(57)【要約】  本開示は、強直性脊椎炎（ＡＳ）を治療するための新規な個別療法及び方法を対象とする。具体的には、本開示は、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に対する好ましい反応を有する素因があることに基づいてＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブなどのＩＬ−１７抗体をＡＳ患者に選択的に投与することによってＡＳを有する患者を治療する方法に関する。また本明細書で開示するのは、ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブなどのＩＬ−１７抗体による治療に反応する可能性を予測するのに有用な診断方法及び伝達可能な形の情報である。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、前記患者がｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子又はｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子から選択されるＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを選択的に投与するステップを含む方法。
【請求項２】
ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、前記患者がｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子又はｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子から選択されるＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを選択的に投与するステップを含む方法。
【請求項３】
ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者がｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子又はｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子から選択されるＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを選択的に投与するステップ、又は
ｂ）前記患者がＡＳ応答対立遺伝子を有さないことに基づいて前記患者に治療上有効量の異なるＡＳ薬を選択的に投与するステップ
を含む方法。
【請求項４】
ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者がｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子又はｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子から選択されるＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを選択的に投与するステップ、又は
ｂ）前記患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有することに基づいて前記患者に治療上有効量の異なるＡＳ薬を選択的に投与するステップ
を含む方法。
【請求項５】
前記異なるＡＳ薬がＮＳＡＩＤ、ＴＮＦアルファアンタゴニスト、スルファサラジン、メトトレキセート、コルチコステロイド及びそれらの組合せからなる群から選択される、請求項３又は４に記載の方法。
【請求項６】
ＩＬ−１７アンタゴニストによりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）患者がＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて又は患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいてＩＬ−１７アンタゴニストによる治療のために患者を選択するステップと、
ｂ）その後、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に投与するステップと
を含む方法。
【請求項７】
ＩＬ−１７アンタゴニストによりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）患者からの生物学的試料をＡＳ応答対立遺伝子又はＡＳ非応答対立遺伝子の存在又は非存在についてアッセイするステップと、
ｂ）その後、
ｉ．患者からの生物学的試料がＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて若しくは患者からの生物学的試料がＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいて治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に、又は
ｉｉ．患者からの生物学的試料がＡＳ応答対立遺伝子を有さないことに基づいて若しくは患者からの生物学的試料がＡＳ非応答対立遺伝子を有することに基づいて治療上有効量の異なるＡＳ薬
を患者に選択的に投与するステップと
を含む方法。
【請求項８】
ＩＬ−１７アンタゴニストによりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）患者からの生物学的試料をＡＳ応答対立遺伝子又はＡＳ非応答対立遺伝子の存在又は非存在についてアッセイするステップと、
ｂ）その後、患者からの生物学的試料がＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて又は患者からの生物学的試料がＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいてＩＬ−１７アンタゴニストによる治療のために患者を選択するステップと、
ｃ）その後、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に投与するステップと
を含む方法。
【請求項９】
ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子が、生物学的試料をＡＳ非応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答対立遺伝子のゲノム配列、ＡＳ非応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答対立遺伝子の核酸産物、ＡＳ非応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答対立遺伝子のポリペプチド産物、又はＡＳ非応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答対立遺伝子の等価遺伝子マーカーについてアッセイすることにより検出される、請求項７から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
ａ）ＡＳ非応答対立遺伝子の存在について生物学的試料をアッセイし、さらにＡＳ非応答対立遺伝子がｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子である、
ｂ）生物学的試料をＡＳ非応答対立遺伝子の存在についてアッセイし、さらにＡＳ非応答対立遺伝子がｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子である、
ｃ）生物学的試料をＡＳ応答対立遺伝子の存在についてアッセイし、さらにＡＳ応答対立遺伝子がｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子である、又は
ｄ）生物学的試料をＡＳ応答対立遺伝子の存在についてアッセイし、さらにＡＳ応答対立遺伝子がｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子である、
請求項７から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
患者がＡＳの治療を以前に受けなかった、ＴＮＦアルファアンタゴニストの投薬を受けたことがない、ＴＮＦ−ＩＲである、又はＴＮＦ非応答者である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
投与するステップの前に実施する、少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルについて患者からの生物学的試料をアッセイするステップをさらに含む、請求項７から１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
生物学的試料が滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、白血球試料及び組織試料からなる群から選択される、請求項７から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
少なくとも１つのＡＳ非応答対立遺伝子の存在又はＡＳ応答対立遺伝子の存在が、ノーザンブロット解析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎを用いたアッセイ、直接配列決定法、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖高次構造多型の解析、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能溶融分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動、サザンブロット、免疫検定、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、ＨＰＬＣ及び質量分析からなる群から選択される技術により検出される、請求項７から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記投与するステップが、ＩＬ−１７アンタゴニストを約１０ｍｇ／ｋｇの用量で２又は３回前記患者に静脈内投与するステップを含み、前記用量のそれぞれは隔週に投与する、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記投与するステップが、約７５ｍｇ〜約３００ｍｇのＩＬ−１７アンタゴニストを週１回、月２回（隔週）、月１回、２カ月ごと又は３カ月ごとに患者に皮下投与するステップを含む、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルについて患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、ＥＲＡＰ１発現、ＥＲＡＰ１タンパク質又はＥＲＡＰ１活性のレベルが対照と比べて低い場合、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に選択的に投与するステップと
を含む方法。
【請求項１８】
対照と比べてＥＲＡＰ１発現のレベルの低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下をもたらすＥＲＡＰ１多型について患者からの生物学的試料をアッセイすることによってＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルを測定する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ＡＳを治療するのに用いるＩＬ−１７アンタゴニストであって、前記患者がｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子又はｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子から選択されるＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを投与することを特徴とするＩＬ−１７アンタゴニスト。
【請求項２０】
ＡＳを治療するのに用いるＩＬ−１７アンタゴニストであって、前記患者がｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子及びｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子から選択されるＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを投与することを特徴とするＩＬ−１７アンタゴニスト。
【請求項２１】
ＩＬ−１７アンタゴニストを約１０ｍｇ／ｋｇの用量で３回それを必要とするＡＳ患者に静脈内投与し、３回の用量のそれぞれは隔週に送達することを特徴とする、請求項１９から２０のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２２】
ＩＬ−１７アンタゴニストを週１回、月２回（隔週）、月１回、２カ月ごと又は３カ月ごとに約７５ｍｇ〜約３００ｍｇの用量でＡＳ患者に皮下投与することを特徴とする、請求項１９から２０のいずれか一項に記載の使用。
【請求項２３】
ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、
患者からの生物学的試料中の
ａ）ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子及びｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子から選択されるＡＳ非応答対立遺伝子の存在、又は
ｂ）ｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子及びｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子から選択されるＡＳ応答対立遺伝子の存在
を検出するステップを含み、
ＡＳ非応答対立遺伝子の存在が、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の低減を示し、ＡＳ応答対立遺伝子の存在が、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を示す、方法。
【請求項２４】
患者から生物学的試料を得るステップをさらに含み、得るステップがアッセイするステップの前に実施される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、患者からの生物学的試料中のＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルを検出するステップを含み、対照と比べてＥＲＡＰ１発現のレベルの低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下が、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を示す、方法。
【請求項２６】
対照と比べてＥＲＡＰ１発現の低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下をもたらす生物学的試料中のＥＲＡＰ１多型を検出することによってＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルを測定する、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者が少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きいＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９からなる群から選択される少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルを有することに基づいて患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを選択的に投与するステップ、又は
ｂ）前記患者が少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより小さい少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルを有することに基づいて患者に治療上有効量の異なるＡＳ薬を選択的に投与するステップ
を含む方法。
【請求項２８】
異なるＡＳ薬がＮＳＡＩＤ、ＴＮＦアンタゴニスト、スルファサラジン、メトトレキセート、コルチコステロイド及びそれらの組合せから選択される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
ＩＬ−１７アンタゴニストによりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）前記患者が少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きいＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９からなる群から選択される少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルを有することに基づいてＩＬ−１７アンタゴニストによる治療のために患者を選択するステップと、
ｂ）その後、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に投与するステップと
を含む方法。
【請求項３０】
ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９からなる群から選択される少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルについてＡＳ患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、
ｉ．少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルが少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きいことに基づいて治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト、又は
ｉｉ．少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルが少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより小さいことに基づいて治療上有効量の異なるＡＳ薬
を患者に選択的に投与するステップと
を含む方法。
【請求項３１】
ＩＬ−１７アンタゴニストによりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法であって、
ａ）Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９からなる群から選択される少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルについてＡＳ患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、
ｂ）その後、少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルが少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きいことに基づいてＩＬ−１７アンタゴニストによる治療のために患者を選択するステップと、
ｃ）その後、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に投与するステップと
を含む方法。
【請求項３２】
患者が、ＡＳの治療を以前に受けなかった、ＴＮＦアルファアンタゴニスト未投薬である、ＴＮＦ−ＩＲである、又はＴＮＦ非反応者である、請求項２７から３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
ＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子、ＡＳリスクマーカー又はそれらの組合せの存在について生物学的試料をさらにアッセイする、請求項２７から３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
ＡＳ応答タンパク質の試験レベルを、免疫測定法、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット、ＨＰＬＣ及び質量分析からなる群から選択される技術により検出する、請求項２７から３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
投与するステップが、ＩＬ−１７アンタゴニストを約１０ｍｇ／ｋｇの用量で２又は３回前記患者に静脈内投与するステップを含み、前記用量のそれぞれは隔週に投与する、請求項２７から３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
投与するステップが、約７５ｍｇ〜約３００ｍｇのＩＬ−１７アンタゴニストを週１回、月２回（隔週）、月１回、２ヵ月ごと又は３ヵ月ごとに患者に皮下投与するステップを含む、請求項２７から３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
ＡＳの治療に使用するＩＬ−１７アンタゴニストであって、前記患者が少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きいＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９からなる群から選択される少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルを有することに基づいて治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に投与することを特徴とするＩＬ−１７アンタゴニスト。
【請求項３８】
ＩＬ−１７アンタゴニストを約１０ｍｇ／ｋｇの用量で３回それを必要とする患者に静脈内投与し、３回の用量のそれぞれは隔週に送達することを特徴とする、請求項３７に記載の使用。
【請求項３９】
ＩＬ−１７アンタゴニストを約７５ｍｇ〜約３００ｍｇの用量で週１回、月２回（隔週）、月１回、２ヵ月ごと又は３ヵ月ごとに患者に皮下投与することを特徴とする、請求項３７に記載の使用。
【請求項４０】
対照レベルが、あらかじめ定めた参照標準又はＩＬ−１７非反応者からの対照生物学的試料から得られる、請求項２７から３９のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項４１】
試験レベルが、少なくとも１つのＡＳリスクタンパク質のポリペプチド産物のレベルを解析することにより得られる、請求項２７から３９のいずれか一項に記載の方法又は使用。
【請求項４２】
ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、患者からの生物学的試料中のＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９からなる群から選択される少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルを検出するステップを含み、試験レベルが少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きい場合、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を有し、試験レベルが対照レベルより小さい場合、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の低減を有する、方法。
【請求項４３】
ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性を予測する方法であって、
ａ）患者からの生物学的試料中のＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９からなる群から選択される少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルを検出するステップと、
ｂ）少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルを少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルと比較するステップとを含み、試験レベルが対照レベルより大きい場合、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を有し、試験レベルが対照レベルより小さい場合、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の低減を有する、方法。
【請求項４４】
ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に対するＡＳを有する患者の反応性を予測するための伝達可能な形の情報を発生させる方法であって、
ａ）患者からの生物学的試料中のｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子及びｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子から選択されるＡＳ非応答対立遺伝子の存在に基づいて患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性が低いことを判定するステップ、又は患者からの生物学的試料中のｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子及びｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子から選択されるＡＳ応答対立遺伝子の存在に基づいて患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性が高いことを判定するステップと、
ｂ）判定するステップの結果を伝達に使用する有形又は無形の媒体形態に記録するステップと
を含む方法。
【請求項４５】
ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に対するＡＳを有する患者の反応性を予測するための伝達可能な形の情報を発生させる方法であって、
ａ）対照と比べて患者からの生物学的試料中のＥＲＡＰ１発現のレベルの低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下に基づいて患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性が高いことを判定するステップと、
ｂ）判定するステップの結果を伝達に使用する有形又は無形の媒体形態に記録するステップと
を含む方法。
【請求項４６】
ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に対するＡＳを有する患者の反応性を予測するための伝達可能な形の情報を発生させる方法であって、
ａ）対照と比べて患者からの生物学的試料中のＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９又はＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９のレベルの増加に基づいて患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性が高いことを判定するステップと、
ｂ）判定するステップの結果を伝達に使用する有形又は無形の媒体形態に記録するステップと
を含む方法。
【請求項４７】
ＩＬ−１７アンタゴニストがＩＬ−１７結合性分子又はＩＬ−１７受容体結合性分子である、請求項１から４６のいずれかに記載の方法又は使用。
【請求項４８】
ＩＬ−１７結合性分子又はＩＬ−１７受容体結合性分子がＩＬ−１７結合性分子である、請求項４７に記載の方法又は使用。
【請求項４９】
ＩＬ−１７結合性分子が、
ａ）Ｌｅｕ７４、Ｔｙｒ８５、Ｈｉｓ８６、Ｍｅｔ８７、Ａｓｎ８８、Ｖａｌ１２４、Ｔｈｒ１２５、Ｐｒｏ１２６、Ｉｌｅ１２７、Ｖａｌ１２８、Ｈｉｓ１２９を含むＩＬ−１７のエピトープに結合するＩＬ−１７抗体、
ｂ）Ｔｙｒ４３、Ｔｙｒ４４、Ａｒｇ４６、Ａｌａ７９、Ａｓｐ８０を含むＩＬ−１７のエピトープに結合するＩＬ−１７抗体、
ｃ）２つの成熟ＩＬ−１７タンパク質鎖を有するＩＬ−１７ホモ二量体のエピトープに結合するＩＬ−１７抗体（前記エピトープは、１つの鎖上のＬｅｕ７４、Ｔｙｒ８５、Ｈｉｓ８６、Ｍｅｔ８７、Ａｓｎ８８、Ｖａｌ１２４、Ｔｈｒ１２５、Ｐｒｏ１２６、Ｉｌｅ１２７、Ｖａｌ１２８、Ｈｉｓ１２９及び他の鎖上のＴｙｒ４３、Ｔｙｒ４４、Ａｒｇ４６、Ａｌａ７９、Ａｓｐ８０を含む）、
ｄ）２つの成熟ＩＬ−１７タンパク質鎖を有するＩＬ−１７ホモ二量体のエピトープに結合するＩＬ−１７抗体（前記エピトープは、１つの鎖上のＬｅｕ７４、Ｔｙｒ８５、Ｈｉｓ８６、Ｍｅｔ８７、Ａｓｎ８８、Ｖａｌ１２４、Ｔｈｒ１２５、Ｐｒｏ１２６、Ｉｌｅ１２７、Ｖａｌ１２８、Ｈｉｓ１２９及び他の鎖上のＴｙｒ４３、Ｔｙｒ４４、Ａｒｇ４６、Ａｌａ７９、Ａｓｐ８０を含み、ＩＬ−１７結合性分子が約１００〜２００ｐＭのＫＤを有し、ＩＬ−１７結合性分子が約２３〜約３５日のインビボ半減期を有する）、並びに
ｅ）
ｉ）ＡＳ配列番号８として示されるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、
ｉｉ）ＡＳ配列番号１０として示されるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）、
ｉｉｉ）ＡＳ配列番号８として示されるアミノ酸配列を含む免疫グロブリンＶＨドメイン及びＡＳ配列番号１０として示されるアミノ酸配列を含む免疫グロブリンＶＬドメイン、
ｉｖ）ＡＳ配列番号１、配列番号２及び配列番号３として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン、
ｖ）ＡＳ配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＬドメイン、
ｖｉ）ＡＳ配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン、
ｖｉｉ）ＡＳ配列番号１、配列番号２及び配列番号３として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン並びにＡＳ配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＬドメイン、並びに
ｖｉｉｉ）ＡＳ配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン並びにＡＳ配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＬドメイン
からなる群から選択される抗体を含むＩＬ−１７抗体
からなる群から選択される、請求項４８に記載の方法又は使用。
【請求項５０】
ＩＬ−１７結合性分子がセクキヌマブである、請求項４９に記載の方法又は使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、参照によりその全体として本明細書に組み込まれる、２０１２年４月２０日に出願した米国仮特許出願第６１／６３６０６２号の優先権を主張するものである。
【０００２】
本開示は、強直性脊椎炎（ＡＳ）を有する患者を治療するのに用いる新規な個別療法、キット、伝達可能な形の情報及び方法を対象とする。
【背景技術】
【０００３】
強直性脊椎炎（ＡＳ）は、軸関節の病変及び両側性仙腸骨炎を主として特徴とする、慢性炎症性疾患である。末梢関節及び関節外器官もＡＳに関与している可能性がある。関連する関節外徴候は、心血管及び肺異常、神経性後遺症並びに臨床的及び無症候性消化管所見を含む。骨密度（ＢＭＤ）の低下は、関節外症状に特有のものであり、ＡＳを有する多くの患者は、それらの若年及び性（男性）にもかかわらず、骨粗鬆症及び結果として起こる非外傷性骨折を有する。全身性骨粗鬆症並びに限局性骨減少症は、ＡＳにおいて一般的であり、脊椎（４１〜６２％）及び大腿骨（４６〜８６％）における骨粗鬆症又は骨減少症の発生率が高い。ＨＬＡ−Ｂ２７抗原の存在は、ＡＳと強く関連しており、欧州人の家系を有するＡＳ患者の９０〜９５％がこのマーカーを有する。ＡＳは、人口の最大０．９％を冒し、著しい病的状態及び身体障害を伴い、したがって、重大な社会経済的負担となっている。
【０００４】
軽度ＡＳの第一選択の薬物療法は、非ステロイド抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）である。ＮＳＡＩＤ不応性ＡＳの治療は、メトトレキセート（ＭＴＸ）を含む事実上すべての標準的な疾患修飾抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）の有効性の欠如によって妨げられる。例外として、ＡＳに随伴する末梢関節炎は、スルファサラジンに対してかなり十分に反応する。腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）阻害薬は、ＡＳを治療するために成功裏に用いられ（Braun Jら(2002年) Lancet、359巻、1187〜93頁）、最長３年間のフォローアップで長期の有効性を示している（Braunら(2005年) Rheumatology、44巻、670〜6頁）。しかし、ＴＮＦ阻害薬の中止により、ＡＳが急速に再発するので、炎症過程がＴＮＦの阻害によってのみ抑制され得ることがわかる（Baraliakosら(2005年) Arthritis Rheum、53巻、856〜63頁）。さらに、概して慢性ＴＮＦアルファ拮抗作用の短及び長期耐容性及び安全性に関する懸念、とりわけ、ＴＮＦアルファ拮抗作用に起因する重大な感染（例えば、結核感染）の再燃、肝毒性、心血管疾患の増加、脱髄状態の誘発（又は悪化）及び悪性疾患の発生率の増加の懸念が存在する（M. Khraishi(2009年) J. Rheumatol Suppl.、82巻、25〜32頁、Salliotら(2009年) Ann. Rheum. Dis.、68巻、25〜32頁）。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
