(57)【要約】  開放型、多孔性の高度に親水性のポリマーの内部に実質的に不可逆的に保持された微生物または単離された酵素を含む生体触媒が、１種または複数の基質の、１種または複数の生物学的生成物への生物変換のために、少なくとも２つの異なる流体媒体間で循環される、生物変換方法が開示される。これらの方法は、基質を含む気相を使用するため、または基質を含む液体原料を使用するために、特に魅力的である。
2015521473.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
流体中の基質を生物学的生成物に生物変換するための方法であって、
（ａ）前記流体を、前記基質を生物学的生成物に生物変換することが可能な生物活性材料を含む生体触媒と、前記基質の少なくとも一部分を前記生体触媒中へと取り込み、ロードされた生体触媒を提供するのに十分な時間にわたって接触させる工程であって、前記生体触媒は、約５〜１００ミクロンの最小寸法を有する相互接続された大空洞を複数有する内部構造および少なくとも約１０００のＨＥＶ（水和膨張容量）を画定する水和された親水性ポリマーの固体構造と、前記固体構造中に実質的に不可逆的に保持された生物活性材料とを含む、工程と、
（ｂ）次いで、前記生体触媒を、代謝活性を促進する条件を提供する水性媒体と接触させる工程と、
（ｃ）次いで、工程（ａ）において前記生体触媒を使用する工程と
を含み、工程（ａ）の前記ロードされた生体触媒は、前記基質の少なくとも一部分を生物学的生成物に生物変換するのに十分な時間にわたって、工程（ａ）および工程（ｂ）のうち少なくとも１つの工程において代謝条件下で維持される、方法。
【請求項２】
前記流体が液体である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記流体がガス状である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記生物活性材料が微生物を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記生体触媒が、少なくとも約５０００パーセントの水和膨張容量を有する、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
気相中に含まれる基質の生物学的生成物への生物変換のための方法であって、
（ａ）前記気相を、好ましくは基質の定常的物質移動および基質の生物変換を提供するのに十分な時間にわたって、実質的に不可逆的に保持された生物活性材料をその中に有する生体触媒と連続的に接触させる工程であって、
（ｉ）前記生体触媒は、約５〜１００ミクロンの最小寸法を有する相互接続された大空洞を複数含む水和された親水性ポリマーからなる固体構造によって画定される内部を有し、かつ前記生体触媒は、少なくとも約１０００パーセント、好ましくは少なくとも約１０，０００パーセントの水和膨張容量を有し、
（ｉｉ）前記生体触媒は、その中に水性媒体を含む、
工程と、
（ｂ）工程（ａ）の生体触媒の少なくとも一部分を、前記生体触媒を実質的に完全に水和するのに十分な時間にわたって水性媒体中で浸漬する少なくとも１回の浸漬工程へと循環させる工程であって、好ましくは、前記生体触媒は微生物を含み、前記浸漬工程の少なくとも１回は前記微生物のための栄養素を含み、前記浸漬は前記生体触媒中に栄養素を提供するのに十分な時間にわたって行うものである、工程と、
（ｃ）前記少なくとも１回の浸漬工程から前記生体触媒を分離する工程と、
（ｄ）前記分離された生体触媒の少なくとも一部分を工程（ａ）に送る工程と
を含み、前記生体触媒は、前記基質の少なくとも一部分を生物学的生成物に生物変換するのに十分な時間にわたって、工程（ａ）および工程（ｂ）のうち少なくとも１つの工程において、または工程（ａ）と工程（ｂ）との間において温度が維持される、方法。
【請求項７】
前記原料が合成ガスを含み、前記生物変換生成物が酸素化された有機化合物を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記原料が二酸化炭素を含み、前記生物変換生成物が酸素化された有機化合物を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記原料がメタンを含み、前記生物変換生成物が酸素化された有機化合物を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
前記気相中の前記基質が、窒素酸化物、硫黄酸化物、アンモニア、一酸化炭素、ホスフィン、硫化水素、揮発性有機硫黄化合物、揮発性有機金属化合物、揮発性有機化合物およびハロカーボンのうち少なくとも１種である、請求項６に記載の方法。
【請求項１１】
工程（ａ）の間の前記気相が連続相である、請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
工程（ａ）の間の前記生体触媒が流動床中にある、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
工程（ａ）の間の前記生体触媒が上昇床中にある、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
工程（ａ）の間の前記生体触媒が移動床中にある、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
工程（ａ）および工程（ｂ）が同じ容器中で実施される、請求項６に記載の方法。
【請求項１６】
工程（ａ）および工程（ｂ）が異なる容器中で実施される、請求項６に記載の方法。
【請求項１７】
前記生物学的生成物の少なくとも一部分が、異なる生物活性材料を含む水性溶媒に送られるか、もしくは前記気相中に含まれる基質が、別の代謝プロセスからの生物学的生成物を含むか、またはその両方である、請求項６に記載の方法。
【請求項１８】
代謝プロセスを実施するための方法であって、
（ａ）基質を含む流体原料を、実質的に不可逆的に保持された生物活性材料をその中に含む生体触媒と、吸着ゾーン中で、前記基質の少なくとも一部分が前記生体触媒に吸着されて、低減された濃度の基質を有する流体原料および吸着された基質を含むロードされた生体触媒を提供するのに十分な時間にわたって接触させる工程と、
（ｂ）ロードされた生体触媒を前記吸着ゾーンから引き出す工程と、
（ｃ）前記引き出された生体触媒を、生物学的反応ゾーン中の水性媒体に送る工程であって、前記水性媒体は、前記基質の代謝的生物変換に適した条件下で維持される、工程と、
（ｄ）前記生体触媒および前記水性媒体を、前記生物学的反応ゾーン中で、前記基質の少なくとも一部分の生物変換をもたらして、生物変換生成物および低減された含量の基質を有する生体触媒を提供するのに十分な時間にわたって維持する工程と、
（ｅ）前記水性媒体から生物変換生成物を回収する工程と、
（ｆ）低減された含量の基質を有する生体触媒を前記吸着ゾーンに送る工程と
を含む、方法。
【請求項１９】
原料中に含まれる基質の生物変換のための装置であって、
（ａ）水性媒体を含むように適合された水性ゾーンと、
（ｂ）生体触媒と基質を含む原料とを受けるように適合され、かつ流体を排出するように適合された吸着ゾーンと、
（ｃ）前記水性ゾーンを前記吸着ゾーンと接続する導管であって、前記水性ゾーンから前記吸着ゾーンに生体触媒を移送するように適合されており、さらに生体触媒の外部から水性媒体を分離するように適合された液−固分離デバイスを含む、導管と、
（ｄ）前記吸着ゾーンを前記水性ゾーンと接続する導管であって、前記吸着ゾーンから前記水性ゾーンに生体触媒を移送するように適合されている、導管と
を含む、装置。
【請求項２０】
前記吸着ゾーンを前記水性ゾーンと接続する前記導管（ｄ）が、前記生体触媒の外部から水性媒体を分離するように適合された液−固分離デバイスを含む、請求項１９に記載の装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
［関連出願の相互参照］
各々、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、以下の米国仮特許出願番号に対する優先権を主張する。
２０１２年６月１５日出願の６１／６８９，９２１号、および
２０１３年２月１日出願の６１／８４９，７２５号。公法１１２−２９の適用可能なセクションに基づいて特許性の決定がなされる権利が、本出願により留保される。
【０００２】
［発明の分野］
本発明は、開放型、多孔性の高度に親水性のポリマーの内部に実質的に不可逆的に保持された微生物または単離された酵素を含む生体触媒が、１種または複数の基質の、１種または複数の生物学的生成物への生物変換のために、少なくとも２つの異なる流体媒体間で循環される、生物変換方法（生物変換プロセス）に関する。
【背景技術】
【０００３】
代謝プロセスは、同化性生物変換および異化性生物変換のために長きにわたって提唱されてきた。種々の型の微生物が、これらの生物変換のために提唱されており、これには、その両方が原核生物である細菌および古細菌、真菌ならびに藻類が含まれる。代謝プロセスは、自然によって使用されており、いくつかは、ヨーグルトの培養およびアルコールを生成するための糖の発酵から、夾雑物を除去するための水の処理までの範囲の、同化性生物変換および異化性生物変換のために、数千年にわたって人類による使用に適合されてきた。代謝プロセスは、低いエネルギー消費、比較的安価な処理設備における高い効率の生物変換の可能性を提供し、したがって、化学的な合成および分解の方法とは代替的に実行可能であり得、しばしば実行可能である。しばしば、同化プロセスは、再生可能または環境的観点から好ましいが、化学的合成、例えば、二酸化炭素のバイオ燃料および他の生物学的生成物への変換にとって望ましくない原材料を使用し得る。異化性生物変換は、基質を分解でき、長きにわたって廃水処理に使用されてきた。産業的使用のために代謝プロセスを改善すること、ならびに種々の代謝プロセスの代替法を化学的な合成および分解まで拡大することにおいて、かなりの興味が存在している。
【０００４】
ある場合には、基質を含むガス状原料または液体原料を、代謝プロセスのための微生物を含む水性媒体と接触させることが望ましくない場合、困難が生じ得る。例えば、ガス状原料もしくは液体原料は、固体などの、水性媒体中でビルドアップし得る成分を含み得るか、または基質を含む液体原料は、大きいリアクタサイズを必要とする水性媒体の希釈を生じ得る。さらに、原料は、水性でない可能性があり、または２つの液相を含み得る。気相原料を水性媒体中に導入することは、資本および操作経費を生じる水性媒体の水頭を克服するために、ガス状媒体の圧縮を必要とし得る。
【０００５】
特に、水中で難溶性である基質について、商業規模の生物変換プロセスの経済的実行可能性は、生物変換速度および効率に依存するだけでなく、気相から水性相への基質の物質移動の速度にも依存する。この物質移動速度は、一部、気相と液相との間の表面積および接触の持続時間によって反映される。したがって、提案されたバイオリアクタは、より小さい泡のガスの使用、およびガスから水性相中への望ましい量の物質移動が達成されるのを可能にするのに十分な接触時間に向かう傾向があり、これらは共に、資本および操作経費を追加し得る。基質がガス状流体中に低濃度で存在する場合には、直面する課題はさらに大きくなる。
【０００６】
バイオリアクタ設計は、気相原料を処理するために提案されており、微生物は固体構造上に含まれている。典型的には、これらのリアクタは、微生物を維持するために、微生物および固体構造の外側を湿らせて維持する。
【０００７】
Ｂｉｒｄｗｅｌｌらは、米国特許第５，４０９，８２３号において、その中に液面を有する湿プレナムチャンバ中の入ってくる汚染された空気中に微生物含有液体を噴霧することによって、空気から汚染物質を除去するための装置を開示している。湿プレナムチャンバを出ていく空気は、さらなる残留時間を提供するために、液体含有微生物剤が噴霧される濾過媒体を有する湿土台チャンバに入る。特許権者らは、自分たちのプロセスが、揮発性有機化合物、空気毒素および臭気の除去に有用であることを示唆している。
【０００８】
Ａｐｅｌは、米国特許第５，７９５，７５１号において、好気性条件下での夾雑されたガスからの窒素酸化物の除去のためのバイオフィルターを開示している。バイオフィルターは、多孔性の有機フィルターベッド、好ましくは木材堆肥である。第３欄、第３３行目以下で、特許権者らは、湿気の喪失が、堆肥への液体、例えば緩衝溶液の添加によって、周期的に補給され得ると述べている。
【０００９】
Ｂａｒｓｈｔｅｒらは、米国特許第５，８２１，１１４号において、ガスとフィルター上の微生物集団との間の接触が夾雑物を除去する、モジュラーパネルを使用するバイオフィルターを開示している。特許権者らは、炭化水素、還元された硫黄、アンモニアなどの除去のために、フィルターの使用を提案している。第３欄、第５７行目以下で、特許権者らは、湿気が、好ましくはスプリンクラーまたは多孔ホースによって、周期的に添加されると述べている。
【００１０】
Ｂｒｅｃｋｅｎｒｉｄｇｅは、米国特許第６，１１７，６７２号において、煙道ガス汚染物質の除去および収集のための移動床バイオフィルターおよび凝縮器を開示している。このプロセスでは、窒素酸化物を餌にする細菌が含浸された刻んだバイオマスの湿ったマットを運搬する移動ベルトが使用されている。ガスは、ベルトを通過する。
【００１１】
Ｒｅｎらは、米国特許出願公開第２０１２／０２０８２６２号において、廃ガスを処理するための改善されたバイオ散水フィルターを開示している。廃ガスは、噴霧を使用して湿らせて維持される充填層を通過する。装置は、ガスフローの方向を変化させることを含む。
【００１２】
別のトリクルベッドは、Ｊｉａｎｇらによって、Ｎｉｔｒｏｇｅｎ  ｏｘｉｄｅ  ｒｅｍｏｖａｌ  ｆｒｏｍ  ｆｌｕｅ  ｇａｓ  ｗｉｔｈ  ａ  ｂｉｏｔｒｉｃｋｌｉｎｇ  ｆｉｌｔｅｒ  ｕｓｉｎｇ  Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ、Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｈａｚａｒｄｏｕｓ  Ｍａｔｅｒｉａｌｓ、１６４、４３２〜４４１頁（２００９）において議論されている。著者らは、トリクルベッドバイオリアクタに伴ういくつかの実際的な問題を指摘している。第１に、ベッドを介した圧力低下は、単位容量当たりの高い表面積を提供するために、より小さい直径の支持体（直径が約２〜３ミリメートル）を使用する場合に、商用ユニットにおいて重要であり得る。第２に、微生物夾雑が生じ得る。第３に、システムの不全を引き起こし得るバイオフィルムのビルドアップが生じ得る。第４に、微生物および求められるバイオフィルムは、支持体の表面から洗浄され得、それにより逆洗が困難になる。そして、第５に、支持体上での微生物の接着を増強するためのバイオリアクタの立ち上げは、面倒な経験的アプローチを必要とし得る。
【００１３】
なお別のアプローチは、処理されるガスがメンブレンの一方の側に維持され、水性媒体が他方の側に提供される、バイオフィルムメンブレンを使用することである。微生物は、メンブレンの水性媒体側にバイオフィルムを形成し得る。駆動力は、生物変換が生じるメンブレンを通る求められる基質の透過を提供する。エネルギーが、物理的完全性を提供するのに十分な強度を有する必要があるメンブレンを介した基質の輸送のために必要とされる。さらに、過剰なバイオフィルムの形成または微生物夾雑は、バイオフィルムメンブレンの性能に有害な影響を与え得る。
【００１４】
したがって、基質を生物変換するための改善された方法が求められており、基質を供給する原料は、微生物または酵素が水性媒体中に保持される必要がある生物変換に対する課題を提示している。
【発明の概要】
【００１５】
本発明の方法によれば、微生物または単離された酵素（共に、生物活性材料と呼ぶ）を含む特定の生体触媒組成物が、基質を含む原料との接触のための条件と、代謝活性を促進する条件との間で循環（サイクル）される。これらの生体触媒組成物は、この循環（サイクリング）にとって特に有益な特性を有する。
【００１６】
生体触媒は、高い水和膨張容量（ＨＥＶ）を有し、水和されており、したがって、生物活性材料を脱水から物理的に保護する。したがって、生体触媒と原料との間の接触の間に、原料が水性であることも水性媒体が供給されることも必要とされない。したがって、この生体触媒は、代謝活性にはあまり適していない基質を含む気相および基質を含む液相と共に使用され得る。この循環は、ある場合には、より濃縮された生物学的生成物流が得られることを可能にする。上述のように、生物活性材料は、生体触媒の内部に保持され、したがって、生体触媒を汚染し得る残骸の供給源ではない。さらに、生体触媒は、その中の生物活性材料に対する損傷なしに移動され得る。生物活性材料は生体触媒の内部に含まれているので、高密度の生物活性材料は、高い懸濁された細胞密度と共に生じる高い粘度の媒体などの操作上の問題なしに、バイオリアクタにおいて達成され得る。したがって、バイオリアクタの単位容量当たり高率の生物変換が達成され得る。
【００１７】
生体触媒は、生体触媒の内部の生物活性材料への物質移動のために基質を吸着する。吸着は、基質の取り込みと基質の代謝的変換とを切り離す能力ならびに原料から添加剤、例えば、炭素供給源、他の栄養素、促進剤、誘導剤、共代謝物などの存在を切り離す能力を提供する。
【００１８】
その広い態様では、流体原料中の基質を生物学的生成物に生物変換するための本発明の方法は、
（ａ）前記原料を、前記基質を生物学的生成物に生物変換することが可能な生物活性材料を含む生体触媒と、前記基質の少なくとも一部分を前記生体触媒中へと取り込み、ロードされた生体触媒を提供するのに十分な時間にわたって接触させる工程であって、前記生体触媒は、約５から１００ミクロンの間の最小寸法を有する複数の相互接続された大空洞を有する内部構造および少なくとも約１０００、好ましくは少なくとも約５０００のＨＥＶを規定する水和された親水性ポリマーの固体構造と、前記固体構造中に実質的に不可逆的に保持された生物活性材料とを含む、工程と、
（ｂ）次いで、生体触媒を、代謝活性を促進する条件を提供する水性媒体と接触させる工程と、
（ｃ）次いで、工程（ａ）において前記生体触媒を使用する工程と
を含み、工程（ａ）のロードされた生体触媒は、基質の少なくとも一部分を生物学的生成物に生物変換するのに十分な時間にわたって、工程（ａ）および工程（ｂ）のうち少なくとも１つの工程において代謝条件下で維持される。
【００１９】
生物学的生成物は、工程（ａ）および工程（ｂ）のいずれかもしくは両方で回収され得るか、またはさらなる生成物回収工程が使用され得る。ある場合には、生物学的生成物は、金属含有固体を形成するための可溶性金属化合物の代謝的還元において生じ得るように、生体触媒中に保持され得る。本発明の方法は、バッチ、半バッチであり得るが、生物活性材料が固体生体触媒中に保持される場合、連続的操作のために特に魅力的である。本発明の方法は、バイオリアクタ中に生体触媒を保持し、循環をもたらすために生体触媒を接触している媒体を交換すること、またはバイオリアクタ間で生体触媒を移動させることによって、実施され得る。容易に理解され得るように、本発明の方法は、さらなる工程、例えば、生体触媒を洗浄する工程、生物学的生成物の回収、１種または複数の栄養素の添加、さらなる生物変換工程の実施などを含み得る。
【００２０】
工程（ｂ）における生体触媒と水性媒体との引き続く接触は、生物変換を促進するように機能し得る。生物変換を促進することによって、以下のうち１つまたは複数が生じることが意味される。生物変換のためのより多くの時間、生物変換のためのより有利な温度、酸化還元状態における変化、食物供給源および他の栄養素の存在、または補基質、誘導剤、促進剤もしくは共代謝物の存在、電気、化学線または他の電磁気エネルギーが含まれるがこれらに限定されないエネルギーの供給、原料との接触の間に吸着または生成される生物学的生成物または他の代謝物または毒素の除去、ならびに求められる生成物もしくは中間体であり得るまたは生物学的生成物の回収を促進し得る別の生成物に生物学的生成物を変換するための、化学剤または他の生物活性材料の存在、である。
【００２１】
本発明の１つの好ましい態様は、気相生物変換方法に関する。この態様は、気相中に含まれる基質の生物学的生成物への生物変換のための方法に関し、この方法は、
（ａ）気相を、好ましくは基質の定常的物質移動および基質の生物変換を提供するのに十分な時間にわたって、実質的に不可逆的に保持された生物活性材料をその中に有する生体触媒と連続的に接触させる工程であって、
（ｉ）前記生体触媒は、約５から１００ミクロンの間の最小寸法を有する複数の相互接続された大空洞を含む水和された親水性ポリマーからなる固体構造によって規定される内部を有し、かつ前記生体触媒は、少なくとも約１０００パーセント、好ましくは少なくとも約１０，０００パーセントの水和膨張容量を有し、
（ｉｉ）前記生体触媒は、その中に水性媒体を含む、
工程と、
（ｂ）工程（ａ）の生体触媒の少なくとも一部分を、生体触媒を実質的に完全に水和するのに十分な時間にわたって水性媒体中で浸漬する少なくとも１回の浸漬工程へと循環させる工程であって、好ましくは、生体触媒は微生物を含み、前記浸漬工程の少なくとも１回は微生物のための栄養素を含み、前記浸漬は前記生体触媒中に栄養素を提供するのに十分な時間にわたって行うものである、工程と、
（ｃ）少なくとも１回の浸漬工程から生体触媒を分離する工程と、
（ｄ）分離された生体触媒の少なくとも一部分を工程（ａ）に送る工程と
を含み、前記生体触媒は、基質の少なくとも一部分を生物学的生成物に生物変換するのに十分な時間にわたって、工程（ａ）および工程（ｂ）のうち少なくとも１つにおいて、または工程（ａ）と工程（ｂ）との間において、温度が維持される。
【００２２】
気相は、工程（ａ）の間に、主に非連続的相または連続的相であり得、好ましくは、連続的相である、即ち、生体触媒は、気相中に浮遊させられる。生体触媒は、少なくとも部分的に浮遊させられている場合、例えば、流動床、ライザーベッドまたはループベッドの形態であり得る。少なくとも部分的に浮遊させられている場合、生体触媒は、好ましくは、約５ミリメートル未満、好ましくは約０．５〜３ミリメートルの間の直径を有して実質的に球形である。工程（ａ）および水性媒体中での少なくとも１回の浸漬は、同じまたは異なる容器中で実施され得る。気相が主に非連続的相である場合、生体触媒は、充填層または移動床中と同様に触れている固定構造または粒子であり得る。
【００２３】
好ましい態様では、生体触媒の水和を維持するために、不十分な液相水性媒体（または、生体触媒上に液体水が凝縮した場合には蒸気相）が、工程（ａ）の間の生体触媒との接触のために別個に導入される。最も好ましくは、液相水性媒体は導入されない。いくつかのより好ましい実施形態では、生体触媒の少なくとも一部分、好ましくは本質的に全てに、工程（ａ）の間のいくつかの時点において、表面上に液相（または自由液相）が本質的に存在しない。例えば、水性媒体中での浸漬後に工程（ａ）にリサイクルされる生体触媒のいくらかまたは全ては、生体触媒の外部表面上に自由液相を有し得、この自由液相は、工程（ａ）の間に蒸発によりまたは物理的に除去され得る。しばしば、工程（ａ）において生体触媒との接触のために提供される気相の相対的湿度は、約５０パーセント〜僅かに過飽和の間、好ましくは約７０から１００パーセントの間である。
【００２４】
本発明の別の好ましい態様は、生体触媒が容器間で循環されるように移動される生物変換方法に関し、容器の少なくとも１つは、原料と生体触媒との間の接触を提供し、別の容器は、生物変換を提供する。広い態様では、代謝プロセスを実施するためのこれらの生物変換方法は、
（ａ）基質を含む流体原料を、実質的に不可逆的に保持された生物活性材料をその中に含む、約５から１００ミクロンの間の最小寸法を有する複数の相互接続された大空洞を含む水和された親水性ポリマーからなる固体構造によって規定される内部を有する生体触媒と、吸着ゾーン中で、基質の少なくとも一部分が生体触媒中で吸着されて、低減された濃度の基質を有する流体原料および吸着された基質を含むロードされた生体触媒を提供するのに十分な時間にわたって、接触させる工程と、
（ｂ）ロードされた生体触媒を吸着ゾーンから引き出す工程と、
（ｃ）前記引き出された生体触媒を、生物学的反応ゾーン中の水性媒体に送る工程であって、前記水性媒体は、前記基質の代謝的生物変換に適した条件下で維持される、工程と、
（ｄ）生物変換生成物および低減された含量の基質を有する生体触媒を提供するために、前記生体触媒および前記水性媒体を、生物学的反応ゾーン中で、基質の少なくとも一部分の生物変換をもたらすのに十分な時間にわたって、維持する工程と、
（ｅ）前記水性媒体から生物変換生成物を回収する工程と、
（ｆ）低減された含量の基質を有する生体触媒を吸着ゾーンに送る工程と
を含む。
【００２５】
広い態様では、原料中に含まれる基質の生物変換のための本発明の装置は、
