(57)【要約】  乳癌を診断する方法を提供する。該方法は、侵襲性と非侵襲性の癌、通常の過形成と異型過形成、及び基底様乳癌を区別するため、複数の細胞におけるバイオマーカーの発現パターンを分析する工程を含む。乳癌は、乳頭吸引液中で見られるバイオマーカーの異なる組み合わせに基づいて診断される。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
乳癌を分類するためのシステムであって、該システムは：
（ａ）乳頭吸引液サンプルを吸収するためのミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙であって、吸取紙は、乳頭を覆うような大きさである、吸取紙；
（ｂ）乳頭吸引液サンプル中の細胞上の抗原に結合する抗体であって、抗原は、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、ｐ６３、ＣＫ７、ＣＫ１８から選択される、抗体；及び
（ｃ）乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための光学顕微鏡又は自動システム
を含むことを特徴とする、システム。
【請求項２】
吸取紙は、直径約１．０乃至約３．０インチ、及び厚さ約０．０１乃至約０．１インチであることを特徴とする、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための手段を更に含むことを特徴とする、請求項１に記載のシステム。
【請求項４】
乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための手段は、１つ以上の染色であることを特徴とする、請求項３に記載のシステム。
【請求項５】
染色は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、ジアミノベンジジン、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ、ヘマトキシリン、エオシン、又はそれらの組み合わせから選択されることを特徴とする、請求項４に記載のシステム。
【請求項６】
吸取紙から乳頭吸引液サンプル中の細胞の溶出のための洗浄体を更に含むことを特徴とする、請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
実行可能な指示を行なうように構成される、任意にネットワークに繋がれたコンピュータ処理デバイス；及び、コンピュータプログラム、即ち、前記細胞を分析するためのモデル又はアルゴリズムを適用するコンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを含むコンピュータプログラムを更に含むことを特徴とする、請求項１に記載のシステム。
【請求項８】
コンピュータプログラムは、個体のための処置レジメンを指定するため、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項７に記載のシステム。
【請求項９】
コンピュータプログラムは、ｐｈｏｔｏｍｉｃｒｏｇｒａｍｓのデータベースにおいてｐｈｏｔｏｍｉｃｒｏｇｒａｍｓを蓄えるための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項７に記載のシステム。
【請求項１０】
コンピュータプログラムは、分析のデータベースにおいて分析を蓄えるための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項７に記載のシステム。
【請求項１１】
コンピュータプログラムは、乳頭吸引液サンプル中の細胞を標準のものと比較するための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項７に記載のシステム。
【請求項１２】
コンピュータプログラムは、保健医療提供者又は個体に分析を送るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項７に記載のシステム。
【請求項１３】
コンピュータプログラムは、保健医療提供者又は個体に診断を送るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項７に記載のシステム。
【請求項１４】
コンピュータプログラムは、分析を含む報告書を作るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項７に記載のシステム。
【請求項１５】
吸取紙は図１に示されるようなデバイスであることを特徴とする、請求項７に記載のシステム。
【請求項１６】
アプリケーションを作るためのコンピュータ処理デバイスによって実行可能な指示を含むコンピュータプログラムでコード化された、非一次的なコンピュータ読取り可能な記憶媒体であって、前記アプリケーションは：
（ａ）乳頭を覆うような大きさである吸取紙上に吸収された乳頭吸引液サンプルの細胞を分析するためのモデル又はアルゴリズムを適用するように構成されたソフトウェアモジュールであって、細胞は、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、ｐ６３、ＣＫ７、及びＣＫ１８に結合する抗体を更に含む、ソフトウェアモジュール；及び
（ｂ）個体のための処置レジメンを指定するように構成されたソフトウェアモジュール
を含むことを特徴とする、記憶媒体。
【請求項１７】
吸取紙は、直径約１．０乃至約３．０インチ及び厚さ約０．０１乃至約０．１インチであることを特徴とする、請求項１６に記載の記憶媒体。
【請求項１８】
モデル又はアルゴリズムは、細胞を標準のものと比較することを特徴とする、請求項１６に記載の記憶媒体。
【請求項１９】
アプリケーションは、顕微鏡写真の、コンピュータメモリーにおけるデータベースを更に含むことを特徴とする、請求項１６に記載の記憶媒体。
【請求項２０】
アプリケーションは、分析の、コンピュータメモリーにおけるデータベースを更に含むことを特徴とする、請求項１６に記載の記憶媒体。
【請求項２１】
アプリケーションは、分析を含む報告書を作るように構成されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項１６に記載の記憶媒体。
【請求項２２】
吸取紙は図１に示されるようなデバイスであることを特徴とする、請求項１６に記載の記憶媒体。
【請求項２３】
乳癌を分類する方法であって、該方法は：
（ａ）吸取紙上に吸収された乳頭吸引液サンプルの細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する抗体に接触させる工程であって、吸取紙は、乳頭を覆うような大きさである、工程；
（ｂ）抗体の１つ以上の前記細胞への結合を検出する工程；及び
（ｃ）一次的な抗体の結合パターンに基づいて癌を分類する工程
を含み；
ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の細胞は、組織ではないことを特徴とする、方法。
【請求項２４】
吸取紙は、直径約１．０乃至約３．０インチ及び厚さ約０．０１乃至約０．１インチであることを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
１以上の抗体の結合を検出する工程は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、ジアミノベンジジン、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ、ヘマトキシリン、エオシン、及びそれらの組み合わせの中から選択された染色により細胞を染色する工程を更に含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
吸取紙を洗浄する工程及び流出物を集める工程を更に含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
吸取紙は、ミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
吸取紙は図１に示されるようなデバイスであることを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、及び随意に抗ｐ６３の一次的な抗体が、細胞に結合する場合、乳癌を基底様として分類する工程を更に含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
（ｉ）抗ＣＫ７抗体及び抗ＣＫ１８の一次的な抗体が細胞に結合し、（ｉｉ）抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、及び抗ｐ６３抗体が細胞に結合しない場合、乳癌を管腔のものとして分類する工程を更に含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項３１】
抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、抗ＣＫ７抗体、抗ＣＫ１８抗体、及び抗ｐ６３の一次的な抗体が細胞に結合する場合、乳癌を通常の乳管過形成として分類する工程を更に含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項３２】
（ｉ）抗ＣＫ７抗体及び抗ＣＫ１８抗体、並びに随意に抗ｐ６３抗体が細胞に結合し、（ｉｉ）抗ＣＫ５抗体及び抗ＣＫ１４抗体が細胞に結合しない場合、癌を異型乳管過形成として分類する工程を更に含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項３３】
（ｉ）サンプルが１より多くの細胞を含み、（ｉｉ）抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、及び抗ｐ６３抗体に結合する細胞と、抗ＣＫ７抗体及び抗ＣＫ１８抗体に結合する細胞の比率が侵襲性の対照以下である場合、癌を侵襲性として分類する工程を更に含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項３４】
サンプルが１より多くの細胞を含み、抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、及び抗ｐ６３抗体に結合する細胞と、抗ＣＫ７抗体及び抗ＣＫ１８抗体に結合する細胞の比率が非侵襲性の対照以上である場合、癌を非侵襲性として分類する工程を更に含むことを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項３５】
ＮＡＦサンプルは、乳頭吸引液の古典的非分泌者又は古典的分泌管から得られることを特徴とする、請求項２３に記載の方法。
【請求項３６】
（ａ）乳頭吸引液サンプルを吸収するためのミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙上に吸収された乳頭吸引液由来の少なくとも１つの細胞であって、吸取紙は乳頭を覆うような大きさである、細胞；及び、（ｂ）乳頭吸引液サンプル中の細胞上で抗原に結合する抗体であって、抗原は、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、ｐ６３、ＣＫ７、及びＣＫ１８から選択される、抗体、を含むことを特徴とする、組成物。
【請求項３７】
乳癌を分類するためのシステムであって、該システムは：
（ａ）乳頭吸引液サンプルを吸収するためのミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙であって、吸取紙は乳頭を覆うような大きさである、吸取紙；及び
（ｂ）乳頭吸引液サンプル中の細胞上で抗原に結合する抗体であって、抗原は、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、ｐ６３、ＣＫ７、及びＣＫ１８から選択される、抗体
を含むことを特徴とする、システム。
【請求項３８】
乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための光学顕微鏡又は自動システムを更に含むことを特徴とする、請求項３７に記載のシステム。
【請求項３９】
吸取紙は、直径約１．０乃至約３．０インチ及び厚さ約０．０１乃至約０．１インチであることを特徴とする、請求項３７に記載のシステム。
【請求項４０】
乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための手段を更に含むことを特徴とする、請求項３７に記載のシステム。
【請求項４１】
乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための手段は、１つ以上の染色であることを特徴とする、請求項４０に記載のシステム。
【請求項４２】
染色は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、ジアミノベンジジン、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ、ヘマトキシリン、エオシン、又はそれらの組み合わせから選択されることを特徴とする、請求項４１に記載のシステム。
【請求項４３】
吸取紙から乳頭吸引液サンプル中の細胞の溶出のための洗浄体を更に含むことを特徴とする、請求項３７に記載のシステム。
【請求項４４】
実行可能な指示を行なうように構成された、随意にネットワークに繋がれたコンピュータ処理デバイス；及び、コンピュータプログラム、即ち、前記細胞を分析するためのモデル又はアルゴリズムを適用するコンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを含むコンピュータプログラムを更に含むことを特徴とする、請求項３７に記載のシステム。
【請求項４５】
コンピュータプログラムは、個体のための処置レジメンを指定するための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項４４に記載のシステム。
【請求項４６】
