイスラー，Ｍ．（Ｗｅｉｓｓｌｅｒ，Ｍ．）、ハックマン，Ｔ．（Ｈａｃｋｍａｎ，Ｔ．）、ヘイズ，Ｄ，Ｎ．（Ｈａｙｅｓ，Ｄ，Ｎ．）、ショアズ，Ｃ．（Ｓｈｏｒｅｓ，Ｃ．）及びチェラ，Ｂ．Ｓ．（Ｃｈｅｒａ，Ｂ．Ｓ．）著（２０１１年）、「１８〜４４歳の若年白人女性における舌扁平上皮癌発生率の上昇（Ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ  ｉｎｃｉｄｅｎｃｅ  ｏｆ  ｏｒａｌ  ｔｏｎｇｕｅ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｉｎ  ｙｏｕｎｇ  ｗｈｉｔｅ  ｗｏｍｅｎ，ａｇｅ  １８  ｔｏ  ４４  ｙｅａｒｓ）」、ジャーナル・オブ・クリニカル・オンコロジー（Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ）、第２９巻、１４８８〜９４頁
【非特許文献６】シャンツ，Ｓ．Ｐ．（Ｓｃｈａｎｔｚ，Ｓ．Ｐ．）及びユー，Ｇ．Ｐ．（Ｙｕ，Ｇ．Ｐ．）著（２００２年）、「若年米国人における頭頸部癌発生傾向、１９７３年〜１９９７年、舌癌の特殊解析付き（Ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｎｃｉｄｅｎｃｅ  ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  ｙｏｕｎｇ  Ａｍｅｒｉｃａｎｓ，１９７３−１９９７，ｗｉｔｈ  ａ  ｓｐｅｃｉａｌ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｆｏｒ  ｔｏｎｇｕｅ  ｃａｎｃｅｒ）」、アーカイブス・オブ・オトラリンゴロジー−ヘッド・アンド・ネック・サージェリー（Ａｒｃｈ  Ｏｔｏｌａｒｙｎｇｏｌ  ｈｅａｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｕｒｇ）、第１２８巻、２６８〜７４頁
【非特許文献７】シボスキ，Ｃ．Ｈ．（Ｓｈｉｂｏｓｋｉ，Ｃ．Ｈ．）、シュミット，Ｂ．Ｌ（Ｓｃｈｍｉｄｔ，Ｂ．Ｌ．）及びジョーダン，Ｒ．Ｃ．（Ｊｏｒｄａｎ，Ｒ．Ｃ．）著（２００５年）、「舌癌及び扁桃腺癌：米国２０〜４４歳人口における増加傾向（Ｔｏｎｇｕｅ  ａｎｄ  ｔｏｎｓｉｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ：ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ  ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｕ．Ｓ．ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ａｇｅｓ  ２０−４４  ｙｅａｒｓ）」、キャンサー（Ｃａｎｃｅｒ）、第１０３巻、１８４３〜９頁
【非特許文献８】チャトゥールベディ，Ａ．Ｋ．（Ｃｈａｔｕｒｖｅｄｉ，Ａ．Ｋ．）、エンゲルス，Ｅ．Ａ．（Ｅｎｇｅｌｓ，Ｅ．Ａ．）、プファイファー，Ｒ．Ｍ．（Ｐｆｅｉｆｆｅｒ，Ｒ．Ｍ．）、エルナンデス，Ｂ．Ｙ．（Ｈｅｒｎａｎｄｅｚ，Ｂ．Ｙ．）、シャオ，Ｗ．（Ｘｉａｏ，Ｗ．）、キム，Ｅ．（Ｋｉｍ，Ｅ．）、ジャン，Ｂ．（Ｊｉａｎｇ，Ｂ．）、グッドマン，Ｍ．Ｔ．（Ｇｏｏｄｍａｎ，Ｍ．Ｔ．）、シバグ・サベル，Ｍ．（Ｓｉｂｕｇ−Ｓａｂｅｒ，Ｍ．）、コゼン，Ｗ．（Ｃｏｚｅｎ，Ｗ．）、リュー，Ｌ．（Ｌｉｕ，Ｌ．）、リンチ，Ｃ．Ｆ．（Ｌｙｎｃｈ，Ｃ．Ｆ．）、ウェンツェンゼン，Ｎ．（Ｗｅｎｔｚｅｎｓｅｎ，Ｎ．）、ジョーダン，Ｒ．Ｃ．（Ｊｏｒｄａｎ，Ｒ．Ｃ．）、アルテクルス，Ｓ．（Ａｌｔｅｋｒｕｓｅ，Ｓ．）、アンダーソン，Ｗ．Ｆ．（Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ｗ．Ｆ．）、ローゼンバーグ，Ｐ．Ｓ．（Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ，Ｐ．Ｓ．）及びギリソン，Ｍ．Ｌ．（Ｇｉｌｌｉｓｏｎ，Ｍ．Ｌ．）著（２０１１年）、「ヒトパピローマウイルス及び米国における中咽頭癌発生率の上昇（Ｈｕｍａｎ  Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ａｎｄ  Ｒｉｓｉｎｇ  Ｏｒｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｃｉｄｅｎｃｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ）」、ジャーナル・オブ・クリニカル・オンコロジー（Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ）
【非特許文献９】ダールストランド，Ｈ．（Ｄａｈｌｓｔｒａｎｄ，Ｈ．）、ダールグレン，Ｌ．（Ｄａｈｌｇｒｅｎ，Ｌ．）、リンドキスト，Ｄ．（Ｌｉｎｄｑｕｉｓｔ，Ｄ．）、ムンク−ビークランド，Ｅ．（Ｍｕｎｃｋ−Ｗｉｋｌａｎｄ，Ｅ．）及びダリアニス，Ｔ．（Ｄａｌｉａｎｉｓ，Ｔ．）著（２００４年）、「扁桃癌におけるヒトパピローマウイルスの存在は臨床転帰の予後良好因子である（Ｐｒｅｓｅｎｃｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ｉｎ  ｔｏｎｓｉｌｌａｒ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｓ  ａ  ｆａｖｏｕｒａｂｌｅ  ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  ｆａｃｔｏｒ  ｆｏｒ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｏｕｔｃｏｍｅ）」、アンチキャンサー・リサーチ（Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第２４巻、１８２９〜３５頁
【非特許文献１０】エル・モフティ，Ｓ．Ｋ．（Ｅｌ−Ｍｏｆｔｙ，Ｓ．Ｋ．）及びルー，Ｄ．Ｗ．（Ｌｕ，Ｄ．Ｗ．）著（２００３年）、「若年患者の口腔でなく口蓋扁桃の扁平上皮癌におけるヒトパピローマウイルス１６型  ＤＮＡの有病率：特徴的な臨床病理学的及び分子病実体（Ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅ  １６  ＤＮＡ  ｉｎ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｐａｌａｔｉｎｅ  ｔｏｎｓｉｌ，ａｎｄ  ｎｏｔ  ｔｈｅ  ｏｒａｌ  ｃａｖｉｔｙ，ｉｎ  ｙｏｕｎｇ  ｐａｔｉｅｎｔｓ：ａ  ｄｉｓｔｉｎｃｔ  ｃｌｉｎｉｃｏｐａｔｈｏｌｏｇｉｃ  ａｎｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｅｎｔｉｔｙ）」、アメリカン・ジャーナル・オブ・サージカル・パソロジー（Ａｍ  Ｊ  Ｓｕｒｇ  Ｐａｔｈｏｌ）、第２７巻、１４６３〜７０頁
【非特許文献１１】フランチェスキ，Ｓ．（Ｆｒａｎｃｅｓｃｈｉ，Ｓ．）、ムニョス，Ｎ．（Ｍｕｎｏｚ，Ｎ．）、ボッシュ，Ｘ，Ｆ．（Ｂｏｓｃｈ，Ｘ，Ｆ．）、スナイデルス，Ｐ．Ｊ．（Ｓｎｉｊｄｅｒｓ，Ｐ．Ｊ．）及びウォルブーマーズ，Ｊ．Ｍ．（Ｗａｌｂｏｏｍｅｒｓ，Ｊ．Ｍ．）著（１９９６年）、「ヒトパピローマウイルス及び上気道消化管癌：疫学的及び実験的エビデンスのレビュー（Ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ａｎｄ  ｃａｎｃｅｒｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｕｐｐｅｒ  ａｅｒｏｄｉｇｅｓｔｉｖｅ  ｔｒａｃｔ：ａ  ｒｅｖｉｅｗ  ｏｆ  ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ａｎｄ  ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ｅｖｉｄｅｎｃｅ）」、キャンサー・エピデミオロジー、バイオマーカーズ・アンド・プリベンション（Ｃａｎｃｅｒ  Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ  Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ  Ｐｒｅｖ）、第５巻、５６７〜７５頁
【非特許文献１２】ファーニス，Ｃ．Ｓ．（Ｆｕｒｎｉｓｓ，Ｃ．Ｓ．）、マクレーン，Ｍ．Ｄ．（ＭｃＣｌｅａｎ，Ｍ．Ｄ．）、スミス，Ｊ．Ｆ．（Ｓｍｉｔｈ，Ｊ．Ｆ．）、ブライアン，Ｊ．（Ｂｒｙａｎ，Ｊ．）、Ｎｅｌｓｏｎ，Ｈ．Ｈ．（Ｎｅｌｓｏｎ，Ｈ．Ｈ．）、ピータース，Ｅ．Ｓ．（Ｐｅｔｅｒｓ，Ｅ．Ｓ．）、ポスナー，Ｍ．Ｒ．（Ｐｏｓｎｅｒ，Ｍ．Ｒ．）、クラーク，Ｊ．Ｒ．（Ｃｌａｒｋ，Ｊ．Ｒ．）、エイサン，Ｅ．Ａ．（Ｅｉｓｅｎ，Ｅ．Ａ．）及びケルシー，Ｋ．Ｔ．（Ｋｅｌｓｅｙ，Ｋ．Ｔ．）著（２００７年）、「ヒトパピローマウイルス１６型及び頭頸部扁平上皮癌（Ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  １６  ａｎｄ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）」、インターナショナル・ジャーナル・オブ・キャンサー（Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ）、第１２０巻、２３８６〜９２頁
【非特許文献１３】ファフリー，Ｃ．（Ｆａｋｈｒｙ，Ｃ．）、ウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）、リー，Ｓ．（Ｌｉ，Ｓ．）、チュメラーク，Ａ．（Ｃｍｅｌａｋ，Ａ．）、リッジ，Ｊ．Ａ．（Ｒｉｄｇｅ，Ｊ．Ａ．）、ピント，Ｈ．（Ｐｉｎｔｏ，Ｈ．）、フォラスチエール，Ａ．（Ｆｏｒａｓｔｉｅｒｅ，Ａ．）及びギリソン，Ｍ．Ｌ．（Ｇｉｌｌｉｓｏｎ，Ｍ．Ｌ．）著（２００８年）、「前向き臨床試験におけるヒトパピローマウイルス陽性頭頸部扁平上皮癌患者の生存の改善（Ｉｍｐｒｏｖｅｄ  ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｏｆ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ−ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｉｎ  ａ  ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｔｒｉａｌ）」、ジャーナル・オブ・ザ・ナショナル・キャンサー・インスティテュート（Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ）、第１００巻、２６１〜９頁
【非特許文献１４】アン，Ｋ．Ｋ．（Ａｎｇ，Ｋ．Ｋ．）、ハリス，Ｊ．（Ｈａｒｒｉｓ，Ｊ．）、ウィーラー，Ｒ．（Ｗｈｅｅｌｅｒ，Ｒ．）、ウェーバー，Ｒ．（Ｗｅｂｅｒ，Ｒ．）、ローゼンタール，Ｄ．Ｉ．（Ｒｏｓｅｎｔｈａｌ，Ｄ．Ｉ．）、グエン・タン，Ｐ．Ｆ．（Ｎｇｕｙｅｎ−Ｔａｎ，Ｐ．Ｆ．）、ウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）、チャン，Ｃ．Ｈ．（Ｃｈｕｎｇ，Ｃ．Ｈ．）、ジョーダン，Ｒ．Ｃ．（Ｊｏｒｄａｎ，Ｒ．Ｃ．）、ルー，Ｃ．（Ｌｕ，Ｃ．）、キム，Ｈ．（Ｋｉｍ，Ｈ．）、アクセルロッド，Ｒ．（Ａｘｅｌｒｏｄ，Ｒ．）、シルバーマン，Ｃ．Ｃ．（Ｓｉｌｖｅｒｍａｎ，Ｃ．Ｃ．）、レドモンド，Ｋ．Ｐ．（Ｒｅｄｍｏｎｄ，Ｋ．Ｐ．）及びギリソン，Ｍ．Ｌ．（Ｇｉｌｌｉｓｏｎ，Ｍ．Ｌ．）著（２０１０年）、「ヒトパピローマウイルス及び中咽頭癌患者の生存（Ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ａｎｄ  ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｏｆ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｏｒｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌ  ｃａｎｃｅｒ）」、ニューイングランド・ジャーナル・オブ・メディシン（Ｎ  Ｅｎｇｌ．Ｊ  Ｍｅｄ）、第３６３巻、２４〜３５頁
【非特許文献１５】ハフカンプ，Ｈ．Ｃ．（Ｈａｆｋａｍｐ，Ｈ．Ｃ．）、マンニ，Ｊ．Ｊ．（Ｍａｎｎｉ，Ｊ．Ｊ．）、ヘセボエツ，Ａ．（Ｈａｅｓｅｖｏｅｔｓ，Ａ．）、フォーフト，Ａ．Ｃ．（Ｖｏｏｇｄ，Ａ．Ｃ．）、シェパース，Ｍ．（Ｓｃｈｅｐｅｒｓ，Ｍ．）、ボット，Ｆ．Ｊ．（Ｂｏｔ，Ｆ．Ｊ．）、ホップマン，Ａ．Ｈ．（Ｈｏｐｍａｎ，Ａ．Ｈ．）、ラマエカース，Ｆ．Ｃ．（Ｒａｍａｅｋｅｒｓ，Ｆ．Ｃ．）及びスピール，Ｅ．Ｊ．（Ｓｐｅｅｌ，Ｅ．Ｊ．）著（２００８年）、「ＨＰＶ１６型関連扁桃癌腫を有する喫煙者と非喫煙者の生存率の顕著な差（Ｍａｒｋｅｄ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ  ｉｎ  ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｒａｔｅ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｓｍｏｋｅｒｓ  ａｎｄ  ｎｏｎｓｍｏｋｅｒｓ  ｗｉｔｈ  ＨＰＶ  １６−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｔｏｎｓｉｌｌａｒ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ）」、インターナショナル・ジャーナル・オブ・キャンサー（Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ）、第１２２巻、２６５６〜６４頁
【非特許文献１６】ギリソン，Ｍ．Ｌ．（Ｇｉｌｌｉｓｏｎ，Ｍ．Ｌ．）、コッホ，Ｗ．Ｍ．（Ｋｏｃｈ，Ｗ．Ｍ．）、カポネ，Ｒ．Ｂ．（Ｃａｐｏｎｅ，Ｒ．Ｂ．）、スパフォード，Ｍ．（Ｓｐａｆｆｏｒｄ，Ｍ．）、ウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）、ウー，Ｌ．（Ｗｕ，Ｌ．）、ザフラク，Ｍ．Ｌ．（Ｚａｈｕｒａｋ，Ｍ．Ｌ．）、ダニエル，Ｒ．Ｗ．（Ｄａｎｉｅｌ，Ｒ．Ｗ．）、ビグリオーネ，Ｍ．（Ｖｉｇｌｉｏｎｅ，Ｍ．）、サイマー，Ｄ．Ｅ．（Ｓｙｍｅｒ，Ｄ．Ｅ．）、シャー，Ｋ．Ｖ．（Ｓｈａｈ，Ｋ．Ｖ．）及びシドランスキー，Ｄ．（Ｓｉｄｒａｎｓｋｙ，Ｄ．）著（２０００年）、「ヒトパピローマウイルスと頭頸部癌サブセットの間の因果関係のエビデンス（Ｅｖｉｄｅｎｃｅ  ｆｏｒ  ａ  ｃａｕｓａｌ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ａｎｄ  ａ  ｓｕｂｓｅｔ  ｏｆ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｃａｎｃｅｒｓ）」、ジャーナル・オブ・ザ・ナショナル・キャンサー・インスティテュート（Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ）、第９２巻、７０９〜２０頁
【非特許文献１７】ハ，Ｐ．Ｋ．（Ｈａ，Ｐ．Ｋ．）、パイ，Ｓ．Ｉ．（Ｐａｉ，Ｓ．Ｉ．）、ウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）、ギリソン，Ｍ．Ｌ．（Ｇｉｌｌｉｓｏｎ，Ｍ．Ｌ．）、トン，Ｂ．Ｃ．（Ｔｏｎｇ，Ｂ．Ｃ．）、シドランスキー，Ｄ．（Ｓｉｄｒａｎｓｋｙ，Ｄ．）及びカリファノ，Ｊ．Ａ．（Ｃａｌｉｆａｎｏ，Ｊ．Ａ．）著（２００２年）、「リアルタイム定量ＰＣＲは、口腔の前癌病変及び悪性病変におけるヒトパピローマウイルス１６型の低い有病率を実証する（Ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ＰＣＲ  ｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｓ  ｌｏｗ  ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ｔｙｐｅ  １６  ｉｎ  ｐｒｅｍａｌｉｇｎａｎｔ  ａｎｄ  ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｌｅｓｉｏｎｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｏｒａｌ  ｃａｖｉｔｙ）」、クリニカル・キャンサー・リサーチ（Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第８巻、１２０３〜９頁
【非特許文献１８】シュロイヤー，Ｋ．Ｒ．（Ｓｈｒｏｙｅｒ，Ｋ．Ｒ．）及びグリア，Ｒ．Ｏ．，Ｊｒ．（Ｇｒｅｅｒ，Ｒ．Ｏ．，Ｊｒ．）著（１９９１年）、「前癌性及び悪性口腔病変におけるインサイチュＤＮＡハイブリダイゼーション及びポリメラーゼ連鎖反応によるヒトパピローマウイルスＤＮＡの検出（Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ＤＮＡ  ｂｙ  ｉｎ  ｓｉｔｕ  ＤＮＡ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ  ｉｎ  ｐｒｅｍａｌｉｇｎａｎｔ  ａｎｄ  ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｏｒａｌ  ｌｅｓｉｏｎｓ）」、オーラル・サージェリー、オーラル・メディシン、オーラル・パソロジー（Ｏｒａｌ  Ｓｕｒｇ  Ｏｒａｌ  Ｍｅｄ  Ｏｒａｌ  Ｐａｔｈｏｌ）、第７１巻、７０８〜１３頁
【非特許文献１９】スティーブンス，Ｔ．Ｍ．（Ｓｔｅｖｅｎｓ，Ｔ．Ｍ．）、コーロン，Ｓ．Ｋ．（Ｃａｕｇｈｒｏｎ，Ｓ．Ｋ．）、ダン，Ｓ．Ｔ．（Ｄｕｎｎ，Ｓ．Ｔ．）、クネジェチェク，Ｊ．（Ｋｎｅｚｅｔｉｃ，Ｊ．）及びガタリカ，Ｚ．（Ｇａａｔａｌｉｃａ，Ｚ．）著（２０１１年）、「頭頸部扁平上皮癌における高リスクＨＰＶの検出：発色インサイチュハイブリダイゼーション法及びリバースラインブロット法の比較（Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｈｉｇｈ−Ｒｉｓｋ  ＨＰＶ  ｉｎ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ：Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ  Ｉｎ  Ｓｉｔｕ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ａ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｌｉｎｅ  Ｂｌｏｔ  Ｍｅｔｈｏｄ）」、アプライド・イムノヒストケミストリー・アンド・モレキュラー・モルホロジー（Ａｐｐｌ  Ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍ  Ｍｏｌ  Ｍｏｒｐｈｏｌ）
【非特許文献２０】テルミン，Ｎ．（Ｔｅｒｍｉｎｅ，Ｎ．）、パンツァレッラ，Ｖ．（Ｐａｎｚａｒｅｌｌａ，Ｖ．）、ファラスキーニ，Ｓ．（Ｆａｌａｓｃｈｉｎｉ，Ｓ．）、ルッソ，Ａ．（Ｒｕｓｓｏ，Ａ．）、マトランガ，Ｄ．（Ｍａｔｒａｎｇａ，Ｄ．）、ロー・ムツィオ，Ｌ．（Ｌｏ  Ｍｕｚｉｏ，Ｌ．）及びカンピージ，Ｇ．（Ｃａｍｐｉｓｉ，Ｇ．）著（２００８年）、「口腔扁平上皮癌と頭頸部扁平上皮癌の生検中ＨＰＶ比較：メタ分析（１９８８年〜２００７年）（ＨＰＶ  ｉｎ  ｏｒａｌ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｖｓ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｂｉｏｐｓｉｅｓ：ａ  ｍｅｔａ−ａｎａｌｙｓｉｓ（１９８８−２００７））」、アナルズ・オブ・オンコロジー（Ａｎｎ  Ｏｎｃｏｌ）、第１９巻、１６８１〜９０頁
【非特許文献２１】ベゴム，Ｓ．（Ｂｅｇｕｍ，Ｓ．）、ギリソン，Ｍ．Ｌ．（Ｇｉｌｌｉｓｏｎ，Ｍ．Ｌ．）、ニコル，Ｔ．Ｌ．（Ｎｉｃｏｌ，Ｔ．Ｌ．）及びウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）著（２００７年）、「転移性頭頸部扁平上皮癌患者における腫瘍起源を決定する為の細針吸引液におけるヒトパピローマウイルス１６型の検出（Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ−１６  ｉｎ  ｆｉｎｅ−ｎｅｅｄｌｅ  ａｓｐｉｒａｔｅｓ  ｔｏ  ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ  ｔｕｍｏｒ  ｏｒｉｇｉｎ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ）」、クリニカル・キャンサー・リサーチ（Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第１３巻、１１８６〜９１頁
【非特許文献２２】シャッヘ，Ａ．Ｇ．（Ｓｃｈａｃｈｅ，Ａ．Ｇ．）、リログロウ，Ｔ．（Ｌｉｌｏｇｌｏｕ，Ｔ．）、リスク，Ｊ．Ｍ．（Ｒｉｓｋ，Ｊ．Ｍ．）、フィリア，Ａ．（Ｆｉｌｉａ，Ａ．）、ジョーンズ，Ｔ．Ｍ．（Ｊｏｎｅｓ，Ｔ．Ｍ．）、シェアド，Ｊ．（Ｓｈｅａｒｄ，Ｊ．）、ウールガー，Ｊ．Ａ．（Ｗｏｏｌｇａｒ，Ｊ．Ａ．）、ヘリウェル，Ｔ．Ｒ．（Ｈｅｌｌｉｗｅｌｌ，Ｔ．Ｒ．）、トリアンタフィルー，Ａ．（Ｔｒｉａｎｔａｆｙｌｌｏｕ，Ａ．）、ロビンソン，Ｍ．（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，Ｍ．）、スローン，Ｐ．（Ｓｌｏａｎ，Ｐ．）、ハーベイ・ウッドワース，Ｃ．（Ｈａｒｖｅｙ−Ｗｏｏｄｗｏｒｔｈ，Ｃ．）、シソン，Ｄ．（Ｓｉｓｓｏｎ，Ｄ．）及びショー，Ｒ．Ｊ．（Ｓｈａｗ，Ｒ．Ｊ．）著（２０１１年）、「中咽頭扁平上皮癌におけるヒトパピローマウイルス診断検査の評価：感度、特異性、及び予後判別（Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａ  ｖｉｒｕｓ  ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  ｔｅｓｔｉｎｇ  ｉｎ  ｏｒｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ：ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ，ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ，ａｎｄ  ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｏｎ）」、クリニカル・キャンサー・リサーチ（Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第１７巻、６２６２〜７１頁
【非特許文献２３】ライマース，Ｎ．（Ｒｅｉｍｅｒｓ，Ｎ．）、カスパー，Ｈ，Ｕ．（Ｋａｓｐｅｒ，Ｈ，Ｕ．）、ワイセンボルン，Ｓ．Ｊ．（Ｗｅｉｓｓｅｎｂｏｒｎ，Ｓ．Ｊ．）、シュトゥッツァー，Ｈ．（Ｓｔｕｔｚｅｒ，Ｈ．）、プロイス，Ｓ．Ｆ．（Ｐｒｅｕｓｓ，Ｓ．Ｆ．）、ホフマン，Ｔ．Ｋ．（Ｈｏｆｆｍａｎｎ，Ｔ．Ｋ．）、スピール，Ｅ．Ｊ．（Ｓｐｅｅｌ，Ｅ．Ｊ．）、ディーンズ，Ｈ．Ｐ．（Ｄｉｅｎｅｓ，Ｈ．Ｐ．）、フィスター，Ｈ．Ｊ．（Ｐｆｉｓｔｅｒ，Ｈ．Ｊ．）、グンティナス・リヒウス，Ｏ．（Ｇｕｎｔｉｎａｓ−Ｌｉｃｈｉｕｓ，Ｏ．）及びクルスマン，Ｊ．Ｐ．（Ｋｌｕｓｓｍａｎｎ，Ｊ．Ｐ．）著（２００７年）、「中咽頭癌の予後を予測するＨＰＶ−ＤＮＡ、ｐ１６及びＥＧＦＲ発現の複合解析（Ｃｏｍｂｉｎｅｄ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ＨＰＶ−ＤＮＡ，ｐ１６  ａｎｄ  ＥＧＦＲ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｔｏ  ｐｒｅｄｉｃｔ  ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ  ｉｎ  ｏｒｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌ  ｃａｎｃｅｒ）」、インターナショナル・ジャーナル・オブ・キャンサー（Ｉｎｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ）、第１２０巻、１７３１〜８頁
【非特許文献２４】ハリス，Ｓ．Ｌ．（Ｈａｒｒｉｓ，Ｓ．Ｌ．）、ソーン，Ｌ．Ｂ．（Ｔｈｏｒｎｅ，Ｌ．Ｂ．）、シーマン，Ｗ．Ｔ．（Ｓｅａｍａｎ，Ｗ．Ｔ．）、ニール・ヘイズ，Ｄ．（Ｎｅｉｌ  Ｈａｙｅｓ，Ｄ．）、クーチ，Ｍ．Ｅ．（Ｃｏｕｃｈ，Ｍ．Ｅ．）及びキンプル，Ｒ．Ｊ．（Ｋｉｍｐｌｅ，Ｒ．Ｊ．）著（２０１０ｂ年）、「若年舌扁平上皮癌患者におけるｐ１６（ＩＮＫ４ａ）過剰発現と転帰改善の関連性（Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐ１６（ＩＮＫ４ａ）ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｉｍｐｒｏｖｅｄ  ｏｕｔｃｏｍｅｓ  ｉｎ  ｙｏｕｎｇ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｎｃｅｒｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｏｒａｌ  ｔｏｎｇｕｅ）」、ヘッド・アンド・ネック（Ｈｅａｄ  Ｎｅｃｋ）
【非特許文献２５】（２）Ｈ．メハンナ（Ｈ．Ｍｅｈａｎｎａ）、Ｃ．Ｍ．Ｌ．ウェスト（Ｃ．Ｍ．Ｌ．Ｗｅｓｔ）、Ｃ．ナッティング（Ｃ．Ｎｕｔｔｉｎｇ）、Ｖ．パレリ（Ｖ．Ｐａｌｅｒｉ）著、「頭頸部癌−第２部：治療及び予後因子（Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｃａｎｃｅｒ−Ｐａｒｔ  ２：Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ａｎｄ  Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  Ｆａｃｔｏｒｓ）」、ブリティッシュ・メディカル・ジャーナル（Ｂｒｉｔ．Ｍｅｄ．Ｊ．）、第３４１巻、ｃ４６９０頁（２０１０年）
【非特許文献２６】（３）アン，Ｋ．Ｋ．（Ａｎｇ，Ｋ．Ｋ．）、ハリス，Ｊ．（Ｈａｒｒｉｓ，Ｊ．）、ウィーラー，Ｒ．（Ｗｈｅｅｌｅｒ，Ｒ．）、ウェーバー，Ｒ．（Ｗｅｂｅｒ，Ｒ．）、ローゼンタール，Ｄ．Ｉ．（Ｒｏｓｅｎｔｈａｌ，Ｄ．Ｉ．）、グエン・タン，Ｐ．Ｆ．（Ｎｇｕｙｅｎ−Ｔａｎ，Ｐ．Ｆ．）、ウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）、チャン，Ｃ．Ｈ．（Ｃｈｕｎｇ，Ｃ．Ｈ．）、ジョーダン，Ｒ．Ｃ．（Ｊｏｒｄａｎ，Ｒ．Ｃ．）、ルー，Ｃ．（Ｌｕ，Ｃ．）、キム，Ｈ．（Ｋｉｍ，Ｈ．）、アクセルロッド，Ｒ．（Ａｘｅｌｒｏｄ，Ｒ．）、シルバーマン，Ｃ．Ｃ．（Ｓｉｌｖｅｒｍａｎ，Ｃ．Ｃ．）、レドモンド，Ｋ．Ｐ．（Ｒｅｄｍｏｎｄ，Ｋ．Ｐ．）、ギリソン，Ｍ．Ｌ．（Ｇｉｌｌｉｓｏｎ，Ｍ．Ｌ．）著、「ヒトパピローマウイルス及び中咽頭癌患者の生存（Ｈｕｍａｎ  Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ａｎｄ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｏｆ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  Ｏｒｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌ  Ｃａｎｃｅｒ）」、ニューイングランド・ジャーナル・オブ・メディシン（Ｎｅｗ  Ｅｎｇ．Ｊ．Ｍｅｄ．）、第３６３巻、２４〜３５頁（２０１０年）
