(57)【要約】本発明は、抗体を含む抗体-薬物コンジュゲートを含む、C16orf54を結合させる抗体、ならびに、癌の診断および治療のためなどの、該抗体および該抗体-薬物コンジュゲートの使用方法を提供する。2015533832.tif 000349
2015533832.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
SEQ ID NO：1のポリペプチドの細胞外ドメインと特異的に結合する、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２】
前記抗体が、バイオレイヤー干渉法（biolayer interferometry）によって測定されたKd 10-8Mまたはそれ未満で、SEQ ID NO：1の細胞外ドメインから解離する、請求項1に記載の抗体または機能的断片。
【請求項３】
前記抗体が、バイオレイヤー干渉法によって測定されたkoff速度定数 1×10-3s-1またはそれ未満で、SEQ ID NO：1の細胞外ドメインから解離する、請求項1に記載の抗体または機能的断片。
【請求項４】
前記抗体が、いずれもバイオレイヤー干渉法によって測定されたKd 10-8Mまたはそれ未満およびkoff速度定数 1×10-3s-1またはそれ未満で、SEQ ID NO：1の細胞外ドメインから解離する、請求項1に記載の抗体または機能的断片。
【請求項５】
前記抗体が、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：138、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、およびSEQ ID NO：146からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン由来の3つの重鎖相補性決定領域（CDR）のすべて、ならびに／または、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメイン由来の3つの軽鎖CDRのすべてを含む、請求項1に記載の抗体または機能的断片。
【請求項６】
前記3つの重鎖CDRおよび／または前記3つの軽鎖CDRが、IMGT、Kabat、Chothia、コンタクト（Contact）、またはAbM 番号付けを用いて決定される、請求項5に記載の抗体または機能的断片。
【請求項７】
R29-7-1Cと名付けられた抗体；
R29-7-2Aと名付けられた抗体；
R29-67-7Aと名付けられた抗体；
R29-8-136Cと名付けられた抗体；
R29-8-57Bと名付けられた抗体；
R29-7-54Cと名付けられた抗体；
R29-7-53Aと名付けられた抗体；
R29-8-50Cと名付けられた抗体；
R29-8-19Bと名付けられた抗体；
R29-8-58Cと名付けられた抗体；
R29-8-9Bと名付けられた抗体；
R29-8-28Cと名付けられた抗体；
R29-8-120Bと名付けられた抗体；
R29-8-75Bと名付けられた抗体；
R29-8-36Cと名付けられた抗体；
R29-8-12Aと名付けられた抗体；
R29-8-93Bと名付けられた抗体；
R29-8-51Bと名付けられた抗体；
R29-8-30Aと名付けられた抗体；
R29-8-18Bと名付けられた抗体；
R29-7-38Cと名付けられた抗体；
R29-7-49Aと名付けられた抗体；
R29-7-13Aと名付けられた抗体；または
R29-67-4Aと名付けられた抗体
に由来する、3つの重鎖相補性決定領域（CDR）のすべておよび／または3つの軽鎖CDRのすべてを含む、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項８】
R29-7-2Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項９】
R29-7-1Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１０】
R29-67-7Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１１】
R29-8-136Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１２】
R29-8-57Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１３】
R29-7-54Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１４】
R29-7-53Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１５】
R29-8-50Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１６】
R29-8-19Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１７】
R29-8-58Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１８】
R29-8-9Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項１９】
R29-8-28Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２０】
R29-8-120Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２１】
R29-8-75Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２２】
R29-8-36Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２３】
R29-8-12Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２４】
R29-8-93Bと名付けられた抗体に由来する3つの重鎖CDRのすべてを前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２５】
R29-8-51Bと名付けられた抗体に由来する3つの重鎖CDRのすべてを前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２６】
R29-8-30Aと名付けられた抗体に由来する3つの重鎖CDRのすべてを前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２７】
R29-8-18Bと名付けられた抗体に由来する3つの重鎖CDRのすべてを前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２８】
R29-7-38Cと名付けられた抗体に由来する3つの重鎖CDRのすべてを前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項２９】
R29-7-49Aと名付けられた抗体に由来する3つの重鎖CDRのすべてを前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項３０】
R29-7-13Aと名付けられた抗体に由来する3つの重鎖CDRのすべてを前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項３１】
R29-67-4Aと名付けられた抗体に由来する3つの重鎖CDRのすべてを前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項7に記載の抗体。
【請求項３２】
SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：138、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、およびSEQ ID NO：146からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン由来の3つの重鎖CDRのすべてと、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメイン由来の3つの軽鎖CDRのすべてとを含む、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３３】
R29-7-2Aと名付けられた抗体；
R29-7-1Cと名付けられた抗体；
R29-67-7Aと名付けられた抗体；
R29-8-136Cと名付けられた抗体；
R29-8-57Bと名付けられた抗体；
R29-7-54Cと名付けられた抗体；
R29-7-53Aと名付けられた抗体；
R29-8-50Cと名付けられた抗体；
R29-8-19Bと名付けられた抗体；
R29-8-58Cと名付けられた抗体；
R29-8-9Bと名付けられた抗体；
R29-8-28Cと名付けられた抗体；
R29-8-120Bと名付けられた抗体；
R29-8-75Bと名付けられた抗体；
R29-8-36Cと名付けられた抗体；または
R29-8-12Aと名付けられた抗体
に由来する、重鎖相補性決定領域（CDR）および軽鎖CDRのすべてを含む、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３４】
R29-7-2Aと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項３５】
R29-7-1Cと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項３６】
R29-67-7Aと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項３７】
R29-8-136Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項３８】
R29-8-57Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項３９】
R29-7-54Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４０】
R29-7-53Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４１】
R29-8-50Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４２】
R29-8-19Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４３】
R29-8-58Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４４】
R29-8-9Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４５】
R29-8-28Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４６】
R29-8-120Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４７】
R29-8-75Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４８】
R29-8-36Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項４９】
R29-8-12Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべておよび3つの軽鎖CDRのすべてを、前記抗体またはその機能的断片が含む、請求項33に記載の抗体。
【請求項５０】
SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：138、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、およびSEQ ID NO：146からなる群より選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項32に記載の抗体。
【請求項５１】
SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択される軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項32に記載の抗体。
【請求項５２】
SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択される軽鎖可変ドメイン配列をさらに含む、請求項50に記載の抗体。
【請求項５３】
SEQ ID NO：4の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：6の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項５４】
SEQ ID NO：8の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：10の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項５５】
SEQ ID NO：12の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：14の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項５６】
SEQ ID NO：16の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：18の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項５７】
SEQ ID NO：20の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：22の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項５８】
SEQ ID NO：24の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：26の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項５９】
SEQ ID NO：28の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：30の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６０】
SEQ ID NO：32の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：34の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６１】
SEQ ID NO：36の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：38の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６２】
SEQ ID NO：40の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：42の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６３】
SEQ ID NO：44の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：46の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６４】
SEQ ID NO：48の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：50の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６５】
SEQ ID NO：52の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：54の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６６】
SEQ ID NO：56の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：58の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６７】
SEQ ID NO：60の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：62の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６８】
SEQ ID NO：64の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：66の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項52に記載の抗体。
【請求項６９】
C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片であって、該抗体が、（a）重鎖可変（VH）領域および／または（b）軽鎖可変（VL）領域を含み、（a）VH領域が、
（1）（i）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000247
、
（ii）
2015533832.tif 000248
、
（iii）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000249
、
（iｖ）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000250
、および
（ｖ）
2015533832.tif 000251
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）（i）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000252
、
（ii）
2015533832.tif 000253
、
（iii）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000254
、
（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000255
、および
（v）
2015533832.tif 000256
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）（i）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000257
、
（ii）
2015533832.tif 000258
、
（iii）X1、X2、X3、X4、およびX5が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000259
、もしくは代替的には
2015533832.tif 000260
、
（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000261
、および
（v）
2015533832.tif 000262
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含み、（b）VL領域が、
（1）（i）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000263
、
（ii）
2015533832.tif 000264
、
（iii）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000265
、
（iv）
2015533832.tif 000266
、および
（v）
2015533832.tif 000267
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）（i）KVS（SEQ ID NO：71）、または
（ii）WAS（SEQ ID NO：83）
のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；ならびに
（3）（i）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000268
、
（ii）
2015533832.tif 000269
、
（iii）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000270
、
（iv）
2015533832.tif 000271
、および
（v）
2015533832.tif 000272
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項７０】
以下を含む重鎖可変（VH）領域を含む、請求項69記載の抗体：
（1）（i）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000273
、
（ii）
2015533832.tif 000274
、
（iii）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000275
、
（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000276
、および
（v）
2015533832.tif 000277
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）（i）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000278
、
（ii）
2015533832.tif 000279
、
（iii）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000280
、
（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000281
、および
（v）
2015533832.tif 000282
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）（i）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000283
、
（ii）
2015533832.tif 000284
、
（iii）X1、X2、X3、X4、およびX5が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000285
、または代替的には
2015533832.tif 000286
、
（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000287
、および
（v）
2015533832.tif 000288
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3。
【請求項７１】
以下を含む軽鎖可変（VL）領域を含む、請求項69記載の抗体：
（1）（i）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000289
、
（ii）
2015533832.tif 000290
、
（iii）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000291
、
（iv）
2015533832.tif 000292
、および
（v）
2015533832.tif 000293
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）（i）KVS（SEQ ID NO：71）、または
（ii）WAS（SEQ ID NO：83）
のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；ならびに
（3）（i）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000294
、
（ii）
2015533832.tif 000295
、
（iii）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000296
、
（iv）
2015533832.tif 000297
、および
（v）
2015533832.tif 000298
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3。
【請求項７２】
以下を含む、請求項69に記載の抗体：
（a）（1）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000299
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000300
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000301
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、ならびに
（b）（1）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000302
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000303
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項７３】
以下を含む、請求項72に記載の抗体：
（a）（1）X1がS、N、I、またはTである、
2015533832.tif 000304
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）X1がGまたはSであり、X2がG、S、T、またはRであり、X3がT、N、またはSである、
2015533832.tif 000305
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）X1がA、G、またはTであり、X2がYまたはLである、
2015533832.tif 000306
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）X1がVまたはLであり、X2がFまたはYである、
2015533832.tif 000307
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）KVS（SEQ ID NO:71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）X1がSまたはTである、
2015533832.tif 000308
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項７４】
以下を含む、請求項73に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：89、SEQ ID NO：95、およびSEQ ID NO：96からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：98、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：101、およびSEQ ID NO：102からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：103、SEQ ID NO：104、およびSEQ ID NO：105からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：107、およびSEQ ID NO：108からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：109またはSEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項７５】
以下を含む、請求項69に記載の抗体：
（a）（1）
2015533832.tif 000309
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）
2015533832.tif 000310
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）
2015533832.tif 000311
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）
2015533832.tif 000312
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）
2015533832.tif 000313
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項７６】
以下を含む、請求項69に記載の抗体：
（a）（1）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000314
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000315
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）X1、X2、X3、X4、およびX5が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000316
のアミノ酸配列、または代替的には
2015533832.tif 000317
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000318
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）WAS（SEQ ID NO：83）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000319
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項７７】
以下を含む、請求項76に記載の抗体：
（a）（1）X1がDまたはVである、
2015533832.tif 000320
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）X1がNまたはSであり、X2がS、R、またはIであり、X3がT、S、Iである、
2015533832.tif 000321
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）X1がR、K、もしくはNであり、X2がG、N、もしくはYであり、X3がV、YもしくはEであり、X4がYもしくはFであり、X5がGもしくはAである、
2015533832.tif 000322
のアミノ酸配列、または代替的には
2015533832.tif 000323
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）X1がSまたはNであり、X2がSまたはTである、
2015533832.tif 000324
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）WAS（SEQ ID NO：83）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）X1がSまたはIである、
2015533832.tif 000325
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項７８】
以下を含む、請求項77に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：111またはSEQ ID NO：112のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：113、SEQ ID NO：114、SEQ ID NO：115、SEQ ID NO：116、およびSEQ ID NO：117からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：118、SEQ ID NO：119、SEQ ID NO：120、およびSEQ ID NO：121からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：94、SEQ ID NO：122、およびSEQ ID NO：123からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）WAS（SEQ ID NO：83）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124またはSEQ ID NO：125のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項７９】
以下を含む、請求項69に記載の抗体：
（a）（1）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000326
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000327
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000328
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）
2015533832.tif 000329
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）
2015533832.tif 000330
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項８０】
以下を含む、請求項79に記載の抗体：
（a）（1）X1がAまたはGである、
2015533832.tif 000331
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）X1がRまたはGである、
2015533832.tif 000332
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）X1がYまたはHである、
2015533832.tif 000333
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）
2015533832.tif 000334
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）
2015533832.tif 000335
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項８１】
以下を含む、請求項80に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：126またはSEQ ID NO：127のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：128またはSEQ ID NO：129のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：130またはSEQ ID NO：77のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）
2015533832.tif 000336
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）
2015533832.tif 000337
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項８２】
以下を含む、請求項69に記載の抗体：
（a）（1）
2015533832.tif 000338
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）
2015533832.tif 000339
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）
2015533832.tif 000340
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）
2015533832.tif 000341
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）WAS（SEQ ID NO：83）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）
2015533832.tif 000342
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項８３】
C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片であって、該抗体が、
（a）表6〜29に示されたVH CDR1、VH CDR2、およびVH CDR3アミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域；
ならびに／または
（b）表6、10、12〜22、24、25、および29に示されたVL CDR1、VL CDR2、およびVL CDR3アミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域
を含む、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項８４】
表6〜29に示されたVH CDR1、VH CDR2、およびVH CDR3アミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域を含む、請求項83に記載の抗体。
【請求項８５】
表6、10、12〜22、24、25、および29に示されたVL CDR1、VL CDR2、およびVL CDR3アミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む、請求項83に記載の抗体。
【請求項８６】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76、147、161、166、および172からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：97、148、162、167、および173からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：106、150、164、および169からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：109、165、および171からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項８７】
以下を含む、請求項86に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：97のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：106のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項８８】
以下を含む、請求項86に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：147のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：148のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：150のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項８９】
以下を含む、請求項86に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：164のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：165のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項９０】
以下を含む、請求項86に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：166のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：167のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：169のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：171のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項９１】
以下を含む、請求項86に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：172のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：173のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：150のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項９２】
以下を含む、請求項83記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76、147、161、166、および172からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：97、148、162、167、および173からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項９３】
以下を含む、請求項92記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：97のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項９４】
以下を含む、請求項92記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：147のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：148のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項９５】
以下を含む、請求項92記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項９６】
以下を含む、請求項92記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：166のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：167のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項９７】
以下を含む、請求項92記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：172のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：173のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項９８】
以下を含む、請求項83記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76、147、161、166、および172からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：97、148、162、167、および173からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項９９】
以下を含む、請求項98記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：97のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１００】
以下を含む、請求項98に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：147のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：148のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１０１】
以下を含む、請求項98に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１０２】
以下を含む、請求項98に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：166のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：167のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１０３】
以下を含む、請求項98に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：172のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：173のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１０４】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：89、174、176、177、および179からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：98、175、162、178、および180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１０５】
以下を含む、請求項104に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：89のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：98のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１０６】
以下を含む、請求項104に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：174のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：175のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１０７】
以下を含む、請求項104に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：179のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１０８】
以下を含む、請求項104に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：177のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：178のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１０９】
以下を含む、請求項104に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：179のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：180のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１１０】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：95、181、184、186、および189からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：99、182、162、187、および190からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：109、165、および171からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１１１】
以下を含む、請求項110に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：95のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：99のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１１２】
以下を含む、請求項110に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：181のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：182のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１１３】
以下を含む、請求項110に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：184のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：165のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１１４】
以下を含む、請求項110に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：186のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：187のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：171のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１１５】
以下を含む、請求項110に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：189のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：190のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１１６】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：96、191、193、195、および197からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：100、192、194、196、および198からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１１７】
以下を含む、請求項116に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：96のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：100のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１１８】
以下を含む、請求項116に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：191のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：192のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１１９】
以下を含む、請求項116に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：193のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１２０】
以下を含む、請求項116に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：195のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：196のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１２１】
以下を含む、請求項116に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：197のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：198のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１２２】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：89、199、176、202、および206からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：101、200、194、203、および207からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：104、149、163、および204からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１２３】
以下を含む、請求項122に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：89のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：101のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：104のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１２４】
以下を含む、請求項122に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：199のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：200のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１２５】
以下を含む、請求項122に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：176のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１２６】
以下を含む、請求項122に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：202のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：203のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：204のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１２７】
以下を含む、請求項122に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：206のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：207のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１２８】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：101、209、194、203、および207からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１２９】
以下を含む、請求項128に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：101のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３０】
以下を含む、請求項128に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：209のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３１】
以下を含む、請求項128に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３２】
以下を含む、請求項128に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：203のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３３】
以下を含む、請求項128に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：207のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３４】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：101、209、194、203、および207からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３５】
以下を含む、請求項134に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：101のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３６】
以下を含む、請求項134に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：209のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３７】
以下を含む、請求項134に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３８】
以下を含む、請求項134に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：203のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１３９】
以下を含む、請求項134に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：207のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４０】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：101、209、194、203、および207からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４１】
以下を含む、請求項140に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：101のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４２】
以下を含む、請求項140に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：209のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４３】
以下を含む、請求項140に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４４】
以下を含む、請求項140に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：203のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４５】
以下を含む、請求項140に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：207のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４６】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：102、214、194、164、および218からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：108、215、216、および217からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４７】
以下を含む、請求項146に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：102のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：108のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４８】
以下を含む、請求項146に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：214のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：215のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１４９】
以下を含む、請求項146に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：216のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５０】
以下を含む、請求項146に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：164のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：217のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５１】
以下を含む、請求項146に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：218のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：215のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５２】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：102、214、194、164、および218からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：108、215、216、および217からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５３】
以下を含む、請求項152に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：102のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：108のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５４】
以下を含む、請求項152に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：214のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：215のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５５】
以下を含む、請求項152に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：216のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５６】
以下を含む、請求項152に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：164のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：217のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５７】
以下を含む、請求項152に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：218のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：215のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５８】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：73、219、224、229、および318からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：74、220、225、230、および319からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：75、221、226、および231からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：76、222、227、および232からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：78、228、および233からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１５９】
以下を含む、請求項158に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：73のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：74のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：75のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：78のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６０】
以下を含む、請求項158に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：219のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：220のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：221のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：222のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：78のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６１】
以下を含む、請求項158に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：224のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：225のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：226のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：227のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：228のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６２】
以下を含む、請求項158に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：229のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：230のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：231のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：232のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：233のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６３】
以下を含む、請求項158に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：318のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：319のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：221のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：222のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：78のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６４】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：111、234、240、244、および250からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：113、235、239、245、および251からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：118、236、241、および246からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：94、237、242、および247からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83、238、および248からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124、243、および249からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６５】
以下を含む、請求項164に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：111のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：113のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：118のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：94のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６６】
以下を含む、請求項164に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：234のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：235のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：236のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６７】
以下を含む、請求項164に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：240のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：241のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：242のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：243のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６８】
以下を含む、請求項164に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：244のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：245のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：246のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：247のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：248のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：249のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１６９】
以下を含む、請求項164に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：250のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：251のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：236のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７０】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：111、234、240、244、および250からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：114、223、239、252、および253からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：118、236、241、および246からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：94、237、242、および247からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83、238、および248からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124、243、および249からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７１】
以下を含む、請求項170に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：111のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：114のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：118のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：94のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７２】
以下を含む、請求項170に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：234のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：223のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：236のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７３】
以下を含む、請求項170に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：240のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：241のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：242のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：243のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７４】
以下を含む、請求項170に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：244のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：252のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：246のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：247のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：248のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：249のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７５】
以下を含む、請求項170に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：250のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：253のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：236のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７６】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：111、234、240、244、および250からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：115、254、239、259、および262からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：119、255、257、および260からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：122、256、258、および261からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83、238、および248からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124、243、および249からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７７】
以下を含む、請求項176に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：111のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：115のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：119のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：122のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７８】
以下を含む、請求項176に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：234のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：254のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：255のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：256のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１７９】
以下を含む、請求項176に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：240のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：257のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：258のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：243のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１８０】
以下を含む、請求項176に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：244のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：259のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：260のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：261のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：248のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：249のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１８１】
以下を含む、請求項176に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：250のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：262のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：255のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：256のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１８２】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：111、234、240、244、および250からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：116、263、239、270、および273からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：120、264、267、および271からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：123、265、268、および247からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83、238、および248からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：125、269、および272からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１８３】
以下を含む、請求項182に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：111のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：116のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：120のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：123のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：125のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１８４】
以下を含む、請求項182に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：234のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：263のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：264のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：265のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：125のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１８５】