コンピュータプログラムは、ｐｈｏｔｏｍｉｃｒｏｇｒａｍｓのデータベースにおいてｐｈｏｔｏｍｉｃｒｏｇｒａｍｓを蓄えるための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項４４に記載のシステム。
【請求項４７】
コンピュータプログラムは、分析のデータベースにおいて分析を蓄えるための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項４４に記載のシステム。
【請求項４８】
コンピュータプログラムは、乳頭吸引液サンプル中の細胞を標準のものと比較するための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項４４に記載のシステム。
【請求項４９】
コンピュータプログラムは、保健医療提供者又は個体に分析を送るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項４４に記載のシステム。
【請求項５０】
コンピュータプログラムは、保健医療提供者又は個体に診断を送るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項４４に記載のシステム。
【請求項５１】
コンピュータプログラムは、分析を含む報告書を作るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含むことを特徴とする、請求項４４に記載のシステム。
【請求項５２】
吸取紙は図１に示されるようなデバイスであることを特徴とする、請求項４４に記載のシステム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２０１１年１０月２４日に出願された米国仮出願第６１／５５０，８６５号の利益を主張し、該仮出願は、引用により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
乳癌は、乳房組織から、最も一般的には乳管の内層又は管に乳を供給する小葉から生じる癌である。管から生じる癌は、乳管癌として知られ；小葉から生じるものは、小葉癌として知られる。
【発明の概要】
【０００３】
本明細書には、特定の実施形態において、乳癌を基底様（ｂａｓａｌ−ｌｉｋｅ）に分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）ＣＫ５、ＣＫ１４、及び随意に抗ｐ６３の一次的な抗体が複数の細胞に結合する場合に癌を基底様に分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、及びｐ６３に結合する二次的な抗体の第１個体群、及びＣＫ７とＣＫ１８に結合する二次的な抗体の第２個体群に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、二次的な抗体の第１個体群は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）を含み、二次的な抗体の第２個体群は、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）を含む。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ヘマトキシリンにより複数の細胞を対比染色する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、光学顕微鏡で視覚化される。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、自動システムで視覚化される。幾つかの実施形態において、方法は、二次的な抗体との接触の前に、複数の細胞を過酸化物ブロックに接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙上でＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙上で、ＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙を洗浄する工程及び流出物を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は少なくとも２つの細胞である。幾つかの実施形態において、複数の細胞は２つより多くの細胞である。幾つかの実施形態において、ＮＡＦサンプルは、乳頭吸引液の古典的非分泌者又は古典的分泌管から得られる。幾つかの実施形態において、複数の細胞は三重の陰性である。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を一次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を二次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程は、自動化される。
【０００４】
本明細書には、特定の実施形態において、乳癌を管腔のものに分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）（ｉ）抗ＣＫ７及び抗ＣＫ１８の一次的な抗体が複数の細胞に結合し、（ｉｉ）抗ＣＫ５、抗ＣＫ１４、及び抗ｐ６３の一次的な抗体が複数の細胞に結合しない場合、癌を管腔のものとして分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、及びｐ６３に結合する二次的な抗体の第１個体群、及びＣＫ７とＣＫ１８に結合する二次的な抗体の第２個体群に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、二次的な抗体の第１個体群は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）を含み、二次的な抗体の第２個体群は、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）を含む。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ヘマトキシリンにより複数の細胞を対比染色する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、光学顕微鏡で視覚化される。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、自動システムで視覚化される。幾つかの実施形態において、方法は、二次的な抗体との接触の前に、複数の細胞を過酸化物ブロックに接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙上でＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙上で、ＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙を洗浄する工程及び流出物を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は少なくとも２つの細胞である。幾つかの実施形態において、複数の細胞は２つより多くの細胞である。幾つかの実施形態において、ＮＡＦサンプルは、乳頭吸引液の古典的非分泌者又は古典的分泌管から得られる。幾つかの実施形態において、複数の細胞は三重の陰性である。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を一次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を二次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程は、自動化される。
【０００５】
本明細書には、特定の実施形態において、過形成を通常の乳管過形成に分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３の一次的な抗体が複数の細胞に結合する場合に過形成を通常の乳管過形成に分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、及びｐ６３に結合する二次的な抗体の第１個体群、及びＣＫ７とＣＫ１８に結合する二次的な抗体の第２個体群に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、二次的な抗体の第１個体群は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）を含み、二次的な抗体の第２個体群は、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）を含む。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ヘマトキシリンにより複数の細胞を対比染色する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、光学顕微鏡で視覚化される。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、自動システムで視覚化される。幾つかの実施形態において、方法は、二次的な抗体との接触の前に、複数の細胞を過酸化物ブロックに接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙上でＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙上で、ＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙を洗浄する工程及び流出物を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は少なくとも２つの細胞である。幾つかの実施形態において、複数の細胞は２つより多くの細胞である。幾つかの実施形態において、ＮＡＦサンプルは、乳頭吸引液の古典的非分泌者又は古典的分泌管から得られる。幾つかの実施形態において、複数の細胞は三重の陰性である。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を一次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を二次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程は、自動化される。
【０００６】
本明細書には、特定の実施形態において、過形成を異型乳管過形成に分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）（ｉ）ＣＫ７及びＣＫ１８、並びに随意にｐ６３の一次的な抗体が複数の細胞に結合し、（ｉｉ）ＣＫ５及びＣＫ１４の一次的な抗体が複数の細胞に結合しない場合、過形成を異型乳管過形成として分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、及びｐ６３に結合する二次的な抗体の第１個体群、及びＣＫ７とＣＫ１８に結合する二次的な抗体の第２個体群に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、二次的な抗体の第１個体群は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）を含み、二次的な抗体の第２個体群は、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）を含む。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ヘマトキシリンにより複数の細胞を対比染色する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、光学顕微鏡で視覚化される。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、自動システムで視覚化される。幾つかの実施形態において、方法は、二次的な抗体との接触の前に、複数の細胞を過酸化物ブロックに接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙上でＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙上で、ＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙を洗浄する工程及び流出物を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は少なくとも２つの細胞である。幾つかの実施形態において、複数の細胞は２つより多くの細胞である。幾つかの実施形態において、ＮＡＦサンプルは、乳頭吸引液の古典的非分泌者又は古典的分泌管から得られる。幾つかの実施形態において、複数の細胞は三重の陰性である。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を一次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を二次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程は、自動化される。
【０００７】