【非特許文献２７】（４）「ＡＪＣＣ癌病期分類マニュアル（ＡＪＣＣ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｔａｇｉｎｇ  Ｍａｎｕａｌ）」、Ｓ．Ｂ．エッジ（Ｓ．Ｂ．Ｅｄｇｅ）、Ｄ．Ｒ．バード（Ｄ．Ｒ．Ｂｙｒｄ）、Ｃ．Ｃ．コンプトン（Ｃ．Ｃ．Ｃｏｍｐｔｏｎ）、Ａ．Ｇ．フリッツ（Ａ．Ｇ．Ｆｒｉｔｚ）、Ｆ．Ｌ．グリーン（Ｆ．Ｌ．Ｇｒｅｅｎｅ）、Ａ．トロッティ（Ａ．Ｔｒｏｔｔｉ）編（シュプリンガー（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ）、ニューヨーク（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、２００９年）
【非特許文献２８】（５）Ｃ．Ｍ．ペルー（Ｃ．Ｍ．Ｐｅｒｏｕ）、Ｔ．ソルリエ（Ｔ．Ｓｏｒｌｉｅ）、Ｍ．Ｂ．エイサン（Ｍ．Ｂ．Ｅｉｓｅｎ）、Ｍ．ファン・デ・ライン（Ｍ．ｖａｎ  ｄｅ  Ｒｉｊｎ）、Ｓ．Ｓ．ジェフリー（Ｓ．Ｓ．Ｊｅｆｆｒｅｙ）、Ｃ．Ａ．リーズ（Ｃ．Ａ．Ｒｅｅｓ）、Ｊ．Ｒ．ポラック（Ｊ．Ｒ．Ｐｏｌｌａｃｋ）、Ｄ．Ｔ．ロス（Ｄ．Ｔ．Ｒｏｓｓ）、Ｈ．ジョンセン（Ｈ．Ｊｏｈｎｓｅｎ）、Ｌ．Ａ．アクスレン（Ｌ．Ａ．Ａｋｓｌｅｎ）、Ｏ．フリュージュ（Ｏ．Ｆｌｕｇｅ）、Ａ．ペルガメンシチコフ（Ａ．Ｐｅｒｇａｍｅｎｓｃｈｉｋｏｖ）、Ｃ．ウィリアムズ（Ｃ．Ｗｉｌｌｉａｍｓ）、Ｓ．Ｘ．ジュウ（Ｓ．Ｘ．Ｚｈｕ）、Ｐ．Ｅ．ロニング（Ｐ．Ｅ．Ｌｏｎｎｉｎｇ）、Ａ−Ｌ．ボーレセン・デイル（Ａ−Ｌ．Ｂｏｒｒｅｓｅｎ−Ｄａｌｅ）、Ｐ．Ｏ．ブラウン（Ｐ．Ｏ．Ｂｒｏｗｎ）、Ｄ．ボットスタイン（Ｄ．Ｂｏｔｓｔｅｉｎ）著、「ヒト乳房腫瘍の分子ポートレート（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｏｒｔｒａｉｔｓ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｔｕｍｏｒｓ）」、ネイチャー（Ｎａｔｕｒｅ）、第４０６巻、７４７〜７５２頁（２０００年）
【非特許文献２９】（６）Ｔ．ソルリエ（Ｔ．Ｓｏｒｌｉｅ）、Ｒ．ティブシャーアーニ（Ｒ．Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ）、Ｊ．パーカー（Ｊ．Ｐａｒｋｅｒ）、Ｔ．ヘイスティー（Ｔ．Ｈａｓｔｉｅ）、Ｊ．Ｓ．マロン（Ｊ．Ｓ．Ｍａｒｒｏｎ）、Ａ．ノーベル（Ａ．Ｎｏｂｅｌ）、Ｓ．ドン（Ｓ．Ｄｅｎｇ）、Ｈ．ジョンセン（Ｈ．Ｊｏｈｎｓｅｎ）、Ｒ．ペシチ（Ｒ．Ｐｅｓｉｃｈ）、Ｓ．ガイスラー（Ｓ．Ｇｅｉｓｌｅｒ）、Ｊ．デメテル（Ｊ．Ｄｅｍｅｔｅｒ）、Ｃ．Ｍ．ペルー（Ｃ．Ｍ．Ｐｅｒｏｕ）、Ｐ．Ｅ．レニング（Ｐ．Ｅ．Ｌｅｎｎｉｎｇ）、Ｐ．Ｏ．ブラウン（Ｐ．Ｏ．Ｂｒｏｗｎ）、Ａ−Ｌ．ボーレセン・デイル（Ａ−Ｌ．Ｂｏｒｒｅｓｅｎ−Ｄａｌｅ）、Ｄ．ボットスタイン（Ｄ．Ｂｏｔｓｔｅｉｎ）著、「独立した遺伝子発現データセットにおける乳房腫瘍サブタイプの繰り返される観察（Ｒｅｐｅａｔｅｄ  Ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｔｕｍｏｒ  Ｓｕｂｔｙｐｅｓ  ｉｎ  Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｄａｔａ  Ｓｅｔｓ）」、米国科学アカデミー紀要（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．）、第１００巻、第１４号、８４１８〜８４２３頁（２００３年）
【非特許文献３０】（７）Ｍ．Ｄ．ウィルカーソン（Ｗｉｌｋｅｒｓｏｎ）、Ｘ．イン（Ｘ．Ｙｉｎ）、Ｋ．Ａ．ホードレイ（Ｋ．Ａ．Ｈｏａｄｌｅｙ）、Ｙ．リュー（Ｙ．Ｌｉｕ）、Ｍ．Ｃ．ヘイワード（Ｍ．Ｃ．Ｈａｙｗａｒｄ）、Ｃ．Ｒ．カバンスキ（Ｃ．Ｒ．Ｃａｂａｎｓｋｉ）、Ｋ．マルドリュー（Ｋ．Ｍｕｌｄｒｅｗ）、Ｃ．Ｒ．ミラー（Ｃ．Ｒ．Ｍｉｌｌｅｒ）、Ｓ．Ｈ．ランデル（Ｓ．Ｈ．Ｒａｎｄｅｌｌ）、Ｍ．Ａ．ソチンスキ（Ｍ．Ａ．Ｓｏｃｉｎｓｋｉ）、Ａ．Ｍ．パーソンズ（Ａ．Ｍ．Ｐａｒｓｏｎｓ）、Ｗ．Ｋ．フンクハウザー（Ｗ．Ｋ．Ｆｕｎｋｈｏｕｓｅｒ）、Ｃ．Ｂ．リー（Ｃ．Ｂ．Ｌｅｅ）、Ｐ．Ｊ．ロバーツ（Ｐ．Ｊ．Ｒｏｂｅｒｔｓ）、Ｌ．ソーン（Ｌ．Ｔｈｏｒｎｅ）、Ｐ．Ｓ．バーナード（Ｐ．Ｓ．Ｂｅｒｎａｒｄ）、Ｃ．Ｍ．ペルー（Ｃ．Ｍ．Ｐｅｒｏｕ）、Ｄ．Ｎ．ヘイズ（Ｈａｙｅｓ）著、「肺扁平上皮癌ｍＲＮＡ発現サブタイプは、再現性があり、臨床的に重要で、且つ正常細胞型に対応する（Ｌｕｎｇ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍＲＮＡ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｓｕｂｔｙｐｅｓ  ａｒｅ  Ｒｅｐｒｏｄｕｃｉｂｌｅ，Ｃｌｉｎｉｃａｌｌｙ  Ｉｍｐｏｒｔａｎｔ，ａｎｄ  Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄ  ｔｏ  Ｎｏｒｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｔｙｐｅｓ）」、クリニカル・キャンサー・リサーチ（Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．）、第１６巻、第１９号、４８６４〜４８７５頁（２０１０年）
【非特許文献３１】（８）Ｃ．Ｈ．チャン（Ｃ．Ｈ．Ｃｈｕｎｇ）、Ｊ．Ｓ．パーカー（Ｊ．Ｓ．Ｐａｒｋｅｒ）、Ｇ．カラカ（Ｇ．Ｋａｒａｃａ）、Ｊ．ウー（Ｊ．Ｗｕ）、Ｗ．Ｋ．フンクハウザー（Ｗ．Ｋ．Ｆｕｎｋｈｏｕｓｅｒ）、Ｄ．ムーア（Ｄ．Ｍｏｏｒｅ）、Ｄ．バターフォス（Ｄ．Ｂｕｔｔｅｒｆｏｓｓ）、Ｄ．シャン（Ｄ．Ｘｉａｎｇ）、Ａ．ザナチオン（Ａ．Ｚａｎａｔｉｏｎ）、Ｘ．イン（Ｘ．Ｙｉｎ）、Ｗ．Ｗ．ショックレー（Ｗ．Ｗ．Ｓｈｏｃｋｌｅｙ）、Ｍ．Ｃ．ワイスラー（Ｗｅｉｓｓｌｅｒ）、Ｌ．Ｇ．ドレスラー（Ｌ．Ｇ．Ｄｒｅｓｓｌｅｒ）、Ｃ．Ｇ．ショアズ（Ｃ．Ｇ．Ｓｈｏｒｅｓ）、Ｗ．Ｇ．ヤーブロー（Ｗ．Ｇ．Ｙａｒｂｒｏｕｇｈ）、Ｃ．Ｍ．ペルー（Ｃ．Ｍ．Ｐｅｒｏｕ）著、「遺伝子発現パターンを使用した頭頸部扁平上皮癌の分子分類（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ  Ｕｓｉｎｇ  Ｐａｔｔｅｒｎｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）」、キャンサー・セル（Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ）、第５巻、第５号、４８９〜５００頁（２００４年）
【非特許文献３２】アンドル，Ｔ．（Ａｎｄｌ，Ｔ．）、カーン，Ｔ．（Ｋａｈｎ，Ｔ．）、プフール，Ａ．（Ｐｆｕｈｌ，Ａ．）、ニコラ，Ｔ．（Ｎｉｃｏｌａ，Ｔ．）、エルベル，Ｋ．（Ｅｒｂｅｒ，Ｋ．）、コンラッド，Ｃ．（Ｃｏｎｒａｄｔ，Ｃ．）、クライン，Ｗ．（Ｋｌｅｉｎ，Ｗ．）、ヘルビッヒ，Ｍ．（Ｈｅｌｂｉｇ，Ｍ．）、ディーツ，Ａ．（Ｄｉｅｔｚ，Ａ．）、ワイダウアー，Ｈ．（Ｗｅｉｄａｕｅｒ，Ｈ．）及びボッシュ，Ｆ．Ｘ．（Ｂｏｓｃｈ，Ｆ．Ｘ．）著（１９９８年）、「網膜芽細胞腫細胞周期調節が欠損した扁桃扁平上皮癌における発癌性ヒトパピローマウイルスの病原学的関与（Ｅｔｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ｉｎ  ｔｏｎｓｉｌｌａｒ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ  ｌａｃｋｉｎｇ  ｒｅｔｉｎｏｂｌａｓｔｏｍａ  ｃｅｌｌ  ｃｙｃｌｅ  ｃｏｎｔｒｏｌ）」、キャンサー・リサーチ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第５８巻、５〜１３頁
【非特許文献３３】リー，Ｗ．（Ｌｉ，Ｗ．）、トンプソン，Ｃ．Ｈ．（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ，Ｃ．Ｈ．）、コサール，Ｙ．Ｅ．（Ｃｏｓｓａｒｔ，Ｙ．Ｅ．）、オブライエン，Ｃ．Ｊ．（Ｏ’Ｂｒｉｅｎ，Ｃ．Ｊ．）、マクニール，Ｅ．Ｂ．（ＭｃＮｅｉｌ，Ｅ．Ｂ．）、スコリアー，Ｒ．Ａ．（Ｓｃｏｌｙｅｒ，Ｒ．Ａ．）及びローズ，Ｂ．Ｒ．（Ｒｏｓｅ，Ｂ．Ｒ．）著（２００４年）、「扁桃腺扁平上皮癌における主要な細胞周期マーカーの発現及びヒトパピローマウイルスの存在（Ｔｈｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｋｅｙ  ｃｅｌｌ  ｃｙｃｌｅ  ｍａｒｋｅｒｓ  ａｎｄ  ｐｒｅｓｅｎｃｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ｉｎ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｔｏｎｓｉｌ）」、ヘッド・アンド・ネック（Ｈｅａｄ  Ｎｅｃｋ）、第２６巻、１〜９頁
【非特許文献３４】ウィースト，Ｔ．（Ｗｉｅｓｔ，Ｔ．）、シュワルツ，Ｅ．（Ｓｃｈｗａｒｚ，Ｅ．）、エンダーズ，Ｃ．（Ｅｎｄｅｒｓ，Ｃ．）、フレヒテマッハー，Ｃ．（Ｆｌｅｃｈｔｅｎｍａｃｈｅｒ，Ｃ．）及びボッシュ，Ｆ．Ｘ．（Ｂｏｓｃｈ，Ｆ．Ｘ．）著（２００２年）、「ｐ５３状態が変わらず且つｐＲｂ細胞周期調節が障害された頭頸部癌におけるインタクトなＨＰＶ１６型Ｅ６／Ｅ７遺伝子発現の関与（Ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ｉｎｔａｃｔ  ＨＰＶ１６  Ｅ６／Ｅ７  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｃａｎｃｅｒｓ  ｗｉｔｈ  ｕｎａｌｔｅｒｅｄ  ｐ５３  ｓｔａｔｕｓ  ａｎｄ  ｐｅｒｔｕｒｂｅｄ  ｐＲｂ  ｃｅｌｌ  ｃｙｃｌｅ  ｃｏｎｔｒｏｌ）」、オンコジーン（Ｏｎｃｏｇｅｎｅ）、第２１巻、１５１０〜７頁
【非特許文献３５】アリフィン，Ｍ．Ｔ．（Ａｒｉｆｉｎ，Ｍ．Ｔ．）、ハマ，Ｓ．（Ｈａｍａ，Ｓ．）、カジワラ，Ｙ．（Ｋａｊｉｗａｒａ，Ｙ．）、スギヤマ，Ｋ．（Ｓｕｇｉｙａｍａ，Ｋ．）、サイトウ，Ｔ．（Ｓａｉｔｏ，Ｔ．）、マツウラ，Ｓ．（Ｍａｔｓｕｕｒａ，Ｓ．）、ヤマサキ，Ｆ．（Ｙａｍａｓａｋｉ，Ｆ．）、アリタ，Ｋ．（Ａｒｉｔａ，Ｋ．）及びクリス，Ｋ．（Ｋｕｒｉｓｕ，Ｋ．）著（２００６年）、「細胞質ｐ１６発現は高悪性度星状細胞腫において予後不良のシグナルを提供し得るが、核ｐ１６発現はそれを提供しない（Ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ，ｂｕｔ  ｎｏｔ  ｎｕｃｌｅａｒ，ｐ１６  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｍａｙ  ｓｉｇｎａｌ  ｐｏｏｒ  ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ  ｉｎ  ｈｉｇｈ−ｇｒａｄｅ  ａｓｔｒｏｃｙｔｏｍａｓ）」、ジャーナル・オブ・ニューロオンコロジー（Ｊ  Ｎｅｕｒｏｏｎｃｏｌ）、第７７巻、２７３〜７頁
【非特許文献３６】エミグ，Ｒ．（Ｅｍｉｇ，Ｒ．）、マジェナー，Ａ．（Ｍａｇｅｎｅｒ，Ａ．）、エーマン，Ｖ．（Ｅｈｅｍａｎｎ，Ｖ．）、マイヤー，Ａ．（Ｍｅｙｅｒ，Ａ．）、スティルゲンバウアー，Ｆ．（Ｓｔｉｌｇｅｎｂａｕｅｒ，Ｆ．）、フォルクマン，Ｍ．（Ｖｏｌｋｍａｎｎ，Ｍ．）、ワルウィーナー，Ｄ．（Ｗａｌｌｗｉｅｎｅｒ，Ｄ．）及びシン，Ｈ．Ｐ．（Ｓｉｎｎ，Ｈ．Ｐ．）著（１９９８年）、「乳癌におけるｐ１６タンパク質の異所性細胞質発現は加速度的腫瘍増殖と関連付けられる（Ａｂｅｒｒａｎｔ  ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｐ１６  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｉｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ａｃｃｅｌｅｒａｔｅｄ  ｔｕｍｏｕｒ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ）」、ブリティッシュ・ジャーナル・オブ・キャンサー（Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ）、第７８巻、１６６１〜８頁
【非特許文献３７】ギオルッツォ，Ｐ．（Ｇｈｉｏｒｚｏ，Ｐ．）、ビラッジオ，Ｂ．（Ｖｉｌｌａｇｇｉｏ，Ｂ．）、セメンタ，Ａ．Ｒ．（Ｓｅｍｅｎｔａ，Ａ．Ｒ．）、ハンソン，Ｊ．（Ｈａｎｓｓｏｎ，Ｊ．）、プラッツ，Ａ．（Ｐｌａｔｚ，Ａ．）、ニコロ，Ｇ．（Ｎｉｃｏｌｏ，Ｇ．）、スピナ，Ｂ．（Ｓｐｉｎａ，Ｂ．）、カネパ，Ｍ．（Ｃａｎｅｐａ，Ｍ．）、パーマー，Ｊ．Ｍ．（Ｐａｌｍｅｒ，Ｊ．Ｍ．）、ヘイワード，Ｎ．Ｋ．（Ｈａｙｗａｒｄ，Ｎ．Ｋ．）及びビアンキ・スカラ，Ｇ．（Ｂｉａｎｃｈｉ−Ｓｃａｒｒａ，Ｇ．）著（２００４年）、「家族性黒色腫患者の色素細胞性病変における変異ｐ１６タンパク質の発現及び局在化（Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｕｔａｎｔ  ｐ１６  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｉｎ  ｍｅｌａｎｏｃｙｔｉｃ  ｌｅｓｉｏｎｓ  ｆｒｏｍ  ｆａｍｉｌｉａｌ  ｍｅｌａｎｏｍａ  ｐａｔｉｅｎｔｓ）」、ヒューマン・パソロジー（Ｈｕｍ  Ｐａｔｈｏｌ）、第３５巻、２５〜３３頁
【非特許文献３８】ミルデ・ランゴッシュ，Ｋ．（Ｍｉｌｄｅ−Ｌａｎｇｏｓｃｈ，Ｋ．）、バンバーガー，Ａ．Ｍ．（Ｂａｍｂｅｒｇｅｒ，Ａ．Ｍ．）、リーク，Ｇ．（Ｒｉｅｃｋ，Ｇ．）、ケルプ，Ｂ．（Ｋｅｌｐ，Ｂ．）及びロニング，Ｔ．（Ｌｏｎｉｎｇ，Ｔ．）著（２００１年）、「乳癌におけるｐ１６細胞周期阻害剤の過剰発現はより悪性の表現型に関連性がある（Ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｐ１６  ｃｅｌｌ  ｃｙｃｌｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｉｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ａ  ｍｏｒｅ  ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ）」、ブレスト・キャンサー・リサーチ・アンド・トリートメント（Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  Ｔｒｅａｔ）、第６７巻、６１〜７０頁
【非特許文献３９】サルベセン，Ｈ．Ｂ．（Ｓａｌｖｅｓｅｎ，Ｈ．Ｂ．）、ダス，Ｓ．（Ｄａｓ，Ｓ．）及びアクスレン，Ｌ．Ａ．（Ａｋｓｌｅｎ，Ｌ．Ａ．）著（２０００年）、「核ｐ１６タンパク質発現の減少は、プロモーターメチル化との関連性はないが、予後不良の侵襲性が高い子宮内膜癌のサブグループを定義する（Ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｎｕｃｌｅａｒ  ｐ１６  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｓ  ｎｏｔ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｐｒｏｍｏｔｅｒ  ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ  ｂｕｔ  ｄｅｆｉｎｅｓ  ａ  ｓｕｂｇｒｏｕｐ  ｏｆ  ａｇｇｒｅｓｓｉｖｅ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ  ｗｉｔｈ  ｐｏｏｒ  ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ）」、クリニカル・キャンサー・リサーチ（Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第６巻、１５３〜９頁
【非特許文献４０】シュトラウム，Ｏ．（Ｓｔｒａｕｍｅ，Ｏ．）、スビランド，Ｌ．（Ｓｖｉｌａｎｄ，Ｌ．）及びアクスレン，Ｌ．Ａ．（Ａｋｓｌｅｎ，Ｌ．Ａ．）著（２０００年）、「核ｐ１６タンパク質発現の減少は、垂直増殖期黒色腫患者における腫瘍細胞増殖（Ｋｉ−６７）の増加及び予後不良と相関する（Ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｎｕｃｌｅａｒ  ｐ１６  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ  ｗｉｔｈ  ｉｎｃｒｅａｓｅｄ  ｔｕｍｏｒ  ｃｅｌｌ  ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ（Ｋｉ−６７）ａｎｄ  ｐｏｏｒ  ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｖｅｒｔｉｃａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｐｈａｓｅ  ｍｅｌａｎｏｍａ）」、クリニカル・キャンサー・リサーチ（Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第６巻、１８４５〜５３頁
【非特許文献４１】パーカー（Ｐａｒｋｅｒ）及びバーンズ（Ｂａｒｎｅｓ）著、メソッズ・イン・モレキュラー・バイオロジー（Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．）、第１０６巻、２４７〜８３頁、１９９９年
【非特許文献４２】ホッド（Ｈｏｄ）著、バイオテクニクス（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ）、第１３巻、８５２〜５４頁、１９９２年
【非特許文献４３】ワイス（Ｗｅｉｓ）ら著、トレンズ・イン・ジェネティクス（ＴＩＧ）、第８巻、２６３〜６４頁、１９９２年
【非特許文献４４】シェナ（Ｓｃｈｅｎａ）ら著、サイエンス（Ｓｃｉｅｎｃｅ）、第２７０巻、４６７〜７０頁、１９９５年
【非特許文献４５】オースベル（Ａｕｓｕｂｅｌ）ら編、「現代分子生物学プロトコル（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ）」、ジョン・ワイリー・アンド・サンズ（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ）、ニューヨーク（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、１９８７〜１９９９年
【非特許文献４６】ラップ（Ｒｕｐｐ）及びロッカー（Ｌｏｃｋｅｒ）著（ラボラトリー・インベスティゲーション（Ｌａｂ  Ｉｎｖｅｓｔ．）、第５６巻、Ａ６７頁、１９８７年
【非特許文献４７】デ・アンドレス（Ｄｅ  Ａｎｄｒｅｓ）ら著（バイオテクニクス（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ）、第１８巻、４２〜４４頁、１９９５年
【非特許文献４８】バラニー（Ｂａｒａｎｙ）、米国科学アカデミー紀要（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ）、第８８巻、１８９〜９３頁、１９９１年
【非特許文献４９】グアテッリ（Ｇｕａｔｅｌｌｉ）ら著、米国科学アカデミー紀要（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ）、第８７巻、１８７４〜７８頁、１９９０年
【非特許文献５０】クォウ（Ｋｗｏｈ）ら著、米国科学アカデミー紀要（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ）、第８６巻、１１７３〜７７頁、１９８９年
【非特許文献５１】リサルディ（Ｌｉｚａｒｄｉ）ら著、バイオ／テクノロジー（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、第６巻、１１９７頁、１９８８年
【非特許文献５２】シェナ（Ｓｃｈｅｎａ）ら著、米国科学アカデミー紀要（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ）、第９３巻、１０６〜４９頁、１９９６年
【非特許文献５３】ベルキュレスキュ（Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕ）ら著、サイエンス（Ｓｃｉｅｎｃｅ）、第２７０巻、４８４〜８７頁、１９９５年
【非特許文献５４】ベルキュレスキュ（Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕ）ら著、セル（Ｃｅｌｌ）、第８８巻、２４３〜５１頁、１９９７年
【非特許文献５５】ブレンナー（Ｂｒｅｎｎｅｒ）ら著（ネイチャー・バイオテクノロジー（Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．）、第１８巻、６３０〜３４頁、２０００年
【非特許文献５６】ハナウセク（Ｈａｎａｕｓｅｋ）及びワラシェク（Ｗａｌａｓｚｅｋ）編（１９９８年）「腫瘍マーカープロトコル（Ｔｕｍｏｒ  Ｍａｒｋｅｒ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）」（ヒュマーナプレス・インコーポレイテッド（Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）、ニュージャージー州トトワ（Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ．））
【非特許文献５７】シャイ（Ｓｈｉ）ら編（２０００年）「抗原回復技法：免疫組織化学及び分子形態（Ａｎｔｉｇｅｎ  Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ：Ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｙ）」（イートン出版（Ｅａｔｏｎ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ）、マサチューセッツ州ナティック（Ｎａｔｉｃｋ，Ｍａｓｓ．））
【非特許文献５８】セリス（Ｃｅｌｉｓ）編（２００６年）「細胞生物学：実験室ハンドブック（Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ）」、第３版（エルゼビア・アカデミック・プレス（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ）、ニューヨーク州
【非特許文献５９】ディバリス，Ｋ．（Ｄｉｖａｒｉｓ，Ｋ．）、オルシャン，Ａ．Ｆ．（Ｏｌｓｈａｎ，Ａ．Ｆ．）、スミス，Ｊ．（Ｓｍｉｔｈ，Ｊ．）、ベル，Ｍ．Ｅ．（Ｂｅｌｌ，Ｍ．Ｅ．）、ワイスラー，Ｍ．Ｃ．（Ｗｅｉｓｓｌｅｒ，Ｍ．Ｃ．）、フンクハウザー，Ｗ．Ｋ．（Ｆｕｎｋｈｏｕｓｅｒ，Ｗ．Ｋ．）及びブラッドショー，Ｐ．Ｔ．（Ｂｒａｄｓｈａｗ，Ｐ．Ｔ．）著（２０１０年）、「口腔衛生及び頭頸部扁平上皮癌リスク：カロライナ頭頸部癌研究（Ｏｒａｌ  ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  ｒｉｓｋ  ｆｏｒ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ：ｔｈｅ  Ｃａｒｏｌｉｎａ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｔｕｄｙ）」、キャンサー・コーズィズ・アンド・コントロール（Ｃａｎｃｅｒ  Ｃａｕｓｅｓ  Ｃｏｎｔｒｏｌ）、第２１巻、５６７〜７５頁
【非特許文献６０】ハリス，Ｓ．Ｌ．（Ｈａｒｒｉｓ，Ｓ．Ｌ．）、キンプル，Ｒ．Ｊ．（Ｋｉｍｐｌｅ，Ｒ．Ｊ．）、ヘイズ，Ｄ．Ｎ．（Ｈａｙｅｓ，Ｄ．Ｎ．）、クーチ，Ｍ．Ｅ．（Ｃｏｕｃｈ，Ｍ．Ｅ．）及びローゼンマン，Ｊ．Ｇ．（Ｒｏｓｅｎｍａｎ，Ｊ．Ｇ．）著（２０１０ａ年）、「喫煙者未経験者、飲酒未経験者：若年頭頸部扁平上皮癌患者のユニークな臨床サブグループ（Ｎｅｖｅｒ−ｓｍｏｋｅｒｓ，ｎｅｖｅｒ−ｄｒｉｎｋｅｒｓ：ｕｎｉｑｕｅ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｓｕｂｇｒｏｕｐ  ｏｆ  ｙｏｕｎｇ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｎｃｅｒｓ）」、ヘッド・アンド・ネック（Ｈｅａｄ  Ｎｅｃｋ）、第３２巻、４９９〜５０３頁
【非特許文献６１】ライズ  ＬＡＧ，Ｙ．Ｊ．（Ｒｉｅｓ  ＬＡＧ，Ｙ．Ｊ．）、キール  ＧＥ（Ｋｅｅｌ  ＧＥ）、アイズナー  ＭＰ（Ｅｉｓｎｅｒ  ＭＰ）、リン  ＹＤ（Ｌｉｎ  ＹＤ）、ホーナー  Ｍ−Ｊ（Ｈｏｒｎｅｒ  Ｍ−Ｊ）（編者）（２００７年）、「ＳＥＥＲ生存モノグラフ：成人における癌生存率：米国ＳＥＥＲプログラム１９８８年〜２００１年、患者及び腫瘍特性（ＳＥＥＲ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  Ｍｏｎｏｇｒａｐｈ：Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  Ａｍｏｎｇ  Ａｄｕｌｔｓ：Ｕ．Ｓ．ＳＥＥＲ  Ｐｒｏｇｒａｍ，１９８８−２００１，Ｐａｔｉｅｎｔ  ａｎｄ  Ｔｕｍｏｒ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ）」、米国国立癌研究所、ＳＥＥＲプログラム、ＮＩＨ発行第０７−６２１５号、メリーランド州ベセスダ（Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ）、２００７年、第０７−６２１５号
【非特許文献６２】デスーザ，Ｇ．（Ｄ’Ｓｏｕｚａ，Ｇ．）、クレイマー，Ａ．Ｒ．（Ｋｌｅｉｍｅｒ，Ａ．Ｒ．）、ビシディ，Ｒ．（Ｖｉｓｃｉｄｉ，Ｒ．）、パブリタ，Ｍ．（Ｐａｗｌｉｔａ，Ｍ．）、ファフリー，Ｃ．（Ｆａｋｈｒｙ，Ｃ．）、コッホ，Ｗ．Ｍ．（Ｋｏｃｈ，Ｗ．Ｍ．）、ウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）、及びギリソン，Ｍ．Ｌ．（Ｇｉｌｌｉｓｏｎ，Ｍ．Ｌ．）著（２００７年）、「ヒトパピローマウイルス及び中咽頭癌の症例対照研究（Ｃａｓｅ−ｃｏｎｔｒｏｌ  ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ａｎｄ  ｏｒｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌ  ｃａｎｃｅｒ）」、ニューイングランド・ジャーナル・オブ・メディシン（Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ）、第３５６巻、１９４４〜５６頁
【非特許文献６３】チュアン，Ａ．Ｙ．（Ｃｈｕａｎｇ，Ａ．Ｙ．）、チュアン，Ｔ．Ｃ．（Ｃｈｕａｎｇ，Ｔ．Ｃ．）、チャン，Ｓ．（Ｃｈａｎｇ，Ｓ．）、チョウ，Ｓ．（Ｚｈｏｕ，Ｓ．）、ベゴム，Ｓ．（Ｂｅｇｕｍ，Ｓ．）、ウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）、ハ，Ｐ．Ｋ．（Ｈａ，Ｐ．Ｋ．）、コッホ，Ｗ．Ｍ．（Ｋｏｃｈ，Ｗ．Ｍ．）及びカリファノ，Ｊ．Ａ．（Ｃａｌｉｆａｎｏ，Ｊ．Ａ．）著（２００８年）、「回復期唾液リンス中のＨＰＶ  ＤＮＡの存在は、頭頸部扁平上皮癌における有害な予後マーカーである（Ｐｒｅｓｅｎｃｅ  ｏｆ  ＨＰＶ  ＤＮＡ  ｉｎ  ｃｏｎｖａｌｅｓｃｅｎｔ  ｓａｌｉｖａｒｙ  ｒｉｎｓｅｓ  ｉｓ  ａｎ  ａｄｖｅｒｓｅ  ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ  ｍａｒｋｅｒ  ｉｎ  ｈｅａｄ  ａｎｄ  ｎｅｃｋ  ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）」、オーラル・オンコロジー（Ｏｒａｌ  Ｏｎｃｏｌ）、第４４巻、９１５〜９頁
