(57)【要約】  提供されるのは、シュードモナス種（Pseudomonas sp.）、特に、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）もしくはシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）、より具体的には、抗微生物特性、特に、抗菌性を有するシュードモナス（Pseudomonas）ＡＴＣＣ  ５５７９９の特定できる特徴を有する菌株に由来する化合物および組成物である。
2015511586.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）シマウマ、クアッガおよびカワヒバリガイを制御する少なくとも１種の化合物を生成するシュードモナス（Pseudomonas）種から得られ；（ｂ）ある位置で植物病原性微生物の１種または複数種の外寄生を調節し、（ｃ）分子量およびＨＰＬＣ保持時間が：
（ｉ）液体クロマトグラフィー／質量分析（ＬＣ／ＭＳ）によって決定された分子量約３００〜３８０、ならびに流速０．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍで水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が約１２〜２２分；ＵＶ吸収が２１２、２５２、３１２ｎｍ；
（ｉｉ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量約３００〜３６０；および流速０．５ｍＬ／分で水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が約１０〜２０分、およびＵＶ吸収２９９、３１１、３２５ｎｍ；
（ｉｉｉ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量約５８０〜６８０、および流速０．５ｍＬ／分で水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；９０〜０％ＣＨ３ＣＮ水溶液、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；０〜９０％ＣＨ３ＣＮ水溶液、２７〜３０分；９０％ＣＨ３ＣＮ水溶液）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が８〜２０分、およびＵＶ吸収が２９９、３１１、３２５ｎｍ；
（ｉｖ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量約３５０〜４２５、ならびに流速０．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍで水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が約６〜１６分、およびＵＶ吸収が２２１、２６７、３６１ｎｍ
からなる群から選択される
という特徴を有する、単離された化合物。
【請求項２】
シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）から得られる、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
シュードモナス（Pseudomonas）ＡＴＣＣ  ５５７９９の特定できる特徴を有するシュードモナス（Pseudomonas）菌株から得られる、請求項１に記載の化合物。
【請求項４】
植物病原性微生物の１種または複数種を調節し、前記植物病原性微生物が、植物病原性細菌または植物病原性真菌である、請求項１に記載の化合物。
【請求項５】
バチルス種（Bacillus sp.）、エルウィニア種（Erwinia sp.）、ストレプトマイセス種（Streptomyces sp.）、ボトリチス種（Botrytis sp.）またはキサントモナス種（Xanthomonas sp.）のうちの少なくとも１種のメンバーである植物病原性微生物の１種または複数種を調節する、請求項１に記載の化合物。
【請求項６】
枯草菌（Bacillus subtillus）、バチルス・セレウス（Bacillus cereus）、キサントモナス・キャンペストリス（Xanthomonas campestris）、ブドウ斑点細菌病菌（Xanthamonas arboricola）、キサントモナス・ヴェシカトリア（Xanthamonas vesicatoria）、ストレプトマイセス・スカビエ（Streptomyces scabie）、灰色かび病菌（Botrytis cinerea）およびエルウィニア・カロトヴォラ（Erwinia carotovora）、スファエロテカ・フルギネア（Sphaerotheca fulginea）からなる群から選択される植物病原性微生物の１種または複数種を調節する、請求項１に記載の化合物。
【請求項７】
請求項１に記載の１種または複数の化合物および担体を含む、組成物。
【請求項８】
（ａ）培養された培養物中で請求項１に記載の化合物を生成するのに十分な条件下でシマウマ、クアッガおよびカワヒバリガイを制御する少なくとも１種の化合物を生成する、シュードモナス（Pseudomonas）種の培養物を培養するステップと
（ｂ）（ａ）の培養された培養物から化合物を単離するステップと
を含む、請求項１に記載の化合物を生成するための方法。
【請求項９】
調節が望まれる位置で１種または複数の植物病原性微生物を調節する方法であって、前記位置に、シュードモナス（Pseudomonas）種に由来する細胞を含む細胞懸濁液または全細胞ブロスのある量を導入するステップを含み、前記シュードモナス（Pseudomonas）種が、シマウマ、クアッガおよびカワヒバリガイを制御する１つもしくは複数の物質、または前記植物病原性微生物を調節するのに有効な、それらに由来する上澄み、ろ液、細胞画分、１種もしくは複数の代謝産物、１種もしくは複数の化合物および／または抽出物を生成する方法。
【請求項１０】
細胞懸濁液が、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）もしくはシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）またはシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）もしくはシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）の特定できる特徴を有するその突然変異株の細胞を含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記物質が、シュードモナス（Pseudomonas）ＡＴＣＣ  ５５７９９の特定できる特徴を有するシュードモナス（Pseudomonas）種菌株に由来する、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
前記化合物が、
（ａ）請求項１に記載の化合物；
（ｂ）（ｉ）液体クロマトグラフィー／質量分析（ＬＣ／ＭＳ）によって決定された分子量が約１２８０〜１３１０であり；（ｉｉ）１Ｈ  ＮＭＲ値がδ９．２５、８．３６、８．０６、７．８２、７．７１、７．５２、７．４５、６．８２、６．３６、６．０８、５．４２、５．３９、５．３０、５．１４、４．６８、４．４２、４．３１、４．１６、４．１１、４．０７、３．９５〜３．８６、３．８３、３．７２、３．６６、３．５３、３．４８、３．３７、３．１７、３．０６、２．５６、２．５３、２．４５、２．３２、２．２１、２．０２、１．９６、１．８４、１．７２、１．６５、１．６１、１．５１、１．４８〜１．３７、１．３２、１．１２、０．９４、０．９１、０．６８であり、（ｃ）流速２．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍの水：アセトニトリルグラジエント溶媒系（０〜１０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液３０〜４０％、１０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液４０〜６０％、２０〜６０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液６０〜８０％、６０〜６５分；ＣＨ３ＣＮ水溶液８０〜１００％）を用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣカラムにおける（高圧液体クロマトグラフィー）（ＨＰＬＣ）保持時間が約５０〜５５分である化合物；
（ｃ）（ｉ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量が約５４０〜５５０であり；（ｉｉ）流速１０ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍの水：アセトニトリル溶媒系（０〜１０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液３５〜４５％、１０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液４５〜６０％、２０〜５０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液６０〜８５％、５０〜６０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液８５〜１００％、６０〜７０分；ＣＨ３ＣＮ１００％）を用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣカラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が約５０〜５５分である化合物；
（ｄ）ラクトンであり、５員のγ−ラクトン、少なくとも１個の不飽和部分および少なくとも１つのアルコール基である少なくとも１個のラクトン部分を含むヒドロキシル化された不飽和の脂肪酸ラクトン構造を有し；コア構造中の分子量が２８５〜約３１０であり；少なくとも１５個の炭素および少なくとも３個の酸素を有する化合物；
（ｅ）構造
【化１７】
2015511586.tif 000026
［式中、Ｘは、それぞれ独立に−Ｏ、−ＮＲ１、または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合もしくは三重結合である］を有する化合物；
（ｆ）少なくとも１個のカルボン酸部分、少なくとも１個の不飽和部分および少なくとも１つのアルコール基を含むヒドロキシル化された不飽和の脂肪酸構造を有し；コア構造中の分子量が２８５〜約３１０であり；少なくとも１５個の炭素および少なくとも３個の酸素を有する化合物；
（ｇ）構造
【化１８】
2015511586.tif 000027
［式中、Ｘは、それぞれ独立に、−ＯＨ、−ＮＲ１、または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合、三重結合である］を有する化合物；
（ｈ）構造
【化１９】
2015511586.tif 000028
を有する化合物、またはその許容される塩もしくはそれらの立体異性体［式中、Ｘは、それぞれ独立に、−ＯＨ、−ＮＲ１、または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２、Ｒ３は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合、三重結合である］；
（ｉ）構造
【化２０】
2015511586.tif 000029
を有する化合物、またはその許容される塩もしくはそれらの立体異性体［式中、Ｘは、それぞれ独立に、−ＯＨ、−ＮＲ１、または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２、Ｒ３は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝０〜１５である］、
（ｊ）構造
【化２１】
2015511586.tif 000030
を有する化合物、またはその許容される塩もしくはそれらの立体異性体［式中、Ｘは、それぞれ独立に−ＯＨ、−ＮＲ１；または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合、三重結合であり］；
（ｋ）構造
【化２２】
2015511586.tif 000031
［式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝０〜１５である］を有する化合物；
（ｌ）γ−ドデカラクトン、δ−トリデカラクトン、ピリフェロリド（piliferolide）Ａおよびα−ヘプチル−γ−ブチロラクトンからなる群から選択されるラクトンおよび
（ｍ）Ｎ−シクロペンチルデカンアミド、Ｎ−（デカノイル）ピロリジン、Ｎ−（デカノイル）ピペリジン、Ｎ−（デカノイル）ヘキサメチレンイミン、Ｎ−シクロペンチルデセンアミド、（Ｎ−（デセノイル）ピロリジン、Ｎ−（デセノイル）ピペリジン、Ｎ−（デセノイル）ヘキサメチレンイミンおよびＮ−（デセノイル）ピペリジンからなる群から選択されるサルメンチン類似体；
（ｎ）１１−ヒドロキシ−１２−エン−オクタデカン酸；
（ｏ）９−ヘキサデセン酸ならびに
（ｐ）リシノール酸
からなる群から選択される、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
前記物質が、植物に適用される、請求項９に記載の方法。
【請求項１５】
別の抗微生物剤を適用するステップをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１６】
前記植物病原性微生物が、バチルス種（Bacillus sp.）、エルウィニア種（Erwinia sp.）、ストレプトマイセス種（Streptomyces sp.）、ボトリチス種（Botrytis sp.）またはキサントモナス種 （Xanthomonas sp.）の少なくとも１種のメンバーである、請求項９に記載の方法。
【請求項１７】
シュードモナス（Pseudomonas）種に由来する細胞を含み、前記シュードモナス（Pseudomonas）種が、シマウマ、クアッガおよびカワヒバリガイを制御する１つもしくは複数の物質、またはそれらに由来する上澄み、ろ液、細胞画分、１種もしくは複数の代謝産物、１種もしくは複数の化合物および／または抽出物を生成して、植物病原性微生物を調節する組成物を製剤化する細胞懸濁液または全細胞ブロスの使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
シュードモナス種（Pseudomonas sp）に由来する、植物病原性微生物、特に、細菌および真菌、特に、シュードモナス・プロトゲンス（Pseudomonas protogens）を制御する組成物および方法が提供される。
【背景技術】
【０００２】
植物病原菌は、農業生産を著しく損なう原因となっている。植物の病気は、細菌、真菌またはウイルスによって引き起こされ得る。
【０００３】
ほとんどの細菌性の植物の病気は、宿主抵抗性、栽培管理、化学的および生物学的防除を組み合わせることにより制御することができる。
【０００４】
シュードモナス（Pseudomonas）の複数の菌株については、生物的防除特性がこれまでに実証されている（例えば、抗真菌性のおよび抗菌性の考察についてはDowling and O'Gara、1994年;抗菌性の考察についてはKeelら、1992年、米国特許第５，６２２，８４６号、第５，５５２，３１５号、Rametteら、2011年を参照のこと）。しかしながら、病原体防除のメカニズムに関してはっきりと理解されていない。いくつかの理論には、宿主植物における全身抵抗性の誘導、植物病原菌との競合または植物病原菌に対するアンタゴニスト化合物の生成が含まれる。
【０００５】
シュードモナス（Pseudomonas）菌株ＣＬ１４５Ａは、水試料から単離されており、軟体類を制御する能力が実証されている（例えば、Molloy, D.P.2001年2月27日発行の米国特許第６，１９４，１９４号および米国特許出願公開第２０１００２６６７１７号を参照のこと）。
【発明の概要】
【０００６】
提供されるのは、シュードモナス種（Pseudomonas sp）に由来する単離された化合物および組成物、特に、抗微生物特性を有する、具体的には、抗菌性および抗真菌性を有するシュードモナス（Pseudomonas）種の菌株に由来する単離された化合物および組成物である。
【０００７】
具体的な実施形態では、シュードモナス（Pseudomonas）種に由来するかかる化合物は、以下の特徴を有する。すなわち、
（ａ）シュードモナス（Pseudomonas）種、特に、シマウマ、クアッガ（quagga）およびカワヒバリガイ（golden mussel）を制御する少なくとも１種の化合物を生成するシュードモナス（Pseudomonas）種から得られる。
（ｂ）植物病原性微生物の１種または複数種を調節する。
（ｃ）分子量およびＨＰＬＣ保持時間が、次からなる群から選択される。
（ｉ）液体クロマトグラフィー／質量分析（ＬＣ／ＭＳ）によって決定された分子量約３００〜３８０、より具体的には、約３２４では、流速０．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍで水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が約１２〜２２分、より具体的には約１７分、さらにより具体的には、約１７．５０分であり；ＵＶ吸収が、２１４、２５２、３１２ｎｍである。
（ｉｉ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量約３００〜３６０、より具体的には、約３１４では、流速０．５ｍＬ／分のグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）によるＨＰＬＣ保持時間が、約１０〜２０分、より具体的には約１５分、さらにより具体的には約１５．２３分であり、ＵＶ吸収が、２９９、３１１、３２５ｎｍである。
（ｉｉｉ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量約５８０〜６８０、より具体的には、約６２７では、ＨＰＬＣ保持時間が、約８〜２０分、より具体的には約１４分、さらにより具体的には約１４〜２４分であり、ＵＶ吸収が、２９９、３１１、３２５ｎｍである。
（ｉｖ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量約３５０〜４２５、より具体的には、約３８６では、流速０．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍで水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が、約６〜１６分、より具体的には約９分、さらにより具体的には約９．０６分であり、ＵＶ吸収が、２２１、２６７、３６１ｎｍである。
【０００８】