本明細書には、特定の実施形態において、乳癌を侵襲性として分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）ＣＫ５、ＣＫ１４、及び細胞のｐ６３の一次的な抗体に結合する細胞と、ＣＫ７及びＣＫ１８の一次的な抗体に結合する細胞の比率が、侵襲性の対照以下である場合に癌を侵襲性として分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。幾つかの実施形態において、細胞は、ＣＫ５、ＣＫ１４、及びｐ６３に結合しない。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、及びｐ６３に結合する二次的な抗体の第１個体群、及びＣＫ７とＣＫ１８に結合する二次的な抗体の第２個体群に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、二次的な抗体の第１個体群は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）を含み、二次的な抗体の第２個体群は、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）を含む。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ヘマトキシリンにより複数の細胞を対比染色する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、光学顕微鏡で視覚化される。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、自動システムで視覚化される。幾つかの実施形態において、方法は、二次的な抗体との接触の前に、複数の細胞を過酸化物ブロックに接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙上でＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙上で、ＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙を洗浄する工程及び流出物を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は少なくとも２つの細胞である。幾つかの実施形態において、複数の細胞は２つより多くの細胞である。幾つかの実施形態において、ＮＡＦサンプルは、乳頭吸引液の古典的非分泌者又は古典的分泌管から得られる。幾つかの実施形態において、複数の細胞は三重の陰性である。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を一次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を二次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程は、自動化される。
【０００８】
本明細書には、特定の実施形態において、乳癌を非侵襲性として分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）ＣＫ５、ＣＫ１４、及び細胞のｐ６３の一次的な抗体に結合する細胞と、ＣＫ７及びＣＫ１８の一次的な抗体に結合する細胞の比率が、非侵襲性の対照以上である場合に癌を非侵襲性として分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、及びｐ６３に結合する二次的な抗体の第１個体群、及びＣＫ７とＣＫ１８に結合する二次的な抗体の第２個体群に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、二次的な抗体の第１個体群は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）を含み、二次的な抗体の第２個体群は、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）を含む。幾つかの実施形態において、方法は、複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ヘマトキシリンにより複数の細胞を対比染色する工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、光学顕微鏡で視覚化される。幾つかの実施形態において、複数の細胞は、自動システムで視覚化される。幾つかの実施形態において、方法は、二次的な抗体との接触の前に、複数の細胞を過酸化物ブロックに接触させる工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙上でＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、ミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙上で、ＮＡＦ由来の複数の細胞を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、方法は、吸取紙を洗浄する工程及び流出物を集める工程を更に含む。幾つかの実施形態において、複数の細胞は少なくとも２つの細胞である。幾つかの実施形態において、複数の細胞は２つより多くの細胞である。幾つかの実施形態において、ＮＡＦサンプルは、乳頭吸引液の古典的非分泌者又は古典的分泌管から得られる。幾つかの実施形態において、複数の細胞は三重の陰性である。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を一次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞を二次的な抗体に接触させる工程は、自動化される。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞をジアミノベンジジン（ＤＡＢ）及びＦａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ）に接触させる工程は、自動化される。
【０００９】
本明細書には、乳癌を分類するためのシステムが提供され、該システムは：乳頭吸引液サンプルを吸収するためのミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙であって、吸取紙は、乳頭を覆うような大きさであり、直径約１．０乃至約３．０インチ、及び厚さ約０．０１乃至約０．１インチである、吸取紙；乳頭吸引液サンプル中の細胞上の抗原に結合する抗体であって、抗原は、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、ｐ６３、ＣＫ７、ＣＫ１８から選択される、抗体；及び、乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための光学顕微鏡又は自動システムを含む。システムは、乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための１つ以上の手段を更に含み得る。１つの実施形態において、乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための手段は、１つ以上の染色である。染色は、限定されないが、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、ジアミノベンジジン、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ、ヘマトキシリン、エオシン、又はそれらの組み合わせを含む。システムはまた、吸取紙から乳頭吸引液サンプル中の細胞の溶出のための洗浄体（ｗａｓｈ）を更に含み得る。システムはまた、実行可能な指示を行なうように構成される、任意にネットワークに繋がれたコンピュータ処理デバイスを更に含み得；及び、コンピュータプログラム、即ち、前記細胞を分析するためのモデル又はアルゴリズムを適用するコンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを含むコンピュータプログラムを含み得る。１つの実施形態において、コンピュータプログラムは、個体のための処置レジメンを指定するための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。別の実施形態において、コンピュータプログラムは、ｐｈｏｔｏｍｉｃｒｏｇｒａｍｓのデータベースにおいてｐｈｏｔｏｍｉｃｒｏｇｒａｍｓを蓄えるための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。別の実施形態において、コンピュータプログラムは、分析のデータベースにおいて分析を蓄えるための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。別の実施形態において、コンピュータプログラムは、乳頭吸引液サンプル中の細胞を標準のものと比較するための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。別の実施形態において、コンピュータプログラムは、保健医療提供者又は個体に分析を送るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。別の実施形態において、コンピュータプログラムは、保健医療提供者又は個体に診断を送るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。別の実施形態において、コンピュータプログラムは、分析を含む報告書を作るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。別の実施形態において、吸取紙は図１に示されるようなデバイスである。
【００１０】
本明細書には、アプリケーションを作るためのコンピュータ処理デバイスによって実行可能な指示を含むコンピュータプログラムでコード化された、非一時的なコンピュータ読取り可能な記憶媒体が提供され、前記アプリケーションは：（ａ）乳頭を覆うような大きさであり、直径約１．０乃至約３．０インチ及び厚さ約０．０１乃至約０．１インチである吸取紙上に吸収された乳頭吸引液サンプルの細胞を分析するためのモデル又はアルゴリズムを適用するように構成されたソフトウェアモジュールであって、細胞は、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、ｐ６３、ＣＫ７、及びＣＫ１８に結合する抗体を更に含む、ソフトウェアモジュール；及び、（ｂ）個体のための処置レジメンを指定するように構成されたソフトウェアモジュールを含む。１つの実施形態において、モデル又はアルゴリズムは、細胞を標準のものと比較する。１つの実施形態において、アプリケーションは、顕微鏡写真の、コンピュータメモリーにおけるデータベースを更に含む。１つの実施形態において、アプリケーションは、分析の、コンピュータメモリーにおけるデータベースを更に含む。１つの実施形態において、アプリケーションは、分析を含む報告書を作るように構成されたソフトウェアモジュールを更に含む。１つの実施形態において、吸取紙は図１に示されるようなデバイスである。
【００１１】
本明細書には、乳癌を分類する方法が提供され、該方法は：吸取紙上に吸収された乳頭吸引液サンプルの細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する抗体に接触させる工程であって、吸取紙は、乳頭を覆うような大きさであり、直径約１．０乃至約３．０インチ及び厚さ約０．０１乃至約０．１インチである、工程；抗体の１つ以上の前記細胞への結合を検出する工程；及び、一次的な抗体の結合パターンに基づいて癌を分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の細胞は、組織ではない。１つの実施形態において、１以上の抗体の結合を検出する工程は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、ジアミノベンジジン、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ、ヘマトキシリン、エオシン、及びそれらの組み合わせの中から選択された染色により細胞を染色する工程を更に含む。１つの実施形態において、方法は、吸取紙を洗浄する工程及び流出物を集める工程を更に含む。吸取紙は、例えば、ミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースであり得る。１つの実施形態において、吸取紙は図１に示されるようなデバイスである。抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、及び随意に抗ｐ６３の一次的な抗体が、細胞に結合する場合、方法は、乳癌を基底様として分類する工程を更に含み得る。（ｉ）抗ＣＫ７抗体及び抗ＣＫ１８の一次的な抗体が細胞に結合し、（ｉｉ）抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、及び抗ｐ６３抗体が細胞に結合しない場合、方法は、乳癌を管腔のものとして分類する工程を更に含み得る。抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、抗ＣＫ７抗体、抗ＣＫ１８抗体、及び抗ｐ６３の一次的な抗体が細胞に結合する場合、方法は、乳癌を通常の乳管過形成として分類する工程を更に含み得る。（ｉ）抗ＣＫ７抗体及び抗ＣＫ１８抗体、並びに随意に抗ｐ６３抗体が細胞に結合し、（ｉｉ）抗ＣＫ５抗体及び抗ＣＫ１４抗体が細胞に結合しない場合、方法は、癌を異型乳管過形成として分類する工程を更に含み得る。（ｉ）サンプルが１より多くの細胞を含み、（ｉｉ）抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、及び抗ｐ６３抗体に結合する細胞と、抗ＣＫ７抗体及び抗ＣＫ１８抗体に結合する細胞の比率が侵襲性の対照以下である場合、方法は、癌を侵襲性として分類する工程を更に含み得る。サンプルが１より多くの細胞を含み、抗ＣＫ５抗体、抗ＣＫ１４抗体、及び抗ｐ６３抗体に結合する細胞と、抗ＣＫ７抗体及び抗ＣＫ１８抗体に結合する細胞の比率が非侵襲性の対照以上である場合、方法は、癌を非侵襲性として分類する工程を更に含み得る。そのような方法で使用されるＮＡＦサンプルは、乳頭吸引液の古典的非分泌者又は古典的分泌管から得られ得る。
【００１２】