【非特許文献６４】ファブロ，Ｍ．（Ｆａｂｂｒｏ，Ｍ．）、サベージ，Ｋ．（Ｓａｖａｇｅ，Ｋ．）、ホブソン，Ｋ．（Ｈｏｂｓｏｎ，Ｋ．）、ディーンズ，Ａ．Ｊ．（Ｄｅａｎｓ，Ａ．Ｊ．）、パウエル，Ｓ．Ｎ．（Ｐｏｗｅｌｌ，Ｓ．Ｎ．）、マッカーサー，Ｇ．Ａ．（ＭｃＡｒｔｈｕｒ，Ｇ．Ａ．）及びカナ，Ｋ．Ｋ．（Ｋｈａｎｎａ，Ｋ．Ｋ．）著（２００４年）、「ＢＲＣＡ１−ＢＡＲＤ１複合体は、電離放射線誘発ＤＮＡ損傷後にｐ５３Ｓｅｒ−１５リン酸化及びＧ１／Ｓアレストを必要とする（ＢＲＣＡ１−ＢＡＲＤ１  ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ  ａｒｅ  ｒｅｑｕｉｒｅｄ  ｆｏｒ  ｐ５３Ｓｅｒ−１５  ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ａ  Ｇ１／Ｓ  ａｒｒｅｓｔ  ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ  ｉｏｎｉｚｉｎｇ  ｒａｄｉａｔｉｏｎ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ＤＮＡ  ｄａｍａｇｅ）」、ジャーナル・オブ・バイオロジカル・ケミストリー（Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ）、第２７９巻、３１２５１〜８頁
【非特許文献６５】チャオ（Ｚｈａｏ）ら著、２０１２年、ブリティッシュ・ジャーナル・オブ・キャンサー（Ｂｒｉｔ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ）、第１０７巻、４８２〜４９０頁（オンライン刊行２０１２年６月２６日
【非特許文献６６】（９）Ｍ．Ｄ．ウィルカーソン（Ｗｉｌｋｅｒｓｏｎ）、Ｄ．Ｎ．ヘイズ（Ｈａｙｅｓ）著、「コンセンサスクラスタープラス：信頼性評価とアイテムトラッキングによるクラス発見ツール（ＣｏｎｓｅｎｓｕｓＣｌｕｓｔｅｒＰｌｕｓ：Ａ  Ｃｌａｓｓ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｔｏｏｌ  ｗｉｔｈ  Ｃｏｎｆｉｄｅｎｃｅ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔｓ  ａｎｄ  Ｉｔｅｍ  Ｔｒａｃｋｉｎｇ）」、バイオインフォマティクス（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）、第２６巻、第１２号、１５７２〜１５７３頁（２０１０年）
【非特許文献６７】（１０）Ｙ．リュー（Ｙ．Ｌｉｕ）、Ｄ．Ｎ．ヘイズ（Ｈａｙｅｓ）、Ａ．ノーベル（Ａ．Ｎｏｂｅｌ）、Ｊ．Ｓ．マロン（Ｊ．Ｓ．Ｍａｒｒｏｎ）著、「高次元小標本サイズデータのクラスタリングの統計的有意性（Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｏｆ  Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ  ｆｏｒ  Ｈｉｇｈ−Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎ，Ｌｏｗ−Ｓａｍｐｌｅ  Ｓｉｚｅ  Ｄａｔａ）」、ジャーナル・オブ・ザ・アメリカン・スタティスティカル・アソシエーション（Ｊ．Ａｍｅｒ．Ｓｔａｔ，Ａｓｓｏｃ．）、第１０３巻、第４８３号、１２８１〜１２９３頁（２００８年）
【非特許文献６８】（１１）ギリソン，Ｍ．Ｌ．（Ｇｉｌｌｉｓｏｎ，Ｍ．Ｌ．）、コッホ，Ｗ．Ｍ．（Ｋｏｃｈ，Ｗ．Ｍ．）、カポネ，Ｒ．Ｂ．（Ｃａｐｏｎｅ，Ｒ．Ｂ．）、スパフォード，Ｍ．（Ｓｐａｆｆｏｒｄ，Ｍ．）、ウェストラ，Ｗ．Ｈ．（Ｗｅｓｔｒａ，Ｗ．Ｈ．）、ウー，Ｌ．（Ｗｕ，Ｌ．）、ザフラク，Ｍ．Ｌ．（Ｚａｈｕｒａｋ，Ｍ．Ｌ．）、ダニエル，Ｒ．Ｗ．（Ｄａｎｉｅｌ，Ｒ．Ｗ．）、ビグリオーネ，Ｍ．（Ｖｉｇｌｉｏｎｅ，Ｍ．）、サイマー，Ｄ．Ｅ．（Ｓｙｍｅｒ，Ｄ．Ｅ．）、シャー，Ｋ．Ｖ．（Ｓｈａｈ，Ｋ．Ｖ．）、シドランスキー，Ｄ．（Ｓｉｄｒａｎｓｋｙ，Ｄ．）著、「ヒトパピローマウイルスと頭頸部癌サブセットの間の因果関係のエビデンス（Ｅｖｉｄｅｎｃｅ  ｆｏｒ  ａ  Ｃａｕｓａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  Ｂｅｔｗｅｅｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｐａｐｉｌｌｏｍａｖｉｒｕｓ  ａｎｄ  ａ  Ｓｕｂｓｅｔ  ｏｆ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｃａｎｃｅｒｓ）」、ジャーナル・オブ・ザ・ナショナル・キャンサーインスティテュート（Ｊ．Ｎａｔ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．）、第９２巻、第９号、７０９〜７２０頁（２０００年）
【非特許文献６９】（１２）パトモア，Ｈ．Ｓ．（Ｐａｔｍｏｒｅ，Ｈ．Ｓ．）、カークウェル，Ｌ．（Ｃａｗｋｗｅｌｌ，Ｌ．）、スタフォード，Ｎ．Ｄ．（Ｓｔａｆｆｏｒｄ，Ｎ．Ｄ．）、グリーンマン，Ｊ．（Ｇｒｅｅｎｍａｎ，Ｊ．）著、「頭頸部扁平上皮癌の染色体異常の解明：レビュー（Ｕｎｒａｖｅｌｉｎｇ  ｔｈｅ  Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ  Ａｂｅｒｒａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ：Ａ  Ｒｅｖｉｅｗ）」、アナルズ・サージジカル・オンコロジー（Ａｎｎ．Ｓｕｒｇ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ．）、第１２巻、第１０号、８３１〜８４２頁（２００５年）
【非特許文献７０】（１３）Ｂ．シン（Ｂ．Ｓｉｎｇｈ）、Ｓ．Ｋ．ゴジネニ（Ｓ．Ｋ．Ｇｏｇｉｎｅｎｉ）、Ｐ．Ｇ．サックス（Ｐ．Ｇ．Ｓａｃｋｓ）、Ａ．Ｒ．シャーハー（Ａ．Ｒ．Ｓｈａｈａ）、Ｊ．Ｐ．シャグ（Ｊ．Ｐ．Ｓｈａｇ）、Ａ．ストッフェル（Ａ．Ｓｔｏｆｆｅｌ）、Ｐ．Ｈ．ラオ（Ｐ．Ｈ．Ｒａｏ）著、「頭頸部扁平上皮癌の分子細胞遺伝学的特徴及び３ｑ増幅の精緻化（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔｉｃ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ａｎｄ  Ｒｅｆｉｎｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ３ｑ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）」、キャンサー・リサーチ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第６１巻、４５０６〜４５１３頁（２００１年）
【非特許文献７１】（１４）「癌ゲノムアトラス研究ネットワーク、扁平上皮細胞肺癌の総合的ゲノム特性決定（Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｎｅｔｗｏｒｋ，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒｓ）」、投稿中
【非特許文献７２】（１５）Ｄ．Ｗ．ファン（Ｄ．Ｗ．Ｈｕａｎｇ）、Ｂ．Ｔ．シャーマン（Ｂ．Ｔ．Ｓｈｅｒｍａｎ）、Ｒ．Ａ．レムピキ（Ｒ．Ａ．Ｌｅｍｐｉｃｋｉ）著、「ＤＡＶＩＤバイオインフォマティクスリソースを使用した大規模遺伝子リストの系統的統合的解析（Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ  ａｎｄ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｌａｒｇｅ  Ｇｅｎｅ  Ｌｉｓｔｓ  Ｕｓｉｎｇ  ＤＡＶＩＤ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ）」、ネイチャー・プロトコルズ（Ｎａｔｕｒｅ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）、第４巻、第１号、４４〜５７頁（２００９年）
【非特許文献７３】（１６）Ｒ．カルリ（Ｒ．Ｋａｌｌｕｒｉ）、Ｒ．Ａ．ワインバーグ（Ｒ．Ａ．Ｗｅｉｎｂｅｒｇ）著、「上皮間葉転換の基礎（Ｔｈｅ  Ｂａｓｉｃｓ  ｏｆ  Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ−Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ  Ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ）」、ジャーナル・オブ・クリニカル・インベスティゲーション（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ）、第１１９巻、第６号、１４２０〜１４２８頁（２００９年）
【非特許文献７４】（１７）Ｄ．スズキ（Ｄ．Ｓｕｓｕｋｉ）、Ｓ．キムラ（Ｓ．Ｋｉｍｕｒａ）、Ｓ．ナガヌマ（Ｓ．Ｎａｇａｎｕｍａ）、Ｋ．ツチヤマ（Ｋ．Ｔｓｕｃｈｉｙａｍａ）、Ｔ．タナカ（Ｔ．Ｔａｎａｋａ）、Ｎ．キタムラ（Ｎ．Ｋｉｔａｍｕｒａ）、Ｓ．フジタ（Ｓ．Ｆｕｊｉｅｄａ）、Ｈ．イトウ（Ｈ．Ｉｔｏｕ）著、「ヒト頭頸部扁平上皮癌における肝実質細胞成長因子によるマイクロＲＮＡ発現の調節（Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍｉｃｒｏＲＮＡ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｂｙ  Ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ）」、キャンサー・サイエンス（Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ．）、第１０２巻、第１２号、２１６４〜２１７１頁
【非特許文献７５】（１８）Ｋ．Ｋ．アン（Ｋ．Ｋ．Ａｎｇ）、Ｂ．Ａ．バーキー（Ｂ．Ａ．Ｂｅｒｋｅｙ）、Ｘ．トゥ（Ｘ．Ｔｕ）、Ｈ−Ｚ．チャン（Ｈ−Ｚ．Ｚｈａｎｇ）、Ｒ．カッツ（Ｒ．Ｋａｔｚ）、Ｅ．Ｈ．ハモンド（Ｅ．Ｈ．Ｈａｍｍｏｎｄ）、Ｋ．Ｋ．フー（Ｋ．Ｋ．Ｆｕ）、Ｌ．ミラス（Ｌ．Ｍｉｌａｓ）著、「進行頭頸部癌患者において上皮成長因子受容体発現が生存及び再燃パターンに及ぼす影響（Ｉｍｐａｃｔ  ｏｆ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｎ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  ａｎｄ  Ｐａｔｔｅｒｎ  ｏｆ  Ｒｅｌａｐｓｅ  ｉｎ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ）」、キャンサー・リサーチ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．）、第６２巻、７３５０〜７３５６頁（２００２年）
【非特許文献７６】（１９）Ｂ．クマール（Ｂ．Ｋｕｍａｒ）、Ｋ．Ｇ．コーデル（Ｋ．Ｇ．Ｃｏｒｄｅｌｌ）、Ｊ．Ｓ．リー（Ｊ．Ｓ．Ｌｅｅ）、Ｆ．Ｐ．ワーデン（Ｆ．Ｐ．Ｗｏｒｄｅｎ）、Ｍ．Ｅ．プライス（Ｍ．Ｅ．Ｐｒｉｃｅ）、Ｈ．Ｈ．トラン（Ｈ．Ｈ．Ｔｒａｎ）、Ｇ．Ｔ．ウォルフ（Ｇ．Ｔ．Ｗｏｌｆ）、Ｓ．Ｇ．ユルバ（Ｓ．Ｇ．Ｕｒｂａ）、Ｄ．Ｂ．チェペハ（Ｄ．Ｂ．Ｃｈｅｐｅｈａ）、Ｔ．Ｎ．テクノス（Ｔ．Ｎ．Ｔｅｋｎｏｓ）、Ａ．アイスブルク（Ａ．Ｅｉｓｂｒｕｃｈ）、Ｃ．Ｉ．チエン（Ｃ．Ｉ．Ｔｓｉｅｎ），Ｊ．Ｍ．Ｇ．テイラー（Ｊ．Ｍ．Ｇ．Ｔａｙｌｏｒ）、Ｎ．Ｊ．ドシルバ（Ｎ．Ｊ．Ｄ’Ｓｉｌｖａ）、Ｋ．ヤング（Ｋ．Ｙａｎｇ）、Ｄ．Ｍ．クミット（Ｄ．Ｍ．Ｋｕｍｉｔ）、Ｊ．Ａ．バウアー（Ａ．Ｂａｕｅｒ）、Ｃ．Ｒ．ブラッドフォード（Ｃ．Ｒ．Ｂｒａｄｆｏｒｄ）、Ｔ．Ｅ．ケアリー（Ｔ．Ｅ．Ｃａｒｅｙ）著、「中咽頭癌における治療反応性及び生存の指標としてのＥＧＦＲ、ｐ１６、ＨＰＶ力価、Ｂｃｌ−ｘＬ及びｐ５３、性別、及び喫煙（ＥＧＦＲ，ｐ１６，ＨＰＶ  Ｔｉｔｅｒ，Ｂｃｌ−ｘＬ  ａｎｄ  ｐ５３，Ｓｅｘ，ａｎｄ  Ｓｍｏｋｉｎｇ  ａｓ  Ｉｎｄｉｃａｔｏｒｓ  ｏｆ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ａｎｄ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｉｎ  Ｏｒｏｐｈａｒｙｎｇｅａｌ  Ｃａｎｃｅｒ）」、ジャーナル・オブ・クリニカル・オンコロジー（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌｏｇｙ）、第２６巻、３１２８〜３１３７頁（２００８年）
【非特許文献７７】（２０）Ｒ．Ｊ．Ｃ．スレボス（Ｒ．Ｊ．Ｃ．Ｓｌｅｂｏｓ）、Ｙ．イ（Ｙ．Ｙｉ）、Ｋ．イーリー（Ｋ．Ｅｌｙ）、Ｊ．カーター（Ｊ．Ｃａｒｔｅｒ）、Ａ．エブジェン（Ａ．Ｅｖｊｅｎ）、Ｘ．チャン（Ｘ．Ｚｈａｎｇ）、Ｙ．シル（Ｙ．Ｓｈｙｒ）、Ｂ．Ｍ．マーフィ（Ｂ．Ｍ．Ｍｕｒｐｈｙ）、Ａ．Ｊ．チュメラーク（Ａ．Ｊ．Ｃｍｅｌａｋ）、Ｂ．Ｂ．バーキー（Ｂ．Ｂ．Ｂｕｒｋｅｙ）、Ｊ．Ｌ．ネッテルビル（Ｊ．Ｌ．Ｎｅｔｔｅｒｖｉｌｌｅ）、Ｓ．レビー（Ｓ．Ｌｅｖｙ）、Ｗ．Ｇ．ヤーブロー（Ｗ．Ｇ．Ｙａｒｂｒｏｕｇｈ）、Ｃ．Ｈ．チャン（Ｃ．Ｈ．Ｃｈｕｎｇ）著、「頭頸部扁平上皮癌におけるヒトパピローマウイルス状態と関連付けられる遺伝子発現差異（Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  Ｈｕｍａｎ  Ｐａｐｐｉｌｏｍａｖｉｒｕｓ  Ｓｔａｔｕｓ  ｉｎ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ）」、クリニカル・キャンサー・リサーチ（Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．）、第１２巻、第３号、７０１〜７０９頁（２００６年）
【非特許文献７８】（２１）Ｇ．ムツィオ（Ｇ．Ｍｕｚｉｏ）、Ｍ．マッジョーラ（Ｍ．Ｍａｇｇｉｏｒａ）、Ｅ．パイウツィ（Ｅ．Ｐａｉｕｚｚｉ）、Ｒ．Ａ．クヌート（Ｒ．Ａ．Ｃａｎｕｔｏ）著、「アルデヒドデヒドロゲナーゼ及び細胞増殖（Ａｌｄｅｈｙｄｅ  Ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅｓ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ）」、フリー・ラディカル・バイオロジー・アンド・メディシン（Ｆｒｅｅ  Ｒａｄｉｃａｌ  Ｂｉｏ．Ｍｅｄ．）、第５２巻、７３５〜７４６頁（２０１２年）
【非特許文献７９】（２２）Ａ．スパイラー（Ａ．Ｓｐｉｒａ）、Ｊ．ビーン（Ｊ．Ｂｅａｎｅ）、Ｖ．シャー（Ｖ．Ｓｈａｈ）、Ｇ．リュー（Ｇ．Ｌｉｕ）、Ｆ．シェンブリ（Ｆ．Ｓｃｈｅｍｂｒｉ）、Ｘ．ヤング（Ｘ．Ｙａｎｇ）、Ｆ．パルマ（Ｆ．Ｐａｌｍａ）、Ｊ．Ｓ．ブローディ（Ｊ．Ｓ．Ｂｒｏｄｙ）著、「ヒト気道上皮細胞トランスクリプトームに対する紙巻タバコの煙の影響（Ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  Ｃｉｇａｒｅｔｔｅ  Ｓｍｏｋｅ  ｏｎ  ｔｈｅ  Ｈｕｍａｎ  Ａｉｒｗａｙ  Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ）」、米国科学アカデミー紀要（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．）、第１０１巻、第２７号、１０１４３〜１０１４８頁（２００４年）
【非特許文献８０】（２３）Ｎ．Ｒ．ハケット（Ｎ．Ｒ．Ｈａｃｋｅｔｔ）、Ａ．ヘーガイ（Ａ．Ｈｅｇｕｙ）、Ｂ−Ｇ．ハーベイ（Ｂ−Ｇ．Ｈａｒｖｅｙ）、Ｔ．Ｐ．オコナー（Ｔ．Ｐ．Ｏ’Ｃｏｎｎｏｒ）、Ｋ．ルエティク（Ｋ．Ｌｕｅｔｔｉｃｈ）、Ｄ．Ｂ．フリーダー（Ｄ．Ｂ．Ｆｌｉｅｄｅｒ）、Ｒ．カプラン（Ｒ．Ｋａｐｌａｎ）、Ｒ．Ｇ．クリスタル（Ｒ．Ｇ．Ｃｒｙｓｔａｌ）著、「紙巻タバコ喫煙者の気道上皮における抗酸化剤関連遺伝子発現の変異性（Ｖａｒｉａｂｉｌｉｔｙ  ｏｆ  Ａｎｔｉｏｘｉｄａｎｔ−Ｒｅｌａｔｅｄ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ａｉｒｗａｙ  Ｅｐｉｔｈｅｌｉｕｍ  ｏｆ  Ｃｉｇａｒｅｔｔｅ  Ｓｍｏｋｅｒｓ）」、アメリカン・ジャーナル・オブ・レスピラトリー・セル・アンド・モレキュラー・バイオロジー（Ａｍｅｒ．Ｊ．Ｒｅｓｐｉｒ．Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏ．）、第２９巻、３３１〜３４３頁
【非特許文献８１】（２４）Ｍ．ジー（Ｍ．Ｊｉ）、Ｈ．グァン（Ｈ．Ｇｕａｎ）、Ｃ．ガオ（Ｃ．Ｇａｏ）、Ｂ．シャイ（Ｂ．Ｓｈｉ）、Ｐ．ホウ（Ｐ．Ｈｏｕ）著、「非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）における高頻度プロモーターメチル化及びＰＩＫ３ＣＡ増幅（Ｈｉｇｈｌｙ  Ｆｒｅｑｕｅｎｔ  Ｐｒｏｍｏｔｅｒ  Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ＰＩＫ３ＣＡ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｎｏｎ−Ｓｍａｌｌ  Ｃｅｌｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ（ＮＳＣＬＣ））」、ＢＭＣキャンサー（ＢＭＣ  Ｃａｎｃｅｒ）、第１１巻、１４７頁（２０１１年）
【非特許文献８２】（２５）Ｏ．カワノ（Ｏ．Ｋａｗａｎｏ）、Ｈ．ササキ（Ｈ．Ｓａｓａｋｉ）、Ｋ．オクダ（Ｋ．Ｏｋｕｄａ）、Ｈ．ユキウエ（Ｈ．Ｙｕｋｉｕｅ）、Ｔ．ヨコヤマ（Ｔ．Ｙｏｋｏｙａｍａ）、Ｍ．ヤノ（Ｍ．Ｙａｎｏ）、Ｙ．フジイ（Ｙ．Ｆｕｊｉｉ）著、「日本人非小細胞肺癌におけるＰＩＫ３ＣＡ遺伝子増幅（ＰＩＫ３ＣＡ  Ｇｅｎｅ  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｊａｐａｎｅｓｅ  Ｎｏｎ−Ｓｍａｌｌ  Ｃｅｌｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ）」、ラング・キャンサー（Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ）、第５８巻、１５９〜１６０頁（２００７年）
【非特許文献８３】（２６）Ｉ．イモト（Ｉ．Ｉｍｏｔｏ）、Ｚ−Ｑ．ヤン（Ｚ−Ｑ．Ｙａｎｇ）、Ａ．ピンカオカム（Ａ．Ｐｉｍｋｈａｏｋｈａｍ）、Ｈ．ツダ（Ｈ．Ｔｓｕｄａ）、Ｙ．シマダ（Ｙ．Ｓｈｉｍａｄａ）、Ｍ．イマムラ（Ｍ．Ｉｍａｍｕｒａ）、Ｍ．オオキ（Ｍ．Ｏｈｋｉ）、Ｊ．イナザワ（Ｊ．Ｉｎａｚａｗａ）著、「食道扁平上皮癌における１１ｑ２２のアンプリコン内の候補標的遺伝子としてのｃＩＡＰ１の同定（Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃＩＡＰ１  ａｓ  ａ  Ｃａｎｄｉｄａｔｅ  Ｔａｒｇｅｔ  Ｇｅｎｅ  ｗｉｔｈｉｎ  ａｎ  Ａｍｐｌｉｃｏｎ  ａｔ  １１ｑ２２  ｉｎ  Ｅｓｏｐｈａｇｅａｌ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ）」、キャンサー・リサーチ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第６１巻、６６２９〜６６３４頁（２００１年）
【非特許文献８４】（２７）Ａ．Ｍ．レナ（Ａ．Ｍ．Ｌｅｎａ）、Ｒ．シャロム・フォイエルシュタイン（Ｒ．Ｓｈａｌｏｍ−Ｆｅｕｅｒｓｔｅｉｎ）、Ｐ．Ｒ．ディ・バル・チェルボ（Ｐ．Ｒ．ｄｉ  Ｖａｌ  Ｃｅｒｖｏ）、Ｄ．アベルダム（Ｄ．Ａｂｅｒｄａｍ）、Ｒ．Ａ．ナイト（Ｒ．Ａ．Ｋｎｉｇｈｔ）、Ｇ．メリノ（Ｇ．Ｍｅｌｉｎｏ）、Ｅ．チャンディ（Ｅ．Ｃａｎｄｉ）著、「ｍｉＲ−２０３は、ΔＮｐ６３を抑制することにより「幹細胞性」を抑制する（ｍｉＲ−２０３  Ｒｅｐｒｅｓｓｅｓ  ‘Ｓｔｅｍｎｅｓｓ”  ｂｙ  Ｒｅｐｒｅｓｓｉｎｇ  ΔＮｐ６３）」、セル・デス・アンド・ディファレンシエーション（Ｃｅｌｌ  Ｄｅａｔｈ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ）、第１５巻、１１８７〜１１９５頁（２００８年）
【非特許文献８５】（２８）Ａ．Ｊ．バス（Ａ．Ｊ．Ｂａｓｓ）、Ｈ．ワタナベ（Ｈ．Ｗａｔａｎａｂｅ）、Ｃ．Ｈ．メーメル（Ｃ．Ｈ．Ｍｅｒｍｅｌ）、Ｓ．ユー（Ｓ．Ｙｕ）、Ｓ．ペルネー（Ｓ．Ｐｅｒｎｅｒ）、Ｒ．Ｇ．ベラーク（Ｒ．Ｇ．Ｖｅｒｈａａｋ）、Ｓ．Ｙ．キム（Ｓ．Ｙ．Ｋｉｍ）、Ｌ．ウォードウェル（Ｌ．Ｗａｒｄｗｅｌｌ）、Ｐ．タマヨ（Ｐ．Ｔａｍａｙｏ）、Ｉ．ガット・ビクス（Ｉ．Ｇａｔ−Ｖｉｋｓ）、Ａ．Ｈ．ラモス（Ａ．Ｈ．Ｒａｍｏｓ）、Ｍ．Ｓ．ウー（Ｍ．Ｓ．Ｗｏｏ）、Ｂ．Ａ．ウェアー（Ｂ．Ａ．Ｗｅｉｒ）、Ｇ．ゲッツ（Ｇ．Ｇｅｔｚ）、Ｒ．ベローヒン（Ｒ．Ｂｅｒｏｕｋｈｉｍ）、Ｍ．オケリー（Ｍ．Ｏ’Ｋｅｌｌｙ）、Ａ．ダット（Ａ．Ｄｕｔｔ）、Ｏ．ローゼンバルト・ローゼン（Ｏ．Ｒｏｚｅｎｂｌａｔｔ−Ｒｏｓｅｎ）、Ｐ．ジウニツェ（Ｐ．Ｄｚｉｕｎｙｃｚ）、Ｊ．コミサロフ（Ｊ．Ｋｏｍｉｓａｒｏｆ）、Ｌ．Ｒ．チリエック（Ｌ．Ｒ．Ｃｈｉｒｉｅａｃ）、Ｃ．Ｊ．ラファルグ（Ｃ．Ｊ．ＬａＦａｒｇｕｅ）、Ｖ．シェブル（Ｖ．Ｓｃｈｅｂｌｅ）、Ｔ．ウィルベルツ（Ｔ．Ｗｉｌｂｅｒｔｚ）、Ｃ．マ（Ｃ．Ｍａ）、Ｓ．ラオ（Ｓ．Ｒａｏ）、Ｈ．ナカガワ（Ｈ．Ｎａｋａｇａｗａ）、Ｄ．Ｂ．ステアズ（Ｄ．Ｂ．Ｓｔａｉｒｓ）、Ｌ．リン（Ｌ．Ｌｉｎ）、Ｔ．Ｊ．ジョルダーノ（Ｔ．Ｊ．Ｇｉｏｒｄａｎｏ）、Ｐ．ワーグナー（Ｐ．Ｗａｇｎｅｒ）、Ｊ．Ｄ．ミンナ（Ｊ．Ｄ．Ｍｉｎｎａ）、Ａ．Ｆ．ガズダル（Ａ．Ｆ．Ｇａｚｄａｒ）、Ｃ．Ｑ．ジュウ（Ｃ．Ｑ．Ｚｈｕ）、Ｍ．Ｓ．ブローズ（Ｍ．Ｓ．Ｂｒｏｓｅ）、Ｉ．セコネッロ（Ｉ．Ｃｅｃｃｏｎｅｌｌｏ）、Ｕ．リベイロＪｒ．（Ｕ．Ｒｉｂｅｉｒｏ  Ｊｒ．）、Ｓ．Ｋ．マリー（Ｓ．Ｋ．Ｍａｒｉｅ）、Ｏ．ダール（Ｏ．Ｄａｈｌ）、Ｒ．Ａ．シャイブダサニ（Ｒ．Ａ．Ｓｈｉｖｄａｓａｎｉ）、Ｍ−Ｓ．ツァオ（Ｓ．Ｔｓａｏ）、Ｍ．Ａ．ルビン（Ｍ．Ａ．Ｒｕｂｉｎ）、Ｋ．Ｋ．ウォン（Ｋ．Ｋ．Ｗｏｎｇ）、Ａ．レジェブ（Ａ．Ｒｅｇｅｖ）、Ｗ．Ｃ．ハーン（Ｗ．Ｃ．Ｈａｈｎ）、Ｄ．Ｇ．ビアー（Ｄ．Ｇ．Ｂｅｅｒ）、Ａ．Ｋ．ルストギ（Ａ．Ｋ．Ｒｕｓｔｇｉ）、Ｍ．マイヤーソン（Ｍ．Ｍｅｙｅｒｓｏｎ）著、「ＳＯＸ２は、肺及び食道扁平上皮癌における増幅された系統生存癌遺伝子である（ＳＯＸ２  ｉｓ  ａｎ  Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ  Ｌｉｎｅａｇｅ−Ｓｕｒｖｉｖａｌ  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ｉｎ  Ｌｕｎｇ  ａｎｄ  Ｅｓｏｐｈａｇｅａｌ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）」、ネイチャー・ジェネティクス（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、第４１巻、第１１号、１２３８〜１２４２頁
【非特許文献８６】（２９）Ｋ．オカミ（Ｋ．Ｏｋａｍｉ）、Ａ．Ｌ．リード（Ａ．Ｌ．Ｒｅｅｄ）、Ｐ．ケアンズ（Ｐ．Ｃａｉｒｎｓ）、Ｗ．Ｍ．コッホ（Ｗ．Ｍ．Ｋｏｃｈ）、Ｗ．Ｈ．ウェストラ（Ｗ．Ｈ．Ｗｅｓｔｒａ）、Ｓ．ウェージ（Ｓ．Ｗｅｈａｇｅ）、Ｊ．ジェン（Ｊ．Ｊｅｎ）、Ｄ．シドランスキー（Ｄ．Ｓｉｄｒａｎｓｋｙ）著、「頭頸部扁平上皮癌においてサイクリンＤ１増幅はｐ１６不活性化と無関係である（Ｃｙｃｌｉｎ  Ｄ１  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｉｓ  Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｏｆ  ｐ１６  ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ）」、オンコジーン（Ｏｎｃｏｇｅｎｅ）、第１８巻、３５４１〜３５４５頁（１９９９年）
【非特許文献８７】（３０）Ａ．ナマジエ（Ａ．Ｎａｍａｚｉｅ）、Ｓ．アラビ（Ｓ．Ａｌａｖｉ）、Ｏ．Ｉ．オロペイド（Ｉ．Ｏｌｏｐａｄｅ）、Ｇ．パウレッティ（Ｇ．Ｐａｕｌｅｔｔｉ）、Ｎ．アガモハンマディ（Ｎ．Ａｇｈａｍｏｈａｍｍａｄｉ）、Ｍ．アガモハンマディ（Ｍ．Ａｇｈａｍｏｈａｍｍａｄｉ）、Ｊ．Ａ．ゴーンベイン（Ｊ．Ａ．Ｇｏｒｎｂｅｉｎ）、Ｔ．Ｃ．カルカテッラ（Ｔ．Ｃ．Ｃａｌｃａｔｅｒｒａ）、Ｄ．Ｊ．スラモン（Ｄ．Ｊ．Ｓｌａｍｏｎ）、Ｍ．Ｂ．ワン（Ｗａｎｇ）、Ｅ．Ｓ．スリバトサン（Ｅ．Ｓ．Ｓｒｉｖａｔｓａｎ）著、「サイクリンＤ１増幅及びｐ１６（ＭＴＳ１／ＣＤＫ４Ｉ）欠失は頭頸部腫瘍において予後不良と相関する（Ｃｙｃｌｉｎ  Ｄ１  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｐ１６（ＭＴＳ１／ＣＤＫ４Ｉ）Ｄｅｌｅｔｉｏｎ  Ｃｏｒｒｅｌａｔｅ  ｗｉｔｈ  Ｐｏｏｒ  Ｐｒｏｇｎｏｓｉｓ  ｉｎ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｔｕｍｏｒｓ）」、ラリンゴスコープ（Ｌａｒｙｎｇｏｓｃｏｐｅ）、第１１２巻、４７２〜４８１頁（２００２年）
【非特許文献８８】（３１）Ｍ．フジイ（Ｍ．Ｆｕｊｉｉ）、Ｒ．イシグロ（Ｒ．Ｉｓｈｉｇｕｒｏ）、Ｔ．ヤマシタ（Ｔ．Ｙａｍａｓｈｉｔａ）、Ｍ．タシロ（Ｍ．Ｔａｓｈｉｒｏ）著、「サイクリンＤ１増幅は舌扁平上皮癌の初期再発と相関する（Ｃｙｃｌｉｎ  Ｄ１  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ  ｗｉｔｈ  Ｅａｒｌｙ  Ｒｅｃｕｒｒｅｎｃｅ  ｏｆ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｔｏｎｇｕｅ）」、キャンサー・レターズ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔ．）、第１７２巻、１８７〜１９２頁（２００１年）