より具体的な実施形態では、植物病原性微生物は、植物病原性細菌または植物病原性真菌である。さらにより具体的な実施形態では、植物病原性細菌は、バチルス種（Bacillus sp.）（例えば、バチルス・サブチルス（Bacillus subtilus）、バチルス・セレウス（Bacillus cereus））キサントモナス種（Xanthomonas sp.）（キサントモナス・アセルネア（Xanthomonas acernea）、キサントモナス・アルビリネアンス（Xanthomonas albilineans）、キサントモナス・アルファルファエ亜種ジルファルファ（Xanthomonas alfalfae ssp. jlfalfa）、キサントモナス・アルファルファエ亜種シトルメロニス（Xanthomonas alfalfae ssp. citrumelonis）、キサントモナス・アムペリナ（Xanthomonas ampelina）、ブドウ斑点細菌病菌病原型コリリナ（Xanthomonas arboricola pv. corylina）、ブドウ斑点細菌病菌病原型ジュグランディス（Xanthomonas arboricola pv. juglandis）、ブドウ斑点細菌病菌病原型プルニ（Xanthomonas arboricola pv. pruni）、キサントモナス・アクソノポディス（Xanthomonas axonopodis）、キサントモナス・アクソノポディス病原型アルファルファ（Xanthomonas axonopodis pv. alfalfa）、キサントモナス・アクソノポディス病原型アリイイ（Xanthomonas axonopodis pv. allii）、キサントモナス・アクソノポディス病原型アナカルディイイ（Xanthomonas axonopodis pv. anacardii）、キサントモナス・アクソノポディス病原型ベゴニア（Xanthomonas axonopodis pv. begonia）、キサントモナス・アクソノポディス病原型シトリ（Xanthomonas axonopodis pv. citri）、キサントモナス・アクソノポディス病原型シトルメロ（Xanthomonas axonopodis pv. citrumelo）、キサントモナス・アクソノポディス病原型ディエッフェンバキアエ（Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae）、キサントモナス・アクソノポディス病原型グリシネス（Xanthomonas axonopodis pv. glycines）、キサントモナス・アクソノポディス病原型マルヴァケアルム（Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum）、キサントモナス・アクソノポディス病原型マニホティス（Xanthomonas axonopodis pv. manihotis）、キサントモナス・アクソノポディス病原型ファセオリ（Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli）、キサントモナス・アクソノポディス病原型ポインセッティイコラ（Xanthomonas axonopodis pv. poinsettiicola）、キサントモナス・アクソノポディス病原型ヴァスキュロルム（Xanthomonas axonopodis pv. vasculorum）、キサントモナス・アクソノポディス病原型ヴェシカトリア（Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria）、キサントモナス・アクソノポディス病原型ヴィティアンス（Xanthomonas axonopodis pv. vitians）、キサントモナス・ベゴニアエ（Xanthomonas begoniae）、キサントモナス・キャンペストリス（Xanthomonas campestris）、キサントモナス・キャンペストリス病原型アルファルファ（Xanthomonas campestris pv. alfalfa）、キサントモナス・キャンペストリス病原型アルファルファ（Xanthomonas campestris pv. alfalfa）、キサントモナス・キャンペストリス病原型アルモラキアエ（Xanthomonas campestris pv. armoraciae）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ベゴニア（Xanthomonas campestris pv. Begonia）、キサントモナス・キャンペストリス病原型キャンペストリス（Xanthomonas campestris pv. campestris）、キサントモナス・キャンペストリス病原型キャロタエ（Xanthomonas campestris pv. Carotae）、キサントモナス・キャンペストリス病原型コリアンドリ（Xanthomonas campestris pv. coriandri）、キサントモナス・キャンペストリス病原型��リリナ（Xanthomonas campestris pv. Corylina）、キサントモナス・キャンペストリス病原型キュキュルビタエ（Xanthomonas campestris pv. cucurbitae）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ディエッフェンバキアエ（Xanthomonas campestris pv. dieffenbachiae）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ヘデラエ（Xanthomonas campestris pv. hederae）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ヒアキンティ（Xanthomonas campestris pv. hyacinthi）、キサントモナス・キャンペストリス病原型インカナエ（Xanthomonas campestris pv. incanae）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ジュグランディス（Xanthomonas campestris pv. juglandis）、キサントモナス・キャンペストリス病原型マルヴァケアルム（Xanthomonas campestris pv. malvacearum）、キサントモナス・キャンペストリス病原型マンギフェラエインディカエ（Xanthomonas campestris pv. Mangiferaeindicae）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ムサケアルム（Xanthomonas campestris pv. musacearum）、キサントモナス・キャンペストリス病原型オリザエ（Xanthomonas campestris pv. Oryzae）、キサントモナス・キャンペストリス病原型オリジコラ（Xanthomonas campestris pv. Oryzicola）、キサントモナス・キャンペストリス病原型パパヴェリコラ（Xanthomonas campestris pv. Papavericola）、キサントモナス・キャンペストリス病原型パラルゴニイ（Xanthomonas campestris pv. pelargonii）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ファセオリ（Xanthomonas campestris pv. Phaseoli）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ポインセッティイコラ（Xanthomonas campestris pv. poinsettiicola）、キサントモナス・キャンペストリス病原型プルニ（Xanthomonas campestris pv. Pruni）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ラファニ（Xanthomonas campestris pv. raphani）、キサントモナス・キャンペストリス病原型トランスルケンス（Xanthomonas campestris pv. Translucens）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ヴァスキュロルム（Xanthomonas campestris pv. vasculorum）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ヴェシカトリア（Xanthomonas campestris pv. Vesicatoria）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ヴィティアンス（Xanthomonas campestris pv. vitians）、キサントモナス・キャンペストリス病原型ジンニア（Xanthomonas campestris pv. Zinnia）、キサントモナス・シトリ（Xanthomonas citri）、キサントモナス・シトリ亜種シトリ（Xanthomonas citri ssp. citri）、キサントモナス・シトリ亜種マルヴァケアルム（Xanthomonas citri ssp. malvacearum）、キサントモナス・キュキュルビタエ（Xanthomonas cucurbitae）、キサントモナス・エウヴェシカトリア（Xanthomonas euvesicatoria）、キサントモナス・フラガリアエ（Xanthomonas fragariae）、キサントモナス・フスカンス亜種フスカンス（Xanthomonas fuscans ssp. fuscans）、キサントモナス・ガルドネリ（Xanthomonas gardneri）、キサントモナス・ホルトルム（Xanthomonas hortorum）、キサントモナス・ホルトルム病原型カロタエ（Xanthomonas hortorum pv. carotae）、キサントモナス・ホルトルム病原型ヘデラエ（Xanthomonas hortorum pv. hederae）、キサントモナス・ホルトルム病原型ペラルゴニイ（Xanthomonas hortorum pv. Pelargonii）、キサントモナス・ヒアキンティ（Xanthomonas hyacinthi）、キサントモナス・マルトフィリア（Xanthomonas maltophilia）、キサントモナス・マニホティス（Xanthomonas manihotis）、キサントモナス・オリザエ（Xanthomonas oryzae）、キサントモナス・���リザエ病原型オリザエ（Xanthomonas oryzae pv. oryzae）、キサントモナス・オリザエ病原型オリジコラ（Xanthomonas oryzae pv. oryzicola）、キサントモナス・ペルフォランス（Xanthomonas perforans）、キサントモナス・ポプリ（Xanthomonas populi）、キサントモナス・トランスルケンス病原型ケレアリス（Xanthomonas translucens pv. cerealis）、キサントモナス・トランスルケンス病原型グラミニス（Xanthomonas translucens pv. graminis）、キサントモナス・トランスルケンス病原型セカリス（Xanthomonas translucens pv. secalis）、キサントモナス・トランスルケンス病原型トランスルケンス（Xanthomonas translucens pv. translucens）、キサントモナス・トランスルケンス病原型ウンデュロサ（Xanthomonas translucens pv. undulosa）、キサントモナス・ヴァスキュロルム（Xanthomonas vasculorum）、キサントモナス・ヴァシコラ病原型ホルキコラ（Xanthomonas vasicola pv. holcicola）、キサントモナス・ヴェシカトリア（Xanthomonas vesicatoria）、キサントモナス・ヴェシカトリア病原型ヴェシカトリア（Xanthomonas vesicatoria pv. vesicatoria）)、ストレプトマイセス（Streptomyces）（例えば、ストレプトマイセス・スカビエ（Streptomyces scabie）、ストレプトマイセス・アキディスカビエス（Streptomyces acidiscabies）、ストレプトマイセス・チュルギディスカビエス（Streptomyces turgidiscabies）、ストレプトマイセス・イポモエアエ（Streptomyces ipomoeae）、ストレプトマイセス・アルカリスカビエス（Streptomyces alkaliscabies））、エルウィニア（Erwinia）、（例えば、エルウィニア・カロトヴォラ（Erwinia carotovora）、火傷病菌（Erwinia amylovora）、エルウィニア・アナナス（Erwinia ananas）、エルウィニア・クリサンテミ（Erwinia chrysanthemi）、エルウィニア・アロイデアエ（Erwinia aroideae）、エルウィニア・カルネイギエアナ（Erwinia carneigieana）、エルウィニア・キプリペディ（Erwinia cypripedi）、エルウィニア・ヘルビコラ（Erwinia herbicola）、エルウィニア・ニンミプレッスラリス（Erwinia nimmipressuralis）、エルウィニア・ピリフォリアエ（Erwinia pyrifoliae）、エルウィニア・ラポンティキ（Erwinia rhapontici）、エルウィニア・ルブリファキエンス（Erwinia rubrifaciens）、エルウィニア・サリキス（Erwinia salicis）、エルウィニア・トラケイフィラ（Erwinia tracheiphila））またはボトリチス種（Botrytis sp.）（例えば、ボトリチス・キネレア（Botrytis cinerea）、ボトリチス・アカルダ（Botrytis acalda）、ボトリチス・アリイイ（Botrytis allii）［灰色かび病（Botrytis rot）］、ボトリチス・ビッソイデア（Botrytis byssoidea）［菌糸体のいもち病（neck rot）］、ボトリチス・コンヴォルーテ（Botrytis convolute）、ボトリチス・アリプティカ（Botrytis alliptica）、ボトリチス・パエオニアエ（Botrytis paeoniae）、ボトリチス・ポッリ（Botrytis porri）、ボトリチス・スクアモサル（Botrytis squamosal）、ボトリチス・チュリパエ（Botrytis tulipae））のうちの少なくとも１種のメンバーである。具体的な実施形態における植物病原性真菌には、それだけには限らないが、スファエロテカ種（Sphaerotheca sp.）（スファエロテカ・デルフィニイ（Sphaerotheca delphinii）、スファエロテカ・フリギネア（Sphaerotheca fuliginea）、スファエロテカ・フスカ（Sphaerotheca fusca）、スファエロテカ・マクラリス（Sphaerotheca macularis）、スファエロテカ・モルス−ウヴァエ（Sphaerotheca mors-uvae）、スファエロテカ・パンノサ（Sphaerotheca pannosa）、スファエロテカ・パンノサ変種ロサエ（Sphaerotheca pannosa var. rosae）、スファエロテカ・フィトプトフィラ（Sphaerotheca phytoptophila）が含まれる。
【０００９】
やはり提供されるのは、これらの化合物を含む組成物、さらに、これらの化合物を得るための方法である。具体的な実施形態では、これらの化合物は、（ａ）培養された培養物中で上記の化合物を生成するのに十分な条件下でシマウマ、クアッガおよびカワヒバリガイを制御するシュードモナス（Pseudomonas）種の培養物を培養するステップ、ならびに（ｂ）（ａ）の培養された培養物から化合物を単離するステップによって得ることができる。
【００１０】
さらに提供されるのは、ある位置において、シュードモナス（Pseudomonas）種に由来する細胞を含む細胞懸濁液または全細胞ブロスの量で植物病原性微生物の少なくとも１種を調節する方法であり、前記シュードモナス（Pseudomonas）種は、シマウマ、クアッガおよびカワヒバリガイを制御する１つもしくは複数の物質、または前記植物病原性微生物を調節するのに有効な、それらに由来する上澄み、ろ液、細胞画分、１種もしくは複数の代謝産物、１種もしくは複数の化合物および／または抽出物を生成する。やはり提供されるのは、シュードモナス（Pseudomonas）種に由来する細胞を含む細胞懸濁液または全細胞ブロスの量の使用であり、前記シュードモナス（Pseudomonas）種は、シマウマ、クアッガおよびカワヒバリガイを制御する１つもしくは複数の物質、またはそれらに由来する上澄み、ろ液、細胞画分、１種もしくは複数の代謝産物、１種もしくは複数の化合物および／または抽出物を生成して、１種または複数の植物病原性微生物を調節する組成物を作る。
【００１１】
具体的な実施形態では、化合物または代謝産物は、それだけには限らないが、
（Ｉ）上記の化合物；
（ＩＩ）（ｉ）液体クロマトグラフィー／質量分析（ＬＣ／ＭＳ）によって決定された分子量が約１２８０〜１３１０であり；
（ｉｉ）１Ｈ  ＮＭＲ値がδ９．２５、８．３６、８．０６、７．８２、７．７１、７．５２、７．４５、６．８２、６．３６、６．０８、５．４２、５．３９、５．３０、５．１４、４．６８、４．４２、４．３１、４．１６、４．１１、４．０７、３．９５〜３．８６、３．８３、３．７２、３．６６、３．５３、３．４８、３．３７、３．１７、３．０６、２．５６、２．５３、２．４５、２．３２、２．２１、２．０２、１．９６、１．８４、１．７２、１．６５、１．６１、１．５１、１．４８〜１．３７、１．３２、１．１２、０．９４、０．９１、０．６８であり、（ｃ）流速２．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍの水：アセトニトリルグラジエント溶媒系（０〜１０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液３０〜４０％、１０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液４０〜６０％、２０〜６０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液６０〜８０％、６０〜６５分；ＣＨ３ＣＮ水溶液８０〜１００％）を用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣカラムにおける（高圧液体クロマトグラフィー）（ＨＰＬＣ）保持時間が約５０〜５５分である化合物；
（ＩＩＩ）（ｉ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量が約１３１０〜１３３５であり；（ｉｉ）流速２．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍの水：アセトニトリルグラジエント溶媒系（０〜１０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液３０〜４０％、１０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液４０〜６０％、２０〜６０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液６０〜８０％、６０〜６５分；ＣＨ３ＣＮ水溶液８０〜１００％）を用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣカラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が約５５〜６０分である化合物；
（ＩＶ）（ｉ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量が約５４０〜５５０であり；（ｉｉ）流速１０ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍの水：アセトニトリル溶媒系（０〜１０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液３５〜４５％、１０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液４５〜６０％、２０〜５０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液６０〜８５％、５０〜６０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液８５〜１００％、６０〜７０分；ＣＨ３ＣＮ１００％）を用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣカラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が約５０〜５５分である化合物；
（Ｖ）ラクトンであり、５員のγ−ラクトンである少なくとも１個のラクトン部分、少なくとも１個の不飽和部分ならびに少なくとも１つのアルコール基を含むヒドロキシル化された不飽和の脂肪酸ラクトン構造；コア構造中の分子量２８５〜約３１０；少なくとも１５個の炭素および少なくとも３個の酸素を有する化合物；
（ＶＩ）構造
【００１２】
【化１】
2015511586.tif 000003