本明細書には、特定の実施形態において、（ａ）乳頭吸引液サンプルを吸収するためのミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙上に吸収された乳頭吸引液由来の少なくとも１つの細胞であって、吸取紙は乳頭を覆うような大きさである、細胞；及び、（ｂ）乳頭吸引液サンプル中の細胞上で抗原に結合する抗体であって、抗原は、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、ｐ６３、ＣＫ７、及びＣＫ１８から選択される、抗体、を含む組成物が、開示される。
【００１３】
本明細書には、特定の実施形態において、乳癌を分類するためのシステムが開示され、該システムは：（ａ）乳頭吸引液サンプルを吸収するためのミクロセルロース、混合セルロースエステル、又はニトロセルロースを含む吸取紙であって、吸取紙は乳頭を覆うような大きさである、吸取紙；及び、（ｂ）乳頭吸引液サンプル中の細胞上で抗原に結合する抗体であって、抗原は、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、ｐ６３、ＣＫ７、及びＣＫ１８から選択される、抗体、を含む。幾つかの実施形態において、システムは、乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための光学顕微鏡又は自動システムを更に含む。幾つかの実施形態において、吸取紙は、直径約１．０乃至約３．０インチ及び厚さ約０．０１乃至約０．１インチである。幾つかの実施形態において、システムは、乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための手段を更に含む。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液サンプル中の細胞に結合された抗体を視覚化するための手段は、１つ以上の染色である。幾つかの実施形態において、染色は、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリフォスファターゼ、ジアミノベンジジン、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ、ヘマトキシリン、エオシン、又はそれらの組み合わせである。幾つかの実施形態において、システムは、吸取紙から乳頭吸引液サンプル中の細胞の溶出のための洗浄体を更に含む。幾つかの実施形態において、システムは更に、実行可能な指示を行なうように構成された、随意にネットワークに繋がれたコンピュータ処理デバイス；及び、コンピュータプログラム、即ち、前記細胞を分析するためのモデル又はアルゴリズムを適用するコンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを含むコンピュータプログラムを含む。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、個体のための処置レジメンを指定するための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、ｐｈｏｔｏｍｉｃｒｏｇｒａｍｓのデータベースにおいてｐｈｏｔｏｍｉｃｒｏｇｒａｍｓを蓄えるための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、分析のデータベースにおいて分析を蓄えるための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、乳頭吸引液サンプル中の細胞を標準のものと比較するための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、保健医療提供者又は個体に分析を送るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、保健医療提供者又は個体に診断を送るための、コンピュータ処理デバイスによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、分析を含む報告書を作るための、コンピュータ処理デバ���スによって実行されたソフトウェアモジュールを更に含む。幾つかの実施形態において、吸取紙は図１に示されるようなデバイスである。
【図面の簡単な説明】
【００１４】
開示の特徴は、特に、添付の特許請求の範囲内に明記される。本発明の組成物、キット、及び方法の特徴及び利点のより良い理解は、開示の実施形態の原理が利用される、実例となる実施形態を明記する以下の詳細な説明、及び以下の添付図面を参照することによって、得られるであろう。
【図１】図１のＡ及びＢは、本明細書に記載される代表的な吸取紙又は膜の２−Ｄ画像を示す。角度寸法は、インチ±１°及び度数で提供される。図１のＡは、紙又は膜の平面図を示す。図１のＢは、側面角の提示（ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ）を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
乳癌を分子細分類する（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｕｂｔｙｐｉｎｇ）ための様々な方法が現在存在するが、より高感度でより信頼できる方法が必要とされる。好ましくは、これらの方法は非侵襲性であり、組織サンプルを必要とせず、乳頭吸引液（ＮＡＦ）の分泌管又は非分泌者として分類された個体と共に使用され得る。
【００１６】
本明細書で提供される実施形態の方法は、例えば米国特許第５，７９８，２６６号；米国特許第６，６８９，０７３号；及び米国特許第６，８８７，２１０号に記載されるデバイスなど、サンプル収集のために使用され得る適切な搾乳器デバイスで実行され得、前記特許の各々は、引用により本明細書に組み込まれる。１つの実施形態において、デバイスは、ＭＡＳＣＴ（商標）デバイスである。
【００１７】
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、１０未満の細胞、９未満の細胞、８未満の細胞、７未満の細胞、５未満の細胞、４未満の細胞、３未満の細胞、２未満の細胞を必要とする。より好ましくは、これらの方法は２つの細胞を必要とする。
【００１８】
本明細書には、特定の実施形態において、乳癌を基底様に分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）ＣＫ５、ＣＫ１４、及び随意に抗ｐ６３の一次的な抗体が複数の細胞に結合する場合に癌を基底様に分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。
【００１９】
本明細書には、特定の実施形態において、乳癌を管腔のものに分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）（ｉ）抗ＣＫ７及び抗ＣＫ１８の一次的な抗体が複数の細胞に結合し、（ｉｉ）抗ＣＫ５、抗ＣＫ１４、及び抗ｐ６３の一次的な抗体が複数の細胞に結合しない場合、癌を管腔のものとして分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。
【００２０】
本明細書には、特定の実施形態において、過形成を通常の乳管過形成に分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３の一次的な抗体が複数の細胞に結合する場合に過形成を通常の乳管過形成に分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。
【００２１】
本明細書には、特定の実施形態において、過形成を異型乳管過形成に分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）（ｉ）ＣＫ７及びＣＫ１８、並びに随意にｐ６３の一次的な抗体が複数の細胞に結合し、（ｉｉ）ＣＫ５及びＣＫ１４の一次的な抗体が複数の細胞に結合しない場合、過形成を異型乳管過形成として分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。
【００２２】
本明細書には、特定の実施形態において、乳癌を侵襲性として分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）ＣＫ５、ＣＫ１４、及び細胞のｐ６３の一次的な抗体に結合する細胞と、ＣＫ７及びＣＫ１８の一次的な抗体に結合する細胞の比率が、侵襲性の対照以下である場合に癌を侵襲性として分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。幾つかの実施形態において、細胞は、ＣＫ５、ＣＫ１４、及びｐ６３に結合しない。
【００２３】
本明細書には、特定の実施形態において、乳癌を非侵襲性として分類する方法が開示され、該方法は：（ａ）乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプルに由来する複数の細胞を、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８、及びｐ６３に結合する一次的な抗体に接触させる工程；及び、（ｂ）ＣＫ５、ＣＫ１４、及び細胞のｐ６３の一次的な抗体に結合する細胞と、ＣＫ７及びＣＫ１８の一次的な抗体に結合する細胞の比率が、非侵襲性の対照以上である場合に癌を非侵襲性として分類する工程を含み；ここで、乳頭吸引液（ＮＡＦ）サンプル由来の複数の細胞は、組織ではない。
【００２４】
定義
本明細書で使用されるように、用語「処置」、「処置する」、又は「処置すること」は、幾つかの実施形態において、治療効果の達成を含む。治療効果は、処置されている根本的な障害又は疾病の根絶又は改善を含むことを意味する。例えば、治療効果は、睡眠関連の呼吸障害の緩和又は部分的及び／又は完全な停止を含む。また、治療効果は、患者が未だに疾病による影響を受けているという事実にもかかわらず、患者の改善が観察されるように、根本的な疾病に関連した生理学的又は心理学的な症状の１つ以上の根絶又は改善により達成される。例えば、睡眠関連の呼吸障害に苦しむ個体において、治療効果は、睡眠断片化の緩和又は部分的な及び／又は完全な停止、覚醒又は目覚めの頻度の減少、又は目覚めの発生の減少を含む。幾つかの実施形態において、「処置」は、疾病の予防、疾病の進行を遅らせること、疾病の発生の可能性を減少させること（例えば、睡眠関連の呼吸障害の予防）を含む、予防的な利点を提供する。本明細書で使用されるように、「処置する」、「処置すること」、又は「処置」は、予防処置を含む。
【００２５】
本明細書で使用されるように、「施す（ａｄｍｉｎｉｓｔｅｒ）」は、例えば、処置を処方する、処置を適用する、又は処置を分配するため、処置を提供することを意味する。幾つかの例において、手段を施すため、医療の専門家は、患者が適用する（例えば、患者はＣＰＡＰデバイスを適用する、薬物を消費する、又は薬物を注入する）処置を処方する。医学的処置の管理は、医療の専門家の早急な又は一定の監督を必要としない。
【００２６】
乳房障害
通常の乳房は、２重の層を成した構造を有する管及び小葉から成る。ルミナール分泌細胞は、空洞の管腔を囲み、次に、基底膜との直接接触にある筋上皮細胞の層に囲まれる。
【００２７】
乳房過形成
過形成（上皮過形成又は増殖の乳房疾患としても知られる）は、管又は小葉の何れかを覆う細胞の過剰成長である。過形成が管にある場合、乳管過形成又は管上皮過形成と呼ばれる。小葉に影響する場合、小葉過形成と称される。
【００２８】
過形成は通常、コア針生検又は外科生検で診断される。細胞が顕微鏡下でどのように見えるかに基づいて、過形成は次のようにグループ化され得る：
【００２９】
穏やかな過形成：これは、乳癌の危険性を増加させない。
【００３０】
通常の過形成としても知られる、通常の型（異型性のない）の過形成：乳癌の危険性は、乳房異常を持たない女性の約１．５乃至２倍である。
【００３１】
異型の過形成（異型乳管過形成［ＡＤＨ］又は異型小葉過形成［ＡＬＨ］の何れか）：乳癌の危険性は、乳房異常を持たない女性より約４乃至５倍高い。
【００３２】
乳癌
乳癌は通常、小葉又は管の細胞の何れかにおいて発生する。乳癌は「混合腫瘍」であり得、それは、癌の管細胞及び小葉細胞の混合物を含むことを意味している。そのような場合、癌は腺管癌として処置される。乳房に１より多くの腫瘍がある場合、乳癌は、多病巣性又は多中心性の何れかとして記載される。多病巣性の乳癌において、腫瘍は全て、根源の腫瘍から発生し、それらは通常、乳房の同じ部分にある。癌が多中心性の場合、腫瘍が全て別々に生じ、それらは大抵、乳房の異なる領域にあることを意味する。
【００３３】
侵襲性対非侵襲性
非侵襲性の癌は、乳房中の管又は小葉の中にとどまる。それらは、乳房内の、又は乳房の向こうの正常組織に増殖しない、又は侵入しない。非侵襲性の癌は時に、上皮内癌（「同じ場所にある」）又は前癌と呼ばれる。侵襲性の癌は、通常の健康な組織に増殖する。大抵の乳癌は侵襲性である。癌が非侵襲性又は侵襲性であるかどうかは、処置選択及びそれに対する反応に影響を及ぼすであろう。
【００３４】
乳癌は、侵襲性且つ非侵襲性であり得る。これは、癌の一部が正常組織に増殖し、癌の一部が乳管又は乳小葉の内部でとどまったことを意味する。そのような場合、これらの癌は侵襲性として処置される。
【００３５】
大抵の場合、乳癌は下記の１つとして分類される：
【００３６】
ＤＣＩＳ（腺管上皮内癌）：ＤＣＩＳは乳管の内部でとどまる非侵襲性の癌である。
【００３７】
ＭＩＣ（微侵襲性の乳癌、ＭＩＣＢ、及びＤＣＩＳＭ）：ＭＩＣはＤＣＩＳの亜型である。それは、１．０ｍｍ未満の大きさを有し、ＭＩＣ細胞の約１０％未満が管組織（根源の腫瘍部位）から出た。
【００３８】
ＬＣＩＳ（上皮内小葉癌）：ＬＣＩＳは、小葉の内部でとどまる細胞の過剰成長である。それは、侵襲性の癌を発病させる危険性の増加を示す。
【００３９】
ＩＤＣ（侵襲性腺管癌）：最も一般的な型の乳癌、即ち侵襲性の腺管癌は、乳管において発生するが、乳房の内部の周囲の正常組織に増殖した。
【００４０】
ＩＬＣ（侵襲性小葉癌）：ＩＬＣは小葉の内部で発生するが、乳房の内部の周囲の正常組織に増殖する。
【００４１】
【表１−１】
2015501429.tif 000003
【００４２】
【表１−２】
2015501429.tif 000004
【００４３】
【表１−３】