【非特許文献８９】（３２）バレッティナ，Ｊ．（Ｂａｒｒｅｔｉｎａ，Ｊ．）、カポニグロ，Ｇ．（Ｃａｐｏｎｉｇｒｏ，Ｇ．）、ストランスキー，Ｎ．（Ｓｔｒａｎｓｋｙ，Ｎ．）、ベンカトサン，Ｋ．（Ｖｅｎｋａｔｓａｎ，Ｋ．）、マーゴリン，Ａ．Ａ．（Ｍａｒｇｏｌｉｎ，Ａ．Ａ．）、キム，Ｓ．（Ｋｉｍ，Ｓ．）、ウィルソン，Ｃ．Ｊ．（Ｗｉｌｓｏｎ，Ｃ．Ｊ．）、レハール，Ｊ．（Ｌｅｈａｒ，Ｊ．）、クリュコフ，Ｇ．Ｖ．（Ｋｒｙｕｋｏｖ，Ｇ．Ｖ．）、ソンキン，Ｄ．（Ｓｏｎｋｉｎ，Ｄ．）、レディ，Ａ．（Ｒｅｄｄｙ，Ａ．）、リュー，Ｍ．（Ｌｉｕ，Ｍ．）、マレー，Ｌ．（Ｍｕｒｒａｙ，Ｌ．）、バーガー，Ｍ．Ｆ．（Ｂｅｒｇｅｒ，Ｍ．Ｆ．）、モナハン，Ｊ．Ｅ．（Ｍｏｎａｈａｎ，Ｊ．Ｅ．）、モライス，Ｐ．（Ｍｏｒａｉｓ，Ｐ．）、メルツァー，Ｊ．（Ｍｅｌｔｚｅｒ，Ｊ．）、コレジュワ，Ａ．（Ｋｏｒｅｊｗａ，Ａ．）、ジェーン−バルブエナ，Ｊ．（Ｊａｎｅ−Ｖａｌｂｕｅｎａ，Ｊ．）、マパ，Ｆ．Ａ．（Ｍａｐａ，Ｆ．Ａ．）、チボー，Ｊ．（Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｊ．）、ブリック・ファーロング，Ｅ．（Ｂｒｉｃ−Ｆｕｒｌｏｎｇ，Ｅ．）、ラマン，Ｐ．（Ｒａｍａｎ，Ｐ．）、シップウェイ，Ａ．（Ｓｈｉｐｗａｙ，Ａ．）、エンゲルス，Ｉ．Ｈ．（Ｅｎｇｅｌｓ，Ｉ．Ｈ．）、チェン，Ｊ．（Ｃｈｅｎｇ，Ｊ．）、ユー，Ｇ．Ｋ．（Ｙｕ，Ｇ．Ｋ．）、ユー，Ｊ．（Ｙｕ，Ｊ．）、アスペシ，Ｐ．Ｊｒ（Ａｓｐｅｓｉ，Ｐ．Ｊｒ）、ドシルバ，Ｍ．（ｄｅ  Ｓｉｌｖａ，Ｍ．）、ジャグタプ，Ｋ．（Ｊａｇｔａｐ，Ｋ．）、ジョーンズ，Ｍ．Ｄ．（Ｊｏｎｅｓ，Ｍ．Ｄ．）、ワン，Ｌ．（Ｗａｎｇ，Ｌ．）、ハットン，Ｃ．（Ｈａｔｔｏｎ，Ｃ．）、パレスカンドロ，Ｅ．（Ｐａｌｅｓｃａｎｄｏｌｏ，Ｅ．）、グプタ，Ｓ．（Ｇｕｐｔａ，Ｓ．）、マハン，Ｓ．（Ｍａｈａｎ，Ｓ．）、スニェ，Ｃ．（Ｓｏｕｇｎｅｚ，Ｃ．）、オノフリオ，Ｒ．Ｃ．（Ｏｎｏｆｒｉｏ，Ｒ．Ｃ．）、リーフェルド，Ｔ．（Ｌｉｅｆｅｌｄ，Ｔ．）、マッコーネイル，Ｌ．（ＭａｃＣｏｎａｉｌｌ，Ｌ．）、ウィンクラー，Ｗ．（Ｗｉｎｃｋｌｅｒ，Ｗ．）、ライヒ，Ｍ．（Ｒｅｉｃｈ，Ｍ．）、リー，Ｎ．（Ｌｉ，Ｎ．）、メシロフ，Ｊ．Ｐ．（Ｍｅｓｉｒｏｖ，Ｊ．Ｐ．）、ガブリエル，Ｓ．Ｂ．（Ｇａｂｒｉｅｌ，Ｓ．Ｂ．）、ゲッツ，Ｇ．（Ｇｅｔｚ，Ｇ．）、アードリ，Ｋ．（Ａｒｄｌｉｅ，Ｋ．）、チャン，Ｖ．（Ｃｈａｎ，Ｖ．）、マイヤー，Ｖ．Ｅ．（Ｍｙｅｒ，Ｖ．Ｅ．）、ウェーバー，Ｂ．Ｌ．（Ｗｅｂｅｒ，Ｂ．Ｌ．）、ポーター，Ｊ．（Ｐｏｒｔｅｒ，Ｊ．）、ウォームス，Ｍ．（Ｗａｒｍｕｔｈ，Ｍ．）、フィナン，Ｐ．（Ｆｉｎａｎ，Ｐ．）、ハリス，Ｊ．Ｌ．（Ｈａｒｒｉｓ，Ｊ．Ｌ．）、マイヤーソン，Ｍ．（Ｍｅｙｅｒｓｏｎ，Ｍ．）、ゴラブ，Ｔ．Ｒ．（Ｇｏｌｕｂ，Ｔ．Ｒ．）、モリッセイ，Ｍ．Ｐ．（Ｍｏｒｒｉｓｓｅｙ，Ｍ．Ｐ．）、セラーズ，Ｗ．Ｒ．（Ｓｅｌｌｅｒｓ，Ｗ．Ｒ．）、シュレーゲル，Ｒ．（Ｓｃｈｌｅｇｅｌ，Ｒ．）、ガラウェイ，Ｌ．Ａ．（Ｇａｒｒａｗａｙ，Ｌ．Ａ．）著、「癌細胞株百科事典は抗癌薬感受性の予測モデリングを可能にする（Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  Ｌｉｎｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  Ｅｎａｂｌｅｓ  Ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ  Ｍｏｄｅｌｌｉｎｇ  ｏｆ  Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ）」、ネイチャー（Ｎａｔｕｒｅ）、第４８３巻、６０３〜６０７頁（２０１２年）
【非特許文献９０】（３３）Ｘ．ヤング（Ｘ．Ｙａｎｇ）、Ｈ．ルー（Ｈ．Ｌｕ）、Ｂ．ヤン（Ｂ．Ｙａｎ）、Ｒ−Ａ．ロマーノ（Ａ．Ｒｏｍａｎｏ）、Ｙ．ビアン（Ｙ．Ｂｉａｎ）、Ｊ．フリードマン（Ｊ．Ｆｒｉｅｄｍａｎ）、Ｐ．ドゥッガル（Ｐ．Ｄｕｇｇａｌ）、Ｃ．アレン（Ｃ．Ａｌｌｅｎ）、Ｒ．チュアン（Ｒ．Ｃｈｕａｎｇ）、Ｒ．エフサニアン（Ｒ．Ｅｈｓａｎｉａｎ）、Ｈ．サイ（Ｈ．Ｓｉ）、Ｓ．シンハ（Ｓ．Ｓｉｎｈａ）、Ｃ．ヴァン・ワエス（Ｃ．Ｖａｎ  Ｗａｅｓ）、Ｚ．チェン（Ｚ．Ｃｈｅｎ）著、「ΔＮｐ６３は広範なＮＦ−κＢ遺伝子プログラムを万能に調節し、扁平上皮増殖、遊走、及び炎症を促進する（Δｐ６３  Ｖｅｒｓａｔｉｌｅｌｙ  Ｒｅｇｕｌａｔｅｓ  ａ  Ｂｒｏａｄ  ＮＦ−κＢ  Ｇｅｎｅ  Ｐｒｏｇｒａｍ  ａｎｄ  Ｐｒｏｍｏｔｅｓ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  Ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ，Ｍｉｇｒａｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ）」、キャンサー・リサーチ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第７１巻、３６８８〜３７００頁（２０１１年）
【非特許文献９１】（３４）Ａ．チャタジー（Ａ．Ｃｈａｔｔｅｒｊｅｅ）、Ｘ．チャン（Ｘ．Ｃｈａｎｇ）、Ｔ．セン（Ｔ．Ｓｅｎ）、Ｒ．ラヴィ（Ｒ．Ｒａｖｉ）、Ａ．ベディ（Ａ．Ｂｅｄｉ）、Ｄ．シドランスキー（Ｄ．Ｓｉｄｒａｎｓｋｙ）著、「核内因子κＢ標的化キナーゼＩκＢキナーゼβによるｐ５３メンバーアイソフォームΔＮｐ６３αの調節（Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐ５３  Ｍｅｍｂｅｒ  ｉｓｏｆｏｒｍ  ΔＮｐ６３α  ｂｙ  ｔｈｅ  Ｎｕｃｌｅａｒ  Ｆａｃｔｏｒ−κＢ  Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  Ｋｉｎａｓｅ  ＩκＢ  Ｋｉｎａｓｅ  β）」、キャンサー・リサーチ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第７０巻、１４１９〜１４２９頁（２０１０年）
【非特許文献９２】（３５）Ｃ．Ｅ．バルビエリ（Ｃ．Ｅ．Ｂａｒｂｉｅｒｉ）、Ｌ．Ｊ．タン（Ｌ．Ｊ．Ｔａｎｇ）、Ｋ．Ａ．ブラウン（Ｋ．Ａ．Ｂｒｏｗｎ）、Ｊ．Ａ．ピエテンポール（Ｊ．Ａ．Ｐｉｅｔｅｎｐｏｌ）著、「ｐ６３の減少は細胞遊走の増加並びに浸潤及び転移に関与する遺伝子の上方制御を引き起こす（Ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｐ６３  Ｌｅａｄｓ  ｔｏ  Ｉｎｃｒｅａｓｅｄ  Ｃｅｌｌ  Ｍｉｇｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｕｐ−Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  Ｉｎｖｏｌｖｅｄ  ｉｎ  Ｉｎｖａｓｉｏｎ  ａｎｄ  Ｍｅｔａｓｔａｔｉｓ）」、キャンサー・リサーチ（Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ）、第６６巻、７５８９〜７５９７頁（２００６年）
【非特許文献９３】（３６）Ａ．マーティン（Ａ．Ｍａｒｔｉｎ）、Ａ．カノ（Ａ．Ｃａｎｏ）著、「腫瘍形成：Ｔｗｉｓｔ１がＥＭＴを自己複製に関連付ける（Ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｓｉｓ：Ｔｗｉｓｔｌ  Ｌｉｎｋｓ  ＥＭＴ  ｔｏ  Ｓｅｌｆ−Ｒｅｎｅｗａｌ）」、ネイチャー・セル・バイオロジー（Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏ．）第１２巻、第１０号、９２４〜９２５頁（２０１０年）
【非特許文献９４】（３７）Ｔ．ウスネ（Ｔ．Ｈｕｓｓｅｎｅｔ）、Ｓ．ダリ（Ｓ．Ｄａｌｉ）、Ｊ．イグジンガー（Ｊ．Ｅｘｉｎｇｅｒ）、Ｂ．モンガ（Ｂ．Ｍｏｎｇａ）、Ｂ．ヨスト（Ｂ．Ｊｏｓｔ）、Ｄ．デンベル（Ｄ．Ｄｅｍｂｅｌｅ）、Ｎ．マリネット（Ｎ．Ｍａｒｉｎｅｔ）、Ｃ．チボー（Ｃ．Ｔｈｉｂａｕｌｔ）、Ｊ．ヒュルスケン（Ｊ．Ｈｕｅｌｓｋｅｎ）、Ｅ．ブランブリラ（Ｅ．Ｂｒａｍｂｒｉｌｌａ）、Ｓ．デュマノワール（Ｓ．ｄｕ  Ｍａｎｏｉｒ）著、「ＳＯＸ２は、ヒト肺扁平上皮癌において反復性３ｑ２６．３増幅により活性化される癌遺伝子である（ＳＯＸ２  ｉｓ  ａｎ  Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  Ａｃｔｉｖａｔｅｄ  ｂｙ  Ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ  ３ｑ２６．３  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎ  Ｌｕｎｇ  Ｓｑａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ）」、プロス・ワン（ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ）、第５巻、第１号、ｅ８９６０頁（２０１０年）
【非特許文献９５】（３８）Ｃ．チェン（Ｃ．Ｃｈｅｎ）、Ｂ．コーベール（Ｂ．Ｋｏｂｅｒｌｅ）、Ａ．Ｍ．カウフマン（Ａ．Ｍ．Ｋａｕｆｍａｎｎ）、Ａ．Ｅ．アルバース（Ａ．Ｅ．Ａｌｂｅｒｓ）著、「頭頸部癌細胞のイニシエーションに関する探求及びその治療（Ａ  Ｑｕｅｓｔ  ｆｏｒ  ｉｎｉｔｉａｔｉｎｇ  Ｃｅｌｌｓ  ｏｆ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｔｈｅｉｒ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」、キャンサーズ（Ｃａｎｃｅｒｓ）、第２巻、１５２８〜１５５４頁（２０１０年）
【非特許文献９６】（３９）Ｊ．Ｍ．Ｇ．ペドレロ（Ｊ．Ｍ．Ｇ．Ｐｅｄｒｅｒｏ）、Ｄ．Ｇ．カラセド（Ｄ．Ｇ．Ｃａｒｒａｃｅｄｏ）、Ｃ．Ｍ，ピント（Ｃ．Ｍ，Ｐｉｎｔｏ）、Ａ．Ｈ．ザパテロ（Ａ．Ｈ．Ｚａｐａｔｅｒｏ）、Ｊ．Ｐ．ロドリゴ（Ｊ．Ｐ．Ｒｏｄｒｉｇｏ）、Ｃ．Ｓ．ニエト（Ｃ．Ｓ．Ｎｉｅｔｏ）、Ｍ．Ｖ．ゴンサレス（Ｍ．Ｖ．Ｇｏｎｚａｌｅｚ）著、「頭頸部扁平上皮癌におけるＰＩ  ３−Ｋ／ＡＫＴ／ＰＴＥＮ経路の高頻度の遺伝的及び生化学的変化（Ｆｒｅｑｕｅｎｔ  Ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＰＩ  ３−Ｋ／ＡＫＴ／ＰＴＥＮ  Ｐａｔｈｗａｙ  ｉｎ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｃｅｌｌ  Ｃａｒｃｉｎｏｍａ）」、インターナショナル・ジャーナル・オブ・キャンサー（Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ）、第１１４巻、２４２〜２４８頁（２００５年）
【非特許文献９７】（４０）Ｋ．Ａ．ウェスト（Ｋ．Ａ．Ｗｅｓｔ）、Ｊ．ブロナール（Ｊ．Ｂｒｏｇｎａｒｄ）、Ａ．Ｓ．クラーク（Ａ．Ｓ．Ｃｌａｒｋ）、Ｉ．Ｒ．リノイラ（Ｉ．Ｒ．Ｌｉｎｎｏｉｌａ）、Ｘ．ヤング（Ｘ．Ｙａｎｇ）、Ｓ．Ｍ．スウェイン（Ｓ．Ｍ．Ｓｗａｉｎ）、Ｃ．ハリス（Ｃ．Ｈａｒｒｉｓ）、Ｓ．ベリンスキー（Ｓ．Ｂｅｌｉｎｓｋｙ）、Ｐ．Ａ．デニス（Ｐ．Ａ．Ｄｅｎｎｉｓ）著、「ニコチン及びタバコ発癌物質による急速なＡｋｔ活性化は正常ヒト気道上皮細胞の表現型を調節する（Ｒａｐｉｄ  Ａｋｔ  Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｂｙ  Ｎｉｃｏｔｉｎｅ  ａｎｄ  Ａ  Ｔｏｂａｃｃｏ  Ｃａｒｃｉｎｏｇｅｎ  Ｍｏｄｕｌａｔｅｓ  ｔｈｅ  Ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ  ｏｆ  Ｎｏｒｍａｌ  Ｈｕｍａｎ  Ａｉｒｗａｙ  Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  Ｃｅｌｌｓ）」、ジャーナル・オブ・クリニカル・インベスティゲーション（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ）、第１１１巻、第１号、８１〜９０頁（２００３年）
【非特許文献９８】（４１）Ｍ．Ｅ．リッチイー（Ｍ．Ｅ．Ｒｉｔｃｈｉｅ）、Ａ．オルシャック（Ａ．Ｏｌｓｈａｃｋ）、Ｍ．ホルメス（Ｍ．Ｈｏｌｍｅｓ）、Ｄ．ディヤガマ（Ｄ．Ｄｉｙａｇａｍａ）、Ａ．ホロウェイ（Ａ．Ｈｏｌｌｏｗａｙ）、Ｇ．Ｋ．スミス（Ｇ．Ｋ．Ｓｍｙｔｈ）著、「２色マイクロアレイのための背景訂正方法の比較（Ａ  Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  Ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ  Ｃｏｒｒｅｃｔｉｏｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｔｗｏ−Ｃｏｌｏｕｒ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ）」、バイオインフォマティクス（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）、第２３巻、第２０号、２７００〜２７０７頁（２００７年）
【非特許文献９８】（４２）Ｖ．Ｇ．トゥシャー（Ｖ．Ｇ．Ｔｕｓｈｅｒ）、Ｐ．チブシラニ（Ｐ．Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ）、Ｇ．チュー（Ｇ．Ｃｈｕ）著、「電離放射線に対する転写応答に適用されるマイクロアレイの有意性分析（Ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ  Ａｐｐｌｉｅｄ  ｔｏ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｔｏ  Ｉｏｎｉｚｉｎｇ  Ｒａｄｉａｔｉｏｎ）」、米国科学アカデミー紀要（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．）、第９８巻、５１１６〜５１２１頁（２００１年）
【非特許文献９９】（４３）Ｍ．アシュバーナー（Ｍ．Ａｓｈｂｕｒｎｅｒ）、Ｃ．Ａ．ボール（Ｃ．Ａ．Ｂａｌｌ）、Ｊ．Ａ．ブレーク（Ｊ．Ａ．Ｂｌａｋｅ）、Ｄ．ボットスタイン（Ｄ．Ｂｏｔｓｔｅｉｎ）、Ｈ．バトラー（Ｈ．Ｂｕｔｌｅｒ）、Ｊ．Ｍ．チェリー（Ｊ．Ｍ．Ｃｈｅｒｒｙ）、Ａ．Ｐ．デイビス（Ａ．Ｐ．Ｄａｖｉｓ）、Ｋ．ドリンスキ（Ｋ．Ｄｏｌｉｎｓｋｉ）、Ｓ．Ｓ．ドワイト（Ｓ．Ｓ．Ｄｗｉｇｈｔ）、Ｊ．Ｔ．エピッグ（Ｊ．Ｔ．Ｅｐｐｉｇ）、Ｍ．Ａ．ハリス（Ｍ．Ａ．Ｈａｒｒｉｓ）、Ｄ．Ｐ．ヒル（Ｄ．Ｐ．Ｈｉｌｌ）、Ｌ．アイセル・ターバー（Ｌ．Ｉｓｓｅｌ−Ｔａｒｖｅｒ）、Ａ．カサルスキス（Ａ．Ｋａｓａｒｓｋｉｓ）、Ｓ．ルイス（Ｓ．Ｌｅｗｉｓ）、Ｊ．Ｃ．マテス（Ｊ．Ｃ．Ｍａｔｅｓｅ）、Ｊ．Ｅ．リチャードソン（Ｊ．Ｅ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ）、Ｍ．リングウォルド（Ｍ．Ｒｉｎｇｗａｌｄ）、Ｇ．Ｍ．ルビン（Ｇ．Ｍ．Ｒｕｂｉｎ）、Ｇ．シャーロック（Ｇ．Ｓｈｅｒｌｏｃｋ）著、「ジーンオントロジー：バイオロジー統合ツール（Ｇｅｎｅ  Ｏｎｔｏｌｏｇｙ：Ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｙ）」、ネイチャー・ジェネティクス（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ）、第２５巻、２５〜２９頁（２０００年）
【非特許文献１００】（４４）Ｐ．Ｊ．ルーセウフ（Ｐ．Ｊ．Ｒｏｕｓｓｅｅｕｗ）著、「シルエット：クラスター分析の解釈及び検証のグラフィック支援（Ｓｉｌｈｏｕｅｔｔｅｓ：Ａ  Ｇｒａｐｈｉｃａｌ  Ａｉｄ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｌｕｓｔｅｒ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）」、ジャーナル・オブ・コンピューテーショナル・アンド・アプライド・マセマティクス（Ｊ．Ｃｏｍｐ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．）、第２０巻、５３〜６５頁（１９８７年）
【非特許文献１０１】（４５）Ａ．Ｒ．ダブニー（Ａ．Ｒ．Ｄａｂｎｅｙ）著、「ＣｌａＮＣ：マイクロアレイを最近接重心に分類する為のポイント・アンド・クリックソフトウェア（ＣｌａＮＣ：Ｐｏｉｎｔ−ａｎｄ−Ｃｌｉｃｋ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｆｏｒ  Ｃｌａｓｓｉｆｙｉｎｇ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ  ｔｏ  Ｎｅａｒｅｓｔ  Ｃｅｎｔｒｏｉｄｓ）」、バイオインフォマティクス（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）、第２２巻、第１号、１２２〜１２３頁（２００６年）
【非特許文献１０２】（４６）Ｈ．ベントソン（Ｈ．Ｂｅｎｇｔｓｓｏｎ）、Ｐ．ウィラパティ（Ｐ．Ｗｉｒａｐａｔｉ）、Ｔ．Ｐ．スピード（Ｔ．Ｐ．Ｓｐｅｅｄ）著、「ゲノムワイドＳＮＰ５＆６を含む全てのアフィメトリクスジェノタイピングアレイから最大解像度ローコピー数を推定する為のシングルアレイ前処理方法（Ａ  Ｓｉｎｇｌｅ−Ａｒｒａｙ  Ｐｒｅｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  Ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  Ｅｓｔｉｍａｔｉｎｇ  Ｆｕｌｌ−Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ  Ｒａｗ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒｓ  ｆｒｏｍ  Ａｌｌ  Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  Ａｒｒａｙｓ  Ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  ＧｅｎｏｍｅＷｉｄｅＳＮＰ  ５  ＆  ６）」、バイオインフォマティクス（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）、第２５巻、第１７号、２１４９〜２１５６頁（２００９年）
【非特許文献１０３】（４７）Ｅ．Ｓ．ベンカトラマン（Ｅ．Ｓ．Ｖｅｎｋａｔｒａｍａｎ）、Ａ．Ｂ．オルセン（Ａ．Ｂ．Ｏｌｓｈｅｎ）著、「アレイＣＧＨデータ解析の為の高速サーキュラーバイナリセグメンテーションアルゴリズム（Ａ  Ｆａｓｔｅｒ  Ｃｉｒｃｕｌａｒ  Ｂｉｎａｒｙ  Ｓｅｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ  Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ａｒｒａｙ  ＣＧＨ  Ｄａｔａ）」、バイオインフォマティクス（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）、第２３巻、第６号、６５７〜６６３頁（２００７年）
【非特許文献１０４】（４８）Ｖ．ウォルター（Ｖ．Ｗａｌｔｅｒ）、Ａ．Ｂ．ノーベル（Ａ．Ｂ．Ｎｏｂｅｌ）、Ｆ．Ａ．ライト（Ｆ．Ａ．Ｗｒｉｇｈｔ）著、「ＤｉＮＡＭＩＣ：腫瘍における反復性ＤＮＡコピー数異常の同定方法（ＤｉＮＡＭＩＣ：Ａ  Ｍｅｔｈｏｄ  ｔｏ  Ｉｄｅｎｔｉｆｙ  Ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ  ＤＮＡ  Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒ  Ａｂｅｒｒａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｔｕｍｏｒｓ）」、バイオインフォマティクス（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ）、第２７巻、第５号、６７８〜６８５頁（２０１１年）
【非特許文献１０５】（４９）Ｍ．Ｄ．ウィルカーソン（Ｗｉｌｋｅｒｓｏｎ）、Ｘ．イン（Ｘ．Ｙｉｎ）、Ｖ．ウォルター（Ｖ．Ｗａｌｔｅｒ）、Ｎ．チャオ（Ｎ．Ｚｈａｏ）、Ｃ．Ｒ．カバンスキ（Ｃ．Ｒ．Ｃａｂａｎｓｋｉ）、Ｍ．Ｃ．ヘイワード（Ｍ．Ｃ．Ｈａｙｗａｒｄ）、Ｃ．Ｒ．ミラー（Ｃ．Ｒ．Ｍｉｌｌｅｒ）、Ｍ．Ａ．ソチンスキ（Ｍ．Ａ．Ｓｏｃｉｎｓｋｉ）、Ａ．Ｍ．パーソンズ（Ａ．Ｍ．Ｐａｒｓｏｎｓ）、Ｌ．Ｂ．ソーン（Ｌ．Ｂ．Ｔｈｏｒｎｅ）、Ｂ．Ｅ．ヘイスコック（Ｂ．Ｅ．Ｈａｉｔｈｃｏｃｋ）、Ｎ．Ｋ．ベラマチャネニ（Ｎ．Ｋ．Ｖｅｅｒａｍａｃｈａｎｅｎｉ）、Ｗ．Ｋ．フンクハウザー（Ｗ．Ｋ．Ｆｕｎｋｈｏｕｓｅｒ）、Ｓ．Ｈ．ランデル（Ｓ．Ｈ．Ｒａｎｄｅｌｌ）、Ｐ．Ｓ．バーナード（Ｐ．Ｓ．Ｂｅｒｎａｒｄ）、Ｃ．Ｍ．ペルー（Ｃ．Ｍ．Ｐｅｒｏｕ）、Ｄ．Ｎ．ヘイズ（Ｈａｙｅｓ）著、「配列突然変異、コピー数、染色体不安定性、及びメチル化が関与する肺腺癌サブタイプの示差的原因（Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  Ｐａｔｈｏｇｅｎｅｓｉｓ  ｏｆ  Ｌｕｎｇ  Ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ  Ｓｕｂｔｙｐｅｓ  Ｉｎｖｏｌｖｉｎｇ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ，Ｃｏｐｙ  Ｎｕｍｂｅｒ，Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ  Ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ，ａｎｄ  Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ）」、プロス・ワン（ＰＬｏＳ  ＯＮＥ）、第７巻、第５号、ｅ３６５３０頁
【非特許文献１０６】（５０）Ｖ．ウォルター（Ｖ．Ｗａｌｔｅｒ）、Ｍ．Ｄ．ウィルカーソン（Ｗｉｌｋｅｒｓｏｎ）、Ｄ．Ｎ．ヘイズ（Ｈａｙｅｓ）、Ａ．Ｂ．ノーベル（Ａ．Ｂ．Ｎｏｂｅｌ）、Ｆ．Ａ．ライト（Ｆ．Ａ．Ｗｒｉｇｈｔ）著、未発表資料
【非特許文献１０７】ウォルター（Ｗａｌｔｅｒ）ら著、２０１３年、プロス・ワン（ＰＬＯＳ  ＯＮＥ）、第８巻、第２号、ｅ５６８２３頁（オンライン刊行２０１３年２月２２日
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
近年の進歩にも関わらず、癌治療の課題は依然として、特定の治療レジメンによって発病に特徴のある腫瘍型を標的化し、最終的に腫瘍治療を個別化して転帰を最大にすることである。詳細には、患者が癌、例えば頭頸部癌と診断されると、医師が疾患の予想経過、例えば癌の再発可能性、患者の長期生存などを予測し、それに従い最適な治療オプションを選択することのできる方法が必要になる。かかる方法は、予後不良の頭頸部癌患者を予後良好のその患者と明確に区別し、且つ積極的治療が必要になることの多い高リスクの初期頭頸部癌患者の同定を可能にするものでなければならない。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
３．発明の概要
詳細な非限定的実施形態において、本発明は、頭頸部癌患者の予後を判定する方法を提供し、この方法は、（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、（ｃ）患者サンプルの核ｐ１６発現レベルを対照サンプルの発現レベルと比較するステップとを含み、ここでは核ｐ１６発現レベルが、頭頸部癌患者の予後の指標となる。
【００１３】
更に別の実施形態において、本発明は、頭頸部癌患者の予後を判定する方法を提供し、この方法は、（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、（ｂ）ＣＣＮＤ１レベルを計測するステップと、（ｃ）患者サンプルのＣＣＮＤ１レベルを対照サンプルのＣＣＮＤ１レベルと比較するステップとを含み、ここではＣＣＮＤ１レベルが、頭頸部癌患者の予後の指標となる。
【００１４】
代替的実施形態において、本発明は、固形腫瘍患者の予後を判定する方法を提供し、この方法は、（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、（ｂ）ｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルを計測するステップと、（ｃ）患者サンプルのｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルを、対照サンプルに関連するｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルと比較するステップとを含み、ここではｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルが、固形腫瘍患者の予後の指標となる。
【００１５】
本発明はまた、適切な放射線及び／又は化学療法プロトコル、癌の再発可能性、頭頸部癌患者に対する治療プロトコルの進行のモニタリングを判定する方法も提供し、この方法は、（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、（ｃ）患者サンプルの核ｐ１６発現レベルを対照サンプルに関連するレベルと比較するステップとを含み、ここでは核ｐ１６発現レベルが、適切な放射線及び／又は化学療法プロトコル、癌の再発可能性、又は治療プロトコルの進行のモニタリングの指標となる。
【００１６】
本明細書に記載される方法を実施する為のキットもまた提供される。
【図面の簡単な説明】
【００１７】
【図１Ａ】乃至
【図１Ｄ】図１Ａ（パネルＡ）は、ＣＤＫＮ２Ａ遺伝子座及びｐ１６ＩＮＫ４ａ変化率を示す。図１Ｂ（パネルＢ）は、ｐ１６ＩＮＫ４ａの形態（変異、メチル化、ＲＢ１変化又は融合）の間の関係を示す。図１Ｃ（パネルＣ）は、ＫＩＡＡ１７９７とｐ１６ＩＮＫ４ａとの間の融合を示す。図１Ｄ（パネルＤ）は、ｐ１６ＩＮＫ４ａ、ＲＢ１、ＣＤＫ６及びＣＣＮＤ１の変化を示す。
【図２】頭頸部扁平上皮癌におけるｐ１６免疫染色の代表的な例。頭頸部扁平上皮癌のｐ１６発現の免疫組織化学染色を、種々の細胞区画における産物スコアによって別々に評価した。左上から：（パネルＡ）核及び細胞質の両方におけるｐ１６高度発現；（パネルＢ）核及び細胞質の両方におけるｐ１６軽度発現；（パネルＣ）高度核発現及び軽度細胞質染色（しかしながら、本発明者らのスコアリングによれば、これは「高度細胞質」の下限をなおも満たしている）；（パネルＤ）高度細胞質発現及び軽度核発現。
【図３】ｐ１６染色産物スコアの分布。
【図４Ａ】乃至
【図４Ｂ】全試験集団におけるｐ１６発現による全生存（図４Ａ）及び無進行生存（図４Ｂ）のカプラン・マイヤー推定値。生存推定値は全て６０ヶ月で打ち切った。略語：ＨＮ、強度の核染色・任意の細胞質染色；ＨＣ、強度の細胞質染色・軽度の核染色；ＬＳ、軽度の核染色・軽度の細胞質染色。
【図５Ａ】乃至
【図５Ｄ】頭頸部扁平上皮癌における遺伝子発現サブタイプ。８４０個の分類器遺伝子（図５Ａ（Ａ））及びＨＮＳＣＣに関連する選択遺伝子（図５Ｂ（Ｂ））の発現サブタイプの各々に関する発現値のヒートマップ。本試験とチャン（Ｃｈｕｎｇ）ら（図５Ｃ（Ｃ））及びウィルカーソン（Ｗｉｌｋｅｒｓｏｎ）ら（図５Ｄ（Ｄ））の試験との発現サブタイプの重心に基づく重心間距離の検証ヒートマップ。
【図６Ａ】乃至
【図６Ｂ】発現サブタイプにおけるコピー数の増加及び減少。ゲノムワイド（図６Ａ）及び注目する特定の染色体（図６Ｂ）の両方に関する平滑化及び外れ値の除去後のＨＮＳＣＣ発現サブタイプにおけるコピー数平均値のプロット。
【図７Ａ】乃至
【図７Ｂ】発現サブタイプ別平均遺伝子発現及びコピー数。３番染色体長腕アンプリコン（図７Ａ）及びゲノム中の他の場所（図７Ｂ）の遺伝子に関するＨＮＳＣＣ発現サブタイプにおける平均遺伝子特異的コピー数（ＣＮ）及び遺伝子発現（ＧＥ）。
【図８Ａ】乃至
【図８Ｄ】発現サブタイプにおける無再発生存。全発現サブタイプ（図８Ａ）、ＨＰＶ＋対象者とＨＰＶ−対象者（図８Ｂ）、ＨＰＶ−対象者における全ての発現サブタイプ（図８Ｃ）、及びＨＰＶ−対象者におけるＡＴと非ＡＴ（図８Ｄ）における無再発生存期間を比較するカプラン・マイヤープロット及びログランク検定ｐ値。
【図９Ａ】乃至
【図９Ｄ】４つの発現サブタイプの存在を裏付けるエビデンス。（図９Ａ）１３８人の対象者及び２５００個の最も変異し易い遺伝子（ｋ＝４）に関するコンセンサスクラスタープラス（ＣｏｎｓｅｎｓｕｓＣｌｕｓｔｅｒＰｌｕｓ）非類似度行列のヒートマップ。（図９Ｂ）１３８人の対象者及び２５００個の最も変異し易い遺伝子に関するコンセンサスクラスタープラス（ＣｏｎｓｅｎｓｕｓＣｌｕｓｔｅｒＰｌｕｓ）トラッキングプロット。（図９Ｃ）１３８人の対象者及び８４０個の分類器遺伝子に関するシルエットプロット。（図９Ｄ）発現サブタイプの全てのペアワイズ比較に関するシグクラスト（ＳｉｇＣｌｕｓｔ）ｐ値。
【図１０】ＣＣＮＤ１コピー数増加に関するカプラン・マイヤー曲線。ＣＣＮＤ１コピー数の増加が有る及びそれが無い対象者の無再発生存期間を示すカプラン・マイヤー曲線。