［式中、Ｘは、それぞれ独立に、−Ｏ、−ＮＲ１、または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合もしくは三重結合である］を有する化合物；
（ＶＩＩ）少なくとも１個のカルボン酸部分、少なくとも１個の不飽和部分および少なくとも１つのアルコール基を含むヒドロキシル化された不飽和の脂肪酸構造を有し；コア構造中の分子量が２８５〜約３１０であり；少なくとも１５個の炭素および少なくとも３個の酸素を有する化合物；
（ＶＩＩＩ）構造
【００１３】
【化２】
2015511586.tif 000004
［式中、Ｘは、それぞれ独立に、−ＯＨ、−ＮＲ１、または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合、三重結合である］を有する化合物；
（ＩＸ）構造
【００１４】
【化３】
2015511586.tif 000005
を有する化合物、またはその許容される塩もしくはそれらの立体異性体（steriosomer）［式中、Ｘは、それぞれ独立に、−ＯＨ、−ＮＲ１、もしくは−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２、Ｒ３は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合、三重結合である］；
（Ｘ）構造
【００１５】
【化４】
2015511586.tif 000006
を有する化合物、またはその許容される塩もしくはそれらの立体異性体［式中、Ｘは、それぞれ独立に−ＯＨ、−ＮＲ１；または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２、Ｒ３は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝０〜１５である］、
（ＸＩ）構造
【００１６】
【化５】
2015511586.tif 000007
を有する化合物、またはその許容される塩もしくはそれらの立体異性体［式中、Ｘは、それぞれ独立に−ＯＨ、−ＮＲ１；または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合、三重結合である］；
（ＸＩＩ）構造
【００１７】
【化６】
2015511586.tif 000008
［式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝０〜１５である］を有する化合物；
（ＸＩＩＩ）γ−ドデカラクトン、δ−トリデカラクトン、ピリフェロリド（piliferolide）Ａおよびα−ヘプチル−γ−ブチロラクトンからなる群から選択されるラクトンおよび
（ＸＩＶ）Ｎ−シクロペンチルデカンアミド、Ｎ−（デカノイル）ピロリジン、Ｎ−（デカノイル）ピペリジン、Ｎ−（デカノイル）ヘキサメチレンイミン、Ｎ−シクロペンチルデセンアミド、（Ｎ−（デセノイル）ピロリジン、Ｎ−（デセノイル）ピペリジン、Ｎ−（デセノイル）ヘキサメチレンイミンおよびＮ−（デセノイル）ピペリジンからなる群から選択されるサルメンチン（sarmentine）類似体；
（ＸＶ）１１−ヒドロキシ−１２−エン−オクタデカン酸；
（ＸＶＩ）９−ヘキサデセン酸；および
（ＸＶＩＩ）リシノール酸が含まれ得る。
【００１８】
具体的な実施形態では、上記の物質は、植物または土壌に適用することができる。
【００１９】
さらに、上記の物質は、抗生物質、特に、土壌細菌に対して有効な抗生物質と組み合わせて適用することができる。関連する態様では、提供されるのは、上記の物質および土壌細菌に対して有効な別の抗生物質を含む組み合わせである。これらの組み合わせは、やはり組成物となり得る。関連する態様では、やはり提供されるのは、これらの組み合わせを製剤化することにおけるこれらの物質および抗生物質の使用である。さらに関連する態様では、やはり提供されるのは、土壌細菌を制御することにおけるこれらの組み合わせの使用である。
【００２０】
上記の組成物もしくは方法または上記の化合物もしくは代謝産物に用いられるシュードモナス種（Pseudomonas sp.）は、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）、シュードモナス・サポニフィラ（Pseudomonas saponiphila）、シュードモナス・フィクセレクタエ（Pseudomonas ficuserectae）、シュードモナス・コンゲランス（Pseudomonas congelans）、シュードモナス・トレマエ（Pseudomonas tremae）、シュードモナス・カリカパパイヤエ（Pseudomonas caricapapayae）、シュードモナス・マンデリイ（Pseudomonas mandelii）、シュードモナス・サヴァスタノイ（Pseudomonas savastanoi）、シュードモナス・シリンガエ（Pseudomonas syringae）、シュードモナス・クロロラフィス亜種ピスキウム（Pseudomonas chlororaphis subsp. piscium）、シュードモナス・カンナビア（Pseudomonas cannabina）、シュードモナス・マルギナリス（Pseudomonas marginalis）、シュードモナス・シミアエ（Pseudomonas simiae）、シュードモナス・アヴェラナエ（Pseudomonas avellanae）、シュードモナス・クロロラフィス亜種アウランティアカ（Pseudomonas chlororaphis subsp. aurantiaca）、シュードモナス・クロロラフィス亜種クロロラフィス（Pseudomonas chlororaphis subsp. chlororaphis）、シュードモナス・フレデリクスベルゲンシス（Pseudomonas frederiksbergensis）、シュードモナス・アミグダリ（Pseudomonas amygdali）、シュードモナス・エクストレマウストラリス（Pseudomonas extremaustralis）、シュードモナス・キロネンシス（Pseudomonas kilonensis）、シュードモナス・リニ（Pseudomonas lini）、シュードモナス・アンタルクティカ（Pseudomonas Antarctica）、シュードモナス・コルルガタ（Pseudomonas corrugata）、シュードモナス・ポアエ（Pseudomonas poae）、シュードモナス・グリモンティイ（Pseudomonas grimontii）、シュードモナス・ブラッシカケアルム亜種ネオアウランティアカ（Pseudomonas brassicacearum subsp. Neoaurantiaca）、シュードモナス・メリディアン（Pseudomonas meridian）、シュードモナス・トリヴィアリス（Pseudomonas trivialis）、シュードモナス・ヴェロニイ（Pseudomonas veronii）、シュードモナス・ルンデンシス（Pseudomonas lundensis）、シュードモナス・サロモニイ（Pseudomonas salomonii）、シュードモナス・ロデシアエ（Pseudomonas rhodesiae）、シュードモナス・アルセニコキシダンス（Pseudomonas arsenicoxydans）、シュードモナス・シヴェルヴァレンシス（Pseudomonas thivervalensis）、シュードモナス・デケプティオネンシス（Pseudomonas deceptionensis）、シュードモナス・パレロニアナ（Pseudomonas palleroniana）、シュードモナス・クロロラフィス亜種アウレオファキエンス（Pseudomonas chlororaphis subsp. aureofaciens）、シュードモナス・コンスタンティニイ（Pseudomonas costantinii）、シュードモナス・ルリダ（Pseudomonas lurida）、シュードモナス・ミグラエ（Pseudomonas migulae）、シュードモナス・オリエンタリス（Pseudomonas orientalis）、シュードモナス・エクストレモリエンタリス（Pseudomonas extremorientalis）、シュードモナス・メディテルラネア（Pseudomonas mediterranea）、シュードモナス・ブラッシカケアルム亜種ブラッシカケアルム（Pseudomonas brassicacearum subsp. brassicacearum）、シュードモナス・アビエタニフィラ（Pseudomonas abietaniphila）、シュードモナス・バエティカ（Pseudomonas baetica）、シュードモナス・ブレンネリ（Pseudomonas brenneri）、シュードモナス・サイクロフィラ（Pseudomonas psychrophila）、シュードモナス・ジェッセニイ（Pseudomonas jessenii）、シュードモナス・フラギ（Pseudomonas fragi）、シュードモナス・トラアシイ（Pseudomonas tolaasii）、シュードモナス・プロテオリティカ（Pseudomonas proteolytica）、シュードモナス・タエトロレンス（Pseudomonas taetrolens）、シュードモナス・モーニイ（Pseudomonas mohnii）、シュードモナス・モーレイ（Pseudomonas moorei）、シュードモナス・モラヴィエンシス（Pseudomonas moraviensis）、シュードモナス・ゲッサルディイ（Pseudomonas gessardii）、シュードモナス・キコリイ（Pseudomonas cichorii）、シュードモナス・リバネンシス（Pseudomonas libanensis）、シュードモナス・ベンゼニヴォランス（Pseudomonas benzenivorans）、シュードモナス・パナキス（Pseudomonas panacis）、シュードモナス・ウンソンゲンシス（Pseudomonas umsongensis）、シュードモナス・レイネケイ（Pseudomonas reinekei）、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）、シュードモナス・アガリキ（Pseudomonas agarici）、シュードモナス・ルテア（Pseudomonas lutea）、シュードモナス・ムキドレンス（Pseudomonas mucidolens）、シュードモナス・アゾトフォルマンス（Pseudomonas azotoformans）、シュードモナス・ヴィリディフラヴァ（Pseudomonas viridiflava）、シュードモナス・コレエンシス（Pseudomonas koreensis）、シュードモナス・クイケンダリイ（Pseudomonas kuykendallii）、シュードモナス・シンキサンタ（Pseudomonas synxantha）、シュードモナス・セゲティス（Pseudomonas segetis）、シュードモナス・マリンコラ（Pseudomonas marincola）、シュードモナス・ケドリナ亜種ケドリナ（Pseudomonas cedrina subsp. cedrina）、シュードモナス・グラミニス（Pseudomonas graminis）、シュードモナス・ヴァンコウヴェレンシス（Pseudomonas vancouverensis）、シュードモナス・ケドリナ亜種フルギダ（Pseudomonas cedrina subsp. fulgida）、シュードモナス・プレコグロッシキダ（Pseudomonas plecoglossicida）、シュードモナス・クアトロキエネガセンシス（Pseudomonas cuatrocienegasensis）、シュードモナス・タイワネンシス（Pseudomonas taiwanensis）、シュードモナス・プティダ（Pseudomonas putida）シュードモナス・リゾスファエラエ（Pseudomonas rhizosphaerae）、シュードモナス・アングイリセプティカ（Pseudomonas anguilliseptica）、シュードモナス・モンテイリイ（Pseudomonas monteilii）、シュードモナス・フスコヴァギナエ（Pseudomonas fuscovaginae）、シュードモナス・モッセリイ（Pseudomonas mosselii）、シュードモナス・タエアネンシス（Pseudomonas taeanensis）、シュードモナス・アスプレニイ（Pseudomonas asplenii）、シュードモナス・エントモフィラ（Pseudomonas entomophila）、シュードモナス・クレモリコロラタ（Pseudomonas cremoricolorata）、シュードモナス・パラフルヴァ（Pseudomonas parafulva）、シュードモナス・アルカリフィラ（Pseudomonas alcaliphila）、シュードモナス・オレオヴォランス亜種ルブリカンティス（Pseudomonas oleovorans subsp. lubricantis）、シュードモナス・ボルボリ（Pseudomonas borbori）、シュードモナス・コンポスティ（Pseudomonas composti）、シュードモナス・トヨトミエンシス（Pseudomonas toyotomiensis）、シュードモナス・バツミキ（Pseudomonas batumici）、シュードモナス・フラヴェセンス（Pseudomonas flavescens）、シュードモナス・ヴラノヴェンシス（Pseudomonas vranovensis）、シュードモナス・プノネンシス（Pseudomonas punonensis）、シュードモナス・バレアリカ（Pseudomonas balearica）、シュードモナ��・インドロキシダンス（Pseudomonas indoloxydans）、シュードモナス・グイネアエ（Pseudomonas guineae）、シュードモナス・ジャポニカ（Pseudomonas japonica）シュードモナス・ステュツェリ（Pseudomonas stutzeri）、シュードモナス・セレニイプラエキピタンス（Pseudomonas seleniipraecipitans）、シュードモナス・ペリ（Pseudomonas peli）、シュードモナス・フルヴァ（Pseudomonas fulva）、シュードモナス・アルゲンティネンシス（Pseudomonas argentinensis）、シュードモナス・キサントマリナ（Pseudomonas xanthomarina）、シュードモナス・ポハンゲンシス（Pseudomonas pohangensis）、シュードモナス・オレオヴォランス（Pseudomonas oleovorans）、シュードモナス・メンドキナ（Pseudomonas mendocina）、シュードモナス・ルテオラ（Pseudomonas luteola）、シュードモナス・ストラミネア（Pseudomonas straminea）、シュードモナス・カエニ（Pseudomonas caeni）、シュードモナス・アエルギノサ（Pseudomonas aeruginosa）、シュードモナス・テュオムエレンシス（Pseudomonas tuomuerensis）、シュードモナス・アゾティフィゲンス（Pseudomonas azotifigens）、シュードモナス・インディカ（Pseudomonas indica）、シュードモナス・オリジハビタンス（Pseudomonas oryzihabitans）、シュードモナス・オティティディス（Pseudomonas otitidis）、シュードモナス・サイクロトレランス（Pseudomonas psychrotolerans）、シュードモナス・ゼシュイイ（Pseudomonas zeshuii）、シュードモナス・レシノヴォランス（Pseudomonas resinovorans）、シュードモナス・オレオヴォランス亜種オレオヴォランス（Pseudomonas oleovorans subsp. oleovorans）、シュードモナス・サーモトレランス（Pseudomonas thermotolerans）、シュードモナス・バウザネンシス（Pseudomonas bauzanensis）、シュードモナス・デュリフラヴァ（Pseudomonas duriflava）、シュードモナス・パカストレラエ（Pseudomonas pachastrellae）、シュードモナス・シトロネロリス（Pseudomonas citronellolis）、シュードモナス・アルカリゲネス（Pseudomonas alcaligenes）、シュードモナス・シンジアンゲンシス（Pseudomonas xinjiangensis）、シュードモナス・デルヒエンシス（Pseudomonas delhiensis）、シュードモナス・サブリニグリ（Pseudomonas sabulinigri）、シュードモナス・リトラリス（Pseudomonas litoralis）、シュードモナス・ペラギア（Pseudomonas pelagia）、シュードモナス・リニインゲンシス（Pseudomonas linyingensis）、シュードモナス・ナックムッシイ（Pseudomonas knackmussii）、シュードモナス・パニパテンシス（Pseudomonas panipatensis）、シュードモナス・ニトロレデュケンス（Pseudomonas nitroreducens）、シュードモナス・ニトリティレデュケンス（Pseudomonas nitritireducens）、シュードモナス・ジンジュエンシス（Pseudomonas jinjuensis）、シュードモナス・ペルテュキノゲナ（Pseudomonas pertucinogena）、シュードモナス・シアメネンシス（Pseudomonas xiamenensis）、シュードモナス・キッシコラ（Pseudomonas cissicola）、シュードモナス・ハロフィル（Pseudomonas halophile）、シュードモナス・ボレオポリス（Pseudomonas boreopolis）、シュードモナス・ゲニキュラテ（Pseudomonas geniculate）、シュードモナス・ベテリ（Pseudomonas beteli）、シュードモナス・ヒビシコラ（Pseudomonas hibiscicola）、シュードモナス・ピクトルム（Pseudomonas pictorum）、シュードモナス・カルボキシドヒドロゲナ（Pseudomonas carboxydohydrogena）からなる群から選択されることができるシュードモナス種（Pseudomonas sp.）に由来し得る。特定の実施形態では、シュードモナス（Pseudomonas）種は、シュードモナス・プロトゲンス（Pseudomonas protogens）またはシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）である。別の具体的な実施形態では、シュードモナス（Pseudomonas）は、シュードモナス（Pseudomonas）ＡＴＣＣ  ５５７９９の特定できる特徴（identifying characteristics）を有するシュードモナス（Pseudomonas）菌株である。
【００２１】
別の具体的な実施形態におけるシュードモナス（Pseudomonas）種または菌株は、以下の特定できる特徴を有し得る。
（ｉ）酸およびアルカリホスファターゼ、ロイシンアリールアミダーゼおよびナフトール−Ａ５−ＢＩ−ホスホヒドロラーゼについての酵素活性。
（ｉｉ）テトラサイクリン、エリスロマイシン、ストレプトマイシン、ペニシリン、アンピシリン、クロラムフェニコール（chromamphenicaol）およびセフロクスム（cefuroxme）に対して抵抗性を示す。
（ｉｉｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に記載されている順方向配列、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に記載されている逆方向配列およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に記載されているコンセンサス配列を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列。
（ｉｖ）脂肪酸１７：０、３ＯＨ、１６：０、１：０、３ＯＨを含有する。