以下を含む、請求項182に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：240のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：267のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：268のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：269のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１８６】
以下を含む、請求項182に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：244のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：270のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：271のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：247のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：248のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：272のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１８７】
以下を含む、請求項182に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：250のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：273のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：264のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：265のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：125のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１８８】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：112、274、266、277、および279からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：117、275、239、278、および280からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）SEQ ID NO：121または276のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１８９】
以下を含む、請求項188に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：112のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：117のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：121のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１９０】
以下を含む、請求項188に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：274のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：275のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：276のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１９１】
以下を含む、請求項188に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：266のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：276のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１９２】
以下を含む、請求項188に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：277のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：278のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：121のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１９３】
以下を含む、請求項188に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：279のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：280のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：276のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項１９４】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：126、281、285、289、および294からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：128、282、162、290、および295からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：130、283、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：88、284、287、292、および284からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：90、288、および293からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１９５】
以下を含む、請求項194に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：126のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：128のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：130のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：88のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１９６】
以下を含む、請求項194に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：281のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：282のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：284のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１９７】
以下を含む、請求項194に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：287のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：288のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１９８】
以下を含む、請求項194に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：289のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：290のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：292のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：293のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項１９９】
以下を含む、請求項194に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：294のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：295のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：284のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２００】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：126、281、285、289、および294からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：128、282、162、290、および295からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：130、283、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：88、284、287、および292からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：90、288、および293からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２０１】
以下を含む、請求項200に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：126のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：128のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：130のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：88のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２０２】
以下を含む、請求項200に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：281のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：282のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：284のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２０３】
以下を含む、請求項200に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：287のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：288のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２０４】
以下を含む、請求項200に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：289のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：290のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：292のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：293のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２０５】
以下を含む、請求項200に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：294のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：295のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：284のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２０６】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：126、281、285、289、および294からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：128、282、162、290、および295からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）SEQ ID NO：77、296、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２０７】
以下を含む、請求項206に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：126のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：128のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：77のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２０８】
以下を含む、請求項206に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：281のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：282のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：296のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２０９】
以下を含む、請求項206に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１０】
以下を含む、請求項206に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：289のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：290のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１１】
以下を含む、請求項206に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：294のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：295のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：296のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１２】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：127、297、285、299、および301からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：129、298、162、300、および302からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）SEQ ID NO：130、283、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１３】
以下を含む、請求項212に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：127のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：129のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：130のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１４】
以下を含む、請求項212に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：297のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：298のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１５】
以下を含む、請求項212に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１６】
以下を含む、請求項212に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：299のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：300のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１７】
以下を含む、請求項212に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：301のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：302のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１８】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：126、281、285、289、および294からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：128、282、162、290、および295からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに
（3）SEQ ID NO：130、283、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２１９】
以下を含む、請求項218に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：126のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：128のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：130のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２２０】
以下を含む、請求項218に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：281のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：282のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２２１】
以下を含む、請求項218に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２２２】
以下を含む、請求項218に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：289のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：290のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２２３】
以下を含む、請求項218に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：294のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：295のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域。
【請求項２２４】
以下を含む、請求項83に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：91、303、307、311、および317からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：92、304、308、312、および316からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：93、305、309、および313からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：94、237、242、および247からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83、306、および314からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：96、310、および315からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２２５】
以下を含む、請求項224に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：91のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：92のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：93のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：94のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：96のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２２６】
以下を含む、請求項224に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：303のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：304のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：305のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：306のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：96のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２２７】
以下を含む、請求項224に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：307のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：308のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：309のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：242のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：310のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２２８】
以下を含む、請求項224に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：311のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：312のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：313のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：247のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：314のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：315のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２２９】
以下を含む、請求項224に記載の抗体：
（a）（1）SEQ ID NO：317のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；
（2）SEQ ID NO：316のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および
（3）SEQ ID NO：305のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む重鎖可変（VH）領域、
ならびに
（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；
（2）SEQ ID NO：306のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および
（3）SEQ ID NO：96のアミノ酸配列を有する、VL CDR3
を含む軽鎖可変（VL）領域。
【請求項２３０】
SEQ ID NO：1のアミノ酸残基1〜31と特異的に結合する、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２３１】
SEQ ID NO：1のアミノ酸残基1〜15またはSEQ ID NO：1のアミノ酸残基9〜24と特異的に結合する、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２３２】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項1〜231のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２３３】
前記モノクローナル抗体がヒト化抗体、ヒト抗体、またはキメラ抗体である、請求項232に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２３４】
前記断片が、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv、(scFv)2、単鎖抗体分子、二重可変ドメイン抗体、単一可変ドメイン抗体、直鎖状抗体、Vドメイン、または、抗体断片から形成される多重特異性抗体である、請求項1〜231のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２３５】
請求項1〜231のいずれか一項に記載の抗体と本質的に同じエピトープと結合する、結合物質。
【請求項２３６】
C16orf54を発現する腫瘍の増殖を阻害する、請求項235に記載の結合物質。
【請求項２３７】
抗体またはその機能的断片である、請求項235に記載の結合物質。
【請求項２３８】
アンチカリン、アドネクチン、アフィボディー、DARPin、フィノマー、アフィチン（affitin）、アフィリン、アビマー（avimer）、システインリッチノッチン（knottin）ペプチド、または遺伝子操操作されたクニッツ（Kunitz）型阻害体である、請求項235に記載の結合物質。
【請求項２３９】
競合結合アッセイ法において請求項1〜231のいずれか一項に記載の抗体によって置き換えられる、C16orf54と結合しうる結合物質。
【請求項２４０】
競合結合アッセイ法において請求項1〜231のいずれか一項に記載の抗体と置き換わる、C16orf54と結合しうる結合物質。
【請求項２４１】
抗体またはその機能的断片である、請求項239に記載の結合物質。
【請求項２４２】
抗体またはその機能的断片である、請求項240に記載の結合物質。
【請求項２４３】
細胞傷害性物質とコンジュゲートされている、請求項1〜231、237、241、および242のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２４４】
前記細胞傷害性物質が、化学療法剤、薬物、増殖阻害物質、毒素、または放射性同位体より選択される、請求項243に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２４５】
検出可能なマーカーとコンジュゲートされている、請求項1〜231、237、241、および242のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２４６】
前記検出可能なマーカーが、放射性同位体、金属キレーター、酵素、蛍光性化合物、生物発光性化合物、および化学発光性化合物より選択される、請求項245に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２４７】
請求項1〜231のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体を産生する、トランスジェニック動物。
【請求項２４８】
請求項1〜231のいずれか一項に記載のモノクローナル抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項２４９】
請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体またはその断片をコードするポリヌクレオチドを含む、ベクター。
【請求項２５０】
請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片と、薬学的に許容される担体とを含む、薬学的組成物。
【請求項２５１】
C16orf54を発現する癌細胞を請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片に曝露させる段階を含む、該細胞の増殖を阻害する方法。
【請求項２５２】
前記癌細胞が、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される癌に由来する、請求項251に記載の方法。
【請求項２５３】
請求項250に記載の薬学的組成物を対象に投与する段階を含む、該対象における癌を治療するための方法。
【請求項２５４】
前記癌が、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される、請求項253に記載の方法。
【請求項２５５】
前記対象が、1つまたは複数の化学療法化合物を前記抗体または前記機能的断片と組み合わせて投与され、該化学療法化合物が、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド（clophosphamide）、フルデュラビン（fludurabine）、ペントスタチン、クラドリビン、ネララビン、シタラビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、デキサメタゾン、メルファラン、レナリドミド、サリドマイド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン（mitoxentrone）、メトトレキサート、クロファラビン、イマチニブメシレート、ボスツニブ、ダサチニブ、ニロチニブ、ボルテゾミブ、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、アレムツズマブ、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される、請求項253に記載の方法。
【請求項２５６】
前記1つまたは複数の化学療法化合物が、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド、フルデュラビン、ペントスタチン、クラドリビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、レナリドミド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、およびアレムツズマブより選択される、請求項255に記載の方法。
【請求項２５７】
1つまたは複数の化学療法化合物が、シタラビン、レナリドミド、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン、クロファラビン、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される、請求項255に記載の方法。
【請求項２５８】
前記癌が、細胞の表面上でのC16orf54の発現増大を伴う、請求項253に記載の方法。
【請求項２５９】
生物試料を請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体と、C16orf54に対する該抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、ならびに、該抗体とC16orf54との間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む、該生物試料におけるC16orf54の存在を検出する方法。
【請求項２６０】
前記生物試料が、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される癌を有するかまたは有する疑いのある哺乳動物に由来する、請求項259に記載の方法。
【請求項２６１】
被験細胞を請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体と接触させる段階；C16orf54に対する該抗体の結合を検出することによってC16orf54の発現のレベルを測定する段階；ならびに該被験細胞におけるC16orf54の発現のレベルを対照細胞におけるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含む、C16orf54の発現増大を伴う癌を診断する方法であって、該対照細胞と比較して該被験細胞におけるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う癌の存在が示される、方法。
【請求項２６２】
前記被験細胞が、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される癌を有する疑いのある患者に由来する、請求項261に記載の方法。
【請求項２６３】
前記被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを測定する段階、および、該被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを前記対照細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含む、請求項262に記載の方法。
【請求項２６４】
前記被験細胞が癌細胞であり、かつ前記対照細胞が、同じ組織型の正常細胞である、請求項263に記載の方法。
【請求項２６５】
前記被験細胞が白血病細胞であり、かつ前記対照細胞が骨髄単核細胞または末梢血単核細胞である、請求項263に記載の方法。
【請求項２６６】
医薬が、C16orf54を発現する癌細胞の増殖を阻害する方法に使用するためであり、該方法が、該細胞を前記抗体または前記機能的断片に曝露させる段階を含む、該医薬の製造における請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片の使用。
【請求項２６７】
C16orf54を発現する癌細胞の増殖を阻害するのに使用するための、請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２６８】
医薬が、対象における癌を治療する方法に使用するためであり、該方法が、前記薬学的組成物を該対象に投与する段階を含む、該医薬の製造における請求項250に記載の薬学的組成物の使用。
【請求項２６９】
対象における癌を治療するのに使用するための、請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片と薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物。
【請求項２７０】
医薬が、生物試料におけるC16orf54の存在を検出するための方法に使用するためであり、該方法が、該生物試料を前記抗体と、C16orf54に対する該抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、該抗体とC16orf54との間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む、該医薬の製造における請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片の使用。
【請求項２７１】
生物試料におけるC16orf54の存在を検出する方法が、該生物試料を前記抗体と、C16orf54に対する該抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、該抗体とC16orf54との間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む、該方法に使用するための請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２７２】
医薬が、C16orf54の発現増大を伴う癌を診断する方法に使用するためであり、該方法が、C16orf54に対する前記抗体の結合を検出することによってC16orf54の発現のレベルを測定する段階；および被験細胞におけるC16orf54の発現のレベルを対照細胞におけるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含み、該対照細胞と比較して該被験細胞におけるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う癌の存在が示される、該医薬の製造における請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片の使用。
【請求項２７３】
C16orf54の発現増大を伴う癌を診断する方法が、C16orf54に対する前記抗体の結合を検出することによってC16orf54の発現のレベルを測定する段階；および被験細胞におけるC16orf54の発現のレベルを対照細胞におけるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含み、該対照細胞と比較して該被験細胞におけるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う癌の存在が示される、該方法に使用するための請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２７４】
コンジュゲートされた前記抗体またはコンジュゲートされた前記断片がリンカーを含む、請求項243〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２７５】
以下の式：
(L1)a-(L2)b-(L3)c
のリンカーを含み、
式中、
L1、L2、およびL3は独立してリンカーであり、該リンカーが、-O-、-C(O)-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-NH-、-NCH3-、-(CH2)q-、-NH(CH2)2NH-、-OC(O)-、-CO2-、-NHCH2CH2C(O)-、-C(O)NHCH2CH2NH-、-NHCH2C(O)-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、NCH3C(O)-、-C(O)NCH3-、-（CH2CH2O）p、-（CH2CH2O）pCH2CH2-、-CH2CH2-（CH2CH2O）p-、-OCH（CH2O-）2、-（AA）r-、シクロペンタニル、シクロヘキサニル、非置換フェニレニル、ならびに、ハロ、CF3-、CF3O-、CH3O-、-C(O)OH、-C(O)OC1〜3アルキル、-C(O)CH3、-CN、-NH2、-OH、-NHCH3、-N（CH3）2、およびC1〜3アルキルからなる群より選択される1つまたは2つの置換基によって置換されたフェニレニルからなる群より選択される、請求項274に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２７６】
前記リンカーがバリンおよび／またはシトルリンを含む、請求項274または275に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２７７】
前記細胞傷害性物質が、チューブリン安定化剤、チューブリン不安定化剤、DNAアルキル化剤、DNA副溝バインダー、DNAインターカレーター(intercalator)、トポイソメラーゼI阻害体、トポイソメラーゼII阻害体、ジャイレース阻害体、タンパク質合成阻害体、プロテオソーム阻害体、および代謝拮抗物質からなる群より選択される、請求項274に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２７８】
前記細胞傷害性物質が、アクチノマイシンD、アモナフィド、オーリスタチン、ベンゾフェノン、ベンゾチアゾール、カリケアマイシン、カンプトテシン、CC-1065（NSC 298223）、セマドチン、コルヒチン、コンブレタスタチンA4、ドラスタチン、ドキソルビシン、エリナフィド、エムタンシン（DM1）、エトポシド、KF-12347（レイナマイシン）、マイタンシノイド、メトトレキサート、ミトキサントロン、ノコダゾール、プロテオソーム阻害体1（PSI 1）、ロリジンA、T-2毒素（トリコテセン類似体）、タキソール、チューブリシン、Velcade（登録商標）、およびビンクリスチンからなる群より選択される、請求項274に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２７９】
前記細胞傷害性物質が、オーリスタチン、カリケアマイシン、マイタンシノイド、またはチューブリシンである、請求項274に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２８０】
前記細胞傷害性物質が、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、カリケアマイシンγ、メルタンシン、チューブリシンT3、またはチューブリシンT4である、請求項274に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２８１】
前記細胞傷害性物質がMMAEまたはMMAFである、請求項274に記載の抗体または機能的断片。
【請求項２８２】
以下の式（Ia）もしくは（Ib）の抗体-薬物コンジュゲート、またはそれらの薬学的に許容される塩：
2015533832.tif 000343
式中、
Aは抗体または抗体断片であり；
示されている2つのシステイン残基は、A中の開裂したシステイン-システインジスルフィド結合に由来し；
各XおよびX'は独立してO、S、NH、またはNR1であり、ここで、R1はC1〜6アルキルであり；
Waは、=N-、=CH-、=CHCH2-、=C(R2)-、または=CHCH(R2)-であり、Wbは、-NH-、-N（R1）-、-CH2-、CH2-NH-、-CH2-N（R1）-、-CH2CH2-、-CH(R2)-、または-CH2CH(R2)-であり、ここで、R1およびR2は独立してC1〜6アルキルであり；
CTXは細胞傷害性物質であり；
Rは任意の化学基であるか、またはRは存在せず；
各L1、L2、およびL3は独立してリンカーであり、該リンカーが、-O-、-C(O)-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-NH-、-NCH3-、-(CH2)q-、-NH(CH2)2NH-、-OC(O)-、-CO2-、-NHCH2CH2C(O)-、 -C(O)NHCH2CH2NH-、-NHCH2C(O)-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-NCH3C(O)-、-C(O)NCH3-、-(CH2CH2O)p、-(CH2CH2O)pCH2CH2-、-CH2CH2-(CH2CH2O)p-、-OCH(CH2O-)2、-(AA)r-、シクロペンタニル、シクロヘキサニル、非置換フェニレニル、ならびに、ハロ、CF3-、CF3O-、CH3O-、-C(O)OH、-C(O)OC1〜3アルキル、-C(O)CH3、-CN、-NH2、-OH、-NHCH3、-N（CH3）2、およびC1〜3アルキルからなる群より選択される1つまたは2つの置換基によって置換されたフェニレニルからなる群より選択され；
a、b、およびcはそれぞれ独立して0、1、2、または3の整数であり、但しa、b、またはcのうちの少なくとも1つが1であり；
各kおよびk'は独立して0または1の整数であり；
各pは独立して1〜14の整数であり；
各qは独立して1〜12の整数であり；
各AAは独立して1つのアミノ酸であり；
各rは1〜12であり；
mは1〜4の整数であり；
nは1〜4の整数であり；かつ
2015533832.tif 000344
結合は単結合または二重結合を表す。
【請求項２８３】
Aが抗C16orf54抗体である、請求項282に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２８４】
Aが請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片である、請求項282に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２８５】
CTXが、チューブリン安定化剤、チューブリン不安定化剤、DNAアルキル化剤、DNA副溝バインダー、DNAインターカレーター、トポイソメラーゼI阻害体、トポイソメラーゼII阻害体、ジャイレース阻害体、タンパク質合成阻害体、プロテオソーム阻害体、および代謝拮抗物質からなる群より選択される、請求項282に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２８６】
CTXが、アクチノマイシンD、アモナフィド、オーリスタチン、ベンゾフェノン、ベンゾチアゾール、カリケアマイシン、カンプトテシン、CC-1065（NSC 298223）、セマドチン、コルヒチン、コンブレタスタチンA4、ドラスタチン、ドキソルビシン、エリナフィド、エムタンシン（DM1）、エトポシド、KF-12347（レイナマイシン）、マイタンシノイド、メトトレキサート、ミトキサントロン、ノコダゾール、プロテオソーム阻害体1（PSI 1）、ロリジンA、T-2毒素（トリコテセン類似体）、タキソール、チューブリシン、Velcade（登録商標）、およびビンクリスチンからなる群より選択される、請求項282に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２８７】
CTXが、オーリスタチン、カリケアマイシン、マイタンシノイド、またはチューブリシンである、請求項282に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２８８】
CTXが、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、カリケアマイシンγ、メルタンシン、チューブリシンT3、またはチューブリシンT4である、請求項282に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２８９】
前記細胞傷害性物質がMMAEまたはMMAFである、請求項282に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９０】
（a）C16orf54と結合する、抗体またはその機能的断片；
（b）任意で、リンカー；および
（c）細胞傷害性物質
を含む、抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９１】
以下の式：
(L1)a-(L2)b-(L3)c
のリンカーを含み、
式中、
L1、L2、およびL3は独立してリンカーであり、該リンカーが、-O-、-C(O)-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-NH-、-NCH3-、-(CH2)q-、-NH(CH2)2NH-、-OC(O)-、-CO2-、-NHCH2CH2C(O)-、-C(O)NHCH2CH2NH-、-NHCH2C(O)-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-NCH3C(O)-、-C(O)NCH3-、-（CH2CH2O）p、-（CH2CH2O）pCH2CH2-、-CH2CH2-（CH2CH2O）p-、-OCH（CH2O-）2、-（AA）r-、シクロペンタニル、シクロヘキサニル、非置換フェニレニル、ならびに、ハロ、CF3-、CF3O-、CH3O-、-C(O)OH、-C(O)OC1〜3アルキル、-C(O)CH3、-CN、-NH2、-OH、-NHCH3、-N（CH3）2、およびC1〜3アルキルからなる群より選択される1つまたは2つの置換基によって置換されたフェニレニルからなる群より選択される、請求項290に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９２】
前記リンカーがバリンおよび／またはシトルリンを含む、請求項290または291に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９３】
前記抗体または前記機能的断片が、請求項1〜231、237、および241〜246のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片である、請求項290に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９４】
前記細胞傷害性物質が、チューブリン安定化剤、チューブリン不安定化剤、DNAアルキル化剤、DNA副溝バインダー、DNAインターカレーター、トポイソメラーゼI阻害体、トポイソメラーゼII阻害体、ジャイレース阻害体、タンパク質合成阻害体、プロテオソーム阻害体、および代謝拮抗物質からなる群より選択される、請求項290に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９５】
前記細胞傷害性物質が、アクチノマイシンD、アモナフィド、オーリスタチン、ベンゾフェノン、ベンゾチアゾール、カリケアマイシン、カンプトテシン、CC-1065（NSC 298223）、セマドチン、コルヒチン、コンブレタスタチンA4、ドラスタチン、ドキソルビシン、エリナフィド、エムタンシン（DM1）、エトポシド、KF-12347（レイナマイシン）、マイタンシノイド、メトトレキサート、ミトキサントロン、ノコダゾール、プロテオソーム阻害体1（PSI 1）、ロリジンA、T-2毒素（トリコテセン類似体）、タキソール、チューブリシン、Velcade（登録商標）、およびビンクリスチンからなる群より選択される、請求項290に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９６】
前記細胞傷害性物質が、オーリスタチン、カリケアマイシン、マイタンシノイド、またはチューブリシンである、請求項290に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９７】
前記細胞傷害性物質が、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、カリケアマイシンγ、メルタンシン、チューブリシンT3、またはチューブリシンT4である、請求項290に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９８】
前記細胞傷害性物質がMMAEまたはMMAFである、請求項290に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項２９９】
以下の式：
2015533832.tif 000345
であり、
式中、
Aは抗体または抗体断片であり；
示されているシステイン残基は、A中の開裂したシステイン-システインジスルフィド結合に由来し；
各XおよびX'は独立してO、S、NH、またはNR1であり、ここで、R1はC1〜6アルキルであり；
Waは=N-、=CH-、=CHCH2-、=C(R2)-、または=CHCH(R2)-であり、Wbは-NH-、-N（R1）-、-CH2-、CH2-NH-、-CH2-N（R1）-、-CH2CH2-、-CH(R2)-、または-CH2CH(R2)-であり、ここで、R1およびR2は独立してC1〜6アルキルであり；
CTXは細胞傷害性物質であり；
Rは任意の化学基であるか、またはRは存在せず；
各L1、L2、およびL3は独立してリンカーであり、該リンカーが、-O-、-C(O)-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-NH-、-NCH3-、-(CH2)q-、-NH(CH2)2NH-、-OC(O)-、-CO2-、-NHCH2CH2C(O)-、 -C(O)NHCH2CH2NH-、-NHCH2C(O)-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-NCH3C(O)-、-C(O)NCH3-、-(CH2CH2O)p、-(CH2CH2O)pCH2CH2-、-CH2CH2-(CH2CH2O)p-、-OCH(CH2O-)2、-(AA)r-、シクロペンタニル、シクロヘキサニル、非置換フェニレニル、ならびに、ハロ、CF3-、CF3O-、CH3O-、-C(O)OH、-C(O)OC1〜3アルキル、-C(O)CH3、-CN、-NH2、-OH、-NHCH3、-N（CH3）2、およびC1〜3アルキルからなる群より選択される1つまたは2つの置換基によって置換されたフェニレニルからなる群より選択され；
a、b、およびcはそれぞれ独立して0、1、2、または3の整数であり、但しa、b、またはcのうちの少なくとも1つが1であり；
各kおよびk'は独立して0または1の整数であり；
各pは独立して1〜14の整数であり；
各qは独立して1〜12の整数であり；
各AAは独立して1つのアミノ酸であり；
各rは1〜12であり；
mは1〜4の整数であり；
nは1〜4の整数であり；かつ
2015533832.tif 000346
結合は単結合または二重結合を表し；
2015533832.tif 000347
記号は別の化学基または水素への結合点を表す、請求項290に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項３００】
前記
2015533832.tif 000348
記号が、A中の開裂したシステイン-システインジスルフィド結合からシステイン残基への結合点を表す、請求項299に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項３０１】
請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲートと、薬学的に許容される担体とを含む、薬学的組成物。
【請求項３０２】
C16orf54を発現する癌細胞を、請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片、請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲート、または請求項301に記載の薬学的組成物に曝露させる段階を含む、該細胞の増殖を阻害する方法。
【請求項３０３】
前記癌細胞が、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される癌に由来する、請求項302に記載の方法。
【請求項３０４】
対象に請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片、請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲート、または請求項301に記載の薬学的組成を投与する段階を含む、該対象における癌を治療するための方法。
【請求項３０５】
前記癌が、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される、請求項304に記載の方法。
【請求項３０６】
前記対象が、1つまたは複数の化学療法化合物を前記抗体または前記機能的断片と組み合わせて投与され、該化学療法化合物が、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド、フルデュラビン、ペントスタチン、クラドリビン、ネララビン、シタラビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、デキサメタゾン、メルファラン、レナリドミド、サリドマイド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン、メトトレキサート、クロファラビン、イマチニブメシレート、ボスツニブ、ダサチニブ、ニロチニブ、ボルテゾミブ、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、アレムツズマブ、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される、請求項304に記載の方法。
【請求項３０７】
前記1つまたは複数の化学療法化合物が、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド、フルデュラビン、ペントスタチン、クラドリビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、レナリドミド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、およびアレムツズマブより選択される、請求項306に記載の方法。
【請求項３０８】
前記1つまたは複数の化学療法化合物が、シタラビン、レナリドミド、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン、クロファラビン、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される、請求項306に記載の方法。
【請求項３０９】
前記癌が、細胞の表面上でのC16orf54の発現増大を伴う、請求項304に記載の方法。
【請求項３１０】
生物試料を、請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲートと、C16orf54に対する該抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、ならびに、該抗体とC16orf54との間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む、該生物試料におけるC16orf54の存在を検出する方法。
【請求項３１１】
前記生物試料が、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される癌を有するかまたは有する疑いのある哺乳動物に由来する、請求項310に記載の方法。
【請求項３１２】
被験細胞を、請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片、または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲートと接触させる段階；C16orf54に対する該抗体の結合を検出することによってC16orf54の発現のレベルを測定する段階；ならびに該被験細胞におけるC16orf54の発現のレベルを対照細胞におけるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含む、C16orf54の発現増大を伴う癌を診断する方法であって、該対照細胞と比較して該被験細胞におけるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う癌の存在が示される、方法。
【請求項３１３】
前記被験細胞が、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される癌を有する疑いのある患者に由来する、請求項312に記載の方法。
【請求項３１４】
前記被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを測定する段階、および、該被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを前記対照細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含む、請求項312に記載の方法。
【請求項３１５】
前記被験細胞が癌細胞であり、かつ前記対照細胞が、同じ組織型の正常細胞である、請求項314に記載の方法。
【請求項３１６】
前記被験細胞が白血病細胞であり、かつ対照細胞が骨髄単核細胞または末梢血単核細胞である、請求項314に記載の方法。
【請求項３１７】
医薬が、C16orf54を発現する癌細胞の増殖を阻害する方法に使用するためであり、該方法が、該細胞を前記抗体または前記機能的断片に曝露させる段階を含む、該医薬の製造における請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲートの使用。
【請求項３１８】
C16orf54を発現する癌細胞の増殖を阻害するのに使用するための、請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項３１９】
医薬が、対象における癌を治療する方法に使用するためであり、該方法が、前記薬学的組成物を該対象に投与する段階を含む、該医薬の製造における請求項301に記載の薬学的組成物の使用。
【請求項３２０】
対象における癌を治療するのに使用するための、請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲートと薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物。
【請求項３２１】
医薬が、生物試料におけるC16orf54の存在を検出するための方法に使用するためのであり、該方法が、該生物試料を前記抗体と、C16orf54に対する該抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、該抗体とC16orf54との間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む、該医薬の製造における請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲートの使用。
【請求項３２２】
生物試料におけるC16orf54の存在を検出する方法が、該生物試料を前記抗体と、C16orf54に対する該抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、該抗体とC16orf54との間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む、該方法に使用するための請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【請求項３２３】
医薬が、C16orf54の発現増大を伴う癌を診断する方法に使用するためであり、該方法が、C16orf54に対する前記抗体の結合を検出することによってC16orf54の発現のレベルを測定する段階；および被験細胞におけるC16orf54の発現のレベルを対照細胞におけるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含み、該対照細胞と比較して該被験細胞におけるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う癌の存在が示される、該医薬の製造における請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲートの使用。
【請求項３２４】
C16orf54の発現増大を伴う癌を診断する方法が、C16orf54に対する前記抗体の結合を検出することによってC16orf54の発現のレベルを測定する段階；および被験細胞におけるC16orf54の発現のレベルを対照細胞におけるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含み、該対照細胞と比較して該被験細胞におけるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う癌の存在が示される、該方法に使用するための請求項243〜246および274〜281のいずれか一項に記載の抗体もしくは機能的断片または請求項282〜300のいずれか一項に記載の抗体-薬物コンジュゲート。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、2012年10月9日に提出された米国特許仮出願第61／711,699号、および2013年6月13日に提出された米国特許仮出願第61／834,870号の優先権の恩典を主張するものであり、それらはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み入れられる。
【０００２】
発明の分野
本発明は全体として、抗C16orf54抗体およびそのような方法を用いる方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
背景
液性腫瘍とも称される血液癌は、血液、骨髄、およびリンパ節の癌であり、これには白血病、リンパ腫、および骨髄腫が含まれる。白血病は造血組織の癌であり、血液および骨髄における白血球およびそれらの前駆体のいびつな増殖および発生を特徴とする。白血病は典型的には、慢性（緩徐進行性）または急性（急速進行性）のいずれかとして分類される。白血病はさらに、冒される白血球の種類が、リンパ系細胞（リンパ系、リンパ球性、またはリンパ芽球性白血病）または骨髄系細胞（骨髄系、骨髄性、骨髄芽球性、または顆粒球性白血病）のいずれであるかに基づいても分類される。白血病には主に、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、慢性リンパ性白血病（CLL）、急性骨髄性白血病（AML）、および慢性骨髄性白血病（CML）の4種類がある。リンパ腫は、リンパ系、主としてリンパ節で始まる癌である。リンパ腫には主に、1つのリンパ節群から別のリンパ節群へと秩序立った様式で広がるホジキンリンパ腫と、リンパ管系全体を通じて無秩序な様式で広がる非ホジキンリンパ腫の2種類がある。骨髄腫（多発性骨髄腫または形質細胞性骨髄腫）は、形質細胞の癌であり、骨髄における悪性形質細胞の蓄積、骨破壊、および進行性骨損傷を特徴とする。固形腫瘍は器官系の中で増殖する癌細胞の充実性腫瘤のことを指し、体内のあらゆる場所で生じる恐れがあり、これには例えば、乳癌または膵癌がある。固形腫瘍のうちの2種類、すなわち上皮腫瘍および肉腫は成人で認められる。上皮腫瘍は癌腫とも呼ばれることがあり、器官の外側または内側の表面を覆う層（上皮）に生じる。肉腫は「結合組織腫瘍」とも呼ばれるが、これはそれらが器官を互いにつなぎとめる組織に生じるためである。
【０００４】
慢性リンパ性白血病（CLL）は、西洋諸国において最も頻度の高い白血病の形態である。CLLは典型的には高齢者の疾患であり、診断時の年齢の中央値は70歳である。これは慣例的な血液検査における白血球数増多の検出によって、いかなる症状の呈示よりも前に発見されることが非常に多い。CLLの診断は、特徴的な細胞表面マーカーであるCD5およびCD23を発現するクローン集団の検出によって確定される。小リンパ球性リンパ腫はCLLと本質的には同じ疾患であるが、症状発現に幾分違いがある。
【０００５】
CLLの病期分類は、Rai分類またはBinet分類に基づく。ハイリスクCLLの予測因子となる他のパラメーターには、免疫グロブリンVH遺伝子領域における体細胞超突然変異のレベルが低いこと、ZAP70およびCD38の発現レベルが高いこと、ならびに17p欠失および11q欠失と定義されているゲノム異常の存在が含まれる。比較的早期（Rai 0-II、Binet A）の患者は、疾患進行の徴候を示さない限り、典型的には治療を行わずに観察される。中期（Rai IIIおよびIV、Binet BおよびC））の患者は通常、治療を開始するのが有益である。
【０００６】
CLLの治療には、プリン類似体による単剤療法が含まれ、CLLに現在用いられているプリン類似体にはフルダラビン、ペントスタチン、およびクラドリビンがある。1990年代以後は、併用化学療法が用いられるようになり、これは典型的には、プリン類似体と、ベンダムスチン塩酸塩またはシクロホスファミドなどのアルキル化物質との併用を伴う。フルダラビンとシクロホスファミド（FC）の組み合わせが、これらの併用療法の中で最も強力である。化学療法を治療的モノクローナル抗体と併用することもできる。キメラ抗CD20モノクローナル抗体であるリツキシマブは、フルダラビンおよびシクロホスファミドとの組み合わせ（FCR）で非常に有効であることが証明されている。ヒト化抗CD52モノクローナル抗体であるアレムツズマブは、単剤として用いる場合には再発性または治療抵抗性CLLの治療に有効であり、リツキシマブおよびFCRとの併用療法の試験も行われている。CLLの化学免疫療法のそのほかの候補には、新たに開発されたヒト化抗CD20抗体であるオファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブおよびオクレリズマブ、ならびに霊長動物化抗CD23抗体であるルミリキシマブが含まれる。CLL治療について試験が行われている他の新たな剤には、免疫調節薬であるレナリドミド、合成フラボンであるフラボピリドール、ならびにBcl2アンタゴニストのオブリメルサンおよびABT-263が含まれる。
【０００７】
CLLの診断および治療の総説については、Hallek, M. et al. (2008) Blood 111: 5446-5456（非特許文献1）；Hallek, M. et al. (2005) Hematology 285-291（非特許文献2）；Hallek, M. and Pflug, N. (2010) Annals of Oncology 21 (Suppl. 7): vii154-vii164) （非特許文献3）；およびNabhan, C. and Kay. N.E. (2011) Clinical Medicine Insights: Oncology 5: 45-53（非特許文献4）を参照されたい。
【０００８】
世界中で毎年およそ300,000人の患者が急性骨髄性白血病（AML）と診断されており、その年齢の中央値は約67歳である。治療法の進歩にもかかわらず、ほとんどの患者はその疾患が原因で死亡する。AMLは、WHO分類システムまたはフレンチ・アメリカン・ブリティッシュ（French-American-British）（FAB）分類システムのいずれかにより、癌性細胞の形態および表面マーカーに基づいていくつかのサブタイプに細分される。新たに診断されたAMLのその他の予後指標には細胞遺伝学があり、特徴的な染色体異常に基づいて3つのリスクカテゴリー（リスクに関して良好、中間、および不良）に分けられる。良好な転帰（NPM1またはCEBPA）または不良な転帰（FLT-3）をもたらす遺伝子突然変異も最近同定されている。
【０００９】
AMLに対する治療には一般に2つのステージが含まれ、寛解導入療法に続いて、化学療法または幹細胞移植のいずれかの1〜4サイクルによる地固め療法が行われる。AMLのサブタイプである急性前骨髄球性白血病の場合には、アントラサイクリンベースの療法、全トランス型レチノイン酸、および三酸化ヒ素の組み合わせにより、75％を上回る患者を治癒させることができる。他のすべての種類のAMLの場合、寛解導入療法および地固め療法のための薬物は、典型的には、シトシンアラビノシド（ara-C；シタラビン）と、アントラサイクリンまたはアントラセンジオン、例えばダウノルビシン、アドリアマイシン、イダルビシン、またはミトキサントロンなどとの組み合わせである。
【００１０】
AML治療に関して試験が行われている他の新たな剤には、抗CD33抗体をカリケアマイシンと連結させたものを含む抗体-薬物コンジュゲートであるゲムツズマブオゾガマイシン（マイロターグ（Mylotarg））、免疫調節薬であるレナリドミド、メチル化抑制剤、例えばアザシチジンまたはデシタビンなど、ヌクレオシド類似体であるクロファラビン、ならびにミドスタウリン、ソラフェニブおよびAC220などのFLT3阻害体が含まれる。AMLの診断および治療の総説については、Rowe, J.M. (2009) Hematology 2009:396-405（非特許文献5）；Roboz, G.J. (2011) Hematology 2011: 43-50（非特許文献6）；およびLin, T.L and Levy, M.Y (2012) Clinical Medicine Insights: Oncology 6: 205-217（非特許文献7）を参照されたい。
【００１１】
腫瘍関連抗原とは、正常細胞上よりも腫瘍細胞上で高度に発現される細胞表面分子のことであり、それ故に癌細胞と正常細胞とを免疫学的に識別するために用いることができる。これらの腫瘍関連抗原を、癌の診断用または予後予測用のマーカーとして用いることもできる。それらはまた、腫瘍関連抗原を認識し、それ故に腫瘍細胞を選択的に標的とする、抗体による免疫療法の標的としても有用な可能性がある。腫瘍関連抗原の例には、胃腸癌で発現される糖タンパク質の1つであり、内胚葉起源の多くの腺癌にも存在する癌胎児性抗原（CEA）；結腸直腸癌、膵癌、および非小細胞肺癌によって高度に発現され、モノクローナル抗体エドレコロマブの標的となっている上皮細胞接着分子（Ep-CAM）；ならびに、乳癌のおよそ25％、ならびに卵巣、前立腺、肺、および消化管の腺癌でも過剰発現され、ヒト化抗体トラスツズマブの標的となっている、EGFRファミリーのメンバーであるHer2／neuが含まれる。総説については、例えば、Adams, G.P. and Weiner, L.M. (2005) Nature Biotechnol. 23(9): 1147-1157（非特許文献8）；およびSchrama et al. (2006) Nature Reviews 5: 147-159（非特許文献9）を参照されたい。
【００１２】
C16orf54は、224アミノ酸で構成されるI型の1回膜貫通性タンパク質である。本タンパク質は、31アミノ酸のN末端細胞外ドメイン、単一の膜貫通ドメイン、および171アミノ酸のC末端細胞内細胞質ドメインを含む。C16orf54のオルソログは、霊長動物、ウシ属動物、ラット、およびマウスを含む他の種でも見いだされているが、C16orf54アミノ酸配列は、機能が判明しているどのタンパク質とも意味のある配列相同性を有しない。
【００１３】
C16orf54は当初、脾臓組織由来のライブラリーで同定され（欧州特許出願番号EP1308459（特許文献1）；国際特許出願番号WO2003／068943（特許文献2））、分泌性または膜貫通性のタンパク質と予想された。C16orf54はまた、肺、肝臓、脳、および皮膚への転移と対比した乳房腫瘍の骨転移における発現レベルの比較により、骨組織への転移を示すマーカーとしても同定された。C16orf54は、他の転移と比較して、かつ正常骨における発現と比較して、乳房腫瘍の骨転移において過剰発現されていた（国際特許出願番号WO2008／104543（特許文献3））。C16orf54（A1467606と称して）は、RUNX1／AML1の転写標的として同定されており、造血器系の発生過程においてインビボで発現され、その発現はCD41+細胞集団において検出されている。Ferraras, C. et al. (2011) Blood 118: 594-597 and Supplement（非特許文献10）を参照されたい。
【００１４】
本明細書に開示されているように、細胞表面プロテオームの表面タグ標識抗原プロファイリング（surface tagged antigen profiling）（sTAg）を用いた、患者由来の新鮮な慢性リンパ性白血病（CLL）腫瘍試料の分析により、膜貫通タンパク質C16orf54がCLL腫瘍細胞の表面に高密度で存在するものとして同定された。C16orf54はこのため、例えば、C16orf54と特異的に結合する抗体などの結合物質を用いることによるCLLの治療の標的となる。
【００１５】
本発明は、さまざまな種類のヒト癌の診断および治療に有用な、C16orf54に対する抗体を提供する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１６】
【特許文献１】EP1308459
【特許文献２】WO2003／068943
【特許文献３】WO2008／104543
【非特許文献】
【００１７】
【非特許文献１】Hallek, M. et al. (2008) Blood 111: 5446-5456
【非特許文献２】Hallek, M. et al. (2005) Hematology 285-291
【非特許文献３】Hallek, M. and Pflug, N. (2010) Annals of Oncology 21 (Suppl. 7): vii154-vii164
【非特許文献４】Nabhan, C. and Kay. N.E. (2011) Clinical Medicine Insights: Oncology 5: 45-53
【非特許文献５】Rowe, J.M. (2009) Hematology 2009:396-405
【非特許文献６】Roboz, G.J. (2011) Hematology 2011: 43-50
【非特許文献７】Lin, T.L and Levy, M.Y (2012) Clinical Medicine Insights: Oncology 6: 205-217
【非特許文献８】Adams, G.P. and Weiner, L.M. (2005) Nature Biotechnol. 23(9): 1147-1157
【非特許文献９】Schrama et al. (2006) Nature Reviews 5: 147-159
【非特許文献１０】Ferraras, C. et al. (2011) Blood 118: 594-597 and Supplement
【発明の概要】
【００１８】
概要
本発明は、C16orf54を結合させ、抗体を含む抗体-薬物コンジュゲートを含む、該抗体、ならびに、癌の診断および治療のためなどの、該抗体および該抗体-薬物コンジュゲートの使用方法を提供する。
【００１９】
無傷のCLL腫瘍細胞表面の溶液中標識を用い、その後に高分解能の溶液ベースの液体クロマトグラフィータンデム質量分析（LC-MS／MS）を行うことにより、C16orf54が、発生過程にある血液細胞を含む正常細胞と比較して、大半のCLL細胞サブタイプの表面に高密度で存在しているとして同定された。したがって、本発明は、抗C16orf54抗体、ならびに、CLLならびに急性リンパ性白血病（ALL）、急性骨髄性白血病（AML）、慢性骨髄性白血病（CML）、ホジキンリンパ腫および非ホジキンリンパ腫を含むリンパ腫、多発性骨髄腫を含むがこれらに限定されない他の血液癌、さらには乳癌および膵癌などの固形腫瘍、ならびにこれらの癌のいずれかの転移の治療にそのような抗体を用いる方法を提供する。1つの態様において、本発明は、C16orf54の細胞外ドメイン（SEQ ID NO：1のアミノ酸1〜32）と特異的に結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。いくつかの態様において、抗体または機能的断片は、バイオレイヤー干渉法（biolayer interferometry）によって測定されたKd 10-8Mまたはそれ未満で、C16orf54の細胞外ドメインから解離する。いくつかの態様において、抗体または機能的断片は、バイオレイヤー干渉法によって測定されたkoff速度定数 1×10-3s-1またはそれ未満で、C16orf54の細胞外ドメインから解離する。いくつかの態様において、抗体または機能的断片は、いずれもバイオレイヤー干渉法によって測定されたKd 10-8Mまたはそれ未満およびkoff速度定数 1×10-3s-1またはそれ未満で、SEQ ID NO：1の細胞外ドメインから解離する。1つの態様において、本発明は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：138、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、およびSEQ ID NO：146からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン由来の3つの重鎖相補性決定領域（CDR）のすべて、ならびに／またはSEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、およびSEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメイン由来の3つの軽鎖CDRのすべてを含む、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、（a）R29-7-2Aと名付けられた抗体；（b）R29-7-1Cと名付けられた抗体；（c）R29-67-7Aと名付けられた抗体；（d）R29-8-136Cと名付けられた抗体；（e）R29-8-57Bと名付けられた抗体；（f）R29-7-54Cと名付けられた抗体；（g）R29-7-53Aと名付けられた抗体；（h）R29-8-50Cと名付けられた抗体；（i）R29-8-19Bと名付けられた抗体；（j）R29-8-58Cと名付けられた抗体；（k）R29-8-9Bと名付けられた抗体；（l）R29-8-28Cと名付けられた抗体；（m）R29-8-120Bと名付けられた抗体；（n）R29-8-75Bと名付けられた抗体；（o）R29-8-36Cと名付けられた抗体；（p）R29-8-12Aと名付けられた抗体；（q）R29-8-93Bと名付けられた抗体；（r）R29-8-51Bと名付けられた抗体；（s）R29-8-30Aと名付けられた抗体；（t）R29-8-18Bと名付けられた抗体；（u）R29-7-38Cと名付けられた抗体；���v）R29-7-49Aと名付けられた抗体；（w）R29-7-13Aと名付けられた抗体；または（x）R29-67-4Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖相補性決定領域（CDR）のすべておよび／または3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-2Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-1Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-67-7Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-136Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-57Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-54Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-53Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-50Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-19Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-58Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-9Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-28Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-120Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-75Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-36Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-12Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-93Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-51Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-30Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-18Bと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-38Cと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-49Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-13Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-67-4Aと名付けられた抗体に由来する、3つの重鎖CDRのすべてまたは3つの軽鎖CDRのすべてを含む。
【００２０】