セクキヌマブ（ＡＩＮ４５７）は、インターロイキン１７Ａ（ＩＬ−１７）活性を阻害する高親和性完全ヒトモノクローナル抗ヒト抗体である。最近のＡＳ概念実証（ＰｏＣ）試験（ＡＩＮ４５７Ａ２２０９）において、セクキヌマブは、ＡＳを有する患者向けの可能な治療薬として浮上した。しかし、生物学的療法に対する患者の反応は変化するものであり、それに対して耐性である患者に薬物を投与することを避けることが望ましいので、選択される生物学的療法から恩恵を受ける可能性が最も高い患者を最初に特定するＡＳを治療する方法を開発する必要性がある。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
いくつかの一塩基多型（ＳＮＰ）がＡＳ疾患状態に関連付けられている（Wellcome Trustら(2007年) Nat. Genet.、39巻(11号)、1329〜37頁）が、ＡＳ患者が特定の薬物、例えば、ＩＬ−１７アンタゴニストに反応するかどうかを予測するバイオマーカーはこれまで同定されなかった。ＡＳの治療中にＩＬ−１７の拮抗作用に対する好ましい反応を示す可能性が最も高い患者を最初に特定することによってＡＳ集団におけるＩＬ−１７の拮抗作用の恩恵を最大限とし、そのリスクを最小限にするＡＳを治療するための新規な個別療法及び方法を本明細書で示す。この所見は、以下の判断に一部基づいている。
１）ＥＲＡＰ１（小胞体アミノペプチダーゼ１）ｒｓ３０１８７「Ｔ」対立遺伝子及びＥＲＡＰ１  ｒｓ２７４３４「Ａ」対立遺伝子（その両方を本明細書で「ＡＳ非応答対立遺伝子」と呼ぶ）は、セクキヌマブ治療中のＡＳＡＳ（脊椎関節炎における評価）４０反応の低減に関連する；
２）セクキヌマブ治療後に、少なくとも１つのＩＬ２３Ｒ（インターロイキン２３受容体）ｒｓ１１２０９０３２「Ｇ」対立遺伝子（本明細書で「ＡＳ応答対立遺伝子」と呼ぶ）を有する患者は、ｒｓ１１２０９０３２「Ａ」対立遺伝子のみを有する患者と比べて改善されたＢａｔｈ強直性脊椎炎疾患活動性指数（ＢＡＳＤＡＩ）スコアを経時的に示し、少なくとも１つのｒｓ２２０１８４１「Ｔ」対立遺伝子（これも本明細書で「ＡＳ応答対立遺伝子」と呼ぶ）を有する患者は、ｒｓ２２０１８４１「Ｃ」対立遺伝子のみを有する患者と比べて改善されたＢＡＳＤＡＩスコアを経時的に示す；
３）Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９（本明細書で「ＡＳ応答タンパク質」と呼ぶ）のベースライン血清レベルの上昇は、セクキヌマブ治療中のＡＳＡＳ２０及びＡＳＡＳ４０反応の増大に関連する；及び
４）ＥＲＡＰ１リスク対立遺伝子ｒｓ３０１８７（「Ｔ」）又はｒｓ２７４３４（「Ａ」）を運ぶＡＳ患者は、一般的により高いレベルのＥＲＡＰ１発現を示すが、同型接合非キャリアは、大部分がより低いＥＲＡＰ１転写物レベルを示す。
【０００７】
したがって、我々は、これらのＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子及び／又はＡＳ応答タンパク質の１つ又は複数のものの存在、或いはＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルについて被験者を試験することは、ＩＬ−１７拮抗作用に反応する可能性がより高い個体を特定することを必要とする様々な診断薬及び方法に、また医師がＡＳを有する患者にＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）を処方するかどうかを決定することを支援するのに有用であると考える。したがって、患者の生化学的プロファイルの特定の側面に基づいて、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブなどのＩＬ−１７抗体を患者に選択的に投与することによってＡＳを治療する方法を提供することが本開示の１つの目的である。患者の生化学的プロファイルの特定の側面に基づいてＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＡＩＮＩ４５７抗体（セクキヌマブ）などのＩＬ−１７抗体によるＡＳの治療に反応する可能性がより高い患者を特定する方法を提供することが本開示の他の目的である。患者の生化学的プロファイルの特定の側面に基づいて、ＡＳ患者がＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブなどのＩＬ−１７抗体による治療に反応する可能性を判断する方法を提供することが本開示の他の目的である。
【０００８】
上述の目的及び発見に基づいて、本明細書ではＡＳを有する患者を選択的に治療する様々な方法を開示する。いくつかの実施形態において、これらの方法は、ＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子及び／又はＡＳ応答タンパク質のレベルの増大の存在（又は非存在）について患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、その後、患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有さない場合又は患者がＡＳ応答対立遺伝子を有する場合又は患者がＡＳ応答タンパク質のレベルの増大を有する場合に、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブを患者に選択的に投与するステップとを含む。他の実施形態において、これらの方法は、ＥＲＡＰ１発現（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルについて患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、その後、患者が対照と比べてＥＲＡＰ１発現のレベルの低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下を有する場合に、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブを患者に選択的に投与するステップとを含む。
【０００９】
本明細書ではＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブによる治療に反応する可能性を予測する様々な方法も開示する。いくつかの実施形態において、これらの方法は、患者からの生物学的試料中のＡＳ非応答対立遺伝子の存在を検出するステップを含み、ＡＳ非応答対立遺伝子の存在は、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の低減を示す。いくつかの実施形態において、これらの方法は、患者からの生物学的試料中のＡＳ応答対立遺伝子の存在を検出するステップを含み、ＡＳ応答対立遺伝子の存在が、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を示す。いくつかの実施形態において、これらの方法は、患者からの生物学的試料中のＡＳ応答タンパク質のレベルを検出するステップを含み、ＡＳ応答タンパク質の対照レベルと比べて患者におけるＡＳ応答タンパク質のレベルの増大が、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を示す。他の実施形態において、これらの方法は、患者からの生物学的試料中のＥＲＡＰ１発現（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルを検出するステップを含み、対照と比べてＥＲＡＰ１発現のレベルの低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下及び／又はＥＲＡＰ１のレベルの低下が、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を示す。これらの実施形態のいくつかにおいて、検出するステップは、対象の目的物について患者からの生物学的試料をアッセイすることによって実施される。
【００１０】
いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、ＩＬ−１７結合性分子、好ましくはヒト抗体、最も好ましくはセクキヌマブである。
【００１１】
さらなる方法、使用及びキットは、以下の説明及び添付の特許請求の範囲に示す。本開示のさらなる特徴、利点及び態様は、以下の説明及び添付の特許請求の範囲から当業者に明らかとなる。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９臨床試験デザインを示す図である。患者は、１及び２２日目に１０ｍｇ／ｋｇセクキヌマブ又はプラセボの２回の注入を受けた。
【図２】ＥＲＡＰ１  ＳＮＰ  ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子のキャリア及び非キャリアのＡＳＡＳ反応率の変化を示す図である。
【図３】異なるＩＬ２３Ｒ  ＳＮＰ  ｒｓ１１２０９０３２遺伝子型を有する患者のデルタＢＡＳＤＡＩスコアの変化（ベースラインを基準とした）を示す図である。
【図４】異なるＩＬ２３Ｒ  ＳＮＰ  ｒｓ２２０１８４１遺伝子型を有する患者のデルタＢＡＳＤＡＩスコアの変化（ベースラインを基準とした）を示す図である。
【図５】Ｓ１００タンパク質療法反応者及び非反応者のレベルを示す図である。図の上部（パネルＡ〜Ｃ）についてはＡＳＡＳ２０反応の定義を用いたが、下部（パネルＤ〜Ｆ）についてはＡＳＡＳ４０を適用した。タンパク質レベルは、Ｓ１００Ａ８（左）若しくはＳ１００Ａ９（中央）について個別に又はＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９の合計（右）として示す。
【図６】ＡＳ患者について、ＥＲＡＰ１リスク対立遺伝子ｒｓ３０１８７又はｒｓ２７４３４のいずれかのキャリアが一般的により高いレベルのＥＲＡＰ１遺伝子発現を示したが、同型接合非キャリアが大部分より低い転写物レベルを示したことを示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
「アッセイする」という用語は、同定する、スクリーニングする、探査する、試験する、測定する又は定量する行為を指すために用いられ、その行為は、従来の手段により実施することができる。例えば、試料は、ＥＬＩＳＡアッセイ、ノーザンブロット、画像化、血清型決定、細胞型同定、遺伝子配列決定、表現型検査、ハプロタイプ分析、免疫組織化学、ウエスタンブロット、質量分析等を用いることによって特定の遺伝子又はタンパク質マーカーの存在についてアッセイすることができる。「検出する」（及び同等のこと）という用語は、直接的又は間接的であり得る、所定の情報源から特定の情報を引き出す行為を意味する。本明細書で開示する予測方法のいくつかの実施形態において、所定のもの（例えば、対立遺伝子、タンパク質のレベル等）の存在又は非存在は、例えば、データベースにクエリーを行うことによって、生物学的試料において間接的に検出される。「アッセイする」又は「定量する」という用語は、当該試料を物理的試験に供することによる１つの状態から他の状態への物質の変換、例えば、生物学的試料、例えば、血液試料又は他の組織試料の変換を企図するものである。
【００１４】
「得る」という用語は、何らかの方法で、例えば、物理的介入（例えば、生検、血液採取）又は非物理的介入（例えば、サーバーを介する情報の伝送）などにより、入手すること、例えば、所有を得ることを意味する。
【００１５】
「生物学的試料をアッセイする・・・」などの語句は、所定の因子の存在又は非存在（ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子の場合）について、或いは特定の因子のレベル（ＡＳ応答タンパク質の場合）について試料を（直接的又は間接的に）試験することができることを意味するように用いられる。物質の存在が１つの見込みを意味し、物質の非存在が異なる見込みを意味する状況において、そのような物質の存在又は非存在を治療決定の指針とするように用いることができることは、理解されよう。例えば、患者のゲノムにおけるＡＳ非応答対立遺伝子の実際の存在を確認することにより又は患者のゲノムにおけるＡＳ非応答対立遺伝子の非存在を確認することにより、患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有するかどうかを判断することができる。そのような両方の場合に、患者がＡＳ非応答対立遺伝子の存在を有するかどうかを判断する。
【００１６】
開示した方法は、とりわけ、特定の個体がＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子及び／又はＡＳ応答タンパク質を有するかどうかを判定するステップを含む。ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子の場合、この判定は、患者がｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子、ｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子、ｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子又はｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子の存在を有するかどうかを確認することによって行う。これらの判断のそれぞれ（すなわち、存在又は非存在）は、そのままで、患者の対立遺伝子の状態を示すものであり、ひいては、これらの判断のそれぞれは、同様に、特定個体がＩＬ−１７拮抗作用に対してより好ましい反応を示すか又は示さないかの指標となる。ＡＳ応答タンパク質の場合、この判定は、被験者におけるＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９又はＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９タンパク質のベースラインレベルを測定することによって行う。
【００１７】
本明細書で開示したＡＳ非応答対立遺伝子（ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子及びｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子）に対して異型接合又は同型接合の患者は、ＩＬ−１７拮抗作用に対して好ましい反応を示す可能性がより低いことは、理解されよう。したがって、反応性の低減の指標を得るために、生物学的試料を１つのＡＳ非応答対立遺伝子について単にアッセイすることが必要であるが、明らかに両ＡＳ非応答対立遺伝子についてアッセイしてもよい。同様に、本明細書で開示したＡＳ応答対立遺伝子（ｒｓ１２０９０３２対立遺伝子及びｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子）に対して異型接合又は同型接合の患者は、ＩＬ−１７拮抗作用に対して好ましい反応を示す可能性がより高いことは、理解されよう。したがって、反応性の増大の指標を得るために、生物学的試料を１つのＡＳ応答対立遺伝子について単にアッセイすることが必要であるが、明らかに両ＡＳ応答対立遺伝子についてアッセイしてもよい。
【００１８】
数値ｘに関する「約」という用語は、文脈上別途示されない限り、＋／−１０％を意味する。「実質的に」という語は、「完全に」を除外しない。例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まないことがあり得る。必要な場合、「実質的に」という語は、本開示の定義から除くことができる。
【００１９】
「ＩＬ−１７アンタゴニスト」は、本明細書で用いているように、ＩＬ−１７の機能、発現及び／又はシグナル伝達に拮抗する（例えば、低減する、阻害する、低下させる、遅延させる）ことができる（例えば、ＩＬ−１７受容体へのＩＬ−１７の結合を阻止することにより）分子を指す。ＩＬ−１７アンタゴニストの非限定的な例としては、ＩＬ−１７結合性分子及びＩＬ−１７受容体結合性分子などがある。開示した方法、レジメン、キット、工程、使用及び組成物のいくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストを用いる。
【００２０】
「ＩＬ−１７結合性分子」とは、単独又は他の分子と会合して（associated with）ヒトＩＬ−１７抗原に結合することができる分子を意味する。結合反応は、特異性が無関係であるが、理想的には同じイソ型の抗体、例えば、抗ＣＤ２５抗体を用いる陰性対照試験を参照して、例えば、ＩＬ−１７のその受容体への結合の阻害を測定するための結合アッセイ、競合アッセイ若しくはバイオアッセイなどの標準的方法（定性的アッセイ）又はあらゆる種類の結合アッセイにより示すことができる。ＩＬ−１７結合性分子の非限定的な例としては、小分子、ＩＬ−１７受容体デコイ、及びＢ細胞又はハイブリドーマにより産生される抗体及びキメラ、ＣＤＲグラフト若しくはヒト抗体又はその断片、例えば、Ｆ（ａｂ’）２及びＦａｂ断片、並びに単鎖又は単ドメイン抗体などがある。好ましくは、ＩＬ−１７結合性分子は、ＩＬ−１７の機能、発現及び／又はシグナル伝達に拮抗する（例えば、低減する、阻害する、低下させる、遅延させる）。開示した方法、レジメン、キット、工程、使用及び組成物のいくつかの実施形態において、ＩＬ−１７結合性分子を用いる。
【００２１】
「ＩＬ−１７受容体結合性分子」とは、単独又は他の分子と会合してヒトＩＬ−１７受容体に結合することができる分子を意味する。結合反応は、特異性が無関係であるが、理想的には同じイソ型の抗体、例えば、抗ＣＤ２５抗体を用いる陰性対照試験を参照して、例えば、ＩＬ−１７受容体のＩＬ−１７への結合の阻害を測定するための結合アッセイ、競合アッセイ若しくはバイオアッセイなどの標準的方法（定性的アッセイ）又はあらゆる種類の結合アッセイにより示すことができる。ＩＬ−１７受容体結合性分子の非限定的な例としては、小分子、ＩＬ−１７デコイ、及びＢ細胞又はハイブリドーマにより産生されるＩＬ−１７受容体に対する抗体及びキメラ、ＣＤＲグラフト若しくはヒト抗体又はその断片、例えば、Ｆ（ａｂ’）２及びＦａｂ断片、並びに単鎖又は単ドメイン抗体などがある。好ましくは、ＩＬ−１７受容体結合性分子は、ＩＬ−１７の機能、発現及び／又はシグナル伝達に拮抗する（例えば、低減する、阻害する、低下させる、遅延させる）。開示した方法、レジメン、キット、工程、使用及び組成物のいくつかの実施形態において、ＩＬ−１７受容体結合性分子を用いる。
【００２２】
「抗体」という用語は、本明細書で述べているように、全抗体及びその抗原結合部又は単鎖を含む。天然に存在する「抗体」は、ジスルフィド結合により相互に連結された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む糖タンパク質である。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書においてＶＨと略記する）及び重鎖定常領域から構成されている。重鎖定常領域は、３つのドメインＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３から構成されている。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書においてＶＬと略記する）及び軽鎖定常領域から構成されている。軽鎖定常領域は、１つのドメインＣＬから構成されている。ＶＨ及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれているより保存的である領域により散在させられている超可変領域又は相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれている超可変の領域にさらに細分することができる。各ＶＨ及びＶＬは、次の順序でアミノ末端からカルボキシ末端へと配列している３つのＣＤＲ及び４つのＦＲから構成されている：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）及び古典的補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）を含む宿主組織又は因子への免疫グロブリンの結合を媒介し得る。開示した方法、レジメン、キット、工程、使用及び組成物のいくつかの実施形態において、ＩＬ−１７又はＩＬ−１７受容体に対する抗体、好ましくはＩＬ−１７に対する抗体、例えば、セクキヌマブを用いる。
【００２３】
抗体の「抗原結合部」という用語は、本明細書で用いているように、抗原（例えば、ＩＬ−１７）に特異的に結合する能力を保持している抗体の断片を指す。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片により果たされ得ることが示された。抗体の「抗原結合部」という用語に含まれる結合断片の例としては、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ及びＣＨ１ドメインからなる一価断片であるＦａｂ断片、ヒンジ領域におけるジスルフィド架橋により連結されている２つのＦａｂ断片を含む二価断片であるＦ（ａｂ）２断片、ＶＨ及びＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片、抗体の一本の腕のＶＬ及びＶＨドメインからなるＦｖ断片、ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Wardら、1989 Nature 341巻、544〜546頁）並びに単離ＣＤＲなどがある。具体例としての抗原結合部位は、配列番号１〜６及び１１〜１３（表３）に示されているセクキヌマブのＣＤＲ、好ましくは重鎖ＣＤＲ３などである。さらに、Ｆｖ断片の２つのドメインＶＬ及びＶＨは、別個の遺伝子によりコードされるが、それらは、ＶＬ及びＶＨ領域が一対になって一価分子を形成している単一タンパク質鎖（単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として公知である、例えば、Birdら、1988 Science 242巻、423〜426頁、及びHustonら、1988 Proc. Natl. Acad. Sci. 85巻、5879〜5883頁参照）として調製されることを可能にする合成リンカーにより組換え法により連結することができる。そのような単鎖抗体も「抗体」という用語に含めるものとする。単鎖抗体及び抗原結合部は、当業者に公知の従来技術を用いて得られる。開示した方法、レジメン、キット、工程、使用及び組成物のいくつかの実施形態において、ＩＬ−１７（例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体に対する単鎖抗体又は抗体の抗原結合部を用いる。
【００２４】
「単離抗体」は、本明細書で用いているように、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない抗体を指す（例えば、ＩＬ−１７に特異的に結合する単離抗体は、ＩＬ−１７以外の抗原に特異的に結合する抗体を実質的に含まない）。「モノクローナル抗体」又は「モノクローナル抗体組成物」という用語は、本明細書で用いているように、単一分子組成の抗体分子の製剤を指す。「ヒト抗体」という用語は、本明細書で用いているように、フレームワーク及びＣＤＲ領域の両方がヒト由来の配列に由来する可変領域を有する抗体を含むものとする。「ヒト抗体」は、ヒト、ヒト組織又はヒト細胞により産生される必要はない。本開示のヒト抗体は、ヒト配列によりコードされないアミノ酸残基（例えば、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでのランダム若しくは部位特異的突然変異誘発により、抗体遺伝子のｉｎ  ｖｉｖｏでの組換え時に結合部位におけるＮ−ヌクレオチドの付加により、又はｉｎ  ｖｉｖｏでの体細胞突然変異により導入された突然変異）を含み得る。開示した方法、レジメン、キット、工程、使用及び組成物のいくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、ヒト抗体、単離抗体及び／又はモノクローナル抗体である。
【００２５】
「ＩＬ−１７」という用語は、以前はＣＴＬＡ８として公知であったＩＬ−１７Ａを指し、様々な種（例えば、ヒト、マウス及びサル）の野生型ＩＬ−１７Ａ、ＩＬ−１７Ａの多形変異体及びＩＬ−１７Ａの機能的等価体を含む。本開示によるＩＬ−１７Ａの機能的等価体は、好ましくは野生型ＩＬ−１７Ａ（例えば、ヒトＩＬ−１７Ａ）との少なくとも約６５％、７５％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％又はさらには９９％の全配列同一性を有し、ヒト皮膚線維芽細胞によるＩＬ−６の産生を誘導する能力を実質的に保持している。
【００２６】
「ＫＤ」という用語は、特定の抗体−抗原相互作用の解離速度を指すものとする。「ＫＤ」という用語は、本明細書で用いているように、ＫｄとＫａとの比（すなわち、Ｋｄ／Ｋａ）から得られ、モル濃度（Ｍ）として表される、解離定数を指すものとする。抗体のＫＤ値は、当技術分野で十分に確立されている方法を用いて決定することができる。抗体のＫＤを測定する方法は、表面プラスモン共鳴を用いる又はＢｉａｃｏｒｅ（登録商標）システムなどのバイオセンサーシステムを用いることによる。いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７受容体抗体若しくはその抗原結合断片）は、約１００〜２５０ｐＭのＫＤでヒトＩＬ−１７に結合する。
【００２７】
「親和力」という用語は、単一抗原部位における抗体と抗原との間の相互作用の強さを指す。各抗原部位内で、抗体の「腕」の可変領域は、多数の部位において抗原と弱い非共有結合力により相互作用する。相互作用が大きいほど、親和力が強い。例えば、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット及びＲＩＡなどの様々な種のＩＬ−１７に対する抗体の結合親和力を評価するための標準的アッセイが当技術分野で公知である。抗体の結合速度論（例えば、結合親和力）もビアコア（Ｂｉａｃｏｒｅ）解析などの当技術分野で公知の標準的アッセイにより評価することができる。
【００２８】
本明細書で用いているように、「対象（被験者）」及び「患者」という用語は、ヒト又は非ヒト動物を含む。「非ヒト動物」という用語は、すべての脊椎動物、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ニワトリ、両生類、爬虫類などの哺乳動物及び非哺乳動物を含む。
【００２９】
当技術分野で公知及び本明細書で述べる方法により測定されるこれらのＩＬ−１７機能特性（例えば、生化学的、免疫化学的、細胞、生理学的又は他の生物学的活性又は同類のもの）の１つ又は複数のものを「阻害する」抗体は、抗体が存在しない場合（又は無関係の特異性の対照抗体が存在する場合）に認められるものと比較して特定の活性の統計的に有意な低下に関連すると理解される。ＩＬ−１７活性を阻害する抗体は、例えば、測定パラメーターの少なくとも１０％、少なくとも５０％、８０％又は９０％の統計的に有意な低下をもたらし、開示した方法、使用、工程、キット及び組成物の特定の実施形態において、用いるＩＬ−１７抗体は、ＩＬ−１７機能活性の９５％、９８％又は９９％以上を阻害し得る。
【００３０】
「ＩＬ−６を阻害する」は、本明細書で用いているように、初代ヒト皮膚線維芽細胞からのＩＬ−６の産生を減少させるＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）の能力を指す。初代ヒト（皮膚）線維芽細胞におけるＩＬ−６の産生は、ＩＬ−１７に依存する（Hwangら、(2004) Arthritis Res Ther、6巻、R120〜128頁）。要するに、ヒト皮膚線維芽細胞は、種々の濃度のＩＬ−１７結合性分子又はＦｃ部を有するヒトＩＬ−１７受容体の存在下で組換えＩＬ−１７により刺激される。キメラ抗ＣＤ２５抗体Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（登録商標）（バシリキシマブ）は、陰性対照として好都合に用いることができる。１６時間の刺激後に上清を採取し、ＥＬＩＳＡによりＩＬ−６についてアッセイする。本明細書で開示したＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）は、上述のように試験するとき、すなわち、ヒト皮膚線維芽細胞におけるｈｕ−ＩＬ−１７により誘導されたＩＬ−６の産生に対する前記阻害活性を測定したとき、約５０ｎＭ以下（例えば、約０．０１〜約５０ｎＭ）のＩＬ−６の産生（１ｎＭのヒトＩＬ−１７の存在下で）の阻害に関するＩＣ５０を一般的に有する。開示した方法、レジメン、キット、工程、使用及び組成物のいくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）及びその機能性誘導体は、約２０ｎＭ以下、約１０ｎＭ以下、約５ｎＭ以下、約２ｎＭ以下、又は約１ｎＭ以下の上で定義したＩＬ−６の産生の阻害に関するＩＣ５０を有する。
【００３１】
「誘導体」という用語は、特に示さない限り、アミノ酸配列変異体、並びに本開示によるＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７受容体抗体若しくはその抗原結合断片）の、例えば、指定の配列（例えば、可変ドメイン）の共有結合性修飾（例えば、ペグ化、脱アミド化、ヒドロキシル化、リン酸化、メチル化等）を定義するために用いる。「機能性誘導体」は、開示したＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子と同様の定性的生物学的活性を有する分子を含む。機能性誘導体は、本明細書で開示したＩＬ−１７アンタゴニストの断片及びペプチド類似体を含む。断片は、本開示によるポリペプチドの、例えば、指定の配列の配列内の領域を含む。本明細書で開示したＩＬ−１７アンタゴニストの機能性誘導体（例えば、セクキヌマブの機能性誘導体）は、好ましくは本明細書で開示したＩＬ−１７結合性分子のＶＨ及び／又はＶＬ配列（例えば、表３のＶＨ及び／又はＶＬ配列）と少なくとも約６５％、７５％、８５％、９５％、９６％、９７％、９８％若しくはさらには９９％の全配列同一性を有するＶＨ及び／又はＶＬドメインを含み、ヒトＩＬ−１７に結合する又は例えば、ＩＬ−１７誘導ヒト皮膚線維芽細胞のＩＬ−６産生を阻害する能力を実質的に保持する。
【００３２】
「実質的に同じ」という語句は、関連するアミノ酸又はヌクレオチド配列（例えば、ＶＨ又はＶＬドメイン）が特定の参照配列と比較して同じであるか又は微小な差を有する（例えば、保存的アミノ酸置換による）ことを意味する。微小な差は、指定の領域（例えば、ＶＨ又はＶＬドメイン）の５アミノ酸配列における１又は２置換などのわずかなアミノ酸の変化を含む。抗体の場合、第２の抗体は、同じ特異性を有し、同じものの親和力の少なくとも５０％を有する。本明細書で開示した配列と実質的に同じ（例えば、少なくとも約８５％の配列同一性）配列も本出願の一部である。いくつかの実施形態において、誘導ＩＬ−１７抗体（例えば、セクキヌマブの誘導体、例えば、セクキヌマブバイオシミラー抗体）の配列同一性は、開示した配列に対して約９０％以上、例えば、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれより高い値であり得る。
【００３３】
天然ポリペプチド及びその機能性誘導体に関する「同一性」は、本明細書においては、配列を整列させ、最大パーセントの同一性を達成するために、必要な場合にギャップを導入した後、配列同一性の一部として保存的置換を考慮せずに、対応する天然ポリペプチドの残基と同じである候補配列におけるアミノ酸残基の百分率と定義する。Ｎ又はＣ末端延長も挿入も同一性を低下させると解釈しないものとする。整列の方法及びコンピュータプログラムは、周知である。同一性のパーセントは、標準的整列アルゴリズム、例えば、Altshulら((1990) J. Mol. Biol.、215巻、403〜410頁)により記載されたＢａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ）、Needlemanらのアルゴリズム（(1970) J. Mol. Biol.、48巻、444〜453頁）又はMeyersらのアルゴリズム（(1988) Comput. Appl. Biosci.、4巻、11〜17頁）により求めることができる。一組のパラメーターは、ギャップペナルティ１２、ギャップ延長ペナルティ４、フレームシフトギャップペナルティ５を有するＢｌｏｓｕｍ  ６２スコアリングマトリックスであってもうよい。２つのアミノ酸又はヌクレオチド配列の間の同一性のパーセントは、ＰＡＭ１２０重み付き残基表、１２のギャップ長ペナルティ及び４のギャップペナルティを用いたＡＬＩＧＮプログラム（ｖｅｒｓｉｏｎ２．０）に組み込まれたE. Meyers及びW. Millerのアルゴリズム（(1989) CABIOS、4巻、11〜17頁）を用いて求めることもできる。
【００３４】
「アミノ酸（単数又は複数）」は、すべての天然に存在するＬ−α−アミノ酸を指し、また例えば、Ｄ−アミノ酸を含む。「アミノ酸配列変異体」という語句は、本開示による配列と比較してそれらのアミノ酸配列の若干の差を有する分子を指す。例えば、指定の配列の本開示によるポリペプチドのアミノ酸配列変異体は、ヒトＩＬ−１７に結合する、又は、例えば、ＩＬ−１７誘導性ヒト皮膚線維芽細胞のＩＬ−６の産生を阻害する能力を依然として有する。アミノ酸配列変異体は、置換変異体（少なくとも１つのアミノ酸残基が除去され、本開示によるポリペプチドにおける同じ位置におけるその位置に挿入された異なるアミノ酸を有するもの）、挿入変異体（本開示によるポリペプチドにおける特定の位置におけるアミノ酸に直接隣接して挿入された１つ又は複数のアミノ酸を有するもの）、欠失変異体（本開示によるポリペプチドにおける１つ又は複数のアミノ酸が除去されたもの）を含む。
【００３５】
「薬学的に許容される」という用語は、有効成分（単数又は複数）の生物学的活性の有効性を妨げない非毒性物質を意味する。
【００３６】
化合物、例えば、ＩＬ−１７結合性分子又は別の作用物質に関連して「投与する」という用語は、その化合物を患者に任意の経路で送達することを意味する。
【００３７】
本明細書で用いているように、「治療上有効量」は、障害若しくは再発性障害を治療する、予防する、その発症を予防する、癒す、遅延させる、その重症度を低減させる、その少なくとも１つの症状を改善するために、又はそのような治療が行われない場合に予想される生存期間を超えて患者の生存期間を延長させるために患者（ヒトなど）への単回又は反復投与で有効であるＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）の量を指す。単独で投与した個々の有効成分（例えば、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブ）に適用する場合、当用語は、当成分のみに適用される。配合剤に適用する場合、当用語は、配合剤として、連続して又は同時に投与したかどうかにかかわりなく、治療効果をもたらす有効成分の合計量を指す。