（ｖ）ピオルテオリンおよび２，４−ジアセチルホログリノール（diacetylphologlinol）を生成する。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１】分類群の進化的関係を示す図である。シュードモナス（Pseudomonas）属の代表菌株とのＣＬ１４５Ａ（ＭＢＩ−４０１）の関係を可視化する近隣結合法による樹形図（Neighbor-Joining tree）。
【図２】分類群の進化的関係を示す図である。ＮＣＢＩ  ＢＬＡＳＴ検索によるシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）およびシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）への最も高い一致とのＣＬ１４５Ａ（ＭＢＩ−４０１）の関係を可視化する近隣結合法による樹形図。
【図３】ピオルテオリン（１）およびＤＡＰＧ（２）についての構造を示す図である。
【図４】ＭＢＩ−４０１（細胞抽出物）からの画分およびバイオアッセイ結果を得るために用いた一般的なスキームを示す図である。
【図５】逆相ＨＰＬＣにより分析された活性画分１、２および３の粗抽出物との比較を示す図である。
【図６】活性画分Ｆ１のＥＳＩ  ＭＳ分析を示す図である。
【図７】活性画分Ｆ２のＥＳＩ  ＭＳ分析を示す図である。
【図８】活性画分Ｆ３のＥＳＩ  ＭＳ分析を示す図である。
【図９】上澄み（ＳＮ−ＸＡＤ）の抽出から得られた粗抽出物についてのＥＳＩ  ＭＳを示す図である。
【図１０】ウドンコ病に感染したキュウリ苗に対するＭＢＩ−４０１の効果を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００２３】
値の範囲が示される場合、別段文脈で明確に指示しない限り、その範囲の上限と下限の間の下限の小数第１位までの各介在値およびその指定の範囲における他の任意の所定の値または介在値が、本発明の範囲内に包含されることを理解されたい。これらのより狭い範囲の上限および下限は、指定の範囲の任意の特に排除した限界を条件として、そのより狭い範囲に独立に含むことができ、本発明の範囲においても包含される。指定の範囲が限界のうちの一方もしくは両方を含む場合、限界を含むもののうちのいずれかまたは両方を除外する範囲も本発明に含まれる。
【００２４】
別段定義されない限り、本明細書に用いられるすべての技術用語および科学用語は、本発明に属する当業者によって普通に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似のまたはそれらに相当する任意の方法および材料を、本発明の実行または試験に用いることもできるが、好ましい方法および材料をこれから記載する。
【００２５】
本明細書で使用される場合および添付した特許請求の範囲において、単数形「ａ」、「ａｎｄ」および「ｔｈｅ」には、別段文脈で明確に指示しない限り、複数形の参照が含まれることに留意しなければならない。例えば、「物質（a substance）」は、「物質（substances）」をも包含する。
【００２６】
本明細書で定義する場合、「イガイ類を制御する」とは、死滅させるまたは能力を失わせて所与の位置に定着できないようにすることにより、イガイの卵、幼生、被面子幼生および被面子幼生後を制御することを意味する。
【００２７】
本明細書で定義する場合、「調節する」という用語は、植物病原性微生物の外寄生の量もしくは植物病原性微生物の外寄生の広がりの速度を変更する、またはある位置で植物病原性微生物を死滅させる、それらに死をもたらすまたはそれらに対して毒性があることを意味するために用いられる。「植物病原性微生物の外寄生を調節する」はまた、前記外寄生の影響を調節することも包含し、これは、それだけに限られないが、病気の重症度、感染、植物および根組織への損害、ならびに植物果実、種子などへの損害が含まれる。
【００２８】
本明細書で定義する場合、「に由来する」および「から得られる」とは、ある特定の供給源から直接単離されるもしくは得られる、あるいはある特定の供給源から単離されたもしくは得られた物質または生物の特定できる特徴を有することを意味する。これらの用語は、明細書全体を通して同義的に用いられる。
【００２９】
本明細書で定義する場合、「シュードモナス（Pseudomonas）種に由来する」は、シュードモナス（Pseudomonas）種から得られた細胞を含む細胞ブロス、シュードモナス（Pseudomonas）種から得られた細胞を含む細胞懸濁液ならびに細胞画分、上澄み、ろ液、抽出物または化合物を意味する。抽出物は、細胞懸濁液または全細胞ブロスだけでなく、前記全細胞ブロスもしくは細胞懸濁液に由来するろ液、上澄みまたは画分にも由来し得る。
【００３０】
本明細書で定義する場合、「単離された化合物」は、他の化合物または物質が本質的になく、それだけには限らないが、クロマトグラフ法、電気泳動法を含めた分析方法によって決定される通り、例えば、少なくとも約２０％純粋、好ましくは少なくとも約４０％純粋、より好ましくは約６０％純粋、さらにより好ましくは約８０％純粋、最も好ましくは約９０％純粋、さらに最も好ましくは約９５％純粋である。
【００３１】
物質
上記の組成物および方法において用いられる物質は、シュードモナス（Pseudomonas）種または菌株に由来し得る。本明細書で定義する場合、「に由来する」または「から得られる」は、化合物が、細胞懸濁液、全細胞ブロス、ろ液、上澄み、画分もしくは抽出物から単離されても、それらから生成されてもよいことを意味する。細胞懸濁液、全細胞ブロス、ろ液、上澄み、画分または抽出物「によって生成された」化合物は、「代謝産物」とも称され得る。抽出物は、細胞懸濁液または全細胞ブロスだけでなく、前記全細胞ブロスもしくは細胞懸濁液に由来するろ液、上澄みまたは画分にも由来し得る。
【００３２】
具体的な実施形態では、これらの物質は、シュードモナス（Pseudomonas）種またはシュードモナス（Pseudomonas）種の菌株から得られ、これらは、シマウマ、クアッガおよびカワヒバリガイを制御する化合物を生成する。シュードモナス（Pseudomonas）種には、それだけには限らないが シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）、シュードモナス・サポニフィラ（Pseudomonas saponiphila）、シュードモナス・フィクセレクタエ（Pseudomonas ficuserectae）、シュードモナス・コンゲランス（Pseudomonas congelans）、シュードモナス・トレマエ（Pseudomonas tremae）、シュードモナス・カリカパパイヤエ（Pseudomonas caricapapayae）、シュードモナス・マンデリイ（Pseudomonas mandelii）、シュードモナス・サヴァスタノイ（Pseudomonas savastanoi）、シュードモナス・シリンガエ（Pseudomonas syringae）、シュードモナス・クロロラフィス亜種ピスキウム（Pseudomonas chlororaphis subsp. piscium）、シュードモナス・カンナビア（Pseudomonas cannabina）、シュードモナス・マルギナリス（Pseudomonas marginalis）、シュードモナス・シミアエ（Pseudomonas simiae）、シュードモナス・アヴェラナエ（Pseudomonas avellanae）、シュードモナス・クロロラフィス亜種アウランティアカ（Pseudomonas chlororaphis subsp. aurantiaca）、シュードモナス・クロロラフィス亜種クロロラフィス（Pseudomonas chlororaphis subsp. chlororaphis）、シュードモナス・フレデリクスベルゲンシス（Pseudomonas frederiksbergensis）、シュードモナス・アミグダリ（Pseudomonas amygdali）、シュードモナス・エクストレマウストラリス（Pseudomonas extremaustralis）、シュードモナス・キロネンシス（Pseudomonas kilonensis）、シュードモナス・リニ（Pseudomonas lini）、シュードモナス・アンタルクティカ（Pseudomonas Antarctica）、シュードモナス・コルルガタ（Pseudomonas corrugata）、シュードモナス・ポアエ（Pseudomonas poae）、シュードモナス・グリモンティイ（Pseudomonas grimontii）、シュードモナス・ブラッシカケアルム亜種ネオアウランティアカ（Pseudomonas brassicacearum subsp. Neoaurantiaca）、シュードモナス・メリディアン（Pseudomonas meridian）、シュードモナス・トリヴィアリス（Pseudomonas trivialis）、シュードモナス・ヴェロニイ（Pseudomonas veronii）、シュードモナス・ルンデンシス（Pseudomonas lundensis）、シュードモナス・サロモニイ（Pseudomonas salomonii）、シュードモナス・ロデシアエ（Pseudomonas rhodesiae）、シュードモナス・アルセニコキシダンス（Pseudomonas arsenicoxydans）、シュードモナス・シヴェルヴァレンシス（Pseudomonas thivervalensis）、シュードモナス・デケプティオネンシス（Pseudomonas deceptionensis）、シュードモナス・パレロニアナ（Pseudomonas palleroniana）、シュードモナス・クロロラフィス亜種アウレオファキエンス（Pseudomonas chlororaphis subsp. aureofaciens）、シュードモナス・コンスタンティニイ（Pseudomonas costantinii）、シュードモナス・ルリダ（Pseudomonas lurida）、シュードモナス・ミグラエ（Pseudomonas migulae）、シュードモナス・オリエンタリス（Pseudomonas orientalis）、シュードモナス・エクストレモリエンタリス（Pseudomonas extremorientalis）、シュードモナス・メディテルラネア（Pseudomonas mediterranea）、シュードモナス・ブラッシカケアルム亜種ブラッシカケアルム（Pseudomonas brassicacearum subsp. brassicacearum）、シュードモナス・アビエタニフィラ（Pseudomonas abietaniphila）、シュードモナス・��エティカ（Pseudomonas baetica）、シュードモナス・ブレンネリ（Pseudomonas brenneri）、シュードモナス・サイクロフィラ（Pseudomonas psychrophila）、シュードモナス・ジェッセニイ（Pseudomonas jessenii）、シュードモナス・フラギ（Pseudomonas fragi）、シュードモナス・トラアシイ（Pseudomonas tolaasii）、シュードモナス・プロテオリティカ（Pseudomonas proteolytica）、シュードモナス・タエトロレンス（Pseudomonas taetrolens）、シュードモナス・モーニイ（Pseudomonas mohnii）、シュードモナス・モーレイ（Pseudomonas moorei）、シュードモナス・モラヴィエンシス（Pseudomonas moraviensis）、シュードモナス・ゲッサルディイ（Pseudomonas gessardii）、シュードモナス・キコリイ（Pseudomonas cichorii）、シュードモナス・リバネンシス（Pseudomonas libanensis）、シュードモナス・ベンゼニヴォランス（Pseudomonas benzenivorans）、シュードモナス・パナキス（Pseudomonas panacis）、シュードモナス・ウンソンゲンシス（Pseudomonas umsongensis）、シュードモナス・レイネケイ（Pseudomonas reinekei）、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）、シュードモナス・アガリキ（Pseudomonas agarici）、シュードモナス・ルテア（Pseudomonas lutea）、シュードモナス・ムキドレンス（Pseudomonas mucidolens）、シュードモナス・アゾトフォルマンス（Pseudomonas azotoformans）、シュードモナス・ヴィリディフラヴァ（Pseudomonas viridiflava）、シュードモナス・コレエンシス（Pseudomonas koreensis）、シュードモナス・クイケンダリイ（Pseudomonas kuykendallii）、シュードモナス・シンキサンタ（Pseudomonas synxantha）、シュードモナス・セゲティス（Pseudomonas segetis）、シュードモナス・マリンコラ（Pseudomonas marincola）、シュードモナス・ケドリナ亜種ケドリナ（Pseudomonas cedrina subsp. cedrina）、シュードモナス・グラミニス（Pseudomonas graminis）、シュードモナス・ヴァンコウヴェレンシス（Pseudomonas vancouverensis）、シュードモナス・ケドリナ亜種フルギダ（Pseudomonas cedrina subsp. fulgida）、シュードモナス・プレコグロッシキダ（Pseudomonas plecoglossicida）、シュードモナス・クアトロキエネガセンシス（Pseudomonas cuatrocienegasensis）、シュードモナス・タイワネンシス（Pseudomonas taiwanensis）、シュードモナス・プティダ（Pseudomonas putida）、シュードモナス・リゾスファエラエ（Pseudomonas rhizosphaerae）、シュードモナス・アングイリセプティカ（Pseudomonas anguilliseptica）、シュードモナス・モンテイリイ（Pseudomonas monteilii）、シュードモナス・フスコヴァギナエ（Pseudomonas fuscovaginae）、シュードモナス・モッセリイ（Pseudomonas mosselii）、シュードモナス・タエアネンシス（Pseudomonas taeanensis）、シュードモナス・アスプレニイ（Pseudomonas asplenii）、シュードモナス・エントモフィラ（Pseudomonas entomophila）、シュードモナス・クレモリコロラタ（Pseudomonas cremoricolorata）、シュードモナス・パラフルヴァ（Pseudomonas parafulva）、シュードモナス・アルカリフィラ（Pseudomonas alcaliphila）、シュードモナス・オレオヴォランス亜種ルブリカンティス（Pseudomonas oleovorans subsp. lubricantis）、シュードモナス・ボルボリ（Pseudomonas borbori）、シュードモナス・コンポスティ（Pseudomonas composti）、シュードモナス・トヨトミエンシス（Pseudomonas toyotomiensis）、シュードモナス・バツミキ（Pseudomonas batumici）、シュードモナス・フラヴェセンス（Pseudomonas flavescens）、シュードモナス���ヴラノヴェンシス（Pseudomonas vranovensis）、シュードモナス・プノネンシス（Pseudomonas punonensis）、シュードモナス・バレアリカ（Pseudomonas balearica）、シュードモナス・インドロキシダンス（Pseudomonas indoloxydans）、シュードモナス・グイネアエ（Pseudomonas guineae）、シュードモナス・ジャポニカ（Pseudomonas japonica）、シュードモナス・ステュツェリ（Pseudomonas stutzeri）、シュードモナス・セレニイプラエキピタンス（Pseudomonas seleniipraecipitans）、シュードモナス・ペリ（Pseudomonas peli）、シュードモナス・フルヴァ（Pseudomonas fulva）、シュードモナス・アルゲンティネンシス（Pseudomonas argentinensis）、シュードモナス・キサントマリナ（Pseudomonas xanthomarina）、シュードモナス・ポハンゲンシス（Pseudomonas pohangensis）、シュードモナス・オレオヴォランス（Pseudomonas oleovorans）、シュードモナス・メンドキナ（Pseudomonas mendocina）、シュードモナス・ルテオラ（Pseudomonas luteola）、シュードモナス・ストラミネア（Pseudomonas straminea）、シュードモナス・カエニ（Pseudomonas caeni）、シュードモナス・アエルギノサ（Pseudomonas aeruginosa）、シュードモナス・テュオムエレンシス（Pseudomonas tuomuerensis）、シュードモナス・アゾティフィゲンス（Pseudomonas azotifigens）、シュードモナス・インディカ（Pseudomonas indica）、シュードモナス・オリジハビタンス（Pseudomonas oryzihabitans）シュードモナス・オティティディス（Pseudomonas otitidis）、シュードモナス・サイクロトレランス（Pseudomonas psychrotolerans）、シュードモナス・ゼシュイイ（Pseudomonas zeshuii）、シュードモナス・レシノヴォランス（Pseudomonas resinovorans）、シュードモナス・オレオヴォランス亜種オレオヴォランス（Pseudomonas oleovorans subsp. oleovorans）、シュードモナス・サーモトレランス（Pseudomonas thermotolerans）、シュードモナス・バウザネンシス（Pseudomonas bauzanensis）、シュードモナス・デュリフラヴァ（Pseudomonas duriflava）、シュードモナス・パカストレラエ（Pseudomonas pachastrellae）、シュードモナス・シトロネロリス（Pseudomonas citronellolis）、シュードモナス・アルカリゲネス（Pseudomonas alcaligenes）、シュードモナス・シンジアンゲンシス（Pseudomonas xinjiangensis）、シュードモナス・デルヒエンシス（Pseudomonas delhiensis）、シュードモナス・サブリニグリ（Pseudomonas sabulinigri）、シュードモナス・リトラリス（Pseudomonas litoralis）、シュードモナス・ペラギア（Pseudomonas pelagia）、シュードモナス・リニインゲンシス（Pseudomonas linyingensis）、シュードモナス・ナックムッシイ（Pseudomonas knackmussii）、シュードモナス・パニパテンシス（Pseudomonas panipatensis）、シュードモナス・ニトロレデュケンス（Pseudomonas nitroreducens）、シュードモナス・ニトリティレデュケンス（Pseudomonas nitritireducens）、シュードモナス・ジンジュエンシス（Pseudomonas jinjuensis）、シュードモナス・ペルテュキノゲナ（Pseudomonas pertucinogena）、シュードモナス・シアメネンシス（Pseudomonas xiamenensis）、シュードモナス・キッシコラ（Pseudomonas cissicola）、シュードモナス・ハロフィル（Pseudomonas halophile）、シュードモナス・ボレオポリス（Pseudomonas boreopolis）、シュードモナス・ゲニキュラテ（Pseudomonas geniculate）、シュードモナス・ベテリ（Pseudomonas beteli）、シュードモナス・ヒビシコラ（Pseudomonas hibiscicola）、シュードモナス・ピクトルム（Pseudomonas pictorum）、シ��ードモナス・カルボキシドヒドロゲナ（Pseudomonas carboxydohydrogena）が含まれる。シュードモナス（Pseudomonas）種はまた、以下の特定できる特徴をも有し得る。
