(57)【要約】  本発明は、体液試料を採集及び調製するためのシステムに関する。システムは、試料を受容するための試料カップ（３８）であって、試料量の等しい増分に対応する目盛り付き表示マーキング（１４）を含む試料カップ（３８）と、前記試料カップを密閉可能に被覆するための取り外し可能な蓋（１６）であって、隔壁によって密閉されたアクセス点を有する取り外し可能な蓋（１６）と、前記アクセス点を被覆するのに効果的な取り外し可能なキャップ（２２）と、を含む試料容器（１０）と、試料の量に対する所定投与量で試料容器内の試料に添加される複数の所定の試薬投与量を収容するための送達デバイスと、を備える。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
体液試料を採集及び調製するためのシステムであって、
（ａ）試料容器であって、
（ｉ）前記試料を受容するための試料カップであって、試料量の等しい増分に対応する目盛り付き表示マーキングを含む試料カップと、
（ｉｉ）前記試料カップを密閉可能に被覆するための取り外し可能な蓋であって、隔壁によって密閉されたアクセス点を有する取り外し可能な蓋と、
（ｉｉｉ）前記アクセス点を被覆するのに効果的な取り外し可能なキャップと、を備える試料容器と、
（ｂ）前記試料の量に対する所定投与量で前記試料容器内の試料に添加される複数の所定の試薬投与量を収容するための送達デバイスと、を備え、
前記試薬投与量が前記隔壁を通じて前記試料容器内に挿入するためのものであり、
ある量の試料に添加される所定投与量の試薬の数ａが前記試料カップ上の前記表示マーキングに対応するように、前記所定の試薬投与量が前記送達デバイス上の対応の前記表示マーキングに対応する、システム。
【請求項２】
前記隔壁が、前記隔壁を通じて前記所定投与量の挿入を可能にする１つ又は複数のスリットを備える、請求項２に記載のシステム。
【請求項３】
前記複数の所定の試薬投与量が溶液の形態であり、前記送達デバイスが前記隔壁を貫通することができ、前記送達デバイスが、前記試料カップ上の前記マーキングに対応するある量の試料に添加される前記所定投与量の量を示す目盛り付き表示マーキングを備える、請求項１又は２に記載のシステム。
【請求項４】
前記試料カップ上の前記表示マーキング及び前記送達デバイス上の前記表示マーキングが、連続した数の目盛り付きマーキングである、請求項３に記載のシステム。
【請求項５】
前記試料カップ上の前記連続した数の目盛り付きマーキング及び前記送達デバイス上の前記連続した数の目盛り付きマーキングに無名数を用いる、請求項４に記載のシステム。
【請求項６】
前記１つ又は複数のスリットが前記送達デバイスによる前記隔壁の貫通を可能にする、請求項３〜５のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項７】
前記送達デバイスがピペットである、請求項６に記載のシステム。
【請求項８】
前記送達デバイスが、前記隔壁を通じて取り外し可能又は突刺可能であって挿入可能である先端を有する密閉されたパッケージである、請求項７に記載のシステム。
【請求項９】
前記送達デバイスがシリンジである、請求項１〜５のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１０】
前記所定の試薬投与量が固形剤形であり、前記１つ又は複数のスリットが前記固形剤形の貫通を可能にする、請求項２に記載のシステム。
【請求項１１】
前記アクセス点が前記蓋内の開口部であり、前記開口部から前記隔壁が取り外し可能である、請求項１〜１０のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１２】
前記隔壁が、前記蓋に取り付けられる又は前記蓋の一部である、請求項１〜１１のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１３】
前記試料カップの前記内部表面が円錐形又は切頭円錐形である、請求項１〜１２のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１４】
前記試料カップが、前記試料カップ内に収容される試料の量が観察者に見えることを可能にするほど十分に半透明である、請求項１〜１３のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１５】
前記複数の所定の試薬投与量をさらに備える、請求項１〜１４のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１６】
前記試薬投与量が少なくとも１つの細胞溶解試薬を備える、請求項１５に記載のシステム。
【請求項１７】
前記少なくとも１つの細胞溶解試薬のうちの少なくとも１つが洗浄剤である、請求項１６に記載のシステム。
【請求項１８】
前記試薬投与量が少なくとも１つの粘液溶解試薬を含む、請求項１５〜１７のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項１９】
前記粘液溶解試薬がプロテイナーゼである、請求項１８に記載のシステム。
【請求項２０】
体液試料を調製するための方法であって、
試料容器内の体液試料に、前記試料の量に対する所定量の試薬を添加するステップを含み、
前記試料容器が、（ｉ）前記試料を受容するための試料カップであって、試料量の等しい増分に対応する目盛り付き表示マーキングを含む試料カップと、（ｉｉ）隔壁によって密閉されたアクセス点を含む取り外し可能な蓋と、（ｉｉｉ）前記アクセス点を被覆するのに効果的な取り外し可能なキャップと、を備え、
前記試薬が所定量として前記隔壁を通じて添加され、
前記試料容器に添加される前記所定量が、前記試料容器内に採集された試料の量に対応する、方法。
【請求項２１】
前記試薬が、送達デバイス内に収容された溶液であり、前記送達デバイスは、前記試料容器上の前記目盛り付きマーキングに対応する、前記試料容器に添加する試薬の量のマーキングを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記試薬は別個の固体としての所定量の前記試薬であり、前記試料容器に添加される別個の固体の数は前記試料カップ上の前記目盛り付き表示マーキングに対応する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