【００３８】
「治療」又は「治療する」という用語は、予防的治療又は予防療法並びに罹患のリスクのある又は罹患したと疑われる患者並びに病気である又は罹患若しくは医学的状態が診断された患者の治療を含む根治又は病態修飾療法の両方を指し、臨床的再発の抑制を含む。障害若しくは再発性障害を予防する、癒す、その発症を遅延させる、その重症度を低下させる、その１つ又は複数の症状を改善するために、又はそのような治療が行われない場合に予想される生存期間を超えて患者の生存期間を延長させるために、治療は、医学的障害を有する患者又は障害に最終的に罹る可能性がある患者に対して行うことができる。
【００３９】
「治療に反応する」という語句は、患者が特定の治療薬、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、セクキヌマブ）を送達することにより、前記治療薬による臨床的に意味のある恩恵を示すことを言うために用いられる。ＡＳの場合、そのような恩恵は、様々な基準、例えば、ＡＳＡＳ２０、ＡＳＡＳ４０、ＡＳＡＳ５／６、ＢＡＳＤＡＩ等により測定することができる（例えば、Zochingら(2007年)Curr. Opin. Rheumatol. 19巻:346〜50頁及び実施例１参照）。そのようなすべての基準は、ＡＳ患者が所定の治療に反応するかどうかの許容される尺度である。「治療に反応する」という語句は、絶対的反応としてではなく、比較上の反応と解釈されることを意味する。例えば、ＡＳ非応答対立遺伝子を有する患者は、ＡＳ非応答対立遺伝子を有さない患者よりもＩＬ−１７アンタゴニストによる治療による少ない恩恵を有すると予測される。同様に、ＡＳ応答対立遺伝子を有する患者は、ＡＳ応答対立遺伝子を有さない患者よりもＩＬ−１７アンタゴニストによる治療による多くの恩恵を有すると予測される。これらのＡＳ非応答対立遺伝子の非キャリア及びＡＳ応答対立遺伝子のキャリアは、ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に対してより好ましい反応を示し、単にＩＬ−１７アンタゴニストによる「治療に反応する」と言うことができる。
【００４０】
本明細書で用いているように、「強直性脊椎炎」という語句及びその略語「ＡＳ」は、脊椎及び骨盤における仙腸骨を含むことがある、関節の慢性炎症を特徴とする、脊椎の最終的な癒着を引き起こし得る、炎症性関節炎を指す。ＡＳの改訂ニューヨーク基準又はＡＳＡＳ軸性ＳＰＡ基準（２００９年）を用いて、患者がＡＳを有すると診断することができる。
【００４１】
本明細書で用いているように、患者に関して「選択する」及び「選択される」は、特定の患者があらかじめ定められた基準を有すること、例えば、患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有さない又は患者がＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて（それにより）特定の患者が患者のより大きい群から特に選択されることを意味するために用いられる。同様に、「ＡＳを有する患者を選択的に治療する」は、特定の患者があらかじめ定められた基準を有すること、例えば、患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有さない又は患者がＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて（それにより）患者のより大きい群から特に選択されるＡＳ患者に治療を提供することを指す。同様に、「選択的に投与する」は、特定の患者があらかじめ定めた基準を有すること、例えば、患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有さない又は患者がＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて（その理由から）患者のより大規模な群から特別に選択されるＡＳ患者に薬物を投与することを指す。選択する、選択的に治療する及び選択的に投与するとは、患者がＡＳ疾患を有することに単に基づいて標準療法を提供されるのでなく、患者の生物学に基づいてＡＳの個別療法を提供されることを意味する。
【００４２】
本明細書で用いているように、「予測する」は、本明細書で述べた方法が、医療提供者がＡＳを有する個体がＩＬ−１７結合性分子による治療に対して反応を示す又はより好ましい反応を示す可能性を判断することを可能にする情報を提供することを示す。それは、１００％の正確度で反応を予測する能力を指していない。そうではなく、当業者は、それが見込みの増大を指すことを理解する。
【００４３】
本明細書で用いているように、「可能性」及び「可能性が高い」は、事象がどの程度起こる見込みがあるかの尺度である。それは、「見込み」と同義で用いることができる。可能性は、推測よりは大きいが、確実よりは小さい見込みを指す。したがって、常識、訓練又は経験を用いる道理をわきまえた人が、状況を考慮して、事象が起こる見込みがあると結論付ける場合は、事象は起こる可能性が高い。いくつかの実施形態において、可能性が確認されたならば、患者をＩＬ−１７結合性分子により治療する（又は治療を継続する、又は用量の増加により治療を進める）ことができる、又は患者をＩＬ−１７結合性分子により治療しなくてもよい（又は治療を中止する、又はより低い用量により治療を進めることができる）。
【００４４】
「可能性の増大」という語句は、事象が起こる見込みの増加を指す。例えば、本明細書におけるいくつかの方法は、患者がＩＬ−１７結合性分子による治療に反応する可能性の増大又はＡＳ非応答対立遺伝子を有するＡＳ患者若しくはＡＳ応答対立遺伝子を有さないＡＳ患者と比較してＩＬ−１７結合性分子による治療に十分に反応する可能性の増大を示すかどうかの予測を可能にする。
【００４５】
「可能性の低減」という語句は、事象が起こる見込みの減少を指す。例えば、本明細書における方法は、患者がＩＬ−１７結合性分子による治療に反応する可能性の低減又はＡＳ非応答対立遺伝子を有さないＡＳ患者若しくはＡＳ応答対立遺伝子を有さないＡＳ患者と比較してＩＬ−１７結合性分子による治療に十分に反応する可能性の低減を示すかどうかの予測を可能にする。
【００４６】
本明細書で用いているように、「ＳＮＰ」は、「一塩基多型」を指す。一塩基多型は、ゲノム（又は他の共有配列）における一塩基が生物学的種のメンバー又は個体における対合染色体の間で異なる場合に起こるＤＮＡ配列の変異である。ほとんどのＳＮＰは、２つの対立遺伝子のみを有し、１つは、通常、集団においてより一般的である。ＳＮＰは、遺伝子のエクソン若しくはイントロン、遺伝子の上流若しくは下流非翻訳領域、又は純粋に遺伝子位置（すなわち、非転写）に存在し得る。ＳＮＰが遺伝子のコーディング領域に発生する場合、ＳＮＰは、遺伝コードの重複性のためサイレント（すなわち、同義多型）であり得、又はＳＮＰは、コード化ポリペプチドの配列の変化（すなわち、非同義多型）をもたらし得る。本開示において、ＳＮＰは、それらの一塩基多型データベース（ｄｂＳＮＰ）ｒｓ番号、例えば、ｒｓ３０１８７により同定される。ｄｂＳＮＰは、国立ヒトゲノム研究所（National Human Genome Research Institute）（ＮＨＧＲＩ）と共同して国立生物工学情報センター（National Center for Biotechnology Information）（ＮＣＢＩ）により開発され、提供されている各種の種内及び種横断的な遺伝的変異の自由公共保存記録である。
【００４７】
ＳＮＰなどの多型部位は、通常、対象の集団のゲノムにおける保存配列が先行し、後続するものであり、したがって、多型部位の位置決めは、ＳＮＰの場合に「ＳＮＰコンテキスト配列」と一般的に呼ばれる、多型部位を一括するコンセンサス核酸配列（例えば、３０〜６０ヌクレオチドの）を参照してしばしば行うことができる。本明細書で開示したＳＮＰのコンテキスト配列は、ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｎｐにおいて利用可能なＮＣＢＩ  ＳＮＰデータベースに見いだすことができる。或いは、多型部位の配置は、遺伝子、ｍＲＮＡ転写物、ＢＡＣクローンの開始に対する、又はさらにタンパク質の翻訳のための開始コドン（ＡＴＧ）に対する参照配列（例えば、ＧｅｎｅＢａｎｋ寄託）におけるその位置により特定することができる。当業者は、特定の多型部位の配置は、コンセンサス又は参照配列と比較して当該個体における１つ又は複数の挿入又は欠失の存在のため対象の集団における各個体における参照又はコンテキスト配列における正確に同じ位置に起こり得ないことを理解している。検出すべき多型部位における代替対立遺伝子の同一性及び多型部位が存在する参照配列又はコンテキスト配列の１つ又は両方が当業者に提供されている場合、当業者が所定の個体における多型部位における代替対立遺伝子を検出するための頑健、特異的及び正確なアッセイをデザインすることは、ごく通常のことである。したがって、当業者は、参照又はコンテキスト配列における特定の位置を参照することにより（又はそのような配列における開始コドンに対して）本明細書で述べた多型部位の位置を指定することは、単に便宜上であり、具体的に列挙したヌクレオチド位置がどのようなヌクレオチド位置を字義通りに含んでいても同じ多型部位は、本明細書で述べた遺伝子型同定法又は当技術分野で周知の他の遺伝子型同定法を用いて本発明の遺伝子マーカーの存在又は非存在について試験されるすべての個体における同じ遺伝子座に実際に位置することを理解するであろう。
【００４８】
ＳＮＰに加えて、遺伝的多型は、遺伝子エンハンサー、エクソン、イントロン、プロモーター、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ等において起こる転位、挿入、置換、欠失等を含む。
【００４９】
実施例で示すように、我々は、ＥＲＡＰ１（小胞体アミノペプチダーゼ１）ｒｓ３０１８７「Ｔ」対立遺伝子及びＥＲＡＰ１ｒｓ２７４３４「Ａ」対立遺伝子がセクキヌマブ治療中のＡＳＡＳ４０反応の低減に関連することを確認した。「ＥＲＡＰ１」（ＡＲＴＳ１としても公知）は、ＭＨＣクラス１分子上の抗原の提示の前のペプチド抗原前駆体トリミングに関与する酵素である小胞体アミノペプチダーゼをコードする、ヒトＥＲＡＰ１遺伝子を指す。ＥＲＡＰ１はまた、ＴＮＦＲ１、ＩＬＲＩＩ（デコイ受容体）及びＩＬ−６Ｒアルファのエクトドメインのシェディングを促進し、それにより、炎症シグナル伝達に影響を及ぼすことが示された。ＥＲＡＰ１遺伝子は、５番染色体上に位置し、特定のＥＲＡＰ１  ＳＮＰは、ＡＳに関連することが示された（Wellcome Trustら(2007年) Nat Genet.、39巻(11号)、1329〜37頁）。
【００５０】
本明細書で用いているように、「ｒｓ３０１８７」は、ＡＳ及び多発性硬化症（ＭＳ）の両方に関連する、５番染色体上に位置するヒトＥＲＡＰ１遺伝子におけるＴ／ＣＳＮＰを指す（Wellcome Trustら(2007年) Nat Genet.、39巻(11号)、1329〜37頁、M. Brown(2008年) Rheumatology、47巻(2号)、132〜7頁、Gueriniら(2012年) PLoS One、7巻(1号)、e29931頁）。ｒｓ３０１８７多型部位は、染色体位置９６，１５０，０８６（ＮＣＢＩ  ｇｅｎｏｍｅ  ｂｕｉｌｄ  ３６．３）、ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＮＧ＿０２７８３９．１として示されているヒトＥＲＡＰ１遺伝子の位置３０，５１９、ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００１１９８５４１として示されているヒトＥＲＡＰ１転写物変異体３ｍＲＮＡの位置１，６８８、ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿００１０４０４５８として示されているヒトＥＲＡＰ１転写物変異体２ｍＲＮＡの位置１，９３０；ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿０５７５２６．３として示されているヒトＥＲＡＰ１タンパク質のアミノ酸５２８をコードするコドン）に位置する。ｒｓ３０１８７Ｃ対立遺伝子は、低い触媒特性を有するＥＲＡＰ１のＬｙｓ５２８Ａｒｇ変異体をコードし、ＡＳの発生率の低下に関連する（Kochanら(2011年) Proc Natl Acad Sci USA、108巻(19号)、7745〜50頁）。ｒｓ３０１８７  ＳＮＰは、ＡＳに関連することが示されたＥＲＡＰ１遺伝子におけるいくつかのＳＮＰの１つである（Wellcome Trustら(2007年) Nat Genet.、39巻(11号)、1329〜37頁、M. Brown(2008年) Rheumatology、47巻(2号)、132〜7頁参照）。ＡＳに関連する他のＥＲＡＰ１  ＳＮＰは、ｒｓ２７０４４、ｒｓ２７４３４、ｒｓ１７４８２０７８、ｒｓ１００５０８６０及びｒｓ２２８７９８７を含む。ｒｓ３０１８７の各「Ｔ」疾患対立遺伝子は、ＡＳを有する確率を約１．４倍増加させる（表１ａ）。
【００５１】
本明細書で用いているように、「ｒｓ２７４３４」という用語は、ヒトＥＲＡＰ１遺伝子におけるＡ／Ｇ  ＳＮＰを指す（Linら(2011年) J Rheumatol.、38巻(2号)、317〜21頁）。ｒｓ２７４３４多型部位は、ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＮＧ＿０２７８３９．１として示されているヒトＥＲＡＰ１遺伝子の位置２５，３３７（ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＮＭ＿０１６４４２．３として示されているヒトＥＲＡＰ１  ｍＲＮＡの位置１，４１５；ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿０５７５２６．３として示されているヒトＥＲＡＰ１タンパク質のアミノ酸３５６をコードするコドン）に位置する。ｒｓ２７４３４  ＳＮＰは、ＥＲＡＰ１タンパク質のＡｌａ３５６のコドンにおいて起こる同義多型である（Harveyら(2009年) Hum. Mol. Genet.、18巻(21号)、4204〜4212頁）。ｒｓ２７４３４の各「Ａ」疾患対立遺伝子は、ＡＳを有する確率を約１．１９倍増加させる（表１ａ）。
【００５２】
「ＡＳ非応答対立遺伝子」という語句は、本明細書で用いているように、ｒｓ３０１８７多型部位におけるＴ対立遺伝子（非コーディング鎖の場合、Ａ対立遺伝子）（「ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子」）及びｒｓ２７４３４多型部位におけるＡ対立遺伝子（非コーディング鎖の場合、Ｔ対立遺伝子）（「ｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子」）を指す。これらの対立遺伝子を表１ａに示す。開示した方法、使用及びキットのいくつかの実施形態において、患者は、少なくとも１つのＡＳ非応答対立遺伝子を有する。
【００５３】
【表１】
2015519311.tif 000002
【００５４】
表１ａ及び１ｂについて、オッズ比（第６列）は、次のように見いだすことができる：ｒｓ２７４３４の場合、TASCら(2010年) Nat Genet.、42巻(2号)、123〜2頁；ｒｓ３０１８７の場合、Wellcome Trustら(2007年) Nat Genet.、39巻(11号)、1329〜37頁；ｒｓ１１２０９０３２の場合、Wellcome Trustら(2007年) Nat Genet.、39巻(11号)、1329〜37頁；ｒｓ２２０１８４１の場合、Safranyら(2009年) Scand J Immunology、70巻(1号)、68〜74頁。
【００５５】
実施例に示すように、セクキヌマブ治療後、少なくとも１つのＩＬ２３Ｒ（インターロイキン２３受容体）ｒｓ１１２０９０３２「Ｇ」対立遺伝子を有する患者は、ｒｓ１１２０９０３２「Ａ」対立遺伝子のみを有する患者と比べて改善されたＢａｔｈ強直性脊椎炎疾患活動性指数（ＢＡＳＤＡＩ）スコアを経時的に示し、少なくとも１つのｒｓ２２０１８４１「Ｔ」対立遺伝子を有する患者は、ｒｓ２２０１８４１「Ｃ」対立遺伝子のみを有する患者と比べて改善されたＢＡＳＤＡＩスコアを経時的に示す。「ＩＬ２３Ｒ」は、樹状細胞及びマクロファージにより産生されるサイトカインであるＩＬ−２３サイトカインの受容体をコードし、マトリックスメタロプロテアーゼＭＭＰ９の上方制御を促進し、血管新生を増加させ、ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤を減少させるヒトインターロイキン２３受容体遺伝子を指す。ＩＬ−６及びＴＧＦ−β１とともに、ＩＬ−２３は、ナイーブＣＤ４＋Ｔ細胞が、古典的Ｔｈ１及びＴｈ２細胞と異なるＴｈ１７細胞と呼ばれる細胞の新規サブセットに分化することを刺激する。Ｔｈ１７細胞は、Ｔ細胞プライミングを亢進させ、ＩＬ−１、ＩＬ−６、ＴＮＦ−アルファ、ＮＯＳ−２などの炎症誘発性分子及び炎症をもたらすケモカインの産生を刺激する炎症誘発性サイトカインであるＩＬ−１７を産生する。ＩＬ２３Ｒ遺伝子は、１番染色体上に位置しており、特定のＩＬ２３Ｒ  ＳＮＰは、ＡＳ及びＲＡに関連することが示された（Wellcome Trustら(2007年) Nat Genet.、39巻(11号)、1329〜37頁、Faragoら(2008年) Ann Rheum Dis.、67巻(2号)、248〜50頁）。
【００５６】
本明細書で用いているように、「ｒｓ１１２０９０３２」は、ＡＳに関連するヒトＩＬ２３Ｒ遺伝子の下流のＡ／Ｇ  ＳＮＰを指す（Wellcome Trustら(2007年) Nat Genet.、39巻(11号)、1329〜37頁、M. Brown(2008年) Rheumatology、47巻(2号)、132〜7頁、Leeら(2012年) Inflamm. Res.、61巻(2号)、143〜9頁）。ｒｓ１１２０９０３２多型部位は、ＧＲＣｈ３７．ｐ５の位置６７７４００９２（Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  Ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｅ  ｂｕｉｌｄ３７）に位置する。ｒｓ１１２０９０３２  ＳＮＰは、ＡＳに関連することが示されたＩＬ２３Ｒ遺伝子の近く又は該遺伝子におけるいくつかのＳＮＰの１つである（Wellcome Trustら(2007年) Nat Genet.、39巻(11号)、1329〜37頁、M. Brown(2008年) Rheumatology、47巻(2号)、132〜7頁参照）。ＡＳに関連する他のＩＬ２３Ｒ  ＳＮＰは、ｒｓ１１２０９０２６、ｒｓ１００４８１９、ｒｓ１０４８９６２９、ｒｓ１１４６５８０４、ｒｓ１３４３１５１、ｒｓ１０８８９６７７を含む。ｒｓ１１２０９０３２の各「Ａ」疾患対立遺伝子は、ＡＳを有する確率を約１．３倍増加させる（表１ｂ）。
【００５７】
本明細書で用いているように、「ｒｓ２２０１８４１」は、ＡＳに関連するヒトＩＬ２３Ｒ遺伝子のイントロン内に位置するＣ／Ｔ  ＳＮＰを指す（Leeら(2012年) Inflamm. Res.、61巻(2号)、143〜9頁）。ｒｓ１１２０９０３２多型部位は、ＧｅｎｅＢａｎｋ受託番号ＮＧ＿０１１４９８．１として示されているヒトＩＬ２３Ｒ遺伝子の位置６７，０３４である、ＧＲＣｈ３７．ｐ５の位置６７６９４２０２に位置する。ｒｓ２２０１８４１の「ＣＣ」遺伝子型は、ＡＳを有する確率を約２．１２倍増加させる（表１ｂ）。
【００５８】
本明細書で用いているように、「ｒｓ１１２０９０３２（Ａ；Ｇ）遺伝子型」という語句は、患者がｒｓ１１２０９０３２多型部位における１つのＡ対立遺伝子及び１つのＧ対立遺伝子を有する異型接合体遺伝子型を指し、「ｒｓ１１２０９０３２（Ａ；Ａ）遺伝子型」という語句は、患者がｒｓ１１２０９０３２多型部位における２つのＡ対立遺伝子を有する同型接合体遺伝子型を指し、「ｒｓ１１２０９０３２（Ｇ；Ｇ）遺伝子型」という語句は、患者がｒｓ１１２０９０３２多型部位における２つのＧ対立遺伝子を有する同型接合体遺伝子型を指す。本明細書で用いているように、「ｒｓ２２０１８４１（Ｃ；Ｔ）遺伝子型」という語句は、患者がｒｓ２２０１８４１多型部位における１つのＣ対立遺伝子及び１つのＴ対立遺伝子を有する異型接合体遺伝子型を指し、「ｒｓ２２０１８４１（Ｃ；Ｃ）遺伝子型」という語句は、患者がｒｓ２２０１８４１多型部位における２つのＣ対立遺伝子を有する同型接合体遺伝子型を指し、「ｒｓ２２０１８４１（Ｔ；Ｔ）遺伝子型」という語句は、患者がｒｓ２２０１８４１多型部位における２つのＴ対立遺伝子を有する同型接合体遺伝子型を指す。開示した方法、使用及びキットのいくつかの実施形態において、患者は、ｒｓ１１２０９０３２（Ａ；Ｇ）遺伝子型、ｒｓ１１２０９０３２（Ａ；Ａ）遺伝子型又はｒｓ１１２０９０３２（Ｇ；Ｇ）遺伝子型を有する。開示した方法、使用及びキットのいくつかの実施形態において、患者は、ｒｓ２２０１８４１（Ｃ；Ｔ）遺伝子型、ｒｓ２２０１８４１（Ｃ；Ｃ）遺伝子型又はｒｓ２２０１８４１（Ｔ；Ｔ）遺伝子型を有する。
【００５９】
「ＡＳ応答対立遺伝子」という語句は、本明細書で用いているようにｒｓ１１２０９０３２多型部位におけるＧ対立遺伝子（非コーティング鎖の場合、Ｃ対立遺伝子）（「ｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子」）及びｒｓ２２０１８４１多型部位におけるＴ対立遺伝子（コーティング鎖の場合、Ａ対立遺伝子）（「ｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子」）を指す。これらの対立遺伝子を表１ｂに示す。開示した目的物のいくつかの実施形態において、患者は、少なくとも１つのＡＳ応答対立遺伝子を有する。
【００６０】
当業者により認識されるように、特定のＳＮＰを含む核酸試料は、相補的二本鎖分子であり得、したがって、センス鎖上の特定の部位への言及は、相補的アンチセンス鎖上の対応する部位にも当てはまる。同様に、染色体の１つの鎖の両コピー上のＳＮＰについて得られる特定の遺伝子型への言及は、他の鎖の両コピー上の同じＳＮＰについて得られる相補的遺伝子型と同等である。したがって、例えば、ＥＲＡＰ１遺伝子のコーディング鎖上のｒｓ３０１８７多型部位のＣ／Ｃ遺伝子型は、非コーディング鎖上の当多型部位のＧ／Ｇ遺伝子型と同等である。
【００６１】
本明細書で用いているように、「ＡＳリスクマーカー」という語句は、ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大（又は低減）を有する患者を層別化するのに用いることができる、表２に示す多型部位及び対立遺伝子を指す。表２におけるＡＳリスクマーカーは、単独で又はＡＳ非応答対立遺伝子及び表１のＡＳ応答対立遺伝子と組み合わせて用いて、ＩＬ−１７結合性分子、例えば、セクキヌマブに対するＡＳ患者の反応を予測することができることは理解されよう。いくつかの実施形態において、患者からの生物学的試料を、ＡＳ非応答対立遺伝子及び／又はＡＳ応答対立遺伝子並びに場合によって、ＡＳリスクマーカーの存在についてアッセイする。表２におけるＡＳ疾患に関連するＡＳリスクマーカー対立遺伝子は、第３列に肉太のより大きいフォントで示す。
【００６２】
【表２】
2015519311.tif 000003
【００６３】
本明細書で用いているように、「Ｓ１００Ａ８」は、ヒトＳ１００Ａ８遺伝子によりコードされるヒトタンパク質（移動阻害因子関連タンパク質８（ＭＲＰ−８）又はカルグラヌリンＡとしても公知）を指す。この遺伝子によりコードされるタンパク質は、２つのＥＦハンドカルシウム結合モチーフを含むタンパク質のＳ１００ファミリーのメンバーである。Ｓ１００タンパク質は、広範囲の細胞の細胞質及び／又は核に局在し、細胞周期の進行及び分化などのいくつかの細胞過程の調節に関与する。Ｓ１００遺伝子は、染色体１ｑ２１上にクラスターとして位置する少なくとも１３のメンバーを含む。このタンパク質は、カゼインキナーゼの阻害において、またサイトカインとして機能し得る。本明細書で用いているように、「Ｓ１００Ａ９」は、ヒトＳ１００Ａ９遺伝子によりコードされるヒトタンパク質（移動阻害因子関連タンパク質１４（ＭＲＰ−１４）又はカルグラヌリンＢとしても公知）を指す。Ｓ１００Ａ８は、Ｓ１００Ａ９と複合体を形成して（同義語：Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９、カルグラヌリンＡ／Ｂ、カルプロテクチン）、とりわけ、トール様受容体及び最終糖化産物の受容体に結合させることにより骨髄系細胞機能を調節し（Boydら(2008年) Circ. Res. 、102巻(10号)、1239〜46頁）、血管炎症を調節し白血球の動員を促進し（Croceら(2009年) Circulation、120巻(5号)、427〜36頁）、好中球及びマクロファージの蓄積、マクロファージサイトカイン産生並びにＳＭＣ増殖を制御する。モノマーの形のＳ１００Ａ８及びＳ１００Ａ９並びにカルグラヌリンは、ヒトにおける特定の炎症性疾患、特に関節リウマチのマーカータンパク質である（Bailletら(2010年) Rheumatology、49巻、671〜82頁、Changら(2009年) J. Rheumatol.、36巻、872〜880頁、de Senyら(2008年) Clin. Chem.、54巻(6号)、1066〜75頁、Tillemanら(2005年) Proteomics、5巻(8号)、2247〜57頁）。カルプロテクチンレベルは、ＡＳ患者の糞便中でしばしば上昇するが、ほとんどのＡＳ患者の血清中で正常であることが最近報告された（Klingbergら、Scand. J. Gastro.、Early Online、1〜10頁(2012年1月10日)。本明細書で用いているように、「Ｓ１００Ａ９＋Ｓ１００Ａ８」という用語は、Ｓ１００Ａ８レベルとＳ１００Ａ９レベルとの合計を指す。
【００６４】
実施例で示すように、我々は、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａのベースライン血清レベルの上昇がセクキヌマブ治療中のＡＳＡＳ２０及び４０反応の増加に関連することを確認した。「ＡＳ応答タンパク質」という語句は、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９を含む。Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９のレベルを評価する場合、個別のＳ１００Ａ８のレベルと個別のＳ１００Ａ９のレベルとを合計することができる。したがって、例えば、Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９の試験レベルとＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９の対照レベルとの比較は、試験試料中のＳ１００Ａ８のレベルとＳ１００Ａ９のレベルとの合計を対照試料中のＳ１００Ａ８のレベルとＳ１００Ａ９のレベルとの合計と比較することによって達成することができる。別の方法として、例えば、ＥＬＩＳＡアッセイを用いて非還元Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９複合体のレベルを直接的に測定することによって試料中のＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９のレベルを評価することができる。いくつかの実施形態において、被験者は、対照と比較してＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及び／又はＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９のレベルの増加を有する。
【００６５】
試験試料及び対照試料中のＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９のレベルは、そのような試料中のＳ１００Ａ８及び／又はＳ１００Ａ９タンパク質のレベルを分析することにより決定することができる。「試験レベル」は、対象のＡＳ患者からの生物学的試料から得られる（直接的又は間接的に）。「対照レベル」は、対照生物学的試料又はあらかじめ定めた参照標準（例えば、ＩＬ−１７アンタゴニスト非反応者患者又は一般集団における分析物の参照濃度）から得られる（直接的又は間接的に）。対照生物学的試料は、ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応しないことが知られたＡＳ患者（「ＩＬ−１７アンタゴニスト非反応者」）から得られた生物学的試料から得られる（直接的又は間接的に）。有用な非限定的な対照は、例えば、非反応者におけるＡＳ応答タンパク質の参照濃度、非反応者の集団からの対応試料中のＡＳ応答タンパク質の代表若しくは平均濃度、例えば、非反応者の９５％が収まる値を下回るＡＳ応答タンパク質の濃度、又は非反応者におけるレベルを反映する、スパイクした代用マトリックス中のタンパク質の特定のレベルを含む。代用マトリックスは、対象の分析物を含まないが、他の点では元来のマトリックスの属性をできる限り厳密に反映するマトリックス（例えば、血漿）と定義される。次いで、分析物（例えば、Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９）は、規定の濃度でこのマトリックス中にスパイクする。開示した方法、使用及びキットのいくつかの実施形態において、対照レベルは、あらかじめ定めた参照標準又はＩＬ−１７非反応者からの対照生物学的試料から得られる。
【００６６】
ＡＳ応答タンパク質の試験及び対照レベルの比較により、ＡＳ応答タンパク質（又はその組合せ）の試験レベルが対応するＡＳ応答タンパク質（又はその組合せ）の対照レベルより大きいか又は小さいかを判定することができる。本明細書で用いているように、「より大きい」は、より大きな値を意味する。本明細書で用いているように、「より小さい」は、より小さな値を意味する。いくつかの実施形態において、試験レベルは、対照レベルより大きい。いくつかの実施形態において、試験レベルは、対照レベルより少なくとも約２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％大きい。
【００６７】
いくつかの実施形態において、患者からの生物学的試料をＳ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９又はＳ１００Ａ８及びＳ１００Ａ９のレベル並びにＡＳ非応答対立遺伝子及び／又はＡＳ応答対立遺伝子（並びに場合によって、ＡＳリスクマーカー）の存在についてアッセイする。
【００６８】
本明細書で用いているように、「ゲノム配列」は、ゲノムに存在するＤＮＡ配列を指し、対立遺伝子内の領域、対立遺伝子自体、又は対象の対立遺伝子を含む染色体のより大きいＤＮＡ配列を含む。ＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳリスクマーカー、ＡＳリスクタンパク質及びＡＳ応答対立遺伝子の産物は、核酸産物及びポリペプチド産物を含む。「ポリペプチド産物」は、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子及びその断片によりコードされるポリペプチドを指す。「核酸産物」は、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子及びその断片のＤＮＡ（例えば、ゲノム、ｃＤＮＡ）又はＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ前駆体、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ）産物を指す。ＡＳリスクタンパク質に関連して、「ポリペプチド産物」は、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９又はＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９タンパク質又はその断片を指す。
【００６９】
「等価（equivalent）遺伝子マーカー」は、対象の対立遺伝子と相関している遺伝子マーカーを指し、例えば、連鎖不平衡（ＬＤ）を示す又は対象の対立遺伝子との遺伝連鎖の状態にある。等価遺伝子マーカーは、患者からの生物学的試料をＡＳ非応答対立遺伝子及び／又はＡＳ応答対立遺伝子それ自体について直接インターロゲートする（interrogating）のではなく、患者がＡＳ非応答対立遺伝子及び／又はＡＳ応答対立遺伝子を有するかどうかを判断するために用いることができる。ＥＲＡＰ１の内部及び周囲の広範なＬＤに関する情報は、例えば、Harveyら(2009年) Hum. Mol. Genet.、18巻(21号)、4204〜4012頁に見いだすことができる。
【００７０】
「プローブ」という用語は、他の物質、例えば、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答タンパク質に関連する物質を特異的に検出するのに有用である物質の組成物を指す。プローブは、ＡＳ非応答対立遺伝子のゲノム配列と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド（コンジュゲートオリゴヌクレオチドを含む）、又はＡＳ非応答対立遺伝子の核酸産物（例えば、ｍＲＮＡ）であり得る。コンジュゲートオリゴヌクレオチドは、発色団又は受容体分子（例えば、抗原に特異的な抗体）に高度に特異的である配位子（例えば、抗原）を含む分子に共有結合したオリゴヌクレオチドを指す。プローブは、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子内の特定の領域を増幅するための、例えば、ＰＣＲプライマー並びに他のプライマーでもあり得る。さらに、プローブは、ＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ非応答対立遺伝子のポリペプチド産物、ＡＳ応答対立遺伝子又はＡＳ応答タンパク質に特異的に結合する抗体であり得る。さらに、プローブは、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子の等価遺伝子マーカーを検出する（例えば、結合する又はハイブリダイズする）ことができる物質の組成物であり得る。好ましい実施形態において、プローブは、核酸配列と特異的にハイブリダイズする又はポリペプチド配列に特異的に結合する。
【００７１】
