(57)【要約】  本発明は、オオアワガエリタンパク質及びペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体、並びにオオアワガエリタンパク質及びペプチドの方法及び使用に関する。方法には、例えば、免疫応答をモジュレートすること；アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患に対して対象者を保護するか、対象者を前記アレルギー応答等について処置すること；及び対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導することが含まれる。【選択図】図１
2015513527.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
表１に示されるオオアワガエリ(Timothy Grass)のアミノ酸配列(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)又はそのサブ配列、ホモログ若しくはバリアントを含んでなるか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になるタンパク質又はペプチド。
【請求項２】
表１に配列番号204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、282、283、284、285、286、287、289、290、291、292、293、294、295、296、489、490及び491として示される配列のいずれかからなるものではない請求項１に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項３】
表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるオオアワガエリのアミノ酸配列又はそれらのサブ配列、ホモログ若しくはバリアントを含んでなるか、前記アミノ配列等からなるか又は該アミノ配列等から本質的になるタンパク質又はペプチド。
【請求項４】
表４に配列番号1517、1542、1598、1679、1761、1849、1850、1851、1935、2040、2116、2133及び2134として示される配列のいずれかからなるものではない請求項３に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項５】
前記ホモログ又はバリアントが表１に示されるオオアワガエリのアミノ酸配列(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)に対して少なくとも65％の相同性又は同一性を有する、請求項１又は３に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項６】
前記サブ配列が７〜30アミノ酸長であり、少なくとも７連続アミノ酸が表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６に示される前記対応するオオアワガエリのアミノ酸配列の少なくとも７連続アミノ酸に対して少なくとも75％同一又は相同である、請求項３に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項７】
前記サブ配列、ホモログ又はバリアントが
ｉ．表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６に示されるアミノ酸配列を含んでなる30アミノ酸長までのペプチド；又は
ii．表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６に示されるアミノ酸配列の少なくとも７連続アミノ酸に対して少なくとも75％の同一性又は相同性を有する少なくとも７連続アミノ酸のサブ配列を含んでなる７〜30アミノ酸長のペプチド
である請求項１〜６のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項８】
前記オオアワガエリのアミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントがアレルゲン又は抗原を含んでなる、請求項１〜７のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項９】
前記オオアワガエリのアミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントが抗アレルゲン免疫応答を減少させ、阻害し、抑制し又は低下させる、請求項１〜８のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１０】
前記オオアワガエリのアミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントが抗アレルゲン免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる、請求項１〜９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１１】
前記抗アレルゲン免疫応答が抗オオアワガエリアレルゲン免疫応答を含んでなる、請求項９又は１０に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１２】
抗アレルゲン免疫応答がＴ細胞応答を含んでなる、請求項９〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１３】
抗アレルゲン免疫応答が刺激され、誘導され、増大し又は増強したリンホカイン産生を含んでなる、請求項９〜１１のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１４】
M.693、M.692、M.125、M.714、M.721、M.705、M.591、M.418、M.689、M.644、M.414、M.624、M.617、M.704、M.331、M.604、M.291、M.151、M.498、M.561、M.399、M.603、M.226、M.636、M.473、M.437、M.634、M.676、M.422、M.431、M.387、M.722、M.610、M.574、M.531、M.305、M.282、M.271、M.159、M.83、M.348、M.285、M.288、M.287、M.212、M.715、M.725、M.694、M.701、M.595、M.718、M.720、M.723、M.648、M.662、M.576、M.618、M.631、M.682、M.421、M.654、M.393、M.669、M.625、M.655、M.524、M.570、M.341、M.342、M.450、M.343、M.639、M.555、M.546、M.606、M.628、M.248、M.466、M.328、M.695、M.658、M.560、M.548、M.269、M.728、M.653、M.759、M.765、M.747、M.763、M.733、M.651、M.677、M.597、M.547、M.761、M.571、M.562、M.657、M.738、M.734、M.621、M.741、M.177、M.579、M.513、M.446、M.388、M.391、M.593、M.506、M.395、M.381、M.372、M.619、M.656、M.525、M.698、M.699、M.439、M.630、M.708、M.620、M.758、M.764、M.746、M.762、M.716、M.726、MN.66、M.717、M.727、M.719、M.724、M.577、M.8、M.235、M.678、M.675、M.641、M.499、M.583、M.649、M.6、M.29、M.34、M.183、M.101、M.149、M.164、M.129、M.45、M.116、M.165、M.146、M.69、M.123、M.107、M.3、M.113、M.204、M.174、M.178、M.191、M.580、M.587、M.594、M.539、M.569、M.588、M.615、M.578、M.352、M.514、M.419、M.443、M.540、M.640、M.642、M.646、M.627、M.626、M.645、M.652、M.650、M.559、M.622、M.565、M.567、M.581、M.609、M.182、M.134、M.283、M.297、M.367、M.84、M.189、M.586、M.496、M.255、M.471、M.575、M.163、M.314、M.194、M.294、M.472、M.369、M.104、M.206、M.24、M.469、M.420、M.444、M.697、M.687、M.713、M.638、M.673、M.700、M.702、M.707、M.710、M.683、M.670、M.643、M.663、M.664、M.666、M.748、M.731、M.735、M.750、M.752、M.756、M.754、M.608、M.740、M.39、M.303、M.389、M.390、M.284、M.201、M.28、M.364、M.344、M.74、M.180、M.317、M.298、M.192、M.77、M.92、M.144、M.9、M.296、M.187、M.172、M.72、M.38、M.239、M.289、M.240、M.214、M.365、M.614、M.598、M.632、M.633、M.616、M.690、M.607、M.672、M.545、M.671、M.272、M.301、M.202、M.492、M.647、M.457、M.686、M.495、M.486、M.729、M.760、M.668、M.599、M.417、M.635、M.584、M.592、M.709、M.489、M.392、M.347、M.458、M.464、M.415、M.520、M.410、M.467、M.494、M.374、M.118、M.346、M.318、M.519、M.600、M.254、M.438、M.479、M.523、M.380、M.480、M.371、M.482、M.261、M.108、M.260、M.556、M.461、M.400、M.474、M.490、M.491、M.401、M.470、M.409、M.435、M.553、M.537、M.402、M.481、M.483、M.554、M.538、M.234、M.237、M.264、M.563、M.566、M.532、M.557、M.573、M.549、M.550、M.551、M.558、M.463、M.684、M.739、M.637、M.517、M.712、M.732、M.711、M.730、M.736、M.737、M.247、M.13、M.57、M.61、M.47、M.43、M.32、M.518、M.267、M.73、M.270、M.150、M.366、M.679、M.680、M.230、M.530、M.667、M.505、M.488、M.445、M.436、M.508、M.688、M.613、M.487、M.552、M.572、M.336、M.534、M.213、M.384、M.220、M.147、M.127、M.145、M.33、M.110、M.173、M.50、M.249、M.18、M.5、M.25、M.394、M.329、M.330、M.345、M.323、M.316、M.130、M.131、M.203、M.227、M.128、M.70、M.292、M.526、M.585、M.681、M.685、M.596、M.660、M.674、M.703、M.504、M.515、M.521、M.493、M.497、M.509、M.533、M.484、M.302、M.478、M.222、M.691、M.510、M.119、M.535、M.543、M.528、M.529、M.373、M.590、M.361、M.432、M.477、M.408、M.568、M.589、M.462、M.516、M.522、M.412、M.4、M.256、M.56、M.55、M.64、M.22、M.148、M.205、M.332、M.171、ME.3566、ME.4276、ME.4056、ME.3805、ME.3720、ME.3916、ME.3855、ME.1412、ME.4234、ME.4088、ME.4115、ME.4210、ME.3897、ME.4229、ME.4231、ME.4280、ME.4281、ME.1571、ME.4190、ME.4230、ME.3882、MN.82、MN.124、MN.169、MN.185、MN.140、MN.201、MN.193、MN.183、MN.184、MN.173、MN.210、MN.206、MN.136、MN.94、MN.83、MN.14、MN.3、MN.46、MN.17、MN.20、MN.12、MN.35、MN.15、MN.38、MN.74、MN.41、MN.67、MN.27、MN.75、MN.47、MN.33、MN.86、MN.59、MN.8、MN.51、MN.62、MN.56、MN.30、MN.81、MN.91、MN.36、MN.71、MN.80、MN.76、MN.96、MN.106、MN.90、MN.57、MN.25、MN.108、MN.186、MN.58、MN.6、MN.77、MN.107、MN.203、MN.204、MN.211、MN.205、MN.68、MN.98、MN.93、MN.113、MN.123、MN.69、MN.178、MN.182、MN.4、MN.166、MN.167、MN.172、MN.168、MN.105、MN.39、MN.194、MN.195、MN.101、MN.116、MN.181、MN.97、MN.54、MN.156、MN.117、MN.163、MN.175、MN.102、MN.202、MN.157、MN.119、MN.114、MN.92、MN.88、MN.153、MN.95、MN.128、MN.122、MN.118、MN.99、MN.72、MN.214、MN.219、MN.220、MN.199、MN.224、MN.218、MN.215、MN.207、MN.223、MN.221、MN.222、MN.216、MN.162、MN.142、MN.158、MN.141、MN.53、MN.111、MN.112、MN.120、MN.130、MN.132、MN.127、MN.121、MN.139、MN.146、MN.64、MN.87、MN.89、MN.37若しくはMN.164のオープンリーディングフレーム識別名を有するタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそれらのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含んでなるか、前記アミノ酸配列等からなるか、又は該アミノ酸配列等から本質的になる請求項１〜１３のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１５】
IgG又はIgE反応性抗原又はアレルゲンである請求項１〜１４のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１６】
前記アミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントがTh2免疫応答をモジュレートする、請求項１〜１５のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１７】
前記アミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントが細胞によるリンホカイン又はサイトカインの産生をモジュレートする、請求項１〜１６のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１８】
前記アミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントがアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか、又はアレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、向上させ、増大させ若しくは増強させる、請求項１〜１７のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項１９】
前記アミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントがオオアワガエリアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか、又はオオアワガエリアレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、向上させ、増大させ若しくは増強させる、請求項１〜１８のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２０】
前記アミノ酸配列、そのサブ配列、ホモログ又はバリアントがリンホカイン、サイトカイン、IL-5(インターロイキン-５)、IL-4(インターロイキン-４)、IL-10(インターロイキン-10)、IL-13(インターロイキン-13)、IL-17(インターロイキン-17)又はIFN-γ(インターフェロン-γ)の産生をモジュレートする、請求項１〜１９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２１】
前記リンホカイン、サイトカイン、IL-5(インターロイキン-５)、IL-4(インターロイキン-４)、IL-10(インターロイキン-10)、IL-13(インターロイキン-13)、IL-17(インターロイキン-17)又はIFN-γ(インターフェロン-γ)の産生がイムノアッセイにより検出される、請求項２０に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２２】
前記アミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントがTh2免疫応答を増大させ、誘導し、惹起し若しくは刺激し；細胞によるリンホカイン産生を増大させ、誘導し、惹起し若しくは刺激し；又はIL-5(インターロイキン-５)、IL-4(インターロイキン-４)、IL-10(インターロイキン-10)、IL-13(インターロイキン-13)、IL-17(インターロイキン-17)若しくはIFN-γ(インターフェロン-γ)の産生を増大させ、誘導し、惹起し若しくは刺激する、請求項１〜２０のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２３】
前記Th2免疫応答又はリンホカイン、IL-5、IL-4、IL-10、IL-13、IL-17若しくはIFN-γ産生が末梢血単核細胞(PBMC)を前記タンパク質又はペプチドと接触させ、続いてイムノアッセイにより測定される、請求項２２に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２４】
前記アミノ酸配列が約５〜10、10〜15、15〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、45〜50、50〜60、60〜70、70〜80、90〜100、100〜125、125〜150、150〜175、175〜200、200〜250、250〜300アミノ酸残基の範囲内の長さ又はより長いアミノ酸残基長を有する、請求項１〜２３のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２５】
前記アミノ酸配列が25アミノ酸長までの範囲の長さ又は約７〜25、７〜20；８〜30；８〜25；８〜20；９〜30；９〜25；９〜20；10〜30；10〜25；若しくは10〜30アミノ酸残基長を有する、請求項１〜２３のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２６】
前記アミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントが単離されている請求項１〜２５のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２７】
前記アミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントが基体に固定されている、請求項１〜２６のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２８】
前記アミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントが基体に固定され、各固定アミノ酸配列、サブ配列、ホモログ又はバリアントが基体上で独特な又は別個の位置又はアドレスを有する、請求項１〜２６のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２９】
前記基体がガラス、シリカ、プラスチック、ポリエチレン、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリアセテート、ポリカーボネート、ポリアミド、ポリエステル、ポリウレタン又はポリ塩化ビニルを含んでなる、請求項２７又は２８に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項３０】
請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを含んでなる組成物。
【請求項３１】
請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを含んでなる医薬組成物。
【請求項３２】
請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを含んでなるワクチン組成物。
【請求項３３】
上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドをコードする単離された核酸。
【請求項３４】
請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドをコードする単離された核酸。
【請求項３５】
上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドを発現する細胞。
【請求項３６】
請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを発現する細胞。
【請求項３７】
真核細胞又は原核細胞である請求項３５又は３６に記載の細胞。
【請求項３８】
哺乳動物、昆虫、真菌又は細菌の細胞である請求項３５又は３６に記載の細胞。
【請求項３９】
細胞を、オオアワガエリアレルゲン又は抗原に対する細胞の免疫活性をモジュレートするに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドと接触させることを含んでなる、オオアワガエリアレルゲン又は抗原に対する細胞の免疫活性をモジュレートする方法。
【請求項４０】
細胞を、オオアワガエリアレルゲン又は抗原に対する細胞の免疫活性をモジュレートするに十分な量の請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドと接触させることを含んでなる、オオアワガエリアレルゲン又は抗原に対する細胞の免疫活性をモジュレートする方法。
【請求項４１】
オオアワガエリアレルゲン又は抗原に対する細胞の免疫活性のモジュレーションに使用するための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項４２】
オオアワガエリアレルゲン又は抗原に対する細胞の免疫活性をモジュレートする医薬の製造のための、上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドの使用。
【請求項４３】
オオアワガエリアレルゲン又は抗原に対する細胞の免疫活性をモジュレートする医薬の製造のための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドの使用。
【請求項４４】
細胞においてオオアワガエリアレルゲン又は抗原に対する免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ又は向上させることを含んでなる請求項３９〜４３のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項４５】
対象者に、該対象者におけるオオアワガエリアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートするに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドを投与することを含んでなる、対象者におけるオオアワガエリアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートする方法。
【請求項４６】
対象者に、該対象者におけるオオアワガエリアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートするに十分な量の請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを投与することを含んでなる、対象者におけるオオアワガエリアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートする方法。
【請求項４７】
対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答のモジュレーションに使用するための請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項４８】
対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートする医薬の製造のための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドの使用。
【請求項４９】
オオアワガエリタンパク質又はペプチドアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか又は対象者による該アレルゲンの寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させるに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、オオアワガエリタンパク質又はペプチドアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか又は該アレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させる方法。
【請求項５０】
オオアワガエリタンパク質又はペプチドアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか又は対象者による該アレルゲンの寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させるに十分な量の請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、オオアワガエリタンパク質又はペプチドアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか又は該アレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させる方法。
【請求項５１】
オオアワガエリアレルゲンに対する対象者の脱感作又は対象者による該アレルゲンの寛容の誘導、惹起、増大若しくは向上に使用するための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項５２】
オオアワガエリアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか又は対象者による該アレルゲンの寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させる医薬の製造のための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドの使用。
【請求項５３】
対象者におけるアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は対象者に前記アレルギー反応等に対する保護を提供するに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、対象者における前記アレルギー反応等のリスクを低下させるか又は対象者に該アレルギー反応等に対する保護を提供する方法。
【請求項５４】
対象者におけるアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は対象者に前記アレルギー反応等に対する保護を提供するに十分な量の請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、対象者における前記アレルギー反応等のリスクを低下させるか又は対象者に該アレルギー反応等に対する保護を提供する方法。
【請求項５５】
対象者におけるアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクの低下又は対象者への前記アレルギー反応等に対する保護の提供に使用するための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項５６】
対象者におけるアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は対象者に前記アレルギー反応等に対する保護を提供する医薬の製造のための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドの使用。
【請求項５７】
対象者におけるアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクの低下又は対象者への前記アレルギー反応等に対する保護の提供に使用するための、上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチド。
【請求項５８】
対象者におけるアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクの低下又は対象者への前記アレルギー反応等に対する保護の提供に使用するための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項５９】
アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患について対象者を処置するに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を処置する方法。
【請求項６０】
アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患について対象者を処置するに十分な量の請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含んでなる、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を処置する方法。
【請求項６１】
アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患の処置に使用するのための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項６２】
アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を処置する医薬の製造のための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドの使用。
【請求項６３】
対象者のアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患の処置に使用するための、上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチド。
【請求項６４】
対象者のアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患の処置に使用するための、請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項６５】
或る量の、IgG、IgA、IgM又はIgD反応性抗原又はアレルゲンであるオオアワガエリタンパク質又はペプチドを使用するか又は対象者に投与することを含んでなる請求項３９〜６４のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６６】
前記アレルギー反応又はアレルギー応答がアレルギー性鼻炎、胸痛又は胸苦しさ、咳嗽、喘鳴、眼の痛み若しくは痒み、鼻腔うっ血及び鼻水を含んでなる、請求項３９〜６４のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６７】
表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６に示される生物若しくは生物の生成物に対して対象者を脱感作させるか又に該生物若しくは生成物に対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させる、請求項３９〜６６のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６８】
細胞と前記タンパク質若しくはペプチドとを複数回繰返し接触させるか又は前記タンパク質若しくはペプチドを対象者に複数回繰返し投与することを含んでなる、請求項３９〜６７のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項６９】
前記タンパク質又はペプチドが皮膚に、皮下に、筋肉内に、静脈内に、経口で、粘膜に、吸入により又は鼻に投与される、請求項３９〜６８のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項７０】
前記アレルギー反応又はアレルギー応答がオオアワガエリ若しくは別のイネ目草本の曝露又はオオアワガエリアレルゲン若しくはオオアワガエリアレルゲンに相同なアレルゲンとの接触により引き起こされるか或いは該曝露又は接触に関連する、請求項３９〜６４のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項７１】
以下：
ｉ．対象者の細胞を請求項１〜２９のいずれか１項に記載のタンパク質又はペプチドと接触させ；そして
ii．前記タンパク質又はペプチドが前記接触細胞の免疫応答又は活性をモジュレートするかどうかを決定する
ことを含んでなり、前記タンパク質又はペプチドが前記接触細胞の免疫応答又は活性をモジュレートするとの決定が、アレルギー応答を検出するか又は対象者がオオアワガエリアレルギー応答若しくはオオアワガエリアレルギーを有することを示す、対象者におけるオオアワガエリアレルギー応答を検出し又はオオアワガエリアレルギーを診断する方法。
【請求項７２】
前記アレルギー応答又はアレルギーがオオアワガエリアレルギー応答又はアレルギーを含んでなる、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記アレルギー応答又はアレルギーがオオアワガエリアレルギー応答又はアレルギーを含んでなる請求項７１に記載の方法。
【請求項７４】
免疫応答又は活性のモジュレーションが過敏反応又は応答についてのアッセイにより決定される、請求項７１に記載の方法。
【請求項７５】
免疫応答又は活性のモジュレーションが皮膚の免疫学的過敏反応についてのアッセイにより決定される、請求項７１に記載の方法。
【請求項７６】
前記対象者が哺乳動物である、請求項３９〜７５のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項７７】
前記対象者がヒトである、請求項３９〜７５のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項７８】
前記対象者の皮膚を接触させる請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記対象者がアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患の症状を示しているか又は前記アレルギー反応等を患っている、請求項３９〜７５のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項８０】
前記対象者が喘息又はアレルゲンに対する過敏症を有しているか、以前に有していたか又は前記喘息等を有するリスクにある、請求項３９〜７５のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項８１】
前記対象者がオオアワガエリ又は別のイネ目草本に由来するアレルゲン又はそれらが産生するアレルゲンに対するアレルギー反応又はアレルギー応答を有していた、請求項３９〜７５のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項８２】
前記対象者が表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６に示されるアミノ酸配列に対するアレルギー反応又はアレルギー応答を有していた、請求項３９〜７５のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項８３】