1つの態様において、本発明は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：138、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、およびSEQ ID NO：146からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン由来の3つの重鎖CDRのすべてならびにSEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、およびSEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメイン由来の3つの軽鎖CDRのすべてを含む、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、（a）R29-7-2Aと名付けられた抗体；（b）R29-7-1Cと名付けられた抗体；（c）R29-67-7Aと名付けられた抗体；（d）R29-8-136Cと名付けられた抗体；（e）R29-8-57Bと名付けられた抗体；（f）R29-7-54Cと名付けられた抗体；（g）R29-7-53Aと名付けられた抗体；（h）R29-8-50Cと名付けられた抗体；（i）R29-8-19Bと名付けられた抗体；（j）R29-8-58Cと名付けられた抗体；（k）R29-8-9Bと名付けられた抗体；（l）R29-8-28Cと名付けられた抗体；（m）R29-8-120Bと名付けられた抗体；（n）R29-8-75Bと名付けられた抗体；（o）R29-8-36Cと名付けられた抗体；（p）R29-8-12Aと名付けられた抗体；（q）R29-8-93Bと名付けられた抗体；（r）R29-8-51Bと名付けられた抗体；（s）R29-8-30Aと名付けられた抗体；（t）R29-8-18Bと名付けられた抗体；（u）R29-7-38Cと名付けられた抗体；（v）R29-7-49Aと名付けられた抗体；（w）R29-7-13Aと名付けられた抗体；または（x）R29-67-4Aと名付けられた抗体に由来する、重鎖相補性決定領域（CDR）および軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-2Aと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-1Cと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-67-7Aと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-136Cと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-57Bと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-54Cと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-7-53Aと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-50Cと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-19Bと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断���は、R29-8-58Cと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-9Bと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-28Cと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-120Bと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-75Bと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-36Cと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、R29-8-12Aと名付けられた抗体に由来する、重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。
【００２１】
いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：138、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、およびSEQ ID NO：146からなる群より選択される重鎖可変ドメイン配列を含む。いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択される軽鎖可変ドメイン配列を含む。いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：138、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、およびSEQ ID NO：146からなる群より選択される重鎖可変ドメイン配列を含み、かつ、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択される軽鎖可変ドメイン配列をさらに含む。
【００２２】
1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：4の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：6の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：8の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：10の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：12の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：14の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：16の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：18の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：20の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：22の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：24の重鎖可変ドメイン配列：およびSEQ ID NO：26の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：28の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：30の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：32の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：34の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：36の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：38の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：40の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：42の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：44の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：46の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：48の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：50の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：52の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：54の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：56の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：58の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：60の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：62の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：64の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：66の軽鎖可変ドメイン配列を含む。
【００２３】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表1〜5の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表1〜5の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が（a）VH領域および／または（b）VL領域を含み、（a）VH領域が、（1）（i）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000003
、
2015533832.tif 000004
、（iii）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000005
、（iv）X1が、天然のアミノ酸である
2015533832.tif 000006
、および
2015533832.tif 000007
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）（i）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000008
、
2015533832.tif 000009
、（iii）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である
2015533832.tif 000010
、（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000011
、および
2015533832.tif 000012
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに／または（3）（i）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000013
、
2015533832.tif 000014
、（iii）X1、X2、X3、X4、およびX5が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000015
、もしくは代替的には
2015533832.tif 000016
、（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000017
、および
2015533832.tif 000018
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含み、（b）VL領域が、（1）（i）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000019
、
2015533832.tif 000020
、（iii）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000021
、
2015533832.tif 000022
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）
2015533832.tif 000023
のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；ならびに／または（3）（i）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000024
、
2015533832.tif 000025
、（iii）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000026
、
2015533832.tif 000027
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む。
【００２４】
いくつかの態様において、抗体は、以下を含む重鎖可変（VH）領域を含む：（1）（i）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000028
、
2015533832.tif 000029
、（iii）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000030
、（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000031
、および
2015533832.tif 000032
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）（i）X1、X2、およびX3は天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000033
、
2015533832.tif 000034
、（iii）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000035
、（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000036
、および
2015533832.tif 000037
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）（i）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000038
、
2015533832.tif 000039
、（iii）X1、X2、X3、X4、およびX5が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000040
または代替的には
2015533832.tif 000041
、（iv）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000042
、および
2015533832.tif 000043
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3。
【００２５】
いくつかの態様において、抗体は、以下を含む軽鎖可変（VL）領域を含む：（1）（i）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000044
、
2015533832.tif 000045
、（iii）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000046
、
2015533832.tif 000047
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）
2015533832.tif 000048
のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；ならびに（3）
（i）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000049
、
2015533832.tif 000050
、（iii）
X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000051
、
2015533832.tif 000052
からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3。
【００２６】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表1の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表1の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000053
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000054
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000055
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000056
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000057
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）X1がS、N、I、またはTである、
2015533832.tif 000058
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）X1がGまたはSであり、X2がG、S、T、またはRであり、X3がT、N、またはSである、
2015533832.tif 000059
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）X1がA、G、またはTであり、X2がYまたはLである、
2015533832.tif 000060
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）X1がVまたはLであり、X2がFまたはYである、
2015533832.tif 000061
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）X1がSまたはTである、
2015533832.tif 000062
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：89、SEQ ID NO：95、およびSEQ ID NO：96からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：98、SEQ ID NO：99、SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：101、およびSEQ ID NO：102からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：103、SEQ ID NO：104、およびSEQ ID NO：105からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：107、およびSEQ ID NO：108からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：109またはSEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００２７】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表2の1つ、2つ、もしくは3つのVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表2の1つ、2つ、もしくは3つのVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）
2015533832.tif 000063
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）
2015533832.tif 000064
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）
2015533832.tif 000065
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）
2015533832.tif 000066
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）
2015533832.tif 000067
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００２８】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表3の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表3の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000068
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）X1、X2、およびX3が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000069
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）X1、X2、X3、X4、およびX5が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000070
のアミノ酸配列、または代替的には
2015533832.tif 000071
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）X1およびX2が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000072
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）WAS（SEQ ID NO：83）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000073
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）X1がDまたはVである、
2015533832.tif 000074
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）X1がNまたはSであり、X2がS、R、またはIであり、X3がT、S、Iである、
2015533832.tif 000075
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）X1がR、K、もしくはNであり、X2がG、N、もしくはYであり、X3がV、Y、もしくはEであり、X4がYもしくはFであり、X5がGもしくはAである、
2015533832.tif 000076
のアミノ酸配列、または代替的には
2015533832.tif 000077
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3
を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）X1がSまたはNであり、X2がSまたはTである、
2015533832.tif 000078
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）WAS（SEQ ID NO：83）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）X1がSまたはIである、
2015533832.tif 000079
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：111またはSEQ ID NO：112のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：113、SEQ ID NO：114、SEQ ID NO：115、SEQ ID NO：116、およびSEQ ID NO：117からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：118、SEQ ID NO：119、SEQ ID NO：120、およびSEQ ID NO：121からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：94、SEQ ID NO：122、およびSEQ ID NO：123からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）WAS（SEQ ID NO：83）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124またはSEQ ID NO：125のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００２９】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表4の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域を含む、および／または表4の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000080
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）X1が、天然のアミノ酸である
2015533832.tif 000081
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）X1が、天然のアミノ酸である、
2015533832.tif 000082
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）
2015533832.tif 000083
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）
2015533832.tif 000084
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）X1がAまたはGである、
2015533832.tif 000085
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）X1がRまたはGである、
2015533832.tif 000086
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）X1がYまたはHである、
2015533832.tif 000087
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）
2015533832.tif 000088
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）
2015533832.tif 000089
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：126またはSEQ ID NO：127のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：128またはSEQ ID NO：129のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：130またはSEQ ID NO：77のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）
2015533832.tif 000090
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）KVS（SEQ ID NO：71）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）
2015533832.tif 000091
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００３０】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表5の1つ、2つ、もしくは3つのVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域を含む、および／または表5の1つ、2つ、もしくは3つのVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）
2015533832.tif 000092
のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）
2015533832.tif 000093
のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）
2015533832.tif 000094
のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）
2015533832.tif 000095
のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）WAS（SEQ ID NO：83）のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）
2015533832.tif 000096
のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００３１】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、（a）表6〜29に示されたVH CDR1、VH CDR2、およびVH CDR3アミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域；および／または（b）表6、10、12〜22、24、25、および29に示されたVL CDR1、VL CDR2、およびVL CDR3アミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。84. いくつかの態様において、抗体は、表6〜29に示されたVH CDR1、VH CDR2、およびVH CDR3アミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域を含む。いくつかの態様において、抗体は、表6、10、12〜22、24、25、および29に示されたVL CDR1、VL CDR2、およびVL CDR3アミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。
【００３２】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表6の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表6の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76、147、161、166、および172からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：97、148、162、167、および173からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：106、150、164、および169からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：109、165、および171からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：97のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：106のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：147のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：148のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：150のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：164のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：165のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：166のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：167のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：169のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：171のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：172のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：173のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：150のアミノ酸配列を有���る、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００３３】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表7の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表7の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76、147、161、166、および172からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：97、148、162、167、および173からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）SEQ ID NO：103、149、163および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：97のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：147のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：148のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：166のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：167のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：172のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：173のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76、147、161、166、および172からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：97、148、162、167、および173からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。
【００３４】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表8の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表8の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：97のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：147のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：148のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：166のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：167のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：172のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：173のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。
【００３５】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表9の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表9の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：89、174、176、177、および179からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：98、175、162、178、および180からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：89のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：98のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：174のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：175のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：179のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：177のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：178のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：179のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：180のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。
【００３６】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表10の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表10の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：95、181、184、186、および189からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：99、182、162、187、および190からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：109、165、および171からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：95のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：99のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：181のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：182のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：184のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：165のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：186のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：187のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：171のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：189のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：190のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を��する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：109のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００３７】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表11の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表11の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：96、191、193、195、および197からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：100、192、194、196、および198からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）SEQ ID NO：103、149、163、および168からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：96のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：100のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：103のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：191のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：192のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：193のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：195のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：196のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：168のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：197のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：198のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。
【００３８】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表12の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表12の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：89、199、176、202、および206からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：101、200、194、203、および207からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：104、149、163、および204からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：89のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：101のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：104のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：199のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：200のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：176のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：202のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：203のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：204のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：206のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：207のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：149のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：101、209、194、203および207からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００３９】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表13の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表13の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：101のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：209のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：203のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：207のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４０】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表14の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表14の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：101、209、194、203、および207からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：101のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：209のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：203のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：207のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４１】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表15の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表15の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：101、209、194、203、および207からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）を（1）SEQ ID NO：107、183、185、および188からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：101のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：107のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：209のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：185のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：203のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：188のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：207のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：183のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４２】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表16の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表16の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：102、214、194、164、および218からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：108、215、216、および217からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：102のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：108のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：214のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：215のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：216のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：164のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：217のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：218のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：215のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４３】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表17の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表17の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76、208、161、211、および213からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：102、214、194、164、および218からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105、210、163、および212からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：108、215、216、および217からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110、201、および205からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：102のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：105のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：108のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：208のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：214のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：215のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：161のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：194のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：163のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：216のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：201のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：211のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：164のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：212のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：217のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：205のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：213のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：218のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：210のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：215のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：110のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：73、219、224、229、および318からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：74、220、225、230、および319からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：75、221、226、および231からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：76、222、227、および232からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：78、228、および233からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４４】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表18の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表18の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：73のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：74のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：75のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：76のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：78のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：219のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：220のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：221のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：222のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：78のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：224のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：225のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：226のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：227のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：228のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：229のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：230のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：231のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：232のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：233のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：318のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：319のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：221のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：222のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：78のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４５】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表19の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表19の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：111、234、240、244、および250からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：113、235、239、245、および251からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：118、236、241、および246からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：94、237、242、および247からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83、238、および248からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124、243、および249からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：111のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：113のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：118のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：94のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：234のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：235のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：236のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：240のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：241のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：242のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：243のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：244のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：245のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：246のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：247のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：248のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：249のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：250のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：251のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：236のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４６】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表20の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表20の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：111、234、240、244、および250からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：114、223、239、252、および253からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：118、236、241、および246からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：94、237、242、および247からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83、238、および248からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124、243、および249からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：111のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：114のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：118のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：94のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：234のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：223のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：236のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：240のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：241のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：242のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：243のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：244のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：252のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：246のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：247のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：248のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：249のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：250のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：253のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：236のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：111、234、240、244、および250からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：115、254、239、259、および262からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：119、255、257、および260からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：122、256、258、および261からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83、238、および248からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124、243、および249からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４７】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表21の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表21の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：111のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：115のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：119のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：122のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：234のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：254のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：255のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：256のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：240のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：257のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：258のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：243のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：244のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：259のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：260のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：261のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：248のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：249のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：250のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：262のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：255のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：256のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：124のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４８】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表22の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表22の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：111、234、240、244、および250からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：116、263、239、270、および273からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：120、264、267、および271からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：123、265、268、および247からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83、238、および248からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：125、269、および272からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：111のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：116のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：120のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：123のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：125のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：234のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：263のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：264のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：265のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：125のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：240のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：267のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：268のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：269のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：244のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：270のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：271のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：247のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：248のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：272のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：250のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：273のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：264のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：265のアミノ酸配列���有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：238のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：125のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００４９】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表23の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表23の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：112、274、266、277、および279からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：117、275、239、278、および280からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）SEQ ID NO：121または276のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：112のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：117のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：121のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：274のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：275のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：276のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：266のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：239のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：276のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：277のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：278のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：121のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：279のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：280のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：276のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。
【００５０】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し抗体が、表24の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表24の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：126、281、285、289、および294からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：128、282、162、290、および295からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：130、283、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：88、284、287、292、および284からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：90、288、および293からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：126のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：128のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：130のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：88のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）：（1）SEQ ID NO：281のアミノ酸配列を有するVH CDR1；（2）SEQ ID NO：282のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：284のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：287のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：288のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：289のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：290のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：292のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：293のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：294のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：295のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：284のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００５１】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表25の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表25の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：126、281、285、289、および294からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：128、282、162、290、および295からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：130、283、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：88、284、287、および292からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71、160、および170からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：90、288、および293からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：126のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：128のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：130のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：88のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：281のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：282のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：284のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：287のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：71のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：288のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：289のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：290のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：292のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：170のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：293のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：294のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：295のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：284のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：160のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：90のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００５２】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表26の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表26の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：126、281、285、289、および294からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：128、282、162、290、および295からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）SEQ ID NO：77、296、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：126のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：128のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：77のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：281のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：282のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：296のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：289のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：290のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：294のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：295のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：296のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。
