(57)【要約】本発明は、CD98を結合させる抗体、ならびに、癌の診断および治療における該抗体の使用方法を提供する。2015501639.tif 000048
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒトCD98と特異的に結合し、ヒトCD98の残基A377、D397、I398、G400、およびA401を含むエピトープと結合する、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２】
前記エピトープが、ヒトCD98の残基D374およびL378をさらに含む、請求項1に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項３】
前記エピトープが、ヒトCD98の残基P379およびG380をさらに含む、請求項2に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項４】
前記エピトープが、ヒトCD98の残基F395およびP396をさらに含む、請求項3に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項５】
前記エピトープが、ヒトCD98の残基Q381、P382、およびP399をさらに含む、請求項3に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項６】
前記エピトープが、ヒトCD98のD374、L378、P379、G380、Q381、P382、F395、P396、およびP399からなる群より選択されるいずれか1つまたは複数の追加的な残基をさらに含む、請求項1に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項７】
ヒトCD98と特異的に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、該抗体が、ヒトCD98の残基P379、G380、D397、およびI398を含むエピトープと結合する、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項８】
前記エピトープが、ヒトCD98の残基F395およびP396をさらに含む、請求項7に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項９】
前記エピトープが、ヒトCD98の残基Q381、P382、P399、G400、およびA401をさらに含む、請求項8に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１０】
前記エピトープが、ヒトCD98の残基D374、A377、およびL378をさらに含む、請求項8に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１１】
前記エピトープが、ヒトCD98のD374、A377、L378、Q381、P382、F395、P396、P399、G400、およびA401からなる群より選択されるいずれか1つまたは複数の追加的な残基をさらに含む、請求項7に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１２】
ヒトCD98の残基D374、A377、L378、P379、G380、Q381、P382、F395、P396、D397、I398、P399、G400、およびA401を含むエピトープと結合する、請求項1に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１３】
ヒトCD98と特異的に結合し、ヒトCD98のアミノ酸残基369〜405内に含まれるエピトープと結合する、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項１４】
ヒトCD98と特異的に結合し、ヒトCD98のアミノ酸残基369〜405からなるエピトープと結合する、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項１５】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項1に記載の抗体または機能的断片。
【請求項１６】
前記モノクローナル抗体がヒト化抗体、ヒト抗体、またはキメラ抗体である、請求項15に記載の抗体または機能的断片。
【請求項１７】
前記断片がFab断片、F(ab')2断片、Fv断片、またはSfv断片である、請求項1に記載の抗体または機能的断片。
【請求項１８】
SEQ ID NO：8およびSEQ ID NO：12からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン由来の重鎖相補性決定領域（CDR）の3つすべて、ならびに／または、SEQ ID NO：10およびSEQ ID NO：14からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメイン由来の軽鎖CDRの3つすべてを含む、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項１９】
SEQ ID NO：8およびSEQ ID NO：12からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン由来の重鎖CDRの3つすべて、ならびに、SEQ ID NO：10およびSEQ ID NO：14からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメイン由来の軽鎖CDRの3つすべてを含む、単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２０】
SEQ ID NO：8およびSEQ ID NO：12からなる群より選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項19に記載の抗体。
【請求項２１】
SEQ ID NO：10およびSEQ ID NO：14からなる軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項19に記載の抗体。
【請求項２２】
SEQ ID NO：10およびSEQ ID NO：14からなる軽鎖可変ドメイン配列をさらに含む、請求項20に記載の抗体。
【請求項２３】
SEQ ID NO：8の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：10の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項22に記載の抗体。
【請求項２４】
SEQ ID NO：12の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：14の軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項22に記載の抗体。
【請求項２５】
SEQ ID NO：22およびSEQ ID NO：23より選択される重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項16に記載のヒト化抗体。
【請求項２６】
SEQ ID NO：20およびSEQ ID NO：21より選択される軽鎖可変ドメイン配列を含む、請求項16に記載のヒト化抗体。
【請求項２７】
SEQ ID NO：20およびSEQ ID NO：21より選択される軽鎖可変ドメイン配列をさらに含む、請求項25に記載のヒト化抗体。
【請求項２８】
SEQ ID NO：20の軽鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：22の重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項27に記載のヒト化抗体。
【請求項２９】
SEQ ID NO：21の軽鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：23の重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項27に記載のヒト化抗体。
【請求項３０】
SEQ ID NO：21の軽鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：22の重鎖可変ドメイン配列を含む、請求項27に記載のヒト化抗体。
【請求項３１】
請求項30に記載の抗体と本質的に同じエピトープと結合する、抗体。
【請求項３２】
請求項1〜31のいずれか一項に記載の抗体と本質的に同じエピトープと結合する、結合物質。
【請求項３３】
CD98を発現する腫瘍の増殖を阻害する、請求項32に記載の結合物質。
【請求項３４】
抗体またはその機能的断片である、請求項32に記載の結合物質。
【請求項３５】
アンチカリン、アドネクチン、アフィボディー、DARPin、フィノマー、アフィチン（affitin）、アフィリン、アビマー（avimer）、システインリッチノッチンペプチド、または遺伝子操作されたクニッツ型阻害体である、請求項32に記載の結合物質。
【請求項３６】
競合結合アッセイ法において請求項1〜31のいずれか一項に記載の抗体によって置き換えられる、CD98と結合しうる結合物質。
【請求項３７】
競合結合アッセイ法において請求項1〜31のいずれか一項に記載の抗体を置き換える、CD98と結合しうる結合物質。
【請求項３８】
抗体またはその機能的断片である、請求項36に記載の結合物質。
【請求項３９】
抗体またはその機能的断片である、請求項37に記載の結合物質。
【請求項４０】
細胞傷害性物質とコンジュゲートされている、請求項1〜31、34、38、および39のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項４１】
前記細胞傷害性物質が、化学療法剤、薬物、増殖阻害物質、毒素、または放射性同位体より選択される、請求項40に記載の抗体または機能的断片。
【請求項４２】
検出可能なマーカーとコンジュゲートされている、請求項1〜31、34、38、および39のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項４３】
前記検出可能なマーカーが、放射性同位体、金属キレート剤、酵素、蛍光性化合物、生物発光化合物、および化学発光化合物より選択される、請求項40に記載の抗体または機能的断片。
【請求項４４】
請求項15に記載のモノクローナル抗体を産生する、トランスジェニック動物。
【請求項４５】
請求項15に記載のモノクローナル抗体を産生する、ハイブリドーマ。
【請求項４６】
請求項1〜31、34、38、および39のいずれか一項に記載の抗体またはその断片をコードするポリヌクレオチドを含む、ベクター。
【請求項４７】
請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片ならびに薬学的に許容される担体を含む、薬学的組成物。
【請求項４８】
請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片にCD98を発現する癌細胞を曝露させる段階を含む、該細胞の増殖を阻害する方法。
【請求項４９】
前記癌細胞が、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔癌、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される癌に由来する、請求項48に記載の方法。
【請求項５０】
前記癌細胞が急性骨髄性白血病に由来する、請求項49に記載の方法。
【請求項５１】
請求項47に記載の薬学的組成物を対象に投与する段階を含む、該対象における癌を治療するための方法。
【請求項５２】
前記癌が、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される、請求項51に記載の方法。
【請求項５３】
前記癌が急性骨髄性白血病である、請求項52に記載の方法。
【請求項５４】
前記対象が、再発性または治療抵抗性の急性骨髄性白血病を有する、請求項51に記載の方法。
【請求項５５】
前記対象が、1つまたは複数の化学療法化合物を前記抗体または前記機能的断片と組み合わせて投与され、該化学療法化合物が、塩酸ベンダムスチン、シクロホスファミド、イフォスファミド、フルダラビン、シタラビン、ゲムシタビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、ビンクリスチン、エトポシド、イリノテカン、アントラサイクリン、アドリアマイシン、シスプラチン、カルボプラチン、およびリツキシマブより選択される、請求項51に記載の方法。
【請求項５６】
前記癌が、細胞の表面上でのCD98の発現増大を伴う、請求項51に記載の方法。
【請求項５７】
以下の段階を含む、生物試料におけるCD98の存在を検出する方法：該生物試料を請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体と、CD98との該抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、ならびに、該抗体とCD98の間で複合体が形成されたか否かを検出する段階。
【請求項５８】
前記生物試料が、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される癌を有するかまたは有する疑いのある哺乳動物に由来する、請求項57に記載の方法。
【請求項５９】
以下の段階を含む、CD98の発現増大を伴う癌を診断する方法であって、対照細胞と比較して被験細胞におけるCD98の発現のより高いレベルによって、CD98の発現増大を伴う癌の存在が示される、方法：該被験細胞を請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体と接触させる段階、CD98との該抗体の結合を検出することによってCD98の発現のレベルを決定する段階、ならびに、該被験細胞におけるCD98の発現のレベルを該対照細胞におけるCD98の発現のレベルと比較する段階。
【請求項６０】
前記被験細胞が、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される癌を有する疑いのある患者に由来する、請求項59に記載の方法。
【請求項６１】
前記被験細胞の表面上でのCD98の発現のレベルを決定する段階、および、該被験細胞の表面上でのCD98の発現のレベルを前記対照細胞の表面上でのCD98の発現のレベルと比較する段階を含む、請求項60に記載の方法。
【請求項６２】
前記被験細胞が癌細胞であり、かつ、前記対照細胞が、同じ種類の組織の正常細胞である、請求項61に記載の方法。
【請求項６３】
CD98を発現する癌細胞の増殖を阻害する方法に用いるためである医薬の製造における、請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片の使用。
【請求項６４】
CD98を発現する癌細胞の増殖を阻害するのに用いるための、請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項６５】
対象における癌を治療する方法に用いるためである医薬の製造における、請求項47に記載の薬学的組成物の使用。
【請求項６６】
請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片ならびに薬学的に許容される担体を含む、対象における癌を治療するのに用いるための薬学的組成物。
【請求項６７】
生物試料におけるCD98の存在を検出するための方法に用いるためである医薬の製造における、請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片の使用。
【請求項６８】
生物試料におけるCD98の存在を検出する方法に用いるための、請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【請求項６９】
CD98の発現増大を伴う癌を診断する方法に用いるためである医薬の製造における、請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片の使用。
【請求項７０】
CD98の発現増大を伴う癌を診断する方法に用いるための、請求項1〜31、34、および38〜43のいずれか一項に記載の抗体または機能的断片。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野
本発明は全体として、抗CD98抗体、およびそのような抗体を用いる方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
背景
CD98（CD98重鎖；42F重鎖；SLC3A2とも称される）は、529個のアミノ酸残基で構成されるII型膜貫通性糖タンパク質である。本タンパク質は、75アミノ酸のN末端細胞内細胞質ドメイン、単一の膜貫通性ドメイン、および426アミノ酸のC末端細胞外ドメインを含む（Parmacek et al., Nucleic Acids Res. 17: 1915-1931, 1989（非特許文献1））。CD98は、L型アミノ酸輸送体であるいくつかの軽鎖（SLC7A5、6、7、8、10、または11）のうち1つとジスルフィド結合を介して共有結合する。軽鎖の細胞表面発現およびアミノ酸輸送機能のためには、この相互作用が必要である。CD98はまた、インテグリンβサブユニットとも会合し、それにより、細胞の増殖、生存、移動、および上皮接着／極性を制御するインテグリンシグナル伝達を調節する（Cai et al., J. Cell Sci. 118: 889-899, 2005（非特許文献2））。
【０００３】
CD98は当初、リンパ球活性化と関連のある細胞表面抗原として同定された（Haynes et al., J. Immunol. 126: 1409-1414, 1981（非特許文献3））。それ以来、CD98は血小板を除くすべての細胞種で同定されており、最も高いレベルで発現されるのは胃腸（GI）管および腎臓の尿細管においてである（Verrey et al., Pflugers Arch. 440: 503-512, 2000（非特許文献4））。CD98の上方制御が腸炎で観察されている。最近、腸でのCD98発現は腸管における恒常性反応および自然免疫反応の制御に重要な役割を果たすことが示されている。このことから、腸上皮細胞におけるCD98発現のモジュレーションは、炎症性腸疾患（IBD）および大腸炎関連癌といった腸の炎症性疾患の治療および予防のための有望な治療戦略として提唱されている（Nguyen et al., J. Clin. Invest. 121: 1733-1747, 2011（非特許文献5））。CD98はまた、組織の起源にかかわらず、ほとんどすべての腫瘍細胞の細胞表面でも過剰発現される（Itoh et al., Jpn. J. Cancer Res. 92: 1313-1321, 2001（非特許文献6））。
【０００４】
CD98を結合させる軽鎖の1つであるL型アミノ酸輸送体1（LAT1；SLC7A5としても知られる）の発現増大も、乳癌、結腸癌、口腔癌、卵巣癌、食道癌、神経膠腫、および白血病を含む多くの種類のヒト癌細胞で観察されている（Fan et al., Biochem. Pharmacol. 80: 811-818, 2010（非特許文献7））。癌細胞の高い増殖速度を支えるためには、タンパク質合成のためのアミノ酸構成単位を用意すること、およびラパマイシンの哺乳動物標的（mTOR）を介して増殖を刺激することの両方による、アミノ酸供給の増加が必要と考えられる（Fan et al., 前記（非特許文献7）；Imai et al., Anticancer Res. 30: 4819-4828, 2010（非特許文献8））。LAT1およびCD98の発現はヒト癌の転移性部位の方が原発性部位よりも有意に高度であり、このことは、ヒト癌の進行および転移のためにはLAT1／CD98の過剰発現が必須であるという可能性を示唆する。特に、結腸癌の患者における腫瘍転移のためには、LAT1／CD98過剰発現が必要であると考えられる（Kaira et al., Cancer Sci. 99: 2380-2386, 2008（非特許文献9））。
【０００５】
CD98およびLAT1の発現パターンおよび機能からは、これらのタンパク質が種々のヒト癌の治療のための有望な標的であることが示唆される。LAT1活性の阻害体は、非小細胞肺癌（Imai et al., 前記（非特許文献8））、結腸癌細胞（Oda et al., Cancer Sci. 101: 173-179, 2010（非特許文献10））、口腔癌細胞（Kim et al., Biol. Pharm. Bull. 33: 1117-1121, 2010（非特許文献11））、および乳癌細胞（Shennan and Thomson, Oncol. Rep. 20: 885-889, 2008（非特許文献12））を含む、いくつかの種類の癌において抗腫瘍活性が実証されている。LAT1はまた、卵巣癌の治療のための標的としても提唱されている（Fan et al, 前記（非特許文献7））。
【０００６】
HBJ127として識別される、CD98に対するマウスモノクローナル抗体は、リンパ球増殖を阻害すること（Yagita and Hashimoto, J. Immunol. 136: 2062-2068, 1986（非特許文献13））、ならびに膀胱腫瘍細胞およびリンパ腫細胞の増殖を阻害すること（Yagita et al., Cancer Res. 46: 1478-1489, 1986（非特許文献14））が見いだされている。HJ127抗体のエピトープは、ヒトCD98の残基442AFS444であることが見いだされた（Itoh et al., 2007（非特許文献6））。CD98に対する別のマウスモノクローナル抗体は、神経膠腫細胞、前立腺細胞、および結腸癌細胞に対して、インビトロでの腫瘍細胞増殖を有意に阻害することが示されている（Papetti and Herman, Am. J. Pathol. 159: 165-178, 2001（非特許文献15））。ヒトCD98に対するその他のモノクローナル抗体は、米国特許出願公開第20100143367号（特許文献1）に開示されている。これらのモノクローナル抗体は、CD98のアミノ酸領域372〜530内または104〜371内のエピトープと結合する。これらの抗体のうち5つは膀胱癌細胞におけるアミノ酸取り込みを阻害することが示されており、これらの抗体のうち3つはマウスモデルにおける腫瘍増殖を抑制することが示されている。
【０００７】
本明細書で開示するように、細胞表面プロテオームの表面タグ標識抗原プロファイリング（surface tagged antigen profiling）（sTAg）を用いた、患者由来の新鮮な原発性の急性骨髄性白血病（AML）腫瘍試料の分析により、膜貫通性タンパク質CD98がAML腫瘍細胞の表面に高密度で存在するものとして同定された。このため、CD98は、例えば、CD98と特異的に結合する抗体などの結合物質を用いることによるAMLの治療の標的となる。また、CD98に対して特異的な結合物質、例えば抗CD98抗体などが、さまざまなインビボ異種移植モデルにおいて、AMLだけでなく、肉腫、リンパ腫、非小細胞肺癌（NSCLC）、および結腸直腸癌といったさまざまな癌を治療する際に有用性を有することも示された。
【０００８】
本発明は、さまざまな種類のヒト癌の診断および治療において有用である、CD98に対する抗体を提供する。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００９】
【特許文献１】米国特許出願公開第20100143367号
【非特許文献】
【００１０】
【非特許文献１】Parmacek et al., Nucleic Acids Res. 17: 1915-1931, 1989
【非特許文献２】Cai et al., J. Cell Sci. 118: 889-899, 2005
【非特許文献３】Haynes et al., J. Immunol. 126: 1409-1414, 1981
【非特許文献４】Verrey et al., Pflugers Arch. 440: 503-512, 2000
【非特許文献５】Nguyen et al., J. Clin. Invest. 121: 1733-1747, 2011
【非特許文献６】Itoh et al., Jpn. J. Cancer Res. 92: 1313-1321, 2001
【非特許文献７】Fan et al., Biochem. Pharmacol. 80: 811-818, 2010
【非特許文献８】Imai et al., Anticancer Res. 30: 4819-4828, 2010
【非特許文献９】Kaira et al., Cancer Sci. 99: 2380-2386, 2008
【非特許文献１０】Oda et al., Cancer Sci. 101: 173-179, 2010
【非特許文献１１】Kim et al., Biol. Pharm. Bull. 33: 1117-1121, 2010
【非特許文献１２】Shennan and Thomson, Oncol. Rep. 20: 885-889, 2008
【非特許文献１３】Yagita and Hashimoto, J. Immunol. 136: 2062-2068, 1986
【非特許文献１４】Yagita et al., Cancer Res. 46: 1478-1489, 1986
【非特許文献１５】Papetti and Herman, Am. J. Pathol. 159: 165-178, 2001
【発明の概要】
【００１１】
概要
無傷のAML腫瘍細胞表面の溶液中標識を用い、その後に高分解能の溶液ベースの液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析（LC-MS／MS）を行うことにより、CD98が、発生過程にある血液細胞を含む正常細胞と比較して、大半のAML細胞サブタイプの表面に高密度で存在するものとして同定された。したがって、本発明は、抗CD98抗体、ならびに、AMLの治療、およびリンパ腫、肉腫、非小細胞肺癌、および結腸直腸癌を非限定的に含む他の癌の治療におけるそのような抗体の使用方法を提供する。
【００１２】
1つの態様において、本発明は、ヒトCD98と特異的に結合し、ヒトCD98の残基A377、D397、I398、G400、およびA401を含むエピトープと結合する、抗体またはその機能的断片を提供する。いくつかの態様において、エピトープはヒトCD98の残基D374およびL378をさらに含む。いくつかの態様において、エピトープはヒトCD98の残基P379およびG380をさらに含む。いくつかの態様において、エピトープはヒトCD98の残基F395およびP396をさらに含む。いくつかの態様において、エピトープはヒトCD98の残基Q381、P382およびP399をさらに含む。いくつかの態様において、エピトープは、ヒトCD98のD374、L378、P379、G380、Q381、P382、F395、P396、およびP399からなる群より選択されるいずれか1つまたは複数の追加的な残基をさらに含む。
【００１３】
1つの態様において、本発明は、ヒトCD98と特異的に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、抗体がヒトCD98の残基P379、G380、D397、および1398を含むエピトープと結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。いくつかの態様において、エピトープはヒトCD98の残基F395およびP396をさらに含む。いくつかの態様において、エピトープはヒトCD98の残基Q381、P382、P399、G400、およびA401をさらに含む。いくつかの態様において、エピトープはヒトCD98の残基D374、A377、およびL378をさらに含む。いくつかの態様において、エピトープは、ヒトCD98のD374、A377、L378、Q381、P382、F395、P396、P399、G400、およびA401からなる群より選択されるいずれか1つまたは複数の追加的な残基をさらに含む。
【００１４】
いくつかの態様において、本発明は、ヒトCD98の残基D374、A377、L378、P379、G380、Q381、P382、F395、P396、D397、I398、P399、G400、およびA401を含むエピトープと結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。
【００１５】
いくつかの態様において、本発明は、トCD98と特異的に結合し、ヒトCD98のアミノ酸残基369〜405内に含まれるエピトープと結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。いくつかの態様において、本発明は、ヒトCD98と特異的に結合し、ヒトCD98のアミノ酸残基369〜405からなるエピトープと結合する、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。
【００１６】
いくつかの態様において、本発明のモノクローナル抗体はヒト化抗体、ヒト抗体、またはキメラ抗体である。いくつかの態様において、本発明の抗体機能的断片は、Fab断片、F(ab')2断片、Fv断片、またはscFv断片である。
【００１７】
1つの態様において、本発明は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：31、およびSEQ ID NO：35からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン由来の重鎖相補性決定領域（CDR）の3つすべて、ならびに／または、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：33、およびSEQ ID NO：37からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメイン由来の軽鎖CDRの3つすべてを含む、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。
【００１８】
1つの態様において、本発明は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：31、およびSEQ ID NO：35からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメイン由来の重鎖CDRの3つすべて、ならびに、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：33、およびSEQ ID NO：37からなる群より選択されるアミノ酸配列を有する軽鎖可変ドメイン由来の軽鎖CDRの3つすべてを含む、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、以下に由来する重鎖および軽鎖の相補性決定領域（CDR）のすべてを含む：（a）8-34Bと名付けられた抗体；（b）18-2A 2.2と名付けられた抗体；（c）18-2A 7.1と名付けられた抗体；（d）1-47Cと名付けられた抗体；または（e）1-115Aと名付けられた抗体。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、8-34Bと名付けられた抗体に由来する重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、18-2A 2.2と名付けられた抗体に由来する重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、18-2A 7.1と名付けられた抗体に由来する重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、1-47Cと名付けられた抗体に由来する重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。いくつかの態様において、抗体またはその機能的断片は、1-115Aと名付けられた抗体に由来する重鎖CDRおよび軽鎖CDRのすべてを含む。
【００１９】
いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：31、およびSEQ ID NO：35からなる群より選択される重鎖可変ドメイン配列を含む。いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：33、およびSEQ ID NO：37からなる軽鎖可変ドメイン配列を含む。いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：31、およびSEQ ID NO：35からなる群より選択される重鎖可変ドメイン配列を含み、かつ、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：33、およびSEQ ID NO：37からなる軽鎖可変ドメイン配列をさらに含む。
【００２０】
1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：4の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：6の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：8の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：10の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：12の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：14の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：31の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：33の軽鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、抗体は、SEQ ID NO：35の重鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：37の軽鎖可変ドメイン配列を含む。
【００２１】
1つの態様において、本発明はヒト化抗体を提供する。いくつかの態様において、ヒト化抗体は、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：22、およびSEQ ID NO：23より選択される重鎖可変ドメイン配列を含む。いくつかの態様において、ヒト化抗体は、SEQ ID NO：15、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、およびSEQ ID NO：21より選択される軽鎖可変ドメイン配列を含む。いくつかの態様において、ヒト化抗体は、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：22、およびSEQ ID NO：23より選択される重鎖可変ドメイン配列を含み、かつ、SEQ ID NO：15、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、およびSEQ ID NO：21より選択される軽鎖可変ドメイン配列をさらに含む。いくつかの態様において、ヒト化抗体は、SEQ ID NO：15およびSEQ ID NO：16より選択される軽鎖可変ドメイン配列を含み、かつ、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18、およびSEQ ID NO：19より選択される重鎖可変ドメイン配列をさらに含む。1つの態様において、ヒト化抗体は、SEQ ID NO：15の軽鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：18の重鎖可変ドメイン配列を含む。
【００２２】
1つの態様において、ヒト化抗体は、SEQ ID NO：20の軽鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：22の重鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、ヒト化抗体は、SEQ ID NO：21の軽鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：23の重鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、ヒト化抗体は、SEQ ID NO：20の軽鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：23の重鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、ヒト化抗体は、SEQ ID NO：21の軽鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：22の重鎖可変ドメイン配列を含む。1つの態様において、本発明は、SEQ ID NO：21の軽鎖可変ドメイン配列およびSEQ ID NO：22の重鎖可変ドメイン配列を含むヒト化抗体と同じエピトープと結合する抗体を提供する。1つの代替的な態様において、本発明は、図1に示されたbin 1またはbin 3〜7に由来する抗体と本質的に同じエピトープと結合する結合物質を含む。
【００２３】
1つのさらなる態様において、本発明は、上記に開示された抗体のいずれかと本質的に同じエピトープと結合する結合物質を含む。いくつかの態様において、結合物質は、CD98を発現する腫瘍の増殖を阻害する。いくつかの態様において、結合物質は抗体またはその機能的断片である。他の態様において、結合物質は、アンチカリン、アドネクチン、アフィボディー、DARPin、フィノマー、アフィチン（affitin）、アフィリン、アビマー（avimer）、システインリッチノッチンペプチド、または遺伝子操作されたクニッツ型阻害体である。
【００２４】
1つの態様において、本発明は、競合結合アッセイ法において、上記に開示された抗体のいずれか1つによって置き換えられる、CD98と結合しうる結合物質を提供する。いくつかの態様において、結合物質は抗体またはその機能的断片である。別の態様において、本発明は、競合結合アッセイ法において、上記に開示された抗体のいずれか1つを置き換える、CD98と結合しうる結合物質を提供する。いくつかの態様において、結合物質は抗体またはその機能的断片である。
【００２５】
いくつかの態様において、本発明は、CD98と結合し、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23、SEQ ID NO：31、およびSEQ ID NO：35より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％の配列同一性を有する重鎖可変ドメインを含む、抗体を提供する。いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ ID NO：33、およびSEQ ID NO：37からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメインを含む。いくつかの態様において、抗体は、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18、SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23、SEQ ID NO：31、およびSEQ ID NO：35より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％の配列同一性を有する重鎖可変ドメインを含み、かつ、抗体は、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21、SEQ ID NO：33、およびSEQ ID NO：37からなる群より選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも90％、少なくとも91％、少なくとも92％、少なくとも93％、少なくとも94％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、または少なくとも99％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメインをさらに含む。
