(57)【要約】  本明細書に提供されるのは、癌などの病的状態を治療するための治療法及びＳＣＤ１アンタゴニストを用いる方法である。
2015501301.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量と癌細胞を接触させることを含む、癌細胞の細胞増殖を阻害する方法。
【請求項２】
ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞の細胞増殖を阻害する方法。
【請求項３】
ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量と癌細胞を接触させることを含む、癌細胞の細胞周期停止を誘導する方法。
【請求項４】
ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞の細胞周期停止を誘導する方法。
【請求項５】
ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量と癌細胞を接触させることを含む、癌細胞のアポトーシスを促進する方法。
【請求項６】
ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞のアポトーシスを促進する方法。
【請求項７】
ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞を治療する方法。
【請求項８】
癌細胞が、子宮内膜癌細胞、頭頸部癌細胞、腎臓癌細胞、卵巣癌細胞、結腸癌、膵臓癌細胞、泌尿器癌細胞、又は膀胱癌細胞である、請求項１から７の何れか一項に記載の方法。
【請求項９】
癌細胞が、腎臓癌細胞、膵臓癌細胞、又は膀胱癌細胞である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
癌細胞が、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する、請求項１から９の何れか一項に記載の方法。
【請求項１１】
ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法。
【請求項１２】
個体における癌が、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法であり、治療は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する癌を有する個体に基づいている方法。
【請求項１４】
個体が、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する癌を有することを見いだされていることを条件として、個体において癌を治療する方法。
【請求項１５】
個体において癌を治療する方法であり、その方法は、個体から得られたサンプルが、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現することを決定し、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法の有効量を個体に投与することを含み、それにより癌が治療される方法。
【請求項１６】
癌を治療する方法であって、（ａ）癌が、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する、癌を有する個体を選択すること；及び（ｂ）個体にＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を投与することを含み、それにより癌が治療される、方法。
【請求項１７】
ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性がより高く、又はＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性が低い個体を同定する方法であり、その方法は、個体から得られたサンプル中で一又は複数のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含み、ここで、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性がより高く、又は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、サンプル中の一又は複数のバイオマーカーの発現レベルの減少は、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性が低いことを示す方法。
【請求項１８】
癌を有する個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に効果的に応答する可能性が高いかどうかを予測する方法であり、その方法は一又は複数のバイオマーカーを評価することを含み、それにより、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がアンタゴニストによる治療に効果的に応答する可能性がより高いことを示し、及び参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、個体がアンタゴニストによる治療に効果的に応答する可能性が低いことを示す方法。
【請求項１９】
個体から得られたサンプル中で、一又は複数のバイオマーカーの発現を測定することを含む、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であり、ここで、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答を予測し、及び参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答の欠如を予測する方法。
【請求項２０】
癌を有する個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益を示すであろう可能性を決定する方法であり、その方法は、個体から得られたサンプル中で一又は複数のバイオマーカーの発現レベルを決定し、参照サンプルと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益の増加した可能性を有することを示し、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、個体が、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益の減少した可能性を有することを示す方法。
【請求項２１】
癌が、子宮内膜癌細胞、頭頸部癌、腎臓癌、卵巣癌、結腸癌、膵臓癌、泌尿器癌、又は膀胱癌である、請求項１１から２０の何れか一項に記載の方法。
【請求項２２】
癌が、腎臓癌、膵臓癌、又は膀胱癌である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
癌が膀胱癌である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
一又は複数のバイオマーカーがＦＧＦＲ３である、請求項１０及び１１から２３の何れか一項に記載の方法。
【請求項２５】
一又は複数のバイオマーカーがリン酸化ＦＧＦＲ３である、請求項１０及び１１から２４の何れか一項に記載の方法。
【請求項２６】
一又は複数のバイオマーカーはＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー（FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数の遺伝子である、請求項１０及び１１から２５の何れか一項に記載の方法。
【請求項２７】
ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＲＥＢＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＡＣＯＴ７、ＰＴＰＬＡ、ＰＣＣＢ、ＦＡＤＳ１、ＲＤＨ１１、ＡＣＥＲ３、ＰＤＳＳ１、ＭＶＤ、ＡＧＰＡＴ５、ＨＳＤ１７Ｂ２、ＡＣＳＬ４、ＥＢＰ、ＰＩＧＷ、ＬＢＲ、ＡＣＬＹ、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＧＰＣＰＤ１、ＣＹＰ２４Ａ１、ＡＣＳＬ３、ＭＶＫ、ＡＣＳＳ２、ＦＤＰＳ、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
一又は複数のバイオマーカーが成熟したＳＲＥＢＰ１である、請求項１０及び１１から３１の何れか一項に記載の方法。
【請求項３３】
一又は複数のバイオマーカーが△９一価不飽和脂肪酸である、請求項１０及び１１から３２の何れか一項に記載の方法。
【請求項３４】
一又は複数のバイオマーカーが△９一価不飽和脂肪酸：飽和脂肪酸の比率である、請求項１０及び１１から３３の何れか一項に記載の方法。
【請求項３５】
一又は複数のバイオマーカーがＰＩ３Ｋシグナル伝達、ｍＴＯＲシグナル伝達、ＭＥＫシグナル伝達である、請求項１０及び１１から３４の何れか一項に記載の方法。
【請求項３６】
一又は複数のバイオマーカーは、ＰＩ３Ｋ、ＰＴＥＮ、ｐ８５、ＴＳＣ１／２、及びＡＫＴからなる群から選択される遺伝子の一又は複数の多型である、請求項１０及び１１から３５の何れか一項に記載の方法。
【請求項３７】
一又は複数のバイオマーカーがリン酸化ＡＫＴである、請求項１０及び１１から３６の何れか一項に記載の方法。
【請求項３８】
一又は複数のバイオマーカーの発現レベルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約２．７５倍、約３．０倍、又は約３．２５倍を超えるだけ上昇する、請求項１０及び１１から３７の何れか一項に記載の方法。
【請求項３９】
ＳＣＤ１アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである、請求項１から３８の何れか一項に記載の方法。
【請求項４０】
ＳＣＤ１アンタゴニストが小分子である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
小分子は、Ｇ０１５２２４０３（Ａ３７０６２）、Ｇ０２４４７１７１、又はそれらの誘導体である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
方法が更なる治療薬を含む、請求項１から４１の何れか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【発明の開示】
【０００１】
関連出願の相互参照
この出願は、２０１１年１０月１５日に出願された米国仮出願番号６１／５４７，７０６、及び２０１２年９月２１日に出願された米国仮出願番号６１／７０４，３９７に対して、米国特許法第１１９条の下で優先権を主張し、その内容は参照することにより両方ともその全体が援用される。
【０００２】
配列表
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂ経由でＡＳＣＩＩフォーマットで提出された配列表を含み、その全体が本明細書中で参照することにより援用される。２０１２年９月２７日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、P4767R1WO_PCTSequenceListing.txtと命名され、４３３５バイトの大きさである。
【技術分野】
【０００３】
分野
本明細書に提供されるのは、癌などの病的状態を治療するための治療法及びＳＣＤ１アンタゴニストを用いる方法である。
【背景技術】
【０００４】
背景
膀胱癌は、全世界で５番目に多い癌であり、２００９年に米国で７０９８０人の新たな症例と１４３３０人の死亡が推定される（３４）。膀胱癌におけるＦＧＦＲ３活性化変異及び／又は過剰発現の罹患率及び大規模な前臨床機能喪失研究は、この疾患に対しての重要な発癌性ドライバー及び潜在的な治療標的としてＦＧＦＲ３を関与させている。ＦＧＦＲ３を標的とする治療薬の臨床開発に向けた最近の進歩にもかかわらず、ＦＧＦＲ３シグナル伝達が、膀胱癌の発生及び進行にどのように寄与しているのかについての重要な洞察が解明されていない。
【０００５】
ＦＧＦＲ３は、ヒトにおいて同定された２２のＦＧＦポリペプチドの多くからのシグナルを伝達する４つの構造的及び機能的に関連する受容体チロシンキナーゼのファミリーに属する（１−３）。リガンド結合に際し、ＦＧＦＲ３は二量体化し、特定のチロシン残基で自己リン酸化される。これは、ＦＧＦＲ基質２α（ＦＲＳ２α）などのアダプタータンパク質の受容体への補充を引き起こし、標準的なＲａｓ−Ｒａｆ−ＭＡＰＫ及びＰＩ３Ｋ−Ａｋｔ−ｍＴＯＲ経路を含む複数の下流のシグナル伝達カスケードの活性化をもたらす（１−３）。ＦＧＦＲ３シグナル伝達は、胚発生の間および組織恒常性の維持において重要な役割を果たし、文脈依存的に細胞増殖、分化、遊走及び生存を調節する（３−４）。
ＦＧＦＲ３の異常な活性化は、多様な生理学的及び病理学的状態に関係している。ＦＧＦＲ３における機能獲得型変異は、人間の先天性骨および頭蓋疾患の範囲の中で最も一般的な遺伝的変化の一つである（５−６）。変異又は過剰発現を介したＦＧＦＲ３の調節不全は、ｔ（４；１４）（ｐ１６．３；ｑ３２）染色体転座（７−１０）についての多発性骨髄腫陽性、膀胱癌（１１−１４）、乳癌（１５）、子宮頸癌（１１、１６）、肝細胞癌（１７）、扁平上皮非小細胞肺癌（１８，１９）、及び精巣腫瘍（２０）を含む様々なヒト癌と関連づけられる。特に、ＦＧＦＲ３の体細胞活性化変異は、乳頭の６０−７０％、及び筋浸潤性膀胱腫瘍の１６−２０％で同定されている（１３−１４）。更に、ＦＧＦＲ３の過剰発現は、表層性並びに進行性膀胱癌のかなりの部分において実証されている（１２−１３、２１）。重要なことに、過剰の機能喪失研究が、ＦＧＦＲ３の機能の薬理学的及び遺伝的介入は、培養液中で膀胱癌細胞の増殖を遮断し、動物モデルにおいて腫瘍増殖を阻害することを実証している。まとめると、これらのデータは、一部の膀胱癌がＦＧＦＲ３活性に依存性(addictive)であることを示しており、膀胱癌における治療標的として、この受容体の重要性を強調している。実際、ＦＧＦＲ３に対するモノクローナル抗体および小分子阻害剤の両方が、最近、この疾患の設定における潜在的な標的療法として開発されている（２６−２８）。抗ＦＧＦＲ３薬剤の臨床開発に向けたこれらの最近の進歩および細胞表面のＦＧＦＲ３から発する標準的なシグナル伝達経路の特徴付けにもかかわらず、現時点では、ＦＧＦＲ３シグナル伝達が膀胱発癌にどのように寄与するのかほとんど情報がない。ＦＧＦＲ３活性化の正確な分子及び細胞性因果関係はＦＧＦＲ３活性化の下流では、まだ解明されていない。
【発明の概要】
【０００６】
概要
本明細書に提供されるのは、癌などの病的状態を治療するための治療法及びＳＣＤ１アンタゴニストを用いる方法である。一態様において、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量と癌細胞を接触させることを含む、癌細胞の細胞増殖を阻害する方法である。また本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞の細胞増殖を阻害する方法である。
【０００７】
一態様において、提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量と癌細胞を接触させることを含む、細胞周期の停止を誘導する方法である。本明細書に更に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞の細胞周期の停止を誘導する方法である。
【０００８】
一態様において、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量と癌細胞を接触させることを含む、癌細胞のアポトーシスを促進する方法である。また本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞のアポトーシスを促進する方法である。
【０００９】
更に、別の態様において、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞を治療する方法である。
【００１０】
任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞は、子宮内膜癌細胞、頭頸部癌細胞、腎臓癌細胞、卵巣癌細胞、結腸癌、膵臓癌細胞、泌尿器癌細胞、又は膀胱癌細胞である。幾つかの実施態様において、癌細胞は腎臓癌細胞、膵臓癌細胞、又は膀胱癌細胞である。任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する。
【００１１】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法である。幾つかの実施態様において、個体における癌は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する。
【００１２】
一態様において、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法であり、ここで治療は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する癌を有する個体に基づいている。
【００１３】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、個体が、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する癌を有することを見いだされていることを条件として、個体において癌を治療する方法である。
別の態様において、本明細書に提供されるのは、個体において癌を治療する方法であり、その方法は、個体から得られたサンプルが、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現することを決定し、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法の有効量を個体に投与することを含み、それにより癌が治療される。
【００１４】
更に、別の態様において、本明細書に提供されるのは、（ａ）癌が、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する、癌を有する個体を選択すること；及び（ｂ）そのようにして選択された個体にＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を投与することを含み、それにより癌が治療される、癌を治療する方法である。
【００１５】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性がより高く、又はＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性が低い個体を同定する方法であり、その方法は、個体から得られたサンプル中で一又は複数のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含み、ここで、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性がより高く、又は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、サンプル中の一又は複数のバイオマーカーの発現レベルの減少が、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性が低いことを示す。
【００１６】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、癌を有する個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に効果的に応答する可能性が高いかどうかを予測する方法であり、その方法は一又は複数のバイオマーカーを評価することを含み、それにより、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がアンタゴニストによる治療に効果的に応答する可能性がより高いことを示し、及び参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、個体がアンタゴニストによる治療に効果的に応答する可能性が低いことを示す。
【００１７】
一態様において、本明細書に提供されるのは、個体から得られたサンプル中で、一又は複数のバイオマーカーの発現を測定することを含む、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であり、ここで、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答を予測し、及び参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答の欠如を予測する。
別の態様において、本明細書に提供されるのは、癌を有する個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益を示すであろう可能性を決定する方法であり、その方法は、個体から得られたサンプル中で一又は複数のバイオマーカーの発現レベルを決定し、参照サンプルと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益の増加した可能性を有することを示し、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、個体が、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益の減少した可能性を有することを示す。
【００１８】
任意の方法の幾つかの実施態様において、癌は、子宮内膜癌、頭頸部癌、腎臓癌、卵巣癌、結腸癌、膵臓癌、泌尿器癌、又は膀胱癌である。幾つかの実施態様において、癌は腎臓癌、膵臓癌、又は膀胱癌である。幾つかの実施態様において、癌は膀胱癌である。
【００１９】
任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはＦＧＦＲ３である。任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはリン酸化されたＦＧＦＲ３である。
【００２０】
任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数の遺伝子である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＲＥＢＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＡＣＯＴ７、ＰＴＰＬＡ、ＰＣＣＢ、ＦＡＤＳ１、ＲＤＨ１１、ＡＣＥＲ３、ＰＤＳＳ１、ＭＶＤ、ＡＧＰＡＴ５、ＨＳＤ１７Ｂ２、ＡＣＳＬ４、ＥＢＰ、ＰＩＧＷ、ＬＢＲ、ＡＣＬＹ、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＧＰＣＰＤ１、ＣＹＰ２４Ａ１、ＡＣＳＬ３、ＭＶＫ、ＡＣＳＳ２、ＦＤＰＳ、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＣ４ＭＯＬを、含む、からなる、又は、から本質的になる。
【００２１】
任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは成熟ＳＲＥＢＰ１である。任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは△９一価不飽和脂肪酸である。任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは△９一価不飽和脂肪酸：飽和脂肪酸の比率である。
【００２２】
任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはＰＩ３Ｋシグナル伝達、ｍＴＯＲシグナル伝達、ＭＥＫシグナル伝達である。任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは、ＰＩ３Ｋ、ＰＴＥＮ、ｐ８５、ＴＳＣ１／２、及びＡＫＴからなる群から選択される遺伝子の一又は複数の多型である。任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはリン酸化されたＡＫＴである。
【００２３】
任意の方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーの発現レベルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約２．７５倍、約３．０倍、又は約３．２５倍を超えるだけ上昇する。
【００２４】
任意の方法の幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子は、Ｇ０１５２２４０３（Ａ３７０６２）、Ｇ０２４４７１７１、又はそれらの誘導体である。幾つかの実施態様において、小分子は、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８、又はそれらの誘導体である。
【００２５】
任意の方法の幾つかの実施態様において、方法は、追加の治療薬を含む。
【図面の簡単な説明】
【００２６】
【図１】ＦＧＦＲ３調節性遺伝子の同定３つのＦＧＦＲ３ ｓｈＲＮＡの誘導の際、有意な発現の変化を伴う遺伝子の重複を概説するベン図。赤い数字は上方制御された遺伝子を、  緑色のものは下方制御された遺伝子を表す。
【図２】ＦＧＦＲ３のノックダウンは、ステロール及び脂肪酸生合成及び代謝に関与する遺伝子の発現を減少させる。（Ａ）ＦＧＦＲ３ノックダウンによって調節されることが見いだされたプローブのヒートマップ。３つの独立したドキシサイクリン誘導性ＦＧＦＲ３、又は対照のｓｈＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）を発現するＲＴ１１２膀胱癌細胞を、ＲＮＡ抽出前に、１μｇ／ｍＬのドキシサイクリンを含み又は含まずに２日間培養した。全てのＲＮＡをマイクロアレイ研究に供した。３つ全てのＦＧＦＲ３のｓｈＲＮＡによって調節される遺伝子を、ヒートマップに示した。上部パネルには、ＦＧＦＲ３タンパク質レベルを示す。（Ｂ）コレステロール及び脂質生合成に関与する遺伝子のコホートは、ＦＧＦＲ３ノックダウン細胞においては抑制される。（Ｃ、Ｄ）ｑＲＴ−ＰＣＲによるＦＧＦＲ３調節性脂質合成遺伝子の確認。脂質（Ｃ）及びステロール生合成経路（Ｄ）からの代表的遺伝子のｍＲＮＡレベルをｑＲＴ−ＰＣＲにより測定した。データは平均値＋／−ＳＤとして表される。（Ｅ）ＦＧＦＲ３のノックダウンは、ＳＲＥＢＰ１の発現を適度に低下させるが、ＳＲＥＢＰ２は低下させない。ＳＲＥＢＰ１及びＳＲＥＢＰ２のｍＲＮＡレベルを、ｑＲＴ−ＰＣＲによって分析した。データは平均値＋／−ＳＤとして表される。
【図３】ＦＧＦＲ３ ｓｉＲＮＡは、ＵＭＵＣ−１４細胞において、ステロール及び脂肪酸生合成及び代謝に関与する遺伝子の発現を減少させる。ＵＭＵＣ−１４膀胱癌細胞を、ＦＧＦＲ３ ｓｉＲＮＡ又は非標的化対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトし、全ＲＮＡを、トランスフェクションの４８時間後に抽出した。脂質（Ａ）及びステロール生合成経路（Ｂ）からの代表的遺伝子のｍＲＮＡレベルをｑＲＴ−ＰＣＲにより測定した。データは平均値＋／−ＳＤとして表される。（Ｃ）ＦＧＦＲ３のノックダウンは、ＳＲＥＢＰ１の発現を適度に低下させるが、ＳＲＥＢＰ２は低下させない。ＳＲＥＢＰ１及びＳＲＥＢＰ２のｍＲＮＡレベルを、ｑＲＴ−ＰＣＲによって分析した。データは平均値＋／−ＳＤとして表される。
【図４】ＦＧＦＲ３ノックダウン細胞におけるＳＲＥＢＰ１、ＦＡＳＮ及びＳＣＤ１の発現低下は、脂肪酸合成及び不飽和化の減少と相関する。（Ａ）ＦＧＦＲ３のノックダウンは、ＳＲＥＢＰ１、ＦＡＳＮ及びＳＣＤ１の発現を低下させる。ドキシサイクリン誘導性ＦＧＦＲ３、又は対照のｓｈＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）を発現するＲＴ１１２膀胱癌細胞を、回収前に、１μｇ／ｍＬのドキシサイクリンを含み又は含まずに３日間培養した。細胞溶解物を免疫ブロット分析に供した。（Ｂ）ＦＧＦＲ３のノックダウンは、脂質生合成を抑制する。ＲＴ１１２細胞は、［１４Ｃ］酢酸との４時間のインキュベーションの前に、１μｇ／ｍＬのドキシサイクリンを含み又は含まずに３日間培養した。脂質画分を抽出し、脂質に組み込まれた［１４Ｃ］酢酸をシンチレーション計数により測定した。データは、サンプルタンパク質含有量をサンプリングするために正規化し、平均＋／−ＳＤとして示された。（Ｃ、Ｄ）ＦＧＦＲ３のノックダウンは、ステアリン酸不飽和化を遮断する。ＲＴ１１２細胞は、［１４Ｃ］ステアリン酸との６時間のインキュベーションの前に、１μｇ／ｍＬのドキシサイクリンを含み又は含まずに３日間培養した。［１４Ｃ］ステアリン酸不飽和化は、銀染色薄層クロマトグラフィーによって分析し（Ｃ）、シンチレーション計数により測定した（Ｄ）。データは平均値＋／−ＳＤとして表示され、３つの独立した実験を代表する。
【図５】抗ＦＧＦＲ３モノクローナル抗体、Ｒ３Ｍａｂは、ＵＭＵＣ−１４細胞中で、ＳＲＥＢＰ１、ＦＡＳＮ及びＳＣＤ１の発現および脂肪酸合成を低下させる。（Ａ）ＵＭＵＣ−１４膀胱癌細胞を、１％ＦＢＳ培地中で培養し、１５μｇの／ｍＬの抗ＦＧＦＲ３抗体、Ｒ３Ｍａｂ、又は対照抗体（Ｃｔｒｌ抗体）で４８時間処置した。細胞溶解物をウェスタンブロット分析に供した。（Ｂ）ＵＭＵＣ−１４細胞は、１５μｇ／ｍＬのＲ３Ｍａｂ又はＣｔｒｌ抗体を含む１％ＦＢＳ培地中で４８時間培養し、［１４Ｃ］酢酸が最後の４時間で追加された。脂質画分への［１４Ｃ］酢酸の取り込みが抽出され、シンチレーション計数によって測定した。データは、各サンプル中の総タンパク質量に対して正規化し、平均＋／−ＳＤとして示された。
【図６】ＦＧＦＲ３シグナル伝達は、ＳＲＥＢＰ１依存的に脂質生合成を促進する。（Ａ）ＦＧＦ１−ＦＧＦＲ３軸は、成熟したＳＲＥＢＰ１の蓄積とＦＡＳＮ及びＳＣＤ１の発現を刺激する。Ｃａｌ２９膀胱癌細胞は２０時間血清飢餓状態とされ、その後、指示された時間、ＦＧＦ１（２５ｎｇ／ｍＬ）及びヘパリン（１０μｇ／ｍｌ）で処置した。細胞溶解物を抗ＦＧＦＲ３抗体を用いて免疫沈降させ、抗ホスホ−チロシン抗体（４Ｇ１０）を用いＦＧＦＲ３のリン酸化について評価した。溶解物はまた、方法に記載したように、示されたタンパク質を検出するために免疫ブロットした。（Ｂ）ＦＧＦ１はＣａｌ２９細胞における脂肪酸合成を刺激する。Ｃａｌ２９細胞は２０時間血清飢餓状態であり、その後、２５ｎｇ／ｍＬのＦＧＦ１及び１０μｇ／ｍＬのヘパリンと共に２４時間インキュベートした。［１４Ｃ］酢酸を更なる１６時間のインキュベーションで添加した。総脂肪酸（ＴＦＡ）、飽和（ＳＦＡ）及び不飽和脂肪酸（ＵＦＡ）への１４Ｃ取り込みをシンチレーション計数によって測定した。データは、サンプルタンパク質含有量をサンプリングするために正規化し、ＦＧＦ１の処置無しと比較して平均＋／−ＳＤとして示され、３つの独立実験を代表する。（Ｃ）ＦＧＦ１は、主にＳＲＥＢＰ１を通じてＳＣＤ１の発現を刺激する。ＲＴ１１２細胞を、ＳＲＥＢＰ１（Ｓｒ１）、ＳＲＥＢＰ２（Ｓｒ２）を標的とするｓｉＲＮＡ、又は非標的対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトした。トランスフェクション後２４時間で、細胞は２０時間血清飢餓状態とされ、その後、２４時間、ＦＧＦ１（２５ｎｇ／ｍＬ）及びヘパリン（１０μｇ／ｍｌ）で処置した。総細胞溶解物を免疫ブロット分析に供した。
【図７】ＦＧＦ１は、膀胱癌細胞においてＳＲＥＢＰ１活性化及び脂質生合成を刺激する。（Ａ、Ｂ）Ｃａｌ２９（Ａ）及びＲＴ１１２（Ｂ）膀胱癌細胞における、ＦＧＦ１により誘導されるＦＧＦＲ３活性化の用量反応。Ｃａｌ２９及びＲＴ１１２細胞は２０時間血清飢餓状態とされ、次いで、異なる用量のＦＧＦ１＋１０μｇ／ｍｌのヘパリンで１０分間処置した。細胞溶解物を示された抗体により免疫ブロット分析に供した。方法に記載のようにＦＧＦＲ３のリン酸化を分析した。Ｃａｌ２９細胞において、リン酸化されたＦＲＳ２は見かけ移動度シフトを表示することに注意。（Ｃ）ＦＧＦ１は、ＳＲＥＢＰ１の発現と成熟、ＦＡＳＮ及びＳＣＤ１の発現を刺激する。ＲＴ１１２膀胱癌細胞は２０時間血清飢餓状態とされ、その後、指示された時間、３０ｎｇ／ｍＬのＦＧＦ１＋１０μｇ／ｍｌのヘパリンで処置した。総細胞溶解物をウエスタンブロット分析に供した。（Ｄ）ＦＧＦ１は、脂肪酸合成を刺激する。ＲＴＴ１１２細胞は２０時間血清飢餓状態であり、その後、３０ｎｇ／ｍＬのＦＧＦ１＋１０μｇ／ｍＬのヘパリンと共に２４時間インキュベートした。［１４Ｃ］酢酸を最終１６時間において添加した。飽和（ＳＦＡ）及び不飽和脂肪酸（ＵＦＡ）への［１４Ｃ］取り込みをシンチレーション計数によって測定した。データは、総タンパク質量に対して正規化し、ＦＧＦ１の処置無しと比較して平均＋／−ＳＤとして示され、２つの独立実験を代表する。
【図８】ＦＧＦＲ３のシグナル伝達は、ＰＩ３Ｋ−ｍＴＯＲＣ１の経路を介して成熟したＳＲＥＢＰ１及び脂質生合成の蓄積を促進する。（Ａ）ＦＧＦＲ３シグナル伝達の薬理学的阻害。ＲＴ１１２細胞を２０時間血清飢餓状態とし、その後ラパマイシン（５０ｎＭ）、Ｌｙ２９４００２（Ｌｙ２９４、２０μＭ）及びＰＤ３２５９０１（ＰＤ９０１、１００ｎＭ）で２時間処置し、ＦＧＦ１を３０ｎｇ／ｍｌ＋ヘパリン１０μｇ／ｍＬで１０分間刺激した。細胞溶解物を、指定された抗体を用いたイムノブロット分析に供した。おそらくはフィードバック阻害の軽減のため、ＰＤ９０１処置時のＭＥＫリン酸化の増加に注意のこと。（Ｂ）ＰＩ３Ｋ−ｍＴＯＲＣ１及びＭＥＫ阻害剤は、ＲＴ１１２細胞において、ＳＲＥＢＰ１及びＳＣＤ１のＦＧＦ１誘導をブロックする。ＲＴ１１２細胞を２０時間血清飢餓状態とし、４時間キナーゼ阻害剤で処置し、３０ｎｇ／ｍｌのＦＧＦ１を添加した培地中で２４時間培養した。細胞溶解物を、ＳＲＥＢＰ１成熟化、ＳＣＤ１及びＦＡＳＮの発現を検出するために免疫ブロットした。（Ｃ）ＰＩ３Ｋ−ｍＴＯＲＣ１及びＭＥＫ阻害剤は、ＦＧＦ１で刺激された脂質合成を遮断する。（Ｂ）に記載と同様にＲＴ１１２細胞を処理した。［１４Ｃ］酢酸を最終４時間のインキュベーションにおいて添加した。脂質画分を抽出し、脂質に組み込まれた［１４Ｃ］酢酸をシンチレーション計数により測定した。データは、タンパク質含有量をサンプリングするために正規化し、平均＋／−ＳＤとして示された。これらのデータは、２つの独立した実験の代表である。
【図９】ＦＧＦＲ３のシグナル伝達は、Ｃａｌ２９細胞においてＭＥＫ−ＭＡＰＫ経路ではなく、ＰＩ３Ｋ−ｍＴＯＲＣ１経路を介して成熟したＳＲＥＢＰ１及びＳＣＤ１の発現蓄積を促進する。Ｃａｌ２９細胞は２０時間血清飢餓状態とされ、ビヒクル（ＤＭＳＯ）、５０ｎＭのラパマイシン（Ｒａｐａ）、Ｌｙ２９４００２（Ｌｙ２９４、２０μＭ）及びＰＤ３２５９０１（ＰＤ９０１、１００ｎＭ）で４時間処置された。次いで、細胞を、２４時間、３０ｎｇ／ｍｌのＦＧＦ１を補充した培地中で培養した。細胞溶解物をウェスタンブロットにより分析した。
【図１０】ＳＣＤ１ノックダウンは、細胞増殖を阻害し、アポトーシスを誘導する。ＳＷ７８０（Ａ）及びＵＭＵＣ−１４（Ｂ）細胞は、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡまたは３つの非標的対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトし、細胞増殖を、トランスフェクション後７２時間で［３Ｈ］チミジン取り込みによって測定した。データは、ＲＮＡｉＭＡＸのみ（Ｍｏｃｋ）でトランスフェクトした細胞に対しての平均＋／−ＳＤとして表示され、３つの独立した実験の代表である。下のパネル：ｓｉＲＮＡをトランスフェクトされた細胞におけるＳＣＤ１レベルを示す代表的なウエスタンブロット。（Ｃ、Ｄ）ＳＣＤ１のノックダウンは、ＳＷ７８０細胞でＧ１細胞周期停止（Ｃ）およびアポトーシス（Ｄ）をもたらす。細胞を、方法に記載したように、トランスフェクション後４８時間で分析した。（Ｅ）ＳＣＤ１のノックダウンは、カスパーゼ３／７の切断および活性化を誘導する。ＵＭＵＣ−１４細胞は、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡまたは３つの非標的対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトし、細胞溶解物を免疫ブロット分析に供した。
【図１１】ＳＣＤ１ノックダウンは、膀胱癌細胞においてアポトーシスを誘導する。（Ａ）膀胱癌細胞の増殖に対するＳＣＤ１ｓｉＲＮＡの効果。細胞は、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡまたは３つの非標的対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトし、細胞増殖を、トランスフェクション後７２時間で［３Ｈ］チミジン取り込みによって測定した。データは、ＲＮＡｉＭＡＸのみ（Ｍｏｃｋ）でトランスフェクトした細胞に対しての平均＋／−ＳＤとして表示される。（Ｂ）１％ＦＢＳ培地中で培養したＵＭＵＣ−１４細胞は、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡまたは対照のｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトした。ＦＡＣＳ分析を、方法に記載したように、トランスフェクション後４８時間で実施した。データは、３つの独立した実験の代表である。（Ｃ、Ｄ）ＳＣＤ１のノックダウンは、カスパーゼ３／７活性化を誘導する。ＵＭＵＣ−１４細胞（Ｃ）及びＳＷ７８０細胞（Ｄ）は、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡ又は２つの非標的対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトした。トランスフェクション後４８時間で、カスパーゼ３及び７の活性を、Ｃａｓｐａｓｅ−Ｇｌｏ３／７アッセイキットを用いて測定した（Ｐｒｏｍｅｇａ）。データは平均値＋／−ＳＤとして表示され、２つの独立した実験を代表する。
【図１２】ＳＣＤ１ノックダウンは、脂肪酸不飽和化依存的に細胞増殖を阻害する。（Ａ）ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡによるＳＣＤ１タンパク質レベルの下方制御。ＳＷ７８０細胞を、ＳＣＤ１、ＦＡＳＮを標的とするｓｉＲＮＡ又は２つの非標的対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトした。細胞溶解物を、ＳＣＤ１及びＦＡＳＮの発現を評価するために免疫ブロットした。（Ｂ）ＳＣＤ１のノックダウンは、ステアリン酸不飽和化を遮断する。（Ａ）に記載のようにＳＷ７８０細胞をトランスフェクトした。トランスフェクション後４８時間で、［１４Ｃ］ステアリン酸を更なる６時間のインキュベーションで添加した。［１４Ｃ］ステアリン酸不飽和化は、銀染色薄層クロマトグラフィーによって分析し、シンチレーション計数により測定した。データは平均値＋／−ＳＤとして表される。（Ｃ）一価不飽和オレイン酸はＳＣＤ１のノックダウンからＳＷ７８０細胞を救出する。１％ＦＢＳを含有する培地中で増殖させたＳＷ７８０細胞は、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡ又は２つの非標的対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトした。トランスフェクション後６時間で、ＢＳＡ複合体化オレイン酸は、示された濃度で培養培地に添加した。細胞増殖は、処置後７２時間で［３Ｈ］チミジン取り込みによって測定した。データは、ＲＮＡｉＭＡＸのみ（Ｍｏｃｋ）でトランスフェクトし、ＢＳＡのみを添加した培地中で増殖させた細胞に対しての平均＋／−ＳＤとして表示される。これらのデータは、３つの独立した実験の代表である。（Ｄ）飽和パルミチン酸はＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡの作用を反転できない。ＢＳＡ複合体化パルミチン酸がｓｉＲＮＡトランスフェクション後６時間で補充されたことを除いて、（Ｃ）に記載されるのと同様に細胞を処理した。
【図１３】ＵＭＵＣ−１４細胞において、ＳＣＤ１ノックダウンは、脂肪酸不飽和化依存的に細胞増殖を阻害する。（Ａ）ＳＣＤ１のノックダウンは、ステアリン酸不飽和化を遮断する。ＵＭＵＣ−１４細胞を、ＳＣＤ１ｓｉＲＮＡ又は２つの非標的対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトした。トランスフェクション後４８時間で、［１４Ｃ］ステアリン酸を更なる６時間のインキュベーションで添加した。［１４Ｃ］ステアリン酸不飽和化は、薄層クロマトグラフィーによって分析し、シンチレーション計数により測定した。データは平均値＋／−ＳＤとして表示され、２つの独立した実験を代表する。（Ｂ）一価不飽和オレイン酸はＳＣＤ１のノックダウンからＵＭＵＣ−１４細胞を救出する。１％ＦＢＳを含有する培地中で増殖させたＵＭＵＣ−１４細胞は、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡ又は２つの非標的対照ｓｉＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）でトランスフェクトした。トランスフェクション後６時間で、ＢＳＡがコンジュゲートしたオレイン酸は、指示されるように培養培地に添加した。細胞増殖は、処置後７２時間で［３Ｈ］チミジン取り込みによって測定した。データは、ＲＮＡｉＭＡＸのみ（Ｍｏｃｋ）でトランスフェクトし、ＢＳＡのみを添加した培地中で増殖させた細胞に対しての平均＋／−ＳＤとして表示される。これらのデータは、３つの独立した実験の代表である。（Ｃ）飽和パルミチン酸はＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡの作用を反転できない。ＢＳＡがコンジュゲートしたパルミチン酸がｓｉＲＮＡトランスフェクション後６時間で補充されたことを除いて、（Ｂ）に記載されるのと同様に細胞を処理した。高用量のパルミチン酸が、有意に細胞増殖を減少させたことに注意。
【図１４】ＳＷ７８０膀胱癌細胞におけるＳＣＤ１のドキシサイクリン誘導性ノックダウンは、インビボでの腫瘍増殖を抑制する。三つの異なるＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡを、Ｔｅｔ誘導性レンチウイルス発現ベクターにクローニングした。ドキシサイクリン誘導性ＳＣＤ１のｓｈＲＮＡまたは対照ｓｈＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）を安定的に発現するＳＷ７８０細胞がピューロマイシン選択によって確立された。（Ａ）３日間１μｇ／ｍＬのドキシサイクリンを含み又は含まずに処置された安定した細胞内でのＳＣＤ１発現を示す代表的ブロット。ＫＤ比は、ドキシサイクリン処置を伴わない細胞へのＳＣＤ１ノックダウンの効率を示している。（Ｂ）ＳＣＤ１ノックダウンは、［３Ｈ］チミジン取り込みを低減する。ＳＷ７８０細胞は、［３Ｈ］チミジンとの１６時間のインキュベーションの前に、１μｇ／ｍＬのドキシサイクリンを含み又は含まずに３日間培養した。取り込まれた［３Ｈ］チミジンの計数は、ドキシサイクリン処置なしの細胞と比較して、平均＋／−ＳＤとして示された。（Ｃ）ＳＣＤ１ノックダウンは、マウスにおける腫瘍増殖を弱める。ＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡ１及び３又は対照ｓｈＲＮＡ（Ｃｔｒｌ）を発現するＳＷ７８０細胞を、ＣＢ．１７ ＳＣＩＤマウスに接種し、処置のため１０のコホートにグループ化された。マウスは、５％のスクロースを単独で与えられたか、又は１ｍｇ／ｍＬのドキシサイクリンを補充され、腫瘍サイズは週二回測定した。腫瘍体積は平均値＋／−ＳＤとして表される。第２０日にて、ＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡ１について：ｐ＜０．０００１；ＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡ３について、ｐ＜０．０００１。（Ｄ）対照又はＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡの異種移植組織から抽出された腫瘍溶解物におけるＳＣＤ１タンパク質の発現。腫瘍溶解物を、抗ＳＣＤ１抗体で免疫沈降し、ＳＣＤ１タンパク質レベルについてイムノブロットにより評価した。
【図１５】ＳＣＤ１の薬理学的阻害は、腫瘍増殖を弱め、マウスにおける脂肪酸不飽和化を低減する。（Ａ）ＳＣＤ１小分子阻害剤Ａ３７０６２は、一価不飽和脂肪酸の合成を遮断する。ＵＭＵＣ−１４細胞を、Ａ３７０６２で４時間処理し、次いで［１４Ｃ］酢酸と６時間インキュベートした。総脂肪酸を抽出し、薄層クロマトグラフィーにより分離した。（Ｂ）Ａ３７０６２は、Ａｋｔのリン酸化を消滅し、カスパーゼ３及び７を活性化させる。ＵＭＵＣ−１４細胞を、２０時間血清飢餓状態にし、次いで、２０時間Ａ３７０６２で処置した。細胞溶解物をウェスタンブロット分析に供した。（Ｃ）一価不飽和オレイン酸はＵＭＵＣ−１４細胞中でＡ３７０６２（１００ｎＭ）による増殖阻害を反転させる。（Ｄ）飽和パルミチン酸は、Ａ３７０６２で処置したＵＭＵＣ−１４細胞を救出することができない。（Ｅ）ＳＣＤ１阻害Ａ３７０６２は、事前に樹立したＵＭＵＣ−１４腫瘍の異種移植片の成長を遅延する。マウスに経口でビヒクル又はＡ３７０６２（７５ｍｇ／ｋｇ）を１日２回投与し、腫瘍体積を群あたりｎ＝８で平均値＋／と−ＳＥＭとしてして提示した。２０日目で、ｐ＝０．００７３。（Ｆ、Ｇ）Ａ３７０６２は、異種移植された腫瘍組織並びに試験終了時のマウスの肝臓及び血漿中でパルミチン酸（Ｆ）とステアリン酸（Ｇ）の不飽和化を減少させる。最後の処理後２時間で、サンプル（群当たりｎ＝５）を収集し、方法に記載したように処理した。脂肪酸メチルエステルをガスクロマトグラフィーで同定した。データは平均値＋／−ＳＤとして表される。
【図１６】ＳＷ７８０細胞において、ＳＣＤ１阻害剤は、脂肪酸不飽和化依存的に細胞増殖を抑制する。（Ａ）一価不飽和オレイン酸はＳＣＤ１阻害剤Ａ３７０６２からＳＷ７８０細胞を救出する。１％ＦＢＳを含む培地中で増殖させたＳＷ７８０細胞は、１００ｎＭのＳＣＤ１阻害剤Ａ３７０６２又はＤＭＳＯで処理した（Ｎｏ ３７６０２）。ＢＳＡがコンジュゲートしたオレイン酸は、指示されるように培養培地に添加した。細胞生存率は、処置後４８時間でＣｅｌｌＴｉｔｅｒ Ｇｌｏ(Promega)によって測定した。データは、ＤＭＳＯ単独（Ｍｏｃｋ）でトランスフェクトし、ＢＳＡのみを添加した培地中で増殖させた細胞に対しての平均値＋／−ＳＤとして表示される。（Ｂ）飽和パルミチン酸はＳＣＤ１阻害剤Ａ３７０６２の作用を反転できない。ＢＳＡがコンジュゲートしたパルミチン酸が補充されたことを除いて、（Ａ）に記載されるのと同様に細胞を処理した。
【図１７】ＳＣＤ１の薬理学的阻害は、細胞生存率を低下させ、ヒト結腸癌細胞株、ヒト膵臓癌細胞株、及び腎臓癌細胞株におけるカスパーゼ３／７活性を増加させる。（Ａ）ＳＣＤ１小分子阻害剤Ａ３７０６２は、結腸癌細胞の細胞生存率を減少させる。（Ｂ）ＳＣＤ１小分子阻害剤Ａ３７０６２は、結腸癌細胞のカスパーゼ３／７を活性化させる。（Ｃ）ＳＣＤ１小分子阻害剤Ａ３７０６２は、膵臓癌細胞の細胞生存率を減少させる。（Ｄ）ＳＣＤ１小分子阻害剤Ａ３７０６２は、膵臓癌細胞のカスパーゼ３／７を活性化させる。（Ｅ）ＳＣＤ１小分子阻害剤Ａ３７０６２は、腎臓癌細胞の細胞生存率を減少させる。（Ｆ）ＳＣＤ１小分子阻害剤Ａ３７０６２は、腎臓癌細胞のカスパーゼ３／７を活性化させる。
【図１８】ＳＣＤ１の薬理学的阻害は、結腸癌、前立腺癌、膵臓癌、及び膀胱癌を含むヒト癌細胞株のパネルにおいて、細胞生存率を低減し、カスパーゼ３／７活性を増加させ、マウスにおける腫瘍増殖を弱める。（Ａ）ＳＣＤ１小分子阻害剤Ａ３７０６２は、ヒト癌細胞の細胞生存率を減少させる。（Ｂ）ＳＣＤ１小分子阻害剤Ｇ０２４４７１７１．１は、ヒト癌細胞の細胞生存率を減少させる。（Ｃ）ＳＣＤ１小分子阻害剤は、予め樹立されたＨＣＴ１５結腸腫瘍の異種移植片の増殖を遅延させる。（Ｄ）ＳＣＤ１小分子阻害剤は、予め樹立されたＳＷ７８０膀胱腫瘍の異種移植片の増殖を遅延させる。（Ｅ）ＳＣＤ１小分子阻害剤は、予め樹立されたＨＰＡＣ膵臓腫瘍の異種移植片の増殖を遅延させる。
【図１９】１４の小分子ＳＣＤ１阻害剤によるＳＣＤ１の薬理学的阻害は、ＨＣＴ１５（Ａ、Ｂ）及びＨＴ２９（Ｃ、Ｄ）癌細胞における細胞生存率を減少させる。
【図２０】ＨＣＴ１５細胞において、ＳＣＤ１阻害剤のＲＧ１、ＲＧ３、及びＲＧ８は、脂肪酸不飽和化依存的に細胞増殖を抑制する。（Ａ−Ｃ）一価不飽和オレイン酸はＳＣＤ１阻害剤からＨＣＴ１５細胞を救出する。（Ｄ−Ｆ）ＨＣＴ１５細胞において、飽和パルミチン酸はＳＣＤ１阻害剤の作用を反転できない。
【図２１】ＨＴ２９細胞において、ＳＣＤ１阻害剤のＲＧ１、ＲＧ３、及びＲＧ８は、脂肪酸不飽和化依存的に細胞増殖を抑制する。（Ａ−Ｃ）一価不飽和オレイン酸はＳＣＤ１阻害剤からＨＴ２９細胞を救出する。（Ｄ−Ｆ）ＨＴ２９細胞において、飽和パルミチン酸はＳＣＤ１阻害剤の作用を反転できない。
【００２７】
詳細の説明
Ｉ．定義
用語「ステアロイル−ＣｏＡ不飽和化酵素１」及び「ＳＣＤ１」は、本明細書において、天然配列ＳＣＤ１ポリペプチド、ポリペプチド変異体及び天然配列ポリペプチド及びポリペプチド変異体の断片（これらは本明細書で更に定義される）を指す。本明細書に記載ＳＣＤ１ポリペプチドは、種々の供給源から、例えば、ヒト組織型から又は別の供給源から単離され得、又は組換え又は合成方法によって調製され得る。
【００２８】
「天然配列ＳＣＤ１ポリペプチド」は、天然由来の対応するＳＣＤ１ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。一実施態様において、天然配列ＳＣＤ１ポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列を含む。
【００２９】
配列番号１
ＭＰＡＨＬＬＱＤＤＩＳＳＳＹＴＴＴＴＴＩＴＡＰＰＳＲＶＬＱＮＧＧＤＫＬＥＴＭＰＬＹＬＥＤＤＩＲＰＤＩＫＤＤＩＹＤＰＴＹＫ
ＤＫＥＧＰＳＰＫＶＥＹＶＷＲＮＩＩＬＭＳＬＬＨＬＧＡＬＹＧＩＴＬＩＰＴＣＫＦＹＴＷＬＷＧＶＦＹＹＦＶＳＡＬＧＩＴＡＧＡＨ
ＲＬＷＳＨＲＳＹＫＡＲＬＰＬＲＬＦＬＩＩＡＮＴＭＡＦＱＮＤＶＹＥＷＡＲＤＨＲＡＨＨＫＦＳＥＴＨＡＤＰＨＮＳＲＲＧＦＦＦＳ
ＨＶＧＷＬＬＶＲＫＨＰＡＶＫＥＫＧＳＴＬＤＬＳＤＬＥＡＥＫＬＶＭＦＱＲＲＹＹＫＰＧＬＬＭＭＣＦＩＬＰＴＬＶＰＷＹＦＷＧＥ
ＴＦＱＮＳＶＦＶＡＴＦＬＲＹＡＶＶＬＮＡＴＷＬＶＮＳＡＡＨＬＦＧＹＲＰＹＤＫＮＩＳＰＲＥＮＩＬＶＳＬＧＡＶＧＥＧＦＨＮＹ
ＨＨＳＦＰＹＤＹＳＡＳＥＹＲＷＨＩＮＦＴＴＦＦＩＤＣＭＡＡＬＧＬＡＹＤＲＫＫＶＳＫＡＡＩＬＡＲＩＫＲＴＧＤＧＮＹＫＳＧ
【００３０】
「ＳＣＤ１ポリペプチド変異体」、又はそのバリエーションは、本明細書に開示される天然配列ＳＣＤ１ポリペプチド配列の何れかと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する、本明細書で定義のＳＣＤ１ポリペプチド、一般に活性ＳＣＤ１ポリペプチドを意味する。そのようなＳＣＤ１ポリペプチド変異体は、例えば、一以上のアミノ酸残基が天然アミノ酸配列のＮ又はＣ末端に、追加、又は削除されるＳＣＤ１ポリペプチドを含む。通常、ＳＣＤ１ポリペプチド変異体は、本明細書に開示される天然配列ＳＣＤ１ポリペプチド配列に対して、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性、あるいは少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％のアミノ酸配列同一性を有する。通常、ＳＣＤ１変異体ポリペプチドは、長さが少なくとも約１０アミノ酸であり、あるいは長さが少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００アミノ酸、又はそれ以上である。任意で、ＳＣＤ１変異体ポリペプチドは、天然ＳＣＤ１ポリペプチド配列と比較して、一以下の保存的アミノ酸置換を有し、あるいは天然ＳＣＤ１ポリペプチド配列と比較して、２、３、４、５、６、７、８、９，又は１０以下の保存的アミノ酸置換を有する。
