(57)【要約】  本出願は、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３の阻害剤で癌患者を治療するための選択基準としてのＮＲＧ１の過剰発現の利用、及びそれらの患者を治療する方法について記載する。
2015514710.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＨＥＲ３阻害剤の投与前にＮＲＧ１を過剰発現する癌と診断された患者に、ＨＥＲ３阻害剤の治療的有効量を投与することを含む、ある種類の癌の患者を治療する方法。
【請求項２】
前記患者が前記種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、中央値のレベルよりも高いレベルでＮＲＧ１を発現する癌と診断された、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記患者が前記種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、６０パーセンタイル以上のレベルでＮＲＧ１を発現する癌と診断された、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記患者が前記種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、７５パーセンタイル以上のレベルでＮＲＧ１を発現する癌と診断された、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記患者が前記種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、８０パーセンタイル以上のレベルでＮＲＧ１を発現する癌と診断された、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
癌の種類が、過剰発現モード及び過剰発現モードの欠如からなる二峰性の発現プロフィールを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記癌の種類が、オートクリンニューレグリン誘導性のシグナル伝達を示す、請求項１から６までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記癌の種類が、頭頸部扁平上皮前記癌（ＨＮＳＣＣ）である、請求項１から７までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記ＨＥＲ３阻害剤がＨＥＲ３に結合するＮＲＧ１を阻害する、請求項１から８までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記ＨＥＲ３阻害剤が抗体である、請求項１から９までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＨＥＲ３阻害剤が二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤である、請求項１から１０までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤が、特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する前記抗原結合ドメインが、
ＬＳＧＤＷＩＨ（配列番号：３）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ１、
ＶＧＥＩＳＡＡＧＧＹＴＤ（配列番号：４）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ２、
ＡＲＥＳＲＶＳＦＥＡＡＭＤＹ（配列番号：５）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ３、
及び
ＮＩＡＴＤＶＡ（配列番号：６）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ１、
ＳＡＳＦ（配列番号：７）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ２、及び
ＳＥＰＥＰＹＴ（配列番号：８）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ３
を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する前記抗原結合ドメインが、配列番号：１のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する前記抗原結合ドメインが、配列番号：１の重鎖可変ドメイン及び配列番号：２の軽鎖可変ドメインを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
診断が、患者の癌サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを測定し、前記サンプル中のＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の発現レベルと比較して、前記サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを定量することからなる、請求項１から１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
患者が、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤の投与前に、ＮＲＧ１を過剰発現する頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）と診断された、前記患者に二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤の治療的有効量を投与することを含む、ＨＮＳＣＣ患者を治療する方法。
【請求項１８】
二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤が特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する前記抗原結合ドメインが、
ＬＳＧＤＷＩＨ(配列番号：３)のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ１、 
ＶＧＥＩＳＡＡＧＧＹＴＤ(配列番号：４)のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ２、及び 
ＡＲＥＳＲＶＳＦＥＡＡＭＤＹ(配列番号：５)のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ３、 
及び 
ＮＩＡＴＤＶＡ(配列番号：６)のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ１、
ＳＡＳＦ(配列番号：７)のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ２、及び
ＳＥＰＥＰＹＴ(配列番号：８)のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ３
を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する前記抗原結合ドメインが、配列番号：１のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン、及び配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する前記抗原結合ドメインが、配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列及び配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
前記診断が、患者のＨＮＳＣＣのサンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを決定することと、サンプル中のＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の発現レベルと比較して、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを定量することを含む、請求項１７から２１までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項２３】
患者の癌サンプル中のニューレグリン１（ＮＲＧ１）の発現を決定することと、癌サンプルがＮＲＧ１を過剰発現している場合に、治療にＨＥＲ３阻害剤を選択することを含む、オートクリンニューレグリン誘導性のシグナル伝達を示す種類の癌を有する患者に対する治療を選択するための方法。
【請求項２４】
前記癌サンプルが、前記種類の癌においてＮＲＧ１発現の中央値のレベルよりも高いレベルでＮＲＧ１を発現する、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記癌サンプルが、前記種類の癌におけるＮＲＧ１発現について６０パーセンタイル以上のレベルでＮＲＧ１を発現する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記癌サンプルが、前記種類の癌におけるＮＲＧ１発現について７５パーセンタイル以上のレベルでＮＲＧ１を発現する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記癌サンプルが、前記種類の癌におけるＮＲＧ１発現について８０パーセンタイル以上のレベルでＮＲＧ１を発現する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記種類の癌が、過剰発現モード及び過剰発現モードの欠如からなる二峰性の発現プロフィールを示す、請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
前記種類の癌が、頭頸部扁平上皮前記癌（ＨＮＳＣＣ）である、請求項２３から２８までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項３０】
前記ＨＥＲ３阻害剤が、ＨＥＲ３に結合するＮＲＧ１を阻害する、請求項２３から請求項２９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３１】
前記ＨＥＲ３阻害剤が抗体である、請求項２３から３０までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項３２】
前記ＨＥＲ３阻害剤が二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤が、特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインが、
ＬＳＧＤＷＩＨ（配列番号：３）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ１、
ＶＧＥＩＳＡＡＧＧＹＴＤ（配列番号：４）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ２、及び
ＡＲＥＳＲＶＳＦＥＡＡＭＤＹ（配列番号：５）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ３、  
及び
ＮＩＡＴＤＶＡ（配列番号：６）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ１、
ＳＡＳＦ（配列番号：７）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ２、及び
ＳＥＰＥＰＹＴ（配列番号：８）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ３
を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインが、配列番号：１のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する重鎖可変ドメインと、配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記二重特異性抗体が、配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列及び配列番号：２の軽鎖可変ドメインを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
ＮＲＧ１発現が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて決定されている、請求項２３から３６までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記ＰＣＲが、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
ＮＲＧ１発現が、ＩＨＣを用いて決定されている、請求項２３から３６までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
前記ＨＮＳＣＣの前記サンプル中の前記ＮＲＧ１発現を決定することが、前記サンプル中の前記ＮＲＧ１の前記発現レベルを決定することと、前記サンプル中のＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の前記発現レベルと比較して、前記サンプル中のＮＲＧ１の前記発現レベルを定量することを含む、請求項２３から３９までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
更に、前記ＨＥＲ３阻害剤の治療的有効量を前記患者へ投与することを含む、請求項２３から４０までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
前記サンプル中の前記ＮＲＧ１の発現レベルを決定すること、及び
前記サンプル中のＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の前記発現レベルと比較して、前記サンプル中の前記ＮＲＧ１の前記発現レベルを定量すること
を含む、癌のサンプル中のＮＲＧ１発現レベルを定量する方法。
【請求項４３】
癌が、オートクリンニューレグリン誘導されるシグナルを示す、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記癌が、オートクリンニューレグリン誘導されるシグナルを示す、請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
ＮＲＧ１発現レベル並びにＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の前記発現レベルが、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて決定される、請求項４２から４４までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
前記ＰＣＲが、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
ＮＲＧ１の前記発現レベル並びにＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の前記発現レベルが、免疫組織化学（ＩＨＣ）を用いて決定される、請求項４２から４４までのいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
ＮＲＧ１を過剰発現する種類の前記癌の治療に使用するためのＨＥＲ３阻害剤。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、本明細書にその内容全体を参考として援用される２０１２年３月２７日に出願された米国特許出願第６１／６１６２４１号の優先権の利益を主張する。
【０００２】
本出願は、癌治療及びＨＥＲ３阻害剤での治療のために癌患者を選択する方法の分野に関する。
【背景技術】
【０００３】
レセプターチロシンキナーゼのＨＥＲファミリーは、細胞増殖、分化及び生存の重要な介在物質である。このレセプターファミリーは、上皮細胞増殖因子レセプター（ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ１、又はＨＥＲ１）、ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２又はｐ１８５ｎｅｕ）、ＨＥＲ３（ＥｒｂＢ３）及びＨＥＲ４（ＥｒｂＢ４又はｔｙｒｏ２）を含む４つの別個のメンバーを包含する。
【０００４】
ＨＥＲ経路を標的とする治療剤は、乳癌、非小細胞肺癌、結腸直腸癌、頭頸部癌及び膵臓癌のような疾患の治療に現在は使用されている。
【０００５】
ＥＧＦＲは６つの異なるリガンド；上皮増殖因子（ＥＧＦ）；トランスフォーミング増殖因子アルファ（ＴＧＦ−α）、アンフィレグリン、ヘパリン結合上皮細胞増殖因子（ＨＢ−ＥＧＦ）、ベータセルリン及びエピレグリンにより結合される（Groenenら Growth Factors 11:235-257(1994)）。
【０００６】
ニューレグリンは、Ｈｅｒ３及びＨｅｒ４受容体チロシンキナーゼに対するリガンドである。ニューレグリンファミリーの４つの既知のメンバーとしては、ＮＲＧ１、ＮＲＧ２、ＮＲＧ３、及びＮＲＧがある（Falls, D. L.、Ex Cell Res, 284:14-30 (2003)；Hirsch及びWu (2007). Expert Reviews, Vol. 7, 147-157）。ＮＲＧ１転写物は、少なくとも１５の異なるアイソフォームが生じる大規模な選択的スプライシングを受ける。すべての活性アイソフォームは活性に必要かつ十分なＥＧＦ様ドメインを共有する（Holmes, W. E.ら、Science, 256:1205-1210 (1992)；Yarden, Y.及びPeles, E., Biochemistry 30: 3543-3550(1991)）。
【０００７】
米国では昨年、約５２，１４０例の頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）が新たな症例として診断され、１１，４６０例がこの疾患で死亡したと推定されている（１）。ＨＮＳＣＣに対する根治的介入には、外科手術、放射線治療、及び化学放射線併用療法が含まれる。原発性ＨＮＳＣＣの全体的な５年相対生存率は約６０％である。しかし、転移性疾患と診断された患者の５年相対生存率は、わずか３５％である（２）。進行性ＨＮＳＣＣ患者における予後不良は、この集団におけるより効果的な治療の必要性を明確に示している（３）。
【０００８】
上皮増殖因子受容体（ＥＧＦＲ）経路を介したシグナル伝達は、ＨＮＳＣＣの主要なドライバーである（４）。ＥＧＦＲは、全てのＨＮＳＣＣで最大９０％が過剰発現されている（５，６）。セツキシマブによるＥＧＦＲ阻害は、内因性耐性又は獲得耐性により、長期臨床ベネフィットが幾分制限されているにもかかわらず、効果的な治療戦略であることが証明された（７）。ＥＧＦＲ及び／又はＨＥＲ２を標的とするエルロチニブ、ゲフィチニブ、及びラパチニブなどのチロシンキナーゼ阻害剤（ＴＫＩ）は、ＨＮＳＣＣの臨床試験において研究されているが、無作為化試験では延命効果が実証されていない（８−１０）。
【０００９】
ＮＲＧ１オートクリンシグナル伝達は、肺上皮細胞増殖を調節し（Jinboら、 Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 27：306-313 (2002)）、ヒト肺の発達において役割を果たすことが示されており（Patelら、Am. J. Resp Cell Mol Bio, 22: 432-440 (2000)）、ＥＧＦＲ阻害剤に対するＮＳＣＬＣの感受性に関与している（Zhouら、Cancer cell 10:39-50(2006)）。オートクリンシグナル伝達ループの中でＮＲＧ１がＨＥＲ２キナーゼと結合することにより悪性腫瘍を促進しているが、特定の癌細胞株は、オートクリンシグナル伝達ループによって駆動されることが前臨床試験で示唆された。（Wilsonら、Cancer Cell, 20:158-173(2011)）。
【発明の概要】
【００１０】
一つの局面において、本発明は、ＨＥＲ３阻害剤の投与前に、ＮＲＧ１を過剰発現する癌と診断された患者にＨＥＲ３阻害剤の治療的有効量を投与することを含む、ある種類の癌の患者を治療する方法を提供する。ＮＲＧ１の過剰発現は、ＨＥＲ３阻害剤に対する被験者の治療応答の指標である。一実施態様において、患者は、この種類の癌におけるＮＲＧ１発現が中央値のレベルよりも高いレベルでＮＲＧ１を発現する癌と診断された。特定の実施態様において、患者は、この種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、６０パーセンタイル以上、７５パーセンタイル以上、又は８０パーセンタイル以上のレベルでＮＲＧ１を発現する癌と診断された。一実施態様において、癌の種類は、過剰発現モード及び過剰発現モードの欠如からなる二峰性の発現プロフィールを示す。一実施態様において、線形目盛で測定した二峰性の発現プロフィールの変曲点は１．５である。一実施態様において、癌の種類は、ＨＮＳＣＣのように、ニューレグリン誘導性のオートクリンシグナル伝達を示すものである。
【００１１】
一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤はＨＥＲ３に結合するＮＲＧ１を阻害する。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は抗体である。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤である。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列及び配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列を含む。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列及び配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列を含む。
【００１２】
一実施態様において、診断は患者の癌のサンプル中のＮＲＧ１発現レベルを決定すること、及びサンプル中のＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の発現レベルと比較して、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを定量することを包含した。
【００１３】
別の局面において、本発明は、患者への二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤の治療的有効量を投与することを含む、患者の頭頸部扁平上皮癌(ＨＮＳＣＣ)を治療する方法であって、患者が、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤の投与前にＮＲＧ１を過剰発現するＨＮＳＣＣと診断されている方法を提供する。ＮＲＧ１の過剰発現は、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤に対する被験者の治療応答の指標である。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、特にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列、及び配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列を含む。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列番号：１の重鎖可変ドメイン及び配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列を含む。
【００１４】
別の局面において、本発明は、ニューレグリン誘導性のオートクリンシグナル伝達を示す種類の癌の患者のための治療法であって、患者の癌サンプル中のニューレグリン１（ＮＲＧ１）の発現を決定することと、癌サンプルが、ＮＲＧ１を過剰発現した場合に、治療にＨＥＲ３阻害剤を選択することを含む方法を提供する。一実施態様において、癌サンプルは、この種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、中央値のレベルよりも高いレベルでＮＲＧ１を発現する。特定の実施態様では、癌サンプルは、この種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、６０パーセンタイル以上、７５パーセンタイル以上、８０パーセンタイル以上のレベルでＮＲＧ１を発現する。一実施態様において、癌の種類は、過剰発現モード及び過剰発現モードの欠如からなる二峰性の発現プロフィールを示すものである。一実施態様において、線形目盛で測定した二峰性の発現プロフィールの変曲点は１．５である。一実施態様において、癌の種類は、ＨＮＳＣＣのように、オートクリンニューレグリン誘導性のシグナル伝達を示すものである。一実施態様において、方法は更に、患者へのＨＥＲ３阻害剤の治療的有効量を投与することを含む。一実施態様において、癌の種類はＨＮＳＣＣである。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤はＨＥＲ３に結合するＮＲＧを阻害する。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は抗体である。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤である。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列の配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列、及び配列の配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列を含む。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列の配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列、及び配列の配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列を含む。
【００１５】
一実施態様において、ＮＲＧ１発現の決定は、患者の癌のサンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを決定し、サンプル中のＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の発現レベルと比較して、サンプル中ＮＲＧ１の発現レベルを定量することを含む。
【００１６】
別の局面において、本発明は、患者のＨＮＳＣＣサンプル中のニューレグリン１(ＮＲＧ１)の発現を決定し、ＨＮＳＣＣサンプルがＮＲＧ１を過剰発現した場合には、療法として二重特異ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤を選択することを含む、頭頸部扁平上皮癌(ＨＮＳＣＣ)患者のための治療を選択するための方法を提供する。一実施態様において、患者への二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤の治療的有効量を投与することを更に含む。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列の配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列、及び配列の配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列を含む。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列の配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列、及び配列の配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列を含む。一実施態様において、ＮＲＧ１発現の決定は、患者の癌由来のサンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを測定し、サンプル中のＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の発現レベルと比較して、試料中のＮＲＧ１の発現レベルを定量することを含む。
【００１７】
本発明の別の局面は、ＨＥＲ３阻害剤又はその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法であって、ターゲット層(ｔａｒｇｅｔ ａｕｄｉｅｎｃｅ)に対して、患者の癌がＮＲＧ１を過剰発現する種類の癌を有する患者集団を治療するためのＨＥＲ３阻害剤又はその薬学的組成物の使用を奨励することを包含する方法を提供する。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤はＨＥＲ３に結合するＮＲＧを阻害する。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は抗体である。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤である。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列の配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列、及び配列の配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列を含む。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列の配列番号：１の重鎖可変ドメイン配列、及び配列の配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列を含む。
【００１８】
本発明の別の局面は、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤又はその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法であって、ターゲット層(ｔａｒｇｅｔ ａｕｄｉｅｎｃｅ)に対して、患者のＨＮＳＣＣがＮＲＧ１を過剰発現するＨＮＳＣＣを有する患者集団を治療するための二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤又はその薬学的組成物の使用を奨励することを包含する方法を提供する。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列の配列番号：１の重鎖可変ドメインのＨＶＲ配列、及び配列の配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ配列を含む。一実施態様において、二重特異性抗体は、配列の配列番号：１の重鎖可変ドメイン、及び配列の配列番号：２の軽鎖可変ドメイン配列を含む。
【００１９】
別の局面において、本発明は、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを決定すること、及びサンプル中の内部標準の遺伝子（単数又は複数）の発現レベルと比較して、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを定量することを含む、癌サンプル中のＮＲＧ１発現レベルを定量する方法を提供する。一実施態様において、参照遺伝子（単数又は複数）は、ＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方である。一実施態様において、サンプルは、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）などのオートクリンニューレグリン誘導性のシグナル伝達を示す癌由来のものである。この方法の特定の一実施態様において、ＮＲＧ１の発現レベル、並びにＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの一方又は両方の発現レベルはポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して決定される。一実施態様では、本方法において使用されるＰＣＲは、定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。別の実施態様において、ＮＲＧ１の発現レベルは、免疫組織化学（ＩＨＣ）又はＥＬＩＳＡを用いて決定される。別の実施態様において、ＮＲＧ１の発現レベルは、免疫組織化学（ＩＨＣ）又はＥＬＩＳＡを用いて決定される。別の実施態様において、ＮＲＧ１の発現レベルは、直接的ＲＮＡ塩基配列決定法によって決定される。別の実施態様において、ＮＲＧ１の発現レベルは、ＲＮＡインサイツハイブリダイゼーションを用いて決定される。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
図１は、ＭＥＨＤ７９４５Ａ抗体がＨＥＲ３−ＥＣＤ及びＥＧＦＲ−ＥＣＤの両方に結合することを示すグラフである。
図２Ａ及び図２Ｂは、ＭＥＨＤ７９４５ＡがＥＧＦＲ及びＨＥＲ２／ＨＥＲ３依存性のシグナル伝達を阻害することを実証するグラフである。
図３は、ＭＥＨＤ７９４５ＡによるＦａＤｕ癌モデルにおける腫瘍増殖の阻害を示すグラフである。
図４は、多数のマウス異種移植モデルにおけるセツキシマブ又は抗ＨＥＲ３と比較したＭＥＨＤ７９４５Ａの腫瘍増殖抑制効果をまとめたものである。
図５は、定量ＲＴ−ＰＣＲにより決定される、この種類の癌におけるＮＲＧ１(Ａ)及びＨＥＲ３(Ｂ)発現レベルを示している。
図６は、他の種類の癌と比較した、ＨＮＳＣＣにおけるＮＲＧ１発現の二峰性の分布を示している。
図７は、常用対数目盛でプロットした場合の、ＨＮＳＣＣにおけるＮＲＧ１発現の二峰性の分布を示している。点線は、ＨＮＳＣＣにおけるＮＲＧ１発現の過剰発現及び過剰発現モードの欠如との間の変曲点を示しており、それは、対数目盛で０．３６８９に設定され、線形目盛での約１．５０に相当する。
図８は、治療未経験のＳＣＨＮＮ患者の新鮮凍結腫瘍標本におけるｐＨＥＲ３及びのｐＴｙｒのＩＰ−ウェスタンブロット分析の結果を示している。ＭＣＦ７はネガティブコントロールである。ＭＣＦ７＋ＮＲＧ及びＰＣＩ６Ａはポジティブコントロールである。ｐＨＥＲ３のコントロールが同時に実行されたのに対して、ｐＴｙｒブロットのコントロールは個別に実行された。
図９は、２３例のＳＣＨＮＮ腫瘍(ＩＰ−ウェスタンで１９例中１８例のオーバーラップ)において、高いＮＲＧ１発現がＨＥＲ３シグナリングのｐＨＥＲ３差動活性化と関連していることを示唆する、定量ＲＴ−ＰＣＲアッセイの結果を示している。ｘ軸の下の黒い線は、ＩＰ−ウェスタンで検出可能なｐＨＥＲ３を有する腫瘍を示している。
図１０は、分析に用いた患者及びその腫瘍の病理学的及び人口統計学的変数を表に要約したものである。
図１１は、適合しない原発性及び再発性のＨＮＳＣＣ標本において、ＮＲＧ１発現のレベルを比較する定量ＲＴ−ＰＣＲ分析を示している。
図１２は、適合した原発性及び再発性のＨＮＳＣＣにおいて、ＮＲＧ１発現のレベルを比較する定量ＲＴ−ＰＣＲ分析を示している。
図１３は、適合した治療未経験及び治療後のＨＮＳＣＣｓとの間の比較を示している表である。
図１４は、ＮＲＧ１又はＨＥＲ３発現及び適合した治療未経験と化学療法後のＨＮＳＣＣサンプルとの間のオートクリン生物学の変化を示している表である。対比染色した核内でのＮＲＧ１又はＨＥＲ３もしくは両方の転写産物の発現の検出には、Ｄｅｆｉｎｉｅｎｓ社のソフトウェアを使用した。
図１５は、原発性及び再発性ＳＣＨＮＮｓにおける、ＲＮＡ−ＩＳＨ及びＮＲＧ１の定量ＲＴ−ＰＣＲ(Ａ)及びＨＥＲ３(Ｂ)のペアごとの分析を示す。スピアマンの順位相関及びｐ値をグラフ上に示す。
図１６は、ＨＮＳＣＣ及びＣＲＣ患者のＮＲＧ１発現レベルを示している。
図１７は、第Ｉ相試験におけるＨＮＳＣＣ患者のＮＲＧ１発現レベルと比較した、原発性及び再発性ＨＮＳＣＣにおけるＮＲＧ１発現レベルを示している。
図１８は、抗体ＭＥＨＤ７９４５Ａ(配列番号：１及び配列番号：２)のアミノ酸配列を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２１】
Ｉ．定義
他に定義されていない限り、ここで使用される全ての技術専門用語、表記及び他の科学的用語は、この発明に関連する当業者に共通して理解される意味を持つものである。幾つかの場合には、共通して理解される意味を持つ用語を明確化のため及び／又は参照を容易にするために、本明細書で定義するが、ここにそのような定義を含めることが、当該分野で一般的に理解されることに対して実質的な差異を表すものと必ずしも解釈されるものではない。本明細書に記載され、又は参照される技術及び手順は一般的に十分理解されるものであり、例えばSambrook ら, Molecular Cloning: A Laboratory Manual 2版(1989) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.に記載の広く利用される分子クローニング方法論などの、当業者による一般的な方法論を用いて通常行われるものである。適切ならば、市販のキットや試薬の使用を伴う手順は、特に明記しない限り、製造者が定めたプロトコール及び／又はパラメーターに従って一般的に実施される。
【００２２】
したがって、本方法、キット及び用途を記載する前に、本発明が、記載されたような特定の方法論、プロトコール、細胞株、動物の種又は属、コンストラクト、及び試薬に限定されず、当然変わりうることが理解されなければならない。本明細書で使用される専門用語は、特定の実施態様を記載する目的のためだけのものであり、本発明の範囲を限定する意図はなく、本発明は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることも理解されなければならない。
【００２３】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎｄ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに他の定義を意味しないならば、複数の指示対象も含む。
【００２４】
本明細書及び特許請求の範囲を通して、「ｃｏｍｐｒｉｓｅ」なる語、又は「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ」又は「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ」等の変形語は、記載された整数又は整数群を含むことを意味するが、如何なる他の整数又は整数群も除外するものではないことが理解されるであろう。
【００２５】
本明細書中の「抗体」は最も広義に用いられ、具体的には、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体から形成される多特異性抗体(例えば二重特異性抗体)、及び所望の生物学的活性を表す限りにおける抗体断片を包含する。「多重特異性抗体」なる用語は最も広義に用いられ、ポリエピトープ性特異性を有する抗体を具体的に網羅する。(即ち、一つの生体分子上の二つ以上の異なるエピトープに特異的に結合することが可能であるか、又は二つ以上の異なる生体分子上のエピトープに特異的に結合することが可能である。)抗原結合ドメインの一具体例は、重鎖可変ドメイン(ＶＨ)及び軽鎖可変ドメイン(ＶＬ)からなるＶＨＶＬユニットである。このような多重特異性抗体は、完全長抗体、二以上のＶＬ及びＶＨドメインを有する抗原、Ｆａｂ、Ｆｖ、ｄｓＦｖ、ｓｃＦｖ、ダイアボディ(ｄｉａｂｏｄｉｅｓ)、二重特異性ダイアボディ及びトライアボディ(ｔｒｉａｂｏｄｉｅｓ)、共有結合又は非共有結合した抗体断片を含むが、これらに限定されない。「二重特異性抗体」は、一つの生物学的分子にある２つの異なるエピトープに特異的に結合できるか、又は２つの異なる生物学的分子にあるエピトープに特異的に結合できる抗原結合ドメインを含む多重特異性抗体である。二重特異性抗体はまた「二重特異性」を有するか、又は「二重特異的」であるとも称される。