【００２６】
いくつかの態様において、本発明は、1つまたは複数のアミノ酸置換、欠失、挿入、または改変を有する上記の抗体のいずれかの変異体であり、かつ、その抗体の生物学的機能を保っている、抗体を提供する。いくつかの態様において、本発明は、細胞表面に発現されたCD98と結合して、その細胞の増殖を阻害する抗体を提供する。いくつかの態様において、抗CD98抗体は、細胞表面に発現されたCD98と結合して、細胞増殖を阻害する。いくつかの態様において、抗CD98抗体は、細胞表面に発現されたCD98と結合して、細胞死を誘導する。いくつかの態様において、本発明は、非改変抗体と比較して、結合親和性、特異性、耐熱性、発現レベル、エフェクター機能、グリコシル化、免疫原性の低さ、または溶解性といった特性の1つまたは複数が改善している、上記の抗体のうちいずれか1つの変異体である抗体を提供する。
【００２７】
いくつかの態様において、本発明は、細胞傷害性物質とコンジュゲートされている抗体または断片である、上記の抗体または機能的断片のいずれか1つを提供する。さまざまな態様において、細胞傷害性物質は、化学療法剤、薬物、増殖阻害物質、毒素、または放射性同位体より選択される。いくつかの態様において、本発明は、検出可能なマーカーとコンジュゲートされている抗体または断片である、上記の抗体または機能的断片のいずれか1つを提供する。さまざまな態様において、検出可能なマーカーは、放射性同位体、金属キレート剤、酵素、蛍光性化合物、生物発光化合物、および化学発光化合物より選択される。
【００２８】
1つの態様において、本発明は、本発明のモノクローナル抗体を産生するハイブリドーマを提供する。1つの態様において、本発明は、本発明のモノクローナル抗体を産生するトランスジェニック動物を提供する。
【００２９】
いくつかの態様においては、上記の抗体のいずれかをコードするポリヌクレオチドが提供される。1つの態様においては、そのポリヌクレオチドを含むベクターが提供される。1つの態様においては、そのベクターを含む宿主細胞が提供される。1つの態様において、宿主細胞は原核生物性である。1つの態様において、宿主細胞は大腸菌（E. coli）細胞である。別の態様において、宿主細胞は真核生物性である。1つの態様において、宿主細胞はチャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞である。1つの態様においては、以下の段階を含む、抗CD98抗体を作製する方法が提供される：抗体をコードするポリヌクレオチドの発現のために適した条件下で宿主細胞を培養する段階、および、抗体を単離する段階。
【００３０】
1つの態様において、本発明は、本発明の上記の抗体もしくはそれらの機能的断片、抗体コンジュゲートまたは結合物質のいずれかを含む薬学的組成物を提供する。1つのさらなる態様において、本発明は、本発明の上記の抗体もしくはそれらの機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれか1つまたは複数にCD98を発現する癌細胞を曝露させる段階を含む、該細胞の増殖を阻害する方法を提供する。さまざまな態様において、癌細胞は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される癌に由来する。
【００３１】
1つの態様において、本発明は、本発明の上記の抗体もしくはそれらの機能的断片、抗体コンジュゲート、または結合物質のいずれかを含む薬学的組成物を対象に投与する段階を含む、対象における癌を治療するための方法を提供する。さまざまな態様において、癌は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔癌、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される。いくつかの態様において、癌は急性骨髄性白血病である。いくつかの態様において、対象は再発性または治療抵抗性の急性骨髄性白血病を含む。いくつかの態様において、癌は細胞の表面上でのCD98の発現増大を伴う。
【００３２】
いくつかの態様において、対象は、1つまたは複数の化学療法化合物を抗体または機能的断片と組み合わせて投与される。化学療法化合物は、塩酸ベンダムスチン、シクロホスファミド、イフォスファミド、フルダラビン、シタラビン、ゲムシタビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、ビンクリスチン、エトポシド、イリノテカン、アントラサイクリン、アドリアマイシン、シスプラチン、カルボプラチン、およびリツキシマブより選択される。
【００３３】
1つの態様においては、以下の段階を含む、生物試料におけるCD98の存在を検出する方法が提供される：生物試料を上記の抗体のいずれかと、CD98との抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、抗体とCD98の間で複合体が形成されたか否かを検出する段階。いくつかの態様において、生物試料は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病、または、これらの癌のいずれかの転移を非限定的に含む癌の細胞または組織を有するかまたは有する疑いのある哺乳動物に由来する。
【００３４】
1つの態様においては、以下の段階を含む、CD98の発現増大を伴う癌を診断する方法であって、対照細胞と比較して被験細胞によるCD98の発現のより高いレベルによって、CD98の発現増大を伴う癌の存在が示される、方法が提供される：被験細胞を上記の抗体のいずれかと接触させる段階、CD98との抗体の結合を検出することによってCD98の発現のレベルを決定する段階、および、被験細胞によるCD98の発現のレベルを対照細胞によるCD98の発現のレベルと比較する段階。いくつかの態様において、被験細胞は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される癌を有する疑いのある患者に由来する細胞である。1つの態様において、本方法は、被験細胞の表面上でのCD98の発現のレベルを決定する段階、および、被験細胞の表面上でのCD98の発現のレベルを対照細胞の表面上でのCD98の発現のレベルと比較する段階を含む。いくつかの態様において、被験細胞は癌細胞であり、対照細胞は同じ種類の組織の正常細胞である。
【００３５】
1つの態様において、本発明は、CD98を発現する癌細胞の増殖を阻害する方法に用いるためである医薬の製造における、上記の抗体または機能的断片のいずれかの使用を提供する。さまざまな態様において、細胞は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される癌に由来する。
【００３６】
1つの態様において、本発明は、CD98を発現する癌細胞の増殖を阻害するのに用いるための、上記の抗体または機能的断片のいずれかを提供する。さまざまな態様において、細胞は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される癌に由来する。
【００３７】
1つの態様において、本発明は、対象における癌を治療する方法に用いるためである医薬の製造における、上記の抗体または機能的断片のいずれかを含む薬学的組成物の使用を提供する。さまざまな態様において、癌は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔癌、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される。いくつかの態様において、癌は急性骨髄性白血病である。いくつかの態様において、対象は再発性または治療抵抗性の急性骨髄性白血病を有する。いくつかの態様において、癌は細胞の表面上でのCD98の発現増大を伴う。いくつかの態様において、対象は、1つまたは複数の化学療法化合物を抗体または機能的断片と組み合わせて投与される。化学療法化合物は、塩酸ベンダムスチン、シクロホスファミド、イフォスファミド、フルダラビン、シタラビン、ゲムシタビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、ビンクリスチン、エトポシド、イリノテカン、アントラサイクリン、アドリアマイシン、シスプラチン、カルボプラチンおよびリツキシマブより選択される。
【００３８】
1つの態様において、本発明は、上記の抗体または機能的断片のいずれかおよび薬学的に許容される担体を含む、対象における癌を治療するのに用いるための薬学的組成物を提供する。さまざまな態様において、癌は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔癌、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される。いくつかの態様において、癌は急性骨髄性白血病である。いくつかの態様において、対象は再発性または治療抵抗性の急性骨髄性白血病を有する。いくつかの態様において、癌は細胞の表面上でのCD98の発現増大を伴う。いくつかの態様において、対象は、1つまたは複数の化学療法化合物を抗体または機能的断片と組み合わせて投与される。化学療法化合物は、塩酸ベンダムスチン、シクロホスファミド、イフォスファミド、フルダラビン、シタラビン、ゲムシタビン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、パクリタキセル、ドセタキセル、ビノレルビン、ビンクリスチン、エトポシド、イリノテカン、アントラサイクリン、アドリアマイシン、シスプラチン、カルボプラチン、およびリツキシマブより選択される。
【００３９】
1つの態様において、本発明は、生物試料におけるCD98の存在を検出するための方法に用いるためである医薬の製造における、上記の抗体または機能的断片のいずれかの使用を提供する。いくつかの態様において、本方法は、生物試料を上記の抗体のいずれかと、CD98との抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、抗体とCD98の間で複合体が形成されたか否かを検出する段階を含む。いくつかの態様において、生物試料は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病、または、これらの癌のいずれかの転移を非限定的に含む癌の細胞または組織を有するかまたは有する疑いのある哺乳動物に由来する。
【００４０】
1つの態様において、本発明は、生物試料におけるCD98の存在を検出する方法に用いるための、上記の抗体または機能的断片のいずれかを提供する。いくつかの態様において、本方法は、生物試料を上記の抗体のいずれかと、CD98との抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、抗体とCD98の間で複合体が形成されたか否かを検出する段階を含む。いくつかの態様において、生物試料は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病、または、これらの癌のいずれかの転移を非限定的に含む癌の細胞または組織を有するかまたは有する疑いのある哺乳動物に由来する。
【００４１】
1つの態様において、本発明は、CD98の発現増大を伴う癌を診断する方法に用いるためである医薬の製造における、上記の抗体または機能的断片のいずれかの使用を提供する。いくつかの態様において、本方法は、被験細胞を上記の抗体のいずれかと接触させる段階；CD98との抗体の結合を検出することによってCD98の発現のレベルを決定する段階；および被験細胞によるCD98の発現のレベルを対照細胞によるCD98の発現のレベルと比較する段階を含み、対照細胞と比較して被験細胞によるCD98の発現のより高いレベルによって、CD98の発現増大を伴う癌の存在が示される。いくつかの態様において、被験細胞は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される癌を有する疑いのある患者に由来する細胞である。1つの態様において、本方法は、被験細胞の表面上でのCD98の発現のレベルを決定する段階、および、被験細胞の表面上でのCD98の発現のレベルを対照細胞の表面上でのCD98の発現のレベルと比較する段階を含む。いくつかの態様において、被験細胞は癌細胞であり、対照細胞は同じ種類の組織の正常細胞である。
【００４２】
1つの態様において、本発明は、CD98の発現増大を伴う癌を診断する方法に用いるための、上記の抗体または機能的断片のいずれかを提供する。いくつかの態様において、本方法は、被験細胞を上記の抗体のいずれかと接触させる段階；CD98との抗体の結合を検出することによってCD98の発現のレベルを決定する段階；および被験細胞によるCD98の発現のレベルを対照細胞によるCD98の発現のレベルと比較する段階を含み、対照細胞と比較して被験細胞によるCD98の発現のより高いレベルによって、CD98の発現増大を伴う癌の存在が示される。いくつかの態様において、被験細胞は、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌より、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病より、または、これらの癌のいずれかの転移より選択される癌を有する疑いのある患者に由来する細胞である。1つの態様において、本方法は、被験細胞の表面上でのCD98の発現のレベルを決定する段階、および、被験細胞の表面上でのCD98の発現のレベルを対照細胞の表面上でのCD98の発現のレベルと比較する段階を含む。いくつかの態様において、被験細胞は癌細胞であり、対照細胞は同じ種類の組織の正常細胞である。
【００４３】
本発明の別の態様においては、上記の障害の治療のために有用な材料を含む、製造品または「キット」が提供される。製造品は、容器と、容器上にあるかまたは付随しているラベルまたは添付文書とを含む。適した容器には、例えば、瓶、バイアル、シリンジ、ブリスターパックなどが含まれる。容器はガラスまたはプラスチックなどの種々の材料から形成されうる。容器は、病状を治療するために有効な抗体または抗体-薬物コンジュゲート（ADC）組成物を収容でき、無菌のアクセスポートを有しうる（例えば、容器は、静脈内輸液バッグ（intravenous solution bag）、または皮下注射針を穿刺しうるストッパーを有するバイアルであってもよい）。組成物中の少なくとも1つの活性物質は、抗体またはADCである。ラベルまたは添付文書は、組成物が、選択された病状、例えば癌などを治療するために用いられることを示している。代替的または追加的に、製造品が、薬学的に許容される緩衝液、例えば注射用滅菌精製水（BWFI）、リン酸緩衝食塩水、リンゲル液およびデキストロース溶液などを含む第2（または第3）の容器をさらに含んでもよい。それが、他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、販売元および使用者の立場から望ましい他の材料をさらに含んでもよい。
【図面の簡単な説明】
【００４４】
【図１】sTAg分析によって同定され定量されたAML、CLL、CRCの標本および適切な正常対照におけるCD98のタンパク質発現レベルを示している。線は、陽性試料における標準化スペクトル存在比率（normalized spectral abundance factor）（NSAF）％の平均を示している。
【図２】39種の抗CD98抗体に関するエピトープビニングの結果を示しているグラフである。
【図３】キメラ抗CD98モノクローナル抗体8-34B、18-2A 2.1、18-2A 2.2、および18-2A 2.7の結合特性を示している。図3Aは、キメラ抗CD98モノクローナル抗体に関するエピトープビニングの結果を示しているグラフである。4種の参照基準抗体は図1の通りである。「アイソタイプ」は、CD98を結合させない、同じアイソタイプの対照抗体である。図3Bは、結腸癌細胞株DLD1を用いるFACS分析によって決定した、キメラ抗CD98モノクローナル抗体のKdを示している。図3Cは、キメラ抗CD98モノクローナル抗体で染色した、3つのAML原発性腫瘍試料、およびカニクイザルCD98（cynCD98）を発現する1つの細胞株のFACS分析の結果を示している。
【図４】ヒト化8-34B抗体の構築を示している。図4Aは、ヒトアクセプター配列（AC）ならびにヒト化軽鎖L1およびL2の配列とのアラインメントを行ったマウス8-34B軽鎖可変ドメイン（IGN 34）の配列を示している。Kabat番号付けによるCDRを赤色で示し、L1と比較したL2における置換に下線を付している。図4Aは、記載順にそれぞれSEQ ID NO 6、38、15〜16、および38を開示している。図4Bは、ヒトアクセプター配列（AC）ならびにヒト化重鎖H1、H2、およびH3の配列とのアラインメントを行ったマウス8-34B重鎖可変ドメイン（IGN 34）の配列を示している。Kabat番号付けによるCDRを赤色で示し、H3と比較したH2およびH3における置換に下線を付している。図4Bは、記載順にそれぞれSEQ ID NO 4、39、17〜19、および40を開示している。
【図５】抗CD98抗体処理が、定着したRamos腫瘍における強い腫瘍増殖阻害を誘導することを示している。処理を開始した時点の腫瘍体積は、（A）ほぼ75mm3、（B）ほぼ150mm3から、（C）ほぼ250mm3に増加した。抗体の投与を第29日（A）または第22日（B）に中止し、試験期間にわたって腫瘍再増殖を測定した。リツキシマブ（抗CD20抗体）を陽性対照治療的抗体として用い、抗体HB121（ATCC）をIgG2aアイソタイプ陰性対照として用いた。
【図６】抗CD98抗体が、処理を受けたRAMOS腫瘍の腫瘍増殖停止時間を有意に延長させることを示している。以前の腫瘍再増殖データ（図4A〜C）の腫瘍倍加時間を算出して、腫瘍増殖停止時間（TTP）のさらなる予測のために用いた。続いてTTPを、処理群内の各動物に対して、2000mm3に達すると考えられるところまで外挿し、Kaplan-Meier曲線としてグラフ表示した。
【図７】リツキサンおよび陰性対照IgG2aと比較した、抗CD98モノクローナル抗体18-2Aによるリンパ腫異種移植片におけるインビボ腫瘍増殖の阻害を示している。矢印は、抗体処理の実施を示している。
【図８】抗CD98モノクローナル抗体18-2Aおよび8-34Bによるインビボ腫瘍増殖における急性骨髄性白血病異種移植片の阻害を、陰性対照IgG2aと比較して示している。矢印は、抗体処理の実施を示している。
【図９】抗CD98モノクローナル抗体18-2Aによる結腸直腸癌異種移植片におけるインビボ腫瘍増殖の阻害を、エルビタックスおよび陰性対照IgG2a（第1の試験）、ならびにDC101＋CTX（シクロホスファミド）および陰性対照IgG2a（第2の試験）と比較して示している。DC101はラット抗マウスVEGFR2／KDR IgG1 mAb（ATCC番号HB-11534）であり、陽性対照としての役を果たす。矢印は、抗体処理の実施を示している。
【図１０】抗CD98モノクローナル抗体18-2Aによる非小細胞肺癌異種移植片におけるインビボ腫瘍増殖の阻害を、エルビタックス（抗EGFR）および陰性対照IgG2aと比較して示している。矢印は、抗体処理の実施を示している。
【図１１】種々の免疫不全バックグラウンドを有するマウス系統におけるリンパ腫異種移植片のインビボ腫瘍増殖に対する抗CD98モノクローナル抗体の効果を示している：（A）NSGマウス；（B）NOD.SCIDマウス；および（C）SCIDマウス。
【図１２】リンパ腫異種移植片のインビボ腫瘍増殖に対する、キメラ抗CD98モノクローナル抗体（18-2A-ch7.1および8-34B-ch）の効果を、それらの親マウスモノクローナル抗体（18-2Aおよび8-34B）と比較したものを示している。
【図１３】ヒト化モノクローナル抗体IGN523によって結合されているヒトCD98上のエピトープをマッピングするために用いられ、ヒトCD98配列（SEQ ID NO：1）中に置換導入されて13種のマウス-ヒトCD98キメラ構築物を形成させた、マウスCD98配列（SEQ ID NO：96）の領域を図示している。
【図１４】FACS分析によって判定した、13種のマウス-ヒトCD98キメラ構築物のそれぞれに対するヒト化モノクローナル抗体IGN523および対照抗体の結合を示している。
【図１５】マウス-ヒトCD98キメラ構築物を用いて同定された、その領域内でIGN523が結合するヒトCD98の領域の配列、およびCD98の三次元構造におけるこの配列の位置を示している。アミノ酸T358-G368（下線部）は結晶構造の中に埋まっており、結合境界面の一部である可能性は低い。ヒト配列とマウス配列の間での非保存的残基は太字で示されている。
【図１６】ヒト配列の標的としたループ領域内にマウスCD98由来の非相同残基を導入することによって作製した4種の構築物に対するIGN523の結合を示している。構築物4.1は、突然変異：I371L、D374Q、A375G、およびA376の欠失からなる。構築物4.2は、突然変異：M383A、およびE384Kからなる。構築物4.3は、突然変異：D391N、F395I、P396F、およびD397Hからなる。構築物4.4は、突然変異：G400R、A401P、およびA404Lからなる。結合は、各々の構築物がトランスフェクトされたCHO細胞のFACS分析によって検出した。
【図１７】標的としたループ領域における疎水性残基の単一突然変異構築物に対するIGN523の結合を示している。示した疎水性残基のそれぞれを、図示したような高度に荷電したアミノ酸によって置換した。結合は、各々の構築物がトランスフェクトされたCHO細胞のFACS分析によって検出した。
【図１８】各々の構築物でトランスフェクトされたCHO細胞のFACS分析によって検出した、標的としたループ領域内に複数の残基の突然変異を含む構築物に対するIGN523の結合を示している。M1は突然変異D374Q、D397H、G400R、およびA401Pを含む。M2は突然変異D374EおよびA375Eを含む。M3は突然変異D397SおよびI398Tを含む。
【図１９】ヒト化モノクローナル抗体IGN523のエピトープマッピングのための可変長ペプチドスクリーニングの結果を示している。各ペプチドに関するELISAの結果を横線として示している。線の始点および終点は、どの残基がペプチド中に含まれるかを示している。線のY値は、そのペプチドに関して得られたELISAの結果を示している。これらの結果により、395FPDIPGA401に対する結合が主であり、379PGQP382（陰影領域）に対する結合が二次的であることが示された。
【図２０】最良結合単一位置アラニン置き換えペプチドセットの結果を示している。各残基をAに（または、元のアミノ酸がAである場合にはGに）置き換えた。グラフ中に置き換え文字がプロットされている高さは、その突然変異ペプチドに関して得られたELISA値である。中心線および陰影区間は、参照基準ELISA値を示している。
【図２１】ヒトCD98の2つの部分配列（X軸上に示されたSEQ ID NO 45〜59、およびY軸上に示されたSEQ ID NO 60〜74）を組み合わせたCLIPSコンフォメーションマトリックス構造から得られたデータを表しているヒートマップを示している。
【図２２】図21に示されたマトリックス分析からの強結合性ペプチドの突然変異誘発スクリーニングの結果を示している。SEQ1はペプチドの配列を示し、DIF1は配列中のどこに突然変異が位置するかを示している。グレーの部分は、突然変異していない配列を有するペプチドを示している。最後の列は、野生型ペプチドと突然変異ペプチドの間でのELISA値の差を示している。高い値は、突然変異が結合に対して強い負の効果を及ぼすことを示している。
【図２３】ヒト化モノクローナル抗体IGN523の結合にとって重要であると判定されたアミノ酸残基の、ヒトCD98の配列中のおよび表面上での位置を示している。図23Aは、キメラ試験および突然変異誘発試験によって（太字）、Pepscan分析によって（グレー）、またはその両方（陰影）によって決定された残基の配列中での位置を示している。図23Bは、キメラ試験および突然変異誘発試験によって決定された残基の位置を示している（ダークグレー）。図23Cは、Pepscan分析によって決定された残基の位置を示している（ライトグレー）。図23Dは、両方の残基セットの重なり合いを示している（黒）。
【図２４】ヒト化モノクローナル抗体IGN523によるRAMOS（RA.1）Burkittリンパ腫異種移植片におけるインビボ腫瘍増殖の阻害を、リツキシマブおよび陰性対照IgGと比較して示している。抗体は第11日、第17日、および第25日に10mg／kgで腹腔内に投与した。矢印は抗体処理の実施を示している。
【図２５】ヒト化モノクローナル抗体IGN523によるDAU Burkittリンパ腫異種移植片におけるインビボ腫瘍増殖の阻害を、リツキサンおよび陰性対照IgGと比較して示している。抗体は第20日および第26日に10mg／kgで腹腔内に投与した。矢印は抗体処理の実施を示している。
【図２６】図26Aは、ヒト化モノクローナル抗体IGN523によるIGN-LNG-12肺腫瘍異種移植片におけるインビボ腫瘍増殖の阻害を、カルボプラチンおよび陰性対照IgGと比較して示している。IGN523およびカルボプラチンは第17日、第24日、および第31日に、それぞれ10mg／kgまたは75mg／kgで腹腔内に投与した。矢印は処理の実施を示している。図26Bは、表記の試薬による処理を受けた図26A中のマウスに対応する体重測定値を示している。カルボプラチンはその最大耐量で投与したところ、NOD-SCIDマウスにおける体重減少を誘導した。
【図２７】ヒト化モノクローナル抗体IGN523によるKG-1急性骨髄性白血病異種移植片におけるインビボ腫瘍増殖の阻害を、リツキサンおよび陰性対照IgGと比較して示している。抗体は第21日、第28日、および第34日に15mg／kgで腹腔内に投与した。矢印は抗体処理の実施を示している。
【図２８】ヒト化モノクローナル抗体IGN523による肺腫瘍異種移植片におけるインビボ腫瘍増殖の用量依存的阻害を示している。抗体は、第12日および第19日に表記の用量で腹腔内投与した。矢印は抗体処理の実施を示している。
【図２９】ヒト化モノクローナル抗体IGN523によるヒトおよびカニクイザルの凍結組織切片の染色を示している。ヒトおよびカニクイザルの腎臓、大脳、および胎盤の凍結切片を10μg／mLのIGN523で染色した。IGN523の標識の必要性をなくすため、および二次標識抗ヒトIgGと、検討しようとする組織にとって内因性であるIgGとの間の非特異的反応性を除外するために、免疫組織化学のためのTuson、Fung、およびHierckの方法の変法を用いた（Fung 1992, Hierck 1994, Tuson 1990）。切片をおよそ5μmで切り出した。すべてのスライドを、組織要素および染色の適切さに関して評価し、続いて、染色の強度に関して試験病理医による評価および主観的類別を行った。ヒト大脳（20倍）を除き、代表的画像は倍率40倍で示されている。
【発明を実施するための形態】
【００４５】
発明の態様の詳細な説明
一般的手法
本明細書中に記載または参照した手法および手順は、当業者によって、一般によく理解され、従来の方法を用いて一般的に使用されており、これには例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3rd, edition (2001) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.；Current Protocols in Molecular Biology (F. M. Ausubel, et al. eds., (2003))；Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic, Z. An, ed, Wiley, Hoboken N J. (2009)；Monoclonal Antibodies: Methods and Protocols, M. Albitar, ed., Humana Press, Totawa, N.J. (2010)；および、Antibody Engineering, 2nd Ed., Vols 1 and 2, Kontermann and Dubel, eds., Springer-Verlag, Heidelberg, 2010に記載された、幅広く用いられている方法がある。
【００４６】
定義および略語
定義
本明細書を説明するために、以下の定義が適用され、適切な場合にはすべて、単数形で用いられる用語は複数形も含み、その逆も同様である。明記されたいずれかの定義が、参照により本明細書に組み入れられるいずれかの文書と食い違う場合には、以下に明記された定義が優先するものとする。
【００４７】
「CD98」という用語は、本明細書で用いる場合、別の指示がある場合を除き、霊長動物（例えば、ヒト、カニクイザル（cyno））、イヌおよび齧歯動物（例えば、マウスおよびラット）などの哺乳動物を含む任意の脊椎動物の供給源に由来する任意の天然型CD98のことを指す。ヒトCD98のアミノ酸配列およびコードする核酸配列は、それぞれ以下にSEQ ID NO：1およびSEQ ID NO：2として提示されている。
2015501639.tif 000003
2015501639.tif 000004
【００４８】
「CD98」という用語は、「完全長」のプロセシングされていないCD98の他に、細胞内でのプロセシングによって生じる任意の形態のCD98も包含する。この用語はまた、CD98の天然に存在する変異体または突然変異体、例えば、スプライス変異体、対立遺伝子変異体、SNP変異体、およびアイソフォームも包含する。本明細書に記載のCD98ポリペプチドは、ヒトの各種の組織もしくは別の供給源といった種々の供給源から単離することもできるか、または組換え法もしくは合成法によって調製することもできる。「天然型配列CD98ポリペプチド」には、天然由来のCD98ポリペプチドに対応するものと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドが含まれる。そのような天然型配列CD98ポリペプチドは、自然界から単離することもできるか、または組換え手段もしくは合成手段によって生産することもできる。「天然型配列CD98ポリペプチド」という用語は、特定のCD98ポリペプチドの天然の短縮形態または分泌形態（例えば、細胞外ドメイン配列）、天然の変異体形態（例えば、選択的スプライス形態）、およびポリペプチドの天然の対立遺伝子変異体を明確に包含する。
【００４９】
「抗体」という用語は、最も広い意味で用いられ、具体的には、例えば、単一の抗CD98モノクローナル抗体（アゴニスト、アンタゴニスト、中和抗体、完全長または無傷のモノクローナル抗体を含む）、ポリエピトープ特異性を伴う抗CD98抗体組成物、ポリクローナル抗体、多価抗体、少なくとも2つの無傷抗体から形成される多重特異性抗体（それらが所望の生物学的活性を示す限り。例えば二重特異性抗体）、単鎖抗CD98抗体、および、以下に定義するような抗CD98抗体の断片を範囲に含む。「免疫グロブリン」（Ig）という用語は、本明細書において抗体と互換的に用いられる。抗体はヒト抗体、ヒト化抗体、および／または親和性成熟抗体でありうる。
【００５０】
「抗原」とは、抗体が選択的に結合しうる所定の抗原のことである。標的抗原は、ポリペプチド、炭水化物、核酸、脂質、ハプテン、または他の天然性もしくは合成性の化合物でありうる。好ましくは、標的抗原はポリペプチドである。
【００５１】
関心対象の抗原「を結合させる」抗体とは、その抗体が抗原を発現する細胞または組織を標的とする際に治療的物質として有用であるのに十分な親和性で抗原を結合させ、かつ、他のタンパク質とは有意には交差反応しないもののことである。そのような態様において、「非標的」タンパク質に対する抗体の結合の程度は、蛍光活性化細胞選別（FACS）分析または放射免疫沈降法（RIA）による判定で、その特定の標的タンパク質に対する抗体の結合の約10％未満である。抗体の標的分子との結合に関して、特定のポリペプチド、または特定のポリペプチド標的上のエピトープとの「特異的結合」、または「〜と特異的に結合する」、または「〜に対して特異的である」という用語は、非特異的相互作用とは測定可能な程度で異なる結合のことを意味する。特異的結合は、例えば、分子の結合を、一般に結合活性を有しない類似の構造を持つ分子である対照分子の結合と比較して決定することによって測定することができる。例えば、特異的結合は、標的に類似した対照分子、例えば過剰量の非標識標的との競合によって決定することができる。この場合、特異的結合は、プローブに対する標識標的の結合が過剰量の非標識標的によって競合的に阻害される場合に示される。特定のポリペプチド、または特定のポリペプチド標的上のエピトープとの「特異的結合」または「〜と特異的に結合する」または「〜に対して特異的である」という用語は、本明細書で用いる場合、例えば、標的に対して少なくとも約10-4 M、あるいは少なくとも約10-5 M、あるいは少なくとも約10-6 M、あるいは少なくとも約10-7 M、あるいは少なくとも約10-8 M、あるいは少なくとも約10-9 M、あるいは少なくとも約10-10 M、あるいは少なくとも約10-11 M、あるいは少なくとも約10-12 M、またはそれよりも高いKdを有する分子によって示されうる。1つの態様において、「特異的結合」という用語は、分子が、いかなる他のポリペプチドともポリペプチドエピトープとも実質的に結合することなく、特定のポリペプチド、または特定のポリペプチド上のエピトープと結合する場合の結合のことを指す。
【００５２】
「抗CD98抗体」または「CD98と結合する抗体」という用語は、その抗体がCD98を標的とする際に診断的物質および／または治療的物質として有用であるのに十分な親和性でCD98を結合させうる抗体のことを指す。好ましくは、無関係な非CD98タンパク質に対する抗CD98抗体の結合の程度は、例えば、蛍光活性化細胞選別（FACS）分析またはラジオイムノアッセイ法（RIA）による測定で、CD98に対する抗体の結合の約10％未満である。CD98「と特異的に結合する」または「に対して特異的である」抗体は、上記の通りに定義される。ある態様において、CD98と結合する抗体は、1μM以下、100nM以下、10nM以下、1nM以下、または0.1nM以下の解離定数（Kd）を有する。ある態様において、抗CD98抗体は、さまざまな種に由来するCD98間で保存されているCD98のエピトープと結合する。
【００５３】
「単離された抗体」とは、その天然環境の構成成分から同定、分離、および／または回収されたもののことである。その天然環境の夾雑構成成分には、抗体の治療的用途を妨げると考えられる材料が非限定的に含まれ、それには酵素、ホルモン、および他のタンパク質性または非タンパク質性溶質が含まれうる。好ましい態様において、抗体は、（1）Lowry法（Lowry et al., J. Bio. Chem. 193: 265-275, 1951）による判定で、抗体の95重量％を上回るまで、最も好ましくは99重量％を上回るまで、（2）スピニングカップ配列決定装置（spinning cup sequenator）の使用によって、N末端または内部のアミノ酸配列の少なくとも15残基が得られるのに十分な度合いまで、または（3）クーマシーブルー染色もしくは好ましくは銀染色を用いて還元もしくは非還元条件下でのSDS-PAGEによって均質になるまで、精製される。単離された抗体には組換え細胞内のインサイチューの抗体が含まれるが、これは抗体の天然環境の構成成分の少なくとも1つが存在しないと考えられるためである。しかし、通常は、単離された抗体は少なくとも1つの精製段階によって調製されると考えられる。
【００５４】
基本的な4鎖抗体単位は、2つの同一な軽（L）鎖および2つの同一な重（H）鎖で構成されるヘテロ四量体糖タンパク質である。IgGの場合には、4鎖単位は一般に約150,000ダルトンである。各L鎖は1つの共有結合性ジスルフィド結合によってH鎖と連結され、一方、2つのH鎖はH鎖アイソタイプに応じて1つまたは複数のジスルフィド結合によって互いに連結される。各H鎖およびL鎖はまた、規則的な間隔にある鎖内ジスルフィド架橋も有する。各H鎖はN末端に可変ドメイン（VH）を有し、それに続いてα鎖およびγ鎖のそれぞれについては3つの定常ドメイン（CH）、ならびにμおよびεアイソタイプについては4つのCHドメインを有する。各L鎖はN末端に可変ドメイン（VL）を有し、それに続いてもう一方の端に1つの定常ドメイン（CL）を有する。VLはVHと整列しており、CLは重鎖の第1の定常ドメイン（CH1）と整列している。特定のアミノ酸残基は、軽鎖および重鎖の可変ドメイン間の境界面を形成すると考えられている。VHおよびVLの対合は一緒になって単一の抗原結合部位を形成する。種々のクラスの抗体の構造および特性については、例えば、Basic and Clinical Immunology, 8th edition, Daniel P. Stites, Abba I. Terr and Tristram G. Parslow (eds.), Appleton and Lange, Norwalk, CT, 1994, page 71 and Chapter 6を参照されたい。
【００５５】
抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」または「Vドメイン」とは、抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインのことを指す。重鎖の可変ドメインは「VH」とも称しうる。軽鎖の可変ドメインは「VL」とも称しうる。「可変」という用語は、可変ドメインのある特定のセグメントは抗体間で配列が大きく異なるという事実のことを指す。Vドメインは抗原結合を媒介し、その特定の抗原に対する特定の抗体の特異性を定める。しかし、可変性は可変ドメインの110アミノ酸の全範囲にわたって均一に分布するのではない。そうではなくて、V領域は、それぞれ9〜12アミノ酸長である「超可変領域」と呼ばれる極めて高い可変性を有するより短い領域によって隔てられた、15〜30アミノ酸のフレームワーク領域（FR）と呼ばれる相対的に不変なストレッチ部からなる。天然型の重鎖および軽鎖の可変ドメインはそれぞれ、主としてβ-シート配置をとり、3つの超可変領域によって連結され、β-シート構造を連結するとともに場合によってはその一部も構成するループを形成する、4つのFRを含む。各鎖の中の超可変領域はFRによって近接して保持され、他の鎖由来の超可変領域とともに、抗体の抗原結合部位の形成に寄与する（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991)を参照）。定常ドメインは、抗体の抗原との結合に直接的にはかかわらないが、抗体依存性細胞性細胞傷害作用（ADCC）および補体依存性細胞傷害作用（CDC）への抗体の関与といった、さまざまなエフェクター機能を示す。
【００５６】
「無傷」抗体とは、抗原結合部位、ならびに、CLおよび少なくとも重鎖定常ドメイン、CH1、CH2、およびCH3を含むもののことである。定常ドメインは、天然型配列定常ドメイン（例えば、ヒトの天然型配列定常ドメイン）またはそれらのアミノ酸配列変異体であってもよい。好ましくは、無傷抗体は1つまたは複数のエフェクター機能を有する。
【００５７】