2015501429.tif 000005
【００４４】
分子亜型
遺伝子発現解析は、乳癌を４つの主要な生物学上異なる内因性の亜型に分類する：管腔Ａ、管腔Ｂ、ヒト上皮成長因子受容体−２（ＨＥＲ２）過剰発現、及び基底様／三重の陰性。これらの分子の亜型は、予後及び予測値を有する。異なる分子の亜群の予後及び化学療法感度は異なる。
【００４５】
ルミナール癌
大抵の乳癌は管腔の腫瘍である。ルミナール腫瘍細胞は、乳腺管を覆う内部の（管腔）細胞で発生する乳癌の細胞のように見える。
【００４６】
ルミナールＡ乳癌は、ＥＲ＋及び／又はＰＲ＋、ＨＥＲ２−、低Ｋｉ６７である。乳癌の約４２−５９％は管腔Ａである。ルミナールＡ腫瘍は、低度又は中程度の腫瘍等級である傾向がある。４つの亜型のうち、管腔Ａ腫瘍は、最良の予後を有する傾向があり、かなり高い生存率及びかなり低い再発率を伴う。管腔Ａ腫瘍のほんの約１５％は、ｐ５３変異を有し、要因はより貧しい予後に関連する。
【００４７】
ルミナールＢ乳癌は、ＥＲ＋及び／又はＰＲ＋、ＨＥＲ２＋（又は低Ｋｉ６７を有するＨＥＲ２−）である。乳癌の約６−１７％は管腔Ｂである。管腔Ｂ腫瘍を持つ女性は大抵、管腔Ａ腫瘍を持つ女性よりも若い年齢で診断される。管腔Ａ腫瘍と比較して、管腔Ｂ腫瘍は、より貧しい腫瘍等級；より大きな腫瘍サイズ；及びｐ５３遺伝子突然変異を含む、より貧しい予後につながる要因を有する傾向がある。一般に、管腔のＢ腫瘍を持つ女性はかなり高い生存率を有するが、管腔Ａ腫瘍を有する女性ほど高くない。
【００４８】
基底様
乳癌のおよそ１４−２０％は基底様である。基底様乳癌は、免疫表現型マーカーＥＲ−／ＰＲ−／ＨＥＲ２−に関して三重の陰性である際に管腔の癌という点で異なるが、ＣＫ５／６を発現する。基底様の乳癌は、低酸素症の増加及び高い腫瘍等級を示し、高い細胞増殖及び貧しい臨床的結果によって特徴付けられた活動的な表現型を有する。大抵のＢＲＣＡ１乳癌及び多くのＢＲＣＡ２乳癌は両方とも、三重の陰性／基底様である。三重の陰性／基底様の腫瘍は大抵活動的であり、エストロゲン受容体陽性の亜型（管腔Ａ及び管腔Ｂの腫瘍）と比較して、より貧しい予後を有する。三重の陰性／基底様の腫瘍は通常、手術、放射線治療、及び化学療法の幾つかの組み合わせで処置される。これら腫瘍がホルモン受容体陰性及びＨＥＲ２／ｎｅｕ−陰性であるため、それらは、ホルモン療法又はトラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））で処置することができない。
【００４９】
乳頭吸引液（ＮＡＦ）を分析する方法
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、サンプル中の複数の乳癌バイオマーカーの発現レベルを測定する工程を含む。幾つかの実施形態において、サンプルは、乳頭吸引液（ＮＡＦ）である。
【００５０】
ＮＡＦの収集
ＮＡＦは任意の適切な方法によって得られる。幾つかの実施形態において、ＮＡＦは、任意の吸取紙の使用によって集められる。幾つかの実施形態において、吸取紙は流体を吸収する。幾つかの実施形態において、吸取紙はタンパク質に結合する。幾つかの実施形態において、吸取紙は細胞に結合しない。
【００５１】
吸取紙（２）（本明細書では「膜」と呼ばれることもある）は、開示された方法で使用され得、上皮細胞、及び例えば、タンパク質、炭水化物、脂質、核酸、ＲＮＡ、ＤＮＡなどのバイオマーカーを集めるのに適切な任意の物質であり得る。吸取紙（２）は、例えばニトロセルロース、ミクロセルロース、混合セルロースエステル、又は乳頭液サンプル収集のための他の適切な物質からなるものを含む。図１Ａが円形の吸取紙を示す一方で、例えば、楕円形、正方形、三角形、他の多角形などの他の形状も、その形状がサンプル収集を適応する限り、本明細書で熟考される。
【００５２】
幾つかの実施形態において、吸取紙（２）は、乳頭及び／又は乳輪を切らない。幾つかの実施形態において、吸取紙（２）は、乳頭及び／又は乳輪の切り傷を回避するように形作られる。
【００５３】
吸取紙（２）は、金型により大きな紙ストックから紙を打ち抜くことにより形成される。吸取紙（２）は、乳頭を覆う又は部分的に覆うほど十分に大きい。幾つかの実施形態において、吸取紙（２）は、乳頭を覆うほど十分に大きい。それ故、吸取紙は、直径約１．０インチ乃至約３．０インチであり、長さは吸取紙の任意の大きさにわたってその平均の寸法Ａであり得る。吸取紙（２）は、例えば、直径約１．０、約１．１、約１．１５、約１．２、約１．２５、約１．３、約１．３５、約１．４、約１．４５、約１．５、約１．５５、約１．６、約１．６５、約１．７、約１．７５、約１．８、約１．８５、約１．９、約１．９５、約２．０、約２．１、約２．１５、約２．２、約２．２５、約２．３、約２．３５、約２．４、約２．４５、約２．５、約２．５５、約２．６、約２．６５、約２．７、約２．７５、約２．８、約２．８５、約２．９、又は約３．０インチであり得る。図１Ａは、直径Ａが１．８５インチである吸取紙（２）の制限しない例を提供する。幾つかの実施形態において、吸取紙（２）は乳房の乳輪を覆う又は部分的に覆う。幾つかの実施形態において、吸取紙（２）は乳房の乳輪を覆う。幾つかの実施形態において、吸取紙（２）は部分的に乳房の乳輪を覆う。幾つかの実施形態において、吸取紙は乳頭を覆い、乳房の乳輪までは及ばない。
【００５４】
吸取紙（２）の厚さは、最適なサンプル収集を可能にするために変わることがあり、厚さ約０．０１インチ乃至約０．１インチまでの物質を含む。例えば、吸取紙（２）は、厚さ約０．０１、約０．０２、約０．０３、約０．０４、約０．０５、約０．０６、約０．０７、約０．０８、約０．０９、又は約０．１インチであり得る。図１Ｂは、厚さ０．０５インチである吸取紙（２）の制限しない例を提供する。ある者は、図１Ｂが厚さ０．０５インチである吸取紙（２）の側面図を示す一方で、厚さが同様に変わり得ることを理解するであろう。
【００５５】
Ｌ字形の要素（本明細書にでは「スリット」としても識別され得る）は随意であり、吸取紙（２）が圧力を低くするための圧力修飾デバイスに置かれ、乳房の内部から流体の退出を引き起こす場合に有用である。１つの実施形態において、吸取紙（２）は、修飾された搾乳器に適合するように大きさを合わせられ、従って寸法が設定される。吸取紙（２）に繋げて随意に使用され得る、修飾した搾乳器は、本明細書に記載される。
【００５６】
図１ＡのＬ字形要素（４）は、ダイカット（ｄｉｅ  ｃｕｔ）が紙を打ち抜いた後に残る、切り抜きである。１つの制限しない例において、スタンピング工程において切り抜かれた時、Ｌ字形要素は直径０．０６３（Ｅ）インチである。直径１．８５インチであり、デバイスの任意の大きさにわたる平均の寸法にある長さの吸取紙（２）において、Ｌ字形要素（４）の端部は、吸取紙（２）の中線から０．２５インチ（Ｂ）である。Ｌ字形要素（４）の角度（Ｄ）は、１０度乃至１７０度の任意の角度（Ｄ）であり得る。１つの制限しない実施形態において、図１Ａに示されるように、角度（Ｄ）は７５度である。図１Ａに示されたインナーサークル（６）は、直径およそ０．７５インチ（Ｃ）であり、搾乳器デバイス（例えば、本明細書に記載されるＭＡＳＣＴ（商標）デバイス）に使用される時にＬ字形フラップ（８）が適切に動くように設計された。インナーサークル（６）を指定するダッシュ記号は、図中の案内線を示す。スリット（４）は不完全な三角形によって示され、不完全な円を形成するため、示されるように形成される。ある者は、本明細書に記載される測定値が、吸取紙の大きさの合計に基づいて、比例して調整することができると理解するであろう。
【００５７】
図１Ａは、吸取紙（２）の１つの制限しない例の平面図を表わす。破線は切れ目ではなく、むしろ、吸取紙（２）の中心が乳頭領域上に適合し、そしてフラップ（８）が乳頭を十分に覆うようにＬ字形要素（４）を整列させるための製造の容易さのために示される。
【００５８】
別の実施形態において、吸取紙（２）は、混合セルロースエステルからなり、図１のＡ及びＢに示されるような形状及び寸法で形成される。別の実施形態において、吸取紙又は膜は、混合セルロースエステルからなり、図１のＡ及びＢに示されるような形状及び寸法で形成される。
【００５９】
幾つかの実施形態において、ＮＡＦを発現させて集めるために、乳房液収集デバイスが利用される。幾つかの実施形態において、乳房液収集デバイスは、真空ポンプ構造と結合した、乳房に係合する部分又は部材を含み、吸取紙（例えば、流体を吸収し、タンパク質に結合し、細胞に結合しない吸取紙）を含む固相サンプル収集メディアに流動的に繋げられ得る。
【００６０】
幾つかの実施形態において、乳房液収集デバイスは、乳頭を覆う、乳房（例えば、ヒト乳房）に適用され、以下の詳しいデバイスの使用に記載されるような乳頭接触手順と共に使用される、搾乳器を含む（実施例３も参照）。
【００６１】
１つの実施形態において、乳頭吸引液は、吸取紙又は膜上で集められ、その後、乳房組織をマッサージし、以下の実施例１に記載されるようなＭＡＳＣＴ（商標）デバイスで吸収した。本明細書で使用されるように、「ＭＡＳＣＴ（商標）デバイス」は、Ｑｕａｙ  ｅｔ  ａｌ．による米国特許６，２８７，５２１号に記載されるデバイスを指し、その全体は本明細書に組み込まれる。１つの制限しない例において、患者の乳房器官から生体サンプルを集めるためのサンプル収集デバイスは、前記患者の乳房の乳頭の少なくとも一部分を受け、且つそれと共に吸収シールを形成するように、大きさを合わせ、寸法を合わせた非多孔性物質から構築された乳房係合部材；発現された乳房流体のサンプルを受けるための前記乳房係合部材に流体接続した固相サンプル集合培地；及び、乳房流体発現を促進するため前記乳房係合部材を通じて陰圧を作るための乳房係合部材とガス接続した真空ポンプ手段を含み、ここで、前記固相サンプル集合培地は、微視的なスライドガラス、毛管、収集チューブ、カラム、微小カラム、ウェル、プレート、膜、フィルタ、樹脂剤、無機のマトリックス、ビーズ、微粒子クロマトグラフィーメディア、プラスチック微小粒子、ラテックス粒子状物質、上塗りを施したチューブ、上塗りを施したテンプレート、上塗りを施したビーズ、上塗りを施したマトリックス、又はそれらの組み合わせから成る群から選択される。サンプル収集デバイスは、前記乳房係合部材を備える前記サンプル収集ハウジングを除去可能に結合するための、除去可能な結合手段を含み得る。幾つかの例において、固相サンプル収集培地は、前記乳房係合部材と流体結合した前記サンプル収集ハウジング内に完全に又は除去可能に取り付けられた支持部材によって支持される。支持部材は円盤状でもよく、前記乳房係合部材と前記サンプル収集ハウジングの間に置かれる。更に、支持部材は、上部及び下部リテーニングリングを有し、１枚の吸収性又は吸着性の物質を支持する。支持部材は、限定されないが、毛管、上塗りを施したチューブ、カラム、微小カラム、プレート、ウェル、及び微視的なスライド、又はそれらの組み合わせを含む、固相サンプル収集テンプレートであり得る。支持部材は、流動性のリテーニングウェルを画成し、陰圧が前記乳房係合部材間の風洞を通り抜けることを可能にするために、少なくとも１つの風洞を含む。固相サンプル収集培地は、前記サンプル収集ハウジング内に除去可能に取り付けられたカートリッジ内に含まれ、且つ、前記乳房係合部材と流体結合した前記カートリッジの第１端部を有する、微粒子の培地であり得、ここで、前記カートリッジの第１端部は多孔質の障壁物質に覆われる。
【００６２】
幾つかの実施形態において、乳頭接触手順は、本明細書に記載されるような吸取紙を各乳頭に適用することにより施される。
【００６３】
乳房液を生産するためのデバイスの使用（ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）中又はその後に、生体サンプルは、吸取紙を使用して、発現された乳房液から収集され、サンプルは、全体の乳房液、全体の細胞、細胞フラグメント、細胞膜、選択された液体、乳房液の細胞又は他の固体画分、同様に、タンパク質、糖タンパク質、ペプチド、ヌクレオチド（ＤＮＡ、ＲＮＡ等を含む）、及び乳房液の生化学及び分子の構成分子のような他のものの１つ以上を含み得る。
【００６４】
ＮＡＦとの接触後、吸取紙は洗浄され、流出物は収集され、細胞の数について評価される。サンプルが無細胞性である場合、幾つかの実施形態において、患者は、乳癌の危険性が低いと識別される。サンプルが１つの細胞を含む場合、幾つかの実施形態において、患者は、乳癌の危険性が低いと識別され、及び随意に細胞は、バイオマーカー発現についてアッセイされる。サンプルが２つ以上の細胞を含む場合、幾つかの実施形態において、患者は、乳癌の危険があると識別され、細胞はバイオマーカー発現についてアッセイされる。
【００６５】
乳癌バイオマーカー
乳房管は、２つの型の上皮細胞、内部の管腔細胞、及び外部の基底の／筋上皮性の細胞を含む。幾つかの実施形態において、管腔と基底の乳癌を区別するために、バイオマーカー発現（例えば、免疫組織化学的な染色による）が使用される。幾つかの実施形態において、通常の型の過形成と異型の過形成を区別するために、バイオマーカー発現（例えば、免疫組織化学的な染色による）が使用される。
【００６６】
腫瘍タンパク質ｐ６３（又は、変形に関連したタンパク質６３）は、核転写因子のｐ５３ファミリーのメンバーである。腫瘍タンパク質ｐ６３は、ＴＰ６３遺伝子によってコード化される。ｐ６３の存在は、既定の上皮層を特徴づける。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）細胞中のｐ６３の存在が、乳癌が基底様の乳癌であることを示す。
【００６７】
サイトケラチン（ＣＫ）５及びＣＫ１４の存在は、基底の上皮層を特徴づける。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）細胞中のＣＫ５及びＣＫ１４の存在が、乳癌が基底様の乳癌であることを示す。更に、ＣＫ５とＣＫ１４の存在は、始原細胞及び筋上皮細胞を特徴づける。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）細胞中のＣＫ５及びＣＫ１４の存在が、細胞が筋上皮細胞又は始原細胞であることを示す。
【００６８】
ＣＫ７とＣＫ１８の存在は管腔の上皮層を特徴づける。幾つかの実施形態において、乳頭吸引液（ＮＡＦ）細胞中のＣＫ７及びＣＫ１８の存在が、乳癌が管腔の乳癌であることを示す。