【００２６】
ある実施態様では、本発明の抗体は、その標的ＨＥＲ又はＨＥＲｓに対して≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有している。
【００２７】
基本的な４-鎖抗体ユニットは２つの同一の軽(Ｌ)鎖と２つの同一の重(Ｈ)鎖から構成されるヘテロ四量体の糖タンパクである(ＩｇＭ抗体は、基本的なヘテロ四量体ユニットとそれに付随するＪ鎖と称される付加的なポリペプチドの５つからなり、よって１０の抗原結合部位を有するが、分泌されたＩｇＡ抗体は重合して、基本的４-鎖ユニットとそれに付随するＪ鎖のうち２−５つを含む多価集合を形成可能である)。ＩｇＧの場合、４-鎖ユニットは一般的に約１５００００ダルトンである。それぞれのＬ鎖は１つの共有ジスルフィド結合によってＨ鎖に結合するが、２つのＨ鎖はＨ鎖のアイソタイプに応じて一又は複数のジスルフィド結合により互いに結合している。それぞれのＨ及びＬ鎖はまた、規則的に離間した鎖間ジスルフィド結合を有している。それぞれのＨ鎖は、α及びγ鎖の各々に対しては３つの定常ドメイン(ＣＨ)が、μ及びεアイソタイプに対しては４つのＣＨドメインが続く可変ドメイン(ＶＨ)をＮ末端に有する。それぞれのＬ鎖は、その他端に定常ドメイン(ＣＬ)が続く可変ドメイン(ＶＬ)をＮ末端に有する。ＶＬはＶＨと整列し、ＣＬは重鎖の第一定常ドメイン(ＣＨ１)と整列している。特定のアミノ酸残基が、軽鎖及び重鎖可変ドメイン間のインターフェイスを形成すると考えられている。ＶＬとＶＨは共同して対になって、単一の抗原結合部位を形成する。異なるクラスの抗体の構造及び特性は、例えばBasic and Clinical Immunology, ８版, Daniel P. Stites, Abba I. Terr and Tristram G. Parslow(編), Appleton ＆ Lange, Norwalk, CT, 1994, ７１頁及び６章を参照のこと。
【００２８】
任意の脊椎動物種からの抗体のＬ鎖は、それらの定常ドメインのアミノ酸配列に基づき、カッパ及びラムダと呼ばれる明確に区別される２つのタイプのタイプを割り当てることができる。それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に基づき、抗体(免疫グロブリン)は、異なるクラスに割り当てることができる。５つのクラスの免疫グロブリンがある：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭ, それぞれα、δ、ε、γ及びμと指定された重鎖を有する。及びａクラスは更にＣＨ配列及び機能の比較的小さな差異に基づいてサブクラスに分割され、例えばヒトでは、次のサブクラス：ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２を発現する。
【００２９】
「可変」なる用語は、可変ドメインの所定のセグメントが抗体間で配列の点で広範囲に相違していることを意味する。Ｖドメインは抗原結合を媒介し、特定の抗体のその特定の抗原に対する特異性を定める。しかしながら、可変性は可変ドメインの１１０アミノ酸のスパンにわたって均一に分布しているのではない。その代わりに、Ｖ領域は、「高頻度可変領域」又はＨＶＲと呼ばれる極度の可変性のより短い領域により分離した１５〜３０アミノ酸のフレームワーク領域(ＦＲ)と呼ばれる相対的に不変の伸長部からなる。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、各々、主としてβ-シート立体構造をとり、３つの高頻度可変領域によって連結され、β-シート構造を連結し、場合によってはその一部を形成することもある４つのＦＲを含む。各鎖の高頻度可変領域はＦＲによって極く近傍に一緒に保持され、他の鎖からの高頻度可変領域とともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する(Kabatら、Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)を参照)。定常ドメインは抗体の抗原への結合に直接は関係しないが、例えば抗体依存性細胞傷害性(ＡＤＣＣ)における抗体の関与のような様々なエフェクター機能を示す。
【００３０】
本明細書で使用される用語「超可変領域」又は「ＨＶＲ」は、配列が超可変であるか、及び／又は構造的に定まったループを形成する抗体可変ドメインの各領域を指す。一般に、抗体は６つの高頻度可変領域を含み；ＶＨに３つ(ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３)、ＶＬに３つ(ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、ＨＶＲ−Ｌ３)である。天然の抗体では、Ｈ３及びＬ３は６つのＨＶＲのうちで最も高い多様性を示し、特にＨ３は抗体に良好な特異性を与える際に特有の役割を果たすと考えられている。例としてXuら Immunity 13:37-45(2000)；Johnson及びWu、Methods in Molecular Biology 248:1-25 (Lo編, Human Press, Totowa, NJ, 2003)を参照。実際、重鎖のみからなる天然に生じるラクダ科の抗体は機能的であり、軽鎖が無い状態で安定である。例えば、 Hamers-Casterman ら, Nature 363:446-448 (1993)；Sheriff ら, Nature Struct. Biol. 3:733-736 (1996)を参照。
【００３１】
ＨＶＲは、一般的に超可変ループ由来及び／又は「相補性決定領域」(ＣＤＲ)由来のアミノ酸残基を含み、後者は、最高の配列可変性であり、及び／又は抗原認識に関与している。多数のＨＶＲの描写が使用され、ここに含まれる。Ｋａｂａｔ相補性決定領域(ＣＤＲ)であるＨＶＲは配列変化に基づいており、最も一般的に使用されている（Kabat ら, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)）。Ｃｈｏｔｈｉａは、代わりに構造的ループの位置に言及している（Chothia及びLesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。ＡｂＭ ＨＶＲは、ＫａｂａｔのＨＶＲ及びＣｈｏｔｈｉａの構造的ループの間の折衷を表し、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアにより使用される。「接触」ＨＶＲは、利用できる複合体結晶構造の分析に基づく。これらのＨＶＲのそれぞれに由来する残基を以下に示す。
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【００３２】
ＨＶＲは、次のような「拡大ＨＶＲ」を含むことができる、即ち、ＶＬの２４−３６又は２４−３４（Ｌ１）、４６−５６又は５０−５６（Ｌ２）及び８９−９７又は８９−９６（Ｌ３）と、ＶＨの２６−３５（Ｈ１）、５０−６５又は４７−６５（Ｈ２）及び９３−１０２、９４−１０２、又は９５−１０２（Ｈ３）である。可変ドメイン残基には、これらの各々を規定するために、上掲のＫａｂａｔらに従って番号を付した。
【００３３】
「フレームワーク」又は「ＦＲ」残基は、ここで定義する高頻度可変領域(ＨＶＲ)残基以外の可変ドメイン残基である。
【００３４】
「Ｋａｂａｔによる可変ドメイン残基番号付け」又は「Ｋａｂａｔに記載のアミノ酸位番号付け」なる用語及びその異なる言い回しは、上掲のＫａｂａｔ等の抗体の編集の軽鎖可変ドメイン又は重鎖可変ドメインに用いられる番号付けシステムを指す。この番号付けシステムを用いると、実際の線形アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲ又はＨＶＲの短縮又はＦＲ又はＨＶＲへの挿入に対応する２、３のアミノ酸又は付加的なアミノ酸を含みうる。例えば、重鎖可変ドメインには、Ｈ２の残基５２の後に単一アミノ酸の挿入(Kabatによる残基５２ａ)、及び重鎖ＦＲ残基８２の後に挿入された残基(例えばカバットによる残基８２ａ、８２ｂ及び８２ｃなど)を含んでもよい。残基のＫａｂａｔ番号付けは、「標準の」カバット番号付け配列による抗体の配列の相同領域でアライメントすることによって与えられる抗体について決定してもよい。
【００３５】
可変ドメイン(およそ軽鎖の残基１−１０７及び重鎖の残基１−１１３)中の残基に言及するとき、Ｋａｂａｔの番号付けシステムが一般に使用される(例えばKabatら, Sequences of Immunological Interest. 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991))。免疫グロブリン重鎖定常領域中の残基に言及するとき、「ＥＵ番号付けシステム」又は「ＥＵインデックス」が一般に使用される(例えば上掲のＫａｂａｔ等に報告されているＥＵインデックス)。「ＫａｂａｔにおけるようなＥＵインデックス」はヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基番号付けを意味する。ここで別の定義を述べない限り、抗体の可変ドメイン内の残基番号の参照は、Ｋａｂａｔ番号付けシステムによる残基番号付けを意味する。ここで別の定義を述べない限り、抗体の定常ドメイン内の残基番号の参照は、ＥＵ番号付けシステムによって番号付けした残基を意味する（例えば、国際公開第２００６／０７３９４１号を参照）。  
【００３６】
「親和性」とは、分子(例えば、抗体)の単一結合部位とその結合パートナー(例えば、抗原)との間の非共有結合相互作用の総和の強度を指す。本明細書で使用する場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体と抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映している本質的な結合親和性を指す。そのパートナーＹに対する分子Ｘの親和性は、一般的に解離定数（Ｋｄ）で表すことができる。親和性は、本明細書に記載したものを含む、当技術分野で知られている一般的な方法によって測定することができる。
【００３７】
「親和性成熟」抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じせしめる、その一又は複数のＨＶＲ又はフレームワーク領域において一又は複数の改変を持つものである。一実施態様では、親和成熟抗体は、標的抗原に対してナノモル又は更にピコモルの親和性を有する。ヒト抗体は、当技術分野で周知の特定の手順を用いて生産されてよい。例えば、Marksら、Bio／Technology10：779-783(1992)は、ＶＨ及びＶＬドメインシャッフリングによる親和成熟について記載している。ＨＶＲ及び／又はフレームワーク残基のランダム突然変異誘発については、例えば、Barbasら、Proc Nat. Acad. Sci. USA 91:3809-3813 (1994)；Schierら、Gene 169:147-155 (1995)； 
Yeltonら、J. Immunol. 155:1994-2004 (1995)；Jacksonら、J. Immunol. 154(7):3310-9 (1995)；及びHawkinsら、J. Mol. Biol. 226:889-896 (1992)に記述されている。
【００３８】
抗体の「クラス」は、その重鎖が保有する定常ドメイン又は定常領域のタイプを指す。抗体には以下の５つの主要な分類がある：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭ、及びこれらの幾つかは、更にサブクラス(アイソタイプ)、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２に、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩＧＡ１、及びＩｇＡ２に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
【００３９】
本明細書で使用する用語「モノクローナル抗体」は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、一般的に少量で存在している変異体のように、モノクローナル抗体の製造時に発生しうる可能な変異を除いて、集団を構成する個別の抗体は、実質的に同様であり、同じエピトープに結合する。このようなモノクローナル抗体は、典型的には、標的に結合する可変領域を含む抗体を含み、この場合、抗体は複数の抗体からの抗体の選択を含むプロセスによって得られた。例えば、この選択プロセスは、雑種細胞クローン、ファージクローン又は組換えＤＮＡクローンのプールのような複数のクローンからの、唯一のクローンの選択とすることができる。選択された抗体は、例えば標的への親和性の向上、抗体のヒト化、細胞培養液中におけるその産生の向上、インビボでの免疫原性の低減、多選択性抗体の生成等のために更に変化させることができ、変化させた可変領域配列を含む抗体もまた、本発明のモノクローナル抗体である。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体の調製物は、それらが他の免疫グロブリンで通常汚染されていないという点で有利である。「モノクローナル」との形容は、抗体の、実質的に均一な抗体の集団から得られたものであるという特性を示し、抗体を何か特定の方法で生産しなければならないと解釈されるべきものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は様々な技術によって作製することができ、それらの技術には、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Kohler及びMilstein, Nature, 256:495-97 (1975)；Hongoら, Hybridoma, 14 (3): 253-260 (1995)；Harlowら, Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2版 1988)；Hammerlingら: Monoclonal Antibodies and T-Cell hybridomas 563-681 (Elsevier, N. Y., 1981)）、組換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４８１６５６７号参照）、ファージディスプレイ技術（例えば、Clacksonら, Nature, 352:624-628 (1991)；Marksら, J. Mol. Biol. 222:581-597 (1992)；Sidhuら, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Leeら, J. Mol. Biol. 340(5);1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34):12467-12472 (2004)；及びLeeら, J. Immounol. Methods 284(1-2): 119-132 (2004)）、並びに、ヒト免疫グロブリン座位の一部又は全部、又はヒト免疫グロブリン配列をコードする遺伝子を有する動物にヒト又はヒト様抗体を生成する技術（例えば、国際公開第１９９８／２４８９３号；国際公開第１９９６／３４０９６号；国際公開第１９９６／３３７３５号；国際公開第１９９１／１０７４１号；Jakobovitsら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 2551 (1993)；Jakobovitsら, Nature 362: 255-258 (1993)；Bruggemannら, Year in Immunol. 7:33 (1993)；米国特許第５５４５８０７号；同第５５４５８０６号；同第５５６９８２５号；同第５６２５１２６号；同第５６３３４２５号；同第５６６１０１６号；Marksら, Bio.Technology 10: 779-783 (1992)；Lonbergら, Nature 368: 856-859 (1994)；Morrison, Nature 368: 812-813 (1994)；Fishwildら, Nature Biotechnol. 14: 845-851 (1996)；Neuberger, Nature Biotechnol. 14: 826 (1996)及びLonberg及びHuszar, Intern. Rev. Immunol. 13: 65-93 (1995)参照）が含まれる。
【００４０】
「インタクトな」抗体は、抗原結合部位並びにＣＬ及び少なくとも重鎖定常ドメインＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３を含む。定常ドメインは、天然配列定常ドメイン（例えば、ヒト天然配列定常ドメイン）又はそのアミノ酸配列変異体でありうる。好ましくは、インタクトな抗体は、一又は複数のエフェクター機能を有する。
【００４１】
「抗体断片」は、インタクトな抗体の一部、好ましくはインタクトな抗体の抗原結合又は可変領域を含む。抗体断片の例としては、ＦＶ、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、F(Ｆａｂ')２、Ｆａｂ'-ＳＨ；ダイアボディ；直鎖抗体（米国特許第５６４１８７０号、実施例２；Zapataら, Protein Eng. 8 (10)：1057-1062[1995] を参照）；単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）を含む。本発明において、明細書の全体を通じて、抗体及び抗体の種々の特性に対して参照がなされ、同じ開示が機能的抗体断片、例えば二重作用Ｆａｂ断片にも当てはまる。
【００４２】
「線状抗体」との表現は、Zapataら、Protein Eng, 8(10):1057-1062(1995)に記載の抗体を一般に意味する。これらの抗体は、相補的な軽鎖ポリペプチドと共に一対の抗原結合領域を形成する一対の直列のＦｄセグメント(ＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１)を含む。好ましい実施態様では、断片は「機能的」である、つまり標的ＨＥＲレセプターに結合する対応するインタクトな抗体の能力を定性的に保持し、インタクトな抗体はＨＥＲ活性化又は機能をまた阻害するならば、そのような疎外特性をまた定性的に保持する。定性的な保持とは、同じ種の活性が保持されるが、結合親和性及び／又は活性の度合いは異なるかも知れないことを意味する。
【００４３】
抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一な抗原結合断片、及び残りの「Ｆｃ」断片（名称は容易に結晶化する能力を反映している）を生成する。Ｆａｂ断片は、Ｈ鎖の可変領域ドメイン（ＶＨ）と一緒のＬ鎖の全体、及び一方の重鎖の第一の定常ドメイン（ＣＨ１）からなる。抗体のペプシン処理は、二価の抗原結合活性を有し、かつ抗原に尚も架橋可能である、２つのジスルフィド結合型Ｆａｂ断片に大まかに相当する単一の大きなＦ(ａｂ')２断片を生じる。Ｆａｂ'断片は、抗体ヒンジ領域からの一以上のシステインを含むＣＨ１ドメインのカルボキシル末端で付加的な２〜３の残基を有する点がＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ'-ＳＨは、本明細書において、Ｆａｂ'の名称であり、定常ドメインのシステイン残基が遊離チオール基を持つ。Ｆ(ａｂ')２抗体断片は、間にヒンジシステインを有するＦａｂ'断片の対として生産された。また、抗体断片の他の化学結合も知られている。抗体断片の他の化学結合も知られている。
【００４４】
Ｆｃ断片は、ジスルフィドにより一緒に保持される、両方のＨ鎖のカルボキシ末端部分を含む。抗体のエフェクター機能は、Ｆｃ領域における配列によって決定され、この領域はまた、特定の種類の細胞に見出されるＦｃレセプター（ＦｃＲ）によって認識される部分である。
【００４５】
「Ｆｖ」は１本の重鎖と１本の軽鎖の可変領域ドメインが、堅固な非共有結合をなした二量体からなる。これら２つのドメインの折り畳みから、抗原結合のためのアミノ酸残基に寄与し、抗体に対する抗原結合特異性を付与する６つの高頻度可変ループ（Ｈ及びＬ鎖から、それぞれ３つのループ）が生じる。しかしながら、単一の可変ドメイン（又は抗原に対して特異的な３つのＨＶＲのみを含むＦｖの半分）でさえ、全結合部位よりも親和性が低くなるが、抗原を認識して結合する能力を有している。
【００４６】
「ｓＦｖ」又は「ｓｃＦｖ」とも略称される「単鎖Ｆｖ」は、単一のポリペプチド鎖内に結合したＶＨ及びＶＬ抗体ドメインを含む抗体断片である。好ましくは、ｓＦｖポリペプチドはＶＨ及びＶＬドメイン間にポリペプチドリンカーを更に含み、それはｓＦＶが抗原結合に望まれる構造を形成するのを可能にする。ｓＦｖの総説については、Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg及びMoore編, Springer-Verlag, New York, pp. 269315 (1994)；Borrebaeck 1995を参照。
【００４７】
用語「ダイアボディ(diabodies)」は、鎖間ではなく鎖内でＶドメインを対形成させ、結果として二価の断片、すなわち２つの抗原-結合部位を有する断片が得られるように、ＶＨとＶＬドメインとの間に、短いリンカー(約５−１０残基）を持つｓＦｖ断片（前の段落を参照）を構築することにより調製される小型の抗体断片を意味する。ダイアボディは、例えば、欧州特許第４０４０９７号；国際公開９３／１１１６１号；及びHollingerら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90: 6444-6448 (1993)により完全に記載されている。
【００４８】
参照抗体として「同一のエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて５０％以上、参照抗体のその抗原への結合をブロックする抗体、逆に競合アッセイにおいて５０％以上、その抗体のその抗原への結合をブロックするその参照抗体を指す。
【００４９】
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部分が特定の起源又は種から由来し、一方重鎖及び／又は軽鎖の残りが異なる起源又は種から由来する抗体を指す。
【００５０】
「ヒト抗体」は、ヒト又はヒト細胞により産生されるか、又はヒト抗体のレパートリー又は他のヒト抗体をコードする配列を利用した非ヒト起源に由来する抗体のそれに対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。
【００５１】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨフレームワーク配列の選別において最も一般的に生じるアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般に、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨ配列の選択は、可変ドメイン配列のサブグループからである。一般に、配列のサブグループは、Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3におけるサブグループである。一実施態様では、ＶＬについて、サブグループは上掲のＫａｂａｔらにおけるサブグループカッパＩである。一実施態様では、ＶＨについて、サブグループは上掲のＫａｂａｔらにおけるサブグループＩＩＩである。
【００５２】
非ヒト（例えば齧歯類）抗体の「ヒト化」形とは、非ヒト抗体から生じる最小配列を含むキメラ抗体である。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、レシピエントの超可変領域からの残基が、所望の抗体特異性、親和性、及び性能を有するマウス、ラット、ウサギ又は非ヒト霊長類などのヒト以外の種（ドナー抗体）の超可変領域からの残基によって置き換えられたヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。幾つかの例においては、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域（ＦＲ）残基は、対応する非ヒト残基によって置き換えられる。更に、ヒト化抗体は、レシピエント抗体又はドナー抗体にも見出されない残基を含みうる。これらの修飾は、抗体の性能を更に改良するために作成される。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、超可変ループの全て又は実質的に全てが、非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全て又は実質的に全てが、ヒト免疫グリブリン配列のものである。ヒト化抗体はまた、任意で、免疫グロブリンの定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的には、ヒト免疫グロブリンのそれを含むであろう。更な更なる詳細については、Jonesら, Nature,321:522-525(1986)；Riechmannら, Nature,332:323-329(1988)；及びPresta, Curr.Op.Struct.Biol.,2:593-596(1992)を参照。
【００５３】
対象の抗原に「結合する」この発明の抗体は、当該抗原を発現する細胞又は組織を標的とする上で、抗体が診断及び／又は治療剤として有用であるように十分な親和性をもって抗原に結合するものである。標的分子への抗体の結合に関して、特定のポリペプチド又は特定のポリペプチド標的上のエピトープ「（に対する）特異的結合」、「に特異的に結合する」又は「に特異的である」という用語は、非特異的相互作用とは測定可能に異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、コントロール分子の結合と比較したある分子の結合を決定することにより測定することができる。例えば、特異的結合は、標的と類似のコントロール分子との競合、例えば、過剰の非標識標的により定量することができる。この場合、標識した標的のプローブに対する結合が、過剰の非標識標的により競合的に阻害されると、特異的結合が示される。特定の一実施態様では、「特異的に結合する」は、他の特定された非標的ＨＥＲレセプターではなくその特定された標的ＨＥＲレセプターへの抗体の結合を意味する。例えば、抗体はＥＧＦＲ及びＨＥＲ３に特異的に結合するが、ＨＥＲ２又はＨＥＲ４に特異的には結合せず、又は抗体はＥＧＦＲ及びＨＥＲ２に特異的に結合するが、ＨＥＲ３又はＨＥＲ４に特異的には結合せず、又は抗体はＥＧＦＲ及びＨＥＲ４に特異的に結合するが、ＨＥＲ２又はＨＥＲ３に特異的には結合しない。
【００５４】
「ＨＥＲレセプター」は、ＨＥＲレセプターファミリーに属し、ＥＧＦＲ（ＥｒｂＢ１，ＨＥＲ１）、ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２）、ＨＥＲ３（ＥｒｂＢ３）及びＨＥＲ４（ＥｒｂＢ４）レセプターを含むレセプタータンパク質チロシンキナーゼである。ＨＥＲレセプターは、ＨＥＲリガンドと結合し、かつ／又は別のＨＥＲレセプター分子と二量体化できる細胞外ドメイン；親油性膜貫通ドメイン；保存された細胞内チロシンキナーゼドメイン；及びリン酸化されうる幾つかのチロシン残基を保有するカルボキシル末端シグナル伝達ドメインを一般に含むものである。ＨＥＲレセプターは、「天然配列」ＨＥＲレセプター又はその「アミノ酸配列変異体」でありうる。好ましくは、ＨＥＲレセプターは天然配列のヒトＨＥＲレセプターである。  
【００５５】
「ＨＥＲ経路」はＨＥＲレセプターファミリーによって媒介されるシグナル伝達ネットワークを意味する。
【００５６】
「ＥｒｂＢ１」、「ＨＥＲ１」「上皮増殖因子レセプター」及び「ＥＧＦＲ」という用語は、ここでは互換的に使用され、例えばCarpenterら, Ann. Rev. Biochem. 56:881-914(1987)に開示されているＥＧＦＲを意味し、その天然に生じる突然変異体(例えば、Ullrichら, Nature (1984) 309:418425 及びHumphreyら, PNAS(USA) 87:4207-4211(1990)に記載されているような欠失変異体ＥＧＦＲ)、並びにその変異体、例えばＥＧＦＲｖＩＩＩを含む。ＥＧＦＲの変異体はまた欠失、置換及び挿入変異体、例えばLynchら(New England Journal of Medicine 2004, 350:2129)、Paezら(Science 2004, 304:1497)、及びPaoら(NAS 2004, 101:13306)に記載されているものを含む。
【００５７】
本明細書では、「ＥＧＦＲ細胞外ドメイン」又は「ＥＧＦＲ  ＥＣＤ」は、細胞の外にあるＥＧＦＲのドメインを意味し、細胞膜に固定されるかもしくは循環し、その断片を含む。一実施態様では、ＥＧＦＲの細胞外ドメインは４つのドメイン：「ドメインＩ」（約１−１５８からのアミノ酸残基）、「ドメインＩＩ」（アミノ酸残基１５９−３３６）、「ドメインＩＩＩ」（アミノ酸残基３３７−４７０）、及び「ドメインＩＶ」（アミノ酸残基４７１−６４５）を含み得、ここで、境界はおおよそであり、約１−３のアミノ酸だけ変わりうる。
【００５８】
「ＥｒｂＢ２」及び「ＨＥＲ２」なる表現は、ここで互換的に使用され、例えばSembaら, PNAS(USA)82:6497-501(1985)及びYamamotoら, Nature 319:230-234(1986)(Ｇｅｎｅｂａｎｋ受託番号Ｘ０３３６３)に記載されているヒトＨＥＲ２タンパク質を意味する。「ｅｒｂＢ２」という用語は、ＨＥＲ２をコードする遺伝子を意味し、「ｎｅｕ」はラットｐ１８５ｎｅｕをコードする遺伝子を意味する。好ましくは、ＨＥＲ２は天然配列ヒトＨＥＲ２である。
【００５９】
本明細書では、「ＨＥＲ２細胞外ドメイン」又は「ＨＥＲ２  ＥＣＤ」は、細胞の外にあるＨＥＲ２のドメインを意味し、細胞膜に固定されるかもしくは循環し、その断片を含む。一実施態様では、ＨＥＲ２の細胞外ドメインは４つのドメイン：「ドメインＩ」（約１−１９５からのアミノ酸残基）、「ドメインＩＩ」（約１９６−３１９からのアミノ酸残基）、「ドメインＩＩＩ」（約３２０−４８８からのアミノ酸残基）、及び「ドメインＩＶ」（約４８９−６３０からのアミノ酸残基）（シグナルペプチドを除く残基番号付け）を含みうる。Garrettら、Mol. Cell. 11:495-505 (2003)、Choら、Nature 42l:756-760 (2003)、Franklinら、Cancer Cell 5:317-328 (2004)、及びPlowmanら、Proc. Natl. Acad. Sci. 90:1746-1750 (1993)を参照されたい。
【００６０】
「ＥＲｒＢ３」及び「ＨＥＲ３」は、例えば米国特許第５１８３８８４号及び第５４８０９６８号並びにKraus ら PNAS (USA) 86:9193-9197 (1989)に開示されているレセプターポリペプチドを意味する。
【００６１】
本明細書で、「ＨＥＲ３細胞外ドメイン」又は「ＨＥＲ３ＥＣＤ」は、細胞の外にあるＨＥＲ３の細胞外ドメインを意味し、細胞膜に固定されるかもしくは循環し、その断片を含む。一実施態様では、ＨＥＲ３の細胞外ドメインは４つのドメイン：ドメインＩ、ドメインＩＩ、ドメインＩＩＩ、及びドメインＩＶを含みうる。一実施態様では、ＨＥＲ３ＥＣＤはアミノ酸１−６３６を含む（シグナルペプチドを含む番号付け）。一実施態様では、ＨＥＲ３ドメインＩＩＩはアミノ酸３２８−５３２を含む（シグナルペプチドを含む番号付け）。
【００６２】
本明細書での「ＥｒｂＢ４」及び「ＨＥＲ４」なる用語は、例えば、欧州特許出願公開第５９９２７４号；Plowmanら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:1746-1750(1993)；及びPlowmanら, Nature 366:473-475(1993)に開示されたレセプターポリペプチドを意味し、例えば１９９９年４月２２日公開の国際公開第９９／１９４８８号に開示されているそのアイソフォームを含む。
【００６３】
「ＨＥＲリガンド」とは、ＨＥＲレセプターに結合する及び／又は活性化するポリペプチドを意味する。本明細書で特に対象とするＨＥＲリガンドは、例えば上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ）（Savageら, J. Biol. Chem. 247: 7612-76721(1972)）；トランスフォーミング増殖因子−α（ＴＧＦ−α）（Marquardtら, Science 223: 1079-1082 (1984)）；シュワン細胞腫由来増殖因子又はケラチノサイトオートクリン増殖因子としても知られているアンフィレグリン（Shoyabら, Science 243:1074-1076(1989)；Kimuraら, Nature 348:257-260(1990)；及びCookら, Mol. Cell. Biol. 11:2547-2557(1991)）；ベーターセルリン（Shingら, Science259:1604-1607(1993)；及びSasadaら, Biochem. Biophys. Res. Commun. 190:1173(1993)）；ヘパリン結合上皮細胞増殖因子（ＨＢ−ＥＧＦ）（Higashiyamaら, Science 251:936-939(1991)）；エピレグリン（Toyodaら, J. Biol. Chem. 270: 7495-7500(1995）；及びKomurasakiら, Oncogene 15:2841-2848(1997)）；ヘレグリン（以下参照）；ニューレグリン−２（ＮＲＧ−２）（Carrawayら, Nature 387: 512-516(1997)）；ニューレグリン−３（ＮＲＧ−３）（Zhangら, Proc. Natl. Acad. Sci. 94: 9562-9567(1997)）；及びニューレグリン−４（ＮＲＧ−４）（Harariら Oncogene 18:2681-89(1999)）又はクリプト（ＣＲ−１）（Kannanら J. Biol. Chem. 272(6):3330-3335(1997)）のような天然配列ヒトＨＥＲリガンドである。ＥＧＦＲに結合するＨＥＲリガンドは、ＥＧＦ、ＴＧＦ−α、アンフィレグリン、ベータセルリン、ＨＢ−ＥＧＦ及びエピレグリンを含む。ＨＥＲ３に結合するＨＥＲリガンドは、ヘレグリンを含む。ＨＥＲ４に結合する能力のあるＨＥＲリガンドはベータセルリン、エピレグリン、ＨＢ−ＥＧＦ、ＮＲＧ−２、ＮＲＧ−３、ＮＲＧ−４及びヘレグリンを含む。
【００６４】
用語「ＮＲＧ」は、本明細書において、特に断りのない限り、霊長類（例えばヒト）及び齧歯動物（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物由来の（ヘレグリン（ＨＲＧ）としても知られる）任意の天然のニューレグリンを指す。用語は、天然プロセシングから生じるＮＲＧの任意のフォームのみならず、「完全長」の、未処理のＮＲＧを包含する。用語はまた、スプライス変異体又は対立遺伝子変異体などの天然に存在するＮＲＧの変異体を包含する。ＮＲＧには、既知の４つの形式がある。ＮＲＧ１（Holmes, W.E. ら、Science 256:1205-1210 (1992))；ＮＲＧ２(Caraway, K.L. ら、Nature 387:512-516 (1997)）；ＮＲＧ３（Zhang, E.ら、Proc Natl Acad Sci USA 94:9562-9567))；及びＮＲＧ４ (Harari, D.ら、Oncogene 18:2681-2689)）。選択的スプライシングの結果として、受容体結合に必要なＮＲＧ１ ＥＧＦ様ドメインの２つの活性アイソフォームが存在し、ＮＲＧ１ａｌｐｈａ（ＮＲＧ１）及びＮＲＧ１ｂｅｔａ（ＮＲＧ）と呼ばれている。例示的なヒトのＮＲＧ１の配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＢＫ０００３８３（Falls, D. L., Ex Cell Res, 284:14-30 (2003)及び米国特許第５３６７０６０に示されている。一実施態様において、ＮＲＧ１は、Ｓｗｉｓｓ Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ７ＲＴＶ８（配列番号：９）のアミノ酸配列を含む。
【００６５】
本明細書での「ＨＥＲ二量体」は、少なくとも２つのＨＥＲレセプターを含む非共有結合的に結合する二量体である。このような複合体は、２以上のＨＥＲレセプターを発現する細胞がＨＥＲリガンドに曝される場合に形成され得、免疫沈降によって単離され、例えばSliwkowski ら, J. Biol. Chem., 269(20): 14661-14665 (1994)に記載のようにＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析されうる。サイトカインレセプターサブユニット（例えばｇｐ１３０）などの他のタンパク質は該二量体と結合されうる。
【００６６】
本明細書での「ＨＥＲヘテロ二量体」は、ＥＧＦＲ−ＨＥＲ２、ＥＧＦＲ−ＨＥＲ３、ＥＧＦＲ−ＨＥＲ４、ＨＥＲ２−ＨＥＲ３又はＨＥＲ２−ＨＥＲ４ヘテロ二量体のような少なくとも２つの異なるＨＥＲレセプターを含む非共有結合的に結合するヘテロ二量体である。  
【００６７】
「ＨＥＲ阻害剤」は、ＨＥＲ活性化又は機能を妨げる薬剤である。ＨＥＲ阻害剤の例としては、ＨＥＲ抗体(例えば、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、又はＨＥＲ４抗体)；ＥＧＦＲ標的薬；小分子ＨＥＲアンタゴニスト；ＨＥＲチロシンキナーゼ阻害剤；ラパチニブ／ＧＷ５７２０１６等のＨＥＲ２及びＥＧＦＲ二重チロシンキナーゼ阻害剤；アンチセンス分子(例えば国際公開第２００４／８７２０７号参照)；及び／又は、ＭＡＲＫ又はＡｋｔ等の下流のシグナル伝達分子に結合するか、又はこれらの機能を妨害する薬剤が含まれる。好ましくは、該ＨＥＲ阻害剤は、ＨＥＲレセプターに結合する抗体である。一実施態様において、ＨＥＲ阻害剤は、ＨＥＲレセプターに結合する抗体である。一実施態様において、ＨＥＲ阻害剤は、ＨＥＲ３阻害剤である。実施態様において、阻害剤は、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲ、ＨＥＲ３及びＨＥＲ２、又はＨＥＲ３及びＨＥＲ４の両方を阻害するようなものである二重特異性ＨＥＲ阻害剤である。一実施態様では、ＨＥＲ阻害剤は、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲの両方に特異的である二重特異性抗体である。このような阻害剤の一例としては、ＭＥＨＤ７９４５Ａとしても知られている二重特異性抗体ＤＬ１１ｆがある。
【００６８】
「ＨＥＲ二量体化阻害剤」又は「ＨＤＩ」は、ＨＥＲホモ二量体又はＨＥＲヘテロ二量体の形成を阻害する薬剤である。好ましくは、ＨＥＲ二量体化阻害剤は抗体である。しかしながら、ＨＥＲ二量体化阻害剤は、ＨＥＲホモ又はヘテロ二量体の形成を阻害するペプチド及び非ペプチド小分子、及び他の化学物質もまた含む。
【００６９】
「ＨＥＲ二量体化を阻害する」抗体は、根底にある機序にかかわらず、ＨＥＲ二量体の形成を阻害するか、又は妨害する抗体である。一実施態様では、このような抗体は、ＨＥＲ２のそのヘテロ二量体結合部位に結合する。二量体化阻害抗体の特定の一例は、ペルツズマブ(Ｐｍａｂ)又はＭＡｂ ２Ｃ４である。ＨＥＲ二量体化阻害剤の他の例は、ＥＧＦＲに結合し一又は複数の他のＨＥＲレセプターとのその二量体化を阻害する抗体(例えば、活性化された又は「非テザー」ＥＧＦＲに結合するＥＧＦＲモノクローナル抗体８０６、ＭＡｂ８０６；Johnら J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384 (2004)を参照)；ＨＥＲ３に結合し一又は複数の他のＨＥＲレセプターとの二量体化を阻害する抗体；ＨＥＲ４に結合し一又は複数の他のＨＥＲレセプターとの二量体化を阻害する抗体；ペプチド二量体化阻害剤(米国特許第６４１７１６８号)；アンチセンス二量体化阻害剤等である。