「抗体断片」は、無傷抗体の一部分、好ましくは無傷抗体の抗原結合領域または可変領域を含む。抗体断片の例には、Fab断片、Fab'断片、F(ab')2断片、およびFv断片；ダイアボディおよびジ-ダイアボディ（例えば、Holliger, P. et al (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. 90:6444-8；Lu, D. et al. (2005) J. Biol. Chem. 280:19665-72；Hudson et al., Nat. Med. 9: 129-134 (2003)；WO93／11161；ならびに米国特許第5,837,242号および同第6,492,123号を参照）；単鎖抗体分子（例えば、米国特許第4,946,778号；同第5,260,203号；同第5,482,858号、および同第5,476,786号を参照）；二重可変ドメイン抗体（例えば、米国特許第7,612,181号を参照）；単一可変ドメイン抗体（SdAb）（例えば、Woolven et al., Immunogenetics 50: 98-101, 1999；Streltsov et al., Proc Natl Acad Sci USA. 101:12444-12449, 2004を参照）；ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体が含まれる。
【００５８】
治療的抗体の「機能的断片」とは、無傷抗体が持つと考えられる生物学的機能のいくつかまたはすべてではないにしても少なくとも1つを示し、その機能が少なくとも標的抗原に対する特異的結合を含むものと考えられる。
【００５９】
「モノクローナル抗体」とは、本明細書で用いる場合、実質的に均質な抗体の集団から得られる抗体のことを指し、すなわち、その集団を構成する抗体は、少量で存在しうる、天然に存在する可能性のある突然変異を除いて、同一である。「モノクローナル」という修飾語は、何らかの特定の方法による抗体の作製を必要とすると解釈されるべきではない。例えば、本発明において有用なモノクローナル抗体は、Kohler et al., Nature, 256:495 (1975)によって初めて記載されたハイブリドーマ法によって調製することもできるか、または細菌細胞、真核生物性の動物細胞もしくは植物細胞における組換えDNA法を用いて作製することもできる（例えば、米国特許第4,816,567号を参照）。また、「モノクローナル抗体」を、例えば、Clackson et al., Nature, 352:624-628 (1991)およびMarks et al., J. Mol. Biol., 222:581-597 (1991)に記載された手法を用いて、ファージ抗体ライブラリーから単離することもできる。
【００６０】
本明細書におけるモノクローナル抗体には、重鎖および／または軽鎖の一部分が、特定の種に由来するかまたは特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一であるかまたは相同であるが、鎖の残りの部分は、別の種に由来するかまたは別の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と同一であるかまたは相同である「キメラ」抗体、ならびにそれらが所望の生物学的活性を示す限り、そのような抗体の断片が含まれる（米国特許第4,816,567号；およびMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984)を参照）。
【００６１】
「ヒト化」型の非ヒト（例えば、齧歯動物）抗体は、非ヒト抗体に由来する最小限の配列を含むキメラ抗体である。ほとんどの場合、ヒト化抗体は、レシピエントの超可変領域由来の残基が、所望の抗体特異性、親和性、および能力を有するマウス、ラット、ウサギ、または非ヒト霊長動物といった非ヒト種の超可変領域由来の残基（ドナー抗体）によって置き換えられているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。場合によっては、対応する非ヒト残基によって、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域（FR）残基が置き換えられる。その上、ヒト化抗体が、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見られない残基を含んでもよい。これらの改変は、抗体の性能をさらに改良するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも1つの、典型的には2つの可変ドメインの実質的にすべてを含み、この場合に、超可変ループのすべてまたは実質的にすべては非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、かつ、FRのすべてまたは実質的にすべてはヒト免疫グロブリン配列のものである。また、ヒト化抗体は任意で、免疫グロブリン定常領域（Fc）、典型的にはヒト免疫グロブリンのそれの、少なくとも一部分も含むと考えられる。さらなる詳細については、Jones et al., Nature 321:522-525 (1986)；Riechmann et al. Nature 332:323-329 (1988)；およびPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)を参照されたい。また、以下の総説論文および特許、ならびにそれらに引用されている参照文献も参照されたい：Vaswani and Hamilton, Ann. Allergy, Asthma and Immunol, 1:105-115 (1998)；Harris, Biochem. Soc. Transactions, 23:1035-1038 (1995); Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13: 1619-1633 (2008)；米国特許第5,585,089号；同第5,693,762号；同第6,180,370号；および同第6,054,297号）。
【００６２】
「ヒト抗体」とは、ヒトによって産生される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を保有するもの、および／または、本明細書に開示されたようなヒト抗体を作製するための手法のいずれかを用いて作製されたものである。ヒト抗体のこの定義から、非ヒト抗原結合性残基を含むヒト化抗体が明確に除外される。ヒト抗体は、ファージディスプレイライブラリー（Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol, 227:381 (1991)；Marks et al., J. Mol. Biol, 222:581 (1991)および酵母ディスプレイライブラリー（Chao et al. Nature Protocols 1: 755-768 (2006)）を含む、当技術分野において公知のさまざまな手法を用いて作製することができる。また、Cole et al, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985)；Boerner et al., J. Immunol, 147(1):86-95 (1991)に記載された方法も、ヒトモノクローナル抗体の調製のために使用可能である。また、van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol, 5: 368-74 (2001)も参照されたい。ヒト抗体は、抗原刺激に応答してそのような抗体を産生するように改変され、内因性遺伝子座は、無能力化されているトランスジェニック動物、例えばマウスに対して抗原を投与することによって調製することができる（例えば、Jakobovits, A., Curr. Opin, Biotechnol. 1995, 6(5):561-6；Briiggemann and Taussing, Curr. Opin. Biotechnol. 1997, 8(4):455-8；ならびにXENOMOUSE（商標）技術に関する米国特許第6,075,181号および同第6,150,584号を参照）。また、例えば、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術によって作製されるヒト抗体に関する、Li et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)も参照されたい。
【００６３】
「超可変領域」、「HVR」、または「HV」という用語は、本明細書で用いる場合、配列の点で超可変性であるか、および／または構造的に定められたループを形成する、抗体可変ドメインの領域のことを指す。一般に、抗体は、以下の6つの超可変領域を含む；VH中に3つ（H1、H2、H3）、およびVL中に3つ（L1、L2、L3）。超可変領域の線引き（delineation）についてはいくつかのものが用いられており、それらは本明細書において包含される。Kabat相補性決定領域（CDR）は配列可変性に基づいており、最も一般的に用いられているものである（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)）。Chothiaはそれとは異なり、構造ループの位置に言及している（Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。Chothia CDR-H1ループの末端は、Kabat番号付け規約を用いて番号付けされる場合、ループの長さに応じてH32〜H34の間で変わる（これは、Kabat番号付けスキームではH35AおよびH35Bに挿入物を入れるためであり；35Aも35Bも存在しない場合には、ループは32で終わり；35Aのみが存在する場合には、ループは33で終わり；35Aおよび35Bの両方が存在する場合には、ループは34で終わる）。AbM超可変領域はKabat CDRとChothia構造ループとの中間物に相当し、Oxford Molecular社のAbM抗体モデリングソフトウエアに用いられている。「接触（contact）」超可変領域は、使用可能な複合体結晶構造の分析に基づく。これらの超可変領域のそれぞれ由来の残基を、以下に記す。
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【００６４】
超可変領域は、以下のような「拡張された超可変領域」を含みうる：VL中の24〜36または24〜34（L1）、46〜56または50〜56（L2）、および89〜97または89〜96（L3）、ならびにVH中の26〜35または26〜35A（H1）、50〜65または49〜65（H2）、および93〜102、94〜102または95〜102（H3）。可変ドメイン残基は、これらの定義のそれぞれに関して、Kabat et al.、前記に従って番号付けされる。本明細書で用いる場合、用語「HVR」および「CDR」は互換的に用いられる。
【００６５】
「フレームワーク」残基または「FR」残基とは、本明細書で定義される超可変領域残基以外の可変ドメイン残基のことである。
【００６６】
「Kabatなどの場合の可変ドメイン残基番号付け」または「Kabatなどの場合のアミノ酸位置番号付け」、およびそれらの変形物は、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)において、抗体の編集物の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに関して用いられている番号付け方式のことを指す。この番号付け方式を用いた場合、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのFRまたはCDRの短縮または該FRまたは該CDRへの挿入に対応して、より少ないかまたは追加的なアミノ酸を含むことがある。例えば、重鎖可変ドメインは、H2の残基52の後に単一のアミノ酸インサート（Kabatによれば残基52a）を含むこと、および重鎖FR残基82の後に挿入残基（例えば、Kabatによれば残基82a、82b、および82cなど）を含むことができる。残基のKabat番号付けは、Kabat番号付けをなされた「標準」配列との、抗体の配列の相同性領域でのアラインメントにより、所与の抗体に関して決定することができる。
【００６７】
Kabat番号付け方式は、一般に、可変ドメイン内の残基（おおよそ、軽鎖の残基1〜107および重鎖の残基1〜113）に言及する際に用いられる（例えば、Kabat et al, Sequences of Immunological Interest. 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)）。「EU番号付け方式」または「EUインデックス」は、一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域内の残基に言及する際に用いられる（例えば、Kabat et al, 前記に報告されているEUインデックス）。「Kabatなどの場合のEUインデックス」とは、ヒトIgG1 EU抗体の残基番号付けのことを指す。本明細書中に別の記述がない限り、抗体の可変ドメインにおける残基番号への言及は、Kabat番号付け方式による残基番号付けのことを意味する。本明細書中に別の記述がない限り、抗体の定常ドメインにおける残基番号への言及は、EU番号付け方式による残基番号付けのことを意味する。
【００６８】
「親和性成熟」抗体とは、その1つまたは複数のHVRの中に、改変を保有しない親抗体と比較して抗原に対する抗体の親和性の向上をもたらす、1つまたは複数の改変を有するもののことである。好ましい親和性成熟抗体は、標的抗原に対してナノモル濃度またはさらにはピコモル濃度の親和性を有すると考えられる。親和性成熟抗体は、当技術分野において公知の手順によって作製することができる。総説については、Hudson and Souriau, Nature Medicine 9: 129-134 (2003)；Hoogenboom, Nature Biotechnol. 23: 1105-1116 (2005)；Quiroz and Sinclair, Revista Ingeneria Biomedia 4: 39-51 (2010)を参照されたい。
【００６９】
「遮断」抗体または「アンタゴニスト」抗体とは、それが結合させる抗原の生物学的活性を阻害するかまたは低下させるもののことである。好ましい遮断抗体またはアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を実質的または完全に阻害する。
【００７０】
「アゴニスト抗体」とは、本明細書で用いる場合、関心対象のポリペプチドの機能的活性の少なくとも1つを模倣する抗体のことである。
【００７１】
「結合親和性」は、一般に、分子（例えば、抗体）単一の結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）の間の非共有結合性相互作用の総和の強度のことを指す。別に指定する場合を除き、本明細書で用いる場合、「結合親和性」とは、結合対のメンバー（例えば、抗体および抗原）間の1：1の相互作用を反映する固有の結合親和性のことを指す。分子Xの、そのパートナーYに対する親和性は、一般に、解離定数（Kd）によって表すことができる。親和性は、本明細書に記載された方法を含む、当技術分野において公知の一般的な方法によって測定することができる。低親和性抗体は一般に、抗原を緩徐に結合させ、容易に解離する傾向にあるのに対して、高親和性抗体は一般に、抗原をより速く結合させ、より長く結合したままである傾向がある。結合親和性を測定する種々の方法が当技術分野において公知であり、そのうちのいずれかを本発明の目的に用いることができる。具体的で例示的な態様は以下に記載されている。
【００７２】
「またはより優れた」とは、本明細書において結合親和性に言及して用いられる場合、分子（例えば、抗体）とその結合パートナーとの結合がより強く、数値上、より小さいKd値によって表されることを指す。例えば、抗原に対して「.6nMまたはより優れた」親和性を有する抗体では、抗原に対する抗体の親和性は.6nM未満、すなわち、.59nM、.58nM、.57nMなど、または.6nM未満の任意の値である。
【００７３】
1つの態様において、本発明による「Kd」または「Kd値」は、抗原に対するFabの溶液結合親和性を、一連の力価測定の非標識抗原の存在下で、最小濃度の（125I）標識抗原でFabを平衡化し、続いて、結合した抗原を抗Fab抗体がコートされたプレートで捕捉することによって測定する、溶液結合親和性を測定する以下のアッセイ法によって記載されるように関心対象の抗体のFab型およびその抗原を用いて実施される放射性標識抗原結合アッセイ法（RIA）によって測定される（Chen, et al., (1999) J. Mol Biol 293:865-881）。別の態様によれば、KdまたはKd値を、例えば、BIAcore（商標）-2000またはBIAcore（商標）-3000（BIAcore，Inc．Piscataway，NJ）を用いる表面プラズモン共鳴アッセイ法を用いることによって測定する。
【００７４】
本発明による「オン速度（on-rate）」または「会合の速度」または「会合速度」または「kon」を、例えば、BIAcore（商標）-2000システムまたはBIAcore（商標）-3000（BIAcore，Inc．Piscataway，NJ）を用いる、上述したものと同じ表面プラズモン共鳴アッセイ法を用いることによって測定することもできる。
【００７５】
「実質的に同程度の」、または「実質的に同じ」という語句は、本明細書で用いる場合、当業者によって、2つの値の間の差異が、前記の値（例えば、Kd値）によって測定される生物学的特徴との関連において、生物学的および／または統計的にほとんどまたは全く有意ではないものとみなされるような、2つの数値（一般に、一方は本発明の抗体に関連するものであり、もう一方は参照基準抗体に関連するものである）間の十分に高い度合いの類似性のことを表す。2つの値の間の差異は、参照基準抗体に関する値に対して、好ましくは約50％未満であり、好ましくは約40％未満、好ましくは約30％未満、好ましくは約20％未満、好ましくは約10％未満である。
【００７６】
「実質的に低下した」、または「実質的に異なる」という語句は、本明細書で用いる場合、当業者によって、2つの値の間の差異が、前記の値（例えば、Kd値、HAMA応答）によって測定される生物学的特徴との関連において統計的に有意であるものとみなされるような、2つの数値（一般に、一方は本発明の抗体に関連するものであり、もう一方は参照基準抗体に関連するものである）間の十分に高い度合いの差異のことを表す。2つの値の間の差異は、例えば、参照基準抗体に関する値に対して、好ましくは約10％よりも大きく、好ましくは約20％よりも大きく、好ましくは約30％よりも大きく、好ましくは約40％よりも大きく、好ましくは約50％よりも大きい。
【００７７】
「CD98ポリペプチドを発現する腫瘍細胞の増殖を阻害する」抗体、または「増殖阻害性」抗体とは、適切なCD98ポリペプチドを発現または過剰発現する癌細胞の測定可能な増殖阻害をもたらすもののことである。CD98ポリペプチドは、癌細胞の表面に発現される膜貫通性ポリペプチドであってもよいか、または癌細胞によって産生もしくは分泌されるポリペプチドであってもよい。好ましい増殖阻害性抗CD98抗体は、CD98発現性腫瘍細胞の増殖を、適切な対照と比較して、20％よりも多く、好ましくは約20％〜約50％、さらにより好ましくは、50％よりも多く（例えば、約50％〜約100％）阻害し、対照は典型的には、試験される抗体による処理を受けていない腫瘍細胞である。1つの態様において、増殖阻害は、細胞培養物中にて約0.1〜30μg／ml、または約0.5nM〜200nMの抗体濃度で測定することができ、増殖阻害は、腫瘍細胞の抗体への曝露から1〜10日後に判定される。インビボでの腫瘍細胞の増殖阻害は、以下に述べるようなさまざまなやり方で判定することができる。約1μg／kg〜約100mg／kg体重での抗CD98抗体の投与が抗体の初回投与から約5日〜3カ月以内に、好ましくは約5〜30日以内に腫瘍サイズまたは腫瘍細胞増殖の低下をもたらす場合には、抗体はインビボで増殖阻害性である。
【００７８】
「アポトーシスを誘導する」抗体とは、アネキシンVの結合、DNAの断片化、細胞の縮小、小胞体の拡張、細胞の断片化、および／または膜小胞（アポトーシス小体と呼ばれる）の形成によって判定されるようなプログラム細胞死を誘導するもののことである。こうした細胞は通常、CD98ポリペプチドを過剰発現するものである。好ましくは、細胞は腫瘍細胞である。アポトーシスに関連した細胞イベントを評価するために、さまざまな方法が使用可能である。例えば、ホスファチジルセリン（PS）転位は、アネキシン結合によって測定されうる。DNA断片化は、DNAラダリングによって評価されうる。かつ、DNA断片化を伴う核／クロマチン凝縮は、低二倍体細胞における増加によって評価されうる。好ましくは、アポトーシスを誘導する抗体は、アネキシン結合アッセイ法において非処理細胞に比して、アネキシン結合の約2〜50倍、好ましくは約5〜50倍、最も好ましくは約10〜50倍の誘導をもたらすもののことである。
【００７９】
「細胞死を誘導する」抗体とは、生細胞を非生存性にさせるもののことである。こうした細胞は、CD98ポリペプチドを特異的に発現するかまたは過剰発現する細胞型のものである。該細胞は、特定細胞型の癌性細胞または正常細胞でありうる。CD98ポリペプチドは、癌細胞の表面で発現される膜貫通性ポリペプチドであってもよいか、または癌細胞によって産生されて分泌されるポリペプチドであってもよい。インビトロでの細胞死を、補体および免疫エフェクター細胞の非存在下で判定することで、抗体依存性細胞媒介性細胞傷害作用（ADCC）または補体依存性細胞傷害作用（CDC）によって誘導される細胞死を識別することができる。したがって、細胞死に関するアッセイ法は、熱非働化血清を用いて（すなわち、補体の非存在下で）、かつ免疫エフェクター細胞の非存在下で実施されうる。抗体が細胞死を誘導しうるか否かを判定するために、ヨウ化プロピジウム（PI）、トリパンブルー（Moore et al. Cytotechnology 17：1-11（1995）参照）または7AADの取り込みによって評価されるような膜完全性の損失を、非処理細胞と比較して評価することができる。好ましい細胞死誘導性抗体は、BT474細胞におけるPI取り込みアッセイ法においてPI取り込みを誘導するものである。
【００８０】
抗体「エフェクター機能」とは、抗体のFc領域（天然型配列Fc領域またはアミノ酸配列変異体Fc領域）に起因すると考えられる生物学的活性のことを指し、抗体アイソタイプによってさまざまである。抗体エフェクター機能の例には、以下が含まれる：C1q結合および補体依存性細胞傷害；Fc受容体結合；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害（ADCC）；食作用；細胞表面受容体（例えば、B細胞受容体）の下方制御；ならびにB細胞活性化。
【００８１】
本明細書における「Fc領域」という用語は、天然型配列Fc領域および変異体Fc領域を含む、免疫グロブリン重鎖のC末端領域の範囲を定めるために用いられる。免疫グロブリン重鎖のFc領域の境界はさまざまでありうるが、ヒトIgG重鎖Fc領域は通常、位置Cys226のアミノ酸残基から、またはPro230から、そのカルボキシル末端までのストレッチと定められている。Fc領域のC末端リジン（EU番号付け方式による残基447）は、例えば、抗体の産生時もしくは精製時に、または抗体の重鎖をコードする核酸を組換え操作することによって除去されうる。したがって、無傷抗体の組成物は、すべてのK447残基が除去された抗体集団、K447残基が全く除去されていない抗体集団、ならびにK447残基を有する抗体とK447残基を有しない抗体の混合物を有する抗体集団を含むことができる。
【００８２】
「機能的Fc領域」は、天然型配列Fc領域の「エフェクター機能」を保有する。例示的な「エフェクター機能」には、C1q結合；CDC；Fc受容体結合；ADCC；食作用；細胞表面受容体（例えば、B細胞受容体、BCR）の下方制御などが含まれる。そのようなエフェクター機能は、一般に、Fc領域が結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）と組み合わされることを必要とし、例えば、本明細書中の定義に開示されているようなさまざまなアッセイ法を用いて評価することができる。
【００８３】
「天然型配列Fc領域」は、天然に見られるFc領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。天然型配列ヒトFc領域には、天然型配列ヒトIgG1 Fc領域（非AアロタイプおよびAアロタイプ）；天然型配列ヒトIgG2 Fc領域；天然型配列ヒトIgG3 Fc領域；および天然型配列ヒトIgG4 Fc領域、ならびに天然に存在するそれらの変異体が含まれる。
【００８４】
「変異体Fc領域」は、少なくとも1つのアミノ酸の改変、好ましくは1つまたは複数のアミノ酸の置換の点で天然型配列Fc領域のものと異なるアミノ酸配列を含む。好ましくは、変異体Fc領域は、天然型配列Fc領域または親ポリペプチドのFc領域と比較して、少なくとも1つのアミノ酸置換、例えば、天然型配列Fc領域または親ポリペプチドのFc領域における約1個〜約10個のアミノ酸置換、および好ましくは約1個〜約5個のアミノ酸置換を有する。本明細書における変異体Fc領域は、好ましくは、天然型配列Fc領域に対して、および／または親ポリペプチドのFc領域に対して少なくとも約80％の相同性、および最も好ましくは、それらに対して少なくとも約90％の相同性、より好ましくは、それらに対して少なくとも約95％の相同性を保有する。
【００８５】
「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害作用」または「ADCC」は、ある特定の細胞傷害性細胞（例えば、ナチュラルキラー（NK）細胞、好中球、およびマクロファージ）表面に存在するFc受容体（FcR）上に結合した分泌性Igが、これらの細胞傷害性エフェクター細胞が抗原を担持する標的細胞と特異的に結合し、引き続いて細胞毒素によって標的細胞を死滅させることを可能にする、細胞傷害性の一形態のことを指す。抗体は細胞傷害性細胞を「武装させ」、そのような死滅作用のために絶対的に必要とされる。ADCCを媒介する主要な細胞であるNK細胞がFcγRIIIのみを発現するのに対し、単球は、FcγRI、FcγRII、およびFcγRIIIを発現する。造血細胞上でのFcRの発現は、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-92 (1991)の464ページの表3にまとめられている。関心対象の分子のADCC活性を評価するためには、米国特許第5,500,362号または同第5,821,337号に記載されたものなどのインビトロADCCアッセイ法を行うことができる。そのようなアッセイ法のために有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（PBMC）およびナチュラルキラー（NK）細胞が含まれる。代替的または追加的に、関心対象の分子のADCC活性を、インビボで、例えば、Clynes et al. (USA) 95:652-656 (1998)に開示されたものなどの動物モデルで評価することができる。
【００８６】
「Fc受容体」または「FcR」は、抗体のFc領域と結合する受容体を記載している。好ましいFcRは天然型配列ヒトFcRである。さらに、好ましいFcRはIgG抗体を結合させるものであり（γ受容体）、FcγRI、FcγRII、およびFcγRIIIサブクラスの受容体を含み、これにはこれらの受容体の対立遺伝子変異体および選択的にスプライシングされた形態が含まれる。FcγRII受容体には、その細胞質ドメインに主として違いがある類似したアミノ酸配列を有する、FcγRIIA（「活性化受容体」）およびFcγRIIB（「阻害性受容体」）が含まれる（Daeron, Annu. Rev. Immunol. 15:203-234 (1997)における総説を参照）。FcRは、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)；Capel et al., Immunomethods 4:25-34 (1994)；およびde Haas et al., J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995)に総説されている。他のFcRは、将来同定されることになるものを含め、本明細書における「FcR」という用語によって包含される。この用語にはまた、母体IgGの胎児への移行の原因となる新生児受容体FcRnも含まれる（Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976)およびKim et al., J. Immunol. 24:249 (1994)）。FcRに対する結合が向上するかまたは低下した抗体変異体は、例えば、WO2000／42072、米国特許第7,183,387号；同第7,332,581号；および同第7,335,742号に記載されている。同じく、例えば、Shields et al. J. Biol. Chem. 9(2):6591-6604 (2001)も参照されたい。
【００８７】
「補体依存性細胞傷害」または「CDC」とは、補体の存在下における標的細胞の溶解のことを指す。古典的補体経路の活性化は、補体系の第1成分（C1q）と、そのコグネイト抗原に結合している（適切なサブクラスの）抗体との結合によって惹起される。補体活性化を評価するためには、例えば、Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202: 163 (1996)に記載されているようなCDCアッセイ法を行うことができる。改変されたFc領域アミノ酸配列、および増大または減少したC1q結合能力を有するポリペプチド変異体（変異体Fc領域を有するポリペプチド）は、例えば、米国特許第6,194,551 B1号およびWO1999／51642に記載されている。同じく、例えば、Idusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)も参照されたい。
【００８８】
CD98ポリペプチド「細胞外ドメイン」または「ECD」とは、膜貫通性ドメインおよび細胞質ドメインを本質的に有しないCD98ポリペプチドの一形態のことを指す。通常、CD98ポリペプチドECDは、そのような膜貫通性および／または細胞質ドメインを1％未満として有し、好ましくはそのようなドメインを0.5％未満として有すると考えられる。CD98の膜貫通性ドメインは、アミノ酸残基76〜103を含む（Parmacek et al., Nucleic Acids Res. 17: 1915-1931, 1989）。膜貫通性ドメインの正確な境界はさまざまでありうるが、両末端とも、最初に特定されたドメインから約5アミノ酸以内にとどまる可能性が最も高い。従って、任意で、CD98ポリペプチドの細胞外ドメインは、Parmacek et al.、上記で開示される通り、CD98の配列の約98〜108から529までのアミノ酸を含んでもよい。
【００８９】
参照基準ポリペプチド配列に対する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」とは、最大の配列同一性パーセントが達成されるように、配列のアラインメントを行い、必要な場合はギャップを導入した後の、かついかなる保存的置換も配列同一性の一部であるとはみなさない場合の、参照基準ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定することを目的とするアライメントは、例えばBLAST、BLAST-2、ALIGN、またはMegalign（DNASTAR）ソフトウエアのような市販のコンピューターソフトウエアを用いて、当技術分野の範囲内にあるさまざまなやり方で達成することができる。当業者は、比較される配列の完全長にわたる最大のアラインメントを達成するために必要なアルゴリズムを含め、配列のアラインメントのための適切なパラメーターを決定することができる。
【００９０】
アミノ酸残基／位置の「改変」とは、本明細書で用いる場合、出発アミノ酸配列と比較した場合の一次アミノ酸配列の変化のことを指し、変化は、該アミノ酸残基／位置に関係する配列変更に起因する。例えば、典型的な改変には、別のアミノ酸残基による残基の置換（例えば、保存的または非保存的置換）、該残基／位置に隣接する1つまたは複数の（一般に5または3つよりも少ない）アミノ酸の挿入、ならびに該残基／位置の欠失が含まれる。
【００９１】
「エピトープ」とは、単一の抗体分子が結合する、抗原分子の表面上の部位のことである。一般に、抗原はいくつかまたは多くの異なるエピトープを有し、多くの異なる抗体と反応する。この用語は、線状エピトープおよびコンフォメーションエピトープを明確に含む。
【００９２】
抗体は、2つの抗体が同一または立体的に一部共通するエピトープを認識すると、参照基準抗体と「本質的に同じエピトープ」を結合させる。2つのエピトープが同一または立体的に一部共通するエピトープと結合するか否かを判定するために最も広く用いられ、かつ最も迅速な方法は競合アッセイ法であり、これは標識化抗原または標識化抗体のいずれかを用いて、多くのさまざまな形式のすべてとして構成することができる。通常は、抗原を96ウェルプレート上に固定した上で、標識化抗原の結合を遮断する非標識抗体の能力を放射性標識または酵素標識を用いて測定する。
【００９３】
「エピトープマッピング」とは、その標的抗原上にある抗体の結合部位、またはエピトープを同定する過程のことである。抗体エピトープは、線状エピトープまたはコンフォメーションエピトープでありうる。線状エピトープは、タンパク質におけるアミノ酸の連続配列によって形成される。コンフォメーションエピトープは、タンパク質配列中では不連続的であるが、タンパク質のその三次元構造へのフォールディングが起こると寄せ集められるアミノ酸で形成される。
【００９４】
「エピトープビニング」とは、本明細書における定義では、抗体を、それらが認識するエピトープに基づいてグループ分けする過程のことである。より詳細には、エピトープビニングは、抗体をそれらのエピトープ認識特性に基づいてクラスター化して、特異な結合特異性を有する抗体を同定するための計算過程と組み合わせて、種々の抗体のエピトープ認識特性を識別するための方法およびシステムを含む。
【００９５】
「障害」とは、本発明の物質／分子または方法を用いた治療によって利益を受けると考えられる任意の病状または疾患のことである。これには、哺乳動物が当該の障害に罹患する素因となるような病的状態を含む、慢性および急性の障害が含まれる。本明細書において治療しようとする障害の非限定的な例には、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔癌、卵巣癌、もしくは前立腺癌、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病、ならびに、これらの癌の転移といった癌性病状が含まれる
【００９６】
「細胞増殖性障害」および「増殖性障害」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖を伴う障害のことを指す。1つの態様において、細胞増殖性障害は癌である。
【００９７】
「腫瘍」とは、本明細書で用いる場合、悪性または良性にかかわらない新生物性の細胞成長および増殖、ならびにすべての前癌性および癌性の細胞および組織のことを指す。「癌」、「癌性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、および「腫瘍」という用語は、本明細書で言及される限り、相互排他的ではない。
【００９８】
「癌」および「癌性」という用語は、典型的には非調節下にある細胞増殖を特徴とする、哺乳動物における生理学的状態のことを指すか、またはそれを述べている。癌の例には、癌腫、リンパ腫、芽腫、肉腫、および白血病またはリンパ系悪性腫瘍が非限定的に含まれる。そのような癌のより具体的な例には、扁平細胞癌（例えば、扁平上皮癌）、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺腺癌および肺扁平上皮癌を含む肺癌、腹膜癌、肝細胞癌、胃腸癌を含む胃癌（gastric or stomach cancer）、膵癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、口腔癌、肝臓癌、膀胱癌、尿路癌、肝癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌または子宮癌、唾液腺癌、腎臓癌または腎癌、前立腺癌、外陰部癌、甲状腺癌、肝臓癌腫、肛門癌、陰茎癌、黒色腫、多発性骨髄腫およびB細胞リンパ腫、脳悪性腫瘍、ならびに頭頸部癌、および関連する転移が含まれる。
【００９９】
「CD98発現性細胞」とは、内因性のまたはトランスフェクトされたCD98を細胞表面に発現する細胞のことである。「CD98発現性癌」とは、細胞表面に存在するCD98タンパク質を有する細胞を含む癌のことである。「CD98発現性癌」は十分なレベルのCD98をその細胞表面上に産生し、その結果、抗CD98抗体がそれと結合して、癌に対して治療効果を及ぼすことが可能になる。CD98を「過剰発現する」癌とは、同じ組織型の非癌性細胞と比較して、有意により高いレベルのCD98をその細胞表面に有するもののことである。そのような過剰発現は、遺伝子増幅によって、または転写もしくは翻訳の増大によって引き起こされうる。CD98過剰発現は、細胞の表面に存在するCD98タンパク質のレベル増大を評価することにより（例えば、免疫組織化学アッセイ法；FACS分析による）、診断または予後予測アッセイ法において決定することができる。代替的または追加的に、細胞内のCD98をコードする核酸、またはmRNAのレベルを、例えば、蛍光インサイチューハイブリダイゼーション（FISH：1998年10月に公開されたWO98／45479を参照）、サザンブロット法、ノーザンブロット法、またはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）の手法、例えばリアルタイム定量的PCR（RT-PCR）によって測定することもできる。上記アッセイ法の他に、当業者には種々のインビボアッセイ法が使用可能である。例えば、患者の体内の細胞を、任意で検出可能な標識、例えば放射性同位体によって標識された抗体に曝露させて、患者における細胞と抗体との結合を、例えば放射能に関する外部スキャニングによって、または抗体にあらかじめ曝露させた患者から採取した生検試料を分析することによって評価することができる。CD98発現性癌には、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病、または、これらの癌のいずれかの転移が非限定的に含まれる。
【０１００】
本明細書で用いる場合、「治療」（および「治療する」または「治療すること」といった変形物）とは、治療される個体または細胞の自然経過を変化させる取り組みにおける臨床的介入のことを指し、予防処置のために、または臨床病理の経過中に行うことができる。治療の望ましい効果には、疾患の発生または再発の予防、症状の軽減、疾患の任意の直接的または間接的な病理学的帰結の減少、癌の場合における転移の予防、疾患の進行速度の低下、病状の改善または緩和、および寛解または予後の改善が含まれる。いくつかの態様において、本発明の抗体は、疾患もしくは障害の発症を遅延させるために、または疾患もしくは障害の進行を緩徐にするために用いられる。
【０１０１】
疾患の治療の成功および疾患の改善を評価するための上記のパラメーターは、医師が精通している慣行的な手順によって容易に測定することができる。癌治療法については、例えば、腫瘍増殖停止時間（TTP）を評価することによって、および／または奏効率（RR）を決定することによって、有効性を測定することができる。有効性を測定するための他のエンドポイントには、例えば、全生存（OS）、無病生存（DFS）、および無再発（または無再燃）生存（RFS）が含まれる。転移は、病期判定検査によって、ならびに骨への広がりを判定するための、骨スキャンおよびカルシウムレベルおよび他の酵素に関する検査によって判定することができる。また、領域内の骨盤およびリンパ節への広がりを探るために、CTスキャンを行うこともできる。胸部X線検査および肝酵素レベルの測定が、それぞれ肺および肝臓への転移を探るために用いられる。疾患のモニタリングのための他の慣行的な方法には、経直腸的超音波検査（TRUS）および経直腸的針生検（TRNB）が含まれる。
【０１０２】