【００５３】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表27の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表27の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：127、297、285、299、および301からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：129、298、162、300、および302からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）SEQ ID NO：130、283、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：127のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：129のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：130のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：297のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：298のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：299のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：300のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：301のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：302のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。
【００５４】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表28の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表28の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：126、281、285、289、および294からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：128、282、162、290、および295からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；ならびに（3）SEQ ID NO：130、283、286、および291からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：126のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：128のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：130のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：281のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：282のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：285のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：162のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：286のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：289のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：290のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：291のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：294のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：295のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：283のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域。
【００５５】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供し、抗体が、表29の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVH CDRアミノ酸配列を含む重鎖可変（VH）領域、および／または表29の1つ、2つ、3つ、もしくはそれ以上のVL CDRアミノ酸配列を含む軽鎖可変（VL）領域を含む。したがって、いくつかの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：91、303、307、311、および317からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：92、304、308、312、および316からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：93、305、309、および313からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：94、237、242、および247からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83、306、および314からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：96、310、および315からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：91のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：92のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：93のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：94のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：96のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：303のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：304のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：305のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：306のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：96のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：307のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：308のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：309のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：242のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：83のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：310のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：311のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：312のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：313のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：247のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：314のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：315のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。1つの態様において、抗体は以下を含む：（a）（1）SEQ ID NO：317のアミノ酸配列を有する、VH CDR1；（2）SEQ ID NO：316のアミノ酸配列を有する、VH CDR2；および（3）SEQ ID NO：305のアミノ酸配列を有する、VH CDR3を含む、重鎖可変（VH）領域、ならびに（b）（1）SEQ ID NO：237のアミノ酸配列を有する、VL CDR1；（2）SEQ ID NO：306のアミノ酸配列を有する、VL CDR2；および（3）SEQ ID NO：96のアミノ酸配列を有する、VL CDR3を含む、軽鎖可変（VL）領域。
【００５６】
いくつかの態様において、本発明は、SEQ ID NO：1のアミノ酸残基1〜31と特異的に結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。いくつかの態様において、本発明は、SEQ ID NO：1のアミノ酸残基1〜15またはSEQ ID NO：1のアミノ酸残基9〜24と特異的に結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。
【００５７】
いくつかの態様において、本明細書で提供される抗体はモノクローナル抗体である。いくつかの態様において、本発明のモノクローナル抗体はヒト化抗体、ヒト抗体、またはキメラ抗体である。いくつかの態様において、本発明の抗体機能的断片は、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv、(scFv)2、単鎖抗体分子、二重可変ドメイン抗体、単一可変ドメイン抗体、直鎖状抗体、Vドメイン、または、抗体断片から形成される多重特異性抗体である。
【００５８】
1つのさらなる態様において、本発明は、上記に開示された抗体のいずれかと本質的に同じエピトープと結合する結合物質を含む。いくつかの態様において、結合物質は、C16orf54を発現する腫瘍の増殖を阻害する。いくつかの態様において、結合物質は抗体またはその機能的断片である。他の態様において、結合物質は、アンチカリン、アドネクチン、アフィボディー、DARPin、フィノマー、アフィチン（affitin）、アフィリン、アビマー（avimer）、システインリッチノッチン（knottin）ペプチド、または遺伝子操作されたクニッツ（Kunitz）型阻害体である。
【００５９】
1つの態様において、本発明は、競合結合アッセイ法において上記に開示された抗体のいずれか1つによって置き換えられる、C16orf54と結合しうる結合物質を提供する。いくつかの態様において、結合物質は抗体またはその機能的断片である。別の態様において、本発明は、競合結合アッセイ法において上記に開示された抗体のいずれか1つと置き換わる、C16orf54と結合しうる結合物質を提供する。いくつかの態様において、結合物質は抗体またはその機能的断片である。
【００６０】
1つの態様において、本発明はヒト化抗体を提供する。
【００６１】
いくつかの態様において、本発明は、C16orf54と結合する抗体を提供し、抗体が、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：138、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、およびSEQ ID NO：146からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％の配列同一性を有する重鎖可変ドメインを含む。いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む。いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：24、SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：36、SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：48、SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：60、SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：132、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：138、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：144、およびSEQ ID NO：146からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％の配列同一性を有する重鎖可変ドメインを含み、かつ抗体は、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：30、SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：42、SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：54、SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：62、およびSEQ ID NO：66からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメインをさらに含む。
【００６２】
いくつかの態様において、本発明は、1つまたは複数のアミノ酸置換、欠失、挿入、または改変を有する上記の抗体のいずれかの変異体であり、かつ、その抗体の生物学的機能を保持している、抗体を提供する。いくつかの態様において、本発明は、細胞表面に発現されたC16orf54と結合して、その細胞の増殖を阻害する抗体を提供する。いくつかの態様において、抗C16orf54抗体は、細胞表面に発現されたC16orf54と結合して、細胞増殖を阻害する。いくつかの態様において、抗C16orf54抗体は、細胞表面に発現されたC16orf54と結合して、細胞死を誘導する。いくつかの態様において、抗C16orf54抗体は、細胞表面に発現されたC16orf54と結合して、細胞分化または細胞脱分化を誘導する。いくつかの態様において、抗C16orf54抗体は、細胞表面に発現されたC16orf54と結合して、細胞活性化を誘導する。いくつかの態様において、本発明は、非改変抗体と比較して、結合親和性、特異性、耐熱性、発現レベル、エフェクター機能、グリコシル化、免疫原性の低さ、または溶解性といった特性の1つまたは複数が改善している、上記の抗体のうちいずれか1つの変異体である抗体を提供する。
【００６３】
いくつかの態様において、本発明は、細胞傷害性物質とコンジュゲートされている抗体または断片である、上記の抗体または機能的断片のいずれか1つを提供する。さまざまな態様において、細胞傷害性物質は、化学療法剤、薬物、増殖阻害物質、毒素、または放射性同位体より選択される。いくつかの態様において、本発明は、検出可能なマーカーとコンジュゲートされている抗体または断片である、上記の抗体または機能的断片のいずれか1つを提供する。さまざまな態様において、検出可能なマーカーは、放射性同位体、金属キレーター、酵素、蛍光性化合物、生物発光化合物、および化学発光化合物より選択される。
【００６４】
1つの態様において、本発明は、本発明のモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを提供する。1つの態様において、本発明は、本発明のモノクローナル抗体を産生するトランスジェニック動物を提供する。
【００６５】
いくつかの態様においては、上記の抗体のいずれかをコードするポリヌクレオチドが提供される。1つの態様においては、そのポリヌクレオチドを含むベクターが提供される。1つの態様においては、そのベクターを含む宿主細胞が提供される。1つの態様において、宿主細胞は原核生物性である。1つの態様において、宿主細胞は大腸菌（E. coli）細胞である。別の態様において、宿主細胞は真核生物性である。1つの態様において、宿主細胞はチャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞である。1つの態様においては、抗体をコードするポリヌクレオチドの発現のために適した条件下で宿主細胞を培養する段階、および、抗体を単離する段階を含む、抗C16orf54抗体を作製する方法が提供される。
【００６６】
1つの態様において、本発明は、C16orf54を発現する癌細胞を、本発明の上記の抗体もしくは機能的断片または抗体コンジュゲートのいずれかに曝露させる段階を含む、癌細胞の増殖を阻害する方法を提供する。いくつかの態様において、癌細胞は、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される癌に由来する。
【００６７】
1つの態様において、本発明は、本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかを含む薬学的組成物を提供する。1つのさらなる態様において、本発明は、C16orf54を発現する癌細胞を、本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲートまたは結合物質のいずれか1つまたは複数に曝露させる段階を含む、癌細胞の増殖を阻害する方法を提供する。さまざまな態様において、癌細胞は、白血病（例えば、CLL、ALL、AML、CML）、リンパ腫、もしくは骨髄腫を含むがこれらに限定されない血液癌、ならびに乳癌および膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移に由来する。
【００６８】
1つの態様において、本発明は、対象に本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかを含む薬学的組成物を投与する段階を含む、対象における癌を治療するための方法を提供する。さまざまな態様において、癌は、白血病（例えば、CLL、ALL、AML、CML）、リンパ腫、もしくは骨髄腫を含むがこれらに限定されない血液癌、ならびに乳癌および膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移より選択される。いくつかの態様において、癌は細胞の表面上でのC16orf54の発現増大を伴う。いくつかの態様において、抗体コンジュゲートは、C16orf54（例えば、C16orf54の細胞外ドメイン）と結合する抗体を含む抗体-薬物コンジュゲート（ADC）、例えば、式A-L-CTXのADCであり、式中、Aは抗体であり、Lはリンカーであり、かつCTXは細胞傷害性物質である。いくつかの態様において、癌を治療するための方法は、抗C16orf54抗体、または抗C16orf54抗体を含む抗体-薬物コンジュゲートの治療的有効量を投与する段階を含む。
【００６９】
いくつかの態様においては、対象が、1つまたは複数の化学療法化合物を抗体または機能的断片と組み合わせて投与され、化学療法化合物は、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド（clophosphamide）、フルデュラビン（fludurabine）、ペントスタチン、クラドリビン、ネララビン、シタラビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、デキサメタゾン、メルファラン、レナリドミド、サリドマイド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン（mitoxentrone）、メトトレキサート、クロファラビン、イマチニブメシレート、ボスツニブ、ダサチニブ、ニロチニブ、ボルテゾミブ、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、アレムツズマブ、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される。
【００７０】
いくつかの態様において、1つまたは複数の化学療法化合物は、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド、フルデュラビン、ペントスタチン、クラドリビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、レナリドミド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、およびアレムツズマブより選択される。他の態様において、1つまたは複数の化学療法化合物は、シタラビン、レナリドミド、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン、クロファラビン、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される。
【００７１】
1つの態様においては、生物試料を本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかと、C16orf54に対する抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、抗体とC16orf54との間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む、生物試料におけるC16orf54の存在を検出する方法が提供される。いくつかの態様において、生物試料は、白血病（例えば、CLL、ALL、AML、CML）、リンパ腫、骨髄腫、ならびに乳癌および膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移を含むがこれらに限定されない、細胞もしくは組織の癌を有するかまたは有する疑いのある哺乳動物に由来する。
【００７２】
1つの態様においては、験細胞を、本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかと接触させる段階；C16orf54に対する本発明の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質の結合を検出することによってC16orf54の発現のレベルを測定する段階；および被験細胞によるC16orf54の発現のレベルを対照細胞によるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含む、C16orf54の発現増大を伴う癌を診断する方法であって、対照細胞と比較して被験細胞によるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う癌の存在が示される、方法が提供される。いくつかの態様において、被験細胞は、白血病、リンパ腫、骨髄腫、および乳癌もしくは膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移より選択される癌を有する疑いのある患者由来の細胞である。
【００７３】
1つの態様においては、C16orf54を発現する腫瘍細胞を、腫瘍細胞を死滅させるのに有効な、ある量の抗C16orf54抗体または抗C16orf54抗体を含む抗体-薬物コンジュゲートと接触させる段階を含む、腫瘍細胞を死滅させる方法が提供される。いくつかの態様において、腫瘍細胞は、白血病（例えば、CLL、ALL、AML、CML）、リンパ腫、もしくは骨髄腫を含むがこれらに限定されない血液癌、ならびに乳癌および膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移による腫瘍細胞に由来する。いくつかの態様において、抗体コンジュゲートは、C16orf54（例えば、C16orf54の細胞外ドメイン）と結合する抗体を含む抗体-薬物コンジュゲート（ADC）、例えば、式A-L-CTXのADCであり、式中、Aは抗体であり、Lはリンカーであり、かつCTXは細胞傷害性物質である。
【００７４】
1つの態様において、本方法は、被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを測定する段階、および、被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを対照細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含む。いくつかの態様において、被験細胞は癌細胞であり、かつ対照細胞は同じ組織型の正常細胞である。いくつかの態様において、被験細胞は白血病細胞であり、かつ対照細胞は骨髄単核細胞または末梢血単核細胞である。
【００７５】
1つの態様において、本発明は、医薬が、C16orf54を発現する癌細胞の増殖を阻害する方法に使用するためであり、方法が、細胞を本発明の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質に曝露させる段階を含む、医薬の製造における本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかの使用を提供する。いくつかの態様において、癌細胞は、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される癌に由来する。
【００７６】
1つの態様において、本発明は、C16orf54を発現する癌細胞の増殖を阻害するのに使用するための、本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかを提供する。いくつかの態様において、癌細胞は、慢性リンパ性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌、および膵癌より選択される癌に由来する。
【００７７】
1つの態様において、本発明は、医薬が、対象における癌を治療する方法に使用するためであり、方法が、薬学的組成物を対象に投与する段階を含む、医薬の製造における本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかを含む薬学的組成物の使用を提供する。さまざまな態様において、癌は、白血病（例えば、CLL、ALL、AML、CML）、リンパ腫、もしくは骨髄腫を含むがこれらに限定されない血液癌、ならびに乳癌および膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移より選択される。いくつかの態様において、癌は細胞の表面上でのC16orf54の発現増大を伴う。いくつかの態様において、対象が、1つまたは複数の化学療法化合物を抗体または機能的断片と組み合わせて投与され、化学療法化合物は、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド、フルデュラビン、ペントスタチン、クラドリビン、ネララビン、シタラビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、デキサメタゾン、メルファラン、レナリドミド、サリドマイド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン、メトトレキサート、クロファラビン、イマチニブメシレート、ボスツニブ、ダサチニブ、ニロチニブ、ボルテゾミブ、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、アレムツズマブ、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数の化学療法化合物は、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド、フルデュラビン、ペントスタチン、クラドリビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、レナリドミド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、およびアレムツズマブより選択される。他の態様において、1つまたは複数の化学療法化合物は、シタラビン、レナリドミド、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン、クロファラビン、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される。
【００７８】
1つの態様において、本発明は、対象における癌を治療するのに使用するための、本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかと薬学的に許容される担体とを含む薬学的組成物を提供する。さまざまな態様において、癌は、白血病（例えば、CLL、ALL、AML、CML）、リンパ腫、もしくは骨髄腫を含むがこれらに限定されない血液癌、ならびに乳癌および膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移より選択される。いくつかの態様において、癌は細胞の表面上でのC16orf54の発現増大を伴う。いくつかの態様において、対象が、1つまたは複数の化学療法化合物を抗体または機能的断片と組み合わせて投与され、化学療法化合物は、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド、フルデュラビン、ペントスタチン、クラドリビン、ネララビン、シタラビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、デキサメタゾン、メルファラン、レナリドミド、サリドマイド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン、メトトレキサート、クロファラビン、イマチニブメシレート、ボスツニブ、ダサチニブ、ニロチニブ、ボルテゾミブ、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、アレムツズマブ、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される。いくつかの態様において、1つまたは複数の化学療法化合物は、クロラムブシル、ベンダムスチン塩酸塩、クロホスファミド、フルデュラビン、ペントスタチン、クラドリビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、レナリドミド、フラボピリドール、オブリメルサン、ABT-263、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブ、およびアレムツズマブより選択される。他の態様において、1つまたは複数の化学療法化合物は、シタラビン、レナリドミド、ドキソルビシン、ダウノルビシン、イダルビシン、ミトキセントロン、クロファラビン、アザシチジン、デシタビン、ミドスタウリン、ソラフェニブ、AC220、三酸化ヒ素、全トランス型レチノイン酸、ビンクリスチンサルフェート、およびゲムツズマブオゾガマイシンより選択される。
【００７９】
1つの態様において、本発明は、医薬が、生物試料におけるC16orf54の存在を検出するための方法に使用するためであり、方法が、生物試料を抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質と、C16orf54に対する抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質とC16orf54との間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む、医薬の製造における本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかの使用を提供する。いくつかの態様において、生物試料は、白血病（例えば、CLL、ALL、AML、CML）、リンパ腫、骨髄腫、ならびに乳癌および膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移を含むがこれらに限定されない、細胞もしくは組織の癌を有するかまたは有する疑いのある哺乳動物に由来する。
【００８０】
1つの態様において、本発明は、方法が、生物試料を抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質と、C16orf54に対する抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質とC16orf54との間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む、生物試料におけるC16orf54の存在を検出するための方法に使用するための本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかの使用を提供する。いくつかの態様において、生物試料は、生物試料は、白血病（例えば、CLL、ALL、AML、CML）、リンパ腫、骨髄腫、ならびに乳癌および膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移を含むがこれらに限定されない、細胞もしくは組織の癌を有するかまたは有する疑いのある哺乳動物に由来する。
【００８１】
1つの態様において、本発明は、医薬が、C16orf54の発現増大を伴う癌を診断する方法に使用するためであり、方法が、C16orf54に対する本発明の抗体もしくは機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質の結合を検出することによってC16orf54の発現のレベルを測定する段階；および被験細胞におけるC16orf54の発現のレベルを対照細胞におけるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含み、対照細胞と比較して被験細胞におけるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う癌の存在が示される、医薬の製造における本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかの使用を提供する。いくつかの態様において、被験細胞は、白血病、リンパ腫、骨髄腫、および乳癌もしくは膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移より選択される癌を有する疑いのある患者に由来する。1つの態様において、本方法は、被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを測定する段階、および、被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを対照細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含む。いくつかの態様において、被験細胞は癌細胞であり、かつ対照細胞は同じ組織型の正常細胞である。いくつかの態様において、被験細胞は白血病細胞であり、かつ対照細胞は骨髄単核細胞または末梢血単核細胞である。
【００８２】
1つの態様において、本発明は、方法が、C16orf54に対する本発明の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質の結合を検出することによってC16orf54の発現のレベルを測定する段階；および、被験細胞におけるC16orf54の発現のレベルを対照細胞におけるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含み、対照細胞と比較して被験細胞におけるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う癌の存在が示される、C16orf54の発現増大を伴う癌を診断する方法に使用するための本発明の上記の抗体もしくはその機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかを提供する。いくつかの態様において、被験細胞は、白血病、リンパ腫、骨髄腫および乳癌もしくは膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移より選択される癌を有する疑いのある患者由来の細胞である。1つの態様において、本方法は、被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを測定する段階、および、被験細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルを対照細胞の表面上でのC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含む。いくつかの態様において、被験細胞は癌細胞であり、かつ対照細胞は同じ組織型の正常細胞である。いくつかの態様において、被験細胞は白血病細胞であり、かつ対照細胞は骨髄単核細胞または末梢血単核細胞である。
【００８３】
本発明の別の態様においては、上記の障害の治療のために有用な材料を含む、製造物または「キット」が提供される。製造物は、容器と、容器上にあるかまたは付随しているラベルまたは添付文書とを含む。適した容器には、例えば、瓶、バイアル、シリンジ、ブリスターパックなどが含まれる。容器はガラスまたはプラスチックなどの種々の材料から形成されうる。容器は、病状を治療するために有効な抗体または抗体-薬物コンジュゲート（ADC）組成物を収容でき、無菌のアクセスポートを有しうる（例えば、容器は、静脈内輸液バッグ（intravenous solution bag）、または皮下注射針を穿刺しうるストッパーを有するバイアルであってもよい）。組成物中の少なくとも1つの活性物質は、抗体またはADCである。ラベルまたは添付文書は、組成物が、選択された病状、例えば癌などを治療するために用いられることを示している。代替的または追加的に、製造物が、薬学的に許容される緩衝液、例えば注射用滅菌精製水（BWFI）、リン酸緩衝食塩水、リンゲル液およびデキストロース溶液などを含む第2（または第3）の容器をさらに含んでもよい。それが、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、販売元および使用者の立場から望ましい他の材料をさらに含んでもよい。
【図面の簡単な説明】
【００８４】
【図１】sTAg分析によって同定され定量されたCLL標本および適切な正常対照におけるCD19、CD20、およびC16orf54のタンパク質発現レベルを示している。線は、陽性試料における標準化スペクトル存在比率（NSAF）％の平均を示している。33個のCLL患者試料、11個の正常PBMC試料および11個の正常BMMC試料中のCD19、CD20およびC16orf54タンパク質の発現。
【図２Ａ】抗huC16orf54モノクローナル抗体についての競合結合性ビンを確立するための競合ELISAの結果を示している。25個のIgG1/2b抗体に対してビニングされた132個のIgG2a抗体のヒートマップ。
【図２Ｂ】抗huC16orf54モノクローナル抗体についての競合結合性ビンを確立するための競合ELISAの結果を示している。132個のIgG2a抗体のクラスタグラム。
【図３】競合ELISAを用いて得られた抗huC16orf54抗体R29-7-1C、R29-67-1B、R29-67-3C、R29-67-4A、R29-67-5A、R29-67-7A、R29-67-9A、およびR29-7-2Aの相対的結合特性を示している。
【図４】抗huC16orf54モノクローナル抗体R29-7-2A、R29-7-1C、R29-67-4A、およびR29-67-7AについてのEC50 ELISAを示している。アイソタイプ対照R22-4-26も示す。
【図５】急性骨髄性白血病異種移植片中のインビボ腫瘍増殖の阻害を示している。急性骨髄性白血病細胞株KG-1を、細胞表面上にC16rf54を発現する異種移植片治療効果モデルとして用いた。処理を開始した時点の腫瘍体積は92mm3であった。抗C16orf54モノクローナル抗体7-1Cおよび67-7Aは、それぞれ、69％ (p=0.0078)および70 ％(p=0.0068)の統計的に有意な腫瘍増殖阻害を誘発した。抗C16orf54モノクローナル抗体67-4Aおよび7-2Aは、統計的に有意な腫瘍増殖阻害を誘発しなかった。HB121をIgGアイソタイプ陰性対照抗体として用いた。
【図６Ａ】R29-7-2A、R29-7-1C、R29-67-7A、R29-8-136C、R29-8-57B、R29-7-54C、R29-7-53A、R29-8-50C、R29-8-19B、R29-8-58C、R29-8-9B、R29-8-28C、R29-8-120B、R29-8-75B、R29-8-36C、R29-8-12A、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B、R29-7-38C、R29-7-49A、R29-7-13AおよびR29-67-4Aと名付けられた抗C16orf54モノクローナル抗体の可変重鎖および可変軽鎖の配列アラインメントを示している。CDRの境界をKabat、AbM、Chothia、コンタクト（Contact）、およびIMGT 番号付けによって示す。
【図６Ｂ】R29-7-2A、R29-7-1C、R29-67-7A、R29-8-136C、R29-8-57B、R29-7-54C、R29-7-53A、R29-8-50C、R29-8-19B、R29-8-58C、R29-8-9B、R29-8-28C、R29-8-120B、R29-8-75B、R29-8-36C、R29-8-12A、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B、R29-7-38C、R29-7-49A、R29-7-13AおよびR29-67-4Aと名付けられた抗C16orf54モノクローナル抗体の可変重鎖および可変軽鎖の配列アラインメントを示している。CDRの境界をKabat、AbM、Chothia、コンタクト、およびIMGT 番号付けによって示す。
【図６Ｃ】R29-7-2A、R29-7-1C、R29-67-7A、R29-8-136C、R29-8-57B、R29-7-54C、R29-7-53A、R29-8-50C、R29-8-19B、R29-8-58C、R29-8-9B、R29-8-28C、R29-8-120B、R29-8-75B、R29-8-36C、R29-8-12A、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B、R29-7-38C、R29-7-49A、R29-7-13AおよびR29-67-4Aと名付けられた抗C16orf54モノクローナル抗体の可変重鎖および可変軽鎖の配列アラインメントを示している。CDRの境界をKabat、AbM、Chothia、コンタクト、およびIMGT 番号付けによって示す。
【図６Ｄ】R29-7-2A、R29-7-1C、R29-67-7A、R29-8-136C、R29-8-57B、R29-7-54C、R29-7-53A、R29-8-50C、R29-8-19B、R29-8-58C、R29-8-9B、R29-8-28C、R29-8-120B、R29-8-75B、R29-8-36C、R29-8-12A、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B、R29-7-38C、R29-7-49A、R29-7-13AおよびR29-67-4Aと名付けられた抗C16orf54モノクローナル抗体の可変重鎖および可変軽鎖の配列アラインメントを示している。CDRの境界をKabat、AbM、Chothia、コンタクト、およびIMGT 番号付けによって示す。
【図６Ｅ】R29-7-2A、R29-7-1C、R29-67-7A、R29-8-136C、R29-8-57B、R29-7-54C、R29-7-53A、R29-8-50C、R29-8-19B、R29-8-58C、R29-8-9B、R29-8-28C、R29-8-120B、R29-8-75B、R29-8-36C、R29-8-12A、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B、R29-7-38C、R29-7-49A、R29-7-13AおよびR29-67-4Aと名付けられた抗C16orf54モノクローナル抗体の可変重鎖および可変軽鎖の配列アラインメントを示している。CDRの境界をKabat、AbM、Chothia、コンタクト、およびIMGT 番号付けによって示す。
【図６Ｆ】R29-7-2A、R29-7-1C、R29-67-7A、R29-8-136C、R29-8-57B、R29-7-54C、R29-7-53A、R29-8-50C、R29-8-19B、R29-8-58C、R29-8-9B、R29-8-28C、R29-8-120B、R29-8-75B、R29-8-36C、R29-8-12A、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B、R29-7-38C、R29-7-49A、R29-7-13AおよびR29-67-4Aと名付けられた抗C16orf54モノクローナル抗体の可変重鎖および可変軽鎖の配列アラインメントを示している。CDRの境界をKabat、AbM、Chothia、コンタクト、およびIMGT 番号付けによって示す。
【発明を実施するための形態】
【００８５】
発明の態様の詳細な説明
一般的手法
本明細書中に記載または参照した手法および手順は、当業者によって、一般によく理解され、従来の方法を用いて一般的に使用されており、これには例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3rd, edition (2001) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.；Current Protocols in Molecular Biology (F. M. Ausubel, et al. eds., (2003))；Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic, Z. An, ed, Wiley, Hoboken N J. (2009)；Monoclonal Antibodies: Methods and Protocols, M. Albitar, ed., Humana Press, Totawa, N.J. (2010)；および、Antibody Engineering, 2nd Ed., Vols 1 and 2, Kontermann and Dubel, eds., Springer-Verlag, Heidelberg, 2010に記載された、幅広く用いられている方法がある。
【００８６】
用語
別途定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、当業者によって一般的に理解されるものと同一の意味を有する。本明細書を説明するために、以下の定義が適用され、適切な場合にはすべて、単数形で用いられる用語は複数形も含み、その逆も同様である。全ての特許、出願、公開出願、および他の刊行物は、それらの全体が参照により組み入れられる。明記されたいずれかの定義が、参照により本明細書に組み入れられるいずれかの文書と食い違う場合には、以下に明記された定義が優先するものとする。
【００８７】
「C16orf54」または「C16orf54ポリペプチド」という用語および同様の用語は、別の指示がある場合を除き、霊長動物（例えば、ヒト、カニクイザル（cyno））、イヌ、および齧歯動物（例えば、マウスおよびラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物の供給源に由来する、任意の天然型第16染色体オープンリーディングフレーム54（Chromosome 16 Open Reading Frame 54）（C16orf54）またはポリペプチド（「ポリペプチド」および「タンパク質」は本明細書において互換的に用いられる）のことを指し、ある態様において、そのSNP変異体を含む、関連のC16orf54ポリペプチドが含まれる。ヒトC16orf54（「huC16orf54」）のアミノ酸を以下に提示する。
2015533832.tif 000097
【００８８】
huC16orf54のコーディング核酸配列を以下に提示する。
2015533832.tif 000098
【００８９】
カニクイザル（cyno）、学名マカカ・ファシキュラリス（Macaca fascicularis）についての予想される膜貫通タンパク質C16orf54のアミノ酸配列を以下に提示する。
2015533832.tif 000099
【００９０】
マウス、学名ムス・ムスクルス（Mus musculus）についての膜貫通タンパク質C16orf54相同体のアミノ酸配列を以下に提示する。
2015533832.tif 000100
【００９１】
関連のポリペプチドには、対立遺伝子変異体（例えば、SNP変異体）；スプライス変異体；断片；誘導体；置換、欠失、および挿入変異体；融合ポリペプチド；ならびに種間相同体が含まれ、好ましくは、これらは、C16orf54活性を保持しかつ／または抗C16orf54免疫反応を生じさせるに十分である。当業者が認識するように、本明細書に提供される抗C16orf54抗体は、C16orf54ポリペプチド、ポリペプチド断片、抗原、および／またはエピトープと結合することができ、何故ならば、エピトープはより大きな抗原の一部であり、これはより大きなポリペプチド断片の一部であり、これは、同様に、より大きなポリペプチドの一部であるためである。C16orf54は、天然形態または性質が変えられた形態で存在することができる。本明細書に記載のC16ORF54ポリペプチドは、ヒトの各種の組織もしくは別の供給源といった種々の供給源から単離することもできるか、または組換え法もしくは合成法によって調製することもできる。「天然型配列C16ORF54ポリペプチド」には、天然由来のC16ORF54ポリペプチドに対応するものと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドが含まれる。そのような天然型配列C16ORF54ポリペプチドは、自然界から単離することもできるか、または組換え手段もしくは合成手段によって生産することもできる。「天然型配列C16ORF54ポリペプチド」という用語は、特定のC16ORF54ポリペプチドの天然の切断型形態または分泌形態（例えば、細胞外ドメイン配列）、天然の変異体形態（例えば、選択的スプライス形態）、およびポリペプチドの天然の対立遺伝子変異体を明確に包含する。C16orf54ポリペプチドのオルソログも当技術分野において周知である。
【００９２】
「C16orf54」という用語は、「完全長」のプロセシングされていないC16orf54の他に、細胞内でのプロセシングによって生じる任意の形態のC16orf54も包含する。この用語はまた、C16orf54の天然に存在する変異体または突然変異体、例えば、スプライス変異体、対立遺伝子変異体、SNP変異体、およびアイソフォームも包含する。本明細書に記載のC16orf54ポリペプチドは、ヒトの各種の組織もしくは別の供給源といった種々の供給源から単離することもできるか、または組換え法もしくは合成法によって調製することもできる。「天然型配列C16orf54ポリペプチド」には、天然由来のC16orf54ポリペプチドに対応するものと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドが含まれる。そのような天然型配列C16orf54ポリペプチドは、自然界から単離することもできるか、または組換え手段もしくは合成手段によって生産することもできる。「天然型配列C16orf54ポリペプチド」という用語は、特定のC16orf54ポリペプチドの天然の切断型形態または分泌形態（例えば、細胞外ドメイン配列）、天然の変異体形態（例えば、選択的スプライス形態）、およびポリペプチドの天然の対立遺伝子変異体を明確に包含する。
【００９３】
「抗体」および「免疫グロブリン」または「Ig」という用語は、本明細書において互換的に用いられ、最も広い意味で用いられ、具体的には、例えば、単一の抗C16orf54モノクローナル抗体（アゴニスト、アンタゴニスト、中和抗体、完全長または無傷のモノクローナル抗体を含む）、ポリエピトープ特異性を伴う抗C16orf54抗体組成物、ポリクローナル抗体、多価抗体、少なくとも2つの無傷抗体から形成される多重特異性抗体（それらが所望の生物学的活性を示す限り、例えば二重特異性抗体）、単鎖抗C16orf54抗体、および、以下に定義するような抗C16orf54抗体の断片を範囲に含む。抗体は、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体および／または親和性成熟抗体、ならびに他の種、例えばマウス、ウサギなどに由来する抗体でありうる。「抗体」という用語は、特定の分子抗原と結合することができ、ポリペプチド鎖の2つの同一の対から構成されている、ポリペプチドの免疫グロブリンクラス内のB細胞のポリペプチド産物を含むことを意図しており、ここで、各対は、1つの重鎖（約50〜70 kDa）および1つの軽鎖（約25 kDa）を有し、各鎖の各アミノ末端部は約100〜約130個またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を含み、各鎖の各カルボキシ末端部は定常領域を含む（Borrebaeck (ed.) (1995) Antibody Engineering, Second Ed., Oxford University Press.；Kuby (1997) Immunology, Third Ed., W.H. Freeman and Company, New Yorkを参照のこと）。特定の態様において、本明細書に提供される抗体によって結合されうる特定の分子抗原には、標的C16orf54ポリペプチド、断片またはエピトープが含まれる。
【００９４】
抗体はまた、合成抗体、モノクローナル抗体、組換え産生抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、イントラボディ、抗イディオタイプ（抗Id）抗体、および上記のいずれかの機能的断片を含むがこれらに限定されず、これは、断片が誘導された抗体の結合活性の一部または全部を保持している抗体重鎖または軽鎖ポリペプチドの部分を指す。機能的断片の非限定的な例には、単鎖Fv（scFv）（例えば、単一特異性、二重特異性などを含む）、Fab断片、F(ab')断片、F(ab)2断片、F(ab')2断片、ジスルフィド連結Fv（sdFv）、Fd断片、Fv断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、およびミニボディが含まれる。特に、本明細書に提供される抗体は、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、例えば、C16orf54抗原と結合する抗原結合部位を含有する抗原結合ドメインまたは分子（例えば、抗C16orf54抗体の1つまたは複数の相補性決定領域（CDR））を含む。そのような抗体断片は、例えば、Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York (1989)；Myers (ed.), Molec. Biology and Biotechnology: A Comprehensive Desk Reference, New York: VCH Publisher, Inc.；Huston et al., Cell Biophysics, 22:189-224 (1993)；Pluckthun and Skerra, Meth. Enzymol., 178:497-515 (1989)およびDay, E.D., Advanced Immunochemistry, Second Ed., Wiley-Liss, Inc., New York, NY (1990)において記載されているのが見られうる。本明細書に提供される抗体は、免疫グロブリン分子の任意のタイプ（例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgAおよびIgY）、任意のクラス（例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、およびIgA2）、または任意のサブクラス（例えば、IgG2aおよびIgG2b）のものでありうる。本明細書に提供される抗C16orf54抗体は、アゴニスト抗体またはアンタゴニスト抗体でありうる。
【００９５】
「抗原」とは、抗体が選択的に結合しうる所定の抗原のことである。標的抗原は、ポリペプチド、炭水化物、核酸、脂質、ハプテン、または他の天然性もしくは合成性の化合物でありうる。好ましくは、標的抗原はポリペプチドである。
【００９６】
「抗原結合断片」、「抗原結合ドメイン」、「抗原結合領域」という用語および同様の用語は、抗原と相互作用して、抗原に対する特異性および親和性を結合物質に付与するアミノ酸残基を含む抗体の部分（例えば、相補性決定領域（CDR））を指す。
【００９７】
「結合する」または「結合」という用語は、本明細書で用いる場合、複合体を形成するための分子間の相互作用を指す。相互作用は、例えば、水素結合、イオン結合、疎水性相互作用、および／またはファンデルワールス相互作用を含む非共有結合性相互作用でありうる。複合体はまた、共有結合もしくは非共有結合、相互作用、または力によって一緒に保持された2つまたはそれ以上の分子の結合を含みうる。抗体上の単一抗原結合部位とC16orf54などの標的分子の単一エピトープとの合計の非共有結合性相互作用の強度が、そのエピトープに対する抗体または機能的断片の親和性である。一価の抗原に対する抗体の解離(k-1)に対する会合(k1)の比率（k1/ k-1）は、会合定数Kであり、これは親和性の尺度である。Kの値は、抗体と抗原との種々の複合体よって異なり、k1およびk-1の両方に依存する。本明細書に提供される抗体についての会合定数Kは、本明細書に提供される任意の方法または当業者に周知の任意の他の方法を用いて測定することができる。1つの結合部位での親和性は、抗体と抗原との相互作用の真の強度を必ずしも反映するとは限らない。複数の繰り返し抗原決定基を含有する複合抗原、例えば多価C16orf54が、複数の結合部位を含有する抗体と接触すると、ある部位での抗体と抗原との相互作用は、第2の部位での反応の確率を増大させる。多価抗体および抗原間のこのような多重相互作用の強度は、アビディティと呼ばれる。抗体のアビディティは、その個々の結合部位の親和性よりもその結合能力のよりよい尺度でありうる。例えば、五量体IgM抗体について時々見られるように、高アビディティは低親和性を補うことができ、五量体IgM抗体は、IgGよりも低い親和性を有しうるが、その多価に起因するIgMの高アビディティのために、効果的に抗原を結合させることが可能である。
【００９８】
「C16orf54と特異的に結合する抗体」、「C16orf54エピトープと特異的に結合する抗体」、「抗C16orf54抗体」という用語および類似した用語はまた、本明細書において互換的に用いられ、C16orf54抗原またはエピトープなどの、C16orf54ポリペプチドと特異的に結合する抗体を指す。C16orf54と特異的に結合する抗体は、C16orf54の細胞外ドメインに由来する細胞外ドメインまたはペプチドと結合しうる。C16orf54抗原と特異的に結合する抗体は、関連する抗原と交差反応性でありうる。ある態様において、C16orf54抗原と特異的に結合する抗体は、他の抗原と交差反応しない。C16orf54抗原と特異的に結合する抗体は、例えば、イムノアッセイ法、BIAcore、または当業者に公知の他の技術によって同定することができる。ラジオイムノアッセイ法（RIA）および酵素結合免疫吸着アッセイ法（ELISA）などの実験技術を用いる判定で、いかなる交差反応性抗原に対するよりも高い親和性でC16orf54抗原と結合する場合、抗体はC16orf54抗原と特異的に結合する。典型的には、特異的または選択的反応は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの少なくとも2倍であり、より典型的には、バックグラウンドの10倍超である。抗体特異性に関する議論については、例えば、Paul, ed., 1989, Fundamental Immunology Second Edition, Raven Press, New York at pages 332-336を参照のこと。関心対象の抗原「を結合させる」抗体とは、その抗体が抗原を発現する細胞または組織を標的とする際に治療的物質として有用であるのに十分な親和性で抗原を結合させ、かつ、他のタンパク質とは有意には交差反応しないもののことである。そのような態様において、「非標的」タンパク質に対する抗体の結合の程度は、蛍光活性化細胞選別（FACS）分析または放射免疫沈降法（RIA）による判定で、その特定の標的タンパク質に対する抗体の結合の約10％未満である。抗体の標的分子との結合に関して、「特異的結合」、または特定のポリペプチド、もしくは特定のポリペプチド標的上のエピトープ「と特異的に結合する」または該ポリペプチドもしくは該エピトープ「に対して特異的である」という用語は、非特異的相互作用とは測定可能な程度で異なる結合のことを意味する。特異的結合は、例えば、分子の結合を、一般に結合活性を有しない類似の構造を持つ分子である対照分子の結合と比較して決定することによって測定することができる。例えば、特異的結合は、標的に類似した対照分子、例えば過剰量の非標識標的との競合によって決定することができる。この場合、特異的結合は、プローブに対する標識標的の結合が過剰量の非標識標的によって競合的に阻害される場合に示される。「特異的結合」、または特定のポリペプチド、もしくは特定のポリペプチド標的上のエピトープ「と特異的に結合する」または該ポリペプチドもしくは該エピトープ「に対して特異的である」という用語は、本明細書で用いる場合、例えば、標的に対して少なくとも約10-4 M、または少なくとも約10-5 M、または少なくとも約10-6 M、または少なくとも約10-7 M、または少なくとも約10-8 M、または少なくとも約10-9 M、または少なくとも約10-10 M、または少なくとも約10-11 M、または少なくとも約10-12 M、あるいはそれよりも高いKdを有する分子によって示されうる。1つの態様において、「特異的結合」という用語は、分子が、いかなる��のポリペプチドともポリペプチドエピトープとも実質的に結合することなく、特定のポリペプチド、または特定のポリペプチド上のエピトープと結合する場合の結合のことを指す。ある態様において、C16orf54と結合する抗体は、1μM以下、100nM以下、10nM以下、1nM以下、または0.1nM以下の解離定数（Kd）を有する。ある態様において、抗C16orf54抗体は、さまざまな種に由来するC16orf54間で保存されているC16orf54のエピトープと結合する。
【００９９】
「抗C16orf54抗体」または「C16orf54と結合する抗体」という用語は、その抗体がC16orf54を標的とする際に診断的物質および／または治療的物質として有用であるのに十分な親和性でC16orf54を結合させうる抗体のことを指す。好ましくは、無関係な非C16orf54タンパク質に対する抗C16orf54抗体の結合の程度は、例えば、蛍光活性化細胞選別（FACS）分析またはラジオイムノアッセイ法（RIA）による測定で、C16orf54に対する抗体の結合の約10％未満である。C16orf54「と特異的に結合する」または「に対して特異的である」抗体は、上記の通りに定義される。ある態様において、C16orf54と結合する抗体は、1μM以下、100nM以下、10nM以下、1nM以下、または0.1nM以下の解離定数（Kd）を有する。ある態様において、抗C16orf54抗体は、さまざまな種に由来するC16orf54間で保存されているC16orf54のエピトープと結合する。
【０１００】
「単離された」抗体は、細胞物質または細胞もしくは組織源由来の他の夾雑タンパク質および／またはそこから抗体が誘導される他の夾雑構成成分を実質的に含まないか、または化学合成の場合の化学的前駆体もしくは他の化学物質を実質的に含まない。「細胞物質を実質的に含まない」という語句は、そこから抗体が単離されるかまたは組換え産生される細胞の細胞成分から抗体が分離されている、抗体の調製物を含む。したがって、細胞物質を実質的に含まない抗体は、約30％、20％、10％、または5％（乾燥重量で）未満の異種タンパク質（本明細書において「夾雑タンパク質」とも呼ばれる）を有する抗体の調製物を含む。ある態様において、抗体が組換え産生される場合、それは、培地を実質的に含まず、例えば、培地は、タンパク質調製物の体積の約20％、10％、または5％未満を示す。ある態様において、抗体が化学合成によって生成される場合、それは、化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まず、例えば、それは、タンパク質の合成に関与する化学的前駆体または他の化学物質から分離されている。したがって、抗体のこのような調製物は、約30％、20％、10％、5％（乾燥重量で）未満の化学的前駆体または関心対象の抗体以外の化合物を有する。夾雑構成成分にはまた、抗体の治療的用途を妨げると考えられる材料が含まれ得るがこれに限定されず、それには酵素、ホルモン、および他のタンパク質性または非タンパク質性溶質が含まれうる。ある態様において、抗体は、（1）Lowry法（Lowry et al. J. Bio. Chem. 193: 265-275, 1951）によって測定された場合に、抗体の95重量％を上回るまで、例えば99重量％を上回るまで、（2）スピニングカップ配列決定装置（spinning cup sequenator）の使用によって、N末端または内部のアミノ酸配列の少なくとも15残基が得られるのに十分な度合いまで、または（3）クーマシーブルー染色もしくは好ましくは銀染色を用いて還元もしくは非還元条件下でのSDS-PAGEによって均質になるまで、精製される。単離された抗体には組換え細胞内のインサイチューの抗体が含まれるが、これは抗体の天然環境の構成成分の少なくとも1つが存在しないと考えられるためである。しかし、通常は、単離された抗体は少なくとも1つの精製段階によって調製されると考えられる。特定の態様において、本明細書に提供される抗体は単離される。
【０１０１】
基本的な4鎖抗体単位は、2つの同一な軽（L）鎖および2つの同一な重（H）鎖で構成されるヘテロ四量体糖タンパク質である。IgGの場合には、4鎖単位は一般に約150,000ダルトンである。各L鎖は1つの共有結合性ジスルフィド結合によってH鎖と連結され、一方、2つのH鎖はH鎖アイソタイプに応じて1つまたは複数のジスルフィド結合によって互いに連結される。各H鎖およびL鎖はまた、規則的な間隔にある鎖内ジスルフィド架橋も有する。各H鎖はN末端に可変ドメイン（VH）を有し、それに続いてα鎖およびγ鎖のそれぞれについては3つの定常ドメイン（CH）、ならびにμおよびεアイソタイプについては4つのCHドメインを有する。各L鎖はN末端に可変ドメイン（VL）を有し、それに続いてもう一方の端に1つの定常ドメイン（CL）を有する。VLはVHと整列しており、CLは重鎖の第1の定常ドメイン（CH1）と整列している。特定のアミノ酸残基は、軽鎖および重鎖の可変ドメイン間の境界面を形成すると考えられている。VHおよびVLの対合は一緒になって単一の抗原結合部位を形成する。種々のクラスの抗体の構造および特性については、例えば、Basic and Clinical Immunology, 8th edition, Daniel P. Stites, Abba I. Terr and Tristram G. Parslow (eds.), Appleton & Lange, Norwalk, CT, 1994, page 71 and Chapter 6を参照されたい。
【０１０２】
「可変ドメイン」または「可変領域」という用語は、軽鎖または重鎖のアミノ末端に一般的にある抗体の軽鎖または重鎖の部分を指し、重鎖においては約120〜130アミノ酸長および軽鎖においては約100〜110アミノ酸アミノ酸長を有し、その特定の抗原に対しての各特定の抗体の結合および特異性において用いられる。重鎖の可変ドメインは「VH」とも称しうる。軽鎖の可変ドメインは「VL」とも称しうる。「可変」という用語は、可変ドメインのある特定のセグメントは抗体間で配列が大きく異なるという事実のことを指す。Vドメインは抗原結合を媒介し、その特定の抗原に対する特定の抗体の特異性を定める。しかし、可変性は可変ドメインの110アミノ酸の全範囲にわたって均一に分布するのではない。そうではなくて、V領域は、それぞれ9〜12アミノ酸長である「超可変領域」と呼ばれる極めて高い可変性を有するより短い領域によって隔てられた、15〜30アミノ酸のフレームワーク領域（FR）と呼ばれる相対的に不変なストレッチ部からなる。天然型の重鎖および軽鎖の可変ドメインはそれぞれ、主としてβ-シート配置をとり、3つの超可変領域によって連結され、β-シート構造を連結するとともに場合によってはその一部も構成するループを形成する、4つのFRを含む。各鎖の中の超可変領域はFRによって近接して保持され、他の鎖由来の超可変領域とともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991を参照）。定常ドメインは、抗体の抗原との結合に直接的にはかかわらないが、抗体依存性細胞性細胞傷害作用（ADCC）および補体依存性細胞傷害作用（CDC）への抗体の関与といった、さまざまなエフェクター機能を示す。可変ドメインは、異なる抗体間で配列が大きく異なる。配列の可変性はCDR中に集中し、一方、可変ドメイン中においてあまり可変しない部分はフレームワーク領域（FR）と呼ばれる。軽鎖および重鎖のCDRは、抗体と抗原との相互作用を主に担う。特定の態様において、可変領域はヒト可変領域である。
【０１０３】
「Kabatなどの場合の可変ドメイン残基番号付け」または「Kabatなどの場合のアミノ酸位置番号付け」、およびそれらの変形物は、Kabat et al., Sequences of Proteins of lmmunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)において、抗体の編集物の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに関して用いられている番号付け方式のことを指す。この番号付け方式を用いた場合、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのFRまたはCDRの短縮または該FRまたは該CDRへの挿入に対応して、より少ないかまたは追加的なアミノ酸を含むことがある。例えば、重鎖可変ドメインは、H2の残基52の後に単一のアミノ酸インサート（Kabatによれば残基52a）を含むこと、および重鎖FR残基82の後に挿入残基（例えば、Kabatによれば残基82a、82b、および82cなど）を含むことができる。残基のKabat番号付けは、Kabat番号付けをなされた「標準」配列との、抗体の配列の相同性領域でのアラインメントにより、所与の抗体に関して決定することができる。Kabat番号付け方式は、一般に、可変ドメイン内の残基（おおよそ、軽鎖の残基1〜107および重鎖の残基1〜113）に言及する際に用いられる（例えば、Kabat et al., Sequences of Immunological Interest. 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)）。「EU番号付け方式」または「EUインデックス」は、一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域内の残基に言及する際に用いられる（例えば、Kabat et al, 前記に報告されているEUインデックス）。「Kabatなどの場合のEUインデックス」とは、ヒトIgG1 EU抗体の残基番号付けのことを指す。本明細書中に別の記述がない限り、抗体の可変ドメインにおける残基番号への言及は、Kabat番号付け方式による残基番号付けのことを意味する。本明細書中に別の記述がない限り、抗体の定常ドメインにおける残基番号への言及は、EU番号付け方式による残基番号付けのことを意味する。
【０１０４】
「無傷」抗体とは、抗原結合部位、ならびに、CLおよび少なくとも重鎖定常ドメイン、CH1、CH2、およびCH3を含むもののことである。定常ドメインは、天然型配列定常ドメイン（例えば、ヒトの天然型配列定常ドメイン）またはそれらのアミノ酸配列変異体であってもよい。好ましくは、無傷抗体は1つまたは複数のエフェクター機能を有する。
【０１０５】
「抗体断片」は、無傷抗体の一部分、好ましくは無傷抗体の抗原結合領域または可変領域を含む。抗体断片の例には、Fab断片、Fab'断片、F(ab')2断片、およびFv断片；ダイアボディおよびジ-ダイアボディ（例えば、Holliger, P. et al (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. 90:6444-8；Lu, D. et al. (2005) J. Biol. Chem. 280:19665-72；Hudson et al., Nat. Med. 9: 129-134 (2003)；WO93／11161；ならびに米国特許第5,837,242号および同第6,492,123号を参照）；単鎖抗体分子（例えば、米国特許第4,946,778号；同第5,260,203号；同第5,482,858号、および同第5,476,786号を参照）；二重可変ドメイン抗体（例えば、米国特許第7,612,181号を参照）；単一可変ドメイン抗体（SdAb）（例えば、Woolven et al., Immunogenetics 50: 98-101, 1999；Streltsov et al., Proc Natl Acad Sci USA. 101:12444-12449, 2004を参照）；ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体が含まれる。
【０１０６】
治療的抗体の「機能的断片」とは、無傷抗体が持つと考えられる生物学的機能のいくつかまたはすべてではないにしても少なくとも1つを示し、その機能が少なくとも標的抗原に対する特異的結合を含むものと考えられる。
【０１０７】
「融合タンパク質」という用語は、本明細書で用いる場合、抗体のアミノ酸配列と、異種ポリペプチドまたはタンパク質（例えば、通常はその抗体の一部ではないポリペプチドまたはタンパク質（例えば、非抗C16orf54抗原抗体））のアミノ酸配列とを含む、ポリペプチドを指す。「融合」という用語は、C16orf54または抗C16orf54抗体に関して用いられる場合、ペプチドもしくはポリペプチド、またはその断片、変異体および／もしくは誘導体と、異種ペプチドまたはポリペプチドとの連結を指す。ある態様において、融合タンパク質は、C16orf54または抗C16orf54抗体の生物学的活性を保持している。ある態様において、融合タンパク質は、C16orf54抗体VHドメイン、VLドメイン、VH CDR（1、2、もしくは3つのVH CDR）、および／またはVL CDR（1、2、もしくは3つのVL CDR）を含み、融合タンパク質はC16orf54エピトープと結合する。
【０１０８】
「重鎖」という用語は、抗体に関して用いられる場合、約50〜70 kDaのポリペプチド鎖を指し、アミノ末端部は、約120〜130個またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を含み、カルボキシ末端部は定常領域を含む。定常領域は、重鎖定常領域のアミノ酸配列に基づいて、アルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）、およびミュー（μ）と呼ばれる、5つの異なるタイプのうちの1つでありうる。異なる重鎖はサイズが異なり：α、δ、およびγはおよそ450個のアミノ酸を含有し、一方、μおよびεはおよそ550個のアミノ酸を含有する。軽鎖と組み合わせる場合、これら異なるタイプの重鎖は、IgGの4つのサブクラス、即ち、IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4を含む、周知の5つのクラスの抗体、それぞれIgA、IgD、IgE、IgG、およびIgMを生じさせる。重鎖はヒト重鎖でありうる。
【０１０９】
「宿主」という用語は、本明細書で用いる場合、動物、例えば哺乳動物（例えば、ヒト）を指す。
【０１１０】
「宿主細胞」という用語は、本明細書で用いる場合、核酸分子がトランスフェクトされた特定の対象細胞またはそのような細胞の子孫もしくは可能性のある子孫を指す。このような細胞の子孫は、宿主細胞ゲノム中への核酸分子の組込みまたは次世代において生じうる突然変異または環境の影響に起因して、核酸分子がトランスフェクトされた親細胞と同一でなくてもよい。
【０１１１】
「モノクローナル抗体」という用語は、本明細書で用いる場合、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体のことを指し、例えば、その集団を構成する個々の抗体は、少量で存在しうる、天然に存在する可能性のある突然変異を除いて、同一であり、各モノクローナル抗体は、典型的には、抗原上の単一のエピトープを認識する。特定の態様において、「モノクローナル抗体」とは、本明細書で用いる場合、単一のハイブリドーマまたは他の細胞によって産生された抗体であり、ここで、例えば、ELISAまたは当技術分野において公知である他の抗原結合もしくは競合結合アッセイ法による判定で、この抗体はC16orf54エピトープとのみ結合する。「モノクローナル」という用語は、抗体を作製するためのいかなる特定の方法に限定されない。例えば、本発明において有用なモノクローナル抗体は、Kohler et al., Nature, 256:495 (1975)によって初めて記載されたハイブリドーマ法によって調製してもよいか、または細菌細胞、真核動物細胞もしくは植物細胞中において組換えDNA法を使用して作製してもよい（例えば、米国特許第4,816,567号を参照のこと）。「モノクローナル抗体」はまた、例えば、Clackson et al., Nature, 352:624-628 (1991)およびMarks et al., J. Mol. Biol., 222:581-597 (1991) に記載の技術を使用してファージ抗体ライブラリーから単離してもよい。クローン細胞株およびそれによって発現されるモノクローナル抗体の調製のための他の方法は、当技術分野において周知である（例えば、Chapter 11 in: Short Protocols in Molecular Biology, (2002) 5th Ed., Ausubel et al., eds., John Wiley and Sons, New Yorkを参照のこと）。他のモノクローナル抗体を産生する他の例示的な方法は、本明細書の実施例に提供する。
【０１１２】
「天然」とは、核酸分子、ポリペプチド、宿主細胞などといった生物学的材料に関連して用いられる場合、自然において見られ、かつ、人間によって操作されていないものを指す。
【０１１３】
本明細書に提供される抗体には、重鎖および／または軽鎖の一部分が、特定の種に由来するかまたは特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一であるかまたは相同であるが、鎖の残りの部分は、別の種に由来するかまたは別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一であるかまたは相同である「キメラ」抗体、ならびにそれらが所望の生物学的活性を示す限り、そのような抗体の断片が含まれうる（米国特許第4,816,567号；およびMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)を参照のこと）。
【０１１４】
「ヒト化」型の非ヒト（例えば、マウス）抗体は、天然CDR残基が、所望の抗体特異性、親和性、および能力を有するマウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長動物といった非ヒト種の対応のCDR由来の残基（ドナー抗体）によって置き換えられているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）を含むキメラ抗体である。場合によっては、対応する非ヒト残基によって、ヒト免疫グロブリンの1つまたは複数のFR領域残基が置き換えられる。その上、ヒト化抗体が、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見られない残基を含んでもよい。これらの改変は、抗体の性能をさらに改良するために行われる。ヒト化抗体重鎖または軽鎖は、少なくとも1つまたは複数の可変ドメインの実質的にすべてを含むことができ、ここで、CDRのすべてまたは実質的にすべては非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、かつ、FRのすべてまたは実質的にすべてはヒト免疫グロブリン配列のものである。ある態様において、ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域（Fc）、典型的にはヒト免疫グロブリンのそれの、少なくとも一部分も含む。さらなる詳細については、Jones et al., Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmann et al., Nature, 332:323-329 (1988)；およびPresta, Curr. Op. Struct. Biol., 2:593-596 (1992)；Carter et al., Proc. Natl. Acd. Sci. USA 89:4285-4289 (1992)；ならびに米国特許第6,800,738号（2004年10月5日発行）、同第6,719,971号（2005年9月27日発行）、同第6,639,055号（2003年10月28日発行）、同第6,407,213号（2002年6月18日発行）、および同第6,054,297号（2000年4月25日発行）を参照のこと。
【０１１５】
「ヒト抗体」とは、ヒトによって産生される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を保有するもの、および／または、本明細書に開示されたようなヒト抗体を作製するための手法のいずれかを用いて作製されたものである。ヒト抗体のこの定義から、非ヒト抗原結合性残基を含むヒト化抗体が明確に除外される。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリー（Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol, 227:381 (1991)；Marks et al., J. Mol. Biol, 222:581 (1991)および酵母ディスプレイライブラリー（Chao et al. Nature Protocols 1: 755-768 (2006)）を含む、当技術分野において公知のさまざまな手法を用いて作製することができる。また、Cole et al, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985)；Boerner et al., J. Immunol, 147(1):86-95 (1991)に記載された方法も、ヒトモノクローナル抗体の調製のために使用可能である。また、van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol, 5: 368-74 (2001)も参照されたい。ヒト抗体は、抗原刺激に応答してそのような抗体を産生するように改変され、内因性遺伝子座は、無能力化されているトランスジェニック動物、例えばマウスに対して抗原を投与することによって調製することができる（例えば、Jakobovits, A., Curr. Opin, Biotechnol. 1995, 6(5):561-6；Bruggemann and Taussing, Curr. Opin. Biotechnol. 1997, 8(4):455-8；ならびにXENOMOUSE（商標）技術に関する米国特許第6,075,181号および同第6,150,584号を参照）。また、例えば、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術によって作製されるヒト抗体に関する、Li et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)も参照されたい。