前記添加するステップが、
前記試料カップ内の試料のレベルを観察するステップと、
前記試料カップ上の前記目盛り付き表示マーキングに対する前記カップ内の試料の前記レベルに対応する数を前記試料量に割り当てるステップと、
前記送達デバイスから、前記送達デバイス上の前記目盛り付き表示マーキングに対する同数に対応する試薬溶液の量又は固体試薬投与の量を前記試料に添加するステップと、を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記目盛り付き表示マーキングが、連続した数のマーキングである、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記試料カップ上の前記連続した数の目盛り付きマーキング及び前記送達デバイス上の前記連続した数の目盛り付きマーキングに無名数を用いる、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
添加される試薬溶液の前記量が前記試料量に対して１：１の割合ではない、請求項２１に記載の方法。
【請求項２７】
前記隔壁が、前記送達デバイスによる前記隔壁の貫通を可能にする１つ又は複数のスリットを備える、請求項２０〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
前記送達デバイスがピペットである、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記送達デバイスが、前記隔壁を通じて取り外し可能又は突刺可能であって挿入可能である先端を有する密閉されたパッケージである、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記送達デバイスがシリンジである、請求項２０に記載の方法。
【請求項３１】
前記隔壁が、前記試薬による前記隔壁の貫通を可能にする１つ又は複数のスリットを含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項３２】
前記試料カップの前記内部表面が円錐形又は切頭円錐形である、請求項２０に記載の方法。
【請求項３３】
前記試薬溶液が細胞溶解試薬を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項３４】
前記細胞溶解試薬が洗浄剤である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記試薬溶液が粘液溶解試薬を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項３６】
前記体液試料が喀痰試料である、請求項２０〜３５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３７】
核酸を前記試料から分離するステップをさらに含む、請求項２０〜３６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３８】
前記分離された核酸から１つ又は複数の標的核酸を増幅するステップをさらに含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記１つ又は複数の標的核酸が結核菌の特徴を示す、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
体液試料を採集及び調製するための試料容器であって、
（ｉ）前記試料を受容するための試料カップであって、試料量の等しい増分に対応する連続した数の目盛り付きマーキングを含む試料カップと、
（ｉｉ）前記試料カップを密閉可能に被覆するための取り外し可能な蓋であって、隔壁によって密閉されたアクセス点を有する取り外し可能な蓋と、
（ｉｉｉ）前記アクセス点を被覆するのに効果的な取り外し可能なキャップと、を備え、
前記試料カップ上の前記連続した数の目盛り付きマーキングに無名数を用いる、試料容器。
【請求項４１】
前記試料カップが、前記カップ内に収容された試料の量が観察者に見えることを可能にするほど十分に半透明である、請求項４０に記載の試料容器。
【請求項４２】
前記試料カップの前記内部表面が円錐形又は切頭円錐形である、請求項４０に記載の試料容器。
【請求項４３】
前記アクセス点が前記蓋内の開口部であり、前記開口部から前記隔壁が取り外し可能である、請求項４０に記載の試料容器。
【請求項４４】
前記隔壁が、前記蓋に取り付けられる又は前記蓋の一部である、請求項４０に記載の試料容器。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
[001]  本出願は、２０１２年３月２７日に出願された米国仮特許出願第６１／６１６，２４３号の優先権の利益を主張し、その全体が参照により本明細書中に組み込まれる。
【０００２】
連邦政府により資金提供を受けた研究又は開発の記載
[002]  本発明は、国立衛生研究所（National Institutes of Health）によって授与された助成金番号Ｕ５４ＥＢ００７９４９（ノースウェスタン大学（Northwestern University）への保健分野における適性技術導入プログラム（Program for Appropriate Technology in Health）（ＰＡＴＨ）合意番号ＮＩＨ  １３７４−０２−０８４５９−ＣＯＬ）下における米国政府の支援によってなされた。米国政府は本発明に一定の権利を有する。
【０００３】
[003]  本開示は、結核などの分析物に関して試験される喀痰試料などの、診断的試験のための体液試料を取得及び調製する装置及び方法に関する。特に、安全性及び容易性の特徴を向上させた試料調製装置及び方法に関する。
【背景技術】
【０００４】
[004]  結核（ＴＢ）は、（大多数の場合においては）細菌結核菌（Mycobacterium tuberculosis）による肺の感染に起因する。予防及び治療可能である一方で、ＴＢは依然として世界の疾患及び死亡の主因の１つである。２００９年には、推定１４００万人が活動性ＴＢを有して生活しており、推定１７００万人がＴＢにより死亡した（ＷＨＯ，Global Tuberculosis Control 2010）。ＴＢは発展途上国に過度に影響を及ぼし、新規症例の９０％超が発展途上国において発生する。
【０００５】