「特異的にハイブリダイズする」という語句は、緊縮ハイブリダイゼーション条件下のハイブリダイゼーションを指すために用いられる。緊縮条件は、当業者に公知であり、Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons、N.Y.(1989年)、6.3.1〜6.3.6に見いだすことができる。水性及び非水性法が当参考文献に記載されており、いずれも用いることができる。緊縮ハイブリダイゼーション条件の１つの例は、約４５℃での６Ｘ塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中のハイブリダイゼーションとそれに続く５０℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。緊縮ハイブリダイゼーション条件の第２の例は、約４５℃での６×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーションとそれに続く５５℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。緊縮ハイブリダイゼーション条件の他の例は、約４５℃での６×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーションとそれに続く６０℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。緊縮ハイブリダイゼーション条件のさらなる例は、約４５℃での６×ＳＳＣ中のハイブリダイゼーションとそれに続く６５℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。高緊縮条件は、６５℃での０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳ中のハイブリダイゼーションとそれに続く６５℃での０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳによる少なくとも１回の洗浄である。
【００７２】
「核酸の領域」という語句は、核酸のより大きい配列内のより小さい配列を示すために用いられる。例えば、遺伝子は、染色体の領域であり、エクソンは、遺伝子の領域であるなどである。
【００７３】
ポリペプチドとの関連における「特異的に結合する」という用語は、プローブが、望ましくないポリペプチドにランダムに結合するのではなく、所定のポリペプチド標的（例えば、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答タンパク質のポリペプチド産物）に結合することを言うために用いられる。しかし、交差反応性が所定のポリペプチド標的の存在又は非存在の有用な尺度をもたらすプローブの能力を妨げない限り、「特異的に結合する」は、望ましくないポリペプチドとのある程度の交差反応性を排除しない。
【００７４】
「能力がある」という用語は、所定の結果を達成するための能力、例えば、特定の物質の存在を検出する能力があるプローブは、特定の物質を検出するために当プローブを用いることができることを言うために用いられる。
【００７５】
「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオチドの短い配列、例えば、２〜１００塩基を指す。
【００７６】
「生物学的試料」という用語は、本明細書で用いているように、同定、診断、予測又はモニタリングの目的のために用いることができる、患者からの試料を指す。好ましい試験試料は、滑液、血液、血液由来産物（バフィーコート、血清及び血漿）、リンパ、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、頬スワブ、糞便、毛球細胞、滑液、滑膜細胞、痰又は組織試料を含む。さらに、当業者は、一部の試験試料は、分画又は精製処置、例えば、全血からのＤＮＡの単離の後により容易に分析されることを十分に理解するであろう。
【００７７】
「ＡＳの治療を以前に受けた」及び「以前のＡＳ治療を受けた」などの語句は、例えば、ＡＳ薬を用いたＡＳ療法を以前に受けた患者を言うために用いられ、例えば、患者が以前のＡＳ療法、抗ＡＳ薬又は治療レジメンへの不成功例、不十分反応者又は不耐症である。そのような患者は、例えば、ＮＳＡＩＤ、ＴＮＦアルファアンタゴニスト、スルファサラジン、メトトレキセート、コルチコステロイド又はそれらの組合せにより以前に治療した患者を含む。「ＡＳの治療を以前に受けなかった」という語句は、ＡＳ治療を以前に受けなかった患者を言うために用いられる。すなわち、患者は、「投薬を受けたことがない」。本明細書で用いているように、ＴＮＦアルファアンタゴニストによりＡＳについて以前に治療されなかった患者は、「ＴＮＦアルファアンタゴニストの投薬を受けたことがない」と判断される。本明細書で用いているように、「ＡＳ薬」という語句は、ＡＳ患者に対して一般的に処方される医薬品、例えば、ＮＳＡＩＤ（例えば、インドメタシン、ナプロキセン、スリンダック、ジクロフェナク、ジクロフェナク、アスピリン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、サルサレート、ジフニサル、ピロキシカム、エトドラク、メクロフェナメート、イブプロフェン、フェノプロフェン、ケトプロフェン、ナブメトン、トルメチン、サリチル酸コリンマグネシウム、ＣＯＸ−２阻害薬［例えば、セレコキシブ］）、ＴＮＦアルファアンタゴニスト（エタネルセプト、アダリムマブ、インフリキシマブ、ゴリムマブ）、ＤＭＡＲＤＳ（例えば、スルファサラジン、メトトレキセート）、及びコルチコステロイドを指す。
【００７８】
以前のＡＳ療法の「不成功例」という用語は、（１）意味のある臨床的便益を有さない患者（有効性の一次欠如）（「非応答者」とも呼ばれる）、（２）測定可能且つ意味のある反応を有するが、反応がより良好である患者については、例えば、低ＡＳ疾患活動性又はＡＳ寛解が達成されなかった（「不十分な反応」又は「不完全な反応」とも呼ばれる）患者、（３）初期の良好な反応の後に、悪化した（有効性の二次喪失）患者、及び（４）良好な反応を有するが、副作用（「不耐症」とも呼ばれる）のため中止した患者を指す。ＴＮＦアルファアンタゴニスト不完全反応（ＴＮＦ−ＩＲ）又はＴＮＦアルファアンタゴニストへの不耐症を示す患者は、ＴＮＦアルファアンタゴニスト不成功例とみなされる。スルファサラジン不十分反応（ＳＦＳ−ＩＲ）又はスルファサラジンへの不耐症を示す患者は、スルファサラジン不成功例とみなされる。ＤＭＡＲＤ不十分反応（ＤＭＡＲＤ−ＩＲ）又はＤＭＡＲＤへの不耐症を示す患者は、ＤＭＡＲＤ不成功例とみなされる。ＮＳＡＩＤ不十分反応（ＮＳＡＩＤ−ＩＲ）又はＮＳＡＩＤへの不耐症を示す患者は、ＮＳＡＩＤ不成功例とみなされる。開示した方法のいくつかの実施形態において、患者は、ＴＮＦ不成功例（例えば、ＴＮＦ−ＩＲ患者）又は「ＴＮＦの投薬を受けたことがない」である。
【００７９】
ＩＬ−１７アンタゴニスト
様々な開示した医薬組成物、レジメン、工程、使用、方法及びキットがＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７受容体抗体又はその抗原結合断片）を利用する。
【００８０】
１つの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）は、超可変領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３を含む少なくとも１つの免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含み、前記ＣＤＲ１は、アミノ酸配列の配列番号１を有し、前記ＣＤＲ２は、アミノ酸配列の配列番号２を有し、前記ＣＤＲ３は、アミノ酸配列の配列番号３を有する。１つの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）は、超可変領域ＣＤＲ１’、ＣＤＲ２’及びＣＤＲ３’を含む少なくとも１つの免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（ＶＬ’）を含み、前記ＣＤＲ１’は、アミノ酸配列の配列番号４を有し、前記ＣＤＲ２’は、アミノ酸配列の配列番号５を有し、前記ＣＤＲ３’は、アミノ酸配列の配列番号６を有する。１つの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）は、超可変領域ＣＤＲ１−ｘ、ＣＤＲ２−ｘ及びＣＤＲ３−ｘを含む少なくとも１つの免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含み、前記ＣＤＲ１−ｘは、アミノ酸配列の配列番号１１を有し、前記ＣＤＲ２−ｘは、アミノ酸配列の配列番号１２を有し、前記ＣＤＲ３−ｘは、アミノ酸配列の配列番号１３を有する。
【００８１】
１つの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）は、少なくとも１つの免疫グロブリンＶＨドメイン及び少なくとも１つの免疫グロブリンＶＬドメインを含み、ａ）免疫グロブリンＶＨドメインは、（例えば、順に）ｉ）超可変領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３（前記ＣＤＲ１は、アミノ酸配列の配列番号１を有し、前記ＣＤＲ２は、アミノ酸配列の配列番号２を有し、前記ＣＤＲ３は、アミノ酸配列の配列番号３を有する）又はｉｉ）超可変領域ＣＤＲ１−ｘ、ＣＤＲ２−ｘ及びＣＤＲ３−ｘ（前記ＣＤＲ１−ｘは、アミノ酸配列の配列番号１１を有し、前記ＣＤＲ２−ｘは、アミノ酸配列の配列番号１２を有し、前記ＣＤＲ３−ｘは、アミノ酸配列の配列番号１３を有する）を含み、ｂ）免疫グロブリンＶＬドメインは、（例えば、順に）超可変領域ＣＤＲ１’、ＣＤＲ２’及びＣＤＲ３’（前記ＣＤＲ１’は、アミノ酸配列の配列番号４を有し、前記ＣＤＲ２’は、アミノ酸配列の配列番号５を有し、前記ＣＤＲ３’は、アミノ酸配列の配列番号６を有する）を含む。
【００８２】
１つの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）は、以下を含む。ａ）配列番号８として示されるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、ｂ）配列番号１０として示されるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）、ｃ）配列番号８として示されるアミノ酸配列を含む免疫グロブリンＶＨドメイン及び配列番号１０として示されるアミノ酸配列を含む免疫グロブリンＶＬドメイン、ｄ）配列番号１、配列番号２及び配列番号３として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン、ｅ）配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＬドメイン、ｆ）配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン、ｇ）配列番号１、配列番号２及び配列番号３として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン並びに配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＬドメイン、又はｈ）配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン並びに配列番号４、配列番号５及び配列番号６として示される超可変領域を含む免疫グロブリンＶＬドメイン。
【００８３】
参照を容易にするために、Ｋａｂａｔ定義に基づく、Ｘ線解析により測定した、またＣｈｏｔｈｉａ及び共同研究者のアプローチを用いたセクキヌマブモノクローナル抗体の超可変領域のアミノ酸配列を下の表３に示す。
【００８４】
【表３】
2015519311.tif 000004
【００８５】
好ましい実施形態において、定常領域ドメインも好ましくは、例えば、「Sequences of Proteins of Immunological Interest」、Kabat E.A.ら、US Department of Health and Human Services、Public Health Service、National Institute of Healthに記載されている適切なヒト定常領域ドメインを含む。セクキヌマブのＶＬをコードするＤＮＡを配列番号９に示し、セクキヌマブのＶＨをコードするＤＮＡを配列番号７に示す。
【００８６】
いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）は、配列番号１０の３つのＣＤＲを含む。他の実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、配列番号８の３つのＣＤＲを含む。他の実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、配列番号１０の３つのＣＤＲ及び配列番号８の３つのＣＤＲを含む。Ｃｈｏｔｈｉａ及びＫａｂａｔ定義の両方に従う配列番号８及び配列番号１０のＣＤＲは、表３に見いだすことができる。
【００８７】
いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）は、配列番号１５の軽鎖を含む。他の実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、配列番号１７の重鎖を含む。他の実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、配列番号１５の軽鎖及び配列番号１７の重ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、配列番号１５の３つのＣＤＲを含む。他の実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、配列番号１７の３つのＣＤＲを含む。他の実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、配列番号１５の３つのＣＤＲ及び配列番号１７の３つのＣＤＲを含む。Ｃｈｏｔｈｉａ及びＫａｂａｔ定義の両方に従う配列番号１５及び配列番号１７のＣＤＲは、表３に見いだすことができる。セクキヌマブの軽鎖をコードするＤＮＡを配列番号１４として示す。セクキヌマブの重鎖をコードするＤＮＡを配列番号１６として示す。
【００８８】
超可変領域は、好ましくはヒト由来のものであるが、あらゆる種類のフレームワーク領域と会合させることができる。適切なフレームワーク領域は、Kabat E.A.ら、前出に記載されている。好ましい重鎖フレームワークは、ヒト重鎖フレームワーク、例えば、セクキヌマブ抗体の重鎖フレームワークである。それは、順に、例えば、ＦＲ１（配列番号８のアミノ酸１〜３０）、ＦＲ２（配列番号８のアミノ酸３６〜４９）、ＦＲ３（配列番号８のアミノ酸６７〜９８）及びＦＲ４（配列番号８のアミノ酸１１７〜１２７）領域からなる。Ｘ線解析によるセクキヌマブの確定超可変領域を考慮に入れると、他の好ましい重鎖フレームワークは、順に、ＦＲ１−ｘ（配列番号８のアミノ酸１〜２５）、ＦＲ２−ｘ（配列番号８のアミノ酸３６〜４９）、ＦＲ３−ｘ（配列番号８のアミノ酸６１〜９５）及びＦＲ４（配列番号８のアミノ酸１１９〜１２７）領域からなる。同様に、軽鎖フレームワークは、順に、ＦＲ１’（配列番号１０のアミノ酸１〜２３）、ＦＲ２’（配列番号１０のアミノ酸３６〜５０）、ＦＲ３’（配列番号１０のアミノ酸５８〜８９）及びＦＲ４’（配列番号１０のアミノ酸９９〜１０９）領域からなる。
【００８９】
１つの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）は、少なくともａ）順に超可変領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３を含む可変ドメイン並びにヒト重鎖の定常部又はその断片を含む免疫グロブリン重鎖又はその断片（前記ＣＤＲ１は、アミノ酸配列の配列番号１を有し、前記ＣＤＲ２は、アミノ酸配列の配列番号２を有し、前記ＣＤＲ３は、アミノ酸配列の配列番号３を有する）、並びにｂ）順に超可変領域ＣＤＲ１’、ＣＤＲ２’及びＣＤＲ３’を含む可変ドメイン並びにヒト軽鎖の定常部又はその断片を含む免疫グロブリン軽鎖又はその断片（前記ＣＤＲ１’は、アミノ酸配列の配列番号４を有し、前記ＣＤＲ２’は、アミノ酸配列の配列番号５を有し、前記ＣＤＲ３’は、アミノ酸配列の配列番号６を有する）を含むヒトＩＬ−１７抗体から選択される。
【００９０】
１つの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）は、ａ）順に超可変領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３を含む第１のドメイン（前記ＣＤＲ１は、アミノ酸配列の配列番号１を有し、前記ＣＤＲ２は、アミノ酸配列の配列番号２を有し、前記ＣＤＲ３は、アミノ酸配列の配列番号３を有する）、並びにｂ）超可変領域ＣＤＲ１’、ＣＤＲ２’及びＣＤＲ３’を含む第２のドメイン（前記ＣＤＲ１’は、アミノ酸配列の配列番号４を有し、前記ＣＤＲ２’は、アミノ酸配列の配列番号５を有し、前記ＣＤＲ３’は、アミノ酸配列の配列番号６を有する）、並びにｃ）第１のドメインのＮ末端及び第２のドメインのＣ末端又は第１のドメインのＣ末端及び第２のドメインのＮ末端に結合しているペプチドリンカーを含む抗原結合部位を含む単鎖結合性分子から選択される。
【００９１】
或いは、開示した方法に用いるＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片）は、配列により本明細書に示したＩＬ−１７結合性分子の誘導体（例えば、セクキヌマブのペグ化異形）を含み得る。或いは、開示した方法に用いるＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片）のＶＨ又はＶＬドメインは、本明細書に示したＶＨ又はＶＬドメイン（例えば、配列番号８及び１０に示すもの）と実質的に同じであるＶＨ又はＶＬドメインを有し得る。本明細書で開示したヒトＩＬ−１７抗体は、配列番号１７として示されているものと実質的に同じである重鎖及び／又は配列番号１５として示されているものと実質的に同じである軽鎖を含み得る。本明細書で開示したヒトＩＬ−１７抗体は、配列番号１７を含む重鎖及び配列番号１５を含む軽鎖を含み得る。本明細書で開示したヒトＩＬ−１７抗体は、ａ）配列番号８に示されているものと実質的に同じアミノ酸配列を有する可変ドメイン及びヒト重鎖の定常部を含む１つの重鎖並びにｂ）配列番号１０に示されているものと実質的に同じアミノ酸配列を有する可変ドメイン及びヒト軽鎖の定常部を含む１つの軽鎖を含み得る。或いは、開示した方法に用いるＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片）は、本明細書に示した参照ＩＬ−１７結合性分子のアミノ酸配列変異体であり得る。誘導体及び変異体のそのようなすべての場合において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、前記分子の約５０ｎＭ以下、約２０ｎＭ以下、約１０ｎＭ以下、約５ｎＭ以下、約２ｎＭ以下、又はより好ましくは約１ｎＭ以下の濃度で約１ｎＭ（＝３０ｎｇ／ｍｌ）のヒトＩＬ−１７の活性を５０％阻害する能力があり、前記阻害活性は、ヒト皮膚線維芽細胞におけるｈｕ−ＩＬ−１７により誘導されるＩＬ−６の産生に関して測定される。
【００９２】
ＩＬ−１７のその受容体への結合の阻害は、国際公開第２００６／０１３１０７号に記載されているようなアッセイを含む様々なアッセイで好都合に試験することができる。「同程度に」という用語は、参照及び誘導体分子が、本明細書で参照したアッセイ（国際公開第２００６／０１３１０７号の実施例１参照）の１つにおいて、統計的根拠に基づいて本質的に同じＩＬ−１７阻害活性を示すことを意味する。例えば、本明細書で開示したＩＬ−１７結合性分子は、国際公開第２００６／０１３１０７号の実施例１に記載されているようにアッセイしたとき、対応する参照分子のＩＣ５０と好ましくは実質的に同じ、その約１０ｎＭ、より好ましくは約９、８、７、６、５、４、３、２又は約１ｎＭ以下であるヒト皮膚線維芽細胞におけるヒトＩＬ−１７により誘導されるＩＬ−６の産生に対するヒトＩＬ−１７の阻害に関するＩＣ５０ｓを一般的に有する。或いは、用いるアッセイは、可溶性ＩＬ−１７受容体（例えば、国際公開第２００６／０１３１０７号の実施例１のヒトＩＬ−１７Ｒ／Ｆｃ構成体）及び本開示のＩＬ−１７アンタゴニストによるＩＬ−１７の結合の競合的阻害のアッセイであり得る。
【００９３】
本開示は、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、ＣＤＲ１−ｘ、ＣＤＲ２−ｘ、ＣＤＲ３−ｘ、ＣＤＲ１’、ＣＤＲ２’若しくはＣＤＲ３’又はフレームワークのアミノ酸残基の１つ又は複数、一般的に少数（例えば１〜４）のものが、対応するＤＮＡ配列の例えば、突然変異、例えば、部位特異的突然変異誘発により変化しているＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）も含む。本開示は、そのような変化したＩＬ−１７アンタゴニストをコードするＤＮＡ配列を含む。特に、本開示は、ＣＤＲ１’又はＣＤＲ２’の１つ又は複数の残基が配列番号４（ＣＤＲ１’について）及び配列番号５（ＣＤＲ２’について）に示されている残基から変化したＩＬ−１７結合性分子を含む。
【００９４】
本開示はまた、ヒトＩＬ−１７に対する結合特異性を有するＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）、特にＩＬ−１７のその受容体への結合を阻害することができるＩＬ−１７抗体及び前記分子の約５０ｎＭ以下、約２０ｎＭ以下、約１０ｎＭ以下、約５ｎＭ以下、約２ｎＭ以下又はより好ましくは約１ｎＭ以下の濃度で１ｎＭ（＝３０ｎｇ／ｍｌ）ヒトＩＬ−１７の活性を５０％阻害することができるＩＬ−１７抗体（前記阻害活性は、ヒト皮膚線維芽細胞におけるｈｕ−ＩＬ−１７により誘導されるＩＬ−６の産生に基づいて測定する）を含む。
【００９５】
いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７抗体、例えば、セクキヌマブは、Ｌｅｕ７４、Ｔｙｒ８５、Ｈｉｓ８６、Ｍｅｔ８７、Ａｓｎ８８、Ｖａｌ１２４、Ｔｈｒ１２５、Ｐｒｏ１２６、Ｉｌｅ１２７、Ｖａｌ１２８、Ｈｉｓ１２９を含む成熟ヒトＩＬ−１７のエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７抗体、例えば、セクキヌマブは、Ｔｙｒ４３、Ｔｙｒ４４、Ａｒｇ４６、Ａｌａ７９、Ａｓｐ８０含む成熟ヒトＩＬ−１７のエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７抗体、例えば、セクキヌマブは、２つの成熟ヒトＩＬ−１７鎖を有するＩＬ−１７ホモ二量体のエピトープに結合し、前記エピトープは、１つの鎖上のＬｅｕ７４、Ｔｙｒ８５、Ｈｉｓ８６、Ｍｅｔ８７、Ａｓｎ８８、Ｖａｌ１２４、Ｔｈｒ１２５、Ｐｒｏ１２６、Ｉｌｅ１２７、Ｖａｌ１２８、Ｈｉｓ１２９及び他の鎖上のＴｙｒ４３、Ｔｙｒ４４、Ａｒｇ４６、Ａｌａ７９、Ａｓｐ８０を含む。これらのエピトープを定義するのに用いた残基番号付けスキームは、１つが成熟タンパク質の最初のアミノ酸である残基（すなわち、２３アミノ酸Ｎ末端シグナルペプチドを欠き、グリシンから始まるＩＬ−１７Ａ）に基づいている。未熟ＩＬ−１７Ａの配列は、Ｓｗｉｓｓ−ＰｒｏｔエントリーＱ１６５５２に示されている。いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７抗体は、約１００〜２００ｐＭのＫＤを有する。いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７抗体は、約０．６７ｎＭヒトＩＬ−１７Ａの生物活性のインビトロ中和に関して約０．４ｎＭのＩＣ５０を有する。いくつかの実施形態において、皮下（ｓ．ｃ．）投与されたＩＬ−１７抗体の絶対的生物学的利用能は、約６０〜約８０％の範囲、例えば約７６％を有する。いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、セクキヌマブなどのＩＬ−１７抗体）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７受容体抗体）は、約４週間（例えば、約２３〜約３５日、約２３〜約３０日、例えば、約３０日）の消失半減期を有する。いくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、セクキヌマブなどのＩＬ−１７抗体）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７受容体抗体）は、約７〜８日のＴｍａｘを有する。
【００９６】
開示した方法、使用、キット等に用いる特に好ましいＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）は、ヒト抗体、特に国際公開第２００６／０１３１０７号の実施例１及び２に記載されているセクキヌマブである。セクキヌマブは、免疫媒介炎症性状態の治療の臨床試験に現在供されているＩｇＧ１／カッパイソ型の組換え高親和性完全ヒトモノクローナル抗ヒトインターロイキン１７Ａ（ＩＬ−１７Ａ、ＩＬ−１７）抗体である。セクキヌマブ（例えば、国際公開第２００６／０１３１０７号及び国際公開第２００７／１１７７４９号参照）は、ＩＬ−１７に対する非常に高い親和性、すなわち、約１００〜２００ｐＭのＫＤ及び約０．４ｎＭの約０．６７ｎＭヒトＩＬ−１７Ａの生物学的活性のｉｎ  ｖｉｔｒｏ中和のＩＣ５０を有する。したがって、セクキヌマブは、約１：１のモル比で抗原を阻害する。この高い結合親和性のため、セクキヌマブが治療応用に特に適する抗体となっている。さらに、セクキヌマブは、慢性関節リウマチ（ＲＡ）のような生涯にわたる慢性障害を治療する場合の特別に優れた特性である、投与の間に長い期間をおくことが可能である、非常に長い、すなわち約４週間の半減期を有する。
【００９７】
開示した方法、キット及び使用に用いる他の好ましいＩＬ−１７アンタゴニストは、米国特許第８，０５７，７９４号、第８，００３，０９９号、第８，１１０，１９１号及び第７，８３８，６３８号並びに米国特許出願公開第２０１２００３４６５６号及び第２０１１００２７２９０号に示されているものである。
【００９８】
アッセイの技術、診断方法及び伝達できる形の情報を提示する方法
開示する方法は、ＡＳの治療、予防又は改善に、並びにＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブによる治療に対するＡＳ患者の反応の可能性の予測に有用である。これらの方法は、とりわけ、患者がＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子の存在（又は非存在）を有するかどうかを検出するステップ、患者からの試料中のＡＳ応答タンパク質のレベルを測定するステップ、及び／又はＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル若しくはＥＲＡＰ１活性のレベルを測定するステップを用いる。
【００９９】
検出するステップを、患者からの生物学的試料をアッセイすることにより実施する場合、アッセイするステップは、特定のマーカーがエクソン、イントロン、ｍＲＮＡの非コーディング部分又は非コーディングゲノム配列の範囲内に入るかどうかによって選択される、任意の従来の手段により実施することができる。
【０１００】
対立遺伝子又はタンパク質の存在又は非存在、遺伝子又はタンパク質の発現のレベル及びタンパク質の活性を明らかにするために、多くの源、例えば、血液、滑液、バフィーコート、血清、血漿、リンパ、糞便、尿、涙液、唾液、脳脊髄液、頬スワブ、痰又は組織を用いることができる。生物学的試料中の様々な源を開示した方法に用いることができ、例えば、生物学的試料から得られたゲノムＤＮＡをアッセイして対立遺伝子を検出することができ、又は核酸産物（例えば、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ前駆体、ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ等）及び対立遺伝子のポリペプチド産物（例えば、発現タンパク質）をアッセイすることができる。
【０１０１】
我々は、ＥＲＡＰ１  ｒｓ３０１８７「Ｔ」対立遺伝子及びＥＲＡＰ１  ｒｓ２７４３４「Ａ」対立遺伝子がセクキヌマブ治療中のＡＳＡＳ４０反応の低減に関連することを確認した。我々はまた、セクキヌマブ治療後に、少なくとも１つのＩＬ２３Ｒ  ｒｓ１１２０９０３２「Ｇ」対立遺伝子を有する患者がｒｓ１１２０９０３２「Ａ」対立遺伝子のみを有する患者と比べて改善されたＢＡＳＤＡＩスコアを経時的に示し、少なくとも１つのｒｓ２２０１８４１「Ｔ」対立遺伝子を有する患者がｒｓ２２０１８４１「Ｃ」対立遺伝子のみを有する患者と比べて改善されたＢＡＳＤＡＩスコアを経時的に示すことを確認した。したがって、我々は、これらのＥＲＡＰ１又はＩＬ２３Ｒ対立遺伝子の１つ又は複数のものの存在について被験者を試験することは、ＩＬ−１７拮抗作用療法に反応する可能性がより高い個体を特定することを必要とする様々な薬理遺伝学的製剤（pharmacogenetic products）及び方法に、また医師がＡＳを有する患者にＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）を処方するかどうかを決定することを支援するのに有用であると考える。ｒｓ３０１８７は、ＥＲＡＰ１コーディング領域内に入っており、ＥＲＡＰ１タンパク質におけるアミノ酸の変化をもたらすため、転写されたＥＲＡＰ１  ｍＲＮＡ及び翻訳されたＥＲＡＰ１タンパク質は、ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子及びｒｓ３０１８７応答対立遺伝子を有する被験者間で異なる。ｒｓ３０１８７変異体がＥＲＡＰ１タンパク質溶解活性に影響を及ぼすことが示されたことから、ＥＲＡＰ１タンパク質のタンパク質溶解活性の測定によりｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子の存在を判断することも可能であり得る。多型部位ｒｓ２７４３４もＥＲＡＰ１コーディング領域内に入っており、したがって、転写されたｍＲＮＡは、ｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子を有する被験者とｒｓ２７４３４応答対立遺伝子を有する被験者との間で異なる。しかし、ｒｓ２７４３４  ＳＮＰは、同義（synonomous）多型であり、ＥＲＡＰ１タンパク質の配列を解析することによって患者のｒｓ２７４３４対立遺伝子状態を検出することができない。
【０１０２】
例えば、ｍＲＮＡ前駆体又はゲノムＤＮＡをインターロゲートすることによって患者の対立遺伝子状態を判断することができるように、ｒｓ２２０１８４１  ＳＮＰは、ＩＬ２３Ｒイントロンに見いだされる。例えば、ゲノムＤＮＡをインターロゲートすることによって患者の対立遺伝子状態を判断することができるように、ｒｓ１１２０９０３２  ＳＮＰは、ＩＬ２３Ｒ遺伝子の下流に見いだされる。したがって、当業者は、ＡＳ非応答対立遺伝子のゲノム配列、ＡＳ非応答対立遺伝子の核酸産物（例えば、ｍＲＮＡ前駆体、成熟ｍＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、ｍＲＮＡから作製されたｃＤＮＡ等）、ＡＳ非応答対立遺伝子のポリペプチド産物（ｒｓ３０１８７の場合）、又はＡＳ非応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答対立遺伝子の等価遺伝子マーカーをアッセイすることによって、被験者がＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子（若しくはＡＳリスクマーカー）を有するかどうかを明らかにすることができることを理解する。好ましい実施形態において、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子のゲノム配列又は核酸産物を解析して、被験者がＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子を有するかどうかを判定する。
【０１０３】
我々の研究により、ＥＲＡＰ１  ｒｓ３０１８７「Ｔ」対立遺伝子又はｒｓ２７４３４「Ａ」対立遺伝子のいずれかのＡＳキャリアがＩＬ−１７拮抗作用に対して低い反応を有し、これらの対立遺伝子のＡＳキャリアが一般的により高いレベルのＥＲＡＰ１遺伝子発現を示したことがわかる。これは、ＥＲＡＰ１発現の低下が、ＡＳ患者のＩＬ−１７拮抗作用に対する反応の改善を予測し得ることを我々に示唆している。さらに、ｒｓ３０１８７防御対立遺伝子「Ｃ」は、ｒｓ３０１８７リスク対立遺伝子「Ｔ」によりコードされるＥＲＡＰ１タンパク質と比べて低い触媒活性を有するＥＲＡＰ１タンパク質変異体（Ｋ５２８Ｒ）をコードする（Kochanら(2011年) Proc Natl Acad Sci USA、108巻(19号)、7745〜50頁）。したがって、我々の研究により、ＥＲＡＰ１タンパク質又は活性のレベルの低下がＡＳ患者のＩＬ−１７拮抗作用に対する反応の改善を予測し得ることも示唆される。ＥＲＡＰ１発現、ＥＲＡＰ１タンパク質及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルは、本明細書で開示した様々な技術により直接的に測定することができる。さらに、ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルに変化をもたらすあらゆるＥＲＡＰ１多型（例えば、ＥＲＡＰ１エンハンサー、エクソン、イントロン、プロモーター、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ等において起こる転位、挿入、置換、欠失、ＳＮＰ等）もＡＳ患者がＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブによる治療に反応する可能性が高い又は低いことを予測するのに有用であると予想される。
【０１０４】
ＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子（若しくはＡＳリスクマーカー）、又はＥＲＡＰ１のレベル若しくは活性の変化（例えば、ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル若しくはＥＲＡＰ１活性のレベルの低下）をもたらすＥＲＡＰ１多型の存在又は非存在は、様々な遺伝子型同定技術のいずれかにより検出することができる。一般的に、そのような遺伝子型同定技術は、対象の多型部位（例えば、ＳＮＰ）を含む又はそれに隣接する領域に相補的である１つ又は複数のオリゴヌクレオチドを用いる。対象の特定の多型部位の遺伝子型を同定するために用いられるオリゴヌクレオチドの配列は、コンテキスト配列又は参照配列に基づいて一般的にデザインされる。
【０１０５】
ＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子（若しくはＡＳリスクマーカー）、又はＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル若しくはＥＲＡＰ１活性のレベルの低下をもたらすＥＲＡＰ１多型の存在又は非存在を明らかにするために多くの方法及び装置が利用できる。ＳＮＰの検出のためのＤＮＡ（ゲノム及びｃＤＮＡ）は、当技術分野で周知の方法、例えば、フェノール／クロロホルム抽出、ＧｅｎｔＡＳ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｑｉａｇｅｎ、ＣＡ）製のＰＵＲＥＧＥＮＥ  ＤＮＡ（登録商標）精製システムにより生物学的試料から調製することができる。ＤＮＡ配列の検出は、当該領域内のセンス又はアンチセンス鎖に位置するヌクレオチド（単数又は複数）を検査することを含み得る。多型の存在又は非存在は、配列特異的プローブ、例えば、Ｔａｑｍａｎ、Ｂｅａｃｏｎｓ、Ｓｃｏｒｐｉｏｎｓからの加水分解プローブ、或いは多型を検出するハイブリダイゼーションプローブを用いてＰＣＲから得られるＤＮＡ（ゲノム又はｃＤＮＡ）から検出することができる。多型の検出のために、対象の対立遺伝子のゲノムＤＮＡに、又は対象の配列用ｃＤＮＡに特異的にハイブリダイズするように、配列特異的プローブをデザインすることができる。例えば、ｒｓ２７４３４の配列特異的プローブは、Liら(2011年) J. Rheumatol.、38巻(2号)、317〜21頁に見いだすことができ、ｒｓ３０１８７の配列特異的プローブは、Pazarら(2010年) J. Rheumatol.、37巻(2号)、379〜84頁に見いだすことができる。これらのプローブは、直接検出のために標識するか、又はプローブに特異的に結合する第２の検出可能な分子により接触させることができる。ＰＣＲ産物もＤＮＡ結合物質により検出することができる。前記ＰＣＲ産物は、当技術分野で利用可能なＤＮＡ配列決定法によりその後に配列決定することができる。或いは、対立遺伝子の存在又は非存在は、例えば、サンガー法に基づく配列決定法、ピロシーケンス又は次世代配列決定法（Shendure J.及びJi, H.、Nature Biotechnology(1998年)、26巻、10号、1135〜1145頁）などであるが、これらに限定されない配列決定法を用いた配列決定により検出することができる。さらに、ＳＮＰの最適化対立遺伝子識別アッセイは、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）から購入することができる。
【０１０６】
特定の多型（例えば、ＳＮＰ）をインターロゲートするために、例えば、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション（ＤＡＳＨ）遺伝子型同定、分子ビーコンによる多型部位（例えば、ＳＮＰ)検出（Abravaya K.ら(2003年) Clin Chem Lab Med.、41巻、468〜474頁）、Ｌｕｍｉｎｅｘ  ｘＭＡＰ技術、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｇｏｌｄｅｎ  Ｇａｔｅ技術及び市販の高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ（例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  ＳＮＰ５．０  ＧｅｎｅＣｈｉｐ（５００，０００のヒトＳＮＰにわたり遺伝子型同定することができるゲノムワイドアッセイを行う）、Ｉｌｌｕｍｉｎａ製のＢｅａｄＣｈｉｐキット、例えば、Ｈｕｍａｎ６６０Ｗ−Ｑｕａｄ及びＨｕｍａｎ  １．２Ｍ−Ｄｕｏなどのハイブリダイゼーションに基づく方法；制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、ＰＣＲに基づく方法（例えば、Ｔｅｔｒａ−ｐｒｉｍａｒ  ＡＲＭＳ−ＰＣＲ）、Ｉｎｖａｄｅｒアッセイ（Olivier M.(2005年) Mutat Res.、573巻(1〜2号)、103〜10頁）、様々なプライマー伸長アッセイ（検出方式、例えば、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析、電気泳動、ブロッティング及びＥＬＩＳＡ様方法に組み込む）、Ｔａｑｍａｎａアッセイ及びオリゴヌクレオチドリガーゼアッセイなどの酵素に基づく方法；並びに他の増幅後法、例えば、一本鎖高次構造多型の解析（Costabileら(2006年) Hum. Mutat.、27巻(12号)、1163〜73頁）、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能溶融分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ（例えば、サーマス・アクアチカス（Thermus aquaticus）からのＭｕｔＳタンパク質は、異なる親和性を有する異なる一塩基ミスマッチに結合するので、６組のミスマッチのすべてを識別するためにキャピラリー電気泳動に用いることができる）、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓから入手できる独占権下にあるＳＮＰ検出システム）、キャピラリー電気泳動、質量分析並びに様々な配列決定法、例えば、ピロシーケンス及び次世代配列決定法等を含む、様々な技術を適用することができる。ＳＮＰ遺伝子型同定のためのキットは、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｄｙｎａｍｉｃ  Ａｒｒａｙ（登録商標）ＩＦＣ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＳＮＰ遺伝子型同定アッセイ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ（登録商標）ｉＰＬＥＸ  Ｇｏｌｄ（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ）、Ｔｙｐｅ−ｉｔ  Ｆａｓｔ（登録商標）ＳＮＰプローブＰＣＲキット（Ｑｕｉａｇｅｎ）を含む。
【０１０７】
いくつかの実施形態において、患者における多型部位（例えば、ＳＮＰ）の存在又は非存在をハイブリダイゼーションアッセイを用いて検出する。ハイブリダイゼーションアッセイにおいて、遺伝子マーカーの存在又は非存在は、相補的核酸分子、例えば、オリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズする試料からの核酸の能力に基づいて判断される。様々なハイブリダイゼーションアッセイが利用可能である。一部において、対象の配列へのプローブのハイブリダイゼーションは、結合プローブを可視化することにより、例えば、ノーザン又はサザンアッセイにより直接的に検出される。これらのアッセイにおいて、ＤＮＡ（サザン）又はＲＮＡ（ノーザン）が単離される。ＤＮＡ又はＲＮＡは、次に、ゲノムにおいてまれに開裂し、アッセイするマーカーの近くでは開裂しない一連の制限酵素を用いて開裂させる。次いで、ＤＮＡ又はＲＮＡを例えばアガロースゲル上で分離し、膜に転移させる。例えば、放射性ヌクレオチド又は結合剤（例えば、ＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ）を組み込むことによる、標識プローブ又は複数のプローブを低、中又は高緊縮条件下で膜と接触させる。非結合プローブを除去し、標識プローブを可視化することによって結合の存在を検出する。いくつかの実施形態において、アレイ、例えば、ＭａｓｓＡＲＲＡＹシステム（Ｓｅｑｕｅｎｏｍ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）を用いて対象の遺伝子型を同定することができる。
【０１０８】
伝統的な遺伝子型同定法（例えば、ＨＬＡ型同定に用いられるもの）もＳＮＰ遺伝子型同定及び多型部位の同定に用いることができる（例えば、表１及び表２のＳＮＰ）。そのような伝統的な方法は、例えば、ＰＣＲ及びその変形形態のようなＤＮＡ増幅技術、直接配列決定、Ｌｕｍｉｎｅｘ  ｘＭＡＰ（登録商標）技術と併用した配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）ハイブリダイゼーション、配列特異的プライマー（ＳＳＰ）型同定法並びに配列に基づく型同定法（ＳＢＴ）を含む。配列に基づく型同定法（ＳＢＴ）は、ＰＣＲ標的増幅とそれに続くＰＣＲ産物の配列決定及びデータ解析に基づいている。配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）型同定法は、ＰＣＲ標的増幅、ビーズ上の固定化配列特異的オリゴヌクレオチドのパネルへのＰＣＲ産物のハイブリダイゼーション、色形成によるプローブ結合増幅産物の検出とそれに続くデータ解析を用いる。配列特異的プライマー（ＳＳＰ）型同定法は、ＤＮＡに基づく型同定のために配列特異的プライマーを用いるＰＣＲに基づく技術である。当業者は、記載したＳＳＯ、ＳＢＴ及びＳＳＰ型同定法による遺伝子型同定を例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ製の様々な市販のキットを用いて実施することができることを理解する。
【０１０９】
場合によって、多型部位（例えば、ＳＮＰ）の存在又は非存在を判定するためにＲＮＡ、例えば、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ  −  前駆体及び／又は成熟）も用いることができる。所定の遺伝子から転写されたｍＲＮＡの配列の解析は、ノーザンブロット解析、ヌクレアーゼ保護アッセイ（ＮＰＡ）、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＲＴ−ＰＣＲ  ＥＬＩＳＡ、ＴａｑＭａｎを用いた定量的ＲＴ−ＰＣＲ（プローブを用いた定量的ＲＴ−ＰＣＲ）及びＳＹＢＲグリーンを用いた定量的ＲＴ−ＰＣＲを含むが、これらに限定されない当技術分野で公知の方法を用いて実施することができる。１つの例において、ｍＲＮＡレベルの検出は、単離ｍＲＮＡを、ＡＩ応答マーカーによりコードされるｍＲＮＡとハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドと接触させることを含む。核酸プローブは、一般的に、例えば、全長ｃＤＮＡ又は長さが少なくとも７、１５、３０、５０若しくは１００ヌクレオチドの、緊縮条件下でｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズするのに十分なオリゴヌクレオチドのようなその一部であり得る。ｍＲＮＡとプローブとのハイブリダイゼーションは、問題のマーカーが発現していることを示すものである。１つの方式において、ＲＮＡを固体表面上に固定化し、例えば、単離ＲＮＡをアガロースゲル上に流し込むことによってプローブと接触させ、ｍＲＮＡをゲルからニトロセルロースなどの膜に転移させる。増幅プライマーは、遺伝子（それぞれプラス及びマイナス鎖、逆も同様）の５’又は３’領域にアニールすることができ、間に短い領域を含む核酸分子の対であると定義される。一般的に、増幅プライマーは、長さが約１０〜３０ヌクレオチドであり、長さが約５０〜２００ヌクレオチドの領域の両側に隣接する。適切な条件下で、また適切な試薬により、そのようなプライマーは、プライマーが両側に隣接したヌクレオチド配列を含む核酸分子の増幅を可能にする。ＰＣＲ産物は、ゲル電気泳動及びＤＮＡ特異的染色液による染色又は標識プローブへのハイブリダイゼーションを含むが、これらに限定されない適切な方法により検出することができる。
【０１１０】
遺伝子（例えば、ＥＲＡＰ１）の発現のレベルは、様々な周知の技術、例えば、ＰＣＲに基づくアッセイ、逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）アッセイ、ノーザンブロット等を用いてＲＮＡ（又は逆転写ｃＤＮＡ）レベルを測定することにより決定することができる。競合鋳型の標準化混合物を用いた定量的ＲＴ−ＰＣＲも用いることができる。
【０１１１】
いくつかの実施形態において、患者における、ＡＳ非応答対立遺伝子（ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子の場合）又は、ある場合には、ＡＳリスクマーカーの存在又は非存在は、ポリペプチド産物（例えば、ＥＲＡＰ１遺伝子のポリペプチド産物）を解析することにより判定することができ、非同義多型は、ポリペプチド配列から得ることができる。ポリペプチド産物の解析は、免疫細胞化学染色、タンパク質配列決定法、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、分光光度法、ＨＰＬＣ及び質量分析を含むが、これらに限定されない当技術分野で公知の方法により実施することができる。
【０１１２】
前述したように、我々は、より高いレベルのＡＳ応答タンパク質（すなわち、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９）がセクキヌマブ治療中のＡＳＡＳ２０及びＡＳＡＳ４０反応の改善に関連することを確認した。したがって、我々は、少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質のレベルについて被験者を試験することは、ＩＬ−１７拮抗作用に反応する可能性がより高い個体を特定することを必要とする様々な薬物診断薬及び方法に、また医師がＡＳを有する患者にＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）を処方するかどうかを決定することを支援するのに有用であると考える。
【０１１３】
我々はまた、ＥＲＡＰ１のレベル又は活性の変化（例えば、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下）は、ＡＳ患者のＩＬ−１７拮抗作用（例えば、セクキヌマブ治療）に対する反応の改善を予測するものであり得ると結論する。したがって、我々は、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルについて被験者を試験することは、ＩＬ−１７拮抗作用に反応する可能性がより高い個体を特定することを必要とする様々な薬理遺伝学的製剤及び方法に、また医師がＡＳを有する患者にＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）を処方するかどうかを決定することを支援するのに有用であると考える。
【０１１４】
タンパク質レベルの検出のために、例えば、プローブ（例えば、結合タンパク質、例えば、Ｓ１００Ａ８及び／又はＳ１００Ａ９と特異的に相互作用することができる抗体、ＥＲＡＰ１に結合することができる抗体）により、試料中のポリペプチド産物を検出する多くの周知の方法が存在する。標識抗体、その結合部分又は他の結合パートナーを用いることができる。抗体は、起源がモノクローナル若しくはポリクローナルであり得、又は生合成により製造することができる。結合パートナーは、天然に存在する分子であってもよく又は合成により製造することもできる。複合タンパク質の量は、当技術分野で記載された標準タンパク質検出方法を用いて測定される。免疫学的アッセイのデザイン、理論及びプロトコールの詳細なレビューは、Practical Immunology、Butt, W. R.編、Marcel Dekker、New York、1984年を含む当技術分野における多くの教科書に見いだすことができる。
【０１１５】
標識抗体によりタンパク質を検出するための様々な免疫組織化学アッセイが利用可能である。直接標識は、抗体に結合させた、蛍光若しくは発光タグ、金属、染料、放射性核種などを含む。間接標識は、アルカリホスファターゼ、ペルオキシダーゼなどのような当技術分野で周知の様々な酵素を含む。１段階アッセイにおいて、標的タンパク質（例えば、ＥＲＡＰ１、Ｓ１００Ａ８、及び／又はＳ１００Ａ９）は固定化し、標識抗体とともにインキュベートする。標識抗体は、固定化標的分子に結合する。洗浄して非結合分子を除去した後、試料を標識の存在についてアッセイする。多くの免疫組織化学的方法は、ポイントオブケア方式に組み込まれ、携帯式であり、それらのすべてがタンパク質のレベルを測定するために用いることができる。
【０１１６】
タンパク質又はポリペプチドに対して特異的な固定化抗体の使用も本開示により企図される。抗体は、磁性又はクロマトグラフマトリックス粒子、アッセイ場所（マイクロタイターウエルなど）の表面、固体基質材料（プラスチック、ナイロン、紙など）の断片等などの様々な固体支持体上に固定化することができる。アッセイストリップは、アレイにおける抗体又は複数の抗体を固体担体上にコーティングすることによって調製することができる。次いで、このストリップを試験試料中に浸し、洗浄及び検出ステップにより処理して、例えば着色スポットなどの測定可能なシグナルを発生させることができる。
【０１１７】
２段階アッセイにおいて、固定化標的タンパク質（例えば、ＥＲＡＰ１、Ｓ１００Ａ８、及び／又はＳ１００Ａ９）を非標識抗体とともにインキュベートすることができる。非標識抗体複合体は、存在する場合、非標識抗体に対して特異的である第２の標識抗体に結合させる。試料を洗浄し、標識の存在についてアッセイする。抗体を標識するのに用いるマーカーの選択は、用途によって異なる。しかし、当業者であればマーカーの選択は容易に決定可能である。
【０１１８】
抗体は、放射性原子、酵素、発色団若しくは蛍光部分又は比色タグにより標識することができる。タギング標識の選択も所望の検出限界に依存する。酵素アッセイ（ＥＬＩＳＡ）は、一般的に、タグ付き酵素複合体（enzyme-tagged complex）と酵素基質との相互作用により形成される着色生成物の検出を可能にする。放射性原子のいくつかの例は、３２Ｐ、１２５Ｉ、３Ｈ及び１４Ｐなどである。酵素のいくつかの例は、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ−ガラクトシダーゼ及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼなどである。発色団部分のいくつかの例は、フルオレセイン及びローダミンなどである。抗体は、当技術分野で公知の方法によりこれらの標識にコンジュゲートさせることができる。例えば、酵素及び発色団分子を、ジアルデヒド、カルボジイミド、ジマレイミド等などのカップリング剤により抗体にコンジュゲートさせることができる。或いは、コンジュゲーションは、配位子−受容体対により起こり得る。いくつかの適切な配位子−受容体対は、例えば、ビオチン−アビジン又は−ストレプトアビジン及び抗体−抗原などである。カルプロテクチンレベル（Ｓ１００Ａ８／Ｓ１００Ａ９）を検出するためのＥＬＩＳＡに基づくキットは、Ｂｕｈｌｍａｎｎ  Ｌａｂｏｒａｔｒｏｉｃｓ  ＡＧ、Ｓｃｈｏｎｅｎｂｕｃｈ  Ｂａｓｅｌ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ及びＰｈｉＣａｌ，Ｉｍｍｕｎｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  ＡＧ、Ｂｅｎｓｈｅｉｍ、Ｇｅｒｍａｎｙから購入することができる。
【０１１９】
１つの態様において、本開示は、生物学的試料中の標的タンパク質のレベル（例えば、ＥＲＡＰ１、Ｓ１００Ａ８、及び／又はＳ１００Ａ９）を検出するためのサンドイッチ技術の使用を予期する。該技術は、対象のタンパク質に結合する能力がある２つの抗体、例えば、固体担体上に固定化されたもの及び溶液中で遊離であるが、ある種の容易に検出できる化合物で標識されたものを必要とする。第２抗体に用いることができる化学標識の例は、放射性同位体、蛍光化合物、及び反応物又は酵素基質に曝露した場合に着色又は電気化学的に活性な生成物を生ずる酵素又は他の分子を含むが、これらに限定されない。ＡＳ応答タンパク質を含む試料をこの系に入れた場合、ポリペプチド産物は、固定化抗体及び標識抗体の両方に結合する。その結果は、担体の表面上の「サンドイッチ」免疫複合体である。複合タンパク質は、非結合試料成分及び過剰な標識抗体を洗い流し、担体の表面上のタンパク質と複合した標識抗体の量を測定することによって検出する。妥当な検出限界を有する標識を用いる場合、サンドイッチ免疫アッセイは、高度に特異的であり、非常に感度が高い。
【０１２０】
ドットブロット法は、抗体をプローブとして用いて所望のタンパク質を検出するために当業者により日常的に実施されている（Promega Protocols and Applications Guide、Second Edition、1991年、263頁、Promega Corporation）。ドットブロット装置を用いて試料を膜に加える。標識プローブを膜とともにインキュベートし、タンパク質の存在を検出する。
【０１２１】
ウエスタンブロット解析は、当業者に周知である（Sambrookら、Molecular Cloning、A Laboratory Manual、1989年、3巻、18章、Cold Spring Harbor Laboratory）。ウエスタンブロットにおいて、試料をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離する。ゲルを膜に転移させる。所望のタンパク質の検出のために膜を標識抗体とともにインキュベートする。
【０１２２】
質量分析もモノマーＳ１００Ａ８及びＳ１００Ａ９並びにＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９を検出するために用いることができる（de Senyら(2008年) Clin. Chem.、54巻(6号)、1066〜75頁、Tillemanら(2005年) Proteomics、5巻(8号)、2247〜57頁）。
【０１２３】
上述のアッセイは、例えば、免疫ブロッティング、免疫拡散、免疫電気泳動又は免疫沈降などであるが、これらに限定されないステップを含む。タンパク質又はポリペプチドへの抗体の特異的免疫学的結合は、直接的又は間接的に検出することができる。いくつかの実施形態において、自動分析装置（例えば、ＰＣＲ装置又は自動配列決定装置）を用いて、ＡＳ応答タンパク質、例えば、Ｓ１００Ａ８及び／又はＳ１００Ａ９のレベルを測定する。すべてのそのような方法は、当業者に周知である。好ましくは、試料中のＡＳ応答タンパク質、例えば、Ｓ１００Ａ８及び／又はＳ１００Ａ９、或いはＥＲＡＰ１のレベルは、放射免疫測定法若しくは酵素結合免疫測定法、競合結合酵素結合免疫測定法、質量分析、ポイントオブケア技術／プラットフォーム、ドットブロット、ウエスタンブロット、クロマトグラフィー、好ましくは高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）又は当技術分野で公知の他のアッセイにより検出される。
【０１２４】
生物学的試料中のＥＲＡＰ１活性のレベルは、当技術分野で開示されている様々な方法により、例えば、Kochanら(2011年) Proc Natl Acad Sci USA、108巻(19号)、7745〜50頁に示されている方法によりアッセイすることができる。
【０１２５】
比較の目的のために、患者からの生物学的試料中のＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルを対照からのＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル及びＥＲＡＰ１活性のレベルと比較することができる。対照は、場合により、ＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に十分に反応することが知られている被験者（例えば、ＡＳ患者）又はＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に不十分に反応することが知られている被験者から得られるＥＲＡＰ１発現の参照レベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルであり得る。発現の対照レベルは、参照被験者（すなわち、ＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に十分に反応することが知られているＡＳ患者又はＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に不十分に反応することが知られているＡＳ患者）からの生物学的試料から得ることができ、或いは単純に参照被験者から以前に得られた数値基準（例えば、平均値、中央値、範囲、［±標準偏差］）であってもよい。いくつかの実施形態において、対照は、ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に不十分に反応することが知られている被験者から得られるＥＲＡＰ１発現の参照レベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルであり、患者からのＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベル（場合により）をこの対照と比較し、対照と比べて患者からの試料中のＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下は、患者がＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に反応する可能性の増大を有するという指標となる。他の実施形態において、対照は、ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に十分に反応することが知られている被験者から得られるＥＲＡＰ１発現の参照レベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルであり、治療する患者からのＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルをこの対照と比較し、対照と比べて患者からの試料中の同様な（例えば、統計的に同様な）ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルは、患者がＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に反応する可能性の増大を有するという指標となる。
【０１２６】
ＥＲＡＰ１のレベル及び／又は活性の変化（例えば、ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下）をもたらすＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子、ＡＳリスクマーカー又はＥＲＡＰ１多型は、例えば、他のＳＮＰ（一塩基多型）、マイクロサテライトマーカー、他の対立遺伝子又は他の種類の遺伝的多型であり得る、それらの等価遺伝子マーカーを検出することによっても同定することができる。例えば、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＥＲＡＰ１多型自体ではなく、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＥＲＡＰ１多型と同じハプロタイプにおける遺伝子マーカーの存在は、ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する患者の可能性を示すものであり得る。１つの遺伝子座における対立遺伝子の１つの存在が他の遺伝子座における他の対立遺伝子の存在を予測する傾向がある場合、同じ染色体上の異なる遺伝子座における２つの特定の対立遺伝子は、連鎖不平衡（ＬＤ）であると言われる。本明細書で連鎖変異体又はプロキシ変異体と呼ぶ、そのような変異体は、対象のより十分な応答対立遺伝子と高いＬＤの状態にあるいずれかのタイプの変異体（例えば、ＳＮＰ、挿入又は欠失）であり得る。候補連鎖変異体は、現在公知である多型の対立遺伝子であり得る。他の候補連鎖変異体は、多型を発見するための当技術分野で周知のいずれかの技術を用いて当業者により容易に特定され得る。
【０１２７】
対象の対立遺伝子と候補連鎖変異体との間のＬＤの程度は、当技術分野で公知のＬＤ測定法を用いて測定することができる。ゲノム領域におけるＬＤパターンは、２つの対立遺伝子（例えば、異なるＰＳにおけるヌクレオチド間）が連鎖不平衡の状態にあるかどうかを判定するための当技術分野で公知の様々な技術を用いて適切に選択される試料において容易に経験的に決定される（例えば、GENETIC DATA ANALYSIS II、Weir、Sineuer Associates,Inc. Publishers、Sunderland、MA 1996年参照）。当業者は、ＬＤを判定するどの方法が特定の母集団標本の大きさ及びゲノム領域に最適であるかを容易に選択することができる。連鎖不平衡の最も頻繁に用いられる尺度の１つは、Devlinら（Genomics、29巻(2号)、311〜22頁(1995年)）により記載された式を用いて計算されるｒである。「ｒ」は、第１の遺伝子座における対立遺伝子Ｘが同じ染色体上の第２の遺伝子座における対立遺伝子Ｙの存在をどの程度十分に予測するかの尺度である。「ｒ」は、予測が完全である場合、１．０に達する。
【０１２８】
好ましくは、連鎖変異体の遺伝子座は、表１及び表２で開示した多型部位の１つにわたる約２００キロ塩基、より好ましくは１００キロ塩基、より好ましくは約１０ｋｂのゲノム領域に存在する。他の連鎖変異体は、より十分な応答対立遺伝子とのＬＤが、適切な参照母集団において測定したとき、少なくとも０．７５、より好ましくは少なくとも０．８０、さらにより好ましくは少なくとも０．８５又は少なくとも０．９０、さらにより好ましくは少なくとも０．９５、最も好ましくは１．０のｒ２値を有するものである。このｒの測定に用いられる参照母集団は、一般集団、ＩＬ−１７アンタゴニストを使用している集団、ＩＬ−１７アンタゴニストが有効性を示す特定の状態を有すると診断された集団（ＡＳ患者など）又はメンバーが白人、アフリカ系アメリカ人、ラテンアメリカ系アメリカ人、ラテンアメリカ人、先住アメリカ人等などの同じ民族集団に属すると自己同定される集団、又はこれらのカテゴリーのいずれかの組合せであり得る。好ましくは、参照母集団は、ＩＬ−１７アンタゴニストによって治療される患者の集団の遺伝的多様性を反映する。
【０１２９】
ＡＳ応答タンパク質のレベル、ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル、ＥＲＡＰ１活性のレベル、又はＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答タンパク質の存在（若しくは非存在）の解析は、別個に又は他の遺伝子配列（例えば、ＡＳリスクマーカー）を解析しながら同時に行うことができる。例えば、当業者は、複数のＡＳ非応答対立遺伝子、複数のＡＳ応答対立遺伝子、複数のＡＳリスクマーカー、複数のＡＳ応答タンパク質及びそれらのいずれかの組合せについて試料を解析することができる。したがって、本開示の１つの態様において、遺伝子産物、例えば、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＲＮＡ、ポリペプチド及びその断片の配列に対応するプローブを既知の位置に特異的にハイブリダイズ又は結合させることができるアレイを提供する。したがって、患者の様々なゲノム又は生化学的マーカーについて患者からの生物学的試料を同時に解析するためにそのようなアレイを用いることができる。
【０１３０】
ＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子又はＥＲＡＰ１多型の存在、ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルを決定することを必要とする本明細書で述べた方法のいずれかを実施するに際して、そのような決定は、患者が対象のマーカーを有するかどうかを判定するのに患者の遺伝組成に関する十分な情報を含むデータレポジトリを調べることによって行うことができる。好ましくは、データリポジトリは、個体に存在する（又は存在しない）遺伝子型を収載している。データリポジトリは、適切な情報又は遺伝データを保存することができるコンピュータ又は他の電子又は非電子媒体によりアクセスできる個々の患者記録、医療データカード、ファイル（例えば、フラットＡＳＣＩＩファイル）を含み得る。本明細書で用いているように、医療データカードは、磁気データカード、オンボード処理ユニットを有し、ドイツ・ミュンヘンのＳｉｅｍｅｎｓなどの製造供給元により販売されている、スマートカード、又はフラッシュメモリカードなどの携帯型保存デバイスである。データリポジトリがコンピュータによりアクセスできるファイルである場合、そのようなファイルは、サーバー、クライアント、ハードディスク、ＣＤ、ＤＶＤ、パームパイロットなどの携帯情報端末、テープ、ジップディスク、コンピュータの内部ＲＯＭ（読出し専用メモリ）又はインターネット若しくはワールドワイドウェブを含む様々な媒体に格納することができる。コンピュータによりアクセスできるファイルの保存用の他の媒体は、当業者に明らかである。
【０１３１】
一般的に、ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質／活性のレベル、ＡＳ応答タンパク質のレベル、ＡＳ非応答対立遺伝子の存在、ＡＳ応答対立遺伝子の存在又はＥＲＡＰ１多型の存在が決定されたならば、医師又は遺伝カウンセラー又は患者又は他の研究者に結果を知らせることができる。具体的には結果は、他の研究者又は医師又は遺伝カウンセラー又は患者に知らせる又は伝達できる伝達可能な形の情報として投入することができる。そのような形は、変化し得るものであり、有形又は無形であり得る。結果は、説明的陳述、図表、写真、チャート、画像又は他の視覚形態として具体化することができる。例えば、ＰＣＲ産物のゲル電気泳動の画像は、結果を説明するのに用いることができる。変異体が個々の対立遺伝子において発生する場合を示す図表も試験結果を示すのに有用である。ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質／活性のレベル、ＡＳ応答タンパク質のレベル、ＡＳ非応答対立遺伝子の存在、ＡＳ応答対立遺伝子の存在及びＥＲＡＰ１多型の存在に関する記述も試験結果を示すうえで有用である。これらの陳述及び視覚形態は、紙、コンピュータ可読媒体、例えばフロッピーディスク、コンパクトディスク等などの有形媒体、又は無形媒体、例えば、インターネット若しくはイントラネット上のｅメール若しくはウェブサイトの形の電子媒体に記録することができる。さらに、結果は、音の形で記録し、電話、ファクシミリ、無線携帯電話、インターネット電話などにより適切な媒体、例えば、アナログ若しくはデジタルケーブル回線、光ファイバーケーブルなどを経て伝達することもできる。そのようなすべての形態（有形及び無形）は、「伝達可能な形の情報」を構成することとなる。したがって、試験結果に関する情報及びデータは、世界のあらゆる場所で発生させ、異なる場所に伝達することができる。例えば、遺伝子型同定アッセイが海外で実施される場合、試験結果に関する情報及びデータを上述のような伝達可能な形で発生させ、投入することができる。伝達可能な形の試験結果は、そのようにして米国に輸入することができる。したがって、本開示は、個体におけるＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質／活性のレベル、ＡＳ応答タンパク質のレベル、又はＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子若しくはＥＲＡＰ１多型の存在に関するデータを含む伝達可能な形の情報を発生させる方法も含む。この形態の情報は、ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に対するＡＳを有する患者の反応性を予測するのに、当情報に基づいて治療の方向性を選択するのに、及び当情報に基づいて患者を選択的に治療するのに有用である。