（ａ）水性媒体を含むように適合された水性ゾーンと、
（ｂ）生体触媒と基質を含む原料とを受けるように適合され、かつ流体を排出するように適合された、吸着ゾーンと、
（ｃ）前記水性ゾーンを前記吸着ゾーンと接続する導管であって、前記水性ゾーンから前記吸着ゾーンに生体触媒を移送するように適合されており、さらに生体触媒の外部から水性媒体を分離するように適合された液−固分離デバイスを含む、導管と、
（ｄ）前記吸着ゾーンを前記水性ゾーンと接続する導管であって、前記吸着ゾーンから前記水性ゾーンに生体触媒を移送するように適合されている、導管と
を含む。
【００２６】
装置が、ガス状である原料を受けるように適合されている場合、前記吸着ゾーンを前記水性ゾーンと接続する導管（ｄ）は、生体触媒の外部から水性媒体を分離するように適合された液−固分離デバイスを含むことが好ましい。
【図面の簡単な説明】
【００２７】
【図１】ガス状原料または液体原料のいずれかからの基質の回収のため、およびバイオリアクタ中での基質の変換のために使用され得る、本発明に係る装置の模式図である。
【図２】本発明の装置および方法において使用され得る吸着容器の模式図である。
【図３】気相と生体触媒との間の接触が流動床において実施される、本発明の方法の実施に適した装置の模式図である。
【図４】気相と生体触媒との間の接触が移動床において実施される、本発明の方法の実施に適した装置の模式図である。
【図５】気相と生体触媒との間の接触がループベッドにおいて実施される、本発明の方法の実施に適した装置の模式図である。
【発明を実施するための形態】
【００２８】
詳細な説明
この詳細な説明で言及される全ての特許、公開された特許出願および論文は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【００２９】
定義
本明細書で使用する場合、以下の用語は、特に示さない限り、またはその使用の文脈から明らかでない限り、以下に示される意味を有する。
【００３０】
用語「１つの（ａ）」および「１つの（ａｎ）」の使用は、記載された要素のうち１つまたは複数を含む意図である。例示的な要素のリストは、記載された要素のうち１つまたは複数の組み合わせを含む意図である。用語「〜し得る（ｍａｙ）」とは、本明細書で使用する場合、要素の使用が任意選択であり、実施可能性に関するいずれの暗示を提供することも意図しないことを意味する。
【００３１】
生体触媒の固体構造に接着するとは、生物活性材料が、生体触媒の内部の空洞中に位置付けられ、その中に実質的に不可逆的に保持されるが、極端な条件および処理（即ち、生物活性材料を使用した生物変換のための通常の生物変換条件ではない）がある場合には、生物活性材料に生体触媒を抜け出させ得る場合があることを意味する。接着には、多孔性マトリクスの壁を形成するポリマーへの表面付着、ならびに生物活性材料が、ポリマー性表面に近接した、例えば、約１０または２０ミクロン以内であるが、その表面と直接接着しているわけではない、保持された微生物である場合が含まれる。したがって、接着には、物理的接着および静電気的接着が含まれる。ある場合には、生体触媒を作製するために使用されるポリマーは、細胞の周囲で、またはさらには微生物の細胞壁中もしくは細胞壁上で、細胞外ポリマー性物質中に包埋され得る。
【００３２】
生物活性材料は、微生物および単離された酵素のうち一方または両方である。
【００３３】
生物変換活性は、生物活性材料１グラム当たりの１時間当たりの基質の消費の速度である。生物変換活性における増加または減少が本明細書において言及される場合、かかる増加または減少は、水性媒体中の基質および生成物の濃度を含む類似の生物変換条件下で確認される。生物学的生成物への生物変換活性は、生物活性材料１グラム当たりの１時間当たりの生物学的生成物の生成の速度である。
【００３４】
バイオフィルムとは、該してポリサッカライドから構成される細胞外ポリマー性物質（ＥＰＳ）内に包埋された微生物の凝集体を意味し、タンパク質、細胞外ＤＮＡおよび生体触媒を作製するために使用されるポリマーのうち１種または複数などの他の成分を含み得る。バイオフィルムの厚さは、連続的ＥＰＳ構造内に含まれる凝集体のサイズによって決定されるが、連続的ＥＰＳ構造は、分離されたバイオフィルム間に延び得る細線維を含まない。ある場合には、バイオフィルムは、ランダムな３次元様式で延び、厚さは、遠位端間の最大の直線距離として決定される。薄いバイオフィルムは、任意の所与の方向で約１０ミクロンを超えないバイオフィルムである。
【００３５】
生物学的生成物とは、同化生成物または異化生成物であり得る生物変換の生成物を意味し、これには、一次代謝物および二次代謝物が含まれるがこれらに限定されない。生物学的生成物には、求められる代謝物、共生成物および副生成物が含まれるがこれらに限定されず、代謝物は、最終生成物または中間体生成物または有用性を有さない生成物であり得る。
【００３６】
本質的均衡状態の状態とは、微生物集団が、代謝的生物変換活性の実質的な休止を起こしているが、蘇生され得ることを意味する。本質的均衡状態の条件の存在は、生物変換活性を測定することによって確認され得る。本質的均衡状態の条件は、微生物のための通常の操作条件と同じであってもなくてもよい、好気性、無酸素性または嫌気性であり得る。均衡状態が求められる場合、温度は、典型的には、通常の操作条件において使用される温度とは異なり得る、約０℃〜２５℃、例えば、４℃〜１５℃の範囲である。
【００３７】
エキソネットワークは、鎖の形態の細胞外ポリマー性物質によって相互接続された個々の細胞またはバイオフィルムの形態であり得る、空間的に離れた微生物の群集である。エキソネットワーク中の微生物またはバイオフィルム間の間隔は、それらの間での栄養素および基質の通過を可能にするのに十分であり、しばしば少なくとも約０．２５ミクロン、例えば、少なくとも約０．５ミクロンであり、５ミクロンまたは１０ミクロンもしくはそれ以上の大きさであり得る。
【００３８】
外部皮膜は、生体触媒の内部構造中の大チャネルよりも開きが小さい、生体触媒上のポリマーの外部層である。生体触媒は、皮膜を有していてもいなくてもよい。皮膜が存在する場合、皮膜は、表面孔を有していてもいなくてもよい。表面孔が存在しない場合、流体は、皮膜を通って拡散する。孔が存在する場合、これらの孔は、約１ミクロンから１０ミクロンの間の平均直径を有する場合が多い。
【００３９】
生体触媒の表面上の自由液相とは、初期の湿りのため、または孔もしくは毛細管を充填するために必要とされる液体の存在を超える、液体の存在を意味する。しばしば、表面上での自由液体結果の存在は、濡れて光る外観を生じるが、表面上の自由液体の非存在は、光沢のない外観を生じる。
【００４０】
完全に水和したとは、生体触媒が、生体触媒の表層容量のさらなる膨張が知覚されなくなるまで、２５℃で水中に浸漬されることを意味する。
【００４１】
生体触媒についての「水和膨張容量」（ＨＥＶ）は、生体触媒の容量が安定化されるまで２５℃で水中で生体触媒を水和させ、生体触媒の表層容量（Ｖｗ）を測定し、水から生体触媒を取り出し、乾燥させることなくその外部から過剰の水を除去し、生体触媒の容量が安定化されるのに十分な時間にわたって、２５℃でエタノール中に生体触媒を浸漬し、次いで、生体触媒の表層容量（Ｖｓ）を測定することによって、決定される。
容量パーセントでのＨＥＶは、［Ｖｗ／Ｖｓ］×１００％の量として計算される。エタノールを用いた脱水を確実にするために、生体触媒に対して大きい容量比のエタノールが使用されるか、または新たなエタノール中での生体触媒の逐次的浸漬が使用されるかのいずれかである。エタノールは、最初に脱水したエタノールである。
【００４２】
不可逆的に保持されたおよび実質的に不可逆的に保持されたとは、生物活性材料が、開放型の多孔性空洞を規定するポリマー性構造に接着していることを意味する。不可逆的に保持された生物活性材料は、生体触媒の外部表面上に位置付けられた微生物を含まない。生物活性材料は、生体触媒が、生物活性材料の退出を可能にするのに十分なサイズの外部孔を有する場合であっても、不可逆的に保持される。
【００４３】
高度に親水性のポリマーは、水が誘引される、即ち、吸湿性のポリマーである。しばしば、ポリマーは、フィルムとして成型される場合、純粋な蒸留水の５マイクロリットルの液滴を使用する液滴法によって測定した場合、約６０°未満、時折約４５°未満、ある場合には約１０°未満の水接触角を示す。
【００４４】
高度に水和したとは、生体触媒の容量（微生物の容量を除く）が、少なくとも約９０パーセント水であることを意味する。
【００４５】
単離された酵素は、細胞から取り出された酵素であり、他の代謝的に活性または不活性な材料との混合物中に存在してもしなくてもよい。
【００４６】
マトリクスは、開放型の多孔性ポリマー性構造であり、ポリマー性構造によって規定される相互接続された複数のチャネルまたは空洞（本明細書では「大空洞」と称する）を有する製品であり、前記複数の空洞は、最小寸法が約５ミクロンから１００ミクロンの間であり（その中に含まれる任意の微生物を除く）、流体は、マトリクスの外部から大空洞に入り、マトリクスの外部へと大空洞を出ることができる。多孔性マトリクスは、大空洞よりも大きいおよび小さいチャネルまたは空洞を含み得、マトリクスの外部に対して開放されていないチャネルおよび空洞を含み得る。大空洞、即ち、最小寸法が約５ミクロンまたは１０〜７０ミクロンまたは１００ミクロンの間の開放型の相互接続された領域（その中に含まれる任意の微生物を除く）は、約３００ミクロン未満、好ましくは約２００ミクロン未満の呼び主要寸法（ｎｏｍｉｎａｌ  ｍａｊｏｒ  ｄｉｍｅｎｓｉｏｎｓ）を有し、時折、少なくとも約１０ミクロンの最小寸法を有する。用語、開放型の多孔性とは、したがって、それらの間の開口部によって相互接続されたチャネルまたは空洞の存在を指す。
【００４７】
代謝条件には、温度、圧力、酸素化、ｐＨ、ならびに生体触媒中の微生物に必要とされるまたは望ましい栄養素（微量栄養素を含む）および添加剤の条件が含まれる。栄養素および添加剤には、増殖促進剤、緩衝液、抗生物質、ビタミン、ミネラル、窒素供給源、ならびに他の方法で提供されない場合には硫黄供給源および炭素供給源が含まれる。
【００４８】
メタレートは、金属または半導体元素のオキシアニオン、ヒドロキシルまたは塩である。
【００４９】
酸素化された有機生成物とは、２〜１００の炭素原子、しばしば２〜５０の炭素原子を有する１つまたは複数の酸素化された有機化合物を含み、かつヒドロキシル、カルボニル、エーテルおよびカルボキシルからなる群より選択される少なくとも１つの部分を含む、生成物を意味する。
【００５０】
透過性とは、成分が、生体触媒の外部から大空洞に進入し、生体触媒の外部へと大空洞を出ることができることを意味する。
【００５１】
不活発とは、生体触媒中の水性媒体が静止していることを意味する。しかし、栄養素および基質および生物学的生成物のフローが、拡散および毛細管フローを介して水性媒体中で生じ得る。
【００５２】
微生物の集団とは、所与の容量中の微生物の数を指し、実質的に純粋な培養物および混合培養物が含まれる。
【００５３】
表現型の変化もしくは変更または表現型シフトは、環境因子からの微生物の形質または特徴における変化であり、したがって、微生物の遺伝子構成における変化とは異なる。
【００５４】
保持された固体とは、固体が、生体触媒の内部に保持されていることを意味する。固体は、生体触媒の皮膜中の孔を通過することが可能でないことによって、微生物によって形成されたバイオフィルムもしくはポリサッカライド構造中に捕捉されることによって、生体触媒のポリマー性構造中に保持されることによって、または生体触媒の構造もしくは微生物内に立体的に絡まることによって保持されることが含まれるがこれらに限定されない、任意の適切な機構によって保持され得る。
【００５５】
最小寸法とは、大空洞の長さ、幅および高さを規定する最大寸法のうち最短のものの最大寸法を意味する。通常、マトリクス中の大空洞の優勢は、幅および高さが実質的に対称的である。したがって、最小寸法は、例えば光学顕微鏡または電子顕微鏡によって２次元横断面において観察される空洞の最大幅によって近似され得る。
【００５６】
ポリマーのための可溶化された前駆体は、固体が裸眼によって見ることができずかつ安定なように溶解または分散された、モノマーまたはプレポリマーまたはポリマー自体である。例えば、固体は、固体が溶解されていない場合であっても、高度に水和され得、水性媒体中に懸濁され得る。
【００５７】
吸着（ｓｏｒｐｔｉｏｎ）とは、任意の物理的または化学的な誘引を意味し、吸着（ａｄｓｏｒｐｔｉｏｎ）または吸収であり得、比較的弱い、例えば約１０キロジュール／モルであり得るか、または吸着剤との化学的相互作用であり得る。好ましくは、吸着剤による吸着的誘引は、水と基質との間の誘引よりも大きいが、過度のエネルギーが基質を脱着するために必要とされるほど大きくはない。しばしば、吸着強度は、約１０キロジュール／モルから約７０キロジュール／モルの間、例えば、１５キロジュール／モルから６０キロジュール／モルの間である。吸着剤は、少なくとも１つの基質に対する吸着能を有する固体である。
【００５８】
微生物の安定な集団とは、微生物の集団が、５０パーセントよりも多くは減少せず、４００パーセントよりも多くは増加しないことを意味する。
【００５９】
基質は、微生物によって代謝されることが可能な炭素供給源、電子供与体、電子受容体および他の化学物質であり、これらの化学物質は、微生物に対して持続的な価値を提供してもしなくてもよい。
【００６０】
糖とは、５〜１２個の炭素原子を有する炭水化物を意味し、これには、Ｄ−グリセルアルデヒド、Ｌ−グリセルアルデヒド、Ｄ−エリスロース、Ｌ−エリスロース、Ｄ−トレオース、Ｌ−トレオース、Ｄ−リボース、Ｌ−リボース、Ｄ−リキソース、Ｌ−リキソース、Ｄ−アロース、Ｌ−アロース、Ｄ−アルトロース、Ｌ−アルトロース  ２−ケト−３−デオキシ  Ｄ−グルコネート（ＫＤＧ）、Ｄ−マンニトール、グルロネート（ｇｕｌｕｒｏｎａｔｅ）、マンヌロネート（ｍａｎｎｕｒｏｎａｔｅ）、マンニトール、リキソース、キシリトール、Ｄ−グルコース、Ｌ−グルコース、Ｄ−マンノース、Ｌ−マンノース、Ｄ−グルオース（ｇｌｕｏｓｅ）、Ｌ−グルオース、Ｄ−イドース、Ｌ−イドース、Ｄ−ガラクトース、Ｌ−ガラクトース、Ｄ−キシロース、Ｌ−キシロース、Ｄ−アラビノース、Ｌ−アラビノース、Ｄ−タロース、Ｌ−タロース、グルクロネート、ガラクツロネート（ｇａｌａｃｔｕｒｏｎａｔｅ）、ラムノース、フラクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、インスリン、マンナンオリゴ糖（ＭＯＳ）、オリゴアルギネート、マンヌロネート、グルロネート、アルファケト酸または４−デオキシ−Ｌ−エリスロ−ヘキソースウロースウロナート（４−ｄｅｏｘｙ−Ｌ−ｅｒｙｔｈｒｏ−ｈｅｘｏｓｅｌｕｌｏｓｅ  ｕｒｏｎａｔｅ）（ＤＥＨＵ）が含まれるがこれらに限定されない。
【００６１】
化学的生成物のための典型的な分離技術には、ガス状化学物質生成物のための相分離、スチール（ｓｔｉｌｌ）の使用、蒸留塔、液体−液体相分離、ガスストリッピング、フロースルー遠心分離、液体−液体抽出のためのＫａｒｒカラム、ミキサーセトラーまたは膨張層吸着が含まれる。分離工程および精製工程は、遠心分離、濾過、減圧蒸発、液／液相分離、メンブレン、蒸留および／または本特許出願に列挙される他の方法論が含まれ得る種々の方法論を組み合わせるいくつかのアプローチのいずれかによって進行し得る。標準的な分離工程および精製工程の原理および詳細は、例えば、「Ｂｉｏｓｅｐａｒａｔｉｏｎｓ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ」、Ｒｏｇｅｒ  Ｇ．Ｈａｒｒｉｓｏｎら、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ（２００３）、およびＭｅｍｂｒａｎｅ  Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｒｅｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  Ｂｉｏｆｕｅｌｓ  ａｎｄ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ−−Ａｎ  Ｕｐｄａｔｅ  Ｒｅｖｉｅｗ、Ｓｔｅｐｈｅｎ  Ａ．Ｌｅｅｐｅｒ、９９〜１９４頁、Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｎｏｒｍａｎ  Ｎ．ＬｉおよびＪｏｓｅｐｈ  Ｍ．Ｃａｌｏ編、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ（１９９２）において、当該分野で公知である。
【００６２】
細胞の湿重量または湿質量は、遊離水が除去された、即ち、初期湿気の点にある細胞の質量である。細胞の質量に対する全ての言及は、細胞の湿質量に基づいて計算される。
【００６３】
本明細書の有機酸に対する言及は、対応する塩およびエステルを含むとみなすべきである。
【００６４】
本明細書の生体触媒の寸法および容量に対する言及は、特に示さない限りまたは文脈から明らかでない限り、完全に水和した生体触媒のものである。
【００６５】
生体触媒
Ａ．生体触媒の概要
本発明の生体触媒は、生物活性材料がマトリクスの内部に保持された、相互接続された大空洞を規定するポリマー性構造（マトリクス）を有する、即ち、開放型の多孔性マトリクスである。生物活性材料が微生物を含む場合、微生物およびそれらの群集は、とりわけ、それらの集団を調節すると考えられる。また、マトリクス中の微小環境の感知された性質と併せて、微生物は、群集の成員間に空間的な関係性を確立すると考えられる。
【００６６】
マトリクス中に保持される微生物は、エキソネットワークを形成する能力をしばしば有する。空洞の不活発な性質は、エキソネットワークを形成し、次いで、任意の形成されたエキソネットワークを維持することを促進する。識別可能なエキソネットワークは、微生物集団における表現型変更、例えば、集団モジュレーションおよび代謝シフトを達成するのに本質的ではないと考えられる。エキソネットワークが発達する場合、しばしば、ＥＰＳの鎖は、近接した微生物を相互接続し、表面に微生物を接続し、エキソネットワークを形成する。ある場合には、微生物は、薄いバイオフィルムを形成し、これらの薄いバイオフィルムは、エキソネットワーク中に包含される。生体触媒には、薄いバイオフィルムよりも大きいその内部に、バイオフィルムが実質的に存在しない。したがって、生体触媒において最終的に形成し得る任意のバイオフィルムは、厚さが比較的薄い、例えば、最大約１０ミクロン、好ましくは最大約２または５ミクロンであり、サイズが安定している。したがって、各薄いバイオフィルムは、数個の細胞のみである場合が多く、エキソネットワーク中で接続される。
【００６７】
微生物間の連絡は、自己誘導剤が含まれるがこれに限定されない化学的薬剤を放出することを介して生じると考えられ、連絡には、群集挙動のためおよびシグナル伝達のための連絡が含まれる。しばしば、本発明の方法において使用される生体触媒の調製は、定常状態レベルで実質的に存在する生体触媒の内部に最初に位置付けられる微生物の集団を生じ得る。生体触媒中の微生物のこれらの密度において、生体触媒の形成の間に始まると考えられる群集連絡が促進され、代謝的保持を可能にし、微生物の集団をモジュレートする表現型シフトが生じる。
【００６８】
この連絡の結果であると考えられる、生体触媒において生じる別の表現型変更は、代謝シフトである、即ち、再生に向かう群集の代謝機能が減じ、求められる生物変換は継続する。生体触媒中の微生物の集団は、代謝活性におけるこのシフトに起因して、老いた平均齢を有する傾向があり得る。より老いた細胞は、操作条件に適合されているので、より老いた微生物はまた、より若い細胞と比較して、より頑強かつ持続可能な性能を提供する傾向がある。
【００６９】
この連絡のさらなる利点は、外来性の微生物を回避し、株型の均一性を維持する際に群集によって示される群集レベルの強度または適応度における増加であり得る。ある場合には、生体触媒の使用の間の微生物は、群集中の株型をより元気にするため、または微生物の群集の生存に別の利益を提供するために、天然の選択を起こし得る。ある場合には、微生物間の連絡は、微生物の集団に、多細胞性または多細胞様の挙動を示させ得る。したがって、本発明の生体触媒中の微生物の集団は、異なる状況に適合しているが、群集の利益になるようになおも合同して働く微生物を有し得る。
【００７０】
ある場合には、多孔性マトリクスは、利用可能な基質を含む代謝経路の最適化をもたらすために、微生物に対する基質および栄養素のモジュレーションを提供し得、これらの経路は、十分な基質および他の栄養素が利用可能な場合に第１に使用される経路であってもなくてもよい。したがって、生体触媒中の微生物は、第１に使用される経路についての増強された生物活性または通常は抑制される代謝活性を示し得る。
【００７１】
微小環境も、遺伝子交換または遺伝子水平伝播を促進し得ると考えられる。プラスミドおよび染色体エレメントの移入を含む、接合または細菌の交配もまた促進され得る。さらに、微生物が溶解すると、微小環境中のＤＮＡおよびＲＮＡの鎖は、これらの微小環境中の微生物によって取り込まれるために、より容易にアクセス可能になる。これらの現象は、微生物の機能的能力を増強し得る。
【００７２】
生体触媒は、毒素に対する増加した耐性を示す。ある場合には、微生物間の連絡およびエキソネットワークは、毒素に対する防御を確立する集団を促進し得る。毒素の存在に対する群集応答が、本発明の生体触媒において観察されている。例えば、生体触媒は、エタノールおよび次亜塩素酸ナトリウムなどの毒素の添加を生き抜き、元の生物変換活性は迅速に回復され、したがって、本質的に群集全体の生存を示す。
【００７３】
まとめると、生体触媒中の微小環境、微生物間の連絡および微生物が起こす表現型変更に起因して、生体触媒は、以下が含まれるがこれらに限定されない、いくつかのプロセス関連の利点を提供する。
・固体残骸が生成されない、
・バイオリアクタ中の高密度の生物活性材料の可能性、
・延長された時間期間にわたる微生物の安定な集団および生物活性、
・増殖および炭素フローシフトではなく、生成に向かう微生物の代謝シフト、
・延長された持続時間にわたって本質的均衡状態を起こす微生物の能力、
・供給の基質速度および濃度における変化に迅速に応答する能力、
・ジオーキシーの減弱、
・生体触媒の微小環境におけるｐＨおよび酸化還元バランスの制御およびモジュレーションの増強、
・基質、生物学的生成物および夾雑物に対するより高い耐性、
・超低濃度で基質を生物変換する能力、
・より緩徐な増殖およびあまり頑強でない微生物ならびに競合に対する抵抗性の増加を使用する能力、
・増強された微生物株純度の能力、
・ｉｎ  ｓｉｔｕ抗微生物処理に供される能力、
・完全操作において必要とされる生物活性材料の密度が生体触媒中に含まれるので、バイオリアクタを迅速に開始させる能力、
・生体触媒を気相基質と接触させる能力、ならびに
・それによって連続的操作を促進する、生体触媒からの生物学的生成物の分離の容易さ。
【００７４】
望まれる場合には、生体触媒は、微生物を含む場合に、代謝プロセスでの使用の前に、エキソネットワーク、および望まれる場合には薄いバイオフィルムの形成を増強するために処理され得る。しかし、多孔性マトリクスの性能は、エキソネットワーク形成の程度に一般に依存するわけではなく、しばしば、生物変換活性は、微生物がポリマー性構造に付着する前の時間と、広範なエキソネットワーク構造が生成された時間との間で、比較的未変化のままである。
【００７５】
Ｂ．多孔性マトリクスの物理的記述
本発明の生体触媒は、マトリクスの少なくとも大空洞中に不可逆的に保持された生物活性材料を伴う、開放型の多孔性内部構造を有するマトリクスを含む。
【００７６】
マトリクスは、自己支持型構造であり得、あるいはフィルム、繊維もしくは中空繊維、または成形物品などの予め形成された構造上またはかかる構造中に配置され得る。予め形成された構造は、金属、セラミック、ポリマー、ガラス、木材、複合材料、天然繊維、石および炭素が含まれるがこれらに限定されない任意の適切な材料から構築され得る。自己支持型の場合、マトリクスは、シート、シリンダー、複葉構造、例えば三葉押出成形品、中空繊維、または球形、楕円形もしくは自由な形態であり得るビーズの形態である場合が多い。マトリクスは、自己支持型であるにしろ、予め形成された構造上またはかかる構造中に配置されているにしろ、好ましくは、約５センチメートル未満、好ましくは約２センチメートル未満、例えば、約０．０１センチメートル〜１センチメートルの間の厚さまたは軸方向寸法を有する。
【００７７】
多孔性マトリクスは、等方性を有し得、または好ましくは、最も高密度の構造を有する横断面の外部部分を有する異方性構造を有し得る。大空洞は、異方性構造が存在する場合であっても、マトリクスの内部を通じたサイズまたは大空洞のサイズにおいて比較的均一であり得、その頻度は、生体触媒の横断面にわたって変動し得る。