[005]  そのような状況における信頼性の高い病気の臨床診断は課題を呈する。胸部Ｘ線、皮膚試験及び鏡検は広く知られた手法であり、概して、その実施は容易であるが、それらは十分に信頼のおけるものではない。世界保健機関（ＷＨＯ）は、２０１０年、ＴＢの利用可能な血液検査が、また、容認しがたいほど多数の偽陰性及び偽陽性を示したことを報告している。
【０００６】
[006]  核酸増幅法を使用した喀痰試料中の細菌の分析は、ＴＢの正確な診断のために現在好まれている標準である。しかしながら、採取された喀痰試料に希釈及び他の前処置が必要であり、技術者が汚染した試料に曝露するリスクが増加する。発展途上国では、利用可能度の欠如、建坪及び／又は費用の欠如のため、ＴＢ試料を処理するための良好に機能する安全フード（safety hoods）を有する診療所又は病院はほとんどない。
【０００７】
[007]  従って、医療従事者の曝露を低減するとともに、試料調製のための希釈剤（thinning agents）及び他の試薬の添加を簡略化する試料採集システムに対する需要がある。
【発明の概要】
【０００８】
[008]  以下に記載され、かつ示される以下の態様及び実施形態は、例示的かつ例証的なものであり、範囲の限定を意図するものでは決してない。
【０００９】
[009]  一態様において、本明細書には、体液試料を採集及び調製するためのシステムであって、
（ａ）試料容器であって、
（ｉ）試料を受容するための試料カップであって、試料量の等しい増分に対応する目盛り付き表示マーキング（graduated indicator markings）を含む試料カップと、
（ｉｉ）試料カップを密閉可能に被覆するための取り外し可能な蓋であって、隔壁によって密閉されたアクセス点を有する取り外し可能な蓋と、
（ｉｉｉ）前記アクセス点を被覆するのに効果的な取り外し可能なキャップと、を備える試料容器と、
（ｂ）試料の量に対する所定投与量で試料容器内の試料に添加される複数の所定の試薬投与量を収容するための送達デバイスと、を備え、
試薬投与量は、隔壁を通じて試料容器内に挿入するためのものであり、
ある量の試料に添加される所定投与量の試薬の数ａが試料カップ上の表示マーキングに対応するように、所定の試薬投与量が送達デバイス上の対応の表示マーキングに対応する、システムが開示される。
【００１０】
[010]  一実施形態では、隔壁は、隔壁を通じて所定投与量の挿入を可能にする１つ又は複数のスリットを備える。所定投与量は、固形剤形の場合は直接隔壁を通じて又は送達デバイスの貫通によって挿入されてもよい。
【００１１】
[011]  一実施形態では、複数の所定の試薬投与量は溶液の形態である。さらなる実施形態においては、送達デバイスは、隔壁を貫通するように構成される又は隔壁を貫通することができる。別の実施形態では、送達デバイスは、試料カップ上のマーキングに対応する、ある量の試料に添加される所定投与量の量を示す目盛り付き表示マーキングを含む。他の実施形態においては、試料カップ上の表示マーキング及び送達デバイス上の表示マーキングは、連続した数の目盛り付きマーキングである。１つの好適な実施形態においては、試料カップ上の連続した数の目盛り付きマーキング及び送達デバイス上の連続した数の目盛り付きマーキングに無名数を用いる。異なる実施形態においては、送達デバイスは、ピペットであっても、隔壁を通じて取り外すことも突刺及び挿入することもできる先端を有する密閉されたパッケージであっても、シリンジであってもよい。
【００１２】
[012]  通常、アクセス点は、蓋内の開口部であり、開口部から隔壁を取り外し可能である。代替的に、隔壁は、蓋に取り付けられても蓋の一部分であってもよい（この場合、隔壁及びアクセス点は同義とみなされてもよい）。
【００１３】
[013]  好適な実施形態では、試料カップの内部表面は少なくとも部分的に円錐形又は切頭円錐形である。試料容器は、試料カップの外側部から延在する、容器を直立姿勢において支持するための部材をさらに備えてもよい。別の好適な実施形態では、試料カップは、試料カップ内に収容される試料の量が観察者に見えることを可能にするほど十分に半透明である。
【００１４】
[014]  システムの構成要素は、キット形態で提供されてもよい。そのような場合、システムは、好ましくは、所定の試薬投与量として試薬溶液投与量及び／又は固体試薬投与量をさらに含む。一実施形態においては、試薬溶液は、送達デバイスとしての機能を果たす密閉されたパッケージ内に収容される。試薬は、種々の実施形態においては、試料、特に喀痰試料の処理のための１種又は複数種の細胞溶解試薬及び／又は１種又は複数種の粘液溶解試薬を含んでもよい。一実施形態においては、細胞溶解試薬は洗浄剤である。別の実施形態においては、粘液溶解試薬はプロテイナーゼＫなどのプロテイナーゼである。
【００１５】
[015]  また、本明細書中の開示によって、上述のような体液試料を採集及び調製するための試料容器であって、
（ｉ）試料を受容するための試料カップであって、試料量の等しい増分に対応する連続した数の目盛り付きマーキングを含む試料カップと、
（ｉｉ）試料カップを密閉可能に被覆するための取り外し可能な蓋であって、隔壁によって密閉されたアクセス点を有する取り外し可能な蓋と、
（ｉｉｉ）アクセス点を被覆するのに効果的な取り外し可能なキャップと、を備え、
試料カップ上の連続した数の目盛り付きマーキングに無名数を用いる、容器が提供される。
【００１６】
[016]  好ましくは、試料カップは、カップ内に収容された試料の量が観察者に見えることを可能にするほど十分に半透明である。一実施形態においては、試料カップの内部表面は円錐形又は切頭円錐形である。異なる実施形態においては、アクセス点は、蓋内の開口部であり、隔壁は開口部から取り外し可能である、又は、隔壁は蓋に取り付けられても蓋の一部分であってもよい。
【００１７】
[017]  また、本明細書中には、体液試料を調製するための関連方法であって、
試料容器内の体液試料に、試料の量に対する所定量の試薬を添加するステップを含み、
試料容器が、（ｉ）試料を受容するための試料カップであって、試料量の等しい増分に対応する目盛り付き表示マーキングを含む試料カップと、（ｉｉ）隔壁によって密閉されたアクセス点を含む取り外し可能な蓋と、（ｉｉｉ）前記アクセス点を被覆するのに効果的な取り外し可能なキャップと、を備え、
前記試薬が所定量として前記隔壁を通じて添加され、