【０１１６】
「CDR」は、免疫グロブリン（Igもしくは抗体）VHβ-シートフレームワークの非フレームワーク領域内の3つの超可変領域（H1、H2、もしくはH3）のうちの1つ、または抗体VLβ-シートフレームワークの非フレームワーク領域内の3つの超可変領域（L1、L2、もしくはL3）のうちの1つを指す。したがって、CDRは、フレームワーク領域配列内に散在された可変領域配列である。CDR領域は当業者に周知であり、例えば、Kabatによって、抗体可変(V)ドメイン内の最も超可変性の領域と定義された（Kabat et al., J. Biol. Chem. 252:6609-6616 (1977)；Kabat, Adv. Prot. Chem. 32:1-75 (1978)）。CDR領域配列はまた、保存されたβ-シートフレームワークの一部分ではなく、したがって種々の立体構造に適応することができる、残基とChothiaによって構造的に定義された（Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。両方の用語法が当技術分野においてよく認識されている。標準抗体可変ドメイン内のCDRの位置は、多数の構造を比較することによって決定された（Al-Lazikani et al., J. Mol. Biol. 273:927-948 (1997)；Morea et al., Methods 20:267-279 (2000)）。超可変領域内の残基の数は異なる抗体によって変化するため、標準位置に対する追加の残基は、標準可変ドメイン番号付けスキームにおいて、残基数の次にa、b、cなどで通常番号付けされる（Al-Lazikani et al., 前記 (1997)）。そのような命名法も同様に当業者に周知である。
【０１１７】
「超可変領域」、「HVR」、または「HV」という用語は、本明細書で用いる場合、配列の点で超可変性であるか、および／または構造的に定められたループを形成する、抗体可変ドメインの領域のことを指す。一般に、抗体は、以下の6つの超可変領域を含む；VH中に3つ（H1、H2、H3）、およびVL中に3つ（L1、L2、L3）。多くの超可変領域表現が用いられており、それらは本明細書において包含される。Kabat相補性決定領域（CDR）は配列可変性に基づいており、最も一般的に用いられているものである（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)）。Chothiaはそれとは異なり、構造ループの位置に言及している（Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。Chothia CDR-H1ループの末端は、Kabat番号付け規約を用いて番号付けされる場合、ループの長さに応じてH32〜H34の間で変わる（これは、Kabat番号付けスキームではH35AおよびH35Bに挿入物を入れるためであり；35Aも35Bも存在しない場合には、ループは32で終わり；35Aのみが存在する場合には、ループは33で終わり；35Aおよび35Bの両方が存在する場合には、ループは34で終わる）。AbM超可変領域はKabat CDRとChothia構造ループとの中間物に相当し、Oxford Molecular社のAbM抗体モデリングソフトウェアに用いられている。「コンタクト」超可変領域は、使用可能な複合体結晶構造の分析に基づく。これらの超可変領域のそれぞれ由来の残基を、以下に記す。
【０１１８】
最近になって、ユニバーサルな番号付け方式、ImMunoGeneTics (IMGT) Information System（登録商標）（Lafranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27(1):55-77 (2003)）が開発され、広く採用された。IMGTは、ヒトおよび他の脊椎動物の免疫グロブリン（IG）、T細胞受容体（TR）および主要組織適合遺伝子複合体（MHC）に特化した統合情報システムである。ここでは、CDRは、アミノ酸配列および軽鎖内または重鎖内の位置の両方によって参照される。免疫グロブリン可変ドメインの構造内のCDRの「位置」は種間で保存されており、ループと呼ばれる構造内に存在するので、構造特徴に従って可変ドメイン配列を整列させる番号付け方式を用いることによって、CDRおよびフレームワーク残基が容易に識別される。この情報は、1つの種の免疫グロブリン由来のCDR残基の、典型的にはヒト抗体由来の、アクセプターフレームワークへのグラフト化および置換に用いることができる。Kabat番号付けとIMGT特有番号付け方式との対応も当業者に周知である（例えば、Lefranc et al., 前記）。
【０１１９】
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【０１２０】
超可変領域は、以下のような「拡張された超可変領域」を含みうる：VL中の24〜36または24〜34（L1）、46〜56または50〜56（L2）、および89〜97または89〜96（L3）、ならびにVH中の26〜35または26〜35A（H1）、50〜65または49〜65（H2）、および93〜102、94〜102または95〜102（H3）。可変ドメイン残基は、これらの定義のそれぞれに関して、Kabat et al.、前記に従って番号付けされる。本明細書で用いる場合、「HVR」および「CDR」という用語は互換的に用いられる。
【０１２１】
「定常領域」または「定常ドメイン」という用語は、抗原への抗体の結合に直接関与しないがFc受容体との相互作用などの種々のエフェクター機能を示す軽鎖および重鎖のカルボキシ末端部を指す。これらの用語は、抗原結合部位を含有する、免疫グロブリンのもう一方の部分、可変ドメインと比べてより保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の部分を指す。定常ドメインは、重鎖のCH1、CH2、およびCH3ドメインならびに軽鎖CLドメインを含有する。
【０１２２】
「フレームワーク」または「FR」残基という用語は、CDRに隣接する可変ドメイン残基である。FR残基は、例えば、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、ドメイン抗体、ダイアボディ、線形抗体、および二重特異性抗体中に存在する。FR残基は、本明細書で定義される超可変領域残基以外の可変ドメイン残基のことである。
【０１２３】
「Kabatなどの場合の可変ドメイン残基番号付け」または「Kabatなどの場合のアミノ酸位置番号付け」、およびそれらの変形物は、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)において、抗体の編集物の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに関して用いられている番号付け方式のことを指す。この番号付け方式を用いた場合、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのFRまたはCDRの短縮または該FRまたは該CDRへの挿入に対応して、より少ないかまたは追加的なアミノ酸を含むことがある。例えば、重鎖可変ドメインは、H2の残基52の後に単一のアミノ酸インサート（Kabatによれば残基52a）を含むこと、および重鎖FR残基82の後に挿入残基（例えば、Kabatによれば残基82a、82b、および82cなど）を含むことができる。残基のKabat番号付けは、Kabat番号付けをなされた「標準」配列との、抗体の配列の相同性領域でのアラインメントにより、所与の抗体に関して決定することができる。
【０１２４】
Kabat番号付け方式は、一般に、可変ドメイン内の残基（おおよそ、軽鎖の残基1〜107および重鎖の残基1〜113）に言及する際に用いられる（例えば、Kabat et al, Sequences of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)）。「EU番号付け方式」または「EUインデックス」は、一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域内の残基に言及する際に用いられる（例えば、Kabat et al, 前記に報告されているEUインデックス）。「Kabatなどの場合のEUインデックス」とは、ヒトIgG1 EU抗体の残基番号付けのことを指す。本明細書中に別の記述がない限り、抗体の可変ドメインにおける残基番号への言及は、Kabat番号付け方式による残基番号付けのことを意味する。本明細書中に別の記述がない限り、抗体の定常ドメインにおける残基番号への言及は、EU番号付け方式による残基番号付けのことを意味する。
【０１２５】
「親和性成熟」抗体とは、その1つまたは複数のHVRの中に、改変を保有しない親抗体と比較して抗原に対する抗体の親和性の向上をもたらす、1つまたは複数の改変を有するもののことである。好ましい親和性成熟抗体は、標的抗原に対してナノモル濃度またはさらにはピコモル濃度の親和性を有すると考えられる。親和性成熟抗体は、当技術分野において公知の手順によって作製することができる。総説については、Hudson and Souriau, Nature Medicine 9: 129-134 (2003)；Hoogenboom, Nature Biotechnol. 23: 1105-1116 (2005)；Quiroz and Sinclair, Revista Ingeneria Biomedia 4: 39-51 (2010)を参照されたい。
【０１２６】
「遮断」抗体または「アンタゴニスト」抗体とは、それが結合させる抗原の生物学的活性を阻害するかまたは低下させるもののことである。好ましい遮断抗体またはアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を実質的または完全に阻害する。
【０１２７】
「アゴニスト抗体」とは、本明細書で用いる場合、反応を誘発する抗体、例えば、関心対象のポリペプチドの機能的活性の少なくとも1つを模倣する抗体のことである。
【０１２８】
C16orf54の「アゴニスト」は、例えば、C16orf54を発現する細胞中においてまたはC16orf54受容体などのC16orf54リガンドを発現する細胞中において、C16orf54の1つまたは複数の生物学的活性を活性化するかまたは他の方法で増大させることができる分子を指す。いくつかの態様において、C16orf54のアゴニスト（例えば、本明細書に提供されるアゴニスト抗体）は、例えば、C16orf54またはC16orf54受容体を発現する細胞の活性化および／または細胞シグナル伝達経路を活性化させるかまたは他の方法で増大させ、それによって、アゴニストの非存在下でのC16orf54媒介生物学的活性と比べて細胞のC16orf54媒介生物学的活性を増大させることにより、作用しうる。ある態様において、本明細書に提供される抗体は、アゴニスト抗C16orf54抗体である。
【０１２９】
本明細書で用いる場合、C16orf54の「アンタゴニスト」または「阻害体」は、例えば、C16orf54を発現する細胞中においてまたはC16orf54受容体などのC16orf54リガンドを発現する細胞中において、C16orf54の1つまたは複数の生物学的活性を阻害するかまたは他の方法で低下させることができる分子を指す。いくつかの態様において、C16orf54のアンタゴニスト（例えば、本明細書に提供されるアンタゴニスト抗体）は、例えば、C16orf54またはC16orf54受容体を発現する細胞の活性化および／または細胞シグナル伝達経路を阻害するかまたは他の方法で低下させ、それによって、アンタゴニストの非存在下でのC16orf54媒介生物学的活性と比べて細胞のC16orf54媒介生物学的活性を阻害することにより、作用しうる。ある態様において、本明細書に提供される抗体は、アンタゴニスト抗C16orf54抗体である。
【０１３０】
「結合親和性」は、一般に、分子（例えば、抗体）単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）の間の非共有結合性相互作用の総和の強度のことを指す。別に指定する場合を除き、本明細書で用いる場合、「結合親和性」とは、結合対のメンバー（例えば、抗体および抗原）間の1：1の相互作用を反映する固有の結合親和性のことを指す。分子Xの、そのパートナーYに対する親和性は、一般に、解離定数（Kd）によって表すことができる。親和性は、本明細書に記載された方法を含む、当技術分野において公知の一般的な方法によって測定することができる。低親和性抗体は一般に、抗原を緩徐に結合させ、容易に解離する傾向にあるのに対して、高親和性抗体は一般に、抗原をより速く結合させ、より長く結合したままである傾向がある。結合親和性を測定する種々の方法が当技術分野において公知であり、そのうちのいずれかを本発明の目的に用いることができる。具体的で例示的な態様は以下に記載されている。
【０１３１】
1つの態様において、本発明による「Kd」または「Kd値」は、抗原に対するFabの溶液結合親和性を、一連の力価測定の非標識抗原の存在下で、最小濃度の（125I）標識抗原でFabを平衡化し、続いて、結合した抗原を抗Fab抗体がコートされたプレートで捕捉することによって測定する、溶液結合親和性を測定する以下のアッセイ法によって記載されるように関心対象の抗体のFab型およびその抗原を用いて実施される放射性標識抗原結合アッセイ法（RIA）によって測定される（Chen, et al., (1999) J. Mol Biol 293:865-881）。別の態様によれば、KdまたはKd値を、例えばBIAcore（商標）-2000もしくはBIAcore（商標）-3000（BIAcore，Inc．Piscataway，NJ）を用いる表面プラズモン共鳴アッセイ法を用いることによって、または例えばOctetQK384システム（ForteBio, Menlo Park, CA）を用いるバイオレイヤー干渉法によって測定する。
【０１３２】
本発明による「オン速度（on-rate）」または「会合の速度」または「会合速度」または「kon」を、例えば、BIAcore（商標）-2000システムもしくはBIAcore（商標）-3000（BIAcore，Inc．Piscataway，NJ）またはOctetQK384システム（ForteBio, Menlo Park, CA）を用いる、上述したものと同じ表面プラズモン共鳴アッセイ技術またはバイオレイヤー干渉技術によって測定することもできる。
【０１３３】
「実質的に同様の」、または「実質的に同じ」という語句は、本明細書で用いる場合、当業者によって、2つの値の間の差異が、前記の値（例えば、Kd値）によって測定される生物学的特徴との関連において、生物学的および／または統計的にほとんどまたは全く有意ではないものとみなされるような、2つの数値（一般に、一方は本発明の抗体に関連するものであり、もう一方は参照基準抗体に関連するものである）間の十分に高い度合いの類似性のことを表す。2つの値の間の差異は、参照基準抗体に関する値に対して、好ましくは約50％未満であり、好ましくは約40％未満、好ましくは約30％未満、好ましくは約20％未満、好ましくは約10％未満である。
【０１３４】
「実質的に低下した」、または「実質的に異なる」という語句は、本明細書で用いる場合、当業者によって、2つの値の間の差異が、前記の値（例えば、Kd値、HAMA応答）によって測定される生物学的特徴との関連において統計的に有意であるものとみなされるような、2つの数値（一般に、一方は本発明の抗体に関連するものであり、もう一方は参照基準抗体に関連するものである）間の十分に高い度合いの差異のことを表す。2つの値の間の差異は、例えば、参照基準抗体に関する値に対して、好ましくは約10％よりも大きく、好ましくは約20％よりも大きく、好ましくは約30％よりも大きく、好ましくは約40％よりも大きく、好ましくは約50％よりも大きい。
【０１３５】
「C16orf54ポリペプチドを発現する細胞の増殖を阻害する」抗体、または「増殖阻害性」抗体とは、適切なC16orf54ポリペプチドを発現または過剰発現する癌細胞の測定可能な増殖阻害をもたらすもののことである。ある態様において、細胞は、本明細書で例示される腫瘍細胞または癌細胞であるが、他のタイプの細胞も想定される。C16orf54ポリペプチドは、癌細胞の表面に発現される膜貫通性ポリペプチドであってもよいか、または癌細胞によって産生もしくは分泌されるポリペプチドであってもよい。好ましい増殖阻害性抗C16orf54抗体は、C16orf54発現性腫瘍細胞の増殖を、適切な対照と比較して、20％よりも多く、好ましくは約20％〜約50％、さらにより好ましくは、50％よりも多く（例えば、約50％〜約100％）阻害し、対照は典型的には、試験される抗体による処理を受けていない腫瘍細胞である。1つの態様において、増殖阻害は、細胞培養物中にて約0.1〜30μg／ml、または約0.5nM〜200nMの抗体濃度で測定することができ、増殖阻害は、腫瘍細胞の抗体への曝露から1〜10日後に判定される。インビボでの腫瘍細胞の増殖阻害は、以下に述べるようなさまざまなやり方で判定することができる。約1μg／kg〜約100mg／kg体重での抗C16orf54抗体の投与が抗体の初回投与から約5日〜3カ月以内に、好ましくは約5〜30日以内に腫瘍サイズまたは腫瘍細胞増殖の低下をもたらす場合には、抗体はインビボで増殖阻害性である。
【０１３６】
「アポトーシスを誘導する」抗体とは、アネキシンVの結合、DNAの断片化、細胞の縮小、小胞体の拡張、細胞の断片化、および／または膜小胞（アポトーシス小体と呼ばれる）の形成によって判定されるようなプログラム細胞死を誘導するもののことである。こうした細胞は通常、C16orf54ポリペプチドを過剰発現するものである。好ましくは、細胞は腫瘍細胞である。アポトーシスに関連した細胞イベントを評価するために、さまざまな方法が使用可能である。例えば、ホスファチジルセリン（PS）転位は、アネキシン結合によって測定されうる。DNA断片化は、DNAラダリングによって評価されうる。かつ、DNA断片化を伴う核／クロマチン凝縮は、低二倍体細胞における増加によって評価されうる。好ましくは、アポトーシスを誘導する抗体は、アネキシン結合アッセイ法において非処理細胞に比して、アネキシン結合の約2〜50倍、好ましくは約5〜50倍、最も好ましくは約10〜50倍の誘導をもたらすもののことである。
【０１３７】
「細胞死を誘導する」抗体とは、生細胞を非生存性にさせるもののことである。こうした細胞は、C16orf54ポリペプチドを特異的に発現するかまたは過剰発現する細胞型のものである。該細胞は、特定細胞型の癌性細胞または正常細胞でありうる。C16orf54ポリペプチドは、癌細胞の表面で発現される膜貫通性ポリペプチドであってもよいか、または癌細胞によって産生されて分泌されるポリペプチドであってもよい。インビトロでの細胞死を、補体および免疫エフェクター細胞の非存在下で判定することで、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害作用（ADCC）または補体依存性細胞傷害作用（CDC）によって誘導される細胞死を識別することができる。したがって、細胞死に関するアッセイ法は、熱非働化血清を用いて（例えば、補体の非存在下で）、かつ免疫エフェクター細胞の非存在下で実施されうる。抗体が細胞死を誘導しうるかどうかを判定するための1つの方法は、ヨウ化プロピジウム（PI）、トリパンブルー（Moore et al. Cytotechnology 17：1-11（1995）参照）または7AADの取り込みによって評価される膜完全性の損失を非処理細胞と比較して査定することである。いくつかの態様において、細胞死誘導性抗体は、C16orf54発現細胞におけるPI取り込みアッセイ法においてPI取り込みを誘導するものである。
【０１３８】
抗体「エフェクター機能」とは、抗体のFc領域（天然型配列Fc領域またはアミノ酸配列変異体Fc領域）に起因すると考えられる生物学的活性のことを指し、抗体アイソタイプによってさまざまである。抗体エフェクター機能の例には、以下が含まれる：C1q結合および補体依存性細胞傷害；Fc受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ADCC）；食作用；細胞表面受容体（例えば、B細胞受容体）の下方制御；ならびにB細胞活性化。
【０１３９】
本明細書における「Fc領域」という用語は、天然型配列Fc領域および変異体Fc領域を含む、免疫グロブリン重鎖のC末端領域の範囲を定めるために用いられる。免疫グロブリン重鎖のFc領域の境界はさまざまでありうるが、ヒトIgG重鎖Fc領域は通常、位置Cys226のアミノ酸残基から、またはPro230から、そのカルボキシル末端までのストレッチと定められている。Fc領域のC末端リジン（EU番号付け方式による残基447）は、例えば、抗体の産生時もしくは精製時に、または抗体の重鎖をコードする核酸を組換え操作することによって除去されうる。したがって、無傷抗体の組成物は、すべてのK447残基が除去された抗体集団、K447残基が全く除去されていない抗体集団、ならびにK447残基を有する抗体とK447残基を有しない抗体の混合物を有する抗体集団を含むことができる。
【０１４０】
「機能的Fc領域」は、天然型配列Fc領域の「エフェクター機能」を保有する。例示的な「エフェクター機能」には、C1q結合；CDC；Fc受容体結合；ADCC；食作用；細胞表面受容体（例えば、B細胞受容体、BCR）の下方制御などが含まれる。そのようなエフェクター機能は、一般に、Fc領域が結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）と組み合わされることを必要とし、例えば、本明細書中の定義に開示されているようなさまざまなアッセイ法を用いて評価することができる。
【０１４１】
「天然型配列Fc領域」は、天然に見られるFc領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。天然型配列ヒトFc領域には、天然型配列ヒトIgG1 Fc領域（非AアロタイプおよびAアロタイプ）；天然型配列ヒトIgG2 Fc領域；天然型配列ヒトIgG3 Fc領域；および天然型配列ヒトIgG4 Fc領域、ならびに天然に存在するそれらの変異体が含まれる。
【０１４２】
「変異体Fc領域」は、少なくとも1つのアミノ酸の改変、好ましくは1つまたは複数のアミノ酸の置換の点で天然型配列Fc領域のものと異なるアミノ酸配列を含む。好ましくは、変異体Fc領域は、天然型配列Fc領域または親ポリペプチドのFc領域と比較して、少なくとも1つのアミノ酸置換、例えば、天然型配列Fc領域または親ポリペプチドのFc領域における約1個〜約10個のアミノ酸置換、および好ましくは約1個〜約5個のアミノ酸置換を有する。本明細書における変異体Fc領域は、好ましくは、天然型配列Fc領域に対して、および／または親ポリペプチドのFc領域に対して少なくとも約80％の相同性、および最も好ましくは、それらに対して少なくとも約90％の相同性、より好ましくは、それらに対して少なくとも約95％の相同性を保有する。
【０１４３】
「変異体」という用語は、C16orf54または抗C16orf54抗体に関して用いられる場合、天然型配列または改変されていない配列と比較して1つまたは複数（例えば、約1〜約25個、約1〜約20個、約1〜約15個、約1〜約10個、または約1〜約5個）のアミノ酸配列置換、欠失、および／または付加を含むペプチドまたはポリペプチドを指す。例えば、C16orf54変異体は、天然C16orf54のアミノ酸配列に対する1つまたは複数（例えば、約1〜約25個、約1〜約20個、約1〜約15個、約1〜約10個、または約1〜約5個）の変化から生じうる。さらに例として、抗C16orf54抗体の変異体は、天然型のまたは以前に改変されていない抗C16orf54抗体のアミノ酸配列に対する1つまたは複数（例えば、約1〜約25個、約1〜約20個、約1〜約15個、約1〜約10個、または約1〜約5個）の変化から生じうる。変異体は、対立遺伝子変異体もしくはスプライス変異体のように、天然に存在してもよいか、または人工的に構築されてもよい。ポリペプチド変異体は、変異体をコードする対応の核酸分子から調製されうる。特定の態様において、C16orf54変異体または抗C16orf54抗体変異体は、それぞれ、C16orf54または抗C16orf54抗体機能活性を少なくとも保持する。特定の態様において、抗C16orf54抗体変異体は、C16orf54を結合させ、かつ／またはC16orf54活性に対してアンタゴニスティックである。特定の態様において、抗C16orf54抗体変異体は、C16orf54を結合させ、かつ／またはC16orf54活性に対してアゴニスティックである。ある態様において、変異体は、C16orf54または抗C16orf54抗体VHもしくはVL領域またはサブ領域をコードする核酸分子の一塩基変異多型（SNP）変異体によってコードされる。
【０１４４】
「ベクター」という用語は、核酸分子を宿主細胞中へ導入するために使用される物質を指す。使用に適用可能なベクターには、例えば、発現ベクター、プラスミド、ファージベクター、ウイルスベクター、エピソームおよび人工染色体が含まれ、これらは、宿主細胞の染色体中への安定な組込みのために使用可能な選択配列またはマーカーを含むことができる。さらに、ベクターは、1つまたは複数の選択可能なマーカー遺伝子および適切な発現制御配列を含むことができる。含まれうる選択可能なマーカー遺伝子は、例えば、抗生物質もしくは毒素に対する耐性を付与するか、栄養要求性不足を補うか、または培地中にない重要な栄養素を供給する。発現制御配列は、当技術分野において周知である、構成的および誘導性プロモーター、転写エンハンサー、転写ターミネーターなどを含むことができる。2つまたはそれ以上の核酸分子が同時発現される場合（例えば、抗体重鎖および軽鎖の両方）、両方の核酸分子は、例えば、単一の発現ベクター中へまたは別個の発現ベクター中へ挿入されうる。単一ベクター発現について、コード核酸は、1つの共通の発現制御配列へ機能的に連結されうるか、または、1つの誘導性プロモーターおよび1つの構成的プロモーターなどの、異なる発現制御配列へ連結されうる。宿主細胞中への核酸分子の導入は、当技術分野において周知の方法を用いて確認することができる。そのような方法には、例えば、核酸分析、例えば、mRNAのノーザンブロット法もしくはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）増幅、または遺伝子産物の発現についての免疫ブロット法、または導入された核酸配列もしくはその対応の遺伝子産物の発現を試験するための他の適切な分析方法が含まれる。核酸分子は、所望の産物（例えば、本明細書に提供される抗C16orf54抗体）を産生するために十分な量で発現されることが当業者に理解され、発現レベルは、当技術分野において周知の方法を使用して十分な発現を得るために最適化されうることがさらに理解される。
【０１４５】
「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害作用」または「ADCC」は、ある特定の細胞傷害性細胞（例えば、ナチュラルキラー（NK）細胞、好中球、およびマクロファージ）表面に存在するFc受容体（FcR）上に結合した分泌性Igが、これらの細胞傷害性エフェクター細胞が抗原を担持する標的細胞と特異的に結合し、引き続いて細胞毒素によって標的細胞を死滅させることを可能にする、細胞傷害性の一形態のことを指す。抗体は細胞傷害性細胞を「武装させ」、そのような死滅作用のために絶対的に必要とされる。ADCCを媒介する主要な細胞であるNK細胞がFcγRIIIのみを発現するのに対し、単球は、FcγRI、FcγRII、およびFcγRIIIを発現する。造血細胞上でのFcRの発現は、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-92 (1991)の464ページの表3にまとめられている。関心対象の分子のADCC活性を評価するためには、米国特許第5,500,362号または同第5,821,337号に記載されたものなどのインビトロADCCアッセイ法を行うことができる。そのようなアッセイ法のために有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（PBMC）およびナチュラルキラー（NK）細胞が含まれる。代替的または追加的に、関心対象の分子のADCC活性を、インビボで、例えば、Clynes et al. (USA) 95:652-656 (1998)に開示されたものなどの動物モデルで評価することができる。
【０１４６】
「Fc受容体」または「FcR」は、抗体のFc領域と結合する受容体を記載している。好ましいFcRは天然型配列ヒトFcRである。さらに、好ましいFcRはIgG抗体を結合させるものであり（γ受容体）、FcγRI、FcγRII、およびFcγRIIIサブクラスの受容体を含み、これにはこれらの受容体の対立遺伝子変異体および選択的にスプライシングされた形態が含まれる。FcγRII受容体には、その細胞質ドメインに主として違いがある類似したアミノ酸配列を有する、FcγRIIA（「活性化受容体」）およびFcγRIIB（「阻害性受容体」）が含まれる（Daeron, Annu. Rev. Immunol. 15:203-234 (1997)における総説を参照）。FcRは、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)；Capel et al., Immunomethods 4:25-34 (1994)；およびde Haas et al., J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995)に総説されている。他のFcRは、将来同定されることになるものを含め、本明細書における「FcR」という用語によって包含される。この用語にはまた、胎児への母体IgGの移行を担う新生児受容体FcRnも含まれる（Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976)およびKim et al., J. Immunol. 24:249 (1994)）。FcRに対する結合が向上するかまたは低下した抗体変異体は、例えば、WO2000／42072、米国特許第7,183,387号；同第7,332,581号；および同第7,335,742号に記載されている。同じく、例えば、Shields et al. J. Biol. Chem. 9(2):6591-6604 (2001)も参照されたい。
【０１４７】
「補体依存性細胞傷害」または「CDC」とは、補体の存在下における標的細胞の溶解のことを指す。古典的補体経路の活性化は、補体系の第1成分（C1q）と、そのコグネイト抗原に結合している（適切なサブクラスの）抗体との結合によって惹起される。補体活性化を評価するためには、例えば、Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202: 163 (1996)に記載されているようなCDCアッセイ法を行うことができる。改変されたFc領域アミノ酸配列、および増大または減少したC1q結合能力を有するポリペプチド変異体（変異体Fc領域を有するポリペプチド）は、例えば、米国特許第6,194,551 B1号およびWO1999／51642に記載されている。同じく、例えば、Idusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)も参照されたい。
【０１４８】
C16orf54ポリペプチド「細胞外ドメイン」または「ECD」とは、膜貫通性ドメインおよび細胞質ドメインを本質的に有しないC16orf54ポリペプチドの一形態のことを指す。通常、C16orf54ポリペプチドECDは、そのような膜貫通性および／または細胞質ドメインを1％未満として有し、好ましくはそのようなドメインを0.5％未満として有すると考えられる。C16orf54の膜貫通性ドメインは、アミノ酸残基約32から約53までを含む。膜貫通性ドメインの正確な境界はさまざまでありうるが、両末端とも、最初に特定されたドメインから約5アミノ酸以内にとどまる可能性が最も高い。従って、任意で、C16orf54ポリペプチドの細胞外ドメインは、SEQ ID NO:1に示されるC16orf54の配列の約1から27〜37までのアミノ酸を含んでもよい。
【０１４９】
参照基準ポリペプチド配列に対する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」とは、最大の配列同一性パーセントが達成されるように、配列のアラインメントを行い、必要な場合はギャップを導入した後の、かついかなる保存的置換も配列同一性の一部であるとはみなさない場合の、参照基準ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定することを目的とするアライメントは、例えばBLAST、BLAST-2、ALIGN、またはMegalign（DNASTAR）ソフトウェアのような市販のコンピューターソフトウェアを用いて、当技術分野の範囲内にあるさまざまなやり方で達成することができる。当業者は、比較される配列の完全長にわたる最大のアラインメントを達成するために必要なアルゴリズムを含め、配列のアラインメントのための適切なパラメーターを決定することができる。
【０１５０】
アミノ酸残基／位置の「改変」とは、本明細書で用いる場合、出発アミノ酸配列と比較した場合の一次アミノ酸配列の変化のことを指し、変化は、該アミノ酸残基／位置に関係する配列変更に起因する。例えば、典型的な改変には、別のアミノ酸残基による残基の置換（例えば、保存的または非保存的置換）、該残基／位置に隣接する1つまたは複数の（一般に5つまたは3つよりも少ない）アミノ酸の挿入、ならびに該残基／位置の欠失が含まれる。
【０１５１】
「エピトープ」とは、単一の抗体分子が結合する、抗原分子の表面上の部位のことであり、例えば、抗体の1つまたは複数の抗原結合領域と結合することができ、かつ、免疫反応を誘発することができる、哺乳動物（例えば、ヒト）などの動物において抗原性または免疫原性活性を有する、C16orf54ポリペプチドまたはC16orf54ポリペプチド断片などの、抗原の表面上の局所領域である。免疫原活性を有するエピトープは、動物において抗体反応を誘発するポリペプチドの部分である。抗原活性を有するエピトープは、当技術分野において周知である任意の方法による、例えば、イムノアッセイ法による判定で、抗体が結合するポリペプチドの部分である。抗原エピトープは必ずしも免疫原性である必要はない。エピトープは、通常、アミノ酸または糖側鎖のような、分子の化学的に活性を有する表面配置（grouping）からなり、特異的な三次元構造特徴ならびに特異的な電荷特徴を有する。この用語は、直鎖状エピトープおよび立体構造的エピトープを明確に含む。エピトープに寄与するポリペプチドの領域は、ポリペプチドの連続したアミノ酸であってもよいか、またはエピトープは、ポリペプチドの2つまたはそれ以上の非連続領域に由来してもよい。エピトープは、抗原の三次元表面特徴であってもなくてもよい。ある態様において、C16orf54エピトープは、C16orf54ポリペプチドの三次元表面特徴である。他の態様において、C16orf54エピトープは、C16orf54ポリペプチドの線形特徴である。一般に、抗原はいくつかまたは多くの異なるエピトープを有し、多くの異なる抗体と反応する。
【０１５２】
抗体は、2つの抗体が同一のエピトープ、一部共通するエピトープまたは三次元空間において隣接するエピトープを認識すると、参照基準抗体と「本質的に同じエピトープ」を結合させる。2つの抗体が同一のエピトープ、一部共通するエピトープまたは三次元空間において隣接するエピトープと結合するかどうかを判定するために最も広く用いられ、かつ最も迅速な方法は競合アッセイ法であり、これは標識化抗原または標識化抗体のいずれかを用いて、多くのさまざまな形式として構成することができる。通常は、抗原を96ウェルプレート上に固定するか、または細胞表面上に発現させた上で、標識化抗体の結合を遮断する非標識抗体の能力を放射性標識、蛍光標識または酵素標識を用いて測定する。
【０１５３】
「エピトープマッピング」とは、その標的抗原上にある抗体の結合部位、またはエピトープを同定する過程のことである。抗体エピトープは、直鎖状エピトープまたは立体構造的エピトープでありうる。直鎖状エピトープは、タンパク質におけるアミノ酸の連続配列によって形成される。立体構造的エピトープは、タンパク質配列中では不連続的であるが、タンパク質のその三次元構造へのフォールディングが起こると寄せ集められるアミノ酸で形成される。タンパク質の三次元構造が、別のタンパク質またはリガンドの続いての活性化または結合など、変更された立体構造となる場合、誘導エピトープが形成される。
【０１５４】
「エピトープビニング」とは、本明細書における定義では、抗体を、それらが認識するエピトープに基づいてグループ分けする過程のことである。より詳細には、エピトープビニングは、抗体をそれらのエピトープ認識特性に基づいてクラスター化して、別個の結合特異性を有する抗体を同定するための計算過程と組み合わされた競合アッセイ法を用いて、種々の抗体のエピトープ認識特性を識別するための方法およびシステムを含む。
【０１５５】
「C16orf54発現性細胞」、「C16orf54の発現を有する細胞」またはその文法的同等物は、内因性のまたはトランスフェクトされたC16orf54を細胞表面に発現する細胞のことである。C16orf54を発現する細胞は、十分なレベルのC16orf54をその細胞表面上に産生し、その結果、抗C16orf54抗体がそれと結合することが可能になる。ある局面において、このような結合は、癌に対して治療効果を有しうる。C16orf54を「過剰発現する」細胞とは、C16orf54を発現することが公知である同じ組織型の細胞と比較して、有意により高いレベルのC16orf54をその細胞表面に有するもののことである。そのような過剰発現は、遺伝子増幅によって、または転写もしくは翻訳の増大によって引き起こされうる。C16orf54過剰発現は、細胞の表面に存在するC16orf54タンパク質のレベル増大を評価することにより（例えば、免疫組織化学アッセイ法；FACS分析による）、診断または予後予測アッセイ法において測定することができる。代替的または追加的に、細胞内のC16orf54をコードする核酸またはmRNAのレベルを、例えば、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（FISH：1998年10月に公開されたWO98/45479を参照）、サザンブロット法、ノーザンブロット法、またはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）の手法、例えばリアルタイム定量的PCR（RT-PCR）によって測定することもできる。上記アッセイ法の他に、当業者には種々のインビボアッセイ法が使用可能である。例えば、患者の体内の細胞を、検出可能な物質によって任意で標識された抗体に曝露させて、患者における細胞と抗体との結合を、例えば放射能に関する外部スキャニングによって、または抗体にあらかじめ曝露させた患者から採取した生検試料を分析することによって評価することができる。C16orf54発現性腫瘍細胞には、急性骨髄性白血病（AML）腫瘍細胞が含まれるがこれに限定されない。
【０１５６】
「C16orf54媒介性疾患」および「C16orf54媒介性障害」は、互換的に用いられ、C16orf54によって完全にもしくは部分的に引き起こされるかまたはC16orf54の結果である任意の疾患を指す。ある態様において、C16orf54は、細胞の表面上で異常に（例えば、高度に）発現される。いくつかの態様において、C16orf54は、特定の細胞型において異常に上方制御されうる。他の態様において、正常な、異常なまたは過度の細胞シグナル伝達は、C16orf54と結合することができるか、またはそうでなければC16orf54と相互作用することができる、C16orf54リガンドへのC16orf54の結合によって引き起こされる。
【０１５７】
「障害」とは、本発明の物質／分子または方法を用いた治療によって利益を受けると考えられる任意の病状または疾患のことである。これには、哺乳動物が当該の障害に罹患する素因となるような病的状態を含む、慢性および急性の障害が含まれる。本明細書において治療しようとする障害の非限定的な例には、白血病（CLL、ALL、AML、およびCMLを含むがこれらに限定されない）、多発性骨髄腫、ならびに特定の固形腫瘍、例えば、乳癌および膵癌、またはこれらの癌のいずれかの転移といった癌性病状が含まれる。
【０１５８】
「細胞増殖性障害」および「増殖性障害」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖を伴う障害のことを指す。1つの態様において、細胞増殖性障害は癌である。「腫瘍」とは、本明細書で用いる場合、悪性または良性にかかわらない新生物性の細胞成長および増殖、ならびにすべての前癌性および癌性の細胞および組織のことを指す。「癌」、「癌性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、および「腫瘍」という用語は、本明細書で言及される限り、相互排他的ではない。「癌」および「癌性」という用語は、典型的には非調節下にある細胞増殖を特徴とする、哺乳動物における生理学的状態のことを指すか、またはそれを述べている。癌の例には、癌腫、リンパ腫、芽腫、肉腫、および白血病またはリンパ系悪性腫瘍が含まれるがこれらに限定されない。そのような癌のより具体的な例には、扁平細胞癌（例えば、扁平上皮癌）、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌および肺扁平上皮癌を含む肺癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃腸癌を含む胃癌（gastric or stomach cancer）、膵癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、口腔癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路癌、肝癌、乳癌、大腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌または腎癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝臓癌腫、肛門癌、陰茎癌、黒色腫、多発性骨髄腫およびB細胞リンパ腫、脳悪性腫瘍、および頭頸部癌、ならびに関連する転移が含まれる。
【０１５９】
いくつかの態様において、癌は、骨髄および血液の癌を指し、白血病および骨髄腫の両方を含む、造血癌でありうる。「骨髄腫」（さらに「多発性骨髄腫」または「形質細胞骨髄腫」）という用語は、形質細胞の癌を指すまたは示す。「白血病」という用語は、血液および骨髄中の白血球およびその前駆体の増殖および発達の障害を特徴とする造血組織のさまざまな急性または慢性腫瘍性疾患のいずれか1つを指すまたは示す。白血病は、典型的には、慢性（徐々に進行し、成熟細胞に由来する）または急性（急速に進行し、未熟な芽細胞に由来する）に分類される。白血病は、冒された白血球のタイプ、リンパ系細胞（リンパ系、リンパ球性もしくはリンパ芽球性白血病）または骨髄系細胞（骨髄系、骨髄性、骨髄芽球性もしくは顆粒球性白血病）のいずれかに基づいて、さらに分類される。白血病の例には、急性白血病、慢性白血病、リンパ芽球性白血病、リンパ球性白血病、骨髄系白血病、骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病（ALL）、慢性リンパ球性白血病（CLL）、急性骨髄性白血病（AML）、慢性骨髄性白血病（CML）、ヘアリー細胞白血病（HCL）、T細胞性前リンパ球性白血病（T-PLL）、B細胞性前リンパ球性白血病（B-PLL）、大顆粒リンパ球性白血病、MLL陽性白血病、およびMLL誘発白血病が含まれるがこれらに限定されない。
【０１６０】
慢性リンパ球性白血病（CLL）は、リンパ芽球タイプの慢性白血病である。CLLの病期分類はRaiまたはBinetシステムに基づく。RaiシステムはCLLを5つの病期に分類している。
・Rai病期0：血中リンパ球カウントが高すぎであり、通常、リンパ球10,000個超/血液1 mm3と定義される（これはリンパ球増加症と呼ばれる）。カウントが5,000/mm3を超え、細胞が特殊な試験においてすべて同じ化学パターンを有する場合、一部の医師はCLLと診断しうる。リンパ節、脾臓、および肝臓は腫大しておらず、赤血球および血小板カウントはほぼ正常である。
・Rai病期I：リンパ球増加症およびリンパ節の腫大。脾臓および肝臓は腫大しておらず、赤血球および血小板カウントはほぼ正常である。
・Rai病期II：リンパ球増加症および脾臓の腫大（および場合により肝臓の腫大）；リンパ節の腫大有りまたは無し。赤血球および血小板カウントはほぼ正常である。
・Rai病期III：リンパ球増加症および貧血（非常に少ない赤血球）；リンパ節、脾臓、または肝臓の腫大有りまたは無し。血小板カウントはほぼ正常である。
・Rai病期IV：リンパ球増加症および血小板減少症（非常に少ない血小板）；貧血、リンパ節、脾臓、または肝臓の腫大有りまたは無し。
【０１６１】
病期0は低リスクと見なされ、病期IおよびIIは中リスクと見なされ、病期IIIおよびIVは高リスクと見なされる。
【０１６２】
Binet病期分類システムにおいて、CLLは、冒されたリンパ系組織群（頸部リンパ節、鼠径部リンパ節、腋窩リンパ節、脾臓、および肝臓）の数、ならびに患者が貧血（非常に少ない赤血球）または血小板減少症（非常に少ない血小板）を有するか否かによって分類される。
・Binet病期A：リンパ系組織のうちの3つ未満の領域が腫大しており、貧血または血小板減少症が無い。
・Binet病期B：リンパ系組織のうちの3つまたはそれ以上の領域が腫大しており、貧血または血小板減少症が無い。
・Binet病期C：貧血および／または血小板減少症が存在する。
【０１６３】
「慢性リンパ球性白血病」または「CLL」という用語は、本明細書で用いる場合、これらのサブタイプまたは病期のいずれかを指しうる。
【０１６４】
急性骨髄性白血病（AML）は、骨髄芽球タイプの急性白血病である。
【０１６５】
世界保健機関（WHO）の分類システムは以下を含む。
・再発性の遺伝的異常を有する（即ち、特定の染色体の変化を有する）AML
・多系列異形成（血球がどのように見えるかの異常）を伴うAML
・細胞に損傷を与えている療法に関連するAML（治療関連骨髄性新生物とも呼ばれる）
・他の方法では分類されない、AML
【０１６６】
フレンチ・アメリカン・ブリティッシュ（FAB）分類システム（Bennett et al., 1976, Br J Haematol 33 (4): 451-458）は、AMLサブタイプを以下のとおりに分類している。
M0：分化を伴わない骨髄芽球性
M1：成熟を伴わない骨髄芽球性
M2：成熟を伴う骨髄芽球性
M3：前骨髄球性
M4：骨髄単球性
M5a：分化を伴わない単球性（単芽球性）
M5b：分化を伴う単球性
M6：赤白血病
M7：巨核球性
【０１６７】
「急性骨髄性白血病」または「AML」という用語は、本明細書で用いる場合、これらのサブタイプのいずれかを指しうる。
【０１６８】
「C16orf54発現性細胞」とは、内因性のまたはトランスフェクトされたC16orf54を細胞表面に発現する細胞のことである。「C16orf54発現性癌」とは、細胞表面に存在するC16orf54タンパク質を有する細胞を含む癌のことである。「C16orf54発現性癌」は十分なレベルのC16orf54をその細胞表面上に産生し、その結果、抗C16orf54抗体がそれと結合して、癌に対して治療効果を及ぼすことが可能になる。C16orf54を「過剰発現する」癌とは、同じ組織型の非癌性細胞と比較して、有意により高いレベルのC16orf54をその細胞表面に有するもののことである。そのような過剰発現は、遺伝子増幅によって、または転写もしくは翻訳の増大またはタンパク質安定性の増大によって引き起こされうる。C16orf54過剰発現は、細胞の表面に存在するC16orf54タンパク質のレベル増大を評価することにより（例えば、免疫組織化学アッセイ法；FACS分析による）、診断または予後予測アッセイ法において測定することができる。代替的または追加的に、細胞内のC16orf54をコードする核酸またはmRNAのレベルを、例えば、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（FISH：1998年10月に公開されたWO98/45479を参照）、サザンブロット法、ノーザンブロット法、またはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）の手法、例えばリアルタイム定量的PCR（RT-PCR）によって測定することもできる。上記アッセイ法の他に、当業者には種々のインビボアッセイ法が使用可能である。例えば、患者の体内の細胞を、任意で検出可能な標識、例えば放射性同位体によって標識された抗体に曝露させて、患者における細胞と抗体との結合を、例えば放射能に関する外部スキャニングによって、または抗体にあらかじめ曝露させた患者から採取した生検試料を分析することによって評価することができる。C16orf54発現性癌には、白血病、多発性骨髄腫、固形腫瘍、例えば、乳癌および膵癌、ならびにこれらの癌のいずれかの転移が含まれるがこれらに限定されない。
【０１６９】
本明細書で用いる場合、「治療」、「治療する」、および「治療すること」という用語は、1つまたは複数の療法の投与（本明細書に提供される抗体などの、1つまたは複数の治療的物質の投与を含むがこれに限定されない）に起因する、C16orf54媒介性疾患の進行、重症度、および／または持続の減少または改善を指す。「治療」（および「治療する」または「治療すること」といった変形物）とはまた、治療される個体または細胞の自然経過を変化させる取り組みにおける臨床的介入のことを指し、予防処置のために、または臨床病理の経過中に行うことができる。治療の望ましい効果には、疾患の発生または再発の予防、症状の軽減、疾患の任意の直接的または間接的な病理学的帰結の減少、癌の場合における転移の予防、疾患の進行速度の低下、病状の改善または緩和、および寛解または予後の改善が含まれる。いくつかの態様において、本発明の抗体は、疾患もしくは障害の発症を遅延させるために、または疾患もしくは障害の進行を緩徐にするために用いられる。特定の態様において、このような用語は、癌または腫瘍形成の減少または阻害を指す。他の特定の態様において、このような用語は、移植片対宿主病の進行、重症度および／または持続の減少または改善を指す。さらに他の特定の態様において、このような用語は、免疫調節に反応する疾患の進行、重症度、および／または持続の減少または改善を指し、このような調節は、T細胞活性化の増大、T細胞増殖の増大またはサイトカイン産生の増大に起因する。
【０１７０】
疾患の治療の成功および疾患の改善を評価するための上記のパラメーターは、医師が精通している慣行的な手順によって容易に測定することができる。癌治療法については、例えば、腫瘍増殖停止時間（TTP）を評価することによって、および／または奏効率（RR）を決定することによって、有効性を測定することができる。有効性を測定するための他のエンドポイントには、例えば、全生存（OS）、無病生存（DFS）、および無再発（または無再燃）生存（RFS）が含まれる。転移は、病期判定検査によって、ならびに骨への広がりを判定するための、骨スキャンおよびカルシウムレベルおよび他の酵素に関する検査によって判定することができる。また、領域内の骨盤およびリンパ節への広がりを探るために、CTスキャンを行うこともできる。胸部X線検査および肝酵素レベルの測定が、それぞれ肺および肝臓への転移を探るために用いられる。疾患のモニタリングのための他の慣行的な方法には、経直腸的超音波検査（TRUS）および経直腸的針生検（TRNB）が含まれる。
【０１７１】
「個体」は脊椎動物である。ある態様において、脊椎動物は哺乳動物である。哺乳動物には、家畜（ウシなど）、競技用動物、ペット（ネコ、イヌ、およびウマなど）、霊長動物、マウス、およびラットが含まれるがこれらに限定されない。ある態様において、哺乳動物はヒトである。
【０１７２】
「有効量」とは、有利なもしくは所望の結果を達成するためにまたは具体的に記述された目的を遂行するために十分な量、例えば、必要な投与量でかつ必要な期間にわたって、所望の治療的または予防処置的な結果を達成するのに有効な量のことである。「有効量」は、記述された目的に関連して、経験的に、かつ慣行的な様式で決定することができる。有効量は、1つまたは複数の投与、適用、または投薬で投与することができる。このような送達は、個々の投薬単位が使用される期間、物質のバイオアベイラビリティ、投与経路などを含む多数の変数に依存する。いくつかの態様において、有効量はまた、記述された結果（例えば、細胞のC16orf54生物学的活性の阻害、例えば、T細胞活性化および／または増殖の調節）を達成するための本明細書に提供される抗体の量を指す。いくつかの態様において、この用語は、所与の疾患および／またはその関連症状の重症度および／または持続を減少させるおよび／または改善するために十分である療法（例えば、本明細書に提供される抗体または薬学的組成物）の量を指す。この用語はまた、所与の疾患の進展または進行の減少または改善、所与の疾患の再発、発生、または発症の減少または改善のために、および／または別の療法（例えば、本明細書に提供される抗C16orf54抗体以外の療法）の予防処置的または治療的効果を向上させるまたは増強するために必要な量を包含する。いくつかの態様において、抗体の有効量は、約0.1 mg/kg（対象のkg体重当たりの抗体のmg）〜約100 mg/kgである。ある態様において、本明細書において提供される抗体の有効量は、約0.1 mg/kg、約0.5 mg/kg、約1 mg/kg、3 mg/kg、5 mg/kg、約10 mg/kg、約15 mg/kg、約20 mg/kg、約25 mg/kg、約30 mg/kg、約35 mg/kg、約40 mg/kg、約45 mg/kg、約50 mg/kg、約60 mg/kg、約70 mg/kg、約80 mg/kg、約90 mg/kgもしくは約100 mg/kg（またはその中の範囲）である。
【０１７３】
「治療的有効量」という用語は、本明細書で用いる場合、所与の疾患および／またはその関連症状の重症度および／または持続を減少させるおよび／または改善するために十分である治療的物質（例えば、本明細書に提供される抗体、または本明細書に提供される任意の他の治療的物質）の量を指す。治療的物質の治療的有効量は、所与の疾患の進展または進行の減少または改善、所与の疾患の再発、発生または発症の減少または改善、および／または別の療法（例えば、本明細書に提供される抗体の投与以外の療法）の予防処置的または治療的効果を向上させるまたは増強するために必要な量でありうる。本発明の物質／分子の「治療的有効量」は、個体の疾患状態、年齢、性別、および体重などの要因、ならびに個体において所望の応答を誘発させる物質／分子の能力によって異なりうる。治療的有効量は、物質／分子のあらゆる毒性作用または有害作用を治療上の有益な効果が上回る量を包含する。ある態様において、「治療的有効量」という用語は、対象または哺乳動物における疾患または障害を「治療する」ために有効な抗体または他の薬物の量のことを指す。癌の場合には、治療的有効量の薬物は、癌細胞の数を減少させること；腫瘍サイズを縮小させること；末梢器官への癌細胞の浸潤を阻害する（例えば、ある程度遅くし、好ましくは停止させる）こと；腫瘍転移を阻害する（例えば、ある程度遅くし、好ましくは停止させる）こと；腫瘍の増殖をある程度阻害すること；および／または癌に付随する症状の1つもしくは複数をある程度緩和することができる。「治療すること」に関する本明細中の定義を参照されたい。薬物が既存の癌細胞の増殖を防止する、および／または既存の癌細胞を死滅させる限りにおいて、それは細胞増殖抑制性および／または細胞傷害性でありうる。
【０１７４】
「予防処置的有効量」とは、必要な投与量で、かつ必要な期間にわたって、所望の予防処置的な結果を達成するのに有効な量のことを指す。必ずしもそうとは限らないが、典型的には、予防処置的用量は疾患の前または初期段階にある対象において用いられるため、予防処置的有効量は治療的有効量よりも少なくなると考えられる。癌の場合には、薬物の治療的有効量は、例えば、癌細胞の数を減少させること；腫瘍サイズを縮小させること；末梢器官への癌細胞の浸潤を阻害する（例えば、ある程度遅くし、好ましくは停止させる）こと；腫瘍転移を阻害する（例えば、ある程度遅くし、好ましくは停止させる）こと；腫瘍の増殖をある程度阻害すること；および／または疾患に付随する症状の1つもしくは複数をある程度緩和することができる。「治療すること」に関する前出の定義を参照されたい。薬物が既存の癌細胞の増殖を防止するという程度および／または既存の癌細胞を死滅させるという程度まで、それは細胞増殖抑制性および／または細胞傷害性でありうる。
【０１７５】
「長期的」投与とは、初期の治療効果（活性）を長期間維持するための、短期方式とは対照的な、作用物質の連続方式での投与のことを指す。「間欠的」投与とは、中断を伴わずに連続して行われるのではなく、性質としては周期的な投与のことである。
【０１７６】
1つまたは複数のさらなる治療的物質と「組み合わせた」投与は、同時（同時発生的）投与および任意の順序での連続的投与を含む。本明細書で用いる場合、他の療法の投与の文脈において「組み合わせた」という用語は、2つまたはそれ以上の療法の使用を指す。「組み合わせた」という用語の使用は、感染症を有する対象へ療法が投与される順序を限定しない。第1療法は、C16orf54媒介性疾患を有していた対象、C16orf54媒介性疾患を有している対照、またはC16orf54媒介性疾患に罹りやすい対象へ、第2療法の投与の（例えば、1分、45分、30分、45分、1時間、2時間、4時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、8週間、または12週間）前に、同時に、または（例えば、1分、45分、30分、45分、1時間、2時間、4時間、6時間、12時間、24時間、48時間、72時間、96時間、1週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、8週間、または12週間）後に、投与することができる。任意の追加の療法を、他の追加の療法と共に任意の順序で投与することができる。ある態様において、抗体を、1つまたは複数の療法（例えば、C16orf54媒介性疾患を予防、治療、管理、および／または改善するために現在投与されている抗体ではない療法）と組み合わせて投与することができる。抗体と組み合わせて投与することができる療法の非限定的な例には、鎮痛薬、麻酔薬、抗生物質、もしくは免疫調節薬、またはU.S. Pharmacopoeiaおよび／またはPhysician's Desk Referenceに列挙される任意の他の剤が含まれる。
【０１７７】
「担体」とは、本明細書で用いる場合、使用される投与量および濃度で、それに曝露された細胞または哺乳動物に対して非毒性である薬学的に許容される担体、賦形剤、または安定剤を含む。多くの場合、生理学的に許容される担体はpH緩衝水溶液である。生理学的に許容される担体の例には、緩衝剤、例えばホスフェート、シトレート、およびその他の有機酸；アスコルビン酸を含む酸化防止剤；低分子量（約10残基未満）のポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、またはリジン；グルコース、マンノース、またはデキストリンを含む、単糖類、二糖類、およびその他の炭水化物；キレート剤、例えばEDTAなど；糖アルコール、例えばマンニトールまたはソルビトール；塩形成性対イオン、例えばナトリウム；および／または非イオン性界面活性剤、例えばTWEEN（商標）、ポリエチレングリコール（PEG）、およびPLURONICS（商標）が含まれる。「担体」という用語はまた、それと共に治療薬が投与される、希釈剤、アジュバント（例えば、フロイントアジュバント（完全および不完全））、賦形剤、またはビヒクルを指しうる。薬学的担体は、滅菌液体、例えば、水および油、例えば、石油、動物、植物または合成起源のもの、例えば、落花生油、大豆油、鉱油、ゴマ油などでありうる。水は、薬学的組成物が静脈内投与される場合の例示的な担体である。食塩溶液ならびにデキストロースおよびグリセロール水溶液も、液体担体として、特に注射剤のために、用いることができる。適切な薬学的賦形剤には、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、グリセロールモノステアレート、タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが含まれる。組成物は、必要に応じて、少量の湿潤剤もしくは乳化剤、またはpH緩衝剤を含有することもできる。これらの組成物は、液剤、懸濁剤、乳剤、錠剤、丸剤、カプセル剤、散剤、徐放性製剤などの形態をとりうる。経口製剤は、標準担体、例えば、薬学的等級のマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどを含むことができる。適切な薬学的担体の例は、Remington's Pharmaceutical Sciences (1990) Mack Publishing Co., Easton, PAに記載されている。このような組成物は、患者への適切な投与のための形態を提供するために適切な量の担体と一緒に、例えば単離されたまたは精製された形態の、予防処置的または治療的有効量の抗体を含有する。製剤は投与様式に適しているべきである。
【０１７８】
「薬学的に許容される」という用語は、本明細書で用いる場合、連邦政府もしくは州政府の監督機関によって認可されているか、または動物における、より特にはヒトにおける使用について米国薬局方、欧州薬局方もしくは他の一般に認識される薬局方に列挙されていることを意味する。
【０１７９】
「薬学的製剤」という用語は、活性成分の生物学的活性を有効にさせるような形態にあり、その製剤が投与される対象に対して非許容的な毒性のある追加的な構成成分を含有しない製剤のことを指す。そのような製剤は滅菌されていてもよい。
【０１８０】
「滅菌」製剤は、無菌性であるか、またはあらゆる生きた微生物およびその胞子を含まない。
【０１８１】
「ポリクローナル抗体」とは、本明細書で用いる場合、多くのエピトープを有するタンパク質に対する免疫原性反応において生じた抗体集団を指し、したがって、タンパク質内の同一のおよび異なるエピトープに対する様々な異なる抗体を含む。ポリクローナル抗体を産生するための方法は当技術分野において公知である（例えば、Chapter 11 in: Short Protocols in Molecular Biology, (2002) 5th Ed., Ausubel et al., eds., John Wiley and Sons, New Yorkを参照のこと）。
【０１８２】
「イムノコンジュゲート」とは、本明細書で用いる場合、1つまたは複数の細胞傷害性物質（例えば、化学療法剤、薬物、増殖阻害物質、毒素、もしくはラジオアイソタイプ（radioisotype））または診断的物質（例えば、放射性同位体、金属キレーター、酵素、蛍光性化合物、生物発光化合物、または化学発光化合物）へコンジュゲートされている抗体を指す。いくつかの態様において、抗体は、合成リンカーによって1つまたは複数の細胞傷害性または診断的物質へ共有結合されている。細胞傷害性物質へコンジュゲートされた抗体を含むイムノコンジュゲートは、本明細書において「抗体薬物コンジュゲート」、または「ADC」とも称される。「抗体-薬物コンジュゲート」または「ADC」は、例えば、1つまたは複数のリンカーによって、1つまたは複数の細胞傷害性物質へコンジュゲートされている抗体である。ADCは、式A-L-CTXのものであってもよく、式中、Aは抗体であり、Lはリンカーであり、かつCTXは細胞傷害性物質である。
【０１８３】
「細胞傷害性物質」または「細胞毒素」または「CTX」という用語は、本明細書で用いる場合、細胞の機能を抑制するかもしくは妨げる、および／または細胞に対して細胞傷害性効果を有する（例えば、細胞の破壊を引き起こす）物質のことを指す。この用語はまた、アルキル化物質、アントラサイクリン、細胞骨格ディスラプター（cytoskeletal disruptor）（タキサン類）、エポチロン、ヒストン脱アセチル化酵素阻害体（HDAC）、トポイソメラーゼIの阻害体、トポイソメラーゼIIの阻害体、キナーゼ阻害体、モノクローナル抗体、ヌクレオチド類似体、ペプチド抗生物質、白金系作用物質、レチノイド、ビンカアルカロイドまたはその誘導体、および放射性同位体を含むことを意図している。この用語はまた、アクチノマイシン、全トランス型レチノイン酸、アザシチジン、アザチオプリン、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、カルボプラチン、カペシタビン、シスプラチン、クロラムブシル、シクロホスファミド、シタラビン、ダウノルビシン、ドセタキセル、ドキシフルリジン、ドキソルビシン、エピルビシン、エポチロン、エトポシド、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、イダルビシン、イマチニブ、イリノテカン、メクロレタミン、メルカプトプリン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ペメトレキセド、テニポシド、チオグアニン、トポテカン、バルルビシン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、およびビノレルビンを含むことを意図している。この用語はまた、チューブリン安定剤、チューブリン不安定化剤、DNAアルキル化剤、DNA副溝バインダー、DNAインターカレーター(intercalator)、トポイソメラーゼI阻害体、トポイソメラーゼII阻害体、ジャイレース阻害体、タンパク合成阻害体、プロテオソーム阻害体および代謝拮抗物質を含むことを意図している。この用語はまた、アクチノマイシンD、アモナファイド、オーリスタチン、ベンゾフェノン、ベンゾチアゾール、カリケアマイシン、カンプトテシン、CC-1065（NSC 298223）、セマドチン、コルヒチン、コンブレタスタチンA4、ドラスタチン、ドキソルビシン、エリナフィド、エムタンシン（DM1）、エトポシド、KF-12347（レイナマイシン）、マイタンシノイド、メトトレキサート、ミトキサントロン、ノコダゾール、プロテオソーム阻害体1（PSI 1）、ロリジンA、T-2毒素（トリコテセン類似体）、タキソール、ツブリシン、Velcade（登録商標）、およびビンクリスチンを含むことを意図している。好ましい細胞毒素には、オーリスタチン、カリケアマイシン、マイタンシノイド、およびツブリシンが含まれる。他の好ましい細胞毒素には、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、カリケアマイシンγ、メルタンシン、ツブリシンT3、およびツブリシンT4が含まれ、これらについての構造を以下に提示する。
2015533832.tif 000102
【０１８４】
様々な抗腫瘍剤または抗癌剤を含む他の細胞傷害性物質は当技術分野で公知である。この用語は、放射性同位体（例えば、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、およびLuの放射性同位体）、化学療法剤、例えばメトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポキシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンC、クロラムブシル、ダウノルビシン、またはその他の挿入剤など、酵素およびその断片、例えば核酸分解酵素など、抗生物質、ならびに毒素、例えばその断片および／または変異体を含む、細菌、真菌、植物、または動物起源の小分子毒素または酵素的に活性な毒素など、ならびに以下に開示されるさまざまな抗腫瘍剤または抗癌剤を含むことを意図している。他の細胞傷害性物質も以下に記載されている。殺腫瘍物質は腫瘍細胞の破壊を引き起こす。「毒素」とは、細胞の成長または増殖に及ぼす有害作用を有しうる任意の物質のことである。
【０１８５】
「化学療法剤」とは、作用機序にかかわらず、癌の治療において有用な化学的作用物質（例えば、化合物または薬物）のことである。化学療法剤には、標的化療法および従来の化学療法に用いられる化合物が含まれる。化学療法剤の例には、アルキル化物質、例えばチオテパおよびCYTOXAN（登録商標）シクロホスファミドなど；アルキルスルホネート類、例えばブスルファン、イムプロスルファン、およびピポスルファンなど；アジリジン類、例えばベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ、およびウレドパなど；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホアミド、トリエチレンチオホスホアミド、およびトリメチロールメラミン（trimethylolomelamine）を含む、エチレンイミン類およびメチルメラミン（methylamelamine）類；アセトゲニン類（特にブラタシンおよびブラタシノン）；Δ-9-テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、MARINOL（登録商標））；β-ラパコン；ラパコール；コルヒチン類；ベツリン酸；カンプトテシン（合成類似体トポテカン（HYCAMTIN（登録商標））、CPT-11（イリノテカン、CAMPTOSAR（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレチン、および9-アミノカンプトテシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；CC-1065（そのアドゼレシン、カルゼレシン、およびビゼレシン合成類似体を含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸；テニポシド；クリプトフィシン類（特にクリプトフィシン1およびクリプトフィシン8）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、KW-2189およびCB1-TM1を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード類、例えばクロランブシル、クロマファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビシン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなど；ニトロソ尿素類、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムヌスチン（ranimnustine）など；抗生物質、例えばエネジン系抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンγ1Iおよびカリケアマイシンωl1（例えば、Agnew, Chem Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994)を参照）；ダイネミシンAを含むダイネミシン；クスペラマイシン；ならびにネオカルジノスタチン発色団および関連する色素タンパク質エネジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン（aclacinomysin）類、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン（caminomycin）、カルジノフィリン、クロモマイシン類、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ADRIAMYCIN（登録商標）、ドキソルビシン（モルホリノ-ドキソルビシン、シアノモルホリノ-ドキソルビシン、2-ピロリノ-ドキソルビシン、およびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンCなどマイトマイシン類、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン���ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシンなど；代謝拮抗物質、例えばメトトレキサートおよび5-フルオロウラシル（5-FU）など；葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなど；プリン類似体、例えばフルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなど；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフル、シタラビン、ジデオキシウリジン、デキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジンなど；アンドロゲン類、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤（anti-adrenal）、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなど；葉酸補給剤、例えばフロリン酸など；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビスアントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エフロルニチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド類、例えばメイタンシンおよびアンサミトシン類など；ミトグアゾン；ミトキサトロン；モピダンモル；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；2-エチルヒドラジド；プロカルバジン；PSK（登録商標）多糖複合体（JHS Natural Products，Eugene，Oreg.）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；2,2',2"-トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、T-2毒素、べラクリン（verracurin）A、ロリジンAおよびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン（ELDISINE（登録商標）、FILDESIN（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ara-C」）；チオテパ；タキソイド類、例えばTAXOL（登録商標）パクリタキセル（Bristol-Myers Squibb Oncology，Princeton，N.J.）、ABRAXANE（商標）パクリタキセルのクレモフォール非含有アルブミン遺伝子操作ナノ粒子製剤（American Pharmaceutical Partners，Schaumberg，Ill.）およびTAXOTERE（登録商標）ドキセタキセル（Rhone-Poulenc Rorer，Antony，France）；クロランブシル；ゲムシタビン（GEMZAR（登録商標））；6-チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金類似体、例えばシスプラチンおよびカルボプラチンなど；ビンブラスチン（VELBAN（登録商標））；白金；エトポシド（VP-16）；イフォスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン（ONCOVIN（登録商標））；オキサリプラチン；ロイコボビン；ビノレルビン（NAVELBINE（登録商標））；ノバントロン；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害体RFS 2000；ジフルオロメチロルニチン（DMFO）；レチノイド類、例えばレチノイン酸；カペシタラビン（XELODA（登録商標））；上記物質のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体；ならびに上記物質の2つまたはそれ以上の組み合わせ、例えば、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、およびプ��ドニソロンの併用療法の略語であるCHOP、ならびにオキサリプラチン（ELOXATIN（商標））を5-FUおよびロイコボビンと組み合わせた治療レジメンの略語であるFOLFOXが含まれるが、これらに限定されない。追加的な化学療法剤は、マイタンシノイド（例えばDM1およびDM4）およびオーリスタチン（例えばMMAEおよびMMAF）などの、抗体薬物コンジュゲートとして有用な細胞傷害性物質を含む。
【０１８６】
「化学療法剤」の定義には以下も含まれる：(i)腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するように作用する抗ホルモン物質、例えば、タモキシフェン（NOLVADEX（登録商標）；クエン酸タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、4-ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、LY117018、オナプリストン、およびFARESTON（登録商標）（クエン酸トレミフェン）を含む、抗エストロゲン剤および選択的エストロゲン受容体調節物質（SERM）など；(ii)副腎におけるエストロゲン産生を調節する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害体、例えば、4(5)-イミダゾール、アミノグルテチミド、MEGASE（登録商標）（酢酸メゲストロール）、AROMASIN（登録商標）（エキセメスタン；Pfizer）、ホルメスタニー（formestanie）、ファドロゾール、RI VISor（登録商標）（ボロゾール）、FEMARA（登録商標）（レトロゾール；Novartis）、およびARIMIDEX（登録商標）（アナストロゾール；AstraZeneca）など；（iii）抗アンドロゲン剤、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、およびゴセレリン；ならびにトロキサシタビン（1,3-ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）など；（iv）プロテインキナーゼ阻害体、例えばME阻害体（WO2007／044515）など；（v）脂質キナーゼ阻害体；（vi）アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子、例えばPKC-α、RafおよびH-Rasの発現を阻害するもの、例えばオブリメルセン（GENASENSE（登録商標）、Genta Inc.）など；（vii）リボザイム、例えばVEGF発現阻害体（例えば、ANGIOZYME（登録商標））およびHER2発現阻害体；（viii）ワクチン、例えば、ALLOVECTIN（登録商標）、LEUVECTIN（登録商標）、およびVAX1D（登録商標）などの遺伝子治療用ワクチン；PROLEUKIN（登録商標）rIL-2；トポイソメラーゼ1阻害体、例えばLURTOTECAN（登録商標）など；ABARELIX（登録商標）rmRH；（ix）血管新生阻害物質、例えばベバシズマブ（AVASTIN（登録商標）、Genentech）など；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、および誘導体。
【０１８７】
「化学療法剤」はまた、以下を含む白血病の治療において使用される剤を含みうる：アルキル化物質、例えば、クロラムブシル、塩酸ベンダムスチンまたはシクロホスファミド（CYTOXAN（登録商標））；プリン類似体、例えば、フルデュラビン（FLUDARA（登録商標））、ペントスタチン（NIPENT（登録商標））、クラドリビンまたはネララビン；ピリミジン類似体、例えば、シタラビン；コルチコステロイド、例えばプレドニゾン、プレドニゾロンまたはメチルプレドニゾロン、免疫調節薬、例えば、レナリドマイドまたはサリドマイド、合成フラボン、例えば、フラボピリドール、Bcl2アンタゴニスト、例えば、オブリメルセンまたはABT-263、抗生物質、例えば、ドキソルビシン（ADRIAMYCIN（登録商標））、ダウノルビシン、イダルビシン、またはミトキセントロン；代謝拮抗物質、例えば、メトトレキサートおよびクロファラビン；チロシンキナーゼ阻害体、例えば、メシル酸イマチニブ（GLEEVEC（登録商標））、ボスチニブ、ダサチニブ、およびニロチニブ；低メチル化剤（hypomethylating agent）、例えば、アザシチジンまたはデシタビン、FLT3阻害体、例えば、ミドスタウリン、ソラフェニブ、またはAC220；三酸化ヒ素；全トランス型レチノイン酸；硫酸ビンクリスチン；およびモノクローナル抗体、例えば、リツキシマブ（RITUXAN（登録商標））、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、オクレリズマブ、ルミリキシマブまたはアレムツズマブ（CAMPATH（登録商標））；上記のうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体；ならびに上記のうちの2つまたはそれ以上の組み合わせ；ならびに上記のうちの2つまたはそれ以上の組み合わせ、例えば、フルダラビン＋シクロホスファミド（FC）、クラドリビン＋シクロホスファミド（CC）、フルダラビン＋リツキシマブ、フルダラビン＋シクロホスファミド＋リツキシマブ（FCR）、およびFCR＋アレムツズマブ（CFAR）。化学療法剤はまた、以下を含む多発性骨髄腫の治療において使用される剤を含みうる：サリドマイド、レナリドマイド、ボルテゾミブ、デキサメテゾン（dexamethesone）、プレドニゾン、およびメルファラン、ならびに上記のうちの2つまたはそれ以上の組み合わせ、例えば、サリドマイドもしくはレナリドマイド＋デキサメタゾン、またはボルテゾミブもしくはレナリドマイド＋メルファランおよびプレドニゾン。
【０１８８】
「化学療法剤」の定義には以下も含まれる：(i)腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するように作用する抗ホルモン物質、例えば、タモキシフェン（NOLVADEX（登録商標）；クエン酸タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、4-ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、LY117018、オナプリストン、およびFARESTON（登録商標）（クエン酸トレミフェン）を含む、抗エストロゲン剤および選択的エストロゲン受容体調節物質（SERM）など；(ii)副腎におけるエストロゲン産生を調節する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害体、例えば、4(5)-イミダゾール、アミノグルテチミド、MEGASE（登録商標）（酢酸メゲストロール）、AROMASIN（登録商標）（エキセメスタン；Pfizer）、ホルメスタニー（formestanie）、ファドロゾール、RIVISOR（登録商標）（ボロゾール）、FEMARA（登録商標）（レトロゾール；Novartis）、およびARIMIDEX（登録商標）（アナストロゾール；AstraZeneca）など；（iii）抗アンドロゲン剤、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、およびゴセレリン；ならびにトロキサシタビン（1,3-ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）など；（iv）プロテインキナーゼ阻害体、例えばMEK阻害体（WO2007／044515）など；（v）脂質キナーゼ阻害体；（vi）アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子、例えばPKC-α、RafおよびH-Rasの発現を阻害するもの、例えばオブリメルセン（GENASENSE（登録商標）、Genta Inc.）など；（vii）リボザイム、例えばVEGF発現阻害体（例えば、ANGIOZYME（登録商標））およびHER2発現阻害体；（viii）ワクチン、例えば、ALLOVECTIN（登録商標）、LEUVECTIN（登録商標）、およびVAXID（登録商標）などの遺伝子治療用ワクチン；PROLEUKIN（登録商標）rIL-2；トポイソメラーゼ1阻害体、例えばLURTOTECAN（登録商標）など；ABARELIX（登録商標）rmRH；（ix）血管新生阻害物質、例えばベバシズマブ（AVASTIN（登録商標）、Genentech）など；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、および誘導体。
【０１８９】
「プロドラッグ」という用語は、本出願において用いられる場合、親化合物または親薬物と比較して細胞に対する細胞傷害性が低く、酵素的または加水分解的に活性化されるかまたは変換されてより活性な親形態となりうる、本発明の化合物の前駆体または誘導体形態のことを指す。例えば、Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986)およびStella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery," Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985)を参照されたい。本発明のプロドラッグには、より活性のある細胞傷害性のない薬物に変換されうる、ホスフェート含有プロドラッグ、チオホスフェート含有プロドラッグ、スルフェート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、D-アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β-ラクタム含有プロドラッグ、置換されていてもよいフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ、置換されていてもよいフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、5-フルオロシトシン、および他の5-フルオロウリジンプロドラッグが含まれるがこれらに限定されない。本発明に用いるためのプロドラッグ形態に誘導体化することができる細胞傷害性薬物の例には、本発明の化合物および上記のような化学療法剤が含まれるがこれらに限定されない。
【０１９０】
「小分子」は、約500ダルトン未満の分子量を有すると本明細書において定義される。
【０１９１】
「単離された核酸」とは、天然型配列に天然に付随している、他のゲノムDNA配列ならびにリボソームおよびポリメラーゼなどのタンパク質または複合体から実質的に分離された核酸、例えばRNA、DNA、または混合重合体のことである。「単離された」核酸分子は、核酸分子の天然源中に存在する他の核酸分子から分離されているものである。さらに、「単離された」核酸分子、例えばcDNA分子は、組換え技術によって産生された場合、他の細胞物質、または培地を実質的に含まないことができるか、または、化学合成された場合、化学的前駆体または他の化学物質を実質的に含まないことができる。特定の態様において、本明細書に提供される抗体をコードする核酸分子は、単離または精製される。この用語には、その天然に存在する環境から取り出された核酸配列が包含され、組換えDNA単離物またはクローニングされたDNA単離物および化学合成された類似体または異種系によって生物学的に合成された類似体が含まれる。実質的に純粋な核酸には、単離された形態の核酸が含まれる。