【０１３２】
本明細書で開示するのは、患者からの生物学的試料中のＡＳ非応答対立遺伝子（ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子若しくはｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子）の存在又はＡＳ応答対立遺伝子（ｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子若しくはｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子）の存在を検出するステップを含み、ａ）ＡＳ非応答対立遺伝子の存在が、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の低減を示し、ｂ）ＡＳ応答対立遺伝子の存在が、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を示す、ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に反応する可能性を予測する方法である。いくつかの実施形態において、該方法は、患者から生物学的試料を得るステップをさらに含み、得るステップは、検出するステップの前に実施する。
【０１３３】
本明細書で開示するのは、患者からの生物学的試料中の少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質（Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９）の試験レベルを検出するステップを含み、試験レベルが少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きい場合、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を有し、試験レベルが対照レベルより小さい場合、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の低減を有する、ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に反応する可能性を予測する方法である。
【０１３４】
本明細書で開示するのは、ａ）患者からの生物学的試料中の少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質（Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９）の試験レベルを検出するステップと、ｂ）少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルを少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルと比較するステップとを含み、試験レベルが対照レベルより大きい場合、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の増大を有し、試験レベルが対照レベルより小さい場合、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の低減を有する、ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に反応する可能性を予測する方法である。
【０１３５】
いくつかの実施形態において、検出するステップは、対象の目的物（例えば、対立遺伝子、タンパク質レベル等）について患者からの生物学的試料を直接アッセイすることにより実施する。上述の方法のいくつかの実施形態において、対象の対立遺伝子の存在又は非存在は、ゲノム配列、核酸産物、ポリペプチド産物又は等価遺伝子マーカーについて生物学的試料をアッセイすることにより検出することができる。対象の対立遺伝子は、ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子、ｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子、ｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子及び／又はｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子であり得る。上述の方法のいくつかの実施形態において、ＩＬ−２３Ｒ  ＳＮＰ、ＩＬ−１Ｒ２  ＳＮＰ、ＡＮＴＸＲ２  ＳＮＰ、ＩＬ−１７Ａ  ＳＮＰ及びＨＬＡ対立遺伝子、例えば、ｒｓ１１２０９０２６対立遺伝子、ｒｓ１０８６５３３１対立遺伝子、ｒｓ２３１０１７３対立遺伝子、ｒｓ４３３３１３０対立遺伝子、ｒｓ２２４２９４４対立遺伝子、ｒｓ１９７４２２６対立遺伝子、ｒｓ７７４７９０９対立遺伝子、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０４又はＨＬＡ−Ｂ＊２７からなる群から選択される少なくとも１つのＡＳリスクマーカーの存在について生物学的試料をさらにアッセイする。
【０１３６】
本明細書で開示するのは、対照と比べて患者からの生物学的試料中のＥＲＡＰ１発現（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルを検出するステップを含み、対照と比べてＥＲＡＰ１発現のレベルの低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下が、患者がＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に反応する可能性の増大を示すものである、ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に反応する可能性を予測する様々な方法でもある。そのような実施形態において、対照は、ＩＬ−１７アンタゴニストよる治療に不十分に反応することが知られている被験者から得られるＥＲＡＰ１発現の参照レベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルである。
【０１３７】
本明細書で開示するのは、対照と比べて患者からの生物学的試料中のＥＲＡＰ１発現（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルを検出するステップを含み、対照と比べてＥＲＡＰ１発現の同様なレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質の同様なレベル又はＥＲＡＰ１活性の同様なレベルが、患者がＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に反応する可能性の増大を示すものである、ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に反応する可能性を予測する様々な方法でもある。そのような実施形態において、対照は、ＩＬ−１７アンタゴニストよる治療に十分に反応することが知られている被験者から得られるＥＲＡＰ１発現の参照レベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルである。
【０１３８】
いくつかの実施形態において、ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルは、対照と比べてＥＲＡＰ１発現のレベルの低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下及び／又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下をもたらすＥＲＡＰ１多型について生物学的試料をアッセイすることにより測定する。
【０１３９】
上述の方法のいくつかの実施形態において、生物学的試料は、滑液、血液、血清、糞便、血漿、尿、涙液、毛球細胞、唾液、脳脊髄液、白血球試料及び組織試料からなる群から選択される。上述の方法のいくつかの実施形態において、対象の対立遺伝子又は対象のタンパク質のレベル（場合によって）の存在又は非存在は、ノーザンブロット解析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎを用いたアッセイ、直接配列決定法、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖高次構造多型の解析、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能溶融分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動、サザンブロット、ウエスタンブロット、タンパク質配列決定法、免疫検定、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリ、ＨＰＬＣ及び質量分析からなる群から選択される技術により検出する。アッセイは、対象の対立遺伝子の存在又は非存在を判断するのに用いることができる装置である、「自動分析装置」を用いることによって実施することができる。例えば、ＰＣＲ装置、自動シークエンサー、分光計、デンシトメーター、プレートリーダー、シンチレーション計数管等である。
【０１４０】
上述の方法のいくつかの実施形態において、対象の対立遺伝子を用いて、短又は長期アウトカムを予測する。短期アウトカムは、例えば、炎症の徴候及び症状の改善により測定することができるが、一方、長期アウトカムは、例えば、従来のＸ線写真及び撮像代替法としてのＭＲＩ、機能スコア（ＢＡＳＦＩ、ＢＡＳＭＩ）並びに生活の質（ＱｏＬ）ツールにより測定することができる。
【０１４１】
治療の方法及びＩＬ−１７アンタゴニストの使用
開示した方法は、臨床医が個別療法をＡＳ患者に提供することを可能にする。すなわち、それらは、ＡＳ患者をＩＬ−１７アンタゴニストにより治療するかどうか又はＡＳ患者を異なるＡＳ薬（例えば、ＮＳＡＩＤ、ＴＮＦアルファアンタゴニスト、ＤＭＡＲＤ、コルチコステロイド若しくはそれらの組合せ）により治療するかどうかの決定を可能にする。このような方法で、臨床医は、ＡＳに罹患した患者の全集団におけるＩＬ−１７拮抗作用の恩恵を最大限にし、そのリスクを最小限にすることができる。ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）或いはＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片）は、特に、ＡＳ非応答対立遺伝子を有さない、ＡＳ応答対立遺伝子を有する、又は１つ若しくはいくつかのＡＳ応答タンパク質のレベルの上昇を有するＡＳ患者におけるＡＳの治療、予防又は改善（例えば、炎症の徴候及び症状並びに構造変化の臨床上及び画像上の証拠、さらなる関節びらんの予防、関節構造の改善、強直の予防、長期身体障害の予防等［例えば、ＢＡＳＦＩ、ＢＡＳＭＩ、腱付着部炎スコア、生活の質（ＱｏＬ）スコア等の改善］）に有用であることが理解される。
【０１４２】
ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）或いはＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体又はその抗原結合断片）は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏで用いて、又は医薬組成物に混入し、ｉｎ  ｖｉｖｏで個体（例えば、ヒト患者）に投与して、例えば、ＡＳ非応答対立遺伝子を有さない、ＡＳ応答対立遺伝子を有する、ＡＳ応答タンパク質のレベルの上昇を有する、或いはＥＲＡＰ１発現のレベル及び／又はＥＲＡＰ１タンパク質／活性のレベルの低下を有するＡＳ患者におけるＡＳを治療、改善又は予防することができる。医薬組成物は、その意図した投与経路に適合するように処方するものとする（例えば、経口組成物は、一般的に不活性希釈剤又は可食性担体を含む）。投与経路の他の非限定的な例としては、非経口（例えば、静脈内）、皮内、皮下、経口（例えば、吸入）、経皮（局所）、経粘膜及び直腸投与などがある。
【０１４３】
ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）は、薬学的に許容される担体と混合した場合、医薬組成物として用いることができる。そのような組成物は、ＩＬ−１７アンタゴニストに加えて、担体、様々な希釈剤、充填剤、塩、緩衝剤、安定化剤、可溶化剤及び当技術分野で周知の他の物質を含んでいてもよい。担体の特性は、投与経路に依存する。開示した方法に用いる医薬組成物は、特定の標的障害の治療のための追加の治療薬も含んでいてもよい。例えば、医薬組成物は、抗炎症薬も含んでいてもよい。そのような追加の因子／薬剤は、ＩＬ−１７結合性分子との相乗効果を産生するために又はＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）により引き起こされる副作用を最小限にするために医薬組成物に含めることができる。
【０１４４】
開示した方法に用いる医薬組成物は、従来の方法で製造することができる。１つの実施形態において、医薬組成物は、凍結乾燥体として提供する。即時投与のために、それを適切な水性担体、例えば、滅菌注射用水又は滅菌緩衝生理食塩水に溶解する。ボーラス注射ではなく注入による投与のためにより大きい容積の溶液を調製することが望ましいと考えられる場合、ヒト血清アルブミン又は患者自身のヘパリン加血液を調合時に生理食塩水に混入することが好都合であり得る。過剰なそのような生理的に不活性なタンパク質の存在により、注入溶液とともに用いられる容器及びチューブの壁上への吸着による抗体の損失が予防される。アルブミンを用いる場合、適切な濃度は、生理食塩溶液の０．５から４．５重量％である。他の製剤は、液体又は凍結乾燥製剤を含む。
【０１４５】
抗体、例えば、ＩＬ−１７に対する抗体は、一般的に非経口投与の準備が整った水性の形で又は投与前の前に適切な希釈剤で再構成するための凍結乾燥体として製剤化される。開示した方法及び使用のいくつかの実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７抗体、例えば、セクキヌマブを凍結乾燥体として製剤化する。適切な凍結乾燥製剤は、皮下投与を可能にするために少量の液体（例えば、２ｍｌ以下）で再構成することができ、低レベルの抗体凝集を有する溶液となり得る。製品ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（商標）（トラツズマブ）、ＲＩＴＵＸＡＮ（商標）（リツキシマブ）、ＳＹＮＡＧＩＳ（商標）（パリビズマブ）等を含む、医薬品の有効成分としての抗体の使用は、現在広く知られている。医薬品用への抗体の精製の技術は、当技術分野で周知である。治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）を静脈内、皮膚又は皮下注射する場合、ＩＬ−１７アンタゴニストは、発熱物質不含有の非経口で許容できる溶液の形態である。静脈内、皮膚又は皮下注射用の医薬組成物は、ＩＬ−１７アンタゴニストに加えて、塩化ナトリウム、リンゲル液、デキストロース、デキストロース及び塩化ナトリウム、乳酸加リンゲル液などの等張性賦形剤又は当技術分野で公知の他の賦形剤を含み得る。
【０１４６】
適切な用量は、もちろん、例えば、用いられる特定のＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）、宿主、投与方法並びに治療される状態の性質及び重症度並びに患者が受けた以前の治療の性質によって異なる。最終的には、医療提供者が個々の患者を治療するためのＩＬ−１７アンタゴニストの量を決定する。いくつかの実施形態において、医療提供者は、低用量のＩＬ−１７アンタゴニストを投与し、患者の反応を観察することができる。他の実施形態において、患者に投与するＩＬ−１７アンタゴニストの初回用量（単数又は複数）は、高く、次いで、再発の徴候が発生するまで用量を下方調節する。患者にとって最適な治療効果が得られるまで、より高い用量のＩＬ−１７アンタゴニストを投与することができ、一般的に用量をさらに増加させない。
【０１４７】
本開示の治療の方法又は使用の一部を実施するに際して、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）を患者、例えば、哺乳動物（例えば、ヒト）に投与する。開示した方法がＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子及びＡＳ応答タンパク質のレベルの存在（又は非存在）によってＡＳ患者の異なる治療を提供すると理解されるが、これは、患者をＩＬ−１７アンタゴニストにより最終的に治療すべきである場合、そのようなＩＬ−１７アンタゴニスト療法が必然的に単剤療法であることを排除しない。実際、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に選択される場合、ＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）は、単独で、又はＡＳ患者を治療するための他の薬剤及び療法と併用して、例えば、免疫抑制薬、疾患修飾抗リウマチ薬（ＤＭＡＲＤ）（例えば、スルファサラジン）、疼痛管理薬、ステロイド、非ステロイド抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、サイトカインアンタゴニスト、骨同化作用薬、骨抗吸収薬及びそれらの組合せ（例えば、２剤及び３剤療法）などの少なくとも１つの追加の薬と併用して投与することができる。１つ又は複数の追加のＡＳ薬剤と併用投与する場合、ＩＬ−１７アンタゴニストを他の薬剤と同時に又は連続的に投与することができる。連続的に投与する場合、担当医は、他の薬剤と併用してＩＬ−１７アンタゴニストを投与する適切な順序及び共送達のための適切な用量を決定する。
【０１４８】
ＡＳ患者の治療のためのＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）との併用に有用な非ステロイド抗炎症薬及び疼痛管理薬は、プロピオン酸誘導体、酢酸誘導体、エノール酸誘導体、フェナム酸誘導体、Ｃｏｘ阻害薬、例えば、ルミラコキシブ、イブプロフェン、フェノプロフェン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、インドメタシン、スリンダク、エトドラク、ケトロラク、ナブメトン、アスピリン、ナプロキセン、バルデコキシブ、エトリコキシブ、ＭＫ０９６６、ロフェコキシブ、アセトミノフェン（acetominophen）、セレコキシブ、ジクロフェナク、トラマドール、ピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカム、イソキシカム、メファナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム（tolfenamic）、バレデコキシブ、パレコキシブ、エトドラク、インドメタシン、アスピリン、イブプロフェン、フィロコキシブを含む。ＡＳ非応答対立遺伝子を有さないＡＳ患者の治療のための、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブとの併用に有用なＤＭＡＲＤは、メトトレキセート（ＭＴＸ）、抗マラリア薬（例えば、ヒドロキシクロロキン及びクロロキン）、スルファサラジン、レフルノミド、アザチオプリン、シクロスポリン、金塩、ミノサイクリン、シクロホスファミド、Ｄ−ペニシラミン、ミノサイクリン、オーラノフィン、タクロリムス、ミオクリシン、クロラムブシルを含む。ＡＳ非応答対立遺伝子を有さないＡＳ患者の治療のための、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブとの併用に有用なステロイド（例えば、グルココルチコイド）は、プレドニゾロン、プレドニゾン、デキサメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、ベタメタゾン、トリアムシノロン、ベクロメタソーム（beclometasome）、フルドロコチゾン（fludrocottisone）、デオキシコルチコステロン、アルドステロンを含む。
【０１４９】
ＡＳ患者の治療のための、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブとの併用に有用な可能性がある生物学的薬剤は、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）；ＴＡ−６５０）、イラリス（ＩＬＬＡＲＩＳ（登録商標）（カナキヌマブ））、セルトリズマブペゴル（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標）；ＣＤＰ８７０）、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｎｉ（登録商標）；ＣＮＴＯ１４８）、アナキナス（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）；ＭａｂＴｈｅｒａ（登録商標））、アバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ（登録商標））、トシリズマブ（ＲｏＡｃｔｅｍＡＳ／Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標））、インテグリンアンタゴニスト（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標）（ナタリズマブ））、ＣＤ４アンタゴニスト、さらなるＩＬ−１７アンタゴニスト（ＬＹ２４３９８２１、ＲＧ４９３４、ＡＭＧ８２７、ＳＣＨ９００１１７、Ｒ０５３１００７４、ＭＥＤＩ−５７１、ＣＡＴ−２２００）、ＩＬ−２３アンタゴニスト、ＩＬ−２０アンタゴニスト、ＩＬ−６アンタゴニスト、ＴＮＦアルファアンタゴニスト（例えば、ＴＮＦアルファアンタゴニスト又はＴＮＦアルファ受容体アンタゴニスト、例えば、ペグスネルセプト等）、ＢＬｙＳアンタゴニスト（例えば、アタシセプト、Ｂｅｎｌｙｓｔａ（登録商標）／ＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）（ベリムマブ））、ｐ３８阻害薬、ＣＤ２０アンタゴニスト（オクレリズマブ、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標）））、インターフェロンガンマアンタゴニスト（ホントリズマブ）を含む。
【０１５０】
ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブは、非経口的に、例えば、前肘若しくは他の末梢静脈に静脈内に、筋肉内に又は皮下に好都合に投与される。本開示の医薬組成物を用いる静脈内（ｉ．ｖ．）療法の継続期間は、治療される疾患の重症度並びに個々の患者の状態及び個人的反応によって異なる。本開示の医薬組成物を用いる皮下（ｓ．ｃ．）療法も考えられる。医療提供者は、本開示の医薬組成物を用いる、ｉ．ｖ．又はｓ．ｃ．療法の適切な継続期間及び療法の施行の時期を決定する。
【０１５１】
ＡＳ非応答対立遺伝子を有さない、ＡＳ応答対立遺伝子を有する又はＡＳ応答タンパク質のレベルの上昇を有するＡＳ患者を治療するための好ましい投与及び治療計画（導入及び維持計画を含む）は、ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０６４３０７（その全体として参照により本明細書に組み込まれる）に提供されている。特定の患者、例えば、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）による治療に対して不十分な反応を示す患者について用量の増加が必要であり得る（例えば、導入及び／又は維持相中）ことは、理解されよう。したがって、セクキヌマブのｓ．ｃ．用量は、約７５ｍｇ〜約３００ｍｇ（ｓ．ｃ．）より大きい、例えば、約８０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１２５ｍｇ、約１７５ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ等であり得る。同様に、ｉ．ｖ．用量は、約１０ｍｇ／ｋｇより大きい、例えば、約１１ｍｇ／ｋｇ、１２ｍｇ／ｋｇ、１５ｍｇ／ｋｇ、２０ｍｇ／ｋｇ、２５ｍｇ／ｋｇ、３０ｍｇ／ｋｇ、３５ｍｇ／ｋｇ等であり得る。特定の患者、例えば、ＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療に対して有害反応を示す患者について用量の減少が必要であり得る（例えば、導入及び／又は維持相中）ことも、理解されよう。したがって、セクキヌマブの用量は、約７５ｍｇ〜約３００ｍｇ（ｓ．ｃ．）未満、例えば、約２５ｍｇ、約５０ｍｇ、約８０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１２５ｍｇ、約１７５ｍｇ、約２００ｍｇ、２５０ｍｇ等であり得る。同様に、ｉ．ｖ．用量は、約１０ｍｇ／ｋｇ未満、例えば、約９ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ等であり得る。
【０１５２】
本明細書で開示するのは、患者がｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子又はｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子から選択されるＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを選択的に投与するステップを含む、ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法である。本明細書で開示するのは、患者がｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子又はｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子から選択されるＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを選択的に投与するステップを含む、ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法でもある。
【０１５３】
本明細書で開示するのは、ａ）患者がＡＳ応答対立遺伝子（ｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子又はｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子）を有することに基づいて又は患者がＡＳ非応答対立遺伝子（ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子又はｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子）を有さないことに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）を選択的に投与するステップ、或いはｂ）患者がＡＳ応答対立遺伝子を有さないこと基づいて又は患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有することに基づいて前記患者に治療上有効量の異なるＡＳ薬（例えば、ＮＳＡＩＤ、ＴＮＦアルファアンタゴニスト、スルファサラジン、メトトレキセート、コルチコステロイド及びそれらの組合せ）を選択的に投与するステップを含む、ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法である。
【０１５４】
本明細書で開示するのは、ａ）患者がＡＳ応答対立遺伝子（ｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子又はｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子）を有することに基づいて又は患者がＡＳ非応答対立遺伝子（ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子又はｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子）を有さないことに基づいてＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療のために患者を選択するステップと、ｂ）その後、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に投与するステップとを含む、ＩＬ−１７アンタゴニストによりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法でもある。
【０１５５】
本明細書で開示するのは、ａ）患者からの生物学的試料をＡＳ応答対立遺伝子（ｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子又はｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子）又はＡＳ非応答対立遺伝子（ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子又はｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子）の存在又は非存在についてアッセイするステップと、ｂ）その後、ｉ．患者からの生物学的試料がＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて若しくは患者からの生物学的試料がＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいて、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に又はｉｉ．患者からの生物学的試料がＡＳ応答対立遺伝子を有さないことに基づいて若しくは患者からの生物学的試料がＡＳ非応答対立遺伝子を有することに基づいて治療上有効量の異なるＡＳ薬（例えば、ＮＳＡＩＤ、ＴＮＦアルファアンタゴニスト、スルファサラジン、メトトレキセート、コルチコステロイド及びそれらの組合せ）を患者に選択的に投与するステップとを含む、ＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）によりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法でもある。
【０１５６】
本明細書で開示するのは、ａ）患者からの生物学的試料をＡＳ応答対立遺伝子（ｒｓ２２０１８４１応答対立遺伝子又はｒｓ１１２０９０３２応答対立遺伝子）又はＡＳ非応答対立遺伝子（ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子又はｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子）の存在又は非存在についてアッセイするステップと、ｂ）その後、患者からの生物学的試料がＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて又は患者からの生物学的試料がＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいてＩＬ−１７アンタゴニストによる治療のために患者を選択するステップと、ｃ）その後、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に投与するステップとを含む、ＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）によりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法でもある。
【０１５７】
いくつかの実施形態において、方法は、投与するステップの前に実施する、少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルについて患者からの生物学的試料をアッセイするステップをさらに含む。
【０１５８】
いくつかの実施形態において、ＡＳ非応答対立遺伝子又はＡＳ応答対立遺伝子は、ＡＳ非応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答対立遺伝子のゲノム配列、ＡＳ非応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答対立遺伝子の核酸産物、ＡＳ非応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答対立遺伝子のポリペプチド産物、又はＡＳ非応答対立遺伝子若しくはＡＳ応答対立遺伝子の等価遺伝子マーカーについて生物学的試料をアッセイすることにより検出する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのＡＳ非応答対立遺伝子の存在又はＡＳ応答対立遺伝子の存在は、ノーザンブロット解析、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、ＴａｑＭａｎを用いたアッセイ、直接配列決定法、動的対立遺伝子特異的ハイブリダイゼーション、高密度オリゴヌクレオチドＳＮＰアレイ、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）アッセイ、プライマー伸長アッセイ、オリゴヌクレオチドリガーゼアッセイ、一本鎖高次構造多型の解析、温度勾配ゲル電気泳動（ＴＧＧＥ）、変性高速液体クロマトグラフィー、高分解能溶融分析、ＤＮＡミスマッチ結合タンパク質アッセイ、ＳＮＰＬｅｘ（登録商標）、キャピラリー電気泳動、サザンブロット、免疫検定、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、フローサイトメトリー、ウエスタンブロット、ＨＰＬＣ及び質量分析からなる群から選択される技術により検出する。
【０１５９】