「個体」は脊椎動物である。ある態様において、脊椎動物は哺乳動物である。哺乳動物には、家畜（ウシなど）、競技用動物、ペット（ネコ、イヌ、およびウマなど）、霊長動物、マウス、およびラットが非限定的に含まれる。ある態様において、哺乳動物はヒトである。
【０１０３】
「有効量」とは、必要な投与量でかつ必要な期間にわたって、所望の治療的または予防処置的な結果を達成するのに有効な量のことを指す。本発明の物質／分子の「治療的有効量」は、個体の疾患状態、年齢、性別、および体重などの要因、ならびに個体において所望の応答を誘発させる物質／分子の能力によって異なりうる。治療的有効量は、物質／分子のあらゆる毒性作用または有害作用を治療上の有益な効果が上回る量を包含する。「予防処置的有効量」とは、必要な投与量で、かつ必要な期間にわたって、所望の予防処置的な結果を達成するのに有効な量のことを指す。必ずしもそうとは限らないが、典型的には、予防処置的用量は疾患の前または初期段階にある対象において用いられるため、予防処置的有効量は治療的有効量よりも少なくなると考えられる。癌の場合には、薬物の治療的有効量は、例えば、癌細胞の数を減少させること；腫瘍サイズを縮小させること；末梢器官への癌細胞の浸潤を阻害する（すなわち、ある程度遅くし、好ましくは停止させる）こと；腫瘍転移を阻害する（すなわち、ある程度遅くし、好ましくは停止させる）こと；腫瘍の増殖をある程度阻害すること；および／または疾患に付随する症状の1つもしくは複数をある程度緩和することができる。「治療すること」に関する前出の定義を参照されたい。薬物が既存の癌細胞の増殖を防止する、および／または既存の癌細胞を死滅させる限りにおいて、それは細胞増殖抑制性および／または細胞傷害性でありうる。
【０１０４】
「長期的」投与とは、初期の治療効果（活性）を長期間維持するための、短期方式とは対照的な、作用物質の連続方式での投与のことを指す。「間欠的」投与とは、中断を伴わずに連続して行われるのではなく、性質としては周期的な投与のことである。
【０１０５】
1つまたは複数のさらなる治療的物質と「組み合わせた」投与は、同時（同時発生的）投与および任意の順序での連続的投与を含む。
【０１０６】
「担体」とは、本明細書で用いる場合、使用される投与量および濃度で、それに曝露された細胞または哺乳動物に対して非毒性である薬学的に許容される担体、添加剤、または安定剤を含む。多くの場合、生理的に許容される担体はpH緩衝水溶液である。生理的に許容される担体の例には、緩衝剤、例えばホスフェート、シトレート、およびその他の有機酸；アスコルビン酸を含む酸化防止剤；低分子量（約10残基未満）のポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリンなど；親水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドンなど；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、またはリジンなど；グルコース、マンノース、またはデキストリンを含む、単糖類、二糖類、およびその他の炭水化物；キレート剤、例えばEDTAなど；糖アルコール、例えばマンニトールまたはソルビトールなど；塩形成性対イオン、例えばナトリウムなど；および／または非イオン性界面活性剤、例えばTWEEN（商標）、ポリエチレングリコール（PEG）、およびPLURONICS（商標）が含まれる。
【０１０７】
「薬学的製剤」という用語は、活性成分の生物学的活性を有効にさせるような形態にあり、その製剤が投与される対象に対して非許容的な毒性のある追加的な構成成分を含有しない製剤のことを指す。そのような製剤は、滅菌性でありうる。
【０１０８】
「滅菌」製剤は無菌性であり、あらゆる生きた微生物およびその胞子を含まない。本明細書に開示される抗体の「有効量」は、具体的に記述された目的を遂行するために十分な量のことである。「有効量」は、記述された目的に関連して、経験的に、かつ慣行的な様式で決定することができる。
【０１０９】
「治療的有効量」という用語は、対象または哺乳動物における疾患または障害を「治療する」ために有効な抗体または他の薬物の量のことを指す。癌の場合には、治療的有効量の薬物は、癌細胞の数を減少させること；腫瘍サイズを縮小させること；末梢器官への癌細胞の浸潤を阻害する（すなわち、ある程度遅くし、好ましくは停止させる）こと；腫瘍転移を阻害する（すなわち、ある程度遅くし、好ましくは停止させる）こと；腫瘍の増殖をある程度阻害すること；および／または疾患に付随する症状の1つもしくは複数をある程度緩和することができる。「治療すること」に関する前出の定義を参照されたい。薬物が既存の癌細胞の増殖を防止する、および／または既存の癌細胞を死滅させる限りにおいて、それは細胞増殖抑制性および／または細胞傷害性でありうる。「予防処置的有効量」とは、必要な投与量で、かつ必要な期間にわたって、所望の予防処置的な結果を達成するのに有効な量のことを指す。必ずしもそうとは限らないが、典型的には、予防処置的用量は疾患の前または初期段階にある対象において用いられるため、予防処置的有効量は治療的有効量よりも少ないと考えられる。
【０１１０】
「細胞傷害性物質」という用語は、本明細書で用いる場合、細胞の機能を抑制するかもしくは妨げる、および／または細胞の破壊を引き起こす物質のことを指す。この用語は、放射性同位体（例えば、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、およびLuの放射性同位体）、化学療法剤、例えばメトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポキシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンC、クロラムブシル、ダウノルビシン、またはその他の挿入剤など、酵素およびその断片、例えば核酸分解酵素など、抗生物質、ならびに毒素、例えばその断片および／または変異体を含む、細菌、真菌、植物、または動物起源の小分子毒素または酵素的に活性な毒素など、ならびに以下に開示されるさまざまな抗腫瘍剤または抗癌剤を含むことを意図している。他の細胞傷害性物質も以下に記載されている。殺腫瘍物質は腫瘍細胞の破壊を引き起こす。
【０１１１】
「毒素」とは、細胞の成長または増殖に及ぼす有害作用を有しうる任意の物質のことである。
【０１１２】
「化学療法剤」とは、作用機序にかかわらず、癌の治療において有用な化合物のことである。化学療法剤には、「標的化療法」および従来の化学療法に用いられる化合物が含まれる。化学療法剤の例には、アルキル化剤、例えばチオテパおよびCYTOXAN（登録商標）シクロホスファミドなど；アルキルスルホネート類、例えばブスルファン、イムプロスルファン、およびピポスルファンなど；アジリジン類、例えばベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ、およびウレドパなど；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホアミド、トリエチレンチオホスホアミド、およびトリメチロールメラミン（trimethylolomelamine）を含む、エチレンイミン類およびメチルメラミン（methylamelamine）類；アセトゲニン類（特にブラタシンおよびブラタシノン）；Δ-9-テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、MARINOL（登録商標））；β-ラパコン；ラパコール；コルヒチン類；ベツリン酸；カンプトテシン（合成類似体トポテカン（HYCAMTIN（登録商標））、CPT-11（イリノテカン、CAMPTOSAR（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレチン、および9-アミノカンプトテシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；CC-1065（そのアドゼレシン、カルゼレシン、およびビゼレシン合成類似体を含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸；テニポシド；クリプトフィシン類（特にクリプトフィシン1およびクリプトフィシン8）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、KW-2189およびCB1-TM1を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード類、例えばクロランブシル、クロマファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビシン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなど；ニトロソ尿素類、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムヌスチン（ranimnustine）など；抗生物質、例えばエネジン系抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンγ1IおよびカリケアマイシンωI1（例えば、Agnew, Chem Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994)を参照）；ダイネミシンAを含むダイネミシン；クスペラマイシン；ならびにネオカルジノスタチン発色団および関連する色素タンパク質エネジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン（aclacinomysin）類、アクチノマイシン、オースラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン（caminomycin）、カルジノフィリン、クロモマイシン類、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ADRIAMYCIN（登録商標）、ドキソルビシン（モルホリノ-ドキソルビシン、シアノモルホリノ-ドキソルビシン、2-ピロリノ-ドキソルビシン、およびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンCなどマイトマイシン類、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾ���ン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシンなど；代謝拮抗物質、例えばメトトレキサートおよび5-フルオロウラシル（5-FU）など；葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなど；プリン類似体、例えばフルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなど；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフル、シタラビン、ジデオキシウリジン、デキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジンなど；アンドロゲン類、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤（anti-adrenal）、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなど；葉酸補給剤、例えばフロリン酸など；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビスアントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エフロルニチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド類、例えばメイタンシンおよびアンサミトシン類など；ミトグアゾン；ミトキサトロン；モピダンモル；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；2-エチルヒドラジド；プロカルバジン；PSK（登録商標）多糖複合体（JHS Natural Products，Eugene，Oreg.）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；2,2',2"-トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、T-2毒素、べラクリン（verracurin）A、ロリジンAおよびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン（ELDISINE（登録商標）、FILDESIN（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ara-C」）；チオテパ；タキソイド類、例えばTAXOL（登録商標）パクリタキセル（Bristol-Myers Squibb Oncology，Princeton，N.J.）、ABRAXANE（商標）パクリタキセルのクレモフォール非含有アルブミン遺伝子操作ナノ粒子製剤（American Pharmaceutical Partners，Schaumberg，Ill.）およびTAXOTERE（登録商標）ドキセタキセル（Rhone-Poulenc Rorer，Antony，France）；クロランブシル；ゲムシタビン（GEMZAR（登録商標））；6-チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金類似体、例えばシスプラチンおよびカルボプラチンなど；ビンブラスチン（VELBAN（登録商標））；白金；エトポシド（VP-16）；イフォスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン（ONCOVIN（登録商標））；オキサリプラチン；ロイコボビン；ビノレルビン（NAVELBINE（登録商標））；ノバントロン；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害体RFS 2000；ジフルオロメチロルニチン（DMFO）；レチノイド類、例えばレチノイン酸；カペシタラビン（XELODA（登録商標））；上記物質のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体；ならびに上記物質の2つまたはそれ以上の組み合わせ、例えば、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、およびプレドニソロンの併用療法の略語であるCHOP、ならびにオキサリプラチン（ELOXATIN（商標））を5-FUおよびロイコボビンと組み合わせた治療レジメンの略語であるFOLFOXが非限定的に含まれる。追加的な化学療法剤は、マイタンシノイド（例えばDM1およびDM4）およびオーリスタチン（例えばMMAEおよびMMAF）などの、抗体薬物コンジュゲートとして有用な細胞傷害性物質を含む。
【０１１３】
「化学療法剤」の定義には以下も含まれる：(i)腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するように作用する抗ホルモン物質、例えば、タモキシフェン（NOLVADEX（登録商標）；クエン酸タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、4-ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、LY117018、オナプリストン、およびFARESTON（登録商標）（クエン酸トレミフェン）を含む、抗エストロゲン剤および選択的エストロゲン受容体調節物質（SERM）など；(ii)副腎におけるエストロゲン産生を調節する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害体、例えば、4(5)-イミダゾール、アミノグルテチミド、MEGASE（登録商標）（酢酸メゲストロール）、AROMASIN（登録商標）（エキセメスタン；Pfizer）、ホルメスタニー（formestanie）、ファドロゾール、RIVISOR（登録商標）（ボロゾール）、FEMARA（登録商標）（レトロゾール；Novartis）、およびARIMIDEX（登録商標）（アナストロゾール；AstraZeneca）など；（iii）抗アンドロゲン剤、例えばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、およびゴセレリン；ならびにトロキサシタビン（1,3-ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）など；（iv）プロテインキナーゼ阻害体、例えばMEK阻害体（WO2007／044515）など；（v）脂質キナーゼ阻害体；（vi）アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子、例えばPKC-α、RafおよびH-Rasの発現を阻害するもの、例えばオブリメルセン（GENASENSE（登録商標）、Genta Inc.）など；（vii）リボザイム、例えばVEGF発現阻害体（例えば、ANGIOZYME（登録商標））およびHER2発現阻害体；（viii）ワクチン、例えば、ALLOVECTIN（登録商標）、LEUVECTIN（登録商標）、およびVAXID（登録商標）などの遺伝子治療用ワクチン；PROLEUKIN（登録商標）rIL-2；トポイソメラーゼ1阻害体、例えばLURTOTECAN（登録商標）など；ABARELIX（登録商標）rmRH；（ix）抗血管新生阻害物質、例えばベバシズマブ（AVASTIN（登録商標）、Genentech）など；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、および誘導体。
【０１１４】
「プロドラッグ」という用語は、本出願において用いられる場合、親化合物または親薬物と比較して細胞に対する細胞傷害性が低く、酵素的または加水分解的に活性化されるかまたは変換されてより活性な親形態となりうる、本発明の化合物の前駆体または誘導体形態のことを指す。例えば、Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986)およびStella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery," Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), pp. 247-267, Humana Press (1985)を参照されたい。本発明のプロドラッグには、より活性のある細胞傷害性のない薬物に変換されうる、ホスフェート含有プロドラッグ、チオホスフェート含有プロドラッグ、スルフェート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、D-アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β-ラクタム含有プロドラッグ、置換されていてもよいフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ、置換されていてもよいフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、5-フルオロシトシン、および他の5-フルオロウリジンプロドラッグが非限定的に含まれる。本発明に用いるためのプロドラッグ形態に誘導体化することができる細胞傷害性薬物の例には、本発明の化合物および上記のような化学療法剤が非限定的に含まれる。
【０１１５】
「小分子」は、本明細書において、約500ダルトン未満の分子量を有すると定義される。
【０１１６】
「単離された核酸」とは、天然型配列に天然に付随している、他のゲノムDNA配列ならびにリボソームおよびポリメラーゼなどのタンパク質または複合体から実質的に分離された核酸、例えばRNA、DNA、または混合重合体のことである。この用語には、その天然に存在する環境から取り出された核酸配列が包含され、組換えDNA単離物またはクローニングされたDNA単離物および化学合成された類似体または異種系によって生物学的に合成された類似体が含まれる。実質的に純粋な核酸には、単離された形態の核酸が含まれる。
【０１１７】
「ポリヌクレオチド」、または「核酸」は、本明細書において互換的に用いられ、任意の長さのヌクレオチドの重合体のことを指し、DNAおよびRNAを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドもしくは塩基、および／またはそれらの類似体、またはDNAもしくはRNAポリメラーゼによって、または合成反応によってポリマーに組み入れられうる任意の基質でありうる。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチドおよびその類似体といった修飾ヌクレオチドを含むことができる。「オリゴヌクレオチド」とは、本明細書で用いる場合、短い、一般に一本鎖で、一般に合成性であるポリヌクレオチドのことを指し、これは必ずしもそうである必要はないが、一般に長さが約200ヌクレオチド未満である。「オリゴヌクレオチド」および「ポリヌクレオチド」という用語は相互排他的ではない。ポリヌクレオチドの上記の説明は、オリゴヌクレオチドにも同等かつ完全に適用可能である。
【０１１８】
本発明の抗CD98抗体を産生する細胞には、親ハイブリドーマ細胞、例えば、ATCCに寄託されているハイブリドーマ、ならびに抗体をコードする核酸が導入された細菌性および真核生物性の宿主細胞が含まれると考えられる。適した宿主細胞は以下に開示されている。
【０１１９】
「添付文書」という用語は、治療用製品の商品パッケージに通例含まれる説明書のことを指すために用いられ、そのような治療用製品の使用に関する、指示、用法、投与量、投与、禁忌、および／または注意事項についての情報を含む。
【０１２０】
組成物およびその作製方法
CD98と結合する抗体を提供する。抗CD98抗体を含むイムノコンジュゲートを提供する。本発明の抗体およびイムノコンジュゲートは、例えば、CD98の発現の変化、例えば発現増大を伴う障害の診断または治療のために有用である。ある態様において、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、癌などの細胞増殖性障害の診断または治療のために有用である。
【０１２１】
抗CD98抗体
1つの態様において、本発明は、本明細書において治療的物質としての用途があると考えられる抗CD98抗体を提供する。例示的な抗体には、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、二重特異性抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、ならびに、親和性または他の特性が向上したそれらの変異体が含まれる。
【０１２２】
1．ポリクローナル抗体
本発明の抗体にはポリクローナル抗体が含まれうる。ポリクローナル抗体を調製する方法は当業者に公知である。ポリクローナル抗体は、免疫剤および所望であればアジュバントの、1回または複数回の注射によって、哺乳動物において産生させることができる。典型的には、免疫剤および／またはアジュバントは、複数回の皮下注射または腹腔内注射によって哺乳動物に注射される。免疫剤には、CD98ポリペプチドまたはその融合タンパク質が含まれうる。免疫化される哺乳動物において免疫原であることが公知であるタンパク質を、免疫剤とコンジュゲートさせることは有用でありうる。そのような免疫原性タンパク質の例には、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、およびダイズトリプシンインヒビターが非限定的に含まれる。使用されうるアジュバントの例には、フロイント完全アジュバントおよびMPL-TDMアジュバント（モノホスホリルリピドA、合成トレハロースジコリノミコレート（dicorynomycolate））が含まれる。免疫処置のプロトコールは、過度の実験をすることなく、当業者によって選択されうる。続いて、哺乳動物から採血し、血清をCD98抗体価に関してアッセイすることができる。所望であれば、抗体価が増加するかプラトーに達するまで、哺乳動物に追加免疫処置を行うこともできる。
【０１２３】
2．モノクローナル抗体
本発明の抗体は代替的にモノクローナル抗体であってもよい。モノクローナル抗体は、Kohler et al., Nature, 256:495 (1975)によって最初に記載されたハイブリドーマ法を用いて作製することもできるか、または組換えDNA法（例えば、米国特許第4,816,567号）によって作製することもできる。
【０１２４】
ハイブリドーマ法では、マウス、またはハムスターなどの他の適切な宿主動物は、上記のように免疫化されて、免疫処置に用いられるタンパク質と特異的に結合する抗体を産生するかまたは産生しうるリンパ球を誘発させる。または、リンパ球はインビトロで免疫化されることもできる。免疫処置の後に、リンパ球を単離し、続いてポリエチレングリコールなどの適した融合剤を用いて骨髄腫細胞と融合させて、ハイブリドーマ細胞を形成させる（Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, pp.59-103 (Academic Press, 1986)）。
【０１２５】
このようにして調製されたハイブリドーマ細胞を、融合していない親骨髄腫細胞（融合パートナーとも称する）の増殖または生存を阻害する1つまたは複数の物質を好ましくは含む適した培地において播種して増殖させる。例えば、親骨髄腫細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（HGPRTまたはHPRT）を欠く場合には、ハイブリドーマ用の培地は、典型的には、HGPRT欠損細胞の増殖を妨げる物質であるヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジンを含むと考えられる（HAT培地）。
【０１２６】
好ましい融合パートナー骨髄腫細胞は、効率的に融合し、選択した抗体産生細胞による抗体の安定な高レベルでの産生を支え、かつ、非融合親細胞を除外するように選択する選択培地に対して感受性があるものである。好ましい骨髄腫細胞株は、マウス骨髄腫細胞株、例えば、Salk Institute Cell Distribution Center，San Diego，California USAから入手可能なMOPC-21およびMPC-11マウス腫瘍に由来するもの、ならびにSP-2および誘導体、例えば、American Type Culture Collection，Manassas，Virginia，USAから入手可能なX63-Ag8-653細胞などである。ヒト骨髄腫細胞株およびマウス-ヒトヘテロ骨髄腫細胞株もまた、ヒトモノクローナル抗体の産生について報告されている（Kozbor, J. Immunol., 133:3001 (1984)；およびBrodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)）。
【０１２７】
ハイブリドーマ細胞を増殖させている培地を、抗原に対するモノクローナル抗体の産生についてアッセイする。好ましくは、ハイブリドーマ細胞によって産生されたモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降法によって、またはラジオイムノアッセイ法（RIA）もしくは酵素結合免疫吸着アッセイ法（ELISA）などのインビトロ結合アッセイ法によって測定される。モノクローナル抗体の結合親和性は、例えば、Munson et al., Anal. Biochem., 107:220 (1980)に記載されたスキャッチャード解析によって決定しうる。
【０１２８】
ひとたび、所望の特異性、親和性、および／または活性を有する抗体を産生するハイブリドーマ細胞が同定されると、クローンを限界希釈手順によってサブクローニングし、標準的な方法によって増殖させることができる（Goding，Monoclonal Antibodies：Principles and Practice，pp．59-103 (Academic Press，1986)）。この目的に適した培地には、例えば、D-MEMまたはRPMI-1640培地が含まれる。加えて、ハイブリドーマ細胞を、例えば、マウスへの腹腔内注射によって、動物において腹水中の腫瘍としてインビボで増殖させることもできる。
【０１２９】
サブクローンによって分泌されたモノクローナル抗体は、培地、腹水、または血清から、従来の抗体精製手順、例えば、アフィニティークロマトグラフィー（例えば、プロテインAもしくはプロテインG-セファロースを使用）、またはイオン交換クロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析などによって、適切に分離される。
【０１３０】
モノクローナル抗体をコードするDNAは、従来の手順を用いて（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子と特異的に結合しうるオリゴヌクレオチドプローブを用いることによって）容易に単離され、配列が決定される。ハイブリドーマ細胞は、そのようなDNAの好ましい供給源としての役を果たす。ひとたび単離されると、そのDNAを発現ベクター中に配置し、続いてそれを、通常であれば抗体タンパク質を産生しない宿主細胞、例えば大腸菌細胞、サルCOS細胞、チャイニーズハムスター卵巣（CHO）細胞、または骨髄腫細胞などにトランスフェクトさせて、組換え宿主細胞におけるモノクローナル抗体の合成を得る。細菌内での抗体コードDNAの組換え発現に関する総説論文には、Skerra et al., Curr. Opinion in Immunol., 5:256-262 (1993)およびPluckthun, Immunol. Revs. 130: 151-188 (1992)が含まれる。
【０１３１】
1つのさらなる態様においては、モノクローナル抗体または抗体断片を、例えば、Antibody Phage Display: Methods and Protocols, P.M. O'Brien and R. Aitken, eds, Humana Press, Totawa N.J., 2002に記載された手法を用いて、抗体ファージライブラリーから単離することができる。原理的には、抗体可変領域のさまざまな断片（Fv）がファージコートタンパク質と融合したものを提示するファージを含むファージライブラリーをスクリーニングすることによって、合成抗体クローンを選択する。そのようなファージライブラリーを、所望の抗原に関してスクリーニングする。所望の抗原と結合しうるFv断片を発現するクローンは抗原に吸着され、それ故にライブラリー中の非結合クローンから分離される。続いて結合クローンを抗原から溶出させ、抗原吸着／溶出のさらなるサイクルによってさらに濃縮することができる。
【０１３２】
可変ドメインは、Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されているように、VHおよびVLが短い柔軟なペプチドを介して共有結合している単鎖Fv（scFv）断片として、またはそれらがそれぞれ定常ドメインと融合されて非共有結合的に相互作用するFab断片として、ファージ上に機能的に提示させることができる。
【０１３３】
VH遺伝子およびVL遺伝子のレパートリーをポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によって別々にクローニングし、ファージライブラリー中でランダムに組み換えることができ、続いてそれを、Winterら、前記に記載されているように、抗原結合性クローンに関して探すことができる。免疫化された供給源に由来するライブラリーにより、ハイブリドーマを構築する必要なしに、免疫原に対する高親和性の抗体が提供される。または、Griffiths et al., EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載されているように、免疫処置を全く用いることなく、ナイーブなレパートリーをクローニングして、広範囲にわたる非自己抗原および自己抗原に対するヒト抗体の単一の供給源を提供することもできる。さらに、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)によって記載されているように、再編成されていないV遺伝子セグメントを幹細胞からクローニングして、高度に可変性のあるCDR3領域をコードするため、およびインビトロで再編成を達成するために、ランダムな配列を含むPCRプライマーを用いることによって、ナイーブなライブラリーを合成により作製することもできる。
【０１３４】
ライブラリーのスクリーニングは、当技術分野で公知のさまざまな手法によって達成することができる。例えば、CD98を、吸着プレートのウェルをコートするために用いること、吸着プレートに固定させることもしくは細胞選別に用いる宿主細胞上で発現させること、またはストレプトアビジンをコートしたビーズによる捕捉のためにビオチンとコンジュゲートさせること、または、ディスプレイライブラリーのパニングのための任意の他の方法に用いることができる。遅い解離反応速度（および良好な結合親和性）を有する抗体の選択は、Bass et al., Proteins, 8: 309-314 (1990)およびWO92／09690に記載されているような長い洗浄および一価ファージディスプレイ、ならびにMarks et al., Biotechnol., 10: 779-783 (1992)に記載されているような抗原の低いコーティング密度の使用によって助長することができる。
【０１３５】
関心対象のファージクローンを選択するための適した抗原スクリーニング手順を設計し、その後に、関心対象のファージクローン由来のFv配列、およびKabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest Fifth Edition, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), vols. 1-3に記載された適した定常領域（Fc）配列を用いて、完全長抗CD98抗体クローンを構築することによって、本発明の抗CD98抗体のいずれかを得ることができる。
【０１３６】
3．抗体断片
本発明は、抗体断片を包含する。ある状況下では、完全抗体ではなく抗体断片を使用することに利点がある。断片のサイズがより小さいことは、迅速な排除を可能にし、固形腫瘍への接近性の改善につながりうる。特定の抗体断片の総説については、Hudson et al. (2003) Nat. Med. 9: 129-134を参照されたい。
【０１３７】
抗体断片の作製のために、さまざまな技術が開発されている。従来は、これらの断片は、無傷抗体のタンパク質分解的消化を介して得られてきた（例えば、Morimoto et al., Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24: 107-117 (1992)；およびBrennan et al., Science, 229:81 (1985)を参照）。しかし、これらの断片は現在、組換え宿主細胞によって直接産生させることができる。Fab、Fv、およびScFv抗体断片はすべて、大腸菌細胞および酵母細胞で発現させて分泌させることができ、そのことにより、大量のこれらの断片の容易な産生が可能となる。抗体断片は、上記で考察した抗体ファージライブラリーから単離することができる。または、Fab'-SH断片を大腸菌から直接回収し、化学的に結合させて、F(ab')2断片を形成させることもできる（Carter et al., Bio/Technology 10: 163-167 (1992)）。別のアプローチによれば、F(ab')2断片を、組換え宿主細胞培養物から直接単離することができる。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含む、インビボ半減期が延長したFab断片およびF(ab')2断片が、米国特許第5,869,046号に記載されている。抗体断片の作製のための他の技術は、当業者には明らかであろう。ある態様において、抗体は単鎖Fv断片（scFv）である。WO93／16185；米国特許第5,571,894号；および同第5,587,458号を参照されたい。FvおよびscFvは、定常領域を欠く無傷の結合部位を有する唯一の種であり；したがって、それらはインビボ使用時の非特異的結合の低下のために好適な可能性がある。scFv融合タンパク質は、scFvのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかでエフェクタータンパク質との融合を生じるように構築することができる。Antibody Engineering, ed. Borrebaeck, 前記を参照されたい。抗体断片はまた、例えば、前に引用した参照文献に記載されているような「直鎖抗体」であってもよい。そのような直鎖抗体は単一特異性または多重特異性、例えば二重特異性などでありうる。
【０１３８】
最小の抗体由来結合構造は、別個の可変ドメイン（Vドメイン）であり、これは単一可変ドメイン抗体（SdAb）とも名付けられている。ラクダ科動物および軟骨魚といったある種の生物は、それらの免疫系の一部として、Fcと同等なドメイン構造上に取り付けられた高親和性の単一V様ドメインを保有している（Woolven et al., Immunogenetics 50: 98-101, 1999；Streltsov et al., Proc Natl Acad Sci USA. 101:12444-12449, 2004）。このV様ドメイン（ラクダ科動物ではVhHと呼ばれ、サメ類ではV-NARと呼ばれる）は典型的には、長い表面ループを示し、それが標的抗原の空隙の貫通を可能にする。それらはまた、疎水性表面パッチを覆い隠すことによって、単離されたVHドメインを安定化させもする。これらのVhHドメインおよびV-NARドメインは、sdAbを人工的に作製するために用いられている。ヒトVドメイン変異体はファージライブラリーによる選択および他のアプローチによって設計されて、安定な高結合性のVL由来ドメインおよびVH由来ドメインが得られている。
【０１３９】
4．ヒト化抗体
本発明は、ヒト化抗体を包含する。非ヒト抗体をヒト化するためのさまざまな方法が当技術分野で公知である。例えば、ヒト化抗体は、その中に導入された、非ヒト性である供給源由来の1つまたは複数のアミノ酸残基を有しうる。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば「移入」残基と呼ばれ、これらは典型的には「移入」可変ドメインから採られる。ヒト化は、本質的にはWinterら（Jones et al. (1986) Nature 321: 522-525；Riechmann et al. (1988) Nature 332:323-327；Verhoeyen et al. (1988) Science 239: 1534-1536）の方法に従って、超可変領域配列をヒト抗体の対応する配列の代わりに用いることによって行うことができる。
【０１４０】
場合によっては、ヒト化抗体は、親齧歯動物抗体の6つの相補性決定領域（CDR）のアミノ酸配列をヒト抗体フレームワーク上に接ぎ合わせるCDRグラフティングによって構築される。Padlan et al. (FASEB J. 9:133-139, 1995)は、抗原と実際に接触するのはCDR中の残基の約3分の1に過ぎないことを明らかにし、これらを「特異性決定残基」またはSDRと名付けている。SDRグラフティングの手法では、SDR残基のみをヒト抗体フレームワーク上に接ぎ合わせる（Kashmiri et al., Methods 36: 25-34, 2005）。
【０１４１】