試料容器に添加される所定量が、試料容器内に採集された試料の量に対応する、方法が開示される。
特に、溶液を添加するステップは、
試料カップ内の試料のレベルを観察するステップと、
試料カップ上の目盛り付き表示マーキングに対するカップ内の試料のレベルに対応する試料量に数又は他の表示を割り当てるステップと、
送達デバイスから、送達デバイス上の目盛り付き表示マーキングに対する同数に対応する試薬溶液の量又は固体試薬の量／数を試料に添加するステップと、を含む。
【００１８】
[018]  一実施形態では、試薬は、試料容器上の目盛り付きマーキングに対応する、試料容器に添加する試薬の量のマーキングを含む送達デバイス内に収容された溶液である。別の実施形態においては、試薬は、別個の固体としての所定量の試薬であり、試料容器に添加される別個の固体の数は試料カップ上の目盛り付き表示マーキングに対応する。
【００１９】
[019]  一実施形態では、試料カップ及び／又は送達デバイス上の表示マーキングは連続した数の目盛り付きマーキングである。１つの好適な実施形態では、試料カップ及び／又は送達デバイス上の連続した数の目盛り付きマーキングに無名数を用いる。一実施形態においては、添加される試薬溶液の量又は固体試薬投与の量は試料量に対して１：１の割合ではない。好ましくは、試料カップの内部表面は円錐形又は切頭円錐形であり、試料カップは、試料カップ内に収容される試料の量が観察者に見えることを可能にするほど十分に半透明である。
【００２０】
[020]  上に開示したように、デバイス隔壁は、好ましくは、送達デバイスによる隔壁の貫通を可能にする１つ又は複数のスリットを含み、送達デバイスは、例えば、ピペットであっても、隔壁を通じて取り外すことも突刺及び挿入することもできる先端を有する密閉されたパッケージであっても、シリンジであってもよい。別の実施形態においては、１つ又は複数のスリットは１つ又は複数の固体試薬投与量による隔壁の貫通を可能にする。
【００２１】
[021]  方法の好適な実施形態においては、体液試料は喀痰試料である。試料に添加される試薬溶液は、種々の実施形態では、細胞溶解試薬及び／又は粘液溶解試薬を含んでもよい。実施形態では細胞溶解試薬は洗浄剤である。他の実施形態では、粘液溶解試薬はプロテイナーゼＫなどのプロテイナーゼである。
【００２２】
[022]  方法のさらなる実施形態においては、方法は、核酸を試料から分離するステップをさらに含み、かつ分離された核酸の１つ又は複数の標的核酸を増幅するステップをさらに含んでもよい。そのような増幅は当技術分野において公知の任意の増幅方法を使用してもよく、この例には、ＰＣＲ、ＲＴ（リアルタイム）−ＰＣＲ、ＲＴ（逆転写酵素）−ＰＣＲ、並びに核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）及びヘリカーゼ依存性増幅（ＳＤＡ）などの等温法を含むが、これらに限定されない。
【００２３】
[023]  好適な実施形態においては、１つ又は複数の標的核酸は結核菌（Mycobacterium tuberculosis）の特徴を示し、方法は、体液試料、特に喀痰試料中における結核菌（Mycobacterium tuberculosis）の存在又は欠如を判断するために使用される。
【００２４】
[024]  また、本明細書中には、体液試料を調製するためのさらなる方法であって、
本明細書中に開示されるような試料容器内の体液試料に、試料の量に対して所定量で試薬溶液を添加するステップを含み、
試料容器は、上に開示したように、（ｉ）試料を受容するための試料カップであって、試料量の等しい増分に対応する連続した数の目盛り付きマーキングを含む試料カップと、（ｌｉ）隔壁によって密閉されたアクセス点を含む取り外し可能な蓋と、（ｉｉｉ）アクセス点を被覆するのに効果的な取り外し可能なキャップと、を備え、
試薬溶液は、隔壁を貫通することができ、かつ試薬溶液量の等しい増分に対応する連続した数の目盛り付きマーキングを含む送達デバイスを使用して添加され、
試料カップ上の所与の数に対応する一定量の試料に添加される所定量が送達デバイス上の同じ所与の数に対応する試薬溶液の量である、方法が開示される。
本デバイス及び方法のさらなる態様及び利点は、特に添付の実施例及び図面とともに考慮される際に、以下の記載及び特許請求の範囲において説明される。
【図面の簡単な説明】
【００２５】
【図１】本明細書中に開示される試料容器の一実施形態を示す。
【図２】図１に示した試料容器を断面において示す。
【図３】本明細書中に開示される送達デバイスの実施形態を示し、図３Ａは、ピペットを示し、図３Ｂは、密閉されたパウチを示す。
【図４】標準バッファ又は１０％希釈液の相対抽出（relative extraction）を示すグラフである。
【図５】プロテイナーゼＫ消化バッファで処理した喀痰の、０分、５分、１０分及び１５分における時間経過の画像である。
【発明を実施するための形態】
【００２６】
Ｉ．定義
[030]  本方法及び構成を記載する前に、本開示は、記載される特定の実施形態に限定されるものではなく、従って、当然、変更されてもよいことを理解すべきである。本開示のいくつかの実施形態が、以下、詳細に記載される。これら実施形態は、多くの異なる形態をとってもよく、本明細書中に明示的に説明する実施形態に限定されると解釈すべきではない。むしろ、これら実施形態は本開示が完璧かつ完全となり、本開示の範囲を当業者に完全に伝えるように提供される。また、本発明の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されるため、本明細書中に使用される専門用語は特定の実施形態のみを説明するためであり、限定を意図するものではないことを理解すべきである。
【００２７】
[031]  本明細書中において参照される全ての特許、出願、公開された出願及び他の刊行物はそれら全体を参照により組み込む。
【００２８】
[032]  定義されない用語及び略語には当技術分野において使用されるそれらの通常の意味が与えられるべきである。本明細書では、以下の用語は以下の意味を有するものとする。
【００２９】
[033]  本明細書では、単数形「a」、「an」及び「the」は、文脈において別段の明確な指示がない限り、複数の指示対象を有する実施形態を含む。従って、例えば、「a protein（タンパク質）」の言及には複数のそのようなタンパク質が含まれ、「the formulation（製剤）」の言及には１つ又は複数の製剤及び当業者に公知のその均等物等の言及を含まれる。