【図１１】生存転帰不良の２群を示すカプラン・マイヤー曲線。４つの互いに排反的な患者群に関する無再発生存期間を示すカプラン・マイヤー曲線：（１）ＨＰＶ＋対象者（ＨＰＶ＋）、（２）ＣＣＮＤ１が増加したＨＰＶ−患者（ＣＣＮＤ１増加）、（３）ＡＴであるＣＣＮＤ１が増加しなかったＨＰＶ−患者（ＨＰＶ−ＡＴ）、（４）その他の全患者（その他）。
【図１２】ＨＮＳＣＣ細胞株におけるゲノムワイドコピー数平均値。癌細胞株百科事典（Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  Ｌｉｎｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ）データのＨＮＳＣＣサンプルに基づき予測されたサブタイプの各々に関するコピー数平均値のゲノムワイドプロット。
【発明を実施するための形態】
【００１８】
この発明、詳細には非限定的な実施形態、本発明は、頭頸部癌患者の予後を判定する方法を提供し、この方法は、（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、（ｃ）患者サンプルの核ｐ１６発現レベルを対照サンプルの発現レベルと比較するステップとを含み、ここでは核ｐ１６発現レベルが、頭頸部癌患者の予後の指標となる。
【００１９】
更に別の実施形態において、本発明は、頭頸部癌患者の予後を判定する方法を提供し、この方法は、（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、（ｂ）ＣＣＮＤ１レベルを計測するステップと、（ｃ）患者サンプルのＣＣＮＤ１レベルを対照サンプルのＣＣＮＤ１レベルと比較するステップとを含み、ここではＣＣＮＤ１レベルが、頭頸部癌患者の予後の指標となる。
【００２０】
代替的実施形態において、本発明は、固形腫瘍患者の予後を判定する方法を提供し、この方法は、（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、（ｂ）ｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルを計測するステップと、（ｃ）患者サンプルのｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルを、対照サンプルに関連するｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルと比較するステップとを含み、ここではｐ１６及びＲＢ１遺伝子型、ＣＣＮＤ１コピー数、並びにｐ１６核タンパク質発現レベルが、固形腫瘍患者の予後の指標となる。
【００２１】
本発明のこの実施形態は、異型サブタイプに関連する遺伝子の発現を計測するステップを更に含み得る。固形腫瘍は、上皮起源の固形腫瘍、扁平上皮癌又は黒色腫であってもよい。
【００２２】
本発明はまた、適切な放射線及び／又は化学療法プロトコル、癌の再発可能性、頭頸部癌患者に対する治療プロトコルの進行のモニタリングを判定する方法も提供し、この方法は、（ａ）好適な患者サンプルを入手するステップと、（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、（ｃ）患者サンプルの核ｐ１６発現レベルを対照サンプルに関連するレベルと比較するステップとを含み、ここでは核ｐ１６発現レベルが、適切な放射線及び／又は化学療法プロトコル、癌の再発可能性、又は治療プロトコルの進行のモニタリングの指標となる。
【００２３】
これらの方法では核ｐ１６発現レベルが低下し得るが、この低下は突然変異又はコピー数減少に起因する。突然変異は後天性（又は体細胞性）突然変異又は遺伝性突然変異であり得る。発現はメチル化に起因して低下し得る。この方法は、ＲＢ１及びｐ５３レベルを計測するステップを更に含むことができ、ＲＢ１又はｐ５３レベルの低下が、核ｐ１６発現レベルの低下との組み合わせで、予後不良を示す。或いは、この方法は、ＣＣＮＤ１レベル又は異型サブタイプに関連する発現レベルを計測するステップを更に含むことができ、ここではＣＣＮＤ１レベル又は異型サブタイプに関連する発現レベルの増加が、予後不良の指標となる。この方法はまた、細胞質ｐ１６発現レベルを計測するステップも更に含むことができ、ここで核ｐ１６発現レベルが低下し、且つ細胞質ｐ１６レベルが上昇している場合、特に予後不良であることの指標となる。
【００２４】
本発明はまた、放射線及び化学療法の両方による治療に対する患者を選択する方法も含む。詳細には、軽度の核ｐ１６発現レベルは予後不良を示し、従って以前であれば標準的ケアとして放射線だけを受けたであろう患者が、放射線及び化学療法の両方を受けるはずである。或いは、核ｐ１６発現レベルの上昇は予後良好を示し、従って以前であれば標準的ケアとして放射線及び化学療法の両方を受けたであろう患者が、放射線のみを受けるはずである。
【００２５】
発現レベルは、ｍＲＮＡアッセイ又は抗体などのタンパク質アッセイにより計測され得る。患者サンプルは、生検サンプル、ＦＦＰＥサンプル又はリンパ節生検サンプルであり得る。頭頸部癌は扁平上皮癌（ＳＣＣ）であり得る。頭頸部癌は、下咽頭癌、声門喉頭癌、喉頭癌、口唇癌、鼻咽頭癌、口腔癌、唾液腺癌、副鼻腔癌、又は声門上喉頭（ｓｕｐｅｒｇｌｏｔｔｉｃ  ｌａｒｙｎｘ）癌であり得る。
【００２６】
本発明はまた、特定の治療に対する患者を同定する方法又は特定の治療が望ましいか若しくはそれが禁忌となる患者を選択する方法も含む。
【００２７】
上記の方法は、参照検査室、院内病理検査室又は医師によって実施され得る。上記の方法は、アルゴリズムを更に含み得る。例えば核ｐ１６、ＲＢ１及びｐ５３発現レベルを解析するアルゴリズム又は頭頸部癌の特定のサブタイプに関連する発現レベルを解析するアルゴリズム。
【００２８】
本明細書に記載される方法を実施する為のキットもまた提供される。
【００２９】
これまでに記載されている方法と異なり、本明細書に記載される方法は、あらゆる種類の頭頸部癌において広く用いられ得る。これらの方法は、喫煙状態又はＨＰＶ状態とは無関係である。
【００３０】
ｐ１６発明
背景：近年、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）の管理ではバイオマーカーに大きな関心が集まっており、バイオマーカーは転帰に影響を与え得るものである。ヒトパピローマ感染症の検査は、このウイルスの直接的な評価並びに関連する腫瘍抑制遺伝子ｐ１６を含め、再現性があると考えられている。家族性黒色腫症候群の腫瘍から、ｐ１６の核局在化がリスク層別化においてさらなる役割を果たし得ることが示唆されている。本発明者らは、核局在化と考えられるｐ１６染色が、中咽頭に限定されない、ＨＰＶ状態又は喫煙状態によって制限されない広範な一連のＨＮＳＣＣ腫瘍において転帰の予測に情報を与え得るという仮説を立てた。
【００３１】
方法：バンク保存組織が利用可能なノースカロライナ大学（ＵＮＣ）病院で２００２年〜２００６年にＨＮＳＣＣの治療を受けた患者を、本試験に適格であるとした。組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）をトリプリケートで作成した。ｐ１６の免疫組織化学（ＩＨＣ）染色を実施し、核染色及び細胞質染色について別々にスコア化した。ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）染色もまたモノクローナル抗体Ｅ６Ｈ４を使用して実施した。ｐ１６発現、ＨＰＶ状態及び他の臨床的特徴を無進行生存（ＰＦＳ）及び全生存（ＯＳ）と相関付けた。
【００３２】
結果：１３５人の患者がこの分析に十分なサンプルを有した。診断時年齢中央値は５７歳であり（範囲２０〜８２歳）、６８．９％が男性、８．９％が喫煙未経験者及び３２．６％が飲酒未経験者であった。３年ＯＳ率及びＰＦＳ率は、それぞれ６３．０％及び５４．１％であった。ｐ１６染色スコアに基づき患者を３群に分けた：強度の核染色・任意の細胞質染色群（ＨＮ）、軽度の核染色・軽度の細胞質染色群（ＬＳ）及び強度の細胞質染色・軽度の核染色群（ＨＣ）。ＨＮ群及びＬＳ群はＨＣ群と比べて有意に良好な全生存を示し、ＨＰＶ状態を含む他の因子を調整した後のハザード比はそれぞれ０．１及び０．３７であった。これらの２群はまた、ＨＣ染色群と比べて有意に良好な無進行生存も示した。この結果は中咽頭以外の部位に一貫しており、喫煙状態の調整は不要であった。
【００３３】
結論：異なるｐ１６タンパク質局在化が、バイオマーカーを中咽頭に限定する必要のない、且つ喫煙状態を評価する必要のない形で異なる生存転帰を示唆した。喫煙及び腫瘍部位の両方のバイオロジーをより正確に捉え、且つＨＰＶ染色とｐ１６染色との間で高頻度に起こる不一致を統合するバイオマーカーがあれば望ましいと言える。
【００３４】
近年、本発明者らのグループは、ＰＣＲ及びインサイチュハイブリダイゼーションによりＨＰＶ陰性が確認された若年ＨＮＳＣＣ患者集合においてｐ１６染色が予後判定的であったことを報告したが（非特許文献２４）、これがｐ１６単独で中咽頭以外のリスクの評価にまで拡張し得るかどうかという疑問につながった。
【００３５】
喫煙及びＨＰＶ感染は、ＨＮＳＣＣにおけるｐ１６変化の２つの重要な原因である。ＨＰＶ感染患者では、タンパク質ＲＢ１がウイルス性オンコプロテインＥ７によって不活性化され、核に局在化した高度なｐ１６発現が引き起こされる（（非特許文献３２）；（非特許文献３３）；（非特許文献４）；（非特許文献３４））。対照的に、ｐ１６が保持されるものの突然変異又は他の遺伝的イベントにより機能が変化する状況では、それでもなお中程度乃至高度のｐ１６発現が、異常な細胞局在ではあるが、観察され得る。多くのさらなる喫煙患者では、ホモ接合性欠失、ナンセンス突然変異、又は恐らくはメチル化及び遺伝子サイレンシングなどのより有害な遺伝的又は後成的変化によってｐ１６が失われ得る。これらの病因論的差異に基づき、本発明者らはｐ１６  ＩＨＣ染色に異なるパターンが観察されると予想した。予後におけるｐ１６の役割について同様の仮説が他の腫瘍型で試験されている。例えば、高悪性度星状細胞腫では、核に位置するｐ１６がより良好な疾患転帰と関連付けられる一方、細胞質ｐ１６が患者生存の悪化を示すことが、ある研究で示されている（非特許文献３５）。他の腫瘍型でもまた、子宮内膜癌、黒色腫、及び星状細胞腫を含め（（非特許文献３５）；（非特許文献３６）；（非特許文献３７）；（非特許文献３８）；（非特許文献３９）；（非特許文献４０））、ｐ１６局在化を疾患転帰と関連付ける報告が存在する。ｐ１６タンパク質は核で細胞周期阻害剤として作用する為、本発明者らは、核ｐ１６染色及び細胞質ｐ１６染色がＨＮＳＣＣにおいて個別的な予後判定効果を有し得ることを提案した。本発明者らは、集団ベースの患者コホートでこの仮説を試験した−カロライナ頭頸部癌研究（Ｃａｒｏｌｉｎａ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｔｕｄｙ：ＣＨＡＮＣＥ）。
【００３６】
ＨＮＳＣＣサブタイプ
頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）は、その根底にある病因が腫瘍部位、ＴＮＭステージ、及びＨＰＶ状態などの従来の予後因子によって説明されていない異質な疾患である。先行研究においてＨＮＳＣＣの分子サブタイプが突き止められているが、これらのサブタイプは独立したデータセットでの検証又は細胞株での検出がなされておらず、またかかる分類スキームの利点も完全には実現されていない。本発明者らは、ＨＮＳＣＣの分子サブタイプが存在すること；これらのサブタイプは異なる染色体増減パターンを有し、そのうちあるものはカノニカルな癌遺伝子及び腫瘍抑制因子に影響を及ぼすこと；及びサブタイプが生物学的及び臨床的に有意味であることを示す。加えて、本発明者らは、独立した腫瘍、細胞株、及び組織マイクロアレイデータセットで我々の知見を検証する。これらのサブタイプはＨＮＳＣＣの病因に関する新しい洞察、並びに有用なＨＮＳＣＣ腫瘍分類方法を提供する。
【００３７】
本発明のバイオマーカーには遺伝子及びタンパク質が含まれる。かかるバイオマーカーには、そのバイオマーカーをコードする核酸配列の配列全体若しくは一部、又はかかる配列の相補体を含むＤＮＡが含まれる。バイオマーカー核酸には、目的の核酸配列のいずれかの配列全体又は一部を含むＲＮＡも含まれる。バイオマーカータンパク質は、本発明のＤＮＡバイオマーカーによりコードされるか又はそれに対応するタンパク質である。バイオマーカータンパク質は、バイオマーカータンパク質又はポリペプチドのいずれかのアミノ酸配列全体又は一部を含む。バイオマーカー遺伝子及びタンパク質の断片及び変異体もまた本発明により包含される。「断片」とは、ポリヌクレオチドの一部分又はアミノ酸配列の一部分、ひいてはそれによりコードされるタンパク質を意味する。バイオマーカーヌクレオチド配列の断片であるポリヌクレオチドは、概して、少なくとも１０、１５、２０、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、８００、９００、１，０００、１，２００又は１，５００個の連続するヌクレオチド、又は最大で、本明細書に開示される完全長バイオマーカーポリヌクレオチドに存在する個数のヌクレオチドを含む。バイオマーカーポリヌクレオチドの断片は、概して、少なくとも１５、２５、３０、５０、１００、１５０、２００、又は２５０個の連続するアミノ酸、又は最大で、本発明の完全長バイオマーカータンパク質に存在する全個数のアミノ酸をコードし得る。「変異体」は、実質的に同様の配列を意味するように意図される。概して、本発明の特定のバイオマーカーの変異体は、配列アラインメントプログラムにより決定するとき当該のバイオマーカーと少なくとも約４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれ以上の配列同一性を有し得る。
【００３８】
本発明のバイオマーカーには遺伝子及びタンパク質が含まれる。かかるバイオマーカーには、そのバイオマーカーをコードする核酸配列の配列全体若しくは一部、又はかかる配列の相補体を含むＤＮＡが含まれる。バイオマーカー核酸には、目的の核酸配列のいずれかの配列全体又は一部を含むＲＮＡも含まれる。バイオマーカータンパク質は、本発明のＤＮＡバイオマーカーによりコードされるか又はそれに対応するタンパク質である。バイオマーカータンパク質は、バイオマーカータンパク質又はポリペプチドのいずれかのアミノ酸配列全体又は一部を含む。バイオマーカー遺伝子及びタンパク質の断片及び変異体もまた本発明により包含される。「断片」とは、ポリヌクレオチドの一部分又はアミノ酸配列の一部分、ひいてはそれによりコードされるタンパク質を意味する。バイオマーカーヌクレオチド配列の断片であるポリヌクレオチドは、概して、少なくとも１０、１５、２０、５０、７５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、８００、９００、１，０００、１，２００、又は１，５００個の連続するヌクレオチド、又は最大で、本明細書に開示される完全長バイオマーカーポリヌクレオチドに存在する個数のヌクレオチドを含む。バイオマーカーポリヌクレオチドの断片は、概して、少なくとも１５、２５、３０、５０、１００、１５０、２００、又は２５０個の連続するアミノ酸、又は最大で、本発明の完全長バイオマーカータンパク質に存在する全個数のアミノ酸をコードし得る。「変異体」は、実質的に同様の配列を意味するように意図される。概して、本発明の特定のバイオマーカーの変異体は、配列アラインメントプログラムにより決定するとき当該のバイオマーカーと少なくとも約４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれ以上の配列同一性を有し得る。
【００３９】
「バイオマーカー」は、組織又は細胞におけるその発現レベルが正常又は健常な細胞又は組織と比較して変化する遺伝子又はタンパク質である。本発明のバイオマーカーは、その過剰発現が癌、特に頭頸部癌の予後と相関する遺伝子及びタンパク質である。本明細書で使用されるとき、「過剰発現」は、正常な非癌性組織で検出される発現より高い発現を意味する。例えば、癌細胞又は組織で過剰発現するＲＮＡ転写物又はその発現産物は、正常な非癌性細胞又は組織より１．５倍高い、例えば２倍高い、３倍高い、５倍高い、又はそれ以上高いレベルで発現し得る。
【００４０】
一部の実施形態では、ＲＮＡ転写物又はその発現産物などの過剰発現は、参照ＲＮＡ転写物又はその発現産物（これはサンプル中に計測される全ての転写物（又はその産物）又はＲＮＡ転写物（又はその産物）の特定の参照セットであり得る）のレベルに対して正規化することにより決定される。正規化は、アッセイされるＲＮＡの量及び使用されるＲＮＡの質のばらつきの両方の差異を補正し、又は正規化して取り除く為に実施される。従って、アッセイは典型的には、周知されているハウスキーピング遺伝子、例えば、ＧＡＰＤＨ及び／又はβ−アクチンなどを含めた、ある種の正規化用遺伝子の発現を計測し、取り込む。或いは、正規化は、アッセイされるバイオマーカーの全て又はその大部分のシグナル平均値又は中央値に基づくこともできる（大域的正規化手法）。
【００４１】
詳細な実施形態において、患者サンプルにおける目的のバイオマーカー又はバイオマーカーの組み合わせの選択的過剰発現は、癌の予後不良の指標となる。「予後不良の指標となる」とは、特定のバイオマーカー又はバイオマーカーの組み合わせの過剰発現が、根底にある癌又は腫瘍の再燃又は再発、転移又は死亡が起こる可能性の増加と関連付けられることを意味する。例えば、「予後不良の指標となる」は、１０年以内、例えば５年以内に、根底にある癌又は腫瘍の再燃又は再発、転移、又は死亡が起こる可能性の増加を指し得る。本発明の他の態様では、目的のバイオマーカー又はバイオマーカーの組み合わせの過剰発現が存在しないことが、予後良好の指標となる。本明細書で使用されるとき、「予後良好の指標となる」は、患者が癌のない状態のままである可能性の増加を指す。一部の実施形態では、「予後良好の指標となる」は、１０年間、例えば５年間患者が癌のない状態のままである可能性の増加を指す。
【００４２】
５．１．サンプル
詳細な実施形態において、頭頸部癌予後を評価する方法は、頭頸部組織サンプル又は原発性頭頸部腫瘍組織サンプルなどの、癌細胞又は組織を有する患者生体サンプルを採取するステップを含む。頭頸部サンプルは、以下の３つの解剖学的領域を含む喉頭由来であってもよい：（ｉ）声門上喉頭には、喉頭蓋、仮声帯、喉頭室、披裂喉頭蓋ヒダ、及び披裂が含まれる；（ｉｉ）声門には、真声帯並びに前交連及び後交連が含まれる；及び声門下部は真声帯の約１ｃｍ下かを始端として、輪状軟骨下縁又は第１気管輪まで延在する。サンプルは、口唇又は口腔、例えば頬粘膜、下歯肉、上歯肉、硬口蓋、口唇、口腔底、臼後三角、又は舌の前側３分の２に由来してもよい。サンプルは、中咽頭、例えば咽頭喉頭蓋ヒダ及び舌喉頭蓋ヒダを含む舌根；扁桃窩並びに前口蓋弓及び後口蓋弓を含む扁桃部；口蓋垂を含む軟口蓋；又は咽頭壁に由来してもよい。
【００４３】
「生体サンプル」とは、バイオマーカーの発現を検出し得る細胞、組織、又は体液の任意のサンプリングを意味する。かかる生体サンプルの例としては、限定はされないが、生検及びスメアが挙げられる。本発明において有用な体液には、血液、リンパ液、尿、唾液、乳頭吸引物、婦人科学的流体、又は任意の他の生体分泌物又はそれらの派生物が含まれる。血液には、全血、血漿、血清、又は任意の血液派生物が含まれる。一部の実施形態では、生体サンプルには、頭頸部細胞、特に生検からの頭頸部組織、例えば頭頸部腫瘍組織サンプルが含まれる。生体サンプルは、例えば、範囲を擦過するか又は拭き取ることによるか、針を使用して細胞又は体液を吸引することによるか、又は組織サンプルを切除すること（即ち生検）によるなど、様々な技法によって患者から得ることができる。様々な生体サンプルを採取する方法は、当該技術分野において周知されている。一部の実施形態では、頭頸部組織サンプルは、例えば、細針吸引生検、針生検、又は切除生検によって得られる。標本の保存及び検査の促進の為、細胞又は組織に固定液及び染色液が適用され得る。生体サンプル、特に頭頸部組織サンプルは、拡大下で観察する為スライドガラスに移され得る。一実施形態において、生体サンプルは、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）頭頸部組織サンプル、特に原発性頭頸部腫瘍サンプルである。
【００４４】
５．２．組成物及びキット
本発明は、頭頸部癌患者の予後を判定する為の組成物及びキットを提供し、これは、（ａ）核ｐ１６発現レベルを計測する手段と、（ｂ）患者サンプルの核ｐ１６発現レベルと患者対照の核ｐ１６発現レベルとの比較に関する説明書とを含み、ここでは核ｐ１６発現レベルの低下が、頭頸部癌患者の予後不良の指標となる。
【００４５】
或いは、本発明はキットを提供し、このキットは、（ａ）ｐ１６由来の核酸との特異的なハイブリダイズ能を有する核酸プローブと、（ｂ）ｐ１６のＰＣＲ増幅能を有する一対の核酸プライマーと、（ｃ）ｐ１６に特異的な抗体と、（ｄ）頭頸部癌患者の組織サンプルにおいて核ｐ１６発現レベルを計測する際の使用説明書からなる群から選択される試薬とを含む。
【００４６】
バイオマーカーの発現を検出する為の当該技術分野で利用可能な任意の方法が本明細書に包含される。本発明のバイオマーカーの発現は、核酸レベルで（例えば、ＲＮＡ転写物として）又はタンパク質レベルで検出することができる。「発現を検出する」は、バイオマーカー遺伝子のＲＮＡ転写物又はその発現産物の量又は存在を決定することが意図される。従って、「発現を検出する」には、バイオマーカーが発現しない、検出可能な程発現しない、低レベルで発現する、正常なレベルで発現する、又は過剰発現すると決定される例が包含される。過剰発現を決定するには、調べようとする生体サンプルを、健康人に由来する対応する生体サンプルと比較することができる。即ち、「正常な」発現レベルとは、例えば、頭頸部癌に罹患していないヒト対象又は患者からの頭頸部組織サンプルにおけるバイオマーカーの発現レベルである。かかるサンプルは、標準化された形態で存在し得る。一部の実施形態では、バイオマーカー過剰発現の決定に、生体サンプルと健康人に由来する対応する生体サンプルとの比較は不要である。例えば、頭頸部腫瘍サンプルにおいて予後不良の指標となるバイオマーカーの過剰発現の検出により、健康人に由来する対応する頭頸部組織サンプルと比較する必要性はなくなり得る。更に、本発明の一部の態様では、目的のバイオマーカー又はバイオマーカーの組み合わせの発現なし、過小発現、又は正常発現（即ち、過剰発現が存在しない）が、頭頸部癌患者の予後に関する有用な情報を提供する。
【００４７】
本発明のバイオマーカーの発現を検出する方法、即ち遺伝子発現プロファイリングには、ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション分析に基づく方法、ポリヌクレオチドの配列決定に基づく方法、免疫組織化学的方法、及びプロテオミクスに基づく方法が含まれる。サンプル中のｍＲＮＡ発現を定量化する為の当該技術分野で公知の最も一般的に用いられる方法には、ノーザンブロッティング及びインサイチュハイブリダイゼーション（非特許文献４１）、ＲＮアーゼ保護アッセイ（非特許文献４２）、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）などの、ＰＣＲベースの方法（非特許文献４３）、及びアレイベースの方法（非特許文献４４）が含まれる。或いは、ＤＮＡ二重鎖、ＲＮＡ二重鎖、及びＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二重鎖、又はＤＮＡ−タンパク質二重鎖を含めた特別な二重鎖を認識することのできる抗体を用いてもよい。配列決定に基づく遺伝子発現解析の代表的な方法には、遺伝子発現連鎖解析（Ｓｅｒｉａｌ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ：ＳＡＧＥ）及び超並列シグネチャーシーケンシングによる遺伝子発現解析が含まれる。
【００４８】
用語「プローブ」は、特異的に意図される標的生体分子、例えば、バイオマーカーによりコードされるか又はそれに対応するヌクレオチド転写物又はタンパク質と選択的に結合する能力を有する任意の分子を指す。プローブは、当業者によって合成されてもよく、又は適切な生物学的調製物から誘導されてもよい。プローブは、標識されるように特別に設計され得る。プローブとして利用することのできる分子の例には、限定はされないが、ＲＮＡ、ＤＮＡ、タンパク質、抗体、及び有機分子が挙げられる。
【００４９】
ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション分析
一部の実施形態では、目的のバイオマーカーの発現は核酸レベルで検出される。発現を評価する為の核酸ベースの技術は当該技術分野において周知されており、例えば、生体サンプル中のバイオマーカーＲＮＡ転写物（即ち、ｍＲＮＡ）のレベルを決定することが含まれる。多くの発現検出方法が単離ＲＮＡを使用する。出発物質は、典型的には、生体サンプル、例えば腫瘍又は腫瘍細胞株、及びそれぞれ対応する正常組織又は細胞株から単離された全ＲＮＡである。従ってＲＮＡは、乳房、肺、結腸、前立腺、脳、肝臓、膵臓、脾臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮など、又は腫瘍細胞株を含め、様々な原発腫瘍から単離することができる。ｍＲＮＡの供給源が原発腫瘍である場合、ｍＲＮＡは、例えば、凍結又はアーカイブされたパラフィン包埋・固定（例えばホルマリン固定）組織サンプルから抽出することができる。
【００５０】
一般的なｍＲＮＡ抽出方法は当該技術分野において周知されており、（非特許文献４５）を含めた分子生物学の標準的なテキストに開示されている。パラフィン包埋組織からのＲＮＡ抽出方法は、例えば、（非特許文献４６）及び（非特許文献４７）に開示されている。詳細には、ＲＮＡ単離は、キアゲン（Ｑｉａｇｅｎ）（カリフォルニア州バレンシア（Ｖａｌｅｎｃｉａ，Ｃａｌｉｆ．））などの商業的製造業者からの精製キット、緩衝液セット及びプロテアーゼを使用して、製造業者の指示に従い実施することができる。例えば、培養下の細胞からの全ＲＮＡは、キアゲン（Ｑｉａｇｅｎ）ＲＮイージー（ＲＮｅａｓｙ）ミニカラムを使用して単離することができる。他の市販のＲＮＡ単離キットとしては、マスターピュア（ＭａｓｔｅｒＰｕｒｅ）（商標）コンプリートＤＮＡ及びＲＮＡ精製キット（エピセンター（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ）、ウィスコンシン州マディソン（Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．））及びパラフィンブロックＲＮＡ単離キット（アンビオン（Ａｍｂｉｏｎ）、テキサス州オースティン（Ａｕｓｔｉｎ，Ｔｅｘ．））が挙げられる。組織サンプルからの全ＲＮＡは、例えば、ＲＮＡスタット６０（ＲＮＡ  Ｓｔａｔ−６０）（テル−テスト（Ｔｅｌ−Ｔｅｓｔ）、テキサス州フレンズウッド（Ｆｒｉｅｎｄｓｗｏｏｄ，Ｔｅｘ．））を使用して単離することができる。腫瘍から調製されるＲＮＡは、例えば、塩化セシウム密度勾配遠心法により単離することができる。加えて、例えばチョムジンスキー（Ｃｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉ）のシングルステップＲＮＡ単離手法（特許文献１）など、当業者に周知の技法を用いて、多数の組織サンプルを容易に処理することができる。
【００５１】
単離されたｍＲＮＡは、限定はされないが、サザン又はノーザン解析、ＰＣＲ解析及びプローブアレイを含めたハイブリダイゼーション又は増幅アッセイで使用することができる。ｍＲＮＡレベルの検出方法の一つは、検出しようとする遺伝子によりコードされるｍＲＮＡとハイブリダイズすることのできる核酸分子（プローブ）に単離ｍＲＮＡを接触させることを含む。核酸プローブは、例えば、完全長ｃＤＮＡ、又はその一部分、例えば少なくとも７、１５、３０、５０、１００、２５０、又は５００ヌクレオチド長の、且つ本発明のバイオマーカーをコードするｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡとストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするのに十分なオリゴヌクレオチドであってもよい。ｍＲＮＡとプローブのハイブリダイゼーションは、問題のバイオマーカーが発現していることを示す。