【０１９２】
「ポリヌクレオチド」、または「核酸」は、本明細書において互換的に用いられ、任意の長さのヌクレオチドの重合体のことを指し、DNAおよびRNAを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドもしくは塩基、および／またはそれらの類似体、またはDNAもしくはRNAポリメラーゼによって、または合成反応によってポリマーに組み入れられうる任意の基質でありうる。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチドおよびその類似体といった修飾ヌクレオチドを含むことができる。「オリゴヌクレオチド」とは、本明細書で用いる場合、短い、一般に一本鎖で、一般に合成性であるポリヌクレオチドのことを指し、これは必ずしもそうである必要はないが、一般に長さが約200ヌクレオチド未満である。「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」という用語は相互排他的ではない。ポリヌクレオチドの上記の説明は、オリゴヌクレオチドにも同等かつ完全に適用可能である。本発明の抗C16orf54抗体を産生する細胞には、親ハイブリドーマ細胞、例えば、ATCCに寄託されているハイブリドーマ、ならびに抗体をコードする核酸が導入された細菌性および真核生物性の宿主細胞が含まれると考えられる。適した宿主細胞は以下に開示されている。
【０１９３】
「前癌性細胞」は、周囲組織の細胞またはその細胞型の正常細胞と比較してサイズまたは形状の相違などの異常な外観を有するが、浸潤性ではない細胞を指す。前癌性細胞の出現は癌のリスクの増大を示唆しうる。C16orf54を発現する前癌性細胞は、患者由来の細胞の試料を分析することを含みうる、本明細書に開示される方法を用いて同定することができる。
【０１９４】
「添付文書」という用語は、治療用製品の商品パッケージに通例含まれる説明書のことを指すために用いられ、そのような治療用製品の使用に関する、指示、用法、投与量、投与、禁忌、および／または注意事項についての情報を含む。
【０１９５】
本明細書で用いる場合、「予防する」、「予防すること」、および「予防」という用語は、本明細書に提供される療法または療法の組み合わせ（例えば、本明細書に提供される抗体などの、予防処置的または治療的物質の組み合わせ）の投与から得られる、C16orf54媒介性疾患および／またはそれに関連する症状の発生、再発、発症または拡張の完全なまたは部分的な阻害を指す。
【０１９６】
本明細書で用いる場合、「予防処置的物質」という用語は、対象におけるC16orf54媒介性疾患および／またはそれに関連する症状の発生、再発、発症または拡張を完全にまたは部分的に阻害することができる任意の物質を指す。ある態様において、「予防処置的物質」という用語は、本明細書に提供される抗C16orf54抗体を指す。ある他の態様において、「予防処置的物質」という用語は、本明細書に提供される抗C16orf54抗体以外の物質を指す。ある態様において、予防処置的物質は、C16orf54媒介性疾患および／またはその関連症状を予防するために、またはC16orf54媒介性疾患および／またはその関連症状の発症、発生、進行および／または重症度を遅らせるために、有用であることが公知であるかまたは使用されていたかもしくは現在使用されている物質である。特定の態様において、予防処置的物質は、ヒト化抗C16orf54抗体、例えば、ヒト化抗C16orf54モノクローナル抗体である。
【０１９７】
ある態様において、「予防処置的に有効な血清力価」は、対象におけるC16orf54媒介性疾患および／またはそれに関連する症状の発生、再発、発症または拡張を完全にまたは部分的に阻害する、対象、好ましくはヒトにおける血清力価である。
【０１９８】
ある態様において、「治療的に有効な血清力価」は、対象におけるC16orf54媒介性疾患に付随する重症度、持続および／または症状を減少させる、対象、好ましくはヒトにおける血清力価である。
【０１９９】
「組換え抗体」という用語は、組換え手段によって調製、発現、作製または単離される抗体を指す。組換え抗体は、宿主細胞中へトランスフェクトされた組換え発現ベクターを使用して発現された抗体、組換えコンビナトリアル抗体ライブラリーから単離された抗体、ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックおよび／またはトランスクロモソーマル(transchromosomal)である動物（例えば、マウスまたはウシ）から単離された抗体（例えば、Taylor, L. D. et al. (1992) Nucl. Acids Res. 20:6287-6295を参照のこと）、または他のDNA配列への免疫グロブリン遺伝子配列のスプライシングを伴う任意の他の手段によって調製、発現、作製または単離された抗体でありうる。このような組換え抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列由来の可変および定常領域を有しうる（Kabat, E. A. et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242を参照のこと）。しかし、ある態様において、このような組換え抗体をインビトロ突然変異誘発（または、ヒトIg配列についてトランスジェニックな動物を使用する場合は、インビボ体細胞突然変異誘発）へ供し、したがって、組換え抗体のVHおよびVL領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖細胞系VHおよびVL配列に由来しかつこれらに関連するが、インビボでヒト抗体生殖細胞系レパートリー内に天然には存在しない場合がある、配列である。
【０２００】
「血清力価」という用語は、本明細書で用いる場合、少なくとも10個、例えば、少なくとも20個、または少なくとも40個、最大約100個、1000個、またはそれ以上の対象の1集団中の平均血清力価を指す。
【０２０１】
本明細書で用いる場合、「副作用」という用語は、療法（例えば、予防処置的または治療的物質）の望ましくない効果および有害効果を包含する。望ましくない効果は必ずしも有害である必要はない。療法（例えば、予防処置的または治療的物質）由来の有害効果は、有害または不快または危険でありうる。副作用の例には、下痢、咳、胃腸炎、喘鳴、悪心、嘔吐、食欲減退、腹部痙攣、発熱、疼痛、体重減少、脱水、脱毛、呼吸困難、不眠、めまい、粘膜炎、神経および筋肉への影響、疲労、口渇、および食欲不振、投与部位での発疹または腫脹、インフルエンザ様症状、例えば、発熱、悪寒および疲労、消化管異常ならびにアレルギー反応が含まれる。患者によって経験される追加的な望ましくない効果は、多数であり、当技術分野において公知である。多数がPhysician's Desk Reference (67th ed., 2013)に記載されている。
【０２０２】
本明細書で用いる場合、「対象」および「患者」という用語は、互換的に用いられる。本明細書で用いる場合、ある態様において、対象は、哺乳動物、例えば、非ヒト霊長動物（例えば、ウシ、ブタ、ウマ、ネコ、イヌ、ラットなど）または霊長動物（例えば、サルおよびヒト）である。特定の態様において、対象はヒトである。1つの態様において、対象はC16orf54媒介性疾患を有する哺乳動物（例えば、ヒト）である。別の態様において、対象は、C16orf54媒介性疾患を発症する危険性がある哺乳動物（例えば、ヒト）である。
【０２０３】
本明細書で用いる場合、「実質的にすべて」とは、少なくとも約60％、少なくとも約70％、少なくとも約75％、少なくとも約80％、少なくとも約85％、少なくとも約90％、少なくとも約95％、少なくとも約98％、少なくとも約99％、または約100％を指す。
【０２０４】
本明細書で用いる場合、「治療的物質」という用語は、C16orf54媒介性疾患、障害または状態の1つまたは複数の症状および／またはその関連症状の治療、予防または軽減を含む、疾患、障害または状態の治療、予防または軽減において使用することができる任意の物質を指す。ある態様において、治療的物質は、本明細書に提供される抗体を指す。ある他の態様において、治療的物質は、本明細書に提供される抗体以外の物質を指す。ある態様において、治療的物質は、C16orf54媒介性疾患、障害、状態の1つまたは複数の症状、またはその関連症状の治療、予防または軽減のために、有用であることが公知であるか、または使用されていたかもしくは現在使用されている物質である。
【０２０５】
療法の組み合わせ（例えば、治療的物質の使用）は、任意の2つまたはそれ以上の単独療法の相加効果よりも有効でありうる。例えば、治療的物質の組み合わせの相乗効果は、1つまたは複数の物質のより少ない投与量および／またはC16orf54媒介性疾患を有する対象への物質のより頻度の少ない投与を用いることを可能にする。治療的療法のより少ない投与量を用いる能力および／またはより少ない頻度で療法を投与する能力は、C16orf54媒介性疾患の1つまたは複数の症状の予防、治療または軽減における療法の効能を減少させることなく、対象への療法の投与に付随する毒性を減少させる。さらに、相乗効果は、C16orf54媒介性疾患の1つまたは複数の症状の予防、治療または軽減における療法の改善された効能をもたらしうる。最後に、療法（例えば、治療的物質）の組み合わせの相乗効果は、任意の単独療法の使用に付随する有害なまたは望ましくない副作用を回避または軽減しうる。
【０２０６】
本明細書で用いる場合、「療法」という用語は、C16orf54媒介性疾患の予防、管理、治療および／または改善において使用されうる任意のプロトコール、方法および／または物質を指す。ある態様において、「療法」という用語は、医療関係者などの当業者に公知の、C16orf54媒介性疾患の予防、管理、治療および／または改善において有用な生物学的療法、支持療法および／または他の療法を指す。
【０２０７】
「チオール」という用語は、本明細書で用いる場合、-SH基を指す。
【０２０８】
「アルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、1〜10個の炭素原子を含有する直鎖、分岐鎖、または環式（この場合、それは「シクロアルキル」としても公知である）炭化水素を意味する。アルキルの例には、メチル、エチル、n-プロピル、iso-プロピル、n-ブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、n-ペンチル、イソペンチル、ネオペンチル、n-ヘキシル、3-メチルヘキシル、2,2-ジメチルペンチル、2,3-ジメチルヘキシル、n-ヘプチル、n-オクチル、n-ノニル、およびn-デシルが含まれるが、これらに限定されない。ある態様において、アルキル基は置換されていてもよい。
【０２０９】
「C1〜6アルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、1〜6個の炭素原子を含有する直鎖、分岐鎖、または環式（この場合、それは「シクロアルキル」としても公知である）炭化水素を意味する。
【０２１０】
「C1〜3アルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、1〜3個の炭素原子を含有する直鎖または分岐鎖炭化水素を意味する。
【０２１１】
「アルケニル」という用語は、本明細書で用いる場合、2〜10個の炭素を含有し、2つの水素の除去によって形成される少なくとも1つの炭素-炭素二重結合を含有する、直鎖、分岐鎖、または環式（この場合、それは「シクロアルケニル」としても公知である）炭化水素を意味する。いくつかの態様において、構造に応じて、アルケニル基は、モノラジカルまたはジラジカル（例えば、アルケニレン基）である。いくつかの態様において、アルケニル基は置換されていてもよい。アルケニルの例には、エテニル、2-プロペニル、2-メチル-2-プロペニル、3-ブテニル、4-ペンテニル、5-ヘキセニル、2-ヘプテニル、および2-メチル-1-ヘプテニルが含まれるが、これらに限定されない。ある態様において、アルケニル基は置換されていてもよい。
【０２１２】
「C2〜6アルケニル」という用語は、本明細書で用いる場合、2〜6個の炭素と、2つの水素の除去によって形成される少なくとも1つの炭素-炭素二重結合とを含有する、直鎖、分岐鎖、または環式（この場合、それは「シクロアルキル」としても公知である）炭化水素を意味する。
【０２１３】
「アルコキシ」とは、本明細書で用いる場合、酸素原子を介して親分子部分へ付加された、本明細書に定義されるような、アルキル基を意味する。アルコキシの例は、メトキシ、エトキシ、プロポキシ、2-プロポキシ、ブトキシ、tert-ブトキシ、ペンチルオキシ、およびヘキシロキシを含むがこれらに限定されない。
【０２１４】
「アミノ酸」（もしくはAA）またはアミノ酸残基は、三文字記号によって一般に示される20個の天然に存在するアミノ酸を含むがこれらに限定されず、さらに、4ヒドロキシプロリン、ヒドロキシイジン（hydroxyysine）、デモシン（demosine）、イソデモシン（isodemosine）、3-メチルヒスチジン、ノルバリン、β-アラニン、γアミノ酪酸、ホモシステイン、ホモセリン、オルニチンおよびメチオニンスルホンを含む。本出願のアミノ酸残基はまた、対応のN-メチルアミノ酸、例えば、-N(CH3)CH2C(O)O-、-NHC(O)CH2CH2CH(NHCH3)C(O)O-などを含む。本出願の-(AA)r-として示されるアミノ酸、ジペプチド、トリペプチド、オリゴマーおよびポリペプチドは、対応の非N-アルキル化アミノ酸およびペプチド（例えば、ペプチド中の非-N-メチル化アミノ酸）、ならびにペプチドの非N-アルキル化アミノ酸およびN-アルキル化アミノ酸の混合物を含みうる。
【０２１５】
「化学基」という用語は、本明細書で用いる場合、単一の単位として一緒に結合され、分子の一部分を形成する、2つまたはそれ以上の原子を指す。
【０２１６】
「シクロアルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、炭素および水素のみを含有する単環式または多環式基を意味し、飽和、部分的に不飽和、または完全に不飽和であるものを含む。シクロアルキル基は3〜10個の環原子を有する基を含む。
【０２１７】
「検出可能なプローブ」という用語は、本明細書で用いる場合、検出可能なシグナルを与える組成物を指す。この用語は、その活性によって検出可能なシグナルを与える、任意の蛍光団、発色団、放射標識、酵素、抗体、または抗体断片などを非限定的に含む。
【０２１８】
「診断的物質」という用語は、疾患の診断を助ける、対象へ投与される物質を指す。このような物質は、疾患発生プロセスの局在性を明らかにする、正確に示す、および／または規定するために使用することができる。ある態様において、診断的物質は、対象へ投与された場合にまたは対象由来の試料と接触させた場合に、癌、腫瘍形成、または任意の他のC16orf54媒介性疾患の診断を助ける、本明細書に提供される抗体へコンジュゲートされている物質を含む。
【０２１９】
「検出可能な物質」という用語は、試料または対象中の、本明細書に提供される抗体などの、所望の分子の実在または存在を確認するために使用することができる物質を指す。検出可能な物質は、視覚化することができる物質、または他の方法で（例えば、定量化によって）決定および／または測定することができる物質でありうる。
【０２２０】
「求電子性脱離基」という用語は、本明細書で用いる場合、電子対を受け入れて共有結合を作る離脱基を指す。一般に、求電子剤は、抗体のジスルフィド結合由来の還元されたチオールを含む、補完的な求核剤による攻撃を受けやすい。
【０２２１】
「チオールと選択的に反応する求電子性脱離基」という用語は、本明細書で用いる場合、他の求核剤と比較して、チオールと選択的に反応する求電子性脱離基を指す。ある態様において、チオールと選択的に反応する求電子性脱離基は、抗体のジスルフィド結合由来の還元されたチオールと選択的に反応する。
【０２２２】
「コードする」という用語またはその文法的同等物は、それが核酸分子に関して用いられる場合、転写されてmRNAを産生することができ、これが次いでポリペプチドおよび／またはその断片に翻訳される、その天然状態のまたは当業者に周知の方法によって操作された場合の、核酸分子を指す。アンチセンス鎖はこのような核酸分子の相補体であり、コード配列がそれから推定されうる。
【０２２３】
「賦形剤」という用語は、本明細書で用いる場合、希釈剤、ビヒクル、保存剤、バインダー、または安定剤として一般的に使用されている不活性物質を指し、タンパク質（例えば、血清アルブミンなど）、アミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジン、アルギニン、グリシン、ヒスチジンなど）、脂肪酸およびリン脂質（例えば、スルホン酸アルキル、カプリレートなど）、界面活性剤（例えば、SDS、ポリソルベート、非イオン性界面活性剤など）、糖類（例えば、スクロース、マルトース、トレハロースなど）、ならびにポリオール（例えば、マンニトール、ソルビトールなど）を含むがこれらに限定されない。参照によりその全体が本明細書に組み入れられるRemington's Pharmaceutical Sciences (1990) Mack Publishing Co., Easton, PAも参照のこと。
【０２２４】
ペプチドまたはポリペプチドの文脈において、「断片」という用語は、本明細書で用いる場合、完全長未満のアミノ酸配列を含むペプチドまたはポリペプチドを指す。このような断片は、例えば、アミノ末端での切断、カルボキシ末端での切断、および／またはアミノ酸配列からの残基の内部欠失から生じうる。断片は、例えば、選択的RNAスプライシングによってまたはインビボプロテアーゼ活性によって生じうる。ある態様において、C16orf54断片は、C16orf54ポリペプチドまたはC16orf54ポリペプチドと結合する抗体のアミノ酸配列の少なくとも5連続アミノ酸残基、少なくとも10連続アミノ酸残基、少なくとも15連続アミノ酸残基、少なくとも20連続アミノ酸残基、少なくとも25連続アミノ酸残基、少なくとも40連続アミノ酸残基、少なくとも50連続アミノ酸残基、少なくとも60連続アミノ残基、少なくとも70連続アミノ酸残基、少なくとも80連続アミノ酸残基、少なくとも90連続アミノ酸残基、少なくとも100連続アミノ酸残基、少なくとも125連続アミノ酸残基、少なくとも150連続アミノ酸残基、少なくとも175連続アミノ酸残基、少なくとも200連続アミノ酸残基、または少なくとも250連続アミノ酸残基のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。特定の態様において、C16orf54ポリペプチドまたはC16orf54抗原と結合する抗体の断片は、ポリペプチドまたは抗体の少なくとも1つ、少なくとも2つ、または少なくとも3つの機能を保持している。
【０２２５】
「離脱基」という用語は、本明細書で用いる場合、本明細書に記載の基を含む化学反応の過程において脱離する任意の基を指し、例えば、ハロゲン、スルホネート（ブロシレート、メシレート、トシレート  トリフレートなど）、p-ニトロベンゾエート、およびホスホネート基を含むがこれらに限定されない。
【０２２６】
「軽鎖」という用語は、抗体に関して用いられる場合、約25 kDaのポリペプチド鎖を指し、ここで、アミノ末端部は、約100〜約110個またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を含み、カルボキシ末端部は定常領域を含む。軽鎖のおおよその長さは211〜217個のアミノ酸である。定常ドメインのアミノ酸配列に基づいてカッパ（κ）またはラムダ（λ）と呼ばれる、2つの別個のタイプがある。軽鎖アミノ酸配列は当技術分野において周知である。軽鎖はヒト軽鎖でありうる。
【０２２７】
「リンカー」（LまたはL1、L2、およびL3と示される）2個の反応性末端、すなわち一つは抗体とまたは別のリンカーとコンジュゲートするための末端、もう一つは細胞傷害性物質とコンジュゲートするための末端を有する分子である。リンカーの抗体コンジュゲーション反応性末端は、典型的には、抗体上にあるシステインチオールまたはリジンアミン基を介して抗体とコンジュゲートしうる部位であり、したがって、典型的には二重結合（マレイミドにあるような）などのチオール反応基、またはクロロ、ブロモまたはヨードなどの脱離基、またはR-スルファニル基もしくはスルホニル基、またはカルボキシル基などのアミン反応基、または本明細書に定義される通りであり；一方、リンカーの抗体コンジュゲーション反応性末端は、典型的には、細胞毒素上の塩基性アミンまたはカルボキシル基とのアミド結合の形成を介して細胞傷害性物質とコンジュゲートしうる部位であり、したがって、典型的にはカルボキシルまたは塩基性アミン基である。1つの態様において、「リンカー」という用語が、コンジュゲートされている形態のリンカーを示すのに用いられる場合、反応性末端の一方または両方は、リンカーおよび／または細胞傷害性物質の間で結合が形成されるため、不在（チオール反応基の脱離基など）であるか、または不完全（カルボン酸のカルボニル基だけであるなど）である。
【０２２８】
本明細書で用いる場合、「管理する」、「管理すること」、および「管理」という用語は、疾患の治癒をもたらさない、療法（例えば、予防処置的または治療的物質）から対象が得る有利な効果を指す。ある態様において、C16orf54媒介性疾患、その1つまたは複数の症状を「管理し」、疾患の進行または悪化を妨げるために、対象に1つまたは複数の療法（例えば、予防処置的または治療的物質、例えば、本明細書に提供される抗体）を投与する。
【０２２９】
「チオール」という用語は、本明細書で用いる場合、-SH基を指す。
【０２３０】
「ツブリシン」は、Sasseら、および関連技術の説明に記載の他の著者らによるなどの、ツブリシンとして記載される天然物、およびまた米国特許出願公開番号US 2011/0021568 A1に記載されるツブリシン類似体の両方を包含する。本出願に開示されるツブリシンがここに示され、式T3およびT4で示されるツブリシン、ならびに末端にあるN-メチルピペリジンが非置換ピペリジンと置き換えられており、リンカーとのアミド結合の形成を可能とする、他のツブリシンを含みうる。
【０２３１】
「約」または「およそ」という用語は、所与の値または範囲の20％以内、例えば、10％以内、または5％以内（または1％もしくはそれ未満）を意味する。
【０２３２】
本明細書で用いる場合、「投与する」または「投与」とは、例えば、粘膜、皮内、静脈内、筋肉内送達および／または本明細書に記載のもしくは当技術分野において公知の物理的送達の任意の他の方法によって、患者中へ、物質は体外に存在するのでその物質（例えば、本明細書に提供される抗C16orf54抗体）を注射するかまたは他の方法で物理的に送達する行為を指す。疾患、またはその症状が治療される場合、物質の投与は、典型的に、疾患またはその症状の発症後に行われる。疾患、またはその症状が予防される場合、物質の投与は、典型的に、疾患またはその症状の発症前に行われる。
【０２３３】
ポリペプチドの文脈において、「類似体」という用語は、本明細書で用いる場合、C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、または抗C16orf54抗体と類似したまたは同一の機能を有するが、C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、または抗C16orf54抗体の類似したまたは同一のアミノ酸配列を必ずしも含む必要はないか、または、C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、または抗C16orf54抗体の類似したまたは同一の構造を有する、ポリペプチドを指す。類似したアミノ酸配列を有するポリペプチドは、以下のうちの少なくとも1つを満たすポリペプチドを指す：(a)本明細書に記載のC16orf54ポリペプチド（例えば、SEQ ID NO:1079）、C16orf54ポリペプチドの断片、または抗C16orf54抗体のアミノ酸配列に対して少なくとも30％、少なくとも35％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、または少なくとも99％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチド；(b)少なくとも5アミノ酸残基、少なくとも10アミノ酸残基、少なくとも15アミノ酸残基、少なくとも20アミノ酸残基、少なくとも25アミノ酸残基、少なくとも40アミノ酸残基、少なくとも50アミノ酸残基、少なくとも60アミノ残基、少なくとも70アミノ酸残基、少なくとも80アミノ酸残基、少なくとも90アミノ酸残基、少なくとも100アミノ酸残基、少なくとも125アミノ酸残基、または少なくとも150アミノ酸残基の本明細書に記載のC16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、または抗C16orf54抗体（またはそのVHもしくはVL領域）をコードするヌクレオチド配列へストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド（例えば、Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY; Maniatis et al. (1982) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NYを参照のこと）；ならびに(c)本明細書に記載のC16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、または抗C16orf54抗体（またはそのVHもしくはVL領域）をコードするヌクレオチド配列に対して少なくとも30％、少なくとも35％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、または少なくとも99％同一であるヌクレオチド配列によってコードされるポリペプチド。本明細書に記載のC16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、または抗C16orf54抗体と類似した構造を有するポリペプチドは、本明細書に記載のC16orf54ポリペプチド、C16orf54の断片、またはC16orf54抗体と類似した二次、三次、または四次構造を有するポリペプチドを指す。ポリペプチドの構造は、X線結晶構造解析、核磁気共鳴、および結晶学的電子顕微鏡法を含むがこれらに限定されない、当業者に公知の方法によって決定することができる。
【０２３４】
本明細書で用いる場合、「組成物」という用語は、任意で指定量で、指定成分（例えば、本明細書に提供される抗体）を含有する製造物、ならびに、任意で指定量で、指定成分の組み合わせから直接的にまた間接的に得られる任意の製造物を包含することを意図している。
【０２３５】
ポリペプチドの文脈において、「誘導体」という用語は、本明細書で用いる場合、アミノ酸残基置換、欠失または付加の導入によって改変されている、C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、またはC16orf54ポリペプチドと結合する抗体のアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。「誘導体」という用語はまた、本明細書で用いる場合、例えば、ポリペプチドへの任意のタイプの分子の共有結合によって、化学的に修飾されている、C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、またはC16orf54ポリペプチドと結合する抗体を指す。例えば、しかし非限定的に、C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、またはC16orf54抗体は、例えば、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、アミド化、公知の保護／ブロッキング基による誘導体化、タンパク質分解的切断、細胞リガンドもしくは他のタンパク質への連結などによって、化学的に修飾されうる。誘導体は、結合された分子のタイプまたは位置のいずれかで、天然に存在するまたは出発ペプチドまたはポリペプチドとは異なる方法で修飾される。誘導体は、ペプチドまたはポリペプチド上に天然に存在する1つまたは複数の化学基の欠失をさらに含む。C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、またはC16orf54抗体の誘導体は、特異的化学切断、アセチル化、ホルムレーション（formulation）、ツニカマイシンの代謝合成などを含むがこれらに限定されない、当業者に公知の技術を使用する化学修飾によって化学的に修飾されうる。さらに、C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、またはC16orf54抗体の誘導体は、1つまたは複数の非古典的アミノ酸を含有しうる。ポリペプチド誘導体は、本明細書に記載のC16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチドの断片、またはC16orf54抗体と類似したまたは同一の機能を有する。
【０２３６】
組成物およびその作製方法
C16orf54と結合する抗体を提供する。抗C16orf54抗体を含むイムノコンジュゲートも提供する。本発明の抗体およびイムノコンジュゲートは、例えば、C16orf54の発現の変化、例えば発現増大を伴う障害の診断または治療のために有用である。ある態様において、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、癌などの細胞増殖性障害の診断または治療のために有用である。
【０２３７】
C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチド断片、C16orf54ペプチド、またはC16orf54エピトープと結合する抗体を、本明細書に提供する。いくつかの態様において、抗C16orf54抗体は、C16orf54の細胞外ドメイン（ECD）と結合する。C16orf54ポリペプチドと結合することから、本明細書に提供される抗C16orf54抗体を競合的に遮断する抗体を、さらに提供する。本明細書に提供される抗C16orf54抗体はまた、診断的物質、検出可能な物質または治療的物質へコンジュゲートまたは組換え融合することができる（例えば、抗体-薬物コンジュゲート）。抗C16orf54抗体を含む組成物を、さらに提供する。例えば、検出可能な物質は、検出可能なプローブでありうる。
【０２３８】
C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチド断片、C16orf54ペプチドまたはC16orf54エピトープと結合する抗C16orf54抗体のVH鎖、VL鎖、VHドメイン、VLドメイン、VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、および／またはVL CDR3をコードする単離された核酸分子を、本明細書においてさらに提供する。C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチド断片、C16orf54ペプチド、またはC16orf54エピトープと結合する抗C16orf54抗体をコードする核酸分子を含むベクターおよび宿主細胞を、さらに提供する。C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチド断片、C16orf54ペプチド、またはC16orf54エピトープと結合する抗体を製造する方法を、さらに提供する。
【０２３９】
抗C16orf54抗体を使用する方法を提供する。方法は、対象における疾患、障害、または状態の1つまたは複数の症状の治療、予防、または軽減を含む、疾患、障害、または状態の治療、予防、または軽減、または、C16orf54ポリペプチドの細胞表面発現を有する細胞の増殖の阻害を含む。提供される追加的な方法は、抗腫瘍効果を媒介するための抗腫瘍活性を有する、例えば、コンジュゲートされていない抗体またはコンジュゲートされた抗体（ADC）として、本明細書に提供される抗C16orf54抗体を使用することを含む。ある態様において、本明細書に提供される抗C16orf54抗体は、（例えば、抗体依存性細胞性細胞傷害作用（ADCC）および／または補体依存性細胞傷害作用（CDC）を介して）C16orf54担持腫瘍細胞を直接死滅させる。ある態様において、本明細書に提供される抗C16orf54抗体を含む抗体薬物コンジュゲート（ADC）は、（例えば、C16orf54を発現する腫瘍細胞と結合し、細胞傷害性薬物のインターナリゼーションを可能にすることによって）C16orf54担持腫瘍細胞を直接死滅させる。提供される追加的な方法は、C16orf54媒介性疾患または障害を調節するために抗C16orf54抗体を使用すること、試料中のC16orf54を検出することを含む。
【０２４０】
抗C16orf54抗体
1つの態様において、本発明は、本明細書において治療的物質としての用途があると考えられる抗C16orf54抗体を提供する。例示的な抗体には、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、二重特異性抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、ならびに、親和性または他の特性が向上したそれらの変異体が含まれる。
【０２４１】
いくつかの態様において、C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチド断片、C16orf54ペプチド、またはC16orf54エピトープを含む、C16orf54と結合する抗体を本明細書に提供する。いくつかの態様において、抗C16orf54抗体は、C16orf54ポリペプチド、C16orf54ポリペプチド断片、C16orf54ペプチド、またはC16orf54エピトープを含む、C16orf54を結合させるヒト化抗体（例えば、ヒト定常領域を含む）である。
【０２４２】
ある態様において、抗C16orf54抗体は、表1〜29に示されるアミノ酸配列などの、本明細書に記載のマウスモノクローナル抗体のいずれか1つのVH領域、VL領域、VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、および／またはVL CDR3を含む。したがって、いくつかの態様において、本明細書に提供される単離された抗体またはその機能的断片は、(a)R29-7-2Aと名付けられた抗体；(b)R29-7-1Cと名付けられた抗体；(c)R29-67-7Aと名付けられた抗体；(d)R29-8-136Cと名付けられた抗体；(e)R29-8-57Bと名付けられた抗体；(f)R29-7-54Cと名付けられた抗体；(g)R29-7-53Aと名付けられた抗体；(h)R29-8-50Cと名付けられた抗体；(i)R29-8-19Bと名付けられた抗体；(j)R29-8-58Cと名付けられた抗体；(k)R29-8-9Bと名付けられた抗体；(l)R29-8-28Cと名付けられた抗体；(m)R29-8-120Bと名付けられた抗体；(n)R29-8-75Bと名付けられた抗体；(o)R29-8-36Cと名付けられた抗体；(p)R29-8-12Aと名付けられた抗体；(q)R29-8-93Bと名付けられた抗体；(r)R29-8-51Bと名付けられた抗体；(s)R29-8-30Aと名付けられた抗体；(t)R29-8-18Bと名付けられた抗体；(u)R29-7-38Cと名付けられた抗体；(v)R29-7-49Aと名付けられた抗体；(w)R29-7-13Aと名付けられた抗体；または(x)R29-67-4Aと名付けられた抗体に由来する、1、2、もしくは3個の重鎖CDRおよび／または1、2、もしくは3個の軽鎖CDRを含む。
【０２４３】
（表１）グループI抗体についてのVH/VL配列
2015533832.tif 000103
「X」と名付けられた残基は天然に存在する任意のアミノ酸を示す。
【０２４４】
（表２）グループII抗体についてのVH/VL配列
2015533832.tif 000104
【０２４５】
（表３）グループIII抗体についてのVH/VL配列
2015533832.tif 000105
「X」と名付けられた残基は天然に存在する任意のアミノ酸を示す。＊コンセンサス配列中に含まれない。
【０２４６】
（表４）グループIV抗体についてのVH/VL配列
2015533832.tif 000106
「X」と名付けられた残基は天然に存在する任意のアミノ酸を示す。
【０２４７】
（表５）グループV抗体についてのVH/VL配列
2015533832.tif 000107
【０２４８】
（表６）抗体R29-8-9B CDR配列
2015533832.tif 000108
【０２４９】
（表７）抗体R29-8-93B CDR配列
2015533832.tif 000109
【０２５０】
（表８）抗体R29-8-51B CDR配列
2015533832.tif 000110
【０２５１】
（表９）抗体R29-8-30A CDR配列
2015533832.tif 000111
【０２５２】
（表１０）抗体R29-8-120B CDR配列
2015533832.tif 000112
【０２５３】
（表１１）抗体R29-8-18B CDR配列
2015533832.tif 000113
【０２５４】
（表１２）抗体R29-8-28C CDR配列
2015533832.tif 000114
【０２５５】
（表１３）抗体R29-8-19B CDR配列
2015533832.tif 000115
【０２５６】
（表１４）抗体R29-8-50C CDR配列
2015533832.tif 000116
【０２５７】
（表１５）抗体R29-8-12A CDR配列
2015533832.tif 000117
【０２５８】
（表１６）抗体R29-8-36C CDR配列
2015533832.tif 000118
【０２５９】
（表１７）抗体R29-8-58C CDR配列
2015533832.tif 000119
【０２６０】
（表１８）抗体R29-8-75B CDR配列
2015533832.tif 000120
【０２６１】
（表１９）抗体R29-8-57B CDR配列
2015533832.tif 000121
【０２６２】
（表２０）抗体R29-8-136C CDR配列
2015533832.tif 000122
【０２６３】
（表２１）抗体R29-7-1C CDR配列
2015533832.tif 000123
【０２６４】
（表２２）抗体R29-67-7A CDR配列
2015533832.tif 000124
【０２６５】
（表２３）抗体R29-67-4A CDR配列
2015533832.tif 000125
【０２６６】
（表２４）抗体R29-7A-53A CDR配列
2015533832.tif 000126
【０２６７】
（表２５）抗体R29-7A-54C CDR配列
2015533832.tif 000127
【０２６８】
（表２６）抗体R29-7A-38C CDR配列
2015533832.tif 000128
【０２６９】
（表２７）抗体R29-7A-49A CDR配列
2015533832.tif 000129
【０２７０】
（表２８）抗体R29-7A-13A CDR配列
2015533832.tif 000130
【０２７１】
（表２９）抗体R29-7-2A CDR配列
2015533832.tif 000131
【０２７２】
いくつかの態様において、本明細書に提供される抗体は、VHドメインを含むかまたはそれからなるVH領域を含む。他の態様において、本明細書に提供される抗体は、VH鎖を含むかまたはそれからなるVH領域を含む。いくつかの態様において、本明細書に提供される抗体は、VLドメインを含むかまたはそれからなるVL領域を含む。他の態様において、本明細書に提供される抗体は、VL鎖を含むかまたはそれからなるVL領域を含む。いくつかの態様において、本明細書に提供される抗体は、(i)VHドメインもしくはVH鎖；および／または(ii)VLドメインもしくはVL鎖の組み合わせを有する。
【０２７３】
いくつかの態様において、本明細書に提供される抗体は、6個のCDR、例えば、表1〜29に特定されるVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、および／またはVL CDR3を含むかまたはそれらからなる。ある態様において、本明細書に提供される抗体は、6個未満のCDRを含むことができる。いくつかの態様において、抗体は、VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、および／またはVL CDR3からなる群より選択される1、2、3、4、または5個のCDRを含むかまたはそれからなる。特定の態様において、抗体は、以下からなる群より選択されるマウスモノクローナル抗体のVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、および／またはVL CDR3からなる群より選択される1、2、3、4、または5個のCDRを含むかまたはそれからなる：本明細書に記載の(a)R29-7-2Aと名付けられた抗体；(b)R29-7-1Cと名付けられた抗体；(c)R29-67-7Aと名付けられた抗体；(d)R29-8-136Cと名付けられた抗体；(e)R29-8-57Bと名付けられた抗体；(f)R29-7-54Cと名付けられた抗体；(g)R29-7-53Aと名付けられた抗体；(h)R29-8-50Cと名付けられた抗体；(i)R29-8-19Bと名付けられた抗体；(j)R29-8-58Cと名付けられた抗体；(k)R29-8-9Bと名付けられた抗体；(l)R29-8-28Cと名付けられた抗体；(m)R29-8-120Bと名付けられた抗体；(n)R29-8-75Bと名付けられた抗体；(o)R29-8-36Cと名付けられた抗体；(p)R29-8-12Aと名付けられた抗体；(q)R29-8-93Bと名付けられた抗体；(r)R29-8-51Bと名付けられた抗体；(s)R29-8-30Aと名付けられた抗体；(t)R29-8-18Bと名付けられた抗体；(u)R29-7-38Cと名付けられた抗体；(v)R29-7-49Aと名付けられた抗体；(w)R29-7-13Aと名付けられた抗体；または(x)R29-67-4Aと名付けられた抗体。したがって、いくつかの態様において、抗体は、表1〜29に特定されるVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2、および／またはVL CDR3のいずれか1つの1、2、3、4、または5個のCDRを含むかまたはそれからなる。
【０２７４】
いくつかの態様において、本明細書に提供される抗体は、表1〜29に列挙される1つまたは複数の（例えば、1、2、または3つの）VH CDRを含む。他の態様において、本明細書に提供される抗体は、表1〜6、10、12〜22、24、25、および29に列挙される1つまたは複数の（例えば、1、2、または3つの）VL CDRを含む。さらに他の態様において、本明細書に提供される抗体は、表1〜29に列挙される1つまたは複数の（例えば、1、2、または3つの）VH CDRならびに表1〜6、10、12〜22、24、25、および29に列挙される1つまたは複数のVL CDRを含む。したがって、ある態様において、抗体は、SEQ ID NO:67、73、76、79、85、89、91、95、96、111、112、126、127、147、161、166、172、174、176、177、179、181、184、186、189、191、193、195、197、199、202、206、208、211、213、219、224、229、234、240、244、250、266、274、277、279、281、285、289、294、297、299、301、303、307、311、317、318のいずれか1つのアミノ酸配列を有するVH CDR1を含む。別の態様において、抗体は、SEQ ID NO:68、74、80、86、92、97、98、99、100、101、102、114、115、116、117、128、129、148、162、164、167、173、175、178、180、182、187、190、192、194、196、198、203、207、209、214、218、220、223、225、230、239、252、253、254、259、262、263、270、273、275、278、280、282、290、295、298、300、302、304、308、312、316、319のいずれか1つのアミノ酸配列を有するVH CDR2を含む。別の態様において、抗体は、SEQ ID NO:69、75、77、81、87、93、101、103、104、105、118、119、120、121、130、149、163、168、194、200、203、204、207、210、212、226、231、236、241、246、255、257、260、264、267、271、276、283、286、291、296、305、309、313のいずれか1つのアミノ酸配列を有するVH CDR3を含む。ある態様において、抗体は、表1〜29に示されるアミノ酸配列のいずれか1つに示されるVH CDR1、VH CDR2、VH CDR3より独立して選択されるVH CDR1 および／または VH CDR2および／またはVH CDR3を含む。ある態様において、抗体は、SEQ ID NO:70、76、82、88、94、106、107、108、122、123、150、164、169、183、185、188、215、216、217、222、227、232、237、242、247、256、258、261、265、268、284、287、292のいずれか1つのアミノ酸配列を有するVL CDR1を含む。別の態様において、抗体は、SEQ ID NO:71、83、160、170、238、248、306、314のいずれか1つのアミノ酸配列を有するVL CDR2を含む。別の態様において、抗体は、SEQ ID NO:72、78、84、90、96、109、110、124、125、165、171、201、205、228、233、243、249、269、272、288、293、310、315のいずれか1つのアミノ酸配列を有するVL CDR3を含む。ある態様において、抗体は、表1〜6、10、12〜22、24、25、および29に示されるアミノ酸配列のいずれか1つに示されるVL CDR1、VL CDR2、VL CDR3より独立して選択されるVL CDR1および／またはVL CDR2および／またはVL CDR3を含む。
【０２７５】
さらに、表1〜29に列挙される1つまたは複数の VH CDRおよび1つまたは複数の（例えば、1、2、または3つの）VL CDRを含む抗体を本明細書において提供する。特に、以下を含む抗体を本明細書において提供する：
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2015533832.tif 000142
2015533832.tif 000143
または、表1〜29に列挙されるVH CDR(SEQ ID NO:36、30、59〜62、33、37、101〜104、50、114、99、100、31、65〜74、83〜90、95、321、322、835〜842、34、847〜858、49、886〜894 1070〜1078、38、32、319、35、もしくは883〜885)およびVL CDR(SEQ ID NO:45、253-271、42、46、272〜275、40、843〜846、43、1045-1048、47、41、44、もしくは1056〜1058)のそれらの任意の組み合わせ。
【０２７６】
1．ポリクローナル抗体
本発明の抗体にはポリクローナル抗体が含まれうる。ポリクローナル抗体を調製する方法は当業者に公知である。ポリクローナル抗体は、免疫剤および所望であればアジュバントの、1回または複数回の注射によって、哺乳動物において産生させることができる。典型的には、免疫剤および／またはアジュバントは、複数回の皮下注射または腹腔内注射によって哺乳動物に注射される。免疫剤には、C16orf54ポリペプチドまたはその融合タンパク質が含まれうる。免疫される哺乳動物において免疫原であることが公知であるタンパク質を、免疫剤とコンジュゲートさせることは有用でありうる。そのような免疫原性タンパク質の例には、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、およびダイズトリプシンインヒビターが含まれるがこれらに限定されない。使用されうるアジュバントの例には、フロイント完全アジュバントおよびMPL-TDMアジュバント（モノホスホリルリピドA、合成トレハロースジコリノミコレート（dicorynomycolate））が含まれる。免疫処置のプロトコールは、過度の実験をすることなく、当業者によって選択されうる。続いて、哺乳動物から採血し、血清をC16orf54抗体価に関してアッセイすることができる。所望であれば、抗体価が増加するかプラトーに達するまで、哺乳動物に追加免疫することもできる。
【０２７７】
2．モノクローナル抗体
本発明の抗体は代替的にモノクローナル抗体であってもよい。モノクローナル抗体は、Kohler et al., Nature, 256:495 (1975)によって最初に記載されたハイブリドーマ法を用いて作製することもできるか、または組換えDNA法（例えば、米国特許第4,816,567号）によって作製することもできる。
【０２７８】
ハイブリドーマ法では、マウス、またはハムスターなどの他の適切な宿主動物は、上記のように免疫されて、免疫処置に用いられるタンパク質と特異的に結合する抗体を産生するかまたは産生しうるリンパ球を誘発させる。または、リンパ球はインビトロで免疫されることもできる。免疫処置の後に、リンパ球を単離し、続いてポリエチレングリコールなどの適した融合剤を用いて骨髄腫細胞と融合させて、ハイブリドーマ細胞を形成させる（Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, pp.59-103 (Academic Press, 1986)）。
【０２７９】
このようにして調製されたハイブリドーマ細胞を、融合していない親骨髄腫細胞（融合パートナーとも称する）の増殖または生存を阻害する1つまたは複数の物質を好ましくは含む適した培地において播種して増殖させる。例えば、親骨髄腫細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（HGPRTまたはHPRT）を欠く場合には、ハイブリドーマ用の培地は、典型的には、HGPRT欠損細胞の増殖を妨げる物質であるヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含むと考えられる（HAT培地）。
【０２８０】
好ましい融合パートナー骨髄腫細胞は、効率的に融合し、選択した抗体産生細胞による抗体の安定な高レベルでの産生を支え、かつ、非融合親細胞を除外するように選択する選択培地に対して感受性があるものである。好ましい骨髄腫細胞株は、マウス骨髄腫細胞株、例えば、Salk Institute Cell Distribution Center，San Diego，California USAから入手可能なMOPC-21およびMPC-11マウス腫瘍に由来するもの、ならびにSP-2および誘導体、例えば、American Type Culture Collection，Manassas，Virginia，USAから入手可能なX63-Ag8-653細胞などである。ヒト骨髄腫細胞株およびマウス-ヒトヘテロ骨髄腫細胞株もまた、ヒトモノクローナル抗体の産生について報告されている（Kozbor, J., Immunol., 133:3001 (1984)；およびBrodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)）。
【０２８１】
ハイブリドーマ細胞を増殖させている培地を、抗原に対するモノクローナル抗体の産生についてアッセイする。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されたモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降法によって、またはラジオイムノアッセイ法（RIA）もしくは酵素結合免疫吸着アッセイ法（ELISA）などのインビトロ結合アッセイ法によって測定される。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、Munson et al., Anal. Biochem., 107:220 (1980)に記載されたスキャッチャード解析によって決定しうる。
【０２８２】
ひとたび、所望の特異性、親和性、および／または活性を有する抗体を産生するハイブリドーマ細胞が同定されると、クローンを限界希釈手順によってサブクローニングし、標準的な方法によって増殖させることができる（Goding，Monoclonal Antibodies：Principles and Practice，pp．59-103 (Academic Press，1986)）。この目的に適した培地には、例えば、D-MEMまたはRPMI-1640培地が含まれる。加えて、ハイブリドーマ細胞を、例えば、マウスへの腹腔内注射によって、動物において腹水中の腫瘍としてインビボで増殖させることもできる。
【０２８３】
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、培地、腹水、または血清から、従来の抗体精製手順、例えば、アフィニティークロマトグラフィー（例えば、プロテインAもしくはプロテインG-セファロースを使用）、またはイオン交換クロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析などによって、適切に分離される。
【０２８４】
モノクローナル抗体をコードするDNAは、従来の手順を用いて（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子と特異的に結合しうるオリゴヌクレオチドプローブを用いることによって）容易に単離され、配列が決定される。ハイブリドーマ細胞は、そのようなDNAの好ましい供給源としての役を果たす。ひとたび単離されると、そのDNAを発現ベクター中に配置し、続いてそれを、通常であれば抗体タンパク質を産生しない宿主細胞、例えば大腸菌細胞、サルCOS細胞、チャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞、または骨髄腫細胞などにトランスフェクトさせて、組換え宿主細胞におけるモノクローナル抗体の合成を得る。細菌内での抗体コードDNAの組換え発現に関する総説論文には、Skerra et al., Curr. Opinion in Immunol., 5:256-262 (1993)およびPluckthun, Immunol. Revs. 130: 151-188 (1992)が含まれる。
【０２８５】
特定の態様において、C16orf54エピトープを結合させる抗体は、ストリンジェントな条件下で（例えば、約45℃での6×塩化ナトリウム/クエン酸ナトリウム(SSC)中でのフィルター結合DNAへのハイブリダイゼーション、続いて約50〜65℃での0.2×SSC/0.1％SDS中での1または複数回の洗浄）、高ストリンジェント条件下で（例えば、約45℃での6×SSC中でのフィルター結合核酸へのハイブリダイゼーション、続いて約68℃での0.1×SSC/0.2％SDS中での1または複数回の洗浄）、または当業者に公知である他のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で（例えば、Ausubel, F.M. et al., eds., 1989, Current Protocols in Molecular Biology, Vol. I, Green Publishing Associates, Inc. and John Wiley & Sons, Inc., New York 第6.3.1-6.3.6頁および第2.10.3頁を参照のこと）、本明細書に記載のVHおよび／またはVLドメインのいずれか1つをコードするヌクレオチド配列の(1)相補体へハイブリダイズするヌクレオチド配列によってコードされるVHドメインのアミノ酸配列および／またはVLドメインのアミノ酸配列を含む。
【０２８６】
別の態様において、C16orf54エピトープを結合させる抗体は、ストリンジェントな条件下で（例えば、約45℃での6×SSC中でのフィルター結合DNAへのハイブリダイゼーション、続いて約50〜65℃での0.2×SSC/0.1％SDS中での1または複数回の洗浄）、高ストリンジェント条件下で（例えば、約45℃での6×SSC中でのフィルター結合核酸へのハイブリダイゼーション、続いて約68℃での0.1×SSC/0.2％SDS中での1または複数回の洗浄）、または当業者に公知である他のストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で（例えば、Ausubel, F.M. et al., eds., 1989, Current Protocols in Molecular Biology, Vol. I, Green Publishing Associates, Inc. and John Wiley & Sons, Inc., New York 第6.3.1-6.3.6頁および第2.10.3頁を参照のこと）、表1〜29に示されるVH CDRおよび／またはVL CDRのいずれか1つをコードするヌクレオチド配列の相補体へハイブリダイズするヌクレオチド配列によってコードされるVH CDRのアミノ酸配列またはVL CDRのアミノ酸配列を含む。
【０２８７】
1つのさらなる態様においては、モノクローナル抗体または抗体断片を、例えば、Antibody Phage Display: Methods and Protocols, P.M. O'Brien and R. Aitken, eds, Humana Press, Totawa N.J., 2002に記載された手法を用いて、抗体ファージライブラリーから単離することができる。原理的には、抗体可変領域のさまざまな断片（Fv）がファージコートタンパク質と融合したものを提示するファージを含むファージライブラリーをスクリーニングすることによって、合成抗体クローンを選択する。そのようなファージライブラリーを、所望の抗原に関してスクリーニングする。所望の抗原と結合しうるFv断片を発現するクローンは抗原に吸着され、それ故にライブラリー中の非結合クローンから分離される。続いて結合クローンを抗原から溶出させ、抗原吸着／溶出のさらなるサイクルによってさらに濃縮することができる。
【０２８８】
可変ドメインは、Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されているように、VHおよびVLが短い柔軟なペプチドを介して共有結合している単鎖Fv（scFv）断片として、またはそれらがそれぞれ定常ドメインと融合されて非共有結合的に相互作用するFab断片として、ファージ上に機能的に提示させることができる。
【０２８９】
VH遺伝子およびVL遺伝子のレパートリーをポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によって別々にクローニングし、ファージライブラリー中でランダムに組み換えることができ、続いてそれを、Winterら、前記に記載されているように、抗原結合性クローンに関して探すことができる。免疫された供給源に由来するライブラリーにより、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原に対する高親和性の抗体が提供される。または、Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載されているように、免疫処置を全く用いることなく、ナイーブなレパートリーをクローニングして、広範囲にわたる非自己抗原および自己抗原に対するヒト抗体の単一の供給源を提供することもできる。最後に、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)によって記載されているように、再編成されていないV遺伝子セグメントを幹細胞からクローニングして、高度に可変性のあるCDR3領域をコードするため、およびインビトロで再編成を達成するために、ランダムな配列を含むPCRプライマーを用いることによって、ナイーブなライブラリーを合成により作製することもできる。
【０２９０】
ライブラリーのスクリーニングは、当技術分野で公知のさまざまな手法によって達成することができる。例えば、C16orf54を、吸着プレートのウェルをコートするために用いること、吸着プレートに固定させることもしくは細胞選別に用いる宿主細胞上で発現させること、またはストレプトアビジンをコートしたビーズによる捕捉のためにビオチンとコンジュゲートさせること、または、ディスプレイライブラリーのパニングのための任意の他の方法に用いることができる。遅い解離反応速度（および良好な結合親和性）を有する抗体の選択は、Bass et al., Proteins, 8: 309-314 (1990)およびWO92／09690に記載されているような長い洗浄および一価ファージディスプレイ、ならびにMarks et al., Biotechnol., 10: 779-783 (1992)に記載されているような抗原の低いコーティング密度の使用によって助長することができる。
【０２９１】
関心対象のファージクローンを選択するための適した抗原スクリーニング手順を設計し、その後に、関心対象のファージクローン由来のFv配列、およびKabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3に記載された適した定常領域（Fc）配列を用いて、完全長抗C16orf54抗体クローンを構築することによって、本発明の抗C16orf54抗体のいずれかを得ることができる。
【０２９２】
3．抗体断片
本発明は、抗体断片を包含する。ある状況下では、完全抗体ではなく抗体断片を使用することに利点がある。断片のサイズがより小さいことは、迅速な排除を可能にし、固形腫瘍への接近性の改善につながりうる。特定の抗体断片の総説については、Hudson et al. (2003) Nat. Med. 9: 129-134を参照されたい。
【０２９３】
抗体断片の作製のために、さまざまな技術が開発されている。従来は、これらの断片は、無傷抗体のタンパク質分解的消化を介して得られてきた（例えば、Morimoto et al., Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24: 107-117 (1992)；およびBrennan et al., Science, 229:81 (1985)を参照）。しかし、これらの断片は現在、組換え宿主細胞によって直接産生させることができる。Fab、Fv、およびScFv抗体断片はすべて、大腸菌細胞および酵母細胞で発現させて分泌させることができ、そのことにより、大量のこれらの断片の容易な産生が可能となる。抗体断片は、上記で考察した抗体ファージライブラリーから単離することができる。または、Fab'-SH断片を大腸菌から直接回収し、化学的に結合させて、F(ab')2断片を形成させることもできる（Carter et al., Bio/Technology 10: 163-167 (1992)）。別のアプローチによれば、F(ab')2断片を、組換え宿主細胞培養物から直接単離することができる。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含む、インビボ半減期が延長したFab断片およびF(ab')2断片が、米国特許第5,869,046号に記載されている。抗体断片の作製のための他の技術は、当業者には明らかであろう。ある態様において、抗体は単鎖Fv断片（scFv）である。WO93／16185；米国特許第5,571,894号；および同第5,587,458号を参照されたい。FvおよびscFvは、定常領域を欠く無傷の結合部位を有する唯一の種であり；したがって、それらはインビボ使用時の非特異的結合の低下のために好適な可能性がある。scFv融合タンパク質は、scFvのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかでエフェクタータンパク質との融合を生じるように構築することができる。Antibody Engineering, ed. Borrebaeck, 前記を参照されたい。抗体断片はまた、例えば、前に引用した参照文献に記載されているような「直鎖状抗体」であってもよい。そのような直鎖状抗体は単一特異性または多重特異性、例えば二重特異性などでありうる。
【０２９４】
最小の抗体由来結合構造は、別個の可変ドメイン（Vドメイン）であり、これは単一可変ドメイン抗体（SdAb）とも名付けられている。ラクダ科動物および軟骨魚といったある種の生物は、それらの免疫系の一部として、Fcと同等なドメイン構造上に取り付けられた高親和性の単一V様ドメインを保有している（Woolven et al., Immunogenetics 50: 98-101, 1999；Streltsov et al., Proc Natl Acad Sci USA. 101:12444-12449, 2004）。このV様ドメイン（ラクダ科動物ではVhHと呼ばれ、サメ類ではV-NARと呼ばれる）は典型的には、長い表面ループを示し、それが標的抗原の空隙の貫通を可能にする。それらはまた、疎水性表面パッチを覆い隠すことによって、単離されたVHドメインを安定化させもする。
【０２９５】
これらのVhHドメインおよびV-NARドメインは、sdAbを人工的に作製するために用いられている。ヒトVドメイン変異体はファージライブラリーによる選択および他のアプローチによって設計されて、安定な高結合性のVL由来ドメインおよびVH由来ドメインが得られている。
【０２９６】
本明細書に提供される抗体は、合成抗体、モノクローナル抗体、組換え産生抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、イントラボディ、抗イディオタイプ（抗Id）抗体、および上記のいずれかの機能的断片を含むがこれらに限定されない。機能的断片の非限定的な例には、単鎖Fv（scFv）（例えば、単一特異性、二重特異性などを含む）、Fab断片、F(ab')断片、F(ab)2断片、F(ab')2断片、ジスルフィド連結Fv（sdFv）、Fd断片、Fv断片、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、およびミニボディが含まれる。
【０２９７】
特に、本明細書に提供される抗体は、免疫グロブリン分子および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、例えば、C16orf54エピトープと結合する抗原結合部位を含有する分子を含む。本明細書に提供される免疫グロブリン分子は、免疫グロブリン分子の任意のタイプ（例えば、IgG、IgE、IgM、IgD、IgA、およびIgY）、クラス（例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、およびIgA2）またはサブクラスのものでありうる。
【０２９８】
抗体の変異体および誘導体は、C16orf54エピトープと結合する能力を保持している抗体機能的断片を含む。例示的な機能的断片には、Fab断片（抗原結合ドメインを含有し、ジスルフィド結合によって架橋された軽鎖および重鎖の一部分を含む、抗体断片）；Fab'（Fabとヒンジ領域を通る重鎖の追加の部分とを含む単一の抗結合ドメイン（anti-binding domain）を含有する、抗体断片）；F(ab')2（重鎖のヒンジ領域中の鎖間ジスルフィド結合によって連結された2つのFab'分子；Fab'分子は同一のまたは異なるエピトープに対して向けられうる）；二重特異性Fab（それぞれが異なるエピトープに対して向けられうる、2つの抗原結合ドメインを有するFab分子）；sFvとしても公知の、可変領域を含む単鎖Fab鎖（アミノ酸10〜25個の鎖によって一緒に連結された抗体の単一の軽鎖および重鎖の可変抗原結合決定領域）；ジスルフィド連結Fv、もしくはdsFv（ジスルフィド結合によって一緒に連結された抗体の単一の軽鎖および重鎖の可変抗原結合決定領域）；ラクダ化VH（VH界面でのいくつかのアミノ酸が、天然に存在するラクダ抗体の重鎖において見られるものである、抗体の単一の重鎖の可変抗原結合決定領域）；二重特異性sFv（それぞれが異なるエピトープに対して向けられうる、2つの抗原結合ドメインを有するsFvもしくはdsFv分子）；ダイアボディ（第1のsFvのVHドメインが第2のsFvのVLドメインとアセンブルし、第1のsFvのVLドメインが第2のsFvのVHドメインとアセンブルした場合に形成される、二量体化sFv；ダイアボディの2つの抗原結合領域は、同一のまたは異なるエピトープに対して向けられうる）；ならびにトリアボディ（ダイアボディと類似した様式で形成されるが、3つの抗原結合ドメインが単一の複合体で作製されている、三量体化sFv；3つの抗原結合ドメインは、同一のまたは異なるエピトープに対して向けられうる）が含まれる。抗体の誘導体はまた、抗体結合部位の1つまたは複数のCDR配列を含む。CDR配列は、2つまたはそれ以上のCDR配列が存在する場合、足場上において一緒に連結されうる。ある態様において、抗体は単鎖Fv（「scFv」）を含む。scFvは、抗体のVHおよびVLドメインを含む抗体断片であり、ここで、これらのドメインは単一のポリペプチド鎖中に存在する。一般に、scFvポリペプチドは、抗原結合について所望の構造をscFvが形成することを可能にする、VHドメインとVLドメインとの間のポリペプチドリンカーをさらに含む。scFvの概説については、Pluckthun in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds. Springer-Verlag, New York, pp. 269-315 (1994)を参照のこと。
【０２９９】
4．ヒト化抗体
本発明は、ヒト化抗体を包含する。非ヒト抗体をヒト化するためのさまざまな方法が当技術分野で公知である。例えば、ヒト化抗体は、その中に導入された、非ヒト性である供給源由来の1つまたは複数のアミノ酸残基を有しうる。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば「移入」残基と呼ばれ、これらは典型的には「移入」可変ドメインから採られる。ヒト化は、本質的にはWinterおよび共同研究者（Jones et al. (1986) Nature 321: 522-525；Riechmann et al. (1988) Nature 332:323-327；Verhoeyen et al. (1988) Science 239: 1534-1536）の方法に従って、超可変領域配列をヒト抗体の対応する配列の代わりに用いることによって行うことができる。
【０３００】
場合によっては、ヒト化抗体は、親齧歯動物抗体の6つの相補性決定領域（CDR）のアミノ酸配列をヒト抗体フレームワーク上に接ぎ合わせるCDRグラフティングによって構築される。Padlan et al. (FASEB J. 9:133-139, 1995)は、抗原と実際に接触するのはCDR中の残基の約3分の1に過ぎないことを明らかにし、これらを「特異性決定残基」またはSDRと名付けている。SDRグラフティングの手法では、SDR残基のみをヒト抗体フレームワーク上に接ぎ合わせる（Kashmiri et al., Methods 36: 25-34, 2005）。
【０３０１】
ヒト化抗体を作製する際に用いられる、軽鎖および重鎖の両方のヒト可変ドメインの選択は、抗原性を低下させるために重要でありうる。いわゆる「ベストフィット」法に従って、齧歯動物抗体の可変ドメインの配列を、既知のヒト可変ドメイン配列のライブラリー全体に対してスクリーニングする。続いて、齧歯動物のものに最も近いヒト配列は、ヒト化抗体のヒトフレームワークとして受け入れられる（Sims et al. (1993) J. Immunol. 151:2296；Chothia et al. (1987) J. Mol. Biol. 196:901。別の方法では、軽鎖または重鎖の特定のサブグループのすべてのヒト抗体のコンセンサス配列に由来する特定のフレームワークを用いる。同じフレームワークをいくつかの異なるヒト化抗体に用いることができる（Carter et al. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285；Presta el al. (1993) J. Immunol., 151:2623。場合によっては、フレームワークは、最も量の多いヒトサブクラスであるVL6サブグループI（VL6I）およびVHサブグループIII（VHIII）のコンセンサス配列に由来する。別の方法においては、ヒト生殖系列遺伝子をフレームワーク領域の供給源として用いる。
【０３０２】
超ヒト化（Superhumanization）と呼ばれる、CDRの比較に基づく1つの代替的なパラダイムでは、FRの相同性は重要でない。この方法は、非ヒト配列と機能的ヒト生殖系列遺伝子レパートリーとの比較からなる。続いて、マウス配列と同じかまたはよく似た標準構造（canonical structure）をコードする遺伝子を選択する。次に、非ヒト抗体と共通の標準構造を有する遺伝子の中で、CDR内で最も高い相同性を有するものをFRドナーとして選ぶ。最後に、非ヒトCDRをこれらのFR上に接ぎ合わせる（Tan et al., J. Immunol. 169: 1119-1125, 2002）。
【０３０３】
一般に、抗体は、抗原に対する高い親和性および他の有利な生物学的特性を保ったままでヒト化されることがさらに望ましい。この目標を達成するために、1つの方法によれば、親配列およびヒト化配列の三次元モデルを用いた親配列およびさまざまな概念上のヒト化産物の分析の過程によって、ヒト化抗体が調製される。三次元の免疫グロブリンモデルは一般的に入手可能であり、当業者にはよく知られている。選択された候補の免疫グロブリン配列に関して可能性のある三次元立体構造を図示および表示するコンピュータプログラムが使用可能である。これらには、例えば、WAM（Whitelegg and Rees, Protein Eng. 13: 819-824, 2000）、Modeller（Sali and Blundell, J. Mol. Biol. 234: 779-815, 1993）、およびSwiss PDB Viewer（Guex and Peitsch, Electrophoresis 18: 2714-2713, 1997）が含まれる。これらの表示の検討により、候補免疫グロブリン配列の機能における残基の考えられる役割の分析、例えば、候補免疫グロブリンがその抗原を結合させる能力に影響を及ぼす残基の分析が可能となる。このようにして、標的抗原に対する親和性の増大といった所望の抗体特性が達成されるように、FR残基をレシピエント配列および移入配列より選択し、組み合わせることができる。一般に、超可変領域残基は、抗原結合に影響を及ぼすことに直接かつ最も実質的に関与している。
【０３０４】
抗体のヒト化のための別の方法は、ヒトストリング含有量（HSC）と名付けられた、抗体のヒト性（humanness）に関する尺度に基づく。この方法では、マウス配列をヒト生殖系列遺伝子のレパートリーと比較し、その差異をHSCとしてスコア化する。続いて、全体的な同一性尺度を使用するのではなくてそのHSCを最大化することによって標的配列をヒト化して、複数の多様なヒト化変異体を作製する（Lazar et al., Mol. Immunol. 44: 1986-1998, 2007）。
【０３０５】
上記の方法とは対照的に、経験的な方法を用いて、ヒト化抗体を作製して選択することもできる。これらの方法は、ヒト化変異体の大規模ライブラリーの作製に、および濃縮技術またはハイスループットスクリーニング手法を用いた最良のクローンの選択に基づく。抗体変異体は、ファージ、リボソーム、および酵母ディスプレイライブラリーから、または細菌コロニースクリーニングによって単離することができる（Hoogenboom, Nat. Biotechnol. 23: 1105-1116, 2005；Dufner et al., Trends Biotechnol. 24: 523-529, 2006；Feldhaus et al., Nat. Biotechnol. 21: 163-70, 2003；Schlapschy et al., Protein Eng. Des. Sel. 17: 847-60, 2004）。
【０３０６】
FRライブラリーのアプローチでは、一群の残基変異体をFR中の特定の位置に導入し、その後に、グラフティングがなされたCDRを最もよく支えるFRを選択するためのライブラリーの選択を行う。置換されることになる残基には、CDR構造に寄与する可能性があるとして同定された「Vernier」残基のいくつかもしくはすべて（Foote and Winter, J. Mol. Biol. 224: 487-499, 1992）、またはBaca et al. (J. Biol. Chem. 272: 10678-10684, 1997）によって同定された、より限定された標的残基のセット由来のいくつかもしくはすべてが含まれうる。
【０３０７】
FRシャフリングでは、選択された残基変異体のコンビナトリアルライブラリーを作製する代わりに、FR全体を非ヒトCDRと組み合わせる（Dall'Acqua et al., Methods 36: 43-60, 2005）。ライブラリーを、最初にVLをヒト化し、その後にVHをヒト化する二段階選択過程において結合に関してスクリーニングすることができる。または、一段階FRシャフリング過程を用いることもできる。そのような過程は、結果的に得られる抗体が発現増大、親和性増大、および耐熱性を含む、改良された生化学的および物理化学的な特性を示すことから、二段階スクリーニングよりも効率的であることが示されている（Damschroder et al, Mol. Immunol. 44: 3049-60, 2007）。
【０３０８】
「ヒューマニアリング（humaneering）」法は、本質的な最小特異性決定基（MSD）の実験的な同定に基づき、かつ、ヒトFRのライブラリーへの非ヒト断片の逐次的置き換えおよび結合の評価に基づくものである。これは、非ヒトVH鎖およびVL鎖のCDR3の領域から開始され、VHおよびVLの両方のCDR-1およびCDR-2を含む非ヒト抗体の他の領域をヒトFRへと漸進的に置き換える。この方法は典型的には、エピトープ保持、および別個のヒトVセグメントCDRを有する複数のサブクラスからの抗体の同定をもたらす。ヒューマニアリングは、ヒト生殖系列遺伝子抗体に対して91〜96％相同な抗体の単離を可能にする（Alfenito, Cambridge Healthtech Institute's Third Annual PEGS, The Protein Engineering Summit, 2007）。
【０３０９】
5．ヒト抗体
本発明のヒト抗C16orf54抗体は、ヒト由来ファージディスプレイライブラリーより選択されたFvクローン可変ドメイン配列を、上記のような既知のヒト定常ドメイン配列と組み合わせることによって構築することができる。または、本発明のヒトモノクローナル抗C16orf54抗体を、ハイブリドーマ法によって作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫およびマウス-ヒト異種骨髄腫細胞株は、例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)；Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；およびBoerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)によって記載されている。
【０３１０】
また、免疫処置後に、内在性免疫グロブリン産生の非存在下で、ヒト抗体の完全レパートリーを産生しうるトランスジェニック動物（例えば、マウス）を作製することも可能である。ヒト抗体レパートリーを発現するトランスジェニックマウスは、多種多様な薬物標的候補に対する高親和性ヒト配列モノクローナル抗体を作製するために用いられている。Jakobovits, A., Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 6(5):561-6；Bruggemann and Taussing, Curr. Opin. Biotechnol. 1997, 8(4):455-8；米国特許第6,075,181号および同第6,150,584号；ならびにLonberg et al, Nature Biotechnol. 23: 1117-1125, 2005を参照）。
【０３１１】
または、ヒト抗体を、標的抗原に対する抗体を産生するヒトBリンパ球の不死化によって調製することもできる（そのようなB細胞は、個体から回収してもよいか、またはインビトロで免疫されたものでもよい）。Cole et al, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985)；Boerner et al, J. Immunol., 147 (1):86-95 (1991)；および米国特許第5,750,373号を参照。
【０３１２】
遺伝子シャフリングを用いて、非ヒト、例えば、齧歯動物の抗体からヒト抗体を得ることができ、この場合、ヒト抗体は、出発非ヒト抗体と類似した親和性および特異性を有する。「エピトープインプリンティング」または「ガイド選択（guided selection）」とも呼ばれるこの方法によれば、本明細書に記載されるようなファージディスプレイ手法によって得られた非ヒト抗体断片の重鎖または軽鎖の可変領域のいずれかをヒトVドメイン遺伝子のレパートリーと置き換え、非ヒト鎖／ヒト鎖のscFvまたはFabキメラの集団を作製する。抗原を用いた選択によって、非ヒト鎖／ヒト鎖のキメラscFvまたはFabの単離がもたらされ、この場合、ヒト鎖は、一次ファージディスプレイクローン中の対応する非ヒト鎖の除去時に破壊された抗原結合部位を取り戻す、すなわち、エピトープがヒト鎖パートナーの選択をガイドする（刷り込む）。残りの非ヒト鎖を置き換えるためにこの過程を繰り返すと、ヒト抗体が得られる（PCT WO93／06213；およびOsbourn et al, Methods., 36, 61-68, 2005を参照）。CDRグラフティングによる非ヒト抗体の従来のヒト化とは異なり、この手法では、非ヒト起源のFR残基もCDR残基も有しない、完全にヒトの抗体が得られる。細胞表面抗原に向かうマウス抗体をヒト化するためのガイド選択の例には、卵巣癌細胞上に存在する葉酸結合タンパク質（Figini et al., Cancer Res., 58, 991-996, 1998）、および肝細胞癌上で高度に発現されるCD147（Bao et al., Cancer Biol. Ther., 4, 1374-1380, 2005）が含まれる。
【０３１３】
ガイド選択アプローチの潜在的な欠点の1つは、他方の抗体鎖を不変に保ちながらの一方の抗体鎖のシャフリングが、エピトープのずれをもたらす恐れがあることである。非ヒト抗体によって認識されるエピトープを維持するために、CDR保持を適用することができる（Klimka et al., Br. J. Cancer., 83, 252-260, 2000；Beiboer et al., J. Mol. Biol., 296, 833-49, 2000）。この方法では、非ヒトCDR-H3が保持されることが多いが、これはこのCDRが抗原結合部位の中心にあり、抗原認識のための抗体の最も重要な領域であることが立証されているためである。しかし、場合によっては、非ヒト抗体のCDR-H3およびCDR-L3、ならびにCDR-H3、CDR-L3、およびCDR-L2が保持されることもある。
【０３１４】
6．二重特異性抗体
二重特異性抗体とは、少なくとも2つの異なる抗原に対する結合特異性を有するモノクローナル抗体のことである。ある態様において、二重特異性抗体は、ヒト抗体またはヒト化抗体である。ある態様において、結合特異性のうちの一方はC16orf54に対するものであり、もう一方は任意の他の抗原に対するものである。いくつかの態様において、結合特異性のうちの一方はC16orf54に対するものであり、もう一方は、CD5、CD11a、CD20、CD23、CD27、CD33、CD38、CD48、CD49d、CD52、CD62L、およびCD100を含むがこれらに限定されない、白血病細胞上に発現される表面抗原に対するものである。いくつかの態様において、二重特異性抗体の一方のアームはC16orf5と特異的に結合し、もう一方のアームは、CLL（例えば、アレムツズマブ、リツキシマブ、オファツムマブ、またはルミリキシマブ）またはAML（例えば、ゲムツズマブ）を治療するために用いられる公知の抗体の結合特異性を有する。ある態様において、二重特異性抗体が、C16orf54の2つの異なるエピトープと結合してもよい。二重特異性抗体を用いて、C16orf54を発現する細胞に細胞傷害性物質を局在化させることもできる。これらの抗体は、C16orf54結合アーム、および例えばサポリン、抗インターフェロン-α、ビンカアルカロイド、リシンA鎖、メトトレキサート、または放射性同位体ハプテンといった細胞傷害性物質を結合させるアームを保有する。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体断片（例えば、F(ab')2二重特異性抗体）として調製することができる。
【０３１５】
二重特異性抗体を作製するための方法は当技術分野で公知であり、例えば、2つの重鎖が異なる特異性を有する場合の2つの免疫グロブリン重鎖-軽鎖対の共発現によるものなどがある（Milstein and Cuello, Nature, 305: 537 (1983)）。二重特異性の作製のさらなる詳細については、例えば、Bispecific Antibodies, Kontermann, ed., Springer-Verlag, Hiedelberg (2011)を参照されたい。
【０３１６】
7．多価抗体
多価抗体は、抗体が結合する抗原を発現する細胞によって二価抗体よりも速く内部移行（および／または異化）されうる。本発明の抗体は、3つまたはそれ以上の抗原結合部位を有する（IgMクラス以外である）多価抗体（例えば、四価抗体）であることができ、これは抗体のポリペプチド鎖をコードする核酸の組換え発現によって容易に産生させることができる。多価抗体は、二量体化ドメインおよび3つまたはそれ以上の抗原結合部位を含むことができる。ある態様において、二量体化ドメインは、Fc領域またはヒンジ領域を含む（またはそれらからなる）。このシナリオでは、抗体は、Fc領域、およびFc領域のアミノ末端側の3つまたはそれ以上の抗原結合部位を含むと考えられる。ある態様において、多価抗体は、3つ〜約8つの抗原結合部位を含む（またはそれらからなる）。1つのそのような態様において、多価抗体は、4つの抗原結合部位を含む（またはそれらからなる）。多価抗体は、少なくとも1つのポリペプチド鎖（例えば、2つのポリペプチド鎖）を含み、ポリペプチド鎖は、2つまたはそれ以上の可変ドメインを含む。例えば、ポリペプチド鎖は、VD1-(X1)n-VD2-(X2)n-Fcを含むことができ、VD1は第1の可変ドメインであり、VD2は第2の可変ドメインであり、FcはFc領域の1つのポリペプチド鎖であり、X1およびX2はアミノ酸またはポリペプチドを表し、nは0または1である。例えば、ポリペプチド鎖は以下を含みうる：VH-CH1-柔軟なリンカー-VH-CH1-Fc領域の鎖、またはVH-CH1-VH-CH1-Fc領域の鎖。本明細書における多価抗体は、少なくとも2つ（例えば、4つ）の軽鎖可変ドメインポリペプチドをさらに含むことができる。本明細書における多価抗体は、例えば、約2つ〜約8つの軽鎖可変ドメインポリペプチドを含むことができる。ここで想定している軽鎖可変ドメインポリペプチドは、軽鎖可変ドメインを含み、任意でCLドメインをさらに含む。