【００６９】
通常の乳管過形成は、ＣＫ５／１４及びＣＫ７／１８の両方の発現により管腔の染色パターンを表示する。残りのｐ６３は、筋上皮の核にて観察される。幾つかの実施形態において、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、及びＣＫ１８の存在が、過形成が通常の乳管過形成であることを示す。
【００７０】
異型乳管過形成又は腺管上皮内癌は、分化された腺の免疫表現型（ＣＫ７／ＣＫ１８陽性）を表示するが、筋上皮を除いてＣＫ５／１４陰性である。幾つかの実施形態において、ＣＫ７／ＣＫ１８の存在及びＣＫ５／１４の欠如が、過形成が異型乳管過形成であることを示す。
【００７１】
侵襲性乳房病変は、筋上皮細胞（ＣＫ５／１４及び／又はｐ６３）の数の減少又は欠如、及び腺の上皮細胞（ＣＫ７／１８）の存在によって識別される。筋上皮細胞は「収縮性」であり、それらは腺の含有量を強制的に発現するために機能する。乳房において、筋上皮細胞は、基底層上に、及び管壁にある分泌細胞の上部層の真下に位置する。疑わしい乳癌のコンテキストにおいて縮小された筋上皮細胞又はストレスを受けた筋上皮細胞の存在は、懸念すべきものであり、浸透及び恐らく侵襲性状態への変化を示し得る。主要な乳房癌腫は、管腔（管壁）の細胞の数の増加、及び筋上皮細胞の数の減少を示す。乳癌がインサイツから、浸潤、及び最終的に侵襲性へと進行するため、筋上皮細胞の相対数は減少する。発見が管腔の細胞の正常数より大きなものである場合、筋上皮細胞の数が減少し、懸念の原因が存在することを示唆する。幾つかの実施形態において、筋上皮細胞の欠如又はその数の減少、及び腺の上皮細胞の存在は、病変が侵襲性であることを示す。
【００７２】
幾つかの実施形態において、バイオマーカー発現は、免疫組織化学によって測定される。幾つかの実施形態において、免疫組織化学的検査方法は直接法である。幾つかの実施形態において、ＮＡＦから隔離された細胞は、標的抗原に結合するラベル付けした抗体に接触される。任意の適切なラベルは、本明細書に開示される方法と共に使用され得る。幾つかの実施形態において、ラベルは色素（又は染色）である。幾つかの実施形態において、異なる色素が各抗体に使用される。幾つかの実施形態において、同じ色素は、同じ細胞型に存在するバイオマーカーに結合する抗体に使用される。例えば、第１色素は、管腔の乳癌細胞（ＣＫ７／１８）に存在するバイオマーカーに結合する抗体に使用され、第２色素は、基底の乳癌細胞（ＣＫ５／１４及びｐ６３）に存在するバイオマーカーに結合する抗体に使用される。
【００７３】
幾つかの実施形態において、免疫組織化学的検査方法は間接法である。幾つかの実施形態において、ＮＡＦから隔離された細胞が、ラベルが付いていない一次的な抗体に接触させられ、標的抗原に結合し、ラベル付けした二次的抗体は一次的な抗体に結合する。幾つかの実施形態において、一次的な抗体はバイオマーカー（例えば、ＣＫ５、ＣＫ７、ＣＫ１４、ＣＫ１８、又はｐ６３）に結合する。幾つかの実施形態において、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）二次的抗体は、ＣＫ５／１４とｐ６３に結合する抗体に結合する。幾つかの実施形態において、アルカリフォスファターゼ（ＡＰ）二次的抗体は、ＣＫ７／１８に結合する抗体に結合する。幾つかの実施形態において、二次的抗体は、一次的な抗体の種起源に基づいて一次的な抗体に反応するように大きくなり（ｒａｉｓｅｄ）、例えば、一次的な抗体がマウス抗体ならば、二次的抗体は例えばウサギ抗マウス抗体であろう。好ましい実施形態において、共役のヤギ抗マウスポリアルカリフォスファターゼ（ＡＬＰ）及び共役のヤギ抗ウサギポリホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）は、二次的抗体として使用され、マウス及びウサギＩｇＧ上の重鎖及び軽鎖の両方に反応する。
【００７４】
幾つかの実施形態において、色原体（例えば、３，３’ジアミノベンジジン（ＤＡＢ））は、ＨＲＰに結合し、色原体の反応生成物をもたらす。色原体がＤＡＢである場合、色原体反応生成物は茶色である。色原体がＢａｊｏｒａｎ  Ｐｕｒｐｌｅである場合、色原体反応生成物はラベンダーパープルである。
【００７５】
幾つかの実施形態において、色原体（例えば、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ（ＦＲ））はＡＰに結合し、色原体の反応生成物をもたらす。色原体がＦＲである場合、色原体反応生成物は赤又はピンクである。幾つかの実施形態において、ＮＡＦから隔離された細胞は、一次的な抗体との接触前に過酸化物ブロックに接触させられる。色原体がＦｅｒａｎｇｉ  Ｂｌｕｅである場合、色原体反応生成物は明るい紺青色である。
【００７６】
幾つかの実施形態において、細胞は対比染色される。幾つかの実施形態において、細胞は、ヘマトキシリン、核のＦａｓｔ  Ｒｅｄ、メチルグリーン、又はメチルブルーで対比染色される。
【００７７】
現在記載された方法にて使用されるべきＣＫ５、ＣＫ７、ＣＫ１４、ＣＫ１８、又はｐ６３に結合する抗体は、例えば、Ｇｅｎｅｔｅｘ、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ、Ｉｍｇｅｎｅｘ、Ｓｐｒｉｎｇ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｒａｙｂｉｏｔｅｃｈ，  Ｉｎｃ．、Ｂｉｏｒｂｙｔ、Ａｂｎｏｖａ  Ｃｏｒｐ．、Ｐｒｏｔｅｉｎｔｅｃｈ  Ｇｒｏｕｐ、Ｆｉｔｚｇｅｒａｌｄ  Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ，  Ｉｎｃ．、Ｂｉｏｃａｒｅ  Ｍｅｄｉｃａｌ、Ｓａｎｔａ  Ｃｒｕｚ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  Ｉｎｃ．、及びＬｉｆｅＳｐａｎ  ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓＧｅｎｅｔｅｘから市販で入手可能である。抗体も、従来の酵素抗体法によって作られ得る。
【００７８】
デジタル処理デバイス
幾つかの実施形態において、本明細書に記載される方法、システム、及びソフトウェアは、デジタル処理デバイス、又はその使用を含む。更なる実施形態において、デジタル処理デバイスは、デバイスの機能を実行する１つ以上のハードウェア中央処理装置（ＣＰＵ）を含む。また更なる実施形態において、デジタル処理デバイスは、実行命令を行うように構成された運用システムを更に含む。幾つかの実施形態において、デジタル処理デバイスはコンピュータネットワークに随意に接続される。更なる実施形態において、デジタル処理デバイスは、ワールドワイドウェブにアクセスするようにインターネットに接続される。また更なる実施形態において、デジタル処理デバイスは、クラウドコンピューティングインフラストラクチャーに接続される。他の実施形態において、デジタル処理デバイスはイントラネットに随意に接続される。他の実施形態において、デジタル処理デバイスはデータ記憶デバイスに随意に接続される。
【００７９】
本明細書における記載に従って、適切なデジタル処理デバイスは、限定されないが、サーバコンピュータ、デスクトップコンピュータ、ラップトップコンピュータ、ノートブックコンピュータ、サブノートブックコンピュータ、ネットブックコンピュータ、ネットパッドコンピュータ、セットトップコンピュータ、ハンドヘルドコンピュータ、インターネット家電、モバイルスマートホン、タブレットコンピュータ、パーソナルデジタルアシスタント、ビデオゲームコンソール、及び媒体を含む。当業者は、多くのスマートホンが、本明細書に記載されるシステムにおける使用に適していることを認識するであろう。当業者はまた、随意のコンピュータネットワーク接続を有する、選択したテレビ、ビデオプレーヤー、及びデジタル音楽プレーヤーが、本明細書に記載されるシステムにおける使用に適していることを認識するであろう。適切なタブレットコンピュータは、当業者に既知のブックレット、スレート、及び変換可能な構成を有するものを含む。
【００８０】
幾つかの実施形態において、デジタル処理デバイスは、実行命令を行うように構成された運用システムを含む。運用システムは、例えば、デバイスのハードウェアを管理し、アプリケーションの遂行のためのサービスを提供する、プログラム及びデータを含むソフトウェアである。当業者は、適切なサーバーオペレーティングシステムが、限定されないが、ＦｒｅｅＢＳＤ、ＯｐｅｎＢＳＤ、ＮｅｔＢＳＤＲ、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ｍｚｃ  ＯＳ  Ｘ  Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、Ｏｒａｃｌｅ（登録商標）Ｓｏｌａｒｉｓ（登録商標）、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）  Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、及びＮｏｖｅｌｌ（登録商標）ＮｅｔＷａｒｅ（登録商標）を含むことを認識するであろう。当業者は、適切なパーソナルコンピュータ運用システムが、限定されないが、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ｍａｃ  ＯＳ  Ｘ（登録商標）、ＵＮＩＸ（登録商標）、及び、ＧＮＵ／Ｌｉｎｕｘ（登録商標）などのＵＮＩＸ（登録商標）のような運用システムを含むことを認識するであろう。幾つかの実施形態において、運用システムは、クラウドコンピューティングによって提供される。当業者はまた、適切なモバイルスマートホンの運用システムが、限定されないが、Ｎｏｋｉａ（登録商標）Ｓｙｍｂｉａｎ（登録商標）ＯＳ、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ｉＯＳ（登録商標）、Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎ  Ｍｏｔｉｏｎ（登録商標）ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ  ＯＳ（登録商標）、Ｇｏｏｇｌｅ（登録商標）Ａｎｄｒｏｉｄ（登録商標）、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）  Ｐｈｏｎｅ（登録商標）ＯＳ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）  Ｍｏｂｉｌｅ（登録商標）ＯＳ、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、及びＰａｌｍ（登録商標）ＷｅｂＯＳ（登録商標）を含むことを認識するであろう。
【００８１】
幾つかの実施形態において、デバイスは記憶デバイス及び／又はメモリデバイスを含む。記憶デバイス及び／又はメモリデバイスは、一時的又は恒久的な基礎に基づいてデータ又はプログラムを記憶するために使用される１つ以上の物理的な機器である。幾つかの実施形態において、デバイスは揮発性メモリであり、記憶した情報を維持するための電力を必要とする。幾つかの実施形態において、デバイスは不揮発性メモリであり、デジタル処理デバイスに電力が供給されない場合、記憶した情報を保持する。更なる実施形態において、不揮発性メモリはフラッシュメモリを含む。幾つかの実施形態において、不揮発性メモリは、ダイナミックランダムアクセスメモリ（ＤＲＡＭ）を含む。幾つかの実施形態において、不揮発性メモリは、強誘電体ランダムアクセスメモリ（ＦＲＡＭ（登録商標））を含む。幾つかの実施形態において、不揮発性メモリは、相変化式随時書き込み読み出しメモリ（ＰＲＡＭ）を含む。他の実施形態において、デバイスは、限定されないが、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリデバイス、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光ディスクドライブ、及びクラウドコンピューティングベースの記憶装置を含む記憶デバイスである。また更なる実施形態において、記憶デバイス及び／又はメモリデバイスは、本明細書に開示されるものなどのデバイスの組み合わせである。
【００８２】
幾つかの実施形態において、デジタル処理デバイスは、ユーザーに視覚情報を送るためのディスプレイを含む。幾つかの実施形態において、ディスプレイはブラウン管（ＣＲＴ）である。幾つかの実施形態において、ディスプレイは液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）である。更なる実施形態において、ディスプレイは薄膜トランジスタ液晶ディスプレイ（ＴＦＴ−ＬＣＤ）である。幾つかの実施形態において、ディスプレイは、有機発光ダイオード（ＯＬＥＤ）ディスプレイである。様々な更なる実施形態において、ＯＬＥＤディスプレイは、パッシブ−マトリクスＯＬＥＤ（ＰＭＯＬＥＤ）又はアクティブ−マトリクスＯＬＥＤ（ＡＭＯＬＥＤ）のディスプレイである。幾つかの実施形態において、ディスプレイはプラズマディスプレイである。他の実施形態において、ディスプレイはビデオプロジェクターである。また更なる実施形態において、ディスプレイは、本明細書に開示されるものなどのデバイスの組み合わせである。
【００８３】
幾つかの実施形態において、デジタル処理デバイスは、ユーザーから情報を受信するための入力装置を含む。幾つかの実施形態において、入力装置はキーボードである。幾つかの実施形態において、入力装置は、限定されないが、マウス、トラックボール、トラックパッド、ジョイスティック、ゲームコントローラ、又はスタイラスを含むポインティングデバイスである。幾つかの実施形態において、入力装置はタッチスクリーン又はマルチタッチスクリーンである。他の実施形態において、入力装置は、声又は他の音入力を捕らえるマイクロホンである。他の実施形態において、入力装置は、動き又は視覚入力を捕らえるビデオカメラである。また更なる実施形態において、入力装置は本明細書に開示されるものなどのデバイスの組み合わせである。