【００５２】
一実施形態では、例えば単離ｍＲＮＡをアガロースゲル上で泳動させ、そのｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースなどの膜に移すことにより、ｍＲＮＡを固体表面上に固定化してプローブと接触させる。代替的実施形態では、例えばアジレント（Ａｇｉｌｅｎｔ）遺伝子チップアレイにおいて、プローブを固体表面上に固定化し、ｍＲＮＡをプローブと接触させる。当業者は、公知のｍＲＮＡ検出方法を、本発明のバイオマーカーによりコードされるｍＲＮＡレベルの検出における使用に容易に適合させることができる。
【００５３】
サンプル中のバイオマーカーｍＲＮＡレベルを決定する代替的な方法は、例えばＲＴ−ＰＣＲ（特許文献２）、リガーゼ連鎖反応（非特許文献４８）、自家持続配列複製法（非特許文献４９）、転写増幅システム（非特許文献５０）、Ｑベータレプリカーゼ（非特許文献５１）、ローリングサークル複製（特許文献３）、又は任意の他の核酸増幅法と、続く当業者に周知の技法を用いる増幅された分子の検出による、核酸増幅プロセスを含む。これらの検出スキームは、かかる分子が極めて少数で存在する場合の核酸分子の検出に特に有用である。本発明の詳細な態様において、バイオマーカー発現は、定量的蛍光ＲＴ−ＰＣＲ（即ち、タックマン（ＴａｑＭａｎ）（登録商標）システム）によって評価される。ＰＣＲ解析に関しては、解析に使用するプライマー配列を決定する為の周知の方法が当該技術分野で利用可能である。
【００５４】
ＲＮＡのバイオマーカー発現レベルは、膜ブロット（ノーザン、サザン、ドットなどのハイブリダイゼーション分析で使用されるような）、又はマイクロウェル、サンプル管、ゲル、ビーズ、又は繊維（又は結合した核酸を含む任意の固体支持体）を使用してモニタされ得る。例えば、（特許文献４）、（特許文献５）、（特許文献６）、（特許文献７）及び（特許文献８）を参照のこと。バイオマーカー発現の検出はまた、溶液中における核酸プローブの使用も含み得る。
【００５５】
本発明の一実施形態では、マイクロアレイを使用してバイオマーカー発現を検出する。マイクロアレイは、異なる実験間での再現性から、この目的に特に良く適している。ＤＮＡマイクロアレイは、多数の遺伝子の発現レベルを同時に計測する一つの方法を提供する。各アレイは、固体支持体に付着した再現性のあるパターンの捕捉プローブからなる。標識されたＲＮＡ又はＤＮＡがアレイ上の相補的なプローブとハイブリダイズし、次にレーザー走査によって検出される。アレイ上の各プローブのハイブリダイゼーション強度が決定され、相対遺伝子発現レベルを表す定量的な値に変換される。例えば、（特許文献９）、（特許文献１０）及び（特許文献１１）、（特許文献１２）、及び（特許文献１３）を参照のこと。サンプル中の多数のＲＮＡについて遺伝子発現プロファイルを決定するには、高密度オリゴヌクレオチドアレイが特に有用である。
【００５６】
機械的合成方法を用いたこれらのアレイの合成技法が、例えば（特許文献１４）に記載されている。概して平坦なアレイ表面が使用されるが、アレイは事実上任意の形状の表面上に、又は更には多重の表面上であっても作製することができる。アレイは、ビーズ、ゲル、ポリマー表面、繊維（光ファイバーなど）、ガラス、又は任意の他の適切な基板上にある核酸（又はペプチド）であり得る。例えば、（特許文献１５）、（特許文献１６）、（特許文献１７）、（特許文献１８）及び（特許文献１９）を参照のこと。アレイは、包括的な装置の診断又は他の操作を可能にするような方法でパッケージングされ得る。例えば、（特許文献２０）及び（特許文献２１）を参照のこと。
【００５７】
マイクロアレイ技法の具体的な実施形態では、ｃＤＮＡクローンのＰＣＲ増幅されたインサートが高密度アレイで基板に加えられる。例えば、少なくとも１０，０００個のヌクレオチド配列が基板に加えられる。各１０，０００要素でマイクロチップ上に固定化されたマイクロアレイ搭載遺伝子は、ストリンジェントな条件下におけるハイブリダイゼーションに好適である。目的の組織から抽出したＲＮＡの逆転写により蛍光ヌクレオチドを取り込むことによって、蛍光標識ｃＤＮＡプローブを作成することができる。チップに加えた標識ｃＤＮＡプローブが特異性をもってアレイ上のＤＮＡの各スポットとハイブリダイズする。ストリンジェントな洗浄により非特異的に結合したプローブを取り除いた後、共焦点レーザー顕微鏡によるか、又は別の検出方法、例えばＣＣＤカメラにより、チップを走査する。各アレイ搭載要素のハイブリダイゼーションの定量化により、対応するｍＲＮＡ存在量を評価することが可能となる。
【００５８】
二色蛍光では、２つのＲＮＡ供給源から作成される個別に標識されたｃＤＮＡプローブが、ペアワイズでアレイとハイブリダイズされる。従って、指定された各遺伝子に対応する２つの供給源からの転写物の相対的な存在量が同時に決定される。小規模化したハイブリダイゼーションで、多数の遺伝子についての発現パターンの簡便且つ高速の評価が提供される。かかる方法は、細胞当たり数コピーで発現する希少な転写物を検出するのに必要な感度を有し、且つ少なくとも約２倍の発現レベルの差を再現性良く検出することが示されている（非特許文献５２）。マイクロアレイ解析は、アフィメトリクス（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）ジーンチップ（ＧｅｎＣｈｉｐ）技術、又はアジレント（Ａｇｉｌｅｎｔ）インクジェットマイクロアレイ技術を使用することによるなど、市販の機器によって、製造業者のプロトコルに従い実施することができる。遺伝子発現の大規模解析の為のマイクロアレイ方法の開発により、様々な腫瘍型における癌の分類及び転帰予測の分子マーカーを系統的に調べることが可能になる。
【００５９】
遺伝子発現連鎖解析（ＳＡＧＥ）は、多数の遺伝子転写物の同時の定量分析を可能にする方法である。第一に、転写物を一意に同定するのに十分な情報を含む短い配列タグ（約１０〜１４ｂｐ）が作成され、但し、このタグは、各転写物内でユニークな位置から得られるものとする。次に、多数の転写物が共に連結されて長い連続的な分子が形成され、これを配列決定することで、複数のタグの同一性を同時に明らかにすることができる。任意の転写物集合の発現パターンは、個々のタグの存在量を決定し、且つ各タグに対応する遺伝子を同定することにより、定量的に評価することができる。（非特許文献５３）（非特許文献５４）を参照のこと。
【００６０】
核酸レベルでのバイオマーカー発現解析のさらなる方法は、（非特許文献５５）により記載されるとおりの超並列シグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）による遺伝子発現解析である。これは、非ゲルベースのシグネチャーシーケンシングを、別個の５μＭ直径マイクロビーズ上にあるにおいて数百万個の鋳型のインビトロクローニングと組み合わせる配列決定手法である。初めに、インビトロクローニングによってＤＮＡ鋳型のマイクロビーズライブラリが構築される。次に、鋳型を含むマイクロビーズの平面アレイがフローセルに高密度（典型的には３．０×１０６マイクロビーズ／ｃｍ２超）で構築される。ＤＮＡ断片の分離が不要な蛍光ベースのシグネチャーシーケンシング方法を用いて、各マイクロビーズ上のクローニングされた鋳型の自由端が同時に解析される。この方法は、唯一つの操作で、酵母ｃＤＮＡライブラリから数十万個の遺伝子シグネチャー配列を同時に且つ正確に提供することが示されている。
【００６１】
後成的修飾
本発明の方法はまた、アセチル化、メチル化、リン酸化、ＳＵＭＯ化、又はユビキチン化などの翻訳後修飾又は後成的変化を検出する方法が付随し、及び／又はそのような方法によって補足され得る。かかる後成的変化は、ヒストンアセチル化、キナーゼリン酸化など、タンパク質で起こることも、又はＣｐＧ部位における５’メチルシトシン又は５’ヒドロメチルシトシン形成など、核酸で起こることもある。
【００６２】
後成的変化の計測方法は当該技術分野において公知であり、例えば核酸について：（特許文献２２）、（特許文献２３）、（特許文献２４）；（特許文献２５）、（特許文献２６）；（特許文献２７）；（特許文献２８）；（特許文献２９）；（特許文献３０）；（特許文献３１）；タンパク質について、（特許文献３２）。
【００６３】
免疫組織化学
免疫組織化学的方法もまた、本発明のバイオマーカーの発現レベルを検出するのに好適である。一実施形態において、例えば当該技術分野において公知の生検法により、患者頭頸部組織サンプルが収集される。サンプルは後に調製する為凍結されてもよく、又は直ちに固定液中に置かれてもよい。組織サンプルは、試薬、例えば、ホルマリン、グルタルアルデヒド（ｇｌｕｔｅｒａｌｄｅｈｙｄｅ）、メタノールなどで処理して固定し、パラフィンに包埋することができる。ホルマリン固定パラフィン包埋組織サンプルから免疫組織化学分析用のスライドを調製する方法は、当該技術分野において周知されている。
【００６４】
場合によっては、抗体結合に利用可能なバイオマーカー抗原を作製する為、サンプルを修飾することが必要となり得る。例えば、組織サンプルのホルマリン固定によりタンパク質の広範な架橋結合が生じ、これが抗原部位のマスキング又は破壊、ひいては抗体の染色不良につながり得る。本明細書で使用されるとき、「抗原回復」又は「抗原アンマスキング」は、例えばホルマリン固定パラフィン包埋組織サンプルにおける抗原の露出を高め又は抗原性を回復する為の方法を指す。本発明の実施では、当該技術分野において公知の抗原回復方法を含め、抗体結合の為の抗原の露出を高める任意の方法を用いることができる。例えば、（非特許文献５６）及び（非特許文献５７）を参照のこと。
【００６５】
抗原回復方法としては、限定はされないが、タンパク質分解酵素（例えば、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン、プロナーゼなど）又は抗原回復溶液による処理が挙げられる。目的の抗原回復溶液は、例えば、クエン酸緩衝液、ｐＨ６．０、トリス緩衝液、ｐＨ９．５、ＥＤＴＡ、ｐＨ８．０、Ｌ．Ａ．Ｂ．（「抗体結合を離れさせる溶液（Ｌｉｂｅｒａｔｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎ）」、ポリサイエンス（Ｐｏｌｙｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ペンシルベニア州ウォリントン（Ｗａｒｒｉｎｇｔｏｎ，Ｐａ．））、抗原回復グリカ（Ｇｌｙｃａ）溶液（バイオジェネックス（Ｂｉｏｇｅｎｅｘ）、カリフォルニア州サンラモン（Ｓａｎ  Ｒａｍｏｎ，Ｃａｌｉｆ））、クエン酸緩衝液、ｐＨ４．０、ドーン（Ｄａｗｎ）（登録商標）洗剤（プロクター・アンド・ギャンブル（Ｐｒｏｃｔｏｒ  ＆  Ｇａｍｂｌｅ）、オハイオ州シンシナティ（Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉ，Ｏｈｉｏ））、脱イオン水、及び２％氷酢酸を含む。一部の実施形態では、抗原回復は、ホルマリン固定組織サンプルに抗原回復溶液を加え、次にサンプルをオーブン（例えば６０℃で）、スチーマー（例えば９５℃で）、又は加圧調理器（例えば１２０℃で）において指定した温度で規定の時間にわたり加熱することを含む。本発明の他の態様では、抗原回復は室温で実施されてもよい。インキュベーション時間は、選択された詳細な抗原回復溶液及びインキュベーション温度によって異なり得る。例えば、抗原回復溶液は、５、１０、２０、又は３０分程度の短い間又は最長一晩にわたりサンプルに加えられ得る。適切な抗原回復溶液並びに最適なインキュベーション時間及び温度を決定する為のアッセイの設計は標準的であり、十分に当業者の通常の能力の範囲内にある。
【００６６】
抗原回復後、サンプルは、適切なブロッキング剤（例えば、過酸化水素）を使用してブロックされる。次に目的のバイオマーカーに特異的な抗体がサンプルと共に、抗原−抗体結合を可能にするのに十分な時間にわたりインキュベートされる。詳細な実施形態において、５つの異なるバイオマーカーに特異的な少なくとも５つの抗体を使用して頭頸部癌患者の予後が評価される。２つ以上の抗体が使用される場合、これらの抗体は単一のサンプルに個々の抗体試薬として逐次的に加えても、又は抗体カクテルとして同時に加えてもよい。或いは、個々の抗体をそれぞれ単一の患者サンプルからの別個の組織切片に加え、得られたデータをプールしてもよい。
【００６７】
抗体結合を検出する技法は当該技術分野において周知されている。目的のバイオマーカーに対する抗体結合は、抗体結合レベル、従ってバイオマーカータンパク質発現レベルに対応する検出可能なシグナルを生成する化学的試薬の使用によって検出することができる。例えば、抗体結合は、標識ポリマーとコンジュゲートされる二次抗体の使用によって検出することができる。標識ポリマーの例としては、限定はされないが、ポリマー−酵素コンジュゲートが挙げられる。これらの複合体中の酵素は、典型的には、抗原−抗体結合部位における色素原の沈着を触媒する為に使用され、これにより目的のバイオマーカーの発現レベルに対応する細胞又は組織染色が得られる。特に有利な酵素としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）及びアルカリホスファターゼ（ＡＰ）が挙げられる。市販の抗体検出システム、例えば、ダコ（Ｄａｋｏ）エンビジョンプラス（Ｅｎｖｉｓｉｏｎ＋）システム（デンマーク国グロストルップ（Ｇｌｏｓｔｒｕｐ））及びバイオケアメディカル（Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ）のマッハ３（Ｍａｃｈ  ３）システム（カリフォルニア州コンコード（Ｃｏｎｃｏｒｄ，Ｃａｌｉｆ．））を本発明の実施に使用することができる。
【００６８】
用語「抗体（ａｎｔｉｂｏｄｙ）」及び「抗体（ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ）」には、広義に、天然に存在する形態の抗体及び組換え抗体、例えば一本鎖抗体、キメラ及びヒト化抗体、及び多重特異性抗体並びに前述の全ての断片及び誘導体であって、少なくとも抗原性結合部位を有する断片及び誘導体が包含される。抗体誘導体には、抗体とコンジュゲートしたタンパク質又は化学的部分が含まれ得る。本発明の実施に使用される抗体は、目的のバイオマーカータンパク質に対して特異性を有するように選択される。抗体の作製方法及び適切な抗体の選択方法は、当該技術分野において公知である。例えば、（非特許文献５８）を参照のこと。一部の実施形態では、特定のバイオマーカータンパク質に特異的な市販の抗体を、本発明の実施に使用することができる。本発明の抗体は、組織学的サンプルの望ましい染色に基づき選択することができる。即ち、抗体は、最終的なサンプルのタイプ（例えば、ホルマリン固定パラフィン包埋頭頸部腫瘍組織サンプル）を考慮して、且つ結合特異性の点で選択される。
【００６９】
抗体結合の検出は、抗体を検出可能な物質とカップリングすることにより促進することができる。検出可能な物質の例としては、様々な酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、及び放射性物質が挙げられる。好適な酵素の例としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、及びアセチルコリンエステラーゼが挙げられる。好適な補欠分子族複合体の例としては、ストレプトアビジン／ビオチン及びアビジン／ビオチンが挙げられる。好適な蛍光物質の例としては、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ）、塩化ダンシル、及びフィコエリトリンが挙げられる。発光物質の例はルミノールである。生物発光物質の例としては、ルシフェラーゼ、ルシフェリン及びエクオリンが挙げられる。好適な放射性物質の例としては、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓ、及び３Ｈが挙げられる。
【００７０】
本発明の免疫組織化学的方法における抗体染色の検出に関して、当該技術分野には、生体サンプル中の複数の分子種（例えば、バイオマーカータンパク質）の量を定量的に決定する為のビデオ顕微鏡及びソフトウェア方法もまた存在し、ここで各分子種の存在は、特定の色を有する代表的な色素マーカーにより示される。かかる方法は、当該技術分野では比色分析法としても知られる。このような方法において、ビデオ顕微鏡法は、染色された後の生体サンプルの画像を提供して、目的とする特定のバイオマーカーの存在を視覚的に示す為に用いられる。例えば、（特許文献３３）及び（特許文献３４）を参照されたく、これらの明細書は、色素マーカーのそれぞれ光学濃度又は透過率値により示されるとおりの、イメージングシステム及び関連ソフトウェアによって決定するときの代表的色素マーカーの存在に基づき相対的な各分子種存在量を決定する為のイメージングシステム及び関連ソフトウェアの使用を開示する。これらの技法は、その構成要素の色部分に「分解」された単一のビデオ画像を使用して、染色された生体サンプルにおける各分子種の相対量の定量的な決定を提供する。
【００７１】
プロテオミクス
用語「プロテオーム」は、ある時点でサンプル（例えば、組織、生物又は細胞培養物）中に存在するタンパク質の全体性として定義される。プロテオミクスは、とりわけ、サンプルにおけるタンパク質発現の大域的変化の研究を含む（「発現プロテオミクス」とも称される）。プロテオミクスは、典型的には以下のステップを含む：（１）２−Ｄゲル電気泳動（２−Ｄ  ＰＡＧＥ）又は液体／ガスクロマトグラフィーによるサンプル中の個々のタンパク質の分離；（２）ゲルから回収された又はカラム画分に含まれた個々のタンパク質の、例えば質量分析法又はＮ末端シーケンシングによる同定、及び（３）バイオインフォマティクスを使用したデータ解析。プロテオミクス方法は、他の遺伝子発現プロファイリング方法の有用な補足であり、単独で、又は他の方法と組み合わせて使用して、本発明のバイオマーカーの産物を検出することができる。
【００７２】
キット
本発明の方法を実施する為のキットが更に提供される。「キット」とは、核酸プローブ、抗体などの、本発明のバイオマーカーの発現を特異的に検出する為の少なくとも１つの試薬を含む任意の製造物（例えば、パッケージ又は容器）が意図される。キットは、本発明の方法を実施する為のユニットとして宣伝され、流通し又は販売され得る。加えて、キットは、キット及びその使用方法を説明する添付文書を含み得る。
【００７３】
詳細な実施形態において、バイオマーカー過剰発現を核酸レベルで検出することを含む頭頸部癌患者の予後の診断及び評価用キットが提供される。かかるキットは、手動及び自動の両方の核酸検出技法（例えば、遺伝子アレイ）に適合性を有する。こうしたキットは、例えば、５つの異なるバイオマーカー核酸又はその断片に特異的に結合する少なくとも５つの核酸プローブを含む。
【００７４】
他の実施形態では、本発明の免疫組織化学的方法を実施する為のキットが提供される。かかるキットは、手動及び自動の両方の免疫組織化学的技法（例えば、細胞染色）に適合性を有する。こうしたキットは、少なくとも５つの異なるバイオマーカーの発現を特異的に検出する為の少なくとも５つの抗体を含む。キットにおいて各抗体は、個々の試薬として提供されるか、或いは、少なくとも５つの異なるバイオマーカーに特異的な少なくとも５つの抗体を含む抗体カクテルとして提供され得る。
【００７５】
キット試薬の一部又は全てが、密封容器中など、試薬を外部環境から保護する容器内に提供され得る。キットには、本発明に従い用いられる試薬の活性を検証し及びその使用を補正する為の陽性及び／又は陰性対照が含まれ得る。対照には、少なくとも５つの異なるバイオマーカーの存在に関して陽性或いは陰性であることが分かっているサンプル、例えば、スライドガラスに固定された組織切片、細胞、組織又は細胞株からのＲＮＡ調製物などが含まれ得る。対照の設計及び使用は標準的であり、十分に当業者の通常の能力の範囲内にある。
【００７６】
頭頸部癌を予防又は治療する化合物を同定する方法であって、この方法は、（ａ）組織又は動物モデルを化合物に接触させるステップと、（ｂ）核ｐ１６発現レベルを計測するステップと、（ｃ）動物モデルの核ｐ１６発現レベルを対照に関連するレベルと比較するステップと、細菌レベルに対する化合物の機能的効果を決定するステップであって、それにより頭頸部癌を予防又は治療する化合物を同定するステップとを含む。
【００７７】
冠詞「ａ」及び「ａｎ」は、本明細書では、その冠詞の文法上の目的語の１つ又は２つ以上（即ち、少なくとも１つ）を指して使用される。例として、「要素（ａｎ  ｅｌｅｍｅｎｔ）」は１つ以上の要素を意味する。
【００７８】
本明細書全体を通じて、語句「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、又は「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」若しくは「〜を含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などの変化形は、記載される要素、完全体若しくはステップ、又は要素、完全体若しくはステップの群の包含を含意するが、しかし任意の他の要素、完全体若しくはステップ、又は要素、完全体若しくはステップの群の除外は含意しないものと理解される。本発明は、好適には、特許請求の範囲に記載されるステップ及び／又は試薬を含み、それらからなり、又はそれらから本質的になり得る。
【００７９】
以下の実施例は本発明を更に説明し、本発明の範囲を限定することは意図していない。
【実施例】
【００８０】
６．１．異なる細胞ｐ１６ＩＮＫ４ａ局在化は、頭頸部癌において異なる生存転帰のシグナルを発し得る
カロライナ頭頸部癌研究（Ｃａｒｏｌｉｎａ  Ｈｅａｄ  ａｎｄ  Ｎｅｃｋ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｔｕｄｙ：ＣＨＡＮＣＥ）は、２００２年〜２００６年にノースカロライナ州中部及び東部の４６郡で実施された偶発ＨＮＳＣＣの集団ベース症例対照研究であった（非特許文献５９）。この研究から、ＵＮＣ病院で治療を受けた者であって、且つバンクに保存された利用可能な組織があった１４３人の患者のサブコホートを適格とした。鼻咽頭を除くあらゆる頭頸部亜部位（口腔、中咽頭、喉頭及び下咽頭）の癌を有する患者を組み入れた。治療の決定は、患者の年齢、腫瘍範囲、部位、共存症及びパフォーマンスステータスに基づきＵＮＣ頭頸部集学的チームによって提言された。臨床情報を患者カルテから抽出した。ＵＮＣで完全な医療ケアを受けた患者は、次に再燃及び死亡を含む転帰に関する診療記録の後向きレビューを行った。ＵＮＣ外部の地域施設で経過観察を受けた患者は、次にその地域施設に診療記録を請求し、又はその外部施設から情報の回答が得られない場合には、ＣＨＡＮＣＥ研究プロトコルに準拠して社会保障死亡指数（Ｓｏｃｉａｌ  Ｓｅｃｕｒｉｔｙ  Ｄｅａｔｈ  Ｉｎｄｅｘ）及び地域の死亡記事に患者死亡を照会した。ｐ１６染色に十分な腫瘍サンプルがない患者は除外し、１３５人の患者が本分析に残った。バリデーションには独立したＵＮＣ  ＴＭＡコホート（これについては本発明者らのグループが以前報告した（非特許文献６０）が利用可能であった。
【００８１】
組織マイクロアレイ
ホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍ブロックからのコアサンプルを使用して、組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）を構築した。ヘマトキシリン・エオシン染色スライドを２人の病理学者が改めて調べ、初期診断を確認した。１ｍｍマイクロアレイブロックを、ビーチャー・インスツルメンツ（Ｂｅｅｃｈｅｒ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）（ウィスコンシン州サン・プレイリー（Ｓｕｎ  Ｐｒａｉｒｉｅ  ＷＩ）５３５９０）の手動組織マイクロアレイヤー１においてトリプリケートで構築した。各組織マイクロアレイから連続する４マイクロメートル切片を切断した。切片スライドをパラフィンコーティングし、染色まで４℃で保存した。本分析には第２の確認用組織リソースもまた使用しており、その構築及び結果は既に報告している（非特許文献６０）。簡潔に言えば、１８〜３９歳の４２例のＨＮＳＣＣのコホートを含むＴＭＡ（若年非喫煙口腔コホート、ＹＮＯＣＣと命名する）を、上記と同様の方法で構築した。他の点では、組織及び試薬の処理は本方法と一致する。
【００８２】
ｐ１６免疫組織化学染色（ＩＨＣ）
ｐ１６  ＩＨＣ染色を、ボンド（Ｂｏｎｄ）自動染色装置（ライカ・マイクロシステムズ・インコーポレイテッド（Ｌｅｉｃａ  Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｉｎｃ）、マサチューセッツ州ノーウェル（Ｎｏｒｗｅｌｌ  ＭＡ）０２０６１）において製造業者のＩＨＣプロトコルに従い実施した。スライドを６０度のオーブンに入れ、過剰なパラフィンを取り除いた。次にスライドを自動染色装置に置き、ボンド（Ｂｏｎｄ）脱蝋溶液（ＡＲ９２２２）で脱蝋し、ボンド（Ｂｏｎｄ）洗浄溶液（ＡＲ９５９０）で水和させた。抗原回復を、ボンド（Ｂｏｎｄ）エピトープ回復溶液１（ｐＨ６．０、ＡＲ９９６１）中、１００℃で３０分間実施した。次にスライドを、ｐ１６ＩＮＫ４ａ抗体（マウスモノクローナル抗ｐ１６抗体（ＭＡＢ４１３３）、ケミコン（Ｃｈｅｍｉｃｏｎ）（登録商標）インターナショナルカンパニー／ミリポア・コーポレイション（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）、カリフォルニア州テメキュラ（Ｔｅｍｅｃｕｌａ  ＣＡ）９２５９０）と共に１５分間インキュベートした。ボンド（Ｂｏｎｄ）ポリマーリファイン検出システム（ＤＳ９８００）を使用して抗体検出を実施した。染色スライドを脱水し、カバーガラスを加えた。ＵＮＣのトランスレーショナル病理検査室（Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  Ｌａｂ）でＩＨＣを実施した。ＩＨＣの完了後、スライドは本発明者らの研究室に室温で保存され、後の参照用に全てのＴＭＡスライドの仮想スキャンコピーを保管されることになる。
【００８３】
ＨＰＶインサイチュハイブリダイゼーション
ベンタナ（Ｖｅｎｔａｎａ）ベンチマークＸＴ自動染色装置でＨＰＶインサイチュハイブリダイゼーションを実施した。スライドの脱パラフィン、コンディショニング、及びインフォームＨＰＶ  ＩＩＩファミリー１６（ＩＮＦＯＲＭ  ＨＰＶ  ＩＩＩ  Ｆａｍｉｌｙ  １６）プローブ（Ｂ：ベンタナ・メディカル・システムズ（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ））による染色を、自動染色装置で製造業者のプロトコルに従い実施した。これらのプローブは、ＨＰＶサブタイプ１６、１８、３１、３３、３５、３９、４５、５１、５２、５６、５８及び６６に対して親和性を有する。腫瘍核に点状の又は拡散したシグナルパターンが観察された場合にスライドをＨＰＶ陽性としてスコア化した。
【００８４】
ｐ１６タンパク質発現