【００７８】
本発明の生体触媒は、大空洞、即ち、最小寸法が約５ミクロンまたは１０〜７０ミクロンまたは１００ミクロンの間（その中に含まれる任意の微生物を除く）の開放型の相互接続された領域を有する。寸法を確認する目的のために、微生物の寸法は、エキソネットワーク中の任意の質量を含む。多くの場合、大空洞は、約３００ミクロン未満、好ましくは約２００ミクロン未満の呼び主要寸法を有し、時折少なくとも約１０ミクロンの最小寸法を有する。しばしば、生体触媒は、大空洞と開放連絡しているより小さいチャネルおよび空洞を含む。頻繁に、より小さいチャネルは、約０．５〜２０ミクロンの間、例えば、１〜５または１０ミクロンの最大横断面直径を有する。生体触媒の容量に対する、微生物によって占められた容量および微生物に関連する質量を除く大空洞の累積容量は、一般に、約４０容量パーセントまたは５０〜７０容量パーセントまたは９９容量パーセントの範囲にある。多くの場合、大空洞は、触媒全体の容量の約７０パーセント未満を構成し、残りは、より小さいチャネルおよび孔を構成する。大空洞を構成する生体触媒の容量分率は、その横断面から概算され得る。横断面は、任意の適切な顕微鏡技術、例えば、走査型電子顕微鏡および高倍率光学顕微鏡を介して観察され得る。マトリクスについて総孔容量は、マトリクスの容量測定的測定ならびにポリマーの量および密度、ならびにマトリクスを作製するために使用される任意の他の固体から概算され得る。
【００７９】
生体触媒は、しばしば少なくとも約１平方メートル／グラムを超える、時折は少なくとも約１０平方メートル／グラムの、高い内側表面積を有することを特徴とする。ある場合には、完全に水和した生体触媒によって維持され得る水の容量（微生物の容量を除く）は、９０〜９９パーセントまたはそれ以上のパーセントの範囲である。好ましくは、生体触媒は、少なくとも約１０００パーセント、頻繁には少なくとも約５０００パーセント、好ましくは少なくとも約２０，０００パーセント、時折５０，０００パーセントから２００，０００パーセントの間の水和膨張容量（ＨＥＶ）を示す。
【００８０】
通常、選択されたポリマーの型およびマトリクスの空隙容量パーセントは、マトリクスが、生物変換プロセスにおける取扱、貯蔵および使用を可能にするのに適切な強度を有するようなものである。
【００８１】
多孔性マトリクスは、外部皮膜を有しても有さなくてもよい。好ましくは、マトリクスは、多孔性マトリクスの内部チャネルへの成分の流入およびかかるチャネルからの成分の流出をモジュレートする際に補助するための外部皮膜を有する。また、皮膜は高度に親水性であるので、夾雑する微生物または外来性の微生物が、生体触媒の外部上の強いバイオフィルムを確立することにおいて困難を有する場合、さらなる利益が得られる。これらの夾雑する微生物は、生体触媒の周りの流体のフローなどによる低い物理的力の下でさえも、除去に曝される場合が多い。したがって、生体触媒の汚染は、洗浄によって、または使用の間の流体フローによって、実質的に排除または軽減され得る。
【００８２】
存在する場合、皮膜は、典型的には、約１ミクロンから１０ミクロンの間の平均直径の、好ましくは平均直径が２〜７ミクロンの孔を有する。孔は、外側表面積の約１〜３０パーセント、例えば、２〜２０パーセントを構成し得る。外側皮膜は、好ましくは、生体触媒の内部への外来性の微生物の進入に対する障壁を提供することに加えて、流体フローおよび他の固体表面との接触などの物理的力を介して皮膜の外側側面への微生物の接着を低減させるために、比較的平滑である。しばしば、皮膜は、約２または３ミクロンよりも大きい孔以外、異常が実質的にない。皮膜が存在する場合、その厚さは、通常、約５０ミクロン未満、例えば、約１ミクロンから２５ミクロンの間である。皮膜の厚さは、多孔性マトリクスが、マトリクスの外部における最も高密度の構造を有する異方性構造を有する場合、識別が困難であり得ることを理解すべきである。
【００８３】
高濃度の単離された酵素およびまたは高密度の微生物が、生体触媒内の定常状態操作において存在し得る。フローチャネルおよびチャネルを規定するポリマー性構造の高い浸透性の組み合わせは、複数の独自の微小環境およびナノ環境ではあるが、マトリクスの至る所で生存微生物集団を可能にする。ある場合には、生物活性材料が微生物を含む場合に、マトリクスの容量に基づく細胞密度は、好ましくは少なくとも約１００グラム／リットル、好ましくは少なくとも約２００グラム／リットル、しばしば約２５０グラム／リットルから７５０グラム／リットルの間である。
【００８４】
ポリサッカライド含有生体触媒
生体触媒の内部にポリサッカライドを取り込むことによって、微生物集団の生存度が維持され得る。典型的には、ポリサッカライドは、ほとんどの微生物は使用可能でない。しばしば、ポリサッカライドは、生体触媒中に保持された細胞１グラム当たり、少なくとも約０．１グラム、例えば、少なくとも約０．２〜１００グラムの量で提供され、時折、生体触媒は、完全に水和した生体触媒の容量１リットル当たり、２５グラムから５００グラムの間のポリサッカライドを含む。生体触媒を調製する際に使用されるポリサッカライド粒子は、好ましくは、約５０ミクロン未満、好ましくは約２０ミクロン未満、しばしば約０．１〜５ミクロンの間の主要寸法を有する。固体ポリサッカライド粒子は、好ましくは、顆粒状であり、しばしば約１：１０〜１：１の間、例えば１：２〜１：１の間の最小横断面寸法対最大横断面寸法のアスペクト比を有する。
【００８５】
生体触媒中の微生物の生存度を維持するポリサッカライドの能力に起因して、生体触媒の使用のための貯蔵、取扱いおよびプロセスが促進され得る。例えば、生体触媒は、炭素欠乏様式で操作される生物変換プロセスにおいて使用され得る。炭素供給源が、微生物を維持するために添加されるが、生物学的生成物への基質の求められる生物変換には使用されない代謝プロセス、例えば、ナイトレート、ニトライトおよびパーコレートアニオンの異化作用、ならびにメタレートの代謝的還元では、ポリサッカライドは、炭素の唯一の供給源として機能し得、それにより、炭素供給源を添加する必要性を排除し得るか、または添加される炭素供給源の量を低減させ得る、即ち、炭素欠乏操作を可能にし得る。流出物が本質的にＣＯＤを有さないようにバイオプロセスが操作され得ることが利点である。生体触媒は、基質の存在下での崩壊を耐容し、生物変換活性を迅速に回復することが可能な増強された能力もまた有する。また、生体触媒は、離れて製造され得、生体触媒の生物変換活性に対する過度の有害な影響なしに、使用の場所に出荷され得る。生体触媒は、温度などの望ましい貯蔵条件における逸脱が生じる場合であっても、微生物複合への基質および他の栄養素の供給の非存在下で、延長された時間の持続時間にわたって本質的均衡状態の状態に入ることが可能である。この生物活性は、一時休業の延長された間欠的な発生、原料の崩壊または原料の変動性の後であっても、バイオリアクタ中で迅速に回復され得る。これらの生体触媒は、密封された樽、タンクなど中に包装され得、出荷され得る。ポリサッカライドは、セルロース性ポリサッカライドまたはデンプンが含まれるがこれらに限定されない任意の適切な供給源に由来し得る。ポリサッカライドは、グリコシド結合によって一緒に連結された反復単位によって特徴付けられる炭水化物であり、実質的に水中に不溶性である。ポリサッカライドは、ホモポリサッカライドまたはヘテロポリサッカライドであり得、典型的には、約２００から１５，０００またはそれ以上の間、好ましくは約２００から５０００の間の重合度を有する。好ましいポリサッカライドは、反復単位の約１０パーセント、より好ましくは、少なくとも約２０パーセントがアミロース（Ｄ−グルコース単位）であるポリサッカライドである。最も好ましくは、ポリサッカライドは、少なくとも約２０パーセント、より好ましくは、少なくとも約３０パーセントの、アミロースである反復単位を有する。ポリサッカライドは、例えば、アセテート、サルフェート、ホスフェート、ピルビル（ｐｙｒｕｖｙｌ）環状アセタールなどで官能化されていてもされていなくてもよいが、かかる官能化は、ポリサッカライドを約５０℃未満の温度で水溶性にすべきではない。好ましいクラスのポリサッカライドは、デンプンである。
【００８６】
ポリサッカライドの供給源には、天然に存在するおよび合成の（例えば、ポリデキストロース）ポリサッカライドが含まれる。ポリサッカライドを提供する種々の植物ベースの材料には、セルロースおよびヘミセルロースを提供する木質植物材料、ならびに典型的にはデンプンを提供するコムギ、オオムギ、ジャガイモ、サツマイモ、タピオカ、トウモロコシ、モロコシ、キャッサバ、ミロ、ライムギおよびフスマが含まれるがこれらに限定されない。
【００８７】
固体吸着剤含有生体触媒
生体触媒は、固体吸着剤を含み得る。固体吸着剤は、構造を形成する親水性ポリマーであり得るか、または固体構造中に含まれる粒状物、即ち、別個の固体構造（形状に関わらない）であり得る。吸着剤は、基質もしくは栄養素または求められる代謝活性に影響を与える他の化学物質、例えば限定ではなく、共代謝物、誘導剤および促進剤のための、または微生物に対して有害であり得る成分、例えば限定ではなく、毒素、ファージ、生物学的生成物および副生成物のための、任意の適切な固体吸着剤であり得る。固体吸着剤は典型的に、吸着が吸着剤の表面上で生じる、吸着剤である。粒状物固体吸着剤は、好ましくは、約５ミクロン未満、好ましくは約５ナノメートル〜３ミクロンの間の主要寸法を有するナノ材料である。固体吸着剤がポリマーから構成される場合、固体構造は、本質的に完全にポリマーから構成され得るか、または固体構造の約５質量パーセントから９０質量パーセントの間（水を除く）を構成するブロックコポリマーもしくはポリマー性混合物であり得る。固体吸着剤が生体触媒中の別々の粒状物である場合、生体触媒は、生体触媒の質量の約５〜９０質量パーセントの間を構成し得る（水および微生物を除くが、親水性ポリマーおよび粒状物の両方を含む）。１種より多い固体吸着剤が、生体触媒において使用され得る。好ましくは、固体吸着剤は、生体触媒の内部の至る所に比較的に均一に分散されるが、固体吸着剤は、生体触媒内の変動する分布を有し得る。分布が変動される場合、より高い濃度の固体吸着剤を有する領域は、生体触媒の表面に向かって見出される場合が多い。
【００８８】
粒状物吸着剤が使用される場合、吸着剤は、求められる吸着能を有する有機材料または無機材料を含む。固体吸着剤の例には、特に極性部分を有するポリマー性材料、炭素（活性炭が含まれるがこれに限定されない）、シリカ（ヒュームドシリカが含まれるがこれに限定されない）、シリケート、粘土、分子ふるいなどが含まれるがこれらに限定されない。分子ふるいには、ゼオライト、ならびにケイ素、アルミニウム、チタン、銅、コバルト、バナジウム、チタン、クロム、鉄、ニッケルなどのうち１つまたは複数の酸化物およびリン酸塩を含む合成の結晶性構造が含まれるが、これらに限定されない。吸着特性は、固体吸着剤の表面上の物理的または化学的または準化学的吸着のうち１つまたは複数を含み得る。したがって、表面積および構造は、ある種の固体吸着剤の吸着特性に影響を与え得る。頻繁に、固体吸着剤は多孔性であり、したがって、高い表面積および物理的吸着能を提供する。しばしば、固体吸着剤中の孔は、有効直径が約０．３〜２ナノメートルの範囲である。
【００８９】
固体吸着剤は、好ましくは生体触媒の調製の間に、任意の簡便な様式でポリマー性構造中に取り込まれ得る。
【００９０】
リン光性生体触媒
本発明の別の好ましい態様は、リン光性材料および光合成微生物、即ち、代謝プロセスにおいて光エネルギーを使用する微生物を含む、生体触媒に関する。好ましくは、微生物は、藻類、最も好ましくは、微細藻類、またはシアノバクテリアである。
【００９１】
光合成微生物の生物活性は、日光などの広範囲にわたる光供給源を使用して、発現された生物学的生成物を生成するために増強され得る。本発明によれば、光合成微生物は、ＵＶ光から、約４００ｎｍから８００ｎｍの間、好ましくは約４５０ｎｍから６５０ｎｍの間の波長を有する光までシフトすることが可能であり、少なくとも約５秒間にわたって持続する場合が多い光の発光で持続性を示すことが可能なリン光性材料を生体触媒の内部が含む生体触媒中に、不可逆的に保持される。リン光性材料は、励起された状態へと電磁放射線によって励起される能力を有する材料であるが、貯蔵されたエネルギーは、段階的に放出される。リン光性材料からの発光は、持続性を有する、即ち、かかる材料からの発光は、励起供給源が取り除かれた後、数秒間、数分間またはさらには数時間にわたって持続し得る。ルミネセンス材料は、励起された状態へと励起された後に、電磁放射線を発することが可能な材料である。持続性は、照射を中断した後の、光ルミネセンス物体から発散される光ルミネセンス発光が閾値検出可能性まで減少するのにかかる時間である。
【００９２】
照射の持続性は、光供給源に曝露されたがなおも生成性である培養物液体の領域においておよびかかる領域の外側で、微生物がサイクルされるのを可能にする。より長い持続性の持続時間では、光合成微生物は、光強度の非存在下または光強度における低減下で、光生物変換を継続し得る。延長された時間期間、しばしば少なくとも約３０日間、ある場合には少なくとも１年間にわたって生体触媒が光合成活性を維持する能力、リン光性材料の費用は、増加した生成、バイオリアクタの低減された設置面積、および促進された生物学的生成物回収によってかなり相殺される。
【００９３】
高度に水和している生体触媒は、生体触媒の内部に保持された光合成微生物に対する光照射の顕著な分配器であり、光呼吸から微生物を保護するようにも機能する。培養液体（代謝プロセスのための栄養素を含む水性溶液）中の固体残骸は、本質的には排除されないとしても、生体触媒中に不可逆的に保持されている微生物に起因して、かなり低減され得る。したがって、濁度は低減され、したがって、所与の光強度が、培養液体中のより深い深度において見出すことができる。本発明の生体触媒によって提供されるこれらの利点は、リン光性材料が使用されるかされないかに関わらず、任意の光合成プロセスで実現され得る。
【００９４】
リン光性材料の例としては、米国特許第３，５９５，８０４号に記載されるような、ＺｎＣｄＳ：Ｃｕ：Ａｌ、ＺｎＣｄＳ：Ａｇ：Ａｌ、ＺｎＳ：Ａｇ：Ａｌ、ＺｎＳ：Ｃｕ：Ａｌなどの金属硫化物蛍光体、ならびに米国特許第３，９５７，６７８号に記載されるような、希土類元素で共活性化される金属硫化物であるリン光性材料が含まれるがこれらに限定されない。金属硫化物色素よりも発光強度が高くかつ発光持続性が長い蛍光体には、一般にアルカリ土類アルミネートまたはアルカリ土類シリケートである母材を含む組成物が含まれる。母材は一般に、活性化剤としてユーロピウムを含み、１種または複数の共活性化剤、例えば、ランタニド系列の元素（例えば、ランタン、セリウム、プラセオジム、ネオジム、サマリウム、ガドリニウム、テルビウム、ジスプロシウム、ホルミウム、エルビウム、ツリウム、イッテルビウムおよびルテチウム）、スズ、マンガン、イットリウムまたはビスマスを含む場合が多い。かかる蛍光体の例は、米国特許第５，４２４，００６号に記載されている。
【００９５】
高い発光強度および持続性のリン光性材料は、式ＭＯｍＡｌ２Ｏ３：Ｅｕ２＋，Ｒ３＋を有するアルカリ土類アルミネートオキシドであり得、式中、ｍは、１．６〜約２．２までの範囲の数であり、Ｍは、アルカリ土類金属（ストロンチウム、カルシウムまたはバリウム）であり、Ｅｕ２＋は活性化剤であり、Ｒは、ランタニド系列の三価希土類材料（例えば、ランタン、セリウム、プラセオジム、ネオジム、サマリウム、ガドリニウム、テルビウム、ジスプロシウム、ホルミウム、エルビウム、ツリウム、イッテルビウム、ルテチウム）、イットリウムまたはビスマスのうち１つまたは複数の共活性化剤である。かかる蛍光体の例は、米国特許第６，１１７，３６２号に記載されている。リン光性材料には、式ＭｋＡｌ２Ｏ４：２ｘＥｕ２＋，２ｙＲ３＋を有するアルカリ土類アルミネートオキシドも含まれ、式中、ｋ＝１−２ｘ−２ｙであり、ｘは、約０．０００１〜約０．０５までの範囲の数であり、ｙは、約ｘ〜３ｘまでの範囲の数であり、Ｍは、アルカリ土類金属（ストロンチウム、カルシウムまたはバリウム）であり、Ｅｕ２＋は活性化剤であり、Ｒは、三価希土類材料（例えば、ランタン、セリウム、プラセオジム、ネオジム、サマリウム、ガドリニウム、テルビウム、ジスプロシウム、ホルミウム、エルビウム、ツリウム、イッテルビウム、ルテチウム）、イットリウムまたはビスマスのうち１つまたは複数の共活性化剤である。米国特許第６，２６７，９１１号を参照のこと。
【００９６】
リン光性材料には、米国特許第６，１１７，３６２号および米国特許第６，２６７，９１１号に記載されるような、ホストマトリクス中のＡｌ３＋の一部分がＭｇ２＋またはＺｎ２＋などの二価イオンで置き換えられたもの、およびアルカリ土類金属イオン（Ｍ２＋）がＬｉ＋、Ｎａ＋、Ｋ＋、Ｃｓ＋またはＲｂ＋などの一価アルカリ金属イオンで置き換えられたものも含まれる。
【００９７】
高い強度および高い持続性のシリケートは、米国特許第５，８３９，７１８号に開示されており、例えば、Ｓｒ．ＢａＯ．Ｍｇ．ＭＯ．ＳｉＧｅ：Ｅｕ：Ｌｎであるが、式中、Ｍは、ベリリウム、亜鉛またはカドミウムであり、Ｌｎは、希土類材料、３Ａ族元素、スカンジウム、チタン、バナジウム、クロム、マンガン、イットリウム、ジルコニウム、ニオブ、モリブデン、ハフニウム、タンタル、タングステン、インジウム、タリウム、リン、ヒ素、アンチモン、ビスマス、スズおよび鉛からなる群より選択される。特に有用なものは、ジスプロシウム、ネオジム、ツリウム、スズ、インジウムおよびビスマスである。これらの化合物中のＸは、少なくとも１つのハライド原子である。
【００９８】
他のリン光性材料には、式ＭＯ．Ａｌ２Ｏ３．Ｂ２Ｏ３：Ｒのアルカリ土類アルミネートが含まれ、式中、Ｍは、１つより多いアルカリ土類金属（ストロンチウム、カルシウムもしくはバリウムまたはそれらの組み合わせ）の組み合わせであり、Ｒは、Ｅｕ２＋活性化剤、および少なくとも１つの三価希土類材料共活性化剤、（例えば、ランタン、セリウム、プラセオジム、ネオジム、サマリウム、ガドリニウム、テルビウム、ジスプロシウム、ホルミウム、エルビウム、ツリウム、イッテルビウム、ルテチウム）、ビスマスまたはマンガンの組み合わせである。かかる蛍光体の例は、米国特許第５，８８５，４８３号中に見出すことができる。米国特許第５，４２４，００６号に記載されるＭＡｌ２Ｏ４型のアルカリ土類アルミネートは、米国特許第６，９５３，５３６号に記載されるような供与系および受容系を含むリン光性材料と同様、適用を見出し得る。
【００９９】
理解され得るように、多くの他の蛍光体が適用を見出し得る。例えば、ＹｅｎおよびＷｅｂｅｒ、Ｉｎｏｒｇａｎｉｃ  Ｐｈｏｓｐｈｏｒｓ：Ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ，Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｏｐｔｉｃａｌ  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ、ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ、２００４を参照のこと。
【０１００】
このリン光性材料は、別個の粒子であり得るか、またはマトリクスを形成するポリマー中での取り込みおよび保持を促進するためのコーティングを有する粒子であり得る。粒子は、任意の適切な形状のものであり得る。一般に、粒子の最大寸法は、約１ミリメートル未満、好ましくは約０．１ミリメートル未満である。粒子はナノ粒子であり得る。
【０１０１】
リン光性材料によって示される持続性の時間は、短い持続時間、例えば、約５〜１０秒間から、１０または２０時間もしくはそれ以上の長い時間までの範囲であり得、使用されるリン光性材料に依存する。好ましいリン光性材料は、少なくとも約１分間の持続性を示す。マトリクスのポリマーから発光された照射の強度は、一部、ポリマー中のリン光性材料の濃度およびリン光性材料の性質に依存する。典型的には、リン光性材料は、生体触媒中に、少なくとも約０．１質量パーセント、例えば、０．２質量パーセントから５または１０質量パーセントの間のポリマー（水和していない）の量で提供される。１種または複数のリン光性材料が、生体触媒において使用され得る。１種より多いリン光性材料が使用される場合、組み合わせは、照射供給源のバンド幅中に含まれる異なる光波長からの波シフトおよび異なる持続性時間の提供のうち１つまたは複数を提供するように選択され得る。好ましい実施形態では、リン光性材料は、例えば、約１０ｎｍから１０μｍの間の主要寸法を有するナノ粒子の形態である。ある場合には、ポリマー内のリン光性材料の取り込みを促進するために相溶化剤でリン光性材料を被覆することが望まれ得る。相溶化剤には、ヒドロキシル、チオール、シリル、カルボキシルまたはホスホリル基のうち１種または複数を有する分子が含まれるがこれらに限定されない。
【０１０２】
Ｃ．生体触媒を作製するための方法
生体触媒を作製するために使用される生物活性材料を含む成分および生体触媒の調製のために使用されるプロセス条件は、本発明の広い態様にとって重要ではなく、上記の原理が一旦理解されれば、当該分野で十分理解されるように広く変動し得る。任意の事象において、不可逆的に代謝的に保持される微生物を有する生体触媒を作製するための成分およびプロセス条件は、微生物に有害な影響を与えるべきではない。
【０１０３】
生体触媒は、生物活性材料と、重合可能なもしくは固化可能な成分またはマトリクスを形成するように易融性もしくは結合可能な固体のうち１つまたは複数であり得る親水性ポリマーのための可溶化された前駆体とを含む液体媒体から調製され得る。水性媒体は、ほとんどの微生物および酵素と水との適合性に起因して、最もしばしば使用される。しかし、他の液体を耐容する生物活性材料を用いると、かかる液体は、液体媒体の全てまたは一部分を作製するために使用され得る。かかる他の液体の例には、液体炭化水素、過酸素化された液体、液体カルボキシ含有化合物などが含まれるがこれらに限定されない。混合液体媒体もまた、生体触媒を調製するために使用され得る。混合媒体は、混和性または非混和性の液相を含み得る。例えば、生物活性材料は、分散された水性相中に懸濁され得、重合可能なまたは固化可能な成分は、連続的溶媒相中に含まれ得る。
【０１０４】
生体触媒を調製するために使用される液体媒体は、特に、微生物が同じ基質について顕著に競合しない場合、１つより多い型の微生物を含み得、上記のような１つまたは複数の単離された酵素または機能的添加剤、例えば、ポリサッカライド、固体吸着剤およびリン光性材料を含み得る。好ましくは、生体触媒は、単一の型の微生物を含む。生体触媒を作製するために使用される液体媒体中の微生物の濃度は、少なくとも約６０グラム／リットルでなければならない。上で議論したように、微生物の濃度は、好ましくは、生体触媒中の微生物の求められる濃度を近似すべきである。生体触媒を形成する際の微生物およびポリマー性材料の相対量は、広く変動し得る。生体触媒の形成後の微生物の集団の増殖が企図され、生体触媒形成プロセスの間の微生物の集団のいくらかに対して損傷を与える可能性がある。それにもかかわらず、より高い微生物濃度が一般に好ましく、例えば、生体触媒を作製するために使用される液体媒体１リットル当たり、少なくとも約１００グラム、好ましくは少なくとも約２００グラム、しばしば約２５０グラムから７５０グラムの間である。
【０１０５】
任意の適切なプロセスは、その中に生物活性材料が不可逆的に保持された開放型の多孔性ポリマー性マトリクスを形成するために、ポリマー性材料を固化もしくは重合させるためまたは粒子を接着もしくは融合させるために使用され得る。適切なプロセスの条件は、生物活性材料に過度に有害な影響を与えるべきではない。生物活性材料が、温度、圧力および他の化学物質の存在に対する耐性において異なる場合、いくつかのマトリクス形成プロセスが、別の型の生物活性材料にとってよりも、１つの型の生物活性材料にとって有利であり得る。
【０１０６】
好ましくは、ポリマー性マトリクスは、生体触媒が形成される際に生体触媒の内部に微生物の集団が提供される様式で、高分子量材料の固化から、プレポリマーの重合または架橋によって、形成される。例示的なプロセスには、溶液重合、スラリー重合（２つ以上の開始相を有することを特徴とする）、および溶媒の冷却または除去による固化が含まれる。
【０１０７】
生体触媒は、固体構造を形成するために、固化条件（例えば、冷却または蒸発）に媒体を供することまたは触媒、架橋剤もしくは凝固剤などの成分を添加することによって、固体の重合または架橋または凝集を生じさせることによって、液体媒体中でｉｎ  ｓｉｔｕで形成され得る。代替的に、液体媒体は、触媒、架橋剤もしくは凝固剤などの固化剤を含む溶液中に押し出され得、または基質上に被覆され得、次いで複合が、固体生体触媒を形成するための条件に供され得る。
【０１０８】