【００７０】
本明細書で使用される場合、「ＥＧＦＲアンタゴニスト」又は「ＥＧＦＲ阻害剤」は、ＥＧＦＲに特異的に結合し、そのシグナル伝達活性を妨げるか又は減少させ、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、又はＨＥＲ４に特異的には結合しない化合物を意味する。このような薬剤の例は、ＥＧＦＲに結合する抗体及び小分子を含む。ＥＧＦＲに結合する抗体の例は、ＭＡｂ５７９(ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ ８５０６)、ＭＡｂ４５５(ＡＴＣＣ ＣＲＬ ＨＢ８５０７)、ＭＡｂ２２５(ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０８)、ＭＡｂ５２８(ＡＴＣＣ ＣＲＬ ８５０９)(米国特許第４９４３５３３号，Mendelsohnら参照)及びその変異体、例えばキメラ化２２５(Ｃ２２５又はセツキシマブ；ＥＲＢＩＴＵＸ(登録商標))及び再形成ヒト２２５(Ｈ２２５)(国際公開第９６／４０２１０号, Imclone Systems Inc.を参照)；ＩＭＣ−１１Ｆ８，完全ヒトＥＧＦＲ標的抗体 (Imclone)；タイプＩＩ変異体ＥＧＦＲに結合する抗体(米国特許第５２１２２９０号)；米国特許第５８９１９９６号に記載されているようなＥＧＦＲに結合するヒト化及びキメラ化抗体；及びＥＧＦＲに結合するヒト抗体、例えばＡＢＸ−ＥＧＦ又はパニツムマブ(国際公開第９８／５０４３３，Abgenix／Amgenを参照)；ＥＭＤ５５９００(Stragliottoら Eur. J. Cancer 32A:636-640 (1996))；ＥＭＤ７２００(マツズマブ)，ＥＧＦＲ結合についてＥＧＦ及びＴＧＦ-α双方と競合するＥＧＦＲに対するヒト化ＥＧＦＲ(EMD／Merck)；ヒトＥＧＦＲ抗体，ＨｕＭａｘ−ＥＧＦＲ(GenMab)；Ｅ１．１、Ｅ２．４、Ｅ２．５、Ｅ６．２、Ｅ６．４、Ｅ２．１１、Ｅ６．３及びＥ７．６．３として知られ、米国特許第６２３５８８３号に記載されている完全なヒト抗体；ＭＤＸ−４４７(Medarex Inc)；及びｍＡｂ８０６又はヒト化ｍＡｂ８０６(Johnsら, J. Biol. Chem. 279(29):30375-30384(2004))を含む。抗ＥＧＦＲ抗体は細胞傷害剤とコンジュゲートされてよく、よってイムノコンジュゲートを生じる(例えば、欧州特許出願公開第６５９４３９Ａ２号, Merck Patent GmbH参照)。ＥＧＦＲアンタゴニストは小分子、例えば米国特許第５６１６５８２号、同第５４５７１０５号、同第５４７５００１号、同第５６５４３０７号、同第５６７９６８３号、同第６０８４０９５号、同第６２６５４１０号、同第６４５５５３４号、同第６５２１６２０号、同第６５９６７２６号、同第６７１３４８４号、同第５７７０５９９号、同第６１４０３３２号、同第５８６６５７２号、同第６３９９６０２号、同第６３４４４５９号、同第６６０２８６３号、同第６３９１８７４号、同第６３４４４５５号、同第５７６００４１号、同第６００２００８号、及び同第５７４７４９８、並びに次のＰＣＴ公報：国際公開第９８／１４４５１号、国際公開第９８／５００３８号、国際公開第９９／０９０１６号、及び国際公開第９９／２４０３７号に記載されている化合物を含む。特定の小分子ＥＧＦＲアンタゴニストは、ＯＳＩ-７７４(ＣＰ-３５８７７４、エルロチニブ，タルセバ(登録商標)Genentech／OSI Pharmaceuticals)；ＰＤ １８３８０５(ＣＩ １０３３、２-プロペンアミド、Ｎ-[４-[(３-クロロ-４-フルオロフェニル)アミノ]-７-[３-(４-モルホリニル)プロポキシ]-６-キナゾリニル]-，二塩酸塩，Pfizer Inc.)；ＺＤ１８３９、ゲフィチニブ(IRESSA(登録商標))４-(３'-クロロ-４'-フルオロアニリノ)-７-メトキシ-６-(３-モル��リノプロポキシ)キナゾリン, AstraZeneca)；ＺＭ１０５１８０((６-アミノ-４-(３-メチルフェニル-アミノ)-キナゾリン、Zeneca)；ＢＩＢＸ-１３８２(Ｎ８-(３-クロロ-４-フルオロ-フェニル)-Ｎ２-(１-メチル-ピペリジン-４-イル)-ピリミド[５,４-ｄ]ピリミジン-２,８-ジアミン，Boehringer Ingelheim)；ＰＫＩ-１６６((Ｒ)-４-[４-[(１-フェニルエチル)アミノ]-１Ｈ-ピロロ[２,３-ｄ]ピリミジン-６-イル]-フェノール)；(Ｒ)-６-(４-ヒドロキシフェニル)-４-[(１-フェニルエチル)アミノ]-７Ｈ-ピロロ[２,３-ｄ]ピリミジン)；ＣＬ-３８７７８５(Ｎ-[４-[(３-ブロモフェニル)アミノ]-６-キナゾリニル]-２-ブチナミド)；ＥＫＢ-５６９(Ｎ-[４-[(３-クロロ-４-フルオロフェニル)アミノ]-３-シアノ-７-エトキシ-６-キノリニル]-４-(ジメチルアミノ)-２-ブテナミド)(Ｗｙｅｔｈ)；ＡＧ１４７８(Ｓｕｇｅｎ)；及びＡＧ１５７１(ＳＵ  ５２７１；Ｓｕｇｅｎ)を含む。
【００７１】
「ＨＥＲ抗体」は、ＨＥＲレセプターに結合する抗体である。場合によっては、ＨＥＲ抗体はＨＥＲ活性化又は機能を更に妨害する。特定のＨＥＲ２抗体はペルツズマブ及びトラスツズマブを含む。特定のＥＧＦＲの例はセツキシマブ及びパニツムマブを含む。.例示的な抗ＨＥＲ３抗体については、国際公開第２０１１０７６６８３号(Ｍａｂ２０５．１０．１、Ｍａｂ２０５．１０．２、Ｍａｂ２０５．１０．３)、ＵＳ７８４６４４０；ＵＳ７７０５１３０及びＵＳ５９６８５１１に記載されている。
【００７２】
ＨＥＲ抗体に関連した特許公報は：ＵＳ５６７７１７１、ＵＳ５７２０９３７、ＵＳ５７２０９５４、ＵＳ５７２５８５６、ＵＳ５７７０１９５、ＵＳ５７７２９９７、ＵＳ６１６５４６４、ＵＳ６３８７３７１、ＵＳ６３９９０６３、ＵＳ２００２／０１９２２１１Ａ１、ＵＳ６０１５５６７、ＵＳ６３３３１６９、ＵＳ４９６８６０３、ＵＳ５８２１３３７、ＵＳ６０５４２９７、ＵＳ６４０７２１３、ＵＳ６７１９９７１、ＵＳ６８００７３８、ＵＳ２００４／０２３６０７８Ａ１、ＵＳ５６４８２３７、ＵＳ６２６７９５８、ＵＳ６６８５９４０、ＵＳ６８２１５１５、国際公開第９８／１７７９７号、ＵＳ６３３３３９８、ＵＳ６７９７８１４、ＵＳ６３３９１４２、ＵＳ６４１７３３５、ＵＳ６４８９４４７、国際公開第９９／３１１４０号、ＵＳ２００３／０１４７８８４Ａ１、ＵＳ２００３／０１７０２３４Ａ１、ＵＳ２００５／０００２９２８Ａ１、ＵＳ６５７３０４３、ＵＳ２００３／０１５２９８７Ａ１、国際公開第９９／４８５２７号、ＵＳ２００２／０１４１９９３Ａ１、国際公開第０１／００２４５号、ＵＳ２００３／００８６９２４、ＵＳ２００４／００１３６６７Ａ１、国際公開第００／６９４６０号、国際公開第０１／００２３８号、国際公開第０１／１５７３０号、ＵＳ６６２７１９６Ｂ１、ＵＳ６６３２９７９Ｂ１、国際公開第０１／００２４４号、ＵＳ２００２／００９０６６２Ａ１、国際公開第０１／８９５６６号、ＵＳ２００２／００６４７８５、ＵＳ２００３／０１３４３４４、国際公開第０４／２４８６６号、ＵＳ２００４／００８２０４７、ＵＳ２００３／０１７５８４５Ａ１、国際公開第０３／０８７１３１号、ＵＳ２００３／０２２８６６３、国際公開第２００４／００８０９９Ａ２号、ＵＳ２００４／０１０６１６１、国際公開第２００４／０４８５２５号、ＵＳ２００４／０２５８６８５Ａ１、ＵＳ５９８５５５３、ＵＳ５７４７２６１、ＵＳ４９３５３４１、ＵＳ５４０１６３８、ＵＳ５６０４１０７、国際公開第８７／０７６４６号、国際公開第８９／１０４１２号、国際公開第９１／０５２６４号、ＥＰ４１２１１６Ｂ１、ＥＰ４９４１３５Ｂ１、ＵＳ５８２４３１１、ＥＰ４４４１８１Ｂ１、ＥＰ１００６１９４Ａ２、ＵＳ２００２／０１５５５２７Ａ１、国際公開第９１／０２０６２号、ＵＳ５５７１８９４、ＵＳ５９３９５３１、ＥＰ５０２８１２Ｂ１、国際公開第９３／０３７４１号、ＥＰ５５４４４１Ｂ１、ＥＰ６５６３６７Ａ１、ＵＳ５２８８４７７、ＵＳ５５１４５５４、ＵＳ５５８７４５８、国際公開第９３／１２２２０号、国際公開第９３／１６１８５号、ＵＳ５８７７３０５、国際公開第９３／２１３１９号、国際公開第９３／２１２３２号、ＵＳ５８５６０８９、国際公開第９４／２２４７８号、ＵＳ５９１０４８６、ＵＳ６０２８０５９、国際公開第９６／０７３２１号、ＵＳ５８０４３９６、ＵＳ５８４６７４９、ＥＰ７１１５６５、国際公開第９６／１６６７３号、ＵＳ５７８３４０４、ＵＳ５９７７３２２、ＵＳ６５１２０９７、国際公開第９７／００２７１号、ＵＳ６２７０７６５、ＵＳ６３９５２７２、ＵＳ５８３７２４３、国際公開第９６／４０７８９号、ＵＳ５７８３１８６、ＵＳ６４５８３５６、国際公開第９７／２０８５８号、国際公開第９７／３８７３１号、ＵＳ６２１４３８８、ＵＳ５９２５５１９、国際公開第９８／０２４６３号、ＵＳ５９２２８４５、国際公開第９８／１８４８９号、国際公開第９８／３３９１４号、ＵＳ５９９４０７１、国際公開第９８／４５４７９号、ＵＳ６３５８６８２Ｂ１、ＵＳ２００３／００５９７９０、国際公開第９９／５５３６７号、国際公開第０１／２００３３号、ＵＳ２００２／００７６６９５Ａ１、国際公開第００／７８３４７号、国際公開第０１／０９１８７号、国際公開第０１／２１１９２号、国際公開第０１／３２１５５号、国際公開第０１／５３３５４号、国際公開第０１／５６６０４号、国際公開第０１／７６６３０号、国際公開第０２／０５７９１号、国際公開第０２／１１６７７号、ＵＳ６５８２９１９、ＵＳ２００２／０１９２６５２Ａ１、ＵＳ２００３／０２１１５３０Ａ１、国際公開第０２／４４４１３号、ＵＳ２００２／０１４２３２８、ＵＳ６６０２６７０Ｂ２、国際公開第０２／４５６５３号、国際公開第０２／０５５１０６号、ＵＳ２００３／０１５２５７２、ＵＳ２００３／０１６５８４０、国際公開第０２／０８７６１９号、国際公開第０３／００６５０９号、国際公開第０３／０１２０７２号、国際公開第０３／０２８６３８、ＵＳ２００３／００６８３１８、国際公開第０３／０４１７３６号、ＥＰ１３５７１３２、ＵＳ２００３／０２０２９７３、ＵＳ２００４／０１３８１６０、ＵＳ５７０５１５７、ＵＳ６１２３９３９、ＥＰ６１６８１２Ｂ１、ＵＳ２００３／０１０３９７３、ＵＳ２００３／０１０８５４５、ＵＳ６４０３６３０Ｂ１、国際公開第００／６１１４５号、国際公開第００／６１１８５号、ＵＳ６３３３３４８Ｂ１、国際公開第０１／０５４２５号、国際公開第０１／６４２４６号、ＵＳ２００３／００２２９１８、ＵＳ２００２／００５１７８５Ａ１、ＵＳ６７６７５４１、国際公開第０１／７６５８６号、ＵＳ２００３／０１４４２５２、国際公開第０１／８７３３６号、ＵＳ２００２／００３１５１５Ａ１、国際公開第０１／８７３３４号、国際公開第０２／０５７９１号、国際公開第０２／０９７５４号、ＵＳ２００３／０１５７０９７、ＵＳ２００２／００７６４０８、国際公開第０２／０５５１０６号、国際公開第０２／０７０００８号、国際公開第０２／０８９８４２号、国際公開第０３／８６４６７号、国際公開第２０１０／１０８１２７号、及び国際公開第２０１１／０７６６８３号。
【００７３】
「ＨＥＲ活性化」は、任意の一又は複数のＨＥＲレセプターの、活性化又はリン酸化を意味する。一般的に、ＨＥＲ活性化はシグナル伝達を生じる(例えば、ＨＥＲレセプター又は基質ポリペプチドのチロシン残基をリン酸化するＨＥＲレセプターの細胞内キナーゼドメインにより引き起こされるもの)。ＨＥＲ活性化は、対象のＨＥＲレセプターを含むＨＥＲ二量体に、ＨＥＲリガンドが結合することにより媒介されてよい。ＨＥＲ二量体へのＨＥＲリガンドの結合により、二量体のＨＥＲレセプターの一又は複数のキナーゼドメインが活性化され、このことにより一又は複数のＨＥＲレセプターのチロシン残基のリン酸化、及び／又は更なる基質ポリペプチド(一又は複数)、例えばＡｋｔ又はＭＡＰＫ細胞内キナーゼのチロシン残基のリン酸化が生じる。
【００７４】
「リン酸化」は、ＨＥＲレセプター又はその基質等のタンパク質への一又は複数のホスフェート基の付加を意味する。
【００７５】
ＨＥＲ２上の「ヘテロ二量体結合部位」は、二量体の形成の際にＥＧＦＲ、ＨＥＲ３又はＨＥＲ４の細胞外ドメインの領域と接触する又は作用するＨＥＲ２の細胞外ドメインの領域をを意味する。領域は、ＨＥＲ２のドメインIIにみられる。Franklinら Cancer Cell 5:317-328 (2004)。
【００７６】
ＨＥＲ２の「ヘテロ二量体結合部位に結合する」ＨＥＲ２抗体はドメインＩＩの残基に結合し（そして、場合によって、また、ＨＥＲ２細胞外ドメインの他のドメイン、例えばドメインＩ及びＩＩＩの残基とも結合する)、ＨＥＲ２-ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２-ＨＥＲ３又はＨＥＲ２-ＨＥＲ４ヘテロ二量体の形成を、少なくともある程度は、立体的に妨げることができる。Franklin ら Cancer Cell 5:317-328 (2004)はＨＥＲ２-パーツズマブ結晶構造の特徴を表しており、ＲＣＳＢタンパク質データバンク（ＩＤコードＩＳ７８）に寄託され、ＨＥＲ２のヘテロ二量体結合部位と結合する例示的な抗体を例示する。
【００７７】
ＨＥＲ２の「ドメインＩＩに結合する」抗体は、ＨＥＲ２のドメインＩＩの残基及び場合によってはＨＥＲ２の他のドメイン、例えばドメインＩ及びＩＩＩの残基に結合する。
【００７８】
「単離された」とは、本明細書に開示された様々な抗体を記述するために使用される場合、それが発現された細胞又は細胞培養物から同定、分離、及び／又は回収された抗体を意味する。その自然環境の汚染成分とは、診断又は治療へのポリペプチドの使用を典型的には妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれる。好ましい実施態様において、抗体は、（１）スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５残基のＮ末端又は内部アミノ酸配列の残基を得るのに充分な程度まで、あるいは（２）クーマシーブルー又は好ましくは銀染色を用いた還元又は非還元条件下でのＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均一性まで精製される。単離された抗体には、ポリペプチドの自然環境の少なくとも一つの成分が存在しないため、組換え細胞内のインサイツのタンパク質が含まれる。しかしながら、通常は、単離されたポリペプチドは少なくとも一つの精製工程により調製される。幾つかの実施態様では、多重特異的抗ＨＥＲ抗体は単離された抗体である。
【００７９】
「コントロール配列」なる用語は、特定の宿主生物において作用可能に結合したコード化配列を発現させるために必要なＤＮＡ配列を意味する。原核生物に適している制御配列は、例えば、プロモーター、必要に応じてオペレーター配列、及びリボソーム結合部位を含む。真核生物の細胞は、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、及びエンハンサーを利用することが知られている。
【００８０】
核酸は、他の核酸配列と機能的な関係に置かれるときに「作用可能に結合し」ている。例えば、プレ配列又は分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドの分泌に関与するタンパク質前駆体として発現される場合、ポリペプチドのＤＮＡに操作可能に連結されている；プロモーター又はエンハンサーは、配列の転写に影響を与える場合、コード配列に操作可能に連結されている；又はリボソーム結合部位は、翻訳を促進するように配置されている場合、コード配列に操作可能に連結されている。一般に、「操作可能に連結した」とは、連結しているＤＮＡ配列は連続しており、分泌リーダーの場合には、リーディング・フレームにあり連続している。一般的に、「作用可能に連結している」とは、結合しているＤＮＡ配列が近接しており、分泌リーダーの場合には近接していて読みフェーズにあることを意味する。しかし、エンハンサーは連続している必要はない。連結は、好都合な制限部位での連結反応によって達成される。そのような部位が存在しない場合、合成オリゴヌクレオチドアダプター又はリンカーは、従来の慣例に従って使用される。
【００８１】
参照ポリペプチド配列に対する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、如何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、例えば公に利用できるコンピュータソフトウェア、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを使用して、当業者の技量の範囲にある様々な方法で達成することができる。当業者であれば、比較される配列の完全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインメントするための適切なパラメーターを決定することができる。しかしながら、ここでの目的のためには、パーセントアミノ酸配列同一性値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して得られる。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムは、ジェネンテック社によって著作され、そのソースコードが米国著作権庁、ワシントンＤ．Ｃ．，２０５５９に使用者用書類と共に提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムはジェネンテック社、サウスサンフランシスコ、カリフォルニアから公的に入手可能であるか、又はソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ  Ｖ４．０Ｄを含むＵＮＩＸオペレーティングシステムで使用するようにコンパイルされなければならない。全ての配列比較パラメーターは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変動しない。
【００８２】
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ-２が用いられる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性(あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対してある程度の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる)は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ-２のＡ及びＢのアラインメントによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。特に別の定義がなされない限り、ここで使用される全ての％アミノ酸配列同一性は、ＡＬＩＧＮ-２コンピュータプログラムを使用して直ぐ前の段落に記載されたようにして得られる。
【００８３】
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが短くなると温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般的に相補鎖がその融点より低い環境で存在する場合における変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の所望のホモロジーの度合いが高くなると、使用できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにするが、低い温度はストリンジェンシーを低下させる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明は、Ausubelら, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照のこと。
【００８４】
ここに定義される「ストリンジェントな条件」又は「高いストリンジェントな条件」は、(１)洗浄のために低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃で０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムを用いる；(２)ハイブリダイゼーションの間にホルムアミド等の変性剤、例えば、４２℃で７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを含むｐＨ６．５の０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭのリン酸ナトリウムバッファーによる５０％(ｖ／ｖ)ホルムアミドを用いる；又は(３)０．２×ＳＳＣ(塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム)、５０％ホルムアミド中での４２℃での洗浄とその後の５５℃でのＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣからなる高いストリンジェンシーの洗浄を伴う、４２℃での５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ(０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム)、５０ｍＭのリン酸ナトリウム(ｐＨ６．８)、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５×デンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ(５０μｇ／ｍｌ)、０．１％ＳＤＳ、及び１０％のデキストラン硫酸を用いる。
【００８５】
「中程度のストリンジェントな条件」は、Sambrookら, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (New York: Cold Spring Harbor Press, 1989に記載されているようにして同定され、上述のものよりストリンジェンシーが低い洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件(例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ)の使用を含む。中程度のストリンジェントな条件の一例は、３７℃で、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ(１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム)、５０ｍＭリン酸ナトリウム(ｐＨ７．６)、５×デンハード液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍＬの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液での終夜にわたるインキュベーションと、それに続く３７−５０℃で１×ＳＳＣでのフィルターの洗浄である。当業者であれば、プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかが分かるであろう。
【００８６】
抗体「エフェクター機能」は抗体のＦｃ領域(天然配列Ｆｃ領域又はアミノ酸配列変異体Ｆｃ領域)に帰因するこれらの生物学的活性に関する。抗体エフェクター機能の例は、Ｃｌｑ結合及び補体依存性細胞傷害性；Ｆｃレセプター結合；抗体依存性細胞媒介細胞傷害性(ＡＤＣＣ)；食作用；細胞表面レセプターのダウンレギュレーション(例えばＢ細胞レセプター)；及びＢ細胞活性化を含む。
【００８７】
「抗体依存性細胞媒介細胞障害活性」及び「ＡＤＣＣ」は、Ｆｃレセプター(ＦｃＲ)(例えば、ナチュラルキラー(ＮＫ)細胞、好中球、及びマクロファージ)を発現する非特異性細胞障害性細胞が標的細胞上の結合した抗体を認識し、続いて標的細胞の溶解を引き起こす、細胞媒介反応に関する。抗体は細胞傷害性細胞を「武装し」、そのような死滅に絶対に必要とされる。ＡＤＣＣを媒介する主要な細胞であるＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現するのに対し、単球はＦｃγＩ、ＦｃγＩＩ及びＦｃγＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現は、Ravetch, J.V. and Kinet, J.P., Annu. Rev. Immunol. 9 (1991) 457-492の464ページの表3に要約されている。対象とする分子のＡＤＣＣ活性を評価するために、例えば米国特許第５５００３６２号又は５８２１３３７号に記載されているようなインビトロＡＤＣＣアッセイが実施されうる。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞(ＰＢＭＣ)及びナチュラルキラー(ＮＫ)細胞が含まれる。あるいは、又は更に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、Clynes ら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (1998) 652-656に開示されるように、インビボで、例えば動物モデルにおいて評価することができる。
【００８８】
「Ｆｃレセプター」又は「ＦｃＲ」という用語は、抗体のＦｃ領域に結合するレセプターを記述するために使用される。好適なＦｃＲは、天然配列ヒトＦｃＲである。更に好適なＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（γレセプター）に結合し、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスのレセプターを含むものであり、これらのレセプターの対立遺伝子変異体及び選択的スプライシング型を含む。ＦｃγＲＩＩレセプターは、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性化レセプター」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害レセプター」）を含み、それらは、主としてその細胞質ドメインにおいて異なる類似のアミノ酸配列を有する。活性化ＦｃγＲＩＩＡは、その細胞質ドメインに、免疫レセプターチロシン−ベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を有する。阻害レセプターＦｃγＲＩＩＢは、その細胞質ドメインに、免疫レセプターチロシン−ベース活性化モチーフ（ＩＴＩＭ）を有する（Daeron, Annu. Rev. Immunol., 15:203-234(1997)に概説されている）。ＦｃＲはRavetch及びKinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)；Capelら, Immunomethods 4:25-34 (1994);及びde Hasら, J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995)において概説されている。将来同定されるものも含む他のＦｃＲが、ここにおける「ＦｃＲ」なる用語によって包含される。用語はまた、胎仔への母性IgGの移送を担う、新生児型受容体（ＦｃＲｎ）も含む(Guyerら J. Immunol. 117:587(1976)及びKimら, J. Immunol. 24:249 (1994))。
【００８９】
「ヒトエフェクター細胞」は、一又は複数のＦｃＲを発現し、エフェクター機能を果たす白血球である。好ましくは、細胞は、少なくともＦＣγＲＩＩＩを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能を果たす。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞及び好中球を含む；ＰＢＭＣ及びＮＫ細胞が好ましい。エフェクター細胞は、その天然源、例えば血液から、単離することができる。
【００９０】
「補体依存性細胞傷害性」又は「ＣＤＣ」は、補体の存在下での標的細胞の溶解を意味する。古典的補体経路の活性化は、その同族抗原に結合する（適切なサブクラスの）抗体への補体系の第１の成分（Ｃｌｑ）の結合により開始される。補体活性化を評価するために、例えばGazzano-Santoroら, J.Immunol. Methods 202:163(1996)に記載されているようなＣＤＣアッセイを実施することができる。
【００９１】
「薬学的に許容される担体」は、被検体に非毒性であり、有効成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体は、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、又は保存剤を含む。
【００９２】
「抗癌療法」なる用語は、癌の治療に有用な治療法を意味する。抗癌治療剤の例は、限定しないが、化学療法剤、増殖阻害剤、細胞傷害剤、放射線療法で使用される薬剤、抗血管新生剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及び癌を治療するための他の薬剤、抗ＣＤ２０抗体、血小板由来増殖因子阻害剤（例えば、ＧｌｅｅｖｅｃＴＭ（イマチニブメシレート））、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、次の標的ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ２、ＥｒｂＢ３、ＥｒｂＢ４、ＰＤＧＦＲ−β、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ又はＶＥＧＦレセプターの一又は複数に結合するアンタゴニスト（例えば中和抗体）、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２、及び他の生理活性及び有機化学薬剤等々を含む。それらの組合せもまた本発明に含まれる。
【００９３】
「化学療法剤」は、癌の治療に有用な化学化合物である。化学療法剤の例には、アルキル化剤、例えばチオテパ及びシクロフォスファミド(ＣＹＴＯＸＡＮ(登録商標))；スルホン酸アルキル、例えばブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン(ｐｉｐｏｓｕｌｆａｎ)；アジリジン類、例えばベンゾドーパ(ｂｅｎｚｏｄｏｐａ)、カルボコン、メツレドーパ(ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ)、及びウレドーパ(ｕｒｅｄｏｐａ)；アルトレトアミン(ａｌｔｒｅｔａｍｉｎｅ)、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド(ｔｒｉｅｔｈｙｌｅｎｅｔｈｉｏｐｈｏｓｐｈａｏｒａｍｉｄｅ)及びトリメチローロメラミン(ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ)を含むエチレンイミン類及びメチラメラミン類；アセトゲニン(特にブラタシン及びブラタシノン)；デルタ−９−テトラヒドロカナビノール(ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ(登録商標)；βラパチョーネ；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトセシン(合成アナログトポテカン(ＨＹＣＡＭＴＩＮ(登録商標)、ＣＰＴ−１１(イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ(登録商標)を含む)、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン(ｓｃｏｐｏｌｅｃｔｉｎ)及び９−アミノカンプトテシン；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５(そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成アナログを含む)；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸(ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ)；テニポシド；クリプトフィシン(特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８)；ドラスタチン；ドゥオカルマイシン(合成アナログ、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む)；エロイテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンギスタチン；クロランブシル、クロロナファジン(ｃｈｌｏｒｎａｐｈａｚｉｎｅ)、チョロホスファミド(ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ)、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベンビチン(ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ)、フェネステリン(ｐｈｅｎｅｓｔｅｒｉｎｅ)、プレドニムスチン(ｐｒｅｄｎｉｍｕｓｔｉｎｅ)、トロフォスファミド(ｔｒｏｆｏｓｆａｍｉｄｅ)、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン(ｃｈｌｏｒｏｚｏｔｏｃｉｎ)、フォテムスチン(ｆｏｔｅｍｕｓｔｉｎｅ)、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンなどのニトロスレアス(ｎｉｔｒｏｓｕｒｅａｓ)；抗生物質、例えばエネジイン抗生物質(例えば、カリケアマイシン(ｃａｌｉｃｈｅａｍｉｃｉｎ)、特にカリケアマイシンγ１Ｉ及びカリケアマイシンωＩ１(例えばAgnew Chem Intl. Ed. Engl. 33:183-186(1994)参照)；ＣＤＰ３２３、経口α−４インテグリン阻害剤；ダイネマイシン(ｄｙｎｅｍｉｃｉｎ)Ａを含むダイネマイシン；エスペラマイシン；並びにネオカルチノスタチン発色団及び関連する色素タンパクエネジイン抗生物質発色団)、アクラシノマイシン類(ａｃｌａｃｉｎｏｍｙｓｉｎｓ)、アクチノマイシン、オースラマイシン(ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ)、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン(ｃａｃｔｉｎｏｍｙｃｉｎ)、カラビシン(ｃａｒａｂｉｃｉｎ)、カルミノマイシン、カルジノフィリン(ｃａ���ｚｉｎｏｐｈｉｌｉｎ)、クロモマイシン類、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン(ｄｅｔｏｒｂｉｃｉｎ)、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン(ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ(登録商標)、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射剤(ＤＯＸＩＬ(登録商標)、リポソームドキソルビシンＴＬＣＤ−９９(ＭＹＯＣＥＴ(登録商標))、ペグ化リポソームドキソルビシン(ＣＡＥＬＹＸ(登録商標)、及びデオキシドキソルビシンを含む)、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マーセロマイシン(ｍａｒｃｅｌｌｏｍｙｃｉｎ)、マイトマイシンＣのようなマイトマイシン、マイコフェノール酸(ｍｙｃｏｐｈｅｎｏｌｉｃ ａｃｉｄ)、ノガラマイシン(ｎｏｇａｌａｍｙｃｉｎ)、オリボマイシン(ｏｌｉｖｏｍｙｃｉｎｓ)、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン(ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ)、ピューロマイシン、ケラマイシン(ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ)、ロドルビシン(ｒｏｄｏｒｕｂｉｃｉｎ)、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン(ｔｕｂｅｒｃｉｄｉｎ)、ウベニメクス、ジノスタチン(ｚｉｎｏｓｔａｔｉｎ)、ゾルビシン(ｚｏｒｕｂｉｃｉｎ)；代謝拮抗剤、例えばメトトレキセート、ゲムシタビン(ｇｅｍｃｉｔａｂｉｎｅ) (ＧＥＭＺＡＲ(登録商標))、テガフル(ｔｅｇａｆｕｒ) (ＵＦＴＯＲＡＬ(登録商標))、カペシタビン(ｃａｐｅｃｉｔａｂｉｎｅ)(ＸＥＬＯＤＡ(登録商標))、エポチロン(ｅｐｏｔｈｉｌｏｎｅ)、及び５−フルオロウラシル(５−ＦＵ)；葉酸アナログ、例えばデノプテリン(ｄｅｎｏｐｔｅｒｉｎ)、メトトレキセート、プテロプテリン(ｐｔｅｒｏｐｔｅｒｉｎ)、トリメトレキセート(ｔｒｉｍｅｔｒｅｘａｔｅ)；プリンアナログ、例えばフルダラビン(ｆｌｕｄａｒａｂｉｎｅ)、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えばアンシタビン、アザシチジン(ａｚａｃｉｔｉｄｉｎｅ)、６−アザウリジン(ａｚａｕｒｉｄｉｎｅ)、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン(ｅｎｏｃｉｔａｂｉｎｅ)、フロキシウリジン(ｆｌｏｘｕｒｉｄｉｎｅ)；アンドロゲン類、例えばカルステロン(ｃａｌｕｓｔｅｒｏｎｅ)、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン(ｔｅｓｔｏｌａｃｔｏｎｅ)；抗副腎剤、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸リプレニッシャー(ｒｅｐｌｅｎｉｓｈｅｒ)、例えばフロリン酸(ｆｒｏｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ)；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン(ａｍｓａｃｒｉｎｅ)；ベストラブシル(ｂｅｓｔｒａｂｕｃｉｌ)；ビサントレン(ｂｉｓａｎｔｒｅｎｅ)；エダトラキセート(ｅｄａｔｒａｘａｔｅ)；デフォファミン(ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ)；デメコルシン(ｄｅｍｅｃｏｌｃｉｎｅ)；ジアジコン(ｄｉａｚｉｑｕｏｎｅ)；エルフォルニチン(ｅｌｆｏｒｎｉｔｈｉｎｅ)；酢酸エリプチニウム(ｅｌｌｉｐｔｉｎｉｕｍ)；エポチロン；エトグルシド(ｅｔｏｇｌｕｃｉｄ)；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン(ｌｏｎｉｄａｉｎｉｎｅ)；メイタンシン(ｍａｙｔａｎｓｉｎｅ)及びアンサマイトシン類(ａｎｓａｍｉｔｏｃｉｎｓ)のようなメイタンシノイド類(ｍａｙｔａｎｓｉｎｏｉｄｓ)；ミトグアゾン(ｍｉｔｏｇｕａｚｏｎｅ)；ミトキサントロン；モピダンモール(ｍｏｐｉｄａｎｍｏｌ)；ニトラクリン(ｎｉｔｒａｃｒｉｎｅ)；ペントスタチン；フェナメット(ｐｈｅｎａｍｅｔ)；ピラルビシン；ロソキサントロン(ｌｏｓｏｘａｎｔｒｏｎ)；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ(登録商標)多糖類複合体(ＪＨＳ Ｎａｔｕｒａｌ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ， Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ)；ラゾキサン(ｒａｚｏｘａｎｅ)；リゾキシン(ｒｈｉｚｏｘｉｎ)；シゾフィラン；スピロゲルマニウム(ｓｐｉｒｏｇｅｒｍａｎｉｕｍ)；テニュアゾン酸(ｔｅｎｕａｚｏｎｉｃ ａｃｉｄ)；トリアジコン(ｔｒｉａｚｉｑｕｏｎｅ)；２，２'，２''−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン(ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｃｅｎｅｓ)(特に、Ｔ−２トキシン、ベラキュリンＡ(ｖｅｒｒａｃｕｒｉｎ Ａ)、ロリジンＡ(ｒｏｒｉｄｉｎ Ａ)及びアングイジン(ａｎｇｕｉｄｉｎｅ))；ウレタン；ビンデシン(ＥＬＤＩＳＩＮＥ(登録商標)、ＦＩＬＤＥＳＩＮ(登録商標))；ダカルバジン；マンノムスチン(ｍａｎｎｏｍｕｓｔｉｎｅ)；ミトブロニトール；ミトラクトール(ｍｉｔｏｌａｃｔｏｌ)；ピポブロマン(ｐｉｐｏｂｒｏｍａｎ)；ガシトシン(ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ)；アラビノシド(「Ａｒａ−Ｃ」)；チオテパ；タキソイド、例えばパクリタキセル(ＴＡＸＯＬ(登録商標))、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤(ＡＢＲＡＸＡＮＥＴＭ)、及びドキセタキセル(ＴＡＸＯＴＥＲＥ(登録商標))；クロランブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；プラチナ剤、例えばシスプラチン、オキサリプラチン(例えばＥＬＯＸＡＴＩＮ(登録商標))及びカルボプラチン；ビンカ類でチューブリン重合の微小管形成を阻害するもの、例えばビンブラスチン(ＶＥＬＢＡＮ(登録商標)、ビンクリスチン(ＯＮＣＯＶＩＮ(登録商標))、ビンデシン(ＥＬＤＩＳＩＮＥ(登録商標)、ＦＩＬＤＥＳＩＮ(登録商標))、及びビノレルビン(ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ(登録商標))；エトポシド(ＶＰ−１６)；イフォスファミド；ミトキサントロン；ロイコボビン(ｌｅｕｃｏｖｏｖｉｎ)；ノバントロン(ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ)；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロナート(ｉｂａｎｄｒｏｎａｔｅ)；トポイソメラーゼ阻害薬ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチロールニチン(ＤＭＦＯ)；レチノイン酸などのレチノイド、例えば、ベキサロテン(ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ(登録商標))；ビスホスホネート、例えばクロドロネート(例えばＢＯＮＥＦＯＳ(登録商標)又はＯＳＴＡＣ(登録商標))、エチドロン酸(ＤＩＤＲＯＣＡＬ(登録商標))、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート(ＺＯＭＥＴＡ(登録商標))、アレンドロネート(ＦＯＳＡＭＡＸ(登録商標))、パミドロン酸(ＡＲＥＤＩＡ(登録商標))、チルドロン酸(ＳＫＥＬＩＤ(登録商標))、又はリセドロン酸(ＡＣＴＯＮＥＬ(登録商標))；トロキサシタビン(ｔｒｏｘａｃｉｔａｂｉｎｅ)(１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体)；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に結びつくシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの、例えばＰＫＣ−α、Ｒａｆ、及びＨ−Ｒａｓ、及び上皮増殖因子レセプター(ＥＧＦ−Ｒ)；ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ(登録商標)ワクチン及び遺伝子治療ワクチン等のワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ(登録商標)ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ(登録商標)ワクチン、及びＶＡＸＩＤ(登録商標)ワクチン；トポイソメラーゼ１阻害薬(例えばＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ(登録商標))；ｒｍＲＨ(例えばＡＢＡＲＥＬＩＸ(登録商標))；ＢＡＹ４３９００６(ソラフェニブ；Ｂａｙｅｒ)；ＳＵ−１１２４８(スニチニブ、ＳＵＴＥＮＴ(登録商標)、Ｐｆｉｚｅｒ)；ペリフォシン(ｐｅｒｉｆｏｓｉｎｅ)、ＣＯＸ−２阻害剤(例えばセレコキシブ又はエトリコキシブ)、プロテオゾーム阻害剤(例えばＰＳ３４１)；ボルテゾミブ(ＶＥＬＣＡＤＥ(登録商標))；ＣＣＩ−７７９；チピファルニブ(ｔｉｐｉｆａｒｎｉｂ)(Ｒ１１５７７)；オラフィニブ(ｏｒａｆｅｎｉｂ)、ＡＢＴ５１０；ＢＣＬ−２阻害剤、例えばオブリメルセンナトリウム(ｏｂｌｉｍｅｒｓｅｎ ｓｏｄｉｕｍ)(ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ(登録商標))；ピクサントロン；ＥＧＦＲ阻害剤(以下の定義を参照)；チロシンキナーゼ阻害剤；セリン−スレオニンキナーゼ阻害剤、例えばラパマイシン(シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ(登録商標))；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えばロナファーニブ(ＳＣＨ６６３６，ＳＡＲＡＳＡＲＴＭ)；及び上述したものの何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体：並びに上記のうち２以上の組合せ、例えば、シクロフォスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニソロンの併用療法の略称であるＣＨＯＰ；及び５−ＦＵ及びロイコボリンとオキサリプラチン(ＥＬＯＸＡＴＩＮＴＭ)を組合せた治療法の略称であるＦＯＬＦＯＸが含まれる。
【００９４】
ここで定義された化学療法剤には、癌の増殖を促進しうるホルモンの効果を調節、低減、ブロック、又は阻害するように働く「抗ホルモン剤」又は「内分泌治療剤」が含まれる。それらはそれ自体がホルモンであってもよく、限定するものではないが、混合アゴニスト／アンタゴニストプロファイルを持つ抗エストロゲン、例えばタモキシフェン(ＮＯＬＶＡＤＥＸ(登録商標))、４-ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン(ＦＡＲＥＳＴＯＮ(登録商標))、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェン(raloxifene)(ＥＶＩＳＴＡ(登録商標))、トリオキシフェン(trioxifene)、ケオキシフェン(keoxifene)、及びＳＥＲＭ３などの選択的なエストロゲン受容体調節因子(ＳＥＲＭ)；アゴニスト特性を有さない純粋な抗エストロゲン類、例えばフルベストラント(ＦＡＳＬＯＤＥＸ(登録商標))、及びＥＭ８００(このような薬剤はエストロゲン受容体(ＥＲ)二量体化をブロックし、ＤＮＡ結合を阻害し、ＥＲ代謝回転を増加させ、及び／又はＥＲレベルを抑制しうる)；アロマターゼ阻害剤、例えば、ホルメスタン及びエキセメスタン(ＡＲＯＭＡＳＩＮ(登録商標))などのステロイド系アロマターゼ阻害剤、及びアナストロゾール(ＡＲＩＭＩＤＥＸ(登録商標))、レトロゾール(ＦＥＭＡＲＡ(登録商標))及びアミノグルテチミドなどの非ステロイド性アロマターゼ阻害剤、及びボロゾール(ＲＩＶＩＳＯＲ(登録商標))、メゲストロールアセテート(ＭＥＧＡＳＥ(登録商標))、ファドロゾール及び４(５)-イミダゾールを含む他のアロマターゼ阻害剤；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト、例えばロイプロリド(ＬＵＰＲＯＮ(登録商標)及びＥＬＩＧＡＲＤ(登録商標))、ゴセレリン、ブセレリン、及びトリプトレリン；性ステロイド、例えばプロゲスチン、例えばメゲストロールアセテート及びメドロキシプロゲステロンアセテート、エストロゲン、例えばジエチルスチルベストロール及びプレマリン、及びアンドロゲン／レチノイド、例えばフルオキシメステロン、全てのトランスレチオニン酸及びフェンレチニド；オナプリストン；抗プロゲステロン；エストロゲン受容体下方制御因子(ＥＲＤ)；抗アンドロゲン類、例えばフルタミド、ニルタミド及びビカルタミド；及び上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体；並びに、上記のうちの２以上の組合せを含む。
【００９５】
「被験者」とは、脊椎動物であり、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。哺乳動物は、限定しないが、ヒト、非ヒト高等霊長類、霊長類、家畜（例えばウシ）、競技動物、ペット（例えば、ネコ、イヌ、及びウマ）、及び実験動物（例えば、マウス及びラット)を含む。
【００９６】
タンパク質の「発現」とは、遺伝子にコードされている情報からメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）への、そして、その後のタンパク質への変換を意味する。  
【００９７】
本明細書において、目的のタンパク質（例えば、（ニューレグリン１などの）ニューレグリン及び／又はＨＥＲ３）を「発現している」サンプル又は細胞とは、そのタンパク質をコードしているｍＲＮＡ又はそのタンパク質（その断片を含む）が、そのサンプル又は細胞中に存在すると決定されているものである。
【００９８】
あるタイプの癌において、「ＮＲＧ１発現について中央値のレベルよりも高いレベルでＮＲＧ１を発現する」サンプル、細胞、腫瘍又は癌は、ＮＲＧ１発現のレベルが、当業者に「高ＮＲＧ１値」とみなされるものである。この癌はまた、「ＮＲＧ１を過剰発現する」と考えられる。一般的には、このような値は、同種の癌のサンプル、細胞、腫瘍又は癌の集団におけるＮＲＧ１の値に対して、約５０から約１００％までの範囲である。例えば、発現の中央値に達するように用いられる集団は、進行性、難治性又は再発性ＨＮＳＣＣ癌と同様に、化学療法抵抗性ＨＮＳＣＣ癌、ＥＧＦＲ阻害剤耐性ＨＮＳＣＣ癌などの一般的なＨＮＳＣＣのサンプル、又はそのサブグループであってよい。本明細書の実施例は、発現の中央値が決定されうる方法を示している。これは、発現の絶対値を構成してよい。一実施態様において、高ＮＲＧ１レベルとみなされるＮＲＧ１発現のレベルは、６０パーセンタイル以上、７０パーセンタイル以上、７５パーセンタイル以上、８０パーセンタイル以上、８５パーセンタイル以上、９０パーセンタイル以上、９５パーセンタイル以上、９７パーセンタイル以上、９８パーセンタイル以上、又は９９パーセンタイル以上である。このような値は、本明細書に開示されるような定量ＲＴ−ＰＣＲのような指定のアッセイ条件下のアッセイで定量し、実施例５と同様に最も好ましくは定量ＲＴ−ＰＣＲアッセイされる。一実施態様において、ＮＲＧ１発現レベルは、参照遺伝子としてＡＬ−１３７７２７（配列番号：１０；配列番号：１１）、及びＶＰＳ３３Ｂ（配列番号：１２）の発現レベルの平均値を用いて、デルタＣｔ法で計算される。
【００９９】
特定の種類の癌では、ＮＲＧ１の発現は、その種類の癌に罹患している患者集団において二峰性である。二峰性の発現プロファイルは、高レベルのＮＲＧ１発現を示す患者のグループ（過剰発現モード）、及び、より低いＮＲＧ１発現レベルを示す患者のグループ（過剰発現モードの欠如）から構成される。一実施態様において、２つのモード間の変曲点は、「ＮＲＧ１を過剰発現する（癌が変曲点よりも高いＮＲＧ１発現レベルを有する）」癌であるか、又は「ＮＲＧ１の過剰発現を欠いている（癌が変曲点よりも低いＮＲＧ１発現レベルを有する）」癌のいずれかであるか、癌の種類を特徴付けるための値として使用される。一実施態様において、二成分混合ガウス分布は、ＮＲＧ１の過剰発現とＮＲＧ１の過剰発現の欠如との間の変曲点を推定するために使用される。一実施態様において、ＮＲＧ１発現レベルは、参照遺伝子としてＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂを使用して計算される。
【０１００】
「ポリメラーゼ連鎖反応」又は「ＰＣＲ」の技術は、本明細書で使用される場合、微量の特有な１片の核酸、ＲＮＡ及び／又はＤＮＡが、１９８７年７月２８日発行の米国特許第４６８３１９５号中に記載されたように増幅される手法に全般的に関する。一般的に、対象とする領域の末端から又は利用可能の必要性を越える配列情報は、オリゴヌクレオチドプライマーの設計を可能にし；これらのプライマーは増幅されるテンプレートの反対鎖の配列と同一又は類似している。２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは増幅された物質の末端と一致する。ＰＣＲは、特異的ＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡからの特異的ＤＮＡ配列、及び全細胞性ＲＮＡから転写されたｃＤＮＡ、バクテリオファージ又はプラスミド配列などを増幅するために用いることができる。一般的に、Mullis ら, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 51: 263 (1987); Erlich, ed., PCR Technology, (Stockton Press, NY, 1989)を参照。本明細書で使用する場合、ＰＣＲは、唯一ではないが、プライマーとして既知の核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡ）の使用を含む核酸試験サンプルを増幅するための核酸ポリメラーゼ反応法の一例と考えられており、核酸ポリメラーゼを利用して、核酸の特定の部分を増幅又は生成し、又は特定の核酸に相補的である核酸の特定の部分を増幅又は生成する。
【０１０１】
「定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応」又は「定量ＲＴ−ＰＣＲ」はＰＣＲの一形態を指し、ここではＰＣＲ産物の量はＰＣＲ反応の各工程で測定される。この手法は、Cronin ら, Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004)；及びMaら, Cancer Cell 5:607-616 (2004)を含む様々な出版物に記載されている。
【０１０２】
「マイクロアレイ」なる用語は、基質上の、ハイブリダイズ可能なアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブの秩序だった配置を意味する。  
【０１０３】
単数又は複数で使用される場合、「ポリヌクレオチド」なる用語は、一般に任意のポリリボヌクレオチド又はポリデオキシリボヌクレオチドを意味し、これは未修飾ＲＮＡ又はＤＮＡ又は修飾ＲＮＡ又はＤＮＡであり得る。よって、例えば、ここで定義されるポリヌクレオチドには、限定するものではないが、一本鎖及び二本鎖ＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本鎖及び二本鎖ＲＮＡ、及び一本鎖及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖であってもよく、又はより典型的には二本鎖であっても又は一本鎖又は二本鎖領域を含んでもよいＤＮＡ及びＲＮＡを含む混成分子が含まれる。また「ポリヌクレオチド」なる用語は、ここで使用される場合ＲＮＡ又はＤＮＡ又はＲＮＡとＤＮＡの双方を含む三本鎖領域を意味する。そのような領域のストランドは同じ分子由来でも又は異なった分子由来でもよい。その領域は一又は複数の分子の全てを含みうるが、より典型的には幾らかの分子の領域のみを含む。三本ヘリックス領域の分子の一つがしばしばオリゴヌクレオチドである。「ポリヌクレオチド」なる用語は特にｃＤＮＡｓを含む。その用語には、一又は複数の修飾塩基を含むＤＮＡ(ｃＤＮＡを含む)及びＲＮＡが含まれる。よって、安定性又は他の理由のために修飾された骨格を持つＤＮＡ又はＲＮＡは、その用語がここで意図するところの「ポリヌクレオチド」である。更に、イノシンのような希な塩基又はトリチウム化塩基のような修飾された塩基を含むＤＮＡ又はＲＮＡはここで定義される「ポリヌクレオチド」という用語内に含まれる。一般に、「ポリヌクレオチド」という用語は未修飾のポリヌクレオチドの全ての化学的、酵素的及び／又は代謝的に修飾された形態並びに単純細胞及び複雑細胞を含む細胞及びウイルスに特徴的なＤＮＡ及びＲＮＡの化学的形態を包含する。
【０１０４】
「オリゴヌクレオチド」という用語は、限定するものではないが、一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖又は二本鎖リボヌクレオチド、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド及び二本鎖ＤＮＡを含む比較的短いポリヌクレオチドを意味する。一本鎖ＤＮＡプローブオリゴヌクレオチドのようなオリゴヌクレオチドは、例えば市販されている自動オリゴヌクレオチド合成機を使用して、化学的方法によってしばしば合成される。しかしながら、オリゴヌクレオチドは、インビトロ組換えＤＮＡ媒介法を含む様々な他の方法によって、及び細胞及び生物中でのＤＮＡの発現によって、作製することができる。
【０１０５】
「遺伝子増幅」という句は、特定の細胞又は細胞系において多コピーの遺伝子又は遺伝子断片が形成されるプロセスを指す。複製された領域(増幅されたＤＮＡのストレッチ)は「アンプリコン」と称されることが多い。通常は、産生するメッセンジャーＲＮＡ(ｍＲＮＡ)の量も、発現される特定の遺伝子でできたコピーの数の割合で増加する。
【０１０６】
「天然配列」ポリペプチドは、自然発生変異体又は対立遺伝子変異体を含む、天然由来のポリペプチド(例えば、ＨＥＲレセプター又はＨＥＲリガンド)と同一のアミノ酸配列を有するものである。このような天然配列ポリペプチドは、自然から単離しうるし、組換え又は合成手段により生産しうる。したがって、天然配列ポリペプチドは、天然に生じるヒトポリペプチド、マウスポリペプチド、又は特定の他の哺乳動物種のアミノ酸配列を有しうる。
【０１０７】
本明細書において、患者はヒト患者である。患者は「癌患者」、すなわち、癌の一以上の症状に罹患しているか又は罹患するリスクにある者であり得る。
【０１０８】
本明細書における「腫瘍サンプル」とは、患者の腫瘍由来のサンプルであるか、又はその腫瘍由来の腫瘍細胞を含むサンプルである。腫瘍サンプルの例は、限定されないが、腫瘍生検、循環性腫瘍細胞、循環性血漿タンパク質、腹水、腫瘍に由来するか又は腫瘍のような特性を呈する細胞株又は初代細胞培養物、並びに、ホルマリン固定腫瘍サンプル、パラフィン包埋腫瘍サンプル又は凍結腫瘍サンプルなどの保存された腫瘍サンプルを含む。
【０１０９】
「固定」腫瘍サンプルとは、固定剤を用いて組織学的に保存処理されているサンプルである。
【０１１０】
「ホルマリン固定」腫瘍サンプルは、固定剤としてホルムアルデヒドを用いて保存処理されているサンプルである。  
【０１１１】
「包埋された」腫瘍サンプルとは、パラフィン、ろう、セロイジン、又は樹脂などの堅固で且つ一般的に硬い媒質により囲まれているサンプルである。包埋によって、顕微鏡検査用又は組織マイクロアレイ（ＴＭＡｓ）作成用の薄切片を切り出すことが可能になる。
【０１１２】
「パラフィン包埋」腫瘍サンプルとは、石油由来固体炭化水素の精製混合物に囲まれているサンプルである。  
【０１１３】
本明細書において、「凍結」腫瘍サンプルとは、凍結しているか、又は凍結されている腫瘍サンプルを指す。
【０１１４】
「ＨＥＲの発現、増幅、又は活性化を示す」癌又は生体サンプルとは、診断検査において（過剰発現を含めて）ＨＥＲレセプターを発現し、ＨＥＲ遺伝子を増幅しており、且つ／又はその他の方法でＨＥＲレセプターの活性化もしくはリン酸化を示すものである。
【０１１５】
「ＨＥＲレセプターを過剰発現又は増幅」する腫瘍細胞は、同じ組織型の非癌性細胞と比較して、有意に高いレベルのＨＥＲ受容体タンパク質又は遺伝子を有する。そのような過剰発現は、遺伝子増幅により、又は転写もしくは翻訳の増加によって引き起こされることがある。ＨＥＲレセプターの過剰発現は、細胞の表面に存在するＨＥＲタンパク質の増加したレベルを評価することによって、診断又は予後アッセイで（例えば免疫組織化学アッセイ；ＩＨＣによって）決定することができる。又は、もしくは追加的に、例えば蛍光インサイツハイブリダイゼーション法（ＦＩＳＨ；１９９８年１０月に公開された国際公開第９８／４５４７９号を参照されたい）、サザンブロット法、又は定量リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）などのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）法により細胞中のＨＥＲ２核酸レベルを測定することができる。血清などの生体液中の分断されたシェッド抗原（例えばＨＥＲ細胞外ドメイン）を測定することによって、ＨＥＲレセプターの過剰発現を研究することもできる（例えば、１９９０年６月１２日に発行された米国特許第４９３３２９４号；１９９１年４月１８日に公開された国際公開第９１／０５２６４号；１９９５年３月２８日に発行された米国特許第５４０１６３８号；及びSiasら, J. Immunol. Methods 1990; 132: 73-80を参照のこと）。上記アッセイ以外に、様々なインビボアッセイが当業者に利用できる。例えば検出可能なラベル、例えば放射性同位体で場合により標識した抗体に、患者の体内の細胞を曝露して、例えば放射能を外部スキャンすることにより、又は抗体に予め曝露された患者から採取した生検を分析することにより、その患者における細胞に対する抗体の結合を評価することができる。
【０１１６】
逆に、「ＨＥＲレセプターを過剰発現も増幅もしない」癌とは、同じ組織型の非癌性細胞に比べて正常レベルよりも高いＨＥＲレセプターのタンパク質も遺伝子も正常な値よりも高い値を有さない癌である。ペルツズマブなどのＨＥＲ二量体化を阻害する抗体を使用して、ＨＥＲ２レセプターを過剰発現も増幅もしない癌を治療してもよい。
【０１１７】
本明細書において、「抗腫瘍剤」とは、癌を治療するために使用される薬剤を指す。本明細書における抗腫瘍剤の非限定的な例としては、化学療法剤、ＨＥＲ阻害剤、ＨＥＲ二量体化阻害剤、ＨＥＲ抗体、腫瘍関連抗原に対する抗体、抗ホルモン化合物、サイトカイン、ＥＧＦＲ標的化薬物、抗血管形成剤、チロシンキナーゼ阻害剤、増殖阻害剤及び抗体、細胞毒性剤、アポトーシスを誘導する抗体、ＣＯＸ阻害剤、ファルネシル・トランスフェラーゼ・阻害剤、ガン胎児タンパク質ＣＡ１２５と結合する抗体、ＨＥＲ２ワクチン、Ｒａｆ阻害剤又はｒａｓ阻害剤、リポソームドキソルビシン、トポテカン、タキサン、二重チロシンキナーゼ阻害剤、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、ペルツズマブ、トラスツズマブ、エルロチニブ、及びベバシズマブが挙げられる。
【０１１８】
「認可された抗腫瘍剤」とは、食品医薬品局(FDA)又は外国の同等機関などの監督機関により販売許可を与えられた、癌を治療するために用いられる薬剤である。
【０１１９】
ＨＥＲ３阻害剤が「単一抗腫瘍剤」として投与される場合、その阻害剤はそのガンを処置するために投与される唯一の抗腫瘍剤であり、即ち、その阻害剤は化学療法剤などの別の抗腫瘍剤と組み合わせて投与されない。
【０１２０】
本明細書における「診療標準(standard of care)」とは、特定の形態の癌を治療するために日常的に使用される抗腫瘍剤を意味する。
【０１２１】
「増殖阻害剤」とは、本明細書において用いる場合、細胞、特にＨＥＲ発現癌細胞の増殖をインビトロ又はインビボのいずれかで阻害する化合物又は組成物を指す。このように、増殖阻害剤は、Ｓ期のＨＥＲ発現細胞の割合を有意に低減する薬剤であってもよい。増殖阻害剤の例としては、Ｇ１停止及びＭ期停止を誘導する薬剤などの、細胞周期の進行を（Ｓ期以外の位置で）遮断する薬剤が挙げられる。古典的なＭ期遮断薬としては、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、ならびにドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンなどのトポＩＩ阻害剤が挙げられる。Ｇ１で停止させる薬剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、及びａｒａ−ＣなどのＤＮＡアルキル化剤はまた、Ｓ期停止にも波及する。更なる情報は、The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn and Israel，編集の、Murakamiらによる「Cell cycle regulation, oncogenes, and antineoplastic drugs」(WB Saunders: Philadelphia, 1995)という標題の第１章、特に１３頁に見出すことができる。
【０１２２】
「増殖阻害」抗体の例は、ＨＥＲに結合し、ＨＥＲを過剰発現している癌細胞の増殖を阻害する抗体である。  
【０１２３】
「アポトーシスを誘導する」抗体とは、アネキシンＶの結合、ＤＮＡの断片化、細胞収縮、小胞体の拡大、細胞の断片化、及び／又は膜小胞（アポトーシス小体と呼ばれる）の形成によって決定されるようなプログラムされた細胞死を誘導する抗体である。アポトーシスに関連する細胞事象を評価するために様々な方法が利用できる。例えば、アネキシンの結合によってホスファチジルセリン（ＰＳ）の移行を測定でき；ＤＮＡラダー生成によってＤＮＡの断片化を評価することができ；低二倍体細胞の任意の増加によってＤＮＡの断片化と同時に核／クロマチンの凝縮を評価することができる。好ましくは、アポトーシスを誘導する抗体は、ＢＴ４７４細胞を用いたアネキシン結合アッセイにおいて、未処理細胞と比較して約２から５０倍、好ましくは約５から５０倍、最も好ましくは約１０から５０倍のアネキシン結合の誘導を招く抗体である。  
【０１２４】
「治療」とは、治療的処置及び予防措置又は阻止措置の両方を指す。治療を必要とする者としては、すでにそのガンを有する者及びそのガンが予防されるべき者が包含される。したがって、本明細書において治療されるべき患者は、癌を有すると診断されていてもよいし、又は、癌の素因があるか、もしくは癌に感受性であってもよい。
【０１２５】
「治療的有効量」又は「有効量」という用語は、患者の癌を治療するために有効な薬剤の量を意味する。薬剤の有効量は、癌細胞の数を減少させ；腫瘍の大きさを減少させ；末梢器官への癌細胞の浸潤を阻害し（即ち、ある程度遅延させ好ましくは停止させ）；腫瘍の転移を阻害し（即ち、ある程度遅延させ好ましくは停止させ）；ある程度腫瘍の増殖を阻害し；及び／又は癌に関連した一以上の症状をある程度和らげる場合がある。ある程度まで既存の癌細胞の成長を防ぐ、及び／又は死滅させるため、それは細胞増殖抑制性及び／又は細胞障害性であり得る。有効量により、無増悪生存が延長し（例えば、固形腫瘍のための応答評価基準（Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ，ＲＥＣＩＳＴ）又はＣＡ−１２５の変化により測定される）、他覚的（客観的）応答（一部寛解（ＰＲ）又は完全寛解（ＣＲ）を含む）が生じ、生存（全生存及び無増悪生存を含む）が改善され、及び／又は癌の１つ以上の症状（例えば、ＦＯＳＩにより評価される）が改善され得る。最も好ましくは、治療的有効量の薬物は、無増悪生存（ＰＦＳ）及び／又は全生存（ＯＳ）を改善するのに有効である。
【０１２６】
「生存」は、生存している患者を指し、全生存並びに無増悪生存を含む。
【０１２７】
「全生存」は、診断又は治療の時から例えば１年、５年などの定められた期間において生存している患者を指す。
【０１２８】
「無増悪生存」とは、癌の進行又は悪化することなく、患者が生き残っていることを言う。
【０１２９】
「生存延長」とは、治療された患者における全生存又は無増悪生存が、未治療患者と比較して（即ち、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤ＭＥＨＤ７９４５ＡなどＨＥＲ阻害剤で治療されていない患者と比較して）、又は指定されたレベルでのＮＲＧ１を発現しない患者と比較して、及び／又は承認された抗腫瘍剤で治療された患者と比較して延長していることを意味する。  
【０１３０】
「客観的反応」とは、完全寛解（ＣＲ）又は部分寛解（ＰＲ）を含めて、測定可能な反応を意味する。
【０１３１】
「完全寛解」又は「ＣＲ」は、治療に反応して癌の全ての徴候の消失を目的としている。これは、必ずしも癌が治癒されたという意味ではない。  
【０１３２】
「部分寛解」又は「ＰＲ」は、治療に応答して、1つ以上の腫瘍又は病変の大きさの減少、又は体内での癌の程度の低下を指す。
【０１３３】
本明細書で用いる用語「細胞毒性剤」とは、細胞の機能を阻害又は阻止し及び／又は細胞破壊を生ずる物質を指す。用語は、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２及びＬｕの放射性同位体）、化学治療剤、及び毒素、例えば、細菌、糸状菌、植物又は動物起源の低分子毒素又は酵素的に活性な毒素（その断片及び／又は変異体を含む）を含むものと意図する。
【０１３４】
「化学療法耐性」癌とは、癌患者が化学療法レジメンを受けているにもかかわらず進行している（すなわち、患者が「プラチナ抵抗性」である）、又は癌患者が化学療法レジメンを完了した後１２か月以内（例えば、６か月以内）に進行していることを意味する。
【０１３５】
「プラチナ耐性」癌とは、癌患者がプラチナベースの化学療法を受けているにもかかわらず進行している（すなわち、患者が「プラチナ抵抗性」である）、又は癌患者がプラチナベースの化学療法レジメンを完了した後１２か月以内（例えば、６か月以内）に進行していることを意味する。
【０１３６】
「抗−血管形成剤」は、血管の発達を阻害する、又はある程度妨げる化合物を指す。抗−血管形成因子は、例えば、血管形成の促進に関与する成長因子又は成長因子レセプターに結合する小分子又は抗体であってもよい。ここでの好適な抗−血管形成因子は、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ（登録商標））などの、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）に結合する抗体である。
【０１３７】
「サイトカイン」という用語は、一つの細胞集団から放出されるタンパク質であって、他の細胞に対して細胞間メディエータとして作用するものの包括的な用語である。このようなサイトカインの例としては、リンフォカイン、モノカイン、及び従来のポリペプチドホルモンを挙げることができる。サイトカインには、成長ホルモン、例えばヒト成長ホルモン、Ｎ-メチオニルヒト成長ホルモン、及びウシ成長ホルモン；副甲状腺ホルモン；チロキシン；インスリン；プロインスリン；リラクシン；プロリラクシン；卵胞刺激ホルモン(ＦＳＨ)のような糖タンパク質ホルモン、副甲状腺刺激ホルモン(ＴＳＨ)、及び黄体形成ホルモン(ＬＨ)；肝臓成長因子；繊維芽細胞成長因子；プロラクチン；胎盤ラクトゲン；腫瘍壊死因子-α及び-β；ミュラー阻害物質；マウス性腺刺激ホルモン関連ペプチド；インヒビン；アクチビン；血管内皮成長因子；インテグリン；トロンボポエチン(ＴＰＯ)；ＮＧＦ-β等の神経成長因子；血小板成長因子；ＴＧＦ-αあるいはＴＧＦ-βのようなトランスフォーミング成長因子(ＴＧＦ)；インスリン様成長因子I及びII；エリスロポイエチン(ＥＰＯ)；オステオインダクティブ因子；インターフェロンα、β、γのようなインターフェロン；マクロファージＣＳＦ(Ｍ-ＣＳＦ)のようなコロニー刺激因子(ＣＳＦ)；顆粒球マクロファージＣＳＦ(ＧＭ-ＣＳＦ)及び顆粒球ＣＳＦ(Ｇ-ＣＳＦ)；ＩＬ-１、ＩＬ-１α、ＩＬ-２、ＩＬ-３、 ＩＬ-４、ＩＬ-５、ＩＬ-６、ＩＬ-７、 ＩＬ-８、ＩＬ-９、ＩＬ-１０、ＩＬ-１１、ＩＬ-１２等のインターロイキン(ＩＬ)；腫瘍壊死因子、例えばＴＮＦ-α又はＴＮＦ-β；及びＬＩＦ及びキットリガンド(ＫＬ)を含む他のポリペプチド因子が含まれる。ここで使用される場合、サイトカインなる用語は天然源由来あるいは組換え細胞培養由来のタンパク質及び天然配列サイトカインの生物的に活性な等価物を含む。
【０１３８】
「チロシンキナーゼ阻害剤」は、ＨＥＲレセプターなどのチロシンキナーゼのチロシンキナーゼ活性を阻害する分子である。そのような阻害剤の例として、小分子ＨＥＲ２チロシンキナーゼ阻害剤、例えばＴａｋｅｄａから入手可能なＴＡＫ１６５、ＥＧＦＲに優先的に結合するが、ＨＥＲ２及びＥＧＦＲ−過剰発現細胞の両方を阻害するＥＫＢ−５６９(Ｗｙｅｔｈから入手可能)などの二重ＨＥＲ阻害剤、経口ＨＥＲ２及びＥＧＦＲチロシンキナーゼ阻害剤であるＧＷ５７２０１６(Ｇｌａｘｏから入手可能)、ＰＫＩ−１６６(Ｎｏｖａｒｔｉｓから入手可能)、カネルチニブ(ｃａｎｅｒｔｉｎｉｂ)などのｐａｎ−ＨＥＲ阻害剤(ＣＩ−１０３３；Ｐｈａｒｍａｃｉａ)、Ｒａｆ−１阻害剤、例えばＲａｆ−１シグナル伝達を阻害するＩＳＩＳ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓから入手可能なアンチセンス薬剤ＩＳＩＳ−５１３２、非ＨＥＲ標的ＴＫ阻害剤、例えばＧｌａｘｏから入手可能なメシル酸イマチニブ(ＧｌｅｅｖａｃＴＭ)、ＭＡＰＫ細胞外調節キナーゼＩ阻害剤であるＣＩ−１０４０(Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手可能)；ＰＤ  １５３０３５、４−(３−クロロアニリン)キナゾリンなどのキナゾリン；ピリドピリミジン；ピリミドピリミジン；ＣＧＰ  ５９３２６、ＣＧＰ ６０２６１、及びＣＧＰ  ６２７０６などのピルロロピリミジン(ｐｙｒｒｏｌｏｐｙｒｉｍｉｄｉｎｅｓ)；ピラゾロピリミジン(ｐｙｒａｚｏｌｏｐｙｒｉｍｉｄｉｎｅｓ)、４−(フェニルアミノ)−７Ｈ−ピルロロ［２，３−ｄ］ピリミジン；カルシウム(ディフェルロイルメタン、４，５−ビス(４−フルオロアニリノ)フタルイミド)；ニトロチオフェン成分を含むトリホスチン(ｔｙｒｐｈｏｓｔｉｎｅｓ)；ＰＤ−０１８３８０５  (Ｗａｒｎｅｒ−Ｌａｍｂｅｒ)；アンチセンス分子(例えば、ＨＥＲコード化核酸に結合するもの)；キノキサリン(ｑｕｉｎｏｘａｌｉｎｅｓ)  (米国特許第５８０４３９６号)；トリホスチン(米国特許第５８０４３９６号)；ＺＤ６４７４ (Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ)；ＰＴＫ−７８７ (Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ ＡＧ)；ＣＩ−１０３３ (Ｐｆｉｚｅｒ)などのｐａｎ−ＨＥＲ阻害剤；Ａｆｆｍｉｔａｃ(ＩＳＩＳ  ３５２１；  Ｉｓｉｓ／Ｌｉｌｌｙ)；メシル酸イマチニブ  (Ｇｌｅｅｖａｃ；Ｎｏｖａｒｔｉｓ)；ＰＫＩ １６６(Ｎｏｖａｒｔｉｓ)；ＧＷ２０１６  (Ｇｌａｘｏ  ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ)；ＣＩ−１０３３(Ｐｆｉｚｅｒ)；ＥＫＢ−５６９(Ｗｙｅｔｈ)；セマキシニブ(Ｓｅｍａｘａｎｉｂ)(Ｓｕｇｅｎ)；ＺＤ６４７４  (ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ)；ＰＴＫ−７８７  (Ｎｏｖａｒｔｉｓ／Ｓｃｈｅｒｉｎｇ  ＡＧ)；ＩＮＣ−１Ｃ１１  (Ｉｍｃｌｏｎｅ)；又は以下に挙げるいずれかの特許文献に記載されているもの：米国特許第５８０４３９６号；国際公開９９／０９０１６(Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃｙａｎｉｍｉｄ)；国際公開９８／４３９６０(Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｃｙａｎａｍｉｄ)；国際公開９７／３８９８３(Ｗａｒｎｅｒ Ｌａｍｂｅｒｔ)；国際公開９９／０６３７８  (Ｗａｒｎｅｒ  Ｌａｍｂｅｒｔ)；国際公開９９／０６３９６(Ｗａｒｎｅｒ  Ｌａｍｂｅｒｔ)；国際公開９６／３０３４７ (Ｐｆｉｚｅｒ，Ｉｎｃ)；国際公開９６／３３９７８(Ｚｅｎｅｃａ)；国際公開９６／３３９７(Ｚｅｎｅｃａ)；及び国際公開９６／３３９８０(Ｚｅｎｅｃａ)だけでなく、前段落に記載したＥＧＦＲ標的薬剤を含む。
【０１３９】
本明細書中の治療薬の「固定」又は「変わらない」用量は、患者の重量（ＷＴ）又は体表面積（ＢＳＡ）にかかわらずヒト患者に投与される用量を指す。  固定用量又は変わらない用量は、ｍｇ／ｋｇの用量又はｍｇ／ｍ２用量としてでなく、むしろ治療薬の絶対的な量として投与されるものである。
【０１４０】
本明細書において、「負荷」用量は、一般に、患者に投与される治療薬の初回の用量を含んでおり、その後一又は複数の維持用量が投与される。通常、単一の負荷用量が投与されるが、複数の負荷用量が本願明細書において、考慮される。通常、投与される負荷用量（一又は複数）の量は、投与される維持用量（一又は複数）の量を超えており／又は、負荷用量（一又は複数）が維持用量（一又は複数）よりも多く投与されることが多く、そのため、維持用量で達成されるよりも早く治療薬の所望の定常状態が達成しうる。  
【０１４１】
本明細書において、「維持」用量は、治療期間中に患者に投与される治療薬の一又は複数の用量を指す。通常、維持用量は、間をおいた治療間隔、例として、およそ毎週、およそ２週ごと、およそ３週ごと、又はおよそ４週ごとに投与される。  
【０１４２】
「医薬」とは、癌を治療するための活性な薬物、例えば、ＨＥＲ３阻害剤、例えば、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、ＭＥＨＤ７９４５Ａ）である。  
【０１４３】
「ターゲット層(ｔａｒｇｅｔ ａｕｄｉｅｎｃｅ)」は、個々の患者、患者集団；新聞、医学文献、雑誌の読者；テレビやインターネットの視聴者；ラジオやインターネットのリスナー：医師、製薬会社など、とりわけ特定の使用、治療、又は適応症について、マーケティング又は広告により、特定の医薬が宣伝されるか又は宣伝されることが意図される人々のグループ又は機関である。
【０１４４】
「添付文書」は、 効能、用法、用量、投与、禁忌、パッケージ製品と併用される他の治療用製品、及び／又はそのような治療用製品の使用に関する警告を含む、治療用製品の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。
【０１４５】
ＩＩ． 組成物及び方法
Ａ．例示的なＨＥＲ３阻害剤
一局面において、本発明は、部分的には患者の癌におけるＮＲＧ１発現レベルに基づく種類の癌の患者のための治療を選択することに基づいている。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は、患者の癌がＮＲＧ１を過剰発現した場合、患者のための治療法として選択されている。一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は、患者の癌におけるＮＲＧ１レベルが、一般に、この種類の癌におけるＮＲＧ１レベルよりも高い場合、患者のための治療として選択される。このような治療が選択された場合、患者はその後、特定の実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤で治療されている。  
【０１４６】
ＨＥＲ３阻害剤は、抗体又は他の抗原結合タンパク質、小分子、（ｓｉＲＮＡなどの）核酸、又は任意の他のそのような分子でありうる。ＨＥＲ３阻害剤は、本発明の特定の実施態様では、ＨＥＲ３に結合ＮＲＧ１を阻害する。
【０１４７】
一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は抗体である。例示的な抗ＨＥＲ３抗体は、国際公開第２０１１０７６６８３号（Ｍａｂ２０５．１０．１、Ｍａｂ２０５．１０．２、Ｍａｂ２０５．１０．３）、ＵＳ７８４６４４０；ＵＳ７７０５１３０及びＵＳ５９６８５１１に記載されている。
【０１４８】