【００３１】
本明細書で定義される用語「ＳＣＤ１アンタゴニスト」は、天然配列ＳＣＤ１により媒介される生物学的活性を部分的又は完全に遮断、阻害、又は中和する任意の分子である。ある実施態様において、このようなアンタゴニストはＳＣＤ１に結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは抗ＳＣＤ１抗体である。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００３２】
「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、互換的に本明細書で使用され、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡ及びＲＮＡが含まれる。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチド又は塩基、及び／又はそれらの類似体、又はＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼにより、もしくは合成反応によりポリマー中に組み込むことができる任意の基質であることができる。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びそれらの類似体などの修飾ヌクレオチドを含むことができる。存在する場合、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーの会合の前又は後に付与することができる。ヌクレオチドの配列は非ヌクレオチド成分により中断され得る。ポリヌクレオチドは、例えば標識とのコンジュゲーションなどによって、合成後に修飾することができる。他の型の修飾は、例えば天然に存在するヌクレオチド１つ以上の類縁体による「キャップ」置換、ヌクレオチド間修飾、例えば非荷電連結による（例えばメチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアミデート、カーバメート等）、及び、荷電連結（例えばホスホロチオエート、ホスホロジチオエート等）によるもの、ペンダント部分を含有するもの、例えば蛋白（例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リジン等）、インターカレーターを有するもの（例えばアクリジン、ソラレン等）、キレート形成剤を含有するもの（例えば金属、放射活性金属、ホウ素、酸化金属等）、アルキル化剤を含有するもの、修飾された連結部を有するもの（例えばアルファ芳香族核酸等）、並びに、未修飾形態のポリヌクレオチドを包含する。さらに、糖類に通常存在する任意のヒドロキシル基は、例えばホスホナート基、ホスファート基で置き換えられてもよく、標準的な保護基で保護されてもよく、又は付加的なヌクレオチドへのさらなる結合を調製するために活性化されてもよく、もしくは固体または半固体の支持体に結合していても良い。５’及び３’末端のＯＨはホスホリル化可能であり、又は１〜２０の炭素原子を有するアミン又は有機キャッピング基部分で置換することもできる。また他のヒドロキシル類は標準的な保護基に誘導されてもよい。さらにポリヌクレオチドは当該技術で一般的に知られているリボース又はデオキシリボース糖類の類似形態のものをさらに含み、これらには例えば２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ−又は２’−アジド−リボース、炭素環式糖の類似体、α−アノマー糖、エピマー糖、例えばアラビノース、キシロース類又はリキソース類、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及び脱塩基性ヌクレオチド類似体、例えばメチルリボシドが含まれる。一又は複数のホスホジエステル結合は代替の結合基で置き換えてもよい。これらの代替の結合基には、限定されるものではないが、ホスファートがＰ（Ｏ）Ｓ（「チオアート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオアート」）、「（Ｏ）ＮＲ２（「アミダート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ又はＣＨ２（「ホルムアセタール」）と置き換えられた実施態様のものが含まれ、ここでそれぞれのＲまたはＲ’は独立して、Ｈ又は、エーテル（−Ｏ−）結合を含んでいてもよ���置換もしくは未置換のアルキル（１−２０Ｃ）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル又はアラルジル（ａｒａｌｄｙｌ）である。ポリヌクレオチド中の全ての架橋が同一である必要はない。先の記述において、ＲＮＡ及びＤＮＡを含む、ここで引用された全てのポリヌクレオチドに適用される。
【００３３】
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」は、少なくとも約７ヌクレオチド長で約２５０ヌクレオチド長未満である短い、単鎖の合成ポリヌクレオチドを指す。オリゴヌクレオチドは、合成であってもよい。「オリゴヌクレオチド」と「ポリヌクレオチド」という用語は互いに排他的ではない。上記のポリヌクレオチドの記述は、オリゴヌクレオチドにも等しく全て適用できる。
【００３４】
用語「プライマー」は、核酸とハイブリダイズすることができ、一般には遊離３’−ＯＨ基を提供することによって、相補的であるポリヌクレオチドの重合を可能とする単鎖ポリヌクレオチドを指す。
【００３５】
用語「小分子」は、約２０００ダルトン以下の、好ましくは、約５００ダルトン以下の分子量を有する任意の分子を指す。
【００３６】
「アレイ」又は「マイクロアレイ」なる用語は、基質上の、ハイブリダイズ可能なアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブ（例えばオリゴヌクレオチド）の秩序だった配置を意味する。基質は、ガラススライドなどの固体基質、又はニトロセルロースメンブレンなどの半固体基質であってもよい。
【００３７】
本明細書中で用いる「増幅」は通常、参照核酸配列又はその相補体の複数のコピーを生産する工程を指す。増幅は、線形又は指数関数であり得る（例えばＰＣＲ）。「コピー」が、鋳型配列に対して相補的な又は同一な完全な配列を必ずしも意味するものではない。例えば、コピーは、ヌクレオチド類似体、例えばデオキシイノシン、意図的配列変化（鋳型に完全に相補的ではないがハイブリダイズすることができる配列を含んでなるプライマーにより導入された配列変化など）及び／又は増幅中に起こる配列エラーを含みうる。
【００３８】
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から分離されたものである。幾つかの実施態様において、抗体は、例えば、電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換又は逆相ＨＰＬＣ）により決定されるように、９５％以上または９９％の純度に精製される。抗体純度の評価法の総説としては、例えばFlatman et al., J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007）を参照のこと。
【００３９】
「単離された」核酸は、その自然環境の成分から分離された核酸分子を指す。単離された核酸は、核酸分子を通常含む細胞に含まれる核酸分子を含むが、しかし、その核酸分子は、染色体外又はその自然の染色体上の位置とは異なる染色体位置に存在している。
【００４０】
用語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養」は互換的に使用され、外因性の核酸が導入された細胞を指し、そのような細胞の子孫を含める。宿主細胞は、「形質転換体」及び「形質転換された細胞」を含み、継代の数に関係なく、それに由来する一次形質転換細胞及び子孫が含まれる。子孫は親細胞と核酸含量が完全に同一ではないかもしれないが、突然変異が含まれる場合がある。最初に形質転換された細胞においてスクリーニングまたは選択されたものと同じ機能又は生物活性を有する変異型子孫が本明細書において含まれる。
【００４１】
本明細書で使用される、用語「ベクター」は、それがリンクされている別の核酸を伝播することができる核酸分子を指す。この用語は、自己複製核酸構造としてのベクター、並びにそれが導入された宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターを含む。ある種のベクターは、それらが動作可能なようにリンクされている核酸の発現を指示することができる。このようなベクターは、本明細書では「発現ベクター」と言う。
【００４２】
用語「抗体」は最も広い意味で用いられ、様々な抗体構造を包含し、限定されないが、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、及び、所望の抗原結合活性を示す限り、抗体断片を含む。
【００４３】
用語「抗ＳＣＤ１抗体」及び「ＳＣＤ１に結合する抗体」は、抗体が、ＳＣＤ１を標的とし、診断薬剤及び／又は治療的薬剤として有用であるように、十分な親和性でＡｘｌに結合することができる抗体を指す。一実施態様において、抗ＳＣＤ１抗体の、無関係な、非ＳＣＤ１タンパク質への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定される場合、抗体のＳＣＤ１への結合の約１０％未満である。ある実施態様において、抗ＳＣＤ１抗体は、異なる種由来のＳＣＤ１間で保存されているＳＣＤ１のエピトープに結合する。
【００４４】
「遮断（ブロック）」抗体又は「アンタゴニスト」抗体は、結合する抗原の生物学的活性を阻害するか又は低減させるものである。好適な阻止抗体又はアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を、実質的に又は完全に阻害する。
【００４５】
「親和性」とは、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有結合相互作用の総和の強度を指す。本明細書で使用する場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対（例えば、抗体と抗原）のメンバー間の１：１の相互作用を反映している本質的な結合親和性を指す。そのパートナーＹに対する分子Ｘの親和性は、一般的に解離定数（Ｋｄ）で表すことができる。親和性は、本明細書に記載したものを含む、当技術分野で知られている一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための具体的な例示であって典型的な実施態様は、以下で説明される。
【００４６】
「親和性成熟」抗体とは、その改変を有していない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じせしめる、その一又は複数の超可変領域（ＨＶＲ）において一又は複数の改変を持つものである。
【００４７】
「抗体断片」は、インタクトな抗体が結合する抗原を結合するインタクトな抗体の一部を含むインタクトな抗体以外の分子を指す。抗体断片の例としては、限定されないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２；ダイアボディ；直鎖状抗体；単鎖抗体分子（例えばｓｃＦｖ）；及び抗体断片から形成される多重特異性抗体を含む。
【００４８】
参照抗体として「同一のエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて５０％以上、参照抗体のその抗原への結合をブロックする抗体、逆に競合アッセイにおいて５０％以上、その抗体のその抗原への結合をブロックするその参照抗体を指す。典型的な競合アッセイが、本明細書において提供される。
【００４９】
用語「キメラ」抗体は、重鎖及び／又は軽鎖の一部分が特定の起源又は種から由来し、一方重鎖及び／又は軽鎖の残りが異なる起源又は種から由来する抗体を指す。
【００５０】
抗体の「クラス」は、その重鎖が保有する定常ドメイン又は定常領域のタイプを指す。抗体の５つの主要なクラスがあり：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭ、及びこれらのいくつかは、さらにサブクラス（アイソタイプ）、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２に、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩＧＡ１、及びＩｇＡ２に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
【００５１】
用語「完全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「全抗体」は、本明細書中で互換的に使用され、天然型抗体構造と実質的に類似の構造を有するか、又は本明細書で定義されるＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
【００５２】
本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」とは、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味し、すなわち、例えば、天然に生じる変異を含み、又はモノクローナル抗体製剤の製造時に発生し、一般的に少量で存在している変異体などの、可能性のある変異体抗体を除き、集団を構成する個々の抗体は同一であり、及び／又は同じエピトープに結合する。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を一般的に含む、ポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。従って、修飾語「モノクローナル」は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものとして解釈されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、限定されないが、ハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法を含む様々な技術によって作成され、モノクローナル抗体を作製するためのそのような方法及び他の例示的な方法は、本明細書に記載されている。
【００５３】
「ヒト抗体」は、ヒト又はヒト細胞により産生されるか、又はヒト抗体のレパートリー又は他のヒト抗体をコードする配列を利用した非ヒト起源に由来する抗体のそれに対応するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体のこの定義は、非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を特に除外する。
【００５４】
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基、及びヒトＦＲ由来アミノ酸残基を含むキメラ抗体を指す。所定の実施態様において、ヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には２つの可変ドメインの全てを実質的に含み、ＨＶＲ（例えば、ＣＤＲ）の全て又は実質的に全てが、非ヒト抗体のものに対応し、全てまたは実質的にＦＲの全てが、ヒト抗体のものに対応する。ヒト化抗体は、任意で、ヒト抗体由来の抗体定常領域の少なくとも一部を含んでもよい。抗体の「ヒト化型」、例えば、非ヒト抗体は、ヒト化を遂げた抗体を指す。
【００５５】
「イムノコンジュゲート」は、一以上の異種分子にコンジュゲートした抗体であり、限定されないが、細胞傷害性薬物を含む。
【００５６】
参照ポリペプチド配列に関する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入した後、如何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、参照ポリペプチドのアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、当業者の技量の範囲にある種々の方法、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアのような公に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用することにより達成可能である。当業者であれば、比較される配列の完全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインするための適切なパラメータを決定することができる。しかし、ここでの目的のためには、％アミノ酸配列同一性の値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用することによって生成される。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムはジェネンテック社によって作製され、ソースコードは米国著作権庁、ワシントンＤ．Ｃ．，２０５５９に使用者用書類とともに提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２もまた、ジェネンテック社、サウスサンフランシスコ、カリフォルニアから公的に入手可能であり、又はそのソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸのＶ４．０Ｄを含む、ＵＮＩＸオペレーティングシステム上での使用のためにコンパイルされるべきである。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され変動しない。
【００５７】
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂとの、又はそれに対する％アミノ酸配列同一性（或いは、与えられたアミノ酸配列Ｂと、又はそれに対して所定の％アミノ酸配列同一性を持つ又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２により、ＡとＢのそのプログラムのアラインメントにおいて同一と一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと異なる場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは異なることは理解されるであろう。特に断らない限り、本明細書で使用されるすべての％アミノ酸配列同一性値が、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用し、直前の段落で説明したように得られる。
【００５８】
用語「検出」は、直接的及び間接的な検出を含む検出する任意の手段を含む。
【００５９】
本明細書で使用される用語「バイオマーカー」は、サンプル中で検出することができる指標、例えば、予測、診断及び／又は予後を指す。バイオマーカーは、特定の、分子性、病理学的、組織学的、及び／又は臨床的特徴によって特徴付けられる特定のサブタイプの疾患又は障害（例えば、癌）の指標として機能することができる。幾つかの実施態様において、バイオマーカーは遺伝子である。バイオマーカーには、限定されないが、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ及び／又はＲＮＡ）、ポリペプチド、ポリペプチド及びポリヌクレオチド修飾（例えば、翻訳後修飾）、炭水化物及び／又は糖脂質に基づく分子マーカーが含まれる。
【００６０】
用語「バイオマーカーシグナチャー」、「シグナチャー」、「バイオマーカー発現シグナチャー」又は「発現シグナチャー」は、本明細書中で交換可能に使用され、その発現が指標、例えば、予測、診断、及び／又は予後であるバイオマーカーの一つ又はその組合せを指す。バイオマーカーシグナチャーは、特定の、分子性、病理学的、組織学的、及び／又は臨床的特徴によって特徴付けられる特定のサブタイプの疾患又は障害（例えば、癌）の指標として機能することができる。幾つかの実施態様において、バイオマーカーシグネチャーは「遺伝子シグネチャー」である。用語「遺伝子シグナチャー」は「遺伝子発現シグナチャー」と交換可能に使用され、その発現が指標、例えば、予測、診断、及び／又は予後であるポリヌクレオチドの一つ又はその組合せを指す。幾つかの実施態様において、バイオマーカーシグネチャーは「タンパク質シグネチャー」である。用語「タンパク質シグナチャー」は「タンパク質発現シグナチャー」と交換可能に使用され、その発現が指標、例えば、予測、診断、及び／又は予後であるポリペプチドの一つ又はその組合せを指す。
【００６１】
個体に対する臨床的利益の増大に関連したバイオマーカーの「量」又は「レベル」は、生物学的サンプル中の検出可能なレベルである。これらは、当業者に知られており、また、本明細書に開示される。評価するのバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療に対する反応を決定するために使用することができる。
【００６２】
「発現のレベル」又は「発現レベル」なる用語は、交換可能に使用され、一般に、生物学的試料中のバイオマーカーの量を指す。「発現」は、一般に、情報（例えば遺伝子コード化及び／又はエピジェネティックな）が、細胞中に存在し作動する構造に変換されるプロセスを意味する。従って、本明細書で使用されるように、「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、又はポリヌクレオチド及び／又はポリペプチドの修飾（例えば、ポリペプチド、翻訳後修飾）を指しうる。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、又はポリヌクレオチド及び／又はポリペプチドの修飾（例えば、ポリペプチド、翻訳後修飾）の断片はまた、選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来するか、又は例えばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングに由来するに関わらず、発現したとみなされる。「発現した遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、ついでポリペプチドに翻訳されたもの、及びＲＮＡに転写はされたが、ポリペプチドには翻訳されていないもの（例えば、移転ＲＮＡ及びリボソームＲＮＡ）が含まれる。
【００６３】
「上昇した発現」、「上昇した発現レベル」又は「上昇したレベル」は、疾患又は障害（例えば、癌）に罹患していない個体（単数）又は個体（複数）などの対照又は内部標準（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比較して、個体におけるバイオマーカーの増加した発現又は増加したレベルを指す。
【００６４】
「減少した発現」、「減少した発現レベル」又は「減少したレベル」は、疾患又は障害（例えば、癌）に罹患していない個体（単数）又は個体（複数）などの対照又は内部標準（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比較して、個体におけるバイオマーカーの減少した発現又は減少したレベルを指す。
【００６５】
用語「ハウスキーピングバイオマーカー」は、典型的には、全ての細胞型において同様に存在するバイオマーカー又はバイオマーカー（例えば、ポリヌクレオチド及び／又はポリペプチド）の群を意味する。幾つかの実施態様において、ハウスキーピングバイオマーカーは、「ハウスキーピング遺伝子」である。本明細書において「ハウスキーピング遺伝子」は、活性が細胞機能の維持に必須であるタンパク質をコードし、一般的に、すべての細胞型において同じように発現される遺伝子又は一群の遺伝子を指す。
【００６６】
「増幅」は、本明細書で使用されるように、一般的に、所望の配列の複数のコピーを生成するプロセスを指す。「複数のコピー」は、少なくとも２つのコピーを意味する。「コピー」は、鋳型配列に対して相補的な又は同一な完全な配列を必ずしも意味するものではない。例えば、コピーは、ヌクレオチド類似体、例えばデオキシイノシン、意図的配列変化（鋳型に相補的ではないがハイブリダイズすることができる配列を含んでなるプライマーにより導入された配列変化など）及び／又は増幅中に起こる配列エラーを含みうる。
【００６７】
用語「多重ＰＣＲ」は、単一反応において２つ又はそれ以上のＤＮＡ配列を増幅する目的のため複数のプライマーセットを用いて、単一の供給源（例えば、個体）から得られた核酸上で行われる単一ＰＣＲ反応を指す。
【００６８】
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定され、一般的にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングのための温度が高くなり、プローブが短くなると温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般的に相補鎖がその融点より低い環境で存在する場合における変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列との間の所望のホモロジーの度合いが高くなると、使用できる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにするが、低い温度はストリンジェンシーを低下させる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明は、Ausubel等, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照のこと。
【００６９】
ここに定義される「ストリンジェントな条件」又は「高いストリンジェントな条件」は、（１）洗浄のために低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃で０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムを用いる；（２）ハイブリダイゼーションの間にホルムアミド等の変性剤、例えば、４２℃で７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを含むｐＨ６．５の０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭのリン酸ナトリウムバッファーによる５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドを用いる；又は（３）０．２ｘＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中で４２℃での１０分間の洗浄とその後の５５℃でＥＤＴＡを含む０．１ｘＳＳＣからなる１０分間の高ストリンジェンシーな洗浄を伴う、４２℃での５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５×デンハード液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び１０％のデキストラン硫酸を用いた溶液中での一晩のハイブリダイゼーションによるものによって同定することができる。
【００７０】
「中程度のストリンジェントな条件」は、Sambrook等, Molecular Cloning: A Laboratory Manual (New York: Cold Spring Harbor Press, 1989に記載されているようにして同定されることができ、上述のものよりストリンジェンシーが低い洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度のストリンジェントな条件の一例は、３７℃で、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハード液、１０％デキストラン硫酸、及び２０ｍｇ／ｍＬの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液での終夜にわたるインキュベーションと、それに続く３７−５０℃で１×ＳＳＣでのフィルターの洗浄である。当業者であれば、プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかが分かるであろう。
【００７１】
本明細書中で用いる「診断」なる用語は、分子又は病理学的状態、疾患ないしは症状（例えば癌）の同定又は分類を指す。例えば、「診断」は特定のタイプの癌の同定を指し得る。「診断」はまた、例えば、組織病理学的基準によって、又は分子の機能（例えば、バイオマーカー（例えば、前記遺伝子によりコードされる特定の遺伝子又はタンパク質）の一つ又は組み合わせの発現によって特徴付けられるサブタイプ）による、癌の特定のサブタイプの分類を指すことができる。
【００７２】
用語「診断支援」は、本明細書において、疾患又は障害（例えば、癌）の特定のタイプの症状又は状態の存在又は性質に関して臨床決定を行うことを支援する方法を指す。例えば、疾患又は状態（例えば癌）の診断を支援する方法は、個体からの生物学的サンプル中の特定のバイオマーカーを測定することを含むことができる。
【００７３】
用語「サンプル」は。本明細書で使用される場合、例えば、物理的、生化学的、化学的及び／又は生理学的特性に基づいて、特徴付けされ及び／又は同定されるべき、細胞性及び／又は他の分子性実体を含む、対象の被験者及び／又は個体から得られた又は由来した組成物を指す。例えば、「疾患サンプル」なる句及びその変形は、特徴付けられるべきである細胞性及び／又は分子性実体を含むことが予想されるか又は知られている、対象の被験者から得られた任意のサンプルを指す。サンプルは、限定されないが、初代又は培養細胞又は細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳汁、全血、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、組織培養培地、ホモジナイズした組織などの組織抽出物、腫瘍組織、細胞抽出物、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
【００７４】
「組織試料」又は「細胞試料」とは、被験体又は個体の組織から得られる類似細胞の集まりを意味する。組織又は細胞サンプルの起源は、新鮮な、冷凍された、及び／又は保存された臓器又は組織サンプル、又は生検及び／又は吸引からの固形組織、血液又は血漿などの任意の血液成分、脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液、被検体の妊娠期間又は発育の任意の時期に由来する細胞であり得る。組織試料は、初代又は培養細胞又は細胞株であってもよい。任意で、組織又は細胞のサンプルは、疾患組織／臓器から得られる。組織サンプルは、本質的に組織と自然に混在しない化合物、例えば、防腐剤、抗凝血剤、緩衝剤、定着剤、栄養剤、抗生物質などが含まれる場合がある。
【００７５】
「参照サンプル」、「参照細胞」、「基準組織」、「対照サンプル」、「対照細胞」、又は「対照組織」は、本明細書で使用する場合、比較目的のために使用されるサンプル、細胞、組織、標準、又はレベルを指す。一実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、同一被験体又は個体の身体の健常及び／又は非疾患部分（例えば組織又は細胞）から得られる。例えば、疾患細胞又は組織に近接した健常及び／又は非疾患細胞又は組織（例えば、腫瘍に近接した細胞又は組織）。別の実施態様において、参照サンプルは、同一被験体又は個体の身体の未処置組織及び／又は細胞から得られる。別の実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験体又は個体でない個体の身体の健常及び／又は非疾患部分（例えば組織又は細胞）から得られる。更に別の実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験体又は個体でない個体の身体の未処置組織及び／又は細胞から得られる。
【００７６】
本明細書における目的において、組織サンプルの「切片」とは、組織サンプルの一部又は一片、例えば組織サンプルから切り出した組織又は細胞の一薄片を意味する。組織サンプルの同じ切片が形態学的及び分子的レベルで分析され得るか、又はポリペプチド及びポリヌクレオチドの両方に関して分析され得ると理解される場合に、組織サンプルの複数の切片が採取され、分析に供されてもよいと理解される。
【００７７】
「相関」又は「相関する」は、任意の方法で、第一の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果を、第二の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第二のプロトコルを行う際に第一の分析又はプロトコルの結果を用いてもよいし、及び／又は第一の分析又はプロトコルの結果を用いて、第二の分析又はプロトコルを行うかどうかを決定してもよい。ポリヌクレオチド分析又はプロトコルの実施態様に関し、ポリヌクレオチド発現分析又はプロトコルの結果を用いて、特定の治療投薬計画を実行するかどうかを決定してもよい。
【００７８】
「個体の応答」又は「応答」は、個体に対して利益を示す任意のエンドポイントを用いて評価することができる、限定されないが、（１）減速及び完全停止を含む、疾患進行（例えば癌の進行）のある程度の阻害；（２）腫瘍の大きさの減少;（３）癌細胞の近接末梢器官及び／又は組織への浸潤の阻害（即ち、減少、減速又は完全停止）；（４）転移の阻害（即ち、減少、減速又は完全停止）；（５）疾患又は障害（例えば癌）に関連した一以上の症状のある程度の軽減；（６）無増悪生存期間の長さの増大；及び／又は治療後の特定の時点における死亡率の減少が含まれる。
【００７９】
本明細書で用いる「実質的に同一」なる用語は、当業者が、２つの値の間の差異が、その値（例えばＫｄ値又は発現）によって測定される生物学的特性という脈絡の中で、わずかに又は全く生物学的及び／又は統計学的有意性がないと考慮するであろうほどに、２つの数値の間の十分高度な類似性を意味する。前記２つの値の間の差異は、参照／比較値に応じて、例えば約５０％以下、約４０％以下、約３０％以下、約２０％以下、及び／又は約１０％以下である。
【００８０】
本明細書で用いる「実質的に異なる」なる句は、当業者が、２つの値の間の差異が、その値（例えばＫｄ値）によって測定される生物学的特性という脈絡の中で、統計学的有意性がないと考慮するであろうほどに、２つの数値の間の十分高度な差異を意味する。前記２つの値の間の差異は、参照／比較分子の値に応じて、例えば約１０％より大きく、約２０％より大きく、約３０％より大きく、約４０％より大きく、及び／又は約５０％より大きい。
【００８１】
本明細書で用いられる「標識」なる単語は、検出可能な化合物又は組成物を指す。標識は、典型的には、例えばポリヌクレオチドプローブ又は抗体などの試薬に直接又は間接的にコンジュゲート又は融合しており、それがコンジュゲート又は融合している試薬の検出を容易にする。標識自体が検出可能なもの（例えば放射性標識又は蛍光性標識）であってもよく、酵素標識の場合、検出可能な基質化合物ないしは組成物の化学的変化を触媒するものであってもよい。
【００８２】
薬剤の「有効量」とは、所望される治療的又は予防的結果を達成するのに必要な期間、必要な用量での有効量を意味する。
【００８３】
本発明の物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの「治療的有効量」は、病状、年齢、性別、個体の体重、及び個体に所望する反応を引き出すための物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの能力等の要因に応じて変わり得る。また、治療的有効量とは、物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの任意の毒性又は有害な影響を、治療的に有益な効果が上回るものである。「予防的有効量」は、所望する予防的結果を達成するのに必要な期間、用量で有効な量を意味する。必ずではないが、典型的には、予防的用量は、疾病の前又は初期の段階に患者に使用されるために、予防的有効量は治療的有効量よりも少ないであろう。
【００８４】
用語「薬学的製剤」は、その中に有効で含有される活性成分の生物学的活性を許容するような形態であって、製剤を投与する被検体にとって許容できない毒性である他の成分を含まない調製物を指す。
【００８５】
「薬学的に許容される担体」は、被検体に非毒性であり、有効成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体は、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、又は保存剤を含む。
【００８６】
本明細書で用いられるように、「治療」（及び「治療する(treat)」または「治療している(treating)」など文法上の変形）は、治療されている個体の自然経過を変えようと試みる臨床的介入を指し、予防のために、または臨床病理の過程においてのいずれかで実行できる。治療の望ましい効果は、限定されないが、疾患の発症又は再発を予防すること、症状の緩和、疾患の直接的または間接的な病理学的帰結の縮小、転移を予防すること、疾患の進行の速度を遅らせること、疾患状態の改善又は緩和、及び寛解又は予後の改善を含む。幾つかの実施態様において、本発明の抗体は、疾患の発症を遅延させるか又は疾患の進行を遅くするために使用される。
【００８７】
用語「抗癌治療法」は、癌を治療するのに有用な治療法を指す。抗癌治療薬の例には、限定されないが、例えば、化学療法剤、増殖阻害剤、細胞傷害性薬剤、放射線療法に用いられる薬剤、抗血管新生剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及び癌を治療するための他の薬剤、抗ＣＤ２０抗体、血小板由来成長因子阻害剤（例えば、ＧｌｅｅｖｅｃＴＭ（メシル酸イマチニブ））、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、次の標的、ＰＤＧＦＲ−ｂｅｔａ、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ受容体、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２の一以上に特異的に結合するアンタゴニスト（例えば中和抗体）、及び他の生物活性薬剤及び有機化学薬剤などが含まれる。その組合せもまた本発明に含まれる。
【００８８】
本明細書で用いられる「細胞障害性剤」という用語は、細胞の機能を阻害又は阻止し及び／又は細胞破壊を生ずる物質を指す。この用語は、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２及びＬｕの放射性同位体）、化学治療薬、例としてメトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロランブシル、ダウノルビシン又は他の挿入剤、酵素及びその断片、例えば核溶解性酵素、抗生物質、及び毒素、例えばその断片及び／又は変異体を含む小分子毒素又は細菌、糸状菌、植物又は動物起源の酵素的に活性な毒素、そして以下に開示する種々の抗腫瘍剤、抗癌剤および化学療法剤を含むように意図されている。他の細胞傷害性薬物は以下に記述される。殺腫瘍剤は、腫瘍細胞の破壊を引き起こす。
【００８９】
「化学療法剤」は、癌の治療に有用な化合物を指す。化学療法剤の例には、アルキル化剤、例えばチオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））；スルホン酸アルキル、例えばブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン(piposulfan)；アジリジン類、例えばベンゾドーパ(benzodopa)、カルボコン、メツレドーパ(meturedopa)、及びウレドーパ(uredopa)；アルトレトアミン(altretamine)、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド(triethylenethiophosphaoramide)及びトリメチローロメラミン(trimethylolomelamine)を含むエチレンイミン類及びメチラメラミン類；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；デルタ−９−テトラヒドロカナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標）；βラパチョーネ；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトセシン（合成アナログトポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標）、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標）を含む）、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン(scopolectin)及び９−アミノカンプトテシン；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成アナログを含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸(podophyllinic acid)；テニポシド；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；ドゥオカルマイシン（合成アナログ、ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エロイテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンギスタチン；クロランブシル、クロロナファジン(chlornaphazine)、チョロホスファミド(cholophosphamide)、エストラムスチン、イフォスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベンビチン(novembichin)、フェネステリン(phenesterine)、プレドニムスチン(prednimustine)、トロフォスファミド(trofosfamide)、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン(chlorozotocin)、フォテムスチン(fotemustine)、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンなどのニトロスレアス（nitrosureas)；抗生物質、例えばエネジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン(calicheamicin)、特にカリケアマイシンγ１Ｉ及びカリケアマイシンωＩ１（例えばNicolaou et al., Agnew Chem Intl. Ed. Engl. 33:183-186(1994)参照）；ＣＤＰ３２３、経口α−４インテグリン阻害剤；ダイネマイシン(dynemicin)Ａを含むダイネマイシン；エスペラマイシン；並びにネオカルチノスタチン発色団及び関連する色素タンパクエネジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン類(aclacinomysins)、アクチノマイシン、オースラマイシン(authramycin)、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン(cactinomycin)、カラビシン(carabicin)、カルミノマイシン、カルジノフィリン(carzinophilin)、クロモマイシン類、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン(detorbicin)、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射剤（ＤＯＸＩＬ（登録商標）、リポソームドキソルビシンＴＬＣＤ−９��（ＭＹＯＣＥＴ（登録商標））、ペグ化リポソームドキソルビシン（ＣＡＥＬＹＸ（登録商標）、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マーセロマイシン(marcellomycin)、マイトマイシンＣのようなマイトマイシン、マイコフェノール酸(mycophenolic acid)、ノガラマイシン(nogalamycin)、オリボマイシン(olivomycins)、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン(potfiromycin)、ピューロマイシン、ケラマイシン(quelamycin)、ロドルビシン(rodorubicin)、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン(tubercidin)、ウベニメクス、ジノスタチン(zinostatin)、ゾルビシン(zorubicin)；代謝拮抗剤、例えばメトトレキセート、ゲムシタビン(gemcitabine)（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフル(tegafur)（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン(capecitabine)（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エポチロン(epothilone)、及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸アナログ、例えばデノプテリン(denopterin)、メトトレキセート、プテロプテリン(pteropterin)、トリメトレキセート(trimetrexate)；プリンアナログ、例えばフルダラビン(fludarabine)、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジンアナログ、例えばアンシタビン、アザシチジン(azacitidine)、６−アザウリジン(azauridine)、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン(enocitabine)、フロキシウリジン(floxuridine）；アンドロゲン類、例えばカルステロン(calusterone)、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン(testolactone)；抗副腎剤、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸リプレニッシャー(replenisher)、例えばフロリン酸(frolinic acid)；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン(amsacrine)；ベストラブシル(bestrabucil)；ビサントレン(bisantrene)；エダトラキセート(edatraxate)；デフォファミン(defofamine)；デメコルシン(demecolcine)；ジアジコン(diaziquone)；エルフォルニチン(elfornithine)；酢酸エリプチニウム(elliptinium)；エポチロン；エトグルシド(etoglucid)；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン（lonidainine)；メイタンシン(maytansine)及びアンサマイトシン類(ansamitocins)のようなメイタンシノイド類(maytansinoids)；ミトグアゾン(mitoguazone)；ミトキサントロン；モピダンモール(mopidanmol)；ニトラクリン(nitracrine)；ペントスタチン；フェナメット(phenamet)；ピラルビシン；ロソキサントロン(losoxantron)；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖類複合体(JHS Natural Products, Eugene, OR)；ラゾキサン(razoxane)；リゾキシン(rhizoxin)；シゾフィラン；スピロゲルマニウム(spirogermanium)；テニュアゾン酸(tenuazonic acid)；トリアジコン(triaziquone)；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン(trichothecenes)（特に、Ｔ−２トキシン、ベラキュリンＡ(verracurin A)、ロリジンＡ(roridin A)及びアングイジン(anguidine)）；ウレタン；ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン(mannomustine)；ミトブロニトール；ミトラクトール(mitolactol)；ピポブロマン(pipobroman)；ガシトシン(gacytosine)；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテ��；タキソイド、例えばパクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（ＡＢＲＡＸＡＮＥＴＭ）、及びドキセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；プラチナ剤、例えばシスプラチン、オキサリプラチン（例えばＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標））及びカルボプラチン；ビンカ類でチューブリン重合の微小管形成を阻害するもの、例えばビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標）、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））、ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））、及びビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ロイコボビン(leucovovin)；ノバントロン(novantrone)；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロナート(ibandronate)；トポイソメラーゼ阻害薬ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチロールニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸などのレチノイド、例えば、ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））；ビスホスホネート、例えばクロドロネート（例えばＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロン酸（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロン酸（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロン酸（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、又はリセドロン酸（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））；トロキサシタビン(troxacitabine)（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に結びつくシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの、例えばＰＫＣ−α、Ｒａｆ、及びＨ−Ｒａｓ、及び上皮増殖因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）；ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン及び遺伝子治療ワクチン等のワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン；トポイソメラーゼ１阻害薬（例えばＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標））；ｒｍＲＨ（例えばＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標））；ＢＡＹ４３９００６（ソラフェニブ；Ｂａｙｅｒ）；ＳＵ−１１２４８（スニチニブ、ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Pfizer）；ペリフォシン(perifosine)、ＣＯＸ−２阻害剤（例えばセレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオゾーム阻害剤（例えばＰＳ３４１）；ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標））；ＣＣＩ−７７９；チピファルニブ(tipifarnib)（Ｒ１１５７７）；オラフィニブ(orafenib)、ＡＢＴ５１０；ＢＣＬ−２阻害剤、例えばオブリメルセンナトリウム（oblimersen sodium)（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））；ピクサントロン；ＥＧＦＲ阻害剤（以下の定義を参照）；チロシンキナーゼ阻害剤；セリン−スレオニンキナーゼ阻害剤、例えばラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えばロナファーニブ（ＳＣＨ６６３６，ＳＡＲＡＳＡＲＴＭ）；及び上述したものの何れかの���学的に許容可能な塩、酸又は誘導体：並びに上記のうち２以上の組合せ、例えば、シクロフォスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニソロンの併用療法の略称であるＣＨＯＰ；及び５−ＦＵ及びロイコボリンとオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮＴＭ）を組合せた治療法の略称であるＦＯＬＦＯＸが含まれる。