（ｉ）酸およびアルカリホスファターゼ、ロイシンアリールアミダーゼおよびナフトール−Ａ５−ＢＩ−ホスホヒドロラーゼについての酵素活性。
（ｉｉ）テトラサイクリン、エリスロマイシン、ストレプトマイシン、ペニシリン、 アンピシリン、クロラムフィニコール（chromamphenicol）およびセフロキソム（cefuroxome）に抵抗性を示す。
（ｉｉｉ）ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３に記載されている順方向配列、ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４に記載されている逆方向配列およびＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５に記載されているコンセンサス配列を含む１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列。
（ｉｖ）脂肪酸１７：０、３ＯＨ、１６：０、１：０、３ＯＨを含有する。
（ｖ）ピオルテオリンおよび２，４−ジアセチルホログルシノール（diacetylphologlucinol）を生成する。
【００３３】
化合物は、以下の分子量およびＨＰＬＣ保持時間を有し得る。すなわち、
（ｉ）液体クロマトグラフィー／質量分析（ＬＣ／ＭＳ）によって決定された分子量約３００〜３８０、より具体的には、約３２４ならびに流速０．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍで水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間約１２〜２２分、より具体的には約１７分、さらにより具体的には約１７．５０分であり；ＵＶ吸収が２１２、２５２、３１２ｎｍである。
（ｉｉ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量約３００〜３６０、より具体的には、約３１４；流速０．５ｍＬ／分で水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間約１０〜２０分、より具体的には約１５分、さらにより具体的には約１５．２３分であり、ＵＶ吸収が２９９、３１１、３２５ｎｍである。
（ｉｉｉ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量約５８０〜６８０、より具体的には約６２７および流速０．５ｍＬ／分で水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間８〜２０分、より具体的には約１４分、さらにより具体的には約１４．２４分であり、ＵＶ吸収が２９９、３１１、３２５ｎｍである。
（ｉｖ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量約３５０〜４２５、より具体的には、約３８６および流速０．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍで水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）をグラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）で用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣ（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ、Ｌｕｎａ  ５μ  Ｃ１８（２）１００Ａ、１００×４．６０ｍｍ）カラムにおけるＨＰＬＣ保持時間約６〜１６分、より具体的には約９分、さらにより具体的には約９．０６分であり、ＵＶ吸収が２２１、２６７、３６１ｎｍである。
【００３４】
さらに、物質は、ペプチド、タンパク質および／またはラクトンなどの化合物となり得る。かかる物質の例は、米国特許出願公開第２０１００２６６７１７号に開示されており、その内容は、参照により本明細書に組み込まれ、それだけには限らないが、
（Ｉ）（ａ）液体クロマトグラフィー／質量分析（ＬＣ／ＭＳ）によって決定された分子量が約１２８０〜１３１０であり；（ｂ）１Ｈ  ＮＭＲ値がδ９．２５、８．３６、８．０６、７．８２、７．７１、７．５２、７．４５、６．８２、６．３６、６．０８、５．４２、５．３９、５．３０、５．１４、４．６８、４．４２、４．３１、４．１６、４．１１、４．０７、３．９５〜３．８６、３．８３、３．７２、３．６６、３．５３、３．４８、３．３７、３．１７、３．０６、２．５６、２．５３、２．４５、２．３２、２．２１、２．０２、１．９６、１．８４、１．７２、１．６５、１．６１、１．５１、１．４８〜１．３７、１．３２、１．１２、０．９４、０．９１、０．６８であり；（ｃ）流速２．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍの水：アセトニトリルグラジエント溶媒系（０〜１０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液３０〜４０％、１０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液４０〜６０％、２０〜６０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液６０〜８０％、６０〜６５分；ＣＨ３ＣＮ水溶液８０〜１００％）を用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣカラムにおける（高圧液体クロマトグラフィー）（ＨＰＬＣ）保持時間が約５０〜５５分である化合物；
（ＩＩ）（ａ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量が約１３１０〜１３３５、より具体的には、約１３２１であり；（ｂ）流速２．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍの水：アセトニトリルグラジエント溶媒系（０〜１０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液３０〜４０％、１０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液４０〜６０％、２０〜６０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液６０〜８０％、６０〜６５分；ＣＨ３ＣＮ水溶液８０〜１００％）を用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣカラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が約５５〜６０分である化合物；
（ＩＩＩ）（ａ）ＬＣ／ＭＳによって決定された分子量が約５４０〜５５０であり；（ｂ）流速１０ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍの水：アセトニトリル溶媒系（０〜１０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液３５〜４５％、１０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液４５〜６０％、２０〜５０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液６０〜８５％、５０〜６０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液８５〜１００％、６０〜７０分；ＣＨ３ＣＮ１００％）を用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣカラムにおけるＨＰＬＣ保持時間が約５０〜５５分である化合物が含まれる。
【００３５】
具体的な実施形態では、化合物は、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）またはシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）に由来し、特に、ＡＴＣＣ  ５５７９９の特定できる特徴を有するシュードモナス（Pseudomonas）菌株に由来してもよく、５員のγ−ラクトンである少なくとも１個のラクトン部分、少なくとも１個の不飽和部分および少なくとも１つのアルコール基を含むヒドロキシル化された不飽和の脂肪酸ラクトン構造を有し；コア構造中の分子量が２８５〜約３１０であり；少なくとも１５個の炭素および少なくとも３個の酸素原子を有する。より具体的な実施形態では、化合物は、構造
【００３６】
【化７】
2015511586.tif 000009
［式中、Ｘは、それぞれ独立に−Ｏ、−ＮＲ１、または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合もしくは三重結合である］を有することができる。さらに別の具体的な実施形態では、ＹおよびＭは、酸素であり、ＡおよびＸは炭素であり、ｎは２または３であり、ＲはＣ７またはＣ８アルキルであり、ｚは０である（ｎが２であり、ＲがＣ７アルキルであるとき、ＲはＡに結合される）。
【００３７】
具体的な実施形態では、化合物は、ピリフェロリド（piliferolide）Ａである。
【００３８】
【化８】
2015511586.tif 000010
【００３９】
さらに別の具体的な実施形態では、化合物は、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）またはプロテゲンス（protegens）菌株に由来してもよく、少なくとも１個のカルボン酸部分、少なくとも１個の不飽和部分および少なくとも１つのアルコール基を含むヒドロキシル化された不飽和の脂肪酸構造を有し；コア構造中の分子量が２８５〜約３１０であり；少なくとも１５個の炭素および少なくとも３個の酸素を有すると特徴付けられる。
【００４０】
より具体的な実施形態では、構造
【００４１】
【化９】
2015511586.tif 000011
［式中、Ｘは、それぞれ独立に−ＯＨ、−ＮＲ１、または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合、三重結合であり、分子量が約２８５〜約３１０の間である］を有する化合物が提供される。
【００４２】
最も具体的な実施形態では、化合物は、１１−ヒドロキシ−１２−エン−オクタデカン酸であり、次の構造を有する。
【００４３】
【化１０】
2015511586.tif 000012
【００４４】
米国特許出願公開第２０１００２６６７１７号に開示されている他の化合物には、それだけには限らないが、
（ａ）γ−ドデカラクトン、δ−トリデカラクトン、ピリフェロリド（piliferolide）Ａおよびα−ヘプチル−γ−ブチロラクトンからなる群から選択されるラクトンおよび
（ｂ）Ｎ−シクロペンチルデカンアミド、Ｎ−（デカノイル）ピロリジン、Ｎ−（デカノイル）ピペリジン、Ｎ−（デカノイル）ヘキサメチレンイミン、Ｎ−シクロペンチルデセンアミド、（Ｎ−（デセノイル）ピロリジン、Ｎ−（デセノイル）ピペリジン、Ｎ−（デセノイル）ヘキサメチレンイミンおよびＮ−（デセノイル）ピペリジンからなる群から選択されるサルメンチン（sarmentine）類似体および
（ｃ）１１−ヒドロキシ−１２−エン−オクタデカン酸が含まれる。
【００４５】
米国特許出願公開第２０１００２６６７１７号に開示された化合物の他に、物質は、（ａ）殺陸貝（molluscidal）活性を有し；（ｂ）液体クロマトグラフィー／質量分析（ＬＣ／ＭＳ）によって決定された分子量が約２３０〜２７０であり、（ｃ）流速０．５ｍＬ／分およびＵＶ検出２１０ｎｍの水：アセトニトリル（ＣＨ３ＣＮ）グラジエント溶媒系（０〜２０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０〜０％、２０〜２４分；ＣＨ３ＣＮ１００％、２４〜２７分；ＣＨ３ＣＮ水溶液０〜９０％、２７〜３０分；ＣＨ３ＣＮ水溶液９０％）を用いた逆相Ｃ−１８  ＨＰＬＣカラムにおける高圧液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）保持時間が約１６〜２５分である化合物となり得、一実施形態における化合物は、不飽和脂肪酸となり得る。
【００４６】
より具体的な実施形態では、それだけには限らないが、以下を含む化合物が提供される。
（Ａ）構造
【００４７】
【化１１】
2015511586.tif 000013
を有する化合物、またはその許容される塩もしくはそれらの立体異性体［式中、Ｘは、それぞれ独立に−ＯＨ、−ＮＲ１；または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２、Ｒ３は、それぞれ独立に−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合、三重結合である］。
（Ｂ）構造
【００４８】
【化１２】
2015511586.tif 000014
を有する化合物、またはその許容される塩もしくはそれらの立体異性体［式中、Ｘは、それぞれ独立に−ＯＨ、−ＮＲ１；または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２、Ｒ３は、それぞれ独立に−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝０〜１５である］。
【００４９】
最も具体的な実施形態では、化合物は、９−ヘキサデセン酸である。
【００５０】
【化１３】
2015511586.tif 000015
【００５１】
具体的な実施形態では、化合物は、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）またはプロテゲンス（protegens）に由来してもよく、少なくとも１個のカルボン酸部分、少なくとも１個の不飽和部分および少なくとも１つのアルコール基を含むヒドロキシル化された不飽和の脂肪酸構造を有し；コア構造中の分子量が２８０〜約３２０であり；少なくとも１５個の炭素および少なくとも３個の酸素を有すると特徴付けられる。
【００５２】
より具体的な実施形態では、それだけには限らないが、以下を含む化合物が提供される。
（Ａ）構造
【００５３】
【化１４】
2015511586.tif 000016
を有する化合物、またはその許容される塩もしくはそれらの立体異性体［式中、Ｘは、それぞれ独立に−ＯＨ、−ＮＲ１；または−Ｓであり（式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである）；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝二重結合、三重結合である］。
（Ｂ）構造
【００５４】
【化１５】
2015511586.tif 000017
を有する化合物
［式中、Ｒ１は、−ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルであり；ｎ＝０〜１５であり、Ｒ２〜Ｒ４は、それぞれ独立に、−Ｈ、アルキル、置換アルキル、アルケニル、置換アルケニル、アルキニル、置換アルキニル、アリール、置換アリール、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、複素環、置換複素環、シクロアルキル、置換シクロアルキル、アルコキシ、置換アルコキシ、チオアルキル、置換チオアルキル、ヒドロキシ、ハロゲン、アミノ、アミド、カルボキシル、−Ｃ（Ｏ）Ｈ、アシル、オキシアシル、カルバマート、スルホニル、スルホンアミド、またはスルフリルであり；ｍ＝０〜１５である］。
【００５５】
具体的な実施形態では、化合物は、リシノール酸である。
【００５６】
【化１６】
2015511586.tif 000018
【００５７】
生成方法
上記で述べた通り、化合物および組成物は、上記のシュードモナス（Pseudomonas）種、または菌株の特定できる特徴を有する生物から得てもよい、それらから得ることができるまたはそれらに由来する。本方法は、これらの生物を培養するステップと、場合によっては、これらの生物の細胞からこれらの化合物を単離することにより化合物を得るステップとを含む。
【００５８】
特に、生物は、当技術分野で公知の方法を用いた栄養培地において培養される。生物は、振とうフラスコ培養（shake flask cultivation）により培養することができ、研究室または工業用発酵槽における（それだけには限らないが、連続発酵、バッチ発酵、流加回分発酵、または固体発酵を含めた）小規模もしくは大規模な発酵は、適当な培地中および細胞増殖を可能にする条件下で行われた。培養は、当技術分野で公知の手法を用いて、炭素および窒素発生源ならびに無機塩を含む適当な栄養培地で行うことができる。適当な培地は入手可能であり、市販品から利用可能となり得るまたは発表された組成物に従って調製することができる。具体的な実施形態は、下記の例および米国特許第６，１９４，１９４号に開示されている。
【００５９】
培養後、細胞を濃縮し、続いて、緩衝液に懸濁して細胞懸濁液を得ることができる。一実施形態では、死細胞の懸濁液が用いられる。細胞懸濁液中の生細胞は、以下に挙げるもののうちの少なくとも１つによって死滅させることができる、すなわち、細胞に放射線照射する、細胞を加熱する、乾燥するまたは物理的手段の他の化学物質によって処理する。死滅した細胞懸濁液は、イガイ種に対する活性に必須でない。
【００６０】
具体的な実施形態では、植物病原性微生物を調節する物質、特に植物病原性微生物に対して毒性を有する物質は、懸濁液から抽出することができる。抽出物は、クロマトグラフィーによって分画することができる。クロマトグラフ画分は、当技術分野で公知の方法を用いてキサントモナス・キャンペストリス（Xanthomonas campestris）、キサントモナス・ヴェシカトリア（Xanthomonas vesicatoria）、バチルス・セレウス（Bacillus cereus）、枯草菌（Bacillus subtilis）などの、細菌に対する毒性活性についてアッセイすることができ;具体的な一実施形態を、下記の例において開示する。この方法は、同一のまたは異なるクロマトグラフ法を用いて１回または複数回繰り返すことができる。
【００６１】
組成物