本明細書で開示するのは、ａ）患者が少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きい少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質（Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９）の試験レベルを有することに基づいて前記患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）を選択的に投与するステップ、又はｂ）患者が少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより小さい少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルを有することに基づいて前記患者に治療上有効量の異なるＡＳ薬（例えば、ＮＳＡＩＤ、ＴＮＦアンタゴニスト、スルファサラジン、メトトレキセート、コルチコステロイド及びそれらの組合せ）を選択的に投与するステップを含む、ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法である。
【０１６０】
本明細書で開示するのは、ａ）患者が少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きい少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質（Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９）の試験レベルを有することに基づいて、ＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）による治療のために前記患者を選択するステップと、ｂ）その後、患者に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを投与するステップを含む、ＩＬ−１７アンタゴニストによりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法である。
【０１６１】
本明細書で開示するのは、ａ）少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質（Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９）の試験レベルについてＡＳ患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、ｂ）その後、ｉ．少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルが少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きいことに基づいて治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）、又はｉｉ．少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルが少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより小さいことに基づいて治療上有効量の異なるＡＳ薬を患者に選択的に投与するステップとを含む、ＡＳを有する患者を選択的に治療する方法である。
【０１６２】
本明細書で開示するのは、ａ）少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質（Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９）の試験レベルについてＡＳ患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、ｂ）その後、少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の試験レベルが少なくとも１つのＡＳ応答タンパク質の対照レベルより大きいことに基づいてＩＬ−１７アンタゴニストによる治療のために患者を選択するステップと、ｃ）その後、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストを患者に投与するステップとを含む、ＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、セクキヌマブ）によりＡＳを有する患者を選択的に治療する方法である。
【０１６３】
いくつかの実施形態において、ＡＳ応答タンパク質の試験レベルは、免疫測定法、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット、ＨＰＬＣ及び質量分析からなる群から選択される技術により検出する。いくつかの実施形態において、生物学的試料を、ＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子、ＡＳリスクマーカー又はそれらの組合せの存在についてさらにアッセイする。
【０１６４】
いくつかの実施形態において、対照レベルは、あらかじめ定めた参照標準又はＩＬ−１７非反応者からの対照生物学的試料から得られる。いくつかの実施形態において、試験レベルは、少なくとも１つのＡＳリスクタンパク質のポリペプチド産物のレベルを分析することにより得られる。
【０１６５】
本明細書で開示するのは、患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有さないことに基づいて治療のために選択される又は患者がＡＳ応答対立遺伝子を有することに基づいて治療のために選択される、ＡＳを有する患者を治療するのに用いる薬剤の製造に用いるＩＬ−１７アンタゴニストである。
【０１６６】
本明細書で開示するのは、ＡＳ非応答対立遺伝子を有さないと特徴づけられる患者又はＡＳ応答対立遺伝子を有すると特徴づけられる患者におけるＡＳの治療用の薬剤の製造用のＩＬ−１７アンタゴニストであり、薬剤は、容器を含むように調合され、各容器は、単位用量当たり少なくとも約７５ｍｇ〜約１５０ｍｇのＩＬ−１７アンタゴニストの送達を可能にするのに十分な量のＩＬ−１７アンタゴニスト、又は単位用量当たり少なくとも約１０ｍｇのＩＬ−１７アンタゴニスト／ｋｇ患者体重の送達を可能にするのに十分な量のＩＬ−１７アンタゴニストを含む。また本明細書で開示するのは、ＡＳ非応答対立遺伝子を有さないと特徴づけられる患者又はＡＳ応答対立遺伝子を有すると特徴づけられる患者におけるＡＳの治療用の薬剤の製造用のＩＬ−１７アンタゴニストであり、薬剤は、単位用量当たり約１０ｍｇのＩＬ−１７アンタゴニスト／ｋｇ患者体重の静脈内送達、又は単位用量当たり約７５ｍｇ〜約１５０ｍｇのＩＬ−１７アンタゴニストの皮下送達を可能とする用量で調合される。
【０１６７】
本明細書で開示するのは、患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有さないかどうかを判定する又は患者が少なくとも１つのＡＳ応答対立遺伝子を有するかどうかを判定するステップを含み、患者が次のレジメンに対する改善された治療反応を有する：すなわち、ａ）ＩＬ−１７アンタゴニストを約１０ｍｇ／ｋｇの用量で３回患者に投与し、前記用量のそれぞれは隔週に送達し、ａ）その後、８週目に開始して、約７５ｍｇ〜約３００ｍｇのＩＬ−１７アンタゴニストを月２回、月１回、２カ月ごと又は３カ月ごとに患者に投与する、ＩＬ−１７アンタゴニストを用いるＡＳの治療のために患者を選択するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ試験方法である。
【０１６８】
本明細書で開示するのは、患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有さないかどうかを判定する又は患者が少なくとも１つのＡＳ応答対立遺伝子を有するかどうかを判定するステップを含み、患者が次のレジメンに対する改善された治療反応を有する：すなわち、ａ）ＩＬ−１７アンタゴニストを約７５ｍｇ〜約３００ｍｇの用量で５回患者に投与し、前記用量のそれぞれは週１回送達し、ｂ）その後、８週目に開始して、約７５ｍｇ〜約３００ｍｇのＩＬ−１７アンタゴニストを月２回、月１回、２カ月ごと又は３カ月ごとに患者に投与する、ＩＬ−１７アンタゴニストを用いるＡＳの治療のために患者を選択するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ試験方法である。
【０１６９】
本明細書で開示するのは、患者から得られた生物学的試料中のＡＳ非応答対立遺伝子の存在又はＡＳ応答対立遺伝子の存在に関するデータを受け取るステップと、患者がＡＳ非応答対立遺伝子を有さない場合に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストをＡＳ患者に選択的に投与する又は患者がＡＳ応答対立遺伝子を有する場合に治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニストをＡＳ患者に投与するステップを含む、前記ＡＳ患者を治療する方法でもある。「データを受け取る」という語句は、あらゆる利用可能な手段による、例えば、口頭による、電子的に（例えば、電子メールにより、ディスケット又は他の媒体上にコード化することにより）、書面等により情報の所有を得ることを言うために用いられる。
【０１７０】
本明細書で開示するのは、ＥＲＡＰ１発現（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ等）のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルについて患者からの生物学的試料をアッセイするステップと、その後、患者が対照と比べてＥＲＡＰ１発現の低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下を有する場合、治療上有効量のＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブを患者に選択的に投与するステップとを含む、ＡＳを有する患者を選択的に治療する様々な方法である。そのような実施形態において、対照は、ＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に不十分に反応することが知られている被験者から得られるＥＲＡＰ１発現の参照レベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルである。
【０１７１】
いくつかの実施形態において、ＥＲＡＰ１発現のレベル、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベル又はＥＲＡＰ１活性のレベルは、対照と比べてＥＲＡＰ１発現のレベルの低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下をもたらすＥＲＡＰ１多型について患者からの生物学的試料をアッセイすることにより測定する。
【０１７２】
上述の方法の一部は、アッセイステップの前に患者から生物学的試料を得るステップをさらに含む。
【０１７３】
本明細書で用いているように、「［指定の用量］の送達を可能にするのに十分な量のＩＬ−１７アンタゴニストを有する容器」という語句は、所定の容器（例えば、バイアル、ペン、注射器）が、所望の用量を得るために用いることができる容積のＩＬ−１７アンタゴニスト（例えば、医薬組成物の一部として）をその中に収容したことを言うために用いる。例として、所望の用量が７５ｍｇである場合、臨床医は、２５ｍｇ／ｍｌの濃度を有するＩＬ−１７抗体製剤を含む容器から３ｍｌを、３７．５ｍｇ／ｍｌの濃度を有するＩＬ−１７抗体製剤を含む容器から２ｍｌを、７５ｍｇ／ｍｌの濃度を有するＩＬ−１７抗体製剤を含む容器から１ｍｌを、１５０ｍｇ／ｍｌの濃度を有するＩＬ−１７抗体製剤を含む容器から０．５ｍｌ等を使用することができる。そのような各場合において、これらの容器は、所望の７５ｍｇの用量の送達を可能にするのに十分な量のＩＬ−１７アンタゴニストを有する。
【０１７４】
本明細書で用いているように、「［指定の用量］の［投与経路］送達を可能にする投薬量で処方された」という語句は、指定の投与経路（例えば、ｓ．ｃ．又はｉ．ｖ．）により所望の用量のＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７抗体、例えば、セクキヌマブを供給するために所定の医薬組成物を用いることができることを言うために用いられる。例として、所望の皮下用量が７５ｍｇである場合、臨床医は、３７．５ｍｇ／ｍｌの濃度を有する２ｍｌのＩＬ−１７抗体製剤、７５ｍｇ／ｍｌの濃度を有する１ｍｌのＩＬ−１７抗体製剤、１５０ｍｇ／ｍｌの濃度を有する０．５ｍｌのＩＬ−１７抗体製剤等を用いることができる。そのような各場合において、これらのＩＬ−１７抗体製剤は、ＩＬ−１７抗体の皮下送達を可能にするのに十分に高い濃度である。皮下送達は、一般的に約２ｍｌ未満の容積、好ましくは約１ｍｌ以下の容積の送達を必要とする。
【０１７５】
キット
本発明はまた、患者からの生物学的試料中のＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子、ＥＲＡＰ１多型、ＡＳ応答タンパク質、ＥＲＡＰ１タンパク質又はＥＲＡＰ１活性のレベルを検出するためのキットを含む。そのようなキットは、ＡＳを有する患者がＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）による治療に反応する可能性が高い（又はより高い反応を示す）かどうかを予測するために用いることができる。例えば、キットは、生物学的試料中のＡＳ非応答対立遺伝子、ＡＳ応答対立遺伝子、及び／又はＥＲＡＰ１のレベル及び／又は活性の変化をもたらす（例えば、ＥＲＡＰ１の発現のレベルの低下、ＥＲＡＰ１タンパク質のレベルの低下又はＥＲＡＰ１活性のレベルの低下を引き起こす）ＥＲＡＰ１多型、これらの対立遺伝子の産物及び／又はこれらの対立遺伝子の等価遺伝子マーカーの存在（又は非存在）を検出することができるプローブ（例えば、オリゴヌクレオチド（oligonucleotode）、抗体、標識化合物又は他の物質）を含み得る。キットはまた、患者がＩＬ−１７アンタゴニストによる治療に反応する可能性の予測を行うことに関する指示書を含む。
【０１７６】
プローブは、ゲノム配列、核酸産物又はポリペプチド産物に特異的にハイブリダイズすることができる。具体例としてのプローブは、ｒｓ２２０１８４１、ｒｓ１１２０９０３２、ｒｓ３０１８７又はｒｓ２７４３４多型部位に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド又はコンジュゲートオリゴヌクレオチド；ｒｓ２２０１８４１、ｒｓ１１２０９０３２、ｒｓ３０１８７又はｒｓ２７４３４多型部位（例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ等からの）を増幅するためのＰＣＲプライマー並びに他のプライマー；開示した対立遺伝子によりコードされるポリペプチド産物を識別することができる抗体（例えば、ＥＲＡＰ１タンパク質におけるＬｙｓ５２８とＡｒｇ５２８とを識別することができる抗体）、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９又はＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９を検出することができる抗体、プライマー伸長オリゴヌクレオチド、対立遺伝子特異的プライマー、対立遺伝子特異的プライマー、対立遺伝子特異的プローブ及びプライマー伸長プライマーの組合せ等である。場合によって、キットは、一般集団において示される対立遺伝子であり得る、内部対照対立遺伝子を標的とするプローブを含み得る。内部対照対立遺伝子の検出は、キットの性能を保証することを意図するものである。開示するキットは、例えば、緩衝剤、保存剤又はタンパク質安定剤も含み得る。キットは、検出可能な物質を検出するために必要な成分（例えば、酵素又は基質）も含み得る。キットは、アッセイし、含まれる試験試料と比較することができる対照試料又は一連の対照試料も含み得る。キットの各構成要素は、通常、個別の容器内に封入されており、種々の容器のすべてが使用説明書とともに単一包装内に含まれている。
【０１７７】
そのようなキットも、ＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、ＩＬ−１７結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片、例えば、セクキヌマブ）又はＩＬ−１７受容体結合性分子（例えば、ＩＬ−１７抗体若しくはその抗原結合断片）（例えば、液体若しくは凍結乾燥剤形の）又はＩＬ−１７アンタゴニストを含む医薬組成物（上述の）を含み得る。さらに、そのようなキットは、ＩＬ−１７アンタゴニストを投与する手段（例えば、注射器及びバイアル、前充填注射器、前充填ペン）及び使用説明書を含み得る。これらのキットは、例えば、同封のＩＬ−１７アンタゴニスト、例えば、セクキヌマブと併用して送達するためのＡＳの治療用の追加の治療薬（上述の）を含み得る。
【０１７８】
「投与する手段」という語句は、事前充填注射器、バイアル及び注射器、ペン型注射器、自動注入装置、点滴静注及びバッグ、ポンプ等を含むが、これらに限定されない、患者に薬物トップ（drug top）を全身投与するための利用可能な器具を示すために用いられる。そのような物品を用いて、患者が薬物を自己投与する（すなわち、自身のために薬物を投与する）ことができ又は医師が薬物を投与することができる。
【０１７９】
開示するキットは、医師が複合マーカーの予測を行うことを可能にする、遺伝成分（例えば、特定のＳＮＰ）の存在又は非存在及びタンパク質の存在若しくは非存在又はそのレベルを同時に測定するのに有用なマルチプレックスキットであり得る。
【０１８０】
一般
上述の方法、治療レジメン、キット、使用及び医薬組成物において、当業者が複数の対立遺伝子又はマーカーを分析することができることが理解されよう。複合マーカーパネルは、治療法の決定を確定するために、或いは例えば、１つ若しくはいくつかのタンパク質、１つ若しくはいくつかのＳＮＰ又はその組合せ（すなわち、タンパク質及びＳＮＰ）の解析を含む、患者の反応を予測するために用いることができると想定される。例えば、臨床医は、単一患者における１つ又は複数のＥＲＡＰ１  ＳＮＰ、１つ又は複数のＩＬ２３Ｒ  ＳＮＰ並びにＳ１００Ａ８及び／又はＳ１００Ａ９のレベルを解析することを選択できると想定される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーのさらなる組合せ、例えば、さらなる遺伝子マーカー（ＡＳリスクマーカー）、転写マーカー（例えば、血液、ＰＢＭＣ、生検等から得られるｍＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ）並びにタンパク質及び細胞マーカー（例えば、血清及びＴｈ１７及びＴｒｅｇ細胞中タンパク質バイオマーカー）を分析することができる。
【０１８１】
開示した方法、治療、レジメン、使用及びキットのいくつかの実施形態において、ＩＬ−１７結合性分子は、ａ）Ｌｅｕ７４、Ｔｙｒ８５、Ｈｉｓ８６、Ｍｅｔ８７、Ａｓｎ８８、Ｖａｌ１２４、Ｔｈｒ１２５、Ｐｒｏ１２６、Ｉｌｅ１２７、Ｖａｌ１２８、Ｈｉｓ１２９を含むＩＬ−１７のエピトープに結合するＩＬ−１７抗体、ｂ）Ｔｙｒ４３、Ｔｙｒ４４、Ａｒｇ４６、Ａｌａ７９、Ａｓｐ８０を含むＩＬ−１７のエピトープに結合するＩＬ−１７抗体、ｃ）２本の成熟ＩＬ−１７タンパク質鎖を有するＩＬ−１７ホモ二量体のエピトープに結合し、前記エピトープが１本の鎖上のＬｅｕ７４、Ｔｙｒ８５、Ｈｉｓ８６、Ｍｅｔ８７、Ａｓｎ８８、Ｖａｌ１２４、Ｔｈｒ１２５、Ｐｒｏ１２６、Ｉｌｅ１２７、Ｖａｌ１２８、Ｈｉｓ１２９及び他の鎖上のＴｙｒ４３、Ｔｙｒ４４、Ａｒｇ４６、Ａｌａ７９、Ａｓｐ８０を含む、ＩＬ−１７抗体、ｄ）２本の成熟ＩＬ−１７タンパク質鎖を有するＩＬ−１７ホモ二量体のエピトープに結合し、前記エピトープが１本の鎖上のＬｅｕ７４、Ｔｙｒ８５、Ｈｉｓ８６、Ｍｅｔ８７、Ａｓｎ８８、Ｖａｌ１２４、Ｔｈｒ１２５、Ｐｒｏ１２６、Ｉｌｅ１２７、Ｖａｌ１２８、Ｈｉｓ１２９及び他の鎖上のＴｙｒ４３、Ｔｙｒ４４、Ａｒｇ４６、Ａｌａ７９、Ａｓｐ８０を含み、ＩＬ−１７結合性分子が約１００〜２００ｐＭのＫＤを有し、ＩＬ−１７結合性分子が約２３〜約３５日のｉｎ  ｖｉｖｏ半減期を有するＩＬ−１７抗体、並びにｅ）ｉ）ＡＳ配列番号８に示すアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変ドメイン（ＶＨ）、ｉｉ）ＡＳ配列番号１０に示すアミノ酸配列を含む免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）、ｉｉｉ）ＡＳ配列番号８に示すアミノ酸配列を含む免疫グロブリンＶＨドメイン及びＡＳ配列番号１０に示すアミノ酸配列を含む免疫グロブリンＶＬドメイン、ｉｖ）ＡＳ配列番号１、配列番号２及び配列番号３に示す超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン、ｖ）ＡＳ配列番号４、配列番号５及び配列番号６に示す超可変領域を含む免疫グロブリンＶＬドメイン、ｖｉ）ＡＳ配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３に示す超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン、ｖｉｉ）ＡＳ配列番号１、配列番号２及び配列番号３に示す超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン並びにＡＳ配列番号４、配列番号５及び配列番号６に示す超可変領域を含む免疫グロブリンＶＬドメイン、並びにｖｉｉｉ）ＡＳ配列番号１１、配列番号１２及び配列番号１３に示す超可変領域を含む免疫グロブリンＶＨドメイン並びにＡＳ配列番号４、配列番号５及び配列番号６に示す超可変領域を含む免疫グロブリンＶＬドメインからなる群から選択される抗体を含むＩＬ−１７抗体からなる群から選択される。開示した方法、治療、レジメン、使用及びキットの好ましい実施形態において、ＩＬ−１７アンタゴニストは、セクキヌマブである。
【０１８２】
本開示の１つ又は複数の実施形態の詳細は、上の添付の説明に示されている。本明細書で述べたものと類似の方法及び材料又は同等のものを本開示の実施又は試験に用いることができるが、好ましい方法及び材料をこれから述べる。本開示の他の特徴、目的及び利点は、説明及び特許請求の範囲から明らかとなる。本明細書及び添付の特許請求の範囲において、単数形は、文脈上明らかに別途示されない限り、複数の指示対象を含む。別途定義されない限り、本明細書で用いたすべての技術及び科学用語は、本開示が属する分野の技術者により一般的に理解されているのと同じ意味を有する。本明細書で引用したすべての特許及び刊行物は、参照により組み込まれる。以下の実施例は、本開示の好ましい実施形態をより十分に例示するために示す。これらの実施例は、添付の特許請求の範囲により定義されている、開示した患者事項（patient matter）の範囲を限定すると解釈すべきではない。
（実施例）
【実施例１】
【０１８３】
概念実証ＡＳ試験ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９
実施例１．１−試験デザインＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９
これは、事前のＴＮＦアンタゴニスト療法を受けた又は受けなかった中等度から重度のＡＳの診断を有する患者の治療用のセクキヌマブの複数回の１０ｍｇ／ｋｇ、１．０ｍｇ／ｋｇ及び０．１ｍｇ／ｋｇの投与（３週間隔で２回の注入を施行する）の２部多施設共同概念実証試験であった（図１）。第１部では、３０例の患者に４：１の比でセクキヌマブ１０ｍｇ／ｋｇ又はプラセボを投与した。第２部では、さらなる３０例の患者に２：２：１の比でセクキヌマブ０．１ｍｇ／ｋｇ、１．０ｍｇ／ｋｇ又は１０ｍｇ／ｋｇを投与した。試験は、２８日のスクリーニング期間、３週間の治療期間及び２５週間のフォローアップ期間からなっていた。スクリーニングで選択／除外基準を満たしていた被験者は、ＡＳＡＳコアセットドメイン（１〜６）（Zochlingら(2006年) Ann Rheum Dis、65巻、442〜452頁）、ＢＡＳＭＩスコア、ＢＡＳＤＡＩスコア及び医師総合評価を含む、ベースライン評価を受けた。この試験の主要エンドポイントは、６週目にＡＳＡＳ２０反応を達成する患者の割合であった。
【０１８４】
ＡＳの診断のための改訂ニューヨーク基準を満たし、その疾患がＮＳＡＩＤＳの投与で（最大用量で少なくとも３ヵ月の期間にわたる少なくとも１回のＮＳＡＩＤの投与で）制御されなかった中等度から重度のＡＳを有する患者を２×１０ｍｇ／ｋｇ  ＡＩＮ４５７又はプラセボの投与を受けるように無作為化した。患者の選択のための最小疾患活動性は、ＡＳＡＳコアセットドメイン：併用ＮＳＡＩＤの使用にもかかわらず背痛及び夜間痛スコア≧４プラスＢＡＳＤＡＩスコア≧４に基づいて評価した。安定用量のメトトレキセート（ＭＴＸ）、スルファサラジン（ＳＳＺ）及び低用量コルチコステロイドの併用は、選択／除外基準に規定されているように許容した。ＭＴＸ以外の免疫抑制剤、ＳＳＺ及び全身低用量コルチコステロイドは、ベースラインの前の１ヵ月のウォッシュアウト期間を必要とした。
【０１８５】
有効性の評価は、ＡＳＡＳコアセットに基づいており、次の評価ドメインからなっている：（１）患者全般評価（ＰＧＡ）、（２）炎症性背痛、（３）Ｂａｔｈ強直性脊椎炎機能指数（ＢＡＳＦＩ）、（４）Ｂａｔｈ強直性脊椎炎疾患活動性指数（ＢＡＳＤＡＩ）による朝のこわばり。副次的目的は、これらの変化がＡＩＮ４５７による治療による影響を受けるかどうかを検討するための、ＡＳ関連病変の定量のための採点システムを用いた脊椎の磁気共鳴撮像（ＭＲＩ）試験を含んでいた。試験の探索的目標は、中等度から重度のＡＳを有する患者における遺伝的ｍＲＮＡ発現プロファイリング、フローサイトメトリー及び血清タンパク質評価を用いてバイオマーカープロファイルを明らかにし、セクキヌマブによる治療がこれらのバイオマーカーに影響を及ぼすかどうかを判断することであった。
【０１８６】
３０例の患者を３週間隔で施行する（１日目と２２日目）セクキヌマブ（ＡＩＮ４５７）１０ｍｇ／ｋｇ  ｉ．ｖ．又はプラセボｉ．ｖ．の２回のｉ．ｖ．注入を受けるように４：１の比で無作為化した。患者を２８週目まで安全性について追跡調査した。ＡＩＮ４５７及びプラセボの６週目のＡＳＡＳ２０反応率のベイズ解析を行った。反応率の事前分布をベータ分布と特定し、各群における反応者の観測数について二項分布を仮定した。ＡＳにおける抗ＴＮＦアルファ治療の８件の無作為化プラセボ対照試験のメタ解析によるプラセボ反応率の予測分布をプラセボ反応率の事前分布として用いた。この事前値は、４３例の反応者のうちの１１例の観測（すなわち、２６％の反応率）に相当していた。弱い事前値を実薬反応率に用いた（１．５例の反応者のうちの０．５例の観測に相当）。Ｔ１及びショートタウ反転回復（ＳＴＩＲ）シーケンスを含む脊椎の矢状断ＭＲ撮像をベースライン、６週目及び２８週目に実施した。画像は、ＡＳ脊椎ＭＲＩ（ＡＳｓｐｉＭＲＩ−ａ（２））採点システムの「ベルリン修正」を用いて、治療法の割り付け及び画像の時間順序に対して盲検化された独立読影者により解析された。各治療アームにおけるベースラインとフォローアップとの間の変化の評価には、Ｗｉｌｃｏｘｏｎ符号付順位検定を用いた。
【０１８７】
ＡＳＡＳ（脊椎関節炎評価（Assessment in SpondyloArthritis））
ＡＳＡＳ（脊椎関節炎評価）コアセット（１〜６）は、次の評価ドメインからなる：（１）１００ｍｍ視覚アナログスケール（ＶＡＳ）に基づいて評価される、疾患活動性の患者全般評価；（２）１００ｍｍＶＡＳに基づいて評価される、炎症性背痛；（３）ＢＡＳＦＩにより評価される、身体機能；（４）ＢＡＳＤＡＩを用いて評価される、朝のこわばり（脊椎可動性）；（５）Ｂａｔｈ強直性脊椎炎計測指数（Metrology Index）（ＢＡＳＭＩ）スコア（頚部回旋、胸郭拡張、腰椎側方屈曲、修正Ｓｃｈｏｂｅｒ指数、後頭−壁距離）；（６）Ｍａａｓｔｒｉｃｈｔ強直性脊椎炎腱付着部炎スコア（ＭＡＳＥＳ）及びＬｅｅｄｓ腱付着部指数。
【０１８８】
ＡＳＡＳ２０反応者の定義
以下の条件の両方が成り立つ場合、及びその場合に限り、被験者をＡＳＡＳ２０反応者と定義する。
１．被験者が次の４つのドメインのうちの３つの≧２０％の改善及び≧１単位の絶対的改善を有する：患者全般評価（ＶＡＳスケールに基づいて測定、０〜１０）；疼痛（ＶＡＳスケールに基づいて測定、０〜１０）；機能（ＢＡＳＦＩにより測定、０〜１０）；炎症（ＢＡＳＤＡＩからの２つの朝のこわばりに関連する質問の平均により測定、０〜１０）；
２．被験者が可能な残りのドメインの悪化を有さない（悪化は、≧２０％の悪化及び≧１単位の絶対的悪化と定義される）。
【０１８９】
ＡＳＡＳ４０反応者の定義
以下の条件の両方が成り立つ場合、及びその場合に限り、被験者をＡＳＡＳ４０反応者と定義する。
１．被験者が次の４つのドメインのうちの３つの≧４０％の改善及び≧２単位の絶対的改善を有する：患者全般評価（ＶＡＳスケールに基づいて測定、０〜１０）；疼痛（ＶＡＳスケールに基づいて測定、０〜１０）；機能（ＢＡＳＦＩにより測定、０〜１０）；炎症（ＢＡＳＤＡＩからの２つの朝のこわばりに関連する質問の平均により測定、０〜１０）；
２．被験者が可能な残りのドメインにおける悪化を有さない（悪化は、≧４０％の悪化及び≧２単位の絶対的悪化と定義される）。
【０１９０】
ＡＳＡＳ５／６反応者の定義
被験者が次の６つのドメインのうちの５つの少なくとも２０％の改善を有する場合、及びその場合に限り、被験者をＡＳＡＳ５／６反応者と定義する：患者全般評価（ＶＡＳスケールに基づいて測定、０〜１０）；疼痛（ＶＡＳスケールに基づいて測定、０〜１０）；機能（ＢＡＳＦＩにより測定、０〜１０）；炎症（ＢＡＳＤＡＩからの２つの朝のこわばりに関連する質問の平均により測定、０〜１０）；脊椎可動性（ＢＡＳＭＩにより測定、０〜１０）；急性期反応物質（ＣＲＰにより測定）。
【０１９１】
ＡＳＡＳ部分寛解の定義
被験者が次の４つのドメインのそれぞれの＜２単位の値を有する場合、及びその場合に限り、被験者を部分寛解を達成していると定義する：患者全般評価（ＶＡＳスケールに基づいて測定、０〜１０）；疼痛（ＶＡＳスケールに基づいて測定、０〜１０）；機能（ＢＡＳＦＩにより測定、０〜１０）；炎症（ＢＡＳＤＡＩからの２つの朝のこわばりに関連する質問の平均により測定、０〜１０）。
【０１９２】
Ｂａｔｈ強直性脊椎炎機能指数（ＢＡＳＦＩ）
ＢＡＳＦＩは、ＡＳを有する患者における機能制限の程度を判定するために設計された１０項目の質問の組である。１０項目の質問は、ＡＳを有する患者からの重要なインプットを用いて選択した。最初の８項目の質問は、機能解剖に関連する活動性を考慮するものである。最後の２項目の質問は、日常生活に対応する患者の能力を評価するものである。１０ｃｍ視覚的アナログスケールを用いて、質問に答える。１０個のスケールの平均がＢＡＳＦＩスコアとなり、値は０から１０の間である。
【０１９３】
Ｂａｔｈ強直性脊椎炎疾患活動性指数（ＢＡＳＤＡＩ）
ＢＡＳＤＡＩは、ＡＳ次の５つの主要な症状：１．疲労、２．脊椎痛、３．関節痛／腫脹、４．局所圧痛の部位（腱付着部炎と呼ばれる、又は腱及び靭帯の炎症）、５．朝のこわばりの持続、６．朝のこわばりの重症度に関する６項目の質問に答えるために用いる、１から１０までのスケールからなる（１は問題なし、１０は最悪の問題）。各症状に等しい重みを与えるために、朝のこわばりに関する２つのスコアの平均値（代表値）をとる。得られる０〜５０のスコアを５で割って、最終の０〜１０のＢＡＳＤＡＩスコアを得る。４又はそれ以上のスコアは、疾患の最適以下の制御を示唆するものであり、４又はそれ以上のスコアを有する患者は、通常、患者の薬物療法の変更又は強直性脊椎炎を対象とする新薬療法を評価する臨床試験への参加の良い候補である。
【０１９４】
疾患活動性の患者の全般評価
疾患活動性の患者の全般評価は、「あなたの関節炎があなたを侵している現状を考慮して、あなたがどの程度経過が良いかについてスケール上に線を引いてください」という質問の後に、疾患活動性なしから最大の疾患活動性までの範囲の１００ｍｍ  ＶＡＳを用いて実施する。治験責任医師の施設においてスケールの左端からのｍｍ単位の距離を測定し、その値をｅＣＲＦに入力する。
【０１９５】
疼痛の強さの患者の評価
炎症性背痛の患者の評価は、無痛から耐えられない痛みまでの範囲の１００ｍｍ  ＶＡＳを用いて実施する。治験責任医師の施設においてスケールの左端からのｍｍ単位の距離を測定し、その値をｅＣＲＦに入力する。
【０１９６】
Ｂａｔｈ強直性脊椎炎計測指数（ＢＡＳＭＩ）
ＢＡＳＭＩは、脊椎運動の臨床的に有意な変化を明確にすることを目的として、軸状態を正確に評価する最小限の数の臨床的に適切な測定を用いるバリデートされた評価尺度である。パラメーターは、１．頸部回旋、２．トラガス−壁距離、３．腰椎側屈、４．修正Ｓｃｈｏｂｅｒ’ｓ、５．果間距離を含む。
【０１９７】
Ｍａａｓｔｒｉｃｈｔ強直性脊髄炎付着部スコア（ＭＡＳＥＳ）
Ｍａａｓｔｒｉｃｈｔ強直性脊髄炎付着部スコア（ＭＡＳＥＳ）は、Ｍａｎｄｅｒ指標から構築され、１３部位の評価を含む。ＭＡＳＥＳ指標に含まれる付着部炎部位は、第１肋軟骨、第７肋軟骨、上後腸骨棘、上前腸骨棘、腸骨稜（上記のすべてを両側評価する）、第５腰椎棘突起、近位アキレス（両側）である。
【０１９８】
Ｌｅｅｄｓ腱付着部指数（ＬＥＩ）
ＬＥＩは、腱付着部の評価のための次の６部位：上腕骨外側上顆Ｌ＋Ｒ、近位アキレスＬ＋Ｒ及び大腿骨外側顆のみを用いるバリデートされた腱付着部指数である。ＬＥＩは、乾癬性関節炎の適応における他のスコアと実質的から良好な一致を示したが、ＬＥＩは、強直性脊椎炎におけるＭＡＳＥＳとのより低い程度の一致を示し、したがって、この適応におけるさらなる情報をもたらす可能性がある。
【０１９９】
ＭＲＩ
脊椎の磁気共鳴撮像法（ＭＲＩ）は、これらの変化がセクキヌマブによる治療による影響を受けたかどうかを検討するために、ＡＳに関連する病変の定量化のための採点システムを用いて実施した。ＭＲＩは、臨床施設において現地で取得し、画像を伝送し、ＱＣを実施し、非識別化し（必要な場合）、中央で解析した（盲検化レビュー）。ＭＲＩスキャンは、ベースライン時（好ましくは最初の治療の前の２週間以内）並びに６週目（±１週）及び２８週目（±１週）に収集した。ＭＲＩスキャンは、炎症を評価するための静脈内注入前及び後のガドリニウムコントラスト増強ＭＲＩ並びに骨髄浮腫をモニターするためのショートタウ反転回復（ＳＴＩＲ）などの脂肪飽和技術を含んでいた。解析方法は、ほぼ全体の脊柱（Ｃ２〜Ｓ１）における炎症性変化を採点する「ＡＳｓｐｉＭＲＩ−ａのベルリン修正」（Lukas Cら(2007年) J Rheumatol、34巻(4号)、862〜70頁及びRudwaleitら(2005年)[abstract] Arthritis Rheum、50巻、S211頁）である。
【０２００】
実施例１．２−セクキヌマブは活動性強直性脊椎炎の治療において良好な安全性及び有効性を示す