【００９０】
ここで定義された化学療法剤には、癌の増殖を促進しうるホルモンの作用を調節、低減、遮断、又は阻害するように働く「抗ホルモン剤」又は「内分泌治療剤」が含まれる。それらはそれ自体がホルモンであってもよく、限定するものではないが、混合アゴニスト／アンタゴニストプロファイルを持つ抗エストロゲン、例えばタモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標））、４−ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェン(raloxifene)（ＥＶＩＳＴＡ（登録商標））、トリオキシフェン(trioxifene)、ケオキシフェン(keoxifene)、及びＳＥＲＭ３などの選択的なエストロゲン受容体調節因子（ＳＥＲＭ）；アゴニスト特性を有さない純粋な抗エストロゲン類、例えばフルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））、及びＥＭ８００（このような薬剤はエストロゲン受容体（ＥＲ）二量体化をブロックし、ＤＮＡ結合を阻害し、ＥＲ代謝回転を増加させ、及び／又はＥＲレベルを抑制しうる）；アロマターゼインヒビター、例えば、ホルメスタン及びエキセメスタン（ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標））などのステロイド系アロマターゼインヒビター、及びアナストロゾール（ＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標））、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標））及びアミノグルテチミドなどの非ステロイド性アロマターゼインヒビター、及びボロゾール（ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標））、メゲストロールアセテート（ＭＥＧＡＳＥ（登録商標））、ファドロゾール及び４（５）−イミダゾールを含む他のアロマターゼインヒビター；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト、例えばロイプロリド（ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）及びＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標））、ゴセレリン、ブセレリン、及びトリプトレリン；性ステロイド、例えばプロゲスチン、例えばメゲストロールアセテート及びメドロキシプロゲステロンアセテート、エストロゲン、例えばジエチルスチルベストロール及びプレマリン、及びアンドロゲン／レチノイド、例えばフルオキシメステロン、全てのトランスレチオニン酸及びフェンレチニド；オナプリストン；抗プロゲステロン；エストロゲン受容体下方制御因子（ＥＲＤ）；抗アンドロゲン類、例えばフルタミド、ニルタミド及びビカルタミド；及び上記の何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体；並びに、上記のうちの２以上の組合せを含む。
【００９１】
この出願で用いられる用語「プロドラッグ」なる用語は、親薬剤と比較して腫瘍細胞に対する細胞障害性が低く、酵素的に活性化又はより活性な親形態に変換されうる薬学的に活性な物質の前駆体又は誘導体の形態を指す。例として、Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14, 頁375-382, 615th Meeting Belfast (1986)及びStella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery," Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (ed.), 頁247-267, Humana Press (1985)を参照のこと。本発明のプロドラッグには、限定するものではないが、ホスファート含有プロドラッグ、チオホスファート含有プロドラッグ、スルファート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β−ラクタム含有プロドラッグ、任意に置換されたフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ、又は任意に置換されたフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、より活性のある細胞毒のない薬剤に転換可能な５−フルオロシトシン及び他の５−フルオロウリジンプロドラッグを含む。限定はしないが、本発明で使用されるプロドラッグ形態に誘導体化可能な細胞障害性剤の例には、前記の化学療法剤が含まれる。
【００９２】
本明細書で使用する「増殖阻害剤」は、細胞（例えばインビトロ又はインビボの何れかにおいて増殖がＳＣＤ１の発現に依存している細胞）の増殖を阻害する化合物又は組成物を指す。増殖阻害剤の例は、細胞周期の進行を（Ｓ期以外の位置で）阻害する薬剤、例えばＧ１停止又はＭ期停止を誘発する薬剤を含む。古典的なＭ期ブロッカーには、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、及び例えばドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンなどのトポイソメラーゼＩＩ阻害剤が含まれる。またＧ１停止させるこれらの薬剤は、Ｓ期停止にも波及し、例えば、ＤＮＡアルキル化剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキセート、５−フルオロウラシル、及びアラ−Ｃである。更なる情報は、The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn及びIsrael, 編，第１章，表題「Cell cycle regulation, oncogene, and antineoplastic drugs」, Murakami等， (WB Saunders: Philadelphia, 1995)、特に１３頁に見出すことができる。タキサン類（パクリタキセル及びドセタキセル）は、共にイチイに由来する抗癌剤である。ヨーロッパイチイに由来するドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Rhone-Poulenc Rorer）は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Bristol-Myers Squibb）の半合成類似体である。パクリタキセル及びドセタキセルは、チューブリン二量体から微小管の集合を促進し、細胞の有糸分裂を阻害する結果となる脱重合を防ぐことによって微小管を安定化にする。
【００９３】
「放射線療法」とは、正常に機能する能力を制限するか、又は完全に細胞を破壊するために、細胞に十分な損傷を誘導するために指定されたγ線又はβ線の使用を意味する。治療の用量及び持続時間を決定するための当技術分野で公知の多くの方法が存在することが理解されるであろう。典型的な治療法は一回の投与として与えられ、典型的な投与量は、１日あたり１０から２００単位（グレイ）の範囲である。
【００９４】
「患者」、「個体」又は「被検体」は、哺乳動物である。哺乳動物は、限定されないが、家畜動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、ウマ）、霊長類（例えば、ヒト、サルなどの非ヒト霊長類）、ウサギ、げっ歯類（例えば、マウス及びラット）を含む。所定の実施態様において、患者、個体又は被検体はヒトである。
【００９５】
用語「同時に」は、投与の少なくとも一部が時間的に重なる二以上の治療薬の投与を意味するために使用される。従って、同時投与とは、一以上の他の薬剤の投与を中止した後に一以上の薬剤投与が継続する場合の投与計画を含む。
【００９６】
「低減する又は阻害する」とは、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又はそれ以上の全体的減少を引き起こす能力を意味する。低減する又は阻害するとは、治療する疾患の症状、転移の存在又は大きさ、又は原発腫瘍の大きさを指しうる。
【００９７】
「パッケージ挿入物」は、効能、用法、用量、投与、禁忌、パッケージ製品と併用される他の治療用製品、及び／又はそのような治療用製品又は医薬の使用に関する警告を含む、治療用製品又は医薬の商用パッケージに慣習的に含まれている説明書を指すために使用される。
【００９８】
「製造品」は、例えば、疾患又は障害（例えば、癌）の治療のための医薬、又は本明細書に記載のバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブなど少なくとも一の試薬を含んでなる任意の製品（例えばパッケージ又は容器）又はキットである。ある実施態様において、製品又はキットは、本明細書に記載の方法を実施するためのユニットとして、宣伝され、配布され又は販売される。
【００９９】
「ターゲット層(target audience）」は、個体、集団；新聞、医学文献、雑誌の読者；テレビやインターネットの視聴者；ラジオやインターネットのリスナー：医師、製薬会社など、とりわけ特定の使用、治療、又は適応症について、マーケティング又は広告により、特定の医薬が宣伝されるか又は宣伝されることが意図される人々のグループ又は機関である。
【０１００】
当業者によって理解されるように、本明細書中の「およそ」の値又はパラメーターへの言及は、その値又はパラメーター自体に対する実施態様を含む（記載する）。例えば、「およそＸ」との記載には「Ｘ」の記載が含まれる。
【０１０１】
本明細書に記載される本発明の態様及び実施態様は、態様及び実施態様を「含む」及び／又は「から本質的になる」を含む。本明細書で使用されるように、単数形の「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、特に指示がない限り、複数への参照が含まれる。
【０１０２】
ＩＩ．方法と使用
本明細書中に提供されるのは、有益な作用を提供することを意図した特定の治療計画の一部としてのＳＣＤ１アンタゴニストの使用である。本明細書で提供されるＳＣＤ１アンタゴニストの何れかを、治療方法で使用することができる。更なる態様にて、本発明は、医薬の製造又は調製におけるＳＣＤ１アンタゴニストの使用を提供する。一実施態様において、本医薬は癌の治療のためのものである。更なる態様にて、本発明は、癌を治療する方法を提供する。更に、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受けうる個体を同定するための方法及び組成物である。上記実施態様のいずれかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１０３】
本明細書中に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量と癌細胞を接触させることを含む、癌細胞の細胞増殖を阻害する方法である。更に本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞の細胞増殖を阻害する方法である。幾つかの実施態様において、細胞増殖は、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、又は約９０％の何れかよりも大きく阻害される。幾つかの実施態様において、癌細胞は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様のいずれかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１０４】
本明細書において更に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量と癌細胞を接触させることを含む、細胞周期の停止を誘導する方法である。また本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞の細胞周期の停止を誘導する方法である。幾つかの実施態様において、細胞周期の停止は、Ｇ１細胞周期の停止である。幾つかの実施態様において、癌細胞は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様の何れかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１０５】
本明細書中に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量と癌細胞を接触させることを含む、癌細胞の細胞死を促進する方法である。また本明細書中に提供されるのは、個体にＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を投与することを含む、個体における癌細胞の細胞死を促進する方法である。幾つかの実施態様において、細胞死は壊死である。幾つかの実施態様において、細胞死はアポトーシスである。幾つかの実施態様において、アポトーシスは、カスパーゼ依存性アポトーシスである。幾つかの実施態様において、アポトーシスは、カスパーゼ非依存性アポトーシスである。幾つかの実施態様において、アポトーシスの促進は、例えば、カスパーゼ３、カスパーゼ７などのカスパーゼ活性の増加によって示される。幾つかの実施態様において、癌細胞は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３），Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様の何れかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１０６】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌細胞を治療する方法である。幾つかの実施態様において、癌細胞は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様の何れかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１０７】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法である。幾つかの実施態様において、個体における癌は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様の何れかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１０８】
本明細書において更に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法であり、ここで治療は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベル及び／又は減少した発現レベルを発現する癌を有する個体に基づいている。また本明細書に提供されるのは、個体が、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する癌を有することを見いだされていることを条件として、個体において癌を治療する方法である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様の何れかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１０９】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、個体において癌を治療する方法であり、その方法は、（ａ）個体から得られたサンプルが、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現することを決定すること、及び（ｂ）個体にＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を投与することを含み、それにより癌が治療される方法である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様の何れかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１１０】
本明細書に提供されるのは、（ａ）癌が、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現する、癌を有する個体を選択すること；及び（ｂ）個体にＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を投与することを含み、それにより癌が治療される、癌を治療する方法である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子は、ＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、又はそれらの誘導体である。上記実施態様のいずれかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１１１】
本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性がより高く、又はＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性が低い個体を同定する方法であり、その方法は、個体から得られたサンプル中で一又は複数のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含み、ここで、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性がより高く、又は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、サンプル中の一又は複数のバイオマーカーの発現レベルの減少は、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性が低いことを示す。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較してと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性がより高いことを示す。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較してと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法による治療から利益を受ける可能性が低いことを示す。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子は、ＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８、又はそれらの誘導体である。上記実施態様のいずれかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１１２】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、癌を有する個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に効果的に応答する可能性を予測する方法であり、その方法は一又は複数のバイオマーカーを評価することを含み、それにより、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストによる治療に効果的に応答する可能性がより高いことを示し、及び参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、個体がアンタゴニストによる治療に効果的に応答する可能性が低いことを示す。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較してと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストによる治療に効果的に応答する可能性がより高いことを示す。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較してと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、個体がアンタゴニストによる治療に効果的に応答する可能性が低いことを示す。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様のいずれかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１１３】
また本明細書に提供されるのは、個体から得られたサンプル中で、一又は複数のバイオマーカーの発現を測定することを含む、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であり、ここで、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答を予測し、及び参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答の欠如を予測する。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較してと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答を予測する。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較してと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法に対する個体の応答の欠如を予測する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様の何れかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１１４】
別の態様において、本明細書に提供されるのは、癌を有する個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益を示すであろう可能性を決定する方法であり、その方法は、個体から得られたサンプル中で一又は複数のバイオマーカーの発現レベルを決定し、参照サンプルと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益の増加した可能性を有することを示し、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、個体が、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益の減少した可能性を有することを示す。幾つかの実施態様において、参照サンプルと比較してサンプル中で一又は複数のバイオマーカーの上昇した発現レベルは、ＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益の増加した可能性を有することを示す。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較してと比較して、サンプル中で一又は複数のバイオマーカーの減少した発現レベルは、個体がＳＣＤ１アンタゴニストを含む抗癌治療法からの利益の減少した可能性を有することを示す。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、小分子、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子はＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、ＲＧ１、ＲＧ３、ＲＧ８又はそれらの誘導体である。上記実施態様のいずれかに記載の「個体」は、好ましくはヒトである。
【０１１５】
任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、癌及び／又は癌細胞は固形腫瘍である。固形腫瘍の例は、限定されないが、膀胱癌、膵臓癌、肺癌、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、頭頸部癌、腎臓癌、卵巣癌、下咽頭、前立腺癌、食道癌、肝細胞癌、及び／又は泌尿器癌を含む。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、癌又は癌細胞は、膀胱癌、膵臓癌、肺癌、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、頭頸部癌、腎臓癌、卵巣癌、及び／又は泌尿器癌の群から選択される癌である。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、癌又は癌細胞は、膀胱癌、膵臓癌、結腸癌、結腸直腸癌、腎臓癌、及び／又は泌尿器癌。の群から選択される癌である。幾つかの実施態様において、癌又は癌細胞は、膀胱癌、膵臓癌、子宮内膜癌、頭頸部癌、腎臓癌、卵巣癌、及び／又は泌尿器癌の群から選択される癌である。幾つかの実施態様において、癌及び／又は癌細胞は、腎臓癌である。幾つかの実施態様において、癌及び／又は癌細胞は、膵臓癌である。幾つかの実施態様において、癌及び／又は癌細胞は、膀胱癌である。幾つかの実施態様において、癌及び／又は癌細胞は、ステージＩ、ステージＩＩ、ステージＩＩＩ、及び／又はステージＩＶである。幾つかの実施態様において、癌及び／又は癌細胞は、限局化する。幾つかの実施態様において、癌及び／又は癌細胞は、転移性である。
【０１１６】
任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはＦＧＦＲ３である。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、ＦＧＦＲ３の上昇したレベルを有する。例えば、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法であり、ここで個体の癌は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現し、一又は複数のバイオマーカーはＦＧＦＲ３である。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と、実質的に同レベルのＦＧＦＲ３を発現する。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはリン酸化されたＦＧＦＲ３である。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、リン酸化ＦＧＦＲ３を発現する。例えば、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法であり、ここで個体の癌は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現し、一又は複数のバイオマーカーはリン酸化ＦＧＦＲ３である。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、リン酸化ＦＧＦＲ３の上昇したレベルを発現する。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。ある実施態様において、上昇した発現とは、バイオマーカーの発現レベル／量の増加を指し、ここでその増加は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．５Ｘ、約１．７５Ｘ、約２Ｘ、約３Ｘ、約４Ｘ、約５Ｘ、約６Ｘ、約７Ｘ、約８Ｘ、約９Ｘ、約１０Ｘ、約２５Ｘ、約５０Ｘ、約７５Ｘ，、又は約１００Ｘの何れかである。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と、実質的に同レベルのリン酸化ＦＧＦＲ３を発現する。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、ＦＧＦＲ３の既知のレベルの発現の有無にかかわらず非癌性である。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、ＦＧＦＲ３の既知のレベルの発現の有無にかかわらず癌性である。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプル中のＦＧＦＲ３の発現は、細胞表面発現である。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプル中のＦＧＦＲ３経路は、構成的に活性である。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプル中のＦＧＦＲ３経路は、リガンド依存性である。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、ＦＧＦＲ３に変異を含む。ＦＧＦＲ３の構成的に活性な変異の例は、限定されないが、ＦＧＦＲ３ Ｓ２４９Ｃ、ＦＧＦＲ３ Ｒ２４８Ｃ、ＦＧＦＲ３ Ｇ３７２Ｃ、ＦＧＦＲ３ Ｙ３７５Ｃ、ＦＧＦＲ３ Ｋ６５２Ｅ、ＦＧＦＲ３ Ｋ６５２Ｑ、及び／又はＦＧＦＲ３ Ｋ６５２Ｍを含む。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、ＦＧＦＲ３の野生型である。
【０１１７】
任意の使用及び方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数の遺伝子である。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数を発現する。幾つかの実施態様において、個体からのサンプル、癌及び／又は癌細胞は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数の遺伝子の上昇したレベルを発現する。例えば、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法であり、ここで個体の癌は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現し、一又は複数のバイオマーカーはＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)である。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。ある実施態様において、上昇した発現とは、バイオマーカーの発現レベル／量の増加を指し、ここでその増加は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．５Ｘ、約１．７５Ｘ、約２Ｘ、約３Ｘ、約４Ｘ、約５Ｘ、約６Ｘ、約７Ｘ、約８Ｘ、約９Ｘ、約１０Ｘ、約２５Ｘ、約５０Ｘ、約７５Ｘ，、又は約１００Ｘの何れかである。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と、実質的に同レベルのＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)を発現する。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー（FGFR3-regulated lipogenic signature）の一又は複数の遺伝子の既知のレベルの発現の有無にかかわらず非癌性である。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数の遺伝子の既知のレベルの発現の有無にかかわらず癌性である。
【０１１８】
幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＲＥＢＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＡＣＯＴ７、ＰＴＰＬＡ、ＰＣＣＢ、ＦＡＤＳ１、ＲＤＨ１１、ＡＣＥＲ３、ＰＤＳＳ１、ＭＶＤ、ＡＧＰＡＴ５、ＨＳＤ１７Ｂ２、ＡＣＳＬ４、ＥＢＰ、ＰＩＧＷ、ＬＢＲ、ＡＣＬＹ、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＧＰＣＰＤ１、ＣＹＰ２４Ａ１、ＡＣＳＬ３、ＭＶＫ、ＡＣＳＳ２、ＦＤＰＳ、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＣ４ＭＯＬを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。ある実施態様において、上昇した発現とは、バイオマーカーの発現レベル／量の増加を指し、ここでその増加は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．５Ｘ、約１．７５Ｘ、約２Ｘ、約３Ｘ、約４Ｘ、約５Ｘ、約６Ｘ、約７Ｘ、約８Ｘ、約９Ｘ、約１０Ｘ、約２５Ｘ、約５０Ｘ、約７５Ｘ，、又は約１００Ｘの何れかである。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約１．４倍、約１．５倍、約１．６倍、又は約１．７倍又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約−０．５、約−０．６、約−０．７、又は約−０．８又はそれ以上の何れかの平均ｌｏｇ２倍率変化の全体的な増加を指す。
【０１１９】
幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＣ４ＭＯＬを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約１．８倍、約１．９倍、約２．０倍、又は約２．１倍又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約−０．９倍、約−１．０倍、約−１．１倍、又は約−１．２倍又はそれ以上の何れかの平均ｌｏｇ２倍率変化の全体的な増加を指す。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＣ４ＭＯＬを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約２．２倍、約２．３倍、約２．４倍、約２．５倍、約２．６倍、又は約２．７倍又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約−１．０、約−１．１、約−０．７、又は約−１．２又はそれ以上の何れかの平均ｌｏｇ２倍率変化の全体的な増加を指す。
【０１２０】
幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＣ４ＭＯＬを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約２．６倍、約２．７倍、約２．８倍、約２．９倍、約３．０倍、約３．１倍、又は約３．２倍又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約−１．４、約−１．５、約−１．６、又は約−１．７又はそれ以上の何れかの平均ｌｏｇ２倍率変化の全体的な増加を指す。
【０１２１】
幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＱＬＥを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＰＣＳＫ９を、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＣＤ１を、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＦＡＢＰ４を、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約３．２倍、約３．３倍、約３．４倍、約３．５倍、約３．６倍、約３．７倍、又は約３．８倍又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約−１．６、約−１．７、約−１．８、約−１．９、又は約−２．０又はそれ以上の何れかの平均ｌｏｇ２倍率変化の全体的な増加を指す。
【０１２２】
任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは切断された成熟したＳＲＥＢＰ１である。幾つかの実施態様において、完全長タンパク質のＳＲＥＢＰ１ａは、ＵＮＩＰＲＯＴアミノ酸配列Ｐ３６９５６−１の１−１１４７ａａであり、切断された成熟したＳＲＥＢＰ１は、ＵＮＩＰＲＯＴアミノ酸配列Ｐ３６９５６−１の１−４９０ａａを形成する。幾つかの実施態様において、完全長タンパク質のＳＲＥＢＰ１ｃは、ＵＮＩＰＲＯＴアミノ酸配列Ｐ３６９５６−３の１−１１２３ａａであり、切断された成熟したＳＲＥＢＰ１は、ＵＮＩＰＲＯＴアミノ酸配列Ｐ３６９５６−３の１−４６６ａａを形成する。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、成熟したＳＲＥＢＰ１の上昇したレベルを発現する。例えば、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法であり、ここで個体の癌は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現し、一又は複数のバイオマーカーは成熟したＳＲＥＢＰ１である。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、成熟したＳＲＥＢＰ１の上昇したレベルを発現し、成熟したＳＲＥＢＰ２のレベルは実質的に上昇しない（即ち、実質的に同一レベルの発現）。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。幾つかの実施態様において、ＳＲＥＢＰ１はＳＲＥＢＰ１アイソフォームａである。幾つかの実施態様において、ＳＲＥＢＰ１はＳＲＥＢＰ１アイソフォームｃである。ある実施態様において、上昇した発現とは、バイオマーカーの発現レベル／量の増加を指し、ここでその増加は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．５Ｘ、約１．７５Ｘ、約２Ｘ、約３Ｘ、約４Ｘ、約５Ｘ、約６Ｘ、約７Ｘ、約８Ｘ、約９Ｘ、約１０Ｘ、約２５Ｘ、約５０Ｘ、約７５Ｘ，、又は約１００Ｘの何れかである。幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、成熟したＳＲＥＢＰ１及び／又は、成熟したＳＲＥＢＰ２の既知のレベルの発現の有無にかかわらず、非癌性である。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、成熟したＳＲＥＢＰ１及び／又は成熟したＳＲＥＢＰ２の既知のレベルの発現の有無にかかわらず、癌性である。
【０１２３】
任意の使用及び方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは△９一価不飽和脂肪酸である。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、△９一価不飽和脂肪酸の上昇したレベルを発現する。任意の使用及び方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは△９一価不飽和脂肪酸：飽和脂肪酸の比率である。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、△９一価不飽和脂肪酸：飽和脂肪酸の上昇した比率を発現する。例えば、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１アンタゴニストの有効量を個体に投与することを含む、個体において癌を治療する方法であり、ここで個体の癌は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して一又は複数のバイオマーカーの上昇したレベルを発現し、一又は複数のバイオマーカーは△９一価不飽和脂肪酸：飽和脂肪酸の比率である。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。ある実施態様において、上昇した発現とは、バイオマーカーの発現レベル／量の増加を指し、ここでその増加は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．５Ｘ、約１．７５Ｘ、約２Ｘ、約３Ｘ、約４Ｘ、約５Ｘ、約６Ｘ、約７Ｘ、約８Ｘ、約９Ｘ、約１０Ｘ、約２５Ｘ、約５０Ｘ、約７５Ｘ，、又は約１００Ｘの何れかである。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、成熟した△９一価不飽和脂肪酸及び／又は飽和脂肪酸の既知のレベルの発現の有無にかかわらず、非癌性である。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、成熟した△９一価不飽和脂肪酸及び／又は飽和脂肪酸の既知のレベルの発現の有無にかかわらず、癌性である。△９一価不飽和脂肪酸の例は、限定されないが、パルミトレイン酸（Ｃ１６：１）及びオレイン酸（Ｃ１８：１）を含む。△９一価不飽和脂肪酸の例は、限定されないが、ステアリン酸（Ｃ１８：０）及びパルミチン酸（Ｃ１６：０）を含む。△９一価不飽和脂肪酸及び飽和脂肪酸を測定する方法は、当業者に公知であり、限定されないが、質量分析、ガスクロマトグラフィー、及び薄層クロマトグラフィーを含む。
【０１２４】
任意の使用及び方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはＰＩ３Ｋシグナル伝達、ｍＴＯＲシグナル伝達、ＭＥＫシグナル伝達である。任意の使用及び方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは、ＰＩ３Ｋ、ＰＴＥＮ、ｐ８５、ＴＳＣ１／２、及びＡＫＴからなる群から選択される遺伝子の一又は複数の多型である。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはリン酸化されたＡＫＴである。任意の使用と方法の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、活性化ＰＩ３Ｋシグナル伝達（例えば、上昇したＰＩ３Ｋシグナル伝達）、活性化ｍＴＯＲシグナル伝達（例えば、上昇したｍＴＯＲシグナル伝達）、及び／又は活性化ＭＥＫシグナル伝達（例えば、上昇したＭＥＫシグナル伝達）を含む。任意の方法及び／又は使用の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、ＰＩ３Ｋ活性化変異を含む。任意の方法及び／又は使用の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、ＰＴＥＮの欠失及び／又は変異を含む。任意の方法及び／又は使用の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、ｐ８５変異を含む。任意の方法及び／又は使用の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、ＡＫＴ活性化変異を含む。任意の方法及び／又は使用の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、リン酸化ＡＫＴ（例えばｐＡＫＴ Ｓ４７３）の上昇したレベルを含む。任意の方法及び／又は使用の幾つかの実施態様において、個体、癌及び／又は癌細胞からのサンプルは、ＴＳＣ１／２の欠失及び／又は機能変異を含む。
【０１２５】
幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。ある実施態様において、上昇した発現とは、バイオマーカーの発現レベル／量の増加を指し、ここでその増加は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．５Ｘ、約１．７５Ｘ、約２Ｘ、約３Ｘ、約４Ｘ、約５Ｘ、約６Ｘ、約７Ｘ、約８Ｘ、約９Ｘ、約１０Ｘ、約２５Ｘ、約５０Ｘ、約７５Ｘ，、又は約１００Ｘの何れかである。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約２．７５倍、約３．０倍、又は約３．２５倍を超える全体的な増加を指す。
【０１２６】
幾つかの実施態様において、減少した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの全体的な減少を指す。ある実施態様において、減少した発現とは、バイオマーカーの発現レベル／量の減少を指し、ここでその減少は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織において、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約０．９Ｘ、約０．８Ｘ、約０．７Ｘ、約０．６Ｘ、約０．５Ｘ、約０．４Ｘ、約０．３Ｘ、約０．２Ｘ、約０．１Ｘ、約０．０５Ｘ、又は約０．０１Ｘの何れかである。
【０１２７】
任意の使用及び／又は方法の幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、本明細書に記載される、任意の抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、小分子は、ＳＭＩ３７０６２（Ｇ０１５２２４０３）、Ｇ０２４４７１７１、又はそれらの誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様において、抗体は、モノクローナル抗体である。幾つかの実施態様において、抗体はヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である。幾つかの実施態様において、抗体は抗体断片であり、抗体断片は、ＳＣＤ１に結合する。
【０１２８】
何れかの方法の幾つかの実施態様において、上記実施態様の何れかによる個体は、ヒトであり得る。
【０１２９】
バイオマーカーの発現レベル／量は、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡを含むがこれらに限定されない当技術分野で公知の任意の適切な基準に基づいて、定性的及び／又は定量的に決定することができる。ある実施態様において、第一サンプル中のバイオマーカーの発現／量は、第二サンプル中の発現／量と比較して増加する。ある実施態様において、第一サンプル中のバイオマーカーの発現／量は、第二サンプル中の発現／量と比較して減少する。ある実施態様において、第二サンプルは、参照サンプル、参照セル、基準組織、対照サンプル、対照細胞又は対照組織である。遺伝子の発現レベル／量を決定するための更なる開示が本明細書に記載される。
【０１３０】
本明細書に記載されるＳＣＤ１アンタゴニストは、治療において、単独で、または他の薬剤と組み合わせて使用することができる。例えば、本明細書に記載されるＳＣＤ１アンタゴニストは少なくとも１つの更なる治療薬と同時投与され得る。所定の実施態様において、更なる治療薬は、化学療法剤である。幾つかの実施態様において、更なる治療薬は、ｍＴＯＲ阻害剤である。幾つかの実施態様において、更なる治療薬は、ＰＩ３Ｋ阻害剤である。幾つかの実施態様において、更なる治療薬は、ＭＥＫ阻害剤である。幾つかの実施態様において、更なる治療薬は、ＦＧＦＲ３阻害剤である。
【０１３１】
上記のこうした併用療法は、併用投与（２つ以上の治療薬が、同一または別々の製剤に含まれている）、及び、本発明のＳＣＤ１アンタゴニストの投与が、追加の治療薬及び／又はアジュバントの投与の前、同時、及び／又はその後に起きうる分離投与を包含する。本明細書に記載されるＳＣＤ１アンタゴニストはまた放射線治療と併用して用いることができる。
【０１３２】
本明細書に記載のＳＣＤ１アンタゴニスト（例えば、抗体、結合ポリペプチド、および／または小分子）（および任意の追加の治療薬）は、経口、肺内、および鼻腔内を含む任意の適切な手段によって投与することができ、局所治療が所望される場合、病巣内投与が含まれる。非経口注入には、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与が含まれる。投薬は、その投与が短期間か又は長期であるかどうかに部分的に依存し、任意の適切な経路、例えば、静脈内または皮下注射などの注射により行うことができる。限定されないが、様々な時間点にわたる、単一または複数回投与、ボーラス投与、パルス注入を含む様々な投与スケジュールが本明細書で考えられている。
【０１３３】
本明細書中に記載されるＳＣＤ１アンタゴニスト（例えば、抗体、結合ポリペプチド、及び／又は小分子）は、良好な学的実用性に合わせた様式で、処方され、投薬され及び投与することができる。この観点において考慮すべき要因は、治療すべき特定の障害、治療すべき特定の哺乳類、個々の患者の臨床状態、障害の原因、薬剤送達部位、投与方法、投与日程及び医療従事者が知る他の要因を包含する。ＳＣＤ１アンタゴニストは、必要ではないが任意で、問題となる障害の予防又は治療のために、現在使用中の一又は複数の薬剤ともに処方される。かかる他の薬剤の有効量は、製剤中に存在するＳＣＤ１アンタゴニストの量、疾患又は治療のタイプ、及び上で検討した他の因子に依存する。これらは一般的には本明細書に記載されるのと同じ用量及び投与経路において、又は、本明細書に記載された用量の１％から９９％で、又は経験的に／臨床的に妥当であると決定された任意の用量及び任意の経路により使用される。
【０１３４】
疾患の予防又は治療のためには、本明細書中に記載されるＳＣＤ１アンタゴニストの適切な用量（単独で使用されるか、又は、一以上の更なる治療的薬剤との組み合わされる場合）は治療すべき疾患の種類、疾患の重症度及び経過、ＳＣＤ１アンタゴニストを予防又は治療目的のいずれにおいて投与するか、以前の治療、患者の臨床的履歴及びＳＣＤ１アンタゴニストに対する応答性、及び担当医の判断に依存する。ＳＣＤ１アンタゴニストは、患者に対して、単回、又は一連の治療に渡って適切に投与される。１つの典型的な一日当たり用量は上記した要因に応じて約１μｇ／ｋｇから１００ｍｇ／ｋｇ又はそれ以上の範囲である。数日間以上に渡る反復投与の場合には、状態に応じて、治療は疾患症状の望まれる抑制が起こるまで持続するであろう。このような用量は断続的に、例えば毎週又は３週毎（例えば患者が約２から約２０、例えば本明細書に記載されるＳＣＤ１アンタゴニストの約６投与量を受けるように）投与してよい。初期の高負荷投与量の後に一以上の低投与量が投与されても良い。典型的な投与計画は、投与することを含む。しかしながら他の投薬計画が有用であるかもしれない。この治療の進行は、従来技術及びアッセイにより容易にモニターされる。
【０１３５】
上記の製剤または治療方法のいずれかが、ＳＣＤ１アンタゴニストの代わりか又はそれに加えて、イムノコンジュゲートを用いて行うことができることが理解される。
【０１３６】
バイオマーカーの発現レベル／量は、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡを含むがこれらに限定されない当技術分野で公知の任意の適切な基準に基づいて、定性的及び／又は定量的に決定することができる。ある実施態様において、発現は、タンパク質発現である。ある実施態様において、発現は、ポリヌクレオチド発現である。ある実施態様において、ポリヌクレオチドはＤＮＡである。ある実施態様において、ポリヌクレオチドはＲＮＡである。ある実施態様において、第一サンプル中のバイオマーカーの発現／量は、第二サンプル中の発現／量と比較して増加する。ある実施態様において、第一サンプル中のバイオマーカーの発現／量は、第二サンプル中の発現／量と比較して減少する。ある実施態様において、第二サンプルは、参照サンプル、参照セル、基準組織、対照サンプル、対照細胞又は対照組織である。遺伝子の発現レベル／量を決定するための更なる開示が本明細書に記載される。
サンプル中の種々のバイオマーカーの発現は、多くの方法論によって分析することができ、その多くは、当該分野で公知であり、当業者によって理解され、限定されないが、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ウェスタンブロット解析、免疫沈降、分子結合アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＦＡ、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、プロテオミクス、定量的な血液に基づくアッセイ（例えば血清ＥＬＩＳＡ）、生化学酵素活性アッセイ、インサイチュハイブリダイゼーション、ノーザン分析、定量的リアルタイムＰＣＲ（定量ＲＴ−ＰＣＲ）を含むポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）及び他の増幅型検出方法、例えば、分枝ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡなど）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＦＩＳＨ、マイクロアレイ解析、遺伝子発現プロファイリング、及び／又は遺伝子発現の連続分析（ＳＡＧＥ）、並びにタンパク質、遺伝子及び／又は組織アレイ分析によって実施することができる多種多様なアッセイの何れか一が含まれる。遺伝子の状態および遺伝子産物を評価するための典型的なプロトコルは、例えば、Ausubel et al. eds., 1995, Current Protocols In Molecular Biology,ユニット２（ノーザンブロッティング）、４（サザンブロッティング）、１５（イムノブロッティング）及び１８（ＰＣＲ分析）に見いだされる。Rules Based Medicine又はMeso Scale Discovery (MSD)から入手可能なものとして多重イムノアッセイを使用してもよい。
【０１３７】
幾つかの実施態様において、バイオマーカーの発現レベルは、（ａ）遺伝子発現プロファイリング、ＰＣＲ（例えば、ｒｔＰＣＲなど）、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ分析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ技術、又はサンプル（例えば、患者の癌サンプル）上でのＦＩＳＨを行い；ｂ）サンプル中のバイオマーカーの発現レベルを決定すること含む方法を用いて決定される。一態様において、バイオマーカーの発現レベルは、（ａ）抗体によりサンプル（例えば、患者の癌サンプルなど）のＩＨＣ解析を行い、ｂ）サンプル中のバイオマーカーの発現レベルを決定することを含む方法を用いて決定される。幾つかの実施態様において、ＩＨＣ染色強度は参照値に対して決定される。
【０１３８】
幾つかの実施態様によれば、遺伝子発現は、上記の遺伝子のタンパク質発現レベルを観察することにより測定される。幾つかの実施態様において、遺伝子発現レベルは、ＰＣＲ法、マイクロアレイ法、免疫測定法から選択される方法によって測定される。幾つかの実施態様において、マイクロアレイ法は、上述した遺伝子をコードする核酸分子とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることができる一又は複数の核酸分子を有する、又は上述した遺伝子によってコードされるタンパク質の一以上に結合することができる一以上のポリペプチド（例えば、ペプチド又は抗体など）を有するマイクロアレイチップの使用を含む。一実施態様のいて、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。一実施態様のいて、ＰＣＲ法は多重ＰＣＲである。幾つかの実施態様において、遺伝子発現は、マイクロアレイにより測定される。幾つかの実施態様において、遺伝子発現は、リアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）によって測定される。幾つかの実施態様において、発現は、多重ＰＣＲにより測定される。
【０１３９】
所定の実施態様において、本方法は、バイオマーカーの結合を許容する条件下で、本明細書に記載の抗体と生物学的サンプルを接触させること、及び複合体が抗体とバイオマーカーとの間に形成されているかどうかを検出することを含む。そのような方法は、インビトロ又はインビボでの方法であり得る。一実施態様において、例えば患者の選択のためのバイオマーカーなど、抗体がＳＣＤ１アンタゴニストによる治療にふさわしい被検体を選択するために使用される。
【０１４０】
ある実施態様において、サンプルは、アッセイしたバイオマーカーの量における両方の差異、及び使用したサンプルの純度のばらつき、及びアッセイの実行間のばらつきについて正規化される。そのような正規化は、ＡＣＴＢなどの周知のハウスキーピング遺伝子を含む特定の正規化バイオマーカーの発現を測定し、組み込むことによって達成することができる。別法として、正規化は、アッセイされた遺伝子の全て又はその大きなサブセットの平均値又は中央値に基づいて行うことができる（グローバル標準化アプローチ）。遺伝子ごと基づいて、患者の腫瘍のｍＲＮＡ又はタンパク質の測定された正規化された量は、参照セットにおいて見出される量と比較される。患者あたりの試験された腫瘍当たりの各ｍＲＮＡ又はタンパク質の正規化された発現レベルは、参照セットにおいて測定された発現レベルの割合として表すことができる。分析されるべき特定の患者のサンプル中で測定された発現レベルは、この範囲内でかなりのパーセンタイルで含まれ、当技術分野で周知の方法によって決定することができる。
【０１４１】
ある実施態様において、以下のように遺伝子の相対的発現レベルが決定される。
相対発現ｇｅｎｅ１サンプル＝２ｅｘｐ（Ｃｔハウスキーピング遺伝子−Ｃｔ ｇｅｎｅ１）、Ｃｔはサンプル中で測定される。
相対発現ｇｅｎｅ１参照ＲＮＡ＝２ｅｘｐ（Ｃｔハウスキーピング遺伝子−Ｃｔ ｇｅｎｅ１）、Ｃｔは参照サンプル中で測定される。
正規化された相対的発現ｇｅｎｅ１サンプル１＝（相対的発現ｇｅｎｅ１サンプル１／相対的発現ｇｅｎｅ１参照ＲＮＡ）×１００
Ｃｔは閾値サイクルである。Ｃｔは、反応内で生成される蛍光が閾値線と交差するサイクル数である。
【０１４２】
全ての実験は、様々な組織源からのＲＮＡの網羅的混合物である、参照ＲＮＡに対して正規化される（例えば、Clontech, Mountain View, CAからの参照ＲＮＡ＃６３６５３８）。同一の参照ＲＮＡは、各ｑＲＴ−ＰＣＲの実行に含まれ、異なる実験実行の間の結果の比較を可能にする。
【０１４３】
一実施態様では、サンプルは診断アッセイにおいて使用される。別の実施態様において、サンプルは原発性又は転移性腫瘍から得られる。幾つかの実施態様において、サンプルは原発性又は転移性腫瘍から得られる。組織生検は、腫瘍組織の代表的な一片を得るためにしばしば使用される。あるいは、腫瘍細胞は、目的の腫瘍細胞を含有することが知られているか又は考えられる組織又は体液の形で間接的に得ることができる。例えば、肺癌病変のサンプルは切除術、気管支鏡検査法、細針吸引、気管支ブラッシングにより、又は痰、胸膜液または血液から得ることができる。遺伝子又は遺伝子産物は、癌又は腫瘍組織から、又は、尿、痰、血清又は血漿などの他の身体サンプルから検出することができる。癌性サンプル中の標的遺伝子又は遺伝子産物の検出のために、上述の同一技術を他の身体サンプルに適用することができる。癌細胞は、癌病変からはがれ落ちて、こうした身体サンプルに現れる場合がある。このような身体サンプルをスクリーニングすることによって、簡単な早期診断を、これらの癌のために成し遂げることができる。加えて、治療法の進捗は、標的遺伝子又は遺伝子産物についてこれらの身体サンプルを試験することによって、より容易にモニターすることができる。
【０１４４】
ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞又は対照組織は、試験サンプルが得られるときとは異なる一又は複数の時点で得られる、同一被験体または個体からの単一のサンプル又は組み合わせた複数のサンプルである。例えば、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、同一被験体または個体から、試験サンプルが得られるときよりも、より早い時点で得られる。そのような参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、参照サンプルが癌の初期診断時に得られ、試験サンプルが、癌が転移性になったときに後に得られる場合に、有用である場合がある。
【０１４５】
ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験者又は患者でない一又は複数の健康な個体からの混合性複数サンプルである。ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験者又は患者でない、疾患又障害（例えば癌）を持つ一又は複数の健康な個体からの混合性複数サンプルである。ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験者又は患者でない一又は複数の個体からの、正常組織からのプールされたＲＮＡサンプル又はプールされた血漿又は血清サンプルである。ある実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、又は対照組織は、被験者又は患者でない、疾患又は障害（例えば癌）を持つ一又は複数の個体からの、正常組織からのプールされたＲＮＡサンプル又はプールされた血漿又は血清サンプルである。
【０１４６】
ある実施態様において、サンプル中のタンパク質の発現は、免疫組織化学（「ＩＨＣ」）及び染色プロトコールを用いて調べられる。組織切片の免疫組織化学的染色は、サンプル中のタンパク質の存在を評価又は検出するための信頼性のある方法であることが示されている。
【０１４７】
ＩＨＣは、例えば、形態学的染色および／または蛍光インサイツハイブリダイゼーションなどの追加技術と組み合わせて行ってもよい。ＩＨＣの２つの一般的な方法が利用可能である；直接アッセイ及び間接アッセイ。第一のアッセイによれば、標的抗原に対する抗体の結合が直接決定される。この直接アッセイは、更なる抗体相互作用無しで視覚化することができる、蛍光タグ又は酵素標識一次抗体などの標識試薬を使用する。典型的な間接アッセイでは、コンジュゲートしていない一次抗体は抗原に結合し、次いで標識した二次抗体が一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識にコンジュゲートされる場合、発色性又は蛍光発生基質が、抗原の可視化を提供するために添加される。幾つかの二次抗体が一次抗体上の異なるエピトープと反応し得るため、シグナルの増幅が生じる。
【０１４８】
免疫組織化学のために用いられる一次及び／又は二次抗体は、典型的には、検出可能な部分で標識される。通常、以下の種類に分類できる多くの標識が利用可能である：（ａ）ラジオアイソトープ、例えば３５Ｓ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈおよび１３１Ｉ。（ｂ）コロイド金粒子。（ｃ）希有土類キレート（ユウロピウムキレート）、テキサスレッド、ローダミン、フルオレセイン、ダンシル、リサミン、ウンベリフェロン、フィコクリセリン(phycocrytherin)、フィコシアニン又はＳＰＥＣＴＲＵＭ ＯＲＡＮＧＥ７およびＳＰＥＣＴＲＵＭ ＧＲＥＥＮ７などの市販の蛍光体および／または上記の何れか一ないしは複数の誘導体を含むが、これらに限定されるものではない蛍光標識。（ｄ）様々な酵素基質標識が利用可能であり、米国特許第４２７５１４９号にはこの概説がある。酵素標識の例には、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼおよび細菌ルシフェラーゼ；米国特許第４７３７４５６号）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタルアジネジオン(dihydrophthalazinediones)、リンゴ酸デヒドロゲナーゼ、ウレアーゼ、西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）などのペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リソチーム、サッカライドオキシダーゼ（例えばグルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼおよびグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ）、複素環のオキシダーゼ（例えばウリカーゼおよびキサンチンオキシダーゼ）、ラクトペルオキシダーゼ、ミクロペルオキシダーゼなどが含まれる。
【０１４９】
酵素基質の組合せの例には、例えば、基質として水素ペルオキシダーゼを有する西洋わさびペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）；色素生産性基質としてリン酸パラグラフ−ニトロフェニルを有するアルカリホスファターゼ（ＡＰ）；及び色素生産性基質（例えばｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）又は蛍光発生基質４−メチルウンベリフェリル(methylumbelliferyl)−β−Ｄ−ガラクトシダーゼを有するβ−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）。これらの一般的な概要については、米国特許第４２７５１４９号及び同第４３１８９８０号を参照。
【０１５０】
調製される検査材料はマウントしてカバーグラスをかけてもよい。その後、例えば顕微鏡を使用してスライドの評価を行い、当分野で通常用いられる染色強度判定基準を用いてもよい。幾つかの実施態様において、約１＋以上の染色パターンスコアは、診断的及び／又は予後徴候である。ある実施態様において、ＩＨＣアッセイにおける約２＋以上の染色パターンスコアは、診断的及び／又は予後徴候である。他の実施態様において、約３以上の染色パターンスコアは、診断的及び／又は予後徴候である。一実施態様において、腫瘍または結腸腺腫からの細胞および／または組織がＩＨＣを用いて試験される場合、（サンプル中に存在し得る間質又は周囲の組織とは対照的に）染色は、腫瘍細胞および／または組織で一般に決定又は評価されることが理解される。
【０１５１】
別法において、サンプルは、抗体−バイオマーカー複合体を形成するのに十分な条件下で、前記バイオマーカーに特異的な抗体と接触させ、次いで前記複合体を検出してもよい。バイオマーカーの存在は、血漿又は血清を含む広く様々な組織及びサンプルをアッセイするために、ウェスタンブロッティングやＥＬＩＳＡ法など多くの方法で検出することができる。このようなアッセイ形式を使用する広範囲のイムノアッセイ技術が利用可能であり、例えば、米国特許第４，０１６，０４３号、第４，４２４，２７９号及び第４，０１８，６５３号を参照。これらは、非競合型の単一部位及び二部位又は「サンドイッチ」アッセイ、並びに従来の競合結合アッセイの両方が含まれる。これらのアッセイはまた、標的バイオマーカーに対する標識抗体の直接結合を含む。
【０１５２】
細胞内におけるｍＲＮＡの評価方法は周知であり、例えば、相補的ＤＮＡプローブを用いたハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、一以上の遺伝子に特異的な標識リボプローブを用いたインサイツハイブリダイゼーション、ノーザンブロットおよび関連した技術）、および様々な核酸増幅アッセイ（例えば、一以上の遺伝子に特異的な相補的プライマーを用いたＲＴ−ＰＣＲおよび、他の増幅型の検出法、例えば枝分れＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡなど）が含まれる。
【０１５３】
哺乳動物の生体サンプルは、例えばノーザン、ドットブロットまたはＰＣＲ分析を用いて、ｍＲＮＡについて都合よくアッセイすることができる。また、そのような方法は、（例えばアクチンファミリーメンバーのような「ハウスキーピング」遺伝子の比較コントロールｍＲＮＡ配列のレベルを同時に調べることによって）生物学的試料中の標的ｍＲＮＡのレベルを決定することを可能にする一又は複数の工程を含みうる。場合によっては、増幅された標的ｃＤＮＡの配列を決定することができる。
【０１５４】
本発明の任意の方法は、マイクロアレイ技術によって、組織又は細胞試料中における標的ｍＲＮＡなどのｍＲＮＡを、検査又は検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを用いて、試験及び対照組織サンプル由来の試験及び対照のｍＲＮＡサンプルは逆転写され、ｃＤＮＡプローブを生成するために標識される。次いで、プローブを固体支持体上に固定化された核酸のアレイにハイブリダイズさせる。アレイは、アレイの各メンバーの配列と位置が分かるように構成される。例えば、発現が抗血管新生療法の臨床的利益の増加又は減少と相関する遺伝子の選択を、固体支持体上に配列され得る。特定のアレイメンバーとの標識プローブのハイブリダイゼーションは、プローブが由来するサンプルがその遺伝子を発現することを示している。
【０１５５】
組織又は細胞サンプル中の選択されたバイオマーカーの発現は、機能的又は活性に基づくアッセイを介して調べることができる。例えば、バイオマーカーが酵素である場合、組織又は細胞試料中の所定の酵素活性の存在を決定又は検出するための当技術分野で公知のアッセイを行うことができる。
【０１５６】
ＩＩＩ．治療用組成物
本明細書に提供されるのは、本明細書に記載される方法において有用なＳＣＤ１アンタゴニストである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、及び／又はポリヌクレオチドである。
【０１５７】
Ａ．抗体
一態様において、本明細書に提供されるのは、ＳＣＤ１に結合する単離された抗体である。上記実施態様の何れかにおいて、抗体はヒト化されている。本発明の更なる態様では、上記実施態様のいずれかに記載の抗ＳＣＤ１抗体は、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様において、抗ＳＣＤ１抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。その他の態様において、抗体は、全長抗体、例えば、インタクトなＩｇＧ１抗体、又は本明細書において定義された他の抗体クラス又はアイソタイプである。
【０１５８】
更なる態様にて、以下のセクションで説明されるように、上記実施態様のいずれかに記載の抗ＳＣＤ１抗体は、単独または組み合わせで、任意の特徴を組み込むことができる：
【０１５９】
抗体親和性
ある実施態様において、本明細書に提供される抗体は、１μＭ以下の解離定数（Ｋｄ）を有する。一実施態様において、以下のアッセイにより説明されるように、Ｋｄは、目的の抗体のＦａｂ型とその抗原を用いて実施される放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）により測定される。非標識抗原の力価測定系の存在下で、最小濃度の（１２５Ｉ）−標識抗原にてＦａｂを均衡化して、抗Ｆａｂ抗体コートプレートと結合した抗原を捕獲することによって抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性を測定する（例としてChen, et al., J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)を参照）。アッセイの条件を決めるために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート(Thermo Scientific)を５μｇ／ｍｌの捕獲抗Ｆａｂ抗体(Cappel Labs)を含む５０ｍＭ炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）にて一晩コートして、その後２％（ｗ／ｖ）のウシ血清アルブミンを含むＰＢＳにて室温（およそ２３℃）で２〜５時間、ブロックする。非吸着プレート（Ｎｕｎｃ＃２６９６２０）に、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を段階希釈した所望のＦａｂと混合する（例えば、Presta等, (1997) Cancer Res. 57: 4593-4599の抗ＶＥＧＦ抗体、Ｆａｂ−１２の評価と一致する）。ついで目的のＦａｂを一晩インキュベートする；しかし、インキュベーションは平衡状態に達したことを確認するまでに長時間（例えばおよそ６５時間）かかるかもしれない。その後、混合物を捕獲プレートに移し、室温で（例えば１時間）インキュベートする。そして、溶液を取り除き、プレートを０．１％のポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０（登録商標））を含むＰＢＳにて８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μｌ／ウェルの閃光物質（ＭＩＣＲＯＳＣＩＮＴ−２０ＴＭ；Packard）を加え、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴＴＭγ計測器(Packard)にて１０分間計測する。最大結合の２０％か又はそれ以下濃度のＦａｂを選択してそれぞれ競合結合測定に用いる。
【０１６０】
他の実施態様によると、〜１０反応単位（ＲＵ）の固定した抗原ＣＭ５チップを用いて２５℃のＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００(BIAcore, Inc., Piscataway, NJ)を用いる表面プラズモン共鳴アッセイを使用してＫｄを測定する。簡単に言うと、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ(CM5, BIACORE Inc.)を、提供者の指示書に従ってＮ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシニミド（ＮＨＳ）で活性化する。抗原を１０ｍＭ酢酸ナトリウム（ｐＨ４．８）で５μｇ／ｍｌ（〜０．２μＭ）に希釈し、結合したタンパク質の反応単位（ＲＵ）がおよそ１０になるように５μｌ／分の流速で注入する。抗原の注入後、反応しない群をブロックするために１Ｍのエタノールアミンを注入する。動力学的な測定のために、Ｆａｂの２倍の段階希釈（０．７８ｎＭから５００ｎＭ）を、２５℃で、およそ２５μｌ／分の流速で０．０５％ポリソルベート２０（ＴＷＥＥＮ−２０ＴＭ）界面活性剤（ＰＢＳＴ）を含むＰＢＳに注入する。会合及び解離のセンサーグラムを同時にフィットさせることによる単純一対一ラングミュア結合モデル(simple one-to-one Langmuir binding model)（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン３．２）を用いて、会合速度（ｋｏｎ）と解離速度（ｋｏｆｆ）を算出した。平衡解離定数（Ｋｄ）をｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出した。例えば、Chen et al., J. Mol. Biol. 293:865-881 (1999)を参照。上記の表面プラスモン共鳴アッセイによる結合速度が１０６Ｍ−１ｓ−１を上回る場合、分光計、例えば、流動停止を備えた分光光度計(stop-flow equipped spectrophometer)(Aviv Instruments)又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯＴＭ分光光度計(ThermoSpectronic)で測定される、漸増濃度の抗原の存在下にて、ＰＢＳ（ｐＨ７．２）中、２５℃の、２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ型）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ；放出＝３４０ｎｍ、帯域通過＝１６ｎｍ）の増加又は減少を測定する蛍光消光技術を用いて結合速度を測定することができる。
【０１６１】
抗体断片
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、抗体断片である。抗体断片は、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆａｂ’−ＳＨ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ，及びｓｃＦｖ断片、及び下記の他の断片を含む。所定の抗体断片の総説については、 Hudson et al. Nat. Med. 9:129-134 (2003)を参照。ｓｃＦｖ断片の総説については、例えば、Pluckthun, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)を参照；また、国際公開第９３／１６１８５号；及び米国特許第５，５７１，８９４号及び第５，５８７，４５８号も参照。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含み、かつインビボ半減期を増加させたＦａｂ及びＦ（ａｂ’）２断片の議論については、米国特許第５８６９０４６号を参照のこと。
【０１６２】
ダイアボディは２価または二重特異性であり得る２つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許第４０４，０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003); 及びHollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照。トリアボディ及びテトラボディもまた Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
【０１６３】
単一ドメイン抗体は、抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部、又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部を含む抗体断片である。所定の実施態様において、単一ドメイン抗体は、ヒト単一ドメイン抗体である（Domantis, Inc., Waltham, MA；例えば、米国特許第６，２４８，５１６ Ｂ１号を参照）。
【０１６４】
抗体断片は様々な技術で作成することができ、限定されないが、本明細書に記載するように、インタクトな抗体の分解、並びに組換え宿主細胞（例えば、大腸菌又はファージ）による生産を含む。
【０１６５】
キメラ及びヒト化抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、キメラ抗体である。所定のキメラ抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びMorrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))に記載されている。一例において、キメラ抗体は、非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又はサル等の非ヒト霊長類由来の可変領域）及びヒト定常領域を含む。更なる例において、キメラ抗体は、クラスまたはサブクラスが親抗体のものから変更された「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体は、その抗原結合断片を含む。
【０１６６】
所定の実施態様において、キメラ抗体は、ヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、ヒトに対する免疫原性を低減するために、親の非ヒト抗体の特異性と親和性を保持したまま、ヒト化されている。一般に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えば、ＣＤＲ（またはその一部）が、非ヒト抗体から由来し、ＦＲ（またはその一部）がヒト抗体配列に由来する、一以上の可変ドメインを含む。ヒト化抗体はまた、任意で、ヒト定常領域の少なくとも一部をも含む。幾つかの実施態様において、ヒト化抗体の幾つかのＦＲ残基は、抗体特異性又は親和性を回復もしくは改善するめに、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が由来する抗体）由来の対応する残基で置換されている。
【０１６７】
ヒト化抗体およびそれらの製造方法は、例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)に総説され、更に、 Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989)；米国特許第５，８２１，３３７号、第７，５２７，７９１号、第６，９８２，３２１号及び第７，０８７，４０９号；Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005) （ＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）グラフティングを記述）； Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991)（「リサーフェシング」を記述）； Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005) （「ＦＲシャッフリング」を記述）；及びOsbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 及びKlimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000) （ＦＲのシャッフリングへの「誘導選択」アプローチを記述）に記載されている。
【０１６８】
ヒト化に用いられ得るヒトフレームワーク領域は、限定されないが、「ベストフィット」法を用いて選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993))；軽鎖または重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列由来のフレームワーク領域（例えば、Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；及びPresta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)を参照）；ヒト成熟（体細胞変異）フレームワーク領域またはヒト生殖細胞系フレームワーク領域（例えば、Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照）；及びＦＲライブラリスクリーニング由来のフレームワーク領域（例えば、Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997)及び Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)を参照）を含む。
【０１６９】
ヒト抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、ヒト抗体である。ヒト抗体は、当技術分野で公知の様々な技術を用いて生産することができる。ヒト抗体は一般的にvan Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 及びLonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)に記載されている。
【０１７０】
ヒト抗体は、抗原チャレンジに応答して、インタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を持つ又はインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に、免疫原を投与することにより調製することができる。このような動物は、典型的には、内因性免疫グロブリン遺伝子座を置換するか、又は染色体外に存在するかもしくは動物の染色体にランダムに組み込まれている、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全てまたは一部を含む。このようなトランスジェニックマウスでは、内因性免疫グロブリン遺伝子座は、一般的に不活性化される。トランスジェニック動物からヒト抗体を得るための方法の総説については、 Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照。また、例えば、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術を記載している、米国特許第６，０７５，１８１号及び６，１５０，５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載している米国特許第５，７７０，４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載している米国特許第７，０４１，８７０号及び、ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載している米国特許出願公開第２００７／００６１９００号）を参照。このような動物で生成されたインタクトな抗体由来のヒト可変領域は、例えば、異なるヒト定常領域と組み合わせることにより、更に改変される可能性がある。
【０１７１】
ヒト抗体は、ハイブリドーマベース法によって作成することができる。ヒトモノクローナル抗体の産生のためのヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ細胞株が記載されている。（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；及びBoerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して生成されたヒト抗体はまた、Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)に記載されている。更なる方法は、例えば、米国特許第７，１８９，８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の産生を記載している）及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)（ヒト−ヒトハイブリドーマを記載している）に記載されたものを含む。ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）もまた、Vollmers and Brandlein, Histol. Histopathol., 20(3):927-937 (2005)及びVollmers and Brandlein, Methods Find Exp. Clin. Pharmacol., 27(3):185-91 (2005)に記載される。
【０１７２】
ヒト抗体はまた、ヒト由来のファージディスプレイライブラリーから選択されたＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することによって生成され得る。このような可変ドメイン配列は、次に所望のヒト定常ドメインと組み合わせてもよい。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術が、以下に説明される。
【０１７３】
ライブラリー由来の抗体
本発明の抗体は、所望の活性または活性（複数）を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることによって単離することができる。例えば、様々な方法が、ファージディスプレイライブラリーを生成し、所望の結合特性を有する抗体についてのライブラリーをスクリーニングするために、当該技術分野で知られている。そのような方法は、例えば、Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001)に総説され、更に、例えば、McCafferty et al., Nature 348:552-554; Clackson et al., Nature 352: 624-628 (1991); Marks et al., J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992); Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248:161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al., J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004); Lee et al., J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004); Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004); 及びLee et al., J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)に記載されている。
【０１７４】
所定のファージディスプレイ法において、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーがポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）により個別にクローニングされ、ファージライブラリーにランダムに再結合され、その後、Winter et al., Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されるように、抗原結合ファージについてスクリーニングすることができる。ファージは、通常、抗体断片を、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）断片、またはＦａｂ断片のいずれかとして提示する。免疫された起源からのライブラリーは、ハイブリドーマを構築する必要性を伴うことなく免疫原に高親和性抗体を提供する。あるいは、Griffiths et al., EMBO J, 12: 12-734 (1993)に記載されるように、ナイーブなレパートリーを（例えば、ヒトから）クローン化することにより、任意の免疫感作無しで、広範囲の非自己抗原及びまた自己抗原に対して、抗体の単一起源を提供することができる。最後に、ナイーブライブラリはまた、Hoogenboom and Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)に記載されるように、高度に可変性のＣＤＲ３領域をコードし、インビトロで再構成を達成するために、幹細胞由来の未再配置のＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用することにより合成することができる。ヒト抗体ファージライブラリーを記述する特許公報は、例えば、米国特許第５，７５０，３７３号、及び米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、第２００５／０１１９４５５号、第２００５／０２６６０００号、第２００７／０１１７１２６号、第２００７／０１６０５９８号、第２００７／０２３７７６４号、第２００７／０２９２９３６号及び第２００９／０００２３６０を含む。
【０１７５】
ヒト抗体ライブラリーから単離された抗体又は抗体断片は、本明細書でヒト抗体又はヒト抗体の断片とみなされる。
【０１７６】
６．多重特異性抗体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体は、多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある実施態様において、結合特異性の一つはＳＣＤ１に対してであり、他は、任意の他の抗原に対してである。ある実施態様において、二重特異性抗体は、ＳＣＤ１の２つの異なるエピトープに結合することができる。二重特異性抗体はまたＳＣＤ１を発現する細胞に対して細胞傷害性薬物を局在化させるために用いることができる。二重特異性抗体は、全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
【０１７７】
多重特異性抗体を作製するための技術は、限定されないが、異なる特異性を有する２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の組換え共発現(Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983))、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker et al., EMBO J. 10: 3655 (1991)を参照）及び「ノブ・イン・ホール(knob-in-hole)エンジニアリング（例えば、米国特許第５，７３１，１６８号を参照）を含む。多重特異抗体はまた、抗体のＦｃ−ヘテロ２量体分子を作成するための静電ステアリング効果を操作すること（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）、２つ以上の抗体又は断片を架橋すること（例えば米国特許第４，６７６，９８０号、及びBrennan et al., Science, 229: 81 (1985)を参照）、２重特異性抗体を生成するためにロイシンジッパーを使用すること（例えば、Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)を参照）、二重特異性抗体フラグメントを作製するため、「ダイアボディ」技術を使用すること（例えば、Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)を参照）、単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）ダイマーを使用すること（例えば、Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照）、及び、例えばTutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)に記載されているように、三重特異性抗体を調製することによって作成することができる。
【０１７８】
「オクトパス抗体」を含む、３つ以上の機能性抗原結合部位を持つ改変抗体もまた本明細書に含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６Ａ１号を参照）。
本明細書中の抗体又は断片はまた、ＳＣＤ１並びにその他の異なる抗原（例えば米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号参照）に結合する抗原結合部位を含む、「２重作用(Dual Acting) ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」を含む。
【０１７９】
７．抗体変異体
グリコシル化変異体
所定の実施態様において、本明細書で提供される抗体は、抗体がグリコシル化される程度を増加または減少するように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加または欠失は、一以上のグリコシル化部位が作成または削除されるようにアミノ酸配列を変えることによって簡便に達成することができる。
【０１８０】
抗体がＦｃ領域を含む場合には、それに付着する糖を変えることができる。哺乳動物細胞によって生成された天然型抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７にＮ−結合により一般的に付着した分岐鎖、二分岐オリゴ糖を含んでいる。例えばWright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照。オリゴ糖は、様々な炭水化物、例えば、二分岐オリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合した、マンノース、Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）、ガラクトース、シアル酸、並びにフコースを含み得る。幾つかの実施態様において、本発明の抗体におけるオリゴ糖の改変は、一定の改善された特性を有する抗体変異体を作成するために行われ得る。
【０１８１】
一実施態様において、抗体変異体は、Ｆｃ領域に（直接または間接的に）付着されたフコースを欠いた糖鎖構造を有して提供される。例えば、このような抗体のフコース量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％、または２０％から４０％であり得る。フコースの量は、例えば、国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定されるＡｓｎ２９７に付着しているすべての糖構造の合計（例えば、コンプレックス、ハイブリッド及び高マンノース構造）に対して、Ａｓｎ２９７の糖鎖中のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７は、Ｆｃ領域（Ｆｃ領域残基のＥＵ番号付け）でおよそ２９７の位置に位置するアスパラギン残基を指し、しかし、Ａｓｎ２９７もまた位置２９７の上流または下流のおよそ±３アミノ酸に、すなわち抗体の軽微な配列変異に起因して、位置２９４と３００の間に配置され得る。このようなフコシル化変異体はＡＤＣＣ機能を改善させた可能性がある。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号(Presta, L.)；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（協和発酵工業株式会社）を参照。「フコース非修飾」又は「フコース欠損」抗体変異体に関連する出版物の例としては、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号、国際公開第２０００／６１７３９号、国際公開第２００１／２９２４６号、米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号、米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号、米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号、米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号、米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号、米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号、米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号、国際公開第２００３／０８５１１９号、国際公開第２００３／０８４５７０号、国際公開第２００５／０３５５８６号、国際公開第２００５／０３５７７８号、国際公開第２００５／０５３７４２号、国際公開第２００２／０３１１４０号、Okazaki et al. J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)が含まれる。非フコシル化抗体を産生する能力を有する細胞株の例としては、タンパク質フコシル化を欠損しているＬｅｃ１３ ＣＨＯ細胞(Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986);米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８ Ａ１号，Presta, L；及び国際公開第２００４／０５６３１２ Ａ１号，Adamsら、特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、例えばアルファ−１、６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）を含む。
【０１８２】
抗体変異体は、例えば、抗体のＦｃ領域に結合した二分岐オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃによって二分されている二分オリゴ糖を更に備えている。このような抗体変異体はフコシル化を減少させ、及び／又はＡＤＣＣ機能を改善している可能性がある。そのような抗体変異体の例は、例えば、国際公開第２００３／０１１８７８号（Jean-Mairettら）；米国特許第６，６０２，６８４号（Umanaら）；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Umanaら）に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖内に少なくとも１つのガラクトース残基を持つ抗体変異体も提供される。このような抗体変異体はＣＤＣ機能を改善させた可能性がある。このような抗体変異体は、例えば、国際公開第１９９７／３００８７号（Patelら）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Raju, S.）；及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Raju, S.）に記載されている。