組成物は、シュードモナス種（Pseudomonas sp.）から得られた菌株の全細胞ブロス培地、液体培地、または懸濁液を含むことができ、例えば、菌株は、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）、シュードモナス・サポニフィラ（Pseudomonas saponiphila）、シュードモナス・フィクセレクタエ（Pseudomonas ficuserectae）、シュードモナス・コンゲランス（Pseudomonas congelans）、シュードモナス・トレマエ（Pseudomonas tremae）、シュードモナス・カリカパパイヤエ（Pseudomonas caricapapayae）、シュードモナス・マンデリイ（Pseudomonas mandelii）、シュードモナス・サヴァスタノイ（Pseudomonas savastanoi）、シュードモナス・シリンガエ（Pseudomonas syringae）、シュードモナス・クロロラフィス亜種ピスキウム（Pseudomonas chlororaphis subsp. piscium）、シュードモナス・カンナビア（Pseudomonas cannabina）、シュードモナス・マルギナリス（Pseudomonas marginalis）、シュードモナス・シミアエ（Pseudomonas simiae）、シュードモナス・アヴェラナエ（Pseudomonas avellanae）、シュードモナス・クロロラフィス亜種アウランティアカ（Pseudomonas chlororaphis subsp. aurantiaca）、シュードモナス・クロロラフィス亜種クロロラフィス（Pseudomonas chlororaphis subsp. chlororaphis）、シュードモナス・フレデリクスベルゲンシス（Pseudomonas frederiksbergensis）、シュードモナス・アミグダリ（Pseudomonas amygdali）、シュードモナス・エクストレマウストラリス（Pseudomonas extremaustralis）、シュードモナス・キロネンシス（Pseudomonas kilonensis）、シュードモナス・リニ（Pseudomonas lini）、シュードモナス・アンタルクティカ（Pseudomonas Antarctica）、シュードモナス・コルルガタ（Pseudomonas corrugata）、シュードモナス・ポアエ（Pseudomonas poae）、シュードモナス・グリモンティイ（Pseudomonas grimontii）、シュードモナス・ブラッシカケアルム亜種ネオアウランティアカ（Pseudomonas brassicacearum subsp. Neoaurantiaca）、シュードモナス・メリディアン（Pseudomonas meridian）、シュードモナス・トリヴィアリス（Pseudomonas trivialis）、シュードモナス・ヴェロニイ（Pseudomonas veronii）、シュードモナス・ルンデンシス（Pseudomonas lundensis）、シュードモナス・サロモニイ（Pseudomonas salomonii）、シュードモナス・ロデシアエ（Pseudomonas rhodesiae）、シュードモナス・アルセニコキシダンス（Pseudomonas arsenicoxydans）、シュードモナス・シヴェルヴァレンシス（Pseudomonas thivervalensis）、シュードモナス・デケプティオネンシス（Pseudomonas deceptionensis）、シュードモナス・パレロニアナ（Pseudomonas palleroniana）、シュードモナス・クロロラフィス亜種アウレオファキエンス（Pseudomonas chlororaphis subsp. aureofaciens）、シュードモナス・コンスタンティニイ（Pseudomonas costantinii）、シュードモナス・ルリダ（Pseudomonas lurida）、シュードモナス・ミグラエ（Pseudomonas migulae）、シュードモナス・オリエンタリス（Pseudomonas orientalis）、シュードモナス・エクストレモリエンタリス（Pseudomonas extremorientalis）、シュードモナス・メディテルラネア（Pseudomonas mediterranea）、シュードモナス・ブラッシカケアルム亜種ブラッシカケアルム（Pseudomonas brassicacearum subsp. brassicacearum）、シュードモナス・アビエタニフィラ（Pseudomonas abietaniphila）、シュードモナス・バエティカ（Pseudomonas baetica）、シュードモナス・ブレンネリ（Pseudomonas brenneri）、シュードモナス・サイクロフィラ（Pseudomonas psychrophila）、シュードモナス・ジェッセニイ（Pseudomonas jessenii）、シュードモナス・フラギ（Pseudomonas fragi）、シュードモナス・トラアシイ（Pseudomonas tolaasii）、シュードモナス・プロテオリティカ（Pseudomonas proteolytica）、シュードモナス・タエトロレンス（Pseudomonas taetrolens）、シュードモナス・モーニイ（Pseudomonas mohnii）、シュードモナス・モーレイ（Pseudomonas moorei）、シュードモナス・モラヴィエンシス（Pseudomonas moraviensis）、シュードモナス・ゲッサルディイ（Pseudomonas gessardii）、シュードモナス・キコリイ（Pseudomonas cichorii）、シュードモナス・リバネンシス（Pseudomonas libanensis）、シュードモナス・ベンゼニヴォランス（Pseudomonas benzenivorans）、シュードモナス・パナキス（Pseudomonas panacis）、シュードモナス・ウンソンゲンシス（Pseudomonas umsongensis）、シュードモナス・レイネケイ（Pseudomonas reinekei）、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）、シュードモナス・アガリキ（Pseudomonas agarici）、シュードモナス・ルテア（Pseudomonas lutea）、シュードモナス・ムキドレンス（Pseudomonas mucidolens）、シュードモナス・アゾトフォルマンス（Pseudomonas azotoformans）、シュードモナス・ヴィリディフラヴァ（Pseudomonas viridiflava）、シュードモナス・コレエンシス（Pseudomonas koreensis）、シュードモナス・クイケンダリイ（Pseudomonas kuykendallii）、シュードモナス・シンキサンタ（Pseudomonas synxantha）、シュードモナス・セゲティス（Pseudomonas segetis）、シュードモナス・マリンコラ（Pseudomonas marincola）、シュードモナス・ケドリナ亜種ケドリナ（Pseudomonas cedrina subsp. cedrina）、シュードモナス・グラミニス（Pseudomonas graminis）、シュードモナス・ヴァンコウヴェレンシス（Pseudomonas vancouverensis）、シュードモナス・ケドリナ亜種フルギダ（Pseudomonas cedrina subsp. fulgida）、シュードモナス・プレコグロッシキダ（Pseudomonas plecoglossicida）、シュードモナス・クアトロキエネガセンシス（Pseudomonas cuatrocienegasensis）、シュードモナス・タイワネンシス（Pseudomonas taiwanensis）、シュードモナス・プティダ（Pseudomonas putida）シュードモナス・リゾスファエラエ（Pseudomonas rhizosphaerae）、シュードモナス・アングイリセプティカ（Pseudomonas anguilliseptica）、シュードモナス・モンテイリイ（Pseudomonas monteilii）、シュードモナス・フスコヴァギナエ（Pseudomonas fuscovaginae）、シュードモナス・モッセリイ（Pseudomonas mosselii）、シュードモナス・タエアネンシス（Pseudomonas taeanensis）、シュードモナス・アスプレニイ（Pseudomonas asplenii）、シュードモナス・エントモフィラ（Pseudomonas entomophila）、シュードモナス・クレモリコロラタ（Pseudomonas cremoricolorata）、シュードモナス・パラフルヴァ（Pseudomonas parafulva）、シュードモナス・アルカリフィラ（Pseudomonas alcaliphila）、シュードモナス・オレオヴォランス亜種ルブリカンティス（Pseudomonas oleovorans subsp. lubricantis）、シュードモナス・ボルボリ（Pseudomonas borbori）、シュードモナス・コンポスティ（Pseudomonas composti）、シュードモナス・トヨトミエンシス（Pseudomonas toyotomiensis）、シュードモナス・バツミキ（Pseudomonas batumici）、シュードモナス・フラヴェセンス（Pseudomonas flavescens）、シュードモナス・ヴラノヴェンシス（Pseudomonas vranovensis）、シュードモナス・プノネンシス（Pseudomonas punonensis）、シュードモナス・バレアリカ（Pseudomonas balearica）、シュードモナス・インドロキシダンス（Pseudomonas indoloxydans）、シュードモナス・グイネアエ（Pseudomonas guineae）、シュードモナス・ジャポニカ（Pseudomonas japonica）シュードモナス・ステュツェリ（Pseudomonas stutzeri）、シュードモナス・セレニイプラエキピタンス（Pseudomonas seleniipraecipitans）、シュードモナス・ペリ（Pseudomonas peli）、シュードモナス・フルヴァ（Pseudomonas fulva）、シュードモナス・アルゲンティネンシス（Pseudomonas argentinensis）、シュードモナス・キサントマリナ（Pseudomonas xanthomarina）、シュードモナス・ポハンゲンシス（Pseudomonas pohangensis）、シュードモナス・オレオヴォランス（Pseudomonas oleovorans）、シュードモナス・メンドキナ（Pseudomonas mendocina）、シュードモナス・ルテオラ（Pseudomonas luteola）、シュードモナス・ストラミネア（Pseudomonas straminea）、シュードモナス・カエニ（Pseudomonas caeni）、シュードモナス・アエルギノサ（Pseudomonas aeruginosa）、シュードモナス・テュオムエレンシス（Pseudomonas tuomuerensis）、シュードモナス・アゾティフィゲンス（Pseudomonas azotifigens）、シュードモナス・インディカ（Pseudomonas indica）、シュードモナス・オリジハビタンス（Pseudomonas oryzihabitans）、シュードモナス・オティティディス（Pseudomonas otitidis）、シュードモナス・サイクロトレランス（Pseudomonas psychrotolerans）、シュードモナス・ゼシュイイ（Pseudomonas zeshuii）、シュードモナス・レシノヴォランス（Pseudomonas resinovorans）、シュードモナス・オレオヴォランス亜種オレオヴォランス（Pseudomonas oleovorans subsp. oleovorans）、シュードモナス・サーモトレランス（Pseudomonas thermotolerans）、シュードモナス・バウザネンシス（Pseudomonas bauzanensis）、シュードモナス・デュリフラヴァ（Pseudomonas duriflava）、シュードモナス・パカストレラエ（Pseudomonas pachastrellae）、シュードモナス・シトロネロリス（Pseudomonas citronellolis）、シュードモナス・アルカリゲネス（Pseudomonas alcaligenes）、シュードモナス・シンジアンゲンシス（Pseudomonas xinjiangensis）、シュードモナス・デルヒエンシス（Pseudomonas delhiensis）、シュードモナス・サブリニグリ（Pseudomonas sabulinigri）、シュードモナス・リトラリス（Pseudomonas litoralis）、シュードモナス・ペラギア（Pseudomonas pelagia）、シュードモナス・リニインゲンシス（Pseudomonas linyingensis）、シュードモナス・ナックムッシイ（Pseudomonas knackmussii）、シュードモナス・パニパテンシス（Pseudomonas panipatensis）、シュードモナス・ニトロレデュケンス（Pseudomonas nitroreducens）、シュードモナス・ニトリティレデュケンス（Pseudomonas nitritireducens）、シュードモナス・ジンジュエンシス（Pseudomonas jinjuensis）、シュードモナス・ペルテュキノゲナ（Pseudomonas pertucinogena）、シュードモナス・シアメネンシス（Pseudomonas xiamenensis）、シュードモナス・キッシコラ（Pseudomonas cissicola）、シュードモナス・ハロフィル（Pseudomonas halophile）、シュードモナス・ボレオポリス（Pseudomonas boreopolis）、シュードモナス・ゲニキュラテ（Pseudomonas geniculate）、シュードモナス・ベテリ（Pseudomonas beteli）、シュードモナス・ヒビシコラ（Pseudomonas hibiscicola）、シュードモナス・ピクトルム（Pseudomonas pictorum）、シュードモナス・カルボキシドヒドロゲナ（Pseudomonas carboxydohydrogena）からなる群から選択することができるシュードモナス種（Pseudomonas sp.）の特定できる特徴を有する。特定の実施形態では、シュードモナス（Pseudomonas）種は、シュードモナス・プロトゲンス（Pseudomonas protogens）またはシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）であり、より具体的には、ＡＴＣＣ（米国特許第６，１９４，１９４号を参照のこと）の特定できる特徴を有するものならびに上記のシュードモナス種（Pseudomonas sp）菌株に由来する上澄み、ろ液、画分、抽出物または代謝産物を含めた化合物、または特に、抗菌活性を有する前述の組み合わせである。
【００６２】
上記の組成物は、任意の方式で製剤化することができる。限定しない製剤の例には、それだけには限らないが、乳剤（ＥＣ）、水和剤（ＷＰ）、可溶性液体（ＳＬ）、エアゾール剤、極微量濃縮溶液（ＵＬＶ）、可溶性粉末（ＳＰ）、マイクロカプセル剤、顆粒水和剤、フロアブル製剤（ＦＬ）、マイクロエマルション製剤（ＭＥ）、ナノエマルション製剤（ＮＥ）などが含まれる。本明細書に記載した任意の製剤では、有効成分のパーセントは、０．０１％〜９９．９９％の範囲内である。
【００６３】
組成物は、液体、ゲルまたは固体の形態となり得る。固体組成物は、（１つまたは複数の）有効成分の溶液に固体担体を懸濁し、室温での蒸発または６５℃もしくはそれ以下の真空蒸着などの緩和な条件下で懸濁液を乾燥することにより調製することができる。組成物は、（１つまたは複数の）ゲル−カプセル化された有効成分を含むことができる。かかるゲル−カプセル化された材料は、ゲル形成化剤（例えば、ゼラチン、セルロース、またはリグニン）を、生もしくは不活性化されたシュードモナス（Pseudomonas）の培養物もしくは懸濁液またはシュードモナス（Pseudomonas）培養物もしくは懸濁液の無細胞ろ液または細胞画分またはスプレー乾燥もしくは凍結乾燥した培養物、細胞、または細胞画分と混合することによりまたは本発明の方法に用いられる抗菌性化合物の溶液中で混合することにより;および薬剤のゲル形成を誘導することにより調製することができる。
【００６４】
組成物は、有効成分の乳化、分散、ぬれ、広がり、組み入れ、崩壊制御、安定化、および流動性の向上または腐食止め（rust inhibition）の目的のために用いられる界面活性剤をさらに含むことができる。具体的な実施形態では、界面活性剤は、ＥＰＡ  Ｌｉｓｔ  ４Ｂに好ましくは属する、植物毒性がない非イオン性界面活性剤である。別の具体的な実施形態では、非イオン性界面活性剤は、ポリオキシエチレン（２０）モノラウラートである。界面活性剤の濃度は、全製剤の０．１〜３５％に及んでもよく、好ましい範囲は、５〜２５％である。非イオン性、陰イオン性、両性および陽イオン性分散化剤および乳化剤などの分散化剤および乳化剤の選択ならびに使用される量は、組成物の性質および本発明の組成物の分散を容易にする薬剤の能力によって決定される。
【００６５】
組成物は、それだけには限らないが、植物、真菌および動物細胞（Napら、1992年）に対して毒性があるいくつかの分子（例えば、カナマイシン、ネオマイシン、ゲンタマイシン、誘導体Ｇ４１８およびパロマイシン）を含むアミノ配糖体抗生物質ならびに細菌性ネオマイシンホスホトランスフェラーゼＩＩおよびアエロシアニジン、アエロカビン、３，６−ジヒドロキシ−インドキサゼン、およびモノバクタムＳＢ−２６．１８０をも含むことができる。
【００６６】
使用
上記で述べた通り、上記の組成物および物質を用いて、植物、それらの種子、根、果実、葉、茎、塊茎中の植物病原性微生物の外寄生の量を調節することができ、特に、前記植物病原性微生物感染、特に、土壌伝染病を予防するもしくは阻害するおよび／または防止することができ、かつ／または前記植物における前記土壌伝染病感染の広がりの速度および／または程度を低減することができる。また、植物には、それだけには限らないが、果実（例えば、イチゴ、ブルーベリー、ブラックベリー、モモおよび他の石果）、野菜（例えば、トマト、カボチャ、トウガラシ（pepper）、ナス、ジャガイモ、ニンジン）、または 穀類作物（例えば、大豆、コムギ、イネ、トウモロコシ、モロコシ）、木、花、観賞植物、低木（例えば、ワタ、バラ）、球茎植物（例えば、タマネギ、ニンニク）またはつる植物（例えば、ブドウ）、芝生、塊茎（例えば ジャガイモ、ニンジン、ビート）が含まれる。あるいは、前記組成物を用いて、植物における土壌伝染病感染の量を調節することができ、特に、前記土壌伝染病感染を予防するもしくは阻害することができる、かつ／または 前記植物における前記土壌伝染病感染の広がりの速度および／または程度を低減することができる。また、植物には、それだけには限らないが（例えば、イチゴ）、野菜（例えば、トマト、カボチャ、トウガラシ、ナス）、または穀類作物（例えば、大豆、コムギ、イネ、トウモロコシ）、木、花、観賞植物、低木（例えば、ワタ、バラ）、球茎植物（例えば、タマネギ、ニンニク）またはつる植物（例えば、ブドウ）が含まれる。土壌伝染病には、それだけには限らないが、キサントモナス・キャンペストリス（Xanthomonas campestris）、キサントモナス・ヴェシカトリア（Xanthomonas vesicatoria）、バチルス・セレウス（Bacillus cereus）、灰色かび病菌（Botrytis cinerea）および枯草菌（Bacillus subtilis）、エルウィニア（Erwinia）、Ｓ．フルギネア（S. fulginea）などの土壌微生物（soil borne microorganisms）による感染によって引き起こされるものが含まれる。
【００６７】
抗微生物的に（例えば、抗菌的に、抗真菌的に）活性の代謝産物を含有する上澄み、ろ液もしくは抽出物、またはシュードモナス種（Pseudomonas sp.）の上澄み、ろ液もしくは抽出物によって生成されたまたはそれらから得られたまたはそれらに由来する化合物の有効な抗微生物（例えば、抗菌性、抗真菌性）防除量の適用あるいは前述の組み合わせの適用が提供される。菌株または上澄みまたはろ液または抽出物、代謝産物および／または化合物は、有効なペストコントロールまたは殺虫性の量で、単独でまたは別の殺虫性の物質と組み合わせて適用される。有効量は、単独のまたは害虫の外寄生を調節するのに十分である他の殺虫性の物質と組み合わせた、微生物細胞、上澄み、ろ液または抽出物、代謝産物および／または化合物の量として定義される。有効な速度は、存在する害虫の種、害虫の成長の段階、害虫の母集団密度、ならびに温度、風速、雨、時刻および季節性などの環境因子に影響され得る。ある特定の場合において有効な範囲内である量は、研究室または野外試験によって決定することができる。
【実施例】
【００６８】
本明細書に記載の組成物および方法は、以下の、限定しない実施例においてさらに示される。これらの例は、様々な実施形態の例示的なものにすぎず、材料、条件、重量比、工程パラメーターおよび本明細書に列挙した同等物に関してここに請求する発明を限定するものではない。
【実施例１】
【００６９】
シュードモナス（Pseudomonas）菌株ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）の分析
シュードモナス（Pseudomonas）菌株ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）は、多相性の手法によってその表現型および遺伝型の特徴を調査することによりさらに特徴付けられている。本明細書に開示される研究から得られた結果から、ＣＬ１４５Ａは、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）ではなくシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）とよりよく一致することが示される。
【００７０】