一実施態様において、ＨＥＲ３阻害剤は、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤である。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、二重特異性抗体である。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲの両方に結合する抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、それぞれが特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲの両方に結合する、二つの同一の抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体である。そのような抗体については、国際公開第２０１０１０８１２７号、ＵＳ２０１００２５５０１０及びSchaeferら、Cancer Cell, 20: 472-486 (2011)に記載されている。特異的にＨＥＲ３及びＥＧＦＲの両方に結合する抗原結合ドメインを含むような特定の二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤は、ＭＥＨＤ７９４５Ａである。
【０１４９】
一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、その抗体が、配列番号：１のアミノ酸配列のＨＶＲを一つ、二つ、及び／又は三つ含んだＶＨを含む、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する抗原結合ドメインを含んでいる。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、その抗体が、配列番号：１のアミノ酸配列のＨＶＲを一つ、二つ、及び／又は三つ含んだＶＨ、及び配列番号：２のアミノ酸配列のＨＶＲを一つ、二つ、及び／又は三つ含んだＶＬを含む、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する抗原結合ドメインを含んでいる。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、その抗体が、配列番号：１のアミノ酸配列のＨＶＲを３つすべて含んだＶＨ、及び配列番号：２のアミノ酸配列のＨＶＲを３つすべて含んだＶＬを含む、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに結合する抗原結合ドメインを含んでいる。幾つかの実施態様において、ＨＶＲは拡大ＨＶＲである。特定の一実施態様において、ＨＶＲ−Ｈ１は、アミノ酸配列ＬＳＧＤＷＩＨ（配列番号：３）を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、アミノ酸配列ＶＧＥＩＳＡＡＧＧＹＴＤ（配列番号：４）を含み、ＨＶＲ−Ｈ３は、アミノ酸配列ＡＲＥＳＲＶＳＦＥＡＡＭＤＹ（配列番号：５）を含み、ＨＶＲ−Ｌ１は、アミノ酸配列ＮＩＡＴＤＶＡ（配列番号：６）を含み、ＨＶＲ−Ｌ２は、アミノ酸配列ＳＡＳＦ（配列番号：７）を含み、及び、ＨＶＲ−Ｌ３は、アミノ酸配列ＳＥＰＥＰＹＴ（配列番号：８）を含む。
【０１５０】
一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する抗原結合ドメインを含み、ここで、抗体は、配列番号：１のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するＶＨを含む。特定の一実施態様において、配列番号：１のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するＶＨを含む二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲは、アミノ酸配列ＬＳＧＤＷＩＨ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＶＧＥＩＳＡＡＧＧＹＴＤ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＡＲＥＳＲＶＳＦＥＡＡＭＤＹ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。
【０１５１】
一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する抗原結合ドメインを含み、ここで、抗体は配列番号：２のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するＶＬを含む。特定の一実施態様において、配列番号：２のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するＶＬを含む二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲは、ＮＩＡＴＤＶＡ（配列番号：６）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ１、ＳＡＳＦ（配列番号：７）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ２、及びＳＥＰＥＰＹＴ（配列番号：８）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ３を含む。
【０１５２】
一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、抗体が配列番号：１のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するＶＨ、及び配列番号：２のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するＶＬを含む、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する抗原結合ドメインを含む。一実施態様において、配列番号：１のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するＶＨ、及び配列番号：２のアミノ酸配列に対して、少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するＶＬを含む二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、ＬＳＧＤＷＩＨ（配列番号：３）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ１、ＶＧＥＩＳＡＡＧＧＹＴＤ（配列番号：４）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ２、及びＡＲＥＳＲＶＳＦＥＡＡＭＤＹ（配列番号：５）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｈ３、ＮＩＡＴＤＶＡ（配列番号：６）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ１、ＳＡＳＦ（配列番号：７）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ２、及びＳＥＰＥＰＹＴ（配列番号：８）のアミノ酸配列を含んでいるＨＶＲ−Ｌ３を含む。
【０１５３】
一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、抗体が配列番号：１のアミノ酸配列を含んでいるＶＨを含む、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する抗原結合ドメインを含む。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、抗体が配列番号：２のアミノ酸配列を含んでいるＶＬを含む、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する抗原結合ドメインを含む。一実施態様において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ抗体は、抗体が配列番号：１のアミノ酸配列を含んでいるＶＨ、及び配列番号：２のアミノ酸配列を含んでいるＶＬを含む、ＨＥＲ３及びＥＧＦＲに特異的に結合する抗原結合ドメインを含む。
【０１５４】
１．抗体親和性
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を有している。  
【０１５５】
一実施態様において、本発明による「Ｋｄ」又は「Ｋｄ値」は、目的の抗体のＦａｂバージョン及びその抗原を以下のアッセイに記載のように用いて実施される放射性標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）により測定される。Ｆａｂの抗体に対する溶液結合親和性は、Ｆａｂを、未標識抗原の滴定系列の存在下で、最小濃度の（１２５Ｉ）標識抗原に対して平衡化させ、次に、結合した抗原を抗Ｆａｂ抗体被覆プレートにより捕捉することにより測定する（Chenら、(1999)J.Mol.Biol.293:865-881）。上記アッセイのための条件を確立するために、マイクロタイタープレート（Ｄｙｎｅｘ）に、５０ｍＭの炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の５μｇ／ｍｌの捕捉用抗Ｆａｂ抗体（Ｃａｐｐｅｌ Ｌａｂｓ）を一晩被覆し、続いて、ＰＢＳ中の２％（ｗ／ｖ）ウシ血清アルブミンで２〜５時間室温（およそ２３℃）にわたってブロックする。（例えば、Prestaら、(1997)Cancer Res.57:4593-4599における抗ＶＥＧＦ抗体のＦａｂ−１２の評価と一致して）非吸着プレート（Ｎｕｎｃ＃２６９６２０）にて、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を、目的のＦａｂの系列希釈物に混合する。次に、目的のＦａｂを一晩インキュべートする；しかし、このインキュベーションは、平衡に達することを確実にするために長時間（例えば、約６５時間）継続してよい。その後、混合物を室温での（例えば、１時間にわたる）インキュベーションのために捕捉プレートに移す。次に、この溶液を除去し、プレートを、ＰＢＳ中の０．１％（Ｔｗｅｅｎ−２０（登録商標））で８回洗浄する。プレートが乾燥したときに、１５０μｌ／ウェルのシンチラント(ｓｃｉｎｔｉｌｌａｎｔ)(ＭｉｃｒｏＳｃｉｎｔ-２０ＴＭ；Ｐａｃｋａｒｄ)を添加し、そのプレートを、ＴｏｐｃｏｕｎｔＴＭガンマカウンター(Ｐａｃｋａｒｄ)を用いて１０分間にわたってカウントする。最大結合の２０％以下を与える各Ｆａｂの濃度を競合的結合アッセイに使用するために選択する。
【０１５６】
Ｋｄは、ＢＩＡＣＯＲＥ(登録商標)−２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ(登録商標)−３０００（ＢＩＡｃｏｒｅ，Ｉｎｃ．，Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ，ＮＪ）を使用し、２５℃で固定化抗原ＣＭ５チップにより〜１０応答単位(ＲＵ)で、表面プラズモン共鳴アッセイを用いて測定される。簡単に述べると、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ(ＣＭ５，ＢＩＡＣＯＲＥ Ｉｎｃ．)を、提供者の指示書に従ってＮ−エチル−Ｎ'−(３−ジメチルアミノプロピル)−カルボジイミド塩酸塩(ＥＤＣ)及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド(ＮＨＳ)で活性化した。抗原を１０ｍＭ 酢酸ナトリウム、ｐＨ４．８で５μｇ／ｍｌ(〜０．２μＭ)に希釈し、結合したタンパク質の応答単位(ＲＵ)がおよそ１０になるように５μｌ／分の流速で注入する。抗原の注入後、反応しない群をブロックするために１Ｍのエタノールアミンを注入する。動力学的な測定のために、Ｆａｂの２倍の段階希釈(０．７８ｎＭから５００ｎＭ)を、２５℃で、およそ２５μｌ／分の流量で０．０５％ポリソルベート２０(ＴＷＥＥＮ−２０ＴＭ)界面活性剤(ＰＢＳＴ)を含むＰＢＳに注入する。会合センサーグラム及び解離センサーグラムを同時にフィットさせることによる単純一対一ラングミュア結合モデル(ｓｉｍｐｌｅ ｏｎｅ−ｔｏ−ｏｎｅ Ｌａｎｇｍｕｉｒ ｂｉｎｄｉｎｇ ｍｏｄｅｌ)(ＢＩＡＣＯＲＥ(登録商標)Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン３．２)を用いて、会合速度（ｋｏｎ）と解離速度（ｋｏｆｆ）を算出する。平衡解離定数（Ｋｄ）をｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出する。例えば、Chenら、J. Mol. Biol. 293 (1999) 865-881を参照。上記の表面プラスモン共鳴アッセイによる結合速度が１０６Ｍ−１Ｓ−１を上回る場合、分光計、例えば、流動停止を備えた分光光度計(stop-flow equipped spectrophometer)(Aviv Instruments)又は撹拌キュベットを備えた8000シリーズSLM-Aminco分光光度計(ThermoSpectronic)で測定される、漸増濃度の抗原の存在下にて、ＰＢＳ(ｐＨ７．２)、２５℃の、２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ型）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ；放出＝３４０ｎｍ、帯域通過＝１６ｎｍ）における増加又は減少を測定する蛍光消光技術を用いて結合速度を測定されうる。
【０１５７】
２．抗体断片
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片は、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆａｂ'−ＳＨ、Ｆ(ａｂ')２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖ断片、及び下記の他の断片を含む。所定の抗体断片の総説については、 Hudson ら Nat. Med. 9:129-134 (2003)を参照。ｓｃFv断片の総説については、例えば、Pluckthun, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)を参照;また、国際公開第９３／１６１８５号；  及び米国特許第５５７１８９４号及び  第５５８７４５８号も参照。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、かつインビボ半減期を増加させたＦａｂ及びＦ(ａｂ')２断片の議論については、米国特許第5869046号を参照のこと。
【０１５８】
ダイアボディは２価又は二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許第４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Hudson ら, Nat. Med. 9:129-134 (2003)；及びHollingerら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照。トリアボディ及びテトラボディもまたHudsonら, Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
【０１５９】
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部、又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部を含んでいる抗体断片である。ある実施態様において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Domantis, Inc., Waltham, MA；例えば、米国特許第６２４８５１６Ｂ１号を参照）。  
【０１６０】
抗体断片は様々な技術で作成することができ、限定されないが、本明細書に記載するように、インタクトな抗体の分解、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌又はファージ）による生産を含む。
【０１６１】
３．キメラ及びヒト化抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。所定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４８１６５６７号、及びMorrison ら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))に記載されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例において、キメラ抗体は、クラス又はサブクラスが親抗体のものから変更された「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
【０１６２】
ある実施態様において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減するために、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持したまま、ヒト化されている。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（又はその一部）が、非ヒト抗体から由来し、ＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列に由来する、一以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意で、ヒト定常領域の少なくとも一部をも含む。幾つかの実施態様において、ヒト化抗体の幾つかのＦＲ残基は、抗体特異性又は親和性を回復もしくは改善するめに、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。  
【０１６３】
ヒト化抗体及びそれらの製造方法は、例えば、Almagro及びFransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)に総説され、更に、 Riechmann ら, Nature 332:323-329 (1988); Queen ら, Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；米国特許第５８２１３３７号、同７５２７７９１号、同６９８２３２１号、及び同７０８７４０９号；Kashmiri ら, Methods 36:25-34 (2005) (ＳＤＲ(ａ−ＣＤＲ)グラフティングを記述)；Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) ("リサーフェシング"を記述)；Dall'Acqua ら, Methods 36:43-60 (2005) ("FRシャッフリング"を記述)；及びOsbourn ら, Methods 36:61-68 (2005)及びKlimka ら, Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)（ＦＲのシャッフリングへの"誘導選択"アプローチを記述）に記載されている。
【０１６４】
ヒト化に用いられ得るヒトフレームワーク領域は、限定されないが、「ベストフィット」法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims ら J. Immunol. 151:2296 (1993)）；軽鎖又は重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列由来のフレームワーク領域（例えば、Carter ら Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；及びPresta ら J. Immunol., 151:2623 (1993)を参照）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域又はヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633(2008)を参照）；及びＦＲライブラリースクリーニング由来のフレームワーク領域（例えば、Baca ら, J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)及び Rosok ら, J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)を参照）を含む。
【０１６５】
４．ヒト抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知の様々な技術を用いて生産することができる。ヒト抗体は一般的にvan Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 及びLonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)に記載されている。
【０１６６】
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を持つ又はインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することにより調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、又は染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全て又は一部を含む。このようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般的に不活性化される。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、 Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ  技術を記載している、米国特許第６０７５１８１号及び６１５０５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載している米国特許第５７７０４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７０４１８７０号及び、ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号）を参照。このような動物で生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、更に改変される可能性がある。
【０１６７】
ヒト抗体は、ハイブリドーマベース法によって作成することができる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ細胞株が記載されている。（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)；Brodeur ら, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；及びBoerner ら, J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照。）ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体はまた、Li ら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)に記載されている。更なる方法は、例えば、米国特許第７１８９８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載している）及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)（ヒト−ヒトハイブリドーマを記載している）に記載されたものを含む。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）もまた、Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 及びVollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)に記載される。
【０１６８】
ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。このような可変ドメイン配列は、次に所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術が、以下に説明される。
【０１６９】
５．ライブラリー由来の抗体
本発明の抗体は、所望の活性又は活性（複数）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、様々な方法が、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてのライブラリーをスクリーニングするために、当該技術分野で知られている。そのような方法は、例えば、Hoogenboom ら in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien ら編, Human Press, Totowa, NJ, 2001)に総説され、更に、例えば、McCaffertyら, Nature 348:552-554；Clackson ら, Nature 352: 624-628 (1991)；Marks ら, J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Marks及びBradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo編, Human Press, Totowa, NJ, 2003)；Sidhuら, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Leeら, J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；及びLeeら, J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)に記載されている。
【０１７０】
所定のファージディスプレイ法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により個別にクローニングされ、ファージライブラリーにランダムに再結合され、その後、Winter ら, Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、通常、抗体断片を、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片、又はＦａｂ断片のいずれかとして提示する。免疫された起源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要性なしで免疫原に高親和性抗体を提供する。代わりに、Griffiths ら, EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載されるように、ナイーブなレパートリーが、任意の免疫感作無しで、広範囲の非自己抗原及び自己抗原に対して、抗体の単一起源を提供するために、（例えば、ヒトから）クローン化することができる。最後に、ナイーブなライブラリーはまた、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)に記載されるように、非常に可変なＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再構成を達成するために、幹細胞由来の未転位Ｖ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用することにより合成することができる。ヒト抗体ファージライブラリーを記述する特許公報は、例えば、米国特許第５７５０３７３号、及び米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号及び第２００９／０００２３６０号を含む。
【０１７１】
ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体又は抗体断片は、本明細書でヒト抗体又はヒト抗体の断片とみなされる。
【０１７２】
６．多重特異性抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば、従来の二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある実施態様において、結合特異性の一つはＨＥＲ３に対してであり、他は、任意の他の抗原に対してである。ある実施態様において、二重特異性抗体は、ＨＥＲ３の２つの異なるエピトープに結合することができる。二重特異性抗体はまたＨＥＲ３を発現する細胞に対して細胞傷害性薬物を局在化させるために用いることができる。二重特異性抗体は、全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
【０１７３】
多重特異性抗体を作製するための技術は、限定されないが、異なる特異性を有する2つの免疫グロブリン重鎖-軽鎖対の組換え共発現(Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983))、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker ら, EMBO J. 10: 3655 (1991)を参照)及び“ｋｎｏｂ−ｉｎ−ｈｏｌｅ”エンジニアリング（例えば、米国特許第５７３１１６８号を参照）を含む。多重特異抗体はまた、抗体のＦｃ−ヘテロ２量体分子を作成するための静電ステアリング効果を操作すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）、２つ以上の抗体又は断片を架橋すること（例えば米国特許第４６７６９８０号、及びBrennan ら, Science, 229: 81 (1985)を参照)、２重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを使用すること（例えば、Kostelny ら, J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)を参照）、二重特異性抗体断片を作製するため、 "ダイアボディ"技術を使用すること(例えば、Hollinger ら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)を参照）、単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーを使用すること（例えば、Gruber ら, J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照）、及び、例えばTutt ら J. Immunol. 147: 60 (1991)に記載されているように、三重特異性抗体を調製することによって作成することができる。
【０１７４】
「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能性抗原結合部位を持つ改変抗体もまた本明細書に含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１号を参照）。
【０１７５】
本明細書中の抗体又は断片はまた、ＣＤ２０並びにその他の異なる抗原（例えば米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号参照）に結合する抗原結合部位を含む、「２重作用(Dual Acting)ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」を含む。そのような二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤の例は、本明細書に記載されており、例示的なＭＥＨＤ７９４５Ａ抗体が含まれる。
【０１７６】
７．抗体変異体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体のアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望まれ得る。抗体のアミノ酸配列変異体は、抗体をコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することにより、又はペプチド合成によって調製することができる。このような改変は、例えば、抗体のアミノ酸配列内における、残基の欠失、及び／又は挿入及び／又は置換を含む。最終コンストラクトが所望の特性、例えば、抗原結合を有していることを条件として、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせが、最終コンストラクトに到達させるために作成され得る。
【０１７７】
ａ) 置換、挿入、及び欠失変異体
ある実施態様において、一つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体が提供される。置換突然変異の対象となる部位は、ＨＶＲ及びＦＲを含む。保存的置換は、表１の「保存的置換」の見出しの下に示されている。より実質的な変更が、表１の「典型的な置換」の見出しの下に与えられ、アミノ酸側鎖のクラスを参照して以下に更に説明される。アミノ酸置換は、目的の抗体に導入することができ、その産物は、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の減少、又はＡＤＣＣ又はＣＤＣの改善についてスクリーニングされた。
【０１７８】
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アミノ酸は、共通の側鎖特性に基づくグループに分けられる：
(１) 疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
(２) 中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
(３) 酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
(４) 塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
(５) 鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ，Ｐｒｏ；
(６) 芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
【０１７９】
非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類に交換することを必要とするであろう。
【０１８０】
置換変異体の一つのタイプは、親抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体など）の一以上の高頻度可変領域残基の置換を含む。一般的には、更なる研究のために選択され得られた変異体は、親抗体と比較して、特定の生物学的特性の改変（例えば、改善）（例えば、親和性の増加、免疫原性を減少）を有し、及び／又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。典型的な置換変異体は、親和性成熟抗体であり、例えば、本明細書に記載されるファージディスプレイベースの親和性成熟技術を用いて、簡便に生成され得る。簡潔に言えば、一つ以上のＨＶＲ残基が変異し、変異体抗体は、ファージ上に表示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
【０１８１】
抗体親和性を改善するために、変化（例えば、置換）がＨＶＲにおいてなされてもよい。このような変化は、ＨＶＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟プロセス中に高頻度で変異するコドンによってコードされる残基においてなされてもよく（例えば、Chowdhury,P.S., Methods Mol. Biol. 207 (2008) 179-196を参照されたい）、及び／又はＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）においてなされてもよい。結果として生じた変種ＶＨ又は変種ＶＬは結合親和性について試験される。二次ライブラリーからの構築及び再選択による親和性成熟は、例えば、Hoogenboom, H.R.ら、Methods in Molecular Biology 178 (2001) 1-37)において記載されている。親和性成熟のある態様において、任意の様々な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチド特異的変異誘発）によって成熟について選択された可変遺伝子に多様性が導入される。次いで、二次ライブラリーが作り出される。次いで、望ましい親和性を有する任意の抗体変種を特定するために、ライブラ リーはスクリーニングされる。このアプローチでは、幾つかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４〜６個の残基）がランダム化される。抗原結合に関与するＨＶＲ残基を、例えば、アラニンスキャニング変異誘発又はモデリングを用いて特異的に特定されてよい。特に、ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３が標的化されることが多い。
【０１８２】
ある特定の態様において、置換、挿入、又は欠失は、このような変化によって抗体が抗原に結合する能力が実質的に低下しない限り、１つ又は複数のＨＶＲの中にあってもよい。例えば、結合親和性を実質的に低下しない保存的変化（例えば、本明細書において提供されるような保存的置換）がＨＶＲにおいてなされてもよい。このような変化はＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外側にあってもよい。上記で提供される変種ＶＨ配列及びＶＬ配列のある特定の態様において、それぞれのＨＶＲは変化しないか、又は１個以下、２個以下、又は３個以下のアミノ酸置換を含有する。
【０１８３】
変異誘発のために標的化することができる、抗体の残基又は領域を特定するための有用な方法は、Cunningham, B.C., and Wells, J.A., Science 244 (1989) 1081-1085に記載のように「アラニンスキャニング変異誘発」と呼ばれる。この方法において、残基又は標的残基グループ（例えば、電荷のある残基、例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ、及びｇｌｕ）が特定され、抗体と抗原との相互作用が影響を受けるかどうか確かめるために、中性アミノ酸又は負電荷アミノ酸（例えば、アラニン又はポリアラニン）によって置換される。最初の置換に対して機能感受性を示したアミノ酸位置に、更なる置換が導入されることがある。または、もしくは更に、抗体と抗原との接触点を特定するために、抗原−抗体複合体の結晶構造。このような接触残基及び隣接残基は、置換候補として標的化又は除去されることがある。変異体は、それらが所望の特性を含んでいるかどうかを決定するためにスクリーニングされてもよい。
【０１８４】
アミノ酸配列挿入は、一残基から百以上の残基を含有するポリペプチド長にわたるアミノ及び／又はカルボキシル末端融合、並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニン残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体は、酵素に対する抗体のＮ末端又はＣ末端への融合（例えばＡＤＥＰＴの場合）、又は抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合を含む。