前記対象者がPhl p 1、Phl p 5、Phl p6から選択されるオオアワガエリに由来するアレルゲン若しくは該オオアワガエリが産生するアレルゲン又はそれらと相同なアレルゲン若しくは抗原に対してアレルギー性である、請求項３９〜７５のいずれか１項に記載の方法又は使用。
【請求項８４】
Ａ)以下：
ｉ)１以上の、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示される生物のアミノ酸配列又はそのサブ配列、ホモログ若しくはバリアント
を含んでなる区画；及び
Ｂ)以下：
ii)アレルゲンに対する細胞の免疫応答又は活性をモジュレートすること；
iii)対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートすること；
iv)タンパク質又はペプチドアレルゲンに対して脱感作させるか又は該アレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させること；
ｖ)対象者におけるアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供すること；
vi)アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を処置すること；又は
vii)対象者におけるアレルギー応答を検出するか又はアレルギーを診断すること
のいずれかでの使用のための指示書
を含んでなるキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願情報
本出願は、2012年２月７日出願の米国出願第61/596,156号及び2012年12月７日出願の米国出願第61/734,886号の優先権を主張する。両出願とも参照によりその全体が本明細書中に明示的に組み込まれる。
【０００２】
政府の援助
本発明は、米国国立衛生研究所委託NIH-NIAIDHHSN272200700048Cによる政府援助を受けた。米国政府は本発明に一定の権利を有する。
【０００３】
配列表
本出願は、EFS-WebによりASCII方式で提出し、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。2013年２月６日に作成した前記ASCIIコピーは、「051501-0420334_SL.txt」との名称でサイズが1,444,840バイトである。
【０００４】
発明の分野
本発明は、オオアワガエリ(Timothy Grass；TG)のタンパク質及びペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体に関し、該タンパク質及びペプチドの方法及び使用(免疫応答をモジュレートする方法、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患から対象者を保護し又は前記アレルギー応答等について対象者を処置する方法、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導する方法を含む)に関する。
【背景技術】
【０００５】
はじめに
アレルギー疾患(例えば、鼻炎及び喘息)は、全体として患者及び社会の両方に相当な負担をもたらす(1)。最近の研究により、米国及び西欧人口の最大20％がこれら疾患に罹患していると推定されている(2, 3)。この高い罹患率にもかかわらず、既存の治療法はほとんどが対症療法であり、免疫療法処置は一部の患者でしか成功しておらず、相当な安全上の懸念を伴うことがある(4)。その結果、アレルギー研究における多くの努力が、より安全でより効果的な免疫学的処置の開発に充てられてきた。
【０００６】
Ｔ細胞は、アレルギー疾患の病因において重要な役割を演じる。しかし、アレルギー性Ｔ細胞応答の免疫原として考えられ得るタンパク質は、従来、IgE応答を誘導するものに限定されてきた。アレルギー性呼吸器疾患は、或る種のアレルゲンタンパク質に対するIgE抗体のレベルが高いこと及び標的組織に浸潤する好酸球のレベルが上昇していることに関係している(5)。Th2サイトカイン(IL-4、IL-5及びIL-13；(6))の産生はこれら事象を調節する。なぜならば、それらは、Ｂ細胞の分化によるIgE産生への切替えに重要であり、気道病状に寄与する好酸球及び他の炎症細胞の流入を促進するからである。
【０００７】
アレルギー性呼吸器疾患の病因におけるTh2細胞及び関連サイトカインの重要性にもかかわらず、Ｔ細胞応答のトリガーと考えられる抗原の研究は、今まで、ほとんどが、IgE抗体に結合することが知られているもの(7, 8)及びIgE媒介性即時型過敏反応を誘導することが知られているもの(9)に限定されてきた。オオアワガエリ(TG)花粉は、その主要IgE反応性アレルゲンがTh2応答を誘引することが示されている吸入アレルゲンである。本明細書に開示されるように、驚くべきことに、IgE反応性とは無関係に、Th2応答により認識されるオオアワガエリタンパク質(IgG反応性タンパク質を含む)が見出された。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
要旨
新規なオオアワガエリ(TG)タンパク質及びペプチド並びに当該新規なオオアワガエリタンパク質及びペプチドの方法及び使用が本明細書に開示される。記載されるオオアワガエリタンパク質及びペプチドは抗原及びアレルゲンを含む。また、オオアワガエリタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体、並びに当該オオアワガエリタンパク質及びペプチドの方法及び使用も開示される。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】既知のアレルゲンが全花粉抽出物に対するＴ細胞応答全体を説明しないことを示す。
【図２】アレルギー性ドナーのプール血清を用いる、TG抽出物の2Dゲル電気泳動及びイムノブロット分析を示す。
【図３】TG特異的Ｔ細胞の多数が新規抗原を標的することを示す。
【図４】TGアレルギー性ドナーによる新規オオアワガエリ抗原(NTGA)の認識パーセンテージを示す。
【図５】メモリーＴ細胞が、インビトロ拡大後のIL-5 Ｔ細胞応答の源であることを示す。
【図６】従来のTG抗原及び新規TG抗原に対するＴ細胞応答がエキソビボで直接検出可能であることを示す。
【図７】TG抽出物、PHA、TG P20及びNTGA P19に応答した、IL-4、IL-5、IL-13及び全Th2サイトカイン(IL-4、5及び13の組合せ)の産生を示す。
【図８】Ｔ細胞反応性抗原及びエピトープを同定するための陽性ペプチドプールの解析(deconvolution)を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
本発明によれば、オオアワガエリタンパク質のアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含むか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になるタンパク質及びペプチドが提供される。特定の実施形態において、オオアワガエリタンパク質は、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含んでなるか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になる。他の実施形態において、オオアワガエリタンパク質又はペプチドは、表１に配列番号204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、282、283、284、285、286、287、289、290、291、292、293、294、295、296、489、490又は491として示される配列のいずれかからなるものではなく；且つ/又は表４に配列番号1517、1542、1598、1679、1761、1849、1850、1851、1935、2040、2116、2133又は2134として示される配列のいずれかからなるものではない。
【００１１】
特定の実施形態において、タンパク質又はペプチドは、抗アレルゲン免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる。他の特定の実施形態において、タンパク質又はペプチドは、抗アレルゲン免疫応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し又は妨害する。本明細書に記載されるタンパク質及びペプチドの具体的局面において、抗アレルゲン免疫応答は抗オオアワガエリアレルゲン応答である。更なる特定の実施形態において、タンパク質又はペプチドは、アレルゲン、例えばオオアワガエリアレルゲン(例えば、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体に対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる(脱感作させる)。特定の局面において、抗アレルゲン応答又は免疫学的寛容は、Ｔ細胞応答、例えばTh2細胞応答(例えば、メモリーＴ細胞応答)を含んでなる。具体的実施形態において、タンパク質又はペプチドはIgG抗原である。
【００１２】
異なる実施形態において、タンパク質又はペプチドは、M.693、M.692、M.125、M.714、M.721、M.705、M.591、M.418、M.689、M.644、M.414、M.624、M.617、M.704、M.331、M.604、M.291、M.151、M.498、M.561、M.399、M.603、M.226、M.636、M.473、M.437、M.634、M.676、M.422、M.431、M.387、M.722、M.610、M.574、M.531、M.305、M.282、M.271、M.159、M.83、M.348、M.285、M.288、M.287、M.212、M.715、M.725、M.694、M.701、M.595、M.718、M.720、M.723、M.648、M.662、M.576、M.618、M.631、M.682、M.421、M.654、M.393、M.669、M.625、M.655、M.524、M.570、M.341、M.342、M.450、M.343、M.639、M.555、M.546、M.606、M.628、M.248、M.466、M.328、M.695、M.658、M.560、M.548、M.269、M.728、M.653、M.759、M.765、M.747、M.763、M.733、M.651、M.677、M.597、M.547、M.761、M.571、M.562、M.657、M.738、M.734、M.621、M.741、M.177、M.579、M.513、M.446、M.388、M.391、M.593、M.506、M.395、M.381、M.372、M.619、M.656、M.525、M.698、M.699、M.439、M.630、M.708、M.620、M.758、M.764、M.746、M.762、M.716、M.726、MN.66、M.717、M.727、M.719、M.724、M.577、M.8、M.235、M.678、M.675、M.641、M.499、M.583、M.649、M.6、M.29、M.34、M.183、M.101、M.149、M.164、M.129、M.45、M.116、M.165、M.146、M.69、M.123、M.107、M.3、M.113、M.204、M.174、M.178、M.191、M.580、M.587、M.594、M.539、M.569、M.588、M.615、M.578、M.352、M.514、M.419、M.443、M.540、M.640、M.642、M.646、M.627、M.626、M.645、M.652、M.650、M.559、M.622、M.565、M.567、M.581、M.609、M.182、M.134、M.283、M.297、M.367、M.84、M.189、M.586、M.496、M.255、M.471、M.575、M.163、M.314、M.194、M.294、M.472、M.369、M.104、M.206、M.24、M.469、M.420、M.444、M.697、M.687、M.713、M.638、M.673、M.700、M.702、M.707、M.710、M.683、M.670、M.643、M.663、M.664、M.666、M.748、M.731、M.735、M.750、M.752、M.756、M.754、M.608、M.740、M.39、M.303、M.389、M.390、M.284、M.201、M.28、M.364、M.344、M.74、M.180、M.317、M.298、M.192、M.77、M.92、M.144、M.9、M.296、M.187、M.172、M.72、M.38、M.239、M.289、M.240、M.214、M.365、M.614、M.598、M.632、M.633、M.616、M.690、M.607、M.672、M.545、M.671、M.272、M.301、M.202、M.492、M.647、M.457、M.686、M.495、M.486、M.729、M.760、M.668、M.599、M.417、M.635、M.584、M.592、M.709、M.489、M.392、M.347、M.458、M.464、M.415、M.520、M.410、M.467、M.494、M.374、M.118、M.346、M.318、M.519、M.600、M.254、M.438、M.479、M.523、M.380、M.480、M.371、M.482、M.261、M.108、M.260、M.556、M.461、M.400、M.474、M.490、M.491、M.401、M.470、M.409、M.435、M.553、M.537、M.402、M.481、M.483、M.554、M.538、M.234、M.237、M.264、M.563、M.566、M.532、M.557、M.573、M.549、M.550、M.551、M.558、M.463、M.684、M.739、M.637、M.517、M.712、M.732、M.711、M.730、M.736、M.737、M.247、M.13、M.57、M.61、M.47、M.43、M.32、M.518、M.267、M.73、M.270、M.150、M.366、M.679、M.680、M.230、M.530、M.667、M.505、M.488、M.445、M.436、M.508、M.688、M.613、M.487、M.552、M.572、M.336、M.534、M.213、M.384、M.220、M.147、M.127、M.145、M.33、M.110、M.173、M.50、M.249、M.18、M.5、M.25、M.394、M.329、M.330、M.345、M.323、M.316、M.130、M.131、M.203、M.227、M.128、M.70、M.292、M.526、M.585、M.681、M.685、M.596、M.660、M.674、M.703、M.504、M.515、M.521、M.493、M.497、M.509、M.533、M.484、M.302、M.478、M.222、M.691、M.510、M.119、M.535、M.543、M.528、M.529、M.373、M.590、M.361、M.432、M.477、M.408、M.568、M.589、M.462、M.516、M.522、M.412、M.4、M.256、M.56、M.55、M.64、M.22、M.148、M.205、M.332、M.171、ME.3566、ME.4276、ME.4056、ME.3805、ME.3720、ME.3916、ME.3855、ME.1412、ME.4234、ME.4088、ME.4115、ME.4210、ME.3897、ME.4229、ME.4231、ME.4280、ME.4281、ME.1571、ME.4190、ME.4230、ME.3882、MN.82、MN.124、MN.169、MN.185、MN.140、MN.201、MN.193、MN.183、MN.184、MN.173、MN.210、MN.206、MN.136、MN.94、MN.83、MN.14、MN.3、MN.46、MN.17、MN.20、MN.12、MN.35、MN.15、MN.38、MN.74、MN.41、MN.67、MN.27、MN.75、MN.47、MN.33、MN.86、MN.59、MN.8、MN.51、MN.62、MN.56、MN.30、MN.81、MN.91、MN.36、MN.71、MN.80、MN.76、MN.96、MN.106、MN.90、MN.57、MN.25、MN.108、MN.186、MN.58、MN.6、MN.77、MN.107、MN.203、MN.204、MN.211、MN.205、MN.68、MN.98、MN.93、MN.113、MN.123、MN.69、MN.178、MN.182、MN.4、MN.166、MN.167、MN.172、MN.168、MN.105、MN.39、MN.194、MN.195、MN.101、MN.116、MN.181、MN.97、MN.54、MN.156、MN.117、MN.163、MN.175、MN.102、MN.202、MN.157、MN.119、MN.114、MN.92、MN.88、MN.153、MN.95、MN.128、MN.122、MN.118、MN.99、MN.72、MN.214、MN.219、MN.220、MN.199、MN.224、MN.218、MN.215、MN.207、MN.223、MN.221、MN.222、MN.216、MN.162、MN.142、MN.158、MN.141、MN.53、MN.111、MN.112、MN.120、MN.130、MN.132、MN.127、MN.121、MN.139、MN.146、MN.64、MN.87、MN.89、MN.37若しくはMN.164のオープンリーディングフレーム識別名を有するタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含むか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になる。
【００１３】
本明細書に開示されるように、特定の実施形態において、タンパク質及びペプチドは、約５〜10、10〜15、15〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、45〜50、50〜60、60〜70、70〜80、90〜100、100〜125、125〜150、150〜175、175〜200、200〜250、250〜300アミノ酸残基の範囲内の長さ又はより長いアミノ酸残基長を有する。他の実施形態において、タンパク質及びペプチドは、25アミノ酸長までの範囲の長さ又は約７〜20；８〜30；８〜25；８〜20；９〜30；９〜25；９〜20；10〜30；10〜25；10〜30アミノ酸残基長を有する。
【００１４】
タンパク質及びペプチドは単離形態及び精製形態を含む。タンパク質及びペプチドはまた、基体に固定されたもの、並びに基体に固定されたアミノ酸配列、サブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体を含む。
【００１５】
タンパク質及びペプチドは、組成物中、例えば医薬組成物中に含まれることができる。具体的実施形態において、医薬組成物は、特異的若しくは非特異的免疫療法に適切であるか、又はワクチン組成物である。
【００１６】
タンパク質若しくはペプチド(TGタンパク質又はペプチド)又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体をコードする単離された核酸(単離された核酸を含む)が提供される。１つの実施形態において、核酸は、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体をコードする。
【００１７】
また、本明細書に記載されるタンパク質又はペプチドを発現する細胞も提供される。種々の実施形態において、細胞は、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含むか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になるオオアワガエリタンパク質を発現する。特定の局面において、細胞は、真核細胞又は原核細胞であり、哺乳動物、昆虫、真菌又は細菌の細胞であってもよい。
【００１８】
本発明のタンパク質及びペプチドの方法及び使用並びに医薬が含まれる。種々の実施形態において、対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートする方法及び使用が提供される。１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者にけるアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートするに十分な量の本明細書に記載のタンパク質であるアレルゲンを対象者に投与(送達)することを含む。
【００１９】
このような方法、使用及び医薬はまた、アレルゲンに対する細胞の免疫活性をモジュレートすること；及びアレルゲンに対して細胞を脱感作させるか、又はアレルゲンに対する細胞の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ又は向上させることを含む。具体的実施形態において、方法又は使用は、細胞を、アレルゲン(例えば、当該ペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲン)に対する細胞の免疫活性をモジュレートするに十分な量の上記実施形態のいずれか１つのタンパク質又はペプチドと接触させること、或いはアレルゲンに対して脱感作させ又はアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させるため、又は対象者におけるアレルゲン(例えば、当該ペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲン)に対する免疫応答をモジュレートするために、当該ペプチド又はタンパク質が由来するアレルゲンを対象者に投与することを含む。
【００２０】
本発明のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体は、試薬として、例えば特異的免疫療法用試薬として適切である。具体的実施形態において、試薬として適切なタンパク質又はペプチドは、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含むか、前記アミノ酸配列等からなるか、又は該アミノ酸配列等から本質的になる。
【００２１】
更に、このような方法、使用及び医薬は、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供することを含む。１つの実施形態において、方法又は使用は、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供するに十分な量のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含む。アレルギー反応又はアレルギー応答の非限定例としては、アレルギー性肺胞炎、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、アレルギー性結膜炎、アレルギー性コリーザ、アレルギー性皮膚炎、アレルギー性脈管炎及びアレルギー性鼻炎が挙げられる。
【００２２】
このような方法、使用及び医薬は、加えて、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を処置することを含む。１つの実施形態において、方法又は使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患について対象者を処置するに十分な量のタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含む。
【００２３】
このような方法、使用及び医薬において、ペプチド又はタンパク質は、当該アレルゲンに由来するか若しくは基づくことができ、又は当該アレルゲンと同じ生物に起源を有するアレルゲンに由来するか若しくは基づくことができる。より具体的には、例えば、タンパク質又はペプチドは、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を引き起こすアレルゲンに由来するか若しくは基づくことができ、又は前記ペプチドは、前記アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を引き起こすアレルゲンと同じ生物に属するアレルゲンに由来する。加えて、例えば、タンパク質又はペプチドは、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体に基づくか又は由来することができる。
【００２４】
種々の実施形態において、方法又は使用は、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６のアレルゲンに対して対象者を脱感作させるか又は該アレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させる。種々の他の実施形態において、方法又は使用は、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体に対して対象者を脱感作させるか又は前記アミノ酸配列等に対する対象者の免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させる。
【００２５】
本明細書に示されるように、タンパク質、ペプチド、方法、使用又は医薬は、任意の手段による、全身性、局部的又は局所的な投与又は送達を含むことができる。具体的局面において、タンパク質又はペプチドは、皮膚に、皮下に、皮上に、皮内に、筋肉内に、静脈内に、経口で、粘膜に、吸入により又は鼻に投与される。また、本明細書に示されように、タンパク質、ペプチド、方法、使用又は医薬は、複数回繰り返して、タンパク質又はペプチドを細胞と接触させるか又は対象者に投与することを含むことができる。
【００２６】
タンパク質及びペプチドは、診断的及び検出的使用及び方法において使用することができる。対象者におけるアレルギー応答を検出し又はアレルギーを診断する１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者の細胞(エキソビボ又はインビボ細胞であってもよい)を本明細書に示されるタンパク質又はペプチドと接触させること；及び、該タンパク質又はペプチドが該接触細胞の免疫応答又は活性をモジュレートするかどうかを決定することを含む。タンパク質又はペプチドが接触細胞(エキソビボ又はインビボ細胞であってもよい)の免疫応答又は活性をモジュレートすれば、アレルギー応答が検出されるか又は対象者がアレルギー応答若しくはアレルギーを有することが示される。具体的局面において、免疫応答又は活性のモジュレーションは、過敏反応又は応答(例えば、皮膚の免疫学的過敏反応)についてのアッセイにより決定される。
【００２７】
本発明に従う対象者は、哺乳動物、例えばヒトを含む。具体的実施形態において、対象者は、アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患の症状を示しているか又は前記アレルギー反応等を患っている。より具体的実施形態において、対象者は、オオアワガエリアレルゲン又は別のイネ目草本に対するアレルギー反応又はアレルギー応答を有していたことがある。更なる具体的実施形態において、対象者は、オオアワガエリに由来するか又はオオアワガエリが産生するアレルゲン(例えば表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるアレルゲン若しくはアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体)に対するアレルギー反応又はアレルギー応答を有していたことがある。更なる具体的実施形態において、対象者は、Phl p 1、Phl p 5、Phl p6から選択されるオオアワガエリに由来し若しくはオオアワガエリが産生するアレルゲン又はこれらに相同なアレルゲン若しくは抗原に対するアレルギー反応又はアレルギー応答を有していたことがある。
【００２８】
図面の説明
図１は、既知のアレルゲンが全花粉抽出物に対するＴ細胞応答全体を説明しないことを示す。10の主要TGアレルゲンにわたる重複ペプチド(overlapping peptide)の35のプール(平均20ペプチド/プール)と全TG抽出物とを、IL-5 ELISPOTアッセイを用いて、アレルギー性ドナーのPBMCによる認識についてスクリーニングした。TG抽出物に対して≧100 SFC/百万投入PBMCのIL-5 Ｔ細胞応答を有するドナーの過半数は、幾つかのプールが強力なIL-5応答を惹起するパネルＡに示した応答パターンと類似の応答パターンを示した。しかし、パネルＢに示すように、抽出物に対しては強い応答が検出されるが、既知アレルゲンに由来するペプチドに対しては応答は検出されない応答パターンを示したドナーもいた。全体では、パネルＣに示されるように、33％のドナーは、強力な抽出物応答にもかかわらず、ペプチドプールのいずれにも反応しなかった(n=21)。
【００２９】
図2A〜2Bは、アレルギー性ドナーのプール血清を用いる、TG抽出物の2Dゲル電気泳動及びイムノブロット分析を示す。TG花粉抽出物を2Dゲルで泳動させ、クーマシーブリリアントブルーで染色した(Ａ)。並行して泳動させた第２のゲルをブロットし、８人のTGアレルギー性ドナーの血清プールでプローブして、ヒトIgE及びIgGと反応性であるタンパク質を同定した。抗IgE−赤、抗IgG−緑、二重反応性−黄(Ｂ)。
【００３０】
図3A〜3Bは、TG特異的Ｔ細胞の多数が新規抗原を標的することを示す。Ａ)既知抗原及び新規抗原のペプチドプールに対する、アレルギー性及び非アレルギー性ドナー由来PBMCのIL-5応答率を示す棒グラフ。白抜き棒はアレルギー性ドナーの応答率を示し、黒塗り棒は正常ドナーの応答を示す(n=20/ドナー群)。Ｂ)正常及びアレルギー患者における、新規抗原を標的するIL-5産生Ｔ細胞の総数(淡灰色) 対 既知アレルゲンを標的するIL-5産生Ｔ細胞の総数(濃灰色)を示す棒グラフ。
【００３１】
図４は、TGアレルギー性ドナーによる新規オオアワガエリ抗原(NTGA)の認識パーセンテージを示す。新規オオアワガエリ抗原(NTGA)由来ペプチドの刺激に応じてIL-5を産生するドナーのパーセンテージを示す棒グラフ。NTGAは、Ｘ軸に示される抗体反応性に従ってカテゴリー分類される。破線は、アレルゲンとみなす最小閾値(≧20％認識)を示す。
【００３２】
図５は、メモリーＴ細胞がインビトロ拡大後のIL-5 Ｔ細胞応答の源であることを示す。TG抽出物(TG)、優勢な既知ペプチドプール(TG P20)及び新規ペプチドプール(NTGA P19)に応答したナイーブ及びメモリーＴ細胞のIL-5産生を、14日間の拡大後、インビトロTG刺激後に測定した(n=6)。
【００３３】
図6A〜6Bは、従来のTG抗原及び新規TG抗原に対するＴ細胞応答がエキソビボで直接検出可能であることを示す。Ａ)CXCR3(Th1)及びCCR4(Th2)の発現に基づいて選別したTh2 Ｔ細胞サブセットを示すFACSプロット。Ｂ)エキソビボで測定したときの、TG抽出物、優勢な既知ペプチドプール(TG P20)及び新規ペプチドプール(NTGA P19)に応答した、アレルギー性ドナー由来Th2細胞によるIL-5産生(n=8)。
【００３４】
図７は、TG抽出物、PHA、TG P20及びNTGA P19に応答した、IL-4、IL-5、IL-13及び全Th2サイトカイン(IL-4、5及び13の組合せ)の産生を示す。TG刺激細胞をインビトロでIL-2と共に14日間培養した。細胞をTG抽出物、優勢な既知TGペプチドプール(TG P20)、新規TGペプチドプール(NTGA P19)及びPHAで再刺激した。Th2サイトカイン産生をELISPOTで測定して最良の読取り系を決定した。
【００３５】
図8A〜8Bは、Ｔ細胞反応性抗原及びエピトープを同定するための陽性ペプチドプールの解析を示す。単一ペプチドに応答した、アレルギー性個体のPBMCからのIL-5産生を測定した。Ａ)試験抗原あたりの認識事象数(少なくとも１人の患者により≧20 SFCの大きさで認識された１つのペプチドと定義)。Ｂ)各陽性抗原由来のペプチドに対するIL-5応答の大きさの合計。
【００３６】
詳細な説明
本明細書に開示されるように、オオアワガエリ(TG)アレルゲンに対するＴ細胞応答は、TG花粉アレルギー性個体におけるIgEレベル及びＴ細胞応答と相関しない。更に、これもまた本明細書に開示されるように、調べた３分の１の患者は、全TG抽出物に対しては強力な応答を有するにもかかわらず、既知のIgE反応性タンパク質のいずれに対してもTh2細胞応答を有さなかった。本発明は、一部、TG花粉抽出物が既知のIgE誘導性アレルゲンに加えて新規Ｔ細胞抗原を含むという発見に関する。
【００３７】
よって、本発明によれば、新規オオアワガエリタンパク質及び新規オオアワガエリペプチド並びにそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体が提供される。本明細書に記載されるオオアワガエリタンパク質又はペプチドは、任意のオオアワガエリタンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含んでもよい。特定の実施形態において、本明細書に記載されるオオアワガエリタンパク質又はペプチドは、新規のオオアワガエリタンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含んでもよい。
【００３８】