ヒト化抗体を作製する際に用いられる、軽鎖および重鎖の両方のヒト可変ドメインの選択は、抗原性を低下させるために重要でありうる。いわゆる「ベストフィット」法に従って、齧歯動物抗体の可変ドメインの配列を、既知のヒト可変ドメイン配列のライブラリー全体に対してスクリーニングする。続いて、齧歯動物のものに最も近いヒト配列は、ヒト化抗体のヒトフレームワークとして受け入れられる（Sims et al. (1993) J. Immunol. 151:2296；Chothia et al. (1987) J. Mol. Biol. 196:901。別の方法では、軽鎖または重鎖の特定のサブグループのすべてのヒト抗体のコンセンサス配列に由来する特定のフレームワークを用いる。同じフレームワークをいくつかの異なるヒト化抗体に用いることができる（Carter et al. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285；Presta el al. (1993) J. Immunol., 151:2623。場合によっては、フレームワークは、最も量の多いヒトサブクラスであるVLκサブグループI（VLκI）およびVHサブグループIII（VHIII）のコンセンサス配列に由来する。別の方法においては、ヒト生殖系列遺伝子をフレームワーク領域の供給源として用いる。
【０１４２】
超ヒト化（Superhumanization）と呼ばれる、CDRの比較に基づく1つの代替的なパラダイムでは、FRの相同性は重要でない。この方法は、非ヒト配列と機能的ヒト生殖系列遺伝子レパートリーとの比較からなる。続いて、マウス配列と同じかまたはよく似た標準構造（canonical structure）をコードする遺伝子を選択する。次に、非ヒト抗体と共通の標準構造を有する遺伝子の中で、CDR内で最も高い相同性を有するものをFRドナーとして選ぶ。最後に、非ヒトCDRをこれらのFR上に接ぎ合わせる（Tan et al., J. Immunol. 169: 1119-1125, 2002）。
【０１４３】
一般に、抗体は、抗原に対する高い親和性および他の有利な生物学的特性を保ったままでヒト化されることがさらに望ましい。この目標を達成するために、1つの方法によれば、親配列およびヒト化配列の三次元モデルを用いた親配列およびさまざまな概念上のヒト化産物の分析の過程によって、ヒト化抗体が調製される。三次元の免疫グロブリンモデルは一般的に入手可能であり、当業者にはよく知られている。選択された候補の免疫グロブリン配列に関して可能性のある三次元立体構造を図示および表示するコンピュータプログラムが使用可能である。これらには、例えば、WAM（Whitelegg and Rees, Protein Eng. 13: 819-824, 2000）、Modeller（Sali and Blundell, J. Mol. Biol. 234: 779-815, 1993）、およびSwiss PDB Viewer（Guex and Peitsch, Electrophoresis 18: 2714-2713, 1997）が含まれる。これらの表示の検討により、候補免疫グロブリン配列の機能における残基の考えられる役割の分析、すなわち、候補免疫グロブリンがその抗原を結合させる能力に影響を及ぼす残基の分析が可能となる。このようにして、標的抗原に対する親和性の増大といった所望の抗体特性が達成されるように、FR残基をレシピエント配列および移入配列より選択し、組み合わせることができる。一般に、超可変領域残基は、抗原結合に影響を及ぼすことに直接かつ最も実質的に関与している。
【０１４４】
抗体のヒト化のための別の方法は、ヒトストリング含有量（HSC）と名付けられた、抗体のヒト性（humanness）に関する尺度に基づく。この方法では、マウス配列をヒト生殖系列遺伝子のレパートリーと比較し、その差異をHSCとしてスコア化する。続いて、全体的な同一性尺度を使用するのではなくてそのHSCを最大化することによって標的配列をヒト化して、複数の多様なヒト化変異体を作製する（Lazar et al., Mol. Immunol. 44: 1986-1998, 2007）。
【０１４５】
上記の方法とは対照的に、経験的な方法を用いて、ヒト化抗体を作製して選択することもできる。これらの方法は、ヒト化変異体の大規模ライブラリーの作製に、および濃縮技術またはハイスループットスクリーニング手法を用いた最良のクローンの選択に基づく。抗体変異体は、ファージ、リボソーム、および酵母ディスプレイライブラリーから、または細菌コロニースクリーニングによって単離することができる（Hoogenboom, Nat. Biotechnol. 23: 1105-1116, 2005；Dufner et al., Trends Biotechnol. 24: 523-529, 2006；Feldhaus et al., Nat. Biotechnol. 21: 163-70, 2003；Schlapschy et al., Protein Eng. Des. Sel. 17: 847-60, 2004）。
【０１４６】
FRライブラリーのアプローチでは、一群の残基変異体をFR中の特定の位置に導入し、その後に、グラフティングがなされたCDRを最もよく支えるFRを選択するためのライブラリーの選択を行う。置換されることになる残基には、CDR構造に寄与する可能性があるとして同定された「Vernier」残基のいくつかもしくはすべて（Foote and Winter, J. Mol. Biol. 224: 487-499, 1992）、またはBaca et al. (J. Biol. Chem. 272: 10678-10684, 1997）によって同定された、より限定された標的残基のセット由来のいくつかもしくはすべてが含まれうる。
【０１４７】
FRシャフリングでは、選択された残基変異体のコンビナトリアルライブラリーを作製する代わりに、FR全体を非ヒトCDRと組み合わせる（Dall'Acqua et al., Methods 36: 43-60, 2005）。ライブラリーを、最初にVLをヒト化し、その後にVHをヒト化する二段階選択過程において結合に関してスクリーニングすることができる。または、一段階FRシャフリング過程を用いることもできる。そのような過程は、結果的に得られる抗体が発現増大、親和性増大、および耐熱性を含む、改良された生化学的および物理化学的な特性を示すことから、二段階スクリーニングよりも効率的であることが示されている（Damschroder et al, Mol. Immunol. 44: 3049-60, 2007）。
【０１４８】
「ヒューマニアリング（humaneering）」法は、本質的な最小特異性決定基（MSD）の実験的な同定に基づき、かつ、ヒトFRのライブラリーへの非ヒト断片の逐次的置き換えおよび結合の評価に基づくものである。これは、非ヒトVH鎖およびVL鎖のCDR3の領域から開始され、VHおよびVLの両方のCDR-1およびCDR-2を含む非ヒト抗体の他の領域をヒトFRへと漸進的に置き換える。この方法は典型的には、エピトープ保持、および別個のヒトVセグメントCDRを有する複数のサブクラスからの抗体の同定をもたらす。ヒューマニアリングは、ヒト生殖系列遺伝子抗体に対して91〜96％相同な抗体の単離を可能にする（Alfenito, Cambridge Healthtech Institute's Third Annual PEGS, The Protein Engineering Summit, 2007）。
【０１４９】
5．ヒト抗体
本発明のヒト抗CD98抗体は、ヒト由来ファージディスプレイライブラリーより選択されたFvクローン可変ドメイン配列を、上記のような既知のヒト定常ドメイン配列と組み合わせることによって構築することができる。または、本発明のヒトモノクローナル抗CD98抗体を、ハイブリドーマ法によって作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫およびマウス-ヒト異種骨髄腫細胞株は、例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)；Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；およびBoerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)によって記載されている。
【０１５０】
また、免疫処置後に、内在性免疫グロブリン産生の非存在下で、ヒト抗体の完全レパートリーを産生しうるトランスジェニック動物（例えば、マウス）を作製することも可能である。ヒト抗体レパートリーを発現するトランスジェニックマウスは、多種多様な薬物標的候補に対する高親和性ヒト配列モノクローナル抗体を作製するために用いられている。Jakobovits, A., Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 6(5):561-6；Briiggemann and Taussing, Curr. Opin. Biotechnol. 1997, 8(4):455-8；米国特許第6,075,181号および同第6,150,584号；ならびにLonberg et al, Nature Biotechnol. 23: 1117-1125, 2005を参照）。
【０１５１】
または、ヒト抗体を、標的抗原に対する抗体を産生するヒトBリンパ球の不死化によって調製することもできる（そのようなB細胞は、個体から回収してもよいか、またはインビトロで免疫化されたものでもよい）。Cole et al, Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, p. 77 (1985)；Boerner et al, J. Immunol., 147 (1):86-95 (1991)；および米国特許第5,750,373号を参照。
【０１５２】
遺伝子シャフリングを用いて、非ヒト、例えば、齧歯動物の抗体からヒト抗体を得ることができ、この場合、ヒト抗体は、出発非ヒト抗体と類似した親和性および特異性を有する。「エピトープインプリンティング」または「ガイド選択（guided selection）」とも呼ばれるこの方法によれば、本明細書に記載されるようなファージディスプレイ手法によって得られた非ヒト抗体断片の重鎖または軽鎖の可変領域のいずれかをヒトVドメイン遺伝子のレパートリーと置き換え、非ヒト鎖／ヒト鎖のscFvまたはFabキメラの集団を作製する。抗原を用いた選択によって、非ヒト鎖／ヒト鎖のキメラscFvまたはFabの単離がもたらされ、この場合、ヒト鎖は、一次ファージディスプレイクローン中の対応する非ヒト鎖の除去時に破壊された抗原結合部位を取り戻す、すなわち、エピトープがヒト鎖パートナーの選択をガイドする（刷り込む）。残りの非ヒト鎖を置き換えるためにこの過程を繰り返すと、ヒト抗体が得られる（PCT WO93／06213；およびOsbourn et al, Methods., 36, 61-68, 2005を参照）。CDRグラフティングによる非ヒト抗体の従来のヒト化とは異なり、この手法では、非ヒト起源のFR残基もCDR残基も有しない、完全にヒトの抗体が得られる。細胞表面抗原に向かうマウス抗体をヒト化するためのガイド選択の例には、卵巣癌細胞上に存在する葉酸結合タンパク質（Figini et al., Cancer Res., 58, 991-996, 1998）、および肝細胞癌上で高度に発現されるCD147（Bao et al., Cancer Biol. Ther., 4, 1374-1380, 2005）が含まれる。
【０１５３】
ガイド選択アプローチの潜在的な欠点の1つは、他方を不変に保っているが一方の抗体鎖のシャフリングが、エピトープのずれをもたらす恐れがあることである。非ヒト抗体によって認識されるエピトープを維持するために、CDR保持を適用することができる（Klimka et al., Br. J. Cancer., 83, 252-260, 2000；Beiboer et al., J. Mol. Biol., 296, 833-49, 2000）。この方法では、非ヒトCDR-H3が保持されることが多いが、これはこのCDRが抗原結合部位の中心にあり、抗原認識のための抗体の最も重要な領域であることが立証されているためである。しかし、場合によっては、非ヒト抗体のCDR-H3およびCDR-L3、ならびにCDR-H3、CDR-L3、およびCDR-L2が保持されることもある。
【０１５４】
6．二重特異性抗体
二重特異性抗体とは、少なくとも2つの異なる抗原に対する結合特異性を有するモノクローナル抗体のことである。ある態様において、二重特異性抗体は、ヒト抗体またはヒト化抗体である。ある態様において、結合特異性のうちの一方はCD98に対するものであり、もう一方は任意の他の抗原に対するものである。ある態様において、二重特異性抗体が、CD98の2つの異なるエピトープと結合してもよい。二重特異性抗体を用いて、CD98を発現する細胞に細胞傷害性物質を局在化させることもできる。これらの抗体は、CD98結合アーム、および例えばサポリン、抗インターフェロン-α、ビンカアルカロイド、リシンA鎖、メトトレキサート、または放射性同位体ハプテンといった細胞傷害性物質を結合させるアームを保有する。二重特異性抗体は、完全長抗体または抗体断片（例えば、F(ab')2二重特異性抗体）として調製することができる。
【０１５５】
二重特異性抗体を作製するための方法は当技術分野で公知であり、例えば、2つの重鎖が異なる特異性を有する場合の2つの免疫グロブリン重鎖-軽鎖対の共発現によるものなどがある（Milstein and Cuello, Nature, 305: 537 (1983)）。二重特異性の作製のさらなる詳細については、例えば、Bispecific Antibodies, Kontermann, ed., Springer-Verlag, Hiedelberg (2011)を参照されたい。
【０１５６】
7．多価抗体
多価抗体は、抗体が結合する抗原を発現する細胞によって二価抗体よりも速く内部移行（および／または異化）されうる。本発明の抗体は、3つまたはそれ以上の抗原結合部位を有する（IgMクラス以外である）多価抗体（例えば、四価抗体）であることができ、これは抗体のポリペプチド鎖をコードする核酸の組換え発現によって容易に産生させることができる。多価抗体は、二量体化ドメインおよび3つまたはそれ以上の抗原結合部位を含むことができる。ある態様において、二量体化ドメインは、Fc領域またはヒンジ領域を含む（またはそれらからなる）。このシナリオでは、抗体は、Fc領域、およびFc領域のアミノ末端側の3つまたはそれ以上の抗原結合部位を含むと考えられる。ある態様において、多価抗体は、3つ〜約8つの抗原結合部位を含む（またはそれらからなる）。1つのそのような態様において、多価抗体は、4つの抗原結合部位を含む（またはそれらからなる）。多価抗体は、少なくとも1つのポリペプチド鎖（例えば、2つのポリペプチド鎖）を含み、ポリペプチド鎖は、2つまたはそれ以上の可変ドメインを含む。例えば、ポリペプチド鎖は、VD1-(X1)n-VD2-(X2)n-Fcを含むことができ、VD1は第1の可変ドメインであり、VD2は第2の可変ドメインであり、FcはFc領域の1つのポリペプチド鎖であり、X1およびX2はアミノ酸またはポリペプチドを表し、nは0または1である。例えば、ポリペプチド鎖は以下を含みうる：VH-CH1-柔軟なリンカー-VH-CH1-Fc領域の鎖、またはVH-CH1-VH-CH1-Fc領域の鎖。本明細書における多価抗体は、少なくとも2つ（例えば、4つ）の軽鎖可変ドメインポリペプチドをさらに含むことができる。本明細書における多価抗体は、例えば、約2つ〜約8つの軽鎖可変ドメインポリペプチドを含むことができる。ここで想定している軽鎖可変ドメインポリペプチドは、軽鎖可変ドメインを含み、任意でCLドメインをさらに含む。
【０１５７】
8．エフェクター機能遺伝子操作
本発明の抗体を、例えば、抗体の抗原依存性細胞媒介性細胞傷害作用（ADCC）および／または補体依存性細胞傷害作用（CDC）を強化するために、エフェクター機能に関して改変することが望ましいことが考えられる。これは、抗体のFc領域に1つまたは複数のアミノ酸置換を導入することによって達成しうる。例えば、Lazar et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103(1 1):4005-4010；Presta, L.G., Curr. Opin. Immunol. 2008, 20(4):460-70；ならびに米国特許第7,183,387号；同第7,332,581号；および同第7,335,742号を参照されたい。
【０１５８】
代替的または追加的に、システイン残基をFc領域に導入し、それにより、この領域における鎖間ジスルフィド結合の形成を可能にすることもできる。そのようにして作製されたホモ二量体抗体は、内部移行能力の向上ならびに／または補体媒介性細胞死滅および抗体依存性細胞性細胞傷害作用（ADCC）の増大を有する可能性がある。Caron et al., J. Exp Med. 176: 1191-1195 (1992)およびShopes, B. J. Immunol. 148:2918-2922 (1992)を参照。また、抗腫瘍活性が強化されたホモ二量体抗体を、Wolff et al., Cancer Research 53:2560-2565 (1993)に記載されたようなヘテロ二機能性架橋剤を用いて調製することもできる。または、抗体を、二重のFc領域を有するように遺伝子操作して、それにより補体溶解およびADCC能力を向上させることもできる。Stevenson et al., Anti-Cancer Drug Design 3:219-230 (1989)を参照。抗体の血清中半減期を延長させるために、例えば、米国特許第5,739,277号に記載されたように抗体（特に抗体断片）にサルベージ受容体結合エピトープを組み入れることができる。本明細書で用いる場合、「サルベージ受容体結合エピトープ」という用語は、IgG分子のインビボ血清中半減期が延長する原因となる、IgG分子（例えば、IgG1、IgG2、IgG3、またはIgG4）のFc領域のエピトープのことを指す。
【０１５９】
9．代替的な結合物質
本発明は、本明細書に開示された抗CD98抗体と同じエピトープと特異的に結合する非免疫グロブリン性結合物質を包含する。いくつかの態様において、結合物質は、競合結合アッセイ法において、本発明の抗CD98抗体を置き換えるか、またはそれによって置き換えられる、作用物質として同定される。これらの代替的な結合物質には、例えば、当技術分野において公知の、遺伝子操作されたタンパク質スカフォールドのいずれかが含まれうる。そのようなスカフォールドには、例えば、リガンド結合部位を形成する4つの超可変ループを支持する強固なβ-バレルを特徴とするタンパク質構造を持つリポカリンスカフォールドを基にしたアンチカリンが含まれる。新規な結合特異性が、ループ領域における標的化ランダム突然変異誘発と、機能的提示およびガイド選択との組み合わせによって、遺伝子操作されている（Skerra (2008) FEBS J. 275: 2677-2683）。他の適したスカフォールドには、例えば、ヒトフィブロネクチンIIIの10番目の細胞外ドメインを基にしたアドネクチンまたはモノボディ（Koide and Koide (2007) Methods Mol. Biol. 352: 95-109）；ブドウ球菌プロテインAのZドメインを基にしたアフィボディ（Nygren et al. (2008) FEBS J. 275: 2668-2676)）；アンキリンリピートタンパク質を基にしたDARPin（Stumpp et al. (2008) Drug. Discov. Today 13: 695-701)；ヒトFynプロテインキナーゼのSH3ドメインを基にしたフィノマー Grabulovski et al. (2007) J. Biol. Chem. 282: 3196-320）；スルフォロバス・アシドラリウス（Sulfolobus acidolarius）由来のSac7dを基にしたアフィチン（affitin）（Krehenbrink et al. (2008) J. Mol. Biol. 383: 1058-1068）；ヒトy-B-クリスタリンを基にしたアフィリン（Ebersbach et al. (2007) J. Mol. Biol. 372: 172-185）；膜受容体タンパク質のAドメインを基にしたアビマー（avimer）（Silverman et al. (2005) Biotechnol. 23: 1556-1561）；システインリッチノッチンペプチド（Kolmar (2008) FEBS J. 275: 2684-2690）；および遺伝子操作されたクニッツ型阻害体（Nixon and Wood (2006) Curr. Opin. Drug. Discov. Dev. 9: 261-268）が含まれうる。総説については、Gebauer and Skerra (2009) Curr. Opin. Chem. Biol. 13: 245-255を参照されたい。
【０１６０】
抗体変異体
いくつかの態様においては、本明細書に記載の抗体のアミノ酸配列の改変を想定している。例えば、結合親和性、および／または、特異性、耐熱性、発現レベル、エフェクター機能、グリコシル化、免疫原性の低さ、もしくは溶解性を非限定的に含む、抗体の他の生物学的特性を改善することが望ましいと考えられる。本明細書に記載の抗CD98抗体に加えて、抗CD98抗体変異体を調製しうることを想定している。抗CD98抗体変異体は、コードするDNAに適切なヌクレオチド変化を導入することによって、および／または所望の抗体もしくはポリペプチドの合成によって調製することができる。当業者は、アミノ酸変化が、グリコシル化部位の数または位置を変化させるかまたは膜係留特性を変更させるというように、抗CD98抗体の翻訳後過程を変化させる可能性があることを認識しているであろう。
【０１６１】
変異は、天然型配列抗体またはポリペプチドと比較した場合にアミノ酸配列における変化をもたらす抗体またはポリペプチドをコードする、1つまたは複数のコドンの置換、欠失、または挿入でありうる。アミノ酸置換は、例えばセリンによるロイシンの置き換えのように、あるアミノ酸を、類似の構造的および／または化学的特性を有する別のアミノ酸に置き換える、すなわち保存的アミノ酸置換の結果でありうる。挿入または欠失は、任意で、約1つ〜5つのアミノ酸の範囲でありうる。許容される変異は、配列中のアミノ酸の挿入、欠失、または置換を系統的に作製し、その結果生じる変異体を、完全長または成熟天然型配列によって示される活性に関して試験することによって決定されうる。
【０１６２】
アミノ酸配列挿入には、1残基から100残基またはそれ以上を含むポリペプチドまでの範囲の長さにわたるアミノおよび／またはカルボキシル末端融合体、ならびに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入物を含む。末端挿入物の例には、N末端メチオニル残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体には、抗体の血清半減期を延長させる酵素（例えば、抗体依存性酵素プロドラッグ療法に関して）またはポリペプチドに対する抗体のN末端またはC末端への融合体が含まれる。
【０１６３】
抗体の生物学的特性の実質的な改変は、（a）置換領域におけるポリペプチド骨格の、例えば、シート状もしくはらせん状コンフォメーションとしての構造、（b）分子の標的部位での電荷もしくは疎水性、または（c）側鎖のかさ、を維持することに関してその効果が顕著に異なる置換を選択することによって達成される。アミノ酸は、その側鎖の特性の類似性に従ってグループ分けすることができる（A. L. Lehninger, Biochemistry, 2nd Ed., pp. 73-75, Worth Publishers, New York (1975)）：
（1）非極性：Ala（A）、Val（V）、Leu（L）、Ile（I）、Pro（P）、Phe（F）、Trp（W）、Met（M）、
（2）非荷電極性：Gly（G）、Ser（S）、Thr（T）、Cys（C）、Tyr（Y）、Asn（N）、Gln（Q）、
（3）酸性：Asp（D）、Glu（E）、
（4）塩基性：Lys（K）、Arg（R）、His（H）。
【０１６４】
または、天然に存在する残基を、共通の側鎖特性に基づいてグループに分けることもできる：
（1）疎水性：ノルロイシン、Met、Ala、Val、Leu、Ile、
（2）中性親水性：Cys、Ser、Thr、Asn、Gln、
（3）酸性：Asp、Glu、
（4）塩基性：His、Lys、Arg、
（5）鎖の配向に影響を与える残基：Gly、Pro、
（6）芳香族：Trp、Tyr、Phe。
【０１６５】
非保存的置換は、これらのクラスのうちの1つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。そのような置換された残基は、保存的置換部位に、または残りの（非保存的）部位に導入することもできる。
【０１６６】
変異は、オリゴヌクレオチド媒介性（部位特異的）突然変異誘発、アラニンスキャニングおよびPCR突然変異誘発といった当技術分野において公知の方法を用いて作製することができる。部位特異的突然変異誘発（Carter et al., Nucl. Acids Res., 13:4331 (1986)；Zoller et al., Nucl. Acids Res., 10:6487 (1987)）、カセット突然変異誘発（Wells et al., Gene, 34:3 15 (1985)）、制限選択突然変異誘発（Wells et al., Philos. Trans. R. Soc. London SerA, 317:415 (1986)）、または他の公知の手法を、クローニングされたDNAに対して実施して、抗CD98抗体変異体DNAを作製することができる。
【０１６７】
抗CD98抗体の正しいコンフォメーションの維持に関与していない任意のシステイン残基は、分子の酸化安定性を向上させて異常な架橋結合を防止するために、一般にセリンで置換することができる。逆に、その安定性を向上させるために（特に、抗体がFv断片などの抗体断片である場合）、システイン結合を抗CD98抗体に付加することもできる。抗体-薬物コンジュゲートを作製するために用いうるシステイン遺伝子操作抗体は、例えば、WO2006／034488に記載されている。
【０１６８】
1つの態様において、本発明の抗CD98抗体分子は「脱免疫化（de-immunized）」抗体である。「脱免疫化」抗CD98抗体とは、各々の元の脱免疫化されていない抗体と比較して、そのアミノ酸配列中に抗体の免疫原性の低下をもたらす1つまたは複数の改変を有する、ヒト化またはキメラ抗CD98抗体に由来する抗体のことである。そのような抗体突然変異体を作製するための手順の1つは、抗体分子のT細胞エピトープの同定および除去を伴う。最初の段階では、抗体分子の免疫原性を、いくつかの方法によって、例えば、当技術分野で公知であるような、インビトロでのT細胞エピトープの決定またはそのようなエピトープのインシリコ予測によって、決定することができる。ひとたびT細胞エピトープ機能のために決定的な残基が同定されると、免疫原性を除去し、かつ抗体活性を保つための突然変異を作製することができる。総説については、Jones et al., Methods in Molecular Biology 525: 405-423, 2009を参照されたい。
【０１６９】
インビトロ親和性成熟
1つの態様において、親抗体と比較して、親和性、安定性、または発現レベルなどの特性が向上した抗体変異体は、インビトロ親和性成熟におけるものである。天然のプロトタイプと同様に、インビトロ親和性成熟は突然変異および選択の原理に基づく。抗体のライブラリーを、Fab、scFv、またはVドメイン断片として、生物（例えば、ファージ、細菌、または酵母）の表面上に、またはそれらをコードするmRNAもしくはDNAと（共有結合的または非共有結合的に）会合した状態で提示する。提示された抗体の親和性選択により、抗体をコードする遺伝情報を保有する生物または複合体の単離が可能になる。ファージディスプレイなどのディスプレイ方法を用いた2回または3回の突然変異および選択により、通常、低いナノモル濃度の範囲にある親和性を有する抗体断片がもたらされる。好ましい親和性成熟抗体は、標的抗原に対してナノモル濃度またはさらにはピコモル濃度の親和性を有すると考えられる。
【０１７０】
ファージディスプレイは、抗体の提示および選択のための、最も普及している方法である。抗体を、バクテリオファージコートタンパク質との融合物として、FdまたはM13バクテリオファージの表面に提示させる。選択は、ファージに提示された抗体をそれらの標的を結合させるための抗原に対する曝露を伴い、この過程は「パニング」と称される。抗原と結合したファージを回収し、細菌を感染させて、さらなる回数の選択のためのファージを産生させる。総説については、Hoogenboom, Methods. Mol. Biol. 178: 1-37, 2002；Bradbury and Marks, J. Immuno. Methods 290: 29-49, 2004を参照）。
【０１７１】
酵母ディスプレイシステム（Boder et al., Nat. Biotech. 15: 553-57, 1997；Chao et al., Nat. Protocols 1:755-768, 2006）では、抗体を、重鎖および軽鎖が柔軟なリンカーによって接続された単鎖可変融合体（scFv）として提示させる。scFvを、Aga1pとのジスルフィド結合によって酵母細胞壁に結びつく酵母凝集素タンパク質Aga2pの接着サブユニットと融合させる。Aga2pを介したタンパク質の提示により、このタンパク質は細胞表面から離れる方向に突き出して、酵母細胞壁上の他の分子と相互作用が起こる可能性を最小限に抑える。親和性または安定性が向上した抗体を選択するためのライブラリーのスクリーニングには、磁性分離およびフローサイトメトリーが用いられる。関心対象の可溶性抗原に対する結合は、ビオチン化抗原による酵母の標識、および蛍光団とコンジュゲートされたストレプトアビジンなどの二次試薬によって決定される。抗体の表面発現の変動は、scFvに隣接する赤血球凝集素またはc-Mycエピトープタグのいずれかの免疫蛍光標識によって測定することができる。発現は提示されるタンパク質の安定性と相関することが示されており、それ故に抗体を安定性ならびに親和性の向上に関して選択することができる（Shusta et al., J. Mol. Biol. 292: 949-956, 1999）。酵母ディスプレイのさらなる利点は、提示されたタンパク質が真核生物である酵母細胞の小胞体内でフォールディングされ、小胞体シャペロンおよび品質保証機構を利用することである。ひとたび成熟が完了すると、抗体親和性を、酵母の表面に提示された状態で都合よく「微調節」することができ、各クローンの発現および精製の必要性はなくなる。酵母表面ディスプレイの理論的限界は、他のディスプレイ法よりも機能的なライブラリーのサイズが小さくなる可能性があることであるが；最近のアプローチでは、酵母細胞の接合様式を用いて、サイズが1014と推定される組み合わせ多様性が生み出されている（米国特許出願公開第2003／0186,374号；Blaise et al.. Gene 342: 211-218, 2004）。
【０１７２】
リボソームディスプレイでは、無細胞系において選択のために抗体-リボソーム-mRNA（ARM）複合体を作製する。抗体の特定のライブラリーをコードするDNAライブラリーを、終止コドンを欠くスペーサー配列と遺伝的に融合させる。このスペーサー配列は、翻訳された場合にペプチジルtRNAと依然として結びついたままであり、リボソームトンネルを占有し、それ故に関心対象のタンパク質がリボソームからはみ出てフォールディングを起こすようにする。結果的に生じたmRNA、リボソーム、およびタンパク質の複合体は、表面に結合したリガンドと結合することができ、リガンドによる親和性捕捉を通じて、抗体とそれをコードするmRNAとの同時単離が可能になる。続いて、リボソームに結合したmRNAを逆転写させてcDNAにし、続いてそれに突然変異誘発法に供して、次回の選択に用いることができる（Fukuda et al., Nucleic Acids Res. 34, el 27, 2006）。mRNAディスプレイでは、抗体とmRNAとの共有結合が、ピューロマイシンをアダプター分子として確立される（Wilson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 3750-3755, 2001)）。
【０１７３】
これらの方法はすべてインビトロで行われるため、それらには他の選択技術を上回る主な利点が2つある。第1に、ライブラリーの多様性は、細菌細胞の形質転換効率によってではなく、試験管内に存在するリボソームおよび種々のmRNA分子の数のみによって限定されることである。第2に、各回の選択の後に、例えば、非プルーフリーディングポリメラーゼによってランダム突然変異を容易に導入しうるため、いかなる多様化段階の後にもライブラリーの形質転換を行う必要がない。
【０１７４】
多様性は、抗体ライブラリーのCDRまたはV遺伝子全体に、標的指向性様式で、またはランダム導入によって導入することができる。前者のアプローチは、高レベルもしくは低レベルの突然変異誘発によって抗体のCDRのすべてを逐次的に標的とすること、または体細胞超突然変異の孤立したホットスポット（Ho, et al., J. Biol. Chem. 280: 607-617, 2005）もしくは実験的基盤もしくは構造上の理由から親和性に影響を及ぼすと疑われる残基を標的とすることを含む。ランダム突然変異は、大腸菌突然変異誘発株、DNAポリメラーゼによる誤りがちな複製（Hawkins et al.、J. Mol. Biol. 226：889-896、1992）またはRNAレプリカーゼを用いて、V遺伝子全体にわたって導入することができる。また、天然に多様性のある領域の、DNAシャフリングまたは類似の手法による置き換えによって、多様性を導入することもできる（（Lu et al., J. Biol. Chem 278: 43496-43507, 2003；米国特許第5,565,332号；米国特許第6,989,250号）。代替的な手法では、フレームワーク領域残基へと伸長した超可変ループを標的とする（Bond et al., J. Mol. Biol. 348: 699-709, 2005）か、CDRにおけるループの欠失および挿入を使用するか、またはハイブリダイゼーションに基づく多様化を用いる（米国特許出願公開第2004／0005709号）。CDRにおける多様性を生じさせるさらなる方法は、米国特許第7,985,840号に開示されている。
【０１７５】
ライブラリーのスクリーニングは、当技術分野で公知のさまざまな手法によって達成することができる。例えば、CD98を、固体支持体、カラム、ピン、またはセルロース／ポリ(ビニリデンフルオリド)膜／他のフィルター上に固定化すること、吸着プレートのウェルをコートするために用いること、吸着プレートに固定させるかもしくは細胞選別に用いる宿主細胞上で発現させること、またはストレプトアビジンをコートしたビーズによる捕捉のためにビオチンとコンジュゲートさせること、またはディスプレイライブラリーのパニングのための任意の他の方法に用いることができる。
【０１７６】
インビトロ親和性成熟法の総説については、Hoogenboom, Nature Biotechnology 23: 1105-1116, 2005およびQuiroz and Sinclair, Revista Ingeneria Biomedia 4: 39-51, 2010ならびにそれらの中の参照文献を参照されたい。
【０１７７】
抗CD98抗体の修飾
抗CD98抗体の共有結合修飾は、本発明の範囲内に含まれる。共有結合修飾は、抗CD98抗体の標的とするアミノ酸残基を、抗CD98抗体の選択された側鎖またはN末端もしくはC末端残基と反応しうる有機性誘導体化剤と反応させることを含む。他の修飾には、グルタミニル残基およびアスパラギニル残基の、それぞれ対応するグルタミル残基およびアスパルチル残基への脱アミド、プロリンおよびリジンのヒドロキシル化、セリル残基またはトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン、アルギニンおよびヒスチジン側鎖のα-アミノ基のメチル化（T.E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W.H. Freeman & Co., San Francisco, pp. 79-86 (1983)）、N末端アミンのアセチル化、ならびにC末端カルボキシル基のアミド化が含まれる。
【０１７８】
本発明の範囲内に含まれる、抗CD98抗体の他の種類の共有結合修飾には、抗体またはポリペプチドの天然型グリコシル化パターンを変更すること（Beck et al., Curr. Pharm. Biotechnol. 9: 482-501, 2008；Walsh, Drug Discov. Today 15: 773-780, 2010）、および、抗体を種々の非タンパク質性重合体、例えば、ポリエチレングリコール（PEG）、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンの1つに、米国特許第4,640,835号；同第4,496,689号；同第4,301,144号；同第4,670,417号；同第4,791,192号；または同第4,179,337号に記載された様式で連結させることが含まれる。
【０１７９】
また、本発明の抗CD98抗体を、抗CD98抗体が別の異種ポリペプチドまたはアミノ酸配列、例えばエピトープタグ（Terpe, Appl. Microbiol. Biotechnol. 60: 523-533, 2003）またはIgG分子のFc領域（Aruffo, "Immunoglobulin fusion proteins" in Antibody Fusion Proteins, S.M. Chamow and A. Ashkenazi, eds., Wiley-Liss, New York, 1999, pp. 221-242）と融合したものを含むキメラ分子を形成するように改変することもできる。
【０１８０】
抗CD98抗体の調製
抗CD98抗体は、抗CD98抗体をコードする核酸を含むベクターによる形質転換またはトランスフェクションされた細胞を培養することによって産生されうる。本発明の抗体のポリペプチド構成成分をコードするポリヌクレオチド配列は、標準的な組換え手法を用いて得ることができる。ハイブリドーマ細胞などの抗体産生細胞から、所望のポリヌクレオチド配列を単離して、配列を決定することができる。または、ヌクレオチド合成装置またはPCR手法を用いてポリヌクレオチドを合成することもできる。ひとたび得られると、ポリペプチドをコードする配列を、宿主細胞内で複製して異種ポリヌクレオチドを発現することのできる組換えベクター中に挿入する。当技術分野において入手可能であり公知である多くのベクターを、本発明の目的に用いることができる。適切なベクターの選択は、主として、ベクター中に挿入される核酸のサイズ、およびベクターによって形質転換される具体的な宿主細胞に依存する。本発明の抗体を発現させるのに適した宿主細胞には、グラム陰性またはグラム陽性微生物を含む、古細菌（Archaebacteria）および真正細菌（Eubacteria）などの原核生物、糸状菌または酵母などの真核生物微生物、昆虫細胞などの無脊椎動物細胞または植物細胞、ならびに哺乳動物宿主細胞株などの脊椎動物細胞が含まれる。宿主細胞を上記の発現ベクターによって形質転換させて、プロモーターを誘導するため、形質転換を選択するため、または所望の配列をコードする遺伝子を増幅するために改変された従来の栄養培地中で培養する。宿主細胞によって産生された抗体は、当技術分野において公知の標準的なタンパク質精製法によって精製される。
【０１８１】