【０３１７】
8．エフェクター機能遺伝子操作
本発明の抗体を、例えば、抗体の抗原依存性細胞媒介性細胞傷害作用（ADCC）および／または補体依存性細胞傷害作用（CDC）を強化するために、エフェクター機能に関して改変することが望ましいと考えられる。これは、抗体のFc領域に1つまたは複数のアミノ酸置換を導入することによって達成しうる。例えば、Lazar et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103(1 1):4005-4010；Presta, L.G., Curr. Opin. Immunol. 2008, 20(4):460-70；ならびに米国特許第7,183,387号；同第7,332,581号；および同第7,335,742号を参照されたい。
【０３１８】
代替的または追加的に、システイン残基をFc領域に導入し、それにより、この領域における鎖間ジスルフィド結合の形成を可能にすることもできる。そのようにして作製されたホモ二量体抗体は、内部移行能力の向上ならびに／または補体媒介性細胞死滅および抗体依存性細胞性細胞傷害作用（ADCC）の増大を有する可能性がある。Caron et al., J. Exp Med. 176: 1191-1195 (1992)およびShopes, B. J. Immunol. 148:2918-2922 (1992)を参照。また、抗腫瘍活性が強化されたホモ二量体抗体を、Wolff et al., Cancer Research 53:2560-2565 (1993)に記載されたようなヘテロ二機能性架橋剤を用いて調製することもできる。または、抗体を、二重のFc領域を有するように遺伝子操作して、それにより補体溶解およびADCC能力を向上させることもできる。Stevenson et al., Anti-Cancer Drug Design 3:219-230 (1989)を参照。抗体の血清中半減期を延長させるために、例えば、米国特許第5,739,277号に記載されたように抗体（特に抗体断片）にサルベージ受容体結合エピトープを組み入れることができる。本明細書で用いる場合、「サルベージ受容体結合エピトープ」という用語は、IgG分子のインビボ血清中半減期の延長を担うIgG分子（例えば、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4）のFc領域のエピトープのことを指す。
【０３１９】
9．代替的な結合物質
本発明は、本明細書に開示された抗C16orf54抗体と同じエピトープと特異的に結合する非免疫グロブリン性結合物質を包含する。いくつかの態様において、結合物質は、競合結合アッセイ法において本発明の抗C16orf54抗体と置き換わるかまたは該抗体によって置き換えられる、作用物質として同定される。これらの代替的な結合物質には、例えば、当技術分野において公知の、遺伝子操作されたタンパク質スカフォールドのいずれかが含まれうる。そのようなスカフォールドには、例えば、リガンド結合部位を形成する4つの超可変ループを支持する強固なβ-バレルを特徴とするタンパク質構造を持つリポカリンスカフォールドを基にしたアンチカリンが含まれる。新規な結合特異性が、ループ領域における標的化ランダム突然変異誘発と、機能的提示およびガイド選択との組み合わせによって、遺伝子操作されている（Skerra (2008) FEBS J. 275: 2677-2683）。他の適したスカフォールドには、例えば、ヒトフィブロネクチンIIIの10番目の細胞外ドメインを基にしたアドネクチンまたはモノボディ（Koide and Koide (2007) Methods Mol. Biol. 352: 95-109）；ブドウ球菌プロテインAのZドメインを基にしたアフィボディ（Nygren et al. (2008) FEBS J. 275: 2668-2676)）；アンキリンリピートタンパク質を基にしたDARPin（Stumpp et al. (2008) Drug. Discov. Today 13: 695-701)；ヒトFynプロテインキナーゼのSH3ドメインを基にしたフィノマー Grabulovski et al. (2007) J. Biol. Chem. 282: 3196-320）；スルフォロバス・アシドラリウス（Sulfolobus acidolarius）由来のSac7dを基にしたアフィチン（affitin）（Krehenbrink et al. (2008) J. Mol. Biol. 383: 1058-1068）；ヒトy-B-クリスタリンを基にしたアフィリン（Ebersbach et al. (2007) J. Mol. Biol. 372: 172-185）；膜受容体タンパク質のAドメインを基にしたアビマー（avimer）（Silverman et al. (2005) Biotechnol. 23: 1556-1561）；システインリッチノッチンペプチド（Kolmar (2008) FEBS J. 275: 2684-2690）；および遺伝子操作されたクニッツ型阻害体（Nixon and Wood (2006) Curr. Opin. Drug. Discov. Dev. 9: 261-268）が含まれうる。総説については、Gebauer and Skerra (2009) Curr. Opin. Chem. Biol. 13: 245-255を参照されたい。
【０３２０】
抗体変異体
いくつかの態様においては、本明細書に記載の抗体のアミノ酸配列の改変を想定している。例えば、結合親和性、および／または、特異性、耐熱性、発現レベル、エフェクター機能、グリコシル化、免疫原性の低さ、もしくは溶解性を含むがこれらに限定されない、抗体の他の生物学的特性を改善することが望ましいと考えられる。本明細書に記載の抗C16orf54抗体に加えて、抗C16orf54抗体変異体を調製しうることを想定している。抗C16orf54抗体変異体は、コードするDNAに適切なヌクレオチド変化を導入することによって、および／または所望の抗体もしくはポリペプチドの合成によって調製することができる。当業者は、アミノ酸変化が、グリコシル化部位の数または位置を変化させるかまたは膜係留特性を変更させるというように、抗C16orf54抗体の翻訳後過程を変化させる可能性があることを認識しているであろう。
【０３２１】
いくつかの態様において、本明細書に提供される抗体は、例えば、抗体への任意のタイプの分子の共有結合によって、化学的に修飾される。例えば、しかし非限定的に、抗体誘導体は、例えば、グリコシル化、アセチル化、ペグ化、リン酸化、アミド化、公知の保護／ブロッキング基による誘導体化、タンパク質分解的切断、細胞リガンドもしくは他のタンパク質への連結などによって、化学的に修飾されている抗体を含む。多数の化学修飾のいずれも、特異的化学切断、アセチル化、ホルムレーション、ツニカマイシンの代謝合成などを含むがこれらに限定されない、公知の技術によって行われうる。さらに、抗体は、1つまたは複数の非古典的アミノ酸を含有しうる。
【０３２２】
変異は、天然型配列抗体またはポリペプチドと比較した場合にアミノ酸配列における変化をもたらす抗体またはポリペプチドをコードする1つまたは複数のコドンの置換、欠失、または挿入でありうる。アミノ酸置換は、例えばセリンによるロイシンの置き換えのように、あるアミノ酸を、類似の構造的および／または化学的特性を有する別のアミノ酸に置き換える、例えば、保存的アミノ酸置換の結果でありうる。挿入または欠失は、任意で、約1つ〜5つのアミノ酸の範囲でありうる。ある態様において、置換、欠失または挿入は、元の分子と比べて25個未満のアミノ酸置換、20個未満のアミノ酸置換、15個未満のアミノ酸置換、10個未満のアミノ酸置換、5個未満のアミノ酸置換、4個未満のアミノ酸置換、3個未満のアミノ酸置換、または2個未満のアミノ酸置換を含む。特定の態様において、置換は、1つまたは複数の予想される非必須アミノ酸残基において行われる保存的アミノ酸置換である。許容される変異は、配列中のアミノ酸の挿入、欠失、または置換を系統的に作製し、その結果生じる変異体を、完全長または成熟天然型配列によって示される活性に関して試験することによって決定されうる。いくつかの態様において、置換、欠失または挿入は、表1、3、および4に特定されるように「X」と名付けられた1つまたは複数の残基などの、可変アミノ酸残基において行うことができる。
【０３２３】
アミノ酸配列挿入には、1残基から100残基またはそれ以上を含むポリペプチドまでの範囲の長さにわたるアミノおよび／またはカルボキシル末端融合体、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入物を含む。末端挿入物の例には、N末端メチオニル残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体には、抗体の血清半減期を延長させる酵素（例えば、抗体依存性酵素プロドラッグ療法に関して）またはポリペプチドに対する抗体のN末端またはC末端への融合体が含まれる。
【０３２４】
抗体の生物学的特性の実質的な改変は、（a）置換領域におけるポリペプチド骨格の、例えば、シート状もしくはらせん状立体構造としての構造、（b）分子の標的部位での電荷もしくは疎水性、または（c）側鎖のかさ、を維持することに関してその効果が顕著に異なる置換を選択することによって達成される。アミノ酸は、その側鎖の特性の類似性に従ってグループ分けすることができる（A. L. Lehninger, Biochemistry, 2nd Ed., pp. 73-75, Worth Publishers, New York (1975)）：
（1）非極性：Ala（A）、Val（V）、Leu（L）、Ile（I）、Pro（P）、Phe（F）、Trp（W）、Met（M）、
（2）非荷電極性：Gly（G）、Ser（S）、Thr（T）、Cys（C）、Tyr（Y）、Asn（N）、Gln（Q）、
（3）酸性：Asp（D）、Glu（E）、
（4）塩基性：Lys（K）、Arg（R）、His（H）。
【０３２５】
または、天然に存在する残基を、共通の側鎖特性に基づいてグループに分けることもできる：
（1）疎水性：ノルロイシン、Met、Ala、Val、Leu、Ile、
（2）中性親水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln、
（3）酸性：Asp、Glu、
（4）塩基性：His、Lys、Arg、
（5）鎖の配向に影響を与える残基：Gly、Pro、
（6）芳香族：Trp、Tyr、Phe。
【０３２６】
非保存的置換は、これらのクラスのうちの1つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。そのような置換された残基は、保存的置換部位に、または残りの（非保存的）部位に導入することもできる。したがって、1つの態様において、C16orf54エピトープと結合する抗体またはその断片は、本明細書に記載のマウスモノクローナル抗体のアミノ酸配列と少なくとも35％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、または少なくとも99％同一であるアミノ酸配列を含む。1つの態様において、C16orf54エピトープと結合する抗体またはその断片は、表1〜29に示されるアミノ酸配列と少なくとも35％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、または少なくとも99％同一であるアミノ酸配列を含む。さらに別の態様において、C16orf54エピトープと結合する抗体またはその断片は、表1〜29に示されるVH CDRアミノ酸配列および／または表1〜6、10、12〜22、24、25、および29に示されるVL CDRアミノ酸配列と少なくとも35％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、または少なくとも99％同一であるVH CDRおよび／またはVL CDRアミノ酸配列を含む。変異は、オリゴヌクレオチド媒介性（部位特異的）突然変異誘発、アラニンスキャニングおよびPCR突然変異誘発といった当技術分野において公知の方法を用いて作製することができる。部位特異的突然変異誘発（Carter et al., Nucl. Acids Res., 13:4331 (1986)；Zoller et al., Nucl. Acids Res., 10:6487 (1987)）、カセット突然変異誘発（Wells et al., Gene, 34:3 15 (1985)）、制限選択突然変異誘発（Wells et al., Philos. Trans. R. Soc. London SerA, 317:415 (1986)）、または他の公知の手法を、クローニングされたDNAに対して実施して、抗C16orf54抗体変異体DNAを作製することができる。
【０３２７】
抗C16orf54抗体の正しい立体構造の維持に関与していない任意のシステイン残基は、分子の酸化安定性を向上させて異常な架橋結合を防止するために、一般にセリンで置換することができる。逆に、その安定性を向上させるために（特に、抗体がFv断片などの抗体断片である場合）、システイン結合を抗C16orf54抗体に付加することもできる。抗体-薬物コンジュゲートを作製するために用いうるシステイン遺伝子操作抗体は、例えば、WO2006／034488に記載されている。
【０３２８】
1つの態様において、本発明の抗C16orf54抗体分子は「脱免疫された（de-immunized）」抗体である。「脱免疫された」抗C16orf54抗体とは、それぞれの元の脱免疫されていない抗体と比較して、そのアミノ酸配列中に抗体の免疫原性の低下をもたらす1つまたは複数の改変を有する、ヒト化またはキメラ抗C16orf54抗体に由来する抗体のことである。そのような抗体突然変異体を作製するための手順の1つは、抗体分子のT細胞エピトープの同定および除去を伴う。最初の段階では、抗体分子の免疫原性を、いくつかの方法によって、例えば、当技術分野で公知であるような、インビトロでのT細胞エピトープの決定またはそのようなエピトープのインシリコ予測によって、決定することができる。ひとたびT細胞エピトープ機能のために決定的な残基が同定されると、免疫原性を除去し、かつ抗体活性を保つための突然変異を作製することができる。総説については、Jones et al., Methods in Molecular Biology 525: 405-423, 2009を参照されたい。
【０３２９】
インビトロ親和性成熟
1つの態様において、親抗体と比較して、親和性、安定性、または発現レベルなどの特性が向上した抗体変異体は、インビトロ親和性成熟におけるものである。天然のプロトタイプと同様に、インビトロ親和性成熟は突然変異および選択の原理に基づく。抗体のライブラリーを、Fab、scFv、またはVドメイン断片として、生物（例えば、ファージ、細菌、酵母、または哺乳動物細胞）の表面上に、またはそれらをコードするmRNAもしくはDNAと（共有結合的または非共有結合的に）会合した状態で提示する。提示された抗体の親和性選択により、抗体をコードする遺伝情報を保有する生物または複合体の単離が可能になる。ファージディスプレイなどのディスプレイ方法を用いた2回または3回の突然変異および選択により、通常、低いナノモル濃度の範囲にある親和性を有する抗体断片がもたらされる。好ましい親和性成熟抗体は、標的抗原に対してナノモル濃度またはさらにはピコモル濃度の親和性を有すると考えられる。
【０３３０】
ファージディスプレイは、抗体の提示および選択のための、最も普及している方法である。抗体を、バクテリオファージコートタンパク質との融合物として、FdまたはM13バクテリオファージの表面に提示させる。選択は、ファージに提示された抗体をそれらの標的を結合させるための抗原に対する曝露を伴い、この過程は「パニング」と称される。抗原と結合したファージを回収し、細菌を感染させて、さらなる回数の選択のためのファージを産生させる。総説については、Hoogenboom, Methods. Mol. Biol. 178: 1-37, 2002；Bradbury and Marks, J. Immuno. Methods 290: 29-49, 2004を参照）。
【０３３１】
酵母ディスプレイシステム（Boder et al., Nat. Biotech. 15: 553-57, 1997；Chao et al., Nat. Protocols 1:755-768, 2006）では、抗体を、重鎖および軽鎖が柔軟なリンカーによって接続された単鎖可変融合体（scFv）として提示させる。scFvを、Aga1pとのジスルフィド結合によって酵母細胞壁に結びつく酵母凝集素タンパク質Aga2pの接着サブユニットと融合させる。Aga2pを介したタンパク質の提示により、このタンパク質は細胞表面から離れる方向に突き出して、酵母細胞壁上の他の分子と相互作用が起こる可能性を最小限に抑える。親和性または安定性が向上した抗体を選択するためのライブラリーのスクリーニングには、磁性分離およびフローサイトメトリーが用いられる。関心対象の可溶性抗原に対する結合は、ビオチン化抗原による酵母の標識、および蛍光団とコンジュゲートされたストレプトアビジンなどの二次試薬によって決定される。抗体の表面発現の変動は、scFvに隣接する赤血球凝集素またはc-Mycエピトープタグのいずれかの免疫蛍光標識によって測定することができる。発現は提示されるタンパク質の安定性と相関することが示されており、それ故に抗体を安定性ならびに親和性の向上に関して選択することができる（Shusta et al., J. Mol. Biol. 292: 949-956, 1999）。酵母ディスプレイのさらなる利点は、提示されたタンパク質が、真核生物の酵母細胞の小胞体内でフォールディングされ、小胞体シャペロンおよび品質保証機構を利用することである。ひとたび成熟が完了すると、抗体親和性を、酵母の表面に提示された状態で都合よく「微調節」することができ、各クローンの発現および精製の必要性はなくなる。酵母表面ディスプレイの理論的限界は、他のディスプレイ法よりも機能的なライブラリーのサイズが小さくなる可能性があることであるが；最近のアプローチでは、酵母細胞の接合様式を用いて、サイズが1014と推定される組み合わせ多様性が生み出されている（米国特許出願公開第2003／0186,374号；Blaise et al.. Gene 342: 211-218, 2004）。
【０３３２】
リボソームディスプレイでは、無細胞系において選択のために抗体-リボソーム-mRNA（ARM）複合体を作製する。抗体の特定のライブラリーをコードするDNAライブラリーを、終止コドンを欠くスペーサー配列と遺伝的に融合させる。このスペーサー配列は、翻訳された場合にペプチジルtRNAと依然として結びついたままであり、リボソームトンネルを占有し、それ故に関心対象のタンパク質がリボソームからはみ出てフォールディングを起こすようにする。結果的に生じたmRNA、リボソーム、およびタンパク質の複合体は、表面に結合したリガンドと結合することができ、リガンドによる親和性捕捉を通じて、抗体とそれをコードするmRNAとの同時単離が可能になる。続いて、リボソームに結合したmRNAを逆転写させてcDNAにし、続いてそれに突然変異誘発法に供して、次回の選択に用いることができる（Fukuda et al., Nucleic Acids Res. 34, el 27, 2006）。mRNAディスプレイでは、抗体とmRNAとの共有結合が、ピューロマイシンをアダプター分子として確立される（Wilson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 3750-3755, 2001)）。
【０３３３】
これらの方法はすべてインビトロで行われるため、それらには他の選択技術を上回る主な利点が2つある。第1に、ライブラリーの多様性は、細菌細胞の形質転換効率によってではなく、試験管内に存在するリボソームおよび種々のmRNA分子の数のみによって限定されることである。第2に、各回の選択の後に、例えば、非プルーフリーディングポリメラーゼによってランダム突然変異を容易に導入しうるため、いかなる多様化段階の後にもライブラリーの形質転換を行う必要がない。
【０３３４】
多様性は、抗体ライブラリーのCDRまたはV遺伝子全体に、標的指向性様式で、またはランダム導入によって導入することができる。前者のアプローチは、高レベルもしくは低レベルの突然変異誘発によって抗体のCDRのすべてを逐次的に標的とすること、または体細胞超突然変異の孤立したホットスポット（Ho, et al., J. Biol. Chem. 280: 607-617, 2005）もしくは実験的基盤もしくは構造上の理由から親和性に影響を及ぼすと疑われる残基を標的とすることを含む。ランダム突然変異は、大腸菌突然変異誘発株、DNAポリメラーゼによる誤りがちな複製（Hawkins et al.、J. Mol. Biol. 226：889-896、1992）またはRNAレプリカーゼを用いて、V遺伝子全体にわたって導入することができる。また、天然に多様性のある領域の、DNAシャフリングまたは類似の手法による置き換えによって、多様性を導入することもできる（（Lu et al., J. Biol. Chem 278: 43496-43507, 2003；米国特許第5,565,332号；米国特許第6,989,250号）。代替的な手法では、フレームワーク領域残基へと伸長した超可変ループを標的とする（Bond et al., J. Mol. Biol. 348: 699-709, 2005）か、CDRにおけるループの欠失および挿入を使用するか、またはハイブリダイゼーションに基づく多様化を用いる（米国特許出願公開第2004／0005709号）。CDRにおける多様性を生じさせるさらなる方法は、米国特許第7,985,840号に開示されている。
【０３３５】
ライブラリーのスクリーニングは、当技術分野で公知のさまざまな手法によって達成することができる。例えば、C16orf54を、固体支持体、カラム、ピン、またはセルロース／ポリ(ビニリデンフルオリド)膜／他のフィルター上に固定化すること、吸着プレートのウェルをコートするために用いること、吸着プレートに固定させるかもしくは細胞選別に用いる宿主細胞上で発現させること、またはストレプトアビジンをコートしたビーズによる捕捉のためにビオチンとコンジュゲートさせること、またはディスプレイライブラリーのパニングのための任意の他の方法に用いることができる。
【０３３６】
インビトロ親和性成熟法の総説については、Hoogenboom, Nature Biotechnology 23: 1105-1116, 2005およびQuiroz and Sinclair, Revista Ingeneria Biomedia 4: 39-51, 2010ならびにそれらの中の参照文献を参照されたい。
【０３３７】
抗C16orf54抗体の修飾
抗C16orf54抗体の共有結合性修飾は、本発明の範囲内に含まれる。共有結合性修飾は、抗C16orf54抗体の標的とするアミノ酸残基を、抗C16orf54抗体の選択された側鎖またはN末端もしくはC末端残基と反応しうる有機性誘導体化剤と反応させることを含む。他の修飾には、グルタミニル残基およびアスパラギニル残基の、それぞれ対応するグルタミル残基およびアスパルチル残基への脱アミド、プロリンおよびリジンのヒドロキシル化、セリル残基またはトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン、アルギニンおよびヒスチジン側鎖のα-アミノ基のメチル化（T.E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, pp. 79-86 (1983)）、N末端アミンのアセチル化、ならびにC末端カルボキシル基のアミド化が含まれる。
【０３３８】
本発明の範囲内に含まれる、抗C16orf54抗体の他の種類の共有結合性修飾には、抗体またはポリペプチドの天然型グリコシル化パターンを変更すること（Beck et al., Curr. Pharm. Biotechnol. 9: 482-501, 2008；Walsh, Drug Discov. Today 15: 773-780, 2010）、および、抗体を種々の非タンパク質性重合体、例えば、ポリエチレングリコール（PEG）、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンの1つに、米国特許第4,640,835号；同第4,496,689号；同第4,301,144号；同第4,670,417号；同第4,791,192号；または同第4,179,337号に記載された様式で連結させることが含まれる。
【０３３９】
また、本発明の抗C16orf54抗体を、抗C16orf54抗体が別の異種ポリペプチドまたはアミノ酸配列、例えばエピトープタグ（Terpe, Appl. Microbiol. Biotechnol. 60: 523-533, 2003）またはIgG分子のFc領域（Aruffo, "Immunoglobulin fusion proteins" in Antibody Fusion Proteins, S.M. Chamow and A. Ashkenazi, eds., Wiley-Liss, New York, 1999, pp. 221-242）と融合したものを含むキメラ分子を形成するように改変することもできる。
【０３４０】
さらに、C16orf54抗原と結合する本明細書に提供される抗体と異種ポリペプチドとを含む融合タンパク質を本明細書において提供する。いくつかの態様において、抗体が融合される異種ポリペプチドは、細胞表面発現されたC16orf54を有する細胞へ抗体を標的化するために有用である。
【０３４１】
さらに、C16orf54抗原と結合する抗体のパネルを本明細書において提供する。特定の態様において、抗体のパネルは、異なる会合速度定数、異なる解離速度定数、C16orf54抗原に対する異なる親和性、および／またはC16orf54抗原に対する異なる特異性を有する。いくつかの態様において、パネルは、約10、約25、約50、約75、約100、約125、約150、約175、約200、約250、約300、約350、約400、約450、約500、約550、約600、約650、約700、約750、約800、約850、約900、約950、もしくは約1000個またはそれ以上の抗体を含むかまたは該抗体からなる。抗体のパネルは、例えば、ELISAなどのアッセイ法のために、例えば、96ウェルまたは384ウェルプレートにおいて使用することができる。
【０３４２】
抗C16orf54抗体の調製
抗C16orf54抗体は、抗C16orf54抗体をコードする核酸を含むベクターによる形質転換またはトランスフェクションされた細胞を培養することによって産生されうる。本発明の抗体のポリペプチド構成成分をコードするポリヌクレオチド配列は、標準的な組換え手法を用いて得ることができる。ハイブリドーマ細胞などの抗体産生細胞から、所望のポリヌクレオチド配列を単離して、配列を決定することができる。または、ヌクレオチド合成装置またはPCR手法を用いてポリヌクレオチドを合成することもできる。ひとたび得られると、ポリペプチドをコードする配列を、宿主細胞内で複製して異種ポリヌクレオチドを発現することのできる組換えベクター中に挿入する。当技術分野において入手可能であり公知である多くのベクターを、本発明の目的に用いることができる。適切なベクターの選択は、主として、ベクター中に挿入される核酸のサイズ、およびベクターによって形質転換される具体的な宿主細胞に依存する。本発明の抗体を発現させるのに適した宿主細胞には、グラム陰性またはグラム陽性微生物を含む、古細菌（Archaebacteria）および真正細菌（Eubacteria）などの原核生物、糸状菌または酵母などの真核生物微生物、昆虫細胞などの無脊椎動物細胞または植物細胞、ならびに哺乳動物宿主細胞株などの脊椎動物細胞が含まれる。宿主細胞を上記の発現ベクターによって形質転換させて、プロモーターを誘導するため、形質転換を選択するため、または所望の配列をコードする遺伝子を増幅するために改変された従来の栄養培地中で培養する。宿主細胞によって産生された抗体は、当技術分野において公知の標準的なタンパク質精製法によって精製される。
【０３４３】
ベクター構築、発現、および精製を含む、抗体生産のための方法は、Pluckthun et al., (1996) in Antibody Engineering: Producing antibodies in Escherichia coli: From PCR to fermentation (McCafferty, J., Hoogenboom, H. R., and Chiswell, D. J., eds), 1 Ed., pp. 203-252, IRL Press, Oxford；Kwong, K. and Rader, C. E. coli expression and purification of Fab antibody fragments. Current protocols in protein science editorial board John E Coligan et al., Chapter 6, Unit 6.10 (2009)；Tachibana and Takekoshi, "Production of Antibody Fab Fragments in Escherischia coli," in Antibody Expression and Production, M. Al-Rubeai, Ed., Springer, New York, 2011；Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic (ed Z. An), John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, USAにさらに記載されている。
【０３４４】
当然ながら、当技術分野において周知である代替的な方法を、抗C16orf54抗体の調製のために使用することもできる。例えば、適切なアミノ酸配列またはその部分を、固相手法を用いる直接ペプチド合成によって生成させることができる（例えば、Stewart et al., Solid-Phase Peptide Synthesis, W.H. Freeman Co., San Francisco, CA (1969)；Merrifield, J. Am. Chem. Soc, 85:2149-2154 (1963)）。インビトロのタンパク質合成は、手作業の手法を用いて、または自動化によって行うことができる。抗C16orf54抗体のさまざまな部分を、別々に化学合成し、化学的または酵素的な方法を用いて組み合わせて、所望の抗C16orf54抗体を生成させることもできる。または、例えば、米国特許第5,545,807号および米国特許第5,827,690号に開示されたように、抗体を発現するように遺伝子操作されたトランスジェニック動物の細胞、または体液、例えば乳などから、抗体を精製することもできる。
【０３４５】
イムノコンジュゲート
本発明はまた、本発明の抗C16orf54抗体のいずれか1つが合成リンカーによって1つまたは複数の細胞傷害性物質と共有結合したものを含む、イムノコンジュゲート（「抗体薬物コンジュゲート」または「ADC」とも互換的に称される）も提供する。ADCは、モノクローナル抗体の高度の特異性と細胞傷害性分子の薬理学的有効性を兼ね備えており、腫瘍細胞への細胞傷害性物質の特異的なターゲティングを可能にし、かつほとんどの抗癌薬の非特異的毒性を回避する。総説については、例えば、Carter and Senter, Cancer J. 14: 154-169 (2008)；Ducry and Stump, Bioconjugate Chem. 21:5-13 (2010)；Beck et al., Discov. Med. 10: 329-339 (2010）を参照されたい。
【０３４６】
本発明のイムノコンジュゲートに用いるための細胞傷害性物質には、化学療法剤、上記のような薬物または増殖阻害物質、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそれらの断片）または放射性同位体が含まれうる。いくつかの態様において、イムノコンジュゲートは、DNAバインダー（例えば、カリケアマイシン（calicheamycin））またはチューブリン脱重合剤（例えば、マイタンシノイドまたはオーリスタチン）を含む。本発明は、抗体と、核酸分解活性を有する化合物（例えば、リボヌクレアーゼまたはDNAエンドヌクレアーゼ、例えばデオキシリボヌクレアーゼ；DNaseなど）とで形成されるイムノコンジュゲートもさらに想定している。
【０３４７】
本発明のイムノコンジュゲートに用いうる酵素的に活性な毒素およびそれらの断片には、ジフテリアA鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性断片、外毒素A鎖（緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）由来）、リシンA鎖、アブリンA鎖、モデシンA鎖、α-サルシン、シナアブラギリ（Aleurites fordii）タンパク質、ジアンチンタンパク質、フィトラカ・アメリカーナ（Phytolaca americana）タンパク質（PAPI、PAPII、およびPAP-S）、ニガウリ阻害体、クルシン、クロチン、サパオナリア・オフィシナリス（sapaonaria officinalis）阻害体、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、およびトリコテセンが含まれる。例えば、WO93／21232を参照されたい。
【０３４８】
種々の放射性同位体が、放射性コンジュゲートされた抗体の作製のために使用可能である。その例には、At211、I4、I4、Y4、Re4、Re4、Sm4、Bi4、P4、Pb4、およびLuの放射性同位体が含まれる。コンジュゲートを検出用に用いる場合には、それは、シンチグラフィー試験用の放射性原子、例えば、tc4もしくはI4、または核磁気共鳴（NMR）画像法（磁気共鳴画像法、MRIとしても知られる）用のスピン標識、例えば、再びヨウ素-123、ヨウ素-131、インジウム-111、フッ素-19、炭素-13、窒素-15、酸素-17、ガドリニウム、マンガン、もしくは鉄を含みうる。放射性同位体は、例えば、Reilly, "The radiochemistry of monoclonal antibodies and peptides," in Monoclonal Antibody and Peptide-Targeted Radiotherapy of Cancer, R.M. Reilly, ed., Wiley, Hoboken N.J., 2010に記載された公知のやり方で、コンジュゲート中に組み入れることができる。
【０３４９】
いくつかの態様において、本明細書に提供される抗体は、診断的物質、検出可能な物質もしくは治療的物質または任意の他の分子へコンジュゲートまたは組換え融合される。コンジュゲートまたは組換え融合された抗体は、例えば、特定の療法の効能を測定するなど、臨床試験手順の一部として、C16orf54媒介性疾患の発症、発生、進行および／または重症度をモニタリングするかまたは予後予測するために有用でありうる。
【０３５０】
このような診断および検出は、例えば、以下を含むがこれらに限定されない検出可能な物質へ抗体をカップリングすることによって、行うことができる：ホースラディシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、βガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼなどを含むがこれらに限定されない、様々な酵素；ストレプトアビジン/ビオチンおよびアビジン/ビオチンなどを含むがこれらに限定されない、補欠分子族；ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、塩化ダンシル、またはフィコエリトリンなどを含むがこれらに限定されない、蛍光体；ルミノールなどを含むがこれに限定されない、発光物質；ルシフェラーゼ、ルシフェリン、およびエクオリンなどを含むがこれらに限定されない、生物発光物質；アクリジニウム系化合物またはHALOTAGなどを含むがこれらに限定されない、化学発光物質；ヨウ素(131I、125I、123I、および121I)、炭素(14C)、硫黄(35S)、トリチウム(3H)、インジウム(115In、113In、112In、および111In,)、テクネチウム(99Tc)、タリウム(201Ti)、ガリウム(68Ga、67Ga)、パラジウム(103Pd)、モリブデン(99Mo)、キセノン(133Xe)、フッ素(18F)、153Sm、177Lu、159Gd、149Pm、140La、175Yb、166Ho、90Y、47Sc、186Re、188Re、142Pr、105Rh、97Ru、68Ge、57Co、65Zn、85Sr、32P、153Gd、169Yb、51Cr、54Mn、75Se、113Sn、および117Snなどを含むがこれらに限定されない、放射性物質；ならびに様々な陽電子放射断層法を用いる陽電子放射金属および非放射性常磁性金属イオン。
【０３５１】
さらに、治療的部分（または1つもしくは複数の治療的部分）へコンジュゲートまたは組換え融合されている抗体、ならびにその使用を本明細書に提供する。抗体は、治療的部分、例えば、細胞毒素、例えば、細胞増殖抑制剤もしくは殺細胞剤、治療的物質、または放射性金属イオン、例えば、α放射体へコンジュゲートまたは組換え融合されうる。細胞毒素または細胞傷害性物質は、細胞に有害である任意の物質を含む。治療的部分は、以下を含むがこれらに限定されない：代謝拮抗物質（例えば、メトトレキサート、6-メルカプトプリン、6-チオグアニン、シタラビン、5-フルオロウラシルデカルバジン）；アルキル化物質（例えば、メクロレタミン、チオエパ（thioepa）クロラムブシル、メルファラン、カルムスチン（BCNU）およびロムスチン（CCNU）、シクロトスファミド（cyclothosphamide）、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンC、およびシスジクロロジアンミン白金(II)（DDP）、およびシスプラチン）；アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン（以前はダウノマイシン）およびドキソルビシン）；抗生物質（例えば、dアクチノマイシン（以前はアクチノマイシン）、ブレオマイシン、ミトラマイシン、およびアントラマイシン（AMC））；オーリスタチン分子（例えば、オーリスタチンPHE、オーリスタチンF、モノメチルオーリスタチンE、ブリオスタチン1、およびソラスタチン10（solastatin 10）；Woyke et al., Antimicrob. Agents Chemother. 46:3802-8 (2002)、Woyke et al., Antimicrob. Agents Chemother. 45:3580-4 (2001)、Mohammad et al., Anticancer Drugs 12:735-40 (2001)、Wall et al., Biochem. Biophys. Res. Commun. 266:76-80 (1999)、Mohammad et al., Int. J. Oncol. 15:367-72 (1999)を参照のこと；これらは全て、参照により本明細書に組み入れられる）；ホルモン（例えば、グルココルチコイド、プロゲスチン、アンドロゲン、およびエストロゲン）、DNA修復酵素阻害体（例えば、エトポシドまたはトポテカン）、キナーゼ阻害体（例えば、化合物ST1571、メシル酸イマチニブ（Kantarjian et al., Clin Cancer Res. 8(7):2167-76 (2002)）；細胞傷害性物質（例えば、パクリタキセル、サイトカラシンB、グラミシジンD、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド（tenoposide）、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンD、1-デヒドロテストステロン、グルコルチコイド（glucorticoid）、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、およびピューロマイシン、ならびにそれらの類似体または相同体、ならびに米国特許第6,245,759号、同第6,399,633号、同第6,383,790号、同第6,335,156号、同第6,271,242号、同第6,242,196号、同第6,218,410号、同第6,218,372号、同第6,057,300号、同第6,034,053号、同第5,985,877号、同第5,958,769号、同第5,925,376号、同第5,922,844号、同第5,911,995号、同第5,872,223号、同第5,863,904号、同第5,840,745号、同第5,728,868号、同第5,648,239号、同第5,587,459号に開示される化合物）；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害体（例えば、R115777、BMS-214662、ならびに、例えば、米国特許第6,458,935号、同第6,451,812号、同第6,440,974号、同第6,436,960号、同第6,432,959号、同第6,420,387号、同第6,414,145号、同第6,410,541号、同第6,410,539号、同第6,403,581号、同第6,399,615号、同第6,387,905号、同第6,372,747号、同第6,369,034号、同第6,362,188号、同第6,342,765号、同第6,342,487号、同第6,300,501号、同第6,268,363号、同第6,265,422号、同第6,248,756号、同第6,239,140号、同第6,232,338号、同第6,228,865号、同第6,228,856号、同第6,225,322号、同第6,218,406号、同第6,211,193号、同第6,187,786号、同第6,169,096号、同第6,159,984号、同第6,143,766号、同第6,133,303号、同第6,127,366号、同第6,124,465号、同第6,124,295号、同第6,103,723号、同第6,093,737号、同第6,090,948号、同第6,080,870号、同第6,077,853号、同第6,071,935号、同第6,066,738号、同第6,063,930号、同第6,054,466号、同第6,051,582号、同第6,051,574号、および同第6,040,305号に開示されているもの）；トポイソメラーゼ阻害体（例えば、カンプトテシン；イリノテカン；SN-38；トポテカン；9-アミノカンプトテシン；GG-211（GI 147211）；DX-8951f；IST-622；ルビテカン；ピラゾロアクリジン；XR-5000；サイントピン；UCE6；UCE1022；TAN-1518A；TAN 1518B；KT6006；KT6528；ED-110；NB-506；ED-110；NB-506；およびレベッカマイシン）；ブルガレイン；DNA副溝バインダー、例えば、Hoescht色素33342およびHoechst色素33258；ニチジン；ファガロニン；エピベルベリン；コラリン；βラパコン；BC-4-1；ビスホスホネート（例えば、アレンドロネート、シマドロント（cimadronte）、クロドロネート、チルドロネート、エチドロネート、イバンドロネート、ネリドロネート、オルパンドロネート（olpandronate）、リセドロネート、ピリドロネート（piridronate）、パミドロネート、ゾレンドロネート（zolendronate）） HMG-CoA還元酵素阻害体（例えば、ロバスタチン、シンバスタチン、アトルバスタチン、プラバスタチン、フルバスタチン、スタチン、セリバスタチン、レスコール、ルピトール（lupitor）、ロスバスタチン、およびアトルバスタチン）；アンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、米国特許第6,277,832号、同第5,998,596号、同第5,885,834号、同第5,734,033号、および同第5,618,709号に開示されるもの）；アデノシンデアミナーゼ阻害体（例えば、リン酸フルダラビンおよび2-クロロデオキシアデノシン）；イブリツモマブ・チウキセタン（Zevalin（登録商標））；トシツモマブ（Bexxar（登録商標）））、ならびにそれらの薬学的に許容される塩、溶媒和物、包接化合物、およびプロドラッグ。
【０３５２】
さらに、本明細書に提供される抗体は、所与の生物学的応答を改変する治療的部分または薬物部分へコンジュゲートまたは組換え融合されうる。治療的部分または薬物部分は、古典的な化学的治療的物質に限定されるように解釈されるべきではない。例えば、薬物部分は、所望の生物学的活性を有するタンパク質、ペプチドまたはポリペプチドでありうる。このようなタンパク質には、例えば、以下が含まれうる：毒素、例えば、アブリン、リシンA、シュードモナス外毒素、コレラ毒素、またはジフテリア毒素；タンパク質、例えば、腫瘍壊死因子、γ-インターフェロン、α-インターフェロン、神経成長因子、血小板由来増殖因子、組織プラスミノゲン活性化因子、アポトーシス剤、例えば、TNF-γ、TNF-γ、AIM I（国際公開公報番号WO 97/33899を参照のこと）、AIM II（国際公開公報番号WO 97/34911を参照のこと）、Fasリガンド（Takahashi et al., 1994, J. Immunol., 6:1567-1574）、およびVEGF（国際公開公報番号WO 99/23105を参照のこと）、抗血管新生薬、例えば、アンギオスタチン、エンドスタチンもしくは凝固経路成分（例えば、組織因子）；または、生体応答調節剤、例えば、リンホカイン（例えば、インターフェロンγ、インターロイキン-1（「IL-1」）、インターロイキン-2（「IL-2」）、インターロイキン-5（「IL-5」）、インターロイキン-6（「IL-6」）、インターロイキン-7（「IL-7」）、インターロイキン9（「IL-9」）、インターロイキン-10（「IL-10」）、インターロイキン-12（「IL-12」）、インターロイキン-15（「IL-15」）、インターロイキン-23（「IL-23」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「GM-CSF」）、および顆粒球コロニー刺激因子（「G-CSF」））、または成長因子（例えば、成長ホルモン（「GH」））、または凝固剤（ハーゲマン因子（第XII因子）、高分子量キニノーゲン（HMWK）、プレカリクレイン（PK）、凝固タンパク質第II因子（プロトロンビン）、第V因子、第XIIa因子、第VIII因子、第XIIIa因子、第XI因子、第XIa因子、第IX因子、第IXa因子、第X因子、リン脂質、およびフィブリンモノマーを含むがこれらに限定されない、カルシウム、ビタミンK、組織因子）。
【０３５３】
また、融合タンパク質を作製するために異種タンパク質もしくはポリペプチドへ（またはその断片、例えば、アミノ酸約10、約20、約30、約40、約50、約60、約70、約80、約90、または約100個のポリペプチドへ）組換え融合されているまたは化学的にコンジュゲートされている（共有結合性もしくは非共有結合性コンジュゲーション）抗体、ならびにその使用も、本明細書に提供する。特に、本明細書に提供される抗体の抗原結合断片（例えば、Fab断片、Fd断片、Fv断片、F(ab)2断片、VHドメイン、VH CDR、VLドメインまたはVL CDR）と異種タンパク質、ポリペプチド、またはペプチドとを含む融合タンパク質を、本明細書に提供する。1つの態様において、抗体が融合されている異種タンパク質、ポリペプチド、またはペプチドは、特定の細胞型、例えば、C16orf54またはC16orf54受容体を発現する細胞へ抗体を標的化するために有用である。例えば、特定の細胞型（例えば、免疫細胞）によって発現された細胞表面受容体と結合する抗体は、本明細書に提供される改変抗体へ融合またはコンジュゲートされうる。
【０３５４】
さらに、本明細書に提供される抗体は、治療的部分へ、例えば放射性金属イオンへ、例えば、213Biなどのα放射体へ、または131In、131LU、131Y、131Ho、131Smを含むがこれらに限定されない放射性金属イオンをポリペプチドへコンジュゲートするのに有用な大環状キレーターへコンジュゲートすることができる。ある態様において、大環状キレーターは、リンカー分子を介して抗体に結合することができる1,4,7,10-テトラアザシクロドデカン-N,N',N'',N'''-四酢酸（DOTA）である。このようなリンカー分子は当技術分野で公知であり、Denardo et al., 1998, Clin Cancer Res. 4(10):2483-90；Peterson et al., 1999, Bioconjug. Chem. 10(4):553-7；およびZimmerman et al., 1999, Nucl. Med. Biol. 26(8):943-50に記載されており、それぞれが参照によりそれらの全体が組み入れられる。
【０３５５】
さらに、本明細書に提供される抗体を、精製を容易にするためにマーカー配列、例えばペプチドと融合することができる。特定の態様において、マーカーアミノ酸配列はヘキサヒスチジンペプチド、例えば、中でも、pQEベクター（QIAGEN, Inc.）で提供されるタグであり、この多くは市販されている。例えば、Gentz et al., 1989, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:821-824に記載のように、ヘキサヒスチジンは融合タンパク質の好都合な精製を提供する。精製のために有用な他のペプチドタグは、インフルエンザ赤血球凝集素タンパク質に由来するエピトープに対応する赤血球凝集素（「HA」）タグ（Wilson et al., 1984, Cell 37:767）、および「FLAG」タグを含むがこれらに限定されない。
【０３５６】
抗体へ治療的部分（ポリペプチドを含む）を融合またはコンジュゲートするための方法は周知であり、例えば、Arnon et al., "Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy", in Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy, Reisfeld et al. (eds.), pp.243-56 (Alan R. Liss, Inc. 1985)；Hellstrom et al., "Antibodies For Drug Delivery", in Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al. (eds.), pp. 623-53 (Marcel Dekker, Inc. 1987)；Thorpe, "Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review", in Monoclonal Antibodies 84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al. (eds.), pp. 475-506 (1985)；"Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy", in Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy, Baldwin et al. (eds.), pp. 303-16 (Academic Press 1985), Thorpe et al., 1982, Immunol. Rev. 62:119-58；米国特許第5,336,603号、同第5,622,929号、同第5,359,046号、同第5,349,053号、同第5,447,851号、同第5,723,125号、同第5,783,181号、同第5,908,626号、同第5,844,095号、および同第5,112,946号；EP 307,434；EP 367,166；EP 394,827；PCT公報WO 91/06570、WO 96/04388、WO 96/22024、WO 97/34631、およびWO 99/04813；Ashkenazi et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88: 10535-10539, 1991；Traunecker et al., Nature, 331:84-86, 1988；Zheng et al., J. Immunol., 154:5590-5600, 1995；Vil et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:11337-11341, 1992を参照のこと；これらは、参照によりそれらの全体が本明細書に組み入れられる。
【０３５７】
融合タンパク質は、例えば、遺伝子シャフリング、モチーフシャフリング、エクソンシャフリングおよび／またはコドンシャフリング（「DNAシャフリング」と総称される）の手法によって生成することができる。DNAシャフリングを使用して、本明細書に提供される抗体の活性を変更することができる（例えばより高い親和性および低い解離速度を有する抗体）。一般的には、米国特許第5,605,793号、同第5,811,238号、同第5,830,721号、同第5,834,252号、および同第5,837,458号；Patten et al., 1997, Curr. Opinion Biotechnol. 8:724-33；Harayama, 1998, Trends Biotechnol. 16(2):76-82；Hansson et al., 1999, J. Mol. Biol. 287:265-76；およびLorenzo and Blasco, 1998, Biotechniques 24(2):308- 313を参照されたい（これらの特許および刊行物のそれぞれは、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる）。抗体、またはコードされた抗体は、組換え前にエラープローンPCR、ランダムなヌクレオチド挿入または他の方法によりランダムな突然変異を誘発することによって変更することができる。本明細書に提供される抗体をコードするポリヌクレオチドを、1つまたは複数の異種分子の1つまたは複数の成分、モチーフ、切片、部分、ドメイン、断片などと組み換えることができる。
【０３５８】
本明細書に提供される抗体はまた、参照によりその全体が本明細書に組み入れられる米国特許第4,676,980号に記載されるように、抗体ヘテロコンジュゲートを形成するために第2の抗体へコンジュゲートすることができる。
【０３５９】
C16orf54抗原と結合する本明細書に提供される抗体へコンジュゲートまたは組換え融合される治療的部分または薬物は、所望の予防処置的または治療的効果を達成するように選択されるべきである。ある態様において、抗体は改変抗体である。臨床医または他の医療関係者は、本明細書に提供される抗体へどの治療的部分または薬物をコンジュゲートまたは組換え融合するべきかを判断する際に、以下を考慮するべきである：疾患の性質、疾患の重症度、および対象の状態。
【０３６０】
本明細書に提供される抗体はまた、固体支持体へ結合されてもよく、これらは、標的抗原の精製またはイムノアッセイ法において特に有用である。固体支持体には、ガラス、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、またはポリプロピレンが含まれるがこれらに限定されない。
【０３６１】
リンカーは、細胞内での細胞傷害性薬物の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であってもよいが、非切断性リンカーも本明細書では想定している。本発明のイムノコンジュゲートに用いるためのリンカーには、酸不安定性リンカー（例えば、ヒドラゾンリンカー）、ジスルフィド含有リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー（例えば、アミノ酸、例えば、バリンおよび／またはシトルリンを含むペプチドリンカー、例えば、シトルリン-バリンまたはフェニルアラニン-リジン）、光不安定性リンカー、ジメチルリンカー（Chari et al., Cancer Research 52:127-131 (1992)；米国特許第5,208,020号）、チオエーテルリンカー、または多剤輸送体を介した耐性を回避するように設計された親水性リンカー（Kovtun et al., Cancer Res. 70: 2528-2537, 2010）が非限定的に含まれる。
【０３６２】
抗体と細胞傷害性物質とのコンジュゲートは、種々の二機能性タンパク質カップリング剤、例えば、BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、スルホ-EMCS、スルホ-GMBS、スルホ-KMUS、スルホ-MBS、スルホ-SIAB、スルホ-SMCC、およびスルホ-SMPB、およびSVSB（スクシンイミジル-(4-ビニルスルホン)ベンゾエート））を用いて作製することができる。例えば、リシン免疫毒素は、Vitetta et al., Science 238:1098 (1987)に記載されたように調製することができる。本発明はさらに、抗体と細胞傷害性物質とのコンジュゲートを、当技術分野において、例えば、Bioconjugate Techniques, 2nd Ed., G.T. Hermanson, ed., Elsevier, San Francisco, 2008において開示されている任意の適した方法を用いて調製しうることも想定している。
【０３６３】
従来の抗体-薬物コンジュゲーション戦略は、Lys残基のε-アミノ基またはCys残基のチオール基がかかわるランダムコンジュゲーション化学に基づいており、これは不均質コンジュゲートを生じさせていた。最近開発された手法は抗体に対する部位特異的コンジュゲーションを可能にし、それにより、均一な薬物充填、および抗原結合または薬物動態が変化したADC部分集団の回避が得られている。これらには、反応性チオール基を与える重鎖上および軽鎖上の位置にシステイン置換を含み、免疫グロブリンのフォールディングおよび集合を妨害することも抗原結合を変化させることもない「チオマブ（thiomab）」の作製が含まれる（Junutula et al., J. Immunol. Meth. 332: 41-52 (2008)；Junutula et al., Nat. Biotechnol. 26: 925-932, 2008）。別の方法では、終止コドンUGAを終結からセレノシステイン挿入へと再コード化することによってセレノシステインを抗体配列中に共翻訳的に挿入し、他の天然アミノ酸の存在下においてセレノシステインの求核性セレノール基での部位特異的な共有結合性コンジュゲーションが可能になるようにする（Hofer et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105: 12451-12456 (2008)；Hofer et al., Biochemistry 48(50): 12047-12057, 2009）。
【０３６４】
以下の式(Ia)および(Ib)の抗体-薬物コンジュゲートまたはその薬学的に許容される塩を含む、抗体-薬物コンジュゲートを本明細書において提供する。
2015533832.tif 000144
式中、
Aは、抗体または抗体断片であり；
示されている2つのシステイン残基は、A中の開裂したシステイン-システインジスルフィド結合に由来し；
各XおよびX'は独立して、O、S、NH、またはNR1であり、ここで、R1はC1〜6アルキルであり；
Waは、=N-、=CH-、=CHCH2-、=C(R2)-、または=CHCH(R2)-であり、Wbは、-NH-、-N(R1)-、-CH2-、-CH2-NH-、-CH2-N(R1)-、-CH2CH2-、-CH(R2)-、または-CH2CH(R2)-であり、ここで、R1およびR2は独立してC1〜6アルキルであり；
CTXは細胞傷害性物質であり；
Rは任意の化学基であるか、またはRは存在せず；
各L1、L2、およびL3は独立してリンカーであり、該リンカーが、-O-、-C(O)-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-NH-、-NCH3-、-(CH2)q-、-NH(CH2)2NH-、-OC(O)-、-CO2-、-NHCH2CH2C(O)-、-C(O)NHCH2CH2NH-、-NHCH2C(O)-、-NHC(O)-、-C(O)NH-、-NCH3C(O)-、-C(O)NCH3-、-(CH2CH2O)p、-(CH2CH2O)pCH2CH2-、-CH2CH2-(CH2CH2O)p-、-OCH(CH2O-)2、-(AA)r-、シクロペンタニル、シクロヘキサニル、非置換フェニレニル、ならびに、ハロ、CF3-、CF3O-、CH3O-、-C(O)OH、-C(O)OC1〜3アルキル、-C(O)CH3、-CN、-NH2、-OH、-NHCH3、-N(CH3)2、およびC1〜3アルキルからなる群より選択される1または2つの置換基によって置換されたフェニレニルからなる群より選択され；
a、b、およびcはそれぞれ独立して、0、1、2、または3の整数であり、但し、a、b、またはcのうちの少なくとも1つが1であり；
各kおよびk'は独立して0または1の整数であり；
各pは独立して1〜14の整数であり；
各qは独立して1〜12の整数であり；
各AAは独立してアミノ酸であり；
各rは1〜12であり；
mは1〜4の整数であり；
nは1〜4の整数であり；かつ
2015533832.tif 000145
結合は単結合または二重結合を表す。
【０３６５】
式(Ib)の抗体-薬物コンジュゲートのある態様において、Rは、本明細書に定義されるような、W、(L1)a、(L2)b、(L3)c、Z、W-(L1)a-(L2)b-(L3)c、(L1)a-(L2)b-(L3)c-Z、およびW-(L1)a-(L2)b-(L3)c-Zからなる群より選択される。ある態様において、Rは、W、(L1)a、(L2)b、(L3)c、およびW-(L1)a-(L2)b-(L3)cからなる群より選択される。ある態様において、Rは、Z、(L1)a-(L2)b-(L3)c-Z、およびW-(L1)a-(L2)b-(L3)c-Zからなる群より選択される。
【０３６６】
式(Ib)の抗体-薬物コンジュゲートのある態様において、Rは検出可能なプローブである。ある態様において、Rは、蛍光団、発色団、放射標識、酵素、抗体、または抗体断片である。ある態様において、Rは抗体断片である。
【０３６７】
式(Ib)の抗体-薬物コンジュゲートのある態様において、Rは、アミド、N-(C1〜6アルキル)アミド、カルバメート、N-(C1〜6アルキル)カルバメート、アミン、N-(C1〜6アルキル)アミン、エーテル、チオエーテル、尿素、N-(C1〜6アルキル)尿素、またはN,N-ジ(C1〜6アルキル)尿素結合を介してリンカー分子の残りへ結合されている。
【０３６８】
式(Ia)または(Ib)の抗体-薬物コンジュゲートのある態様において、CTXは、-NHC(O)-、-NHC(O)O-、-N(C1〜3アルキル)C(O)O-、-NH-、-N(C1〜3アルキル)-、-N(C1〜3アルキル)C(O)NH-、および-N(C1〜3アルキル)C(O)N(C1〜3アルキル)-より選択される基を介して(L1)a-(L2)b-(L3)cへ結合されている。
【０３６９】
式(Ia)または(Ib)の抗体-薬物コンジュゲートのある態様において、CTXは、チューブリン安定剤、チューブリン不安定化剤、DNAアルキル化剤、DNA副溝バインダー、DNAインターカレーター、トポイソメラーゼI阻害体、トポイソメラーゼII阻害体、ジャイレース阻害体、タンパク合成阻害体、プロテオソーム阻害体、および代謝拮抗物質からなる群より選択される。
【０３７０】
式(Ia)または(Ib)の抗体-薬物コンジュゲートのある態様において、CTXは化学療法剤である。当業者は、例えば、Chu, E., DeVite, V. T., 2012, Physicians' Cancer Chemotherapy Drug Manual 2012 (Jones & Bartlett Learning Oncology)、および同様の文献に開示されるような、適切な化学療法剤を知っている。
【０３７１】
ある態様において、CTXは、FDAに認可された任意の化学療法剤でありうる。ある態様において、CTXは、FDAに認可された癌治療に使用可能な任意の化学療法剤でありうる。
【０３７２】
ある態様において、CTXは、アルキル化物質、アントラサイクリン、細胞骨格ディスラプター（タキサン類）、エポチロン、ヒストン脱アセチル化酵素阻害体（HDAC）、トポイソメラーゼIの阻害体、トポイソメラーゼIIの阻害体、キナーゼ阻害体、モノクローナル抗体、ヌクレオチド類似体、ペプチド抗生物質、白金系作用物質、レチノイド、ビンカアルカロイドまたはその誘導体、および放射性同位体からなる群より選択される。
【０３７３】
ある態様において、CTXは、アクチノマイシン、全トランス型レチノイン酸、アザシチジン、アザチオプリン、ブレオマイシン、ボルテゾミブ、カルボプラチン、カペシタビン、シスプラチン、クロラムブシル、シクロホスファミド、シタラビン、ダウノルビシン、ドセタキセル、ドキシフルリジン、ドキソルビシン、エピルビシン、エポチロン、エトポシド、フルオロウラシル、ゲムシタビン、ヒドロキシ尿素、イダルビシン、イマチニブ、イリノテカン、メクロレタミン、メルカプトプリン、メトトレキサート、ミトキサントロン、オキサリプラチン、パクリタキセル、ペメトレキセド、テニポシド、チオグアニン、トポテカン、バルルビシン、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、およびビノレルビンからなる群より選択される。
【０３７４】
ある態様において、CTXは、チューブリン安定剤、チューブリン不安定化剤、DNAアルキル化剤、DNA副溝バインダー、DNAインターカレーター、トポイソメラーゼI阻害体、トポイソメラーゼII阻害体、ジャイレース阻害体、タンパク合成阻害体、プロテオソーム阻害体、および代謝拮抗物質からなる群より選択される。
【０３７５】
ある態様において、CTXは、アクチノマイシンD、アモナファイド、オーリスタチン、ベンゾフェノン、ベンゾチアゾール、カリケアマイシン、カンプトテシン、CC-1065（NSC 298223）、セマドチン、コルヒチン、コンブレタスタチンA4、ドラスタチン、ドキソルビシン、エリナフィド、エムタンシン（DM1）、エトポシド、KF-12347（レイナマイシン）、マイタンシノイド、メトトレキサート、ミトキサントロン、ノコダゾール、プロテオソーム阻害体1（PSI 1）、ロリジンA、T-2毒素（トリコテセン類似体）、タキソール、ツブリシン、Velcade（登録商標）、およびビンクリスチンからなる群より選択される。ある態様において、CTXは、オーリスタチン、カリケアマイシン、マイタンシノイド、またはツブリシンである。ある態様において、CTXは、モノメチルオーリスタチンE、モノメチルオーリスタチンF、カリケアマイシンγ、メルタンシン、ツブリシンT3、またはツブリシンT4であり、これらについての構造を以下に提示する。
2015533832.tif 000146
【０３７６】
薬学的製剤
本発明の抗体またはイムノコンジュゲート、例えば抗体-薬物コンジュゲート（ADC）は、治療される病状に適した任意の経路によって投与することができる。抗体またはADCは、典型的には非経口的に、例えば、注入、皮下、筋肉内、静脈内、皮内、髄腔内、および硬膜外に投与される。
【０３７７】
癌を治療するために、1つの態様においては、抗体または抗体-薬物コンジュゲートが静脈内注入を介して投与される。注入を介して投与される投与量は、1回の投与当たり約1μg／m2〜約10,000μg／m2の範囲にあり、一般に週1回ずつの合計1回、2回、3回、または4回の投与である。または、投与量の範囲は約1μg／m2〜約1000μg／m2、約1μg／m2〜約800μg／m2、約1μg／m2〜約600μg／m2、約1μg／m2〜約400μg／m2、約10μg／m2〜約500μg／m2、約10μg／m2〜約300μg／m2、約10μg／m2〜約200μg／m2、および約1μg／m2〜約200μg／m2である。投与は、1日1回、週1回、週に複数回であるが1日1回よりは少なく、月に複数回であるが1日1回よりは少なく、月に複数回であるが週1回よりは少なく、月1回、または疾患の症状を緩和もしくは軽減するために間欠的に、行うことができる。投与は、腫瘍の寛解、または癌の症状が治療されるまで、開示された区間のいずれかで継続することができる。投与は、寛解または症状の緩和が達成された後にも、そのような寛解または緩和がそのような継続投与によって延長する場合には継続してよい。
【０３７８】
1つの局面において、本発明は、本発明の少なくとも1つの抗C16orf54抗体および／または少なくとも1つのそのイムノコンジュゲートおよび／または本発明の少なくとも1つの抗C16orf54抗体-薬物コンジュゲートを含む薬学的製剤をさらに提供する。いくつかの態様において、薬学的製剤は、（1）抗C16orf54抗体および／または抗C16orf54抗体-薬物コンジュゲートおよび／またはそのイムノコンジュゲート、ならびに（2）薬学的に許容される担体を含む。いくつかの態様において、薬学的製剤は、（1）抗C16orf54抗体および／またはそのイムノコンジュゲート、ならびに任意で、（2）少なくとも1つの追加的な治療的物質を含む。
【０３７９】
本発明の抗体もしくはイムノコンジュゲートまたは本発明の抗体-薬物コンジュゲートを含む薬学的製剤は、所望の純度を有する抗体または抗体-薬物コンジュゲートを、任意で生理学的に許容される担体、添加剤、または安定剤（Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)）と混合することによって、水性溶液または凍結乾燥もしくは他の乾燥製剤の形態で貯蔵用に調製される。本明細書における製剤は、治療される具体的な適応症のために必要な複数の活性化合物、好ましくは互いに有害な影響を及ぼさない補完的な活性を有するものも含みうる。例えば、抗C16orf54抗体の他に、1つの製剤中に、追加的な抗体、例えば、C16orf54ポリペプチド上の異なるエピトープを結合させる第2の抗C16orf54抗体、またはその特定の癌の増殖に影響を及ぼす増殖因子などの他のいくつかの標的に対する抗体を含めることが望ましいと考えられる。いくつかの態様において、製剤は、CD20（例えば、リツキシマブ、オファツムマブ、オビヌツズマブ、ベルツズマブ、およびオクレリズマブ）、CD23（ルミリキシマブ）、CD52（アレムツズマブ）、またはCD33（ゲムツズマブ）に対する抗体を含む。代替的または追加的に、組成物は、化学療法剤、細胞傷害性物質、サイトカイン、増殖阻害物質、抗ホルモン物質、および／または心筋保護剤(cardioprotectant)をさらに含みうる。いくつかの態様において、製剤は、アルキル化物質（例えば、クロラムブシル、塩酸ベンダムスチンまたはシクロホスファミド）、ヌクレオシド類似体（例えば、フルドゥラビン、ペントスタチン、クラドリビンまたはシタラビン）  コルチコステロイド（例えば、プレドニゾン、プレドニゾロンまたはメチルプレドニゾロン）、免疫調節薬（例えば、レナリドマイド）、抗生物質（例えば、ドキソルビシン、ダウノルビシン イダルビシン、またはミトキセントロン）、合成フラボン、例えばフラボピリドール、Bcl2アンタゴニスト、例えばオブリメルセンまたはABT-263、低メチル化剤、例えばアザシチジンまたはデシタビン、FLT3阻害体、例えばミドスタウリン、ソラフェニブおよびAC220を含む。そのような分子は、意図する目的にとって有効な量で、好適に、組み合わされて存在するそのような分子は、意図する目的にとって有効な量で、好適に、組み合わされて存在する。
【０３８０】
本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、標的細胞／組織への送達のための任意の適した形態で、例えば、マイクロカプセルもしくはマクロエマルションとして（Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)；Park et al., Molecules 10: 146-161 (2005)；Malik et al., Curr. Drug. Deliv. 4: 141-151 (2007)）；持続放出製剤として（Putney and Burke, Nature Biotechnol. 16: 153-157, (1998)）、またはリポソーム中にある形で（Maclean et al., Int. J. Oncol. 11: 235-332 (1997)；Kontermann, Curr. Opin. Mol. Ther. 8: 39-45 (2006)）製剤化することができる。
【０３８１】
治療方法
本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、例えば、インビトロ、エクスビボ、およびインビボの治療方法に用いることができる。1つの局面において、本発明は、細胞を抗C16orf54抗体またはそのイムノコンジュゲートに、C16orf54とのイムノコンジュゲートの結合を許容する条件下で曝露させる段階を含む、インビボまたはインビトロで細胞の成長または増殖を阻害するための方法を提供する。「細胞の成長または増殖を阻害する」とは、細胞の成長または増殖を、少なくとも10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、または100％低下させることを意味し、これには細胞死を誘導することが含まれる。ある態様において、細胞は腫瘍細胞である。ある態様において、細胞は、白血病細胞、リンパ腫細胞、骨髄腫細胞、固形腫瘍細胞、例えば、乳癌細胞、膵癌細胞、または前記の癌細胞のいずれかの転移性癌細胞である。
【０３８２】
1つの局面において、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、癌などの細胞増殖性障害を治療または予防するために用いられる。ある態様において、細胞増殖性障害は、C16orf54の発現および／または活性の増大を伴う。例えば、ある態様において、細胞増殖性障害は、癌細胞の表面でのC16orf54の発現増大を伴う。本発明の抗体またはイムノコンジュゲートによって治療されることになる細胞増殖性障害の例には、CLL、ALL、AML、またはCMLなどの白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌または膵癌などの固形腫瘍、およびこれらの癌のいずれかの転移が含まれるがこれらに限定されない。
【０３８３】
1つの局面において、本発明は、抗C16orf54抗体またはそのイムノコンジュゲートの有効量を個体に投与する段階を含む、細胞増殖性障害を治療するための方法を提供する。ある態様において、細胞増殖性障害を治療するための方法は、抗C16orf54抗体または抗C16orf54イムノコンジュゲート、および任意で、以下に提示するもののような少なくとも1つの追加的な治療的物質を含む薬学的製剤の有効量を個体に投与する段階を含む。1つの態様において、抗C16orf54抗体またはイムノコンジュゲートは、抗体またはイムノコンジュゲートをC16orf54と接触させることによって抗体またはイムノコンジュゲート-抗原複合体を形成させ、その結果、イムノコンジュゲートのコンジュゲートされた細胞傷害性物質が細胞の内部に到達するように、癌細胞上のC16orf54を標的とするために用いることができる。1つの態様において、結合した抗体またはイムノコンジュゲートは、C16orf54を発現する癌細胞内に内部移行する。
【０３８４】
抗C16orf54抗体またはイムノコンジュゲートは、ヒトに治療目的で投与することができる。さらに、抗C16orf54抗体またはイムノコンジュゲートを、抗体が交差反応するC16orf54を発現する非ヒト哺乳動物（例えば、霊長動物、ブタ、ラット、またはマウス）に対して、獣医学的な目的で、またはヒト疾患の動物モデルとして投与することもできる。後者に関して、そのような動物モデルは、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートの治療効果を評価するために有用である場合がある（例えば、投与量および投与の経時的推移の試験）。
【０３８５】
本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、治療法において、単独で用いることもできるか、または他の組成物と併用することもできる。例えば、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、少なくとも1つの追加的な治療的物質および／または補助剤と併用投与することができる。ある態様において、追加的な治療的物質は、細胞傷害性物質、化学療法剤、または増殖阻害物質である。このような態様の1つにおいて、化学療法剤は、例えば、シクロホスファミド、ヒドロキシダウノルビシン、アドリアマイシン、ドキソルビシン、ビンクリスチン（Oncovin（商標））、プレドニゾロン、CHOP、CVP、またはCOPなどの1つの作用物質または複数の作用物質の組み合わせであり、この併用療法は癌の治療に有用である。いくつかの態様において、追加的な化合物は、抗C16orf54抗体以外の治療的抗体である。
【０３８６】
上述したこのような併用療法は、併用投与（2つまたはそれ以上の治療的物質を同一または別個の製剤に含める）および別個投与を包含し、この場合には、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートの投与は、追加的な治療的物質および／または補助剤の投与の前、それと同時、および／またはその後に行いうる。また、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートを、放射線療法ならびに／または骨髄移植および末梢血移植を非限定的に含む追加的な治療レジメンと併用することもできる。
【０３８７】
本発明の抗体またはイムノコンジュゲート（および任意の追加的な治療的物質または補助剤）は、非経口、皮下、腹腔内、肺内、および鼻腔内を含む任意の適した手段によって、かつ所望する場合には、局所的治療、病巣内投与のために投与することができる。非経口的注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下への投与が含まれる。さらに、抗体またはイムノコンジュゲートは、特に漸減用量の抗体またはイムノコンジュゲートを用いる、パルス注入によって好適に投与される。投与は、例えば、静脈内または皮下注射などの注射によるものといった、任意の適した経路によるものであってもよく、これは一部には、投与が短期間であるかまたは持続的であるかに依存する。
【０３８８】
本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、医療実施基準（good medical practice）に合致する様式で製剤化され、投薬され、投与される。これに関連して考慮される因子には、治療される具体的な障害、治療される具体的な哺乳動物、個々の患者の臨床状態、障害の原因、作用物質の送達部位、投与の方法、投与のスケジュール、および医療従事者に公知の他の要因が含まれる。抗体またはイムノコンジュゲートは、必ずしもその必要はないが、任意で、当該の障害を予防または治療するために現在使用されている1つまたは複数の作用物質とともに製剤化される。そのような他の作用物質の有効量は、製剤中に存在する抗体の量、障害または治療の種類、および上記で考察した他の要因によって決まる。これらは一般に、本明細書に記載のものと同じ投与量および投与経路で、もしくは本明細書に記載の投与量の約1〜99％で、または経験的／臨床的に適切であることが明らかにされている任意の投与量および任意の経路で用いられる。
【０３８９】
疾患の予防または治療のために、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートの適切な投与量（単独で用いる場合、または化学療法剤などの1つもしくは複数の他の追加的な治療的物質と組み合わせて用いる場合）は、治療しようとする疾患の種類、抗体またはイムノコンジュゲートの種類、疾患の重症度および経過、抗体またはイムノコンジュゲートを予防目的で投与するのか治療目的で投与するのか、治療歴、患者の既往歴および抗体またはイムノコンジュゲートに対する応答、ならびに担当医の裁量によって決まる。抗体またはイムノコンジュゲートは、患者に対して、1回で、または一連の治療にわたって好適に投与される。疾患の種類および重症度に応じて、約1μg／kg〜100mg／kg（例えば、0.1mg／kg〜20mg／kg）の抗体またはイムノコンジュゲートを、例えば、1回もしくは複数回の別々の投与によるものか、または連続注入によるものかに応じて、患者への投与のための初回投与量の候補とすることができる。1つの典型的な1日投与量は、上述の要因に応じて、約1μg／kg〜100mg／kgまたはそれ以上の範囲でありうる。数日間またはそれ以上にわたる繰返し投与については、病状に応じて、一般に、疾患症状の所望の抑制が起こるまで治療を持続する。抗体またはイムノコンジュゲートの1つの例示的な投与量は、約0.05mg／kg〜約10mg／kgの範囲である。したがって、約0.5mg／kg、2.0mg／kg、4.0mg／kg、または10mg／kgのうちの1つまたは複数の用量（またはその任意の組み合わせ）を患者に投与することができる。そのような用量は、間欠的に、例えば、週に1回または3週に1回（例えば、患者が抗体またはイムノコンジュゲートの投与を約2〜約20回、または例えば約6回受けるように）投与することができる。初回には比較的高い負荷用量を、その後は1回または複数回のより低い用量を投与することができる。例示的な投与レジメンは、約4mg／kgの初回負荷用量と、その後に週1回の約2mg／kgの抗体の維持量を投与することを含む。しかし、他の投与レジメンが有用である場合もある。この治療法の進行は、従来の手法およびアッセイ法によって容易にモニタリングされる。
【０３９０】
診断方法および検出の方法
1つの局面において、本発明の抗C16orf54抗体およびイムノコンジュゲートは、生物試料におけるC16orf54の存在を検出するために有用である。「検出すること」という用語は、本明細書で用いる場合、定量的または定性的検出を包含する。ある態様において、生物試料は細胞または組織を含む。ある態様において、そのような細胞は、正常細胞および／またはC16orf54を他の細胞に比して高いレベルで発現する癌性細胞、例えば、CLL、ALL、AML、もしくはCMLなどの白血病、リンパ腫、骨髄腫、または乳癌もしくは膵癌などの固形腫瘍、あるいはこれらの癌のいずれかの転移を含む。
【０３９１】
1つの局面において、本発明は、生物試料におけるC16orf54の存在を検出する方法を提供する。ある態様において、本方法は、生物試料を抗C16orf54抗体と、C16orf54との抗C16orf54抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、抗C16orf54抗体とC16orf54の間で複合体が形成されたかどうかを検出する段階を含む。
【０３９２】
1つの局面において、本発明は、C16orf54の発現増大を伴う障害を診断する方法を提供する。ある態様において、本方法は、被験細胞を抗C16orf54抗体と接触させる段階；C16orf54との抗C16orf54抗体の結合を検出することによって、被験細胞によるC16orf54の発現のレベルを（定量的または定性的に）測定する段階；および被験細胞によるC16orf54の発現のレベルを対照細胞（例えば、被験細胞と同じ組織起源の正常細胞、またはそのような正常細胞と同等なレベルでC16orf54を発現する細胞）によるC16orf54の発現のレベルと比較する段階を含み、対照細胞と比較して被験細胞によるC16orf54の発現のより高いレベルにより、C16orf54の発現増大を伴う障害の存在が示される。ある態様において、発現増大は、正常細胞と比較して腫瘍細胞の表面上のC16orf54発現のより高い密度に対応する。ある態様において、被験細胞は、C16orf54の発現増大を伴う障害を有する疑いのある個体から得られる。ある態様において、障害は、癌または腫瘍などの細胞増殖性障害である。本発明の抗体を用いて診断しうる、例示的な細胞増殖性障害には、CLL、ALL、AML、もしくはCMLなどの白血病、リンパ腫、骨髄腫、乳癌もしくは膵癌などの固形腫瘍、またはこれらの癌のいずれかの転移が含まれる。
【０３９３】
ある態様において、上記のもののような診断または検出の方法は、細胞の表面に発現された、またはC16orf54をその表面に発現する細胞から得られた膜調製物における、C16orf54との抗C16orf54抗体の結合を検出する段階を含む。ある態様において、本方法は、細胞を抗C16orf54抗体と、C16orf54との抗C16orf54抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、細胞表面で抗C16orf54抗体とC16orf54の間で複合体が形成されたかを検出する段階を含む。細胞の表面にC16orf54を発現されたC16orf54との抗C16orf54抗体の結合を検出するための、例示的なアッセイ法は、「FACS」アッセイ法である。
【０３９４】
C16orf54との抗C16orf54抗体の結合を検出するために、ある他の方法を用いることもできる。そのような方法には、当技術分野において周知の抗原結合アッセイ法、例えば、ウエスタンブロット法、ラジオイムノアッセイ法、ELISA（酵素結合免疫吸着アッセイ法）、「サンドイッチ」イムノアッセイ法、免疫沈降アッセイ法、蛍光イムノアッセイ法、プロテインAイムノアッセイ法、および免疫組織化学（IHC）などが含まれるがこれらに限定されない。
【０３９５】
ある態様においては、抗C16orf54抗体を標識する。標識には、直接的に検出される標識または部分（例えば、蛍光標識、発色団標識、高電子密度標識、化学発光標識、および放射性標識）、ならびに間接的に、例えば酵素反応または分子相互作用を介して検出される、酵素またはリガンドなどの部分が含まれるがこれらに限定されない。例示的な標識には、放射性同位体32P、14C、125I、3H、および131I、希土類キレートまたはフルオレセインおよびその誘導体などの蛍光団、ローダミンおよびその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン、ルシフェラーゼ、例えば、ホタルルシフェラーゼおよび細菌ルシフェラーゼ（米国特許第4,737,456号）、ルシフェリン、2,3-ジヒドロフタラジンジオン、西洋ワサビペルオキシダーゼ（HRP）、アルカリホスファターゼ、β-ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカリドオキシダーゼ、例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、およびグルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ、ウリカーゼおよびキサンチンオキシダーゼなどの複素環オキシダーゼと、過酸化水素を用いて色素前駆体を酸化する酵素、例えばHRP、ラクトペルオキシダーゼまたはミクロペルオキシダーゼとの組み合わせ、ビオチン／アビジン、スピン標識、バクテリオファージ標識、安定なフリーラジカルなどが含まれるがこれらに限定されない。
【０３９６】