【０１８５】
ｂ）グリコシル化変異体
所定の実施態様において、本明細書で提供される抗体は抗体がグリコシル化される程度を増加又は減少するように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加又は欠失は、 一以上のグリコシル化部位が作成又は削除されるようにアミノ酸配列を変えることによって簡便に達成することができる。
【０１８６】
抗体がＦｃ領域を含む場合には、それに付着する糖を変えることができる。哺乳動物細胞によって生成された天然型抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ−結合により一般的に付着した分岐鎖、二分岐オリゴ糖を含んでいる。例えば、Wrightら、TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、二分岐糖鎖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合した、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、シアル酸、並びにフコースを含み得る。幾つかの実施態様において、本発明の抗体におけるオリゴ糖の改変は一定の改善された特性を有する抗体変異型を作成するために行われ得る。
【０１８７】
一実施態様において、抗体変異体は、Ｆｃ領域に（直接又は間接的に）付着されたフコースを欠いた糖鎖構造を有して提供される。例えば、このような抗体のフコース量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％、又は２０％から４０％であり得る。フコースの量は、  例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定されるＡｓｎ２９７に結合しているすべての糖構造の合計（例えば、コンプレックス、ハイブリッド及び高マンノース構造）に対して、Ａｓｎ２９７の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）でおよそ２９７の位置に位置するアスパラギン残基を指し、しかし、Ａｓｎ２９７もまた位置２９７の上流又は下流のおよそ±３アミノ酸に、すなわち抗体の軽微な配列変異に起因して、位置２９４と３００の間に配置され得る。このようなフコシル化変異体はＡＤＣＣ機能を改善させている可能性がある。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号(Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ．)；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号(協和発酵工業株式会社)を参照。「フコース非修飾」又は「フコース欠損」抗体変異体に関連する出版物の例としては、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号、国際公開第２０００／６１７３９号、国際公開第２００１／２９２４６号、米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号、米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号、米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号、米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号、米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号、米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号、米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号、国際公開第２００３／０８５１１９号、国際公開第２００３／０８４５７０号、国際公開第２００５／０３５５８６号、国際公開第２００５／０３５７７８号、国際公開第２００５／０５３７４２号、国際公開第２００２／０３１１４０号、Okazaki ら J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004)；Yamane-Ohnuki ら Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)が含まれる。非フコシル化抗体を産生する能力を有する細胞株の例としては、タンパク質フコシル化を欠損しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ripkaら Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号, Ｐｒｅｓｔａ，Ｌ；及び国際公開第２００４／０５６３１２ Ａ１号, Adamsら, 特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、アルファ−１、６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki ら Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)；Kanda, Y. ら, Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）を含む。
【０１８８】
抗体変異体が、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖とともに更に与えられる。このような抗体変異体はフコシル化を減少させ、及び／又はＡＤＣＣ機能を改善している可能性がある。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号(Ｊｅａｎ−Ｍａｉｒｅｔｔら)；米国特許第６６０２６８４号(Ｕｍａｎａら)；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号(Ｕｍａｎａら)に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を持つ抗体変異体も提供される。このような抗体変異体はＣＤＣ機能を改善させた可能性がある。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号(Ｐａｔｅｌら)；  国際公開第１９９８／５８９６４号(Ｒａｊｕ，Ｓ．)；及び国際公開第１９９９／２２７６４号(Ｒａｊｕ，Ｓ．)に記載されている。
【０１８９】
ｃ）Ｆｃ領域変異体
ある実施態様において、１つ又は複数のアミノ酸改変を、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に導入することができ、それによってＦｃ領域変異体を生成する。Ｆｃ領域の変異体は、１つ又は複数のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾（例えば置換）を含むヒトＦｃ領域の配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域）を含んでもよい。
【０１９０】
ある実施態様において、本発明は、インビボにおける抗体の半減期が重要であるが、ある種のエフェクター機能（例えば補体及びＡＤＣＣなど）が不要又は有害である用途のための望ましい候補とならしめる、全てではないが一部のエフェクター機能を有する抗体変異体を意図している。インビトロ及び／又はインビボでの細胞毒性アッセイを、ＣＤＣ活性及び／又はＡＤＣＣ活性の減少／枯渇を確認するために行うことができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイは、抗体がＦｃγＲ結合を欠くが（それゆえ、おそらくＡＤＣＣ活性を欠く）、ＦｃＲｎ結合能力を保持していることを確認するために行うことができる。ＡＤＣＣを媒介する初代細胞のＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現は、Ravetch及びKinet, Annu. Rev. Immunol. 9 (1991) 457-492の４６４ページの表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５５００３６２号（例えばHellstrom, I.ら Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063(1986)）及びHellstrom, I.ら, Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)；米国特許第５８２１３３７号（Bruggemann, M.ら, J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)を参照）に説明される。あるいは、非放射性アッセイ法を用いることができる（例えば、フローサイトメトリー用のＡＣＴＩＴＭ非放射性細胞傷害性アッセイ（ＣｅｌｌＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ，ＣＡ；及びＣｙｔｏＴｏｘ ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ)を参照。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、又は更に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、Clynesら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (1998) 652-656に開示されるように、インビボで、例えば動物モデルにおいて評価することができる。Ｃ１ｑ結合アッセイはまた、抗体が体Ｃ１ｑを結合することができないこと、したがって、ＣＤＣ活性を欠いていることを確認するために行うことができる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号のＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを実施することができる（Gazzano-Santoroら, J. Immunol. Methods 202:163 (1996)；Cragg, M.S.ら, Blood 101:1045-1052 (2003)；並びにCragg, M.S.及びM.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)を参照）。ＦｃＲｎ結合及びインビボでのクリアランス／半減期の測定は当該分野で公知の方法を用いても行うことができる（例えば、Petkova, S.B.ら, Int. Immunol. 18 (2006) 1759-1769を参照）。
【０１９１】
エフェクター機能が減少した抗体は、Ｆｃ領域の残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、３２９の一つ以上の置換を有するものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ変異体は、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有する、いわゆる“ＤＡＮＡ”Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７の２以上での置換を有するＦｃ変異体を含む（米国特許第７３３２５８１号）。
【０１９２】
ＦｃＲへの改善又は減少させた結合を持つ特定の抗体変異体が記載されている。（例えば、米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号、及びShieldsら, J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照）。
【０１９３】
所定の実施態様において、抗体変異体はＡＤＣＣを改善する１つ又は複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４における置換（ＥＵの残基番号付け）を含む。
【０１９４】
幾つかの実施態様において、改変された（すなわち改善されたか減少した）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を生じる、Ｆｃ領域における改変がなされ、例えば、米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie ら J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)に説明される。
【０１９５】
増加した半減期を持ち、胎仔への母性ＩｇＧの移送を担う、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体（Guyer ら, J. Immunol. 117:587 (1976) 及びKim ら, J. Immunol. 24:249 (1994)）が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号  （Hintonら）に記載されている。これらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する一つ又は複数の置換を有するＦｃ領域を含む。このようなＦｃ変異体は、Ｆｃ領域の残基の１以上の置換を有するものが含まれる：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４、例えば、Ｆｃ領域の残基４３４の置換（米国特許第７３７１８２６号）。
【０１９６】
Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988)；米国特許第５６４８２６０号；米国特許第５６２４８２１号；及び、Ｆｃ領域の変異体の他の例に関しては国際公開第９４／２９３５１号も参照のこと。
【０１９７】
ｄ）システイン操作された抗体変異体
ある実施態様において、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン改変抗体、例えば、「ｔｈｉｏＭＡｂｓ」を作成することが望まれ得る。特定の実施態様において、置換された残基は、抗体のアクセス可能な部位で起きる。それらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基は、それによって抗体のアクセス可能な部位に配置され、本明細書中で更に記載されるように、イムノコンジュゲーを作成するために、例えば薬物部分又はリンカー-薬剤部分などの他の部分に抗体をコンジュゲートするために使用することができる。ある実施態様において、一以上の以下の残基がシステインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５(Ｋａｂａｔの番号付け)；重鎖のＡ１１８(ＥＵ番号付け)；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００(ＥＵ番号付け)。システイン改変抗体は、例えば、米国特許第７５２１５４１号に記載のように生成され得る。
【０１９８】
ｅ）抗体誘導体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、当技術分野で知られ、容易に入手されている追加の非タンパク質部分を含むように更に改変することができる。抗体の誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーを含む。水溶性ポリマーの非限定的な例は、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ-１,３-ジオキソラン、ポリ-１,３,６-トリオキソラン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（単独重合体又はランダム共重合体の何れか）及びデキストラン又はポリ(ｎ-ビニルピロリドン)ポリエチレングリコール、プロピレングリコール単独重合体、プロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール及びこれらの混合物を包含する。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドはその水中での安定性のために製造上の利点を有し得る。ポリマーは何れかの分子量のものであってよく、そして分枝鎖又は未分枝鎖であってよい。抗体に結合するポリマーの数は変動してよく、そして、一以上の重合体が結合する場合は、それらは同じか又は異なる分子であることができる。一般的に、誘導体化に使用するポリマーの数及び／又は種類は、限定されないが、向上させるべき抗体の特定の特性又は機能、抗体誘導体が特定の条件下で治療に使用されるのか等を考慮しながら決定することができる。
【０１９９】
その他の実施態様において、放射線への曝露によって選択的に加熱されてもよい抗体と非タンパク質部分とのコンジュゲートが、提供される。一実施態様において、非タンパク質部分はカーボンナノチューブである（Kamら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)）。放射線は、任意の波長であって良いが、限定されないものの、通常の細胞に害を与えないが、抗体−非タンパク質部分の近位細胞が死滅される温度に非タンパク質部分を加熱する波長が含まれる。
【０２００】
Ｂ．組換え方法及び組成物
抗体は、組換え法及び組成物を使用して製造されてもよく、例えば米国特許第４８１６５６７号に記載されている。一実施態様において、本明細書に記載されている抗ＨＥＲ３抗体（二重特異性抗体を含む）をコードする単離核酸を提供する。このような核酸は、ＶＬを含むアミノ酸配列及び／又は抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードしてもよい（例えば、抗体の軽及び／重鎖）。更なる実施態様において、そのような核酸を含む１つ以上のベクター（例えば、発現ベクター）が提供される。更なる実施態様では、本発明の一又は複数のポリヌクレオチドを含む宿主細胞が提供される。このような一実施態様では、宿主細胞は：（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第一ベクター、及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第２ベクターを含む（例えば、これらによって形質転換される）。一実施態様において、宿主細胞は、真核生物、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、又はリンパ系細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一実施態様において、本明細書に報告されるように複合体を作る方法が提供され、その方法は、上記のように、ポリペプチドの発現及び複合体の形成に適した条件下で、複合体のポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を培養することを含み、及び必要に応じて、宿主細胞（又は宿主細胞培養培地）から複合体を回収することを含む。
【０２０１】
抗ＨＥＲ３抗体（二重特異性抗体を含む）の組換え生産のため、例えば、上述したように、抗体をコードする核酸を単離し、宿主細胞の更なるクローニング及び／又は発現のために１つ又は複数のベクターに挿入した。このような核酸は、容易に単離され、従来の手順を用いて（例えば、抗体の重鎖と軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合できるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）配列決定することができる。
【０２０２】
抗体をコードするベクターのクローニング又は発現に最適な宿主細胞は、本明細書に記載の原核細胞又は真核細胞を含む。例えば、特に、グリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要ない場合には、抗体は、細菌で産生されてよい。細菌における抗体断片及びポリペプチドの発現については、米国特許第５６４８２３７号、第５７８９１９９号、及び第５８４０５２３号を参照のこと。（また、大腸菌における抗体断片の発現を記述しているCharlton, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo編, Humana Press, Totowa, NJ, 2003), pp. 245-254を参照のこと。）発現後、抗体を、可溶性画分中の細菌細胞ペーストから単離されてよく、更に精製されうる。
【０２０３】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、菌類や酵母菌株を含む抗体をコードするベクターのための、適切なクローニング宿主又は発現宿主であり、そのグリコシル化経路が、「ヒト化」されており、部分的又は完全なヒトのグリコシル化パターンを有する抗体の生成をもたらす。Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)；及びLi et ら, Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)を参照。
【０２０４】
グリコシル化抗体の発現に適した宿主細胞はまた、多細胞生物（無脊椎動物と脊椎動物）から派生している。無脊椎動物細胞の例としては、植物及び昆虫細胞が挙げられる。昆虫細胞と併用されてもよく、特にヨウトガ細胞のトランスフェクションに使用されうる多くのバキュロウィルス株が同定されている。
【０２０５】
植物細胞培養物も宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５９５９１７７号、第６４２０５４８号、第７１２５９７８号及び第６４１７４２９号（トランスジェニック植物における抗体産生に関するＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳＴＭ技術を記載）を参照。
【０２０６】
脊椎動物細胞もまた宿主として用いることができる。例えば、懸濁液中で増殖するように適応された哺乳動物細胞株は有用であり得る。有用な哺乳類動物細胞株の他の例は、ＳＶ４０（ＣＯＳ−７）によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株；ヒト胚腎臓株（Grahamら, J. Gen Virol. 36:59 (1977)に記載された２９３又は２９３細胞）；ベビーハムスター腎細胞（ＢＨＫ）；マウスセルトリ細胞（例えばMather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)に記載されたＴＭ４細胞）；サル腎細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ Ｇ２）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）；Matherら, Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)に記載されたようなＴＲＩ細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株は、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞を含む、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞（Urlaubら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980)）；及びＹ０、ＮＳ０、及びＳｐ２／０等の骨髄腫細胞株を含む。抗体生産のために適した哺乳類動物宿主細胞株の概説には、Yazaki及びWu, Methods in Molecular Biology, Vol. 248(B.K.C. Lo編, Humana Press, Totowa, NJ), p255-268(2003)を参照。
【０２０７】
ＩＩＩ．診断方法
一つの局面において、本発明は、癌患者からの癌サンプル中のニューレグリン１（ＮＲＧ１）発現を決定することを含む、癌患者のための治療を選択し、癌がＮＲＧ１を過剰発現した場合の治療にＨＥＲ３阻害剤を選択する方法を提供する。
【０２０８】
別の局面において、本発明は、癌患者からの癌サンプル中のニューレグリン１（ＮＲＧ１）発現を決定することを含む、癌患者のための治療を選択し、サンプルがＮＲＧ１を過剰発現した場合の治療としてＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤を選択する方法を提供する。
【０２０９】
一実施態様では、患者の癌は、この種類の癌におけるＮＲＧ１発現について中央値のレベルよりも高いレベルでＮＲＧ１を発現する。一実施態様において、高ＮＲＧ１レベルとみなされるＮＲＧ１発現のレベルは、例えば、６０パーセンタイル以上、７０パーセンタイル以上、７５パーセンタイル以上、８０パーセンタイル以上、８５パーセンタイル以上、９０パーセンタイル以上、９５パーセンタイル以上、又はそれ以上（９７パーセンタイル以上）、である。発現レベルの中央値又はパーセンタイルは、原則的にはＮＲＧ１発現の測定と同時に決定されうるか、又は事前に決定されていてもよい。
【０２１０】
特定の種類の癌では、ＮＲＧ１発現は、この種類の癌に罹患している患者集団において二峰性である。二峰性の発現プロファイルは、高レベルのＮＲＧ１発現を示す患者のグループ（過剰発現モード）、及び、より低いＮＲＧ１発現レベルを示す患者のグループ（過剰発現モードの欠如）から構成される。一実施態様において、２つのモード間の変曲点は、ＮＲＧ１を過剰発現する癌であるか、又はＮＲＧ１の過剰発現を欠いている癌のいずれかであるか、癌の種類を特徴付けるための値として使用される。変曲点よりも高いＮＲＧ１発現レベルを有する癌は、ＮＲＧ１を過剰発現する癌の種類として特徴付けられるであろう。変曲点よりも低いＮＲＧ１発現レベルを有する癌は、ＮＲＧ１の過剰発現を欠いている癌の種類として特徴付けられるであろう。
【０２１１】
実施例４は、患者集団において、ＮＲＧ１発現の分布を決定するためのアッセイを提供する。一実施態様において、二成分混合ガウス分布は、ＮＲＧ１の過剰発現とＮＲＧ１の過剰発現の欠如との間の変曲点を推定するために使用される。
【０２１２】
二峰性のＮＲＧ１発現プロファイルを示すことが、本明細書に示されている癌の一例は、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）である。実施例４で説明したように、ＨＮＳＣＣ癌の集団は、ＮＲＧ１の過剰発現を有する癌及びＮＲＧ１過剰発現を欠如している癌のガウス二峰性分布プロフィールを示す。分布分析によって得られた変曲点は、対数目盛で約０．３６８９であり、線形目盛では約１．５０に相当する。
【０２１３】
一実施態様において、ＮＲＧ１を過剰発現する癌はまた、ニューレグリン誘導性のオートクリンシグナル伝達を示す。  ニューレグリン誘導性のオートクリンシグナル伝達を示す癌は癌細胞におけるＮＲＧ１及びＨＥＲ３の共発現の有無によって同定されうる。ＮＲＧ１及びＨＥＲ３の共発現は、例えば、ＲＮＡインサイツハイブリダイゼーション法により、測定しうる。
【０２１４】
また、本明細書で提供されるものは、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを決定し、サンプル中の１つ又は複数のリファレンス遺伝子の発現レベルに対するサンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを定量することを含む、癌サンプル中のＮＲＧ１発現レベルを定量する方法である。好適なリファレンス遺伝子としては、ＡＬ−１３７７２７、ＶＰＳ３３Ｂ、ＧＡＰＤＨ、ＳＤＨＡ、ＳＰ２、ＧＵＳＢが含まれる。一実施態様では、癌サンプル中のＮＲＧ１発現レベルの定量方法は、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを決定すること、及びサンプル中のＡＬ−１３７７２７（配列番号：１０、配列番号：１１）及びＶＰＳ３３Ｂ（配列番号：１２）の一方又は両方の発現レベルと比較し、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルを定量することを含む。一実施態様において、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルは、ＡＬ−１３７７２７の発現レベルと比較して定量する。一実施態様において、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルは、ＶＰＳ３３Ｂの発現レベルと比較して定量する。一実施態様において、サンプル中のＮＲＧ１の発現レベルは、サンプル中のＡＬ−１３７７２７とＶＰＳ３３Ｂの両方の発現レベルと比較して定量する。一実施態様において、ＮＲＧ１発現レベルは、ＡＬ−１３７７２７及びＶＰＳ３３Ｂの発現レベルの平均を使用して、デルタＣｔ法を用いて計算される。ＮＲＧ１発現を定量するこの方法は、患者に対する治療を選択する目的でＮＲＧ１発現を比較するため、又は治療に対する患者の応答を予測するための信頼性の高い基準を提供する。
【０２１５】
以下に記載の治療方法の前に、患者の癌におけるＮＲＧ１発現レベル（単数又は複数）を評価する。一般に生物学的サンプルは、治療が必要な患者から得て、このサンプルを１つ以上の診断アッセイ（単数又は複数）、通常は少なくとも１つのインビトロ診断（ＩＶＤ）アッセイに供する。しかし、ＮＲＧ１発現を評価する他の形態、例えば、インビボ診断が本明細書に明示的に考慮される。
【０２１６】
生物学的サンプルは、例えば、腫瘍サンプル、血液サンプル、痰サンプル、尿サンプル、もしくは、患者から取り出さる他の組織又は体液である。幾つかの実施態様において、生物学的サンプルは、固定サンプル、例えば、ホルマリン固定、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプル、又は凍結サンプルである。特定の実施態様において、ＮＲＧ１の発現レベルは、インサイツで決定される。
【０２１７】
ｍＲＮＡ又はタンパク質の発現を決定するための様々方法としては、限定されないが、遺伝子発現プロファイリング、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を含むポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、マイクロアレイ解析、遺伝子発現の連続分析、マスアレイ（ＭａｓｓＡＲＲＡＹ）、Ｍａｓｓｉｖｅｌ Ｐａｒａｌｌｅｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ(超並列シグネチャー配列決定)（ＭＰＳＳ）、プロテオミクス、免疫組織化学（ＩＨＣ）、直接ＲＮＡ配列決定、質量分析法、ＥＬＩＳＡ法による遺伝子発現解析などを含む。好ましくｍＲＮＡが定量化される。そのようなｍＲＮＡ解析は、好ましくは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）の技術を使用して、又はマイクロアレイ分析により実行される。ＰＣＲ法を用いる場合、ＰＣＲの好ましい形態は、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。好適な定量的リアルタイムＰＣＲアッセイは、以下の実施例１に記載されるとおりである。
【０２１８】
ＲＮＡ源として固定された、パラフィン包埋組織を用い、ｍＲＮＡの単離、精製、プライマー伸長及び増幅を含む、遺伝子発現のプロファイリングのための代表的なプロトコール工程が、様々な出版された雑誌の記事に記載されている（例えば: Godfrey ら, J. Molec. Diagnostics 2: 84-91 (2000); Specht ら, Am. J. Pathol. 158: 419-29 (2001)）。簡単に言えば、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織サンプルの１０マイクログラム厚切片の切断から始まる。ＲＮＡを抽出し、タンパク質やＤＮＡが除去される。ＲＮＡ濃度を分析した後、ＲＮＡの修復及び／又は増幅ステップが必要に応じて含まれ得、ＲＮＡは遺伝子特異的プロモーターを用いて転写され、ＰＣＲが続く。最後に、データを解析して、検査された腫瘍サンプルで同定された特徴的な遺伝子発現パターンに基づいて、患者に利用できる最善の治療選択肢（単数又は複数）を特定する。
【０２１９】
遺伝子発現を決定するための様々な例示的な方法を詳細に説明する。
【０２２０】
（ｉ）遺伝子発現プロファイリング
一般に、遺伝子発現プロファイリングの方法は、二つの大きなグループに分けることができる：ポリヌクレオチドのハイブリダイゼーション解析に基づく方法と、生化学的検出又はポリヌクレオチドの配列決定に基づく他の方法である。試料中のｍＲＮＡ発現を定量化するために当該分野で最も広く用いられている方法には、ノーザンブロット及びインサイツハイブリダイゼーション（Parker及びBarnes, Methods in Molecular Biology 106: 247-283(1999)；ＲＮＡｓｅ保護アッセイ（Hod, Biotechniques 13: 852-854(1992)；及び逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）（Weisら, Trends in Genetics 8: 263-264(1992)）が含まれる。あるいは、ＤＮＡ二重鎖、ＲＮＡ二重鎖、及びＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッド二重鎖又はＤＮＡ−タンパク質二重鎖を含む特定の二重鎖を認識できる抗体を用いてもよい。配列ベースの遺伝子発現解析の代表的な方法には、連続遺伝子発現解析（ＳＡＧＥ）、及びＭａｓｓｉｖｅｌ Ｐａｒａｌｌｅｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ＭＰＳＳ）による遺伝子発現解析、及びＲＮＡの直接配列決定を含む。
【０２２１】
（ｉｉ）ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）
上に列挙した技術のうち、最も感度が良く最も柔軟性がある定量法はＰＣＲであり、これは、正常組織及び腫瘍組織中の異なった試料集団におけるｍＲＮＡレベルを、薬剤処置を含むか又は含まずに、比較し、遺伝子発現のパターンを特徴付けし、密接に関連したｍＲＮＡ間を識別し、ＲＮＡ構造を解析するために使用することができる。
【０２２２】
第一工程は標的試料からのｍＲＮＡの単離である。出発材料は典型的には、ヒト腫瘍又は腫瘍細胞株、及び対応する正常組織又は細胞株から単離された全ＲＮＡである。したがって、ＲＮＡは、乳房、肺、大腸、前立腺、脳、肝臓、腎臓、膵臓、脾臓、胸腺、精巣、卵巣、子宮、等を含む様々な原発腫瘍、腫瘍又は腫瘍細胞株から、健常者ドナー由来のプールされたＤＮＡとともに単離することができる。ｍＲＮＡの供給源が原発腫瘍の場合、ｍＲＮＡは凍結又はパラフィン包埋されて保存され及び固定された（例えば、ホルマリン固定）組織試料から、例えば、抽出することができる。ｍＲＮＡ抽出に関する一般的方法は当該分野で良く知られており、Ausubelら, Current Protocols of Molecular Biology, John Wiley and Sons (1997)を含む分子生物学の標準的教科書に開示されている。パラフィン包埋組織からＲＮＡ抽出の方法は、例えば、Rupp and Locker, Lab Invest. 56:A67 (1987), and De Andres ら, BioTechniques 18:42044 (1995)に開示されている。特に、ＲＮＡの単離は、Ｑｉａｇｅｎ等の商業的製造者の精製キット、バッファーセット及びプロテアーゼを、製造者の説明書に従って使用することで実施することができる。例えば、培養液中の細胞からの全ＲＮＡは、Ｑｉａｇｅｎ ＲＮｅａｓｙミニカラムを使用して単離できる。他の市販のＲＮＡ分離キットには、ＭＡＳＴＥＲＰＵＲＥ（登録商標）完全ＤＮＡ及びＲＮＡ精製キット（Complete DNA and RNA Purification Kit）（ＥＰＩＣＥＮＴＲＥ(登録商標)，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．)、及びパラフィンブロックＲＮＡ単離キット(Ｐａｒａｆｆｉｎ Ｂｌｏｃｋ ＲＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ）（Ａｍｂｉｏｎ，Ｉｎｃ．）を含む。組織試料からの全ＲＮＡは、ＲＮＡ Ｓｔａｔ-６０（Ｔｅｌ-Ｔｅｓｔ）を使用して単離できる。腫瘍から調製したＲＮＡは、例えば、塩化セシウム密度勾配遠心分離によって単離できる。
【０２２３】
ＲＮＡはＰＣＲのテンプレートとならないので、ＲＴ−ＰＣＲによる遺伝子発現プロファイリングの最初のステップはＲＮＡテンプレートのｃＤＮＡへの逆転写と、それに続くＰＣＲ反応でのそれの指数関数的な増幅である。２つの最も広く用いられている逆転写酵素はトリ骨髄芽球症ウイルス逆転写酵素（ＡＭＶ−ＲＴ）及びモロニーマウス白血球ウイルス逆転写酵素（ＭＭＬＶ−ＲＴ）である。逆転写段階は、典型的には、発現プロファイリングの環境及び目的に依存し、特異的プライマー、ランダムヘキサマー、又はオリゴ−ｄＴプライマーを使用してプライムされる。例えば、製造者説明書に従い、ＧＥＮＥＡＭＰＴＭ ＲＮＡ ＰＣＲキット（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｃａｌｉｆ．，ＵＳＡ）を使用して抽出ＲＮＡを逆転写することができる。誘導したｃＤＮＡは、ついで、後のＰＣＲ反応のテンプレートとして使用できる。ＰＣＲ工程では、様々な熱安定性ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼを使用することができるが、典型的には、５’−３’ヌクレアーゼ活性を有するが３’−５’プルーフリーディングエンドヌクレアーゼ活性を欠くＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼを用いる。よって、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲでは、典型的には、Ｔａｑ又はＴｔｈポリメラーゼの５’−ヌクレアーゼ活性を用いて、その標的アンプリコンに結合したハイブリダイゼーションプローブを加水分解するが、５’ヌクレアーゼ活性と同等の任意の酵素を用いることができる。ＰＣＲ反応にとって典型的なアンプリコンを生成するために２つのオリゴヌクレオチドプライマーを使用する。三番目のオリゴヌクレオチド、又はプローブを、２つのＰＣＲプライマーの間に位置するヌクレオチド配列を検出するために設計する。該プローブは、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素によって伸長せず、レポーター蛍光色素及び消光蛍光色素で標識される。このレポーター色素のどんなレーザー誘導放射も、プローブ上でこの２つの色素が近接して位置している場合には、消光色素によって消光する。増幅反応の間、Ｔａｑ ＤＮＡポリメラーゼ酵素は、テンプレートに依存する形でプローブを切断する。生じたプローブ断片は溶液中で解離し、放出されたレポーター色素からのシグナルは、二番目のフルオロフォアの消光効果とは無関係である。新しい分子が合成される度にレポーター色素の１分子が遊離させられ、消光しないレポーター色素の検出がデータの定量的な解釈の基礎を提供する。
【０２２４】
ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）ＰＣＲは、例えば、ＡＢＩ ＰＲＩＺＭ ７７００（商品名）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（登録商標）（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ，ＵＳＡ）、又はＬｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ（Ｒｏｃｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｍａｎｎｈｅｉｍ，Ｇｅｒｍａｎｙ）等の商業的に入手可能な装置を使用しておこなうことができる。好ましい実施態様では、５' ヌクレアーゼ手法は、ＡＢＩ ＰＲＩＺＭ ７７００（登録商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ等のリアルタイム定量ＰＣＲ装置ですすめられる。該システムは、サーモサイクラー、レーザー、電荷結合素子(ＣＣＤ)、カメラ及びコンピューターからなる。該システムでは、サーモサイクラー上の９６-ウェルフォーマットで試料を増幅する。増幅の間、９６ウェル全てに関する光ファイバーケーブルを通してレーザー励起した蛍光シグナルがリアルタイムで収集され、ＣＣＤカメラで検出される。該システムは、装置を作動し、データを分析するソフトウェアを含む。
【０２２５】
５’−ヌクレアーゼアッセイのデータは、Ｃｔ又は閾値サイクルとして最初に表される。上で検討したように、蛍光値は毎サイクルの間に記録され、増幅反応においてそのポイントまでに増幅した産物の量を表す。蛍光シグナルが統計的に有意であるとして最初に記録されたポイントが閾値サイクル（Ｃｔ）である。
【０２２６】
エラー及び試料と試料間の変化による効果を最小限にするために、通常は内部標準を使用してＰＣＲを実施する。理想的な内部標準は、異なる組織間では一定のレベルで発現し、実験上の処理によって影響を受けない。遺伝子発現のパターンを正規化するために最も頻繁に使用されているＲＮＡは、ハウスキーピング遺伝子であるグリセルアルデヒド-３-リン酸-デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）及びＰ−アクチンのｍＲＮＡである。
【０２２７】
ＰＣＲ技術のより最近の変形例は、二重標識蛍光発生プローブ（つまり、ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）プローブ）によってＰＣＲ産物の蓄積を測定する定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。リアルタイムＰＣＲは、各標的配列に対する内部競合体が正規化のために使用される定量的競合ＰＣＲと、試料内に含まれる正規化遺伝子、又はＰＣＲのためのハウスキーピング遺伝子を使用する定量的比較ＰＣＲの双方に匹敵する。更なる詳細については、例えばHeldら、Genome Research 6:986-994 (1996)を参照のこと。
【０２２８】
ＲＮＡ源として固定された、パラフィン包埋組織を用い、ｍＲＮＡの単離、精製、プライマー伸長及び増幅を含む、遺伝子発現のプロファイリングのための代表的なプロトコール工程が、様々な出版された雑誌の記事に記載されている（例えば: Godfrey ら, J. Molec. Diagnostics 2: 84-91 (2000); Specht ら, Am. J. Pathol. 158: 419-29 (2001)）。簡単に言えば、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織サンプルの１０マイクログラム厚切片の切断から始まる。ＲＮＡを抽出し、タンパク質やＤＮＡが除去される。ＲＮＡ濃度を分析した後、ＲＮＡの修復及び／又は増幅ステップが必要に応じて含まれ得、ＲＮＡは遺伝子特異的プロモーターを用いて転写され、ＰＣＲが続く。
【０２２９】
本発明の一局面によれば、増幅される遺伝子中に存在するイントロン配列に基づいてＰＣＲプライマー及びプローブが設計される。この実施態様では、プライマー／プローブ設計の第一工程は遺伝子内のイントロン配列の  描写である。これは、公に入手可能なソフトウェア、例えばKent, W.J., Genome Res. 12(4):656-64 (2002)によって開発されたＤＮＡ ＢＬＡＴソフトウェア、あるいはその変形形を含むＢＬＡＳＴソフトウェアによって行うことができる。ＰＣＲプライマー及びプローブ設計の十分に確立された方法が次の工程として続く。
【０２３０】
非特異的シグナルを避けるために、プライマーとプローブを設計する場合、イントロン内において反復配列をマスクすることが重要である。これは、反復エレメントのライブラリーに対してＤＮＡ配列をスクリーニングし、反復エレメントがマスクされる問い合わせ配列を返すベイラー医科大学からオンラインで入手可能なＲｅｐｅａｔ Ｍａｓｋｅｒプログラムを使用して容易に達成することができる。ついで、マスクされたイントロン配列を使用し、例えばＰｒｉｍｅｒ Ｅｘｐｒｅｓｓ(Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ)；ＭＧＢアッセイ−バイ−デザイン(Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ)；プライマー３(Rozen及びSkaletsky (2000) Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S編Bioinformatics Methods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, pp 365-386)のような任意の商業的に又は他の好適に入手できるプライマー／プローブ設計パッケージを使用して、プライマー及びプローブ配列を設計することができる。
【０２３１】
ＰＣＲプライマー設計で考慮される因子は、プライマー長、融解温度（Ｔｍ）、及びＧ／Ｃ含有量、特異性、相補的プライマー配列、及び３’末端配列を含む。一般に、最適なＰＣＲプライマーは、一般に１７−３０塩基長であり、約２０−８０％、例えば約５０−６０％のＧ＋Ｃ塩基を含む。５０℃から８０℃の間、例えば約５０℃から７０℃のＴｍが典型的には好ましい。
【０２３２】
ＰＣＲプライマー及びプローブ設計のための更なる指針については、その開示全体が出典明示によりここに明示的に援用される例えばDieffenbachら,“General Concepts for PCR Primer Design” in: PCR Primer, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, 1995, pp. 133-155；Innis 及びGelfand,“Optimization of PCRs”in: PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, CRC Press, London, 1994, pp. 5-11；及びPlasterer, T.N. Primerselect: Primer and probe design. Methods Mol. Biol. 70:520-527 (1997)を参照のこと。
【０２３３】
好適な条件、プライマー、プローブ、及び内部標準（Ｇ６ＰＤＨ）は、以下の実施例１に記載したとおりである。
【０２３４】
（ｉｉｉ）マイクロアレイ
ディファレンシャル遺伝子発現も、マイクロアレイ技術を用いて同定し、又は確かめることができる。よって、乳癌関連遺伝子の発現プロファイルを、マイクロアレイ技術を使用して新鮮組織又はパラフィン包埋組織の何れかで測定することができる。この方法では、興味あるポリヌクレオチド配列（ｃＤＮＡ及びオリゴヌクレオチドを含む）をマイクロチップ基板上にプレートし、整列させる。ついで、この整列させた配列を、興味ある細胞又は組織からの特異的ＤＮＡプローブでハイブリダイズする。丁度ＰＣＲ法のように、ｍＲＮＡのソースは、典型的にはヒト腫瘍又は腫瘍細胞株及び対応する正常な組織又は細胞株からの全ＲＮＡである。したがってＲＮＡは様々な原発腫瘍又は腫瘍細胞株から単離することができる。ｍＲＮＡの供給源が原発腫瘍の場合、ｍＲＮＡは、毎日の臨床の現場で日常的に調製され保持される凍結又はパラフィン包埋されて保存され及び固定された（例えば、ホルマリン固定）組織試料から、例えば、抽出することができる。
【０２３５】
マイクロアレイ技術の特定の実施態様では、ｃＤＮＡクローンのＰＣＲ増幅挿入部分を高密度アレイの基板へ塗布する。好ましくは、少なくとも１００００のヌクレオチド配列を基板へ塗布する。それぞれ１００００エレメントがマイクロチップ上に固定化された、マイクロアレイ遺伝子は、ストリンジェントな条件下でのハイブリダイゼーションに適している。蛍光標識ｃＤＮＡプローブは、興味ある組織から抽出したＲＮＡの逆転写によって蛍光ヌクレオチドを取り込むことで作製できる。チップへ塗布した標識ｃＤＮＡプローブは、アレイ上の各スポットのＤＮＡと特異性をもってハイブリダイズする。非特異的に結合したプローブを除くためにストリンジェントに洗浄した後、チップを共焦点レーザー顕微鏡によって又はＣＣＤカメラのような他の検出法によってスキャンする。各整列したエレメントのハイブリダイゼーションの定量化によって、対応するｍＲＮＡ発生量の評価が可能となる。二色蛍光によって、２つのソースのＲＮＡから作製した別々の標識ｃＤＮＡプローブを２つ１組でアレイへハイブリダイズする。したがって、各特定の遺伝子に対応する２つのソースからの転写物の相対発生量が、同時に決定される。小型化したハイブリダイゼーションのスケールによって、非常に多くの遺伝子に関する発現パターンの簡便で迅速な評価が可能となる。このような方法が、細胞当たり少しのコピーが発現する希な転写物の検出するため、また発現レベルにおける少なくともおよそ２倍の違いを再現可能に検出するために必要とされる感度を有していることが示されている（Schenaら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(2): 106-49(1996)）。マイクロアレイ解析は、製造者のプロトコールに従って、例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧＥＮＣＨＩＰＴＭ技術、又はＩｎｃｙｔｅのマイクロアレイ技術を使用することによって、市販の装置によって実施することができる。
【０２３６】
遺伝子発現の大規模解析のためのマイクロアレイ法の開発により、様々な腫瘍のタイプにおいて、癌の分類と予後予測の分子マーカーについて体系的に探索することが可能となる。
【０２３７】
（ｉｖ）遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）
遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）は、各転写物に対して個々のハイブリダイゼーションプローブを提供することを要せず、多数の遺伝子転写物の同時の定量解析を可能にせしめる方法である。先ず、タグが各転写物内の独特の位置から得られるとの前提で、転写物をユニークに同定するのに十分な情報を含む短い配列タグ（約１０−１４ｂｐ）が生成される。ついで、多くの転写物を互いに結合させて長い連続の分子を形成し、これを配列決定して、複数タグの同一性を同時に明らかにすることができる。転写物の任意の集団の発現パターンは、個々のタグの存在量を決定し、各タグに対応する遺伝子を同定することによって定量的に評価することができる。更なる詳細については、例えばVelculescuら, Science 270:484-487 (1995)；及びVelculescuら, Cell 88:243-51 (1997)を参照のこと。
【０２３８】
（ｖ）ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術  
ＭａｓｓＡＲＲＡＹ（Sequenom, San Diego, Calif.）の技術は、検出用質量分析（ＭＳ）を用いた遺伝子発現解析の自動化したハイスループットな方法である。この方法によれば、ＲＮＡの単離、逆転写及びＰＣＲ増幅の後に、ｃＤＮＡがプライマー伸長に供される。ｃＤＮＡ由来のプライマー伸長産物を精製し、ＭＡＬＴＩ−ＴＯＦ  ＭＳのサンプル調製に必要な成分があらかじめロードされているチップアレイ上に分配される。反応物に存在する様々なｃＤＮＡが、得られた質量スペクトルのピーク面積を分析することによって定量される。
【０２３９】
（ｖｉ）Ｍａｓｓｉｖｅｌｙ Ｐａｒａｌｌｅｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ（ＭＰＳＳ）による遺伝子発現解析
Brennerら、Nature Biotechnology 18:630~634(2000)に記載されているこの方法は、非ゲル系シグネチャー配列解析を、直径５μｇの別々のマイクロビーズ上での数百万のテンプレートのインビトロクローニングと組合せた配列解析アプローチである。最初に、ＤＮＡテンプレートのマイクロビーズライブラリーをインビトロでのクローニングにより構築する。これに続いて、フローセル中にテンプレート含有マイクロビーズの平面アレイを高密度（代表的には３×１０６マイクロビーズ／ｃｍ２を超える）でアセンブリする。ＤＮＡ断片の分離を要さない蛍光系シグネチャー配列解析法を用いて、各マイクロビーズ上のクローニングされたテンプレートの自由端を同時に分析する。この方法では、１回の操作で酵母ｃＤＮＡライブラリーから数十万の遺伝子シグネチャー配列を同時にかつ正確に提供することが示されている。
【０２４０】
（ｖｉｉ）免疫組織化学法
免疫組織化学法はまた本発明の予後マーカーの発現レベルを検出するのに適している。よって、抗体又は抗血清、好ましくはポリクローナル抗血清、最も好ましくは各マーカーに特異的なモノクローナル抗体が発現の検出に使用される。抗体は、例えば、放射標識、蛍光標識、例えばビオチン等のハプテン標識、又は西洋ワサビペルオキシダーゼ又はアルカリホスファターゼのような酵素によって、検出することができる。あるいは、未標識一次抗体が、抗血清、ポリクローナル抗血清又は一次抗体に特異的なモノクローナル抗体を含む、標識二次抗体との関連で使用される。免疫組織化学プロトコール及びキットは当該分野でよく知られており、商業的に入手可能である。
【０２４１】
（ｖｉｉｉ）プロテオミクス
「プロテオーム」なる用語は、ある時点でのサンプル（例えば組織、生物、又は細胞培養物）中に存在するタンパク質の全体として定義される。プロテオミクスは、とりわけ、サンプル中のタンパク質発現の網羅的変化の研究を含む（「発現プロテオミクス」とも称される）。プロテオミクスは典型的には次の工程を含む：（１）２−Ｄゲル電気泳動（２−Ｄ  ＰＡＧＥ）によるサンプル中の個々のタンパク質の分離；（２）例えば質量スペクトル又はＮ末端配列決定によるゲルから回収された個々のタンパク質の同定、及び（３）バイオインフォマティクスを使用するデータ解析。プロテオミクス法は、遺伝子発現プロファイリングの他の方法に対する貴重な補充手段であり、単独で又は他の方法と組み合わせて、本発明のマーカーの産物を検出するために使用することができる。
【０２４２】
（ｉｘ）直接ＲＮＡ配列決定
直接ＲＮＡ配列決定（ＤＳＲ）は、事前のｃＤＮＡの合成又はライゲーション／増幅の工程を必要とせずに、直接、ＲＮＡ分子の超並列配列決定を可能にする。Ozsolakら、Nature 461:814-818 (2009)；Ozsolak F,及びMilos PM., WIREs RNA, 2: 565-570 (2011)、Ozsolak F,及びMilos PM., Experimental Medicine 28: 2574-2580。この技術は、ホルマリン固定パラフィン包埋を含め、ＲＮＡサンプルの定量化及び分析を可能にした。
【０２４３】
一般的に、単離された全ＲＮＡ又は細胞溶解物を、ポリＡ  ＲＮＡ種の捕捉及び配列決定を可能にするポリ（ｄＴ）をコーティングされたフローセルに追加される。ポリＡポリメラーゼは、天然のポリＡテールを含有しないＲＮＡ種について、配列決定のためにフローセルにサンプルをロードする前にポリＡテールを生成するために使用される。
【０２４４】
（ｘ）ＲＮＡインサイツハイブリダイゼーション
ＲＮＡインサイツハイブリダイゼーションは、組織サンプル中のｍＲＮＡ発現の検査に用いられる技術である。Veeck J and Dahl E., Methods Mol Biol.,664:135-50 (2010)；Nuovo GJ., Methods, 44:39-46 (2008)；Yamada H., Cytometry A., 77:1032-7 2010。
【０２４５】
一般的に、目的とするＲＮＡに特異的なプローブは、放射性タグ、酵素プローブ、化学染料又は蛍光化合物などの、検出可能な標識で標識される。目的とする組織サンプルは、プローブが細胞中の相補的ＲＮＡ配列にハイブリダイズすることを可能にする条件下で、一本鎖標識プローブの溶液と接触させる。任意のハイブリダイズしていないプローブを除去し、ハイブリダイズしたプローブを適切な方法により検出する。
【０２４６】
（ｘｉ）ｍＲＮＡの単離、精製、及び増幅の一般的な記述
ＲＮＡ源として固定された、パラフィン包埋組織を用い、ｍＲＮＡの単離、精製、プライマー伸長及び増幅を含む、遺伝子発現のプロファイリングのための代表的なプロトコール工程が、様々な出版された雑誌の記事に記載されている（例えば、Godfrey ら, J. Molec. Diagnostics 2: 84-91 (2000)；Specht ら, Am. J. Pathol. 158: 419-29 (2001)）。簡単に言えば、代表的なプロセスは、パラフィン包埋腫瘍組織サンプルの１０マイクログラム厚切片の切断から始まる。ＲＮＡを抽出し、タンパク質やＤＮＡが除去される。ＲＮＡ濃度を分析した後、ＲＮＡの修復及び／又は増幅ステップが必要に応じて含まれ得、ＲＮＡは遺伝子特異的プロモーターを用いて転写され、ＰＣＲが続く。最後に、データを解析して、検査された腫瘍サンプルで同定された特徴的な遺伝子発現パターンに基づいて患者に利用できる最良の治療選択肢（単数又は複数）を特定する。
【０２４７】
ＮＲＧ１の発現はまた、インビボでの診断アッセイを使用して、例えば、検出されるべき分子に結合し検出可能なラベル（例えば、放射性同位元素など）でタグ付けされた分子（例えば抗体）を投与し、そのラベルの局在化について患者を外部からスキャンすることにより評価することができる。
【０２４８】
ＩＶ．薬学的製剤
本発明に従って使用される、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤の治療的製剤は、所望の程度の純度を有する抗体と任意の薬学的に許容される担体、賦形剤、又は安定化剤（Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed.: Williams and Wilkins PA, USA (1980)）とを、一般的には凍結乾燥製剤又は水性溶液の形態で混合することによって調製される。抗体の結晶も考えられている（米国特許出願２００２／０１３６７１９参照）。薬学的に許容される担体、賦形剤、又は安定化剤は、使用される投薬量及び濃度でレシピエントに毒性でなく、そしてこれには、限定しないが、リン酸塩、クエン酸塩及び他の有機酸のような緩衝液；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤（例えば、オクタデシルジメチオルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウムクロライド；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチル又はプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン又はリジン；マンノサッカライド、ジサッカライド、及びグルコース、マンノース又はデキストリンを含む他の炭水化物；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム、金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；及び／又はＴＷＥＥＮＴＭ、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳＴＭ又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤が挙げられる。凍結乾燥抗体製剤は、参照により本明細書に明示的に援用される国際公開第９７／０４８０１号に記載されている。
【０２４９】
本明細書の製剤はまた、治療を受けている特定の徴候のために必要な一以上の活性化合物、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を持つものが含まれる場合がある。ＨＥＲ３阻害剤と組み合わせることのできる様々な薬物は、下記の方法の節に記載されている。そのような分子は、適切には、意図された目的に有効な量で組み合わされて存在する。
【０２５０】
また、活性成分は、例としてコアセルベーション技術又は界面重合法により調製したマイクロカプセル、例として、それぞれ、コロイド薬物送達系（例えばリポソーム、アルブミン微小球体、ミクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル)において又はマクロエマルジョンにおいて、ヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン-マイクロカプセル及びポリ-(メチルメタクリラート)マイクロカプセルに包含してよい。このような技術は、Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)に開示される。
【０２５１】
徐放性製剤が調製されてもよい。徐放性製剤の好適な例は、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、そのマトリックスが成形品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形をしている。徐放性マトリクスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ(メタクリル酸２-ヒドロキシエチル)、又はポリ(ビニルアルコール)、ポリラクチド（米国特許第３７７３９１９号）、Ｌ-グルタミン酸とγ-エチル-Ｌ-グルタミン酸とのコポリマー、非分解性エチレン-酢酸ビニル、ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマー及び酢酸ロイプロリドから構成される注射可能なマイクロスフェア）などの分解性の乳酸-グリコール酸コポリマー、及びポリ-Ｄ-(-)-３-ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
【０２５２】
インビボ投与に使用される製剤は無菌でなければならない。これは、例えば、滅菌濾過膜を通して濾過することにより、容易に達成することができる。
【０２５３】
したがって、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤（例えばＭＥＨＤ７９４５Ａ）、又はその薬学的組成物を製造するための方法が提供され、この方法は、パッケージ中に阻害剤又はその薬学的組成物と、阻害剤に応答しうるタイプの癌（例えば、ＨＮＳＣＣ）を有する患者を治療することについて、この阻害剤又は薬学的組成物が指示されることを記載している表示とを、備えており、これは、この患者の癌が、この種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、中央値のレベルよりも高いレベルでＮＲＧ１を発現する。
【０２５４】
更に、化学療法剤又はその薬学的組成物を製造するための方法が提供され、この方法は、パッケージ中に化学療法剤又はその薬学的組成物と、ある種類の癌を有する患者を治療することについてこの化学療法剤又は薬学的組成物が指示されることを記載している表示とを、組み合わせて備えており、ここで、この患者の癌が、この種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、中央値のレベルよりも高いレベルでＮＲＧ１を発現する。
【０２５５】
Ｖ．ＨＥＲ３阻害剤を用いた治療
本発明は、本明細書において、患者がＨＥＲ３阻害剤の投与前にＮＲＧ１を過剰発現する癌のタイプと診断されたことを特徴とする、患者に、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤の治療的有効量を投与することを含む、癌患者を治療する方法を提供する。
【０２５６】
一実施態様において、ＮＲＧ１の過剰発現の診断は、患者の癌が、この種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、中央値のレベルよりも高いレベルでＮＲＧ１を発現するかという決定に基づくものであった。特定の実施態様において、患者の癌は、この種類の癌におけるＮＲＧ１発現について、６０、７０、７５、８０、８５、９０、９５、９７パーセンタイル以上のレベルでＮＲＧ１を発現する。
【０２５７】
特定の癌の種類において、ＮＲＧ１発現は、この種類の癌に罹患している患者集団で二峰性である。二峰性の発現プロファイルは、高レベルのＮＲＧ１発現を示す患者のグループ（過剰発現モード）、及び、より低いＮＲＧ１発現レベルを示す患者のグループ（過剰発現モードの欠如）から構成される。一実施態様において、２つのモード間の変曲点は、ＮＲＧ１を過剰発現する癌であるか、又はＮＲＧ１の過剰発現を欠いている癌のいずれかであるか、癌の種類を特徴付けるための値として使用される。変曲点よりも高いＮＲＧ１発現レベルを有する癌は、ＮＲＧ１を過剰発現する癌の種類として特徴付けられるであろう。変曲点よりも低いＮＲＧ１発現レベルを有する癌は、ＮＲＧ１の過剰発現を欠いている癌の種類として特徴付けられるであろう。したがって、一実施態様において、ＮＲＧ１の過剰発現の診断は、患者の癌が二峰性のＮＲＧ１発現プロファイルの過剰発現モードに該当するとの判定に基づいていた。
【０２５８】
実施例４は、患者集団において、ＮＲＧ１発現の分布を決定するためのアッセイを提供する。一実施態様において、二成分混合ガウス分布は、ＮＲＧ１の過剰発現とＮＲＧ１の過剰発現の欠如との間の変曲点を推定するために使用される。
【０２５９】
一実施態様において、治療されるべき癌は、二峰性のＮＲＧ１発現プロファイルを示す。そのような癌の一例は、頭頸部扁平上皮癌（ＨＮＳＣＣ）である。実施例４で説明したように、ＨＮＳＣＣ癌の集団は、ＮＲＧ１の過剰発現を有する癌及びＮＲＧ１過剰発現を欠如している癌のガウス二峰性分布プロフィールを示す。分布分析によって得られた変曲点は、対数目盛で約０．３６８９であり、線形目盛では約１．５０に相当する。
【０２６０】
一実施態様において、治療されるべき癌は、ニューレグリン誘導性のオートクリンシグナル伝達を示す。このような癌は、癌細胞におけるＮＲＧ１及びＨＥＲ３の共発現の有無によって同定しうる。ＮＲＧ１及びＨＥＲ３の共発現は、例えば、ＲＮＡインサイツハイブリダイゼーション法により、測定しうる。
【０２６１】
一実施態様において、本発明は、ＭＥＨＤ７９４５Ａの投与前に、ＮＲＧ１を過剰発現する種類の癌と診断された患者にＭＥＨＤ７９４５Ａの治療有効量を投与することを含む、癌患者を治療するための方法を提供する。一実施態様において、癌は、ニューレグリン誘導性のオートクリンシグナル伝達を示す。一実施態様において、癌は、二峰性のＮＲＧ１の発現プロファイルを示す。
【０２６２】
一実施態様において、本発明は、ＭＥＨＤ７９４５Ａの投与前に、ＮＲＧ１を過剰発現する種類の癌と診断された患者にＭＥＨＤ７９４５Ａの治療有効量を投与することを含む、扁平上皮癌患者を治療するための方法を提供する。一実施態様において、扁平上皮癌は、ニューレグリン誘導性のオートクリンシグナル伝達を示す。一実施態様では、扁平上皮癌は、二峰性のＮＲＧ１発現プロファイルを示す。
【０２６３】
一実施態様において、本発明は、ＭＥＨＤ７９４５Ａの投与前に、ＮＲＧ１を過剰発現する種類のＨＮＳＣＣと診断された患者にＭＥＨＤ７９４５Ａの治療有効量を投与することを含む、ＨＮＳＣＣ患者を治療するための方法を提供する。
【０２６４】
二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤を用いた治療は、好ましくは、無増悪生存期間（ＰＦＳ）及び／又は全生存期間（ＯＳ）を含む、生存を延長する。一実施態様では、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤を用いた治療は、認可された抗腫瘍剤を投与すること、又は治療される癌についての診療基準によって実現される生存よりも、少なくとも約２０％生存を延長する。
【０２６５】
患者は、進行性、難治性、再発性、化学療法抵抗性、及び／又はＥＧＦＲ阻害剤耐性癌を有する場合がある。患者へのＭＥＨＤ７９４５ＡのＨＥＲ３阻害剤の投与は、例えばこのような患者にＥＧＦＲ阻害剤治療を投与することによって実現される生存よりも少なくとも約２０％生存を延長し得る。
【０２６６】
二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤を、例えばボーラスとして、もしくはある時間にわたる連続注入による静脈内投与、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、滑膜内、鞘内、経口、局所、又は吸入経路などの周知の方法によって、ヒト患者に投与する。抗体の静脈内投与が好ましい。
【０２６７】
癌の予防又は治療のため、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤の用量は、上記で定義したように、治療される癌の種類、癌の重症度及び経過、抗体を予防又は治療目的のいずれにおいて投与するか、前治療歴、患者の既往歴及びその薬物に対する応答性、並びに担当医師の判断に依存する。
【０２６８】
一実施態様では、固定（一定）用量の阻害剤が投与される。この固定用量は、適切には１回で、又は連続した処置で患者に投与されてもよい。固定用量が投与される場合、好ましくはその固定用量は約２０ｍｇから約２０００ｍｇという阻害剤の範囲である。例えば、その固定用量は約４２０ｍｇ、約５２５ｍｇ、約８４０ｍｇ、又は約１０５０ｍｇという阻害剤、例えばペルツズマブであってもよい。
【０２６９】
一連の投薬が行われる場合、これらは、例えばおよそ毎週、およそ隔週、およそ３週間毎、又はおよそ４週間毎に投与されてもよいが、好ましくはおよそ３週間毎に投与される。例えば疾患が進行するまで、有害事象まで、又は医師によって決定されるその他の時点まで、この固定用量を投与し続けてもよい。例えば、約２、３、又は４から最大約１７回以上の固定用量を投与してもよい。
【０２７０】
一実施態様では、抗体の１回以上のローディング用量（単数又は複数）に続いて、その抗体の１回以上の維持用量（単数又は複数）を投与する。別の実施態様では、患者に同用量を複数回投与する。
【０２７１】
二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤は、単一抗腫瘍剤として投与してもよいが、患者は場合によりこの阻害剤（又は化学療法剤）と、１つ以上の（追加の）化学療法剤（単数又は複数）との組み合わせで処置される。本明細書における例示的な化学療法剤としては、イリノテカン、ゲムシタビン、カルボプラチン、パクリタキセル、ドセタキセル、トポテカン、及び／又はリポソームのドキソルビシンが挙げられる。併用投与は、共投与又は同時投与を含み、別々の製剤か又は単一の薬学的製剤、及び何れかの順番による連続投与を用い、好ましくは両方（又は全て）の活性薬剤（医薬）が同時にその生物学的活性を発揮する期間がある。このように、代謝拮抗化学療法剤を、阻害剤の投与前に投与しても、又は投与後に投与してもよい。この実施態様では、代謝拮抗化学療法剤の少なくとも１回の投与、及び阻害剤の少なくとも１回の投与との間のタイミングは、好ましくは約１か月以下であり、最も好ましくは約２週間以下である。又は、代謝拮抗化学療法剤及び阻害剤は、単一の処方物又は別々の処方物の形で患者に同時投与される。化学療法剤と阻害剤との組み合わせを用いた治療により、患者に対して相乗的な、即ち相加的よりも大きな治療上の利益が生じ得る。
【０２７２】
代謝拮抗化学療法剤は、投与される場合、それについての周知の投薬量で通常投与されるか、又は必要に応じて、代謝拮抗化学療法剤の投与に起因する薬物の併用作用又は負の副作用のせいで減量される。このような化学療法剤のための調製物及び投薬スケジュールは、製造業者の説明書に従うか、又は当業者により経験的に決定されたように用いてもよい。代謝拮抗化学療法剤がゲムシタビンである場合、好ましくは、ゲムシタビンは約６００ｍｇ／ｍ２から１２５０ｍｇ／ｍ２の間（例えば約１０００ｍｇ／ｍ２）の用量で、例えば３週間サイクルの１日目及び８日目に投与される。
【０２７３】
阻害剤及び代謝拮抗化学療法剤の他に、他の治療レジメンをそれに組み合わせてもよい。例えば、第２（第３、第４など）の化学療法剤（単数又は複数）を投与してもよく、本明細書では、第２の化学療法剤は、別の異なる代謝拮抗化学療法剤か、又は代謝拮抗物質ではない化学療法剤かのいずれかである。例えば、第２の化学療法剤は、（パクリタキセル又はドセタキセルなどの）タキサン、カペシタビン、又は白金系化学療法剤（カルボプラチン、シスプラチン、又はオキサリプラチンなど）、アントラサイクリン（リポソームドキソルビシンを含むドキソルビシンなど）、トポテカン、ペメトレキセド、ビンカアルカロイド（ビノレルビンなど）、及びＴＬＫ２８６であってもよい。異なる化学療法剤の「カクテル」を投与してもよい。
【０２７４】
阻害剤及び／又は化学療法剤と併用され得るその他の治療剤としては、以下のうち任意の１つ以上が挙げられる：第２の異なるＨＥＲ阻害剤、ＨＥＲ二量体化阻害剤（例えば、トラスツズマブなどの増殖阻害性ＨＥＲ２抗体、又はＨＥＲ２過剰発現細胞のアポトーシスを誘発するＨＥＲ２抗体、例えば、７Ｃ２、７Ｆ３、又はそのヒト化改変体）；ＥＧＦＲ、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４などの異なる腫瘍関連抗原に対する抗体；抗ホルモン化合物、例えばタモキシフェンなどの抗エストロゲン化合物、又はアロマターゼ阻害剤；心臓保護剤(治療に関連する任意の心筋機能不全を阻止又は低減するための)；サイトカイン；ＥＧＦＲ標的薬(例えば、ＴＡＲＣＥＶＡ(登録商標)、ＩＲＥＳＳＡ(登録商標)、又はセツキシマブ)；抗血管形成剤(特にＡＶＡＳＴＩＮ(商標)という商標でＧｅｎｅｎｔｅｃｈによって販売されているベバシズマブ)；チロシンキナーゼ阻害剤；ＣＯＸ阻害剤(例えばＣＯＸ−１阻害剤又はＣＯＸ−２阻害剤)；非ステロイド系抗炎症薬であるセレコキシブ(ＣＥＬＥＢＲＥＸ(登録商標))；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤(例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎ ａｎｄ Ｊｏｈｎｓｏｎから入手できるチピファルニブ(Ｔｉｐｉｆａｒｎｉｂ)／ＺＡＲＮＥＳＴＲＡ(登録商標)Ｒ１１５７７７、又はＳｃｈｅｒｉｎｇ−Ｐｌｏｕｇｈから入手できるロナファルニブ(Ｌｏｎａｆａｒｎｉｂ)ＳＣＨ６６３３６)；癌胎児タンパク ＣＡ１２５と結合する抗体、例えば、オレゴボマブ(Ｏｒｅｇｏｖｏｍａｂ)(ＭｏＡｂ  Ｂ４３．１３)；ＨＥＲ２ワクチン(例えば、ＰｈａｒｍｅｘｉａのＨＥＲ２  ＡｕｔｏＶａｃワクチン、又はＤｅｎｄｒｅｏｎのＡＰＣ８０２４タンパク質ワクチン、又はＧＳＫ／ＣｏｒｉｘａのＨＥＲ２ペプチドワクチン)；別のＨＥＲ標的化療法(例えば、トラスツズマブ、セツキシマブ、ＡＢＸ−ＥＧＦ、ＥＭＤ７２００、ゲフィチニブ、エルロチニブ、ＣＰ７２４７１４、ＣＩ１０３３、ＧＷ５７２０１６、ＩＭＣ−１１Ｆ８、ＴＡＫ１６５など)；Ｒａｆ阻害剤及び／又はｒａｓ阻害剤(例えば国際公開第２００３／８６４６７号参照)；ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射剤(ＤＯＸＩＬ(登録商標))；トポテカンなどのトポイソメラーゼＩ阻害剤；タキサン；ＨＥＲ２及びＥＧＦＲの二重チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、ラパチニブ／ＧＷ５７２０１６：ＴＬＫ２８６(ＴＥＬＣＹＴＡ(登録商標))；ＥＭＤ−７２００；悪心を治療する医薬、例えば、セロトニンアンタゴニスト、ステロイド、又はベンゾジアゼピン；皮疹を予防又は治療する医薬又は標準的な座瘡治療法(局所又は経口の抗生物質を含む)；下痢を治療又は予防する医薬；アセトアミノフェン、ジフェンヒドラミン、又はメペリジンなどの解熱薬；造血成長因子など。
【０２７５】
同時投与された任意の上記薬剤についての適切な投薬量は、現在用いられている投薬量であり、その薬剤及び阻害剤の組み合わせ作用（相乗作用）に起因してその投薬量を減量してもよい。
【０２７６】
上記治療レジメン以外に、癌細胞の外科的除去及び／又は放射線療法に患者を供してもよい。
【０２７７】
上記阻害剤が抗体である場合、好ましくは、投与される抗体は裸の抗体である。しかし、投与される阻害剤を、細胞毒性剤とコンジュゲートしてもよい。好ましくは、その細胞毒性剤が結合しているコンジュゲートされた阻害剤及び／又は抗原は、細胞によって内部移行され、それが結合するガン細胞の殺傷というそのコンジュゲートの治療有効性の増大をもたらす。好ましい実施態様では、細胞毒性剤はガン細胞中の核酸を標的化又は妨害する。このような細胞毒性剤の例としては、メイタンシノイド、カリケアマイシン、リボヌクレアーゼ、及びＤＮＡエンドヌクレアーゼが挙げられる。
【０２７８】
本出願は、遺伝子療法による阻害剤の投与を考えている。例えば、１９９６年３月１４日に公開された、細胞内抗体を発生させるための遺伝子療法の使用に関する国際公開第９６／０７３２１号を参照のこと。
【０２７９】
（必要に応じてベクターに含まれる）核酸を患者の細胞内にインビボ及びエキソビボで至らせるために、二つの主なアプローチがある。インビボ送達のためには、患者に直接、通常はその抗体が必要とされる部位に核酸を注射する。エキソビボの処置のためには、患者の細胞を取り出し、核酸をこれらの単離された細胞に導入して、改変された細胞を患者に直接投与するか、又は、例えば多孔性膜内に封入して、その多孔性膜を患者に植込む（例えば米国特許第４８９２５３８号及び第５２８３１８７号を参照）。生存可能な細胞に核酸を導入するために利用できる様々な技術がある。これらの技術は、核酸が培養細胞にインビトロで導入されるか、又は意図された宿主の細胞にインビボで導入されるかに応じて変動する。哺乳動物細胞にインビトロで核酸を導入するのに適した技術としては、リポソームの使用、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、細胞融合、ＤＥＡＥ−デキストラン、リン酸カルシウム沈殿法などが挙げられる。
【０２８０】
現在好ましいインビボ核酸導入技術としては、ウイルスベクター（アデノウイルス、単純ヘルペス(Ｈｅｒｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｘ)Ｉウイルス、又はアデノ随伴ウイルスなど）及び脂質ベースの系を用いたトランスフェクションが挙げられる（遺伝子の脂質媒介性導入に有用な脂質は、例えばＤＯＴＭＡ、ＤＯＰＥ、及びＤＣ−Ｃｈｏｌである）。ある状況では、細胞表面膜タンパク質又は標的細胞に特異的な抗体、標的細胞上のレセプターに対するリガンドなどのような、標的細胞を標的化する薬剤を核酸の供給源に提供することが所望される。リポソームが採用される場合、エンドサイトーシスに関連する細胞表面膜タンパク質に結合するタンパク質、例えば、特定の細胞型に親和性のキャプシドタンパク質又はその断片、循環中に内部移行を受けるタンパク質に対する抗体、及び細胞内局在を標的化して細胞内半減期を増大するタンパク質を、標的化に、及び／又は取込みを促進するために用いてもよい。レセプター媒介性エンドサイトーシスの技術は、例えば、Wuら, J. Biol. Chem. 262:4429-4432 (1987)；及びWagnerら, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:3410-3414 (1990)に記載されている。現在周知の遺伝子マーカー作成及び遺伝子治療プロトコールの総説については、Andersonら, Science 256:808-813 (1992)を参照のこと。国際公開第９３／２５６７３号及び本明細書に引用した参考文献も参照のこと。
【０２８１】
ＶＩ．製造品