ベクター構築、発現、および精製を含む、抗体生産のための方法は、Pluckthun et al., (1996) in Antibody Engineering: Producing antibodies in Escherichia coli: From PCR to fermentation (McCafferty, J., Hoogenboom, H. R., and Chiswell, D. J., eds), 1 Ed., pp. 203-252, IRL Press, Oxford；Kwong, K. and Rader, C. E. coli expression and purification of Fab antibody fragments. Current protocols in protein science editorial board John E Coligan et al., Chapter 6, Unit 6.10 (2009)；Tachibana and Takekoshi, "Production of Antibody Fab Fragments in Escherischia coli," in Antibody Expression and Production, M. Al-Rubeai, Ed., Springer, New York, 2011；Therapeutic Monoclonal Antibodies: From Bench to Clinic (ed Z. An), John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, USAにさらに記載されている。
【０１８２】
当然ながら、当技術分野において周知である代替的な方法を、抗CD98抗体の調製のために使用することもできる。例えば、適切なアミノ酸配列またはその部分を、固相手法を用いる直接ペプチド合成によって生成させることができる（例えば、Stewart et al., Solid-Phase Peptide Synthesis, W.H. Freeman Co., San Francisco, CA (1969)；Merrifield, J. Am. Chem. Soc, 85:2149-2154 (1963)）。インビトロのタンパク質合成は、手作業の手法を用いて、または自動化によって行うことができる。抗CD98抗体のさまざまな部分を、別々に化学合成し、化学的または酵素的な方法を用いて組み合わせて、所望の抗CD98抗体を生成させることもできる。または、例えば、米国特許第5,545,807号および米国特許第5,827,690号に開示されたように、抗体を発現するように遺伝子操作されたトランスジェニック動物の細胞、または体液、例えば乳などから、抗体を精製することもできる。
【０１８３】
イムノコンジュゲート
本発明はまた、本発明の抗CD98抗体のいずれか1つが合成リンカーによって1つまたは複数の細胞傷害性物質と共有結合したものを含む、イムノコンジュゲート（「抗体薬物コンジュゲート」または「ADC」とも互換的に称される）も提供する。ADCは、モノクローナル抗体の高度の特異性と細胞傷害性分子の薬理学的有効性を兼ね備えており、腫瘍細胞への細胞傷害性物質の特異的なターゲティングを可能にし、かつほとんどの抗癌薬の非特異的毒性を回避する。総説については、例えば、Carter and Senter, Cancer J. 14: 154-169 (2008)；Ducry and Stump, Bioconjugate Chem. 21:5-13 (2010)；Beck et al., Discov. Med. 10: 329-339 (2010）を参照されたい。
【０１８４】
本発明のイムノコンジュゲートに用いるための細胞傷害性物質には、化学療法剤、上記のような薬物または増殖阻害物質、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそれらの断片）または放射性同位体が含まれうる。いくつかの態様において、イムノコンジュゲートは、DNA結合剤（例えば、カリケアマイシン（calicheamycin））またはチューブリン脱重合剤（例えば、マイタンシノイドまたはオーリスタチン）を含む。本発明は、抗体と、核酸分解活性を有する化合物（例えば、リボヌクレアーゼまたはDNAエンドヌクレアーゼ、例えばデオキシリボヌクレアーゼ；DNaseなど）とで形成されるイムノコンジュゲートもさらに想定している。
【０１８５】
本発明のイムノコンジュゲートに用いうる酵素的に活性な毒素およびそれらの断片には、ジフテリアA鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性断片、外毒素A鎖（緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）由来）、リシンA鎖、アブリンA鎖、モデシンA鎖、α-サルシン、シナアブラギリ（Aleurites fordii）タンパク質、ジアンチンタンパク質、フィトラカ・アメリカーナ（Phytolaca americana）タンパク質（PAPI、PAPII、およびPAP-S）、ニガウリ阻害体、クルシン、クロチン、サパオナリア・オフィシナリス（sapaonaria officinalis）阻害体、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、およびトリコテセンが含まれる。例えば、WO93／21232を参照されたい。
【０１８６】
種々の放射性同位体が、放射性コンジュゲートされた抗体の作製のために使用可能である。その例には、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212、およびLuの放射性同位体が含まれる。コンジュゲートを検出用に用いる場合には、それは、シンチグラフィー試験用の放射性原子、例えば、tc99mもしくはI123、または核磁気共鳴（NMR）画像法（磁気共鳴画像法、MRIとしても知られる）用のスピン標識、例えば、再びヨウ素-123、ヨウ素-131、インジウム-111、フッ素-19、炭素-13、窒素-15、酸素-17、ガドリニウム、マンガン、もしくは鉄を含みうる。放射性同位体は、例えば、Reilly, "The radiochemistry of monoclonal antibodies and peptides," in Monoclonal Antibody and Peptide-Targeted Radiotherapy of Cancer, R.M. Reilly, ed., Wiley, Hoboken N.J., 2010に記載された公知のやり方で、コンジュゲート中に組み入れることができる。
【０１８７】
リンカーは、細胞内での細胞傷害性薬物の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であってもよいが、非切断性リンカーも本明細書では想定している。本発明のイムノコンジュゲートに用いるためのリンカーには、酸不安定性リンカー（例えば、ヒドラゾンリンカー）、ジスルフィド含有リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー（例えば、シトルリン-バリンまたはフェニルアラニン-リジンなどのペプチドリンカー）、光不安定性リンカー、ジメチルリンカー（Chari et al., Cancer Research 52: 127-13 1 (1992)；米国特許第5,208,020号）、チオエーテルリンカー、または多剤輸送体を介した耐性を回避するように設計された親水性リンカーが非限定的に含まれる。
【０１８８】
抗体と細胞傷害性物質とのコンジュゲートは、種々の二機能性タンパク質カップリング剤、例えば、BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、スルホ-EMCS、スルホ-GMBS、スルホ-KMUS、スルホ-MBS、スルホ-SIAB、スルホ-SMCC、およびスルホ-SMPB、およびSVSB（スクシンイミジル-(4-ビニルスルホン)ベンゾエート））を用いて作製することができる。例えば、リシン免疫毒素は、Vitetta et al., Science 238: 1098 (1987)に記載されたように調製することができる。本発明はさらに、抗体と細胞傷害性物質とのコンジュゲートを、当技術分野において、例えば、Bioconjugate Techniques, 2nd Ed., G.T. Hermanson, ed., Elsevier, San Francisco, 2008に開示されている任意の適した方法を用いて調製しうることも想定している。
【０１８９】
従来の抗体-薬物コンジュゲーション戦略は、Lys残基のε-アミノ基またはCys残基のチオール基がかかわるランダムコンジュゲーション化学に基づいており、これは不均質コンジュゲートを生じさせていた。最近開発された手法は抗体に対する部位特異的コンジュゲーションを可能にし、それにより、均一な薬物充填、および抗原結合または薬物動態が変化したADC部分集団の回避が得られている。これらには、反応性チオール基を与える重鎖上および軽鎖上の位置にシステイン置換を含み、免疫グロブリンのフォールディングおよび集合を妨害することも抗原結合を変化させることもない「チオマブ（thiomab）」の作製が含まれる（J unutula et al., J. Immunol. Meth. 332: 41-52 (2008)；Junutula et al, Nat. Biotechnol. 26: 925-932, 2008）。別の方法では、終止コドンUGAを終結からセレノシステイン挿入へと再コード化することによってセレノシステインを抗体配列中に共翻訳的に挿入し、他の天然アミノ酸の存在下においてセレノシステインの求核性セレノール基での部位特異的な共有結合コンジュゲーションが可能になるようにする（Hofer et al, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105: 12451-12456 (2008)；Hofer et al, Biochemistry 48(50): 12047-12057, 2009）。
【０１９０】
薬学的製剤
本発明の抗体または抗体-薬物コンジュゲート（ADC）は、治療される病状に適した任意の経路によって投与することができる。抗体またはADCは、典型的には非経口的に、すなわち、注入、皮下、筋肉内、静脈内、皮内、髄腔内、および硬膜外に投与される。
【０１９１】
癌を治療するために、1つの態様においては、抗体または抗体-薬物コンジュゲートが静脈内注入を介して投与される。注入を介して投与される投与量は、1回の投与当たり約1μg／m2〜約10,000μg／m2の範囲にあり、一般に週1回ずつの合計1回、2回、3回、または4回の投与である。または、投与量の範囲は約1μg／m2〜約1000μg／m2、約1μg／m2〜約800μg／m2、約1μg／m2〜約600μg／m2、約1μg／m2〜約400μg／m2、約10μg／m2〜約500μg／m2、約10μg／m2〜約300μg／m2、約10μg／m2〜約200 g／m2、および約1μg／m2〜約200μg／m2である。投与は、1日1回、週1回、週に複数回であるが1日1回よりは少なく、月に複数回であるが1日1回よりは少なく、月に複数回であるが週1回よりは少なく、月1回、または疾患の症状を緩和もしくは軽減するために間欠的に、行うことができる。投与は、腫瘍の寛解、または癌の症状が治療されるまで、開示された区間のいずれかで継続することができる。投与は、寛解または症状の緩和が達成された後にも、そのような寛解または緩和がそのような継続投与によって延長する場合には継続してよい。
【０１９２】
1つの局面において、本発明は、本発明の少なくとも1つの抗CD98抗体および／または少なくとも1つのそのイムノコンジュゲートおよび／または本発明の少なくとも1つの抗CD98抗体-薬物コンジュゲートを含む薬学的製剤をさらに提供する。いくつかの態様において、薬学的製剤は、（1）抗CD98抗体および／または抗CD98抗体-薬物コンジュゲートおよび／またはそのイムノコンジュゲート、ならびに（2）薬学的に許容される担体を含む。いくつかの態様において、薬学的製剤は、（1）抗CD98抗体および／またはそのイムノコンジュゲート、ならびに任意で、（2）少なくとも1つの追加的な治療的物質を含む。
【０１９３】
本発明の抗体もしくはイムノコンジュゲートまたは本発明の抗体-薬物コンジュゲートを含む薬学的製剤は、所望の純度を有する抗体または抗体-薬物コンジュゲートを、任意で生理的に許容される担体、添加剤または安定剤（Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)）と混合することによって、水性溶液または凍結乾燥もしくは他の乾燥製剤の形態で貯蔵用に調製される。本明細書における製剤は、治療される具体的な適応症のために必要な複数の活性化合物、好ましくは互いに有害な影響を及ぼさない補完的な活性を有するものも含みうる。例えば、抗CD98抗体の他に、1つの製剤中に、追加的な抗体、例えば、CD98ポリペプチド上の異なるエピトープを結合させる第2の抗CD98抗体、またはその特定の癌の増殖に影響を及ぼす増殖因子などの他のいくつかの標的に対する抗体を含めることが望ましいと考えられる。代替的または追加的に、組成物が、化学療法剤、細胞傷害性物質、サイトカイン、増殖阻害物質、抗ホルモン物質、および／または心筋保護剤をさらに含んでもよい。そのような分子は、意図する目的にとって有効な量で、好適に、組み合わされて存在する。
【０１９４】
本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、標的細胞／組織への送達のための任意の適した形態で、例えば、マイクロカプセルもしくはマクロエマルションとして（Remington's Pharmaceutical Sciences, 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)；Park et al., Molecules 10: 146-161 (2005)；Malik et al., Curr. Drug. Deliv. 4: 141-151 (2007)）；持続放出製剤として（Putney and Burke, Nature Biotechnol. 16: 153-157, (1998)）、またはリポソーム中にある形で（Maclean et al., Int. J. Oncol. 11: 235-332 (1997)；Kontermann, Curr. Opin. Mol. Ther. 8: 39-45 (2006)）、製剤化することができる。
【０１９５】
治療方法
本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、例えば、インビトロ、エクスビボ、およびインビボの治療方法に用いることができる。1つの局面において、本発明は、細胞を抗CD98抗体またはそのイムノコンジュゲートに、CD98とのイムノコンジュゲートの結合を許容する条件下で曝露させる段階を含む、インビボまたはインビトロで細胞の成長または増殖を阻害するための方法を提供する。「細胞の成長または増殖を阻害する」とは、細胞の成長または増殖を、少なくとも10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、または100％低下させることを意味し、これには細胞死を誘導することが含まれる。ある態様において、細胞は腫瘍細胞である。ある態様において、細胞は、膀胱、乳房、結腸、直腸、胃、食道、肺、喉頭、腎臓、口腔、卵巣もしくは前立腺の腫瘍細胞、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫もしくは白血病の細胞である。
【０１９６】
1つの局面において、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、癌などの細胞増殖性障害を治療または予防するために用いられる。ある態様において、細胞増殖性障害は、CD98の発現および／または活性の増大を伴う。例えば、ある態様において、細胞増殖性障害は、癌細胞の表面でのCD98の発現増大を伴う。本発明の抗体またはイムノコンジュゲートによって治療されることになる細胞増殖性障害の例には、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔癌、卵巣癌もしくは前立腺癌、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫もしくは白血病、または、これらの癌のいずれかの転移が非限定的に含まれる。
【０１９７】
1つの局面において、本発明は、抗CD98抗体またはそのイムノコンジュゲートの有効量を個体に投与する段階を含む、細胞増殖性障害を治療するための方法を提供する。ある態様において、細胞増殖性障害を治療するための方法は、抗CD98抗体または抗CD98イムノコンジュゲート、および任意で、以下に提示するもののような少なくとも1つの追加的な治療的物質を含む薬学的製剤の有効量を個体に投与する段階を含む。1つの態様において、抗CD98抗体またはイムノコンジュゲートは、抗体またはイムノコンジュゲートをCD98と接触させることによって抗体またはイムノコンジュゲート-抗原複合体を形成させ、その結果、イムノコンジュゲートのコンジュゲートされた細胞傷害性物質が細胞の内部に到達するように、癌細胞上のCD98を標的とするために用いることができる。1つの態様において、結合した抗体またはイムノコンジュゲートは、CD98を発現する癌細胞内に内部移行する。
【０１９８】
抗CD98抗体またはイムノコンジュゲートは、ヒトに治療目的で投与することができる。さらに、抗CD98抗体またはイムノコンジュゲートを、抗体が交差反応するCD98を発現する非ヒト哺乳動物（例えば、霊長動物、ブタ、ラット、またはマウス）に対して、獣医学的な目的で、またはヒト疾患の動物モデルとして投与することもできる。後者に関して、そのような動物モデルは、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートの治療効果を評価するために有用である場合がある（例えば、投与量および投与の経時的推移の試験）。
【０１９９】
本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、治療法において、単独で用いることもできるか、または他の組成物と併用することもできる。例えば、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、少なくとも1つの追加的な治療的物質および／または補助剤と併用投与することができる。ある態様において、追加的な治療的物質は、細胞傷害性物質、化学療法剤、または増殖阻害物質である。いくつかの態様において、化学療法剤は、アルキル化剤（例えば、塩酸ベンダムスチン、シクロホスファミド、またはイフォスファミド）、ヌクレオシド類似体（例えば、フルダラビン、シタラビン、またはゲムシタビン）、コルチコステロイド（例えば、プレドニゾン、プレドニゾロン、またはメチルプレドニゾロン）、有糸分裂阻害剤（例えば、パクリタキセル、ドセタキセル、またはビノレルビン）、ビンカアルカロイド（例えば、ビンクリスチンまたはエトポシド）、トポイソメラーゼ阻害体（例えば、イリノテカン）、抗生物質（例えば、アントラサイクリンまたはアドリアマイシン）、白金類似体（例えば、シスプラチンまたはカルボプラチン）、治療的抗体（例えば、リツキシマブ）または作用物質の組み合わせ（例えばCHOPまたはCVP）といった、1つの作用物質、または併用療法が癌の治療に有用な場合には作用物質の組み合わせである。いくつかの態様において、追加的な化合物は、抗CD98抗体以外の治療的抗体である（例えば、リツキシマブ）。
【０２００】
上述したそのような併用療法は、併用投与（2つまたはそれ以上の治療的物質を同一または別個の製剤に含める）および別個投与を包含し、この場合には、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートの投与は、追加的な治療的物質および／または補助剤の投与の前、それと同時、および／またはその後に行いうる。また、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートを、放射線療法ならびに／または骨髄移植および末梢血移植を非限定的に含む追加的な治療レジメンと併用することもできる。
【０２０１】
本発明の抗体またはイムノコンジュゲート（および任意の追加的な治療的物質または補助剤）は、非経口、皮下、腹腔内、肺内、および鼻腔内を含む任意の適した手段によって、かつ所望する場合には、局所的治療、病巣内投与のために投与することができる。非経口的注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下への投与が含まれる。さらに、抗体またはイムノコンジュゲートは、特に漸減用量の抗体またはイムノコンジュゲートを用いる、パルス注入によって好適に投与される。投与は、例えば、静脈内または皮下注射などの注射によるものといった、任意の適した経路によるものであってもよく、これは一部には、投与が短期間であるかまたは持続的であるかに依存する。
【０２０２】
本発明の抗体またはイムノコンジュゲートは、医療実施基準（good medical practice）に合致する様式で製剤化され、投薬され、投与される。これに関連して考慮される因子には、治療される具体的な障害、治療される具体的な哺乳動物、個々の患者の臨床状態、障害の原因、作用物質の送達部位、投与の方法、投与のスケジュール、および医療従事者に公知の他の要因が含まれる。抗体またはイムノコンジュゲートは、必ずしもその必要はないが、任意で、当該の障害を予防または治療するために現在使用されている1つまたは複数の作用物質とともに製剤化される。そのような他の作用物質の有効量は、製剤中に存在する抗体の量、障害または治療の種類、および上記で考察した他の要因によって決まる。これらは一般に、本明細書に記載のものと同じ投与量および投与経路で、もしくは本明細書に記載の投与量の約1〜99％で、または経験的／臨床的に適切であることが明らかにされている任意の投与量および任意の経路で用いられる。
【０２０３】
疾患の予防または治療のために、本発明の抗体またはイムノコンジュゲートの適切な投与量（単独で用いる場合、または化学療法剤などの1つもしくは複数の他の追加的な治療的物質と組み合わせて用いる場合）は、治療しようとする疾患の種類、抗体またはイムノコンジュゲートの種類、疾患の重症度および経過、抗体またはイムノコンジュゲートを予防目的で投与するのか治療目的で投与するのか、治療歴、患者の既往歴および抗体またはイムノコンジュゲートに対する応答、ならびに担当医の裁量によって決まる。抗体またはイムノコンジュゲートは、患者に対して、1回で、または一連の治療にわたって好適に投与される。疾患の種類および重症度に応じて、約1μg／kg〜100mg／kg（例えば、0.1mg／kg〜20mg／kg）の抗体またはイムノコンジュゲートを、例えば、1回もしくは複数回の別々の投与によるものか、または連続注入によるものかに応じて、患者への投与のための初回投与量の候補とすることができる。1つの典型的な1日投与量は、上述の要因に応じて、約1μg／kg〜100mg／kgまたはそれ以上の範囲でありうる。数日間またはそれ以上にわたる繰返し投与については、病状に応じて、一般に、疾患症状の所望の抑制が起こるまで治療を持続する。抗体またはイムノコンジュゲートの1つの例示的な投与量は、約0.05mg／kg〜約10mg／kgの範囲である。したがって、約0.5mg／kg、2.0mg／kg、4.0mg／kg、または10mg／kgのうちの1つまたは複数の用量（またはその任意の組み合わせ）を患者に投与することができる。そのような用量は、間欠的に、例えば、週に1回または3週に1回（例えば、患者が抗体またはイムノコンジュゲートの投与を約2〜約20回、または例えば約6回受けるように）投与することができる。初回には比較的高い負荷用量を、その後は1回または複数回のより低い用量を投与することができる。例示的な投与レジメンは、約4mg／kgの初回負荷用量と、その後に週1回の約2mg／kgの抗体の維持量を投与することを含む。しかし、他の投与レジメンが有用である場合もある。この治療法の進行は、従来の手法およびアッセイ法によって容易にモニタリングされる。
【０２０４】
診断方法および検出の方法
1つの局面において、本発明の抗CD98抗体およびイムノコンジュゲートは、生物試料におけるCD98の存在を検出するために有用である。「検出すること」という用語は、本明細書で用いる場合、定量的または定性的検出を包含する。ある態様において、生物試料は細胞または組織を含む。ある態様において、そのような組織は、CD98を他の組織に比して高いレベルで発現する正常および／または癌性組織、例えば、例えば、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病、または、これらの癌のいずれかの転移を含む。
【０２０５】
1つの局面において、本発明は、生物試料におけるCD98の存在を検出する方法を提供する。ある態様において、本方法は、生物試料を抗CD98抗体と、CD98との抗CD98抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および抗CD98抗体とCD98の間で複合体が形成されたか否かを検出する段階を含む。
【０２０６】
1つの局面において、本発明は、CD98の発現増大を伴う障害を診断する方法を提供する。ある態様において、本方法は、被験細胞を抗CD98抗体と接触させる段階；CD98との抗CD98抗体の結合を検出することによって、被験細胞によるCD98の発現のレベルを（定量的または定性的に）決定する段階；および被験細胞によるCD98の発現のレベルを対照細胞（例えば、被験細胞と同じ組織起源の正常細胞、またはそのような正常細胞と同等なレベルでCD98を発現する細胞）によるCD98の発現のレベルと比較する段階を含み、対照細胞と比較して被験細胞によるCD98の発現のより高いレベルによって、CD98の発現増大を伴う障害の存在が示される。ある態様において、発現増大は、正常細胞と比較して腫瘍細胞の表面上のCD98発現のより高い密度に対応する。ある態様において、被験細胞は、CD98の発現増大を伴う障害を有する疑いのある個体から得られる。ある態様において、障害は、癌または腫瘍などの細胞増殖性障害である。本発明の抗体を用いて診断しうる、例示的な細胞増殖性障害には、膀胱癌、乳癌、結腸癌、直腸癌、胃癌、食道癌、肺癌、喉頭癌、腎臓癌、口腔、卵巣癌、もしくは前立腺癌、または、肉腫、黒色腫、神経膠腫、リンパ腫、もしくは白血病、または、これらの癌のいずれかの転移が含まれる。
【０２０７】
ある態様において、上記のもののような診断または検出の方法は、細胞の表面に発現された、またはCD98をその表面に発現する細胞から得られた膜調製物における、CD98との抗CD98抗体の結合を検出する段階を含む。ある態様において、本方法は、細胞を抗CD98抗体と、CD98との抗CD98抗体の結合を許容する条件下で接触させる段階、および、細胞表面で抗CD98抗体とCD98の間で複合体が形成されたかを検出する段階を含む。細胞の表面にCD98を発現されたCD98との抗CD98抗体の結合を検出するための、例示的なアッセイ法は、「FACS」アッセイ法である。
【０２０８】
CD98との抗CD98抗体の結合を検出するために、ある種の他の方法を用いることもできる。そのような方法には、当技術分野において周知の抗原結合アッセイ法、例えば、ウエスタンブロット法、ラジオイムノアッセイ法、ELISA（酵素結合免疫吸着アッセイ法）、「サンドイッチ」イムノアッセイ法、免疫沈降アッセイ法、蛍光イムノアッセイ法、プロテインAイムノアッセイ法および免疫組織化学（IHC）などが非限定的に含まれる。
【０２０９】
ある態様においては、抗CD98抗体を標識する。標識には、直接的に検出される標識または部分（例えば、蛍光標識、発色団標識、高電子密度標識、化学発光標識、および放射性標識）、ならびに間接的に、例えば酵素反応または分子相互作用を介して検出される、酵素またはリガンドなどの部分が非限定的に含まれる。例示的な標識には、放射性同位体32P、14C、125I、3H、および131I、希土類キレートまたはフルオレセインおよびその誘導体などの蛍光団、ローダミンおよびその誘導体、ダンシル、ウンベリフェロン、ルシフェラーゼ、例えば、ホタルルシフェラーゼおよび細菌ルシフェラーゼ（米国特許第4,737,456号）、ルシフェリン、2,3-ジヒドロフタラジンジオン、西洋ワサビペルオキシダーゼ（HRP）、アルカリホスファターゼ、β-ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、サッカリドオキシダーゼ、例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、およびグルコース-6-リン酸デヒドロゲナーゼ、ウリカーゼおよびキサンチンオキシダーゼなどの複素環オキシダーゼと、過酸化水素を用いて色素前駆体を酸化する酵素、例えばHRP、ラクトペルオキシダーゼまたはミクロペルオキシダーゼとの組み合わせ、ビオチン／アビジン、スピン標識、バクテリオファージ標識、安定なフリーラジカルなどが非限定的に含まれる。
【０２１０】
ある態様においては、抗CD98抗体を不溶性マトリックス上に固定化する。固定化は、抗CD98抗体を、溶液中に遊離したまま残るCD98から分離することを必要とする。これは従来より、水不溶性のマトリックスもしくは表面への吸着（Bennichら、米国特許3,720,760号）によって、または共有結合によって（例えば、グルタルアルデヒド架橋を用いる）、または例えば免疫沈降によって抗CD98抗体とCD98との複合体の形成後に抗CD98抗体を不溶化することのいずれかにより、アッセイ手順の前に抗CD98抗体を不溶化することによって達成されてきた。
【０２１１】
診断または検出の上記の態様はいずれも、抗CD98抗体の代わりにまたはそれに加えて、本発明のイムノコンジュゲートを用いて実施しうる。
【０２１２】
アッセイ法
本発明の抗CD98抗体およびイムノコンジュゲートは、当技術分野において公知のさまざまなアッセイ法によって、それらの物理的／化学的特性、および／または生物学的活性に関して特徴決定することができる。
【０２１３】
活性アッセイ法
1つの局面においては、生物学的活性を有する抗CD98抗体またはそのイムノコンジュゲートを同定するためのアッセイ法が提供される。生物学的活性には、例えば、細胞の成長もしくは増殖を阻害する能力（例えば、「細胞死滅」活性）、またはプログラム多細胞死（アポトーシス）を含む細胞死を誘導する能力が含まれうる。インビボおよび／またはインビトロでそのような生物学的活性をで有する抗体またはイムノコンジュゲートも提供される。
【０２１４】
ある態様においては、抗CD98抗体またはそのイムノコンジュゲートを、インビトロでの細胞の成長または増幅を阻害するその能力に関して試験する。細胞の成長または増殖の阻害に関するアッセイ法は、当技術分野において周知である。本明細書中に記載される「細胞死滅」アッセイ法によって例示される細胞増殖に関するあるアッセイ法は、細胞生存度を測定する。そのようなアッセイ法の1つは、CellTiter-Glo（商標）Luminescent Cell Viability Assayであり、これは、Promega（Madison, WI）から市販されている。このアッセイ法は、代謝的活性細胞の指標であるATPの定量に基づいて、培養下にある生細胞の数を決定する。Crouch et al (1993) J. Immunol. Meth. 160:81-88, 米国特許第6602677号を参照。このアッセイ法は96または384ウェルフォーマットで実施することができ、自動化ハイスループットスクリーニング（HTS）に適合させることができる。Cree et al (1995) Anticancer Drugs 6:398-404を参照。
【０２１５】
細胞増殖に関する別のアッセイ法は、ミトコンドリアレダクターゼによる、3-(4,5-ジメチルチアゾール-2-イル)-2,5-ジフェニルテトラゾリウムブロミドのフォルマザンへの酸化を測定する比色アッセイ法である「MTT」アッセイ法である。CellTiter-Glo（商標）アッセイ法と同様に、このアッセイ法は、細胞培養物中に存在する代謝的活性細胞の数を示す。例えば、Mosmann (1983) J. Immunol. Meth. 65:55-63およびZhang et al. (2005) Cancer Res. 65:3877-3882を参照。
【０２１６】
1つの局面では、抗CD98抗体を、インビトロで細胞死を誘導するその能力に関して試験する。細胞死の誘導に関するアッセイ法は、当技術分野において周知である。いくつかの態様において、そのようなアッセイ法は、例えば、ヨウ化プロピジウム（PI）、トリパンブルー（Moore et al. (1995) Cytotechnology, 17: 1-11を参照）または7AADの取り込みによって示されるような膜完全性の損失を測定する。例示的なPI取り込みアッセイ法では、細胞を、ダルベッコ改変イーグル培地（D-MEM）：10％熱非働化FBS（Hyclone）および2mM L-グルタミンを加えたハムF12（50：50）中で培養される。すなわち、本アッセイ法は、補体および免疫エフェクター細胞の非存在下で実施される。細胞を100×20mm培養皿に3×106個／培養皿の密度で播種して、一晩かけて付着させる。培地を除去して、新たな培地のみと、または種々の濃度の抗体またはイムノコンジュゲートを含む培地と置き換えられる。細胞を3日間インキュベートする。処理後に単層をPBSで洗浄し、トリプシン処理によって剥離する。続いて細胞を4℃、1200rpmで5分間遠心分離し、ペレットを3mlの冷Ca2＋結合緩衝液（10mM Hepes、pH 7.4、140mM NaCl、2.5mM CaCl2）中に再懸濁させて、35mmのストレーナーキャップ付き12×75mmチューブに分取して（チューブ当たり1ml、処理群毎にチューブ3本）、細胞塊を取り出す。続いてチューブにPI（10μg／ml）を入れる。試料を、FACSCAN（商標）フローサイトメーターおよびFACSCONVERT（商標）CellQuestソフトウエア（Becton Dickinson）を用いて分析する。PI取り込みによる判定で統計学的に有意なレベルの細胞死を誘導する抗体またはイムノコンジュゲートを、このようにして同定する。
【０２１７】
1つの局面では、抗CD98抗体またはイムノコンジュゲートを、インビトロでアポトーシス（プログラム細胞死）を誘導するその能力に関して試験する。アポトーシスを誘導する抗体またはイムノコンジュゲートに関する例示的なアッセイ法は、例えば、Zhang et al. (BioTechniques 23: 525-531, 1997)などの場合のアネキシン結合アッセイ法である。アポトーシスを誘導する抗体またはイムノコンジュゲートに関する別の例示的なアッセイ法は、ゲノムDNAのヌクレオソーム間分解を検出するためのヒストンDNA ELISA比色アッセイ法である。そのようなアッセイ法は、例えば、Cell Death Detection ELISAキット（Roche, Palo Alto, CA）を用いて実施しうる。
【０２１８】
インビトロアッセイ法において上記のいずれかで用いるための細胞には、天然にCD98を発現するか、またはCD98を発現するよう遺伝子操作された、細胞または細胞株が含まれる。そのような細胞には、同じ組織起源の正常細胞に比してCD98を過剰発現する腫瘍細胞が含まれる。そのような細胞には、CD98を発現する細胞株（腫瘍細胞株を含む）、およびCD98を通常は発現しないが、CD98をコードする核酸がトランスフェクトされた細胞株も含まれる。
【０２１９】
1つの局面では、抗CD98抗体またはそのイムノコンジュゲートを、インビボでの細胞の成長または増殖を阻害するその能力に関して試験する。ある態様においては、抗CD98抗体またはそのイムノコンジュゲートを、インビボでの腫瘍増殖を阻害するその能力に関して試験する。インビボモデル系、例えば異種移植片モデルを、そのような試験のために用いうる。例示的な異種移植片系では、ヒト腫瘍細胞が、適切な免疫無防備状態の非ヒト動物、例えばSCIDマウスに導入される。本発明の抗体またはイムノコンジュゲートをその動物に投与する。腫瘍増殖を阻害するかまたは低下させる抗体またはイムノコンジュゲートの能力を測定する。上記異種移植片系のある態様においては、ヒト腫瘍細胞は、ヒト患者由来の腫瘍細胞である。異種移植片モデルを調製するために有用なそのような細胞には、外因性CD98を発現する細胞、および天然にCD98を発現する細胞が非限定的に含まれる。ある態様においては、ヒト腫瘍細胞を、皮下注射により、または乳房脂肪パッドのような適切な部位への移植により、適切な免疫無防備状態の非ヒト動物に導入する。
【０２２０】
結合アッセイ法および他のアッセイ法
1つの局面では、抗CD98抗体を、その抗原結合活性に関して試験する。例えば、ある態様においては、抗CD98抗体を、細胞の表面に発現されるCD98と結合するその能力に関して試験する。FACSアッセイ法を、このような試験のために用いうる。
【０２２１】
CD98に対して産生された一団のモノクローナル抗体を、それらが認識するエピトープに基づいてグループ分けすることができ、この過程はエピトープビニングとして知られる。エピトープビニングは、典型的には、抗体が別の抗体の存在下で抗原と結合する能力を評価する競合アッセイ法として実施される。例示的な競合アッセイ法では、固定化されたCD98を、CD98と結合する第1の標識抗体、およびCD98に対する結合をめぐって第1の抗体と競合する能力について試験される第2の非標識抗体を含む溶液中でインキュベートする。第2の抗体はハイブリドーマ上清中に存在してもよい。対照として、固定化されたCD98を、第1の標識抗体を含むが第2の非標識抗体は含まない溶液中でインキュベートする。CD98との第1の抗体の結合を許容する条件下でのインキュベーション後に、過剰量の非結合抗体を除去し、固定化されたCD98に付随する標識の量を測定する。固定化されたCD98に付随する標識の量が、対照試料に比して被験試料において実質的に減少している場合には、そのことは第2の抗体がCD98に対する結合をめぐって第1の抗体と競合することを示す。ある態様において、固定化されたCD98は、細胞の表面に存在するか、または、CD98をその表面に発現する細胞から得られた膜調製物中に存在する。
【０２２２】
エピトープビニングのハイスループット方法も当技術分野において公知である。例えば、モノクローナル抗体の特徴決定のための多重競合抗体ビニングを記載しているJia et al., J. Immunol. Methods 2004, 288(1-2):91-98；および、多重対合アッセイ法によるマウスモノクローナル抗体のエピトープビニングを記載しているMiller et al., J. Immunol. Methods 2011, 365(1-2): 118-25を参照されたい。
【０２２３】
エピトープマッピング
エピトープマッピングとは、その標的タンパク質抗原上にある抗体の結合部位またはエピトープを同定する過程のことである。抗体エピトープは、線状エピトープまたはコンフォメーションエピトープでありうる。線状エピトープは、タンパク質におけるアミノ酸の連続配列によって形成される。コンフォメーションエピトープは、タンパク質配列中では不連続的であるが、タンパク質のその三次元構造へのフォールディングが起こると寄せ集められるアミノ酸で形成される。
【０２２４】
標的タンパク質抗原上の抗体エピトープのマッピングのための種々の方法が、当技術分野において公知である。これらには、突然変異誘発法、ペプチドスキャニング法、ディスプレイ法、質量分析、および構造決定を伴う方法が含まれる。
【０２２５】
部位指定突然変異誘発法には、タンパク質配列に沿って系統的に置換を導入し、続いて抗体結合に対する各置換の影響を判定することによって決定的なアミノ酸を同定する、標的化部位指定突然変異誘発が含まれる。これは、Cunningham and Wells (1989) Science 244: 1081-1085によって記載された「アラニンスキャニング突然変異誘発」、またはヒトCD98におけるアミノ酸残基の何らかの他の形態での点突然変異誘発によって行うことができる。しかし、突然変異誘発試験では、CD98の全体的な三次元構造にとっては非常に重要ではあるが抗体-抗原接触には直接的には関与しないアミノ酸残基も明らかになることから、この方法を用いて判定された機能的エピトープを確認するためには他の方法も必要と考えられる。
【０２２６】
ショットガン突然変異誘発マッピングでは、標的遺伝子に関する包括的プラスミド-突然変異ライブラリーを用い、ライブラリー中の各クローンは、特有のアミノ酸突然変異を有し、ライブラリー全体では標的タンパク質におけるあらゆるアミノ酸をカバーする。突然変異ライブラリーを構成するクローンをマイクロプレート上に個別に並べ、生きている哺乳動物細胞内で発現させて、関心対象の抗体との免疫反応性に関して試験する。抗体エピトープにとって決定的に重要なアミノ酸を反応性の損失によって同定し、続いてそれをタンパク質構造上にマッピングすることでエピトープを視覚化する。この分析を自動化することにより、数日から数週間以内に新たなエピトープマップを導き出すことができる。これは哺乳動物細胞内のタンパク質の天然型構造を用いているため、本手法は、線状エピトープ構造およびコンフォメーションエピトープ構造の両方を複合体タンパク質上にマッピングすることができる（Paes et al., J. Am. Chem. Soc. 131 (20): 6952-6954 (2009)；Banik and Doranz, Genetic Engineering and Biotechnology News 3(2): 25-28 (2010)）。