【０１８３】
Ｆｃ領域変異体
ある実施態様において、１つまたは複数のアミノ酸改変を、本明細書で提供される抗体のＦｃ領域に導入することができ、それによってＦｃ領域変異体を生成する。Ｆｃ領域の変異体は、１つまたは複数のアミノ酸位置においてアミノ酸修飾（例えば置換）を含むヒトＦｃ領域の配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４のＦｃ領域）を含んでもよい。
【０１８４】
ある実施態様において、本発明は、インビボにおける抗体の半減期が重要であるが、ある種のエフェクター機能（例えば補体およびＡＤＣＣなど）が不要または有害である用途のための望ましい候補とならしめる、全てではないが一部のエフェクター機能を有する抗体変異体を意図している。インビトロ及び／又はインビボでの細胞毒性アッセイを、ＣＤＣ活性及び／又はＡＤＣＣ活性の減少／枯渇を確認するために行うことができる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイは、抗体がＦｃγＲ結合を欠くが（それゆえ、おそらくＡＤＣＣ活性を欠く）、ＦｃＲｎ結合能力を保持していることを確認するために行うことができる。ＡＤＣＣ、ＮＫ細胞を媒介する初代細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現するが、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血細胞におけるＦｃＲの発現は、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)の４６４ページの表３に要約されている。目的の分子のＡＤＣＣ活性を評価するためのインビトロアッセイの非限定的な例は、米国特許第５，５００，３６２号（例えば、Hellstrom, I. et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)を参照）及びHellstrom, I et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)；第５，８２１，３３７号（例えば、Bruggemann, M. et al., J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)を参照）に説明される。あるいは、非放射性アッセイ法を用いることができる（例えば、フローサイトメトリー用のＡＣＴＩＴＭ非放射性細胞傷害性アッセイ(CellTechnology, Inc. Mountain View, CA；及びＣｙｔｏＴｏｘ９６（登録商標）非放射性細胞傷害性アッセイ(Promega, Madison, WI)を参照。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる。あるいは、又は更に、目的の分子のＡＤＣＣ活性は、Clynes et al., PNAS USA 95:652-656 (1998)に開示されるように、インビボで、例えば動物モデルにおいて評価することができる。Ｃ１ｑ結合アッセイはまた、抗体が体Ｃ１ｑを結合することができないこと、したがって、ＣＤＣ活性を欠いていることを確認するために行うことができる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号のＣ１ｑおよびＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを行うことができる（例えば、Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragg, M.S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003)；及びCragg, M.S. and M.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)を参照）。ＦｃＲｎ結合、及びインビボでのクリアランス／半減期の測定はまた、当該分野で公知の方法を用いて行うことができる（例えば、Petkova, S.B. et al., Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)を参照）。
【０１８５】
エフェクター機能が減少した抗体は、Ｆｃ領域の残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７、３２９の一つ以上の置換を有するものが含まれる（米国特許第６７３７０５６号）。そのようなＦｃ変異体は、残基２６５及び２９７のアラニンへの置換を有する、いわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む、アミノ酸位置２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７の２以上での置換を有するＦｃ変異体を含む（米国特許第７，３３２，５８１号）。
【０１８６】
ＦｃＲへの結合を改善又は減少させた特定の抗体変異体が記載されている。（例えば、米国特許第６，７３７，０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号、及びShields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照）。所定の実施態様において、抗体変異体はＡＤＣＣを改善する１つまたは複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４における置換（ＥＵの残基番号付け）を含む。幾幾つかの実施態様において、改変された（すなわち改善されたか減少した）Ｃ１ｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を生じる、Ｆｃ領域における改変がなされ、例えば、米国特許第６，１９４，５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)に説明される。
【０１８７】
増加した半減期を持ち、胎仔への母性ＩｇＧの移送を担う、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善された抗体 (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 及びKim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１号(Hinton et al.)に記載されている。これらの抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する一つまたは複数の置換を有するＦｃ領域を含む。このようなＦｃ変異体は、Ｆｃ領域の残基の１以上の置換を有するものが含まれる：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４、例えば、Ｆｃ領域の残基４３４の置換（米国特許第７，３７１，８２６号）。Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988)；  米国特許第５，６４８，２６０号；米国特許第５，６２４，８２１号；及び、Ｆｃ領域の変異体の他の例に関しては国際公開第９４／２９３５１号も参照のこと。
【０１８８】
システイン操作抗体変異体
ある実施態様において、抗体の１つ以上の残基がシステイン残基で置換されている、システイン操作抗体、例えば、「ｔｈｉｏＭＡｂ」を作成することが望まれ得る。特定の実施態様において、置換された残基は、抗体のアクセス可能な部位で生じる。それらの残基をシステインで置換することにより、反応性チオール基は、それによって抗体のアクセス可能な部位に配置され、本明細書中でさらに記載されるように、イムノコンジュゲーを作成するために、例えば薬物部分またはリンカー−薬剤部分などの他の部分に抗体をコンジュゲートするために使用することができる。ある実施態様において、一以上の以下の残基がシステインで置換され得る：軽鎖のＶ２０５（Ｋａｂａｔの番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン操作抗体は、例えば、米国特許第７５２１５４１号に記載のように生成され得る。
【０１８９】
イムノコンジュゲート
本明細書に更に提供されるのは、化学療法剤又は薬物、成長抑制剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、または動物起源の酵素活性毒素、又はそれらの断片）、又は放射性同位元素など、１つ以上の細胞傷害性薬物にコンジュゲートした本明細書中の抗Ａｘｌ抗体を含むイムノコンジュゲートである。
【０１９０】
一実施態様において、イムノコンジュゲートは、抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）であって、そこでは抗体は、限定されないが、メイタンシノイド（米国特許第５２０８０２０号、第５４１６０６４号及び欧州特許ＥＰ０ ４２５２３５ Ｂ１を参照）；モノメチルアウリスタチン薬物部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）（米国特許第５６３５４８３号及び５７８０５８８号及び７４９８２９８号を参照）などのアウリスタチン；ドラスタチン、カリケアマイシン又はその誘導体（米国特許第５７１２３７４号、５７１４５８６号、５７３９１１６号、５７６７２８５号、５７７０７０１号、５７７０７１０号、５７７３００１号、及び５８７７２９６号を参照；Hinman et al., Cancer Res. 53:3336-3342 (1993)；及びLode et al., Cancer Res. 58:2925-2928 (1998))；ダウノマイシン又はドキソルビシンなどのアントラサイクリン (Kratz et al., Current Med. Chem. 13:477-523 (2006); Jeffrey et al., Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006); Torgov et al., Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005); Nagy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000); Dubowchik et al., Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002); King et al., J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002)；及び米国特許第６，６３０，５７９号を参照）；メトトレキサート、ビンデシン、ドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセルなどのタキサン、トリコテセン、及びＣＣ１０６５を含む一つ以上の薬物とコンジュゲートしている。
【０１９１】
その他の実施態様において、イムノコンジュゲートは、酵素的に活性な毒素又はその断片にコンジュゲートした、本明細書に記載の抗体を含み、限定されないが、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、（緑膿菌からの）外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデクシン(modeccin)Ａ鎖、アルファ−サルシン、アレウリテス・フォーディ(Aleurites fordii)タンパク質、ジアンチン(dianthin)タンパク質、フィトラカ・アメリカーナ(Phytolaca americana)タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、モモルディカ・チャランチア(momordica charantia)インヒビター、クルシン(curcin)、クロチン（ｃｒｏｔｉｎ）、サパオナリア・オフィシナリス(sapaonaria oficinalis)インヒビター、ゲロニン(gelonin)、ミトゲリン(mitogellin)、レストリクトシン(restrictocin)、フェノマイシン(phenomycin)、エノマイシン(enomycin)及びトリコテセン(tricothecene)が含まれる。
【０１９２】
その他の実施態様では、イムノコンジュゲートは、放射性コンジュゲートを形成するために放射性原子にコンジュゲートした本明細書に記載されるような抗体を含む。様々な放射性同位体が放射性コンジュゲートの生産のために入手可能である。例としては、Ａｔ２１１，Ｉ１３１，Ｉ１２５，Ｙ９０，Ｒｅ１８６，Ｒｅ１８８，Ｓｍ１５３，Ｂｉ２１２，Ｐ３２，Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体を含む。放射性コンジュゲートが検出に使用される場合、それはシンチグラフィー研究用の放射性原子、例えばｔｃ９９又はＩ１２３、又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）映像（磁気共鳴映像、ｍｒｉとしても公知）用のスピン標識、例えばヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン又は鉄を含有し得る。
【０１９３】
抗体と細胞傷害性薬物のコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ−スクシンイミジル３−（２−ピリジルチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの２官能性誘導体（例えばジメチルアジピミデートＨＣｌ）、活性エステル（例えばジスクシンイミジルズベレート）、アルデヒド（例えばグルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えばビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビスジアゾニウム誘導体（例えばビス（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えばトルエン２，６−ジイソシアネート）及びビス活性フッ素化合物（例えば１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）など、を使って作成され得る。Vitetta et al., Science 238:1098 (1987)に記載されるように、例えば、リシンイムノトキシンを調製することができる。カーボン−１４−標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレントリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は、放射性ヌクレオチドの抗体へのコンジュゲーションのためのキレート剤の例である国際公開第９４／１１０２６号を参照。リンカーは、細胞中に細胞毒性薬物の放出を容易にする「切断可能なリンカー」であり得る。例えば、酸に不安定なリンカー、ペプチダーゼ過敏性リンカー、光解離性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー(Chari et al., Cancer Res. 52:127-131 (1992)；米国特許第５，２０８，０２０号）が使用され得る。
【０１９４】
本明細書において、イムノコンジュゲート又はＡＤＣは、限定されないが、市販の（例えばPierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.Aからの）、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣ、及びスルホ−ＳＭＰＢ、ＳＶＳＢ（スクシンイミジル（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）を含むクロスリンカー試薬を用いて調製されるコンジュゲートを明示的に意図する。
【０１９５】
Ｃ．結合ポリペプチド
結合ポリペプチドは、本明細書に記載されるように、ＳＣＤ１に、好ましくは特異的に結合するポリペプチドである。幾つかの実施態様において、結合ポリペプチドはＳＣＤ１アンタゴニストである。結合ポリペプチドは既知のオリゴペプチド合成手法を用いて化学的に合成することができるか、又は組換え技術を用いて調製され、精製することができる。結合ポリペプチドは、通常長さが少なくとも５個のアミノ酸であり、あるいは長さが少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００アミノ酸かそれ以上であり、本明細書に記載されるように、標的のＳＣＤ１に、好ましくは、特異的に結合することが可能である。結合ポリペプチドは、周知の技術を用いて過度の実験なしに同定することができる。この点に関して、ポリペプチド標的に特異的に結合することができる結合ポリペプチドについて、ポリペプチドライブラリーをスクリーニングするための技術が、当技術分野において周知であることが留意される（例えば、米国特許第５，５５６，７６２号、第５，７５０，３７３号、第４，７０８，８７１号、第４，８３３，０９２号、第５，２２３，４０９号、第５，４０３，４８４号、第５，５７１，６８９号、第５，６６３，１４３号；ＰＣＴ公開番号国際公開第８４／０３５０６号及び国際公開第８４／０３５６４号； Geysen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 81:3998-4002 (1984); Geysen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 82:178-182 (1985); Geysen et al., in Synthetic Peptides as Antigens, 130-149 (1986); Geysen et al., J. Immunol. Meth., 102:259-274 (1987); Schoofs et al., J. Immunol., 140:611-616 (1988), Cwirla, S. E. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378; Lowman, H.B. et al. (1991) Biochemistry, 30:10832; Clackson, T. et al. (1991) Nature, 352: 624; Marks, J. D. et al. (1991), J. Mol. Biol., 222:581; Kang, A.S. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363, and Smith, G. P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668)。
【０１９６】
この点に関して、バクテリオファージ（ファージ）ディスプレイは１つの周知の技術であり、標的ポリペプチドのＳＣＤ１に特異的に結合することができるこれらのライブラリのメンバーを同定するため、大規模なポリペプチドライブラリーをスクリーニングすることができる。ファージディスプレイは、変異体ポリペプチドが、バクテリオファージ粒子の表面上のコートタンパク質への融合タンパク質として表示される技術である (Scott, J.K. and Smith, G. P. (1990) Science, 249: 386)。ファージディスプレイ法の有用性は、選択的にランダム化されたタンパク質変異体（またはランダムにクローニングされたｃＤＮＡ）の大規模なライブラリーを、高親和性で標的分子に結合するそれらの配列について迅速かつ効率的にソートすることができるという事実にある。ファージ上のペプチド(Cwirla, S. E. et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378)又はタンパク質(Lowman, H.B. et al. (1991) Biochemistry, 30:10832; Clackson, T. et al. (1991) Nature, 352: 624; Marks, J. D. et al. (1991), J. Mol. Biol., 222:581; Kang, A.S. et al. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363)のライブラリーの表示は、特定の結合特性を有するものについて、何百万ものポリペプチドまたはオリゴペプチドをスクリーニングするために使用されている (Smith, G. P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668)。ランダム変異体のファージライブラリーをソートすることは、多数の変異体を構築して増殖するための戦略、標的受容体を用いた親和性精製のための手順、及び結合濃縮の結果を評価する方法が必要である。米国特許第５，２２３，４０９号、第５，４０３，４８４号、第５，５７１，６８９号、及び第５，６６３，１４３号。
【０１９７】
ほとんどのファージディスプレイ法は、糸状ファージ、λファージディスプレイシステムを使用していたが（国際公開第９５／３４６８３号；米国特許第５，６２７，０２４号）、Ｔ４ファージディスプレイシステム(Ren et al., Gene, 215: 439 (1998); Zhu et al., Cancer Research, 58(15): 3209-3214 (1998); Jiang et al., Infection & Immunity, 65(11): 4770-4777 (1997); Ren et al., Gene, 195(2):303-311 (1997); Ren, Protein Sci., 5: 1833 (1996); Efimov et al., Virus Genes, 10: 173 (1995))及びＴ７ファージディスプレイシステム(Smith and Scott, Methods in Enzymology, 217: 228-257 (1993)；米国特許第５，７６６，９０５号）も知られている。
【０１９８】
更なる改善は、選択された標的分子への結合についてペプチドライブラリーをスクリーニングし、及び所望の特性について、これらのタンパク質をスクリーニングする可能性を持つ機能性タンパク質を表示するディスプレイシステムの能力を増強する。ファージディスプレイ反応のためのコンビナトリアル反応装置が開発され（国際公開第９８／１４２７７号）、ファージディスプレイライブラリーは二分子相互作用（国際公開第９８／２０１６９号；国際公開第９８／２０１５９号）及び束縛されたヘリカルペプチドの性質（国際公開第９８／２００３６号）を分析し、調節するために使用されてきた。国際公開第９７／３５１９６号は、ファージディスプレイライブラリーが、リガンドが標的分子に結合する第一の溶液及びアフィニティーリガンドが標的分子に結合しないであろう第二の溶液と接触されて、結合するリガンドを選択的に単離する、アフィニティーリガンドを単離する方法を記載している。国際公開第９７／４６２５１号は、アフィニティ精製抗体でランダムファージディスプレイライブラリーをバイオパニングし、次いで結合ファージを単離し、その後マイクロプレートウェルを使用するマイクロパニングプロセスにより高親和性結合ファージを単離する方法を記載している。アフィニティータグを有する黄色ブドウ球菌プロテインＡの使用もまた報告されている (Li et al. (1998) Mol Biotech., 9:187)。国際公開第９７／４７３１４号は、ファージディスプレイライブラリーでもよいコンビナトリアルライブラリーを用いて酵素特異性を識別するための基質サブトラクションライブラリーの使用を記載している。ファージディスプレイに用いる界面活性剤における使用に適した酵素を選択する方法は、国際公開第９７／０９４４６号に記載されている。特異的結合タンパク質を選択する更なる方法が、米国特許第５，４９８，５３８号、第５，４３２，０１８号及び国際公開第９８／１５８３３号に記載されている。
【０１９９】
ペプチドライブラリーを作製し、これらのライブラリーをスクリーニングする方法もまた、米国特許第５，７２３，２８６号、第５，４３２，０１８号、第５，５８０，７１７号、第５，４２７，９０８号、第５，４９８，５３０号、第５，７７０，４３４号、第５，７３４，０１８号、第５，６９８，４２６号、第５，７６３，１９２号、及び第５，７２３，３２３号に開示されている。
【０２００】
Ｄ．結合小分子
本明細書中に提供されるのは、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストとして使用するための結合小分子である。
【０２０１】
結合小分子とは、本明細書に定義されるような結合ポリペプチド又は抗体以外の、記載されるＳＣＤ１に好ましくは特異的に結合する、好ましくは有機分子である。結合有機小分子が同定され、化学的に既知の方法論を用いて合成することができる（例えば、ＰＣＴ公開番号国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号を参照）。結合有機小分子は、通常約２０００ダルトン未満の大きさであり、あるいは、１５００、７５０、５００、２５０又は２００ダルトンより小さい大きさであって、本明細書に記載されるように、好ましくは特異的にポリペプチドに結合することができるそうした有機小分子は、周知の技術を用いて過度の実験なしに同定することができる。この点に関して、標的ポリペプチドに結合することができる分子について、有機小分子ライブラリーをスクリーニングするための技術は、当技術分野において周知であることが特記される（例えば、ＰＣＴ公開番号国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号を参照）。結合有機小分子は、例えば、アルデヒド、ケトン、オキシム、ヒドラゾン、セミカルバゾン、カルバジド、第一アミン、第二級アミン、第３級アミン、Ｎ−置換ヒドラジン、ヒドラジド、アルコール、エーテル、チオール、チオエーテル、ジスルフィド、カルボン酸、エステル、アミド、尿素、カルバメート、カーボネート、ケタール、チオケタール、アセタール、チオアセタール、ハロゲン化アリール、アリールスルホン酸塩、アルキルハライド、アルキルスルホン酸塩、芳香族化合物、複素環化合物、アニリン、アルケン、アルキン、ジオール、アミノアルコール、オキサゾリジン、オキサゾリン、チアゾリジン、チアゾリン、エナミン、スルホンアミド、エポキシド、アジリジン、イソシアネート、塩化スルホニル、ジアゾ化合物、酸塩化物等であり得る。
【０２０２】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、全体が参考として援用される国際公開第２００５／０１１６５５号及び／又は米国特許第２００５／０１１９２５１号に記載された化合物である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、式（Ｉ）の化合物である。
2015501301.tif 000003
式中、ｘ及びｙはそれぞれ独立して、１，２又は３であり；Ｗは、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１）−；−Ｃ（Ｏ）Ｎ［Ｃ（Ｏ）Ｒ１ａ］−，−Ｎ（Ｒ１）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１）−又は−Ｎ（Ｒ１）Ｃ（Ｏ）−であり；Ｖは−Ｃ（Ｏ）−，−Ｃ（Ｓ）−，又は−Ｃ（Ｒ１０）Ｈであり；各Ｒ１は、水素；ハロ、メチル又はトリフルオロメチルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ１−Ｃ６アルキル；及びメトキシ及びヒドロキシルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ２−Ｃ６アルキルからなる群から独立して選択され；Ｒ１ａは、水素、Ｃ１−Ｃ６アルキル及びシクロアルキルからなる群から選択され；Ｒ２は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、Ｃ２−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、アリール、Ｃ７−Ｃ１２アラルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル、Ｃ１−Ｃ１２ヘテロアリール及びＣ３−Ｃ１２ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；又はＲ２は、環がシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールからなる群から独立に選択され、一部又は全ての環がお互いに融合され得る、２から４の環を有する多重環構造であり；Ｒ３は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、Ｃ２−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、アリール、Ｃ７−Ｃ１２アラルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル、Ｃ１−Ｃ１２ヘテロアリール及びＣ３−Ｃ１２ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；又はＲ３は、環がシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールからなる群から独立に選択され、一部又は全ての環がお互いに融合され得る、２から４の環を有する多重環構造であり；Ｒ４及びＲ５は、各々独立して水素、フルオロ、クロロ、メチル、メトキシ、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロ又は−Ｎ（Ｒ１２）２から選択され；Ｒ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８、Ｒ８ａ、Ｒ９及びＲ９ａは、各々独立して水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから選択され；又は、Ｖが−Ｃ（Ｏ）−であるとき、Ｒ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共にオキソ基を形成しないことを条件として、Ｒ６及びＲ６ａは共に、又はＲ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共に、又はＲ９及びＲ９ａは共にオキソ基であり、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され；又はＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，及びＲ７ａの一はＲ８，Ｒ８ａ，Ｒ９及びＲ９ａの一と共にアルキレン架橋を形成し、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは、水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され；Ｒ１０は水素又はＣ１−Ｃ３アルキルであり；及び各Ｒ１２は水素又はＣ１−Ｃ６アルキルから独立して選択され；その立体異性体、エナンチオマー又は互変異性体、その薬学的に許容される塩、その薬学的組成物又はそのプロドラッグを含む。
【０２０３】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、式（ＩＩ）の化合物である。
2015501301.tif 000004
式中、ｘ及びｙはそれぞれ独立して、１，２または３であり；Ｗは−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１）−及び−Ｎ（Ｒ１）Ｃ（Ｏ）−から選択され；各Ｒ１は、水素；ハロ、メチル又はトリフルオロメチルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ１−Ｃ６アルキル；及びメトキシ及びヒドロキシルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ２−Ｃ６アルキルからなる群から独立して選択され；Ｒ２は、Ｃ７−Ｃ１２アルキル、Ｃ３−Ｃ１２アルケニル、Ｃ７−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、Ｃ１３−Ｃ１９アラルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル，及びＣ３−Ｃ１２ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；又はＲ２は、環がシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールからなる群から独立に選択され、一部又は全ての環がお互いに融合され得る、２から４の環を有する多重環構造であり；Ｒ３は、Ｃ３−Ｃ１２アルキル、Ｃ３−Ｃ１２アルケニル、Ｃ３−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ３−Ｃ１２アルコキシ、Ｃ３−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、アリール、Ｃ７−Ｃ１２アラルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル、Ｃ５−Ｃ１２ヘテロアリール及びＣ３−Ｃ１２ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；又はＲ３は、環がシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールからなる群から独立に選択され、一部又は全ての環がお互いに融合され得る、２から４の環を有する多重環構造であり；Ｒ４及びＲ５は、各々独立して水素、フルオロ、クロロ、メチル、メトキシ、トリフルオロメチルから選択され；及びＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは各々独立して水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから選択され；又は、Ｖが−Ｃ（Ｏ）−であるとき、Ｒ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共にオキソ基を形成しないことを条件として、Ｒ６及びＲ６ａは共に、又はＲ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共に、又はＲ９及びＲ９ａは共にオキソ基であり、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され；又はＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，及びＲ７ａの一はＲ８，Ｒ８ａ，Ｒ９及びＲ９ａの一と共にアルキレン架橋を形成し、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは、水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され、その立体異性体、エナンチオマー又は互変異性体、その薬学的に許容される塩、その薬学的組成物又はそのプロドラッグを含む。
【０２０４】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、式（ＩＩＩ）の化合物である。
2015501301.tif 000005
式中、ｘ及びｙはそれぞれ独立に１、２又は３であり；Ａは酸素又は硫黄であり；Ｗは、−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１）−及び−Ｎ（Ｒ１）Ｃ（Ｏ）−から選択され；各Ｒ１は、水素；ハロ、メチル又はトリフルオロメチルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ１−Ｃ６アルキル；及びメトキシ及びヒドロキシルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ２−Ｃ６アルキルからなる群から独立して選択され；Ｒ２は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、Ｃ３−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、アリール、Ｃ７−Ｃ１２アラルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル、Ｃ Ｃ１２ヘテロアリール及びＣ３−Ｃ１２ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；又はＲ２は、環がシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールからなる群から独立に選択され、一部又は全ての環がお互いに融合され得る、２から４の環を有する多重環構造であり；Ｒ３は、任意でチエニルで置換されるフェニルでないことを条件として、Ｒ３は、ハロ、シアノ、ニトロ、ヒドロキシ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ１−Ｃ６トリハロアルキル、Ｃ１−Ｃ６トリハロアルコキシ、Ｃ１−Ｃ６アルキルスルホニル、−Ｎ（Ｒ１１）２、−ＯＣ（Ｏ）Ｒ１１、−Ｃ（Ｏ）ＯＲ１１、−Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ１１）２、シクロアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロアリール及びヘテロアリールシクロアルキルであり；Ｒ４及びＲ５は、水素、フルオロ、クロロ、メチル、メトキシ及びトリフルオロメチルから各々独立に選択され；Ｒ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは、水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立に選択され；又は、Ｖが−Ｃ（Ｏ）−であるとき、Ｒ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共にオキソ基を形成しないことを条件として、Ｒ６及びＲ６ａは共に、又はＲ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共に、又はＲ９及びＲ９ａは共にオキソ基であり、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され；又は、Ｒ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，及びＲ７ａの一はＲ８，Ｒ８ａ，Ｒ９及びＲ９ａの一と共にアルキレン架橋を形成し、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは、水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され；及び各Ｒ１１は、水素、Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ３−Ｃ６シクロアルキル、アリール又はアラルキルから独立に選択され；その立体異性体、エナンチオマー又は互変異性体、その薬学的に許容される塩、その薬学的組成物又はそのプロドラッグを含む。
【０２０５】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、式（ＩＶ）の化合物である。
2015501301.tif 000006
式中、ｘ及びｙはそれぞれ独立して、１，２または３であり；各Ｒ１は、水素；ハロ、メチル又はトリフルオロメチルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ１−Ｃ６アルキル；及びメトキシ及びヒドロキシルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ２−Ｃ６アルキルからなる群から独立して選択され；Ｒ２は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル、アリール、Ｃ７−Ｃ１２アラルキル、Ｃ１−Ｃ１２のヘテロアリール及びＣ３−Ｃ１２ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；又はＲ２は、環がシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールからなる群から独立に選択され、一部又は全ての環がお互いに融合され得る、２から４の環を有する多重環構造であり；Ｒ３は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２のヒドロキシアルケニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、Ｃ２−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、アリール、Ｃ７−Ｃ１２アラルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル、Ｃ１−Ｃ１２ヘテロアリール及びＣ３−Ｃ１２ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；又はＲ３は、環がシクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール及びヘテロアリールからなる群から独立に選択され、一部又は全ての環がお互いに融合され得る、２から４の環を有する多重環構造であり；Ｒ４及びＲ５は、各々独立して水素、フルオロ、クロロ、メチル、メトキシ、トリフルオロメチルから選択され；及びＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは各々独立して水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから選択され；又は、Ｖが−Ｃ（Ｏ）−であるとき、Ｒ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共にオキソ基を形成しないことを条件として、Ｒ６及びＲ６ａは共に、又はＲ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共に、又はＲ９及びＲ９ａは共にオキソ基であり、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され；又はＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，及びＲ７ａの一はＲ８，Ｒ８ａ，Ｒ９及びＲ９ａの一と共にアルキレン架橋を形成し、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは、水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され、その立体異性体、エナンチオマー又は互変異性体、その薬学的に許容される塩、その薬学的組成物又はそのプロドラッグを含む。
【０２０６】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、式（Ｖａ）の化合物である。
2015501301.tif 000007
式中、ｘ及びｙはそれぞれ独立して、１，２または３であり；Ｗは−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１）−；−Ｎ（Ｒ１）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１）−又は−Ｎ（Ｒ１）Ｃ（Ｏ）−から選択され；各Ｒ１は、水素；ハロ、メチル又はトリフルオロメチルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ１−Ｃ６アルキル；及びメトキシ及びヒドロキシルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ２−Ｃ６アルキルからなる群から独立して選択され；Ｒ２は、Ｃ７−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ７−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、Ｃ２−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ１−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、Ｃ１３−Ｃ１９アラルキル、Ｃ１−Ｃ１２ヘテロシクリル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル、Ｃ１−Ｃ１２ヘテロアリール及びＣ３−Ｃ１２ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；Ｒ３は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、Ｃ２−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、アリール、Ｃ７−Ｃ１２アラルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル、Ｃ１−Ｃ１２ヘテロアリール及びＣ３−Ｃ１２のヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；Ｒ４及びＲ５は、各々独立して水素、フルオロ、クロロ、メチル、メトキシ、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロ又は−Ｎ（Ｒ１２）２から選択され；Ｒ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは各々独立して水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから選択され；又は、Ｖが−Ｃ（Ｏ）−であるとき、Ｒ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共にオキソ基を形成しないことを条件として、Ｒ６及びＲ６ａは共に、又はＲ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共に、又はＲ９及びＲ９ａは共にオキソ基であり、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され；又はＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，及びＲ７ａの一はＲ８，Ｒ８ａ，Ｒ９及びＲ９ａの一と共にアルキレン架橋を形成し、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは、水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され、Ｒ１０は水素又はＣ１−Ｃ３アルキルであり；かつ、しかしながら、Ｒ２はピラジニル、ピリジノニル、ピロリジノニルまたはイミダゾリルであり得ないことい条件として、各Ｒ１２は、水素又はＣ１−Ｃ６アルキルから独立して選択され；その立体異性体、エナンチオマー又は互変異性体、その薬学的に許容される塩、その薬学的組成物又はそのプロドラッグを含む。
【０２０７】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、式（Ｖｂ）の化合物である。
2015501301.tif 000008
式中、ｘ及びｙはそれぞれ独立して、１，２または３であり；Ｗは−Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１）−；−Ｎ（Ｒ１）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ１）−又は−Ｎ（Ｒ１）Ｃ（Ｏ）−から選択され；各Ｒ１は、水素；ハロ、メチル又はトリフルオロメチルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ１−Ｃ６アルキル；及びメトキシ及びヒドロキシルからなる群から選択される一又は複数の置換基により任意で置換されるＣ２−Ｃ６アルキルからなる群から独立して選択され；Ｒ２は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、Ｃ２−Ｃ１２アルコキシアルキル、Ｃ３−Ｃ１２シクロアルキル、Ｃ４−Ｃ１２シクロアルキルアルキル、アリール、Ｃ７−Ｃ１２アラルキル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリル、Ｃ３−Ｃ１２ヘテロシクリルアルキル、Ｃ１−Ｃ１２ヘテロアリール及びＣ３−Ｃ１２ヘテロアリールアルキルからなる群から選択され；Ｒ３は、Ｃ７−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルキル、Ｃ２−Ｃ１２ヒドロキシアルケニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ又はＣ２−Ｃ１２アルコキシアルキルからなる群から選択され；Ｒ４及びＲ５は、各々独立して水素、フルオロ、クロロ、メチル、メトキシ、トリフルオロメチル、シアノ、ニトロ又は−Ｎ（Ｒ１２）２から選択され；Ｒ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは各々独立して水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから選択され；又は、Ｖが−Ｃ（Ｏ）−であるとき、Ｒ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共にオキソ基を形成しないことを条件として、Ｒ６及びＲ６ａは共に、又はＲ７及びＲ７ａは共に、又はＲ８及びＲ８ａは共に、又はＲ９及びＲ９ａは共にオキソ基であり、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され；又はＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，及びＲ７ａの一はＲ８，Ｒ８ａ，Ｒ９及びＲ９ａの一と共にアルキレン架橋を形成し、一方残りのＲ６，Ｒ６ａ，Ｒ７，Ｒ７ａ，Ｒ８，Ｒ８ａ，Ｒ９，及びＲ９ａは、水素又はＣ１−Ｃ３アルキルから各々独立して選択され、Ｒ１０は水素又はＣ１−Ｃ３アルキルであり；及び各Ｒ１２は、水素又はＣ１−Ｃ６アルキルから独立して選択される；その立体異性体、エナンチオマー又は互変異性体、その薬学的に許容される塩、その薬学的組成物又はそのプロドラッグとして。
【０２０８】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、米国特許出願公開第２００５０１１９２５１号、国際公開第２００６０１４１６８号、国際公開第２００６０３４４４１号、国際公開第２００６０３４３１２号、国際公開第２００６０３４３１５号、国際公開第２００６１２５１９４号、国際公開第２００７０４６８６８号、国際公開第２００７０５０１２４号、国際公開第２００６０３４２７９号、国際公開第２００６０３４３３８号、国際公開第２００６１２５１８１号、国際公開第２００７０４４０８５号、国際公開第２００７０４６８６７号、国際公開第２００６０３４３４１号、国際公開第２００６１０１５２１号、国際公開第２００６１２５１７９号、国際公開第２００６０３４４４０号、国際公開第２００６０３４４４６号、国際公開第２００６１２５１７８号、国際公開第２００６１２５１８０号、国際公開第２００７１３６７４６号、国際公開第２００７１３００７５号、国際公開第２００７１４３５９７号、国際公開第２００８０２４３９０号、国際公開第２００８０３６７１５号、国際公開第２００８０７４８３５号、国際公開第２００８１２７３４９に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。