患者の臨床データに関して知らされない病理学者によりｐ１６発現を評価した。ＣＨＡＮＣＥ  ＴＭＡ及びＹＮＯＣＣ  ＴＭＡを２人の病理学者が読み取り、不確定なスコアがあれば第３の病理学者が評価した。アペリオ（Ａｐｅｒｉｏ）スキャンスコープ（Ｓｃａｎｓｃｏｐｅ）を使用して細胞のデジタル画像をキャプチャした（倍率２００倍）。ｐ１６過剰発現体であることが以前示された組織サンプル（子宮内膜）を、強度スコア化用の陽性対照として使用した。各サンプルに０〜３の尺度で細胞質強度スコア及び核強度スコアを付与し、ここで強度は、０は染色なし；１、かすかな又は限局的な細胞質染色；２、中程度の拡散した染色；３、強い拡散した染色でスコア化される。陽性核を有する腫瘍細胞の割合は、各１００個の腫瘍細胞の検鏡視野を１０視野スコア化することにより決定した。各標本について、０〜１００の範囲の細胞質染色及び核染色用の半定量的百分率スコアを作成した。患者ブロック当たり３つのコアを得ることを目標にＴＭＡを構築した。全てのブロックが十分な組織を有したわけではなく、ある場合には１つのみ又は２つのコアとなった。複数のコアを有したサンプルは、全コアにわたる平均強度又は百分率スコアを当該のサンプルの最終的な強度又は百分率スコアとして使用した。細胞質又は核における平均強度スコアと平均百分率スコアとを乗じることにより、複合産物スコアを計算した。中咽頭患者におけるスコアの二峰性の分布に基づき（図３の濃い灰色）、１００の核産物スコアを核染色のカットオフとして使用した。細胞質染色の第７５百分位数（１３３．４）が細胞質染色のカットオフであるものと見なした。強度の核染色を有した全てのサンプルが強度の細胞質染色も有し、合計３種類となった。核産物スコア≧１００の患者を強度の核染色（ＨＮ）と見なした。細胞質スコアの第７５百分位数（１３３．４）以上の産物スコアを有する患者を、その患者がＨＮ群でない場合には、強度の細胞質染色（ＩＴＣ）と見なした。強度の核スコア又は強度の細胞質スコアのいずれの基準にも達しなかった患者を、軽度の染色群（ＬＳ）に分類した。この実験的分離に基づき患者を３群、即ち強度の核染色・任意の細胞質染色（ＨＮ）、強度の細胞質染色・軽度の核染色（ＨＣ）、及び軽度の核染色及び細胞質染色（ＬＳ）に分けた。
【００８５】
統計的分析
全ての統計的分析は、Ｒ  ２．９．２ソフトウェア（ｈｔｔｐ：／／ｃｒａｎ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ）を使用して実施した。各群（ＨＮ、ＨＣ、ＬＳ）の患者のベースライン特性を、カテゴリ変数についてはフィッシャーの直接確率検定を使用し、及び連続変数については一元配置分散分析（ＡＮＯＶＡ）を使用して比較した。診断日から死亡日又は最後に記録された経過観察日までの時間として全生存（ＯＳ）を計算した。無進行生存（ＰＦＳ）は、診断日から疾患進行日又は最後に記録された経過観察日若しくは任意の原因による死亡日までの時間として定義した。疾患の進行は、診療記録に示されるとおりの任意の記録された腫瘍進行（局所又は遠隔）として定義した。全ての観察を６０ヶ月で打ち切った。カプラン・マイヤー法を使用して生存曲線を計算し、ログランク検定を使用してノンパラメトリックに比較した。コックス比例ハザードモデルを使用して異なるｐ１６染色群の間におけるハザード比を推定し、患者の飲酒状態、腫瘍ステージ、腫瘍部位及びＨＰＶ染色に関しては調整した。全ての統計的検定は両側で有意水準は０．０５とし、全ての報告される信頼区間は両側９５％信頼水準で構成された。
【００８６】
結果
患者特性
研究期間中に１４３人の患者が同定され、そのうち１３５人がｐ１６染色に十分な腫瘍サンプルを有した。これらの患者の追跡期間中央値は６．６７年で、５人の患者のみが５年以上の追跡が不可能であった。これらの患者のベースライン特性を表１に要約する。患者の診断時年齢中央値は５７歳（範囲２０〜８２歳）であった。患者の６８．９％が男性で、これは全国平均と同等である（非特許文献６１）。ほとんどの患者が喫煙歴を有し及び／又はアルコール飲用者であり、１２人（９％）のみが喫煙未経験者及び４４人（約３０％）が飲酒未経験者であった。更に、２人を除く１２３人の喫煙者全員が、１０パックイヤーを上回る喫煙歴であった。患者の約３０％が手術又は放射線単独による単独治療法を受けた。他の患者は異なる治療方法の併用を受けた。１６人（１１．９％）の患者にＨＰＶ陽性が認められ、そのうち１４人が中咽頭腫瘍を有し、他の２人が口腔に腫瘍を有した。
【００８７】
ｐ１６発現
サンプル集合では、いずれの患者に関しても３つのコアのうち少なくとも１つでｐ１６がベースライン細胞質及び核染色を示した。ｐ１６染色のＩＨＣ像の例を図２に示す。全体的に見て、中咽頭癌及びＨＰＶ陽性癌が、他の型の腫瘍と比較して細胞質及び核の両方でより強いｐ１６染色を有した（図３）。核産物スコア中央値は、非中咽頭サンプルの０と比較して、中咽頭腫瘍サンプルでは２２であった（等密度の並べ替え検定ｐ値＜０．００１）。細胞質産物スコア中央値は、非中咽頭サンプルにおける３８の産物スコア中央値と比較して、中咽頭腫瘍サンプルでは１５０であった（等密度の並べ替え検定ｐ値＜０．００１）。９人の患者が強度の核ｐ１６染色及び強度の細胞質ｐ１６染色（ＨＮ）を有し、２５人の患者が強度の細胞質染色・軽度の核染色（ＨＣ）を有し、１０１人が軽度のｐ１６染色（ＬＳ）を有した。種々の染色群の間で年齢、性別、喫煙状態、Ｔステージ及び臨床ステージに有意な差はなかった。しかしながら、強度の核又は細胞質ｐ１６染色を有する患者は、軽度のｐ１６染色群と比較して中咽頭腫瘍及び初期リンパ節ステージ（Ｎ０〜Ｎ１）をより多く有した。
【００８８】
ＨＰＶインサイチュハイブリダイゼーション
表２は、ＨＰＶ陽性及び喫煙状態に対する腫瘍部位の分布を要約する。全体的に見て、１４３人中１６人の患者がＨＰＶ陽性染色を示し、そのうち１４人が中咽頭に腫瘍を有し、２人が口腔に腫瘍を有した。ＨＰＶ陽性率は、少なくとも一部には本発明者らの試験集団における極めて高い喫煙率に起因して（（非特許文献１４）；（非特許文献６２））、一部の臨床試験及び他の大学ベースの報告（（非特許文献６３）；（非特許文献１３））より低かった。本研究においては中咽頭腫瘍の５８％（１４／２４人）がＨＰＶ陽性染色を示し、中咽頭癌において６４％のＨＰＶ陽性を報告したデスーザ（Ｄ’Ｓｏｕｚａ）及び共同研究者ら（非特許文献６２）などのこれまでの報告と同等であった。中咽頭腫瘍以外のＨＰＶ陽性染色はまれであったが、これは中咽頭以外ではＨＰＶ感染率が低いという一般的な理解と一致する（非特許文献２１）。これらのＨＰＶ陽性患者の圧倒的多数は重度の喫煙者であった：１６人中１３人のＨＰＶ感染患者が、最低でも１８パックイヤーの長期喫煙歴を有した。ＨＰＶ感染は細胞質及び核の両方のｐ１６陽性と強く関連付けられている。３人を除く全てのＨＰＶ陽性患者が、強度の核ｐ１６発現又は強度の細胞質ｐ１６発現を有すると分類された。
【００８９】
生存分析
全コホートでは、３年全生存（ＯＳ）率は６３．０％（９５％ＣＩ：５５．３％〜７１．７％）であり、３年無進行生存（ＰＦＳ）率は５４．１％（９５％ＣＩ：４６．３％〜６３．２％）であった。１例のみの死亡が追跡中にＨＮ群で起こった。ＬＳ群では、３年ＯＳ及びＰＦＳは、カプラン・マイヤー法を使用して６５．３％（９５％ＣＩ：５６．７％〜７５．３％）及び５４．５％（９５％ＣＩ：４５．６％〜６５．１％）と推定された。３年ＯＳ及びＰＦＳは、ＨＣ群ではそれぞれ４０％（９５％ＣＩ：２４．７％〜６４．６％）及び３６％（９５％ＣＩ：２１．３％〜６０．７％）と推定された（図４）。ＨＮ群における３年ＯＳ及びＰＦＳ生存は１００％であり、信頼区間は評価不能であった。ＯＳ及びＰＦＳの両方の結果が染色群間で有意に異なり、ログランク検定ｐ値はそれぞれ０．００６及び０．００９であった。ＨＰＶ陽性群とＨＰＶ陰性群との間でＯＳ又はＰＦＳに有意な差はなかった（それぞれｐ＝０．５０９及び０．４３４）。
【００９０】
コックス比例ハザードモデルを使用して各変数とＯＳ及びＰＦＳとの間の関係を評価した（表３）。ｐ１６発現状態は、ＯＳ及びＰＦＳの両方と有意な関連性があった。ＨＮ群は、他の群と比較して、最も良好な全生存転帰及び最も低いハザード比を有した。同様の結果が無進行生存についても得られ、しかし差は統計的に有意でなかった。ＨＣ群を基準として使用して、ハザード比はＬＳ群について０．５０（９５％ＣＩ  ０．２９〜０．８８）、及びＨＮ群について０．１０（９５％ＣＩ  ０．０１３〜０．７５）であった。同様に、無進行生存のハザード比はＬＳ群において０．６１（９５％ＣＩ  ０．３５〜１０４）及びＨＮ染色群において０．０９（９５％ＣＩ  ０．０１２〜０．６７）であった。局所再発と遠隔再発とを別々に考えた場合、３年局所再発率及び遠隔再燃率はＨＣ群及びＬＳ群についてそれぞれ２４％及び２６．７％であり、３年遠隔再発率はＨＣ群及びＬＳ群についてそれぞれ１６．０％及び１０．９％であった。ＨＮ群は３年の経過観察中に再発はなかった。核染色と細胞質染色とを、それらのＯＳ又はＰＦＳとの関連性について別々に考えたとき、強度の核染色はＰＦＳと有意な関連性があり（ＨＲ＝０．１３、９５％ＣＩ  ０．０１８〜０．９６）、ＯＳと有意でない関連性があった（ＨＲ＝０．１７、９５％ＣＩ  ０．０２４〜１．２４）。細胞質染色は、ＯＳ又はＰＦＳのいずれとも有意な関連性はなかった。ｐ１６染色状態に加え、Ｔ３−Ｔ４腫瘍ステージは、死亡リスクの増加と有意な関連性があった（ｐ値＝０．００９）。リンパ節ステージは、全生存への影響において境界域の有意性を示した（ｐ値＝０．０７）。ｐ１６発現状態を除いては、試験した変数ＰＦＳとの有意な関連性を示さなかった。
【００９１】
多変量コックス比例ハザードモデルから、腫瘍部位、リンパ節ステージ、腫瘍ステージＨＰＶ染色及び飲酒パターンを調整した後もなお、ｐ１６発現状態がＯＳ及びＰＦＳの両方と有意に関連した（表４）ことが示された。ＬＳ群及びＨＮ染色群の両方が、ＨＣ染色群と比べて有意に低いハザードを有した。中咽頭患者のサブセット解析を実施した：腫瘍ステージ、ＨＰＶ染色及び飲酒状態の調節後、ＨＣ群を基準として使用して、ＯＳ群のＬＳ群及びＨＮ群に対するハザード比はそれぞれ０．４０（ｐ＝０．１８）及び０．１２（ｐ＝０．０６）であり、ＰＦＳ群のＬＳ群及びＨＮ群に対するハザード比はそれぞれ０．６１（ｐ＝０．４３）及び０．１２（ｐ＝０．０６）である。患者数が少なかった為、他の腫瘍部位のサブセット解析は行わなかった。
【００９２】
第２のコホートにおける独立した確認
ＹＮＯＣＣ  ＴＭＡのデータを使用して、更に４２例のサンプルに関するｐ１６染色を得ることができ、３０例は口腔由来、６例は中咽頭由来、５例は喉頭由来及び１例は下咽頭由来であった。これは、２０〜３９歳で診断を受けた若年患者のコホートであり、２３人が男性で、２９人が喫煙歴を有し（パックイヤー中央値１４．５）、及び１８人がアルコール飲用歴を有する。以前、本発明者らは、このコホートにおけるｐ１６陽性患者の全体的転帰が良好であることを報告した。当時、本発明者らは転帰に対する核染色の独立した寄与を評価していなかった。本研究では、独立した検証において同じ産物スコアカットオフによりこれらの患者を評価した。次に本研究に同じ基準を使用して患者を分類した：１４人の患者がＨＮ群に入り、４人の患者がＨＣ群に入り及び２４人の患者がＬＳ群に入った。サンプルサイズが小さい為ｐ値は統計的に有意でないが、顕著なことに、ＨＮ染色群は他の２つの群と比較して、ＣＨＡＮＧＥデータセットにおける本発明者らの観察と同程度に優れた無進行生存を示した。ＨＮ群及びＬＳ群の再発有りのハザード比は、ＨＣ染色群と比較して（ｐ＝０．３４）、０．３８（９５％ＣＩ  ０．０９２−１．６２）及び０．７１（９５％ＣＩ  ０．２０−２．５２）である。
【００９３】
考察
頭頸部扁平上皮癌の管理は、バイオマーカーＨＰＶ及びｐ１６の染色に関する観察に基づき長年支持されてきたこの分野の治療標準が変わるかもしれない可能性により、岐路に差し掛かっているように思われる。ピボタル試験において、これらのマーカーの染色で陽性を示す患者は転帰が有意に改善されたことが実証されているが、これらのバイオマーカーが互いにどのように関係しているかが詳しく調べられるにつれ、研究者らが動機付けられ、有益な転帰関連性の背後にある機構の調査が進んでいる。第一に、喫煙によって生じるリスクの調節からも明らかなとおり、ＨＰＶ感染それ自体に加えて機構が働いていることは明らかである。また、ＨＰＶと独立したｐ１６の変化が、原因を単にＨＰＶ偽陰性アッセイに帰することのできないＨＮＳＣＣ患者に見られる良好な予後の幾らかを担い得るという状況証拠が少なくともある。頭頸部以外の腫瘍によるエビデンスから、ｐ１６の核局在化を新規バイオマーカーとして検討することが導かれる。本報告では、ｐ１６の核局在化をｐ１６が核から排除されている例と比較した結果が、さらなる研究の必要性をもたらしている。更に、これらの結果は、使用が中咽頭に限定されるＨＰＶの代用としてのｐ１６の経験的な見解に留まらない、このバイオマーカーの機構的役割を示唆することに役立ち得る。
【００９４】
ｐ１６状態（ｐ１６染色により示されるとおりの）を機構的マーカーとして考える為には、癌においてｐ１６がどのように変化するかを再調査する必要がある。ＨＰＶの場合、ｐ１６過剰発現は、ＨＰＶ由来のオンコプロテインＥ６及びＥ７が発現する結果であり、ｐ５３及びｐＲｂ腫瘍抑制因子タンパク質を機能的に不活性化し得る為、分子レベルでｐ５３、ｐＲｂの下方制御及びｐ１６の強力な上方制御が生じる（（非特許文献３２）；（非特許文献３３）；（非特許文献４）；（非特許文献３４））。ＨＰＶ感染の文脈におけるｐ１６発現を、一般に癌予後に好ましいと考えられているであろう複数の遺伝子型（ｐ５３野生型（ＷＴ）、Ｒｂ  ＷＴ、及びｐ１６  ＷＴ）の代わりとして考えることができる。しかしながら、より一般的な腫瘍状況では、場合により余り好ましくない遺伝的又は後成的変化、例えばｐ１６のホモ接合性欠失、ナンセンス突然変異、又は恐らくはメチル化及び遺伝子サイレンシングによって、ｐ１６は低発現となる。これらの状況では、Ｒｂの減少又は恐らくはサイクリンＤ１の増幅（ＨＮＳＣＣによく見られる）などのより有害な突然変異がある場合に、腫瘍は細胞周期の阻害なしに高レベルのｐ１６を発現し得る。これらの状況では、核輸送が変化し得るとともに、高度なｐ１６発現が特に好ましくない癌バイオロジーを示し得る。喫煙は、転帰悪化に関連する疾患修飾イベントとしてのｐ１６減少を必要とすることなしにｐ１６の下流遺伝子を不活性化する手段であり得る。このような説明を評価する為、本発明者らは現行のサンプル集合でｐ１６及び他の標的の配列決定を試みたが、これらのパラフィン包埋標本中のＤＮＡの質に起因して失敗に終わった。
【００９５】
本発明者らが記載するものと同様の、示差的な染色パターンが、子宮内膜癌、黒色腫及び星状細胞腫を含む他の腫瘍で関連性があると示されているというエビデンスがあるにも関わらず（（非特許文献３５）；（非特許文献３６）；（非特許文献３７）；（非特許文献３８）；（非特許文献３９）；（非特許文献４０））、本発明者らの知る限りでは、異なるｐ１６発現局在化がどのようにＨＮＳＣＣにおける疾患転帰と関係付けられ得るかを調べた先行研究はない。最も顕著には、家族性黒色腫研究が、関連する点突然変異及びｐ１６を核に局在させることができない点から、本発明者らの仮説を強力に裏付ける（非特許文献３７）。この報告では、生殖系列変異体を有しない患者が核及び細胞質の同時染色を示した。著者らは、これらの黒色腫患者におけるｐ１６突然変異が、核局在化シグナル（ＮＬＳ）及びＨＮ２末端の突然変異の為にＢＲＣＡ１が細胞質に移るＢＲＣＡ１と同様に（（非特許文献３５）；（非特許文献６４）；（非特許文献３７））、細胞質−核シャトル輸送を損ない得ることを示した。
【００９６】
ｐ１６核染色のさらなる評価の必要性を示唆する本研究は、限界を含む。特に留意すべきことに、本研究は比較的小規模であり、多数の喫煙者を含む。同様に、本研究の遡及的な性質により、患者は、ステージ、部位、治療、及び他の因子が不均一であり、それらの因子が認識されていない形でリスクに影響を及ぼし得る。しかしながら、これらの因子の調整後も、ｐ１６局在化の予後判定効果は依然として有意であった。検証コホートが、本発明者らの結果にさらなる裏付けを与えた。本発明者らは確かにＹＮＯＣＣコホートで非喫煙者におけるｐ１６の使用に関するエビデンスを提供するが、この群は多数の非喫煙ＨＰＶ陽性患者を含むわけではない。しかしながら、非喫煙患者の数が増えているにも関わらず、ほとんどのＨＮＳＣＣ患者がなお喫煙者である為、これらのデータは大部分のＨＮＳＳＣ患者に適用可能である。最後に、種々のｐ１６群に対する本発明者らのカットオフは、中咽頭サンプルにおける非中咽頭サンプルと比べたｐ１６染色の実験的に観察された分布に基づいた。このカットオフは最適化も相互検証も行っておらず、臨床状況でそのまま使用することはできない。
【００９７】
結論として、本発明者らは、ＨＰＶ、喫煙、中咽頭癌、及びｐ１６の非限局的染色を含む複合的な条件バイオマーカー集合における決定的因子としてのｐ１６の核染色に関する予備調査を提供した。このバイオマーカーは、バリデートされた場合には、既に広く利用可能であり、ＨＮＳＣＣの臨床ケアに影響を与える可能性がある。（非特許文献６５）（この内容は、本明細書によって全体として援用される）も参照のこと。
【００９８】
【表１】
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【００９９】
＊欠測値があるため、数値を合計しても総数にはならない。略語：ＨＮ、強度の核染色・任意の細胞質染色；ＨＣ、強度の細胞質染色・軽度の核染色；ＬＳ、軽度の核染色・軽度の細胞質染色
【０１００】
【表２】
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【０１０１】
略語：ＨＰＶ、ヒトパピローマウイルス；ＯＣ、口腔；ＬＡ、喉頭；ＨＹ、下咽頭；ＯＰ、中咽頭；ＨＮ、強度の核染色・任意の細胞質染色；ＨＣ、強度の細胞質染色・軽度の核染色；ＬＳ、軽度の核染色・軽度の細胞質染色
【０１０２】
【表３】
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【０１０３】
略語：ＰＹ、人年；ＰＦＳ、無進行生存；ＯＳ、全生存；ＨＲ、ハザード比；ＣＩ、信頼区間；ＬＳ、軽度の核染色・軽度の細胞質染色；ＨＮ、強度の核染色・強度の細胞質染色；ＨＣ、強度の細胞質染色・軽度の核染色
【０１０４】
【表４】
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【０１０５】
略語：ＰＦＳ、無進行生存；ＯＳ、全生存；ＨＲ、ハザード比；ＣＩ、ハザード比の信頼区間；ＨＮ、強度の核染色・強度の細胞質染色；ＨＣ、強度の細胞質染色・軽度の核染色；ＬＳ、軽度の核染色・軽度の細胞質染色
【０１０６】
６．３．頭頸部癌の扁平上皮癌における分子サブタイプが、ＣＣＮＤ１、ＣＤＫＮ２Ａ、及びＥＧＦＲを含むカノニカルな癌遺伝子の異なる染色体増減パターンを明らかにし、それを呈する
ここで本発明者らは、これまでで最大のＨＮＳＣＣ研究の一つとなる１８３例のＨＮＳＣＣ腫瘍サンプルの統合ゲノム解析結果について記載する。全ての対象者に関して遺伝子発現（ＧＥ）、ＤＮＡコピー数（ＣＮ）、又は臨床データが利用可能であった。複数のＧＥサブタイプが検出されたとともに、得られた発現パターンは、これまでにＨＮＳＣＣ（非特許文献３１）及び肺扁平上皮癌（ＬＳＣＣ）（非特許文献３０）で認められているものと同様である。頭頸部癌細胞株でも全てのＧＥサブタイプが検出された。加えて、本発明者らは、一部のＣＮ増加及び減少イベントが全てのサブタイプに共通しており、一方で他のものは特定のサブタイプにおいてのみ認められること；複数のこれらのゲノムイベントが既知の癌遺伝子及び腫瘍抑制因子に影響を与えること；及びこれらの発現パターン及びゲノムイベントが臨床的関連性を持つことを示す。
【０１０７】
結果
ＨＮＳＣＣ発現サブタイプの教師なし発見
統計的に有意な分子サブタイプがＨＮＳＣＣにおいて導き出され得るかどうかという問題に答える為、本発明者らは、十分に確立された客観的方法を使用して、教師なしの偏りがない形での階層クラスタリングを実施した（非特許文献３０）。チャン（Ｃｈｕｎｇ）による先行研究にあるとおり、本発明者らは４つの遺伝子発現クラスターの存在を実証する。コンセンサスクラスタープラス（ＣｏｎｓｅｎｓｕｓＣｌｕｓｔｅｒＰｌｕｓ）（非特許文献６６）により作成されるプロット（図９Ａ及び図９Ｂを参照）は、このデータセットに更に統計的に有意なクラスターが存在することを支持しない。４つのクラスターの統計的有意性を確認する為、全コホートにわたる２５００個の最も変異し易い遺伝子の偏りのない集合を使用して、シグクラスト（ＳｉｇＣｌｕｓｔ）（非特許文献６７）を適用した。１０００個の模擬サンプル及びオリジナルの共分散推定法を使用して、サブタイプの全てのペアワイズ比較を調べた。全てのペアワイズ比較のシグクラスト（ＳｉｇＣｌｕｓｔ）ｐ値が、ボンフェローニの多重比較補正を適用した後０．０５水準で有意であった（図９Ｄ）。本発明者らは発現サブタイプを、以下で考察する生物学的特性に基づき、基底（ＢＡ）、間葉系（ＭＳ）、異型（ＡＴ）、及び古典的（ＣＬ）と称する。頭頸部癌に関連性があることが分かっているか又はそれがあると疑われる遺伝子の代表的な集合を示し（図５Ｂ）、及びデータセット中の全ての遺伝子と腫瘍サブタイプとの関連性に関する検定統計量を表９〜表１２に提供する。
【０１０８】
臨床的特徴
本研究に含まれる患者の臨床的特徴は、典型的な臨床診療で見られる母集団を高度に代表する幅広い層のＨＮＳＣＣ患者を表す（表５）。腫瘍サブタイプと年齢、性別、アルコール摂取、パックイヤー、又は腫瘍サイズとの相関はない。腫瘍サブタイプは部位と統計的に関連性があったが、しかしながら発現サブタイプの各々で、一つを除く（下咽頭はＢＡなしを示した）全ての部位が腫瘍を有した。加えて、部位においてその５８％より多いサンプルが一つの発現サブタイプに寄与することはなかった。発現サブタイプが６８％を超えて単一部位の腫瘍で構成されることはなかった。従って、ＨＰＶ又はｐ１６などの他の分子マーカーと異なり、発現サブタイプが、単一の解剖学的部位に限定されないバイオロジーの側面を捉えると本発明者らは結論付けた（非特許文献６８）。腫瘍サブタイプとＨＰＶ状態、治療、リンパ節状態、及び全体的なステージとの間には、さらなる統計的に有意な関連性があった。統計的に有意でないものの、ＢＡが多いほど高分化型となる傾向があった一方、１６例中１３例の低分化型腫瘍がＭＳ又はＣＬのいずれかであったことは注目に値する。
【０１０９】
【表５−１】
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【０１１０】
【表５−２】
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【０１１１】
サブタイプの検証
【０１１２】
本発明者らは、次に、現在のデータセットで検出される偏りのないクラスターが、チャン（Ｃｈｕｎｇ）らによって以前報告されたものと一致するかどうかに関する問題に着目した。本発明者らは、以前開発した（非特許文献３０）、「方法」で更に完全に説明するクラスター検証法を使用して、本研究における発現サブタイプの各々の重心をチャン（Ｃｈｕｎｇ）らのサブタイプの重心と比較した。明らかな一致が認められ（図５Ｃ）、ＢＡ、ＭＳ、ＡＴ、及びＣＬは、先行のチャン（Ｃｈｕｎｇ）のそれぞれクラス１、２、３、及び４と同じ発現パターンを示した。独立した偏りのないデータセット及び方法を使用して４つのクラスが見出されたことから、本発明者らはこれらの４つの発現サブタイプの妥当性が示されたと見なした。
【０１１３】
体内の種々の部位の扁平上皮癌が、全てではないが、一部の分子特徴、例えば３番染色体短腕の欠失及び３番染色体長腕の増幅を共有することは良く知られている（（非特許文献６９）、（非特許文献７０））。本発明者らは、我々がＬＳＣＣ発現サブタイプに関して最近報告したデータ（非特許文献３０）に基づき、頭頸部癌との一致が観察され得るという仮説を立てた。上気道消化管扁平上皮癌のより広範な表現型を調べる為、本発明者らは重心による予測手法を拡張し、ＬＳＣＣ及びＨＮＳＣＣの重心の一致を評価した（図５Ｄ）。顕著なことに、明らかな相関パターンが認められ、ここではＨＮＳＣＣのＢＡ、ＭＳ、及びＣＬサブタイプが、ウィルカーソン（Ｗｉｌｋｅｒｓｏｎ）らのそれぞれ基底、分泌、及び古典的サブタイプに対応した。
【０１１４】
罹患遺伝子が発現サブタイプにおける個別の生物学的過程を示唆する
サブタイプが異なる遺伝子発現パターンを呈するという事実から、各サブタイプが個別の生物学的特徴を有することが示唆される。それらの特性を明らかにしようと、本発明者らは、各クラスで高発現するが、他のクラスでは高発現しない特異的遺伝子を調べる。
【０１１５】
基底表現型は、当初は乳癌で恐らく最も良く記載されたものであり（非特許文献２８）、他の上皮癌、特にＬＳＣＣに見られる（（非特許文献３０）、（非特許文献７１）。ペルー（Ｐｅｒｏｕ）ら（非特許文献２８）により見出された幾つかの基底シグネチャー遺伝子は、ＣＤＨ３、ＬＡＭＡ３、及びＣＯＬ１７Ａ１を含め、ＢＡで高発現する。ＢＡで高発現する幾つかの他の遺伝子が、転写因子ＴＰ６３（これについては次節で考察する）を含めて重要である。加えて、ＤＡＶＩＤ（非特許文献７２）の結果が、ＫＥＧＧ  ＥｒｂＢシグナル伝達経路において、ＴＧＦＡ、ＥＧＦＲ、ＭＡＰＫ１、及びＭＡＰ２Ｋ１を含めた、ＢＡで高発現する遺伝子が高濃度化することを示している。
【０１１６】
カルリ（Ｋａｌｌｕｒｉ）及びワインバーグ（Ｗｅｉｎｂｅｒｇ）（非特許文献７３）は、細胞が上皮間葉系転換（ＥＭＴ）を受ける３つの生物学的状況について記載しており、そのうち２つが癌進行／転移及び臓器線維症である。この著者らは、間葉系表現型を有する癌細胞のマウス及び細胞培養物試験が、ＡＣＴＡ２、ＶＩＭ、ＤＥＳ、及びＴＷＩＳＴ（これらは全てＭＳに見られるものである）の高発現を呈することを示している。ＥＭＴ及びＨＮＳＣＣ進行に寄与する成長因子であるＨＧＦ（非特許文献７４）もまた、ＭＳで高発現する。臓器線維症は様々な上皮組織で起こり、炎症シグナル及び細胞外マトリックス成分の放出により駆動される。本発明者らのＤＡＶＩＤ解析は、接着斑ＫＥＧＧ経路において、ＰＤＧＦＲＡ／Ｂ、並びに幾つかのラミニン及びコラーゲンサブユニットを含め、ＭＳで高発現する遺伝子が大きな比率を占めることを示している。
【０１１７】
ＥＧＥＲ発現はＨＮＳＣＣにおいてほぼ普遍的であることが知られているが（非特許文献７５）、最近になって、中咽頭のＨＰＶ＋腫瘍と低いＥＧＦＲ発現との間の相互作用を示唆する確証のない報告が現れている（非特許文献７６）。本発明者らはＡＴで低いＥＧＦＲ発現を観察し、このＡＴは、ＨＰＶ状態又は腫瘍部位に制限されない大幅に広い範囲の腫瘍に相当する。クマール（Ｋｕｍａｒ）ら（非特許文献７６）はまた、ＣＤＫＮ２Ａ及びＥＧＦＲ発現が負の相関を示すことも見出し、本発明者らは、ＣＤＫＮ２ＡがＡＴにおいて他のどのクラスと比較しても高発現することを指摘する。ＡＴで高発現する他の遺伝子には、ＲＰＡ２、ＬＩＧ１、及びＥ２Ｆ２が含まれ、これらは全て、ＨＰＶ−腫瘍と比べてＨＰＶ＋腫瘍で更に高発現することが、スレボス（Ｓｌｅｂｏｓ）らにより見出された（非特許文献７７）。ＤＡＶＩＤの結果は脂肪酸代謝ＫＥＧＧ経路における遺伝子の高濃度化を示し、それには、ＡＬＤＨ３Ａ１及びＡＬＤＨ９Ａ１などの、ＡＴで高発現する幾つかのアルデヒドデヒドロゲナーゼ（ＡＬＤＨ）遺伝子が含まれる。ムツィオ（Ｍｕｚｉｏ）ら（非特許文献７８）が、これらの遺伝子及び他のＡＬＤＨのレベルの増加が正常幹細胞及び癌幹細胞で認められていることを示している為、これは注目に値する。
【０１１８】
ＬＳＣＣ及び正常気道上皮細胞の研究から、タバコの煙への曝露と関連付けられる遺伝子発現パターンが突き止められている（７、（非特許文献７９）、（非特許文献８０））。本発明者らのＤＡＶＩＤ解析は、生体異物代謝ＫＥＧＧ経路が、ＣＬで高発現する幾つかの遺伝子を含むことを示している。これらの中には、ＡＫＲ１Ｃ１、ＡＫＲ１Ｃ３、及びＧＰＸ２があり、これらは全て、喫煙及び酸化的ストレスと関連付けられている（（非特許文献７９）、（非特許文献８０））。本発明者らのコホートにおける重度の喫煙者が、同様の名前が付けられたＬＳＣＣサブタイプにおいて明らかな相関を有する表現型であるＣＬに見られることを考慮すると、これらの知見は特筆すべきものである。加えて、最近の広範なＬＳＣＣ調査から、ＫＥＡＰ１及びＮＦＥ２Ｌ２が古典的サブタイプで高発現することが分かっている（非特許文献７１）。同様の発現パターンがＣＬに見られ、ＮＦＥ２Ｌ２が、生体異物解毒に関与する遺伝子を調節する転写因子であることを考慮すると、これは説得力がある。ＣＬではＰＩＫ３ＣＡの高度な発現レベル及びコピー数の増加が認められ、先行研究（（非特許文献８１）、（非特許文献８２））では、ＰＩＫ３ＣＡコピー数の増加と喫煙状態との間に関連性が見出されている。
【０１１９】
サブタイプ別ＤＮＡコピー解析