人口統計及びベースライン特性は、群間で同等であった。ベースラインにおける平均（ＳＤ）ＢＡＳＤＡＩは、セクキヌマブ治療患者で７．１（１．４）であり、プラセボ治療患者で７．２（１．８）であった。プラセボ投与の３例の患者及びセクキヌマブ投与の２例の患者が、主として不十分な治療効果のため、主要エンドポイントの前に試験を中止した。１例の患者からの有効性データは、無作為化後のプロトコール違反のため利用できなかった。６週目に、有効性解析に入ったセクキヌマブ治療患者２３例中１４例がＡＳＡＳ２０反応を達成したのに対して、プラセボ治療患者６例中１例がそれを達成した（６１％対１７％、陽性治療差（positive-treatment difference）の確率＝９９．８％、信頼区間１１．５％、５６．３％）（表４）。
【０２０１】
【表４】
2015519311.tif 000005
【０２０２】
セクキヌマブ治療患者のＡＳＡＳ４０及びＡＳＡＳ５／６反応は、それぞれ３０％及び３５％であり、平均（範囲）ＢＡＳＤＡＩ変化は、−１．８（−５．６〜０．８）であった。ＡＳＡＳ２０反応者の大多数において、セクキヌマブは、治療１週以内に反応を引き起こした。ＡＳＡＳ反応率は、６週目における主要エンドポイントで最大であり、その後は２８週目の試験の終了まで低下し、これは、この概念実証試験のために選択した１及び２２日目に施行した１０ｍｇ／ｋｇの２回の投与のみの予備投与計画と一致していた。サブグループの事後解析で、ＴＮＦアルファアンタゴニスト前曝露患者（３／１０、３０％）と比べてＴＮＦアルファアンタゴニスト未投薬患者（１１／１３、８５％）で優位な反応率が示された。薬物動態プロファイルは、ＩｇＧ１  ｍＡｂについて予測された通りであり、他の適応のために投与されたセクキヌマブと同等であった。
【０２０３】
セクキヌマブが６週目にプラセボより有意に高いＡＳＡＳ２０反応を引き起こしたことから、この試験の主要エンドポイントは満たされた。早期の安全性シグナルは、この試験集団に認められなかった。
【０２０４】
実施例１．３−セクキヌマブは磁気共鳴撮像により検出されたように６週目という早期にＡＳを有する患者における脊椎炎症を低減する
磁気共鳴撮像法（ＭＲＩ）は、ＡＳにおける脊椎炎症の評価のための判断基準となるものと考えられる。したがって、我々は、セクキヌマブの２回の注入（１０ｍｇ／ｋｇ  ｉ．ｖ．）の後に認められた臨床効果がＭＲＩで認められた骨髄浮腫の低減と一致するかどうかを究明した。Ｔ１及びショートタウ反転回復（ＳＴＩＲ）シーケンスを含む脊椎の矢状断ＭＲＩをベースライン（ＢＬ）、６週目及び２８週目に実施した。画像は、ＡＳ脊椎ＭＲＩ（ＡＳｓｐｉＭＲＩ−ａ）採点システムの「ベルリン修正」を用いて、治療法の割り付け及び画像の時間順序に対して盲検化された独立読影者により解析された。各治療アームにおけるベースラインとフォローアップとの間の変化をＷｉｌｃｏｘｏｎ符号付順位検定により評価した。
【０２０５】
２７例の患者（セクキヌマブ２２例、プラセボ５例）がベースラインにおける評価可能なＭＲＩ画像を有していた。少数の患者（６週目：セクキヌマブ２例、プラセボ３例；２８週目：セクキヌマブ６例、プラセボ１例）が、主として早期の中止のため、フォローアップＭＲＩを受けなかった。ベースラインにおけるＭＲＩスコア並びに６週目及び２８週目における変化を表５に示す。ＭＲＩスコアの改善が６週目と早期に認められ、２８週目まで持続した。６週目における早期の改善は、とりわけ、より高いベースラインスコアを有していた患者に認められた。プラセボ投与患者では軽微な変化が認められたにすぎなかった。
【０２０６】
【表５】
2015519311.tif 000006
【０２０７】
活動性ＡＳを有する患者におけるこの探索的試験の結果から、セクキヌマブの２回の注入のみによる治療の後にＭＲＩにより検出されるような脊椎炎症の実質的な低減が起こったことが示唆される。ＭＲＩ変化は、治療の開始後６週目と早期に認められ、２８週目まで維持された。結果は、ＴＮＦ阻害薬による以前のＡＳ試験で得られたＭＲＩ所見と一致している。これらの結果は、セクキヌマブが活動性ＡＳを有する患者に対する可能性のある治療法であり得るという裏付けとなるものである。
【実施例２】
【０２０８】
ＡＳ試験ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９における薬理遺伝学的解析のための材料及び方法
実施例２．１：試料及び処理
試験に参加した２７例の同意患者におけるＤＮＡの遺伝子型を同定した。セクキヌマブを投与した２３例の患者を薬理遺伝学的（ＰＧ）解析に用いた。セクキヌマブ投与の１例の患者は、６週目の前に試験を中止し、したがって、除外され、その結果、２２例の患者のＰＧ解析対象集団となった。
【０２０９】
同意患者からの血液試料を個々の試験施設で採取し、Ｃｏｖａｎｃｅ（Ｇｅｎｅｖａ、Ｓｗｉｔｚａｅｌａｎｄ）に輸送した。ＰＵＲＥＧＥＮＥ  Ｄ−５０Ｋ  ＤＮＡ単離キット（Ｇｅｎｔｒａ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ、ＵＳＡ）を用いてＣｏｖａｎｃｅにより血液から各患者のゲノムＤＮＡを抽出し、遺伝子型の同定のためにＮｏｖａｒｔｉｓに輸送した。
【０２１０】
ＡＳ疾患リスク又はＩＬ１７経路と関連すると報告された合計１１例のＳＮＰ並びに他の適応症においてセクキヌマブ反応と関連することが認められた５例のＳＮＰの遺伝子型を同定した。ＴａｑＭａｎ（登録商標）遺伝子型同定は、ＡＢＩ７９００ＨＴ配列検出システムにおいてＴａｑＭａｎ  Ａｓｓａｙｓ−ｂｙ−Ｄｅｓｉｇｎ及びＡｓｓａｙｓ−ｏｎ−Ｄｅｍａｎｄ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を用いて実施した。製造業者の指示に従って、最大２０ｎｇのゲノムＤＮＡを実験に用いた。
【０２１１】
ＨＬＡ−Ｂ＊２７対立遺伝子群についても、これがＡＳの重大な遺伝的危険因子であることを考慮して遺伝子型同定に選択した。さらに、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０４対立遺伝子群（２桁対立遺伝子）を試験に含めた。その理由は、慢性関節リウマチ（ＲＡ）試験におけるセクキヌマブ治療への差別的反応との関連性があるとの以前の所見があるためである。本試験における同意患者からのすべてのＤＮＡ試料を配列特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション（ＳＳＯ）法を用いて試験した。ＳＳＯ実験は、製造業者の指示に従ってＬｕｍｉｎｅｘ  ＩＳ２００機器によりＬＡＢＴｙｐｅ（登録商標）ＨＤ  Ｂ及びＤＲＢ１型同定試験（Ｏｎｅ  ｌａｍｂｄａ，Ｉｎｃ．、ＣＡ）を用いて実施した。ＨＬＡ遺伝子型は、ＨＬＡ  Ｆｕｓｉｏｎ（登録商標）２．０ソフトウエア（Ｏｎｅ  ｌａｍｂｄａ）を用いて割り当てた。
【０２１２】
実施例２．２：統計解析
一般的に、薬理遺伝学的解析のための統計モデルは、試験する変異体の遺伝子型に関する項目を加えた、臨床試験の解析に用いられるモデルに基づくものであった。すべての変異体を個別に試験した。すなわち、１つの変異体のみを一度にモデルに含めた。すべてのＳＮＰを次のようにコード化した標準相加効果を用いて臨床的エンドポイントに対して検定した。すなわち、個体が運ぶ頻度が低い対立遺伝子のコピーの数によって、個体を０、１又は２とコード化した。個体が運ぶＨＬＡ−Ｂ＊２７対立遺伝子のコピーの数に応じて個体を０、１又は２とコード化することにより標準相加効果を用いて関連性（association）について対立遺伝子群ＨＬＡ−Ｂ＊２７を検定した。個体が運ぶＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０４対立遺伝子のコピーの数に応じて個体を０、１又は２とコード化することにより標準相加効果を用いて関連性について対立遺伝子群ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊０４を検定した。
【０２１３】
すべての関連性の検定は、相加的対立遺伝子効果についての両側一点検定であった。６週目まで試験に参加し続けたセクキヌマブ治療患者のみを遺伝子解析（Ｎ＝２２）に用いた。帰無仮説は、遺伝子型変数に関する係数がゼロに等しいことであり、対応するｐ値を示した。帰無仮説の棄却は、遺伝子型が、特定の臨床的エンドポイントにより測定されるセクキヌマブに対する反応の予測因子であったと結論することを意味するものである。
【０２１４】
すべての統計的検定は、ＳＡＳ（ＳＡＳ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  Ｉｎｃ．、Ｃａｒｙ、ＮＣ、ＵＳＡ）で行った。４週目／６週目における有効性変数ＡＳＡＳ２０、ＡＳＡＳ４０及びＡＳＡＳ５／６は、有効性エンドポイントを従属変数とし、ＳＮＰ又はＨＬＡ対立遺伝子群遺伝子型（上でコード化した）を独立変数（固定効果）として、ロジスティック回帰モデル（ＳＡＳ  ９．２  ＧＥＮＭＯＤ）を用いて別個に解析し４週目／６週目における有効性変数ＢＡＳＤＡＩは、有効性エンドポイントを従属変数とし、ＳＮＰ又はＨＬＡ対立遺伝子群遺伝子型（上でコード化した）を独立変数（固定効果）とし、ベースラインＢＡＳＤＡＩスコアを固定効果共変量として、ＡＮＣＯＶＡモデル（ＳＡＳ  ９．２  ＰＲＯＣ  ＭＩＸＥＤ）を用いて別個に解析した。小さい標本の大きさ及び１３種の遺伝子変異体の多重比較を説明するために、遺伝子型を無作為に２５０，０００回並べかえる、並べかえ検定を行った。
【実施例３】
【０２１５】
ＡＳ試験ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９における薬理遺伝学的解析の結果
実施例３．１：セクキヌマブ治療患者における遺伝子変異体とＡＩＮ４５７の有効性との関連性
１１例のＳＮＰ及び２例のＨＬＡ対立遺伝子群を含む合計１３例の変異体を有効性エンドポイントとの関連性について検定した（表６）。
【０２１６】
１３種の変異体のうち、ＥＲＡＰ１遺伝子ｒｓ３０１８７の非同義ＳＮＰが最良のｐ値を有し、ベースラインＢＡＳＤＡＩスコアについて補正した相加モデルを用いた２２例の患者における名目ｐ値は、６週目におけるＡＳＡＳ４０との関連性について８．１４×１０−５（表７）であり、４週目におけるＡＳＡＳ４０との関連性について４．４５×１０−３（表８）であった。ＥＲＡＰ１遺伝子の他のＳＮＰ  ｒｓ２７４３４も６週目にＡＳＡＳ４０との名目上有意な関連性を示した（ｐ値＝４．７５×１０−３）。
【０２１７】
６週目におけるＡＳＡＳ４０に関する２５０，０００回並べかえによる並べかえ検定は、小さい標本の大きさ及び１３種の遺伝子変異体の多重比較を説明した後にｒｓ３０１８７について有意なｐ値（補正済みｐ値＝０．００４）を示した。
【０２１８】
ＥＲＡＰ１とＡＳ疾患との関連性は、ウェルカムトラストケースコントロールコンソーシアム（Wellcome Trust Case Control Consortium）によって最初に確認され（Burtonら(2007年) Nat. Genet.、39巻、1329〜1337頁）、その後、再現され、独立コホートにおいてさらに確認された。ＥＲＡＰ１遺伝子は、染色体上に位置し、他のタンパク質をペプチドと呼ばれるより小さい断片に開裂させる酵素であるアミノペプチダーゼをコードする。ＥＲＡＰ１タンパク質は、両方が正常免疫系機能に重要である、２つの主要な生物学的機能を有する。第１に、ＥＲＡＰ１は、細胞表面上のサイトカイン受容体を開裂させ、これにより、化学的シグナルを細胞内に伝達するそれらの能力が低下し、ひいては炎症の過程が影響を受ける。第２に、ＥＲＡＰ１タンパク質は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）提示のためのペプチドのトリミングに関与している。ｒｓ３０１８７は、ＥＲＡＰ１の非同義（アミノ酸が変化する）ＳＮＰである。ｒｓ３０１８７が合成ペプチド基質に対するアミノペプチダーゼ活性の有意な低下並びに基質親和性の変化を引き起こすことが以前に示された（Gotoら(2008年) Biochem. J.、416巻、109〜116頁）。リンパ芽球様細胞系におけるＥＲＡＰ１発現とマーカーｒｓ３０１８７を含む、ＥＲＡＰ１に近い及びその内部のＳＮＰとの強い相関も認められた（Dixonら(2007年) Nat. Genet.、39巻、1202〜1207頁）。
【０２１９】
【表６】
2015519311.tif 000007
【０２２０】
【表７】
2015519311.tif 000008
【０２２１】
【表８】
2015519311.tif 000009
【０２２２】
実施例３．２：セクキヌマブ治療患者におけるセクキヌマブ反応に対するＥＲＡＰ１  ＳＮＰ  ｒｓ３０１８７対立遺伝子の効果
２２例のセクキヌマブ治療患者のうちの１４例は、少なくとも１つのｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子（Ｔ）を有する。表９に示すように、少なくとも１つのｒｓ３０１８７  ＡＳ非応答対立遺伝子を有する患者のうちのより低い百分率の患者がセクキヌマブによる治療後４及び６週目の両方においてＡＳＡＳ２０及びＡＳＡＳ４０を達成する。
【０２２３】
【表９】
2015519311.tif 000010
【０２２４】
セクキヌマブによる治療に対する経時的反応に対するｒｓ３０１８７遺伝子型の影響は、図２で確認することができる。ｒｓ３０１８７非応答対立遺伝子のキャリア（Ｔ対立遺伝子の１つ又は２つのコピーを運ぶ者）は、セクキヌマブの初回投与以来１０週目まで時間の経過とともに一貫して非キャリア（Ｔ対立遺伝子を運ばない者）より低いＡＳＡＳ４０反応率を有する。
【０２２５】
実施例３．３：セクキヌマブ治療患者におけるセクキヌマブ反応に対するＥＲＡＰ１  ＳＮＰ  ｒｓ２７４３４対立遺伝子の効果
本試験で検定した他のＥＲＡＰ１  ＳＮＰ（ｒｓ２７４３４；オーストラロアングロアメリカン脊椎炎コンソーシアム（Australo-Anglo-American Spondyloarthritis Consortium）(TASC)ら(2010) Nat. Genet.、42巻(2号)、123〜127頁）も６週目にＡＳＡＳ４０との名目上有意な関連性を示した（表７）が、４週目には示さなかった（表８）。２２例のセクキヌマブ治療患者のうちの１２例は、少なくとも１つのｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子（Ａ）を有する。表１０に示すように、少なくとも１つのｒｓ２７４３４非応答対立遺伝子を有する患者のうちのより低い百分率の患者がセクキヌマブによる治療後４及び６週目の両方においてＡＳＡＳ２０及びＡＳＡＳ４０を達成する。
【０２２６】
【表１０】
2015519311.tif 000011
【０２２７】
２つのＥＲＡＰ１  ＳＮＰであるｒｓ３０１８７及びｒｓ２７４３４は、５番染色体上のＥＲＡＰ１遺伝子のコーディング領域（ヒトゲノムｈｇ１８座標）において５，１８２塩基対離れており、１０００ゲノムパイロット１  ＣＥＵ（米国ユタ州のヨーロッパ系の白人種住民）パネルに照らして中等度の連鎖不平衡（ｒ２＝０．６３）にある。
【０２２８】
実施例３．４：ＨＬＡ−Ｂ＊２７対立遺伝子を運ぶ又は抗ＴＮＦによる治療を以前に受けなかったセクキヌマブ治療患者におけるセクキヌマブ反応に対するＥＲＡＰ１  ＳＮＰ  ｒｓ３０１８７及びｒｓ２７４３４の影響
ＰＧ解析対象集団における患者の合計４１％が抗ＴＮＦ療法による治療を以前に受けた。抗ＴＮＦ療法に対する不十分な反応（不応性）を有する患者がセクキヌマブによる治療に不応性であるかどうかを検定するために、抗ＴＮＦ療法による治療を以前に受けた患者を除外することにより、実施例３．１で述べたのと同様な解析を行った。表１１に示すように、ｒｓ３０１８７と４週目及び６週目におけるＡＳＡＳ４０のセクキヌマブ反応との間に全患者におけるのと同様な関連性が抗ＴＮＦ未投薬サブグループに認められた。
【０２２９】
ＰＧ解析対象集団における患者の合計７７％がＨＬＡ−Ｂ＊２７対立遺伝子の少なくとも１つのコピーを運ぶ。興味深いことに、ＨＬＡ−Ｂ＊２７はＡＳの主な遺伝的リスクファクターであるが、我々の解析ではＨＬＡ−Ｂ＊２７と有効性エンドポイント（ＡＳＡＳ２０、ＡＳＡＳ４０、ＡＳＡＳ５／６及びＢＡＳＤＡＩ）との間の有意な関連性は確認されなかった。ＥＲＡＰ１  ＳＮＰのみがＨＬＡ−Ｂ２７陽性の個体におけるＡＳのリスクに影響を及ぼすことが以前に示された（Evansら(2011年) Nat Genet、43巻(8号)、761〜767頁）。したがって、ＨＬＡ−Ｂ＊２７対立遺伝子を運ぶ患者におけるＥＲＡＰ１  ＳＮＰとセクキヌマブの有効性との間の関連性を検定するために、ＨＬＡ−Ｂ＊２７対立遺伝子を有さない患者を除外することにより、実施例３．１で述べたのと同様な解析を行った。表１１に示すように、ｒｓ３０１８７と４週目及び６週目の両方におけるＡＳＡＳ４０の並びに４週目におけるＡＳＡＳ５／６のセクキヌマブ反応との間に全患者におけるのとの同様な関連性がＨＬＡ−Ｂ＊２７陽性サブグループに認められた。
【０２３０】
【表１１】
2015519311.tif 000012
【０２３１】
実施例３．５  セクキヌマブ治療患者におけるセクキヌマブ反応に対するＩＬ２３Ｒ  ＳＮＰ（ｒｓ１１２０９０３２及びｒｓ２２０１８４１）対立遺伝子の影響
２８週目における有効性エンドポイント（ＡＳＡＳ２０、ＡＳＡＳ４０、ＡＳＡＳ５／６及びＢＡＳＤＡＩ）について実施例３．１で述べたのと同様な解析を行った。我々の解析に基づいて、我々は、ＩＬ２３Ｒ遺伝子の２つのＳＮＰ（Safranyら(2009年) Scandinavian Journal of Immunology、70巻、68〜74頁）が最良のｐ値を有し、２８週目においてＢＡＳＤＡＩとＳＮＰ  ｒｓ１１２０９０３２との関連性の名目ｐ値＝３．６５×１０−３、ＳＮＰ  ｒｓ２２０１８４１との関連性のｐ値＝８．５２×１０−３であると判定した。
【０２３２】
２２例のセクキヌマブ治療患者のうちの３例は、少なくとも２つのｒｓ１１２０９０３２  ＡＳ非応答対立遺伝子（Ａ）を有し、１１例のセクキヌマブ治療患者は、１つのｒｓ１１２０９０３２  ＡＳ非応答対立遺伝子を有する。図３に示すように、セクキヌマブ治療後に、少なくとも１つのＩＬ２３Ｒ  ｒｓ１１２０９０３２「Ｇ」対立遺伝子を有する患者は、２つの「Ａ」対立遺伝子を有する患者と比べて改善されたＢＡＳＤＡＩスコアを経時的に示す。
【０２３３】
同様な影響がＩＬ２３Ｒ  ｒｓ２２０１８４１について認められた（図４）。２２例のセクキヌマブ治療患者のうちの３例は、少なくとも２つのｒｓ２２０１８４１  ＡＳ非応答対立遺伝子（Ｃ）を有し、９例のセクキヌマブ治療患者は、１つのｒｓ２２０１８４１  ＡＳ非応答対立遺伝子を有する。セクキヌマブ治療後に、少なくとも１つのｒｓ２２０１８４１「Ｔ」対立遺伝子を有する患者は、２つの「Ｃ」対立遺伝子を有する患者と比べて改善されたＢＡＳＤＡＩスコアを経時的に示す。
【０２３４】
２つのＩＬ２３Ｒ  ＳＮＰであるｒｓ１１２０９０３２及びｒｓ２２０１８４１は、１番染色体上のＩＬ２３Ｒ遺伝子（ヒトゲノムｈｇ１８座標）において４５，８９０塩基対離れており、１０００ゲノムパイロット１  ＣＥＵ（米国ユタ州のヨーロッパ系の白人種住民）パネルに照らして中等度の連鎖不平衡（ｒ２＝０．５０）にある。しかし、２つのＩＬ２３Ｒ  ＳＮＰは、ＡＳ試験ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９の２２例のセクキヌマブ治療患者のこのＰＧ解析対象集団において高い連鎖不平衡（ｒ２＝０．９０）を示した。このデータセットにおける認められた高い連鎖不平衡は、ｒｓ１１２０９０３２及びｒｓ２２０１８４１とＢＡＳＤＡＩとの同様な関連性が２つのＳＮＰ間の強い相関に起因し得、観測された表現型（ＢＡＳＤＡＩ）が単一ＳＮＰに明確に割り当てることができないことを示すものである。
【実施例４】
【０２３５】
ＡＳ試験ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９におけるＳ１００タンパク質の分析のための材料及び方法
実施例４．１−試料の処理及びＳ１００タンパク質レベルの測定
ＡＩＮ４５７Ａ２２０９に参加している被験者から０週目及び６週目に血漿試料を得た。代用マトリックス及びヒト血清試料（５０μＬ）を１ｍＭ  ＣａＣｌ２含有１００ｍＭトリス緩衝液（ｐＨ８．０）２５０μＬと混合した。試料を市販の還元剤を用いて製造業者の推奨に従って還元した。トリプシン（７５μＬ、１ｍｇ／ｍＬ）を各試料に加えた。消化物を循環水浴中で３７℃で一夜（１６時間）インキュベートした。４０μＬの水中１０％ギ酸（容積／容積）を用いて酵素反応を終結させた。次いで、ＰＤＳ（最終濃度１０ｍＭ）を各試料に２０分間にわたり加えた。試料を５，０００ｒｐｍ（２６５５ｒｃｆ）で５分間遠心分離した。Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９、Ｓ１００Ａ１２シグネチャーペプチド及び内部標準をタンデム質量分析と連結した液体クロマトグラフィー（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）により同定した。注入（５０μＬ）は、ＣＴＣ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓ  ＨＴＳ  Ｐａｌオートサンプラー（ＣＴＣ  Ａｎａｌｙｔｉｃｓ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）及びバイナリ１１００  ＬＣポンプ（Ａｇｉｌｅｎｔ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）を用いて１５０ｘ２．００ｍｍ  ４μｍ  Ｓｙｎｅｒｇｉ  Ｈｙｄｒｏ−ＲＰカラム（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｔｏｒｒａｎｃｅ、ＣＡ、ＵＳＡ）上に行った。移動相Ａは、水中０．１％ギ酸であった。移動相Ｂは、９０：１０アセトニトリル／水（容積／容積）中０．１％ギ酸であった。１試料当たりの総分析実行時間は、２０分であった。ＡＰＩ−５０００三連四重極型質量分析計（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を検出のために用いた。ＬＣ−ＭＳ／ＭＳデータは、ポジティブエレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）を用いたＭＲＭモードで取得した。特異性を確認するために、各シグネチャーペプチドについて２つのトランジションイオン（クオンティファイア及びクオリファイア）をモニターした（滞留時間：２００ミリ秒）。Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ１２シグネチャーペプチドの溶出時間は、それぞれ１４．６、１０．５及び７．５分であった。
【０２３６】
Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ１２シグネチャーペプチド並びに内部標準の強度は、Ａｎａｌｙｓｔ  １．５．１ソフトウエア（Ａｐｐｌｉｅｒｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を用いて抽出イオンピーク面積の積分により決定した。シグネチャーペプチド（クオンティファイア）と内部標準のピーク面積の比を試料にわたる比較のために用いた。シグネチャーペプチドと内部標準のピーク面積の比を濃度（ｎｇ／ｍＬ）に対してプロットすることによって検量線を作成した。検量線は、７つの濃度を用いて構築した。データポイントは、分析ランの開始時と終了時に検量用試料（Ｃ試料）から選択した。検量線のモデルは、試験中一貫した重み付けを用いた線型であった（１／ｘ２）。Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ１２シグネチャーペプチドの検量線は、新たに調製した代用マトリックス中Ｃ標準から作成した。７つの濃度からなる各検量線を、Ａｎａｌｙｓｔ  １．５．１ソフトウエア（Ａｐｐｌｉｅｒｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）を用いて線型回帰モデルに適合させた。３つの検量線の相関係数（ｒ）は、≧０．９５であった。個々のＣ標準の２／３の正確度は、±１５％（ＬＬＯＱの±２０％）以内であった。当日に分析したＣ標準のすべての個々の濃度の平均バイアス（％）及び精度（ＣＶ、％）として計算した、検量線の併行（日内）正確度及び精度は、±１５％以内であった。
【０２３７】
方法の正確度及び精度は、ヒト血清にスパイクした３つのＱＣ濃度において評価した。Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ１２シグネチャーペプチドの内在性レベルは、それぞれ５、１及び０．２５ｎｇ／ｍＬのＬＬＯＱを下回っていた。
【実施例５】
【０２３８】
ＡＳ試験ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９におけるＳ１００タンパク質の分析の結果
次の一連のタンパク質のベースラインレベルをＡＩＮ４５７Ａ２２０９試験のセクキヌマブ治療患者について測定した：ＢＤＥＦ２、ＤＫＫ１、ＩＬ１７Ａ、ＩＬ１７Ｆ、ＩＬ２２、ＭＩＰ３Ａ（ＣＣＬ２０）、ＭＭＰ３、ＮＧＡＬ、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９及びＳ１００Ａ１２。次いで、反応を定義するためのＡＳＡＳ２０又はＡＳＡＳ４０カットオフを用いて、タンパク質レベルを６週目における臨床的反応者及び非反応者間で比較した。Ｓ１００Ａ８及びＳ１００Ａ９を除く供試タンパク質のいずれも反応者と非反応者との間で有意に異なるレベルを示さず、したがって、反応の予測に有益なものではないと考えられた。
【０２３９】
ＡＩＮ４５７Ａ２２０９試験におけるＡＳＡＳ２０又はＡＳＡＳ４０反応者及び非反応者間のＳ１００ベースラインタンパク質レベルの群どおしの比較で、ＡＳＡＳ２０反応者におけるＳ１００Ａ８（２標本ｔ検定、ｐ＝０．０４１）及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９（ｐ＝０．０３１）タンパク質の有意により高いレベルが示された。Ｓ１００Ａ９（ｐ＝０．０２６）及びＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９（ｐ＝０．０１７）タンパク質は、ＡＳＡＳ４０反応者において有意により高かった。
【実施例６】
【０２４０】
ＡＳ試験ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９におけるＰＧｘ及びＳ１００タンパク質の分析に関する結論
ＡＳ非応答対立遺伝子ＥＲＡＰ１  ｒｓ３０１８７の存在は、ＡＩＮ４５７Ａ２２０９試験からの試料中のセクキヌマブに対するより劣った反応と関連することが認められる。同様であるが、さほど有意でない関連性が他のＥＲＡＰ１  ＳＮＰ  ｒｓ２７４３４についても認められた。本明細書で示すデータは、これらのＥＲＡＰ１対立遺伝子とセクキヌマブに対するＡＳ患者の反応との関連性を裏付けている。我々はまた、セクキヌマブ治療後に、少なくとも１つのＩＬ２３Ｒ  ｒｓ１１２０９０３２「Ｇ」対立遺伝子を有する患者がｒｓ１１２０９０３２「Ａ」対立遺伝子のみを有する患者と比べて改善されたＢＡＳＤＡＩスコアを経時的に示し、少なくとも１つのｒｓ２２０１８４１「Ｔ」対立遺伝子を有する患者がｒｓ２２０１８４１「Ｃ」対立遺伝子のみを有する患者と比べて改善されたＢＡＳＤＡＩスコアを経時的に示すことを示した。これらの所見は、特定のＥＲＡＰ  ＳＮＰ及びＩＬ２３Ｒ  ＳＮＰが、患者がＡＳ疾患を発症する可能性の増大に関連するという事実に単に基づいて予測することはできなかった。例えば、表６に示すように、ＡＳの主な遺伝的リスクファクターであるＨＬＡ−Ｂ＊２７を含む、ＡＳ疾患と関連する様々な他のＳＮＰは、セクキヌマブによるＩＬ−１７拮抗作用に対するＡＳ患者の反応を予測しなかった。したがって、患者がＡＳなどの特定の疾患に関連する対立遺伝子を運ぶかどうかに単に基づいて患者が薬物にどのように反応するかを予測することはできない。我々はまた、Ｓ１００Ａ８、Ｓ１００Ａ９又はＳ１００Ａ８＋Ｓ１００Ａ９のベースラインレベルの上昇を有していた患者がこれらのタンパク質の低いベースラインレベルを有していた患者よりもセクキヌマブ治療による臨床的改善を示す可能性が高かったことを示した。これにより、これらのタンパク質の測定がＡＳ患者に対する治療戦略に関する決定のために有益である可能性があることがわかる。Ｓ１００Ａ８及びＳ１００Ａ９のレベルを加えることは、技術的又は生物学的変動の一部を補償する可能性があり、より頑健な予測情報を提供する可能性がある。我々は、ＩＬ−１７経路又は炎症シグナル伝達にも関連する他のタンパク質は、治療の臨床的便益の予測に有益なものでなく、これにより、予測情報が多くのＩＬ−１７又は炎症経路メンバーの一般的特徴でなく、それ自体予見できなかったことがわかることを指摘する。
【実施例７】
【０２４１】
ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９におけるＡＳ患者におけるＥＲＡＰ１発現
実施例７．１：材料及び方法
試験ＣＡＩＮ４５７Ａ２２０９における患者からの全血中のＥＲＡＰ１遺伝子転写物レベルは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＤＮＡマイクロアレイ（Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  １３３  Ｐｌｕｓ  ２．０）を用いて測定した。手短に述べると、患者血液試料をＰＡＸｇｅｎｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡ管中に製造業者の推奨（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉＸ、Ｈｏｍｂｒｅｃｈｔｉｋｏｎ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）に従って採取した。試料は、ＲＮＡ抽出ステップまで約−８０℃で保存した。全ＲＮＡを、ＰＡＸｇｅｎｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡキット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて製造業者の手順に従って単離した。全ＲＮＡをλ＝２６０ｎｍでのその吸光度（Ａ２６０ｎｍ）により定量し、そのＡ２６０ｎｍ／Ａ２８０ｎｍ比から純度を推定した。ＲＮＡの完全性は、Ｃａｌｉｐｅｒ  ＬａｂＣｈｉｐ  ＧＸシステムで評価した。ＲＮＡ試料は、次のステップであるｃＤＮＡ合成まで約−８０℃で保存した。ｃＤＮＡの合成は、Ｒｉｂｏ−ＳＰＩＡ増幅法を含むＮｕＧＥＮ  Ｏｖａｔｉｏｎ  ＲＮＡ増幅システムＶ２を用いて製造業者（ＮｕＧＥＮ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．；Ｓａｎ  Ｃａｒｌｏｓ、Ｕ．Ｓ．）の指示に従って約５０ｎｇの全ＲＮＡの出発量で行った。得られたｃＤＮＡをＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  １３３  Ｐｌｕｓ  ２．０  ＧｅｎｅＣｈｉｐｓに製造業者により指示されたようにハイブリダイズした。アレイを、ＧＣＯＳ（ＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ）制御システムであるＧｅｎｅＣｈｉｐ  Ｓｃａｎｎｅｒ  ３０００  ７Ｇ上でスキャンした。スキャンした画像をＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  Ｓｏｆｔｗａｒｅを用いてプローブ強度（Ｓｉｇｎａｌ）の数値に変換し、「．ｃｅｌ」ファイルデータとして保存した。「．ｃｅｌ」ファイルを標準Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ「．ｃｄｆ」ファイルを用いてＲＭＡ（Ｒｏｂｕｓｔ  Ｍｕｌｔｉｃｈｉｐ  Ａｖｅｒａｇｅ）標準化に供した（Rafael. A. Irizarry、Benjamin M. Bolstad、Francois Collin、Leslie M. Cope、Bridget Hobbs及びTerence P. Speed(2003年)、Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data Nucleic Acids Research、31巻(4号)、e15頁）。ＡＩＮ４５７治療アームの６週目におけるＡＳＡＳ４０反応者及びＡＳＡＳ４０非反応者のベースライン転写物レベルを比較することにより、ＥＲＡＰ１転写物（２０９７８８＿ｓ＿ａｔ）の差次的発現を検出した。この群比較のフィルタリングカットオフ（filtering cut-offs）は、次の通りであった：変化倍率の中央値≧１．５倍、ウィルコクソン検定を用いたｐ値≦０．０５。
【０２４２】
実施例７．２：結果
結果を図６に示す。図にＥＲＡＰ１遺伝子発現及び遺伝子型並びにＡＳＡＳ４０反応者及び非反応者における６週目における臨床的反応との関連性を示す。ＥＲＡＰ１遺伝子発現レベル及びＥＲＡＰ１  ＡＳリスク対立遺伝子の遺伝子型（ｒｓ３０１８７及びｒｓ２７４３４）の表示が組み合わされている。点は、ベースラインにおける個々のセクキヌマブ治療患者を表す。６週目におけるＡＳＡＳ４０非反応者を左に、反応者を右に示す。ＥＲＡＰ１リスク対立遺伝子ｒｓ３０１８７（「Ｔ」）又はｒｓ２７４３４（「Ａ」）のいずれかのキャリアは、一般的により高いレベルのＥＲＡＰ１遺伝子発現を示したが、同型接合非キャリアは、大部分はより低いＥＲＡＰ１転写物レベルを示した。さらに、ＢＡＳＤＡＩの経時的変化との関連性の傾向がＩＬ−２３Ｒ多型ｒｓ１１２０９０３２及びｒｓ２２０１８４１について認められた。
【０２４３】
我々は、ｒｓ３０１８７「Ｔ」対立遺伝子又はｒｓ２７４３４「Ａ」対立遺伝子のいずれかのキャリアが一般的により高いレベルのＥＲＡＰ１遺伝子発現を示したことを示す。ｒｓ３０１８７防御対立遺伝子「Ｃ」が、ｒｓ３０１８７リスク対立遺伝子「Ｔ」によりコードされるＥＲＡＰ１タンパク質と比べて低い触媒活性を有するＥＲＡＰ１タンパク質変異体（Ｋ５２８Ｒ）をコードすることは公知である（Kochanら(2011年) Proc Natl Acad Sci USA、108巻(19号)、7745〜50頁）。したがって、ＥＲＡＰ１発現のレベル及び／又はＥＲＡＰ１タンパク質レベル若しくは活性の増大は、ＡＳ患者のＩＬ−１７拮抗作用（例えば、セクキヌマブ）に対する反応の低減を予測するのに有用であり得るが、一方、ＥＲＡＰ１発現のレベル及び／又はＥＲＡＰ１タンパク質レベル若しくは活性の低下は、ＡＳ患者のＩＬ−１７拮抗作用（例えば、セクキヌマブ）に対する反応の改善を予測するのに有用であり得ると結論することは、妥当である。
【図１】
2015519311.tif 000013
【図２】
2015519311.tif 000014
【図３】
2015519311.tif 000015
【図４】
2015519311.tif 000016
【図５】
2015519311.tif 000017
【図６】
2015519311.tif 000018
【配列表】
2015519311000001.app
【国際調査報告】
2015519311.tif 000019
2015519311.tif 000020
2015519311.tif 000021
2015519311.tif 000022