具体的実施形態において、本明細書に記載されるオオアワガエリタンパク質又はペプチドは、表１に示されるオープンリーディングフレームアミノ酸配列を有するタンパク質若しくはペプチド(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体(例えば、表１中のアミノ酸配列(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)の全て又は一部のサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体)を含むか、前記タンパク質等からなるか又は該タンパク質等から本質的になる。他の実施形態において、オオアワガエリタンパク質又はペプチドは、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体(例えば、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６中のアミノ酸配列の全て又は一部のサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体)を含むか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になる。特定の実施形態において、オオアワガエリタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、M.693、M.692、M.125、M.714、M.721、M.705、M.591、M.418、M.689、M.644、M.414、M.624、M.617、M.704、M.331、M.604、M.291、M.151、M.498、M.561、M.399、M.603、M.226、M.636、M.473、M.437、M.634、M.676、M.422、M.431、M.387、M.722、M.610、M.574、M.531、M.305、M.282、M.271、M.159、M.83、M.348、M.285、M.288、M.287、M.212、M.715、M.725、M.694、M.701、M.595、M.718、M.720、M.723、M.648、M.662、M.576、M.618、M.631、M.682、M.421、M.654、M.393、M.669、M.625、M.655、M.524、M.570、M.341、M.342、M.450、M.343、M.639、M.555、M.546、M.606、M.628、M.248、M.466、M.328、M.695、M.658、M.560、M.548、M.269、M.728、M.653、M.759、M.765、M.747、M.763、M.733、M.651、M.677、M.597、M.547、M.761、M.571、M.562、M.657、M.738、M.734、M.621、M.741、M.177、M.579、M.513、M.446、M.388、M.391、M.593、M.506、M.395、M.381、M.372、M.619、M.656、M.525、M.698、M.699、M.439、M.630、M.708、M.620、M.758、M.764、M.746、M.762、M.716、M.726、MN.66、M.717、M.727、M.719、M.724、M.577、M.8、M.235、M.678、M.675、M.641、M.499、M.583、M.649、M.6、M.29、M.34、M.183、M.101、M.149、M.164、M.129、M.45、M.116、M.165、M.146、M.69、M.123、M.107、M.3、M.113、M.204、M.174、M.178、M.191、M.580、M.587、M.594、M.539、M.569、M.588、M.615、M.578、M.352、M.514、M.419、M.443、M.540、M.640、M.642、M.646、M.627、M.626、M.645、M.652、M.650、M.559、M.622、M.565、M.567、M.581、M.609、M.182、M.134、M.283、M.297、M.367、M.84、M.189、M.586、M.496、M.255、M.471、M.575、M.163、M.314、M.194、M.294、M.472、M.369、M.104、M.206、M.24、M.469、M.420、M.444、M.697、M.687、M.713、M.638、M.673、M.700、M.702、M.707、M.710、M.683、M.670、M.643、M.663、M.664、M.666、M.748、M.731、M.735、M.750、M.752、M.756、M.754、M.608、M.740、M.39、M.303、M.389、M.390、M.284、M.201、M.28、M.364、M.344、M.74、M.180、M.317、M.298、M.192、M.77、M.92、M.144、M.9、M.296、M.187、M.172、M.72、M.38、M.239、M.289、M.240、M.214、M.365、M.614、M.598、M.632、M.633、M.616、M.690、M.607、M.672、M.545、M.671、M.272、M.301、M.202、M.492、M.647、M.457、M.686、M.495、M.486、M.729、M.760、M.668、M.599、M.417、M.635、M.584、M.592、M.709、M.489、M.392、M.347、M.458、M.464、M.415、M.520、M.410、M.467、M.494、M.374、M.118、M.346、M.318、M.519、M.600、M.254、M.438、M.479、M.523、M.380、M.480、M.371、M.482、M.261、M.108、M.260、M.556、M.461、M.400、M.474、M.490、M.491、M.401、M.470、M.409、M.435、M.553、M.537、M.402、M.481、M.483、M.554、M.538、M.234、M.237、M.264、M.563、M.566、M.532、M.557、M.573、M.549、M.550、M.551、M.558、M.463、M.684、M.739、M.637、M.517、M.712、M.732、M.711、M.730、M.736、M.737、M.247、M.13、M.57、M.61、M.47、M.43、M.32、M.518、M.267、M.73、M.270、M.150、M.366、M.679、M.680、M.230、M.530、M.667、M.505、M.488、M.445、M.436、M.508、M.688、M.613、M.487、M.552、M.572、M.336、M.534、M.213、M.384、M.220、M.147、M.127、M.145、M.33、M.110、M.173、M.50、M.249、M.18、M.5、M.25、M.394、M.329、M.330、M.345、M.323、M.316、M.130、M.131、M.203、M.227、M.128、M.70、M.292、M.526、M.585、M.681、M.685、M.596、M.660、M.674、M.703、M.504、M.515、M.521、M.493、M.497、M.509、M.533、M.484、M.302、M.478、M.222、M.691、M.510、M.119、M.535、M.543、M.528、M.529、M.373、M.590、M.361、M.432、M.477、M.408、M.568、M.589、M.462、M.516、M.522、M.412、M.4、M.256、M.56、M.55、M.64、M.22、M.148、M.205、M.332、M.171、ME.3566、ME.4276、ME.4056、ME.3805、ME.3720、ME.3916、ME.3855、ME.1412、ME.4234、ME.4088、ME.4115、ME.4210、ME.3897、ME.4229、ME.4231、ME.4280、ME.4281、ME.1571、ME.4190、ME.4230、ME.3882、MN.82、MN.124、MN.169、MN.185、MN.140、MN.201、MN.193、MN.183、MN.184、MN.173、MN.210、MN.206、MN.136、MN.94、MN.83、MN.14、MN.3、MN.46、MN.17、MN.20、MN.12、MN.35、MN.15、MN.38、MN.74、MN.41、MN.67、MN.27、MN.75、MN.47、MN.33、MN.86、MN.59、MN.8、MN.51、MN.62、MN.56、MN.30、MN.81、MN.91、MN.36、MN.71、MN.80、MN.76、MN.96、MN.106、MN.90、MN.57、MN.25、MN.108、MN.186、MN.58、MN.6、MN.77、MN.107、MN.203、MN.204、MN.211、MN.205、MN.68、MN.98、MN.93、MN.113、MN.123、MN.69、MN.178、MN.182、MN.4、MN.166、MN.167、MN.172、MN.168、MN.105、MN.39、MN.194、MN.195、MN.101、MN.116、MN.181、MN.97、MN.54、MN.156、MN.117、MN.163、MN.175、MN.102、MN.202、MN.157、MN.119、MN.114、MN.92、MN.88、MN.153、MN.95、MN.128、MN.122、MN.118、MN.99、MN.72、MN.214、MN.219、MN.220、MN.199、MN.224、MN.218、MN.215、MN.207、MN.223、MN.221、MN.222、MN.216、MN.162、MN.142、MN.158、MN.141、MN.53、MN.111、MN.112、MN.120、MN.130、MN.132、MN.127、MN.121、MN.139、MN.146、MN.64、MN.87、MN.89、MN.37若しくはMN.164のオープンリーディングフレーム識別名を有するタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含むか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になる。本明細書に示される前記及び他のTGタンパク質及びペプチドは、本明細書に開示される方法及び使用を含む方法及び使用において使用され得る。
【００３９】
具体的実施形態において、タンパク質又はペプチドは、表１に示されるオオアワガエリアミノ酸配列(配列番号１〜620)又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含むか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になる。前記ホモログは、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示される対応するオオアワガエリアミノ酸配列に対して少なくとも65％、70、75、80、85、90又は95％の相同性又は同一性を有していてもよい。サブ配列は７〜30アミノ酸長であってもよく、随意に更に、少なくとも７アミノ酸が表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示される対応するオオアワガエリアミノ酸配列の少なくとも７連続アミノ酸に対して少なくとも75％又は少なくとも80％、85％、90％の同一性又は相同性を有する。更に、サブ配列は７〜25アミノ酸長、例えば７〜20；８〜30；８〜25；８〜20；９〜30；９〜25；９〜20；10〜30；10〜25；10〜30アミノ酸長であってもよく、ここで、サブ配列の少なくとも８アミノ酸、例えば少なくとも９、10、11、12、13、14又は15アミノ酸は、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示される対応するオオアワガエリアミノ酸配列のそれぞれ少なくとも８連続アミノ酸、例えば少なくとも９、10、11、12、13、14又は15連続アミノ酸に対して少なくとも75％、例えば少なくとも80％、85％、90％の同一性又は相同性を有する。種々の局面において、タンパク質又はペプチドは、表１に配列番号204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、282、283、284、285、286、287、289、290、291、292、293、294、295、296、489、490及び/又は491として示される配列からなるものではない。
【００４０】
更なる具体的実施形態において、タンパク質又はペプチドは、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるアミノ酸配列又はそのバリアント若しくは誘導体を含むか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になる。バリアントはより長いペプチド、例えば表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示される対応するアミノ酸配列を含む30アミノ酸長までのペプチドであってもよい。バリアントはまた、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示される対応するアミノ酸配列の少なくとも７連続アミノ酸に対して少なくとも75％の同一性又は相同性、例えば少なくとも80又は85％の同一性又は相同性を有する少なくとも７アミノ酸のサブ配列を含む７〜30アミノ酸長のペプチドを含んでもよい。より長いバリアントペプチドは、25アミノ酸長まで、例えば24、23、22、21、20、19アミノ酸長まで又は19アミノ酸長であってもよい。バリアントは、７〜25アミノ酸長、例えば７〜20；８〜30；９〜25；８〜20；９〜30；９〜25；９〜20；10〜30；10〜25；10〜30アミノ酸長のペプチドであってもよく、ここで、前記サブ配列は、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示される対応するアミノ酸配列の少なくとも８、９又は10連続アミノ酸に対して少なくとも75％(例えば少なくとも80％又は85％)の同一性又は相同性を有するそれぞれ少なくとも８、９又は10アミノ酸のものである。種々の局面において、タンパク質又はペプチドは、表４に配列番号1517、1542、1598、1679、1761、1849、1850、1851、1935、2040、2116、2133及び/又は2134として示される配列からなるものではない。
【００４１】
本明細書で使用する場合、「抗原」とは、対象者に投与したとき、免疫応答を惹起し、誘導し、刺激し、促進し又は増強される物質(タンパク質又はペプチドを含むがこれらに限定されない)をいう。抗原により惹起される免疫応答は、Ｂ細胞又はＴ細胞応答を含んでもよいが、これらに限定されない。免疫応答は、特定の抗原に対する、特定パターンのリンホカイン/サイトカイン産生を伴う細胞性応答(例えば、Th1、Th2)、液性応答(例えば、抗体産生)又はそれらの組合せを含むことができる。例えば、以前にアレルゲンに曝露された(すなわち、感作されているか又は過敏である)対象者が該アレルゲンに再度接触した場合、CD4+ Ｔリンパ球が分泌するタイプ２サイトカイン(例えば、IL-4、IL-5、IL-9及び/又はIL-13)の産生増大によって特徴付けられるTh2応答に起因してアレルギー性喘息を発症してもよい。
【００４２】
本明細書で使用する場合、「エピトープ」とは、対象者に投与したとき、免疫応答を惹起する抗原の領域又は部分をいう。具体的実施形態において、エピトープは、オオアワガエリタンパク質又はペプチドの領域又は部分(例えば、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６のアミノ酸配列の全て又は一部の領域又は部分)から構成されてもよい。より具体的な実施形態において、エピトープは、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドの領域又は部分から構成されてもよい。具体的な局面において、エピトープは、Ｔ細胞エピトープ、すなわち、Ｔ細胞の活性、機能又は応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させるエピトープである。
【００４３】
抗原、エピトープ、アレルゲン又はそれらの組成物は、望まない又は異常な炎症応答をモジュレートすることができる。本明細書に記載される抗原、エピトープ、アレルゲン又はそれらの組成物は、Th2応答を、例えば該免疫応答をより損傷性が小さいTh1表現型にシフトさせることにより、変化させてもよい。すなわち、変化した(又はモジュレートされた)免疫応答は、抗原、エピトープ若しくははアレルゲンに対する感受性を減少させ、阻害し、抑制し若しくは低下させ(脱感作させ)てもよいし、又は抗原、エピトープ若しくはアレルゲン(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチド)により引き起こされる炎症応答(例えば、アレルギー、喘息、発疹、喘鳴、咳嗽、眼の刺激など)を減少させ、阻害し、抑制し若しくは減少させてもよい。
【００４４】
したがって、抗原、アレルゲンの非限定例は、規定のアミノ酸配列を有し、Ｔ細胞エピトープを含んでなる(すなわち、Ｔ細胞応答又は活性を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる)ペプチド及びタンパク質である。抗原及びアレルゲンは、任意の数のアッセイ(例えば、Ｔ細胞増殖アッセイ、リンホカイン分泌アッセイ、Ｔ細胞非応答性研究など)を用いて、少なくとも１つのＴ細胞エピトープを含むかどうかを決定するように分析することができる。
【００４５】
用語「アレルゲン」とは、曝露された動物(例えば、ヒト)の細胞又は免疫系による免疫応答を惹起し、誘導し、刺激し又は増強させる抗原をいう。抗原は、特異的免疫応答が該抗原に対する感受性の増強又は過敏性の発生であるとき、アレルゲンであるが、典型的には抗原自体は本来的には有害ではない。したがって、アレルゲンは、対象者において感受性の増強若しくは増大又は過敏性の発生を引き起こすことができる特定のタイプの抗原である。例えば、アレルゲンは、素因を有する対象者においてIgE抗体の産生を惹起することができる。しかし、本明細書に開示するように、アレルゲンはIgE抗体の産生を惹起する必要はない。アレルゲンにより惹起される応答の他の例としては、Ｔ細胞応答又は活性、例えばリンホカイン若しくはサイトカインの産生又は他の細胞に対するエフェクター機能が挙げられる。また、アレルゲンにより引き起こされる応答は、例えば、Mol. Biol. of Allergy and Immunology, R. Bush編, Immunology and AllerClinics of North American Series(1996年８月)に記載されている。用語「アレルゲン」及び「抗原」は異なる意味を有するが、本明細書における「アレルゲン」への言及は「抗原」への言及を含み、本明細書における「抗原」への言及は「アレルゲン」への言及を含む。
【００４６】
代表的には、アレルゲンは、有機物質、例えばタンパク質、ペプチド、ヌクレオチド、炭水化物、脂質、脂肪、核酸及びそれらの組合せ又は混合物である。アレルゲンとしては、本明細書で使用する場合、特異的アレルゲンタンパク質、アレルゲンタンパク質の混合物、アレルゲンの抽出物、化学的又は遺伝子組換え的に製造されたアレルゲン又はそれらの任意の組合せ(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチド)が挙げられるが、これらに限定されない。
【００４７】
特定の実施形態において、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチド)は、免疫応答を刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる。具体的実施形態において、タンパク質又はペプチドは、Ｔ細胞抗原、アレルゲン又はエピトープである。更なる具体的実施形態において、タンパク質又はペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、Ｔ細胞応答(Th2細胞応答を含み得るがこれに限定されない)を惹起し、刺激し、促進し、誘導し又は増強させる。更なる具体的な実施形態において、TGタンパク質又はペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、Ｔ細胞応答(Th2細胞応答を含み得るがこれに限定されない)をモジュレートし、阻害し又は低下させる。特定の実施形態において、Ｔ細胞応答は抗アレルゲン免疫応答(抗TG免疫応答を含むがこれに限定されない)である。
【００４８】
本明細書で使用する場合、用語「免疫応答」は、Ｔ細胞媒介(細胞性)及び/又はＢ細胞媒介(液性)免疫応答又は細胞性及び液性応答の両方を含む。例示的な免疫応答としては、Ｔ細胞応答、例えば、リンホカイン産生、サイトカイン産生及び細胞性の細胞毒性が挙げられる。Ｔ細胞応答にはTh1及び/又はTh2応答が含まれる。加えて、用語 免疫応答は、Ｔ細胞の活性化により間接的にもたらされる応答(例えば、抗体産生(液性応答))及びサイトカイン応答性細胞(例えば、好酸球、マクロファージ)の活性化により間接的にもたらされる応答を含む。免疫応答に関与する免疫細胞としては、リンパ球、例えばＴ細胞(CD4+、CD8+、Th1及びTh2細胞、メモリーＴ細胞)及びＢ細胞；抗原提示細胞(例えば、プロフェッショナル抗原提示細胞、例えば樹状細胞、マクロファージ、Ｂリンパ球、ランゲルハンス細胞、及び非プロフェッショナル抗原提示細胞、例えばケラチノサイト、内皮細胞、アストロサイト、線維芽細胞、希突起膠細胞)；ナチュラルキラー(NK)細胞；骨髄性細胞、例えばマクロファージ、好酸球、マスト細胞、好塩基球及び顆粒球が挙げられる。
【００４９】
本明細書に示すように、特定の免疫グロブリン(Ig)アイソタイプは、抗原(アレルゲン)に応答して産生され得る。例えば、「IgG抗原」とはIgG抗体応答を誘導する抗原をいう。同様に、「IgE抗原」とはIgE抗体応答を誘導する抗原をいい；「IgA抗原」とはIgA抗体応答を誘導する抗原をいう、といった具合である。特定の実施形態において、抗原に応答して産生される免疫グロブリン(Ig)アイソタイプはまた、他のアイソタイプの産生を惹起してもよい。例えば、IgG抗原は、IgG抗体応答を、IgE、IgA、IgM又はIgD抗体応答の１つと組み合わせて誘導してもよい。したがって、特定の実施形態において、IgG抗原は、IgE、IgA、IgM又はIgD抗体応答をいずれも誘導することなく、IgG抗体応答を誘導してもよい。
【００５０】
本発明は、抗原又はアレルゲン、例えばTG抗原又はアレルゲンに対する感作又は過敏化の進展を低下させ、減少させ、予防する方法及び使用を包含する。したがって、他の実施形態において、タンパク質又はペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されたTGタンパク質又はペプチド)は、Ｔ細胞応答(Th2細胞応答を含み得るがこれに限定されない)を減少させ、阻害し、抑制し又は低下させる。特定の実施形態において、Ｔ細胞応答は、抗アレルゲン免疫応答、例えばメモリーＴ細胞応答である。
【００５１】
本発明の別の１つの局面によれば、抗アレルゲン免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させるTGタンパク質又はペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体が提供される。別の１つの局面において、抗アレルゲン免疫応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し又は崩壊させるTGタンパク質又はペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体が提供される。
【００５２】
当業者に理解されるように、本明細書に記載のタンパク質又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチド)は、抗アレルゲン免疫応答の特定の要素を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させつつ、同時に又は逐次的に、抗アレルゲン応答の他の要素を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し又は低下させてもよい。１つの非限定例において、タンパク質又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチド)は、調節性Ｔ細胞の増殖を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強する一方、炎症促進性リンホカイン/サイトカインの産生を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し又は低下させてもよい。
【００５３】
「抗アレルゲン」、「抗タンパク質」又は「抗ペプチド免疫応答」とは、タンパク質又はペプチド、例えばアレルゲンに特別な又は特異的な免疫応答をいう。このような例において、応答は、タンパク質又はペプチド、例えばアレルゲン(例えば、TGタンパク質又はペプチド)により特異的に誘引される(惹起され、刺激され、増大し、誘導され又は促進する)。「抗アレルゲン」免疫応答は、所与のアレルゲンにより特異的に誘引されるが、免疫応答自体は、本明細書に示すような、免疫応答、例えばＴ細胞(細胞性)及び/又はＢ細胞(液性)免疫応答の一般的な特徴により特徴付けることができる。
【００５４】
本明細書に開示するように、TGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、抗原(アレルゲン(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチド)を含む)に対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させ得る。特定の実施形態において、本明細書に記載のTGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、アレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させてもよい。よって、特定の実施形態において、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、アレルギー反応又はアレルギー性免疫応答(抗原又はアレルゲンへの対象者の二次以降の曝露後のアレルギー応答を含むがこれらに限定されない)の使用又は処置(例えば、治療的)において有効であり得る。具体的実施形態において、TGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の使用又は投与により惹起され、刺激され、誘導され、促進し、増大し又は増強した免疫学的寛容は、Ｔ細胞(CD4+Ｔ細胞、CD8+Ｔ細胞、Th1細胞、Th2細胞及び調節性Ｔ細胞(Treg)及びメモリーＴ細胞を含むがこれらに限定されない)の活性のモジュレーションを含んでもよい。例えば、TGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチド)の使用又は投与により惹起され、刺激され、誘導され、促進し、増大し又は増強した免疫学的寛容は、Ｔ細胞により産生される炎症性リンホカイン/サイトカインを含んでもよい。よって、本発明の特定の局面によれば、抗原又はアレルゲン(例えば、TGタンパク質又はペプチド)に対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させるTGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体が提供される。
【００５５】
したがって、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導する方法及び使用が提供される。１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者における、アレルゲンに対するアレルギー応答により引き起こされるか又は該応答と関係する生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状又は合併症の発生、頻度、重篤度、進行又は期間を低減させる。よって、種々の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して対象者を保護し又は前記アレルギー応答等について対象者を処置することができる。
【００５６】
本明細書に開示するように、驚くべきことに、Th2免疫応答を惹起するTGタンパク質及び抗原は、先験的にIgE反応性ではない。よって、対象者に或る量の(IgG、IgA、IgM又はIgD抗原である)タンパク質又はペプチドを投与する、対象者に特異的免疫療法を提供する方法及び使用が提供される。１つの具体的実施形態において、方法又は使用は、或る量のIgG抗原であるタンパク質又はペプチドを対象者に投与することを含む。
【００５７】
本発明の方法及び使用の特定の実施形態において、アレルゲンはTGタンパク質又はペプチドである。より具体的な実施形態において、アレルゲンは、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)若しくは表６に示されるタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体である。他の非限定的実施形態において、アレルゲンは、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すアミノ酸配列を含むか、前記アミノ酸配列からなるか又は該アミノ酸配列から本質的になる。
【００５８】
本発明の方法及び使用の他の実施形態において、アレルゲンはオオアワガエリのタンパク質でもペプチドでもない。このようなアレルゲンの非限定例としては、草本、樹木、チリダニ、昆虫、花粉に由来するタンパク質及びペプチドが挙げられ、ハンノキ属(Alder)、アルテルナリア属腐朽菌(Alternaria rot fungus)、アメリカゴキブリ、アメリカイエチリダニ(house dust mite)、トネリコ属(Ash)、アスペルギルス・フミガタス(Aspergillus fumigatus)、ギョウギシバ(Bermuda grass)、カバノキ属(Birch)、カナリークサヨシ(Canary grass)、ネコ、クラドスポリウム・ハーバルム(Cladosporium herbarum)、イタリアイトスギ(Common cypress)、イトスギ属(Cypress)、ナツメヤシ(Date palm)、イヌ、ヘラオオバコ(English plantain)、ヨーロッパイエチリダニ、オオブタクサ(Giant ragweed)、ヒノキ(Japanese cypress)、ナガハグサ(Kentucky blue grass)、ホソムギ(Lolium perenne)、カモガヤ(Orchard grass)、ペニシリウム・クリソゲナム(Penicillium chrysogenum)、ケードネズ(Prickly juniper)、オカヒジキ(Russian thistle)、ドクムギ属(Rye grass)、ハルガヤ(Sweet vernal grass)又はホワイトオーク(White oak)を含むがこれらに限定されない。
【００５９】
アレルギー反応とは、対象者が以前に曝露されて感作された特異的抗原(例えば、アレルゲン)との接触後の該対象者における局所又は全身性反応をいう。抗原(例えば、アレルゲン)と感作リンパ球(Ｔ細胞)及び/又は抗体との免疫学的相互作用は、炎症及び組織損傷を生じることがある。アレルギーは、望ましくない免疫応答又は反応であって、したがって通常は炎症性反応による、自己の組織及び細胞に対して損傷を生じることがある応答又は反応である。
【００６０】
アレルギーの１つの非限定例は喘息である。喘息(外因性又はアレルギー性喘息(反応性気道疾患とも呼ばれる)であり得る)は、一般的には可逆的な気道閉塞により特徴付けられる肺の炎症性疾患である。アレルギー性喘息の非限定的特徴としては、血清IgE濃度の上昇、肺好酸球増加症、気道過剰応答性、過剰な気道粘膜産生並びに細気管支周囲のコラーゲン沈着及び気道平滑筋量増加が顕著な気道リモデリングが挙げられる。他の例示的アレルギー反応又は炎症性状態としては、アレルギー性肺胞炎、アレルギー性気管支肺アスペルギルス症、アレルギー性皮膚炎、湿疹、アレルギー性結膜炎、アレルギー性コリーザ、アレルギー性脈管炎、鼻副鼻腔炎及びアレルギー性鼻炎が挙げられる。
【００６１】
免疫応答に言及して使用する過敏症又は過剰応答性は、抗原又はアレルゲンが過大な免疫応答を惹起する異常な応答又は状態を意味する。例えば、アレルギー性喘息は、有害な免疫学的応答(例えば、気管支壁における持続性炎症；これは次に呼吸器系における構造的及び機能的変化を引き起こすことがある)を誘引する風媒性アレルゲンへの反復曝露に起因することがある。感作対象者(すなわち、アレルゲンに既に曝露された対象者)によるアレルゲン接触後、免疫応答は、Ｔヘルパー(Th)２表現型に傾斜したCD4+ Ｔリンパ球に依存する。Th2サイトカイン(例えば、IL-4、IL-5、IL-9及びIL-13)が産生され、喘息病因に寄与すると考えられている。例えば、IL-4は、Th2側にＴヘルパー応答を駆動し、IgE産生の増強を生じる；IL-5は、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM-CSF)及びIL-3と共に、好酸球の産生に重要である；IL-13は、(臨床喘息と密接に関連する下流の病理生理学的特徴である)気道過剰応答性及び粘膜化生(mucous metaplasia)に必要である。これらサイトカインの全てが、TGF-βと共に、気道リモデリングに関連付けられてきた。気道好酸球数の増加もまた疾患重篤度に関係しているが、喘息の病理における好酸球の役割は完全には理解されていない(例えば、Leeら，Science 305:1773(2004)；Humblesら，Science 305:1776(2004)を参照)。得られる構造的及び形態的変化(リモデリング)としては、上皮下線維症、杯細胞過形成及び化生が挙げられ、これらは機能的結果(例えば、喘息性気道の伸展性喪失、気管支過敏症(アレルゲンの不在下でさえ)及び１秒間強制呼気容量の漸進性減少の加速を生じる。また、Th2サイトカインは、好酸球を、炎症促進因子、脂質メディエーター及び観察された組織損傷、リモデリング及び過剰応答性に寄与すると考えられる他のサイトカインを放出するように、プライムし活性化してもよい。
【００６２】
本明細書で使用する場合、用語「寛容」、「アネルギー」又は「抗原(アレルゲン)特異的寛容」とは、アレルゲン又は抗原によるＴ細胞レセプター媒介刺激に対するＴ細胞の低下、喪失、阻害、抑制又は減少をいう。低下は、アレルゲン又は抗原に対するＴ細胞の応答性低下又は非応答性(非感受性)に至ることがある。このような非感受性は、一般には抗原特異的であり、抗原ペプチドへの曝露が終了した後も持続する。例えば、Ｔ細胞における寛容は、リンホカイン/サイトカイン(例えば、IL-2、IFN-γ又はTNF-β)の産生欠如により特徴付けられる。Ｔ細胞アネルギーは、Ｔ細胞が抗原又はアレルゲンに曝露され、第１のシグナル(Ｔ細胞レセプター又はCD3媒介シグナル)を第２のシグナル(同時刺激シグナル)の不在下に受容したときに起こる。この条件下で、同一抗原又はアレルゲンへの細胞の再曝露(再曝露が同時刺激分子の存在下で生じた場合でさえ)は、サイトカイン産生をもたらさず、その後Ｔ細胞の増殖ももたらさない。よって、リンホカイン/サイトカインの不産生は増殖を防止する。しかし、寛容Ｔ細胞は、サイトカイン(例えば、IL-2)と培養した場合には増殖することができる。また、例えば、Ｔ細胞アネルギーは、ELISAで又は指示細胞株を用いる増殖アッセイで測定されるように、Ｔリンパ球によるIL-2産生の欠如によって観察することができる。
【００６３】
本明細書で使用する場合、用語「免疫学的寛容」とは、ａ)特異的免疫学的応答(少なくとも一部は、抗原特異的エフェクターであるＴリンパ球、Ｂリンパ球、抗体、それらの組合せにより媒介されると考えられる)のレベルの減少又は低下；ｂ)特異的免疫学的応答の開始又は進行の遅延；又はｃ)抗原又はアレルゲンに対する特異的免疫学的応答の開始又は進行リスクの低下をいう。「特異的」免疫学的寛容は、寛容が或る特定の抗原(アレルゲン)に対して、他の抗原(アレルゲン)と比較して優先的に引き起こされるときに起きる。寛容は活性抗原依存性プロセスであり、非特異的免疫抑制及び免疫欠損とは異なる。
【００６４】
「寛容」の増大、向上、増強又は誘導とは、抗原に対する特異的免疫学的反応性が同一抗原に対する以前の暴露における同抗原に対する反応性と比較して減少し、低下し、阻害され若しくは抑制されているか、又は制限若しくは制御若しくは除去されていることをいう。よって、特定の実施形態において、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導する方法又は使用は、アレルゲンに対する対象者のアレルギー応答の消去を含む。また、対象者におけるアレルゲンに対する免疫学的寛容は、抗原又はアレルゲンに対する対象者のアレルギー応答の発生、頻度、重篤度、進行又は期間の低下に反映されることがある。
【００６５】
望ましくは、寛容とは、抗原又はアレルゲンに対する非反応性ということができるが、寛容は完全な非反応性である必要はなく、部分的のみであることができ、いずれにしても、抗原又はアレルゲンに対する特異的免疫学的反応性が、同一抗原又はアレルゲン(又はそのエピトープ)に対する以前の暴露における同抗原又はアレルゲンに対する反応性と比較して減少し、阻害され、抑制され又は低下していることに反映される。よって、別の１つの実施形態において、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導する方法又は使用は、対象者においてアレルゲンに対するアレルギー応答のレベルを安定させ又は維持することを含む。
【００６６】
免疫寛容の誘導(脱感作とも呼ばれる)及び免疫寛容の相対量は、本明細書に開示の方法又は当業者に公知の方法で測定することができる。例えば、免疫寛容の誘導は、動物におけるリンホカイン及び/又はサイトカインレベルのモジュレーションにより測定することができる。よって、モジュレーションは、サイトカインレベルの増大、例えば、サイトカインレベルの、誘導前に対する少なくとも1.5倍、２倍、３倍又はそれ以上の増加であり得る。或いは、モジュレーションは、特定のサイトカインレベルの減少、例えば、サイトカインレベルの、誘導前に対する少なくとも1.5倍、２倍、３倍又はそれ以上の減少であり得る。測定のために選択するリンホカイン/サイトカインは、任意の該当するリンホカイン/サイトカイン、例えば、IL-2、IL-5、IL-4、IL-6、IL-10、IL-12、IL-13、TNF-α、IFN-γ、IFN-α、TGF-β、MCP-1、RANK-L及びFlt3Lから選択することができる。
【００６７】
本明細書に開示するように、本発明のペプチド及びタンパク質は、例えば「特異的」免疫療法の方法及び使用に有用である。用語「特異的」免疫療法とは、タンパク質又はペプチド(例えばアレルゲン)に特別な又は特異的な治療法をいう。「特異的免疫療法」を達成するために、抗原(例えばアレルゲンを含む)に対する対象者の免疫学的寛容を達成するように、抗原が対象者に投与される。
【００６８】
より具体的には、特異的免疫療法は、免疫学的寛容が求められる抗原(例えば、アレルゲン)に由来する抗原を投与することで行ってもよい。或いは、免疫療法は、
例えば、米国特許出願公開US2012/0100164A1(これは、治療すべき個体における、当該過敏性免疫応答を誘引するアレルゲンとは無関係の抗原の使用によるバイスタンダー抑制を介する、過敏性免疫応答、例えばアレルギー性鼻炎又は喘息の治療に関する。ただし、該抗原が原料物質、例えば、「誘引」アレルゲン(例えば、Phl p 1、Phl p 5又はPhl p 6)を含む草本花粉から取得可能であるという条件で。)に記載されるように、免疫学的寛容が求められる抗原とは異なる抗原又はタンパク質を用いる「非特異的」免疫療法で行うことができる。
【００６９】
よって、異なる実施形態において、投与されるTG抗原及び免疫学的寛容が求められる抗原(例えば、アレルゲン)は、同じTGタンパク質であっても、異なるTGタンパク質であってもよい。１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強させ又は強化するに十分な量のTGタンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を対象者に投与することを含む。１つの局面において、TG抗原は、同じTG抗原に対するアレルギー反応について対象者を処置する特異的免疫療法の間に対象者に投与される。１つの異なる局面において、TG抗原は、異なるTG抗原に対するアレルギー反応について対象者を処置する特異的免疫療法の間に対象者に投与される。別の１つの実施形態において、方法は、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進しせ、増大させ、増強させ又は強化するに十分な量の、オオアワガエリタンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体の全部又は部分(例えば、Ｔ細胞エピトープ)をコードする核酸を対象者に投与することを含む。種々の実施形態において、特異的免疫療法の方法又は使用は、タンパク質若しくはペプチド(例えば、アレルゲン)に対する感受性若しくは過敏性を低下させ、阻害し、抑制し若しくは減少させるか、又はタンパク質若しくはペプチド(例えば、アレルゲン)の寛容を惹起し、刺激し、増大させ、誘導し、促進し若しくは向上させる。代表的には、対象者は、例えば皮下注射により、タンパク質又はペプチド(例えば、アレルゲン)を投与される。
【００７０】