生体触媒を作製するために使用されるポリマー性材料は、有機または無機の骨格を有し得るが、マトリクス中に取り込まれた場合に生体触媒の求められる水和膨張容量を提供するのに十分な水吸着特性を示す高度に親水性のポリマーを提供するのに十分な親水性部分を有し得る。ポリマー性材料は、それらが、その使用のために意図される生物変換プロセスの条件下で固体のままである生体触媒を形成し、水和膨張容量が達成できるような十分な親水性特性を有する限り、高分子量物質、例えば、ワックス（重合プロセスによって調製されるかどうかによらない）、オリゴマーなどを含むこともまた意図される。上述のように、ポリマー性材料は、ポリマー性マトリクスを形成する際に、架橋されることもさらに重合されることも本質的ではない。
【０１０９】
ポリマー性材料の例には、架橋されていてもされていなくてもよいホモポリマーおよびコポリマーが含まれ、高い親水性を提供し、水和膨張容量が得られるのを可能にする縮合ポリマーおよび付加ポリマーが含まれる。ポリマーは、例えば親水性部分およびより疎水性の部分の、ホモポリマーまたはコポリマーであり得る。分子量および分子量分布は、好ましくは、当該分野で公知のように親水性および強度の組み合わせを提供するために選択される。ポリマーは、親水性を増強するために親水性部分で官能化され得る。親水性部分の例には、チタン、モリブデン、リン、硫黄および窒素のうち１つまたは複数のヒドロキシル、アルコキシル、アシル、カルボキシル、アミドおよびオキシアニオン、例えば、ホスフェート、ホスホネート、サルフェート、スルホネートおよびナイトレートが含まれるがこれらに限定されず、親水性部分は、例えば、ヒドロキシアルコキシド、アセチルアセトネートなどの親水性部分でさらに置換され得る。典型的には、ポリマーは、特に、グリコール部分などのいくつかの隣接する親水性部分において、カルボニル基およびヒドロキシル基を含む。ある場合には、ポリマーの骨格は、親水性を増強するためにエーテル酸素を含む。ある場合には、ポリマー中の酸素対炭素の原子比は、約０．３：１〜５：１の間である。
【０１１０】
マトリクスを形成する際に使用を見出し得るポリマーには、官能化されたまたは官能化されていないポリアクリルアミド、ポリビニルアルコール、ポリエーテルケトン、ポリウレタン、ポリカーボネート、ポリスルホン、ポリスルフィド、ポリシリコーン、オレフィン性ポリマー、例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリブタジエン、ゴムおよびポリスチレン、ナイロン、ポリチルオキサジオリン（ｐｏｌｙｔｈｙｌｏｘａｚｙｏｌｉｎｅ）、ポリエチレングリコール、ポリサッカライド、例えば、アルギン酸ナトリウム、カラギーナン、寒天、ヒアルロン酸、コンドロイチン硫酸、デキストラン、デキストラン硫酸、ヘパリン、ヘパリン硫酸、ヘパラン硫酸、キトサン、ジェランガム、キサンタンガム、グアーガム、水溶性セルロース誘導体およびカラギーナン、ならびにタンパク質、例えば、ゼラチン、コラーゲンおよびアルブミンが含まれ、これらは、ポリマー、プレポリマーまたはオリゴマー、ならびに以下のモノマー、オリゴマーおよびプレポリマーからのポリマーおよびコポリマーであり得る。モノメタクリレート、例えば、ポリエチレングリコールモノメタクリレート、ポリプロピレングリコールモノメタクリレート、ポリプロピレングリコールモノメタクリレート、メトキシジエチレングリコールメタクリレート、メトキシポリエチレングリコールメタクリレート、フタル酸水素メタクリロイルオキシエチル、コハク酸水素メタクリロイルオキシエチル、３−クロロ−２−ヒドロキシプロピルメタクリレート、ステアリルメタクリレート、２−ヒドロキシメタクリレートおよびエチルメタクリレート；モノアクリレート、例えば、２−ヒドロキシエチルアクリレート、２−ヒドロキシプロピルアクリレート、イソブチルアクリレート、ｔ−ブチルアクリレート、イソオクチルアクリレート、ラウリルアクリレート、ステアリルアクリレート、イソボルニルアクリレート、シクロヘキシルアクリレート、メトキシトリエチレングリコールアクリレート、２−エトキシエチルアクリレート、テトラヒドロフルフリルアクリレート、フェノキシエチルアクリレート、ノニルフェノキシポリエチレングリコールアクリレート、ノニルフェノキシポリプロピレングリコールアクリレート、シリコン変性アクリレート、ポリプロピレングリコールモノアクリレート、フェノキシエチルアクリレート、フェノキシジエチレングリコールアクリレート、フェノキシポリエチレングリコールアクリレート、メトキシポリエチレングリコールアクリレート、コハク酸水素アクリロイルオキシエチルおよびラウリルアクリレート；ジメタクリレート、例えば、１，３−ブチレングリコールジメタクリレート、１，４−ブタンジオールジメタクリレート、エチレングリコールジメタクリレート、ジエチレングリコールジメタクリレート、トリエチレングリコールジメタクリレート、ポリエチレングリコールジメタクリレート、ブチレングリコールジメタクリレート、ヘキサンジオールジメタクリレート、ネオペンチルグリコールジメタクリレート、ポリプレングリコールジメタクリレート、２−ヒドロキシ−１，３−ジメタクリルオキシプロパン、２，２−ｂｉｓ−４−メタクリルオキシエトキシフェニルプロパン、３，２−ｂｉｓ−４−メタクリルオキシジエトキシフェニルプロパンおよび２，２−ｂｉｓ−４−メタクリルオキシポリエトキシフェニルプロパン；ジアクリレート、例えば、エトキシ化ネオペンチルグリコールジアクリレート、ポリエチレングリコールジアクリレート、１，６−ヘキサンジオールジアクリレート、ネオペンチルグリコールジアクリレート、トリプロピレングリコールジアクリレート、ポリプロピレングリコールジアクリレート、２，２−ｂｉｓ−４−アクリルオキシエトキシフェニルプロパン、２−ヒドロキシ−１−アクリルオキシ−３−メタクリルオキシプロパン；トリメタクリレート、例えば、トリメチロールプロパントリメタクリレート；トリアクリレート、例えば、トリメチロールプロパントリアクリレート、ペンタエリスリトールトリアクリレート、トリメチロールプロパンＥＯ付加トリアクリレート、グリセロールＰＯ付加トリアクリレートおよびエトキシ化トリメチロールプロパントリアクリレート；テトラアクリレート、例えば、ペンタエリスリトールテトラアクリレート、エトキシ化ペンタエリスリトールテトラアクリレート、プロポキシ化ペンタエリスリトールテトラアクリレートおよびジトリメチロールプロパンテトラアクリレート；ウレタンアクリレート、例えば、ウレタンアクリレート、ウレタンジメチルアクリレートおよびウレタントリメチルアクリレート；アミノ含有部分、例えば、２−アミノエチルアクリレート、２−アミノエチルメタクリレート、アミノエチルメタクリレート、ジメチルアミノエチルメタクリレート、モノメチルアミノエチルメタクリレート、ｔ−ブチルアミノエチルメタクリレート、ｐ−アミノスチレン、ｏ−アミノスチレン、２−アミノ−４−ビニルトルエン、ジメチルアミノエチルアクリレート、ジエチルアミノエチルアクリレート、ピペリジノエチルエチルアクリレート、ピペリジノエチルメタクリレート、モルホリノエチルアクリレート、モルホリノエチルメタクリレート、２−ビニルピリジン、３−ビニルピリジン、２−エチル−５−ビニルピリジン、ジメチルアミノプロピルエチルアクリレート、ジメチルアミノプロピルエチルメタクリレート、２−ビニルピロリドン、３−ビニルピロリドン、ジメチルアミノエチルビニルエーテル、ジメチルアミノエチルビニルスルフィド、ジエチルアミノエチルビニルエーテル、２−ピロリジノエチルアクリレート、２−ピロリジノエチルメタクリレート、ならびに他のモノマー、例えば、アクリルアミド、アクリル酸およびジメチルアクリルアミドが含まれる。
【０１１１】
上で列挙したポリマーの全てが、それ自体で有用なわけではないが、官能化することが必要とされ得るか、または高度に親水性のポリマーとのコポリマーを形成するために使用され得る。
【０１１２】
トリエタノールアミン、トリエチルアミン、エタノールアミン、Ｎ−メチルジエタノールアミン、Ｎ，Ｎ−ジメチルベンジルアミン、ジベンジルアミノ、Ｎ−ベンジルエタノールアミン、Ｎ−イソプロピルベンジルアミノ、テトラメチルエチレンジアミン、過硫酸カリウム、テトラメチルエチレンジアミン、リジン、オルニチン、ヒスチジン、アルギニン、Ｎ−ビニルピロリジノン、２−ビニルピリジン、１−ビニルイミダゾール、９−ビニルカルバゾン（ｃａｒｂａｚｏｎｅ）、アクリル酸および２−アリル−２−メチル−１，３−シクロペンタンジオンなどの、架橋剤、促進剤、重合触媒および他の重合添加剤が使用され得る。ポリビニルアルコールポリマーおよびコポリマーについては、ホウ酸およびリン酸が、ポリマー性マトリクスの調製において使用され得る。上述のように、架橋剤の量は、マトリクスが高い親水性および高い水和膨張容量を有する能力を保持することを確実にすることに限定される必要があり得る。上に示される物理的特性を有する多孔性マトリクスを作製するためのポリマーおよび架橋剤および他の添加剤の選択は、水溶性かつ高度に親水性のポリマーの合成の分野における当業者の技術範囲内である。
【０１１３】
生体触媒は、構造的完全性を増強するか、または成分を誘引もしくは隔離する、栄養素を提供するなどのように、微生物に有益な活性を提供するように機能し得る他の添加剤の存在下で形成され得る。添加剤は、例えば、ブロス中で浮くまたは沈む傾向があるのではなく、水性媒体中に懸濁されるのに適した密度を提供するためにも使用され得る。典型的な添加剤には、デンプン、グリコーゲン、セルロース、リグニン、キチン、コラーゲン、ケラチン、粘土、アルミナ、アルミノシリケート、シリカ、リン酸アルミニウム、珪藻土、炭素、ポリマー、ポリサッカライドなどが含まれるがこれらに限定されない。これらの添加剤は、ポリマー性マトリクスが形成される場合には固体の形態であり得、その場合、主要寸法が約０．０１〜１００ミクロンの範囲である場合が多い。
【０１１４】
望まれる場合、生体触媒が微生物を含む場合に、当該分野で公知のように、微生物はストレスに供され得る。ストレスは、飢餓、化学的条件もしくは物理的条件のうち１つまたは複数であり得る。化学的ストレスには、毒素、抗微生物剤、および阻害濃度の化合物が含まれる。物理的ストレスには、光強度、ＵＶ光、温度、機械的撹拌、圧力または圧縮、および乾燥または浸透圧が含まれる。ストレスは、微生物をショックから保護する調節された生物学的反応を生じ得、ストレスは、より弱い細胞が死につつも、より頑健な微生物が生存するのを可能にし得る。
【０１１５】
生物活性材料
生物活性材料は、単離された酵素および微生物のうち１つまたは複数である。別の態様では、生体触媒は、微生物に加えて、基質もしくは他の栄養素、または微生物の生物学的生成物もしくは副生成物もしくは共生成物であり得るか、あるいは毒素、ファージなどであり得る成分に対する触媒的変化を引き起こすために、生体触媒の内部に１種または複数の細胞外酵素を含み得る。
【０１１６】
酵素の例には、オキシドレダクターゼ（ｏｘｉｄｏｒｅｃｔａｓｅ）、トランスフェラーゼ、ヒドロラーゼ、リアーゼ、イソメラーゼおよびリガーゼのうち１種または複数が含まれるがこれらに限定されない。酵素は、１つまたは複数の代謝的変換を引き起こし得る。例えば、酵素は、生体触媒中の微生物によって、供給中の成分が生物変換され得るまたはより容易に生物変換され得るように、供給中の成分を代謝し得る。酵素は、求められる生物学的生成物を提供するために、微生物の代謝物を代謝するためにも使用され得る。酵素は、微生物にとって有害であり得る供給中の成分または微生物由来の共代謝物を、微生物に対してあまり有害でない代謝物へと代謝するために使用され得る。望まれる場合、２つ以上の異なる酵素が、供給中の成分または微生物由来の代謝物に対して一連の代謝的変換をもたらすために使用され得る。
【０１１７】
代表的な酵素としては、以下が挙げられるがこれらに限定はされない。セルラーゼ、セロビオヒドロラーゼ（例えば、ＣＢＨＩ、ＣＢＨＩＩ）、アルコールデヒドロゲナーゼ（Ａ、ＢおよびＣ）、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ、アミラーゼ、アルファアミラーゼ、グルコアミラーゼ、ベータグルカナーゼ、ベータグルコシダーゼ、インベルターゼ、エンドグルカナーゼ（例えば、ＥＧＩ、ＥＧＩＩ、ＥＧＩＩＩ）、ラクターゼ、ヘミセルラーゼ、ペクチナーゼ、ヒドロゲナーゼ、プルラナーゼ、フィターゼ、ヒドロラーゼ、リパーゼ、ポリサッカラーゼ（ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒａｓｅ）、リグニナーゼ、Ａｃｃｅｌｌｅｒａｓｅ（登録商標）１０００、Ａｃｃｅｌｌｅｒａｓｅ（登録商標）１５００、Ａｃｃｅｌｌｅｒａｓｅ（登録商標）ＤＵＥＴ、Ａｃｃｅｌｌｅｒａｓｅ（登録商標）ＴＲＩＯまたはＣｅｌｌｉｃ  ＣＴｅｃ２酵素、ホスホグルコースイソメラーゼ、イノシトール−１−リン酸シンターゼ、イノシトールモノホスファターゼ、ミオ−イノシトールデヒドロゲナーゼ、ミオ−イノソース−２−デヒドラターゼ、イノシトール  ２−デヒドロゲナーゼ、デオキシ−Ｄ−グルコン酸イソメラーゼ、キナーゼ、５−デヒドロ−２−デオキシグルコノキナーゼ、デオキシホスホグルコン酸アルドラーゼ、３−ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ、イソメラーゼ、トポイソメラーゼ、デヒドラターゼ、モノサッカライドデヒドロゲナーゼ、アルドラーゼ、ホスファターゼ、プロテアーゼ、ＤＮａｓｅ、アルギン酸リアーゼ、ラミナリナーゼ（ｌａｍｉｎａｒｉｎａｓｅ）、エンドグルカナーゼ、Ｌ−ブタンジオールデヒドロゲナーゼ、アセトインレダクターゼ、３−ヒドロキシアシル−ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、またはｃｉｓ−アコニット酸デカルボキシラーゼ（ｃｉｓ−ａｃｏｎｉｔａｔｅ  ｄｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ）。酵素には、その全体が参照により本明細書に組み込まれるＨｅｉｎｚｅｌｍａｎら（２００９）ＰＮＡＳ  １０６：５６１０〜５６１５に記載されるものが含まれる。
【０１１８】
酵素は、生体触媒の形成の前に生体触媒の親水性ポリマーのための前駆体に結合され得るか、または例えば、生体触媒を形成するための液体媒体への添加によって、生体触媒の調製の間に導入され得る。酵素もしくはその断片、または核酸を固体支持体上に提供するための、当業者に公知の多数の方法が存在する。かかる方法のいくつかの例には、例えば、静電気的液滴生成、電気化学的手段、吸着を介した方法、共有結合を介した方法、架橋を介した方法、化学反応もしくはプロセスを介した方法が含まれる。種々の方法は、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌｓ、Ｃ部．１９８７．Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ．Ｓ．Ｐ．ＣｏｌｏｗｉｃｋおよびＮ．Ｏ．Ｋａｐｌａｎ編．第１３６巻；Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅｓ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌｓ．１９９７．Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ．Ｇ．Ｆ．Ｂｉｃｋｅｒｓｔａｆｆ編．Ｓｅｒｉｅｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｊ．Ｍ．Ｗａｌｋｅｒ編；ＤｉＣｏｓｉｍｏ，Ｒ．、ＭｃＡｕｌｉｆｆｅ，Ｊ．、Ｐｏｕｌｏｓｅ，Ａ．Ｊ．Ｂｏｈｌｍａｎｎ，Ｇ．２０１２．Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ  ｕｓｅ  ｏｆ  ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  ｅｎｚｙｍｅｓ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｒｅｖ．；およびＩｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｗｉｌｈｅｌｍ  Ｔｉｓｃｈｅｒ  ａｎｄ  Ｆｒａｎｋ  Ｗｅｄｅｋｉｎｄ、Ｔｏｐｉｃｓ  ｉｎ  Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第２００巻．９５〜１２６頁に記載されている。
【０１１９】
典型的には、細胞外酵素は、固体表面、例えば、親水性ポリマー、固体添加剤、細胞壁および細胞外ポリマー性物質などに、結合または接着する。したがって、酵素は、生体触媒の内部に実質的に不可逆的に保持され得る。本発明の生体触媒の構造に起因して、微生物および酵素は、ごく接近していてもよく、したがって、有効な協同的生物変換が得られ得る。酵素と生体触媒の内部表面との会合は、典型的に、温度、ｐＨ、または酵素の熱安定性もしくは操作安定性に関する他の因子における変化に起因する変性に対する、酵素（単数または複数）の抵抗性を増加させる。また、生体触媒中に保持されることによって、バイオリアクタ中の酵素の使用は促進され、望ましくない後反応が軽減され得る。
【０１２０】
生物活性材料が微生物を含む場合、微生物は、単細胞であり得るか、または線維状増殖微生物および出芽増殖微生物などの単一細胞微生物として挙動する多細胞であり得る。しばしば、多細胞微生物の細胞は、単独で存在する能力を有する。微生物は、好気性菌、嫌気性菌、通性嫌気性菌、従属栄養生物、独立栄養生物、光独立栄養生物、光従属栄養生物、化学独立栄養生物および／または化学従属栄養生物である微生物が含まれるがこれらに限定されない、任意の型のものであり得る。細胞増殖を含む細胞活性は、好気性、微好気性または嫌気性であり得る。細胞は、誘導（ｌａｇ）（または伝導（ｃｏｎｄｕｃｔｉｏｎ））、対数、移行（ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ）、定常、死滅、休眠中、栄養成長、胞子形成などを含む、増殖の任意の期にあり得る。１種または複数の微生物は、好冷菌（−１０℃〜２５℃において最適の増殖）、中温菌（２０〜５０℃において最適の増殖）、好熱菌（４５℃〜８０℃において最適の増殖）または超好熱菌（８０℃〜１００℃において最適の増殖）である。１種または複数の微生物は、グラム陰性細菌またはグラム陽性細菌であり得る。細菌は、球菌（球形）、桿菌（桿状）またはらせん菌（らせん形、例えば、ビブリオまたはコンマ細菌）であり得る。微生物は、表現型的および遺伝子型的に多様であり得る。
【０１２１】
微生物は、野生型（天然に存在する）微生物または組換え（遺伝子操作された微生物が含まれるがこれらに限定されない）微生物であり得る。組換え微生物は、１つまたは複数の異種核酸配列（例えば、遺伝子）を含み得る。１つまたは複数の遺伝子は、例えば相同組換えによって、本明細書に記載される方法、組成物またはキットにおいて使用される微生物中に導入され得る。１つまたは複数の遺伝子は、例えばベクターを用いて、微生物中に導入され得る。１つまたは複数の微生物は、１つまたは複数のベクターを含み得る。ベクターは、自律的に複製するベクター、即ち、その複製が染色体複製から独立している染色体外実体として存在するベクター、例えば、線状もしくは閉鎖環状プラスミド、染色体外エレメント、ミニ染色体または人工染色体であり得る。ベクターは、自己複製のための手段を含み得る。ベクターは、宿主細胞中に導入されると、宿主細胞のゲノム中に組み込まれ得、それが組み込まれた１つまたは複数の染色体と一緒に複製し得る。かかるベクターは、宿主染色体の特定の望ましい部位中への組換えを可能にし得る特異的配列を含み得る。ベクター系は、単一のベクターもしくはプラスミド、宿主細胞のゲノム中に導入される総ＤＮＡを一緒になって含む２つ以上のベクターもしくはプラスミド、またはトランスポゾンを含み得る。ベクターの選択は、典型的には、そのベクターが導入される宿主細胞とベクターとの適合性に依存する。ベクターは、コードされたポリペプチドのうち１つもしくは複数とインフレームで融合され得るかまたは別々に発現され得る、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）などのレポーター遺伝子を含み得る。ベクターは、適切な形質転換体の選択のために使用され得る抗生物質抵抗性遺伝子などの選択マーカーもまた含み得る。生物を遺伝子操作する手段は、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、最終更新日２０１１年７月２５日、Ｗｉｌｅｙ、Ｐｒｉｎｔ  ＩＳＳＮ：１９３４〜３６３９に記載されている。いくつかの実施形態では、副生成物形成に関与する１つまたは複数の遺伝子が、微生物において欠失されている。いくつかの実施形態では、副生成物形成に関与する１つまたは複数の遺伝子は、欠失されていない。微生物中に導入される核酸は、微生物にコドン最適化され得る。遺伝子は、得られる遺伝子産物（例えば、酵素）の活性を増加させるために、改変（例えば、変異）され得る。
【０１２２】
生体触媒において使用される選択された微生物は、求められる活性に対して標的化され得る。したがって、生体触媒は、実質的に純粋な株型の微生物を含む場合が多く、標的化に起因して、高い生物活性の達成を可能にし、生体触媒中の微生物の安定な集団を提供する。
【０１２３】
本発明の生体触媒を作製するための代表的微生物には、米国特許出願公開第２０１１／００７２７１４号、特に第０１２２段落、米国特許出願公開第２０１０／０２７９３５４号、特に第００８３段落から第００８９段落、米国特許出願公開第２０１１／０１８５０１７号、特に第００４６段落、米国特許出願公開第２００９／０１５５８７３号、特に第００９３段落、および米国特許出願公開第２００６００６３２１７号、特に第００３０段落および第００３１段落に示される微生物、ならびに本明細書の付属書Ａに示される微生物が含まれるがこれらに限定されない。
【０１２４】
光合成微生物には、光照射によって活性化される生体触媒活性を有する、細菌、藻類およびカビが含まれる。高級な酸素化された有機化合物生成のための光合成微生物の例には、藻類、例えば、Ｂａｃｉｌｌａｒｉｏｐｈｙｃｅａｅ株、Ｃｈｌｏｒｏｐｈｙｃｅａｅ、Ｃｙａｎｏｐｈｙｃｅａｅ、Ｘａｎｔｈｏｐｈｙｃｅａｅｉ、Ｃｈｒｙｓｏｐｈｙｃｅａｅ、Ｃｈｌｏｒｅｌｌａ（例えば、Ｃｈｌｏｒｅｌｌａ  ｐｒｏｔｏｔｈｅｃｏｉｄｅｓ）、Ｃｒｙｐｔｈｅｃｏｄｉｎｉｕｍ、Ｓｃｈｉｚｏｃｙｔｒｉｕｍ、Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｏｐｓｉｓ、Ｕｌｋｅｎｉａ、Ｄｕｎａｌｉｅｌｌａ、Ｃｙｃｌｏｔｅｌｌａ、Ｎａｖｉｃｕｌａ、Ｎｉｔｚｓｃｈｉａ、Ｃｙｃｌｏｔｅｌｌａ、ＰｈａｅｏｄａｃｔｙｌｕｍおよびＴｈａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｄｓ、酵母、例えば、Ｒｈｏｄｏｔｏｒｕｌａ、ＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓおよびＡｐｉｏｔｒｉｃｈｕｍ株、ならびに真菌種、例えば、Ｍｏｒｔｉｅｒｅｌｌａ株が含まれるがこれらに限定されない。遺伝学的に増強された光独立栄養性のシアノバクテリア、藻類および他の光独立栄養性生物は、エタノール、ブタノール、ペンタノールおよび他の高級アルコールならびに他のバイオ燃料へと直接的に、微生物の内側の炭水化物を生物変換するように適合されている。例えば、ピルビン酸デカルボキシラーゼ（ｐｄｃ）およびアルコールデヒドロゲナーゼ（ａｄｈ）酵素をコードするＤＮＡ断片を含む構築物を有する遺伝子改変されたシアノバクテリアは、米国特許第６，６９９，６９６号に記載されている。シアノバクテリアは、代謝および増殖のために光、無機元素、水および炭素供給源、一般に二酸化炭素を使用する光合成細菌である。遺伝子操作されたシアノバクテリアを使用したエタノールの生成は、ＰＣＴ公開特許出願ＷＯ２００７／０８４４７７号にも記載されている。
【０１２５】
方法（プロセス）の議論
ｉ．原料および生物学的生成物
原料は、液相、ガス状相または混合相であり得る。液体の場合、生体触媒内の水性環境が微生物を保護するので、原料は水性である必要はないが、非水性相から生体触媒への物質移動基質が生じる。
【０１２６】
気相
これらのプロセスは、広範な種々の適用において、例えば、環境上、健康上および安全性の理由のための、ガスからの成分の除去のため、不純物の除去および共反応体または触媒毒の除去などの下流の使用のためにガスを改善するため、ならびに基質を望ましい生物学的生成物に変換するために、使用され得る。いくつかの特定の例には、窒素酸化物、硫黄酸化物、一酸化炭素、二酸化炭素、ハロカーボン、揮発性金属化合物、例えば、発電所において石炭の燃焼から生じる揮発性水銀化合物などを生物変換および除去するための、煙道ガスおよび燃焼ガスの処理、精錬所、石油化学、製造およびコーティング操作からのものを含む産業廃ガスの処理、建物中の空気の改善、望ましくない成分、例えば、硫黄化合物、窒素化合物および二酸化炭素を除去するための天然ガスおよびバイオガスの処理、ならびにガス状基質、例えば、水素、一酸化炭素、二酸化炭素、低級脂肪族化合物、例えば、メタン、エタン、プロパン、および酸素化された化合物の、生物学的生成物、例えば、高級炭化水素、酸素化された炭化水素、例えば、アルコール、アルデヒド、ケトン、エーテル、エステルおよび酸への生物変換であって、生物学的生成物は、バイオ燃料、他の化学プロセスにおける中間体、または最終生成物として使用され得る、生物変換が含まれるがこれらに限定されない。