ある態様においては、抗C16orf54抗体を不溶性マトリックス上に固定化する。固定化は、抗C16orf54抗体を、溶液中に遊離したまま残るC16orf54から分離することを必要とする。これは従来より、水不溶性のマトリックスもしくは表面への吸着（Bennichら、米国特許3,720,760号）によって、または共有結合によって（例えば、グルタルアルデヒド架橋を用いる）、または例えば免疫沈降によって抗C16orf54抗体とC16orf54との複合体の形成後に抗C16orf54抗体を不溶化することのいずれかにより、アッセイ手順の前に抗C16orf54抗体を不溶化することによって達成されてきた。
【０３９７】
診断または検出の上記の態様はいずれも、抗C16orf54抗体の代わりにまたはそれに加えて、本発明のイムノコンジュゲートを用いて実施しうる。
【０３９８】
アッセイ法
本発明の抗C16orf54抗体およびイムノコンジュゲートは、当技術分野において公知のさまざまなアッセイ法によって、それらの物理的／化学的特性、および／または生物学的活性に関して特徴決定することができる。
【０３９９】
活性アッセイ法
1つの局面においては、生物学的活性を有する抗C16orf54抗体またはそのイムノコンジュゲートを同定するためのアッセイ法が提供される。生物学的活性には、例えば、細胞の成長または増殖を阻害する能力（例えば、「細胞死滅」活性）、あるいはプログラム細胞死（アポトーシス）を含む細胞死または細胞分化もしくは細胞活性化を誘導する能力が含まれうる。インビボおよび／またはインビトロでそのような生物学的活性をで有する抗体またはイムノコンジュゲートも提供される。
【０４００】
ある態様においては、抗C16orf54抗体またはそのイムノコンジュゲートを、インビトロでの細胞の成長または増幅を阻害するその能力に関して試験する。細胞の成長または増殖の阻害に関するアッセイ法は、当技術分野において周知である。本明細書中に記載される「細胞死滅」アッセイ法によって例示される細胞増殖に関するあるアッセイ法は、細胞生存度を測定する。そのようなアッセイ法の1つは、CellTiter-Glo（商標）Luminescent Cell Viability Assayであり、これは、Promega（Madison, WI）から市販されている。このアッセイ法は、代謝的活性細胞の指標であるATPの定量に基づいて、培養下にある生細胞の数を決定する。Crouch et al, (1993) J. Immunol. Meth. 160:81-88, 米国特許第6602677号を参照。このアッセイ法は96ウェルまたは384ウェルフォーマットで実施することができ、自動化ハイスループットスクリーニング（HTS）に適合させることができる。Cree et al (1995) Anticancer Drugs 6:398-404を参照。
【０４０１】
細胞増殖に関する別のアッセイ法は、ミトコンドリアレダクターゼによる、3-(4,5-ジメチルチアゾール-2-イル)-2,5-ジフェニルテトラゾリウムブロミドのフォルマザンへの酸化を測定する比色アッセイ法である「MTT」アッセイ法である。CellTiter-Glo（商標）アッセイ法と同様に、このアッセイ法は、細胞培養物中に存在する代謝的活性細胞の数を示す。例えば、Mosmann (1983) J. Immunol. Meth. 65:55-63およびZhang et al. (2005) Cancer Res. 65:3877-3882を参照。
【０４０２】
1つの局面では、抗C16orf54抗体を、インビトロで細胞死を誘導するその能力に関して試験する。細胞死の誘導に関するアッセイ法は、当技術分野において周知である。いくつかの態様において、そのようなアッセイ法は、例えば、ヨウ化プロピジウム（PI）、トリパンブルー（Moore et al. (1995) Cytotechnology, 17: 1-11を参照）または7AADの取り込みによって示されるような膜完全性の損失を測定する。例示的なPI取り込みアッセイ法では、細胞を、ダルベッコ改変イーグル培地（D-MEM）：10％熱非働化FBS（Hyclone）および2mM L-グルタミンを加えたハムF12（50：50）中で培養される。すなわち、本アッセイ法は、補体および免疫エフェクター細胞の非存在下で実施される。細胞を100×20mm培養皿に3×106個／培養皿の密度で播種して、一晩かけて付着させる。培地を除去して、新たな培地のみと、または種々の濃度の抗体またはイムノコンジュゲートを含む培地と置き換えられる。細胞を3日間インキュベートする。処理後に単層をPBSで洗浄し、トリプシン処理によって剥離する。続いて細胞を4℃、1200rpmで5分間遠心分離し、ペレットを3mlの冷Ca2＋結合緩衝液（10mM Hepes、pH 7.4、140mM NaCl、2.5mM CaC12）中に再懸濁させて、35mmのストレーナーキャップ付き12×75mmチューブに分取して（チューブ当たり1ml、処理群毎にチューブ3本）、細胞塊を取り出す。続いてチューブにPI（10μg／ml）を入れる。試料を、FACSCAN（商標）フローサイトメーターおよびFACSCONVERT（商標）CellQuestソフトウェア（Becton Dickinson）を用いて分析する。PI取り込みによる判定で統計学的に有意なレベルの細胞死を誘導する抗体またはイムノコンジュゲートを、このようにして同定する。
【０４０３】
1つの局面において、抗C16orf54抗体またはイムノコンジュゲートを、インビトロでアポトーシス（プログラム細胞死）を誘導するその能力に関して試験する。アポトーシスを誘導する抗体またはイムノコンジュゲートに関する例示的なアッセイ法は、例えば、Zhang et al. (BioTechniques 23: 525-531, 1997)などの場合のアネキシン結合アッセイ法である。アポトーシスを誘導する抗体またはイムノコンジュゲートに関する別の例示的なアッセイ法は、ゲノムDNAのヌクレオソーム間分解を検出するためのヒストンDNA ELISA比色アッセイ法である。そのようなアッセイ法は、例えば、Cell Death Detection ELISAキット（Roche, Palo Alto, CA）を用いて実施しうる。
【０４０４】
インビトロアッセイ法において上記のいずれかで用いるための細胞には、天然にC16orf54を発現するか、またはC16orf54を発現するよう遺伝子操作された、細胞または細胞株が含まれる。そのような細胞には、同じ組織起源の正常細胞に比してC16ORF54を過剰発現する腫瘍細胞が含まれる。そのような細胞には、C16orf54を発現する細胞株（腫瘍細胞株を含む）、およびC16orf54を通常は発現しないが、C16orf54をコードする核酸がトランスフェクトされた細胞株も含まれる。
【０４０５】
1つの局面において、抗C16orf54抗体またはそのイムノコンジュゲートを、インビボでの細胞の成長または増殖を阻害するその能力に関して試験する。ある態様においては、抗C16orf54抗体またはそのイムノコンジュゲートを、インビボでの腫瘍増殖を阻害するその能力に関して試験する。インビボモデル系、例えば異種移植片モデルを、そのような試験のために用いうる。例示的な異種移植片系では、ヒト腫瘍細胞が、適切な免疫無防備状態の非ヒト動物、例えばSCIDマウスに導入される。本発明の抗体またはイムノコンジュゲートをその動物に投与する。腫瘍増殖を阻害するかまたは低下させる抗体またはイムノコンジュゲートの能力を測定する。上記異種移植片系のある態様においては、ヒト腫瘍細胞は、ヒト患者由来の腫瘍細胞である。異種移植片モデルを調製するために有用なそのような細胞には、外因性C16orf54を発現する細胞、および天然にC16orf54を発現する細胞が非限定的に含まれる。ある態様においては、ヒト腫瘍細胞を、皮下注射により、または乳房脂肪パッドのような適切な部位への移植により、適切な免疫無防備状態の非ヒト動物に導入する。
【０４０６】
結合アッセイ法および他のアッセイ法
1つの局面では、抗C16orf54抗体を、その抗原結合活性に関して試験する。例えば、ある態様においては、抗C16orf54抗体を、細胞の表面に発現されるC16orf54と結合するその能力に関して試験する。FACSアッセイ法を、このような試験のために用いうる。
【０４０７】
C16orf54に対して産生された一団のモノクローナル抗体を、それらが認識するエピトープに基づいてグループ分けすることができ、この過程はエピトープビニングとして知られる。エピトープビニングは、典型的には、抗体が別の抗体の存在下で抗原と結合する能力を評価する競合アッセイ法として実施される。例示的な競合アッセイ法では、固定化されたC16orf54を、C16orf54と結合する第1の標識抗体、およびC16orf54に対する結合をめぐって第1の抗体と競合する能力について試験される第2の非標識抗体を含む溶液中でインキュベートする。第2の抗体はハイブリドーマ上清中に存在してもよい。対照として、固定化されたC16orf54を、第1の標識抗体を含むが第2の非標識抗体は含まない溶液中でインキュベートする。C16orf54との第1の抗体の結合を許容する条件下でのインキュベーション後に、過剰量の非結合抗体を除去し、固定化されたC16orf54に付随する標識の量を測定する。固定化されたC16orf54に付随する標識の量が、対照試料に比して被験試料において実質的に減少している場合には、そのことは第2の抗体がC16orf54に対する結合をめぐって第1の抗体と競合することを示す。ある態様において、固定化されたC16orf54は、細胞の表面に存在するか、または、C16orf54をその表面に発現する細胞から得られた膜調製物中に存在する。
【０４０８】
エピトープビニングのハイスループット方法も当技術分野において公知である。例えば、モノクローナル抗体の特徴決定のための多重競合抗体ビニングを記載しているJia et al., J. Immunol. Methods 2004, 288(1-2):91-98；および、多重対合アッセイ法によるマウスモノクローナル抗体のエピトープビニングを記載しているMiller et al., J. Immunol. Methods 2011, 365(1-2): 118-25を参照されたい。
【０４０９】
エピトープマッピング
エピトープマッピングとは、その標的タンパク質抗原上にある抗体の結合部位またはエピトープを同定する過程のことである。抗体エピトープは、直鎖状エピトープまたは立体構造的エピトープでありうる。直鎖状エピトープは、タンパク質におけるアミノ酸の連続配列によって形成される。立体構造的エピトープは、タンパク質配列中では不連続的であるが、タンパク質のその三次元構造へのフォールディングが起こると寄せ集められるアミノ酸で形成される。
【０４１０】
標的タンパク質抗原上の抗体エピトープのマッピングのための種々の方法が、当技術分野において公知である。これらには、突然変異誘発法、ペプチドスキャニング法、ディスプレイ法、質量分析、および構造決定を伴う方法が含まれる。
【０４１１】
部位特異的突然変異誘発法には、タンパク質配列に沿って系統的に置換を導入し、続いて抗体結合に対する各置換の影響を判定することによって決定的なアミノ酸を同定する、標的化部位特異的突然変異誘発が含まれる。これは、Cunningham and Wells (1989) Science 244: 1081-1085によって記載された「アラニンスキャニング突然変異誘発」、またはヒトC16orf54におけるアミノ酸残基の何らかの他の形態での点突然変異誘発によって行うことができる。しかし、突然変異誘発試験では、C16orf54の全体的な三次元構造にとっては非常に重要ではあるが抗体-抗原接触には直接的には関与しないアミノ酸残基も明らかになることから、この方法を用いて判定された機能的エピトープを確認するためには他の方法も必要と考えられる。
【０４１２】
ショットガン突然変異誘発マッピングでは、標的遺伝子に関する包括的プラスミド-突然変異ライブラリーを用い、ライブラリー中の各クローンは、特有のアミノ酸突然変異を有し、ライブラリー全体では標的タンパク質におけるあらゆるアミノ酸をカバーする。突然変異ライブラリーを構成するクローンをマイクロプレート上に個別に並べ、生きている哺乳動物細胞内で発現させて、関心対象の抗体との免疫反応性に関して試験する。抗体エピトープにとって決定的に重要なアミノ酸を反応性の損失によって同定し、続いてそれをタンパク質構造上にマッピングすることでエピトープを視覚化する。この分析を自動化することにより、数日から数週間以内に新たなエピトープマップを導き出すことができる。これは哺乳動物細胞内のタンパク質の天然型構造を用いているため、本手法は、直鎖状エピトープ構造および立体構造的エピトープ構造の両方を複合体タンパク質上にマッピングすることができる（Paes et al., J. Am. Chem. Soc. 131 (20): 6952-6954 (2009)；Banik and Doranz, Genetic Engineering and Biotechnology News 3(2): 25-28 (2010)）。
【０４１３】
また、抗C16orf54抗体によって結合されているエピトープを、ペプチドスキャニング法を用いて決定することもできる。ペプチドスキャニングでは、標的タンパク質の重複するセグメント由来の短いペプチド配列のライブラリーにより、C16orf54を関心対象の抗体を結合させるその能力に関して試験する。ペプチドを合成して、「pepscan」法（WO84／03564；WO93／09872）などの場合の、固相スクリーニングのための多重的方法のいずれかにより、例えば、ELISAもしくはBIACOREを用いて、またはチップ上で、結合に関してスクリーニングする（Reineke et al, Curr. Opin. Biotechnol. 12: 59-64, 2001）。そのようなペプチドスクリーニング法は、不連続的な機能的エピトープのいくつか、すなわち、C16orf54ポリペプチド鎖の一次配列に沿って連続しているのではないアミノ酸残基を含む機能的エピトープを検出できない可能性がある。
【０４１４】
CLIPS（スカフォールド上へのペプチドの化学結合（chemical linkage of peptides onto scaffolds））と名付けられた最近開発された技術を、立体構造的エピトープのマッピングのために用いることもできる。ペプチドの遊離端を合成スカフォールド上に固定させ、その結果、スカフォールドに固定されたペプチドが無傷タンパク質における対応する配列と同じ空間構造をとるようにする。CLIPS技術は、線状ペプチドを環状構造（「単一ループ」形式）に固定して、タンパク質結合部位の種々の部分を寄せ集め（「二重ループ」形式、「三重ループ」形式など）、そうすることで、抗体結合に関してアッセイしうる立体構造的エピトープを作製するために用いられる（米国特許第7,972,993号）。
【０４１５】
本発明の抗体によって結合されているエピトープを、例えば、上記のようなファージディスプレイ、微生物ディスプレイおよびリボソーム／mRNAディスプレイを含むディスプレイ法を用いてマッピングすることもできる。これらの方法では、ペプチド断片のライブラリーをファージまたは細胞の表面に提示させる。続いて、選択的結合アッセイ法を用いてこれらの断片に対するmAbをスクリーニングすることによって、エピトープをマッピングする。ファージディスプレイを用いて得られた、親和性により選択された線状ペプチドに基づく立体構造的エピトープの予測のための計算ツールがいくつか開発されている（Mayrose et al., Bioinformatics 23: 3244-3246, 2007）。また、ファージディスプレイによる立体構造的エピトープの検出のための方法も使用可能である。微生物ディスプレイシステムを用いて、立体構造的エピトープの同定のために、正しくフォールディングした抗原断片を細胞表面上に発現させることもできる（Cochran et al., J. Immunol. Meth. 287: 147-158, 2004；Rockberg et al., Nature Methods 5: 1039-1045, 2008）。
【０４１６】
タンパク質加水分解および質量分析を伴う方法を、抗体エピトープの決定のために用いることもできる（Baerga-Ortiz et al., Protein Sci. 2002 June；11 (6): 1300-1308）。限定的なタンパク質加水分解により、抗体の存在下および非存在下で種々のプロテアーゼによって抗原を切断させ、断片を質量分析によって同定する。エピトープは、抗体結合時にタンパク質加水分解から保護されるようになる抗原の領域である（Suckau et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87::9848-9852, 1990）。タンパク質加水分解に基づくその他の方法には、例えば、選択的化学修飾（Fiedler et al., Bioconjugate Chemistry 1998, 9(2): 236-234, 1998）、エピトープ切り出し（Van de Water et al., Clin. Immunol. Immunopathol. 1997, 85(3): 229-235, 1997）、および最近開発された水素-重水素（H／D）交換法（Flanagan, N., Genetic Engineering and Biotechnology News 3(2): 25-28, 2010）が含まれる。
【０４１７】
本発明の抗体によって結合されているエピトープを、X線結晶構造決定（例えば、WO2005／044853）、分子モデリングおよび核磁気共鳴（NMR）分光法などの構造的方法によって決定することもでき、これには、遊離状態の場合、および関心対象の抗体との複合体中で結合している場合の不安定なアミド水素のH-D交換速度のNMRによる決定が含まれる（Zinn-Justin et al. (1992) Biochemistry 31: 11335-11347；Zinn-Justin et al. (1993) Biochemistry 32:6884-6891）。
【０４１８】
本発明の抗体と同じエピトープと結合するさらなる抗体は、例えば、C16orf54に対して産生された抗体の、エピトープに対する結合に関するスクリーニングによって、エピトープ配列を含むヒトC16ORF54の断片を含むペプチドによる動物の免疫処置によって、またはエピトープ配列に対する結合に関するファージディスプレイを用いた抗体の選択によって得ることができる。同じ機能的エピトープと結合する抗体は、C16ORF54の生物学的活性の遮断といった類似の生物学的活性を示すと予想され、そのような活性は抗体の機能アッセイ法によって確認することができる。
【０４１９】
その他の活性アッセイ法
1つの態様において、本発明の抗C16orf54抗体は、C16orf54の生物学的活性を阻害するアンタゴニスト抗体である。本発明の抗C16orf54抗体を、それらがC16orf54の生物学的活性を阻害するかどうかを判定するためにアッセイすることができる。
【０４２０】
1つの局面において、精製された抗C16orf54抗体を、N末端シークエンシング、アミノ酸分析、非変性サイズ排除高圧液体クロマトグラフィー（HPLC）、質量分析、イオン交換クロマトグラフィー、およびパパイン消化を含むがこれらに限定されない、一連のアッセイ法によってさらに特徴決定することができる。
【０４２１】
1つの態様において、本発明は、すべてではないがいくつかのエフェクター機能を保有する改変された抗体を想定しており、これは、抗体のインビボ半減期は重要であるが、特定のエフェクター機能（補体およびADCCなど）は不必要または有害であるような多くの用途にとって望ましい候補となる。ある態様においては、所望の特性だけが維持されていることを確かめるために、抗体のFc活性を測定する。インビトロおよび／またはインビボの細胞傷害性アッセイ法を実施して、CDCおよび／またはADCC活性の低下／枯渇を確認することができる。例えば、抗体がFcγR結合を欠く（それ故におそらくADCC活性を欠く可能性が高い）が、FcRn結合能力は保持していることを確かめるために、Fc受容体（FcR）結合アッセイ法を実施することができる。関心対象の分子のADCC活性を評価するためのインビトロアッセイ法の一例は、米国特許第5,500,362号または同第5,821,337号に記載されている。そのようなアッセイ法のための有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（PBMC）およびナチュラルキラー（NK）細胞が含まれる。代替的または追加的に、関心対象の分子のADCC活性を、インビボで、例えば、Clynes et al. PNAS (USA) 95:652-656 (1998)に開示されたものなどの動物モデルで評価することもできる。抗体がC1qを結合させることができず、それ故にCDC活性を欠くことを確認するために、C1q結合アッセイ法を実施することもできる。補体活性化を評価するために、Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202: 163 (1996)に記載されたようなCDCアッセイ法を実施することもできる。FcRn結合およびインビボ排除／半減期の決定を、当技術分野において公知の方法を用いて行うこともできる。
【０４２２】
前記の発明は、理解しやすいように例証および例示によってある程度詳細に説明してきたが、その記述および例は、本発明の範囲を限定するものとみなされるべきではない。本明細書に引用されたすべての特許および科学文献の開示内容は、それらの全体が参照により明示的に組み入れられる。
【実施例】
【０４２３】
以下は、本発明の方法および組成物の例である。以上に提示された一般的記載を考慮した上で、さまざまな他の態様を実施しうることが理解される。
【０４２４】
実施例1：慢性リンパ球性白血病（CLL）腫瘍細胞の表面上のC16orf54の同定
合計33個のCLL患者試料および健常ドナー由来の22個の正常試料を最初に分析した。個々のCLL試料の質をモニタリングするために、CD19、CD5、およびCD23の発現を、LC-MS/MSまたはFACSを使用して評価した。陽性細胞を少なくとも75％含有する試料のみをさらに分析した。細胞表面タンパク質プロファイリングの間、細胞生存度が最大限に維持されるように、新たに採取した原発性腫瘍試料および正常試料を使用した。細胞の完全性を損なわずに効率的な標識が可能となるように、腫瘍試料および正常試料に関して最適な標識時間を決定した。
【０４２５】
表面タグ標識抗原プロファイリング（sTAg）を用いて、33個のコアCLL試料、11個の骨髄単核細胞（BMMC）対照試料および11個の末梢血単核細胞（PBMC）対照試料における細胞上の表面タンパク質のレパートリーの同定および定量的プロファイリングを行った。無傷原発性腫瘍細胞の細胞膜に付随するタンパク質の細胞外ドメインを化学的にタグ標識し、続いて固相親和性樹脂を用いて、タグ標識タンパク質に関してクロマトグラフィーにより濃縮した。溶出したタンパク質を、以下に述べる質量分析を行うまで-80℃で貯蔵した。
【０４２６】
高分解能のショットガン液体クロマトグラフィータンデム質量分析法を用いて、sTAg法によって濃縮されたタンパク質を同定し、定量した。線形イオントラップの感度と、画期的なorbitrap質量分析装置によってもたらされる高分解能および質量精度とを兼ね備えるハイブリッド型ThermoFisher Orbitrap（登録商標）VelosハイブリットMS機器（Olsen et al., Mol. Cell Proteomics 8:2759-2769, 2009）を、ナノ流量液体クロマトグラフィー装置へ接続し、ショットガン法ベースのボトムアッププロテオミクスのために使用して、CLL細胞表面濃縮画分におけるタンパク質の実体および定量的な存在量測定値を決定した（Yates et al. (2009) Annu. Rev. Biomed. Eng. 11: 49-79）。濃縮された表面タンパク質をトリプシンによってペプチドへタンパク質消化し、次いでナノ流量液体クロマトグラフィーによって疎水性によって分離し、ペプチド断片化パターンをMSによって動的に記録した。生のMSデータを、高速処理Sorcerer 2プラットフォーム（Lundgren et al., 2009) Curr. Protoc. Bioinformatics, Chapter 13: Unit 13.3）で実行されるSEQUESTアルゴリズムで続いて処理して、次いで、ヒトプロテオームからインシリコで決定された全ての可能な理論的パターンへ実験的断片化パターンをマッチさせ、ペプチドおよびタンパク質の実体を決定した。その結果得られたマッチを、PeptideProphet（登録商標）（Keller et al. (2002) Anal. Chem. 74: 5383-5392）およびProteinProphet（登録商標）（Nesvizhskii et al. (2003) Anal. Chem. 75: 4646-4658）ソフトウェアツールを用いて統計学的に検証し、偽発見率（FDR）が可能な限り低いこと、およびそれ故にロバストに同定されたタンパク質のみが候補プールに含まれることを確かめた。
【０４２７】
sTAg試料における同定されたタンパク質の相対的な定量レベルは、スペクトルカウント法（Neilson et al., Proteomics 11:535-553, 2011）を用いて測定した。スペクトルカウント法は、各タンパク質由来のペプチドに付随する、指定された（陽性同定された）スペクトルの数が、元の混合物におけるそのタンパク質の相対的存在量と強く相関するという経験的な実証に基づく（Liu et al., Anal. Chem. 76:4193-4201, 2004）。スペクトルカウント数を、SEQUESTで検索した質量分析データの結果の表示、ソーティングおよびフィルター処理を行う、プロテオミクス解析用ソフトウェアScaffold（登録商標）（Proteome Software）から得た。タンパク質の長さの違いおよび試料サイズのばらつきを明らかにするために、生のスペクトルカウント数を標準化スペクトル存在比率パーセント（NSAF％）値に変換した（Zybailov et al. J. Proteome Res. 5: 2339-2347, 2006）。
【０４２８】
sTAgを用いて、公知の治療的抗体標的（CD19およびCD20）ならびに新規の標的C16orf54の両方が、CLL腫瘍細胞の表面に高密度に存在するものとして同定された。図1Aにプロットされているように、sTAg法によって、CD19がCLL試料33個中33個で検出され、平均NSAF％は0.34であり、CD20がCLL試料33個中27個で検出され、平均NSAF％は0.32であった。対照試料中において、CD19は、PBMCおよびBMMC試料22個中2個で検出され、平均NSAF％は0.015であり、CD20は検出されなかった。SEQ ID NO:1のアミノ酸配列を有する1回貫通膜タンパク質であるC16orf54は、原発性CLL試料33個中33個で同定され、平均NSAF％は0.32であったが、正常試料22個のいずれにおいても同定されなかった（図1B）。この分析に基づくと、C16orf54は、患者由来のCLL原発性腫瘍標本のかなりの部分で、適切な正常対照と比較して実質的に濃縮している。
【０４２９】
さらなる腫瘍患者試料および健常ドナー由来の正常試料を分析した。sTAg分析に基づいて、下記の表30に示されるように、C16orf54は、急性骨髄性白血病（AML）腫瘍細胞（4/14）および多発性骨髄腫（MM）腫瘍細胞（1/30）の一部の原発性試料において、ならびに試験したCLL腫瘍細胞（36/40、上記で議論した33個の試料を含む）のほぼ全ての原発性試料において、発現されるが、結腸直腸（CRC）腫瘍試料（0/27）、肺腫瘍試料（0/89）、卵巣腫瘍試料（0/53）、肉腫腫瘍試料（0/14）または膵臓腫瘍試料（0/41）において発現されない。
【０４３０】
（表３０）
2015533832.tif 000147
NAT＝正常隣接組織
【０４３１】
実施例2：C16orf54に対するモノクローナル抗体の作製
モノクローナル抗体を、"Antibodies: A Laboratory Manual" (Harlow and Lane 1988 CSH Press)に記載された一般的な方法に従って調製した。Taconicから購入した雄性129S6マウスを免疫処置用に用いた。マウスに対して、1.5×106個のヒトC16orf54（huC16orf54）発現性肉腫細胞を側腹部に皮下注射することによって免疫した。免疫処置後の第55日に、マウスに対して、5×106個のhuC16orf54発現性肉腫細胞による腹腔内追加投与を行った。脾臓を第59日に採取した。個別の脾細胞を調製し、"Antibodies: A Laboratory Manual" (Harlow and Lane 1988 CSH Press)に概略が記載されたPEGベースの方法を用いて、CRL-2016骨髄腫細胞（ATCC）と融合させて、ハイブリドーマを樹立した。
【０４３２】
ハイブリドーマを384ウェル組織培養プレートで増殖させ、huC16orf54を認識する抗体の産生のために、個々のウェルからの上清をELISAによってスクリーニングした。続いて陽性ウェルを96ウェルプレートに移して増やし、ELISAによるhuC16orf54結合の確認のために上清を収集した。抗huC16orf54抗体を産生する個々のハイブリドーマを、96ウェルプレートのウェルに単一のハイブリドーマ細胞をプレーティングすることによって、モノクローナル抗huC16orf54抗体を産生する確認済みの独自のクローンとして樹立した。これらの細胞をコロニーとして増殖させ、これらの個々のコロニーからの上清を、huC16orf54に対するモノクローナル抗体の結合を確認するためにELISAによってスクリーニングした。8個のモノクローナル抗体（R29-67-1B、R29-7-2A、R29-67-4A、R29-67-7A、R29-67-3C、R29-7-1C、R29-67-9A、およびR29-67-5Aと名付けられた）を、C16orf54へのそれらの結合について選択し、さらに、本明細書に記載されるように、インビトロおよびインビボで分析した。プリスタンを投与したBalb/Cマウスにクローンのハイブリドーマを注入して、腹水を生じさせた。腹水を収集し、Thermo Scientific（Product Instructions #21001）によって公開されている一般的な抗体精製プロトコールに従って、Gammabindセファロース（GE Healthcare 製品コード17-0885-01）、プロテインA IgG結合緩衝液（Thermo Scientific 品番21001）、およびIgG溶出緩衝液（Thermo Scientific 品番21004）を用いて精製した。
【０４３３】
抗体R29-7-2Aの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４３４】
R29-7-2A重鎖可変領域
2015533832.tif 000148
2015533832.tif 000149
（SEQ ID NO:4；例示的なCDRに下線が引かれており；表29も参照されたい）
【０４３５】
R29-7-2A軽鎖可変領域
2015533832.tif 000150
2015533832.tif 000151
（SEQ ID NO:6；例示的なCDRに下線が引かれており；表29も参照されたい）
【０４３６】
抗体R29-7-1Cの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４３７】
R29-7-1C重鎖可変領域
2015533832.tif 000152
2015533832.tif 000153
（SEQ ID NO:8；例示的なCDRに下線が引かれており；表21も参照されたい）
【０４３８】
R29-7-1C軽鎖可変領域
2015533832.tif 000154
2015533832.tif 000155
（SEQ ID NO:10；例示的なCDRに下線が引かれており；表21も参照されたい）
【０４３９】
抗体R29-67-7Aの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４４０】
R29-67-7A重鎖可変領域
2015533832.tif 000156
2015533832.tif 000157
（SEQ ID NO:12；例示的なCDRに下線が引かれており；表22も参照されたい）
【０４４１】
R29-67-7A軽鎖可変領域
2015533832.tif 000158
2015533832.tif 000159
（SEQ ID NO:14；例示的なCDRに下線が引かれており；表22も参照されたい）
【０４４２】
抗体R29-67-4Aの重鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４４３】
R29-67-4A重鎖可変領域
2015533832.tif 000160
2015533832.tif 000161
（SEQ ID NO:146；例示的なCDRに下線が引かれており；表23も参照されたい）
【０４４４】
重鎖および軽鎖可変領域配列を含むC16orf54結合抗体の作製について上記に示された、R29-67-4A重鎖可変領域配列と共に使用するために適した例示的な軽鎖可変領域配列としては、以下が挙げられる：SEQ ID NO:21もしくはSEQ ID NO:22（例えば、R29-8-57B抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:9もしくはSEQ ID NO:10（例えば、R29-7-1C抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:13もしくはSEQ ID NO:14（例えば、R29-67-7A抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）。
【０４４５】
実施例3：C16orf54に対するさらなるモノクローナル抗体の作製
インビトロ抗腫瘍抗体（invitro anti-tumor Antibody）（iTAb）プラットフォームを使用して、C16orf54に対する抗体を作製した。このシステムにおいて、ヒトタンパク質を安定発現するようにマウス腫瘍細胞株に形質導入し、次いで、これを同系マウスに皮下移植する。マウスを抗CD8抗体で処置して、体液性免疫反応をインタクトにしたまま、細胞媒介拒絶経路を除去した。この免疫処置後、脾細胞を採取し、不死化パートナー細胞へ融合し、ハイブリドーマを作製する。これらのハイブリドーマ由来の抗体を、良好な結合特性を有する抗体の多様なパネルを同定するために設計されたマルチプルアッセイ法においてスクリーニングする。次いで、選択された抗体を以下のようにインビボ試験のために産生する。
【０４４６】
C16orf54を発現するマウス肉腫細胞株を、肉腫細胞株のウイルス感染によって作製した。PCR増幅C16orf54遺伝子を、ネオマイシン耐性遺伝子を有するマウス幹細胞ウイルス発現ベクター中へクローニングし、配列決定し、同一性を確認した。ウイルス粒子を作製するために、レトロウイルスパッケージングタンパク質を有するHEK 293t細胞に、トランスフェクション試薬FUGENE HD (Roche)の存在下で、C16orf54を含有するレトロウイルス発現ベクターをトランスフェクションした。トランスフェクションの48時間後に培地の上清から収集されたウイルス粒子を使用し、肉腫細胞を感染させた。G418選択後、安定なトランスフェクタントをプールし、次いで、限界希釈法によってクローニングした。次いで、クローンを選び、抗生物質の存在下で増やした。フローサイトメトリーによって測定した場合にC16orf54の最も高い発現レベルを有したクローンを、増やし、保存した。次いで、以下のように抗体産生のために同系マウスを免疫するためにおよび抗体選択についての結合アッセイ法において、これらの細胞株を用いた。
【０４４７】
免疫処置のために、C16orf54を発現するマウス肉腫細胞株を、肉腫株と同系である129s6/SvEvマウスに皮下移植した。脾臓採取の3日前に、マウスをこの細胞株で追加免疫した。脾細胞を単一細胞として単離し、PEG1500を用いてSP2-MIL6細胞と融合させた。得られたハイブリドーマを384ウェルプレート中に平板培養し、10日間増殖させた。
【０４４８】
C16orf54への結合を検出するために細胞ベースの酵素結合免疫吸着アッセイ法（ELISA）を使用して、C16orf54に対する抗体を最初に選択した。このアッセイ法のために、C16orf54発現性肉腫細胞をアッセイ法の1日前に384ウェルプレート中に平板培養した。次いで、細胞をハイブリドーマ上清で処理した。インキュベーションおよび洗浄に続いて、結合された抗体の存在を、ペルオキシダーゼ結合ヤギ抗マウスIgG抗体（Jackson ImmunResearch Laboratories）、続いて化学発光基質（ThermoScientific SuperSignal（登録商標）ELISA Pico Substrate）を使用して検出した。最初のスクリーニングにおいて陽性と同定されたハイブリドーマを96ウェルプレートのウェルへ移した。増殖させた後、上清を確認のために同様のアッセイ法において試験した。
【０４４９】
抗体のアイソタイプを、アイソタイプ特異的ヤギ抗マウスFc抗体を使用することによりELISAによって同定した。このアッセイ法のために、C16orf54発現性細胞をアッセイの1日前に384ウェルプレート中に平板培養した。次いで、細胞をハイブリドーマ上清で処理した。インキュベーションおよび洗浄に続いて、細胞を、マウスIgG1またはIgG2について特異的なペルオキシダーゼ結合ヤギ抗体（Jackson ImmunResearch Laboratories）、続いて化学発光基質（ThermoScientific SuperSignal（登録商標）ELISA Pico Substrate）と共にインキュベートした。
【０４５０】
C16orf54発現性細胞への結合について陽性であるとわかった上清中の抗体の濃度を、ELISAによって測定した。上清を4つの希釈で試験した。各抗体について、標準曲線の線形範囲内の値を生じさせた希釈を使用し、上清中の抗体の濃度を算出した。上清中の抗体濃度は<1μg/mlから>500μg/mlまでの濃度範囲にあり、およそ300個の上清が>10μg/mlであった。25個のモノクローナル抗体（R29-8-9B、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-120B、R29-8-18B、R29-8-28C、R29-8-19B、R29-8-50C、R29-8-12A、R29-8-36C、R29-8-58C、R29-8-75B、R29-8-57B、R29-8-136C、R29-67-4A、R29-7A-53A、R29-7A-54C、R29-7A-38C、R29-7A-49A、R29-7A-13A、R29-67-1B、R29-67-3C、R29-67-5A、およびR29-67-9Aと名付けられた）を、C16orf54へのそれらの結合について選択し、さらに、本明細書に記載されるように、インビトロおよびインビボで分析した。
【０４５１】
抗体R29-8-136Cの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４５２】
R29-8-136C重鎖可変領域
2015533832.tif 000162
2015533832.tif 000163
（SEQ ID NO:16；例示的なCDRに下線が引かれており；表20も参照されたい）
【０４５３】
R29-8-136C軽鎖可変領域
2015533832.tif 000164
2015533832.tif 000165
（SEQ ID NO:18；例示的なCDRに下線が引かれており；表20も参照されたい）
【０４５４】
抗体R29-8-57Bの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４５５】
R29-8-57B重鎖可変領域
2015533832.tif 000166
2015533832.tif 000167
（SEQ ID NO:20；例示的なCDRに下線が引かれており；表19も参照されたい）
【０４５６】
R29-8-57B軽鎖可変領域
2015533832.tif 000168
2015533832.tif 000169
（SEQ ID NO:22；例示的なCDRに下線が引かれており；表19も参照されたい）
【０４５７】
抗体R29-7A-54Cの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４５８】
R29-7A-54C重鎖可変領域
2015533832.tif 000170
2015533832.tif 000171
（SEQ ID NO:24；例示的なCDRに下線が引かれており；表25も参照されたい）
【０４５９】
R29-7A-54C軽鎖可変領域
2015533832.tif 000172
2015533832.tif 000173
（SEQ ID NO:26；例示的なCDRに下線が引かれており；表25も参照されたい）
【０４６０】
抗体R29-7A-53Aの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４６１】
R29-7A-53A重鎖可変領域
2015533832.tif 000174
2015533832.tif 000175
（SEQ ID NO:28；例示的なCDRに下線が引かれており；表24も参照されたい）
【０４６２】
R29-7A-53A軽鎖可変領域
2015533832.tif 000176
2015533832.tif 000177
（SEQ ID NO:30；例示的なCDRに下線が引かれており；表24も参照されたい）
【０４６３】
抗体R29-8-50Cの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４６４】
R29-8-50C重鎖可変領域
2015533832.tif 000178
2015533832.tif 000179
（SEQ ID NO:32；例示的なCDRに下線が引かれており；表14も参照されたい）
【０４６５】
R29-8-50C軽鎖可変領域
2015533832.tif 000180
2015533832.tif 000181
（SEQ ID NO:34；例示的なCDRに下線が引かれており；表14も参照されたい）
【０４６６】
抗体R29-8-19Bの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４６７】
R29-8-19B重鎖可変領域
2015533832.tif 000182
2015533832.tif 000183
（SEQ ID NO:36；例示的なCDRに下線が引かれており；表13も参照されたい）
【０４６８】
R29-8-19B軽鎖可変領域
2015533832.tif 000184
2015533832.tif 000185
（SEQ ID NO:38；例示的なCDRに下線が引かれており；表13も参照されたい）
【０４６９】
抗体R29-8-58Cの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４７０】
R29-8-58C重鎖可変領域
2015533832.tif 000186
2015533832.tif 000187
（SEQ ID NO:40；例示的なCDRに下線が引かれており；表17も参照されたい）
【０４７１】
R29-8-58C軽鎖可変領域
2015533832.tif 000188
2015533832.tif 000189
（SEQ ID NO:42；例示的なCDRに下線が引かれており；表17も参照されたい）
【０４７２】
抗体R29-8-9Bの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４７３】
R29-8-9B重鎖可変領域
2015533832.tif 000190
2015533832.tif 000191
（SEQ ID NO:44；例示的なCDRに下線が引かれており；表6も参照されたい）
【０４７４】
R29-8-9B軽鎖可変領域
2015533832.tif 000192
2015533832.tif 000193
（SEQ ID NO:46；例示的なCDRに下線が引かれており；表6も参照されたい）
【０４７５】
抗体R29-8-28Cの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４７６】
R29-8-28C重鎖可変領域
2015533832.tif 000194
2015533832.tif 000195
（SEQ ID NO:48；例示的なCDRに下線が引かれており；表12も参照されたい）
【０４７７】
R29-8-28C軽鎖可変領域
2015533832.tif 000196
2015533832.tif 000197
（SEQ ID NO:50；例示的なCDRに下線が引かれており；表12も参照されたい）
【０４７８】
抗体R29-8-120Bの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４７９】
R29-8-120B重鎖可変領域
2015533832.tif 000198
2015533832.tif 000199
（SEQ ID NO:52；例示的なCDRに下線が引かれており；表10も参照されたい）
【０４８０】
R29-8-120B軽鎖可変領域
2015533832.tif 000200
2015533832.tif 000201
（SEQ ID NO:54；例示的なCDRに下線が引かれており；表10も参照されたい）
【０４８１】
抗体R29-8-75Bの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４８２】
R29-8-75B重鎖可変領域
2015533832.tif 000202
2015533832.tif 000203
（SEQ ID NO:56；例示的なCDRに下線が引かれており；表18も参照されたい）
【０４８３】
R29-8-75B軽鎖可変領域
2015533832.tif 000204
2015533832.tif 000205
（SEQ ID NO:58；例示的なCDRに下線が引かれており；表18も参照されたい）
【０４８４】
抗体R29-8-36Cの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４８５】
R29-8-36C重鎖可変領域
2015533832.tif 000206
2015533832.tif 000207
（SEQ ID NO:60；例示的なCDRに下線が引かれており；表16も参照されたい）
【０４８６】
R29-8-36C軽鎖可変領域
2015533832.tif 000208
2015533832.tif 000209
（SEQ ID NO:62；例示的なCDRに下線が引かれており；表16も参照されたい）
【０４８７】
抗体R29-8-12Aの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４８８】
R29-8-12A重鎖可変領域
2015533832.tif 000210
2015533832.tif 000211
（SEQ ID NO:64；例示的なCDRに下線が引かれており；表15も参照されたい）
【０４８９】
R29-8-12A軽鎖可変領域
2015533832.tif 000212
2015533832.tif 000213
（SEQ ID NO:66；例示的なCDRに下線が引かれており；表15も参照されたい）
【０４９０】
抗体R29-8-93Bの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４９１】
R29-8-93B重鎖可変領域
2015533832.tif 000214
2015533832.tif 000215
（SEQ ID NO:132；例示的なCDRに下線が引かれており；表7も参照されたい）
【０４９２】
重鎖および軽鎖可変領域配列を含むC16orf54結合抗体の作製について上記に示された、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B重鎖可変領域配列と共に使用するために適した例示的な軽鎖可変領域配列としては、以下が挙げられる：SEQ ID NO:45もしくはSEQ ID NO:46（例えば、R29-8-9B抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:53もしくはSEQ ID NO:54（例えば、R29-8-120B抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:49もしくはSEQ ID NO:50（例えば、R29-8-28C抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；またはSEQ ID NO:61もしくはSEQ ID NO:62（例えば、R29-8-36C抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）。
【０４９３】
抗体R29-8-51Bの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４９４】
R29-8-51B重鎖可変領域
2015533832.tif 000216
2015533832.tif 000217
（SEQ ID NO:134；例示的なCDRに下線が引かれており；表8も参照されたい）
【０４９５】
重鎖および軽鎖可変領域配列を含むC16orf54結合抗体の作製について上記に示された、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B重鎖可変領域配列と共に使用するために適した例示的な軽鎖可変領域配列としては、以下が挙げられる：SEQ ID NO:45もしくはSEQ ID NO:46（例えば、R29-8-9B抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:53もしくはSEQ ID NO:54（例えば、R29-8-120B抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:49もしくはSEQ ID NO:50（例えば、R29-8-28C抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；またはSEQ ID NO:61もしくはSEQ ID NO:62（例えば、R29-8-36C抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）。
【０４９６】
抗体R29-8-30aの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０４９７】
R29-8-30A重鎖可変領域
2015533832.tif 000218
2015533832.tif 000219
（SEQ ID NO:136；例示的なCDRに下線が引かれており；表9も参照されたい）
【０４９８】
重鎖および軽鎖可変領域配列を含むC16orf54結合抗体の作製について上記に示された、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B重鎖可変領域配列と共に使用するために適した例示的な軽鎖可変領域配列としては、以下が挙げられる：SEQ ID NO:45もしくはSEQ ID NO:46（例えば、R29-8-9B抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:53もしくはSEQ ID NO:54（例えば、R29-8-120B抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:49もしくはSEQ ID NO:50（例えば、R29-8-28C抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；またはSEQ ID NO:61もしくはSEQ ID NO:62（例えば、R29-8-36C抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）。
【０４９９】
抗体R29-8-18Bの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０５００】
R29-8-18B重鎖可変領域
2015533832.tif 000220
2015533832.tif 000221
（SEQ ID NO:134；例示的なCDRに下線が引かれており；表11も参照されたい）
【０５０１】
重鎖および軽鎖可変領域配列を含むC16orf54結合抗体の作製について上記に示された、R29-8-93B、R29-8-51B、R29-8-30A、R29-8-18B重鎖可変領域配列と共に使用するために適した例示的な軽鎖可変領域配列としては、以下が挙げられる：SEQ ID NO:45もしくはSEQ ID NO:46（例えば、R29-8-9B抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:53もしくはSEQ ID NO:54（例えば、R29-8-120B抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；SEQ ID NO:49もしくはSEQ ID NO:50（例えば、R29-8-28C抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）；またはSEQ ID NO:61もしくはSEQ ID NO:62（例えば、R29-8-36C抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）。
【０５０２】
抗体R29-7-38Cの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０５０３】
R29-7-38C重鎖可変領域
2015533832.tif 000222
2015533832.tif 000223
（SEQ ID NO:140；例示的なCDRに下線が引かれており；表26も参照されたい）
【０５０４】
重鎖および軽鎖可変領域配列を含むC16orf54結合抗体の作製について上記に示された、R29-7-38C、R29-7-49A、R29-7-13A重鎖可変領域配列と共に使用するために適した例示的な軽鎖可変領域配列としては、以下が挙げられる：SEQ ID NO:29もしくはSEQ ID NO:30（例えば、R29-7A-53A抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）。
【０５０５】
抗体R29-7-49Aの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０５０６】
R29-7-49A重鎖可変領域
2015533832.tif 000224
2015533832.tif 000225
（SEQ ID NO:142；例示的なCDRに下線が引かれており；表27も参照されたい）
【０５０７】
重鎖および軽鎖可変領域配列を含むC16orf54結合抗体の作製について上記に示された、R29-7-38C、R29-7-49A、R29-7-13A重鎖可変領域配列と共に使用するために適した例示的な軽鎖可変領域配列としては、以下が挙げられる：SEQ ID NO:29もしくはSEQ ID NO:30（例えば、R29-7A-53A抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）。
【０５０８】
抗体R29-7-13Aの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０５０９】
R29-7-13A重鎖可変領域
2015533832.tif 000226
2015533832.tif 000227
（SEQ ID NO:144；例示的なCDRに下線が引かれており；表28も参照されたい）
【０５１０】
重鎖および軽鎖可変領域配列を含むC16orf54結合抗体の作製について上記に示された、R29-7-38C、R29-7-49A、R29-7-13A重鎖可変領域配列と共に使用するために適した例示的な軽鎖可変領域配列としては、以下が挙げられる：SEQ ID NO:29もしくはSEQ ID NO:30（例えば、R29-7A-53A抗体軽鎖可変領域配列を参照されたい）。
【０５１１】
実施例4：モノクローナル抗体のアイソタイプ判定およびビニング
huC16orf54を認識する抗体を含む実施例2からの個々のハイブリドーマ上清を、Jackson Immunologicalsから購入したアイソタイプ特異的二次抗体（ヤギx IgG1 HRP-製品番号115-035-206、ヤギx IgG2a HRP-製品番号115-035-206、ヤギx IgG2b HRP-製品番号115-035-207、ヤギx IgG3 HRP-製品番号115-035-209）を用いたELISA検出により、アイソタイプに関して評価した。抗huC16orf54抗体7-2AはIgG2bであるのに対して、7-1C、67-4A、および67-7AはIgG2aである。
【０５１２】
競合結合性ビン（bin）を確立するために、競合ELISAを行った。C16orf54を発現する細胞を含有する個々のウェルを、バッファー、または競合ELISAにおいて使用するための個々の抗huC16orf54アイソタイプ判定済み（例えば、IgG1b）抗体を含むハイブリドーマ上清のいずれかと共にインキュベートした。1時間後、ウェルを洗浄し、1％パラホルムアルデヒドを用いて固定した。次に、ELISAプレートのこれらの個々のウェルを、それぞれの抗huC16orf54アイソタイプ判定済み（異なるアイソタイプのもの、例えばIgG2a）抗体を含有するハイブリドーマ上清と共に1時間インキュベートする。洗浄後に、ウェルを特異的二次抗体（Jackson Immunologicals ヤギ×IgG2a HRP-製品番号115-035-206）と共にインキュベートし、SuperSignal（登録商標）ELISA Pico Chemiluminescent基質（Thermo Scientific-製品番号37069）で検出した。それぞれの抗huC16orf54アイソタイプ判定済み抗体（異なるアイソタイプのもの、例えばIgG2a）を含有するハイブリドーマ上清について、それぞれの抗huC16orf54アイソタイプ判定済み（例えば、IgG1）抗体を含有するハイブリドーマ上清と共に最初にインキュベートされたウェルからの発光シグナルを、バッファーのみと共に最初にインキュベートされたウェルからの発光シグナルに対して標準化した。完全なデータセットのためにRを使用して（Rパッケージgtools、gdata、RColorBrewerおよびpvclustの追加を伴う）、この標準化データを用いて、ヒートマップ（図2A）およびクラスタグラム（図2B）を作製した。ヒートマップにおいて、IgG1の存在下で結合可能であった個々のIgG2aアイソタイプ抗体は、IgG1が存在するビンとは異なるエピトープビン中にあると考えられる。IgG1の存在下で結合不能であった個々のIgG2aアイソタイプ抗体は、その特定のIgG1と同じエピトープビン中にあると考えられる。記載されるように競合ELISAのこの方法を使用して、図2に示されるように、たった1つのエピトープビンを抗huC16orf54抗体について同定した。結合実験によって確認されたように（実施例5を参照のこと）、C16orf54抗体は32アミノ酸N末端細胞外ドメインと結合する。
【０５１３】
実施例5：結合および結合親和性
別の競合ELISAを行い、相対的結合特性を確かめた。個々の抗huC16orf54アイソタイプ判定済み（例えば、IgG2a）抗体を含有するハイブリドーマ上清を、C16orf54を発現する細胞を含有するELISAプレートの個々のウェル中のhuC16orf54と結合させた。30分後、ウェルを洗浄した。次いで、ELISAプレートの個々のウェルを、バッファーまたは抗huC16orf54アイソタイプ判定済み抗体（異なるアイソタイプのもの、例えば、IgG2a抗体の場合はIgG1およびIgG2b）の競合混合物のいずれかと共に、2時間インキュベートした。洗浄後に、ウェルを特異的二次抗体（例えば、Jackson Immunologicals ヤギ×IgG2a HRP-製品番号115-035-206）と共にインキュベートし、SuperSignal（登録商標）ELISA Pico Chemiluminescent基質（Thermo Scientific-製品番号37069）で検出した。それぞれの抗huC16orf54アイソタイプ判定済み（例えば、IgG2a）抗体を含有するハイブリドーマ上清について、相対的結合特性を次のように算出した：[(バッファーと共にインキュベートされたウェル中の平均発光) - (異なるアイソタイプの抗huC16orf54アイソタイプ判定済み抗体の混合物と共にインキュベートされたウェル中の平均発光)] / [(バッファーと共にインキュベートされたウェル中の平均発光)]。この方法を使用して、図3に示されるように、R29-7-2Aは競合混合物と共のインキュベーションでほとんどシグナル消失を経験しないことが測定された。
【０５１４】
OctetQK384（登録商標）システム(ForteBio)を使用して、8個の抗huC16orf54モノクローナル抗体を、結合およびその後のオフ速度(off-rate)分析についてさらにスクリーニングした。ハイブリドーマ上清を、ビオチンへカップリングされたhuC16orf54のN末端32アミノ酸でコーティングされたストレプトアビジンセンサーへの会合およびそこからの解離についてスクリーニングし、算出されたオフ速度（kdis）を表31に示す。適度から低いオフ速度を有するクローニングされたハイブリドーマを抗体精製について進めた。
【０５１５】
（表３１）
2015533832.tif 000228
【０５１６】
精製された抗huC16orf54抗体の親和性測定を、OctetQK384（登録商標）システム(ForteBio)において行った。C末端でビオチンへカップリングされたhuC16orf54のN末端32アミノ酸でストレプトアビジンセンサーをコーティングした後、精製された抗huC16orf54抗体の会合および解離をモニタリングした。ForteBioのソフトウェアを用いてKD値を得た。7-2Aおよび7-1CについてのKD値を表32に示す。
【０５１７】
（表３２）
2015533832.tif 000229
【０５１８】
精製された抗huC16orf54モノクローナル抗体をELISAによって結合についても試験した。huC16orf54発現性肉腫細胞を、4℃で2時間、200 nMの抗huC16orf54抗体から始まる1:4の8点希釈シリーズと共にインキュベートした。洗浄後、細胞を二次抗体（Jackson Immunologicals ヤギ×IgG、Fc特異的HRP - 製品番号115-035-071）と共にインキュベートし、SuperSignal（登録商標）ELISA Pico Chemiluminescent基質(Thermo Scientific-製品番号37069)で検出した。Graphpad Prism（登録商標）ソフトウェアを用いてEC50値を測定した。7-2A、7-1C、67-4A、および67-7Aについての滴定曲線を図4に示す。アイソタイプ対照R22-4-26Aも示す。
【０５１９】
huC16orf54の表面発現を様々な細胞株（肉腫細胞株、hC16orf54を発現する肉腫細胞株、KG-1、HEL9217、REH、WSU-FSCCL、BxPC3、およびCFPAC1）において確認した。ウシ血清アルブミンが補われたPBS中において単一細胞懸濁液を調製した後、細胞を5μg/mlのhuC16orf54抗体と共にインキュベートした。2回洗浄した後、細胞を抗マウスIgG-PEと共にインキュベートした。さらに2回洗浄した後、死細胞インジケーターであるTO-PRO3-3ヨージドを細胞懸濁液へ添加した。BD Biosciences C6 Flow Cytometerにおいて20,000事象が得られたら、BD C6の解析ソフトウェアを用いて、PE染色の程度を生細胞において明らかにした。この方法を使用して、表33に列挙される細胞株中においてhuC16orf54が発現されることが示された。表33中の発現レベルは4つのグループに分類されている：発現無し(-)、低レベルの発現(+ または +/-)、中レベルの発現(++)、および高レベルの発現(+++)。
【０５２０】
（表３３）
2015533832.tif 000230
【０５２１】
さらなるアッセイ法において、例示的な抗体7-1Cを使用して、様々な腫瘍細胞株を抗C16orf54抗体への結合およびC16orf54発現について試験し、表34において平均の平均蛍光強度（MFI）として示す。
【０５２２】
（表３４）
2015533832.tif 000231
【０５２３】
実施例6：さらなる抗体結合および特徴決定
様々なアッセイ法を行い、抗C16orf54抗体のさらなる結合特性を確立した。
【０５２４】
A．cyno交差反応性アッセイ法についてのフローサイトメトリー
ヒトC16orf54と結合した抗C16orf54抗体を、フローサイトメトリーを使用して、ヒトC16orf54との反応性およびカニクイザル由来のC16orf54（cyno C16orf54）との交差反応性について試験した。ヒトC16orf54またはcyno C16orf54がトランスフェクトされ、ヒトC16orf54またはcyno C16orf54を発現する、肉腫細胞を、0.1％ BSAを含むPBSで洗浄し、FcX受容体ブロッキング溶液(BioLegend)と共に15分間インキュベートし、10 μg/mlの抗C16orf54抗体と共に4℃で1時間インキュベートし、0.1％ BSAを含むPBSで2回洗浄し、20μg/mlのR-Phycoerythrin-AffiniPure F(ab')2 Fragment Goat Anti-Mouse IgG, Fcγ Fragment Specific (Jackson ImmunoResearch)と共に4℃で30分間インキュベートし、0.1％ BSAを含むPBSで2回洗浄し、生死判別色素TO-PRO-3ヨージド(Life Technologies)と共にインキュベートし、MACSQuant Analyzer機器(Miltenyi)において直ちに分析した。それぞれの細胞株および抗C16orf54抗体について、抗C16orf54抗体についての生細胞集団中のフィコエリトリンの蛍光強度中央値をIgGアイソタイプ対照抗体についての生細胞集団中のフィコエリトリンの蛍光強度中央値によって割ることによって、変化倍率を得た。結果を表35に示す。いくつかの抗C16orf54抗体（例えば、R29-8-57B、R29-8-136C、R29-7-1C、R29-67-7A、R29-67-4A、およびR29-7-2Aを参照されたい）が、ヒトC16orf54を結合させ、またcyno C16orf54も結合させる（例えば、cyno C16orf54と交差反応性である）。
【０５２５】
（表３５）
2015533832.tif 000232
nd＝未実施
na＝算出不可
【０５２６】
B．ヒトC16orf54およびcyno C16orf54発現性細胞株を用いたEC50アッセイ法についてのフローサイトメトリー
ヒトC16orf54と結合した抗C16orf54抗体を、ヒトC16orf54を発現する細胞およびcyno C16orf54を発現する細胞への結合について試験した。ヒトC16orf54またはcyno C16orf54がトランスフェクトされ、ヒトC16orf54またはcyno C16orf54を発現する、肉腫細胞を、0.1％ BSAを含むPBSで洗浄し、FcX受容体ブロッキング溶液(BioLegend)と共に15分間インキュベートし、25、6.25、1.56、0.39、0.098、0.024、0.0061および0.0015μg/mlの抗C16orf54抗体と共に4℃で4時間インキュベートし、0.1％ BSAを含むPBSで2回洗浄し、20μg/mlのR-Phycoerythrin-AffiniPure（商標）F(ab')2 Fragment Goat Anti-Mouse IgG, Fcγ Fragment Specific (Jackson ImmunoResearch)と共に4℃で30分間インキュベートし、0.1％ BSAを含むPBSで2回洗浄し、生死判別色素TO-PRO-3ヨージド(Life Technologies)と共にインキュベートし、MACSQuant（登録商標）Analyzer機器(Miltenyi)において直ちに分析した。各一次抗体濃度についての蛍光強度中央値を用い、Prism (GraphPad Prism（登録商標）Software)においてHillスロープモデルで一部位特異的結合を使用して、フローEC50/Kdを得た。結果を表35にフローEC50として示す。
【０５２７】
C．C16orf54ペプチド結合アッセイ法
cyno C16orf54と交差反応性である抗体を含む、ヒトC16orf54と結合する抗C16orf54抗体を、ペプチドELISAにおいてC16orf54から誘導された様々なペプチドへの結合について試験した。384ウェル高結合ブラックマイクロプレート(Greiner)を、2μg/mlのタンパク質（ヒト、cyno、またはマウス細胞外ドメインペプチド）と共に16時間インキュベートし、ブロッキングバッファー（5％ウシ胎仔血清を含むPBS）と共に1時間インキュベートし、Tweenを含むTBSで4回洗浄し、10μg/mlの抗C16orf54抗体と共に1時間インキュベートし、Tweenを含むTBSで4回洗浄し、10μg/mlのPeroxidase-AffiniPure Goat Anti-Mouse IgG, FcγFragment Specific (Jackson ImmunoResearch)と共に1時間インキュベートし、Tweenを含むTBSで4回洗浄し、SuperSignal（登録商標）ELISA Pico Chemiluminescent Substrate (Thermo Scientific)の添加でルミノメーター(Molecular Devices)を用いてペルオキシダーゼを検出した。発光シグナルを測定した。結合アッセイ法の結果を表36に示す。
【０５２８】
いくつかの抗C16orf54抗体（例えば、R29-8-75B、R29-8-57B、R29-8-136C、R29-7-1C、R29-67-7A、およびR29-7-2A）は、C16orf54の細胞外ドメイン（ECD）から誘導された様々なペプチドと結合し、またC16orf54発現性細胞とも結合する（「デュアルバインダー(dual binder)」と名付ける）。
【０５２９】
（表３６）
2015533832.tif 000233
【０５３０】
D．C16orf54ペプチド-Fc融合タンパク質結合アッセイ法
cyno C16orf54と交差反応性である抗体を含む、ヒトC16orf54と結合する抗C16orf54抗体を、FcベースのELISAにおいて、様々なペプチド-Fc融合タンパク質を作製するためにヒトIgG（例えば、IgG1）定常領域へ融合したC16orf54由来の様々なペプチドへの結合について試験した。様々なペプチドおよびFc構築物のために使用した配列を表37に示す。例示的なFc配列はIgG1ヒンジ領域配列ならびにIgG1 CH3およびCH4ドメイン配列を含む。表38に示されるように、ヒトIgG1 FcドメインのN末端またはC末端のいずれかにc16orf54の細胞外ドメイン（アミノ酸1〜31）を有する、いくつかのペプチド-Fc融合構築物を設計した。
【０５３１】
融合タンパク質を293 T細胞中において一過性発現させた。タンパク質をProtein Aベースの親和性精製によって293発現上清から精製した。作製および精製した例示的なC16ペプチド-Fc融合構築物をそれらのタンパク質収量と共に表38に示す。4Cにて一晩、融合タンパク質で384ウェルプレートをコーティングすることによって、ELISAアッセイ法を行った。40ug/mL〜0.002mg/mLの範囲の濃度の連続希釈によって抗体を分析した。結合をHRP結合抗マウス二次抗体で検出した。これらのアッセイ法において、いくつかの抗C16orf54抗体（例えば、R29-8-75B、R29-8-57B、R29-7-1C、およびR29-67-7A）は、ペプチド-Fc融合タンパク質と結合することができ、さらにデュアルバインダーであった（例えば、C16 ECDから誘導されたC16ペプチドと結合することができ、またC16orf54発現性細胞と結合することもできた）。
【０５３２】
（表３７）
2015533832.tif 000234
【０５３３】
（表３８）
2015533832.tif 000235
【０５３４】
実施例7：C16orf54発現性細胞との結合およびコピー数の列挙
フローサイトメトリーを使用して、抗C16orf54抗体を、様々な細胞株および原発性試料（例えば、AML、CLL、リンパ腫）への結合について試験した。様々な細胞株上のC16orf54のコピー数を測定した。健常ドナー由来の末梢血単核（PBMC）および骨髄単核（BMMC）細胞を、抗C16orf54抗体およびアイソタイプ対照抗体に加えて、CD19、CD3、CD14、CD34、CD33細胞系列マーカーの抗体を使用して免疫蛍光染色し、次いで、フローサイトメトリー分析によって評価した。例えばモノクローナル抗体R29-7-1Cを使用してのフロー結果は、低いが陽性のC16orf54発現を示し、BMMC中において僅かにより高いレベルであった。単一系列ゲート化集団において、CD19+ B細胞、CD14+単球、CD34+/系列-前駆細胞、およびCD33+ 骨髄系細胞においてC16orf54が広く発現され、一方、CD3+ T細胞は際立って低いレベルから検出不能なレベルまでのC16orf54を有する。
【０５３５】
C16orf54の染色が、AMLおよびリンパ腫細胞株において、ならびに原発性AML、CLLおよびリンパ腫試料において観察された。いくつかのアッセイ法において、ヒト細胞株および原発性試料を、AlexaFluor647へコンジュゲートされた抗C16orf54モノクローナル抗体R29-7-1Cを用いて免疫蛍光染色し、C16orf54のコピー数を、Quantum（商標）Simply Cellular（登録商標）ビーズ標準(Bangs Laboratories, Inc.)によって作成された較正曲線における補間によって測定した。コピー数結果を表39に示し、様々な細胞株および原発性試料がC16orf54を示す。
【０５３６】
（表３９）
2015533832.tif 000236
【０５３７】
C16orf54遺伝子がトランスフェクトされた肉腫細胞を用いた同様の実験において、発現されたC16orf54の平均コピー数は、C16orf54発現性肉腫株1については406,380個(2リピート)、C16orf54発現性肉腫株2については135,650個(4リピート)であると測定された。
【０５３８】
実施例8：ヒトC16orf54免疫組織化学（IHC）分析
抗C16orf54抗体を用いて、免疫組織化学（IHC）によって分析されたようにC16orf54発現を検出した。トランスフェクトされた細胞株(5×107個)および単離された血液疾患細胞をPBS中で洗浄し、300gで10分間遠心分離し、得られた細胞ペレットをTissue-Tek OCT化合物（例えば、Sakura Finetek USA, Inc., Torrence, CA; Fisher Scientific USAから市販）中に包埋および凍結した。OCT包埋細胞およびヒト組織の8μmクライオスタット切片を、5分間、75％エタノール、25％アセトン混合物中にポストフィックスし（post-fix）、続いてPBS中で洗浄した。次いで、スライドガラスを、標準アビジン-ビオチン複合体（ABC）IHC手順を用いてDako Autostainerにおいて例示的な抗C16orf54一次抗体で染色した。いくつかの実験において、内因性ペルオキシダーゼ活性を、5分間、Bloxall試薬(Vector SP-6000)を用いてブロッキングし、続いてアビジン/ビオチンブロッキング試薬(Vector SP-2001)で組織内の内因性ビオチンをブロッキングした。タンパク質ブロッカー(Dako X0909)と共のプレインキュベーションを行い、続いて一次抗体インキュベーションを室温で1時間行った。いくつかの実験において、抗体希釈剤(Dako S3022)を用いて、一次抗体7-1Cを最終濃度5μg/mlへ希釈し、一次抗体67-7Aを最終濃度10μg/mlへ希釈した。使用した対照抗体は、pan-マウスIgG抗体(Life Technologies 08-6599)であった。いくつかの実験において、PBS中で洗浄した後、スライドガラスを、ビオチン化ウマ抗マウス抗体1:200 (Vector BA-2001)と共に30分間インキュベートし、続いてユニバーサルストレプトアビジン-ペルオキシダーゼコンジュゲート（ABC-HRP Vector PK-6100）と共に30分間インキュベートした。ジアミノベンゼジン（diaminobenzedine）をクロマゲン（chromagen）(Sigma D5909)として使用し、スライドガラスを5分間Mayersヘマトキシリンで対比染色し、続いて脱水し、カバーガラスで覆った。モノクローナル抗C16orf54抗体67-7Aでの結果を表40に示し、これによって血液系腫瘍（例えば、AML、CLL、リンパ腫）中のC16orf54 IHC発現が確認される。
【０５３９】
（表４０）
2015533832.tif 000237
【０５４０】
実施例9：前駆細胞アッセイ法
コロニー形成単位（CFU）アッセイ法を行い、以下を含む様々な前駆細胞への抗C16orf54抗体の結合が存在するかどうかを確認した：CFU-E：赤芽球コロニー形成単位（赤芽球コロニー形成細胞）；BFU-E：赤芽球バースト形成細胞（知られている限り最も古い赤血球前駆細胞）；CFU-GM：顆粒球／マクロファージコロニー形成単位（顆粒球-マクロファージコロニー形成細胞）；およびCFU-GEMM：顆粒球、赤血球、単球／マクロファージ、巨核球コロニー形成細胞（最も原始的なコロニー形成細胞）。正常な骨髄由来の正常なヒト骨髄低密度細胞(Lonza, Maryland)を、アッセイ法のために使用するまで-152℃で保存した。ヒト赤血球および骨髄系列のクローン原性前駆細胞を、メチルセルロースベースの培地中にセットアップした。全ての試験抗体および試薬を記載の濃度で培地へ添加した。各条件について三重の培養物で開始した。培養14日後に、骨髄および赤血球コロニーを顕微鏡で評価し、採点した。これらのアッセイ法について、抗C16orf54抗体を、ヒト赤血球および骨髄前駆細胞増殖に対する直接的および間接的な効果について評価した。2つの例示的な抗体R29-7-1CおよびR29-67-7Aを用いた結果を表41に示す。抗体を0.032〜100μg/mlの範囲の濃度で試験した場合、メチルセルロースマトリックス中へ直接添加した場合は、骨髄前駆細胞のコロニー数に対してもコロニーサイズに対しても効果を有さなかった。細胞を液体培養において24時間これらの抗体と共にインキュベートし、続いてこれらの細胞をメチルセルロースマトリックス中で培養することによって、前駆細胞に対する間接的な効果を評価した。これらの間接的なアッセイ法において、0.032〜100μg/mlの範囲の濃度での抗体は、コロニー数に対してもコロニーサイズに対しても効果を有さなかった。
【０５４１】
（表４１）
2015533832.tif 000238
【０５４２】
実施例10：抗C16orf54モノクローナル抗体により媒介されるインビボでの腫瘍の阻害
腫瘍増殖および転移形成に対する抗体の有効性を、例えば、マウス皮下または同所性癌異種移植片モデルで試験する。当技術分野において認識されているように、抗体は治療的物質とコンジュゲートされていなくてもよいかまたはコンジュゲートされていてもよい。
【０５４３】
C16orf54に対するモノクローナル抗体を実施例2および実施例3に記載したように惹起させ、上記の通りに精製および特徴決定を行う。キメラ抗体またはヒト化抗体を用いてもよい。1つの治療的モノクローナル抗体、または個々のモノクローナル抗体の混合物を含むカクテルを調製し、腫瘍異種移植片の皮下注射または同所性注射を受けるマウスの処置のために使用する。
【０５４４】
雌性SCIDマウスまたはnu-/-マウスの右側腹部への、PBS（マグネシウムもカルシウムも含まない）とBD Matrigel（商標）（BD Biosciences）の1：1比での混合物中にある1×107個の癌細胞の注射によって、皮下腫瘍を生じさせる。マウス1匹当たりの総注射容量は200mlとし、そのうち50％はMatrigel（BD Biosciences）である。腫瘍が65〜200mm3のサイズに達したところでマウスを無作為化する。抗体を毎週投与し、体重および腫瘍の測定をそれぞれ週1回および週2回行う。腫瘍体積は記載されている通りに算出する（van der Horst et al. (2009) Neoplasia 11: 355-364）。陰性対照として、マウスに精製マウスIgGもしくはPBSのいずれか；またはC16orf54以外の抗原を認識する精製モノクローナル抗体を注射する。
【０５４５】
実施例11：マウスにおける急性骨髄性リンパ腫（AML）異種移植片の増殖に対するC16orf54モノクローナル抗体の効果
抗C16orf54抗体を動物腫瘍モデルにおいて抗腫瘍活性について試験した。これらの研究のために、細胞株KG-1（急性骨髄性白血病）をATCCから入手し、供給元のプロトコールに従って培養した。動物はTaconic (Hudson, NY)から入手した。抗C16orf54抗体およびこれらの抗体の抗体-薬物コンジュゲート（ADC）を用いて研究を行った。
【０５４６】
これらの実験において、4〜6週齡の免疫不全NOD-SCID雌性マウスをKG-1腫瘍モデルのために用いた。マウスに対して、PBS（マグネシウムもカルシウムも含まない）およびBD Matrigel（商標）（BD Biosciences）の混合物中にある6×106個の生細胞（KG-1）を、右側腹部に皮下注射した。腫瘍が65〜200mm3のサイズに達したところでマウスを無作為化した。抗C16orf54抗体を毎週投与し、体重および腫瘍の測定をそれぞれ週1回および週2回行った。腫瘍体積は記載されている通りに算出した（van der Horst et al., 前記）。実験を各実験ポイント当たり少なくとも8匹の動物を含む群に対して行った。
【０５４７】
処置群と対照群の間の統計学的有意性は、Graphpad Prism（登録商標）ソフトウェアパッケージを用い、Studentの両側t検定を適用して算出した。0.05未満のp値を統計学的に有意とみなした。
【０５４８】
図5に示されるように、抗C16orf54モノクローナル抗体R29-67-7AおよびR29-7-1Cは、対照IgGと比較して、急性骨髄性白血病（KG-1）異種移植片中において腫瘍増殖の阻害体であった。抗C16orf54モノクローナル抗体R29-67-4Aも、急性骨髄性白血病（KG-1）異種移植片中において腫瘍増殖を阻害した。
【０５４９】
さらなる実験において、抗C16orf54抗体およびそれらの抗体のADCを、KG-1 AMLモデルにおけるインビボ抗腫瘍効果について試験した。腫瘍増殖阻害（TGI）として示さす例示的な実験の結果を表42、43、および44に示す。
【０５５０】
（表４２）KG-1 AMLモデル中のC16orf54抗体／ADC
2015533832.tif 000239
【０５５１】
（表４３）KG-1 AMLモデル中のC16orf54 ADC
2015533832.tif 000240
【０５５２】
（表４４）KG-1 AMLモデル中のC16orf54 ADC
2015533832.tif 000241
【０５５３】
試験したADCのいくつかが、表44に示されるように15mg/kg用量で投与した場合を含めて、腫瘍増殖阻害（TGI）によって測定して腫瘍増殖に対して有意な効果を有した。
【０５５４】
実施例12：抗体-薬物コンジュゲートの作製および使用
以下の一般スキームAに示すように、抗体-薬物コンジュゲート（ADC）を、C16orf54に対する抗体を用いて作製し、二次的ADCアッセイ法および直接的ADCアッセイ法において用いる。
2015533832.tif 000242
【０５５５】
以下のスキームBに示されるように、マレイミドカプロイル-モノメチルオーリスタチンF（MC-MMAF）を用いて、例示的な抗体-薬物コンジュゲートを作製する。
2015533832.tif 000243
【０５５６】
例示的な合成スキームは以下の通りである。滅菌1.7mlエッペンドルフチューブ中において、リン酸緩衝食塩水(PBS) pH 7.4 (Gibco、MgおよびCaフリー)中20 mg/ml濃度で抗体20 mgを、キレーターとしての1mMジエチレントリアミン五酢酸（DTPA）と反応させる。次いで、2.75 eq.のトリス（2-カルボキシエチル）ホスフィン塩酸塩溶液（TCEP HCl）(Sigmaアンプル0.5M濃度)または50μLの100 mMジチオトレイトール（DTT）を1抗体当たり4薬物の平均薬物-抗体比（DAR）で添加し、37℃で1時間インキュベートする。ジチオビスニトロ-ベンゾエート(DTNB；Ellman試薬)比色分析を使用し、コンジュゲーションに使用可能な遊離チオールを評価する（Ellman et al., Biochemical Pharmacology 7:88-95 (1961)）。還元された抗体溶液を約0℃で15分間氷浴中において冷却する。次いで、DMSO中の10mMストック溶液（10 mMのためにDMSO 1.074 ml中9.74 mg）からのMC-MMAF 60μLを添加し、ローラープレートにおいて冷蔵庫中4℃で一晩（または代替的に37℃で2時間）インキュベートする。DTNBアッセイ法を繰り返し、遊離チオールが残存していないことを実証する（透明は遊離チオールが無いことを意味し、黄色は、残存している遊離チオール、およびペイロードの不完全なコンジュゲーションを示す）。ADCの濃度をNanoDrop分光光度計によって得る。ADCを4℃で保存する。
【０５５７】
コンジュゲートされていない抗C16orf54抗体およびMMAFと直接コンジュゲートされた抗C16orf54抗体（ADC）の抗腫瘍活性を、いくつかのC16orf54発現性細胞株を用いて細胞生存度アッセイ法において測定した。細胞を1000細胞/ウェルで平板培養し、抗体またはADCの存在下で72時間インキュベートした。これらのインビトロ細胞ベースアッセイ法において、例示的なMMAFコンジュゲート化抗C16orf54抗体（例えば、R29-7-1C-mcMMAF、R29-67-7A-mcMMAF、R29-8-57B-mcMMAF）は、濃度依存様式でC16orf54発現性肉腫細胞を死滅させた：結果を表45および46においてIC50として示す。抗C16orf54 MMAF ADCのインビボ活性を、実施例11に記載したように腫瘍モデルにおいてさらに測定した。
【０５５８】
（表４５）C16orf54発現性肉腫株1
2015533832.tif 000244
【０５５９】
（表４６）C16orf54発現性肉腫株2
2015533832.tif 000245
【０５６０】
実施例13：さらなる抗C16orf54抗体-薬物コンジュゲートを合成する方法
代替的に、本開示の式(Ia)または(Ib)の抗体-薬物コンジュゲートは、以下のスキームCにおいて式(Ib)で説明されるように作製されうる。
2015533832.tif 000246
【図１】
2015533832.tif 000350
【図２Ａ】
2015533832.tif 000351
【図２Ｂ】
2015533832.tif 000352
【図３】
2015533832.tif 000353
【図４】
2015533832.tif 000354
【図５】
2015533832.tif 000355
【図６Ａ】
2015533832.tif 000356
【図６Ｂ】
2015533832.tif 000357
【図６Ｃ】
2015533832.tif 000358
【図６Ｄ】
2015533832.tif 000359
【図６Ｅ】
2015533832.tif 000360
【図６Ｆ】
2015533832.tif 000361
【配列表】
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【国際調査報告】
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2015533832.tif 000363
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