方法及び使用は複数用量レジメンを含む。例えば、方法又は使用は、少用量のアレルゲンで開始し、反復接触又は投与のために用量を増加させることができる。
【００７１】
抗原(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチド)(本明細書に記載のアレルゲンを含む)のバリアント若しくは誘導体又は抗原若しくはアレルゲンのサブ配列若しくは部分は、構造的に類似し機能的にも類似する分子(例えば、表１(出現順にそれぞれ配列番号１〜620)、表２(出現順にそれぞれ配列番号621〜1442)、表４(出現順にそれぞれ配列番号1443〜2264)又は表６のアミノ酸配列の全部又は一部のもの)を含む。抗原又はアレルゲンのバリアント、誘導体又はサブ配列は、バリアント、誘導体又はサブ配列が検出又は測定可能な免疫応答を惹起することが可能である場合、それが非バリアント/非誘導体又は天然型配列と比較して低下した免疫応答(これは、本明細書に記載され、当業者に公知の方法(動物モデル及びインビトロアッセイを含む)を用いて測定してもよい)であったとしても、抗原又はアレルゲン配列と機能的に類似する。例えば、免疫応答は、(例えば、Ｔ細胞による)リンホカイン/サイトカイン産生、抗体産生(クラス及び/又はアイソタイプを含む)、細胞の動員、移動又は運動性の定量的及び/又は定性的測定により、任意にインビボ(例えば、抗原/アレルゲン免疫応答性の動物モデル)で測定してもよい。抗原又はアレルゲンのバリアント、誘導体又はサブ配列の免疫応答は、非バリアント/非誘導体/天然型完全長抗原又はアレルゲンとの比較で、特定の尺度(例えば、リンホカイン/サイトカイン産生、免疫グロブリン産生、細胞の動員、移動、運動性など)の分析により確認されてもよく、非バリアント/非誘導体/天然型完全長抗原又はアレルゲンの免疫応答より大きくても、小さくても、匹敵していてもよい(例えば、５％、10％、15％、又は20％若しくは25％以内)。例えば、Th1リンホカイン/サイトカイン(例えば、IFN-γ、IL-2及びTNF-β)及びTh2サイトカイン(例えば、IL-4、IL-5、IL-9、IL-10及びIL-13)のレベルは、本明細書に記載される方法又は当業者に公知の方法に従って測定されてよい。
【００７２】
本明細書に開示するように、タンパク質及びペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体としては、１以上の例示タンパク質及びペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442,)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTG配列)と全配列同一性又は少なくとも部分的な配列同一性を有するものが挙げられる。用語「同一性」及び「同一」並びにそれらの文法変形は、２以上の参照物が(例えば、ペプチド又はポリヌクレオチド分子)が同じであることを意味する。よって、２つのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、同一である場合、同じアミノ酸配列を有する。同一性は、配列の規定された範囲(領域又はドメイン)にわたるものであり得る。相同性又は同一性の「範囲、領域又はドメイン」は、２以上の参照物の一部が相同性を有するか又は同じであることを意味する。
【００７３】
同一性は、整列させた配列の各位置を比較することにより決定することができる。アミノ酸配列間の同一性の度合いは、当該配列同士が共有する位置での(すなわち、特定された領域にわたる)同一の又はマッチするアミノ酸の数の関数である。同一性比較のための最適な配列整列は、当該分野において公知である種々のアルゴリズムを用いて行ってもよい。このようなアルゴリズムとしては、ClustalWプログラム(http://clustalw.genome.ad.jpで入手可能)、Smith及びWaterman(1981，Adv. Appl. Math 2: 482)の局所相同性アルゴリズム、Needleman及びWunsch(1970，J. Mol. Biol. 48:443)の相同性整列アルゴリズム、Pearson及びLipman(1988，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444)の類似性検索法及びこれらアルゴリズムのコンピュータによる実行(例えば、GAP、BESTFIT、FASTA及びWisconsin Genetics Software Package(Genetics Computer Group, Madison, WI, U.S.A.)中のTFASTA)が挙げられる。配列同一性はまた、Altschulら(1990，J. Mol. Biol. 215:403-10)に記載されるBLASTアルゴリズムを用いて(公開されたデフォルト設定で)決定されてもよい。BLAST分析を実施するためのソフトウェアは、米国国立バイオテクノロジー情報センター(National Center for Biotechnology Information)より入手し得る(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/でインターネットにより)。パーセント配列同一性(相同性)を算出するアルゴリズムは、一般には、比較領域又は範囲にわたる配列ギャップ及びミスマッチを計算する。例えば、BLAST(例えば、BLAST 2.0)検索アルゴリズム(例えば、Altschulら，J. Mol. Biol. 215:403(1990)(NCBIより公然に入手可能)を参照)は、以下のとおりの例示的な検索パラメータを有する：ミスマッチ  −２；ギャップ開口  ５；ギャップ伸長  ２。ポリペプチド配列比較については、BLASTPアルゴリズムは、代表的には、採点マトリクス(例えば、PAM100、PAM 250、BLOSUM 62又はBLOSUM 50)との組合せで使用される。また、FASTA(例えば、FASTA2及びFASTA3)及びSSEARCH配列比較プログラムを使用して、同一性の程度を定量する(Pearsonら，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444(1988)；Pearson, Methods Mol Biol. 132:185(2000)；及びSmithら，J. Mol. Biol. 147:195(1981))。Delaunayベースのトポロジカルマッピングを用いてタンパク質の構造的類似性を定量するためのプログラムもまた開発されている(Bostickら，Biochem Biophys Res Commun. 304:320(2003))。
【００７４】
本明細書に記載するように、TGタンパク質及びペプチドには、TGタンパク質及びペプチドのホモログ(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかのアミノ酸配列の全部又は一部のもの)が含まれる。ポリペプチド配列又はポリヌクレオチド配列は、該配列及び別の配列の２つの配列が特定領域にわたって実質的な同一性を有し、配列の機能的活性が少なくとも一部保存又は保全されている場合、該別の配列の「ホモログ」であるか又は該別の配列と「相同」である(本明細書で使用する場合、用語「相同」は、進化上の関連性を暗示も排除もしない)。
【００７５】
本発明のペプチド及びタンパク質の「ホモログ」の例としては、非オオアワガエリアレルゲンのタンパク質又はペプチドが挙げられる(例えば、本明細書に記載のオオアワガエリペプチド又はタンパク質に相同である他の草本(例えばイネ目草本)のアレルゲンを含む)。例えば、具体的実施形態において、本発明のタンパク質又はペプチドは、イネ目草本、スイッチグラス(Panicum virgatum)、トウモロコシ(Zea mays)、イネ(Oryza sativa)、トウゴマ(Ricinus communis)、ヨーロッパハンノキ(Alnus glutinosa)、ホウレンソウ(Spinacia oleracea)、モロコシ(Sorghum bicolor)、シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)、パンコムギ(Triticum aestivum)、ナズナ(Capsella bursa-pastoris)、セイヨウアブラナ(Brassica napus)、アイスプラント(Mesembryanthemum crystallinum)、ゴシピウム・ヒルスツム(Gossypium hirsutum)、チンゲンサイ(Brassica rapa subsp. chinensis)、トマト(Solanum lycopersicum)、ジャガイモ(Solanum tuberosum)、ブラック・コットンウッド(Populus trichocarpa)又はチャラ・コラリナ(Chara coralline)のタンパク質又はペプチドであり得る。
【００７６】
したがって、具体的実施形態において、本発明の方法及び使用は、非オオアワガエリアレルゲンのペプチド及びタンパク質(例えば他の草本抗原及びアレルゲン、本明細書に示すように、相同と見なされる非TGタンパク質及びペプチドを含む)のホモログを含む。よって、非限定例として、非オオアワガエリ抗原又はアレルゲンのペプチド及びタンパク質ホモログは、オオアワガエリアレルゲン若しくは抗原に対する免疫活性若しくは免疫応答をモジュレートするか又はオオアワガエリアレルゲン若しくは抗原と関係するアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患を処置するために投与されてもよい。別の１つの非限定例として、非オオアワガエリ抗原又はアレルゲンのペプチド及びタンパク質ホモログは、非オオアワガエリアレルゲン若しくは抗原に対する免疫活性若しくは免疫応答をモジュレートするため又は非オオアワガエリアレルゲン若しくは抗原と関係するアレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患を処置するために投与されてもよい。
【００７７】
２つのポリペプチド配列又はポリヌクレオチド配列は、(ギャップを許容して)最適に整列したときに、例えば表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)若しくは表６の任意のアミノ酸配列の全て若しくは一部にわたって、少なくとも約40％の配列同一性又はそれ以上(例えば、特定の領域にわたる45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％の同一性など)である場合又は当該配列同士が規定の機能的モチーフ(例えば、エピトープ)を共有する場合、実質的に同一と見なされる。パーセント同一性は、全配列長又は配列の一部分にわたる(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかのアミノ酸配列の全部又は一部にわたる)ものであり得る。具体的局面において、パーセント同一性を求める配列長は、(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかのアミノ酸配列の全部又は一部にわたる)２、３、４、５又はそれより多い連続アミノ酸、例えば、６、７、８、９、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20連続アミノ酸などである。更なる具体的局面において、パーセント同一性を求める配列長は、(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかのアミノ酸配列の全部又は一部にわたる)20連続アミノ酸以上、例えば、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35連続アミノ酸などである。更なる具体的局面において、パーセント同一性を求める配列長は、(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかのアミノ酸配列の全部又は一部にわたる)35連続アミノ酸以上、例えば、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、45、47、48、49、50連続アミノ酸などである。尚更なる具体的局面において、パーセント同一性を求める配列長は、(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかのアミノ酸配列の全部又は一部にわる)50連続アミノ酸以上、例えば、50〜55、55〜60、60〜65、65〜70、70〜75、75〜80、80〜85、85〜90、90〜95、95〜100連続アミノ酸などである。
【００７８】
「無関係」又は「非相同」配列は、本発明のタンパク質、ペプチド又はポリヌクレオチドと、特定された相同性領域にわたって、30％未満の同一性を、より具体的には、約25％未満の同一性を有する。
【００７９】
タンパク質又はペプチドのバリアント又は誘導体とは、(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかのアミノ酸配列の全部又は一部にわたる)タンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分若しくはホモログの改変形態又はバリアント形態をいう。このようなタンパク質及びペプチドの改変形態(例えば、アミノ酸の欠失、付加及び置換)もまた、本発明の使用、方法及び組成物(本明細書に示すような、免疫応答をモジュレートする方法、免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる方法、及びアレルギー反応又は応答に対して対象者を保護し、処置する方法を含む)で使用することができる。
【００８０】
よって、本発明によれば、非改変形態、非バリアント形態及び非誘導形態のタンパク質及びペプチドの１以上の機能又は活性を有する、改変形態、バリアント形態及び誘導体形態のタンパク質及びペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログ(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのもの)が提供される。これら形態(「改変体」、「バリアント」又は「誘導体」と呼ばれるか又はそれらの文法変形で呼ばれる)は参照配列に由来する。例えば、本明細書に記載するように、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分又はホモログは、TGタンパク質又は表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)若しくは表６に示すアミノ酸配列の改変体、バリアント又は誘導体であるアミノ酸配列を含んでなってもよいし、前記配列からなってもよいし、又は該配列から本質的になってもよい。このような改変体、バリアント又は誘導体は、参照タンパク質又はペプチドより大きいか又は小さい活性又は機能(例えば、免疫応答(例えば、Ｔ細胞応答)を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強し、活性化し、モジュレートし、阻害し、減少させ、抑制し若しくは低下させるか又は抗原若しくはアレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ若しくは増強させる(脱感作する)能力)を有していてもよい。よって、タンパク質、ペプチド、又はそのサブ配列、部分若しくはホモログには、参照抗原若しくはアレルゲン(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかに示されるTGタンパク質又はペプチド)と実質的に同じ活性若しくは機能を有するか又はより大きいか若しくはより小さい相対的活性若しくは機能(例えば、インビトロ又はインビボで、免疫応答(例えば、Ｔ細胞応答)を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強し、活性化し、モジュレートし、阻害し、抑制し、減少させ若しくは低下させるか又は抗原若しくはアレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ若しくは増強させる能力)を有する配列が含まれる。
【００８１】
したがって、バリアント又は誘導体としては、欠失体(短縮型及びフラグメントを含む)；挿入体及び付加体(タグ化ポリペプチド及び融合タンパク質を含む)；置換体(例えば、保存的置換体、部位特異的変異体及び対立遺伝子バリアントを含む)；及び改変体(１以上の非アミノアシル基(糖、脂質などを参照)がペプチドに共有結合しているペプトイド及び翻訳後修飾体を含む)が挙げられる。
【００８２】
改変の非限定例には、参照タンパク質、ペプチド、又はそのサブ配列若しくは部分(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかのアミノ酸配列の全体又は一部にわたるもの)の１以上のアミノ酸の置換(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、20〜25、25〜30、30〜50、50〜100残基又はそれ以上の残基)、付加及び挿入(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、20〜25、25〜30、30〜50、50〜100残基又はそれ以上の残基)並びに欠失(例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、20〜25、25〜30、30〜50、50〜100)が含まれる。具体的実施形態において、改変配列又はバリアント配列は、非改変配列の機能又は活性の少なくとも一部を保持し、参照配列の機能又は活性(例えば、免疫応答(例えば、Ｔ細胞応答)を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強させ、活性化し、モジュレートし、阻害し、抑制し、減少させ若しくは低下させるか又はアレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ若しくは増強させる能力)より小さいか、これと匹敵するか、又はより大きい(が、少なくとも参照配列のものの一部を有する)機能又は活性を有することができる。このような免疫応答としては、例えば、とりわけ、サイトカイン(例えば、IL-5)、抗体(例えば、IgG抗体の産生増大、IgEの産生減少)又は免疫細胞(例えば、CD4+Ｔ細胞、CD8+Ｔ細胞、Th1細胞、Th2細胞又は調節性Ｔ細胞)の発現、産生又は活性の誘導、増大、増強、刺激、活性化、モジュレーション、阻害、抑制、減少又は低下が挙げられる。
【００８３】
タンパク質及びペプチドのバリアント及び誘導体としては、天然に存在する多形体又は対立遺伝子バリアント、系統バリアント並びにアミノ酸配列の限定数の保存的アミノ酸置換を含む合成タンパク質及びペプチドが挙げられる。タンパク質又はペプチド中の特定位置のアミノ酸が類似しているかどうかを示すために種々の基準を使用することができる。この変化をなすに際して、類似アミノ酸残基の置換は、側鎖置換基の相対的類似性(例えば、サイズ、電荷、疎水性、親水性など)に基づいて行うことができ、その置換は、ペプチド機能に対する効果について通常の試験でアッセイしてもよい。
【００８４】
置換の非限定的具体例としては、保存的及び非保存的アミノ酸置換が挙げられる。「保存的置換」は、或るアミノ酸を、生物学的、化学的又は構造的に類似する残基で置換することである。生物学的類似とは、当該置換が生物学的活性を破壊しないことを意味する。構造的類似とは、当該アミノ酸が類似する長さの側鎖(例えば、アラニン、グリシン及びセリン)又は類似するサイズの側鎖を有することを意味する。化学的類似性は、当該残基が同じ電荷を有するか又は共に親水性若しくは疎水性であることを意味する。例えば、保存的アミノ酸置換は、或るアミノ酸残基が類似する側鎖を有するアミノ酸残基と置換されるものであり、類似する側鎖を有するアミノ酸残基としては、塩基性側鎖を有するアミノ酸(例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン)；酸性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)；非荷電極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、ヒスチジン)；非極性側鎖を有するアミノ酸(例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン)；β分枝側鎖を有するアミノ酸(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、及び芳香族側鎖を有するアミノ酸(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン)が挙げられる。特定の例としては、或る疎水性残基(例えば、イソロイシン、バリン、ロイシン又はメチオニン)と別の疎水性残基との置換又は或る極性残基と別の極性残基との置換(例えば、アルギニンのリジンに代えての置換、グルタミン酸のアスパラギン酸に代えての置換又はグルタミンのアスパラギンに代えての置換、セリンのスレオニンに代えての置換など)が挙げられる。(分類が困難であるとされる)プロリンは、脂肪族側鎖を有するアミノ酸(例えば、Leu、Val、Ile及びAla)と特性を共有する。特定の状況では、グルタミンのグルタミン酸に代えての置換又はアスパラギンのアスパラギン酸に代えての置換は、グルタミン及びアスパラギンがそれぞれグルタミン酸及びアスパラギン酸のアミド誘導体であるという点で類似する置換と見なしてもよい。保存的変化としては、例えばアミノ酸の側鎖官能基の反応による、化学的誘導部分の非誘導残基に代えての置換を挙げることもできる。タンパク質及びペプチドのバリアント及び誘導体としては、１以上の制限数の置換された残基を有する形態を挙げることができる。
【００８５】
付加は、任意のタイプの分子の共有結合又は非共有結合であり得る。付加の具体例としては、グリコシル化、アセチル化、リン酸化、アミド化、ホルミル化、ユビキチン付加、並びに保護/封鎖基及び多くの化学修飾基のいずれかによる誘導体化が挙げられる。付加の更なる非限定的具体例は、１以上のアミノ酸残基の付加である。したがって、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、より大きな分子(例えば、別のタンパク質又はペプチド配列)の一部であるか又はより大きな分子内に含まれ得る(例えば、異なる(別個の)配列との融合体又はキメラ)。
【００８６】
具体的実施形態において、付加は、参照の天然型(野生型)配列に通常存在しない１以上の分子が該配列に共有結合したアミノ酸配列である融合(キメラ)配列である。用語「キメラ」及びその文法変形体は、配列に言及して使用する場合、該配列が、他の物理的又は化学的実体に由来し、前記実体から取得若しくは単離され又は該実体に基づく１以上の部分を含むことを意味する。例えば、２以上の異なるタンパク質のキメラは、一部に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ又はバリアントを有していてもよく、キメラの第２部分は異なる配列又は無関係のタンパク質配列に由来してもよい。
【００８７】
アミノ酸付加を有する配列の別の１つの特定例は、別個の又は補完的な機能を付与する第２の異種配列(すなわち、異種機能ドメイン)が付着している(共有結合又は非共有結合している)ものである。異種機能ドメインはアミノ酸残基に限られない。よって、異種機能ドメインは、種々の異なるタイプの小さな又は大きな機能的部分のいずれかからなることができる。このような部分としては、核酸、ペプチド、炭水化物、脂質又は小有機化合物、例えば薬剤(例えば、抗ウイルス剤)、金属(金、銀)及び放射性同位体が挙げられる。例えば、タグ(例えばT7又はポリヒスチジン)は、タンパク質、ペプチドなどの精製又は検出を容易にするために、付着させることができる。したがって、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログ(例えば、表１、表２、表４又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチド)及び前記タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分若しくはホモログに別個の機能を付与する異種ドメインが提供される。
【００８８】
リンカー(例えば、アミノ酸又はペプチド模倣配列)を、配列と付加物(例えば、異種機能ドメイン)との間に、該２つの実体が別個の機能又は活性を少なくとも一部維持するように挿入してもよい。リンカーは、１以上の特性(可撓性立体構造、規則正しい二次構造を形成することが不能であること、又は(いずれかのドメインとの相互作用を促進し得る)疎水性若しくは荷電特性が含まれる)を有していてもよい。可撓性タンパク質領域に代表的に見出されるアミノ酸としては、Gly、Asn及びSerが挙げられる。他のほぼ中性のアミノ酸(例えば、Thr及びAla)もまたリンカー配列中で使用してもよい。リンカー配列の長さは、融合タンパク質の機能にも活性にも顕著に影響することなく変化し得る(例えば、米国特許第6,087,329号を参照)。リンカーとしては、更に、化学的部分及び接合剤(例えば、スルホ-スクシンイミジル誘導体(スルホ-SMCC、スルホ-SMPB)、ジスクシンイミジル スベレート(DSS)、ジスクシンイミジル グルタレート(DSG)及びジスクシンイミジル タートレート(DST)が挙げられる。
【００８９】
付加の更なる非限定例は検出可能な標識である。よって、別の１つの実施形態において、本発明は、検出可能に標識されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログを提供する。検出可能な標識の具体例としては、蛍光体、発色団、放射性同位体(例えば、S35、P32、I125)、高電子密度試薬、酵素、リガンド及びレセプターが挙げられる。酵素は、代表的には、その活性により検出される。例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼは、通常、基質(例えば3,3',5,5'-テトラメチルベンジジン(TMB))を(定量可能である)青色色素に変換する能力で検出される。
【００９０】
付加の別の非限定例は、任意のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分若しくはホモログ(例えば、本明細書に示される任意のタンパク質又は配列、例えば表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかのアミノ酸配列のもの)内へのアミノ酸の挿入である。具体的実施形態において、挿入は、タンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分若しくはホモログ(例えば、本明細書に、例えば表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示される任意のTGタンパク質又は配列)のアミノ酸配列中に挿入される１以上のアミノ酸残基のものである。
【００９１】
また、改変の及びバリアントのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分若しくはホモログは、Ｌ-アミノ酸に代えて置換された１以上のＤ-アミノ酸(及びそれらの混合物)、構造的及び機能的アナログ、例えば、合成若しくは非天然のアミノ酸又はアミノ酸アナログを有するペプチド模擬体並びに誘導体化形態を含む。改変には、環状構造(例えば当該分子のアミノ末端とカルボキシ末端との間の末端-末端アミド結合)又は分子内若しくは分子間のジスルフィド結合が含まれる。タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログは、インビトロ又はインビボで修飾されてもよく、例えば翻訳後修飾されてもよく、例えば、糖残基、リン酸基、ユビキチン、脂肪酸、脂質などを含むように翻訳後修飾されてもよい。
【００９２】
改変の及びバリアントのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分及びホモログの非限定的具体例としては、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかに示される完全長TGタンパク質又はアミノ酸配列からの少なくとも１つのアミノ酸欠失を含むアミノ酸配列を含んでなるか、前記配列からなるか又は該配列から本質的になるタンパク質又はペプチドが挙げられる。具体的実施形態において、タンパク質、ペプチド、又はそのサブ配列、部分若しくはホモログは、完全長タンパク質配列より約２アミノ酸〜１アミノ酸少ない。更なる具体的実施形態において、タンパク質サブ配列若しくは部分は、アミノ酸長が完全長タンパク質配列より少なくとも１アミノ酸少ないという条件で、約２〜５、５〜10、10〜15、15〜20、20〜25、25〜50、50〜100アミノ酸長である。
【００９３】
用語「サブ配列」又は「部分」は、完全長分子のフラグメント又は一部を意味する。したがって、サブ配列又は部分は、完全長タンパク質又はペプチドより少ない、１以上のアミノ酸からなる。サブ配列又は部分は、アミノ末端若しくはカルボキシ末端からの末端アミノ酸の欠失又は内部アミノ酸の欠失によって完全長タンパク質又はペプチドより少ない１以上のアミノ酸を有することができる。サブ配列及び部分はサイズを変えることができる。例えば、タンパク質又はペプチドのサブ配列又は部分は、抗体に結合し得るエピトープ程度(すなわち、約５アミノ酸)から参照タンパク質又はペプチドの全体長より１アミノ酸少ないポリペプチドまでであり得る。
【００９４】
本明細書で使用する場合、サブ配列及び部分はまた、１以上のアミノ酸の付加又は欠失を含んでもよいし、１以上のアミノ酸の付加又は欠失からなってもよいが、該サブ配列又は部分は完全長天然型/野生型タンパク質又はペプチド配列を含んでなるものではない。したがって、サブ配列又は部分の全長は、例えば、タンパク質又はペプチドサブ配列が別のポリペプチドと融合しているか又はキメラを形成している場合には、完全長天然型/野生型タンパク質又はペプチドの長さより長いことがある。
【００９５】
本発明は、単離され且つ/又は精製されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を提供する。具体的実施形態において、単離され且つ/又は精製されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかに示されたTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列を含んでなるか、前記アミノ酸配列からなるか又は該アミノ酸配列から本質的になる。具体的実施形態において、単離され且つ/又は精製されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、Ｔ細胞エピトープ(例えば、Th2細胞エピトープ)を含む。
【００９６】
用語「単離された」は、組成物の修飾語として使用する場合、当該組成物が人の手により製造されているか、又は天然に生じるインビボ環境から完全に又は少なくとも部分的に分離されていることを意味する。一般に、単離された組成物は、天然では通常組み合わさっている１以上の物質(例えば、１以上のタンパク質、核酸、脂質、炭水化物、細胞膜)を実質的に含んでいない。用語「単離された」は、該組成物の代替の物理形態、例えば融合体/キメラ、マルチマー/オリゴマー、改変体(例えば、リン酸化、グリコシル化、脂質化)又は誘導形態を排除せず、人の手で製造された宿主細胞で発現する形態も排除しない。
【００９７】
「単離された」組成物(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、本明細書(例えば表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれか)に示されるいずれかのTGタンパク質又は配列のもの))はまた、天然で代表的には組み合わされている物質のほとんど又は全てを含まないとき、「実質的に純粋」であるか又は「精製されて」いる。よって、実質的に純粋であるか又は単離されているものでもある、単離されたタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体には、他の何百万もの配列の間に存在するポリペプチド又はポリヌクレオチド(例えば、ペプチドライブラリのペプチド又はゲノムライブラリ若しくはcDNAライブラリ中の核酸)は含まれない。
【００９８】
「実質的に純粋な」又は「精製された」組成物は、１以上の他の分子と組み合わせることができる。よって、「実質的に純粋な」又は「精製された」は、組成物の組合せ、例えばタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の組合せ(例えば、複タンパク質、ペプチド、サブ配列など)、他の抗原、剤、薬剤又は治療薬との組合せを排除しない。
【００９９】
タンパク質及びペプチド(例えば、抗原及びアレルゲン)は、組換え的に製造し、化学的に合成し、生物学的材料若しくは供給源から単離し、任意に改変するか、又はそれらの任意の組合せで製造することができる。生物学的材料又は供給源としては、本明細書に示される(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表３、表４(配列番号1443〜2264)又は表６のいずれかに列挙される)任意のタンパク質又はペプチド(例えば、抗原又はアレルゲン)を産生し又はプロセッシングする生物が挙げられる。例えば解体、解離、可溶化、断片化、ホモジナイゼーション、生化学的若しくは化学的抽出、粉砕、凍結乾燥、超音波処理又は生物学的供給源若しくは材料を操作若しくは加工する他の任意の手段により、形態学的一体性又は物理的状態を変化させ、改変し又は破壊した調製物を生物学的材料又は供給源と呼んでもよい。サブ配列、バリアント、ホモログ及び誘導体は、例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分若しくはホモログのアミノ酸配列中の１以上のアミノ酸残基を置換、欠失又は付加し、そして生物学的活性(例えば免疫応答を惹起する活性)についてスクリーニングすることによって製造することができる。当業者は、例えばSambrookら(2001)(Molecular Cloning: a Laboratory Manual，第３版，Cold Spring Harbour Laboratory Press)に記載されるような、標準の分子生物学的技術及び方法を用いて、このような誘導体又はバリアントを製造する方法を理解する。
【０１００】
本発明はまた、基体に不動化又は付着したタンパク質又はペプチド(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、本明細書(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６)に示される任意のTGタンパク質又は配列のもの)を提供する。タンパク質又はペプチド(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、本明細書(例えば表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６)に示される任意のTGタンパク質又は配列のもの)は、随意に、基体上で独特の又は別個の位置又はアドレスを有することができる。
【０１０１】
タンパク質又はペプチド(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、本明細書(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６)に示される任意のTGタンパク質又は配列のもの)を不動化又は付着させることができる基体としては、例えば、透過性、半透過性又は不透過性であり、剛直又はしなやかで、前記タンパク質等を格納でき、該タンパク質等に結合若しくは付着することができ、又は該タンパク質等を含浸することができる二次元の表面のような本質的に任意の物理的実体が挙げられる。
【０１０２】
基体としては、乾燥固相媒体(例えば、セルロース、ポリエステル、ナイロン、又はそれらの混合物など)、例えばガラス、シリカ、プラスチック、ポリエチレン、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリアセテート、ポリカーボネート、ポリアミド、ポリエステル、ポリウレタン又はポリ塩化ビニルが挙げられる。基体には、交差汚染又は相互の若しくは他の試薬との混合を回避又は防止するように相互に分離したセクション、コンパートメント、ウェル、コンテナ、ベッセル又はチューブを有する構造物が含まれる。マルチウェルプレート(代表的には６、12、26、48、96ウェル〜1000ウェルを含むもの)は、このような構造物の非限定的な特定の１つの例である。
【０１０３】
基体としてはまた、配列の二次元又は三次元アレイに使用する支持体が挙げられる。配列は、代表的には、基体の表面に、規定の位置(場所又はアドレス)で(例えば、共有結合により)付着される。基体は、或る数の配列(上限は、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示される全てのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体)、例えば、１、２、３、４、５、５〜10、10〜15、15〜20、20〜25、25〜30、30〜35、35〜40、40〜45、45〜50、50〜75、75〜100、100〜150、150〜200、200〜250、250〜300の配列を含むことができる。このような基体(「アレイ」とも呼ばれる)は、任意のタンパク質密度であり得る；密度が大きいほど、所与のチップでスクリーニングできる配列数が多くなる。二次元又は三次元配列アレイを含む基体及び該基体中の個々のタンパク質配列は、本発明に従ってコードされてもよい。