【０１２７】
気相中に含まれ得る基質の例には、水素、一酸化炭素、二酸化炭素、窒素酸化物、アンモニア、硫化水素、硫黄酸化物、二硫化炭素、ホスフィン、カルボニル（例えば、ホスゲンおよび硫化カルボニル）、ハロカーボン（例えば、四塩化炭素およびテトラフルオロメタン）、硫黄化合物（例えば、メルカプタンおよびチオエーテル）、揮発性有機化合物（例えば、低級アルカン、低級アルケン、低級アルキン、芳香族有機化合物、アルカノール、フェノール、テトラヒドロフラン、アルデヒド、ケトン、エーテル、エポキシドおよびハロ含有有機化合物、ならびに重金属、例えば、クロム、水銀、カドミウム、ラドン、ウランおよびセレンが含まれるがこれらに限定されない揮発性金属化合物）が含まれるがこれらに限定されない。
【０１２８】
基質が含まれるガスは、本発明にとって重要ではないが、ガスは、生体触媒に過度に有害でないことを条件とする。したがって、上述のプロセスは、広範な使用に適用可能であり得る。本発明の方法は、非常に低い濃度、例えば、実に１容量百万分率未満、時折１０容量十億分率未満から事実上任意の濃度の範囲の基質を含むガスを効率的に処理できる。ガスは、本質的に完全に基質から構成され得る。例えば、二酸化炭素を生物学的生成物へまたはメタンを生物学的生成物への同化性変換では、高濃度の基質は、使用可能なだけでなく、しばしば利用可能でもある。基質でない、ガス相の１種もしくは複数の成分は、生物変換のための原料を提供するために基質と合わされ得るか、または煙道ガス、産業廃ガス、および改善を必要とする空気の場合などのように、固有に基質を含み得る。
【０１２９】
典型的には、気相は水蒸気を含む。好ましくは、接触の温度および圧力条件においてマトリクスとの接触のために提供される気相の相対的湿度は、約５０パーセント〜僅かに過飽和の間、好ましくは約７０から１００パーセントの間である。ある場合には、水蒸気が、望ましい相対的湿度を得るために、気相に添加され得る。好ましくは、気相は、マトリクスとの接触の間にマトリクスの表面上に液体の凝縮を生じる基質以外の成分の濃度を含まない。ある場合には、希釈剤が、凝縮可能な成分の分圧を低減させるために気相に添加され得、それにより、マトリクスの表面上でかかる凝縮物を形成するリスクを減弱させ得る。代替的に、生体触媒の外部は、基質に対する高い吸着を有する液体疎水性層で少なくとも部分的に被覆され得る。
【０１３０】
気相は、１種より多い基質を含み得る。ある場合には、存在する２種以上の基質は、生体触媒中に含まれる単一種の微生物によって生物変換され得る可能性がある。例えば、水素および二酸化炭素をエタノールに変換することが可能であり、一酸化炭素をエタノールに変換することが可能な微生物が、提案されている。同様に、窒素酸化物を窒素に変換することが可能な微生物が、提案されている。微生物は、生体触媒中に実質的に不可逆的に保持されているので、本発明の方法は、異なる生物活性材料を含む生体触媒の混合物の使用もまた企図する。したがって、例えば、窒素酸化物および揮発性水銀化合物の両方を含む、石炭火力発電所からの煙道ガスは、そのうち一方の群が、窒素酸化物の窒素への生物変換に適した微生物を含み、そのうち他方の群が、揮発性水銀化合物の低減および水銀の隔離に適した微生物を含む、生体触媒の混合物と接触させられ得る。同様に、生体触媒の混合物または生体触媒中の生物活性材料の混合物は、１種の基質が、エネルギーとしてまたは生物変換経路において別の生物活性材料によって使用される基質へと、１種の生物活性材料によって変換される場合に、使用され得る。例として、光合成微生物は、二酸化炭素を、ガス中の別の基質に対する生物変換、例えば、窒素酸化物の窒素への変換または揮発性水銀化合物の低減を実行する別の微生物によって消費される炭化水素含有生物学的生成物に変換し得る。
【０１３１】
ある場合には、基質を含むガスは、生物活性材料にとって有害であり得る成分もまた含み得る。生体触媒はかかる毒素に対する抵抗性の増強を示す場合が多いが、かかる毒素の濃度を低減させるために、ガスを事前処理することが望まれ得る。事前処理は、吸着、化学反応、メンブレン分離、限外濾過および代謝的処理が含まれるがこれらに限定されない任意の適切なユニット操作を含み得る。
【０１３２】
生体触媒は、原料から生物活性材料への基質の物質移動を促進する。一部、この促進は、気相が生体触媒を直接接触することに起因する。生体触媒の内部への物質移動は、孔中の水性液体を介した拡散を介してであり得、特に、水中で限定的な溶解度を有する基質、例えば、窒素酸化物および炭化水素では、生体触媒のポリマーを介した拡散または透過を介してであり得る。ポリマーの高い水和膨張は、ポリマーが、透過性を増強する結晶化度をほとんど有さないことを意味する。その物質移送機構は、気相中に低濃度で、例えば、約１容量百万分率で存在する基質、および気相中に高濃度で、例えば、最大１００容量パーセントで存在する基質を、気相バイオリアクタが生物変換することを可能にするが、なおも生物学的生成物への基質の高い変換を達成すると考えられる。例えば、窒素酸化物は、１容量パーセント以上の量でガス中に存在し得るが、本発明の方法は、最初に存在した窒素酸化物の１０パーセント未満を含む流出物を提供し得る。高い水和膨張度は、生体触媒の表面とその中に保持された生体触媒との間の距離が、比較的薄い、頻繁には約２５ミクロン未満、好ましくは約１０ミクロン未満であり得ることもまた示し、これは、物質移動の速度もまた増強させる。
【０１３３】
生体触媒は、水性媒体、および気相との接触の間に微生物を持続させるのに必要な栄養素を保持し、水和された親水性ポリマーは、湿潤微小環境を提供することを助ける。したがって、生体触媒は、生体触媒が微生物を含む場合を含め、生体触媒に有害な影響を与えることなく、延長された時間期間にわたって、低い相対的湿度を有する気相を含む気相と接触して保持され得る。しばしば、気相との接触の持続時間は、約３０分間より長い、時折、１０時間以上の長さまで、頻繁には約１から６時間の間であり得る。生体触媒は高いＨＥＶを有するので、生体触媒は、気相との接触の間に水を失い得るが、生物活性材料の実行可能性に十分な水をなおも保持する。浸漬工程の水性媒体中に浸漬された場合、低減した水和を有する生体触媒は、水和を回復し、物理的強度を維持する。
【０１３４】
液相
原料が液体である場合、これは、水性または実質的に非水性であり得、気相に関して上記した型の溶解されたガスまたは分散されたガスをその中に含む液体を含み得る。好ましくは、流体が非水性である場合、これらの基質は、より極性の化合物、例えば、アルコール、アルデヒド、ケトン、炭水化物、オキシアニオン（スルホキシ部分、メタレート、ホスフェート、硫化物、メルカプタン、アミン、アミドが含まれるがこれらに限定されない）などである。
【０１３５】
本発明の方法によって実行するのに適した同化プロセスまたは異化プロセスの例には、以下が含まれるがこれらに限定されない。
・水から除去可能な、ナイトレート、パーコレート、味覚および臭気化合物、有機物、塩素付加炭化水素など。水の供給源は、水処理施設、地表供給源、表面供給源、都市廃水処理および産業廃水由来であり得る。水流は、トウモロコシエタノールプロセスなどの、基質が完全には消費されない他の生物変換プロセスから誘導され得る。
・炭化水素および酸素化された有機生成物への変換のための、セルロース、ヘミセルロース、デンプンおよび糖が含まれるがこれらに限定されない炭水化物。
・生物変換および隔離による水からの除去のための、硫黄、リン、セレン、タングステン、モリブデン、ビスマス、ストロンチウム、カドミウム、クロム、チタン、ニッケル、鉄、亜鉛、銅、ヒ素、バナジウム、ウラン、ラジウム、マンガン、ゲルマニウム、インジウム、アンチモン  水銀および希土類金属のオキシアニオン、ヒドロキシルまたは可溶性塩。
【０１３６】
ｉｉ．ゾーン、容器およびバイオリアクタ
本発明の方法は、少なくとも２つの異なる媒体間で、生体触媒を循環させることを含む。上述のように、この方法は、単一の容器または複数の容器中で実施され得、これらの容器の各々は、異なる機能を実行し得る。異なる機能は、単一の容器中で実施され得、容器は、異なるゾーンを有し得る。これらの方法では、吸着ゾーンが、原料との接触のために使用される。少なくとも１つの補助的ゾーンが、上記のように、生物変換を促進する機能を実行するために提供される。
【０１３７】
各ゾーンに使用される容器（本明細書中で、リアクタと呼ぶ）は、その機能をもたらし、生体触媒の循環を可能にするのに適した任意の立体配置のものであり得る。かかる立体配置には、気泡塔リアクタ、撹拌リアクタ、充填層リアクタ、トリクルベッドリアクタ、流動床リアクタ、栓流（管型）リアクタおよびメンブレン（バイオフィルム）リアクタが含まれるがこれらに限定されない。光合成生物変換を実施する場合、リアクタは、光エネルギーの移行を可能にするように設計され得る。生体触媒は、リアクタ中で自由に移動可能であり得るか、もしくは例えばリアクタ容器中の構造に固定され得るか、またはそれ自体が固定構造を提供し得る。１つより多いリアクタ容器が、ゾーンの機能を達成するために使用され得る。例えば、リアクタ容器は、並行したまたは順次的なフローシリーズであり得る。生体触媒は、生体触媒の上からの照明を可能にするために、浅型移動床または沸騰床中に存在し得る。
【０１３８】
生体触媒は、高密度の生物活性材料を含むので、これらは、迅速に立ち上げされ得る。さらに、生体触媒は、リアクタが使用前に無菌化されることを必要としない可能性がある。
【０１３９】
十分な水が、少なくとも１つのゾーンにおいて、水和された生体触媒を維持するために、生体触媒に提供される。水は、水道水、脱塩水、蒸留水、およびプロセス流または廃水流が含まれるがこれらに限定されない、任意の適切な供給源から提供され得る。循環型プロセスにおいて生体触媒を接触する水または他の媒体は、当該分野で公知のように微生物として使用される任意の微生物のための、栄養素および添加剤、例えば、増殖促進剤、緩衝液、抗生物質、ビタミン、ミネラル、窒素供給源および硫黄供給源を含み得る。望まれる場合、消泡剤が、水性媒体において使用され得る。
【０１４０】
添加剤、例えば、強化剤、増強剤および誘導剤が、代謝プロセスに望ましいまたは必要とされるいくつかの場合には、本発明の生体触媒は、他の点が全て実質的に同じプランクトンシステムと比較して、より低い濃度のかかる添加剤で、少なくとも等価な生物変換活性を示す。したがって、操作費用は低減され得る。
【０１４１】
ｉｉｉ．吸着ゾーン
本発明の方法は、原料との接触のために吸着ゾーンを使用する。吸着ゾーン内の温度および圧力条件は、広い範囲内に入り得る。しかし、生物活性材料にとって過度に有害でなく、生体触媒中への基質の吸着を好む条件が、好ましい。ある場合には、温度は、代謝活性に適している。しかし、温度が生物活性材料を破壊しないことを条件として、存在するとしても、生物変換をほとんど生じさせることができない温度が使用され得る。表現型変化および群集間の連絡に起因して、微生物を含む生体触媒は、プランクトン様である場合よりも広い範囲の温度を耐容することが可能である。しばしば、吸着ゾーン内の温度は、約５℃〜７５℃または１００℃以上、例えば、約１０℃〜６５℃の範囲である。
【０１４２】
連続的プロセスでは、吸着ゾーンから基質枯渇原料が出る場所における圧力は、頻繁には、約５０から５０００ｋＰａとの間、好ましくは、７０〜５００ｋＰａの絶対圧の範囲である。同様に、原料の流速は、広い範囲内に入り得る。原料の流速は、望まれる場合、生体触媒の膨張層または流動床を提供するのに十分であり得る。他方、生体触媒が固定床、移動床、充填層である場合、実質的により低い流速が望まれ得る。液体である原料について、液体の１時間空間速度は典型的に、約０．１〜１０逆数時間の範囲である。ガス状である原料について、ガスの１時間空間速度は典型的に、約１０〜１０００逆数時間の範囲である。
【０１４３】
吸着ゾーンを介した原料のフローは、好ましくは、我々の流体の他の不均等分布を導くことを生じるべきではない。吸着ゾーンのアスペクト比、バッフルまたは他の分流器の存在、および流体分配デバイスは、吸着ゾーン内の分布の望ましい均一性を提供するために、当業者に公知のように選択され得る。また、生体触媒が変形可能である場合、床の高さは、フローチャネルを閉塞する変形を引き起こすほどに大きくてはならない。しばしば、生体触媒の床の高さは、約５メートル未満、ある場合には、約３メートル未満である。
【０１４４】
多くの場合、吸着ゾーン中での生体触媒の平均保持時間は、原料中に含まれる基質の少なくとも約５０パーセント、時折少なくとも約７０パーセントを吸着するのに十分である。平均保持時間は、約１０秒間〜１または２日間の間、例えば、約３０秒間〜５時間の間で変動し得る。平均保持時間は、水性媒体または栄養素との接触の欠如に起因して、生体触媒中に含まれる生物活性材料に過度に有害な影響を与えるほど長くてはならない。生体触媒が微生物を含む場合、表現型変化および微生物の集団間の連絡は、本質的な均衡状態条件に生体触媒が入ることを可能にする。したがって、一態様では、吸着工程は、微生物が均衡状態の状態にあったままで、生じ得る。特に、代謝プロセスが同化性プロセスである場合、平均保持時間の持続時間は、意図しない限り、吸着ゾーン内で生成および放出されている顕著な量の生物学的生成物を生じさせてはならない。
【０１４５】
ｉｖ．生物変換
温度、圧力、酸素化、ｐＨ、ならびに栄養素および添加剤の条件を含む生物変換条件が、少なくとも１種の基質の、少なくとも１種の化学的生成物への変換のために維持される。生物変換は、連続的、半連続的またはバッチモードの操作であり得る。
【０１４６】
これらのプロセスは、ポリサッカライドが生体触媒中に含まれる場合、水性媒体中に提供される全ての炭素要求または炭素供給源欠乏ベースで実施され得る。炭素供給源欠乏において操作する場合、水性媒体は、炭素栄養素の炭素に基づき、少なくとも約５０質量パーセント、頻繁には少なくとも約７５質量パーセント、例えば、８０質量パーセント〜１００質量パーセント未満を提供する場合が多い。
【０１４７】
生物変換プロセスは、１つまたは複数の目的を達成するために最適化され得る。例えば、プロセスは、生物学的生成物への基質の高い変換を提供するように設計され得るか、または生物学的生成物への変換に対する資本およびエネルギー費用のバランスを取るように設計され得る。生体触媒は高度に水和しているので、一般にその密度は、水の密度と近い。したがって、水性供給流を使用した流動床リアクタ設計を用いると、エネルギー消費は、より高密度の支持体が使用される場合よりも低い。例えば、アルカノールへの糖の変換または窒素ガスへのナイトレートアニオンの生物変換において、代謝プロセスがガスを生成するいくつかの場合には、ガスは生体触媒中に蓄積して、浮揚性を増加させ得る。この蓄積されたガスは、流動床操作のためのエネルギー消費を低減させ得、ジェットループバイオリアクタなどの他のバイオリアクタ設計の使用を促進し得る。
【０１４８】
生物学的生成物は、典型的な分離技術を含む任意の適切な様式で水性媒体から回収され得る。
【０１４９】
ｖ．生体触媒の移送を伴う、循環型の吸着および生物変換
本発明の方法のこの態様は、図１および図２に関してさらに記載される。図１は、本発明の方法を実施するのに適した、１００として概して指定される装置の模式図である。図１は、ポンプ、圧縮器、弁、機器および他のデバイスなどの軽微な設備を省略しており、その配置およびその操作は、化学工学において実行されることが周知である。図１はまた、補助的ユニット操作を全て省略している。図１に示される装置は、ガス状流または液体流から基質を回収するために使用され得る。以下の議論は、両方のモードの操作を例示する。
【０１５０】
基質を含む原料は、ライン１０２を介して吸着カラム１０４に提供される。示されるように、吸着カラム１０４は、生体触媒の移動床と原料との間の対向接触を提供する。吸着カラム１０４では、基質は、分解生物学的生成物または同化性生物学的生成物への後の生物変換のために、生体触媒中で選択的に吸着される。枯渇した基質含量を有する原料は、ライン１０６を介して吸着カラム１０４を出る。原料がガス状である場合、通常、高い水和性の生体触媒は、吸着カラム１０４中での任意の再水和を必要としない。図１は、生体触媒を湿らせて維持するために、水性媒体の噴霧を提供する選択肢を例示している。示されるように、水性媒体は、ライン１０８を介して吸着カラム１０４に提供され得る。
【０１５１】
生体触媒は、吸着カラム１０４から代謝反応容器１１０に送られる。生体触媒は、特に、生体触媒上に固体も残骸沈着も存在しない場合、反応容器１１０中に直接導入され得る。ある場合には、反応容器１１０中への導入前に、生体触媒を処理することが望まれ得る。例えば、吸着ゾーンは、好気性条件下で操作され得るが、反応容器は、嫌気性条件下または無酸素性条件下で操作され得る。かかる状況では、パージ、減圧、脱気水による洗浄などによる、生体触媒間の間隙空間からの酸素の除去は、反応容器１１０中の水性媒体に送られる外来性酸素の量を低減させる。吸着ゾーンを介して送られる原料が液体である場合、通常、反応容器１１０に導入される前に、生体触媒から過剰な液体を除去することが望ましい。液体の除去は、洗浄またはすすぎ、生体触媒から液相を分離するための濾過またはふるい分け、遠心分離などが含まれるがこれらに限定されない、任意の簡便な手段によってであり得る。生体触媒の表面が、反応容器１１０中で望まれない固体または液体で夾雑されている場合、例えば水による洗浄またはすすぎが、望まれ得る。
【０１５２】
吸着ゾーン１０４からの生体触媒の引き出しは、所望により、連続的または非連続的であり得る。生体触媒は、ポンプスラリーとして、スクリューコンベヤ、ベルトコンベヤによってなどを含む、任意の簡便な手段によって移送され得る。一般に、生体触媒の引き出しと反応容器１１０中でのその導入との間の持続時間は、約２時間未満、好ましくは約３０分間未満である。
【０１５３】
示されるように、ライン１２０は、生体触媒を洗浄操作１２２に送る。洗浄操作１２２。水などの洗浄液体は、ライン１２４を介して洗浄操作１２２に提供され、洗浄流体は、ライン１２６を介して排出される。ライン１２８を介して引き出された洗浄された生体触媒は、初期液体からの生体触媒の分離のために、液体サイクロン１３０に送られる。液体サイクロン１３０および洗浄操作１２２は、ある場合には必要とされない場合があり、他の例では、２つの操作のうち１つだけが必要とされ得る。分離された生体触媒は、ライン１３２を介して反応容器１１０に送られる。ライン１３２は、ベルトコンベヤまたはスクリューコンベヤなどのコンベヤであり得る。除去された液体は、ライン１３４を介して液体サイクロン１３０から引き出される。
【０１５４】
反応容器１１０は、水性媒体および生体触媒を含む。水性媒体は、栄養素（基質によって提供されない場合、炭素供給源を含む）および任意選択で代謝プロセスを支持するための他の補助剤を含む。反応容器１１０は、代謝活性に適した条件下で維持される。反応容器１１０中で、生物学的生成物は、生体触媒から水性媒体中に移される。反応容器中の生体触媒の平均滞留時間は、広い範囲内であり得るが、好ましくは、生体触媒中の生物学的生成物の濃度を、少なくとも約５０パーセント、好ましくは少なくとも約７０パーセント低減させるのに十分な時間である。頻繁に、平均滞留時間は、約１０分間〜２４時間またはそれ以上の間の範囲である。
【０１５５】
反応容器は、２種以上の生物活性材料を含み得、そのうち少なくとも１種は、生体触媒中に含まれる。また、異なる生体触媒が異なる生物活性材料を含む、２種以上の異なる生体触媒が、使用され得る。
【０１５６】
生体触媒は、典型的には、水性媒体と合わせて反応容器から引き出され、水性媒体は、好ましくは、生体触媒から取り出され、栄養素および他の補助剤を変換するために、反応容器に戻してリサイクルされる。示されるように、水性媒体の一部分は、ライン１１２を介して引き出され、液体固体分離器１１４に送られる。液体固体分離器１１４は、濾過スクリーン、沈殿タンク（槽）、液体サイクロンなどであるがこれらに限定されない、水性媒体から生体触媒を分離するための任意の適切な装置であり得る。生体触媒を含む画分が、液体固体分離器１１４から、ライン１１６を介して吸着カラム１０４に送られる。ライン１１６は、通常、スクリューコンベヤおよびベルトコンベヤが含まれるがこれらに限定されないコンベヤである。好ましくは、水性媒体から生体触媒を分離するためのユニット操作は、初期の湿りの点を生体触媒に提供する。望まれる場合、生体触媒は、吸着カラム１０４中に導入される前に、洗浄されまたはすすがれ得る。
【０１５７】
プロセスが連続ベースで操作される場合、生体触媒が吸着ゾーンに送られる速度は、生体触媒が吸着ゾーンから反応ゾーンに戻される速度と釣り合っていなければならない。
【０１５８】
吸着カラム１０４中の生体触媒は、下向きに送られ、カラムの下方部分において取り出される。吸着容器１０４中の生体触媒の平均滞留時間は、典型的には、原料中の基質の濃度を実質的に低減させるのに十分な時間である。
【０１５９】
図２を参照すると、２００によって概して示される吸着アセンブリが示される。吸着アセンブリ２００は、生体触媒を湿潤に維持しつつ、回収される基質を含むガス状供給流の使用のために、特に適合されている。ガス状供給流は、ライン２０２によって提供され、ライン２０４を介して吸着カラム２０６の下方部分に分配される。吸着カラム２０６は、底部分に多孔性プレート２０８を含む。多孔性プレート２０８中の開口部は、生体触媒がこの多孔性プレート上に保持されるのに十分に小さい。吸着カラム２０６はまた、中央部分にバッフル機構２１０を含む。バッフル機構２１０は、生体触媒を保持しながら、上昇するガスが通過できる、下向きの円錐多孔性構造を含む。生体触媒は、円錐バッフルの下方部分に流れ、下に分配される。２つの水性噴霧ユニット、噴霧ユニット２１２および噴霧ユニット２１４が、吸着カラム２０６内に提供される。噴霧ユニット２１４は、バッフル機構２１０の上の生体触媒を湿らせて維持するように適合されている。噴霧ユニット２１２は、バッフル機構２１０の下の生体触媒を湿らせて維持するように適合されている。水性噴霧からの水もまた、基質を吸着し得、生体触媒との接触のためにリサイクルされ得る、またはバイオリアクタ中で水性媒体として使用され得る。低減された濃度の基質を有するガスは、ライン２１６を介して吸着カラム２０６を出る。基質を吸着するための生体触媒は、ライン２１８を介して吸着カラム２０６の上方部分に提供され、吸着された基質を含む生体触媒は、ライン２２０を介して吸着カラム２０６の下方部分から引き出される。
【０１６０】
ｖｉ．気相システム
基質を含むガス状相が、生物変換のために、生体触媒と代謝条件下で接触させられる。生体触媒は、床を介した気相の通過の間、固定床の立体配置にあり得るか、または移動床もしくはガスによって少なくとも部分的に浮遊させられた床など、接触の間に移動に供され得る。
【０１６１】
好ましくは、ガスによって取り囲まれる生体触媒の少なくとも一部分は、床を介した気相のより均一な分布を増強するため、および気相との接触のために利用可能な材料の表面積を増強するためである。したがって、生体触媒の少なくとも一部分は、接触の間、非連続的相中に存在する。好ましくは、接触の間の任意の所与の時点で、少なくとも約５０、例えば、約７０と本質的に全ての生体触媒との間が、非連続的相中に存在する。
【０１６２】
頻繁に、気相の表層速度は、生体触媒の性能に影響を与える重要なパラメータである。基質は、生物変換のための生体触媒によって除去され、したがって、停滞領域の存在を最小化するので、気相の表層速度は、気相の混合に影響を与える。生体触媒の床が、気相のフローによって少なくとも部分的に浮遊させられる場合、気相の表層速度は、求められる程度の浮遊を提供するのに十分でなければならない。気相の表層速度は、生体触媒のサイズ、生体触媒の密度およびバイオリアクタの立体配置を考慮に入れて、当業者によって容易に決定され得る。一般に、流動床リアクタのための気相の表層速度は、約０．２５〜５メートル／秒の間、例えば、０．３〜２メートル／秒の範囲である。ライザーリアクタは、約０．５〜１０メートル／秒の範囲の表層速度で動作する場合が多い。
【０１６３】