【０２２７】
また、抗CD98抗体によって結合されているエピトープを、ペプチドスキャニング法を用いて決定することもできる。ペプチドスキャニングでは、標的タンパク質の重複するセグメント由来の短いペプチド配列のライブラリーにより、CD98を関心対象の抗体を結合させるその能力に関して試験する。ペプチドを合成して、「pepscan」法（WO84／03564；WO93／09872）などの場合の、固相スクリーニングのための多重的方法のいずれかにより、例えば、ELISAもしくはBIACOREを用いて、またはチップ上で、結合に関してスクリーニングする（Reineke et al, Curr. Opin. Biotechnol. 12: 59-64, 2001）。そのようなペプチドスクリーニング法は、不連続的な機能的エピトープのいくつか、すなわち、CD98ポリペプチド鎖の一次配列に沿って連続しているのではないアミノ酸残基を含む機能的エピトープを検出できない可能性がある。
【０２２８】
CLIPS（スカフォールド上へのペプチドの化学結合（chemical linkage of peptides onto scaffolds））と名付けられた最近開発された技術を、コンフォメーションエピトープのマッピングのために用いることもできる。ペプチドの遊離端を合成スカフォールド上に固定させ、その結果、スカフォールドに固定されたペプチドが無傷タンパク質における対応する配列と同じ空間構造をとるようにする。CLIPS技術は、線状ペプチドを環状構造（「単一ループ」形式）に固定して、タンパク質結合部位の種々の部分を寄せ集め（「二重ループ」形式、「三重ループ」形式など）、そうすることで、抗体結合に関してアッセイしうるコンフォメーションエピトープを作製するために用いられる（米国特許第7,972,993号）。
【０２２９】
本発明の抗体によって結合されているエピトープを、例えば、上記のようなファージディスプレイ、微生物ディスプレイおよびリボソーム／mRNAディスプレイを含むディスプレイ法を用いてマッピングすることもできる。これらの方法では、ペプチド断片のライブラリーをファージまたは細胞の表面に提示させる。続いて、選択的結合アッセイ法を用いてこれらの断片に対するmAbをスクリーニングすることによって、エピトープをマッピングする。ファージディスプレイを用いて得られた、親和性により選択された線状ペプチドに基づくコンフォメーションエピトープの予測のための計算ツールがいくつか開発されている（Mayrose et al., Bioinformatics 23: 3244-3246, 2007）。また、ファージディスプレイによるコンフォメーションエピトープの検出のための方法も使用可能である。微生物ディスプレイシステムを用いて、コンフォメーションエピトープの同定のために、正しくフォールディングした抗原断片を細胞表面上に発現させることもできる（Cochran et al., J. Immunol. Meth. 287: 147-158, 2004；Rockberg et al., Nature Methods 5: 1039-1045, 2008）。
【０２３０】
タンパク質加水分解および質量分析を伴う方法を、抗体エピトープの決定のために用いることもできる（Baerga-Ortiz et al., Protein Sci. 2002 June；11 (6): 1300-1308）。限定的なタンパク質加水分解により、抗体の存在下および非存在下で種々のプロテアーゼによって抗原を切断させ、断片を質量分析によって同定する。エピトープは、抗体結合時にタンパク質加水分解から保護されるようになる抗原の領域である（Suckau et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87::9848-9852, 1990）。タンパク質加水分解に基づくその他の方法には、例えば、選択的化学修飾（Fiedler et al., Bioconjugate Chemistry 1998, 9(2): 236-234, 1998）、エピトープ切り出し（Van de Water et al., Clin. Immunol. Immunopathol. 1997, 85(3): 229-235, 1997）、および最近開発された水素-重水素（H／D）交換法（Flanagan, N., Genetic Engineering and Biotechnology News 3(2): 25-28, 2010）が含まれる。
【０２３１】
本発明の抗体によって結合されているエピトープを、X線結晶構造決定（例えば、WO2005／044853）、分子モデリングおよび核磁気共鳴（NMR）分光法などの構造的方法によって決定することもでき、これには、遊離状態の場合、および関心対象の抗体との複合体中で結合している場合のIL-23Rにおける不安定なアミド水素のH-D交換速度のNMRによる決定が含まれる（Zinn-Justin et al. (1992) Biochemistry 31: 11335-11347；Zinn-Justin et al. (1993) Biochemistry 32:6884-6891）。
【０２３２】
本発明の抗体のものと同じエピトープと結合するさらなる抗体は、例えば、CD98に対して産生された抗体の、エピトープに対する結合に関するスクリーニングによって、エピトープ配列を含むヒトCD98の断片を含むペプチドによる動物の免疫処置によって、またはエピトープ配列に対する結合に関するファージディスプレイを用いた抗体の選択によって得ることができる。同じ機能的エピトープと結合する抗体は、CD98の生物学的活性の遮断といった類似の生物学的活性を示すと予想され、そのような活性は抗体の機能アッセイ法によって確認することができる。
【０２３３】
その他の活性アッセイ法
1つの態様において、本発明の抗CD98抗体は、CD98の生物学的活性を阻害するアンタゴニスト抗体である。本発明の抗CD98抗体を、それらがCD98の生物学的活性、例えば、軽鎖との結合を阻害するか否かを判定するためにアッセイすることができる。本発明のCD98抗体が軽鎖との結合を阻害するか否かを判定するためには、Kim et al., Biochim. Biophys. Acta 1565: 112-122, 2002に記載された方法に従って、CD98抗体が癌細胞株におけるアミノ酸取り込みを阻害する能力を調べる。
【０２３４】
1つの局面においては、精製された抗CD98抗体を、N末端シークエンシング、アミノ酸分析、非変性サイズ排除高圧液体クロマトグラフィー（HPLC）、質量分析、イオン交換クロマトグラフィー、およびパパイン消化を非限定的に含む、一連のアッセイ法によってさらに特徴決定することができる。
【０２３５】
1つの態様において、本発明は、すべてではないがいくつかのエフェクター機能を保有する改変された抗体を想定しており、これは、抗体のインビボ半減期は重要であるが、特定のエフェクター機能（補体およびADCCなど）は不必要または有害であるような多くの用途にとって望ましい候補となる。ある態様においては、所望の特性だけが維持されていることを確かめるために、抗体のFc活性を測定する。インビトロおよび／またはインビボの細胞傷害性アッセイ法を実施して、CDCおよび／またはADCC活性の低下／枯渇を確認することができる。例えば、抗体がFcγR結合を欠く（それ故におそらくADCC活性を欠く可能性が高い）が、FcRn結合能力は保っていることを確かめるために、Fc受容体（FcR）結合アッセイ法を実施することができる。関心対象の分子のADCC活性を評価するためのインビトロアッセイ法の一例は、米国特許第5,500,362号または同第5,821,337号に記載されている。そのようなアッセイ法のための有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（PBMC）およびナチュラルキラー（NK）細胞が含まれる。代替的または追加的に、関心対象の分子のADCC活性を、インビボで、例えば、Clynes et al. PNAS (USA) 95:652-656 (1998)に開示されたものなどの動物モデルで評価することもできる。抗体がC1qを結合させることができず、それ故にCDC活性を欠くことを確認するために、C1q結合アッセイ法を実施することもできる。補体活性化を評価するために、Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202: 163 (1996)に記載されたようなCDCアッセイ法を実施することもできる。FcRn結合およびインビボ排除／半減期の決定を、当技術分野において公知の方法を用いて行うこともできる。
【０２３６】
前記の発明は、理解しやすいように例証および例示によってある程度詳細に説明してきたが、その記述および例は、本発明の範囲を限定するものとみなされるべきではない。本明細書に引用されたすべての特許および科学文献の開示内容は、それらの全体が参照により明示的に組み入れられる。
【実施例】
【０２３７】
以下は、本発明の方法および組成物の例である。以上に提示された一般的記述を考慮した上で、さまざまな他の態様を実施しうることが理解される。
【０２３８】
実施例1：急性骨髄性白血病（AML）腫瘍細胞の表面上のCD98の同定
合計16個の原発性AML試料を、Fred Hutchinson Cancer Research Center（FHCRC）から入手した。健常ドナー由来の11個の試料を分析した。個々のAML試料の品質をモニターするために、AML芽球のヘマトキシリン・エオジン染色を行った。腫瘍細胞を少なくとも75％含む試料のみを分析した。さらに、Billings ClinicまたはUniversity of Floridaから入手した23個の原発性慢性リンパ性白血病（CLL）試料、ならびにCooperative Human Tissue Network（CHTN）またはNational Disease Research Interchange（NDRI）から入手した27個の原発性結腸直腸癌（CRC）および22個の正常隣接結腸対照試料についても分析を行った。試料の取り扱いは、試料単離時に細胞生存度が最大限に維持されるように最適化した。細胞の完全性を損なわずに効率的な標識が可能となるように、AML、CLL、およびCRC試料に関して最適な標識時間を決定した。
【０２３９】
表面タグ標識抗原プロファイリング（sTAg）を用いて、16個のコアAML試料、5個の骨髄単核細胞（BMMC）対照および6個の末梢血単核細胞（PBMC）対照試料、20個のコアCLL試料、27個のCRC試料および22個の正常隣接結腸試料における細胞上の表面タンパク質のレパートリーの同定および定量的プロファイリングを行った。無傷原発性腫瘍細胞のAML腫瘍細胞膜に付随するタンパク質の細胞外ドメインを化学的にタグ標識し、続いて固相親和性樹脂を用いて、タグ標識タンパク質に関してクロマトグラフィーにより濃縮した。溶出したタンパク質を、以下に述べる質量分析を行うまで、-80℃で貯蔵した。
【０２４０】
高分解能のショットガン液体クロマトグラフィータンデム質量分析法（MS）を用いて、sTAg法によって濃縮されたタンパク質を同定し、定量した。線形イオントラップの感度と、画期的なorbitrap質量分析装置によってもたらされる高分解能および質量精度とを兼ね備えるハイブリッド型ThermoFisher LTQ-Orbitrap Velos質量分析計（Olsen et al., Mol. Cell Proteomics 8:2759-2769, 2009）を、ナノ流量液体クロマトグラフィー装置と接続したものを、ショットガン法ベースのボトムアッププロテオミクスのために使用して、AML細胞表面濃縮画分におけるタンパク質の実体および定量的な存在量測定値を決定した（Yates et al., Annu. Rev. Biomed. Eng. 11: 49-79, 2009）。濃縮された表面タンパク質のトリプシン消化物を、接続状態にあるナノ流量液体クロマトグラフィーによって疎水性によって分離し、同時にペプチド質量および断片化パターンを質量分析計によって動的に記録した。ペプチドおよびタンパク質の実体を決定するためには、生のMSデータを、高速処理Sorcerer 2プラットフォーム（Lundgren et al., Curr. Protoc. Bioinformatics, Chapter 13: Unit 13.3, 2009）で実行されるSEQUESTアルゴリズムで処理して、実験的断片化パターンとヒトプロテオームからインシリコで決定されたものとの間のベストフィットマッチ（best fit match）を求めた。その結果得られたマッチを、PeptideProphet（Keller et al., Anal. Chem. 74: 5383-5392, 2002）およびProteinProphet（Nesvizhskii et al., Anal. Chem. 75: 4646-4658, 2003）ソフトウエアツールを用いて統計学的に検証し、偽発見率（FDR）が可能な限り低いこと、およびそれ故にロバストに同定されたタンパク質のみが候補プールに含まれることを確かめた。
【０２４１】
sTAg試料における同定されたタンパク質の相対的な定量レベルは、スペクトルカウント法（Neilson et al., Proteomics 11: 535-553, 2011）を用いて決定した。スペクトルカウント法は、各タンパク質由来のペプチドに付随する、指定された（陽性同定された）スペクトルの数が、元の混合物におけるそのタンパク質の相対的存在量と強く相関するという経験的な実証に基づく（Liu et al.,Anal. Chem. 76:4193-4201, 2004）。同定されたペプチドのスペクトルカウント数を、SEQUESTで検索した質量分析データの結果の表示、ソーティングおよびフィルター処理を行う、Scaffold（Proteome Software）およびProteoIQ（NuSep）を含むプロテオミクス解析用ソフトウエアプラットフォームから入手した。タンパク質の長さの違いおよび試料サイズのばらつきを明らかにするために、生のスペクトルカウント数を標準化スペクトル存在比率（NASF％）値に変換した（Zybailov et al., J. Proteome Res. 5: 2339-2347, 2006）。定量的FACSを、原発性腫瘍細胞表面発現のsTAg質量分析ベースのプロテオミクスプロファイリングの独立した外部確認尺度として用いて、選択したモノクローナル抗体を、プロテオミクス測定値を検証するために用いた。
【０２４２】
sTAgを用いて、SEQ ID NO：1のアミノ酸配列を有するヘテロ二量体II型膜貫通性糖タンパク質CD98が、AML、CLL、およびCRC腫瘍細胞の表面に高密度に存在するものとして同定された。図1に示されているように、sTAgを用いて、CD98が原発性AML試料では16個中7個で同定され、平均NSAF％は0.11であり、原発性CLL試料では20個中20個で同定され、平均NSAF％は0.15であった。CD98は骨髄単核細胞（BMMC）試料では5個中5個で、末梢血単核細胞（PBMC）試料では6個中5個で同定され、平均NSAF％はそれぞれ0.05および0.06であった。さらに、CD98は原発性CRC試料では27個中11個で同定され、平均NSAF％は0.10であったが、正常隣接結腸試料では1個のみで同定され、平均NSAF％は0.01未満であった。この分析に基づくと、CD98は、患者由来のAML、CLL、およびCRC原発性腫瘍標本のかなりの部分で、適切な正常対照と比較して実質的に濃縮している。
【０２４３】
実施例2：腫瘍におけるCD98の同定
バックグラウンドが最小で、かつシグナルの検出が最大になると考えられる希釈物を確立するために、抗CD98モノクローナル抗体8-34B（実施例3参照）およびアイソタイプ対照抗体HB-121を用いて抗体力価測定実験を実施した。ホルマリン固定してパラフィン包埋した（FFPE）組織上または新鮮な凍結組織上で、蒸気ベース（steam-based）抗原回収（pH 6.0のクエン酸緩衝液）を用いて、1：50、1：100、1：200、および1：400での系列希釈を行った。凍結対照細胞株（F244およびF244-P）およびホルマリン固定した対照細胞株（F244、RM、およびF244-P）はIgenica社によって提供され、LifeSpan社によって調製された。ホルマリン固定してパラフィン包埋した組織上での試験には8-34Bの1：20および1：50の希釈物を選択し、一方、新鮮な凍結組織上での試験には8-34Bの1：400の希釈度を選択した。
【０２４４】
主な検出システムはVector抗マウス二次抗体（BA-2000）およびVector ABC-APキット（AK-5000）からなり、紫紅色の沈着物を生じさせるためにVector Red substrateキット（SK-5100）をともに用いた。組織抗原が保持されていて、免疫組織化学分析を実行しうることを確かめるために、組織を陽性対照抗体（CD31およびビメンチンに対するもの）によっても染色した。CD31およびビメンチン染色で陽性であった組織のみを、他の試験に用いた。
【０２４５】
抗体8-34Bは、1：20および1：50の希釈度で、ホルマリン固定してパラフィン包埋した組織上で、悪性黒色腫15個中10個および肺癌18個中4個で陽性染色を示した。加えて、1：400の希釈度では、抗体8-34Bは凍結肺癌試料6個中6個で陽性染色を示し、凍結黒色腫試料でも2個中2個で陽性染色を示した。
【０２４６】
（表１）肺癌および黒色腫における陽性CD98染色の頻度
2015501639.tif 000006
【０２４７】
実施例3：CD98に対するモノクローナル抗体の調製
モノクローナル抗体を、"Antibodies A Laboratory Manual" (Harlow and Lane 1988 CSH Press)に記載された一般的な方法に従って調製した。Taconic Farmsから購入した雄性129S6／SvEvマウスを免疫処置用に用いた。マウスに対して、106個のヒトCD98（huCD98）発現性腫瘍細胞を側腹部に皮下注射した。免疫処置後の第39日に、マウスに対して、500万個のhuCD98発現性腫瘍細胞による腹腔内追加投与を行った。脾臓を第42日に採取した。個別の脾細胞を調製し、"Antibodies A Laboratory Manual" (Harlow and Lane 1988 CSH Press)に概略が記載されたPEGベースの方法を用いて、CRL-2016骨髄腫細胞（ATCC）と融合させて、ハイブリドーマを樹立した。
【０２４８】
ハイブリドーマを384ウェル組織培養プレートで増殖させ、huCD98を認識する抗体の産生のために、個々のウェルからの上清をELISAによってスクリーニングした。続いて陽性ウェルを48ウェルプレートに移して増やし、ELISAによるhuCD98結合の確認のために上清を収集した。抗huCD98抗体を産生する個々のハイブリドーマを、96ウェルプレートのウェルに単一のハイブリドーマ細胞をプレーティングすることによって、モノクローナル抗huCD98抗体を産生する確認済みの独自のクローンとして樹立した。これらの細胞をコロニーとして増殖させ、これらの個々のコロニーからの上清を、huCD98に対するモノクローナル抗体の結合を確認するためにELISAによってスクリーニングした。プリスタンを投与したBalb／Cマウスにクローンのハイブリドーマを注入して、腹水を生じさせた。腹水を収集し、Thermo Scientific（Product Instructions #21001）によって公開されている一般的な抗体精製プロトコールに従って、Gammabindセファロース（GE Healthcare 製品コード17-0885-01）、プロテインA IgG結合緩衝液（Thermo Scientific 品番21001）、およびIgG溶出緩衝液（Thermo Scientific 品番21004）を用いて精製した。
【０２４９】
抗体8-34Bの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０２５０】
8-34B重鎖可変領域
2015501639.tif 000007
2015501639.tif 000008
【０２５１】
8-34B軽鎖可変領域
2015501639.tif 000009
2015501639.tif 000010
【０２５２】
抗体18-2A 2.2の重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０２５３】
18-2A 2.2重鎖可変領域
2015501639.tif 000011
2015501639.tif 000012
【０２５４】
18-2A 2.2軽鎖可変領域
2015501639.tif 000013
2015501639.tif 000014
【０２５５】
抗体18-2A 7.1の重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０２５６】
18-2A 7.1重鎖可変領域
2015501639.tif 000015
2015501639.tif 000016
【０２５７】
18-2A 7.1軽鎖可変領域
2015501639.tif 000017
2015501639.tif 000018
【０２５８】
抗体1-47Cの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０２５９】
1-47C重鎖可変領域
2015501639.tif 000019
2015501639.tif 000020
【０２６０】
1-47C軽鎖可変領域
2015501639.tif 000021
2015501639.tif 000022
【０２６１】
抗体1-115Aの重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０２６２】
1-115A重鎖可変領域
2015501639.tif 000023
2015501639.tif 000024
【０２６３】
1-115A軽鎖可変領域
2015501639.tif 000025
2015501639.tif 000026
【０２６４】
実施例4：モノクローナル抗体のアイソタイプ判定およびビニング
huCD98を認識する抗体を含む個々のハイブリドーマ上清を、Jackson Immunologicals（ヤギ×IgGl HRP-製品番号115-035-206、ヤギ×IgG2a HRP-製品番号115-035-206、ヤギ×IgG2b HRP-製品番号115-035-207、ヤギ×IgG3 HRP-製品番号115-035-209）から購入したアイソタイプ特異的二次抗体を用いたELISAでの検出により、アイソタイプに関して評価した。
【０２６５】
競合結合性ビン（bin）を確立するために、競合ELISAを行った。個々の抗huCD98アイソタイプ判定済み抗体を含むハイブリドーマ上清を、ELISAプレートの個々のウェル内でhuCD98と結合させた。1時間後にウェルを洗浄し、4％パラホルムアルデヒドを用いて固定した。続いて、個々の抗huCD98アイソタイプ判定済み抗体（異なるアイソタイプのもの）を含むハイブリドーマ上清を、ELISAプレートの個々のウェル内でhuCD98と1時間にわたり結合させた。洗浄後に、ウェルを特異的二次抗体（Jackson Immunologicals ヤギ×IgG2a HRP-製品番号115-035-206）とともにインキュベートし、Supersignal ELISA Pico Chemiluminescent基質（Thermo Scientific-製品番号37069）で検出した。IgG1の存在下で結合可能であった個々のIgG2aアイソタイプ抗体は、その特定のIgG1由来の固有のエピトープビンの中にあると判断した。IgG1の存在下で結合不能であった個々のIgG2aアイソタイプ抗体は、その特定のIgG1と同じエピトープビンの中にあると判断した。このようにして、図2に図示しているように、huCD98結合抗体に関して複数のエピトープビンを定めた。
【０２６６】
実施例5：結合親和性
精製した抗CD98モノクローナル抗体を、Carderelli et al. (2002) Cancer Immunol Immunother 51; 15-24に掲載された一般的な方法によって、親和性に関して試験した。手短に述べると、CD98発現性細胞を種々の量の抗CD98モノクローナル抗体とともに一晩インキュベートし、続いて、ヤギ抗ヒトFc特異的または抗マウスFc特異的PE結合二次抗体（Jackson Immunologicals）を用いるFACSによって評価する。FACSデータをGraphpad Prismソフトウエアを用いて解析し、Graphpad Prism Kd計算ツールを用いてKdを求める。
【０２６７】
実施例6：キメラ抗体の作製および特徴決定
抗CD98モノクローナル抗体を産生するハイブリドーマから、Qiagen RNeasy Miniキット（カタログ番号74104）を用い、その後にQiagen OneStep RT-PCR Kit（カタログ番号210210）を用いて、全RNAを抽出した。マウスの重鎖配列および軽鎖配列に対して特異的なプライマーセットを用いて、RT-PCRを行った。各RNA試料について、マウス可変領域のリーダー配列をカバーする縮重性の順方向プライマー混合物を用いる、12種の個々の重鎖および11種の軽鎖のRT-PCR反応を設定した。逆方向プライマーはマウス重鎖および軽鎖の定常領域内に配置した。1回目の反応からのRT-PCR産物を、2回目のPCRでさらに増幅した。抗体可変領域にに対して特異的なセミネステッド（semi-nested）プライマーセットを用いる、12種の個々の重鎖および11種の軽鎖のRT-PCR反応を設定した。PCR反応物をアガロースゲルに泳動させ、重鎖および軽鎖のPCR産物をゲルから切り出して、シークエンシング用ベクター中にクローニングした。ハイブリドーマ1つについて10〜20個のクローンで配列決定を行い、抗CD98モノクローナル抗体の可変領域を決定した。続いて重鎖可変領域を、ヒトIgG1重鎖定常領域配列を含むベクター中にインフレームにクローニングし、軽鎖可変領域を、ヒトκ軽鎖定常領域配列を含むベクター中にインフレームにクローニングした。キメラ抗体をHEK293 Freestyle細胞の一過性トランスフェクションによって作製し、実施例3に記載した方法を用いて精製した。
【０２６８】
精製したキメラ抗体を、マウスモノクローナル抗CD98抗体に関して実施例4に記載した通りの結合分析に供した。図3Aは、8-34B、18-2A 2.1、18-2A 2.2、および18-2A 7.1キメラ抗体に関する競合結合アッセイ法の結果を示している。参照基準抗体1〜4は図2と同じであり、「アイソタイプ」はCD98と結合しない対照IgG2a抗体である。図3Aに示された結果は、キメラ抗体が、それらの由来となったマウス抗体のエピトープ結合特異性を保っていることを実証している。マウス抗CD98モノクローナル抗体およびキメラ抗CD98モノクローナル抗体の結合親和性は、結腸癌細胞株DLD1を用いて、実施例5に記載した通りのFACS分析を用いて決定した。Kd値（0.9nM〜4.5nM）は図3Bに示されており、これはこれらの組換え抗体のすべてが、それらの親マウス抗体と同等に、CD98に対する高親和性結合を保っていることを示している。精製したキメラモノクローナル抗体についても、3種のAML原発性腫瘍試料およびカニクイザルCD98を発現する1つの細胞株（cynCD98）を用いて、実施例5に記載した通りのFACS分析に供した。図3Cに示された結果は、すべてのキメラ抗体が、AML細胞上およびcynCD98上でヒトCD98に対する結合を保っていたことを実証している。
【０２６９】
マウス抗CD98モノクローナル抗体およびキメラ抗CD98モノクローナル抗体の結合親和性を、BIACOREシステムを用いるオン／オフ速度（on／off rate）の測定によって決定した（Lipschultz et al., Methods 20: 310-318, 2000で概説されている）。表2に示されているように、キメラ抗体の親和性は親マウス抗体のそれと同程度であった。ヒト化抗体8-34B H2 L1（実施例7参照）に関するデータも示している。
【０２７０】
（表２）
2015501639.tif 000027
【０２７１】
実施例7：ヒト化抗体の調製
マウスモノクローナル抗体8-34Bのヒト化形態を、図4に示されているように、ヒトのアクセプターフレームワーク領域内へのマウス重鎖および軽鎖可変ドメインのCDRのグラフティングによって作製した。ヒト化8-34B軽鎖可変ドメインL1（SEQ ID NO：15）は、ヒトアクセプター配列（GenBankアクセッション番号ACJ71709.1）へのマウス軽鎖のCDRのグラフティングによって構築した。8-34Bヒト化軽鎖可変ドメインL2（SEQ ID NO：16）は、ヒトアクセプター軽鎖のFR3内の2つの残基を、マウスモノクローナル抗体の対応する残基で置き換えることによって構築した（Kabat番号付けによればアミノ酸置換S63TおよびD70E；図4A参照）。8-34Bヒト化重鎖H1（SEQ ID NO：17）は、ヒトアクセプター配列（GenBankアクセッション番号I37782）へのマウス重鎖のCDRのグラフティングによって構築した。8-34Bヒト化重鎖可変ドメインH2（SEQ ID NO：18）は、ヒトアクセプター重鎖のFR2内の1つの残基およびFR3内の2つの残基をマウスモノクローナル抗体の対応する残基で置き換えて、Kabat番号付けによるアミノ酸置換I48L、V71KおよびF78Vを生じさせることによって構築した（図4B参照）。8-34Bヒト化重鎖可変ドメインH3（SEQ ID NO：19）には、図4Bに示されているように、FR3内にマウス残基に復帰させる2つのさらなる置換V67LおよびT73Nが加えられている。
【０２７２】
ヒト化抗体8-34BのH2重鎖可変領域およびL1軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０２７３】
ヒト化8-34B重鎖可変領域H2
2015501639.tif 000028
2015501639.tif 000029
【０２７４】
ヒト化8-34B軽鎖可変領域L1
2015501639.tif 000030
2015501639.tif 000031
【０２７５】
マウスモノクローナル抗体18-2Aのヒト化形態を、ヒトのアクセプターフレームワーク領域内への、キメラ抗体18-2A 7.1由来のマウス重鎖および軽鎖可変ドメインのCDRのグラフティングによって作製した。ヒト化18-2A 7.1軽鎖可変ドメインL1（SEQ ID NO：20）は、ヒトアクセプター配列（GenBankアクセッション番号ACJ71709.1）へのマウス軽鎖のCDRのグラフティングによって構築した。18-2A 7.1軽鎖可変ドメインL2（SEQ ID NO：21）は、特定のヒトフレームワーク残基を、マウスモノクローナル抗体由来の対応する残基で置き換えることによって構築した。18-2A 7.1ヒト化重鎖可変ドメインH1（SEQ ID NO：22）は、ヒトアクセプター配列へのマウス重鎖のCDRのグラフティングによって構築した。18-2A 7.1ヒト化重鎖可変ドメインH2（SEQ ID NO：23）は、特定のヒトフレームワーク残基を、マウスモノクローナル抗体由来の対応する残基で置き換えることによって構築した。
【０２７６】
ヒト化抗体18-2A 7.1の重鎖可変領域および軽鎖可変領域の核酸配列およびアミノ酸配列を以下に示す。
【０２７７】
ヒト化18-2A 7.1重鎖可変領域H1
2015501639.tif 000032
2015501639.tif 000033
【０２７８】
ヒト化18-2A 7.1軽鎖可変領域L1
2015501639.tif 000034
2015501639.tif 000035
【０２７９】
ヒト化18-2A 7.1重鎖可変領域H2
2015501639.tif 000036
2015501639.tif 000037
【０２８０】
ヒト化18-2A 7.1軽鎖可変領域L2
2015501639.tif 000038
2015501639.tif 000039
【０２８１】
実施例8：抗CD-98モノクローナル抗体により媒介されるインビボでの腫瘍の阻害
腫瘍増殖および転移形成に対する抗体の有効性を、例えば、マウスの皮下または同所性癌異種移植片モデルで試験する。当技術分野において認識されているように、抗体は治療的物質とコンジュゲートされていなくてもよいかまたはコンジュゲートされていてもよい。
【０２８２】
CD-98に対するモノクローナル抗体を実施例1に記載したように産生させ、上記の通りに精製および特徴決定を行う。上記のようなキメラ抗体またはヒト化抗体を用いてもよい。1つの治療的モノクローナル抗体、または個々のモノクローナル抗体の混合物を含むカクテルを調製し、腫瘍異種移植片の皮下注射または同所性注射を受けるマウスの処理のために用いる。
【０２８３】
雌性SCIDマウスまたはnu-/-マウスの右側腹部への、PBS（マグネシウムもカルシウムも含まない）とBD Matrigel（BD Biosciences）の1：1比での混合物中にある1×107個の癌細胞の注射によって、皮下腫瘍を生じさせる。マウス1匹当たりの総注射容量は200mlとし、そのうち50％はMatrigel（BD Biosciences）である。腫瘍が65〜200mm3のサイズに達したところでマウスを無作為化する。抗体を毎週投与し、体重および腫瘍の測定をそれぞれ週1回および週2回行う。腫瘍体積は記載されている通りに算出する（van der Horst et al. (2009) Neoplasia 11: 355-364）。陰性対照として、マウスに精製マウスIgGもしくはPBSのいずれか；またはCD98以外の抗原を認識する精製モノクローナル抗体を注射する。
【０２８４】
実施例9：マウスにおけるB細胞リンパ腫異種移植片の増殖に対するCD-98モノクローナル抗体の効果
Ramos（B細胞リンパ腫）細胞株をATCCから入手し、供給元のプロトコールに従って培養した。動物はCharles River Laboratoriesから入手した。
【０２８５】
CB.17バックグラウンドを持つ4〜6週齡の免疫不全SCID雌性マウスに対して、PBS（マグネシウムもカルシウムも含まない）とBD Matrigel（BD Biosciences）の1：1比での混合物中にある1×107個の生細胞を、右側腹部に皮下注射した。マウス1匹当たりの総注射容量は200μlとし、そのうち50％はMatrigel（BD Biosciences）であった。腫瘍が65〜200mm3のサイズに達したところでマウスを無作為化した。抗体を毎週投与し、体重および腫瘍の測定をそれぞれ週1回および週2回行った。腫瘍体積は記載されている通りに算出した（van der Horst et al. (2009) Neoplasia 11: 355-364）。実験はすべて、各実験ポイント当たり少なくとも7匹の動物を含む群に対して行った。動物実験は、Igenica Inc.の施設内審査委員会‐動物管理使用委員会（Institutional Review Board-Animal Care and Use Committee）によって承認されたプロトコールに準拠して行った。
【０２８６】
処理群と対照群の間の統計学的有意性は、Graphpad Prismソフトウエアパッケージを用い、Studentの両側t検定を適用して算出した。0.05未満のp値を統計学的に有意とみなした。倍加時間および腫瘍増殖停止時間の分析は、Daniel et al. (2007) Blood 110:4037-4046に記載されている通りに算出した。
【０２８７】
リツキシマブ（抗CD20抗体）を、陽性対照治療的抗体として用いた。抗体HB121をIgG2a陰性対照とした。リツキシマブならびに抗CD98抗体8-93Aおよび18-3AはIgG1抗体であり、一方、他の抗CD98抗体はすべてIgG2a抗体である。
【０２８８】
抗CD98抗体による処理は、定着したB細胞リンパ腫（Ramos）腫瘍において強い腫瘍増殖阻害を誘導することが示されている。注目されることとして、抗CD98抗体処理は、腫瘍増殖阻害を誘導することに関してリツキシマブよりも優れていた（図5A、図5Bを参照）。
【０２８９】
抗CD98抗体は、処理を受けたRAMOS腫瘍の腫瘍増殖停止時間を有意に延長させることも示されている。図5A〜Cによる腫瘍再増殖データの腫瘍倍加時間を上記の通りに算出して、腫瘍増殖停止時間（TTP）のさらなる予測のために用いた。続いて、図6A〜Cに示されているように、TTPを、処理群内の各動物に対して2000mm3に達すると考えられるところまで外挿し、Kaplan-Meier曲線としてグラフ表示した。図6A〜Cに示されているように、さまざまな抗CD98抗体が、Ramos腫瘍における腫瘍増殖停止時間を延長させることに関して、リツキシマブよりも優れている。
【０２９０】
抗CD98抗体の潜在的な最大治療効果を評価する目的で、定着したRamos腫瘍の出発時腫瘍体積を増加させた。表3は、腫瘍体積出発サイズを増加させた場合のRamos異種移植片腫瘍モデルにおける抗CD98抗体の治療効果を示している。見てとれるように、抗CD98抗体は腫瘍体積を増加させた場合にも腫瘍増殖阻害（TGI）を保つ。
【０２９１】
（表３）
2015501639.tif 000040
【０２９２】
実施例10：インビボでの腫瘍増殖の阻害に対する抗CD-98モノクローナル抗体の効果
抗CD98モノクローナル抗体8-34Bおよび18-2Aの効果を、実施例7に記載したプロトコールを用いて、いくつかの異種移植片モデルにおいて検討した。
【０２９３】
DLD-1細胞株（結腸直腸癌）、A549細胞株（非小細胞肺癌）、Ramos細胞株（B細胞リンパ腫）およびOCI-AML-3細胞株（急性骨髄性白血病）をATCCから入手し、供給元のプロトコールに従って培養した。動物はCharles River Laboratoriesから入手した。CB.17バックグラウンドを持つ4〜6週齡の免疫不全NOD.SCID雌性マウスを肉腫モデル用に用い、CB.17バックグラウンドを持つ4〜6週齡の免疫不全SCID雌性マウスをRamosおよびDLD-1腫瘍モデル用に用い4〜6週齡の免疫不全nu-/-雌性マウスを、A549およびOCI-AML-3腫瘍モデル用に用いた。リツキシマブ（IgG1抗CD20抗体）またはエルビタックス（IgG1抗EGFR抗体）のいずれかを陽性対照として用い、無関係な抗原に対するIgG2a抗体を陰性対照として用いた。DC101は、ラット抗マウスVEGFR2／KDR IgG1 mAb（ATCC番号HB-11534）であり、陽性対照としての役を果たす。注射、抗体処理、および統計学的計算は、実施例9に記載した通りに行った。
【０２９４】
図6〜9に示されているように、抗CD98モノクローナル抗体18-2Aは、結腸直腸癌（DLD-1）、非小細胞肺癌（A549）、バーキットリンパ腫（Ramos）、およびAML（OCI-AML-3）異種移植片における腫瘍増殖の強力な阻害体である。18-2Aの効果は、リツキサン（図7）およびエルビタックス（図9および図10）の効果と比較して優位であった。
【０２９５】
抗CD98モノクローナル抗体8-34Bは、図7および図8に示されているように、Ramos異種移植片およびAML（OCI-AML-3）異種移植片における腫瘍増殖を阻害した。
【０２９６】
実施例11：異なる免疫不全バックグラウンドを有するマウス系統における抗CD98モノクローナル抗体
3種の抗CD98モノクローナル抗体の8-300B、8-34B、および18-2Aを、複数の異なるマウス系統を用いて、実施例9に記載した通りにRAMOS異種移植片モデルにおいて検討した。IgG2a抗体を陰性対照として用いた。3種の免疫不全マウス系統は、免疫無防備状態の程度がより軽度から高度までの範囲にわたっていた。SCIDマウスは機能的なB細胞およびT細胞を持たないが、ナチュラルキラー（NK）細胞の機能およびある程度の補体機能は保っている。NOD.SCIDマウスは補体機能を持たず、部分的なNK機能しか有しておらず、一方、NSG（NOD／SCID／γ）マウスはNK機能を持たない。