【０１０４】
本発明はまた、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すアミノ酸配列のもの)をコードする核酸を提供する。このような核酸配列は、例示タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すいずれかのアミノ酸配列のもの)と少なくとも40％以上(例えば、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％)同一である配列をコードする。更なる実施形態において、核酸は、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すアミノ酸配列のもの)の１以上のアミノ酸の付加(挿入)、欠失又は置換のような改変を有する配列をコードする。
【０１０５】
用語「核酸」、「ポリヌクレオチド」及び「ポリヌクレオシド」などは、リン酸エステル結合又はその等価物により連結した少なくとも２以上のリボ又はデオキシリボ核酸塩基対(ヌクレオチド/ヌクレオシド)をいう。核酸には、ポリヌクレオチド及びポリヌクレオシドが含まれる。核酸には、一重鎖、二重鎖又は三重鎖、環状又は直鎖状分子が含まれる。例示の核酸としては、RNA、DNA、cDNA、ゲノム核酸、天然に存在する核酸及び天然に存在しない核酸(例えば、合成核酸)が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１０６】
核酸は種々の長さであることができる。核酸長は、代表的には、約20ベース〜20キロベース(Kb)の範囲であるか、又はこれら長さに含まれるか若しくはこれら長さを包含する任意の数値又は範囲であり、10ベース長〜10Kb長、１〜５Kb長以下、1000〜約500ベース長以下である。核酸はまた、より短いことがあり、例えば100〜約500ベース長、又は約12〜24、24〜45、45〜90、90〜250若しくは約250〜500ベース長であり、これら長さに含まれるか若しくはこれら長さを包含する任意の数値若しくは範囲若しくは値であり得る。具体的局面において、核酸配列は、約10〜20、20〜30、30〜50、50〜100、100〜150、150〜200、200〜250、250〜300、300〜400、400〜500、500〜1000、1000〜2000ベースの長さ、又はこれら長さに含まれるか若しくはこれら長さを包含する任意の数値若しくは範囲を有する。より短い核酸は、一般には、一本鎖又は二本鎖DNAの「オリゴヌクレオチド」又は「プローブ」と呼ばれる。しかし、このようなオリゴヌクレオチドの長さに上限はない。
【０１０７】
更に、核酸配列には、ヌクレオチド及びヌクレオシドの置換、付加及び欠失並びに誘導体化形態及び融合/キメラ配列(例えば、組換えポリペプチドをコードするもの)が含まれる。例えば、遺伝子コードの縮重に起因して、核酸には、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、置換体、付加体、挿入体及び欠失体)(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すアミノ酸配列のもの)をコードする核酸に関して縮重した配列及びサブ配列が含まれる。
【０１０８】
核酸は、種々の標準的なクローニング及び化学合成技法を用いて製造することができる。このような技法には、エンコーディング配列にアニールできるプライマー(例えば縮重プライマー混合物)を用いるゲノムDNA又はcDNA標的の核酸増幅、例えばポリメラーゼ連鎖反応(PCR)が含まれるがこれに限定されない。核酸はまた、化学合成(例えば、固相ホスホルアミダイト合成)又は遺伝子からの転写によって製造することができる。製造された配列は、その後、インビトロで翻訳するか、又はプラスミドにクローニングして伝播・増殖させ後、細胞(例えば、真核細胞又は哺乳動物細胞、酵母若しくは細菌のような宿主細胞、動物又は植物)で発現させることができる。
【０１０９】
核酸は、該核酸の発現が「発現制御エレメント」により影響を受けるか又は調節される核酸構築物に挿入されてもよい。「発現制御エレメント」とは、それが作動可能に連結している核酸配列の発現を調製し又は該発現に影響を及ぼす核酸配列エレメントをいう。発現制御エレメントとしては、必要に応じて、プロモーター、エンハンサー、転写ターミネーター、遺伝子サイレンサー、タンパク質をコードする遺伝子の前の開始コドン(例えばATG)などが挙げられる。
【０１１０】
核酸配列に作動可能に連結された発現制御エレメントは、該核酸配列の転写及び必要応じてその翻訳を制御する。発現制御エレメントには、転写を構成的に活性化するエレメント、誘導性である(すなわち、活性化に外因性シグナルを必要とする)エレメント、又は抑制解除性(derepressible)である(すなわち、転写を止めるシグナルを必要とする；シグナルが存在しなくなると、転写を活性化又は「抑制解除」する)エレメント又は細胞タイプ若しくは組織に特異的なエレメント(すなわち、組織特異的制御エレメント)が含まれる。
【０１１１】
核酸はまた、宿主細胞への伝播及びその後の遺伝子操作のためのプラスミドに挿入することができる。プラスミドは、宿主細胞で増殖できる核酸であり、プラスミドは、随意に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体をコードする核酸の宿主細胞における発現を駆動するために発現制御エレメントを含んでもよい。ベクターは、本明細書ではプラスミドと同義に使用する。ベクターもまた、宿主細胞での発現のための発現制御エレメントを含んでもよい(例えば、発現ベクター)。プラスミド及びベクターは、一般に、細胞での増殖のための複製起点及びプロモーターを少なくとも含む。したがって、プラスミド及びベクターは、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すアミノ酸配列のもの)の遺伝子操作及び発現に有用である。したがって、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すアミノ酸配列のもの)をコードする核酸又はその相補体である核酸を含むベクターが提供される。
【０１１２】
本発明によれば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すアミノ酸配列のもの)を発現し及び/又は前記タンパク質等をコードし及び/又は発現する核酸で形質転換されている粒子(例えば、ウイルス粒子)及び形質転換宿主細胞が提供される。粒子及び形質転換宿主細胞には、ビリオン並びに原核生物及び真核生物細胞、例えば、細菌、真菌(酵母)、植物、昆虫及び動物(例えば、哺乳動物(霊長類及びヒトを含む)、CHO細胞及びハイブリドーマ)の細胞、例えば、組換えバクテリオファージ核酸、プラスミド核酸又はコスミド核酸発現ベクターで形質転換した細菌；組換え酵母発現ベクターで形質転換した酵母；組換えウイルス発現ベクター(例えば、カリフラワーモザイクウイルス、CaMV；タバコモザイクウイルス、TMV)に感染させたか又は組換えプラスミド発現ベクター(例えば、Tiプラスミド)で形質転換した植物細胞系；組換えウイルス発現ベクター(例えば、バキュロウイルス)に感染させた昆虫細胞系；及び組換えウイルス発現ベクター(例えば、レトロウイルス、アデノウイルス、ワクシニアウイルス)に感染させた動物細胞系又は安定発現用に遺伝子操作した形質転換動物細胞系が含まれるが、これらに限定されない。細胞は、初代細胞単離体、細胞培養物(例えば、継代し、樹立し、又は不死化した細胞株)、又はエキソビボでの又は対象者(インビボ)の複数の細胞若しくは組織若しくは器官の一部であり得る。
【０１１３】
用語「形質転換(した)」又は「トランスフェクト(した)」は、細胞(例えば、宿主細胞)又は生物に言及して使用する場合、細胞への外因性分子(例えば、タンパク質又は核酸(例えば導入遺伝子)の組込み後の当該細胞における遺伝子変化を意味する。よって、「トランスフェクト(した)」又は「形質転換(した)」細胞は、外因性分子が人の手により、例えば組換えDNA技法により導入されている細胞又はその子孫である。
【０１１４】
核酸又はタンパク質は、宿主細胞及びその子孫で安定的又は一時的にトランスフェクト又は形質転換(発現)させることができる。細胞は増殖させることができ、導入タンパク質を発現させることができ、又は核酸を転写させることができる。トランスフェクト又は形質転換した細胞の子孫は、複製の間に変異が生じる可能性があるので、親細胞とは同一ではないこともあり得る。
【０１１５】
タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体及び核酸の粒子における発現又は標的細胞(例えば、宿主細胞)への導入は、当該分野において公知の方法により行うこともできる。非限定例として、浸透圧ショック(例えば、リン酸カルシウム)、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、細胞融合などが挙げられる。核酸及びポリペプチドのインビトロ、エキソビボ及びインビボでの導入は、他の技法を用いても達成できる。例えば、ポリマー物質(例えば、ポリエステル、ポリアミン酸、ヒドロゲル、ポリビニルピロリドン、エチレン-酢酸ビニル、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、硫酸プロタミン、又はラクチド/グリコリドコポリマー、ポリラクチド/グリコリドコポリマー、又はエチレン酢酸ビニルコポリマー。核酸は、コアセルベーション技法又は界面重合で、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロース若しくはゼラチン-マイクロカプセル、又はポリ(メチルメタクロレート)マイクロカプセルを使用して、製造したマイクロカプセル中に、或いはコロイド系中に捕捉することができる。コロイド分散系としては、巨大分子複合体、ナノ-カプセル、ミクロスフェア、ビーズ及び脂質ベースの系(水中油エマルジョン、ミセル、混合ミセル及びリポソームを含む)が挙げられる。
【０１１６】
種々の組成物を細胞に導入するためのリポソームは当該分野で公知であり、例えば、ホスファチジルコリン、ホスファチジルセリン、リポフェクチン及びDOTAP(例えば、米国特許第4,844,904号、同第5,000,959号、同第4,863,740号及び同第4,975,282号；及びGIBCO-BRL, Gaithersburg, MD)を含む。遺伝子治療に有用であるピペラジンベースの両親媒性カチオン性脂質もまた公知である(例えば、米国特許第5,861,397号を参照)。カチオン性脂質系もまた公知である(例えば、米国特許第5,459,127号を参照)。ポリマー性物質、マイクロカプセル及びコロイド分散系(例えばリポソーム)は、本明細書ではまとめて、「ベシクル」と呼ぶ。したがって、ウイルスベクター及び非ウイルスベクターによる細胞への送達手段が含まれる。
【０１１７】
TGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すTGアミノ酸配列のもの)が提供され、種々の方法及び使用に用いることができる。このような方法及び使用は、例えば、１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)若しくは表６に示すTGアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体)のインビトロ及びインビボ投与を含む。提供される方法及び使用には、免疫応答をモジュレートする方法及び使用が含まれ、とりわけ、障害、疾患に対して対象者を保護し処置する方法及び使用；及び特異的免疫療法を提供する方法及び使用；及び診断の方法及び使用を含むが含まれる。
【０１１８】
具体的実施形態において、方法及び使用は、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すいずれかのTGアミノ酸配列のもの)を投与又は送達して、対象者おける免疫応答をモジュレートすること(例えば、アレルゲン又は抗原に対する免疫応答のモジュレーションを含む)を含む。
【０１１９】
本明細書で使用する場合、用語「モジュレートする」は、変化又は用語 改変(された)に対する効果を意味する。例えば、用語 モジュレートする は、ポリペプチド、遺伝子若しくはシグナル伝達経路の活性、機能若しくは発現又は生物の生理学的状態若しくは応答の変化又は効果に言及するために種々の状況で使用することができる。特定の実施形態において、モジュレートする は、抗原又はアレルゲンに対する対象者の免疫応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し又は破壊することが含まれる。他の実施形態において、モジュレートする は、抗原又はアレルゲンに対する対象者の免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含む。よって、用語「モジュレートする」は、用語「対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答」を修飾するために使用する場合、対象者におけるアレルゲンに対する免疫応答が変化したか又は影響を受けたこと(例えば、減少し、低下し、阻害され、抑制され、限定され、制御され、防止され、惹起され、促進し、刺激され、増大し、誘導され、増強することなど)を意味する。
【０１２０】
本明細書に記載される抗原又はアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートする方法及び使用は、対象者に、アレルゲンに対するアレルギー応答若しくは反応又はアレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供するために使用されてもよい。したがって、他の実施形態において、方法及び使用は、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すいずれかのTGアミノ酸配列のもの)を投与して、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して対象者を保護又は処置することを含む。更なる他の実施形態において、方法及び使用は、本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すいずれかのTGアミノ酸配列のもの)を投与又は送達して、抗原又はアレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含む。
【０１２１】
種々の実施形態において、対象者に、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供する方法及び使用が提供される。種々の局面において、方法又は使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を対象者に提供するに十分な量の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示す任意のTGアミノ酸配列のもの)を対象者に投与することを含む。
【０１２２】
本発明の方法及び使用は、対象者に、抗原若しくはアレルゲンに対する保護又は抗原若しくはアレルゲンへの曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供すること、例えば、アレルゲンへのアレルギー応答に対して保護するために、例えば表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すいずれかのTGアミノ酸配列を対象者にワクチン接種することを含む。特性の実施形態において、方法及び使用は、アレルゲンに対して対象者の寛容を誘導する(脱感作させる)ことによりアレルギー応答又は反応に対して対象者を保護することを含む。
【０１２３】
本明細書で使用する場合、用語「保護」、「保護する」及びそれらの文法変形は、アレルギー応答又はアレルゲンへの曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に言及して使用する場合、アレルギー応答、反応又はアレルゲンへの曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を防止し、或いはアレルギー応答、反応又はアレルゲンへの曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する感受性を低下又は減少させることを意味する。
【０１２４】
アレルギー応答には、アレルギー反応、過敏症、炎症性応答又は炎症が含まれるがこれらに限定されない。特定の実施形態において、アレルギー応答には、細胞浸潤、抗体産生、サイトカイン、リンホカイン、ケモカイン、インターフェロン及びインターロイキン、細胞増殖及び成熟因子(例えば、分化因子)の産生、細胞増殖、細胞分化、細胞蓄積又は移動(走化性)並びに細胞、組織又は器官の損傷又はリモデリングが含まれてもよい。具体的局面において、アレルギー応答には、アレルギー性鼻炎；オンコセルカ皮膚炎；アトピー性皮膚炎；アレルギー性結膜炎；薬物反応；小結節、好酸球増加症、リウマチ、皮膚炎、発疹、蕁麻疹及び腫脹(NERDS)；食道及び胃腸アレルギーが含まれてもよい。
【０１２５】
アレルギー応答は、全身性に又は任意の領域、器官、組織若しくは細胞で局所的に生じることがある。具体的局面において、アレルギー応答は、皮膚、上気道、下気道、膵臓、胸腺、腎臓、肝臓、脾臓、筋肉、神経系、骨格関節、眼、粘膜組織、胃又は腸で起こる。
【０１２６】
本明細書の方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患並びにアレルゲンにより引き起こされるか又はアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状又は合併症について対象者を処置することを含む。このような方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置するに十分な量の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すいずれかのTGアミノ酸配列)を対象者に投与することを含む。
【０１２７】
当業者が理解するように、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の処置は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去することを含んでもよい。よって、特定の実施形態において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する方法又は使用は、対象者からのアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の消去を含んでなる。他の実施形態において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する方法又は使用は、対象者においてアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の発生、頻度、重篤度、進行又は持続期間を低下させることを含む。更に別の１つの実施形態において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する方法又は使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は対象者とアレルゲンとの接触により引き起こされるか若しくは該接触と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の発生、頻度、重篤度、進行又は持続期間の増加を防止することにより、対象者におけるアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を安定化することを含む。
【０１２８】
本発明の方法及び使用は、以前に抗原又はアレルゲンに曝露された対象者を処置し又は施術することを含む。よって、特定の実施形態において、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原若しくはアレルゲンへの二次以降の曝露により引き起こされるか若しくは該曝露と関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症から対象者を保護し又は前記アレルギー応答等について対象者を処置するためのものである。
【０１２９】
本発明の方法及び使用に従って処置可能な、抗原/アレルゲンにより引き起こされるか又は抗原/アレルゲンと関係する生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状又は合併症としては、喘息、アレルギー性喘息、細気管支炎及び胸膜炎、アレルギー性鼻炎；オンコセルカ皮膚炎；アトピ−性皮膚炎；アレルギー性結膜炎；薬物反応；小結節、好酸球増加症、リウマチ、皮膚炎、発疹、蕁麻疹及び腫脹(NERDS)；食道及び胃腸アレルギー、気道閉塞、無呼吸、石綿症、無気肺、ベリリウム症、気管支拡張症、細気管支炎、器質化肺炎を伴う閉塞性細気管支炎、気管支炎、気管支肺形成異常、蓄膿症、膿胸、胸膜喉頭蓋炎(Pleural Epiglottitis)、喀血、高血圧、カルタゲナー症候群、羊水吸引、胸水、胸膜炎、肺炎、気胸、呼吸窮迫症候群、呼吸器過敏症、鼻硬化症、シミター症候群、重症急性呼吸器症候群、珪肺症、気管狭窄症、好酸球性胸水、組織球増殖症；慢性好酸球性肺炎；過敏性肺炎；アレルギー性気管支肺アスペルギルス症；サルコイドーシス；特発性肺線維症；肺浮腫；肺塞栓症；肺気腫；肺換気亢進；肺胞性蛋白症；慢性閉塞性肺疾患(COPD)；間質性肺疾患；及び局所好酸球増加症が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３０】
本明細書に記載のオオアワガエリタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体は、抗原(アレルゲンを含む)に対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させてもよい。したがって、本発明の方法及び使用は更に、抗原又はアレルゲンに対して対象者の免疫学的寛容を誘導することを含む。よって、例えば、本明細書に記載されるオオアワガエリタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体は、アレルギー性免疫応答(抗原に対する対象者の二次以降の曝露後のアレルギー性免疫応答を含むがこれに限定されない)の処置(例えば、治療)に有効であり得る。１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者において抗原又はアレルゲンに対する寛容を誘導するに十分な量の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すいずれかのTGアミノ酸配列)を対象者に投与することを含む。具体的局面において、惹起され、刺激され、誘導され、促進し、増大し又は増強する免疫学的寛容は、Ｔ細胞(CD4+Ｔ細胞、CD8+Ｔ細胞、Th1細胞、Th2細胞及び調節性Ｔ細胞を含むが、これらに限定されない)の活性モジュレーションが含まれ得る。例えば、オオアワガエリタンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体の投与により惹起され、刺激され、誘導され、促進し、増大し又は増強する免疫学的寛容には、Ｔ細胞が産生する炎症促進性又は抗炎症性サイトカインの産生又は活性のモジュレーションが含まれ得る。
【０１３１】
追加の実施形態において、対象者においてアレルゲンに対する免疫学的寛容を誘導する方法又は使用は、対象者におけるアレルゲンに対するアレルギー応答により引き起こされるか又は該アレルギー応答と関連する生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状又は合併症の発生、頻度、重篤度、進行又は持続時間の低下を含む。よって、特定の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原若しくはアレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して対象者を保護し又は前記アレルギー応答等について対象者を処置することができる。
【０１３２】
本明細書に記載される免疫学的寛容を誘導する方法及び使用は、免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含む。特定の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去する免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含んでもよい。例えば、特定の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、調節性Ｔ細胞の増殖又は活性を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含んでもよい。他の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答を促進する免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることを含んでもよい。当業者が理解するように、アレルギー応答を促進する免疫応答を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させる方法又は使用は、アレルギー応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去する免疫応答をも惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ又は増強させることによって免疫学的寛容を依然として誘導してもよい。具体的実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答を促進する免疫応答より強力であるアレルギー応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去する免疫応答の惹起、刺激、誘導、促進、増大又は増強を含む。他の実施形態において、免疫学的寛容の誘導は、アレルギー応答を促進する免疫応答より多い、アレルギー応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、制限し、制御し又は除去する免疫応答の惹起、刺激、誘導、促進、増大又は増強を含む。
【０１３３】
本発明の方法及び使用は、特異的免疫療法による対象者の処置を含む。１つの実施形態において、方法又は使用は、或る量の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示すいずれかのTGアミノ酸配列)を対象者に投与することを含む。１つの局面において、対象者を処置するために特異的免疫療法の間に該対象者に投与される抗原(アレルゲン)は、対象者が感作されているか又は過敏性(例えば、アレルギー性)であるものと同じ抗原(アレルゲン)である。別の１つの非限定的局面において、対象者を処置するために該対象者に投与される抗原(アレルゲン)は、対象者が感作されているか又は過敏性(例えば、アレルギー性)であるものと異なる抗原(アレルゲン)である。よって、異なる実施形態において、投与される抗原及び免疫学的寛容が求められる抗原(例えば、アレルゲン)は、同じタンパク質(抗原、アレルゲン)であってもよいし、同じ生物のタンパク質(抗原、アレルゲン)であってもよいし、異なる生物のタンパク質(抗原、アレルゲン)であってもよい。
【０１３４】
本発明によれば、方法及び使用は、治療的(抗原/アレルゲンの曝露後)及び予防的(抗原/アレルゲンの曝露前)使用及び方法を含む。例えば、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する治療的及び予防的方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を有しているか又は有するリスクにある対象者を処置すること；アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を有する対象者を処置すること；並びに対象者を、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症から保護して(例えば、対象者に、アレルゲンへのアレルギー反応に対する保護を提供する)、対象者において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の確率を減少又は低下させ、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する対象者の感受性を減少又は低下させ、対象者において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を阻害又は防止する方法及び使用を含むが、これらに限定されない。したがって、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を処置し、又は対象者に、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症からの保護(例えば、予防的保護)を提供することができる。
【０１３５】
本明細書に記載するように、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント及び誘導体は、Ｔ細胞エピトープ、例えばTh2細胞エピトープを含む。したがって、本発明の方法及び使用は、対象者に、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供するに十分な量のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、Ｔ細胞エピトープ)を対象者に投与することを含む。別の１つの実施形態において、方法は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して対象者を処置し、ワクチン接種し又は免疫するに十分な量のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、Ｔ細胞エピトープ(例えばTh2細胞エピトープ))を対象者に投与することを含む。
【０１３６】
本発明によれば、対象者においてＴ細胞(CD8+Ｔ細胞、CD4+Ｔ細胞、Th1細胞又はTh2細胞を含むが、これらに限定されない)の抗アレルゲン活性をモジュレートする方法及び使用が提供される。１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者におけるTh2細胞活性をモジュレートするに十分な量のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えばＴ細胞エピトープ)を対象者に投与することを含む。
【０１３７】
本発明の全ての方法及び使用において、任意の適切なタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体が使用又は投与できる。非限定的な具体例において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるタンパク質若しくはペプチドのTGアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体を含んでなるか、前記アミノ酸配列等からなるか又は該アミノ酸配列等から本質的になる。
【０１３８】
特定の実施形態において、２以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を対象者に投与してもよい。具体的実施形態において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質若しくはペプチドのアミノ酸配列又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体からなるか又は前記アミノ酸配列等から本質的になり、１以上の他のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と共に投与される。２以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、組合せ組成物として投与してもよいし、別々に(例えば、同時に又は連続的若しくは逐次に)投与してもよい。異なるタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を、同じ量、容量若しくは濃度で又は異なる量、容量若しくは濃度で対象者に投与してもよい。よって、特定の実施形態において、対象者に、同一量の２以上の異なるタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を投与してもよい；他の実施形態においては、対象者に、或る１つのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を、対象者に投与される他の１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体より多い量、容量又は濃度で投与してもよい。
【０１３９】
本発明の方法及び使用は、抗原/アレルゲンにより引き起こされるか又は抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状又は合併症における好都合な応答又は改善を含む。具体的実施形態において、好都合な応答又は改善は、アレルギー応答の低下、減少、抑制、制限、制御又は阻害(免疫細胞の増殖、機能若しくは活性の低下、減少、抑制、制限、制御若しくは阻害、又は免疫細胞(例えば、調節性Ｔ細胞)の増殖若しくは活性の惹起、刺激、誘導、促進、増大又は増強を含む)；又はアレルゲンの量の低下、減少、抑制、制限、制御又は阻害を含むが、これらに限定されない。更なる具体的実施形態において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の量は、アレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ若しくは増強させ又は強化するに十分であるか；又はアレルギー反応又は応答を減少させ、低下させ、阻害し、抑制し、防止し、制御し又は制限するに十分である。更なる具体的実施形態において、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の量は、対象者をアレルギー応答から保護するに十分であるか、又はアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する感受性を低下させ、減少させ、制限し、制御し又は阻害するに十分である。
【０１４０】
したがって、本発明の方法及び使用は、何らかの治療的な又は有益な効果を含む。方法の種々の実施形態において、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症は、低下し、減少し、阻害され、制限され、遅延され又は防止される。抗原/アレルゲンと関連する生理学的状態、異常、疾病及び疾患としては、喘息、アレルギー性喘息、細気管支炎及び胸膜炎、アレルギー性鼻炎；オンコセルカ皮膚炎；アトピ−性皮膚炎；アレルギー性結膜炎；薬物反応；小結節、好酸球増加症、リウマチ、皮膚炎、発疹、蕁麻疹及び腫脹(NERDS)；食道及び胃腸アレルギー、気道閉塞、無呼吸、石綿症、無気肺、ベリリウム症、気管支拡張症、細気管支炎、器質化肺炎を伴う閉塞性細気管支炎、気管支炎、気管支肺形成異常、蓄膿症、膿胸、胸膜喉頭蓋炎、喀血、高血圧、カルタゲナー症候群、羊水吸引、胸水、胸膜炎、肺炎、気胸、呼吸窮迫症候群、呼吸器過敏症、鼻硬化症、シミター症候群、重症急性呼吸器症候群、珪肺症、気管狭窄症、好酸球性胸水、組織球増殖症；慢性好酸球性肺炎；過敏性肺炎；アレルギー性気管支肺アスペルギルス症；サルコイドーシス；特発性肺線維症；肺浮腫；肺塞栓症；肺気腫；肺換気亢進；肺胞性蛋白症；慢性閉塞性肺疾患(COPD)；間質性肺疾患；及び局所好酸球増加症が挙げられるが、これらに限定されない。アレルゲンに関連する症状及び合併症としては、細胞浸潤、抗体の産生、サイトカイン、リンホカイン、ケモカイン、インターフェロン及びインターロイキン、細胞増殖及び成熟因子(例えば、分化因子)の産生、細胞増殖、細胞分化、細胞蓄積又は移動及び細胞、組織又は器官の損傷又はリモデリング、アレルギー性鼻炎；オンコセルカ皮膚炎；アトピ−性皮膚炎；アレルギー性結膜炎；薬物反応；小結節、好酸球増加症、リウマチ、皮膚炎、発疹、蕁麻疹及び腫脹(NERDS)；食道及び胃腸アレルギーが挙げられるが、これらに限定されない。抗原/アレルゲン曝露の更なる症状は当業者に公知であり、本発明に従うそれらの処置が提供される。
【０１４１】
本発明の方法及び使用は、更に、抗原/アレルゲンにより引き起こされるか又は抗原/アレルゲンに関連する１以上の有害な症状、異常、疾病、疾患又は合併症の発生、進行、頻度、持続期間、重篤度、確率又は感受性を低下させ、減少させ、阻害し、遅延させ又は防止することを含む。更なる種々の具体的実施形態において、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症からの対象者の回復を向上させ、加速させ、容易にし、増強させ、強化し又は速めることを含む。尚更なる種々の実施形態において、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を安定化することを含む。