シュードモナス（Pseudomonas）属の分類学的な研究における最近の発展によって、新種のシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）が創出されており、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）には、ＣＨＡ０、ＰＦ、ＰＧＮＬ１、ＰＧＮＲ  １、ＰＧＮＲ  ２、ＰＧＮＲ  ３、ＰＧＮＲ  ４、ＰＩＮＲ  ３およびＰｆ１菌株を含めたシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）として以前に同定された複数の菌株が含まれる。再分類の基準は、Rametteら、（2011年）によって記載されており、2012年（Euzeby、2012年）に公式に確認された。新たな情報に基づいて、ＣＬ１４５Ａに最も一致するのは、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）である。ＭＢＩ−４０１は、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）菌株ＣＬ１４５Ａ（ＣＬ１４５Ａ）として現在同定される。
【００７１】
ＣＬ１４５Ａは、表現型および遺伝型の特徴を調査する多相性の手法、ならびに２つの代謝産物；２，４−ジアセチルフロログルシノールおよびピオルテオリンの存在を確認することによって特徴付けられた。ピオルテオリンおよび２，４−ジアセチルフロログルシノール（図３参照のこと）は、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）およびシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）を分化させるのが主な特徴である。これらの２つの化合物を生成しない、またはこれらのうちの１つを生成するにすぎない分離菌は、依然としてシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）として知られており、両方の化合物を生成するシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）は、Rametteら、（2011年）によって記載される通り、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）として再分類されている。
【００７２】
１．１  生化学的、生理的および代謝性の特徴の分析
シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）菌株ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）は、生化学的な試験を行って分離菌を特徴付け、さらにトラッキングするためにベースラインを創出した。特徴付けの方策の一部として、ＣＬ１４５Ａの成長を１６℃および３７℃の温度で試験し、ＡＰＩ  ＺＹＭおよびＡＰＩ  ２０ＮＥアッセイを実施し、これにより、酵素活性（ＡＰＩ  ＺＹＭ）を半定量化し、グラム陰性の非腸内細菌科（ＡＰＩ  ２０ＮＥ）を同定することが可能になった。脂肪酸プロフィールおよびＭＡＬＤＩ−ＴＯＦプロフィールを同様に行った。
【００７３】
１．１．１  １６℃および３７℃における成長
シュードモナス（Pseudomonas）種は、広範囲の温度で成長することが知られており、２８℃は、多くの種に最適な温度として報告されており、いくつかの種の場合は４℃〜４５℃に及ぶ。シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）は、４１℃で成長しないが、一部の菌株は、４℃という低温で成長することが示されている（Palleroni、2005年）。
【００７４】
ＣＬ１４５Ａの希薄細胞懸濁液を、リン酸緩衝液中で調製した。懸濁液を、寒天平板に接種し、１６℃および３７℃で終夜インキュベートした。インキュベーターを適正温度に設定し、インキュベーションを行う前に終夜放置して平衡化させた。ＣＬ１４５Ａは、どちらの温度でも良好に成長した。
【００７５】
１．１．２．ＡＰＩ  ＺＹＭ
ＡＰＩ  ＺＹＭは、酵素活性を速やかに半定量化するためのプラットフォームを設けた。アッセイを、製造業者の指示（Ｂｉｏｍｅｒｉｅｕｘ）に従ってＭＢＩの設備で行った。１日ＰＤＡプレートを、ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）のグリセロール原液（glycerol stock）から接種し、２５℃で終夜インキュベートした。プレート上で成長するコロニーを用いて、製造業者の使用説明書に従ってＡＰＩ  ＺＹＭ細片を接種し、３０℃で４８．５時間インキュベートした。結果を以下の表１に示す。
【００７６】
【表１】
2015511586.tif 000019
【００７７】
これらの結果から、ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）は、酸およびアルカリホスファターゼ、ロイシンアリールアミダーゼおよびナフトール−ＡＳ−ＢＩ−ホスホヒドロラーゼに対して強力な酵素活性を有することが示された。陰性結果を、他のすべての酵素試験について記録した。
【００７８】
１．１．３．ＡＰＩ  ２０ＮＥ
ＡＰＩ  ２０ＮＥによって、酵素活性を半定量化し、グラム陰性の非腸内細菌科を同定することが可能になる。アッセイを、製造業者の指示（Ｂｉｏｍｅｒｉｅｕｘ）に従って行った。１日ＰＤＡプレートを、ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）のグリセロール原液から接種し、２５℃で終夜インキュベートした。プレート上で成長するコロニーを用いて、製造業者の使用説明書に従ってＡＰＩ  ２０ＮＥ細片を接種し、３０℃で４８．５時間インキュベートした。結果を表２に示す。
【００７９】
【表２】
2015511586.tif 000020
【００８０】
シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）は、硝酸塩を還元しない。さらに、Rametteら（2011年）によって、Ｐ．プロテゲンス（P. protegens）は、Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミンを同化することができ、一方、Ｐ．フルオレセンス（P. fluorescens）は同化することができないことが報告されている。ＣＬ１４５Ａは、ＡＰＩ  ２０  ＮＥ結果に従ってＮ−アセチル−Ｄ−グルコサミンを同化することができる。ＣＬ１４５ＡおよびＰ．プロテゲンス（P. protegens）はまた、フェニル酢酸を同化する能力を共有する（Ｐ．フルオレセンス（P. fluorescens）は共有することができない）。ＣＬ１４５Ａは、ＡＰＩ  ＺＹＭ試験において陰性グルクロニダーゼ活性を示した。Ｐ．プロテゲンス（P. protegens）は、Ｄ−グルクロン酸を同化することができず、一方、Ｐ．フルオレセンス（P. fluorescens）は、Ｄ−グルクロン酸を同化することができる。
【００８１】
要約すると、ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９またはＭＢＩ−４０１とも称される）は、Ｐ．フルオレセンス（P. fluorescens）と区別し、Ｐ．プロテゲンス（P. protegens）により近い類似性を示す多くの表現型の特色を共有する。しかしながら、表現型の特徴に基づいたシュードモナス（Pseudomonas）の同定は、困難となり得、最終的な同定には、常にＤＮＡに基づいた手法を要する。
【００８２】
１．１．４．抗生物質抵抗性プロファイル
ＣＬ１４５Ａのグリセロール原液バイアル１個を、Ｍｕｅｌｌｅｒ−Ｈｉｎｔｏｎ寒天平板（プレート当たり１００μｌ）上に等しく分散させ、無菌の細胞スプレダーを用いてプレート上に広げた。次いで、抗生物質ディスクを空の無菌ディスクと共にプレート上に置いた。プレートを２５℃で暗所で７２時間インキュベートした。結果を表３に示す。
【００８３】
【表３】
2015511586.tif 000021
【００８４】
抗生物質プロファイル結果では、図３に示されるように、ＣＬ１４５Ａの成長が、抗生物質ディスクによって抑制されなかったことから、ＣＬ１４５Ａは、テトラサイクリン、エリスロマイシン、ストレプトマイシン、ペニシリン、アンピシリン、クロラムフェニコールおよびセフロキシムに対して抵抗性があることが示され；ＣＬ１４５Ａの成長が、７２時間のインキュベーション後に抑制されたことから、カナマイシン、オキシテトラサイクリン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、ピペラシリン、イミペネムおよびスルファメトキサゾール−トリメトプリム（treimethoprim）に感受性があることが示された。
【００８５】
１．１．５．脂肪酸メチルエステル組成物の分析（ＦＡＭＥ分析）
ＣＬ１４５Ａのコロニー形成後２４時間の寒天平板を、脂肪酸メチルエステル（ＦＡＭＥ）プロファイリングのために、Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ＩＤ，  Ｉｎｃ．（Ｎｅｗａｒｋ、ＮＪ）に提出した。判明した主な脂肪酸を、以下の表４に記載する。
【００８６】
【表４】
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【００８７】
ＣＬ１４５ＡについてのＦＡＭＥプロファイルは、データベース中でシュードモナス・プティダ（Pseudomonas putida）バイオタイプＡ菌株と一致すると思われ、類似性インデックスが最も高い（０．７３０）ことが示される。その次に最も高い一致は３つあり、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）バイオタイプＡ、バイオタイプＢおよびバイオタイプＧとの一致であり、すべて類似性インデックスは、０．７００未満であった。
【００８８】
１．２．１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子増幅および配列決定
１．２．１  ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）のＤＮＡ抽出
シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）菌株ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）を、新鮮なポテトデキストロースプレート上に塗抹し、２〜３日の間またはバイオマスが十分に明らかになるまで放置して成長させた。１白金耳（loopful）の細菌を、無菌の白金耳（sterile loop）を用いて、（ＭｏＢｉｏ  Ｕｌｔｒａ  Ｃｌｅａｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ＤＮＡ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  Ｋｉｔ、Ｃａｔ  Ｎｏ．１２２２４−５０、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡに含まれる）ＤＮＡ抽出緩衝液に懸濁した。製造業者のプロトコールを用いたＭｏＢｉｏ  Ｕｌｔｒａ  Ｃｌｅａｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ＤＮＡ  ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  ｋｉｔを用いてＤＮＡを抽出した。ＤＮＡ抽出物を１％アガロースゲル上で５μＬアリコートを泳動することにより質および量について確認した。
【００８９】
１．２．２．ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）からの１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＰＣＲ増幅
ＤＮＡ抽出物ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）１．５ｕｌをヌクレアーゼが含まれない滅菌水２０μＬ、ＧｏＴａｑ  Ｇｒｅｅｎ  Ｍａｓｔｅｒｍｉｘ（Ｐｒｏｍｅｇａ）２５μＬ、順方向プライマー（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：１）μＬ、および逆方向プライマー（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：２）１．５μＬを組み合わせることにより１６ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の増幅についてのＰＣＲ反応を行った。ＰＣＲ反応を、以下の条件下で、すなわち、９５℃で１０分（初回の変性）、９４℃で４５秒、５５℃で４５秒および７２℃で２分を３０サイクル、その後、７２℃で５分（最終の伸長）および最終保持温度１０℃でサーマルサイクラー（thermocycler）ＰＣＲマシンを用いて行った。ＰＣＲ産物のサイズ、質および量を、１％アガロースゲル上で５ｕＬアリコートを泳動することによりおよびこの産物のバンドをマスラダー（mass ladder）（Ｈｉ−Ｌｏ  ｍａｓｓ  ｌａｄｄｅｒ、Ｂｉｏｎｅｘｕｓ、Ｏａｋｌａｎｄ、ＣＡ）と比較することにより評価した。
【００９０】
１．２．３  １６Ｓ  ｒＲＮＡ配列決定
製造業者の使用説明書に従ってＭｏＢｉｏ  ＰＣＲ  ｃｌｅａｎ  ｕｐ  Ｋｉｔ（Ｃａｔ  Ｎｏ．１２５００−５０）を用いてＰＣＲ産物から過剰のプライマー、ヌクレオチド、酵素および鋳型を除去した。清浄にしたＰＣＲ産物を、前述のプライマーを用いて直接配列決定を行った。
【００９１】
１．２．４  データ分析
順方向および逆方向配列を、ＢｉｏＥｄｉｔソフトウェア（http://www.mbio.nesu.edu/BioEdit/bioedit.html）を用いて整列させ、配列データベースとさらに比較するためにコンセンサス配列を生成した。正式に発表された原核生物名を有する代表菌株を含むデータベースに対するＢＬＡＳＴＮ（Altschulら、1997年）プログラムおよび培養されない系統型（Kimら、2012年）の代表により、最初に系統学的に隣接を同定した。次いで、最も高いスコアを有する上位３０配列を、グローバルアラインメントアルゴリズム（Myer & Miller、1988年）を用いてペアワイズ配列類似性を算出するために選択し、これを、ＥｚＴａｘｏｎ−ｅサーバー（http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/; Kimら、2012年）で実施した。
【００９２】
１．２．５  結果
順方向（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：３）および逆方向（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：４）配列を用いて１４４５塩基対コンセンサス配列（ＳＥＱ  ＩＤ  ＮＯ：５）を生成した。
【００９３】
ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）の１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子コンセンサス配列を、ＥｚＴａｘｏｎ−ｅサーバーを用いて代表菌株の利用可能な配列と比較した。
【００９４】
Ｅｘ−Ｔａｘｏｎ−ｅサーバー上で探索および比較を実施することにより、ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９またはＭＢＩ−４０１とも称される）がシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）ＣＨＡ０Ｔに最も類似し、比較において、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）のより遠縁に当たることが示された。シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）ＣＨＡ０Ｔは、Rametteら（2011年）によって記載された代表菌株である。
【００９５】
配列をＭＥＧＡ５にダウンロードし、ＭＵＳＣＬＥを用いて整列させた。近隣結合法による樹形図を構築して、シュードモナス（Pseudomonas）属の代表菌株とのＣＬ１４５Ａの関係を可視化した（図１）。樹形図により、ＣＬ１４５Ａがシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）の菌株であり、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）が樹形図のより遠位のおよび分かれた枝に位置することが明らかに実証されている。
【００９６】
近隣結合法（Saitou and Nei、1987年）を用いて進化の歴史を推論した。２０００複製から推論されたブートストラップコンセンサスツリー（Felsenstein、1985年）を使用して、分析された分類群の進化の歴史を示す。５０％未満のブートストラップ複製において再現された区分に対応する分枝をまとめた。関連した分類群がブートストラップ試験（２０００複製）において一緒にクラスター形成された複製樹の百分率を、これらの枝の隣に示す（Felsenstein、1985年）。この樹形図は、系統樹を推論するために用いた進化距離のものと同じ単位の枝の長さで、縮小で描かれる。進化距離を、Ｊｕｋｅｓ−Ｃａｎｔｏｒ法（Jukes and Candor、1969年）を用いてコンピューターにより計算し、部位当たりの塩基置換数の単位とする。分析には、２１ヌクレオチド配列が使われた。含まれるコドンの位置は第１＋第２＋第３＋非コードであった。それぞれの配列対についてあいまいな位置をすべて除去した。最終のデータセットにおいて合計１５０５ポジションあった。ＭＥＧＡ５（Tamuraら、2011年）において進化の分析を行った。
【００９７】
さらに、ＮＣＢＩ  ＢＬＡＳＴを用いておよび参照配列データベースへの検索を限定して細菌ドメインの代表との比較を行った。ＮＣＢＩ  ＢＬＡＳＴによる最も高い一致が、シュードモナス（Pseudomonas）分離菌をシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）と実際に誤った名称で呼んでいる原因を確認するために、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）（ＬＭＧ  ５１６７菌株、Ｐｆ−１０１菌株、Ｐｆ−６８菌株、ＣＰＦ−１０菌株、７−１菌株、およびＬＣ−Ｇ−２菌株）との最も高い一致を、Ｅｚ−Ｔａｘｏｎにおけるシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）と比較して、ＮＣＢＩ  ＢＬＡＳＴデータベースにおいて不正確に命名されないことを確認した。これらの配列をＭＥＧＡ５にインポートし、ＣＬ１４５Ａ（ＭＢＩ−４０１）、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）ＣＨＡ０Ｔおよびシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）ＤＳＭ  ５００８０Ｔに対してＭＵＳＣＬＥより整列させた。系統樹を構築して分類学を評価した（図２）。図２に示した系統樹によって、シュードモナス（Pseudomonas）菌株ＬＭＧ  ５１６７、Ｐｆ−１０１、Ｐｆ−６８、ＣＰＦ−１０、７−１、およびＬＣ−Ｇ−２は、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）代表菌株（ＣＨＡ０Ｔ）とすべて一致することが判明したこと、およびこれらの菌株は、系統樹においてシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）菌株と共にグループ化されたことが実証されている。これに対して、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）代表菌株（ＤＳＭＴ）は、どちらの菌株も系統樹の異なる分枝であることから、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）代表菌株（ＣＨＡ０Ｔ）と同じグループとならない。近隣結合法（Saitou and Nei、1997年）を用いて進化の歴史を推論した。２０００複製から推論されたブートストラップコンセンサスツリー（Felsenstein、1985年）を使用して、分析された分類群の進化の歴史（Felsenstein、1985年）を示す。５０％未満のブートストラップ複製において再現された区分に対応する分枝をまとめた。関連した分類群がブートストラップ試験（２０００複製）において一緒にクラスター形成された複製樹の百分率を、これらの枝の隣に示す（Felsenstein、1985年）。この樹形図は、系統樹を推論するために用いた進化距離のものと同じ単位の枝の長さで縮小で描かれる。進化距離を、Ｊｕｋｅｓ−Ｃａｎｔｏｒ法（Jukes and Candor、1969年）を用いてコンピューターにより計算し、部位当たりの塩基置換数の単位とする。分析には、１４ヌクレオチド配列が使われた。含まれるコドンの位置は第１＋第２＋第３＋非コードであった。それぞれの配列対についてあいまいな位置をすべて除去した。最終のデータセットにおいて合計１５１５ポジションあった。ＭＥＧＡ５（Tamuraら、2011年）において進化の分析を行った。