【００３０】
[034]  値の範囲が提供される場合、文脈において別段の明確な指示がない限り、その範囲の上限値と下限値との間の、下限値の単位の１０分の１までの各中間値もまた具体的に開示されると理解される。任意の示された値又は示された範囲の中間値と、任意の他の示された値又はその示された範囲の中間値との間のそれぞれより狭い範囲が本開示に包含される。これらより狭い範囲の上限値及び下限値はこの範囲に独立して含まれても含まれなくてもよく、より狭い範囲に境界値（limits）のいずれかが含まれる場合、いずれも含まれない場合、両方とも含まれる場合のそれぞれの範囲もまた、本開示に包含され、示された範囲内において任意の明確に除外された境界値の対象となる。示された範囲が境界値の１つ又は両方を含む場合、それらの含まれた境界値のいずれか又は両方を除いた範囲もまた、本開示の範囲内である。例えば、５〜１０分の範囲が示される場合、５分以上の値の範囲及び１０分以下の値の範囲はもとより、６分、７分、８分及び９分もまた、明示的に開示されることを意図する。
【００３１】
[035]  標的核酸又は分析物の「検出」とは、試料中における核酸又は分析物の存在又は欠乏を決定することを意味し、欠乏とはゼロレベル又は検出不能レベルを意味する。
【００３２】
[036]  本開示に関しては、生物学的流体又は「体液」は、特に明記されない限り、糞便、生検検体、皮膚、爪及び毛髪を含む固体又は半固体試料、又は尿、唾液、喀痰、粘液、血液、血漿又は血清などの血液成分、羊水、精液、腟分泌物、涙、脊髄液、洗液及び他の体液などの液体試料とされ得る。試料に含まれるのは、例えば、頚部、尿道、外鼻孔及び咽頭からのスワブ検体である。特定の実施形態においては、試料は喀痰試料である。
【００３３】
ＩＩ．試料採集及び調製システム
[037]  本明細書中に提供されるのは、体液試料を採集するため、及び例えば、核酸アッセイによる診断的試験のための試料を調製するための試料採集容器である。そのような試料容器の一実施形態は図１及び図２に示される。図２に示すように、試料容器１０は、試料を受容するための試料カップ１２と、試料カップを密閉可能に被覆するための取り外し可能な蓋１６と、取り外し可能なキャップ２２と、を含む。図面に部分的に示されるように、蓋１６及びキャップ２２は、通常、ねじ山によって取り付けられたねじ式キャップである。蓋及びキャップは、スナップ式であってもよく、かつ蓋又はキャップを固定するための隆起又は突起物を含んでもよいことは理解されよう。蓋１６は、通常、隔壁１８（図１に不可視）によって密閉された少なくとも１つの中心開口部である、アクセス点（access point）を有する。隔壁は、好ましくは、例えば、鋭利なデバイスではない溶液送達又は抽出デバイスによる貫通を可能にするために切れ目を入れられる。
【００３４】
[038]  隔壁は、通常、蓋に挿入される別個の部品として成形される。隔壁は蓋から取り外し可能であってもよいことは理解されよう。実施形態においては、隔壁は蓋に脱着可能に又はそれ以外で取り付けられてもよい。他の実施形態においては、隔壁は蓋に一体化されている。図２の断面図に示される実施形態では、隔壁材料（通常、ゴム又はポリマー）は、また、容器の内部に短い距離延びている円筒状の伸張部２０を形成する。しかしながら、そのような伸張部は任意選択的である。
【００３５】
[039]  代替的に、蓋及び隔壁は一体で成形されてもよく、その場合、アクセス点は、例えば、重ね成形された（overmolded）ゴム隔壁を有する開口部、又は蓋を構成するものと同じプラスチック材料の超薄片（very thin section）を含み、そのどちらであっても、好ましくは、アクセスを可能にするための切れ目が入れられている。しかしながら、一般に、取り外し可能な隔壁が好適である。その理由は、これにより、デバイスを隔壁が取り外された状態で使用者に提供することを可能にすることから、顕微鏡塗抹標本を得るため、試料容器の蓋全体を取り外すことなく、例えば、塗抹スティック又はプローブによる試料へのアクセスを可能にするからである（精度の観点から増幅アッセイが好ましいが、発展途上国においては迅速なＴＢ診断のため顕微鏡塗抹検査が依然広く使用されている）。
【００３６】
[040]  試料カップ１２は、その外部表面の少なくとも一部に沿って、試料量の等しい増分に対応する目盛り付き表示マーキング１４を含む。図２に示すように、マーキングは数字のマーキングのない表示線であってもよい。実施形態においては、表示マーキングは、連続した数の目盛り付きマーキング１４である。目盛り付きマーキングに隣接するのは連続する数字３０であり、以下にさらに記載されるように、これらは好ましくは無名数である。好ましくは、試料カップは、カップ内に収容された試料の量が観察者に見えることを可能にするほど十分に半透明である。
【００３７】
[041]  好適な実施形態では、試料カップ１２の内部表面は、より少量の試料のより正確な計測を可能にするため、図に示すように、少なくとも部分的に円錐形又は切頭円錐形である。試料容器は、また、試料カップの外側部から延在する、容器を直立姿勢において支持するための部材３８を含んでもよい。
【００３８】
[042]  また、試料容器との使用のために本明細書中に提供されるのは、容器内の試料に、好ましくは、試料の量に対する所定量の希釈剤及び／又は試薬溶液（例えば、１ｍｌの試料に対して２ｍｌの希釈剤／試薬）を送達するための送達デバイス２４である。送達デバイスは、プラスチックピペット３４（図３Ａ）又は分注先端部４０（図３Ｂ）を有する密閉されたパウチ３６などの安定なプラスチック材料で形成された、好ましくは、鋭利でないデバイスである。示される実施形態においては、パウチは、パウチの開口を案内するための切り込み４４を備えたフランジ４２を含む。
【００３９】
[043]  図３Ｂのパウチの代わりに、一般に、無菌医薬品の包装に使用されるような、熱成形ブリスタパッケージ又は成形同時充填式容器（blow-fill-seal container）などの他の種類の密閉されたパッケージが使用されてもよい。いずれの場合においても、密閉されたパッケージは、内容の分注を可能にするために突き刺す、破る、剥ぎ取る又は切り離すことができる分注端部を有し、分注端部は、好ましくは、顕著な圧力（すなわち、パッケージの分注端部を開き、それを、隔壁１８を通じて挿入するのに必要な圧力を超える）がパッケージに印加されるまで液体が分注されないように構成されている。一実施形態においては、密閉されたパッケージは早期分注を防止するのに十分な剛性を有する。