本発明の他の実施態様では、上記の疾患の治療の治療に有用な物質を含む製造品が提供される。製造品は、容器とラベル又は容器上にある又は容器に付属するパッケージ挿入物を含む。適切な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ等を含む。容器はガラス又はプラスチックなどの様々な物質から形成されうる。容器は、疾患又は任意の症状を治療するのに有効な組成物を保持、又は包含し、かつ滅菌アクセスポートを備えてもよい（例えば、この容器は、静脈内溶液バッグであってもよいし、又は皮下注射針によって貫通し得るストッパーを有するバイアルであってもよい）。その組成物中の少なくとも１つの活性剤は、ＨＥＲ３阻害剤、例えば、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤、例えば、ＭＥＨＤ７９４５Ａである。
【０２８２】
製造品は、薬学的に許容される希釈バッファー、例えば注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化塩水、リンガー溶液及びデキストロース溶液を含む第二の容器を更に含んでもよい。製造品には、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む、商業的及びユーザーの立場から望まれる他の物質の更に含んでもよい。
【０２８３】
本発明のキット及び製造品はまた、例えば添付文書又はラベルの形で、本組成物が薬剤に応じて定義されたレベルで患者の癌がＮＲＧ１を発現する癌を治療するために使用されることを示す情報を含む。挿入物又はラベルは、紙媒体又は磁気記録媒体（例えば、フロッピーディスク）やＣＤ−ＲＯＭなどの電子媒体上など任意の形態をとることができる。ラベル又は挿入物はまた、キット又は製造品のキットにおける薬学的組成物及び剤形に関する他の情報を含んでもよい。
【０２８４】
一般にこのような情報は、含まれる薬学的組成物及び剤形を患者及び医師が効率的かつ安全に用いることを容易にする。例えば、ＨＥＲ３阻害剤に関する以下の情報がこの添付文書に盛り込まれてもよい：薬物動態、薬力学、臨床試験、有効性パラメーター、用法用量、禁忌、警告、注意、有害反応、過量、適量及び投与、投与法、適切な保管条件、参考文献及び特許情報。
【０２８５】
本発明の特定の実施態様では、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤を薬学的に受容可能な担体中に含む薬学的組成物と、この阻害剤又は薬学的組成物が、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤などのＨＥＲ３阻害剤に応答し得る種類の癌を有する患者を治療することについて指示されることを記載しているラベルとを、一緒に包装して備えている製品が提供され、これはこの患者の癌が、この種類の癌におけるＨＥＲ３発現について中央値のレベルよりも低いレベルでＨＥＲ３を発現する。
【０２８６】
本発明のこの局面の任意の実施態様では、本明細書の製品は更に、第二の医薬を含む容器を更に備え、ここでＨＥＲ３阻害剤が第一の医薬であり、この製品は更に、この第二の医薬を用いて有効量でこの患者を治療するための添付文書上の指示を備える。この第二の医薬は、上記の任意の医薬であってもよく、第二の医薬の例は、別のＨＥＲ抗体又は化学療法剤である。
【０２８７】
添付文書は、容器上に記載があるか、又は容器に付随している。適切な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ等を含む。容器はガラス又はプラスチックなどの様々な物質から形成されうる。容器は、無菌のアクセスポートを有し得る種類の癌の治療に有効な組成物を保持しているか、又は含みうる（例えば、容器は皮下注射針による穴あきストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであってよい）。組成物中の少なくとも１つの活性剤は、ＨＥＲ阻害剤である。ラベル又は添付文書は、組成物が、阻害剤の投与量及び投与間隔並びに提供されている任意の他の薬剤について具体的なガイダンスを用いた治療の対象となる被験者における癌を治療するために使用されることを示す。製造品は、薬学的に許容される希釈バッファー、例えば注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化塩水、リンガー溶液及び／又はデキストロース溶液を含む付加的な容器を更に含んでもよい。製造品には、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む、商業的及びユーザーの立場から望まれる他の物質を更に含んでもよい。
【０２８８】
例えば、本発明に関連する技術領域において利用可能な優れたマニュアル及び教科書の多くに記載されている（例えば、Using Antibodies,A Laboratory Manual,Harlow,E.及びLane,D.による編集、1999,Cold Spring Harbor Laboratory Press,(例えば、ISBN 0-87969-544-7)；Roe B.A.ら、1996,DNA Isolation and Sequencing(Essential Techniques Series),John Wiley & Sons.(例えば、ISBN 0-471-97324-0)；Methods in Enzymology:Chimeric Genes and Proteins、2000,編集、J.Abelson,M.Simon,S.Emr,J.Thorner.Academic Press；Molecular Cloning:a Laboratory Manual,2001,第3版,Joseph Sambrook and Peter MacCallumによる、(以前のManiatis Cloning manual)(例えば、ISBN 0-87969-577-3)；Current Protocols in Molecular Biology,編集Fred M.Ausubelら、John Wiley & Sons(例えば、ISBN 0-471-50338-X)；Current Protocols in Protein Science,編集、John E.Coligan,John Wiley & Sons(例えば、ISBN 0-471-11184-8)及びMethods in Enzymology:Guide to protein Purification,1990,Vol.182,編集、Deutscher,M.P.,Acedemic Press,Inc.(例えば、ISBN 0-12-213585-7)）か、又は分子生物学における実験法が扱われた多数の大学及び商用のウェブサイトに記載されている、当分野で公知の多数の代替実験法によって、本発明の実施において本明細書に具体的に記載する実験法を首尾良く置き換え得る。
【０２８９】
ＶＩＩ．広告の方法
本発明は、本明細書において、二重特異性ＨＥＲ３／ＥＧＦＲ阻害剤（例えば、ＭＥＨＤ７９４５Ａ）などのＨＥＲ３阻害剤又はその薬学的に受容可能な組成物を宣伝するための方法であって、ターゲット層(ｔａｒｇｅｔ ａｕｄｉｅｎｃｅ)に対して、（ＨＮＳＣＣなどの）患者の癌がＮＲＧ１を過剰発現する種類の癌患者集団を治療するための阻害剤又はその薬学的組成物の使用の奨励を包含する。
【０２９０】
広告は一般的にはスポンサーが識別され、メッセージが制御された非個人的な媒体を介する有料の通信である。本明細書における目的のための広告は、広報、広報活動、製品の配置、スポンサーシップ、引受業務、及び販売宣伝を含む。該用語はまた、本明細書の発明を購入し、支援し、又は承認する良好なパターンに向かって、大衆を、説得し、情報提供し、宣伝し、動機付けし、あるいは行動を変更するようにアピールするように計画された、印刷通信媒体の何れかに現れるスポンサー提供の情報公告を含む。
【０２９１】
本明細書中の診断方法の広告や宣伝は、任意の手段によって達成することができる。これらのメッセージを配信するために使用する広告媒体の例としては、放送メディアに現れるメッセージであるコマーシャルを含む、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び看板を含む。広告はまた、食料品のカートの座席上、空港の通路の壁、バスの側面にあるもの、又は電話保留メッセージ、又は店舗内のＰＡシステムで聞くもの、又は視覚的にも又は聴覚的にも通信が配置されうる任意の場所を含む。
【０２９２】
プロモーションや広告手段のより具体的な例は、テレビ、ラジオ、映画、ウェブキャスト及びウェビナーなどのインターネット、同時にユーザーに届くように意図されたインタラクティブなコンピュータネットワーク、固定又は電光掲示板、及びその他の公共看板、ポスター、雑誌や新聞などの伝統的又は電子的な文献、他の報道発信地、プレゼンテーション、又は、例えば、電子メール、電話、インスタントメッセージ、郵便、宅配便、大量一斉メール又はキャリアメール、対面での訪問などによる個別の接触を含む。
【０２９３】
使用される広告の種類は、到達されるべきターゲト層、例えば、病院、保険会社、クリニック、医師、看護師、及び患者、並びに、コストの考慮、及び医薬と診断の広告を規制する関連法律及び規制など、多くの要因に依存する。広告は、サービスの相互作用及び／又はユーザーの人口統計及び地理的な場所など他のデータによって定義されたユーザーの特性評価に基づいて、個別化又はカスタマイズされ得る。
【０２９４】
本発明の更なる詳細は、以下の非限定的な実施例により例示される。明細書における全ての引用の開示は、参照により本明細書に組み込まれる。
【実施例】
【０２９５】
実施例１ 
ＭＥＨＤ７９４５ＡはＨＥＲ３及びＥＧＦＲの両方に特異的である。
ＭＥＨＤ７９４５Ａ（ＤＬ１１ｆとしても知られる）は、ＥＧＦＲ及びＨＥＲ３の両方に対して結合特異性を有する抗原結合ドメインを含む抗体である。国際公開第２０１０／１０８１２７号及び Schaeferら. Cancer Cell, 20: 472-486 (2011)を参照。典型的には、二重阻害剤は、２つの異なる抗原結合モジュールを連結することによって構築され、各モジュールは、１つの抗原に結合することができる。対照的に、ＭＥＨＤ７９４５Ａにおいては、各モジュール（ＦＡＢ）が、２つの抗原のいずれかを結合しうるため、親和性効果から高い結合親和性を引き出す可能性を有する。ＭＥＨＤ７９４５Ａの２つの同一のＦａｂのそれぞれが、ＥＧＦＲ又はＨＥＲ３のいずれかに結合しうることを確認するため、競合的結合アッセイを行った。ＭＥＨＤ７９４５Ａは、固定化されたＨＥＲ３−ＥＣＤへの結合は、ＥＧＦＲ−ＥＣＤの量の増加に伴って用量依存的に減少した。ＭＥＨＤ７９４５Ａは、可溶性のＨＥＲ３−ＥＣＤタンパク質によって固定化されたＥＧＦＲ−ＥＣＤから競合させた。予想されたように、それらの相対結合定数を考慮すると、固定化されたＨＥＲ３−ＥＣＤへのＭＥＨＤ７９４５Ａの結合と競合するためには、より高い濃度の水溶性のＥＧＦＲ−ＥＣＤが必要であった（図１）。図１の結果は、ＯＤに対するＭＥＨＤ７９４５Ａの濃度を表している。アッセイでは、以下に示す水溶性の競合物の存在下で、固定化されたＨＥＲ３−ＥＣＤ又はＥＧＦＲ−ＥＣＤへのＭＥＨＤ７９４５Ａの結合について検討を行なった。１×＝０．０２μｇ／ｍｌ、１０×＝０．２μｇ／ｍｌ、１００×＝２μｇ／ｍｌ、１０００×＝２０μｇ／ｍｌ。図１の結果は、ＯＤに対するＭＥＨＤ７９４５Ａの濃度を表している。
【０２９６】
実施例２ 
ＭＥＨＤ７９４５ＡがＥＧＦＲ及びＨＥＲ２／ＨＥＲ３依存性シグナルを阻害
細胞シグナル伝達アッセイにおけるＭＥＨＤ７９４５Ａの二重活性を測定した。ＨＥＲ３における阻害機能を評価するため、ＮＲＧ治療には強力にＨＥＲ２／ＨＥＲ３経路を活性化するＭＣＦ−７細胞を用いた。ＮＲＧ刺激の前のＭＥＨＤ７９４５Ａを用いた治療は、用量依存的に、ＨＥＲ３のリン酸化を強力に阻害し、著しくＡＫＴ及びＥＲＫ１／２のリン酸化を減少させた（図２Ａ）。ＭＥＨＤ７９４５Ａは、ＩＣ５０が０．０５μｇ／ｍｌのＨＥＲ３のリン酸化、ＩＣ５０値が０．１９μｇ／ｍｌのＡＫＴのリン酸化、及びＩＣ５０値が１．１３μｇ／ｍｌのＥＲＫ１／２のリン酸化を阻害した。ＨＥＲ３に対する単一特異性抗体、即ちＨＥＲ３と同程度の結合親和性を有する抗ＨＥＲを用いた治療は、同様の結果を達成した。抗ＨＥＲ３は、ＩＣ５０が０．１２μｇ／ｍｌのＨＥＲ３のリン酸化、ＩＣ５０値が０．７４μｇ／ｍｌのＡＫＴのリン酸化、及び、ＩＣ５０値が１．８３μｇ／ｍｌのＥＲＫ１／２のリン酸化を阻害した。ＥＧＦＲ−ＮＲ６細胞は、リガンド刺激の前にＭＥＨＤ７９４５Ａで前処理し、ＭＥＨＤ７９４５ＡはＥＧＦＲ、並びにＩＣ５０値がそれぞれ０．０３及び０．１６／ｍｌのＥＲＫ１／２のリン酸化を阻害したことが解明された（図２Ｂ）。単一特異性のＥＧＦＲ抗体セツキシマブは、ＥＧＦＲ及び下流シグナル伝達分子のリン酸化の阻害において、より効果的であり、それは、ＥＧＦＲに対する高い結合親和性、更には、ベータセルリン及びアンフィレグリン誘導性のＥＧＦＲのリン酸化もまたＭＥＨＤ７９４５Ａによって阻害されたことが原因である可能性が高い。Ａ４３１及びＢｘＰＣ３細胞において、ＭＥＨＤ７９４５Ａは、抗ＨＥＲ３及びセツキシマブとの併用と同等にＥＲＫ１／２及びＡＫＴ経路を強く阻害した。
【０２９７】
以下のようにアッセイを実施した。指定された濃度のＭＥＨＤ７９４５Ａ又は抗ＨＥＲ３で処理したＭＣＦ−７細胞を１０分間にわたり０．５ｎＭのＮＲＧで刺激した。ｐＨＥＲ３（Ｔｙｒ１２８９）、ｐＡＫＴの（Ｓｅｒ４７３）、ｐＥＲＫ１／２（Ｔｈｒ２０２／Ｔｙｒ２０４）、総ＨＥＲ３を検出するため、細胞溶解物をイムノブロットした。図２Ａ．  ＥＧＦＲ−ＮＲ６細胞を、１０分間、５ｎＭのＴＧＦ−αで刺激する前に、ＭＥＨＤ７９４５Ａ又はセツキシマブの指定された濃度で１時間処理した。ｐＥＲＫ１／２（Ｔｈｒ２０２／Ｔｙｒ２０４）、総ＥＧＦＲ及びリン酸化ＥＧＦＲを検出するため、細胞溶解物を免疫ブロッティングした。ＥＧＦＲ−ＮＲ６細胞のみＥＧＦＲを発現するので、ＥＧＦＲの全ての潜在的なリン酸化部位は、ｐＴｙｒ抗体を用いて検出した。
図２Ｂ。
【０２９８】
実施例３
ＭＥＨＤ７９４５Ａは、多数の癌モデルにおいて活性がある
ＦａＤｕ異種移植モデル、頭頸部扁平上皮癌モデルにおけるインビボ活性
ＭＥＨＤ７９４５Ａ、市販の抗ＥＧＦＲ抗体、及び抗ＨＥＲ３抗体について、ＦａＤｕ細胞（ＡＴＣＣ ＨＴＢ−４３、マナッサス、バージニア州)由来の樹立された腫瘍を有するマウスを用いて試験を行った。５×１０６のＦａＤｕ細胞を、ＣＢ１７  ＳＣＩＤマウスに皮下接種した。以下のように同様の大きさの腫瘍を有する動物は、治療コホート（Ｎ＝９／群）に無作為に分けた。溶媒（ＭＥＨＤ７９４５Ａの製剤緩衝液）、抗ＥＧＦＲ抗体（２５ｍｇ／ｋｇ）、抗ＨＥＲ３抗体（５０ｍｇ／ｋｇ）、及びＭＥＨＤ７９４５Ａ（２５ｍｇ／ｋｇ）。治療は、腹腔内投与で、ランダム化を行った日に２倍の負荷用量（それぞれ５０又は１００ｍｇ／ｋｇ）で開始し、合計４回の毎週の治療を継続した。図３に示すように、ＭＥＨＤ７９４５ＡはＦａＤｕ頭頸部癌モデルにおいて活性であり、抗ＥＧＦＲ特異的又は抗ＨＥＲ３特異的な抗体のいずれかよりも、腫瘍増殖の阻害において効果的である。
【０２９９】
ＭＥＨＤ７９４５Ａは、追加された種類の癌において活性である。
図４は、癌の種類でセツキシマブ又は単一特異性抗ＨＥＲ３抗体の相対活性、及びＭＥＨＤ７９４５Ａが活性を示す、追加された癌の種類の要約を提供する。この要約を作成するために使用されたアッセイの詳細は、国際公開第２０１０／１０８１２７号に記載されている。簡単に述べると、マウスは、２５ｍｇ／ｋｇのＭＥＨＤ７９４５Ａ、２５ｍｇ／ｋｇのセツキシマブ、５０ｍｇ／ｋｇの抗ＨＥＲ３、又は２５ｍｇ／ｋｇのセツキシマブ＋５０ｍｇ／ｋｇの抗ＨＥＲ３と、週１回４サイクルで処理した。ＭＡＸＦ４４９、ＯＶＸＦ５５０及びＬＸ９８３は、３０ｍｇ／ｋｇのＭＥＨＤ７９４５Ａ、３０ｍｇ／ｋｇのセツキシマブ、６０ｍｇ／ｋｇの抗ＨＥＲ３、又は３０ｍｇ／ｋｇのセツキシマブ＋６０ｍｇ／ｋｇの抗ＨＥＲ３と、週一回４サイクルで処理した。初期投与量は、全ての治療について２倍の負荷用量であった。腫瘍増殖抑制率（ＴＧＩ）は、大部分のマウスがビヒクル投与群に残っている試験の最終日に基づき、各試験について計算した。２５％未満のＴＧＩは「−」、２５〜５０％の間のＴＧＩは「＋」、５１〜７５％の間のＴＧＩは「＋＋」、及び７６％以上のＴＧＩは「＋＋＋」のように示されている。ＮＳＣＬＣ＝非小細胞肺癌、ＨＮＳＳＣ＝頭頸部扁平上皮癌、ＣＲＣ＝結腸直腸癌、Ｎ／Ａ＝該当なし。ＯＶＸＦ５５０、ＭＡＸＦ４４９及びＬＸＦ９８３モデルは、ヒト患者に由来する移植モデルである。
【０３００】
実施例４ 
ＨＮＳＣＣ腫瘍は、ＮＲＧ１の二峰性の発現を示す
材料と方法
免疫沈降法及びイムノブロッティング：腫瘍組織の免疫沈降については、腫瘍内容物は（ほとんどのサンプルが＞７５％の腫瘍組織を有していた）は、５０％の腫瘍の最小値を必要とするＨ＆Ｅによって確認した。腫瘍はドライアイス上で切り刻み、その後、ホスファターゼ及びプロテアーゼ阻害剤（Ｓｉｇｍａ、Ｐ５７２６−５ＭＬ、Ｒｏｃｈｅ、１３１４６１００）を補充した冷却溶解緩衝液（ＢｉｏＷｏｒｌｄ、２２０４００４５−２）中で均質化した。２５μｌの抗ＨＥＲ３抗体（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ、ＳＣ−２８５−Ｇ）及び１５μｌのＤｙｎａｂｅａｄｓ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、１００．０７Ｄ）を、免疫沈降あたり１〜２ｍｇの可溶性タンパク質に加えた。その後、サンプルを４℃で一晩回転させた。その後、ビーズを磁石を用いて分離し、溶解緩衝液中で３回洗浄した。タンパク質を、９５℃で５分間煮沸することにより、サンプル緩衝液（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＮＰ０００７及びＮＰ０００９）中に溶出させた。ウェスタンブロッティングは、標準的なプロトコールを用いて行った。溶出したタンパク質の１５μｌは、サンプルごとに装填し、免疫検出はｐＨＥＲ３（Ｙ１２８９、＃４７９１）又はｐａｎ ｐ−Ｔｙｒ（クローンＰＹ２０、ＥＭＤ）を用いて行った。
【０３０１】
組織標本：本試験では、合計で７５５例の腫瘍標本を使用した。１２７例のＨＮＳＣＣ（全てのステージ、原発性及び再発性）、１１７例の手術摘出したＮＳＣＬＣ（ステージＩ〜Ｖ）、未治療の転移性疾患の患者からの１０２例のＮＳＣＬＣ（ステージＩＩＩ〜ＩＶ）、フロントラインの標準治療を失敗し続けたが、最終的に２Ｌ療法（ステージＩＩＩ〜ＩＶ）を受けた患者からの８２例のＮＳＣＬＣ、２９例の転移性プラチナ難治性卵巣癌、１４９例の治療経験のない転移性結腸直腸癌、４４例の原発性及び転移性黒色腫、及びトリプルネガティブ乳癌（ステージＩ〜ＩＶ）の患者からの２９件のサンプル。２０例の新鮮凍結されたＨＮＳＣＣの独立したコホートは、ＮＲＧ１転写物とのＩＰ−ウェスタンにより、蛍光体ＨＥＲ３のレベルを相関させるために用いた。また、再発ＨＮＳＣＣ患者２８例（初期診断からの生検及び最初の再発時）のコホートから独立した一連の適合したサンプルが得られた。（これら２つの最後のコホートのいずれも、図５に含めなかった）これらの患者及びその腫瘍の利用可能な病理学的及び人口統計変数をまとめた表を図１０及び１４に示されている。全てのサンプルはＩＲＢ承認とインフォームドコンセントが得られた。
【０３０２】
核酸に対する組織プロセシング：ＲＮＡ抽出組織切片を３００ｌのＲＬＴ緩衝液（Ｑｉａｇｅｎ社）に浸漬し、ｇｅｎｔｌｅ ＭＡＣＳ Ｏｃｔｏ Ｄｉｓｓｏｃｉａｔｏｒ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ社）を使用して均質化した。次いで、製造業者の使用説明書に従って、ＤＮＡプレップ（ＤＮＡｅａｓｙ、Ｑｉａｇｅｎ社）及びＲＮＡプレップ（ＴｒｉＺｏｌ、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）のため、サンプルを半分に分割した。
【０３０３】
Ｆｌｕｉｄｉｇｍ 発現分析：遺伝子発現分析は、ＢｉｏＭａｒｋ ９６×９６の遺伝子発現プラットフォーム（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ社）を使用して、細胞株及びホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍サンプルで実施された。腫瘍については、全ＲＮＡ２μｌをｃＤＮＡに逆転写し、Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ ＩＩＩ／Ｐｌａｔｉｎｕｍ Ｔａｑ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）、及びＰｒｅ−ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｍｉｘ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社）を使用して、単一反応で事前に増幅した。予備増幅反応は、元のＴａｑｍａｎ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）アッセイ濃度の０．０５倍での最終希釈で行った。熱サイクル条件は、以下のとおり：５０℃で１５分間の１サイクル、７０℃で２分間の１サイクル、その後、９５℃で１５秒間の１４サイクル及び６０℃で４分間。
【０３０４】
予備増幅したｃＤＮＡは１．９４倍に希釈し、その後、メーカーの説明書に従って、ＢｉｏＭａｒｋ ＢＭＫ−Ｍ−９６．９６（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ社）のプラットフォーム上でＴａｑｍａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰＣＲ ＭａｓｔｅｒＭｉｘ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社）を用いて増幅した。全てのサンプルは３連でアッセイした。以前に多数の細胞株にわたる発現の安定性について評価した２つのカスタムデザインの参照遺伝子、新鮮凍結組織サンプル、並びにＦＦＰＥ組織サンプルであるＡＬ−１３７７２７１及びＶＰＳ−３３Ｂは、発現パネルに含まれていた。２つの基準遺伝子のＣｔ値の平均を、各サンプルについて計算し、ＮＲＧ１及びＨＥＲ３の発現レベルは、以下のようにデルタＣｔ(ＤＣＴ)方法を用いて決定した。平均Ｃｔ値（標的遺伝子）−平均Ｃｔ値（参照遺伝子）
【０３０５】
ＡＬ１３７７２７のプライマー／プローブ配列(ＮＭ＿１４４５６８(配列番号：１０)；ＮＭ＿００１１００８１４(ＳＥＱ配列番号：１１)(各配列は、ＡＬ１３７７２７)のスプライス変異体を表す)は次のとおりである。
フォワードプライマー：ＧＧＣＣＴＣＡＧＴＡＣＣＣＴＣＡＧＴＣＴ (配列番号：１３)
リバースプライマー：ＡＧＡＧＣＡＧＣＧＧＣＴＧＡＣＣ (配列番号：１４)
ＦＡＭプローブ：ＣＣＣＣＡＣＡＧＧＡＣＡＣＡＡＴ (配列番号：１５)
ＶＰＳ−３３Ｂのプライマー／プローブ配列(ＮＭ＿０１８６６８９(配列番号１２))は以下のとおりである。
フォワードプライマー：ＧＧＣＴＣＧＡＧＡＣＣＡＧＣＴＣＡＴＣＴＡ (配列番号：１６)
リバースプライマー：ＧＡＧＡＴＣＴＧＣＣＴＣＡＡＴＧＡＡＴＡＡＡＴＣＣ (配列番号：１７)
ＦＡＭプローブ：ＴＧＧＡＧＣＡＧＣＴＴＣＣＴ (配列番号：１８)
【０３０６】
ＮＲＧ１発現の分布の解析及びカットオフの決定：ＨＮＳＣＣにおけるｌｏｇ１０の二峰性分布（ＮＲＧ１）は、一方は過剰発現がないもの、及びもう一方は過剰発現するものに対応する、２つの正規分布の混合フィッティングに動機を与える。ｘｉはｉ番目のサンプルが、（ｉ＝１、．．．、ｎ）のためにｌｏｇ１０のＮＲＧ１発現を示すものとする。混合モデルの尤度は以下のとおり： 
2015514710.tif 000005
ここで、ｋ番目の成分の正規密度関数であり、（μｋ，σｋ２）は、対応する平均及び分散パラメーターを表す。モデルパラメーターの最尤推定値は、ＥＭアルゴリズムによって得られた（１６）。簡単に説明すると、Ｅステップは、ｉ番目のサンプルが、現在のパラメーター推定値で混合のｋ番目の成分に属する  条件付き確率を計算する。Ｍステップは、現在の確率で混合比、平均及び分散を計算する。プロセスは、その後収束するまで反復される。成分メンバーシップの事後確率は、各サンプルについて計算し、カットオフは、２つの成分の事後確率が等しい値で選択した。モデルフィッティングは、Ｒパッケージｍｉｘｔｏｏｌｓを用いて行った（１７）。
【０３０７】
Ｄｕａｌ Ｃｏｌｏｒ Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ ＲＮＡ インサイツハイブリダイゼーション： Ｄｕａｌ Ｃｏｌｏｒ Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ ＲＮＡ インサイツハイブリダイゼーションは、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ(フリーモント、カリフォルニア州)により実施された。ＮＲＧ１プローブセットは、転写物ＮＭ＿０１３９６４のヌクレオチド１０８２から３００１をカバーする３１対(計６２)のオリゴを有する。ＥＲＢＢ３プローブセットは、本質的に一緒に転写変異体の全てをカバーする２つのプローブセットのプールである。ＮＭ＿００１９８２のヌクレオチド１９６２から２９４５をカバーする２０対（計４０）のオリゴ。ＮＭ＿００１００５９１５のヌクレオチド１０８から８９９までをカバーする１４対（計２８）のオリゴ。シクロフィリンＢ（ＰＰＩＢ；陽性）及び細菌遺伝子ジヒドロジピコリン酸レダクターゼ（ＤａｐＢ；陰性）に対して設計されたプローブを対照として使用した。画像は倍率４０倍、８ビットのカメラで、Ｎａｎｏｚｏｏｍｅｒソフトウェアを実行し、Ｈａｍａｍａｔｓｕ Ｎａｎｏｚｏｏｍｅｒデジタルスライドスキャナでスキャンした（１５，１８）。ＭａｔＬａｂの（ＭａｔｈＷｏｒｋｓ社、ナティック、マサチューセッツ州）のスコアリングアルゴリズムは、以下の工程で構成されている。７５％の腫瘍細胞の最小限の関心領域を手動でセクションごとに病理学者によって定義された後、ヘマトキシリン染色は核を識別するために作成され、その後、青色染色（ＮＲＧ１）、赤色染色（ＨＥＲ３）が適用された。個々の「細胞」は、細胞を明確に分離するため、ヘマトキシリン染色によって明示し、各セルについて青色又は赤色のドット数を表にした。
【０３０８】
スキャンされた画像は、ＲＧＢ（赤、緑、青）スペクトルを使用し、Ｄｅｆｉｎｉｅｎｓ Ｄｅｖｅｌｏｐｅｒ（ミュンヘン、ＡＧ）を用いて解析した。同一の関心領域は、ＭＡＴＬＡＢ方法と同様に、分析に使用した。領域は約３００umの高さ及び幅のタイル状の領域に細分し、最大解像度で分析した。細胞核、ＮＲＧ１とＨＥＲ３との間を背景から区別するための基準として色強度（赤、緑、青の強度値のバランス）及びオブジェクトサイズの両方を使用した。スペクトル的に分離することが不可能であった高濃度な重畳核は、バイアスを回避するために、分析から除外した。
両方の方法は、以下の細胞のグループのそれぞれを導出するために使用した。ＨＥＲ３＋／ＮＲＧ＋、ＨＥＲ３＋／ＮＲＧ−、ＨＥＲ３−／ＮＲＧ＋、及びＨＥＲ３−／ＮＲＧ−オートクリンシグナルは、(ＨＥＲ３＋／ＮＲＧ＋)／((ＨＥＲ３＋／ＮＲＧ＋)＋(ＨＥＲ３＋／ＮＲＧ−)＋(ＨＥＲ３−／ＮＲＧ＋))のように定義された。
【０３０９】
ＨＮＳＣＣｓは、試験した全ての他の種類の腫瘍に比べて、ＮＲＧ１が最高の中央値レベルで発現した。また、これらのＨＮＳＣＣのかなりの部分（約４０％）は、他の種類の腫よりＮＲＧ１が高いレベルで発現した（マンホイットニー検定  ｐ＜０．０００１；図６）。更に、ＮＲＧ１発現は、常用対数目盛でプロットした場合、ＨＮＳＣＣにおいて二峰性の分布を示した。二成分混合ガウス分布は、ＮＲＧ１の過剰発現とＮＲＧ１の過剰発現の欠如との間の変曲点を推定するために使用され、それによって得られた変曲点は、対数目盛で約０．３６８９であり、線形目盛では約１．５０に相当する。この分布に基づく、過剰発現の欠如に対しての過剰発現を定義するための感度及び特異度は、それぞれ９０．８％及び９３．４％であった。
【０３１０】
ＮＲＧ１の高い過剰発現が、活性化ＨＥＲ３を伴ったＨＮＳＣＣと関連していたかどうかを決定するために、ＮＲＧ１に対する定量ＲＴ−ＰＣＲ、及び総ＨＥＲ３の免疫沈降に続いて、治療未経験のＳＣＨＮＮ患者からの新鮮凍結腫瘍標本におけるｐＨＥＲ３及びｐ−チロシンについて、ウェスタンブロットを行った。高ＮＲＧ１発現（又はその二峰性の分布内の低点付近）を有する全ての腫瘍は、ＩＰ−ウェスタンでｐＨＥＲ３に対して陽性であった。逆に、ＮＲＧ１の発現が最も低かった７件中５件の腫瘍はｐＨＥＲ３（両側符号検定、Ｐ＝０．０３８６）に対して陰性であった。
【０３１１】
更に高いＮＲＧ１発現を示す腫瘍を有するＨＮＳＣＣ患者集団を分析するために、腫瘍サンプルは、再発性疾患を有する患者から外科的に切除可能なＨＮＳＣＣ及び腫瘍サンプルを有する患者から得た。ＮＲＧ１発現は、切除可能な原発性の疾患(図１１)と比較して、再発の設定が高かった。これらの結論は、原発巣の部位の違い、ＨＰＶの状態、又は他の任意の利用可能な臨床病理学的な情報では説明ができない。
【０３１２】
ＮＲＧ１発現が、疾患が原発性か再発性により異なる場合があるという結論は、前治療の結果としてＮＲＧ１発現の増加を示唆している可能性があるか、もしくは、高ＮＲＧ１発現がＨＮＳＣＣの患者における再発の可能性の増大と関連する予後因子であるからである。更にこの疑問を調査するため、該当する患者の原発性及び再発性の一連のサンプルを得て、定量ＲＴ−ＰＣＲを用いて両コホートでのＮＲＧ１発現を比較した。図１２；図１３；図１４に示すように）、該当する患者検体における原疾患と比較して、ＮＲＧ１発現は、再発性の状況が有意に高い（ウィルコクソンの符号順位検定、Ｐ＝０．００２）。
【０３１３】
最近の報告からの前臨床データでは、ＨＥＲファミリー受容体を標的とする薬剤への応答を予測するうえで、オートクリン生物学で腫瘍を同定することが重要でありうることが示唆された。（１１）ＨＮＳＣＣｓにおけるＨＥＲ３及びＮＲＧ１発現のオートクリンに対するパラクリンの発現の程度を決定するため、臨床的に関連するホルマリン固定パラフィン包埋でＨＥＲ３及びＮＲＧ１転写位置並びに存在量を評価するために設計されたｄｕａｌ−ｃｏｌｏｒ ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ ＲＮＡインサイツハイブリダイゼーションアッセイを用いた。
【０３１４】
良性扁平上皮の定性的検査では、ＮＲＧ１の発現が基底層に限られていたことが示唆され、ＨＥＲ３の発現は正常な重層扁平上皮にのみ局所的に認められた。対照的に、有棘層にのみＨＥＲ３発現が観察された。類似の発現パターンが多列上気道上皮に認められ、ＮＲＧ１発現は基底層に限定され、ＨＥＲ３の発現は上皮の上位層に限定されていた。良性組織における単一細胞レベルにおいて、ＮＲＧ１のソースはなく、ほとんどの細胞及び組織はＨＥＲ３の比較的一定レベルで発現し、一方では、ＮＲＧ１の存在下において、遠く離れた細胞でＮＲＧ１のソースから増大するＨＥＲ３発現のグラジエントが存在する。より一般的には、これら２つの転写物のいずれかを発現する細胞の空間的定位におけるのと同様に、個々の細胞のレベルでＨＥＲ３及びＮＲＧ１の両方の発現の間に逆の関係が存在する。
【０３１５】
幾つかの高分化型の頭頸部扁平上皮癌において、ＮＲＧ１及びＨＥＲ３のパラクリン発現の明確な証拠が見出され、正常組織で見られる発現パターンを繰り返している。本明細書で使用される、パラクリン発現は隣接する細胞におけるＮＲＧ１又はＨＥＲ３のいずれかの相互に排他的な発現として定義され、一方、オートクリンは、同一細胞内のＮＲＧ１及びＨＥＲ３の同時発現として定義される。
【０３１６】
他のより低分化した扁平上皮癌においては、ＮＲＧ１の基底細胞特異的発現及びＨＥＲ３の有棘細胞特異的発現との関係は失われており、オートクリンとパラクリンの両方の発現パターンの証拠として、より不規則な構造と矛盾はない。最終的に、ＨＥＲ３／ＮＲＧ１発現細胞の大部分がオートクリンであるように思われた症例を同定した。
【０３１７】
高ＮＲＧ１発現が、オートクリン又はパラクリン発現のいずれと特異的に結合しているかを判断するため、及び、初期治療未経験の標本とそれらに対応する対応治療後の切片との間で認められたＮＲＧ１発現の増加が腫瘍由来であったことを確認するために、図１２に示された同じサンプル中のＮＲＧ１及びＨＥＲ３について、定量的リアルタイムＰＣＲをＲＮＡ−インサイツハイブリダイゼーションと比較した。全体として、ＮＲＧ１について、量的リアルタイムＰＣＲとＲＮＡ−インサイツハイブリダイゼーションとの間に強い有意な正のスピアマン相関が（ｒ＝０．４、Ｐ＝０．００２）、ＨＥＲ３については、定量的リアルタイムＰＣＲ及びＲＮＡ−インサイツハイブリダイゼーションとの間に比較的低いが、ほぼ有意な正の相関があった（ρ＝０．２、Ｐ＝０．０５１）（図１５Ａ及びＢ）。
【０３１８】
３つの異なる定量的な画像処理アルゴリズムは、（上記の本実施例に記載されるように）オートクリン細胞を同定するために使用した。それぞれの方法は、各腫瘍についてのオートクリン成分の相対比率で異なっているが、それらの方法は、ＭａｔＬａｂとそれぞれのＤｅｆｉｎｉｅｎｓに基づいたアプローチとの間で異なった腫瘍について同じように順位付けを行った（スピアマンｒ：全てのペアごとの組み合わせについて、〜０．７５−０．９６、全ての場合で、Ｐ＜０．０００１）。これはアルゴリズムが、潜在的に異なる感度ではあるが、同様の方法でオートクリン及びパラクリンの表現型を区別していたことを示唆している。ＮＲＧ１発現とは異なり、治療未経験と化学療法後の標本（図１３；図１４）との間で、オートクリン発現の相対的な寄与度に差はなかった。更に、定量的リアルタイムＰＣＲ又はＲＮＡ−インサイツハイブリダイゼーションによるＮＲＧ１発現のレベルと腫瘍内のＮＲＧ１及びＨＥＲ３のオートクリン発現細胞の割合との関連性は、化学療法前又は化学療法後（スピアマンｒは、それぞれ、０．２６（Ｐ＝０．２２）、０．０３（Ｐ＝０．９１））で、ほとんどなかった。
【０３１９】
本データは、ＨＮＳＣＣの相当な部分が、試験した全ての他の種類の腫瘍に比べて、ＮＲＧ１が有意に高いレベルで発現していることを示している。ＮＲＧ１発現は、ＨＮＳＣＣにおいて独特の二峰性分布を有し、ＨＮＳＣＣ腫瘍の約４０％が全ての他の種類の腫瘍よりもＮＲＧ１が高いレベルで発現する。この発現のパターンは、ＨＥＲ２陽性の乳癌におけるＨＥＲ２発現レベルが他の種類の乳癌と比較して少なくとも一桁高く、乳癌におけるＨＥＲ２発現を想起させる。しかし、乳癌及び胃癌におけるＨＥＲ２とは異なり、ＮＲＧ１の過剰発現が遺伝子増幅の関数であるようには考えられない（２０，２１）。
【０３２０】
更に、高ＮＲＧ１発現は、これらの特定のＨＮＳＣＣ腫瘍において活性化ＨＥＲ３シグナリングを示す可能性のあるｐＨＥＲ３と関連していた。ｐＨＥＲ３は、ＮＲＧ１が発現していたすべての場合において、ＨＮＳＣＣ患者の二峰性分布の最下点又はその付近で検出可能であった。ある場合には、ｐＨＥＲ３は、ＮＲＧ１レベルが分布の最下点をいくらか下回っていたサンプルにおいて検出された。二峰性分布の最下点は、複数の独立したデータセットと同様に、潜在的にＨＮＳＣＣ患者の生物学的に異なる集団を反映し、ＨＥＲ３特異治療的介入の恩恵を受ける可能性のあるＨＮＳＣＣ患者を識別するためのカットオフを提供する。
【０３２１】
重要なことは、２つの最下点のＮＲＧ１を発現する腫瘍はまた、検出可能なｐＨＥＲ３を有していた。このことは、ＨＥＲ３のＮＲＧ非依存性リン酸化が、ｃ−Ｍｅｔのように、ＥＧＦＲ又は他のＲＴＫとのヘテロ二量体を介して起こり得ることが示されている（１）。ＨＥＲ３のＮＲＧ非依存性活性化を示す腫瘍を有する患者は、ＨＥＲ３指向性治療の恩恵を受ける可能性は低いため、予測マーカーとしてＮＲＧ１を使用すると、効果的にこの患者集団を除外することに注目することが重要である（１２）。
【０３２２】
更に、該当及び非該当の原発性腫瘍と比較して、ＮＲＧ１の発現が再発腫瘍標本の方が高い。上述で得られたデータと合わせ、これらの結果は、ＮＲＧ１の発現がＨＥＲ３阻害剤への応答とＨＮＳＣＣの再発についての予後の両方を予測可能であることを示唆している。
【０３２３】
その結果、ＮＲＧ１発現レベルはＨＮＳＣＣ患者の統計的及び生物学的に識別可能なサブセットとなる。ＮＲＧ１の高レベルの発現がＨＮＳＣＣにおけるＨＥＲ３の構成的活性化と関連しているため、この重要な癌遺伝子を阻害する薬剤についての実用的なバイオマーカーとなる。
【０３２４】
実施例５
ニューレグリン１の発現はＭＥＨＤ７９４５Ａの第Ｉ相試験に登録した患者における治療に対する応答を予測する
臨床データの概要
ＭＥＨＤ７９４５Ａは当初、非盲検、多施設、第Ｉ相試験（ＤＡＦ４８７３ｇ）において、難治性又は再発性上皮性腫瘍患者に静脈内注入で２週間ごと（Ｑ２Ｗ）の投与を行なった場合の安全性及び忍容性、薬物動態、薬力学、及び／又は抗腫瘍活性を評価するため、試験が行われていた。本試験は、用量制限毒性（ＤＬＴ）を評価するため、推奨される第ＩＩ相用量での複数の拡大コホートの登録と同様に、２８日の期間の３＋３用量漸増コホートで構成される。
【０３２５】
本試験に登録した患者が発現した癌種には、ＨＮＳＣＣ、結腸直腸癌、肺癌、乳癌、膵臓癌、卵巣癌及び肝／胆管癌が含まれていた。
【０３２６】
投与用量は、１ｍｇ／ｋｇから３０ｍｇ／ｋｇの範囲で評価した。薬物クリアランスは、用量依存的に減少し、用量１０ｍｇ／ｋｇで直線性に近づき、ＭＥＨＤ７９４５Ａが、単一特異性抗ＥＧＦＲ抗体で見られるものと同様に標的媒介性クリアランスの影響を受けることを示唆している。２週毎のスケジュールでの１１００ｍｇの用量は、患者の９５％の異種移植モデルにおいて決定された毎週の有効な曝露を提供することが期待される。
【０３２７】
ＭＥＨＤ７９４５Ａを２週間毎に１４ｍｇ／ｋｇで投与された２例のＨＮＳＣＣ患者は、継続した部分応答があり、期間は、１０．７及び３．９週間であった。６６例中１３例の患者は、「安定」の最良効果を経験しており、以前にＦＯＬＦＩＲＩ＋セツキシマブで効果がなかったＫＲＡＳ野生型転移性大腸癌患者１例を含む３例の患者は４ヶ月間「安定」を維持した。
【０３２８】
腫瘍関連薬力学的効果は、合計１５例の患者で１０〜３０ミリグラム／ｋｇの用量で認められ、うち１１例は、以前にＥＧＦＲ標的療法を受けていた。Ｓ６腫瘍、ＰＲＡＳ４０、及びＥＲＫのリン酸化の減少が、評価可能な組織サンプル１７例中６例の患者からの連続生検で認められ、代謝反応（陽電子放射断層撮影法［ＰＥＴ］スキャンによる取り込みでフルオロデオキシグルコース［ＦＤＧ］の２０％減少）は、ベースラインでＰＥＴ−陽性な疾患を有する５６例中１０例の患者で認められた。これらの変化が観察された腫瘍の種類は、ＣＲＣ、ＮＳＣＬＣ、ＨＮＳＣＣ、及び卵巣癌、乳癌、及び肛門癌が含まれている。
【０３２９】
患者由来のサンプルは、ＮＲＧ１発現について分析した。
【０３３０】
上述のとおり、第Ｉ相試験では、２例のＨＮＳＣＣ患者は、ＭＥＨＤ７９４５Ａ二重特異性抗体を用いた治療への部分的な応答を示した。患者１は、２００７年に喉頭のＨＮＳＣＣと診断され、以前の治療として含まれているのは、化学放射線療法、３ｘセツキシマブ±化学放射線療法で、最良効果が「安定」であった。
【０３３１】
患者１は、ＭＥＨＤ７９４５Ａ（１４ｍｇ／ｋｇ経静脈投与）で治療後、部分応答が確認された。部分応答は、ＣＴ解析に基づく腫瘍の大きさの減少によって、且つ固形癌の治療効果判定のためのガイドライン（ＲＥＣＩＳＴ）により規定される適用可能な基準を用いて示された。患者１はまた、臨床的改善（痛みの減少、発声の改善）を示した。１９９４年に、患者２は舌のＨＮＳＣＣ、最近では肺への転移があると診断された。以前の治療法には、複数回の手術と化学放射線療法が含まれる。患者２は、ＭＥＨＤ７９４５Ａで治療した後（１４ｍｇ／ｋｇを２週間毎に経静脈投与）、ＣＴ解析に基づく腫瘍の大きさの減少により部分応答を示し、且つ、臨床的改善（嚥下能力の回復）があった。
【０３３２】
試験群中のこれら２例の患者に、ＮＲＧ１が最大値を示した癌が認められた。（図１６）更に、再発性ＨＮＳＣＣにおけるＮＲＧ１発現レベルは、原発性ＨＮＳＣＣにおけるＮＲＧ１発現レベルよりも高いことが決定された。図１７は、このアッセイの結果を示し、第Ｉ相試験からの患者１のＮＲＧ１発現レベルを比較している。
【０３３３】
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【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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