【００９８】
１．３  ピオルテオリンおよび２，４−ジアセチルホログルシノール（diacetylphologlucinol）の生成
Rametteら（2011年）は、遺伝型および表現型の特徴付けデータと比較してシュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）菌株をシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）菌株と区別する主要な特徴として、２つの２次代謝産物、ピオルテオリンおよび２，４−ジアセチルフロログルシノール（ＤＡＰＧ）の生成を記載している。蛍光性シュードモナス（Pseudomonas）代表菌株Ｐｆ−５は、２つの２次代謝産物、ピオルテオリンおよびＤＡＰＧを生成することが知られており、この菌株を陽性対照として用いた。
【００９９】
ＣＬ１４５ＡおよびＰｆ−５菌株を、Wangら（2011年）によって記載された通り、２％グリセロール（ＰｈＧｌｙ）で強化されたピオルテオリン生成物ブロスで成長させた。培地は、１リットル当たり：ＮＨ４ＮＯ３３ｇ、酵母抽出物１ｇ、ＫＨ２ＰＯ４１ｇ、ＮａＣｌ２ｇ、ＭｇＳＯ４０．５ｇおよび微量ミネラル溶液１ｍｌを含有する。培地５０ｍｌを含む２５０ｍｌエルレンマイアーフラスコ中で発酵を行った。インキュベーションを２５℃および２００ｒｐｍで４８時間行った。ＣＬ１４５ＡおよびＰｆ−５（ＮＲＲＬ  Ｂ−２３９３２）と並べて発酵を行い、４８時間後に回収した。ピオルテオリンについての市販の標準物質がないことにより、菌株Ｐｆ−５を内部標準として用いた。
【０１００】
発酵ブロスを、Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ  ＸＡＤ−７樹脂（Asolkarら、2006年）を用いて室温で２時間２２５ｒｐｍで全細胞ブロス（ＷＣＢ）を樹脂と振り混ぜることにより抽出した。樹脂および細胞集団をチーズクロスでろ過し、脱イオン（ＤＩ）水で洗浄して、塩を除去することにより収集した。次いで、樹脂、細胞集団、およびチーズクロスをアセトン／メタノール（１：１）に１時間浸し、その後、溶媒をろ過し、ロータリーエバポレーターを用いて減圧乾燥して、粗抽出物を得た。上記から得られた粗抽出物をメタノールに溶解して、公知の濃度（１０ｍｇ／ｍＬ）を得、その後、液体クロマトグラフィー−質量分析（ＬＣＭＳ）を用いて分析した。
【０１０１】
粗抽出物試料の質量分析を、正および負イオン化モードを用いた、完全スキャンモード（ｍ／ｚ  １００〜１５００  Ｄａ）のＴｈｅｒｍｏ  Ｆｉｎｎｉｇａｎ  ＬＣＱ  Ｄｅｃａ  ＸＰプラスエレクトロスプレー（ＥＳＩ）装置でならびにＬＣＱ  ＤＥＣＡ  ＸＰプラス質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｅｌｅｃｔｒｏｎ  Ｃｏｒｐ．、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ）で行った。熱高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）装置は、Ｆｉｎｎｉｇａｎ  Ｓｕｒｖｅｙｏｒ  ＰＤＡプラス検出器、オートサンプラーに加えて、ＭＳポンプおよび４．６ｍｍ×１００ｍｍ  Ｌｕｎａ  Ｃ１８  ５μｍカラム（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ）を装備した。溶媒系は、水（溶媒Ａ）およびアセトニトリル（溶媒Ｂ）からなるものであった。移動相は、溶媒Ｂ１０％で開始し、溶媒Ｂ１００％まで２０分にわたって直線的に増加し、次いで、４分間維持し、最後に、３分にわたって溶媒Ｂ１０％まで戻し、３分間維持した。流速は、０．５ｍＬ／分であった。注入量は、１０μＬであり、オートサンプラーにおいて室温で試料を維持した。試料中に存在する目的とする化合物の質量分析を以下の条件下で行った。すなわち、窒素ガスの流速を、それぞれシースガスおよび補助ガス／スイープガス流速について３０および１５ａｒｂで固定した。スプレー電圧を５０００Ｖに設定し、キャピラリー電圧を３５．０Ｖに設定し、エレクトロスプレーイオン化法を行った。キャピラリー温度を４００℃に設定した。Ｘｃａｌｉｂｕｒソフトウェアでデータを分析した。本分析における目的とする化合物は、ピオルテオリン（１）およびＤＡＰＧ（２）であり、これらを、ＵＶ吸収度プロファイル、保持時間（ＲＴ）および分子量を内部参照標準化合物のそれと比較することにより特徴付けた。
【０１０２】
ピオルテオリン（１）およびＤＡＰＧ（２）は、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）Ｐｆ−５（Rametteら、2011年）から得られた２次代謝産物として報告されている。ピオルテオリンの標準試料が入手できないため、Ｐｆ−５の粗抽出物を用いて、ＣＬ１４５Ａの粗抽出物中でピオルテオリンの生成物を同定した。ピオルテオリンは、ＲＴが１１：３０分であり、正イオン化モードで分子量が２７２．０２であり、２０６、２５４および３０８ｎｍでＵＶ吸収が最大である。ＭＳにおける同位体スピッティングパターンによって、分子中の２個の塩素原子の存在を確認する。２，４−ジアセチルフロログルシノール（２）の標準試料を、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ＣＡＳ  ２１６１−８６−６）から購入し、ＲＴは１３．９９分であり、分子量は２１０．１４であり、２０４、２６８および３２０ｎｍでＵＶ吸収が最大である。化合物１および２の生成物を、グリセロールを含有する発酵培地中で成長したＣＬ１４５Ａの粗抽出物中でＲＴ１１：３０分および１３：９６分でそれぞれ検出し、ＵＶおよび質量スピッティングパターンは、標準化合物と同一であった。ピオルテオリンおよびＤＡＰＧの構造を図３に示す。
【０１０３】
特定の培地下、温度および振とう条件で成長させる場合、ＣＬ１４５Ａによる２つの２次代謝産物ピオルテオリンおよびＤＡＰＧの生成を設計して、前記代謝産物を生成するために最適化した。ピオルテオリンの存在を、質量スペクトルパターン、保持時間およびピオルテオリンに特異的であるＵＶスペクトルに従ってピークを同定することにより確認した。ＤＡＰＧの存在を、市販の標準物（commercial standard）と比較することによりさらに確認した。
【０１０４】
ロットをＦＭ３培地およびＤＭ７培地において製造し、前述した通り分析した。商業生産に典型的な発酵条件下のこれらの培地中で、ピオルテオリンおよびＤＡＰＧを検出しなかった。
【０１０５】
１．４  結論
ＭＢＩ−４０１は、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）菌株ＣＬ１４５Ａとして最終的に同定した。微生物を特徴付ける早期の努力によって、シュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）（Ｐｆ）が同定された。種の同一性の変更は、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列の相違、ならびにピオルテオリンおよびＤＡＰＧの生成、ならびに他の生化学的な特色によって特徴付けられた新種において、以前からＰｆとして公知の複数の菌株をグループ化したシュードモナス・フルオレセンス（Pseudomonas fluorescens）の分類学が最近修正された結果である。したがって、ＣＬ１４５Ａは、シュードモナス・プロテゲンス（Pseudomonas protegens）のグループ化を新たに形成した菌株として現在分類される。
【実施例２】
【０１０６】
シュードモナス（Pseudomonas）画分の調製
以下の手順を、シュードモナス（Pseudomonas）ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）の細胞および上澄みから得られた化合物を抽出するために使用する。
【０１０７】
ＦＭ２増殖培地中の１０−Ｌ発酵Ｐ．ＣＬ１４５Ａ（ＡＴＣＣ  ５５７９９）に由来する細胞ペレットを、希釈緩衝液に懸濁し、室温で２時間２２５ｒｐｍで細胞懸濁液を樹脂と共に振り混ぜることにより、Ａｍｂｅｒｌｉｔｅ  ＸＡＤ−７樹脂（Asolkarら、2006年）で抽出する。樹脂および細胞集団を、チーズクロスでろ過し、ＤＩ水で洗浄して塩を除去することにより収集する。次いで、樹脂、細胞集団、およびチーズクロスをアセトンに２ｈ浸し、その後、アセトンをろ過し、ロータリーエバポレーターを用いて減圧乾燥して粗抽出物を得た。次いで、粗抽出物を、逆相Ｃ１８真空液体クロマトグラフィー（Ｈ２Ｏ／ＣＨ３ＯＨ；勾配  ９０：２０〜０：１００％）を用いることにより分画して６画分を得た（概要図については図４を参照のこと）。
【０１０８】
２．１  活性画分／粗抽出物の分析
未精製の細胞および活性画分Ｆ１、Ｆ２およびＦ３の比較を図５に示す。これらの画分を、Ｆｉｎｎｉｇａｎ  Ｓｕｒｖｅｙｏｒ  ＰＤＡプラス検出器、オートサンプラーに加えて、ＭＳポンプおよび４．６ｍｍ×１００ｍｍ  Ｌｕｎａ  Ｃ１８  ５μｍカラム（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ）を装備した熱高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）装置で分析する。溶媒系は、水（溶媒Ａ）およびアセトニトリル（溶媒Ｂ）からなるものであった。移動相は、溶媒Ｂ１０％で開始し、溶媒Ｂ１００％まで２０分にわたって直線的に増加し、次いで、４分間維持し、最後に、３分にわたって溶媒Ｂ１０％まで戻し、３分間維持した。流速は、０．５ｍＬ／分である。注入量は、１０μＬであり、オートサンプラーにおいて室温で試料を維持した。さらに、活性画分の特徴付け／分析を図６、図７および図８に示す。特に、これらの画分を、ＬＣＱ  ＤＥＣＡ  ＸＰプラス質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｅｌｅｃｔｒｏｎ  Ｃｏｒｐ．、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ）ならびにＦｉｎｎｉｇａｎ  Ｓｕｒｖｅｙｏｒ  ＰＤＡプラス検出器、オートサンプラーに加えて、ＭＳポンプ、４．６ｍｍ×１００ｍｍ  Ｌｕｎａ  Ｃ１８  ５μｍカラム（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ）を装備した熱高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）装置に接続した、正および負イオン化モードを用いた、完全スキャンモード（ｍ／ｚ  １００−１５００  Ｄａ）のＴｈｅｒｍｏ  Ｆｉｎｎｉｇａｎ  ＬＣＱ  Ｄｅｃａ  ＸＰプラスエレクトロスプレー（ＥＳＩ）装置におけるＥＳＩ−ＬＣＭＳを用いて分析した。溶媒系は、水（溶媒Ａ）およびアセトニトリル（溶媒Ｂ）からなるものであった。移動相は、溶媒Ｂ１０％で開始し、溶媒Ｂ１００％まで２０分にわたって直線的に増加し、次いで、４分間維持し、最後に、３分にわたって溶媒Ｂ１０％まで戻し、３分間維持した。流速は、０．５ｍＬ／分である。注入量は、１０μＬであり、オートサンプラーにおいて室温で試料を維持した。質量分析を以下の条件下で行う。すなわち、窒素ガスの流速を、それぞれシースガスおよび補助ガス／スイープガス流速について、３０および１５ａｒｂで固定した。スプレー電圧を５０００Ｖに設定し、キャピラリー電圧を３５．０Ｖに設定し、エレクトロスプレーイオン化法を行った。キャピラリー温度を４００℃に設定した。Ｘｃａｌｉｂｕｒソフトウェアでデータを分析した。
【０１０９】
画分Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３ならびにＳＮ粗抽出物を、ＬＣＱ  ＤＥＣＡ  ＸＰプラス質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｅｌｅｃｔｒｏｎ  Ｃｏｒｐ．、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ）に接続した、正および負イオン化モードを用いた完全スキャンモード（ｍ／ｚ  １００−１５００  Ｄａ）のＴｈｅｒｍｏ  Ｆｉｎｎｉｇａｎ  ＬＣＱ  Ｄｅｃａ  ＸＰ  プラスエレクトロスプレー（ＥＳＩ）装置によるＥＳＩ−ＬＣＭＳを用いて分析した。本化合物の質量分析を以下の条件下で行う。すなわち、窒素ガスの流速を、それぞれシースガスおよび補助ガス／スイープガス流速について、３０および１５ａｒｂで固定した。スプレー電圧を５０００Ｖに設定し、キャピラリー電圧を３５．０Ｖに設定し、エレクトロスプレーイオン化法を行った。キャピラリー温度を４００℃に設定した。Ｘｃａｌｉｂｕｒソフトウェアでデータを分析した。
【実施例３】
【０１１０】
抗微生物試験：寒天平板上の成長阻害
プレートの直径の両端を一直線としてグリセロール原液材料を広げることによりＰＤＡプレートにシュードモナス（Pseudomonas）菌株ＣＬ１４５Ａを塗抹した。菌株ＣＬ１４５Ａを２５℃で２４時間放置して成長させた。２４時間インキュベーションしてから、以下の分離菌キサントモナス・キャンペストリス（Xanthomonas campestris）、キサントモナス・ヴェシカトリア（Xanthomonas vesicatoria）、シュードモナス・プティダ（Pseudomonas putida）、バチルス・セレウス（Bacillus cereus）、枯草菌（Bacillus subtilis）およびシュードモナス・シリンガエ（Pseudomonas syringae）を、接触しないようにＣＬ１４５Ａ成長に可能な限り近づけていき、垂直線にＣＬ１４５Ａ成長に接種した。プレートをさらに２５℃で４８時間インキュベートした。ＣＬ１４５Ａストリークの近くに成長がないことを探すことにより阻害活性を決定した。阻害された分離菌は、ＣＬ１４５ストリークに向かって成長せず；Ｘ．キャムペトリス（X. campestris）、Ｘ．ヴェシカトリア（X. vesicatoria）およびＢ．スブティリス（B. subtilis）をプレート上で有意に阻害した。シュードモナス・プティダ（Pseudomonas putida）をまったく阻害しなかった。バチルス・セレウス（Bacillus cereus）は、最小限の阻害が観察された。シュードモナス・シリンガエ（Pseudomonas syringae）は成長が十分でなかったが、ＣＬ１４５Ａによる阻害に関する結果は、明確な結論がなかった。
【実施例４】
【０１１１】
寒天−ディスクアッセイを用いた画分の抗微生物試験
植物病原菌をＰＤＡ上に蒔き、バイオマスがプレート表面で十分に成長するまで、通常、２５℃で２４〜４８時間インキュベートした。次いで、滅菌水１ｍＬを、ＰＤＡプレート上で前もって成長させた１白金耳の試験微生物と共に接種した。コロニーを滅菌水に再懸濁し、病原体再懸濁液２００μＬをＰＤＡプレート上に広げ、１０〜１５分間放置してプレートに吸収させた。灰色かび病菌（Botrytis cinerea）に対して試験する場合、真菌のプラグをＰＤＡプレートの中央付近に置き、２５℃で２４時間放置してインキュベートした。無菌ろ紙ディスクを寒天に適用し、２０μＬの試料をそれぞれ１０ｍｇ／ｍＬのメタノール中で調製して添加した。プレートを２５℃で４８時間インキュベートした。４８時間後、ろ紙ディスクの周りの阻害ゾーンについてプレートを観察すると、試料に対する病原体抵抗性が示された。阻害は、ろ紙ディスクの周りの阻害ゾーンによって示される。（Ａ）キサントモナス・キャンペストリス（Xanthomonas campestris）、（Ｂ）ブドウ斑点細菌病菌（Xanthomonas arboricola）、（Ｃ）キサントモナス・ヴェシクトリア（Xanthomonas vescictoria）、（Ｄ）枯草菌（Bacillus subtilis）、（Ｅ）ストレプトマイセス・スカビエイ（Steptomyces scabiei）、（Ｆ）エルウィニア・カロトヴォラ（Erwinia carotovora）、（Ｇ）バチルス・セレウス（Bacillus cereus）および（Ｈ、Ｉ）灰色かび病菌（Botrytis cinerea）に対して、ＣＬ１４５Ａ抽出物および画分を試験した。結果を表５にまとめて示す。
【０１１２】
これらの試験から得られた結果により、ＣＬ１４５Ａ全細胞ブロス、細胞、抽出物および画分が植物の病気に関与する微生物のアレイに対して阻害活性を示すことが見出されたことが示される。異なる画分は、異なる微生物に対して活性を示し、Ｐｆ１４５Ａは、抗菌活性が変動する多様な数の代謝産物を生成する潜在性を有することが示される。活性は、上澄みおよび全細胞ブロスの両方において見出され、活性がある代謝産物は、性質上細胞結合および細胞外の両方になり得ることが示された。しかしながら、画分３は、試験された微生物すべてに対して活性を有することが見出された。
【０１１３】
【表５】
2015511586.tif 000023
【実施例５】
【０１１４】
ウドンコ病に感染したキュウリ苗のＭＢＩ−４０１に対する影響
２週齢のキュウリ苗（Ｃ．サティヴス（C. sativus））に、ＭＢＩ−４０１全細胞ブロス（ｎ＝７）および上澄み（ｎ＝７）で（溶液が葉表面から垂れるくらいに流れ落ちるほど）全体的に噴霧し、水を陰性対照（ｎ＝６）として用いた。携帯式加圧散布器で塗布を行って、温室野菜生産システムで行われた商業用の殺菌剤処理をシミュレートした。塗布される容量は、植物当たりの噴霧容量３ｍＬであった。ウドンコ病の病原因子であるＳ．フルギネア（S. fulginea）の芽胞懸濁液で接種する前に植物を放置して乾燥した。芽胞懸濁液を、処理された植物および未処理の植物に流れ落ちるほど噴霧した。植物当たりの分生子懸濁液の噴霧容量２ｍＬを使用。病気の重症度が、約７〜１４日に水制御で少なくとも９０％、理想的には１００％に達するまで、処理された植物および未処理の植物をおよそ２２℃（芽胞形成の温度範囲は、１５℃〜３０℃である）でインキュベートした。すべての処理された植物および未処理の植物１０  ＤＡＴに関してコロニーで覆われた葉面積の百分率を評価することにより病気の重症度を判定した。
【０１１５】
結果を図１０に示す。記載された全細胞ブロスおよび上澄みで処理された植物は、未処理の植物（重症度およそ９０％）に比較して病気の重症度を有意に減少させた（およそ１５〜２０％）（ｐ＜０．００５、ＡＮＯＶＡ）。
【０１１６】
参考文献
2015511586.tif 000024
2015511586.tif 000025
【０１１７】
本発明は、その精神もしくは本質的な特徴から逸脱することなく、他の形態で具現することも、他の方法で実施することもできる。したがって、本開示は、すべての態様において例証され、制限されないものとみなされるものとし、同等の意味および範囲内で生じてくるすべての変更は、その中に包含されるものとする。
【０１１８】
様々な参照文献は、本明細書全体を通して引用され、そのそれぞれは、その全体を参照により本明細書に組み込む。
【図１】
2015511586.tif 000032
【図２】
2015511586.tif 000033
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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