【００４０】
[044]  試料カップ１２に類似する手法において、分注デバイスは、その外部表面の少なくとも一部に沿って、溶液量の等しい増分に対応する目盛り付きマーキング２８を含む。実施形態では、マーキングは、連続した数である。目盛り付きマーキングに隣接するのは連続する数字３２であり、試料カップに関しては、これらは、好ましくは、無名数である。
【００４１】
[045]  密閉されたパウチ（又は他の密閉されたパッケージ）の利点は、調製された希釈剤／試薬溶液２６をパウチ又は他の密閉されたパッケージに事前包装して供給することができるため、技術者が溶液を操作する必要が低減されることである。従って、試料容器及び試料分注デバイスを含むキット内において、希釈剤／試薬溶液は、密閉されたパッケージ内に提供されうる。代替的に、分注デバイス２４がピペットである場合、希釈剤／試薬溶液は別個の容器で提供されてもよい。
【００４２】
[046]  希釈剤／試薬溶液の濃度は、送達デバイス上の所与の数字３２又は他の表示に対応する量が、試料カップ上の同じ数字３０に対応する未処理の試料の量とともに使用するのに適切な量となる程度である（中間数は推定することができ、同じ対応がなされる）。
【００４３】
[047]  一実施形態では、異なる構成要素（試料カップ及び送達デバイス）上の数が対応していても使用される試料の量と溶液の量は１：１の対応にない。例えば、使用される実際の量の割合は、２：１であっても、０．５：１であっても、種々の他の割合であってもよい。当然、１：１の割合もまた使用してもよい。
【００４４】
[048]  別の実施形態では、送達デバイスは、以下にさらに記載されるように、複数の固体試薬投与量用の容器又は保持器である。この実施形態における送達デバイスは、固体試薬投与量が隔壁を通過し、試料カップに入ることを可能にするほどの十分な大きさに作製された分注先端部又は端部を含んでもよい。他の実施形態においては、固体試薬投与量は送達デバイスから取り外され、隔壁を通じ、試料カップ内に挿入される。
【００４５】
[049]  記載した試料と試薬の対応（sample-to-reagent correspondence）を実施するための指示は、通常、キットに提供される。そのようなキットは、通常、試料容器と、送達デバイスと、好ましくは、希釈剤／試薬溶液／固体試薬と、を含む。
【００４６】
[050]  提供される希釈剤／試薬溶液は、試料カップ内に採集された試料流体の所望の処理に応じて変更されてもよい。例えば、粘性が高く取り扱いが困難な喀痰試料は、従来、初期の希釈及び液化のため水酸化ナトリウム溶液で処理されているが、この処理は非ＴＢ菌（non-TB bacteria）も死滅させる。試料採集及び調製システムは、培養のため又は核酸増幅及び分析のため試料を調製するために使用されてもよい。
【００４７】
[051]  試料が核酸増幅のために調製される場合、細胞溶解試薬及び／又は粘液溶解試薬又はタンパク質分解試薬（proteolytic reagent）が提供されてもよい。核酸分析用キットは、また、別個の容器内に、公知の手順により使用される増幅プライマー及び他の増幅試薬を含んでもよい。そのような増幅においては当技術分野において公知の任意の増幅方法を使用してもよく、その例には、ＰＣＲ、ＲＴ（リアルタイム）−ＰＣＲ、ＲＴ（逆転写酵素）−ＰＣＲ、並びに核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）、転写媒介増幅（ＴＭＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）及びヘリカーゼ依存性増幅（ＳＤＡ）などの等温法を含むが、これらに限定されない。
【００４８】
[052]  一実施形態においては、試薬は、細胞溶解試薬及びプロテアーゼを含むプロテアーゼ消化バッファである。一実施形態では細胞溶解試薬は洗浄剤である。例えば、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）などの陰イオン洗浄剤又は陽イオン洗浄剤などの任意の適切な洗浄剤が許容可能である。一実施形態では、バッファはプロテアーゼなどのタンパク質の消化用の試薬を含む。１つの好適なプロテアーゼはプロテイナーゼＫである。好適な実施形態においては、バッファは、プロテアーゼを安定させるための物質を含む。１つの例示的実施形態では、バッファは、安定性の増加を通じてプロテアーゼを活性化するための、ＣａＣｌ２などの活性化物質と、バッファのｐＨを有効範囲内に維持するための試薬と、を含む。一実施形態においては、プロテアーゼがプロテイナーゼＫである場合、バッファ試薬は、最大のプロテイナーゼＫ活性のためバッファのｐＨを約８．０に維持するために、トリス−ＨＣＩである。活性化物質がＣａＣｌ２である場合、バッファは、好ましくは、標的ＤＮＡを消化しうるカルシウム依存性ヌクレアーゼ（calcium-dependent nucleases）の阻害用試薬を含む。例示的実施形態においては、阻害剤はＥＤＴＡである。プロテアーゼ消化バッファの１つの利点は、喀痰試料が滅菌されることによって臨床者の感染リスクを低減することである。この試料は、細菌増殖分析において使用されなくてもよいが、核酸の存在に関しては簡便に分析される。プロテアーゼ消化バッファの別の利点は、それが検体中の細菌の凝集に起因する偽陰性を低減又は防止することである。検体の溶解及び混合は、試料全体にわたり核酸の等しい又はほぼ等しい濃度を提供する。
【００４９】