ＨＮＳＣＣ腫瘍サブタイプの統計的に有意な性質並びにそれと肺癌における同様のサブタイプ及び既知の癌遺伝子との相関が確立されたことを受けて、本発明者らは、サブタイプの由来を部分的に説明し得るゲノム変化に着目した。示差的遺伝子発現の潜在的な原因としての染色体異常の違いを調べる為、本発明者らは、ゲノム位置及び腫瘍サブタイプの関数としての平均ＣＮのプロットを作成した（図６）。他の腫瘍に見られているとおり、腫瘍サブタイプの関数としてのゲノムの主要領域におけるコピー数変化には、一致したパターンと個別的なパターンとの両方がある。この一組の腫瘍に共通するアイデンティティの裏付けとして、最も際立った観察は、あらゆるサブタイプにおける３番染色体の統計的に有意な共通の変化であり、これには３番染色体短腕の欠失、並びにＰＴＫ３ＣＡ及びＳＯＸ２、及び一部のサブタイプにおけるＴＰ６３の限局的な高度の増加を含む３番染色体長腕における広範なアンプリコンの存在が含まれる。対照的に、カノニカルなＨＮＳＣＣ７番染色体短腕増幅には、個別の違いがある。統計的に有意な増加はまた、ＥＧＦＲを含む７番染色体短腕の広い領域全体にも見出され、これらはＢＡ、ＭＳ、及びＣＬに見られるが、ＡＴでは全く存在しない。
【０１２０】
広範なゲノムイベントに加え、顕著な限局的イベントがあり、その一部は共有されるもので、他はサブタイプ特異的なものである。他の遺伝子の中でも特に、ＣＣＮＤ１を含む染色体１１ｑ１３．３の周知の限局的増幅が、全サブタイプにわたり観察されている。予想外にも、ＢＡに限り、染色体１１ｑ２２で第２の限局的増幅が観察される。このイベントは、統計的有意性を達成しないとは言え、複数のサンプルに見出される。以前、イモト（Ｉｍｏｔｏ）ら（非特許文献８３）により、ｃＩＡＰ１／ＢＩＲＣ２を含む染色体１１ｑ２２〜２３においてコピー数の増加を検出した食道扁平上皮癌の研究において遺伝子座が報告されている。
【０１２１】
全体的に見て、最も著しいコピー数の減少は、３番染色体短腕、９番染色体短腕、及び１４番染色体長腕に見出される。３番染色体短腕の統計的に有意な減少は、発現サブタイプ全体及びその各々に見出されるが、９番染色体短腕の統計的に有意な減少は、ＢＡ及びＣＬのみに見出される。ＣＤＫＮ２Ａの減少は両方のサブタイプに見られるが、ＢＡは９番染色体短腕の広い領域にわたりヘミ接合性欠失を呈し、一方でＣＬは限局的なホモ接合性欠失を有する。限局的な減少は、ＭＳ、ＡＴ、及びＣＬでは１４番染色体長腕３２．３３に見られ、これらはＭＳ及びＡＴについて最も著しい減少である。この領域はｍｉＲ２０３を含み、これはΔＮｐ６３を標的化する為（非特許文献８４）、注目に値する。
【０１２２】
発現サブタイプ別のカノニカルなＨＮＳＣＣ遺伝子のコピー数変化及び示差的発現の統合
発現サブタイプ別にコピー数が一致した及び不一致の両方の領域を特定したことで、次に本発明者らは、これらの領域における遺伝子の発現が、根底にあるコピー数の変化と合致する変化を示すかどうかを考察した（図７Ａ）。扁平上皮癌と関連性のある典型的なゲノム変化の一つは、３番染色体長腕の増幅である。予想外にも、全てのサブタイプが３番染色体長腕の増幅を示すが、典型的にはアンプリコンの標的として考察される３つの遺伝子：ＴＰ６３、ＰＩＫ３ＣＡ、及びＳＯＸ２の個別的、示差的、比例的な使用があった。ＣＬ及びＡＴサブタイプは、ＭＳ及びＢＡと比べて比例的に高いＳＯＸ２発現を示し、これらは実際、正常な扁桃腺対照と比べて少ないＳＯＸ２を発現するように見える。対照的に、ＢＡサブタイプは、他のどの群と比べても著しく高いレベルのＴＰ６３を発現するように見える。同様に、ＭＳサブタイプも３番染色体長腕アンプリコンを呈するが、これらの推定標的遺伝子はどれも、正常扁桃腺より高いレベルでは発現しないように見える。要約すれば、本発明者らは、これまでに報告されているもの（非特許文献８５）より複雑な、３番染色体長腕アンプリコンにおける転写因子（ＳＯＸ２及びＴＰ６３）及び癌遺伝子（ＰＩＫ３ＣＡ）の示差的な利用によってＨＮＳＣＣの不均一性を一部説明し得る可能性が、この観察で高まると結論付ける。７番染色体上のＥＧＦＲ遺伝子座の考察から、同様に、ＥＧＦＲが一部のサブタイプによって、他のサブタイプより一貫して標的化され得ることが示唆される（図７Ｂ）。これらの観察は、一つには異なるコピー数変化によって促進される、転写因子及び癌遺伝子の示差的な利用が、発現サブタイプを定義付ける遺伝子発現シグネチャーに寄与し得る可能性を支持している。
【０１２３】
カノニカルな癌遺伝子が関与する限局的コピー数イベント
前節において、本発明者らは、発現サブタイプがコピー数増減の個別的なパターンを呈することを指摘した。ここで本発明者らは、ＨＮＳＣＣにおいて役割を果たすことが知られる遺伝子−ＣＣＮＤ１、ＣＤＫＮ２Ａ、及びＥＧＦＲ−に着目し、上記で考察した広い領域ではなく、特定の遺伝子座におけるコピー数の値を考える。表６は、これらの遺伝子におけるコピー数イベントが腫瘍サブタイプ又は手法の有意性と有意に関連したことを示しており、これは、ＣＬサンプルの６３％にＣＣＮＤ１限局的増幅が存在した一方で、ＡＴでは明らかにまれであった（１６％）ことによって例証されるとおりである。限局的ＥＧＦＲ増幅（増加の頻度は０％（ＡＴ）〜３１％（ＣＬ）の範囲である）及びＣＤＫＮ２Ａ減少（減少の頻度は１０％（ＭＳ）〜６３％（ＣＬ）の範囲である）に関しても同様の結果が認められる。
【０１２４】
先行研究は個別のゲノムイベント間の関連性を見出しており、これらの結果は、根底にあるバイオロジー、或いは癌患者の臨床管理に関する洞察を提供する（ジュウ（Ｚｈｕ）、シン（Ｘｉｎｇ））。ＨＮＳＣＣでは、同時に起こるＣＣＮＤ１増加及びＣＤＫＮ２Ａ減少がナマジエ（Ｎａｍａｚｉｅ）ら（非特許文献８６）及びオカミ（Ｏｋａｍｉ）ら（非特許文献８７）によって研究されており、ナマジエ（Ｎａｍａｚｉｅ）らは、これらのゲノムイベント間の関連性を突き止めている。本発明者らは、全サブタイプにわたりＣＣＮＤ１  ＣＮ増加がＣＤＮＫ２Ａ減少と関連付けられること（表７）、及び共同するイベントが発現サブタイプと関連付けられること（表６）を見出し、これによりナマジエ（Ｎａｍａｚｉｅ）らの結果を確認及び拡張した。
【０１２５】
【表６】
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【０１２６】
【表７】
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【０１２７】
発現サブタイプ及び限局的ゲノム変化別の臨床転帰
【０１２８】
約１４０例のＨＮＳＣＣ腫瘍の集合を発現サブタイプに分解したことで、及びＨＰＶなどの既知のリスク要因という点から見て、本発明者らは、患者転帰のさらなる層別化が示唆され得るかどうかを検討した。初めに、チャン（Ｃｈｕｎｇ）らによりそのクラス１について報告される生存優位性が本コホートで再現され得るかどうかを調べた。本発明者らはこの結果を確認することができず、本試験では、全体でも（図８Ａ）、或いは後期ステージ患者に限定した場合にも（図示せず）、無再発生存と腫瘍サブタイプとの間に関連性はなかった。これらの違いは、疾患の臨床的不均一性と、加えて２つの試験における腫瘍部位の分布が著しく異なる点により説明され得る。
【０１２９】
既知の又は疑わしい交絡因子が患者転帰のサブタイプ特異的な差異を見出す能力に影響し得るかどうかを明らかにする為、本発明者らは、ＨＰＶ陽性が全生存に及ぼす影響を評価した。本発明者らは、比較的大きい、しかし患者総数が少なった為に統計的には有意でない効果を観察した。従って本発明者らは、ＨＰＶ＋患者を除外してコホートを再評価することが妥当であると考えた。ＨＰＶ＋患者を除外すると、ＡＴサブグループが特に不良な転帰を示した（図８Ｃ）とともに、この差は、他の全てのサブタイプを合わせたものと比較したとき、統計的に有意である（図８Ｄ）ことが明らかになった。本発明者らは次に、この知見を検証する為、独立した組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）サンプル集合にアクセスした。各ＴＭＡサンプルの腫瘍サブタイプを予測することは実行不可能であった為、代わりに、ＡＴ状態の代用として、軽度ＥＧＦＲ染色及び強度ｐ１６染色を使用した。生存時間の差は統計的に有意ではないが、陰性ＨＰＶ染色のＴＭＡサンプルに限定すると、本発明者らは上記に記載する知見を裏付ける結果を得る（図１０）。
【０１３０】
本発明者らはまた、任意の限局的コピー数イベントが臨床転帰と関連するかどうかも調べた。先行研究は、ＨＮＳＣＣにおいてＣＣＮＤ１増加と無再発生存期間の減少との間に相関を認めている（非特許文献８８）。全ての腫瘍サンプルのＣＮ値を調べると、本発明者らも同様の知見を得るが（図１０）、しかしながら本発明者らの結果は有意傾向である（ｐ＝０．０５）。顕著なことに、ＡＴ対象者はＣＣＮＤ１増加をほとんど呈しなかったことから、これは、臨床転帰不良の２つの大きく異なる患者群の存在、即ちＣＣＮＤ１増幅を有する群と、ＨＰＶ−且つＡＴである群を示唆している。図１１はこの結論を裏付ける。
【０１３１】
モデル系における発現サブタイプ
癌細胞株百科事典（Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｌｌ  Ｌｉｎｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ）（非特許文献８９）は、１７個の食道細胞株及び１６個の上気道消化管細胞株のＧＥ及びＣＮデータを含め、９００個を超えるヒト癌細胞株のゲノムデータを含む。本発明者らは、これらの細胞株に重心予測器（ｃｅｎｔｒｏｉｄ  ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ）を適用し、全４つの発現サブタイプが存在することを見出した（表８）。予測されたサブタイプの各々におけるＣＮ値の概要プロットは、先述した増加及び減少イベントの多くがこれらの細胞株にも存在することを示す（図１２）。これらの知見は、発現サブタイプの臨床的意味を考慮すると、モデル系が関わる今後の研究の基礎を発現サブタイプが提供する為、特に説得力がある。
【０１３２】
【表８】
2015521480.tif 000010
【０１３３】
考察
【０１３４】
本発明者らの初期結果は、ＨＮＳＣＣに４つの遺伝子発現サブタイプ−基底、間葉系、異型、及び古典的−が存在すること、及びこれらのサブタイプが個別の染色体増減パターンを呈することである。本発明者らはまた、これらのサブタイプが生物学的及び臨床的意義を有すること、従ってそれらが、組織学及び腫瘍部位に基づく既存の方法を補完する有用な且つ情報性の高いＨＮＳＣＣ腫瘍分類方法を提供することも示す。公的に利用可能な発現データセットの解析は、これらのサブタイプがＨＮＳＣＣにおいて再現性を有し（非特許文献３１）、且つＬＳＣＣに見られるものと同様である（非特許文献３０）ことを明らかにする。全ての発現サブタイプがＨＮＳＣＣ細胞株で検出されており、今後の研究の基礎を提供し得る知見である。
【０１３５】
サブタイプに見られる発現パターンは、関連する腫瘍の根底にあるバイオロジーに根本的な違いが存在することを示唆している。ＢＡにおける遺伝子発現は、細胞外マトリックス（ＬＡＭＡ３、ＫＲＴ１７）、受容体及びリガンド（ＥＧＦＲ、ＥＲＥＧ）、及び転写因子（ＴＰ６３）に関連する遺伝子の高発現を含め、ヒト気道上皮由来の基底細胞に見られるシグネチャーとの強い類似性を示す。ＭＳにおける腫瘍は、間葉系マーカー（ＶＩＭ、ＤＥＳ）、関連性のある転写因子（ＴＷＩＳＴ１）、及び成長因子（ＨＧＦ）を含め、ＥＭＴに関連する遺伝子の発現上昇によって例証される。ＨＮＳＣＣで典型的に認められるものとは対照的に、ＡＴにおける腫瘍はＥＧＥＲ増加を呈さず、またＣＣＮＤ１の増加又はＣＤＫＮ２Ａの減少もほとんど呈しない。ＡＴ腫瘍はまた、ＣＤＫＮ２Ａ、ＲＰＡ２、及びＥ２Ｆ２の発現上昇からも明らかなとおり、強力なＨＰＶ＋シグネチャーも有し得る。ＣＬにおける腫瘍は、ＡＫＲ１Ｃ１／３及びＧＰＸ２を含め、タバコの煙への曝露に関連する遺伝子の高発現を示し、最も重度の喫煙歴も有する。ＣＮ増加及びＣＬサブタイプの減少は、他のサブタイプで見られるものと比較したとき程度が大きくなる傾向があり、これはこのクラスに存在する染色体不安定性のレベルの増加を反映するものである（表５）。
【０１３６】
サブタイプに見られる発現パターンの違いは、臨床的に意義がある。ＴＰ６３は、６つの異なるタンパク質−ＴＡｐ６３α／β／γ及びΔＮｐ６３α／β／γ−を産生し、ΔＮｐ６３はＨＮＳＣＣにおいて最も豊富なアイソフォームである（非特許文献９０）。ヤング（Ｙａｎｇ）ら（非特許文献９０）は、ΔＮｐ６３が細胞増殖を、一部にはＮＦ−κＢタンパク質ＲｅｌＡ及びｃＲｅｌとのその相互作用を介して促進することを示している。チャタジー（Ｃｈａｔｔｅｒｊｅｅ）ら（非特許文献９１）は、シスプラチンへの曝露によりΔＮｐ６３レベルの低下が起こり、その為この治療がＢＡの患者に特に有効となり得ることを指摘した。バルビエリ（Ｂａｒｂｉｅｒｉ）ら（非特許文献９２）は、ＨＮＳＣＣ細胞株におけるＴＰ６３の減少が間葉系表現型の獲得をもたらすことを示しており、これは、ＭＳで認められるＴＰ６３の低い発現レベルを考慮すると、説得力がある。マーティン（Ｍａｒｔｉｎ）及びカノ（Ｃａｎｏ）（非特許文献９３）は、ＨＮＳＣＣ細胞株におけるＴＷＩＳＴ１又はＢＭＩ１の発現上昇が侵襲性及び遊走の可能性を増加させ得ることを示す。ＭＳ腫瘍はＥＭＴ表現型並びにＴＷＩＳＴ１及びＢＭＩ１の両方の発現増加を呈する為、これらの対象者は遠隔転移を発症する可能性が高くなり得る。圧倒的多数のＨＮＳＣＣ腫瘍でＥＧＦＲが過剰発現するという事実から、ＥＧＦＲ阻害薬はこの疾患の魅力的な治療選択肢である。しかしながら、ＡＴ腫瘍では、ＥＧＦＲ発現が他の発現サブタイプと比べて低い為、これらの治療法は有効性が低くなる可能性がある。ＳＯＸ２及びＡＬＤＨ１はＡＴ及びＣＬで高発現し、これらの遺伝子は両方とも、自己複製及び多能性表現型に寄与する為、推定癌幹細胞マーカーである（（非特許文献９４）、（非特許文献９５））。ＰＩＫ３ＣＡのタンパク質産物はｐ１１０αであり、これはＡｋｔをリン酸化するものである。活性化Ａｋｔは腫瘍細胞の生存、ひいては発癌性形質転換に寄与する（非特許文献９６）。ウェスト（Ｗｅｓｔ）ら（非特許文献９７）は、正常な肺上皮細胞をニコチンに曝露すると、ＡｋｔがＰＩ３Ｋのみに依存するようになることでその活性化が促進されることを示している。この観察は、ＣＬで見られる高い喫煙レベルと併せると、ＰＩ３キナーゼ阻害薬がＣＬ腫瘍に対する魅力的な治療選択肢を提供することを示唆している。
【０１３７】
本研究には幾つかの制約があった。第一に、本発明者らは全研究対象者のＧＥ、ＣＮ、及び臨床データを有しておらず、これらの変数を合わせて分析する能力に限界がある。一つには、これは技術的アーチファクトが存在する結果であり、それが原因で品質管理手順においてＣＮアレイの２０％超を除去した。加えて、ＴＰ６３のどのアイソフォームが本発明者らの遺伝子発現アレイによってアッセイされているのかが明確でなく、残念ながら基底サブタイプにおいてＴＰ６３が果たす役割は、これらのアイソフォームに関する情報なしには完全に理解することができない。本発明者らのＨＰＶデータが不完全な性質のものであることもまた問題である。
【０１３８】
材料及び方法
腫瘍収集及び遺伝学的アッセイ
凍結された、外科的に摘出された、マイクロディセクトされた頭頸部腫瘍を、ノースカロライナ大学病院（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｎｏｒｔｈ  Ｃａｒｏｌｉｎａ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ）において施設内審査委員会プロトコル＃０１−１２８３に基づき収集した。腫瘍ＲＮＡを抽出し、アジレント（Ａｇｉｌｅｎｔ）４４Ｋマイクロアレイを使用してｍＲＮＡ発現をアッセイした。腫瘍ＤＮＡを抽出し、アフィメトリクス（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）ゲノムワイド（ＧｅｎｏｍｅＷｉｄｅ）ＳＮＰ６．０チップを使用してＤＮＡコピー数をアッセイした。
【０１３９】
ｍＲＮＡ発現解析
マイクロアレイプローブレベル強度ファイルに品質管理手順を適用した。低品質のアレイ、重複アレイ、及び非ＨＮＳＣＣサンプル由来のアレイを取り除いた後、合計１３８個の腫瘍アレイが残った。プローブレベルデータにｎｏｒｍｅｘｐバックグラウンド補正及びｌｏｅｓｓ正規化手法（非特許文献９６）を適用した。対数変換後、プローブを一般の遺伝子データベースと照合して１５５９７個の遺伝子の発現値を生成した。
【０１４０】
教師なし発現サブタイプ発見
ここに記載する手順は、ウィルカーソン（Ｗｉｌｋｅｒｓｏｎ）らに掲載されるものと同様である。発現値を遺伝子中央値でセンタリングした後、中央値絶対偏差（ｍｅｄｉａｎ  ａｂｓｏｌｕｔｉｏｎ  ｄｅｖｉａｔｉｏｎ）を使用して遺伝子変異性を計算した。２５００個の最も変異し易い遺伝子を選択した。コンセンサスクラスタープラス（ＣｏｎｓｅｎｓｕｓＣｌｕｓｔｅｒＰｌｕｓ）（非特許文献６６）を使用して１３８個のアレイにおけるこれらの遺伝子の教師なしクラスタリングを実施し、これ以降、本発明者らはこの得られたクラスラベルを「ＵＮＣクラス」と称する。１０００個の無作為に選択したマイクロアレイサンプル集合で、８０％のサンプリング割合及び１−ピアソン相関係数に等しい距離メトリックを使用してこの手順を実施した。
【０１４１】
示差的に発現する遺伝子及び代謝経路
示差的に発現する遺伝子を、Ｒパッケージｓａｍｒ（非特許文献９８）で０．０１のＦＤＲ閾値を使用して検出した。ＵＮＣクラスの各々について、本発明者らは、そのクラスの遺伝子発現値を、他の全てのクラスを合わせたものと比較した。次にＤＡＶＩＤ（非特許文献７２）を使用して、各クラスで高発現遺伝子の高濃度化を示すＫＥＧＧ経路を求めた。加えて、クラス特異的遺伝子リストを既知の遺伝子オントロジー分類と比較することにより、既知の機能分類を有する示差的発現遺伝子、例えば転写因子を見付け出した（非特許文献９９）。
【０１４２】
既発表の発現データ
チャン（Ｃｈｕｎｇ）らによって作成されたマイクロアレイプローブレベル強度ファイルを、上記に記載するものと同様のバックグラウンド補正、正規化、及び遺伝子レベル要約手順に供した。これにより６０人の対象者及び８２２４個の遺伝子についての遺伝子発現値が生成された。（非特許文献３０）に掲載されるこれらの６０個のアレイのクラスラベルは、「チャン（Ｃｈｕｎｇ）クラス」と称する。
【０１４３】
発現サブタイプの検証
コンセンサスクラスタリングによりクラスラベルを各アレイに割り当てる。結果として、一部のアレイはそのクラスを代表しないこともある。シルエット幅（非特許文献１００）を使用して、本発明者らは、他のサブタイプと比べてそれ自体のサブタイプのメンバーとの類似性がより高い発現パターンを有する１２５個の「コア」サンプルの集合を同定した。次に、その発現シグネチャーが新しいサンプルの分類に用いられ得る分類器遺伝子の集合を作成しようと、最近接重心に基づく分類方法であるＣｌａＮＣ（非特許文献１０１）を、コアサンプルからのＵＮＣ発現データに適用した。交差検証誤り率を最小化すると、８４０個の分類器遺伝子（クラス当たり２１０個の遺伝子）のリストが生成された。
【０１４４】
本発明者らは、発現値がチャン（Ｃｈｕｎｇ）の発現データセットにも存在する分類器遺伝子を同定し、次に、ＵＮＣ及びチャン（Ｃｈｕｎｇ）の発現データセットをこれらの遺伝子に限定した。各データセットを別々に遺伝子中央値でセンタリングした後、適切なクラスラベルを有する全アレイにわたる各遺伝子の発現値中央値を計算することにより、ＵＮＣ及びチャン（Ｃｈｕｎｇ）クラスの各々の重心を求めた。（非特許文献２９）にあるとおり、メトリック１−ピアソン相関係数を使用してＵＮＣ及びチャン（Ｃｈｕｎｇ）の重心間の距離を計算した。この検証プロセスを、ウィルカーソン（Ｗｉｌｋｅｒｓｏｎ）らのＬＳＣＣデータを使用して繰り返した。
【０１４５】
ＤＮＡコピー数解析
ＣＥＬファイルを、アフィメトリクス（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）ジェノタイピングコンソール（Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  Ｃｏｎｓｏｌｅ）を使用して品質管理手順に供し、０．４の初期閾値を上回るコントラストＱＣ測定値を生成したアレイは、続く分析から外した。次に、Ｒパッケージａｒｏｍａ（非特許文献１０２）及びプールされた正常サンプル集合を使用して、ＣＥＬファイルの強度値をｌｏｇ＿２コピー数値に変換した。ゲノムワイドコピー数プロファイルを手動で見直した後に合計１０７個のアレイが残り、そのうち８２個は発現クラスラベルを有した。欠測値を、最も近いプローブからの非欠測値を使用してインピュテーションにより補完した。ＤＮＡコピー（ＤＮＡｃｏｐｙ）を使用してセグメント化を実施した（非特許文献１０３）。（非特許文献１０５）で行われたようにコピー数プロファイルを平滑化し、且つ中央値でセンタリングした後、ＤｉＮＡＭＩＣ（非特許文献１０４）で反復性のコピー数増加及び減少を検出した。得られたＤｉＮＡＭＩＣ  ｐ値が０．０５未満である場合、増加及び減少は統計的に有意と分類される。反復性のＣＮ増加及び減少を有する領域を、水準０．９５でウォルター（Ｗａｌｔｅｒ）ら（非特許文献１０６）の信頼区間手順を使用して求めた。これを全１０７個のアレイの集合について、並びに４つのＵＮＣクラスの各々におけるアレイに限定した後に、実施した。
【０１４６】
カノニカルな癌遺伝子のコピー数増加及び減少
遺伝子特異的コピー数を、遺伝子の範囲内にある又はそれに直ちに隣接するプローブにおける全てのセグメント化されたコピー数値の平均を計算することにより決定した。各対象者について、本発明者らは、遺伝子特異的コピー数が０．３５を上回る（−０．３５を下回る）場合に（これは全てのセグメント化されたコピー数値の平均値を約２標準偏差上回る（下回る）値である）、コピー数増加（減少）を有するものとして遺伝子を分類する。
【０１４７】
統計的分析
全てのデータ分析を、Ｒ  ２．１２．２を使用して実施した。全てのカテゴリ変数間の関連性の統計的有意性は、フィッシャーの直接確率検定又はモンテカルロ版のフィッシャーの直接確率検定（ｐ値がアスタリスクを含む）で評価した。大域的Ｆ検定を使用して、連続変数と発現サブタイプとの関連性の統計的有意性を評価した。全ての生存分析を、生存パッケージを使用して実施した。無再発生存（ＰＦＳ）時間は、手術から死亡、再発、又は追跡不能までの時間（月単位）と定義した。
【０１４８】
染色体不安定性指数
所与の対象者について、本発明者らは、各染色体腕における平滑化し、セグメント化したコピー数値の絶対値の中央値を計算する。これらの腕特異的中央値の中央値を染色体不安定性指数と定義し、これは（非特許文献１０５）に掲載される定義と同様である。
【０１４９】
癌細胞株データ
ＣＣＬＥで扁平上皮癌と分類される１８個の食道細胞株及び１９個の「上気道消化管」細胞株について、ＣＮ及びＧＥデータが利用可能である。本発明者らの分類器における８４０個中８０３個の遺伝子について、細胞株のＧＥデータが利用可能である。これらの共通遺伝子に限定した後、本発明者らは細胞株のＧＥデータを、それが本発明者らの分類器と同じ遺伝子特異的平均値及び標準偏差を有するように正規化した。次に上記に記載した重心ベースの方法を使用して細胞株の発現サブタイプを予想した。（非特許文献１０７）（この内容は、本明細書によって全体として援用される）もまた参照のこと。
【０１５０】
表９〜表１２は、異なる頭部及び癌サブタイプの遺伝子シグネチャーを掲載する。配列、一塩基変異多型（ＳＮＰ）などのさらなる情報に関しては、ジーンカード（ＧｅｎｅＣａｒｄｓ）（ｗｗｗ．ｇｅｎｅｃａｒｄｓ．ｏｒｇ）、アメリカ国立医学図書館、米国国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）遺伝子データベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｉｔｅｓ／ｅｎｔｒｅｚ？ｄｂ＝ｇｅｎｅ）、又は欧州バイオインフォマティクス研究所（ＥＢＩ）及びウェルカムトラストサンガー研究所（ＷＴＳＩ）、Ｅｎｓｅｍｂｌデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｕｓｅａｓｔ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）又はカリフォルニア大学サンタクルーズ校（ＵＣＳＣ）ゲノムブラウザｈｔｔｐ：／／ｇｅｎｏｍｅ．ｕｃｓｃ．ｅｄｕ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ｈｇＢｌａｔ）上のＢＬＡＴを参照のこと。
【０１５１】
【表９】
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【０１５２】
【表１０−１】
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【０１５３】
【表１０−２】
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【０１５４】
【表１１−１】
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【０１５５】
【表１１−２】
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【０１５６】
【表１１−３】
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【０１５７】
【表１２−１】
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【０１５８】
【表１２−２】
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【０１５９】
【表１２−３】
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【０１６０】
【表１２−４】
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【０１６１】
【表１２−５】
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【０１６２】
【表１２−６】
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【０１６３】
【表１２−７】
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【０１６４】
【表１２−８】
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【０１６５】
【表１２−９】
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【０１６６】
【表１２−１０】
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【０１６７】
本発明は、その詳細な説明に関連して記載されているが、前述の記載は例示を意図するものであり、本発明の範囲を限定する意図はないことが理解されるべきである。本発明の他の態様、利点、及び改良が、以下に記載する特許請求の範囲内にある。本明細書に引用される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、個々の刊行物又は特許出願がそれぞれ具体的且つ個々に参照によって援用されることが示されたものとして、参照により本明細書に援用される。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図３Ｄ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【図８Ｄ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図９Ｄ】
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【図１０】
2015521480.tif 000050
【図１１】
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【図１２】
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【国際調査報告】
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