生体触媒が気相との接触に供される持続時間は、存在する場合、生体触媒中の生物学的生成物、特に、より高い濃度において生物変換にとって有害であり得る生物学的生成物のビルドアップによっても、影響され得る。いくつかの異化プロセス、例えば、分子窒素への窒素酸化物の生物変換では、生物学的生成物は、気相に送られ得、生体触媒から取り出され得る。揮発性金属化合物の代謝的還元および液体生物学的生成物の同化性生成などのための他のプロセスでは、それらが生物変換にとって有害であり得るレベルに達する前に、生物学的生成物の除去のために気相接触を停止させることが必要であり得る。
【０１６４】
本発明に従う気相システムは、図３、図４および図５に関して記載される。これらの図面は、本発明の方法を実施するのに適した装置の模式図である。これらの図面もまた、ポンプ、圧縮器、弁、機器および他のデバイスなどの軽微な設備を省略しており、その配置およびその操作は、化学工学において実行されることが周知である。これらの図面はまた、補助的ユニット操作を省略している。
【０１６５】
図３は、生体触媒が気相との接触のために流動床中に保持された、３００として概して指定される装置を模式的に示す。流動床リアクタ３０２には、底部分においてガス分配器３０４が、生体触媒が降ろされる上部において拡張区域３０６が提供されている。処理される基質を含む気相は、ライン３０８を介して、その底部でリアクタ３０２中に導入される。気相は、ガス分配器３０４を通過し、生体触媒を流動化させるのに十分な速度で、リアクタ３０２を通じて概して上方に流れる。示されるように、気相は、リサイクルのために、ライン３０８ａを介して拡張区域３０６の上部から引き出される。ライン３０８ａ中のガスは、ライン３０８からの新たな気相と合わされ、合わされたガスは、ライン３０８ｂを介してリアクタ３０２の底部に送られる。
【０１６６】
示されるように、気相は、流動床の上部境界辺りに、ライン３１０を介して、リアクタ３０２を出る。出ていく気相は、取り込まれた生体触媒を含み、ライン３１４を介してサイクロン３１２を出る気相からの生体触媒の分離のために、サイクロン３１２に送られる。気相中に含まれる基質の適切な生物変換が生じた場合、気相は、さらなるユニット操作に送られ得るか、または排出され得る。ある場合には、基質のさらなる生物変換のために、気相の一部分をリアクタ３０２に戻すことが望まれ得る。代替的に、別の気相バイオリアクタが、フロー配列にあり得、ライン３１４中の気相が、そのリアクタに送られる。
【０１６７】
気相と接触している生体触媒は、時々、再水和する必要がある。この期間の間、生体触媒が微生物を含む場合の栄養素の補給、回収のための生物学的生成物の取り出し、または生物変換からの他の代謝物もしくは廃棄生成物の取り出し、ならびに生体触媒の表面からの、夾雑する微生物を含む残骸および夾雑物の除去などの、いくつかの他の操作が生じ得る。したがって、生体触媒は、この期間の間に１つまたは複数の液体媒体と接触させられ得る。１つまたは複数の液体媒体との接触の間にガスの通過を停止させることは、好ましくはあるが、本質的ではない。
【０１６８】
１つまたは複数の液体媒体との接触は、気相との接触と同じ容器中で生じ得、または生体触媒は、液体媒体との接触とは別の１つまたは複数の容器に移送され得る。生体触媒が、気相との接触のために使用されるのと同じ容器中に保持される場合、少なくとも１つの容器が生体触媒と気相との接触のために使用されるが、少なくとも１つの他の容器が、液体媒体を使用する１つまたは複数の操作に供されているように、２つ以上の容器を提供することが望まれ得る。好ましくは、特に、生体触媒の少なくとも一部分が気相との接触の間に浮遊させられるプロセスについて、生体触媒の一部分は、少なくとも１つの液体媒体を使用するプロセシングのためのガス接触のために使用される容器から、断続または連続ベースで引き出される。受容可能な生物活性および生体触媒の過度の脱水の回避の両方を提供する気相との接触のための平均滞留時間に達するまでの、生体触媒の引き出しの速度は、当業者によって容易に決定され得る。
【０１６９】
示されるように、生体触媒は、ライン３１６を介してサイクロン３１２から排出され、生物学的生成物回収容器３１８に方向付けられる。ガス、例えば、窒素、二酸化炭素またはメタンへと基質を変換するために装置の操作が意図される場合、生物学的生成物回収容器３１８は、使用されなくてもよい。しかし、容器３１８は、生体触媒の表面上に蓄積している可能性がある残骸を除去するために、洗浄容器として機能し得る。例えば、水性洗浄システムが使用され得、洗浄容器３１８は、除去された残骸を含む使用済みの水性洗浄液体から生体触媒を分離するために、スクリーンまたは他の障壁を含み得る。分離された使用済みの水性洗浄液体は、ライン３２０を介して容器３１８を出る。使用済みの水性洗浄液体の一部分は、再使用され得、示されるように、リサイクルのためにライン３２２を介して送られる。新たな補給水は、ライン３２４を介して提供され得る。洗浄液体は、洗浄容器３１８中に直接導入され得るか、または、サイクロン３１２からの生体触媒の取り出しを助けるように、サイクロン３１２中に導入され得る。洗浄のための液体媒体と生体触媒との接触は、任意の簡便な手段によってであり得る。例えば、液体媒体は、生体触媒上に噴霧され得るか、または生体触媒は、ある容量の液体媒体中に浸漬され得る。液体媒体と生体触媒との接触の型は、もたらされる操作に一部依存する。例えば、操作が、生体触媒の表面からの残骸の除去を主にもたらすためである場合、十分な相対的速度を有する噴霧または液−固接触は、残骸の除去を助ける物理的力を提供することが望まれ得る。他方、水和操作は、望ましい性能を得るために、液体媒体と生体触媒との間の相対的な動きを必要としない可能性がある。液体媒体と生体触媒との間の接触が生体触媒の浸漬を含む場合、生体触媒は、例として、充填層、トリクルベッド、撹拌床、流動床、移動床またはポンプスラリーベッド中に存在し得るが、限定ではない。生体触媒中の液体媒体間の接触は、したがって、流動床などと、並流、対向、逆流または不定であり得る。
【０１７０】
容器３１８中の水性媒体もまた、生体触媒を再水和するように機能する。水和のための接触の最小持続時間は、定常状態の連続的プロセスを維持する、即ち、生体触媒からの水の正味の喪失を回避するために、十分でなければならない。生体触媒は、高度に親水性のポリマーから構成されるので、しばしば、水和は、迅速に、例えば、約１〜２５０秒以内に、達成され得る。水和工程のための温度および圧力は、広い範囲内に入り得る。ある場合には、生体触媒は、気相との接触の温度から冷却され得る。生体触媒が、ガス基質の非存在下で、生体触媒中の微生物の集団の存在の長期安定性をこうして提供する微生物を含む場合、冷却は、微生物の代謝活性を低減させ得る。しかし、しばしば、水性媒体との接触は、水性媒体の周囲温度においてであり、それにより、所与の温度に水性媒体を維持するための設備に付随する費用を回避する。一般に、接触の温度は、約０℃から８０℃の間の範囲である。典型的には、圧力は、約５０から５０００ｋＰａの間の範囲である。
【０１７１】
容器３１８が生物学的生成物回収に使用される場合、生体触媒中に含まれる生物学的生成物は、容器３１８中の水性媒体中に拡散する。典型的には、生物学的生成物の拡散のための駆動力は、水性媒体中および生体触媒中の生物学的生成物の相対的濃度に基づく。生物学的生成物回収のための１つの段階が示されているが、２つ以上の順次的段階が使用され得ることを理解すべきである。２つ以上の順次的段階の使用は、生物学的生成物の高濃縮流が、回収費用を低減させるために求められ、低濃度の生物学的生成物が、リアクタ３０２に戻すために生体触媒において望まれる場合に、特に有利である。固有に、生物学的生成物回収は、生体触媒の表面から少なくともいくらかの残骸を除去するように機能し得、容器３１８を出る水性流は、生物学的生成物の回収の前に水性流から固体を除去するために、濾過または他のユニット操作に供され得る。生物学的生成物の回収は、典型的な分離技術が含まれるがこれらに限定されない任意の簡便なユニット操作によってであり得る。
【０１７２】
１つのモードで、別々の操作が、生物学的生成物回収が使用されるために使用され、液体媒体中の求められる生物学的生成物の濃度を最大化することを含む。この最大化は、限定量の液体媒体を使用し、生体触媒の平衡濃度に近づくのに十分な時間期間にわたって、生体触媒との接触を維持することによって、達成され得る。接触または対向接触のいくつかの段階が、高度に濃縮された液体生成物流を提供するために使用され得る。ある場合には、生物学的生成物のための抽出溶媒を液体媒体として使用することが可能であり得る。したがって、液体媒体は水性であり得、水および抽出溶媒の混合物であり得、または抽出溶媒を本質的に含み得る。抽出溶媒は、生物活性材料にとって過度に有害であってはならない。液体媒体は、生体触媒からの生物学的生成物および他の代謝物の回収を増強するために、共溶媒、カップリング剤または他の添加剤を含み得る。液体媒体として使用され得るまたは水中に溶解され得るまたは水で乳化され得る成分には、限定ではなく例として、１〜１００個の炭素原子の酸素化された炭化水素、例えば、アルカノール、エステル、エーテルおよびケトン、１〜１００個の炭素原子の炭化水素、アミン、アミド、およびホスフェートが含まれ得る。
【０１７３】
生物学的生成物回収はまた、生体触媒の化学的処理によってであり得る。例えば、生体触媒が、揮発性有機金属成分または硫黄酸化物の除去などのように、還元を介して気相から成分を除去するために使用される場合、還元された金属成分または硫黄成分は、生体触媒からのその除去を促進するために、酸化され得る。
【０１７４】
生物学的生成物の除去のための液体媒体と生体触媒との接触のための条件は、生体触媒の性質、生体触媒中の生物学的生成物の濃度および接触後の生物学的生成物の望ましい濃度、液体媒体の性質などに依存する。かかる操作の持続時間は、しばしば、約１分間〜５時間またはそれ以上の間の範囲であり得る。温度および圧力の条件は、微生物に適したものでなければならず、約０℃から８０℃の間および約５０から５０００ｋＰａの間の範囲である場合が多い。
【０１７５】
好ましくは、液体媒体との接触を含む少なくとも１つの操作は、生体触媒に栄養素、炭素供給源または他の補助剤（補給成分）を補給するように機能する。いくつかの補給成分は、気相中に提供され得るが、液体接触操作によって提供される場合が多い。補給成分の型および量は、当業者によって容易に決定され得る。補給成分は、水和の間に供給され得るか、または別の工程であり得る。
【０１７６】
原料中の基質の生物変換を超えた、１種または複数の引き続く生物変換が、生体触媒の循環の間に生じ得る。かかる引き続く生物変換は、１つまたは複数の目的を達成するためであり得る。例えば、代謝活性は、微生物にエネルギーを提供するように機能し得、したがって、気相との接触の持続時間の間のその生存度を増強し得る。代謝活性は、基質を含む気相と接触した場合に、さらなる生物変換のために代謝中間体を蓄積するように機能し得る。代替的に、代謝活性は、気相との接触の間に生成される代謝中間体の生物変換であり得る。これらの配列された代謝プロセスは、二次代謝物生物学的生成物を生成する際に有用であり得る。
【０１７７】
示されるように、生体触媒は、容器３１８からライン３２６を介して容器３２８に送られる。容器３２８は、水性媒体を含み、生体触媒に栄養素を提供するように機能し、容器３１８においてまだ達成されていない場合、生体触媒を再水和させる。ある場合には、代謝活性は、容器３２８中で生じていてもよい。生体触媒に供給される栄養素を含む水性流は、ライン３３２を介して容器３２８に提供される。ライン３３２は、生体触媒からの任意の放出されたガスの排出を可能にするように、容器３２８の上部に提供される。
【０１７８】
生体触媒は、次いで、容器３２８からライン３３４を介して分離器３３６に送られる。分離器３３６は、生体触媒の外部から水性媒体を回収するように機能し、この水性媒体は、ライン３３８を介して排出される。分離された生体触媒は、ライン３４２を介してリアクタ３０２の底部分に方向付けられ、ここで、生体触媒は再流動化される。典型的な操作では、生体触媒の表面上の自由水の除去の程度と、自由水の除去を達成するために必要とされるプロセシングとの間には、バランスが存在する。結果的に、多くの場合、リアクタ３０２中に再導入されている生体触媒は、表面上に幾分かの自由液体を含む。
【０１７９】
図４は、移動床リアクタが使用される本発明の方法を実施するのに適した、４００として概して指定される別の装置を示す。図３の成分と同じ番号で指定される成分は、同じである。移動床リアクタ４０２は、下方部分においてスクリーンプレート４０４を有し、移動床の上部における生体触媒を分配するための上部部分において、分配器４０６を有する。ライン４０８は、スクリーンプレート４０４およびスクリーンプレートの上の生体触媒の移動床を介した通過のために、リアクタ４０２の底部に、基質を含む気相を供給する。リアクタ４０２には、生体触媒と接触した後に気相が出ていくライン４１０もまた提供される。
【０１８０】
リアクタ４０２中の生体触媒の床は、下向きに、このリアクタを通る気相の方向とは対向して、流れる。リアクタ４０２は、生体触媒のフローのより均一な速度を提供するために、バッフルを含み得る。リアクタ４０２の底部かつスクリーンプレート４０４の直ぐ上の生体触媒は、ライン３１０を介して引き出され、容器３１８に送られる。ライン３４０は、生体触媒をリアクタ３０２の上部に戻し、ここで、生体触媒は分配器３０６によって分配される。生体触媒は移動床から引き出され、したがって、比較的少ない気相を有しているので、図４の装置中に記載されるようなサイクロンの使用は、必要とされない場合が多い可能性がある。
【０１８１】
図５は、ループリアクタが使用される本発明の方法を実施するのに適した、５００として概して指定されるなお別の装置を示す。図４と同様、図５中の成分と同じ番号によって指定される成分は、同じである。ループリアクタ５０２は、底部区域に位置付けられたスクリーンプレート５０４を有し、気相中に含まれる生体触媒を降ろすために、上部に拡張区域５０６を有する。リアクタ５０２は、リアクタの下方部分から上方部分へと延びる１つまたは複数のライザーチューブ５１０もまた含む。基質を含む気相は、各ライザーチューブ５１０の下方部分中に送られる。ライザーチューブ中の気相の速度は、生体触媒をチューブを介して拡張区域５０６に運ぶのに十分である。次いで、生体触媒は、ライザーチューブを取り囲む領域中により高密度の床を形成するように、空洞の力によって落ち、次いで、リアクタ５０２の底部に落ち、そこで、上方に送られる気相中に再度取り込まれ、ライザーチューブを介して送られる。気相は、ライザーチューブを通過した後、拡張区域５０６の上部に位置付けられるライン５１２を介して引き出される。ライン５１２は、リアクタ５０２へのリサイクルのためおよび処理されたガスの除去のために、ライン５０８へとガスをリサイクルする能力を有するとして示される。
【０１８２】
生体触媒は、リアクタ５０２内のより高密度の領域からライン３１０を介して引き出され、図３の装置に関連して記載されるように、プロセシングされる。ライン３４０は、生体触媒をリアクタ５０２の下方部分に戻す。生体触媒は、より高密度の床中にまたはライザーチューブ５１０の底部中に、導入され得る。
【０１８３】
本発明の方法は、代謝プロセスもしくは化学的プロセスであり得る引き続くプロセスのための原料として生物学的生成物が使用され得るか、または生物学的生成物に変換される別のプロセスから基質が誘導され得るように、他のプロセスと一体化され得ることを理解すべきである。気相生物変換を使用する能力は、かかるプロセスの、特に、他の生物変換プロセスとの一体化のために、特に魅力的である。例えば、気相生物変換からの生物学的生成物の少なくとも一部分は、異なる生物活性材料を含む水性溶媒に送られ得る、もしくは気相生物変換に供給される気相中に含まれる基質は、別の代謝プロセスからの生物学的生成物を含み得る、またはその両方である。
【０１８４】
付属書Ａ
代表的な微生物としては、以下が挙げられるがこれらに限定はされない。Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ種、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ａｃｅｔｉ、Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｉｄｉｐｈｉｌｉｕｍ、Ａｃｉｄｏｖｏｒａｘ  ｄｅｌａｆｉｅｌｄｉ  Ｐ４−１、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ種（Ａ．ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ）、Ａｃｔｉｎｏｍａｄｕｒａ、Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｓ、Ａｅｒｏｐｙｒｕｍ  ｐｅｒｎｉｘ、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ種（Ａ．ｄｅｎｔｒｉｆｉｃａｎｓ）、Ａｌｌｏｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｔｉｔｉｓ、Ａｎｃｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ａｑｕａｔｉｃｕｓ、Ａｎａｎａｓ  ｃｏｍｏｓｕｓ（Ｍ）、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ種、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｌｆｕｒｏｕｓ、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ種（Ａ．ｐｒｏｔｏｐｈｏｒｍｉａｅ）、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ種、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚｅ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｍｅｌｌｅｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｐｕｌｖｅｒｕｌｅｎｔｕｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓａｉｔｏｉ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｏｊｅａ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｓａｍｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｌａｕｓｉｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｃｅｒａｎｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉａ種、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ種ＨＬ４、Ｂｒｅｔｔａｎｏｍｙｃｅｓ種、Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｃｅｐａｃｉａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ、Ｃａｎｄｉｄａ種、Ｃａｎｄｉｄａ  ｃｙｌｉｎｄｒａｃｅａ、Ｃａｎｄｉｄａ  ｒｕｇｏｓａ、Ｃａｒｂｏｘｙｄｏｔｈｅｒｍｕｓ（Ｃａｒｂｏｘｙｄｏｔｈｅｒｍｕｓ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｆｏｒｍａｎｓ）、Ｃａｒｉｃａ  ｐａｐａｙａ（Ｌ）、Ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｅｒｒａｔｉｃｕｍ、Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｇｒａｃｉｌｅ、Ｃｈｌｏｒｅｌｌａ種、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｋｌｕｙｖｅｒｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｒｂｏｘｉｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ、Ｃｏｒｎｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ種  株ｍ１５、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ（ｇｌｕｔａｍｉｃｕｍ）、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｆｆｌｃｉｅｎｓ、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｄｉｏｐｈｉｌｕｓ、Ｄｅｋｋｅｒａ、Ｄｅｋｋｅｒａ  ｂｒｕｘｅｌｌｅｎｓｉｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ種、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｌｌｉｎａｒｉｕｍ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ、Ｅｒｗｉｎｉａ種、Ｅｒｗｉｎｉａ  ｃｈｒｙｓａｎｔｈｅｍｉ、Ｇｌｉｃｏｎｏｂａｃｔｅｒ、Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ種、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ種、Ｈａｌｏａｒｃｕｌａ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｉｎｓｏｌｅｎｓ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｎｓｏｌｅｎｓ、Ｋｉｔａｓａｔｏｓｐｏｒａ  ｓｅｔａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ種、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ種、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｋｏｃｕｒｉａ、Ｌａｃｔｌａｃｔｉｓ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ、Ｍｅｔｈｙｌｏｓｉｎｕｓ  ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｕｍ  ＯＢ３ｂ、Ｍｅｔｈｙｌｏｓｐｏｒｏｖｉｂｒｉｏ  ｍｅｔｈａｎｉｃａ  ８１２、Ｍｅｔｈａｎｏｔｈｒｉｘ種  Ｍｅｔｈａｎｏｓａｒｃｉｎａ種、Ｍｅｔｈａｎｏｍｏｎａｓ種、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｙｓｔｉｓ、Ｍｅｔｈａｎｏｓｐｉｒｉｌｉｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｌｏｂｕｓ  ｓｉｃｉｌｉａｅ、Ｍｅｔｈａｎｏｇｅｎｉｕｍ  ｏｒｇａｎｏｐｈｉｌｕｍ、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｅｒｉｕｍ種、Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｙａｎｔｉｉ、Ｍｅｔｈａｎｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｍｅｔｈａｎｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ種、Ｍｅｔｈａｎｏｐｌａｎｕｓ種、Ｍｅｔｈａｎｏｓｐｈａｅｒａ種、Ｍｅｔｈａｎｏｌｏｂｕｓ種、Ｍｅｔｈａｎｏｃｕｌｌｅｕｓ種、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｅｔａ種、Ｍｅｔｈａｎｏｐｙｒｕｓ種、Ｍｅｔｈａｎｏｃｏｒｐｕｓｃｕｌｕｍ種、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｒｃｉｎａ、Ｍｅｔｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｍｅｔｈｙｌｏｍｏｎａｓ種、Ｍｅｔｈｙｌｏｓｉｎｕｓ種、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｍｐｅｒｉａｌｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｌｕｎａｔｕｓ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ（例えば、Ｍｏｏｒｅｌｌａ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｉｃａ）、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ種（株Ｂ）、Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ、Ｍｕｃｏｒ  ｊａｖａｎｉｃｕｓ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種  株ＧＰ１、Ｍｙｒｏｔｈｅｃｉｕｍ、Ｎｅｐｔｕｎｏｍｏｎａｓ  ｎａｐｈｔｈｏｖｏｒａｎｓ、Ｎｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ（Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｒｏｐｅａ）、Ｎｉｔｚｃｈｉａ種、Ｎｏｃａｒｄｉａ種、Ｐａｃｈｙｓｏｌｅｎ種、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐａｐａｙａ  ｃａｒｉｃａ、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｃａｍｅｍｂｅｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｃｉｔｒｉｎｕｍ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｅｍｅｒｓｏｎｉｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｕｍ  ｌｉｌａｃｔｉｎｕｍ、Ｐ��ｎｉｃｉｌｌｕｍ  ｍｕｌｔｉｃｏｌｏｒ、Ｐｈａｎｅｒｏｃｈａｅｔｅ  ｃｈｒｙｓｏｐｏｒｉｕｍ、Ｐｉｃｈｉａ種、Ｐｉｃｈｉａ  ｓｔｉｐｉｔｉｓ、Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ  ｐａｎｔｏｔｒｏｐｈｕｓ、Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ  ｏｓｔｒｅａｔｕｓ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（Ｐ．