[053]  別の実施形態では、試薬は、細胞溶解試薬及びプロテアーゼを含む固体試薬である。乾燥固体試薬の１つの利点は特に高温における安定性の拡張である。乾燥試薬は、好ましくは、長期間貯蔵安定（shelf stable）である。一実施形態においては、乾燥試薬は、対応する試薬溶液よりも長期間貯蔵安定である。実施形態においては、試薬は約１〜１２か月間安定である。非限定的な実施形態においては、試薬は、約１〜２か月間、約１〜４か月間、約１〜６か月間、約２〜４か月間、約２〜６か月間、約２〜１２か月間、約４〜６か月間、約４〜１２か月間、約６〜１２か月間又はそれよりも長い間安定である。特に、しかし非限定的な実施形態においては、乾燥試薬は、少なくとも約１か月間、約２か月間、約４か月間、約６か月間、約８か月間、約１０か月間、約１２か月間又はそれよりも長い間安定である。別の実施形態においては、乾燥試薬はより高温で貯蔵安定である。これは、大規模な冷蔵を行わない分野における試薬の使用において特に有利である。実施形態においては、乾燥試薬は少なくとも約２５〜６０℃の温度で貯蔵安定である。他の実施形態においては、乾燥試薬は少なくとも約２５〜５５℃、又は少なくとも約４０〜５５℃の温度で貯蔵安定である。特に、しかし非限定的な実施形態においては、乾燥試薬は、約４０〜５５℃で、上に記載した時限を含む少なくとも約１〜１２か月間又は１〜６か月間貯蔵安定である。別の利点は、試薬の取り扱いにおける安全性の向上である。プロテアーゼは長期の皮膚接触により危険を伴うおそれがある。固体乾燥剤形は広範な皮膚部位に接触する可能性のある液体の流出を防止することはもとより、試薬への限定的な皮膚曝露を提供する。
【００５０】
[054]  好適な実施形態では、乾燥試薬は成分を単独又は一緒に凍結乾燥することによって調製される。成分が別個に凍結乾燥される場合、結果として生じる成分は、混合され、固形剤形に形成されてもよい。好適な実施形態では、乾燥試薬は、上に記載したプロテアーゼ消化バッファと同じ又は類似の原料を含む。一実施形態では、２５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ（ｐＨ８．０）、５ｍＭ  ＣａＣｌ２及び２０ｍｇ／ｍｌトレハロースを含むプロテアーゼＫを凍結乾燥させる。ＳＤＳは、別個に凍結乾燥し、成分を混合する。固体試薬投与の利点は、全ての試薬が１つの剤形内に収容されることである。臨床家は、試薬を個々に計測する必要はないため過誤の可能性が低下する。さらに、個々の試薬に対する複数の貯蔵要件に対し、剤形は単一の貯蔵要件を有する。乾燥試薬は、送達デバイス内において個々に包装されても、ともに包装されてもよい。乾燥試薬は、錠剤、カプセル剤、丸剤等を含むが、これらに限定されない任意の適切な形態で形成されてもよい。乾燥試薬はゲルコーティングなどの保護コーティングをさらに含んでもよい。
【００５１】
[055]  好適な実施形態においては、１つ又は複数の標的核酸が結核菌（Mycobacterium tuberculosis）の特徴を示し、体液試料、特に、喀痰試料中における結核菌（Mycobacterium tuberculosis）の存在又は欠如を判断するための方法が使用される。
【００５２】
ＩＩＩ．試料採集及び調製の方法
[056]  また、本明細書中に開示されるのは、上述の試料容器及び分注デバイスを使用して体液試料を調製する方法である。試料カップ１２は、一般にプラスチックねじ式キャップであるカバー１６の取り外しにより患者によって充填される。必要であれば、繰り返しの投入（deposits）が行われる。試料カップ１２の内部表面は、好ましくは、円錐形又は切頭円錐形であるため、少量及びより多量の両方における正確な量の計測が可能である。通常、試料カップは、１〜５ｍｌ又は１〜１０ｍｌの蓄積された試料を保持するように設計されている。上に示したように、しかしながら、カップ上の印３０は、概して、量の単位を含まない。
【００５３】
[057]  診療所において、試料カップ１２内の試料、通常、喀痰のレベルが記される。特に、そのマーカ印３０への対応点が記され、必要であれば中間数が推定される。（この意味で、本明細書中において「試料カップ上の所与の数に対応する試料の量」について述べる場合、「所与の数」は、整数である必要はなく、中間数とすることも分数とすることもできる。）小さなキャップ２２が臨床者によって取り外され、（一実施形態においては）カバー１６内の開口部を密閉する隔壁１８を露出させる。好ましくは、提供される隔壁は、プラスチックピペットなどの鋭利でない器具又は乾燥試薬によるアクセスを可能にするために切れ目を入れられ、別の実施形態では、隔壁は、固体であり、シリンジを使用して突刺される。キャップが取り外される際、及び内容にアクセスする際、隔壁は、エアロゾルが試料カップから漏れることを防止する。
【００５４】
[058]  試料調製のため、上述のような適切な濃度の希釈剤／試薬溶液が、好ましくは、ピペット３４内に吸い上げられる容器内において、又はパウチ３６などの密閉された収容されるものの内に事前包装される、のいずれかにおいて試料容器及び送達デバイスに提供される。より好適でない実施形態では、適切な濃度を有する希釈剤／試薬溶液が診療所において調製され、その後、例えば、ピペット３４内に吸い上げられて使用される。別の実施形態においては、カップ内に採集された試料の量に基づき適切な数の別個の乾燥試薬が試料カップに添加される。
【００５５】
[059]  本明細書中に定義されるように、希釈剤／試薬溶液の「適切な濃度」とは、本明細書中に記載される送達デバイス上の所与の番号（３２）に対応する量が、本明細書中に記載される試料カップ上の同じ番号（３０）に対応する未処理の試料の量とともに使用するのに適切な所定量となる程度である。
【００５６】
[060]  前に試料カップ１２内の試料のレベルと関連付けられた数を参照し、送達デバイス２４上の同数（３２）に対応する希釈剤／試薬溶液の量が、その後、隔壁１８を通じて試料カップに添加される。例えば、一実施形態においては、所望の希釈剤／試薬溶液と試料の量の割合は２：１である。この実施形態においては、試料カップ１２上の各マーキング１４は１ｍｌの増分に対応しうるが、その場合、送達デバイス（例えば、ピペット又はパウチ）上のマーキング２８は２ｍｌの増分に対応する。例えば、試料量レベルが数「３」に対応する場合、数「３」に対応するパウチ又はピペット内容の量が使用される。従って、例えば、パケット内の液体レベルが適切なレベル番号に到達するまでパウチから希釈剤／試薬溶液が分注され、一方で、適切なレベル番号に対応する溶液の量がピペット内に吸い上げられ、その後、分注される。
【００５７】
[061]  開示されるシステムはいくつかの利点を有する。システムは、技術者を試料への曝露から保護するだけでなく、技術者の側における計算を必要とせず、成分の任意の所定の割合に対し、希釈剤／試薬溶液の正確な所定量を添加することも可能にする。
【実施例】
【００５８】
実施例１
喀痰採集