【０１４２】
したがって、治療的又は有益な効果は、特定の対象者に提供される任意の客観的又は主観的な測定可能又は検出可能な改善又は利益である。治療的又は有益な効果は、全ての又はいずれかのアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の完全な消失であり得るが、そうである必要はない。よって、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の改善増大又は部分的低下、或いは短期又は長期(時間、日、週、月など)にわたる、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の悪化又は進行の阻害、減少、低下、抑制、防止、制限又は制御が存在するとき、満足する臨床的終点が達成される。
【０１４３】
治療的又は有益な効果はまた、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を有しているか又は有するリスクにある対象者を処置するために使用する第２の治療プロトコル又は活性物質(例えば、別の薬剤又は他の薬剤(例えば、抗炎症剤))の必要性、投薬頻度又は量を低下させ又は該必要性排除すること含む。例えば、アジュバント療法の量の低下、例えば、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の処置、又は特異的免疫療法、ワクチン接種又は免疫プロトコルの低下又は減少は、有益な効果と考えられる。加えて、対象者に保護を提供するために対象者の特異的免疫療法、ワクチン接種又は免疫に使用するタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の量の低下又は減少は、有益な効果と考えられる。
【０１４４】
本明細書に開示するように、本発明のタンパク質、ペプチド、サブ配列などは、対象者、例えば、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症を有しているか又はそのリスクにある対象者に、特異的免疫療法を提供する方法において使用することができる。１つの実施形態において、方法又は使用は、対象者において抗原/アレルゲンに対する免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強させ又は強化するに十分な量のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を対象者に投与することを含む。別の１つの実施形態において、方法は、アレルゲンに対する対象者の免疫学的寛容を惹起し、刺激し、誘導し、促進し、増大させ、増強させ又は強化するに十分な量の、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の全体又は部分(例えば、Ｔ細胞エピトープ)をコードする核酸を対象者に投与することを含む。
【０１４５】
抗原又はアレルゲンを投与して寛容を誘導するとき、所望の転帰又は結果(例えば、抗原若しくはアレルゲンに対する脱感作又は抗原若しくはアレルゲンに対する寛容の発現)を達成するに必要な、投与すべき抗原又はアレルゲンの量又は用量及び期間は、当業者が決定することができる。抗原又はアレルゲンは、当該分野において公知の任意の経路(経口、吸入、舌下、皮膚上、鼻内及び/又は非経口経路(静脈内、筋内、皮下及び腹腔内)を含むが、これらに限定されない)により患者に投与してもよい。
【０１４６】
本発明の方法及び使用は、アレルゲンへの接触又は曝露前の対象者へのタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の投与；対象者がアレルゲンに接触するか若しくは曝露される前、接触若しくは曝露と実質的に同時又は接触若しくは曝露の後の投与；及びアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の前、前記応答等と同時又は該応答等の後の投与を含む。アレルゲンに接触した又は曝露された対象者は、１〜５、５〜10、10〜20、20〜30、30〜50、50〜100時間、日、月又は年の間にわたって接触するか又は曝露されていてもよい。
【０１４７】
本発明の組成物(例えば、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(Ｔ細胞エピトープを含む)、例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)、方法及び使用は、所望の治療的、有益な、相加的、相乗的又は補完的な活性又は効果を有する任意の化合物、因子、薬剤、処置又は他の治療レジメン又はプロトコルと組み合わせることができる。例示的な組合せの組成物及び処置は、複数の本明細書に記載のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えばＴ細胞エピトープ)(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)と、第２の活性物質(例えば、抗アレルゲン化合物)、因子、薬剤、処置及び療法(抗ヒスタミン剤、抗炎症剤、鬱血除去剤及びコルチコステロイド並びに効力を補助し、促進し、刺激し又は増強させる因子を含むが、これらに限定されない)とを含む。このような抗アレルゲン性の薬剤、因子、処置及び療法は、本明細書に記載の任意の方法又は使用、例えば、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症について対象者を処置する治療的使用又は方法或いは対象者に特異的免疫療法を提供する方法又は使用の前、前記方法/使用と実質的に同時又は該方法/使用の後に施術又は実施され得る。
【０１４８】
したがって、方法及び使用は、TGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と第２の活性物質との組合せを含み、第２の活性物質との組合せとして投与し、又は別々に(例えば、対象者への第２の活性物質の投与と同時又は(該投与の前又は後に)連続的若しくは逐次に)投与することを含む。したがって、本発明は、１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と、本明細書に記載され又は当該分野において公知である第２の活性物質(任意の化合物、因子、薬剤を含むが、これらに限定されない)、治療レジメン、処置プロトコル、プロセス、修復又は組成物(例えば、抗ヒスタミン剤、抗炎症剤、鬱血除去剤及びコルチコステロイド)、又は免疫寛容を刺激、増強若しくは強化するプロトコル、又特異的免疫療法プロトコルとの組合せを提供する。化合物、因子、薬剤、治療レジメン、処置プロトコル、プロセス、修復又は組成物は、１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体、或いはタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の全体又は部分(例えば、Ｔ細胞エピトープ)をコードする核酸の対象者への投与の前、該投与と実質的に同時に又は該投与の後に施術又は実施することができる。したがって、組合せの実施形態の非限定的具体例としては、前記の又は他の化合物、因子、薬剤、治療レジメン、処置プロトコル、プロセス、修復又は組成物が挙げられる。
【０１４９】
例示的な組合せは、TGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列の異なるタンパク質、ペプチド、又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体である。別の例示的組合せは、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体と免疫学的寛容誘導分子である。
【０１５０】
所望の転帰又は効果がある本発明の方法及び使用(例えば、処置、保護、免疫学的寛容の誘導、ワクチン接種又は特異的免疫療法の利益を提供する治療的又は予防的方法又は使用)において、TGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、十分量又は有効量で投与することができる。本明細書で使用する場合、「十分量」又は「有効量」又は「十分な量」又は「有効な量」とは、所与の対象者において、単回の(例えば、一次の)投薬又は複数回の(例えば、ブースター)投薬で、単独又は１以上の他の化合物、処置、治療レジメン若しくは因子(例えば、薬剤)との組合せで、長期又は短期の検出又は測定可能な改善を提供するか、或いは任意の程度の又は任意の期間又は持続時間(例えば、分、時間、日、月、年の間又は治癒するまで)の任意の客観的又は主観的利益を所与の対象者に提供する量をいう。
【０１５１】
十分な量又は有効な量は、単回投与で提供できるがそうする必要性はなく、また特定のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体により、単独で、随意に第２の活性物質を含む組成物又は方法又は使用との組合せで達成できるがそうする必要性はない。加えて、十分な量又は有効な量は、第２の又は追加の投与又は投薬なしに単回用量又は複数回用量で与えられる場合、十分又は有効である必要はない。なぜならば、そのような投薬量を上回り超える追加の投薬量、量若しくは持続期間又は追加の抗原、化合物、薬剤、因子、処置若しくは治療レジメンが、所与の対象者に検出可能な又は測定可能な改善又は利益を提供するために含まれてもよいからである。例えば、特異的免疫療法を１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の最初の又は一次の投与後に増大させ、増強させ、改善させ又は最適化するために、対象者に、１以上のタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の１以上の追加の「ブースター」を投与することができる。このような後続の「ブースター」投与は、同じ又は異なるタイプ、製剤、用量、濃度、経路などのものであり得る。
【０１５２】
十分な量又は有効な量は、処置する対象者一人一人においても、所与の群又は集団中の処置する対象者の多数でも治療上又は予防上有効である必要はない。十分な量又は有効な量は、患者群や一般集団ではなく特定の対象者における十分性又は有効性を意味する。このような方法について典型的であるように、異なる対象者は、本発明の方法(例えば、免疫、ワクチン接種、特異的免疫療法及び治療的処置)に対して変化に富む応答を示す。
【０１５３】
用語「対象者」は、アレルゲンへの接触又は曝露のリスクにある対象者並びにアレルゲンへの接触又は曝露の経験がある対象者を含むが、これらに限定されない。また、対象者は、抗原若しくはアレルゲンに対する免疫応答を有しているか又は該免疫応答を有するか若しくは発現するリスクにある対象者も含む。このような対象者には、哺乳動物(哺乳類)、例えば非ヒト霊長類(類人猿、テナガザル、ゴリラ、チンパンジー、オラウータン、マカカ)、愛玩動物(イヌ及びネコ)、家畜動物(家禽(例えばニワトリ及びアヒル)、ウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、ブタ)、実験動物(マウス、ラット、ウサギ、モルモット)及びヒトが含まれる。対象者としては、疾患動物モデル、例えば当該分野において公知であるアレルギー応答のマウスモデル及び他の動物モデルが挙げられる。
【０１５４】
したがって、処置に適切な対象者には、抗原又はアレルゲンに曝露されたことがあるか又は曝露のリスクにある対象者が含まれる(処置の必要がある対象者とも呼ばれる)。したがって、処置の必要がある対象者は、抗原若しくはアレルゲンに曝露され若しくは接触したことがある対象者、又は接触若しくは曝露が継続中である対象者、又は(症状の発生、進行、重篤度、頻度、持続期間のタイプ、タイミング又は程度に関わらず)抗原若しくはアレルゲンにより引き起こされるか又は抗原若しくはアレルゲンに関連する１以上の有害症状を発現したことがある対象者を含む。
【０１５５】
標的対象者及び処置を必要としている対象者にはまた、アレルゲンへの曝露若しくは接触のリスクにあるか又はアレルゲンに曝露され若しくは接触しているリスクにある対象者が含まれる。したがって、対象者には、アレルギー反応の増大した又は上昇した(高い)リスクにある対象者；アレルゲンに対する過敏症を有しているか若しくは以前に有していたか又は過敏症を発症するリスクにある対象者；及び喘息を有しているか若しくは以前に有していたか又は喘息を発症するリスクにある対象者が含まれる。
【０１５６】
より具体的な標的対象者としては、特定のオオアワガエリ抗原及び/又はアレルゲンに対してアレルギー性である対象者が挙げられる。具体的実施形態において、対象者は、オオアワガエリ花粉アレルゲン(例えば、Phl p 1、Phl p 5及び/又はPhl p 6アレルゲン)に対してアレルギー性であるか、又は相同アレルゲン(例えば、グループ１、グループ５及び/又はグループ６の草本花粉アレルゲン、例えばイネ目草本の花粉)に対してアレルギー性である。
【０１５７】
したがって、本発明の組成物、方法及び使用は、アレルゲン曝露又は接触のリスクにあるが、該アレルゲンに未だ曝露も接触もしていない対象者の処置に適用可能である。したがって、予防的使用及び方法が含まれる。予防の標的対象者は、本明細書に示すようなアレルゲン曝露又は接触のリスク(確率又は感受性)が増大していてもよい。このような対象者は、そのようなリスクにあることに起因して処置の必要があると考えられる。
【０１５８】
予防の対象者は、リスクが増大している必要性はないが、対象者をアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して保護するか或いは例えば特異的免疫療法を提供することが望ましい一般集団からの対象者であってもよい。アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して保護されるか或いは特異的免疫療法を提供されることが望ましい対象者に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を投与することができる。別の１つの非限定例において、アレルゲンによる曝露リスクも接触リスクも具体的にないにもかかわらず、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護が望まれる対象者に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を投与することができる。このような対象者もまた、処置が必要であると考えられる。
【０１５９】
「予防」及びその文法変形は、対象者への接触、投与又はインビボ送達がアレルゲンへの接触又は曝露の前である方法又は使用を意味する。特定の状況では、対象者がアレルゲンに接触し又は曝露されたことは知られていないかもしれないが、対象者への投与又はインビボ送達は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の顕現の前に実行することができる。例えば、対象者に、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を提供するか、或いはタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体を用いる特異的免疫療法を提供することができる。このような場合、方法又は使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の確率又は前記アレルギー応答等に対する感受性を消失させ、防止し、阻害し、抑制し、制限し、減少させ又は低下させることができる。
【０１６０】
「予防」とは、対象者への接触、投与又はインビボ送達が抗原/アレルゲンへの二次以降の曝露前である方法又は使用ということもできる。このような状況では、対象者は、以前にアレルゲンに接触したか又は曝露されたことがあってもよい。このような対象者において、急性アレルギー反応は消散していてもよいがその必要性はない。このような対象者は、典型的には、以前の曝露に起因して抗アレルゲン抗体を生じていてもよい。このような対象者への投与又はインビボ送達による免疫又はワクチン接種は、二次以降のアレルゲン曝露の前に実行することができる。このような方法又は使用は、二次以降のアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の可能性又は前記アレルギー応答等に対する感受性を消失させ、防止し、阻害し、抑制し、制限し、減少させ又は低下させることができる。特定の実施形態において、このような方法又は使用は、対象者に特異的免疫療法を提供して、二次以降のアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の確率、又は前記アレルギー応答等への感受性を消失させ、防止し、阻害し、抑制し、制限し、減少させ又は低下させることを含む。
【０１６１】
アレルギー反応又は応答の処置は、当該反応又は応答の間の任意の時点に行うことができる。タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、(例えば、第２の活性物質との)組合せとして、或いは本明細書に記載した方法及び使用に従って、別々に、同時に若しくは連続して(逐次に)、単回用量若しくは複数回用量として、例えば、１時間ごと、１日ごと、１週間ごと、１ヶ月ごと又は１年ごと又は約１〜10週間に１回以上、又は例えばアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患により引き起こされるか若しくは前記アレルギー性傷害等と関係し、又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症により引き起こされるか若しくは前記生理学的条件等と関係する１以上の症状又は合併症の発生、進行、重篤度、頻度、持続時間の低下を達成するために適切な長さで、投与することができる。
【０１６２】
したがって、本発明の方法及び使用は、１時間、１日、１週、１ヶ月又は１年に１回以上(例えば、１〜10回、１〜５回又は１〜３回)行うことができる。当業者は、投与の遅延又は中断が適切な時を理解する。非限定的な投薬スケジュールは、１週あたり１〜７回で、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、10、15、20週間又はそれ以上である。
【０１６３】
用量は既存のプロトコルに基づき、動物疾患モデル又は任意にヒト臨床試験で実験的に決定することができる。最初の研究用量は、動物(例えばマウス)研究及び有効であると決定された、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体の投与量に基づくことができる。非限定的な例示量(用量)は、約0.1mg/kg〜約100mg/kgの範囲内、前記範囲内の任意の数値又は範囲又は値である。より高い又はより低い量(用量)、例えば、0.01〜500mg/kg及び当該範囲内の任意の数値又は範囲又は値も投与することができる。用量は、対象者の質量に応じて調整することができ、一般には、約１〜10ug/kg、10〜25ug/kg、25〜50ug/kg、50〜100ug/kg、100〜500ug/kg、500〜1,000ug/kg、１〜５mg/kg、５〜10mg/kg、10〜20mg/kg、20〜50mg/kg、50〜100mg/kg、100〜250mg/kg、250〜500mg/kg又はそれ以上で、１時間、１日、１週、１ヶ月又は１年あたりに２回、３回、４回又はそれ以上の範囲である。代表的な範囲は、約0.3mg/kg〜約50mg/kg、０〜25mg/kg若しくは1.0〜10mg/kg又は当該範囲内の任意の数値若しくは範囲若しくは値である。
【０１６４】
用量は変化することがあり、処置が予防的であるか又は治療的であるか、対象者が抗原/アレルゲンに以前に曝露されたことがあるかどうか、症状、状態、病理又は合併症の開始、進行、重篤度、頻度、持続時間、確率又は感受性、或いは処置が向けられたワクチン接種又は特異的免疫療法、望ましい臨床上の終点、以前の又は同時の処置、全身の健康状態、対象者の年齢、性別、人種又は免疫学的適格性及び当業者により認識される他の要因に依存する。当業者は、治療的又は予防的利益をもたらすに十分な量を提供するに必要な投薬量及びタイミングに影響する可能性のある要因を理解する。
【０１６５】
代表的には処置のために、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、できる限り早く、代表的には対象者がアレルゲンに曝露されたか又は接触した後１〜２、２〜４、４〜12、12〜24又は24〜72時間以内或いは１以上のアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又は抗原/アレルゲンにより引き起こされるか若しくは抗原/アレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症の開始又は発症後１〜２、２〜４、４〜12、12〜24又は24〜48時間以内に投与する。
【０１６６】
ワクチン接種又は特異的免疫療法に関する予防的処置のためには、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、アレルゲンへの曝露若しくは接触前０〜４週間、例えば２〜３週間の間又はアレルゲンへの曝露若しくは接触前少なくとも１〜２、２〜４、４〜12、12〜24、24〜48若しくは48〜72時間以内に投与することができる。急性アレルギー反応には、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、任意の適切な時に投与してもよい。
【０１６７】
投薬の量、数、頻度又は持続時間は、対象者の状況、例えば、対象者がアレルギー応答を有するかどうか、対象者がアレルゲンに曝露され若しくは接触したのか又は単にアレルゲンへの接触若しくは曝露のリスクにあるだけなのか、対象者はワクチン接種若しくは特異的免疫療法の候補者であるのか又はワクチン接種若しくは特異的免疫療法を受ける予定であるのかに応じて増減させてもよい。投薬の量、数、頻度又は持続時間は、処置又は療法の任意の有害副作用、合併症又は他の危険因子に応じて増減させてもよい。
【０１６８】
本発明の方法及び使用において、投与、処置、ワクチン接種及び特異的免疫療法の経路、用量、数及び頻度並びに処置、ワクチン接種及び特異的免疫療法とアレルゲン曝露との間のタイミング/間隔は改変することができる。免疫応答又は免疫学的寛容の迅速な誘導はアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する緊急保護ワクチンの開発には望ましいけれども、特定の実施形態において、所望される処置は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する頑強な長期持続性保護を惹起する。よって、特定の実施形態において、本発明の組成物、方法及び使用は、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する長期持続性保護を提供する。特異的免疫療法ストラテジは、誘導された免疫学的寛容又はＴ細胞応答若しくは活性のレベルに依存して、アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する長期保護を提供することができる。
【０１６９】
TGタンパク質若しくはペプチド又はそのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体は、組成物で提供することができ、このような組成物は、次いで、本発明の方法及び使用に従って使用することができる。このような組成物、方法及び使用は、医薬組成物及び製剤を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、本明細書に記載の１以上のTGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列)を含む。具体的局面において、このような組成物及び製剤は、ワクチン(アレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対して保護するワクチンを含むがこれに限定されない)であってもよい。
【０１７０】
本明細書で使用する場合、用語「医薬的に許容され得る」及び「生理学的に許容され得る」は、投与、インビボ送達又は接触の１以上の経路に適切である生物学的に許容され得る、気体、液体又は固体の又はそれらの混合物の製剤を意味する。このような製剤は、薬学的投与、インビボ接触又は送達に適合性である、溶媒(水性又は非水性)、溶液(水性又は非水性)、エマルジョン(例えば、油中水又は水中油)、懸濁物、シロップ、エリキシル、分散物及び懸濁媒体、コーティング、等張性及び吸収促進性又は遅延化剤を含む。水性及び非水性溶媒、溶液及び懸濁物は、懸濁化剤及び増粘剤を含んでもよい。このような医薬的に許容され得るキャリアとしては、錠剤(被覆又は未被覆)、カプセル(ハード又はソフト)、マイクロビーズ、粉剤、顆粒及び結晶が挙げられる。補助的な活性化合物(例えば、保存剤、抗菌剤、抗ウイルス剤及び抗真菌剤)もまた組成物に組み込むことができる。
【０１７１】
免疫応答、免疫学的寛容或いはアレルギー応答、アレルギー性障害若しくはアレルギー疾患又はアレルゲンにより引き起こされるか若しくはアレルゲンと関係する１以上の生理学的状態、異常、疾病、疾患、症状若しくは合併症に対する保護を増大させるために、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、別のタンパク質、例えば、オボアルブミン又はキーホールリンペットヘモシアニン(KLH)、サイログロブリン又はトキシン(例えば、破傷風又はコレラ毒素)にカップリングすることができる。タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、アジュバントと混合することもできる。
【０１７２】
アジュバントとしては、例えば：オイル(無機又は有機)エマルジョンアジュバント、例えばフロイント完全(CFA)及び不完全アジュバント(IFA)(WO 95/17210；WO 98/56414；WO 99/12565；WO 99/11241；及び米国特許第5,422,109号)；金属及び金属塩、例えばアルミニウム及びアルミニウム塩(例えばリン酸アルミニウム又は水酸化アルミニウム又はミョウバン(硫酸カリウムアルミニウム水和物)；細菌由来化合物、例えばモノホスホリルリピドＡ及びその誘導体(例えば、還元末端グルコサミンの３位がデ-O-アシル化されていることを示す3デ-O-アシル化モノホスホリルリピドＡ(3D-MPL又はd3-MPLとしても知られる)(3D-MPLはトリ及びテトラアシル同属種からなる))及び腸内細菌リポ多糖(LPS)；植物由来サポニン及びその誘導体、例えばQuil A(キラヤ サポナリア モリナ(Quilaja Saponaria Molina)から単離、例えば、「Saponin adjuvants」, Archiv. fur die gesamte Virusforschung, Vol. 44, Springer Verlag, Berlin, p243-254；米国特許第5,057,540号を参照)及び関連する毒性なくアジュバント活性を保持するQuil Aのフラグメント、例えばWO96/33739に記載されるQS7及びQS21(QA7及びQA21としても知られる)、例えば；界面活性剤、例えばダイズレシチン及びオレイン酸；ソルビタンエステル、例えばソルビタントリオレエート；及びポリビニルピロリドン；オリゴヌクレオチド、例えばCpG(WO 96/02555及びWO 98/16247)、ポリリボＡ及びポリリボＵ；ブロックコポリマー；及び免疫刺激性サイトカイン、例えばGM-CSF及びIL-1、及びムラミルトリペプチド(MTP)が挙げられる。アジュバントの更なる例は、例えば、「Vaccine Design--the subunit and adjuvant approach」(Powell, M. F.及びNewman, M. J.編；1995, Pharmaceutical Biotechnology(Plenum Press, New York and London, ISBN 0-306-44867-X)のPowell, M. F.及びNewman Mによる「Compendium of vaccine adjuvants and excipients」に記載される。
【０１７３】
共溶媒を、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体、組成物又は製剤に添加してもよい。共溶媒の非限定例には、ヒドロキシル基又は他の極性基、例えば、アルコール(例えば、イソプロピルアルコール)；グリコール(例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、グリコールエーテル)；グリセロール；ポリオキシエチレンアルコール及びポリオキシエチレン脂肪酸エステルが含まれる。共溶媒の非限定例には、ヒドロキシル基又は他の極性基、例えば、アルコール(例えば、イソプロピルアルコール)；グリコール(例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、グリコールエーテル)；グリセロール；ポリオキシエチレンアルコール及びポリオキシエチレン脂肪酸グリコールが含まれる。
【０１７４】
また、補助的化合物(例えば、保存剤、抗酸化剤、抗菌剤(殺生物剤及び制生剤(biostats)、例えば、抗菌剤、抗ウイルス剤及び抗真菌剤を含む)も、組成物に組み込むことができる。したがって、医薬組成物は保存剤、抗酸化剤及び抗菌剤を含んでいてもよい。
【０１７５】
保存剤は、微生物の増殖を阻害し又は成分の安定性を増大させることにより、医薬製剤の保存期間を延長するために使用することができる。適切な保存剤は当該分野において公知であり、これには、例えば、EDTA、EGTA、塩化ベンザルコニウム又は安息香酸若しくはベンゾエート(例えば安息香酸ナトリウム)が含まれる。抗酸化剤としては、例えば、アスコルビン酸、ビタミンＡ、ビタミンＥ、トコフェロール及び類似のビタミン若しくはプロビタミンが挙げられる。
【０１７６】
抗菌剤又は抗菌性化合物は、病原性若しくは非病原性微生物による汚染又は前記微生物の成長、感染性、複製、増殖、再生産を直接又は間接に阻害し、低下させ、遅延させ、中断させ、排除し、停止させ、抑制し又は防止する。抗微生物剤のクラスとしては、抗菌剤、抗ウイルス剤、抗真菌剤及び抗寄生生物剤が挙げられる。抗微生物剤には、微生物を殺傷し若しくは破壊する剤及び化合物(-cidal)又は微生物による汚染若しくは微生物の成長、感染性、複製、増殖、再生産を阻害する剤及び化合物(-static)が挙げられる。
【０１７７】
例示的な抗菌剤(抗生物質)としては、ペニシリン(例えば、ペニシリンＧ、アンピシリン、メチシリン、オキサシリン及びアモキシシリン)、セファロスポリン(例えば、セファドロキシル、セフォラニド、セフォタキシム及びセフトリアキソン)、テトラサイクリン(例えば、ドキシサイクリン、クロルテトラサイクリン、ミノサイクリン及びテトラサイクリン)、アミノグリコシド(例えば、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン及びトブラマイシン)、マクロライド(例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン及びエリスロマイシン)、フルオロキノロン(例えば、シプロフロキサシン、ロメフロキサシン及びノルフロキサシン)及び他の抗生物質(クロラムフェニコール、クリンダマイシン、シクロセリン、イソニアジド、リファンピン、バンコマイシン、アズトレオナム、クラブラン酸、イミペネム、ポリミキシン、バシトラシン、アンホテリシン及びナイスタチンを含む)が挙げられる。
【０１７８】
抗ウイルス剤の非限定的な具体的クラスとしては、逆転写酵素インヒビター；プロテアーゼインヒビター；チミジンキナーゼインヒビター；糖又は糖タンパク質合成インヒビター；構造タンパク質合成インヒビター；ヌクレオシドアナログ；及びウイルス成熟インヒビターが挙げられる。抗ウイルス剤の非限定的具体例としては、ネビラピン、デラビルジン、エファビレンツ、サキナビル、リトナビル、インディナビル、ネルフィナビル、アンプレナビル、ジドブジン(AZT)、スタブジン(d4T)、ラミブジン(3TC)、ジダノシン(DDI)、ザルシタビン(ddC)、アバカビル、アシクロビル、ペンシクロビル、リバビリン、バラシクロビル、ガンシクロビル、1,-D-リボフラノシル-1,2,4-トリアゾール-3 カルボキサミド、9->2-ヒドロキシ-エトキシ メチルグアニン、アダマンタナミン、5-ヨード-2'-デオキシウリジン、トリフルオロチミジン、インターフェロン及びアデニンアラビノシドが挙げられる。
【０１７９】
本発明の組成物、方法及び使用に適切な医薬製剤及び送達システムは当該分野で公知である(例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy (2003) 第20版, Mack Publishing Co., Easton, PA；Remington's Pharmaceutical Sciences (1990) 第18版, Mack Publishing Co., Easton, PA；The Merck Index (1996) 第12版, Merck Publishing Group, Whitehouse, NJ；Pharmaceutical Principles of Solid Dosage Forms (1993), Technonic Publishing Co., Inc., Lancaster, Pa.；Ansel ad Soklosa, Pharmaceutical Calculations (2001) 第11版, Lippincott Williams & Wilkins, Baltimore, MD；及びPoznanskyら，Drug Delivery Systems (1980), R. L. Juliano編, Oxford, N.Y., pp. 253-315を参照)。
【０１８０】
医薬組成物は、特定の投与経路に適合性であるように製剤化することができる。よって、医薬組成物は、種々の経路による投与に適切なキャリア、希釈剤又は賦形剤を含む。組成物を随意に適合性に製剤化することができる接触又はインビボ送達のための例示的な投与経路としては、吸入、呼吸、鼻内、挿管、肺内点滴、経口、頬、肺内、皮内、局所、皮膚、非経口、舌下、皮下、脈管内、くも膜下腔内、関節内、腔内、経皮、イオン泳動、眼内、眼(ophhalmic)、視覚(optical)、静脈内(i.v.)、筋内、腺内、器官内又はリンパ内が挙げられる。
【０１８１】
非経口投与に適切な製剤としては、活性化合物の水性及び非水性の溶液、懸濁物又はエマルジョンが挙げられ、この調製物は、代表的には滅菌性であり、意図するレシピエントの血液に等張とすることができる。非限定的な例示としては、水、生理食塩水、デキストロース、フルクトース、エタノール、動物、植物又は合成油が挙げられる。
【０１８２】
本発明の方法及び使用は、任意の態様の投与若しくは送達で実施されてもよいし、任意の経路、全身性の、局部的及び局所的な投与若しくは送達で実施されてもよい。例示的な投与及び送達経路としては、静脈内(i.v.)、腹腔内(i.p.)、動脈内、筋内。非経口、皮下、胸膜腔内、局所、皮膚、皮内、経皮、経粘膜、頭蓋内、髄腔内、直腸、経口(食餌性)、粘膜、吸入、呼吸、鼻内、挿管、肺内点滴、頬、舌下、脈管内、くも膜下腔内、腔内、イオン泳動、眼内、眼、視覚、腺内、器官内又はリンパ内が挙げられる。
【０１８３】
経口投与について、組成物は、例えば、医薬的に許容され得る賦形剤、例えば結合剤(例えば、アルファ化(pregelatinised)トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン又はヒドロキシプロピルメチルセルロース)；充填剤(例えば、ラクトース、微晶質セルロース又はリン酸水素カルシウム)；滑沢剤(例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク又はシリカ)；崩壊剤(例えば、ジャガイモデンプン又はデンプングリコール酸ナトリウム)；又は湿潤剤(例えば、ラウリル硫酸ナトリウム)を用いて従来の手段で製造される、錠剤又はカプセルの形態を取ることができる。錠剤は、当該分野において公知の方法により被覆することができる。経口投与用の液体調製物は、例えば、溶液、シロップ又は懸濁液の形態を取ることができ、或いは使用前に水又は他の適切なビヒクルを用いて構成する乾燥製品として提供することもできる。このような液体調製物は、医薬的に許容され得る添加剤、例えば懸濁化剤(例えば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体又は硬化食用脂肪)；乳化剤(例えば、レシチン又はアカシア)；非水性ビヒクル(例えば、アーモンド油、油状エステル、エチルアルコール又は分画化植物油)；及び保存剤(例えば、メチル又はプロピル-p-ヒドロキシベンゾエート又はソルビン酸)を用いて従来の手段により製造することができる。また、調製物は、必要に応じて、緩衝剤塩、調味料、着色剤及び甘味剤を含むことができる。
【０１８４】
吸入による投与について、組成物は、適切な噴霧剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素又は他の適切な気体の使用により、加圧されたパック又はネブライザーからエアロゾルスプレーの形態で送達することができる。加圧エアロゾルの場合、投薬単位は、計量済みの量を送達するバルブを提供することにより決定することができる。吸入器又は吹き入れ器における使用のためのカプセル及びカートリッジは、化合物と適切な粉体ベース(例えば、ラクトース又はデンプン)との粉体混合物を含有して処方することができる。
【０１８５】