【０２０９】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、一端が官能化ピペラジンベンズアミドで置換された中央のピリダジン／ピリジンを含み、もう一方の端にカルボキシアミドを含む。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、化合物１である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１小分子アンタゴニストは、化合物２である。
2015501301.tif 000009
【０２１０】
幾つかの実施態様において、ピリダジン／ピリジンコアは、以下に示すように、ピリミジン（両方の位置異性体）及びピラジン、ピリジノン、フェニル環、イミダゾロピリダジン(imidazolopyridazine)及びベンズイミダゾールを含む他の単環式及び二環式環で置換されている。
2015501301.tif 000010
【０２１１】
幾つかの実施態様において、六員ヘテロアリール環は、ピリダジンサロゲートとして、［１，２，４］チアジアゾール、ピラゾール、及びチアゾールなどの５員環で置換することができる。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５である。
2015501301.tif 000011
【０２１２】
幾つかの実施態様において、ピリダジン環は、非環式アミジン構造に変更される。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、非芳香族チアゾリジンジオンピペリジン誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、テトラヒドロ−１，６−ナフチリジンに融合している。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、テトラヒドロフロ［２，３−ｃ］ピリジンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物９である。
2015501301.tif 000012
【０２１３】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピペラジンベンズアミドである。幾つかの実施態様において、ピペラジンベンズアミドは、ピペリジンベンズアミドに修飾される。幾つかの実施態様において、ピペラジンベンズアミドは、アニリンピペリジン（反対側の窒素）及び二環式３−アザビシクロ［３．１．０］ヘキサン−６−アミンに修飾される。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピペリジンおよびフェニル環の間に二重結合リンカーを含む。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、シクロヘキサン又はテトラヒドロピリミジンに修飾されるピペラジンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、以下に示すドメインを含む。
2015501301.tif 000013
【０２１４】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピリダジンとピペリジン環との間に挿入される、酸素、アミノ及び／又はカルボニル基などのリンカーを含む。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１０である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、直接連結されたヘテロアリールピペラジン誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１１である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、直接連結されたヘテロアリールピペラジン誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、三環式ＳＣＤ１阻害剤である。
2015501301.tif 000014
【０２１５】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、イミダゾリンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、オキサジアゾール（３つの異なる位置異性体）である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、イミダゾピリジンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、環状尿素である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、以下に示すドメインを含む。
2015501301.tif 000015
【０２１６】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピリジン鋳型上で１，４から１，３配置へ移動されるカルボキサミドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１３である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、三環系融合オキサゼピノン(oxazepinone)である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１４である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、フェニル環に環化し、フタルイミド型を生成する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１５である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物の両端を環化する大環状分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１６である。
2015501301.tif 000016
【０２１７】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、チアゾールカルボキサミドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１７である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、２−オキソピリジン−１（２Ｈ）−イルチアゾールカルボキサミド誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１８である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、５０ｎＭのＩＣ５０値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１９である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、３０ｎＭのＩＣ５０値を持つ。
2015501301.tif 000017
【０２１８】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、２−（ピラジン−２−イル）−チアゾール誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、２−（１Ｈ−ピラゾール−３−イル）−チアゾール誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２１である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、４２ｎＭのＩＣ５０値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２２である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、４９ｎＭのＩＣ５０値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、チアゾリルピロリジノン及びピペリジノン系ＳＣＤ１阻害剤である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、トリアゾリルチアゾール系ＳＣＤ１阻害剤である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２２である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、１２０ｎＭのＩＣ５０値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２３である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、１０ｎＭのＩＣ５０値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ジヒドロイミダゾリノンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、イミダゾリジノンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２６である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２７である。
2015501301.tif 000018
【０２１９】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２００６１３０９８６号、国際公開第２００７００９２３６号、国際公開第２００７０５６８４６号、国際公開第２００８０１７１６１号、国際公開第２００８１４１４５５号、国際公開第２００７１３４４５７号、国際公開第２００７１４３８２３号、国際公開第２００７１４３８２４号、国際公開第２００８０４６２２６号、国際公開第２００８０６４４７４及び／又は国際公開第２００８１２８３３５に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、アザシクロヘキサン誘導体である。
【０２２０】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、チアゾリルオキサジアゾール化合物である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２６である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２７である。
【０２２１】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、異なるカルボキサミド生物学的等価体を持つピリダジン誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２８である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２９である。
【０２２２】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、二環式ヘテロアリールが融合した化合物である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、二環式ヘテロアリールが融合したチアゾロピリミジノン(thiazolopyrimidinone)である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、二環式ヘテロアリールが融合したチアゾロピリミジンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、二環式ヘテロアリールが融合したプリンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、二環式ヘテロアリールが融合した１Ｈ−イミダゾ［４，５−ｃ］ピリジン−４−アミン（例えば、ピリダジンコアを置換する）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３０である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３１である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３２である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３３である。
【０２２３】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、二環性である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３４である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３５である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピリダジン環を含む。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピリダジン環を含まない。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３６である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３７である。
2015501301.tif 000019
【０２２４】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、６員ピペリジンを含む。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、４員アゼチジンを含む。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３８である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物３９である。
2015501301.tif 000020
【０２２５】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、５員ピロリジン環を含む。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４０である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４１である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４２である。
2015501301.tif 000021
【０２２６】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４３である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４４である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、テトラゾール酢酸を含む。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、脂肪族部分を更に含むテトラゾール酢酸を含む。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４５である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４６である。
2015501301.tif 000022
【０２２７】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、Liu G. et al., J Med Chem (2007);50:3086-100, Zhao H. et al., Bioorg Med Chem Lett (2007);17:3388-91, Xin Z. et al., Bioorg Med Chem Lett (2008);18:4298-302、及び／又はLiu G. Stearoyl-CoA desaturase-1 (SCD1) Inhibitors: Discovery and in vivo evaluation. ２型糖尿病シンポジウムの新たなターゲット、２３３回ＡＣＳ全国大会、イリノイ州シカゴ、２００７年３月、ＭＥＤＩ−３８２に記載されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４６である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、経口的に生体利用可能である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、マウス及びヒトにおいて、それぞれ４．５ｎＭ及び２６ｎＭのＩＣ５０値を有する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、［１３Ｃ］−Ｃ１６：１／［１３Ｃ］−Ｃ１６：０による測定の場合、ＨｅｐＧ２細胞における長鎖脂肪酸−ＣｏＡ不飽和化を６．８ｎＭのＩＣ５０値で阻害する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、インビボでＰＫが（ＣＬ＝０．２８（ｌｈ）／ｋｇ，Ｖｓｓ＝０．７１ ｌ／ｋｇ，ＡＵＣ＝１０．６６（μｇ ｈ）／ｍｌ及びＦ＝５９％）である。
【０２２８】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子はグリシンアミドピリジンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４８である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＩＣ９０値が９０ｎＭでヒトＳＣＤ１を阻害する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピラジン化合物である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物４９である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ヒトＳＣＤ１に対して３７ｎＭのＩＣ５０値を持つ。
2015501301.tif 000023
【０２２９】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピペリジン尿素である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５０である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ｍＳＣＤ１に対してＩＣ５０＜４ｎＭ、ｈＳＣＤ１に対してＩＣ５０＜３７ｎＭ、及びＰＫ特性（ＣＬ＝０．４（ｌｈ）／ｋｇ，Ｖｓｓ＝０．４ ｌ／ｋｇ，経口ＡＵＣ＝１３．３（μｇ ｈ）／ｍｌ，経口Ｆ＝１０２％）を有する。
2015501301.tif 000024
【０２３０】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、全体が参照により援用される、国際公開第２００８１２３８９１号、国際公開第２００８０４３０８７号、国際公開第２００８１２７６１５号、及び／又はKoltun DO et al. Potent, selective, and metabolically stable stearoyl-CoA desaturase (SCD) inhibitors for the potential treatment of obesity and diabetes、第２３６回ＡＣＳ全国大会、フィラデルフィア、ペンシルバニア州、２００８年８月、ＭＥＤＩ−１９８に記載されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、プテリジノン（pteridinone)誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、国際公開第２００８０４３０８７号及び／又は国際公開第２００８１２７６１５号に示されるように、効力及びインビトロのＡＤＭＥ（吸収・分布・代謝・排泄）プロファイルの両方に改善をもたらすコア鋳型の系統的な修飾を含むプテリジノン（ｐｔｅｒｉｄｉｎｏｎｅ）誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５１である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、プテリジノン(pteridinone)アナログである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ラット及びヒトＳＣＤ１に対して、それぞれ２５０ｎＭ及び２８０ｎＭのＩＣ５０値を有する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、３−オキソピリド［３，２−ｂ］ピラジンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５２である。化合物５２は、実施例で使用されるＡ３７６０２（Ｇ０１５２２４０３）である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、３７ｎＭのｈＳＣＤ１ ＩＣ３７値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ラットにおけるＩＣ７．８値が７．８ｎＭである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、２−オキソピリド［３，４−ｂ］ピラジンアナログである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５３である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、２−オキソキノキサリン系ＳＣＤ１阻害剤である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５４である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、Δ５及びΔ６不飽和化酵素に対して選択的であり、ＨＬＭ及びＲＬＭ（３０分のインキュベーション）において５０％を超える安定性を有するためにｎＭ以下の(subnanomolar)ＩＣ５０を有する。
2015501301.tif 000025
【０２３１】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２００８０７４８２４号、国際公開第２００８００７４８３２号、国際公開第２００８０７４８３３号、国際公開第２００８０７４８３４号、国際公開第２００８１０４５２４号及び／又は国際公開第２００９０１０５６０号に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。ＧＳＫはＳＣＤ１阻害剤に関する多くの特許出願を出版した。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピラゾリル４−アミドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５５である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ラットＳＣＤ１に対してｐＩＣ５０（−ｌｏｇ ＩＣ５０）値＜５．５を有する。
【０２３２】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピラゾリル３−アミドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５６である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、５．５を超えるｐＩＣ５０でラットＳＣＤ１を阻害する。幾つかの実施態様において、ピラゾールはチアジアゾールに修飾される。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５７である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、５．５を超えるｐＩＣ５０でラットＳＣＤ１を阻害する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５８である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、インビトロ及び細胞性効力を有する（それぞれ７．００と７．２５の間のｐＩＣ５０）。
2015501301.tif 000026
【０２３３】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２００８０４４７６７号及び／又は国際公開第２００８０９６７４６号に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、芳香族アミン誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物５９である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、１０μＭで１００％のミクロソームＳＣＤ１活性阻害する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピリダジン鋳型である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６０である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＤＩＯマウスにおいてＤＩ（Ｃ１８：１／Ｃ１８：０）を減少させる。
【０２３４】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２００８０５６６８７、特表２００９０１９０１３号、及び／又は国際公開第２００８１３９８４５号に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、スピロピペリジン誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６１である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＨＥＫ２９３細胞でトランスフェクトされたヒトＳＣＤ１に対して０．２μＭ未満のＩＣ５０値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６２である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、アゾールアミドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６３である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＩＣ５０値＜１μＭでヒトＳＣＤ１を阻害する。
2015501301.tif 000027
【０２３５】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２００８１２０７４４号、国際公開第２００８１２３４６９号、及び／又は国際公開第２００８０２９２６６号に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、２，５−二置換のチオフェン／フラン誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６４である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、０．１μＭ未満のＩＣ５０値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、６員アリール環に修飾される。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ベンズアミドアナログである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６５である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ラットＳＣＤ１に対して０．１μＭ未満のＩＣ５０値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピペリジンに修飾されている。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、尿素誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６６である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ラットＳＣＤ１に対して０．１μＭ未満のＩＣ５０値を持つ。
2015501301.tif 000028
【０２３６】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２００８０２９２６６号及び／又は国際公開第２００８０６２２７６号に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピリジニルオキサゾラノン(pyridinyloxazolanones)である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６７である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１０アンタゴニスト小分子は、１０μＭでヒトＳＣＤ１の９９％を阻害する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピリダジン／ピリジンを含有するアセチレンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６８である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１０アンタゴニスト小分子は、１０μＭでヒトＳＣＤ１の１００％を阻害する。
2015501301.tif 000029
【０２３７】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２００８００３７５３号及び／又は国際公開第２００８１１６８９８号に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピラゾロ［１，５−ａ］ピリミジン誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物６９である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、１４０ｎＭのＩＣ５０値を持つ。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７０である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、２２ｎＭのＩＣ５０値を持つ。
【０２３８】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２００８１５７８４４号に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピペラジン系ＳＣＤ１阻害剤である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７１である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７２である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＩＣ５０値＜１０ｍＭでラットＳＣＤ１を阻害する。
2015501301.tif 000030
【０２３９】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２００８１３５１４１に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、二環式ピロロ［３，４−ｃ］ピロロジアミンコア骨格である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７３である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７４である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、１０μＭでラットＳＣＤ１の１００％を阻害する。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７５である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７６である。
2015501301.tif 000031
【０２４０】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物１９ｂである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物２４ｂである。化合物２４ｂは、実施例で使用されるＧ０２４４７１７１．１（Ｇ０２４４７１７１）である。
2015501301.tif 000032
【０２４１】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、国際公開第２０１１０１１８７２号、国際公開第２０１１０１１５０６号、国際公開第２０１１０４７４８１号、国際公開第２０１１０１１５０８号、国際公開第２０１１０３９３５８号、国際公開第２０１１０３０３１２号、国際公開第２０１００２５５５３号、国際公開第２０１００９４１２０号、国際公開第２０１０１１２５２０号、国際公開第２００９０６０４５２号、国際公開第２００９０１９５６６号、国際公開第２００９０１０５６０号、国際公開第２００９０１６２１６号、及び／又は国際公開第２００９０５６５５６号に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、スピロ環状化合物である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、スピロ化合物である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ベンゾ融合オキサゼピン化合物(benzo-fused oxazepine compound)である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ピラゾール誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、トリアゾール誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、Ｎ−チアゾリル−１，２，３，４−テトラヒドロ−６−イソキノリンカルボキサミド誘導体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、Ａ９３９５７２（４−（２−クロロフェノキシ）−Ｎ−（３−（メチルカルバモイル）フェニル）ピペリジン−１−カルボキサミド）である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＣＶＴ−１１，１２７である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＭＦ−４３８である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、キノキサリノンである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＣＶＴ−１３，０３６である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、１１，５６３である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＣＶＴ−１２，０１２である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、ＣＶＴ−１２，８０５である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、http://caocao.myipcn.org/science?_ob=MImg&_cid=273013&_user=4861547&_ pii=S0065774310450071&_zone=rslt_list_item&_coverDate=12%2F31%2F2010&wchp=dGLzVlt-zSkWz&_valck=1&md5=117298fb3b239424e814148d8b4bae32&ie=/sdarticle.pdfにあるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。
【０２４２】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、式（Ｉ）の化合物である。
2015501301.tif 000033
式中、Ｒ１は、Ｃ５からＣ１４、特にＣ６のアルキル、シクロアルキル、アリール又はヘテロアリール基を表し、前記アリール又はヘテロアリールは一又は複数の群Ｒａにより任意で置換されており；−Ｒａはハロゲン原子、ヒドロキシル基、−ＮＯ２、−ＣＮ、−ＮＨ２、−Ｎ（Ｃ１−６アルキル）２、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルコキシ、−Ｃ（Ｏ）−Ｃ１−６アルキル、Ｃ２−６アルケニル、Ｃ３−６シクロアルキル、アリール、Ｃ３−６ヘテロシクリル又はヘテロアリールでを表し、前記アルキル、アルコキシ、アルケニル、シクロアルキル、アリール、ヘテロシクリル又はヘテロアリールは、一つ以上のハロゲン原子、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルコキシ、−Ｃ（Ｏ）−Ｃ１−６アルキル、−ＮＯ２、−ＣＦ３、−ＯＣＦ３、−ＣＮ、−ＮＨ２、及び／又は−Ｎ（Ｃ１−６アルキル）２により任意で置換され；−ｎは０、１、２、又は３を表し；−Ｒ２は、Ｃ５からＣ１４，特にＣ６のアルキル、シクロアルキル、アリール又はヘテロアリール基を表し、前記アリール又はヘテロアリールは一又は複数の群Ｒｂにより任意で置換されており；−Ｒｂはハロゲン原子、ヒドロキシル基、Ｎ０２、−ＣＮ、−ＣＦ３、−ＯＣＦ３、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルコキシ、−Ｃ（Ｏ）−Ｃ１−６アルキル、−ＮＨ２、−Ｎ（Ｃ１−６アルキル）２、Ｃ３−６シクロアルキル、Ｃ３−６ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールを表し、前記アルキル、アルコキシ、シクロアルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールは、必要に応じて１つ以上のヒドロキシル基、−ＣＦ３、−ＯＣＦ３、−ＮＨ２、−ＮＯ２、及び／又は−ＣＮ、またはその塩もしくは鏡像異性体の形態の一つで置換されている。
【０２４３】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、その全体が参照により援用される、米国特許出願第７６５２０１３号に記述されるＳＣＤ１アンタゴニスト小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、式（ＩＩ）の化合物である。
2015501301.tif 000034
式中：、Ｒ１及びＲ５は、お互いに独立して、水素、非置換の低級アルキル、ハロゲン、トリフルオロメチル、ヒドロキシ、アリール、アルコキシ又はＮＯ２であり；Ｒ１及びＲ２は、任意で、それが結合している炭素原子と共に、１又は２のヘテロ原子を有する９員環を形成し；Ｒ２及びＲ４は、お互いに独立して、水素、非置換低級アルキル、低級アルケニル、アルコキシ、ハロゲン、シアノ、トリフルオロメチル、Ｏ−トリフルオロメチル又はＮＯ２であり；及びＲ３は、水素、非置換低級アルキル、アルコキシ又はハロゲンであり；ここで、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４又はＲ５の少なくとも一つは水素、及びその薬学的に許容される塩である。幾つかの実施態様において、Ｒ１はハロゲンであり、Ｒ４はアルコキシであり、Ｒ５はヒドロキシである。幾つかの実施態様において、Ｒ１、Ｒ４及びＲ５は、それぞれ水素である。幾つかの実施態様において、Ｒ２はハロゲンであり、Ｒ４はハロゲンであり、Ｒ５はヒドロキシである。幾つかの実施態様において、Ｒ２及びＲ３の両方が低級アルキル基で置換されていない。幾つかの実施態様において、Ｒ２及びＲ５の両方がトリフルオロメチルである。幾つかの実施態様において、Ｒ３及びＲ４の両方がハロゲンである。幾つかの実施態様において、Ｒ４及びＲ５の両方がハロゲンである。幾つかの実施態様において、Ｒ２はハロゲンであり、Ｒ３はヒドロキシである。幾つかの実施態様において、Ｒ２はハロゲンであり、Ｒ３はＮＯ２である。幾つかの実施態様において、Ｒ２は−Ｏ−トリフルオロメチルであり、Ｒ５はヒドロキシである。幾つかの実施態様において、Ｒ３はハロゲンである。幾つかの実施態様において、Ｒ４は、低級アルキル基で置換されていない。幾つかの実施態様において、Ｒ５は、低級アルキル基で置換されていない。幾つかの実施態様において、Ｒ５はトリフルオロメチルである。幾つかの実施態様において、Ｒ５はハロゲンである。幾つかの実施態様において、Ｒ５はＮＯ２である。幾つかの実施態様において、化合物は、６−［４−（３−ブロモ−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オン；６−［４−（５−ブロモ−２−ヒドロキシ−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オン；６−［４−（３−クロロ−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オン；６−［４−（５−クロロ−２−ニトロ−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オン；６−［４−（２，３−ジクロロ−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オン；６−［４−（３，５−ジクロロ−２−ヒドロキシ−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オン；６−［４−（２，６−ジメチル−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オン；６−［４−（２−ヒドロキシ−５−トリフルオロメトキシ−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オン；６−［４−（２−ニトロ−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オン；又は６−［４−（２−トリフルオロメチル−ベンジル）−ピペラジン−１−イル］−３Ｈ−ピリミジン−４−オンである。
【０２４４】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７７である（実施例のＲＧ１；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例２４）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７８である（実施例のＲＧ２；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例５１）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物７９である（実施例のＲＧ３；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例５０）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８０である（実施例のＲＧ４；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例４４）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８１である（実施例のＲＧ５；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例４５）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８２である（実施例のＲＧ６；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例４６）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８３である（実施例のＲＧ７；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例２８）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８４である（実施例のＲＧ８；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例４９）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８５である（実施例のＲＧ９；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例４８）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８６である（実施例のＲＧ１０；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例２５）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８７である（実施例のＲＧ１１；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例３８）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８８である（実施例のＲＧ１２；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例４７）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物８９である（実施例のＲＧ１３；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例３５）。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニスト小分子は、化合物９０である（実施例のＲＧ１４；米国特許出願第７６５２０１３号中の実施例３１）。
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【０２４５】
Ｅ．アンタゴニストポリヌクレオチド
本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチドアンタゴニストである。ポリヌクレオチドは、アンチセンス核酸及び／又はリボザイムであってもよい。アンチセンス核酸はＳＣＤ１遺伝子のＲＮＡ転写物の少なくとも一部に相補的な配列を含む。しかし、絶対的な相補性は、好ましいものの、要求されない。
【０２４６】
本明細書で言及される「ＲＮＡの少なくとも一部分に相補的」配列は、ＲＮＡとハイブリダイズし安定な二重鎖を形成することができるために十分な相補性を有する配列を意味し；二本鎖ＳＣＤ１アンチセンス核酸の場合、二重鎖ＤＮＡの一本鎖が試験されることができ、又は三重らせんの形成をアッセイすることができる。ハイブリダイズする能力はアンチセンス核酸の相補性の程度および長さの両方に依存する。一般的に、ハイブリダイズする核酸が大きいほどと、それが含み得るＳＣＤ１ ＲＮＡとの塩基のミスマッチが多く、それでも安定な二重鎖（又は場合によっては三重鎖）を形成する。当業者は、ハイブリダイズした複合体の融点を決定するための標準的な手順の使用によって、ミスマッチの許容程度を確認することができる。
【０２４７】
幾つかの実施態様において、ポリヌクレオチドアンタゴニストは、
５’−ＧＡＴＣＣＣＣＣＴＡＣＡＡＧＡＧＴＧＧＣＴＧＡＧＴＴＴＴＣＡＡＧＡＧＡＡＡＣＴＣＡＧＣＣＡＣＴＣＴＴＧＴＡＧＴＴＴＴＴＴＧＧＡＡＡ−３’配列番号２）；
５’−ＧＡＴＣＣＣＣＣＴＡＣＧＧＣＴＣＴＴＴＣＴＧＡＴＣＡＴＴＣＡＡＧＡＧＡＴＧＡＴＣＡＧＡＡＡＧＡＧＣＣＧＴＡＧＴＴＴＴＴＴＧＧＡＡＡ−３’（配列番号３）；又は
５’−ＧＡＴＣＣＣＣＧＣＡＣＡＴＣＡＡＣＴＴＣＡＣＣＡＣＡＴＴＣＡＡＧＡＧＡＴＧＴＧＧＴＧＡＡＧＴＴＧＡＴＧＴＧＣＴＴＴＴＴＴＧＧＡＡＡ−３’（配列番号４）を含む。
【０２４８】
メッセージの５’末端、例えばＡＵＧ開始コドンを含むところまでの５’非翻訳配列に相補的であるポリヌクレオチドは、翻訳を阻害するのに最も効率的に動作するはずである。しかし、ｍＲＮＡの３’非翻訳配列に相補的な配列は、同様にｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに有効であることが示されている。一般に、Wagner, R., 1994. Nature 372:333-335を参照。従って、ＳＣＤ１遺伝子の５’−又は３’−非翻訳、非コード領域の何れかに相補的なオリゴヌクレオチドは、内因性のＳＣＤ１ ｍＲＮＡの翻訳を阻害するアンチセンスアプローチにおいて使用することができる。ｍＲＮＡの５’非翻訳領域に相補的なポリヌクレオチドは、ＡＵＧ開始コドンの相補体を含むべきである。ｍＲＮＡコード領域に相補的なアンチセンスポリヌクレオチドは、翻訳の効率の低い阻害剤であるが、本発明に従って使用することができる。ＳＣＤ１ ｍＲＮＡの５’、３’又はコード領域にハイブリダイズするように設計されるに関わらず、アンチセンス核酸は、長さが少なくとも６ヌクレオチドであるべきで、好ましくは、６から約５０ヌクレオチド長の範囲のオリゴヌクレオチドである。特定の態様において、オリゴヌクレオチドは少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１７ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチド又は少なくとも５０ヌクレオチドである。
【０２４９】