[062]  使用の容易性並びに試験に十分な量（≧１ｍｌ）の試料の取得における有効性を判定するため、結核菌（Mycobacterium tuberculosis）の感染が疑われる９８名のヒト患者に試料採集容器が提供された。被検者のうち９３名が、表１に示す量の少なくとも何らかの試料を容器内に提供した。これら容器の全ては、適切に取り付けられた蓋を有し、いずれの容器も漏出を示さなかった。従って、容器は、患者が使用するにあたり容易かつ効果的であった。さらに、患者は、容器に関して、保持が容易であり、かつ閉鎖が容易であることを認めた。
【００５９】
[063]  容器は十分な試料サイズを取得するのに効果的であった。少なくとも何らかの試料を提供した患者のうち、患者の９３．７％が≧１ｍｌの量の喀痰を容器内に提供した（８７／９３）。
【表１】
2015514216.tif 000003
【００６０】
実施例２
喀痰消化及び滅菌
[064]  ６０ｍＭトリス、ｐＨ８．０、２ｍＭ  ＣａＣｌ２、２％ＳＤＳ及び１ｍｇ／ｍＬプロテイナーゼＫを含む、２倍の喀痰プロテアーゼ消化バッファが調製された。
【００６１】
[065]  １５ｍＬファルコンチューブ内の１ｍＬの２倍の喀痰プロテアーゼ消化バッファに１ｍＬの未処理の喀痰が添加された。喀痰及びバッファをBenchmark Multithermシェーカ内において５５℃まで１０００ｒｐｍの振盪で約７．５分間加熱した。溶液を、その後、９５℃まで１０００ｒｐｍの振盪で１０〜２０分間加熱した。結果として生じた溶液は、均質であり、容易にピペットで採取された。図５は、プロテイナーゼＫ消化バッファによって処理された喀痰の、（左から右に）０分、５分、１０分及び１５分における時間経過である。喀痰の外観は、不透明で粘性の液体から自由流動性（free-flowing）の半透明な液体に変化している。ピペット操作に問題はなく、最も粘性のある検体においても検体の不均質性は認められなかった。
【００６２】
[066]  臨床家が、分析のために試料を取り出す前に試料中の有機体を熱殺菌する（heat killing）と、オペレータが結核菌（Mycobacterium tuberculosis）などの生きた有機体に曝露することが防止される。さらに、試薬バッファは、検体を希釈及び均質化し、正確にピペット採取及び／又は測定することをより容易にする。
【００６３】
実施例３
喀痰滅菌
[067]  １ｍＬの未処理の喀痰に１Ｅ７生有機体（viable organisms）を添加し、実施例２に記載した１ｍｌの２倍のプロテアーゼ消化バッファを添加した。喀痰及びバッファを５５℃まで１０００ｒｐｍの振盪で約７．５分間加熱した。温度を１０００ｒｐｍの振盪で０分間、３分間、５分間、１０分間、２０分間又は３０分間９５℃まで上昇させた。試料を３０００ｒｐｍで１５分間遠心し、上清を廃棄した。ペレットをリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で洗浄し、３０００ｒｐｍで１５分間遠心した。上清を廃棄し、ペレットを１００μｌＰＢＳ中に再懸濁した。段階希釈液１０Ｅ−１〜１０Ｅ−４を調製し、この希釈液を３連で培養した。希釈液を３７℃でインキュベートし、増殖に関して毎週検査を行った。この結果を表２に示す。
【表２】
2015514216.tif 000004
【００６４】
[068]  これらの結果は、温度を少なくとも約１０分間９５℃に上昇させると、添加した細菌（ＭＴＢ）を死滅させるのに十分であることを示す。
【００６５】
実施例４
バッファ希釈の効果
[069]  バッファの希釈の効果を検証するため、標準消化バッファを調製するとともに、実施例１と一致する２倍の消化バッファを調製した。標準バッファを喀痰試料に１００％希釈（１ｍＬ喀痰に対し１ｍｌバッファ）で添加した。濃縮バッファ（０．９ｍＬ喀痰に対し０．１ｍＬバッファ）を使用して１０％希釈を調製した。各希釈において試薬成分（プロテイナーゼＫ、ＣａＣｌ２及びＳＤＳ）は同じ濃度に維持した。相対抽出を測定した。この結果を図４に示す。標準バッファの１００％希釈を１と設定し、２つの変更した試料は標準方法（standard method）の比率として表す。図４からわかるように、１０％希釈を使用すると標準バッファよりも２倍良い結果となった。
【００６６】
実施例５
乾燥消化試薬
[070]  プロテイナーゼＫを２５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、ｐＨ８．０、５ｍＭ  ＣａＣｌ２及び２０ｍｇ／ｍｌトレハロースとともに凍結乾燥することによって喀痰の消化及び滅菌用の乾燥試薬が形成される。２％ＳＤＳが凍結乾燥され、プロテイナーゼＫ組成物と混合される。結果として生じる消化試薬は丸剤、錠剤又はカプセル剤に形成される。結果として生じる丸剤、錠剤又はカプセル剤はアルミ箔で密閉された片内に保存されても、別の適切な容器内に保存されてもよい。
【００６７】
[071]  本開示に鑑みるとこれら及び他の適用及び実施は明らかであろう。そのような変更形態、代用形態及び代替形態は、添付の特許請求の範囲から決定されるべき本発明の範囲及び精神から逸脱することなく作製されうる。本デバイス、システム及び方法をいくつかの実施形態及び使用並びにいくつかの図面を参照して記載したが、異なる実施形態、使用及び図面に関して示される又は記載される特徴及び変形形態を１つの実施形態に組み合わせることができることは理解されよう。
【図１】
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【図２】
2015514216.tif 000006
【図３Ａ】
2015514216.tif 000007
【図３Ｂ】
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【図４】
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【図５】
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【国際調査報告】
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2015514216.tif 000012
2015514216.tif 000013
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