ｐａｖｏｎａｃｅａｅ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ＡＤＰ、Ｐ．ｓｔｕｔｚｅｒｉ、Ｐ．ｐｕｔｉｄａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  株ＰＳ１、Ｐ．ｃｅｐａｃｉａ  Ｇ４、Ｐ．ｍｅｄｏｃｉｎａ  ＫＲ、Ｐ．ｐｉｃｋｅｔｔｉ  ＰＫ０１、Ｐ．ｖｅｓｉｃｕｌａｒｉｓ、Ｐ．ｐａｕｃｉｍｏｂｉｌｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ．種ＤＬＣ−Ｐ１１、Ｐ．ｍｅｎｄｏｃｉｎａ、Ｐ．ｃｈｉｃｈｈｏｒｉ、株ＩＳＴ  １０３）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ、Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｕｒｉｏｓｕｓ、Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｒｉｋｏｓｈｉｉ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ種、Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｐｕｓｉｌｌｕｓ  Ｌｉｎｄｔ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｄｅｌｅｍａｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｊａｐｏｎｉｃｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｎｉｖｅｕｓ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｏｒｙｚａｅ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ  ｏｌｉｇｏｓｐｏｒｕｓ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、（Ｒ．ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｌｉｓ、Ｒ．ｒｈｏｄｏｃｈｒｏｕｓ  ＮＣＩＭＢ  １３０６４）、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ種、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕ種、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎａ  ｌｉｂｅｒｔｉｎａ、Ｓｅｒｒａｔｉａ種、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｕｌｔｉｖｏｒｕｍ、Ｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ（Ｓｐｈｉｎｇｂｉｕｍ  ｃｈｌｏｒｏｐｈｅｎｏｌｉｃｕｍ）、Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ（Ｓ．ｙａｎｏｉｋｕｙａｅ、Ｓ．種ＲＷ１）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ  Ｙ−Ｉ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｖｉｄａｎｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｕｒｉｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｒｕｂｉｇｉｎｏｓｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｏｌａｃｅｏｒｕｂｅｒ、Ｓｔｒｅｐｔｏｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｍｏｂａｒａｅｎｓｅ、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ種、Ｔｅｔｒａｇｅｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｕｓ、Ｔｈｉｏｓｐｈａｅｒａ  ｐａｎｔｏｔｒｏｐｈａ、Ｔｒａｍｅｔｅｓ、Ｔｒａｍｅｔｅｓ  ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｌｏｎｇｉｂｒａｃｈｉａｔｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ種、Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ  ｐｅｎｉｃｉｌｌａｔｕｍ、Ｖｉｂｒｉｏ  ａｌｇｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ、Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ種（Ｘ．ａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ  ＧＪ１０、Ｘ．ｆｌ��ｖｕｓ）、酵母、Ｙａｒｒｏｗ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ、Ｚｙｇｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｒｏｕｘｉｉ、Ｚｙｍｏｍｏｎａｓ種、Ｚｙｍｏｍｏｎｕｓ  ｍｏｂｉｌｉｓ、Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ  ｓｕｌｆｕｒｒｅｄｕｃｅｎｓ、Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ  ｌｏｖｌｅｙｉ、Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ  ｍｅｔａｌｌｉｒｅｄｕｃｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｓ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌｌｏｂｉｏｐａｒｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌｏｖｏｒａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓおよびＡｃｅｔｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｓ  Ｇｌｉｒｉｃｉｄｉａ種、Ａｌｂｉｚｉａ種、またはＰａｒｔｈｅｎｉｕｍ種  Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｂａｓｉｌｅｎｓｉｓ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｃａｍｐｉｎｅｎｓｉｓ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｇｉｌａｒｄｉ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｌａｈａｒｓｉｓ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｍｅｔａｌｌｉｄｕｒａｎｓ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｏｘａｌａｔｉｃｕｓ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｐａｕｃｕｌｕｓ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｐｉｎａｔｕｂｏｎｅｎｓｉｓ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｒｅｓｐｉｒａｃｕｌｉ、Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｔａｉｗａｎｅｎｓｉｓ、Ｏｌｉｇｏｔｒｏｐｈａ  ｃａｒｂｏｘｉｄｏｖｏｒａｎｓ、Ｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ、Ｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｉｏｘｉｄａｎｓ、Ｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｒｏｏｘｉｄａｎｓ、Ｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｎｃｒｅｔｉｖｏｒｕｓ、Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｂｅｒｔｅｎｓｉｓ、Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｌｄｕｓ、Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｐｒｉｔｈｅｒｍｉｃｕｓ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐａｌｕｓｔｒｉｓ、Ｒｈｏｄｏ
ｂａｃｔｅｒ  ｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｃａｐｓｕｌａｔｅ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌａ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｖｉｒｉｄｉｓ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ａｃｅｔｏｘｉｄａｎｓ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｋｕｚｎｅｔｓｏｖｉｉ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｎｉｇｒｉｆｉｃａｎｓ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｒｅｄｕｃｅｎｓ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｃａｒｂｏｘｙｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｒｃｉｎａ  ｂａｒｋｅｒｉ、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｒｃｉｎａ  ａｃｅｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ  ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｉｃａ、Ｃａｒｂｏｘｙｄｏｔｈｅｒｍｕｓ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｒｕｂｒｕｍ、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｗｏｏｄｉｉ、Ｂｕｔｙｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｕｔｏｅｔｈａｎｏｇｅｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｊｕｎｇｄａｈｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ  ｐｆｅｎｎｉｇｉｉ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐａｌｕｓｔｒｉｓ  Ｐ４、Ｒｕｂｒｉｖｉｖａｘ  ｇｅｌａｔｉｎｏｓｕｓ、Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ種Ｙ１９、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｒｃｉｎａ  ａｃｅｔｉｖｏｒａｎｓ  Ｃ２Ａ、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｒｃｉｎａ  ｂａｒｋｅｒｉ、Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ  ｏｒｉｅｎｔｉｓ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｃａｎｓ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｇａｒｉｓ、Ｍｏｏｒｅｌｌａ  ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｃａｒｂｏｘｙｄｉｂｒａｃｈｉｕｍ  ｐａｃｉｆｉｃｕｓ、Ｃａｒｂｏｘｙｄｏｃｅｌｌａ  ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｔｈｅｒｍｉｎｃｏｌａ  ｃａｒｂｏｘｙｄｉｐｈｉｌａ、Ｔｈｅｒｍｏｌｉｔｈｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｒｂｏｘｙｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｔｈｅｒｍｏｓｉｎｕｓ  ｃａｒｂｏｘｙｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｍｅｔｈａｎｏｔｈｅｒｍｏｂａｃｔｅｒ  ｔｈｅｒｍｏａｕｔｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｃａｒｂｏｘｙｄｉｖｏｒａｎｓ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｋｕｚｎｅｔｓｏｖｉｉ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｎｉｇｒｉｆｉｃａｎｓ、Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｂｅｎｚｏｉｃｕｍ亜種ｔｈｅｒｍｏｓｙｎｔｒｏｐｈｉｃｕｍ、Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｂａｃｔｅｒ  ｆｕｍａｒｏｘｉｄａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｃｉｄｕｒｉｃｉ、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ａｊｒｉｃａｎｕｓ、Ｃ．ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｍ、Ｃ．ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｍ  ＤＳＭ  ５２５、Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ、Ａｃａｎｔｈｏｃｅｒａｓ、Ａｃａｎｔｈｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｃａｒｙｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ａｃｈｎａｎｔｈｅｓ、Ａｃｈｎａｎｔｈｉｄｉｕｍ、Ａｃｔｉｎａｓｔｒｕｍ、Ａｃｔｉｎｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ａｃｔｉｎｏｃｙｃｌｕｓ、Ａｃｔｉｎｏｔａ��ｎｉｕｍ、Ａｍｐｈｉｃｈｒｙｓｉｓ、Ａｍｐｈｉｄｉｎｉｕｍ、Ａｍｐｈｉｋｒｉｋｏｓ、Ａｍｐｈｉｐｌｅｕｒａ、Ａｍｐｈｉｐｒｏｒａ、Ａｍｐｈｉｔｈｒｉｘ、Ａｍｐｈｏｒａ、Ａｎａｂａｅｎａ、Ａｎａｂａｅｎｏｐｓｉｓ、Ａｎｅｕｍａｓｔｕｓ、Ａｎｋｉｓｔｒｏｄｅｓｍｕｓ、Ａｎｋｙｒａ、Ａｎｏｍｏｅｏｎｅｉｓ、Ａｐａｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｐｈａｎｉｚｏｍｅｎｏｎ、Ａｐｈａｎｏｃａｐｓａ、Ａｐｈａｎｏｃｈａｅｔｅ、Ａｐｈａｎｏｔｈｅｃｅ、Ａｐｉｏｃｙｓｔｉｓ、Ａｐｉｓｔｏｎｅｍａ、Ａｒｔｈｒｏｄｅｓｍｕｓ、Ａｒｔｈｅｒｏｓｐｉｒａ、Ａｓｃｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ａｓｔｅｒｉｏｎｅｌｌａ、Ａｓｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｕｄｏｕｉｎｅｌｌａ、Ａｕｌａｃｏｓｅｉｒａ、Ｂａｃｉｌｌａｒｉａ、Ｂａｌｂｉａｎｉａ、Ｂａｍｂｕｓｉｎａ、Ｂａｎｇｉａ、Ｂａｓｉｃｈｌａｍｙｓ、Ｂａｔｒａｃｈｏｓｐｅｒｍｕｍ、Ｂｉｎｕｃｌｅａｒｉａ、Ｂｉｔｒｉｃｈｉａ、Ｂｌｉｄｉｎｇｉａ、Ｂｏｔｒｄｉｏｐｓｉｓ、Ｂｏｔｒｙｄｉｕｍ、Ｂｏｔｒｙｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｏｔｒｙｏｓｐｈａｅｒｅｌｌａ、Ｂｒａｃｈｉｏｍｏｎａｓ、Ｂｒａｃｈｙｓｉｒａ、Ｂｒａｃｈｙｔｒｉｃｈｉａ、Ｂｒｅｂｉｓｓｏｎｉａ、Ｂｕｌｂｏｃｈａｅｔｅ、Ｂｕｍｉｌｌｅｒｉａ、Ｂｕｍｉｌｌｅｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃａｌｏｎｅｉｓ、Ｃａｌｏｔｈｒｉｘ、Ｃａｍｐｙｌｏｄｉｓｃｕｓ、Ｃａｐｓｏｓｉｐｈｏｎ、Ｃａｒｔｅｒｉａ、Ｃａｔｅｎａ、Ｃａｖｉｎｕｌａ、Ｃｅｎｔｒｉｔｒａｃｔｕｓ、Ｃｅｎｔｒｏｎｅｌｌａ、Ｃｅｒａｔｉｕｍ、Ｃｈａｅｔｏｃｅｒｏｓ、Ｃｈａｅｔｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｃｈａｅｔｏｍｏｒｐｈａ、Ｃｈａｅｔｏｎｅｌｌａ、Ｃｈａｅｔｏｎｅｍａ、Ｃｈａｅｔｏｐｅｌｔｉｓ、Ｃｈａｅｔｏｐｈｏｒａ、Ｃｈａｅｔｏｓｐｈａｅｒｉｄｉｕｍ、Ｃｈａｍａｅｓｉｐｈｏｎ、Ｃｈａｒａ、Ｃｈａｒａｃｉｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｃｈａｒａｃｉｏｐｓｉｓ、Ｃｈａｒａｃｉｕｍ、Ｃｈａｒａｌｅｓ、Ｃｈｉｌｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｌａｉｎｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｂｌｅｐｈａｒｉｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｃａｐｓａ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎｏｐｓｉｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｙｘａ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｎｅｐｈｒｉｓ、Ｃｈｌｏｒａｎｇｉｅｌｌａ、Ｃｈｌｏｒａｎｇｉｏｐｓｉｓ、Ｃｈｌｏｒｅｌｌａ、Ｃｈｌｏｒｏｂｏｔｒｙｓ、Ｃｈｌｏｒｏｂｒａｃｈｉｓ、Ｃｈｌｏｒｏｃｈｙｔｒｉｕｍ、Ｃｈｌｏｒｏｃｏｃｃｕｍ、Ｃｈｌｏｒｏｇｌｏｅａ、Ｃｈｌｏｒｏｇｌｏｅｏｐｓｉｓ、Ｃｈｌｏｒｏｇｏｎｉｕｍ、Ｃｈｌｏｒｏｌｏｂｉｏｎ、Ｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｌｏｒｏｐｈｙｓｅｍａ、Ｃｈｌｏｒｏｐｈｙｔａ、Ｃｈｌｏｒｏｓａｃｃｕｓ、Ｃｈｌｏｒｏｓａｒｃｉｎａ、Ｃｈｏｒｉｃｙｓｔｉｓ、Ｃｈｒｏｍｏｐｈｙｔｏｎ、Ｃｈｒｏｍｕｌｉｎａ、Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃｉｄｉｏｐｓｉｓ、Ｃｈｒｏｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｈｒｏｏｄａｃｔｙｌｏｎ、Ｃｈｒｏｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｒｏｏｔｈｅｃｅ、Ｃｈｒｙｓａｍｏｅｂａ、Ｃｈｒｙｓａｐｓｉｓ、Ｃｈｒｙｓｉｄｉａｓｔｒｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｃａｐｓａ、Ｃｈｒｙｓｏｃａｐｓｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｏｃｈａｅｔｅ、Ｃｈｒｙｓｏｃｈｒｏｍｕｌｉｎａ��Ｃｈｒｙｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｈｒｙｓｏｃｒｉｎｕｓ、Ｃｈｒｙｓｏｌｅｐｉｄｏｍｏｎａｓ、Ｃｈｒｙｓｏｌｙｋｏｓ、Ｃｈｒｙｓｏｎｅｂｕｌａ、Ｃｈｒｙｓｏｐｈｙｔａ、Ｃｈｒｙｓｏｐｙｘｉｓ、Ｃｈｒｙｓｏｓａｃｃｕｓ、Ｃｈｒｙｓｏｐｈａｅｒｅｌｌａ、Ｃｈｒｙｓｏｓｔｅｐｈａｎｏｓｐｈａｅｒａ、Ｃｌｏｄｏｐｈｏｒａ、Ｃｌａｓｔｉｄｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｅｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｃｃｏｍｙｘａ、Ｃｏｃｃｏｎｅｉｓ、Ｃｏｅｌａｓｔｒｅｌｌａ、Ｃｏｅｌａｓｔｒｕｍ、Ｃｏｅｌｏｓｐｈａｅｒｉｕｍ、Ｃｏｅｎｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｃｏｅｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｅｎｏｃｙｓｔｉｓ、Ｃｏｌａｃｉｕｍ、Ｃｏｌｅｏｃｈａｅｔｅ、Ｃｏｌｌｏｄｉｃｔｙｏｎ、Ｃｏｍｐｓｏｇｏｎｏｐｓｉｓ、Ｃｏｍｐｓｏｐｏｇｏｎ、Ｃｏｎｊｕｇａｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｏｎｏｃｈａｅｔｅ、Ｃｏｒｏｎａｓｔｒｕｍ、Ｃｏｓｍａｒｉｕｍ、Ｃｏｓｍｉｏｎｅｉｓ、Ｃｏｓｍｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｃｒａｔｅｒｉｐｏｒｔｕｌａ、Ｃｒａｔｉｃｕｌａ、Ｃｒｉｎａｌｉｕｍ、Ｃｒｕｃｉｇｅｎｉａ、Ｃｒｕｃｉｇｅｎｉｅｌｌａ、Ｃｒｙｐｔｏａｕｌａｘ、Ｃｒｙｐｔｏｍｏｎａｓ、Ｃｒｙｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｃｔｅｎｏｐｈｏｒａ、Ｃｙａｎｏｄｉｃｔｙｏｎ、Ｃｙａｎｏｎｅｐｈｒｏｎ、Ｃｙａｎｏｐｈｏｒａ、Ｃｙａｎｏｐｈｙｔａ、Ｃｙａｎｏｔｈｅｃｅ、Ｃｙａｎｏｔｈｏｍｏｎａｓ、Ｃｙｃｌｏｎｅｘｉｓ、Ｃｙｃｌｏｓｔｅｐｈａｎｏｓ、Ｃｙｃｌｏｔｅｌｌａ、Ｃｙｌｉｎｄｒｏｃａｐｓａ、Ｃｙｌｉｎｄｒｏｃｙｓｔｉｓ、Ｃｙｌｉｎｄｒｏｓｐｅｒｍｕｍ、Ｃｙｌｉｎｄｒｏｔｈｅｃａ、Ｃｙｍａｔｏｐｌｅｕｒａ、Ｃｙｍｂｅｌｌａ、Ｃｙｍｂｅｌｌｏｎｉｔｚｓｃｈｉａ、Ｃｙｓｔｏｄｉｎｉｕｍ  