一実施態様において、本発明のＳＣＤ１アンチセンス核酸は、外因性配列からの転写により細胞内で産生される。例えば、ベクター又はその一部が転写され、ＳＣＤ１遺伝子のアンチセンス核酸（ＲＮＡ）を産生する。そのようなベクターは、ＳＣＤ１アンチセンス核酸をコードする配列を含むであろう。このようなベクターは、所望のアンチセンスＲＮＡを産生するように転写することが可能である限りエピソームのままでいるか又は染色体に組み込まれることができる。このようなベクターは、当技術分野で標準的な組換えＤＮＡ技術方法によって構築することができる。ベクターは、脊椎動物細胞における複製および発現のために使用される、プラスミド、ウイルス性、又は当技術分野で知られる他のものであり得る。ＳＣＤ１、又はその断片をコードする配列の発現は、脊椎動物、好ましくはヒトの細胞において作用するその技術分野で公知の任意のプロモーターによることができる。そのようなプロモーターは誘導性又は構成的であり得る。このようなプロモーターとしては、限定されないが、ＳＶ４０初期プロモーター領域(Bernoist and Chambon, Nature 29:304-310 (1981)、ラウス肉腫ウイルスの３’末端反復配列に含まれるプロモーター(Yamamoto et al., Cell 22:787-797 (1980)、ヘルペスチミジンプロモーター(Wagner et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78:1441-1445 (1981)、メタロチオネイン遺伝子の調節配列(Brinster, et al., Nature 296:39-42 (1982)）等を含む。
【０２５０】
Ｆ．抗体及び結合ポリペプチド変異体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体及び／又は結合ポリペプチドのアミノ酸配列変異体が企図される。例えば、抗体及び／又は結合ポリペプチドの結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望まれ得る。抗体及び／又は結合ポリペプチドのアミノ酸配列変異体は、抗体及び／又は結合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列に適切な改変を導入することにより、またはペプチド合成によって調製することができる。このような改変は、例えば、抗体及び／又は結合ポリペプチドのアミノ酸配列内における、残基の欠失、及び／又は挿入及び／又は置換を含む。最終コンストラクトが所望の特性、例えば、標的結合を有していることを条件として、欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせが、最終コンストラクトに到達させるために作成され得る。
【０２５１】
ある実施態様において、一つ以上のアミノ酸置換を有する抗体変異体及び／又は結合ポリペプチド変異体が提供される。置換型変異誘発の対象となる部位は、ＨＶＲとＦＲを含む。保存的置換は、表１の「保存的置換」の見出しの下に示されている。より実質的な変更が、表１の「典型的な置換」の見出しの下に与えられ、アミノ酸側鎖のクラスを参照して以下に更に説明される。アミノ酸置換は、目的の抗体及び／又は結合ポリペプチドに導入することができ、その産物は、所望の活性、例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の減少、又はＡＤＣＣ又はＣＤＣの改善についてスクリーニングされる。
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【０２５２】
アミノ酸は共通の側鎖特性に基づいてグループに分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性の親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ．
【０２５３】
非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類に交換することを必要とするであろう。
【０２５４】
置換変異体の一つのタイプは、親抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体など）の一以上の高頻度可変領域残基の置換を含む。一般的には、更なる研究のために選択され得られた変異体は、親抗体と比較して、特定の生物学的特性の改変（例えば、改善）（例えば、親和性の増加、免疫原性を減少）を有し、及び／又は親抗体の特定の生物学的特性を実質的に保持しているであろう。典型的な置換型変異体は、親和性成熟抗体であり、例えば、本明細書に記載されるファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を用いて、簡便に生成され得る。簡潔に言えば、一つ以上のＨＶＲ残基が変異し、変異体抗体は、ファージ上に表示され、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
変更（例えば、置換）は、例えば抗体の親和性を向上させるために、ＨＶＲで行うことができる。このような変更は、ＨＶＲの「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟過程中に高頻度で変異を受けるコドンにコードされた残基で（例えばChowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）で行うことができ、得られた変異体ＶＨ又はＶＬが結合親和性について試験される。二次ライブラリから構築し選択し直すことによる親和性成熟が、例えばHoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001)に記載されている。親和性成熟の幾つかの実施態様において、多様性が、種々の方法（例えば、変異性ＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチドを標的とした突然変異誘発）の何れかにより、成熟のために選択された可変遺伝子中に導入される。次いで、二次ライブラリーが作成される。次いで、ライブラリーは、所望の親和性を持つ抗体変異体を同定するためにスクリーニングされる。多様性を導入するするもう一つの方法は、いくつかのＨＶＲ残基（例えば、一度に４から６残基）がランダム化されたＨＶＲ指向のアプローチを伴う。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えばアラニンスキャニング突然変異誘発、またはモデリングを用いて、特異的に同定され得る。ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３がしばしば標的にされる。
【０２５５】
所定の実施態様において、置換、挿入、または欠失は、そのような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限りにおいて、一以上のＨＶＲ内で生じる可能性がある。例えば、実質的に結合親和性を低下させない保存的改変（例えば本明細書で与えられる保存的置換）をＨＶＲ内で行うことができる。このような改変は、ＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外側であってもよい。上記に与えられた変異体ＶＨ又はＶＬ配列の所定の実施態様において、各ＨＶＲは不変であるか、又はわずか１個、２個または３個のアミノ酸置換が含まれているかの何れかである。
【０２５６】
突然変異誘発のために標的とすることができる抗体及び／又は結合ポリペプチドの残基又は領域を同定するための有用な方法は、Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085により説明されるように、「アラニンスキャニング変異誘発」と呼ばれる。この方法では、標的残基の残基またはグループ（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ及びｇｌｕなどの荷電残基）が同定され、抗原と抗体との相互作用が影響を受けるかどうかを判断するために、中性または負に荷電したアミノ酸（例えば、アラニンまたはポリアラニン）に置換される。更なる置換が、最初の置換に対する機能的感受性を示すアミノ酸の位置に導入され得る。代わりに、又は更に、抗原抗体複合体の結晶構造が、抗体と抗原との接触点を同定する。そのような接触残基及び隣接残基が、置換の候補として標的とされるか又は排除され得る。変異体はそれらが所望の特性を含むかどうかを決定するためにスクリーニングされ得る。
【０２５７】
アミノ酸配列挿入は、一残基から百以上の残基を含有するポリペプチド長にわたるアミノ及び／又はカルボキシル末端融合、並びに単一または複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例としては、Ｎ末端メチオニン残基を有する抗体が含まれる。抗体分子の他の挿入変異体は、酵素に対する抗体のＮ末端またはＣ末端への融合（例えばＡＤＥＰＴの場合）、または抗体の血清半減期を増加させるポリペプチドへの融合を含む。
【０２５８】
Ｇ．抗体及び結合ポリペプチド誘導体
ある実施態様において、本明細書で提供される抗体及び／又は結合ポリペプチドは、当技術分野で知られ、容易に入手される追加の非タンパク質部分を含むように更に改変することができる。抗体及び／又は結合ポリペプチドの誘導体化に適した部分としては、限定されないが、水溶性ポリマーを含む。水溶性ポリマーの非限定的な例は、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールの共重合体、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキソラン、エチレン／無水マレイン酸共重合体、ポリアミノ酸（単独重合体又はランダム共重合体の何れか）及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロピレングリコール単独重合体、プロピレンオキシド／エチレンオキシド共重合体、ポリオキシエチル化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール及びこれらの混合物を包含する。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドはその水中での安定性に起因して製造における利点を有し得る。ポリマーは何れかの分子量のものであってよく、そして分枝鎖又は未分枝鎖であってよい。抗体及び／又は結合ポリペプチドに結合するポリマーの数は変動してよく、そして、一以上の重合体が結合する場合は、それらは同じか又は異なる分子であってよい。一般的に、誘導体化に使用するポリマーの数及び／又は種類は、限定されないが、向上させるべき抗体及び／又は結合ポリペプチドの特定の特性又は機能、抗体誘導体及び／又は結合ポリペプチド誘導体が限定された条件下で治療に使用されるのか等を含む考慮に基づいて決定することができる。
【０２５９】
別の実施態様において、放射線への曝露によって選択的に加熱され得る抗体及び／又は結合ポリペプチドと非タンパク質部分とのコンジュゲートが提供される。一実施態様において、非タンパク質部分はカーボンナノチューブである(Kam et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)。放射線は、任意の波長であって良いが、限定されないものの、通常の細胞に害を与えないが、抗体及び／又は結合ポリペプチド−非タンパク質部分の近位細胞が死滅される温度に非タンパク質部分を加熱する波長が含まれる。
【０２６０】
ＩＶ．組換え方法及び組成物
抗体及び／又は結合ポリペプチドは、例えば米国特許第４，８１６，５６７号で説明したように、組換えの方法および組成物を用いて製造することができる。一実施態様において、抗ＳＣＤ１抗体をコードする単離された核酸が提供される。このような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列、及び／又は抗体のＶＨを含むアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／又は重鎖）をコードし得る。更なる実施態様において、抗体及び／又は結合ポリペプチドをコードするそのような核酸を含む１つ以上のベクター（例えば、発現ベクター）が提供される。更なる実施態様において、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。一実施態様において、宿主細胞は以下を含む（例えば、以下で形質転換される）：（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列、及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、又は（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第一ベクター、及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第二ベクター。一実施態様において、宿主細胞は、真核生物、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、またはリンパ系細胞（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一実施態様において、抗ＳＣＤ１抗体及び／又は結合ポリペプチドを作る方法が提供され、その方法は、上記のように、抗体及び／又は結合ポリペプチドの発現に適した条件下で、抗体及び／又は結合ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を培養することを含み、および必要に応じて、宿主細胞（または宿主細胞培養培地）から抗体及び／又は結合ポリペプチドを回収することを含む。
【０２６１】
抗ＳＣＤ１抗体及び／又は結合ポリペプチドの組換え生産のために、例えば上述したように、抗体及び／又は結合ポリペプチドをコードする核酸が単離され、宿主細胞内でのさらなるクローニング及び／又は発現のために１つ以上のベクターに挿入される。このような核酸は、容易に単離され、従来の手順を用いて（例えば、抗体の重鎖と軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合できるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）配列決定することができる。
【０２６２】
ベクターのクローニング又は発現に適切な宿主細胞は、本明細書に記載の原核細胞又は真核細胞を含む。例えば、特に、グリコシル化およびＦｃエフェクター機能が必要ない場合には、抗体は、細菌で産生することができる。細菌における抗体断片およびポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、第５，７８９，１９９号及び第５，８４０，５２３号を参照。（また、大腸菌における抗体の発現を説明している、Charlton, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ, 2003), pp. 245-254も参照。）発現の後、抗体及び／又は結合ポリペプチドは可溶性画分において細菌の細胞ペーストから単離され得、更に精製することができる。
【０２６３】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、ベクターのための適切なクローニング宿主又は発現宿主であり、そのグリコシル化経路が、「ヒト化」されており、部分的または完全なヒトのグリコシル化パターンを有する抗体の生成をもたらす菌類や酵母菌株を含む。Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)、及びLi et al., Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)を参照。
【０２６４】
グリコシル化抗体及び／又はグリコシル化結合ポリペプチドの発現に適した宿主細胞はまた、多細胞生物（無脊椎動物と脊椎動物）から派生している。無脊椎動物細胞の例としては、植物および昆虫細胞が挙げられる。多数のバキュロウイルス株が同定され、これらは特にSpodoptera frugiperda細胞のトランスフェクションのために、昆虫細胞と組み合わせて使用することができる。
【０２６５】
植物細胞培養を宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５９５９１７７号、第６０４０４９８号、第６４２０５４８号、第７１２５９７８号及び第６４１７４２９号（トランスジェニック植物における抗体産生に関するＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳＴＭ技術を記載）を参照。
【０２６６】
脊椎動物細胞もまた宿主として用いることができる。例えば、懸濁液中で増殖するように適合されている哺乳動物細胞株は有用であり得る。有用な哺乳動物宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０（ＣＯＳ−７）で形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株、ヒト胚腎臓株 (Graham et al., J. Gen Virol. 36:59 (1977)に記載された２９３細胞又は２９３細胞、ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）、マウスのセルトリ細胞（Mather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)に記載されるＴＭ４細胞）、サル腎細胞（ＣＶ１）、アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６）、ヒト子宮頚癌細胞（ＨｅＬａ）、イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝臓細胞（ＢＲＬ ３Ａ）、ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（ＨｅｐＧ２）、マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）、例えばMather et al., Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)に記載されるＴＲＩ細胞、ＭＲＣ５細胞、およびＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株は、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞(Urlaub et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980))を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、及びＹ０、ＮＳ０およびＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株を含む。抗体産生及び／又は結合ポリペプチド産生に適した特定の哺乳動物宿主細胞系の総説については、例えば、Yazaki and Wu, Methods in Molecular Biology, Vol. 248 (B.K.C. Lo, ed., Humana Press, Totowa, NJ), pp. 255-268 (2003)を参照。
【０２６７】
説明は、抗体及び結合ポリペプチドをコードする核酸を含むベクターで形質転換またはトランスフェクトされた細胞を培養することによる、主に抗体及び／又は結合ポリペプチドの産生に関するものである。もちろん、当技術分野でよく知られている他の方法は、抗体及び／又は結合ポリペプチドを調製するために使用され得ることが企図される。例えば、適切なアミノ酸配列、又はその一部は、固相技術を用いた直接ペプチド合成によって製造することができる［例えば、Stewart et al., Solid-Phase Peptide Synthesis, W.H. Freeman Co., San Francisco, CA (1969); Merrifield, J. Am. Chem. Soc., 85:2149-2154 (1963)を参照］。インビトロタンパク質合成は、手動技術を用いて、又は自動化によって行うことができる。自動合成は、製造者の指示に従って使用して、例えばアプライド・バイオシステムズ・ペプチド合成機(Foster City, CA)を用いて達成され得る。抗体及び／又は結合ポリペプチドの種々の部分は、所望の抗体及び／又は結合ポリペプチドを生成するための化学的又は酵素的方法を用いて別々に化学的に合成され組み合わせることができる。
【０２６８】
抗体及び／又は結合ポリペプチドの形態は、培地又は宿主細胞の溶菌液から回収することができる。膜に結合した場合には、適切な界面活性剤溶液（例えばトリトン−Ｘ１００）を用いて又は酵素的切断により膜から放出することができる。抗体及び／又は結合ポリペプチドの発現に用いられる細胞は、凍結融解サイクル、超音波処理、機械的破壊、又は細胞溶解剤などの種々の化学的又は物理的手段によって破壊することができる。
【０２６９】
組換え細胞タンパク質又はポリペプチドから抗体及び／又は結合ポリペプチドを精製することが望ましい。以下の手順は適切な精製手順の例である：イオン交換カラムでの分画；エタノール沈殿；逆相ＨＰＬＣ；シリカ又はＤＥＡＥなどのカチオン交換樹脂によるクロマトグラフィー；クロマトフォーカシング；ＳＤＳ−ＰＡＧＥ；硫酸アンモニウム沈殿；例えば、セファデックスＧ−７５を用いたゲル濾過；ＩｇＧなどの汚染物質を除去するプロテインＡセファロースカラム；及び抗体及び／又は結合ポリペプチドのエピトープタグ形態を結合させる金属キレート化カラム。タンパク質精製の種々の方法を用いることができ、そのような方法は、当技術分野で公知であり、例えばDeutscher, Methods in Enzymology, 182 (1990); Scopes, Protein Purification: Principles and Practice, Springer-Verlag, New York (1982)に記載されている。選択された精製過程（単数又は複数）は、例えば、依存する使用される製造プロセスの性質及び生産される特定の抗体及び／又は結合ポリペプチドに依存するであろう。
【０２７０】
組換え技術を用いる場合、抗体及び／又は結合ポリペプチドは細胞内、細胞膜周辺腔に生成され、又は培地内に直接分泌される。抗体及び／又は結合ポリペプチドが細胞内に生成される場合、第１の工程として、宿主細胞か溶解された細胞の何れにしても、粒子状の細片が、例えば遠心分離又は限外濾過によって除去される。Carter et al., Bio/Technology 10:163-167 (1992)は、大腸菌のペリプラズム空間に分泌される抗体を単離するための手順を記載している。簡潔には、細胞ペーストは、酢酸ナトリウム（ｐＨ３．５）、ＥＤＴＡ、及びフェニルメチルスルホニルフルオリド（ＰＭＳＦ）の存在下で約３０分かけて解凍される。細胞デブリは遠心分離により除去することができる。抗体及び／又は結合ポリペプチドが培地に分泌された場合は、その発現系からの上清を、一般的には先ず市販のタンパク質濃縮フィルター、例えばＡｍｉｃｏｎ又はＰｅｌｌｉｃｏｎの限外濾過装置を用いて濃縮する。ＰＭＳＦなどのプロテアーゼ阻害剤を上記の任意の工程に含めて、タンパク質分解を阻害してもよく、また抗生物質を含めて外来性の汚染物の成長を防止してもよい。
細胞から調製した抗体及び／又は結合ポリペプチドの組成物は、例えば、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、及びアフィニティークロマトグラフィーを用いて精製でき、アフィニティクロマトグラフィーが好ましい精製技術である。アフィニティーリガンドとしてのプロテインＡの適合性は、抗体中に存在する免疫グロブリンＦｃ領域の種及びアイソタイプに依存する。プロテインＡは、ヒトγ１、γ２、又はγ４重鎖に基づく抗体の精製に用いることができる（Lindmark等， J. immunol. Meth. 62: 1-13 (1983)）。プロテインＧは、全てのマウスアイソタイプ及びヒトγ３に推奨されている（Guss et al., EMBO J. 5:15671575 (1986)）。アフィニティーリガンドが結合されるマトリクスはアガロースであることが最も多いが、他の材料も使用可能である。孔制御ガラスやポリ（スチレンジビニル）ベンゼン等の機械的に安定なマトリクスは、アガロースで達成できるものより早い流速及び短い処理時間を可能にする。抗体がＣＨ３ドメインを含む場合、Ｂａｋｅｒｂｏｎｄ ＡＢＸＴＭ樹脂(J.T. Baker, Phillipsburg, NJ)が精製に有用である。イオン交換カラムでの分画、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、シリカでのクロマトグラフィー、ヘパリンでのクロマトグラフィー、アニオン又はカチオン交換樹脂（ポリアスパラギン酸カラムなど）上でのＳＥＰＨＡＲＯＳＥＴＭクロマトグラフィー、クロマトフォーカシング、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、及び硫酸アンモニウム沈殿法などのタンパク質精製の他の技術も、回収される抗体及び／又は結合ポリペプチドに応じて利用可能である。
【０２７１】
任意の予備精製工程（単数又は複数）に続いて、目的の抗体及び／又は結合ポリペプチド及び汚染物質を含む混合物は、ｐＨが約２．５−４．５の間での溶出バッファーを用いて、好ましくは低塩濃度（約０−０．２５Ｍの塩など）で実施される低ｐＨ疎水性相互作用クロマトグラフィーに供されてもよい。
【０２７２】
Ｖ．所望の機能を有するＳＣＤ１アンタゴニストのスクリーニング及び／又は同定する方法
抗体、結合ポリペプチド、及び／又は小分子などのＳＣＤ１アンタゴニストを生成する技術について上記に説明した。本明細書で提供される、抗ＳＣＤ１抗体、結合ポリペプチド、及び／又は結合小分子などの更なる抗ＳＣＤ１アンタゴニストは、同定され、当技術分野で公知の様々なアッセイによってその物理的／化学的性質及び／又は生物学的活性についてスクリーニングされ、または特徴づけることができる。
【０２７３】
本明細書に更に提供されるのは、癌細胞周期停止を誘導し、癌細胞の増殖を阻害し、及び／又は癌細胞死を促進するＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングし及び／又は同定するための方法であり、（ａ）癌細胞、癌組織、及び／又は癌試料をＳＣＤ１候補アンタゴニストと接触させ、（ｂ）ＳＣＤ１の候補アンタゴニストの非存在下で、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプル対して細胞周期段階の分布、細胞増殖のレベル、及び／又は癌細胞死のレベルを決定することを含み、それにより、ＳＣＤ１の候補アンタゴニストの存在下での癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプル、及びＳＣＤ１の候補アンタゴニストの非存在下での癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルの間の細胞周期段階の分布、細胞増殖のレベル、及び／又は癌細胞死のレベルの違いが、癌細胞周期停止を誘導し、癌細胞の増殖を阻害し、及び／又は癌細胞癌死を促進する、ＳＣＤ１アンタゴニストとしてＳＣＤ１アンタゴニストを同定する方法である。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１候補アンタゴニストは、癌細胞周期停止を誘導する。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１候補アンタゴニストは、癌細胞増殖を阻害する。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１候補アンタゴニストは、癌細胞死を促進する。幾つかの実施態様において、癌細胞死はアポトーシスである。幾つかの実施態様において、癌細胞死は壊死である。
【０２７４】
ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、又は癌サンプルは、膀胱癌、膵臓癌、肺癌、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、頭頸部癌、腎臓癌、卵巣癌、下咽頭、前立腺癌、食道癌、肝細胞癌、及び／又は泌尿器癌である。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、又は癌サンプルは、膀胱癌、膵臓癌、肺癌、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜癌、頭頸部癌、腎臓癌、卵巣癌、及び／又は泌尿器癌の群から選択される癌由来である。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、又は癌サンプルは、膀胱癌、膵臓癌、子宮内膜癌、頭頸部癌、腎臓癌、卵巣癌、及び／又は泌尿器癌の群から選択される癌由来である。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、又は癌サンプルは、膀胱癌である。
【０２７５】
ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、ＦＧＦＲ３を発現する。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、ＦＧＦＲ３の上昇したレベルを発現する。幾つかの実施態様において、参照癌細胞は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と、実質的に同レベルのＦＧＦＲ３を発現する。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、リン酸化ＦＧＦＲ３を発現する。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、リン酸化ＦＧＦＲ３の上昇したレベルを発現する。幾つかの実施態様において、参照癌細胞は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と、実質的に同レベルのリン酸化ＦＧＦＲ３を発現する。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、ＦＧＦＲ３及び／又はリン酸化ＦＧＦＲ３の既知のレベルの発現の有無にかかわらず非癌性である。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、ＦＧＦＲ３及び／又はリン酸化ＦＧＦＲ３の既知のレベルの発現の有無にかかわらず癌性である。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプル中のＦＧＦＲ３の発現は、細胞表面発現である。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプル中のＦＧＦＲ３経路は、構成的に活性である。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプル中のＦＧＦＲ３経路は、リガンド依存性である。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、ＦＧＦＲ３に変異を含む。ＦＧＦＲ３における構成的に活性な変異の例は、限定されないが、ＦＧＦＲ３ Ｓ２４９Ｃを含む。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、ＦＧＦＲ３の野生型である。
ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一以上の遺伝子を発現する。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数の遺伝子の上昇したレベルを発現する。幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と、実質的に同一レベルのＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)を発現する。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数の遺伝子の既知のレベルの発現の有無にかかわらず非癌性である。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数の遺伝子の既知のレベルの発現の有無にかかわらず癌性である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＲＥＢＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＡＣＯＴ７、ＰＴＰＬＡ、ＰＣＣＢ、ＦＡＤＳ１、ＲＤＨ１１、ＡＣＥＲ３、ＰＤＳＳ１、ＭＶＤ、ＡＧＰＡＴ５、ＨＳＤ１７Ｂ２、ＡＣＳＬ４、ＥＢＰ、ＰＩＧＷ、ＬＢＲ、ＡＣＬＹ、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＧＰＣＰＤ１、ＣＹＰ２４Ａ１、ＡＣＳＬ３、ＭＶＫ、ＡＣＳＳ２、ＦＤＰＳ、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及��その組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＱＬＥを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＰＣＳＫ９を、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＣＤ１を、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＦＡＢＰ４を、含む、からなる、又は、から本質的になる。
【０２７６】
ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、成熟したＳＲＥＢＰ１の上昇したレベルを発現する。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、成熟したＳＲＥＢＰ１の上昇したレベルを発現し、成熟したＳＲＥＢＰ２のレベルは実質的に上昇しない（即ち、実質的に同一レベルの発現）。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、成熟したＳＲＥＢＰ１及び／又は成熟したＳＲＥＢＰ２の既知のレベルの発現の有無にかかわらず、非癌性である。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、成熟したＳＲＥＢＰ１及び／又は成熟したＳＲＥＢＰ２の既知のレベルの発現の有無にかかわらず、癌性である。
【０２７７】
ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、△９一価不飽和脂肪酸の上昇したレベルを発現する。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、△９一価不飽和脂肪酸：飽和脂肪酸の上昇した比率を発現する。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、成熟した△９一価不飽和脂肪酸及び／又は飽和脂肪酸の既知のレベルの発現の有無にかかわらず、非癌性である。幾つかの実施態様において、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織は、成熟した△９一価不飽和脂肪酸及び／又は飽和脂肪酸の既知のレベルの発現の有無にかかわらず、癌性である。△９一価不飽和脂肪酸の例は、限定されないが、パルミトレイン酸（Ｃ１６：１）及びオレイン酸（Ｃ１８：１）を含む。△９一価不飽和脂肪酸の例は、限定されないが、ステアリン酸（Ｃ１８：０）及びパルミチン酸（Ｃ１６：０）を含む。
【０２７８】
ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、活性化ＰＩ３Ｋシグナル伝達、活性化ｍＴＯＲシグナル伝達、及び／又は活性化ＭＥＫシグナル伝達を含む。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、ＰＩ３Ｋ活性化変異を含む。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、ＰＴＥＮの欠失及び／又は変異を含む。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、ｐ８５変異を含む。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、ＡＫＴ活性化変異を含む。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、リン酸化ＡＫＴ（例えば、ｐＡＫＴ Ｓ４７３）の上昇したレベルを含む。ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、癌細胞、癌組織、及び／又は癌サンプルは、ＴＳＣ１／２の欠失及び／又は機能変異を含む。
【０２７９】
ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの全体的な増加を指す。ある実施態様において、上昇した発現とは、サンプル中のバイオマーカーの発現レベル／量の増加を指し、ここでその増加は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．５Ｘ、約１．７５Ｘ、約２Ｘ、約３Ｘ、約４Ｘ、約５Ｘ、約６Ｘ、約７Ｘ、約８Ｘ、約９Ｘ、約１０Ｘ、約２５Ｘ、約５０Ｘ、約７５Ｘ，、又は約１００Ｘの何れかである。幾つかの実施態様において、上昇した発現は、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、対照組織、又は内部対照（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較して、約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約２．７５倍、約３．０倍、又は約３．２５倍を超える全体的な増加を指す。
【０２８０】
ＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングする及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、減少した発現は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織と比較して、本明細書に記載のものなどの標準的な既知の方法によって検出される、バイオマーカー（例えば、タンパク質または核酸（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ））のレベルにおいて、約５％、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％又はそれ以上の何れかの全体的な減少を指す。ある実施態様において、減少した発現とは、サンプル中のバイオマーカーの発現レベル／量の減少を指し、ここでその減少は、参照サンプル、参照細胞、基準組織、対照試料、対照細胞又は対照組織において、それぞれのバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約０．９Ｘ、約０．８Ｘ、約０．７Ｘ、約０．６Ｘ、約０．５Ｘ、約０．４Ｘ、約０．３Ｘ、約０．２Ｘ、約０．１Ｘ、約０．０５Ｘ、又は約０．０１Ｘの何れかである。
【０２８１】
本明細書に記載されるＳＣＤ１アンタゴニストの増殖阻害効果は、例えば、内因性に又はそれぞれの遺伝子によるトランスフェクションの後での何れかによりＳＣＤ１を発現する細胞を用いて、当技術分野で公知の方法によって評価することができる。例えば、適切な腫瘍細胞株、およびＳＣＤ１ポリペプチドをトランスフェクトした細胞は、本明細書に記載されるＳＣＤ１アンタゴニストにより、数日間（例えば、２〜７日）、種々の濃度で処置することができ、クリスタル・バイオレット又はＭＴＴで染色されるか又は他の比色アッセイによって分析され得る。増殖を測定する別の方法は、本発明の抗体、結合ポリペプチド又は小分子の存在下または非存在下で処置された細胞による３Ｈ−チミジンの取り込みを比較することによるであろう。処置後、細胞を収集し、ＤＮＡへ取り込まれた放射能の量をシンチレーションカウンターで定量した。適切な陽性対照には、細胞株の増殖を阻害することが知られている成長阻害アンタゴニストにより選択された細胞株を処置することが含まれる。インビボでの腫瘍細胞の増殖阻害は、当該分野で既知の種々の方法で決定することができる。
【０２８２】
細胞周期段階の分布、細胞増殖のレベル、及び／又は癌細胞死のレベルを決定する方法は当該技術分野で知られており、本明細書の実施例に記載される。幾つかの実施態様において、癌細胞周期の停止は、Ｇ１での停止である。
【０２８３】
幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、インビトロ又はインビボで、癌細胞、癌組織、又は癌サンプルの癌細胞増殖を、未処置の癌細胞、癌組織、又は癌サンプルと比較して、約２５−１００％、より好ましくは、約３０−１００％、更により好ましくは約５０−１００％又は約７０−１００％だけ阻害するであろう。例えば、増殖阻害は、ＳＣＤ１アンタゴニストの濃度が細胞培養中で約０．５から約３０μｇ／ｍｌ又は約０．５ｎＭから約２００ｎＭで測定され得、ここで増殖阻害は、ＳＣＤ１候補アンタゴニストへの腫瘍細胞の曝露後１〜１０日に決定される。約１μｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ体重でのＳＣＤ１候補アンタゴニストの投与が、ＳＣＤ１候補アンタゴニストの最初の投与から約５日から３月の間に、好ましくは約５から３０日の間に腫瘍サイズ又は腫瘍細胞増殖の減少を生じる場合、ＳＣＤ１アンタゴニストはインビボで増殖阻害性である。
【０２８４】
癌細胞死を誘導するＳＣＤ１アンタゴニストを選択するため、例えば、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）、トリパンブルー又は７ＡＡＤの取り込みにより示される膜の完全性の喪失を参照に対して評価することができる。ＰＩ取り込みは、補体及び免疫エフェクター細胞の非存在下で行うことができる。ＳＣＤ１を発現する腫瘍細胞を、培地のみ、又は適切なＳＣＤ１アンタゴニストを含有する培地でインキュベートする。細胞は、３日間インキューベートされる。各処理後に、細胞凝集塊の除去のために、細胞は洗浄され、３５ｍｍのストレーナキャップ付き１２×７５チューブに等分される（チューブ当たり１ｍｌ、処理群当たり３チューブ）。そして、チューブにＰＩ（１０μｇ／ｍＬ）を加える。サンプルはＦＡＣＳＣＡＮ（登録商標）フローサイトメーター及びＦＡＣＳＣＯＮＶＥＲＴ（登録商標）ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェア(Becton Dickinson)を用いて解析され得る。ＰＩ取り込みにより決定される統計的に有意な細胞死のレベルを誘導するこれらの抗体、結合ポリペプチド又は結合小分子は、細胞死誘導性抗体、結合ポリペプチド、又は結合小分子として選択することができる。幾つかの実施態様において、癌細胞のアポトーシスは、カスパーゼ３及び／又はカスパーゼ７の活性化によって示される。
【０２８５】
対象の抗体が結合するポリペプチド上のエピトープに結合又は相互作用するＳＣＤ１アンタゴニストをスクリーニングするために、Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow and David Lane (1988)に記載のものなどの常套的な交差遮断(cross-blocking)アッセイを行ってもよい。このアッセイは、試験のＳＣＤ１アンタゴニストが、既知の抗体と同じ部位またはエピトープを結合するかどうかを決定することができる。代わりに又は付加的に、エピトープマッピングを、当該分野で公知の方法によって行うことができる。例えば、抗体配列又は結合ポリペプチドは、接触残基を同定するために、例えばアラニンスキャニングなどによって突然変異を誘発することができる。変異体抗体及び／又は変異型結合ポリペプチドは、適切なフォールディングを確実にするために、最初にポリクローナル抗体又は結合ポリペプチドとの結合について試験される。別の方法において、ポリペプチドの異なる領域に対応するペプチドを、特徴付けされ又は既知のエピトープによる、試験抗体又は試験結合ポリペプチドとの競合アッセイ、又は試験抗体又は試験結合ポリペプチド及び抗体との競合アッセイにおいて使用することができる。
【０２８６】
スクリーニング及び／又は同定する任意の方法の幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１候補アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１候補アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。
【０２８７】
一態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット法、などの公知の方法によって、その結合活性（例えば、抗原結合活性）について試験される。
【０２８８】
ＶＩ．薬学的製剤
本明細書に記載のＳＣＤ１アンタゴニストの薬学的製剤は、所望の程度の純度を有するそのＳＣＤ１アンタゴニストと任意の薬学的に許容される担体(Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed.: Williams and Wilkins PA, USA (1980))とを、凍結乾燥製剤または水性溶液の形態で混合することによって調製される。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、結合小分子、抗体、結合ポリペプチド、及び／又はポリヌクレオチドである。薬学的に許容される担体は、使用される投薬量および濃度でレシピエントに毒性でなく、そしてこれには、限定しないが、リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸のような緩衝液；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤（例えば、オクタデシルジメチオルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウムクロライド；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルまたはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；およびｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリジン；マンノサッカライド、ジサッカライド、およびグルコース、マンノースまたはデキストリンを含む他の炭水化物；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール；塩形成対イオン、例えば、ナトリウム、金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；及び／又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤が挙げられる。本明細書における典型的な薬学的に許容される担体は、介在性薬物分散剤、例えば、水溶性の中性アクティブヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えば、ｒＨｕＰＨ２０（ＨＹＬＥＮＥＸ（登録商標）、Baxter International, Inc.）などのヒト可溶性ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質を更に含む。所定の典型的なｓＨＡＳＥＧＰ及び使用法は、ｒＨｕＰＨ２０を含み、米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号及び第２００６／０１０４９６８に開示されている。一態様において、ｓＨＡＳＥＧＰは、コンドロイチナーゼなどの１つまたは複数の追加のグルコサミノグリカンと組み合わされる。
【０２８９】
典型的な凍結乾燥製剤は、米国特許第６２６７９５８号に記載されている。水性の製剤は、米国特許第６１７１５８６号及び国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されているものが含まれ、後者の製剤はヒスチジン−酢酸緩衝液を含む。
【０２９０】
本明細書の製剤はまた、治療を受けている特定の徴候のために必要な一以上の活性成分、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を持つものが含まれる場合がある。このような活性成分は、意図した目的のために有効な量で組み合わされ適切に存在する。
活性成分は、例えば、コアセルベーション技術又は界面重合法によって、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン−マイクロカプセル及びポリ（メチルメタクリレート(methylmethacylate)）マイクロカプセル）により、コロイド薬物送達系で（例えばリポソーム、アルブミンミクロスフィア、ミクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）又はマクロ・エマルジョンで調製されたマイクロカプセルに封入されてもよい。このような技術は、Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition, Osol, A. Ed. (1980)に開示される。
【０２９１】
徐放性製剤が調製されてもよい。徐放性製剤の好適な例は、抗体及び／又は結合ポリペプチドを含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリクスを含み、そのマトリックスが成形品、例えばフィルムまたはマイクロカプセルの形をしている。
【０２９２】
インビボ投与に使用される製剤は、一般的に無菌である。無菌性は、例えば、滅菌濾過膜を通して濾過することにより、達成することができる。
【０２９３】
ＶＩＩ．製造品
本発明の他の実施態様において、上述した障害の治療、予防、及び／又は診断に有用な物質を含む製造品が提供される。製造品は、容器とラベルまたは容器上にある又は容器に付属するパッケージ挿入物を含む。好適な容器は、例としてボトル、バイアル、シリンジ、ＩＶ輸液バッグ等を含む。容器はガラス又はプラスチックなどの様々な物質から形成されうる。容器は、疾患の治療、予防、及び／又は診断に有効である、それ自体か、又はその他の組成物と併用される化合物を収容し、無菌のアクセスポートを有し得る（例えば、容器は皮下注射針による穴あきストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであってよい）。組成物中の少なくとも一の活性剤は本発明のＳＣＤ１アンタゴニストである。ラベルまたはパッケージ挿入物は、組成物が特定の症状の治療のために使用されることを示している。更に、製造品は、（ａ）組成物がＳＣＤ１アンタゴニストを含有する組成物を含む第一の容器；および（ｂ）組成物が更なる細胞障害性又はその他の治療的薬剤を包含する組成物を含む第２の容器を含み得る。
【０２９４】
幾つかの実施態様において、製造品は、容器、該容器上のラベル、及び該容器内に含まれる組成物を含み；ここで組成物は、一以上の試薬（例えば、本明細書に記載される、バイオマーカーの一又は複数に結合する一次抗体又はバイオマーカーの一又は複数に対するプローブ及び／又はプライマー）、組成物がサンプル中の一又は複数のバイオマーカーの存在を評価するために使用することができることを示す容器上のラベル、及びサンプル中の一又は複数のバイオマーカーの存在を評価するための試薬の使用説明書を含む。製造品は、サンプルを調製し、試薬を利用するための使用説明書と物質を更に含みうる。幾つかの実施態様において、製造品は、一次及び二次抗体の両方を含み、ここでは該二次抗体は標識、例えば酵素的標識にコンジュゲートしている。幾つかの実施態様において、製造品は、本明細書に記載される、一又は複数のプローブ及び／又は一又は複数のバイオマーカーである。
【０２９５】
任意の製造品の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはＦＧＦＲ３である。任意の製造品の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはリン酸化ＦＧＦＲ３である。