【０２９７】
図11に示されているように、RAMOS異種移植片モデルにおける抗CD98抗体の腫瘍増殖阻害効果は、より免疫適格性であるマウス系統で評価した場合の方が高く、このことは抗CD98抗体のインビボ抗腫瘍活性が免疫エフェクター機能とCD98活性の阻害との組み合わせに起因することを示している。ADCC機能およびCDC機能をすべて持たないNSGマウスにおける結果は、抗CD98抗体がRAMOS異種移植片におけるCD98の生物学的機能も阻害しうること、ならびにCD98がインビボでのRAMOS腫瘍の増殖および／または維持にとって決定的に重要でありうることを示唆している。
【０２９８】
実施例12：マウス抗CD98モノクローナル抗体およびキメラ抗CD98モノクローナル抗体のインビボ有効性
RAMOS異種移植片モデルにおいて、実施例9に記載したように、マウス抗CD98抗体8-34Bおよび18-2Aのインビボ有効性を、キメラ抗体8-34B-chおよび18-2A-ch7.1のものと比較した。抗体は0.5mg／kgの用量で検討した（ほぼ30nm）。図12に示されている結果は、キメラ抗CD98抗体が、それらの親マウス対応物と同程度の有効性でインビボ腫瘍増殖を阻害することを裏づけるものである。
【０２９９】
実施例13：ヒト化モノクローナル抗体IGN523のエピトープマッピング
材料および方法
試薬。FREESTYLE（商標）CHO-S細胞（Invitrogen）は、GlutaMAX（商標）を加えたFREESTYLE（商標）CHO発現培地（Invitrogen）中で維持した。対照抗体4F2およびMEM108は、それぞれSanta Cruz BiotechnologyおよびThermo Scientificから入手した。抗体は、適切なZenon Antibody Labeling Kit（Invitrogen）を用いてAlexa Fluor 647で標識した。
【０３００】
プラスミド構築。完全長CD98、CD98点突然変異体、ならびにマウスおよびヒトのCD98キメラ体は、遺伝子合成（GeneWiz）によって構築し、pCDNA3.1ベクター（Invitrogen）中にクローニングした。CD98 ECD、CD98 ECD点突然変異体およびCD98 ECDキメラ体は、遺伝子合成によって構築し、pDisplayベクター（Invitrogen）中にクローニングした。構築物はすべて、DNAシークエンシングによって確認した。
【０３０１】
CD98に対するIGN523結合の蛍光活性化細胞選別（FACS）分析。CD98キメラ体、CD98点突然変異構築物およびヒト野生型対照構築物を、Nucleofector 4D装置（Lonza）を用いる電気穿孔法によってトランスフェクトさせた。構築物をトランスフェクション溶液と混合し、続いてFREESTYLE（商標）CHO-S細胞に一過的にトランスフェクトさせた。トランスフェクトされたCHO-S細胞を、トランスフェクションから24時間後に収集した。細胞を定量し、続いてIGN523抗体、MEM108抗体、または4F2抗体によって染色した。染色の前に、抗体は、適切なZenon Antibody Labeling Kit（Invitrogen）を用いてAlexa Fluor 647で標識した。フローデータはMiltenyi MACSQuant Analyzer（Miltenyi Biotec）で取得し、データ解析はFlowJoソフトウエア・バージョン9.5.3（Tree Star, Inc.）を用いて行った。
【０３０２】
CD98上のIGN523結合領域の決定
IGN523結合に関与するCD98の領域を明らかにするために、ヒトCD98のおよそ40個の連続したアミノ酸の領域（SEQ ID NO：1）をマウスCD98の対応する領域（SEQ ID NO：96）によって置換し、IGN523の全結合に対するこれらの置換の効果をFACS分析を用いてモニターした。図13は、ヒト配列中に置換導入されて13種のマウス-ヒトCD98キメラ構築物を生じたマウス配列の領域を示している。図14は、マウスCD98（Mu）、ヒトCD98（Hu）、および13種のマウス-ヒトキメラ体に対するIGN523および対照抗体の結合を示している。これらの結果は、キメラ構築物10で置換された領域が、CD98に対するIGN523の結合のために必要なことを実証している。対照的に、対照抗体の結合の原因となる領域はキメラ体11および12で置換された領域内に認められることが見てとれる。
【０３０３】
図15は、マウス-ヒトCD98キメラ構築物を用いて同定された、その配列内にIGN523が結合するヒトCD98の領域の配列、およびCD98の三次元構造におけるこの配列の位置を示している。キメラ体10によって定められる領域は、CD98のアミノ酸残基T358-N405からなる。アミノ酸T358-G368（下線部）は結晶構造の中に埋まっており、結合境界面の一部である可能性は低い。ヒト配列とマウス配列の間での非保存的残基は太字で示されている。部位D391でのNの置換は、ヒトとの比較で、マウス配列中に余分なグリコシル化部位を1つ生じさせる。
【０３０４】
CD98における単一および複数の突然変異を用いたIGN523の微細マッピング
IGN523エピトープの範囲をさらに明確にするために、マウス-ヒトキメラ体10によって定められた領域内に単一または複数のアミノ酸変化を導入した。マウスCD98配列の一部分に由来する非相同残基をそれぞれヒトCD98配列に導入して、4種の構築物を作製した。構築物4.1は、突然変異I371L、D374Q、A375G、およびA376の欠失を含んでいた。構築物4.2は、突然変異M383AおよびE384Kを含んでいた。構築物4.3は、突然変異D391N、F395I、P396F、およびD397Hを含んでいた。構築物4.4は、突然変異G400R、A401P、およびA404Lを含んでいた。各々の構築物がトランスフェクトされたCHO細胞のFACS分析により、構築物4.1に含まれる突然変異がIGN523のCD98に対する結合を妨げることが示された（図16）。構築物4.4に含まれる突然変異も、より軽度ではあるが、CD98に対するIGN523の結合に影響を及ぼした（図16）。
【０３０５】
どの疎水性残基がヒトCD98に対するIGN523の結合境界面に関与するかを明らかにするために、標的としたループ領域における疎水性残基の単一突然変異構築物を、これらの疎水性残基をアスパラギン酸またはアスパラギンなどの高度に荷電したアミノ酸によって置換することによって作製した。これらの単一突然変異型構築物をCHO細胞に個別にトランスフェクトさせて、IGN523に対する結合を判定するためにFACSによって分析した。図17に示されているように、疎水性残基A377およびL378の荷電アミノ酸への突然変異は、IGN523結合に対して負の効果を及ぼした。より軽度ではあるが、残基I398およびA401の突然変異も、IGN523の結合に対して同様の負の効果を示した。
【０３０６】
CD98に対するIGN523の結合にとって重要な他の残基を同定するために、複数の突然変異を含むさらなる構築物を作製した。図18に示されているように、構築物M1における複数の突然変異（D374Q、D397H、G400R、およびA401P）により、IGN523の結合は完全に妨げられ、このことからこれらの残基の重要性が示された。構築物M2（D374EおよびA375E）およびM3（D397SおよびI398T）も、結合性の低下をもたらした。A376の欠失を含む構築物を用いたさらなる実験（図示せず）からは、この残基の存在が、エピトープループ領域の正しいフォールディングのために必要であると考えられることが示された。
【０３０７】
マウス-ヒトキメラ体、疎水性残基の突然変異および複数の突然変異を用いた結合試験に基づいて、以下のアミノ酸がIGN523エピトープの一部であると判定された：D374、A377、L378、D397、I398、G400、およびA401。
【０３０８】
ペプチドスキャニング分析
これらの突然変異試験を補完するものとして、IGN523の結合エピトープを、ペプチドスキャニング分析（PepScan）を用いてさらに分析した。
【０３０９】
ペプチドの合成：標的分子の不連続性エピトープを再構築するために、Pepscanが権利を持つスカフォールド上に化学結合したペプチド（Chemically Linked Peptides on Scaffolds）（CLIPS）技術（Pepscan）を用いて、構造化されたペプチドのライブラリーを合成した。スカフォールドに対するペプチドの化学結合は、本質的には以下の通りに実施した。ペプチド中の複数のシステインの側鎖を、1つまたは2つのCLIPSテンプレートとカップリングさせた。T2 CLIPSテンプレート1,3-ビス(ブロモメチル)ベンゼンの0.5mM溶液を、炭酸水素アンモニウム（20mM、pH 7.9）／アセトニトリル（1：1（v／v）中に溶解させた。この溶液をペプチドアレイに添加して、CLIPSテンプレートを、ペプチドアレイ（3μlウェルを有する455ウェルプレート）の固相結合ペプチド中に存在する2つのシステインの側鎖に結合させた。ペプチドアレイを、溶液中に完全に覆われた状態で、溶液中で穏やかに30〜60分間振盪させた。最後に、ペプチドアレイを過剰量のH2Oで十分に洗浄し、PBS（pH 7.2）中に1％ SDS／0.1％ β-メルカプトエタノールを含む破壊用緩衝液中での超音波処理を70℃で30分間行い、H2O中での超音波処理をさらに45分間行った。Timmerman et al. (2007), J. Mol. Recognit. 20:283-99；およびSlootstra et al. (1996), Molecular Diversity 1: 87-96に記載された方法も参照されたい。
【０３１０】
ELISAスクリーニング：合成したペプチドのそれぞれに対する抗体の結合を、PEPSCANに基づくELISAで検討した。ペプチドアレイを一次抗体溶液とともにインキュベートした（4℃で一晩）。洗浄後に、ペプチドアレイを抗体ペルオキシダーゼコンジュゲート（SBA、カタログ番号2010-05）の1／1000希釈物中で、25℃にて1時間インキュベートした。洗浄後に、ペルオキシダーゼ基質2,2'-アジノ-ジ-3-エチルベンズチアゾリンスルホネート（ABTS）および2μl／mlの3％ H2O2を添加した。1時間後に発色を測定した。発色は、電荷結合素子（CCD）-カメラおよび画像処理システムを用いて定量した。
【０３１１】
データ処理：CCDカメラから得られる値は0〜3000mAUの範囲にわたり、標準的な96ウェルプレートELISA-リーダーと同程度である。結果を定量し、Peplabデータベースに保存した。時折、ウェルが気泡を含み、疑陽性値が生じることがある。カードを手作業で点検して、気泡に起因する値はすべて0とスコア化した。
【０３１２】
合成品質管理：合成されたペプチドの品質を検証するために、陽性対照ペプチドおよび陰性対照ペプチドの別個のセットを並行して合成した。これらを、抗体57.9（Posthumus et al, J. Virology, 1990, 64:3304-3309）を用いてスクリーニングした。
【０３１３】
可変長ペプチドスクリーニングの結果は図19に示されている。各ペプチドに関するELISAの結果が横線として示されている。線の始点および終点はどの残基がペプチド中に含まれるかを示しており、線のY値はそのペプチドに関して得られたELISAの結果を示している。ペプチドに関するELISAの結果は、395FPDIPGA401（SEQ ID NO：42）に対する結合が主であり、379PGQP382（SEQ ID NO：43）に対する結合が二次的であることを示している。29種の単一位置アラニン置き換えセットの全体的分析により、394SFDIPGAVASANMTV407（SEQ ID NO：44）に対する結合が最も強いことが示された。図20は、ペプチドSEQ ID NO：44の各残基をアラニンに置き換え、元の残基がアラニンである場合にはグリシンに置き換えた、最良結合-単一位置-アラニン-置き換えペプチドセットの結果を示している。この分析は、残基F395、P396、D397、およびI398に対する依存性が最も強いことを示しており、これらがこのエピトープのコアを形成すると考えられる。
【０３１４】
次に、コンフォメーションエピトープに対する抗体の結合をアッセイする目的で、CLIPSコンフォメーションマトリックス構造を用いて、ペプチドスクリーニングで同定された2つの領域由来のペプチドの対を寄せ集めた。図21は、ヒトCD98の2つの部分配列（X軸およびY軸に示されている）を組み合わせたCLIPSコンフォメーションマトリックス構造から得られたデータを表しているヒートマップを示している。これらの結果から、二次構造に対する高度の依存性が示された。最良結合は、395FPDIPGAVSAN405（SEQ ID NO：70）および372GLDAAALPGQP382（SEQ ID NO：50）を組み合わせたペプチドで観察された。これらの2つのペプチドを、図22に示されているような突然変異誘発スクリーニングの基盤として用いた。SEQ1はペプチドの配列を示し、DIF1は配列中のどこに突然変異が位置するかを示している。グレーの部分は、突然変異していない配列を有するペプチドを示している。最後の列は、野生型ペプチドと突然変異ペプチドの間でのELISA値の差を示している。高い値は、突然変異が結合に対して強い負の効果を及ぼすことを示している。突然変異誘発スクリーニングは、P379、G380、D397、およびI398を重要な結合残基として同定した。
【０３１５】
図23は、ヒト化モノクローナル抗体IGN523の結合にとって重要であると判定されたアミノ酸残基の、ヒトCD98の表面上での位置を示している。図23Aは、キメラ試験および突然変異誘発試験によって同定された残基の位置を示しており、一方、図23Bは、Pepscan分析によって決定された残基の位置を示している。図23Cは、両方の残基セットがかなり重なり合うことを示しており、このことは、強調表示したループ領域がIGN523の結合エピトープであることを裏づけている。
【０３１６】
実施例14：ヒト化抗CD98モノクローナル抗体IGN523のインビボ抗腫瘍活性
抗CD98ヒト化モノクローナル抗体IGN523の効果を、実施例8に記載したプロトコールを用いて、いくつかの異種移植片モデルにおいて検討した。注射、抗体処理、および統計学的計算は、実施例9に記載した通りに行った。RAMOSモデル（RA.1）およびDAUバーキットリンパ腫モデルにおいて、IGN523を治療薬物リツキシマブの標準と比較した（図24および図25）。続いて、患者由来のNSCLC異種移植片モデルIGN-LNG-12において、IGN523を、カルボプラチンと、その最大耐量で比較した（図26）。また、IGN523をAML異種移植片モデルKG-1においても検討した（図27）。用いた腫瘍はNOD／SCIDマウスにおいて最小限の継代しか経ておらず、細胞培養も介在させていないが、これは元の腫瘍の異種混交性を保つためである。
【０３１７】
すべての場合に、IGN523は有意な腫瘍増殖阻害を示した。興味深いことに、IGN-LNG-12患者由来の腫瘍はNOD-SCIDマウスにおける体重減少をもたらし、これは腫瘍量と相関した（図26Aおよび26B）。カルボプラチンはその最大耐量で有意な腫瘍増殖阻害を誘導したものの、それは体重減少の増加も示した。これに対して、IGN523処理はカルボプラチンと同程度の抗腫瘍効果を発揮したものの、IGN-LNG-12によって誘発される体重減少は低下させた。これらのデータは、IGN523処理がこのNOD-SCIDモデルにおいてカルボプラチンと同程度に有効であり、しかも体重減少を誘発しないことを実証している。
【０３１８】
本データは、バーキットリンパ腫モデルRAMOS（RA.1）およびDAUにおける、患者由来の肺腫瘍異種移植片IGN-LNG-12における、ならびにAMLモデルKG-1における、有意な腫瘍増殖阻害を実証している。さらに、IGN523の腫瘍増殖阻害は、抗癌剤カルボプラチンまたはリツキシマブのそれぞれと同等である（表4）。
【０３１９】
（表４）
2015501639.tif 000041
【０３２０】
IGN-LNG-12腫瘍におけるIGN523の用量反応関係についても調べた。IGN-LNG-12を、「治療投与レジメン」を用いた抗体に対する用量反応の決定のために選んだ。IGN523を、第12日および第19日に、1mg／kg〜30mg／kgの用量で投与した（図15）。IGN-LNG-12肺腫瘍では、10mg／kgおよび30mg／kgの用量で、対照群に比して50〜66％の減少という最大の腫瘍増殖減少が生じた。
【０３２１】
以上を総合すると、インビボ有効性データにより、IGN523がさまざまな異種移植片モデルにおいて有意な腫瘍増殖阻害を誘導し、それが標準的な臨床的物質のものと少なくとも同等であることが実証されている。
【０３２２】
実施例15：ヒト化抗CD98モノクローナル抗体IGN523に関する受容体結合特異性
表5は、表記の種の間でのCD98の細胞外ドメイン（ECD）の、およびIGN523が結合するCD98のエピトープの、配列相同性のパーセンテージを示している。表5に示されているように、IGN523が結合するCD98のエピトープのヒトとカニクイザルの間の相同性は96％である。表面プラズモン共鳴（SPR、Biacore）、bio-layer干渉法（Octet）またはELISAなどのさまざまな方法を用いた受容体結合特異性試験により、IGN523はヒトおよびカニクイザルのCD98とは高い親和性で結合するが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、およびブタを含む他の種のCD98相同体とは、相同性が低いために結合しないことが明らかになった（表5）。BiacoreおよびOctetのデータから、IGN523のKDはヒトCD98については2〜6nMの範囲であり、カニクイザルCD98については8〜14nMの範囲であることが実証されている。ELISA結合データからは、IGN523のEC50がヒトCD98については9ngであり、カニクイザルCD98については39ngであることが示されている。
【０３２３】
（表５）
2015501639.tif 000042
ND＝測定せず
【０３２４】
カニクイザルが毒性試験のために妥当な種であるという確証を得るために、ヒトおよびカニクイザルの腎臓、胎盤、および大脳の凍結組織切片をIGN523で染色した（図29）。ヒトの腎臓および胎盤の凍結切片（陽性対照）では、尿細管上皮（腎臓）および栄養膜上皮細胞（胎盤）で中程度から高度の膜染色および細胞質染色が観察され、それは、対応するカニクイザル組織切片における染色強度と、同一ではないにしても同程度であった。ヒトおよびカニクイザルの大脳の場合にも、神経網および細胞質顆粒上皮の同程度に弱い〜中程度の細胞質染色が観察された。以上を総合すると、カニクイザル組織における染色は、ヒト組織におけるものと同等であると考えられる。親和性および染色のデータに基づけば、カニクイザルはIGN523の安全性を評価するための適切な種であると判断される。
【０３２５】
実施例16：カニクイザルにおける単回投与薬物動態
IGN523の非GLP下での試験的な単回投与静脈内薬物動態試験を、雄性および雌性カニクイザルにおいて、1、3、10、および100mg／kgの用量で行った（N＝性別／群ごとに2頭）。このサルにおいて、IGN523の顕著な用量依存的動態が、体重1kg当たり1、3、10、または100mgのIGN523の1時間の単回IV注入後に観察された。このため、用いたノンコンパートメント解析法の適用において暗黙の前提となる線形性に関する基本的仮定は、IGN523に対しては、試験したすべての用量範囲にわたって適用されず、用量群間の記述的比較を行うためのパラメーターが提示される。各用量レベルで性別ごとに評価した動物個体は2頭ずつに過ぎないものの、雄性個体と雌性個体の間でPKプロフィールの明らかな違いはみられなかった。雄性個体および雌性個体の平均濃度-時間プロフィールは、体重1kg当たり1〜100mgの範囲にわたるIGN523の用量で、各用量群の中では類似していた（表6）。
【０３２６】
（表６）IGN523のPKパラメーター
2015501639.tif 000043
T1/2λ；終末相半減期、CL；クリアランス、Vss；分布容量
【０３２７】
以上を総合すると、1〜100mg／kgの用量範囲で、IGN523の「見かけの」血漿CLの10分の1の減少がみられた。「見かけの」平均MRTおよび「見かけの」平均T1/2は、1〜100mg／kgの用量範囲で、12〜13倍に増加した。1、3、または10mg／kgの用量では「見かけの」平均Vssに差はみられなかったが、100mg／kg用量コホートでは「見かけの」平均Vssが、1、3、および10mg／kgコホートと比較しておよそ30〜40％大きかった。これらの所見はすべて、このサルにおけるIGN523の非線形動態特性が標的媒介性薬物体内動態（TMDD）に起因する可能性を示唆している。TMDDモデルはこれまでに、他のモノクローナル抗体の非線形動態を説明するために用いられている。TMDDは、抗体が、多量に発現される密集した細胞表面標的に対する特異性を有し、そのために、標的-抗体相互作用が低用量での量的に重要なクリアランス経路となる場合に生じる（Mager 2001, Mager 2003, Luu 2012）。
【０３２８】
実施例17：カニクイザルにおける繰り返し投与GLP試験
IGN523の毒性、PKおよび免疫原性を、カニクイザルにおけるGLP多回投与IV投与毒性試験において試験する。この試験により、臨床的エンドポイント、毒物動態、免疫原性（抗IGN523抗体の発生）、および広範囲の組織（注射部位を含む）にかかわる組織病理学に関する包括的データが得られ、これは、治験において投与されることになるものを代表する製剤化された材料を用いて実施される。加えて、選択された薬理学的安全性エンドポイント（神経行動学、心電図検査、呼吸挙動）についても評価する。
【０３２９】
投与レジメンは、8週間にわたる週1回の静脈内60分間注入とする。使用する用量は10、30、および100mg／kgのIGN523を週1回（合計9回の投与）とし、その後に4週間の無処理回復期間をおく（表5）。4週間の回復期間は、IGN523の完全なクリアランスを可能とし、起こりうる毒性の可逆性を評価するのに十分であると考えられる。最大用量はMTDに近似的であると予想され、患者において予期されるものを何倍も上回る曝露が得られる。免疫原性（抗IGN523抗体）および毒物動態のモニタリングも行う。
【０３３０】
（表７）提唱されたカニクイザルGLP毒性試験に関する処理群
2015501639.tif 000044
【０３３１】
表8には、カニクイザル多回投与GLP毒性試験に関する試験デザインの詳細な概要が記載されている。選択された薬理学的安全性エンドポイント（神経行動学、心電図検査、呼吸挙動）を、カニクイザルにおけるGLP繰り返し投与試験の状況下で評価する。
【０３３２】
（表８）カニクイザルGLP毒性の表にまとめた概要
2015501639.tif 000045
【０３３３】
実施例18：IGN523の溶血能の評価
IGN523の溶血能を、カニクイザルの全血を用いてインビトロで評価する。この検査の結果は、ヘモグロビンに対して起こりうる影響を特定するために用いられる。この試験は、非ヒト霊長動物の全血を用いて、全血採取日に行われる。表8には、IGN523の溶血能評価のためのGLP試験デザインの概要が記載されている。
【０３３４】
（表２）提唱された溶血能評価GLP試験の概略
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【０３３５】
実施例19：静脈内および血管周囲の急性刺激作用
高濃度での注射の近接区域における短期毒性を評価するために、刺激作用および局所組織耐性に関する試験をデザインする。この試験の一環として、初期曝露に遭遇すると予想される組織に対する影響を特定するために、化合物を静脈内および血管周囲に投与する。ウサギが、この評価のための標準的な動物モデルである。
【０３３６】
実施例20：IGN523の組織交差反応
IGN523の組織交差反応プロフィールを、FDAガイダンス、ヒト使用のためのモノクローナル抗体製品の製造および試験において考慮すべき点（Points to Consider in the Manufacture and Testing of Monoclonal Antibody Products for Human Use）（February、1997）に詳述されている、あらゆる種類のヒト組織を用いて特徴決定する。試験すべき組織の包括的一覧が、表9に含められている。
【０３３７】
（表３）提唱されたGLP組織交差反応試験の概観
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【０３３８】
実施例21：再発性または治療抵抗性の急性骨髄性白血病を有する患者におけるIGN523の安全性および薬物動態を評価するための第I相臨床試験
主目的
この試験の主目的は、以下の通りである。
・再発性または治療抵抗性の急性骨髄性白血病（AML）の患者に対して週1回投与で開始する計画で投与されたIGN523の安全性および忍容性を評価すること。
・週1回ずつ4回投与する場合のIGN523の最大耐量（MTD）および用量規定毒性（DLT）を明らかにすること。
・安全性、薬物動態、および薬力学データに基づいてIGN523の推奨される第2相用量（RP2D）を特定すること。
【０３３９】
副次的目的
・IGN523に対する抗体形成の発生率を評価すること。
・再発性または治療抵抗性のAMLの患者におけるIGN523の薬物動態を特徴決定すること。
・再発性または治療抵抗性のAMLの患者におけるIGN523の抗白血病活性の予備的評価を行うこと。
・IGN523の抗白血病活性を予測しうる可能性のある生物学的マーカーの予備的評価を行うこと。
【０３４０】
方法
標準的な3＋3デザインを用いるおよそ6つの用量コホートに加えて、MTDまたはRP2Dでの拡張コホートを用いる、非盲験用量段階的増大試験。
【０３４１】
被験者数
用量段階的増大：およそ21〜30人
用量拡張：20人
【０３４２】
治験薬
IGN523薬物製品を、25mL単回使用ガラスバイアルに入った20mLの10mg／mL溶液として供給する。適切な容積のIGN523薬物製品を250mLに希釈して、静脈内（IV）に1時間かけて注入する。第I相用量段階的増大試験（セクション10.2.1におけるプロトコール概要を参照）では、患者のコホートに対して、週1回、最大30mg／kgまでの段階的増大用量で、8回の投与による治療を行う。継続的な臨床的有益性（すなわち、疾患進行がみられず、かつ非忍容性毒性がない）が得られている患者には、8週を超える継続的治療を提供する。患者内での用量段階的増大は、適切用量でのデータの蓄積を最大にするため、および治療量以下で可能性のある用量での患者の治療を最小にするために、特定の条件（セクション10.2.1に記載）下で許容される。
【０３４３】
診断および主要な組み入れ基準
有効な標準療法が存在しない再発性または治療抵抗性のAML
・測定可能疾患がなければならない。
・18歳以上である。
・米国東海岸癌臨床試験グループ（Eastern Cooperative Oncology Group）（ECOG）の活動指標が0〜2である。
・期待余命が少なくとも12週間である。
・血小板数が25,000／mm3以上である（輸血によって維持しうる）。
・AST（SGOT）／ALT（SGPT）が施設内の正常上限（ULN）の2.5倍以下である。
・総ビリルビン値が施設内ULNの1.5倍以下である。
・クレアチニン値が施設内ULNの2倍以下である、またはクレアチニンクリアランスの算出値または実測値が50mL／分以上である。
・妊娠の可能性のある女性、および男性に対しては、試験登録の前および試験参加期間を通じて、妥当な避妊法（ホルモンまたはバリアによる避妊法；禁欲）を用いることの同意を得ること。
・書面によるインフォームドコンセント文書を理解する能力があり、署名する意志があること。
【０３４４】
除外基準
・第1サイクルの第1日の前に、4週間以内にモノクローナル抗体療法を使用した、または2週以内に化学療法もしくは放射線療法を使用した（末梢芽球数を抑制するために第1サイクル、第1日の最大72時間前に投与されるヒドロキシ尿素は許可する）。
・抗癌療法の前に、NCI CTCAE v4.0のグレード1を上回る未解決の急性毒性がある。
・免疫抑制療法を現時点で必要とする同種幹細胞移植を以前に受けている。
・モノクローナル抗体療法に対する重度のアレルギー反応またはアナフィラキシー反応の既往がある。
・白血病の軟髄膜またはCNSへの波及が判明している。
・進行中または活動性の感染症、症候性のうっ血性心不全、不安定狭心症、心不整脈または精神疾患を非限定的に含む、制御不能な併発疾患／試験の要求事項についてのコンプライアンスの制約になると考えられる社会的状況。
・第1サイクルの第1日から4週間以内に最近、大手術を受けていない。
・妊娠中または授乳中の女性。
【０３４５】
診断計画
末梢血（または骨髄）由来の患者AML試料を、試験登録後に、CD98の発現に関して遡及的に分析する（患者スクリーニングの一環としては分析せず、試験適格性の条件としても用いない）が、これは以下の根拠による。
・CD98は、大半（ほぼ94％）のAML患者のCD34+／CD33+およびCD34+／CD33-部分集団において、正常骨髄試料由来の同様に「ゲーティングされた」細胞と比較して、差異を伴って過剰発現される。
・提唱された第I相試験において、患者を参加に関して選別するため（または患者が参加するのを除外するため）に適切と考えられる、患者試料でのCD98発現の検出および定量のための臨床的に有効と認められた方法が存在しない。
・アッセイ法の定量および第I相の結果の分析を用いて、患者選択を必要とする可能性のある将来の臨床試験のデザインに関する情報が得られると考えられる。
【０３４６】
被験製品、投与様式、出発用量
IGN523
静脈内注入
出発用量：カニクイザルGLP多回投与毒性試験で観察された最大無有害作用量（NOAEL）のヒト等価用量（HED）の1／6を超えないこと。
【０３４７】
コホート開始およ治療期間
新たな各用量コホートにおける最初の患者には、以後の患者登録または用量の決定に影響を及ぼす可能性のある、起こりうる重度のおよび／または重篤な急性（例えば、注入関連）毒性の観察が可能となるように、そのコホートにおける他の患者よりも少なくとも1日前に投与を行う。
【０３４８】
患者は、IGN523の毎週の静脈内投与を8週間にわたって受ける（28日サイクルを2回）。8週を超える投与は、継続的な臨床的有益性（すなわち、疾患進行がみられない）および許容される安全性に関する基準を満たす患者に対して、最長1年にわたって許容される。
【０３４９】
患者内の用量段階的増大
適切用量での情報の収集を最大にするため、かつ最適以下の用量であり可能性のある用量への患者の曝露を最小にするために、患者内での用量段階的増大は、以下の条件下で許容する。
・いかなる用量段階的増大の前にも、患者は、最初に指定された用量レベルで、少なくとも2回の28日サイクルを完了していなければならない。
・患者は、IGN523投与の少なくとも1回の28日サイクルを通じて、3つ〜6つの患者用量コホートを完了した後に初めて、その用量を最大用量レベルに段階的に増大させることができる。
・患者内用量段階的増大の決断はすべて、治験モニター（Medical Monitor）との提携下で、患者にとって最も有益であると感じられるかどうかについての治験担当医の判断に基づくものとする。
【０３５０】
DLTの定義
DLTは、第1サイクルの第1〜28日に起こり、治験担当医によってIGN523と関連している（かつ、明らかに特定しうる別の原因によるものではない）と判断された以下の有害事象のいずれかとする。
・グレード3または4の非血液学的毒性、ただし以下を除く。
‐注入中または注入の完了後24時間以内に起こり、注入速度の低下、支持療法、および／またはコルチコステロイドの投与から24時間以内に解消する、可逆性のグレード3の非アレルギー性注入毒性（発熱、悪寒／硬直、悪心、嘔吐、掻痒、頭痛、鼻炎、皮疹、筋力低下、および／または低酸素症（呼吸窮迫の徴候／症状は存在しない）など）。
‐グレード3もしくは4の高尿酸血症、高リン酸血症または低カルシウム血症、またはグレード3の高カリウム血症、ただし一過性（すなわち、持続が48時間以内）で、臨床的な腫瘍溶解症候群（すなわち、クレアチニン値がULNの1.5倍以上、心不整脈、突然死または発作）を伴わない場合。
・出血をもたらすか、または血小板輸血なしでは2週以内にベースライン値の80％以上に改善しない、（輸血補助を必要とする既存の血小板減少症を有しない患者における）グレード3または4の血小板減少症。
・発熱（口腔温度または鼓膜温度が100.4°F／38℃）を伴うか、または増殖因子の補助なしでは2週以内にベースライン値の80％以上に改善しない、（増殖因子の補助を必要とする既存の好中球減少症を有しない患者における）グレード3または4の好中球減少症。
【０３５１】
DLTの時間枠
第1サイクルの第1〜28日
【０３５２】
用量段階的増大スキーム
用量段階的増大は、所与のコホートにおける各個体が第28日に達した後に、初めて行いうる。疾患進行をきたして、DLTを伴わずに第28日の前に試験から脱落した患者は、DLTについては評価不能であり、置き換えられる。用量段階的増大は、コホート間で、以下のスキームに従って最大100％（または、重大なAEが観察された場合にはそれ未満）の増分で進められる。
・所与の用量レベルで患者3例中0例がDLTを有した場合には、3人の患者を次の用量レベルに組み入れることができる。
・所与の用量レベルで患者3例中2例以上がDLTをきたした場合には、用量段階的増大を停止し、この用量はMTDを上回ると宣言する。
・所与の用量レベルで患者3例中1例がDLTをきたした場合には、さらに少なくとも3人の患者を同じ用量レベルに組み入れる。これらの患者の3例中0例がDLTをきたした場合には、次の用量レベル（用量増分は100％未満と考えられる）に進む。この群の1例またはそれ以上がDLTをきたした場合には、用量段階的増大を停止し、この用量はMTDを上回ると宣言する。
・MTDを上回ると、その前の用量段階的増大の増分が30％以下であった場合には、最低6人の評価可能な患者を、以前の用量レベルに、それをMTDとして評価するために組み入れてもよい。その前の用量段階的増大の増分が30％を上回る場合には、2つの最大用量レベルの中にある少なくとも1つの用量レベルを評価する。
・最低6人の患者のうち3分の1未満でDLTをもたらす最大用量レベルについては、MTDと宣言する。
【０３５３】
用量段階的増大委員会
用量段階的増大を進めること、用量段階的増大スキームを変更すること、または試験を中止することへの合意は、治験モニター、薬物安全性責任者およびさらなる臨時の試験チームメンバーで構成される施設内用量段階的増大委員会によって、各試験コホートの終結時に、治験担当医との協議の上で下される。この委員会は、以後のコホートに対して用量段階的増大を決断する前に、現行のコホートから入手可能なすべての試験データ、および過去のコホートにおける使用可能なすべての安全性データを吟味する。試験の被験者は全員、疾患進行、非許容性毒性、服薬非遵守、または被験者の希望によるかもしくは治験担当医の判断による脱落までは、被験療法を受けるものとする。
【０３５４】
有効性評価の基準
末梢血数。
骨髄吸引および生検。
安全性。
以下の通りの安全性アウトカム尺度：
DLTの発生および性質、
有害事象の発生および重症度。
【０３５５】
PK試料採取
PK評価は以下のスケジュールで行う。
第1日の投与：投与前、ならびに投与後の30分、4時間、24時間、および48時間（または72時間）。
第8、15、および21日の投与：投与前、ならびに投与後の30分、4時間、および48時間（または72時間）。
その後の投与：投与前、および投与後の30分。
【０３５６】
拡張コホート
さらなる安全性、忍容性および薬物動態データ、ならびに臨床活性に関する予備的証拠を得るために、再発性または治療抵抗性のAMLを有する最大20人のさらなる患者を、MTDまたはRP2Dにて拡張コホートに組み入れる。MTDは主として、第I相のDLT観察期間中に観察された安全性（DLT）データによって判定されるが、RP2Dは、DLTの時間枠を超えるさらなる安全性データも考慮に入れることができ、PKおよび標的占有データを含む、第I相用量段階的増大の間に集められた情報も含むことができる。
【図１】
2015501639.tif 000049
【図２】
2015501639.tif 000050
【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
2015501639.tif 000052
【図３Ｃ−１】
2015501639.tif 000053
【図３Ｃ−２】
2015501639.tif 000054
【図４Ａ】
2015501639.tif 000055
【図４Ｂ】
2015501639.tif 000056
【図５Ａ】
2015501639.tif 000057
【図５Ｂ】
2015501639.tif 000058
【図５Ｃ】
2015501639.tif 000059
【図６Ａ】
2015501639.tif 000060
【図６Ｂ】
2015501639.tif 000061
【図６Ｃ】
2015501639.tif 000062
【図７】
2015501639.tif 000063
【図８】
2015501639.tif 000064
【図９】
2015501639.tif 000065
【図１０】
2015501639.tif 000066
【図１１−１】
2015501639.tif 000067
【図１１−２】
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【図１２】
2015501639.tif 000069
【図１３】
2015501639.tif 000070
【図１４Ａ−１】
2015501639.tif 000071
【図１４Ａ−２】
2015501639.tif 000072
【図１４Ａ−３】
2015501639.tif 000073
【図１４Ａ−４】
2015501639.tif 000074
【図１４Ｂ−１】
2015501639.tif 000075
【図１４Ｂ−２】
2015501639.tif 000076
【図１４Ｂ−３】
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【図１４Ｂ−４】
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【図１５】
2015501639.tif 000079
【図１６−１】
2015501639.tif 000080
【図１６−２】
2015501639.tif 000081
【図１７Ａ−１】
2015501639.tif 000082
【図１７Ａ−２】
2015501639.tif 000083
【図１７Ａ−３】
2015501639.tif 000084
【図１７Ａ−４】
2015501639.tif 000085
【図１７Ｂ−１】
2015501639.tif 000086
【図１７Ｂ−２】
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【図１７Ｂ−３】
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【図１８−１】
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【図１８−２】
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【図１８−３】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１−１】
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【図２１−２】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成26年9月3日(2014.9.3)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
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【国際調査報告】
2015501639.tif 000104
2015501639.tif 000105
2015501639.tif 000106