【００８４】
非一時的なコンピュータ読み取り可能な記憶媒体
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される方法、システム、及びソフトウェアは、任意にネットワーク化されたデジタル処理デバイスの運用システムによって実行可能な指示を含むプログラムでコード化された、１つ以上のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体を含む。更なる実施形態において、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体はデジタル処理デバイスの有形の（ｔａｎｇｉｂｌｅ）構成部品である。また更なる実施形態において、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体は、デジタル処理デバイスから任意に取外し可能である。幾つかの実施形態において、コンピュータ読み取り可能な記憶媒体は、限定されないが、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリ素子、固形メモリ、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光ディスクドライブ、クラウドコンピューティングシステム及びサービスなどを含む。幾つかの場合において、プログラム及び指示は、媒体上で、恒久的に、ほぼ恒久的に、半恒久的に、又は非恒久的にコード化される。
【００８５】
コンピュータプログラム
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される方法、システム、及びソフトウェアは、少なくとも１つのコンピュータプログラム、又はその使用を含む。コンピュータプログラムは、デジタル処理デバイスのＣＰＵにおいて実行可能であり、特定のタスクを実行するために文書化した指示の順序を含む。本明細書で提供される開示に照らして、当業者は、コンピュータプログラムが様々な言語の様々なバージョンで文書化され得ることを認識するであろう。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは指示の１つの順序を含む。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは指示の複数の順序を含む。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、１つの位置から提供される。他の実施形態において、コンピュータプログラムは複数の位置から提供される。様々な実施形態において、コンピュータプログラムは、１以上のソフトウェアモジュールを含む。様々な実施形態において、コンピュータプログラムは、一部又は全体的に、１つ以上のウェブアプリケーション、１つ以上のモバイルアプリケーション、１つ以上の独立型アプリケーション、１つ以上のウェブブラウザプラグイン、拡張、アドイン、又はアドオン、或いはそれらの組み合わせを含む。
【００８６】
ウェブアプリケーション
幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムはウェブアプリケーションを含む。本明細書で提供される開示に照らして、当業者は、ウェブアプリケーションが、様々な実施形態において、１つ以上のソフトウェアフレームワーク及び１つ以上のデータベースシステムを利用することを認識するであろう。幾つかの実施形態において、ウェブアプリケーションは、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）．ＮＥＴ又はＲｕｂｙ  ｏｎ  Ｒａｉｌｓ（ＲｏＲ）などのソフトウェアフレームワーク上で作られる。幾つかの実施形態において、ウェブアプリケーションは、限定されないが、相関的、非相関的、オブジェクト指向の、結合的な、及びＸＭＬのデータベースシステムを含む、１以上のデータベースシステムを利用する。更なる実施形態において、適切な相関的なデータベースシステムは、限定されないが、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）ＳＱＬ  Ｓｅｒｖｅｒ、ｍｙＳＱＬ（商標）、及びＯｒａｃｌｅ（登録商標）を含む。当業者はまた、ウェブアプリケーションは、様々な実施形態において、１つ以上の言語の１つ以上のバージョンで書かれることを認識するであろう。ウェブアプリケーションは、１つ以上のマークアップ言語、プレゼンテーション定義言語（ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ  ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ  ｌａｎｇｕａｇｅ）、クライアント側スクリプト言語、サーバー側コード化言語、データベース照会言語、又はそれらの組み合わせで書かれ得る。幾つかの実施形態において、ウェブアプリケーションは、Ｈｙｐｅｒｔｅｘｔ  Ｍａｒｋｕｐ  Ｌａｎｇｕａｇｅ（ＨＴＭＬ）、Ｅｘｔｅｎｓｉｂｌｅ  Ｈｙｐｅｒｔｅｘｔ  Ｍａｒｋｕｐ  Ｌａｎｇｕａｇｅ（ＸＨＴＭＬ）、又はｅＸｔｅｎｓｉｂｌｅ  Ｍａｒｋｕｐ  Ｌａｎｇｕａｇｅ（ＸＭＬ）などのマークアップ言語で、ある程度まで書かれる。幾つかの実施形態において、ウェブアプリケーションは、Ｃａｓｃａｄｉｎｇ  Ｓｔｙｌｅ  Ｓｈｅｅｔｓ（ＣＳＳ）などのプレゼンテーション定義言語で、ある程度まで書かれる。幾つかの実施形態において、ウェブアプリケーションは、Ａｓｙｎｃｈｒｏｎｏｕｓ  Ｊａｖａ（登録商標）ｓｃｒｉｐｔ  ａｎｄ  ＸＭＬ（ＡＪＡＸ）、Ｆｌａｓｈ（登録商標）Ａｃｔｉｏｎｓｃｒｉｐｔ、Ｊａｖａ（登録商標）ｓｃｒｉｐｔ、又はＳｉｌｖｅｒｌｉｇｈｔ（登録商標）などのクライアント側スクリプトで、ある程度まで書かれる。幾つかの実施形態において、ウェブアプリケーションは、Ａｃｔｉｖｅ  Ｓｅｒｖｅｒ  Ｐａｇｅｓ（ＡＳＰ）、ＣｏｌｄＦｕｓｉｏｎ（登録商標）、Ｐｅｒｌ、Ｊａｖａ（登録商標）、Ｊａｖａ（登録商標）Ｓｅｒｖｅｒ  Ｐａｇｅｓ（ＪＳＰ）、Ｈｙｐｅｒｔｅｘｔ  Ｐｒｅｐｒｏｃｅｓｓｏｒ（ＰＨＰ）、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、Ｒｕｂｙ、Ｔｃｌ、Ｓｍａｌｌｔａｌｋ、ＷｅｂＤＮＡＲ、又はＧｒｏｏｖｙなどのサーバー側コード化言語で、ある程度まで書かれる。幾つかの実施形態において、ウェブアプリケーションは、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄ  Ｑｕｅｒｙ  Ｌａｎｇｕａｇｅ（ＳＱＬ）などのデータベース照会言語で、ある程度まで書かれる。幾つかの実施形態において、ウェブアプリケーションは、ＩＢＭ（登録商標）  Ｌｏｔｕｓ  Ｄｏｍｉｎｏ（登録商標）などの企業サーバ���製品を統合する。当業者が情報及びメディアファイルをアップロードすることを可能にする経歴開発ネットワークを提供するためのウェブアプリケーションは、幾つかの実施形態において、メディアプレイヤー要素を含む。様々な更なる実施形態において、メディアプレイヤー要素は、限定されないが、Ａｄｏｂｅ（登録商標）Ｆｌａｓｈ（登録商標）、ＨＴＭＬ  ５、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ＱｕｉｃｋＴｉｍｅ（登録商標）、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｓｉｌｖｅｒｌｉｇｈｔ（登録商標）、Ｊａｖａ（登録商標）、及びＵｎｉｔｙ（登録商標）を含む、多くの適切なマルチメディア技術の１つ以上を利用する。
【００８７】
モバイルアプリケーション
幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、モバイルのデジタル処理デバイスに提供されるモバイルアプリケーションを含む。幾つかの実施形態において、モバイルアプリケーションは、製造される時にモバイルのデジタル処理デバイスに提供される。他の実施形態において、モバイルアプリケーションは、本明細書に記載されるコンピュータネットワークを介してモバイルのデジタル処理デバイスに提供される。
【００８８】
本明細書で提供される開示を考慮して、モバイルアプリケーションは、当該技術分野で既知のハードウェア、言語、及び開発環境を使用する、当業者に既知の技術によって作り出される。当業者は、モバイルアプリケーションが幾つかの言語で書かれることを認識するであろう。適切なプログラミング言語は、限定されないが、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ−Ｃ、Ｊａｖａ（登録商標）、Ｊａｖａ（登録商標）ｓｃｒｉｐｔ、Ｐａｓｃａｌ、Ｏｂｊｅｃｔ  Ｐａｓｃａｌ、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、Ｒｕｂｙ、ＶＢ．ＮＥＴ、ＷＭＬ、及びＣＳＳを伴う又は伴わないＸＨＴＭＬ／ＨＴＭＬ、或いはそれらの組み合わせを含む。
【００８９】
適切なモバイルアプリケーション開発環境は、様々なソースから利用可能である。市販の開発環境は、限定されないが、ＡｉｒｐｌａｙＳＤＫ、ａｌｃｈｅＭｏ、Ａｐｐｃｅｌｅｒａｔｏｒ（登録商標）、Ｃｅｌｓｉｕｓ、Ｂｅｄｒｏｃｋ、Ｆｌａｓｈ  Ｌｉｔｅ、．ＮＥＴ  Ｃｏｍｐａｃｔ  Ｆｒａｍｅｗｏｒｋ、Ｒｈｏｍｏｂｉｌｅ、及びＷｏｒｋＬｉｇｈｔ  Ｍｏｂｉｌｅ  Ｐｌａｔｆｏｒｍを含む。他の開発環境は、コスト無しで利用可能であり、限定されないが、Ｌａｚａｒｕｓ、ＭｏｂｉＦｌｅｘ、ＭｏＳｙｎｃ、及びＰｈｏｎｅｇａｐを含む。また、モバイルデバイスメーカーは、限定されないが、ｉＰｈｏｎｅ（登録商標）及びｉＰａｄ（登録商標）（ｉＯＳ）ＳＤＫ、Ａｎｄｒｏｉｄ（商標）ＳＤＫ、ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ（登録商標）ＳＤＫ、ＢＲＥＷ  ＳＤＫ、Ｐａｌｍ（登録商標）ＯＳ  ＳＤＫ、Ｓｙｍｂｉａｎ  ＳＤＫ、ｗｅｂＯＳ  ＳＤＫ、及びＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）Ｍｏｂｉｌｅ  ＳＤＫを含む、ソフトウェア開発キットを流通させる。
【００９０】
当業者は、様々な商用フォーラムが、モバイルアプリケーションの流通に利用可能であり、限定されないが、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ａｐｐ  Ｓｔｏｒｅ、Ａｎｄｒｏｉｄ（商標）Ｍａｒｋｅｔ、ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ（登録商標）Ａｐｐ  Ｗｏｒｌｄ、Ｐａｌｍ  ｄｅｖｉｃｅｓのＡｐｐ  Ｓｔｏｒｅ、ｗｅｂＯＳのＡｐｐ  Ｃａｔａｌｏｇ、ＭｏｂｉｌｅのＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）Ｍａｒｋｅｔｐｌａｃｅ、Ｎｏｋｉａ（登録商標）デバイスのＯｖｉ  Ｓｔｏｒｅ、Ｓａｍｓｕｎｇ（登録商標）Ａｐｐ、及びＮｉｎｔｅｎｄｏ（登録商標）ＤＳｉ  Ｓｈｏｐを含むことを認識するであろう。
【００９１】
独立型アプリケーション
幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、独立したコンピュータプロセスとして実行されるプログラムである独立型アプリケーションを含み、既存プロセスへのアドオンではなく、例えば、プラグインではない。当業者は、独立型アプリケーションが頻繁にコンパイルされることを認識するであろう。コンパイラーは、プログラミング言語で書いたソースコードを、アセンブリ言語又はマシンコードなどの２進法のオブジェクトコードに変更するコンピュータプログラムである。適切なコンパイルされたプログラミング言語は、限定されないが、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ−Ｃ、ＣＯＢＯＬ、Ｄｅｌｐｈｉ、Ｅｉｆｆｅｌ、Ｊａｖａ（登録商標）、Ｌｉｓｐ、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、Ｖｉｓｕａｌ  Ｂａｓｉｃ、及びＶＢ．ＮＥＴ、又はそれらの組み合わせを含む。編集は、実行可能なプログラムを作るために少なくとも部分的に、頻繁に実行される。幾つかの実施形態において、コンピュータプログラムは、１以上の実行可能なコンパイルされたアプリケーションを含む。
【００９２】
ソフトウェアモジュール
本明細書に開示される方法、システム、及びソフトウェアは、様々な実施形態において、ソフトウェア、サーバー、及び／又はデータベースモジュール、又はそれらの使用を含む。本明細書で提供される開示を考慮して、ソフトウェアモジュールは、当該技術分野で既知のマシン、ソフトウェア、及び言語を使用する、当業者に既知の技術によって作り出される。本明細書に開示されるソフトウェアモジュールは多くの方法で実施される。様々な実施形態において、ソフトウェアモジュールは、ファイル、コードのセクション、プログラムする対象、プログラムする構造、又はそれらの組み合わせを含む。更に様々な実施形態において、ソフトウェアモジュールは、複数のファイル、コードの複数のセクション、複数のプログラムする対象、複数のプログラムする構成、又はそれらの組み合わせを含む。様々な実施形態において、１つ以上のソフトウェアモジュールは、限定されないが、ウェブアプリケーション、モバイルアプリケーション、及び独立型アプリケーションを含む。幾つかの実施形態において、ソフトウェアモジュールは、１つのコンピュータプログラム又はアプリケーションにある。他の実施形態において、ソフトウェアモジュールは、１より多くのコンピュータプログラム又はアプリケーションにある。幾つかの実施形態において、ソフトウェアモジュールは１つのマシン上でホストされる（ｈｏｓｔｅｄ）。他の実施形態において、ソフトウェアモジュールは１より多くのマシン上でホストされる。更なる実施形態において、ソフトウェアモジュールは、クラウドコンピューティングプラットフォーム上でホストされる。幾つかの実施形態において、ソフトウェアモジュールは１つの位置にある１つ以上のマシン上でホストされる。他の実施形態において、ソフトウェアモジュールは、１より多くの位置にある１つ以上のマシン上でホストされる。