本発明のTGタンパク質及びペプチド(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるタンパク質又はペプチド)、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体は、随意に、任意のアジュバント剤、化合物、薬剤、組成物(活性か不活性かなどにかかわらず)と共に、投与の容易性及び投薬量の均一性のための単位剤形(カプセル、錠剤、トローチ、カシェ剤、ロゼンジ)で包装することができる。「単位剤形」とは、本明細書で使用する場合、処置すべき対象者用の単位投薬量として適した物理的に別個の単位をいい；各単位は、１以上の用量で投与されるときに、所望の効果(例えば、予防的又は治療的効果)を生じるように計算された所定の量の活性成分を、随意に、医薬キャリア(賦形剤、希釈剤、ビヒクル又は充填剤)との組合せで含有する。また、単位剤形は、例えば、(組成物を凍結乾燥状態で含んでもよい)アンプル及びバイアルを含む；例えば、投与又はインビボ送達の前に、滅菌液体キャリアを添加することができる。単位剤形は、追加的に、例えば、液体組成物が配置されたアンプル及びバイアルを含む。個々の単位剤形は、複数回用量キット又は容器に含まれることができる。医薬製剤は、投与の容易性及び投薬量の均一性のために単一又は複数の単位剤形で包装することができる。
【０１８６】
本発明はまた、対象者においてアレルギー応答又はアレルギーを診断及び検出する方法を提供する。この方法は、溶液で、固相で、コンピュータで、インビトロで、細胞で及びインビボで実施することができる。１つの実施形態において、方法は、対象者からの細胞(例えば、Ｔ細胞)を、本明細書に記載のTGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)と接触させること；及びタンパク質又はペプチドが接触細胞(例えば、Ｔ細胞)の免疫応答又は活性をモジュレートするかどうかを決定することを含む。TGタンパク質又はペプチドが接触細胞の免疫応答又は免疫活性をモジュレートするとの決定は、対象者がアレルギー応答又はアレルギー、特にタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)に対するアレルギーを有することを示す。１つの特定の局面において、決定される免疫活性はTh2細胞反応性である。別の１つの特定の局面において、免疫応答又は活性は、皮膚の免疫学的過敏反応のアッセイで決定する。
【０１８７】
用語「決定する(こと)」、「アッセイする(こと)」及び「測定する(こと)」並びにそれらの文法上の変形体は、本明細書で互換的に使用され、操作又は加工処理を含む定性的若しくは定量的測定のいずれか又は定性的及び定量的測定の両方をいう。この用語を測定又は検出に言及して使用するとき、人の手により実施される相対量を評価する任意の手段(本明細書に示す種々の方法及び当該分野において公知の方法を含む)が企図される。
【０１８８】
本発明は、適切な包装材に包装された、TGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)、その組合せ組成物及び医薬製剤を含むキットを提供する。キットは、種々のインビトロ、エキソビボ及びインビボ方法及び使用で、例えば本明細書に開示するような処置方法又は使用に用いることができる。
【０１８９】
キットは、代表的には、構成要素の説明を含むラベル若しくは添付文書又は構成要素のインビトロ、インビボ若しくはエキソビボでの使用のための指示書を含む。キットは、構成要素、例えば、TGタンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント又は誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)の一団を、単独で又は別の治療上有用な組成物(例えば、免疫調節薬剤)との組合せで含むことができる。
【０１９０】
用語「包装材」とは、キットの構成要素を収容する物理的構造体をいう。包装材は構成要素を滅菌状態に維持することができ、そのような目的に通常使用される材料(例えば、紙、波形線維、ガラス、プラスチック、ホイル、アンプル、バイアル、チューブなど)から作製することができる。
【０１９１】
本発明のキットは、ラベル又は添付文書を含むことができる。ラベル又は添付文書としては、別途の或いは構成成分、キット若しくは包装材(例えば、箱)に貼付されたか又はキット構成要素を含むアンプル、チューブ若しくはバイアルに付属した「印刷物」、例えば紙又は厚紙が挙げられる。ラベル又は添付文書は、追加的に、コンピュータ読取可能媒体、例えばディスク(例えばハードディスク)、光学ディスク(例えば、CD-又はDVD-ROM/RAM、DVD、MP3)、磁気テープ、又は電気的記憶媒体(例えば、RAM及びROM)又はこれらのハイブリッド(例えば、磁気/光学記憶媒体)、FLASH媒体又はメモリ型カードを含むことができる。
【０１９２】
ラベル又は添付文書は、キット中の１以上の構成要素の同定情報、投薬量、活性成分の(作用機序、薬物動態及び薬動力学を含む)臨床薬理学を含むことができる。ラベル又は添付文書は、製造業者の情報、ロット番号、製造業者の所在及び製造日を特定できる情報を含むことができる。
【０１９３】
ラベル又は添付文書は、キット構成要素を使用してもよい病状、障害、疾患又は症状についての情報を含むことができる。ラベル又は添付文書は、方法、使用、処置プロトコル又は治療レジメンにおいて１以上のキット構成要素を使用するための医師用又は対象者用の指示を含むことができる。指示は、投薬の量、頻度又は期間及び本明細書に示す方法及び使用、処置プロトコル又は治療レジメンのいずれかを実施するための指示を含むことができる。例示的な指示としては、アレルゲンに対して細胞の免疫応答又は活性をモジュレートするため；対象者においてアレルゲンに対する免疫応答をモジュレートするため；タンパク質又はペプチドアレルゲンに対して脱感作させるか又は免疫学的寛容を誘導し、惹起し、増大させ若しくは向上させるため；アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患のリスクを低下させるか又は前記アレルギー反応等に対する保護を対象者に提供するため；アレルギー反応、アレルギー応答、アレルギー性障害又はアレルギー疾患を処置するため；或いは、対象者においてアレルギー応答を検出するか又はアレルギーを診断するための指示が挙げられる。
【０１９４】
ラベル又は添付文書は、構成要素が提供し得る任意の利益(例えば予防的又は治療的利益)についての情報を含むことができる。ラベル又は添付文書は、潜在的な有害副作用についての情報(例えば、特定の組成物の使用が適切でない状況に関する対象者又は医師に対する警告)を含むことができる。また、有害副作用は、対象者が当該組成物と適合性でない可能性のある１以上の他の医薬品を摂取しているとき若しくは摂取する予定であるとき若しくは摂取している最中であるとき、又は対象者が当該組成物と適合性でない別の処置プロトコル若しくは治療レジメンを受けているとき、受ける予定であるとき又は受けている最中であるときに起こり得るので、指示は、このような非適合性に関する情報を含み得る。
【０１９５】
本発明のキットは、追加的に、他の構成要素も含むことができる。キットの各構成要素は、個々の容器に封入することができ、種々の容器の全てを単一パッケージ内に入れることができる。本発明のキットは冷蔵用に設計することができる。本発明のキットは更に、タンパク質、ペプチド、そのサブ配列、部分、ホモログ、バリアント若しくは誘導体(例えば、表１(配列番号１〜620)、表２(配列番号621〜1442)、表４(配列番号1443〜2264)又は表６に示されるTGタンパク質又はペプチドのアミノ酸配列のもの)又は組合せ組成物若しくは医薬組成物を含むように設計することができる。
【０１９６】
他に規定しない限り、本明細書で使用する全ての技術的及び科学的用語は、本発明が属する分野の通常の知識を有する者により通常理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されたものと類似するか又は等価な方法及び材料を本発明の実施又は試験に使用することができるが、適切な方法及び材料は本明細書に記載されたものである。
【０１９７】
本明細書で引用した全ての刊行物及び特許出願は、あたかも個々の刊行物又は特許出願が具体的及び個別的に参照により本明細書に組み込まれることが示されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。いかなる刊行物の引用も出願日前の時点でのその開示内容に関してであり、本発明が先行発明に照らして当該刊行物に先行する資格がないことの自認として解釈すべきでない。
【０１９８】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用する場合、不定冠詞または単数形「a」、「an」及び「the」の使用は、文脈が明らかにそうではないことを示していない限り、複数の言及物も包含する。加えて、個々のペプチド、タンパク質、抗原、アレルゲン(まとめて組成物と呼ぶ)又はモデル化されたか若しくは種々の構成要素に由来する組成物群又は組成物の組合せ及び本明細書に記載の置換物は、各組成物又は組成物群が個別に示されている場合と同程度に本願により開示されると理解すべきである。よって、特定のペプチド、タンパク質、抗原、アレルゲンなどの選択は、明らかに、本発明の範囲内である。
【０１９９】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用する場合、用語「含んでなる(こと)」及びこの用語の他の形態は、非制限的な包含の意味、すなわち、いかなる他の要素も成分も排除しないで特定の言及された要素又は成分を含むと意図される。他に規定しない限り、本明細書で使用する全ての技術的及び科学的用語は、本発明が属する分野の通常の知識を有する者により通常理解されるものと同じ意味を有する。本明細書で使用する場合、「約」は±５％を意味する。択一(例えば、「又は」)の使用は、選択肢の１つ、両方又は任意の組合せを意味すると理解すべきである。すなわち、「又は」は「及び」をいうこともある。
【０２００】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用する場合、任意の濃度範囲、パーセンテージの範囲、比の範囲又は他の整数範囲は、他に示されない限り、記載された範囲内の任意の整数の値を含み、適切な場合には小数(例えば1/10単位及び1/100単位)も含むと理解されるべきである。例えば、数値は、本明細書を通して、しばしば範囲形式で提示されるが、範囲形式は、単に、簡便及び簡潔のためであり、本発明の範囲についての確固たる制限と解釈すべきではない。したがって、範囲の使用は、文脈が明らかにそうでないことを示していない限り、全ての可能な部分範囲(subrange)、当該範囲内の全ての個別的数値及び(当該範囲内の整数及び小数を含む)全ての数値又は数値範囲を明白に含む。この解釈は、範囲の幅にかかわらず、全ての文脈で、本明細書を通じて適用される。よって、説明のために、範囲90〜100％への言及は、91〜99％、92〜98％、93〜95％、91〜98％、91〜97％、91〜96％、91〜95％、91〜94％、91〜93％など(以下同様)を含む。範囲90〜100％への言及は、91％、92％、93％、94％、95％、95％、97％など並びに91.1％、91.2％、91.3％、91.4％、91.5％など、92.1％、92.2％、92.3％、92.4％、92.5％など(以下同様)を含む。範囲５〜10、10〜20、20〜30、30〜40、40〜50、50〜75、75〜100、100〜150及び150〜175への言及は、例えば５〜20、５〜30、５〜40、５〜50、５〜75、５〜100、５〜150、５〜171及び10〜30、10〜40、10〜50、10〜75、10〜100、10〜150、10〜175及び20〜40、20〜50、20〜75、20〜100、20〜150、20〜175など(以下同様)を含む。更に、例えば、２〜72時間、２〜48時間、４〜24時間、４〜18時間及び６〜12時間の一連の範囲への言及は、２〜６時間、２〜12時間、２〜18時間、２〜24時間など及び４〜27時間、４〜48時間、４〜6時間などの範囲を含む。
【０２０１】
上記で、本発明を、(理解の明確さを目的とした)説明及び例示により或る程度詳細に記載したが、添付の特許請求の範囲に記載した発明の精神及び範囲を逸脱することなく本発明に対して或る種の変更及び改変をなし得ることは、本発明の教示に照らして当業者に容易に理解される。本発明は、以下の非限定的実施例により更に例証される。
【実施例】
【０２０２】
実施例
実施例１
本実施例は材料及び方法の説明を含む。
【０２０３】
ドナー集団。各ドナーを研究所内倫理委員会(Institutional Review Board)の承認(Federal Wide Assurance number 00000032)に従って集め、インフォームドコンセントを得て、研究用の識別番号を割り当てた。ドナーを32の一般的アレルゲンの抽出物に対するアレルゲン反応性について皮膚プリック試験により検査した。TGアレルギードナーは、TGに対して直径≧５mmの膨疹を伴う皮膚反応及び季節性イネ科草本花粉アレルギーと一致する病歴を有する者として特定した。特異的免疫療法を過去に受けたことがあるドナーは排除した。非アレルギードナーは、皮膚プリック試験で全てのアレルゲンに対して陰性を示し、アレルギーの病歴のない者として特定した。
【０２０４】
新規TG花粉タンパク質の同定。新規TG花粉タンパク質を以下のように同定した：
【０２０５】
TG花粉トランスクリプトームのアセンブリ。Ｔ細胞抗原の可能性がある新規オオアワガエリ(TG)花粉タンパク質を、可溶性花粉抽出物の2Dゲル/イムノブロット分析及びcDNA配列分析の組合せにより同定した。TG花粉のトータルRNAを以前に記載されたように単離した(Allergon AB, Angelholm, Sweden)(31)。簡潔には、１mgの粉砕花粉を、20mlの4.2Ｍグアニジンチオシアネート、50mMのBES(pH7.2)、４mMのEDTA中でホモジナイズし、続いて15000ｇにて15分間遠心分離した。上清からTRIzol LS試薬(Invitrogen, Carlsbad, CA, USA)を製造業者の指示に従って用いてトータルRNAを調製した。次いで、RNAを、Illumina Genome Analyzerでの高スループット配列決定により分析した。最初に、Illumina TotalPrep RNA増幅キット(Ambion)を用いてトータルRNAから二本鎖cDNAを構築した。次に、NEBNext(登録商標) dsDNA FragmentaseTM(New England Biolabs)を用いてcDNAをおよそ200bpのフラグメントに変換した。末端を修復し、NEBNext(登録商標) DNA Sample Preparationキットを用いてフラグメント化DNAにdAテイルを付加し、アダプターを付加した。Illumina Genome Analyzer IIx(GAIIx)で配列決定を行った。簡潔には、アダプター結紮cDNAをIlluminaのフローセルにロードした。次いで、特異的試薬及び酵素(Illumina Paired-End Cluster Generation Kit)を用いて、DNAをフローセル内でブリッジ増幅させて数百万のDNAクラスターを生成した。次いで、フローセルをペアエンドモジュールを備えたGAIIxにロードし、Illumina Sequencing Kit v4を用いて72回の配列決定サイクルを行って両方向に配列を作製した。複製サンプルをフローセルの８レーン中７レーンに流し、280百万を超える長さ72bpの粗配列リードを得た。リードは、コンティグに組み立てる前に、FastX toolkit(33)を用いる幾つかの予備処理ステップを経た：１)3'末端塩基を除去し；２)低複雑性リードを除去し；３)リードの低いクオリティスコアの下流の部分を除去し；４)リードのアダプター配列に相当する部分を除去した。Velvet version 1.0.15を用いて残ったリードをコンティグに組み立てた(32)。デノボ配列アセンブリに固有な過剰のメモリ要求のため、各レーンのリードを別々に考慮して、各々ワードサイズパラメータについての５つの異なる値(k=21、23、25、27、29)で流した。本発明者ら及び共同研究者(33)は、ｋの各値について異なるセットのコンティグが得られることを観察した。更に、Oases version 0.18.1(D. R. Zerbino, European Bioinformatics Institute)で、コンティグを1,764,158の推定転写物にまとめた。冗長度の低減後、1,016,285の転写物が残った(イソフォーム及び他のバリアントを含む)。平均長は245bpで最大長は6,884bpであった。
【０２０６】
2D DIGE(ディファレンスゲル電気泳動；DIfference Gel Electrophoresis)分析。完全な2D DIGE分析をApplied Biomics(Hayward, California, US)により行った。簡潔には、TG抽出物を２つの2Dゲル(pH範囲３〜10、12％ SDS-アクリルアミドゲル)上で泳動させ、一方はクーマシーブルー染色し、他方はニトロセルロース膜にブロットした。次いで、膜をPBS中５％粉乳/0.05％ Tweenとインキュベートして非特異結合をブロックし、その後、８人のTGアレルギー個体の血清プール(希釈率1:250)を用いてプローブした。ヤギ抗ヒトIgE及びウサギ抗ヒトIgG(Sigma-Aldrich, St. Louis, MO)を用いてIgE結合及びIgG結合を検出し、Cy2接合ロバ抗ヤギIgG及びCy5接合ロバ抗マウスIgG抗体(Biotium, Hayward, CA)を用いて可視化した。
【０２０７】
質量分析による花粉タンパク質の同定。質量分析によるタンパク質同定をApplied Biomics(Hayward, California, US)で行った。簡潔には、2Dブロットから興味対象のスポット選択し、対応するスポットを、染色したSDSゲル上で同定して切り出し、数回洗浄して染色色素及び他の阻害性化学物質を除去した。次いで、スポットを乾燥させて、消化緩衝液を最大限吸収させた。乾燥させた2Dゲルスポットを、トリプシンを含有する消化緩衝液中で再水和させた。タンパク質をゲル中37℃にて消化した後、TFA抽出緩衝液でゲルから抽出した。その後、C-18 Zip-tips(Millipore)を用いてペプチドを脱塩し、CHCAマトリクス(α-シアノ-4-ヒドロキシケイ皮酸)と混合し、MALDIプレートのウェル中にスポット状に配置した。Applied Biosystems Proteomics Analyzerを用いて各サンプル中のペプチドの質量スペクトルを得た。このスペクトルを、デノボで組み立てたTG花粉転写物の推定ORFがコードするアミノ酸配列と比較した。Mascotソフトウェアパッケージ(Matrix science)で評価したとき＞95％信頼性でヒットした15アミノ酸残基以上をコードする全てのORFをヒットと見なした(表１)。これらORFがコードするアミノ酸配列を、配列類似性閾値90％のカスタムスクリプトを用いてクラスター化して、高度に類似するタンパク質配列をグループにまとめた。これら配列は、(スプライスバリアント(TG花粉の細胞間での対立遺伝子変形体)及び複数のメンバーを有する遺伝子ファミリーから生じ得る)現行アセンブリの異なる転写物がコードするものである。１つのクラスターを形成するアミノ酸配列に１つの推定タンパク質IDを割り当てる(表１)。
【０２０８】
HLAクラスII分子に無差別に結合すると予測されるペプチドセットのアセンブリ。表２のORF内にコードされる各15マーペプチドについて、25のHLAクラスII分子のパネルに対する結合親和性を、コンセンサス予測アプローチ(21, 22)を用いて予測した(表３)。所与の対立遺伝子について上位20％内の予測結合スコアを有するペプチドを、潜在的結合体とみなした。この閾値で13以上のHLA分子に結合すると予測されるペプチドを無差別結合体とみなし、(９連続残基より多くがオーバーラップするペプチドの排除後に)合成用に選択した。所与のタンパク質についてこの閾値を満たすペプチドが５つより少ない場合、上位５ペプチドを選択し、長さが不十分である場合には上限４ペプチドを選択した。これにより、620のORF内でコードされる計21,506の別個の15マーから822ペプチドを選択した(表２)。コントロールとして、同じ予測アプローチを用いて、既知のTGアレルゲンから105ペプチドのセットを誘導した。選択したペプチドは、A and A(San Diego, CA)から粗製品として小スケール(１mg)で購入した。試験結果が陽性であり、優性エピトーププールに含まれるペプチドは、精製品(＞95％純粋)として５〜10mgスケールで購入した。
【０２０９】
PBMCの単離及びTG抽出物特異的Ｔ細胞のインビトロ拡大。PBMCは、以前(12)に記載されたように、１単位の血液(〜450ml)から密度勾配遠心分離により単離し、凍結保存した。インビトロ拡大のために、PBMCを解凍し、24ウェルプレート(BD Biosciences, San Jose, CA)において５％ヒトAB血清(Cellgro, Herndon, VA)を補充したRPMI 1640(Ω Scientific, Tarzana, CA)中２×106細胞/mlの密度で培養し、TG花粉抽出物(50μg/ml)(Greer, Lenoir, NC)で刺激した。細胞を37℃にて５％ CO2で維持し、追加のIL-2及びIL-7(10U/ml, eBioscience, San Diego, CA)を、最初の抗原刺激後３日毎に添加した。14日目に、細胞を採集し、TG特異的ペプチドプール(16〜25ペプチド/プール、平均20ペプチド/プール)に対する反応性についてスクリーニングした。17日目に、陽性プールのペプチドを個別に試験して反応性エピトープを同定した。
【０２１０】
ELISPOTアッセイ。抗原刺激に応答した培養PBMCからのIL-5の産生を、以前(12)に記載されたように、ELISPOTで測定した。簡潔には、１×105細胞/ウェルをペプチド、ペプチドプール又はTG抽出物(それぞれ10μg/ml、５μg/ml及び50μg/ml)とインキュベートした。24時間後、細胞を取り除き、プレートを２μg/mlのビオチン化抗ヒトIL-5 Ab(Mabtech)と37℃にてインキュベートした。２時間後、プレートを洗浄し、アビジン-ペルオキシダーゼ複合体を１時間RTにて添加した(Vector Laboratories, Burlingame, CA)。ペルオキシダーゼが接合したスポットを3-アミノ-9-エチルカルバゾール溶液(Sigma-Aldrich, St. Louis, MO)で発色させた。ペプチドプール陽性の基準は、100 SFC/106 PBMC(p≦0.05)及び刺激指数(SI)≧２であった。個々のペプチドについての基準は、最低限20 SFCを陽性とカウントしたことを除いて同じであった。
【０２１１】
Ｔ細胞亜集団のFACS選別。PBMCを解凍し、洗浄してカウントした。CD4+ T cell isolation Kit II(Miltenyi Biotec, Auburn, CA)を製造業者の指示に従って用いてCD4+ Ｔ細胞を単離し、その後抗体で染色して所望のＴ細胞亜集団を選別した。メモリー及びナイーブＴ細胞亜集団を、CD45RA-FITC及びCCR7-BL421で染色したCD4+細胞から選別した。ナイーブ集団はCD45RA+CCR7+として選別し、メモリー集団はCD45RA-CCR7-/+として選別した。CD45RA+CCR7-細胞は回収しなかった。続いて、これら亜集団を放射線照射PBMCと共に培養し、TG花粉抽出物で刺激し、IL-2及びIL-7を３日毎に添加しながら14日間培養した。刺激に応答したIL-5産生をELISPOTで評価した。Th1及びTh2亜集団の細胞は、CCR4-PECy7、CCR6-PE及びCXCR3-APCで染色したCD4+細胞から選別した。Th2細胞はCCR4+CCR6-CXCR3-Ｔ細胞として選別し、Th1細胞はCCR4-CCR6+CXCR3+Ｔ細胞として選別した。選別した細胞をELISPOTプレートで刺激及びAPCとして放射線照射CD4涸渇PBMCと共に培養した。IL-5産生は24時間のインキュベーション後に評価した。
【０２１２】
実施例２
本実施例は、アレルギードナーにおける相当な割合のTG反応性Ｔ細胞が主要IgE反応性アレルゲンを標的しないことを示す研究の説明を含む。
【０２１３】
以前の研究(12)において、TG花粉に存在する10の既知の主要IgE反応性アレルゲン中のＴ細胞エピトープが決定された。これらアレルゲンの各々の全体タンパク質配列にわたる10残基がオーバーラップする15マーペプチドを用いて、Ｔ細胞応答の多数を説明する20の優性エピトープ領域が同定された。しかし、この包括的ペプチドパネル及び使用したＴ細胞アッセイの感度にもかかわらず、この研究は、試験したアレルギードナーの33％で、これら10のアレルゲンに応答するIL-5産生Ｔ細胞を同定できなかった(全TG抽出物に対する強力な応答(≧100スポット形成細胞(SFC))にもかかわらず)(図１)。これらデータは、TGに対するＴ細胞応答の相当な部分が既知の主要IgE反応性アレルゲン以外の抗原に向けられたものであることを示唆した。
【０２１４】
実施例３
本実施例は、トランスクリプトミクス及びプロテオミクスの組合せ分析による新規TG花粉タンパク質の同定を示す研究の説明を含む。
【０２１５】
TGにおいて(又は他のいかなるアレルゲン性イネ科草本においても)IgE反応性アレルゲン以外のタンパク質はほとんど同定されていないので、TGに対するＴ細胞応答のより包括的な分析を行えるように、TG花粉で有意に発現する全てのタンパク質の同定を推進した。TG花粉のmRNAを同定し、Illumina Genome Analyzerでの高スループット配列決定により分析した。合計1,016,285の独特な推定転写物(対立遺伝子バリアント及びイソフォームを含む)を同定した。以前の研究で考慮した10の既知TGアレルゲンタンパク質(Phl p 1、2、3、4、5、6、7、11、12及び13)のうち、１つ(Phl p 6)を除きすべてがトランスクリプトーム分析で同定された(大きなフラグメント又は全体配列が＞90％同一性でマッチした)。興味深いことに、１つの転写物が、公開されているPhl p 6配列と非常に高い有意性(4E-16のBlast E-値)でマッチしたが、配列同一性はかなり低い(61％)。このことは、TG花粉mRNAから同定された転写物により既知アレルゲンの大多数が回収されたが、本明細書中のアプローチにより既知アレルゲンの推定の新たなバリアントも同定されたことを証明した。
【０２１６】
次に、プロテオミクスアプローチを利用して、新たに同定し転写物のいずれが、TG花粉で検出可能なタンパク質をコードしているかを決定した。この目的のために、TG花粉抽出物を2Dゲル電気泳動で分離し、クーマシーブルーで染色するか又は８人のTGアレルギードナーからの血清プールを用いてイムノブロットし(図２)、IgE及び/又はIgG抗体と反応性であるタンパク質を検出した。非染色ゲルからスポットを切り出し、トリプシン消化し、(MSデータを用いる)ペプチドフィンガープリント質量マッピング及び(MS/MSデータを用いる)ペプチド断片化マッピングにより分析してアミノ酸配列を得た。2Dゲルから取り出した131のスポットのうち119を、転写物配列の１以上のオープンリーディングフレーム(ORF)に高い信頼性で割り当てることができた。＞90％の配列同一性を有するORFをクラスター化した後、119の同定可能スポットが89の非冗長タンパク質配列(６つの既知TGアレルゲンを含む)に相当することが判明した。このことにより、83の別個のタンパク質配列が、ゲル上のスポットで同定された、以前には未確認であったタンパク質に相当することになる。これに、ゲルから切り出したいずれのスポットでも同定されなかったが全TG抽出物の質量分析で確認された別の10のタンパク質を加えた。まとめると、TG花粉から計93の新規タンパク質のセットが得られた。これらをＴ細胞反応性についてさらに分析した(表１)。
【０２１７】
これら同定されたタンパク質のいずれかがTG花粉抽出物中に存在する可能性のある汚染物質(例えば細菌)に由来するかどうかを決定するために、アミノ酸配列をNCBI BLASTで調べた。２つのタンパク質(#27及び#38)が、以前に同定された(アレルゲンと考えられていない)TGタンパク質と高い相同性を有していた。残るタンパク質のうち、#76は、イネゲノム(全ての入手可能な(完全に配列決定された)ゲノムのうちTGに最も近縁である)に高度に相同な(BLAST E値＜10-10)適合物(match)があった。残るタンパク質の中には、公に入手可能な配列のいずれかに対して同様な高い相同性を有するものはなかった。既知のタンパク質配列との類似性に基づけば、当該タンパク質配列のセットが非植物性の汚染物質を含んでいる可能性はありそうになく、このことは当該配列が正真正銘のTGタンパク質に由来することを示している。
【０２１８】
実施例４
本実施例は、Ｔ細胞が新規TG花粉タンパク質のエピトープに対して活発に応答することを示す研究の説明を含む。
【０２１９】
93の新規タンパク質配列を、複数のHLAクラスII分子に結合すると予測されるペプチドについてスキャンした。各タンパク質について、15マーのオーバーラップペプチドの全てを分析し、25のHLA DR、DP及びDQ分子のパネル(表３)に対する結合親和性を、多重機械学習法のコンセンサスアプローチ(21, 22)を用いて予測した。複数のHLAクラスII分子に無差別に結合すると予測された非オーバーラップペプチドを、各タンパク質から選択した。これにより、合計21,506の別個の15マーから822ペプチドが選択された(表２)。
【０２２０】
この822ペプチドを各々約20ペプチドの42プールに組み立て、20人のTGアレルギードナー及び20人の正常ドナーのPBMCによる認識について分析した(表４)。IL-5 ELISPOTアッセイを使用してＴ細胞反応性を測定した。なぜならば、Th2応答はアレルギーの病因において重要であるからである。ここに記載した研究において、IL-5は、ELISPOTアッセイにおいて、他のTh2サイトカイン、すなわちIL-4及びIL-13と比較して、より高感度の読み出し情報(read-out)である(図7)(15)。新規アレルゲンからのペプチドプールに加え、10の既知TGアレルゲンから同じ予測ストラテジーを用いて組み立てた５つのペプチドプールを分析した。新規ペプチドプールのうち、13/42のプールが、20％を超えるアレルギードナーにおいてPBMCでのIL-5産生を刺激した。既知アレルゲンプールについては、4/5のプールが、20％を超えるアレルギードナーによって認識された。対照的に、ペプチドプールのいずれも非アレルギードナーの10％以上においてIL-5応答を惹起しなかった(図3a)。
【０２２１】
既知アレルゲンに対する応答を合算した大きさを新規オオアワガエリ抗原(NTGA)に対する応答を合算した大きさと比較すると、TGに対するＴ細胞応答のかなり相当な割合が新規抗原を標的していることが明らかとなった。実際、応答するＴ細胞の61％(2,101 SFC、図3b)が新規ペプチドを認識した一方、主要な既知アレルゲンからのペプチドのコントロールパネルに対する応答は、Ｔ細胞応答の39％(1,345 SFC、図3b)を占めるに過ぎなかった。非アレルギー集団では、IL-5応答は遥かに弱かった。しかし、既知アレルゲンと新規抗原との間での応答の大きさの差は、より更に顕著であり、応答の88.4％(574 SFC)が新規抗原を標的し、11.6％(75 SFC)が既知アレルゲンを標的した。これらデータにより、TG抽出物に対するTh2細胞応答の大多数は既知IgE-反応性アレルゲン以外の抗原に向けられていることが示された。
【０２２２】
実施例５
本実施例は、Ｔ細胞反応性抗原の同定及び抗体反応性との相関を示す研究の説明を含む。
【０２２３】
次に、陽性ペプチドプールを解析して、どのペプチドが応答を惹起するかを個別的に決定した。IL-5産生は、少なくとも１人のアレルギードナーにおいて、分析した93のうちの54タンパク質からのペプチドについて検出された(合計の大きさ23,860 SFC：図8)。偽の応答を排除するため、本研究用のＴ細胞抗原を、(皮膚反応性試験(23,24)を用いたときにアレルゲン性タンパク質を定義するための確立された応答閾値である)20％以上のアレルギードナーで認識されるタンパク質として定義する。このカットオフに基づいて、合計13の新規Ｔ細胞抗原を同定した。これらＴ細胞抗原のうち４つはIgE及びIgGの両方が標的するタンパク質であり、１つはIgEのみが標的するタンパク質であり、５つはIgGのみが標的するタンパク質であり、３つはいずれのIgクラスの抗原も標的しないタンパク質であった(図４)。このことは、５つの新規Ｔ細胞抗原がIgEにより標的された一方、８つは標的されなかったことを意味する。ペプチドレベルでの応答を比較したとき、又は応答性Ｔ細胞の総数を考慮したときに同じことが当てはまる(表５)。まとめると、これらデータは、NTGAに対する応答の相当な割合が、IgEにより認識されないタンパク質に向けられていることを示唆した。
【０２２４】
実施例６
本実施例は、新規抗原に対するIL-5応答が、エキソビボで直接検出できるメモリーＴ細胞によるものであることを示す研究の説明を含む。
【０２２５】
上記に示したデータは、花粉タンパク質に向けられたIL-5産生Ｔ細胞応答のほぼ３分の２(61％)が新規抗原に向けられたものであること及びその応答の大部分がIgEにより認識されない抗原を標的していることを示唆した。これら応答は、おそらく、花粉曝露後のアレルギー患者におけるＴ細胞のインビボプライミングの結果である。これらＴ細胞応答がTG抽出物と共に培養したＴ細胞のインビトロプライミングに起因する可能性を排除するため、反応性Ｔ細胞がメモリー表現型と関連するのか又はナイーブ表現型と関連するのかを調べた。この目的のため、２つのペプチドプールを組み立てた：TG P20プール、これは以前の研究(12)で同定された既知TGアレルゲンからの20の最も優勢なペプチド(本研究集団で従来のIgE反応性TGアレルゲンに向けられたIL-5応答の約90％を占める)を含んでなる；及びNTGA P19プール、これはIgE非反応性新規TG抗原から選択した19の最も優勢なペプチドを含んでなる。これら19のペプチドは、本発明者らの研究集団で試験した全ての新規抗原に対するIL-5応答全体の約40％を占める。
【０２２６】
６人のアレルギードナーからのPBMCを、メモリー(CD45RA-)Ｔ細胞サブセット及びナイーブ(CD45RA+CCR7+)Ｔ細胞サブセットに選別した。その後、両亜集団からの細胞をTG花粉抽出物でインビトロ刺激し、拡大後にIL-5産生について試験した(図５)。各刺激に対する応答は、ナイーブ集団と比較してメモリー集団で有意に高かった。TG抽出物刺激に応答して、検出したメジアンSFCは、ナイーブ集団及びメモリー集団でそれぞれ80及び1,108であった。TG P20は、ナイーブ集団で応答を惹起せず、メモリー集団ではメジアンSFCが350であった。NTGA P19で刺激すると、メジアンSFCはナイーブサブセットで12となり、メモリーサブセットでは540であった。予想されたように、高量のIL-5がナイーブ及びメモリー集団でPHAに応答して検出された。このことは、この細胞が生存可能であり、Ｔ細胞刺激に対して応答性であることを示唆している。よって、全体として、メモリーサブセットと比較して、ナイーブＴ細胞サブセットで見出された抗原特異的IL-5産生細胞はかなり少なかった(p=0.0002)。このことは、TG P20ペプチドプール及びNTGA P19ペプチドプールの両方に対するＴ細胞応答がメモリーＴ細胞に由来することを示している。注目すべきことに、この２つのペプチドプールは、(ペプチドが由来する)抗原のセットに対する応答全体のうちの異なる割合をカバーする。優勢な既知ペプチドプール(TG P20)は、(全ての既知ペプチドに対して検出されたIL5応答全体の＞90％を占める)20の最も優勢なペプチドから作製されている。対照的に、優勢な新規ペプチドプール(NTGA P19)は、スクリーニングされた全ての新規ペプチドに向けられたIL5応答全体の40％を占めるに過ぎない。よって、これらに対する応答の直接的な量的比較は不可能である。
【０２２７】
新規抗原に対する反応性がインビボ曝露を反映しており、インビトロ誘導された一次応答に由来するものでないことを更に実証するため、新規抗原に対する応答がインビトロ培養拡大なしでエキソビボで直接検出できるかどうかを調べた。抗原特異的前駆体細胞の頻度は非常に低いので、８人のドナーからのPBMCを予め選別して富化Th1又はTh2亜集団を取得し、細胞を、TG抽出物並びに優勢な既知ペプチドプール及び新規ペプチドプールに応答したIL-5産生についてELISPOTアッセイで評価した。予想されたように、Th1亜集団のIL-5産生は、PHAを除きいずれの刺激についても検出可能でなかった。対照的に、図６に示すように、Th2亜集団(CCR4+, CXCR3-)は、培地単独と比較して、各アレルゲン刺激に対して有意な応答を示した(抽出物：p=0.01、TG20：p=0.03、NTGA19：p=0.01、ウィルコクソンの符号付きランク検定)。
【０２２８】
実施例７
本実施例は、本発明のタンパク質及びペプチドの、特にアレルギーの処置についてのインビボ効力を決定する方法の説明を含む。
【０２２９】
本発明のペプチドを、アレルギーの処置における効力についてマウスモデルにおいて評価する。簡潔には、６群のBALB/cJ又はHLAトランスジェニックマウスを、1.5マイクログラム(25μL中)の全オオアワガエリ(TG)アレルゲンを２週間にわたって５×２日間鼻内に繰返し投薬することで感作させる。これは、全TGアレルゲンにより引き起こされるアレルギー性喘息の研究用モデル系として役立つ。
【０２３０】
感作マウスを１週間放置した後、本発明のペプチドで処置する。この処置は、５日間毎日の、TGペプチドの鼻内送達に続く30分後のTGペプチドの鼻内送達を含んでなる。約４週間後、マウスに全TGアレルゲンを２日間チャレンジし(２×15μg/25μL鼻内)、結果を48時間後に測定する。５用量のTGペプチドを評価する(10、１、0.1、0.01及び0.001μg/ペプチド)。適切な対照実験を行う。