Ｄａｃｔｙｌｏｃｏｃｃｏｐｓｉｓ、Ｄｅｂａｒｙａ、Ｄｅｎｔｉｃｕｌａ、Ｄｅｒｍａｔｏｃｈｒｙｓｉｓ、Ｄｅｒｍｏｃａｒｐａ、Ｄｅｒｍｏｃａｒｐｅｌｌａ、Ｄｅｓｍａｔｒａｃｔｕｍ、Ｄｅｓｍｉｄｉｕｍ、Ｄｅｓｍｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｅｓｍｏｎｅｍａ、Ｄｅｓｍｏｓｉｐｈｏｎ、Ｄｉａｃａｎｔｈｏｓ、Ｄｉａｃｒｏｎｅｍａ、Ｄｉａｄｅｓｍｉｓ、Ｄｉａｔｏｍａ、Ｄｉａｔｏｍｅｌｌａ、Ｄｉｃｅｌｌｕｌａ、Ｄｉｃｈｏｔｈｒｉｘ、Ｄｉｃｈｏｔｏｍｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｉｃｒａｎｏｃｈａｅｔｅ、Ｄｉｃｔｙｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｄｉｃｔｙｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｉｃｔｙｏｓｐｈａｅｒｉｕｍ、Ｄｉｄｙｍｏｃｙｓｔｉｓ、Ｄｉｄｙｍｏｇｅｎｅｓ、Ｄｉｄｙｍｏｓｐｈｅｎｉａ、Ｄｉｌａｂｉｆｉｌｕｍ、Ｄｉｍｏｒｐｈｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｉｎｏｂｒｙｏｎ、Ｄｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｉｐｌｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｄｉｐｌｏｎｅｉｓ、Ｄｉｐｌｏｓｔａｕｒｏｎ、Ｄｉｓｔｒｉｏｎｅｌｌａ、Ｄｏｃｉｄｉｕｍ、Ｄｒａｐａｒｎａｌｄｉａ、Ｄｕｎａｌｉｅｌｌａ、Ｄｙｓｍｏｒｐｈｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｃｂａｌｌｏｃｙｓｔｉｓ、Ｅｌａｋａｔｏｔｈｒｉｘ、Ｅｌｌｅｒｂｅｃｋｉａ、Ｅｎｃｙｏｎｅｍａ、Ｅｎｔｅｒｏｍｏｒｐｈａ、Ｅｎｔｏｃｌａｄｉａ、Ｅｎｔｏｍｏｎｅｉｓ、Ｅｎｔｏｐｈｙｓａｌｉｓ、Ｅｐｉｃｈｒｙｓｉｓ、Ｅｐｉｐｙｘｉｓ、Ｅｐｉｔｈｅｍｉａ、Ｅｒｅｍｏｓｐｈａｅｒａ、Ｅｕａｓｔｒｏｐｓｉｓ、Ｅｕａｓｔｒｕｍ、Ｅｕｃａｐｓｉｓ、Ｅｕｃｏｃｃｏｎｅｉｓ、Ｅｕｄｏｒｉｎａ、Ｅｕｇｌｅｎａ、Ｅｕｇｌｅｎｏｐｈｙｔａ、Ｅｕｎｏｔｉａ、Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｐｈｙｔａ、Ｅｕｔｒｅｐｔｉａ、Ｆａｌｌａｃｉａ、Ｆｉｓｃｈｅｒｅｌｌａ、Ｆｒａｇｉｌａｒｉａ、Ｆｒａｇｉｌａｒｉｆｏｒｍａ、Ｆｒａｎｃｅｉａ、Ｆｒｕｓｔｕｌｉａ、Ｃｕｒｃｉｌｌａ、Ｇｅｍｉｎｅｌｌａ、Ｇｅｎｉｃｕｌａｒｉａ、Ｇｌａｕｃｏｃｙｓｔｉｓ、Ｇｌａｕｃｏｐｈｙｔａ、Ｇｌｅｎｏｄｉｎｉｏｐｓｉｓ、Ｇｌｅｎｏｄｉｎｉｕｍ、Ｇｌｏｅｏｃａｐｓａ、Ｇｌｏｅｏｃｈａｅｔｅ、Ｇｌｏｅｏｃｈｒｙｓｉｓ、Ｇｌｏｅｏｃｏｃｃｕｓ、Ｇｌｏｅｏｃｙｓｔｉｓ、Ｇｌｏｅｏｄｅｎｄｒｏｎ、Ｇｌｏｅｏｍｏｎａｓ、Ｇｌｏｅｏｐｌａｘ、Ｇｌｏｅｏｔｈｅｃｅ、Ｇｌｏｅｏｔｉｌａ、Ｇｌｏｅｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｇｌｏｉｏｄｉｃｔｙｏｎ、Ｇｏｌｅｎｋｉｎｉａ、Ｇｏｌｅｎｋｉｎｉｏｐｓｉｓ、Ｇｏｍｏｎｔｉａ、Ｇｏｍｐｈｏｃｙｍｂｅｌｌａ、Ｇｏｍｐｈｏｎｅｍａ、Ｇｏｍｐｈｏｓｐｈａｅｒｉａ、Ｇｏｎａｔｏｚｙｇｏｎ、Ｇｏｎｇｒｏｓｉａ、Ｇｏｎｇｒｏｓｉｒａ、Ｇｏｎｉｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｇｏｎｉｕｍ、Ｇｏｎｙｏｓｔｏｍｕｍ、Ｇｒａｎｕｌｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｇｒａｎｕｌｏｃｙｓｔｏｐｓｉｓ、Ｇｒｏｅｎｂｌａｄｉａ、Ｇｙｍｎｏｄｉｎｉｕｍ、Ｇｙｍｎｏｚｙｇａ、Ｇｙｒｏｓｉｇｍａ、Ｈａｅｍａｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈａｆｎｉｏｍｏｎａｓ、Ｈａｌｌａｓｓｉａ、Ｈａｍｍａｔｏｉｄｅａ、Ｈａｎｎａｅａ、Ｈａｎｔｚｓｃｈｉａ、Ｈａｐａｌｏｓｉｐｈｏｎ、Ｈａｐｌｏｔａｅｎｉｕｍ、Ｈａｐｔｏｐｈｙｔａ、Ｈａｓｌｅａ、Ｈｅｍｉｄｉｎｉｕｍ、Ｈｅｍｉｔｏｍａ、Ｈｅｒｉｂａｕｄｉｅｌｌａ、Ｈｅｔｅｒｏｍａｓｔｉｘ、Ｈｅｔｅｒｏｔｈｒｉｘ、Ｈｉｂｂｅｒｄｉａ、Ｈｉｌｄｅｎｂｒａｎｄｉａ、Ｈｉｌｌｅａ、Ｈｏｌｏｐｅｄｉｕｍ、Ｈｏｍｏｅｏｔｈｒｉｘ、Ｈｏｒｍａｎｔｈｏｎｅｍａ、Ｈｏｒｍｏｔｉｌａ、Ｈｙａｌｏｂｒａｃｈｉｏｎ、Ｈｙａｌｏｃａｒｄｉｕｍ、Ｈｙａｌｏｄｉｓｃｕｓ、Ｈｙａｌｏｇｏｎｉｕｍ、Ｈｙａｌｏｔｈｅｃａ、Ｈｙｄｒｉａｎｕｍ、Ｈｙｄｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｙｄｒｏｃｏｌｅｕｍ、Ｈｙｄｒｏｃｏｒｙｎｅ、Ｈｙｄｒｏｄｉｃｔｙｏｎ、Ｈｙｄｒｏｓｅｒａ、Ｈｙｄｒｕｒｕｓ、Ｈｙｅｌｌａ、Ｈｙｍｅｎｏｍｏｎａｓ、Ｉｓｔｈｍ
ｏｃｈｌｏｒｏｎ、Ｊｏｈａｎｎｅｓｂａｐｔｉｓｔｉａ、Ｊｕｒａｎｙｉｅｌｌａ、Ｋａｒａｙｅｖｉａ、Ｋａｔｈａｂｌｅｐｈａｒｉｓ、Ｋａｔｏｄｉｎｉｕｍ、Ｋｅｐｈｙｒｉｏｎ、Ｋｅｒａｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｋｉｒｃｈｎｅｒｉｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｏｒｍｉｄｉｕｍ、Ｋｏｌｂｅｓｉａ、Ｋｏｌｉｅｌｌａ、Ｋｏｍａｒｅｋｉａ、Ｋｏｒｓｈｉｋｏｖｉｅｌｌａ、Ｋｒａｓｋｅｌｌａ、Ｌａｇｅｒｈｅｉｍｉａ、Ｌａｇｙｎｉｏｎ、Ｌａｍｐｒｏｔｈａｍｎｉｕｍ、Ｌｅｍａｎｅａ、Ｌｅｐｏｃｉｎｃｌｉｓ、Ｌｅｐｔｏｓｉｒａ、Ｌｏｂｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌｏｂｏｃｙｓｔｉｓ、Ｌｏｂｏｍｏｎａｓ、Ｌｕｔｉｃｏｌａ、Ｌｙｎｇｂｙａ、Ｍａｌｌｅｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｍａｌｌｏｍｏｎａｓ、Ｍａｎｔｏｎｉｅｌｌａ、Ｍａｒｓｓｏｎｉｅｌｌａ、Ｍａｒｔｙａｎａ、Ｍａｓｔｉｇｏｃｏｌｅｕｓ、Ｇａｓｔｏｇｌｏｉａ、Ｍｅｌｏｓｉｒａ、Ｍｅｒｉｓｍｏｐｅｄｉａ、Ｍｅｓｏｓｔｉｇｍａ、Ｍｅｓｏｔａｅｎｉｕｍ、Ｍｉｃｒａｃｔｉｎｉｕｍ、Ｍｉｃｒａｓｔｅｒｉａｓ、Ｍｉｃｒｏｃｈａｅｔｅ、Ｍｉｃｒｏｃｏｌｅｕｓ、Ｍｉｃｒｏｃｙｓｔｉｓ、Ｍｉｃｒｏｇｌｅｎａ、Ｍｉｃｒｏｍｏｎａｓ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒａ、Ｍｉｃｒｏｔｈａｍｎｉｏｎ、Ｍｉｓｃｈｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｏｎｏｃｈｒｙｓｉｓ、Ｍｏｎｏｄｕｓ、Ｍｏｎｏｍａｓｔｉｘ、Ｍｏｎｏｒａｐｈｉｄｉｕｍ、Ｍｏｎｏｓｔｒｏｍａ、Ｍｏｕｇｅｏｔｉａ、Ｍｏｕｇｅｏｔｉｏｐｓｉｓ、Ｍｙｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｍｙｒｏｍｅｃｉａ、Ｍｙｘｏｓａｒｃｉｎａ、Ｎａｅｇｅｌｉｅｌｌａ、Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｎａｕｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎａｖｉｃｕｌａ、Ｎｅｇｌｅｃｔｅｌｌａ、Ｎｅｉｄｉｕｍ、Ｎｅｐｈｒｏｃｌａｍｙｓ、Ｎｅｐｈｒｏｃｙｔｉｕｍ、Ｎｅｐｈｒｏｄｉｅｌｌａ、Ｎｅｐｈｒｏｓｅｌｍｉｓ、Ｎｅｔｒｉｕｍ、Ｎｉｔｅｌｌａ、Ｎｉｔｅｌｌｏｐｓｉｓ、Ｎｉｔｚｓｃｈｉａ、Ｎｏｄｕｌａｒｉａ、Ｎｏｓｔｏｃ、Ｏｃｈｒｏｍｏｎａｓ、Ｏｅｄｏｇｏｎｉｕｍ、Ｏｌｉｇｏｃｈａｅｔｏｐｈｏｒａ、Ｏｎｙｃｈｏｎｅｍａ、Ｏｏｃａｒｄｉｕｍ、Ｏｏｃｙｓｔｉｓ、Ｏｐｅｐｈｏｒａ、Ｏｐｈｉｏｃｙｔｉｕｍ、Ｏｒｔｈｏｓｅｉｒａ、Ｏｓｃｉｌｌａｔｏｒｉａ、Ｏｘｙｎｅｉｓ、Ｐａｃｈｙｃｌａｄｅｌｌａ、Ｐａｌｍｅｌｌａ、Ｐａｌｍｏｄｉｃｔｙｏｎ、Ｐｎａｄｏｒｉｎａ、Ｐａｎｎｕｓ、Ｐａｒａｌｉａ、Ｐａｓｃｈｅｒｉｎａ、Ｐａｕｌｓｃｈｕｌｚｉａ、Ｐｅｄｉａｓｔｒｕｍ、Ｐｅｄｉｎｅｌｌａ、Ｐｅｄｉｎｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｄｉｎｏｐｅｒａ、Ｐｅｌａｇｏｄｉｃｔｙｏｎ、Ｐｅｎｉｕｍ、Ｐｅｒａｎｅｍａ、Ｐｅｒｉｄｉｎｉｏｐｓｉｓ、Ｐｅｒｉｄｉｎｉｕｍ、Ｐｅｒｏｎｉａ、Ｐｅｔｒｏｎｅｉｓ、Ｐｈａｃｏｔｕｓ、Ｐｈａｃｕｓ、Ｐｈａｅａｓｔｅｒ、Ｐｈａｅｏｄｅｒｍａｔｉｕｍ、Ｐｈａｅｏｐｈｙｔａ、Ｐｈａｅｏｓｐｈａｅｒａ、Ｐｈａｅｏｔｈａｍｎｉｏｎ、Ｐｈｏｒｍｉｄｉｕｍ、Ｐｈｙｃｏｐｅｌｔｉｓ、Ｐｈｙｌｌａｒｉｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｐｈｙｌｌｏｃａｒｄｉｕｍ、Ｐｈｙｌｌｏｍｉｔａｓ、Ｐｉｎｎｕｌａｒｉａ、Ｐｉｔｏｐｈｏｒａ、Ｐｌａｃｏｎｅｉｓ、Ｐｌａｎｃｔｏｎｅｍａ、Ｐｌａｎｋｔｏｓｐｈａｅｒｉａ、Ｐｌａｎｏｔｈｉｄｉｕｍ、Ｐｌｅｃｔｏｎｅｍａ、Ｐｌｅｏｄｏｒｉｎａ、Ｐｌｅｕｒａｓｔｒｕｍ、Ｐｌｅｕｒｏｃａｐｓａ、Ｐｌｅｕｒｏｃｌａｄｉａ、Ｐｌｅｕｒｏｄｉｓｃｕｓ、Ｐｌｅｕｒｏｓｉｇｍａ、Ｐｌｅｕｒｏｓｉｒａ、Ｐｌｅｕｒｏｔａｅｎｉｕｍ、Ｐｏｃｉｌｌｏｍｏｎａｓ、Ｐｏｄｏｈｅｄｒａ、Ｐｏｌｙｂｌｅｐｈａｒｉｄｅｓ、Ｐｏｌｙｃｈａｅｔｏｐｈｏｒａ、Ｐｏｌｙｅｄｒｉｅｌｌａ、Ｐｏｌｙｅｄｒｉｏｐｓｉｓ、Ｐｏｌｙｇｏｎｉｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｐｏｌｙｅｐｉｄｏｍｏｎａｓ、Ｐｏｌｙｔａｅｎｉａ、Ｐｏｌｙｔｏｍａ、Ｐｏｌｙｔｏｍｅｌｌａ、Ｐｏｒｐｈｙｒｉｄｉｕｍ、Ｐｏｓｔｅｒｉｏｃｈｒｏｍｏｎａｓ、Ｐｒａｓｉｎｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｐｒａｓｉｎｏｃｌａｄｕｓ、Ｐｒａｓｉｎｏｐｈｙｔａ、Ｐｒａｓｉｏｌａ、Ｐｒｏｃｈｌｏｒｐｈｙｔａ、Ｐｒｏｃｈｌｏｒｏｔｈｒｉｘ、Ｐｒｏｔｏｄｅｒｍａ、Ｐｒｏｔｏｓｉｐｈｏｎ、Ｐｒｏｖａｓｏｌｉｅｌｌａ、Ｐｒｙｍｎｅｓｉｕｍ、Ｐｓａｍｍｏｄｉｃｔｙｏｎ、Ｐｓａｍｍｏｔｈｉｄｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄａｎａｂａｅｎａ、Ｐｓｅｕｄｅｎｏｃｌｏｎｉｕｍ、Ｐｓｕｅｄｏｃａｒｔｅｒｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｃｈａｔｅ、Ｐｓｅｕｄｏｃｈａｒａｃｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｃｏｃｃｏｍｙｘａ、Ｐｓｅｕｄｏｄｉｃｔｙｏｓｐｈａｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｋｅｐｈｙｒｉｏｎ、Ｐｓｅｕｄｏｎｃｏｂｙｒｓａ、Ｐｓｅｕｄｏｑｕａｄｒｉｇｕｌａ、Ｐｓｅｕｄｏｓｐｈａｅｒｏｃｙｓｔｉｓ、Ｐｓｅｕｄｏｓｔａｕｒａｓｔｒｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｓｔａｕｒｏｓｉｒａ、Ｐｓｅｕｄｏｔｅｔｒａｓｔｒｕｍ、Ｐｔｅｒｏｍｏｎａｓ、Ｐｕｎｃｔａｓｔｒｕａｔａ、Ｐｙｒａｍｉｃｈｌａｍｙｓ、Ｐｙｒａｍｉｍｏｎａｓ、Ｐｙｒｒｏｐｈｙｔａ、Ｑｕａｄｒｉｃｈｌｏｒｉｓ、Ｑｕａｄｒｉｃｏｃｃｕｓ、Ｑｕａｄｒｉｇｕｌａ、Ｒａｄｉｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒａｄｉｏｆｉｌｕｍ、Ｒａｐｈｉｄｉｏｐｓｉｓ、Ｒａｐｈｉｄｏｃｅｌｉｓ、Ｒａｐｈｉｄｏｎｅｍａ、Ｒａｐｈｉｄｏｐｈｙｔａ、Ｐｅｉｍｅｒｉａ、Ｒｈａｂｄｏｄｅｒｍａ、Ｒｈａｂｄｏｍｏｎａｓ、Ｒｈｉｚｏｃｌｏｎｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｍｏｎａｓ、Ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ、Ｒｈｏｉｃｏｓｐｈｅｎｉａ、Ｒｈｏｐａｌｏｄｉａ、Ｒｉｖｕｌａｒｉａ、Ｒｏｓｅｎｖｉｎｇｉｅｌｌａ、Ｒｏｓｓｉｔｈｉｄｉｕｍ、Ｒｏｙａ、Ｓｃｅｎｅｄｅｓｍｕｓ、Ｓｃｈｅｒｆｆｅｌｉａ、Ｓｃｈｉｚｏｃｈｌａｍｙｄｅｌｌａ、Ｓｃｈｉｚｏｃｈｌａｍｙｓ、Ｓｃｈｉｚｏｍｅｒｉｓ、Ｓｃｈｉｚｏｔｈｒｉｘ、Ｓｃｈｒｏｅｄｅｒｉａ、Ｓｃｏｌｉｏｎｅｉｓ、Ｓｃｏｔｉｅｌｌａ、Ｓｃｏｔｉｅｌｌｏｐｓｉｓ、Ｓｃｏｕｒｆｉｅｌｄｉａ、Ｓｃｙｔｏｎｅｍａ、Ｓｅｌｅｎａｓｔｒｕｍ、Ｓｅｌｅｎｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｓｅｌｌａｐｈｏｒａ、Ｓｅｍｉｏｒｂｉｓ、Ｓｉｄｅｒｏｃｅｌｉｓ、Ｄｉｄｅｒｏｃｙｓｔｏｐｓｉｓ、Ｄｉｍｏｎｓｅｎｉａ、Ｓｉｐｈｏｎｏｎｅｍａ、Ｓｉｒｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｓｉｒｏｇｏｎｉｕｍ、Ｓｋｅｌｅｔｏｎｅｍａ、Ｓｏｒａｓｔｒｕｍ、Ｓｐｅｒｍａｔｏｚｏｐｓｉｓ、Ｓｐｈａｅｒｅｌｌｏｃｙｓｔｉｓ、Ｓｐｈａｅｒｅｌｌｏｐｓｉｓ、Ｓｐｈａｅｒｏｄｉｎｉｕｍ、Ｓｐｈａｅｒｏｐｌｅａ、Ｓｐｈａｅｒｏｚｏｓｍａ、Ｓｐｉｎｉｆｅｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｐｉｒｏｇｙｒａ、Ｓｐｉｒｏｔａｅｎｉａ、Ｓｐｉｒｕｌｉｎａ、Ｓｐｏｎｄｙｌｏｍｏｒｕｍ、Ｓｐｏｎｄｙｌｏｓｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｅｔｒａｓ、Ｓｐｕｍｅｌｌａ、Ｓｔａｕｒａｓｔｒｕｍ、Ｓｔａｕｅｒｏｄｅｓｍｕｓ、Ｓｔａｕｒｏｎｅｉｓ、Ｓｔａｕｒｏｓｉｒａ、Ｓｔａｕｒｏｓｉｒｅｌｌａ、Ｓｔｅｎｏｐｔｅｒｏｂｉａ、Ｓｔｅｐｈａｎｏｃｏｓｔｉｓ、Ｓｔｅｐｈａｎｏｄｉｓｃｕｓ、Ｓｔｅｐｈａｎｏｐｏｒｏｓ、Ｓｔｅｐｈａｎｏｓｐｈａｅｒａ、Ｓｔｉｃｈｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｉｃｈｏｇｌｏｅａ、Ｓｔｉｇｅｏｃｌｏｎｉｕｍ、Ｓｔｉｇｏｎｅｍａ、Ｓｔｉｐｉｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｏｋｅｓｉｅｌｌａ、Ｓｔｒｏｍｂｏｍｏｎａｓ、Ｓｔｙｌｏｃｈｒｙｓａｌｉｓ、Ｓｔｙｌｏｄｉｎｉｕｍ、Ｓｔｙｌｏｙｘｉｓ、Ｓｔｙｌｏｓｐｈａｅｒｉｄｉｕｍ、Ｓｕｒｉｒｅｌｌａ、Ｓｙｋｉｄｉｏｎ、Ｓｙｍｐｌｏｃａ、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ、Ｓｙｎｅｄｒａ、Ｓｙｎｏｃｈｒｏｍｏｎａｓ、Ｓｙｎｕｒａ、Ｔａｂｅｌｌａｒｉａ、Ｔａｂｕｌａｒｉａ、Ｔｅｉｌｉｎｇｉａ、Ｔｅｍｎｏｇａｍｅｔｕｍ、Ｔｅｔｍｅｍｏｒｕｓ、Ｔｅｔｒａｃｈｌｏｒｅｌｌａ、Ｔｅｔｒａｃｙｃｌｕｓ、Ｔｅｔｒａｄｅｓｍｕｓ、Ｔｅｔｒａｅｄｒｉｅｌｌａ、Ｔｅｔｒａｅｄｒｏｎ、Ｔｅｔｒａｓｅｌｍｉｓ、Ｔｅｔｒａｓｐｏｒａ、Ｔｅｔｒａｓｔｒｕｍ、Ｔｈａｌａｓｓｉｏｓｉｒａ、Ｔｈａｍｎｉｏｃｈａｅｔｅ、Ｔｈｏｒａｋｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｔｈｏｒｅａ、Ｔｏｌｙｐｅｌｌａ、Ｔｏｌｙｐｏｔｈｒｉｘ、Ｔｒａｃｈｅｌｏｍｏｎａｓ、Ｔｒａｃｈｙｄｉｓｃｕｓ、Ｔｒｅｂｏｕｘｉａ、Ｔｒｅｎｔｅｐｈｏｌｉａ、Ｔｒｅｕｂａｒｉａ、Ｔｒｉｂｏｎｅｍａ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｓｍｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｉｓｃｕｓ、Ｔｒｏｃｈｉｓｃｉａ、Ｔｒｙｂｌｉｏｎｅｌｌａ、Ｕｌｏｔｈｒｉｘ、Ｕｒｏｇｌｅｎａ、Ｕｒｏｎｅｍａ、Ｕｒｏｓｏｌｅｎｉａ、Ｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｕｖａ、Ｖａｃｕｏｌａｒｉａ、Ｖａｕｃｈｅｒｉａ、Ｖｏｌｖｏｘ、Ｖｏｌｖｕｌｉｎａ、Ｗｅｓｔｅｌｌａ、Ｗｏｌｏｓｚｙｎｓｋｉａ、Ｘａｎｔｈｉｄｉｕｍ、Ｘａｎｔｈｏｐｈｙｔａ、Ｘｅｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｚｙｇｎｅｍａ、Ｚｙｇｎｅｍｏｐｓｉｓ、Ｚｙｇｏｎｉｕｍ、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｕｓ、Ｃｈｌｏｒｏｎｅｍａ、Ｏｓｃｉｌｌｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｈｅｌｉｏｔｈｒｉｘ、Ｈｅｒｐｅｔｏｓｉｐｈｏｎ、Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ、Ｔｈｅｒｍｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｃｈｌｏｒｏｂｉｕｍ、Ｃｌａｔｈｒｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ｐｒｏｓｔｈｅｃｏｃｈｌｏｒｉｓ、Ａｌｌｏｃｈｒｏｍａｔｉｕｍ、Ｃｈｒｏｍａｔｉｕｍ、Ｈａｌｏｃｈｒｏｍａｔｉｕｍ、Ｉｓｏｃｈｒｏｍａｔｉｕｍ、Ｍａｒｉｃｈｒｏｍａｔｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｖｕｌｕｍ、Ｔｈｅｒｍｏｃｈｒｏｍａｔｉｕｍ、Ｔｈｉｏｃａｐｓａ、Ｔｈｉｏｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｉｏｃｙｓｔｉｓ、Ｐｈａｅｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ、Ｒｈｏｄｏｂａｃａ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ、Ｒｈｏｄｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｐｉｌａ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｒｈｏｄｏｔｈａｌａｓｓｉｕｍ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ、Ｒｏｄｏｖｉｂｒｉｏ、Ｒｏｓｅｏｓｐｉｒａ、Ｎｉｔｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ種、Ｎｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ種、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｎａ種、Ｎｉｔｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａ種、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ種、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｉｒａ種、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ種、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ種、Ｔｈｉｏｖｕｌｕｍ種、Ｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ種、Ｔｈｉｏｍｉｃｒｏｓｐｉｒａ種、Ｔｈｉｏｓｐｈａｅｒａ種、Ｔｈｅｒｍｏｔｈｒｉｘ種、Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｂａｃｔｅｒ種、Ｓｉｄｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ａｑｕａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ種  Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ種、Ｍｅｔｈａｎｏｔｈｅｒｍｕｓ種、Ｍｅｔｈａｎｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｍｅｔｈａｎｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ種、Ｍｅｔｈａｎｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ種、Ｍｅｔｈａｎｏｇｅｎｉｕｍ種、Ｍｅｔｈａｎｏｓａｒｃｉｎａ種、Ｍｅｔｈａｎｏｌｏｂｕｓ種、Ｍｅｔｈａｎｏｔｈｒｉｘ種、Ｍｅｔｈａｎｏｃｏｃｃｏｉｄｅｓ種、Ｍｅｔｈａｎｏｐｌａｎｕｓ種、Ｔｈｅｒｍｏｐｒｏｔｅｕｓ種、Ｐｙｒｏｄｉｃｔｉｕｍ種、Ｓｕｌｆｏｌｏｂｕｓ種、Ａｃｉｄｉａｎｕｓ種、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ種、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ種、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａ種、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａ種、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａ種、油性酵母、Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ｔｈａｌｉａｎａ、Ｐａｎｉｃｕｍ  ｖｉｒｇａｔｕｍ、Ｍｉｓｃａｎｔｈｕｓ  ｇｉｇａｎｔｅｕｓ、Ｚｅａ  ｍａｙｓ（植物）、Ｂｏｔｒｙｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒａｕｎｉｉ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ  ｒｅｉｎｈａｒｄｔｉｉおよびＤｕｎａｌｉｅｌａ  ｓａｌｉｎａ（藻類）、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ種ＰＣＣ  ７００２、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ種ＰＣＣ  ７９４２、Ｓｙｎｅｃｈｏｃｙｓｔｉｓ種ＰＣＣ  ６８０３、Ｔｈｅｒｍｏｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｌｏｎｇａｔｕｓ  ＢＰ−１（シアノバクテリア）、Ｃｈｌｏｒｏｂｉｕｍ  ｔｅｐｉｄｕｍ（緑色硫黄細菌）、Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｕｓ  ａｕｒａｎｔｉｃｕｓＩ、Ｃｈｒｏｍａｔｉｕｍ  ｔｅｐｉｄｕｍおよびＣｈｒｏｍａｔｉｕｍ  ｖｉｎｏｓｕｍ（紫色硫黄細菌）、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｒｕｂｒｕ
ｍ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｓおよびＲｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐａｌｕｓｒｉｓ（紫色非硫黄細菌）。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【国際調査報告】
2015521473.tif 000008