【００９３】
データベース
幾つかの実施形態において、本明細書に開示される方法、システム、及びソフトウェアは、１つ以上のデータベース、又はその使用を含む。本明細書で提供される開示を考慮して、当業者は、多くのデータベースが、メタゲノム情報（メタゲノム特性を含む）、メタトランスクリプトーム情報（メタトランスクリプトーム特性を含む）、及びマルチプレックス特性の、記憶及び検索に適していることを認識するであろう。様々な実施形態において、適切なデータベースは、限定されないが、相関的データベース、非相関的データベース、オブジェクト指向型データベース、オブジェクトデータベース、エンティティ関係モデルデータベース、連想データベース、及びＸＭＬデータベースを含む。幾つかの実施形態において、データベースはインターネットベースである。幾つかの実施形態において、データベースはウェブベースである。また更なる実施形態において、データベースはクラウドコンピューティングベースである。他の実施形態において、データベースは１以上のローカル記憶デバイスベースである。
【００９４】
実施例１：バイオマーカーの免疫組織化学法
吸取紙でＮＡＦサンプルを集めた後、任意の適切な緩衝洗浄液（例えば、リン酸緩衝生理食塩水）を用いて吸取紙を洗浄する。修飾した細胞バイアルに流出物を集めて遠心分離機にかける。細胞を流出物から分離し、きれいなガラス製の顕微鏡用スライドガラスの中央部に移して、カバーガラスをつける。スライドガラスを空気乾燥させ、例えば、無水アルコール中に固定する。
【００９５】
モノクローン抗体ＣＫ５、ＣＫ１４、ｐ６３、および、ウサギモノクローン抗体ＣＫ７およびＣＫ１８を、単一の抗体希釈剤で多重化し、顕微鏡のスライドガラスにつける。その後、ヤギ抗マウスＨＲＰおよびヤギ抗ウサギＡＰのカクテルからできているビオチンを含んでいない多重染色検出試薬を塗布する。ＤＡＢとＦａｓｔ  Ｒｅｄ色原体を連続して塗布する。細胞をヘマトキシリンで対比染色する。
【００９６】
【表２】
2015501429.tif 000006
【００９７】
実施例２：ＡＤＨ５アッセイを用いる乳頭吸引液の評価
吸取紙でＮＡＦサンプルを集めた後、任意の適切な緩衝洗浄液（例えば、リン酸緩衝生理食塩水）を用いて吸取紙を洗浄する。修飾し細胞バイアルに流出物を集め、遠心分離機にかける。細胞を流出物から分離し、きれいなガラス製の顕微鏡スライドガラスの中央部に移し、カバーガラスをつける。スライドガラスを空気乾燥させ、その後、無水アルコール中に固定する。
【００９８】
事前処理
細胞を過酸化物ブロック−ＢｉｏｃａｒｅのＰｅｒｏｘｉｄａｚｅｄ  １−に接触させる。
【００９９】
次に、熱回収事前処理（ｒｅｔｒｉｅｖａｌ  ｐｒｅｔｒｅａｔｍｅｎｔ）を行う。ＢｉｏｃａｒｅのＤｅｃｌｏａｋｉｎｇ  Ｃｈａｍｂｅｒ）で３０分間、Ｄｉｖａ溶液を９５°Ｃまで事前に加熱する。その後、スライドガラスを事前に加熱した溶液に入れ、４０分間９５°Ｃの圧力下で回復させる。代替的に、組織切片を４５−６０分間、蒸気にさらすか、または、４０分間９５°Ｃの水浴を使用する。溶液を２０分間冷まし、その後、蒸留水で洗う。
【０１００】
タンパク質ブロックを適用する−ＢｉｏｃａｒｅのＢａｃｋｇｒｏｕｎｄ  Ｓｎｉｐｅｒを用いて室温で１０−１５分間インキュベートする。
【０１０１】
室温で３０−６０分間、一次的な抗体（すなわち、ＣＫ５、ＣＫ１４、ＣＫ７、ＣＫ１８およびｐ６３に対する抗体）を含むスライドガラスをインキュベートする。
【０１０２】
ＢｉｏｃａｒｅのＭＡＣＨ  ２  Ｄｏｕｂｌｅ  Ｓｔａｉｎ  ２を用いて、室温で３０分間スライドガラスをインキュベートする。
【０１０３】
ＢｉｏｃａｒｅのＢｅｔａｚｏｉｄ  ＤＡＢを用いるときは、室温で５分間インキュベートする。
【０１０４】
ＢｉｏｃａｒｅのＶｕｌｃａｎ  Ｆａｓｔ  Ｒｅｄで室温で１０−２０分間インキュベートする。脱イオン化した水ですすぐ。
【０１０５】
脱イオン化した水ですすぐ。ヘマトキシリンで３０−６０秒間インキュベートする。脱イオン化した水ですすぐ。１分間ＴａｃｈａのＢｌｕｉｎｇ溶液を適用する。
【０１０６】
光学顕微鏡を用いて細胞を視覚化する。
【０１０７】
実施例３：乳頭吸引液の評価
この試験は、３人の健康で、妊娠しておらず、授乳中でない女性の被験体に関する単一施設試験であった。被験体はクリニックを訪れた順に登録された。
【０１０８】
主要な試験目的は、ＭＡＳＣＴ（商標）デバイスを使用する際のニトロセルロースフィルター上のタンパク質の存在によって決定されるように、乳管液を生成する３０歳から６５歳までの女性の割合を決定することであった。
【０１０９】
第２の目的は、細胞（もしあれば）の存在および型について乳頭吸引液を細胞学的に評価することであった。
【０１１０】
省略形
本明細書に使用された省略形は例、えば、ＭＡＦ：乳房吸引流体、ＭＡＳＣＴ（商標）：乳房吸引標本細胞検査、ＮＡ：利用不可、ＮＤ：行われず、ＮＲ：記録されず、ＮＡＦ：乳頭吸引液。
【０１１１】
方法論
簡潔に言えば、風袋を差し引いた（ｔａｒｅｄ）ニトロセルロースフィルターを用いて、乳管液を各乳首（各胸につき１つ）にただ触れさせることで乳管液を集めた。次に、風袋を差し引いたサンプル採取ユニットを備えたＭＡＳＣＴ（商標）デバイスを用いて、乳房流体サンプルを吸引した。以下に記載の染色法を用いて、ニトロセルロースフィルターの両方のセットをタンパク質について試験した。乳頭吸引流体標本を包含しているフィルタを洗って集められた細胞を、細胞診を受けさせた。
【０１１２】
評価：
試験の主要評価項目は、ＭＡＳＣＴ（商標）デバイスを使用する際にニトロセルロースフィルター上のタンパク質の存在によって決定されるように、乳管液を生成する、試験を終えた女性の割合であった。
【０１１３】
副次的な評価項目は、細胞学の評価によって決定されるような乳頭吸引液中の細胞の存在であった。
【０１１４】
結果：
これらの３人の被験体から得られたフィルタで行われたタンパク質試験に関して、乳首洗浄フィルタサンプル上のいずれもタンパク質の存在を示さなかった。ＭＡＳＣＴ（商標）デバイスからのすべてのフィルタは、デバイスのフィルタ上でタンパク質が検出されたことを示した。
【０１１５】
全体的な研究設計および方法
ＭＡＳＣＴ（商標）デバイスは、従来、５１０（ｋ）制御経路（Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｐａｔｈｗａｙ）を介して市販の許可が与えられてきた。この臨床研究は、従来は非分泌者（ｎｏｎ−ｓｅｃｒｅｔｅｒ）であると考えられてきた女性も含む、女性の乳頭吸引液中のタンパク質を発見する、効能と有用性および能力を向上させるために作られたＭＡＳＣＴ（商標）デバイスへの改良を試験するために考案された。胸の健康管理に役立つ乳頭吸引液の臨床的有用性は、流体の存在を集めて測定する現在の方法論によって、過去５０年にわたって妨げられてきた。実際に、現在の技術を用いれば、すべての女性の最大で５０％までが非分泌者であり、すなわち、そのような女性たちはＮＡＦを生産しないと判断される。
【０１１６】
これは、最大で５０人の健康な妊娠しておらず授乳中でない女性の被験体の登録を含む単一施設試験であった。被験体はクリニックを訪れた順に登録された。
【０１１７】
研究に入る前に、調査者または指定された助手は、それぞれの被験体に、研究の本質、その目的、手順、予想される時間、利用可能な代替手段、および、試験に参加する利点とリスクについて説明した。被験体それぞれに同意書が与えられ、質問をする機会があり、偏見なく試験からいつでも立ち去る権利があることを知らされた。この説明の後、および、試験に特有の手順の前に、インフォームド・コンセントの同意書に自発的に署名して日付を記入した。研究に参加する前に、被験体はそれぞれ、署名され日付が記載された文書のインフォームド・コンセント用紙やあらゆる他の文書情報を受け取った。
【０１１８】
包括／除外基準の確認および妊娠評価
必要に応じて、患者はそれぞれ、試験にさらに参加する前に尿による妊娠検査を受けた。陽性の妊娠検査の場合、被験体は参加から除外されることになった。包含および除外基準はすべて、被験体の適格性を保証するために確認された。適格性が確立されると、唯一の被験体識別番号が割り当てられた。
【０１１９】
人口統計と病歴
各被験体から以下の人口分析および病歴を得た：年齢と民族起源；家族の病歴、特に母親および姉妹；乳癌、良性の胸疾患および生殖性疾患（例えば、卵巣または子宮内膜の腫瘍）を含む個人の病歴；併用薬物；初潮の年齢；最初の妊娠時の年齢；最初の出産時の年齢；閉経時の年齢；身長および体重。
【０１２０】
乳房の準備
被験体は臥位に置かれた。両方の乳房の乳頭領域および乳輪付近の領域をアルコールで浄化して、余分な皮膚の脂、化粧品または上皮の残骸を取り除いた。アルコールが蒸発した後、温かく湿った湿布を１０〜１５分間、両方の乳房に置いた。湿布を取り除き、被験体は座位に置かれた。アルコールを用いて、乳頭領域を拭き、存在していた任意の乳栓（ｄｕｃｔａｌ  ｐｌｕｇ）を取り除いた。
【０１２１】
乳頭に触れる手順
フィルタ材料を取り扱う人はみな、フィルタ汚染のリスクを最小限にするために、手袋と保護マスクを着用している。
【０１２２】
（装置を浄化する手順）
各被験体の使用前に、ＭＡＳＣＴ（商標）デバイスは、ＣＩＤＥＸ（登録商標）などの抗菌性溶液で徹底的に浄化した。デバイスは極端な温度にさらされず、オートクレーブされなかった。デバイスの材料の劣化、または、負圧を誘発する不具合について、デバイスを周期的に検査した。いずれかの状態が観察された場合、ユニットを交換した。
【０１２３】
ＭＡＳＣＴ（商標）および乳頭に触れる手順
ａ．１つのフィルターディスクアセンブリに「左」と、別のフィルターディスクアセンブリに「右」と明示する。
ｂ．素手でフィルタに触れないように注意し、必要に応じてピンセットを用いながら、各アセンブリの重さを量り記録する。
ｃ．１つのアセンブリを搾乳デバイスの中に挿入する。
ｄ．胸壁から初めて徐々に乳頭−乳輪部まで、手を使って自分で乳房をマッサージするように被験体に支持する。
ｅ．被験体は両手で胸を圧縮しつつ、内科医または正看護婦が６０−９０秒間搾乳器デバイスを作動させる。
ｆ．フィルターディスクアセンブリを取り外し、流体採取のためにＭＡＳＣＴ（商標）フィルターディスクを量る。
ｇ．ＣＩＤＥＸ（登録商標）のような抗菌性溶液を用いて、サンプル採取用漏斗の表面を拭き、採取バイアルをすすぐ。
ｈ．もう一方の乳房について、ｃ、ｄ、ｅ、ｆおよびｇを繰り返す。
ｉ．その後タンパク質を評価するために、および／または細胞学評価をするために、冷蔵庫でフィルターディスクを補完する。各フィルターディスクアセンブリの包装には、被験体のＩＤ番号と採取した日付を適切にラベル付するものとする。
【０１２４】
この採取手順を変更してもよいが、いかなるときも、マッサージ／採取手順の回数がＭＡＳＣＴ（商標）デバイスの承認された表示で許可された回数を超えないこととする。
【０１２５】
被験体観察
被験体はクリニックに留まり、吸引後３０分間、デバイスの副作用について観察される。その間、徐々に進行する副作用や解決できない副作用がなければ、被験体は解放される。調査者の判断で、この観察期間の終わりに副作用が出た被験体は、その副作用が解決するか、再調査準備が行われるまで、研究施設に留まる。
【０１２６】
試験の実施
この研究の被験体はすべて本明細書に記載のプロトコルによって研究された。
【０１２７】
３人（３）の被験体が登録され、患者の性質は以下の表で提供される。
【０１２８】
【表３】
2015501429.tif 000007
【０１２９】
以下の表は、人口統計用の個々の患者データリストを包含している。死も重篤有害事象もなかった。
【０１３０】
【表４】
2015501429.tif 000008
【０１３１】
議論および相対的な結論
以下の結果はこの研究で使用される個体フィルタのテストから得られたものである。
【０１３２】
乳房洗浄結果
対照の乳房洗浄フィルタサンプルのいずれも、タンパク質の存在を実証しなかった。
【０１３３】
【表５】
2015501429.tif 000009
【０１３４】
これらの結果に基づき、ＭＡＳＣＴ（商標）デバイスはタンパク質の存在によって証拠づけられるような乳頭吸引液を採取したことが分かった。
【０１３５】
死または重篤有害事象
死も重篤有害事象もなかった。
【０１３６】
その後のデータ
１８−６５歳の３１人の女性に関する研究では、この開示の方法を用いてタンパク質を分析し、９７％の臨床的有用性を与える３１人の女性全員（１人の女性は１つの乳房だけでタンパク質が検知された）でタンパク質を検知した。先行技術を上回るこの改善により、この検査は、癌の予防措置を講じることが可能な場合に、初期の前癌病変による変化を抱えた女性を特定するのに有用なものとなる。
【０１３７】
効能評価の要約
本研究の主要な目的は、ＭＡＳＣＴ（商標）デバイスを使用する際に得られたすべてのニトロセルロースフィルター上のタンパク質の存在によって決定されるように達成された。細胞の存在と種類に関して細胞学的に流体を吸引された乳房を評価するという第２の目的は達成された。すべてのサンプルが成功裏に分析され、細胞材料を得た。
【０１３８】
好適な実施形態が本明細書中で示され記載されているが、このような実施形態はほんの一例として提供されていることが当業者には明らかであろう。多くの変更、変化および置換が、本実施形態から逸脱することなく当業者の心に思い浮かぶであろう。本明細書に記載される実施形態に対する様々な代替物が用いられてもよいことが理解されよう。以下の請求項は本実施形態の範囲を定義するものであること、および、この請求項とその均等物の範囲内の方法および構造体はそれによって包含されるものであることが意図されている。
【図１】
2015501429.tif 000010
【国際調査報告】
2015501429.tif 000011
2015501429.tif 000012
2015501429.tif 000013
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