【０２３１】
測定結果は、メタコリン肺チャレンジ後気管支気道抵抗(cm H20/mL/s)(呼吸機能の尺度)及び肺胞洗浄(BAL)液中の炎症性細胞の量である。
【０２３２】
気道抵抗の測定には、オオアワガエリ全アレルゲンでの２日間にわたる鼻内チャレンジ(２×15μg)の48時間後に、鼻内生理食塩水及び漸増用量の静脈内メタコリン(MCh)に応答した総呼吸系抵抗(Rrs)を、Flexiventげっ歯動物用人工呼吸器を用いて測定する。得られるRrs-MCh用量応答曲線を用いて、気道反応性の指数(Slope Rrs)及び25 MCh mg/mLでの最大気管支収縮度(Max Rrs @ 25 mg/mL)を測定する。値は平均±SEである。
【０２３３】
炎症性細胞の定量には、肺胞洗浄液(BALF)を炎症性細胞の総数及び差分数について評価する。肺組織の切片をヘマトキシリン及びエオシン(H&E)で染色し、カスタムコンピュータ化分析システム(Northern Eclipse)を用いて形態計測学的に定量する。
【０２３４】
実施例８
本実施例は、アレルギーの処置についての本発明のタンパク質及びペプチドの臨床試験プロトコルの説明を含む。
【０２３５】
本発明のペプチドを、無作為のプラシーボ対照ブラインド臨床検査でアレルギー症状低下の効力について分析する。この臨床試験の研究計画は、GCP指針に従うものである。
【０２３６】
全対象者について、オオアワガエリアレルゲンに対するベースライン皮膚応答を、本研究の薬剤適用の６〜８日前の間にベースラインチャレンジにより確認する。0.010 HEP(ヒスタミン等価穿刺)単位の市販標準オオアワガエリアレルゲンを、左右の前腕のそれぞれの掌側表面に皮内注射にて30分間隔で２回投与する。対象者を評価して、該対象者が全オオアワガエリアレルゲンに対して晩期皮膚応答(LPSR)を経験することを保証する。ベースライン反応の大きさを以下のとおり記録する：各注射の８時間後、晩期応答(あれば)の輪郭をボールペンで皮膚上に描く。各応答について最長直径及びそれと直交する直径を測定して記録し、各腕の応答面積を算出する。次に、各対象者の両腕での平均応答面積を算出して、ベースライン反応を得る。適切なベースライン反応を生じた対象者を、投薬群に割り当て、ランダム化して、処置期に進める。
【０２３７】
処置期は、各対象者について21日間からなる。この期間、１つの対象者群には、１日目の処置期来診１で、本発明のペプチド(１投薬あたり0.03、0.3、３、12nmolの各ペプチド)又は希釈剤プラシーボを単回皮内注射で与える。８人の対象者からなるコホートに、各用量レベルの処置を施す(６人に本発明のペプチドを投与し、２人にプラシーボを投与する)。皮内群の第１のコホートには、0.03nmolの各ペプチドを混合物で投与し、第２コホート以降にはそれぞれより高い用量レベルで投与する。
【０２３８】
皮内注射は左前腕の屈側面に行う。総注射量は全ての注射について60μLである。処置後、対象者を、21日目(±3日)の処置期来診２で全アレルゲンに対する皮膚応答について再検査する。オオアワガエリアレルゲンに対する皮膚応答は、0.010 HEP(ヒスタミン等価穿刺)単位の上記市販標準オオアワガエリアレルゲンを皮内投与して８時間後に晩期応答を測定することにより評価する。次いで、各対象者の両腕について平均応答面積を上記のように算出する。
【０２３９】
次いで、処置後のこの平均LPSR面積を各対象者についてベースラインLPSR面積と比較する。次に、各コホートの８人全ての患者についてLPSR面積の全体変化を評価する。
【０２４０】
実施例９
本実施例は結果の考察を含む。
【０２４１】
本明細書に開示するように、TGアレルギードナーの３分の１は、10の既知IgE反応性TGアレルゲンに由来するいずれのペプチドも認識しなかった。このことは、同じドナーのＴ細胞が同じ感度のELISPOTアッセイで全TG抽出物に対して強い応答をもたらしたので、不可解であった。第１の説明として、翻訳後修飾が幾つかのエピトープの認識に必須である可能性が考えられた。このような修飾は、本発明者らのスクリーニング用に合成したペプチドには存在していなかった。しかし、(幾つかのTGアレルゲンで顕著であると考えられる(25))ヒドロキシル化プロリンを有するペプチドの予備研究では、Ｔ細胞反応性は全く示されなかった。このことは、他の翻訳後修飾がTGのＴ細胞エピトープ中に存在することを排除するものではないが、別の仮説、すなわち、Ｔ細胞が10の既知IgE反応性アレルゲン以外の抗原の従来ペプチドを標的するという仮説を分析した。本明細書に開示するＴ細胞の分析により、93の新規TGタンパク質が同定され、このうち54タンパク質がTh2応答を惹起した。これら新規Ｔ細胞抗原の認識は、既知アレルゲンと全TG抽出物との間で元々観察されていた反応性ギャップを説明する。
【０２４２】
新規TGタンパク質の免疫学的特徴決定により、大多数が抗体反応性でありＴ細胞反応性でもあることが明らかとなった。最も興味深いことに、これら新規抗原に由来するペプチドに対するＴ細胞応答が、TGアレルギー患者のPBMCにおけるIL-5応答の強力な誘導因子であることが証明された。これら新規抗原に対してIL-5を産生するＴ細胞集団は、メモリーTh2細胞サブセットに由来し、直接エキソビボ分析で検出できた。このことは、インビボアレルギー応答の標的としてのこれら新規Ｔ細胞抗原の妥当性を証明した。興味深いことに、アレルギー個体における知見とは対照的に、非アレルギードナーは、既知TGアレルゲン及び新規抗原の両方に対してIL-5応答を示さないか又は非常に弱い応答しか示さなかった。いかなる特定の理論にも制限されるものではないが、このことは、他のタイプのＴ細胞(例えば、IL-10産生Treg)応答にも当てはまる可能性があり、又は非アレルギー個体が、新規TG抗原に対して規模が増大した「免疫寛容原性」応答を示す可能性もある。
【０２４３】
顕著なことに、強力なIL-5産生が、IgE反応性抗原だけでなく、IgEが標的しない幾つかの抗原にも応答して観察された。このことは、抗原に対するTh2応答がIgE反応性とは必ずしも関係しないことを示唆した。関連付けられていないＴ細胞の援助(unlinked T cell help)(Ｔ細胞が、影響を及ぼすＢ細胞とは異なる抗原特異性を示すことを意味する)という考えが以前の研究(18, 20)で議論されているが、この考えはまたNTGAに向けられた免疫応答に非常に関連している。花粉粒子(又は水和に際して放出されるマイクロサイズの粒子)の天然構造は、(免疫系により認識される)種々のタンパク質の物理的結合を提供する。したがって、いかなる特定の理論にも制限されるものではないが、花粉タンパク質をＢ細胞及びＴ細胞に提示する様式が、関連付けられていないＴ細胞の援助を許容する可能性がある。なぜならば、或る抗原に由来するＴ細胞特異的エピトープがＢ細胞が認識する第２の抗原と同じ物理的花粉粒子に存在することは可能であるからである。結果として、NTGAに向けられたTh2細胞免疫応答は、NTGAと同じ花粉粒子に存在する既知の主要IgE反応性アレルゲンに向けられたアレルギー応答を援助する可能性がある。
【０２４４】
Ｔ細胞認識が常に必ず抗体認識と関連付けられるかどうかの問題は、ヘルパーＴ細胞及び抗原特異的Ｂ細胞の両方による抗原の関連付けられた認識という古典的概念の面から、幅広い有意義性を有する。この概念によれば、特異的Ｂ細胞は抗原を内在化させてプロセシングし、(特異的Ｔ細胞が認識可能である)表面MHCクラスII分子に結合した抗原フラグメントを提示する。このことは、Ｔ細胞が同じ抗原に特異的なＢ細胞に援助をもたらす(関連付けられた援助)ことを保証する。幾つかの場合では、Ｔ細胞は、同じタンパク質に特異的なＢ細胞にのみ又は優先的に援助を提供することができることが示されている(17, 18)一方、他の系では示されていない(19, 20)。同じ粒子に存在する２つのタンパク質は一緒に機能することができ、或るタンパク質に特異的なＴ細胞は第２のタンパク質に特異的なＢ細胞を援助できることが見出されている(20)。したがって、Ｔ細胞により認識される抗原が(小ウイルス又は花粉粒子の場合のように)Ｂ細胞認識の標的と或る種の物理的関係にある限り、「抗原性橋架け(antigenic bridge)」の一体性が保存される可能性がある。
【０２４５】
このような免疫モジュレーションを起こす直接機序は現時点で不明であるが、関連付けられていないＴ細胞援助がアレルギー症状の改善を導き得る幾つかの考えられる機序が存在する(ただし、いかなる特定の理論にも制限されるものではない)。第１に、本明細書のデータはIL-5応答の大部分がNTGAに向けられていることを示している。したがって、この応答のダウンレギュレーションは、Th2誘導性病原効果の低下に関して有意義な利益を有するはずである。第２に、NTGA特異的Treg又はTh1細胞の誘導は同じ花粉粒子に存在する既知TGアレルゲンに向けられたTh2応答の(バイスタンダー機序による(26))調節を援助する可能性がある。第３に、NTGA特異的Th2応答の調節はまた、IgEの下流調節及び既知TGアレルゲンに対するIgG抗体応答の遮断誘導(SIT処置のホールマークである(27,28))を生じる可能性がある。最後に、NTGA特異的Th1又はTreg細胞の誘導は、NTGA特異的IgG産生を導き、これが、立体障害、抗原結合についての競合及びFcγRIIBによる阻害性シグナル伝達(29,30)のような機序によりIgE誘導性メディエータ放出及び他の即時型反応と干渉する可能性がある。まとめると、本明細書のデータにより、本明細書に記載の新規抗原が(リスクがより高い患者(例えば、喘息患者)への施行に関して安全であり得る)Ｔ細胞に焦点を当てた特異的免疫療法の有望な標的であることが証明される。結果として、Ｔ細胞反応性を特異的に標的する治療法は、アレルギー患者(特に、重篤な喘息を患っている患者；彼らにとって現行のSITレジメンは有害反応の顕著なリスクをもたらす)を処置するためのより有効でより安全な方法を提供し得る。
【０２４６】
本研究は、吸入アレルゲンの最初の包括的トランスクリプトミクス及びプロテオミクス分析である。花粉自体での発現が確認された93の新規TGタンパク質を同定し、既知のTGタンパク質セットを約１桁規模で拡大させた。既知のIgE反応性アレルゲンとオーバーラップするものではない、IgEが標的する24の新規TGタンパク質が同定されたという事実は、このアプローチがアレルゲン発見の強力なツールであることを証明する。
【０２４７】
実施例10
本実施例は、本発明のタンパク質及びペプチドの、特に、本明細書に開示のタンパク質とは無関係のアレルゲンにより引き起こされるアレルギーの処置(例えば、バイスタンダー抑制によるアレルギーの処置)についての、インビボ効力を決定する方法の説明を含む。この方法のより完全な説明は米国特許出願公開US2012/0100164A1(例えば、実施例３、４、５及び６)に見出し得る。
【０２４８】
本発明のタンパク質/ペプチドを、オオアワガエリ花粉に対する予防感作における効力についてマウスモデルで評価する。簡潔には、ナイーブBALB/cJ又はHLAトランスジェニックマウスを、約10μgの本発明のタンパク質又はペプチドを用いる舌下免疫療法(SLIT)で２週間毎日処置する。その後、10μgの本発明のタンパク質若しくはペプチドと約10μgのオオアワガエリ花粉抽出物との混合物又は10μgの本発明のタンパク質若しくはペプチド単独(共に水酸化アルミニウムに吸着させる)を週３回i.p.注射してマウスを免疫する(感作させる)。
【０２４９】
続いて、マウスに、約10μgのオオアワガエリ花粉抽出物を４日間鼻内(IN)チャレンジして、Th2駆動免疫応答の臨床的に関連する読み出し情報を誘導する。最後のチャレンジの１日後にマウスを犠牲にして、血液、気管支肺胞洗浄液(BAL)、脾臓及び頸部リンパ節を分析のために回収する。これは、オオアワガエリアレルゲンにより引き起こされるアレルギー応答のバイスタンダー抑制によるアレルギー性鼻炎の予防の研究用モデル系として役立つ。
【０２５０】
臨床的に関連する読み出し情報(例えば、気道過敏性及び好酸球の割合)をINチャレンジの最終日に取得する。気道過敏性は全身プレチスモグラフを用いて試験する。マウスに漸増濃度のエアロゾル化メタコリンをチャレンジして気流閉塞を誘導した。肺気流閉塞は、メタコリン投与後６分間にエンハンスドポーズ(penh)で測定した。BAL液の差分計数は、BAL液を遠心分離し上清を除去して行う。残るペレットをPBSに再懸濁し、好酸球の割合を自動細胞カウンタ(Sysmex)で測定した。
【０２５１】
Ｔ細胞増殖アッセイは、脾臓細胞を分離して単一細胞懸濁液とし培地中で３回洗浄して行う。細胞をカウントして、1.67×106細胞/mLに調整する。３×105細胞を96ウェル平底培養プレートの各ウェルに加え、細胞を０、５、25及び125μg/mLの本発明のタンパク質/ペプチドで刺激する。細胞を６日間37℃及び５％ CO2で培養した。増殖は、培養期間の最後の18時間に0.5μCiの3H-チミジンを各ウェルに加え、続いて細胞を採集して組み込まれた放射性標識をカウントして測定した。
【０２５２】
バイスタンダー抑制によるＴ細胞応答のダウンレギュレーションを、本発明のタンパク質/ペプチドで舌下処置したマウス群において、マウスを本発明のタンパク質/ペプチド及びオオアワガエリ抽出物で同時感作させて観察する。
【０２５３】
実施例11
本実施例は、本発明のタンパク質及びペプチドの、特に、本明細書に開示のタンパク質とは無関係のアレルゲンにより引き起こされるアレルギーの処置(例えば、バイスタンダー抑制によるアレルギーの処置)についての、インビボ効力を決定する方法の説明を含む。この方法のより完全な説明は米国特許出願公開US2012/0100164A1(例えば、実施例３、４、５及び６)に見出し得る。
【０２５４】
本発明のタンパク質/ペプチドを、オオアワガエリ花粉により引き起こされるアレルギーの処置における効力についてマウスモデルで評価する。簡潔には、ナイーブBALB/cJ又はHLAトランスジェニックマウスを、水酸化アルミニウムに吸着させた約10μgのオオアワガエリ花粉抽出物を週３回i.p.注射して感作させる。その後、マウスを、100〜250μgの本発明のタンパク質/ペプチドを用いる舌下免疫療法(SLIT)で４週間処置し、続いて10μgのオオアワガエリ花粉抽出物を約10μgの本発明のタンパク質/ペプチドと共に又は10μgのオオアワガエリ花粉単独をマウスに２週間鼻内チャレンジする。
【０２５５】
両研究セットにおいて、最後のチャレンジの１日後にマウスを犠牲にし、血液、気管支肺胞洗浄液(BAL)、脾臓及び頸部リンパ節を分析のために回収した。
【０２５６】
臨床的に関連する読み出し情報の評価：臨床的に関連する読み出し情報(例えば、くしゃみ、気道過敏性及び好酸球の存在)をINチャレンジの最終日に取得する。
【０２５７】
くしゃみ：マウスを、オオアワガエリ花粉抽出物の鼻内投与後の８分間に観察し、くしゃみの数をこの期間にカウントする。
【０２５８】
気道過敏性：全身プレチスモグラフを用いて、漸増濃度のエアロゾル化メタコリンにより気流閉塞を誘導する。肺気流閉塞は、メタコリン投与後６分間にエンハンスドポーズ(penh)で測定する。
【０２５９】
BAL液の差分計数：BAL液を遠心分離して上清を除去する。ペレットをPBSに再懸濁した。好酸球の割合を自動細胞カウンタ(Sysmex)で測定する。
【０２６０】
バイスタンダー抑制による臨床的に関連する読み出し情報(例えばBAL中の好酸球の数)のダウンレギュレーションを、本発明のタンパク質/ペプチドで舌下処置したマウス群において、マウスを本発明のタンパク質/ペプチド及びオオアワガエリ抽出物の両方で鼻内チャレンジして観察する。
【０２６１】
【表１−１】
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【表１−２】
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【表１−３】
2015513527.tif 000005
【表１−４】
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【表１−５】
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【表１−６】
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【表１−７】
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【表１−８】
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【表１−９】
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【表１−１０】
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【表１−１１】
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【表１−１２】
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【表１−１３】
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【表１−１４】
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【表１−１５】
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【表１−１６】
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【表１−１７】
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【表１−１８】
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【表１−１９】
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【表１−２０】
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【表１−２１】
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【表１−２２】
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【表１−２３】
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【表１−２４】
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【表１−２５】
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【０２６２】
【表２−１】
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【表２−２】
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【表２−３】
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【表２−４】
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【表２−５】
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【表２−６】
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【表２−７】
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【表２−８】
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【表２−９】
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【表２−１０】
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【表２−１１】
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【表２−１２】
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【表２−１３】
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【表２−１４】
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【表２−１５】
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【表２−１６】
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【表２−１７】
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【表２−１８】
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【表２−１９】
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【０２６３】
【表３】
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【０２６４】
【表４−１】
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【表４−２】
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【表４−３】
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【表４−４】
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【表４−５】
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【表４−６】
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【表４−７】
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【表４−８】
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【表４−９】
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【表４−１０】
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【表４−１１】
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【表４−１２】
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【表４−１３】
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【表４−１４】
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【表４−１５】
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【表４−１６】
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【表４−１７】
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【表４−１８】
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【表４−１９】
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【表４−２０】
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【表４−２１】
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【表４−２２】
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【０２６５】
【表５】
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【０２６６】
【表６−１】
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【表６−２】
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【表６−３】
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【表６−４】
2015513527.tif 000074
【表６−５】
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【表６−６】
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【表６−７】
2015513527.tif 000077
【表６−８】
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【表６−９】
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【表６−１０】
2015513527.tif 000080
【０２６７】
参考文献
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【図１】
2015513527.tif 000081
【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成26年10月8日(2014.10.8)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ａ)配列番号67、68、69、70、71、72、73、１〜66及び75〜620からなる群より選択されるアミノ酸配列、又は
ｂ)ａ)で列挙した配列番号の群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも80％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は
ｃ)配列番号67、68、69、70、71、72、73、74、１〜66及び75〜620からなる群より選択されるアミノ酸配列のＴ細胞エピトープ含有サブ配列、又は
ｄ)ｃ)のサブ配列と少なくとも80％の配列同一性を有するアミノ酸配列
を含んでなるタンパク質又はペプチドの、対象者において免疫学的寛容を増大させる医薬組成物の製造における使用。
【請求項２】
ａ)配列番号67、68、69、70、71、72、73、１〜66及び75〜620からなる群より選択されるアミノ酸配列、又は
ｂ)ａ)で列挙した配列番号の群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも80％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は
ｃ)配列番号67、68、69、70、71、72、73、74、１〜66及び75〜620からなる群より選択されるアミノ酸配列のＴ細胞エピトープ含有サブ配列、又は
ｄ)ｃ)のサブ配列と少なくとも80％の配列同一性を有するアミノ酸配列
を含んでなるタンパク質又はペプチドの、アレルギーの対象者を処置する医薬組成物の製造における使用。
【請求項３】
タンパク質又はペプチドがＴ細胞応答を惹起し、刺激し、促進し、誘導し又は増強させる請求項１又は２に記載の使用。
【請求項４】
タンパク質又はペプチドがオオアワガエリ(Timothy Grass)に対してアレルギー性の患者に由来するPBMCにおいてIL-5応答を誘導する請求項１〜３のいずれか１項に記載の使用。
【請求項５】
タンパク質又はペプチドがオオアワガエリに対してアレルギー性の患者のIgEと反応性である請求項１〜４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項６】
サブ配列が10〜30アミノ酸の長さを有する請求項１〜５のいずれか１項に記載の使用。
【請求項７】
サブ配列が配列番号1521〜1549、1443〜1520及び1550〜2264からなる群より選択される請求項１〜５のいずれか１項に記載の使用。
【請求項８】
サブ配列が配列番号1521、1523、1525〜1535、1537〜1549、1454、1458、1459、1460、1463〜1469、1471〜1489、1492、1495〜1499、1502、1504、1507、1508、1513、1550〜1561、1563、1576〜1579、1582、1584〜1586、1589〜1602、1605〜1608、1624、1628〜1634、1655、1656、1668、1671〜1677、1679〜1691、1696、1703〜1709、1712〜1714、1716、1717、1720、1739、1758〜1762、1776、1782〜1786、1817、1818、1823、1824、1828、1832、1837、1840、1847〜1857、1868、1877〜1881、1883〜1886、1888、1889、1891、1892、1895〜1897、1899〜1903、1905、1906、1908、1911〜1917、1919〜1921、1923、1925、1928、1931、1935、1953、1954、1956、1958〜1962、1971、1972、1977〜1982、1985、1988、1992、1994〜1996、2038、2044、2062〜2064、2075、2076、2078〜2080、2087、2088、2091、2092、2095、2100、2107、2108、2113、2126、2129〜2132、2134、2135、2137〜2141、2149、2151〜2155、2159〜2163、2166〜2172、2175、2176、2178、2202、2209、2210、2212、2214、2217、2227、2229〜2236、2239〜2244及び2246〜2264からなる群より選択される請求項７に記載の使用。
【請求項９】
ａ)配列番号67、68、69、70、71、72、73、１〜66及び75〜620からなる群より選択されるアミノ酸配列、又は
ｂ)ａ)で列挙した配列番号の群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも80％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は
ｃ)配列番号67、68、69、70、71、72、73、74、１〜66及び75〜620からなる群より選択されるアミノ酸配列のＴ細胞エピトープ含有サブ配列、又は
ｄ)ｃ)のサブ配列と少なくとも80％の配列同一性を有するアミノ酸配列
を含んでなるタンパク質又はペプチドの固体医薬製剤。
【請求項１０】
タンパク質又はペプチドがＴ細胞応答を惹起し、刺激し、促進し、誘導し又は増強させる請求項９に記載の固体医薬製剤。
【請求項１１】
粉剤又は錠剤である請求項９又は１０に記載の固体医薬製剤。
【請求項１２】
凍結乾燥状態にある請求項９〜１１のいずれか１項に記載の固体医薬製剤。
【請求項１３】
アンプル又はバイアルに含まれている請求項９〜１２のいずれか１項に記載の固体医薬製剤。
【請求項１４】
配列番号67、68、69、70、71、72、73、74、１〜66及び75〜620のいずれか１つのＴ細胞エピトープ含有サブ配列又は該サブ配列と少なくとも80％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群より選択される２以上の同一でないペプチドの組合せを含んでなる組成物。
【請求項１５】
ペプチドがＴ細胞応答を惹起し、刺激し、促進し、誘導し又は増強させる請求項１４に記載の組成物。
【請求項１６】
サブ配列が10〜30アミノ酸の長さを有する請求項１４又は１５に記載の組成物。
【請求項１７】
サブ配列が配列番号1521〜1549、1443〜1520及び1550〜2264からなる群より選択される請求項１４又は１５に記載の組成物。
【請求項１８】
サブ配列が配列番号1521、1523、1525〜1535、1537〜1549、1454、1458、1459、1460、1463〜1469、1471〜1489、1492、1495〜1499、1502、1504、1507、1508、1513、1550〜1561、1563、1576〜1579、1582、1584〜1586、1589〜1602、1605〜1608、1624、1628〜1634、1655、1656、1668、1671〜1677、1679〜1691、1696、1703〜1709、1712〜1714、1716、1717、1720、1739、1758〜1762、1776、1782〜1786、1817、1818、1823、1824、1828、1832、1837、1840、1847〜1857、1868、1877〜1881、1883〜1886、1888、1889、1891、1892、1895〜1897、1899〜1903、1905、1906、1908、1911〜1917、1919〜1921、1923、1925、1928、1931、1935、1953、1954、1956、1958〜1962、1971、1972、1977〜1982、1985、1988、1992、1994〜1996、2038、2044、2062〜2064、2075、2076、2078〜2080、2087、2088、2091、2092、2095、2100、2107、2108、2113、2126、2129〜2132、2134、2135、2137〜2141、2149、2151〜2155、2159〜2163、2166〜2172、2175、2176、2178、2202、2209、2210、2212、2214、2217、2227、2229〜2236、2239〜2244、2246〜2264からなる群より選択される請求項１４又は１５に記載の組成物。
【請求項１９】
ペプチドが単離されているか又は精製されている請求項１４〜１８のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項２０】
ａ)配列番号67、68、69、70、71、72、73、１〜66及び75〜620からなる群より選択されるアミノ酸配列、又は
ｂ)ａ)で列挙した配列番号の群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも80％の配列同一性を有するアミノ酸配列、又は
ｃ)配列番号67、68、69、70、71、72、73、74、１〜66及び75〜620からなる群より選択されるアミノ酸配列のＴ細胞エピトープ含有サブ配列、又は
ｄ)ｃ)のサブ配列と少なくとも80％の配列同一性を有するアミノ酸配列
を含んでなるタンパク質又はペプチド。
【請求項２１】
タンパク質又はペプチドがＴ細胞応答を惹起し、刺激し、促進し、誘導し又は増強させる請求項２０に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２２】
サブ配列が10〜30アミノ酸の長さを有する請求項２０又は２１に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２３】
サブ配列が配列番号1521〜1549、1443〜1520及び1550〜2264からなる群より選択される請求項２０又は２１に記載のタンパク質又はペプチド。
【請求項２４】
サブ配列が配列番号1521、1523、1525〜1535、1537〜1549、1454、1458、1459、1460、1463〜1469、1471〜1489、1492、1495〜1499、1502、1504、1507、1508、1513、1550〜1561、1563、1576〜1579、1582、1584〜1586、1589〜1602、1605〜1608、1624、1628〜1634、1655、1656、1668、1671〜1677、1679〜1691、1696、1703〜1709、1712〜1714、1716、1717、1720、1739、1758〜1762、1776、1782〜1786、1817、1818、1823、1824、1828、1832、1837、1840、1847〜1857、1868、1877〜1881、1883〜1886、1888、1889、1891、1892、1895〜1897、1899〜1903、1905、1906、1908、1911〜1917、1919〜1921、1923、1925、1928、1931、1935、1953、1954、1956、1958〜1962、1971、1972、1977〜1982、1985、1988、1992、1994〜1996、2038、2044、2062〜2064、2075、2076、2078〜2080、2087、2088、2091、2092、2095、2100、2107、2108、2113、2126、2129〜2132、2134、2135、2137〜2141、2149、2151〜2155、2159〜2163、2166〜2172、2175、2176、2178、2202、2209、2210、2212、2214、2217、2227、2229〜2236、2239〜2244、2246〜2264からなる群より選択される請求項２０又は２１に記載のタンパク質又はペプチド。
【国際調査報告】
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