【０２９６】
任意の製造品の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャー(FGFR3-regulated lipogenic signature)の一又は複数の遺伝子である。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＲＥＢＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＡＣＯＴ７、ＰＴＰＬＡ、ＰＣＣＢ、ＦＡＤＳ１、ＲＤＨ１１、ＡＣＥＲ３、ＰＤＳＳ１、ＭＶＤ、ＡＧＰＡＴ５、ＨＳＤ１７Ｂ２、ＡＣＳＬ４、ＥＢＰ、ＰＩＧＷ、ＬＢＲ、ＡＣＬＹ、ＡＤＯＲＡ２Ｂ、ＧＰＣＰＤ１、ＣＹＰ２４Ａ１、ＡＣＳＬ３、ＭＶＫ、ＡＣＳＳ２、ＦＤＰＳ、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＥＬＯＶＬ５、ＨＭＧＣＲ、ＬＩＰＧ、ＭＥ１、ＤＨＣＲ７、ＬＳＳ、ＡＣＡＴ２、ＦＡＳＮ、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＣＹＰ５１Ａ１、ＩＤＩ１、ＦＤＦＴ１、ＦＡＲ２、ＨＭＧＣＳ１、ＳＤＲ１６Ｃ５、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＬＤＬＲ、ＭＳＭＯ１、ＩＮＳＩＧ１、ＤＨＲＳ９、ＬＲＰ８、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーの一又は複数の遺伝子は、ＳＱＬＥ、ＰＣＳＫ９、ＳＣＤ１、ＦＡＢＰ４からなる群からの一又は複数の遺伝子、及びその組み合わせを、含む、からなる、又は、から本質的になる。幾つかの実施態様において、ＦＧＦＲ３調節性脂質生合成シグナチャーは、ＳＣ４ＭＯＬを、含む、からなる、又は、から本質的になる。
【０２９７】
任意の製造品の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは成熟したＳＲＥＢＰ１である。任意の製造品の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは△９一価不飽和脂肪酸である。任意の製造品の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは△９一価不飽和脂肪酸：飽和脂肪酸の比率である。任意の製造品の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはＰＩ３Ｋシグナル伝達、ｍＴＯＲシグナル伝達、ＭＥＫシグナル伝達である。任意の製造品の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーは、ＰＩ３Ｋ、ＰＴＥＮ、ｐ８５、ＴＳＣ１／２、及びＡＫＴからなる群から選択される遺伝子の一又は複数の多型である。任意の製造品の幾つかの実施態様において、一又は複数のバイオマーカーはリン酸化ＡＫＴである。
製造品の他の任意の成分には、一又は複数のバッファー（例えば、ブロッキングバッファー、洗浄バッファー、基質バッファー等）、他の試薬、例えば酵素標識により化学的に改変される基質（例えば色素原）、エピトープ回収液、コントロール試料（正及び／又は負のコントロール）、コントロールスライド等が含まれる。
【０２９８】
任意の製造品の幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは、抗体、結合性ポリペプチド、結合性小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様において、ＳＣＤ１アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様において、抗体は、モノクローナル抗体である。幾つかの実施態様において、抗体はヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である。幾つかの実施態様において、抗体は抗体断片であり、抗体断片は、ＳＣＤ１に結合する。
【０２９９】
本発明の本実施態様における製造品は、組成物が特定の疾患を治療することに用いることができることを示すパッケージ挿入物をさらに含んでいてもよい。別法として、または加えて、製造品は、薬学的に許容されるバッファー、例えば注射用静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝化塩水、リンガー溶液およびデキストロース溶液を含む第二（または第三）の容器をさらに含んでもよい。これは、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、およびシリンジを含む、商業的およびユーザーの立場から望まれる他の物質のさらに含んでもよい。
【０３００】
上記の製造品のいずれかは、ＳＣＤ１アンタゴニストの代わりか又はそれに加えて、本明細書に記載されるイムノコンジュゲートを含み得ることが理解される。
【実施例】
【０３０１】
以下は本発明の方法および組成物の例である。上記提供される一般的な説明を前提として、他の様々な実施態様が実施され得ることが理解される。
【０３０２】
実施例の材料と方法
細胞培養、ｓｉＲＮＡトランスフェクション及び試薬
ヒト膀胱癌細胞株のＳＷ７８０、ＢＦＴＣ−９０５及びＣａｌ２９はＡＴＣＣから入手した。ＲＴ１１２細胞は、微生物及び細胞培養のドイツコレクションから購入した (DSMZ, Germany)。ＦＧＦＲ３またはＥＧＦＰを標的としたドキシサイクリン誘導性ｓｈＲＮＡを安定的に発現するＲＴ１１２細胞は以前に説明されている（２４）。膀胱癌細胞株ＵＭＵＣ−１４は、ミシガン大学のH.B.Grossman (Currently at University of Texas M. D. Anderson Cancer Center, TX)博士から入手した。膀胱癌細胞株ＴＣＣ−９７−７は、セントジェームズ大学病院 (Leeds, United Kingdom)のMargret Knowles博士からの贈り物であった。細胞は、３７℃、５％ＣＯ２の条件下で、１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ）（Ｓｉｇｍａ）、１００Ｕ／ｍｌペニシリン、０．１ｍｇ／ｍｌのストレプトマイシン及びＬ−グルタミンを補充したＲＰＭＩ培地により維持した。
【０３０３】
ラパマイシンおよびＰＩ３Ｋ阻害剤ＬＹ２９４００２は、セルシグナリングテクノロジー(Danvers, MA)から得た。強力で選択的なＭＥＫ１／２阻害剤ＰＤ０３２５９０１（ファイザー）はSynthesis Med Chem (San Diego, CA)から購入した。ＳＣＤ１の小分子阻害剤Ａ３７０６２はＢｉｏＦｉｎｅインターナショナル (Vancouver, Canada)から購入した。
【０３０４】
全てのＲＮＡ干渉実験は、ＯＮ−ＴＡＲＧＥＴｐｌｕｓ ｓｉＲＮＡ(50nM, Dharmacon, Lafayette, CO)を用いて行った。細胞は、リポフェクタミンＲＮＡｉＭＡＸ(Invitrogen, Carlsbad, CA)でトランスフェクトし、細胞増殖及びアポトーシスは、トランスフェクション後４８時間又は７２時間後に評価した。
【０３０５】
遺伝子発現アレイ及び分析
ＦＧＦＲ３又はＥＧＦＰを標的とするドキシサイクリン誘導性ｓｈＲＮＡを発現するＲＴ１１２細胞を、ドキシサイクリン（１μｇ／ｍｌ）の存在下又は非存在下で４８時間１０ｃｍプレート中で増殖させた。サブコンフルエント細胞培養物からの全ＲＮＡを、ＲＮＡｅａｓｙキット(Qiagen)を用いて単離した。ＲＮＡの品質は、Ａｇｉｌｅｎｔバイオアナライザー２１００でサンプルを流すことにより確認した、十分な品質のサンプルは、アフィメトリクスＨＧＵ１３３−Ｐｌｕｓ＿２．０チップ上でプロファイリングした。マイクロアレイ研究は、三通りのＲＮＡサンプルを用いて行った。相補的ＲＮＡの調製、アレイハイブリダイゼーション、スキャニング、及び続く配列画像データ解析は、製造者のプロトコルに従って行った。全てのプローブセットについての発現概要値は、バイオコンダクターからのａｆｆｙパッケージに実装されたＲＭＡアルゴリズムを用いて計算した。示差的に発現される遺伝子の統計分析は、線形モデル及びバイオコンダクターからＬＩＭＭＡパッケージに実装されている経験的ベイズ統計を用いて実行された。示差的に発現される遺伝子によって過剰発現される生物学的プロセスを得るために、遺伝子オントロジー（ＧＯ）生物学的プロセスカテゴリと遺伝子の関連についての超幾何学的試験が、Ｇｏｓｔａｔｓとカテゴリパッケージを用いて行われた。発現プロファイルの階層的クラスタリングを、距離尺度として（１−ピアソンの相関）及び凝集法としてウォードの最小分散法を用いて行った。
【０３０６】
ｍＲＮＡ発現レベルの定量的ＲＴ−ＰＣＲ分析
ＳＲＥＢＰ１、ＳＲＥＢＰ２、ＦＡＳＮ、ＳＣＤ１、ＳＱＬＥ、及びＨＭＧＣｏＡシンターゼの転写物を検出するために、定量的ＲＴ−ＰＣＲを、予め設計されたＴａｑｍａｎ遺伝子発現アッセイ(Applied Biosystems)を用いて行った。全ての反応は、少なくとも二重実施した。全てのｍＲＮＡの相対量は、ヒトＲＰＬ１９に対して正規化した後、比較ＣＴ法を用いて計算した。
【０３０７】
総脂肪酸合成の分析
脂質生合成活性は、報告されたように、脂肪酸への［１，２−１４Ｃ］酢酸(Perkin Elmer, Waltham, MA) の取り込みをモニターすることにより決定した（３９）。［１，２−１４Ｃ］酢酸（０．１％ＢＳＡを含むＤＭＥＭ培地中に０．５μＣｉ／ｍＬ）が細胞に添加され、３７℃で４時間インキュベートした。細胞を、氷冷ＰＢＳで２回洗浄し掻き集められ、２％ＫＯＨ中で溶解した。溶解物を試験管に移し、一晩し８０℃でけん化した。ステロール及び他の中性脂質をジエチルエーテルで２回抽出した。次いで、下部相を６ＮのＨＣｌで中和し、脂肪酸を抽出するためにヘキサンと２回混合した。脂肪酸画分を回収し、窒素蒸気下で乾燥させ、シンチレーション計数により分析した。［１４Ｃ］放射活性を、タンパク質含量をサンプリングするために正規化した。
【０３０８】
ＳＣＤ１活性アッセイ
ＳＣＤ１の活性は、［１−１４Ｃ］１８：０ステアリン酸(American Radiolabeled Chemicals, St. Louis, MO)の不飽和化又は［１，２−１４Ｃ］酢酸の一価不飽和脂肪酸への組み込みをモニタリングすることにより決定した。細胞を標識された基質と共に６〜８時間インキュベートした。上述したように、全脂質を単離し、メタノール中の１４％三フッ化ホウ素を１ｍｌに溶解し、６時間６４℃でインキュベートした。１ｍＬの水を加えた後、メチルエステルを２ｍＬのヘキサンで抽出し、WilsonとSergeantの手順に従い、ヘキサン／ジエチルエーテル（８５：１５、ｖ／ｖ）からなる溶媒相を使用して１０％銀色含浸シリカゲルプレート上で薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）により分離した。分離後、風乾したプレートをＸ線フィルムに曝露し、ＴＬＣ上で脂肪酸スポットを掻きとり、液体シンチレーション分光計を用いて放射能をカウントした。ＳＣＤ１活性は、ステアリン酸メチルエステル酸に対するオレイン酸に対する比率、又はパルミチン酸メチルエステル酸に対するパルミトレイン酸に対する比率として表した。
【０３０９】
ＢＳＡ複合体化オレイン酸及びパルミチン酸の調製
５０ｍＭのオレイン酸又はパルミチン酸のストック溶液を、オレイン酸とパルミチン酸のナトリウム塩 (Sigma-Aldrich)を用いて、４ｍＭのＮａＯＨ中で調製した。脂肪酸フリーのＢＳＡ(Sigma-Aldrich)を、４ｍＭの最終濃度で蒸留水で調製した。オレイン酸又はパルミチン酸の５０ｍＭストックの１容量を、４ｍＭのＢＳＡの１．５容量と混合し、１時間５５℃に加熱し、脂肪酸／ＢＳＡ比が〜８．３：１で、ＢＳＡ複合体化オレイン酸又はパルミチン酸の２０ｍＭストック溶液を得た。
【０３１０】
ＳＣＤ１のｓｈＲＮＡを発現するＳＷ７８０の安定した細胞の生成
三つの独立したＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡは、ジェネンテックが開発したＰＧ−ｐＨＵＳＨレンチウイルスベクターにクローニングした。ベクターの詳細情報は、要求に応じて提供されることになる。研究で使用したＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡの配列は次の通りである：ｓｈＲＮＡ１：５’−ＧＡＴＣＣＣＣＣＴＡＣＡＡＧＡＧＴＧＧＣＴＧＡＧＴＴＴＴＣＡＡＧＡＧＡＡＡＣＴＣＡＧＣＣＡＣＴＣＴＴＧＴＡＧＴＴＴＴＴＴＧＧＡＡＡ−３’（配列番号２）；
ｓｈＲＮＡ２：５’−ＧＡＴＣＣＣＣＣＴＡＣＧＧＣＴＣＴＴＴＣＴＧＡＴＣＡＴＴＣＡＡＧＡＧＡＴＧＡＴＣＡＧＡＡＡＧＡＧＣＣＧＴＡＧＴＴＴＴＴＴＧＧＡＡＡ−３’（配列番号３）；
ｓｈＲＮＡ３：５’−ＧＡＴＣＣＣＣＧＣＡＣＡＴＣＡＡＣＴＴＣＡＣＣＡＣＡＴＴＣＡＡＧＡＧＡＴＧＴＧＧＴＧＡＡＧＴＴＧＡＴＧＴＧＣＴＴＴＴＴＴＧＧＡＡＡ−３’（配列番号４）。全ての構築物を配列決定により確認した。ＥＧＦＰ対照ｓｈＲＮＡは、以前に記載している（２４）。ｓｈＲＮＡを含有するレンチウイルスは、パッケージングプラスミドデルタ８．９、エンベローププラスミドＶＳＶ−Ｇ及びＰＧ−ｐＨＵＳＨ−ｓｈＲＮＡ構築物とともにＧＮＥ２９３Ｔ細胞を同時トランスフェクトすることによって産生された。ウイルス上清は、トランスフェクション後４８および７２時間後に回収し、０．４５μｍのシリンジフィルターを通して濾過することにより細胞の破片が取り除かれた。レンチウイルス形質導入及び安定な細胞の選択は、説明されるように行った（２４）。
【０３１１】
細胞増殖とアポトーシスの研究
低分子干渉ＲＮＡ実験のために、トランスフェクション後７２時間で、細胞を［メチル−３Ｈ］チミジン取り込みのために処理した。ドキシサイクリン誘導性ｓｈＲＮＡの実験のために、細胞を７２時間１μｇ／ｍＬのドキシサイクリンを含み又は含まずに処理し、その後更に１６時間［３Ｈ］チミジンとインキュベートした。ＳＣＤ１小分子阻害剤実験のために、細胞を４８時間、ＤＭＳＯ又はＤＭＳＯ単独で指示された濃度のＡ３７０６２で処置した。細胞生存率をＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ(Promega)を用いて評価した。カスパーゼ３及びカスパーゼ７の活性化は、Ｃａｓｐａｓｅ−Ｇｌｏ ３／７アッセイキット（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて測定した。値は四つ組みの平均値＋／−ＳＤとして表される。データは、少なくとも３つの独立した実験の代表である。
【０３１２】
細胞周期の解析のため、細胞懸濁液を、７０％エタノール中で固定し、室温で１５分間ヨウ化プロピジウムとＲＮａｓｅ染色緩衝液(BD Pharmingen)を０．５ｍＬで染色した。アポトーシスのフローサイトメトリー分析のために、ｉｔｏＴｒａｃｋｅｒ Ｒｅｄ及びＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８がコンジュゲートしたアネキシンＶを、製造業者（Invitrogen)の説明に従って細胞を染色するために使用した。フローサイトメトリーデータ解析及び可視化をＦｌｏｗＪｏ ｖ８．４ソフトウェア（Tree Star, Inc.)を使用して実施した。
【０３１３】
タンパク質の分析
図の説明文に記載されているように、細胞を処理した。全細胞ライセート用に、細胞を氷冷ＰＢＳで２回洗浄し、ホスファターゼ阻害剤カクテルＰｈｏｓＳＴＯＰ及び完全プロテアーゼ阻害剤カクテル(Roche Applied Science, Indianapolis, IN)を補充したＲＩＰＡ緩衝液中で抽出した (Millapore, Billerica, MA）。ライセートは遠心分離によって不溶物が取り除かれた。腫瘍異種移植片におけるタンパク質発現の分析のために、腫瘍組織からのライセートを、（プロテアーゼ阻害剤およびホスファターゼ阻害剤を補充した１５０ｍＭ塩化ナトリウム、２０ｍＭのトリス（ｐＨ７．５）、２ＭのＥＤＴＡ、１％トリトンＸ−１００、１０ｍＭのフッ化ナトリウムからなる）溶解緩衝液とともに、製造業者(MP Biomedicals, Irvine, CA)により記載されたようにファストプレップ−２４ホモジナイザーを用いて凍結組織を粉砕することによって、抽出した。
【０３１４】
ｐＦＧＦＲ３を検出するために、ＦＧＦＲ３はウサギポリクローナル抗体(sc-123, Santa Cruz Biotechnology, Santa Cruz, CA)を用いて免疫沈降させ、ナトリウムドデシルポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ−ＰＡＧＥ）及びウェスタンブロットによって分析した。リン酸化されたＦＧＦＲ３は、リン酸化チロシン(4G10, Millipore)又はｐＦＧＦＲＹ６５３／６４５(#3476, Cell Signaling Technology, Danvers, MA)に対するモノクローナル抗体を用いて評価した。腫瘍組織においてＳＣＤ１を検出するために、ＳＣＤ１は、マウスモノクローナル抗体(GTX19862, GeneTex, Irvine, CA) を用いて同量のライセートから免疫沈降し、ウサギＳＣＤ１抗体(#2438, Cell Signaling Technology)で探索した。
【０３１５】
使用した一次ブロッティング抗体は、ＦＧＦＲ３ (sc-13121, Santa Cruz Biotechnology)、ＳＲＥＢＰ１ (sc-13551, Santa Cruz Biotechnology)、ＳＲＥＢＰ２ (557037, BD Pharmingen)、完全ＦＲＳ２ (sc-8318, Santa Cruz Biotechnology)、ｐＡＫＴＴ３０８(#2214-1, Epitomics)である。以下の一次抗体は、Cell Signaling Technologyから購入した：ｐＦＲＳ２Ｙ１９６（＃３８６４），ＦＡＳＮ（＃３１８９），ｐＡＫＴＳ４７３（＃４０６０），完全ＡＫＴ（＃９２７２），ｐＭＡＰＫ（＃９１０１），完全ＭＡＰＫ（＃４６９５），ｐＳ６（＃２２１１），切断されたカスパーゼ３（＃９６６４）、完全カスパーゼ３（＃９６６５）、切断されたカスパーゼ７（＃９４９１）、完全カスパーゼ７（＃９４９２）、及びＰＡＲＰ（＃９５４２）。ブロットを、化学発光基質 (ECL Plus, Amersham Pharmacia Biotech, Piscataway, NJ)を用いて可視化した。
【０３１６】
異種移植研究
６−８週齢のメスのＣＢ１７重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）マウスは、チャールズリバー研究所(Hollister, CA)から購入した。メスの無胸腺ヌードマウスはＨａｒｌａｎ研究所(Hayward, CA)から入手した。マウスは、特定病原体フリーの条件下で維持した。ＳＷ７８０ ｓｈＲＮＡ安定細胞（７×１０６）をＣＢ１７．ＳＣＩＤマウスの側腹部に、ＨＢＳＳ／マトリゲル(1:1 v/v, BD Biosciences)中で０．２ミリリットルの容量で皮下移植した。ＵＭＵＣ−１４細胞（５ｘ１０６）及びＨＣＴ−１５細胞（５ｘ１０６）は、マトリゲルなしで、無胸腺ヌードマウスに移植した。有効性研究のために、１５０−２００ｍｍ３の平均容積の腫瘍を有するマウスを無作為に８又は１０の処置コホートに分類した。ｓｈＲＮＡ研究のために、マウスにＨ２Ｏ単独又は１ｍｇ／ｍＬのドキシサイクリンを補充したスクロースが与えられた。ＳＣＤ１阻害剤Ａ３７０６２（７５ｍｇ／ｋｇ）又はビヒクル対照を、２１日間強制経口投与により１日２回投与した。図１８の実験では、ＳＣＤ１阻害剤Ｇ０２４４７１７１及びＡ３７０６２、又はビヒクル対照の異なる用量を、２１日間強制経口投与により１日２回投与した。腫瘍体積の結果は平均腫瘍容積＋／−とＳＥＭして提示され、データはスチューデントｔ検定により分析した。体重とキャリパー測定は週２回行われ、腫瘍体積を式Ｖ＝０．５ ａｘｂ２を用いて計算され、ここでａ及びｂは、それぞれ、腫瘍の長さ及び幅である。腫瘍体積の結果は平均腫瘍容積＋／−とＳＥＭして提示され、データはスチューデントｔ検定により分析した。
【０３１７】
腫瘍組織及びマウス血漿及び肝臓における脂肪酸不飽和化を分析するために、サンプルは、有効性研究の終了時（最終投与後２時間）に採取され、瞬間凍結した。脂肪酸プロファイリングは、ケン化およびメチル化のための標準的な試料調製法を用いて、Microbial ID, Inc (Newark, DE)により行われた。脂肪酸メチルエステルを抽出し、分析のためにガスクロマトグラフにロードした。不飽和化指数は、ステアリン酸メチルエステル酸に対するオレイン酸に対する比率、又はパルミチン酸メチルエステル酸に対するパルミトレイン酸に対する比率として表した。
【０３１８】
統計
プールされたデータは平均＋／−ＳＥＭとして表した。独立スチューデントｔ検定（両側）を両群間の比較のために使用した。Ｐ＜０．０５の値は、全ての実験において統計的に有意とみなした。
【０３１９】
細胞生存率及びカスパーゼ３／７活性アッセイ
ＳＣＤ１小分子阻害剤実験のために、細胞を４８時間、ＤＭＳＯ又はＤＭＳＯ単独で指示された濃度のＡ３７０６２(Abbott化合物4c)又はＧ０２４４７１７１．１ (Daichii 化合物24)で処置した。細胞生存率は処置の７２時間後にＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏで評価した(Promega)。カスパーゼ３及びカスパーゼ７の活性化は、処置の４８時間後にＣａｓｐａｓｅ−Ｇｌｏ ３／７アッセイキット(Promega)を用いて測定した。値は四つ組みの平均値＋／−ＳＤとして表される。データは、少なくとも３つの独立した実験の代表である。
【０３２０】
実施例１：ＦＧＦＲ３のノックダウンは、ステロール及び脂肪酸生合成及び代謝に関与する遺伝子の発現を抑制する。
ドキシサイクリン誘導性ｓｈＲＮＡを使用して、膀胱癌細胞系ＲＴ１１２におけるＦＧＦＲ３のノックダウンは、Qing et al. J. Clin. Invest. 119(5):1216-1229 (2009)に示したように、インビトロ及びインビボで有意に腫瘍増殖を減弱した。潜在的なＦＧＦＲ３−下流標的を同定するため、対照ｓｈＲＮＡ又は３つの独立したＦＧＦＲ３ ｓｈＲＮＡの何れかを発現するＲＴ１１２由来細胞株の転写プロファイルを比較した。異なるＦＧＦＲ３のｓｈＲＮＡを発現する３つのＲＴ１１２由来細胞株の使用は、これらの独立に樹立された細胞株において非特異的な相違についての対照を提供した。全ての細胞株は、マイクロアレイ解析のｍＲＮＡを単離する前にＦＧＦＲ３タンパク質を枯渇させるため、４８時間ドキシサイクリンを含み又は含まずに処置された。対照のｓｈＲＮＡ細胞においてでなく、３つの全てのＦＧＦＲ３のｓｈＲＮＡ細胞株において、ドキシサイクリン誘導時に示差的に発現された遺伝子（偽発見率＜０．１、倍率変化＞２）は、潜在的なＦＧＦＲ３調節遺伝子と考えられた（図１）。アレイ上に表された１９７０１遺伝子のうち、３１３の遺伝子は、１９６が上方制御され１１７が下方制御され、ＦＧＦＲ３ノックダウンに応答して一貫した差次的発現を示した（図２Ａおよび図１、表２も参照）。
【０３２１】
これらのＦＧＦＲ３調節遺伝子の機能的分類は、著しく下方制御された遺伝子の大部分（ｐ値＜０．０１）が脂肪酸およびステロール生合成および代謝に関与する酵素やタンパク質のコホートをコードすることを明らかにした。ＳＣＤ１は、モノ不飽和脂肪酸に飽和脂肪酸の変換を触媒する律速酵素であり、最も大きな減少を示す遺伝子の一員であった（３．８５倍減、図２Ｂ）。このクラスタはまた、脂肪酸合成酵素（ＦＡＳＮ）、ヒドロキシメチルグルタリル−補酵素１（ＨＭＧＣＳ１）、及びスクアレンエポキシダーゼ（ＳＱＬＥ）を含んでいた（図２Ｂ）。マイクロアレイの結果は更に、代表的な遺伝子のｍＲＮＡ存在量レベルの定量的ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）分析を用いて確認した（図２Ｃ及びＤ）。更に、これらの脂質生合成遺伝子のＦＧＦＲ３−依存性調節はまた、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）媒介性ＦＧＦＲ３ノックダウンにより膀胱癌細胞株ＵＭＵＣ−１４で確認された（図３Ａ及びＢ）。一緒に、これらのデータは、ステロールおよび脂質生合成および代謝経路上のＦＧＦＲ３シグナル伝達の主な作用を示唆している。
【０３２２】
加えて、特異的抗ＦＧＦＲ３抗体、Ｒ３Ｍａｂは、ＵＭＵＣ−１４腫瘍異種移植片における脂質合成遺伝子の発現を減少させた。ＵＭＵＣ−１４異種移植腫瘍は、対照抗体（Ｃｔｒｌ Ａｂ）又はＲ３Ｍａｂで処置し、腫瘍組織は第５日に回収された。全ＲＮＡはマイクロアレイ分析のために腫瘍組織から単離した。Ｃｔｒｌ Ａｂに比べてＲ３Ｍａｂによる有意な調節を示す遺伝子をさらに分析した。ＳＣ４ＭＯＬを更に含む全ての遺伝子とは、同様にｓｉ−ＲＮＡ媒介性ＦＧＦＲ３ノックダウンを用いて下方調節された。
【０３２３】
我々の発現アレイ研究で同定されたこれらの脂質生合成遺伝子の大多数は主要な転写因子のＳＲＥＢＰファミリーにより調節されるのため、ＳＲＥＢＰ１及びＳＲＥＢＰ２のｍＲＮＡレベルを、ｑＲＴ−ＰＣＲを用いて検討し、ＲＴ１１２細胞におけるＦＧＦＲ３のノックダウンは、控えめに約５０％ＳＲＥＢＰ１のｍＲＮＡレベルを減少し、ＳＲＥＢＰ２レベルに影響を及ぼさないことを見いだした（図２Ｅ）。同様の結果がＦＧＦＲ３のｓｉＲＮＡでトランスフェクトしたＵＭＵＣ−１４細胞で観察された（図３Ｃ）。これらのデータは、ＦＧＦＲ３シグナル伝達は部分的にはＳＲＥＢＰ１を通じて新規の脂質生合成を調節することができるという可能性を提起した。
【０３２４】
実施例２：ＦＧＦＲ３のノックダウンは、脂肪酸合成及び不飽和化を阻害する
マイクロアレイ及びｑＲＴ−ＰＣＲの結果に基づいて、脂質生合成および細胞事象の調節におけるＦＧＦＲ３シグナル伝達の役割を調べた。第一に、ＦＧＦＲ３ノックダウン時のＳＲＥＢＰ１の発現及び活性化を検討したコレステロール及び脂肪酸欠乏に応答して、ＳＲＥＢＰ１は、Ｎ末端タンパク質分解切断、続いて核移行を経て、脂質合成酵素の転写誘導を誘発することが知られている。ドキシサイクリンによるＦＧＦＲ３ ｓｈＲＮＡの誘導は、ＦＧＦＲ３タンパク質レベルを減少させる（図４Ａ）。ドキシサイクリン処置はまた、ＳＲＥＢＰ１の全長ならびに切断された成熟形態を減少させたが、全長又はプロセスされたＳＲＥＢＰ２に影響を及ぼさなかった（図４Ａ）。ＦＡＳＮの緩やかな減少及びＳＣＤ１レベルの明白な減少が、対照ｓｈＲＮＡ細胞でなく、ＦＧＦＲ３ ｓｈＲＮＡを発現する細胞で観察された（図４Ａ）。［１，２−１４Ｃ］酢酸とインキュベートしたＲＴ１１２細胞の更なる分析は、ＦＧＦＲ３のノックダウンが著しく脂肪酸合成を減少させることを明らかにした（図４Ｂ）。この観察と一致して、抗ＦＧＦＲ３特異的抗体、Ｒ３ＭａｂによるＵＭＵＣ−１４細胞の２４時間の処理は（その全体が参考として援用される、国際公開第２０１０／１１１３６７号を参照）、ＳＲＥＢＰ１の完全長及び活性型のレベル並びにＦＡＳＮおよびＳＣＤ１の発現を減少させた（図５Ａ）。同様に、ＵＭＵＣ−１４細胞において総脂肪酸合成はＲ３Ｍａｂにより減少した（図５Ｂ）。
【０３２５】
ＦＧＦＲ３ノックダウンほとんどＳＣＤ１の発現を消滅させ、ＳＣＤ１はモノ不飽和脂肪酸の生合成の律速酵素であるため、脂肪酸不飽和化に対するＦＧＦＲ３ ｓｈＲＮＡの作用を、［１４Ｃ］標識ステアリン酸を用いて調べた。ＦＧＦＲ３ ｓｈＲＮＡは、飽和ステアリン酸前駆体からの不飽和オレイン酸の産生をブロックしたが、対照のｓｈＲＮＡは影響を与えなかった（図４Ｃ及びＤ）。まとめると、これらの結果は、ＳＲＥＢＰ１発現及び／又は切断の減少、並びにＦＡＳＮとＳＣＤ１を含む主要な脂質合成酵素の減少を伴い、ＦＧＦＲ３の阻害はデノボ脂肪酸合成および不飽和化の顕著な減少を引き起こしたことを示唆している。
【０３２６】
実施例３：ＦＧＦＲ３シグナル伝達は、ＳＲＥＢＰ１を活性化し、ＰＩ３Ｋ−ｍＴＯＲＣ１を通して新規脂肪酸合成を促進する
新規脂質生合成のＦＧＦＲ３調節の基礎をなす分子回路を別々にするために、膀胱癌細胞におけるＦＧＦＲ３シグナル伝達は、ＦＧＦ１で活性化され、ＳＲＥＢＰ１発現および切断が分析された。Ｃａｌ２９膀胱癌細胞株は、高レベルのＦＧＦＲ３を内因的に発現し、そしてＦＧＦ１処置は、ＦＧＦＲ３及び下流のシグナル伝達エフェクターの強固なリン酸化及び活性化を時間用量依存的に誘発した（図６Ａ及び図７Ａ）。ＦＧＦ１は、全長不活性ＳＲＥＢＰ１タンパク質レベルに影響を与えなかったが、ＳＲＥＢＰ１の切断された活性型は、２時間の処置後において実質的に高くなり、蓄積は、２４時間の実験の全過程で持続した（図６Ａ）。対照的に、完全長又はプロセスされれたＳＲＥＢＰ２のどちらがも影響を受けなかった。同様に、ＳＣＤ１タンパク質レベル、およびより少ない程度にＦＡＳＮが、ＦＧＦ１によって誘導された（図６Ａ）。これらの変化と一致して、ＦＧＦ１は、２４時間のインキュベーション後、全脂肪酸の合成を増加させた（図６Ｂ）。分画分析は、飽和および不飽和脂肪酸の両方が、ＦＧＦ１により誘導されたことを明らかにした（図６Ｂ）。同様の結果が、完全長ＳＲＥＢＰ１の緩やかな増加を伴い、遅い動態で、ＲＴ１１２細胞において観察され、活性ＳＲＥＢＰ１の蓄積は、処置後約２４時間でピークに達した（図７Ｂ、Ｃ及びＤ）。
【０３２７】
ＦＧＦ１刺激によるＳＣＤ１などの脂質合成酵素の誘導が、プロセスされた活性なＳＲＥＢＰ１に依存するかどうかを判断するため、ＲＴ１１２細胞においてＳＲＥＢＰ１又はＳＲＥＢＰの発現がｓｉＲＮＡを用いて枯渇された。ｓｉＲＮＡ標的性ＳＲＥＢＰ１は、基礎及びＦＧＦ１により誘導されるＳＣＤ１発現の両方を著しく減少させるが、ＳＲＥＢＰ２だけのノックダウンは効果がなかった（図６Ｃ）。興味深いことに、ＳＲＥＢＰ１とＳＲＥＢＰ２の両方の標的化は、ＳＣＤ１の発現をほぼ完全に消失させ（図６Ｃ）、ＳＲＥＢＰ１はＳＣＤ１発現の調節に主要な役割を果たしているが、ＳＲＥＢＰ１とＳＲＥＢＰ２両方がＦＧＦ１刺激の際のＳＣＤ１の最大の誘導の一因となることを示唆している。同様に、ＦＡＳＮの誘導もＳＲＥＢＰ１とＳＲＥＢＰ２の両方に依存し、ＳＲＥＢＰ１がより重要な役割を果たしている（データ示さず）。
【０３２８】
脂質生合成の調節におけるＦＧＦＲ３下流のシグナル伝達カスケードの関与を評価するために、標準のＦＧＦＲ３シグナル伝達が複数のノードでＰＩ３Ｋ阻害剤ＬＹ２９４００２、ｍＴＯＲＣ１の阻害剤ラパマイシン、及び強力かつ選択的なＭＥＫ１／２阻害剤ＰＤ３２５９０１によって薬理学的にブロックされた。ＲＴ１１２膀胱癌細胞において、各阻害剤は、ＡＫＴ、Ｓ６、及びＭＡＰＫそれぞれのリン酸化によって評価されるように、その意図した標的のＦＧＦ１誘導活性化を鈍らせた（図８Ａ）。阻害剤は、完全長ＳＲＥＢＰ１タンパク質の発現に最小の効果を誘発しつつ、それらは全て、切断された活性なＳＲＥＢＰ１の基礎およびＦＧＦ１により誘導されるレベルの両方を実質的に減少させた。協調的に、ＳＣＤ１発現は阻害剤の各々によって有意に減少し、ＰＩ３Ｋ阻害剤のＬＹ２９４００２が最強の阻害を示すした。ＦＡＳＮ発現は、阻害剤の各々によってのみ緩やかに減少した（図８Ｂ）。阻害剤によるＲＴ１１２細胞の処置は、ＦＧＦ１により刺激される全脂肪酸合成を著しく抑制し、ＬＹ２９４００２とＰＤ３２５９０１が最も強力な阻害効果を示した（図８Ｃ）。注目に値する。Ｃａｌ２９膀胱癌細胞において、ラパマイシン及びＬＹ２９４００２は、ＲＴ１１２細胞において観察された結果と一致して、活性なＳＲＥＢＰ１の蓄積とＳＣＤ１の発現をブロックしたことが注目に値する（図９）。しかし、Ｃａｌ２９細胞では、選択的ＭＥＫ１／２阻害剤ＰＤ３２５９０１は、活性ＳＲＥＢＰ１のＦＧＦ１誘発性蓄積を部分的にしか減少させず、ＳＣＤ１誘導に大きな影響を与えなかった（図９）。したがって、膀胱癌細胞において、ＦＧＦＲ３はＳＲＥＢＰ１切断及び活性化を促進するためにＰＩ３Ｋ−ｍＴＯＲＣ１の軸を介して主にシグナル伝達し、新規脂質生合成の上昇および脂肪酸の不飽和化が生じる。ＭＥＫ−ＭＡＰＫ経路の寄与は、細胞株及び／又はコンテキスト依存であってもよい。
【０３２９】
実施例４：ＳＣＤ１のｓｉＲＮＡ媒介性ノックダウンは細胞周期の進行を遮断し、活性ＦＧＦＲ３シグナル伝達により膀胱癌細胞においてアポトーシスを誘導する
新規脂質生合成は、細胞の成長および増殖のための前提条件である、新しい膜および細胞小器官を形成するために、急速に増殖する細胞において必要である。脂質及びその代謝中間体はまた、シグナル伝達分子の脂質化を介するシグナル伝達、細胞内のタンパク質の局在化の調節を制御することができ、又はセカンドメッセンジャーとしての役割を果たす。これにより、乳癌、前立腺癌及び膠芽細胞腫を含む特定の癌の型は、制御されない細胞増殖および生存のための新規脂肪酸合成に依存すると仮定されている（３３）。膀胱腫瘍増殖におけるＦＧＦＲ３−刺激脂質生合成の重要性を検討し、治療標的として脂質合成経路の可能性を探るために、ＳＲＥＢＰ１、ＦＡＳＮ及びＳＣＤ１のｓｉＲＮＡ媒介性ノックダウン後の細胞増殖が利用された。我々の初期の研究は、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡが最も強い抗増殖作用を誘発したことを明らかにし、従って、ＳＣＤ１は更に調査された（データは示さず）。
【０３３０】
膀胱癌細胞株のパネルをこの研究で使用した（表３）。ＵＭＵＣ−１４およびＴＣＣ−９７−７細胞は、ＦＧＦＲ３における最も頻繁な活性化変異である、ＦＧＦＲ３Ｓ２４９Ｃを保有する（２４）。ＳＷ７８０細胞株は、野生型ＦＧＦＲ３を含有するが、それは構成的ＦＧＦＲ３−ＦＲＳ２−ＡＫＴ活性化を示す（データは示さず）。複数のＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡは、ＳＣＤ１タンパク質レベルを減少させ、ｓｉＲＮＡ４は効果が少なかった（図１０Ａ及びＢ）。ＳＣＤ１ノックダウンは、ＳＷ７８０、ＵＭＵＣ−１４およびＴＣＣ−９７−７細胞を含む、構成的に活性化されたＦＧＦＲ３を持つ細胞による［３Ｈ］チミジン取り込みを顕著に抑制した（図１０Ａ及びＢ、図１１Ａ）。これとは対照的に、ＲＴ１１２細胞及びＢＦＴＣ−９０５細胞は、野生型ＦＧＦＲ３を含み、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡは、それらの増殖に明らかな効果を持っていなかった（図１１Ａ）。これらの結果は、構成的に活性なＦＧＦＲ３のシグナル伝達を持つ細胞は、増殖と生存のためにＳＣＤ１活性に多くを依存していることを示唆している。
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【０３３１】
指数関数的に成長するＳＷ７８０細胞のさらなる分析では、ＳＣＤ１ノックダウン４８時間後で、細胞周期のＧ２及びＳ期の細胞の割合は、実質的かつ特異的に減少し、Ｇ１期にある細胞の随伴性の増加を伴うことを明らかにした（図１０Ｃ）。サブ二倍体集団が、ＳＣＤ１ノックダウンの７２時間後に現れ始めたので（データ示さず）、アポトーシスに対するＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡの効果を分析した。ＳＣＤ１ノックダウンは、ＳＷ７８０細胞（図１０Ｄ）とＵＭＵＣ−１４細胞（図１１Ｂ）においてアネキシンＶ陽性に染色される細胞集団を有意に増加させた（図１１Ｂ）。エフェクターカスパーゼの更なる研究は、ＳＣＤ１のノックダウンは、切断および活性化カスパーゼ３及び７、並びにその下流標的のＰＡＲＰを生じることを明らかにした（図１０Ｅ）。この観察と一致して、ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡはこれらの細胞においてカスパーゼ３および７のより高い酵素活性を生じる（図１１Ｃ及びＤ）。従って、活性化されたＦＧＦＲ３シグナル伝達を有する膀胱癌細胞上でのＳＣＤ１ノックダウンの阻害効果は、細胞周期進行の遮断及びアポトーシスの誘導の両方によるものである。
【０３３２】
実施例５：ＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡは、脂肪酸不飽和化依存的に細胞増殖を阻害する
ＳＣＤ１は、一価不飽和脂肪酸の生合成における律速酵素であるので、脂肪酸不飽和化に対するＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡの効果が利用された。銀化薄層クロマトグラフィーを用いて、ＳＣＤ１ノックダウンは、顕著に［１４Ｃ］−ステアリン酸のオレイン酸への変換をブロックすることが見出されたが、一方非特異的対照ｓｉＲＮＡ又はＦＡＳＮ ｓｉＲＮＡは影響を与えなかった。細胞増殖に対する阻害は、一価不飽和脂肪酸の産生の欠損であり得、外因性に提供されるオレイン酸は、細胞を救出することができる場合がある。実際にオレイン酸サプリメントは、ＳＷ７８０およびＵＭＵＣ−１４細胞の両方において用量依存的にＳＣＤ１ ｓｉＲＮＡ媒介性増殖阻害を逆転するが、一方パルミチン酸を逆に加えると救出に失敗した（図１２Ｃ及びＤ：図１３）。高濃度のパルミチン酸（２０μＭ）はこれらの細胞の生存にとって有害であることは注目に値する（図１２Ｄ、図１３Ｃ）。従って、ＳＣＤ１によって媒介される脂肪酸不飽和化は、膀胱癌細胞の増殖と生存に必須である。
【０３３３】
実施例６：ＳＣＤ１のドキシサイクリン誘導性ノックダウンは、インビボで腫瘍の成長を減衰させる
動物モデルにおいて腫瘍増殖に対するＳＣＤ１の効果を評価するために、ドキシサイクリン誘導性ＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡを発現する安定したＳＷ７８０細胞を樹立した。ＥＧＦＰを標的とする対照ｓｈＲＮＡの発現は影響を及ぼさなかったのに対し、ドキシサイクリンによる三つの独立したＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡの誘導は、ＳＣＤ１発現を減少させた（図１４Ａ）。ドキシサイクリンの処置は、対照ｓｈＲＮＡでなく、ＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡを発現する細胞による［３Ｈ］チミジン取り込みを減少させ（図１４Ｂ）、ＳＣＤ１ノックダウンが細胞増殖を阻害することを裏付けている。
【０３３４】
マウスにおいて、予め確立されたＳＷ７８０腫瘍異種移植片の増殖に対するＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡの効果を評価した。ＳＣＤ１のノックダウンは、対照ｓｈＲＮＡを発現する細胞と比較して、実質的かつ特異的に腫瘍増殖を抑制した（図１４Ｃ）。２０日目の腫瘍サンプルの分析で、ＳＣＤ１ ｓｈＲＮＡのドキシサイクリン誘導時の効果的なＳＣＤ１ノックダウンが確認された（図１４Ｄ）。これらの結果は、ＳＣＤ１は、ＳＷ７８０膀胱癌細胞の増殖においてインビトロ及びインビボの両方で非常に重要であることを実証している。
【０３３５】
実施例７：ＳＣＤ１の薬理学的阻害は、腫瘍増殖を弱め、マウスにおける脂肪酸不飽和化を低減した。
腫瘍増殖における脂肪酸不飽和化の更なる重要性を調べるために、ＳＣＤ１酵素活性は、薬理学的に小分子阻害剤Ａ３７０６２でブロックした。この化合物は、［１４Ｃ］ステアリン酸のオレイン酸への変換をブロックし（データ非表示）、［１４Ｃ］酢酸からの一価不飽和脂肪酸の合成を３０ｎＭの推定ＩＣ５０値で抑制した（図１５Ａ）。ＳＣＤ１阻害剤によるＵＭＵＣ−１４細胞の処置は、リン酸化ＡＫＴリン酸化の減少、エフェクターカスパーゼ３及び７、並びにのそのターゲットのＰＡＲＰの切断及び活性化をもたらした（図１５Ｂ）。
【０３３６】
Ａ３７０６２の特異性及び選択性も評価した。正常な増殖条件下で、Ａ３７０６２は、複数の膀胱癌細胞株の増殖を抑制し、培養中でアポトーシスを誘導した（データ非表示）。１００ｎＭのＡ３７０６２はＵＭＵＣ−１４細胞の生存率を約８５％減少させた（図１５Ｃ及びＤ）。外因的に補充したオレイン酸は、用量依存的ににおいて増殖抑制効果を逆転させたが（図１５Ｃ）、一方パルミチン酸は細胞を救出することができなかった（図１５Ｄ）。同様の結果がＳＷ７８０細胞において観察された（図１６）。これらのデータは、阻害Ａ３７０６２は、ＳＣＤ１特異的であり、細胞増殖と生存に対するその阻害効果は、一価不飽和脂肪酸を生成することが不足することによるものであることを示唆している。
【０３３７】
次に、インビボでの膀胱癌細胞の増殖に対するＡ３７０６２の作用を調べた。無胸腺ヌードマウスはＵＭＵＣ−１４細胞を播種され、腫瘍を〜１５０ｍｍ３の平均体積に成長させ、２０日間ビヒクル又はＡ３７０６２（７５ｍｇ／ｋｇ）を１日２回その動物に投与した。２０日目でのビヒクル対照と比較して、Ａ３７０６２は、約６０％、腫瘍増殖を抑制した（図１５Ｅ）。最後の処置の２時間後に採取した腫瘍溶解物の分析は、Ａ３７０６２は飽和脂肪酸に対する一価不飽和脂肪酸の割合を著しく減少させることを示した（図１５Ｆ及びＧ）。同様に、マウスの肝臓および血漿中の脂肪酸不飽和化も有意に減少した（図１５ＦおよびＧ）。従って、Ａ３７０６２は、脂肪酸不飽和化における遮断と連動してＵＭＵＣ−１４腫瘍異種移植片の増殖を阻害する。実験の過程において、ヌードマウスにおいて有意な体重減少又は他の肉眼的異常は観察されなかった。
【０３３８】
実施例８：ＳＣＤ１小分子阻害剤を用いてたインビボ有効性研究
結腸、膵臓、および腎臓癌におけるＳＣＤ１小分子アンタゴニストの作用を調べるために、結腸癌細胞株、膵臓癌細胞株、及び腎臓癌細胞株が連続希釈されたＡ３７０６２で７２時間処理され、上記のように細胞生存率をＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（Promega)により測定した。更に、結腸癌細胞株、膵臓癌細胞株、及び腎臓癌細胞株は、連続希釈されたＡ３７０６２で処理され、カスパーゼ３／７活性を、上記のようにＣａｓｐａｓｅ−Ｇｌｏ ３／７アッセイキット(Promega)により測定した。ＳＣＤ１の薬理学的阻害は、ヒト結腸癌細胞株において（図１７Ａ及びＢ）、ヒト膵臓癌細胞株において（図１７Ｃ及びＤ）、ヒト腎臓癌細胞株において（図１７Ｅ及びＦ）、細胞生存率を減少させカスパーゼ３／７活性を増加させた。データは平均値＋／−ＳＤとして表示され、２つの独立した実験を代表した。
【０３３９】
付加的なＳＣＤ１小分子アンタゴニストの作用を調べるために、結腸癌、前立腺癌、膵臓癌、及び膀胱癌を含むヒト癌細胞株が、連続希釈されたＡ３７０６２又はＧ０２４４７１７１．１で７２時間処理され、細胞生存率をＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（Promega)により測定した。Ａ３７０６２又はＧ０２４４７１７１．１を用いるＳＣＤ１の薬理学的阻害は、結腸癌、前立腺癌、膵臓癌、及び膀胱癌を含むヒト癌細胞株のパネルにおいて、細胞生存率を低減し、カスパーゼ３／７活性を増加させた（それぞれ、図１８Ａ及びＢ）。データは平均値＋／−ＳＤとして表示され、２つの独立した実験を代表する。
【０３４０】
ＳＣＤ１小分子アンタゴニストの効果を調べるために、癌細胞株は連続希釈されたＡ３７０６２で７２時間処理され、上述したように、細胞力価ＩＣ５０（ｎＭ）、細胞生存率をＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ (Promega)により測定した。表４を参照。
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【０３４１】
マウスにおいて腫瘍増殖に対するＳＣＤ１小分子アンタゴニストの作用を調べるために、マウスは、ビヒクル又はＳＣＤ１低分子阻害剤のＧ０１５２２４０３（Ａ３７０６２）とＧ０２４４７１７１を上記のように経口的に、一日二回与えられた。ＳＣＤ１の薬理学的阻害は、予め確立されたＨＣＴ１５結腸腫瘍、予め確立されたＳＷ７８０膀胱腫瘍、及び予め確立されたＨＰＡＣ膵臓腫瘍の異種移植片の増殖を遅延させた（それぞれ、図１８Ｃ、Ｄ、及びＥ）。腫瘍体積は平均値＋／−ＳＤとして表された。表５を参照。
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【０３４２】
実施例９：ＳＣＤ１の薬理学的阻害は、腫瘍細胞の生存率を減衰させる
付加的なＳＣＤ１小分子アンタゴニストの作用を調べるために、ＨＴ２９およびＨＣＴ１５を連続希釈した小分子阻害剤ＲＧ１−１４およびＧ０２４４７１７１（Ｇ７１７１）で７２時間処理し、細胞生存率をＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ(Promega)により測定した。ＳＣＤ１小分子阻害剤の特異性および選択性も評価した。表６〜９を参照。正常な成長条件の下で、小分子ＳＣＤ１アンタゴニストはＨＴ２９細胞及びＨＣＴ１５細胞の増殖を抑制した（図１９）。外因的に補充したオレイン酸は、用量依存的ににおいて増殖抑制効果を逆転させたが（図２０Ａ−Ｃおよび２１Ａ−Ｃ）、一方パルミチン酸は細胞を救出することができなかった（図２０Ｄ−Ｆ及び２１Ｄ−Ｆ）。
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【０３４３】
実施例の考察
実施例は、ＦＧＦＲ３は、ＰＩ３Ｋ−ｍＴＯＲＣ１を介してＳＲＥＢＰ１とその下流の標的を活性化させ、ヒト膀胱癌細胞における新規脂質生合成および脂肪酸不飽和化を促進することを示している。更に、ＳＣＤ１によって触媒される脂肪酸不飽和化を遮断する遺伝的または薬理学的介入は、細胞培養及び異種移植マウスにおいて腫瘍増殖をおおいに阻害することが示された。これらの結果は、膀胱腫瘍の増殖および生存を維持することにおけるＦＧＦＲ３調節脂質代謝の重要性を初めて明らかにし、変化した細胞代謝と発癌成長因子シグナル伝達間の機構的連結を提供している。
【０３４４】
不偏な発現解析からの目立った知見は、ステロールと脂肪酸合成と代謝に関与する遺伝子の大規模コホートは、膀胱癌細胞におけるＦＧＦＲ３ノックダウンの結果として、最も顕著に下方制御された遺伝子の一員である。実施例は、ＦＧＦＲ３シグナル伝達の活性化は、切断され、転写的に活性なＳＲＥＢＰ１の量を増加させ、これが次に主要な脂質合成酵素の発現を誘導し、飽和及び不飽和の両方のクラスを含む脂肪酸の新規合成を促進したことをさらに実証している。これらの結果は、神経膠芽腫における活性化ＥＧＦＲシグナル伝達はＳＲＥＢＰ１プロセシングの刺激を通じた脂質生合成を促進することを示した最近の報告書を連想させる（３５）。これらの知見は、ＥＧＦＲ及びＨｅｒ２の活性化は、乳癌細胞株でＦＡＳＮの発現を誘導することを示した以前の研究と一致しそして拡張する（３６−３８）。例えば、ＥＧＦ及びＰＤＧＦなどの増殖因子が線維芽細胞（３９）及び上皮細胞（４０−４１）においてＳＲＥＢＰ１活性化および脂質生合成を促進することができることを考えると、発癌増殖因子受容体シグナル伝達刺激性脂質生合成は、多くの癌のタイプにおいて脂肪酸合成の上昇の基礎となる一般的な機構であり得ると考えられる。
【０３４５】
低レベルの細胞内ステロール又はインスリン刺激に応答して、ＳＲＥＢＰ１はタンパク質分解切断によって活性化され、成熟したＮ末端断片が核に移行し、脂質生合成遺伝子のカスケードの転写を活性化する（３２）。増殖因子とその受容体は、転写の上方制御、タンパク質分解プロセシングの増加、又はＧＳＫ３−Ｆｂｗ７媒介性ユビキチン化とプロテアソームによる分解を阻害することによる切断されたＳＲＥＢＰ１を安定させることを含む複数のメカニズムを介してＳＲＥＢＰ１を潜在的に活性化することができる（３３）。実施例は、リガンド誘導性のＦＧＦＲ３活性化は、完全長の不活性ＳＲＥＢＰ１の誘導に軽微な影響を及ぼし、一方ＳＲＥＢＰ１の切断された活性型が著しく蓄積することを実証している。更に、ＰＩ３Ｋ又はｍＴＯＲＣ１阻害剤の何れかによる基準のＦＧＦＲ３シグナル伝達の急性薬理学的阻害は、成熟したＳＲＥＢＰ１のレベルを、全長不活性ＳＲＥＢＰ１のそれに影響を与えることなく、減少させる。これらのデータは、ＳＲＥＢＰ１のＦＧＦＲ３駆動型活性化は、ＰＩ３Ｋ−ｍＴＯＲＣ１による成熟したＳＲＥＢＰ１の選択的増加に主にかかっていることを示唆している。この知見は、ｍｙｒ−ＡＫＴを過剰発現する細胞（４２）またはＴＳＣの遺伝子除去を介したｍＴＯＲＣの構成的過剰活性を持つマウス胎児線維芽細胞（４３）の最近の幾つかの研究と一致している。この研究からの別の注目すべき観察は、異なる細胞株においてＦＧＦ１刺激されたＳＲＥＢＰ１の活性化に対するＭＥＫ−ＭＡＰＫの差次的寄与である。これは、増殖因子受容体によるＳＲＥＢＰ１活性化におけるＭＥＫ−ＭＡＰＫの関与の見かけ上矛盾する結果を示した以前の研究と一致しており、ＳＲＥＢＰ１のＭＥＫ−ＭＡＰＫの調節は非常に文脈依存かもしれないことを示唆している（３７、３９〜４１）。ＦＧＦＲ３シグナル伝達がどのようにＳＲＥＢＰ１プロセシング及び／又は安定性を調節するかについての正確なメカニズムは更なる調査を待つ。
【０３４６】
我々の現在の研究の一つの重要な発見は、脂肪酸不飽和化における律速酵素であるＳＣＤ１は、膀胱癌細胞においてＦＧＦＲ３のノックダウンによって最も劇的な調節を示した遺伝子の一因であることである。従って、ＦＧＦ１はＳＣＤ１の発現および不飽和脂肪酸の合成の顕著な増加を誘導した。この調節は、ＳＲＥＢＰ１ ｓｉＲＮＡは基礎のＦＧＦ１誘導性ＳＣＤ１の発現を著しく減少させたことから、ＳＲＥＢＰ１を主に介して媒介されるが、一方ノックダウンＳＲＥＢＰ２のみではＳＣＤ１発現に明らかな作用を及ぼさなかった。更に、実施例は、ＳＣＤ１は、構成的に活性化されたＦＧＦＲ３を有する膀胱癌細胞の増殖及び生存を維持するのに不可欠であることを示している。ＲＮＡ干渉又は薬理学的介入を介したＳＣＤ１の阻害は、脂肪酸不飽和化をブロックし、Ｇ１細胞周期停止及びその後のアポトーシスを生じた。また、外生的に補充されたオレイン酸は、ＳＣＤ１阻害から細胞を救出することができ、細胞増殖および生存における脂肪酸不飽和化の重要性を裏付けている。最後に、ＳＣＤ１の阻害は、マウスのいくつかの膀胱癌異種移植片の増殖を顕著に弱めた。従って、膀胱腫瘍増殖を維持することにおけるＳＣＤ１機能の重要性は、この疾患の設定で潜在的な新規治療標的としてそれを示唆している。限られた細胞株パネルによる例は、構成的に活性化されたＦＧＦＲ３を持つ細胞は、ＳＣＤ１阻害に対してより敏感であることを示唆したが、ＦＧＦＲ３の活性化状態自体はＳＣＤ１に基づく治療に対する応答を予測することができるかどうかはまだ明らかではない。ＰＩ３Ｋ−ＡＫＴ−ｍＴＯＲＣ１の軸、及びそれほどではないにせよ、ＭＥＫ−ＭＡＰＫは、脂質生合成およびＳＣＤ１活性を促進することができたので、ＦＧＦＲ３の下流のシグナル伝達経路の変化、又は他の受容体チロシンキナーゼにおける調節不全は、ＳＣＤ１標的治療への応答に影響を与える可能性がある。
【０３４７】
最近の幾つかの研究では、ＳＣＤ１は、肺癌および前立腺癌を含む他の悪性腫瘍において過剰発現され、腫瘍増殖のために必須であり（４４−４６）、そして前立腺癌における脂肪酸不飽和指数は疾患進行と相関している（４５）と報告している。これらの疾患におけるＳＣＤ１上方制御の基礎となるメカニズムは説明されていないが（４５−４８）、これらのデータは、ＳＣＤ１は、細胞分裂の間の膜の生合成、および細胞増殖、生存、およびストレス適応のための重要な多様な経路のシグナル伝達を制御することにより部分的に、腫瘍形成に広範な役割を果たし得ることを示唆している。
【０３４８】
参考文献のリストの一部
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【０３４９】
前述の発明は、理解を明確にする目的のために例示および実施例によってある程度詳細に説明してきたが、説明や例は、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。すべての特許および本明細書に引用される科学文献の開示は、参照によりその全体が援用される。
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【図１】
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【図３】
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【図２】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【配列表】
2015501301000001.app
【国際調査報告】
2015501301.tif 000071
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